2023-525039 ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２に対する抗体

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-06-14

(54)【発明の名称】ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２に対する抗体

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/13 20060101AFI20230607BHJP

   C07K 16/10 20060101ALI20230607BHJP

   C07K 16/46 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20230607BHJP

   C12N 5/0781 20100101ALI20230607BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20230607BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230607BHJP

   A61P 11/00 20060101ALI20230607BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20230607BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20230607BHJP

   A61K 35/17 20150101ALI20230607BHJP

   A61K 9/10 20060101ALI20230607BHJP

   A61K 9/107 20060101ALI20230607BHJP

   A61K 9/127 20060101ALI20230607BHJP

【ＦＩ】

C12N15/13

C07K16/10 ZNA

C07K16/46

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

C12N5/0781

A61P31/14

A61P43/00 121

A61P11/00

A61K39/395 S

A61K48/00

A61K35/17

A61K9/10

A61K9/107

A61K9/127

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022567512

(86)(22)【出願日】2021-05-07

(85)【翻訳文提出日】2022-12-28

(86)【国際出願番号】 US2021031442

(87)【国際公開番号】W WO2021226560

(87)【国際公開日】2021-11-11

(31)【優先権主張番号】63/022,392

(32)【優先日】2020-05-08

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/024,372

(32)【優先日】2020-05-13

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/027,814

(32)【優先日】2020-05-20

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/029,338

(32)【優先日】2020-05-22

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/031,286

(32)【優先日】2020-05-28

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/033,045

(32)【優先日】2020-06-01

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/036,683

(32)【優先日】2020-06-09

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/039,939

(32)【優先日】2020-06-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/046,465

(32)【優先日】2020-06-30

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/057,767

(32)【優先日】2020-07-28

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/090,667

(32)【優先日】2020-10-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/113,450

(32)【優先日】2020-11-13

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/153,784

(32)【優先日】2021-02-25

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/170,368

(32)【優先日】2021-04-02

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＲＩＴＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】521268130

【氏名又は名称】ヴィア・バイオテクノロジー・インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】Ｖｉｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， Ｉｎｃ．

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】コルティ， ダビデ

(72)【発明者】

【氏名】ピッツート， マッテオ サムエレ

(72)【発明者】

【氏名】ピント， ドーラ

(72)【発明者】

【氏名】ベルトラメッロ， マルティナ

(72)【発明者】

【氏名】デ マルコ， アンナ

(72)【発明者】

【氏名】カメロニ， エリザベッタ

(72)【発明者】

【氏名】スネル， ジョルジュ

(72)【発明者】

【氏名】チュドゥノコウスキ， ナディーン

(72)【発明者】

【氏名】ハーベナー－ドートン， コリン

(72)【発明者】

【氏名】レンプ， フロリアン エー．

(72)【発明者】

【氏名】テレンティ， アマリオ

(72)【発明者】

【氏名】ザッタ， ファブリーツィア

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C085

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA57X

4B065AA83X

4B065AA86X

4B065AA87X

4B065AA87Y

4B065AA88X

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AA94X

4B065AA94Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA25

4B065CA44

4B065CA46

4C076AA17

4C076AA19

4C076AA22

4C076CC15

4C076CC35

4C076FF11

4C084AA13

4C084MA05

4C084MA22

4C084MA23

4C084MA24

4C084NA05

4C084NA14

4C084ZA591

4C084ZA592

4C084ZB331

4C084ZB332

4C084ZC751

4C085AA14

4C085AA16

4C085BB33

4C085BB34

4C085BB35

4C085BB36

4C085BB37

4C085BB41

4C085BB43

4C085BB44

4C085CC23

4C085EE01

4C085EE03

4C085GG02

4C085GG03

4C085GG04

4C085GG05

4C085GG06

4C085GG08

4C087AA01

4C087AA02

4C087BB37

4C087BB64

4C087BB65

4C087CA04

4C087CA12

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA59

4C087ZB33

4C087ZC75

4H045AA11

4H045AA30

4H045BA10

4H045CA40

4H045DA75

4H045DA76

4H045EA20

4H045EA50

4H045FA74

(57)【要約】

本開示は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に結合することができ、ある特定の実施形態ではＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を強力に中和できる、抗体および抗原結合断片を提供する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２または別のコロナウイルスによる感染を予防、処置および診断するためのものを含む、抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、関連組成物および使用も、提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン中の、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスに感染した細胞の表面上に発現される、本明細書に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質および／またはＲＢＤ）に結合する抗体および抗原結合断片が本明細書に提供される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ある特定の実施形態では、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号４００、２３、３３、４３、５３、６３、７５、８５、９７、１０７、１２０、１３０、１４０、１４７、１６０、１７０、１７４、１８３、１９０、１９９、２０９、２１９、２２９、２４１、２５５、２６５、２７５、２８５、２９９、３１３、３２３、３３３、３７０、３８０、３９０、４１０、４２０、４３０、４３５、４４５、４５５、４６５、４７５、４８５、４９５、５０５、５１５、５２５、５３５、５４５、５５５、５６５、５７５、５８５、５９５、６０５、６１５、６３１、および６９３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号４０１、２４、３４、４４、５４、６４、７６、８６、９８、１０８、１２１、１３１、１４１、１４８、１５１、１６１、１７１、１８４、２００、２１０、２２０、２３０、２４２、２５６、２６６、２７６、２８６、３００、３１４、３２４、３３４、３５２、３６０、３６２、３６４、３６６、３７１、３８１、３９１、４１１、４２１、４３１、４３６、４４６、４５６、４６６、４７６、４８６、４９６、５０６、５１６、５２６、５３６、５４６、５５６、５６６、５７６、５８６、５９６、６０６、６１６、６２５、６３２、６３５、６３７、６３９、６４１、６４３、６４５、６４７、６４９、６５１、６５３、６５５、６５７、６５９、６６１、６６３、６６５、６６７、６６９、６７１、６７３、６７５、６７７、６７９、６８１、６８３、６８５、および６９４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号７６６、２５、３５、４５、５５、６５、７７、８７、９９、１０９、１２２、１３２、１４２、１４９、１６２、１６４、１６５、１７２、１７６、１７７、１７９、１８０、１８５、１８７、１８８、２０１、２１１、２２１、２３１、２４３、２５７、２６７、２７７、２８７、３０１、３１５、３２５、３３５、３５４、３７２、３８２、３９２、４１２、４２２、４３２、４３７、４４７、４５７、４６７、４７７、４８７、４９７、５０７、５１７、５２７、５３７、５４７、５５７、５６７、５７７、５８７、５９７、６０７、６１７、６２７、６３３、６９５、７５１、７５３、７５５、７５７、７６０、７６３、７６５、および４０２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号４０４、２７、３７、４７、５７、６７、７９、８９、１０１、１１１、１２４、１３４、１４４、１５２、１５５、１５６、１５８、１５９、１６６、１８１、１９２、２０３、２１３、２２３、２３３、２４５、２５９、２６９、２７９、２８９、３０３、３１７、３２７、３３７、３５６、３７４、３８４、３９４、４１４、４２４、４３９、４４９、４５９、４６９、４７９、４８９、４９９、５０９、５１９、５２９、５３９、５４９、５５９、５６９、５７９、５８９、５９９、６０９、６１９、６８７、および６９７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号４０５、２８、３８、４８、５８、６８、８０、９０、１０２、１１２、１２５、１３５、１４５、１５３、１６７、１８２、１９３、２０４、２１４、２２４、２３４、２４６、２６０、２７０、２８０、２９０、３０４、３１８、３２８、３３８、３７５、３８５、３９５、４１５、４２５、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６８８、および６９８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは
（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号４０６、２９、３９、４９、５９、６９、８１、９１、１０３、１１３、１２６、１３６、１４６、１６９、１９５、１９７、２０５、２１５、２２５、２３５、２４７、２６１、２７１、２８１、２９１、３０５、３１９、３２９、３３９、３５８、３７６、３８６、３９６、４１６、４２６、４４１、４５１、４６１、４７１、４８１、４９１、５０１、５１１、５２１、５３１、５４１、５５１、５６１、５７１、５８１、５９１、６０１、６１１、６２１、６８９、６９９、７４５、および７４７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含む有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｈａｖｉｎｇ）その配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、
前記抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上および／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体または抗原結合断片。

【請求項2】

感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、請求項１に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【請求項3】

（ｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、および４０４～４０６；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号４００～４０２および４０４～４０６；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３～４５および４７～４９；
（ｉｖ）それぞれ、配列番号５３～５５および５７～５９；
（ｖ）それぞれ、配列番号６３～６５および６７～６９；
（ｖｉ）それぞれ、配列番号７５～７７および７９～８１；
（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号８５～８７および８９～９１；
（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号９７～９９および１０１～１０３；
（ｉｘ）それぞれ、配列番号１０７～１０９および１１１～１１３；
（ｘ）それぞれ、配列番号１２０～１２２および１２４～１２６；
（ｘｉ）それぞれ、配列番号１３０～１３２および１３４～１３６；
（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３または１４７、以下のいずれか１つ：２４、１４８または１５１、２５または１４９、以下のいずれか１つ：２７、１５２、１５５、１５６、１５８、または１５９、２８または１５３、および２９；
（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３または１６０、４４または１６１、以下のいずれか１つ：４５、１６２、１６４、または１６５、４７または１６６、４８または１６７、および４９または１６９；
（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：１３０、１７０、または１７４のいずれか１つ、１３０、１３１、１３２、１３４または１８１、１３５または１８２、および１３６；
（ｘｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：５３、１８３、または１９０、５４または１８４、以下のいずれか１つ：５５、１８５、１８７、または１８８、５７または１９２、５８または１９３、および以下のいずれか１つ：５９、１９５、または１９７；
（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１９９～２０１および２０３～２０５；
（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２０９～２１１および２１３～２１５；
（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２１９～２２１および２２３～２２５；
（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９～２３１および２３３～２３５；
（ｘｘ）それぞれ、配列番号２４１～２４３および２４５～２４７；
（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２５５～２５７および２５９～２６１；
（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２６５～２６７および２６９～２７１；
（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２７５～２７７および２７９～２８１；
（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２８５～２８７および２８９～２９１；
（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２９９～３０１および３０３～３０５；
（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号３１３～３１５および３１７～３１９；
（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号３２３～３２５および３２７～３２９；
（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３３３～３３５および３３７～３３９；
（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９、２３０または３５２、２３１または３５４、および２３３または３５６、２３４、および２３５または３５８；
（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３１３、以下のいずれか１つ：３１４、３６０、３６２、３６４、または３６６、３１５および３１７～３１９；
（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３７０～３７２および３７４～３７６；
（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３８０～３８２および３８４～３８６；
（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３９０～３９２および３９４～３９６；
（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２３～２５および２７～２９；
（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４１０～４１２および４１４～４１６；
（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号４２０～４２２および４２４～４２６；
（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３５～４３７および４３９～４４１；
（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４４５～４４７および４４９～４５１；
（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４５５～４５７および４５９～４６１；
（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４６５～４６７および４６９～４７１；
（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４７５～４７７および４７９～４８１；
（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４８５～４８７および４８９～４９１；
（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４９４～４９７および４９９～５０１；
（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５０５～５０７および５０９～５１１；
（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５１５～５１７および５１９～５２１；
（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５２５～５２７および５２９～５３１；
（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５３５～５３７および５３９～５４１；
（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５４５～５４７および５４９～５５１；
（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５５５～５５７および５５９～５６１；
（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５６５～５６７および５６９～５７１；
（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５７５～５７７および５７９～５８１；
（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５８５、５８６または６２５、５８７または６２７、および５８９～５９１；
（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５９５～５９７および５９９～６０１；
（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号６０５～６０７および６０９～６１１；
（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号６１５～６１７および６１９～６２１；
（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６３１、６３２または６３５または６３７または６３９または６４１または６４３または６４５または６４７または６４９または６５１または６５３または６５５または６５７または６５９または６６１または６６３または６６５または６６７または６６９または６７１または６７３または６７５または６７７または６７９または６８１または６８３または６８５、６３３、および６９７～６９９；
（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６９３～６９５および６９７～６９９；
（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１および以下のいずれか１つ：７５１、７５３、７５５、７５７、または７６０および４０４、４０５、および以下のいずれか１つ：７４５または７４７；
（ｘｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５８５、５８６、および７６２または７６４および５８９～５９１；
（ｘｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９；あるいは
（ｘｘｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５または１つ、２つ、または３つのアミノ酸置換を含む４０５のバリアントであって、前記１つ、２つ、または３つのアミノ酸置換のそれぞれが、必要に応じて、保存的アミノ酸置換である、バリアント、および４０６
のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、請求項１～２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項4】

配列番号３９９に記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３と、配列番号７３８に記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２または各々が必要に応じて保存的アミノ酸置換である１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を含むＣＤＲＬ２のバリアント、およびＣＤＲＬ３とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲがＩＭＧＴに従い、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項5】

相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０５、４０５、および７４５；（ｍ）それぞれ、配列番号：４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含み、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項6】

ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および４０６に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項５に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【請求項7】

（ａ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および７４５；（ｍ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４～６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項8】

配列番号４００に記載されるアミノ酸配列、配列番号４０１に記載されるアミノ酸配列、および配列番号４０２に記載されるアミノ酸配列をＶＨに含み、配列番号４０４に記載されるアミノ酸配列、配列番号４０５に記載されるアミノ酸配列、および配列番号４０６に記載されるアミノ酸配列をＶＬに含む、請求項４～７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【請求項9】

相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５２５、５２６、５２７、５２９、５３０、および５３１に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項10】

相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５８５、５８６または６２５、５８７または６２７、５８９、５９０、および５９１に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項11】

相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、および２３５に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項12】

（ｉ）前記ＶＨが、配列番号３９９、２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変化は、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、および／または前記変化は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み；ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記ＶＬが、配列番号７３８、２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変化は、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、および／または前記変化は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項13】

前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項14】

前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項15】

前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項16】

前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項17】

前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項18】

前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
（ｉ）それぞれ、配列番号５２４および５２８；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号５８４もしくは６２４もしくは６２６もしくは６２８および５８８；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号２２８もしくは７４０もしくは７４１もしくは７４２もしくは７４３および２３２；または
（ｉｖ）それぞれ、配列番号２２８もしくは７４０もしくは７４１もしくは７４２もしくは７４３および２３８
に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）を有する、請求項１～１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項19】

前記ＶＨが、表２に記載されるいずれかのＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、表２に記載されるいずれかのＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、必要に応じて、前記ＶＨおよび前記ＶＬは、
（ｉ）それぞれ、配列番号３９９および４０３または７３８；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号３２および３６；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２および４６；
（ｉｖ）それぞれ、配列番号５２および５６；
（ｖ）それぞれ、配列番号６２および６６；
（ｖｉ）それぞれ、配列番号７２および６６；
（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号７４および７８；
（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号８４および８８；
（ｉｘ）それぞれ、配列番号８４および８８；
（ｘ）それぞれ、配列番号９６および１００；
（ｘｉ）それぞれ、配列番号１０６および１１０；
（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１９および１２３；あるいは
（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２９および１３３；
（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号２２または１５０および２６、１５４、または１５７；
（ｘｖ）それぞれ、配列番号４２または１６３および４６または１６８；
（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１２９、１７３、１７５、または１７８のいずれか１つおよび１３３；
（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５２、１８６、１８９、または１９１のいずれか１つおよび５６、１９４、または１９６のいずれか１つ；
（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９８および２０２；
（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２０８および２１２；
（ｘｘ）それぞれ、配列番号２１８および２２２；
（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８および２３２または２３８；
（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２４０および２４４、２５０、または２５２のいずれか１つ；
（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２５４および２５８；
（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２６４および２６８；
（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２７４および２７８；または
（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２８４および２８８、２９４、または２９６のいずれか１つ；
（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２９８および３０２、３０８、または３１０のいずれか１つ；
（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３１２および３１６；
（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３２２および３２６；
（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３３２および３３６；
（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８、３５０、３５１、または３５３のいずれか１つおよび２３２、２３８、３５５、または３５７；
（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３１２、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、または３６８のいずれか１つおよび３１６；
（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３６９および３７３；
（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３７９および３８３；
（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３８９および３９３；
（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２２および２６；
（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４０９および４１３；
（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４１９および４２３；
（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４３４および４３８；
（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４４４および４４８；
（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４５４および４５８；
（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４６４および４６８；
（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４７４および４７８；
（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号４８４および４８８；
（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４９４および４９８；
（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５０４および５０８；
（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５１４および５１８；
（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５２４および５２８；
（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５３４および５３８；
（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５４４および５４８；
（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５５４および５５８；
（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５６４および５６８；
（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５７４および５７８；
（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５８４および５８８；
（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５９４および５９８；
（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６０４および６０８；
（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６１４および６１８；
（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号６２４、６２６、または６２８および５８８；
（ｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、または６８４、および６８６；
（ｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号６９２および６９６；
（ｘｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号７４０～７４３および２３８のいずれか１つ；
（ｘｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つおよび４０３、７４４、および７４６のいずれか１つ；あるいは
（ｘｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号７６２または７６４および５８８
に従うアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、請求項１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項20】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項21】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項22】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項23】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項24】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項25】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項26】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号５２４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号５２８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項27】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号５８４、６２４、６２６、および６２８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号５８８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項28】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号２３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項29】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号２３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項30】

重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項31】

ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３３～３５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３７～３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、抗体またはその抗原結合断片。

【請求項32】

感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、請求項３～３１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項33】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか；
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）およびヒトＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか；
（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；
（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶのＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識するか；
（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１コロナウイルスに対して交差反応性であるか；
（ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；または
（ｖｉｉｉ）プレフュージョンコンフォメーションのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体に結合できるか；または
（ｉｘ）（ｉ）～（ｖｉｉｉ）の任意の組み合わせ
である、請求項１～３２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項34】

ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、請求項１～３３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項35】

ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、請求項１～３４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項36】

ヒト、ヒト化、またはキメラである、請求項１～３５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項37】

ヒト抗体、モノクローナル抗体、精製された抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはｓｃＦａｂを含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項38】

前記ｓｃＦｖが、１つより多くのＶＨドメインおよび１つより多くのＶＬドメインを含む、請求項３７に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項39】

多特異性抗体または抗原結合断片である、請求項１～３８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項40】

二特異性抗体または抗原結合断片である、請求項３９に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項41】

（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＬおよび前記第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、前記第２のＶＨおよび前記第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する、請求項３９または４０に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項42】

（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
を含み、
前記第１のＶＨが、配列番号１３９および３４２のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第１のＶＬが、配列番号１４３および３４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第２のＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第２のＶＬが、配列番号４０３、７４４、および７４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項４０または４１に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項43】

第１の特異性を有する第１の抗原結合部分、および第２の特異性を有する第２の抗原結合部分を含み、前記第１の抗原結合部分が、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号７３８または配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、請求項３９または４０に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項44】

前記第２の抗原結合部分が、配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、請求項４３に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項45】

前記第２の抗原結合部分が、配列番号３４２に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号３４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、請求項４３に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項46】

Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、請求項１～４５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項47】

前記Ｆｃポリペプチドまたはその断片が：
（ｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
（ｉｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
を含む、請求項４６に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項48】

ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項４７に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項49】

ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：
（ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；
（ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；
（ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ； （ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；
（ｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；
（ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；
（ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または
（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせ
を含む、請求項４７または４８に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項50】

ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、請求項４７～４９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項51】

ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、請求項４７～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項52】

ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、
（ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；
（ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；
（ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または
（ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ
を含む、請求項４７～５１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項53】

前記Ｆｃポリペプチドが、Ｌ２３４Ａ変異およびＬ２３５Ａ変異を含む、請求項４７～５２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項54】

グリコシル化を変化させる変異を含み、グリコシル化を変化させる前記変異が、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、もしくはＮ２９７Ｇを含み、ならびに／またはアグリコシル化および／もしくはアフコシル化されている、請求項１～５３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項55】

ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質が、宿主細胞の細胞表面で発現されている、請求項１～５４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項56】

ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質ＲＢＤに５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質が、宿主細胞の細胞表面で発現されている、請求項１～５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項57】

必要に応じて２．７μｇ／ｍｌで、抗体または抗原結合断片をプロテインＡピン上に負荷し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌで負荷し、さらに必要に応じて７分間解離を測定する、Ｏｃｔｅｔ装置を必要に応じて使用する、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）を使用して決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、５×１０^－１０Ｍ未満、１×１０^－１０Ｍ未満、５×１０^－１１Ｍ未満、１×１０^－１１Ｍ未満、５×１０^－１２Ｍ未満、または１×１０^－１２Ｍ未満のＫＤで結合できる、請求項１～５６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項58】

表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、必要に応じて、シングルサイクルキネティクス手法を使用するＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を使用して、決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに６×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、４×１０^－９Ｍ未満、３×１０^－９Ｍ未満、２×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、または８×１０^－１０Ｍ未満のＫＤで結合できる、請求項１～５７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項59】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合でき、（ｉ）前記ＲＢＤと（ｉｉ）ヒトＡＣＥ２および／またはヒトＳＩＧＬＥＣ－１との間の相互作用を阻害できる、請求項１～５８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項60】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を、必要に応じて：
（ｉ）（ａ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ５０で中和でき、および／または
（ｉ）（ｂ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ８０で中和でき、および／または
（ｉ）（ｃ）３００ｎｇ／ｍｌ未満、２００ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満 ５０ｎｇ／ｍｌ、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１０ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＥＣ９０で中和でき、さらに必要に応じて、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み、および／または
（ｉ）（ｄ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み；ならびに／あるいは
（ｉｉ）生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を、必要に応じて：
（ｉｉ）（ａ）６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で中和でき、および／または
（ｉｉ）（ｂ）５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３５ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１２ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ９０で中和でき、および／または
（ｉｉ）（ｃ）６時間にわたって、０．１の感染多重度で中和でき；ならびに／あるいは
（ｉｉｉ）ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ、またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じて、それを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき；ならびに／あるいは
（ｉｖ）ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じてそれを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、感染を中和することが、感染を完全に中和することを含む、
請求項１～５９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項61】

前記表面糖タンパク質に、配列番号３を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と比較して次の変異：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ４７７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｅ４８４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ａ５２０Ｓ、Ｎ５０１Ｔ、Ａ５２２Ｓ、Ｙ４５３Ｆ、Ｐ３８４Ｌのいずれか１つを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる、請求項１～６０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項62】

前記抗体または抗原結合断片が配列番号３に記載される表面糖タンパク質アミノ酸を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和する効力の３分の１未満の効力で、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる、請求項６１に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項63】

ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩａ、または両方を活性化でき、必要に応じて、
（ｉ）前記ＦｃγＲＩＩａが、Ｈ１３１対立遺伝子を含み；および／または
（ｉｉ）前記ＦｃγＲＩＩＩａが、Ｖ１５８対立遺伝子を含み；および／または
（ｉｉｉ）活性化が、ＣＨＯ細胞などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ発現標的細胞、およびルシフェラーゼなどのＮＦＡＴ駆動レポーターを発現するレポーター細胞を使用して決定される、請求項１～６２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項64】

（ａ）配列番号６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号８に記載されるＣＬアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号９に記載されるＣＬアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号７に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号８に記載されるＣＬアミノ酸配列；または
（ｄ）配列番号７に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号９に記載されるＣＬアミノ酸配列
を含む、請求項１～６３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項65】

（ｉ）配列番号７６７に記載される重鎖アミノ酸配列と、
（ｉｉ）配列番号７６８に記載される軽鎖アミノ酸配列と
を含む単離された抗体。

【請求項66】

非ヒト霊長類において２０～３０日の間の、または２２～２８日の間の、または２３～２７日の間の、または２４～２６日の間の、または約２５日のｉｎ ｖｉｖｏ半減期を有する、請求項１～６５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項67】

約２０～約３０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項68】

約１０～約２０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項69】

約５～約１０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項70】

約１～約５ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、請求項１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項71】

前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓタンパク質への結合についてヒトＡＣＥ２と競合せず、
必要に応じて、前記中和が、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて感染を中和することを含む、請求項１～７０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【請求項72】

請求項１～７１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する、抗体または抗原結合断片。

【請求項73】

請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片をコードするか、または前記抗体もしくは前記抗原結合断片のＶＨ、重鎖、ＶＬ、および／もしくは軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。

【請求項74】

デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み、前記ＲＮＡが、必要に応じて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、請求項７３に記載のポリヌクレオチド。

【請求項75】

宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、請求項７３または７４に記載のポリヌクレオチド。

【請求項76】

配列番号３０、３１、４０、４１、５０、５１、６０、６１、７０、７１、７３、８２、８３、９２、９３、９５、１０４、１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２７、１２８、１３７、１３８、２０６、２０７、２１６、２１７、２２６、２２７、２３６、２３７、２３９、２４８、２４９、２５１、２５３、２６２、２６３、２７２、２７３、２８２、２８３、２９２、２９３、２９５、２９７、３０６、３０７、３０９、３１１、３２０、３２１、３３０、３３１、３４０、３４１、３７７、３７８、３８７、３８８、３９７、３９８、４０７、４０８、４１７、４１８、４２７、４２８、４３３、４４２、４４３、４５２、４５３、４６２、４６３、４７２、４７３、４８２、４８３、４９２、４９３、５０２、５０３、５１２、５１３、５５２、５２３、５３２、５３３、５４２、５４３、５５２、５５３、５６２、５６３、５７２、５７３、５８２、５８３、５９２、５９３、６０２、６０３、６１２、６１３、６２２、６２３、６９０、６９１、７００～７３７、および７３９のいずれか１つもしくは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む、または前記ポリヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、請求項７３～７５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。

【請求項77】

（ｉ）配列番号４０７に記載されるヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有する、または前記ヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、ポリヌクレオチド；および
（ｉｉ）配列番号４０８、７３７、もしくは７３９に記載されるヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有する、または前記ヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、ポリヌクレオチド
を含む、請求項７３～７６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。

【請求項78】

請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、組換えベクター。

【請求項79】

請求項７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび／または請求項７８に記載のベクターを含む、宿主細胞であって、前記ポリヌクレオチドが前記宿主細胞に対して異種である、宿主細胞。

【請求項80】

請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むヒトＢ細胞であって、ポリヌクレオチドが前記ヒトＢ細胞に対して異種である、および／または前記ヒトＢ細胞が不死化されている、ヒトＢ細胞。

【請求項81】

（ｉ）請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、
（ｉｉ）請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）請求項７８に記載の組換えベクター、
（ｉｖ）請求項７９に記載の宿主細胞、および／または
（ｖ）請求項８０に記載のヒトＢ細胞；ならびに
薬学的に許容される賦形剤、キャリアー、または希釈剤
を含む、組成物。

【請求項82】

請求項１～７２のいずれかに記載の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む、請求項８１に記載の組成物。

【請求項83】

（ｉ）配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、請求項８２に記載の組成物。

【請求項84】

（ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３３～３５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３７～３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、請求項８２に記載の組成物。

【請求項85】

（ｉ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３または３４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、または７６１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号４０３、７４４、または７４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、請求項８２に記載の組成物。

【請求項86】

（ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２、またはそれぞれ、配列番号３４３～３４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号４００、４０１、および以下のいずれか１つ：７５１、７５３、７５５、７５７、７６０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０４、４０５、および以下のいずれか１つ：４０６、７４５および７４７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、請求項８２に記載の組成物。

【請求項87】

（ｉ）以下を含む第１の抗体または抗原結合断片：
（ｉ）（ａ）配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および
（ｉ）（ｂ）配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、ＶＬ；ならびに
（ｉｉ）以下を含む第２の抗体または抗原結合断片：
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬ
を含む、組成物。

【請求項88】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０２、および７６６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４０４、４０５、および４０６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号１４０、１４１または３４３、および１４２に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４４、１４５、および１４６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、組成物。

【請求項89】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、組成物。

【請求項90】

前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｍ４２８Ｌ変異およびＮ４３４Ｓ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、請求項８２～８９のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項91】

前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異およびＩ３３２Ｅ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、請求項８２～９０のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項92】

キャリアー分子に被包された請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む組成物であって、前記キャリアー分子が、必要に応じて、脂質、脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム、脂質マイクロチューブル、脂質マイクロシリンダー、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、またはナノスケールプラットフォームを含む、組成物。

【請求項93】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第１の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第１の抗体または抗原結合断片と、
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第２の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第２の抗体または抗原結合断片と
を含む組成物であって、
前記第１の細胞表面受容体と前記第２の細胞表面受容体が異なる、組成物。

【請求項94】

被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、有効量の：
（ｉ）請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片；
（ｉｉ）請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；
（ｉｉｉ）請求項７８に記載の組換えベクター；
（ｉｖ）請求項７９に記載の宿主細胞；
（ｖ）請求項８０に記載のヒトＢ細胞；および／あるいは
（ｖｉ）請求項８１～９３のいずれか一項に記載の組成物
を前記被験体に投与することを含む、方法。

【請求項95】

被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０２、および７６６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４０４、４０５、および４０６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号１４０、１４１または３４３、および１４２に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４４、１４５、および１４６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含む、方法。

【請求項96】

被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含む、方法。

【請求項97】

被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号３２および３６に記載の、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびに、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【請求項98】

被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号１３９に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号３２および３６に記載の、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【請求項99】

被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号１３９もしくは３４２に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３もしくは３４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２、もしくはそれぞれ、３４３～３４５に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、もしくは７６１に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号４０３、７４４、もしくは７４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４００に、４０１に、および７５１、７５３、７５５、７５７、７６０のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号４０４に、４０５に、ならびに４０６、７４５および７４７のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【請求項100】

被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、もしくは７６１に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号４０３、７４４、もしくは７４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４００に、４０１に、および７５１、７５３、７５５、７５７、７６０のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号４０４に、４０５に、ならびに４０６、７４５および７４７のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９もしくは３４２に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３もしくは３４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２、もしくはそれぞれ、３４３～３４５に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【請求項101】

前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｍ４２８Ｌ変異およびＮ４３４Ｓ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、請求項９５～１００のいずれか一項に記載の方法。

【請求項102】

前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異およびＩ３３２Ｅ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、請求項９５～１０１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項103】

被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第１の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第２の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含み、
前記第１の細胞表面受容体と前記第２の細胞表面受容体とが異なる、方法。

【請求項104】

被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法における使用のための、請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片、請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項７８に記載の組換えベクター、請求項７９に記載の宿主細胞、請求項８０に記載のヒトＢ細胞、および／または請求項８１～９３のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項105】

被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための医薬の調製における使用のための、請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片、請求項７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項７８に記載の組換えベクター、請求項７９に記載の宿主細胞、請求項８０に記載のヒトＢ細胞、および／または請求項８１～９３のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項106】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染のｉｎ ｖｉｔｒｏ診断のための方法であって、
（ｉ）被験体からの試料を請求項１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と接触させること、および
（ｉｉ）抗原と前記抗体とを含む、または抗原と前記抗原結合断片とを含む複合体を検出すること
を含む方法。

【請求項107】

前記試料が、前記被験体から単離された血液を含む、請求項１０６に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

配列表に関する陳述
本出願に関連する配列表は、紙の写しの代わりにテキストフォーマットで提供され、これは、参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、９３０５８５＿４０９ＷＯ ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。テキストファイルは、４８９ＫＢであり、２０２１年５月７日に作製され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。

【背景技術】

【0002】

背景
新規なベータコロナウイルスが、２０１９年末に中国の武漢において明らかになった。２０２１年５月２日以後、このウイルスによる感染のおよそ１億５２００万の症例（他の名称の中でも、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２および武漢コロナウイルスと称された）が世界中で確認され、およそ３１９万５千人の死亡がもたらされた。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防または処置するための療法が必要とされている。

【図面の簡単な説明】

【0003】

【図1A】図１Ａ～１Ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ある特定の抗体の結合を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＲＢＤの結合についてＥＬＩＳＡにより試験した。図１Ａは、５つの抗体の結合を示し、図１Ｂおよび図１Ｃの各々は、７つの抗体の結合を示し、図１Ｄは、４つの抗体の結合を示す。図１Ｂの上部パネルに２つの抗体が黒色記号を使用して示されている。図１Ｂでは、Ｓ２Ｘ２８結合が、試験した濃度の全範囲にわたってゼロまたはほぼゼロのＯＤにとどまっている線により表されている。図１Ｂ（上部）では、Ｓ２Ｘ４１結合が、ＥＣ５０がおおよそ２０．０１ｎｇ／ｍｌである曲線により表されている。図１Ａ～１Ｄの各々において、上部パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を示し、下部パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤへの結合を示す。各図の右側のボックスは、存在する場合、示されている抗体についての算出ＥＣ５０値を示す。

【図1B】同上。

【図1C】同上。

【図1D】同上。

【0004】

【図2】図２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離された、組換え発現されたモノクローナル抗体による、ヒトＡＣＥ２へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤの結合の阻害を示す。ＥＬＩＳＡプレートを組換えヒトＡＣＥ２（内部で生成）で被覆した。ＰＢＳ中の２ｕｇ／ｍｌのＡＣＥ２で被覆を行った。プレートを一晩、４℃でインキュベートし、ブロッキング剤カゼイン（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒからの１％カゼイン）を用いて１時間、室温でブロックした。

【0005】

【図3A】図３Ａ～３Ｆは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対するある特定の抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。図３Ａは、３つの抗体についての結果を示す。図３Ｂ～３Ｆの各々は、４つの抗体についての結果を示す。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。各図の右側のボックスは、存在する場合、示されている抗体についての算出ＩＣ５０を示す。

【図3B】同上。

【図3C】同上。

【図3D】同上。

【図3E】同上。

【図3F】同上。

【0006】

【図4A】図４Ａ～４Ｎは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤへのさらなる抗体の結合を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＲＢＤ結合についてＥＬＩＳＡにより試験した。各図の右側のボックスは、示されている抗体についての算出ＥＣ５０値を示す。

【図4B】同上。

【図4C】同上。

【図4D】同上。

【図4E】同上。

【図4F】同上。

【図4G】同上。

【図4H】同上。

【図4I】同上。

【図4J】同上。

【図4K】同上。

【図4L】同上。

【図4M】同上。

【図4N】同上。

【0007】

【図5A】図５Ａ～５Ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対するさらなる抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイ（アッセイごとに１つの抗体）で試験した。図５Ａおよび５Ｃの各々は、３つの抗体についての結果を示す。図５Ｂは、２つの抗体についての結果を示し、図５Ｄは、４つの抗体についての結果を示す。ｘ軸に示されているとおりの濃度で、抗体を試験した。各図の右側のボックスは、存在する場合、示されている抗体についての算出ＥＣ５０を示す。

【図5B】同上。

【図5C】同上。

【図5D】同上。

【0008】

【図6A】図６Ａおよび６Ｂは、真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対するモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。比較対照抗体「Ｓ３０９－ｖ２」は、配列番号３４２に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号３４６に記載されるＶＬアミノ酸配列（それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３）を含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１感染から回復した患者から単離された抗体の操作されたバリアントである。１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６細胞を白色の９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し、一晩、付着させた。抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間ブロッキングした後、細胞を、１：２０００希釈の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともに、１時間インキュベートした。洗浄、および１μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８．０）を使用してデータを処理した。

【図6B】同上。

【0009】

【図7-1】図７Ａ～７Ｄは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対するさらなる抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。図７Ａおよび７Ｂの各々は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１感染から回復した患者から単離された、比較対照抗体Ｓ３０９（配列番号１３９のＶＨアミノ酸配列、配列番号１４３のＶＬアミノ酸配列、それぞれ、配列番号１４０～１４２および１４４～１４６に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３）と一緒に、４つの抗体の結果を示す。図７Ｃは、Ｓ３０９と一緒に３つの抗体についての結果を示し、図７Ｄは、Ｓ３０９と一緒に２つの抗体についての結果を示す。図７Ｄ中の抗体「Ｓ２Ｈ５８」は、配列番号２２８に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号２３８に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。ｘ軸に示されているとおりの濃度で、抗体を試験した。

【図7-2】同上。

【0010】

【図8A】図８Ａおよび８Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤへの抗体の結合を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＲＢＤ結合についてＥＬＩＳＡにより試験した。図８Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１感染から回復した患者から単離された５つの抗体および１つの比較対照抗体、Ｓ３０９（配列番号１３９のＶＨアミノ酸配列、配列番号１４３のＶＬアミノ酸配列、それぞれ、配列番号１４０～１４２および１４４～１４６に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３）、の結合を示す。図８Ｂは、４つの抗体およびＳ３０９の結合を示す。図８Ａおよび８Ｂの各々において、左側パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を示し、右側パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤへの結合を示す。各パネルの右側のボックスは、示されている抗体についての算出ＥＣ５０値を示す。

【図8B】同上。

【0011】

【図9A】図９Ａ～９Ｆは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸に示されているとおりの濃度で、抗体を試験した。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値（ｎｇ／ｍｌとして表されている）が各図中のグラフの下に示されている。

【図9B】同上。

【図9C】同上。

【図9D】同上。

【図9E】同上。

【図9F】同上。

【0012】

【図10A】図１０Ａ～１０Ｅは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤは、各図中の下方グラフに「ＳＡＲＳ ＲＢＤ」と表示されている）への抗体の結合を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離されたモノクローナル抗体を組換え発現させ、ＲＢＤの結合についてＥＬＩＳＡにより試験した。図１０Ａ～１０Ｅの各々において、上部パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を示し、下部パネルは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤへの結合を示す。各図の右側のボックスは、存在する場合、示されている抗体についての算出ＥＣ５０値を示す。

【図10B】同上。

【図10C】同上。

【図10D】同上。

【図10E】同上。

【0013】

【図11A】図１１Ａ～１１Ｄは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１１Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５についての結果を示す。図１１Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２１９およびＳ２Ｘ２４４についての結果を示す。図１１Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２４６およびＳ２Ｘ２５６についての結果を示す。図１１Ｄは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２７８についての結果を示す。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値（ｎｇ／ｍｌとして表されている）が、各図の右側のボックスの中に示されている。

【図11B】同上。

【図11C】同上。

【図11D】同上。

【0014】

【図12A】図１２Ａ～１２Ｄは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。抗体を組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１２Ａは、比較対照Ｓ２Ｘ１９０と一緒にモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５についての結果を示す。図１２Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２１９についての結果を示す。図１２Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２４４、Ｓ２Ｘ２４６およびＳ２Ｘ２５６についての結果を示す。図１２Ｄは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２６９およびＳ２Ｘ２７８についての結果を示す。ｘ軸に示されている濃度で抗体を試験した。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値（ｎｇ／ｍｌとして表されている）が、各図の下部に示されている。

【図12B】同上。

【図12C】同上。

【図12D】同上。

【0015】

【図13A】図１３Ａおよび１３Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤによるヒトＡＣＥ２への結合を阻害するある特定のモノクローナル抗体の能力を示す。ＥＬＩＳＡプレートを、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌの組換えヒトＡＣＥ２でコーティングした。モノクローナル抗体の連続希釈物を、２０ｎｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌからの、マウスＦｃと融合したＲＢＤ）とともに３０分間、３７℃でインキュベートし、次いで、室温でのさらなる２０分のインキュベーションのためにＡＣＥ２をコーティングしたプレートに移した。１０μｇ／ｍｌで出発し、１：３希釈して、１１の連続希釈物を使用した。アルカリホスファターゼにコンジュゲートした二次抗体ヤギＦ（ａｂ’）２抗マウスＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）抗体（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用し、続いて、重炭酸緩衝液中のｐＮＰＰ（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ Ｎ２７６５－１００ＴＡＢ）を添加し、４０５ｎｍで吸光度を読み取ることにより、ＡＣＥ２へのＲＢＤの結合を検出した。図１３Ａは、４つの比較対照抗体と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１９３およびＳ２Ｘ１９５についての結果を示す。図１３Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２１９、Ｓ２Ｘ２４４、Ｓ２Ｘ２４６、Ｓ２Ｘ２５６、Ｓ２Ｘ２６９、およびＳ２Ｘ２７８についての結果を示す。算出ＩＣ５０値が、各図中のグラフの右にまたは右方に示されている。

【図13B】同上。

【0016】

【図14A】図１４Ａ～１４Ｈは、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する本開示のある特定のモノクローナル抗体の結合親和性およびアビディティを示す。抗体（各図の下部右側に示されているとおり）をプロテインＡピン上に２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。各図中の縦の破線は、解離相の開始を示す。

【図14B】同上。

【図14C】同上。

【図14D】同上。

【図14E】同上。

【図14F】同上。

【図14G】同上。

【図14H】同上。

【0017】

【図15-1】図１５は、Ｏｃｔｅｔにより測定したときの、４つの比較対照抗体（第２のパネル）と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ２１９（第１のパネル）ならびにＳ２Ｘ１９３、Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２４４、Ｓ２Ｘ２４６、Ｓ２Ｘ２５６、Ｓ２Ｘ２６９、およびＳ２Ｘ２７８についての、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティーを示す。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌで負荷した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌで負荷した。解離を７分間、測定した。各グラフ中の縦の破線は、解離段階の開始を示す。第２のパネルにおいて、曲線の順序（上から下へ）は、グラフの右方に列挙されている抗体（上から下へ）に対応する。実例として、上部の曲線は、Ｓ２Ｘ１２７に対応し、下部の曲線は、Ｓ２Ｘ２７８に対応する。

【図15-2】同上。

【0018】

【図16A】図１６Ａ～１６Ｄは、感染後２４時間の時点でヌクレオカプシド（ＮＰ）発現の阻害により評価したときの、ある特定のモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図１６Ａは、比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２（配列番号３４２のＶＨアミノ酸配列、配列番号３４６のＶＬアミノ酸配列、それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３）と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｎ２２、Ｓ２Ｎ１２、Ｓ２Ｎ２８、Ｓ２Ｎ２５、Ｓ２Ｈ５８－ｖ２によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図１６Ｂは、比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｅ９、Ｓ２Ｅ６、Ｓ２Ｅ１３、Ｓ２Ｋ４、Ｓ２Ｅ１４、Ｓ２Ｅ７、およびＳ２Ｅ１２（配列番号３９９のＶＨアミノ酸配列、配列番号４０３のＶＬアミノ酸配列、それぞれ、配列番号４００、７６６、４０２および４０４～４０６に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３）によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図１６Ｃは、比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２（Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ Ｆｃ変異を有する）と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｈ３７、Ｓ２Ｈ７３、Ｓ２Ｈ４０、Ｓ２Ｈ７０、およびＳ２Ｈ７１によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図１６Ｄは、比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２と一緒に、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ３０、Ｓ２Ｈ５８－ｖ１、Ｓ２Ｈ６６、Ｓ２Ｈ６２、およびＳ２Ｈ３０によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。算出ＩＣ５０値が各グラフの下に示されている。

【図16B】同上。

【図16C】同上。

【図16D】同上。

【0019】

【図17A】図１７Ａ～１７Ｃは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。図１７Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｍ１１およびＳ２Ｍ２８についての結果を示す。図１７Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｍ１６についての結果を示す。図１７Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｍ７およびＳ２Ｌ４９についての結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値（ｎｇ／ｍｌとして表されている）が各グラフの下のボックスの中に示されている。

【図17B】同上。

【図17C】同上。

【0020】

【図18A】図１８Ａ～１８Ｅは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ある特定のモノクローナル抗体の結合を示す。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離された抗体を組換え発現させ、スパイクおよびスパイクＲＢＤの結合についてＥＬＩＳＡにより試験した。各図の右側のボックスは、算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌとして表されている）を示す。

【図18B】同上。

【図18C】同上。

【図18D】同上。

【図18E】同上。

【0021】

【図19A】図１９Ａ～１９Ｅは、ある特定のモノクローナル抗体を使用する感染中和アッセイからの結果を示す。抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）に対する中和アッセイで試験した。図１９Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１４９およびＳ２Ｘ１７９についての結果を示す。図１９Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ６５についての結果を示す。図１９Ｃは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ９７についての結果を示す。図１９Ｄは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ１０６についての結果を示す。図１９Ｅは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｈ１０１についての結果を示す。ｘ軸は、抗体の総濃度を示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値が、各図の右側のボックスにおいてそのボックスの左手の縦列に、示されている。

【図19B】同上。

【図19C】同上。

【図19D】同上。

【図19E】同上。

【0022】

【図20A】図２０Ａおよび２０Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１４９および比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２ ＬＳ（配列番号３４２のＶＨアミノ酸配列、配列番号３４６のＶＬアミノ酸配列、それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３；Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を有するｒＩｇＧ１として発現される）の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。図２０Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２０Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）へのおよびコーティングされていない対照プレート（下部パネル）への、抗体の結合を示す。グラフの右側に、ボックスによって算出ＥＣ５０値が示されている。

【図20B】同上。

【0023】

【図21A】図２１Ａおよび２１Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１７９および比較対照抗体Ｓ２Ｘ２００の結合を示す。ヒトモノクローナル抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。図２１Ａは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２１Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤ（上部パネル）へのおよびコーティングされていない対照プレート（下部パネル）への、抗体の結合を示す。図２１Ｂの上部のグラフの右側に、ボックスによってＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合についての算出ＥＣ５０値が示されている。

【図21B】同上。

【0024】

【図22A】図２２Ａおよび２２Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤへの、ヒトモノクローナル抗体Ｓ２Ｈ１０１、Ｓ２Ｄ６５（２２Ａ）、Ｓ２Ｄ９７、およびＳ２Ｄ１０６（２２Ｂ）の結合を示す。抗体を組換え発現させ、結合をＥＬＩＳＡにより試験した。グラフの右方のボックスは、算出ＥＣ５０値を示す。

【図22B】同上。

【0025】

【図23A】図２３Ａおよび２３Ｂは、ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤによるヒトＡＣＥ２への結合の、抗体による阻害を示す。図２３Ａは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１４９についての結果を示す。図２４Ｂは、モノクローナル抗体Ｓ２Ｘ１７９および比較対照抗体Ｓ２Ｘ２００についての結果を示す。算出ＩＣ５０値が、各グラフの右方に示されている。

【図23B】同上。

【0026】

【図24】図２４は、結合競合、クライオＥＭ、および結晶学データにより決定したときの、モノクローナル抗体Ｓ３０９および他の抗スパイク抗体を使用する定量的エピトープ特異的血清学研究の結果を要約する。下線付きの抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１と交差反応性である。

【0027】

【図25A】図２５Ａおよび２５Ｂは、ある特定のモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。図２５Ａは、比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ２Ｘ１９３と一緒に、本開示の４つの抗体についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳは、配列番号３４２に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号３４６に記載されるＶＬアミノ酸配列を含み、Ｆｃ領域にＭＬＮＳ改変を含む。図２５Ｂは、４つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１２９およびＳ２Ｘ１３２についての結果を示す。算出ＩＣ５０値が、各グラフの下のボックスの中に示されている。算出ＥＣ５０およびＥＣ９０値が、各図の下部に示されている。

【図25B】同上。

【0028】

【図26】図２６は、ＶＳＶシュードウイルスを使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、ある特定のモノクローナル抗体による中和を示す。データは、１つの単一実験、三連ウェルのＶＳＶ－ｌｕｃ（スパイクＤ１９）シュードウイルスからのものである。「ＬＳ」＝Ｆｃ変異Ｍ４２８Ｌ＋Ｎ４３４Ｓ。

【0029】

【図27】図２７は、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染の、ある特定のモノクローナル抗体による中和を示す。データは、三連ウェルのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ｌｕｃ、ＭＯＩ ０．１、６時間感染からのものである。

【0030】

【図28A】図２８Ａおよび２８Ｂは、ある特定のモノクローナル抗体によるＦｃγＲＩＩＩａ（Ｖ１５８対立遺伝子）（図２８Ａ）およびＦｃγＲＩＩａ（Ｈ１３１対立遺伝子）（図２８Ｂ）の活性化を示す。データは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ２のＳタンパク質を発現するＣＨＯ標的細胞を使用する実験を示す。

【図28B】同上。

【0031】

【図29】図２９Ａおよび２９Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤおよびスパイクタンパク質への、ある特定の抗体の結合（ＥＬＩＳＡ）を示す。

【0032】

【図30】図３０Ａおよび３０Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対する、ある特定の抗体の結合を示す。

【0033】

【図31A】図３１Ａおよび３１Ｂは、異なる濃度のＡＡＰＨ（２，２’－アゾビス（２－アミジノプロパン）二塩酸塩）の存在下での、またはＵＶ照射後の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの抗体Ｓ２Ｄ１０６の結合を示す。ＡＡＰＨとＵＶ照射の両方が、抗体における酸化ストレスを誘導するために使用される。図３１Ａは、間接的ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＲＢＤへのＳ２Ｄ１０６の結合を示す。図３１Ｂは、サンドイッチＥＬＩＳＡにより測定したときのＳ２Ｄ１０６の結合を示す。ｘ軸＝ＲＢＤの濃度。

【図31B】同上。

【0034】

【図32A】図３２Ａ～３２Ｃは、Ｓ２Ｅ１２およびその操作されたバリアント（Ｓ２Ｅ１２抗体のＶＨおよびＶＬ配列については実施例９の表２２を参照されたい）による感染（シュードウイルス粒子）の中和を示す。図３２Ａおよび図３２Ｂは、同じ実験の２回の繰り返しからの結果を示す。図３２Ｃは、Ｓ２Ｅ１２および他のそのバリアントを使用する３回目の実験についての結果を示す。

【図32B】同上。

【図32C】同上。

【0035】

【図33A】図３３Ａおよび３３Ｂは、間接的ＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのある特定の抗体の結合を示す。図３３Ａは、８つの抗体についての結果を示す。図３３Ｂは、６つの抗体についての二連実験からの結果の平均を示す。

【図33B】同上。

【0036】

【図34A】図３４Ａおよび３４Ｂは、サンドイッチＥＬＩＳＡにより測定したときの、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのある特定の抗体の結合を示す。図３４Ａは、８つの抗体についての結果を示す。図３４Ｂは、６つの抗体についての二連実験からの結果の平均を示す。

【図34B】同上。

【0037】

【図35】図３５は、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを使用する感染の５つの抗体による中和を示す。「Ｓ２Ｅ１２－１１」と表示されている曲線は、Ｓ２Ｅ１２抗体を発現するように形質転換されたＣＨＯ細胞の上清中に存在する抗体を使用して生成した。「Ｓ２Ｅ１２ ｗｔ」と表示されている曲線は、形質転換ＨＥＫ細胞において産生された、精製された抗体を使用して、生成した。

【0038】

【図36】図３６は、フローサイトメトリーにより測定したときの、ＣＨＯ細胞の表面に発現されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのある特定の抗体の結合を示す。各抗体についての算出ＥＣ５０値が、各抗体名の右方の凡例に示されている。「Ｓ２Ｅ１２－１１」と表示されている曲線は、Ｓ２Ｅ１２抗体を発現するように形質転換されたＣＨＯ細胞の上清中に存在する抗体を使用して生成した。「Ｓ２Ｅ１２」と表示されている曲線は、形質転換ＨＥＫ細胞において産生された、精製された抗体を使用して、生成した。

【0039】

【図37A】図３７Ａおよび３７Ｂは、シュードウイルス粒子を使用する感染の、ある特定のモノクローナル抗体による中和を示す。図３７Ａおよび図３７Ｂは、同じ実験の２回の繰り返しからの結果を示す。

【図37B】同上。

【0040】

【図38A】図３８Ａおよび３８Ｂは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのある特定の抗体の結合を示す。比較対照抗体Ｓ３０９－１４（ＶＨ Ｗ１０５Ｆ変異があり、Ｓ３０９と同様のＲＢＤへの親和性を有する、Ｓ３０９）の結合も示されている。図３８Ａは、間接的ＥＬＩＳＡにより測定したときの結合を示す。図３８Ｂは、サンドイッチＥＬＩＳＡにより測定したときの結合を示す。図３８Ａおよび３８Ｂの各々は、二連実験からの結果の平均を示す。

【図38B】同上。

【0041】

【図39A】図３９Ａおよび３９Ｂは、ある特定の操作されたＳ２Ｅ１２抗体の特徴を、親モノクローナル抗体Ｓ２Ｅ１２（ｙ軸上に「ＷＴ」と示されているＳ２Ｅ１２値）と比較して示す。各図の右側の凡例に列挙されているアッセイを使用して、比較データを生成した。

【図39B】同上。

【0042】

【図40】図４０は、ある特定の操作されたＳ２Ｄ１０６抗体の特徴を、親モノクローナル抗体Ｓ２Ｄ１０６（ｙ軸上に「ＷＴ」と示されているＳ２Ｄ１０６値）と比較して示す。各図の右側の凡例に列挙されているアッセイを使用して、比較データを生成した。

【0043】

【図41】図４１は、示されているタンパク質（複数可）を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、およびＡＣＥ２導入遺伝子の発現（免疫蛍光）を示す。実施例１４を参照されたい。

【0044】

【図42】図４２は、野生型ＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、およびＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、ＶＳＶシュードウイルス感染レベルを示す。シュードウイルスは、ルシフェラーゼレポーターを有する組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現した。実施例１４を参照されたい。

【0045】

【図43】図４３は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＶＳＶシュードウイルス感染の、モノクローナル抗体Ｓ３０９（配列番号１３９のＶＨ、配列番号１４３のＶＬ）による中和を示す。この例では、抗体Ｓ３０９は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を含む。実施例１４を参照されたい。

【0046】

【図44】図４４は、野生型ＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、およびＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染レベルを示す。ルシフェラーゼレポーターを有する組換えＳタンパク質を使用して、感染を決定した。実施例１４を参照されたい。

【0047】

【図45】図４５は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、モノクローナル抗体Ｓ３０９（配列番号１３９のＶＨ、配列番号１４３のＶＬ）による中和を示す。この例では、抗体Ｓ３０９は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を含む。実施例１４を参照されたい。

【0048】

【図46】図４６は、示されているタンパク質（複数可）を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１、およびＡＣＥ２導入遺伝子の発現（免疫蛍光）を示す。実施例１４を参照されたい。

【0049】

【図47】図４７は、野生型ＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、およびＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、またはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染レベルを示す。ルシフェラーゼレポーターを有する組換えＳタンパク質を使用して、感染を決定した。実施例１４を参照されたい。

【0050】

【図48】図４８は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、またはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、モノクローナル抗体Ｓ３０９（配列番号１３９のＶＨ、配列番号１４３のＶＬ）による中和を示す。この例では、抗体Ｓ３０９は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を含む。実施例１４を参照されたい。

【0051】

【図49】図４９は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、またはＡＣＥ２を過剰発現するように操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、モノクローナル抗体Ｓ２Ｅ１２－ＬＳ（配列番号３９９のＶＨ、配列番号４０３ｎ Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ Ｆｃ変異のＶＬ）による中和を示す。この例では、抗体Ｓ２Ｅ１２は、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を含む。実施例１４を参照されたい。

【0052】

【図50A】図５０Ａおよび５０Ｂは、いくつかの細胞型におけるＣＤ２０９（ＤＣ－ＳＩＧＮ）およびＳＩＧＬＥＣタンパク質をはじめとするレポータータンパク質の発現分析を示す。ドットのサイズは、タンパク質を発現する、示されている型の細胞のパーセンテージと相関し、ドットの陰影の強度は、タンパク質の発現レベルと相関する。実施例１４を参照されたい。

【図50B】同上。

【0053】

【図51】図５１は、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（「親」）における、またはＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１もしくはＡＣＥ２を安定的に発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、Ｎ－ルシフェラーゼを発現する生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を示す。データは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を３つの感染多重度（ＭＯＩ）で試験する実験を表す。実施例１４を参照されたい。

【0054】

【図52】図５２は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を発現するようにレンチウイルスが一過性に形質導入されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞、ＨｅＬａ細胞およびＭＲＣ５細胞における、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶによる感染を示す。未感染細胞が陰性対照として示されている。実施例１４を参照されたい。

【0055】

【図53】図５３は、Ｓ２Ｅ１２による感染の中和を示す。７つの細胞系（ＨｅＬａ、２９３Ｔ（ｗｔ）、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０）のパネルを、Ｓ２Ｅ１２の存在下で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに感染させた。ルシフェラーゼシグナルを感染の２４時間後に定量した。

【0056】

【図54】図５４は、Ｓ２Ｅ１２による感染の中和を示す。７つの細胞系（ＨｅＬａ、２９３Ｔ（ｗｔ）、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０）のパネルを、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳの存在下で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶに感染させた。ルシフェラーゼシグナルを、感染の２４時間後に定量した。

【0057】

【図55】図５５は、フローサイトメトリーにより定量したときの、７つの細胞系の各々に結合する精製された蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の結合を示す。ＨｅＬａおよび２３９Ｔ ＷＴ細胞は、最低ＭＦＩを有し、これにＨｕｈ７およびＶｅｒｏＥ６細胞が続いた。２９３Ｔ ＡＣＥ２細胞（最高）、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２（３番目に高い）、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５（４番目に高い）、およびＡ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０（２番目に高い）は、より高いＭＦＩを有した。

【0058】

【図56A】図５６Ａおよび５６Ｂは、Ｓ３０９（ＶＨ配列番号１３９、ＶＬ配列番号１４３）またはＳ３０９とＳ２Ｅ１２－ＬＳの組合せ、両方が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２チャレンジに対して頑強なｉｎ ｖｉｖｏ防御をもたらすことを示す。シリアンハムスターに、示されている量のｍＡｂを注射し、その４８時間後にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による鼻腔内チャレンジを行った。図５６Ａ、最上部の横列は、感染の４日後の肺におけるウイルスＲＮＡの定量を示す。図５６Ａ、中央の横列は、ＴＣＩＤ５０アッセイを使用する、感染の４日後に採取した肺ホモジネートにおける複製ウイルスの定量を示す。図５６Ａ、最下部の横列は、感染の４日後に評価した肺組織の組織学的スコアを示す。図５６Ｂは、感染前（０日目）の血清で測定されたｍＡｂの濃度が、感染の４日後の肺におけるウイルスＲＮＡ負荷量と逆相関することを示す。実施例１４を参照されたい。

【図56B】同上。

【0059】

【図57】図５７は、ＡＣＥ２を過剰発現するようにまたは選択されたレクチンおよび受容体候補のパネルのうちの１つを過剰発現するようにトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞の、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を示す。

【0060】

【図58】図５８は、真正ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染させ（０．１のＭＯＩ）、次いで固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質（赤）について２４時間、免疫染色した、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の顕微鏡写真を示す。

【0061】

【図59】図５９は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃによる感染の２４時間後に測定したときの、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系におけるルシフェラーゼレベルの定量を示す。

【0062】

【図60】図６０は、異なる濃度の抗ＳＩＧＬＥＣ１モノクローナル抗体（クローン７－２３９）とのインキュベーションおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃによる感染後にＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系におけるルシフェラーゼレベルの定量を示す。

【0063】

【図61】図６１は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現するように一過的に形質導入された細胞のＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を示す。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（左側パネル）、ＨｅＬａ細胞（中央パネル）、およびＭＲＣ５細胞（右側パネル）についての結果が示されている。

【0064】

【図62】図６２は、ＡＣＥ２ ｓｉＲＮＡでの処置、続いてのＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染後の、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染を示す。

【0065】

【図63】図６３は、異なる濃度の抗ＡＣＥ２抗体（ポリクローナル血清）での処置、続いてのＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染後の、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染を示す。

【0066】

【図64】図６４は、Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ ＡｔｌａｓにおけるＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）およびＳＩＧＬＥＣ１の分布および発現を示す。

【0067】

【図65】図６５は、重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液または痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム有する主要細胞型の解析を示す。細胞型により着色され、ウイルス負荷量によりサイズ分類された、単一細胞遺伝子発現プロファイルが、ｔ－ＳＮＥ（ｔ分布型確率的近傍埋め込み）プロットとして示されている。

【0068】

【図66】図６６は、重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液または痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムを有する主要細胞型の解析を示す。対応するｌｏｇＣＰＭ（ｌｏｇ（１００万計数あたりの計数）；ｘ軸）までの細胞あたりの検出ウイルスＲＮＡに対して細胞の累積分率（ｙ軸）が、示されている細胞型の各々について示されている。

【0069】

【図67】図６７は、受容体遺伝子についての検出された転写物をｘ軸に示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２^＋細胞型をｙ軸に示す細胞の計数のヒートマップ行列を示す。被験体８名からの総計ｎ＝３，０８５細胞。Ｒｅｎ， Ｘ． ｅｔ ａｌ． ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｍｍｕｎｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ａ ｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｅｌｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｔｌａｓ． Ｃｅｌｌ， ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２１．０１．０５３ （２０２１）を参照されたい。

【0070】

【図68】図６８は、マクロファージにおけるおよび分泌細胞における受容体転写物計数（各プロットのｙ軸）とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡ計数（各プロットのｘ軸）の相関を示す。相関は、Ｒｅｎらからのｌｏｇ変換前の計数に基づく。

【0071】

【図69】図６９は、右に、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるトランス感染の結果を示す。トランス感染プロセスの概略図が左側パネルに示されている。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣ１で形質導入したＨｅＬａ細胞をＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とともにインキュベートし、非常によく洗浄し、Ｖｅｒｏ－Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２感受性標的細胞と共培養した。標的細胞の存在または非存在下での結果が、右側パネルに示されている。

【0072】

【図70】図７０は、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス吸着を抗ＳＩＧＬＥＣ１遮断抗体の存在または非存在下で行った、トランス感染の結果を示す。

【0073】

【図71】図７１は、Ｖｅｒｏ－Ｅ６細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳ、およびＳ２Ｘ３３による中和を示す。Ｓ２Ｅ１２－ＬＳは、配列番号３９９のＶＨ配列および配列番号４０３のＶＬ配列を含み、ＦｃにＭ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む。

【0074】

【図72】図７２は、抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳおよびＳ２Ｘ３３によるＶｅｒｏ－Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。

【0075】

【図73】図７３は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはＲＢＤの結合の定量を示す。「Ａ」は、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞系を示し、「Ｔ」は、ＴＭＰＲＳＳ２を過剰発現する細胞系を示す。

【0076】

【図74】図７４は、ＲＴ－ｑＰＣＲにより測定したときの、示されている細胞系における細胞ＡＣＥ２およびＴＭＰＲＳＳ２転写物の定量を示す。「Ａ」は、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞系を示し、「Ｔ」は、ＴＭＰＲＳＳ２を過剰発現する細胞系を示す。

【0077】

【図75】図７５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ感染の抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳ、またはＳ２Ｘ３３３による中和を示す。示されている７つの細胞系の各々を試験した。ルシフェラーゼシグナルを、感染の２４時間後に定量した。

【0078】

【図76】図７６は、ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルス感染の抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｅ１２－ＬＳ、またはＳ２Ｘ３３３による中和を示す。示されている７つの細胞系の各々を試験した。ルシフェラーゼシグナルを、感染の２４時間後に定量した。

【0079】

【図77】図７７は、免疫蛍光により測定したときの、５μｇ／ｍｌの抗体Ｓ２Ｅ１２－ＬＳの非存在下（上部パネル）または存在下（下部パネル）での、原形質膜上にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質を発現するＣＨＯ細胞（ＣＨＯ－Ｓ）の細胞－細胞融合を示す。核をＨｏｅｃｈｓｔ色素で染色し、細胞質をＣｅｌｌＴｒａｃｋｅｒ Ｇｒｅｅｎで染色した。

【0080】

【図78】図７８は、異なるスパイク特異的抗体により媒介されるＣＨＯ－Ｓ細胞－細胞融合を示す。Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５ Ｉｍａｇｅｒ（ＢｉｏＴｅｋ）、および物体として核を検出してそれらのサイズを測定する物体検出プロトコールを使用して、融合を定量した。融合細胞内の物体の面積を全ての物体の総面積で割って１００をかけることにより、融合細胞のパーセンテージが得られる。

【0081】

【図79】図７９は、１５μｇ／ｍｌの示されている抗体による、ＣＨＯ－Ｓ細胞のＳ２Ｅ１２－ＬＳ誘導細胞－細胞融合の阻害を示す。

【0082】

【図80】図８０は、ＡＣＥ２の非存在下でのＳ陽性ＣＨＯ－Ｓ細胞と蛍光標識Ｓ陰性ＣＨＯ細胞のＳ２Ｅ１２－ＬＳ誘導一方向融合（トランス融合とも呼ばれる）を示す。核をＨｏｅｃｈｓｔ色素で染色し、細胞質をＣｅｌｌＴｒａｃｋｅｒ Ｇｒｅｅｎで染色した。

【0083】

【図81】図８１は、示されている抗体とプレインキュベートされた真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による、の時点でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色することにより、感染を測定した。

【0084】

【図82】図８２は、示されている抗体とプレインキュベートされた真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるＳＩＧＬＥＣ１を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染の中和を示す。２４時間の時点でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色することにより、感染を測定した。

【0085】

【図83】図８３は、示されているモノクローナル抗体とプレインキュベートされた真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるＤＣ－ＳＩＧＮを過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染の中和を示す。２４時間の時点でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色することにより、感染を測定した。

【0086】

【図84】図８４は、示されているモノクローナル抗体とプレインキュベートされた真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によるＬ－ＳＩＧＮを過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系の感染の中和を示す。２４時間の時点でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色することにより、感染を測定した。

【0087】

【図85】図８５は、異なるクラスのスパイク特異的抗体の作用機序の要約を示す。「融合阻害」は、ＣＨＯ－Ｓ細胞とＡＣＥ２＋Ｖｅｒｏ－Ｅ６細胞との融合の抗体媒介性阻害を指す。エフェクター機能の評価は、生物発光レポーターアッセイを使用して測定した場合のヒトＦｃγＲの抗体依存性活性化に基づく。ＲＢＭ Ｉａ～ＩＩａ抗体は、Ｓ２Ｅ１２、Ｓ２Ｘ２５９、Ｓ２Ｘ５８、Ｓ２Ｄ１０６、Ｌｙ－ＣｏＶ０１６、ＣＴ－Ｐ５９、およびＲＥＧＮ１０９３３を含む。ＲＢＭ Ｉｂ抗体は、Ｌｙ－ＣｏＶ５５５、ＲＥＧＮ１０９８７、およびＳ２Ｍ１１を含む。ＮＴＤ抗体は、Ｓ２Ｘ３３３を含む。ステム・ヘリックス抗体は、Ｓ２Ｐ６を含む。

【0088】

【図86-1】図８６は、フローサイトメトリーにより測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。

【図86-2】図８６は、フローサイトメトリーにより測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。

【0089】

【図87】図８７は、免疫蛍光により測定したときの、それぞれの結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合の解析を示す。

【0090】

【図88】図８８は、野生型スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（灰色バー）、またはＢ１．１．７系統の変異を有するスパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（赤色バー）による、示されている結合受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染を示す。感染の１日後に発光を分析した。

【0091】

【図89】図８９は、Ｖｅｒｏ－Ｅ６またはＶｅｒｏ－Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の、１０μｇ／ｍｌのＳ３０９、Ｓ２Ｅ１２－ｖ２、およびＳ２Ｘ３３３による中和を示す。細胞を、示されている抗体の存在下、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０分離株）に、ＭＯＩ ０．０１で感染させた。感染の２４時間後に細胞を固定し、ウイルスのヌクレオカプシドタンパク質を免疫染色した。

【0092】

【図90】図９０は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（左側パネル）またはＲＢＤ（右側パネル）の結合の定量を示す。

【0093】

【図91】図９１は、フローサイトメトリーにより測定したときの、示されている細胞系への、精製された、蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（左側パネル）またはＲＢＤ（右側パネル）の結合の定量を示す。

【0094】

【図92】図９２は、シリアンハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２チャレンジに対する抗体Ｓ３０９（左側パネル）または抗体Ｓ３０９とＳ２Ｅ１２－ｖ２の組合せ（右側パネル）の防御効果の分析を示す。上部パネルは、感染の４日後の肺におけるウイルスＲＮＡの定量を示す。下部パネルは、ＴＣＩＤ５０アッセイを使用する、感染の４日後に採取した肺ホモジネートにおける複製ウイルスの定量を示す。

【0095】

【図93】図９３は、シリアンハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２チャレンジに対する抗体Ｓ３０９（左側パネル）または抗体Ｓ３０９とＳ２Ｅ１２－ＬＳの組合せ（右側パネル）の防御効果の分析を示す。上部パネルは、感染の４日後に評価した肺組織の病理組織学的スコアを示す。下部パネルは、感染時に測定された血清抗体レベル（ｘ軸）と感染後４日目に肺において測定されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスＲＮＡのレベル（ｙ軸）との相関に基づく有効性プロットを示す。点線は、ウイルス低減についてのＥＣ５０およびＥＣ９０を表す。単独でのＳ３０９のＥＣ９０は、９μｇ／ｍｌであり、Ｓ３０９＋Ｓ２Ｅ１２－ｖ２のＥＣ９０は、１１μｇ／ｍｌである。

【0096】

【図94】図９４は、ハムスター脾細胞への免疫複合体の結合を示す。Ａｌｅｘａ－４８８蛍光免疫複合体（ＩＣ）を、力価測定（０～２００ｎＭ範囲）し、全ナイーブハムスター脾細胞とともにインキュベートした。死／アポトーシス細胞の排除および真の単球集団に対する物理的ゲーティングによりサイトメトリーで結合を明らかにした。左側パネルは、ハムスターまたはヒトＦｃ抗体のどちらかで作製されたＩＣのハムスター細胞に関連する蛍光強度を示す（ヒトＳ３０９は緑色で示されており、ＧＨ－Ｓ３０９は、濃灰色で示されており、ＧＨ－Ｓ３０９－Ｎ２９７Ａは、青色で示されている）。２つの単一複製物が示されている。右側パネルは、単球集団全体に関して測定された複製物の相対Ａｌｅｘａ－４８８平均蛍光強度を示す。

【0097】

【図95】図９５は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２チャレンジにおける宿主エフェクター機能の役割についての解析を示す。ｗｔであるかまたはＦｃがサイレンシングされている（Ｓ３０９－Ｎ２９７Ａ）ハムスターＩｇＧ２ａ Ｓ３０９の示されている量（ｍｇ／ｋｇ）を、シリアンハムスターに注射した。上部パネルは、感染の４日後の肺内のウイルスＲＮＡの定量を示す。中央パネルは、感染の４日後の肺内の複製ウイルスの定量を示す。下部パネルは、感染の４日後の肺内の病理組織学的スコアを示す。対照動物（白色記号）には４ｍｇ／ｋｇの無関係の対照アイソタイプ抗体を注射した。マン－ホイットニー検定を使用して、対照動物に対して、^＊ｐ＜０．０５、^＊＊ｐ＜０．０１、^＊＊＊ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。

【0098】

【図96】図９６は、示されている抗体の存在下での、ＤＣ－ＳＩＧＮを安定的に発現するＨｅＬａ細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃによる感染の阻害を示す。細胞を、０．０４のＭＯＩで感染させた。感染後２４時間の時点で発光シグナルの定量により感染を分析した。

【0099】

【図97】図９７は、示されている抗体の存在下での、ＡＣＥ２（上部パネル）またはＤＣ－ＳＩＧＮ（下部パネル）を安定的に発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。細胞を、０．０２のＭＯＩで感染させた。感染の２４時間後に細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質を免疫染色し、陽性細胞を定量した。

【0100】

【図98】図９８は、示されている抗体の存在下での、ＳＩＧＬＥＣ１（上部パネル）またはＬ－ＳＩＧＮ（下部パネル）を安定的に発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞における、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の中和を示す。細胞を、０．０２のＭＯＩで感染させた。感染の２４時間後に細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質を免疫染色し、陽性細胞を定量した。

【0101】

【図99】図９９は、６４日にわたっての雌非ヒト霊長類におけるＦｃにＬＳ変異を含むＳ２Ｅ１２の操作されたバリアント４０９＿１１＿４＿ｖ２についての濃度曲線を示す。

【0102】

【図100】図１００は、非ヒト霊長類研究からの４０９＿１１＿４＿ｖ２－ＬＳ薬物動態値を示す。

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0103】

詳細な説明
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ビリオン中の、および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスに感染した細胞の表面上に発現される、本明細書に記載されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質および／またはＲＢＤ）に結合する抗体および抗原結合断片が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、本開示の抗体および抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または、感染の動物モデルにおいて、および／またはヒト被験体において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和することができる。抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞および関連する組成物、ならびに抗体、核酸、ベクター、宿主細胞、および関連する組成物を、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する（例えば、低減する、遅延させる、排除する、または予防する）ために、および／または被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための医薬の製造において、使用する方法も提供される。

【発明を実施するための形態】

【0104】

本開示をより詳細に記載する前に、本明細書で使用されるある特定の用語の定義を提供することはその理解を助け得る。追加の定義は、本開示全体を通して記載される。

【0105】

本明細書で使用される場合、本明細書で、「武漢海鮮市場表現型ウイルス」、または「武コロナウイルス」、または「武漢ＣｏＶ」、または「新型ＣｏＶ」、または「ｎＣｏＶ」、または「２０１９ ｎＣｏＶ」、または「武漢ｎＣｏＶ」とも称される「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」は、Ｂ系統と考えられるベータコロナウイルス（サルベコウイルス）である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、２０１９年末に中国、湖北省武漢において最初に同定され、２０２０年初めに中国内および世界の他の場所に広がった。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の症状としては、発熱、乾性咳、および呼吸困難が挙げられる。

【0106】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のゲノム配列は、配列番号１に提供され（ＧｅｎＢａｎｋ ＭＮ９０８９４７．３、２０２０年１月２３日も参照されたい）、ゲノムのアミノ酸翻訳は、配列番号２に提供される（ＧｅｎＢａｎｋ ＱＨＤ４３４１６．１、２０２０年１月２３日も参照されたい）。他のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１）と同様に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有する「スパイク」または表面（「Ｓ」）Ｉ型膜貫通糖タンパク質を含む。ＲＢＤは、細胞表面受容体であるアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）に結合することによって、系統ＢのＳＡＲＳコロナウイルスの呼吸上皮細胞への侵入を媒介すると考えられる。特に、ウイルスのＲＢＤ中の受容体結合モチーフ（ＲＢＭ）は、ＡＣＥ２と相互作用すると考えられる。

【0107】

Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１の表面糖タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号３に提供される。Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＲＢＤのアミノ酸配列は、配列番号４に提供される。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１とおよそ７３％のアミノ酸配列同一性を有する。Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＲＢＭのアミノ酸配列は、配列番号５に提供される。Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＲＢＤは、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－１のＲＢＤに対しておよそ７５％～７７％のアミノ酸配列類似性を有し、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１のＲＢＭは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＭに対しておよそ５０％のアミノ酸配列類似性を有する。

【0108】

本明細書で他に指示されない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１は、必要に応じて配列番号１に記載されるゲノム配列を有する、配列番号２、３、および４のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むウイルスを指す。

【0109】

いくつかのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントが新たに出現している。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ４３９Ｋ変異を含有し、これは、ヒトＡＣＥ２受容体への結合親和性を増強する（Ｔｈｏｍｓｏｎ， Ｅ．Ｃ．， ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅ ｖａｒｉａｎｔ Ｎ４３９Ｋ ｍａｉｎｔａｉｎｓ ｆｉｔｎｅｓｓ ｗｈｉｌｅ ｅｖａｄｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｉｍｍｕｎｉｔｙ． ｂｉｏＲｘｉｖ， ２０２０）。一部のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｎ５０１Ｙ変異を含有し、これは、感染性の増加に関連し、系統Ｂ．１．１．７（２０Ｉ／５０１Ｙ．Ｖ１およびＶＯＣ ２０２０１２／０１としても公知；（ｄｅｌ６９～７０、ｄｅｌ１４４、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、およびＤ１１１８Ｈ変異））およびＢ．１．３５１（２０Ｈ／５０１Ｙ．Ｖ２としても公知；Ｌ１８Ｆ、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、Ｒ２４６Ｉ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、およびＡ７０１Ｖ変異）を含み、これらは、それぞれ、英国および南アフリカで発見された（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０；Ｌｅｕｎｇ， Ｋ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅａｒｌｙ ｅｍｐｉｒｉｃａｌ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｎ５０１Ｙ ｍｕｔａｎｔ ｓｔｒａｉｎｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ， Ｏｃｔｏｂｅｒ ｔｏ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２０２０． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２０．２０２４８５８１）。Ｂ．１．３５１はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質のＲＢＤドメインに２つの他の変異、Ｋ４１７ＮおよびＥ４８４Ｋを含む（Ｔｅｇａｌｌｙ， Ｈ．， ｅｔ ａｌ．， Ｅｍｅｒｇｅｎｃｅ ａｎｄ ｒａｐｉｄ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２ （ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２） ｌｉｎｅａｇｅ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｐｉｋｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａ． ｍｅｄＲｘｉｖ， ２０２０： ｐ． ２０２０．１２．２１．２０２４８６４０）。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、最初にブラジルで報告された系統Ｂ．１．１．２８；最初に日本で報告されたバリアントＰ．１、系統Ｂ．１．１．２８（２０Ｊ／５０１Ｙ．Ｖ３としても公知）；最初に米国のカリフォルニア州で報告されたバリアントＬ４５２Ｒ（Ｐａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ， Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｕｐｄａｔｅ： Ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｉｎ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｓ， Ｊａｎｕａｒｙ ２０， ２０２１， ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｓｉｔｅｓ／ｒｅｌｉｅｆｗｅｂ．ｉｎｔ／ｆｉｌｅｓ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／２０２１－ｊａｎ－２０－ｐｈｅ－ｅｐｉ－ｕｐｄａｔｅ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２．ｐｄｆで利用可能）が挙げられる。他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントとしては、系統群１９ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群１９ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＡのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＢのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＣのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＤのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＥのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２（ＥＵ１）；系統群２０ＦのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；系統群２０ＧのＳＡＲＳ ＣｏＶ－２；およびＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｂ１．１．２０７；ならびにＲａｍｂａｕｔ， Ａ．， ｅｔ ａｌ．， Ａ ｄｙｎａｍｉｃ ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｐｒｏｐｏｓａｌ ｆｏｒ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｌｉｎｅａｇｅｓ ｔｏ ａｓｓｉｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ． Ｎａｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ５， １４０３－１４０７ （２０２０）に記載される他のＳＡＲＳ ＣｏＶ－２系統が挙げられる。前述のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント、ならびにそのアミノ酸配列およびヌクレオチド配列は、参照により本明細書に組み込まれる。したがって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、Ｗｕｈａｎ Ｈｕ－１、および本開示のバリアントを含むそのバリアントを含むことが理解される。

【0110】

本明細書では、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比の範囲、または整数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数の値、および適切な場合には、その分数（整数の１０分の１、および１００分の１など）を含むことが理解されるべきである。また、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さなどの任意の物理的特徴に関して本明細書に列挙される任意の数の範囲は、他に指示されない限り、列挙された範囲内の任意の整数を含むことが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「約」という用語は、他に指示されない限り、示された範囲、値、または構造の±２０％を意味する。「ａ」および「ａｎ」という用語は、本明細書で使用される場合、数え上げられている構成成分の「１つまたは複数」を指すことが理解されるべきである。代替物（例えば、「または」）の使用は、代替物のいずれか１つ、その両方、またはこれらの任意の組み合わせを意味することが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「有する」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語は、同意語として使用され、これらの用語およびその変形は、非限定的と解釈されることが意図される。

【0111】

「必要に応じた」または「必要に応じて」は、それに続いて記載される要素、構成成分、事象、または状況が存在してもよく、または存在しなくてもよいこと、ならびにその記載が、その要素、構成成分、事象、または状況が存在する例、およびそれらが存在しない例を含むことを意味する。

【0112】

加えて、本明細書に記載される構造およびサブユニットのさまざまな組み合わせに由来する個々の構築物または構築物の群が、各構築物または構築物の群が個々に記載されたのと同じ程度に、本出願により開示されることが理解されるべきである。そのため、特定の構造または特定のサブユニットの選択は、本開示の範囲内である。

【0113】

「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」という用語は、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価ではなく、特許請求の範囲の指定される材料もしくはステップ、または特許請求の範囲に記載された主題の基本的な特徴に実質的に影響を及ぼさないものを指す。例えば、タンパク質ドメイン、領域、またはモジュール（例えば、結合ドメイン）、またはタンパク質は、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わせて、ドメイン、領域、モジュール、またはタンパク質の長さの多くて２０％（例えば、多くて１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％）に寄与し、ドメイン（複数可）、領域（複数可）、モジュール（複数可）、またはタンパク質の活性（例えば、結合タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響を及ぼさない（すなわち、活性を、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、または１％以下など、５０％よりも大きくは低減しない）、伸長、欠失、変異、またはこれらの組み合わせ（例えば、アミノもしくはカルボキシ末端の、またはドメイン間のアミノ酸）を含む場合、特定のアミノ酸配列「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」。

【0114】

本明細書で使用される場合、「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能するアミノ酸アナログおよびアミノ酸ミメティックを指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによってコードされるもの、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ－カルボキシグルタミン酸、およびＯ－ホスホセリンである。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合しているα－炭素を有する化合物、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのようなアナログは、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸ミメティックは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在するアミノ酸と類似の様式で機能する化合物を指す。

【0115】

本明細書で使用される場合、「変異」は、それぞれ、参照または野生型核酸分子またはポリペプチド分子と比較して、核酸分子またはポリペプチド分子の配列における変化を指す。変異は、ヌクレオチド（複数可）またはアミノ酸（複数可）の置換、挿入または欠失を含む、いくつかの異なる種類の配列の変化をもたらし得る。

【0116】

「保存的置換」は、特定のタンパク質の結合特徴に有意に影響を及ぼさないか、またはそれを有意に変更しない、アミノ酸置換を指す。一般に、保存的置換は、置換されたアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。保存的置換は、以下の群の１つにおいて見出される置換を含む：群１：アラニン（ＡｌａまたはＡ）、グリシン（ＧｌｙまたはＧ）、セリン（ＳｅｒまたはＳ）、トレオニン（ＴｈｒまたはＴ）；群２：アスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）、グルタミン酸（ＧｌｕまたはＺ）；群３：アスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）、グルタミン（ＧｌｎまたはＱ）；群４：アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）、リシン（ＬｙｓまたはＫ）、ヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）；群５：イソロイシン（ＩｌｅまたはＩ）、ロイシン（ＬｅｕまたはＬ）、メチオニン（ＭｅｔまたはＭ）、バリン（ＶａｌまたはＶ）；および群６：フェニルアラニン（ＰｈｅまたはＦ）、チロシン（ＴｙｒまたはＹ）、トリプトファン（ＴｒｐまたはＷ）。加えて、または代わりに、アミノ酸は、類似の機能、化学構造、または組成（例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有）によって保存的置換の群に分類することができる。例えば、脂肪族の分類は、置換の目的について、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅを含み得る。他の保存的置換群としては、硫黄含有：Ｍｅｔおよびシステイン（ＣｙｓまたはＣ）；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、およびＧｌｎ；小さな脂肪族の、非極性の、またはわずかに極性の残基：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、およびＧｌｙ；極性の、負に荷電した残基、およびそれらのアミド：Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎ；極性の、正に荷電した残基：Ｈｉｓ、Ａｒｇ、およびＬｙｓ；大きな脂肪族の、非極性の残基：Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、およびＣｙｓ；ならびに大きな芳香族の残基：Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、およびＴｒｐが挙げられる。追加の情報は、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ （１９８４） Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｗ．Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙに見出すことができる。

【0117】

本明細書で使用される場合、「タンパク質」または「ポリペプチド」は、アミノ酸残基のポリマーを指す。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸ポリマー、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸のポリマーの人工的な化学ミメティックであるアミノ酸ポリマーに適用される。本開示のタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドのバリアントも企図される。ある特定の実施形態では、バリアントのタンパク質、ペプチド、およびポリペプチドは、本明細書に記載される定義されたアミノ酸配列または参照アミノ酸配列のアミノ酸配列に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。

【0118】

「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」または「ポリ核酸」は、共有結合的に連結したヌクレオチドを含むポリマー化合物を指し、これは、天然のサブユニット（例えば、プリンまたはピリミジン塩基）または非天然サブユニット（例えば、モルホリン環）で構成され得る。プリン塩基としては、アデニン、グアニン、ヒポキサンチン、およびキサンチンが挙げられ、ピリミジン塩基としては、ウラシル、チミン、およびシトシンが挙げられる。核酸分子は、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ウイルスゲノムＲＮＡ、および合成ＲＮＡを含むポリリボ核酸（ＲＮＡ）、ならびにｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、および合成ＤＮＡを含むポリデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含み、これらはいずれも一本鎖または二本鎖であり得る。一本鎖の場合、核酸分子は、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。アミノ酸配列をコードする核酸分子は、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。ヌクレオチド配列の一部のバージョンは、イントロン（複数可）が共転写のまたは転写後の機構により除去されるであろう程度にイントロン（複数可）も含み得る。言い換えれば、異なるヌクレオチド配列は、遺伝コードの重複性もしくは縮重の結果として、またはスプライシングにより、同じアミノ酸配列をコードし得る。

【0119】

本開示の核酸分子のバリアントも企図される。バリアント核酸分子は、本明細書に記載される定義されたまたは参照ポリヌクレオチドの核酸分子と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％同一であり、好ましくは、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．９％同一であり、あるいは、これは、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、約６５～６８℃の、または０．０１５Ｍの塩化ナトリウム、０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム、および５０％ホルムアミド、約４２℃のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でポリヌクレオチドにハイブリダイズする。核酸分子バリアントは、標的分子の結合などの本明細書に記載される機能性を有するその結合ドメインをコードする能力を保持する。

【0120】

「配列同一性パーセント」は、配列を比較することによって決定される、２つまたはそれより多くの配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、比較される配列間の最良の一致を与えるように設計される。例えば、最適な比較の目的で、配列を整列させる（例えば、最適な整列のために、第１および第２のアミノ酸配列または核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができる）。さらに、非相同配列は、比較の目的で、無視してもよい。本明細書において言及される配列同一性パーセントは、他に指示されない限り、参照配列の長さにわたって算出される。配列同一性および類似性を決定する方法は、公に利用可能なコンピュータープログラムに見出すことができる。配列の整列および同一性パーセントの算出は、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ ２．０、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、またはＢＬＡＳＴＸ）を使用して行ってもよい。ＢＬＡＳＴプログラムにおいて使用される数学アルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９－３４０２， １９９７に見出すことができる。本開示の文脈内では、配列解析ソフトウェアを解析のために使用する場合、解析の結果は、言及されるプログラムの「デフォルト値」に基づくことが理解される。「デフォルト値」は、最初に初期化された場合に、ソフトウェアに元々ロードされた任意の値またはパラメーターのセットを意味する。

【0121】

「単離された」という用語は、材料が、その元々の環境（例えば、それが天然に存在する場合、天然の環境）から取り出されていることを意味する。例えば、生きている動物中に存在する天然に存在する核酸またはポリペプチドは、単離されていないが、同じ核酸またはポリペプチドが、天然の系中で共存している材料の一部または全部から分離されている場合、単離されている。そのような核酸は、ベクターの部分であり得、かつ／あるいは、そのような核酸またはポリペプチドは、組成物（例えば、細胞溶解物）の部分であり得、それでもなお、そのようなベクターまたは組成物が核酸またはポリペプチドについて天然の環境の一部ではないという点で、単離されている。

【0122】

「遺伝子」という用語は、ポリペプチド鎖の生成に関与するＤＮＡまたはＲＮＡのセグメントを意味し、ある特定の文脈では、これは、コード領域の前後の領域（例えば、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および３’ＵＴＲ）、ならびに個々のコードセグメント（エクソン）の間の介在配列（イントロン）を含む。

【0123】

「機能的バリアント」は、本開示の親化合物または参照化合物と構造的に類似しているか、または実質的に構造的に類似しているが、組成がわずかに異なる（例えば、１つの塩基、原子または官能基が異なる、付加されている、または除去されている）ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、その結果、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親ポリペプチドの少なくとも１つの機能を、少なくとも５０％の効率で、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルで行うことができる。言い換えれば、本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの機能的バリアントは、結合親和性を測定するためのアッセイ（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）または会合定数（Ｋａ）または解離定数（Ｋ_Ｄ）を測定する四量体染色）などの選択されたアッセイにおいて、親化合物または参照ポリペプチドと比較して、機能的バリアントが性能の５０％以下の低減を示す場合、「類似の結合性」、「類似の親和性」、または「類似の活性」を有する。

【0124】

本明細書で使用される場合、「機能的部分」または「機能的断片」は、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片のみを含むポリペプチドまたはポリヌクレオチドを指し、ポリペプチドまたはコードされるポリペプチドは、親化合物または参照化合物のドメイン、部分または断片に関連する少なくとも５０％の活性、好ましくは、親ポリペプチドの活性の少なくとも５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または１００％のレベルを保持するか、あるいは生物学的利益（例えば、エフェクター機能）を提供する。本開示のポリペプチドまたはコードされるポリペプチドの「機能的部分」または「機能的断片」は、選択されたアッセイにおいて、親ポリペプチドまたは参照ポリペプチドと比較して、機能的部分または断片が、５０％以下（好ましくは、２０％以下または１０％以下、あるいは親和性に関して、親または参照と比較して対数差以下）の性能の低減を示す場合、「類似の結合性」または「類似の活性」を有する。

【0125】

本明細書で使用される場合、「操作された」、「組換え」、または「非天然」という用語は、少なくとも１つの遺伝的変更を含むか、あるいは外因性または異種核酸分子の導入によって改変された、生物体、微生物、細胞、核酸分子、またはベクターを指し、そのような変更または改変は、遺伝子操作（すなわち、人為的な介入）によって導入される。遺伝的変更としては、例えば、機能的ＲＮＡ、タンパク質、融合タンパク質または酵素をコードする発現可能な核酸分子を導入する改変、あるいは他の核酸分子の付加、欠失、置換、または細胞の遺伝子材料の他の機能的破壊が挙げられる。追加の改変には、例えば、改変がポリヌクレオチド、遺伝子、またはオペロンの発現を変更する、非コード調節領域を含む。

【0126】

本明細書で使用される場合、「異種」、または「非内因性」、または「外因性」は、宿主細胞または被験体に対してネイティブではない任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性、あるいは、宿主細胞または被験体に対してネイティブであるが変更されている任意の遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。異種、非内因性、または外因性としては、ネイティブなおよび変更された遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子の間で構造、活性、またはその両方が異なるように変異しているか、またはそうでなければ変更されている、遺伝子、タンパク質、化合物、または核酸分子が挙げられる。ある特定の実施形態では、異種、非内因性、または外因性の遺伝子、タンパク質、または核酸分子（例えば、受容体、リガンドなど）は、宿主細胞または被験体に対して内因性でなくてもよいが、代わりに、そのような遺伝子、タンパク質、または核酸分子をコードする核酸が、コンジュゲーション、形質転換、トランスフェクション、電気穿孔などによって宿主細胞に付加されていてもよく、ここで、付加された核酸分子は、宿主細胞のゲノムに組み込まれていてもよく、または染色体外遺伝子材料として（例えば、プラスミド、または他の自己複製性ベクターとして）存在することができる。「相同な」または「ホモログ」という用語は、宿主細胞、種、または株において見出されるか、またはそれに由来する、遺伝子、タンパク質、化合物、核酸分子、または活性を指す。例えば、ポリペプチドをコードする異種または外因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子は、ネイティブなポリヌクレオチドまたは遺伝子と相同であってもよく、相同なポリペプチドまたは活性をコードするが、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、変更された構造、配列、発現レベル、またはこれらの任意の組み合わせを有していてもよい。非内因性のポリヌクレオチドまたは遺伝子、ならびにコードされるポリペプチドまたは活性は、同じ種、異なる種、またはこれらの組み合わせ由来であってもよい。

【0127】

ある特定の実施形態では、変更されているか、または変異している場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子またはその部分は、宿主細胞に対して異種とみなされ、あるいは、異種発現制御配列を用いて変更されているか、または宿主細胞に対してネイティブな核酸分子に通常は関連しない内因性発現制御配列を用いて変更されている場合、宿主細胞に対してネイティブな核酸分子は、異種とみなされてもよい。加えて、「異種」という用語は、宿主細胞に対して異なる、変更された、または内因性ではない、生物活性を指し得る。本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、融合タンパク質をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。

【0128】

本明細書で使用される場合、「内因性」または「ネイティブ」という用語は、宿主細胞または被験体に通常存在する、ポリヌクレオチド、遺伝子、タンパク質、化合物、分子、または活性を指す。

【0129】

「発現」という用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子などの核酸分子のコード配列に基づいてポリペプチドが産生されるプロセスを指す。プロセスは、転写、転写後制御、転写後修飾、翻訳、翻訳後制御、翻訳後修飾、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。発現される核酸分子は、典型的には、発現制御配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結されている。

【0130】

「作動可能に連結される」という用語は、一方の機能が他方によって影響を受けるような、単一の核酸断片上の２つまたはそれより多くの核酸分子の会合を指す。例えば、プロモーターは、コード配列の発現に影響を及ぼすことができる場合、コード配列と作動可能に連結されている（すなわち、コード配列は、プロモーターの転写制御下にある）。「連結されていない」とは、関連する遺伝エレメントが互いに密接に関連せず、一方の機能が他方に影響を及ぼさないことを意味する。

【0131】

本明細書に記載されるように、１つより多くの異種核酸分子は、別々の核酸分子として、複数の個々に制御される遺伝子として、ポリシストロニックな核酸分子として、タンパク質（例えば、抗体の重鎖）をコードする単一の核酸分子として、またはこれらの任意の組み合わせで、宿主細胞に導入することができる。２つまたはそれより多くの異種核酸分子が宿主細胞に導入される場合、２つまたはそれより多くの異種核酸分子を、単一の核酸分子として（例えば、単一のベクターにおいて）、別々のベクターにおいて、宿主染色体の単一の部位または複数の部位に組み込んで、あるいはこれらの任意の組み合わせで導入することができることが理解される。言及される異種核酸分子、またはタンパク質活性の数は、宿主細胞に導入される別々の核酸分子の数ではなく、コードする核酸分子の数またはタンパク質活性の数を指す。

【0132】

「構築物」という用語は、組換え核酸分子（または、文脈が明確に指示する場合、本開示の融合タンパク質）を含有する任意のポリヌクレオチドを指す。（ポリヌクレオチド）構築物は、ベクター（例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター）中に存在していてもよく、またはゲノムに組み込まれていてもよい。「ベクター」は、別の核酸分子を輸送できる核酸分子である。ベクターは、例えば、染色体、非染色体、半合成または合成核酸分子を含み得る、プラスミド、コスミド、ウイルス、ＲＮＡベクター、あるいは直鎖状または環状のＤＮＡまたはＲＮＡ分子であり得る。本開示のベクターは、トランスポゾン系も含む（例えば、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ、例えば、Ｇｅｕｒｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ８：１０８， ２００３： Ｍａｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． ４１：７５３， ２００９を参照されたい）。例示的なベクターは、自律複製できるベクター（エピソームベクター）、ポリヌクレオチドを細胞ゲノムに送達できるベクター（例えば、ウイルスベクター）、または連結された核酸分子を発現させることができるベクター（発現ベクター）である。

【0133】

本明細書で使用される場合、「発現ベクター」または「ベクター」は、適切な宿主における核酸分子の発現をもたらすことができる適切な制御配列に作動可能に連結されている核酸分子を含有するＤＮＡ構築物を指す。そのような制御配列は、転写をもたらすためのプロモーター、そのような転写を制御するための必要に応じたオペレーター配列、適切なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、ならびに転写および翻訳の終結を制御する配列を含む。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、ウイルス、または単なる潜在的なゲノム挿入物であってもよい。適切な宿主に形質転換されたら、ベクターは、宿主ゲノムとは独立して複製および機能し得、あるいは、一部の例では、ゲノムにそれ自体が組みむか、またはベクターに含有されるポリヌクレオチドをベクター配列なしでゲノムに送達することができる。本明細書では、「プラスミド」、「発現プラスミド」、「ウイルス」、および「ベクター」は、多くの場合、互換的に使用される。

【0134】

核酸分子を細胞に挿入する文脈における「導入される」という用語は、「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」を意味し、核酸分子の真核細胞または原核細胞への組込みへの言及を含み、ここで、核酸分子は、細胞のゲノム（例えば、染色体、プラスミド、色素体、またはミトコンドリアＤＮＡ）に組み込まれ得るか、自律的なレプリコンに変換され得るか、または一過的に発現され得る（例えば、トランスフェクトされたｍＲＮＡ）。

【0135】

ある特定の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、ベクターのある特定のエレメントに機能的に連結されていてもよい。例えば、ライゲーションされるコード配列の発現およびプロセシングをもたらすのに必要なポリヌクレオチド配列が、機能的に連結されていてもよい。発現制御配列は、妥当な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列；スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を増強する配列（すなわち、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列）；タンパク質安定性を増強する配列；ならびに場合により、タンパク質分泌を増強する配列を含んでいてもよい。発現制御配列は、それらが、目的の遺伝子と、トランスにまたは目的の遺伝子が制御される距離で作用する発現制御配列とが近接する場合、機能的に連結され得る。

【0136】

ある特定の実施形態では、ベクターは、プラスミドベクター、またはウイルスベクター（例えば、レンチウイルスベクター、またはγ－レトロウイルスベクター）を含む。ウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、アデノ随伴ウイルス）、コロナウイルス、オルトミクソウイルス（例えば、インフルエンザウイルス）、ラブドウイルス（例えば、狂犬病および水疱性口内炎ウイルス）、パラミクソウイルス（例えば、麻疹およびセンダイ）などのマイナス鎖ＲＮＡウイルス、ピコルナウイルスおよびアルファウイルスなどのプラス鎖ＲＮＡウイルス、ならびにアデノウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス１型および２型、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス）、およびポックスウイルス（例えば、ワクシニア、鶏痘、およびカナリアポックス）を含む二本鎖ＤＮＡウイルスが挙げられる。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポーバウイルス、ヘパドナウイルス、および肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例としては、トリ白血症肉腫、哺乳動物Ｃ型、Ｂ型ウイルス、Ｄ型ウイルス、ＨＴＬＶ－ＢＬＶ群、レンチウイルス、スプーマウイルスが挙げられる（Ｃｏｆｆｉｎ， Ｊ． Ｍ．， Ｒｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ： Ｔｈｅ ｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ， Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｂ． Ｎ． Ｆｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．， Ｅｄｓ．， Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ， １９９６）。

【0137】

「レトロウイルス」は、ＲＮＡゲノムを有するウイルスであり、これは、逆転写酵素を使用してＤＮＡに逆転写され、次いで、逆転写されたＤＮＡは、宿主細胞のゲノムに組み込まれる。「ガンマレトロウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。ガンマレトロウイルスの例としては、マウス幹細胞ウイルス、マウス白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、およびトリ細網内皮症ウイルスが挙げられる。

【0138】

「レンチウイルスベクター」は、遺伝子送達のためのＨＩＶに基づくレンチウイルスベクターを含み、これは、組込みまたは非組込みであり得、比較的大きなパッケージング容量を有し、異なる細胞型の範囲に形質導入することができる。レンチウイルスベクターは、通常、３つ（パッケージング、エンベロープ、および移入）またはそれより多くのプラスミドの産生細胞への一過性トランスフェクション後に生成される。ＨＩＶと同様に、レンチウイルスベクターは、標的細胞に、ウイルス表面糖タンパク質と細胞表面上の受容体との相互作用により侵入する。侵入したら、ウイルスＲＮＡは、ウイルス逆転写酵素複合体によって媒介される逆転写を受ける。逆転写の産物は、二本鎖直鎖状ウイルスＤＮＡであり、これは、感染細胞のＤＮＡへのウイルス組込みのための基質である。

【0139】

ある特定の実施形態では、ウイルスベクターは、ガンマレトロウイルス、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）由来ベクターであり得る。他の実施形態では、ウイルスベクターは、より複雑なレトロウイルス由来ベクター、例えば、レンチウイルス由来ベクターであり得る。ＨＩＶ－１由来ベクターは、このカテゴリーに属する。他の例としては、ＨＩＶ－２、ＦＩＶ、ウマ伝染性貧血ウイルス、ＳＩＶ、およびマエディビスナウイルス（ヒツジレンチウイルス）に由来するレンチウイルスベクターが挙げられる。導入遺伝子を含有するウイルス粒子を用いて哺乳動物宿主細胞を形質導入するために、レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクター、ならびにパッケージング細胞を使用する方法は当技術分野において公知であり、以前に、例えば、米国特許第８，１１９，７７２号；Ｗａｌｃｈｌｉ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：３２７９３０， ２０１１；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １７４：４４１５， ２００５；Ｅｎｇｅｌｓ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． １４：１１５５， ２００３；Ｆｒｅｃｈａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． １８：１７４８， ２０１０；およびＶｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ５０６：９７， ２００９に記載されている。レトロウイルスベクターおよびレンチウイルスベクターの構築物および発現系も市販されている。他のウイルスベクターはまた、ポリヌクレオチド送達のために使用することができ、例えば、アデノウイルスに基づくベクターおよびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に基づくベクターを含むＤＮＡウイルスベクター；アンプリコンベクター、複製欠損ＨＳＶおよび弱毒化ＨＳＶを含む単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）に由来するベクターを含む（Ｋｒｉｓｋｙ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ５：１５１７， １９９８）。

【0140】

本開示の組成物および方法とともに使用することができる他のベクターとしては、バキュロウイルスおよびα－ウイルスに由来するベクター（Ｊｏｌｌｙ， Ｄ Ｊ． １９９９． Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｖｉｒａｌ Ｖｅｃｔｏｒｓ． ｐｐ ２０９－４０ ｉｎ Ｆｒｉｅｄｍａｎｎ Ｔ． ｅｄ． Ｔｈｅ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ． Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂ）、またはプラスミドベクター（ｓｌｅｅｐｉｎｇ ｂｅａｕｔｙ、または他のトランスポゾンベクターなど）が挙げられる。

【0141】

ウイルスベクターゲノムが、宿主細胞において発現される複数のポリヌクレオチドを別々の転写物として含む場合、ウイルスベクターはまた、バイシストロン性または多シストロン性発現を可能にする２つ（またはそれより多くの）転写物の間に追加の配列を含んでいてもよい。ウイルスベクターにおいて使用されるそのような配列の例としては、配列内リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）、フューリン切断部位、ウイルス２Ａペプチド、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。

【0142】

被験体への直接投与のためのＤＮＡに基づく抗体または抗原結合断片をコードするプラスミドベクターを含むプラスミドベクターは、本明細書でさらに記載される。

【0143】

本明細書で使用される場合、「宿主」という用語は、目的のポリペプチド（例えば、本開示の抗体）を産生する異種核酸分子による遺伝子改変のために標的にされる細胞または微生物を指す。

【0144】

宿主細胞は、ベクター、または核酸の組込みを受け入れ得るか、あるいはタンパク質を発現し得る、任意の個々の細胞または細胞培養物を含み得る。この用語は、遺伝学的にまたは表現型的に同じまたは異なるかにかかわらず、宿主細胞の子孫も包含する。適切な宿主細胞は、ベクターに依存してもよく、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、および細菌細胞が挙げられ得る。これらの細胞は、ウイルスベクター、リン酸カルシウム沈殿による形質転換、ＤＥＡＥ－デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクション、または他の方法の使用により、ベクターまたは他の材料を組み込むように誘導されてもよい。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ． （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， １９８９）．を参照されたい。

【0145】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の文脈では、「宿主」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞または被験体を指す。

【0146】

「抗原」または「Ａｇ」は、本明細書で使用される場合、免疫応答を起こさせる免疫原性分子を指す。この免疫応答は、抗体産生、特定の免疫適格細胞の活性化、補体の活性化、抗体依存性細胞傷害、またはこれらの任意の組み合わせを含み得る。抗原（免疫原性分子）は、例えば、ペプチド、グリコペプチド、ポリペプチド、グリコポリペプチド、ポリヌクレオチド、多糖、脂質などであり得る。抗原が、合成され得るか、組換的に生成し得るか、または生体試料に由来し得ることは、容易に明らかである。１つまたは複数の抗原を含有し得る例示的な生体試料としては、組織試料、糞便試料、細胞、生体液、またはこれらの組み合わせが挙げられる。抗原は、抗原を発現するように改変または遺伝子操作されている細胞によって産生され得る。抗原はまた、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、表面糖タンパク質、またはその部分）に存在することができ、例えば、ビリオン中に存在することができ、あるいはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞の表面上で発現または提示され得る。

【0147】

「エピトープ」または「抗原エピトープ」という用語は、免疫グロブリン、または他の結合分子、ドメイン、またはタンパク質などの同族の結合分子によって認識され、および特異的に結合する、任意の分子、構造、アミノ酸配列、またはタンパク質決定基を含む。エピトープ決定基は、一般に、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面の基を含有し、特定の三次元構造の特徴ならびに特定の電荷特徴を有することができる。抗原が、ペプチドまたはタンパク質であるか、またはこれを含む場合、エピトープは、連続したアミノ酸で構成され得るか（例えば、直鎖状エピトープ）、あるいはタンパク質フォールディングによって近接するタンパク質の異なる部分または領域由来のアミノ酸で構成され得るか（例えば、不連続エピトープもしくはコンフォメーションエピトープ）、またはタンパク質フォールディングとは無関係に極めて近接する非連続アミノ酸で構成され得る。
抗体、抗原結合断片組成物

【0148】

一態様では、本開示は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、単離された抗体またはその抗原結合断片を提供する。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、宿主細胞の細胞表面上および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる。

【0149】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープ、またはエピトープを含む抗原に会合するか、またはそれと合体する一方で、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしない。

【0150】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質のエピトープに会合または合体し（例えば、結合する）、試料中に存在する別のコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ ＣｏＶ）由来のエピトープにも会合または合体することができるが、試料中の任意の他の分子または構成成分に有意に会合も合体もしない。言い換えれば、ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、および１つまたは複数の追加のコロナウイルスに対して交差反応性である。

【0151】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に特異的に結合する。本明細書で使用される場合、「特異的に結合する」は、試料中の任意の他の分子または構成成分と有意に会合も合体もしないが、１０^５Ｍ^－１（この会合反応のオンレート［Ｋ_ｏｎ］のオフレート［Ｋ_ｏｆｆ］に対する比と等しい）と等しいまたはそれより大きい親和性またはＫ_ａ（すなわち、単位１／Ｍの特定の結合相互作用の平衡会合定数）での抗体または抗原結合断片の抗原への会合または合体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋ_ｄ）として定義され得る（例えば、１０^－５Ｍ～１０^－１３Ｍ）。抗体は、「高親和性」抗体または「低親和性」抗体に分類され得る。「高親和性」抗体は、少なくとも１０^７Ｍ^－１、少なくとも１０^８Ｍ^－１、少なくとも１０^９Ｍ^－１、少なくとも１０^１０Ｍ^－１、少なくとも１０^１１Ｍ^－１、少なくとも１０^１２Ｍ^－１、または少なくとも１０^１３Ｍ^－１のＫ_ａを有する抗体を指す。「低親和性」抗体は、１０^７Ｍ^－１まで、１０^６Ｍ^－１まで、１０^５Ｍ^－１までのＫ_ａを有する抗体を指す。あるいは、親和性は、単位Ｍの特定の結合相互作用の平衡解離定数（Ｋ_ｄ）として定義され得る（例えば、１０^－５Ｍ～１０^－１３Ｍ）。

【0152】

特定の標的に結合する本開示の抗体を同定するため、および結合ドメインまたは結合タンパク質の親和性を決定するための種々のアッセイ、例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ（例えば、直接、間接、またはサンドイッチ）、分析超遠心、分光法、および表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））分析が公知である（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ５１：６６０， １９４９；Ｗｉｌｓｏｎ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３， ２００２；Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５３：２５６０， １９９３；および米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号、または等価物を参照されたい）。親和性、または見かけの親和性、または相対的な親和性を評価するためのアッセイも公知である。

【0153】

ある特定の例では、結合は、宿主細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原を組換えで発現させること（例えば、トランスフェクションにより）、および抗体で宿主細胞を免疫染色すること（例えば、固定する、または固定および透過処理する）、およびフローサイトメトリー（例えば、ＺＥ５ Ｃｅｌｌ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＢｉｏＲａｄ（登録商標））およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用する）によって結合を分析することによって、決定することができる。一部の実施形態では、正の結合は、対照（例えば、偽）細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２発現細胞の抗体による分染によって定義することができる。

【0154】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、バイオレイヤー干渉法を使用して測定されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する。

【0155】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０^－９Ｍ未満、約５×１０^－９Ｍ未満、約１×１０^－１０Ｍ未満、約５×１０^－１０Ｍ未満、約１×１０^－１１Ｍ未満、約５×１０^－１１Ｍ未満、約１×１０^－１２Ｍ未満、または約５×１０^－１２Ｍ未満のＫ_Ｄで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合する。一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約４．５×１０^－９Ｍ未満、約５×１０^－９Ｍ未満、約１×１０^－１０Ｍ未満、約５×１０^－１０Ｍ未満、約１×１０^－１１Ｍ未満、約５×１０^－１１Ｍ未満、約１×１０^－１２Ｍ未満、または約５×１０^－１２Ｍ未満のＫ_Ｄで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤに結合する。

【0156】

本開示の抗体または抗原結合断片のある特定の特徴は、ＩＣ５０またはＥＣ５０値を使用して記載され得る。ある特定の実施形態では、ＩＣ５０は、示される生物学的または生化学的機能、活性または応答の最大半量の阻害を生じさせる結果となる組成物（例えば、抗体）の濃度である。ある特定の実施形態では、ＥＣ５０は、アッセイにおいて最大半量の応答をもたらす組成物の濃度である。一部の実施形態では、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和する本開示の抗体または抗原結合断片の能力を説明するために、ＩＣ５０およびＥＣ５０が互換的に使用される。

【0157】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和できる。ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、２つまたはそれより多くのサルベコウイルスによる感染を中和できる。本明細書で使用される場合、「中和抗体」は、宿主における感染を開始および／または永続化する病原体の能力を、中和することができる抗体、すなわち、防止することができる抗体、阻害することができる抗体、低減することができる抗体、妨げることができる抗体、または妨害することができる抗体である。「中和抗体」および「中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅｓ）」または「中和する抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｈａｔ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｅ）」という用語は、本明細書では、互換的に使用される。本開示の実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の鼻腔内送達によるシリアンハムスターモデルを使用する）、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防および／または中和できる。

【0158】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたウイルスによる感染を、約１６～約２０μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたウイルスを、約３～約４μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。ここの開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたウイルスを、表４に示されるようなＩＣ５０、ＩＣ８０、および／またはＩＣ９０で中和できる。

【0159】

一部の実施形態では、本開示の、抗体もしくは抗原結合断片、または２つもしくはそれより多くの抗体もしくは抗原結合断片を含む組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたウイルスを、約０．８～約０．９μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。一部の実施形態では、本開示の、抗体もしくは抗原結合断片、または２つもしくはそれより多くの抗体もしくは抗原結合断片を含む組成物は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質でシュードタイプ化されたウイルスを、約０．５～約０．６μｇ／ｍｌのＩＣ５０で中和できる。一部の実施形態では、本開示の、抗体または抗原結合断片、あるいは２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む組成物は、約０．１～約０．２μｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２でシュードタイプ化されたウイルスを中和できる。

【0160】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびヒトＡＣＥ２の間の相互作用を遮断（すなわち、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への結合を介して相互作用を部分的にまたは完全に遮断）できるか；（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識するか；（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に対して交差反応性であるか；（ｖｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；あるいは（ｖｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせである。

【0161】

抗体技術の当業者によって理解される用語は、本明細書で明らかに異なって定義されない限り、当技術分野において得られる意味をそれぞれ示す。例えば、「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖および２つの軽（Ｌ）鎖を含む完全な抗体、ならびに完全な抗体によって認識される抗原標的分子に結合する能力を有するか、またはこれを保持する、完全な抗体の任意の抗原結合部分または断片、例えば、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、またはＦａｂ’２断片を指す。そのため、本明細書の「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体を含み、完全な抗体、ならびに断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）を含む一本鎖抗体断片、およびシングルドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片を含むその機能的（抗原結合）抗体断片を含む。この用語は、免疫グロブリンの遺伝子操作された形態および／または他の方法で改変された形態、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多特異性、例えば、二特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、タンデムジ－ｓｃＦｖ、ならびにタンデムトリ－ｓｃＦｖを包含する。他に言及されない限り、「抗体」という用語は、その機能的抗体断片を包含することが理解されるべきである。この用語は、完全な抗体または全長抗体も包含し、ＩｇＧおよびそのサブクラス（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、およびＩｇＤを含む、任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む。

【0162】

「Ｖ_Ｌ」または「ＶＬ」、および「Ｖ_Ｈ」または「ＶＨ」という用語は、それぞれ、抗体軽鎖および抗体重鎖由来の可変結合領域を指す。ある特定の実施形態では、ＶＬは、カッパ（κ）クラス（また、本明細書では「ＶＫ」）である。ある特定の実施形態では、ＶＬは、ラムダ（λ）クラスである。可変結合領域は、「相補性決定領域」（ＣＤＲ）および「フレームワーク領域」（ＦＲ）として公知の別個の十分に定義されたサブ領域を含む。「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」という用語は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、一般に、抗体の抗原特異性および／または結合親和性を一緒に付与する抗体可変領域内のアミノ酸の配列を指し、ここで、連続ＣＤＲ（すなわち、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）は、フレームワーク領域によって、一次構造が互いに分離されている。各可変領域中に３つのＣＤＲが存在する（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３；ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３；それぞれ、ＣＤＲＨおよびＣＤＲＬとも称される）。ある特定の実施形態では、抗体ＶＨは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含み：ＦＲ１－ＨＣＤＲ１－ＦＲ２－ＨＣＤＲ２－ＦＲ３－ＨＣＤＲ３－ＦＲ４；抗体ＶＬは、以下の通り４つのＦＲおよび３つのＣＤＲを含む：ＦＲ１－ＬＣＤＲ１－ＦＲ２－ＬＣＤＲ２－ＦＲ３－ＬＣＤＲ３－ＦＲ４。一般に、ＶＨおよびＶＬは、それらのそれぞれのＣＤＲを通して抗原結合部位を一緒に形成する。

【0163】

本明細書で使用される場合、ＣＤＲの「バリアント」は、１～３つまでのアミノ酸置換（例えば、保存的置換または非保存的置換）、欠失、またはこれらの組み合わせを有するＣＤＲ配列の機能的バリアントを指す。

【0164】

ＣＤＲおよびフレームワーク領域の番号付けは、任意の公知の方法またはスキーム、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、およびＡＨｏの番号付けスキーム（例えば、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．， ”Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， ＵＳ Ｄｅｐｔ． Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ， １９９１， ５^ｔｈ ｅｄ．；Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． １９６：９０１－９１７ （１９８７））；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．， Ｄｅｖ． Ｃｏｍｐ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２７：５５， ２００３；Ｈｏｎｅｇｇｅｒ ａｎｄ Ｐｌｕｅｃｋｔｈｕｎ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏ． ３０９：６５７－６７０ （２００１）を参照されたい）に従い得る。等価の残基位置を、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ）ソフトウェアツール（２０１６， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １５：２９８－３００）を使用して、比較される異なる分子についてアノテートすることができる。したがって、ある番号付けスキームに従う本明細書に提供される例示的な可変ドメイン（ＶＨまたはＶＬ）配列のＣＤＲの同定は、異なる番号付けスキームを使用して決定される同じ可変ドメインのＣＤＲを含む抗体を除外するものではない。ある特定の実施形態では、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＥＵ、ＩＭＧＴ、Ｍａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）、Ｃｏｎｔａｃｔ、およびＡＨｏの番号付け方法などの任意の公知のＣＤＲ番号付け方法を使用して決定した場合に、配列番号２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載のＶＨ配列のＣＤＲと、配列番号２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３ １４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のＶＬ配列のＣＤＲとを含む抗体または抗原結合断片が提供される。ある特定の実施形態では、ＣＤＲは、ＩＭＧＴ番号付けに従う。ある特定の実施形態では、ＣＤＲは、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（ＭＯＥ）ソフトウェア（ｗｗｗ．ｃｈｅｍｃｏｍｐ．ｃｏｍ）を使用して、Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＣＣＧ）によって開発された抗体の番号付け方法に従う。

【0165】

ある特定の実施形態では、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体または抗原結合断片であって、（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号２３、３３、４３、５３、６３、７５、８５、９７、１０７、１２０、１３０、１４０、１４７、１６０、１７０、１７４、１８３、１９０、１９９、２０９、２１９、２２９、２４１、２５５、２６５、２７５、２８５、２９９、３１３、３２３、３３３、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４３５、４４５、４５５、４６５、４７５、４８５、４９５、５０５、５１５、５２５、５３５、５４５、５５５、５６５、５７５、５８５、５９５、６０５、６１５、６３１、６９３、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号２４、３４、４４、５４、６４、７６、８６、９８、１０８、１２１、１３１、１４１、１４８、１５１、１６１、１７１、１８４、２００、２１０、２２０、２３０、２４２、２５６、２６６、２７６、２８６、３００、３１４、３２４、３３４、３５２、３６０、３６２、３６４、３６６、３７１、３８１、３９１、４０１、４１１、４２１、４３１、４３６、４４６、４５６、４６６、４７６、４８６、４９６、５０６、５１６、５２６、５３６、５４６、５５６、５６６、５７６、５８６、５９６、６０６、６１６、６２５、６３２、６３５、６３７、６３９、６４１、６４３、６４５、６４７、６４９、６５１、６５３、６５５、６５７、６５９、６６１、６６３、６６５、６６７、６６９、６７１、６７３、６７５、６７７、６７９、６８１、６８３、６８５、および６９４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号２５、３５、４５、５５、６５、７７、８７、９９、１０９、１２２、１３２、１４２、１４９、１６２、１６４、１６５、１７２、１７６、１７７、１７９、１８０、１８５、１８７、１８８、２０１、２１１、２２１、２３１、２４３、２５７、２６７、２７７、２８７、３０１、３１５、３２５、３３５、３５４、３７２、３８２、３９２、４０２、４１２、４２２、４３２、４３７、４４７、４５７、４６７、４７７、４８７、４９７、５０７、５１７、５２７、５３７、５４７、５５７、５６７、５７７、５８７、５９７、６０７、６１７、６２７、６３３、６９５、７５１、７５３、７５５、７５７、７６０、７６３、７６５、および７６６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号２７、３７、４７、５７、６７、７９、８９、１０１、１１１、１２４、１３４、１４４、１５２、１５５、１５６、１５８、１５９、１６６、１８１、１９２、２０３、２１３、２２３、２３３、２４５、２５９、２６９、２７９、２８９、３０３、３１７、３２７、３３７、３５６、３７４、３８４、３９４、４０４、４１４、４２４、４３９、４４９、４５９、４６９、４７９、４８９、４９９、５０９、５１９、５２９、５３９、５４９、５５９、５６９、５７９、５８９、５９９、６０９、６１９、６８７、および６９７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号２８、３８、４８、５８、６８、８０、９０、１０２、１１２、１２５、１３５、１４５、１５３、１６７、１８２、１９３、２０４、２１４、２２４、２３４、２４６、２６０、２７０、２８０、２９０、３０４、３１８、３２８、３３８、３７５、３８５、３９５、４０５、４１５、４２５、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６８８、および６９８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号２９、３９、４９、５９、６９、８１、９１、１０３、１１３、１２６、１３６、１４６、１６９、１９５、１９７、２０５、２１５、２２５、２３５、２４７、２６１、２７１、２８１、２９１、３０５、３１９、３２９、３３９、３５８、３７６、３８６、３９６、４０６、４１６、４２６、４４１、４５１、４６１、４７１、４８１、４９１、５０１、５１１、５２１、５３１、５４１、５５１、５６１、５７１、５８１、５９１、６０１、６１１、６２１、６８９、６９９、７４５、および７４７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含む有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｈａｖｉｎｇ）その配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体または抗原結合断片が提供される。

【0166】

ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防できる、かつ／または中和できる。

【0167】

本開示の実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）それぞれ、配列番号２３～２５および２７～２９；（ｉｉ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３～４５および４７～４９；（ｉｖ）それぞれ、配列番号５３～５５および５７～５９；（ｖ）それぞれ、配列番号６３～６５および６７～６９；（ｖｉ）それぞれ、配列番号７５～７７および７９～８１；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号８５～８７および８９～９１；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号９７～９９および１０１～１０３；（ｉｘ）それぞれ、配列番号１０７～１０９および１１１～１１３；（ｘ）それぞれ、配列番号１２０～１２２および１２４～１２６；（ｘｉ）それぞれ、配列番号１３０～１３２および１３４～１３６；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３または１４７、以下のいずれか１つ：２４、１４８または１５１、２５または１４９、以下のいずれか１つ：２７、１５２、１５５、１５６、１５８、または１５９、２８または１５３、および２９；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３または１６０、４４または１６１、以下のいずれか１つ：４５、１６２、１６４、または１６５、４７または１６６、４８または１６７、および４９または１６９；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：１３０、１７０、または１７４のいずれか１つ、１３０、１３１、１３２、１３４または１８１、１３５または１８２、および１３６；（ｘｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：５３、１８３、または１９０、５４または１８４、以下のいずれか１つ：５５、１８５、１８７、または１８８、５７または１９２、５８または１９３、および以下のいずれか１つ：５９、１９５、または１９７；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１９９～２０１および２０３～２０５；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２０９～２１１および２１３～２１５；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２１９～２２１および２２３～２２５；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９～２３１および２３３～２３５；（ｘｘ）それぞれ、配列番号２４１～２４３および２４５～２４７；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２５５～２５７および２５９～２６１；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２６５～２６７および２６９～２７１；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２７５～２７７および２７９～２８１；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２８５～２８７、２８９～２９１；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２９９～３０１および３０３～３０５；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号３１３～３１５および３１７～３１９；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号３２３～３２５および３２７～３２９；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３３３～３３５および３３７～３３９；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９、２３０または３５２、２３１または３５４、および２３３または３５６、２３４、および２３５または３５８；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３１３、以下のいずれか１つ：３１４、３６０、３６２、３６４、または３６６、３１５および３１７～３１９；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３７０～３７２および３７４～３７６；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３８０～３８２および３８４～３８６；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３９０～３９２および３９４～３９６；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号４００～４０２および４０４～４０６；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４１０～４１２および４１４～４１６；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号４２０～４２２および４２４～４２６；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３５～４３７および４３９～４４１；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４４５～４４７および４４９～４５１；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４５５～４５７および４５９～４６１；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４６５～４６７および４６９～４７１；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４７５～４７７および４７９～４８１；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４８５～４８７および４８９～４９１；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４９４～４９７および４９９～５０１；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５０５～５０７および５０９～５１１；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５１５～５１７および５１９～５２１；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５２５～５２７および５２９～５３１；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５３５～５３７および５３９～５４１；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５４５～５４７および５４９～５５１；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５５５～５５７および５５９～５６１；（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５６５～５６７および５６９～５７１；（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５７５～５７７および５７９～５８１；（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５８５、５８６または６２５、５８７または６２７、および５８９～５９１；（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５９５～５９７および５９９～６０１；（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号６０５～６０７および６０９～６１１；（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号６１５～６１７および６１９～６２１；（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６３１、６３２または６３５または６３７または６３９または６４１または６４３または６４５または６４７または６４９または６５１または６５３または６５５または６５７または６５９または６６１または６６３または６６５または６６７または６６９または６７１または６７３または６７５または６７７または６７９または６８１または６８３または６８５、６３３、および６９７～６９９；（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６９３～６９５および６９７～６９９；（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１および以下のいずれか１つ：７５１、７５３、７５５、７５７、または７６０および４０４、４０５、および以下のいずれか１つ：７４５または７４７；（ｘｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５８５、５８６、および７６２または７６４および５８９～５９１；（ｘｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。

【0168】

本開示の実施形態のいずれかにおいて、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号６３１、６３２または６３５または６３７または６３９または６４１または６４３または６４５または６４７または６４９または６５１または６５３または６５５または６５７または６５９または６６１または６６３または６６５または６６７または６６９または６７１または６７３または６７５または６７７または６７９または６８１または６８３または６８５、６３３、および６９７～６９９に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。本開示の実施形態のいずれかにおいて、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号６９３～６９５および６９７～６９９に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。

【0169】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００～４０２、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００～４０２、４０４、４０５、および７４５に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４５に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００～４０２、４０４、４０５、および７４７に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４７に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７５１、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７５３、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７５５、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７５７、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号４００、４０１、７６０、および４０４～４０６に従うＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。

【0170】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含み、各ＣＤＲは、独立して、表２に提供されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１６－ｖ８ ｍＡ，ｂ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２８－ｖ１ ｍＡｂ、 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３０－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ８ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ４７－ｖ９ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ５５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ５５－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ５６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ５８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ５８－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ７１－ｖ１ ｍＡｂ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ７６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ７６－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ７６－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ７６－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１１－ｖ１ ｍＡｂ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ３５－ｖ８ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ３０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ３７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ４０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ５８－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６２－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６２－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６６－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ６６－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７０－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７１－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ７３－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ１２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ１２－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ１２－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ３ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ４ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ５ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ６ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２２－ｖ７ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｎ２８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ１２－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ１２－ｖ２ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ１３－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｅ１４－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｋ４－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１９３－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１９５－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２１９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２４４－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２４６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２５６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２６９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ２７８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｍ７－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｍ１１－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｍ１６－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｍ２８－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｌ４９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ６５－ｖ１ ｍＡｂ、 ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ９７－ｖ１ ｍＡｂ、 ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｄ１０６－ｖ１ ｍＡｂ、 ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１４９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｘ１７９－ｖ１ ｍＡｂ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ２Ｈ１０１ ｍＡｂ、抗体４０９＿１１＿１＿ｖ２、抗体４０９＿１１＿１＿ｖ３、抗体４０９＿１１＿１＿ｖ４、抗体４０９＿１１＿１＿ｖ５、抗体４０９＿１１＿１＿ｖ６、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ３、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ４、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ５、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ６、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ７、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ８、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ９、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１０、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１１、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１２、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１３、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１４、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１５、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１６、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１７、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１８、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ１９、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２０、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２１、抗体抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２２、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２３、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２４、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２５、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２６、抗体４０９＿１１＿２＿ｖ２７、抗体４０９＿１１＿３＿ｖ１、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ２、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ３、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ４、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ５、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ６、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ７、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ８、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ９、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１０、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１１、抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１２、または抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１３の対応するＣＤＲから選択される。すなわち、表２に提供されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂおよびそれらのバリアント配列からのＣＤＲの全ての組合せが企図される。

【0171】

抗体発生の間、生殖系列可変（Ｖ）、接合（Ｊ）、および多様性（Ｄ）遺伝子の遺伝子座におけるＤＮＡが再構成され得、コード配列においてヌクレオチドの挿入および／または欠失が起こり得る。体細胞変異は、得られる配列によってコードされてもよく、対応する公知の生殖系列配列を参照することによって同定することができる。一部の文脈では、抗体の所望の性質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原への結合）に重要ではないか、または抗体に望ましくない性質（例えば、抗体が投与される被験体における免疫原性の危険性の増加）を付与するか、またはその両方である体細胞変異を、対応する生殖系列にコードされたアミノ酸によって、または異なるアミノ酸によって置き換えることができ、その結果、抗体の望ましい性質が、改善または維持され、抗体の望ましくない性質が減少または抑止される。そのため、一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、親抗体または抗原結合断片が１つまたは複数の体細胞変異を含むことを条件に、親抗体または抗原結合断片と比較して、可変領域中に、少なくとももう１つの生殖系列にコードされたアミノ酸を含む。本開示の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の可変領域およびＣＤＲアミノ酸配列は、本明細書の表２に提供される。

【0172】

本開示の例示的な抗体としては、抗体Ｓ２Ｅ１２およびその操作されたバリアントが挙げられる。操作されたＳ２Ｅ１２バリアントは、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ２」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ３」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ４」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ５」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ６」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ７」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ８」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ９」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１０」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１１」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１２」、「抗体４０９＿１１＿４＿ｖ１３」を含む。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に（それぞれ）提供されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列のいずれかから選択される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、および／またはＣＤＲＬ３を含む。表１は、Ｓ２Ｅ１２ ＣＤＲＨ３配列と、Ｓ２Ｅ１２のＣＤＲＨ３の直ぐＮ末端側にある２つのアミノ酸（Ａｌａ－Ｓｅｒ）とを含む、アミノ酸配列も提供する。

【0173】

一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、および／またはＣＤＲＨ３と；配列番号４０３、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、および／またはＣＤＲＬ３とを含む（すなわち、当技術分野において公知の任意のＣＤＲの番号付けまたは決定方法、例えば、ＩＭＧＴ、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＡＨｏ、Ｎｏｒｔｈ、Ｃｏｎｔａｃｔ、ＣＣＧ、ＥＵ、またはＭａｒｔｉｎ（改良されたＣｈｏｔｈｉａ）に従う）。例えば、一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号３９９に記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、および／またはＣＤＲＨ３、および配列番号７３８に記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、および／またはＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲはＩＭＧＴに従う。非限定的な別の例として、一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号３９９に記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３、および配列番号７３８に記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲはＩＭＧＴに従う。

【0174】

さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（例えば、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％）の同一性を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（例えば、８５％、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００％）の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するＶＬを含む。またさらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）を有するＶＨ、および／または表１に提供されるＶＬアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表１に提供されるＶＨアミノ酸配列から選択されるＶＨアミノ酸配列、および表１に提供されるＶＬアミノ酸配列から選択されるＶＬアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｓ２Ｅ１２抗体は、カッパ軽鎖、例えば、ｋ１ｍ３、ＩＧＫＣ^＊０１を含む。

【表1-1】

【表1-2】

【表1-3】

【表1-4】

【0175】

一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０５、４０５、および７４５；（ｍ）それぞれ、配列番号：４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。

【0176】

さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ａ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）配列番号４００、４０１、７６０、４０５、４０５、および７４５；（ｍ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含む。上記の（ａ）～（ｒ）の各々では、記載されている最初の３つの配列番号がＶＨアミノ酸配列であり、記載されている後の３つの配列番号がＶＬアミノ酸配列であることは、理解されるであろう。例えば、（ａ）では、配列番号４００、４０１、および４０２は、ＶＨのアミノ酸配列であり、配列番号４０４、４０５、および４０６は、ＶＬのアミノ酸配列である。

【0177】

他の例示的な抗体は、Ｓ２Ｍ１１、Ｓ２Ｄ１０６、Ｓ２Ｈ５８、およびその操作されたバリアントを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号５２５～５２７および５２９～５３１に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号５２４に記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号５２８に記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＬを含む。

【0178】

他の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号５８５、５８６、５８７、５８９、５９０、および５９１に記載される、またはそれぞれ、配列番号５８５、６２５、６２７、５８９、５９０、および５９１に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号５８４、６２４、６２６、および６２８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号５８８に記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＬを含む。他の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、それぞれ、配列番号２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、および２３５に記載されるＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号２３２に記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＬを含む。他の実施形態では、、抗体または抗原結合断片は、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号２３８に記載されるアミノ酸配列の少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるＶＬを含む。

【0179】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、酸化、脱アミド化、および／または異性化の望ましくない危険性を除去するためのアミノ酸改変（例えば、置換変異）を含む。

【0180】

本明細書に提供されるバリアント抗体として、具体的な配列を有するここに開示される抗体と比較して、可変領域（例えば、ＶＨ、ＶＬ、フレームワーク、またはＣＤＲ）中に１つまたは複数のアミノ酸の変更を含むバリアント抗体であって、バリアント抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に結合できるものが挙げられる。

【0181】

ある特定の実施形態では、ＶＨは、配列番号２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６５のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８、９９％、もしくは１００％を有する）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み、かつ／あるいは（ｉｉ）ＶＬは、配列番号２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８、９９％、もしくは１００％を有する）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変動は、必要に応じて、１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、かつ／あるいは変動は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む。

【0182】

さらなる実施形態では、ＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有し、ＶＬは、配列番号４０３、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有する。

【0183】

さらなる実施形態では、ＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有し、ＶＬは、配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有する。

【0184】

さらなる実施形態では、ＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有し、ＶＬは、配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有する。

【0185】

さらなる実施形態では、ＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有し、ＶＬは、配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有する。

【0186】

さらなる実施形態では、ＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有し、ＶＬは、配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有する。

【0187】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ＶＨは配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0188】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0189】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７４９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0190】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５０に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５０に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５０に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５０に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0191】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５０に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５２に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５２に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５２に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0192】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0193】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0194】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0195】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７５９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0196】

一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７６１に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７６１に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７６１に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。一部の実施形態では、ＶＨは配列番号７６１に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなり、ＶＬは配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0197】

一部の実施形態では、ＶＨは、表２に記載されるいずれかのＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、ＶＬは、表２に記載されるいずれかのＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる。特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、（ｉ）それぞれ、配列番号２２および２６；（ｉｉ）それぞれ、配列番号３２および３６；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２および４６；（ｉｖ）それぞれ、配列番号５２および５６；（ｖ）それぞれ、配列番号６２および６６；（ｖｉ）それぞれ、配列番号７２および６６；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号７４および７８；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号８４および８８；（ｉｘ）それぞれ、配列番号８４および９４；（ｘ）それぞれ、配列番号９６および１００；（ｘｉ）それぞれ、配列番号１０６および１１０；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１９および１２３；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２９および１３３；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号２２または１５０および２６、１５４、または１５７；（ｘｖ）それぞれ、配列番号４２または１６３および４６または１６８；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１２９、１７３、１７５、または１７８のいずれか１つおよび１３３；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５２、１８６、１８９、または１９１のいずれか１つおよび５６、１９４、または１９６のいずれか１つ；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９８および２０２；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２０８および２１２；（ｘｘ）それぞれ、配列番号２１８および２２２；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８および２３２または２３８；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２４０および２４４、２５０、または２５２のいずれか１つ；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２５４および２５８；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２６４および２６８；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２７４および２７８；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２８４および２８８、２９４、または２９６のいずれか１つ；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２９８および３０２、３０８、または３１０のいずれか１つ；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３１２および３１６；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３２２および３２６；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３３２および３３６；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８、３５０、３５１、または３５３のいずれか１つおよび２３２、２３８、３５５、または３５７のいずれか１つ；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３１２、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、または３６８のいずれか１つおよび３１６；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３６９および３７３；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３７９および３８３；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３８９および３９３；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号３９９および４０３または７３８；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４０９および４１３；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４１９および４２３；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４３４および４３８；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４４４および４４８；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４５４および４５８；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４６４および４６８；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４７４および４７８；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号４８４および４８８；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４９４および４９８；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５０４および５０８；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５１４および５１８；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５２４および５２８；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５３４および５３８；（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５４４および５４８；（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５５４および５５８；（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５６４および５６８；（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５７４および５７８；（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５８４および５８８；（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５９４および５９８；（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６０４および６０８；（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６１４および６１８；（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号６２４、６２６、または６２８および５８８；（ｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、または６８４、および６８６；（ｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号６９２および６９６；（ｘｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号７４０～７４３および２３８のいずれか１つ；（ｘｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、または７６１のいずれか１つおよび４０３、７４４、または７４６のいずれか１つ；あるいは（ｘｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号７６２または７６４および５８８に従うアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。

【0198】

ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号６２４、６２６、または６２８および５８８に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、または６８４、および６８６に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号６９２および６９６に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0199】

ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号３９９および７３８に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0200】

ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号３９９および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号３９９および７３８に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号３９９および７４４に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号３９９および７４６に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７４８および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７４９および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５０および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５２および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５４および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５６および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５８および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７５９および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。ある特定の実施形態では、ＶＨおよびＶＬは、それぞれ、配列番号７６１および４０３に従うアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる。

【0201】

「ＣＬ」という用語は、「免疫グロブリン軽鎖定常領域」または「軽鎖定常領域」、すなわち、抗体軽鎖由来の定常領域を指す。「ＣＨ」という用語は、「免疫グロブリン重鎖定常領域」または「重鎖定常領域」を指し、これは、抗体のアイソタイプに応じて、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３ドメイン（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＧ）、またはＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３、およびＣＨ４ドメイン（ＩｇＥ、ＩｇＭ）にさらに分けられる。抗体重鎖のＦｃ領域は、本明細書にさらに記載される。ここに開示される実施形態のいずれかでは、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＣＬ、ＣＨ１、ＣＨ２、およびＣＨ３のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、ＣＬは、配列番号８または配列番号９のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３（ＣＨ１－ＣＨ３とも称される）は、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列に対して９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0202】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号７６７に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる重鎖ポリペプチド、および配列番号７６８に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなる軽鎖ポリペプチドを含む。

【0203】

例えば、哺乳動物細胞系における産生は、抗体重鎖の１つまたは複数のＣ末端リシンを除去することができることが理解される（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ． ｍＡｂｓ ６（５）：１１４５－１１５４ （２０１４）を参照されたい）。したがって、本開示の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドを含むことができ、ここで、Ｃ末端リシン残基は、存在するか、または存在せず、言い換えれば、Ｃ末端リシンの除去に起因して重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端残基がリシンではない実施形態、およびリシンがＣ末端残基である実施形態を包含する。ある特定の実施形態では、組成物は、複数の本開示の抗体および／または抗原結合断片を含み、ここで、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含まず、１つまたは複数の抗体または抗原結合断片は、重鎖、ＣＨ１－ＣＨ３、またはＦｃポリペプチドのＣ末端にリシン残基を含む。言い換えれば、ある特定の実施形態では、重鎖は、Ｃ末端リシンのない、配列番号７６７に記載されるアミノ酸配列を含み得るか、またはこれからなり得る。ある特定の実施形態では、重鎖またはＣＨ１～ＣＨ３は、Ｃ末端リシンのない、配列番号６または配列番号７に記載されるアミノ酸配列を含み得る。

【0204】

「Ｆａｂ」（抗原に結合する断片）は、抗原に結合する抗体の部分であり、鎖間ジスルフィド結合を介して軽鎖に連結された重鎖の可変領域およびＣＨ１を含む。各Ｆａｂ断片は、抗原結合に関して一価である、すなわち、単一の抗原結合部位を有する。抗体のペプシン処置は、二価の抗原結合活性を有し、さらに抗原を架橋することができる、２つのジスルフィド結合したＦａｂ断片におおよそ対応する単一の大きなＦ（ａｂ’）２断片を生じる。ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２は両方とも、「抗原結合断片」の例である。Ｆａｂ’断片は、ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端において、抗体ヒンジ領域由来の１つまたは複数のシステインを含む追加のいくつかの残基を有することによって、Ｆａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’－ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が遊離のチオール基を持つＦａｂ’についての本明細書での表示である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元々、それらの間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として生成された。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。

【0205】

Ｆａｂ断片は、例えば、ペプチドリンカーによって接合されて、本明細書で「ｓｃＦａｂ」とも称される一本鎖Ｆａｂを形成し得る。これらの実施形態では、ネイティブのＦａｂに存在する鎖間ジスルフィド結合は存在しなくてもよく、リンカーは、単一のポリペプチド鎖においてＦａｂ断片を連結または接続するように、完全にまたは部分的に役割を果たす。重鎖由来のＦａｂ断片（例えば、ＶＨ＋ＣＨ１、または「Ｆｄ」を含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）および軽鎖由来Ｆａｂ断片（例えば、ＶＬ＋ＣＬを含むか、これからなるか、または本質的にこれからなる）は、任意の配置で連結されて、ｓｃＦａｂを形成し得る。例えば、ｓｃＦａｂは、Ｎ末端からＣ末端への方向で、（重鎖Ｆａｂ断片－リンカー－軽鎖Ｆａｂ断片）または（軽鎖Ｆａｂ断片－リンカー－重鎖Ｆａｂ断片）に従って配置されていてもよい。ｓｃＦａｂにおいて使用するためのペプチドリンカーおよび例示的なリンカー配列は、本明細書でさらに詳細に議論される。

【0206】

「Ｆｖ」は、完全な抗原認識および抗原結合部位を含有する小さな抗体断片である。この断片は、一般に、密接に非共有結合的に会合した１つの重鎖可変領域ドメインおよび１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体からなる。しかしながら、単一の可変ドメイン（または、抗原に特異的な３つのＣＤＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、抗原を認識し、かつそれに結合する能力を有するが、典型的には、結合部位全体よりも親和性が低い。

【0207】

「一本鎖Ｆｖ」は、「ｓＦｖ」または「ｓｃＦｖ」とも略され、単一のポリペプチド鎖に接続されたＶ_ＨおよびＶ_Ｌ抗体ドメインを含む抗体断片である。一部の実施形態では、ｓｃＦｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合のために所望の構造を保持または形成することを可能にする、Ｖ_ＨおよびＶ_Ｌドメインの間に配置され、Ｖ_ＨおよびＶ_Ｌドメインを連結するポリペプチドリンカーを含む。そのようなペプチドリンカーは、当技術分野において周知の標準的な技法を使用して、融合ポリペプチドに組み込むことができる。ｓｃＦｖの概説について、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， ｖｏｌ． １１３， Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ｐｐ． ２６９－３１５ （１９９４）；以下のＢｏｒｒｅｂａｅｃｋ １９９５を参照されたい。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、およびＶＨドメインをＶＬドメインに連結するペプチドリンカーを含むｓｃＦｖを含む。特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、ペプチドリンカーによってＶＬドメインに連結されたＶＨドメインを含み、これは、ＶＨ－リンカー－ＶＬの方向、またはＶＬ－リンカー－ＶＨの方向であり得る。本開示の任意のｓｃＦｖは、ＶＬドメインのＣ末端が短いペプチド配列によってＶＨドメインのＮ末端に連結されるように、またはその逆のように（すなわち、（Ｎ）ＶＬ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）または（Ｎ）ＶＨ（Ｃ）－リンカー－（Ｎ）ＶＬ（Ｃ））、操作されていてもよい。あるいは、一部の実施形態では、リンカーは、ＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方のＮ末端部分またはＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはその両方の末端に連結されていてもよい。

【0208】

ペプチドリンカー配列は、例えば、（１）可撓性の伸長コンフォメーションを採用するそれらの能力、（２）第１および第２のポリペプチド上のおよび／または標的分子上の機能的エピトープと相互作用し得る二次構造を採用できないこと、またはこれを採用する能力の欠如、ならびに／あるいは（３）ポリペプチドおよび／または標的分子と反応する可能性がある疎水性または荷電残基の欠如または相対的な欠如に基づいて選択され得る。リンカー設計に関する他の考慮事項（例えば、長さ）は、ＶＨおよびＶＬが機能的抗原結合部位を形成することができるコンフォメーションまたはコンフォメーションの範囲を含み得る。ある特定の実施形態では、ペプチドリンカー配列は、例えば、Ｇｌｙ、Ａｓｎ、およびＳｅｒ残基を含有する。ＴｈｒおよびＡｌａなどの他のほぼ中性アミノ酸もまた、リンカー配列に含まれていてもよい。リンカーとして有用に用いられ得る他のアミノ酸配列としては、Ｍａｒａｔｅａ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ４０：３９ ４６ （１９８５）；Ｍｕｒｐｈｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８３：８２５８ ８２６２ （１９８６）；米国特許第４，９３５，２３３号、および米国特許第４，７５１，１８０号に開示されているものが挙げられる。リンカーの他の実例および非限定的な例としては、例えば、単一の反復が存在するか、または１～５回もしくはそれより多くの回数、またはそれより多く繰り返される場合、Ｇｌｕ－Ｇｌｙ－Ｌｙｓ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｌｙｓ－Ｖａｌ－Ａｓｐ（配列番号１９）（Ｃｈａｕｄｈａｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８７：１０６６－１０７０ （１９９０））、およびＬｙｓ－Ｇｌｕ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｖａｌ－Ｓｅｒ－Ｓｅｒ－Ｇｌｕ－Ｇｌｎ－Ｌｅｕ－Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ａｓｐ（配列番号２０）（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６ （１９８８））、および五量体のＧｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ（配列番号２１）が挙げられ得る；例えば、配列番号１７を参照されたい。任意の適切なリンカーが使用され得、一般に、約３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、１５、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００アミノ酸長、または約２００アミノ酸長未満であり得、好ましくは、可撓性の構造を含み（リンカーによって接続された２つの領域、ドメイン、モチーフ、断片、またはモジュールの間のコンフォメーションの動きのための可撓性および場所を提供することができる）、好ましくは、生物学的に不活性であり、かつ／またはヒトにおいて免疫原性の低い危険性を有する。例示的なリンカーとしては、配列番号１０～２１のいずれか１つまたは複数に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるリンカーが挙げられる。ある特定の実施形態では、リンカーは、配列番号１０～２１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも７５％（すなわち、少なくとも約７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる。

【0209】

ｓｃＦｖは、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３配列の任意の組み合わせを使用して、構築することができる。

【0210】

一部の実施形態では、例えば、第１および第２のポリペプチドが、機能的ドメインを分離し、立体的な干渉を防止するために使用され得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、リンカー配列は必要ではない。

【0211】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、単特異性であるか（例えば、単一のエピトープに結合する）、または多特異性である（例えば、複数のエピトープおよび／または標的分子に結合する）。抗体および抗原結合断片は、さまざまなフォーマットで構築され得る。Ｓｐｉｅｓｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ６７（２）：９５ （２０１５）およびＢｒｉｎｋｍａｎｎ ａｎｄ Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ， ｍＡｂｓ ９（２）：１８２－２１２ （２０１７）に開示される例示的な抗体フォーマット、このフォーマットおよびそれを作製する方法は、参照により本明細書に組み込まれ、例えば、二特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、ＤＡＲＴ、ノブイントゥホール（ＫＩＨ）アセンブリー、ｓｃＦｖ－ＣＨ３－ＫＩＨアセンブリー、ＫＩＨ共通軽鎖抗体、ＴａｎｄＡｂ、トリプルボディ、ＴｒｉＢｉミニボディ、Ｆａｂ－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－ＣＨ－ＣＬ－ｓｃＦｖ、Ｆ（ａｂ’）２－ｓｃＦｖ２、四価ＨＣａｂ、イントラボディ、クロスマブ、二重作用Ｆａｂ（ＤＡＦ）（ツーインワンまたはフォーインワン）、ＤｕｔａＭａｂ、ＤＴ－ＩｇＧ、Ｃｈａｒｇｅ Ｐａｉｒ、Ｆａｂアーム交換、ＳＥＥＤボディ、トリオマブ、ＬＵＺ－Ｙアセンブリー、Ｆｃａｂ、κλボディ、オルソゴナルＦａｂ、ＤＶＤ－Ｉｇ（例えば、米国特許第８，２５８，２６８号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、ＩｇＧ（Ｈ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｈ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ－（Ｌ）ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ，Ｈ）－Ｆｖ、ＩｇＧ（Ｈ）－Ｖ、Ｖ（Ｈ）－ＩｇＧ、ＩｇＧ（Ｌ）－Ｖ、Ｖ（Ｌ）－ＩｇＧ、ＫＩＨ ＩｇＧ－ｓｃＦａｂ、２ｓｃＦｖ－ＩｇＧ、ＩｇＧ－２ｓｃＦｖ、ｓｃＦｖ４－Ｉｇ、Ｚｙｂｏｄｙ、およびＤＶＩ－ＩｇＧ（フォーインワン）、ならびに、いわゆるＦＩＴ－Ｉｇ（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１５／１０３０７２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、いわゆるＷｕｘｉＢｏｄｙフォーマット（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０５７１２２号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）、およびいわゆるＩｎ－Ｅｌｂｏｗ－Ｉｎｓｅｒｔ Ｉｇフォーマット（ＩＥＩ－Ｉｇ；例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１９／０２４９７９号およびＷＯ２０１９／０２５３９１号、このフォーマットは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる）を含む。

【0212】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、２つまたはそれより多くのＶＬドメイン、あるいはその両方（すなわち、２つまたはそれより多くのＶＨドメイン、および２つまたはそれより多くのＶＬドメイン）を含む。特定の実施形態では、抗原結合断片は、フォーマット（Ｎ末端からＣ末端への方向）ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含み、ここで、２つのＶＨ配列は、同じまたは異なり得、２つのＶＬ配列は、同じまたは異なり得る。そのように連結されたｓｃＦｖは、所与の標的に結合するように配置され、フォーマットにおいて、２つまたはそれより多くのＶＨ、および／あるいは２つまたはそれより多くのＶＬを含む、ＶＨおよびＶＬドメインの任意の組み合わせを含むことができ、１、２、またはそれより多くの異なるエピトープまたは抗原が結合し得る。複数の抗原結合ドメインを組み込むフォーマットが、任意の組み合わせまたは方向で、ＶＨおよび／またはＶＬ配列を含み得ることが認識される。例えば、抗原結合断片は、フォーマットＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、ＶＨ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＬ－リンカー－ＶＨ、またはＶＬ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＨ－リンカー－ＶＬを含むことができる。

【0213】

構築された本開示の単特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、本明細書に開示される、ＶＨおよびＶＬ配列の任意の組み合わせ、ならびに／またはＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３の任意の組み合わせを含むことができる。二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、本開示の１つ、２つ、またはそれより多くの抗原結合ドメイン（例えば、ＶＨおよびＶＬ）を含み得る。同じまたは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２エピトープに結合する２つまたはそれより多くの結合ドメインが存在していてもよく、本明細書に提供される二特異性または多特異性の抗体または抗原結合断片は、一部の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２結合ドメインをさらに含むことができ、かつ／または異なる抗原または病原体全体に結合する結合ドメインを含むことができる。

【0214】

ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、多特異性、例えば、二特異性、三特異性などであり得る。

【0215】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬを含み、第１のＶＨおよび第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、第１のＶＬおよび第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、ここで、第１のＶＨおよび第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、第２のＶＨおよび第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する。

【0216】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、（ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；および（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬを含み、第１のＶＨは、配列番号１３９および３４２に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有するアミノ酸配列を有するアミノ酸配列を含み、第１のＶＬは、配列番号１４３および３４６に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有するアミノ酸配列を有するアミノ酸配列を含み、第２のＶＨは、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有するアミノ酸配列を有するアミノ酸配列を含み、第２のＶＬは、配列番号４０３、７４４、および７４６に記載されるアミノ酸配列に対する少なくとも８５（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％を有する）同一性を有するアミノ酸配列を有するアミノ酸配列を含む。

【0217】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。「Ｆｃ」断片またはＦｃポリペプチドは、一般にジスルフィドによって一緒に保持された両方の抗体のＨ鎖のカルボキシ末端部分（すなわち、ＩｇＧのＣＨ２およびＣＨ３ドメイン）を含む。抗体の「エフェクター機能」は、抗体のＦｃ領域（ネイティブ配列のＦｃ領域またはアミノ酸配列バリアントのＦｃ領域）に起因するそれらの生物活性を指し、抗体アイソタイプにより変わる。抗体のエフェクター機能の例としては、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；ファゴサイトーシス；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。本明細書で議論されるように、Ｆｃ含有ポリペプチド（例えば、本開示の抗体）の１つまたは複数の機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）ために、改変（例えば、アミノ酸置換）がＦＣドメインに行われてもよい。そのような機能としては、例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合、抗体の半減期のモジュレーション（例えば、ＦｃＲｎへの結合による）、ＡＤＣＣ機能、プロテインＡ結合、プロテインＧ結合、および補体結合が挙げられる。Ｆｃ機能性を改変する（例えば、改善する、低減する、または取り除く）アミノ酸改変としては、例えば、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ、Ｈ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ、Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３６＋Ａ３２７Ｇ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓ、Ｅ３３３Ａ、Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１、Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ｓ、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ／Ｇ２３６Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ｋ３２２Ａ、Ｓ２２８Ｐ、Ｌ２３５Ｅ＋Ｅ３１８Ａ／Ｋ３２０Ａ／Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ（本明細書で「ＬＡＬＡ」とも称される）、およびＬ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ／Ｐ３２９Ｇ変異が挙げられ、この変異は、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ （２０１１）によって公開され、ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｃｏｍ／ＰＤＦ／ｒｅｖｉｅｗ／ｒｅｖｉｅｗ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓ－ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ．ｐｄｆ？ｕｔｍ＿ｓｏｕｒｃｅ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｍｅｄｉｕｍ＝ｐｄｆ＆ｕｔｍ＿ ｃａｍｐａｉｇｎ＝ｒｅｖｉｅｗ＆ｕｔｍ＿ｃｏｎｔｅｎｔ＝Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ－Ｆｃ－Ｒｅｇｉｏｎｓにおいてオンラインで利用可能な”Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｆｃ Ｒｅｇｉｏｎｓ”に概説および注釈付けされており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。

【0218】

例えば、補体カスケードを活性化するために、Ｃ１ｑタンパク質複合体は、免疫グロブリン分子（複数可）が抗原標的に結合する場合、少なくとも２分子のＩｇＧ１または１分子のＩｇＭに結合することができる（Ｗａｒｄ， Ｅ． Ｓ．， ａｎｄ Ｇｈｅｔｉｅ， Ｖ．， Ｔｈｅｒ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２ （１９９５） ７７－９４）。Ｂｕｒｔｏｎ， Ｄ． Ｒ．は、アミノ酸残基３１８～３３７を含む重鎖領域が補体固定に関与することを記載した（Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２２ （１９８５） １６１－２０６）。Ｄｕｎｃａｎ， Ａ． Ｒ．， ａｎｄ Ｗｉｎｔｅｒ， Ｇ． （Ｎａｔｕｒｅ ３３２ （１９８８） ７３８－７４０）は、部位特異的変異誘発を使用して、Ｇｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２がＣ１ｑに対する結合部位を形成することを報告した。Ｃ１ｑの結合におけるＧｌｕ３１８、Ｌｙｓ３２０、およびＬｙｓ３２２残基の役割は、これら残基を含有する短い合成ペプチドの補体媒介性溶解を阻害する能力によって確認された。

【0219】

例えば、ＦｃＲ結合は、（抗体の）Ｆｃ部分と、造血細胞を含む細胞上の特殊な細胞表面受容体であるＦｃ受容体（ＦｃＲ）との相互作用によって媒介され得る。Ｆｃ受容体は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属し、免疫複合体のファゴサイトーシスによる抗体コーティング病原体の除去、および抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ＡＤＣＣ；Ｖａｎ ｄｅ Ｗｉｎｋｅｌ， Ｊ． Ｇ．， ａｎｄ Ａｎｄｅｒｓｏｎ， Ｃ． Ｌ．， Ｊ． Ｌｅｕｋｏｃ． Ｂｉｏｌ． ４９ （１９９１） ５１１－５２４）を介した、対応する抗体でコーティングされた赤血球およびさまざまな他の細胞標的（例えば、腫瘍細胞）の溶解の両方を媒介することを示した。ＦｃＲは、免疫グロブリンクラスに対するそれらの特異性によって定義され、ＩｇＧ抗体に対するＦｃ受容体はＦｃγＲと称され、ＩｇＥに対するＦｃ受容体はＦｃεＲと称され、ＩｇＡに対するＦｃ受容体はＦｃαＲと称されるなどであり、新生児のＦｃ受容体はＦｃＲｎと称される。Ｆｃ受容体結合は、例えば、Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｊ． Ｖ．， ａｎｄ Ｋｉｎｅｔ， Ｊ． Ｐ．， Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ９ （１９９１） ４５７－４９２；Ｃａｐｅｌ， Ｐ． Ｊ．， ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４ （１９９４） ２５－３４；ｄｅ Ｈａａｓ， Ｍ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｌａｂ． Ｃｌｉｎ． Ｍｅｄ． １２６ （１９９５） ３３０－３４１；およびＧｅｓｓｎｅｒ， Ｊ． Ｅ．， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎ． Ｈｅｍａｔｏｌ． ７６ （１９９８） ２３１－２４８に記載されている。

【0220】

ネイティブＩｇＧ抗体のＦｃドメインによる受容体（ＦｃγＲ）の架橋は、ファゴサイトーシス、抗体依存性細胞性細胞傷害、および炎症メディエーターの放出、ならびに免疫複合体のクリアランス、および抗体産生の調節を含む多種多様なエフェクター機能を引き起こす。受容体（例えば、ＦｃγＲ）の架橋を提供するＦｃ部分が本明細書で企図される。ヒトでは、これまでに、ＦｃγＲの３つのクラスが特徴付けられており、以下である：（ｉ）ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、これは、単量体ＩｇＧに高い親和性で結合し、マクロファージ、単球、好中球、および好酸球上で発現される；（ｉｉ）ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）、これは、中から低い親和性で複合体化ＩｇＧに結合し、特に、白血球上で広く発現され、抗体媒介性免疫の中心的なプレーヤーであると考えられ、かつ、これは、ＦｃγＲＩＩＡ、ＦｃγＲＩＩＢ、およびＦｃγＲＩＩＣに分けることができ、これらは、免疫系において異なる機能を行うが、ＩｇＧ－Ｆｃに対して類似の低い親和性で結合し、これらの受容体の細胞外ドメインは高度に相同（ｈｏｍｏｌｏｇｕｏｕｓ）である；ならびに（ｉｉｉ）ＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）、これは、中から低い親和性でＩｇＧに結合し、２つの形態で見出されている：ＦｃγＲＩＩＩＡ、これは、ＮＫ細胞、マクロファージ、好酸球、ならびに一部の単球およびＴ細胞において見出されており、ＡＤＣＣを媒介すると考えられる；ならびにＦｃγＲＩＩＩＢ、これは、好中球において高度に発現される。

【0221】

ＦｃγＲＩＩＡは、殺傷に関与する多くの細胞（例えば、マクロファージ、単球、好中球）において見出され、殺傷プロセスを活性化することができるようである。ＦｃγＲＩＩＢは、阻害プロセスにおいて役割を果たすようであり、Ｂ細胞、マクロファージ、ならびに、肥満細胞および好酸球において見出される。重要なことには、全ＦｃγＲＩＩＢの７５％が肝臓中で見出されることが示されている（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ”ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ，” Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。ＦｃγＲＩＩＢは、ＬＳＥＣと呼ばれる肝類洞内皮、および肝臓におけるクッパー細胞において多量に発現され、ＬＳＥＣは、小さな免疫複合体のクリアランスの主要部位である（Ｇａｎｅｓａｎ， Ｌ． Ｐ． ｅｔ ａｌ．， ２０１２： ＦｃγＲＩＩｂ ｏｎ ｌｉｖｅｒ ｓｉｎｕｓｏｉｄａｌ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ ｃｌｅａｒｓ ｓｍａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８９： ４９８１－４９８８）。

【0222】

一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体およびその抗原結合断片は、ＦｃγＲＩＩｂへの結合のためのＦｃポリペプチドまたはその断片、特に、例えばＩｇＧ型抗体などのＦｃ領域を含む。また、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを導入することによって、Ｆｃ部分を操作してＦｃγＲＩＩＢ結合を増強することが可能である。それによって、免疫複合体のクリアランスを増強することができる（Ｃｈｕ， Ｓ．， ｅｔ ａｌ．， ２０１４： Ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ Ｃｌｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ＩｇＥ Ｉｎ Ｃｈｉｍｐａｎｚｅｅｓ Ｉｓ Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｂｙ Ｘｍａｂ７１９５， Ａｎ Ｆｃ－Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｗｉｔｈ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｆｏｒ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＦｃγＲＩＩｂ． Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ， Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ）。一部の実施形態では、本開示の抗体またはその抗原結合断片は、特に、Ｃｈｕ， Ｓ． Ｙ． ｅｔ ａｌ．， ２００８： Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｂ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｃｏｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ＣＤ１９ ａｎｄ ＦｃｇａｍｍａＲＩＩｂ ｗｉｔｈ Ｆｃ－ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４５， ３９２６－３９３３に記載されるように、変異Ｓ２６７ＥおよびＬ３２８Ｆを有する操作されたＦｃ部分を含む。

【0223】

Ｂ細胞において、ＦｃγＲＩＩＢは、さらなる免疫グロブリン産生、および例えば、ＩｇＥクラスへのアイソタイプスイッチングを抑制するように機能し得る。マクロファージにおいて、ＦｃγＲＩＩＢは、ＦｃγＲＩＩＡを通して媒介されるファゴサイトーシスを阻害すると考えられる。好酸球および肥満細胞において、Ｂ形態は、ＩｇＥのその別々の受容体への結合を通して、これら細胞の活性化を抑制するのに役立ち得る。

【0224】

ＦｃγＲＩ結合に関して、ネイティブＩｇＧのＥ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、およびＰ３２９の少なくとも１つの改変は、ＦｃγＲＩへの結合を低減する。２３３～２３６位のＩｇＧ２残基が、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４の対応する位置へと置換されることで、ＩｇＧ１およびＩｇＧ４のＦｃγＲＩへの結合が１０^３倍低減し、抗体で感作された赤血球に応答するヒト単球応答が排除される（Ａｒｍｏｕｒ， Ｋ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ． Ｅｕｒ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２９ （１９９９）
２６１３－２６２４）。

【0225】

ＦｃγＲＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｒ２９２、およびＫ４１４の少なくとも１つのＩｇＧ変異について、ＦｃγＲＩＩＡに対する結合の低減が見出される。

【0226】

ヒトＦｃγＲＩＩＡの２つの対立形質は、高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｈ１３１」バリアント、および低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｒ１３１」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。

【0227】

ＦｃγＲＩＩＩ結合に関して、例えば、Ｅ２３３～Ｇ２３６、Ｐ２３８、Ｄ２６５、Ｎ２９７、Ａ３２７、Ｐ３２９、Ｄ２７０、Ｑ２９５、Ａ３２７、Ｓ２３９、Ｅ２６９、Ｅ２９３、Ｙ２９６、Ｖ３０３、Ａ３２７、Ｋ３３８、およびＤ３７６の少なくとも１つの変異について、ＦｃγＲＩＩＩＡに対する結合の低減が見出される。Ｆｃ受容体についてのヒトＩｇＧ１上の結合部位のマッピング、上記で言及された変異部位、ならびにＦｃγＲＩおよびＦｃγＲＩＩＡへの結合を測定するための方法は、Ｓｈｉｅｌｄｓ， Ｒ． Ｌ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７６ （２００１） ６５９１－６６０４に記載されている。

【0228】

ヒトＦｃγＲＩＩＩＡの２つの対立形質は、低親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｆ１５８」バリアント、および高親和性でＩｇＧ１ Ｆｃに結合する「Ｖ１５８」バリアントである。例えば、Ｂｒｕｈｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂｌｏｏｄ １１３：３７１６－３７２５ （２００９）を参照されたい。

【0229】

ＦｃγＲＩＩへの結合に関して、ネイティブＩｇＧ Ｆｃの２つ領域、すなわち、（ｉ）ＩｇＧ Ｆｃの下部ヒンジ部位、特に、アミノ酸残基Ｌ、Ｌ、Ｇ、Ｇ（２３４～２３７、ＥＵ番号付け）、ならびに（ｉｉ）ＩｇＧ ＦｃのＣＨ２ドメインの隣接領域、特に、例えば、Ｐ３３１の領域における、下部ヒンジ領域に隣接する上部ＣＨ２ドメインにおけるループおよび鎖が、ＦｃγＲＩＩおよびＩｇＧの間の相互作用に関与するようである（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。また、ＦｃγＲＩは、ＩｇＧ Ｆｃ上の同じ部位に結合するようであるが、ＦｃＲｎおよびプロテインＡは、ＣＨ２－ＣＨ３境界面にあるようであるＩｇＧ Ｆｃ上の異なる位置に結合する（Ｗｉｎｅｓ， Ｂ．Ｄ．， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２０００； １６４： ５３１３ － ５３１８）。

【0230】

本開示のＦｃポリペプチドまたはその断片の、（すなわち、１つまたは複数の）Ｆｃγ受容体への結合親和性を増加させる（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは変異（複数可）を含まないそれを含有するものと比較して）変異も企図される。例えば、Ｄｅｌｉｌｌｏ ａｎｄ Ｒａｖｅｔｃｈ， Ｃｅｌｌ １６１（５）：１０３５－１０４５ （２０１５）およびＡｈｍｅｄ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｓｔｒｕｃ． Ｂｉｏｌ． １９４（１）：７８ （２０１６）を参照されたく、このＦｃ変異および技法は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0231】

本明細書に開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ；Ｓ２３９Ｄ；Ａ３３０Ｌ；およびＩ３３２Ｅ；あるいはそのいずれか２つまたはそれより多くを含む組み合わせ；例えば、Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ（本明細書では「ＧＡＡＬＩＥ」とも称される）；またはＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅから選択される変異を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含むことができる。一部の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、Ｓ２３９Ｄを含まない。

【0232】

ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ結合への結合に関与するＦｃポリペプチドまたはその断片の少なくとも一部を含み得るか、またはこれからなり得る。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＦｃＲｎ（例えば、約６．０のｐＨで）に対する結合親和性を改善する（例えば、結合を増強する）１つまたは複数のアミノ酸改変を含み、一部の実施形態では、それによって、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む分子のｉｎ ｖｉｖｏ半減期が延長される（例えば、参照Ｆｃポリペプチドまたはその断片、あるいは改変（複数可）を含まないがそうでなければ同じ抗体と比較して）。ある特定の実施形態では、Ｆｃポリペプチドまたはその断片は、ＩｇＧ Ｆｃを含むか、またはこれに由来し、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ（ＥＵ番号付け）のいずれか１つまたは複数を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ（本明細書では「ＭＬＮＳ」とも称される）を含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｐ２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈを含む。ある特定の実施形態では、半減期を延長する変異は、Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａを含む。

【0233】

一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含むＦｃ部分を含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異、およびＩ３３２Ｅ変異（ＧＡＡＬＩＥ）を含み、Ｓ２３９Ｄ変異を含まない（例えば、２３９位にネイティブＳを含む）、（例えば、ＩｇＧ）Ｆｃ部分を含む。特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含み、かつ、必要に応じてＳ２３９Ｄを含まない、Ｆｃポリペプチドまたはその断片を含む。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、置換変異：Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４ＳおよびＧ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含む。

【0234】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、グリコシル化を変更する変異を含み、ここで、グリコシル化を変更する変異は、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、またはＮ２９７Ｇを含み、かつ／あるいは抗体または抗原結合断片は、部分的にもしくは完全にアグリコシル化（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅ）されており、かつ／または部分的にもしくは完全にアフコシル化（ａｆｕｃｏｓｙｌａｔｅ）されている。宿主細胞系、および部分的にもしくは完全にアグリコシル化されたか、または部分的にもしくは完全にアフコシル化された抗体および抗原結合断片を作製する方法は公知である（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２０１６／１８１３５７号；Ｓｕｚｕｋｉ ｅｔ ａｌ． Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １３（６）：１８７５－８２ （２００７）；Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ． ＭＡｂｓ ６：１－１２ （２０１８）を参照されたい）。

【0235】

ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、検出可能なレベルの抗体または抗原結合断片が被験体において見出すことができない場合であっても（すなわち、抗体または抗原結合断片が、投与後に被験体から除去されている場合）、被験体において、ｉｎ ｖｉｖｏでの継続的な保護を誘発できる。そのような保護は、本明細書ではワクチン効果と称される。理論に縛られることを望まないが、樹状細胞が、抗体および抗原の複合体を内部移行することができ、その後、抗原に対する内因性の免疫応答を誘導またはこれに寄与することができると考えられる。ある特定の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、例えば、Ｇ２３６Ａ、Ａ３３０Ｌ、およびＩ３３２Ｅを含むＦｃ中の変異などの１つまたは複数の改変を含み、これは、抗原に対して、例えばＴ細胞免疫を誘導し得る樹状細胞を活性化できる。

【0236】

ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、ＣＨ２（またはその断片）、ＣＨ３（またはその断片）、またはＣＨ２およびＣＨ３を含むＦｃポリペプチドまたはその断片を含み、ここで、ＣＨ２、ＣＨ３、またはその両方は、任意のアイソタイプのものであり得、それぞれ、対応する野生型ＣＨ２またはＣＨ３と比較して、アミノ酸置換または他の改変を含有していてもよい。ある特定の実施形態では、本開示のＦｃポリペプチドは、会合して二量体を形成する２つのＣＨ２－ＣＨ３ポリペプチドを含む。

【0237】

ここに開示される実施形態のいずれかでは、抗体または抗原結合断片は、モノクローナルであり得る。「モノクローナル抗体」（ｍＡｂ）という用語は、本明細書で使用される場合、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、一部の場合では、微量で存在し得る可能な天然に存在する変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は、非常に特異的であり、単一の抗原部位に向けられている。さらにまた、異なるエピトープに向けられている異なる抗体を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原の単一のエピトープに向けられている。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体は、それらが、他の抗体によって汚染されずに合成され得るという点で有利である。「モノクローナル」という用語は、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするとして解釈されるべきではない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ２５６：４９５ （１９７５）によって最初に記載されたハイブリドーマ方法論によって調製されてもよく、あるいは、細菌細胞、真核細胞、動物細胞、または植物細胞において組換えＤＮＡ法を使用して作製されてもよい（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい）。モノクローナル抗体はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３５２：６２４－６２８ （１９９１）およびＭａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， ２２２：５８１－５９７ （１９９１）に記載されている技法を使用して、ファージ抗体ライブラリーから単離されてもよい。モノクローナル抗体はまた、ＰＣＴ公開番号ＷＯ２００４／０７６６７７Ａ２号に開示される方法を使用して得てもよい。

【0238】

本開示の抗体および抗原結合断片は、「キメラ抗体」を含み、ここで、重鎖および／または軽鎖の一部は、特定の種に由来する抗体中の、あるいは特定の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同であるが、鎖（複数可）の残部は、それらが所望の生物活性を示す限り、別の種に由来する抗体中の、あるいは別の抗体のクラスまたはサブクラスに属する抗体中の、ならびにそのような抗体の断片中の対応する配列と同一または相同である（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８１：６８５１－６８５５ （１９８４）を参照されたい）。例えば、キメラ抗体は、ヒトおよび非ヒト残基を含んでいてもよい。さらにまた、キメラ抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体において見出されない残基を含んでいてもよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに改良するために行われる。さらなる詳細について、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３３２：３２３－３２９ （１９８８）；およびＰｒｅｓｔａ， Ｃｕｒｒ． Ｏｐ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ． ２：５９３－５９６ （１９９２）を参照されたい。キメラ抗体は、霊長類化抗体およびヒト化抗体も含む。

【0239】

「ヒト化抗体」は、一般に、非ヒトである供給源から導入された１つまたは複数のアミノ酸残基を有するヒト抗体であると考えられる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、典型的には、可変ドメインから取得される。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３２１：５２２－５２５ （１９８６）；Ｒｅｉｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ， ３３２：３２３－３２７ （１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２３９：１５３４－１５３６ （１９８８））の方法に従って、非ヒト可変配列をヒト抗体の対応する配列と置換することによって行われてもよい。したがって、そのような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体であり（米国特許第４，８１６，５６７号；同第５，５３０，１０１号および同第７，４９８，４１５号）、ここで、実質的に無傷ヒト可変ドメインよりも少ない配列が、非ヒト種由来の対応する配列によって置換されている。一部の例では、「ヒト化」抗体は、非ヒト細胞または動物によって産生され、ヒト配列、例えば、Ｈｃドメインを含むものである。

【0240】

「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体中に存在する配列のみを含有する抗体である。しかしながら、本明細書で使用される場合、ヒト抗体は、本明細書に記載される改変およびバリアント配列を含む天然に存在するヒト抗体（例えば、ヒトから単離されている抗体）中で見出されない残基または改変を含んでいてもよい。これらは、典型的には、抗体の性能をさらに改良または増強するために行われる。一部の例では、ヒト抗体は、トランスジェニック動物によって産生される。例えば、米国特許第５，７７０，４２９号；同第６，５９６，５４１号および同第７，０４９，４２６号を参照されたい。

【0241】

ある特定の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、キメラ、ヒト化されたもの、またはヒトのものである。

【0242】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質は、宿主細胞の細胞表面で発現されている。

【0243】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質ＲＢＤに５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質は、宿主細胞の細胞表面で発現されている。

【0244】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、必要に応じて２．７μｇ／ｍｌで、抗体または抗原結合断片をプロテインＡピン上に負荷し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌで負荷し、さらに必要に応じて７分間解離を測定する、Ｏｃｔｅｔ装置を必要に応じて使用する、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）を使用して決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、５×１０^－１０Ｍ未満、１×１０^－１０Ｍ未満、５×１０^－１１Ｍ未満、１×１０^－１１Ｍ未満、５×１０^－１２Ｍ未満、または１×１０^－１２Ｍ未満のＫＤで結合できる。

【0245】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、必要に応じて、シングルサイクルキネティクス手法を使用するＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を使用して、決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに６×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、４×１０^－９Ｍ未満、３×１０^－９Ｍ未満、２×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、または８×１０^－１０Ｍ未満のＫＤで結合できる。

【0246】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合でき、（ｉ）前記ＲＢＤと（ｉｉ）ヒトＡＣＥ２および／またはヒトＳＩＧＬＥＣ－１との間の相互作用を阻害できる。

【0247】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を、必要に応じて：（ｉ）（ａ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ５０で中和でき、および／または（ｉ）（ｂ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ８０で中和でき、および／または（ｉ）（ｃ）３００ｎｇ／ｍｌ未満、２００ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満５０ｎｇ／ｍｌ、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１０ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＥＣ９０で中和でき、さらに必要に応じて、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み、および／または（ｉ）（ｄ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み；ならびに／あるいは（ｉｉ）生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を、必要に応じて：（ｉｉ）（ａ）６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で中和でき、および／または（ｉｉ）（ｂ）５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３５ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１２ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ９０で中和でき、および／または（ｉｉ）（ｃ）６時間にわたって、０．１の感染多重度で中和でき；ならびに／あるいは（ｉｉｉ）ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ、またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じて、それを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき；ならびに／あるいは（ｉｖ）ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じてそれを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、感染を中和することが、感染を完全に中和することを含む。

【0248】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、表面糖タンパク質に、配列番号３を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と比較して次の変異：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ４７７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｅ４８４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ａ５２０Ｓ、Ｎ５０１Ｔ、Ａ５２２Ｓ、Ｙ４５３Ｆ、Ｐ３８４Ｌのいずれか１つを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる。

【0249】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、配列番号３に記載される表面糖タンパク質アミノ酸を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和する効力の３分の１未満の効力で、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる。

【0250】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩａ、または両方を活性化でき、必要に応じて、（ｉ）前記ＦｃγＲＩＩａが、Ｈ１３１対立遺伝子を含み；および／または（ｉｉ）前記ＦｃγＲＩＩＩａが、Ｖ１５８対立遺伝子を含み；および／または（ｉｉｉ）活性化が、ＣＨＯ細胞などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ発現標的細胞、およびルシフェラーゼなどのＮＦＡＴ駆動レポーターを発現するレポーター細胞を使用して決定される。

【0251】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、非ヒト霊長類において２０～３０日の間の、または２２～２８日の間の、または２３～２７日の間の、または２４～２６日の間の、または約２５日のｉｎ ｖｉｖｏ半減期を有する。

【0252】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約２０～約３０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる。

【0253】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約１０～約２０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる。

【0254】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約５～約１０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる。

【0255】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、約１～約５ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる。

【0256】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓタンパク質への結合についてヒトＡＣＥ２と競合せず、必要に応じて、中和が、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて感染を中和することを含む。

【0257】

一部の実施形態では、本開示の抗体または抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する本開示の抗体または抗原結合断片が提供される。

【0258】

ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞
別の態様では、本開示は、本開示の抗体もしくはこれらの抗原結合断片またはそれらの一部分（例えば、ＣＤＲ、ＶＨ、ＶＬ、重鎖または軽鎖）のいずれかをコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、宿主細胞における発現のためにコドン最適化される。コード配列が公知であるか、または同定されると、公知の技法およびツールを使用して、例えば、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＯｐｔｉｍｉｕｍＧｅｎｅ（商標）ツールを使用して、コドン最適化を行うことができる（Ｓｃｈｏｌｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １１９：１３５， ２００６も参照されたい）。コドン最適化配列は、部分的にコドン最適化されている（すなわち、１つまたは複数のコドンが宿主細胞における発現のために最適化されている）配列、および完全にコドン最適化されている配列を含む。

【0259】

本開示の抗体および抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドは、異なるヌクレオチド配列を有し得るが、同じ抗体または抗原結合断片を、例えば、遺伝コードの縮重、スプライシングなどに起因して、さらにコードすることも、理解されよう。

【0260】

ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、配列番号３０、３１、４０、４１、５０、５１、６０、６１、７０、７１、７３、８２、８３、９２、９３、９５、１０４、１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２７、１２８、１３７、１３８、２０６、２０７、２１６、２１７、２２６、２２７、２３６、２３７、２３９、２４８、２４９、２５１、２５３、２６２、２６３、２７２、２７３、２８２、２８３、２９２、２９３、２９５、２９７、３０６、３０７、３０９、３１１、３２０、３２１、３３０、３３１、３４０、３４１、３７７、３７８、３８７、３８８、３９７、３９８、４０７、４０８、４１７、４１８、４２７、４２８、４３３、４４２、４４３、４５２、４５３、４６２、４６３、４７２、４７３、４８２、４８３、４９２、４９３、５０２、５０３、５１２、５１３、５５２、５２３、５３２、５３３、５４２、５４３、５５２、５５３、５６２、５６３、５７２、５７３、５８２、５８３、５９２、５９３、６０２、６０３、６１２、６１３、６２２、６２３、６９０、６９１、７００～７３７、および７３９のいずれか１つまたは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％（すなわち、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するポリヌクレオチドを含む。

【0261】

ある特定の実施形態では、ポリヌクレオチドは、（ｉ）配列番号４０７に記載されるヌクレオチド配列に対する少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一性を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるポリヌクレオチド；および（ｉｉ）配列番号４０８、７３７、または７３９に記載されるヌクレオチド配列に対する少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、または少なくとも９９％同一性を有するか、またはこれを含むかまたはこれからなるポリヌクレオチドを含む。

【0262】

本開示の実施形態のいずれにおいても、ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み得る。一部の実施形態では、ＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む。

【0263】

本明細書で開示されるポリヌクレオチド（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する抗体または抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド）を含むまたは含有するベクターも、提供される。ベクターは、本明細書で開示されるベクターのいずれか１つまたは複数を含み得る。特定の実施形態では、抗体もしくは抗原結合断片またはその一部分をコードするＤＮＡプラスミド構築物（例えば、いわゆる「ＤＭＡｂ」；例えば、Ｍｕｔｈｕｍａｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ． ２１４（３）：３６９－３７８ （２０１６）；Ｍｕｔｈｕｍａｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ Ｖａｃｃｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ９：２２５３－２２６２ （２０１３））；Ｆｌｉｎｇａｉ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ． ５：１２６１６ （２０１５）；およびＥｌｌｉｏｔｔ ｅｔ ａｌ．， ＮＰＪ Ｖａｃｃｉｎｅｓ １８ （２０１７）を参照されたく、これらの文献の抗体コードＤＮＡ構築物および関連使用方法は、その投与方法を含めて、参照により本明細書に組み込まれる）を含むベクターが、提供される。ある特定の実施形態では、ＤＮＡプラスミド構築物は、抗体または抗原結合断片の重鎖および軽鎖（またはＶＨおよびＶＬ）をコードする単一のオープンリーディングフレームであって、重鎖をコードする配列と軽鎖をコードする配列が、必要に応じて、プロテアーゼ切断部位をコードするポリヌクレオチドにより、および／または自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドにより、隔てられている、オープンリーディングフレームを含む。一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片の置換基成分は、単一のプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされる。他の実施形態では、抗体または抗原結合断片の置換基成分は、２つまたはそれより多くのプラスミドに含まれているポリヌクレオチドによりコードされる（例えば、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、コグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む）。ある特定の実施形態では、単一のプラスミドは、本開示の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片からの重鎖および／または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む。例示的な発現ベクターは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標）から入手可能なｐＶａｘ１である。本開示のＤＮＡプラスミドを、被験体に、例えば、電気穿孔（例えば、筋肉内電気穿孔）により、または適切な製剤（例えば、ヒアルロニダーゼ）を用いて、送達することができる。

【0264】

さらなる態様では、本開示は、本開示による抗体もしくは抗原結合断片を発現する宿主細胞、または本開示によるベクターもしくはポリヌクレオチドを含むかもしくは含有する宿主細胞も提供する。

【0265】

そのような細胞の例としては、真核細胞、例えば、酵母細胞、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞；およびＥ．ｃｏｌｉをはじめとする原核細胞が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞である。ある特定のそのような実施形態では、細胞は、哺乳動物細胞系、例えば、ＣＨＯ細胞（例えば、ＤＨＦＲ－ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ７７：４２１６ （１９８０））、ヒト胎児腎細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞．ヒト肝細胞、例えばＨｅｐａ ＲＧ細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞である。哺乳動物宿主細胞系の他の例としては、マウスセルトリ細胞（例えば、ＴＭ４細胞）；ＳＶ４０により形質転換されたサル腎ＣＶ１系（ＣＯＳ－７）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ－７６）；サル腎細胞（ＣＶ１）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ ０６０５６２）；ＴＲＩ細胞；ＭＲＣ ５細胞；およびＦＳ４細胞が挙げられる。抗体生成に好適な哺乳動物宿主細胞系は、例えば、Ｙａｚａｋｉ ａｎｄ Ｗｕ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｖｏｌ． ２４８ （Ｂ． Ｋ． Ｃ． Ｌｏ， ｅｄ．， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｔｏｔｏｗａ， Ｎ．Ｊ．）， ｐｐ． ２５５－２６８ （２００３）に記載されているものも含む。

【0266】

ある特定の実施形態では、宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞である。Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞におけるペプチドの発現は、十分に確証されている（例えば、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ， Ａ． Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ９：５４５－５５１ （１９９１）を参照されたい）。例えば、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合、抗体を細菌において生成することができる。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号、および同第５，８４０，５２３号を参照されたい。

【0267】

特定の実施形態では、発現ベクターに関する本記載に従って、細胞にベクターをトランスフェクトすることができる。用語「トランスフェクション」は、核酸分子、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）分子の、細胞への、例えば、真核細胞への導入を指す。本記載に関して、用語「トランスフェクション」は、核酸分子の細胞への導入、例えば、哺乳動物細胞への導入を含む、真核細胞への導入、のための、当業者に公知の任意の方法を包含する。そのような方法は、例えば、電気穿孔、リポフェクション、例えばカチオン性脂質および／もしくはリポソームに基づくリポフェクション、リン酸カルシウム沈殿法、ナノ粒子に基づくトランスフェクション、ウイルスに基づくトランスフェクション、またはカチオン性ポリマー、例えばＤＥＡＥ－デキストランもしくはポリエチレンイミン、に基づくトランスフェクションなどを包含する。ある特定の実施形態では、導入は、非ウイルス性である。

【0268】

さらに、本開示の宿主細胞に、本開示によるベクターを、例えば、本開示による抗体またはその抗原結合断片の発現のために、安定にまたは一過性にトランスフェクトすることができる。そのような実施形態では、細胞に、本明細書に記載のベクターを安定にトランスフェクトすることができる。あるいは、細胞に、本明細書で開示される抗体または抗原結合断片をコードする本開示によるベクターを一過性にトランスフェクトすることができる。本開示の実施形態のいずれにおいても、ポリヌクレオチドは、宿主細胞に対して異種であり得る。

【0269】

したがって、本開示は、本開示の抗体または抗原結合断片を異種発現する組換え宿主細胞も提供する。例えば、細胞は、抗体を完全にまたは部分的に得た種とは異なる種の細胞（例えば、ヒト抗体または操作されたヒト抗体を発現するＣＨＯ細胞）であり得る。一部の実施形態では、宿主細胞の細胞型は、抗体または抗原結合断片を自然に発現しない。さらに、宿主細胞は、天然状態の抗体または抗原結合断片に（または抗体もしくは抗原結合断片が操作されたかもしくは由来した天然状態の親抗体に）存在しない翻訳後改変（ＰＴＭ；例えば、グリコシル化またはフコシル化）を抗体または抗原結合断片に付与し得る。そのようなＰＴＭは、機能差（例えば、免疫原性の低下）を生じさせる結果となり得る。したがって、本明細書で開示される宿主細胞により生成される本開示の抗体または抗原結合断片は、その天然状態の抗体（または親抗体）とは明確に異なる１つまたは複数の翻訳後改変を含み得る（例えば、ＣＨＯ細胞により生成されるヒト抗体は、ヒトから単離されたおよび／または天然ヒトＢ細胞もしくは形質細胞により生成された場合の抗体とは明確に異なる、より多くの翻訳後修飾（ａ ｍｏｒｅ ｐｏｓｔ－ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を含むことができる）。

【0270】

本開示の結合タンパク質の発現に有用な昆虫細胞は、当技術分野において公知であり、例えば、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ Ｓｆ９細胞、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ ＢＴＩ－ＴＮ５Ｂ１－４細胞、およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒａ ＳｆＳＷＴ０１「Ｍｉｍｉｃ（商標）」細胞を含む。例えば、Ｐａｌｍｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １５３（３－４）：１６０－１６６ （２０１１）を参照されたい。非常に多数のバキュロウイルス株が同定されており、それらは、特に、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と併用され得る。

【0271】

糸状菌または酵母などの真核微生物も、タンパク質コードベクターのクローニングまたは発現に好適な宿主であり、該真核微生物は、部分的にまたは完全にヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす「ヒト化」グリコシル化経路を有する真菌および酵母株を含む。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２２：１４０９－１４１４ （２００４）；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． ２４：２１０－２１５ （２００６）を参照されたい。

【0272】

植物細胞も、本開示の結合タンパク質の発現のための宿主として利用することができる。例えば、ＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術（例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、および同第６，４１７，４２９号に記載されている）は、トランスジェニック植物を利用して抗体を生成する。

【0273】

ある特定の実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞を含む。特定の実施形態では、宿主細胞は、ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞、Ｙ０細胞、Ｓｐ２／０細胞、ＮＳ０細胞、ヒト肝細胞、骨髄腫細胞、またはハイブリドーマ細胞である。

【0274】

関連態様では、本開示は、抗体または抗原結合断片を生成するための方法であって、本開示の宿主細胞を、抗体または抗原結合断片を生成するための十分な条件下で、かつ十分な時間にわたって培養することを含む、方法を提供する。組換え生成された抗体の単離および精製に有用な方法は、例として、組換え抗体を培養培地に分泌する好適な宿主細胞／ベクター系から上清を得ること、次いで、市販のフィルターを使用して培地を濃縮することを含み得る。濃縮後、濃縮物を、単一の好適な精製マトリックスに、または一連の好適なマトリックス、例えば、親和性マトリックスもしくはイオン交換樹脂に適用することができる。１つまたは複数の逆相ＨＰＬＣステップを利用して、組換えポリペプチドをさらに精製することができる。これらの精製方法を、免疫原をその天然環境から単離する際に利用することもできる。本明細書に記載される単離された／組換え抗体の１つまたは複数についての大規模生成のための方法は、適切な培養条件を維持するためにモニターされ、制御される、バッチ細胞培養を含む。可溶性抗体の精製は、本明細書に記載されるおよび当技術分野において公知の方法であって、自国および外国の規制機関の法律およびガイドラインに適合する方法に従って、行うことができる。
組成物

【0275】

本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクターまたは宿主細胞のいずれか１つまたは複数を個々にまたは任意の組合せで含む組成物であって、薬学的に許容されるキャリアー、賦形剤、または希釈剤をさらに含み得る組成物も、本明細書で提供される。キャリアー、賦形剤および希釈剤は、本明細書でさらに詳細に論じられる。

【0276】

ある特定の実施形態では、組成物は、本開示による２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組み合わせて使用される抗体または抗原結合断片は、各々独立して、次の特徴のうちの１つまたは複数を有する：天然に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントを中和する；スパイクタンパク質結合について互いに競合しない；明確に異なるスパイクタンパク質エピトープに結合する；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；組合せでの場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する耐性の形成の低減を有する；生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを強く中和する；組み合わせて使用された場合、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの中和に対して相加または相乗効果を示す；エフェクター機能を示す；感染の妥当な動物モデル（複数可）において防御的である；大規模生成に十分な品質で生成され得る。

【0277】

ある特定の実施形態では、組成物は、２つまたはそれより多くの本開示の抗体または抗原結合断片であり得る、２つまたはそれより多くの異なる抗体または抗原結合断片を含む。本開示の実施形態のいずれかでは、抗体またはその抗原結合断片は、以下のものを含む抗体または抗原結合断片をさらに含む組成物に含まれ得る：（ｉ）それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列；または（ｉｉ）それぞれ、配列番号１４０～１４２および１４４～１４６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列；または（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３４２および３４６に記載される、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｉｖ）それぞれ、配列番号１３９および１４３に記載される、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列。

【0278】

ある特定の実施形態では、組成物は、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３３～３５に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３７～３９に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片と、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載のアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片とを含む。

【0279】

ある特定の実施形態では、組成物は、配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３または３４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、または７６１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号４０３、７４４、または７４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２またはそれぞれ、配列番号３４３～３４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびにＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号４００、４０１、および以下のいずれか：７５１、７５３、７５５、７５７、７６０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０４、４０５、および以下のいずれか：４０６、７４５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片を含む。

【0280】

（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第１の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第１の抗体または抗原結合断片；および（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第２の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第２の抗体または抗原結合断片を含む、組成物であって、第１の細胞表面受容体と第２の細胞表面受容体が異なる、組成物も、本明細書で提供される。本開示で教示されるように、感染の中和は、抗体または抗原結合断片を組み合わせることにより、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２へのその結合が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と、２つまたはそれより多くの細胞表面受容体、例えば、付着受容体と侵入受容体、２つの侵入受容体、２つの付着受容体など、との間の相互作用を阻害するので、達成または改善され得る。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置または予防するためにそのような抗体の組合せを使用する方法も提供される。

【0281】

ある特定の実施形態では、組成物は、第１のプラスミドを含む第１のベクター、および第２のプラスミドを含む第２のベクターを含み、第１のプラスミドは、重鎖、ＶＨ、またはＶＨ＋ＣＨをコードするポリヌクレオチドを含み、第２のプラスミドは、抗体またはその抗原結合断片のコグネイト軽鎖、ＶＬ、またはＶＬ＋ＣＬをコードするポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、組成物は、好適な送達ビヒクルまたはキャリアーに連結されたポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ）を含む。ヒト被験体への投与のための例示的なビヒクルまたはキャリアーとしては、脂質または脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム（ｃｏｃｈｌｅａｒ ｌｉｐｏｓｏｍｅ）、脂質マイクロチューブル（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｔｕｂｕｌｅ）、脂質マイクロシリンダー（ｌｉｐｉｄ ｍｉｃｒｏｃｙｌｉｎｄｅｒ）、または脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）もしくはナノスケールプラットフォーム（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ． Ｗｉｌｅｒｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ Ｒｅｖ． Ｎａｎｏｍｅｄ Ｎａｎｏｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １１（２）：ｅ１５３０ （２０１９）を参照されたい）が挙げられる。適切なｍＲＮＡを設計するための、および（ａｎｄ ａｎｄ）ｍＲＮＡ－ＬＮＰを製剤化するための、およびそれを送達するための、原理、試薬および技法は、例えば、Ｐａｒｄｉ ｅｔ ａｌ． （Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌｅａｓｅ ２１７３４５－３５１ （２０１５））；Ｔｈｅｓｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ ２３： １４５６－１４６４ （２０１５））；Ｔｈｒａｎ ｅｔ ａｌ． （ＥＭＢＯ Ｍｏｌ Ｍｅｄ ９（１０）：１４３４－１４４８ （２０１７）；Ｋｏｓｅ ｅｔ ａｌ． （Ｓｃｉ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４ ｅａａｗ６６４７ （２０１９）；およびＳａｂｎｉｓ ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌ． Ｔｈｅｒ． ２６：１５０９－１５１９ （２０１８））に記載されており、その技法は、キャッピング、コドン最適化、ヌクレオシド改変、ｍＲＮＡの精製、ｍＲＮＡの安定した脂質ナノ粒子（例えば、イオン化可能なカチオン性脂質／ホスファチジルコリン／コレステロール／ＰＥＧ－脂質；イオン化可能な脂質：ジステアロイルＰＣ：コレステロール：ポリエチレングリコール脂質）への組込みを含み、ならびにその皮下、筋肉内、皮内、静脈内、腹腔内および気管内投与を含む、これらの技法は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0282】

方法および使用
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染（例えば、ヒト被験体における、またはヒト被験体から得られた試料における）の診断に本開示の抗体もしくは抗原結合断片、核酸、ベクター、細胞、または組成物を使用するための方法も、本明細書で提供される。

【0283】

診断（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ）の方法は、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）と試料を接触させることを含み得る。そのような試料を被験体から単離することができ、例えば、そのような試料は、例えば、鼻腔、副鼻腔、唾液腺、肺、肝臓、膵臓、腎臓、耳、眼、胎盤、消化管、心臓、卵巣、下垂体、副腎、甲状腺、脳、皮膚または血液から採取された、単離された組織試料であり得る。診断の方法は、特に抗体または抗体断片と試料の接触後の、抗原／抗体複合体の検出も含み得る。そのような検出ステップは、ベンチで、すなわち、人体または動物体と一切接触することなく、行われ得る。検出方法の例は、当業者に周知であり、例えば、直接的、間接的およびサンドイッチＥＬＩＳＡをはじめとするＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着検定法）を含む。他の検出方法としては、免疫組織学的検査（ＩＨＣ）、フローサイトメトリー（例えば、ＦＡＣＳ）、ウエスタンブロット、免疫細胞化学（ＩＣＣ）、酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）、および免疫沈降（ＩＰ）が挙げられるが、これらに限定されない。検出方法で使用される抗体および抗原結合断片は、例えば、蛍光標識されてもよいし、別の方法で検出可能に標識されてもよい（例えば、フルオロフォアに直接コンジュゲートされる、もしくはフルオロフォア－二次コンジュゲートを含む）。

【0284】

本開示の抗体もしくは抗原結合断片、またはそれを含む組成物を使用して被験体を処置する方法であって、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると考えられるまたは感染するリスクがある、方法も、本明細書で提供される。「処置する」、「処置」、または「回復させる」は、被験体（例えば、ヒトまたは非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、ウマ、ネコ、イヌ、ヤギ、マウスもしくはラット）の疾患、障害または状態の医学的管理を指す。一般に、本開示の抗体または組成物を含む適切な用量または処置レジメンは、治療上または予防上の利益を引き出すのに十分な量で投与される。治療上または予防上の／予防的な利益は、臨床転帰の改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延もしくは予防；寛解；生存；生存期間の延長；またはこれらの任意の組合せを含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための入院の低減または防止を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の処置のための入院期間の短縮を含む（すなわち、統計的に有意な形で）。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、挿管、および／または人工呼吸器デバイスの使用などの、呼吸介入の必要性の低減または抑制を含む。ある特定の実施形態では、治療上または予防上の／予防的な利益は、後期疾患病状を好転させること、および／または死亡率を低下させることを含む。

【0285】

本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物の「治療有効量」または「有効量」は、統計的に有意な形での、臨床転帰の改善；疾患に関連する症状の軽減もしくは緩和；症状の発生の減少；生活の質の向上；より長い無病状態；疾患の程度の減少、病態の安定化；疾患進行の遅延；寛解；生存；または生存期間の延長を含む、治療効果をもたらすのに十分な、組成物または分子の量を指す。単独で投与される個々の活性成分に言及する場合、治療有効量は、その成分の効果、または単独でその成分を発現する細胞の効果を指す。組合せに言及する場合、治療有効量は、連続的に投与されるのか、逐次的に投与されるのか、同時に投与されるのかを問わず、治療効果をもたらす、活性成分の合わせた量、または活性成分を発現する細胞と組み合わせた補助活性成分の合わせた量を指す。組合せは、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原に特異的に結合する２つの異なる抗体を含み得、このＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原は、ある特定の実施形態では、同じもしくは異なるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原であり得、および／または同じもしくは異なるエピトープを含み得る。

【0286】

したがって、ある特定の実施形態では、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための方法であって、本明細書で開示される抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物の有効量を被験体に投与することを含む方法が、提供される。

【0287】

本開示により処置され得る被験体は、一般に、ヒトおよび他の霊長類被験体、例えば、獣医学目的のためのサルおよび類人猿である。マウスおよびラットなどの他のモデル生物も、本開示に従って処置することができる。上述の実施形態のいずれにおいても、被験体は、ヒト被験体であり得る。被験体は、男性または女性であり得、任意の好適な年齢であり得、乳児、若年、青年、成人および老年被験体を含む。

【0288】

いくつかの基準が、ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２感染に関連する重症症状または死亡の高いリスクの一因となると考えられる。これらは、年齢、職業、一般的健康、既存の健康状態、および生活習慣を含むが、それらに限定されない。一部の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、１つまたは複数リスク因子を含む。

【0289】

ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、乳児、小児、若年成人、中年成人、または高齢者である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、１歳未満であるか、または１～５歳であるか、または５～１２５歳の間（例えば、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５または１２５歳、これらのうちのまたはこれらの間の任意のおよび全ての年齢を含む）である。ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、０～１９歳、２０～４４歳、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。中年の、特に高齢の人物は、特にリスクがあると考えられる。特定の実施形態では、ヒト被験体は、４５～５４歳、５５～６４歳、６５～７４歳、７５～８４歳、または８５歳もしくはそれより高齢である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、生物学上の男性である。一部の実施形態では、ヒト被験体は、生物学上の女性である。

【0290】

ある特定の実施形態では、本開示に従って処置されるヒト被験体は、介護施設もしくは長期ケア施設の入居者である；ホスピス介護福祉士である；医療提供者もしくは医療従事者である；ファーストレスポンダーである；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると診断されたもしくは感染している疑いがある被験体の家族の一員もしくは他の濃厚接触者である；過体重もしくは医学的に言って肥満である；喫煙者である、または喫煙者であった；慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）に罹患している、もしくは罹患したことがある；喘息である（例えば、中等度から重度の喘息に罹患している）；自己免疫疾患もしくは状態（例えば、糖尿病）に罹患している；および／または免疫系が損なわれている、もしくは免疫系が枯渇している（例えば、ＡＩＤＳ／ＨＩＶ感染、がん、例えば血液がん、リンパ球除去療法、例えば化学療法、骨髄もしくは臓器移植、または遺伝性免疫状態に起因して）；慢性肝疾患に罹患している；心血管疾患に罹患している；肺もしくは心臓に欠陥がある；他人に極めて接近して、例えば、工場、配送センター、病院環境などの場所で、働いている、もしくは別様に時間を過ごす。

【0291】

ある特定の実施形態では、本開示に従って処置される被験体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のワクチンを受けたことがあり、このワクチンは、例えば、被験体におけるワクチン後の感染または症状により、臨床診断または科学的もしくは規制コンセンサスにより、効果がない（すなわち、少なくとも部分的にまたは完全に効果がない）と決定されている。

【0292】

ある特定の実施形態では、処置は、曝露前後の予防として投与される。ある特定の実施形態では、処置は、軽度から中等度の疾患に罹患している被験体に投与され、これは外来患者の状況においてであり得る。ある特定の実施形態では、処置は、中等度から重度の疾患に罹患している被験体、例えば、入院を必要とする被験体に投与される。

【0293】

したがって、本開示の組成物を投与する典型的な経路は、経口、局所、経皮、吸入、非経口、舌下、頬側、直腸、膣および鼻腔内経路を含むが、これらに限定されない。用語「非経口」は、本明細書で使用される場合、皮下注射、静脈内、筋肉内、胸骨内注射または注入技法を含む。ある特定の実施形態では、投与は、経口、静脈内、非経口、胃内、胸膜内、肺内、直腸内、皮内、腹腔内、腫瘍内、皮下、局所、経皮、大槽内、髄腔内、鼻腔内、および筋肉内経路から選択される経路による投与を含む。特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に経口投与することを含む。

【0294】

本発明のある特定の実施形態による医薬組成物は、患者への組成物の投与の際にその中に含有される活性成分が生物学的に利用可能になることを可能にするように製剤化される。被験体または患者に投与される組成物は、１つまたは複数の投与単位の形態をとることができ、例えば、錠剤が単一投与単位であってよく、エアロゾル形態の本明細書に記載の抗体または抗原結合のコンテナは、複数の投与単位を保持することができる。そのような剤形の実際の調製方法は、当業者には公知であるか、明らかである。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， ２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ （Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２０００）を参照されたい。いずれにせよ、投与される組成物は、本明細書での教示に従って目的の疾患または状態を処置するための本開示の抗体もしくは抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物の有効量を含有する。

【0295】

組成物は、固体の形態であることもあり、または液体の形態であることもある。一部の実施形態では、キャリアー（複数可）は粒状であり、組成物は例えば錠剤または粉末形態である。組成物が、例えば、経口油、注射可能な液体、または例えば吸入投与に有用であるエアロゾルである場合、キャリアー（複数可）は液体であり得る。経口投与が意図される場合、医薬組成物は、好ましくは、固体形態または液体形態のどちらかであり、半固体、半液体、懸濁液およびゲル形態は、本明細書で固体または液体のどちらかとみなされる形態の中に含まれる。

【0296】

経口投与のための固体組成物として、医薬組成物を、粉剤・散剤（ｐｏｗｄｅｒ）、顆粒剤、圧縮錠剤、丸剤、カプセル剤、チューインガム剤、カシェ剤などに製剤化することができる。そのような固体組成物は、１つまたは複数の不活性希釈剤または食用キャリアーを通常は含有する。加えて、次のうちの１つまたは複数が存在することもある：結合剤、例えば、カルボキシメチルセルロース、エチルセルロース、微結晶性セルロース、トラガカントガムまたはゼラチン；賦形剤、例えば、デンプン、ラクトースまたはデキストリン；崩壊剤、例えば、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、トウモロコシデンプンなど；滑沢剤、例えば、ステアリン鎖マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｘ；流動促進剤、例えば、コロイド状二酸化ケイ素；甘味剤、例えば、スクロースまたはサッカリン；着香剤、例えばペパーミント、サリチル酸メチルまたはオレンジ香味料；ならびに着色剤。組成物が、カプセル、例えばゼラチンカプセル、の形態である場合、その組成物は、上記のタイプの材料に加えて、液体キャリアー、例えば、ポリエチレングリコールまたは油を含有し得る。

【0297】

組成物は、液体、例えば、エリキシル、シロップ、溶液、乳剤または懸濁液、の形態であることもある。液体は、２つの例として、経口投与のためのもの、または注射による送達のためのものであり得る。経口投与が意図される場合、好ましい組成物は、本化合物に加えて、甘味剤、保存剤、色素／着色剤および風味増強剤のうちの１つまたは複数を含有する。注射により投与することが意図される組成物には、界面活性剤、保存剤、湿潤剤、分散化剤、懸濁化剤、緩衝液、安定剤および等張剤のうちの１つまたは複数を含めることができる。

【0298】

液体医薬組成物は、それらが溶液であるか、懸濁液であるか、他のこれらに類する形態であるかを問わず、次のアジュバントのうちの１つまたは複数を含み得る：滅菌希釈剤、例えば、注射用水、食塩溶液、好ましくは生理食塩水、リンゲル液、等張塩化ナトリウム、固定油、例えば、溶媒もしくは懸濁媒体として役立ち得る合成モノもしくはジグリセリド、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の溶媒；抗菌剤、例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン；抗酸化剤、例えば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム；キレート剤、例えば、エチレンジアミン四酢酸；緩衝液、例えば、酢酸緩衝液、クエン酸緩衝液またはリン酸緩衝液；および等張性の調整用の剤、例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース。非経口調製物を、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てのシリンジまたは複数回用量のバイアルに封入することができる。生理食塩水は、好ましいアジュバントである。注射用医薬組成物は、好ましくは無菌である。

【0299】

非経口投与または経口投与のどちらかが意図される液体組成物は、本明細書で開示される抗体または抗原結合断片の量を、好適な投与量が得られるように、含有するべきである。通常は、この量は、組成物中、少なくとも０．０１％の抗体または抗原結合断片である。経口投与が意図される場合、この量を、組成物の重量の０．１％～約７０％の間になるように変動させることができる。ある特定の経口医薬組成物は、約４％～約７５％の間の抗体または抗原結合断片を含有する。ある特定の実施形態では、本発明による医薬組成物および調製物は、非経口投与単位が希釈前に０．０１～１０重量％の間の抗体または抗原結合断片を含有するように調製される。

【0300】

組成物は、局所投与が意図されたものであることがあり、その場合、キャリアーは、溶液、乳剤、軟膏またはゲル基剤を適切に含み得る。基剤は、例えば、次のうちの１つまたは複数を含み得る：ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、鉱油、希釈剤、例えば水およびアルコール、ならびに乳化剤および安定剤。増粘剤が局所投与のための組成物中に存在してよい。経皮投与が意図される場合、組成物は、経皮パッチまたはイオン導入デバイスを含み得る。医薬組成物は、直腸内で融解して薬物を放出する形態、例えば座薬の形態での、直腸投与が意図されたものであることもある。直腸投与のための組成物は、油性基剤を好適な無刺激賦形剤として含有し得る。そのような基剤としては、ラノリン、カカオ脂、およびポリエチレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない。

【0301】

組成物は、固体または液体投与単位の物理的形態を改変する様々な材料を含み得る。例えば、組成物は、活性成分の周囲にコーティングシェルを形成する材料を含み得る。コーティングシェルを形成する材料は、通常は不活性であり、例えば、糖、セラック、および他の腸溶コーティング剤から選択され得る。あるいは、活性成分は、ゼラチンカプセルに封入され得る。固体または液体形態の組成物は、本開示の抗体または抗原結合断片に結合し、それによって化合物の送達を補助する、作用物質を含み得る。この能力で作用し得る好適な作用物質は、モノクローナルもしくはポリクローナル抗体、１つもしくは複数のタンパク質、またはリポソームを含む。組成物は、エアロゾルとして投与することができる投与単位から本質的になり得る。用語エアロゾルは、コロイド状の性質のものから、加圧パッケージからなる系までの幅がある、様々な系を示すために使用される。送達は、液化もしくは圧縮ガスによることもあり、または活性成分を分注する好適なポンプシステムによることもある。エアロゾルは、活性成分（複数可）を送達するために単相、二相または三相系で送達され得る。エアロゾルの送達は、必要なコンテナ、アクチベーター、バルブ、サブコンテナなどを含み、これらが一緒にキットを形成し得る。当業者は、過度の実験をしなくても、好ましいエアロゾルを決定することができる。

【0302】

本開示の組成物が、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチドのためのキャリアー分子（例えば、脂質ナノ粒子、ナノスケール送達プラットフォームなど）も包含することは、理解されよう。

【0303】

医薬組成物は、製薬技術分野で周知の方法論により調製することができる。例えば、注射により投与されることが意図される組成物は、本明細書に記載の抗体、その抗原結合断片、または抗体コンジュゲートと、必要に応じて塩、緩衝液および／または安定剤のうちの１つまたは複数とを含む組成物を、溶液を形成するための滅菌蒸留水と合わせることにより、調製することができる。界面活性剤を添加して、均一な溶液または懸濁液の形成を促進することができる。界面活性剤は、ペプチド組成物と非共有結合的に相互作用して水性送達系への抗体またはその抗原結合断片の溶解または均一な懸濁を促進する化合物である。

【0304】

一般に、適切な用量および処置レジメンは、治療上および／または予防上の利益（例えば、臨床転帰の改善（例えば、下痢もしくは関連する脱水症または炎症の頻度の低下、継続期間の短縮、または重症度の低下、あるいはより長い無病および／または全生存期間、あるいは症状重症度の軽減）を含む、本明細書に記載されるもの）をもたらすのに十分な量の組成物（複数可）を提供する。予防上の使用のための用量は、疾患もしくは障害に関連する疾患を防止するのに、その開始を遅延するのに、またはその重症度を低下させるのに十分であるべきである。本明細書に記載される方法に従って投与される組成物の予防上の利益を、前臨床研究（ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ動物研究を含む）および臨床研究を行うこと、そしてそこから得られたデータを、適切な統計学的、生物学的および臨床的方法および技法により分析することによって、決定することができ、これらの全てを当業者は容易に実行することができる。

【0305】

組成物を有効量（例えば、コロナウイルス感染を処置するための）で投与し、この有効量は、利用される具体的な化合物の活性；化合物の代謝安定性および作用の長さ；被験体の年齢、体重、一般的健康、性別および食事；投与の方法およびタイミング；排泄率；薬物の組合せ；特定の障害または状態の重症度；ならびに治療を受けている被験体を含む、様々な因子に依存して変わる。ある特定の実施形態では、本開示の製剤および方法による治療の投与後（ｔｏｌｌｏｗｉｎｇ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）、試験被験体は、プラセボで処置される被験体または他の好適な対照被験体と比較して、処置される疾患または障害に関連する１つまたは複数の症状の約１０％から約９９％までの低減を示す。

【0306】

一般に、抗体または抗原結合断片の治療有効１日用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．００１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．０７ｍｇ）～約１００ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７．０ｇ）であり；好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約０．０１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、０．７ｍｇ）～約５０ｍｇ／ｋｇ（すなわち、３．５ｇ）であり；より好ましくは、治療有効用量は、（７０ｋｇの哺乳動物について）約１ｍｇ／ｋｇ（すなわち、７０ｍｇ）～約２５ｍｇ／ｋｇ（すなわち、１．７５ｇ）である。本開示のポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および関連組成物についての治療有効用量は、抗体または抗原結合断片についての治療有効用量とは異なり得る。

【0307】

ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を被験体に２、３、４、５、６、７、８、９、１０回またはそれより多くの回数投与することを含む。

【0308】

ある特定の実施形態では、方法は、抗体、抗原結合断片、または組成物を被験体に複数回投与することを含み、第２のまたは次に続く投与は、それぞれ、第１のまたは前の投与の少なくとも約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約２４、約４８、約７４、約９６時間後またはそれより後に行われる。

【0309】

ある特定の実施形態では、方法は、被験体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染する前に少なくとも１回、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物を投与することを含む。

【0310】

本開示の抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞または組成物を含む組成物を、１つもしくは複数の他の治療剤の投与と同時に、その前に、またはその後に投与することもできる。そのような併用療法は、本発明の化合物と１つまたは複数の追加の活性薬剤とを含有する単一の医薬投与製剤の投与はもちろん、本開示の抗体または抗原結合断片を含む組成物および各活性薬剤を含む組成物のその独自の別個の投与製剤での投与も含み得る。例えば、本明細書に記載の抗体もしくはその抗原結合断片と他の活性薬剤とを、患者に、錠剤もしくはカプセル剤などの単一経口投与組成物で一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の経口投与製剤で投与することができる。同様に、本明細書に記載の抗体もしくは抗原結合断片と他の活性薬剤とを、被験体に、単一非経口投与組成物で、例えば、食塩溶液もしくは他の生理的に許容される溶液で、一緒に投与することができ、または各薬剤を別個の非経口投与製剤で投与することができる。別個の投与製剤が使用される場合、抗体または抗原結合断片を含む組成物と、１つまたは複数の追加の活性薬剤を含む組成物とを、本質的に同時に、すなわち並行して、投与することができ、または別々にずらした時間で、すなわち、逐次的にかつ任意の順序で投与することができ、併用療法は、これらのレジメン全てを含むと理解される。

【0311】

ある特定の実施形態では、本開示の１つもしくは複数の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクターもしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤とを含む、併用療法が提供される。特定の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、デキサメタゾン、プレドニゾンなどのような、コルチコステロイドを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の抗炎症剤は、例えば、ＩＬ６に結合する抗体（例えば、シルツキシマブ）、またはＩＬ－６Ｒに結合する抗体（例えば、トシリズマブ）、またはＩＬ－１β、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＦＧＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＰ－１０、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－１Ａ、ＭＩＰ１－Ｂ、ＰＤＧＲ、ＴＮＦ－αもしくはＶＥＧＦに結合する抗体などの、サイトカインアンタゴニストを含む。一部の実施形態では、抗炎症剤、例えば、ルキソリチニブおよび／またはアナキンラが使用される。一部の実施形態では、１つまたは複数抗ウイルス剤は、例えば、レムデシビル、ソホスブビル、アシクロビルおよびジドブジンなどの、ヌクレオチドアナログまたはヌクレオチドアナログプロドラッグを含む。特定の実施形態では、抗ウイルス剤は、ロピナビル、リトナビル、ファビピラビル、またはこれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、併用療法はレロンリマブを含む。本開示の併用療法で使用するための抗炎症剤は、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤＳ）も含む。そのような併用療法において、１つまたは複数の抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）と、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つのまたはより多くの抗ウイルス剤（ｏｎｅ ｏｒ ｔｈｅ ｍｏｒｅ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ａｇｅｎｔ）とを、任意の順序および任意の順番で、または一緒に投与することができることは、理解される。

【0312】

一部の実施形態では、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）は、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤を以前に受けたことがある被験体に投与される。一部の実施形態では、１つもしくは複数の抗炎症剤および／または１つもしくは複数の抗ウイルス剤は、抗体（または１つもしくは複数の核酸、宿主細胞、ベクター、もしくは組成物）を以前に受けたことがある被験体に投与される。

【0313】

ある特定の実施形態では、一方または両方が本開示の抗体であり得る２つまたはそれより多くの抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体を含む併用療法が、提供される。方法は、第１の抗体を、第２の抗体を受けたことがある被験体に投与することを含むことができ、または２つもしくはそれより多くの抗体を一緒に投与することを含むことができる。例えば、特定の実施形態では、被験体に、（ａ）被験体が第２の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第１の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；（ｂ）被験体が第１の抗体もしくは抗原結合断片を受けたことがある場合に第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与すること；または（ｃ）第１の抗体もしくは抗原結合断片および第２の抗体もしくは抗原結合断片を投与することを含む方法が、提供される。

【0314】

一部の実施形態では、任意の本開示の抗体が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置または予防する方法で使用することができ、方法は、（ｉ）それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列；または（ｉｉ）それぞれ、配列番号１４０～１４２および１４４～１４６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列；または（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号３４２および３４６に記載される、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列；または（ｉｖ）それぞれ、配列番号１３９および１４３に記載される、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列を含む、抗体または抗原結合断片の使用をさらに含む。

【0315】

関連態様では、本開示の抗体、抗原結合断片、ベクター、宿主細胞、および組成物の使用が、提供される。

【0316】

ある特定の実施形態では、抗体、抗原結合断片、ポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、または組成物は、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法において使用するために提供される。

【0317】

ある特定の実施形態では、抗体、抗原結合断片、または組成物は、被験体におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するための医薬を製造または調製する方法において使用するために提供される。
本開示は、以下の実施形態も提供する。

【0318】

実施形態１． ある特定の実施形態では、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）ＣＤＲＨ１が、配列番号４００、２３、３３、４３、５３、６３、７５、８５、９７、１０７、１２０、１３０、１４０、１４７、１６０、１７０、１７４、１８３、１９０、１９９、２０９、２１９、２２９、２４１、２５５、２６５、２７５、２８５、２９９、３１３、３２３、３３３、３７０、３８０、３９０、４１０、４２０、４３０、４３５、４４５、４５５、４６５、４７５、４８５、４９５、５０５、５１５、５２５、５３５、５４５、５５５、５６５、５７５、５８５、５９５、６０５、６１５、６３１、および６９３のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉ）ＣＤＲＨ２が、配列番号４０１、２４、３４、４４、５４、６４、７６、８６、９８、１０８、１２１、１３１、１４１、１４８、１５１、１６１、１７１、１８４、２００、２１０、２２０、２３０、２４２、２５６、２６６、２７６、２８６、３００、３１４、３２４、３３４、３５２、３６０、３６２、３６４、３６６、３７１、３８１、３９１、４１１、４２１、４３１、４３６、４４６、４５６、４６６、４７６、４８６、４９６、５０６、５１６、５２６、５３６、５４６、５５６、５６６、５７６、５８６、５９６、６０６、６１６、６２５、６３２、６３５、６３７、６３９、６４１、６４３、６４５、６４７、６４９、６５１、６５３、６５５、６５７、６５９、６６１、６６３、６６５、６６７、６６９、６７１、６７３、６７５、６７７、６７９、６８１、６８３、６８５、および６９４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｉｉ）ＣＤＲＨ３が、配列番号７６６、２５、３５、４５、５５、６５、７７、８７、９９、１０９、１２２、１３２、１４２、１４９、１６２、１６４、１６５、１７２、１７６、１７７、１７９、１８０、１８５、１８７、１８８、２０１、２１１、２２１、２３１、２４３、２５７、２６７、２７７、２８７、３０１、３１５、３２５、３３５、３５４、３７２、３８２、３９２、４１２、４２２、４３２、４３７、４４７、４５７、４６７、４７７、４８７、４９７、５０７、５１７、５２７、５３７、５４７、５５７、５６７、５７７、５８７、５９７、６０７、６１７、６２７、６３３、６９５、７５１、７５３、７５５、７５７、７６０、７６３、７６５、および４０２のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｉｖ）ＣＤＲＬ１が、配列番号４０４、２７、３７、４７、５７、６７、７９、８９、１０１、１１１、１２４、１３４、１４４、１５２、１５５、１５６、１５８、１５９、１６６、１８１、１９２、２０３、２１３、２２３、２３３、２４５、２５９、２６９、２７９、２８９、３０３、３１７、３２７、３３７、３５６、３７４、３８４、３９４、４１４、４２４、４３９、４４９、４５９、４６９、４７９、４８９、４９９、５０９、５１９、５２９、５３９、５４９、５５９、５６９、５７９、５８９、５９９、６０９、６１９、６８７、および６９７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；
（ｖ）ＣＤＲＬ２が、配列番号４０５、２８、３８、４８、５８、６８、８０、９０、１０２、１１２、１２５、１３５、１４５、１５３、１６７、１８２、１９３、２０４、２１４、２２４、２３４、２４６、２６０、２７０、２８０、２９０、３０４、３１８、３２８、３３８、３７５、３８５、３９５、４１５、４２５、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６８８、および６９８のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含むその配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり；かつ／あるいは
（ｖｉ）ＣＤＲＬ３が、配列番号４０６、２９、３９、４９、５９、６９、８１、９１、１０３、１１３、１２６、１３６、１４６、１６９、１９５、１９７、２０５、２１５、２２５、２３５、２４７、２６１、２７１、２８１、２９１、３０５、３１９、３２９、３３９、３５８、３７６、３８６、３９６、４１６、４２６、４４１、４５１、４６１、４７１、４８１、４９１、５０１、５１１、５２１、５３１、５４１、５５１、５６１、５７１、５８１、５９１、６０１、６１１、６２１、６８９、６９９、７４５、および７４７のいずれか１つに記載のアミノ酸配列、または１、２、または３つのアミノ酸置換を含む有する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ ｈａｖｉｎｇ）その配列バリアントを含むか、またはこれからなり、この置換の１つまたは複数が、必要に応じて保存的置換であり、かつ／または生殖系列にコードされたアミノ酸に対する置換であり、
前記抗体または抗原結合断片が、宿主細胞の細胞表面上および／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体または抗原結合断片。

【0319】

実施形態２． 感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、実施形態１に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【0320】

実施形態３． （ｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、および４０４～４０６；（ｉｉ）それぞれ、配列番号４００～４０２および４０４～４０６；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３～４５および４７～４９；（ｉｖ）それぞれ、配列番号５３～５５および５７～５９；（ｖ）それぞれ、配列番号６３～６５および６７～６９；（ｖｉ）それぞれ、配列番号７５～７７および７９～８１；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号８５～８７および８９～９１；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号９７～９９および１０１～１０３；（ｉｘ）それぞれ、配列番号１０７～１０９および１１１～１１３；（ｘ）それぞれ、配列番号１２０～１２２および１２４～１２６；（ｘｉ）それぞれ、配列番号１３０～１３２および１３４～１３６；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号２３または１４７、以下のいずれか１つ：２４、１４８または１５１、２５または１４９、以下のいずれか１つ：２７、１５２、１５５、１５６、１５８、または１５９、２８または１５３、および２９；（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４３または１６０、４４または１６１、以下のいずれか１つ：４５、１６２、１６４、または１６５、４７または１６６、４８または１６７、および４９または１６９；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：１３０、１７０、または１７４のいずれか１つ、１３０、１３１、１３２、１３４または１８１、１３５または１８２、および１３６；（ｘｖ）それぞれ、配列番号以下のいずれか１つ：５３、１８３、または１９０、５４または１８４、以下のいずれか１つ：５５、１８５、１８７、または１８８、５７または１９２、５８または１９３、および以下のいずれか１つ：５９、１９５、または１９７；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１９９～２０１および２０３～２０５；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２０９～２１１および２１３～２１５；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号２１９～２２１および２２３～２２５；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９～２３１および２３３～２３５；（ｘｘ）それぞれ、配列番号２４１～２４３および２４５～２４７；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２５５～２５７および２５９～２６１；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２６５～２６７および２６９～２７１；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２７５～２７７および２７９～２８１；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２８５～２８７および２８９～２９１；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２９９～３０１および３０３～３０５；（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号３１３～３１５および３１７～３１９；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号３２３～３２５および３２７～３２９；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３３３～３３５および３３７～３３９；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号２２９、２３０または３５２、２３１または３５４、および２３３または３５６、２３４、および２３５または３５８；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３１３、以下のいずれか１つ：３１４、３６０、３６２、３６４、または３６６、３１５および３１７～３１９；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号３７０～３７２および３７４～３７６；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３８０～３８２および３８４～３８６；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３９０～３９２および３９４～３９６；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２３～２５および２７～２９；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４１０～４１２および４１４～４１６；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号４２０～４２２および４２４～４２６；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４３５～４３７および４３９～４４１；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４４５～４４７および４４９～４５１；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４５５～４５７および４５９～４６１；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４６５～４６７および４６９～４７１；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４７５～４７７および４７９～４８１；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４８５～４８７および４８９～４９１；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４９４～４９７および４９９～５０１；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５０５～５０７および５０９～５１１；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５１５～５１７および５１９～５２１；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５２５～５２７および５２９～５３１；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５３５～５３７および５３９～５４１；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５４５～５４７および５４９～５５１；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５５５～５５７および５５９～５６１；（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５６５～５６７および５６９～５７１；（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５７５～５７７および５７９～５８１；（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５８５、５８６または６２５、５８７または６２７、および５８９～５９１；（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５９５～５９７および５９９～６０１；（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号６０５～６０７および６０９～６１１；（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号６１５～６１７および６１９～６２１；（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６３１、６３２または６３５または６３７または６３９または６４１または６４３または６４５または６４７または６４９または６５１または６５３または６５５または６５７または６５９または６６１または６６３または６６５または６６７または６６９または６７１または６７３または６７５または６７７または６７９または６８１または６８３または６８５、６３３、および６９７～６９９；（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６９３～６９５および６９７～６９９；（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１および以下のいずれか１つ：７５１、７５３、７５５、７５７、または７６０および４０４、４０５、および以下のいずれか１つ：７４５または７４７；（ｘｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５８５、５８６、および７６２または７６４および５８９～５９１；（ｘｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９；ｏｒ（ｘｘｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５または１つ、２つ、または３つのアミノ酸置換を含む４０５のバリアントであって、前記１つ、２つ、または３つのアミノ酸置換のそれぞれが、必要に応じて、保存的アミノ酸置換である、バリアント、および４０６のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含む、実施形態１～２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0321】

実施形態４． 配列番号３９９に記載されるＶＨアミノ酸配列のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３と、配列番号７３８に記載されるＶＬアミノ酸配列のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２または各々が必要に応じて保存的アミノ酸置換である１つ、２つもしくは３つのアミノ酸置換を含むＣＤＲＬ２のバリアント、およびＣＤＲＬ３とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲがＩＭＧＴに従い、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0322】

実施形態５． 相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０５、４０５、および７４５；（ｍ）それぞれ、配列番号：４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６９、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７０、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７１、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７２、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７７３、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含み、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0323】

実施形態６． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含み、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０１、７６６、４０４、４０５、および４０６に記載されるアミノ酸配列を含む、実施形態５に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【0324】

実施形態７． （ａ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および４０６；（ｂ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および４０６；（ｃ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および４０６；（ｄ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および４０６；（ｅ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および４０６；（ｆ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および４０６；（ｇ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４５；（ｈ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４５；（ｉ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４５；（ｊ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４５；（ｋ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４５；（ｌ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および７４５；（ｍ）配列番号４００、４０１、４０２、４０４、４０５、および７４７；（ｎ）配列番号４００、４０１、７５１、４０４、４０５、および７４７；（ｏ）配列番号４００、４０１、７５３、４０４、４０５、および７４７；（ｐ）配列番号４００、４０１、７５５、４０４、４０５、および７４７；（ｑ）配列番号４００、４０１、７５７、４０４、４０５、および７４７；または（ｒ）配列番号４００、４０１、７６０、４０４、４０５、および７４７に記載されるアミノ酸配列を含む、実施形態４～６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0325】

実施形態８． 配列番号４００に記載されるアミノ酸配列、配列番号４０１に記載されるアミノ酸配列、および配列番号４０２に記載されるアミノ酸配列をＶＨに含み、配列番号４０４に記載されるアミノ酸配列、配列番号４０５に記載されるアミノ酸配列、および配列番号４０６に記載されるアミノ酸配列をＶＬに含む、実施形態４～７のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合断片。

【0326】

実施形態９． 相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５２５、５２６、５２７、５２９、５３０、および５３１に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0327】

実施形態１０． 相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号５８５、５８６または６２５、５８７または６２７、５８９、５９０、および５９１に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0328】

実施形態１１． 相補性決定領域（ＣＤＲ）Ｈ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、抗体またはその抗原結合断片であって、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、および２３５に記載されるアミノ酸配列を含む、抗体またはその抗原結合断片であり、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0329】

実施形態１２． （ｉ）前記ＶＨが、配列番号３９９、２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変化は、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、および／または前記変化は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含み；ならびに／あるいは
（ｉｉ）前記ＶＬが、配列番号７３８、２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、ここで、変化は、必要に応じて１つまたは複数のフレームワーク領域に限定され、および／または前記変化は、生殖系列にコードされたアミノ酸に対する１つまたは複数の置換を含む、実施形態１～１１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0330】

実施形態１３． 前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0331】

実施形態１４． 前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0332】

実施形態１５． 前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0333】

実施形態１６． 前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0334】

実施形態１７． 前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0335】

実施形態１８． 前記ＶＨおよび前記ＶＬが、
（ｉ）それぞれ、配列番号５２４および５２８；
（ｉｉ）それぞれ、配列番号５８４もしくは６２４もしくは６２６もしくは６２８および５８８；
（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号２２８もしくは７４０もしくは７４１もしくは７４２もしくは７４３および２３２；または
（ｉｖ）それぞれ、配列番号２２８もしくは７４０もしくは７４１もしくは７４２もしくは７４３および２３８
に記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）を有する、実施形態１～１２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0336】

実施形態１９． 前記ＶＨが、表２に記載されるいずれかのＶＨアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＶＬが、表２に記載されるいずれかのＶＬアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、必要に応じて、前記ＶＨおよび前記ＶＬは、（ｉ）それぞれ、配列番号３９９および４０３または７３８；（ｉｉ）それぞれ、配列番号３２および３６；（ｉｉｉ）それぞれ、配列番号４２および４６；（ｉｖ）それぞれ、配列番号５２および５６；（ｖ）それぞれ、配列番号６２および６６；（ｖｉ）それぞれ、配列番号７２および６６；（ｖｉｉ）それぞれ、配列番号７４および７８；（ｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号８４および８８；（ｉｘ）それぞれ、配列番号８４および８８；（ｘ）それぞれ、配列番号９６および１００；（ｘｉ）それぞれ、配列番号１０６および１１０；（ｘｉｉ）それぞれ、配列番号１１９および１２３；あるいは（ｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号１２９および１３３；（ｘｉｖ）それぞれ、配列番号２２または１５０および２６、１５４、または１５７；（ｘｖ）それぞれ、配列番号４２または１６３および４６または１６８；（ｘｖｉ）それぞれ、配列番号１２９、１７３、１７５、または１７８のいずれか１つおよび１３３；（ｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５２、１８６、１８９、または１９１のいずれか１つおよび５６、１９４、または１９６のいずれか１つ；（ｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号１９８および２０２；（ｘｉｘ）それぞれ、配列番号２０８および２１２；（ｘｘ）それぞれ、配列番号２１８および２２２；（ｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８および２３２または２３８；（ｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号２４０および２４４、２５０、または２５２のいずれか１つ；（ｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号２５４および２５８；（ｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号２６４および２６８；（ｘｘｖ）それぞれ、配列番号２７４および２７８；または（ｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２８４および２８８、２９４、または２９６のいずれか１つ；（ｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号２９８および３０２、３０８、または３１０のいずれか１つ；（ｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号３１２および３１６；（ｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号３２２および３２６；（ｘｘｘ）それぞれ、配列番号３３２および３３６；（ｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号２２８、３５０、３５１、または３５３のいずれか１つおよび２３２、２３８、３５５、または３５７；（ｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３１２、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、または３６８のいずれか１つおよび３１６；（ｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号３６９および３７３；（ｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号３７９および３８３；（ｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号３８９および３９３；（ｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号２２および２６；（ｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号４０９および４１３；（ｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号４１９および４２３；（ｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号４３４および４３８；（ｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号４４４および４４８；（ｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号４５４および４５８；（ｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号４６４および４６８；（ｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号４７４および４７８；（ｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号４８４および４８８；（ｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号４９４および４９８；（ｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号５０４および５０８；（ｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号５１４および５１８；（ｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号５２４および５２８；（ｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号５３４および５３８；（ｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号５４４および５４８；（ｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号５５４および５５８；（ｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号５６４および５６８；（ｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号５７４および５７８；（ｘｘｘｘｘｉｖ）それぞれ、配列番号５８４および５８８；（ｘｘｘｘｘｖ）それぞれ、配列番号５９４および５９８；（ｘｘｘｘｘｖｉ）それぞれ、配列番号６０４および６０８；（ｘｘｘｘｘｖｉｉ）それぞれ、配列番号６１４および６１８；（ｘｘｘｘｘｖｉｉｉ）それぞれ、配列番号６２４、６２６、または６２８および５８８；（ｘｘｘｘｘｉｘ）それぞれ、配列番号６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、または６８４、および６８６；（ｘｘｘｘｘｘ）それぞれ、配列番号６９２および６９６；（ｘｘｘｘｘｘｉ）それぞれ、配列番号７４０～７４３および２３８のいずれか１つ；（ｘｘｘｘｘｘｉｉ）それぞれ、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つおよび４０３、７４４、および７４６のいずれか１つ；あるいは（ｘｘｘｘｘｘｉｉｉ）それぞれ、配列番号７６２または７６４および５８８に従うアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、実施形態１～１８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0337】

実施形態２０． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0338】

実施形態２１． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0339】

実施形態２２． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0340】

実施形態２３． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0341】

実施形態２４． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７４４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0342】

実施形態２５． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号７４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0343】

実施形態２６． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号５２４に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号５２８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0344】

実施形態２７． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号５８４、６２４、６２６、および６２８のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号５８８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0345】

実施形態２８． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号２３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0346】

実施形態２９． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号２２８、７４０、７４１、７４２、および７４３のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号２３８に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片であって、
宿主細胞の細胞表面上におよび／またはビリオン上に発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質に結合できる、抗体またはその抗原結合断片。

【0347】

実施形態３０． 重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含み、前記ＶＨが、配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＶＬが、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、抗体またはその抗原結合断片。

【0348】

実施形態３１． ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む抗体またはその抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３３～３５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３７～３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれらからなる、抗体またはその抗原結合断片。

【0349】

実施形態３２． 感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて、および／または感染のｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルにおいて、および／またはヒトにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和できる、実施形態３～３１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0350】

実施形態３３． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２受容体結合モチーフ（ＲＢＭ、配列番号５）中のエピトープを認識するか；
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）およびヒトＡＣＥ２の間の相互作用を遮断できるか；
（ｉｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質に結合できるか；
（ｉｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２ ＲＢＭ中、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶのＡＣＥ２ ＲＢＭ中で保存されているエピトープを認識するか；
（ｖ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１コロナウイルスに対して交差反応性であるか；
（ｖｉｉ）ＡＣＥ２ ＲＢＭ中のものではないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の表面糖タンパク質中のエピトープを認識するか；または
（ｖｉｉｉ）プレフュージョンコンフォメーションのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質三量体に結合できるか；または
（ｉｘ）（ｉ）～（ｖｉｉｉ）の任意の組み合わせ
である、実施形態１～３２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0351】

実施形態３４． ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、またはＩｇＤアイソタイプである、実施形態１～３３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0352】

実施形態３５． ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４から選択されるＩｇＧアイソタイプである、実施形態１～３４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0353】

実施形態３６． ヒト、ヒト化、またはキメラである、実施形態１～３５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0354】

実施形態３７． ヒト抗体、モノクローナル抗体、精製された抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、またはｓｃＦａｂを含む、実施形態１～３６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0355】

実施形態３８． 前記ｓｃＦｖが、１つより多くのＶＨドメインおよび１つより多くのＶＬドメインを含む、実施形態３７に記載の抗体または抗原結合断片。

【0356】

実施形態３９． 多特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態１～３８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0357】

実施形態４０． 二特異性抗体または抗原結合断片である、実施形態３９に記載の抗体または抗原結合断片。

【0358】

実施形態４１． （ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第２のＶＨが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２２、３２、４２、５２、６２、７２、７４、８４、９６、１０６、１１９、１２９、１３９、１５０、１６３、１７３、１７５、１７８、１８６、１８９、１９１、１９８、２０８、２１８、２２８、２４０、２５４、２６４、２７４、２８４、２９８、３１２、３２２、３３２、３５０、３５１、３５３、３５９、３６１、３６３、３６５、３６７、３６８、３６９、３７９、３８９、３９９、４０９、４１９、４２９、４３４、４４４、４５４、４６４、４７４、４８４、４９４、５０４、５１４、５２４、５３４、５４４、５５４、５６４、５７４、５８４、５９４、６０４、６１４、６２４、６２６、６２８、６３０、６３４、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、６６０、６６２、６６４、６６６、６６８、６７０、６７２、６７４、６７６、６７８、６８０、６８２、６８４、６９２、７４０、７４１、７４２、７４３、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、７６１、７６２、および７６４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＬおよび前記第２のＶＬが、異なり、それぞれ独立して、配列番号２６、３６、４６、５６、６６、７８、８８、９４、１００、１１０、１２３、１３３、１４３、１５４、１５７、１６８、１９４、１９６、２０２、２１２、２２２、２３２、２３８、２４４、２５０、２５２、２５８、２６８、２７８、２８８、２９４、２９６、３０２、３０８、３１０、３１６、３２６、３３６、３５５、３５７、３７３、３８３、３９３、４０３、４１３、４２３、４３８、４４８、４５８、４６８、４７８、４８８、４９８、５０８、５１８、５２８、５３８、５４８、５５８、５６８、５７８、５８８、５９８、６０８、６１８、６８６、６９６、７３８、７４４、および７４６のいずれか１つに記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、
前記第１のＶＨおよび前記第１のＶＬが、第１の抗原結合部位を一緒に形成し、前記第２のＶＨおよび前記第２のＶＬが、第２の抗原結合部位を一緒に形成する、実施形態３９または４０に記載の抗体または抗原結合断片。

【0359】

実施形態４２． （ｉ）第１のＶＨおよび第１のＶＬ；ならびに
（ｉｉ）第２のＶＨおよび第２のＶＬ
を含み、
前記第１のＶＨが、配列番号１３９および３４２のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第１のＶＬが、配列番号１４３および３４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第２のＶＨが、配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、および７６１のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含み、前記第２のＶＬが、配列番号４０３、７４４、および７４６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列に対して少なくとも８５％（すなわち、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態４０または４１に記載の抗体または抗原結合断片。

【0360】

実施形態４３． 第１の特異性を有する第１の抗原結合部分、および第２の特異性を有する第２の抗原結合部分を含み、前記第１の抗原結合部分が、配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号７３８または配列番号４０３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、実施形態３９または４０に記載の抗体または抗原結合断片。

【0361】

実施形態４４． 前記第２の抗原結合部分が、配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、実施形態４３に記載の抗体または抗原結合断片。

【0362】

実施形態４５． 前記第２の抗原結合部分が、配列番号３４２に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＨ、および配列番号３４６に記載されるアミノ酸配列を含むかまたはこれからなるＶＬを含む、実施形態４３に記載の抗体または抗原結合断片。

【0363】

実施形態４６． Ｆｃポリペプチドまたはその断片をさらに含む、実施形態１～４５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0364】

実施形態４７． 前記Ｆｃポリペプチドまたはその断片が：
（ｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃＲｎへの結合を増強する変異；および／または
（ｉｉ）変異であって、前記変異を含まない参照Ｆｃポリペプチドと比較して、ＦｃγＲへの結合を増強する変異
を含む、実施形態４６に記載の抗体または抗原結合断片。

【0365】

実施形態４８． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：Ｍ４２８Ｌ；Ｎ４３４Ｓ；Ｎ４３４Ｈ；Ｎ４３４Ａ；Ｎ４３４Ｓ；Ｍ２５２Ｙ；Ｓ２５４Ｔ；Ｔ２５６Ｅ；Ｔ２５０Ｑ；Ｐ２５７Ｉ；Ｑ３１１Ｉ；Ｄ３７６Ｖ；Ｔ３０７Ａ；Ｅ３８０Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態４７に記載の抗体または抗原結合断片。

【0366】

実施形態４９． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が：（ｉ）Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ；（ｉｉ）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；（ｉｉｉ）Ｔ２５０Ｑ／Ｍ４２８Ｌ；（ｉｖ）Ｐ２５７Ｉ／Ｑ３１１Ｉ；（ｖ）２５７Ｉ／Ｎ４３４Ｈ；（ｖｉ）Ｄ３７６Ｖ／Ｎ４３４Ｈ；（ｖｉｉ）Ｔ３０７Ａ／Ｅ３８０Ａ／Ｎ４３４Ａ；または（ｖｉｉｉ）（ｉ）～（ｖｉｉ）の任意の組み合わせを含む、実施形態４７または４８に記載の抗体または抗原結合断片。

【0367】

実施形態５０． ＦｃＲｎへの結合を増強する前記変異が、Ｍ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓを含む、実施形態４７～４９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0368】

実施形態５１． ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、Ｓ２３９Ｄ；Ｉ３３２Ｅ；Ａ３３０Ｌ；Ｇ２３６Ａ；またはこれらの任意の組み合わせを含む、実施形態４７～５０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0369】

実施形態５２． ＦｃγＲへの結合を増強する前記変異が、（ｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；（ｉｉ）Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ；（ｉｉｉ）Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ；または（ｉｖ）Ｇ２３６Ａ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅを含む、実施形態４７～５１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0370】

実施形態５３． 前記Ｆｃポリペプチドが、Ｌ２３４Ａ変異およびＬ２３５Ａ変異を含む、実施形態４７～５２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0371】

実施形態５４． グリコシル化を変化させる変異を含み、グリコシル化を変化させる前記変異が、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、もしくはＮ２９７Ｇを含み、ならびに／またはアグリコシル化および／もしくはアフコシル化されている、実施形態１～５３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0372】

実施形態５５． ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質が、宿主細胞の細胞表面で発現されている、実施形態１～５４のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0373】

実施形態５６． ＥＬＩＳＡ（必要に応じて、間接的ＥＬＩＳＡおよび／またはサンドイッチＥＬＩＳＡ）により、および／またはフローサイトメトリーにより測定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質ＲＢＤに５００ｎｇ／ｍｌ未満、２５０ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１６ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１４ｎｇ／ｍｌ未満、１３ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、または２ｍｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で結合でき、ここで、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質が、宿主細胞の細胞表面で発現されている、実施形態１～５５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0374】

実施形態５７． 必要に応じて２．７μｇ／ｍｌで、抗体または抗原結合断片をプロテインＡピン上に負荷し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌで負荷し、さらに必要に応じて７分間解離を測定する、Ｏｃｔｅｔ装置を必要に応じて使用する、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）を使用して決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、５×１０^－１０Ｍ未満、１×１０^－１０Ｍ未満、５×１０^－１１Ｍ未満、１×１０^－１１Ｍ未満、５×１０^－１２Ｍ未満、または１×１０^－１２Ｍ未満のＫＤで結合できる、実施形態１～５６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0375】

実施形態５８． 表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、必要に応じて、シングルサイクルキネティクス手法を使用するＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を使用して、決定して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに６×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－８Ｍ未満、４×１０^－８Ｍ未満、３×１０^－８Ｍ未満、２×１０^－８Ｍ未満、１×１０^－８Ｍ未満、５×１０^－９Ｍ未満、４×１０^－９Ｍ未満、３×１０^－９Ｍ未満、２×１０^－９Ｍ未満、１×１０^－９Ｍ未満、または８×１０^－１０Ｍ未満のＫＤで結合できる、実施形態１～５７のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0376】

実施形態５９． ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合でき、（ｉ）前記ＲＢＤと（ｉｉ）ヒトＡＣＥ２および／またはヒトＳＩＧＬＥＣ－１との間の相互作用を阻害できる、実施形態１～５８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0377】

実施形態６０． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスによる感染を、必要に応じて：
（ｉ）（ａ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、４ｎｇ／ｍｌ未満、３ｎｇ／ｍｌ未満、２ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ５０で中和でき、および／または
（ｉ）（ｂ）１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは２５ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＩＣ８０で中和でき、および／または
（ｉ）（ｃ）３００ｎｇ／ｍｌ未満、２００ｎｇ／ｍｌ未満、１００ｎｇ／ｍｌ未満、９０ｎｇ／ｍｌ未満、８０ｎｇ／ｍｌ未満、７０ｎｇ／ｍｌ未満、６０ｎｇ／ｍｌ未満 ５０ｎｇ／ｍｌ、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１０ｎｇ／ｍｌ未満の中和ＥＣ９０で中和でき、さらに必要に応じて、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み、および／または
（ｉ）（ｄ）前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスが、ＶＳＶシュードウイルスおよび／もしくはＭＬＶシュードウイルスを含み；ならびに／あるいは
（ｉｉ）生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を、必要に応じて：
（ｉｉ）（ａ）６０ｎｇ／ｍｌ未満、５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ５０で中和でき、および／または
（ｉｉ）（ｂ）５０ｎｇ／ｍｌ未満、４０ｎｇ／ｍｌ未満、３５ｎｇ／ｍｌ未満、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、１２ｎｇ／ｍｌ未満、１１ｎｇ／ｍｌ未満、１０ｎｇ／ｍｌ未満、９ｎｇ／ｍｌ未満、８ｎｇ／ｍｌ未満、７ｎｇ／ｍｌ未満、６ｎｇ／ｍｌ未満、５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは４ｎｇ／ｍｌ未満、好ましくは、３０ｎｇ／ｍｌ未満、２５ｎｇ／ｍｌ未満、２０ｎｇ／ｍｌ未満、１５ｎｇ／ｍｌ未満、もしくは１２ｎｇ／ｍｌ未満のＥＣ９０で中和でき、および／または
（ｉｉ）（ｃ）６時間にわたって、０．１の感染多重度で中和でき；ならびに／あるいは
（ｉｉｉ）ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ、またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じて、それを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき；ならびに／あるいは
（ｉｖ）ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を発現する、必要に応じてそれを過剰発現するように操作された、宿主細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞）における生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、感染を中和することが、感染を完全に中和することを含む、
実施形態１～５９のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0378】

実施形態６１． 前記表面糖タンパク質に、配列番号３を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と比較して次の変異：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ４７７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｅ４８４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ａ５２０Ｓ、Ｎ５０１Ｔ、Ａ５２２Ｓ、Ｙ４５３Ｆ、Ｐ３８４Ｌのいずれか１つを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる、実施形態１～６０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0379】

実施形態６２． 前記抗体または抗原結合断片が配列番号３に記載される表面糖タンパク質アミノ酸を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和する効力の３分の１未満の効力で、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントによる感染を中和できる、実施形態６１に記載の抗体または抗原結合断片。

【0380】

実施形態６３． ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩａ、または両方を活性化でき、必要に応じて、
（ｉ）前記ＦｃγＲＩＩａが、Ｈ１３１対立遺伝子を含み；および／または
（ｉｉ）前記ＦｃγＲＩＩＩａが、Ｖ１５８対立遺伝子を含み；および／または
（ｉｉｉ）活性化が、ＣＨＯ細胞などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ発現標的細胞、およびルシフェラーゼなどのＮＦＡＴ駆動レポーターを発現するレポーター細胞を使用して決定される、実施形態１～６２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0381】

実施形態６４． （ａ）配列番号６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号８に記載されるＣＬアミノ酸配列；
（ｂ）配列番号６に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号９に記載されるＣＬアミノ酸配列；
（ｃ）配列番号７に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号８に記載されるＣＬアミノ酸配列；または
（ｄ）配列番号７に記載されるＣＨ１～ＣＨ３アミノ酸配列、および配列番号９に記載されるＣＬアミノ酸配列
を含む、実施形態１～６３のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0382】

実施形態６５． （ｉ）配列番号７６７に記載される重鎖アミノ酸配列と、
（ｉｉ）配列番号７６８に記載される軽鎖アミノ酸配列と
を含む単離された抗体。

【0383】

実施形態６６． 非ヒト霊長類において２０～３０日の間の、または２２～２８日の間の、または２３～２７日の間の、または２４～２６日の間の、または約２５日のｉｎ ｖｉｖｏ半減期を有する、実施形態１～６５のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0384】

実施形態６７． 約２０～約３０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0385】

実施形態６８． 約１０～約２０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0386】

実施形態６９． 約５～約１０ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0387】

実施形態７０． 約１～約５ｎｇ／ｍｌのＩＣ５０で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を中和でき、かつ／または標的細胞の感染を中和できる、実施形態１～６６のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0388】

実施形態７１． 前記抗体または抗原結合断片が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を中和でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２Ｓタンパク質への結合についてヒトＡＣＥ２と競合せず、
必要に応じて、前記中和が、感染のｉｎ ｖｉｔｒｏモデルにおいて感染を中和することを含む、実施形態１～７０のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片。

【0389】

実施形態７２． 実施形態１～７１のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質への結合について競合する、抗体または抗原結合断片。

【0390】

実施形態７３． 実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片をコードするか、または前記抗体もしくは前記抗原結合断片のＶＨ、重鎖、ＶＬ、および／もしくは軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。

【0391】

実施形態７４． デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）を含み、前記ＲＮＡが、必要に応じて、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、実施形態７３に記載のポリヌクレオチド。

【0392】

実施形態７５． 宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている、実施形態７３または７４に記載のポリヌクレオチド。

【0393】

実施形態７６． 配列番号３０、３１、４０、４１、５０、５１、６０、６１、７０、７１、７３、８２、８３、９２、９３、９５、１０４、１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１２７、１２８、１３７、１３８、２０６、２０７、２１６、２１７、２２６、２２７、２３６、２３７、２３９、２４８、２４９、２５１、２５３、２６２、２６３、２７２、２７３、２８２、２８３、２９２、２９３、２９５、２９７、３０６、３０７、３０９、３１１、３２０、３２１、３３０、３３１、３４０、３４１、３７７、３７８、３８７、３８８、３９７、３９８、４０７、４０８、４１７、４１８、４２７、４２８、４３３、４４２、４４３、４５２、４５３、４６２、４６３、４７２、４７３、４８２、４８３、４９２、４９３、５０２、５０３、５１２、５１３、５５２、５２３、５３２、５３３、５４２、５４３、５５２、５５３、５６２、５６３、５７２、５７３、５８２、５８３、５９２、５９３、６０２、６０３、６１２、６１３、６２２、６２３、６９０、６９１、７００～７３７、および７３９のいずれか１つもしくは複数に記載のポリヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有するポリヌクレオチドを含む、または前記ポリヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、実施形態７３～７５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。

【0394】

実施形態７７． （ｉ）配列番号４０７に記載されるヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有する、または前記ヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、ポリヌクレオチド；および

【0395】

（ｉｉ）配列番号４０８、７３７、もしくは７３９に記載されるヌクレオチド配列に対して少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、もしくは少なくとも９９％の同一性を有する、または前記ヌクレオチド配列を含むか、もしくはこれからなる、ポリヌクレオチド
を含む、実施形態７３～７６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。

【0396】

実施形態７８． 実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、組換えベクター。

【0397】

実施形態７９． 実施形態７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび／または実施形態７８に記載のベクターを含む、宿主細胞であって、前記ポリヌクレオチドが前記宿主細胞に対して異種である、宿主細胞。

【0398】

実施形態８０． 実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むヒトＢ細胞であって、ポリヌクレオチドが前記ヒトＢ細胞に対して異種である、および／または前記ヒトＢ細胞が不死化されている、ヒトＢ細胞。

【0399】

実施形態８１． （ｉ）実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片、
（ｉｉ）実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）実施形態７８に記載の組換えベクター、
（ｉｖ）実施形態７９に記載の宿主細胞、および／または
（ｖ）実施形態８０に記載のヒトＢ細胞；ならびに
薬学的に許容される賦形剤、キャリアー、または希釈剤
を含む、組成物。

【0400】

実施形態８２． 実施形態１～７２のいずれかに記載の２つまたはそれより多くの抗体または抗原結合断片を含む、実施形態８１に記載の組成物。

【0401】

実施形態８３． （ｉ）配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８２に記載の組成物。

【0402】

実施形態８４． （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号３３～３５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号３７～３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８２に記載の組成物。

【0403】

実施形態８５． （ｉ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号１４３または３４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、または７６１に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨと、配列番号４０３、７４４、または７４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬとを含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８２に記載の組成物。

【0404】

実施形態８６． （ｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第１の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号１４０～１４２、またはそれぞれ、配列番号３４３～３４５に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号１４４～１４６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第１の抗体または抗原結合断片；ならびに
（ｉｉ）ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３を含む重鎖可変ドメイン（ＶＨ）と、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３を含む軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）とを含む、第２の抗体または抗原結合断片であって、前記ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３が、それぞれ、配列番号４００、４０１、および以下のいずれか１つ：７５１、７５３、７５５、７５７、７６０に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなり、前記ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３が、それぞれ、配列番号４０４、４０５、および以下のいずれか１つ：４０６、７４５および７４７に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、実施形態８２に記載の組成物。

【0405】

実施形態８７． （ｉ）以下を含む第１の抗体または抗原結合断片：
（ｉ）（ａ）配列番号３２に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および
（ｉ）（ｂ）配列番号３６に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなる、ＶＬ；ならびに
（ｉｉ）以下を含む第２の抗体または抗原結合断片：
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＨ、および
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むか、またはこれからなるＶＬ
を含む、組成物。

【0406】

実施形態８８． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０２、および７６６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４０４、４０５、および４０６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号１４０、１４１または３４４、および１４２に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４４、１４５、および１４６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、組成物。

【0407】

実施形態８９． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を含む、組成物。

【0408】

実施形態９０． 前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｍ４２８Ｌ変異およびＮ４３４Ｓ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、実施形態８２～８９のいずれか一項に記載の組成物。

【0409】

実施形態９１． 前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異およびＩ３３２Ｅ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、実施形態８２～９０のいずれか一項に記載の組成物。

【0410】

実施形態９２． キャリアー分子に被包された実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む組成物であって、前記キャリアー分子が、必要に応じて、脂質、脂質由来の送達ビヒクル、例えば、リポソーム、固体脂質ナノ粒子、油性懸濁液、サブミクロン脂質乳剤、脂質マイクロバブル、逆脂質ミセル、渦巻型リポソーム、脂質マイクロチューブル、脂質マイクロシリンダー、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、またはナノスケールプラットフォームを含む、組成物。

【0411】

実施形態９３． （ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第１の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第１の抗体または抗原結合断片と、
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第２の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第２の抗体または抗原結合断片と
を含む組成物であって、
前記第１の細胞表面受容体と前記第２の細胞表面受容体が異なる、組成物。

【0412】

実施形態９４． 被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、有効量の：（ｉ）実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片；（ｉｉ）実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド；（ｉｉｉ）実施形態７８に記載の組換えベクター；（ｉｖ）実施形態７９に記載の宿主細胞；（ｖ）実施形態８０に記載のヒトＢ細胞；および／あるいは（ｖｉ）実施形態８１～９３のいずれか一項に記載の組成物を前記被験体に投与することを含む、方法。

【0413】

実施形態９５． 被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号４００、４０２、および７６６に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４０４、４０５、および４０６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号１４０、１４１または３４４、および１４２に記載される、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４４、１４５、および１４６に記載される、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含む、方法。

【0414】

実施形態９６． 被験体におけるコロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第１の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉ）（ｂ）配列番号４０３または配列番号７３８に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合できる第２の抗体または抗原結合断片であって、
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９または３４２に記載されるアミノ酸配列を含むＶＨと、
（ｉｉ）（ｂ）配列番号１４３に記載されるアミノ酸配列を含むＶＬと
を含む、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含む、方法。

【0415】

実施形態９７． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）それぞれ、配列番号３２および３６に記載の、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸、ならびに、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【0416】

実施形態９８． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号１３９に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）それぞれ、配列番号３２および３６に記載の、ＶＨおよびＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号３３～３５および３７～３９に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【0417】

実施形態９９． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号１３９もしくは３４２に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３もしくは３４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２、もしくはそれぞれ、３４３～３４５に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、もしくは７６１に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号４０３、７４４、もしくは７４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４００に、４０１に、および７５１、７５３、７５５、７５７、７６０のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号４０４に、４０５に、ならびに４０６、７４５および７４７のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【0418】

実施形態１００． 被験体におけるコロナウイルス感染を予防または処置または中和する方法であって、
（ｉ）（ａ）配列番号３９９、７４８、７４９、７５０、７５２、７５４、７５６、７５８、７５９、もしくは７６１に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号４０３、７４４、もしくは７４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号４００に、４０１に、および７５１、７５３、７５５、７５７、７６０のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号４０４に、４０５に、ならびに４０６、７４５および７４７のいずれか１つに記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第１の抗体または抗原結合断片を受けた被験体に；
（ｉｉ）（ａ）配列番号１３９もしくは３４２に記載のＶＨアミノ酸配列、および配列番号１４３もしくは３４６に記載のＶＬアミノ酸配列、または
（ｉｉ）（ｂ）それぞれ、配列番号１４０～１４２、もしくはそれぞれ、３４３～３４５に記載の、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、およびＣＤＲＨ３アミノ酸配列、ならびにそれぞれ、配列番号１４４～１４６に記載の、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３アミノ酸配列
を含む、第２の抗体または抗原結合断片を投与することを含む、方法。

【0419】

実施形態１０１． 前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｍ４２８Ｌ変異およびＮ４３４Ｓ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、実施形態９５～１００のいずれか一項に記載の方法。

【0420】

実施形態１０２． 前記第１の抗体または抗原結合断片および前記第２の抗体または抗原結合断片の各々が、Ｇ２３６Ａ変異、Ａ３３０Ｌ変異およびＩ３３２Ｅ変異を含むＩｇＧ１ Ｆｃポリペプチドを含む、実施形態９５～１０１のいずれか一項に記載の方法。

【0421】

実施形態１０３． 被験体におけるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染を処置する方法であって、前記被験体に、
（ｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第１の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第１の抗体または抗原結合断片；および
（ｉｉ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質に結合でき、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２表面糖タンパク質と、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１から選択される第２の細胞表面受容体との間の相互作用を阻害できる、第２の抗体または抗原結合断片
を投与することを含み、
前記第１の細胞表面受容体と前記第２の細胞表面受容体とが異なる、方法。

【0422】

実施形態１０４． 被験体におけるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染を処置する方法における使用のための、実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片、実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、実施形態７８に記載の組換えベクター、実施形態７９に記載の宿主細胞、実施形態８０に記載のヒトＢ細胞、および／または実施形態８１～９３のいずれか一項に記載の組成物。

【0423】

実施形態１０５． 被験体におけるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染の処置のための医薬の調製における使用のための、実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合断片、実施形態７３～７７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、実施形態７８に記載の組換えベクター、実施形態７９に記載の宿主細胞、実施形態８０に記載のヒトＢ細胞、および／または実施形態８１～９３のいずれか一項に記載の組成物。

【0424】

実施形態１０６． コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）感染のｉｎ ｖｉｔｒｏ診断のための方法であって、
（ｉ）被験体からの試料を実施形態１～７２のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合断片と接触させること、および
（ｉｉ）抗原と前記抗体とを含む、または抗原と前記抗原結合断片とを含む複合体を検出すること
を含む方法。

【0425】

実施形態１０７． 前記試料が、前記被験体から単離された血液を含む、実施形態１０６に記載の方法。

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表2-4】

【表2-5】

【表2-6】

【表2-7】

【表2-8】

【表2-9】

【表2-10】

【表2-11】

【表2-12】

【表2-13】

【表2-14】

【表2-15】

【表2-16】

【表2-17】

【表2-18】

【表2-19】

【表2-20】

【表2-21】

【表2-22】

【表2-23】

【表2-24】

【表2-25】

【表2-26】

【表2-27】

【表2-28】

【表2-29】

【表2-30】

【表2-31】

【表2-32】

【表2-33】

【表2-34】

【表2-35】

【表2-36】

【表2-37】

【表2-38】

【表2-39】

【表2-40】

【表2-41】

【表2-42】

【表2-43】

【表2-44】

【表2-45】

【表2-46】

【表2-47】

【表2-48】

【表2-49】

【表2-50】

【表2-51】

【表2-52】

【表2-53】

【表2-54】

【表2-55】

【表2-56】

【表2-57】

【表2-58】

【表2-59】

【表2-60】

【表2-61】

【表2-62】

【表2-63】

【表2-64】

【表2-65】

【表2-66】

【表2-67】

【表2-68】

【表2-69】

【表2-70】

【表2-71】

【表2-72】

【表2-73】

【表2-74】

【表2-75】

【表2-76】

【表2-77】

【表2-78】

【表2-79】

【表2-80】

【表2-81】

【表2-82】

【表2-83】

【表2-84】

【表2-85】

【表2-86】

【表2-87】

【表2-88】

【表2-89】

【表2-90】

【表2-91】

【表2-92】

【表2-93】

【表2-94】

【表2-95】

【表2-96】

【表2-97】

【表2-98】

【表2-99】

【表2-100】

【表2-101】

【表2-102】

【表2-103】

【表2-104】

【表2-105】

【表2-106】

【表2-107】

【表2-108】

【表2-109】

【表2-110】

【表2-111】

【表2-112】

【表2-113】

【表2-114】

【表2-115】

【表2-116】

【表2-117】

【表2-118】

【表2-119】

【表2-120】

【表2-121】

【表2-122】

【表2-123】

【表2-124】

【表2-125】

【表2-126】

【表2-127】

【表2-128】

【表2-129】

【表2-130】

【実施例】

【0426】

（実施例１）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するヒト抗体
モノクローナル抗体を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復したヒト患者から単離した。手短に述べると、ＥＢＶ不死化メモリーＢ細胞を、三量体プレフュージョンコンフォメーションのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の全細胞外ドメインへの結合に基づいて選別した。ビオチン部分をスパイクタンパク質のＣ末端に付着させ、ビオチン化されたスパイクを蛍光ストレプトアビジン（ＡＦ６４７フルオロフォア）に連結し、Ｂ細胞を染色するために使用し、次いで、蛍光に基づいて三量体プレフュージョンスパイクタンパク質への結合について選別した。このプロセスによって同定されたモノクローナル抗体を、重鎖を発現するプラスミドと軽鎖を発現するプラスミドとを一過性に共トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞に組換え発現させた。

【0427】

（実施例２）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤおよびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したモノクローナル抗体の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤへの結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）を使用して評価した。

【0428】

手短に述べると、９６ウェルプレートを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ（本明細書ではＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１とも記載される）ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）で被覆した。ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈した組換えモノクローナル抗体とともに１時間、室温でインキュベートした。結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすることにより検出し、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させた。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。

【0429】

ＥＬＩＳＡアッセイ結果を、図１Ａ～１Ｄに示す。各図において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤへの結合を上部パネルに示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のＲＢＤへの結合を下部パネルに示す。算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌで）を図の右側のボックスの中におよび表３に示す。

【表3】

【0430】

同じ手順を使用するさらなるアッセイを、追加の抗体で行った。結果を図８Ａおよび８Ｂに示す。これらの図の各々において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を左側のパネルに示し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤへの結合を右側のパネルに示す。算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌで）を各パネルの右側のボックスに示す。

【0431】

同じ手順を他の抗体で行った。結果を図１０Ａ～１０Ｅに示す。これらの図の各々において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの結合を上部のパネルに示し、ＳＡＲＳＲＢＤへのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１の結合を下部のパネルに示す。算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌで）を、入手可能な場合、各パネルの右側のボックスの中に示す。このアッセイでは、抗体Ｓ２Ｅ１２（配列番号３９９のＶＨアミノ酸配列；配列番号４０３のＶＬアミノ酸配列）は、４３．４０ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合した。

【0432】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの追加の抗体の結合を、同様の方法を使用して決定した。結果を図２２Ａおよび２２Ｂに示す。算出ＥＣ５０値を、各グラフの右方のボックスの中に示す。

【0433】

（実施例３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質へのならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへの抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したある特定のヒトモノクローナル抗体の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質への結合、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のＲＢＤへの結合を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により評価した。

【0434】

簡単に説明すると、９６ウェルプレートを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ スパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（自社で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７からのスパイクの残基３３１～５５０）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）でコーティングした。ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロッキングし、次いで、連続希釈した組換えモノクローナル抗体とともに１時間、室温でインキュベートした。結合した抗体を、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートし、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させることにより検出した。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。

【0435】

ＥＬＩＳＡアッセイ結果を、図４Ａ～４Ｎに示す。算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌで）を、各図の右側のボックスの中に示す。

【0436】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質へのならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質ＲＢＤへの追加のモノクローナル抗体の結合を、同様の方法を使用して評価した。結果を図１８Ａ～１８Ｅに示す。算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）を、各図の右側のボックスの中に示す。

【0437】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクＲＢＤ、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤへの追加のモノクローナル抗体の結合を、同様の方法により決定した。結果を図２０Ａ、２０Ｂ、２１Ａおよび２１Ｂに示す。グラフの右方のボックスは、算出ＥＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）を示す。

【0438】

（実施例４）
ＲＢＤへの結合についての抗体とヒトＡＣＥ２の競合的結合
ＲＢＤへの組換えモノクローナル抗体およびヒトＡＣＥ２の競合的結合を、競合ＥＬＩＳＡにより測定した。組換え抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したモノクローナル抗体を使用して生成した。

【0439】

手短に述べると、ＥＬＩＳＡプレートを組換えヒトＡＣＥ２（内部で生成）で被覆した。ＰＢＳ中の２ｕｇ／ｍｌのＡＣＥ２で被覆を行った。プレートを一晩、４℃でインキュベートし、ブロッキング剤カゼイン（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒからの１％カゼイン）を用いて１時間、室温でブロックした。モノクローナル抗体の連続希釈物を、２０ｎｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌからの、マウスＦｃと融合したＲＢＤ）とともに３０分間、３７℃でインキュベートし、次いで、室温での追加のインキュベーションのためにＡＣＥ２被覆プレートに移した。プレートを洗浄し、ＡＣＥ２へのＲＢＤの結合を、ポリクローナルヤギ抗マウスＦｃ－ＡＰ抗体（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して検出した。追加の洗浄後、ＡＰ基質ｐＮＰＰ（Ｓｉｇｍａ）を添加し、プレートを２０分で、室温でインキュベートした後、分光光度計（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ３４０、Ｂｉｏｔｅｋ）を用いて４０５ｎｍで吸光度（ａｄｓｏｒｂａｎｃｅ）を測定した。結果を図２に示す。

【0440】

同様の方法を使用して追加のモノクローナル抗体についてのさらなるアッセイを行った。結果を図１３Ａ、１３Ｂ、２３Ａおよび２３Ｂに示す。これらの図中の、各グラフの右方に、算出ＩＣ５０値を示す。

【0441】

（実施例５）
組換えヒトモノクローナル抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＭＬＶの中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したモノクローナル抗体を、組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する中和アッセイで試験した。

【0442】

簡単に説明すると、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）を使用した。ＶｅｒｏＥ６細胞を標的細胞として使用し、ウイルスおよび抗体の添加の前日に播種した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐを抗体の希釈系列に添加し、４８時間インキュベートした。抗体の出発濃度は、抗体ごとに５ｕｇ／ｍｌ、３倍希釈であった。細胞培養上清の吸引およびＢｉｏ－Ｇｌｏ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。

【0443】

結果を図３Ａ～３Ｆに示す。算出ＩＣ５０値を、ｎｇ／ｍｌで、これらの各図の右側に示す。表４は、算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値をｎｇ／ｍｌで示す。

【表4】

【0444】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したさらなるモノクローナル抗体を、組換え発現させ、同じ手順を使用してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する中和アッセイで試験した。結果を図５Ａ～５Ｄおよび図７Ａ～７Ｄに示す。図７Ｄに「Ｓ２Ｈ５８」と表示されている抗体は、配列番号２２８に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号２３８に記載されるＶＬアミノ酸配列を含む。図５Ａ～５Ｄ中の抗体についての算出ＥＣ５０値を、各図の右方のボックスの中に示す。図７Ａ～７Ｄ中の抗体についての算出ＥＣ５０およびＥＣ９０値を表５に示す。

【表5】

【0445】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離した追加のモノクローナル抗体を、組換え発現させ、同じ手順を使用してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する中和アッセイで試験した。結果を図９Ａ～９Ｆに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値を、各図中のグラフの下に示す。図９Ｅに示す抗体Ｓ２Ｅ１２は、配列番号３９９のＶＨアミノ酸配列（それぞれ、配列番号４００、４０１、および７６６の、ＣＤＲＨ１～Ｈ３）および配列番号４０３のＶＬアミノ酸配列（それぞれ、配列番号４０４～４０６の、ＣＤＲＬ１～ＣＤＲＬ３）を含む。

【0446】

同様の方法を使用して、他の抗体による感染の中和をアッセイした。結果を図１１Ａ～１１Ｄに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値を各図の右側に示す。

【0447】

同様の方法を使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する中和アッセイで、他の抗体を試験した。結果を図１７Ａ～１７Ｃに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０、およびＩＣ９０値を、各グラフの下に示す。

【0448】

同様の方法を使用するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ウイルスに対する中和アッセイで、他の抗体を試験した。結果を図１９Ａ～１９Ｅに示す。算出ＩＣ５０、ＩＣ８０およびＩＣ９０値を、各図中のグラフの右方に示す。

【0449】

（実施例６）
生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の抗体中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したモノクローナル抗体を、組換え発現させ、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する中和アッセイで試験した。

【0450】

簡単に説明すると、１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６細胞を、白色の９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し、一晩、付着させた。モノクローナル抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間ブロッキングした後、細胞を、１：２０００希釈の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともに、１時間インキュベートした。洗浄、および１μｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。Ｐｒｉｓｍソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８．０）を使用してデータを処理した。

【0451】

結果を図６Ａおよび６Ｂならびに表６および７に示す（ＥＣ５０およびＥＣ９０値、ｎｇ／ｍｌ）。算出ＩＣ５０値（ｎｇ／ｍｌ）を表８に示す。

【表6-1】

【表6-2】

【表7-1】

【表7-2】

【表8】

【0452】

比較対照抗体Ｓ３０９－ｖ２（配列番号３４２に記載されるＶＨ、配列番号３４６に記載されるＶＬ（それぞれ、配列番号３４３～３４５および３４７～３４９に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３およびＬ１～Ｌ３））と一緒に、２２のさらなる抗体を、同様の方法を使用して生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対する中和アッセイで試験した。結果を図１６Ａ～１６Ｄに示す。Ｓ２Ｈ５８－ｖ２は、配列番号２２８に記載されるＶＨアミノ酸配列、および配列番号２３８に記載されるＶＬアミノ酸配列（カッパ軽鎖）を含む。Ｓ２Ｅ１２は、配列番号３９９に記載されるＶＨアミノ酸配列（それぞれ、配列番号４００、４０１および７６６に記載される、ＣＤＲＨ１～Ｈ３）、および配列番号４０３に記載されるＶＬアミノ酸配列（それぞれ、配列番号４０４～４０６に記載される、ＣＤＲＬ１～Ｌ３）を含む。算出ＩＣ５０（ｎｇ／ｍｌ）値を表９～１２に示す。算出ＥＣ５０およびＥＣ９０値（ｎｇ／ｍｌ）を表１３～１６に示す。

【表9】

【表10】

【表11】

【表12】

【表13】

【表14】

【表15】

【表16】

【0453】

同様の方法を使用して、追加のモノクローナル抗体を使用して、中和アッセイを行った。結果を図２５Ａおよび２５Ｂに示す。図２５Ａは、比較対照抗体Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳおよびＳ２Ｘ１９３と一緒に、４つの抗体についての結果を示す。Ｓ３０９ Ｎ５５Ｑ ＬＳ（本明細書ではＳ３０９－ｖ２とも呼ばれる）は、配列番号３４２に記載されるＶＨ配列、および配列番号３４６に記載されるＶＬ配列を含み、Ｆｃ領域にＭ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ変異を含む。図２５Ｂは、４つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１２９およびＳ２Ｘ１３２についての結果を示す。ＩＣ５０ならびに補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値（ｎｇ／ｍｌ）を表１７に示す。

【表17-1】

【表17-2】

【0454】

他の抗体（野生型またはＭ４２８Ｌ／Ｎ４３４Ｓ（「ＬＳ」）改変Ｆｃを有する組換えＩｇＧ１として発現される）による中和を、ＶＳＶ－ｌｕｃ（スパイクＤ１９）シュードウイルスを使用して評価した。プロットを図２６に示す。ＩＣ５０値ならびに補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値（ｎｇ／ｍｌ）を表１８に示す。

【表18】

【0455】

これらの抗体を、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和についても試験した。プロットを図２７に示す。データは、三連ウェルのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－ｌｕｃ、ＭＯＩ ０．１、６時間感染からのものである。ＩＣ５０値ならびに補間したＥＣ５０およびＥＣ９０値（ｎｇ／ｍｌ）を表１９に示す。

【表19】

【0456】

（実施例７）
Ｓ２Ｘ１６、Ｓ２Ｘ３０、Ｓ２Ｘ３５、およびＳ２Ｘ４７バリアント抗体の産生
抗体Ｓ２Ｘ１６、Ｓ２Ｘ３０、Ｓ２Ｘ３５およびＳ２Ｘ４７またはこれらの操作されたバリアントのＶＨおよびＶＬ配列を使用して、組換えＩｇＧ１抗体を産生する。表２０に示すような組合せを産生する。組換え抗体をコードするプラスミドベクターのＨＤ ２９３Ｆ細胞（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）への一過性トランスフェクションおよびそれらの細胞での発現によって、抗体の各々を産生する。細胞を４日目に回収し、ウエスタンブロットおよびプロテインＡ力価分析によってＩｇＧ発現の妥当性を確認する。

【表20-1】

【表20-2】

【0457】

（実施例８）
Ｓ２Ｈ５８およびＳ２Ｎ２２バリアント抗体
モノクローナル抗体Ｓ２Ｈ５８およびＳ２Ｎ２２またはこれらの操作されたバリアントのＶＨおよびＶＬ配列を使用して、組換えＩｇＧ１抗体を産生する。表２１に示すような組合せを産生する。組換え抗体をコードするプラスミドベクターのＨＤ ２９３Ｆ細胞（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ）への一過性トランスフェクションおよびそれらの細胞での発現によって、抗体の各々を産生する。細胞を４日目に回収し、ウエスタンブロットおよびプロテインＡ力価分析によってＩｇＧ発現の妥当性を確認する。

【表21-1】

【表21-2】

【0458】

（実施例９）
Ｓ２Ｅ１２バリアント抗体
モノクローナル抗体Ｓ２Ｅ１２およびこれらの操作されたバリアントのＶＨおよびＶＬ配列を使用して、組換えＩｇＧ１抗体を産生した。Ｓ２Ｅ１２およびある特定の操作されたＳ２Ｅ１２バリアントのＶ領域アミノ酸配列を表２２に要約する。

【表22】

【0459】

（実施例１０）
組換え抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染から回復した患者から単離したヒトモノクローナル抗体を、組換え発現させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプウイルス（ＶＳＶ）に対する中和アッセイで試験した。

【0460】

組換えモノクローナル抗体を連続希釈し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９株、受託番号ＭＮ９０８９４７）でシュードタイプ化したＶＳＶ－デルタＧ－ｌｕｃの一定量とともに１．５時間、３７℃でインキュベートした。次いで、ＶｅｒｏＥ６細胞を完全ＤＭＥＭ培地に添加し、プレートを２４時間、３７℃でインキュベートした。感染細胞において発現されたルシフェラーゼの量を測定するために、培養培地を吸引し、室温に温めたルシフェラーゼ基質Ｂｉｏ－Ｇｌｏ Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ ａｓｓａｙ ｓｙｓｔｅｍ（Ｐｒｏｍｅｇａ ＡＧ）を添加した。振盪機を用いて暗所で１０分間インキュベートした後、積分時間１秒を使用してルミノメーターでシグナルを測定した。

【0461】

ある特定のモノクローナル抗体についての結果を図１２Ａ～１２Ｄに示す。算出ＩＣ５０およびＩＣ９０値（ｎｇ／ｍｌ）を、各グラフの下に示す。

【0462】

（実施例１１）
Ｏｃｔｅｔを使用するＲＢＤへの抗体の結合
抗体Ｓ２Ｘ１９３、Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９、Ｓ２Ｘ２４４、Ｓ２Ｘ２４６、Ｓ２Ｘ２５６、Ｓ２Ｘ２６９、およびＳ２Ｘ２７８の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティを、Ｏｃｔｅｔにより測定した。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌ、１．５μｇ／ｍｌ、または０．４μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。結果を図１４Ａ～１４Ｈに示す。各図中、縦の破線は、解離相の開始を示す。

【0463】

４つの比較対照抗体と一緒に、抗体Ｓ２Ｘ１９３、Ｓ２Ｘ１９５、Ｓ２Ｘ２１９、Ｓ２Ｘ２４４、Ｓ２Ｘ２４６、Ｓ２Ｘ２５６、Ｓ２Ｘ２６９、およびＳ２Ｘ２７８についての、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤに対する結合親和性およびアビディティも、Ｏｃｔｅｔにより測定した。抗体をプロテインＡピンに２．７μｇ／ｍｌでロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤを、５分間、６μｇ／ｍｌでロードした。解離を７分間、測定した。結果を、図１５に示す。各図中、縦の破線は、解離相の開始を示す。

【0464】

（実施例１２）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の定量的エピトープ特異的血清検査
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質抗体結合を、抗体競合アッセイ、クライオＥＭデータ、および結晶学データにより解析した。この解析から、スパイクＲＢＤ抗原部位Ｉａ、Ｉｂ、Ｉｃ、Ｉｄ、ＩＩおよびＩＶを同定した。これらの部位と各部位内に結合する抗体とを示すマップを図２４に示す。

【0465】

（実施例１３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのＳ２Ｅ１２抗体の結合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤへのＳ２Ｅ１２およびＳ２Ｅ１２バリアント抗体の結合を、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）により測定した。ＳＰＲ実験は、シングルサイクルキネティクス手法を使用してＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を用いて行った。抗体を表面上で捕捉し、漸増濃度の精製されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを注入した。会合および解離キネティクスをモニターし、結合モデルにあてはめて親和性を決定した。

【0466】

結果を表２３および２４に示す。抗体「Ｓ２Ｅ１２－１１」は、Ｓ２Ｅ１２抗体を発現するように形質転換させたＣＨＯ細胞の上清から得た。形質転換ＨＥＫ細胞において産生された、精製された抗体を使用して、抗体Ｓ２Ｅ１２ ＷＴ（配列番号３９９のＶＨ、配列番号４０３のＶＬ）を生成した。ＫＤ／ＫＤ＿ＷＴに、Ｓ２Ｅ１２ ＷＴのＫＤ値で割った、示されている抗体についてのＫＤ値を列挙する。ＫＤ＿ＷＴ／ＫＤに、示されている抗体のＫＤ値で割ったＳ２Ｅ１２ ＷＴについてのＫＤ値を列挙する。空白のセルは、このアッセイを使用して結合が測定されなかったことを示す。

【表23】

【表24】

【0467】

（実施例１４）
抗体によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和のＡＣＥ２非依存性機序
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の抗体中和の機序を調査した。以下の実験では、別段の指示がない限り、Ｓ３０９抗体（配列番号１３９のＶＨ、配列番号１４３のＶＬ）を、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ変異を有する組換えＩｇＧ１として発現させた。Ｓ３０９抗体の感染中和に対するＡＣＥ２過剰発現の効果を調査した。Ｖｅｒｏ Ｅ６またはＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を、Ｓ３０９（１０μｇ／ｍｌ）の存在下でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０分離株）にＭＯＩ ０．０１で感染させた。感染の２４時間後に細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質を免疫染色し、定量した。ヌクレオカプシド染色は、抗体処置細胞には、事実上、非存在であった。Ｓ３０９は、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞では６５のおよびＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２では９１のＩＣ５０（ｎｇ／ｍＬ）を有した（データを示さない）。

【0468】

７つの細胞系（ＨｅＬａ、２９３Ｔ（ｗｔ）、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０）のパネルを、Ｓ３０９の存在下で、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたＶＳＶに、感染させた。ルシフェラーゼシグナルを感染の２４時間後に定量した。Ｓ３０９最大中和値は、表２５に示す通りであった。

【表25】

【0469】

Ｓ２Ｅ１２中和データを図５３（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ）および図５４（シュードタイプ化ＶＳＶ）に示す。注目すべきことに、Ｓ２Ｅ１２は、全ての標的細胞に対して同等の中和活性を示した。

【0470】

これらの細胞系に結合する精製された蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の結合をフローサイトメトリーにより定量した。ＨｅＬａおよび２３９Ｔ ＷＴ細胞は、最低ＭＦＩを有し、これにＨｕｈ７およびＶｅｒｏＥ６細胞が続いた。２９３Ｔ ＡＣＥ２細胞（最高）、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２（３番目に高い）、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５（４番目に高い）、およびＡ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０（２番目に高い）は、より高いＭＦＩを有した。Ｓ３０９のスパイク結合最大中和能力間の相関分析を決定し、Ｓ３０９スピアマン相関値は、両方のウイルスモデルについてｒ＝－０．９４であった。ｐ＝０．０１７。図５５を参照されたい。

【0471】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感受性細胞系をさらに特徴付けるために、上記の７つの細胞系を、精製された蛍光標識ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質またはＲＢＤタンパク質とともにインキュベートし、タンパク質結合をフローサイトメトリーにより定量した。ＭＦＩの降順で、細胞系は、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン１０、２９３Ｔ ＡＣＥ２、ＭＲＣ ５－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２クローン５、Ｖｅｒｏ Ｅ６、Ｈｕｈ７、２９３Ｔ（ｗｔ）、そしてＨｅＬａであった。

【0472】

選択されたレクチンおよび公開されている受容体候補を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＳＶシュードウイルスに感染したＨＥＫ２９３Ｔ細胞を使用してスクリーニングした。ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１は、最高のシグナルを生じさせた。ＡＣＥ２は、おおよそ１０^５の相対的な発光単位（ＲＬＵ）のシグナルをもたらし、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびＬ－ＳＩＧＮは、おおよそ１０^４ＲＬＵのシグナルを有した。試験した全ての他のレクチン／候補は、おおよそ１０^２～１０^３ＲＬＵのシグナルを生じさせた。

【0473】

ＨＥＫ ２９３Ｔ、ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞に、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を過剰発現するように一過性に形質導入し、それらの細胞をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＶＳＶシュードウイルスに感染させた。未感染細胞および非形質導入細胞を対照として含めた。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞では、ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびＬ－ＳＩＧＮ全てが、感染の大幅な増加をもたらした。ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞では、ＡＣＥ２のみが感染を増加させた。

【0474】

ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系を真正のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染させ（ＭＯＩ ０．１）、２４時間の時点で、固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について免疫染色した。野生型細胞（感染および未感染）を対照として使用した。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣ－１を過剰発現する細胞では染色の増加が観察され、ＡＣＥ２を過剰発現する細胞では染色が有意に増加された。

【0475】

安定した細胞系をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに感染させ、ルシフェラーゼレベルを２４時間の時点で定量した。ＲＬＵの昇順で、未感染（おおよそ１０^２～１０^３ＲＬＵ）、親２９３Ｔ（おおよそ１０^４ＲＬＵ）、ＤＣ－ＳＩＧＮ（おおよそ１０^５ＲＬＵ）、Ｌ－ＳＩＧＮ（おおよそ１０^５ＲＬＵ）、ＳＩＧＬＥＣ－１（おおよそ１０^５～１０^６ＲＬＵ）、ＡＣＥ２（＞１０^７ＲＬＵ）。

【0476】

安定した細胞系を異なる濃度の抗ＳＩＧＬＥＣ１ ｍＡｂ（クローン７－２３９）とともにインキュベートし、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃに感染させた。未処置細胞のパーセンテージとしての感染は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＡＣＥ２を発現する２９３Ｔ細胞ではほぼ１００％を維持した～１００％を超えたが、ＳＩＧＬＥＣ－１を発現する２９３Ｔ細胞では５０％未満（０．２μｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ）～０近く（１μｇ／ｍＬまたは５μｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ）へと降下した。

【0477】

選択された、可能性のあるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（共）受容体候補の単一細胞発現レベルを、Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ａｔｌａｓ（ｎａｔｕｒｅ．ｃｏｍ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／ｓ４１５８６－０２０－２９２２－４）から得た異なる肺細胞型で決定した。ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮおよびＳＩＧＬＥＣ－１は、ＡＣＥ２と同様のレベルでまたはさらにはそれより高いレベルで肺における様々な細胞型に発現される。

【0478】

それぞれの付着受容体を安定的に過剰発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞上のＤＣ－／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を標的とする抗体の結合を、フローサイトメトリーおよび免疫蛍光分析により分析した。それぞれの付着受容体を過剰発現するＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２野生型スパイクでまたはＢ１．１．７系統の変異を有するスパイクでシュードタイプ化されたＶＳＶに感染させた。感染の１日後に発光を分析した。付着受容体を発現する細胞では感染が増加された。どちらかのスパイクでシュードタイプ化されたＶＳＶによる感染は、各試験群について同様であった。ＡＣＥ２を発現する細胞は、最も高い発光シグナルを生じさせた。

【0479】

Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞、ｉｎ ｖｉｔｒｏで分化させたｍｏＤＣまたはＰＢＭＣを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２にＭＯＩ ０．０１で感染させた。感染後２４時間の時点で、細胞を固定し、ウイルスヌクレオカプシドタンパク質について免疫染色し、感染細胞を定量した。ＶｅｒｏＥ６細胞のみが感染を示した（細胞のおおよそ７％）。感染細胞の上清を２４、４８および７２時間の時点で採取し、感染性ウイルス力価をＶｅｒｏ Ｅ６細胞に関してＦＦＵアッセイにより定量した。

【0480】

重症ＣＯＶＩＤ－１９患者の気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）および痰において検出可能なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムを有する主要細胞型を評価した。ｔ－ＳＮＥプロットを作成し、各ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２^＋細胞型の計数を決定した（Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｅｌｌ ２０２１では、８名の被験体から合計ｎ＝３，０８５細胞）。細胞型は、Ｔ細胞型、ＮＫ細胞型、形質細胞型、好中球型、マクロファージ型、線毛細胞型、扁平上皮細胞型、および分泌細胞型であった。ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、およびこれらの組合せの発現を、各細胞型について評価した。図６５～６６。

【0481】

ＡＣＥ２、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）、ＳＩＧＬＥＣ１転写物の計数は、マクロファージにおいておよび分泌細胞においてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡの計数と相関していた。相関は、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｅｌｌ ２０２１からの（ｌｏｇ変換前の）計数に基づくものであった。

【0482】

安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系における受容体の発現を示す代表的なデータを図４１に示す。

【0483】

ルシフェラーゼレポーターを有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質を発現するＶＳＶシュードウイルスの、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を感染させる能力を示す代表的なデータを発光アッセイを使用して評価し、図４２に示す（図５７も参照されたい）。ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＬ－ＳＩＧＮの発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１０倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。

【0484】

ＶＳＶシュードウイルスに対するｍＡｂ Ｓ３０９の中和活性を、操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞において評価した。データを図４３に示す。Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＬ－ＳＩＧＮを介した感染を完全に中和し、それより低い程度にだが、ＡＣＥ２を介した感染を中和した。

【0485】

ルシフェラーゼレポーターを有する生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を感染させる能力を、発光アッセイを使用して調べた。データを図４４に示す。ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＬ－ＳＩＧＮの発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して３倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２核タンパク質について染色することにより決定したときの感染を示す図５８も参照されたい。

【0486】

ＶＳＶシュードウイルスに対するＳ３０９の中和活性を、操作されたＨＥＫ２９３Ｔ細胞において評価した。データを図４５に示す。Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＬ－ＳＩＧＮを介した感染を完全に中和し、それより低い程度にだが、ＡＣＥ２を介した感染を中和した。

【0487】

Ｓ３０９またはＳ２Ｅ１２抗体が、ＳＩＧＬＥＣ－１を介したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の侵入を中和することができるかどうかを調査するために、実験を行った。以下の実験では、Ｓ３０９抗体（配列番号１３９のＶＨ、配列番号１４３のＶＬ）およびＳ２Ｅ１２抗体（配列番号３９９のＶＨ、配列番号４０３のＶＬ）を、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ変異を有する組換えＩｇＧ１として発現させた。手短に述べると、安定した細胞ＨＥＫ２９３Ｔ系を上で説明したように生成して、ＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１、またはＡＣＥ２を過剰発現させた。発現データを図４６に示す。図４７に示されているように、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、またはＳＩＧＬＥＣの発現は、生ウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１０倍を超えて上昇させ、ＡＣＥ２の発現は、シュードウイルス感染レベルをＷＴ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の感染と比較して１００倍を超えて上昇させた。図４８に示されているように、Ｓ３０９は、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１を介した感染を完全に中和した。図４９に示されているように、Ｓ２Ｅ１２は、ＳＩＧＬＥＣ－１およびＡＣＥ２を介した感染を完全に中和した。

【0488】

ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、ならびにＳＩＧＬＥＣ－１および他のＳＩＧＬＥＣをはじめとする他の細胞表面受容体タンパク質の発現を、様々な細胞型上で決定した。データを図５０Ａおよび５０Ｂに要約する。

【0489】

さらなる実験を行って、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染におけるＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１の機能（複数可）を調査した。１セットの実験では、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２を安定的に発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、３つの異なる感染多重度（ＭＯＩ）：０．０１、０．１および１で、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｎｌｕｃに感染させた。相対的な発光単位を使用して感染を決定し、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞（親）における感染と比較した。データを図５１に示す。試験した最低ＭＯＩで、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣを発現する細胞において感染の増加が観察された。試験した最高ＭＯＩでは、感染は、親のものと対比して、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣの発現によってさらに増加されなかった。これらのデータは、親２９３Ｔ細胞がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を受けやすいこと、ならびにＬ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮ、およびＳＩＧＬＥＣ－１が、感染レベルを高めるが、感染の主受容体として機能しないことを示す。

【0490】

別のセットの実験では、２９３Ｔ細胞、ＨｅＬａ細胞、およびＭＲＣ５細胞に、ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ－１またはＡＣＥ２をコードするレンチウイルスで一過性に形質導入し、形質導入の３日後にこれらの細胞をＶＳＶシュードウイルスに感染させた。データを図５２に示す。２９３Ｔ細胞は、低い感受性レベル（形質導入されていない未感染のものと比較して）を示した一方で、ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞は、ウイルスに対して完全に不応性であった。２９３Ｔ細胞におけるこの低い感染レベルを、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣ－１の発現によって上昇させることができ、これは、これらのタンパク質の付着因子としての役割と合致する。ＨｅＬａおよびＭＲＣ５細胞は、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮまたはＳＩＧＬＥＣ－１の発現後であっても感染に対して不応性のままであり、ＡＣＥ２の発現後にのみ感受性になる。これらのデータは、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＤＣ－ＳＩＧＮおよびＳＩＧＬＥＣ－１が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の主受容体でないことを示す。

【0491】

トランス感染、細胞－細胞融合、およびさらなる感染中和アッセイを行った。図７１は、抗体Ｓ３０９、Ｓ２Ｅ１２およびＳ２Ｘ３３３を使用するＶｅｒｏ Ｅ６細胞の中和を示す。図７２は、同じ抗体を使用するＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞の中和を示す。図７５および７６は、様々な細胞型に関するこれらの抗体による感染の中和を示す。図７７～８０は、細胞－細胞融合および融合阻害アッセイからの結果を示す。図８１～８４は、ＡＣＥ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＤＣ－ＳＩＧＮ、またはＬ－ＳＩＧＮを過剰発現する安定したＨＥＫ２９３Ｔ細胞系に関する抗体による感染の中和を示す。

【0492】

（実施例１５）
Ｓ３０９抗体およびＳ３０９抗体とＳ２Ｅ１２抗体の組合せのｉｎ ｖｉｖｏ有効性
Ｓ３０９の有効性およびＳ３０９とＳ２Ｅ１２の組合せの有効性をシリアンハムスターで調査した。この動物モデルは、今のところ、生産的感染および疾患を支持するためにＡＣＥ２のｉｎ ｖｉｖｏ過剰発現を必要としなかったＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の最も関連性のあるモデルの代表である。Ｓ３０９の予防的投与は、ウイルスＲＮＡレベル、ウイルス負荷量、ならびに肺における病理組織学的スコアによって実証されるように、ハムスターにおいてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染および組織損傷に対する用量依存的防御を誘導した（図５６Ａ、左側縦列）。これらのデータは、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＡＣＥ２を過剰発現する細胞を使用した際のＳ３０９による侵入の不良かつ不完全な中和が、非ＲＢＭ ｍＡｂのｉｎ ｖｉｖｏ有効性を損なわせなかったことを示す。Ｓ３０９抗体とＳ２Ｅ１２抗体の組合せを使用して同様の結果を得ることになった（図５６Ａ、右側縦列）。

【0493】

Ｎ２９７Ａ変異を有するＳ３０９は、Ｆｃγ受容体への係合減少の結果として、エフェクター機能を誘発する能力が低い。このことを、ハムスターの脾臓内の単球へのＳ３０９－Ｎ２９７Ａバリアントの結合の低減によってさらに確認した。Ｎ２９７Ａ ｍＡｂで測定されるｉｎ ｖｉｖｏ有効性は、ｗｔ Ｓ３０９と同様であるか、またはほんの少し劣り、このことは、ｍＡｂの中和能がこれらの条件ではそのエフェクター機能能力に基づいて優勢になることを示唆する。肺におけるウイルスＲＮＡを９０％低下させるために必要なＳ３０９の血清濃度は、９μｇ／ｍｌであった（図５６Ｂ、左側縦列）。Ｓ３０９抗体とＳ２Ｅ１２抗体の組合せを使用して同様の結果を得た（図５６Ｂ、右側縦列）。

【0494】

（実施例１６）
Ｓ２Ｅ１２－ｖ２抗体を使用するさらなるｉｎ ｖｉｖｏ研究
配列番号３９９のＶＨアミノ酸配列および配列番号７３８のＶＬアミノ酸配列を有し、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ Ｆｃ変異を含む、Ｓ２Ｅ１２－ｖ２（図９９に「Ｓ２Ｅ１２」と示す）の薬物動態および潜在的な組織交差反応性の安全性を評価するために、非ヒト霊長類を使用して前臨床研究を行った。図９９および１００に示されているように、Ｓ２Ｅ１２－ｖ２ ＭＬＮＳの単回５ｍｇ／ｋｇ用量は、２５．４日の平均Ｔ_１／２（動物３匹にわたって）を有した。組織交差反応性研究（ＣＨＯ－ＣｏＶ２－Ｓスパイク、１：１でのＣＨＯ－ＣｏＶ２Ｓ－スパイク：ＣＨＯ、および対照としてのＣＨＯ）によって、１．２５、０．３１２５、または０．０７８１２５μｇ／ｍｌでは、いずれの組織においてもＳ２Ｅ１２－ｖ２による交差反応の染色が同定されなかった。

【0495】

（実施例１７）
さらなる中和研究
Ｓ２Ｅ１２の中和効力に対する公知のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異の潜在的効果を調査した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓにおける以下の個々の変異は、生ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードウイルスに対するＳ２Ｅ１２の中和によって３分の１未満に減少した：Ｎ５０１Ｙ、Ｓ４７７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｅ４８４Ｋ、Ｋ４１７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ａ５２０Ｓ、Ｎ５０１Ｔ、Ａ５２２Ｓ、Ｙ４５３Ｆ、Ｐ３８４Ｌ。

【0496】

（実施例１８）
材料および方法
哺乳動物細胞上に発現されたＣｏＶ Ｓタンパク質への結合についてのフローサイトメトリーに基づくスクリーニング
ＥｘｐｉＣＨＯ細胞に、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質をトランスフェクトした。次いで、モノクローナル抗体を、１０μｇ／ｍｌで、フローサイトメトリーにより、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質を発現するＥｘｐｉＣＨＯ細胞またはモック細胞トランスフェクタントを染色するそれらの能力について試験した。

【0497】

組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質の一過性発現
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（２０１９－ｎＣｏＶ－Ｓ）ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９分離株（受託番号ＭＮ９０８９４７）の全長Ｓ遺伝子を、ヒト細胞発現のためにコドン最適化し、ｐｈＣＭＶ１発現ベクター（Ｇｅｎｌａｎｔｉｓ）にクローニングした。Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯエンハンサーを使用して、ｐｈＣＭＶ１－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓ、ｐｈＣＭＶ１－ＭＥＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ（Ｌｏｎｄｏｎ１／２０１２）、ＳＡＲＳ－スパイク＿ｐｃＤＮＡ．３（ＳＡＲＳ株）または空のｐｈＣＭＶ１（モック）をＥｘｐｉ－ＣＨＯ細胞に一過性にトランスフェクトした。トランスフェクションの２日後、細胞を収集し、固定したか、または固定し、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）に反応するモノクローナル抗体のパネルでの免疫染色のためにサポニンで透過処理した。Ａｌｅｘａ６４７標識二次抗体抗ヒトＩｇＧ Ｆｃを検出に使用した。トランスフェクト細胞への抗体の結合を、ＺＥ５セルアナライザー（Ｂｉｏｒａｒｄ）およびＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用してフローサイトメトリーにより分析した。陽性結合を、ＣｏＶ－Ｓトランスフェクタントのモックトランスフェクタントに対する分染により定義した。

【0498】

Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
本明細書で別段の指示がない限り、抗Ｈｉｓセンサー（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲ ＡＮＴＩ－ＰＥＮＴＡ－ＨＩＳ（ＨＩＳ１Ｋ））を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶのＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を固定した。センサーを、１０分間、キネティクス緩衝液（ＫＢ；ＰＢＳ中、０．０１％のエンドトキシン不含のＢＳＡ、０．００２＾ Ｔｗｅｅｎ（登録商標）－２０、０．００５％ＮａＮ_３）で水和した。次いで、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓ１サブユニットタンパク質を、８分間、ＫＢ中１０μｇ／ｍｌの濃度でロードした。抗体を、全長ｍＡｂ ｎＣｏＶ－１０およびｎＣｏｖ－６ ｍＡｂについては１５μｇ／ｍｌで、Ｆａｂ ｎＣｏＶ－４については５μｇ／ｍｌで、ならびにｎＣｏＶ－１を含む後続の実験では全て１０μｇ／ｍｌで、６分間、会合させた。次いで、競合抗体を同じ濃度でさらに６分間、会合させた。

【0499】

Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する競合実験
ＡＣＥ２競合実験のために、ＡＣＥ２－Ｈｉｓ（Ｂｉｏ－Ｔｅｃｈｎｅ ＡＧ）を、３０分間、ＫＢ中５μｇ／ｍｌで抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ－ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上にロードした。抗体を含むまたは含まないプレインキュベーション（３０μｇ／ｍｌ、３０分）後に１５分間、１μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ－ウサギＦｃまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－マウスＦｃ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｅｕｒｏｐｅ ＧｍｂＨ）を会合させた。解離を５分間モニターした。

【0500】

Ｏｃｔｅｔ（ＢＬＩ、バイオレイヤー干渉法）を使用する親和性の決定
全長抗体のＫ_Ｄ決定のために、キネティクス緩衝液での１０分間の湿潤化ステップ後、プロテインＡバイオセンサー（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して、２．７μｇ／ｍｌの組換え抗体を１分間、固定した。抗体でコーティングされたセンサーを異なる濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤ（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（内部で生成；ＢｅｔａＣｏＶ／Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１／２０１９、受託番号ＭＮ９０８９４７、からのスパイクの残基３３１～５５０）とともにインキュベートすることにより、５分間、会合曲線を記録した。試験した最高ＲＢＤ濃度は１０ｕｇ／ｍｌであり、その後これを１：２．５で連続希釈した。ＫＢを含有するウェルにセンサーを移動させることによって、解離を９分間記録した。Ｋ_Ｄ値を、グローバルフィットモデル（Ｏｃｔｅｔ）を使用して算出した。Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）装置を使用した。

【0501】

Ｆａｂ断片と比較して全長抗体のＫ_Ｄを決定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＨｉｓタグ付きＲＢＤを、ＫＢ中３μｇ／ｍｌで１５分間、抗ＨＩＳ（ＨＩＳ２）バイオセンサー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）上にロードした。全長抗体およびＦａｂの会合を、ＫＢ中それぞれ１５ｕｇ／ｍｌおよび５ｕｇ／ｍｌで５分間、行った。ＫＢ中での解離を１０分間測定した。

【0502】

ＥＬＩＳＡ結合
ｍＡｂとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１サブユニットタンパク質（ＷＨ２０株）タンパク質の反応性を、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）により決定した。手短に述べると、９６ウェルプレートを３μｇ／ｍｌの組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１サブユニットタンパク質（Ｓｉｎｏ．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ）でコーティングした。ウェルを洗浄し、ＰＢＳ＋１％ＢＳＡで１時間、室温でブロックし、次いで、連続希釈したｍＡｂとともに１時間、室温でインキュベートした。結合したｍＡｂを、アルカリホスファターゼコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：２０４０－０４）を１時間、室温でインキュベートすることにより検出し、０．１Ｍグリシン緩衝液（ｐＨ１０．４）中の１ｍｇ／ｍｌのｐ－ニトロフェニルリン酸基質により３０分間、室温で発色させた。光学密度（ＯＤ）値をＥＬＩＳＡリーダー（Ｐｏｗｅｒｗａｖｅ ３４０／９６分光光度計、ＢｉｏＴｅｋ）において４０５ｎｍの波長で測定した。

【0503】

中和アッセイ
別段の指示がない限り、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐ）、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクタンパク質でシュードタイプ化されたマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐ）を使用した。ＡＣＥ２を安定にトランスフェクトしたＤＢＴ細胞（ＤＢＴ－ＡＣＥ２）を標的細胞として使用した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐを１０ｕｇ／ｍｌのトリプシンＴＰＣＫで活性化した。活性化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ｐｐまたはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ｐｐを、抗体の希釈系列（抗体ごとに５０ｕｇ／ｍｌの最終濃度で出発して、３倍希釈）に添加した。ＤＢＴ－ＡＣＥ２細胞を抗体－ウイルス混合物に添加し、４８時間インキュベートした。細胞培養上清の吸引およびｓｔｅａｄｙ－ＧＬＯ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後に発光を測定した。

【0504】

別段の指示がない限り、シュード粒子中和アッセイは、ＶＳＶに基づくルシフェラーゼレポーターシュードタイピングシステム（Ｋｅｒａｆａｓｔ）を使用する。ＶＳＶシュード粒子および抗体をＤＭＥＭ中で混合し、３０分間、３７℃でインキュベートする。次いで、感染混合物をＶｅｒｏ Ｅ６細胞とともに１時間、３７℃でインキュベートし、続いて、Ｐｅｎ－Ｓｔｒｅｐと１０％ＦＢＳとを含有するＤＭＥＭを添加する（感染混合物を除去しない）。細胞を３７℃で１８～２４時間インキュベートする。Ｂｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）の添加後、Ｅｎｓｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用してルシフェラーゼを測定する。

【0505】

ＳＰＲシングルサイクルキネティクス
ＳＰＲ実験は、シングルサイクルキネティクス手法を使用してＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００装置を用いて行った。Ｓ３０９ ＩｇＧを表面上で捕捉し、グリコシル化されたまたは脱グリコシル化された、漸増濃度の精製されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤを注入した。会合および解離キネティクスをモニターし、結合モデルにあてはめて親和性を決定した。

【0506】

組換え抗体の発現
組換え抗体を、以前に記載されたように重鎖を発現するプラスミドと軽鎖を発現するプラスミドとを一過性に共トランスフェクトしたＥｘｐｉＣＨＯ細胞に発現させた。（Ｓｔｅｔｔｌｅｒ ｅｔ ａｌ． （２０１６） Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ， ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ， ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｅｌｉｃｉｔｅｄ ｂｙ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ． Ｓｃｉｅｎｃｅ， ３５３（６３０１）， ８２３－８２６）。モノクローナル抗体Ｓ３０３、Ｓ３０４、Ｓ３０６、Ｓ３０９、Ｓ３１０およびＳ３１５を、ｒＩｇＧ－ＬＳ抗体として発現させた。ＬＳ変異は、ｉｎ ｖｉｖｏでのより長い半減期をもたらす。（Ｚａｌｅｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｈａｌｆ－ｌｉｆｅ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｉｎ ｖｉｖｏ ａｃｔｉｖｉｔｙ． Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２８（２）， １５７－１５９）。

【0507】

配列アラインメント
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム配列を、２０２０年３月２９日にＧＩＳＡＩＤから「ｃｏｍｐｌｅｔｅ（＞２９，０００ｂｐ）」および「ｌｏｗ ｃｏｖｅｒａｇｅ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ」フィルターを使用してダウンロードした。コウモリおよびセンザンコウ配列を除去して、ヒトのみの配列を得た。ＧｅｎｅＷｉｓｅ２で参照タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）－ゲノムアラインメントを行うことにより、スパイクＯＲＦの位置を特定した。不完全マッチおよびインデル含有ＯＲＦをレスキューし、下流の分析に含めた。ｓｅｑｋｉｔを使用して、ヌクレオチド配列をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで翻訳した。１０％より多くの未確定アミノ酸を（Ｎベースコールに起因して）有する配列を除去した。ＭＡＦＦＴを使用して多重配列アラインメントを行った。アラインメントされた配列（ｎ＝２，２２９）と参照配列とを、Ｒ／ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージＢｉｏｓｔｒｉｎｇｓを使用して比較することにより、バリアントを決定した。同様の戦略を使用して、ＶｉＰＲが出典のＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノムからスパイクタンパク質配列を抽出し、翻訳した（検索基準：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を除外するために２０１９年１２月より前に寄託された、ＳＡＲＳ関連コロナウイルス、全長ゲノム、ヒト宿主、ｎ＝５３）。提供されているＳＡＲＳ－ＣｏＶゲノム配列は、数ある中でもＵｒｂａｎｉ、Ｔｏｒ２、ＴＷ１、Ｐ２、Ｆｒａｎｋｆｕｒｔ１などの、主要な公開株の全てを含んでいた。Ｔｓａｎ－Ｙｕｋ Ｌａｍらにより示されたようなセンザンコウ配列は、ＧＩＳＡＩＤが出典であった。Ｌｕ ｅｔ ａｌ （Ｌａｎｃｅｔ ２０２０）により示されたようなサルベコウイルスの３つの分岐群からのコウモリ配列は、Ｇｅｎｂａｎｋが出典であった。ジャコウネコおよびタヌキ配列は、同様にＧｅｎｂａｎｋが出典であった。

【0508】

安定した過剰発現細胞系の生成
レンチウイルスを、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＣＤ２０９）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＣＬＥＣ４Ｍ）、ＳＩＧＬＥＣ１、ＴＭＰＲＳＳ２またはＡＣＥ２をコードするレンチウイルス発現プラスミド（全てＧｅｎｅｃｏｐｏｅｉａから得た）とそれぞれのレンチウイルスヘルパープラスミドとをＬｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）にコトランスフェクトすることにより生成した。トランスフェクションの４８時間後、上清中のレンチウイルスを回収し、超遠心分離法により２時間、２０，０００ｒｐｍで濃縮した。Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ（タカラバイオ株式会社）、Ｖｅｒｏ Ｅ６（ＡＴＣＣ）、ＭＲＣ５（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）、Ａ５４９（ＡＴＣＣ）に、６ｕｇ／ｍＬのポリブレン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の存在下で２４時間、形質導入した。２つの導入遺伝子を過剰発現する細胞系に、その後、形質導入した。ピューロマイシンおよび／またはブラストサイジン（Ｇｉｂｃｏ）での選択を形質導入の２日後に開始し、選択試薬を全てのその後の培養について成長培地中に保持した。単一細胞クローンは、Ａ５４９－ＡＣＥ２－ＴＭＰＲＳＳ２細胞系に由来した。全ての他の細胞系は、細胞プールを表す。

【0509】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和
１０％ＦＢＳ（ＶＷＲ）および１×ペニシリン／ストレプトマイシン（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したＤＭＥＭにおいて培養したＶｅｒｏ Ｅ６またはＶｅｒｏ Ｅ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を、黒色９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種した。モノクローナル抗体の連続１：４希釈物を、ＢＳＬ－３施設において、２００ｐｆｕのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（分離株ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０、継代３、Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞中で継代させた）とともに３０分間、３７℃でインキュベートした。細胞上清を除去し、ウイルス－抗体混合物を細胞に添加した。感染の２４時間後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００での３０分間の透過処理を行った。５％粉乳／ＰＢＳ中で３０分間、ブロッキングした後、細胞を、１時間、１：２０００希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を標的とする一次抗体（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、カタログ番号４０１４３－Ｒ００１）とともにインキュベートした。洗浄、および１ｕｇ／ｍｌのＨｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、プレートを自動細胞イメージングリーダー（Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５、Ｂｉｏｔｅｋ）で撮像し、製造業者の供給ソフトウェアを使用してヌクレオカプシド陽性細胞を計数した。

【0510】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ中和
野生型ウイルスに匹敵する成長キネティクスを明らかに示す、ウイルスＯＲＦ７の代わりにナノルシフェラーゼをコードするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性クローン（２０１９－ｎＣｏＶ／ＵＳＡ＿ＷＡ１／２０２０株に基づく）である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃ（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｃｏｍｍ， ２０２０， ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１４６７－０２０－１９０５５－７）を使用して、中和を決定した。細胞を黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し（２９３Ｔ細胞をポリ－Ｌ－リシンをコーティングしたウェルに３５，０００細胞／ウェルで播種し）、一晩、３７℃で培養した。翌日、抗体の９点４倍連続希釈物を感染培地（ＤＭＥＭ＋１０％ＦＢＳ）中で調製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｎｌｕｃを示したＭＯＩで感染培地中に希釈し、抗体希釈物に添加し、３０分間、３７℃でインキュベートした。培地を細胞から除去し、ｍＡｂ－ウイルス複合体を添加し、細胞を３７℃で２４時間インキュベートした。培地を細胞から除去し、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏルシフェラーゼ基質（Ｐｒｏｍｅｇａ）を製造業者の推奨に従って添加し、１０分間、ＲＴでインキュベートし、ルシフェラーゼシグナルをＶＩＣＴＯＲ Ｎｉｖｏプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）で定量した。

【0511】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶ産生および中和
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化水疱性口内炎ウイルスを生成するために、Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）を１０ｃｍディッシュに翌日の集密度が８０％になるように播種した。翌日、ＴｒａｎｓＩＴ－Ｌｅｎｔｉ（Ｍｉｒｕｓ Ｂｉｏ）を製造業者の指示に従って使用して、Ｃ末端１９ａａ短縮を保有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ－糖タンパク質（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）をコードするプラスミドを細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの１日後、細胞をＶＳＶ（Ｇ^＊ΔＧ－ルシフェラーゼ）（Ｋｅｒａｆａｓｔ）に３感染単位／細胞のＭＯＩで感染させた。ウイルス接種材料を１時間後に洗浄除去し、細胞をさらに１日、３７℃でインキュベートした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを含有する細胞上清を感染の２日後に収集し、５分間、１０００×ｇで遠心分離して、細胞デブリを除去し、小分けし、－８０℃で凍結させた。

【0512】

ウイルス中和のために、細胞を黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに２０，０００細胞／ウェルで播種し（２９３Ｔ細胞をポリ－Ｌ－リシンをコーティングしたウェルに３５，０００細胞／ウェルで播種し）、一晩、３７℃で培養した。翌日、抗体の９点４倍連続希釈物を培地中で調製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、培地中で１：３０希釈し、１：１を各抗体希釈物に添加した。ウイルス：抗体混合物を１時間、３７℃でインキュベートした。培地を細胞から除去し、５０μＬのウイルス：抗体混合物を細胞に添加した。感染の１時間後、１００μＬの培地を全てのウェルに添加し、１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。

【0513】

トランスフェクションに基づく結合受容体スクリーニング
Ｌｅｎｔｉ－Ｘ ２９３Ｔ細胞（タカラバイオ株式会社）に、次の受容体候補をコードするプラスミド（全てＧｅｎｅｃｏｐｏｅｉａから購入）をトランスフェクトした：ＡＣＥ２（ＮＭ＿０２１８０４）、ＤＣ－ＳＩＧＮ（ＮＭ＿０２１１５５）、Ｌ－ＳＩＧＮ（ＢＣ１１０６１４）、ＬＧＡＬＳ３（ＮＭ＿００２３０６）、ＳＩＧＬＥＣ１（ＮＭ＿０２３０６８）、ＳＩＧＬＥＣ３（ＸＭ＿０５７６０２）、ＳＩＧＬＥＣ９（ＢＣ０３５３６５）、ＳＩＧＬＥＣ１０（ＮＭ＿０３３１３０）、ＭＧＬ（ＮＭ＿１８２９０６）、ＭＩＮＣＬＥ（ＮＭ＿０１４３５８）、ＣＤ１４７（ＮＭ＿１９８５８９）、ＡＳＧＲ１（ＮＭ＿００１６７１．４）、ＡＳＧＲ２（ＮＭ＿０８０９１３）、ＮＲＰ１（ＮＭ＿００３８７３）。トランスフェクションの１日後、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、３７℃で、１：２０希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶで、細胞を感染させた。感染の１時間後、１００μＬの培地を全てのウェルに添加し、１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。

【0514】

トランス感染
親ＨｅＬａ細胞、またはＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮもしくはＳＩＧＬＥＣ１を安定的に発現するＨｅＬａ細胞を、黒い壁面の透明底９６ウェルプレートに１ウェルあたり５，０００細胞で播種した。１日後、細胞は、約５０％の集密度に達し、これらの細胞に、１００ｎｇ／ｍＬの抗ＶＳＶ－Ｇ抗体（クローン８Ｇ５Ｆ１１、Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ）の存在下、３７℃で２時間、１：１０希釈のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２シュードタイプ化ＶＳＶを接種した。トランス感染の抗体媒介性阻害のために、細胞を１０ｕｇ／ｍＬの抗ＳＩＧＬＥＣ１抗体（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、クローン７－２３９）とともに３０分間、プレインキュベートした。２時間の接種後、細胞を完全培地で４回洗浄し、１ウェルあたり１０，０００のＶｅｒｏＥ６－ＴＭＰＲＳＳ２細胞を添加し、トランス感染のために１７～２０時間、３７℃でインキュベートした。培地を除去し、５０μＬのＢｉｏ－Ｇｌｏ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加した。プレート振盪機を用いて３００ＲＰＭで、室温で、１５分間、プレートを振盪し、ＥｎＳｉｇｈｔプレートリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ－Ｅｌｍｅｒ）を用いてＲＬＵを読み取った。

【0515】

ＣＨＯ－Ｓ細胞の細胞－細胞融合
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質を安定的に発現するＣＨＯ細胞を、顕微鏡観察用の９６ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に１２’５００細胞／ウェルで播種し、翌日、異なる濃度のｍＡｂおよび核マーカーＨｏｅｃｈｓｔ（最終希釈１：１０００）を細胞に添加し、さらに２４時間インキュベートした。Ｃｙｔａｔｉｏｎ ５ Ｉｍａｇｅｒ（ＢｉｏＴｅｋ）を使用して融合度を確立し、物体検出プロトコールを使用して物体として核を検出し、それらのサイズを測定した。融合細胞（すなわち、シンシチウム）の核がシンシチウムの中心に凝集した状態で見出され、そのサイズに従ってゲートされる独特の大きい物体として認識される。融合細胞内の物体の面積を全ての物体の総面積で割って１００をかけることにより、融合細胞のパーセンテージが得られる。

【0516】

免疫蛍光分析
ＨＥＫ ２９３Ｔ細胞をポリ－Ｄ－リシンをコーティングした９６ウェルプレート（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）に播種し、播種の２４時間後に４％パラホルムアルデヒドで３０分間固定し、続いて、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）洗浄を２回行い、ＰＢＳ中の０．２５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で３０分間の透過処理を行った。３％粉乳／ＰＢＳで希釈した、一次抗体である抗ＤＣ－ＳＩＧＮ／Ｌ－ＳＩＧＮ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号８４５００２、１：５００希釈）、抗ＤＣ－ＳＩＧＮ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３１９３Ｓ、１：５００希釈）、抗ＳＩＧＬＥＣ１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号３４６００２、１：５００希釈）または抗ＡＣＥ２（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＡＦ９３３、１：２００希釈）とともに、細胞を２時間、室温でインキュベートした。洗浄、および１ｕｇ／ｍｌ Ｈｏｅｃｈｓｔ３３３４２と混合した二次Ａｌｅｘａ６４７標識抗体との１時間のインキュベーション後、倒立蛍光顕微鏡（Ｅｃｈｏ Ｒｅｖｏｌｖｅ）でプレートを撮像した。

【0517】

ＡＣＥ２／ＴＭＰＲＳＳ２ ＲＴ－ｑＰＣＲ
ＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ ＲＮＡ Ｐｌｕｓキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ－Ｎａｇｅｌ）を製造業者のプロトコールに従って使用して、細胞からＲＮＡを抽出した。Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を製造業者の指示に従って使用して、ＲＮＡを逆転写した。Ｌｕｎａ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｑＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を製造業者のプロトコールに従って使用して、ＡＣＥ２（フォワードプライマー：ＣＡＡＧＡＧＣＡＡＡＣＧＧＴＴＧＡＡＣＡＣ、リバースプライマー：ＣＣＡＧＡＧＣＣＴＣＴＣＡＴＴＧＴＡＧＴＣＴ）、ＨＰＲＴ（フォワードプライマー：ＣＣＴＧＧＣＧＴＣＧＴＧＡＴＴＡＧＴＧ、リバースプライマー：ＡＣＡＣＣＣＴＴＴＣＣＡＡＡＴＣＣＴＣＡＧ）、およびＴＭＰＲＳＳ２（フォワードプライマー：ＣＡＡＧＴＧＣＴＣＣＲＡＣＴＣＴＧＧＧＡＴ、リバースプライマー：ＡＡＣＡＣＡＣＣＧＲＴＴＣＴＣＧＴＣＣＴＣ）の細胞内レベルを定量した。ＡＣＥ２およびＴＭＰＲＳＳ２のレベルをＨＰＲＴに正規化した。Ｈｅｌａ細胞を参照試料として使用した。全てのｑＰＣＲを、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ３ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で実行した。

【0518】

ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイク生成およびビオチン化
Ｃ末端ＴＥＶ切断部位と、Ｔ４バクテリオファージフィブリチンフォールドンと、８×Ｈｉｓ－、Ａｖｉ－およびＥＰＥＡ－タグとを有する、プレフュージョン安定化ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイク（アミノ酸配列Ｑ１４～Ｋ１２１１を含む）を、２９３フェクチンをトランスフェクション試薬として使用してＨＥＫ２９３ Ｆｒｅｅｓｔｙｌｅ細胞にトランスフェクトした。細胞を３日間、３７℃で放置して、タンパク質を産生させた。その後、細胞を３０分間、５００×ｇで遠心分離し、続いて３０分間、４０００×ｇでさらに回転させることにより、上清を回収した。細胞培養上清を０．２ｕｍフィルターに通して濾過し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８および２００ｍＭ ＮａＣｌで事前に平衡化した５ｍＬ Ｃタグ親和性マトリックスカラムにロードした。１０カラム体積の１００ｍＭ Ｔｒｉｓ、２００ｍＭ ＮａＣｌおよび３．８ｍＭ ＳＥＰＥＡペプチドを使用して、ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクを溶出した。溶出ピークを濃縮し、泳動緩衝液として５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８および２００ｍＭ ＮａＣｌを使用してＳｕｐｅｒｏｓｅ ６ ｉｎｃｒｅａｓｅ １０／３００ ＧＬゲル濾過カラムに注入した。単分散ＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクに対応するＳＥＣ画分を収集し、－８０℃での保管のために液体窒素で急速凍結させた。精製されたＳＡＲＳ２ Ｄ６１４Ｇスパイクタンパク質を、ＡｖｉｄｉｔｙからのＢｉｒＡ５００ビオチン化キットを使用してビオチン化した。５０ｕｇのスパイクタンパク質に、５ｕｇのＢｉｒＡ、ならびに１１ｕＬのＢｉｏｍｉｘＡおよびＢｉｏｍｉｘＢを添加した。ビオチン化反応中の最終スパイクタンパク質濃度は、約１ｕＭであった。反応を１６時間、４℃で放置して進行させた。その後、１×ＰＢＳ ｐＨ７．４で事前に平衡した２本のＺｅｂａスピンカラムを使用してタンパク質を脱塩した。

【0519】

ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１およびＡＣＥ－２についてのフローサイトメトリー解析
ＤＣ－ＳＩＧＮ、Ｌ－ＳＩＧＮ、ＳＩＧＬＥＣ１またはＡＣＥ２を発現するＨＥＫ ２９３Ｔ細胞を４×１０^６細胞／ｍＬで再懸濁させ、ウェルあたり１００μＬをＶ底９６ウェルプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、３８９４）に播種した。プレートを２，０００ｒｐｍで５分間、遠心分離し、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）で洗浄した。Ｇｈｏｓｔ ｖｉｏｌｅｔ ５１０細胞生死判定用色素（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３－０８７０－Ｔ１００、１：１，０００希釈）を含有する２００μＬのＰＢＳに細胞を再懸濁させ、１５分間、氷上でインキュベートし、その後、洗浄した。１：１００希釈の一次抗体：マウス抗ＤＣ／Ｌ－ＳＩＧＮ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ、カタログ番号８４５００２）、ウサギ抗ＤＣ－ＳＩＧＮ（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、カタログ番号１３１９３）、マウス抗ＳＩＧＬＥＣ１（Ｂｉｏｌｏｇｅｎｄ、カタログ番号３４６００２）またはヤギ抗ＡＣＥ２（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ番号ＡＦ９３３）、を含有するＰＢＳ中の０．５％ＢＳＡ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を用いて調製した１００μＬのＦＡＣＳ緩衝液に、細胞を再懸濁させた。氷上での１時間のインキュベーション後、細胞を２回洗浄し、１：２００希釈のＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ－４８８標識二次抗体：ヤギ抗マウス（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１００１）、ヤギ抗ウサギ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１００８）またはロバ抗ヤギ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ カタログ番号Ａ１１０５５）、を含有するＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁させた。氷上での４５分間のインキュベーション後、細胞を２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液で３回洗浄し、２００μＬの４％ＰＦＡ（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ）で１５分間、室温で固定した。細胞を３回洗浄し、２００μＬのＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁させ、ＣｙｔｏＦＬＥＸフローサイトメーター（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用してフローサイトメトリーにより解析した。

【0520】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクおよびＲＢＤの細胞への結合のフローサイトメトリー
ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＤ６１４Ｇタンパク質（Ｓｐｉｋｅｂｉｏｔｉｎ、自社で生成）またはビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤｂｉｏｔｉｎ、Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、４０５９２－Ｖ０８Ｂ）を、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７ストレプトアビジン（ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓ２１３７４）とともに、体積比１：２０で２０分間、室温でインキュベートした。その後、標識タンパク質をさらなる使用まで４℃で保管した。細胞をＴｒｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｇｉｂｃｏ、１２６０５－０１０）で解離させ、１０^５細胞を９６ウェルＶ底プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ、３８９４）の各ウェルに移した。細胞をフローサイトメトリー緩衝液（ＰＢＳ中の２％ＦＢＳ（Ｃａ／Ｍｇ不含））で２回洗浄し、２０μｇ／ｍｌの最終濃度のＳｐｉｋｅｂｉｏｔｉｎ－ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐ、または７．５μｇ／ｍｌの最終濃度のＲＢＤｂｉｏｔｉｎ－ＡＦ６４７－ｓｔｒｅｐで、１時間、氷上で染色した。染色された細胞をフローサイトメトリー緩衝液で２回洗浄し、１％ＰＦＡ（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１５７１４－Ｓ）に再懸濁させ、Ｃｙｔｏｆｌｅｘ ＬＸ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で解析した。

【0521】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的ｍＡｂの組換え発現。
ヒトｍＡｂを、前に記載したようにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２免疫ドナーの形質細胞またはメモリーＢ細胞から単離した。組換え抗体をＥｘｐｉＣＨＯ細胞において３７℃および８％ＣＯ_２で発現させた。ＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅを使用して、細胞にトランスフェクトした。トランスフェクションの１日後に、トランスフェクト細胞にＥｘｐｉＣＨＯ ＦｅｅｄおよびＥｘｐｉＦｅｃｔａｍｉｎｅ ＣＨＯ Ｅｎｈａｎｃｅｒを補充した。トランスフェクションの８日後に細胞培養上清を収集し、０．２μｍフィルターに通して濾過した。５ｍＬ ＨｉＴｒａｐ（商標）ＭａｂＳｅｌｅｃｔ（商標）ＰｒｉｓｍＡカラムを使用してAＫＴＡｘｐｒｅｓｓ ＦＰＬＣデバイスで組換え抗体を親和性精製し、続いてＨｉＰｒｅｐ ２６／１０脱塩カラムを使用してヒスチジン緩衝液（２０ｍＭヒスチジン、８％スクロース、ｐＨ６）への緩衝液交換を行った。

【0522】

ハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染モデル
ウイルス調製
本研究で使用したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株、ＢｅｔａＣｏｖ／Ｂｅｌｇｉｕｍ／ＧＨＢ－０３０２１／２０２０（ＥＰＩ ＩＳＬ １０９ ４０７９７６｜２０２０－０２－０３）は、２０２０年２月に中国の武漢から帰国した、ＲＴ－ｑＰＣＲで確認された無症候の患者から採取した、鼻咽頭スワブから回収した。原型的なＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１ ２０１９－ｎＣｏＶ（ＧｅｎＢａｎｋ受託１１２番号ＭＮ９０８９４７．３）株との近縁を系統発生解析により確認した。感染性ウイルスをＨｕＨ７およびＶｅｒｏ Ｅ６細胞での連続継代により単離し、継代６のウイルスをここで記載する研究に使用した。ウイルスストックの力価を、ＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によるＶｅｒｏ Ｅ６細胞での終点希釈により決定した。

【0523】

細胞
Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞（アフリカミドリザル腎臓、ＡＴＣＣ ＣＲＬ－１５８６）を、１０％ウシ胎児血清（Ｉｎｔｅｇｒｏ）と１％Ｌ－グルタミン（Ｇｉｂｃｏ）と１％重炭酸塩（Ｇｉｂｃｏ）とを補充した最小必須培地（Ｇｉｂｃｏ）で培養した。１０％ではなく２％ウシ胎児血清を含有する培地で、終点力価測定を行った。

【0524】

ハムスターにおけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染モデル
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のハムスター感染モデルは、前に記載した。特定の研究設計を下に概略的に示す。手短に言えば、野生型シリアンゴールデンハムスター（Ｍｅｓｏｃｒｉｃｅｔｕｓ ａｕｒａｔｕｓ）をＪａｎｖｉｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから購入し、飼料および水を自由に摂取でき、ケージエンリッチメント（木製ブロック）が施されている、換気式アイソレーターケージ（ＩｓｏＣａｇｅ Ｎ Ｂｉｏｃｏｎｔａｉｎｍｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ）に２匹ずつ収容した。研究開始前に４日間、動物を慣れさせた。収容条件および実験手順は、ＫＵ Ｌｅｕｖｅｎの動物実験倫理委員会により承認された（ライセンスＰ０６５－２０２０）。雌６～８週齢ハムスターをケタミン／キシラジン／アトロピンで麻酔し、２×１０^６のＴＣＩＤ５０のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含有する５０μＬを鼻腔内接種した（０日目）。

【0525】

処置レジメン
動物に予防的処置を施した４８時間後に、腹腔内投与（ｉ．ｐ．）により動物を感染させ、外観、行動および体重についてモニターした。感染後（ｐ．ｉ．）４日目に、ハムスターを５００μＬのＤｏｌｅｔｈａｌ（２００ｍｇ／ｍＬのペントバルビタールナトリウム、Ｖｅｔｏｑｕｉｎｏｌ ＳＡ）のｉ．ｐ．注射により安楽死させた。肺を採取し、ウイルスＲＮＡおよび感染性ウイルスを、それぞれ、ＲＴ－ｑＰＣＲおよび終点ウイルス力価測定により定量した。血液試料をＰＫ解析のために感染前に採取した。

【0526】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＴ－ｑＰＣＲ
採取した肺組織を、３５０μＬのＲＬＴ緩衝液（ＲＮｅａｓｙＭｉｎｉｋｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ）中でビーズ破壊（Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ）を使用して均質化し、遠心分離（１０．０００ｒｐｍ、５分）して細胞デブリをペレット化した。ＲＮＡを製造業者の指示に従って抽出した。５０μＬの溶出液のうち、４μＬをＲＴ－ｑＰＣＲ反応において鋳型として使用した。ヌクレオカプシドを標的とするＮ２プライマーおよびプローブとを備えているｉＴａｑ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅｓ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲキット（ＢｉｏＲａｄ）を使用してＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ９６プラットフォーム（Ｒｏｃｈｅ）でＲＴ－ｑＰＣＲを行った。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｃＤＮＡ（ＩＤＴ）の標準物質を使用して、組織のｍｇあたりまたは血清のｍＬあたりのウイルスゲノムコピー数で表した。

【0527】

終点ウイルス力価測定
肺組織を、３５０μＬの最小必須培地中でビーズ破壊（Ｐｒｅｃｅｌｌｙｓ）を使用して均質化し、遠心分離（１０，０００ｒｐｍ、５分、４℃）して細胞デブリをペレット化した。感染性ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２粒子を定量するために、９６ウェルプレート内の集密Ｖｅｒｏ Ｅ６細胞で終点力価測定を行った。Ｌｉｎｄｅｎｂａｃｈ計算機を使用してＲｅｅｄおよびＭｕｅｎｃｈの方法によりウイルス力価を算出し、組織のｍｇあたりの５０％組織培養感染量（ＴＣＩＤ５０）として表した。

【0528】

組織診断
組織学的検査のために、肺を一晩、４％ホルムアルデヒドで固定し、パラフィンに包埋した。ヘマトキシリンおよびエオシンでの染色後に組織切片（５μｍ）を分析し、専門の病理学者が盲検的に肺損傷についてのスコアを付けた。１～３の累積スコアの要因となるスコア付けされるパラメーターは、次のものであった：うっ血、肺胞内出血性のもの、気管支壁のアポトーシス小体、壊死性細気管支炎、血管周囲の浮腫、気管支肺炎、血管周囲炎、気管支周囲炎、および血管炎。

【0529】

ハムスター単球への免疫複合体の結合
正確なモル比（それぞれ、４：８：１）を使用してＳ３０９ ｍＡｂ（ｗｔまたはＮ２９７Ａのどちらかの、ハムスターＩｇＧ）とビオチン化抗イディオタイプｆａｂ断片およびＡｌｅｘａ－４８８－ストレプトアビジンとを複合体化することにより、免疫複合体（ＩＣ）を生成した。事前に生成した蛍光ＩＣを段階希釈し、無感作動物から得た再生したてのハムスター脾細胞と４℃で３時間、インキュベートした。その後、死細胞の排除および単球集団に対する物理的ゲーティングによる、サイトメトリーによって、細胞の結合を評価した。結果を、全単球集団のＡｌｅｘａ－４８８平均蛍光強度として表す。

【0530】

バイオインフォマティック解析
Ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ Ｈｕｍａｎ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ａｔｌａｓ（ＨＬＣＡ）データおよび細胞型アノテーションをＧｉｔｈｕｂ（ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｋｒａｓｎｏｗｌａｂ／ＨＬＣＡ）からダウンロードした。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染個体からの肺上皮および免疫細胞についての処理された単一細胞トランスクリプトームデータおよびアノテーションを、ＮＣＢＩ ＧＥＯデータベース（ＩＤ：ＧＳＥ１５８０５５）およびＧｉｔｈｕｂ（ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｚｈａｎｇｚｌａｂ／ｃｏｖｉｄ＿ｂａｌｆ）からダウンロードした。Ｌｉａｏらによる第２の単一細胞トランスクリプトームの研究からの入手可能な配列データを、ウイルスＲＮＡに対応する読み取りデータの点検のためにＮＣＢＩ ＳＲＡ（ＩＤ：ＰＲＪＮＡ６０８７４２）からダウンロードした。ゲノムＲＮＡに対するｓｇＲＮＡの割合を、リーダー－ＴＲＳ接合部を裏付けるＴＲＳ含有読み取りデータを計数することにより推定した。リーダー－ＴＲＳ接合部読み取りデータの検出のための基準および方法は、Ａｌｅｘａｎｄｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ． Ｔｈｅ ｖｉｒａｌ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ａｎｄ ＴＲＳ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｗａｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１ ＮＣ＿０４５５１２．２／ＭＮ９０８９４７^４９から抜粋した。重症ＣＯＶＩＤ－１９を有する個体からの２つの試料にのみ、検出可能なリーダー－ＴＲＳ接合部読み取りデータがあった（ＳＲＲ１１１８１９５８、ＳＲＲ１１１８１９５９）。

【0531】

上記の様々な実施形態を組み合わせて、さらなる実施形態を得ることができる。２０２０年５月８日に出願された米国特許出願第６３／０２２，３９２号、２０２０年５月１３日に出願された米国特許出願第６３／０２４，３７２号、２０２０年５月２０日に出願された米国特許出願第６３／０２７，８１４号、２０２０年５月２２日に出願された米国特許出願第６３／０２９，３３８号、２０２０年５月２８日に出願された米国特許出願第６３／０３１，２８６号、２０２０年６月１日に出願された米国特許出願第６３／０３３，０４５号、２０２０年６月９日に出願された米国特許出願第６３／０３６，６８３号、２０２０年６月１６日に出願された米国特許出願第６３／０３９，９３９号、２０２０年６月３０日に出願された米国特許出願第６３／０４６，４６５号、２０２０年７月２８日に出願された米国特許出願第６３／０５７，７６７号、２０２０年１０月１２日に出願された米国特許出願第６３／０９０，６６７号、２０２０年１１月１３日に出願された米国特許出願第６３／１１３，４５０号、２０２１年２月２５日に出願された米国特許出願第６３／１５３，７８４号、および２０２１年４月２日に出願された米国特許出願第６３／１７０，３６８号を含む、本明細書で言及するおよび／または本出願データシートに列挙する米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許公表文献の全ては、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。様々な特許、出願および公表文献の概念を利用するために必要に応じて実施形態の態様を変更して、またさらなる実施形態を得ることができる。

【0532】

上記の詳細な説明に照らして、これらおよび他の変更を実施形態に加えることができる。一般に、下記の特許請求の範囲において使用する用語は、本特許請求の範囲を、本明細書および本特許請求の範囲で開示する特定の実施形態に限定するように解釈すべきでなく、当該特許請求の範囲に権利がある均等物の全範囲とともに全ての可能な実施形態を含むように解釈すべきである。したがって、本特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図1D】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図3D】

【図3E】

【図3F】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図4D】

【図4E】

【図4F】

【図4G】

【図4H】

【図4I】

【図4J】

【図4K】

【図4L】

【図4M】

【図4N】

【図5A】

【図5B】

【図5C】

【図5D】

【図6A】

【図6B】

【図7-1】

【図7-2】

【図8A】

【図8B】

【図9A】

【図9B】

【図9C】

【図9D】

【図9E】

【図9F】

【図10A】

【図10B】

【図10C】

【図10D】

【図10E】

【図11A】

【図11B】

【図11C】

【図11D】

【図12A】

【図12B】

【図12C】

【図12D】

【図13A】

【図13B】

【図14A】

【図14B】

【図14C】

【図14D】

【図14E】

【図14F】

【図14G】

【図14H】

【図15-1】

【図15-2】

【図16A】

【図16B】

【図16C】

【図16D】

【図17A】

【図17B】

【図17C】

【図18A】

【図18B】

【図18C】

【図18D】

【図18E】

【図19A】

【図19B】

【図19C】

【図19D】

【図19E】

【図20A】

【図20B】

【図21A】

【図21B】

【図22A】

【図22B】

【図23A】

【図23B】

【図24】

【図25A】

【図25B】

【図26】

【図27】

【図28A】

【図28B】

【図29】

【図30】

【図31A】

【図31B】

【図32A】

【図32B】

【図32C】

【図33A】

【図33B】

【図34A】

【図34B】

【図35】

【図36】

【図37A】

【図37B】

【図38A】

【図38B】

【図39A】

【図39B】

【図40】

【図41】

【図42】

【図43】

【図44】

【図45】

【図46】

【図47】

【図48】

【図49】

【図50A】

【図50B】

【図51】

【図52】

【図53】

【図54】

【図55】

【図56A】

【図56B】

【図57】

【図58】

【図59】

【図60】

【図61】

【図62】

【図63】

【図64】

【図65】

【図66】

【図67】

【図68】

【図69】

【図70】

【図71】

【図72】

【図73】

【図74】

【図75】

【図76】

【図77】

【図78】

【図79】

【図80】

【図81】

【図82】

【図83】

【図84】

【図85】

【図86-1】

【図86-2】

【図87】

【図88】

【図89】

【図90】

【図91】

【図92】

【図93】

【図94】

【図95】

【図96】

【図97】

【図98】

【図99】

【図100】

【配列表】

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【国際調査報告】