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▶ ラボラトリー コーポレイション オブ アメリカ ホールディングスの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-06-21
(54)【発明の名称】抗体の定量的検出のための方法およびシステム
(51)【国際特許分類】
G01N 33/53 20060101AFI20230614BHJP
G01N 33/543 20060101ALI20230614BHJP
G01N 33/569 20060101ALI20230614BHJP
G01N 21/64 20060101ALI20230614BHJP
【ＦＩ】
G01N33/53 N
G01N33/53 U
G01N33/543 545A
G01N33/543 575
G01N33/569 L
G01N21/64 F
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022570535
(86)(22)【出願日】2021-05-19
(85)【翻訳文提出日】2023-01-17
(86)【国際出願番号】 US2021033186
(87)【国際公開番号】W WO2021236790
(87)【国際公開日】2021-11-25
(31)【優先権主張番号】63/027,032
(32)【優先日】2020-05-19
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＰＹＴＨＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】511172461
【氏名又は名称】ラボラトリー コーポレイション オブ アメリカ ホールディングス
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】チュン， ケリー ワイ．
【テーマコード（参考）】
2G043
【Ｆターム（参考）】
2G043AA01
2G043BA16
2G043CA03
2G043CA05
2G043CA09
2G043DA02
2G043EA01
2G043EA06
2G043EA13
2G043EA14
2G043FA01
2G043FA02
2G043KA02
2G043LA03
2G043NA01
2G043NA02
(57)【要約】
本開示は、抗体の定量化のための方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品に関する。本開示のある実施形態では、方法は、標準曲線を生成するステップ、およびその後、標準曲線を利用して目的の抗体を定量化するステップを含む。本明細書に記載される方法を使用する試料中の目的の抗体の定量的検出のためのシステム、キットおよびコンピュータープログラム製品も開示される。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
目的の抗体の定量的検出のための方法であって、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、前記結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、前記第１の抗体が、前記結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、前記リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した前記二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップａ）～ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の前記標準曲線を使用して試料中の前記目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、前記試料中の前記目的の抗体の前記定量化が、
（ｉ）前記目的の抗体の抗原を前記結合剤で被覆された前記表面に添加するステップであって、前記抗原が、前記リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）前記目的の抗体を含む試料を前記表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）前記二次抗体を前記表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した前記目的の抗体の量を、ステップｅ）の前記標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
【請求項2】
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、請求項１および２に記載の方法。
【請求項4】
前記検出可能な部分が酵素である、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項5】
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項6】
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項7】
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項8】
前記試料が血清試料である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項9】
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項10】
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項11】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、請求項１０に記載の方法。
【請求項13】
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項14】
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項15】
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項４に記載の方法。
【請求項17】
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項18】
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項19】
試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、（ａ）前記目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、前記結合剤が、前記抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）前記試料を前記表面に添加し、その結果、前記目的の抗体が前記抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を、前記目的の抗体に結合する前記表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した前記二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した前記目的の抗体の量を検出された前記二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された非抗原特異的標準曲線を使用することを含み、前記第１の抗体が、前記目的の抗体と同じ抗体クラスのものである、ステップ
を含む、方法。
【請求項20】
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、請求項１９から２０のいずれかに記載の方法。
【請求項22】
前記検出可能な部分が酵素である、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項23】
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項24】
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項25】
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項26】
前記試料が血清試料である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項27】
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項28】
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項29】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、請求項２８に記載の方法。
【請求項31】
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項32】
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項33】
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項２２に記載の方法。
【請求項35】
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項36】
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項37】
前記請求項のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのシステム。
【請求項38】
前記請求項のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
本願は、２０２０年５月１９日に出願した米国特許仮出願第６３／０２７，０３２号の優先権を主張するものである。前記仮出願の全内容は、あらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、２０２０年５月１９日に出願した米国特許仮出願第６３／０２７，０３２号の優先権を主張するものである。前記仮出願の全内容は、あらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
技術分野
本開示は、抗体の定量的検出に関する。
本開示は、抗体の定量的検出に関する。
【背景技術】
【0003】
背景
病原体、アレルゲン、ワクチン、薬物への、またはさらには自己免疫における自己への、対象の抗体の免疫応答を正確に定量化するアッセイの迅速な開発が、当技術分野において必要とされている。このアッセイは、正確でなければならず、高感度でなければならず、理想的にはハイスループットスクリーニングとして実行できなければならない。そのようなアッセイは、研究による目的の病原体に対する防御免疫レベルの確立を可能にするであろうし、個体の予後の予測および病原体による感染後の回復のモニタリングに寄与するであろう。加えて、このアッセイは、ワクチンおよび薬物での処置に対する体液性応答、アレルギー反応、自己免疫を研究するために、ならびに回復期の血漿療法のためのドナー血漿の選択を補助するために、使用することができるだろう。本開示は、標準試薬としての抗原特異的抗体の非存在下での定量的抗体アッセイの迅速な開発を可能にする。
病原体、アレルゲン、ワクチン、薬物への、またはさらには自己免疫における自己への、対象の抗体の免疫応答を正確に定量化するアッセイの迅速な開発が、当技術分野において必要とされている。このアッセイは、正確でなければならず、高感度でなければならず、理想的にはハイスループットスクリーニングとして実行できなければならない。そのようなアッセイは、研究による目的の病原体に対する防御免疫レベルの確立を可能にするであろうし、個体の予後の予測および病原体による感染後の回復のモニタリングに寄与するであろう。加えて、このアッセイは、ワクチンおよび薬物での処置に対する体液性応答、アレルギー反応、自己免疫を研究するために、ならびに回復期の血漿療法のためのドナー血漿の選択を補助するために、使用することができるだろう。本開示は、標準試薬としての抗原特異的抗体の非存在下での定量的抗体アッセイの迅速な開発を可能にする。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0004】
概要
本開示は、抗原特異的抗体の定量的検出のための方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品に関する。これらの方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品を様々な方法で具現化することができる。
本開示は、抗原特異的抗体の定量的検出のための方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品に関する。これらの方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品を様々な方法で具現化することができる。
【0005】
一実施形態では、目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗原特異的抗体の存在を定量化するステップを含み得、この試料中の目的の抗体の定量化は、（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップを含む。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら、異なる患者は、抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清を定量化することができるからである。これは、例えば、新たに同定された病原体（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）に対する抗体のような、標準曲線の生成に好適な目的の抗体が、容易に入手できない場合にも、有用であり得る。
【0006】
別の実施形態では、試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、結合剤が、抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；（ｂ）試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体が抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｃ）二次抗体を目的の抗体に結合する表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｄ）複合体化した二次抗体を検出するステップ；および（ｅ）結合した目的の抗体の量を検出された二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度の第１の抗体－リガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤の複合体を検出することにより生成された標準曲線を使用することを含み、したがって、第１の抗体が、標準曲線を生成する場合に目的の抗体の代わりになる、ステップを含み得る。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら、異なる患者は、抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清を定量化することができるからである。これは、例えば、新たに同定された病原体（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）に対して、標準曲線の生成に適する目的の抗体が、容易に入手できない場合にも、有用であり得る。
【0007】
別の実施形態では、試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）表面に、目的の抗体により認識される抗原を添加するステップであって、抗原が、結合剤に結合するリガンドにコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンである、ステップ；（ｃ）試料を表面に添加し、その結果、試料中に存在する目的の抗体が抗原に結合することになる、ステップ；（ｄ）結合した目的の抗体を検出するステップ；およびｅ）結合した目的の抗体の量を定量化するステップを含み得る。ある特定の実施形態では、目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線は、目的の抗体（例えば、抗ＲＢＤ ＩｇＧ）により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである、免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら、異なる患者は、抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清を定量化することができるからである。これは、例えば、新たに同定された病原体に対して、標準曲線の生成に適する目的の抗体が、容易に入手できない場合にも、有用であり得る。
【0008】
本開示の他の実施形態は、本明細書で開示される方法のいずれかによる目的の抗体の定量的検出のためのシステム、キットおよびコンピュータープログラム製品を含む。
【0009】
図面は、本技術のある特定の実施形態の説明に役立つものであり、限定するものではない。説明を明確かつ容易にするために、図面は、正確な縮尺で作成されたものではなく、一部の事例では、様々な態様が、特定の実施形態の理解を助長するために、誇張または拡大して示されることがある。
【図面の簡単な説明】
【0010】
【0011】
【0012】
【0013】
【0014】
【0015】
【発明を実施するための形態】
【0016】
詳細な説明
以下の説明は、本組成物および方法の様々な態様および実施形態を述べるものである。特定の実施形態が本組成物および方法の範囲を規定するように意図されていない。もっと正確に言えば、これらの実施形態は、本組成物および方法の範囲内に少なくとも含まれる様々な方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品の非限定的な例を提供するものに過ぎない。この説明は、当業者の視点で読まれるべきものであり、したがって、当業者に周知の情報は、必ずしも含まれていない。
以下の説明は、本組成物および方法の様々な態様および実施形態を述べるものである。特定の実施形態が本組成物および方法の範囲を規定するように意図されていない。もっと正確に言えば、これらの実施形態は、本組成物および方法の範囲内に少なくとも含まれる様々な方法、システム、キットおよびコンピュータープログラム製品の非限定的な例を提供するものに過ぎない。この説明は、当業者の視点で読まれるべきものであり、したがって、当業者に周知の情報は、必ずしも含まれていない。
【0017】
定義
本開示は、次に、下文にてより詳細に説明されることになる。本開示を多くの異なる形態で具現化することができるため、本明細書で示される態様に限定されると見なすべきではない。もっと正確に言えば、本開示が、適用される法的要件を満たすために、これらの態様が提供される。別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての専門および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書で言及されるすべての特許、出願、公開出願および他の公表文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。このセクションで述べる定義が、参照により本明細書に組み込まれる特許、出願、公開出願および他の公表文献に示されている定義と相容れないまたは別様に矛盾する場合、このセクションで示される定義が、参照により本明細書に組み込まれる定義より優先する。
本開示は、次に、下文にてより詳細に説明されることになる。本開示を多くの異なる形態で具現化することができるため、本明細書で示される態様に限定されると見なすべきではない。もっと正確に言えば、本開示が、適用される法的要件を満たすために、これらの態様が提供される。別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての専門および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書で言及されるすべての特許、出願、公開出願および他の公表文献は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。このセクションで述べる定義が、参照により本明細書に組み込まれる特許、出願、公開出願および他の公表文献に示されている定義と相容れないまたは別様に矛盾する場合、このセクションで示される定義が、参照により本明細書に組み込まれる定義より優先する。
【0018】
本開示またはその実施形態の要素を紹介する際の冠詞「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」および「前記（ｓａｉｄ）」は、要素の１つまたは複数が存在することを意味するように意図されている。用語「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「有すること」は、包括的であるように意図されており、挙げられている要素以外の追加の要素がある可能性があることを意味する。本明細書に記載される本開示の態様および実施形態は、態様および実施形態「からなること」および／または「から本質的になること」を含むことを理解されたい。
【0019】
２つまたはそれより多くの項目のリストに使用される際の用語「および／または」は、挙げられている項目のいずれか１つが、単独で、または挙げられている項目のいずれか１つもしくは複数と組み合わせて用いられ得ることを意味する。例えば、表現「Ａおよび／またはＢ」は、ＡおよびＢのどちらかまたは両方、すなわち、単独でのＡ、単独でのＢ、または組合せでのＡとＢを意味するように意図されている。表現「Ａ、Ｂおよび／またはＣ」は、単独でのＡ、単独でのＢ、単独でのＣ、組合せでのＡとＢ、組合せでのＡとＣ、組合せでのＢとＣ、または組合せでのＡとＢとＣを意味するように意図されている。
【0020】
本開示の様々な態様は、範囲形式で提示される。範囲形式での記載は、単に便宜上の、簡略して表現するためのものに過ぎず、本開示の範囲に対する確固たる制限と解釈すべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の記載は、すべての可能な部分範囲はもちろん、その範囲内の個々の数値も具体的に開示したものと見なされたい。例えば、１～６などの範囲の記載は、１～３、１～４、１～５、２～４、２～６、３～６などのような部分範囲はもちろん、その範囲内の個々の数、例えば１、２、３、４、５および６も具体的に開示したものと見なされたい。これは、範囲の幅に関係なく当てはまる。
【0021】
方法
本開示は、目的の抗体の定量的検出のための方法を提供する。ある実施形態では、目的の抗体は、標準として使用するために十分な量が市販されていないような、希少なものである。本開示のある実施形態では、方法は、標準曲線を生成するステップ、およびその後、標準曲線を利用して目的の抗体を定量化するステップを含む。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体（例えば、特定の抗原に特異的なＩｇＧ）により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら異なる対象（例えば、患者）は抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清における抗体価を定量化することができるからである。ある実施形態では、目的の抗体の定量化は、検体体積（例えば、ｍＬ）に対する抗体の質量（例えば、μｇ）である。例えば、アッセイは、大量の抗体を入手できない新たなウイルスまたは他の病原体への免疫応答の検出に使用され得る。ある実施形態では、方法は、対象からの試料中に存在する抗ＲＢＤ ＩｇＧの測定によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して潜在的に防御的な抗体をアッセイするために使用され得る。
本開示は、目的の抗体の定量的検出のための方法を提供する。ある実施形態では、目的の抗体は、標準として使用するために十分な量が市販されていないような、希少なものである。本開示のある実施形態では、方法は、標準曲線を生成するステップ、およびその後、標準曲線を利用して目的の抗体を定量化するステップを含む。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体（例えば、特定の抗原に特異的なＩｇＧ）により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら異なる対象（例えば、患者）は抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清における抗体価を定量化することができるからである。ある実施形態では、目的の抗体の定量化は、検体体積（例えば、ｍＬ）に対する抗体の質量（例えば、μｇ）である。例えば、アッセイは、大量の抗体を入手できない新たなウイルスまたは他の病原体への免疫応答の検出に使用され得る。ある実施形態では、方法は、対象からの試料中に存在する抗ＲＢＤ ＩｇＧの測定によりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して潜在的に防御的な抗体をアッセイするために使用され得る。
【0022】
目的の抗体の定量的検出のためのアッセイを開発するための方法も開示される。ある実施形態では、目的の抗体は、標準として使用するために十分な量が市販されていないような、希少なものである。本開示のある実施形態では、方法は、標準曲線を生成するステップ、およびその後、標準曲線を利用して目的の抗体を定量化するステップを含む。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体（例えば、抗ＲＢＤ ＩｇＧ）により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら、異なる患者は、抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清における抗体価を定量化することができるからである。ある実施形態では、目的の抗体の定量化は、検体体積（例えば、ｍＬ）に対する抗体の質量（例えば、μｇ）である。ある実施形態では、方法は、大量の抗体を入手できない新たなウイルスまたは他の病原体への免疫応答の検出に使用され得るアッセイの開発のために提供される。ある実施形態では、方法は、対象からの試料中に存在する抗ＲＢＤ ＩｇＧの測定によるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して潜在的に防御的な抗体のアッセイに使用され得る。
【0023】
本開示のある実施形態では、方法は、標準曲線を生成するステップ、およびその後、標準曲線を利用して目的の抗体を定量化するステップを含む。方法のある実施形態が図１に示される。ある特定の実施形態では、標準曲線は、目的の抗体（例えば、抗ＲＢＤ ＩｇＧ）により認識される抗原を特異的に認識しないが、目的の抗体（ＩｇＧ）と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ）を使用して、作成される。このようにして、適用可能な標準曲線を目的の抗体の様々な単離物のために生成することができる。これは、有用であり得る。なぜなら、異なる患者は、抗原に対して異なる特異的な抗体を産生し得るが、標準曲線を使用して様々な患者血清を定量化することができるからである。これは、例えば、新たに同定された病原体に対して、標準曲線の生成に適する目的の抗体が、容易に入手できない場合にも、有用であり得る。
【0024】
標準曲線を生成するために、表面を、先ず、ストレプトアビジンなどの結合剤で被覆することができる。または、他の結合剤（例えば、抗体、抗原、受容体、およびこれらに類するもの）を使用することができる。次に、結合剤のリガンドにコンジュゲートされている様々な濃度の第１の抗体を表面に添加することができる。必要に応じて、第１の抗体は、精製ヒトＩｇＧであり得、リガンドは、ビオチンであり得る。または、免疫グロブリンのクラス（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＡｇＡ、ＩｇＤ、またはＩｇＥ）に特異的な抗体を、目的の抗体の抗体クラスに依存して使用することができる。または他のリガンド－結合剤の組合せを使用することができる。ある実施形態では、結合剤に対するリガンドの親和性は、第１の抗体および二次抗体および／または目的の抗体に対する親和性、ならびに二次抗体または目的の抗体と抗原の親和性より高いことがある。例えば、ある特定の実施形態では、結合剤に対するリガンドの親和性は、およそ１０－１４ｍｏｌ／Ｌまでの解離定数を有し得、第１の抗体と二次抗体および／または目的の抗体ならびに二次抗体および／または目的の抗体と抗原の親和性は、おおよそ１０－６ｍｏｌ／Ｌ～１０－１２ｍｏｌ／Ｌの範囲であり得る。または、他の親和性の複合体を使用することができる。
【0025】
ある実施形態では、リガンド（例えば、ビオチン）と結合剤（例えば、ストレプトアビジン）間の結合の化学量論は既知であり、アッセイおよび標準曲線の生成に使用される条件下で一貫している。また、ある実施形態では、第１の抗体－リガンドの結合剤への結合の化学量論は、抗原－リガンドの結合剤への結合の化学量論と同じである。また、ある実施形態では、二次抗体の第１の抗体－リガンドへの結合の化学量論は、二次抗体の目的の抗体への化学量論と同じである。また、ある実施形態では、目的の抗体の抗原－リガンドへの結合の化学量論は、二次抗体の第１の抗体への結合の化学量論の結合と同じである。ある実施形態では、これらの相互作用の各々についての化学量論は、１：１である。このように、標準曲線と試料のアッセイとの間には１：１の相関関係がある。代替実施形態では、相対化学量論は異なることがあり、これらの差についての補正が行われる。
【0026】
次に、目的の抗体と一次抗体の両方を認識する二次抗体（例えば、目的の抗体と一次抗体が両方ともＩｇＧである場合、抗ＩｇＧ）が添加される。二次抗体を検出可能な部分にコンジュゲートすることができる。必要に応じて、二次抗体は、抗ヒトＩｇＧであり得、検出可能な部分は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、ベータガラクトシダーゼ、またはルシフェラーゼなどの、しかしこれらに限定されない、酵素であり得る。必要に応じて、化学発光検出方法を使用して、検出可能な部分を検出することができる。必要に応じて、比色検出方法を使用して、検出可能な部分を検出することができる。検出可能な部分の測定の際に、標準曲線を生成することができ、それによって既知濃度の第１の抗体と各々のそれぞれの検出可能な部分の測定値を相関させることができる。
【0027】
この標準曲線を、同等のアッセイから得た測定値とともに使用して、患者試料中の目的の抗体を定量化することができる。定量化アッセイのために、表面を、先ず、標準曲線を生成するために使用した結合剤、例えばストレプトアビジン、で被覆することができる。次に、結合剤のリガンドにコンジュゲートされている目的の抗体の抗原を表面に添加することができる。例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して潜在的に防御的な抗体についてのアッセイの場合、抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）であり得、リガンドは、ビオチンであり得る。次に、目的の抗体を含有する試料を表面に添加することができる。必要に応じて、目的の抗体は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧであり得る。最後に、検出可能な部分、例えばＨＲＰ、にコンジュゲートされている二次抗体、例えば抗ヒトＩｇＧを、表面に添加することができる。検出可能な部分の測定の際に、標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の濃度を算出することができる。
【0028】
一実施形態では、目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および（ｆ）ステップ（ｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップを含み得、この試料中の目的の抗体の定量化は、（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップ（ｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップを含む。ある特定の実施形態では、目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される。
【0029】
別の実施形態では、試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、結合剤が、抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；（ｂ）試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体が抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｃ）二次抗体を目的の抗体に結合する表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｄ）複合体化した二次抗体を検出するステップ；および（ｅ）結合した目的の抗体の量を検出された二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体における二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された標準曲線を使用することを含む、ステップを含み得る。ある特定の実施形態では、目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される。
【0030】
別の実施形態では、試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法は、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）表面に、目的の抗体により認識される抗原を添加するステップであって、抗原が、結合剤に結合するリガンドにコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンである、ステップ；（ｃ）試料を表面に添加し、その結果、試料中に存在する目的の抗体が抗原に結合することになる、ステップ；（ｄ）結合した目的の抗体を検出するステップ；および（ｅ）結合した目的の抗体の量を定量化するステップを含み得る。この実施形態では、結合した目的の抗体の量を定量化するステップは、上記のように生成された標準曲線を利用することができる。
【0031】
例えば、ある特定の実施形態では、表面をストレプトアビジンで被覆し、次いで、ビオチン化ＲＢＤ（抗原）を添加する。次いで、表面を洗浄し、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧ（すなわち、目的の抗体）を含有すると考えられる試料の一部分を添加し、放置してインキュベートし、その結果、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧが、表面に結合されているＲＢＤ抗原と複合体化する。洗浄後、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧ－表面に結合されているＲＢＤを、抗ＩｇＧ二次抗体で検出することができる。次いで抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧ－表面に結合されているＲＢＤの量を、検出された二次抗体の量に基づいて定量化する。
【0032】
本開示の一部の実施形態では、試料は、病原体による感染から回復している対象からのものである。本開示の一部の実施形態では、方法は、回復期の対象からの試料が、ドナー血漿として使用されることになる対象の血漿について十分な目的の抗体を含有するかどうかを決定するステップをさらに含む。
【0033】
本開示の一部の実施形態では、方法は、目的の抗体の定量化された量を使用して目的の抗体の防御免疫レベルを決定するステップをさらに含む。
【0034】
本開示の一部の実施形態では、方法は、第１の時点および少なくとも第２の時点で目的の抗体を定量化して目的の抗体の連続力価を生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、連続力価は、病原体による感染からの対象の回復を追跡するために使用され得る。一部の実施形態では、連続力価は、処置への対象の応答をモニターするために使用され得る。一部の実施形態では、連続力価は、ワクチンへの対象の応答をモニターするために使用され得る。一部の実施形態では、連続力価は、接触追跡アプリケーションを補助するために使用され得る。
【0035】
本開示の一部の実施形態では、方法は、目的の抗体の定量化された量を使用して患者の予後を予測するステップをさらに含む。
【0036】
本開示は、ある特定の実施形態では抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧについての定量的アッセイとして例示されるが、目的の他の抗体のアッセイに本原理を適用することができることは、理解されるであろう。さらに、アッセイがＩｇＧ抗体のアッセイに限定されないこと、および第１の抗体および目的の抗体が両方とも同程度に二次抗体により認識される（すなわち、二次抗体が、第１の抗体および目的の抗体に対して同様の結合親和性を有する）限り、アッセイを抗体の他のクラス（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、ＩｇＡ）に適用することができることは、理解されるであろう。
【0037】
結合剤およびリガンド
方法の一部の実施形態では、固体表面に結合された結合剤、およびそのリガンドは、結合対を構成する。結合対は、当技術分野において周知である。一部の場合には、結合対は、抗原、およびその抗原に結合できる抗体からなり得る。一部の場合には、結合対は、受容体およびリガンドからなり得る。一部の場合には、結合対は、酵素、およびその酵素の阻害剤からなり得る。一部の場合には、結合対は、酵素およびその補因子からなり得る。そのような特異的結合対の具体的な例としては、炭水化物とレクチン、ビオチンとアビジンまたはストレプトアビジンまたはニュートラアビジン、アミン改変オリゴと炭水化物、葉酸と葉酸結合タンパク質、ビタミンＢ１２と内因子、プロテインＡと免疫グロブリン、およびプロテインＧと免疫グロブリンが挙げられるが、これらに限定されない。結合対のどちらかのメンバーが固体表面に結合され得る。
方法の一部の実施形態では、固体表面に結合された結合剤、およびそのリガンドは、結合対を構成する。結合対は、当技術分野において周知である。一部の場合には、結合対は、抗原、およびその抗原に結合できる抗体からなり得る。一部の場合には、結合対は、受容体およびリガンドからなり得る。一部の場合には、結合対は、酵素、およびその酵素の阻害剤からなり得る。一部の場合には、結合対は、酵素およびその補因子からなり得る。そのような特異的結合対の具体的な例としては、炭水化物とレクチン、ビオチンとアビジンまたはストレプトアビジンまたはニュートラアビジン、アミン改変オリゴと炭水化物、葉酸と葉酸結合タンパク質、ビタミンＢ１２と内因子、プロテインＡと免疫グロブリン、およびプロテインＧと免疫グロブリンが挙げられるが、これらに限定されない。結合対のどちらかのメンバーが固体表面に結合され得る。
【0038】
方法の一部の実施形態では、結合剤は、ストレプトアビジンである。一部の実施形態では、結合剤は、ストレプトアビジン、アビジンおよびニュートラアビジンから選択され得る。本開示の一部の実施形態では、結合剤は、表面に高密度で結合される。
【0039】
方法の一部の実施形態では、リガンドは、ビオチンであり得る。
【0040】
抗体
方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＧであり得る。方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＡであり得る。方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＭであり得る。これらの実施形態では、精製免疫グロブリンは、ヒト免疫グロブリンであり得る。
方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＧであり得る。方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＡであり得る。方法の一部の実施形態では、第１の抗体は、精製ＩｇＭであり得る。これらの実施形態では、精製免疫グロブリンは、ヒト免疫グロブリンであり得る。
【0041】
方法の一部の実施形態では、二次抗体は、検出可能な部分で標識され得る。一部の実施形態では、検出可能な部分は、酵素であり得る。一部の実施形態では、検出可能な部分は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）であり得る。一部の実施形態では、検出可能な部分は、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）であり得る。一部の実施形態では、検出可能な部分は、フルオロフォアまたは化学発光であり得る。
【0042】
「抗体」は、別の分子の特定の空間的および極性の構造に結合し、それによってその構造と相補的であると定義される免疫グロブリンを意味する。抗体は、モノクローナル、ポリクローナル、または組換えであり得、当技術分野において周知である技法、例えば、宿主の免疫化および血清の収集によって（ポリクローナル）、または連続ハイブリッド細胞系の調製および分泌されたタンパク質の収集によって（モノクローナル）、または少なくとも結合に必要とされるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列もしくはその変異誘発バージョンのクローニングおよび発現によって、調製され得る。抗体は、完全な免疫グロブリンまたはその断片を含み得、この免疫グロブリンは、様々なクラスおよびアイソタイプ、例えば、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂおよびＩｇＧ３、ＩｇＭなどを含み得る。その断片は、Ｆａｂ、ＦｖおよびＦ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’およびこれらに類するものを含み得る。抗体は、特定の結合部位に特異的である結合活性を保持する一本鎖抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体または当業者に公知の任意の他の抗体誘導体であることもある。加えて、特定の結合部位に対する結合親和性が維持される限り、免疫グロブリンまたはそれらの断片の凝集体、ポリマーおよびコンジュゲートを、適宜、使用することができる。イムノアッセイに使用するための抗体および抗体誘導体の産生および選択に関するガイドラインは、放出可能な分子タグを利用するそのようなアッセイ（下で説明されるような）を含めて、容易に入手可能な教科書およびマニュアル、例えば、Harlow and Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold SpringHarbor Laboratory Press, New York; Howard and Bethell, 2001, Basic Methods inAntibody Production and Characterization, CRC Press; Wild, ed., 1994, The ImmunoassayHandbook, Stockton Press, New Yorkにおいて、見つけることができる。
【0043】
抗原および目的の抗体
開示される方法およびシステムを使用して、抗原をアッセイすることができる。
開示される方法およびシステムを使用して、抗原をアッセイすることができる。
【0044】
一部の実施形態では、抗原は、細菌抗原であり得る。
【0045】
一部の実施形態では、抗原は、薬物、ワクチン、ホルモン、アレルゲン、または内在性タンパク質であり得る。一部の実施形態では、抗原は、ウイルス抗原であり得る。一部の実施形態では、目的の抗体の抗原は、ウイルス受容体結合ドメインであり得る。一部の実施形態では、抗原は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）であり得る。
【0046】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、スパイクタンパク質、ヌクレオカプシドタンパク質、外被タンパク質、および膜糖タンパク質という、４つの構造タンパク質を有する。スパイクタンパク質は、サブユニットＳ１およびＳ２を含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤは、ウイルス侵入のために宿主細胞ＡＣＥ２受容体に結合するＳ１の一部である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤは、高度に抗原性であり、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでウイルス感染を中和および阻害することが示されている。
【0047】
一部の実施形態では、目的の抗体は、抗細菌抗原抗体であり得る。一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ウイルス抗原抗体であり得る。
【0048】
方法の一部の実施形態では、目的の抗体は、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧであり得る。一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ＲＢＤ ＩｇＭであり得る。一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ＲＢＤ ＩｇＡであり得る。
【0049】
一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧであり得る。一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＭであり得る。一部の実施形態では、目的の抗体は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＡであり得る。
【0050】
一部の実施形態では、アッセイは、目的の抗体に特異的であり、特定の微生物（例えば、ウイルス、細菌または他のもの）に曝露された個体に存在し得る他の抗体を検出しない。例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２についての方法の実施形態は、２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない。
【0051】
一部の実施形態では、方法は、人物が、抗体応答をもたらす病原体（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含み得る。一部の実施形態では、方法は、人物が、抗体応答をもたらす病原体（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）への免疫応答を開始していないことを決定するステップをさらに含み得る。一部の実施形態では、目的の抗体の具体的な閾値（すなわち、定量的な量、例えば、マイクログラム／ｍＬ）を同定して、人物がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したかどうかを決定することができる。一部の実施形態では、この閾値は、必要に応じて、約２μｇ／ｍｌ、約３μｇ／ｍｌ、約４μｇ／ｍｌ、約５μｇ／ｍｌ、または約６μｇ／ｍｌであり得る。
【0052】
検出可能な部分
使用され得る一部の検出可能な部分の一部の非限定的な例が、下で説明される。
使用され得る一部の検出可能な部分の一部の非限定的な例が、下で説明される。
【0053】
蛍光色素
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、蛍光色素である。多種多様な化学構造および物理的特性の多くの既知蛍光色素が、本開示の実施における使用に適している。蛍光性の検出可能部分をレーザーにより刺激し、その放出された光を検出器により捕捉することができる。検出器は、その強度を記録する、電荷結合素子（ＣＣＤ）または共焦点顕微鏡であり得る。
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、蛍光色素である。多種多様な化学構造および物理的特性の多くの既知蛍光色素が、本開示の実施における使用に適している。蛍光性の検出可能部分をレーザーにより刺激し、その放出された光を検出器により捕捉することができる。検出器は、その強度を記録する、電荷結合素子（ＣＣＤ）または共焦点顕微鏡であり得る。
【0054】
適する蛍光色素としては、フルオレセインおよびフルオレセイン色素（例えば、フルオレセインイソチオシアニンまたはＦＩＴＣ、ナフトフルオレセイン、４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン、６－カルボキシフルオレセインまたはＦＡＭなど）、ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、カルボシアニン、メロシアニン、スチリル色素、オキソノール色素、フィコエリトリン、エリスロシン、エオシン、ローダミン色素（例えば、カルボキシテトラメチルローダミンまたはＴＡＭＲＡ、カルボキシローダミン６Ｇ、カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、リサミンローダミンＢ、ローダミン６Ｇ、ローダミングリーン、ローダミンレッド、テトラメチルローダミン（ＴＭＲ）など）、クマリンおよびクマリン色素（例えば、メトキシクマリン、ジアルキルアミノクマリン、ヒドロキシクマリン、アミノメチルクマリン（ＡＭＣＡ）など）、Ｑ－ＤＯＴＳ、オレゴングリーン色素（例えば、オレゴングリーン４８８、オレゴングリーン５００、オレゴングリーン５１４など）、テキサスレッド、テキサスレッド－Ｘ、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＲＥＤ、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ、シアニン色素（例えば、ＣＹ－３、ＣＹ－５、ＣＹ－３．５、ＣＹ５．５など）、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ色素（例えば、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ３５０、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ４８８、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ５３２、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ５４６、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ５６８、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ５９４、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ６３３、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ６６０、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ ６８０など）、ＢＯＤＩＰＹ色素（例えば、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、ＢＯＤＩＰＹ Ｒ６Ｇ、ＢＯＤＩＰＹ ＴＭＲ、ＢＯＤＩＰＹ ＴＲ、ＢＯＤＩＰＹ ５３０／５５０、ＢＯＤＩＰＹ ５５８／５６８、ＢＯＤＩＰＹ ５６４／５７０、ＢＯＤＩＰＹ ５７６／５８９、ＢＯＤＩＰＹ ５８１／５９１、ＢＯＤＩＰＹ ６３０／６５０、ＢＯＤＩＰＹ ６５０／６６５など）、ＩＲＤｙｅｓ（例えば、ＩＲＤ４０、ＩＲＤ ７００、ＩＲＤ ８００など）、およびこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。適する蛍光色素、ならびに蛍光色素をタンパク質およびペプチドなどの他の化学的実体に結合させるための方法の、さらなる例については、例えば、"The Handbook of Fluorescent Probes and ResearchProducts", 9th Ed., Molecular Probes, Inc., Eugene, ORを参照されたい。蛍光標識剤の好適な特性としては、高いモル吸収係数、高い蛍光量子収率、および光安定性が挙げられる。一部の実施形態では、標識用フルオロフォアは、紫外スペクトル範囲（すなわち、４００ｎｍ未満）ではなく可視の吸収および発光波長（すなわち、４００～７５０ｎｍの間）を示す。
【0055】
検出可能な部分は、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）の場合のような１つより多くの化学的実体を含み得る。共鳴移動は、発光強度の全般的増強をもたらす。例えば、Ju et. al. (1995) Proc. Nat'l Acad. Sci. (USA) 92:4347を参照されたく、この参考文献の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。共鳴エネルギー移動を達成するために、第１の蛍光分子（「ドナー」蛍光体(fluor)）が光を吸収し、それを励起電子の共鳴によって第二の蛍光分子（「アクセプター」蛍光体）に移動させる。１つの手法では、ドナー色素とアクセプター色素の両方を連結させ、オリゴプライマーに結合させることができる。ドナーおよびアクセプター色素を核酸に連結させる方法は、例えば、Ｌｅｅらの米国特許第５，９４５，５２６号に記載されており、この参考特許文献の全内容が参照により本明細書に組み込まれる。使用することができる色素のドナー／アクセプター対としては、例えば、フルオレセイン／テトラメチルローダミン、ＩＡＥＤＡＮＳ／フルオレセイン、ＥＤＡＮＳ／ＤＡＢＣＹＬ、フルオレセイン／フルオレセイン、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ／ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、およびフルオレセイン／ＱＳＹ ７色素が挙げられる。例えば、Ｌｅｅらの米国特許第５，９４５，５２６号を参照されたい。これらの色素の多くはまた、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ、Ｏｒｅｇ．）から、市販されている。適するドナーフルオロフォアとしては、６－カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、テトラクロロ－６－カルボキシフルオレセイン（ＴＥＴ）、２’－クロロ－７’－フェニル－１，４－ジクロロ－６－カルボキシフルオレセイン（ＶＩＣ）、およびこれらに類するものが挙げられる。
【0056】
酵素
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、酵素である。適する酵素の例としては、ＥＬＩＳＡにおいて使用されるもの、例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼなどが挙げられるが、これらに限定されない。他の例としては、ベータ－グルクロニダーゼ、ベータ－Ｄ－グルコシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼなどが挙げられる。酵素を、カルボジイミド、ジイソシアネート、グルタルアルデヒドおよびこれらに類するものなどのリンカー基を使用して、分子にコンジュゲートすることができる。
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、酵素である。適する酵素の例としては、ＥＬＩＳＡにおいて使用されるもの、例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼなどが挙げられるが、これらに限定されない。他の例としては、ベータ－グルクロニダーゼ、ベータ－Ｄ－グルコシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼなどが挙げられる。酵素を、カルボジイミド、ジイソシアネート、グルタルアルデヒドおよびこれらに類するものなどのリンカー基を使用して、分子にコンジュゲートすることができる。
【0057】
放射性同位体
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、放射性同位体である。例えば、分子を同位体で標識することができ（すなわち、分子が、天然で通常見られる原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子により置き換えられた１つまたは複数の原子を含有し得る）、または同位体を分子に結合させることができる。分子に組み込むことができる同位体の非限定的な例として、水素、炭素、フッ素、リン、銅、ガリウム、イットリウム、テクネチウム、インジウム、ヨウ素、レニウム、タリウム、ビスマス、アスタチン、サマリウムおよびルテチウムの同位体（すなわち、３Ｈ、１３Ｃ、１４Ｃ、１８Ｆ、１９Ｆ、３２Ｐ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２９Ｉ、１３１Ｉ、１３５Ｉ、１８６Ｒｅ、１８７Ｒｅ、２０１Ｔ１、２１２Ｂｉ、２１３Ｂｉ、２１ｌＡｔ、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ）が挙げられる。
ある特定の実施形態では、検出可能な部分は、放射性同位体である。例えば、分子を同位体で標識することができ（すなわち、分子が、天然で通常見られる原子質量または質量数とは異なる原子質量または質量数を有する原子により置き換えられた１つまたは複数の原子を含有し得る）、または同位体を分子に結合させることができる。分子に組み込むことができる同位体の非限定的な例として、水素、炭素、フッ素、リン、銅、ガリウム、イットリウム、テクネチウム、インジウム、ヨウ素、レニウム、タリウム、ビスマス、アスタチン、サマリウムおよびルテチウムの同位体（すなわち、３Ｈ、１３Ｃ、１４Ｃ、１８Ｆ、１９Ｆ、３２Ｐ、３５Ｓ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２９Ｉ、１３１Ｉ、１３５Ｉ、１８６Ｒｅ、１８７Ｒｅ、２０１Ｔ１、２１２Ｂｉ、２１３Ｂｉ、２１ｌＡｔ、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ）が挙げられる。
【0058】
デンドリマー
一部の実施形態では、シグナル増幅は、標識されたデンドリマーを検出可能な部分として使用して達成される（例えば、Physiol Genomics 3:93-99, 2000を参照されたく、この参考文献の全内容は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる）。蛍光標識されたデンドリマーは、Ｇｅｎｉｓｐｈｅｒｅ（Ｍｏｎｔｖａｌｅ、Ｎ．Ｊ．）から入手可能である。これらを、当技術分野において公知の方法によりオリゴヌクレオチドプライマーに化学的にコンジュゲートすることができる。
一部の実施形態では、シグナル増幅は、標識されたデンドリマーを検出可能な部分として使用して達成される（例えば、Physiol Genomics 3:93-99, 2000を参照されたく、この参考文献の全内容は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる）。蛍光標識されたデンドリマーは、Ｇｅｎｉｓｐｈｅｒｅ（Ｍｏｎｔｖａｌｅ、Ｎ．Ｊ．）から入手可能である。これらを、当技術分野において公知の方法によりオリゴヌクレオチドプライマーに化学的にコンジュゲートすることができる。
【0059】
試料
方法の一部の実施形態では、試料は、血清試料であり得る。方法の他の実施形態では、試料は、乾燥血斑（dried blood spot）であり得る。方法の他の実施形態では、試料は、鼻スワブに由来し得る。
方法の一部の実施形態では、試料は、血清試料であり得る。方法の他の実施形態では、試料は、乾燥血斑（dried blood spot）であり得る。方法の他の実施形態では、試料は、鼻スワブに由来し得る。
【0060】
「試料」または「患者試料」または「生体試料」または「検体」は、本明細書では同義で使用される。試料の供給源は、新鮮な組織、凍結および／もしくは保存された臓器もしくは組織もしくは生検材料もしくは吸引物からのもののような、固体組織であることがある。試料の供給源は、液体試料であることもある。液体試料の非限定的な例としては、血液もしくは血液産物（例えば、血清、血漿、またはこれらに類するもの）、尿、鼻スワブ、生検試料（例えば、がんの検出のための液体生検）、上記の液体試料、これらに類するものまたは組合せが挙げられる。用語「血液」は、従来どおりの定義の、全血、血液産物、または血液の任意の画分、例えば、血清、血漿、バフィーコートまたはこれらに類するものを包含する。適する試料としては、血液、血漿、血清、尿、唾液、涙、脳脊髄液、臓器、毛髪、筋肉、または他の組織試料または他の液体吸引物などの、収集および乾燥のために基材上に堆積させることができるものが挙げられるが、これらに限定されない。ある実施形態では、試料体液を乾燥させる前に基材上で分離することができる。例えば、赤血球の移動を制限するサンプリング紙基材上に血液を堆積させ、血漿画分を分離させ、その後、分析用の乾燥血漿試料を作るために乾燥させてもよい。
【0061】
対象
一部の実施形態では、対象は、ヒト対象であり得る。
一部の実施形態では、対象は、ヒト対象であり得る。
【0062】
方法の一部の実施形態では、対象は、目的の任意の病原体に曝露された疑いがあり得る。ある特定の実施形態では、病原体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染後の予想抗体応答曲線の例が、図２に描示されている。感染後のセロコンバージョンまでの平均時間は、１０～１４日である。ＩｇＧおよびＩｇＭは、ほぼ同時期に検出可能になるが、ＩｇＭ応答は、おおよそ２カ月後に検出できなくなる。逆に、ＩｇＧ応答は、通常は２カ月目にピークに達しておらず、最大２年間、検出可能なレベルで存続し得る。
【0063】
一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から３週間以内に採取され得る。一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２週間以内に採取され得る。一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２週間より後に採取され得る。一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２カ月後までに採取され得る。一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から１年後までに採取され得る。一部の実施形態では、試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２年後までに採取され得る。
【0064】
本明細書で使用される場合、用語「対象」および「患者」は、同義で使用される。本明細書で使用される場合、用語「対象（単数）」および「対象（複数）」は、動物、好ましくは、非霊長類（例えば、雌ウシ、ブタ、ウマ、ロバ、ヤギ、ラクダ、ネコ、イヌ、モルモット、ラット、マウスまたはヒツジ）および霊長類（例えば、サル、例えば、カニクイザル、ゴリラ、チンパンジーまたはヒト）を含む哺乳動物を指す。一部の実施形態では、患者は、医学的評価または医療処置を受ける対象である。
【0065】
システム、キット、およびコンピュータープログラム製品
本開示の他の実施形態は、本明細書で開示される方法のいずれかによる目的の抗体の定量的検出のためのシステムおよびキットを含む。
本開示の他の実施形態は、本明細書で開示される方法のいずれかによる目的の抗体の定量的検出のためのシステムおよびキットを含む。
【0066】
別の実施形態では、本開示は、生体試料からの目的の抗体を定量化するためのコンポーネントを含む、システムおよび／またはキットを含む。システムおよび／またはキットは、結合剤で被覆された表面を含み得る。システムおよび／またはキットは、結合剤のリガンドと複合体化した第１の抗体も含み得る。また、システムおよび／またはキットは、二次抗体を含み得る。システムおよび／またはキットは、本明細書に記載される方法により標準曲線を生成するためのステーションおよび／または指示も含み得る。システムおよび／またはキットは、目的の抗体をリガンドにコンジュゲートするための試薬、ならびに／または本明細書に記載される方法により標準曲線を使用して目的の抗体を定量化するためのステーションおよび／もしくは指示も含み得る。
【0067】
一実施形態では、以下のステップのうちの少なくとも１つを遂行するための少なくとも１つのステーション（例えば、システム）またはコンポーネント（例えば、キット）を含み得る方法による目的の抗体の定量的検出のためのシステムまたはキット：（ａ）結合剤で被覆された表面を得るまたは生成するステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップ［ここで、試料中の目的の抗体の定量化は、（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップを含む］。ある特定の実施形態では、目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される。ある特定の実施形態では、キットおよび／またはシステムのステーションについてのステップの少なくとも１つは、コンピューターにより制御され得る。
【0068】
別の実施形態では、試料中の目的の抗体の定量的検出のためのシステムまたはキットは、以下のステップのうちの少なくとも１つを遂行するための少なくとも１つのステーション（例えば、システム）またはコンポーネントもしくは試薬（例えば、キット）を含み得る：（ａ）目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、結合剤が、抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；（ｂ）試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体が抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｃ）二次抗体を目的の抗体に結合する表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；（ｄ）複合体化した二次抗体を検出するステップ；および（ｅ）結合した目的の抗体の量を検出された二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度の第１の抗体－リガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤の複合体を検出することにより生成された標準曲線を使用することを含み、したがって、第１の抗体が、標準曲線を生成する場合に目的の抗体の代わりになる、ステップ。ある特定の実施形態では、目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線は、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される。ある特定の実施形態では、キットおよび／またはシステムのステーションについてのステップの少なくとも１つは、コンピューターにより制御され得る。
【0069】
別の実施形態では、以下のステップのうちの少なくとも１つを遂行するための少なくとも１つのステーション（例えば、システム）またはコンポーネントもしくは試薬（例えば、キット）を含み得る方法による試料中の目的の抗体の定量的検出のためのシステムまたはキット：（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；（ｂ）表面に、目的の抗体により認識される抗原を添加するステップであって、抗原が、結合剤に結合するリガンドにコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンである、ステップ；（ｃ）試料を表面に添加し、その結果、試料中に存在する目的の抗体が抗原に結合することになる、ステップ；（ｄ）結合した目的の抗体を検出するステップ；および（ｅ）結合した目的の抗体の量を定量化するステップ。ある特定の実施形態では、キットおよび／またはシステムのステーションについてのステップの少なくとも１つは、コンピューターにより制御され得る。
【0070】
一部の実施形態では、システムおよび／またはキットは、コンピューターおよび／またはデータプロセッサーをさらに含み得る。本明細書中で開示されるように、ある特定の実施形態では、システムは、１つまたは複数のデータプロセッサーでの実行時に、本明細書で開示されるいずれかの実施形態の、方法を遂行するための、またはシステムおよび／もしくはキットをインプリメントするための、動作を１つまたは複数のデータプロセッサーに遂行させる命令を含む非一時的なコンピューター可読記録媒体で有形に具現化される、１つもしくは複数のコンピューター、および／またはコンピューター製品を含み得る。本明細書に記載される１つまたは複数の実施形態を、プログラムモジュール、エンジンまたはコンポーネントを使用してインプリメントすることができる。プログラムモジュール、エンジンまたはコンポーネントは、１つまたは複数の定められたタスクまたは機能を遂行することができる、プログラム、サブルーチン、プログラムの一部分、またはソフトウェアコンポーネントもしくはハードウェアコンポーネントを含み得る。本明細書で使用される場合、モジュールまたはコンポーネントは、他のモジュールまたはコンポーネントとは無関係にハードウェアコンポーネント上に存在し得る。あるいは、モジュールまたはコンポーネントは、他のモジュール、プログラムまたは機械の共有要素またはプロセスであり得る。例えば、下で開示されるように、システムおよび／またはキットは、標準曲線をプロットするための、および目的の抗体を定量化するための、非一時的な機械可読記憶媒体で有形に具現化されるコンピューターおよび／またはコンピュータープログラム製品を含み得る。したがって、ある特定の実施形態では、システムおよび／またはキットは、測定を定量化するためのコンポーネントを含み得る。また、システムおよび／またはキットは、データの統計解析を遂行するためのコンポーネントを含み得る。
【0071】
使用に適するコンピューター、システム、装置、機械およびコンピュータープログラム製品は、多くの場合、コンピューター可読記憶媒体を含むか、またはコンピューター可読記憶媒体とともに利用される。コンピューター可読記憶媒体の非限定的な例としては、メモリー、ハードディスク、ＣＤ－ＲＯＭ、フラッシュメモリーデバイスおよびこれらに類するものが挙げられる。コンピューター可読記憶媒体は、一般に、コンピューターハードウェアであり、多くの場合、非一時的なコンピューター可読記憶媒体である。コンピューター可読記憶媒体は、コンピューター可読伝送媒体ではなく、後者のコンピューター可読伝送媒体は、それ自体が伝送信号である。
【0072】
目的の抗体の定量的検出のための方法の実施形態のいずれか、または方法のいずれかの特定のステップ、を遂行するように構成されたコンピューターシステムが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、本発明は、目的の抗体の定量的検出のためのシステムであって、１つまたは複数のプロセッサーと、１つまたは複数のプロセッサーに結合された非一時的な機械可読記憶媒体および／またはメモリーとを含み、プロセスを遂行するように構成された命令のセットがそのメモリーまたはその非一時的な機械可読記憶媒体にコードされている、システムを提供する。
【0073】
実行可能プログラムが記憶されているコンピューター可読記憶媒体であって、プログラムが、マイクロプロセッサーに、本明細書に記載される方法またはステップのいずれかを遂行するように命令する、コンピューター可読記憶媒体も、本明細書で提供される。実行可能プログラムモジュールが記憶されているコンピューター可読記憶媒体であって、プログラムモジュールが、マイクロプロセッサーに、本明細書に記載される方法の一部を遂行するように命令する、コンピューター可読記憶媒体も、本明細書で提供される。実行可能プログラムが記憶されているコンピューター可読記憶媒体を含む、システム、機械、装置およびコンピュータープログラム製品であって、プログラムが、マイクロプロセッサーに、本明細書に記載される方法を遂行するように命令する、システム、機械、装置およびコンピュータープログラム製品も、本明細書で提供される。実行可能プログラムモジュールが記憶されているコンピューター可読記憶媒体を含む、システム、機械および装置であって、プログラムモジュールが、マイクロプロセッサーに、本明細書に記載される方法の一部を遂行するように命令する、システム、機械および装置も、本明細書で提供される。
【0074】
一部の実施形態では、本発明は、１つまたは複数のプロセッサーによる実行時に、本明細書で開示される方法のいずれかを１つまたは複数のプロセッサーに遂行させるプログラム命令を含む、非一時的な機械可読記憶媒体を提供する。
【0075】
したがって、コンピュータープログラム製品も提供される。コンピュータープログラム製品は、内部に具現化されたコンピューター可読プログラムコードを含むコンピューター使用可能媒体であって、コンピューター可読プログラムコードが、本明細書に記載される方法または方法の一部のインプリメンテーションの実行に適応したものである、コンピューター使用可能媒体を、多くの場合、含む。コンピューター使用可能媒体および可読プログラムコードは、伝送媒体（すなわち、それ自体が伝送信号）ではない。コンピューター可読プログラムコードは、多くの場合、プロセッサー、コンピューター、システム、装置または機械による実行に適応している。
【0076】
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、自動化法により遂行される。一部の実施形態では、本明細書に記載される方法の１つまたは複数のステップは、マイクロプロセッサーおよび／もしくはコンピューターにより行われ、ならびに／またはメモリーと連動して行われる。一部の実施形態では、自動化法は、本明細書に記載される方法を遂行する、ソフトウェア、モジュール、マイクロプロセッサー、周辺機器および／またはそのようなものを含む機械で、具現化される。本明細書で使用される場合、ソフトウェアは、マイクロプロセッサーにより実行されたときに本明細書に記載のコンピューター操作を遂行する、コンピューター可読プログラム命令を指す。
【0077】
抗体の量、濃度、レベルおよび／または測定値は、「データ」または「データセット」と呼ばれることもある。ある特定の実施形態では、データまたはデータセットを、１つまたは複数の特徴または変数に基づいて２つまたはそれより多くの次元を持つ行列にまとめることができる。行列にまとめられるデータを、任意の適切な特徴または変数を使用してまとめることができる。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の特徴または変数により特徴付けられたデータセットが計数後に処理されることもある。
【0078】
機械、ソフトウェアおよびインターフェースを使用して、本明細書に記載される方法の任意のステップを行うことおよび／または本明細書に記載される組成物のいずれかを生成することができる。機械、ソフトウェアおよびインターフェースを使用して、ユーザーは、特定の情報、プログラムまたはプロセスを使用するための選択肢を入力、リクエスト、クエリまたは決定することができ、これは、例えば、統計解析アルゴリズム、統計的有意性アルゴリズム、統計アルゴリズム、反復ステップ、検証アルゴリズム、およびグラフィック表示のインプリメンテーションを伴い得る。一部の実施形態では、データセットは、ユーザーにより入力情報として入力されることがあり、ユーザーは、適したハードウェア媒体（例えば、フラッシュドライブ）により１つもしくは複数のデータセットをダウンロードすることができ、ならびに／またはユーザーは、アウトカムのその後の処理および／もしくは提供のためにデータセットをあるシステムから別のシステムに送信する（例えば、配列リードのマッピングのためにシーケンサーからコンピューターシステムに配列リードデータを送信する；マッピングされた配列データを、アウトカムおよび／もしくはレポートを処理するおよび生じさせるために、コンピューターシステムに送信する）ことができる。
【0079】
システムは、開示される方法のある特定のステップを遂行するための、または開示される組成物を生成するための、１つまたは複数の機械および／またはステーションを通常は含む。各機械は、メモリー、１つまたは複数のマイクロプロセッサー、および命令のうちの１つまたは複数を含み得る。システムが、２つまたはそれより多くの機械を含む場合、機械の一部もしくはすべてが、同じ場所に位置してもよく、機械の一部もしくはすべてが、異なる場所に位置してもよく、機械のすべてが、１つの場所に位置してもよく、および／または機械のすべてが、異なる場所に位置してもよい。システムが、２つまたはそれより多くの機械を含む場合、機械の一部もしくはすべてが、ユーザーと同じ場所に位置してもよく、機械の一部もしくはすべてが、ユーザーとは異なる場所に位置してもよく、機械のすべてが、ユーザーと同じ場所に位置してもよく、および／または機械のすべてが、ユーザーとは異なる１つもしくは複数の場所に位置してもよい。
【0080】
システムは、計算機と、シーケンシング装置またはシーケンシング機とを含むこともあり、この場合、シーケンシング装置またはシーケンシング機は、物理的核酸を受け取り、配列リードを生成するように構成されており、計算装置は、シーケンシング装置またはシーケンシング機からのリードを処理するように構成されている。計算機は、配列リードから分類アウトカムを決定するように構成されていることもある。
【0081】
ユーザーは、例えば、ソフトウェアに対してクエリを行うことができ、次に、インターネットアクセス経由でデータセットを獲得することができ、ある特定の実施形態では、プログラム可能マイクロプロセッサーに、所与のパラメーターに基づいて適するデータセットを獲得するように指示することができる。プログラム可能マイクロプロセッサーが、ユーザーに、所与のパラメーターに基づいてマイクロプロセッサーにより選択された１つまたは複数のデータセット選択肢を選択するように促すこともある。プログラム可能マイクロプロセッサーは、ユーザーに、インターネット経由で見つかった情報、他の内部もしくは外部情報、またはこれらに類する情報に基づいてマイクロプロセッサーにより選択された１つまたは複数のデータセット選択肢を選択するように促すことができる。方法、機械、装置、コンピュータープログラム、または実行可能プログラムが記憶されている非一時的なコンピューター可読記憶媒体についての、１つまたは複数の特徴選択、１つまたは複数の統計アルゴリズム、１つまたは複数の統計解析アルゴリズム、１つまたは複数の統計的有意性アルゴリズム、反復ステップ、１つまたは複数の検証アルゴリズム、および１つまたは複数のグラフィック表示を選択するために、選択肢を選択することができる。
【0082】
本明細書で取り扱われるシステムは、例えば、ネットワークサーバー、ラップトップシステム、クラウドまたはウェブベースのシステム、デスクトップシステム、携帯型システム、携帯情報端末、コンピューティングキオスク（computing kiosk）およびこれらに類するものなどの、コンピューターシステムの一般的なコンポーネントを含み得る。コンピューターシステムは、ユーザーによるシステムへのデータの入力を可能にする、キーボード、タッチスクリーン、マウス、音声認識または他の手段などの、１つまたは複数の入力手段を含み得る。システムは、表示スクリーン（例えば、ＣＲＴもしくはＬＣＤ）、スピーカー、ＦＡＸ機、プリンター（例えば、レーザー、インクジェット、インパクト、白黒もしくはカラープリンター）、または情報（例えば、アウトカムおよび／もしくはレポートの）の視覚的、聴覚的および／もしくはハードコピー出力の提供に有用な他の出力要素を含むがこれらに限定されない、１つまたは複数の出力要素をさらに含み得る。
【0083】
システム内で、入力および出力コンポーネントを中央処理ユニットに接続することができ、この中央処理ユニットは、数あるコンポーネントの中でも特に、プログラム命令を実行するためのマイクロプロセッサーと、プログラムコードおよびデータを記憶するためのメモリーとを含み得る。一部の実施形態では、プロセスを、単一の地理的位置に位置するシングルユーザーシステムとしてインプリメントすることができる。ある特定の実施形態では、プロセスを、マルチユーザーシステムとしてインプリメントすることができる。マルチユーザーインプリメンテーションの場合、複数の中央処理ユニットをネットワークによって接続することができる。ネットワークは、建物の一部分にある単一の部署を包含する、ローカルなものであることもあり、建物全体であることもあり、複数の建物にわたることもあり、地域にわたることもあり、国全体にわたることもあり、または世界中であることもある。ネットワークは、プロバイダーにより所有され、制御される、プライベートなものであることもあり、またはユーザーがウェブページにアクセスして入り、情報を取り出す、インターネットベースのサービスとしてインプリメントされることもある。したがって、ある特定の実施形態では、システムは、ユーザーを基準にしてローカルであることもあり、または遠隔であることもある、１つまたは複数の機械を含む。１つの場所または複数の場所の１つより多くの機械にユーザーはアクセスすることができ、順次および／または並行してデータをマッピングおよび／または処理することができる。したがって、複数の機械を、例えば、ローカルネットワーク、遠隔ネットワーク、および／または「クラウド」コンピューティングプラットフォームで使用して、データをマッピングおよび／または処理するために、適する構成および制御を利用することができる。
【0084】
システムは、一部の実施形態では、通信インターフェースを含むことができる。通信インターフェースは、コンピューターシステムと１つまたは複数の外部デバイスとの間のソフトウェアおよびデータの転送を可能にする。通信インターフェースの非限定的な例としては、モデム、ネットワークインターフェース（例えば、イーサネット（登録商標）カード）、通信ポート、ＰＣＭＣＩＡスロットおよびカード、ならびにこれらに類するものが挙げられる。通信インターフェース経由で転送されるソフトウェアおよびデータは、一般に、通信インターフェースによって受信され得る電子、電磁、光および／または他の信号であり得る、信号の形態である。信号は、多くの場合、チャネルを介して通信インターフェースに提供される。チャネルは、多くの場合、信号を伝達し、ワイヤもしくはケーブル、光ファイバー、電話線、携帯電話リンク、ＲＦリンクおよび／または他の通信チャネルを使用して、チャネルをインプリメントすることができる。したがって、一例では、通信インターフェースを使用して、信号検出モジュールにより検出され得る信号情報を受信することができる。
【0085】
手動入力デバイスまたは直接データ入力デバイス（ＤＤＥ）を含むがこれらに限定されない、適するデバイスおよび／または方法により、データを入力することができる。手動デバイスの非限定的な例としては、キーボード、コンセプトキーボード、タッチ式スクリーン、ライトペン、マウス、トラッカーボール、ジョイスティック、グラフィックタブレット、スキャナー、デジタルカメラ、ビデオデジタイザーおよび音声認識デバイスが挙げられる。ＤＤＥの非限定的な例としては、バーコードリーダー、磁気ストリップコード、スマートカード、磁気インク文字認識、光学式文字認識、光学式マーク認識、およびターンアラウンドドキュメントが挙げられる。
【0086】
一部の実施形態では、シーケンシング装置またはシーケンシング機からの出力は、入力デバイスによって入力することができるデータとして役立ち得る。ある特定の実施形態では、模擬データは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏプロセスにより生成され、模擬データは、入力デバイスによって入力することができるデータとして役立ち得る。用語「ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ」は、コンピューターを使用して遂行される研究および実験を指す。
【0087】
システムは、本明細書に記載されるプロセスまたはプロセスの一部の遂行に有用なソフトウェアを含むことができ、ソフトウェアは、そのようなプロセス（例えば、標準曲線を生成すること、目的の抗体の定量的な量を決定すること、およびデータ表示）を遂行するための１つまたは複数のモジュールを含むことができる。用語「ソフトウェア」は、コンピューターにより実行されたときにコンピューター操作を遂行する、コンピューター可読プログラム命令を指す。１つまたは複数のマイクロプロセッサーによる実行可能な命令は、実行されたときに１つまたは複数のマイクロプロセッサーに本明細書に記載される方法をインプリメントさせることができる実行コードとして提供されることがある。
【0088】
本明細書に記載されるモジュールは、ソフトウェアとして存在することができ、ソフトウェアで具現化される命令（例えば、プロセス、ルーチン、サブルーチン）がマイクロプロセッサーによりインプリメントまたは遂行され得る。例えば、モジュール（例えば、ソフトウェアモジュール）は、特定のプロセスまたはタスクを遂行するプログラムの一部であり得る。用語「モジュール」は、より大型の機械またはソフトウェアシステムで使用され得る自己完結型機能ユニットを指す。モジュールは、モジュールの機能を行うための一組の命令を含むことができる。モジュールは、データおよび／または情報を変換することができる。データおよび／または情報は、適切な形態であり得る。例えば、データおよび／または情報は、デジタルまたはアナログであり得る。ある特定の実施形態では、データおよび／または情報は、ときにはパケット、バイト、文字またはビットであり得る。一部の実施形態では、データおよび／または情報は、任意の収集された、アセンブルされた、または使用可能なデータまたは情報であり得る。データおよび／または情報の非限定的な例としては、適する媒体、写真、ビデオ、音（例えば、周波数、可聴のまたは非可聴の）、数、定数、値、オブジェクト、時間、関数、命令、マップ、参照、配列、リード、マッピングされたリード、レベル、範囲、閾値、信号、これらの表示（display）、表現（representation）または変形（transformation）が挙げられる。モジュールは、データおよび／または情報を受け入れることまたは受信すること、データおよび／または情報を第２の形態に変換すること、第２の形態を機械、周辺機器、コンポーネントまたは別のモジュールに提供または転送することができる。マイクロプロセッサーは、ある特定の実施形態では、モジュールで命令を実行することができる。一部の実施形態では、モジュールまたはモジュール群で命令を実行するために１つまたは複数のマイクロプロセッサーが必要とされる。モジュールは、データおよび／または情報を別のモジュール、機械または供給源に提供することができ、データおよび／または情報を別のモジュール、機械または供給源から受信することができる。
【0089】
コンピュータープログラム製品は、有形のコンピューター可読媒体で具現化されることがあり、または非一時的なコンピューター可読媒体で有形に具現化されることもある。モジュールは、コンピューター可読媒体（例えば、ディスク、ドライブ）に記憶されていることもあり、またはメモリー（例えば、ランダムアクセスメモリー）に記憶されていることもある。モジュール、およびモジュールからの命令を実行することができるマイクロプロセッサーは、機械内にまたは異なる機械内に位置することができる。モジュール、および／またはモジュールからの命令を実行することができるマイクロプロセッサーは、ユーザーと同じ場所に位置することができ（例えば、ローカルネットワーク）、またはユーザーとは異なる場所に位置することができる（例えば、遠隔ネットワーク、クラウドシステム）。方法が２つまたはそれより多くのモジュールと連動して行われる実施形態では、モジュールは、同じ機械内に位置することができ、１つまたは複数のモジュールは、同じ物理的な場所にある異なる機械内に位置することができるが、１つまたは複数のモジュールが、異なる物理的な場所にある異なる機械内に位置することもある。
【0090】
システムは、ある特定の実施形態では、１つまたは複数のマイクロプロセッサーを含むことがある。マイクロプロセッサーを通信バスに接続することができる。コンピューターシステムは、メインメモリー、多くの場合、ランダムアクセスメモリー（ＲＡＭ）を含むことがあり、二次メモリーを含むこともできる。一部の実施形態でのメモリーは、非一時的なコンピューター可読記憶媒体を含む。二次メモリーは、例えば、ハードディスクドライブおよび／またはリムーバブル記憶ドライブを含むことができ、リムーバブル記憶ドライブは、フロッピー（登録商標）ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、メモリーカードおよびこれらに類するものを意味する。リムーバブル記憶ドライブは、多くの場合、リムーバブル記憶ユニットから読み込む、および／またはリムーバブル記憶ユニットに書き込む。リムーバブル記憶ユニットの非限定的な例としては、例えば、リムーバブル記憶ドライブによって読み込まれ得る、かつリムーバブル記憶ドライブに書き込まれ得る、フロッピー（登録商標）ディスク、磁気テープ、光ディスク、およびこれらに類するものが挙げられる。リムーバブル記憶ユニットは、コンピューターソフトウェアおよび／またはデータが内部に記憶されているコンピューター使用可能記憶媒体を含むことができる。
【0091】
マイクロプロセッサーは、システム内のソフトウェアをインプリメントすることができる。一部の実施形態では、マイクロプロセッサーを、ユーザーが遂行し得る本明細書に記載されるタスクを自動的に遂行するようにプログラムすることができる。したがって、マイクロプロセッサー、またはそのようなマイクロプロセッサーにより実行されるアルゴリズムは、ユーザーによる監視も入力も殆どないしは全く必要としない可能性がある（例えば、ソフトウェアを、自動的に機能をインプリメントするようにプログラムすることができる）。一部の実施形態では、プロセスの複雑性が非常に高いので、１名の人物、または人物群が、遺伝的バリエーションまたは変更の存在または不在を決定できるほどの短い時間枠ではプロセスを遂行することができないだろう。
【0092】
機械は、一部の実施形態では、モジュールで命令を行うための少なくとも１つのマイクロプロセッサーを含む。一部の実施形態では、機械は、マイクロプロセッサー（例えば、１つまたは複数のマイクロプロセッサー）を含み、このマイクロプロセッサーは、モジュールからの１つまたは複数の命令（例えば、プロセス、ルーチンおよび／またはサブルーチン）を遂行および／またはインプリメントすることができる。一部の実施形態では、機械は、複数のマイクロプロセッサー、例えば、連携しており、並行して働くマイクロプロセッサーを含む。一部の実施形態では、機械は、１つまたは複数の外部マイクロプロセッサー（例えば、内部または外部ネットワーク、サーバー、記憶デバイスおよび／または記憶ネットワーク（例えば、クラウド））とともに動作する。一部の実施形態では、機械は、モジュール（例えば、１つまたは複数のモジュール）を含む。モジュールを含む機械は、多くの場合、データおよび／または情報の１つまたは複数を他のモジュールへおよび他のモジュールから受信および転送することができる。
【0093】
ある特定の実施形態では、機械は、周辺機器および／またはコンポーネントを含む。ある特定の実施形態では、機械は、データおよび／または情報を、他のモジュール、周辺機器および／またはコンポーネントへ、ならびに他のモジュール、周辺機器および／またはコンポーネントから転送することができる、１つまたは複数の周辺機器またはコンポーネントを含むことができる。ある特定の実施形態では、機械は、データおよび／または情報を提供する周辺機器および／またはコンポーネントと交信する。ある特定の実施形態では、周辺機器およびコンポーネントは、機能の実行において機械を支援しモジュールと直接交信する。周辺機器および／またはコンポーネントの非限定的な例としては、スキャナー、プリンター、ディスプレー（例えば、モニター、ＬＥＤ、ＬＣＴもしくはＣＲＴ）、カメラ、マイクロホン、パッド（例えば、ｉパッド、タブレット）、タッチスクリーン、スマートフォン、携帯電話、ＵＳＢ Ｉ／Ｏデバイス、ＵＳＢ大容量記憶デバイス、キーボード、コンピューターマウス、デジタルペン、モデム、ハードドライブ、ジャンプドライブ、フラッシュドライブ、マイクロプロセッサー、サーバー、ＣＤ、ＤＶＤ、グラフィックカード、特化したＩ／Ｏデバイス（例えば、シーケンサー、光電池、光電子増倍管、光学式読み取り装置、センサーなど）、１つまたは複数のフローセル、流体操作コンポーネント、ネットワークインターフェースコントローラー、ＲＯＭ、ＲＡＭ、ワイヤレス転送法およびデバイス（Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）、ＷｉＦｉ、およびこれらに類するもの）、ワールド・ワイド・ウェブ（ｗｗｗ）、インターネット、コンピューターおよび／または他のモジュールを含むがこれらに限定されない、適するコンピューター周辺機器、Ｉ／Ｏまたは記憶方法またはデバイスが挙げられる。
【0094】
プログラム命令を含むソフトウェアは、コンピューター可読媒体に記録されたプログラム命令を含むプログラム製品で提供されることが多く、コンピューター可読媒体としては、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスクおよび磁気テープを含む、磁気媒体；ならびにＣＤ－ＲＯＭディスク、ＤＶＤディスクを含む、光媒体；光磁気ディスク、フラッシュメモリーデバイス（例えば、フラッシュドライブ）、ＲＡＭ、フロッピー（登録商標）ディスク、これらに類するもの、ならびにプログラム命令を記録することができる他のそのような媒体が挙げられるが、それらに限定されない。オンラインインプリメンテーションの場合、団体（ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ）により維持されているサーバーおよびウェブサイトは、遠隔ユーザーにソフトウェアダウンロードを提供するように構成されていることがあり、または遠隔ユーザーは、団体により維持されている遠隔システムにアクセスして、ソフトウェアに遠隔アクセスすることができる。ソフトウェアは、入力情報を得るまたは受信することができる。ソフトウェアは、データを特異的に得るまたは受信するモジュールを含むことができ、データを特異的に処理するモジュール（例えば、受信したデータを処理する（例えば、アウトカムおよび／またはレポートをフィルタリングする、正規化する、提供する）処理モジュール）を含むことができる。入力情報を「得ること」および「受信すること」という用語は、データ（例えば、配列リード、マッピングされたリード）を、人間によるローカルもしくは遠隔サイトデータ入力からコンピューター通信手段により、または任意の他のデータ受信方法により、受信することを指す。入力情報を、それを受信する場所と同じ場所で生成することができ、またはそれを異なる場所で生成し、受信場所に伝送することができる。一部の実施形態では、入力情報は、処理される前に修正される（例えば、処理に適用可能な形式にされる（例えば、表形式にされる））。
【0095】
ソフトウェアは、ある特定の実施形態では、１つまたは複数のアルゴリズムを含み得る。アルゴリズムは、命令の有限シーケンスに従ってデータを処理するならびに／またはアウトカムもしくはレポートを提供するために、使用され得る。アルゴリズムは、多くの場合、タスクを完了するための定義済み命令のリストである。初期状態から開始して、命令は、定義された一連の連続状態を経て最終的に最終終了状態で終了する計算を記述し得る。ある状態から次の状態への移行は、必ずしも確定的ではない（例えば、一部のアルゴリズムは、乱数性を取り入れている）。例として、限定としてではなく、アルゴリズムは、検索アルゴリズム、ソートアルゴリズム、マージアルゴリズム、数値アルゴリズム、グラフアルゴリズム、文字列アルゴリズム、モデリングアルゴリズム、計算幾何学アルゴリズム（ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｏｍｅｔｒｉｃ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、組合せアルゴリズム、機械学習アルゴリズム、暗号学アルゴリズム（ｃｒｙｐｔｏｇｒａｐｈｙ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、データ圧縮アルゴリズム、構文解析アルゴリズムおよびこれらに類するものであり得る。アルゴリズムは、１つのアルゴリズム、または組合せで働く２つもしくはそれより多くのアルゴリズムを含み得る。アルゴリズムは、任意の適する複雑性クラスおよび／またはパラメーター化された複雑性のものであり得る。アルゴリズムを演算および／またはデータ処理に使用することができ、一部の実施形態では、決定論的または確率論的／予測アプローチで使用することができる。アルゴリズムを、適するプログラミング言語の使用によりコンピューティング環境でインプリメントすることができ、そのようなプログラミング言語の非限定的な例は、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｐｅｒｌ、Ｐｙｔｈｏｎ、ＦＯＲＴＲＡＮおよびこれらに類するものである。一部の実施形態では、アルゴリズムを、許容誤差、統計解析、統計的有意性、および／または他の情報もしくはデータセット（例えば、固定カットオフアルゴリズム、動的クラスタリングアルゴリズム、もしくは個々の多型核酸標的閾値アルゴリズムなどの、無細胞核酸断片のライブラリーを分析するためのアルゴリズムを、例えば、使用するときに適用可能な）との比較を含むように、構成または修正することができる。
【0096】
ある特定の実施形態では、いくつかのアルゴリズムをソフトウェアでの使用のためにインプリメントすることができる。これらのアルゴリズムを、一部の実施形態では、生データで訓練することができる。新たな生データ試料ごとに、訓練されたアルゴリズムが、代表処理データセットまたはアウトカムを生成し得る。処理データセットは、処理された親データセットと比較して複雑性が低下したものであることもある。処理セットに基づいて、訓練されたアルゴリズムの性能を感度および特異度に基づいて評価することができる。感度および／または特異度が最も高いアルゴリズムを特定し、利用することができる。
【0097】
ある特定の実施形態では、模擬（またはシミュレーション）データは、例えば、アルゴリズムを訓練することまたはアルゴリズムを検査することにより、データ処理を補助することができる。一部の実施形態では、模擬データは、配列リードの異なるグループについての仮定的な様々なサンプリングを含む。模擬データは、現実の集団から予想され得るものに基づくこともあり、またはアルゴリズムを検査するおよび／もしくは正しい分類を割り当てるために偏らせられ得る。模擬データは、本明細書では「仮想」データとも呼ばれる。ある特定の実施形態では、コンピュータープログラムによりシミュレーションを行うことができる。模擬データセットを使用する場合の可能性のある１つのステップは、特定された結果の信頼度、例えば、無作為サンプリングが、どれ程、元データとよくマッチするか、または元データを最良に表すのかを、評価することである。１つのアプローチは、選択された試料より良好なスコアを有する無作為試料の確率を推定する、確率値（ｐ値）を算出することである。一部の実施形態では、少なくとも１つの試料が参照試料と（分解された変動を伴ってまたは伴わずに）とマッチすると仮定する、経験的モデルを評価することができる。一部の実施形態では、例えばポアソン分布などの別の分布を使用して、確率分布を定義することができる。
【0098】
一部の実施形態では、二次メモリーは、コンピューターシステムへのコンピュータープログラムまたは他の命令のローディングを可能にするための他の同様の手段を含み得る。例えば、システムは、リムーバブル記憶ユニットおよびインターフェースデバイスを含むことができる。そのようなシステムの非限定的な例としては、プログラムカートリッジおよびカートリッジインターフェース（例えば、ビデオゲームデバイスに見られるもの）、リムーバブルメモリーチップ（例えば、ＥＰＲＯＭまたはＰＲＯＭ）および付随するソケット、ならびにソフトウェアおよびデータをリムーバブル記憶ユニットからコンピューターシステムに転送することを可能にする他のリムーバブル記憶ユニットおよびインターフェースが、挙げられる。
【0099】
図３は、本明細書に記載される様々なシステム、方法、アルゴリズム、およびデータ構造をインプリメントすることができる、コンピューティング環境１１０の非限定的な例を示す。コンピューティング環境１１０は、適するコンピューティング環境の一例に過ぎず、本明細書に記載されるシステム、方法、およびデータ構造の使用または機能性の範囲についての何らかの制限を示唆するように意図されたものではない。コンピューティング環境１１０を、コンピューティング環境１１０に示されているコンポーネントのいずれか１つまたは組合せに関連する何らかの依存または要件を有すると解釈すべきでない。図３に示されているシステム、方法、およびデータ構造のサブセットをある特定の実施形態では利用することができる。本明細書に記載されるシステム、方法、およびデータ構造は、多数の他の汎用または特殊用途コンピューターシステム環境または構成で使用可能である。適切であり得る公知のコンピューティングシステム、環境および／または構成の例としては、パーソナルコンピューター、サーバーコンピューター、シンクライアント、シッククライアント、携帯型またはラップトップデバイス、マルチプロセッサーシステム、マイクロプロセッサーベースのシステム、セットトップボックス、プログラム可能な家電製品、ネットワークＰＣ、ミニコンピューター、メインフレームコンピューター、上記システムまたはデバイスのいずれかを含む分散コンピューティング環境、およびこれらに類するものが挙げられるが、それらに限定されない。
【0100】
図３の動作環境１１０は、処理ユニット１２１と、システムメモリー１２２と、システムメモリー１２２を含む様々なシステムコンポーネントを処理ユニット１２１に動作可能に結合するシステムバス１２３とを含む、コンピューター１２０の形態の汎用コンピューティングデバイスを含む。処理ユニット１２１が、１つだけあることもあり、または１つより多くあることもあり、したがって、コンピューター１２０のプロセッサーは、単一の中央処理ユニット（ＣＰＵ）を含むか、または複数の処理ユニットを含み、これは一般に、並列処理環境と呼ばれる。コンピューター１２０は、従来のコンピューター、分散コンピューター、または任意の他のタイプのコンピューターであり得る。
【0101】
システムバス１２３は、様々なバスアーキテクチャーのいずれかを使用する、メモリーバスまたはメモリーコントローラー、周辺機器用バスおよびローカルバスを含む、いくつかのタイプのバス構造のうちのいずれかであり得る。システムメモリーは、単にメモリーと呼ばれることもあり、リードオンリーメモリー（ＲＯＭ）１２４およびランダムアクセスメモリー（ＲＡＭ）を含む。起動中などの、コンピューター１２０内の要素間の情報を伝達するのに役立つ基本ルーチンを含有する、基本入出力システム（ＢＩＯＳ）１２６は、ＲＯＭ１２４に記憶されている。コンピューター１２０は、示されていない、ハードディスクから読み込むためのまたはそれに書き込むためのハードディスクドライブインターフェース１２７；リムーバブル磁気ディスク１２９から読み込むためのまたはそれに書き込むための磁気ディスクドライブ１２８；およびＣＤ ＲＯＭまたは他の光媒体などの、リムーバブル光ディスク１３１から読み込むためのまたはそれに書き込むための光ディスクドライブ１３０を、さらに含み得る。
【0102】
ハードディスクドライブ１２７、磁気ディスクドライブ１２８、および光ディスクドライブ１３０を、それぞれ、ハードディスクドライブインターフェース１３２、磁気ディスクドライブインターフェース１３３、および光ディスクドライブインターフェース１３４によりシステムバス１２３に接続することができる。ドライブおよびそれらの関連コンピューター可読媒体は、コンピューター１２０にコンピューター可読命令、データ構造、プログラムモジュールおよび他のデータの不揮発性記憶をもたらす。コンピューターによりアクセス可能であるデータを記憶することができる任意のタイプのコンピューター可読媒体、例えば、磁気カセット、フラッシュメモリーカード、デジタルビデオディスク、ベルヌーイカートリッジ、ランダムアクセスメモリー（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリー（ＲＯＭ）、およびこれらに類するものを、動作環境で使用することができる。
【0103】
オペレーティングシステム１３５、１つまたは複数のアプリケーションプログラム１３６、他のプログラムモジュール１３７、およびプログラムデータ１３８を含む、いくつかのプログラムモジュールを、ハードディスク、磁気ディスク１２９、光ディスク１３１、ＲＯＭ１２４、またはＲＡＭ上に記憶することができる。ユーザーは、コマンドおよび情報を、キーボード１４０およびポインティングデバイス１４２などの入力デバイスによってパーソナルコンピューター１２０に入力することができる。他の入力デバイス（示されていない）としては、マイクロホン、ジョイスティック、ゲームパッド、サテライトディッシュ、スキャナー、またはこれらに類するものを挙げることができる。これらおよび他の入力デバイスは、多くの場合、処理ユニット１２１に、システムバスに結合されているシリアルポートインターフェース１４６によって接続されるが、それらを他のインターフェース、例えば、パラレルポート、ゲームポート、またはユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）により接続することもできる。モニター１４７または他のタイプの表示デバイスを、システムバス１２３に、ビデオアダプター１４８などのインターフェースを介して接続することができる。モニターに加えて、コンピューターは、典型的に、スピーカーおよびプリンターなどの他の周辺機器出力デバイス（示されていない）を含む。
【0104】
コンピューター１２０は、リモートコンピューター１４９などの１つまたは複数のリモートコンピューターへの論理接続を使用してネットワーク環境で動作し得る。これらの論理接続は、コンピューター１２０にもしくはその一部に結合された通信デバイスにより、または他の方法で達成され得る。リモートコンピューター１４９は、別のコンピューター、サーバー、ルーター、ネットワークＰＣ、クライアント、ピアデバイスまたは他の一般的なネットワークノードであってもよく、メモリー記憶デバイス１５０のみが図３に示されているが、コンピューター１２０に関連して上に記載された要素の多くまたはすべてを通常は含む。図３に描示されている論理接続は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）１５１および広域ネットワーク（ＷＡＮ）１５２を含む。そのようなネットワーキング環境は、オフィスネットワーク、企業規模のコンピューターネットワーク、イントラネットおよびインターネットでは、当たり前のものであり、これらはすべてネットワークのタイプである。
【0105】
ＬＡＮネットワーキング環境で使用される場合、コンピューター１２０は、ローカルネットワーク１５１に、通信デバイスの１タイプである、ネットワークインターフェースまたはアダプター１５３によって、接続される。ＷＡＮネットワーキング環境で使用される場合、コンピューター１２０は、通信デバイスの１タイプであるモデム１５４、または広域ネットワーク１５２にわたって通信を確立するための任意の他のタイプの通信デバイスを、多くの場合、含む。モデム１５４は、内部のものであることもあり、または外部のものであることもあり、システムバス１２３にシリアルポートインターフェース１４６を介して接続されている。ネットワーク化された環境では、パーソナルコンピューター１２０に関して描示されているプログラムモジュール、またはその部分は、リモートメモリー記憶デバイスに記憶され得る。示されているネットワーク接続が非限定的な例であり、コンピューター間の通信リンクを確立するために他の通信デバイスを使用することができることは、理解される。
【0106】
本発明の特定の実施形態の以下の実施例は、単に例証を目的として提供されるものであり、いかなる点においても本発明の範囲を限定するためのものではない。
【実施例】
【0107】
（実施例１）
図４に描示するアッセイ設定を使用して、標準曲線を作出した。手短に述べると、ストレプトアビジン被覆プレートを、複数の濃度のビオチンにコンジュゲートした精製ヒトＩｇＧとともにインキュベートした。標準曲線を生成するために使用した精製ヒトＩｇＧの濃度は、０．０１０μｇ／ｍｌ～２．５００μｇ／ｍｌの範囲であった－０．０１０μｇ／ｍｌ、０．０２０μｇ／ｍｌ、０．０４０μｇ／ｍｌ、０．０８０μｇ／ｍｌ、０．１５６μｇ／ｍｌ、０．３１３μｇ／ｍｌ、０．６２５μｇ／ｍｌ、１．２５０μｇ／ｍｌ、および２．５００μｇ／ｍｌ。血清をこのアッセイのために１００倍希釈したとき、これらの標準は、１．０ｕｇ／ｍｌ～２５０．０ｕｇ／ｍｌの範囲の血清ＩｇＧレベルと相関した。次いで、プレートを、ＨＲＰにコンジュゲートした抗ヒトＩｇＧとともにインキュベートした。ＨＲＰの検出の際に、図５に示すように、標準の各濃度で収集したデータを使用して標準曲線を作出した。
図４に描示するアッセイ設定を使用して、標準曲線を作出した。手短に述べると、ストレプトアビジン被覆プレートを、複数の濃度のビオチンにコンジュゲートした精製ヒトＩｇＧとともにインキュベートした。標準曲線を生成するために使用した精製ヒトＩｇＧの濃度は、０．０１０μｇ／ｍｌ～２．５００μｇ／ｍｌの範囲であった－０．０１０μｇ／ｍｌ、０．０２０μｇ／ｍｌ、０．０４０μｇ／ｍｌ、０．０８０μｇ／ｍｌ、０．１５６μｇ／ｍｌ、０．３１３μｇ／ｍｌ、０．６２５μｇ／ｍｌ、１．２５０μｇ／ｍｌ、および２．５００μｇ／ｍｌ。血清をこのアッセイのために１００倍希釈したとき、これらの標準は、１．０ｕｇ／ｍｌ～２５０．０ｕｇ／ｍｌの範囲の血清ＩｇＧレベルと相関した。次いで、プレートを、ＨＲＰにコンジュゲートした抗ヒトＩｇＧとともにインキュベートした。ＨＲＰの検出の際に、図５に示すように、標準の各濃度で収集したデータを使用して標準曲線を作出した。
【0108】
血清試料を、図６に描示するアッセイ設定を使用して分析した。手短に述べると、ストレプトアビジン被覆プレートを、ビオチンにコンジュゲートしたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）とともにインキュベートした。次いで、プレートを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある患者からの二連の血清試料とともにインキュベートした。これらの患者試料は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡおよびＩＬ－６陽性であった。プレートを、陽性であることが分かっているおよび陰性であることが分かっている対照血清試料とも二連でインキュベートした。次いで、プレートを、ＨＲＰにコンジュゲートした抗ヒトＩｇＧとともにインキュベートした。検出の際に、表１に示すように標準曲線を使用して試料ごとに抗ＲＢＤ ＩｇＧの量を決定した。
【表1-1】
【表1-2】
【0109】
（実施例２）
ある特定の実施形態の実施例
Ａ１．目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、試料中の目的の抗体の定量化が、
（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
ある特定の実施形態の実施例
Ａ１．目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、試料中の目的の抗体の定量化が、
（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
【0110】
Ａ２．第１の抗体が、精製ＩｇＧである、Ａ１の方法。
【0111】
Ａ３．二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、Ａ１およびＡ２の方法。
【0112】
Ａ４．検出可能な部分が酵素である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0113】
Ａ５．検出可能な部分がフルオロフォアである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0114】
Ａ６．目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0115】
Ａ７．目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0116】
Ａ８．試料が血清試料である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0117】
Ａ９．試料が、乾燥血斑である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0118】
Ａ１０．対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0119】
Ａ１１．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、実施形態Ａ１０の方法。
【0120】
Ａ１２．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、実施形態Ａ１０の方法。
【0121】
Ａ１３．対象が、ヒト対象である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0122】
Ａ１４．目的の抗体の抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0123】
Ａ１５．受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、実施形態Ａ１４の方法。
【0124】
Ａ１６．検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、実施形態Ａ４の方法。
【0125】
Ａ１７．２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0126】
Ａ１８．人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0127】
Ａ１９．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記実施形態のいずれかの方法。
【0128】
Ａ２０．回復期の対象からの試料が、ドナー血漿として使用されることになる対象の血漿について十分な目的の抗体を含有するかどうかを決定するステップをさらに含む、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0129】
Ａ２１．目的の抗体の定量化された量を使用して目的の抗体の防御免疫レベルを決定するステップをさらに含む、前記実施形態のいずれかの方法。
【0130】
Ｂ１．試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、結合剤が、抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体が抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を目的の抗体に結合する表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した目的の抗体の量を検出された二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された標準曲線を使用することを含む、ステップ
を含む、方法。
（ａ）目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、結合剤が、抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体が抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を目的の抗体に結合する表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した目的の抗体の量を検出された二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された標準曲線を使用することを含む、ステップ
を含む、方法。
【0131】
Ｂ２．第１の抗体が、精製ＩｇＧである、Ｂ１の方法。
【0132】
Ｂ３．二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、Ｂ１およびＢ２の方法。
【0133】
Ｂ４．検出可能な部分が酵素である、前記実施形態のいずれかの方法。
【0134】
Ｂ５．検出可能な部分がフルオロフォアである、前記実施形態のいずれかの方法。
【0135】
Ｂ６．目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0136】
Ｂ７．目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0137】
Ｂ８．試料が血清試料である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0138】
Ｂ９．試料が、乾燥血斑である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0139】
Ｂ１０．対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0140】
Ｂ１１．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、実施形態Ｂ１０の方法。
【0141】
Ｂ１２．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、実施形態Ｂ１０の方法。
【0142】
Ｂ１３．対象が、ヒト対象である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0143】
Ｂ１４．目的の抗体の抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0144】
Ｂ１５．受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、実施形態Ｂ１４の方法。
【0145】
Ｂ１６．検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、実施形態Ｂ４の方法。
【0146】
Ｂ１７．２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0147】
Ｂ１８．人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記実施形態のいずれかの方法。
【0148】
Ｂ１９．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記実施形態のいずれかの方法。
【0149】
Ｂ２０．回復期の対象からの試料が、ドナー血漿として使用されることになる対象の血漿について十分な目的の抗体を含有するかどうかを決定するステップをさらに含む、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0150】
Ｂ２１．目的の抗体の定量化された量を使用して目的の抗体の防御免疫レベルを決定するステップをさらに含む、前記実施形態のいずれかの方法。
【0151】
Ｃ１．試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）表面に、目的の抗体により認識される抗原を添加するステップであって、抗原が、結合剤に結合するリガンドにコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンである、ステップ；
（ｃ）試料を表面に添加し、その結果、試料中に存在する目的の抗体が抗原に結合することになる、ステップ；
（ｄ）結合した目的の抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した目的の抗体の量を定量化するステップ
を含む、方法。
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）表面に、目的の抗体により認識される抗原を添加するステップであって、抗原が、結合剤に結合するリガンドにコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンである、ステップ；
（ｃ）試料を表面に添加し、その結果、試料中に存在する目的の抗体が抗原に結合することになる、ステップ；
（ｄ）結合した目的の抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した目的の抗体の量を定量化するステップ
を含む、方法。
【0152】
Ｃ２．結合した目的の抗体が、二次抗体を使用して検出される、実施形態Ｃ１の方法。
【0153】
Ｃ３．二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、実施形態Ｃ２の方法。
【0154】
Ｃ４．検出可能な部分が酵素である、実施形態Ｃ３の方法。
【0155】
Ｃ５．検出可能な部分がフルオロフォアである、実施形態Ｃ３の方法。
【0156】
Ｃ６．定量化ステップが、標準曲線を利用する、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0157】
Ｃ７．目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0158】
Ｃ８．目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0159】
Ｃ９．試料が血清試料である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0160】
Ｃ１０．試料が、乾燥血斑である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0161】
Ｃ１１．対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0162】
Ｃ１２．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、実施形態Ｃ１１の方法。
【0163】
Ｃ１３．試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、実施形態Ｃ１１の方法。
【0164】
Ｃ１４．対象が、ヒト対象である、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0165】
Ｃ１５．目的の抗体の抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0166】
Ｃ１６．受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、実施形態Ｃ１５の方法。
【0167】
Ｃ１７．検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、実施形態Ｃ４の方法。
【0168】
Ｃ１８．２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0169】
Ｃ１９．人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記実施形態のいずれかの方法。
【0170】
Ｃ２０．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記実施形態のいずれかの方法。
【0171】
Ｃ２１．回復期の対象からの試料が、ドナー血漿として使用されることになる対象の血漿について十分な目的の抗体を含有するかどうかを決定するステップをさらに含む、前記または後続の実施形態のいずれかの方法。
【0172】
Ｃ２２．目的の抗体の定量化された量を使用して目的の抗体の防御免疫レベルを決定するステップをさらに含む、前記実施形態のいずれかの方法。
【0173】
Ｄ１．目的の抗体の定量的検出のためのアッセイを開発するための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、試料中の目的の抗体の定量化が、
（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、第１の抗体が、結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップ（ａ）～（ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の標準曲線を使用して試料中の目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、試料中の目的の抗体の定量化が、
（ｉ）目的の抗体の抗原を結合剤で被覆された表面に添加するステップであって、抗原が、リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）目的の抗体を含む試料を表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）二次抗体を表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した目的の抗体の量を、ステップｅ）の標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
【0174】
Ｄ２．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記実施形態のいずれかの方法。
【0175】
Ｅ１．目的の抗体の定量的検出のためのシステムであって、前記実施形態のいずれかの方法のステップのいずれかを遂行するためのステーションおよび／またはコンポーネントを含む、システム。
【0176】
Ｅ２．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0177】
Ｅ３．結合剤で被覆された表面を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0178】
Ｅ４．結合剤のリガンドと複合体化した第１の抗体を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0179】
Ｅ５．二次抗体を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0180】
Ｅ６．前記方法実施形態のいずれかにより標準曲線を生成するためのステーションおよび／またはコンポーネントを含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0181】
Ｅ７．目的の抗体をリガンドにコンジュゲートするための試薬を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0182】
Ｅ８．前記方法実施形態のいずれかにより標準曲線を使用して目的の抗体を定量化するためのステーションおよび／またはコンポーネントを含む、前記または後続の実施形態のいずれかのシステム。
【0183】
Ｆ１．目的の抗体の定量的検出のためのキットであって、前記実施形態のいずれかの方法のいずれかのステップのいずれかによる目的の抗体の定量的検出のための少なくとも１つのコンポーネントを含む、キット。
【0184】
Ｆ２．目的の抗体を定量化するために使用される標準曲線が、目的の抗体により認識される抗原を特異的に認識しないが目的の抗体と同じ免疫グロブリンクラスのものである免疫グロブリンを使用して作成される、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0185】
Ｆ３．結合剤で被覆された表面を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0186】
Ｆ４．結合剤のリガンドと複合体化した第１の抗体を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0187】
Ｆ５．二次抗体を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0188】
Ｆ６．本明細書に記載される方法により標準曲線を生成するための指示を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0189】
Ｆ７．目的の抗体をリガンドにコンジュゲートするための試薬を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【0190】
Ｆ８ 標準曲線を使用して目的の抗体を定量化するための指示を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【手続補正書】
【提出日】2023-01-20
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
目的の抗体の定量的検出のための方法であって、（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、前記結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、前記第１の抗体が、前記結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、前記リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した前記二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップａ）～ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の前記標準曲線を使用して試料中の前記目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、前記試料中の前記目的の抗体の前記定量化が、
（ｉ）前記目的の抗体の抗原を前記結合剤で被覆された前記表面に添加するステップであって、前記抗原が、前記リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）前記目的の抗体を含む試料を前記表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）前記二次抗体を前記表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した前記目的の抗体の量を、ステップｅ）の前記標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
【請求項2】
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、請求項１および２に記載の方法。
【請求項4】
前記検出可能な部分が酵素である、請求項３に記載の方法。
【請求項5】
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、請求項３に記載の方法。
【請求項6】
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、請求項１～５のいずれかに記載の方法。
【請求項7】
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、請求項１～６のいずれかに記載の方法。
【請求項8】
前記試料が血清試料である、請求項１～７のいずれかに記載の方法。
【請求項9】
前記試料が、乾燥血斑である、請求項１～７のいずれかに記載の方法。
【請求項10】
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、請求項１～９のいずれかに記載の方法。
【請求項11】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、請求項１０に記載の方法。
【請求項13】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１～１２のいずれかに記載の方法。
【請求項14】
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、請求項１～１３のいずれかに記載の方法。
【請求項15】
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項４に記載の方法。
【請求項17】
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しな、請求項１～１６のいずれかに記載の方法。
【請求項18】
結合した前記目的の抗体の量は、人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したかどうかを示す、請求項１～１７のいずれかに記載の方法。
【請求項19】
試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、（ａ）前記目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、前記結合剤が、前記抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）前記試料を前記表面に添加し、その結果、前記目的の抗体が前記抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を、前記目的の抗体に結合する前記表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した前記二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した前記目的の抗体の量を検出された前記二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された非抗原特異的標準曲線を使用することを含み、前記第１の抗体が、前記目的の抗体と同じ抗体クラスのものである、ステップ
を含む、方法。
【請求項20】
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、請求項１９から２０のいずれかに記載の方法。
【請求項22】
前記検出可能な部分が酵素である、請求項２１に記載の方法。
【請求項23】
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、請求項２１に記載の方法。
【請求項24】
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、請求項１９～２３のいずれかに記載の方法。
【請求項25】
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、請求項１９～２４のいずれかに記載の方法。
【請求項26】
前記試料が血清試料である、請求項１９～２５のいずれかに記載の方法。
【請求項27】
前記試料が、乾燥血斑である、請求項１９～２５のいずれかに記載の方法。
【請求項28】
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、請求項１９～２７のいずれかに記載の方法。
【請求項29】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、請求項２８に記載の方法。
【請求項31】
前記対象が、ヒト対象である、請求項１９～３０のいずれかに記載の方法。
【請求項32】
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、請求項１９～３１のいずれかに記載の方法。
【請求項33】
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、請求項２２に記載の方法。
【請求項35】
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、請求項１９～３４のいずれかに記載の方法。
【請求項36】
結合した前記目的の抗体の量は、人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したかどうかを示す、請求項１～３５のいずれかに記載の方法。
【請求項37】
請求項１～３６のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのシステム。
【請求項38】
請求項１～３６のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのキット。【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【0190】
Ｆ８ 標準曲線を使用して目的の抗体を定量化するための指示を含む、前記または後続の実施形態のいずれかのキット。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、前記結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、前記第１の抗体が、前記結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、前記リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した前記二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップａ）～ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の前記標準曲線を使用して試料中の前記目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、前記試料中の前記目的の抗体の前記定量化が、
（ｉ）前記目的の抗体の抗原を前記結合剤で被覆された前記表面に添加するステップであって、前記抗原が、前記リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）前記目的の抗体を含む試料を前記表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）前記二次抗体を前記表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した前記目的の抗体の量を、ステップｅ）の前記標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
(項目２)
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、項目１および２に記載の方法。
(項目４)
前記検出可能な部分が酵素である、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目５)
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目６)
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目７)
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目８)
前記試料が血清試料である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目９)
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１０)
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１１)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、項目１０に記載の方法。
(項目１３)
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１４)
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１５)
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、項目４に記載の方法。
(項目１７)
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１８)
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目１９)
試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）前記目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、前記結合剤が、前記抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）前記試料を前記表面に添加し、その結果、前記目的の抗体が前記抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を、前記目的の抗体に結合する前記表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した前記二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した前記目的の抗体の量を検出された前記二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された非抗原特異的標準曲線を使用することを含み、前記第１の抗体が、前記目的の抗体と同じ抗体クラスのものである、ステップ
を含む、方法。
(項目２０)
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、項目１９に記載の方法。
(項目２１)
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、項目１９から２０のいずれかに記載の方法。
(項目２２)
前記検出可能な部分が酵素である、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目２３)
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目２４)
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２５)
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２６)
前記試料が血清試料である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２７)
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２８)
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２９)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、項目２８に記載の方法。
(項目３０)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、項目２８に記載の方法。
(項目３１)
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３２)
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３３)
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、項目３２に記載の方法。
(項目３４)
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、項目２２に記載の方法。
(項目３５)
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３６)
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目３７)
前記項目のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのシステム。
(項目３８)
前記項目のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのキット。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）結合剤で被覆された表面を得るステップであって、前記結合剤が、必要に応じてストレプトアビジンである、ステップ；
（ｂ）第１の抗体を添加するステップであって、前記第１の抗体が、前記結合剤に結合するリガンドとコンジュゲートされており、前記リガンドが、必要に応じてビオチンであり、第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｃ）二次抗体を添加し、その結果、二次抗体－第１の抗体－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｄ）結合した前記二次抗体を測定するステップ；
（ｅ）ステップａ）～ｄ）を様々な濃度の第１の抗体で繰り返して標準曲線を生成するステップ；および
（ｆ）ステップｅ）の前記標準曲線を使用して試料中の前記目的の抗体の存在を定量化するステップ
を含み、前記試料中の前記目的の抗体の前記定量化が、
（ｉ）前記目的の抗体の抗原を前記結合剤で被覆された前記表面に添加するステップであって、前記抗原が、前記リガンドにコンジュゲートされており、抗原－リガンド－結合剤複合体が形成される、ステップ；
（ｉｉ）前記目的の抗体を含む試料を前記表面に添加し、その結果、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｉｉ）前記二次抗体を前記表面に添加し、その結果、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体が形成されるステップ；
（ｉｖ）結合した二次抗体を測定するステップ；および
（ｖ）結合した前記目的の抗体の量を、ステップｅ）の前記標準曲線を使用して定量化するステップ
を含む、方法。
(項目２)
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、項目１に記載の方法。
(項目３)
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、項目１および２に記載の方法。
(項目４)
前記検出可能な部分が酵素である、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目５)
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目６)
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目７)
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目８)
前記試料が血清試料である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目９)
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１０)
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１１)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、項目１０に記載の方法。
(項目１２)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、項目１０に記載の方法。
(項目１３)
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１４)
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１５)
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、項目１４に記載の方法。
(項目１６)
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、項目４に記載の方法。
(項目１７)
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目１８)
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目１９)
試料中の目的の抗体の定量的検出のための方法であって、
（ａ）前記目的の抗体により認識される抗原を、結合剤を含む表面に添加するステップであって、前記結合剤が、前記抗原にコンジュゲートされているリガンドに結合する、ステップ；
（ｂ）前記試料を前記表面に添加し、その結果、前記目的の抗体が前記抗原に結合して、目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｃ）二次抗体を、前記目的の抗体に結合する前記表面に添加して、二次抗体－目的の抗体－抗原－リガンド－結合剤複合体を形成するステップ；
（ｄ）複合体化した前記二次抗体を検出するステップ；および
（ｅ）結合した前記目的の抗体の量を検出された前記二次抗体に基づいて定量化するステップであって、定量化するステップは、同様のアッセイ条件下で形成された様々な濃度のリガンド－結合剤複合体で二次抗体－第１の抗体の複合体を検出することにより生成された非抗原特異的標準曲線を使用することを含み、前記第１の抗体が、前記目的の抗体と同じ抗体クラスのものである、ステップ
を含む、方法。
(項目２０)
前記第１の抗体が、精製ＩｇＧである、項目１９に記載の方法。
(項目２１)
前記二次抗体が、検出可能な部分で標識されている、項目１９から２０のいずれかに記載の方法。
(項目２２)
前記検出可能な部分が酵素である、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目２３)
前記検出可能な部分がフルオロフォアである、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目２４)
前記目的の抗体が、抗受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２５)
前記目的の抗体が、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＩｇＧである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２６)
前記試料が血清試料である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２７)
前記試料が、乾燥血斑である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２８)
前記対象が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に曝露された疑いがある、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目２９)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から３週間以内に採取される、項目２８に記載の方法。
(項目３０)
前記試料が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への前記対象の疑われる曝露から２週間より後に採取される、項目２８に記載の方法。
(項目３１)
前記対象が、ヒト対象である、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３２)
前記目的の抗体の前記抗原が、ＲＢＤである、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３３)
前記受容体結合ドメインが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤである、項目３２に記載の方法。
(項目３４)
前記検出可能な部分が、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）である、項目２２に記載の方法。
(項目３５)
２２９Ｅ、ＮＬ６３、ＯＣ４３、ＨＫＵ１およびＭＥＲＳ－ＣｏＶからなる群より選択されるヒトコロナウイルスに反応する抗体の存在を検出しない、前記または後続の項目のいずれかに記載の方法。
(項目３６)
人物が、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への免疫応答を開始したことを決定するステップをさらに含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目３７)
前記項目のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのシステム。
(項目３８)
前記項目のいずれかに記載の方法のいずれかによる抗体の定量的検出のためのキット。
【手続補正3】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【国際調査報告】