特表 2023-528427 コロナウイルス感染症の診断、予防及び治療

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-07-04

(54)【発明の名称】コロナウイルス感染症の診断、予防及び治療

(51)【国際特許分類】

   C07K 14/165 20060101AFI20230627BHJP

   A61K 38/08 20190101ALI20230627BHJP

   A61K 39/00 20060101ALI20230627BHJP

   A61K 47/69 20170101ALI20230627BHJP

   A61K 31/7088 20060101ALI20230627BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20230627BHJP

   C12N 5/0783 20100101ALI20230627BHJP

   C07K 17/14 20060101ALI20230627BHJP

   G01N 33/569 20060101ALI20230627BHJP

   C12N 15/50 20060101ALN20230627BHJP

   C12Q 1/04 20060101ALN20230627BHJP

【ＦＩ】

C07K14/165 ZNA

A61K38/08

A61K39/00 H

A61K47/69

A61K31/7088

A61P31/14

C12N5/0783

C07K17/14

G01N33/569 L

C12N15/50

C12Q1/04

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022574281

(86)(22)【出願日】2021-06-02

(85)【翻訳文提出日】2023-01-24

(86)【国際出願番号】 EP2021064803

(87)【国際公開番号】W WO2021245140

(87)【国際公開日】2021-12-09

(31)【優先権主張番号】2008250.9

(32)【優先日】2020-06-02

(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】522468571

【氏名又は名称】エマージェクス ヴァクシーンズ ホールディング リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100125818

【弁理士】

【氏名又は名称】立原 聡

(72)【発明者】

【氏名】トマス ラーデマッヘル

(72)【発明者】

【氏名】リチャード ペリンス

(72)【発明者】

【氏名】ローレンス ラーデマッヘル

【テーマコード（参考）】

4B063

4B065

4C076

4C084

4C085

4C086

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B063QA18

4B063QQ08

4B063QR48

4B063QS32

4B063QS33

4B063QX02

4B065AA94X

4B065AA95X

4B065CA46

4B065CA60

4C076AA30

4C076AA95

4C076CC35

4C076CC41

4C076DD21

4C076DD26

4C076DD29

4C076EE59

4C076FF34

4C076FF67

4C084AA02

4C084AA03

4C084AA07

4C084BA01

4C084BA08

4C084BA17

4C084BA23

4C084MA43

4C084NA06

4C084NA13

4C084NA14

4C084ZB33

4C085AA03

4C085EE01

4C086AA01

4C086AA02

4C086EA16

4C086MA01

4C086MA02

4C086MA04

4C086MA05

4C086MA43

4C086NA06

4C086NA13

4C086NA14

4C086ZB33

4H045AA10

4H045AA11

4H045AA30

4H045BA15

4H045CA01

4H045EA31

4H045FA15

4H045FA74

(57)【要約】

本発明は、コロナウイルスペプチド、並びにコロナウイルス感染症の診断、治療及び予防のためのそのようなペプチドの使用に関する。
【選択図】図５

【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号９、１～８、１０～３４のいずれか１つ又はその変異体を含む、ペプチド。

【請求項2】

ＭＨＣ分子に結合した請求項１に記載のペプチドを含む、複合体。

【請求項3】

請求項１に記載の２つ以上のペプチド及び２つ以上のＭＨＣ分子を含む、請求項２に記載の複合体。

【請求項4】

各ペプチドが、前記２つ以上のＭＨＣ分子のうちの１つに結合している、請求項３に記載の複合体。

【請求項5】

前記２つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれがデキストラン骨格に結合している、請求項３又は４に記載の複合体。

【請求項6】

前記複合体がフルオロフォアをさらに含み、場合により、前記フルオロフォアが前記デキストラン骨格に結合している、請求項５に記載の複合体。

【請求項7】

前記複合体が、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のうちの２つ以上又はその変異体を含み、場合により、前記複合体が、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４又はその変異体を含む、請求項３～７のいずれか一項に記載の複合体。

【請求項8】

個体における現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在又は非存在を判定する方法における、請求項１に記載のペプチド又は請求項２～７のいずれか一項に記載の複合体の使用。

【請求項9】

前記方法が、前記ペプチド又は複合体を前記個体から得られた試料と接触させること、及び前記ペプチド又は複合体と前記試料に含まれる分子との間の結合の存在又は非存在を判定することを含む、請求項８に記載の使用。

【請求項10】

前記分子が抗体又はＴ細胞受容体である、請求項９に記載の使用。

【請求項11】

前記結合の存在が、現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在を示し、かつ／又は前記結合の非存在が、現在又は以前のコロナウイルス感染症の非存在を示す、請求項９又は１０に記載の使用。

【請求項12】

コロナウイルス特異的Ｔ細胞を同定する方法における、請求項１に記載のペプチド又は請求項２～７のいずれか一項に記載の複合体の使用。

【請求項13】

前記方法が、前記ペプチド又は複合体を個体から得られた試料と接触させること、及び前記ペプチド又は複合体と前記試料に含まれるＴ細胞受容体との間の結合の存在又は非存在を判定することを含む、請求項１２に記載の使用。

【請求項14】

前記個体が、前記コロナウイルスに現在感染している、請求項１３に記載の使用。

【請求項15】

前記個体が、前記コロナウイルスに以前に感染していたが、現在は感染していない、請求項１４に記載の使用。

【請求項16】

コロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体を同定する方法における、請求項１に記載のペプチド又は請求項２～７のいずれか一項に記載の複合体の使用。

【請求項17】

前記方法が、前記ペプチド又は複合体をＴ細胞受容体と接触させること、及び前記ペプチド又は複合体と前記Ｔ細胞受容体との間の結合の存在又は非存在を判定することを含む、請求項１６に記載の使用。

【請求項18】

前記結合の存在が、前記Ｔ細胞受容体がコロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体であることを示し、かつ／又は前記結合の非存在が、前記Ｔ細胞受容体がコロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体ではないことを示す、請求項１７に記載の使用。

【請求項19】

配列番号９、１～８、１０～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体を含む、Ｔ細胞。

【請求項20】

請求項１に記載のペプチド、又は請求項１９に記載のＴ細胞受容体に結合することができるペプチドを含む、ワクチン組成物。

【請求項21】

請求項２０に記載のワクチン組成物であって、
（ａ）それぞれが配列番号９、１～８、１０～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列を含む、請求項１に記載の２つ以上のペプチド、又は
（ｂ）それぞれが請求項１９に記載の異なるＴ細胞受容体に結合することができる２つ以上のペプチドであって、各異なるＴ細胞受容体が配列番号９、１～８、１０～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列に結合することができる、２つ以上のペプチド
を含む、ワクチン組成物。

【請求項22】

それぞれが配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４又はその変異体から選択される異なる配列を含む２つ以上のペプチドを含む、請求項２１に記載のワクチン組成物。

【請求項23】

前記２つ以上のペプチドのそれぞれが異なるＨＬＡスーパータイプと相互作用する、請求項２１に記載のワクチン組成物。

【請求項24】

請求項２０に記載の少なくとも１つのペプチドを含み、前記ペプチドが少なくとも２つの異なるＨＬＡスーパータイプと相互作用する、請求項２０～２３のいずれか一項に記載のワクチン組成物。

【請求項25】

前記少なくとも２つの異なるＨＬＡスーパータイプが、
（ｉ）Ａ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２４０３／Ａ２、Ａ２４０３／Ａ２４、Ａ３９、Ａ３、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３２、Ａ６８、Ａ６９、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ３５、Ｂ３７、Ｂ４４、Ｂ４８、Ｂ５３、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ６２、Ｂ６３、Ｂ７２、Ｂ７５、Ｃｗ１及びＣｗ６、
（ｉｉ）Ａ３、Ａ１１及びＡ３１、
（ｉｉｉ）Ｂ７及びＢ３５、
（ｉｖ）Ｂ７２、Ａ２及びＡ２０３／Ａ２、
（ｖ）Ｂ７２、Ｂ６２及びＢ７５、
（ｖｉ）Ａ６８、Ａ１１及びＡ３１、
（ｖｉｉ）Ａ２０３／Ａ２及びＡ２、
（ｖｉｉｉ）Ａ２４０３／Ａ２及びＡ２３、
（ｉｘ）Ａ１１、Ａ３０、Ａ３、Ａ６８及びＡ３１、
（ｘ）Ａ１１、Ａ３０、Ａ３及びＡ６８、
（ｘｉ）Ｂ６０、Ｂ４８及びＢ４４、
（ｘｉｉ）Ａ６８、Ｂ６３及びＡ２０３／Ａ２、
（ｘｉｉｉ）Ａ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ６９及びＡ３２、
（ｘｉｖ）Ａ２、Ａ２０３／Ａ２及びＡ６８、
（ｘｖ）Ｂ３５、Ｂ５３、Ａ２９、
（ｘｖｉ）Ｂ３７、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ４４及びＢ４８、
（ｘｖｉｉ）Ｃｗ６及びＣｗ１、並びに
（ｘｖｉｉｉ）Ａ３０、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ６２及びＢ７２
から選択される、請求項２３又は２４に記載のワクチン組成物。

【請求項26】

前記ペプチドがナノ粒子に結合している、請求項２０～２５のいずれか一項に記載のワクチン組成物。

【請求項27】

前記２つ以上のペプチドのそれぞれがナノ粒子に結合している、請求項２１～２６のいずれか一項に記載のワクチン組成物。

【請求項28】

前記ナノ粒子が、金ナノ粒子、リン酸カルシウムナノ粒子又はケイ素ナノ粒子であり、場合により、前記金ナノ粒子が、α－ガラクトース及び／又はβ－ＧｌｃＮＡｃでコーティングされている、請求項２６又は２７に記載のワクチン組成物。

【請求項29】

前記ペプチドが、リンカーを介して前記ナノ粒子に結合している、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のワクチン組成物。

【請求項30】

請求項１に記載のペプチド、又は請求項１９に記載のＴ細胞受容体に結合することができるペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、ワクチン組成物。

【請求項31】

請求項３０に記載のワクチン組成物であって、
（ａ）それぞれが配列番号９、１～８、１０～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列を含む、請求項１に記載の２つ以上のペプチド、又は
（ｂ）それぞれが請求項１９に記載の異なるＴ細胞受容体に結合することができる２つ以上のペプチドであって、各異なるＴ細胞受容体が配列番号１～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列に結合することができる、２つ以上のペプチド
をコードするポリヌクレオチドを含む、ワクチン組成物。

【請求項32】

請求項３０に記載のワクチン組成物であって、
（ａ）それぞれが請求項１に記載のペプチドをコードする２つ以上のポリヌクレオチドであって、各ペプチドが配列番号１～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列を含む、２つ以上のポリヌクレオチド、又は
（ｂ）それぞれが請求項１８に記載のＴ細胞受容体に結合することができるペプチドをコードする２つ以上のポリヌクレオチドであって、各ペプチドが請求項１８に記載の異なるＴ細胞受容体に結合することができ、各異なるＴ細胞受容体が配列番号１～３４若しくはその変異体から選択される異なる配列に結合することができる、２つ以上のポリヌクレオチド
を含む、ワクチン組成物。

【請求項33】

コロナウイルス感染症を予防又は治療する方法であって、コロナウイルスに感染している、又は感染するリスクがある個体に、請求項２０～３２のいずれか一項に記載のワクチン組成物を投与することを含む、方法。

【請求項34】

個体におけるコロナウイルス感染症を予防又は治療する方法に使用するための、請求項２０～３２のいずれか一項に記載のワクチン組成物。

【請求項35】

前記コロナウイルスが、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２である、請求項８～１８のいずれか一項に記載の使用、請求項１９に記載のＴ細胞受容体、請求項２０～３２のいずれか一項に記載のワクチン組成物、請求項３３に記載のコロナウイルス感染症を予防若しくは治療する方法、又は請求項３４に記載の使用のためのワクチン組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本出願は、２０２０年６月２日に出願された英国特許出願公開第２００８２５０．９号明細書の優先権を主張し、その内容及び要素は、あらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

本発明は、コロナウイルスペプチド、並びにコロナウイルス感染症の診断、治療及び予防のためのそのようなペプチドの使用に関する。

【背景技術】

【0003】

コロナウイルスは、哺乳動物及び鳥類において疾患を引き起こす関連ウイルスの群である。コロナウイルス感染症の症状は種によって異なる。例えば、ニワトリにおけるコロナウイルス感染症は上気道疾患を引き起こすのに対して、ウシ及びブタにおけるコロナウイルス感染症は下痢を引き起こす傾向がある。

【0004】

ヒトでは、コロナウイルスは気道感染症を引き起こす。いくつかのコロナウイルスによる感染によって引き起こされる疾患は、風邪などの軽度であり得る。他のコロナウイルスは、ＳＡＲＳ、ＭＥＲＳ、及びＣＯＶＩＤ－１９などのより重篤で潜在的に致死的な疾患を引き起こす。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

いくつかの研究では、コロナウイルスに対するワクチンの開発のための標的部位が同定され、特徴付けられている。例えば、Ｈｅらは、ＳＡＲＳコロナウイルスの抗原部位をマッピングする実験を行った（１）。ＳＡＲＳのヌクレオカプシドタンパク質は、可能性のあるワクチン候補を同定するために広く特徴付けられており（２）、優性ヘルパーＴ細胞エピトープがこのタンパク質で同定されている（３）。より最近では、ＣＯＶＩＤ－１９コロナウイルスに対する潜在的なワクチン標的が、以前のＳＡＲＳ－ＣｏＶ免疫学的研究に基づいて同定されている（４）。それにもかかわらず、ヒトコロナウイルス感染症を予防又は治療するためのワクチンはまだ市販されていない。ヒト個体における現在及び／又は以前のコロナウイルス感染症を判定するための検査は限られている。コロナウイルス感染症のアウトブレイクの制御は、正確な検査及び／又は効果的なワクチン接種を含む戦略に依存するので、ワクチン及び検査の提供が非常に望ましい。

【課題を解決するための手段】

【0006】

本発明は、ヒトにおけるコロナウイルス感染症を診断、予防又は治療するために使用されてもよいコロナウイルス由来ペプチドに関する。本発明者らは、異なるコロナウイルス間で保存され、それらのウイルスに感染した細胞上のＭＨＣ分子によって提示されるいくつかのペプチドを同定した。ワクチン組成物中に１つ以上のそのようなペプチドを含めることにより、１つ以上のコロナウイルスに対する防御能力及び／又は既存のコロナウイルス感染症を治療する能力を付与する可能性がある。ペプチドのそれぞれはまた、例えば、ペプチドに結合することができる分子（Ｔ細胞受容体又は抗体など）の存在又は非存在を試料中で検出することによって、コロナウイルス感染症の存在又は非存在を診断するために使用されてもよい。コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２であってもよい。

【0007】

したがって、本発明は、配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドを提供する。

【0008】

本発明はまた、
－ＭＨＣ分子に結合した本発明のペプチドを含む複合体、
－個体における現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在又は非存在を判定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用、
－コロナウイルス特異的Ｔ細胞を同定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用、
－コロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体を同定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用、
－配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体を含むＴ細胞、
－本発明のペプチド、又は配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチドを含むワクチン組成物、
－本発明のペプチド、又は配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むワクチン組成物、
－コロナウイルス感染症を予防又は治療する方法であって、コロナウイルスに感染しているか、又は感染するリスクがある個体に、本発明のワクチン組成物を投与することを含む方法、及び
－個体におけるコロナウイルス感染症を予防又は治療する方法に使用するための本発明のワクチン組成物
を提供する。

【図面の簡単な説明】

【0009】

【図1(1)】実施例１の吸光度スペクトルを示す図である。

【図1(2)】実施例１の吸光度スペクトルを示す図である。

【図1(3)】実施例１の吸光度スペクトルを示す図である。

【図1(4)】実施例１の吸光度スペクトルを示す図である。

【図2(1)】実施例１のＤＬＳデータを示す図である。

【図2(2)】実施例１のＤＬＳデータを示す図である。

【図2(3)】実施例１のＤＬＳデータを示す図である。

【図2(4)】実施例１のＤＬＳデータを示す図である。

【図3A】実施例１のＨＰＬＣ法を示す図である。

【図3B(1)】実施例１のＨＰＬＣの結果を示す図である。ＥＭ００９－０６４－０１ いずれのペプチドも含まないＧＮＰは３．４％である。

【図3B(2)】実施例１のＨＰＬＣの結果を示す図である。ＥＭ００９－０６４－０２：いずれのペプチドも含まないＧＮＰは０％である。

【図3B(3)】実施例１のＨＰＬＣの結果を示す図である。ＥＭ００９－０６４－０３：いずれのペプチドも含まないＧＮＰは２．２％である。

【図4(1)】実施例１のＬＣ－ＭＳペプチド定量を示す図である。

【図4(2)】実施例１のＬＣ－ＭＳペプチド定量を示す図である。

【図4(3)】実施例１のＬＣ－ＭＳペプチド定量を示す図である。

【図5】実施例１で使用したペプチドのアラインメントを示す概略図である。

【発明を実施するための形態】

【0010】

ペプチド
本発明は、配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドを提供する。変異体を以下に詳細に定義する。配列番号１～３４を表１に示す。

【表1】

【0011】

配列番号１～３４を同定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏｖにおいてメモリーＴ細胞応答を引き起こすことが示されている長いペプチド配列を使用して、９～１０残基長の短い重複ペプチドのシリーズを作製した。次いで、これらの配列をＭＨＣＦｌｕｒｒｙを用いて処理して、様々なＨＬＡ対立遺伝子に対するそれらの結合親和性を予測した。ＳＡＲＳ－ＣＯＶ２（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＣ＿０４５５１２）におけるタンパク質に対して１００ｎＭ以下の親和性及び１００％の同一性を有する配列を選択した。

【0012】

したがって、本発明のペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子に結合することができる。ペプチドは、感染細胞内のウイルスプロテオームのイムノプロテオソームプロセシングに由来するものであってもよい。ペプチドは、１つ以上のコロナウイルスの表面上に、又は１つ以上のコロナウイルス内で細胞内に発現されるペプチドであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２であってもよい。ペプチドは、コロナウイルスの代謝又は複製に関与するペプチドなどの構造ペプチド又は機能ペプチドであってもよい。好ましくは、ペプチドは内部ペプチドである。好ましくは、ペプチドは、２つ以上の異なるコロナウイルス又はコロナウイルス血清型の間で保存されている。２つ以上の異なるコロナウイルス又はコロナウイルス血清型のそれぞれが、ペプチドと５０％以上（例えば、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％）相同な配列をコードする場合、ペプチドは、２つ以上の異なるコロナウイルス又はコロナウイルス血清型の間で保存される。

【0013】

ペプチドは、任意の数のアミノ酸を含有してもよい、すなわち、任意の長さであってもよい。典型的には、ペプチドは、約８～約３０、３５又は４０アミノ酸長、例えば約９～約２９、約１０～約２８、約１１～約２７、約１２～約２６、約１３～約２５、約１３～約２４、約１４～約２３、約１５～約２２、約１６～約２１、約１７～約２０又は約１８～約２９アミノ酸長である。ペプチドは、好ましくは９又は１０個のアミノ酸の長さを有する。ペプチドは、ポリペプチドであってもよい。ペプチドは、配列番号１～３４のうちの１つのアミノ酸配列からなってもよいか、又は本質的になってもよい。ペプチドは、ポリペプチドコロナウイルス抗原から、例えばタンパク質分解的切断によって化学的に誘導されてもよい。より典型的には、コロナウイルスペプチドは、当技術分野で周知の方法を用いて合成されてもよい。

【0014】

ペプチドは、配列番号１～３４のうちの１つのみ又はその変異体を含んでもよい。あるいは、ペプチドは、任意の組合せで、配列番号１～３４又はその変異体のうちの２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上、２０個以上、２１個以上、２２個以上、２３個以上、２４個以上、２５個以上、２６個以上、２７個以上、２８個以上、２９個以上、３０個以上、３１個以上、３２個以上又は３３個以上を含んでもよい。ペプチドは、配列番号１～３４のすべて又はその変異体を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のうちの１つ以上を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のすべてを含んでもよい。

【0015】

特定の実施形態では、ペプチドは、配列番号９、２４及び２５のいずれか１つ以上を含んでもよい。

【0016】

ＨＬＲＩＡＧＨＨＬ（配列番号９）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｍにおける配列ＨＬＲＭＡＧＨＳＬ（配列番号３４）に基づく。

【0017】

ＳＭＷＡＬＩＩＳＶ（配列番号２４）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ｐｐ１ａｂにおけるＳＭＷＡＬＶＩＳＶ（配列番号３１）配列に基づく。

【0018】

ＴＫＡＹＮＶＴＱＡＦ（配列番号２５）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＮにおけるＴＫＱＹＮＶＴＱＡＦ（配列番号３２）配列に基づく。

【0019】

いかなる特定の理論にも拘束されることを望むものではないが、本発明者らは、置換がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の改善された特異的検出を有利に提供すると考える。

【0020】

ペプチドは、配列番号１～３４のうちの１つ以上の複数のコピー、例えば２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上のコピーを含んでもよい。配列番号１～３４のうちの１つ以上の複数のコピーを含むペプチド、又は配列番号１～３４のうちの１つ以上を含むペプチドは、約１８～約２５０個のアミノ酸、例えば約２０、約３０、約４０又は約５０個のアミノ酸～約２００、約１５０又は約１００個のアミノ酸の長さを有してもよい。そのようなペプチドでは、配列番号１～３４のうちの２つ以上、又は配列番号１～３４のうちの１つ以上の複数のコピーは、互いに直接連結していてもよく、又は２～約２０個のアミノ酸若しくは約３～約１０個のアミノ酸などの１つ以上によって連結していてもよい。ペプチドにおいて、連結アミノ酸は、典型的には、天然の配列番号１～３４のうちの２つ以上の配列を連結する正確なアミノ酸配列を含まない。

【0021】

配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体と同様に、ペプチドは、１つ以上のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、１つ以上のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及び／又は１つ以上のＢ細胞エピトープを含んでもよい。例えば、ペプチドは、２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０個以上、１５個以上又は２０個以上のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープを含んでもよい。ペプチドは、２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０個以上、１５個以上又は２０個以上のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープを含んでもよい。ペプチドは、２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０個以上、１５個以上又は２０個以上のＢ細胞エピトープを含んでもよい。

【0022】

ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、好ましくは、配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含まないＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープである。ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、例えば、コロナウイルスＣＤ８＋エピトープ、すなわち、１つ以上のコロナウイルスによって発現され、（ｉ）クラスＩ ＭＨＣ分子による提示及び（ｉｉ）ＣＤ８＋Ｔ細胞上に存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）による認識が可能なペプチドであってもよい。あるいは、ＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープは、１つ以上のコロナウイルスによって発現されないＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープであってもよい。

【0023】

ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープは、例えば、コロナウイルスＣＤ４＋エピトープ、すなわち、１つ以上のコロナウイルスによって発現され、（ｉ）クラスＩＩ ＭＨＣ分子による提示及び（ｉｉ）ＣＤ４＋Ｔ細胞上に存在するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）による認識が可能なペプチドであってもよい。あるいは、ＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープは、１つ以上のコロナウイルスによって発現されないＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープであってもよい。

【0024】

Ｂ細胞エピトープは、例えば、コロナウイルスＢ細胞エピトープ、すなわち、１つ以上のコロナウイルスによって発現され、Ｂ細胞上に存在するＢ細胞受容体（ＢＣＲ）による認識が可能なペプチドであってもよい。あるいは、Ｂ細胞エピトープは、１つ以上のコロナウイルスによって発現されないＢ細胞エピトープであってもよい。

【0025】

コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。１つ以上のコロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス及び／又はＳＡＲＳコロナウイルス２を含んでもよい。

【0026】

「ペプチド」という用語は、アミノ酸残基がペプチド（－ＣＯ－ＮＨ－）結合によって連結されている分子だけでなく、ペプチド結合が逆転している分子も含む。そのようなレトロインベルソペプチド模倣物は、当技術分野で公知の方法、例えばＭｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ（１９９７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５９，３２３０－３２３７に記載の方法を用いて作製してもよい。このアプローチは、側鎖の配向ではなく、主鎖が関与する変化を含む擬似ペプチドを作製することを含む。Ｍｅｚｉｅｒｅら（１９９７）は、少なくともＭＨＣクラスＩＩ及びヘルパーＴ細胞応答について、これらの擬似ペプチドが有用であることを示している。ＣＯ－ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ－ＣＯ結合を含有するレトロインバースペプチドは、タンパク質分解に対してはるかに耐性である。

【0027】

同様に、ペプチド結合は、アミノ酸残基の炭素原子間の間隔を保持する適切なリンカー部分が使用される限り、完全に省かれてもよい。リンカー部分が、ペプチド結合と実質的に同じ電荷分布及び実質的に同じ平面性を有する場合が特に好ましい。ペプチドは、エキソタンパク質分解消化に対する感受性を低下させるのを助けるために、そのＮ末端又はＣ末端で都合よくブロックされてもよいことも理解されよう。例えば、ペプチドのＮ末端アミノ基は、カルボン酸と反応させることによって保護されてもよく、ペプチドのＣ末端カルボキシル基は、アミンと反応させることによって保護されてもよい。修飾の他の例としては、グリコシル化及びリン酸化が挙げられる。別の可能な修飾は、Ｒ又はＫの側鎖アミン上の水素がメチレン基で置き換えられてもよいことである（－ＮＨ２は－ＮＨ（Ｍｅ）又は－Ｎ（Ｍｅ）_２に修飾されてもよい）。

【0028】

「ペプチド」という用語はまた、インビボでペプチドの半減期を増加又は減少させるペプチド変異体を含む。本発明に従って使用されるペプチドの半減期を増加させることができる類似体の例としては、ペプチドのペプトイド類似体、ペプチドのＤ－アミノ酸誘導体及びペプチド－ペプトイドハイブリッドが挙げられる。本発明に従って使用される変異体ポリペプチドのさらなる実施形態は、ポリペプチドのＤ－アミノ酸形態を含む。Ｌ－アミノ酸ではなくＤ－アミノ酸を使用するポリペプチドの調製は、正常な代謝プロセスによるそのような剤の望ましくない分解を大幅に減少させ、その投与頻度と共に投与する必要がある剤の量を減少させる。

【0029】

変異体
上記のように、ペプチドは、配列番号１～３４のいずれか１つの変異体を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号１～３４のうちの２つ以上、例えば３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上、２０個以上、２１個以上、２２個以上、２３個以上、２４個以上、２５個以上、２６個以上、２７個以上、２８個以上、２９個以上、３０個以上、３１個以上、３２個以上又は３３個以上の変異体を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号１～３４のすべての変異体を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のうちの１つ以上の変異体を含んでもよい。ペプチドは、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のすべての変異体を含んでもよい。

【0030】

配列番号１～３４のいずれか１つの変異体は、配列番号１～３４のいずれか１つと５つ以下（例えば、４つ以下、３つ以下、２つ以下又は１つ以下）のアミノ酸が異なる配列であってもよい。５つ以下のアミノ酸差異のそれぞれは、配列番号１～３４から選択される関連配列に対するアミノ酸の置換、欠失又は挿入であってもよい。アミノ酸置換は、例えば、保存的アミノ酸置換であってもよい。

【0031】

好ましくは、配列番号１～３４のいずれか１つの変異体は、配列番号１～３４のいずれか１つと１つ以下のアミノ酸が異なる配列であってもよい。例えば、配列番号１～３４から選択される配列の変異体は、関連配列に対する１つのアミノ酸の置換、欠失又は挿入を含んでもよい。アミノ酸置換は、例えば、保存的アミノ酸置換であってもよい。

【0032】

保存的置換は、アミノ酸を、同様の化学構造、同様の化学特性又は同様の側鎖体積の他のアミノ酸で置き換える。導入されるアミノ酸は、それらが置き換えるアミノ酸と同様の極性、親水性、疎水性、塩基性度、酸性度、中性度又は電荷を有してもよい。あるいは、保存的置換は、既存の芳香族又は脂肪族アミノ酸の代わりに芳香族又は脂肪族である別のアミノ酸を導入してもよい。保存的アミノ酸変化は当技術分野で周知であり、以下の表２に定義される２０個の主アミノ酸の特性に従って選択してもよい。アミノ酸が同様の極性を有する場合、これは表３のアミノ酸側鎖のハイドロパシースケールを参照して決定することもできる。

【表2】

【表3】

【0033】

複合体
本発明は、ＭＨＣ分子に結合した本発明のペプチドを含む複合体を提供する。したがって、複合体は、ＭＨＣ分子に結合した配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含む又はそれからなるペプチドを含む。

【0034】

ペプチド：ＭＨＣ結合は、当技術分野で周知である。好ましくは、複合体に含まれるペプチドとＭＨＣ分子との間の結合は、非共有結合性である。結合は、例えば、静電相互作用、水素結合、ファンデルワールス力及び／又は疎水性相互作用によって媒介されてもよい。

【0035】

ＭＨＣ分子は、ＭＨＣクラス１分子又はＭＨＣクラスＩＩ分子であってもよい。好ましくは、ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。ＭＨＣクラスＩ分子は、任意のＨＬＡスーパータイプのものであってもよい。例えば、ＭＨＣクラスＩ分子は、スーパータイプＡ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２４０３／Ａ２、Ａ２４０３／Ａ２４、Ａ３９、Ａ３、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３２、Ａ６８、Ａ６９、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ３５、Ｂ３７、Ｂ４４、Ｂ４８、Ｂ５３、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ６２、Ｂ６３、Ｂ７２、Ｂ７５、Ｃｗ１又はＣｗ６のものであってもよい。

【0036】

複合体は、本発明の２つ以上のペプチド及び２つ以上のＭＨＣ分子を含んでもよい。例えば、複合体は、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上の本発明のペプチドを含んでもよい。複合体は、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上のＭＨＣ分子を含んでもよい。複合体は、例えば、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上の本発明のペプチドと、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上のＭＨＣ分子とをそれぞれ含んでもよい。複合体は、ＭＨＣ分子と同じ数の本発明のペプチドを含んでもよい。複合体は、ＭＨＣ分子の数とは異なる数の本発明のペプチドを含んでもよい。複合体は、例えば、４つのＭＨＣ分子を含んでもよい。複合体は、ＭＨＣ四量体を含んでもよいか、又はＭＨＣ四量体からなってもよい。複合体は、例えば、１２個のＭＨＣ分子を含んでもよい。複合体は、ＭＨＣ十二量体を含んでもよいか、又はＭＨＣ十二量体からなってもよい。

【0037】

複合体が本発明の２つ以上のペプチドを含む場合、２つ以上のペプチドのそれぞれは同じであってもよい。あるいは、２つ以上のペプチドのそれぞれは異なっていてもよい。複合体が本発明の３つ以上のペプチドを含む場合、３つ以上のペプチドのそれぞれは同じであってもよい。複合体が本発明の３つ以上のペプチドを含む場合、３つ以上のペプチドのそれぞれは異なっていてもよい。複合体が本発明の３つ以上のペプチドを含む場合、３つ以上のペプチドの一部は同じであってもよく、３つ以上のペプチドの一部は異なっていてもよい。複合体は、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のうちの２つ以上を含んでもよい。複合体は、例えば、配列番号２１、１、１９、２８、２、２７、１６及び１４のすべてを含んでもよい。

【0038】

複合体が２つ以上のＭＨＣ分子を含む場合、２つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれは同じであってもよい。あるいは、２つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれは異なっていてもよい。複合体が本発明の３つ以上のペプチドを含む場合、３つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれは同じであってもよい。複合体が本発明の３つ以上のペプチドを含む場合、３つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれは異なっていてもよい。複合体が３つ以上のＭＨＣ分子を含む場合、３つ以上のＭＨＣ分子の一部は同じであってもよく、３つ以上のＭＨＣ分子の一部は異なっていてもよい。

【0039】

複合体が本発明の２つ以上のペプチド及び２つ以上のＭＨＣ分子を含む場合、各ペプチドは、２つ以上のＭＨＣ分子のうちの１つに結合していてもよい。すなわち、複合体に含まれる各ペプチドは、複合体に含まれるＭＨＣ分子に結合していてもよい。好ましくは、複合体に含まれる各ペプチドは、複合体に含まれる異なるＭＨＣ分子に結合している。すなわち、複合体に含まれる各ＭＨＣ分子は、複合体に含まれる１つ以下のペプチドに結合していることが好ましい。しかしながら、複合体は、ＭＨＣ分子に結合していない本発明の１つ以上のペプチドを含んでもよい。複合体は、本発明のペプチドに結合していない１つ以上のＭＨＣ分子を含んでもよい。

【0040】

複合体に含まれる１つ又は複数のＭＨＣ分子は、互いに連結されていてもよい。例えば、複合体中の１つ以上のＭＨＣ分子のそれぞれは、骨格分子又はナノ粒子に結合していてもよい。複合体に含まれる１つ又は複数のＭＨＣ分子は、デキストラン骨格に結合していてもよい。すなわち、複合体は、ＭＨＣデキストラマーを含んでもよいか、又はＭＨＣデキストラマーからなってもよい。１つ又は複数のＭＨＣ分子をデキストラン骨格に結合させる機構は、当技術分野で公知である。任意の数のＭＨＣ分子がデキストラン骨格に結合していてもよい。例えば、１つ以上、２つ以上、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上の本発明のペプチド、及び３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上のＭＨＣ分子がデキストラン骨格に結合していてもよい。

【0041】

複合体は、フルオロフォアを含んでもよい。フルオロフォアは当技術分野で周知であり、ＦＩＴＣ（フルオレセインイソチオシアネート）、ＰＥ（フィコエリトリン）及びＡＰＣ（アロフィコシアニン）が挙げられる。複合体は、任意の数のフルオロフォアを含んでもよい。例えば、複合体は、２つ以上、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上の本発明のペプチドと、３つ以上、例えば４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上又は２０個以上のフルオロフォアとを含んでもよい。複合体が複数のフルオロフォアを含む場合、複合体に含まれるフルオロフォアは同じであっても異なっていてもよい。複合体がデキストラン骨格などの骨格を含む場合、フルオロフォアは好ましくはデキストラン骨格に結合している。フルオロフォアをデキストラン骨格に結合させる機構は、当技術分野で公知である。

【0042】

使用
本発明のペプチド又は複合体は、以下に記載される使用など、いくつかの方法で利用されてもよい。

【0043】

現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在又は非存在の判定
本発明は、個体における現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在又は非存在を判定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用を提供する。

【0044】

この方法は、ペプチド又は複合体を個体から得られた試料と接触させること、及びペプチド又は複合体と試料に含まれる分子との間の結合の存在又は非存在を判定することを含んでもよい。

【0045】

試料は、例えば、血液試料、血清試料、血漿試料、尿試料、唾液試料、又は個体に存在する粘膜表面を拭き取って得られた試料であってもよい。好ましくは、試料は、血液試料、血清試料又は血漿試料である。

【0046】

分子は、免疫機能を有する分子であってもよい。例えば、分子は、自然免疫系又は適応免疫系に含まれてもよい。好ましくは、分子は適応免疫において役割を有する。分子は、例えば、抗体又は抗体フラグメントであってもよい。抗体又は抗体フラグメントは、Ｂ細胞の表面上にあってもよく、又はＢ細胞に含まれてもよい。抗体又は抗体フラグメントは、試料中に遊離していてもよい。分子は、例えば、Ｔ細胞受容体であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞受容体であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞受容体であってもよい。Ｔ細胞受容体は、Ｔ細胞の表面上にあってもよく、又はＴ細胞に含まれてもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞であってもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞であってもよい。

【0047】

好ましくは、ペプチド又は複合体と分子との間の結合は、非共有結合性である。結合は、例えば、静電相互作用、水素結合、ファンデルワールス力及び／又は疎水性相互作用によって媒介されてもよい。ペプチド又はペプチド含有複合体と分子との間の結合を検出する方法は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸収スポット（ＥＬＩＳｐｏｔ）及びフローサイトメトリーを含む点で当技術分野で周知である。

【0048】

結合の存在は、現在又は以前のコロナウイルス感染症の存在を示す場合がある。結合の非存在は、現在又は以前のコロナウイルス感染症の非存在を示す場合がある。

【0049】

現在のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体内に存在する場合がある。現在のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する場合がある。好ましくは、現在のコロナウイルス感染症では、（ｉ）コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）並びに（ｉｉ）コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する。

【0050】

以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体に存在しない場合がある。以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する場合がある。好ましくは、以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体に存在せず、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する。

【0051】

コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２であってもよい。

【0052】

コロナウイルス特異的Ｔ細胞の同定
本発明は、コロナウイルス特異的Ｔ細胞を同定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用を提供する。この方法は、ペプチド又は複合体を個体から得られた試料と接触させること、及びペプチド又は複合体と試料に含まれるＴ細胞受容体との間の結合の存在又は非存在を判定することを含んでもよい。

【0053】

試料は、例えば、血液試料、血清試料、血漿試料、尿試料、唾液試料、又は個体に存在する粘膜表面を拭き取って得られた試料であってもよい。好ましくは、試料は血液試料である。

【0054】

Ｔ細胞受容体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞受容体であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞受容体であってもよい。好ましくは、Ｔ細胞受容体はＣＤ８＋Ｔ細胞受容体である。

【0055】

好ましくは、Ｔ細胞受容体は、Ｔ細胞の表面上にあってもよく、又はＴ細胞に含まれてもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞であってもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞であってもよい。好ましくは、Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。

【0056】

好ましくは、ペプチド又は複合体とＴ細胞受容体との間の結合は、非共有結合性である。結合は、例えば、静電相互作用、水素結合、ファンデルワールス力及び／又は疎水性相互作用によって媒介されてもよい。ペプチド又はペプチド含有複合体とＴ細胞受容体との間の結合を検出する方法は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸収スポット（ＥＬＩＳｐｏｔ）及びフローサイトメトリーを含む点で当技術分野で周知である。

【0057】

結合の存在は、１つ以上のコロナウイルス特異的Ｔ細胞の存在を示す場合がある。結合の非存在は、コロナウイルス特異的Ｔ細胞の非存在を示す場合がある。

【0058】

個体は、コロナウイルスに現在感染していてもよい。現在のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体内に存在する場合がある。現在のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する場合がある。好ましくは、現在のコロナウイルス感染症では、（ｉ）コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）並びに（ｉｉ）コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する。

【0059】

個体は、コロナウイルスに以前に感染したことがあってもよいが、コロナウイルスに現在感染していなくてもよい。以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体に存在しない場合がある。以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する場合がある。好ましくは、以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体に存在せず、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する。したがって、以前のコロナウイルス感染症では、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）が個体に存在しない場合があるが、コロナウイルス粒子又はその成分（例えば、ペプチド、タンパク質）に特異的な抗体、Ｂ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞が個体内に存在する場合がある。

【0060】

コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２であってもよい。

【0061】

コロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体の同定
本発明は、コロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体を同定する方法における本発明のペプチド又は複合体の使用を提供する。この方法は、ペプチド又は複合体をＴ細胞受容体と接触させること、及びペプチド又は複合体とＴ細胞受容体との間の結合の存在又は非存在を判定することを含んでもよい。

【0062】

Ｔ細胞受容体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞受容体であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞受容体であってもよい。好ましくは、Ｔ細胞受容体はＣＤ８＋Ｔ細胞受容体である。

【0063】

Ｔ細胞受容体は、Ｔ細胞の表面上にあってもよく、又はＴ細胞に含まれてもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞であってもよい。Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞であってもよい。好ましくは、ＴはＣＤ８＋Ｔ細胞である。

【0064】

好ましくは、ペプチド又は複合体とＴ細胞受容体との間の結合は、非共有結合性である。結合は、例えば、静電相互作用、水素結合、ファンデルワールス力及び／又は疎水性相互作用によって媒介されてもよい。ペプチド又はペプチド含有複合体とＴ細胞受容体との間の結合を検出する方法は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸収スポット（ＥＬＩＳｐｏｔ）及びフローサイトメトリーを含む点で当技術分野で周知である。

【0065】

結合の存在は、ペプチド又は複合体と接触したＴ細胞受容体がコロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体であることを示す場合がある。結合の非存在は、ペプチド又は複合体と接触したＴ細胞受容体がコロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体ではないことを示す場合がある。

【0066】

コロナウイルスは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス又はＳＡＲＳコロナウイルス２であってもよい。

【0067】

Ｔ細胞
本発明は、配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体を含むＴ細胞を提供する。ペプチドとＴ細胞受容体との間の結合を検出する方法は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸収スポット（ＥＬＩＳｐｏｔ）及びフローサイトメトリーを含む点で当技術分野で周知である。Ｔ細胞受容体は、上記のコロナウイルス特異的Ｔ細胞受容体を同定する方法を用いて同定されていてもよい。

【0068】

Ｔ細胞は、単離されたＴ細胞であってもよい。

【0069】

Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ４＋Ｔ細胞受容体であってもよい。

【0070】

Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞であってもよい。Ｔ細胞受容体は、ＣＤ８＋Ｔ細胞受容体であってもよい。好ましくは、Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。好ましくは、Ｔ細胞受容体はＣＤ８＋Ｔ細胞受容体である。

【0071】

Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）発現細胞であってもよい。Ｔ細胞受容体はＣＡＲであってもよい。

【0072】

ワクチン組成物
本発明は、本発明のペプチド、又は配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチドを含むワクチン組成物を提供する。変異体は上に定義されている。ワクチン組成物は、以下の考察から明らかになるいくつかの利点を有する。しかし、重要な利点をここで要約する。

【0073】

第１に、ワクチン組成物は、コロナウイルスに対する免疫応答を刺激することができる。好ましくは、免疫応答は細胞性免疫応答（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答）である。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）は、感染細胞に対するそれらの細胞傷害活性を介してウイルスクリアランスを媒介する。したがって、細胞性免疫の刺激は、コロナウイルス感染症に対する有益な防御を提供する可能性がある。

【0074】

第２に、本発明者らによって同定されたペプチドは、異なるコロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス及びＳＡＲＳコロナウイルス２）間で保存されており、それらのウイルスのうちの１つ以上に感染した細胞上のＭＨＣ分子によって提示される可能性がある。ワクチン組成物中にそのような保存されたペプチドを含めることにより、（ｉ）関連するタイプのウイルス、（ｉｉ）複数の種のコロナウイルス及び／又は（ｉｉｉ）特定の種の複数の系統又は血清型に対する防御能力、すなわち交差防御が付与される可能性がある。ウイルス間の１００％の相同性は、交差防御が付与されるために必要ではない。むしろ、特定の残基が正しい位置に保持されている場合、交差防御は、例えば、異なるウイルスに感染した細胞で発現されるＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープと約５０％以上（例えば、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％）相同な配列での免疫化後に生じる可能性がある。したがって、配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含む１つ以上のペプチド、又は配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチド、又は対応するポリヌクレオチドを含むワクチン組成物は、表１に列挙されたものを超える様々な既存のコロナウイルスに対する交差防御を提供することができる可能性がある。ワクチン組成物中に１つ以上の保存されたペプチドを含めることはまた、コロナウイルスゲノムの進化に関連する新興コロナウイルス株に対する防御能力を付与する可能性がある。このようにして、単一のコロナウイルスワクチン組成物を使用して、様々な異なるコロナウイルスに対する防御を付与することができる。これは、コロナウイルス感染症の拡散を制御する費用効果の高い手段を提供する。

【0075】

第３に、本発明者らによって同定された異なるペプチドは、異なるＨＬＡスーパータイプに結合することができる。それぞれが異なるＨＬＡスーパータイプ（又は対応するポリヌクレオチド）に結合することができる複数のペプチドを含めることにより、異なるＨＬＡタイプを有する個体において有効なワクチン組成物が得られる。このようにして、単一のコロナウイルスワクチン組成物を使用して、ヒト集団の大部分に防御を付与することができる。これもまた、コロナウイルス感染症の拡散を制御する費用効果の高い手段を提供する。

【0076】

第４に、本発明のワクチン組成物に含まれるコロナウイルスペプチドは、ナノ粒子、例えば金ナノ粒子に結合する可能性がある。以下により詳細に説明するように、ナノ粒子への結合は、ワクチン組成物中にアジュバントを含める必要性を低減又は排除する。ナノ粒子への結合はまた、ワクチン組成物中にウイルスを含める必要性を低減又は排除する。したがって、本発明のワクチン組成物は、個体への投与時に有害な臨床効果を引き起こす可能性が低い。

【0077】

ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列を含む、請求項１に記載の２つ以上のペプチドを含んでもよい。ペプチドのそれぞれは、上記の「ペプチド」の項で述べた特性のいずれかを有してもよい。例えば、各ペプチドは、配列番号１～３４又はその変異体、並びに場合により、１つ以上のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、１つ以上のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及び／又は１つ以上のＢ細胞エピトープから選択される複数の配列を含んでもよい。一態様では、ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列を含む３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上、２０個以上、２１個以上、２２個以上、２３個以上、２４個以上、２５個以上、２６個以上、２７個以上、２８個以上、２９個以上、３０個以上、３１個以上、３２個以上又は３３個以上のペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、ペプチドの任意の組合せを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、それぞれが配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列を含む３４個のペプチドを含んでもよい。

【0078】

ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる異なるＴ細胞受容体に結合することができる２つ以上のペプチドを含んでもよく、各異なるＴ細胞受容体は、配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列に結合することができる。ペプチドのそれぞれは、上記の「ペプチド」の項で述べた特性のいずれかを有してもよい。例えば、ワクチン組成物に含まれる各ペプチドは、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる複数の異なるＴ細胞受容体に結合することができる可能性がある。ワクチンは、１つ以上のＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープ、１つ以上のＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープ及び／又は１つ以上のＢ細胞エピトープを含んでもよい。一態様では、ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる異なるＴ細胞受容体に結合することができる３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上、１３個以上、１４個以上、１５個以上、１６個以上、１７個以上、１８個以上、１９個以上、２０個以上、２１個以上、２２個以上、２３個以上、２４個以上、２５個以上、２６個以上、２７個以上、２８個以上、２９個以上、３０個以上、３１個以上、３２個以上又は３３個以上のペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、ペプチドの任意の組合せを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる異なるＴ細胞受容体に結合することができる３４個のペプチドを含んでもよい。

【0079】

交差防御
本発明者らによって同定された配列番号１～３４は、複数のコロナウイルスによって発現される。したがって、ワクチン組成物は、２つ以上のコロナウイルス、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス及びＳＡＲＳコロナウイルス２に対する防御免疫応答を誘発する可能性がある。換言すれば、本発明のワクチン組成物は、いくつかの異なるコロナウイルスに対して交差防御性である免疫応答を誘発する可能性がある。異なるコロナウイルスのそれぞれは、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルスであってもよい。コロナウイルスは、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーであってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーであってもよい。

【0080】

別のウイルスからの配列と１００％相同なエピトープを含む組成物によるワクチン接種によって生成された免疫応答は、そのウイルスによるその後の感染から防御することができる。別のウイルスによってコードされる配列と約５０％以上（例えば、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％、９５％、９８％又は９９％）相同なエピトープを含む組成物でのワクチン接種によって生成された免疫応答は、そのウイルスによるその後の感染から防御する可能性がある。場合によっては、防御効果は、エピトープと他のウイルスによってコードされる配列との間の特定の残基の保存に関連する。したがって、本発明のワクチン組成物による免疫化は、他のコロナウイルスなどの表１に記載されていない様々なウイルスに対する防御免疫応答を誘導する可能性がある。

【0081】

したがって、本発明のワクチン組成物は、組み込まれた異種間及び／又は異属間有効性を有する可能性がある、すなわち交差防御ワクチン組成物である可能性がある。したがって、本発明の単一のコロナウイルスワクチン組成物は、様々な異なるコロナウイルスに対する防御を付与するために使用される可能性がある。これは、コロナウイルス感染症の拡散を制御する費用効果の高い手段を提供する。

【0082】

ワクチン組成物中に保存されたペプチドを含めることは、コロナウイルスゲノムの進化に関連する新興コロナウイルス株に対する防御能力を付与する可能性がある。これは、コロナウイルス感染症の長期制御を補助する可能性がある。

【0083】

ＨＬＡスーパータイプとの相互作用
ワクチン組成物は、それぞれが異なるＨＬＡスーパータイプと相互作用する少なくとも２つのペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物に複数のそのようなペプチドを含めることにより、ワクチン組成物は、ワクチン組成物が投与される個体のより大きな割合で免疫応答（ＣＤ８＋Ｔ細胞応答など）を誘発することが可能になる。これは、ワクチン組成物が、ワクチン組成物に含まれるペプチドの１つと相互作用するＨＬＡスーパータイプのすべての個体において免疫応答を誘発することができなければならないからである。各ペプチドは、Ａ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２４０３／Ａ２、Ａ２４０３／Ａ２４、Ａ３９、Ａ３、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３２、Ａ６８、Ａ６９、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ３５、Ｂ３７、Ｂ４４、Ｂ４８、Ｂ５３、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ６２、Ｂ６３、Ｂ７２、Ｂ７５、Ｃｗ１若しくはＣｗ６、又は当技術分野で公知の任意の他のＨＬＡスーパータイプと相互作用する可能性がある。ペプチドの任意の組合せが可能である。

【0084】

ワクチン組成物は、少なくとも２つの異なるＨＬＡスーパータイプと相互作用する少なくとも１つのペプチドを含んでもよい。ここでも、これにより、ワクチン組成物は、ワクチン組成物が投与される個体のより大きな割合で免疫応答（ＣＤ８＋Ｔ細胞応答など）を誘発することが可能になる。ワクチン組成物は、それぞれが少なくとも２つの異なるＨＬＡサブタイプと相互作用する少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個又は少なくとも３０個のペプチドを含んでもよい。各ペプチドは、例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個又は少なくとも１５個の異なるＨＬＡスーパータイプと相互作用する可能性がある。各ペプチドは、任意の組合せで、Ａ２、Ａ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ２３、Ａ２４、Ａ２４０３／Ａ２、Ａ２４０３／Ａ２４、Ａ３９、Ａ３、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３１、Ａ３２、Ａ６８、Ａ６９、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ３５、Ｂ３７、Ｂ４４、Ｂ４８、Ｂ５３、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ６２、Ｂ６３、Ｂ７２、Ｂ７５、Ｃｗ１及びＣｗ６、又は当技術分野で公知の任意の他のＨＬＡスーパータイプの２つ以上と相互作用する可能性がある。

【0085】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ３、Ａ１１及びＡ３１と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号１及び／又は１１を含むペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、配列番号１を含むペプチド及び配列番号１１を含むペプチドを含んでもよい。

【0086】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ７及びＢ３５と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２を含むペプチドを含んでもよい。

【0087】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ７２、Ａ２及びＡ２０３／Ａ２と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号３を含むペプチドを含んでもよい。

【0088】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ７２、Ｂ６２及びＢ７５と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号４及び／又は１５を含むペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、配列番号４を含むペプチド及び配列番号１５を含むペプチドを含んでもよい。

【0089】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ６８、Ａ１１及びＡ３１と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号５及び／又は１１を含むペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、配列番号５を含むペプチド及び配列番号１１を含むペプチドを含んでもよい。

【0090】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ２０３／Ａ２及びＡ２と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号３、８、１３、１４、２１、２４及び／又は２６を含むペプチドを含んでもよい。ワクチン組成物は、例えば、配列番号３を含むペプチド、配列番号８を含むペプチド、配列番号１３を含むペプチド、配列番号１４を含むペプチド、配列番号２１を含むペプチド、配列番号２４を含むペプチド及び配列番号２６を含むペプチドを含んでもよい。

【0091】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ２４０３／Ａ２及びＡ２３と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号１０を含むペプチドを含んでもよい。

【0092】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３、Ａ６８及びＡ３１と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号１１を含むペプチドを含んでもよい。

【0093】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ１１、Ａ３０、Ａ３及びＡ６８と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号１２を含むペプチドを含んでもよい。

【0094】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ６０、Ｂ４８及びＢ４４と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号１７を含むペプチドを含んでもよい。

【0095】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ６８、Ｂ６３及びＡ２０３／Ａ２と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２２を含むペプチドを含んでもよい。

【0096】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ２、Ａ２０３／Ａ２、Ａ６９及びＡ３２と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２４又は配列番号３１を含むペプチドを含んでもよい。

【0097】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ２、Ａ２０３／Ａ２及びＡ６８と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２６を含むペプチドを含んでもよい。

【0098】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ３５、Ｂ５３、Ａ２９と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２７を含むペプチドを含んでもよい。

【0099】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｂ３７、Ｂ６０、Ｂ６１、Ｂ４４及びＢ４８と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号２９を含むペプチドを含んでもよい。

【0100】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ｃｗ６及びＣｗ１と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号３０を含むペプチドを含んでもよい。

【0101】

好ましくは、ワクチン組成物は、Ａ３０、Ｂ７、Ｂ８、Ｂ６２及びＢ７２と相互作用するペプチドを含む。この場合、ワクチン組成物は、例えば、配列番号３４を含むペプチドを含んでもよい。

【0102】

ナノ粒子
ペプチド又は１つ以上のペプチドは、例えば本発明のワクチン組成物中のナノ粒子に結合していてもよい。ワクチン組成物にさらに含まれる任意の他のペプチドもまた、ナノ粒子に結合していてもよい。ナノ粒子、例えば金ナノ粒子への結合は有益である。

【0103】

上記のように、ナノ粒子（金ナノ粒子など）へのペプチドの結合は、ワクチン組成物中にウイルス又はアジュバントを含める必要性を低減又は排除する。ナノ粒子は、ペプチドに対する免疫応答を効果的に誘導するのに役立つ免疫「危険シグナル」を含有する可能性がある。ナノ粒子は、堅牢な免疫応答に必要な樹状細胞（ＤＣ）の活性化及び成熟を誘導する可能性がある。ナノ粒子は、抗原提示細胞などの細胞によるナノ粒子、したがってペプチドの取込みを改善する非自己成分を含有する可能性がある。したがって、ナノ粒子へのペプチドの結合は、抗原提示細胞がウイルス特異的Ｔ細胞及び／又はＢ細胞を刺激する能力を高める可能性がある。ナノ粒子への結合はまた、皮下、皮内、経皮及び経口／口腔経路を介したワクチン組成物の送達を促進し、投与の柔軟性を提供する。

【0104】

ナノ粒子は、リガンドを固定するための基質として使用することができる１～１００ナノメートル（ｎｍ）のサイズの粒子である。本発明のワクチン組成物において、ナノ粒子は、１～１００、２０～９０、３０～８０、４０～７０又は５０～６０ｎｍの平均直径又は平均コア直径を有してもよい。好ましくは、ナノ粒子は、５～４０ｎｍ、例えば１０～３０ｎｍ又は２０～３２ｎｍの平均直径又は平均コア直径を有する。好ましくは、ナノ粒子は、５ｎｍの平均直径又は平均コア直径を有する。５～４０ｎｍの平均直径又は平均コア直径は、ナノ粒子のサイトゾルへの取込みを促進する。平均直径又は平均コア直径は、透過型電子顕微鏡などの当技術分野で周知の技術を用いて測定することができる。

【0105】

本発明のペプチドなどの抗原の送達に好適なナノ粒子は、当技術分野で公知である。そのようなナノ粒子の製造方法も公知である。

【0106】

ナノ粒子は、例えば、ポリマーナノ粒子、無機ナノ粒子、リポソーム、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）又は自己集合性タンパク質であってもよい。ナノ粒子は、リン酸カルシウムナノ粒子、ケイ素ナノ粒子又は金ナノ粒子であることが好ましい。

【0107】

ナノ粒子は、ポリマーナノ粒子であってもよい。ポリマーナノ粒子は、ポリ（ｄ，ｌ－ラクチド－コ－グリコリド）（ＰＬＧ）、ポリ（ｄ，ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）、ポリ（ｇ－グルタミン酸）（ｇ－ＰＧＡ）ｍポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）又はポリスチレンなどの１つ以上の合成ポリマーを含んでもよい。ポリマーナノ粒子は、多糖、例えばプルラン、アルギナート、イヌリン及びキトサンなどの１つ以上の天然ポリマーを含んでもよい。ポリマーナノ粒子の使用は、ナノ粒子に含まれてもよいポリマーの特性のために有利である可能性がある。例えば、上記の天然及び合成ポリマーは、良好な生体適合性及び生分解性、非毒性の性質並びに／又は所望の形状及びサイズに操作される能力を有する可能性がある。ポリマーナノ粒子は、ヒドロゲルナノ粒子を形成する可能性がある。ヒドロゲルナノ粒子は、ナノサイズの親水性三次元ポリマーネットワークの一種である。ヒドロゲルナノ粒子は、柔軟なメッシュサイズ、多価コンジュゲーションのための大きな表面積、高い含水量、及び抗原に対する高い負荷容量を含む好ましい特性を有する。ポリ（Ｌ－乳酸）（ＰＬＡ）、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ及び多糖類などのポリマーは、ヒドロゲルナノ粒子を形成するのに特に好適である。

【0108】

ナノ粒子は、無機ナノ粒子であってもよい。典型的には、無機ナノ粒子は剛性構造を有し、非生分解性である。しかしながら、無機ナノ粒子は生分解性であってもよい。無機ナノ粒子は、抗原が封入されてもよいシェルを含んでもよい。無機ナノ粒子は、抗原が共有結合していてもよいコアを含んでもよい。コアは、金属を含んでもよい。例えば、コアは、金（Ａｕ）、銀（Ａｇ）又は銅（Ｃｕ）原子を含んでもよい。コアは、２種類以上の原子から形成されていてもよい。例えば、コアは、Ａｕ／Ａｇ、Ａｕ／Ｃｕ、Ａｕ／Ａｇ／Ｃｕ、Ａｕ／Ｐｔ、Ａｕ／Ｐｄ又はＡｕ／Ａｇ／Ｃｕ／Ｐｄの合金などの合金を含んでもよい。コアは、リン酸カルシウム（ＣａＰＯ_４）を含んでもよい。コアは、半導体材料、例えばセレン化カドミウムを含んでもよい。

【0109】

他の例示的な無機ナノ粒子としては、カーボンナノ粒子及びシリカ系ナノ粒子が挙げられる。カーボンナノ粒子は良好な生体適合性を有し、ナノチューブ及びメソポーラス球に合成することができる。シリカ系ナノ粒子（ＳｉＮＰ）は生体適合性であり、それらの治療用途に適合するように調整可能な構造パラメータを用いて調製することができる。

【0110】

ナノ粒子は、元素状ケイ素ナノ粒子などのケイ素ナノ粒子であってもよい。ナノ粒子は、メソポーラスであってもよく、又はハニカム細孔構造を有していてもよい。好ましくは、ナノ粒子は、ハニカム細孔構造を有する元素状ケイ素粒子である。そのようなナノ粒子は当技術分野で公知であり、ほぼ任意の負荷、投与経路、標的又は放出プロファイルに調整することができる調整可能で制御された薬物負荷、ターゲティング及び放出を提供する。例えば、そのようなナノ粒子は、それらの負荷のバイオアベイラビリティを増加させ、かつ／又は経口投与された活性物質の腸透過性及び吸収を改善する可能性がある。ナノ粒子は、それらの多孔質構造及び大きな表面積のために、非常に高い負荷容量を有する可能性がある。ナノ粒子は、それらの物理的特性に応じて、数日間、数週間又は数ヶ月にわたってそれらの負荷を放出する可能性がある。ケイ素は人体の天然に存在する元素であるため、ナノ粒子は免疫系からの応答を誘発しない場合がある。これは、ナノ粒子のインビボ安全性に有利である。

【0111】

上記のＳｉＮＰのいずれも、生分解性又は非生分解性であってもよい。生分解性ＳｉＮＰは、ケイ素の生物学的に利用可能な形態であるオルトケイ酸（ｏｒｔｈｏｓｉｌｉｃ ａｃｉｄ）に溶解する可能性がある。オルトケイ酸（ｏｒｔｈｏｓｉｌｉｃ ａｃｉｄ）は、骨、結合組織、毛髪及び皮膚の健康に有益であることが示されている。

【0112】

ナノ粒子は、リポソームであってもよい。リポソームは、典型的には、生分解性の非毒性リン脂質から形成され、水性コアを有する自己集合性リン脂質二重層シェルを含む。リポソームは、単一のリン脂質二重層を含む単層ベシクル、又は水の層によって分離されたいくつかの同心リン脂質シェルを含む多層ベシクルであってもよい。結果として、リポソームは、親水性分子を水性コア内に又は疎水性分子をリン脂質二重層内に組み込むように調整することができる。リポソームは、送達のためにコア内に抗原を封入してもよい。リポソームは、ウイルスエンベロープ糖タンパク質をシェルに組み込んで、ビロソームを形成してもよい。いくつかのリポソーム系製品が当技術分野で確立されており、ヒトでの使用が承認されている。

【0113】

ナノ粒子は、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）であってもよい。ＩＳＣＯＭは、典型的にはコロイド状サポニン含有ミセルから形成されるケージ様粒子である。ＩＳＣＯＭは、コレステロール、リン脂質（ホスファチジルエタノールアミン又はホスファチジルコリンなど）及びサポニン（Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａの木由来のＱｕｉｌ Ａなど）を含んでもよい。ＩＳＣＯＭは、従来、単純ヘルペスウイルス１型、Ｂ型肝炎又はインフルエンザウイルス由来のエンベロープタンパク質などのウイルスエンベロープタンパク質を捕捉するために使用されてきた。

【0114】

ナノ粒子は、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）であってもよい。ＶＬＰは、生体適合性カプシドタンパク質の自己集合によって形成される感染性核酸を欠く自己集合性ナノ粒子である。ＶＬＰは、典型的には、直径が約２０～約１５０ｎｍ、例えば約２０～約４０ｎｍ、約３０～約１４０ｎｍ、約４０～約１３０ｎｍ、約５０～約１２０ｎｍ、約６０～約１１０ｎｍ、約７０～約１００ｎｍ又は約８０～約９０ｎｍである。ＶＬＰは、免疫系との相互作用のために天然に最適化された進化したウイルス構造の力を有利に利用する。天然に最適化されたナノ粒子サイズ及び反復構造秩序は、ＶＬＰがアジュバントの非存在下でさえ強力な免疫応答を誘導することを意味する。

【0115】

ナノ粒子は、自己集合性タンパク質であってもよい。例えば、ナノ粒子はフェリチンを含んでもよい。フェリチンは、自己集合してほぼ球形の１０ｎｍ構造になり得るタンパク質である。ナノ粒子は、主要ヴォールトタンパク質（ＭＶＰ）を含んでもよい。９６単位のＭＶＰは、幅約４０ｎｍ及び長さ７０ｎｍのサイズを有する樽形状のヴォールトナノ粒子に自己集合することができる。

【0116】

ナノ粒子は、リン酸カルシウム（ＣａＰＯ_４）ナノ粒子であってもよい。ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、１つ以上（例えば、２つ以上、１０個以上、２０個以上、５０個以上、１００個以上、２００個以上又は５００個以上）のＣａＰＯ_４分子を含むコアを含んでもよい。ＣａＰＯ_４ナノ粒子及びそれらの製造方法は当技術分野で公知である。例えば、ＣＡＰナノ粒子の安定なナノ懸濁液は、カルシウム及びリン酸塩の無機塩溶液を一定の混合下で所定の比で混合することによって生成されてもよい。

【0117】

ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、約８０～約１００ｎｍ、例えば約８２～約９８ｎｍ、約８４～約９６ｎｍ、約８６～約９４ｎｍ又は約８８～約９２ｎｍの平均粒径を有してもよい。この粒径は、他のより大きな粒径よりも、免疫細胞取込み及び免疫応答に関してより良好な性能をもたらす可能性がある。例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１２ヶ月、１８ヶ月、２４ヶ月、３６ヶ月又は４８ヶ月の期間にわたって測定した場合、粒径は安定である（すなわち、有意な変化を示さない）可能性がある。

【0118】

ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、粒子合成中にナノ粒子の表面に吸着されたか、又はＣａＰＯ_４と共沈殿した１つ又は複数の抗原と共製剤化することができる。例えば、本発明のペプチドなどのペプチドは、ペプチドをＤＭＳＯ（例えば、約１０ｍｇ／ｍｌの濃度）に溶解し、Ｎ－アセチル－グルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）（例えば、０．０９３ｍｏｌ／Ｌ及び超純水と共にＣａＰＯ_４ナノ粒子の懸濁液に加え、室温で約４時間（例えば、１時間、２時間、３時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間又は１０時間）混合することによって、ＣａＰＯ_４ナノ粒子に結合させてもよい。

【0119】

ワクチン組成物は、約０．１５～約０．８％、例えば０．２～約０．７５％、０．２５～約０．７％、０．３～約０．６％、０．３５～約０．６５％、０．４～約０．６％又は０．４５～約０．５５％のＣａＰＯ_４ナノ粒子を含んでもよい。好ましくは、ワクチン組成物は、約０．３％のＣａＰＯ_４ナノ粒子を含む。

【0120】

ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、骨及び歯などのヒト硬組織との化学的類似性のために高度の生体適合性を有する。したがって、有利には、ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、治療用途に使用される場合、非毒性である。ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、筋肉内、皮下、経口又は吸入経路を介した投与に安全である。ＣａＰＯ_４ナノ粒子はまた、商業的に合成することが簡単である。さらに、ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、抗原の徐放に関連する可能性があり、これは、ナノ粒子に結合したペプチドに対する免疫応答の誘導を増強する可能性がある。ＣａＰＯ_４ナノ粒子は、アジュバントとしても薬物送達ビヒクルとしても使用されてもよい。

【0121】

ナノ粒子は、金ナノ粒子であってもよい。金ナノ粒子は当技術分野で公知であり、特に国際公開第２００２／３２４０４号パンフレット、国際公開第２００６／０３７９７９号パンフレット、国際公開第２００７／１２２３８８号パンフレット、国際公開第２００７／０１５１０５号パンフレット及び国際公開第２０１３／０３４７２６号パンフレットに記載されている。各ペプチドに結合した金ナノ粒子は、国際公開第２００２／３２４０４号パンフレット、国際公開第２００６／０３７９７９号パンフレット、国際公開第２００７／１２２３８８号パンフレット、国際公開第２００７／０１５１０５号パンフレット及び国際公開第２０１３／０３４７２６号パンフレットのいずれかに記載の金ナノ粒子であってもよい。

【0122】

金ナノ粒子は、金（Ａｕ）原子を含むコアを含む。コアは、１つ以上のＦｅ、Ｃｕ又はＧｄ原子をさらに含んでもよい。コアは、Ａｕ／Ｆｅ、Ａｕ／Ｃｕ、Ａｕ／Ｇｄ、Ａｕ／Ｆｅ／Ｃｕ、Ａｕ／Ｆｅ／Ｇｄ又はＡｕ／Ｆｅ／Ｃｕ／Ｇｄなどの金合金から形成されてもよい。コア中の原子の総数は、１００～５００個の原子、例えば１５０～４５０個、２００～４００個又は２５０～３５０個の原子であってもよい。金ナノ粒子は、１～１００、２０～９０、３０～８０、４０～７０又は５０～６０ｎｍの平均直径を有してもよい。好ましくは、金ナノ粒子は、２０～４０ｎｍの平均直径を有する。

【0123】

ナノ粒子は、α－ガラクトース及び／又はβ－ＧｌｃＮＡｃでコーティングされた表面を含んでもよい。例えば、ナノ粒子は、α－ガラクトース及び／又はβ－ＧｌｃＮＡｃで不動態化された表面を含んでもよい。この場合、ナノ粒子は、例えば、金属及び／又は半導体原子を含むコアを含むナノ粒子であってもよい。例えば、ナノ粒子は金ナノ粒子であってもよい。β－ＧｌｃＮＡｃは、抗原提示細胞を活性化することができる細菌病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰ）である。このようにして、β－ＧｌｃＮＡｃでコーティング又は不動態化された表面を含むナノ粒子は、免疫応答を非特異的に刺激する可能性がある。したがって、配列番号１～２３に示されるＣＤ８＋Ｔ細胞エピトープの１つ以上又はその変異体を含むフラビウイルスペプチドのそのようなナノ粒子への結合は、本発明のワクチン組成物の個体への投与によって誘発される免疫応答を改善する可能性がある。

【0124】

ペプチド以外の１つ以上のリガンドがナノ粒子に連結されていてもよく、これは上記のいずれのタイプのナノ粒子であってもよい。リガンドは、コアの表面を部分的又は完全に覆う可能性がある「コロナ」、層又はコーティングを形成する可能性がある。コロナは、ナノ粒子コアを取り囲むか又は部分的に取り囲む有機層であると考えられる可能性がある。コロナは、ナノ粒子のコアの不動態化をもたらすか、又はそれに関与する可能性がある。したがって、特定の場合には、コロナは、コアを安定化させるのに十分に完全なコーティング層であってもよい。コロナは、本発明のナノ粒子の水溶性などの溶解性を促進する可能性がある。

【0125】

ナノ粒子は、少なくとも１０個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個又は少なくとも５０個のリガンドを含んでもよい。リガンドは、１つ以上のペプチド、タンパク質ドメイン、核酸分子、脂質基、炭水化物基、アニオン性基、又はカチオン性基、糖脂質及び／又は糖タンパク質を含んでもよい。炭水化物基は、多糖、オリゴ糖又は単糖基（例えば、グルコース）であってもよい。リガンドの１つ以上は非自己成分であってもよく、これにより、病原性成分との類似性のためにナノ粒子が抗原提示細胞によって取り込まれる可能性が高くなる。例えば、１つ以上のリガンドは、炭水化物部分（細菌炭水化物部分など）、界面活性剤部分及び／又はグルタチオン部分を含んでもよい。例示的なリガンドとしては、チオール化グルコース、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、グルタチオン、２’－チオエチル－β－Ｄ－グルコピラノシド及び２’－チオエチル－Ｄ－グルコピラノシドが挙げられる。好ましいリガンドとしては、糖ナノ粒子を形成する複合糖質が挙げられる。

【0126】

コアへのリガンドの連結は、リンカーによって促進される可能性がある。リンカーは、チオール基、アルキル基、グリコール基又はペプチド基を含んでもよい。例えば、リンカーは、Ｃ２～Ｃ１５アルキル及び／又はＣ２～Ｃ１５グリコールを含んでもよい。リンカーは、コアに共有結合することができる硫黄含有基、アミノ含有基、リン酸塩含有基又は酸素含有基を含んでもよい。あるいは、リガンドは、例えば、リガンドに含まれる硫黄含有基、アミノ含有基、リン酸塩含有基又は酸素含有基を介してコアに直接連結されていてもよい。

【0127】

ナノ粒子への結合
ペプチドは、そのＮ末端においてナノ粒子に結合していてもよい。典型的には、ペプチドはナノ粒子のコアに結合しているが、コロナ又はリガンドへの結合も可能である場合がある。

【0128】

ペプチドは、例えば、ペプチド中の硫黄含有基、アミノ含有基、リン酸塩含有基又は酸素含有基中の原子とナノ粒子又はそのコア中の原子との共有結合によって、ナノ粒子に直接結合していてもよい。

【0129】

リンカーを使用して、ペプチドをナノ粒子に連結してもよい。リンカーは、コア中の原子に共有結合することができる硫黄含有基、アミノ含有基、リン酸塩含有基又は酸素含有基を含んでもよい。例えば、リンカーは、チオール基、アルキル基、グリコール基又はペプチド基を含んでもよい。

【0130】

リンカーは、ペプチド部分及び非ペプチド部分を含んでもよい。ペプチド部分は、配列Ｘ_１Ｘ_２Ｚ_１を含んでもよく、Ｘ_１は、Ａ及びＧから選択されるアミノ酸であり、Ｘ_２は、Ａ及びＧから選択されるアミノ酸であり、Ｚ_１は、Ｙ及びＦから選択されるアミノ酸である。ペプチド部分は、配列ＡＡＹ又はＦＬＡＡＹ（配列番号４４）を含んでもよい。リンカーのペプチド部分は、ペプチドのＮ末端に連結されていてもよい。リンカーの非ペプチド部分は、Ｃ２～Ｃ１５アルキル及び／又はＣ２～Ｃ１５グリコール、例えばチオエチル基又はチオプロピル基を含んでもよい。

【0131】

リンカーは、（ｉ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_２－ＣＯＮＨ－ＡＡＹ、（ｉｉ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_２－ＣＯＮＨ－ＬＡＡＹ（配列番号４３）、（ｉｉｉ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_３－ＣＯＮＨ－ＡＡＹ、（ｉｖ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_３－ＣＯＮＨ－ＦＬＡＡＹ（配列番号４４）、（ｖ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_１０－（ＣＨ_２ＯＣＨ_２）_７－ＣＯＮＨ－ＡＡＹ、及び（ｖｉ）ＨＳ－（ＣＨ_２）_１０－（ＣＨ_２ＯＣＨ_２）_７－ＣＯＮＨ－ＦＬＡＡＹ（配列番号４４）であってもよい。この場合、リンカーの非ペプチド部分のチオール基は、リンカーをコアに連結する。

【0132】

ペプチドをナノ粒子に結合させるための他の好適なリンカーは当技術分野で公知であり、当業者によって容易に同定及び実施される可能性がある。

【0133】

ワクチン組成物が２つ以上のペプチドを含む場合、２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０個以上又は２０個以上）のペプチドが同じナノ粒子に結合していてもよい。２つ以上（例えば、３つ以上、４つ以上、５つ以上、１０個以上又は２０個以上）のペプチドは、それぞれ異なるナノ粒子に結合していてもよい。しかし、ペプチドが結合しているナノ粒子は、同じタイプのナノ粒子であってもよい。例えば、各ペプチドは、金ナノ粒子に結合していてもよい。各ペプチドは、ＣａＰＯ_４ナノ粒子に結合していてもよい。ペプチドが結合しているナノ粒子は、異なるタイプのナノ粒子であってもよい。例えば、１つのペプチドが金ナノ粒子に結合していてもよく、別のペプチドがＣａＰＯ_４ナノ粒子に結合していてもよい。

【0134】

ポリヌクレオチドワクチン
本発明は、請求項１に記載のペプチド、又は配列番号１～３４のいずれか１つ若しくはその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むワクチン組成物を提供する。

【0135】

ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列を含む、本発明の２つ以上のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含んでもよい。

【0136】

ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる異なるＴ細胞受容体に結合することができる２つ以上のペプチドをコードするポリヌクレオチドを含んでもよく、各異なるＴ細胞受容体は、配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列に結合することができる。

【0137】

ワクチン組成物は、それぞれが本発明のペプチドをコードする２つ以上のポリヌクレオチドを含んでもよく、各ペプチドは、配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列を含む。

【0138】

ワクチン組成物は、それぞれが配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができるＴ細胞受容体に結合することができるペプチドをコードする２つ以上のポリヌクレオチドを含んでもよく、各ペプチドは、配列番号１～３４のいずれか１つ又はその変異体を含むペプチドに結合することができる異なるＴ細胞受容体に結合することができ、各異なるＴ細胞受容体は、配列番号１～３４又はその変異体から選択される異なる配列に結合することができる。

【0139】

ポリヌクレオチドはＤＮＡであってもよい。ポリヌクレオチドはＲＮＡであってもよい。例えば、ポリヌクレオチドはｍＲＮＡであってもよい。

【0140】

医薬品、治療方法及び治療的使用
本発明は、コロナウイルス感染症を予防又は治療する方法であって、コロナウイルスに感染している、又は感染するリスクがある個体に、本発明のワクチン組成物を投与することを含む方法を提供する。本発明はまた、個体におけるコロナウイルス感染症を予防又は治療する方法に使用するための本発明のワクチン組成物を提供する。

【0141】

コロナウイルス感染症は、例えば、ヒトの流行又はパンデミックに関与するコロナウイルス感染症であってもよい。コロナウイルス感染症は、例えば、人獣共通感染症由来のコロナウイルス感染症であってもよい。コロナウイルス感染症は、例えば、ベータコロナウイルス（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）属のメンバーによる感染症であってもよい。コロナウイルスは、例えば、サルベコロナウイルス（Ｓａｒｂｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）亜属のメンバーによる感染症であってもよい。コロナウイルス感染症は、例えば、ＳＡＲＳコロナウイルス感染症又はＳＡＲＳコロナウイルス２感染症であってもよい。

【0142】

ワクチン組成物は、医薬組成物として提供されてもよい。医薬組成物は、好ましくは薬学的に許容される担体又は希釈剤を含む。医薬組成物は、任意の好適な方法を用いて製剤化されてもよい。標準的な薬学的に許容され得る担体及び／又は賦形剤を用いた細胞の製剤化は、薬学分野における日常的な方法を用いて行われてもよい。製剤化の正確な性質は、投与される細胞及び所望の投与経路を含むいくつかの因子に依存する。好適な種類の製剤化は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｅｒｎ Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ，ＵＳＡに完全に記載されている。

【0143】

ワクチン組成物又は医薬組成物は、任意の経路によって投与されてもよい。好適な経路には、静脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、皮内、経皮及び経口／口腔経路が含まれるが、これらに限定されない。

【0144】

組成物は、生理学的に許容される担体又は希釈剤と共に調製されてもよい。典型的には、そのような組成物は、ペプチド及び／又はペプチド連結ナノ粒子の液体懸濁液として調製される。ペプチド及び／又はペプチド連結ナノ粒子は、薬学的に許容され、有効成分と適合性である賦形剤と混合されてもよい。好適な賦形剤は、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロールなど及びそれらの組合せである。

【0145】

さらに、所望であれば、医薬組成物は、湿潤剤若しくは乳化剤及び／又はｐＨ緩衝剤などの少量の補助物質を含有してもよい。

【0146】

ペプチド又はペプチド連結ナノ粒子は、投与製剤と適合する様式で投与され、そのような量で治療上有効である。投与される量は、治療される対象、治療される疾患、及び対象の免疫系の能力に依存する。投与が必要とされるナノ粒子の正確な量は、医師の判断に依存してもよく、各対象に特有であってもよい。

【0147】

任意の好適な数のペプチド又はペプチド連結ナノ粒子を対象に投与してもよい。例えば、患者１ｋｇ当たり少なくとも又は約０．２×１０^６、０．２５×１０^６、０．５×１０^６、１．５×１０^６、４．０×１０^６又は５．０×１０^６のペプチド又はペプチド連結ナノ粒子を投与してもよい。例えば、少なくとも又は約１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９個のペプチド又はペプチド連結ナノ粒子を投与してもよい。目安として、投与されるペプチド又はペプチド連結ナノ粒子の数は、１０^５～１０^９、好ましくは１０^６～１０^８であってもよい。

【0148】

実施例１
序論
以下に説明するように、コロナウイルスペプチドを金ナノ粒子に結合させた。

【0149】

表４に示すように、８つのペプチド：Ｐ７７、Ｐ８１、Ｐ８３、Ｐ８６、Ｐ９２、Ｐ９６、Ｐ９９及びＰ１００を選択した。

【表4】

【0150】

この実験の目的は、４ｍｇのＡｕスケールでの試験ＧＮＰ ＥＭ００９－０６２－０１に基づいて、毒性試験のための１００ｍｇのＡｕスケールバッチを作製することであった。全ペプチド負荷は、リガンド交換のためにＮＰ当たり５当量（１００Ａｕ原子／ＮＰとして推定）から開始した。

【0151】

方法

【表5】

【0152】

計算
表５は、８つのペプチドのＤＭＳＯ溶液調製に関する。表５は、９０％のペプチド含有量／純度を仮定して、１ｍＭストックを生成するために添加したＤＭＳＯの重み付けした量及び体積を列挙している。ペプチドの定量は問題があり、これらのペプチドについてはペプチド純度が引用されているが、「ペプチド含有量」が与えられておらず、これらは時々５０％ほどの低さであり得るので、本発明者らは推定値として９０％を使用し、その後試験室内ＨＰＬＣ定量を行った。

【表6】

【0153】

１ｍＬのベースＧＮＰの重量は１．００３ｇであるので、１００ｍｇのＡｕ＝１．００３＊（１００／３．１９３）＝３１．４ｇであり、正確さのためにベース粒子を重み付けした。得られた実際の体積は、以下の計算に基づいている。１００ｍｇのＡｕ＝５０５μモルのＡｕ＝５倍過剰のペプチド／ＮＰで５．０５μモルのＮＰ＝２５．２５μモルの総ペプチド、しかし８つのペプチドであるため、＝３．１６μモルの各ペプチド。

【0154】

ペプチドを秤量し、層流フード（ＬＡＦ）に溶解し、新たに密封したＤＭＳＯのボトルを可溶化に使用した。上記のペプチドストックをＨＰＬＣによってアッセイした。一例として、Ｐ７７について、本発明者らは、予想される７０ＡＵＣ（２７８ｎｍでのＴｙｒ又はＴｒｙｐ残基の吸光度によって定義される）の代わりに５０．１の面積を得た。１ｍＭである代わりに、ペプチドは０．７１６ｍＭであると決定されたので、３．１６μモルのＰ７７を得るためには、以下の表に示すように４．４３ｍｌが必要となると思われた。いくつかのペプチドストックは、ジスルフィドペプチドを有していた。チオールペプチド領域のみを定量したので、これらは無視した。

【0155】

リガンド交換のために採取した８つのペプチドのＤＭＳＯ溶液の実際の体積を以下の表６に示す。

【表7】

【0156】

手順
３１．４ｇのＣｈｅｍＣｏｎベースＧＮＰを５０ｍＬ滅菌ファルコンチューブに秤量した。８つすべてのペプチドＤＭＳＯ溶液を２５０ｍＬガラス丸底フラスコ中で一緒に添加した。次いで、ＣｈｅｍＣｏｎ ＴｏｘベースＧＮＰを添加し、短時間混合し、容器を窒素フラッシュし、密封した。このリガンド交換溶液混合物を水浴中で３００ｒｐｍ、３０℃で３時間撹拌し続けた。

【0157】

３時間後、暗褐色のＧＮＰ溶液を１５ｍＬの１０ｋＤａ Ａｍｉｃｏｎ Ｔｕｂｅｓ（×８）で濃縮し、次いで滅菌「注射用水」で洗浄し、すべての添加をＬＡＦ中で行った（×５、遠心分離機当たり４０００Ｇで８分間、ＤＭＳＯをＡｍｉｃｏｎデバイスにおいて１５％未満に保った）。ＧＮＰ溶液をＡｍｉｃｏｎチューブから１２本の１．５ｍＬエッペンドルフチューブに回収し、次いでこれを１７Ｇで２分間遠心分離してすべての凝集体を除去した。各エッペンドルフチューブからの上清を合わせ、２つの０．２μｍ滅菌Ｎａｌｇｅｎｅシリンジフィルタ（フィルタ当たり約５ｍＬのＧＮＰ溶液）を通して濾過した。最終滅菌ＧＮＰ溶液（ＥＭ００９－０６４－０１）は１０ｍＬであり、次いでこれを４℃に保った。２００μＬのこの最終ＧＮＰ溶液を除去し、分析のために別々に保持した。

【0158】

Ａｍｉｃｏｎチューブ膜上にいくらかのＧＮＰ材料があることに気づいており、１７ｋＧで２分間の最終的なハードスピン後、各エッペンドルフチューブの底部にペレットが認められた。後の検討は、これらの沈殿したＧＮＰを０．２Ｍ炭酸緩衝液（ＣＢ ｐＨ１０．２２）に再懸濁できることを示した。Ａｍｉｃｏｎ及びエッペンドルフチューブから沈殿したすべてのＧＮＰを０．２Ｍ炭酸緩衝液（ｐＨ１０．２２）に再懸濁し、前日から同じ８本のＡｍｉｃｏｎチューブ上で濃縮し、次いで０．２Ｍ ＣＢでもう一度洗浄し、続いて水で洗浄した（×５、遠心分離機当たり４０００Ｇで８分間）。ＡｍｉｃｏｎチューブではＧＮＰはほとんど観察されなかった。１７ｋＧで２分間遠心分離した後（沈殿は観察されなかった）、このＧＮＰ溶液（ＥＭ００９－０６４－０２）は２．７ｍＬであり、さらなる分析のために４℃に保った。以下では、主要な滅菌調製物のＡｕ収率が６２．６％であり、２４．９％が不溶性凝集体として失われたことが分かる。凝集した材料を可溶化し、収率を大幅に増加させるために、水洗浄前の０．２Ｍ炭酸緩衝液（ｐＨ１０．２２）洗浄を使用することができる。

【0159】

ＥＭ００９－０６４－０１：大きな毒性バッチ由来の上清ＧＮＰ溶液。
ＥＭ００９－０６４－０２：主要な毒性バッチ由来の０．２Ｍ ＣＢ（ｐＨ１０．２２）で処理した後の沈殿したＧＮＰ。
ＥＭ００９－０６４－０３：ＥＭ００９０－６４－０１（５０μＬ）と０２（１３．５２μＬ）の試験混合物。

【0160】

分析
金アッセイ
金アッセイの結果を表７に示す。

【表8】

【0161】

吸光度スペクトル
ＣｈｅｎｃｏｎＴｏｘベースＧＮＰ、ＥＭ００９－０６４－０１、ＥＭ００９－０６４－０２及びＥＭ００９－０６４－０３の吸光度スペクトルを図１に示す。
ＣｈｅｍＣｏｎ ＴｏｘベースＧＮＰ、ＥＭ００９－０６４－０１、０２及び０３のバッチでは、５２０ｎｍのプラズモンバンドは見られなかった。

【0162】

ＤＬＳ
ＤＬＳの結果を図２に示し、以下に要約する。
ＣｈｅｍＣｏｎＴｏｘベースＧＮＰの場合、サイズ＝３．７７ｎｍ（ｎ＝３）、ＳＤ＝±１．２２ｎｍ。ＥＭ００９－０６４－０１の場合、サイズ＝６．０８ｎｍ（ｎ＝３）、ＳＤ＝±２．６２ｎｍ。ＥＭ００９－０６４－０２の場合、サイズ＝４．７７ｎｍ（ｎ＝３）、ＳＤ＝±１．２１ｎｍ。ＥＭ００９－０６４－０３の場合、サイズ＝４．７５ｎｍ（ｎ＝３）、ＳＤ＝±１．０５ｎｍ。

【0163】

ナノ粒子４００ｎｍのＨＰＬＣ
この方法を図３に要約する。試料調製を以下の表８に示す。

【表9】

【0164】

各バッチについて、１６μｇのＡｕを４０μＬの水中に入れた。ＨＰＬＣで、１０μＬのこのＧＮＰ溶液をカラムに注入し、各バッチの注入当たり４μｇのＡｕを得た。

【0165】

ＨＰＬＣ結果は、３つすべての試料が優れたペプチド取込み（＞９６％）を有することを示した。ＥＭ００９－０６４－０１ いずれのペプチドも含まないＧＮＰは３．４％である。ＥＭ００９－０６４－０２ いずれのペプチドも含まないＧＮＰは０％である。ＥＭ００９－０６４－０３：いずれのペプチドも含まないＧＮＰは２．２％である。

【0166】

ＬＣ－ＭＳペプチド定量
試料調製を以下の表９に示す。

【表10】

【0167】

各バッチについて、２５μｇのＡｕを０．１Ｍ ＴＣＥＰと共に４０℃で４時間インキュベートし、次いでＤＭＳＯで１００μＬまで補充した。ＬＣ－ＭＳで、３２μＬのこのＧＮＰ溶液をカラムに注入し、各バッチの注入当たり８μｇのＡｕを得た。

【0168】

結果を図４に示す。

【0169】

３つすべてのバッチからの個々のペプチド負荷を表１０に示す。

【表11】

【0170】

結論
両方のバッチの粒径は良好である。しかしながら、ＥＭ００９－０６４－０１バッチ（上清ＧＮＰ溶液）は、ＥＭ００９－０６４－０２（ＣＢで処理した沈殿ＧＮＰ）よりわずかに大きいサイズを有する。５２０ｎｍのプラズモンバンドは、３つのバッチのいずれにおいても観察されなかった。

【0171】

全ＧＮＰ生成物のＨＰＬＣは、ペプチドを全く含まない最小ＧＮＰ＜４％を示した。ＥＭ００９－０６４－０２ＨＰＬＣクロマトグラムからの大きな単一ピークは、このバッチが疎水性ペプチド（Ｐ９２及び／又はＰ１００）のより高い負荷を有することを示す。おそらくそれが、このバッチがＡｍｉｃｏｎ洗浄中に水溶液から沈殿した理由である。

【0172】

ＥＭ００９－０６４－０１：合計８ペプチド負荷は４．２当量である（５当量から開始）。ＬＣ－ＭＳは、Ｐ８１及びＰ７７がわずかに高い負荷を有するのに対して、Ｐ８６及びＰ８３は予想よりもわずかに低い負荷を有することを示した。

【0173】

ＥＭ００９－０６４－０２：合計８ペプチド負荷は９．４当量である（５当量から開始）。ＬＣ－ＭＳは、Ｐ７７及びＰ８３がわずかに低い負荷を有するのに対して、Ｐ１００は非常に高い負荷を有し、他のペプチドと比較した場合、ほぼ２倍であったことを示した。Ｐ１００は非常に疎水性であり、そのような高い負荷は、このバッチがＥＭ００９－０６４－０１精製中に水洗浄から沈殿した理由を説明するものである。しかし、０．２Ｍ ＣＢで洗浄した後、この沈殿したＧＮＰを再び水溶液に再懸濁することができる。このバッチは非滅菌条件下で再溶解可能であり、主なＥＭ００９－０６４－０１生成物と混合することを意図していない。

【0174】

ＥＭ００９－０６４－０３：５０μＬのＥＭ００９－０６４－０１を１３．５２μＬのＥＭ００９－０６４－０２と混合した。最終的なペプチド負荷は４．８９である。Ｐ８３負荷は依然として少し低く、Ｐ１００負荷は依然として高いが、この混合バッチは、ＥＭ００９－０６４－０１及び０２のバッチと比較した場合、より良好な全体的ペプチド負荷結果を示した。

【0175】

ＥＭ００９－０６４－０１は約６２．６ｍｇのＡｕを有し、ＥＭ００９－０６４－０２は約２４．９ｍｇのＡｕを有する。両方のバッチを一緒に組み合わせると、８７．５％の金回収収率が得られる。今後は、Ａｍｉｃｏｎでの最終ＧＮＰ精製中に、最終金収率を増加させ、ペプチド比／レベルを改善するために、溶液中のＧＮＰを維持するために０．２Ｍ ＣＢを使用すべきである。

【0176】

生成物の量に関して、６．３ｍｇ／ｍｌのＡｕで１０ｍｌの材料及び１．３４μモル／ｍｌの総ペプチド含有量、すなわち１３．４μモルの総ペプチドは、約１ｎモルの各ペプチドの１６００を超える用量の材料を提供する。

【0177】

参考文献
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２．Ｌｉｕ ＳＪ，Ｌｅｎｇ ＣＨ，Ｌｉｅｎ ＳＰ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｎｕｃｌｅｏｃａｐｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂａｓｅｄ ＳＡＲＳ ｖａｃｃｉｎｅ ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ．Ｖａｃｃｉｎｅ．２００６；２４（１６）：３１００－３１０８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖａｃｃｉｎｅ．２００６．０１．０５８．
３．Ｚｈａｏ Ｊ，Ｈｕａｎｇ Ｑ，Ｗａｎｇ Ｗ，Ｚｈａｎｇ Ｙ，Ｌｖ Ｐ，Ｇａｏ ＸＭ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｏｍｉｎａｎｔ ｈｅｌｐｅｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｎｕｃｌｅｏｃａｐｓｉｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｏｆ ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ．Ｊ Ｖｉｒｏｌ．２００７；８１（１１）：６０７９－６０８８．ｄｏｉ：１０．１１２８／ＪＶＩ．０２５６８－０６
４．Ａｈｍｅｄ ＳＦ，Ｑｕａｄｅｅｒ ＡＡ，ＭｃＫａｙ ＭＲ．Ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｖａｃｃｉｎｅ Ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ＣＯＶＩＤ－１９ Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）Ｂａｓｅｄ ｏｎ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｖｉｒｕｓｅｓ．２０２０；１２（３）：２５４．ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．３３９０／ｖ１２０３０２５４．

【図1(1)】

【図1(2)】

【図1(3)】

【図1(4)】

【図2(1)】

【図2(2)】

【図2(3)】

【図2(4)】

【図3A】

【図3B(1)】

【図3B(2)】

【図3B(3)】

【図4(1)】

【図4(2)】

【図4(3)】

【図5】

【配列表】

2023528427000001.app

【国際調査報告】