▶ エヴァクシオン・バイオテック・アクティエセルスカブの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-05-25
(54)【発明の名称】ＡＰＣ標的化単位を用いたネオエピトープ免疫療法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/62 20060101AFI20230518BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20230518BHJP
C12N 15/85 20060101ALI20230518BHJP
C07K 19/00 20060101ALI20230518BHJP
C07K 14/705 20060101ALI20230518BHJP
C07K 14/47 20060101ALI20230518BHJP
C07K 16/00 20060101ALI20230518BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20230518BHJP
A61K 38/17 20060101ALI20230518BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20230518BHJP
A61P 37/04 20060101ALI20230518BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20230518BHJP
A61K 9/08 20060101ALI20230518BHJP
A61K 47/64 20170101ALI20230518BHJP
A61K 47/65 20170101ALI20230518BHJP
A61K 47/68 20170101ALI20230518BHJP
A61K 47/02 20060101ALI20230518BHJP
A61K 47/22 20060101ALI20230518BHJP
A61K 47/34 20170101ALI20230518BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20230518BHJP
A61K 39/39 20060101ALI20230518BHJP
【ＦＩ】
C12N15/62 Z
C12N15/12 ZNA
C12N15/85 Z
C07K19/00
C07K14/705
C07K14/47
C07K16/00
A61K48/00
A61K38/17
A61P35/00
A61P37/04
A61P43/00 121
A61K9/08
A61K47/64
A61K47/65
A61K47/68
A61K47/02
A61K47/22
A61K47/34
A61K39/00 H
A61K39/39
【審査請求】未請求
【予備審査請求】有
(21)【出願番号】P 2022561133
(86)(22)【出願日】2021-04-07
(85)【翻訳文提出日】2022-12-05
(86)【国際出願番号】 EP2021059117
(87)【国際公開番号】W WO2021204911
(87)【国際公開日】2021-10-14
(31)【優先権主張番号】20168405.7
(32)【優先日】2020-04-07
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(31)【優先権主張番号】20207528.9
(32)【優先日】2020-11-13
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521293464
【氏名又は名称】エヴァクシオン・バイオテック・アクティエセルスカブ
(74)【代理人】
【識別番号】100145403
【弁理士】
【氏名又は名称】山尾 憲人
(74)【代理人】
【識別番号】100122301
【弁理士】
【氏名又は名称】冨田 憲史
(74)【代理人】
【識別番号】100157956
【弁理士】
【氏名又は名称】稲井 史生
(74)【代理人】
【識別番号】100170520
【弁理士】
【氏名又は名称】笹倉 真奈美
(74)【代理人】
【識別番号】100221545
【弁理士】
【氏名又は名称】白江 雄介
(72)【発明者】
【氏名】レヌ，ビアギッテ
(72)【発明者】
【氏名】カルボ，マリナ バルリオ
(72)【発明者】
【氏名】セレンセン，アナス ブンゴー
(72)【発明者】
【氏名】チューエセン，クリスティアン
(72)【発明者】
【氏名】クリンゲルム，イェンス
(72)【発明者】
【氏名】フリース，スティーネ
【テーマコード（参考）】
4C076
4C084
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4C076AA12
4C076AA93
4C076BB01
4C076BB02
4C076BB07
4C076BB11
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4C076BB27
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4C084MA60
4C084MA63
4C084MA65
4C084NA14
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4H045AA10
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
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4H045BA41
4H045CA40
4H045DA75
4H045DA86
4H045FA74
(57)【要約】
本発明はがん療法、特にがん免疫療法に関する。特に、本発明は特異的な融合ポリペプチドまたは当該融合ポリペプチドをコードする核酸の投与によってがんを処置するための方法および物に関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ｉ）患者の腫瘍細胞（ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｃｅｌｌ）の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位；ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位；
ｉｉｉ）任意選択で多量体化、例えば二量体化ユニットであって、２つ以上の抗原単位および２つ以上の抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位を含むように該融合ポリペプチドの多量体化をもたらす多量体化ユニット；
を含む融合ポリペプチド。
【請求項2】
ＡＰＣ標的化単位が、抗原提示細胞上の標的表面分子、例えばＨＬＡ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＣＤ１４、ＣＤ４０；またはトール様受容体、例えばトール様受容体２；リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａ Ｆｖ フラグメント、ＤＥＣ２０５ Ｆｖ フラグメント、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１もしくは類似物から選択される何れか１つ、またはＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）もしくは類似物、ＲＡＮＴＥＳから選択される何れか１つ；または細菌抗原、例えばフラジェリン、またはその一部、に対する特異性を持つ抗体結合領域からなる、またはそれを含む、請求項１に記載の融合ポリペプチド。
【請求項3】
ＡＰＣ標的化単位が、リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド、ＣＬＥＣ９Ａペプチドリガンド、ＤＥＣ２０５、ＦＬＴ３Ｌ、ＧＭ－ＣＳＦ、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１もしくは類似物から選択される何れか１つ、またはＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）もしくは類似物、例えばＲＡＮＴＥＳ、ケモカインリガンド３（ＣＣＬ３／ＭＩＰ－１ａ）もしくはＣＣＬ１９から選択される何れか１つ；またはフラジェリンなどの細菌抗原もしくはその一部からなる、またはそれを含む、請求項１に記載の融合ポリペプチド。
【請求項4】
抗原単位がリンカー、例えばＧＳリンカー、例えばアミノ酸配列ＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳ（配列番号１３）を持つリンカー、またはＩｇＧなどの免疫グロブリン分子（Ｉｇ）に由来するリンカーであって、例えば鎖間共有結合の形成を介して多量体化に寄与するリンカー、を介して標的化単位に連結される、前述の請求項の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項5】
リンカーがヒンジ領域、例えばＩｇ、例えばＩｇＧ由来ヒンジ領域であるかまたはそれを含み、および鎖間共有結合、例えばジスルフィド架橋の形成を介して多量体化に寄与する、請求項４に記載の融合ポリペプチド。
【請求項6】
リンカーがカルボキシル末端Ｃドメイン（ＣＨ３ドメイン）、例えばＩｇのカルボキシル末端Ｃドメイン（Ｃγ３ドメイン）を含み、または該Ｃドメイン、例えばＩｇＧ３のＣＨ３ドメインに実質的に相同である配列を含む、請求項４または５に記載の融合ポリペプチド。
【請求項7】
ヒンジおよびＣＨ３ドメインが、アミノ酸ＧｌｙＧｌｙＧｌｙＳｅｒＳｅｒ（配列番号１３）の配列、例えば、アミノ酸ＧｌｙＧｌｙＧｌｙＳｅｒＳｅｒの三重の配列によって連結されている、請求項６に記載の融合ポリペプチド。
【請求項8】
リンカーが、疎水性相互作用を介して、例えばＣＨ３ドメインを介して多量体化に参加する、二量体化モチーフまたは任意のその他の多量体化ドメインを含む、請求項３～６の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項9】
リンカーがＩｇＧ、例えばＩｇＧ２またはＩｇＧ３に由来するｈ１＋ｈ４またはｈ４を含むヒンジ領域を含む、請求項４～８の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項10】
少なくとも１つの抗原単位が、少なくともまたは約５、例えば少なくともまたは約１０、少なくともまたは約１５、少なくともまたは約２０、少なくともまたは約２５、および少なくともまたは約３０個のネオエピトープからなるかまたはそれを含む、前述の請求項の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項11】
少なくとも１つのネオエピトープが、腫瘍細胞中に同定されたネオエピトープ中の平均以上、例えば上位四分の一のＭＨＣ結合安定性を示すネオエピトープを含む、前述の請求項の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項12】
多量体化単位、例えば二量体化単位が、二量体、三量体、四量体、五量体またはより高次の多量体の形成を可能にする、前述の請求項の何れか１項に記載の融合ポリペプチド。
【請求項13】
請求項１～１２の何れか１項において規定される融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、発現ベクター。
【請求項14】
ヌクレオチド配列がｃＤＮＡ配列である、請求項１３に記載の発現ベクター。
【請求項15】
ヌクレオチド配列が、請求項１～１１の何れか１項において規定される融合ポリペプチドをコードするＲＮＡ配列である、請求項１３に記載の発現ベクター。
【請求項16】
配列がさらに少なくとも１つの免疫刺激配列（ＩＳＳ）を含むかまたはそれをコードする、請求項１３～１５の何れか１項に記載の発現ベクター。
【請求項17】
ＩＳＳが、少なくとも１つのＣｐＧモチーフを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＯＤＮ）であり、ここでＯＤＮが好ましくはホスホロチオエート基を含む、請求項１６に記載の発現ベクター。
【請求項18】
ＩＳＳがオリゴリボヌクレオチドであるかまたはそれを含む、請求項１６に記載の発現ベクター。
【請求項19】
ｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物、およびｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現構築物を含む少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項20】
少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物が少なくともまたは約５、例えば少なくともまたは約１０、少なくともまたは約１５、少なくともまたは約２０、少なくともまたは約２５、および少なくともまたは約３０個のネオエピトープからなるかまたはそれを含む、請求項１９に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項21】
少なくとも１つのネオエピトープをコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物が、腫瘍細胞において同定されるネオエピトープ間の平均以上、例えば上位四分の一のＭＨＣ結合安定性を示すネオエピトープを含む、請求項１９または２０に記載の少なくとも２つ発現構築物の系。
【請求項22】
第２の発現構築物が、抗原提示細胞上の標的表面分子、例えばＨＬＡ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＣＤ１４、ＣＤ４０；またはトール様受容体、例えばトール様受容体２；リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａ Ｆｖ フラグメント、ＤＥＣ２０５ Ｆｖ フラグメント、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１もしくは類似物から選択される何れか１つ、またはＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）もしくは類似物、ＲＡＮＴＥＳから選択される何れか１つ；または細菌抗原、例えばフラジェリン、またはその一部、に対する特異性を持つ抗体結合領域からなるかまたはそれを含む、少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１９～２１の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項23】
第２の発現構築物が、リガンド、例えば可溶性 ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａペプチドリガンド、ＤＥＣ２０５、ＦＬＴ３Ｌ、ＧＭ－ＣＳＦ、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１もしくは類似物から選択される何れか１つ；またはＣＸＣ ケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）もしくは類似物、例えばＲＡＮＴＥＳまたはケモカインリガンド３（ＣＣＬ３／ＭＩＰ－ｌａ）またはＣＣＬ１９から選択される何れか１つ、または細菌抗原、例えばフラジェリン、またはその一部、からなるかまたはそれを含む少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位のコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１９～２１の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項24】
少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物が、該少なくとも１つの抗原単位の多量体化をもたらす多量体化単位、例えば二量体化単位をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項１９～２３の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項25】
少なくとも２つの発現構築物が、同一の発現ベクター上で発現される、例えば２つの異なるプロモーターの制御下において発現される、請求項１９～２４の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項26】
少なくとも２つの発現構築物が、少なくとも２つの異なるベクターによって発現される、請求項１９～２４の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系。
【請求項27】
哺乳類患者において、腫瘍、例えば悪性腫瘍を処置するための方法、または係る腫瘍に対する治療的または改善的な免疫応答を誘導する方法であって、ここで腫瘍は患者の非腫瘍性細胞が示さないエピトープ、例えばＴ細胞エピトープ（ネオエピトープ）を示し、ここで該方法は、請求項１～１２の何れか１項において規定される融合ポリペプチド、または請求項１３～１８の何れか１項において規定される少なくとも１つの発現ベクター、または請求項１９～２６の何れか１項に記載の少なくとも２つの発現構築物の系を含む、免疫原的有効量の組成物を投与する事、およびそれによって患者の体細胞が該発現ベクター内に含まれるヌクレオチド配列を発現するようになる事を含み、該方法は任意選択で薬学的に許容できる担体、希釈剤または賦形剤を投与する事をさらに含む、方法。
【請求項28】
患者がヒトである、請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
免疫原的有効量の組成物が、非経口的、例えば筋肉内経路、皮内経路、経皮経路、皮下経路、静脈内経路、動脈内経路、髄腔内経路、骨髄内経路、髄腔内経路、脳室内経路、腹腔内、鼻腔内経路、膣経路、眼内経路、もしくは肺経路で投与される；または経口経路、舌下経路、頬経路、または肛門経路で投与される；または局所投与される、請求項１９～２８の何れか１項に記載の方法。
【請求項30】
薬学的に許容できる担体、希釈剤または賦形剤が水性緩衝液である、請求項１９～２９の何れか１項に記載の方法。
【請求項31】
水性緩衝液がタイロード緩衝液である、請求項３０に記載の方法。
【請求項32】
タイロード緩衝液が、１４０ｍＭ ＮａＣｌ、６ｍＭ ＫＣｌ、３ｍＭ ＣａＣｌ２、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ ４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（Ｈｅｐｅｓ）、ｐＨ７．４、および１０ｍＭ グルコースの組成を有する、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
タイロード緩衝液の濃度が約３５％ｖ／ｖである、請求項２２～３１の何れか１項に記載の方法。
【請求項34】
緩衝液がＰＢＳである、請求項３０に記載の方法。
【請求項35】
請求項１０～１５の何れか１項に定義する少なくとも１つの発現ベクターを含む免疫原的有効量の組成物を、０．１μｇから２５ｍｇの発現ベクターの有効量で、例えば０．５μｇから２０ｍｇ、５μｇから１５ｍｇ、５０μｇから１０ｍｇ、および５００μｇから８ｍｇ、特に、約０．０００１、約０．０００５、約０．００１、約０．００５、約０．０１、約０．０５、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７および約８ｍｇで投与する事を含む、請求項１９～３４の何れか１項に記載の方法。
【請求項36】
免疫原的有効量の組成物が、ポリ（エチレンオキシド）およびポリ（プロピレンオキシド）のブロックを含む、有効量の両親媒性ブロック共重合体、例えばＫｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）Ｐ１８８をさらに含む、請求項１９～３５の何れか1項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
技術分野
本発明は、がん療法、特にがん免疫療法に関する。特に、本発明は特異的な融合ポリペプチドまたは当該融合ポリペプチドをコードする核酸を投与する事による、がんを処置するための方法および物に関する。
本発明は、がん療法、特にがん免疫療法に関する。特に、本発明は特異的な融合ポリペプチドまたは当該融合ポリペプチドをコードする核酸を投与する事による、がんを処置するための方法および物に関する。
【背景技術】
【0002】
発明の背景
患者における悪性腫瘍の処置は、伝統的に外科手術、放射線治療、および／または非悪性細胞の死滅に比して悪性細胞を優先的に死滅させることを狙いとした投与レジメンにおける、細胞傷害性薬剤を用いた化学療法によって、悪性組織の根絶／除去することに焦点を当ててきた。
患者における悪性腫瘍の処置は、伝統的に外科手術、放射線治療、および／または非悪性細胞の死滅に比して悪性細胞を優先的に死滅させることを狙いとした投与レジメンにおける、細胞傷害性薬剤を用いた化学療法によって、悪性組織の根絶／除去することに焦点を当ててきた。
【0003】
細胞傷害性薬剤の使用に加えて、より最近のアプローチでは、従来の化学療法によって現れる全身の副作用を軽減するために、がん細胞において特異的な生物学的なマーカーを標的とすることに焦点を当てている。がん関連抗原を標的としたモノクローナル抗体療法は、多くの悪性腫瘍において、平均余命の延長に非常に効果的であることを示した。成功した薬ではあるが、がん関連抗原を標的とするモノクローナル抗体は、その性質上、周知の、および複数の患者で見られる発現産物を標的とするようにのみ開発され得る、つまり、下記を参照するように、多くのがん特異的抗原は、一人の患者からの腫瘍のみに現れるため、がん特異的抗原の大多数はこの種の治療法で取り扱うことができない。
【0004】
早くも１９５０年代後半に、ＢｕｒｎｅｔおよびＴｈｏｍａｓによって提唱された免疫監視理論では、リンパ球が、変化した抗原決定基を示す自家細胞－がん細胞を含む－を認識および排除する事を示唆し、および今日では免疫系が高度に発現を阻害することが一般的に受け入れられている。しかし、免疫監視は１００％有効ではなく、がん細胞を排除する免疫系の能力を改善する／刺激するような、がん療法を考案する事は継続的な課題である。
【0005】
１つのアプローチは、がん関連抗原に対する免疫を導入する事であり、このアプローチは有効な可能性が有るが、限られた数の抗原しか取り扱えないという、抗体療法と同様の欠点を負っている。
【0006】
全てとは言わないが、多くの腫瘍は変異を発現している。これらの変異は、新規の標的抗原（ネオ抗原）を作りだす可能性があり、臨床的に適切な時間内にネオ抗原およびその抗原決定基を同定する事が可能であれば、ネオ抗原は、特異的Ｔ細胞免疫療法において有効である可能性がある。現代技術を用いれば、細胞のゲノムを完全にシーケンスする事、および変化したまたは新たな発現産物の存在を解析する事が可能であるため、ネオ抗原に基づく個別化ワクチンの設計が可能である。しかし、満足のいく臨床結果を提供しようとする試みは、今日のところほとんど失敗している。
【0007】
１９９０年代初頭から詳細に研究されてきたワクチン接種の１つの様式が、核酸ワクチン接種（またはＤＮＡワクチン接種と呼ばれる）であり、これにおいては、ＤＮＡは非ウイルス性のプラスミドの形態で哺乳類の体細胞に投与され、プラスミド内に含まれる遺伝子の発現をもたらす；ＤＮＡワクチン接種において、コードされる物質は免疫原性のポリペプチドであり、体細胞で産生された際、免疫反応を誘導することができる。このアプローチは、高価な組み換え発現システムを用いて、臨床グレードの純度でタンパク質免疫原を生産する必要を回避するため、魅力的である。しかし、投与されたＤＮＡから、ヒトにおいて満足のいく免疫応答を引き起こすのに十分な発現量を得る事が困難であることが示されてきた。
【0008】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）は効果的な適応免疫応答に不可欠であり、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）と複合体化した抗原を自身の表面上に提示する細胞である。この細胞には、マクロファージ、Ｂ細胞および樹状細胞が含まれ、ヘルパーＴ細胞に外来抗原を提示する。また、ウイルスに感染した細胞またはがん細胞は細胞内部に由来する抗原を細胞障害性Ｔ細胞に提示する事ができる。結論として、抗原提示細胞を標的とする事で、優れた免疫応答を誘導する機会を得る事ができる。
【0009】
ワクチン接種したヒトにおいてネオ抗原を効果的に標的とし得る、および臨床的に顕著な免疫応答を誘導し得る抗がんワクチン、特に核酸ワクチンを提供する必要性が存在する。
【0010】
発明の目的
本発明の実施形態の目的は、優れた抗腫瘍効果を有し、知られるワクチンよりも高いＴ細胞応答を誘導し得るポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸分子を提供する事である。
本発明の実施形態の目的は、優れた抗腫瘍効果を有し、知られるワクチンよりも高いＴ細胞応答を誘導し得るポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸分子を提供する事である。
【0011】
本発明の実施形態のさらなる目的は、ＡＰＣへと向かい、ＡＰＣのがんネオエピトープの取り込み、任意にはＡＰＣの活性化、それに続くがんに対する非常に効果的な防御免疫の提供を可能にするサイトカインカスケードを補助するように設計されたポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸分子を提供することである。
【0012】
本発明の実施形態のさらなる目的は、ポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸の使用方法の提供する事である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0013】
発明の概要
本発明者らは、新規且つ改良されたポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸分子を設計し、抗原提示細胞（ＡＰＣ）－標的化単位を用いた次世代ＤＮＡネオエピトープ免疫療法を生み出した。
本発明者らは、新規且つ改良されたポリペプチド構築物および係るポリペプチド構築物をコードする核酸分子を設計し、抗原提示細胞（ＡＰＣ）－標的化単位を用いた次世代ＤＮＡネオエピトープ免疫療法を生み出した。
【0014】
本発明らによって、ＡＰＣの標的化を、ネオエピトープワクチンの抗腫瘍活性を維持したまま、免疫治療効果を向上させるために使用してもよく、これは知られるワクチンよりも高いＴ細胞応答を引き出す優れた抗腫瘍効果を可能にする事が見出された。
【0015】
したがって、本発明の第１の態様は、融合ポリペプチドであって、
ｉ）患者の腫瘍細胞（ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｃｅｌｌ）の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位；
ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位；
ｉｉｉ）任意には多量体化、例えば二量体化単位であって、２つ以上の抗原単位および２つ以上の抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位を含むように上記の融合ポリペプチドの多量体化をもたらす多量体化単位；
を含む融合ポリペプチドに関する。
ｉ）患者の腫瘍細胞（ｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ ｃｅｌｌ）の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位；
ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位；
ｉｉｉ）任意には多量体化、例えば二量体化単位であって、２つ以上の抗原単位および２つ以上の抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位を含むように上記の融合ポリペプチドの多量体化をもたらす多量体化単位；
を含む融合ポリペプチドに関する。
【0016】
本発明の第２の態様は、本発明の融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターに関する。
【0017】
本発明のさらなる態様は、
ｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物、および
ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現構築物、を含む少なくとも２つの発現構築物の系（ｓｙｓｔｅｍ）に関する。
ｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物、および
ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現構築物、を含む少なくとも２つの発現構築物の系（ｓｙｓｔｅｍ）に関する。
【0018】
本発明のさらなる態様は、哺乳類患者において、悪性腫瘍（ｎｅｏｐｌａｓｍ）などの腫瘍を処置する方法、または係る腫瘍に対して治療若しくは改善する免疫応答を誘導するための方法に関し、ここで腫瘍は患者の非腫瘍性細胞が示さないＴ細胞エピトープ（ネオエピトープ）を示し、ここで上記の方法は、本発明の融合ポリペプチドを含む組成物を免疫原的有効量で投与する事、または本発明の融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの発現ベクターを含む組成物を免疫原的有効量で投与し、よって患者の体細胞に発現ベクター内に含まれるヌクレオチド配列を発現させる事を含み、ここで上記の方法は任意には、薬学的に許容できる担体、希釈剤若しくは賦形剤を投与する事をさらに含む。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。いくつかの実施形態では、免疫原的有効量の組成物は、非経口的、例えば筋肉内経路、皮内経路、経皮経路、皮下経路、静脈内経路、動脈内経路、髄腔内経路（ｉｎｔｒａｔｅｃｈａｌｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ ｒｏｕｔｅ）、骨髄内経路、髄腔内経路（ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ ｒｏｕｔｅ）、脳室内経路、腹腔内、鼻腔内経路、膣経路、眼内経路、もしくは肺経路で投与される；または経口経路、舌下経路、頬経路、または肛門経路で投与される；または局所投与される。
【0019】
いくつかの実施形態では、薬学的に許容できる担体、希釈剤または賦形剤は水性緩衝液である。いくつかの実施形態では、水性緩衝液はタイロード緩衝液である。いくつかの実施形態では、タイロード緩衝液は１４０ｍＭ ＮａＣｌ、６ｍＭ ＫＣｌ、３ｍＭ ＣａＣｌ２、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ ４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（Ｈｅｐｅｓ）、ｐＨ７．４、および１０ｍＭ グルコースの組成を有する。いくつかの実施形態では、タイロード緩衝液の濃度は約３５％ｖ／ｖである。いくつかの実施形態では、水性緩衝液はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）緩衝液である。
【0020】
いくつかの実施形態では、方法は、請求項１０～１５の何れか１項に定義する少なくとも１つの発現ベクターを含む免疫原的有効量の組成物を、０．１μｇから２５ｍｇの発現ベクターの有効量で、例えば０．５μｇから２０ｍｇ、５μｇから１５ｍｇ、５０μｇから１０ｍｇ、および５００μｇから８ｍｇ、特に、約０．０００１、約０．０００５、約０．００１、約０．００５、約０．０１、約０．０５、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７および約８ｍｇで投与する事を含む。
【0021】
いくつかの実施形態では、方法は、ポリ（エチレンオキシド）およびポリ（プロピレンオキシド）のブロックを含む、有効量の両親媒性ブロック共重合体、例えばＫｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）Ｐ１８８、をさらに含む免疫原的有効量の組成物を投与する事を含む。
【図面の簡単な説明】
【0022】
【0023】
【0024】
【0025】
【0026】
【0027】
【0028】
【図7】Ｃ２２ ＭＨＣ Ｉ多量体の検出を示す図。グラフは実験ＤＮＡワクチンでマウスにワクチン接種した際の、Ｃ２２ペプチドに反応するマウスＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度を示す。詳細は実施例１を参照。
【0029】
【0030】
【図8-2】細胞内サイトカイン染色（刺激された脾臓細胞におけるＩＣＳ）。詳細は実施例１を参照。
【0031】
【0032】
【0033】
【0034】
【0035】
【0036】
【0037】
【0038】
【0039】
【0040】
【0041】
【図19-1】図１９：２７ｍｅｒのネオペプチドで再刺激した脾臓細胞からの結果。Ａ：免疫に使用した構築物の模式図。Ｂ：脾臓細胞を再刺激した際のＩＮＦγおよびＴＮＦα産生ＣＤ８＋細胞の割合を示すグラフ。Ｃ：脾臓細胞を再刺激した際のＩＮＦγおよびＴＮＦα産生ＣＤ４＋細胞の割合を示すグラフ。
【図19-2】同上。
【0042】
【0043】
【図21-1】図２１：ｐＴＶＧ４ベースの構築物のプラスミドマップ。Ａ：空のバックボーンベクター。Ｂ：ＮｏｔＩおよびＢａｍＨｉ制限部位およびマウスＣＣＬ１９コード配列を挿入した空のバックボーンベクター。Ｃ：Ｂと同様のベクターであるが、ＮｏｔＩおよびＢａｍＨｉ部位の間にネオエピトープのコード領域が挿入されている。この構築物はまたｍＥＶＸ－０３とも称される。Ｄ：Ｃと同様のベクターであるが、マウスＣＣＬ１９コード配列の代わりにヒトＣＣＬ１９コード配列を持つ。
【図21-2】同上。
【図21-3】同上。
【図21-4】同上。
【0044】
【0045】
【0046】
【0047】
【0048】
【図26-1】図２６：異なる用量のプラスミドで免疫したマウスにおける腫瘍容積を比較するグラフ。Ａ：ｍＥＶＸ－０２を用いた免疫。Ｂ：ｍＥＶＸ－０３を用いた免疫。Ｃ：空のプラスミド免疫と比較した曲線下面積（ＡＵＣ）。
【図26-2】同上。
【0049】
【0050】
【0051】
【発明を実施するための形態】
【0052】
発明の詳細な開示
ＡＰＣ標的化エレメントを含むＤＮＡネオエピトープ免疫療法は、ｉ）ネオエピトープのＡＰＣによる取り込みの指向および補助、および／またはｉｉ）サイトカインカスケードが続くＡＰＣの活性化、の何れかによって、それを持たないＤＮＡ技術と比較して優れた抗腫瘍効果を有し、且つより高いＴ細胞応答を引き起こし得る事が期待される。
ＡＰＣ標的化エレメントを含むＤＮＡネオエピトープ免疫療法は、ｉ）ネオエピトープのＡＰＣによる取り込みの指向および補助、および／またはｉｉ）サイトカインカスケードが続くＡＰＣの活性化、の何れかによって、それを持たないＤＮＡ技術と比較して優れた抗腫瘍効果を有し、且つより高いＴ細胞応答を引き起こし得る事が期待される。
【0053】
本発明の融合ポリペプチド構築物は、患者の非腫瘍性細胞では見られないエピトープ（ネオエピトープ）、例えばＴ細胞エピトープを含む。
【0054】
「ネオエピトープ」は、ネオエピトープをコードする遺伝子の欠失によって、個体における通常の体細胞由来の発現産物として存在しないが、同個体の変異した細胞（例えばがん細胞）において発現産物として存在する、抗原決定基（典型的にはＭＨＣクラスＩまたはＩＩに拘束されるエピトープ）である。その結果、ネオエピトープは免疫学的な観点からみて、自己起源にも関わらず真に非自己であって、およびそのためネオエピトープが発現産物を構成する個体において、ネオエピトープは腫瘍特異的抗原として特徴づけられ得る。非自己であるため、ネオエピトープは、個体において特異的な適応免疫応答を引き起こし得る可能性があり、その際、誘発される免疫応答はネオエピトープを有する抗原および細胞に対して特異的である。一方、ネオエピトープは、同じネオエピトープが他の個体で発現産物となる可能性が最小限であるため、個体に対して特異的である。よってネオエピトープは例えば腫瘍特異的抗原のエピトープとは異なるいくつかの特徴がある：後者は典型的には同じ種類の複数の癌に見られる（活性化されたがん遺伝子からの発現産物である可能性があるため）、および／または、がん細胞における関連遺伝子の過剰発現によって、わずかな量ではあるが、非悪性細胞において存在し得る。
【0055】
「ネオペプチド」は自身の配列内に本文中で定義されるネオエピトープを含むペプチド（すなわち約５０アミノ酸残基までのポリアミノ酸）である。ネオペプチドは典型的には「天然」である、すなわち該ネオペプチドのアミノ酸配列全体が個体から単離され得る発現産物のフラグメントを構成するが、しかしネオペプチドはまた、「人工的」なもので有り得る、つまり、ネオペプチドは、ネオエピトープの配列および少なくとも１つが該ネオエピトープの配列と天然に関連していない１つまたは２つの付加アミノ酸配列によって構成される。後者の場合において、付加アミノ酸配列は、単にネオエピトープの担体として働くか、またはさらにネオエピトープの免疫原性を向上させ得る（例えば、抗原提示細胞によるネオペプチドの処理を促進したり、ネオペプチドの生物学的な半減期を改善したり、または溶解度を変える事によって）。
【0056】
「ネオ抗原」とはネオエピトープを含む任意の抗原である。典型的にはネオ抗原はタンパク質から構成されるが、ネオ抗原はまた、その長さによってネオエピトープまたはネオペプチドと同一で有り得る。
【0057】
「アミノ酸配列」という用語は、ペプチドおよびタンパク質の鎖中で、ペプチド結合によって連結したアミノ酸残基の順番である。配列は慣習的にＮ末端からＣ末端の方向に記載される。
【0058】
本発明の融合ポリペプチド構築物は、少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をさらに含む。
【0059】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、腫瘍組織適合複合体（ＭＨＣ）と複合体化した抗原をその細胞表面に提示する細胞であり、この過程は抗原提示として知られる。分化した抗原提示細胞にはマクロファージ、Ｂ細胞および樹状細胞を含み、ウイルス感染細胞（またはがん細胞）がその細胞内由来の抗原を細胞障害性Ｔ細胞に提示し得るのに対して、これらは外来抗原をヘルパーＴ細胞に提示する。抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位は、ＡＰＣ上の異なる表面分子を特異的に標的とする事などによって、これらのＡＰＣを特異的に標的化するために好適な任意の分子またはリガンドである。
【0060】
本発明において使用される好適な標的化単位は以下および対応するヒト配列を含む：
【表1】
【0061】
本発明において使用される好適な標的化単位は、Ｔａｋａｓｈｉ Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２０１１ Ｍａｒ ２４；１１７（１２）：３２８６-３２９３；Ｃａｇａｎ Ｇｕｒｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２００８ Ａｕｇ １５；１１２（４）：１２３１-１２３９；Ｗａｎ－Ｌｕｎ Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ（２０１７）９（４），３４７-３６０ ；Ｇｅｒｔｙ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｌｔ ｅｔ ａｌ．ＢＬＯＯＤ，８ ＭＡＲＣＨ ２０１２，ＶＯＬＵＭＥ １１９， ＮＵＭＢＥＲ １０；およびＺｈｏｎｇｙｉ Ｙａｎ ｅｔ ａｌ．Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ，Ｖｏｌ．７，Ｎｏ．２６，Ｍａｙ ２０１６，ｐ．４０４３７の内の何れか１つにおいて開示されている。
【0062】
定義
本明細書に使用される場合、「リンカー」とは、２つ以上の異なるまたは同一の直鎖状ペプチド配列またはサブユニットを多量体ポリペプチドへと組み立てるために好適な任意の化合物を示す。この用語は、ペプチド化学において有用とされる任意のリンカーを含む。多量体ポリペプチドまたは融合ポリペプチドは、直鎖状に標準的なペプチド結合で組み立てまたは連結され得るため、リンカーという用語はまた、「ペプチドスペーサー」（「スペーサー」とも呼ばれる）を含む。リンカーが本発明の融合ポリペプチドにおけるコードされるネオエピトープを分離するため、または融合ポリペプチドのネオエピトープを融合ポリペプチドの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位から分離するための両方に使用され得る事が理解されるはずである。
本明細書に使用される場合、「リンカー」とは、２つ以上の異なるまたは同一の直鎖状ペプチド配列またはサブユニットを多量体ポリペプチドへと組み立てるために好適な任意の化合物を示す。この用語は、ペプチド化学において有用とされる任意のリンカーを含む。多量体ポリペプチドまたは融合ポリペプチドは、直鎖状に標準的なペプチド結合で組み立てまたは連結され得るため、リンカーという用語はまた、「ペプチドスペーサー」（「スペーサー」とも呼ばれる）を含む。リンカーが本発明の融合ポリペプチドにおけるコードされるネオエピトープを分離するため、または融合ポリペプチドのネオエピトープを融合ポリペプチドの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位から分離するための両方に使用され得る事が理解されるはずである。
【0063】
リンカーは「リジッド」であってよく、これはリンカーが接続する２つのアミノ酸配列が、互いに自由に動くことを実質的に許さないことを意味する。同様に「フレキシブル」なリンカーでは、リンカーを介して接続された２つの配列が互いに実質的に自由に動くことが可能である。１つ以上のネオエピトープを含むコードされた発現産物において、どちらの型のリンカーも有用である。
【0064】
本発明において使用される発現ベクターにコードされ得る、関心のあるリンカーを以下の表に示す：
【表2】
【0065】
いくつかの実施形態では、リンカーはペプチド配列である。いくつかの実施形態では、リンカーはペプチド配列ではない。いくつかの実施形態では、リンカーは分岐ペプチド配列ではない。
【0066】
いくつかの実施形態では、リンカーは、それ自身がネオエピトープ配列および／または抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位に由来するかまたは同一であるペプチド配列を含まない。
【0067】
いくつかの実施形態では、リンカーはＩｇＧ由来など、免疫グロブリン分子（Ｉｇ）に由来する。
【0068】
いくつかの実施形態では、リンカーは、ヒンジ領域、例えばフレキシブルなヒンジ領域、例えばＩｇＧ由来などの免疫グロブリン分子（Ｉｇ）に由来するヒンジ領域であるかまたはこれを含む。
【0069】
本発明に従って使用される代替の好適なリンカーは以下である：
【表3】
【0070】
したがって、いくつかの実施形態では、リンカーはＩｇＭに由来するヒンジ領域を含むかまたはそれからなる、および／または配列番号５１によってコードされる配列に由来する二量体化モチーフを含むかまたはそれからなる
【0071】
いくつかの実施形態では、リンカーは、三量体化ドメイン、例えばコラーゲン三量体化ドメイン、例えば配列番号５２によってコードされる配列に由来する三量体化ドメインを含むかまたはそれからなる。
【0072】
いくつかの実施形態では、リンカーは、ｈＭＨＤ２またはｄＨＸＬに由来する二量体化を含むかまたはそれからなり、任意には、本明細書に記載のＨ１などのヒンジ領域をさらに含み得る。
【0073】
いくつかの実施形態では、リンカーは、四量体化ドメイン、例えばｐ５３に由来するドメイン、例えば配列番号５３にコードされる配列に由来する四量体化ドメインを含むかまたはそれからなり、任意には本明細書に記載のＨ１等のヒンジ領域をさらに含む。
【0074】
本発明に従って使用するために好適なリンカーはまた、以下の何れか１つにも記載されている：Ａｎａ Ａｌｖａｒｅｚ－Ｃｉｅｎｆｕｅｇｏｓ ｅｔ ａｌ、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ２０１６、６：２８６４３｜ ＤＯＩ：１０．１０３８／ｓｒｅｐ２８６４３；Ｖｉｃｔｏｒ Ｊ．Ｓａｎｃｈｅｚ－Ａｒｅｖａｌｏ Ｌｏｂｏ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ：１１９、４５５-４６２（２００６）；Ｏｌｉｖｅｒ Ｓｅｉｆｅｒｔ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、Ｄｅｓｉｇｎ ＆Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｖｏｌ．２５ｎｏ．１０ｐｐ．６０３-６１２、２０１２；およびＪｏｒｇ Ｗｉｌｌｕｄａ ｅｔ ａｌ．ＴＨＥ ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ Ｖｏｌ．２７６、Ｎｏ．１７、Ｉｓｓｕｅ ｏｆ Ａｐｒｉｌ ２７、 ｐｐ．１４３８５-１４３９２、２００１。
【0075】
本明細書で使用される場合、「免疫原性の担体」または「薬学的に許容できる担体」は免疫原／ハプテンに対する免疫応答を増強するまたは誘発を可能にするために、免疫原またはハプテンと結合し得る分子または部分である。免疫原性の担体は、従来的には、自身の権能では免疫原性が不十分な免疫原／ハプテンに融合またはコンジュゲートし得る比較的大きな分子（例えば、破傷風トキソイド、ＫＬＨ、ジフテリアトキソイドなど）であって、典型的には、免疫原性の担体は、免疫原および免疫原性の担体によって構成される結合した物質に対する強力なＴヘルパーリンパ球の応答を誘発し得る、よってこれはＢリンパ球および細胞傷害性リンパ球による免疫原に対しての増強した応答を供する。より最近では、大きな担体分子は、無差別（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ）Ｔヘルパーエピトープと呼ばれる、すなわち、集団のＨＬＡハプロタイプの大部分に認識される、およびＴヘルパーリンパ球の応答を誘発する、より短いペプチドにある程度代替されている。
【0076】
「Ｔヘルパーリンパ球応答」は、ペプチドによって誘発される免疫応答であって、該ペプチドは抗原提示細胞におけるＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、ＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合する事ができ、該ペプチドおよび該ペプチドを提示するＭＨＣクラスＩＩ分子の複合体を、Ｔ細胞受容体が認識する結果として、動物種においてＴヘルパーリンパ球を刺激する。
【0077】
「免疫原」はその免疫系が免疫原に直面している宿主において、適応免疫応答を誘導し得る物質である。このように、免疫原はより大きな「抗原」属のサブセットであって、免疫系によって特異的に認識され得る物質（例えば、抗体によって結合される、または代わりにＭＨＣ分子に結合した抗原のフラグメントが、Ｔ細胞受容体に認識される場合がある。）であるが、必ずしも免疫を誘導できない、しかし、抗原は常に免疫を誘発し得る、つまり抗原に対しての確立した免疫記憶を有する宿主は、該抗原に対して特異的な免疫応答を起こすことになる。
【0078】
「ハプテン」とは、免疫応答を誘導および誘発できない小分子であるが、免疫原性の担体とコンジュゲートすると、該ハプテンを認識する抗体またはＴＣＲが、免疫系とハプテン担体コンジュゲートの接触の際に誘導され得る。
【0079】
「適応免疫応答」とは抗原または免疫原との接触に対応した免疫応答であって、免疫応答は、抗原／免疫原の抗原決定基に特異的である。適応免疫応答の例は、抗原特異的抗体の生産の誘導、またはＴヘルパーリンパ球または細胞傷害性リンパ球の抗原特異的な誘導／活性化である。
【0080】
「防御的、適応免疫応答」とは抗原による免疫（人工的なまたは天然の）への反応として対象内で誘導される抗原特異的免疫応答であって、該免疫応答はその後の抗原、または抗原を含む病理関連剤の挑戦から対象を防御し得る。典型的には、予防接種は１つまたはいくつかの病原に対する防御的適応免疫応答を確立することを目的とする。
【0081】
「免疫系の刺激」とは、物質または物質の組成物が一般的な、非特異的な免疫刺激作用を示すことを意味する。多くのアジュバントおよび推定アジュバント（例えば特定のサイトカイン）は免疫系を刺激する能力を共有する。免疫刺激剤を使用した結果として、免疫系の「覚醒度（ａｌｅｒｔｎｅｓｓ）」が高まる、つまり、免疫原を単独で使用した場合と比較して、同時またはその後の免疫原による免疫が、顕著により効果的な免疫応答を誘導する。
【0082】
「ポリペプチド」という用語は、本願の文脈において、２から５０アミノ酸残基の短いペプチド、５０から１００アミノ酸残基のオリゴペプチド、および１００アミノ酸残基以上のポリペプチドのいずれも意味することを意図する。さらに、該用語はまた、タンパク質、すなわち、少なくとも１つのポリペプチドを含む機能性生体分子を含むことも意図しており、機能性生体分子が、少なくとも２つのポリペプチドを含む場合には、これらは複合体を形成していても、共有結合をしていても、非共有結合をしていてもよい。また、タンパク質中のポリペプチドは、グリコシル化され得る、および／または脂質化され得る、および／または、補欠分子族を含み得る。
【0083】
「融合ポリペプチド」という用語は、本願の文脈において、意図された異なる機能を有するポリペプチドエレメントまたはアミノ酸配列を含むポリペプチドを意味する事を意図する。異なるポリペプチドエレメントもしくはアミノ酸配列はリンカー、これは単なる別のアミノ酸配列であり得る、を介して連結されるか、または融合ポリペプチドの異なるポリペプチドエレメントもしくはアミノ酸配列は、単に標準的なペプチド結合によって直鎖状に連結され得る。
【0084】
本発明に従って使用される発現ベクターは、典型的におよび好ましくは、プラスミドを含む、またはプラスミドから構成されるが、その他の発現ベクターを採用することもできる。本発明の組成物は、「裸の」ＤＮＡ、すなわち、ＤＮＡ発現ベクターであり、標的細胞への発現ベクターの導入に影響を与え得る細菌またはウイルスの一部ではない発現ベクターを細胞へ確実に送達する事を目的としている。よって、本発明の組成物および方法において有用なベクターは、環状または直鎖状、一本鎖または二本鎖であり、およびプラスミドに加えて、例えばコスミド、ミニ染色体またはエピソームでもあり得る。
【0085】
各コード（および発現可能な）領域は、同一または別々のベクター上に存在し得るが、しかし、１つ以上のコード領域は単一のベクター上に存在し得る事、およびこれらのコード領域は単一または複数のプロモーターの制御下に置かれ得る事は理解されるべきである。これは、発現ベクターが、各コードされた融合ポリペプチドについて別々のペプチド発現産物をコードし得る事、または発現ベクターが、複数のペプチド発現産物をコードし得る事を意味し、ここで、少なくともいくつかの発現産物はコードされた複数の融合ポリペプチドを示し、その融合ポリペプチドのうちの少なくともいくつかは任意にはペプチドリンカーによって分離される。
【0086】
言い換えると、いくつかの場合では１つの単一発現ベクターのみが投与および発現され、およびこの発現ベクターは複数の別々のタンパク質性発現産物をコードしてもよく、またはたった２つもしくは１つの単一発現産物をコードしてもよい、本願の文脈では、コードされた融合ポリペプチドが満足に免疫系に提示されるかどうかのみが関係しており、よってそれらが別々の発現産物中または結合した発現産物中に存在するかの選択はあまり関係していない。好ましい実施形態では、発現ベクターは、少なくともまたは約５個、例えば少なくともまたは約１０、少なくともまたは約１５、少なくともまたは約２０、少なくともまたは約２５、少なくともまたは約３０個のタンパク質性発現産物を発現する。これ以上の数について考慮すると、限界値は主に、特定の悪性腫瘍から同定し得る融合ポリペプチドのネオエピトープの数によって設定される。言うまでもなく、発現ベクター中にコードされる融合ポリペプチドのネオエピトープの数は、関連する悪性組織で見つかるネオエピトープの数を超えることはできない。
【0087】
コードされたネオエピトープ発現産物を分離するためにペプチドリンカーを使用することで、融合タンパク質の発現産物内でエピトープ同士を空間的に分離することができる。これはいくつかの利点を含み得る：リンカーによって、確実に各ネオエピトープを最適化された配座で免疫系に提示し得る、また、適切なリンカーを使用することで、複数のエピトープを含む発現産物において、１つのネオエピトープのＣ末端と隣接する次のネオエピトープのＮ末端から構成される領域に生じる「接合部エピトープ（ｊｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｅｐｉｔｏｐｅ）」に対しての無関係な免疫応答が誘導されるという問題を最小化し得る。
【0088】
コードされたペプチドリンカーは「フレキシブル」または「リジッド」の何れかで有り得るが、上記の定義を参照して、好ましいコードされたペプチドリンカーを記載する。また、いくつかの実施形態において本発明に用いられるリンカーは切断可能で有り得る、すなわち、エンドペプチダーゼ、例えば、フーリン、カスパーゼ、カテプシンなどのエンドペプチダーゼのための認識部位を含むことが想定される
【0089】
発現ベクターにコードされるネオエピトープはそれ自体が知られた手法で同定し得る：同一個体における悪性細胞のゲノム、および健康な細胞のゲノム、または標準健康ゲノムの「ディープシーケンシング」によって、悪性細胞に固有の潜在的な免疫原性発現産物を提供する、発現ＤＮＡ部分を同定し得る。該同定されたＤＮＡ配列はその後、コドン最適化（典型的にはヒト細胞による発現のために）され、および大きなキメラ構築物の一部で有る個別の発現領域のいずかとして発現ベクターに含まれ得る。
【0090】
ベクターによって発現されるネオエピトープの同定と選択を最適化するために、この目的のために利用できる任意の予測方法が実際に有効である。最先端の予測アルゴリズムの１例は、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．０（ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．０／；Ｊｕｒｔｚ Ｖ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０１７），ｊｉ１７００８９３；ＤＯＩ：１０．４０４９／ｊｉｍｍｕｎｏｌ．１７００８９３）である。この方法は、従来のＭＳ由来リガンドおよびｐＭＨＣ親和性データの組み合わせにおいて学習される。他の例は、ＮｅｔＭＨＣｓｔａｂｐａｎ－１．０（ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣｓｔａｂｐａｎ－１．０／；Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ Ｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｃｅｐｔｅｄ ｆｏｒ Ｊ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌ，Ｊｕｎｅ ２０１６）である。この方法は、各ペプチドを合成する、およびｉｎ ｖｉｔｒｏでＭＨＣ分子に複合体化させるアッセイを用いたｉｎ ｖｉｔｒｏｐＭＨＣ安定性測定のデータセットで学習される。このアッセイにおいて細胞処理は行われず、およびｐＭＨＣ安定性が測定される環境は幾分か人工的である。本方法は、一般的にはＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．０よりも精度が低い。米国特許１０，０５５，５４０号は従来のＭＳで検出されたリガンドを用いたネオエピトープの同定のための方法を記載する。同様の技術を用いたその他の特許出願は、ＷＯ２０１９／１０４２０３、ＷＯ２０１９／０７５１１２、ＷＯ２０１８／１９５３５７（ＭＨＣクラスＩＩ特異的）、およびＷＯ２０１７ １０６６３８である。最後に、ＭＨＣｆｌｕｒｒｙ：（ＤＯＩ：ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｓ．２０１８．０５．０１４；ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｏｐｅｎｖａｘ／ｍｈｃｆｌｕｒｒｙ）は、ＭＳで検出されたリガンドデータとｐＭＨＣ親和性で学習されたＮｅｔＭＨＣｐａｎのようなものである。また、ペプチド－ＭＨＣクラスＩＩ相互作用予測法は、最近の出版物であるＧａｒｄｅ Ｃ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ，ＤＯＩ：ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／ｓ００２５１－０１９－０１１２２－ｚに開示される。この出版物では、ＭＨＣクラスＩＩから溶出した天然処理ペプチドを学習のセットの一部として使用し、およびリガンドとして確認された場合は１の、ネガティブな場合は０の結合対象値を割り当てる。
【0091】
一般的に、これらの予測システムは人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）を採用している：ＡＮＮは非線形の相関関係を同定し得る：非線形の相関関係の定量化は、単純な計算では計算が困難であるため、容易な仕事ではない。これは主に、非線形の相関関係が線形の相関関係よりも多くのパラメーターで記述され、およびおそらく全ての特徴をまとめて考慮した際に初めて現れるためである。よって、特徴間の依存関係を捉えるためには、全ての特徴を考慮に入れる必要がある。
【0092】
選択され、コードされたネオエピトープが効果的な免疫応答を供する可能性をさらに向上させるために、どちらも２０１９年９月１３日に出願された欧州特許出願番号１９１９７２９５．９および１９１９７３０６．４に開示される技術を好ましくは使用し得る。これらの出願は、ペプチドとＭＨＣ分子間の結合の安定性が決定され得ることを可能にする、およびネオエピトープの検出および選択の一部として、ネオエピトープのＭＨＣ結合安定性を決定することを可能にする技術を開示する。簡単に言うと、安定性の決定から得られたデータは、例えばＡＮＮの学習セットに用いる、およびＡＮＮはその後、関連したＭＨＣ分子に対する予測された結合安定性にしたがって、同定されたペプチドを順位付けし得る。
【0093】
核酸ワクチンを患者に投与した際、対応する遺伝子産物（例えば、所望の抗原）が患者の体内で産生される。いくつかの実施形態では、治療的または予防的な免疫応答を誘導するために、最適化された組み換えポリヌクレオチドを含む核酸ワクチンベクターをヒトに送達し得る。
【0094】
プラスミドおよびその他のＤＮＡベクターは、典型的には筋肉組織への遺伝子導入においてより効率的である。経口投与による粘膜表面へのＤＮＡベクターの送達の可能性がまた報告されており、およびＤＮＡプラスミドは、筋肉以外の組織への遺伝子の直接的な導入に用いられている。ＤＮＡワクチンは主に筋肉内注射、遺伝子銃による送達、ジェット注射（ＰｈａｒｍａＪｅｔ社のＳｔｒａｔｉｓ（登録商標）デバイスなどのデバイスを使用）、またはエレクトロポレーション法によって動物に導入され、これらの各投与様式は本開示の方法に適用する。導入後、プラスミドは一般的に複製されることなくエピソーム性で維持される。コードされたタンパク質の発現は長時間持続し、Ｂ細胞およびＴ細胞の両者を刺激することが示されている。
【0095】
本明細書に開示される処置方法において投与するベクターの有効量の決定のために、医師は、ベクターの毒性、処置されるがんの進行度、および、存在する場合には、抗ベクター抗体の生産量を評価する。投与は単回または分割投与によってなされ、典型的には時間差の有る一連の投与（ｓｅｒｉｅｓ ｏｆ ｔｉｍｅ ｓｅｐａｒａｔｅｄ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）であり得る。本明細書に開示される方法において、時間差のある一連の免疫における免疫あたりの有効ヒト投与用量は０．１μｇから５００ｍｇの間であり、０．１μｇから２５ｍｇの間の発現ベクターの投与量が好ましい。すなわち、本明細書で開示された方法の実施において、ヒトにおける０．５μｇから２０ｍｇの間の投与量が典型的に使用され、および投与量は通常、５μｇから１５ｍｇの間、５０μｇから１０ｍｇの間、および５００μｇから８ｍｇの間であり、および特に関心のある投与量は約０．０００１、約０．０００５、約０．００１、約０．００５、約０．０１、約０．０５、約０．１、約０．５、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７および約８ｍｇである。
【0096】
有効量を用いた一連の免疫は、典型的には２回、３回、４回、５回、６回またはそれ以上の一連の投与を形成する。例えば悪性腫瘍を長時間抑制するためには、複数回（例えば６回以上）の投与が関係し得る、およびこのような状況では、ワクチンベクター内のコードされたネオエピトープの正確な選択は、悪性細胞のゲノムおよびプロテオームの変化に応じて、経時的に変更し得る。悪性細胞によって、新規のネオエピトープが生産された際、または仮にその場合、これらのネオエピトープは都合によってワクチンの標的として含めることができる。
【0097】
本明細書に開示される方法において使用されるワクチンは、１以上の発現ベクターを含む；例えば、ワクチンは、少なくとも１つの免疫原性のポリペプチドを生産するために、それぞれが哺乳類細胞においてヌクレオチドのコード領域を自律的に発現し得る複数の発現ベクターを含んでいてよい。発現ベクターはしばしば真核生物のプロモーター配列、例えば、１つ以上のコード領域と作動可能に連結した強力な真核生物のプロモーターのヌクレオチド配列を含む。本明細書の組成物および方法は任意の特定の真核生物プロモーターの使用を含んでいてよく、多種多様なものが知られている；例えば、ＣＭＶまたはＲＳＶプロモーター。プロモーターは、宿主細胞に対して異種のもので有り得る。使用されるプロモーターは構成的プロモーターであってもよい。使用されるプロモーターは、エンハンサー領域およびイントロン領域を含むことで、発現量を向上させ得るが、これには例えばＣＭＶプロモーターを用いる場合などがある。
【0098】
当分野で知られている数多くのプラスミドを、核酸ワクチンの生産に使用し得る。核酸ワクチンの好適な実施形態では、ベクターとしてプラスミドＶＲ１０１２（Ｖｉｃａｌ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ Ｃａｌｉｆ．）、ｐＣＭＶＩ．ＵＢＦ３／２（Ｓ．Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｘａｓ）、ｐＴＶＧ４（Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００６，Ｖａｃｃｉｎｅ ２４（３）；２９３－３０３）、ｐＶＡＸ１（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，上記および以下の実施例を参照）、またはｐｃＤＮＡ３．１（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，Ｃａｌｉｆ．）を用いた構築物を採用する。
【0099】
さらに、ベクター構築物は、本発明に従って有利に免疫刺激配列（ＩＳＳ）を含み得る。ワクチンベクター内にかかる配列を用いる目的はコードされたネオエピトープに対するＴ細胞応答、特に、Ｔｈ１細胞応答を増強する事であり、この応答は、トール様受容体ＴＬＲ３、ＴＬＲ７－ＴＬＲ８、およびＴＬＲ９のアゴニスト、および／または細胞質ＲＮＡ受容体、例えば、ＲＩＧ－１、ＭＤＡ５およびＬＧＰ２などを含むがこれに限定されない、のアゴニストを組み込んだアジュバントによって誘発される（Ｄｅｓｍｅｔ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍ．１２（７），４７９－４９１）。
【0100】
ＩＳＳを採用する事の１つの可能性は、６塩基の一般的な配列ＮＮＣＧＮＮ（哺乳類ＤＮＡに比べて細菌ＤＮＡでは２０倍の頻度で出現する）をもつ非メチル化ＣＧリッチモチーフ（ＣｐＧモチーフと呼ばれる）を用いて、部分的または完全にホスホロチオエート化したバックボーンを含む小さな合成ＤＮＡオリゴ（ＯＤＮ）として直接投与するか、またはＣｐＧモチーフをＤＮＡベクターバックボーンに組み込むことのいずれかによって刺激することで、ＴＬＲ９を活性化する細菌の感染を模倣する事である。免疫刺激性ＣｐＧは、ＤＮＡバックボーンの一部であるか、またはＩＳＳに濃縮されていてもよく、ＣｐＧ配列は典型的に、ネオエピトープをコードする配列の終止コドンとポリＡテイルをコードする配列の間に位置する（すなわち、ＩＳＳは終止コドンとポリアデニル化シグナルの間に位置する）。しかし、ＣｐＧ配列は、長いＤＮＡ分子内におけるそれらの位置とは無関係に効力を発揮するため、ＣｐＧモチーフの存在が、ワクチン抗原のコード領域を発現するというベクターの能力を妨げない限り、その位置は原理的にはワクチンベクター内の任意の場所で有り得る。
【0101】
ワクチン内に個別のＯＤＮとして存在する場合であって、ＯＤＮが免疫学的なアジュバントとして機能する場合、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドは、典型的には選択された送達技術によって、ＤＮＡワクチンと共に投与／製剤化され、および典型的には配列ＮＮＣＧＮＮまたはその逆相補的な配列を含む６塩基またはそれ以上の多塩基のＤＮＡを構成する。この目的のために有用なＯＤＮは、例えば、ＩｎｉｖｏＧｅｎ社（５ Ｒｕｅ Ｊｅａｎ Ｒｏｄｉｅｒ，Ｆ－３１４００，Ｔｏｕｌｏｕｓｅ，Ｆｒａｎｃｅ）から市販されており、クラスＡ、Ｂ、Ｃの範囲のＯＤＮが販売されている。例を以下に示す：
【表4】
【0102】
これら１２個のＯＤＮにおいて、大文字のヌクレオチドは、ホスホジエステルであり、小文字のヌクレオチドはホスホロチオエートであり、下線部はパリンドローム配列である。
【0103】
ＣｐＧ配列が、プラスミドバックボーンに存在する（それによって「自己アジュバント」となる）場合、同一配列として、またはＣｐＧモチーフに非同一な配列の形態で、またはステムループ構造を形成し得るパリンドローム配列の形態で、任意の数の可能なＮＮＧＣＮＮまたはＮＮＣＧＮＮ配列が本発明に従って存在し得る。例えば、以下のＣｐＧモチーフが関心の的である：ＡＡＣＧＡＣおよびＧＴＣＧＴＴ、さらにはＣＴＣＧＴＴ、およびＧＣＴＧＴＴ。かかるＣｐＧをコードする配列を使用例は市販のｐＴＶＧ４ワクチンベクターバックボーンから抜粋し以下の配列である：
【化1】
【0104】
もう１つの可能性は、ポリＩ：Ｃ（ポリイノシン酸－ポリシチジル酸）、ポリＩＣ：Ｕ１２（ウリジン置換ポリＩ：Ｃ）などの合成ＲＮＡオリゴとして、または合成ＲＮＡオリゴヌクレオチド（ＯＲＮ）の形態で、二本鎖（ｄｓ）ＲＮＡを加えることにより、ＴＬＲ３を活性化するＲＮＡウイルス感染を模倣することであり、これらのＲＮＡ分子のワクチンへの添加は、ＯＤＮアプローチと同様に、アジュバント活性を獲得する方法である。あるいは、ｄｓＲＮＡはＤＮＡベクターバックボーンにコードされることもでき、これはワクチン接種後にＲＮＡに転写される－この場合、ＤＮＡワクチンは免疫学的アジュバントをコードしていることになる。このアプローチでは、１００塩基対までの長さのヘアピンＲＮＡをコードするＤＮＡ配列を含むことができ、ここで、配列は非特異的である。また、ＤＮＡは同時に、既知配列のＯＤＮを含み、既知配列のＯＲＮをコードし得る；よってＤＮＡはＴＬＲ３および／またはＲＩＧ－１、ＭＤＡ５、およびＬＧＰ２などの細胞質ＲＮＡ受容体を活性化し得る二本鎖ＲＮＡに転写されると共に、ＴＬＲ９を活性化するＯＤＮを含み得る。免疫刺激性ＣｐＧおよびｄｓＲＮＡを含む／コードする、特異的ＤＮＡ配列の例は、例えば、５’－ＧＧＴＧＣＡＴＣＧＡ ＴＧＣＡＧＧＧＧＧＧ－３’（配列番号２７）および５’－ＧＧＴＧＣＡＴＣＧＡ ＴＧＣＡＧＧＧＧＧＧ ＴＡＴＡＴＡＴＡＴＡ ＴＴＧＡＧＧＡＣＡＧ ＧＴＴＡＡＧＣＴＣＣ ＣＣＣＣＡＧＣＴＴＡ ＡＣＣＴＧＴＣＣＴＴ ＣＡＡＴＡＴＡＴＡ ＴＡＴＡ－３’（配列番号２８）である（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．２０１１、Ｖａｃｃｉｎｅ ２９（４４）：７６２４－３０を参照）。
【0105】
ＩＳＳが、ＤＮＡワクチンベクター内に存在する場合、ＴＬＲ９を活性化するＣｐＧを用いるアプローチと、ＴＬＲ３ならびに／またはＲＩＧ－１、ＭＤＡ５、およびＬＧＰ２などの細胞質ＲＮＡ受容体を活性化する免疫刺激性ＲＮＡをコードする配列の存在とを組み合わせることが可能、および有利である；Ｇｒｏｓｓｍａｎｎ Ｃ ｅｔ ａｌ．２００９，ＢＭＣ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １０：４３およびＤｅｓｍｅｔ ｅｔ ａｌ．２０１２．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍ．１２（７），４７９－４９１を参照。同様に、ＯＲＮおよびＯＤＮをワクチン中に別々のアジュバントとして（単独または組み合わせて）組み込むことは、ＤＮＡワクチンベクターに両方の種類のＩＳＳを組み込む事と組み合わせてよい。
【0106】
ＣｐＧモチーフの場合と同様に、免疫刺激性ＲＮＡ ＩＳＳをコードするＤＮＡは、終止コドンとポリアデニル化シグナルの間に位置することが好ましいが、しかしこれが意図したポリペプチド発現産物の産生を損なわない限り、ベクターの任意の部分に存在し得る。
【0107】
いくつかの特定の実施形態において、ＩＳＳはワクチン組成物に含まれる、および、特定の実施形態において、これは免疫学的に活性があるおよび医薬的に許容される量のポリＩ：Ｃおよび／またはポリＩＣ：Ｕ１２を組み込むことによって達成される。ポリＩ：Ｃは、一方の鎖がイノシン酸の重合体であり、もう一方の鎖がシチジル酸の重合体であるミスマッチ二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）から構成される。ポリＩＣ：Ｕ１２は、ウリジンがポリＩ：Ｃ鎖の中に導入されたポリＩ：Ｃのバリアントである。これら２つの物質は、その文脈では免疫学的アジュバント、すなわち、それ自身は特異的な適応免疫応答を誘発しないが、ワクチン抗原（または本願の場合、コードされた抗原）への特異的な適応免疫応答を増強する物質、として機能する。
【0108】
ポリＩ：ＣまたはポリＩＣ：Ｕ１２（例えば、Ａｍｐｌｉｇｅｎ（登録商標））は、好ましくは、発現ベクターの有効量の投与あたり、０．１から２０ｍｇの間の投与用量になるように組成物中に存在する。すなわち、組成物中の存在量はこの投与あたりの用量になるように調節される。好ましくは、ポリＩ：ＣまたはポリＩＣ：Ｕ１２の投与量は、発現ベクターの有効量の投与あたり０．２から１５ｍｇの間、例えば０．３ｍｇから１２ｍｇ、０．４ｍｇから１０ｍｇ、および０．５ｍｇから８ｍｇの間であり、好ましくは約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９および４．０ｍｇである。特に好ましくは、投与あたり０．５から２．０ｍｇの範囲である。
【0109】
ある特定の実施形態では、ワクチン組成物は、ポリ（エチレンオキシド）およびポリ（プロピレンオキシド）のブロックを含む両親媒性ブロック共重合体、例えばポロキサマー、すなわち、２つの親水性のポリオキシエチレン（ポリ（エチレンオキシド））鎖に挟まれた中央の疎水性のポリオキシプロピレン（ポリ（プロピレンオキシド））鎖からなる非イオン性のトリブロック共重合体、を含み得る。１つの特定の好ましい両親媒性ブロック共重合体は、ポロキサマー１８８（ＢＡＳＦ社のＫｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）Ｐ１８８）である。両親媒性ブロック共重合体の投与量は、発現ベクターの有効投与量あたり、０．２％ｗ／ｖから２０％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから１６％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから１４％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから１２％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから１０％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから８％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから６％ｗ／ｖ、例えば０．２％ｗ／ｖから４％ｗ／ｖ、例えば０．４％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば０．６％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば０．８％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば１％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば２％ｗ／ｖから１８％ｗ／ｖ、例えば１％ｗ／ｖから５％ｗ／ｖ、例えば２％ｗ／ｖから４％ｗ／ｖである。特に好ましくは、１投与あたり、０．５％ｗ／ｖから５％ｗ／ｖである。
【0110】
したがって、本発明のワクチン組成物、例えばＤＮＡワクチン組成物は、ポリ（エチレンオキシド）およびポリ（プロピレンオキシド）のブロックを含む、薬理学的に許容される両親媒性ブロック共重合体を含み、これは以下に詳細に記載される：
【0111】
開示される両親媒性ブロック共重合体は定義の見出しにおいてより一般的に説明されているが、しかし、好ましい両親媒性ブロック共重合体はポロキサマーまたはポロキサミンである。ポロキサマーは、その性質に関してわずかに異なるのみであるが、好ましくはポロキサマー４０７および１８８であり、特にポロキサマー１８８である。
【0112】
両親媒性ブロック共重合体がポロキサミンである場合、好ましい種類は式（ＰＥＯ－ＰＰＯ）４－ＥＤの逐次的ポロキサミンであり、ここで、ＰＥＯはポリ（エチレンオキシド）、ＰＰＯはポリ（プロピレンオキシド）およびＥＤはエチレンジアミニル基である。これらの分子はＰＥＯ－ＰＰＯ基が中心のエチレンジアミニル基から突き出たＸ字様の形状を得ている。特に好ましいポロキサミンは、それぞれ（登録商標）Ｔｅｔｒｏｎｉｃ（登録商標）９０４、７０４、および３０４で販売されているものである。これらのポロキサミンの特著は以下の通りである：Ｔｅｔｒｏｎｉｃ（登録商標）９０４の総平均分子量は６７００であり、ＰＰＯ単位の総平均重量は４０２０、およびＰＥＯの割合は約４０％である。Ｔｅｔｒｏｎｉｃ（登録商標）７０４の総平均分子量は５５００であり、ＰＰＯ単位の総平均重量は３３００、およびＰＥＯの割合は約４０％である。Ｔｅｔｒｏｎｉｃ（登録商標）３０４総平均分子量は１６５０であり、ＰＰＯ単位の総平均重量は９９０、およびＰＥＯの割合は約４０％である。
【0113】
本明細書に開示される方法において使用される場合、ワクチン組成物中の両親媒性ブロック共重合体の濃度は好ましくは２％から５％ｗ／ｖ、例えば約３％ｗ／ｖである。
【0114】
本明細書で使用される場合、「ＰＥＯ－ＰＰＯ」両親媒性ブロック共重合体は、ポリ（エチレンオキシド）（「ＰＥＯ」）のブロックおよびポリ（プロピレンオキシド）（「ＰＰＯ」）のブロックを含むか、またはそれからなる直鎖状または分枝状の共重合体である。有用なＰＥＯ－ＰＰＯ両親媒性ブロック共重合体の典型例は、ＰＥＯ－ＰＰＯ－ＰＥＯ（「ポロキサマー」）、ＰＰＯ－ＰＥＯ－ＰＰＯ、（ＰＥＯ－ＰＰＯ－）４ＥＤ（「ポロキサミン」）、および（ＰＰＯ－ＰＥＯ－）４ＥＤ（「逆ポロキサミン」）の一般的な構造を有し、ここで、「ＥＤ」はエチレンジアミニル基である。
【0115】
「ポロキサマー」とは、ポリ（エチレンオキシド）（「ＰＥＯ」）の１つのブロックと連結したポリ（プロピレンオキシド）（「ＰＰＯ」）の１つのブロックにさらにＰＥＯの１つのブロックが連結した構成である、すなわち式ＥＯａ－ＰＯｂ－ＥＯａの構造を持つ直鎖状の両親媒性ブロック共重合体であり、ここで、ＥＯはエチレンオキシド、ＰＯはプロピレンオキシド、ａは２から１３０の間の整数、およびｂは１５から６７の整数である。ポロキサマーは伝統的に３桁の識別子を用いて表され、最初の２桁に１００を掛けたものがＰＰＯ含有量のおおよその分子量を表し、および最後の桁に１０を掛けたものがＰＥＯ含有量のおおよその割合を示す。例えば、「ポロキサマー１８８」は、Ｍｗ：約１８００（ｂ：約３１のＰＰＯに対応）のＰＰＯブロック、および約８０％（ｗ／ｗ）のＰＥＯ（ａ：約８２に対応）を含む重合体を指す。しかし、この値はある程度変化する事が知られており、研究用グレードのＬｕｔｒｏｌ（登録商標）Ｆ６８および臨床用グレードのＫｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）Ｐ１８８などの市販製品は、製造元のデータシートでは両者共にポロキサマー１８８であるが、分子量に大きな違いがあり（７６８０から９５１０の間）、これら特定の製品について提供されたａおよびｂの値は、それぞれ約７９および約２８であることが示されている。これはブロック共重合体の不均一な性質を反映しており、ａおよびｂの値は最終製剤中の平均値である事を意味する。
【0116】
「ポロキサミン」または「逐次的ポロキサミン」（Ｔｅｔｒｏｎｉｃ（登録商標）の商品名で市販されている）は、４本のＰＥＯ－ＰＰＯの腕が、ＰＥＯ－ＰＰＯ－基の遊離ＯＨ基とエチレンジアミンの１級アミン基との結合を介して、中心のエチレンジアミンに接続されたＸ字型のブロック共重合体であり、および「逆ポロキサミン」も同様に、４本のＰＰＯ－ＰＥＯの腕が、ＰＰＯ－ＰＥＯ－基の遊離ＯＨ基とエチレンジアミンの１級アミン基との間の結合を介して、中心のエチレンジアミンに接続されたＸ字型のブロック共重合体である。
【0117】
核酸ワクチンはまた、ネオエピトープを含む１つ以上の免疫原性ポリペプチドを含む融合産物をコードし得る。プラスミドＤＮＡはまた、弱毒性細菌を送達システムとして使用することで送達され得、この方法は経口投与されるＤＮＡワクチンにとって好適である。細菌は独立して複製するプラスミドで形質転換され、プラスミドは宿主細胞内で弱毒化細菌が死んだ後、宿主細胞の細胞質に放出される。
【0118】
所望の抗原をコードするＤＮＡを含むＤＮＡワクチンは、フラグメント単独、直鎖状プラスミド、環状プラスミド、複製可能プラスミド、エピソーム、ＲＮＡなどを含む、任意の適した形態で宿主細胞に導入され得る。好ましくは、遺伝子はプラスミドに含まれる。特定の実施形態では、プラスミドは発現ベクターである。遺伝子物質を発現し得る個別の発現ベクターは、標準的な組み換え技術を用いて生産され得る。
【0119】
投与経路には、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、皮内、皮下、静脈内、動脈内、眼球内および経口、加えて吸入または座薬によって局所的、経皮的に、または洗浄によって、例えば膣、直腸、尿道、頬および舌下組織などの粘膜組織への投与を含むが、これらに限定しない。言い換えると、投与経路は、筋肉内経路、皮内経路、経皮経路、皮下経路、静脈内経路、動脈内経路、髄腔内経路（ｔｈｅ ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ ｒｏｕｔｅ）、髄腔内経路（ｔｈｅ ｉｎｔｒａｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｒｏｕｔｅ）、髄腔内経路（ｔｈｅ ｉｎｔｒａｔｈｅｃａｌ ｒｏｕｔｅ）、心室内経路、腹腔内経路、鼻腔内経路、膣内経路、眼内経路、または肺内経路などを介した任意の非経口経路の１つから選択されてよく；経口経路、舌下経路、頬経路、または肛門経路を介して投与される；または局所投与される。
【0120】
典型的な投与経路には、筋肉内、腹腔内、皮内および皮下注射が含まれる。遺伝子構築物は、従来の注射器、無針注射装置、「微粒子銃型遺伝子銃」、またはエレクトロポレーション（「ＥＰ」）、「流体力学的方法」、もしくは超音波などのその他の物理的方法を含むが、これらに限定されない手段によって投与され得る。ＤＮＡワクチンは、細胞内でＤＮＡが発現され、および所望の抗原が生成される限りにおいて、ＤＮＡの送達に用いられ得る任意の方法で送達され得る。
【0121】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＤＮＡワクチン組成物は、カチオン性リポソーム、フルオロカーボンエマルジョン、蝸牛殻状、細管、金粒子、生分解性マイクロスフェア、またはカチオン性ポリマーなどの既知のトランスフェクション試薬を介して、またはそれらと組み合わせて送達される。蝸牛殻状送達ビヒクルはフォスファチジルセリン、コレステロール、およびカルシウムからなる安定なリン脂質カルシウム沈殿剤であり、この無毒で非炎症性のトランスフェクション試薬は消化器系に存在し得る。生分解性マイクロスフェアはトランスフェクションのためのＤＮＡマイクロカプセルの製造に使用できるポリエステルであるポリ（ラクチド－コ－グリコリド）などの重合体を含む。脂質ベースのマイクロチューブはしばしば螺旋状に巻かれた２層の脂質からなり、それらの端が互いに結合することでパックされている。細管が用いられる場合、核酸は、動物の体内への送達および放出制御のために、その中央の中空部へ配置され得る。
【0122】
ＤＮＡワクチンは、マイクロスフェアを介して、粘膜表面へと送達され得る。生体接着性マイクロスフェアは様々な技術を用いて調製され、目、鼻腔、尿路、結腸および胃腸などに見られる任意の粘膜組織に付着するように調製され得るため、局所的および全身的なワクチンの放出制御の可能性を供する。特定の粘膜組織への生体接着性マイクロスフェアの適用は、局所的なワクチン作用にも使用し得る。いくつかの実施形態では、粘膜ワクチンの送達のための代替アプローチは、特異的タンパク質抗原の遺伝子をコードするプラスミドＤＮＡ発現ベクターを、粘膜表面に直接投与することである。
【0123】
開示されるＤＮＡプラスミドワクチンは、用いられる投与様式に従って製剤化される。典型的には、ＤＮＡプラスミドワクチンは、注射可能な組成物であって、それらは無菌であり、および／またはパイロジェンフリーおよび／または粒子フリーである。いくつかの実施形態では、等張性剤が好ましく使用される。一般的に、等張性のための添加剤には、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトール、およびラクトースが含まれ得る、いくつかの実施形態では、リン酸緩衝生理食塩水などの等張液が好ましい；１つの好ましい溶液はタイロード緩衝液である。いくつかの実施形態では、安定化剤にゼラチンおよびアルブミンを含む。いくつかの実施形態では、ＬＧＳまたは他のポリカチオンもしくはポリアニオンなどの、製剤が室温または周囲の温度で長時間安定である事を可能にする安定化剤が製剤に添加される。
【0124】
本明細書に開示される組成物中の第２の構成要素は、医薬的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤であって、これは好ましくは緩衝溶液の形態である。非経口ビヒクルには、塩化ナトリウム溶液、リンゲルデキストロースおよび塩化ナトリウム、ラクトリンゲル液、または不揮発性油を含む。静脈内ビヒクルとしては、水分および栄養分補給剤、リンゲルデキストロースをベースにしたものなどの電解質補給剤などを含む。防腐剤、抗菌剤には、酸化防止剤、キレート剤、不活性ガスなどを含む。好ましい保存剤には、ホルマリン、チメロサール、ネオマイシン、ポリミキシンＢ、およびアンフォテリシンＢを含む。
【0125】
好ましい実施形態では、緩衝溶液は「タイロード緩衝液」として知られるものであり、および好ましい実施形態では、このタイロード緩衝液は１４０ｍＭ ＮａＣｌ、６ｍＭ ＫＣｌ、３ｍＭ ＣａＣｌ２、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０ｍＭ ４－（２－ヒドロキシエチル）－１－ピペラジンエタンスルホン酸（Ｈｅｐｅｓ）（ｐＨ７．４）、および１０ｍＭ グルコースの組成を有する。タイロード緩衝液（またはその代替）の濃度は、典型的には約３５％ｖ／ｖであるが、懸濁したプラスミドの水分量に依存して、この濃度は大きく変化し得る－というのも、この緩衝液は生理学的に許容されるため、組成物の水相の任意の割合を構成し得る。
【0126】
さらに、好ましい実施形態では緩衝溶液はＰＢＳであり、好ましい実施形態ではＰＢＳは、１ｍｌ溶液あたり、０．２８ｍｇのリン酸二水素カリウム、１．１２ｍｇのリン酸水素二ナトリウム・二水和物および９．０の塩化ナトリウムの組成を有する。
【0127】
追加的な担体物質が含まれていてもよく、これにはタンパク質、糖などを含み得る。かかる担体は、水性または非水性の溶液、懸濁液、およびエマルジョンであってよい。非水性の担体の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油などの植物油、オレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルである。水性の担体には、水、アルコール性／水性溶液、エマルジョンまたは懸濁液を含み、生理食塩水を含む。
【0128】
本発明の特定の実施形態
上述のように、本発明はｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位；ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位；ｉｉｉ）任意選択で多量体化、例えば二量体化単位であって、２つ以上の抗原単位および２つ以上の抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位を含むように融合ポリペプチドの多量体化をもたらす多量体化単位；を含む融合ポリペプチドに関する。
上述のように、本発明はｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの抗原単位；ｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位；ｉｉｉ）任意選択で多量体化、例えば二量体化単位であって、２つ以上の抗原単位および２つ以上の抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位を含むように融合ポリペプチドの多量体化をもたらす多量体化単位；を含む融合ポリペプチドに関する。
【0129】
いくつかの実施形態では、ＡＰＣ標的化単位は、抗原提示細胞上の標的表面分子、例えばＨＬＡ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＣＤ１４、ＣＤ４０；またはトール様受容体、例えばトール様受容体２；リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａ Ｆｖフラグメント、ＤＥＣ２０５ Ｆｖフラグメント、ＧＭ－ＣＳＦ、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１、または類似物から選択される何れか１つ；またはＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）、または類似物、ＲＡＮＴＥＳから選択される何れか１つ、または細菌抗原、例えばフラジェリンまたはその一部、に対する特異性を持つ抗体結合領域からなるかまたはそれを含む。
【0130】
いくつかの実施形態では、ＡＰＣ標的化単位は、リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａペプチドリガンド、ＤＥＣ２０５リガンド、ＦＬＴ３Ｌ、ＧＭ－ＣＳＦ、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１、または類似物から選択される何れか１つ；またはＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）、または類似物、例えばＲＡＮＴＥＳまたはケモカインリガンド３（ＣＣＬ３／ＭＩＰ－ｌａ）またはＣＣＬ１９、から選択される何れか１つ；または細菌抗原、例えばフラジェリンまたはその一部、からなるかまたはそれを含む。
【0131】
いくつかの実施形態では、抗原単位はリンカーを介して、例えばＧＳリンカー、例えばＧＳＧＳＧＳＧＳＧＳ（配列番号１３）のアミノ酸配列を持つリンカー、または免疫グロブリン分子（Ｉｇ）、例えばＩｇＧに由来するリンカーを介して、例えば鎖間共有結合の形成を介して多量体化に寄与するリンカーを介して標的化単位に連結される。いくつかの実施形態では、リンカーはヒンジ領域、例えばＩｇ、例えばＩｇＧ由来ヒンジ領域であるかそれを含み、鎖間共有結合、例えばジスルフィド架橋の形成を介して多量体化に貢献する。いくつかの実施形態では、リンカーはカルボキシル末端Ｃドメイン（ＣＨ３ドメイン）、例えばＩｇのカルボキシル末端Ｃドメイン（Ｃγ３ドメイン）、または実質的に上記のＣドメイン、例えばＩｇＧ３のＣＨ３ドメインに相同な配列を含む。いくつかの実施形態では、このヒンジおよびＣＨ３ドメインはアミノ酸配列ＧｌｙＧｌｙＧｌｙＳｅｒＳｅｒ（配列番号６６）、例えばアミノ酸配列ＧｌｙＧｌｙＧｌｙＳｅｒＳｅｒの三重配列（ｔｒｉｐｌｉｃａｔｅ）によって連結される。いくつかの実施形態では、このリンカーは、疎水性相互作用、例えばＣＨ３ドメインを介して多量体化に関与する二量体化モチーフまたは任意のその他の多量体化ドメインを含む。いくつかの実施形態では、このリンカーはＩｇＧ、例えばＩｇＧ２またはＩｇＧ３に由来するｈ１＋ｈ４またはｈ４を含むヒンジ領域を含む。
【0132】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原単位は、少なくともまたは約５、例えば、少なくともまたは約１０、少なくともまたは約１５、少なくともまたは約２０、少なくともまたは約２５、および少なくともまたは約３０のネオエピトープからなるかまたはそれを含む。
【0133】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのネオエピトープは、腫瘍細胞において同定されたネオエピトープ間の平均以上、例えば上位四分の一の、ＭＨＣ結合安定性を示すネオエピトープを含む。
【0134】
いくつかの実施形態では、多量体化、例えば二量体化単位は、二量体、三量体、四量体、五量体またはより高次の多量体の形成を可能にする。
【0135】
本発明はさらに、本発明の融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターに関する。
【0136】
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列はｃＤＮＡ配列である。
【0137】
いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は本発明の融合ポリペプチドをコードするＲＮＡ配列である。
【0138】
いくつかの実施形態では、配列はさらに少なくとも１つの免疫刺激配列（ＩＳＳ）を含むかまたはコードする。いくつかの実施形態では、ＩＳＳは少なくとも１つのＣｐＧモチーフを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＯＤＮ）であり、ここでＯＤＮは好ましくはホスホロチオエート基を含む。いくつかの実施形態では、ＩＳＳはオリゴリボヌクレオチドであるかまたはそれを含む。
【0139】
いくつかの実施形態では、配列はさらに分泌シグナルを含む。
【0140】
本発明はさらに、ｉ）患者の腫瘍細胞の少なくとも１つのネオエピトープのアミノ酸配列を含む、少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物、およびｉｉ）少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をコードするヌクレオチド配列を含む第２の発現構築物を含む、少なくとも２つの発現構築物の系に関する。
【0141】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物は、少なくともまたは約５、例えば、少なくともまたは約１０、少なくともまたは約１５、少なくともまたは約２０、少なくともまたは約２５、および少なくともまたは約３０ネオエピトープからなるかまたはそれを含む。
【0142】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのネオエピトープをコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物は、腫瘍細胞において同定されるネオエピトープ間の平均以上、例えば上位四分の一のＭＨＣ結合安定性を示すネオエピトープを含む。
【0143】
いくつかの実施形態では、第２の発現構築物は、例えばＨＬＡ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＣＤ１４、ＣＤ４０；またはトール様受容体、例えばトール様受容体２；リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａ Ｆｖ フラグメント、ＤＥＣ２０５ Ｆｖ フラグメント、天然リガンド様ケモカイン、例えばＣＣ ケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１、または類似物から選択される何れか１つ；例えばＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン、例えばケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）もしくは類似物、ＲＡＮＴＥＳから選択される何れか１つ；細菌抗原、例えばフラジェリンまたはその一部、などの抗原提示細胞上の標的表面分子に対する特異性を持つ抗体結合領域からなるかまたはそれを含む少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をコードするヌクレオチド配列を含む。
【0144】
いくつかの実施形態では、第２の発現構築物は、リガンド、例えば可溶性ＣＤ４０リガンド；ＣＬＥＣ９Ａペプチドリガンド、ＤＥＣ２０５、ＦＬＴ３Ｌ、ＧＭ－ＣＳＦ、天然リガンド様ケモカイン、例えばケモカインリガンド３、ケモカインリガンド４、ケモカインリガンド５、ケモカインリガンド１９、ケモカインリガンド２０、ケモカインリガンド２１もしくは類似物、から選択される何れか１つである、ＣＣケモカインファミリーのケモカイン、またはケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１）または類似物、例えばＲＡＮＴＥＳ、ケモカインリガンド３（ＣＣＬ３／ＭＩＰ－１ａ）もしくはＣＣＬ１９、などのＣＸＣケモカインファミリーのケモカイン；またはフラジェリンなどの細菌抗原もしくはその一部、からなるかもしくはそれを含む、少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化単位をコードするヌクレオチド配列を含む。
【0145】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原単位をコードするヌクレオチド配列を含む第１の発現構築物はさらに、上記の少なくとも１つの抗原単位の多量体化をもたらす多量体化単位、例えば二量体化単位をコードするヌクレオチド配列をさらに含む。
【0146】
いくつかの実施形態では、少なくとも２つの発現構築物は、同一の発現ベクター上で、例えば２つの異なるプロモーターの制御下において発現される。
【0147】
いくつかの実施形態では、少なくとも２つの発現構築物は少なくとも２つの異なるベクターによって発現される。
【実施例】
【0148】
実施例１
ネオエピトープ送達のためのＡＰＣ標的化単位としてのケモカインの評価
本研究の目的は、本発明であるＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンによるネオペプチド特異的Ｔ細胞を誘導し、腫瘍増殖を低減する能力を試験する事、およびワクチン接種したマウス健康状態（ｗｅｌｌｂｅｉｎｇ）に対するワクチンの影響を観察する事である。
ネオエピトープ送達のためのＡＰＣ標的化単位としてのケモカインの評価
本研究の目的は、本発明であるＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンによるネオペプチド特異的Ｔ細胞を誘導し、腫瘍増殖を低減する能力を試験する事、およびワクチン接種したマウス健康状態（ｗｅｌｌｂｅｉｎｇ）に対するワクチンの影響を観察する事である。
【0149】
ＤＮＡワクチン接種のためのプラスミドはＡｌｄｅｖｒｏｎから入手可能な市販のｐＵＭＶＣ４（商標）に基づく。
【0150】
ｐＵＭＶＣ４（商標）は製造元の書類によると、４４７９ｋｂのプラスミドベクターであって、Ｅ．ｃｏｌｉにおける高コピー数の複製およびほとんどの哺乳類細胞におけるコードされた目的タンパク質の高レベルな一過性発現を可能にする。このベクター（図４を参照）は以下のエレメントを含む：
１）広範囲な哺乳類細胞における高レベル発現のためのヒトサイトメガロウイルス最初期（ＣＭＶ）プロモーター
２）効率的な転写終結およびｍＲＮＡのポリアデニル化のためのウサギベータ－グロブリン ポリアデニル化シグナル
３）Ｅ．ｃｏｌｉの選別のためのカナマイシン耐性遺伝子、および
４）ｉｎ ｖｉｖｏでの免疫応答誘導に適したものとする、アンピシリン耐性遺伝子由来の免疫刺激配列（ＩＳＳ）。
１）広範囲な哺乳類細胞における高レベル発現のためのヒトサイトメガロウイルス最初期（ＣＭＶ）プロモーター
２）効率的な転写終結およびｍＲＮＡのポリアデニル化のためのウサギベータ－グロブリン ポリアデニル化シグナル
３）Ｅ．ｃｏｌｉの選別のためのカナマイシン耐性遺伝子、および
４）ｉｎ ｖｉｖｏでの免疫応答誘導に適したものとする、アンピシリン耐性遺伝子由来の免疫刺激配列（ＩＳＳ）。
【0151】
ｐＵＭＶＣ４（商標）プラスミドの全配列を配列番号２９に記載する。
【0152】
ｐＵＭＶＣ４をバックボーンとして用い、且つＳ１６ＡにおけるネオエピトープをガイドするＡＰＣ標的化単位を用いて生成した５つの発現ベクターを構築した。ＡＰＣ標的化単位として使用した種々のケモカインを以下の表に示す：
【表5】
【0153】
５つの Ｓ１６Ａネオエピトープは、マウス結腸癌株ＣＴ２６およびＢＡＬＢ／ｃマウス由来の正常組織サンプルの全エキソームシーケンシング、およびがん細胞でのみ見られたペプチドを選択する事によって初めに同定された。この実験では、同定されたネオエピトープに対するマウスの免疫応答生成能力を評価した。
【0154】
ｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａは、ＡＰＣ標的化単位（配列番号３６～４３）、ヒトＩｇＧ３ヒンジ１、ヒンジ４およびＣＨ３ドメイン（配列番号３１、３２および３４）ならびに、連続的に連結された５つのネオエピトープＣ２２、Ｃ２３、Ｃ２５、Ｃ３０、およびＣ３８（配列番号６１～６５）を含むペプチドをコードするコドン最適化された（例えばマウスにおける発現のため）ＤＮＡ、を含むＤＮＡインサートをｐＵＭＶＣ４発現カセットにライゲーションする事で構築した（図５を参照）。コントロールとして、ＡＰＣ標的化単位を含まないが、ヒトＩｇＧ３ヒンジ１、ヒンジ４およびＣＨ３ドメイン、ならびに同じ５つのネオエピトープＣ２２、Ｃ２３、Ｃ２５、Ｃ３０、およびＣ３８（配列番号６１～６５）をコードするインサートを含むｐＵＭＶＣ４プラスミドを使用した。ｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａベクターにおいて、インサートはまた効率的な翻訳開始のためにＫｏｚａｋコンセンサス配列を含む。この実験において（および以下の実施例においても）使用された５つのネオエピトープのアミノ酸配列を以下の表に示す：
【表6】
【0155】
滅菌水に溶かしたプラスミドｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ３ Ｓ１６Ａ、ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ４ Ｓ１６Ａ、ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ５ Ｓ１６Ａ、ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ、ｐＵＭＶＣ４ ｍＸｃｌ１ Ｓ１６Ａ および（空の）ｐＵＭＶＣ４をそれぞれポロキサマー１８８（Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）ｆｒｏｍ ＢＡＳＦ）およびタイロード緩衝液と混合し、タイロード緩衝液中に３％ｗ／ｖ ポロキサマー１８８および０、０５μｇ／μｌプラスミドの組成物を得た。
【0156】
ＤＮＡと組み合わせて試験する両親媒性ブロック共重合体は、以下の一般式を有するＫｏｌｌｉｐｈｏｒ（登録商標）Ｐ１８８（もしくは本開示では単にＫｏｌｌｉｐｈｏｒと称する、またはＬｕｔｒｏｌ（登録商標）Ｆ６８）である：
【化2】
【0157】
研究計画
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１６日目、－９日目、－３日目、５日目、１２日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から７日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１６日目、－９日目、－３日目、５日目、１２日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から７日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
【0158】
各１４匹の６つの群はそれぞれ以下のワクチン組成物を受けた：
１．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ４ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ５ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＸＣＬ１ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．未処置コントロール群
ナイーブマウスの８群目は５匹の動物を含む。
１．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ４ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ５ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＸＣＬ１ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．未処置コントロール群
ナイーブマウスの８群目は５匹の動物を含む。
【0159】
四量体アッセイは、以下のように行った：
ＭＨＣクラスＩ分子を製造し、この分子にＵＶ光を照射することでＣ２２エピトープと交換される安定化ペプチドを搭載させた。このＭＨＣ Ｉ分子を蛍光標識したストレプトアビジンと結合させることで多量体化した。ネオエピトープにポジティブなＣＤ８＋Ｔ細胞を同定するために、細胞を多量体および蛍光色素を結合させた抗ＣＤ３、抗ＣＤ４および抗ＣＤ８抗体で共染色した。そしてサンプルをフローサイトメトリーで分析し、ＭＨＣ：Ｃ２２ポジティブなＣＤ８＋の割合を算出した。
ＭＨＣクラスＩ分子を製造し、この分子にＵＶ光を照射することでＣ２２エピトープと交換される安定化ペプチドを搭載させた。このＭＨＣ Ｉ分子を蛍光標識したストレプトアビジンと結合させることで多量体化した。ネオエピトープにポジティブなＣＤ８＋Ｔ細胞を同定するために、細胞を多量体および蛍光色素を結合させた抗ＣＤ３、抗ＣＤ４および抗ＣＤ８抗体で共染色した。そしてサンプルをフローサイトメトリーで分析し、ＭＨＣ：Ｃ２２ポジティブなＣＤ８＋の割合を算出した。
【0160】
Ｔ細胞の活性化を測るために、以下の再刺激実験を行った：
脾臓細胞を５つのネオペプチド含有ワクチンで刺激した。脾臓細胞のサンプル中において、抗原提示細胞はネオエピトープを処理し、その後それらをＴ細胞へと提示することで、同種のＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化がもたらされる。活性化Ｔ細胞はインターフェロンγ（ＩＦＮ－γ）およびＴＮＦ－αを含む、サイトカインの合成を増加させる。ＩＦＮ－γおよびＴＮＦ－α産生Ｔ細胞はＥＬＩＳｐｏｔ解析またはフローサイトメトリー解析の何れかによって検出される。
脾臓細胞を５つのネオペプチド含有ワクチンで刺激した。脾臓細胞のサンプル中において、抗原提示細胞はネオエピトープを処理し、その後それらをＴ細胞へと提示することで、同種のＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化がもたらされる。活性化Ｔ細胞はインターフェロンγ（ＩＦＮ－γ）およびＴＮＦ－αを含む、サイトカインの合成を増加させる。ＩＦＮ－γおよびＴＮＦ－α産生Ｔ細胞はＥＬＩＳｐｏｔ解析またはフローサイトメトリー解析の何れかによって検出される。
【0161】
結果
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図６に示す。予防免疫によって、共重合体Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａプラスミドベクターを受けたマウスにおいて５０～１００％の腫瘍容積の減少がもたらされた。Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共にＡＰＣ標的化Ｓ１６Ａを含まない５μｇのｐＵＭＶＣ４で処置された群と比べて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａで処置された群において腫瘍縮小は顕著に向上した。
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図６に示す。予防免疫によって、共重合体Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａプラスミドベクターを受けたマウスにおいて５０～１００％の腫瘍容積の減少がもたらされた。Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共にＡＰＣ標的化Ｓ１６Ａを含まない５μｇのｐＵＭＶＣ４で処置された群と比べて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａで処置された群において腫瘍縮小は顕著に向上した。
【0162】
腫瘍移植後７日目に全てのマウスから全血を回収し、蛍光標識したＭＨＣ Ｉ四量体で染色した。Ｃ２２をコードするｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化Ｓ１６Ａワクチンを用いた免疫は、高頻度でＣ２２ネオエピトープ特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導した（平均０．３～０．６頻度）。図７を参照。
【0163】
Ｓ１６Ａプラスミドを用いたワクチン接種は、続くネオペプチドによる刺激に応答してＩＦＮγを産生可能なＴ細胞を誘導し、一方で、Ｓ１６Ａで免疫しなかった動物由来サンプルは、該ネオペプチドによる刺激に際してサイトカインシグナルを示さなかった。図８を参照。
【0164】
２重サイトカイン（ＩＦＮγおよびＴＮＦα）産生ＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞は、ネオエピトープを有する（ｈａｒｂｏｕｒｉｎｇ）全ての構築物で免疫した群において観察された。ＡＰＣ標的化単位を含まない融合タンパク質のバージョンを用いた免疫は、標的化のバージョンに比して低いレベルでダブルポジティブＣＤ４＋Ｔ細胞を誘導した。ネガティブコントロールサンプルでは、バックグラウンドと同等かまたは下回る低いシグナルが検出されるか、またはシグナルが検出されなかった。図８Ａを参照。
【0165】
さらに、ＤＮＡワクチンはマウスおいて十分に忍容性があった（ｗｅｌｌ－ｔｏｌｅｒａｔｅｄ）；副作用の徴候は観察されず、体重変化の増加から示されるようにマウスの体重は研究を通して継続的に増加し、健康且つ影響を受けていないマウスである事が示された。
【0166】
【表7】
【表8】
【0167】
結論
異なるＡＰＣ標的化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、ＣＴ２６における抗腫瘍効果および循環するＣ２２ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞をもたらした。５μｇという低用量のＤＮＡはコントロール群と比較して非常に顕著な腫瘍容積の減少をもたらし、有効性の高いＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンである事を実証した。Ｓ１６Ａネオペプチドの再刺激では、脾臓細胞において、ＡＰＣ標的化単位に依らずＳ１６Ａプラスミドベクターを受けた群間で類似のＴ細胞免疫原性プロファイルを示した。
異なるＡＰＣ標的化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、ＣＴ２６における抗腫瘍効果および循環するＣ２２ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞をもたらした。５μｇという低用量のＤＮＡはコントロール群と比較して非常に顕著な腫瘍容積の減少をもたらし、有効性の高いＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンである事を実証した。Ｓ１６Ａネオペプチドの再刺激では、脾臓細胞において、ＡＰＣ標的化単位に依らずＳ１６Ａプラスミドベクターを受けた群間で類似のＴ細胞免疫原性プロファイルを示した。
【0168】
ワクチンはマウスおいて十分に忍容性があった；副作用の徴候は観察されず、マウスの体重は研究を通して継続的に増加し、健康且つ影響を受けていないマウスである事が示された。
【0169】
実施例２
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化単位として、その他のケモカイン、サイトカイン、ｆｖフラグメントおよびペプチドの評価。
この研究では、本発明者らは、その他のケモカインおよびサイトカイン、ならびにケモカインファミリー以外のＡＰＣ標的化分子、例えばＡＰＣ上の受容体を認識する抗体またはＡＰＣ上の表面受容体に結合する小ペプチドリガンドが、ネオペプチド特異的なＴ細胞を誘導し、以前の研究で見られたものと同程度まで腫瘍増殖を減少させ得るかを試験する事を意図した。さらに本発明者らはワクチン接種したマウスの健康状態に対するワクチンの影響を観察する事を意図した。
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化単位として、その他のケモカイン、サイトカイン、ｆｖフラグメントおよびペプチドの評価。
この研究では、本発明者らは、その他のケモカインおよびサイトカイン、ならびにケモカインファミリー以外のＡＰＣ標的化分子、例えばＡＰＣ上の受容体を認識する抗体またはＡＰＣ上の表面受容体に結合する小ペプチドリガンドが、ネオペプチド特異的なＴ細胞を誘導し、以前の研究で見られたものと同程度まで腫瘍増殖を減少させ得るかを試験する事を意図した。さらに本発明者らはワクチン接種したマウスの健康状態に対するワクチンの影響を観察する事を意図した。
【0170】
ＤＮＡワクチン接種のためのプラスミドはＡｌｄｅｖｒｏｎから入手可能な市販のｐＵＭＶＣ４（商標）に基づく。
【0171】
ｐＵＭＶＣ４をバックボーンとして用い、且つＳ１６ＡにおけるネオエピトープをガイドするＡＰＣ標的化単位を用いて生成した８つの発現ベクターを構築した。ＡＰＣ標的化単位として使用した種々のケモカイン、Ｆｖフラグメントおよびペプチドリガンドを以下の表に示す：
【表9】
【0172】
研究計画
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１５日目、－８日目、－１日目、６日目、１３日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から－２日後および８日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１５日目、－８日目、－１日目、６日目、１３日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から－２日後および８日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
【0173】
各１３匹の９つの群はそれぞれ以下のワクチン組成物を受けた：
１．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４（空）５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ 抗ｍＣＬＥＣ９ Ｆｖ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＬＥＣ－９リガンド Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ２０ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ２１ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ 抗ｍＤＥＣ－２０５ Ｆｖ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
８．ｐＵＭＶＣ４ ｍＦＬＴ３Ｌ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
９．ｐＵＭＶＣ４ ｍＧＭ－ＣＳＦ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの１０群目は５匹の動物を含む。
１．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４（空）５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ 抗ｍＣＬＥＣ９ Ｆｖ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＬＥＣ－９リガンド Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ２０ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ２１ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ 抗ｍＤＥＣ－２０５ Ｆｖ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
８．ｐＵＭＶＣ４ ｍＦＬＴ３Ｌ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
９．ｐＵＭＶＣ４ ｍＧＭ－ＣＳＦ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの１０群目は５匹の動物を含む。
【0174】
実験の読み出し情報（Ｒｅａｄ－ｏｕｔ）は腫瘍容積、循環するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞および脾臓から単離された機能的なネオエピトープ特異的Ｔ細胞の測定、である。
【0175】
結果
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図９に示す。予防免疫によって、共重合体Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａプラスミドベクターを受けたマウスにおいて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと併用する５μｇのｐＵＭＶＣ４に比して、５０～１００％の腫瘍サイズの減少がもたらされた。
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図９に示す。予防免疫によって、共重合体Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共に５μｇのｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａプラスミドベクターを受けたマウスにおいて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと併用する５μｇのｐＵＭＶＣ４に比して、５０～１００％の腫瘍サイズの減少がもたらされた。
【0176】
－２日目に全てのマウスから全血を回収し、蛍光標識したＭＨＣ Ｉ四量体で染色した。Ｃ２２をコードするｐＵＭＶＣ４ ＡＰＣ標的化 Ｓ１６Ａワクチンを用いた免疫は、高頻度でＣ２２ネオエピトープ特異的なＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導した（平均０．３～０．６頻度）。図１０を参照。この効果は、ネオエピトープを含まないコントロールの空ベクター（平均０．１頻度以下）よりも際立って優れていた。
【0177】
終点（ｅｎｄｐｏｉｎｔ）では、全てのＳ１６Ａを含むプラスミドを用いたワクチン接種は、続くネオペプチドによる刺激に応答してＩＦＮγを産生可能な脾臓由来のＴ細胞を誘導した。Ｓ１６Ａで免疫しなかった動物由来のサンプル（空のプラスミドおよびナイーブマウス）はネオペプチドによる刺激に際してサイトカインシグナルを示さなかった。図１１を参照。
【0178】
さらに、ＤＮＡワクチンはマウスおいて十分に忍容性があった；副作用の徴候は観察されず、体重変化の増加から示されるように、マウスの体重は研究を通して継続的に増加し、健康且つ影響を受けていないマウスである事が示された。
【0179】
【表10】
【表11】
【0180】
結論
異なるＡＰＣ標的化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、ＣＴ２６における抗腫瘍効果および循環するＣ２２ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞をもたらした。５μｇという低用量のＤＮＡはコントロール群と比較して腫瘍容積の減少をもたらし、有効性の高いＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンである事を実証した。Ｓ１６Ａネオエピトープ再刺激は、脾臓細胞において、ＡＰＣ標的化単位に依らずＳ１６Ａプラスミドベクターを受けた群間で類似のＴ細胞免疫原性プロファイルを示した。さらに、実験中の体重変化から評価されるように、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
異なるＡＰＣ標的化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、ＣＴ２６における抗腫瘍効果および循環するＣ２２ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞をもたらした。５μｇという低用量のＤＮＡはコントロール群と比較して腫瘍容積の減少をもたらし、有効性の高いＡＰＣ標的化ＤＮＡワクチンである事を実証した。Ｓ１６Ａネオエピトープ再刺激は、脾臓細胞において、ＡＰＣ標的化単位に依らずＳ１６Ａプラスミドベクターを受けた群間で類似のＴ細胞免疫原性プロファイルを示した。さらに、実験中の体重変化から評価されるように、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
【0181】
実施例３
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化技術のための種々の多量体化単位の評価
この研究では、本発明者らは、ヒトＩＧｇ３由来フラグメント以外の多量体化単位、例えばその他の免疫グロブリン（ｉｇ）、合成タンパク質（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎ）またはコラーゲンフラグメントを用いたＡＰＣ標的化ネオエピトープワクチンが、ネオエピトープ特異的なＴ細胞を誘導し、且つ腫瘍増殖を減少させ得るかを試験する事を意図した。マウスＣＣＬ１９をＡＰＣ標的化単位として使用した。さらに、本発明者らはワクチン接種したマウスの健康状態に対するワクチンの影響を観察する事を意図した。
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化技術のための種々の多量体化単位の評価
この研究では、本発明者らは、ヒトＩＧｇ３由来フラグメント以外の多量体化単位、例えばその他の免疫グロブリン（ｉｇ）、合成タンパク質（ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｐｒｏｔｅｉｎ）またはコラーゲンフラグメントを用いたＡＰＣ標的化ネオエピトープワクチンが、ネオエピトープ特異的なＴ細胞を誘導し、且つ腫瘍増殖を減少させ得るかを試験する事を意図した。マウスＣＣＬ１９をＡＰＣ標的化単位として使用した。さらに、本発明者らはワクチン接種したマウスの健康状態に対するワクチンの影響を観察する事を意図した。
【0182】
ＤＮＡワクチン接種のためのプラスミドはＡｌｄｅｖｒｏｎから入手可能な市販のｐＵＭＶＣ４（商標）に基づく。
【0183】
ｐＵＭＶＣ４をバックボーンとして用い、且つＣＣＬ１９をＳ１６ＡにおけるネオエピトープをガイドするＡＰＣ標的化単位として用いて生成した５つの新たな発現ベクターを構築した。種々の構築物に用いた種々の多量体化単位を以下の表に示す：
【表12】
【0184】
新たなＤＮＡ構築物を、ＩｇＧ３二量体化ドメインを持つ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ構築物と比較した（配列番号５９、６０、および３４）。図１８および２０の概要を参照。
【0185】
研究計画
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１４日目、－７日目、１日目、８日目および１５日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から７日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１４日目、－７日目、１日目、８日目および１５日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から７日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
【0186】
各１３匹の７つの群はそれぞれ以下のワクチン組成物を受けた：
１．ｐＵＭＶＣ４（空）５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 単量体 ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１ｄＨＬＸ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１ｐ５３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ｈＭＨＤ２ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ｍＣｏｌｌａｇｅｎＸＶＩＩＩ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの８群目は４匹の動物を含む。
１．ｐＵＭＶＣ４（空）５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 単量体 ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１ｄＨＬＸ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｈ１ｐ５３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ｈＭＨＤ２ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ｍＣｏｌｌａｇｅｎＸＶＩＩＩ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの８群目は４匹の動物を含む。
【0187】
実験の読み出し情報は、初回免疫時の重さと比べての体重の変化、腫瘍容積の減少、循環するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞および脾臓から単離された機能的なネオエピトープ特異的Ｔ細胞の測定、である。
【0188】
結果
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図１２に示す：予防免疫によって、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共にネオエピトープＳ１６Ａを含む５μｇのプラスミドベクターｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ を受けた全ての群のマウスにおいて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと併用する５μｇの空のプラスミドに比して、５０～１００％の腫瘍サイズの減少がもたらされた。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群が最も優れていた。
免疫の腫瘍増殖に対する効果を図１２に示す：予防免疫によって、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと共にネオエピトープＳ１６Ａを含む５μｇのプラスミドベクターｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ を受けた全ての群のマウスにおいて、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒと併用する５μｇの空のプラスミドに比して、５０～１００％の腫瘍サイズの減少がもたらされた。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群が最も優れていた。
【0189】
７日目に全てのマウスから全血を回収し、蛍光標識したＭＨＣ Ｉ四量体で染色した。Ｃ２２をコードするｐＵＭＶＣ４ ＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａワクチンは全て検出可能なレベルのＣ２２ネオペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を生じた（平均で０．３～５％頻度）。図１３を参照。この効果はＩｇＧを含む設計（Ｈ１Ｈ４ＣＨ３およびｈＭＨＤ２、平均で約２％頻度）において最も顕著であり、単量体および三量体（単量体およびｈＣｏｌｌａｇｅｎＸＶＩＩＩ、平均で１％強の頻度）では中程度の応答があり、合成タンパク質の設計（Ｈ１ｄＨＬＸおよびＨ１ｐ５３、平均で０．５％弱の頻度）および空のプラスミドコントロールよりも顕著に優れていた。
【0190】
終点では、全てのＳ１６Ａを含むプラスミドを用いたワクチン接種は、ネオペプチドによる続く刺激に応答してＩＦＮγを産生可能な脾臓由来のＴ細胞を誘導した。Ｓ１６Ａで免疫しなかった動物由来のサンプル（空のプラスミドおよびナイーブ）はネオペプチドによる刺激に際してサイトカインシグナルを示さなかった。図１４を参照。
【0191】
さらに、ＤＮＡワクチンはマウスおいて十分に忍容性があった；副作用の徴候は観察されず、体重変化の増加から示されるように、マウスの体重は研究を通して継続的に増加し、健康且つ影響を受けていないマウスである事が示された。
【0192】
【表13】
【表14】
【0193】
結論
ｍＣＣＬ１９、異なる多量体化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、５０～１００％のＣＴ２６抗腫瘍効果をもたらした。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群が最も優れていた。７日目におけるネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は抗腫瘍効果に相当し、および終点における機能性Ｔ細胞のレベル（ＩＦＮγ分泌によって測定）は、ネオエピトープを含むＤＮＡ設計を受けた群間で同程度であった。さらに実験中の体重変化から評価されるように、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
ｍＣＣＬ１９、異なる多量体化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、５０～１００％のＣＴ２６抗腫瘍効果をもたらした。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群が最も優れていた。７日目におけるネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は抗腫瘍効果に相当し、および終点における機能性Ｔ細胞のレベル（ＩＦＮγ分泌によって測定）は、ネオエピトープを含むＤＮＡ設計を受けた群間で同程度であった。さらに実験中の体重変化から評価されるように、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
【0194】
実施例４
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化技術のための、別々の単位の組合せ／解離の評価
この研究では、本発明者らは、最適に機能するためには３つのモジュール：ＡＰＣ標的化ドメイン、多量体化ドメインおよびネオエピトープ、の全てが融合タンパク質産物として物理的に一体に結合されている必要があるのか、またはケモカインがアジュバントとして存在するのみで十分なのか、およびネオエピトープの二量体／分泌がＡＰＣ標的化ネオエピトープワクチンの抗腫瘍効果およびＴ細胞応答に寄与するか試験する事を意図した。全てのＤＮＡ構築物について、ケモカインとしてマウスＣＣＬ１９を使用した。図１５の概要を参照。
ネオエピトープの送達のためのＡＰＣ標的化技術のための、別々の単位の組合せ／解離の評価
この研究では、本発明者らは、最適に機能するためには３つのモジュール：ＡＰＣ標的化ドメイン、多量体化ドメインおよびネオエピトープ、の全てが融合タンパク質産物として物理的に一体に結合されている必要があるのか、またはケモカインがアジュバントとして存在するのみで十分なのか、およびネオエピトープの二量体／分泌がＡＰＣ標的化ネオエピトープワクチンの抗腫瘍効果およびＴ細胞応答に寄与するか試験する事を意図した。全てのＤＮＡ構築物について、ケモカインとしてマウスＣＣＬ１９を使用した。図１５の概要を参照。
【0195】
ＤＮＡワクチン接種のためのプラスミドはＡｌｄｅｖｒｏｎから入手可能な市販のｐＵＭＶＣ４（商標）に基づく。
【0196】
ｐＵＭＶＣ４をバックボーンとして用い、ｍＣＣＬ１９のみ（配列番号３９）、ネオエピトープＳ１６Ａのみ、または分泌シグナル（ＳｅｃＳｉｇ）、ＩｇＧ３の二量体化ドメインＨ１Ｈ３ＣＨ３（配列番号５９、６０および３４）およびＳ１６Ａネオエピトープ、の何れかを含む３つの新たな発現ベクターを生成した。図１５に示した。
【0197】
新たなＤＮＡ構築物およびその組み合わせを、融合タンパク質をコードするｍＣＣＬ１９ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ構築物（以下ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ二量体と称する）、およびｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ単量体と比較した。
【0198】
研究計画
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１４日目、－７日目、１日目、８日目および１５日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から９日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
マウスに、０日目にＣＴ２６腫瘍を移植し、－１４日目、－７日目、１日目、８日目および１５日目に試験ワクチンで免疫した。各免疫として、左右の脛骨にそれぞれ５０μｌのワクチンを注射した。腫瘍の移植から９日後に、四量体アッセイにおけるＣ２２ ＭＨＣＩの試験のための血液サンプルを試験動物から採取した。
【0199】
各１３匹の８つの群はそれぞれ以下のワクチン組成物を受けた：
１．ｐＵＭＶＣ４（空）１０μｇ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 二量体５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 単量体
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋ｐＵＭＶＣ４ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋ｐＵＭＶＣ４ ＳｅｃＳｉｇ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ＳｅｃＳｉｇ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
８．ｐＵＭＶＣ４Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの９群目は４匹の動物を含む。
１．ｐＵＭＶＣ４（空）１０μｇ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
２．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 二量体５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
３．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ 単量体
４．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋ｐＵＭＶＣ４ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
５．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋ｐＵＭＶＣ４ ＳｅｃＳｉｇ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
６．ｐＵＭＶＣ４ＳｅｃＳｉｇ Ｈ１Ｈ４ＣＨ３ Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
７．ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
８．ｐＵＭＶＣ４Ｓ１６Ａ ５μｇ ＋Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒ
ナイーブマウスの９群目は４匹の動物を含む。
【0200】
実験の読み出し情報は、初回免疫時の重さと比べての体重の変化、腫瘍容積、循環するネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の測定である。また、ＩＦＮγおよびＴＮＦαを産生するＣＤ８＋およびＣＤ４＋細胞の存在を評価するために再刺激実験を行った。
【0201】
結果
免疫による腫瘍増殖に対する効果を図１６に示す：予防免疫によって、ｍＣＣＬ１９およびネオエピトープを受けた全ての群のマウスにおいて、成分が融合タンパク質としてコードされたかまたは別々のタンパク質産物としてコードされたかに関わらず、腫瘍サイズの減少がもたらされた。ＳｅｃＳｉｇ、Ｈ１Ｈ４ＣＨ３二量体化ドメインおよびネオエピトープを含む非標的化融合タンパク質もまた顕著な抗腫瘍効果を有し、ネオエピトープの分泌および二量体化が抗腫瘍効果を向上させる事が示された。
免疫による腫瘍増殖に対する効果を図１６に示す：予防免疫によって、ｍＣＣＬ１９およびネオエピトープを受けた全ての群のマウスにおいて、成分が融合タンパク質としてコードされたかまたは別々のタンパク質産物としてコードされたかに関わらず、腫瘍サイズの減少がもたらされた。ＳｅｃＳｉｇ、Ｈ１Ｈ４ＣＨ３二量体化ドメインおよびネオエピトープを含む非標的化融合タンパク質もまた顕著な抗腫瘍効果を有し、ネオエピトープの分泌および二量体化が抗腫瘍効果を向上させる事が示された。
【0202】
９日目に全てのマウスから全血を回収し、蛍光標識したＭＨＣ Ｉ四量体で染色した。Ｓ１６Ａの一部であるエピトープＣ２２を含む全てのワクチンによる免疫は検出可能なレベルのＣ２２ネオペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を生じた（平均で０．５～１５％頻度）。図１７を参照。この効果は融合タンパク質の設計（ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ二量体およびｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ単量体、平均で約４％頻度）において最も顕著であり、また個別のｍＣＣＬ１９産物とＳｅｃＳｉｇ、Ｈ１Ｈ４ＣＨ３二量体化ドメインおよびネオエピトープを含む非標的化融合タンパク質との組み合わせも高いＴ細胞レベル（平均で１．５％強の頻度）を生じ、単一成分（ｍＣＣＬ１９およびＳ１６Ａ、平均で０．５％弱の頻度）および空のプラスミドコントロールの効果よりも顕著に優れていた。
【0203】
脾臓細胞を、Ｓ１６Ａベクターのネオエピトープ内容に相当する５つの２７ｍｅｒのネオペプチド（Ｃ２２、Ｃ２３、Ｃ２５、Ｃ３０、Ｃ３８）で再刺激した。二重サイトカイン（ＩＦＮγおよびＴＮＦα）産生ＣＤ８＋Ｔ細胞ＣＤ４＋細胞は、ネオエピトープを有する構築物または構築物の組合せを用いて免疫した群において観察された。融合タンパク質の単量体バージョンを用いた免疫は、二量体バージョンと比較して同等のレベルのダブルポジティブＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞を誘導した。ＣＣＬ１９をコードするプラスミドおよび分泌バージョンのネオエピトープをコードするプラスミドの共送達は、分泌ネオエピトープのみをコードするプラスミドの投与に比して優れていることが分かった。ネガティブコントロールサンプルでは、バックグラウンドと同等かまたは下回る低いシグナルが検出されるか、またはシグナルが検出されなかった。データは図１９Ａ～１９Ｃを参照。
【0204】
さらに、ＤＮＡワクチンはマウスおいて十分に忍容性があった；副作用の徴候は観察されず、体重変化の増加から示されるように、マウスの体重は研究を通して継続的に増加し、健康且つ影響を受けていないマウスである事が示された。
【0205】
【表15】
【表16】
【0206】
結論
ｍＣＣＬ１９、異なる多量体化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、５０～１００％のＣＴ２６抗腫瘍効果をもたらした。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群がもっともすぐれていた。７日目のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は抗腫瘍効果に相当し、および終点における機能性Ｔ細胞のレベル（ＩＦＮγ分泌によって測定）は、ネオエピトープを含むＤＮＡ設計を受けた群間で同程度であった。さらに、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
ｍＣＣＬ１９、異なる多量体化単位およびＳ１６Ａネオエピトープを含む、Ｋｏｌｌｉｐｈｏｒに送達されるｐＵＭＶＣ４プラスミドベクターは、５０～１００％のＣＴ２６抗腫瘍効果をもたらした。Ｉｇ由来またはコラーゲンの多量体化単位を持つＤＮＡ設計を受けた群がもっともすぐれていた。７日目のネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は抗腫瘍効果に相当し、および終点における機能性Ｔ細胞のレベル（ＩＦＮγ分泌によって測定）は、ネオエピトープを含むＤＮＡ設計を受けた群間で同程度であった。さらに、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
【0207】
実施例５
異なる送達プラスミドの使用
異なるベクターバックボーン（ｐＴＶＧ４プラスミド）においてＡＰＣ標的化構築物の有効性を試験した。さらに、追加のネオエピトープ（総計で１３個）を含む事が有効性に何らかの影響を及ぼすかを試験した。最後に、ネオエピトープのコード領域の上流に制限部位を追加するなどの若干の変更が転写およびｉｎ ｖｉｖｏの有効性に影響を及ぼすかを試験した。
異なる送達プラスミドの使用
異なるベクターバックボーン（ｐＴＶＧ４プラスミド）においてＡＰＣ標的化構築物の有効性を試験した。さらに、追加のネオエピトープ（総計で１３個）を含む事が有効性に何らかの影響を及ぼすかを試験した。最後に、ネオエピトープのコード領域の上流に制限部位を追加するなどの若干の変更が転写およびｉｎ ｖｉｖｏの有効性に影響を及ぼすかを試験した。
【0208】
研究計画
この実験で使用されるベクター（ｐＴＶＧ４、図２１Ａを参照）は、ｐＵＭＶＣ４の場合と同様に、ｐＵＭＶＣ３に基づいて構築されている。ｐＴＶＧ４のバージョンでは、マウスＣＣＬ１９コード化材料（配列番号３９）、ならびにネオエピトープコード領域導入部位の周辺にＢａｍＨＩおよびＮｏｔＩ制限部位を追加する変更がされている（参照：図２１Ｂおよび２１Ｃ、ここでベクターにはＳ１６Ｔ１３エピトープをコードするインサートが示されていないが、それを含んでいる）。マウスＣＣＬ１９コード配列を、ヒト対応物（コードされたタンパク質：Ｕｎｉｐｒｏｔエントリー番号Ｑ９９７３１）と交換した、対応するベクターもまた作成した。図２１Ｄを参照。
この実験で使用されるベクター（ｐＴＶＧ４、図２１Ａを参照）は、ｐＵＭＶＣ４の場合と同様に、ｐＵＭＶＣ３に基づいて構築されている。ｐＴＶＧ４のバージョンでは、マウスＣＣＬ１９コード化材料（配列番号３９）、ならびにネオエピトープコード領域導入部位の周辺にＢａｍＨＩおよびＮｏｔＩ制限部位を追加する変更がされている（参照：図２１Ｂおよび２１Ｃ、ここでベクターにはＳ１６Ｔ１３エピトープをコードするインサートが示されていないが、それを含んでいる）。マウスＣＣＬ１９コード配列を、ヒト対応物（コードされたタンパク質：Ｕｎｉｐｒｏｔエントリー番号Ｑ９９７３１）と交換した、対応するベクターもまた作成した。図２１Ｄを参照。
【0209】
試験されたＤＮＡカセットを図２２に模式的に示す。１つのｐＵＭＶＣ４ベース構築物を、多数のｐＴＶＧ４構築物と比較した。Ｎ末端からの１３のエピトープは、Ｃ２２、Ｃ２３、Ｃ３８、Ｃ２５、Ｃ３０、Ｃ３７、ＥＶ８５、Ｃ４０、Ｃ４１、Ｃ２９、ＥＶ２２、ＥＶ１０５、およびＡＡ４２７である（参照：配列は以下に示す）。
【0210】
ＣＴ２６マウスを以下のスキーム（ｓｈｅｍｅ）に従って免疫した。
群１：未処置／ビヒクル、ｎ＝１３
群２：ｐＴＶＧ４（空）、ｎ＝１３
群２：ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ、ｎ＝１３
群３：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ、ｎ＝１３
群４：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ｔ１３、ｎ＝１３
群５：ｐＴＶＧ４ ｈＣＣＬ１９ Ｓ１６Ｔ１３、ｎ＝１３
群６：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ バックボーン、ｎ＝１３
群７：ナイーブマウス、ｎ＝５
群１：未処置／ビヒクル、ｎ＝１３
群２：ｐＴＶＧ４（空）、ｎ＝１３
群２：ｐＵＭＶＣ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ、ｎ＝１３
群３：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ａ、ｎ＝１３
群４：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ Ｓ１６Ｔ１３、ｎ＝１３
群５：ｐＴＶＧ４ ｈＣＣＬ１９ Ｓ１６Ｔ１３、ｎ＝１３
群６：ｐＴＶＧ４ ｍＣＣＬ１９ バックボーン、ｎ＝１３
群７：ナイーブマウス、ｎ＝５
【0211】
ＣＴ２６腫瘍細胞の接種（０日目）と比べて、－１３日目、－６日目、１日目、８日目および１５日目に筋肉内注射（ｉ．ｍ）で免疫を投与した。血液を２日目と５日目に尾静脈から採取した。実験終了時（２１日目）にマウスを安楽死させ、脾臓を回収し、且つ腫瘍を摘出した。
【0212】
読み取りは、１）初回免疫時からの体重変化（ＢＷ）、２）腫瘍容積（ＴＶ）、および３）循環するＣ２２ネオエピトープ特異的Ｔ細胞。
【0213】
結果
結果を２３および図２４に示す。
結果を２３および図２４に示す。
【0214】
図２３について、ｐＴＶＧ４バックボーンは、腫瘍増殖への影響においてｐＵＭＶＣ４バックボーンと同様に（またはそれ以上に）機能し、および制限部位の追加は抗腫瘍効果にネガティブな影響を及ぼさない。抗腫瘍効果はさらなるネオエピトープの追加によってネガティブな影響を受けず、およびＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおいては、ヒトＣＣＬ１９は、標的化単位としてマウスＣＣＬ１９と同程度に効率的である。
【0215】
図２４について、ＣＴ２６ネオエピトープＣ２２（Ｈ－２Ｋｄ 最小結合部位（ｍｉｎｉｍａｌ ｂｉｎｄｅｒ）ＫＦＫＡＳＲＡＳＩ；配列番号６１）は、Ｓ１６Ａネオエピトープを含むｐＵＭＶＣ４ベクター、およびＳ１６ＡまたはＳ１６Ｔ１３ネオエピトープを含むｐＴＶＧ４構築物を用いて免疫されたマウスにおいて、研究２日目および６日目の尾静脈血中において観察された。
【0216】
さらに、ＢＷデータから明らかなように、ＤＮＡワクチンはマウスにおいて十分に忍容性があった。
【0217】
結論
ｐＴＶＧ４バックボーンはｐＵＭＶＣ４と同様に機能する事が示され、および制限部位の追加は、抗腫瘍効果またはＴ細胞応答にネガティブな影響を及ぼさなかった。さらに、５つに代えて１３個のエピトープへの追加は効果に影響しなかった。最後に、ＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおいて、標的化単位としての使用のためのヒトＣＣＬ１９は、マウスＣＣＬ１９と同程度に効率的であると結論付ける事ができる。
ｐＴＶＧ４バックボーンはｐＵＭＶＣ４と同様に機能する事が示され、および制限部位の追加は、抗腫瘍効果またはＴ細胞応答にネガティブな影響を及ぼさなかった。さらに、５つに代えて１３個のエピトープへの追加は効果に影響しなかった。最後に、ＣＴ２６マウス腫瘍モデルにおいて、標的化単位としての使用のためのヒトＣＣＬ１９は、マウスＣＣＬ１９と同程度に効率的であると結論付ける事ができる。
【0218】
実施例６
ＡＰＣ標的化単位を含むワクチン構築物と含まないワクチン構築物のそれぞれの比較
目的は、両者共にｐＴＶＧ４ベクターバックボーンに基づく２つのプラスミド（ｍｅｖｘ－０３およびｍｅｖｘ－０２；図２１Ｃをそれぞれ参照）の、抗原標的化単位の抗腫瘍効果およびＴ細胞応答誘導における効果を調べるためのマウスモデルにおける直接的な比較を行うことである。
ＡＰＣ標的化単位を含むワクチン構築物と含まないワクチン構築物のそれぞれの比較
目的は、両者共にｐＴＶＧ４ベクターバックボーンに基づく２つのプラスミド（ｍｅｖｘ－０３およびｍｅｖｘ－０２；図２１Ｃをそれぞれ参照）の、抗原標的化単位の抗腫瘍効果およびＴ細胞応答誘導における効果を調べるためのマウスモデルにおける直接的な比較を行うことである。
【0219】
研究計画
両方の化合物構築物の用量漸増を行った。ｍＥＶＸ－０３およびｍＥＶＸ－０２の両者のＤＮＡ調製物はハイグレードなプラスミドであり、同じ重合体Ｐ１８８を用いてＰＢＳ中に配合した。両者のベクターは実施例５に記載の１３のネオエピトープをコードする。
両方の化合物構築物の用量漸増を行った。ｍＥＶＸ－０３およびｍＥＶＸ－０２の両者のＤＮＡ調製物はハイグレードなプラスミドであり、同じ重合体Ｐ１８８を用いてＰＢＳ中に配合した。両者のベクターは実施例５に記載の１３のネオエピトープをコードする。
【0220】
ＣＴ２６腫瘍細胞の接種（０日目）に比して、－１３日目、－６日目、１日目、８日目および１５日目に、筋肉内注射（ｉ．ｍ）で免疫を投与した。血液を６日目と１６日目に尾静脈から採取した。実験終了時（２１日目）にマウスを安楽死させ、脾臓を回収し、且つ腫瘍を摘出した。マウスの全ての群は、１３匹の動物からなる。
【0221】
試験ワクチンの用量は以下である：
【表17】
【0222】
読み出しは、１）初回免疫時からの体重（ＢＷ）変化、２）腫瘍容積（ＴＶ）、および３）循環するＣ２２ネオエピトープ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞、である。
【0223】
結論
それぞれの構築物によって発揮される、種々の用量における腫瘍増殖に対する効果を図２６Ａ（ＥＶＸ－０２）および２６Ｂ（ＥＶＸ－０３）に示す。ＥＶＸ－０３で免疫した場合に明確な向上が観察された（図２６Ｃ）：ｍＥＶＸ－０２は最も高い用量において顕著な抗腫瘍応答を誘発したが、ｍＥＶＸ－０３は試験した全ての用量において顕著な抗腫瘍応答を誘発した。
それぞれの構築物によって発揮される、種々の用量における腫瘍増殖に対する効果を図２６Ａ（ＥＶＸ－０２）および２６Ｂ（ＥＶＸ－０３）に示す。ＥＶＸ－０３で免疫した場合に明確な向上が観察された（図２６Ｃ）：ｍＥＶＸ－０２は最も高い用量において顕著な抗腫瘍応答を誘発したが、ｍＥＶＸ－０３は試験した全ての用量において顕著な抗腫瘍応答を誘発した。
【0224】
プラスミド構築物の用量に対して評価した場合、ｍＥＶＸ－０３はまたｍＥＶＸ－０２に対して明確な（顕著ではないものの）向上を示した。図２７Ａおよび２７Ｂを参照：試験した全ての用量においてＥＶＸ－０３はＥＶＸ－０２に比してより効率的であった。
【0225】
Ｃ２２特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導に関して、これらは、異なる用量のｍＥＶＸ－０２およびｍＥＶＸ－０３で予防的に免疫したマウスの試験６日目および１６日目の尾静脈血中において観察された（図２８Ａおよび２８Ｂ参照）。しかしながら、ｍＥＶＸ－０３は、同じ用量においてｍＥＶＸ－０２よりもネオエピトープ特異的Ｔ細胞反応を誘発することにおいて強力だった（図２９Ａおよび２９Ｂを参照）。コントロールサンプル（ナイーブマウスおよび空ベクター免疫化マウス）において、四量体シグナルは検出されなかった。
【0226】
動物はＤＮＡ免疫に十分に忍容性があった。
【0227】
結論
本発明による抗原提示細胞標的化単位の存在についてのみ区別される２つの構築物による免疫の直接の比較は、ＡＰＣ標的化単位を含むことがプラスミドのより低い投与量の使用を可能にすることを確認する。
本発明による抗原提示細胞標的化単位の存在についてのみ区別される２つの構築物による免疫の直接の比較は、ＡＰＣ標的化単位を含むことがプラスミドのより低い投与量の使用を可能にすることを確認する。
【0228】
【表5-1】
【表5-2】
【表5-3】
【表5-4】
【表5-5】
【表5-6】
【表5-7】
【表5-8】
【表5-9】
【表5-10】
【表5-11】
【表5-12】
【図1】
【図2】
【図3-1】
【図3-2】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8-1】
【図8-2】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19-1】
【図19-2】
【図20】
【図21-1】
【図21-2】
【図21-3】
【図21-4】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26-1】
【図26-2】
【図27-1】
【図27-2】
【図28】
【図29】
【配列表】
【国際調査報告】