特表 2023-522389 ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の組成物およびその使用方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-05-30

(54)【発明の名称】ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の組成物およびその使用方法

(51)【国際特許分類】

   A61K 31/7125 20060101AFI20230523BHJP

   A61K 47/26 20060101ALI20230523BHJP

   A61K 47/38 20060101ALI20230523BHJP

   A61K 47/32 20060101ALI20230523BHJP

   A61K 47/36 20060101ALI20230523BHJP

   A61K 47/12 20060101ALI20230523BHJP

   A61K 9/30 20060101ALI20230523BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230523BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20230523BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20230523BHJP

   C12N 15/113 20100101ALI20230523BHJP

   C12Q 1/6813 20180101ALI20230523BHJP

   C12Q 1/6837 20180101ALI20230523BHJP

   C12Q 1/6851 20180101ALI20230523BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20230523BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20230523BHJP

   G01N 33/68 20060101ALI20230523BHJP

【ＦＩ】

A61K31/7125

A61K47/26

A61K47/38

A61K47/32

A61K47/36

A61K47/12

A61K9/30

A61P43/00 111

A61P29/00

A61P1/04

C12N15/113 Z ZNA

C12Q1/6813 Z

C12Q1/6837 Z

C12Q1/6851 Z

C12Q1/686 Z

C12Q1/6869 Z

G01N33/68

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022564110

(86)(22)【出願日】2021-04-23

(85)【翻訳文提出日】2022-12-21

(86)【国際出願番号】 IB2021000272

(87)【国際公開番号】W WO2021214548

(87)【国際公開日】2021-10-28

(31)【優先権主張番号】63/135,283

(32)【優先日】2021-01-08

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/030,818

(32)【優先日】2020-05-27

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/015,120

(32)【優先日】2020-04-24

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】511134621

【氏名又は名称】ノグラ ファーマ リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110003797

【氏名又は名称】弁理士法人清原国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】ヴィティ，フランチェスカ

(72)【発明者】

【氏名】モンテレオーネ，ジョヴァンニ

(72)【発明者】

【氏名】ベリンヴィア，サルバトーレ

(72)【発明者】

【氏名】デマルティス，サルバトーレ

(72)【発明者】

【氏名】マクナルティ，マリー

【テーマコード（参考）】

2G045

4B063

4C076

4C086

【Ｆターム（参考）】

2G045AA25

2G045DA36

4B063QA01

4B063QA18

4B063QA19

4B063QQ02

4B063QQ08

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR06

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR56

4B063QR62

4B063QS25

4B063QS34

4B063QX02

4C076AA44

4C076BB01

4C076CC16

4C076DD38

4C076DD41

4C076EE31

4C076EE32

4C076EE38

4C086AA01

4C086AA02

4C086EA16

4C086MA03

4C086MA05

4C086MA52

4C086NA14

4C086ZA66

4C086ZB11

(57)【要約】

本開示は、オリゴヌクレオチド（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマー）の組成物、ならびにこの組成物の製造方法、効力の評価方法、および使用方法に関する。
【選択図】図７Ｄ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）に従う配列を有するＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物であって、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、Ｘが５－メチル２’－デオキシシチジンであり、前記複数のジアステレオマーは、
ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびに
ｂ）第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２の主成分２（ＰＣ２）スコア
を含むリン３１核磁気共鳴（^３１Ｐ－ＮＭＲ）スペクトルを有し、ここで、
（ｉ）前記ＰＣ１スコアは約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回り、かつ前記ＰＣ２スコアが約０．００を下回り、または
（ｉｉ）前記ＰＣ１スコアは－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／もしくは前記ＰＣ２スコアは０．００から０．２０の範囲外である、
医薬組成物。

【請求項2】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む、請求項１に記載の医薬組成物。

【請求項3】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００のＰＣ２スコアを含む、請求項１または２に記載の医薬組成物。

【請求項4】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む、請求項１に記載の医薬組成物。

【請求項5】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００までのＰＣ２スコアを含む、請求項１または４に記載の医薬組成物。

【請求項6】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、前記ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合に、－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアを含む、請求項１に記載の医薬組成物。

【請求項7】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、前記ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合に、０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを含む、請求項１または６に記載の医薬組成物。

【請求項8】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、５４．８から５５．５ｐｐｍの間の２つ以上の共鳴を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項9】

前記５４．８から５５．５ｐｐｍの間の２つ以上の共鳴が異なる強度を有する、請求項８に記載の医薬組成物。

【請求項10】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、独立して、約５４．８ｐｐｍ、約５４．９ｐｐｍ、約５５．０ｐｐｍ、約５５．１ｐｐｍ、約５５．２ｐｐｍ、約５５．３ｐｐｍ、約５５．４ｐｐｍ、および／または約５５．５ｐｐｍにおいて、１つ以上の共鳴を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項11】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、独立して、約５４．８ｐｐｍ、約５４．９ｐｐｍ、約５５．０ｐｐｍ、約５５．１ｐｐｍ、約５５．２ｐｐｍ、約５５．３ｐｐｍ、約５５．４ｐｐｍ、および／または約５５．５ｐｐｍにおいて、２つ以上の共鳴を含む、請求項１－１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項12】

１００ミリモルから５モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項13】

１００ミリモルから２モル、１００ミリモルから９００ミリモル、３００ミリモルから５モル、３００ミリモルから２モル、３００ミリモルから９００ミリモル、９００ミリモルから５モル、または９００ミリモルから２モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項14】

約３００ミリモルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項15】

約９００ミリモルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項16】

約２モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項17】

３００ミリモル超、９００ミリモル超、または２モル超のＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項18】

ａ）約０．５重量％から約３０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、
ｂ）約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、
ｃ）約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロース、および
ｄ）エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶コーティング
を含む、請求項１から１７のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項19】

ａ）内顆粒相であって、
ｉ）約５重量％から約１０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、
ｉｉ）約４０重量％のマンニトール、
ｉｉｉ）約８重量％の微結晶性セルロース、
ｉｖ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および
ｖ）約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム
を含む、内顆粒相、
ｂ）外顆粒相であって、
ｉ）約１７重量％の微結晶性セルロース、
ｉｉ）約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、および
ｉｉｉ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム
を含む、外顆粒相、ならびに
ｃ）エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶コーティング
を含み、重量％は、医薬組成物の総重量と比較した成分の重量である、請求項１から１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項20】

ａ）約５重量％から約３０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、
ｂ）約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、
ｃ）約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロース、
ｄ）約０．５重量％から約１０重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、
ｅ）約０．５重量％から約１０重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、
ｆ）約０．０５重量％から約１重量％のステアリン酸マグネシウム、
ｇ）約０．５重量％から約１０重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および
ｈ）約５重量％から約２０重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）
を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項21】

ａ）約８．５重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、
ｂ）約４０重量％のマンニトール、
ｃ）約２５重量％の微結晶性セルロース、
ｄ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、
ｅ）約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、
ｆ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、
ｇ）約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および
ｈ）約１０重量％から約１５重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）
を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項22】

ａ）約２３重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、
ｂ）約２８重量％のマンニトール、
ｃ）約２５重量％の微結晶性セルロース、
ｄ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、
ｅ）約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、
ｆ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、
ｇ）約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および
ｈ）約７重量％から約１２重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）
を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項23】

前記医薬組成物が錠剤として製剤化される、請求項１から２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項24】

前記医薬組成物が細胞内のＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質をダウンレギュレートする、請求項１から２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項25】

ＳＭＡＤ７タンパク質発現の前記ダウンレギュレーションが未処理細胞と比較して４０％を超える、請求項２４に記載の医薬組成物。

【請求項26】

炎症性腸疾患の治療または予防において臨床的に有効である、請求項１から２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項27】

前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項２６に記載の医薬組成物。

【請求項28】

前記クローン病がクローン病の術後再発である、請求項２７に記載の医薬組成物。

【請求項29】

経口投与のための、請求項１から２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項30】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、または約２００ｍｇの用量で、必要とする対象に投与される、経口投与のための、請求項１から２９のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項31】

約６時間ごと、約１２時間ごと、約２４時間ごと、約４８時間ごと、約７２時間ごと、毎日、週２回、２週間に１回、または一か月に１回の経口投与のための、請求項１から３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項32】

１日約１６０ｍｇの用量での経口投与のための、請求項１から３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項33】

請求項１から３２のいずれか一項に記載の医薬組成物を対象に投与する工程を含む、必要とする対象において炎症性腸疾患を治療または予防する方法。

【請求項34】

炎症性腸疾患の治療のための医薬品を製造するための、請求項１から３２のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。

【請求項35】

炎症性腸疾患の治療における使用のための、請求項１から３２のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項36】

前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項３３に記載の方法、請求項３４に記載の使用、または請求項３５に記載の使用のための医薬組成物。

【請求項37】

前記クローン病がクローン病の術後再発である、請求項３３もしくは３６に記載の方法、請求項３４もしくは３６に記載の使用、または請求項３５もしくは３６に記載の使用のための医薬組成物。

【請求項38】

対象においてＳＭＡＤ７を阻害する工程を含む、必要とする対象においてクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法。

【請求項39】

対象からの少なくとも１つのサンプルが、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルを有し、前記既知の対照レベルが、ＣＤのための外科的処置の前もしくは最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルであるか、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである、請求項３８に記載の方法。

【請求項40】

対象のクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）スコアが２００を超えることを防止する工程、またはＣＤＡＩスコアを少なくとも５０ポイント低下させる工程を含む、必要とする対象におけるクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法。

【請求項41】

１５０を超えるＣＤＡＩスコアを防止する工程を含む、請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

ＣＤＡＩスコアを少なくとも１００ポイント低下させる工程を含む、請求項４０に記載の方法。

【請求項43】

必要とする対象におけるクローン病（ＣＤ）の術後再発を予測するための方法であって、対象からの第１のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程を含み、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルがＣＤの再発を予測し、ここで、前記既知の対照レベルは、ＣＤの外科的処置の前または最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベル、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである、方法。

【請求項44】

クローン病（ＣＤ）の術後再発のリスクがある対象を特定する方法であって、対象からの第１のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程を含み、既知の対照レベルと比較して高いＳＭＡＤ７レベルが、対象をＣＤの再発の危険性があるとして特定し、前記既知の対照レベルは、ＣＤの外科的治療の前または最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベル、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである、方法。

【請求項45】

ａ）ＳＭＡＤ７レベルが前記既知の対照レベルに対して上昇している場合、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与する工程、または
ｂ）ＳＭＡＤ７レベルが前記既知の対照レベルと比較して上昇していない場合、前記対象からの第２のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程
を含む、請求項４３または４４に記載の方法。

【請求項46】

前記第２のサンプルが、前記第１のサンプルの直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約１か月後、約２か月後、約３か月後、約４か月後、約５か月後、約６か月後、約７か月後、約８か月後、約９か月後、約１０か月後、約１１か月後、または約１２か月後に収集される、請求項４５に記載の方法。

【請求項47】

ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与する工程を含む、必要とする対象においてクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法。

【請求項48】

前記対象においてＳＭＡＤ７を阻害する工程が、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与する工程を含む、請求項３８に記載の方法。

【請求項49】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、または約２００ｍｇの用量で投与される、請求項４７または４８に記載の方法。

【請求項50】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、約６時間ごと、約１２時間ごと、約２４時間ごと、約４８時間ごと、約７２時間ごと、毎日、週に１回、週に２回、２週間に１回、または１ヶ月に１回投与される、請求項４７から４９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項51】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが毎日約１６０ｍｇの用量で投与される、請求項４７から５０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項52】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、配列番号１から６のいずれか１つから選択される配列またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項４７から５１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項53】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、かつＸは５－メチル２’－デオキシシチジンである、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）による配列を有する、請求項４７から５２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項54】

前記医薬組成物が、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、かつＸは５－メチル２’－デオキシシチジンである、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）による配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含み、前記複数のジアステレオマーが、
ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびに
ｂ）第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２の主成分２（ＰＣ２）スコア
を含む^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを有し、ここで、
（ｉ）前記ＰＣ１スコアが約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回り、前記ＰＣ２スコアが約０．００を下回り、または
（ｉｉ）前記ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／または前記ＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である、
請求項４７から５３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項55】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、
ａ）約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、
ｂ）約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、
ｃ）約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００までのＰＣ２スコア、
ｄ）約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００までのＰＣ２スコア、
ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、－０．３２から０．３０の範囲外である、ＰＣ１スコア、および／または
ｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、０．００から０．２０の範囲外である、ＰＣ２スコア
を含む、請求項５４に記載の方法。

【請求項56】

前記術後再発が、内視鏡的再発、組織学的再発、Ｘ線撮影による再発、臨床的再発、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３８から５５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項57】

前記対象がＣＤのための少なくとも１つの外科的処置を受けている、請求項３８から５６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項58】

前記少なくとも１つの外科的処置が、腸切除、回結腸切除、結腸切除、直腸結腸切除、狭窄形成術、回腸造瘻、肛門瘻切開、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項59】

前記少なくとも１つの外科的処置が回結腸切除である、請求項５８に記載の方法。

【請求項60】

前記対象が術後再発の徴候を示さない、請求項３８から５９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項61】

前記対象が術後再発の少なくとも１つの徴候を示す、請求項３８から６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項62】

前記対象が内視鏡的再発の少なくとも１つの徴候を示す、請求項６１記載の方法。

【請求項63】

前記少なくとも１つの徴候が粘膜病変である、請求項６２に記載の方法。

【請求項64】

前記サンプルが粘膜サンプルである、請求項３９から６３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項65】

前記サンプルが、ＣＤの外科的治療の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、１週間後、約２週間後、約１か月後、約２か月後、約３か月後、約４か月後、約５か月後、約６か月後、約７か月後、約８か月後、約９か月後、約１０か月後、約１１か月後、または約１２か月後に採取される、請求項３９から６４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項66】

前記ＳＭＡＤ７レベルがＳＭＡＤ７ｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７タンパク質レベルである、請求項３９から６５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項67】

上昇した前記ＳＭＡＤ７レベルが、前記既知の対照レベルと比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％上昇している、請求項３９から６６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項68】

前記医薬組成物が経口投与される、請求項４５から６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項69】

前記医薬組成物が、ＣＤの外科的処置の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約１か月後、約２か月後、約３か月後、約４か月後、約５か月後、約６か月後、約７か月後、約８か月後、約９か月後、約１０か月後、約１１か月後、または約１２か月後に投与される、請求項４５から６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項70】

薬理学的におよび／または臨床的に有効であるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物であって、
ａ）前記複数のジアステレオマーの５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴にをついての^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを確認する工程、および
ｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、主成分分析（ＰＣＡ）によって決定される、
（ｉ）約－０．２０を下回るか、もしくは約０．２５を上回る第１の主成分１（ＰＣ１）スコア、および約－０．００を下回る第２の主成分２（ＰＣ２）スコア、または
（ｉｉ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコア
を有することを確認する工程を含む方法によって作製される、医薬組成物。

【請求項71】

ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物の製造方法であって、前記方法は、
ａ）前記複数のジアステレオマーの５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴についての^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを確認する工程、および
ｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、主成分分析（ＰＣＡ）によって決定される、
（ｉ）約－０．２０を下回るか、もしくは約０．２５を上回る第１の主成分１（ＰＣ１）スコア、および約－０．００を下回る第２の主成分２（ＰＣ２）スコア、または
（ｉｉ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコア
を有することを確認する工程を含む、方法。

【請求項72】

ａ）ＰＣ１スコアが約－０．２０を下回りかつＰＣ２スコアが約０．００を下回り、
ｂ）ＰＣ１スコアが約０．２５を上回りかつＰＣ２スコアが約０．００を下回り、
ｃ）ＰＣ１スコアが約－０．４７から約－０．２０まででありかつＰＣ２スコアが約－０．２７から約０．００であり、
ｄ）ＰＣ１スコアが約０．６５から約０．９まででありかつＰＣ２スコアが約－０．４７から約０．００までであり、
ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／または
ｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、ＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外であることを確認する工程を含む、
請求項７０に記載の医薬組成物、または請求項７１に記載の方法。

【請求項73】

ａ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが５４．８から５５．５ｐｐｍの間に２つ以上の共鳴を有し、
ｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｃ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｄ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｅ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｆ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｇ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｈ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｉ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｊ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｋ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｌ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｍ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｎ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｏ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、
ｐ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、
ｑ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、および／または
ｒ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８から５５．５の間に異なる強度の２つ以上の共鳴を有する、
請求項７０もしくは７２に記載の医薬組成物、または請求項７１もしくは７２に記載の方法。

【請求項74】

ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む候補組成物の薬理学的および／または臨床的有効性を予測する方法であって、前記方法は、複数のジアステレオマーの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを主成分分析（ＰＣＡ）に供して、第１の主成分（ＰＣ１）および第２の主成分（ＰＣ２）を得る工程を含み、
ａ）約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回るＰＣ１スコア、および約０．００を下回るＰＣ２スコアが、薬理学的および／もしくは臨床的有効性を予測し、または
ｂ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアは、薬理学的および／もしくは臨床的効力を予測する、
方法。

【請求項75】

ａ）約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、
ｂ）約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、
ｃ）約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００までのＰＣ２スコア、
ｄ）約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００のＰＣ２スコア、
ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、－０．３２から０．３０までの範囲外であるＰＣ１スコア、および／または
ｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、０．００から０．２０の範囲外であるＰＣ２スコア
が、薬理学的および／または臨床的効力を予測する、請求項７４に記載の方法。

【請求項76】

前記ＰＣＡが、モデリングデータセットを使用して主成分を選択する工程を含む、請求項７０もしくは７２に記載の医薬組成物、または請求項７１から７５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項77】

前記モデリングデータセットが、図５Ｃから５ＣＣに示されるような^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルから選択される５、６、７、８、９、１０、または２７までの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む、請求項７６に記載の医薬組成物または請求項７６に記載の方法。

【請求項78】

前記モデリングデータセットが、図５Ｃ、５Ｌ、５Ｘ、５Ｈ、５Ｐ、５Ｉ、５Ｍ、５Ｔ、５Ｓ、および５ＢＢに示されるような^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む、請求項７６もしくは７７に記載の医薬組成物、または請求項７６もしくは７７に記載の方法。

【請求項79】

前記主成分が前記モデリングデータセットの９０％を超える分散を占めるように選択される、請求項７０および７１から７８のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項７１から７８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項80】

前記^３１Ｐ－ＮＭＲが約１４．１Ｔの溶液中で実施される、請求項７０および７１から７９のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項７１から７９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項81】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、配列番号１から６のいずれか１つから選択される配列またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項７０および７１から８０のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項７１から８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項82】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯのヌクレオチド間結合がＯ，Ｏ結合ホスホロチオエートである、請求項７０および７１から８１のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項７１から８１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項83】

前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）に従う配列を有し、すべてのヌクレオシド間結合はＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、Ｘは５－メチル２’－デオキシシチジンである、請求項７０および７１から８２のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項７１から８２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項84】

請求項７０および７１から８３のいずれか一項に記載の医薬組成物、請求項７１から７３、および請求項７６から８３のいずれか一項に従って製造されたＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、または請求項７４から８３のいずれか一項に従って薬理学的および／もしくは臨床的に有効であると予測されるＳＭＡＤ７ ＡＳＯを対象に投与する工程を含む、必要とする対象における炎症性腸疾患を治療する方法。

【請求項85】

前記炎症性腸疾患がクローン病である、請求項８４記載の方法。

【請求項86】

前記クローン病が術後クローン病である、請求項８５記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本出願は、２０２０年４月２４日に出願された米国仮特許出願第６３／０１５，１２０号、２０２０年５月２７日に出願された米国仮特許出願第６３／０３０，８１８号。および２０２１年１月８日に出願された米国仮特許出願第６３／１３５，２８３号に対する優先権を主張し、これらのそれぞれの全内容は、すべての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

配列表
本明細書は、２０２１年４月２３日に「ＧＩＵ＿０６１＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」という名称の．ｔｘｔファイルとして電子的に提出された配列表を参照する。ｔｘｔファイルは２０２１年３月２４日に生成され、サイズは３，７１１バイトである。配列表の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。

【背景技術】

【0003】

背景
物体がその鏡像に重ならないことは、キラリティーと呼ばれる。鏡像に重ね合わせることができない場合、分子はキラルである。分子のキラル中心は、重ね合わせることができない鏡像を有するような様式で結合した４つの異なる原子または基を有する原子である。

【0004】

立体異性体は、原子の空間配置が異なる分子である。エナンチオマーは、重ね合わせることができない互いの鏡像である一対の立体異性体である。ジアステレオマーは、非鏡像の非同一立体異性体である。

【0005】

エナンチオマーは、偏光を回転させる方向、ならびに、キラル受容体、キラル溶媒、キラルクロマトグラフィー固定相、および電磁放射などの異なるキラル実体とどのように相互作用するかを除いて、同一の化学的および物理的特性を有することが多い。一方、ジアステレオマーは異なる化学的および物理的特性を示し、通常は異なる化学的および薬理学的実体と見なされる。

【0006】

多くの生物学的分子および生物学的システムの構成要素（例えば、受容体、酵素、および補因子）はキラルであり、異なる立体異性体は生物に対して異なる影響を及ぼし得る。薬物のキラリティーは、薬理学的および薬物動態学的活性、例えば、バイオアベイラビリティ、分布、代謝、透過性などのあらゆる側面に影響を与える可能性がある。例えば、薬物のエナンチオマーの１つが好ましい生理学的および／または臨床的効果を有している可能性がある一方で、他のエナンチオマーは活性が低いか不活性であり、異なる生理学的および／または臨床的活性を有し、または副作用を引き起こす可能性がある。

【0007】

オリゴヌクレオチドは、治療（例えば、アンチセンス療法）、遺伝子検査、および法医学において幅広い用途を有する短いＤＮＡまたはＲＮＡ分子である。オリゴヌクレオチドは、ヌクレオチドビルディングブロックを使用して化学的に合成される。オリゴヌクレオチドの安定性を促進するために、ホスホジエステル骨格修飾および糖環修飾などの化学修飾が採用されてきた。主鎖のホスホロチオエート（ＰＳ）修飾は、合成オリゴヌクレオチドを分解から保護するための一般的な実務であり、それによってオリゴヌクレオチドの安定性および薬理学的プロファイルを改善する。ＰＳ修飾により、リン酸ジエステル（ＰＯ）結合の局所的にアキラルなリン原子がキラルなＰＳ中心に変換され、合成オリゴヌクレオチドのジアステレオマーが生成される。しかし、ＰＳ修飾オリゴヌクレオチドの一般的な合成方法では、リン原子におけるキラリティーを可能にすることはできない。一方、ＰＳオリゴヌクレオチドの所定の合成バッチ中の個々のジアステレオマーレベルは、リンにおけるキラリティー制御なしでは分析的に決定することはできない。

【0008】

ＰＳ結合のキラリティーの制御がオリゴヌクレオチドの治療プロファイルをどのように調節するかはまだ議論中であるが、最近の研究は、立体的に規定されたシステムが治療効果を改善した可能性があることを示唆している。立体異性体の純度の評価のための技術、例えば、旋光性または偏光分析および核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法が当技術分野で記載されている。

【0009】

ＰＳオリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価すること、ならびにそれらに関連する薬理学的および／または臨床的有効性を予測することのための改善された戦略に対する必要性が依然として存在する。さらに、既知の薬理学的および／または臨床的有効性を有する規定されたジアステレオマープロファイルを有するオリゴヌクレオチドを提供する必要性が依然として存在する。本開示は、特徴付けられたジアステレオマープロファイルを有するオリゴヌクレオチド、およびジアステレオマープロファイルを使用してその薬理学的および／または臨床的有効性を評価するためおよび予測するための改善された戦略を提供する。

【0010】

クローン病（ＣＤ）は、貫壁および分節性病変を特徴とする慢性炎症性障害である。ＣＤは消化管のどの部分でも発生する可能性があるが、回腸末端と右結腸が最も一般的に関与する部位である。ＣＤ患者のほぼ半数は、診断から１０年以内に手術を必要とする。腸切除（例えば、回盲部切除）は、ＣＤに対して行われる最も一般的な外科的処置である。しかし、手術でＣＤは治癒しない。手術はしばしば臨床的寛解をもたらすが、ほとんどの患者は最終的に再発し、その後の手術が必要になる。ＣＤの術後再発は、組織学的所見または内視鏡所見、または臨床症状の存在によって診断できる。

【0011】

ＣＤの術後再発を予測、治療および予防するための戦略が依然として必要とされている。本開示は、ＣＤの術後再発を予測、治療、および／または予防するための方法、ならびにＣＤの術後再発のリスクがある患者を特定するための方法を提供する。

【発明の概要】

【0012】

概要
本願は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマーの医薬組成物、ならびにこの組成物の製造方法、効力の評価方法、および使用方法を提供する。

【0013】

したがって、本願の一態様は、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）に従う配列を有するＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物であって、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、Ｘが５－メチル２’－デオキシシチジンであり、前記複数のジアステレオマーは、ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびにｂ）第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２の主成分２（ＰＣ２）スコアを含むリン３１核磁気共鳴（^３１Ｐ－ＮＭＲ）スペクトルを有し、ここで、（ｉ）前記ＰＣ１スコアは約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回り、かつ前記ＰＣ２スコアが約０．００を下回り、または（ｉｉ）前記ＰＣ１スコアは－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／もしくは前記ＰＣ２スコアは０．００から０．２０の範囲外である。

【0014】

いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００までのＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、前記ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合に、－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアを含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、前記ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合に、０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを含む。

【0015】

いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、５４．８から５５．５ｐｐｍの間の２つ以上の共鳴を含む。いくつかの実施形態において、前記５４．８から５５．５ｐｐｍの間の２つ以上の共鳴が異なる強度を有する。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、独立して、約５４．８ｐｐｍ、約５４．９ｐｐｍ、約５５．０ｐｐｍ、約５５．１ｐｐｍ、約５５．２ｐｐｍ、約５５．３ｐｐｍ、約５５．４ｐｐｍ、および／または約５５．５ｐｐｍにおいて、１つ以上の共鳴を含む。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、独立して、約５４．８ｐｐｍ、約５４．９ｐｐｍ、約５５．０ｐｐｍ、約５５．１ｐｐｍ、約５５．２ｐｐｍ、約５５．３ｐｐｍ、約５５．４ｐｐｍ、および／または約５５．５ｐｐｍにおいて、２つ以上の共鳴を含む。

【0016】

いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、１００ミリモルから５モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、１００ミリモルから２モル、１００ミリモルから９００ミリモル、３００ミリモルから５モル、３００ミリモルから２モル、３００ミリモルから９００ミリモル、９００ミリモルから５モル、または９００ミリモルから２モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、約３００ミリモルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、約９００ミリモルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、約２モルのＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、３００ミリモル超、９００ミリモル超、または２モル超のＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む。

【0017】

いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、ａ）約０．５重量％から約３０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、ｂ）約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、ｃ）約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロース、およびｄ）エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶コーティングを含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、ａ）内顆粒相であって、ｉ）約５重量％から約１０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、ｉｉ）約４０重量％のマンニトール、ｉｉｉ）約８重量％の微結晶性セルロース、ｉｖ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、およびｖ）約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含む、内顆粒相、ｂ）外顆粒相であって、ｉ）約１７重量％の微結晶性セルロース、ｉｉ）約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、およびｉｉｉ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウムを含む、外顆粒相、ならびにｃ）エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶コーティングを含み、重量％は、医薬組成物の総重量と比較した成分の重量である。

【0018】

いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、ａ）約５重量％から約３０重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、ｂ）約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、ｃ）約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロース、ｄ）約０．５重量％から約１０重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、ｅ）約０．５重量％から約１０重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、ｆ）約０．０５重量％から約１重量％のステアリン酸マグネシウム、ｇ）約０．５重量％から約１０重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、およびｈ）約５重量％から約２０重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、ａ）約８．５重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、ｂ）約４０重量％のマンニトール、ｃ）約２５重量％の微結晶性セルロース、ｄ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、ｅ）約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、ｆ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、ｇ）約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、およびｈ）約１０重量％から約１５重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は、ａ）約２３重量％のＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、ｂ）約２８重量％のマンニトール、ｃ）約２５重量％の微結晶性セルロース、ｄ）約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、ｅ）約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、ｆ）約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、ｇ）約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、およびｈ）約７重量％から約１２重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む。

【0019】

いくつかの実施形態において、前記医薬組成物が錠剤として製剤化される。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は経口投与用である。いくつかの実施形態において、上記医薬組成物は経口投与用であり、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯが、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、または約２００ｍｇの用量で、必要とする対象に投与される。いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は、約６時間ごと、約１２時間ごと、約２４時間ごと、約４８時間ごと、約７２時間ごと、毎日、週２回、２週間に１回、または一ヶ月に１回の経口投与用である。いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は、１日約１６０ｍｇの用量での経口投与用である。

【0020】

いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は、細胞内のＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質をダウンレギュレートする。いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７タンパク質発現のダウンレギュレーションが未処理細胞と比較して４０％を超える。いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は、炎症性腸疾患の治療または予防において臨床的に有効である。いくつかの実施形態において、前記炎症性腸疾患はクローン病である。いくつかの実施形態において、前記クローン病はクローン病の術後再発である。

【0021】

１つの態様において、本開示は、本明細書において提供される医薬組成物を対象に投与する工程を含む、必要とする対象において炎症性腸疾患を治療または予防する方法を提供する。１つの態様において、本開示は、炎症性腸疾患の治療のための医薬品の製造のための、本明細書において提供される医薬組成物の使用を提供する。１つの態様において、本開示は、炎症性腸疾患の治療における使用のための、本明細書において提供される医薬組成物を提供する。いくつかの実施形態において、前記炎症性腸疾患はクローン病である。上記医薬組成物において、上記クローン病はクローン病の術後再発である。

【0022】

別の態様において、本開示は、対象においてＳＭＡＤ７を阻害する工程を含む、必要とする対象においてクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法を提供する。いくつかの実施形態において、対象からの少なくとも１つのサンプルが、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルを有し、前記既知の対照レベルが、ＣＤのための外科的処置の前もしくは最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルであるか、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである。

【0023】

別の態様において、本開示は、別の態様において、本開示は、対象のクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）スコアが２００を超えることを防止する工程、またはＣＤＡＩスコアを少なくとも５０ポイント低下させる工程を含む、必要とする対象におけるクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法を提供する。いくつかの実施形態において、この方法は、１５０を超えるＣＤＡＩスコアを防止する工程を含む。いくつかの実施形態において、この方法は、ＣＤＡＩスコアを少なくとも１００ポイント低下させる工程を含む。

【0024】

別の態様において、本開示は、対象からの第１のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程を含む、必要とする対象におけるクローン病（ＣＤ）の術後再発を予測するための方法を提供し、ここで、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルがＣＤの再発を予測し、前記既知の対照レベルは、ＣＤの外科的処置の前または最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベル、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである。

【0025】

別の態様において、本開示は、対象からの第１のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程を含む、クローン病（ＣＤ）の術後再発のリスクがある対象を特定する方法を提供し、ここで、既知の対照レベルと比較して高いＳＭＡＤ７レベルが、対象をＣＤの再発の危険性があるとして特定し、前記既知の対照レベルは、ＣＤの外科的治療の前または最中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベル、またはＣＤを有しない健康な対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７レベルである。

【0026】

いくつかの実施形態において、ＳＭＡＤ７レベルが前記既知の対照レベルに対して上昇している場合、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与する工程、または、ＳＭＡＤ７レベルが既知の対照レベルと比較して上昇していない場合、対象からの第２のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定する工程である。

【0027】

いくつかの実施形態において、前記第２のサンプルは、前記第１のサンプルの直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約１ヶ月後、約２ヶ月後、約３ヶ月後、約４ヶ月後、約５ヶ月後、約６ヶ月後、約７ヶ月後、約８ヶ月後、約９ヶ月後、約１０ヶ月後、約１１ヶ月後、または約１２ヶ月後に収集される。

【0028】

別の態様において、本開示は、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与する工程を含む、必要とする対象においてクローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法を提供する。

【0029】

いくつかの実施形態において、前記対象においてＳＭＡＤ７を阻害する工程が、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与することを含む。１つの態様において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、または約２００ｍｇの用量で投与される。いくつかの態様において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、約６時間毎、約１２時間毎、約２４時間毎、約４８時間毎、約７２時間毎、毎日、週に１回、週に２回、２週間に１回、または１ヶ月に１回投与される。いくつかの態様において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは毎日約１６０ｍｇの用量で投与される。

【0030】

いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、配列番号１から６のいずれか１つから選択される配列またはその薬学的に許容される塩を含む。いくつかの態様において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、かつＸは５－メチル２’－デオキシシチジンである、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）による配列を有する。いくつかの態様において、前記医薬組成物は、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、かつＸは５－メチル２’－デオキシシチジンである、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）による配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含み、前記複数のジアステレオマーが、５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびに第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２の主成分２（ＰＣ２）スコアを含む^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを有し、ここで、（ｉ）前記ＰＣ１スコアが約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回り、前記ＰＣ２スコアが約０．００を下回り、または（ｉｉ）前記ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／または前記ＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。いくつかの態様において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ａ）約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｂ）約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｃ）約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００までのＰＣ２スコア、ｄ）約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００までのＰＣ２スコア、ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、－０．３２から０．３０の範囲外である、ＰＣ１スコア、および／またはｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、０．００から０．２０の範囲外である、ＰＣ２スコアを含む。

【0031】

いくつかの実施形態において、前記術後再発は、内視鏡的再発、組織学的再発、Ｘ線撮影による再発、臨床的再発、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。

【0032】

いくつかの実施形態において、前記対象は少なくとも１つのＣＤのための外科的処置を受けている。いくつかの実施形態において、前記少なくとも１つの外科的処置は、腸切除、回結腸切除、結腸切除、直腸結腸切除、狭窄形成術、回腸造瘻、肛門瘻切開、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、前記少なくとも１つの外科的処置は回結腸切除である。

【0033】

いくつかの実施形態において、前記対象は術後再発の徴候を示さない。いくつかの実施形態において、前記対象は術後再発の少なくとも１つの徴候を示す。いくつかの実施形態において、前記対象は内視鏡的再発の少なくとも１つの徴候を示す。いくつかの実施形態において、前記少なくとも１つの徴候は粘膜病変である。

【0034】

いくつかの実施形態において、前記サンプルは粘膜サンプルである。いくつかの実施形態において、前記サンプルは、ＣＤの外科的治療の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、１週間後、約２週間後、約１ヶ月後、約２ヶ月後、約３ヶ月後、約４ヶ月後、約５ヶ月後、約６ヶ月後、約７ヶ月後、約８ヶ月後、約９ヶ月後、約１０ヶ月後、約１１ヶ月後、または約１２ヶ月後に採取される。

【0035】

いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７レベルは、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７タンパク質レベルである。いくつかの実施形態において、前記上昇したＳＭＡＤ７レベルが、前記既知の対照レベルと比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％上昇している。

【0036】

いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は経口投与される。いくつかの実施形態において、前記医薬組成物は、ＣＤの外科的処置の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約１ヶ月後、約２ヶ月後、約３ヶ月後、約４ヶ月後、約５ヶ月後、約６ヶ月後、約７ヶ月後、約８ヶ月後、約９ヶ月後、約１０ヶ月後、約１１ヶ月後、または約１２ヶ月後に投与される。

【0037】

別の態様において、本開示は、薬理学的におよび／または臨床的に有効であるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物であって、ａ）前記複数のジアステレオマーの５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴にをついての^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを確認する工程、およびｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、主成分分析（ＰＣＡ）によって決定される、（ｉ）約－０．２０を下回るか、もしくは約０．２５を上回る第１の主成分１（ＰＣ１）スコア、および約－０．００を下回る第２の主成分２（ＰＣ２）スコア、または（ｉｉ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを有することを確認する工程を含む方法によって作製される、医薬組成物を提供する。

【0038】

別の態様において、本開示は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物の製造方法を提供し、前記方法は、ａ）前記複数のジアステレオマーの５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴についての^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを確認する工程、およびｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが、主成分分析（ＰＣＡ）によって決定される、（ｉ）約－０．２０を下回るか、もしくは約０．２５を上回る第１の主成分１（ＰＣ１）スコア、および約－０．００を下回る第２の主成分２（ＰＣ２）スコア、または（ｉｉ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを有することを確認する工程を含む。

【0039】

いくつかの実施形態において、この方法は、ａ）ＰＣ１スコアが約－０．２０を下回りかつＰＣ２スコアが約０．００を下回り、ｂ）ＰＣ１スコアが約０．２５を上回りかつＰＣ２スコアが約０．００を下回り、ｃ）ＰＣ１スコアが約－０．４７から約－０．２０まででありかつＰＣ２スコアが約－０．２７から約０．００であり、ｄ）ＰＣ１スコアが約０．６５から約０．９まででありかつＰＣ２スコアが約－０．４７から約０．００までである、ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／またはｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、ＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外であることを確認する工程を含む。いくつかの実施形態において、この方法は、ａ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルが５４．８から５５．５ｐｐｍの間に２つ以上の共鳴を有し、ｂ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｃ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｄ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｅ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｆ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｇ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｈ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｉ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｊ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｋ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｌ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｍ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｎ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｏ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、ｐ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有し、ｑ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに２つ以上の共鳴を有し、および／またはｒ）前記^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８から５５．５の間に異なる強度の２つ以上の共鳴を有することを確認する工程を含む。

【0040】

別の態様において、本開示は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む候補組成物の薬理学的および／または臨床的有効性を予測する方法を提供し、前記方法は、複数のジアステレオマーの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを主成分分析（ＰＣＡ）に供して、第１の主成分（ＰＣ１）および第２の主成分（ＰＣ２）を得る工程を含み、ａ）約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回るＰＣ１スコア、および約０．００を下回るＰＣ２スコアが、薬理学的および／もしくは臨床的有効性を予測し、またはｂ）－０．３２から０．３０の範囲外のＰＣ１スコアおよび／もしくは０．００から０．２０の範囲外のＰＣ２スコアは、薬理学的および／もしくは臨床的効力を予測する。いくつかの実施形態において、ａ）約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｂ）約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｃ）約－０．４７から約－０．２０までのＰＣ１スコアおよび約－０．２７から約０．００までのＰＣ２スコア、ｄ）約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００のＰＣ２スコア、ｅ）ＰＣ２スコアが０．００を上回りかつ０．２０を下回る場合、－０．３２から０．３０までの範囲外であるＰＣ１スコア、および／またはｆ）ＰＣ１が－０．３２を上回りかつ０．３０を下回る場合、０．００から０．２０の範囲外であるＰＣ２スコアは、薬理学的および／または臨床的効力を予測する。

【0041】

いくつかの実施形態において、前記ＰＣＡが、モデリングデータセットを使用して主成分を選択する工程を含む。いくつかの実施形態において、前記モデリングデータセットが、図５Ｃから５ＣＣに示される^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルから選択される５、６、７、８、９、１０、または２７までの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。いくつかの実施形態において、前記モデリングデータセットが、図５Ｃ、５Ｌ、５Ｘ、５Ｈ、５Ｐ、５Ｉ、５Ｍ、５Ｔ、５Ｓ、および５ＢＢに示されるような^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。いくつかの実施形態において、前記主成分は前記モデリングデータセットの９０％を超える分散を占めるように選択される。いくつかの実施形態において、前記^３１Ｐ－ＮＭＲは約１４．１Ｔの溶液中で実施される。いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、配列番号１から６のいずれか１つから選択される配列またはその薬学的に許容される塩を含む。いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯのヌクレオチド間結合はＯ，Ｏ結合ホスホロチオエートである。いくつかの実施形態において、前記ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）に従う配列を有し、すべてのヌクレオシド間結合はＯ，Ｏ－結合ホスホロチオエート結合であり、Ｘは５－メチル２’－デオキシシチジンである。

【0042】

いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるのは、本明細書に開示される方法に従って製造されたＳＭＡＤ７ ＡＳＯ、または本明細書に開示される方法に従って薬理学的および／もしくは臨床的に有効であると予測されるＳＭＡＤ７ ＡＳＯを対象に投与する工程を含む、必要とする対象における炎症性腸疾患を治療する方法である。いくつかの実施形態において、前記炎症性腸疾患はクローン病である。いくつかの実施形態において、前記クローン病は術後クローン病である。

【0043】

本出願に記載される発明のこれらおよび他の態様および利点および他の態様は、以下の図面、詳細な説明、および特許請求の範囲によって例証される。

【図面の簡単な説明】

【0044】

本発明を理解し、実際にどのように実施できるかを示すために、添付の図面を参照して、非限定的な例としてのみ実施形態を説明する。

【図1】例示的なＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の構造を示す図である。

【図2】図２Ａ－２Ｅは、ＳＭＡＤ７ＡＳＯの異なるバッチでトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された全細胞溶解物のウェスタンブロット画像を示す。図２Ａは、０．５μｇ／ｍｌまたは１μｇ／ｍｌのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＴ、Ｐ、Ｈ、Ａ、またはＪまたはリポフェクタミン３０００単独（陰性対照））でトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された溶解物のＳＭＡＤ７（上のパネル）およびβ－アクチンローディング対照（下のパネル）でプローブされたウェスタンブロットを示す。図２Ｂは、１μｇ／ｍｌのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＥ、Ｍ、Ｘ、Ｂ、Ｆ、Ｓ、Ｃ、Ｋ、Ｗ、Ｕ、またはＡまたはリポフェクタミン３０００単独（陰性対照）でトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された溶解物のＳＭＡＤ７（上のパネル）およびβ－アクチンローディング対照（下のパネル）でプローブされたウェスタンブロットを示す。図２Ｃは、１μｇ／ｍｌのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＩ、Ｖ、Ｎ、Ｏ、Ｙ、Ｚ、Ｄ、Ｇ、Ｑ、Ｌ、またはＡまたはＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ３０００単独（陰性対照）でトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された溶解物のＳＭＡＤ７（上のパネル）およびβ－アクチンローディング対照（下のパネル）でプローブされたウェスタンブロットを示す。図２Ｄは、１μｇ／ｍｌのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＡ、Ｆ、Ｏ、またはＳまたはリポフェクタミン３０００単独（陰性対照）でトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された溶解物のＳＭＡＤ７（上のパネル）およびβ－アクチンローディング対照（下のパネル）でプローブされたウェスタンブロットを示す。図２Ｅは、１μｇ／ｍｌのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＡまたはＳ２０またはＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ３０００単独（陰性対照）でトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞から調製された溶解物のＳＭＡＤ７（上のパネル）およびβ－アクチンローディング対照（下のパネル）でプローブされたウェスタンブロットを示す。

【図3A】リポフェクタミン３０００単独で処理した細胞（陰性対照）と比較した、異なるＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチでのＨＣＴ－１１６細胞のトランスフェクション後のＳＭＡＤ７タンパク質発現の平均パーセンテージの差を示す棒グラフである。

【図3B】バッチＡ（陽性対照）に対するＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチの平均性能スコアを示す棒グラフである。

【図3C】リポフェクタミン３０００のみで処理した細胞（陰性対照）と比較した、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＡ、Ｘ、Ｋ、またはＴでトランスフェクトされたＨＣＴ－１１６細胞のＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ発現のリアルタイムＰＣＲ分析を示す棒グラフである。

【図4A】ＳＭＡＤ７ ＡＳＯのさまざまなバッチを受容する患者におけるクローン病活性指数（ＣＤＡＩ）スコアの平均変化を、４週間の毎日の治療の終わりのベースラインと比較して示す棒グラフである。

【図4B】図４Ａの臨床性能プロットについて患者を治療するために使用されたＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチの５６．５～５３．５ｐｐｍの領域における１４．１Ｔでの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものである。

【図5-1】図５Ａは、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）の２７の試験バッチ^１Ｈ－ＮＭＲスペクトルの重ね合わせである。

【図5-2】図５Bは、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）の２７の試験バッチの５７～５３ｐｐｍの領域における１４．１Ｔでの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものである。

【図5-3】図５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｈ、５Ｉ、５Ｊ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｐ、５Ｑ、５Ｒ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｙ、５Ｚ、５ＡＡ、５ＢＢ、および５ＣＣは、それぞれ、５６．５～５３．５ｐｐｍのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）のバッチＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、およびＳ２０の領域における^３１Ｐ ＮＭＲスペクトルである。

【図5-4】図５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｈ、５Ｉ、５Ｊ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｐ、５Ｑ、５Ｒ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｙ、５Ｚ、５ＡＡ、５ＢＢ、および５ＣＣは、それぞれ、５６．５～５３．５ｐｐｍのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）のバッチＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、およびＳ２０の領域における^３１Ｐ ＮＭＲスペクトルである。

【図5-5】図５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｈ、５Ｉ、５Ｊ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｐ、５Ｑ、５Ｒ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｙ、５Ｚ、５ＡＡ、５ＢＢ、および５ＣＣは、それぞれ、５６．５～５３．５ｐｐｍのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）のバッチＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、およびＳ２０の領域における^３１Ｐ ＮＭＲスペクトルである。

【図5-6】図５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｈ、５Ｉ、５Ｊ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｐ、５Ｑ、５Ｒ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｙ、５Ｚ、５ＡＡ、５ＢＢ、および５ＣＣは、それぞれ、５６．５～５３．５ｐｐｍのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）のバッチＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、およびＳ２０の領域における^３１Ｐ ＮＭＲスペクトルである。

【図5-7】図５Ｃ、５Ｄ、５Ｅ、５Ｆ、５Ｇ、５Ｈ、５Ｉ、５Ｊ、５Ｋ、５Ｌ、５Ｌ、５Ｍ、５Ｎ、５Ｏ、５Ｐ、５Ｑ、５Ｒ、５Ｓ、５Ｔ、５Ｕ、５Ｖ、５Ｗ、５Ｘ、５Ｙ、５Ｚ、５ＡＡ、５ＢＢ、および５ＣＣは、それぞれ、５６．５～５３．５ｐｐｍのＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）のバッチＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｖ、Ｗ、Ｘ、Ｙ、Ｚ、およびＳ２０の領域における^３１Ｐ ＮＭＲスペクトルである。

【図5-8】図５ＤＤは、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＡ（実線）およびバッチＹ（破線）の５６．５～５３．５ｐｐｍの領域における^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものである。

【図5-9】図５ＥＥは、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＰ（実線）およびＴ（破線）の５６．５～５３．５ｐｐｍの領域における^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものである。

【図5-10】図５ＦＦは、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ（配列番号１）バッチＡ、Ｂ、およびＤの５６．５～５３．５ｐｐｍの領域における^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものであり、これは、図７Ｄに提示されているＰＣＡスコアプロットにおける３つの別個の領域におけるバッチを表す。

【図6】ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの異なるバッチの可変温度円二色性スペクトルを示す。変曲点は灰色の円で示される。

【図7-1】図７Ａは、主成分分析（ＰＣＡ）のトレーニングセットとして使用された、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチＡ、Ｆ、Ｇ、Ｊ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、およびＺの５７～５３ｐｐｍの領域における^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを重ね合わせたものである。図７Ｂは、トレーニングセットとして使用された、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルで生成されたスクリープロットである。

【図7-2】図７Ｃは、トレーニングセットとして使用されたＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの最初の２つの成分を有するＰＣＡスコアプロットである。図７Ｄは、図７Ｃに示されるように、トレーニングセットを用いて生成されたＰＣＡプロット上に投影された追加のＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルのＰＣＡスコアプロットである。

【図8】図８Ａ－８Ｃは、術後の内視鏡的再発の証拠がないクローン病（ＣＤ）患者（ｉ０）、重度の内視鏡的再発があるクローン病（ＣＤ）患者（ｉ４）、および病変が確立されてたクローン病（ＣＤ）患者（すなわち、確立されたＣＤ）の終末回腸の代表的な内視鏡画像を示し（図８Ａ）、および異なる病期のＣＤ患者におけるＳＭＡＤ７陽性細胞の免疫組織化学染色（図８Ｂおよび図８Ｃ）を示す。図８Ｃの挿入図１～３は、より高い倍率の顕微鏡写真を示し、図８Ｃの挿入図４は、対照ＩｇＧによる免疫組織化学染色を示す。

【図9】図９Ａ－９Ｃは、内視鏡的再発のないＣＤ患者（ｉ０－ｉ１）、内視鏡的再発のあるＣＤ患者（ｉ２－ｉ４）、確立された病変を有するＣＤ患者（すなわち、確立されたＣＤ）、および対照群の患者の、腸粘膜全体（図９Ａ）、上皮（図９Ｂ）、および固有層（図９Ｃ）におけるＳＭＡＤ７陽性細胞の定量化を示す。各患者群について、３つの独立した実験のセクションごとに少なくとも５つの高倍率視野でＳＭＡＤ７陽性細胞を手動でカウントした。データは、中央値および四分位範囲として表示される。

【図10】図１０Ａ－１０Ｃは、回結腸手術後６ヶ月のＣＤ患者、回結腸手術後１２ヶ月のＣＤ患者、回結腸手術時に確立された病変を有するＣＤ患者、および対照群の患者からの全腸粘膜（図１０Ａ）、上皮（図１０Ｂ）、および固有層（図１０Ｃ）試料中のＳＭＡＤ７陽性細胞の定量化を示す。各患者群について、３つの独立した実験のセクションあたり少なくとも５つの高倍率視野においてＳＭＡＤ７陽性細胞を手動でカウントした。データは、中央値および四分位範囲として表示される。

【図11】図１１Ａおよび図１１Ｂは、免疫組織化学を介して分析された固有層ＳＭＡＤ７陽性細胞の数と、疾患の異なる段階にあるＣＤ患者においてフローサイトメトリーを介して分析された、ＩＦＮ－γ－陽性細胞のパーセンテージ（図１１Ａ）およびＩＬ－１７Ａ－陽性細胞（図１１Ｂ）のパーセンテージとの間の相関関係を示す。

【発明を実施するための形態】

【0045】

詳細な説明
本明細書では、とりわけ、複数のジアステレオマーを含むアンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド）などのオリゴヌクレオチドの組成物、ならびに薬理学的および／または臨床的効力を予測する方法、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）などの疾患または障害を治療、予防、および管理するための組成物を選択し、製造し、そして使用する方法を提供する。薬理学的および／または臨床的効力を予測する方法、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）などの疾患または障害を治療、予防、および管理するための組成物を選択し、製造し、そして使用する方法は、分光学的プロファイルを取得、比較、評価、および／または特徴付けする方法、および／またはケモメトリック分析を実施することを含む。ＳＭＡＤ７阻害剤（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド）を使用して、クローン病（ＣＤ）の術後再発を予防または治療する方法もまた、ここで提供される。また、本明細書では、対象におけるＣＤの術後再発を予測し、ＣＤの術後再発のリスクがある対象を同定する方法も提供される。

【0046】

定義
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」は、短いＤＮＡまたはＲＮＡ分子を指す。オリゴヌクレオチドは、２’－デオキシリボヌクレオチド（オリゴデオキシリボヌクレオチド）で構成することができ、リン酸骨格または２’糖の位置で修飾することができる。いくつかの実施形態では、本開示のオリゴヌクレオチドは、１つ以上のホスホロチオエート（ＰＳ）骨格修飾を有し、リン酸骨格中の非架橋酸素原子の１つ以上が硫黄原子で置換されている。いくつかの実施形態では、「ホスホロチオエートオリゴヌクレオチド」または「ＰＳオリゴヌクレオチド」は、Ｏ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合（すなわち、ホスホロチオエート結合）である少なくとも１つのヌクレオシド間結合を有する。いくつかの実施形態では、ＰＳオリゴヌクレオチドは、Ｏ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合（すなわち、ホスホロチオエート結合）であるすべてのヌクレオシド間結合を有する。

【0047】

本明細書で使用される「アンチセンスオリゴヌクレオチド」（「ＡＳＯ」）は、標的タンパク質（例えば、ＳＭＡＤ７）をコードするメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的な短い合成オリゴヌクレオチド配列を指す。特定の理論に拘束されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡ分子の相補的領域にハイブリダイズすることができ、それによって、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを分解するＲＮａｓｅ Ｈなどの遍在する触媒酵素の活性化をもたらすことができる二本鎖ハイブリッドを生成することができ、したがって、タンパク質の翻訳を妨げる。理論に縛られることなく、本明細書で提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡとしてその標的配列にハイブリダイズすることができる。したがって、たとえＤＮＡ配列が標的として提供されたとしても、対応するＲＮＡ配列（チミンの代わりにウラシルを含む）がＡＳＯとして含まれる。「ホスホロチオエートアンチセンスオリゴヌクレオチド」または「ＰＳ ＡＳＯ」は、ホスホロチオエート主鎖を有するように改変されたアンチセンスオリゴヌクレオチドである。

【0048】

本開示はまた、ＳＭＡＤ７の特異的阻害剤を投与することによって、炎症性腸疾患（例えば、クローン病の術後再発などのクローン病、および潰瘍性大腸炎）を治療する方法を提供する。本明細書で使用される「特異的阻害剤」は、分子標的に対して排他的にまたは高度の選択性で作用することを可能にする構造的および／または機能的特性を有する薬剤を指す。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７の特異的阻害剤は、ＳＭＡＤ７の発現および／または生物学的機能を低下させることができるが、他の分子、例えば分子への影響は全くないかまたは限定的である。他のＳＭＡＤファミリータンパク質。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７の特異的阻害剤は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る。

【0049】

本明細書で使用される場合、「デカペンタプレジックホモログ７に対するマザー」（「ＳＭＡＤ７」、ＣＲＣＳ３、ＦＬＪ１６４８２、ＭＡＤＨ７、ＭＡＤＨ８、ＭＡＤ（デカペンタプレジに対する母親、ショウジョウバエ）ホモログ７、ＭＡＤホモログ８、ＳＭＡＤ、ＤＰＰに対する母親）ホモログ７、ＤＰＰホモログ８に対するマザー）は、Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ Ｎｏ．４０９２によって識別される遺伝子およびその対立遺伝子バリアントによってコードされるヒトタンパク質または ｍＲＮＡ 転写産物のいずれかを意味する。

【0050】

本明細書で使用される場合、「ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド」または「ＳＭＡＤ７ ＡＳＯ」は、ＳＭＡＤ７遺伝子から転写されたｍＲＮＡ分子中の核酸配列に相補的な核酸配列を含むオリゴヌクレオチドを指すと理解される。より具体的には、そのようなオリゴヌクレオチドは、そのようなｍＲＮＡのコード領域における核酸配列に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７遺伝子、そのＲＮＡまたはタンパク質産物、またはその活性または発現がＳＭＡＤ７またはその産物の活性または発現に独占的または高度な特異性を与える別の分子実体を標的とする固有の機能的特性を有する。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞（例えば、ＰＢＭＣ、樹状細胞、またはＢ細胞などの免疫細胞）に導入されると、ＳＭＡＤ７の発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、遺伝子から転写されたｍＲＮＡの発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を低下させることができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが導入された細胞からの遺伝子によってコードされるタンパク質の分泌を減少させることができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、３、４、５、または６の配列、またはその薬学的に許容される塩を含む。

【0051】

本明細書で使用される場合、「薬理学的有効性」とは、原薬が所望のまたは意図した治療効果を生み出す能力を指す。したがって、「薬理学的に有効な」原薬は、所望のまたは意図した治療効果を生み出すことができる。本明細書で使用される場合、「臨床効果」とは、対象に投与された場合に、薬物物質が所望のまたは意図する効果を生み出す能力を指す。「治療効果」とは、あらゆる種類の治療後の反応を指し、その結果は有用または好ましいと判断される。原薬の効力の確立は、他の利用可能な原薬と比較して行われることが多く、それと比較されることを理解すべきである。いくつかの実施形態では、原薬の薬理学的および／または臨床的有効性は、疾患または障害（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）に関連する１つ以上の症状の存在、非存在または程度、組織組織学の分析、生化学的アッセイ、磁気共鳴画像法などの画像化法、または他の既知の方法によって評価され得る。例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの薬理学的および／または臨床的有効性は、クローン病患者へのＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与後のクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）スコアリングによって評価され得る。タンパク質またはＲＮＡの発現を調べる生化学的アッセイは、薬理学的および／または臨床的有効性を評価するために使用することもできる。有用なバイオマーカーの存在または発現レベルを評価して、疾患または障害の進行を評価し、それによって薬理学的および／または臨床的有効性を評価することもできる。

【0052】

「患者」、「個体」、および「対象」という用語は互換的に使用され、炎症性腸疾患などの疾患または障害を患っている、またはそれらと診断されている任意の動物を指す。クローン病（クローン病の術後再発など）または潰瘍性大腸炎（哺乳類、霊長類、およびヒトを含むがこれらに限定されない）。特定の実施形態では、患者は、例えば、ネコ、イヌ、またはウマなどの非ヒト哺乳動物であり得る。好ましい実施形態では、患者はヒト対象である。いずれの条件も、医療専門家の監督を必要としない。

【0053】

「疾患」、「障害」、および「状態」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。

【0054】

「治療すること」は、状態、疾患、障害、症状などの改善をもたらす任意の効果、例えば、軽減、軽減、調節、予防、または排除を含む。疾患状態には以下が含まれる。（１）疾患状態を阻害する、すなわち、疾患状態またはその臨床症状の進行を阻止すること、（２）疾患状態を緩和する、すなわち、疾患状態またはその臨床症状の一時的または永続的な退行を引き起こすこと、（３）病状の症状を軽減または緩和すること、または（４）疾患状態を予防する、例えば、疾患状態にさらされているか、または疾患状態にかかりやすいかもしれないが、まだ疾患状態の症状を経験していない、または示していない対象において、疾患状態の臨床症状が発生しないようにすること。

【0055】

本明細書で使用される場合、「予防すること」または「予防する」は、疾患、状態または障害の症状または合併症の発症を軽減または排除することを表す。「予防する」という用語は、炎症またはクローン病の再発などの状態に関連して使用される場合、当技術分野で認識されており、製剤、組成物、および／またはデバイスが、または、製剤、組成物、および／またはデバイスを受けていない対象と比較して、対象における医学的状態の徴候および／または症状の発症を遅らせる。本開示の方法が障害を予防することを対象とする限り、「予防する」という用語は、病状が完全に阻止されることを必要としないことが理解される。

【0056】

本明細書で使用される場合、「低減する」、または「低減すること」または「低減」などの単語の他の形態は、事象の発生率を低下させること、または特徴（例えば、炎症または病変）を軽減することを指す。これは通常、ある標準値または期待値との関係、つまり相対的なものであることが理解されるが、標準値または相対値を参照する必要は必ずしもない。

【0057】

本明細書で使用される場合、「症状を改善する」、または「症状を改善すること」などの用語の他の形態は、宿主における疾患または障害の１つ以上の症状の緩和を指し、および／または、治療剤の投与前および／または投与後に、疾患または障害に関連する特定の症状を阻害または排除する。

【0058】

本明細書で使用される場合、「管理する」、「管理」、「管理すること」などは、一般に、疾患の重症度または症状の発現を制御すること、または疾患を治療する手段を指す。一般に、管理は、望ましい薬理学的、生理学的、および／または臨床的効果を得るために使用される。効果は、疾患および／または疾患に起因する悪影響を部分的または完全に治癒すること、あるいは疾患の特定の症状もしくは兆候が患者において発生もしくは再発しないこと、または望ましくないもしくは患者の耐え難いレベルを生じないことを保証することによって、治療的であり得る。本明細書で使用される「管理」という用語は、哺乳動物、特にヒトにおける疾患の任意の管理を網羅し、以下を含む。（ａ）疾患を阻害する、すなわち、疾患の重症度または範囲が増大するのを防ぐこと、（ｂ）疾患を緩和する、すなわち、疾患の部分的または完全な改善を引き起こすこと、または（ｃ）疾患の再発を防止すること、すなわち、疾患の症状の以前の成功した治療または疾患の治療に続いて、疾患が活動状態に戻るのを防止すること。

【0059】

本明細書で使用される「クローン病」（「ＣＤ」）という用語は、胃腸管の慢性炎症を引き起こす炎症性腸疾患として、その通常の意味が与えられるものとする。クローン病は消化管のどの部分にも影響を与える可能性があるが、ほとんどの場合、小腸と結腸に影響を与える。クローン病患者では、外科的介入が必要になることがよくある。

【0060】

いくつかの実施形態では、本明細書で使用されるクローン病は、クローン病の術後再発であり得る。クローン病の術後再発は、組織学的所見または内視鏡的所見によって、または臨床症状を伴って現れることがある。「組織学的再発（ＨＲ）」は、回腸結腸内視鏡検査中に得られた粘膜生検における組織学的活動の存在であり、手術から１週間以内に観察され得る。内視鏡による評価は、術後の再発を判断し、医学的管理を導く上で貴重なツールである。Ｒｕｔｇｅｅｒｔのスコアリングシステムは、「内視鏡的再発（ＥＲ）」の評価に最も広く使用されている。スコアは、吻合に近位の回腸（新末端回腸）を評価することによって評価される。ｉ０は病変の証拠がないことを示す。ｉ１、５以下のアフタ性病変であり、ｉ２は、病変間の正常な粘膜を伴う５つを超えるアフタ性病変、またはより大きな病変の領域をスキップする、または回結腸吻合層に限定された病変に適用され、ｉ３は、びまん性に炎症を起こした粘膜を伴うびまん性アフタ性回腸炎を示し、ｉ４は、より大きな潰瘍、結節、または狭小化を伴うびまん性回腸炎症を示す。「レントゲン再発」とは、造影超音波検査やコンピューター断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴（ＭＲ）腸溶解検査などのレントゲン検査で症状が現れることである。「臨床的再発」は、例えばＣＤＡＩ＞１５０またはＣＤＡＩ＞２００として、クローン病患者の症状を定量化するために使用されるツールであるクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）を使用して定義される。

【0061】

本明細書に記載の方法は、クローン病の術後再発などのクローン病を有する対象を含む。いくつかの実施形態では、対象はクローン病の内視鏡的再発を有する可能性がある。内視鏡による再発の徴候には、病変（粘膜病変など）、アフタ、潰瘍、新末端回腸の内腔の狭窄、膿瘍、瘻孔、関節痛、下痢、胃痛またはけいれん、発熱、血尿、大便、および貧血などがあるが、これらに限定されない。

【0062】

本明細書の説明および特許請求の範囲を通じて、「含む」という言葉、および「含むこと」および「含有する」などの他の形態の言葉は、例えば、その他の添加物、コンポーネント、整数、または工程を含むがこれらに限定されない。

【0063】

「任意の」または「任意に」は、後に記述される事象または状況が発生する可能性があるか不可能であること、および記述が事象または状況が発生する場合と発生しない場合を含むことを意味する。

【0064】

本明細書で使用される「約」または「およそ」という用語は、定量値に関して使用される場合、特に断りのない限り、列挙された定量値自体を含む。本明細書で使用される「約」または「およそ」という用語は、別段の指示または文脈からの推測がない限り、列挙された定量値からの±１０％の変動を指す。本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することだけを目的としており、本開示の範囲を限定することを意図していない。

【0065】

本開示を通じて使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が明確に指示しない限り、複数の参照を含む。したがって、例えば、「組成物」への言及は、単一の組成物だけでなく、複数のそのような組成物を含み、「治療薬」への言及は、１つ以上の治療薬および／または医薬品および等価物への言及である それらは当業者に知られているなどである。本明細書で使用されるすべてのパーセンテージおよび比率は、別段の指示がない限り、重量によるものである。

【0066】

別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。矛盾する場合は、本明細書が優先される。本開示の実施または試験において、本明細書に記載のものと同様または同等の方法および材料を使用することができるが、適切な方法および材料を以下に記載する。

【0067】

本開示のオリゴヌクレオチド
本明細書では、とりわけ、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物が提供され、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーは、リン－３１核磁気共鳴（^３１Ｐ－（ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、（ｂ）第１主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２主成分２（ＰＣ２）スコアであって、（ｉ）ＰＣ１スコアが約－０．２０未満または約０．２５超であり、ＰＣ２スコアが約０．００未満であり、または（ｉｉ）ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３１の範囲外である、および／またはＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。

【0068】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＳＯは、Ｘが５－メチル２’－デオキシシチジンである配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）と少なくとも９０％同一の配列を有する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号１と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマー（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）を含み、ここで、Ｘは５－メチル２’－デオキシシチジンである。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）による配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含み、Ｘは５－メチル２’－デオキシシチジンである。

【0069】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＳＯは、Ｘが５－メチル２’－デオキシシチジンである配列番号２（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＸＧＣＡＧＣ－３’）と少なくとも９０％同一の配列を有する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号２と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。

【0070】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＳＯは、配列番号３と少なくとも９０％同一の配列（５’－ＧＴＸＹＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＹＣＡＧ－３’）を有し、Ｘは、配列番号２を含むヌクレオチドである。ＸおよびＹはメチル化窒素塩基を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号３と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。

【0071】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、Ｘが５－メチル２－デオキシシチジンである配列番号４（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ－３’）と少なくとも９０％同一の配列を有する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号４と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。

【0072】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、配列番号５と少なくとも９０％同一の配列（５’－ＧＴＣ＊ＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣ＊ＹＣＡＧＣ－３’）を有し、ここで、Ｃ＊はは５－メチル－２’－デオキシシチジンであり、Ｙはグアニン、５－メチルグアニン、または２’－Ｏ－メチルグアニンの窒素含有塩基を含むヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号５と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。

【0073】

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＳＯは、配列番号６と少なくとも９０％同一の配列（５’－ＧＴＣ＊ＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＣ＊ＹＣＡＧＣ－３’）を有し、ここで、Ｃ＊は５－メチル－２’－デオキシシチジンであり、Ｙはグアニン、５－メチルグアニン、または２’－Ｏ－メチルグアニンの窒素含有塩基を含むヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号６と少なくとも９５％同一の配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列を有するＳＭＡＤ７ＡＳＯの複数のジアステレオマーを含む。配列番号６による。

【0074】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは化学修飾されている。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、リン酸骨格中の非架橋酸素原子の１つが硫黄原子で置換されているホスホロチオエート（ＰＳ）オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、Ｏ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合（すなわち、ホスホロチオエート結合）である少なくとも１つのヌクレオシド間結合を有する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、Ｏ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合（すなわち、ホスホロチオエート結合）であるすべてのヌクレオシド間結合を有する。

【0075】

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される意図される組成物は、薬学的に許容される塩、例えば、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６のアンチセンスオリゴヌクレオチドのナトリウム塩を含み得る。これは任意に、１～２０個のＯ，Ｏ結合ホスホロチオエートヌクレオシド間結合（すなわち、ホスホロチオエート結合）を含み得る。いくつかの実施形態では、企図されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号１の対イオンを含まない遊離酸形態、塩形態、または陰イオン形態を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドである。ここで、２０個のヌクレオシド間結合のそれぞれは、Ｏ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６のホスホロチオエート骨格は、完全にまたは部分的にプロトン化されて、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６の酸性形態を形成する。オリゴヌクレオチドの意図される塩には、それらが含まれる例えば、各ホスホロチオエート結合は、Ｎａ^＋などのイオンと会合している。いくつかの実施形態では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６のアンチセンスオリゴヌクレオチドの塩は、部分的にのみである。中和された、例えば、すべてのホスホロチオエート結合がイオンと結合しているわけではない（例えば、９９％未満、９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満、５５％未満、５０％未満、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０未満％、１５％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、または１％未満が中和される）。オリゴヌクレオチドは、天然に存在する核酸塩基、糖、およびヌクレオシド間（骨格）共有結合、ならびに天然に存在しない部分を含み得る。さまざまな実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、または配列番号６は、５－メチル－２’－デオキシシチジン５’－一リン酸および５－メチル－２’－デオキシシチジン５’－モノホスホロチオエートを含むがこれらに限定されない、デオキシシチジンおよび／または５－メチル２’－デオキシシチジンを含むヌクレオチドを含むか、または含み得る。

【0076】

いくつかの実施形態では、配列番号１の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物は、５０ミリモル超、１００ミリモル超、２００ミリモル超、３００ミリモル超、４００ミリモル超、５００ミリモル超、６００ミリモル超、７００ミリモル超、８００ミリモル超、９００ミリモル超、１モル超、１．５モル超、２モル超、２．５モル超、３モル超、４モル超、または５モル超の配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、配列番号１の複数のジアステレオマーを２モルより多く含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、４モル未満、３モル未満、２．５モル未満、２モル未満、１．５モル未満、１モル未満、９００ミリモル未満、８５０ミリモル未満、８００ミリモル未満、７５０ミリモル未満、７００ミリモル未満、６５０ミリモル未満、６００ミリモル未満、５５０ミリモル未満、５００ミリモル未満、４５０ミリモル未満、４００ミリモル未満、３５０ミリモル未満、３００ミリモル未満、２５０ミリモル未満、２００ミリモル未満、１５０ミリモル未満、または１００ミリモル未満の配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１００ミリモル超～約５モルのｐＩを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、１００ミリモル超～約２モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、３００ミリモル超～約５モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、３００ミリモル超～約２モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、９００ミリモル超～約５モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、９００ミリモル超～約２モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、３００ミリモル超～約９００ミリモルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、３００ミリモル超～約５モル、３００ミリモル超～約４モル、３００ミリモル超～約３モル、３００ミリモル超～約２．５モル、３００ミリモル超～約２モル、３００ミリモル超～約１．５モル、３００ミリモル超～約１モル、３００ミリモル超～約９００ミリモル、３００ミリモル超～約８００ミリモル、３００ミリモル超～約７００ミリモル、３００ミリモル超～約６００ミリモル、３００ミリモル超～約５００ミリモル、３００ミリモル超～約４００ミリモル、４００ミリモル超～約５モル、４００ミリモル超～約４モル、４００ミリモル超～約３モル、４００ミリモル超～約２．５モル、４００ミリモル超～約２モル、４００ミリモル超～約１．５モル、４００ミリモル超～約１モル、４００ミリモル超～約９００ミリモル、４００ミリモル超～約８００ミリモル、４００ミリモル超～約７００ミリモル、４００ミリモル超～約６００ミリモル、４００ミリモル超～約５００ミリモルミリモル、５００ミリモル超～約５モル、５００ミリモル超～約４モル、５００ミリモル超～約３モル、５００ミリモル超～約２．５モル、５００ミリモル超～約２モル、５００超ミリモル～約１．５モル、５００ミリモル超～約１モル、５００ミリモル超～約９００ミリモル、５００ミリモル超～約８００ミリモル、５００ミリモル超～約７００ミリモル、５００ミリモル超～約６００ミリモル、６００ミリモル超～約５モル、６００ミリモル超～約４モル、６００ミリモル超～約３モル、６００ミリモル超～約２．５モル、６００ミリモル超～約２モル、６００ミリモル超～約１．５モル、６００ミリモル超～約１モル、６００ミリモル超～約９００ミリモル、６００ミリモル超～約８００ミリモル、超６００ミリモル超～約７００ミリモル、７００ミリモル超～約５モル、７００ミリモル超～約４モル、７００ミリモル超～約３モル、７００ミリモル超～約２．５モル、７００ミリモル超～約２モル、７００ミリモル超～約１．５モル、７００ミリモル超～約１モル、７００ミリモル超～約９００ミリモル、７００ミリモル超～約８００ミリモル、８００ミリモル超～約５モル、８００ミリモル超～約４モル、８００ミリモル超～約３モル、８００ミリモル超～約２．５モル、８００ミリモル超～約２モル、８００ミリモル超モルから約１．５モルまで、８００ミリモル超から約１モルまで、８００ミリモル超から約９００ミリモルまで、９００ミリモル超から約５モルまで、９００ミリモル超から約４モルまで、９００ミリモル超から約３モルまで、９００ミリモル超～約２．５モル、９００ミリモル超～約２モル、９００ミリモル超～約１．５モル、９００ミリモル超～約１モル、１モル超～約５モル、１モル超～約４モル、１モル超～約３モル、１モル超～約２．５モル、１モル超～約２モル、１モル超～約１．５モル、１．５モル超～約５モル、１．５モル超～約４モル、１．５モル超～約３モル、１．５モル超～約２．５モル、１．５モル超～約２モル、２モル超～約５モル、２モル超～約５モル、２モル超～約３モル、２モル超～約２．５モル、２．５モル超～約５モル、２．５モル超～約４モル、２．５モル超～約３モル、３モル超～約５モル、３モル超～約４モル、または４モル超～約５モルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、約１モル、約９００ミリモル、約８５０ミリモル、約８００ミリモル、約７５０ミリモル、約７００ミリモル、約６５０ミリモル、約６００ミリモル、約５５０ミリモル、約５００ミリモル、約４５０ミリモル、約４００ミリモル、約３５０ミリモル、約３００ミリモル、約２５０ミリモル、約２００ミリモル、約１５０ミリモル、または約１００ミリモルの配列番号１の複数のジアステレオマーを含む。

【0077】

いくつかの実施形態では、本開示のＳＭＡＤ７を標的とするオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１）または本明細書に開示される医薬組成物（例えば、配列番号１の複数のジアステレオマーを含む組成物）は、ＳＭＡＤ７発現をダウンレギュレートする。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７発現は、ＳＭＡＤ７タンパク質および／またはｍＲＮＡ発現である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７タンパク質発現は、未処理の細胞と比較して、約１０％を超えて、約１５％を超えて、約２０％を超えて、約２５％を超えて、約３０％を超えて、約３５％を超えて、約４０％を超えて、約４５％を超えて、約５０％を超えて、約５５％を超えて、約６０％を超えて、または約６５％を超えて、細胞内でダウンレギュレートされる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７タンパク質の発現は、未処理の細胞と比較して、約４０％を超えて細胞内でダウンレギュレートされる。いくつかの実施形態において、細胞におけるＳＭＡＤ７タンパク質発現のダウンレギュレーションは、実施例２に記載されるように決定され得る。

【0078】

ジアステレオマーのプロファイル
いくつかの実施形態では、複数のジアステレオマーは、特徴付けられたジアステレオマーのプロファイルを有する。薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルを有する。いくつかの実施形態では、複数のジアステレオマーは、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルを有する。薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトル、^１Ｈ－ＮＭＲスペクトル、^１３Ｃ－ＮＭＲスペクトル、およびＶＴＣＤスペクトルのうちの少なくとも１つである。

【0079】

いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルである。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲは約１４．１Ｔで実施される。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲは溶液中で実施される。

【0080】

いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．８ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に異なる強度の２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５５．０～５５．４ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、独立して、５４．８ｐｐｍ、５４．９ｐｐｍ、５５．０ｐｐｍ、５５．１ｐｐｍ、５５．２ｐｐｍ、５５．３ｐｐｍ、５５．４ｐｐｍ、および／または５５．５ｐｐｍで、１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍで１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍで１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、独立して、５４．８ｐｐｍ、５４．９ｐｐｍ、５５．０ｐｐｍ、５５．１ｐｐｍ、５５．２ｐｐｍ、５５．３ｐｐｍ、５５．４ｐｐｍ、および／または５５．５ｐｐｍで、２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する

【0081】

いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、主成分分析（ＰＣＡ）に供される場合、約－０．２０を下回るかまたは約０．２５をを上回る第１主成分１（ＰＣ１）スコアおよび約０．００を下回る第２主成分（ＰＣ２）スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、－０．３２～０．３１の範囲外のＰＣ１スコアおよび／または０．００～０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、は、ＰＣＡを受けた場合、約０．２５をを上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、約－０．４７～約－０．２０のＰＣ１スコアおよび約－０．２７～約０．００のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、約０．６５～約０．９のＰＣ１スコアおよび約－０．４７～約０．００のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、ＰＣ２スコアが０．００を上回り、０．２０を下回る場合、－０．３２～０．３０の範囲外であるＰＣ１スコアを含む。いくつかの実施形態において、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供される場合、ＰＣ１が－０．３２より上で０．３０より下である場合、０．００～０．２０の範囲外であるＰＣ２スコアを含む。

【0082】

いくつかの実施形態では、ＰＣＡは、モデリングデータセットを使用して主成分を選択することを含む。いくつかの実施形態では、モデリングデータセットは、例えば、図５Ｃ－５ＣＣに示される^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルから選択される、５、６、７、８、９、１０、または最大２７の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。いくつかの実施形態では、モデリングデータは、１０個の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトル、例えば、図５Ｃ、５Ｌ、５Ｘ、５Ｈ、５Ｐ、５Ｉ、５Ｍ、５Ｔ、５Ｓ、５ＢＢに示される１０個の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。

【0083】

いくつかの実施形態では、主成分は、モデリングデータセットの６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、または９９％超の分散を占めるように選択される。いくつかの実施形態では、主成分は、モデリングデータセットの９０％を超える分散を占めるように選択される。いくつかの実施形態では、ＰＣＡは、実施例７に記載されるように実施され得る。

【0084】

いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、^１Ｈ－ＮＭＲスペクトルである。いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、^１３Ｃ－ＮＭＲスペクトルである。

【0085】

いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、少なくともＶＴＣＤスペクトルである。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４０℃から５５℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４２℃から４８℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４４℃から４６℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。一部の実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、約４５℃に変曲点を有する。

【0086】

本開示の炎症性腸疾患を治療する方法
本明細書では、特定の実施形態において、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の複数のジステレオマーを含む、炎症性腸疾患を治療する際の使用のための医薬組成物が提供され、ここで、複数のジアステレオマーは、ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびにｂ）（ｉ）約－０．２０を下回りまたは約０．２５を超える第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび約０．００を下回る第２の主成分２（ＰＣ２）スコア、または（ｉｉ）ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３１の範囲外である、および／またはＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１～６のいずれか１つから選択される配列またはその薬学的に許容される塩を含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、すべてのヌクレオシド間結合がＯ，Ｏ結合ホスホロチオエート結合であり、Ｘが５－メチル２’－デオキシシチジンである配列番号１（５’－ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ－３’）に従う配列を有する。

【0087】

提供される方法のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの複数のジアステレオマーは、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルを有する。いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ならびに、ｂ）主成分分析によって決定されるような、第１の主成分１（ＰＣ１）スコアおよび第２の主成分２（ＰＣ２）スコアを含む^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルであり、ここで、（ｉ）上記ＰＣ１スコアは約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回り、かつ上記ＰＣ２スコアは約０．００を下回り、または（ｉｉ）上記ＰＣ１スコアは－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／もしくは上記ＰＣ２スコアは０．００から０．２０の範囲外である。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ａ）約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｂ）約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコア、ｃ）約－０．４７～約－０．２０のＰＣ１スコアおよび約－０．２７～約０．００のＰＣ２スコア、ならびに／またはｄ）約０．６５から約０．９までのＰＣ１スコアおよび約－０．４７から約０．００までのＰＣ２スコア、ｄ）ＰＣ２スコアが０．００を上回り０．２０を下回る場合、ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３０の範囲外であり、および／またはｆ）ＰＣ１が－０．３２より上でかつ０．３０より下の場合、ＰＣ２スコアは０．００から０．２０の範囲外である。

【0088】

いくつかの実施形態では、薬理学的および／または臨床的有効性を示す分光プロファイルは、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトル、^１Ｈ－ＮＭＲスペクトル、^１３Ｃ－ＮＭＲスペクトル、およびＶＴＣＤスペクトルのうちの少なくとも１つである。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．８ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間に異なる強度の２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、５５．０～５５．４ｐｐｍの間に１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、独立して、５４．８ｐｐｍ、５４．９ｐｐｍ、５５．０ｐｐｍ、５５．１ｐｐｍ、５５．２ｐｐｍ、５５．３ｐｐｍ、５５．４ｐｐｍ、および／または５５．５ｐｐｍの１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍに１つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、独立して、５４．８ｐｐｍ、５４．９ｐｐｍ、５５．０ｐｐｍ、５５．１ｐｐｍ、５５．２ｐｐｍ、５５．３ｐｐｍ、５５．４ｐｐｍ、および／または５５．５ｐｐｍで、２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．８ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５４．９ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．０ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．１ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．２ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．３ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．４ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約５５．５ｐｐｍで２つ以上の共鳴を有する。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡを受けた場合、約－０．２０を下回るかまたは約０．２５を上回るＰＣ１スコアおよび約０．００下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供された場合、－０．３２～０．３１の範囲外のＰＣ１スコアおよび／または０．００～０．２０の範囲外のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＡを受けたときの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約－０．２０を下回るＰＣ１スコアおよび約０．００を下回るＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＡを受けたときの３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、約０．２５を上回るＰＣ１スコアと約０．００を下回るＰＣ２スコアで構成される。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供された場合、約－０．４７～約－０．２０のＰＣ１スコアおよび約０．２７～約０．００のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供された場合、約０．６５～約０．９のＰＣ１スコアおよび約０．４７～約０．００のＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供された場合、ＰＣ２スコアが０．００を上回り、０．２０を下回る場合、－０．３２～０．３０の範囲外であるＰＣ１スコアを含む。いくつかの実施形態では、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、ＰＣＡに供された場合、ＰＣ１が－０．３２を上回り０．３０を下回る場合、０．００～０．２０の範囲外であるＰＣ２スコアを含む。いくつかの実施形態において、ＰＣＡは、実施例７に記載されるように実行され得る。いくつかの実施形態において、ＰＣＡは、モデリングデータセットを使用して主成分を選択することを含む。いくつかの実施形態では、モデリングデータセットは、例えば、図５Ｃ－５ＣＣに示される^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルから選択される、５、６、７、８、９、１０、または最大２７の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。いくつかの実施形態では、モデリングデータは、１０個の３１Ｐ－ＮＭＲスペクトル、例えば、図５Ｃ、５Ｌ、５Ｘ、５Ｈ、５Ｐ、５Ｉ、５Ｍ、５Ｔ、５Ｓ、および５ＢＢに示される１０個の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを含む。いくつかの実施形態では、主成分は、６５％超、７０％超、７５％超、８０％超、８５％超、９０％超、９５％超、または９９％超のモデリングデータセットの分散を占めるように選択される。いくつかの実施形態では、主成分は、モデリングデータセットの９０％を超える分散を占めるように選択される。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４０℃から５５℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４２℃から４８℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、４４℃から４６℃の間に少なくとも１つの変曲点を有する。いくつかの実施形態では、ＶＴＣＤスペクトルは、約４５℃に変曲点を有する。

【0089】

炎症性腸疾患
本明細書に開示されるのは、特定の実施形態において、それを必要とする対象における炎症性腸疾患またはその症状を治療、予防、および／または改善する方法であって、複数のジアステレオマーを含む医薬組成物を対象に投与することを含む方法である。複数のジアステレオマーが、ａ）５４．８から５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ｂ）（ｉ）約－０．２０未満または約０．２５を超えるＰＣ１スコアおよび約０．００未満のＰＣ２スコア；または（ｉｉ）ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３１の範囲外である、および／またはＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患を治療する方法であって、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの複数のジアステレオマーを含む医薬組成物を投与することを含む方法が本明細書に提供され、ここで、複数のジアステレオマーは、５４．８～５５．５ｐｐｍの間の１つ以上の共鳴、ｂ）（ｉ）約－０．２０未満または約０．２５を超えるＰＣ１スコアおよび約０．００未満のＰＣ２スコア；または（ｉｉ）ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３１の範囲外であり、および／またはＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。

【0090】

いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、クローン病または潰瘍性大腸炎であり得る。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患はクローン病または潰瘍性大腸炎である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患はクローン病である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎である。いくつかの実施形態では、提供される方法は、腹痛、下痢、直腸出血、骨盤領域における重度の内部けいれん／筋肉痙攣、体重減少、貧血を含むがこれらに限定されない、炎症性腸疾患に関連する１つ以上の症状を軽減または緩和する。いくつかの実施形態では、提供される方法は、対象におけるクローン病活動性指数（ＣＤＡＩ）スコアを低下させる。

【0091】

クローン病（ＣＤ）の術後再発
本明細書に開示されるのは、特定の実施形態において、それを必要とする対象における術後ＣＤまたはその症状を治療、予防、および／または改善する方法であって、ＳＭＡＤ７の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物を対象に投与することを含む方法である。複数のジアステレオマーが、５４．８～５５．５ｐｐｍの間で１つ以上の共鳴、およびｂ）（ｉ）約－０．２０未満または約０．２５を超えるＰＣ１スコアおよび約０．００未満のＰＣ２スコア、または（ｉｉ）ＰＣ１スコアが－０．３２から０．３１の範囲外である、および／またはＰＣ２スコアが０．００から０．２０の範囲外である。

【0092】

ＳＭＡＤ７発現は、術後のＣＤ患者においてアップレギュレートされる可能性がある。いくつかの実施形態では、術後ＣＤ患者は、任意の疾患段階、例えば、術後ＣＤの初期段階または術後ＣＤの再発期にあり得る。様々な実施形態において、術後ＣＤの初期段階は、術後ＣＤの再発期前のＣＤの任意の疾患段階であり得る。いくつかの実施形態では、術後ＣＤの初期段階は、高レベルの炎症性サイトカイン（例えば、Ｔｈ１サイトカイン）を分泌する免疫細胞の大量浸潤によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、初期段階のＣＤ（例えば、術後ＣＤの初期段階）は、内視鏡による再発が現れる前の段階である。したがって、特定の実施形態では、早期ＣＤ患者は、内視鏡再発のない術後ＣＤ患者（例えば、ｉ０またはｉ１のラトゲールツスコア）であり得る。いくつかの実施形態では、全腸粘膜、粘膜上皮および／または固有層におけるＳＭＡＤ７発現細胞の数は、疾患の後期段階（例えば確立期ＣＤ）における細胞の数より多い。本明細書に記載されるように、確立期のＣＤ（例えば、術後ＣＤの再発期）を有する患者は、慢性活動性疾患を有する患者である。いくつかの実施形態では、確立されたフェーズＣＤを有する患者（例えば、術後ＣＤ患者）は、医学的処置に対する応答性が低い可能性がある。いくつかの実施形態では、確立されたフェーズＣＤを有する患者（例えば、術後ＣＤ患者）は、外科的介入から利益を得ることができる。特定の実施形態では、確立期ＣＤは、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ）（例えば、ＣＤＡＩ≧１５０、ＣＤＡＩ≧２００、またはＣＤＡＩ≧２５０）またはルイススコア（ＬＳ）（例えば、ＬＳ≧７００、ＬＳ≧７５０、またはＬＳ≧７９０）。

【0093】

術後ＣＤ患者におけるアップレギュレートされたＳＭＡＤ７発現は、ＣＤの術後再発および／または患者がＣＤ再発のリスクにあることを示している可能性がある。いくつかの実施形態では、ＣＤの再発は、内視鏡再発、組織学的再発、Ｘ線撮影再発、臨床再発、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、ＣＤの再発は内視鏡的再発であり得る。いくつかの実施形態では、内視鏡的再発は、病変（例えば、粘膜病変）、アフタ、潰瘍、新末端回腸における管腔の狭小化、膿瘍、瘻孔、関節痛、下痢、胃の痛みまたはけいれん、発熱、血便、貧血、およびそれらの組み合わせである。

【0094】

ＳＭＡＤ７の発現は、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡまたはＳＭＡＤ７タンパク質の発現レベルを測定するための当技術分野で公知の方法によって決定することができる。例えば、ＳＭＡＤ７タンパク質発現レベルは、例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、タンパク質免疫沈降、免疫電気泳動、ウエスタンブロット、タンパク質免疫染色、および分光法（例えば、クロマトグラフィー、質量分析）によって定量化され得る。ＳＭＡＤ７遺伝子発現レベルは、例えば、リアルタイムＰＣＲ（定量的ＰＣＲ、ｑＰＣＲ）、マイクロアレイ、次世代シーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）、ノーザンブロッティング、および遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）によって定量化することができる。

【0095】

ＳＭＡＤ７発現がアップレギュレートされているかどうかを決定するために、ＳＭＡＤ７の発現レベルを対照値と比較することができる。いくつかの実施形態では、対照値は、外科的治療前または外科的治療中にＣＤ患者におけるＳＭＡＤ７の発現レベルを測定することによって決定され得る。いくつかの実施形態では、対照値は、ＣＤのない対象におけるＳＭＡＤ７の発現レベルを測定することによって決定され得る。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７の発現レベルは、既知の対照レベルと比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％上昇している。

【0096】

いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７発現のアップレギュレーションは統計的に有意である。いくつかの実施形態では、ＣＤのない対象のそれと比較した、ＣＤ患者の粘膜（例えば、回腸粘膜）におけるＳＭＡＤ７発現レベルの上昇は、統計的に有意である。ＣＤ患者は術後のＣＤ患者であってもよい。いくつかの実施形態において、手術後のＣＤ患者の粘膜（例えば、回腸粘膜）におけるＳＭＡＤ７発現レベルの上昇は、確立されたＣＤ患者のものと比較して、統計的に有意である。統計的有意性は、スチューデントのＴ検定やマン・ホイットニーのＵ検定などの標準的な統計検定を使用して決定できる。

【0097】

いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤの術後再発を予防または治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＭＡＤ７を阻害することによってＣＤの術後再発を予防または治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７を阻害することは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物を対象に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯは、配列番号１～６のいずれか１つから選択される核酸塩基配列またはその薬学的に許容される塩を含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の複数のジアステレオマーを含む医薬組成物である。

【0098】

いくつかの実施形態では、医薬組成物を経口投与することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象者が受けるＣＤの外科的処置の約２時間後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２時間後、数週間後、約１ヶ月後、約２ヶ月後、約３ヶ月後、約４ヶ月後、約５ヶ月後、約６ヶ月後、約７ヶ月後、約８ヶ月後、約９ヶ月後、約１０ヶ月後、約１１ヶ月後、または約１２ヶ月後に投与され得る。

【0099】

いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤを有する対象におけるＣＤの術後再発を予測する方法を提供し、対象からの試料中のＳＭＡＤ７のレベルを決定することを含み、既知の対照レベルと比較した上昇したＳＭＡＤ７レベルが予測的であるＣＤの再発について。 ＣＤの術後再発のリスクがある対象を同定する方法であって、対象由来のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定することを含む方法も本明細書において提供され、ここで、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルは、その対象を、ＣＤの再発のリスクがあると同定する。いくつかの実施形態では、提供される方法の既知の対照レベルは、外科的治療前または外科的治療中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルである。いくつかの他の実施形態では、既知の対照レベルは、ＣＤのない健康な対象におけるＳＭＡＤ７のレベルである。いくつかの実施形態では、提供される方法は、ＳＭＡＤ７レベルが既知の対照レベルと比較して上昇している場合、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯを含む医薬組成物を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、ＳＭＡＤ７レベルが既知の対照レベルに対して上昇していない場合、対象からの第２のサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルを決定することを含む。いくつかの実施形態では、提供される方法は、所定の期間（例えば、ＣＤの外科的治療後の約１時間、約３時間、約６時間、約１２時間、約１日、約３日、約１週間、約２週間、約１ヶ月、約２ヶ月、約３ヶ月、約４ヶ月、約５ヶ月、約６ヶ月、約７ヶ月、約８ヶ月、約９ヶ月、約１０ヶ月、約１１ヶ月、または約１２ヶ月）対象におけるＳＭＡＤ７レベルをモニタリングすることを含む。

【0100】

いくつかの実施形態では、提供される方法の対象は、ＣＤに対する少なくとも１つの外科的治療を受けていてもよい。いくつかの実施形態では、外科的処置は、腸切除、回結腸切除、結腸切除、直腸結腸切除、狭窄形成術、回腸造瘻術、肛門瘻切開術、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、外科的治療は回結腸切除である。

【0101】

いくつかの実施形態では、提供される方法の対象は、術後再発の徴候を示さない場合がある。いくつかの実施形態では、対象は、術後再発の少なくとも１つの徴候を示す。いくつかの実施形態では、術後再発は、内視鏡再発、組織学的再発、Ｘ線撮影再発、臨床再発、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、対象は、内視鏡再発の少なくとも１つの徴候を示す。いくつかの実施形態では、術後再発の徴候は、病変（例えば、粘膜病変）、アフタ、潰瘍、新末端回腸の内腔の狭小化、膿瘍、瘻孔、関節痛、下痢、胃痛からなる群から選択され得る。またはけいれん、発熱、血便、貧血、およびそれらの組み合わせ。いくつかの実施形態では、術後再発の徴候は、粘膜病変などの病変であり得る。

【0102】

いくつかの実施形態では、提供される方法の対象からの少なくとも１つのサンプルは、既知の対照レベルと比較して上昇したＳＭＡＤ７レベルを有し得る。いくつかの実施形態では、提供される方法の既知の対照レベルは、外科的治療前または外科的治療中に対象から収集されたサンプル中のＳＭＡＤ７のレベルである。いくつかの他の実施形態では、既知の対照レベルは、ＣＤのない健康な対象におけるＳＭＡＤ７のレベルである。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７レベルは、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７タンパク質レベルであり得る。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７レベルは、既知の対照レベルと比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約６０％、または少なくとも約８０％上昇している。いくつかの実施形態では、提供される方法の対象からのサンプルは、皮膚または粘膜組織サンプルなどの組織サンプルであってもよい。いくつかの実施形態では、サンプルは粘膜組織サンプルであってもよい。いくつかの実施形態では、対象からの組織サンプル（例えば、対象の小腸、大腸、および／または新末端回腸からの組織サンプル）を、細胞の供給源、ＲＮＡの供給源、タンパク質、またはサンプル中のＳＭＡＤ７陽性細胞の量を測定するための薄切片のソース、例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）またはフローサイトメトリーを使用する。組織サンプルは、内視鏡生検、切除生検、または切開生検などの従来の生検器具および手順を使用して得ることができる。組織サンプルは、細胞選別、ＲＮＡ抽出、タンパク質抽出、または薄切片の調製に十分な任意の形態であり得る。したがって、組織サンプルは、新鮮であるか、適切な極低温技術によって保存されているか、または非極低温技術によって保存されている可能性がある。臨床生検標本を処理するための例示的な標準プロセスは、組織サンプルをホルマリンで固定し、次にそれをパラフィンに包埋することである。この形態のサンプルは、一般にホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織として知られている。その後の分析のための組織調製の適切な技術は、当業者に周知である。いくつかの実施形態では、対象からの試料は、ＣＤの外科的治療の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約１ヶ月後、約２ヶ月後、約３ヶ月後、約４ヶ月後、約５ヶ月後、約６ヶ月後、約７ヶ月後、約８ヶ月後、約９ヶ月後、約１０ヶ月後、約１１ヶ月後、または約１２ヶ月後に収集され得る。

【0103】

本開示の分光技術
いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの分光プロファイルを評価することに関する。分光学的プロファイルは、例えば、円二色性（例えば、可変温度円二色性）、蛍光分光法、質量分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法（例えば、Ｐｈｏｓｐｈｏｒｕｓ－３１ＮＭＲ、^１Ｈ－ＮＭＲ、^１３Ｃ－ＮＭＲ）、ラマン分光法、紫外可視分光法、Ｘ線光電子分光法。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの分光プロファイルを評価することによって、オリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価する方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯの分光学的プロファイルが取得され、「取得すること」は、分光分析を実行し、^３１Ｐ－ＮＭＲ、^１Ｈ－ＮＭＲ、^１３Ｃ－ＮＭＲ、およびＶＴＣＤのうちの少なくとも１つのデータを取得すること、および／または既に実施された^３１Ｐ－ＮＭＲ分析、^１Ｈ－ＮＭＲ分析、^１３Ｃ－ＮＭＲ分析、ＶＴＣＤ分析の少なくとも１つの分光データを取得することを指す。本開示はさらに、オリゴヌクレオチドの分光プロファイルを評価することによって、オリゴヌクレオチドの薬理学的有効性を予測する方法を提供する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの分光プロファイルを評価することにより、薬理学的および／または臨床的に有効なオリゴヌクレオチドを選択する方法が本明細書に提供される。

【0104】

リン－３１核磁気共鳴（ ^３１ Ｐ－ＮＭＲ）分光法
^３１Ｐ－ＮＭＲ分光法は、核磁気共鳴を使用してリン含有分子を研究する一般的な分析化学技術であり、例えばＤＮＡおよびＤＮＡ断片の構造および動力学を調査する。^３１Ｐ－ＮＭＲは、共鳴範囲が広く、分子内に存在するさまざまなリン原子の化学的環境に関する特定の情報を提供するため、非常に感度が高い場合がある。一次情報（化学環境に関連する個々の^３１Ｐ原子の共鳴）に加えて、各ピークの微細構造は、分子の局所配座に関する情報を提供できる（一結合および三結合結合定数の測定による）。

【0105】

ホスホロチオエート（ＰＳ）オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合のリン原子に１つ以上のキラルＰＳ中心を有する。そのようなＰＳオリゴヌクレオチドは、ジアステレオマーの混合物である。例えば、２１量体マニホールドであるＰＳアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）は、リン原子で２^２０の可能なジアステレオマーを有する。

【0106】

ＰＳ ＡＳＯを^３１Ｐ－ＮＭＲ分光法（例えば、溶液^３１Ｐ－ＮＭＲ分光法）に供される場合、２０個のリン原子を有する各ジアステレオマーは、多かれ少なかれ分解された２０までの３１ＰＮＭＲ線を示すと予想される。各^３１Ｐ原子は同様の化学環境で発見され、共鳴分散は控えめである。しかし、ジアステレオマーの異なる立体化学から生じる二次的効果は、高分解能スペクトルで^３１Ｐ共鳴を調べることによって調べることができる。

【0107】

いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの溶液^３１Ｐ－ＮＭＲを評価することに関する。いくつかの実施形態では、本開示は、溶液^３１Ｐ－ＮＭＲ分光法を使用してオリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価する方法を提供する。

【0108】

いくつかの実施形態では、「共鳴」、「シグナル」、「化学シフト」、「ピーク」、および「成分」は、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルに関して交換可能に使用される。

【0109】

プロトン核磁気共鳴（ ^１ Ｈ－ＮＭＲ）分光法
^１Ｈ－ＮＭＲは、その分子の構造を決定するために、物質の分子内の水素－１核に関するＮＭＲ分光法における核磁気共鳴の適用である。

【0110】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドのＰＳ結合は、オリゴヌクレオチドの全体的な立体化学およびダイナミクスに影響を与え、それによってオリゴヌクレオチドの１Ｈ－ＮＭＲスペクトルに影響を与える。いくつかの実施形態では、本開示は、^１Ｈ－ＮＭＲ分光法を使用してオリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価する方法を提供する。

【0111】

炭素－１３ 核磁気共鳴（ ^１３ Ｃ－ＮＭＲ）分光法
^１３Ｃ－ＮＭＲは、核磁気共鳴分光法を炭素に応用したものである。^１３Ｃ－ＮＭＲは、物質の分子内の水素１原子核に対して自然存在量がわずか１．１％である炭素の１３Ｃ同位体のみを検出する。１３Ｃ共鳴は１Ｈの共鳴と同じ原理に従いますが、共鳴の典型的な範囲は^１Ｈよりもはるかに大きくなる。^１３Ｃ－ＮＭＲは、有機分子中の炭素原子の同定を可能にし、立体化学的帰属などの化学構造解明における重要なツールである。

【0112】

いくつかの実施形態では、本開示は、^１３Ｃ－ＮＭＲ分光法を使用してオリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価するための方法を提供する。

【0113】

可変温度円二色性
全体的な立体化学において、オリゴヌクレオチドの様々なジアステレオマー混合物は、温度の関数として、異なる円二色性スペクトルを示し得る。

【0114】

いくつかの実施形態では、可変温度円二色性（ＶＴＣＤ）を使用してオリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価するための方法が本明細書に提供される。

【0115】

本開示の化学測定法
ケモメトリクスは、数学的および統計的方法または他のデータ主導の手段を使用して、化学システムから情報を抽出する科学である。ケモメトリクスは、化学、生化学、医学、生物学などの問題に対処するために、多変量統計、応用数学、コンピューターサイエンスなどのコアデータ分析分野で頻繁に使用される方法を使用する。

【0116】

分光学的技術は、多量の情報を含むプロファイルを生成し、化学測定法を使用することによって有益に活用することができる。例えば、変形性関節症の分類、診断、および予後に関して、ＮＭＲスペクトルへのケモメトリック法の適用が報告されている（ＷＯ２００２／０８５１９５）。

【0117】

いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドの分光プロファイルをケモメトリック分析に供することに関する。いくつかの実施形態では、本開示は、オリゴヌクレオチドのジアステレオマープロファイルを評価し、オリゴヌクレオチドの薬理学的有効性を予測し、および／またはオリゴヌクレオチドの分光学的プロファイルを評価することによって薬理学的および／または臨床的に有効なオリゴヌクレオチドを選択するための化学測定法を提供する。

【0118】

多変量解析は、ケモメトリクスにおける重要な側面である。分光実験からのデータは非常に多変量である。これらのデータの構造は、主成分分析（ＰＣＡ）や部分最小二乗法（ＰＬＳ）などの手法を使用するのに役立つことがわかった。ＰＣＡは、次の２つの手順のいずれかによって実行される：１）元のデータのデータ共分散（または相関）行列を計算する、または２）共分散行列に対して固有値分解を実行する、または設計行列の特異値分解（ＳＶＤ）によって実行する。

【0119】

いくつかの実施形態では、本開示は、実施例７に記載されるように、分光プロファイル（例えば、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトル）をＰＣＡに供することに関する。

【0120】

多変量キャリブレーション
多くの分光学的問題およびケモメトリクスの応用は、較正を伴う。目的は、スペクトルの測定された特性に基づいて対象の特性を予測するために使用できるモデル（多変量回帰モデルなど）を開発することである。例には、ジアステレオマープロファイルのスペクトル応答を薬理学的および／または臨床的有効性に関連付ける多変量モデルの開発が含まれる。このプロセスには、キャリブレーションまたはトレーニングデータセット（参照分光プロファイル）が必要である。これには、予測のために関心のある分光特性の参照値と、これらの特性に対応する測定属性が含まれる。例えば、オリゴヌクレオチドのジアステレオ異性体の異なる混合物である多くのサンプルから、各サンプルの３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルと、そのサンプルの対応する薬理学的および／または臨床的有効性を含むデータを集めることができる。次いで、多変量較正技術、例えば、部分最小二乗回帰および主成分回帰を使用して、スペクトルを薬理学的有効性に関連付ける数学的モデルを構築し、そのようなモデルを使用して、新しいサンプルの薬理学的および／または臨床的有効性を効率的に予測することができる。

【0121】

分類、パターン認識、クラスタリング
監視下多変量分類技法は、将来のサンプルを分類できる数学的モデルを開発するために較正または訓練セットが使用されるという点で、多変量較正技法と密接に関連している。ケモメトリクスで使用される技術は、多変量判別分析、ロジスティック回帰、ニューラルネットワーク、および回帰／分類ツリーを含むがこれらに限定されない他の分野で使用される技術と同様である。これらの従来の分類方法と組み合わせたランク削減手法の使用は、ケモメトリックスでは日常的に行われている。たとえば、主成分または部分最小二乗スコアの判別分析である。

【0122】

いくつかの実施形態では、本開示は、パターン認識をＮＭＲ分光法に適用することに関する。利点の１つは、潜在的な干渉の非常に複雑なマトリックスにおける固有の精度に関連している。いくつかの実施形態では、本開示は、スペクトルデータを既知の組成変化と関連付ける手段として多変量回帰モデリング（「ＭＲＭ」）を使用することに関する。

【0123】

医薬組成物および投与経路
本明細書に記載のＳＭＡＤ７ ＡＳＯなどのオリゴヌクレオチドを含有する医薬組成物は、投与単位形態で提示することができ、任意の適切な方法によって調製することができる。医薬組成物は、その意図する投与経路に適合するように処方されるべきである。有用な製剤は、製薬業界で周知の方法によって調製することができる。たとえば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、第１８版を参照（Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）。

【0124】

医薬製剤は、好ましくは無菌である。滅菌は、例えば、滅菌濾過膜による濾過によって達成することができる。組成物が凍結乾燥される場合、フィルター滅菌は、凍結乾燥および再構成の前または後に行うことができる。

【0125】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの経口送達に適した組成物（例えば、カプセル、錠剤、カプレット、ピル、トローチ、ロゼンジ、粉末、および顆粒）が本明細書で企図される。配列番号１、２、３、４、５、または６のＳＭＡＤ７アンチセンスヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩などの意図されるオリゴヌクレオチドは、経口投与され得る。

【0126】

オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の製剤は、経口医薬組成物であり得る。いくつかの実施形態では、経口医薬組成物は、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１またはその薬学的に許容される塩）を含む。いくつかの実施形態では、経口医薬組成物は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）を含む。

【0127】

オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の薬学的製剤は、錠剤またはカプセルであり得る。

【0128】

オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の錠剤は、ミニタブレットまたはマイクロタブレットとして処方され得る。オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の錠剤は、ミニタブレット、マイクロタブレット、または顆粒を含み得る。オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）のカプセルは、ミニタブレット、マイクロタブレット、または顆粒を含み得る。経口医薬組成物は、腸溶性コーティングされていてもよい。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩）の経口医薬組成物（錠剤またはカプセル）は、腸溶性コーティングされているか、または腸溶性コーティングされたマイクロペレット、マイクロタブレット、ミニタブレット、または顆粒化する。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の経口医薬組成物（錠剤またはカプセル）は、腸溶性コーティングされている。または、腸溶コーティングされたマイクロペレット、マイクロタブレット、ミニタブレット、または顆粒を含む。

【0129】

特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の経口医薬組成物は、腸溶コーティングされていない。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩）の経口医薬組成物は、腸溶コーティングされていない。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）の経口医薬組成物は、腸溶コーティングされていない。

【0130】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド（すなわち、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）を含む治療）の組成物は、組成物が化合物を例えば患者の胃腸管に送達できるように、腸溶性コーティング、例えば胃耐性コーティングを含むオリゴヌクレオチド、例えば錠剤の経口送達に適している場合がある。そのような投与は、例えば、対象の胃腸管の患部に直接アンチセンス化合物を実質的に局所適用することにより、局所効果をもたらし得る。そのような投与は、いくつかの実施形態において、アンチセンス化合物の望ましくない全身吸収を実質的に回避し得る。

【0131】

例えば、経口投与のための経口剤形（例えば、錠剤）は、開示されたアンチセンス化合物（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６、またはその薬学的に許容される塩）および薬学的に許容される賦形剤。このような経口剤形、例えば錠剤は、腸溶性コーティングでコーティングすることができる。考えられる経口剤形、例えば錠剤は、増量剤、結合剤、崩壊剤、および／または潤滑剤などの薬学的に許容される賦形剤、ならびに着色剤、離型剤、コーティング剤、甘味料、ウィンターグリーン、オレンジ、キシリトールなどの香料、ソルビトール、フルクトース、マルトデキストリン、香料、防腐剤、および／または抗酸化剤を含み得る。

【0132】

いくつかの実施形態では、医薬製剤の意図される経口剤形は、意図されるアンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）を含む内顆粒相を含む。および薬学的に許容される充填剤。例えば、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）および充填剤を、場合により他の賦形剤と一緒にブレンドし、形成することができる。顆粒に。いくつかの実施形態において、内顆粒相は、湿式造粒法を使用して形成されてもよく、例えば、液体（例えば、水）が混合されたアンチセンス化合物および充填剤に添加され、次いで、その組み合わせが乾燥され、粉砕され、および／またはふるいにかけられて顆粒が生成される。粒子内相を達成するために、当技術分野の他のプロセスを使用することができる。

【0133】

いくつかの実施形態では、製剤の意図される経口剤形は、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤を含み得、開示された製剤を形成するために内顆粒相とブレンドされ得る、外顆粒相を含む。

【0134】

オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）製剤（例えば、経口剤形）は、以下を含む内顆粒相を含み得る。フィラー。充填剤の例としては、セルロース、ゼラチン、リン酸カルシウム、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、微結晶性セルロース、ペクチン、ポリアクリレート、デキストロース、酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、部分アルファー化デンプン、炭酸カルシウム、およびその他、それらの組み合わせを含む。

【0135】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）製剤（例えば、経口剤形）は、結合剤を含む内顆粒相および／または外顆粒相は、一般に、医薬製剤の成分を一緒に保持するように機能し得る。結合剤の例としては、デンプン、糖、セルロース、または修飾セルロース、例えばヒドロキシプロピルセルロース、ラクトース、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、糖アルコール、およびそれらの組み合わせを含むその他が挙げられるが、これらに限定されない。

【0136】

企図されるオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）製剤（例えば、経口剤形）、例えば、内顆粒相および／または外顆粒相には、限定されないが、デンプン、セルロース、架橋ポリビニルピロリドン、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、アルギン酸塩、コーンスターチ、クロスメロースナトリウム、架橋カルボキシメチルセルロース、低置換ヒドロキシプロピルセルロース、アカシア、およびそれらの組み合わせを含むその他。例えば、内顆粒相および／または外顆粒相は、崩壊剤を含み得る。

【0137】

特定の実施形態では、企図されるオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）製剤は、開示されたものを含む内顆粒相を含む。マンニトール、微結晶性セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、およびデンプングリコール酸ナトリウムまたはそれらの組み合わせから選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび賦形剤、ならびに微結晶性セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、およびステアリン酸マグネシウムまたはそれらの混合物の１つ以上を含む外顆粒相。

【0138】

特定の実施形態において、企図されるオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）製剤は、潤滑剤、例えば、追加の粒状相は潤滑剤を含んでいてもよい。潤滑剤には、タルク、シリカ、脂肪、ステアリン、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、二酸化ケイ素、ケイ酸カルシウム、リン酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸金属塩、硬化植物油、コーンスターチ、安息香酸ナトリウム、ポリエチレングリコール、酢酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、タルク、ステアリン酸が挙げられるがこれらに限定されない。

【0139】

特定の実施形態において、本開示の薬学的製剤は、腸溶性コーティングを含む。一般に、腸溶性コーティングは、経口薬が消化管に沿って吸収される場所を制御するためのバリアを作成する。腸溶性コーティングには、ｐＨ に応じて異なる速度で崩壊するポリマーが含まれる場合がある。腸溶性コーティングには、例えば、セルロースアセテートフタレート、メチルアクリレート－メタクリル酸コポリマー、セルロースアセテートサクシネート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、メチルメタクリレート－メタクリル酸コポリマー、エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマー、メタクリル酸コポリマータイプＣ、ポリビニルアセテート－フタレート、および酢酸フタル酸セルロースが含まれ得る。

【0140】

特定の実施形態では、腸溶性コーティングは、メタクリル酸、メタクリル／アクリル酸エステルまたはそれらの誘導体に基づくアニオン性、カチオン性、または中性コポリマーを含む。特定の実施形態において、腸溶性コーティングは、エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む。市販の腸溶性コーティングには、Ｏｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマー（例えば、Ａｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標））、ジメチルアミノエチルメタクリレート－ブチルメタクリレート－メチルメタクリレートコポリマー（２：１：１）、またはポリ（メタクリル酸－ｃｏ－メチル－メタクリレート）１：１およびポリ（メタクリル酸－ｃｏ－メチル－メタクリレート）１：２コポリマー（例えば、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標））グレードが含まれる。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、意図される医薬組成物（例えば、錠剤）の重量で約５％から約１０％、約５％から約２０％、約８から約１５％、約８％から約１８％、約１０％から約１２％、または約１２％から約１６％を構成する。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、医薬組成物（例えば、錠剤）の約８から約１５重量％を構成するエチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、医薬組成物（例えば、錠剤）の約１２重量％を構成するエチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、医薬組成物（例えば、錠剤）の約１０重量％を構成するエチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む。

【0141】

いくつかの実施形態では、約０．５重量％から約７０重量％、例えば、約０．５重量％から約３０重量％、約１重量％から約２０重量％、または約５重量％から約３０重量％のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩を含む錠剤の形態のオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）が提供される。そのような錠剤は、いくつかの実施形態において、約０．５重量％から約６０重量％のマンニトール、例えば約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、例えば約４０重量％または約２８重量％のマンニトール、および／または約２０重量％から約４０重量％の微結晶セルロース、または約１０重量％から約３０重量％の微結晶セルロースを含み得る。いくつかの実施形態では、企図される錠剤は、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容されるその塩を約３０重量％から約６０重量％、約４５重量％から約６５重量％、または約５重量％から約１０重量％、約３０重量％から約５０重量％、あるいは約５重量％から約１５重量％のマンニトール、約５重量％から約１５重量％ ％の微結晶性セルロース、約０％から約４％、または約１％から約７％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約０％から約４％、例えば、約２％から約４％のデンプングリコール酸ナトリウム含む内顆粒相を含み得る。いくつかの実施形態では、企図される錠剤は、約５重量％から約１０重量％または約１０重量％から約３０重量％の配列番号１のオリゴヌクレオチド、約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロース、約０．５重量％から約１０重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約０．５重量％から約１０重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含むがこれらに限定されない。

【0142】

例示的なオリゴヌクレオチド製剤は、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩の約１０ｍｇから約５００ｍｇを含むか、またはそれらから本質的になる剤形を含む。例えば、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、約２００ｍｇ、または約２５０ｍｇの配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩を含む錠剤が、本明細書で企図される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約１０ｍｇを含む錠剤として処方される。７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、約２００ｍｇ、または約２５０ｍｇの配列番号１のオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、配列番号１のオリゴヌクレオチド約４０ｍｇを含む錠剤として処方される。本明細書に記載の組成物は、約１６０ｍｇの配列番号１のオリゴヌクレオチドを含む錠剤として製剤化される。特定の実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、約０．５重量％から約３０重量％のオリゴヌクレオチド、約２０重量％から約５０重量％のマンニトール、約１０重量％から約３０重量％の微結晶性セルロースを含む経口使用のための錠剤として製剤化される。

【0143】

いくつかの実施形態では、約５重量％～約３０重量％の配列番号１のオリゴヌクレオチド、２０重量％～約５０重量％のマンニトール、約１０重量％～約３０重量％の微結晶セルロース、約０．５重量％～約１０重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約０．５重量％～約１０重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、約０．５重量％～約１０重量％のステアリン酸マグネシウム、約０．５重量％～約１０重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および約５重量％～約２０重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む経口投与用の薬学的に許容される錠剤が提供される。いくつかの実施形態では、約８．５重量％の配列番号１のオリゴヌクレオチド、４０重量％のマンニトール、約２５重量％の微結晶性セルロース、約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および約１０重量％から約１５重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む経口投与用の薬学的に許容される錠剤が提供される。。いくつかの実施形態では、約２３重量％の配列番号１のオリゴヌクレオチド、２８重量％のマンニトール、約２５重量％の微結晶性セルロース、約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、約４重量％のＯｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、および約７重量％から約１２重量％のＡｃｒｙｌ－ＥＺＥ（登録商標）を含む経口投与用の薬学的に許容される錠剤が提供される。。いくつかの実施形態において、経口投与のための薬学的に許容される錠剤は、表０－１および表０－２に従って製剤化され得る。

【0144】

【0145】

本開示の例示的な実施形態では、約５０重量％の配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩、約１１．５重量％のマンニトール、約１０重量％の微結晶性セルロース、約３重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約２．５重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含み得る内顆粒相；ならびに約２０重量％の微結晶性セルロース、約２．５重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、および約０．５重量％のステアリン酸マグネシウムを含み得る外顆粒相を含む、経口投与のための薬学的に許容される錠剤が提供される。錠剤はまた、腸溶性コーティングを含んでもよい。

【0146】

別の例示的な実施形態では、約５重量％～約１０重量％、例えば、約８重量％の配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩（例えば、ナトリウム塩）、約４０重量％のマンニトール、約８重量％の微結晶性セルロース、約５％重量のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム内顆粒相；ならびに、約１７重量％の微結晶性セルロース、約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、および約０．４重量％のステアリン酸マグネシウムを含み得る外顆粒相を含むか、またはこれらから本質的になる、経口投与のための薬学的に許容される錠剤が提供される。

【0147】

企図される錠剤はまた、腸溶性コーティングを含んでもよく、例えば、開示された錠剤は、約１３重量％、約１４重量％、約１５重量％、約１６重量％、または約１７重量％の腸溶性コーティング、例えば、アクリル酸エチル－メタクリル酸コポリマー（例えば、ＡｃｒｙｌＥＺＥ（登録商標））を含み得る。

【0148】

例えば、オリゴヌクレオチドは、内顆粒相および外顆粒相を含む経口使用のための薬学的に許容される錠剤の形態であってもよく、例えば、内顆粒相は約５％～約１０％重量％（例えば、約８重量％）の配列番号１、２、３、４、５、もしくは６で表されるオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩、約４０重量％のマンニトール、約８重量％の微結晶性セルロース、約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、および約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含み、例えば、外顆粒相は、約１７重量％の微結晶性セルロース、約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、および０．４％のステアリン酸ナトリウムを含み、ここで、錠剤はさらに腸溶性コーティングを含んでもよい。

【0149】

企図される製剤、例えば、錠剤は、いくつかの実施形態において、患者に経口投与されると、患者におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの血漿濃度が最小になり得る。別の実施形態において、企図される製剤は、患者に経口投与される場合、患者の回腸末端および／または右結腸、例えば、患者の影響を受けたまたは罹患した腸部位に局所的に送達される。経口投与に適した製剤は、カプセル剤、カシェ剤、丸剤、錠剤、ロゼンジ（例えば、スクロースおよびアカシアまたはトラガカントなどの香味ベースを使用）、粉末、顆粒、または水性もしくは非水性液体中の懸濁液、または水中油もしくは油中水液体エマルジョンとして、またはエリキシルもしくはシロップとして、またはトローチとして（ゼラチンおよびグリセリン、またはスクロースおよびアカシアなどの不活性基剤を使用）を、それぞれ所定量の対象組成物を有効成分として含有する。本開示の組成物は、ボーラス、舐剤、またはペーストとして投与することもできる。

【0150】

特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの薬学的経口剤形（例えば、錠剤製剤）は、内顆粒相を含み得、内顆粒相は、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチドなどのアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩（例えば、ナトリウム塩）、および薬学的に許容される増量剤、および崩壊剤などの薬学的に許容される賦形剤を含む。外顆粒相は、微結晶性セルロース、ステアリン酸マグネシウム、およびそれらの混合物から選択される成分を含み得る。医薬組成物はまた、錠剤の約１２重量％～１６重量％の腸溶性コーティングを含んでもよい。

【0151】

いくつかの実施形態では、経口使用のための薬学的に許容される錠剤は、約０．５重量％から約１０重量％のアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩、約３０重量％～５０重量％のマンニトール、約１０重量％～３０重量％の微結晶性セルロース、およびエチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む腸溶性コーティングを含む。

【0152】

いくつかの実施形態では、経口使用のための薬学的に許容される錠剤は、約５重量％から約１０重量％のアンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩、約４０重量％のマンニトール、約８重量％の微結晶性セルロース、約５重量％のヒドロプロピルメチルセルロース、および約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含む外顆粒相；約１７重量％の微結晶性セルロース、約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、約０．４重量％のステアリン酸マグネシウム、エチルアクリレート－メタクリル酸コポリマーを含む錠剤上の腸溶性コーティングを含む内顆粒相を含む。

【0153】

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、約１３重量％、約１５重量％、約１６重量％、約１７重量％、または約１８重量％の腸溶コーティング、例えば、ＡｃｙｒｌＥＺＥ（登録商標）（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１０／０５４８２６を参照）を含む。

【0154】

コーティングが溶解し、有効成分が放出される速度は、その溶解速度である。一実施形態では、企図される錠剤は、例えば、ｐＨ７．２のリン酸緩衝液中、１００ｒｐｍおよび３７℃でＵＳＰ／ＥＰ Ｔｙｐｅ ２装置（パドル）で試験した場合、約５０％～約１２０分から約２４０分後、例えば１８０分後にオリゴヌクレオチドの約１００％が放出される。別の実施形態では、企図される錠剤は、例えば、ＵＳＰ／ＥＰ Ｔｙｐｅ ２装置（パドル）で１００ｒｐｍおよび３７℃で、ｐＨ１．０の希釈ＨＣｌ中で試験した場合、１２０分後に放出される、溶解プロファイルを有し得る。企図される錠剤は、別の実施形態では、例えば、ＵＳＰ／ＥＰ タイプ ２ 装置（パドル）で１００ｒｐｍ、３７℃、ｐＨ６．６リン酸緩衝液で試験した場合、３０分後に約１０％から約３０％、または約５０％以下のオリゴヌクレオチドを放出する溶解プロファイルを有し得る。

【0155】

いくつかの実施形態では、開示された製剤、例えば、錠剤を患者に経口投与すると、患者のオリゴヌクレオチドの血漿濃度が最小になる。いくつかの実施形態では、開示された製剤は、患者に経口投与されると、患者の結腸または直腸、例えば患者の患部または疾患部位に局所的に送達される。

【0156】

投与計画
本開示で提供されるオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のアンチセンスオリゴヌクレオチド）またはその薬学的に許容される塩の製剤は、炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）の症状が発症する前および／または後の投与のために、投与され得るか、または適切である。

【0157】

本開示の製剤（例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６、またはその薬学的に許容される塩を含む）は、約６時間ごと、１２時間ごと、約２４時間ごと、約４８時間ごと、約７２時間ごと、毎日、週に２回、２週間に１回、または月に１回投与され得るか、または投与に適している。

【0158】

投与頻度は、投与経路、投与量、および治療される疾患などの要因に応じて変化し得る。例示的な投薬頻度は、１日１回、１週間に１回、および２週間に１回である。特定の実施形態において、投薬は、１日１回、７日間である。

【0159】

特定の実施形態では、製剤は、約３５ｍｇ～約５００ｍｇのオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容されるその塩）。例えば、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、約２００ｍｇ、または約２５０ｍｇのオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド、またはその薬学的に許容される塩）が本明細書で企図される。特定の実施形態では、製剤は、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチドなどの約４０ｍｇ、約８０ｍｇ、または約１６０ｍｇのオリゴヌクレオチドを含むことができる。製剤は、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドを少なくとも約１００μｇ含んでもよい。例えば、製剤は、約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．３ｍｇ、約０．４ｍｇ、約０．５ｍｇ、約１ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、または約２５ｍｇのオリゴヌクレオチド、例えば配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチドを含んでもよい。

【0160】

投与される量は、疾患の種類および程度、または治療される徴候、患者の全体的な健康状態および体格、オリゴヌクレオチドのインビボ効力、薬学的製剤、ならびに投与経路などの変数に依存する。．所望の血中レベルまたは組織レベルを迅速に達成するために、上限レベルを超えて初期投与量を増加させることができる。あるいは、初期投与量は最適量よりも少なくすることができ、投与量は治療の過程で徐々に増加させることができる。ヒトへの投与量は、例えば、４０ｍｇから１６０ｍｇまで実行するように設計された従来の第Ｉ相用量漸増試験で最適化できる。

【0161】

いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば配列番号１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初期用量を投与する。本明細書で使用される「初期用量」は、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に一連の用量で投与されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量を指す。一連の用量は、１回以上の用量を含み得る。例えば、一連の用量は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの単回用量、またはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの単回用量を超える用量を含み得る。初期用量は、患者に投与されるその後の用量の前に患者に投与されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量であり得る。例えば、初期用量は、治療を受けていない患者に投与されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの最初の用量であり得るが、これに限定されない。初期用量はまた、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの任意の治療サイクルにおける最初の用量であってもよい。例えば、初期用量は、第１の治療サイクル、第２の治療サイクル、または任意のその後の治療サイクルの最初の用量であり得る。

【0162】

いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば配列番号１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの後続用量を投与することができる。「その後の用量」とは、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に、以前の用量、例えば初回用量の投与後に投与されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量を指す。したがって、その後の用量は、２回以上の用量を含む一連の用量で、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患を有する患者に投与され得る。さらに、場合によっては、その後の用量が以前の用量より多い、等しい、または少ないように、初回用量または以前の用量に対して、その後の用量の量を較正することができる。後続用量は、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に投与される、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初回用量、例えば初回用量の後に投与される用量であり得る。後続の用量はまた、炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎を有する患者に投与されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの前の用量の後に投与される用量、例えば、同じラウンドの前の用量の後に投与される用量であってもよい。治療または別のラウンドの治療、たとえば前のラウンドの治療。後続用量は、任意の先行用量に関する後続用量、例えば、後続用量の直前の先行用量、または後続用量の投与の前に投与される１つ以上の用量が続く先行用量であり得る。

【0163】

いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患、例えばクローン病を有する患者は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号１、２、３、４、５、もしくは６のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩を投与した後のクローン病活動指数（ＣＤＡＩ）の少なくとも約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、またはさらには約５０％以上の減少を、例えば、１日後、２日後、１週間後、１ヶ月後、または６ヶ月後、またはそれ以上有する。ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与は、例えば、少なくとも毎日であり得る。ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与の結果としての、患者における炎症性腸疾患、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎の臨床症状の遅延は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与されていない患者と比較して、少なくとも、例えば、６ヶ月、１年、１８ヶ月、またはさらに２年以上であり得る。

【0164】

本開示の組成物または製剤または方法は、最初の治療に抵抗性がある対象へのオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のオリゴヌクレオチド）またはその薬学的に許容される塩の投与を提供する。

【0165】

いくつかの実施形態では、最初の治療に抵抗性の対象は、最初の治療と同時にまたはその後、オリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、２、３、４、５、または６のアンチセンスオリゴヌクレオチド）または薬学的に許容される塩で治療される。

【0166】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、本明細書で開示される疾患および障害（例えば、クローン病または潰瘍性大腸炎）の治療を対象とする少なくとも１つの他の薬剤を投与することをさらに含み得る。特定の実施形態では、企図される他の薬剤を同時投与することができる（例えば、順次にまたは同時に）。

【0167】

考えられる薬剤には、グルココルチコイド、細胞増殖抑制剤、抗体、イムノフィリンに作用する薬剤、インターフェロン、オピオイド、ＴＮＦ結合タンパク質、ミコフェノール酸、および小さな生物学的薬剤を含む免疫抑制剤が含まれる。例えば、考えられる免疫抑制剤には、タクロリムス、シクロスポリン、ピメクロリムス、シロリムス、エベロリムス、ミコフェノール酸、フィンゴリモド、デキサメタゾン、フルダラビン、シクロホスファミド、メトトレキセート、アザチオプリン、レフルノミド、テリフルノミド、アナキンラ、抗胸腺細胞グロブリン、抗リンパ球グロブリン、ムロモナブ－ＣＤ３、アフツズマブ、リツキシマブ、テプリズマブ、エファリズマブ、ダクリズマブ、バシリキシマブ、アダリムマブ、インフリキシマブ、およびエタネルセプトが挙げられるがこれらに限定されない。

【0168】

いくつかの実施形態では、他の意図される薬剤は、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）調節因子またはＴＬＲ経路調節因子であり得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、および／またはＴＬＲ９の活性を調節し得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路モジュレーターは、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン受容体７（ＣＣＲ７）、分化クラスター（ＣＤ）８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、糖タンパク質Ａ反復優勢（ＧＡＲＰ）、インターロイキン（ＩＬ）－１－β、ＩＬ－２、ＩＬ－１０Ｒα、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３ｐ１９、マクロファージ炎症性タンパク質－１アルファ（ＭＩＰ－１α）、ホスホヒストンＨ３、ホスホｐ３８マイトジェン活性化プロテインＭＡＰキナーゼ、ホスホゼータ鎖関連プロテインキナーゼ７０（ホスホＺＡＰ７０）、核因子カッパＢリガンドの受容体活性化因子（ＲＡＮＫＬ）、ＳＬＡＭファミリーメンバー（ＳＬＡＭＦ７）、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、およびウロキナーゼ受容体（ｕＰＡＲ）。例示的なＴＬＲモジュレータには、ＢＬ－７０４０（ＯＤＮ７０４０）、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３－ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０（ＯＤＮ１５０）、Ｅ６４４６、ＣｐＧ ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ－８４００、ＩＭＯ－３１００、ＣＬ０７５、ＶＴＸ－２３３７、ＯＤＮ２００６、およびナルトレキソンが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子またはＴＬＲ経路調節因子はアゴニストであり得る。いくつかの他の実施形態では、ＴＬＲ調節因子またはＴＬＲ経路調節因子はアンタゴニストであり得る。

【実施例】

【0169】

本開示は、以下の実施例によってさらに説明される。例は、例示のみを目的として提供されており、本開示の範囲または内容を決して限定するものと解釈されるべきではない。

【0170】

実施例１：ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの調製
ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）（配列番号１）の２７バッチ（バッチＡ～ＺおよびＳ２０）を、異なるスケールおよび異なる条件下で、固相非キラリティー制御合成プロトコルに従って製造した。

【0171】

非キラリティー制御合成から得られるＳＭＡＤ７ ＡＳＯの各バッチは、最大２^２０（すなわち、１，０４８，５７６）の可能な異なるジアステレオマーの未知の個々のレベルを有するジアステレオマーの混合物である。

【0172】

実施例２：ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物のインビトロ活性
異なるジアステレオマープロファイルを有するＳＭＡＤ７ ＡＳＯのインビトロ薬理学的活性を評価するために、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの異なるバッチ（バッチＡ～Ｑ、Ｓ～Ｚ、およびＳ２０）がＳＭＡＤ７発現をダウンレギュレートする能力を、ＨＣＴ－１１６細胞株において調べた。

【0173】

粉末形態のＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチをリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）に溶解し、逆相高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を使用して濃度を決定した。

【0174】

ヒト結腸直腸癌細胞系ＨＣＴ－１１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、ＡＴＣＣ）を、１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）（Ｅｕｒｏｃｌｏｎｅ）および１％ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｐ／Ｓ）（Ｌｏｎｚａ）を補充したＭｃＣｏｙ’ｓ ５Ａ（Ｌｏｎｚａ）中で、３７℃、５％ ＣＯ_２、完全加湿インキュベーター内にて維持した。

【0175】

単一細胞懸濁液を２×１０^５細胞／ｍＬ／ウェルで６ウェル培養皿に播種し、一晩接着させた。翌日、細胞をＰＢＳ（Ｌｏｎｚａ）で２回洗浄し、次に、製造元の指示に従って、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭＩトランスフェクション培地およびリポフェクタミン（Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ）３０００試薬（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して。試験項目であるＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチＡ－Ｑ、Ｓ－Ｚ、およびＳ２０）をＰＢＳ中０．５または１μｇ／ｍＬでトランスフェクトした。次に、トランスフェクトされた細胞をＰＢＳで洗浄し、１０％ＦＢＳよび抗生物質を補充したＭｃＣｏｙ’ｓ５Ａを用いて培養した。バッチＡでトランスフェクトされた細胞を参照（陽性対照）として使用した。トランスフェクトされていないが、トランスフェクション培地とリポフェクタミン３０００で処理された細胞を陰性対照として使用した。

【0176】

２４時間後、次いで細胞をＰＢＳで洗浄し、以下の溶解緩衝液を使用して全タンパク質を抽出した：１０ｍｍｏｌ／Ｌ ＨＥＰＥＳ、１ｍｍｏｌ／ＬＥＤＴＡ、６０ｍｍｏｌ／Ｌ ＫＣｌ、０．２％Ｉｇｅｐａｌ ＣＡ－６３０、１ｍｍｏｌ／Ｌ フッ化ナトリウム、１０μｇ／ｍｌ アプロチニン、１０μｇ／ｍｌ ロイペプチン、１ｍｍｏｌ／Ｌ ＤＴＴ、および１ｍｍｏｌ／Ｌ ＰＭＳＦ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）。溶解物を１０％ ＳＤＳ－ＰＡＧＥゲルで分離した。次にブロットを、０．５μｇ／ｍＬの標的タンパク質に対するマウス抗ヒトモノクローナル抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）、続いて西洋ワサビペルオキシダーゼ結合ウサギ抗マウス抗体（１：２００００希釈、Ｄａｋｏ）とともにインキュベートした。標的タンパク質ＳＭＡＤ７の分析後、各ブロットを剥がし、マウス抗ヒトモノクローナルβ－アクチン抗体（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）とインキュベートして、レーンの負荷が等しいことを確認した。コンピューター支援走査デンシトメトリー（Ｉｍａｇｅ Ｌａｂ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を使用して免疫反応性バンドの強度を分析し、それによってＳＭＡＤ７／β－アクチンタンパク質レベル比を定量化した。

【0177】

例示的な結果を図３Ａおよび表１に示し、ここでは、試験した各バッチでの細胞のトランスフェクション時のＳＭＡＤ７／β－アクチン比の変化を、リポフェクタミン（Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ）３０００のみで処理した細胞のＳＭＡＤ７／β－アクチン比（ネガティブコントロール）と比較している。値は、少なくとも３つの独立した実験の平均±Ｓ．Ｅ．Ｍとして表された。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）とそれに続くＤｕｎｎｅｔｔの多重比較検定を使用してデータを分析した。有意性はＰ値として定義されました（ｎ．ｓ．＝有意ではない、＊＊＝ｐ≦０．０１、＊＊＊＝ｐ≦０．００１）。特定の実施形態では、リポフェクタミン３０００単独で処理した細胞（陰性対照）と比較したＳＭＡＤ７タンパク質発現の約４０％を超えるダウンレギュレーションは、試験したＳＭＡＤ７ＡＳＯバッチの良好なインビトロ活性を示す。

【0178】

【表1】

【0179】

試験された各バッチの薬理学的活性は、バッチＡ（陽性対照）のＳＭＡＤ７／β－アクチン比に対して正規化された値としてさらに３Ｂおよび表２に示されている。テストされた各バッチに性能スコアが与えられる。

【0180】

【数1】

【0181】

特定の実施形態において、－２０％以上の性能スコアは、良好なインビトロ活性を示し、－２０％から－４０％の間の性能スコアは、中程度のインビトロ活性を示し、－４０％以下の性能スコアは、インビトロ活性が低いことを示す。

【0182】

【表2】

【0183】

これらの結果は、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの２６の異なる試験バッチが、ＳＭＡＤ７タンパク質発現をダウンレギュレートする有意に異なる能力を示すことを示唆している。バッチＢ、Ｊ、Ｏ、Ｖ、Ｘ、およびＳ２０は、良好なインビトロ活性を示す。バッチＥ、Ｆ、Ｈ、Ｍ、Ｎは中程度のインビトロ活性を示す。バッチＣ、Ｄ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、Ｔ、Ｕ、Ｗ、Ｙ、Ｚは低いインビトロ活性を有する。

【0184】

バッチＡ、Ｘ、Ｋ、およびＴについては、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ発現に対するそれらの効果を評価するためにリアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）も行った。トランスフェクション後、細胞を採取し、製造元の指示に従って、Ｐｕｒｅ ＬｉｎｋｍＲＮＡミニキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してＲＮＡを抽出した。一定量のＲＮＡ（１μｇ／サンプル）を相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に逆転写し、ｉＱ ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ Ｓｕｐｅｒｍｉｘ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）および以下のβ－アクチンプライマー：ＦＷＤ：５’－ＡＡＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＴＣＡＴＧＴＴＴＧＡＧＡＣＣ－３’；ＲＥＶ：５’－ＡＧＣＣＡＧＴＣＣＡＧＡＣＧＣＡＧＧＡＴ－３’を使用するＲＴ－ＰＣＲによって増幅した。ＳＭＡＤ７ＲＮＡ発現は、Ｔａｑｍａｎアッセイ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して評価し、ΔΔＣｔアルゴリズムに基づいてβ－アクチン遺伝子に対して計算した。すべての観察から得られた値は、少なくとも３回の独立した実験の平均±ＳＥＭとして表した（図３Ｃ）。一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）とそれに続くダネットの多重比較検定を使用してデータを分析した。有意性はＰ値＜０．０５として定義された。これらの結果は、異なるＳＭＡＤ７ＡＳＯバッチがＳＭＡＤ７ｍＲＮＡ発現を下方制御する異なる能力を示すことを示唆している。

【0185】

実施例３：ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物の臨床活性
ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの異なるバッチ（バッチＡ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、およびＴ、Ｖ、Ｘ）をクローン病患者において試験し、それらの臨床効果を評価した。

【0186】

臨床研究において、ＳＭＡＤ７ＡＳＯは、ｐＨ依存メカニズムを介して腸内でＳＭＡＤ７ ＡＳＯを放出するように設計された胃耐性遅延放出錠剤として製剤化された。本明細書中以下ではＣＴ－Ａ、ＣＴ－Ｂ、ＣＴ－Ｅ、およびＣＴ－Ｐと呼ぶ４つの臨床試験で、１日１回１６０ｍｇの用量でＳＭＡＤ７ ＡＳＯ錠剤を投与された患者からの臨床データが得られ、評価された。ＣＴ－Ａ、ＣＴ－Ｅ、およびＣＴ－Ｐ研究では、グループ２、３、４、５、または６の患者が合計１２週間連続して治療を受けた。ＣＴ－Ｂ研究では、グループ１の患者は１４日間連続して治療を受けた。

【0187】

データ分析のために、患者を以下のようにグループ化した：
グループ１：バッチＡから製造された錠剤で治療された患者、
グループ２：バッチＸから製造された錠剤で治療された患者、
グループ３：バッチＶから製造された錠剤で治療された患者、
グループ４：バッチＰおよびバッチＴを使用して製造された錠剤で治療された患者、
グループ５：バッチＨおよびバッチＫを使用して製造された錠剤で治療された患者、ならびに
グループ６：バッチＫおよびバッチＰを使用して製造された錠剤で治療された患者。

【0188】

クローン病活動性指数（ＣＤＡＩ）の変動を、ベースライン時および治療期間の第４週の終わりに各患者について評価した。第４週とベースラインとの間のＣＤＡＩスコアの平均変化（「ΔＣＤＡＩ」）を各患者群について計算し、図４Ａに示すように報告した。バッチＡ、Ｘ、およびＶから製造された錠剤で治療された患者では、臨床反応（ＣＤＡＩが７０ポイント以上低下）が観察され、バッチＡおよびＸから製造された錠剤で治療された患者では、１００ポイントの臨床反応（ＣＤＡＩが１００ポイント以上低下）が示された。割引）。バッチＰ／Ｔ、Ｈ／Ｋ、およびＫ／Ｐを使用して製造された錠剤で治療された患者は、臨床的に有意な改善を示さなかった。結果は、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯの異なるバッチが異なる薬理効果を示すことを示唆する。

【0189】

実施例４：ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物の核磁気共鳴分光法
１４．１Ｔ（溶液中）での高分解能Ｐｈｏｓｐｈｏｒｕｓ－３１核磁気共鳴（^３１Ｐ－ＮＭＲ）測定（１－Ｄスペクトルおよび縦緩和測定）を使用して、各リン原子における局所構造をマッピングし、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチのジアステレオマープロファイルを提供した。

【0190】

バッチＡ～ＺおよびＳ２０に対応するサンプルを分析し、それぞれ２回ずつ分析した。簡単に説明すると、サンプルを約９ｍｇ／０．５ｍＬの濃度でＤ_２Ｏに溶解し、すぐにＡｇｉｌｅｎｔ Ｉｎｏｖａ ６００ＭＨｚ分光計（１４．１テスラ）で２５．０℃で測定して、標準プロトコルに従って^１Ｈ－および^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを得た。^１Ｈ－ＮＭＲ実験では、１２８個のトランジェントが蓄積された（図５Ａ）。^３１Ｐ－ＮＭＲ実験では、２秒の緩和時間で２０００トランジェントが蓄積された。^１Ｈ ＤＯＳＹ－ＮＭＲスペクトルを評価して、サンプルが低分子（溶媒や添加剤など）または副生成物で汚染されていないことを確認し、したがって、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルで観察された違いは、サンプルのジアステレオマープロファイルに起因する可能性がある。^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを図５Ｂ－５ＦＦに示す。各サンプル（つまり、バッチ）の２つの複製試料のスペクトル線形は互いに一致するが、バッチ間の線形にはかなりの違いがある。高解像度^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの拡大分析（図５Ｃ～５ＣＣ）は、異なるサンプルのスペクトルが、信号構造と相対強度の両方に関して５４．８～５５．５ｐｐｍの範囲で線形状（強度、周波数、位相、および線幅）に顕著な違いを有することを明らかにする。単一の種に特徴的なローレンツ線形とは対照的に、５４．８～５５．５ｐｐｍの範囲の共鳴は、多様なジアステレオマーの共存による多数の信号の畳み込みである。一方、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの５５．５～５６ｐｐｍ領域は、バッチ間でより保存された線形を有するように見えた。

【0191】

これらの観察は、異なるＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチが異なるジアステレオマープロファイルを有し、^３１Ｐ－ＮＭＲがＳＭＡＤ７ＡＳＯなどのアンチセンスオリゴヌクレオチドの立体化学をフィンガープリンティングするのに適していることを示している。特に、５４．８～５５．５ｐｐｍの領域は、特定のＳＭＡＤ７ ＡＳＯサンプルのジアステレオマー組成の違いに対して過敏である。

【0192】

実施例５：ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物の円偏光二色性分光法
円二色性、特に可変温度円二色性（ＶＴＣＤ）を用いて、様々なＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチの全体的な立体化学を評価した。

【0193】

バッチＡ、Ｊ、Ｈ、Ｐ、およびＴに対応する５つのサンプルを分析し、それぞれ２連で分析した。ＶＴＣＤスペクトルを図６に示す。バッチＡとバッチＨは両方とも、約４５℃に変曲点がある。バッチＪ、Ｐ、およびＴはすべて、５０°Ｃ±５℃付近に変曲点がある。バッチＨには複数の変曲点がある。バッチＡとバッチＨのＶＴＣＤスペクトルは、互いに異なりますが、他のサンプルと比較して、サンプルの遷移のより複雑なセット（２つの変曲点）をさらに示唆している。

【0194】

実施例６：オリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物の分光学的データのケモメトリックモデリング
ケモメトリックモデリングは、オリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物（例えば、ＳＭＡＤ７ ＡＳＯのジアステレオマー混合物）の分光学的データを薬理学的および／または臨床的効果に関連付けるために使用される。

【0195】

^１Ｈ－ＮＭＲ、^３１Ｐ－ＮＭＲ、およびＶＴＣＤスペクトルなどの分光学的データは、特異値分解（ＳＶＤ）主成分分析（ＰＣＡ）を使用するパターン認識によって分類される。ベクトルは、共鳴の関数として^３１Ｐ－ＮＭＲ強度を使用して構築され（各サンプルについて約２００データポイント）、その後、濃度に依存しないベクトルを得るために、全積分に正規化される。次いで、異なるオリゴヌクレオチド調製物用のベクターを、例えば５５ｐｐｍ付近の領域、より具体的には５４．８～５５．５ｐｐｍの間の領域など、様々なｐｐｍバンドでＰＣＡに供する。類似の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルは、類似の構造多様体に対応する。ベクトルをＰＣＡ（例えば、５４．８～５５．５ｐｐｍ領域）に供すると、薬理学的有効性と臨床活性の有無に対応できる立体化学的類似性および多様性が明らかになる。

【0196】

実施例７：ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドジアステレオマー混合物のリン－３１核磁気共鳴データの主成分分析
異なるＳＭＡＤ７ ＡＳＯバッチの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの変動をそれらのジアステレオマープロファイルに定量的に帰属させ、そのような変動を薬理学的／臨床的有効性と関連付けるために、^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを主成分分析（ＰＣＡ）に供した。

【0197】

簡単に説明すると、バッチＡ～ＺおよびＳ２０（実施例４に記載）に対応するサンプルの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルをアポダイズし（ＬＢ＝４Ｈｚ）、ＭｅｓｔＲｅＮｏｖａソフトウェアを使用して位相およびベースラインを補正し、５３と５７ｐｐｍの間で強度を面積にスケーリングすることによって正規化した（積分）。得られたスペクトルデータは、Ｅｘｃｅｌマトリックスとしてエクスポートされた。主成分分析は、Ｃｈｅｍｏｍｅｔｒｉｃｓ Ａｇｉｌｅ Ｔｏｏｌ（ＣＡＴ）ソフトウェア（ｗｗｗ．ｇｒｕｐｐｏｃｈｅｍｉｏｍｅｔｒｉａ．ｉｔ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／１９－ｄｏｗｎｌｏａｄ－ｔｈｅ－ｒ－ｂａｓｅｄ－ｃｈｅｍｏｍｅｔｒｉｃ－ｓｏｆｔｗａｒｅ）を使用して実行された。バッチＡ、Ｆ、Ｇ、Ｊ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｖ、およびＺ（図７Ａ）の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを「トレーニングセット」として入力して、保持についての主成分（ＰＣ）の数を決定し、そして図７Ｂに示されるスクリープロットを生成した。スクリープロットは、最初の２つのＰＣがデータの分散の９０％を説明し、最初の６つのＰＣが９９％を説明することを示す。したがって、最初の２つの成分（ＰＣ１およびＰＣ２）は、分析のために保持され、トレーニングセットスペクトルのＰＣＡプロットを構築した（図７Ｃ）。次に、追加の１７バッチからのサンプルの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを、トレーニングセットスペクトルで生成されたＰＣＡプロットに投影した（図７Ｄ）。

【0198】

^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルごとのＰＣＡプロット（図７Ｄ）を各サンプルのインビトロ活性を考慮して分析し（実施例２に記載）、スペクトルを３つのクラスターに分類できることが明らかになった。クラスター１の中心は（０，０）で、実線の楕円で表される。クラスター２の中心は（－０．３５、－０．２）であり、点線の楕円で表される。クラスター３は、ＰＣ１＞０．７の領域にあり、塗りつぶされた長方形で表される。クラスター２および３に含まれるサンプルは、良好なインビトロ活性を示し、クラスター１に含まれるサンプルは、インビトロ活性が低いことを示す。ＰＣＡスコアプロット（図７Ｄ）において、それぞれクラスター３、クラスター２、およびクラスター１に入る、３つのバッチＡ、Ｂ、およびＤの^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの重ね合わせを図５ＦＦに示す。

【0199】

ＰＣ１／ＰＣ２平面上の^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルの投影、ならびにインビトロ（ＩＶ）薬理学および臨床効果（ＣＤＡＩプロット）の評価により、ＩＶ薬理学およびＮＭＲＰＣスコア対臨床性能の間の相関関係が明らかになった。図４Ａおよび図４Ｂに示すように、代表的なバッチＡ、Ｈ、Ｋ、Ｐ、Ｔ、Ｖ、およびＸは、その^３１Ｐ－ＮＭＲスペクトルを図４Ｂに示すが、異なる臨床性能を示した（図４ＡのＣＤＡＩプロットを参照）。ＰＣＡプロットのクラスター３内のバッチＡ、およびＰＣＡプロットのクラスター２内のバッチＶとＸは、臨床的に有効であると識別され、ＰＣＡプロットのクラスター２内のバッチＨ、Ｋ、Ｐ、およびＴには、有意な臨床効果はない（実施例３を参照）。

【0200】

実施例８：術後クローン病患者におけるＳＭＡＤ７発現
実施例８Ａ：患者の選択
患者は、異なる病期のクローン病（ＣＤ）試料におけるＳＭＡＤ７の発現を評価するために選択された。

【0201】

以前に回結腸切除を受けた１７人のＣＤ患者が、早期ＣＤサンプルとして研究に含まれた。これらの患者の人口統計学的および臨床的特徴を表３に示す。回腸結腸鏡検査は、患者の新末端回腸（吻合部から１０～２０ｃｍ上）から採取した生検を用いて実施し、６および／または１２ヶ月後のＣＤの内視鏡的再発を評価した。手術（図１２）。回腸結腸内視鏡検査の時点で、患者の８２％がメサラミンを投与され、１２％がチオプリンを投与されていた。内視鏡的再発は、Ｒｕｔｇｅｅｒｔｓスコアに従って等級付けされた。

【0202】

初期ＣＤ患者のうちの１１人が、回結腸切除の６ヶ月後に回腸結腸内視鏡検査を受けた。１１人の患者のうち７人（６３．６％）が内視鏡的再発を示し、そのうち４人は臨床的に活動性の疾患（ＣＤ活動性指数（ＣＤＡＩ）＞１５０）も有していた。残りの４人（３６．４％）には内視鏡的病変はなく、そのうち２例は症状が現れたため、切除後１２ヶ月で２回目の内視鏡検査を受けていた。残りの６人の早期ＣＤ患者は、腸切除の１２ヶ月後に内視鏡検査を受けた。

【0203】

【表3】

【0204】

確立されたＣＤサンプルについて、回結腸切除の時点で１１人のＣＤ患者（男性８人；年齢の中央値５３（２１～６９）歳、疾患期間の中央値１４９（３６～３１２）ヶ月）の切除された回腸から粘膜サンプルを収集した。１１人の患者全員が回腸末端に限定された病変を有し、治療に反応しにくい慢性活動性疾患のために外科的治療を受けた。手術の時点で、９人の患者はステロイドを使用しており、そのうち２人は同時にアザチオプリンを投与されており、残りの２人の患者は以前に抗ＴＮＦ－α抗体で治療されていた。

【0205】

対照群として、過敏性腸症候群のために回腸結腸内視鏡検査を受けた５人の患者から回腸生検を採取した。これらの患者には内視鏡的病変は見られず、回腸粘膜は組織学的に正常であった。

【0206】

上記の患者から得られた組織切片は、さらなる使用まで、ホルマリン固定、続いてパラフィン包埋によって保存された。

【0207】

実施例８Ｂ：クローン病患者におけるＳＭＡＤ７発現の評価
免疫組織化学を実施して、異なる病期のＣＤ患者－初期のＣＤ患者（すなわち、内視鏡による再発を伴うまたは伴わない術後ＣＤ患者）および確立されたＣＤ患者の回腸粘膜におけるＳＭＡＤ７の発現を評価した。

【0208】

特に明記しない限り、すべての試薬はＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｍｉｌａｎ，Ｉｔａｌｙ）から入手した。実施例８Ａに記載のホルマリン固定パラフィン包埋切片を脱パラフィンし、キシレンおよびエタノールで脱水した。抗原賦活化は、クエン酸緩衝液（ｐＨ６．０）中でマイクロ波で２０分間行った。免疫組織化学染色は、ウサギ抗ＳＭＡＤ７一次抗体（ｏｒｂ１１３８６；Ｂｉｏｒｂｙｔ Ｌｔｄ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）を室温で１時間使用して実施した。製造業者のプロトコールに従って、ＭＡＣＨ４ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＨＲＰ－Ｐｏｌｙｍｅｒ（Ｂｉｏｃａｒｅ Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｃｏｎｃｏｒｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）を３，３’－ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）（Ｄａｋｏ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ，Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ，ＣＡ，ＵＳＡ）色素原および対比染色としてのヘマトキシリンと組み合わせて使用して、免疫反応性細胞を検出した。一次抗体としてアイソタイプＩｇＧ抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）を使用して染色した切片を対照として使用した。染色切片をＬＥＩＣＡ ＤＭＩ４０００Ｂ顕微鏡で調べて、切片の顕微鏡スライドあたり５つの高倍率視野でＳＭＡＤ７発現細胞をカウントした。

【0209】

ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ統計的ＰＣプログラム（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて統計的差異を評価した。ノンパラメトリックデータは、２つのグループ間の比較にはＭａｎｎ－ＷｈｉｔｎｅｙＵ検定を、多重比較にはＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を使用して分析した。相関の有意性は、スピアマンのノンパラメトリック相関を使用して決定された。０．０５未満のＰ値は、統計的に有意であると見なされた。

【0210】

例示的な結果を図１２および図１３に示す。ＳＭＡＤ７陽性細胞は、免疫組織化学染色下で、対照群よりもＣＤ患者の回腸粘膜においてより明白であった（図１２Ｂおよび１２Ｃ）。特に、ＳＭＡＤ７は、上皮細胞と固有層単核細胞（ＬＰＭＣ）の両方の細胞質および核に蓄積した（図１２Ｃ）。したがって、ＳＭＡＤ７陽性細胞の数は、早期ＣＤ患者（すなわち、内視鏡的再発のない術後ＣＤ患者（ｉ０）または内視鏡的再発のある術後ＣＤ患者（ｉ４））および確立されたＣＤ患者の新末端回腸から採取されたサンプルにおいて、対照群の患者よりも有意に高かった（図１３）。さらに、ＳＭＡＤ７陽性細胞の数は、腸粘膜全体（図１３Ａ）および上皮区画（図１３Ｂ）において、後期ＣＤ患者からのサンプルよりも初期ＣＤ患者からのサンプルの方が高かった。

【0211】

図１４は、２つの異なる時点（すなわち、回結腸切除後６ヶ月および１２ヶ月）における術後ＣＤ患者の回腸粘膜の分析を提示し、ＳＭＡＤ７発現細胞の数に有意差がないことを示している。

【0212】

データは、ＣＤ患者の粘膜におけるＳＭＡＤ７の発現が、初期の疾患段階、例えば、腸切除後の短期間で増強され、疾患および／または疾患の再発の経過中に高レベルで維持されることを示唆している。結果はさらに、ＳＭＡＤ７のアップレギュレーションがＣＤ再発の適切なマーカーである可能性があり、ＳＭＡＤ７活性の調節（例えば、ＳＭＡＤ７の阻害）がＣＤの術後再発の予防および／または治療に有益である可能性があることを示唆する。

【0213】

実施例８Ｃ：ＳＭＡＤ７発現とサイトカイン発現との相関
ＳＭＡＤ７発現とサイトカイン分泌細胞数との間の相関関係を評価するために、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）分析を使用した。

【0214】

固有層単核細胞（ＬＰＭＣ）実施例８Ａに記載のように選択された患者からのを回腸生検試料および腸切除標本から単離し、１０％不活化ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）、ペニシリン（Ｐ．）（１００Ｕ／ｍＬ）、およびストレプトマイシン（Ｓ）（１００μｇ／ｍＬ）（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ－ＧｉｂｃｏＣＲＬ，Ｍｉｌａｎ，Ｉｔａｌｙ）を補充したＲＰＭＩ １６４０培地に懸濁した。

【0215】

フローサイトメトリー分析のために、ＬＰＭＣを９６ウェルＵ底培養皿に播種し、ＰＭＡ（１０ｎｇ／ｍＬ）、イオノマイシン（１μｇ／ｍＬ）、およびブレフェルジンＡ（１０μｇ／ｍＬ、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）で刺激した。５時間後、細胞を抗ＣＤ３－ＰｅｒＣＰ（１：５０希釈；ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＳａｎＪｏｓｅ，ＣＡ）で染色し、１％ホルムアルデヒドで２０分間固定した。続いて、細胞を１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）ＦＡＣＳバッファー中の０．５％サポニンで透過処理し、以下の抗体、
抗ＩＦＮ－α－ＰＥ（１：５０希釈、ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、抗ＩＬ－１７Ａ－ＡＰＣ（１：５０希釈、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で染色した。適切なアイソタイプが一致した対照（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）がすべての実験に含まれていた。ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒサイトメーターとＣｅｌｌ－ＱｕｅｓｔＰｒｏソフトウェアを使用して細胞を分析した。統計的差異は、実施例８Ｂに記載のように評価した。

【0216】

例示的な結果を図１５に示す。ＳＭＡＤ７発現細胞数とＩＦＮ－γ分泌細胞数との間に有意な相関が観察された。ＳＭＡＤ７発現細胞数とＩＬ－１７Ａ産生細胞数との間に有意な相関は観察されなかった。

【0217】

同等品
本開示は、その本質的な特徴から逸脱することなく、他の特定の形態で具現化することができる。したがって、前述の実施形態は、本明細書に記載の開示を限定するものではなく、例示と見なされるべきである。本開示の範囲は、前述の説明ではなく特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲と均等の意味および範囲内でのすべての変更が含まれることが意図される。

【図1】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図4A】

【図4B】

【図5-1】

【図5-2】

【図5-3】

【図5-4】

【図5-5】

【図5-6】

【図5-7】

【図5-8】

【図5-9】

【図5-10】

【図6】

【図7-1】

【図7-2】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【配列表】

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【国際調査報告】