特表2023-525666Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに生物変換するＤ－アルロース３－エピメラーゼ
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-06-19
(54)【発明の名称】Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに生物変換するＤ－アルロース３－エピメラーゼ
(51)【国際特許分類】
C12P 19/02 20060101AFI20230612BHJP
C12N 9/90 20060101ALN20230612BHJP
C12N 15/31 20060101ALN20230612BHJP
C12N 15/61 20060101ALN20230612BHJP
C12N 1/21 20060101ALN20230612BHJP
C12N 15/63 20060101ALN20230612BHJP
C12N 1/15 20060101ALN20230612BHJP
C12N 1/19 20060101ALN20230612BHJP
C12N 5/10 20060101ALN20230612BHJP
【ＦＩ】
C12P19/02 ZNA
C12N9/90
C12N15/31
C12N15/61
C12N1/21
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N5/10
【審査請求】有
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022564671
(86)(22)【出願日】2021-05-11
(85)【翻訳文提出日】2022-10-24
(86)【国際出願番号】 US2021031859
(87)【国際公開番号】W WO2021231488
(87)【国際公開日】2021-11-18
(31)【優先権主張番号】63/022,617
(32)【優先日】2020-05-11
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＲＩＴＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】516131979
【氏名又は名称】コナゲン インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100114775
【弁理士】
【氏名又は名称】高岡 亮一
(74)【代理人】
【識別番号】100121511
【弁理士】
【氏名又は名称】小田 直
(74)【代理人】
【識別番号】100202751
【弁理士】
【氏名又は名称】岩堀 明代
(74)【代理人】
【識別番号】100208580
【弁理士】
【氏名又は名称】三好 玲奈
(74)【代理人】
【識別番号】100191086
【弁理士】
【氏名又は名称】高橋 香元
(72)【発明者】
【氏名】マオ，グオホン
(72)【発明者】
【氏名】バッテン，マイケル
(72)【発明者】
【氏名】ハンレイ，ティモシー，ヨセフ
(72)【発明者】
【氏名】ハント，フィリップ
(72)【発明者】
【氏名】リウ，ホンファン
(72)【発明者】
【氏名】ルオ，ヤン
(72)【発明者】
【氏名】ユ，オリバー
【テーマコード（参考）】
4B050
4B064
4B065
【Ｆターム（参考）】
4B050CC03
4B050CC04
4B050DD01
4B050KK07
4B050LL05
4B064AF02
4B064CA02
4B064CA05
4B064CA06
4B064CA08
4B064CA09
4B064CA10
4B064CA11
4B064CA19
4B064CA21
4B064CC24
4B064CD09
4B064DA10
4B065AA01X
4B065AA01Y
4B065AA26X
4B065AA57X
4B065AA57Y
4B065AA83X
4B065AA86X
4B065AA87X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA27
4B065CA41
(57)【要約】
様々な微生物からＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを同定および単離する方法が、本明細書において提供される。また、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性をコードするポリヌクレオチドを含む核酸構築物、ベクターおよび組換え宿主細胞、ならびにＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する該組換え宿主細胞またはＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する該組換え宿主細胞のＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を用いてフルクトースからアルロースを産生する方法が提供される。
【選択図】図１
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
アルロースを産生する方法であって、該方法が：（ａ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む酵素システム；
（ｂ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子を含む組換えベクターで形質転換された宿主細胞；
および／または
（ｃ）フルクトース基質がアルロースに変換されるような条件下の、（ｂ）の宿主細胞の溶解物であって、
ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が：
配列番号：１、配列番号：３、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１１、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、配列番号：２５、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、
溶解物、
を含む反応混合物にフルクトース基質を接触させることを含む、方法。
【請求項2】
請求項１の方法であって、ここで該反応混合物が、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む、方法。
【請求項3】
請求項２の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項4】
請求項２の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項5】
請求項２の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、または配列番号：２５のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項6】
請求項１の方法であって、ここで該反応混合物が、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む、方法。
【請求項7】
請求項６の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項8】
請求項６の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３のアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項9】
請求項１の方法であって、ここで該条件が、該酵素システムおよび該フルクトース基質を２５℃と７５℃との間の温度で維持することを含む、方法。
【請求項10】
請求項１の方法であって、ここで該条件が、該酵素システムおよび該フルクトース基質をｐＨ４とｐＨ１０との間のｐＨで維持することを含む、方法。
【請求項11】
請求項１の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が単離形態である、方法。
【請求項12】
請求項１の方法であって、ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素が、固体基質に固定化されている、方法。
【請求項13】
請求項１の方法であって、ここで該反応混合物が、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子を含む組換えベクターで形質転換された宿主細胞、または該宿主細胞の溶解物を含み、ここでＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする該核酸分子が配列番号：２、配列番号：４、配列番号：６、配列番号：８、配列番号：１０、配列番号：１２、配列番号：１４、配列番号：１６、配列番号：１８、配列番号：２０、配列番号：２２、配列番号：２４、配列番号：２６、配列番号：２８、配列番号：３０、配列番号：３２、配列番号：３４、配列番号：３６、配列番号：３８、配列番号：４０，配列番号：４２、および配列番号：４４から成る群から選択されるポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、
方法。
【請求項14】
請求項１３の方法であって、ここで該宿主細胞が、酵母細胞、糸状菌細胞、細菌性細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、およびラビリンチュラ（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｅｔｅｓ）細胞から成る群から選択される、方法。
【請求項15】
請求項１４の方法であって、ここで該宿主細胞が、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）またはピキア酵母（Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ）である、方法。
【請求項16】
請求項１３の方法であって、ここで該組換えベクターが、宿主細胞内で自己複製核酸分子として存在する、方法。
【請求項17】
請求項１３の方法であって、ここで該組換えベクターが、宿主細胞染色体に組み込まれる、方法。
【請求項18】
請求項１の方法であって、該方法が少なくとも１種類の金属イオンを該反応システムに添加することをさらに含み、該少なくとも１種類の金属イオンが、マグネシウムイオン、マンガンイオン、銅イオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンから成る群から選択される、方法。
【請求項19】
請求項１８の方法であって、ここで該金属イオンが約０．０１ｍＭ～約５ｍＭの濃度で添加される、方法。
【請求項20】
請求項１の方法であって、フルクトース基質がアルロースに変換されたときに、該反応システムからアルロースを含む産物流を取り出すことを含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連する出願
本出願は、２０２０年５月１１日付けで出願された、「Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに生物変換するＤ－アルロース３－エピメラーゼ（Ｄ－ＡＬＬＵＬＯＳＥ ３－ＥＰＩＭＥＲＡＳＥＳ ＦＯＲ ＢＩＯＣＯＮＶＥＲＳＩＯＮ ＯＦ Ｄ－ＦＲＵＣＴＯＳＥ ＴＯ Ｄ－ＡＬＬＵＬＯＳＥ）」と題する米国仮出願番号第６３／０２２，６１７号の、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づく恩恵を主張するものである。その出願の開示内容全体が参照として本明細書に組み入れられる。
本出願は、２０２０年５月１１日付けで出願された、「Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに生物変換するＤ－アルロース３－エピメラーゼ（Ｄ－ＡＬＬＵＬＯＳＥ ３－ＥＰＩＭＥＲＡＳＥＳ ＦＯＲ ＢＩＯＣＯＮＶＥＲＳＩＯＮ ＯＦ Ｄ－ＦＲＵＣＴＯＳＥ ＴＯ Ｄ－ＡＬＬＵＬＯＳＥ）」と題する米国仮出願番号第６３／０２２，６１７号の、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づく恩恵を主張するものである。その出願の開示内容全体が参照として本明細書に組み入れられる。
【0002】
本発明は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を用いてフルクトースからＤ－アルロースを産生する方法に関する。本発明は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドおよび該ポリペプチドをコードする核酸分子を提供する。本発明はまた、ベクターを含む組換え核酸構築物、および該組換え核酸構築物を含む組換え宿主細胞に関する。
【背景技術】
【0003】
Ｄ－アルロースはＤ－プシコースとしても知られ、フルクトースに構造的に類似する糖の一種である；これは果物に天然に存在する糖である。Ｄ－アルロースは顆粒化形態で利用可能であり、スクロース結晶に類似する。アルロースは、その甘みがスクロースの甘みの７０％に相当する低カロリー甘味料である。米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によれば、アルロースはグラム当たり約０．４カロリーであり、スクロースのグラム当たり４カロリーに比べて有意に低いものである。ヒトの身体はアルロースを吸収することはできるが、アルロースの代謝ができない。その結果、アルロースは、血中グルコースにもインスリンレベルにもほとんど影響を与えないか、あるいは全く影響を与えない。このような理由で、アルロースは低カロリー甘味料とみなされる。
【0004】
アルロースは、乾燥フルーツ、ブラウンシュガー、およびメープルシロップにごく少量存在するなど、一部の食物には天然に含まれている。アルロースの化学合成は困難であるため、本分野においては、組換え微生物を用いてフルクトースなど容易に利用可能な糖類からアルロースを産生することが必要となる。
【発明の概要】
【0005】
Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ（ＤＡＥ；Ｄ－プシコース３－エピメラーゼ（ＤＰＥ）ともよばれる）を含むケトース３－エピメラーゼファミリーに属する酵素は、Ｄ－フルクトースからＤ－アルロースへの可逆性変換を触媒することができる。Ｄ－アルロース３－エピメラーゼは、Ｄ－フルクトースからＤ－アルロースへの生物変換について高活性を有し得る。本発明は特に、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する組換えポリペプチドを用いて、Ｄ－フルクトースからＤ－アルロースを産生する方法を提供する。
【0006】
一実施態様において、本法は、フルクトース基質を反応混合物に接触させる工程を含むが、ここで該反応混合物は、Ｄ－フルクトース基質がＤ－アルロースに変換される条件下で、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素活性を有する組換えポリペプチドを含む酵素システムを含む。本発明の一態様において、該酵素システムは、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素活性を有する組換えポリペプチド、および産物としてのＤ－アルロースを産生するための基質であるＤ－フルクトースを提供する。本発明のさらに別の一局面において、本法は、フルクトース基質を反応混合物に接触させる工程を含み得るが、ここで該反応混合物は、外来性Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを発現可能な宿主細胞、またはＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素の供給源として、そのような宿主細胞の溶解物を含む。本実施態様の特定の局面においては、該酵素システム中のＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は精製酵素であり、それは、本技術分野において公知の１種類以上の生化学的技術を用いることによるＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を発現する宿主細胞の溶解物に由来するものであり得る。本発明のさらに別の一局面においては、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼの精製物が、固体支持体に固定化されている。様々な実施態様において、本法は、少なくとも１種類の金属イオンを該反応システムに添加することをさらに含み得る。例えば、該金属イオンは、マグネシウムイオン、マンガンイオン、銅イオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンから成る群から選択され得る。いくつかの好ましい実施態様においては、マンガンイオンおよび／またはマグネシウムイオンを該反応システムに添加する。該金属イオンは、約０．０１ｍＭ～約５ｍＭ（例えば、０．０１ｍＭ、０．０５ｍＭ、０．１ｍＭ、０．２ｍＭ、０．３ｍＭ、０．４ｍＭ、０．５ｍＭ、０．６ｍＭ、０．７ｍＭ、０．８ｍＭ、０．９ｍＭ、１ｍＭ、２ｍＭ、３ｍＭ、４ｍＭ、または５ｍＭ）の濃度で添加することができる。様々な局面において、本法は、該反応システム中の残余のフルクトースを含まないアルロース含有産物流を取り出す工程を含み得る。
【0007】
別の一実施態様において、本発明は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を提供する。本実施態様の一局面においては、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、必要とする制御性要素（プロモーターおよびターミネーターなど）を含む適切なプラスミド発現ベクターにクローン化する。一局面において、該プラスミド発現ベクターは、誘導性プロモーターを有しており、特定の化学物質を用いることによって、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素活性の発現を誘導することができる。
【0008】
さらに別の一実施態様においては、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む発現プラスミドベクターを用いて宿主細胞を形質転換するが、該宿主細胞としては原核微生物細胞あるいは真核微生物細胞または真核動物細胞または真核植物細胞が挙げられる。一局面においては、形質転換した宿主細胞中において、該発現プラスミドベクターは自己複製核酸物質として存在する。本実施態様の別の局面においては、該発現プラスミドベクターは宿主染色体ＤＮＡ中に組み込まれる。
【0009】
別の一実施態様では、本発明は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを含む反応における基質としてのＤ－フルクトースを含まないＤ－アルロースを回収する方法を提供する。
【0010】
いくつかの実施態様において、本明細書に記載のアルロースを産生する方法は、以下を含む反応混合物にフルクトース基質を接触させる工程を含む：
（ａ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む酵素システム；
（ｂ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子を含む組換えベクターで形質転換された宿主細胞；
および／または
（ｃ）フルクトース基質がアルロースに変換される条件下での（ｂ）の宿主細胞の溶解物、
ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：１、配列番号：３、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１１、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、配列番号：２５、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施態様において、該反応混合物は、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む。
（ａ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む酵素システム；
（ｂ）Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子を含む組換えベクターで形質転換された宿主細胞；
および／または
（ｃ）フルクトース基質がアルロースに変換される条件下での（ｂ）の宿主細胞の溶解物、
ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：１、配列番号：３、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１１、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、配列番号：２５、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施態様において、該反応混合物は、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む。
【0011】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９０％（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、００％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0012】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、および配列番号：２５から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９５％（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、００％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0013】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：１、配列番号：５、配列番号：７、配列番号：９、配列番号：１３、配列番号：１５、配列番号：１７、配列番号：１９、配列番号：２１、配列番号：２３、または配列番号：２５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：５のアミノ酸配列を含む。
【0014】
いくつかの実施態様においては、該反応混合物は、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を含む。
【0015】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９０％（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、００％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0016】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３から成る群から選択されるポリペプチドに対して、少なくとも９５％（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、００％、または１００％）の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0017】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は、配列番号：３、配列番号：１１、配列番号：２７、配列番号：２９、配列番号：３１、配列番号：３３、配列番号：３５、配列番号：３７、配列番号：３９、配列番号：４１、および配列番号：４３のアミノ酸配列を含む。
【0018】
いくつかの実施態様において、該条件は、２５℃と７５℃との間の温度（例えば、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、７０℃、または７５℃）で酵素システムおよびフルクトース基質を維持することを含む。
【0019】
いくつかの実施態様において、該条件は、ｐＨ４とｐＨ１０との間のｐＨ（例えば、ｐＨが４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、または１０）で酵素システムおよびフルクトース基質を維持することを含む。
【0020】
いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は単離された形態である。いくつかの実施態様において、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素は固体基質上に固定化される。
【0021】
いくつかの実施態様において、該反応混合物は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子を含む組換えベクターで形質転換された宿主細胞、または該宿主細胞の溶解物を含み、
ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子は、配列番号：２、配列番号：４、配列番号：６、配列番号：８、配列番号：１０、配列番号：１２、配列番号：１４、配列番号：１６、配列番号：１８、配列番号：２０、配列番号：２２、配列番号：２４、配列番号：２６、配列番号：２８、配列番号：３０、配列番号：３２、配列番号：３４、配列番号：３６、配列番号：３８、配列番号：４０，配列番号：４２、および配列番号：４４から成る群から選択されるポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施態様においては、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子は、配列番号：４４のポリヌクレオチド配列を含む。
ここで該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子は、配列番号：２、配列番号：４、配列番号：６、配列番号：８、配列番号：１０、配列番号：１２、配列番号：１４、配列番号：１６、配列番号：１８、配列番号：２０、配列番号：２２、配列番号：２４、配列番号：２６、配列番号：２８、配列番号：３０、配列番号：３２、配列番号：３４、配列番号：３６、配列番号：３８、配列番号：４０，配列番号：４２、および配列番号：４４から成る群から選択されるポリヌクレオチド配列に対して、少なくとも８０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％）の配列同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施態様においては、該Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素をコードする核酸分子は、配列番号：４４のポリヌクレオチド配列を含む。
【0022】
いくつかの実施態様において、該宿主細胞は、酵母細胞、糸状菌細胞、細菌性細胞、哺乳動物細胞、植物細胞、およびラビリンチュラ（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｅｔｅｓ）細胞から成る群から選択される。いくつかの実施態様において、該宿主細胞は大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）またはピキア酵母（Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ）である。いくつかの実施態様において、該組換えベクターは、宿主細胞内において自己複製核酸分子として存在する。いくつかの実施態様においては、該組換えベクターは、宿主細胞染色体に組み込まれる。
【0023】
いくつかの実施態様においては、本法は、少なくとも１種類の金属イオンを反応システムに添加する工程をさらに含み、該少なくとも１種類の金属イオンは、マグネシウムイオン、マンガンイオン、銅イオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンから成る群から選択される。いくつかの実施態様において、該金属イオンは、約０．０１ｍＭ～約５ｍＭ（例えば、０．０１ｍＭ、０．０５ｍＭ、０．１ｍＭ、０．２ｍＭ、０．３ｍＭ、０．４ｍＭ、０．５ｍＭ、０．６ｍＭ、０．７ｍＭ、０．８ｍＭ、０．９ｍＭ、１ｍＭ、２ｍＭ、３ｍＭ、４ｍＭ、または５ｍＭ）の濃度で添加する。いくつかの実施態様においては、本法は、フルクトース基質がアルロースに変換されたときに、該反応システムからアルロースを含む産物流を取り出す工程をさらに含む。
【0024】
以下の図面は本明細書の一部を成し、本開示の特定の局面をさらに実証する目的で提示されるものである。本明細書に示される特定の実施態様についての詳細な記述と組み合わせて、これらの図面の１つ以上を参照することにより、より深く本開示を理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【0025】
【図1】Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ（ＤＡＥ）によるＤ－フルクトースからＤ－アルロースへの生物変換。
【図2A-2B】Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ候補の酵素スクリーニング。Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性で精製した候補組換えポリペプチドを、５０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ７．２）に対して透析して、Ｄ－フルクトースを基質として用いＤ－アルロース合成についてアッセイした。典型的には、組換えポリペプチド（５～１０μｇ）を、２００μｌのインビトロ反応システムで試験した。反応システムは、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）、３ｍＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＳＯ４、２０ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含むものであった。６０℃で反応を実施し、２時間（図２Ａ）および１６時間（図２Ｂ）後に１０分間加熱することによりその反応を停止した。Ｄ－フルクトースおよびＤ－アルロースの量を調べるために、試料をＨＰＬＣで分析した。
【図3】ｐＨＫＡ－ＡＬ３９プラスミド構築物のマップ。
【図4A-4B】工学的に改変したピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）株によって産生されるＡＬ酵素の同定と特徴付け。図４Ａは、工学的に改変したピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）株の培地に分泌されたＡＬ３９酵素のＳＤＳ－ＰＡＧＥ（１６％）分析を示す。ＡＬ３９酵素を矢印で示す。Ｍ：蛋白質ラダー；Ｓ：工学的に改変したピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）株の培地試料（１２μＬ）。図４ＢはＤＡＥ活性を示す。１時間の反応後に、フルクトースおよびアルロースの存在について培地を分析した。
【図5】再利用サイクル（１～５）における固定化ＡＬ３９酵素のＤＡＥ活性の比較。
【発明を実施するための形態】
【0026】
アルロースを産生する本発明の方法は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドを含む反応混合物にフルクトース基質を接触させる工程を含む。Ｄ－フルクトースは好ましい基質であり、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼは好ましい酵素である。本発明の反応混合物は、１種類以上の補助因子をさらに含むことができる。二価の陽イオンは、本発明の反応混合物における好ましい補助因子である。マンガンおよびマグネシウムは好ましい二価陽イオンであり、それぞれＭｇＣｌ２およびＭｎＳＯ４の形態で添加することができる。他の好適な二価の陽イオンとしては、銅イオン、亜鉛イオン、ニッケルイオン、コバルトイオン、鉄イオン、アルミニウムイオン、およびカルシウムイオンを挙げることができる。本発明の一実施態様においては、本発明にしたがって用いられるＤ－アルロース３－エピメラーゼが、好適な緩衝液中の高度精製相同的組換え蛋白質として提供される。本発明の別の一実施態様においては、本発明にしたがって用いられるＤ－アルロース３－エピメラーゼが、固体支持体上に固定化された高度精製組換え蛋白質として提供される。本発明の別の一実施態様においては、反応混合物は、組換えＤ－アルロース３－エピメラーゼを発現する組換え原核細胞または組換え真核細胞を含むが、これら組換え原核細胞または組換え真核細胞はＤ－アルロース３－エピメラーゼの供給源として用いられる。
【0027】
本発明の宿主細胞は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する異種蛋白質の発現に好適な任意の細胞である。３－エピメラーゼ活性を有する異種蛋白質を発現するそのような宿主細胞は、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む組換えプラスミドで宿主細胞を形質転換することによって得られ、そのような宿主細胞は本発明において組換え宿主細胞とよばれる。本発明に好適な宿主細胞としては、細菌性細胞、酵母細胞、植物細胞、動物細胞、およびラビリンチュラ（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｅｔｅｓ）細胞が挙げられるが、これらのみに限定されるものではない。いくつかの実施態様においては、この細胞システムは、細菌性細胞、酵母細胞、またはそれらの組み合わせを含む。本発明に好適な細菌性細胞としては、以下を含むが、これらのみに限定されるものではない：
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａの複数菌種、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの複数菌種、Ｚｙｍｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓの複数菌種、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍの複数菌種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍの複数菌種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓの複数菌種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｅｒｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｃｏｍａｍｏｎａｓの複数菌種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｒａｌｓｔｏｎｉａの複数菌種、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ｍｉｃｒｏｌｕｎａｔｕｓの複数菌種、Ｇｅｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｅｒｒａｔｉａの複数菌種、Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａの複数菌種、Ｔｈｅｒｍｕｓの複数菌種、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍの複数菌種、Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａの複数菌種、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｐａｎｔｏｅａの複数菌種、およびＶｉｂｒｉｏ ｎａｔｒｉｅｇｅｎｓ。本発明に好適な酵母細胞としては、工学的に改変した酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）の複数菌種、分裂酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、クリベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ヤロウイア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、カンジダ・ボイジニイ（Ｃａｎｄｉｄａ ｂｏｉｄｉｎｉｉ）、およびピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ）が挙げられるが、これらのみに限定されるものではない。
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａの複数菌種、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓの複数菌種、Ｚｙｍｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓの複数菌種、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍの複数菌種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍの複数菌種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓの複数菌種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｅｒｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｃｏｍａｍｏｎａｓの複数菌種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓの複数菌種、Ｇｌｕｃｏｎｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｒａｌｓｔｏｎｉａの複数菌種、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ｍｉｃｒｏｌｕｎａｔｕｓの複数菌種、Ｇｅｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓの複数菌種、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒの複数菌種、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｅｒｒａｔｉａの複数菌種、Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａの複数菌種、Ｔｈｅｒｍｕｓの複数菌種、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの複数菌種、Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍの複数菌種、Ｓａｃｃｈａｒｏｐｏｌｙｓｐｏｒａの複数菌種、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの複数菌種、Ｐａｎｔｏｅａの複数菌種、およびＶｉｂｒｉｏ ｎａｔｒｉｅｇｅｎｓ。本発明に好適な酵母細胞としては、工学的に改変した酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）の複数菌種、分裂酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、クリベロマイセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ヤロウイア（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、カンジダ・ボイジニイ（Ｃａｎｄｉｄａ ｂｏｉｄｉｎｉｉ）、およびピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ）が挙げられるが、これらのみに限定されるものではない。
【0028】
用語「細胞培養」は、培養物中の、組換え宿主細胞を含む任意の単一細胞または複数細胞を指す。培養は、制御条件下、典型的には細胞の自然環境外の制御条件下で細胞を増殖させるプロセスである。例えば、酵母細胞などの細胞は、液体栄養ブロス中で細胞懸濁液として増殖させるのであってもよい。細胞培養としては、細菌性細胞培養、酵母細胞培養、植物細胞培養、および動物細胞培養が挙げられるが、これらのみに限定されるものではない。
【0029】
いくつかの実施態様においては、１６℃～４０℃の温度で細胞を培養する。例えば、１６℃、１７℃、１８℃、１９℃、２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、２８℃、２９℃、３０℃、３１℃、３２℃、３３℃、３４℃、３５℃、３６℃、３７℃、３８℃、３９℃または４０℃の温度で細胞を培養するのであってもよい。
【0030】
いくつかの実施態様においては、１２時間～７２時間、またはそれ以上の時間、細胞を培養する。例えば、１２、１８、２４、３０、３６、４２、４８、５４、６０、６６、または７２時間、細胞を培養するのであってもよい。典型的には、細菌性細胞などの細胞を、１２～２４時間培養する。いくつかの実施態様においては、３７℃の温度で１２～２４時間、細胞を培養する。いくつかの実施態様においては、１６℃の温度で１２～２４時間、細胞を培養する。
【0031】
いくつかの実施態様においては、細胞培養培地１ｍｌ当たり生細胞数１ｘ１０８（ＯＤ６００＜１）～２ｘ１０１１（ＯＤ、約２００）の細胞密度で細胞を培養する。いくつかの実施態様においては、１ｘ１０８、２ｘ１０８、３ｘ１０８、４ｘ１０８、５ｘ１０８、６ｘ１０８、７ｘ１０８、８ｘ１０８、９ｘ１０８、１ｘ１０９、２ｘ１０９、３ｘ１０９、４ｘ１０９、５ｘ１０９、６ｘ１０９、７ｘ１０９、８ｘ１０９、９ｘ１０９、１ｘ１０１０、２ｘ１０１０、３ｘ１０１０、４ｘ１０１０、５ｘ１０１０、６ｘ１０１０、７ｘ１０１０、８ｘ１０１０、９ｘ１０１０、１ｘ１０１１、または２ｘ１０１１生細胞／ｍｌの密度で細胞を培養する。（換算率：ＯＤ １＝８ｘ１０８細胞／ｍｌ）。
【0032】
宿主細胞による蛋白質発現を誘導するために、イソプロピルβ－Ｄ－１－チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を０．５ｍＭ添加して、１６℃で２２時間、培養物をさらに増殖させた。遠心分離（３，０００ｘｇ；１０分間；４℃）によって、細胞を回収した。細胞沈殿物を集めて直ぐに用いるか、あるいは－８０℃で保存した。
【0033】
いくつかの実施態様においては、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドを発現する宿主細胞の細胞沈殿物を回収する。いくつかの実施態様においては、宿主細胞沈殿物を様々な濃度で再懸濁するのであってもよい。いくつかの実施態様においては、宿主細胞沈殿物を１ｇ／Ｌ～２５０ｇ／Ｌの濃度で再懸濁する。いくつかの実施態様においては、細胞システムから回収した宿主細胞沈殿物を、１ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２５ｇ／Ｌ、５０ｇ／Ｌ、７５ｇ／Ｌ、１００ｇ／Ｌ、１２５ｇ／Ｌ、１５０ｇ／Ｌ、１７５ｇ／Ｌ、２００ｇ／Ｌ、２２５ｇ／Ｌ、または２５０ｇ／Ｌの濃度で再懸濁する。
【0034】
本明細書中の用語「インキュベートする」および「インキュベーション」は、２種類以上の化学物質または生物学的実体または少なくとも１種類の化学物質および少なくとも１種類の生物学的実体（化合物および酵素など）を混合し、本明細書に記載のような、Ｄ－アルロースなどの産物の産生に好適な条件下で、それらを相互作用させるプロセスを指す。
【0035】
用語「下流分離プロセス」は、元々の基質Ｄ－フルクトースから産物であるＤ－アルロースを分離回収することを意味する。Ｄ－アルロースを産生する酵素反応において基質としてフルクトースを用いる場合には、その反応においてフルクトースが完全に消費されることはなく、酵素反応の最後であっても、反応媒体中にかなりの量のフルクトースが残存している。Ｄ－フルクトースとＤ－アルロースは物理的特性および化学特性が類似しているため、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼおよび基質としてのフルクトースを含む酵素反応の最後に、それらを分離することは困難である。Ｄ－フルクトースから分離してＤ－アルロースを回収する可能な方法の１つは、残余のフルクトースをマンニトールに変換して、マンニトールからＤ－アルロースを分離することである。Ｄ－フルクトースをマンニトールに変換するために、ＮＡＤＰＨ依存性またはＮＡＤＨ依存性のマンニトール脱水素酵素を利用することができる。マンニトール脱水素酵素の作用に必要な還元補助因子ＮＡＤＨを再生させる２酵素システムにおいては、マンニトール脱水素酵素をギ酸脱水素酵素と共に用いることができる。ギ酸脱水素酵素は、ギ酸を二酸化炭素に変換しＮＡＤを還元してＮＡＤＨにする。マンニトールは、低温結晶化によって水溶液から結晶化させることが可能なので、Ｄ－アルロースはＤ－フルクトースから分離した形態で回収することができるのである（Ｓａｈａ、Ｂ．Ｃ．とＲａｃｉｎｅ、Ｆ．Ｍ．（２０１１）「マンニトールの生物学的技術による産生とその応用（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｎｎｉｔｏｌ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）」、Ａｐｐｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．８９：８７９－８９１；米国特許第１０２６６８６２Ｂ２号）。
【0036】
用語「固定化」は、当該技術分野において周知の方法のいずれかを用いた、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを発現する宿主細胞またはＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する精製ポリペプチドの固体支持体への結合を指す。アルギン酸ナトリウムは、海草に由来し、特許文書ＵＳ２０１９１６９５９１Ａ１において詳細に記載されるように、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを発現する宿主細胞またはＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する精製ポリペプチドを固定化するための固体支持体として利用することができる。
【0037】
用語「核酸」および「ヌクレオチド」はそれぞれ、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよび一本鎖形態または二本鎖形態のいずれかであるそのポリマーを指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。特に指定のない限り、この用語は、天然のヌクレオチドの公知の類似体であって、参照核酸に類似の結合特性を有し、天然のヌクレオチドと同様に代謝される類似体を含む核酸をも含むものである。他に明示されるのでない限り、特定の核酸配列はまた、明示的に示される配列と共に、明示されてはいないその保存的改変体またはその縮退変異体（例えば、縮退コドン置換）および相補的配列を含むものとする。
【0038】
用語「ポリペプチド」、「蛋白質」、および「ペプチド」はそれぞれ、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものである；これらの用語は互いに同義語として用いられることもあり、またそのサイズまたは機能とは無関係に、アミノ酸またはアミノ酸類似体のポリマーを指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。「蛋白質」が比較的大型のポリペプチドを指し、他方「ペプチド」は小型のポリペプチドを指すことも多いが、当該技術分野におけるこれらの用語の用法には重複することもあり、また相違を有することもある。特に明記されない限り、本明細書中の用語「ポリペプチド」は、ペプチド、ポリペプチド、および蛋白質を指す。用語「蛋白質」、「ポリペプチド」、および「ペプチド」は、ポリペプチド産物を指す場合には同義語として用いられる。したがって、ポリペプチドの例を示せば、ポリペプチド産物、天然蛋白質、相同体、オルソログ、パラログ、断片およびその他の同等物、変異体、ならびに上記の類似体が挙げられる。
【0039】
ポリペプチドまたは蛋白質の「機能的断片」という用語は、全長ポリペプチドまたは蛋白質の一部分であるペプチド断片であって、全長ポリペプチドまたは蛋白質と実質的に同一の生物学的活性を有する、または全長ポリペプチドまたは蛋白質と実質的に同一の機能を果たす（例えば、同一酵素反応を起こす）ペプチド断片を指す。
【0040】
用語「機能的変異」は、保存的置換変異体をさらに含む。用語「保存的置換変異体」は、１つ以上の保存的アミノ酸置換によって参照ペプチドとは異なるが、参照ペプチドの活性の一部または全てを維持するアミノ酸配列を有するペプチドを指す。「保存的アミノ酸置換」は、機能的に類似の残基によるアミノ酸残基置換である。保存的置換の例としては、イソロイシン、バリン、ロイシンまたはメチオニンなどの非極性（疎水性）残基の別の非極性残基による置換；アルギニンとリジンとの間、グルタミンとアスパラギンとの間、トレオニンとセリンとの間など、電荷性または極性（親水性）残基の別の電荷性または極性残基による置換；リジンまたはアルギニンなどの塩基性残基の別の塩基性残基による置換；または、アスパラギン酸またはグルタミン酸などの酸性残基の別の酸性残基による置換；またはフェニルアラニン、チロシン、またはトリプトファンなどの芳香族残基の別の芳香族残基による置換が挙げられる。そのような置換は、蛋白質またはポリペプチドの見かけの分子量または等電点には全くまたはほとんど影響しないと予想される。「保存的置換変異体」という表現はまた、それによって得られたペプチドが、本明細書に記載するような参照ペプチドの活性の一部または全部を維持するのであれば、ある残基の化学的に誘導体化された残基で置換したペプチドをも含むものである。
【0041】
対象技術のポリペプチドに関連する用語「変異」は、参照ポリペプチドのアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、および１００％同一であるアミノ酸配列を有する機能的に活性なポリペプチドをさらに含む。
【0042】
用語「相同的」は、文法上の形式および綴りの変形の全てにわたって、ポリヌクレオチド間の関連性または「共通の進化的起源」を有するポリペプチド間の関連性を指すものであって、スーパーファミリーに由来するポリヌクレオチドまたはポリペプチド、および異なる生物種に由来する相同的ポリヌクレオチドまたは蛋白質を含む（Ｒｅｅｃｋ、Ｃｅｌｌ ５０：６６７、１９８７）。そのようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、保存的位置における特定のアミノ酸またはモチーフの同一性％についてであっても、またはそれが存在する否かについてであっても、配列類似性に反映されるような配列相同性を有する。例えば、２種類の相同的ポリペプチドは、少なくとも７５％、少なくとも７６％、少なくとも７７％、少なくとも７８％、少なくとも７９％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、および１００％同一であるアミノ酸配列を有し得る。
【0043】
対象技術の変異体ポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性（％）」とは、配列同一性の一部として保存的置換については考慮せずに、必要に応じて、最大の配列同一性％が得られるように、配列を整列させギャップを挿入した後の、参照ポリペプチドとアミノ酸残基が同一である、候補配列中のアミノ酸残基の百分率を指す。
【0044】
アミノ酸配列同一性（％）を決定する目的の整列は、当該技術分野の技術の範囲内にある様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、ＡＬＩＧＮ－２またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公開コンピューターソフトウェアを用いて行うことができる。比較する配列の全長にわたって最大の整列化を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む適切なパラメーターについては、整列評価のために当業者が決定できる。例えば、配列比較プログラムＮＣＢＩ－ＢＬＡＳＴ２を用いて、アミノ酸配列同一性％を決定するのであってもよい。ＮＣＢＩ－ＢＬＡＳＴ２配列比較プログラムは、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖからダウンロードしてもよい。ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ２では、複数の検索パラメーターを利用する；それらの検索パラメーター全てを既定値に設定するが、そのようなパラメーターとしては、例えば、脱マスキング可、鎖長＝全体、予想出現度１０、最小低複雑度領域長＝１５／５、多重パスｅ値＝０．０１、多重パス定数＝２５、最終ギャップ整列のドロップオフ＝２５およびスコアリング行列＝ＢＬＯＳＵＭ６２が挙げられる。アミノ酸配列比較にＮＣＢＩ－ＢＬＡＳＴ２を用いる場合には、所定のアミノ酸配列Ｂについての、所定のアミノ酸配列Ｂとの、または所定のアミノ酸配列Ｂに対する、所定のアミノ酸配列Ａのアミノ酸配列同一性％（あるいは、所定のアミノ酸配列Ｂについての、所定のアミノ酸配列Ｂとの、または所定のアミノ酸配列Ｂに対する、特定のアミノ酸配列同一性％を有する所定のアミノ酸配列Ａ、あるいは含む所定のアミノ酸配列Ａと表現することもできる）は、以下のようにして算出する：分数Ｘ／Ｙを１００倍するが、ここでＸは、ＡとＢをプログラムで整列させる配列整列化プログラムＮＣＢＩ－ＢＬＡＳＴ２によって同一マッチとしてスコア付けしたアミノ酸残基の数であり、Ｙは、Ｂにおけるアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合には、Ｂに対するＡのアミノ酸配列同一性％が、Ａに対するＢのアミノ酸配列同一性％と同一にならないことは理解されるであろう。
【0045】
アミノ酸配列の「類似性」を決定する技術は、当該技術分野において周知である。一般に、「類似性」は、２種類以上のポリペプチドを、アミノ酸の化学的特性および／または物理的特性（電荷または疎水性など）が同一または類似である適切な部位において、アミノ酸間の詳細な比較を行うことを意味する。さらに、比較するポリペプチド配列間で「類似性パーセント」を評価するのであってもよい。核酸およびアミノ酸の配列同一性を決定する技術もまた当該技術分野において周知であり、その遺伝子のｍＲＮＡのヌクレオチド配列を決定し（通常は、ｃＤＮＡ中間体を介する）、そこにコードされるアミノ酸配列を決定して、それを第２のアミノ酸配列と比較することが挙げられる。一般に、「同一性」は、２種類のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の、それぞれ対応するヌクレオチドに対するヌクレオチドまたはアミノ酸に対するアミノ酸の正確な一致を意味する。２種類以上のアミノ酸配列の場合と同様に、２種類以上のポリヌクレオチド配列についても、それらの「同一性％」を評価することによって比較することができる。ウィスコンシン配列解析パッケージ、バージョン８（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．から入手可能）によって利用可能なプログラム、例えば、ＧＡＰプログラムでは、２種類のポリヌクレオチド間の同一性および２種類のポリペプチド配列間の同一性および類似性の両方を、それぞれ計算することができる。配列間の同一性または類似性を算出する他のプログラムも当業者には公知である。
【0046】
参照位置「に対応する」アミノ酸位置は、アミノ酸配列を整列化させることによって識別されるような、参照配列と整列化させる位置を指す。そのような整列化は、用手的に、あるいはＣｌｕｓｔａｌＷ２、Ｂｌａｓｔ２などの周知の配列整列プログラムを用いて、実施することができる。
【0047】
他で特記するのでない限り、２種類のポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の同一性％とは、２種類の配列のうちの短い方の全長にわたる同一アミノ酸残基またはヌクレオチドの百分率を指す。
【0048】
本明細書中の用語「発現」は、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、対象技術の核酸断片に由来するセンスＲＮＡ（ｍＲＮＡ）またはアンチセンスＲＮＡの転写と安定蓄積を指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。「過剰発現」は、正常または非形質転換生物における産生レベルを超える、トランスジェニックまたは組換え生物における遺伝子産物の産生を指す。
【0049】
「形質転換」は、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、標的細胞内へのポリヌクレオチドの導入を指すものとして用いられるのであるが、これのみに限定されるものではない。導入ポリヌクレオチドは、標的細胞のゲノムまたは染色体ＤＮＡに組み込むことが可能であり、その結果として、遺伝的に安定な遺伝的形質が得られ、あるいは宿主染色体ＤＮＡとは独立して複製することができる。形質転換した核酸断片を含む宿主生物は、トランスジェニック」または「組換え」または「形質転換した」生物とよばれる。
【0050】
宿主細胞に関連して用いられる本明細書中の用語「形質転換した」、「トランスジェニック」、および「組換え」はそれぞれ、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、異種核酸分子が導入されている植物細胞または微生物細胞などの宿主生物の細胞を指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。該核酸分子は、宿主細胞のゲノムに安定に組み込まれることが可能であり、あるいは染色体外分子として存在することも可能である。そのような染色体外分子は自己複製することができる。形質転換した細胞、組織、または対象とは、形質転換プロセスの最終産物のみならずそのトランスジェニック子孫をも含むものであると理解されたい。
【0051】
ポリヌクレオチドに関連して用いられる本明細書中の用語「組換え」、「異種」、および「外因性の」はそれぞれ、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、特定の宿主細胞にとって外来性の供給源に由来するポリヌクレオチド、あるいは同一供給源である場合には、その元々の形態から改変されているポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ配列または遺伝子）を指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。したがって、宿主細胞中の異種遺伝子には、特定の宿主細胞にとって内因性の遺伝子ではあるが、例えば、部位特異的突然変異誘発法またはその他の組換え技術を利用することによって改変を行った遺伝子も含まれる。この用語はまた、天然のＤＮＡ配列であるが、コピー数に関して非天然複数コピー数であるものをも含む。したがって、この用語は、宿主細胞にとって外来性または異種である、または宿主細胞にとって相同的であるが、宿主細胞内で、通常その要素が存在するのではない位置または形態において存在するＤＮＡセグメントを指す。
【0052】
同様に、本明細書中において、ポリペプチドまたはアミノ酸配列に関連する用語「組換え」、「異種」、および「外因性の」は、特定の宿主細胞にとって外来性の供給源に由来するポリペプチドまたはアミノ酸配列、あるいは同一供給源である場合には、その元々の形態から改変されているポリペプチドまたはアミノ酸配列を意味する。したがって、組換えポリペプチドを生産するために、宿主細胞において組換えＤＮＡセグメントを発現させることができる。
【0053】
用語「プラスミド」、「ベクター」、および「カセット」はそれぞれ、当業者によって理解される通常の意味であって慣用的な意味にしたがって用いられるものであり、細胞の中心代謝の一部を成すものではなく、また通常、環状二本鎖ＤＮＡ分子の形態であって、多くの場合に遺伝子を保持する染色体外因子を指すものとして用いられるのであるが、それらのみに限定されるものではない。そのような要素は、任意の供給源に由来し、線状または環状の一本鎖または二本鎖のＤＮＡまたはＲＮＡであり、複数のヌクレオチド配列が固有の構築物として結合または組換えされたものであって、適切な３’非翻訳配列と共に、プロモーター断片および選択される遺伝子産物についてのＤＮＡ配列を細胞に導入することが可能な、自律的複製配列、ゲノム組み込み配列、ファージまたはヌクレオチド配列であってもよい。「形質転換カセット」は、外来遺伝子を含む特定のベクターであって、外来遺伝子に加えて、特定の宿主細胞の形質転換を容易にする要素を備えるベクターを指す。「発現カセット」は、外来遺伝子を含む特定のベクターであって、外来遺伝子に加えて、外来性宿主においてその遺伝子の発現促進を可能にする要素を備えるベクターを指す。
【0054】
本明細書に記載の標準的な組換えＤＮＡ技術および分子クローニング技術は、当該技術分野において周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、Ｊ．、Ｆｒｉｔｓｃｈ、Ｅ．Ｆ．およびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｔ．の「分子クローニング：実験室マニュアル第２版（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ２ｎｄ ｅｄ．）」Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ． Ｙ．、１９８９（これ以降、「Ｍａｎｉａｔｉｓ」と称する）；およびＳｉｌｈａｖｙ、Ｔ．Ｊ．、Ｂｅｎｎａｎ、Ｍ．Ｌ．およびＥｎｑｕｉｓｔ、Ｌ．Ｗ．の「遺伝子融合実験（Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｇｅｎｅ Ｆｕｓｉｏｎｓ）」Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ． Ｙ．、１９８４；およびＡｕｓｕｂｅｌ、Ｆ．Ｍ．らの「分子生物学の最新プロトコル（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、１９８７に記載がある；これらの参考文献はそれぞれ、本明細書に対して整合性を有する限り、その全体が参照として本明細書に組み入れられる。
【0055】
他で特に定義されるのでない限り、本明細書で用いられる全ての技術用語および科学的用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって通常理解される意味と同一の意味を有するものである。本明細書に記載の方法および材料と類似あるいは同等の方法および材料は、いずれも本開示の実施または試験において利用され得るものであるが、好ましい材料および方法については後に説明する。
【0056】
実施例
実施例１：Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを発現するプラスミドベクターの構築
Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ（ＤＡＥ）は、Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに変換する能力を有している（図１）。Ｄ－フルクトースを基質として用いるＤ－アルロースの産生に特異的なＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を同定する目的で、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を、多遺伝子分析およびＢＬＡＳＴ分析を用いて同定した。全候補Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ遺伝子の全長ＤＮＡ断片を企業に委託合成させた。ｃＤＮＡのほぼ全てのコドンを大腸菌にとって好ましいコドンに変更した（Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ＣＡ）。発現構築物を作成するため、この合成ＤＮＡを細菌発現ベクターにクローン化した。
実施例１：Ｄ－アルロース３－エピメラーゼを発現するプラスミドベクターの構築
Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ（ＤＡＥ）は、Ｄ－フルクトースをＤ－アルロースに変換する能力を有している（図１）。Ｄ－フルクトースを基質として用いるＤ－アルロースの産生に特異的なＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素を同定する目的で、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を、多遺伝子分析およびＢＬＡＳＴ分析を用いて同定した。全候補Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ遺伝子の全長ＤＮＡ断片を企業に委託合成させた。ｃＤＮＡのほぼ全てのコドンを大腸菌にとって好ましいコドンに変更した（Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ＣＡ）。発現構築物を作成するため、この合成ＤＮＡを細菌発現ベクターにクローン化した。
【0057】
実施例２：組換え大腸菌細胞におけるＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素活性の測定
実施例１の記載のように調製した、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む各発現ベクター構築物を、大腸菌Ｔ７ Ｅｘｐｒｅｓｓ細胞（Ｂｉｏｌａｂｓ、ＭＡ）に形質導入し、次いでを５０μｇ／ｍＬアンピシリンを含むＴｅｒｒｉｆｉｃブロス培地において、ＯＤ６００が０．８～１．０に達するまで大腸菌を３７℃で増殖させた。０．５ｍＭのイソプロピルβ－Ｄ－１－チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を添加することによって、蛋白質発現を誘導し、その培養物を１６℃で２２時間さらに増殖させた。遠心分離（３，０００ｘｇ；１０分間；４℃）によって細胞を回収した。細胞沈殿物を集め、そのまま直ぐに用いるか、あるいは－８０℃で保存した。
実施例１の記載のように調製した、Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む各発現ベクター構築物を、大腸菌Ｔ７ Ｅｘｐｒｅｓｓ細胞（Ｂｉｏｌａｂｓ、ＭＡ）に形質導入し、次いでを５０μｇ／ｍＬアンピシリンを含むＴｅｒｒｉｆｉｃブロス培地において、ＯＤ６００が０．８～１．０に達するまで大腸菌を３７℃で増殖させた。０．５ｍＭのイソプロピルβ－Ｄ－１－チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を添加することによって、蛋白質発現を誘導し、その培養物を１６℃で２２時間さらに増殖させた。遠心分離（３，０００ｘｇ；１０分間；４℃）によって細胞を回収した。細胞沈殿物を集め、そのまま直ぐに用いるか、あるいは－８０℃で保存した。
【0058】
抽出緩衝液（ＢｕｇＢｕｓｔｅｒ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ、ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＵＳ）によって、細胞沈殿物の抽出を行った。遠心分離後、活性アッセイを行うために、その上清を反応混合物に添加した。典型的には、２００μｌのインビトロ反応システムで、上清（５μｌ）を試験した。この反応システムは、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）、１ｍＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＳＯ４、１０ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含むものである。反応は６０℃で行い、１０分間加熱することによりその反応を停止した。試料はＨＰＬＣで分析した。
【0059】
Ｄ－フルクトースおよびＤ－アルロースの濃度は、ＲｅｆｒａｃｔｏｒＭａｘ５２１検出器（ＩＤＥＸ Ｈｅａｌｔｈ ＆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＫＫ、Ｊａｐａｎ）を備えたＨＰＬＣシステム（Ｖａｎｑｕｉｓｈ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＳＡ）で決定した。クロマトグラフィーによる分離は、Ｒｅｚｅｘ ＲＣＭ－単糖Ｃａ２＋カラム（１００ｘ７．８ｍｍ、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、ＣＡ）を用いて行った。０．５ｍｌ／ｍｉｎの流速で水を用いて８０℃でカラムの溶出を行った。Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ酵素活性の分析から、Ｄ－フルクトースからＤ－アルロースへの生物変換する適切な酵素活性を有するＤ－アルロース３－エピメラーゼ酵素について、全体で２１候補を同定した（表１）。
【0060】
実施例３：組換えＤ－アルロース３－エピメラーゼの精製
組換え蛋白質を精製するために、典型的には細胞沈殿物を溶解緩衝液（５０ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、２５ｍｇ／ｍｌリゾチーム、５ｍｇ／ｍｌ ＤＮａｓｅ Ｉ、２０ｍＭイミダゾール、５００ｍＭ ＮａＣｌ、１０％グリセロール、および０．４％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００）に再懸濁した。４℃の超音波処理により細胞を破壊し、遠心分離でその細胞破片を除いた（１８，０００ｘｇ；３０分間）。５０ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、２０ｍＭイミダゾール、５００ｍＭ ＮａＣｌおよび１０％グリセロールを含む平衡化緩衝液で平衡化した親和性カラムＮｉ－ＮＴＡ（Ｑｉａｇｅｎ）に上清を添加した。蛋白質試料添加後、非結合の混入蛋白質を除去するために、カラムを平衡化緩衝液で洗浄した。Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するＨｉｓタグ付加組換えポリペプチドを、２５０ｍＭイミダゾールを含む平衡化緩衝液によって溶出した。
組換え蛋白質を精製するために、典型的には細胞沈殿物を溶解緩衝液（５０ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、２５ｍｇ／ｍｌリゾチーム、５ｍｇ／ｍｌ ＤＮａｓｅ Ｉ、２０ｍＭイミダゾール、５００ｍＭ ＮａＣｌ、１０％グリセロール、および０．４％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００）に再懸濁した。４℃の超音波処理により細胞を破壊し、遠心分離でその細胞破片を除いた（１８，０００ｘｇ；３０分間）。５０ｍＭリン酸カリウム緩衝液（ｐＨ７．２）、２０ｍＭイミダゾール、５００ｍＭ ＮａＣｌおよび１０％グリセロールを含む平衡化緩衝液で平衡化した親和性カラムＮｉ－ＮＴＡ（Ｑｉａｇｅｎ）に上清を添加した。蛋白質試料添加後、非結合の混入蛋白質を除去するために、カラムを平衡化緩衝液で洗浄した。Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有するＨｉｓタグ付加組換えポリペプチドを、２５０ｍＭイミダゾールを含む平衡化緩衝液によって溶出した。
【0061】
Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有する精製候補組換えポリペプチドを、５０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ７．２）に対して透析し、Ｄ－フルクトースを基質として用いてＤ－アルロース合成に関するアッセイを行った。典型的には、２００μｌのインビトロ反応システムで、組換えポリペプチド（５～１０μｇ）を試験した。反応システムは、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）、３ｍＭ ＭｇＣｌ２またはＭｎＳＯ４、２０ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含むものであった。反応を６０℃で実施し、２時間および１６時間後に１０分間加熱することによりその反応を停止させた。試料をＨＰＬＣで分析した。
【0062】
Ｄ－アルロース３－エピメラーゼ活性についてのこれら候補組換えポリペプチドは、アルロース産生に関して二価金属因子の選択性が異なり様々な酵素活性を有している。図２Ａ～２Ｂに示すように、選択された全ての候補が２時間の時点ではＤ－アルロース３－エピメラーゼ活性を有しており（図２Ａ）、反応時間を１６時間まで延長するとＤ－アルロースをさらに産生することが可能である（図２Ｂ）。Ｍｇ２＋の添加と比べて、Ｍｎ２＋の添加では、大部分の酵素（ＡＬ２８、３５、３９、４２、５０および５１）に活性増加が可能であり、このことはこれらの酵素は補因子としてＭｎ２＋を好むことを示唆している。
【0063】
実施例４：ＤＡＥ酵素を作出するための工学的改変ピキア酵母（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）株の作成
ピキア酵母細胞の形質転換に用いる目的でＡＬ３９遺伝子の全長ＤＮＡ断片（配列番号：４３）を合成した。具体的には、ＡＬ３９酵素（配列番号：５）を生産するために、ｃＤＮＡをピキア酵母での発現にコドン最適化した。このＡＬ３９遺伝子を、α－接合因子シグナルペプチドにフレームを合わせて挿入した。ＥｃｏＲＩおよびＮｏｔＩ制限酵素消化を用いて、合成融合遺伝子をｐＨＫＡベクター（改良型ピキア酵母発現ベクター）にクローン化した。発現プラスミド（ｐＨＫＡ－ＡＬ３９、図３）において、発現カセットは、ＡＯＸ１プロモーター、α－接合因子シグナルペプチド、ＡＬ３９遺伝子およびＡＯＸ１転写ターミネーターを含んでいる。
ピキア酵母細胞の形質転換に用いる目的でＡＬ３９遺伝子の全長ＤＮＡ断片（配列番号：４３）を合成した。具体的には、ＡＬ３９酵素（配列番号：５）を生産するために、ｃＤＮＡをピキア酵母での発現にコドン最適化した。このＡＬ３９遺伝子を、α－接合因子シグナルペプチドにフレームを合わせて挿入した。ＥｃｏＲＩおよびＮｏｔＩ制限酵素消化を用いて、合成融合遺伝子をｐＨＫＡベクター（改良型ピキア酵母発現ベクター）にクローン化した。発現プラスミド（ｐＨＫＡ－ＡＬ３９、図３）において、発現カセットは、ＡＯＸ１プロモーター、α－接合因子シグナルペプチド、ＡＬ３９遺伝子およびＡＯＸ１転写ターミネーターを含んでいる。
【0064】
当該技術分野で公知の方法（Ｌｉｎ－Ｃｅｒｅｇｈｉｎｏら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、３８（１）：４４－４８、２００５）を用いて、線状化ｐＨＫＡ－ＡＬ３９プラスミドをピキア酵母細胞（ＧＳ１１５）に形質導入し、その発現カセットをＨＩＳ４遺伝子座の部位でピキア酵母ゲノムに組み込ませた。
【0065】
ＡＬ３９酵素の産生分泌を実証するために、ピキア酵母株ｐＨＫＡ－ＡＬ３９の単一コロニーをバッフル付きフラスコ内のＢＭＧＹ培地に接種して、培養物のＯＤ６００が２～６（対数増殖期）に到達するまで２８～３０℃にて振盪恒温器（２５０～３００ｒｐｍ）を用いて増殖させた。遠心分離によりｐＨＫＡ－ＡＬ３９細胞を回収して、発現誘導のために、ＢＭＭＹ培地中のＯＤ６００が１．０となるように再懸濁した。発現の誘導を維持する目的で、２４時間毎に、最終メタノール濃度が１％となるように１００％メタノールをＢＭＭＹ培地に添加した。遠心分離によって、ｐＨＫＡ－ＡＬ３９培養の培地を回収し、後述のようにＤＡＥ活性分析およびＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析に供した。
【0066】
活性アッセイを行うために、遠心分離後、上清を反応混合物に添加した。典型的には、２００μｌのインビトロ反応システムにおいて、上清（６５μｌ）を試験した。反応システムは、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）、１ｍＭ ＭｎＳＯ４、３０ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含むものであった。反応は５５～６０℃で実施し、１０分間加熱することによりその反応を停止させた。試料はＨＰＬＣで分析した。
【0067】
Ｄ－フルクトースおよびＤ－アルロースの濃度は、ＲｅｆｒａｃｔｏｒＭａｘ５２１検出器（ＩＤＥＸ Ｈｅａｌｔｈ ＆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＫＫ、Ｊａｐａｎ）を備えたＨＰＬＣシステム（Ｖａｎｑｕｉｓｈ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＳＡ）で決定した。クロマトグラフィーによる分離は、Ｒｅｚｅｘ ＲＣＭ－単糖Ｃａ２＋カラム（１００ｘ７．８ｍｍ、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、ＣＡ）を用いて行った。０．５ｍｌ／ｍｉｎの流速で水を用いて、８０℃でカラム溶出を行った。
【0068】
ＡＬ３９蛋白質の存在についてはＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析で判定した（図４Ａ）。当該技術分野で公知の方法を用いたＳＤＳ－ＰＡＧＥ（Ｌａｅｍｍｌｉ、Ｎａｔｕｒｅ、２２７（５２５９）：６８０－６８５、１９７０）により培地試料を分離した。得られたＡＬ３９蛋白質は、染色溶液で染色した後に可視化した。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析に基づけば、得られたＡＬ３９は培地試料の主要蛋白質であった（図４Ａ）。
【0069】
ＳＤＳ－ＰＡＧＥおよびＤＡＥ活性スクリーニング後に、高分泌ＡＬ３９酵素産生の最良株を同定した。得られたＡＬ３９酵素は、Ｄ－フルクトースからＤ－アルロースへ生物変換する活性を有している。図４Ａに示されるように、発酵培地に生産されたＡＬ３９蛋白質をＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析によって検出することができるが、これは生産されたＡＬ３９酵素が工学的改変ピキア酵母株から細胞外に分泌され得ることを示している。遠心分離によって、細胞沈殿物を取り除いた後に産生酵素を発酵培地から簡便に回収濃縮を行うことができる。培地試料にＤＡＥ活性を検出することができる。図４Ｂに示されるように、１時間の反応後に、約２５％のフルクトースがアルロースに変換され得る。
【0070】
実施例５：固定化ＤＡＥ酵素を用いた生物変換
酵素固定化により、かなりの期間にわたって酵素による基質のターンオーバーが速くなるため、酵素可用性の増強に良好な基盤が得られる。下に説明するのは、高い活性を有し、またフルクトースからアルロースへの生物変換について優れた耐久性能を有する固定化Ｄ－アルロースエピメラーゼを効率的に産生する方法である。
酵素固定化により、かなりの期間にわたって酵素による基質のターンオーバーが速くなるため、酵素可用性の増強に良好な基盤が得られる。下に説明するのは、高い活性を有し、またフルクトースからアルロースへの生物変換について優れた耐久性能を有する固定化Ｄ－アルロースエピメラーゼを効率的に産生する方法である。
【0071】
濾過によってＡＬ３９蛋白質を濃縮した。固定化を目的として、抽出ＡＬ３９を２０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ８．０）に溶解した。ＤＡＥ活性について１単位は、ｐＨ８．０、５５℃で、１分間当たりに１μｍｏｌのＤ－アルロースの生成を触媒する酵素量と定義した。固定化ＤＡＥ酵素の特異活性は、ｍｇ酵素当たりの単位数と定義した。
【0072】
水で前処理したイオン交換樹脂（ＬＸＰ－５０５、ＳＵＮＲＥＳＩＮ）および調製したＡＬ３９蛋白質を、２０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ８．０）中で混合し、それを含む反応槽を２５℃で２４時間、ゆっくりと撹拌した。次いで、上清を除去し、得られた混合物を２０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ８．０）で洗浄して固定化ＤＡＥ酵素を得た。
【0073】
固定化ＤＡＥ酵素を反応混合物に添加して、活性アッセイを行った。１ｍｌのインビトロ反応システムで、固定化酵素を試験した。反応システムは、２０ｍＭリン酸緩衝液、ｐＨ８．０、１ｍＭ ＭｎＳＯ４、５００ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含むものであった。反応は５５℃で実施し、１０分間加熱することによりその反応を停止させた。試料はＨＰＬＣで分析した。固定化酵素は、３時間で２３％超のフルクトースをアルロースに変換した。
【0074】
利用後であってもＡＬ３９が活性を保持し得るか否かを判定するために、固定化ＡＬ３９の再利用サイクルを試験した。２０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ８．０）、１ｍＭ ＭｎＳＯ４、５００ｇ／ＬのＤ－フルクトースを含む１Ｌの反応液に、１８０ｍｇの固定化ＡＬ３９を添加した。反応は５５℃で実施した。５時間の反応後に、濾過により固定化酵素を回収した。アルロース産生を評価するために、ＨＰＬＣで上清を分析した；次のサイクルの反応を実施する前に、固定化酵素を２０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ８．０）で５回、洗浄した。５サイクル後に、各サイクルの活性を比較した。図５に示されるように、第１のサイクルと比較した第５サイクルにおいて、固定化ＡＬ３９の活性消失はたかだか１０．７６％であり、このことはアルロース生物変換に関して固定化ＡＬ３９が安定であることを示唆している。
参照文献：
１．Ｌｉｎ－Ｃｅｒｅｇｈｉｎｏ Ｊ、Ｗｏｎｇ ＷＷ、Ｘｉｏｎｇ Ｓら、「メチロトローフ酵母であるピキア酵母のコンピテント細胞調製および形質転換に関する要約プロトコル（Ｃｏｎｄｅｎｓｅｄ ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｆｏｒ ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ ｃｅｌｌ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃ ｙｅａｓｔ Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）」、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．２００５；３８（１）：４４－４８．
２．Ｌａｅｍｍｌｉ、Ｕ．Ｋ．（１９７０）、「バクテリオファージＴ４の頭部構築中におこる構造蛋白質の開裂（Ｃｌｅａｖａｇｅ ｏｆ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｄｕｒｉｎｇ ｔｈｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｈｅａｄ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｔ４）」、Ｎａｔｕｒｅ．２２７（５２５９）：６８０－６８５．
参照文献：
１．Ｌｉｎ－Ｃｅｒｅｇｈｉｎｏ Ｊ、Ｗｏｎｇ ＷＷ、Ｘｉｏｎｇ Ｓら、「メチロトローフ酵母であるピキア酵母のコンピテント細胞調製および形質転換に関する要約プロトコル（Ｃｏｎｄｅｎｓｅｄ ｐｒｏｔｏｃｏｌ ｆｏｒ ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ ｃｅｌｌ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃ ｙｅａｓｔ Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）」、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ．２００５；３８（１）：４４－４８．
２．Ｌａｅｍｍｌｉ、Ｕ．Ｋ．（１９７０）、「バクテリオファージＴ４の頭部構築中におこる構造蛋白質の開裂（Ｃｌｅａｖａｇｅ ｏｆ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｄｕｒｉｎｇ ｔｈｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｈｅａｄ ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｔ４）」、Ｎａｔｕｒｅ．２２７（５２５９）：６８０－６８５．
【0075】
【表1】
配列番号：１；蛋白質；Ｍｅｉｏｔｈｅｒｍｕｓ ｓｉｌｖａｎｕｓ
ＭＰＲＦＧＡＨＡＦＩＷＡＡＥＷＮＰＥＡＡＥＫＶＩＱＧＡＴＲＶＧＬＤＦＶＥＩＰＬＬＨＰＥＳＦＤＶＥＬＴＲＲＬＬＮＧＹＧＶＧＣＴＣＳＬＧＬＰＲＥＡＳＬＰＥＨＰＥＡＡＴＲＦＬＩＱＡＬＮＶＡＨＱＩＧＳＥＶＬＴＧＶＴＹＡＴＬＧＴＬＳＧＲＡＰＲＥＡＤＹＱＡＶＶＫＡＬＫＰＡＡＲＨＡＡＡＬＧＭＲＬＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＹＬＩＮＬＡＡＱＧＬＥＬＩＲＲＬＤＥＰＮＶＦＬＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＦＲＧＰＩＶＥＡＧＡＨＬＧＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＴＧＮＶＨＷＤＡＶＦＡＧＬＲＥＩＧＦＳＧＤＬＶＭＥＳＦＶＡＬＮＰＤＩＡＲＡＴＣＭＷＲＤＶＶＧＤＰＱＡＬＶＱＥＧＬＡＦＬＲＧＫＡＳＥＹＧＬＬＧ
配列番号：２；ＤＮＡ；Ｍｅｉｏｔｈｅｒｍｕｓ ｓｉｌｖａｎｕｓ
ＡＴＧＣＣＡＣＧＣＴＴＣＧＧＡＧＣＴＣＡＴＧＣＧＴＴＣＡＴＴＴＧＧＧＣＣＧＣＴＧＡＧＴＧＧＡＡＣＣＣＧＧＡＡＧＣＧＧＣＡＧＡＧＡＡＡＧＴＧＡＴＴＣＡＧＧＧＴＧＣＡＡＣＣＣＧＴＧＴＴＧＧＣＣＴＣＧＡＣＴＴＣＧＴＴＧＡＡＡＴＴＣＣＧＣＴＣＴＴＧＣＡＣＣＣＧＧＡＡＴＣＣＴＴＣＧＡＴＧＴＣＧＡＧＣＴＣＡＣＡＣＧＴＣＧＴＴＴＡＣＴＡＡＡＣＧＧＧＴＡＣＧＧＣＧＴＣＧＧＴＴＧＴＡＣＧＴＧＴＴＣＴＣＴＧＧＧＣＴＴＧＣＣＧＣＧＴＧＡＡＧＣＧＴＣＣＣＴＧＣＣＧＧＡＧＣＡＣＣＣＣＧＡＡＧＣＣＧＣＧＡＣＴＣＧＴＴＴＴＣＴＧＡＴＴＣＡＧＧＣＣＣＴＧＡＡＴＧＴＴＧＣＡＣＡＴＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＣＡＧＡＧＧＴＧＣＴＧＡＣＣＧＧＧＧＴＡＡＣＣＴＡＣＧＣＧＡＣＴＴＴＡＧＧＣＡＣＴＴＴＡＴＣＴＧＧＣＣＧＧＧＣＧＣＣＧＣＧＣＧＡＡＧＣＴＧＡＴＴＡＴＣＡＡＧＣＡＧＴＣＧＴＡＡＡＡＧＣＡＣＴＧＡＡＡＣＣＧＧＣＧＧＣＴＡＧＡＣＡＴＧＣＡＧＣＡＧＣＡＣＴＧＧＧＴＡＴＧＣＧＣＣＴＣＧＧＣＡＴＴＧＡＡＣＣＣＧＴＴＡＡＴＣＧＴＴＡＴＧＡＡＡＣＴＴＡＴＴＴＡＡＴＴＡＡＣＣＴＧＧＣＣＧＣＴＣＡＧＧＧＣＣＴＧＧＡＧＴＴＡＡＴＣＣＧＴＣＧＴＣＴＧＧＡＣＧＡＡＣＣＧＡＡＴＧＴＧＴＴＣＣＴＧＣＡＣＣＴＧＧＡＴＡＣＧＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＴＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＴＴＴＣＣＧＧＧＧＣＣＣＧＡＴＣＧＴＧＧＡＡＧＣＧＧＧＣＧＣＣＣＡＣＣＴＧＧＧＧＴＡＴＡＴＴＣＡＴＣＴＧＡＧＣＧＡＧＡＧＴＧＡＴＣＧＣＧＧＣＡＣＣＣＣＴＧＧＡＡＣＧＧＧＣＡＡＣＧＴＣＣＡＴＴＧＧＧＡＣＧＣＧＧＴＧＴＴＣＧＣＧＧＧＧＣＴＧＣＧＴＧＡＡＡＴＴＧＧＣＴＴＣＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＴＧＧＴＣＡＴＧＧＡＡＡＧＣＴＴＣＧＴＣＧＣＡＣＴＧＡＡＣＣＣＴＧＡＴＡＴＴＧＣＧＣＧＣＧＣＴＡＣＡＴＧＣＡＴＧＴＧＧＣＧＧＧＡＣＧＴＣＧＴＴＧＧＣＧＡＴＣＣＣＣＡＧＧＣＧＣＴＧＧＴＣＣＡＧＧＡＡＧＧＣＴＴＡＧＣＡＴＴＴＣＴＣＣＧＴＧＧＣＡＡＧＧＣＴＡＧＣＧＡＧＴＡＴＧＧＣＣＴＡＣＴＣＧＧＴｔａａ
配列番号：３；蛋白質；熱水噴射孔メタゲノム
ＭＥＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＳＷＤＫＫＧＡＥＹＡＶＳＱＡＶＲＹＱＭＤＦＬＥＩＡＬＬＳＰＬＤＶＤＡＱＨＳＲＲＬＬＥＫＮＨＭＲＡＩＣＳＬＧＬＰＥＧＡＷＬＳＮＮＰＱＡＧＶＥＹＬＫＩＡＬＥＫＴＡＥＭＧＣＥＡＬＳＧＶＩＹＧＧＩＧＥＲＴＧＦＰＰＴＥＫＥＬＤＮＶＶＲＡＬＧＥＡＡＳＹＡＫＳＬＧＬＬＬＧＩＥＰＶＮＲＹＥＳＨＬＩＮＴＧＲＱＳＶＥＭＩＥＫＶＧＡＳＮＭＦＶＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＶＡＱＧＩＬＤＡＲＥＨＩＫＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＡＧＴＣＤＷＤＥＩＦＡＶＬＡＡＩＮＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＶＮＭＰＰＥＩＡＹＧＬＳＩＷＲＰＶＡＫＳＡＤＥＶＭＥＮＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＱＬＬ
配列番号：４；ＤＮＡ；熱水噴射孔メタゲノム
ＡＴＧＧＡＡＧＧＴＴＴＴＧＧＡＧＴＧＣＡＣＡＣＧＡＧＣＡＴＧＴＧＧＡＣＴＡＴＧＡＧＴＴＧＧＧＡＴＡＡＧＡＡＧＧＧＴＧＣＧＧＡＧＴＡＴＧＣＴＧＴＡＡＧＣＣＡＧＧＣＧＧＴＧＣＧＣＴＡＴＣＡＧＡＴＧＧＡＴＴＴＴＣＴＴＧＡＡＡＴＣＧＣＴＣＴＧＣＴＧＡＧＴＣＣＡＣＴＧＧＡＴＧＴＣＧＡＴＧＣＣＣＡＧＣＡＴＡＧＴＣＧＣＣＧＴＣＴＧＣＴＡＧＡＧＡＡＧＡＡＣＣＡＣＡＴＧＣＧＣＧＣＧＡＴＴＴＧＣＡＧＣＣＴＴＧＧＧＴＴＡＣＣＧＧＡＡＧＧＴＧＣＧＴＧＧＣＴＣＡＧＴＡＡＴＡＡＣＣＣＴＣＡＧＧＣＣＧＧＡＧＴＧＧＡＡＴＡＣＣＴＧＡＡＧＡＴＣＧＣＣＣＴＧＧＡＡＡＡＧＡＣＴＧＣＧＧＡＧＡＴＧＧＧＴＴＧＣＧＡＡＧＣＧＣＴＧＴＣＣＧＧＣＧＴＡＡＴＣＴＡＣＧＧＣＧＧＣＡＴＴＧＧＣＧＡＡＡＧＡＡＣＡＧＧＴＴＴＴＣＣＧＣＣＧＡＣＧＧＡＧＡＡＡＧＡＧＣＴＧＧＡＣＡＡＴＧＴＣＧＴＧＣＧＣＧＣＧＣＴＧＧＧＴＧＡＡＧＣＧＧＣＡＴＣＴＴＡＣＧＣＡＡＡＡＴＣＧＴＴＡＧＧＣＣＴＴＣＴＧＣＴＣＧＧＴＡＴＴＧＡＡＣＣＧＧＴＧＡＡＣＣＧＧＴＡＴＧＡＧＴＣＴＣＡＴＣＴＧＡＴＴＡＡＴＡＣＧＧＧＡＣＧＴＣＡＧＡＧＴＧＴＧＧＡＡＡＴＧＡＴＴＧＡＡＡＡＧＧＴＣＧＧＴＧＣＣＴＣＴＡＡＣＡＴＧＴＴＴＧＴＴＣＡＣＣＴＴＧＡＣＡＣＡＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＴＧＡＡＧＡＡＡＡＧＧＧＴＧＴＧＧＣＡＣＡＡＧＧＧＡＴＴＣＴＧＧＡＣＧＣＧＣＧＣＧＡＡＣＡＣＡＴＡＡＡＡＴＡＴＡＴＣＣＡＣＣＴＧＴＣＡＧＡＧＴＣＴＧＡＣＣＧＡＧＧＧＡＣＴＣＣＧＧＧＣＧＣＡＧＧＣＡＣＧＴＧＴＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＧＡＴＴＴＴＣＧＣＡＧＴＣＣＴＧＧＣＣＧＣＡＡＴＴＡＡＣＴＴＴＡＡＡＧＧＣＧＧＣＴＴＡＧＣＧＡＴＧＧＡＡＴＣＧＴＴＣＧＴＧＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＧＧＡＡＡＴＴＧＣＣＴＡＴＧＧＴＣＴＧＴＣＣＡＴＴＴＧＧＣＧＴＣＣＧＧＴＧＧＣＴＡＡＡＴＣＧＧＣＴＧＡＴＧＡＡＧＴＣＡＴＧＧＡＡＡＡＣＧＧＣＣＴＧＣＣＧＴＴＴＣＴＡＣＧＣＡＡＣＡＡＡＧＣＧＣＧＣＣＡＧＴＡＴＣＡＧＣＴＧＣＴＧｔａａ
配列番号：５；蛋白質；Ｔｈｅｒｍｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｅｎｉｃｏｌａ
ＭＫＹＧＩＦＹＡＹＷＥＫＥＷＫＧＤＦＩＴＹＩＥＫＶＫＫＬＧＦＤＩＬＥＶＧＣＧＤＦＨＫＱＰＤＳＹＦＨＴＬＲＤＡＡＲＥＹＤＩＩＬＴＧＧＹＧＰＲＡＥＨＮＬＣＳＰＤＴＡＶＶＥＮＡＬＡＦＹＳＤＩＦＲＫＭＥＩＡＧＩＲＳＩＧＧＧＬＹＡＹＷＰＶＤＹＳＲＥＰＤＫＡＧＤＬＥＲＳＩＫＮＭＲＲＬＡＤＩＡＥＲＨＧＩＴＬＮＭＥＶＬＮＲＦＥＧＹＬＩＮＤＴＮＥＧＬＡＹＩＲＡＶＤＫＰＮＶＫＬＭＬＤＴＦＨＭＮＩＥＥＤＳＦＴＥＰＩＬＱＡＧＫＹＬＧＨＶＨＶＧＥＰＮＲＫＰＰＲＥＧＲＩＰＷＧＥＩＧＫＡＬＲＱＩＧＹＤＧＰＶＶＭＥＰＦＶＴＭＧＧＱＶＧＫＤＩＣＶＷＲＤＬＳＱＧＡＴＥＥＤＬＤＲＤＡＥＫＳＬＡＦＬＫＧＭＦＥＡ
配列番号：６；ＤＮＡ；Ｔｈｅｒｍｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｅｎｉｃｏｌａ
ＡＴＧＡＡＡＴＡＴＧＧＴＡＴＡＴＴＴＴＡＣＧＣＡＴＡＴＴＧＧＧＡＧＡＡＡＧＡＡＴＧＧＡＡＡＧＧＣＧＡＣＴＴＴＡＴＣＡＣＡＴＡＣＡＴＴＧＡＧＡＡＡＧＴＴＡＡＧＡＡＡＴＴＡＧＧＣＴＴＴＧＡＣＡＴＴＴＴＧＧＡＡＧＴＣＧＧＣＴＧＣＧＧＴＧＡＴＴＴＴＣＡＴＡＡＡＣＡＧＣＣＧＧＡＴＴＣＡＴＡＣＴＴＣＣＡＣＡＣＣＣＴＧＣＧＴＧＡＴＧＣＣＧＣＴＣＧＣＧＡＡＴＡＣＧＡＣＡＴＴＡＴＴＣＴＧＡＣＣＧＧＣＧＧＣＴＡＴＧＧＧＣＣＧＣＧＣＧＣＣＧＡＡＣＡＣＡＡＣＴＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＧＧＡＴＡＣＡＧＣＧＧＴＣＧＴＴＧＡＡＡＡＴＧＣＣＣＴＧＧＣＡＴＴＴＴＡＣＴＣＣＧＡＴＡＴＡＴＴＴＣＧＣＡＡＡＡＴＧＧＡＡＡＴＴＧＣＣＧＧＣＡＴＣＣＧＴＴＣＧＡＴＣＧＧＣＧＧＣＧＧＴＣＴＡＴＡＴＧＣＧＴＡＴＴＧＧＣＣＡＧＴＴＧＡＴＴＡＣＡＧＣＣＧＴＧＡＡＣＣＣＧＡＣＡＡＡＧＣＣＧＧＣＧＡＴＴＴＡＧＡＡＣＧＴＴＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＣＡＴＧＣＧＴＣＧＣＴＴＡＧＣＣＧＡＴＡＴＴＧＣＧＧＡＡＣＧＧＣＡＴＧＧＴＡＴＣＡＣＧＣＴＧＡＡＴＡＴＧＧＡＡＧＴＧＣＴＣＡＡＴＣＧＣＴＴＣＧＡＡＧＧＴＴＡＣＣＴＴＡＴＴＡＡＴＧＡＴＡＣＣＡＡＴＧＡＡＧＧＴＣＴＧＧＣＣＴＡＣＡＴＴＣＧＴＧＣＣＧＴＣＧＡＴＡＡＡＣＣＣＡＡＣＧＴＡＡＡＧＴＴＧＡＴＧＣＴＧＧＡＴＡＣＡＴＴＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＴＧＡＧＧＡＡＧＡＴＡＧＣＴＴＴＡＣＣＧＡＡＣＣＣＡＴＴＣＴＣＣＡＧＧＣＴＧＧＴＡＡＧＴＡＣＣＴＧＧＧＣＣＡＴＧＴＡＣＡＴＧＴＣＧＧＣＧＡＡＣＣＡＡＡＴＣＧＴＡＡＡＣＣＡＣＣＡＣＧＧＧＡＡＧＧＴＣＧＴＡＴＴＣＣＧＴＧＧＧＧＣＧＡＧＡＴＴＧＧＣＡＡＡＧＣＧＣＴＧＣＧＣＣＡＧＡＴＴＧＧＧＴＡＣＧＡＣＧＧＴＣＣＣＧＴＧＧＴＧＡＴＧＧＡＡＣＣＧＴＴＴＧＴＴＡＣＣＡＴＧＧＧＣＧＧＣＣＡＡＧＴＧＧＧＧＡＡＡＧＡＣＡＴＴＴＧＴＧＴＧＴＧＧＣＧＧＧＡＣＣＴＴＡＧＣＣＡＡＧＧＴＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＡＡＧＡＴＣＴＧＧＡＴＣＧＣＧＡＴＧＣＴＧＡＧＡＡＡＡＧＣＣＴＧＧＣＣＴＴＴＣＴＧＡＡＡＧＧＡＡＴＧＴＴＴＧＡＡＧＣＣｔａａ
配列番号：７；蛋白質；熱水噴射孔メタゲノム
ＭＮＬＰＡＫＫＭＶＬＧＶＨＴＦＡＶＡＰＦＷＤＬＥＶＭＲＨＥＡＲＲＬＫＳＨＧＶＧＬＬＥＩＰＬＬＲＰＥＥＩＮＩＫＡＴＲＡＦＡＲＥＦＧＦＥＬＶＴＳＬＧＬＰＳＮＩＤＡＶＥＤＰＱＳＡＬＡＦＬＥＰＡＦＫＶＡＡＥＩＧＳＮＭＬＳＧＶＴＹＡＰＩＧＫＩＳＧＱＰＶＴＱＲＥＫＤＧＩＣＲＦＬＱＱＡＡＡＬＡＡＮＨＧＬＫＬＧＶＥＰＣＮＲＹＥＴＨＬＭＮＴＡＡＱＡＶＥＹＶＥＡＶＡＡＥＮＬＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＥＳＦＡＡＧＦＡＫＡＡＰＹＬＧＹＶＨＬＳＥＳＮＲＧＶＰＧＲＡＭＩＮＷＤＡＶＭＧＡＬＡＤＩＧＹＨＧＡＬＴＬＥＳＭＮＹＶＤＰＤＩＡＴＡＬＡＶＷＲＰＶＡＫＮＰＤＤＶＩＤＦＧＬＡＦＬＬＫＡＡＡＤＡＧＬＴＦＧ
配列番号：８；ＤＮＡ；熱水噴射孔メタゲノム
ＡＴＧＡＡＣＣＴＧＣＣＧＧＣＴＡＡＧＡＡＧＡＴＧＧＴＣＣＴＧＧＧＡＧＴＣＣＡＴＡＣＧＴＴＣＧＣＡＧＴＣＧＣＣＣＣＧＴＴＴＴＧＧＧＡＴＣＴＴＧＡＡＧＴＡＡＴＧＣＧＣＣＡＣＧＡＧＧＣＣＣＧＣＣＧＴＴＴＡＡＡＧＡＧＣＣＡＴＧＧＣＧＴＡＧＧＧＴＴＡＴＴＧＧＡＡＡＴＣＣＣＡＣＴＴＣＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＡＧＡＡＡＴＴＡＡＴＡＴＴＡＡＡＧＣＧＡＣＣＣＧＣＧＣＡＴＴＴＧＣＴＣＧＴＧＡＡＴＴＴＧＧＧＴＴＴＧＡＡＴＴＡＧＴＧＡＣＣＡＧＴＴＴＡＧＧＣＣＴＧＣＣＴＴＣＧＡＡＴＡＴＣＧＡＣＧＣＴＧＴＡＧＡＡＧＡＴＣＣＧＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＴＡＧＣＣＴＴＴＣＴＧＧＡＡＣＣＧＧＣＧＴＴＣＡＡＡＧＴＧＧＣＴＧＣＴＧＡＡＡＴＴＧＧＴＡＧＣＡＡＴＡＴＧＣＴＴＴＣＡＧＧＣＧＴＴＡＣＣＴＡＴＧＣＴＣＣＧＡＴＴＧＧＡＡＡＧＡＴＡＡＧＴＧＧＴＣＡＧＣＣＧＧＴＧＡＣＣＣＡＧＣＧＴＧＡＧＡＡＧＧＡＴＧＧＴＡＴＴＴＧＴＣＧＧＴＴＣＣＴＡＣＡＡＣＡＡＧＣＧＧＣＴＧＣＧＴＴＧＧＣＣＧＣＧＡＡＣＣＡＴＧＧＧＴＴＧＡＡＡＣＴＧＧＧＣＧＴＡＧＡＧＣＣＴＴＧＴＡＡＴＣＧＣＴＡＴＧＡＡＡＣＧＣＡＴＣＴＧＡＴＧＡＡＣＡＣＡＧＣＡＧＣＣＣＡＡＧＣＡＧＴＴＧＡＡＴＡＣＧＴＴＧＡＧＧＣＴＧＴＧＧＣＡＧＣＧＧＡＡＡＡＣＣＴＴＴＴＣＡＴＣＣＡＣＴＴＡＧＡＴＡＣＣＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＧＴＴＴＴＧＣＡＧＣＡＧＧＧＴＴＴＧＣＧＡＡＡＧＣＧＧＣＧＣＣＴＴＡＴＣＴＧＧＧＧＴＡＣＧＴＧＣＡＴＣＴＧＡＧＣＧＡＧＡＧＣＡＡＴＣＧＣＧＧＣＧＴＡＣＣＧＧＧＣＣＧＣＧＣＣＡＴＧＡＴＣＡＡＴＴＧＧＧＡＴＧＣＡＧＴＧＡＴＧＧＧＴＧＣＣＣＴＴＧＣＣＧＡＣＡＴＣＧＧＧＴＡＴＣＡＴＧＧＧＧＣＡＣＴＧＡＣＴＣＴＧＧＡＧＴＣＴＡＴＧＡＡＴＴＡＴＧＴＧＧＡＴＣＣＧＧＡＴＡＴＴＧＣＧＡＣＴＧＣＣＣＴＴＧＣＧＧＴＣＴＧＧＣＧＴＣＣＧＧＴＴＧＣＣＡＡＧＡＡＣＣＣＧＧＡＣＧＡＴＧＴＧＡＴＡＧＡＣＴＴＴＧＧＣＣＴＧＧＣＧＴＴＴＣＴＧＣＴＧＡＡＧＧＣＣＧＣＡＧＣＧＧＡＴＧＣＧＧＧＴＴＴＧＡＣＡＴＴＣＧＧＴｔａａ
配列番号：９；蛋白質；Ｍｅｉｏｔｈｅｒｍｕｓ ｇｒａｎａｔｉｃｉｕｓ
ＭＡＲＦＧＡＨＡＦＩＷＳＡＤＷＴＰＱＡＡＥＫＶＡＡＧＡＡＡＡＧＬＤＦＶＥＩＰＬＬＲＰＥＡＦＤＳＴＬＴＲＲＬＬＥＨＨＧＬＧＣＴＣＳＬＧＬＰＴＥＡＡＬＰＤＨＰＱＡＡＡＲＦＬＩＱＡＬＤＶＡＨＱＭＧＳＰＶＬＳＧＶＴＹＡＴＬＧＡＬＳＧＲＰＰＴＥＡＤＹＥＴＬＡＫＴＬＫＰＶＡＱＨＡＡＲＬＧＭＲＬＧＬＥＰＶＮＲＹＥＴＹＬＩＮＬＧＳＱＡＬＤＬＩＱＲＩＧＥＰＮＶＦＶＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＦＫＮＰＩＶＴＶＧＫＨＬＧＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＳＧＮＶＨＷＤＥＶＦＳＧＬＱＡＩＧＦＱＧＤＬＶＭＥＳＦＶＡＬＮＰＤＩＡＲＡＴＣＭＷＲＤＶＶＧＤＰＫＴＬＶＨＤＧＬＡＦＬＲＧＫＡＲＥＹＧＬＬ
配列番号：１０；ＤＮＡ；Ｍｅｉｏｔｈｅｒｍｕｓ ｇｒａｎａｔｉｃｉｕｓ
ＡＴＧＧＣＧＣＧＣＴＴＴＧＧＴＧＣＧＣＡＴＧＣＴＴＴＴＡＴＴＴＧＧＡＧＴＧＣＴＧＡＴＴＧＧＡＣＣＣＣＴＣＡＡＧＣＣＧＣＣＧＡＡＡＡＧＧＴＣＧＣＡＧＣＧＧＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＧＡＣＴＧＧＡＴＴＴＴＧＴＣＧＡＡＡＴＡＣＣＧＣＴＴＣＴＴＣＧＴＣＣＡＧＡＧＧＣＧＴＴＣＧＡＴＴＣＧＡＣＡＣＴＴＡＣＣＣＧＴＡＧＧＴＴＡＴＴＡＧＡＧＣＡＴＣＡＴＧＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＣＡＣＣＴＧＣＴＣＴＣＴＧＧＧＴＣＴＧＣＣＴＡＣＣＧＡＧＧＣＡＧＣＡＣＴＣＣＣＧＧＡＣＣＡＴＣＣＴＣＡＡＧＣＡＧＣＡＧＣＣＣＧＴＴＴＴＣＴＣＡＴＣＣＡＧＧＣＣＴＴＧＧＡＴＧＴＡＧＣＣＣＡＴＣＡＡＡＴＧＧＧＣＡＧＣＣＣＧＧＴＣＣＴＧＡＧＴＧＧＧＧＴＣＡＣＣＴＡＣＧＣＡＡＣＣＣＴＧＧＧＣＧＣＡＣＴＧＴＣＡＧＧＣＣＧＣＣＣＧＣＣＧＡＣＣＧＡＧＧＣＣＧＡＴＴＡＴＧＡＡＡＣＣＣＴＧＧＣＧＡＡＡＡＣＡＣＴＧＡＡＧＣＣＡＧＴＡＧＣＧＣＡＧＣＡＣＧＣＣＧＣＣＣＧＣＣＴＧＧＧＴＡＴＧＣＧＡＣＴＣＧＧＧＣＴＴＧＡＡＣＣＧＧＴＴＡＡＣＣＧＣＴＡＴＧＡＡＡＣＡＴＡＣＣＴＧＡＴＡＡＡＣＴＴＡＧＧＧＴＣＡＣＡＧＧＣＧＣＴＧＧＡＴＣＴＣＡＴＣＣＡＡＣＧＴＡＴＣＧＧＣＧＡＡＣＣＧＡＡＣＧＴＧＴＴＣＧＴＡＣＡＣＣＴＧＧＡＴＡＣＴＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＴＴＴＴＡＡＧＡＡＣＣＣＧＡＴＴＧＴＴＡＣＣＧＴＣＧＧＴＡＡＡＣＡＴＣＴＴＧＧＴＴＡＴＡＴＴＣＡＣＣＴＧＴＣＴＧＡＡＡＧＣＧＡＣＣＧＴＧＧＴＡＣＣＣＣＡＧＧＴＡＧＣＧＧＴＡＡＴＧＴＧＣＡＴＴＧＧＧＡＴＧＡＡＧＴＧＴＴＣＴＣＣＧＧＣＣＴＧＣＡＡＧＣＡＡＴＣＧＧＴＴＴＴＣＡＧＧＧＴＧＡＣＣＴＴＧＴＧＡＴＧＧＡＧＴＣＧＴＴＴＧＴＧＧＣＡＣＴＧＡＡＴＣＣＧＧＡＴＡＴＴＧＣＣＣＧＣＧＣＣＡＣＧＴＧＣＡＴＧＴＧＧＣＧＧＧＡＴＧＴＴＧＴＧＧＧＡＧＡＴＣＣＧＡＡＡＡＣＡＣＴＧＧＴＧＣＡＴＧＡＴＧＧＣＣＴＡＧＣＴＴＴＣＣＴＧＣＧＣＧＧＴＡＡＡＧＣＴＣＧＣＧＡＡＴＡＣＧＧＡＣＴＧＣＴＧｔａａ
配列番号：１１；蛋白質；Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ
ＭＱＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＨＷＤＲＡＧＡＥＲＴＩＰＡＡＡＡＹＫＭＤＦＩＥＩＡＬＬＤＴＡＩＶＤＡＡＨＴＲＡＬＬＥＫＨＧＬＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＰＶＷＡＳＶＮＰＥＧＡＩＡＨＬＫＲＡＬＤＫＴＡＥＭＧＡＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＱＲＴＧＶＰＰＴＰＱＥＹＤＮＩＡＲＡＬＥＡＡＡＫＨＡＫＡＬＧＬＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＮＨＬＩＮＴＧＲＱＡＶＥＭＩＥＫＶＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＶＡＮＧＩＬＤＡＲＥＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＣＤＷＤＥＩＦＡＡＬＡＡＩＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＱＶＡＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＥＳＦＥＥＶＭＤＲＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＲＬＩＡ
配列番号：１２；ＤＮＡ；Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ
ＡＴＧＣＡＡＧＧＴＴＴＣＧＧＣＧＴＡＣＡＣＡＣＴＡＧＣＡＴＧＴＧＧＡＣＧＡＴＧＣＡＴＴＧＧＧＡＴＣＧＣＧＣＧＧＧＣＧＣＣＧＡＧＣＧＣＡＣＣＡＴＴＣＣＧＧＣＣＧＣＣＧＣＣＧＣＣＴＡＣＡＡＡＡＴＧＧＡＣＴＴＴＡＴＣＧＡＡＡＴＴＧＣＧＣＴＧＣＴＧＧＡＴＡＣＡＧＣＴＡＴＡＧＴＣＧＡＴＧＣＡＧＣＧＣＡＣＡＣＣＣＧＴＧＣＧＣＴＧＣＴＧＧＡＧＡＡＧＣＡＣＧＧＣＣＴＧＣＧＴＧＣＡＧＴＴＴＧＴＴＣＡＣＴＣＧＧＡＴＴＡＣＣＧＧＡＧＣＣＧＧＴＣＴＧＧＧＣＣＴＣＴＧＴＧＡＡＣＣＣＧＧＡＡＧＧＧＧＣＣＡＴＴＧＣＴＣＡＣＣＴＧＡＡＡＣＧＣＧＣＧＣＴＧＧＡＣＡＡＧＡＣＣＧＣＡＧＡＧＡＴＧＧＧＡＧＣＴＧＡＡＧＣＴＣＴＧＴＣＴＧＧＴＧＴＧＡＣＴＴＡＣＧＧＣＧＧＴＡＴＣＧＧＣＣＡＧＣＧＣＡＣＡＧＧＣＧＴＡＣＣＡＣＣＡＡＣＧＣＣＣＣＡＡＧＡＡＴＡＣＧＡＴＡＡＣＡＴＴＧＣＣＣＧＴＧＣＣＣＴＴＧＡＡＧＣＡＧＣＴＧＣＧＡＡＡＣＡＴＧＣＣＡＡＡＧＣＣＴＴＡＧＧＣＣＴＧＧＣＣＴＴＴＧＧＴＡＴＣＧＡＡＣＣＧＧＴＴＡＡＣＡＧＧＴＡＴＧＡＡＡＡＣＣＡＴＴＴＧＡＴＡＡＡＣＡＣＣＧＧＡＣＧＴＣＡＡＧＣＴＧＴＡＧＡＡＡＴＧＡＴＣＧＡＡＡＡＧＧＴＣＧＧＧＧＣＡＧＡＴＡＡＣＡＴＴＴＴＣＡＴＡＣＡＣＣＴＧＧＡＴＡＣＧＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＣＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＴＧＴＧＧＣＡＡＡＣＧＧＴＡＴＣＣＴＧＧＡＴＧＣＣＣＧＡＧＡＡＣＡＣＣＴＴＣＧＴＴＡＴＡＴＴＣＡＣＣＴＧＴＣＡＧＡＡＡＧＣＧＡＴＣＧＣＧＧＣＡＣＴＣＣＴＧＧＣＧＡＡＧＧＧＡＣＧＴＧＴＧＡＴＴＧＧＧＡＣＧＡＡＡＴＣＴＴＣＧＣＴＧＣＧＴＴＧＧＣＣＧＣＣＡＴＣＧＧＴＴＴＴＡＡＡＧＧＣＧＧＣＣＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＡＴＣＣＴＴＴＡＴＴＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＴＣＡＡＧＴＣＧＣＴＴＡＣＧＧＣＣＴＧＧＣＧＧＴＧＴＧＧＣＧＴＣＣＴＧＴＴＧＣＣＧＡＡＴＣＴＴＴＴＧＡＡＧＡＡＧＴＣＡＴＧＧＡＣＣＧＴＧＧＣＣＴＧＣＣＧＴＴＴＣＴＡＣＧＴＡＡＣＡＡＧＧＣＴＣＧＴＣＡＧＴＡＴＡＧＡＴＴＧＡＴＣＧＣＴｔａａ
配列番号：１３；蛋白質；Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｔｈｅｒｍｏｆｏｎｓｉａ 分岐群１細菌
ＭＰＴＦＧＡＨＡＦＶＷＩＧＤＷＴＴＥＳＧＮＹＡＩＡＱＡＧＡＬＧＦＤＦＩＥＩＰＬＬＡＰＱＲＦＤＡＡＳＨＲＱＡＬＡＱＡＧＩＱＡＴＣＳＬＶＬＰＫＧＡＨＭＰＲＹＰＥＲＡＲＱＦＬＹＥＡＬＥＫＶＥＡＶＧＳＱＹＬＧＧＣＩＡＹＥＬＧＹＬＴＧＱＰＰＴＰＥＥＲＱＶＶＶＥＶＬＲＤＶＡＡＥＡＲＲＲＧＩＱＬＡＬＥＡＣＮＲＹＥＴＹＬＹＮＴＬＡＤＶＲＥＴＶＬＡＶＧＡＰＮＬＫＬＨＡＤＴＹＨＭＮＩＥＥＥＧＦＡＱＰＬＩＡＣＡＤＶＬＤＹＩＨＭＳＥＳＨＲＧＬＶＧＳＧＮＶＮＷＡＱＶＷＱＡＬＡＡＩＲＦＮＧＫＬＶＬＥＳＦＡＡＩＮＰＤＬＱＡＡＴＣＬＷＲＰＰＮＱＰＰＥＶＬＡＲＥＧＬＲＦＬＲＥＧＡＡＱＡＱＬＰ
配列番号：１４；ＤＮＡ；Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｔｈｅｒｍｏｆｏｎｓｉａ 分岐群１細菌
ＡＴＧＣＣＡＡＣＣＴＴＣＧＧＣＧＣＣＣＡＴＧＣＡＴＴＴＧＴＧＴＧＧＡＴＴＧＧＡＧＡＴＴＧＧＡＣＧＡＣＡＧＡＡＴＣＧＧＧＡＡＡＣＴＡＴＧＣＧＡＴＣＧＣＧＣＡＡＧＣＣＧＧＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＴＴＣＧＡＣＴＴＣＡＴＴＧＡＧＡＴＴＣＣＧＣＴＴＴＴＧＧＣＡＣＣＧＣＡＧＣＧＴＴＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＴＴＣＣＣＡＣＣＧＴＣＡＡＧＣＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＣＧＧＣＡＴＴＣＡＧＧＣＧＡＣＧＴＧＣＡＧＣＣＴＧＧＴＡＴＴＧＣＣＡＡＡＡＧＧＣＧＣＴＣＡＣＡＴＧＣＣＣＡＧＧＴＡＴＣＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＧＣＧＴＣＡＧＴＴＣＴＴＧＴＡＴＧＡＡＧＣＧＴＴＡＧＡＡＡＡＧＧＴＡＧＡＧＧＣＧＧＴＴＧＧＡＡＧＴＣＡＡＴＡＣＴＴＧＧＧＣＧＧＴＴＧＣＡＴＣＧＣＧＴＡＣＧＡＡＣＴＴＧＧＧＴＡＴＣＴＴＡＣＣＧＧＴＣＡＧＣＣＡＣＣＧＡＣＣＣＣＧＧＡＡＧＡＧＣＧＴＣＡＧＧＴＴＧＴＴＧＴＧＧＡＡＧＴＧＣＴＧＣＧＣＧＡＴＧＴＡＧＣＣＧＣＡＧＡＡＧＣＡＣＧＣＣＧＴＣＧＣＧＧＣＡＴＴＣＡＧＴＴＧＧＣＡＣＴＧＧＡＡＧＣＡＴＧＣＡＡＴＣＧＣＴＡＴＧＡＧＡＣＴＴＡＣＣＴＧＴＡＣＡＡＣＡＣＧＣＴＧＧＣＧＧＡＣＧＴＧＣＧＣＧＡＡＡＣＧＧＴＴＴＴＡＧＣＧＧＴＧＧＧＣＧＣＧＣＣＡＡＡＣＴＴＧＡＡＧＣＴＧＣＡＴＧＣＧＧＡＴＡＣＣＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＧＧＣＴＴＴＧＣＣＣＡＧＣＣＧＣＴＴＡＴＴＧＣＣＴＧＴＧＣＣＧＡＣＧＴＧＣＴＧＧＡＴＴＡＴＡＴＣＣＡＣＡＴＧＴＣＧＧＡＡＴＣＣＣＡＴＣＧＣＧＧＣＣＴＧＧＴＣＧＧＡＡＧＣＧＧＣＡＡＣＧＴＴＡＡＴＴＧＧＧＣＧＣＡＧＧＴＣＴＧＧＣＡＡＧＣＧＣＴＣＧＣＣＧＣＡＡＴＴＣＧＣＴＴＣＡＡＴＧＧＣＡＡＡＣＴＧＧＴＧＣＴＧＧＡＡＴＣＧＴＴＴＧＣＣＧＣＧＡＴＴＡＡＣＣＣＧＧＡＣＣＴＴＣＡＧＧＣＣＧＣＴＡＣＴＴＧＴＣＴＧＴＧＧＣＧＣＣＣＧＣＣＣＡＡＣＣＡＧＣＣＧＣＣＧＧＡＡＧＴＧＣＴＧＧＣＣＣＧＣＧＡＡＧＧＡＣＴＧＣＧＡＴＴＴＣＴＣＣＧＡＧＡＡＧＧＴＧＣＧＧＣＡＣＡＧＧＣＣＣＡＡＣＴＡＣＣＧｔａａ
配列番号：１５；蛋白質；Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ
ＭＬＫＦＧＡＨＡＦＣＷＥＧＤＷＴＤＥＩＧＤＲＶＩＥＱＡＡＲＡＧＬＤＦＩＥＩＰＬＬＨＰＥＴＦＤＡＲＲＨＲＲＨＬＥＡＶＧＬＡＣＶＳＳＬＧＬＰＲＤＡＨＭＰＨＥＰＥＫＡＶＴＦＬＴＧＶＬＤＲＭＥＥＬＧＡＲＤＬＴＧＣＴＧＹＳＩＧＶＬＴＧＱＧＰＴＳＱＥＬＤＲＭＶＤＧＬＡＲＶＴＥＤＡＲＳＲＧＩＧＶＧＬＥＡＩＮＲＹＥＴＹＭＶＮＴＬＤＤＡＬＡＶＶＮＲＶＧＳＤＮＬＲＶＨＡＤＴＹＨＭＮＩＥＥＴＮＬＲＥＡＬＧＲＶＫＧＫＬＮＦＩＨＭＳＥＳＨＲＧＬＶＧＴＧＴＶＰＷＥＤＶＷＱＧＬＡＤＩＥＦＳＧＹＬＴＬＥＳＦＡＡＰＮＡＥＬＡＡＡＴＣＩＷＫＰＰＲＨＳＧＱＥＬＡＱＧＧＬＡＦＬＲＥＧＡＴＲＨＧＬＭ
配列番号：１６；ＤＮＡ；Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ
ＡＴＧＴＴＧＡＡＧＴＴＣＧＧＣＧＣＧＣＡＣＧＣＣＴＴＴＴＧＣＴＧＧＧＡＡＧＧＣＧＡＴＴＧＧＡＣＣＧＡＴＧＡＡＡＴＴＧＧＣＧＡＴＣＧＣＧＴＣＡＴＣＧＡＧＣＡＡＧＣＧＧＣＧＣＧＧＧＣＣＧＧＡＴＴＧＧＡＴＴＴＣＡＴＴＧＡＡＡＴＣＣＣＧＣＴＣＴＴＧＣＡＣＣＣＴＧＡＡＡＣＣＴＴＣＧＡＴＧＣＧＣＧＣＣＧＴＣＡＴＣＧＴＣＧＣＣＡＴＣＴＴＧＡＧＧＣＴＧＴＧＧＧＣＣＴＧＧＣＧＴＧＣＧＴＴＴＣＣＡＧＣＣＴＧＧＧＣＣＴＴＣＣＧＣＧＴＧＡＣＧＣＣＣＡＣＡＴＧＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＣＧＧＡＧＡＡＡＧＣＧＧＴＡＡＣＡＴＴＣＣＴＴＡＣＣＧＧＣＧＴＡＣＴＧＧＡＴＣＧＣＡＴＧＧＡＡＧＡＡＣＴＧＧＧＣＧＣＴＣＧＣＧＡＣＣＴＴＡＣＣＧＧＴＴＧＴＡＣＣＧＧＴＴＡＴＡＧＣＡＴＴＧＧＣＧＴＡＣＴＧＡＣＣＧＧＣＣＡＧＧＧＴＣＣＧＡＣＣＴＣＴＣＡＡＧＡＧＣＴＣＧＡＴＣＧＴＡＴＧＧＴＧＧＡＴＧＧＴＣＴＧＧＣＴＣＧＴＧＴＧＡＣＴＧＡＡＧＡＴＧＣＡＣＧＧＴＣＧＣＧＣＧＧＧＡＴＴＧＧＣＧＴＡＧＧＣＣＴＴＧＡＡＧＣＣＡＴＣＡＡＴＣＧＴＴＡＴＧＡＡＡＣＴＴＡＴＡＴＧＧＴＡＡＡＣＡＣＧＣＴＧＧＡＣＧＡＴＧＣＧＴＴＡＧＣＧＧＴＣＧＴＧＡＡＴＣＧＴＧＴＣＧＧＧＡＧＴＧＡＣＡＡＴＣＴＴＣＧＣＧＴＴＣＡＴＧＣＣＧＡＴＡＣＡＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＡＧＡＡＧＡＡＡＣＣＡＡＣＣＴＧＣＧＴＧＡＧＧＣＧＣＴＴＧＧＧＣＧＡＧＴＴＡＡＧＧＧＴＡＡＧＣＴＧＡＡＣＴＴＣＡＴＴＣＡＣＡＴＧＡＧＴＧＡＡＡＧＴＣＡＴＣＧＴＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＧＴＡＣＣＧＧＧＡＣＡＧＴＴＣＣＡＴＧＧＧＡＡＧＡＴＧＴＴＴＧＧＣＡＧＧＧＴＣＴＧＧＣＧＧＡＴＡＴＴＧＡＧＴＴＣＡＧＣＧＧＧＴＡＴＣＴＴＡＣＴＣＴＴＧＡＡＴＣＧＴＴＴＧＣＡＧＣＴＣＣＧＡＡＴＧＣＣＧＡＧＴＴＧＧＣＧＧＣＡＧＣＴＡＣＣＴＧＴＡＴＣＴＧＧＡＡＡＣＣＡＣＣＡＣＧＧＣＡＴＡＧＣＧＧＣＣＡＧＧＡＡＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＧＴＧＧＣＣＴＡＧＣＴＴＴＴＣＴＧＣＧＣＧＡＧＧＧＣＧＣＧＡＣＴＣＧＣＣＡＣＧＧＣＴＴＡＡＴＧｔａａ
配列番号：１７；蛋白質；Ｏｌａｖｉｕｓ ａｌｇａｒｖｅｎｓｉｓ 内部共生スピロヘータ
ＭＫＦＧＡＨＡＦＶＷＥＰＥＷＮＤＴＴＳＲＲＶＩＳＥＡＡＲＩＧＬＤＦＶＥＩＰＬＬＲＰＥＲＦＤＧＡＡＴＫＶＬＬＤＥＨＡＶＧＡＴＹＳＬＧＬＰＳＤＫＳＬＰＥＲＰＹＬＡＥＰＦＬＲＳＡＩＤＡＩＥＳＡＧＧＤＴＬＴＧＶＬＹＧＴＬＧＥＬＰＧＲＰＰＮＥＫＤＹＫＶＩＡＱＶＬＲＳＶＡＤＹＡＫＤＲＧＩＫＬＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＦＬＶＮＴＡＥＱＡＩＴＬＬＤＲＩＥＳＤＮＶＦＩＨＬＤＴＹＨＶＮＩＥＥＤＳＦＧＡＡＩＲＬＡＧＤＲＬＧＹＩＨＬＳＥＳＨＲＧＴＰＧＫＧＴＶＤＷＤＤＶＦＧＡＬＳＤＩＧＦＡＧＰＬＶＭＥＳＦＶＫＬＮＡＤＩＡＲＡＴＣＭＷＲＤＩＶＫＤＰＥＡＬＩＲＤＧＩＡＦＬＥＧＫＡＫＧＹＧＬＦ
配列番号：１８；ＤＮＡ；Ｏｌａｖｉｕｓ ａｌｇａｒｖｅｎｓｉｓ 内部共生スピロヘータ
ＡＴＧＡＡＡＴＴＴＧＧＴＧＣＧＣＡＴＧＣＴＴＴＣＧＴＣＴＧＧＧＡＡＣＣＡＧＡＡＴＧＧＡＡＴＧＡＴＡＣＣＡＣＣＴＣＧＣＧＣＣＧＴＧＴＧＡＴＴＴＣＡＧＡＧＧＣＣＧＣＧＣＧＣＡＴＣＧＧＣＣＴＧＧＡＴＴＴＴＧＴＧＧＡＡＡＴＡＣＣＧＣＴＣＣＴＴＣＧＣＣＣＡＧＡＡＣＧＣＴＴＴＧＡＣＧＧＣＧＣＣＧＣＴＡＣＣＡＡＡＧＴＣＴＴＧＣＴＧＧＡＴＧＡＡＣＡＴＧＣＣＧＴＧＧＧＣＧＣＣＡＣＴＴＡＴＴＣＡＴＴＧＧＧＣＣＴＧＣＣＣＡＧＴＧＡＣＡＡＡＡＧＣＣＴＧＣＣＡＧＡＡＣＧＣＣＣＧＴＡＴＣＴＧＧＣＴＧＡＡＣＣＣＴＴＣＴＴＡＣＧＧＴＣＴＧＣＡＡＴＣＧＡＣＧＣＣＡＴＴＧＡＡＴＣＣＧＣＡＧＧＣＧＧＴＧＡＴＡＣＡＣＴＧＡＣＡＧＧＣＧＴＧＣＴＧＴＡＴＧＧＣＡＣＴＣＴＧＧＧＴＧＡＧＣＴＧＣＣＧＧＧＣＣＧＣＣＣＧＣＣＧＡＡＣＧＡＡＡＡＧＧＡＣＴＡＣＡＡＡＧＴＧＡＴＴＧＣＧＣＡＧＧＴＡＴＴＡＣＧＴＡＧＴＧＴＴＧＣＴＧＡＴＴＡＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＣＧＴＧＧＣＡＴＣＡＡＡＣＴＧＧＧＣＡＴＴＧＡＧＣＣＧＧＴＡＡＡＣＣＧＴＴＡＴＧＡＡＡＣＣＴＴＴＣＴＧＧＴＧＡＡＴＡＣＣＧＣＡＧＡＧＣＡＧＧＣＧＡＴＣＡＣＡＴＴＧＴＴＡＧＡＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＡＧＣＧＡＣＡＡＴＧＴＣＴＴＴＡＴＴＣＡＴＣＴＧＧＡＴＡＣＣＴＡＴＣＡＣＧＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＡＧＡＡＧＡＴＡＧＴＴＴＴＧＧＣＧＣＧＧＣＴＡＴＣＣＧＣＣＴＧＧＣＴＧＧＧＧＡＴＣＧＴＴＴＡＧＧＣＴＡＣＡＴＣＣＡＣＣＴＧＴＣＣＧＡＡＡＧＣＣＡＣＣＧＴＧＧＣＡＣＧＣＣＡＧＧＣＡＡＧＧＧＴＡＣＴＧＴＧＧＡＴＴＧＧＧＡＣＧＡＣＧＴＴＴＴＣＧＧＡＧＣＧＣＴＴＴＣＣＧＡＴＡＴＴＧＧＴＴＴＣＧＣＡＧＧＣＣＣＴＣＴＴＧＴＧＡＴＧＧＡＡＡＧＣＴＴＴＧＴＣＡＡＧＣＴＧＡＡＴＧＣＡＧＡＣＡＴＴＧＣＡＣＧＴＧＣＧＡＣＣＴＧＣＡＴＧＴＧＧＣＧＴＧＡＴＡＴＴＧＴＧＡＡＡＧＡＣＣＣＡＧＡＡＧＣＣＣＴＧＡＴＴＣＧＣＧＡＴＧＧＴＡＴＴＧＣＧＴＴＴＣＴＣＧＡＧＧＧＧＡＡＡＧＣＧＡＡＡＧＧＣＴＡＴＧＧＴＣＴＧＴＴＴｔａａ
配列番号：１９；蛋白質；Ａｃｉｄｉｐｈｉｌｉｕｍ
ＭＫＧＦＧＩＨＴＳＬＷＡＨＤＷＴＥＱＡＡＲＬＡＩＰＥＡＡＫＨＧＬＡＦＶＥＩＡＬＩＥＰＤＲＡＥＴＥＶＴＲＧＬＬＥＱＨＧＬＡＡＣＣＳＬＧＬＰＥＥＡＲＰＴＴＮＰＤＫＡＬＥＦＶＴＬＡＬＥＫＴＡＡＩＧＡＳＬＦＴＧＶＴＹＧＳＩＧＥＲＴＧＱＰＰＴＡＡＥＬＤＡＶＡＲＦＬＤＫＡＡＡＶＡＲＧＦＧＩＩＦＧＩＥＶＶＮＲＹＥＳＨＬＦＮＴＴＥＱＡＶＡＬＩＥＲＶＧＡＰＮＩＶＬＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＡＴＧＱＡＮＡＩＲＡＡＧＡＨＬＡＹＩＨＬＳＥＳＨＲＧＶＰＧＴＧＴＩＡＷＤＥＶＦＡＧＬＡＧＬＧＦＴＧＧＭＡＬＥＳＦＩＨＭＰＰＲＬＡＡＡＬＳＶＷＲＰＶＡＰＳＲＡＡＩＩＤＥＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＧＬＩ
配列番号：２０；ＤＮＡ；Ａｃｉｄｉｐｈｉｌｉｕｍ
ＡＴＧＡＡＡＧＧＣＴＴＴＧＧＣＡＴＴＣＡＴＡＣＡＡＧＴＣＴＧＴＧＧＧＣＣＣＡＴＧＡＣＴＧＧＡＣＣＧＡＧＣＡＡＧＣＧＧＣＴＣＧＴＴＴＡＧＣＡＡＴＴＣＣＧＧＡＡＧＣＧＧＣＡＡＡＡＣＡＴＧＧＣＣＴＧＧＣＧＴＴＴＧＴＣＧＡＡＡＴＴＧＣＴＴＴＡＡＴＴＧＡＡＣＣＡＧＡＴＣＧＣＧＣＧＧＡＡＡＣＴＧＡＡＧＴＴＡＣＣＣＧＣＧＧＧＣＴＧＣＴＧＧＡＡＣＡＧＣＡＣＧＧＣＴＴＧＧＣＴＧＣＣＴＧＣＴＧＣＴＣＴＣＴＧＧＧＣＴＴＡＣＣＴＧＡＧＧＡＡＧＣＧＣＧＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＡＡＣＣＣＧＧＡＴＡＡＡＧＣＧＴＴＧＧＡＧＴＴＣＧＴＣＡＣＴＴＴＡＧＣＴＣＴＧＧＡＡＡＡＧＡＣＣＧＣＧＧＣＧＡＴＡＧＧＧＧＣＴＡＧＣＣＴＧＴＴＴＡＣＣＧＧＴＧＴＧＡＣＣＴＡＣＧＧＧＡＧＣＡＴＴＧＧＣＧＡＡＣＧＴＡＣＧＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＣＴＡＣＴＧＣＣＧＣＣＧＡＡＣＴＴＧＡＴＧＣＡＧＴＡＧＣＡＡＧＧＴＴＣＴＴＧＧＡＴＡＡＧＧＣＴＧＣＣＧＣＡＧＴＡＧＣＧＣＧＣＧＧＴＴＴＣＧＧＴＡＴＣＡＴＴＴＴＣＧＧＴＡＴＣＧＡＡＧＴＡＧＴＧＡＡＴＣＧＧＴＡＣＧＡＧＴＣＴＣＡＴＣＴＧＴＴＴＡＡＣＡＣＣＡＣＣＧＡＡＣＡＧＧＣＣＧＴＴＧＣＡＣＴＧＡＴＣＧＡＡＣＧＴＧＴＣＧＧＣＧＣＡＣＣＧＡＡＣＡＴＡＧＴＧＣＴＧＣＡＣＴＴＡＧＡＣＡＣＧＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＡＧＣＣＡＣＧＧＧＣＣＡＧＧＣＣＡＡＣＧＣＡＡＴＡＣＧＣＧＣＧＧＣＧＧＧＴＧＣＡＣＡＴＣＴＧＧＣＣＴＡＴＡＴＴＣＡＣＣＴＧＡＧＴＧＡＡＴＣＧＣＡＣＡＧＧＧＧＴＧＴＴＣＣＧＧＧＣＡＣＡＧＧＧＡＣＣＡＴＣＧＣＣＴＧＧＧＡＣＧＡＧＧＴＧＴＴＴＧＣＡＧＧＴＣＴＴＧＣＣＧＧＣＣＴＧＧＧＣＴＴＴＡＣＣＧＧＣＧＧＧＡＴＧＧＣＣＣＴＣＧＡＡＴＣＡＴＴＴＡＴＴＣＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＣＧＣＣＧＣＧＣＴＧＡＧＣＧＴＣＴＧＧＣＧＴＣＣＡＧＴＴＧＣＡＣＣＧＡＧＴＣＧＣＧＣＧＧＣＣＡＴＣＡＴＣＧＡＴＧＡＡＧＧＣＣＴＴＣＣＡＴＴＴＣＴＧＣＧＡＡＡＴＡＡＡＧＣＣＣＧＴＣＡＡＴＡＣＧＧＣＣＴＣＡＴＴｔａａ
配列番号：２１；蛋白質；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＭＬＳＬＧＬＨＡＬＡＡＡＰＥＷＲＰＤＬＷＡＡＩＬＰＲＭＡＡＨＧＶＳＶＩＥＩＰＬＬＲＰＡＥＬＤＩＡＧＴＲＡＬＡＡＫＨＤＶＥＬＶＣＳＬＧＬＰＡＴＬＮＶＡＥＲＰＤＥＡＦＤＦＩＲＶＡＬＥＶＴＡＳＡＧＡＴＡＬＳＧＶＴＦＧＶＩＧＱＴＴＧＡＡＰＴＴＲＥＩＤＡＭＴＲＨＶＳＲＳＡＡＬＡＫＫＬＧＬＲＦＧＩＥＰＣＮＲＹＥＴＨＬＬＮＴＧＡＡＡＲＡＶＩＥＲＳＧＡＤＮＡＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＶＳＨＡＱＧＦＡＤＡＧＤＬＬＧＹＶＨＬＳＥＳＮＲＧＶＰＧＲＧＴＶＤＷＡＮＶＦＱＧＬＫＡＡＧＦＤＧＣＡＡＬＥＳＦＶＦＶＤＡＤＬＡＳＧＬＡＩＷＲＰＶＡＥＮＰＤＤＶＩＤＶＧＦＰＦＬＲＴＡＧＥＡＡＧＬＲＷＡＲ
配列番号：２２；ＤＮＡ；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＡＴＧＣＴＴＴＣＴＣＴＧＧＧＡＣＴＧＣＡＴＧＣＧＣＴＴＧＣＡＧＣＣＧＣＣＣＣＴＧＡＡＴＧＧＣＧＣＣＣＧＧＡＴＣＴＧＴＧＧＧＣＧＧＣＧＡＴＣＣＴＧＣＣＧＣＧＴＡＴＧＧＣＧＧＣＣＣＡＣＧＧＴＧＴＴＡＧＣＧＴＴＡＴＣＧＡＡＡＴＴＣＣＧＣＴＧＣＴＣＣＧＴＣＣＴＧＣＴＧＡＡＣＴＧＧＡＴＡＴＴＧＣＧＧＧＣＡＣＧＣＧＧＧＣＴＴＴＡＧＣＧＧＣＴＡＡＡＣＡＴＧＡＴＧＴＴＧＡＡＣＴＣＧＴＴＴＧＴＴＣＡＴＴＧＧＧＧＣＴＧＣＣＡＧＣＣＡＣＣＣＴＣＡＡＴＧＴＴＧＣＧＧＡＡＣＧＣＣＣＴＧＡＴＧＡＧＧＣＧＴＴＴＧＡＴＴＴＴＡＴＣＣＧＣＧＴＧＧＣＧＴＴＡＧＡＡＧＴＧＡＣＣＧＣＧＡＧＣＧＣＧＧＧＴＧＣＧＡＣＣＧＣＧＣＴＧＴＣＡＧＧＡＧＴＧＡＣＡＴＴＴＧＧＣＧＴＧＡＴＴＧＧＧＣＡＧＡＣＧＡＣＧＧＧＣＧＣＣＧＣＣＣＣＡＡＣＣＡＣＧＣＧＣＧＡＡＡＴＣＧＡＴＧＣＴＡＴＧＡＣＣＣＧＧＣＡＴＧＴＧＡＧＣＣＧＴＡＧＣＧＣＡＧＣＣＣＴＣＧＣＣＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＧＣＴＴＧＣＧＣＴＴＴＧＧＣＡＴＴＧＡＧＣＣＧＴＧＣＡＡＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＡＣＣＣＡＣＴＴＡＣＴＧＡＡＴＡＣＴＧＧＣＧＣＡＧＣＣＧＣＴＣＧＧＧＣＣＧＴＧＡＴＡＧＡＡＣＧＣＴＣＡＧＧＣＧＣＴＧＡＴＡＡＣＧＣＣＴＴＣＡＴＣＣＡＴＴＴＧＧＡＴＡＣＡＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＣＧＡＡＧＡＡＧＴＧＴＣＴＣＡＴＧＣＴＣＡＧＧＧＴＴＴＴＧＣＡＧＡＴＧＣＧＧＧＣＧＡＣＣＴＧＣＴＧＧＧＡＴＡＴＧＴＧＣＡＣＴＴＧＴＣＡＧＡＡＡＧＣＡＡＴＣＧＡＧＧＣＧＴＣＣＣＧＧＧＧＣＧＴＧＧＴＡＣＣＧＴＣＧＡＴＴＧＧＧＣＧＡＡＴＧＴＡＴＴＴＣＡＧＧＧＴＣＴＧＡＡＡＧＣＣＧＣＣＧＧＡＴＴＣＧＡＴＧＧＴＴＧＣＧＣＣＧＣＡＣＴＣＧＡＡＡＧＴＴＴＣＧＴＧＴＴＣＧＴＴＧＡＣＧＣＧＧＡＣＴＴＡＧＣＡＴＣＣＧＧＡＣＴＴＧＣＣＡＴＣＴＧＧＣＧＴＣＣＴＧＴＴＧＣＴＧＡＡＡＡＣＣＣＡＧＡＴＧＡＣＧＴＧＡＴＴＧＡＣＧＴＡＧＧＴＴＴＣＣＣＧＴＴＣＴＴＧＣＧＧＡＣＡＧＣＣＧＧＡＧＡＧＧＣＧＧＣＧＧＧＣＴＴＧＣＧＣＴＧＧＧＣＧＣＧＴｔａａ
配列番号：２３；蛋白質；Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＭＶＬＦＧＡＨＴＦＩＷＳＡＥＷＮＰＥＴＡＥＨＶＩＤＧＡＡＲＡＧＬＤＦＶＥＩＰＬＬＨＰＤＱＭＤＡＧＧＴＲＲＬＬＥＮＹＧＬＱＣＴＣＳＬＧＬＰＲＥＡＨＬＰＦＡＰＤＫＡＴＧＦＬＥＱＡＶＤＶＴＳＤＬＧＳＰＶＬＴＧＣＬＹＴＨＬＧＴＬＴＧＫＰＰＴＤＥＥＩＤＬＶＶＲＶＬＫＲＩＡＲＹＡＱＤＲＧＩＳＬＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＹＬＬＮＬＡＥＱＡＳＡＬＬＤＲＩＤＥＡＮＶＦＶＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＦＹＴＰＩＶＤＴＧＰＲＬＱＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＩＰＧＴＧＮＶＨＷＤＥＶＦＲＧＬＫＡＶＫＹＥＧＲＬＶＭＥＳＦＡＡＶＮＥＤＬＭＧＡＴＡＭＷＲＤＶＶＧＤＰＤＲＬＶＴＥＧＬＡＦＬＲＧＫＡＩＥＹＧＬＬ
配列番号：２４；ＤＮＡ；Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＡＴＧＧＴＡＣＴＧＴＴＴＧＧＧＧＣＧＣＡＴＡＣＣＴＴＴＡＴＴＴＧＧＡＧＣＧＣＣＧＡＡＴＧＧＡＡＣＣＣＡＧＡＡＡＣＧＧＣＧＧＡＡＣＡＴＧＴＡＡＴＴＧＡＴＧＧＣＧＣＡＧＣＴＣＧＣＧＣＣＧＧＣＣＴＧＧＡＴＴＴＣＧＴＴＧＡＧＡＴＴＣＣＧＴＴＧＣＴＧＣＡＴＣＣＣＧＡＴＣＡＧＡＴＧＧＡＣＧＣＡＧＧＣＧＧＣＡＣＧＣＧＣＣＧＧＣＴＴＴＴＧＧＡＡＡＡＣＴＡＴＧＧＴＣＴＧＣＡＡＴＧＣＡＣＡＴＧＴＡＧＣＴＴＧＧＧＣＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＡＡＧＣＧＣＡＴＣＴＧＣＣＡＴＴＣＧＣＣＣＣＴＧＡＣＡＡＧＧＣＡＡＣＡＧＧＣＴＴＴＣＴＧＧＡＡＣＡＧＧＣＣＧＴＣＧＡＴＧＴＧＡＣＡＡＧＴＧＡＣＣＴＧＧＧＴＡＧＣＣＣＴＧＴＴＴＴＧＡＣＣＧＧＣＴＧＴＴＴＡＴＡＴＡＣＣＣＡＣＴＴＡＧＧＡＡＣＧＣＴＧＡＣＡＧＧＡＡＡＧＣＣＧＣＣＴＡＣＣＧＡＣＧＡＡＧＡＧＡＴＴＧＡＴＴＴＧＧＴＣＧＴＴＣＧＴＧＴＣＣＴＧＡＡＧＣＧＡＡＴＴＧＣＧＣＧＣＴＡＣＧＣＣＣＡＧＧＡＣＣＧＡＧＧＧＡＴＴＡＧＴＣＴＧＧＧＣＡＴＣＧＡＡＣＣＧＧＴＣＡＡＣＣＧＣＴＡＴＧＡＡＡＣＣＴＡＴＣＴＴＣＴＧＡＡＴＣＴＧＧＣＧＧＡＧＣＡＡＧＣＧＴＣＴＧＣＡＣＴＧＣＴＣＧＡＴＣＧＴＡＴＴＧＡＣＧＡＡＧＣＣＡＡＴＧＴＡＴＴＴＧＴＧＣＡＴＣＴＧＧＡＴＡＣＣＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＴＧＡＡＧＡＡＡＡＧＧＧＣＴＴＴＴＡＴＡＣＴＣＣＧＡＴＣＧＴＴＧＡＴＡＣＣＧＧＧＣＣＧＣＧＴＴＴＡＣＡＧＴＡＣＡＴＴＣＡＣＣＴＧＴＣＣＧＡＡＴＣＧＧＡＣＣＧＣＧＧＴＡＴＣＣＣＧＧＧＴＡＣＴＧＧＣＡＡＣＧＴＴＣＡＴＴＧＧＧＡＣＧＡＧＧＴＧＴＴＴＣＧＡＧＧＣＣＴＣＡＡＧＧＣＣＧＴＴＡＡＡＴＡＣＧＡＡＧＧＣＣＧＴＣＴＴＧＴＧＡＴＧＧＡＡＴＣＴＴＴＣＧＣＣＧＣＡＧＴＣＡＡＣＧＡＡＧＡＴＣＴＧＡＴＧＧＧＴＧＣＡＡＣＧＧＣＧＡＴＧＴＧＧＣＧＧＧＡＴＧＴＧＧＴＧＧＧＴＧＡＴＣＣＧＧＡＴＣＧＡＴＴＡＧＴＣＡＣＧＧＡＡＧＧＣＣＴＧＧＣＧＴＴＣＴＴＡＣＧＴＧＧＡＡＡＧＧＣＧＡＴＴＧＡＧＴＡＣＧＧＣＣＴＧＣＴＧｔａａ
配列番号：２５；蛋白質；Ｓｐｉｒｉｂａｃｔｅｒ の菌種Ｅ８５
ＭＡＥＦＧＡＨＡＦＩＷＥＳＤＷＮＰＡＳＡＲＲＶＩＡＧＡＡＡＡＧＬＤＦＶＥＩＰＬＬＲＰＥＳＭＤＴＡＧＴＲＲＬＬＡＥＨＲＬＧＶＲＣＳＬＧＬＰＰＡＡＳＬＰＡＨＰＱＡＡＥＡＦＬＣＲＡＬＤＶＴＲＡＬＧＧＰＶＬＴＧＶＩＹＧＴＬＧＱＬＰＧＨＰＰＲＰＧＤＬＤＩＶＡＱＴＬＲＲＶＡＡＹＡＡＤＱＧＬＡＬＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＨＬＶＮＬＴＤＱＡＬＥＬＬＤＡＩＧＡＤＮＶＦＬＨＬＤＴＹＨＭＮＶＥＥＫＧＦＲＧＰＶＥＡＡＧＫＲＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＴＧＮＶＨＷＤＥＶＦＤＧＬＡＡＩＧＹＲＧＤＬＶＭＥＳＦＡＡＶＮＥＤＩＡＲＡＴＣＩＷＲＱＶＡＰＤＰＤＴＬＶＲＥＧＬＡＦＬＲＧＫＡＴＡＲＧＬＩＰ
配列番号：２６；ＤＮＡ；Ｓｐｉｒｉｂａｃｔｅｒ の菌種Ｅ８５
ＡＴＧＧＣＧＧＡＧＴＴＣＧＧＴＧＣＡＣＡＴＧＣＴＴＴＣＡＴＴＴＧＧＧＡＧＴＣＴＧＡＣＴＧＧＡＡＴＣＣＧＧＣＧＴＣＡＧＣＴＣＧＣＣＧＴＧＴＣＡＴＴＧＣＣＧＧＣＧＣＣＧＣＴＧＣＣＧＣＣＧＧＣＣＴＡＧＡＴＴＴＣＧＴＣＧＡＧＡＴＣＣＣＡＣＴＧＣＴＣＣＧＣＣＣＧＧＡＡＴＣＣＡＴＧＧＡＣＡＣＣＧＣＧＧＧＡＡＣＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＴＴＧＣＴＧＡＡＣＡＴＣＧＣＣＴＣＧＧＣＧＴＧＣＧＣＴＧＴＴＣＡＣＴＧＧＧＣＣＴＧＣＣＧＣＣＧＧＣＡＧＣＧＡＧＴＣＴＡＣＣＣＧＣＴＣＡＴＣＣＧＣＡＧＧＣＣＧＣＡＧＡＡＧＣＡＴＴＣＣＴＴＴＧＣＣＧＣＧＣＣＣＴＡＧＡＣＧＴＴＡＣＧＣＧＴＧＣＧＴＴＧＧＧＣＧＧＡＣＣＣＧＴＡＣＴＣＡＣＴＧＧＴＧＴＣＡＴＣＴＡＴＧＧＣＡＣＴＣＴＧＧＧＣＣＡＧＴＴＡＣＣＧＧＧＴＣＡＣＣＣＧＣＣＡＣＧＣＣＣＴＧＧＣＧＡＴＣＴＴＧＡＣＡＴＴＧＴＣＧＣＡＣＡＧＡＣＣＴＴＡＣＧＧＣＧＣＧＴＧＧＣＡＧＣＧＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＣＡＧＧＧＴＣＴＧＧＣＣＣＴＧＧＧＣＡＴＴＧＡＡＣＣＡＧＴＧＡＡＣＣＧＴＴＡＴＧＡＡＡＣＡＣＡＴＴＴＡＧＴＧＡＡＴＣＴＣＡＣＧＧＡＴＣＡＡＧＣＣＣＴＡＧＡＡＣＴＧＴＴＡＧＡＴＧＣＧＡＴＴＧＧＣＧＣＣＧＡＣＡＡＴＧＴＡＴＴＣＣＴＧＣＡＴＣＴＧＧＡＴＡＣＣＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＧＴＧＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＴＴＴＴＣＧＴＧＧＴＣＣＡＧＴＴＧＡＡＧＣＡＧＣＴＧＧＴＡＡＡＣＧＴＴＴＧＡＧＡＴＡＣＡＴＴＣＡＴＣＴＴＴＣＧＧＡＧＴＣＡＧＡＴＣＧＴＧＧＴＡＣＣＣＣＧＧＧＧＡＣＡＧＧＣＡＡＣＧＴＴＣＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＡＧＴＡＴＴＣＧＡＣＧＧＴＣＴＧＧＣＴＧＣＡＡＴＣＧＧＡＴＡＣＣＧＴＧＧＧＧＡＴＣＴＧＧＴＧＡＴＧＧＡＡＡＧＴＴＴＴＧＣＧＧＣＣＧＴＧＡＡＴＧＡＧＧＡＣＡＴＴＧＣＧＣＧＴＧＣＧＡＣＣＴＧＣＡＴＣＴＧＧＣＧＴＣＡＡＧＴＴＧＣＣＣＣＡＧＡＣＣＣＧＧＡＣＡＣＴＣＴＧＧＴＴＡＧＡＧＡＡＧＧＣＴＴＧＧＣＧＴＴＴＣＴＴＣＧＣＧＧＣＡＡＡＧＣＧＡＣＣＧＣＣＣＧＣＧＧＣＣＴＴＡＴＣＣＣＴｔａａ
配列番号：２７；蛋白質；Ｔａｂｒｉｚｉｃｏｌａ の菌種ＴＨ１３７
ＭＥＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＨＷＤＲＡＧＡＥＲＴＩＰＡＡＡＡＹＲＭＤＦＩＥＩＡＬＬＮＴＡＩＶＤＡＡＨＴＲＡＬＬＥＲＨＧＭＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＲＮＷＡＳＶＮＰＥＧＡＩＡＨＬＣＤＣＩＤＴＡＡＡＭＧＡＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＱＲＴＧＬＰＰＴＭＡＥＹＤＮＩＡＲＡＬＡＡＶＡＫＨＡＫＡＲＧＩＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＮＨＬＩＮＴＡＡＱＡＫＷＭＩＥＫＶＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＧＮＧＩＬＤＡＲＤＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＣＤＷＤＥＶＹＡＴＬＡＡＩＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＶＡＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＥＮＦＥＥＶＭＤＫＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＲＬＩ
配列番号：２８；ＤＮＡ；Ｔａｂｒｉｚｉｃｏｌａ の菌種ＴＨ１３７
ＡＴＧＧＡＡＧＧＡＴＴＴＧＧＴＧＴＡＣＡＴＡＣＴＴＣＣＡＴＧＴＧＧＡＣＡＡＴＧＣＡＣＴＧＧＧＡＴＣＧＣＧＣＧＧＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＴＡＣＣＡＴＴＣＣＴＧＣＣＧＣＡＧＣＴＧＣＧＴＡＣＣＧＣＡＴＧＧＡＴＴＴＣＡＴＡＧＡＧＡＴＴＧＣＴＴＴＡＴＴＡＡＡＣＡＣＡＧＣＣＡＴＴＧＴＴＧＡＣＧＣＧＧＣＡＣＡＣＡＣＧＡＧＧＧＣＴＣＴＣＣＴＴＧＡＡＣＧＧＣＡＴＧＧＣＡＴＧＣＧＣＧＣＡＧＴＧＴＧＴＴＣＡＴＴＧＧＧＣＴＴＡＣＣＴＧＡＡＣＧＣＡＡＴＴＧＧＧＣＧＡＧＣＧＴＧＡＡＣＣＣＧＧＡＡＧＧＣＧＣＣＡＴＣＧＣＡＣＡＴＣＴＧＴＧＣＧＡＴＴＧＴＡＴＴＧＡＣＡＣＡＧＣＡＧＣＡＧＣＣＡＴＧＧＧＣＧＣＣＧＡＡＧＣＣＣＴＡＴＣＣＧＧＣＧＴＣＡＣＧＴＡＴＧＧＣＧＧＣＡＴＣＧＧＧＣＡＡＣＧＴＡＣＧＧＧＧＣＴＣＣＣＧＣＣＴＡＣＧＡＴＧＧＣＣＧＡＡＴＡＣＧＡＴＡＡＣＡＴＴＧＣＣＣＧＣＧＣＴＣＴＧＧＣＡＧＣＴＧＴＧＧＣＧＡＡＡＣＡＴＧＣＴＡＡＡＧＣＡＣＧＣＧＧＣＡＴＴＧＣＧＴＴＴＧＧＴＡＴＣＧＡＡＣＣＣＧＴＧＡＡＴＣＧＣＴＡＣＧＡＡＡＡＴＣＡＣＴＴＧＡＴＴＡＡＴＡＣＣＧＣＣＧＣＡＣＡＡＧＣＴＡＡＡＴＧＧＡＴＧＡＴＣＧＡＡＡＡＧＧＴＴＧＧＧＧＣＴＧＡＴＡＡＴＡＴＡＴＴＴＡＴＴＣＡＴＣＴＧＧＡＣＡＣＣＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＡＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＧＡＧＣＣＧＧＣＡＡＴＧＧＧＡＴＣＣＴＣＧＡＴＧＣＧＣＧＴＧＡＴＣＡＴＴＴＧＡＧＡＴＡＴＡＴＣＣＡＣＴＴＡＴＣＧＧＡＡＴＣＧＧＡＴＣＧＣＧＧＣＡＣＴＣＣＧＧＧＣＧＡＡＧＧＣＡＣＧＴＧＴＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＧＧＴＡＴＡＴＧＣＴＡＣＣＣＴＧＧＣＣＧＣＣＡＴＴＧＧＴＴＴＴＡＡＡＧＧＣＧＧＴＴＴＧＧＣＴＡＴＧＧＡＡＴＣＧＴＴＴＡＴＴＡＡＴＡＴＧＣＣＡＣＣＧＧＡＡＧＴＧＧＣＣＴＡＴＧＧＴＣＴＴＧＣＣＧＴＣＴＧＧＣＧＴＣＣＧＧＴＧＧＣＧＧＡＡＡＡＴＴＴＴＧＡＧＧＡＡＧＴＧＡＴＧＧＡＴＡＡＡＧＧＡＣＴＣＣＣＧＴＴＣＴＴＧＣＧＴＡＡＴＡＡＡＧＣＧＣＧＣＣＡＡＴＡＴＣＧＣＣＴＧＡＴＡｔａａ
配列番号：２９；蛋白質；Ｔｒｏｐｉｃｉｍｏｎａｓ ｉｓｏａｌｋａｎｉｖｏｒａｎｓ
ＭＫＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＨＷＤＲＤＧＡＥＲＴＩＰＡＴＡＡＹＧＭＤＦＶＥＩＡＬＬＤＴＳＩＶＤＡＡＨＴＲＡＬＬＥＫＨＥＬＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＧＳＷＰＳＶＡＰＥＡＡＶＡＨＬＫＤＶＦＥＴＡＡＡＭＧＡＥＡＶＳＧＶＴＹＧＧＩＧＱＲＳＧＶＰＰＴＥＥＥＹＤＮＶＡＲＡＬＱＱＡＡＡＹＡＫＲＬＧＬＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＮＨＬＩＮＴＡＷＱＡＲＤＭＩＥＫＶＧＳＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＶＡＮＧＩＬＤＡＲＤＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＣＣＤＷＮＥＶＦＧＴＬＳＡＩＧＦＥＧＧＭＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＱＩＡＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＤＳＦＥＤＶＭＤＲＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＲＬＡ
配列番号：３０；ＤＮＡ；Ｔｒｏｐｉｃｉｍｏｎａｓ ｉｓｏａｌｋａｎｉｖｏｒａｎｓ
ＡＴＧＡＡＧＧＧＴＴＴＣＧＧＧＧＴＧＣＡＣＡＣＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＡＣＧＡＴＧＣＡＴＴＧＧＧＡＣＣＧＧＧＡＴＧＧＣＧＣＧＧＡＡＣＧＴＡＣＡＡＴＴＣＣＡＧＣＧＡＣＧＧＣＣＧＣＧＴＡＴＧＧＣＡＴＧＧＡＴＴＴＴＧＴＣＧＡＧＡＴＣＧＣＴＣＴＧＴＴＧＧＡＴＡＣＣＴＣＴＡＴＣＧＴＴＧＡＴＧＣＴＧＣＧＣＡＣＡＣＣＣＧＧＧＣＧＣＴＣＣＴＧＧＡＧＡＡＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＣＧＣＧＣＣＧＴＴＴＧＣＴＣＧＴＴＧＧＧＣＣＴＧＣＣＧＧＡＡＧＧＣＴＣＧＴＧＧＣＣＴＴＣＧＧＴＴＧＣＣＣＣＡＧＡＧＧＣＧＧＣＧＧＴＡＧＣＧＣＡＴＣＴＧＡＡＡＧＡＣＧＴＡＴＴＴＧＡＡＡＣＣＧＣＡＧＣＣＧＣＧＡＴＧＧＧＣＧＣＣＧＡＡＧＣＧＧＴＴＴＣＧＧＧＣＧＴＣＡＣＡＴＡＣＧＧＣＧＧＴＡＴＴＧＧＣＣＡＡＣＧＴＴＣＣＧＧＴＧＴＧＣＣＧＣＣＣＡＣＣＧＡＧＧＡＡＧＡＡＴＡＴＧＡＣＡＡＣＧＴＡＧＣＴＣＧＴＧＣＣＣＴＧＣＡＡＣＡＧＧＣＡＧＣＧＧＣＴＴＡＣＧＣＣＡＡＡＣＧＣＴＴＡＧＧＣＴＴＡＧＣＣＴＴＴＧＧＣＡＴＴＧＡＡＣＣＴＧＴＧＡＡＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＡＡＣＣＡＴＴＴＧＡＴＣＡＡＣＡＣＴＧＣＡＴＧＧＣＡＧＧＣＣＣＧＴＧＡＣＡＴＧＡＴＴＧＡＡＡＡＧＧＴＡＧＧＣＴＣＧＧＡＣＡＡＴＡＴＴＴＴＣＡＴＣＣＡＴＴＴＡＧＡＴＡＣＴＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＡＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＴＧＴＧＧＣＧＡＡＣＧＧＴＡＴＣＴＴＡＧＡＣＧＣＡＣＧＴＧＡＴＣＡＣＣＴＴＣＧＴＴＡＴＡＴＴＣＡＴＣＴＴＴＣＡＧＡＧＡＧＣＧＡＣＣＧＴＧＧＣＡＣＴＣＣＧＧＧＴＧＡＡＧＧＴＴＧＣＴＧＣＧＡＴＴＧＧＡＡＣＧＡＡＧＴＴＴＴＣＧＧＧＡＣＣＴＴＧＡＧＣＧＣＴＡＴＴＧＧＧＴＴＴＧＡＡＧＧＴＧＧＴＡＴＧＧＣＧＡＴＧＧＡＡＴＣＧＴＴＴＡＴＴＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＡＧＣＴＴＡＣＧＧＣＣＴＧＧＣＣＧＴＴＴＧＧＣＧＡＣＣＡＧＴＴＧＣＧＧＡＣＴＣＣＴＴＣＧＡＡＧＡＴＧＴＧＡＴＧＧＡＴＣＧＣＧＧＧＣＴＧＣＣＧＴＴＴＣＴＧＣＧＴＡＡＣＡＡＡＧＣＧＣＧＴＣＡＧＴＡＣＣＧＴＣＴＧＧＣＴｔａａ
配列番号：３１；蛋白質；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＭＱＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＨＷＤＲＬＧＡＥＲＴＩＰＡＡＡＡＹＫＭＤＦＩＥＩＡＬＬＤＴＳＶＶＤＡＨＨＴＲＤＬＬＡＫＨＥＭＲＡＶＣＳＬＧＬＰＲＥＳＷＡＳＶＮＰＤＧＡＩＡＨＬＩＤＡＭＤＹＴＫＥＭＧＧＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＥＲＳＧＶＰＰＴＥＡＥＹＤＮＩＡＲＡＬＥＶＡＡＫＹＡＫＴＬＧＩＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＳＨＬＩＮＴＳＷＱＡＫＥＭＩＤＫＩＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＧＮＧＩＬＡＡＲＥＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＣＤＷＤＥＩＦＡＴＬＡＡＶＥＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＱＶＧＹＧＬＧＩＷＲＰＶＡＮＳＦＥＥＶＭＤＫＧＬＰＦＬＲＮＫＡＡＱＹＲＬＩ
配列番号：３２；ＤＮＡ；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＡＴＧＣＡＡＧＧＴＴＴＴＧＧＴＧＴＣＣＡＴＡＣＣＡＧＴＡＴＧＴＧＧＡＣＡＡＴＧＣＡＣＴＧＧＧＡＴＣＧＣＣＴＧＧＧＣＧＣＧＧＡＡＣＧＡＡＣＣＡＴＴＣＣＧＧＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＧＴＡＣＡＡＡＡＴＧＧＡＣＴＴＴＡＴＴＧＡＡＡＴＴＧＣＴＣＴＴＣＴＧＧＡＣＡＣＣＡＧＣＧＴＣＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＡＴＣＡＣＡＣＴＣＧＴＧＡＴＣＴＴＣＴＧＧＣＧＡＡＡＣＡＴＧＡＡＡＴＧＣＧＴＧＣＧＧＴＴＴＧＣＴＣＧＣＴＧＧＧＣＴＴＧＣＣＴＣＧＣＧＡＡＴＣＴＴＧＧＧＣＣＡＧＴＧＴＴＡＡＣＣＣＧＧＡＴＧＧＴＧＣＣＡＴＡＧＣＴＣＡＣＣＴＴＡＴＡＧＡＴＧＣＡＡＴＧＧＡＣＴＡＴＡＣＴＡＡＡＧＡＧＡＴＧＧＧＣＧＧＣＧＡＧＧＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＧＴＣＡＣＣＴＡＴＧＧＣＧＧＴＡＴＣＧＧＴＧＡＡＣＧＴＡＧＣＧＧＴＧＴＴＣＣＧＣＣＧＡＣＧＧＡＡＧＣＴＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＡＴＡＴＣＧＣＡＣＧＴＧＣＣＣＴＡＧＡＡＧＴＴＧＣＣＧＣＣＡＡＡＴＡＣＧＣＣＡＡＡＡＣＧＣＴＧＧＧＣＡＴＴＧＣＣＴＴＴＧＧＣＡＴＴＧＡＡＣＣＣＧＴＧＡＡＣＣＧＣＴＡＴＧＡＡＡＧＣＣＡＣＣＴＧＡＴＴＡＡＴＡＣＣＡＧＴＴＧＧＣＡＧＧＣＴＡＡＡＧＡＡＡＴＧＡＴＴＧＡＴＡＡＡＡＴＣＧＧＴＧＣＡＧＡＴＡＡＣＡＴＣＴＴＣＡＴＴＣＡＣＴＴＡＧＡＴＡＣＣＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＴＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＣＧＣＣＧＧＴＡＡＴＧＧＡＡＴＣＣＴＧＧＣＡＧＣＴＣＧＧＧＡＡＣＡＣＣＴＴＣＧＣＴＡＣＡＴＴＣＡＴＴＴＧＡＧＣＧＡＡＡＧＣＧＡＣＣＧＧＧＧＴＡＣＡＣＣＣＧＧＣＧＡＡＧＧＣＡＣＣＴＧＴＧＡＴＴＧＧＧＡＣＧＡＡＡＴＡＴＴＴＧＣＧＡＣＣＣＴＴＧＣＴＧＣＣＧＴＴＧＡＧＴＴＣＡＡＡＧＧＴＧＧＣＴＴＧＧＣＣＡＴＧＧＡＧＡＧＴＴＴＣＡＴＴＡＡＴＡＴＧＣＣＧＣＣＧＣＡＡＧＴＧＧＧＡＴＡＴＧＧＣＴＴＧＧＧＴＡＴＣＴＧＧＣＧＣＣＣＧＧＴＣＧＣＣＡＡＴＴＣＡＴＴＣＧＡＧＧＡＡＧＴＧＡＴＧＧＡＴＡＡＡＧＧＣＣＴＧＣＣＧＴＴＣＣＴＧＣＧＴＡＡＣＡＡＡＧＣＧＧＣＣＣＡＧＴＡＴＣＧＴＣＴＴＡＴＴｔａａ
配列番号：３３；蛋白質；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ の菌種ＳＷ２
ＭＥＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＱＷＤＲＡＧＡＥＲＴＩＰＡＡＡＡＹＫＭＤＦＩＥＩＡＬＬＮＴＡＩＶＤＡＰＨＴＲＡＬＬＱＫＨＧＬＲＡＶＡＳＬＧＬＰＱＱＮＷＡＳＶＮＰＥＧＡＩＥＱＬＣＲＳＬＤＴＡＡＡＭＧＣＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＥＲＳＧＬＰＰＴＭＡＥＹＤＮＶＡＲＡＬＡＡＡＡＫＨＡＫＫＬＧＬＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＳＨＬＩＮＴＧＷＱＡＫＷＭＩＥＫＶＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＧＮＧＩＬＤＡＲＥＨＬＲＹＶＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＶＤＷＤＥＩＦＡＴＬＡＡＶＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＬＧＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＥＳＦＱＡＶＭＤＫＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＲＬＩ
配列番号：３４；ＤＮＡ；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ の菌種ＳＷ２
ＡＴＧＧＡＡＧＧＴＴＴＣＧＧＴＧＴＣＣＡＴＡＣＴＴＣＣＡＴＧＴＧＧＡＣＣＡＴＧＣＡＡＴＧＧＧＡＣＣＧＴＧＣＴＧＧＴＧＣＣＧＡＡＣＧＧＡＣＧＡＴＡＣＣＡＧＣＣＧＣＴＧＣＧＧＣＡＴＡＴＡＡＧＡＴＧＧＡＴＴＴＣＡＴＣＧＡＡＡＴＣＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＡＴＡＣＧＧＣＣＡＴＴＧＴＧＧＡＴＧＣＣＣＣＧＣＡＴＡＣＣＣＧＣＧＣＡＣＴＧＴＴＡＣＡＧＡＡＡＣＡＴＧＧＴＣＴＧＣＧＣＧＣＣＧＴＴＧＣＧＡＧＴＣＴＧＧＧＣＣＴＧＣＣＡＣＡＡＣＡＧＡＡＣＴＧＧＧＣＧＡＧＴＧＴＣＡＡＴＣＣＴＧＡＧＧＧＴＧＣＣＡＴＴＧＡＧＣＡＧＴＴＡＴＧＣＣＧＣＴＣＡＣＴＧＧＡＣＡＣＣＧＣＴＧＣＣＧＣＧＡＴＧＧＧＴＴＧＣＧＡＡＧＣＣＣＴＧＴＣＡＧＧＧＧＴＴＡＣＣＴＡＣＧＧＣＧＧＣＡＴＣＧＧＡＧＡＧＣＧＣＡＧＣＧＧＴＣＴＧＣＣＧＣＣＡＡＣＡＡＴＧＧＣＡＧＡＡＴＡＴＧＡＣＡＡＣＧＴＧＧＣＣＣＧＴＧＣＧＴＴＧＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＡＡＡＡＣＡＣＧＣＴＡＡＧＡＡＡＣＴＧＧＧＣＣＴＧＧＣＧＴＴＴＧＧＡＡＴＣＧＡＡＣＣＴＧＴＧＡＡＣＡＧＡＴＡＴＧＡＧＴＣＴＣＡＣＴＴＧＡＴＣＡＡＣＡＣＣＧＧＡＴＧＧＣＡＡＧＣＡＡＡＡＴＧＧＡＴＧＡＴＴＧＡＡＡＡＧＧＴＧＧＧＴＧＣＧＧＡＴＡＡＣＡＴＣＴＴＴＡＴＣＣＡＣＣＴＧＧＡＴＡＣＴＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＴＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＧＴＧＣＡＧＧＣＡＡＣＧＧＣＡＴＴＣＴＣＧＡＴＧＣＧＣＧＣＧＡＡＣＡＣＣＴＧＣＧＴＴＡＣＧＴＧＣＡＴＣＴＴＡＧＣＧＡＡＡＧＣＧＡＣＣＧＴＧＧＧＡＣＣＣＣＴＧＧＡＧＡＡＧＧＴＡＣＴＧＴＴＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＡＡＴＡＴＴＣＧＣＧＡＣＡＣＴＣＧＣＣＧＣＡＧＴＴＧＧＡＴＴＴＡＡＡＧＧＣＧＧＡＴＴＡＧＣＡＡＴＧＧＡＡＡＧＣＴＴＴＡＴＣＡＡＣＡＴＧＣＣＡＣＣＧＧＡＡＣＴＧＧＧＡＴＡＴＧＧＣＣＴＧＧＣＡＧＴＡＴＧＧＣＧＣＣＣＧＧＴＧＧＣＧＧＡＡＴＣＣＴＴＴＣＡＡＧＣＡＧＴＡＡＴＧＧＡＴＡＡＡＧＧＴＴＴＡＣＣＴＴＴＴＣＴＧＣＧＧＡＡＣＡＡＡＧＣＧＣＧＴＣＡＧＴＡＴＣＧＴＣＴＧＡＴＣｔａａ
配列番号：３５；蛋白質；Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＨＧＷ－アルファプロテオバクテリア－８
ＭＲＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＫＷＤＲＡＧＡＥＲＡＶＡＡＡＡＨＹＫＭＤＦＩＥＩＡＬＬＮＡＰＧＶＤＡＰＨＳＲＡＬＬＥＫＨＧＬＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＡＡＷＰＳＲＮＰＥＡＡＶＡＨＬＫＶＡＬＤＫＴＡＥＭＧＣＥＡＬＴＧＶＴＹＧＧＩＧＥＲＴＧＬＰＰＳＡＴＥＬＤＮＶＡＲＡＬＲＥＡＡＡＨＡＫＫＬＧＬＬＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＨＬＩＮＴＧＲＱＡＶＥＭＩＥＫＶＧＡＥＮＭＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＡＮＧＩＬＤＡＲＥＨＩＫＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＷＧＴＣＤＷＤＥＩＦＡＶＬＳＡＩＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＶＡＹＧＬＳＶＷＲＰＶＡＲＤＥＡＥＶＭＤＮＧＬＰＦＬＲＧＫＡＲＱＹＲＬＩ
配列番号：３６；ＤＮＡ；Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＨＧＷ－アルファプロテオバクテリア－８
ＡＴＧＣＧＴＧＧＴＴＴＴＧＧＣＧＴＣＣＡＴＡＣＡＴＣＴＡＴＧＴＧＧＡＣＴＡＴＧＡＡＡＴＧＧＧＡＣＣＧＴＧＣＡＧＧＴＧＣＣＧＡＧＣＧＴＧＣＣＧＴＧＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＣＡＣＴＡＴＡＡＧＡＴＧＧＡＣＴＴＣＡＴＣＧＡＡＡＴＴＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＡＣＧＣＧＣＣＧＧＧＴＧＴＣＧＡＴＧＣＡＣＣＧＣＡＴＡＧＴＣＧＧＧＣＡＣＴＣＣＴＧＧＡＧＡＡＡＣＡＴＧＧＡＣＴＧＣＧＣＧＣＧＧＴＣＴＧＴＴＣＡＴＴＧＧＧＧＣＴＴＣＣＧＧＡＡＧＣＣＧＣＴＴＧＧＣＣＧＡＧＣＣＧＣＡＡＣＣＣＧＧＡＡＧＣＣＧＣＣＧＴＴＧＣＴＣＡＴＣＴＧＡＡＡＧＴＧＧＣＧＣＴＣＧＡＴＡＡＡＡＣＣＧＣＴＧＡＡＡＴＧＧＧＴＴＧＴＧＡＡＧＣＧＣＴＧＡＣＣＧＧＡＧＴＣＡＣＣＴＡＣＧＧＣＧＧＣＡＴＣＧＧＧＧＡＡＣＧＧＡＣＣＧＧＣＣＴＧＣＣＡＣＣＧＴＣＴＧＣＣＡＣＣＧＡＡＣＴＧＧＡＴＡＡＣＧＴＧＧＣＡＣＧＣＧＣＴＴＴＡＣＧＣＧＡＡＧＣＣＧＣＡＧＣＡＣＡＣＧＣＴＡＡＧＡＡＧＣＴＧＧＧＧＣＴＣＣＴＣＴＴＣＧＧＣＡＴＣＧＡＡＣＣＧＧＴＴＡＡＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＡＣＣＣＡＴＣＴＧＡＴＴＡＡＣＡＣＴＧＧＴＣＧＧＣＡＡＧＣＣＧＴＴＧＡＡＡＴＧＡＴＴＧＡＧＡＡＡＧＴＣＧＧＣＧＣＡＧＡＧＡＡＴＡＴＧＴＴＴＡＴＴＣＡＣＣＴＧＧＡＣＡＣＣＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＣＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＧＣＧＣＡＧＣＧＡＡＴＧＧＴＡＴＴＣＴＧＧＡＴＧＣＡＣＧＣＧＡＡＣＡＣＡＴＴＡＡＡＴＡＴＡＴＣＣＡＴＣＴＴＴＣＡＧＡＡＴＣＴＧＡＴＣＧＣＧＧＴＡＣＣＣＣＧＧＧＣＴＧＧＧＧＴＡＣＣＴＧＣＧＡＴＴＧＧＧＡＴＧＡＡＡＴＴＴＴＣＧＣＡＧＴＧＣＴＧＡＧＣＧＣＡＡＴＴＧＧＡＴＴＴＡＡＡＧＧＴＧＧＴＴＴＧＧＣＧＡＴＧＧＡＡＡＧＴＴＴＴＡＴＴＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＧＧＡＡＧＴＴＧＣＧＴＡＴＧＧＣＣＴＧＴＣＡＧＴＡＴＧＧＣＧＡＣＣＡＧＴＣＧＣＡＣＧＧＧＡＴＧＡＡＧＣＧＧＡＡＧＴＴＡＴＧＧＡＴＡＡＣＧＧＣＣＴＴＣＣＧＴＴＴＣＴＴＣＧＴＧＧＴＡＡＡＧＣＣＣＧＣＣＡＧＴＡＣＣＧＣＴＴＡＡＴＴｔａａ
配列番号：３７；蛋白質；Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｍ
ＭＱＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＮＷＤＲＡＧＡＥＲＴＩＰＡＡＳＡＹＧＭＤＦＩＥＩＡＬＬＮＡＰＡＶＤＡＰＨＴＲＡＬＬＥＫＨＧＭＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＲＮＷＡＳＶＮＰＥＧＡＩＥＨＬＲＱＡＬＥＶＴＡＡＬＧＡＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＱＲＴＧＶＰＰＴＡＧＥＹＤＮＩＡＲＡＬＥＡＡＡＲＹＡＲＥＬＧＩＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＮＨＬＶＮＴＡＡＱＡＫＷＭＩＥＫＶＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＶＧＮＧＩＬＤＡＲＥＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＣＤＷＤＥＶＦＡＴＬＡＡＩＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＩＧＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＥＳＦＥＥＶＭＤＲＧＬＰＦＬＲＮＫＡＫＱＹＲＬＶ
配列番号：３８；ＤＮＡ；Ｒｕｂｅｌｌｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｍ
ＡＴＧＣＡＡＧＧＧＴＴＴＧＧＣＧＴＣＣＡＣＡＣＴＴＣＧＡＴＧＴＧＧＡＣＣＡＴＧＡＡＣＴＧＧＧＡＴＣＧＴＧＣＣＧＧＣＧＣＣＧＡＡＣＧＴＡＣＡＡＴＣＣＣＧＧＣＣＧＣＧＡＧＣＧＣＡＴＡＣＧＧＴＡＴＧＧＡＴＴＴＴＡＴＴＧＡＡＡＴＴＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＡＴＧＣＣＣＣＧＧＣＧＧＴＧＧＡＣＧＣＴＣＣＡＣＡＴＡＣＧＣＧＣＧＣＣＣＴＴＣＴＴＧＡＡＡＡＧＣＡＣＧＧＧＡＴＧＣＧＴＧＣＡＧＴＴＴＧＣＡＧＴＴＴＧＧＧＴＴＴＧＣＣＴＧＡＧＣＧＴＡＡＴＴＧＧＧＣＡＡＧＣＧＴＣＡＡＣＣＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＡＴＣＧＡＧＣＡＣＣＴＴＣＧＡＣＡＡＧＣＣＣＴＣＧＡＡＧＴＧＡＣＣＧＣＣＧＣＣＣＴＴＧＧＧＧＣＡＧＡＡＧＣＧＴＴＡＡＧＣＧＧＴＧＴＣＡＣＡＴＡＣＧＧＣＧＧＴＡＴＡＧＧＴＣＡＧＣＧＣＡＣＡＧＧＧＧＴＧＣＣＡＣＣＣＡＣＣＧＣＴＧＧＣＧＡＧＴＡＴＧＡＴＡＡＣＡＴＣＧＣＣＣＧＴＧＣＡＣＴＧＧＡＡＧＣＣＧＣＴＧＣＡＣＧＣＴＡＴＧＣＡＣＧＡＧＡＡＣＴＧＧＧＴＡＴＣＧＣＣＴＴＴＧＧＴＡＴＣＧＡＡＣＣＧＧＴＴＡＡＣＣＧＧＴＡＣＧＡＧＡＡＣＣＡＴＣＴＧＧＴＧＡＡＣＡＣＣＧＣＧＧＣＣＣＡＡＧＣＴＡＡＡＴＧＧＡＴＧＡＴＡＧＡＡＡＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＧＧＡＴＡＡＴＡＴＴＴＴＣＡＴＣＣＡＴＴＴＧＧＡＴＡＣＡＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＴＧＡＧＧＡＧＡＡＡＧＧＴＧＴＣＧＧＣＡＡＣＧＧＴＡＴＣＣＴＧＧＡＴＧＣＧＣＧＴＧＡＧＣＡＣＣＴＧＣＧＣＴＡＴＡＴＴＣＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＧＡＧＣＧＡＴＣＧＣＧＧＣＡＣＡＣＣＡＧＧＣＧＡＧＧＧＴＡＣＴＴＧＣＧＡＴＴＧＧＧＡＣＧＡＡＧＴＡＴＴＣＧＣＡＡＣＣＣＴＧＧＣＡＧＣＡＡＴＴＧＧＴＴＴＣＡＡＡＧＧＣＧＧＡＣＴＴＧＣＴＡＴＧＧＡＡＴＣＧＴＴＴＡＴＣＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＡＧＡＡＡＴＴＧＧＡＴＡＣＧＧＣＴＴＧＧＣＣＧＴＴＴＧＧＣＧＡＣＣＴＧＴＧＧＣＡＧＡＧＡＧＴＴＴＴＧＡＡＧＡＡＧＴＣＡＴＧＧＡＣＣＧＣＧＧＣＣＴＧＣＣＧＴＴＣＣＴＧＣＧＧＡＡＣＡＡＧＧＣＧＡＡＡＣＡＧＴＡＣＣＧＴＣＴＴＧＴＧｔａａ
配列番号：３９；蛋白質；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＭＥＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＨＷＤＲＡＧＡＥＲＴＩＰＡＡＡＡＹＫＭＤＦＩＥＩＡＬＬＮＡＡＭＩＤＰＰＨＴＲＡＬＬＥＫＨＮＭＲＡＶＡＳＬＧＬＰＱＲＮＷＡＳＶＮＰＤＧＡＡＡＨＬＩＥＡＭＤＶＡＡＡＭＧＡＥＡＬＳＧＶＴＹＧＧＩＧＥＲＴＧＬＰＰＴＭＡＥＹＤＮＩＡＲＡＬＧＱＡＡＫＨＡＫＫＬＧＩＡＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＮＨＬＩＮＴＧＷＱＡＫＷＭＩＥＫＶＧＡＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＧＮＧＩＬＤＡＲＥＨＬＲＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＴＣＤＷＤＥＶＹＡＴＬＡＡＩＧＦＫＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＶＧＹＧＬＡＶＷＲＰＶＡＮＳＦＥＥＶＭＤＫＧＬＰＦＬＲＮＫＡＲＱＹＲＬＩ
配列番号：４０；ＤＮＡ；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ
ＡＴＧＧＡＡＧＧＣＴＴＣＧＧＴＧＴＧＣＡＣＡＣＧＡＧＴＡＴＧＴＧＧＡＣＧＡＴＧＣＡＣＴＧＧＧＡＴＣＧＴＧＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＡＣＧＴＡＣＧＡＴＴＣＣＧＧＣＣＧＣＣＧＣＣＧＣＧＴＡＣＡＡＧＡＴＧＧＡＣＴＴＣＡＴＴＧＡＡＡＴＴＧＣＧＣＴＧＣＴＧＡＡＣＧＣＡＧＣＧＡＴＧＡＴＣＧＡＴＣＣＧＣＣＡＣＡＴＡＣＴＣＧＣＧＣＧＣＴＴＣＴＧＧＡＧＡＡＡＣＡＴＡＡＣＡＴＧＣＧＧＧＣＴＧＴＴＧＣＧＡＧＴＣＴＣＧＧＡＣＴＴＣＣＡＣＡＡＣＧＣＡＡＴＴＧＧＧＣＣＴＣＧＧＴＴＡＡＴＣＣＡＧＡＴＧＧＴＧＣＣＧＣＧＧＣＣＣＡＴＣＴＴＡＴＣＧＡＧＧＣＧＡＴＧＧＡＣＧＴＧＧＣＧＧＣＡＧＣＡＡＴＧＧＧＴＧＣＣＧＡＡＧＣＧＣＴＴＴＣＣＧＧＡＧＴＧＡＣＡＴＡＣＧＧＣＧＧＡＡＴＣＧＧＴＧＡＡＣＧＣＡＣＴＧＧＣＣＴＧＣＣＧＣＣＡＡＣＴＡＴＧＧＣＡＧＡＧＴＡＣＧＡＴＡＡＣＡＴＴＧＣＡＣＧＡＧＣＡＣＴＣＧＧＧＣＡＧＧＣＣＧＣＣＡＡＡＣＡＴＧＣＣＡＡＧＡＡＧＣＴＴＧＧＧＡＴＣＧＣＴＴＴＣＧＧＣＡＴＡＧＡＧＣＣＧＧＴＧＡＡＴＣＧＣＴＡＴＧＡＧＡＡＴＣＡＴＣＴＧＡＴＣＡＡＣＡＣＴＧＧＣＴＧＧＣＡＧＧＣＣＡＡＡＴＧＧＡＴＧＡＴＴＧＡＧＡＡＡＧＴＧＧＧＴＧＣＴＧＡＴＡＡＣＡＴＣＴＴＴＡＴＣＣＡＴＣＴＧＧＡＴＡＣＡＴＡＴＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＣＧＡＧＧＡＡＡＡＧＧＧＣＧＣＴＧＧＴＡＡＴＧＧＴＡＴＴＴＴＡＧＡＴＧＣＡＣＧＴＧＡＡＣＡＣＣＴＧＣＧＴＴＡＴＡＴＴＣＡＴＴＴＧＴＣＴＧＡＧＴＣＣＧＡＴＣＧＣＧＧＣＡＣＧＣＣＧＧＧＴＧＡＡＧＧＣＡＣＧＴＧＴＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＡＧＴＴＴＡＣＧＣＧＡＣＡＣＴＧＧＣＡＧＣＣＡＴＴＧＧＣＴＴＴＡＡＡＧＧＴＧＧＡＣＴＣＧＣＧＡＴＧＧＡＡＴＣＡＴＴＣＡＴＣＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＧＧＡＡＧＴＧＧＧＴＴＡＴＧＧＴＣＴＧＧＣＡＧＴＴＴＧＧＣＧＣＣＣＧＧＴＧＧＣＧＡＡＣＡＧＣＴＴＴＧＡＡＧＡＡＧＴＴＡＴＧＧＡＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＣＣＧＴＴＴＣＴＣＣＧＣＡＡＴＡＡＡＧＣＧＣＧＧＣＡＧＴＡＣＣＧＣＣＴＧＡＴＣｔａａ
配列番号：４１；蛋白質；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＲＩＦＣＳＰＨＩＧＨＯ２＿０２＿ＦＵＬＬ＿６２＿１３０＞
ＭＥＧＦＧＶＨＴＳＭＷＴＭＫＷＤＲＥＧＴＥＲＡＶＱＡＡＶＤＹＫＭＤＦＬＥＩＡＬＬＤＡＰＳＶＤＡＡＨＴＲＫＬＬＥＤＮＤＭＲＡＶＣＳＬＧＬＰＥＡＶＷＰＳＲＤＰＥＳＡＩＡＦＭＫＧＶＦＤＫＡＮＥＭＧＡＥＡＶＳＧＶＴＹＧＧＩＧＥＲＴＤＭＰＰＴＥＡＥＬＳＮＶＡＲＡＬＥＡＣＡＳＹＡＫＳＬＧＬＲＦＧＩＥＰＶＮＲＹＥＴＨＬＬＮＴＧＷＱＡＲＤＭＩＥＲＩＧＳＤＮＩＦＩＨＬＤＴＹＨＭＮＩＥＥＫＧＡＡＳＧＩＬＤＡＲＥＨＬＫＹＩＨＬＳＥＳＤＲＧＴＰＧＥＧＣＣＤＷＤＥＩＦＡＴＬＡＡＩＮＦＴＧＧＬＡＭＥＳＦＩＮＭＰＰＥＬＡＨＧＬＳＶＷＲＰＶＡＰＤＦＱＡＶＭＤＫＧＬＰＦＬＲＮＫＡＡＱＹＲＬＶ
配列番号：４２；ＤＮＡ；Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＲＩＦＣＳＰＨＩＧＨＯ２＿０２＿ＦＵＬＬ＿６２＿１３０
ＡＴＧＧＡＡＧＧＴＴＴＴＧＧＧＧＴＡＣＡＣＡＣＣＡＧＣＡＴＧＴＧＧＡＣＧＡＴＧＡＡＡＴＧＧＧＡＴＣＧＴＧＡＧＧＧＣＡＣＣＧＡＧＣＧＧＧＣＴＧＴＡＣＡＧＧＣＧＧＣＡＧＴＴＧＡＴＴＡＣＡＡＡＡＴＧＧＡＴＴＴＴＣＴＧＧＡＡＡＴＴＧＣＴＣＴＧＣＴＴＧＡＣＧＣＴＣＣＧＡＧＣＧＴＧＧＡＣＧＣＧＧＣＡＣＡＣＡＣＧＣＧＣＡＡＡＣＴＣＣＴＧＧＡＡＧＡＴＡＡＣＧＡＴＡＴＧＣＧＴＧＣＧＧＴＧＴＧＣＡＧＴＴＴＡＧＧＧＴＴＡＣＣＡＧＡＡＧＣＧＧＴＧＴＧＧＣＣＧＡＧＴＣＧＣＧＡＣＣＣＡＧＡＧＡＧＣＧＣＡＡＴＴＧＣＴＴＴＴＡＴＧＡＡＡＧＧＡＧＴＡＴＴＣＧＡＴＡＡＧＧＣＣＡＡＣＧＡＡＡＴＧＧＧＣＧＣＣＧＡＧＧＣＡＧＴＧＡＧＴＧＧＧＧＴＣＡＣＧＴＡＴＧＧＣＧＧＣＡＴＡＧＧＣＧＡＡＣＧＣＡＣＡＧＡＣＡＴＧＣＣＡＣＣＧＡＣＡＧＡＡＧＣＧＧＡＧＣＴＧＡＧＣＡＡＣＧＴＡＧＣＣＣＧＣＧＣＡＣＴＧＧＡＡＧＣＧＴＧＣＧＣＧＡＧＴＴＡＴＧＣＡＡＡＡＴＣＡＴＴＡＧＧＴＣＴＧＣＧＡＴＴＴＧＧＣＡＴＴＧＡＧＣＣＴＧＴＧＡＡＴＣＧＴＴＡＴＧＡＡＡＣＣＣＡＴＣＴＧＣＴＧＡＡＴＡＣＣＧＧＴＴＧＧＣＡＡＧＣＡＣＧＣＧＡＴＡＴＧＡＴＣＧＡＡＣＧＴＡＴＣＧＧＴＴＣＡＧＡＴＡＡＣＡＴＴＴＴＣＡＴＴＣＡＴＴＴＧＧＡＴＡＣＧＴＡＣＣＡＣＡＴＧＡＡＴＡＴＣＧＡＡＧＡＧＡＡＡＧＧＣＧＣＧＧＣＣＴＣＴＧＧＴＡＴＴＴＴＡＧＡＴＧＣＣＣＧＴＧＡＡＣＡＣＴＴＧＡＡＡＴＡＣＡＴＣＣＡＴＴＴＡＴＣＴＧＡＡＡＧＴＧＡＣＡＧＡＧＧＣＡＣＧＣＣＡＧＧＣＧＡＡＧＧＴＴＧＴＴＧＣＧＡＣＴＧＧＧＡＴＧＡＡＡＴＴＴＴＣＧＣＣＡＣＣＣＴＣＧＣＣＧＣＣＡＴＴＡＡＴＴＴＴＡＣＣＧＧＣＧＧＴＣＴＴＧＣＣＡＴＧＧＡＡＡＧＴＴＴＣＡＴＴＡＡＣＡＴＧＣＣＧＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＣＡＴＧＧＴＣＴＧＡＧＣＧＴＧＴＧＧＣＧＣＣＣＣＧＴＧＧＣＣＣＣＧＧＡＣＴＴＣＣＡＡＧＣＧＧＴＧＡＴＧＧＡＴＡＡＡＧＧＣＣＴＧＣＣＧＴＴＣＣＴＧＣＧＡＡＡＣＡＡＡＧＣＣＧＣＧＣＡＧＴＡＣＣＧＣＣＴＧＧＴＣｔａａ
配列番号：４３；蛋白質；Ｔｈｅｒｍｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｅｎｉｃｏｌａ、コドン最適化ＤＮＡ配列番号：４４によってコードされる
ＫＹＧＩＦＹＡＹＷＥＫＥＷＫＧＤＦＩＴＹＩＥＫＶＫＫＬＧＦＤＩＬＥＶＧＣＧＤＦＨＫＱＰＤＳＹＦＨＴＬＲＤＡＡＲＥＹＤＩＩＬＴＧＧＹＧＰＲＡＥＨＮＬＣＳＰＤＴＡＶＶＥＮＡＬＡＦＹＳＤＩＦＲＫＭＥＩＡＧＩＲＳＩＧＧＧＬＹＡＹＷＰＶＤＹＳＲＥＰＤＫＡＧＤＬＥＲＳＩＫＮＭＲＲＬＡＤＩＡＥＲＨＧＩＴＬＮＭＥＶＬＮＲＦＥＧＹＬＩＮＤＴＮＥＧＬＡＹＩＲＡＶＤＫＰＮＶＫＬＭＬＤＴＦＨＭＮＩＥＥＤＳＦＴＥＰＩＬＱＡＧＫＹＬＧＨＶＨＶＧＥＰＮＲＫＰＰＲＥＧＲＩＰＷＧＥＩＧＫＡＬＲＱＩＧＹＤＧＰＶＶＭＥＰＦＶＴＭＧＧＱＶＧＫＤＩＣＶＷＲＤＬＳＱＧＡＴＥＥＤＬＤＲＤＡＥＫＳＬＡＦＬＫＧＭＦＥＡ
配列番号：４４；ＤＮＡ；Ｔｈｅｒｍｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃａｅｎｉｃｏｌａ、コドン最適化
ＡＡＧＴＡＣＧＧＴＡＴＣＴＴＣＴＡＴＧＣＴＴＡＴＴＧＧＧＡＡＡＡＧＧＡＡＴＧＧＡＡＧＧＧＴＧＡＣＴＴＣＡＴＴＡＣＴＴＡＣＡＴＴＧＡＡＡＡＧＧＴＴＡＡＧＡＡＧＣＴＧＧＧＡＴＴＣＧＡＴＡＴＴＣＴＴＧＡＡＧＴＴＧＧＴＴＧＴＧＧＴＧＡＣＴＴＣＣＡＴＡＡＡＣＡＡＣＣＴＧＡＴＴＣＴＴＡＣＴＴＣＣＡＴＡＣＴＣＴＴＡＧＡＧＡＴＧＣＴＧＣＴＡＧＡＧＡＡＴＡＴＧＡＴＡＴＴＡＴＴＣＴＴＡＣＴＧＧＴＧＧＴＴＡＣＧＧＴＣＣＴＡＧＡＧＣＴＧＡＡＣＡＴＡＡＣＴＴＧＴＧＴＴＣＴＣＣＡＧＡＴＡＣＴＧＣＴＧＴＴＧＴＴＧＡＡＡＡＣＧＣＴＣＴＴＧＣＣＴＴＣＴＡＴＴＣＴＧＡＴＡＴＣＴＴＣＡＧＡＡＡＡＡＴＧＧＡＧＡＴＣＧＣＴＧＧＴＡＴＴＡＧＡＴＣＣＡＴＴＧＧＴＧＧＴＧＧＴＣＴＧＴＡＴＧＣＴＴＡＣＴＧＧＣＣＴＧＴＴＧＡＴＴＡＴＴＣＴＡＧＡＧＡＡＣＣＴＧＡＴＡＡＧＧＣＴＧＧＴＧＡＴＣＴＴＧＡＡＡＧＡＴＣＣＡＴＴＡＡＧＡＡＣＡＴＧＡＧＡＡＧＡＴＴＧＧＣＴＧＡＴＡＴＴＧＣＴＧＡＡＡＧＡＣＡＴＧＧＴＡＴＴＡＣＴＣＴＴＡＡＴＡＴＧＧＡＡＧＴＴＣＴＴＡＡＣＡＧＡＴＴＣＧＡＡＧＧＴＴＡＴＣＴＴＡＴＴＡＡＣＧＡＴＡＣＴＡＡＣＧＡＡＧＧＴＣＴＴＧＣＴＴＡＴＡＴＴＡＧＡＧＣＴＧＴＴＧＡＴＡＡＡＣＣＡＡＡＣＧＴＴＡＡＡＴＴＧＡＴＧＴＴＧＧＡＴＡＣＣＴＴＣＣＡＣＡＴＧＡＡＣＡＴＴＧＡＡＧＡＡＧＡＴＴＣＣＴＴＣＡＣＴＧＡＡＣＣＴＡＴＴＣＴＴＣＡＡＧＣＴＧＧＴＡＡＧＴＡＴＣＴＴＧＧＴＣＡＴＧＴＴＣＡＴＧＴＴＧＧＴＧＡＡＣＣＴＡＡＴＡＧＡＡＡＧＣＣＡＣＣＴＡＧＡＧＡＡＧＧＴＡＧＡＡＴＣＣＣＴＴＧＧＧＧＴＧＡＡＡＴＴＧＧＴＡＡＡＧＣＴＣＴＴＡＧＡＣＡＡＡＴＴＧＧＴＴＡＣＧＡＴＧＧＴＣＣＴＧＴＴＧＴＴＡＴＧＧＡＡＣＣＡＴＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＧＧＧＴＧＧＴＣＡＡＧＴＴＧＧＴＡＡＧＧＡＴＡＴＣＴＧＴＧＴＣＴＧＧＡＧＡＧＡＣＴＴＡＴＣＴＣＡＡＧＧＴＧＣＴＡＣＴＧＡＡＧＡＧＧＡＴＣＴＴＧＡＴＡＧＡＧＡＴＧＣＴＧＡＡＡＡＧＴＣＴＣＴＴＧＣＣＴＴＣＴＴＧＡＡＡＧＧＴＡＴＧＴＴＣＧＡＡＧＣＴ
【0076】
その他の実施態様
本明細書に開示の機構は、いずれも任意の組み合わせで組み合わせることができる。本明細書に開示の各機構は、同一、同等、または類似の目的に資する別の機構によって代替するのであってもよい。したがって、他で明示的に示すのでない限り、本開示の各機構は、一般的な一連の同等または類似の機構の一例に過ぎない。当業者であれば、上記の説明から本開示の本質的な特性を容易に理解することが可能であり、その趣旨および範囲から逸脱することなく、多様な利用法および条件に適合するように本開示に様々な変更および修飾を加えることが可能である。したがって、他の実施態様についてもまた当該請求項の範囲内である。
本明細書に開示の機構は、いずれも任意の組み合わせで組み合わせることができる。本明細書に開示の各機構は、同一、同等、または類似の目的に資する別の機構によって代替するのであってもよい。したがって、他で明示的に示すのでない限り、本開示の各機構は、一般的な一連の同等または類似の機構の一例に過ぎない。当業者であれば、上記の説明から本開示の本質的な特性を容易に理解することが可能であり、その趣旨および範囲から逸脱することなく、多様な利用法および条件に適合するように本開示に様々な変更および修飾を加えることが可能である。したがって、他の実施態様についてもまた当該請求項の範囲内である。
【0077】
同等物および範囲
日常的試験以上のものを利用せずとも、当業者であれば、本明細書中に記載の開示の特定実施態様に対して多くの同等物が存在することを理解、あるいは確認することが可能であろう。本開示の範囲を上記の説明に限定する意図はなく、むしろ付属の「特許請求の範囲」によって定義されるものである。
日常的試験以上のものを利用せずとも、当業者であれば、本明細書中に記載の開示の特定実施態様に対して多くの同等物が存在することを理解、あるいは確認することが可能であろう。本開示の範囲を上記の説明に限定する意図はなく、むしろ付属の「特許請求の範囲」によって定義されるものである。
【0078】
本明細書中および付属の「特許請求の範囲」において用いられる不定冠詞「ａ」および「ａｎ」は、特にそうでないことが明記されるのでない限り、「少なくとも１つの」を意味するものと解釈されたい。
【0079】
本明細書中および付属の「特許請求の範囲」中の表現「および／または（ａｎｄ／ｏｒ）」は、それによって互いに結びつけられる要素のうちの「いずれかまたは両方」を意味するものであると理解されたい；すなわち、そのような要素が共に存在する場合もあれば、個別に存在する場合もある。「および／または」によって列挙される複数の要素についても、前記と同様であるとみなされる；すなわち、それによって互いに結びつけられる要素のうちの「１つ以上」を意味するものである。他の要素については、「および／または」という表現によって具体的に識別される要素に関連するか、あるいは非関連であるかを問わず、それらの具体的に識別される要素に加えて、任意選択的に存在するのであってもよい。したがって、非限定的例ではあるが、「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのオープンエンド表現と共に用いられる場合の、「Ａおよび／またはＢ」という表現は、一実施態様においては、Ａのみ（任意選択的にＢ以外の要素を含む）を意味し；別の一実施態様においては、Ｂのみ（任意選択的にＡ以外の要素を含む）を意味し；さらに別の一実施態様においては、ＡとＢの両方（任意選択的に他の要素を含む）を意味する；など。
【0080】
本明細書中および付属の請求項中において用いられる「または（ｏｒ）」は、上記で定義される「および／または（ａｎｄ／ｏｒ）」と同様の意味を有するものであると理解されたい。例えば、リスト中の項目を分離する場合には、「または」または「および／または」は、包括的であると解釈されたい；すなわち、複数要素またはリストに列挙される要素のうちの少なくとも１つを含むが、１つ以上を含む場合もあり、さらに付加的な非列挙項目を任意選択的に含むこともある。これに対して明示的にそうではないことを示す、「のうちの１つのみ（ｏｎｌｙ ｏｎｅ ｏｆ）」または「のうちの唯一つ（ｅｘａｃｔｌｙ ｏｎｅ ｏｆ）」あるいは「特許請求の範囲」で用いられる場合の「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」などの用語のみが、複数要素またはリストに列挙された要素のうちの唯一の１要素のみを含むことを意味するものである。一般に、本明細書中の用語「または（ｏｒ）」は、「のいずれか（ｅｉｔｈｅｒ）」、「のうちの１つ（ｏｎｅ ｏｆ）」、「のうちの１つのみ（ｏｎｌｙ ｏｎｅ ｏｆ）」または「のうちの唯一つ（ｅｘａｃｔｌｙ ｏｎｅ ｏｆ）」などの排他性を示す用語が前に置かれる場合には、排他的代替を示すという解釈のみが成り立つであろう（すなわち、「一方または他方であるが、その両方ではない（ｏｎｅ ｏｒ ｔｈｅ ｏｔｈｅｒ ｂｕｔ ｎｏｔ ｂｏｔｈ）」）。「特許請求の範囲」で用いられる場合の「本質的に～から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、特許法の分野において用いられるその通常の意味を有するものである。
【0081】
本明細書および付属の「特許請求の範囲」において用いられ、１種類以上の要素のリストに言及する際の表現「少なくとも１つの（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ）」は、要素リスト中の要素のうちの任意の１種類以上から選択される少なくとも１種類の要素であるが、該要素リスト内に具体的に列挙される各要素すべてのうちの少なくとも１つを必ずしも含むものではなく、また該要素リスト内の要素の任意の組み合わせを排除するものでもないことを意味するものであると理解されたい。この定義はまた、具体的に識別される要素に関連するか、あるいは非関連であるかを問わず、表現「少なくとも１つの（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ）」が意味する、該要素リスト内の具体的に識別される要素以外に、要素が任意選択的に存在するのであってもよいという解釈を可能にするものである。したがって、非限定的例ではあるが、「ＡおよびＢの少なくとも１つ（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ ｏｆ Ａ ａｎｄ Ｂ）」（または同等表現の「ＡまたはＢの少なくとも１つ（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ ｏｆ Ａ ｏｒ Ｂ）」、または同等表現の「Ａおよび／またはＢの少なくとも１つ（ａｔ ｌｅａｓｔ ｏｎｅ ｏｆ Ａ ａｎｄ／ｏｒ Ｂ）」）は、一実施態様においては、少なくとも１つであるが、任意選択的には２つ以上を含み、Ａが存在するが、Ｂは存在しない（および任意選択的にＢ以外の要素を含む）を意味し得る；別の一実施態様においては、少なくとも１つであるが、任意選択的には２つ以上を含み、Ｂが存在するが、Ａは存在しない（および任意選択的にＡ以外の要素を含む）を意味し得る；さらに別の一実施態様においては、少なくとも１つであるが、任意選択的には２つ以上を含み、Ａが存在し、かつ少なくとも１つであるが、任意選択的には２つ以上を含み、Ｂが存在する（および任意選択的に他の要素を含む）を意味し得る；など。
【0082】
特にそうでないことが明記されるのでない限り、「特許請求の範囲」に記載の任意の方法であって、２工程以上または２処置以上を含む方法において、該方法の工程または処置の順序は、該方法の列挙されている工程または処置の順序に必ずしも限定されるものではないこともまた理解されたい。
【0083】
上記の明細書、ならびに付属の「特許請求の範囲」において、「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「を含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「を保持する（ｃａｒｒｙｉｎｇ）」、「を有する（ｈａｖｉｎｇ）」、「を含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「を含む（ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ）」、「を保持する（ｈｏｌｄｉｎｇ）」、「によって構成される（ｃｏｍｐｏｓｅｄ ｏｆ）」などの全ての移行部表現は開放表現であると理解されたい；すなわち、「～が挙げられるが、これらのみに限定されるものではない」ことを意味する。米国特許疔の特許審査マニュアル、第２１１１．０３節に示されているように、移行部表現「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」および「本質的にから成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」のみが、それぞれ、閉鎖移行部または半閉鎖移行部である。また、本明細書に記載の実施態様であって、開放性移行部表現（例えば、「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」）を用いている実施態様であっても、別の実施態様においては、その開放性移行部表現によって記載される機構「から成る」および「本質的に該機構から成る」ことをも意図するものであると理解されたい。例えば、本明細書において「ＡおよびＢを含む組成物（ａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ Ａ ａｎｄ Ｂ）」と記載する場合には、本開示は、別の実施態様「ＡおよびＢから成る組成物（ａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ Ａ ａｎｄ Ｂ）」および「本質的にＡおよびＢから成る組成物（ａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ Ａ ａｎｄ Ｂ）」をも意図するものである。
【0084】
さらに、列挙される請求項のうちの１項以上に含まれる１種類以上の制限、要素、節、および記述的用語が、別の請求項に挿入される、すべての変更、組み合わせ、および置換を、本開示は含むものである。例えば、別の請求項に従属するいずれの請求項も、同一の基盤となる請求項に従属する他のいずれかの請求項に存在する１種類以上の限定を含むように変更することができる。要素が列挙提示される場合（例えば、マーカッシュ群形式のように）、該要素の各亜群もまた開示され、また該群から任意の要素（複数可）を除去することもできるのである。一般に、本開示、または本開示の局面が特定の要素および／または機構を含むことが好ましい場合には、本開示の特定実施態様または本開示の局面が、そのような要素および／または機構から成る、または本質的にそれらから成るものであることを理解されたい。記述を簡潔にするために、そのような実施態様については、本明細書中において具体的に上記のような表現で説明されているわけではない。用語「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「を含む（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」は、開放性を意図する表現であって、付加的な要素または工程を含むことを許容するものであるということにも留意されたい。範囲についての言及は、その端点をも含むものである。さらに、特に明記されない限り、あるいは文脈および／または当業者の理解から明白である場合を除き、範囲として表現される値については、本開示の異なる実施態様において文脈がそうではないことを明示するのでない限り、言及される範囲内の特定値または小範囲はいずれも当該範囲の下限の単位の１０分の１までであるとみなすことができるものと理解されるべきである。
【0085】
本明細書は、各種の交付済み特許、公開された特許出願、雑誌文献記事、およびその他の公開物を参照するが、それら参考文献はいずれも、参照として本明細書に組み入れられる。本明細書にて言及されている参考文献、特許および特許出願書類はいずれも、各々を引用するその主題に関して、場合によってはその文献の全体を含み得るものであるが、これらは参照として組み入れられる。組み入れられる参考文献と本明細書との間に何らかの矛盾がある場合には、本明細書の記載が優先する。さらに、従来技術の範囲内にある本開示の特定一実施態様は、請求項のうちのいずれかの１項以上から明確に除外され得る。そのような実施態様は当業者にとっては公知なものとみなされるので、本明細書においてその除外が明示的に言及されていなくても、それらの実施態様は除外され得る。本開示の特定実施態様はいずれも、従来技術の存在に関わりなく、何らかの理由で請求項から除外することができる。
【0086】
日常的試験以上のものを利用せずとも、当業者であれば、本明細書に記載の特定実施態様に対して多くの同等物が存在することを理解、あるいは確認することが可能であろう。本明細書に記載の実施態様の範囲を上記の説明に限定する意図はなく、むしろ付属の「特許請求の範囲」によって定義されるものである。当業者であれば、本開示の趣旨または範囲から逸脱することなく、本明細書の記載に対して、付属の特許請求の範囲において規定されるような、様々な変更および修飾を加え得ることを理解するであろう。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3】
【図4A】
【図4B】
【図5】
【手続補正書】
【提出日】2022-11-14
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
【国際調査報告】