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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-07-06
(54)【発明の名称】抗ＢＫウイルス抗体分子
(51)【国際特許分類】
C12N 15/13 20060101AFI20230629BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20230629BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20230629BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20230629BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20230629BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20230629BHJP
C12P 21/08 20060101ALI20230629BHJP
C07K 16/08 20060101ALI20230629BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20230629BHJP
A61P 31/12 20060101ALI20230629BHJP
A61K 51/10 20060101ALI20230629BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20230629BHJP
G01N 33/569 20060101ALI20230629BHJP
【ＦＩ】
C12N15/13 ZNA
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12P21/08
C07K16/08
A61K39/395 D
A61K39/395 N
A61P31/12
A61K51/10
G01N33/53 D
G01N33/569 L
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022574127
(86)(22)【出願日】2021-06-09
(85)【翻訳文提出日】2022-12-01
(86)【国際出願番号】 EP2021065462
(87)【国際公開番号】W WO2021250097
(87)【国際公開日】2021-12-16
(31)【優先権主張番号】20179041.7
(32)【優先日】2020-06-09
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(31)【優先権主張番号】20179044.1
(32)【優先日】2020-06-09
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】516243504
【氏名又は名称】メモ テラポイティクス アクチェンゲゼルシャフト
(71)【出願人】
【識別番号】520017801
【氏名又は名称】ウニベルズィテート ベルン
(71)【出願人】
【識別番号】501393966
【氏名又は名称】ウニヴェルジテート・チューリッヒ
【氏名又は名称原語表記】ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＡＥＴ ＺＵＥＲＩＣＨ
(74)【代理人】
【識別番号】110000109
【氏名又は名称】弁理士法人特許事務所サイクス
(72)【発明者】
【氏名】ウェーバー マルセル
(72)【発明者】
【氏名】シュミット ジモーネ
(72)【発明者】
【氏名】エッスリンゲル クリシュトフ
(72)【発明者】
【氏名】シャヒトナー トーマス
(72)【発明者】
【氏名】フイン ドー ウエン
(72)【発明者】
【氏名】プロヴェンツァーノ マウリツィオ
【テーマコード（参考）】
4B064
4B065
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B064AG27
4B064CA19
4B064CC24
4B064DA01
4B065AA01X
4B065AA57X
4B065AA72X
4B065AA90X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA25
4B065CA44
4C085AA13
4C085AA14
4C085CC22
4C085CC23
4C085DD62
4C085EE01
4C085KA03
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045DA76
4H045FA72
4H045FA74
(57)【要約】
抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片が開示される。これらの抗ＢＫウイルス抗体分子または結合断片は、ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用することができる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下を含む、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片：配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【請求項2】
以下を含む、請求項１に記載の抗体分子またはその結合断片。配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【請求項3】
以下を含む、請求項１または２に記載の抗体分子またはその結合断片：（ｉ）配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列、または配列番号２８に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ）配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列、または配列番号３１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【請求項4】
以下を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片：（ｉ）配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ）配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【請求項5】
以下の性質の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の抗体分子またはその結合断片。（ｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ）ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ）ＪＣウイルスＶＰ１とは結合しない、
（ｖｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ）ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
【請求項6】
ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１への結合を、請求項１～５のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片。
【請求項7】
請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片と、薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤とを含む、医薬組成物。
【請求項8】
ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用するための、請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体分子もしくはその結合断片、または請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項9】
請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片の抗体重鎖および／または軽鎖可変領域をコードする核酸。
【請求項10】
請求項９に記載の核酸を含む発現ベクター。
【請求項11】
請求項９に記載の核酸又は請求項１０に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項12】
請求項１１に記載の宿主細胞を遺伝子発現に適した条件下で培養することを含む、抗体分子を製造する方法。
【請求項13】
請求項１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片を含む診断用組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片に関する。本開示は、さらに、抗体分子またはその結合断片をコードする核酸、発現ベクター、宿主細胞、および抗体分子またはその結合断片を製造する方法に関する。また、この抗体分子またはその結合断片を含む医薬組成物も提供される。本開示の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片は、ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患を治療または予防するために（単独または他の薬剤もしくは治療様式と組み合わせて）使用することができる。したがって、本開示は、さらに、ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用するための、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片、あるいは抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片を含む医薬組成物に関する。また、当該抗体分子またはその結合断片を含む診断用組成物も提供される。
【背景技術】
【0002】
免疫抑制剤は、移植を受けた患者の生着を可能にし、移植片の拒絶反応を防ぐための標準的な治療法である。免疫抑制は、例えば腎臓移植レシピエントの４０～５０％においてヒトＢＫポリオーマウイルスの再活性化を誘発し（Ｈｕｒｄｉｓｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ， ２０１６ Ａｐｒ ５；２４（４）：５２８－５３６）、最大１０％の症例でＢＫウイルス（ＢＫＶ）関連腎症（ＢＫＶＡＮ）につながる（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．， Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ， ２０１２ Ａｕｇ；１４（９）：６７２－８３， Ｒｉｎａｌｄｏ ｅｔ ａｌ， ＡＰＭＩＳ， ２０１３ Ａｕｇ；１２１（８）：７２８－４５）。ＢＫＶＡＮは深刻な脅威であり、移植片機能の低下や移植片の喪失につながる可能性もある（Ｒａｍｏｓ ｅｔ ａｌ， Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ， ２００９ Ｍａｒ １５；８７（５）：６２１－３０）。抗ウイルス剤の使用は、一貫した有効性の結果が得られておらず、価値ある治療法とは考えられていない（Ｓａｎｔｅｕｓａｎｉｏ ｅｔ ａｌ．Ａｍ Ｊ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔ Ｐｈａｒｍ， ２０１７ Ｄｅｃ １５；７４（２４）：２０３７－２０４５； Ｋａｂｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ Ｄｉｒｅｃｔ， ２０１７ Ｍａｒ １０；３（４）：ｅ１４２）。
【0003】
そのため、急性ウイルス血症の標準的な治療法は、免疫抑制を弱めて免疫系がウイルスを抑えることができるようにすることである。しかし、この場合、ドナー特異的な抗体の形成など、宿主と移植片の免疫反応により、短期的・長期的に移植片が機能不全に陥る大きなリスクがある。
【0004】
免疫抑制患者における予防的または根治的治療のための改善策の必要性に鑑み、ＢＫウイルス活性を中和するための新しい組成物が非常に望まれている。
【発明の概要】
【0005】
局面Ａ
一局面Ａ１において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
一局面Ａ１において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
【0006】
構造特性
局面Ａ１のいくつかの実施形態において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関し、抗体分子または結合断片は、表３に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）から、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）（または集合的にＣＤＲの全て）を含み、ここで、ＣＤＲの１以上（または集合的にＣＤＲの全て）は１、２、３、４、５、６またはそれ以上の変化、例えば表３に示されるアミノ酸配列に対して、アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有していてもよい。
局面Ａ１のいくつかの実施形態において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関し、抗体分子または結合断片は、表３に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）から、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）（または集合的にＣＤＲの全て）を含み、ここで、ＣＤＲの１以上（または集合的にＣＤＲの全て）は１、２、３、４、５、６またはそれ以上の変化、例えば表３に示されるアミノ酸配列に対して、アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有していてもよい。
【0007】
局面Ａ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
以下の１、２または３個を含む重鎖可変領域（ＶＨ）：配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列；および／または
以下の１、２または３個を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）：配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列。
以下の１、２または３個を含む重鎖可変領域（ＶＨ）：配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列；および／または
以下の１、２または３個を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）：配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列。
【0008】
局面Ａ１のいくつかの実施態様において、本開示は、
配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
【0009】
局面Ａ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば，保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば，保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0010】
局面Ａ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）のアミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）のアミノ酸配列、および 配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）のアミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）のアミノ酸配列、または１、２、もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）のアミノ酸配列、および 配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0011】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）のアミノ酸配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）、
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている。
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）のアミノ酸配列、および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）、
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている。
【0012】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、および配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0013】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）を含む。
【0014】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号２８のアミノ酸配列、または配列番号２８に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３１のアミノ酸配列、または配列番号３１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号２８のアミノ酸配列、または配列番号２８に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３１のアミノ酸配列、または配列番号３１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0015】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列、または配列番号２８に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列、または配列番号３１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列、または配列番号２８に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列、または配列番号２７に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列、または配列番号３１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0016】
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0017】
機能特性
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下の特性の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む：
（ｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ） ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ） 例えば、実施例６に記載されているように、ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない；
（ｖｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ） ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
局面Ａ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下の特性の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む：
（ｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ） ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ） 例えば、実施例６に記載されているように、ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない；
（ｖｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ） ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
【0018】
一局面Ａ２において、本開示は、ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１への結合を本明細書に記載の抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する。局面Ａ２のいくつかの実施形態において、本開示は、ＢＫウイルス遺伝子型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス遺伝子型ＩＶ ＶＰ１への結合を、以下を含む抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する：配列番号２１の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）のアミノ酸配列、および 配列番号２２の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）のアミノ酸配列、および配列番号２３の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）のアミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
配列番号２４の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号２５の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号２６の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0019】
局面Ａ２のいくつかの実施形態において、本開示は、ＢＫウイルス遺伝子型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス遺伝子型ＩＶ ＶＰ１への結合を、以下を含む抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号２８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号２７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号３１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0020】
一局面Ａ３において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子又はその結合断片と、薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤とを含む、医薬組成物に関する。
【0021】
一局面Ａ４において、本開示は、ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用するための、本明細書に記載の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片、あるいは抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片を含む医薬組成物に関する。局面Ａ４のいくつかの実施形態では、ＢＫウイルス関連疾患は、ネフロパシー、ＢＫウイルス関連腎症（ＢＫＶＡＮ）、出血性膀胱炎（ＨＣ）からなる群から選択される。
【0022】
一局面Ａ５において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子またはその結合断片の抗体重鎖および／または軽鎖可変領域をコードする核酸に関する。
【0023】
一局面Ａ６において、本開示は、本明細書に記載の核酸を含む発現ベクターに関する。
【0024】
一局面Ａ７において、本開示は、本明細書に記載の核酸又は本明細書に記載の発現ベクターを含む宿主細胞に関する。
【0025】
一局面Ａ８において、本開示は、抗体分子を製造する方法に関し、本方法は、遺伝子発現に適した条件下で、本明細書に記載の宿主細胞を培養することを含む。
【0026】
一局面Ａ９において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子又はその結合断片を含む診断用組成物に関する。
【0027】
局面Ｂ
一局面Ｂ１において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
一局面Ｂ１において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する。
【0028】
構造特性
局面Ｂ１のいくつかの実施形態において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関し、抗体分子または結合断片は、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）（または集合的にＣＤＲの全て）を表４に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）から含み、ここで、ＣＤＲの１以上（または集合的にＣＤＲの全て）は１、２、３、４、５、６またはそれ以上の変化、例えば表４に示されるアミノ酸配列に対して、アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有していてもよい。
局面Ｂ１のいくつかの実施形態において、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関し、抗体分子または結合断片は、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）（または集合的にＣＤＲの全て）を表４に示されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）から含み、ここで、ＣＤＲの１以上（または集合的にＣＤＲの全て）は１、２、３、４、５、６またはそれ以上の変化、例えば表４に示されるアミノ酸配列に対して、アミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有していてもよい。
【0029】
局面Ｂ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および 配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１、２、３または４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入または欠失を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列、および 配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）、挿入もしくは欠失を有する配列のうちの１、２または３個を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0030】
局面Ｂ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0031】
局面Ｂ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば、保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）；および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列、および 配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列、または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換（例えば保存的アミノ酸置換）を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0032】
局面Ｂ１のいくつかの実施態様において、本開示は、以下を含む抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片に関する：
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列 または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列 または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列 または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１、２もしくは３個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列、配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列 または１、２、３、もしくは４個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0033】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている、
または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている。
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている、または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている、
または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；
ここで、ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が挿入、欠失または置換されている。
【0034】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0035】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、または
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）。
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、または
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）。
【0036】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0037】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0038】
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下を含む：
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0039】
機能特性
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下の特性の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む：
（ｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ ｎＭ、０．１７ ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ） ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ） 例えば、実施例６に記載されているように、ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない；
（ｖｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ） ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
局面Ｂ１のいくつかの実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、以下の特性の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む：
（ｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ ｎＭ、０．１７ ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ） ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ） 例えば、実施例６に記載されているように、ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない；
（ｖｉ） ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ） ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ） ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
【0040】
一局面Ｂ２において、本開示は、ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１への結合を本明細書に記載の抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する。 局面Ｂ２のいくつかの実施形態において、本開示は、ＢＫウイルス遺伝子型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス遺伝子型ＩＶ ＶＰ１への結合を、以下を含む抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉｉ） 配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0041】
局面Ｂ２のいくつかの実施形態において、本開示は、ＢＫウイルス遺伝子型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス遺伝子型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス遺伝子型ＩＶ ＶＰ１への結合を、以下を含む抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片に関する：
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ） 配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ） 配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ） 配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0042】
一局面Ｂ３において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子又はその結合断片と、薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤とを含む、医薬組成物に関する。
【0043】
一局面Ｂ４において、本開示は、ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用するための、本明細書に記載の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片、あるいは抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片を含む医薬組成物に関する。局面Ｂ４のいくつかの実施形態では、ＢＫウイルス関連疾患は、ネフロパシー、ＢＫウイルス関連腎症（ＢＫＶＡＮ）、出血性膀胱炎（ＨＣ）からなる群から選択される。
【0044】
一局面Ｂ５において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子またはその結合断片の抗体重鎖および／または軽鎖可変領域をコードする核酸に関する。
【0045】
一局面Ｂ６において、本開示は、本明細書に記載の核酸を含む発現ベクターに関する。
【0046】
一局面Ｂ７において、本開示は、本明細書に記載の核酸又は本明細書に記載の発現ベクターを含む宿主細胞に関する。
【0047】
一局面Ｂ８において、本開示は、抗体分子を製造する方法に関し、本方法は、遺伝子発現に適した条件下で、本明細書に記載の宿主細胞を培養することを含む。
【0048】
一局面Ｂ９において、本開示は、本明細書に記載の抗体分子又はその結合断片を含む診断用組成物に関する。
【図面の簡単な説明】
【0049】
【図1】ＥＬＩＳＡ法における抗ＢＫウイルス抗体とＢＫＶ－ＶＰ１血清型Ｉ－ＩＶとの結合性。これらのデータをもとに、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ Ｓｏｆｔｗａｒｅで３パラメータ解析を行い、ＥＣ５０Ｅ値を決定した。
【0050】
【図2】ＢＫＶ株（血清型Ｉａ、Ｉｂ、ＩＩ、ＩＩＩ、およびＩＶ）の抗体を介した中和を定量的に評価する。２９３ＴＴ細胞を、血清型Ｉａ，Ｉｂ，ＩＩ，ＩＩＩ，ＩＶのいずれかのＶＰ１で形成されたルシフェラーゼ発現ＢＫシュードウイルスの感染ターゲットとして使用した。抗ＢＫウイルス抗体は、表示された濃度で使用した。
【0051】
【図3】抗ＢＫウイルス抗体によるヒト初代尿細管上皮細胞上の野生型ＢＫＶの長期的なウイルス中和。細胞、ＢＫウイルス、抗ＢＫウイルス抗体を表示濃度で長時間共培養した後の残存ウイルス量を示す。抗体濃度は、ＥＣ９５（１．５００）、ＥＣ５０（０．１５）、およびＥＣ５（０．０１５）に対応する。Ｐ８Ｄ１１は、この図では「ＢＭ２」と表記する。
【0052】
【図4】抗ＢＫウイルス抗体と立体配置エピトープとの結合。
【0053】
【図5】抗体３１９Ｃ０７および抗体３３６Ｆ０７のＶＰ１変異体およびＪＣＶ－に対するＥＬＩＳＡ法による結合強度を、抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して評価した。ＶＰ１およびＪＣ－ＶＰ１の様々な変異体に対するＥＣ５０値を野生型ＶＰ１と比較して求めた。ＶＰ１変異体は、ＶＰ１－ＳＴＩ配列のうち、番号の左側のアミノ酸から番号の右側のアミノ酸まで変化した位置を示す標準的なフォーマットで指定されている。
【0054】
グラフは、抗体３１９Ｃ０７、抗体３３６Ｆ０７、アイソタイプ対照抗体２４Ｃ０３、抗体Ｐ８Ｄ１１と、選択したＢＫＶ－ＶＰ１変異体、ＪＣＶ－ＶＰ１、および無関係な抗原としてＣＭＶ－ｇＨペンタマーとの結合を示す。
【0055】
表は、試験したすべてのＢＫＶ－ＶＰ１変異体とＪＣＶ－ＶＰ１についてのデータを示している。「＋」は、元の配列と変異した配列の間で結合親和性に差が見られないことを示す。「ｒｅｄ」は結合の減少を示す。「－」は、結合が観察されなかったことを示す。
【0056】
【図6】抗ＢＫウイルス抗体によるＨＲＰＴＥＣ上でのＢＫＶ拡散の抑制（この図ではＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
【0057】
【図7】感染および非感染ＨＰＲＴＥＣに対する抗ＢＫＶ抗体のＡＤＣＣ活性。
【0058】
【図8】ヒト血清存在下での感染および非感染ＨＰＲＴＥＣに対する抗ＢＫＶ抗体のＣＤＣ活性。
【0059】
（詳細な説明）
以下に例示的に説明する本発明は、本明細書に特に開示されていない要素または（複数の）要素、限定または（複数の）限定がない場合にも好適に実施することができる。
以下に例示的に説明する本発明は、本明細書に特に開示されていない要素または（複数の）要素、限定または（複数の）限定がない場合にも好適に実施することができる。
【0060】
以下、本発明を特定の実施形態に関して、また特定の図を参照して説明するが、本発明はこれに限定されるものではなく、特許請求の範囲によってのみ限定されるものである。
【0061】
本明細書および特許請求の範囲において、用語「含む」が使用されている場合、それは他の要素を除外するものではない。本発明の目的のために、用語「からなる」は、用語「含む」の好ましい実施形態であると考えられる。以下、あるグループが少なくとも一定数の実施形態を含むと定義される場合、これは、好ましくはこれらの実施形態のみからなるグループを開示するとも理解される。
【0062】
「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」など、単数形の名詞を指すときに不定冠詞または定冠詞が使用される場合、他の何かが明確に記述されていない限り、その名詞の複数形を含む。本発明の文脈における「約」又は「およそ」という用語は、当業者が、当該特徴の技術的効果を依然として確保するために理解するであろう精度の間隔を示すものである。指示された数値に対して、±２０％、好ましくは±１０％、より好ましくは±５％の偏差を示す。
【0063】
専門用語は一般的な意味で使用される。特定の用語に特定の意味がある場合、その用語の定義は、その用語が使用されている文脈で、以下において記載する。
【0064】
本開示のある局面は、少なくとも部分的に、以下の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片の同定に基づく。
－ ＢＫウイルス血清型Ｉに結合して中和する；および／または
－ ＢＫウイルス血清型ＩＩ に結合し中和する；および／または
－ ＢＫウイルス血清型ＩＩＩに結合し中和する；および／または、
－ ＢＫウイルス血清型ＩＶに結合し中和する；および／または
－ ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない。
－ ＢＫウイルス血清型Ｉに結合して中和する；および／または
－ ＢＫウイルス血清型ＩＩ に結合し中和する；および／または
－ ＢＫウイルス血清型ＩＩＩに結合し中和する；および／または、
－ ＢＫウイルス血清型ＩＶに結合し中和する；および／または
－ ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない。
【0065】
好ましい実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片は、ＢＫウイルス血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、およびＩＶを中和する。
【0066】
別の好ましい実施形態では、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片は、ＪＣウイルスＶＰ１に結合しない。特異性の向上は、近縁のＪＣウイルスＶＰ１には結合しないことで現れている。特異性が高まると、オフターゲット活性のリスクが低くなるため、安全性が高まると考えられる。
【0067】
上述のように、本開示は、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその結合断片を考察するものである。全長抗体には、定常ドメインと可変ドメインがある。 定常領域は、抗体の抗原結合性断片に存在する必要はない。
【0068】
したがって、結合断片は、完全な抗体の抗原結合領域または可変領域など、無傷の完全長抗体の一部を含むことができる。抗体断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、ＩｄおよびＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖抗体；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；二重特異性、三重特異性、および多重特異性抗体などの多重特異性抗体断片（例えば、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ）；ミニボディ；キレート組換え抗体；トリボディまたはビボディ；イントラボディ；ナノボディ；小型モジュール免疫医薬品（ＳＭＩＰ）、結合ドメイン免疫グロブリン融合タンパク質；ラクダ化抗体；ＶＨＨ含有抗体；および抗体断片から形成されるその他のポリペプチドを含む。当業者は、抗体の抗原結合機能は、完全長抗体の断片によって行われ得ることを認識している。
【0069】
本明細書で開示されるのは、指定された配列、またはそれと実質的に同一もしくは類似の配列、例えば指定された配列に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するポリペプチドのことである。
【0070】
２つの配列間のパーセント同一性の決定は、好ましくは、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ （１９９３） Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ ９０：５８７３－５８７７の数学アルゴリズムを用いて達成される。このようなアルゴリズムは、ＮＣＢＩ（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）で入手可能であるＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０） Ｊ． Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０プログラムに組み込まれている。同一性の割合の決定は、ＢＬＡＳＴｐプログラムの標準的なパラメータで行うことができる。一般的なパラメータとしては、「Ｍａｘ Ｔａｒｇｅｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」ボックスを１００に、「Ｓｈｏｒｔ ｑｕｅｒｉｅｓ」ボックスをチェックし、「Ｅｘｐｅｃｔ ｔｈｒｅｓｈｏｌｄ」ボックスを１０に、「Ｗｏｒｄ Ｓｉｚｅ」ボックスを「３」に、「Ｍａｘ ｍａｔｃｈｅｓ ｉｎ ａ ｑｕｅｒｙ ｒａｎｇｅ」ボックスを「０」に設定することができる。スコアリング・パラメータについては、「Ｍａｔｒｉｘ」ボックスを「ＢＬＯＳＵＭ６２」に設定し、「Ｇａｐ Ｃｏｓｔｓ」ボックスを「Ｅｘｉｓｔｅｎｃｅ：１１ Ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ：１」に設定し、「Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｌ ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔｓ」ボックスを「Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎａｌ ｓｃｏｒｅ ｍａｔｒｉｘ ａｄｊｕｓｔｍｅｎｔ」に設定してもよい。フィルタとマスキングパラメータでは、「Ｌｏｗ ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ ｒｅｇｉｏｎｓ」ボックスにチェックがない場合、「Ｍａｓｋ ｆｏｒ ｌｏｏｋｕｐ ｔａｂｌｅ ｏｎｌｙ」 ボックスにチェックがない場合、および「Ｍａｓｋ ｌｏｗｅｒ ｃａｓｅ ｌｅｔｔｅｒｓ」 ボックスにチェックがない場合があり得る。
【0071】
本開示によれば、「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるアミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーが、当技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン）、β分岐側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を含む。
【0072】
前述のように、本開示はまた、いくつかの実施形態において、抗体分子又はその結合断片をコードする核酸、そのような核酸を含むベクター、及びそのような核酸又はベクターを含む宿主細胞に関する。
【0073】
抗体分子またはその結合断片は、単一の核酸（例えば、抗体の軽鎖および重鎖ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単一の核酸）によりコードされてもよいし、それぞれが抗体分子または抗体断片の異なる部分をコードする、２以上の別々の核酸によってコードされてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡなどであってもよい。
【0074】
本明細書に記載された核酸は、ベクターに挿入することができる。「ベクター」とは、コード化されたポリペプチドの合成が行われる適切な細胞内に核酸配列を運ぶ能力を有する任意の分子または組成物のことである。
【0075】
いくつかの局面における本開示は、本発明の核酸またはベクターを含む宿主細胞（例えば、単離または精製された細胞）をさらに提供する。宿主細胞は、それによってコードされるポリペプチドを産生するように、本発明の核酸またはベクターで形質転換することができる任意のタイプの細胞であることができる。
【0076】
本発明の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片は、組成物、特に医薬組成物に配合することができる。このような組成物は、治療的有効量の抗体またはその結合断片を、薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤と混和して含む。
【0077】
さらに、本明細書に記載の抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片および医薬組成物は、ＢＫウイルス感染症および／もしくはＢＫウイルス関連疾患を治療または予防する方法において投与することができる。
【0078】
本発明の局面Ｂ１～Ｂ９の好ましい実施形態は、以下に関する：
１．以下を含む、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片：
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
１．以下を含む、抗ＢＫウイルス抗体分子またはその抗ＢＫウイルス結合断片：
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列、および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列または１もしくは２個のアミノ酸置換を有する配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0079】
２．以下を含む、項目１に記載の抗体分子またはその結合断片：
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３５の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）；または
（ｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号３９の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号３４の重鎖相補性決定領域１（ＶＨＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号４４の重鎖相補性決定領域２（ＶＨＣＤＲ２）アミノ酸配列、および配列番号３６の重鎖相補性決定領域３（ＶＨＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；および
配列番号３７の軽鎖相補性決定領域１（ＶＬＣＤＲ１）アミノ酸配列、配列番号３８の軽鎖相補性決定領域２（ＶＬＣＤＲ２）アミノ酸配列および配列番号４８の軽鎖相補性決定領域３（ＶＬＣＤＲ３）アミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0080】
３．以下を含む、項目１または２に記載の抗体分子またはその結合断片：
（ｉ）配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ）配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ）配列番号４０のアミノ酸配列、または配列番号４０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉ）配列番号４５のアミノ酸配列、または配列番号４５と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列、または配列番号４１に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）、または
（ｉｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列、または配列番号４９と少なくとも約８５％、９０％、９５％、もしくは９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列、または配列番号５０に対して少なくとも約８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0081】
４．以下を含む、項目１～３のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片：
（ｉ）配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ）配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉ）配列番号４０のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉ）配列番号４５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号４１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
（ｉｉｉ）配列番号４９のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および配列番号５０のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）。
【0082】
５．以下の性質の１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８または９）を含む、項目１～４のいずれか一項に記載の抗体分子またはその結合断片。
（ｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ）ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ）ＪＣウイルスＶＰ１とは結合しない、
（ｖｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ）ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
（ｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｉｖ）ＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１に結合し、例えば、抗体分子またはその結合断片が、例えば実施例２に記載されるように、ＥＬＩＳＡを用いて二価の分子として試験される場合、ＥＣ５０が約１０ｎＭ、１ｎＭ、０．９ｎＭ、０．８ｎＭ、０．７ｎＭ、０．６ｎＭ、０．５ｎＭ、０．４ｎＭ、０．３ｎＭ、０．２ｎＭ、０．１９ｎＭ、０．１８ｎＭ、０．１７ｎＭ、０．１６ｎＭ、０．１５ｎＭ、０．１４ｎＭ、０．１３ｎＭ、０．１２ｎＭ、０．１１ｎＭ、０．１０ｎＭ、０．０９ｎＭ、０．０８ｎＭ、０．０７ｎＭ、０．０６ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０４ｎＭ、０．０３ｎＭまたは０．０２ｎＭ未満である；
（ｖ）ＪＣウイルスＶＰ１とは結合しない、
（ｖｉ）ＢＫウイルス血清型Ｉを中和する；
（ｖｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩを中和する；
（ｖｉｉｉ）ＢＫウイルス血清型ＩＩＩを中和する；
（ｉｘ）ＢＫウイルス血清型ＩＶを中和する。
【0083】
６．ＢＫウイルス血清型Ｉ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩ ＶＰ１、ＢＫウイルス血清型ＩＩＩ ＶＰ１、および／またはＢＫウイルス血清型ＩＶ ＶＰ１への結合を、項目１～５のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片と競合する、抗体分子またはその結合断片。
【0084】
７．項目１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片と、薬学的に許容される担体、賦形剤または安定剤とを含む、医薬組成物。
【0085】
８．ＢＫウイルス感染症および／またはＢＫウイルス関連疾患の治療または予防に使用するための、項目１～６のいずれか１項に記載の抗体分子もしくはその結合断片、または項目７に記載の医薬組成物。
【0086】
９．項目１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片の抗体重鎖および／または軽鎖可変領域をコードする核酸。
【0087】
１０．項目９に記載の核酸を含む、発現ベクター。
【0088】
１１．項目９に記載の核酸または項目１０に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【0089】
１２．抗体分子を製造する方法であって、項目１１に記載の宿主細胞を、遺伝子発現に適した条件下で培養することを含む、方法。
【0090】
１３．項目１～６のいずれか１項に記載の抗体分子またはその結合断片を含む、診断用組成物。
【実施例】
【0091】
紹介コメント
以下の実施例で使用したＶＰ１タンパク質コンストラクトのアミノ酸配列を、以下の表１にまとめた。
表１ － ＶＰ１タンパク質構築物のアミノ酸配列
以下の実施例で使用したＶＰ１タンパク質コンストラクトのアミノ酸配列を、以下の表１にまとめた。
表１ － ＶＰ１タンパク質構築物のアミノ酸配列
【表1】
【0092】
比較抗体
Ｐ８Ｄ１１（ＷＯ ２０１７／０４６６７６）は、他の抗体について記載したようにクローニングした。ＷＯ ２０１７／０４６６７６に記載のＰ８Ｄ１１のＶＨおよびＶＬを、後述のＩｇＧの同一の定常ドメインに融合させた。比較抗体Ｐ８Ｄ１１のアミノ酸配列を以下の表２にまとめた。
Ｐ８Ｄ１１（ＷＯ ２０１７／０４６６７６）は、他の抗体について記載したようにクローニングした。ＷＯ ２０１７／０４６６７６に記載のＰ８Ｄ１１のＶＨおよびＶＬを、後述のＩｇＧの同一の定常ドメインに融合させた。比較抗体Ｐ８Ｄ１１のアミノ酸配列を以下の表２にまとめた。
【0093】
陰性対照２４Ｃ３は、健康なヒトの破傷風トキソイドに対する抗体である。可変フラグメントは、以下に述べるようにＩｇＧの同一の定常ドメインに融合させた。
【0094】
表２ 比較抗体Ｐ８Ｄ１１（ＷＯ２０１７／０４６６７６）のアミノ酸配列
【表2】
【0095】
抗体探索
実施例１
健康なヒトドナーまたは腎臓移植患者の末梢血メモリーＢ細胞を用いて、免疫グロブリン軽鎖および重鎖可変領域を、ヒト免疫グロブリン定重領域とヒトＣＤ８由来の膜貫通ドメインを組み合わせた発現カセットにクローニングし、抗体レパートリー発現ライブラリーを調製し、抗体の哺乳類細胞での提示を可能にした。抗体ライブラリーのスクリーニングは、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にライブラリーを導入後、ＢＫウイルスのＶＰ１ペンタマーを蛍光標識して抗原特異的ソーティングにより実施した。
実施例１
健康なヒトドナーまたは腎臓移植患者の末梢血メモリーＢ細胞を用いて、免疫グロブリン軽鎖および重鎖可変領域を、ヒト免疫グロブリン定重領域とヒトＣＤ８由来の膜貫通ドメインを組み合わせた発現カセットにクローニングし、抗体レパートリー発現ライブラリーを調製し、抗体の哺乳類細胞での提示を可能にした。抗体ライブラリーのスクリーニングは、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にライブラリーを導入後、ＢＫウイルスのＶＰ１ペンタマーを蛍光標識して抗原特異的ソーティングにより実施した。
【0096】
このようにして得られたＢＫ－ウイルス特異的抗体発現ＨＥＫ細胞クローンをさらに増殖させ、ＥＬＩＳＡにおける結合アッセイやＢＫ－ウイルス中和など、抗体特性の下流解析のために抗体産生の規模を拡大した。ルシフェラーゼ発現レポータープラスミドを搭載したＢＫシュードウイルス（ＢＫ－ＰｓＶ）と野生型ＢＫＶを用いて、抗体の中和能を試験した。次に、高い親和性とウイルス中和能を有するＢＫウイルス特異的抗体を可溶性抗体発現用ベクターにサブクローニングし、ＨＥＫ２９３Ｆ細胞またはＣＨＯ細胞に一過性にトランスフェクションした後に発現させた。その後、プロテインＧまたはプロテインＡで抗体を精製し、様々なアッセイで特性を確認した。同定された抗体３１９Ｃ０７に関するアミノ酸配列を以下の表３にまとめる。さらに、バリアントも作製し、対応するアミノ酸配列を以下の表３にまとめる。同定された抗体３３６Ｆ０７に関するアミノ酸配列を以下の表４にまとめる。さらに、バリアントも作製し、対応するアミノ酸配列も以下の表４にまとめる。
【0097】
表３ － 抗ＢＫウイルス抗体３１９Ｃ０７および３１９Ｃ０７－ｖａｒ１のアミノ酸配列。
【表3】
【0098】
表４ － 抗ＢＫウイルス抗体３３６Ｆ０７、３３６Ｆ０７－ｖａｒ１および３３６Ｆ０７－ｖａｒ４ のアミノ酸配列。
【表4】
【0099】
アッセイ
実施例２ － ＥＬＩＳＡにおけるＶＰ１－ペンタマーへの結合性
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体とＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーとの結合をＥＬＩＳＡ法で解析した。簡単に説明すると、Ｃｏｓｔａｒ（登録商標） ９６ ｗｅｌｌ Ａｓｓａｙ Ｐｌａｔｅｓ， ｈａｌｆ ａｒｅａ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｌａｔｅｓ （Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ． ＃３６９０） に１μｇ／ｍｌ ＢＫＶ－ＶＰ１ ペンタマー を３０μｌ／ｗｅｌｌ で４℃にて一晩コーティングした。 その後、ＰＢＳで希釈した５％スキムミルクパウダー（Ｒａｐｉｌａｉｔ， Ｍｉｇｒｏｓ ＃７６１０２０００１７５９８）を用いてプレートをブロッキングした。抗体は０．５％スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで連続希釈し、抗原を塗布したプレートに１．５時間添加した。次に、プレートをＰＢＳ ０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０ （ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ， Ａ４９７４） で洗浄し、０．５％ スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで一万分の１に希釈した酵素標識二次抗体 （ＨＲＰ－ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｇｏａｔ ａｎｔｉ－ｈｕｍａｎ ＩｇＧ， Ｊａｃｋｓｏｎ－Ｉｍｍｕｎｏ ＃１０９－０３５－０９８） で４５分間インキュベートした。プレートは、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含むＰＢＳで３回洗浄した。３０μｌ／ｗｅｌｌ ＴＭＢ ｌｉｑｕｉｄ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ， ＃Ｔ０４４０）を用いて反応を展開し、１５μｌ／ｗｅｌｌ Ｈ２ＳＯ４で停止させた。４５０ｎｍで吸光度を検出した（Ｔｅｃａｎ， ＣＭ ＩＮＦＩＮＩＴＥ ＭＯＮＯ ２００）。データをフィッティングし、見かけのＥＣ５０ ＥＬＩＳＡ値（ＥＣ５０Ｅ）をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）の３パラメータ解析で決定した。
実施例２ － ＥＬＩＳＡにおけるＶＰ１－ペンタマーへの結合性
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体とＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーとの結合をＥＬＩＳＡ法で解析した。簡単に説明すると、Ｃｏｓｔａｒ（登録商標） ９６ ｗｅｌｌ Ａｓｓａｙ Ｐｌａｔｅｓ， ｈａｌｆ ａｒｅａ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｌａｔｅｓ （Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ． ＃３６９０） に１μｇ／ｍｌ ＢＫＶ－ＶＰ１ ペンタマー を３０μｌ／ｗｅｌｌ で４℃にて一晩コーティングした。 その後、ＰＢＳで希釈した５％スキムミルクパウダー（Ｒａｐｉｌａｉｔ， Ｍｉｇｒｏｓ ＃７６１０２０００１７５９８）を用いてプレートをブロッキングした。抗体は０．５％スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで連続希釈し、抗原を塗布したプレートに１．５時間添加した。次に、プレートをＰＢＳ ０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０ （ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ， Ａ４９７４） で洗浄し、０．５％ スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで一万分の１に希釈した酵素標識二次抗体 （ＨＲＰ－ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｇｏａｔ ａｎｔｉ－ｈｕｍａｎ ＩｇＧ， Ｊａｃｋｓｏｎ－Ｉｍｍｕｎｏ ＃１０９－０３５－０９８） で４５分間インキュベートした。プレートは、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含むＰＢＳで３回洗浄した。３０μｌ／ｗｅｌｌ ＴＭＢ ｌｉｑｕｉｄ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ， ＃Ｔ０４４０）を用いて反応を展開し、１５μｌ／ｗｅｌｌ Ｈ２ＳＯ４で停止させた。４５０ｎｍで吸光度を検出した（Ｔｅｃａｎ， ＣＭ ＩＮＦＩＮＩＴＥ ＭＯＮＯ ２００）。データをフィッティングし、見かけのＥＣ５０ ＥＬＩＳＡ値（ＥＣ５０Ｅ）をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）の３パラメータ解析で決定した。
【0100】
結果
抗体３１９Ｃ０７は、すべてのＢＫＶ－ＶＰ１血清型に対して強い選択的な結合を示した（図１、ＥＣ５０Ｅ値は以下である）。抗体３１９Ｃ０７は、比較抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して、血清型Ｉ、ＩＩおよびＩＶに対して高い親和性を示し、ＢＫＶ－ＶＰ１－血清型ＩＩＩに対しては同等の親和性を示す。
抗体３１９Ｃ０７は、すべてのＢＫＶ－ＶＰ１血清型に対して強い選択的な結合を示した（図１、ＥＣ５０Ｅ値は以下である）。抗体３１９Ｃ０７は、比較抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して、血清型Ｉ、ＩＩおよびＩＶに対して高い親和性を示し、ＢＫＶ－ＶＰ１－血清型ＩＩＩに対しては同等の親和性を示す。
【0101】
また、抗体３３６Ｆ０７は、すべてのＢＫＶ－ＶＰ１血清型に対して強い選択的な結合を示した（図１、ＥＣ５０Ｅ値は以下である）。比較抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して、抗体３３６Ｆ０７は４つの血清型すべてにおいて高い親和性を示した。
【0102】
実施例３－抗ＢＫウイルス抗体によるＢＫシュードウイルスの中和作用
材料と方法
ＮａｎｏＬｕｃレポーター遺伝子を搭載したＢＫシュードウイルス（ＢＫ－ＰｓＶ）を記載通りに作製した（Ｐａｓｔｒａｎａ ｅｔ ａｌ， Ｊ Ｖｉｒｏｌ， ２０１３ Ｓｅｐ； ８７（１８）：１０１０５－１３）。５種類の遺伝子型が作られた。ＢＫＶ－Ｉａ （ＢＫ－Ｄ； ＪＦ８９４２２８）， ＢＫＶ－Ｉｂ２ （ＰｉｔｔＶＲ２； ＤＱ９８９７９６） ＢＫＶ－ＩＩ （Ｑ８５２３８； ＣＡＡ７９５９６）， ＢＫＶ－ＩＩＩ （Ｑ０ＰＤＡ６； ＢＡＦ０３０１７）および ＢＫＶ－ＩＶｃ２ （Ａ－６６Ｈ； ＡＢ３６９０９３）。ＶＰ１は、記載されているようにアガロースゲルビーズ上で精製した（Ｂｕｃｋ ｅｔ ａｌ， Ｊ Ｖｉｒｏｌ， ２００８ Ｊｕｎ；８２（１１）：５１９０－７ および Ｂｕｃｋ ｅｔ ａｌ， Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ， ２００７ Ｄｅｃ； Ｃｈａｐｔｅｒ ２６； ２６．２１）．２９３ＴＴ細胞で感染性ウイルス力価を測定した。ＢＫ－ＰｓＶの異なる希釈液を９６ウェルプレートで阻害剤あり、なしで試験した。さらなるアッセイに選択された希釈率では、非阻害細胞で高い発光シグナルが得られた。
材料と方法
ＮａｎｏＬｕｃレポーター遺伝子を搭載したＢＫシュードウイルス（ＢＫ－ＰｓＶ）を記載通りに作製した（Ｐａｓｔｒａｎａ ｅｔ ａｌ， Ｊ Ｖｉｒｏｌ， ２０１３ Ｓｅｐ； ８７（１８）：１０１０５－１３）。５種類の遺伝子型が作られた。ＢＫＶ－Ｉａ （ＢＫ－Ｄ； ＪＦ８９４２２８）， ＢＫＶ－Ｉｂ２ （ＰｉｔｔＶＲ２； ＤＱ９８９７９６） ＢＫＶ－ＩＩ （Ｑ８５２３８； ＣＡＡ７９５９６）， ＢＫＶ－ＩＩＩ （Ｑ０ＰＤＡ６； ＢＡＦ０３０１７）および ＢＫＶ－ＩＶｃ２ （Ａ－６６Ｈ； ＡＢ３６９０９３）。ＶＰ１は、記載されているようにアガロースゲルビーズ上で精製した（Ｂｕｃｋ ｅｔ ａｌ， Ｊ Ｖｉｒｏｌ， ２００８ Ｊｕｎ；８２（１１）：５１９０－７ および Ｂｕｃｋ ｅｔ ａｌ， Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ， ２００７ Ｄｅｃ； Ｃｈａｐｔｅｒ ２６； ２６．２１）．２９３ＴＴ細胞で感染性ウイルス力価を測定した。ＢＫ－ＰｓＶの異なる希釈液を９６ウェルプレートで阻害剤あり、なしで試験した。さらなるアッセイに選択された希釈率では、非阻害細胞で高い発光シグナルが得られた。
【0103】
９％ＦＢＳ、ＨＥＰＥＳ、ペニシリン／ストレプトアビジンを含むＤＭＥＭを用い、２万個の細胞（２９３ＴＴ）を９６ウェルプレートに播種した。５時間インキュベートした後、様々な濃度の抗体と固定量のＢＫ－シュードウイルスを各ウェルに加え、３７℃、５％ ＣＯ２でプレートをインキュベートした。 ３ 日間培養後、上清液中のルシフェラーゼ活性を ＮａｎｏＧｌｏＴＭ アッセイ試薬 （Ｐｒｏｍｅｇａ， ＃Ｎ１１３０） を用いて測定した。
【0104】
細胞培養液またはウイルス－細胞－抗体共培養液－上清４０ｕｌを白底９６ウェルプレートに移し、ＮａｎｏＧｌｏＴＭ 基質４０ｕｌを加え、２分間インキュベート後、ルミネセンスリーダー（ＢｉｏＴｅｋ Ｓｙｎｅｒｇｙ）を用いてルシフェラーゼ活性を測定した。データは、シグナル対抗体濃度曲線にプロットした。ＩＣ５０値は、非線形回帰（カーブフィット）と式「ｌｏｇ（ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ） ｖｓ ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ （ｖａｒｉａｂｌｅ ｓｌｏｐｅ）」（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）を用いて、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍで決定した。
【0105】
結果
３１９Ｃ０７およびバリアント３１９Ｃ０７－ｖａｒ１は、すべての血清型のＢＫ－シュードウイルスに対して強い阻害作用を示した。３１９Ｃ０７はＰ８Ｄ１１を大きく上回った（図２、ＩＣ５０値は以下である）。
３１９Ｃ０７およびバリアント３１９Ｃ０７－ｖａｒ１は、すべての血清型のＢＫ－シュードウイルスに対して強い阻害作用を示した。３１９Ｃ０７はＰ８Ｄ１１を大きく上回った（図２、ＩＣ５０値は以下である）。
【0106】
また、抗体３３６Ｆ０７およびそのバリアントである３３６Ｆ０７－ｖａｒ１、３３６Ｆ０７－ｖａｒ４は、すべての血清型のＢＫシュードウイルスを強く阻害した。３３６Ｆ０７はＰ８Ｄ１１を大きく上回った（図２、ＩＣ５０値は以下である）。
【0107】
実施例４－抗ＢＫウイルス抗体による長期的なウイルス中和
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体によるｉｎ ｖｉｔｒｏでの長期的なウイルス中和に取り組むため、ヒト初代腎近位尿細管上皮細胞（ＨＰＲＴＥＣ）、野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）、抗ＢＫウイルス抗体の共培養を繰り返し行った。試験開始時に、抗ＢＫウイルス抗体を、ＥＣ９５、ＥＣ５０、ＥＣ５のウイルス抑制力に対応した３つの異なる濃度で、細胞－ウイルス共培養に１週間添加した。この後、凍結融解を３回繰り返し、細胞および残りの上清からウイルスを採取した。次に、このウイルス抽出物１０ｕｌを、様々な濃度の抗体の存在下、新たに播種したＨＲＰＴＥＣ細胞に添加した。 接種２週間後に再びウイルス量を定量し、次の感染サイクルに使用するウイルス抽出液を作製した。この手順を３回繰り返し、合計８週間の共培養を行った。
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体によるｉｎ ｖｉｔｒｏでの長期的なウイルス中和に取り組むため、ヒト初代腎近位尿細管上皮細胞（ＨＰＲＴＥＣ）、野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）、抗ＢＫウイルス抗体の共培養を繰り返し行った。試験開始時に、抗ＢＫウイルス抗体を、ＥＣ９５、ＥＣ５０、ＥＣ５のウイルス抑制力に対応した３つの異なる濃度で、細胞－ウイルス共培養に１週間添加した。この後、凍結融解を３回繰り返し、細胞および残りの上清からウイルスを採取した。次に、このウイルス抽出物１０ｕｌを、様々な濃度の抗体の存在下、新たに播種したＨＲＰＴＥＣ細胞に添加した。 接種２週間後に再びウイルス量を定量し、次の感染サイクルに使用するウイルス抽出液を作製した。この手順を３回繰り返し、合計８週間の共培養を行った。
【0108】
アッセイは、９６ウェルフラットボトム細胞培養プレートで三重で実施した。培養上清中のウイルス量の定量は、１５μｌの培地を採取し、９５℃で１０分間熱不活性化した後、プライマー５’－ＧＧＡＴＧＧＧＣＡＧＣＣＴＡＴＧＴＡＴＧ－３’（配列番号５３）および５’－ＴＣＡＴＡＴＣＴＧＧＧＴＣＣＣＣＴＧＧＡ－３’（配列番号５４）並びにＴａｑＭａｎＴＭプローブ ＦＡＭ－ＡＧＧＧＴＧＴＴＴＧＡＴＧＧＣＡＣＡＧＡ－ＴＡＭＲＡ（配列番号５５）を用いてｑＰＣＲを行った。ＰＣＲはＰｅｒｆｅＣＴａ ｑＰＣＲ ＴｏｕｇｈＭｉｘ（Ｑｕａｎｔａｂｉｏ，＃９５１４０）を用いて、以下の条件で行った：９５℃で８分、並びに９５℃１０秒および６０℃６０秒のサイクルを４０回。
【0109】
結果
抗体３１９Ｃ０７は、Ｐ８Ｄ１１と比較して、より完全なウイルスの中和を示す。このことは、８週間後の最後の感染－中和サイクルを見ると最も明らかで、ＥＣ９５とＥＣ５０に相当する濃度ではもうウイルスが検出されないのに対し、Ｐ８Ｄ１１ではＥＣ９５とＥＣ５０の両方で測定可能なウイルス量が検出された。（図３、この図ではＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
抗体３１９Ｃ０７は、Ｐ８Ｄ１１と比較して、より完全なウイルスの中和を示す。このことは、８週間後の最後の感染－中和サイクルを見ると最も明らかで、ＥＣ９５とＥＣ５０に相当する濃度ではもうウイルスが検出されないのに対し、Ｐ８Ｄ１１ではＥＣ９５とＥＣ５０の両方で測定可能なウイルス量が検出された。（図３、この図ではＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
【0110】
また、抗体３３６Ｆ０７は、Ｐ８Ｄ１１と比較して、より完全なウイルスの中和を示す。これは、８週間後の最後の感染－中和サイクルを見たときに最も明らかになる（図３、この図ではＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
【0111】
実施例５ － 抗ＢＫウイルス抗体と立体配置エピトープとの結合
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体が立体配置エピトープに結合しているかどうかを調べるために、ネイティブな状態のＶＰ１と変性した状態のＶＰ１のドットブロットを実施した。血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶのＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーを、そのままの形か、ＳＤＳとβ－メルカプトエタノールを含むＴｒｉｓバッファーを用いて８５℃５分間加熱して化学熱変性後、ニトロセルロース膜にスポットした。両方の膜を抗ＢＫウイルス抗体とインキュベートし、ヒトＦｃを指向するＨＲＰ結合二次抗体を用いてその結合を明らかにした。検出は比色基質（Ｓｉｇｍａ Ｆａｓｔ ＤＡＢ）を用いて行った。
材料と方法
抗ＢＫウイルス抗体が立体配置エピトープに結合しているかどうかを調べるために、ネイティブな状態のＶＰ１と変性した状態のＶＰ１のドットブロットを実施した。血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶのＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーを、そのままの形か、ＳＤＳとβ－メルカプトエタノールを含むＴｒｉｓバッファーを用いて８５℃５分間加熱して化学熱変性後、ニトロセルロース膜にスポットした。両方の膜を抗ＢＫウイルス抗体とインキュベートし、ヒトＦｃを指向するＨＲＰ結合二次抗体を用いてその結合を明らかにした。検出は比色基質（Ｓｉｇｍａ Ｆａｓｔ ＤＡＢ）を用いて行った。
【0112】
結果
抗体３１９Ｃ０７と抗体３３６Ｆ０７は、立体配置エピトープへの選択的な結合を示す（図４）。変性した抗原は染色されないので、線形エピトープへの結合は除外できる。線形エピトープを認識することが知られている市販の対照抗体（Ａｂ５３９７７，Ａｂｃａｍ，ｒａｂｂｉｔ－ＩｇＧ）は、変性ＶＰ１も非変性ＶＰ１も検出した。
抗体３１９Ｃ０７と抗体３３６Ｆ０７は、立体配置エピトープへの選択的な結合を示す（図４）。変性した抗原は染色されないので、線形エピトープへの結合は除外できる。線形エピトープを認識することが知られている市販の対照抗体（Ａｂ５３９７７，Ａｂｃａｍ，ｒａｂｂｉｔ－ＩｇＧ）は、変性ＶＰ１も非変性ＶＰ１も検出した。
【0113】
実施例６ － ＥＬＩＳＡにおけるＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーの変異体およびＪＣＶ－ＶＰ１－ペンタマーとの結合性
材料と方法
ＶＰ１－血清型Ｉｂ野生型配列をもとに、様々な位置に変異を導入した。同様に、ＪＣウイルスのＶＰ１も使用した。抗ＢＫウイルス抗体と野生型およびバリアントＶＰ１ペンタマーとの結合をＥＬＩＳＡ法により解析した。 簡単に説明すると、Ｃｏｓｔａｒ（登録商標） Ａｓｓａｙ Ｐｌａｔｅ ９６ ｗｅｌｌ， ｈａｌｆ ａｒｅａ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｌａｔｅ （Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ． ＃３６９０） に１μｇ／ｍｌ ＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーバリアントを３０μｌ／ｗｅｌｌで４℃にて一晩コーティングした。１６時間後、ＰＢＳで希釈した５％スキムミルクパウダー（Ｒａｐｉｌａｉｔ， Ｍｉｇｒｏｓ ＃７６１０２０００１７５９８）を用いて非特異的結合をブロックした。抗体は６７ｎＭから０．０２ｎＭまで０．５％スキムミルクを含むＰＢＳで連続希釈し、抗原コートしたプレート上で１．５時間インキュベートした。その後、プレートをＰＢＳ ０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０ （ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ， Ａ４９７４） で３回洗浄し、０．５％ スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで一万分の１に希釈した二次抗体（ＨＲＰ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ， Ｊａｃｋｓｏｎ－Ｉｍｍｕｎｏ ＃１０９－０３５－０９８） で４５分インキュベートした。結合した二次抗体のＨＲＰ活性は、３０μｌ／ｗｅｌｌ ＴＭＢ ｌｉｑｕｉｄ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ， ＃Ｔ０４４０）を用いて明らかにした。２．５分後、１５μｌ／ｗｅｌｌの１Ｍ Ｈ２ＳＯ４を加えて反応を停止させた。４５０ ｎｍで吸光度を検出した（Ｔｅｃａｎ， ＣＭ ＩＮＦＩＮＩＴＥ ＭＯＮＯ ２００）。データをプロットし、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）の３パラメータ解析によりＥＣ５０値を求め、ＥＣ５０ＥＬＩＳＡ（ＥＣ５０Ｅ）と称した。
材料と方法
ＶＰ１－血清型Ｉｂ野生型配列をもとに、様々な位置に変異を導入した。同様に、ＪＣウイルスのＶＰ１も使用した。抗ＢＫウイルス抗体と野生型およびバリアントＶＰ１ペンタマーとの結合をＥＬＩＳＡ法により解析した。 簡単に説明すると、Ｃｏｓｔａｒ（登録商標） Ａｓｓａｙ Ｐｌａｔｅ ９６ ｗｅｌｌ， ｈａｌｆ ａｒｅａ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｌａｔｅ （Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ． ＃３６９０） に１μｇ／ｍｌ ＢＫＶ－ＶＰ１ペンタマーバリアントを３０μｌ／ｗｅｌｌで４℃にて一晩コーティングした。１６時間後、ＰＢＳで希釈した５％スキムミルクパウダー（Ｒａｐｉｌａｉｔ， Ｍｉｇｒｏｓ ＃７６１０２０００１７５９８）を用いて非特異的結合をブロックした。抗体は６７ｎＭから０．０２ｎＭまで０．５％スキムミルクを含むＰＢＳで連続希釈し、抗原コートしたプレート上で１．５時間インキュベートした。その後、プレートをＰＢＳ ０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０ （ＡｐｐｌｉＣｈｅｍ， Ａ４９７４） で３回洗浄し、０．５％ スキムミルクパウダーを含むＰＢＳで一万分の１に希釈した二次抗体（ＨＲＰ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ， Ｊａｃｋｓｏｎ－Ｉｍｍｕｎｏ ＃１０９－０３５－０９８） で４５分インキュベートした。結合した二次抗体のＨＲＰ活性は、３０μｌ／ｗｅｌｌ ＴＭＢ ｌｉｑｕｉｄ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ （Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ， ＃Ｔ０４４０）を用いて明らかにした。２．５分後、１５μｌ／ｗｅｌｌの１Ｍ Ｈ２ＳＯ４を加えて反応を停止させた。４５０ ｎｍで吸光度を検出した（Ｔｅｃａｎ， ＣＭ ＩＮＦＩＮＩＴＥ ＭＯＮＯ ２００）。データをプロットし、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）の３パラメータ解析によりＥＣ５０値を求め、ＥＣ５０ＥＬＩＳＡ（ＥＣ５０Ｅ）と称した。
【0114】
結果
野生型ＶＰ１と比較したＢＫＶの変異型ＶＰ１への結合、および近縁のＪＣポリオーマウイルスのＶＰ１への結合を、抗体３１９Ｃ０７について抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して検証した。抗体３１９Ｃ０７はＪＣウイルスのＶＰ１に全く結合しないが、抗体Ｐ８Ｄ１１は弱いが有意な結合を示す。Ｎ６２、Ｄ１７５、またはＳ２７５の位置のアミノ酸をアラニンに変異させると、３１９Ｃ０７の結合親和性はわずかに低下する。アミノ酸Ｋ１７２をアラニンに変えても、結合力は低下しない。一方、Ｐ８Ｄ１１はＶＰ１－Ｉ－Ｋ１７２Ａ変異体への結合が減少しており、Ｎ６２Ａ、Ｄ１７５ＡまたはＳ２７５Ａ変異体への結合には影響がない。抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して、３１９Ｃ０７は明らかに異なるパターンを示し、Ｐ８Ｄ１１と比較してＶＰ１の異なるアミノ酸と相互作用することが示唆された（図５）。
野生型ＶＰ１と比較したＢＫＶの変異型ＶＰ１への結合、および近縁のＪＣポリオーマウイルスのＶＰ１への結合を、抗体３１９Ｃ０７について抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して検証した。抗体３１９Ｃ０７はＪＣウイルスのＶＰ１に全く結合しないが、抗体Ｐ８Ｄ１１は弱いが有意な結合を示す。Ｎ６２、Ｄ１７５、またはＳ２７５の位置のアミノ酸をアラニンに変異させると、３１９Ｃ０７の結合親和性はわずかに低下する。アミノ酸Ｋ１７２をアラニンに変えても、結合力は低下しない。一方、Ｐ８Ｄ１１はＶＰ１－Ｉ－Ｋ１７２Ａ変異体への結合が減少しており、Ｎ６２Ａ、Ｄ１７５ＡまたはＳ２７５Ａ変異体への結合には影響がない。抗体Ｐ８Ｄ１１と比較して、３１９Ｃ０７は明らかに異なるパターンを示し、Ｐ８Ｄ１１と比較してＶＰ１の異なるアミノ酸と相互作用することが示唆された（図５）。
【0115】
ＢＫＶのＶＰ１の変異型と野生型のＶＰ１、および近縁のＪＣポリオーマウイルスのＶＰ１に対する結合も、抗体３３６Ｆ０７で抗体Ｐ８Ｄ１１と比較してテストされた。抗体３３６Ｆ０７はＪＣウイルスのＶＰ１に全く結合しないが、抗体Ｐ８Ｄ１１は弱いが有意な結合を示す。位置Ｎ６２またはＥ７３にアミノ酸に変異があると、３３６ＦＣ０７は結合親和性がわずかに低下する。アミノ酸Ｋ１７２をアラニンに変えても、結合力は低下しない。一方、Ｐ８Ｄ１１はＶＰ１－Ｉ－Ｋ１７２Ａ変異体への結合が減少しており、Ｎ６２ＡやＥ７３Ｑ変異体への結合には影響がないことがわかった。抗体Ｐ８Ｄ１１と比較すると、３３６Ｆ０７は明らかに異なるパターンを示し、Ｐ８Ｄ１１とは異なるＶＰ１のアミノ酸と相互作用していることが示唆された（図５）。
【0116】
実施例７ － 感染ＨＲＰＴＥＣ細胞からのウイルス拡散の抑制
材料と方法
初代ヒト腎近位尿細管上皮細胞（ＨＲＰＴＥＣ）をＢＫＶ（３３－１株、ＡＴＣＣ（登録商標） ４５０２４ＴＭ）に感染させた。５日後、細胞をセルスクレーパーで軽く引っ掻き、ＰＢＳで広範囲に洗浄し、細胞から遊離したウイルスをすべて除去した。次に、細胞を、接着して成長するＨＲＰＴＥＣと様々な希釈度のＢＫＶ－中和抗体を含むウェルに加えた。細胞接種８日後に各ウェルから上清１０μｌを取り出し、記載されているように、プライマー５’－ＧＧＡＴＧＧＧＣＡＧＣＣＴＡＴＧＴＡＴＧ－３’（配列番号５３）および５’－ＴＣＡＴＡＴＣＴＧＧＧＴＣＣＣＣＴＧＧＡ－３’（配列番号５４）並びにプローブＦＡＭ－５’－ＡＧＧＧＴＧＴＴＴＧＡＴＧＧＣＡＣＡＧＡ－３’－ＴＡＭＲＡ（配列番号５５）を用いた定量ＰＣＲによりウイルス量を測定した（Ｍａｒｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｕｓｅｓ， ２０１８ Ａｕｇ ３０；１０（９）：４６６）。
材料と方法
初代ヒト腎近位尿細管上皮細胞（ＨＲＰＴＥＣ）をＢＫＶ（３３－１株、ＡＴＣＣ（登録商標） ４５０２４ＴＭ）に感染させた。５日後、細胞をセルスクレーパーで軽く引っ掻き、ＰＢＳで広範囲に洗浄し、細胞から遊離したウイルスをすべて除去した。次に、細胞を、接着して成長するＨＲＰＴＥＣと様々な希釈度のＢＫＶ－中和抗体を含むウェルに加えた。細胞接種８日後に各ウェルから上清１０μｌを取り出し、記載されているように、プライマー５’－ＧＧＡＴＧＧＧＣＡＧＣＣＴＡＴＧＴＡＴＧ－３’（配列番号５３）および５’－ＴＣＡＴＡＴＣＴＧＧＧＴＣＣＣＣＴＧＧＡ－３’（配列番号５４）並びにプローブＦＡＭ－５’－ＡＧＧＧＴＧＴＴＴＧＡＴＧＧＣＡＣＡＧＡ－３’－ＴＡＭＲＡ（配列番号５５）を用いた定量ＰＣＲによりウイルス量を測定した（Ｍａｒｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｕｓｅｓ， ２０１８ Ａｕｇ ３０；１０（９）：４６６）。
【0117】
結果
抗体３１９Ｃ０７は、ＨＲＰＴＥＣ中でのＢＫＶ拡散抑制についてＰ８Ｄ１１の約１００倍の優位性を示し、抗体３３６Ｆ０７もＨＲＰＴＥＣ中のＢＫＶ拡散抑制についてＰ８Ｄ１１に対して有意な優位性を示す（図６、この図でＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
抗体３１９Ｃ０７は、ＨＲＰＴＥＣ中でのＢＫＶ拡散抑制についてＰ８Ｄ１１の約１００倍の優位性を示し、抗体３３６Ｆ０７もＨＲＰＴＥＣ中のＢＫＶ拡散抑制についてＰ８Ｄ１１に対して有意な優位性を示す（図６、この図でＰ８Ｄ１１を「ＢＭ２」と表記する）。
【0118】
実施例８ － 抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）
材料と方法
野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）を感染させた、または感染させていない、フラットボトム９６ウェルプレートに播種したＨＰＲＴＥＣを標的細胞として使用した。エフェクター細胞としては、Ｐｒｏｍｅｇａ社のＡＤＣＣ Ｒｅｐｏｒｔｅｒ Ｂｉｏａｓｓａｙ Ｇ７０１５の構成要素である人工Ｊｕｒｋａｔ細胞を使用した。このアッセイでは、ＡＤＣＣ活性の代用として、エフェクター細胞によるＦｃ－γＲＩＩＩａシグナルを発光の読み出しにより定量化する。
材料と方法
野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）を感染させた、または感染させていない、フラットボトム９６ウェルプレートに播種したＨＰＲＴＥＣを標的細胞として使用した。エフェクター細胞としては、Ｐｒｏｍｅｇａ社のＡＤＣＣ Ｒｅｐｏｒｔｅｒ Ｂｉｏａｓｓａｙ Ｇ７０１５の構成要素である人工Ｊｕｒｋａｔ細胞を使用した。このアッセイでは、ＡＤＣＣ活性の代用として、エフェクター細胞によるＦｃ－γＲＩＩＩａシグナルを発光の読み出しにより定量化する。
【0119】
抗ＢＫＶ抗体または対照抗体を連続希釈してエフェクター細胞とともにＨＰＲＴＥＣ培養に加え、６時間インキュベートした後、アッセイキットメーカーの記載に従って生物発光を発現させ測定した。
【0120】
結果
３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７は、感染したＨＰＲＴＥＣに対して同等のＡＤＣＣ活性を示し、さらにＰ８Ｄ１１と同等のＡＤＣＣ活性を示した。３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７、Ｐ８Ｄ１１のいずれについても、感染させなかったＨＰＲＴＥＣでは、ＡＤＣＣは観察されなかった（図７）。
３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７は、感染したＨＰＲＴＥＣに対して同等のＡＤＣＣ活性を示し、さらにＰ８Ｄ１１と同等のＡＤＣＣ活性を示した。３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７、Ｐ８Ｄ１１のいずれについても、感染させなかったＨＰＲＴＥＣでは、ＡＤＣＣは観察されなかった（図７）。
【0121】
実施例９ － 補体依存性毒性
材料と方法
野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）を感染させた、または感染させていない、フラットボトム９６ウェルプレートに播種したＨＰＲＴＥＣを標的細胞として使用した。細胞を１００μｇ／ｍｌから始まる連続希釈の抗ＢＫＶ抗体と２０％ヒト血清で一晩インキュベートし、細胞生存率をサイトメーターでＦＳＣ／ＳＳＣ クリテリウム（ｃｒｉｔｅｒｉｕｍ）を用いて生細胞の比率を決定することにより定量化した。
材料と方法
野生型ＢＫウイルスＩ株（ＡＴＣＣ（登録商標） ＶＲ－８３７ＴＭ）を感染させた、または感染させていない、フラットボトム９６ウェルプレートに播種したＨＰＲＴＥＣを標的細胞として使用した。細胞を１００μｇ／ｍｌから始まる連続希釈の抗ＢＫＶ抗体と２０％ヒト血清で一晩インキュベートし、細胞生存率をサイトメーターでＦＳＣ／ＳＳＣ クリテリウム（ｃｒｉｔｅｒｉｕｍ）を用いて生細胞の比率を決定することにより定量化した。
【0122】
結果
３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７は１００μｇ／ｍｌの濃度で、感染ＨＰＲＴＥＣに対してＣＤＣ活性を示さず、ＨＲＰＴＥＣの無関係なターゲットに向けられた抗体Ｐ８Ｄ１１と対照抗体リツキシマブでも同じ観察がなされた（図８）。
３１９Ｃ７と３３６Ｆ０７は１００μｇ／ｍｌの濃度で、感染ＨＰＲＴＥＣに対してＣＤＣ活性を示さず、ＨＲＰＴＥＣの無関係なターゲットに向けられた抗体Ｐ８Ｄ１１と対照抗体リツキシマブでも同じ観察がなされた（図８）。
【図1-1】
【図1-2】
【図1-3】
【図1-4】
【図2-1】
【図2-2】
【図2-3】
【図2-4】
【図2-5】
【図2-6】
【図3-1】
【図3-2】
【図3-3】
【図4】
【図5-1】
【図5-2】
【図5-3】
【図6】
【図7-1】
【図7-2】
【図8】
【配列表】
【国際調査報告】