特表 2023-531201 血液悪性腫瘍の治療のための二重特異性ＣＤ１２３×ＣＤ３ダイアボディの使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-07-21

(54)【発明の名称】血液悪性腫瘍の治療のための二重特異性ＣＤ１２３×ＣＤ３ダイアボディの使用

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6851 20180101AFI20230713BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20230713BHJP

   A61P 35/02 20060101ALI20230713BHJP

   C07K 16/46 20060101ALI20230713BHJP

   G01N 33/53 20060101ALI20230713BHJP

   G01N 33/574 20060101ALI20230713BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6851 Z ZNA

A61K39/395 N

A61P35/02

C07K16/46

G01N33/53 M

G01N33/574 D

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022577592

(86)(22)【出願日】2021-06-09

(85)【翻訳文提出日】2023-01-25

(86)【国際出願番号】 US2021036520

(87)【国際公開番号】W WO2021257334

(87)【国際公開日】2021-12-23

(31)【優先権主張番号】63/041,051

(32)【優先日】2020-06-18

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】504438727

【氏名又は名称】マクロジェニクス，インコーポレーテッド

(71)【出願人】

【識別番号】521187196

【氏名又は名称】ノッティンガム トレント ユニバーシティ

(74)【代理人】

【識別番号】100123858

【弁理士】

【氏名又は名称】磯田 志郎

(72)【発明者】

【氏名】デビッドソン ジャン ケニス

(72)【発明者】

【氏名】ルテラ セルジオ

【テーマコード（参考）】

4B063

4C085

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QQ08

4B063QQ52

4B063QR08

4B063QR42

4B063QR62

4B063QS25

4B063QS34

4B063QX02

4C085AA14

4C085BB11

4C085BB31

4C085EE01

4C085GG01

4H045AA11

4H045BA41

4H045DA76

4H045EA22

4H045EA28

(57)【要約】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は特に、上述のような投与の前の上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。
【選択図】図３

【特許請求の範囲】

【請求項1】

患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定する方法であって、前記方法は：
（ａ）１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現に対して、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、前記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップ；並びに
（ｂ）前記１つ以上の標的遺伝子の発現が、前記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の前記発現に対して増大していることが分かった場合に、前記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として識別するステップであって、前記１つ以上の標的遺伝子は：ＳＥＲＰＨＩＮＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＦＣＧＲ３Ａ／Ｂ、ＦＰＲ１、ＦＢＰ１、ＰＤＧＦＡ、ＣＲＡＢＰ２、ＴＨＢＳ１、ＩＣＯＳ、及びＣＤ８Ｂからなる群から選択される、ステップ
を含む、方法。

【請求項2】

前記方法は：
（ｉ）前記１つ以上の標的遺伝子の前記発現；及び
（ｉｉ）１つ以上の基準遺伝子であって、前記１つ以上の基準遺伝子の発現が前記血液悪性腫瘍と特徴的な関連を有しない、１つ以上の基準遺伝子
を評価する、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記方法は、前記患者の前記１つ以上の基準遺伝子のベースライン発現に対して、前記１つ以上の標的遺伝子の前記発現を評価するステップを含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項4】

前記方法は：
（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体、若しくは複数の前記個体の集団；又は
（ｂ）前記血液悪性腫瘍の治療のためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していなかった個体、若しくは複数の前記個体の集団；又は
（ｃ）前記血液悪性腫瘍の治療のためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していた個体、若しくは複数の前記個体の集団
の、前記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、前記患者の前記１つ以上の標的遺伝子の前記発現を評価するステップを含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項5】

前記集団における前記１つ以上の標的遺伝子の相対発現レベルは、前記個体の集団から得られた細胞試料における遺伝子発現レベルを平均することによって確立される、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項6】

前記患者は：
（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内である、
前記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルを示す、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項7】

前記方法は更に、前記患者が前記治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、前記患者に治療投薬量の前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を投与するステップを含み、
前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の前記投与は、前記患者の体内の血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

血液悪性腫瘍を治療する方法であって、前記方法は：
（ａ）請求項１～６のいずれか１項の方法を採用して、患者が、前記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定するステップ；
（ｂ）前記患者が前記治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、治療投薬量の前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を前記患者に投与するステップ
を含み、
前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の前記投与は、前記患者の体内での前記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する、方法。

【請求項9】

前記細胞試料は骨髄試料である、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項10】

前記発現の評価、又は前記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの前記判定は：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の遺伝子発現レベルを判定するステップ；及び
（ｂ）前記標的遺伝子発現レベルを、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルと比較するステップ
によって実施される、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項11】

前記発現の評価、又は前記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの前記判定は：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料に関する各標的遺伝子の生ＲＮＡレベルを測定するステップであって、前記遺伝子発現プラットフォームは、ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む、ステップ；及び
（ｂ）内部基準遺伝子の測定されたＲＮＡレベルを用いて、前記標的遺伝子に関する測定された前記生ＲＮＡレベルそれぞれに、相対発現値を割り当てるステップ
によって実施される、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項12】

前記１つ以上の基準遺伝子は、ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢのうちの１つ以上を含む、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項13】

遺伝子シグネチャスコアを前記１つ以上の標的遺伝子に関して決定する、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項14】

前記遺伝子シグネチャスコアは：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での、各前記標的遺伝子に関する前記生ＲＮＡレベルを測定するステップ；
（ｂ）測定された前記生ＲＮＡレベルそれぞれを、前記ハウスキーピング遺伝子の幾何平均に対して正規化し、また任意に各ＲＮＡ値を標準に対して更に正規化するステップ；
（ｃ）各正規化済みＲＮＡ値を対数変換するステップ；
（ｄ）前記シグネチャ内の各標的に関する対数変換済みＲＮＡ値を合計するステップ；及び
（ｅ）正規化・対数変換済みＲＮＡ値の合計を、前記シグネチャ内の前記標的遺伝子の個数で除算して、遺伝子シグネチャスコアを生成するステップ
を含むプロセスによって決定される、請求項１３に記載の方法。

【請求項15】

（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子スコアに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、請求項１３又は１４に記載の方法。

【請求項16】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ｓｃＦｖを含む二重特異性抗体又は二重特異性分子である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項17】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ＪＮＪ‐６３７０９１７８、ＸｍＡｂ１４０４５、又はＡＰＶＯ４３６である、請求項１６に記載の方法。

【請求項18】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、２つ、３つ、又は４つのポリペプチド鎖を有する共有結合型二重特異性ダイアボディである、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項19】

前記ダイアボディは：
（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を有する第１のポリペプチド鎖；及び
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を有する第２のポリペプチド鎖
を含み、
前記第１のポリペプチド鎖及び前記第２のポリペプチド鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合している、請求項１８に記載の方法。

【請求項20】

前記患者の前記血液悪性腫瘍は：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；ＣＭＬの急性転化；ＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；リヒター症候群；ＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫からなる群から選択される、請求項１～１９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項21】

前記患者の前記血液悪性腫瘍はＡＭＬである、請求項２０に記載の方法。

【請求項22】

前記患者の前記血液悪性腫瘍は、化学療法に対して不応性である、請求項１～２１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項23】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の前記治療投薬量は、約３０、約６０、約１００、約２００、約３００、約４００、及び約５００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日からなる群から選択される少なくとも１つの用量を含む、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項24】

前記治療投薬量は持続注入によって投与される、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記患者はヒト患者である、請求項１～２４のいずれか１項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

配列表の参照
本出願は、連邦規則法典第３７巻第１．８２１節以下による１つ以上の配列表を含み、これらの配列表は、コンピュータ可読媒体（ファイル名：１３０１＿０１６７Ｐ１＿ＳＴ２５．ｔｘｔ、２０２０年６月１７日作成、サイズ：３１，０６２バイト）において開示されており、上記ファイルは、参照によりその全体が本出願に援用される。

【0002】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は特に、上述のような投与の前の上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【背景技術】

【0003】

Ｉ．ＣＤ１２３
ＣＤ１２３（インターロイキン３受容体α、ＩＬ‐３Ｒａ）は、４０ｋＤａ分子であり、インターロイキン３受容体複合体の一部である（非特許文献１）。インターロイキン３（ＩＬ‐３）は、多能性幹細胞の赤血球、骨髄及びリンパ系前駆細胞への早期分化を促進する。ＣＤ１２３は、ＣＤ３４＋コミット前駆細胞上で発現される（非特許文献２）が、ＣＤ３４＋／ＣＤ３８－正常造血幹細胞によっては発現されない。ＣＤ１２３は、好塩基球、肥満細胞、形質細胞様樹状細胞によって発現され、単球、マクロファージ、及び好酸球によって多少発現され、好中球及び巨核球によってはわずかしか又は全く発現されない。一部の非造血組織（胎盤、精巣のライディッヒ細胞、特定の脳細胞要素、及び一部の内皮細胞）はＣＤ１２３を発現するが、発現は大半が細胞質性である。

【0004】

ＣＤ１２３は、白血病性芽球及び白血病幹細胞（ＬＳＣ）によって発現されることが報告されている（非特許文献３、４）。ヒトの正常前駆体集団では、ＣＤ１２３は造血前駆細胞（ＨＰＣ）のサブセットによって発現されるものの、正常な造血幹細胞（ＨＳＣ）によっては発現されない。ＣＤ１２３はまた、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）及び好塩基球によって、並びに程度はより低いものの単球及び好酸球によって発現される（非特許文献５～９）

【0005】

ＣＤ１２３は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を含む広範な血液悪性腫瘍において、悪性細胞で過剰発現されることが報告されている（非特許文献７）。ＣＤ１２３の過剰発現は、ＡＭＬの予後不良に関連している（非特許文献１０）。

【0006】

ＩＩ．ＣＤ３
ＣＤ３は４つの別個の鎖で構成されたＴ細胞共受容体である（非特許文献１１）。哺乳類では、この複合体は、１つのＣＤ３γ鎖、１つのＣＤ３δ鎖、及び２つのＣＤ３ε鎖を含有する。これらの鎖は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）として知られる分子と会合して、Ｔリンパ球中で活性化シグナルを生成する。ＣＤ３が存在しない場合、ＴＣＲは適切に会合せず、崩壊する（非特許文献１２）。ＣＤ３は、全ての成熟Ｔ細胞の膜に結合し、実質的に他の全ての細胞タイプの膜に結合しないことが分かっている（非特許文献１３～１５を参照）。

【0007】

ＩＩＩ．ＡＭＬ及びＭＤＳ
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）は、一般に休眠している（即ち急速に分裂しない細胞である）ため細胞死（アポトーシス）及び従来の化学療法剤に対する耐性を有する、白血病性幹細胞（ＬＳＣ）の小さな集団で発生し、それによって永続化すると考えられる。ＬＳＣは、高レベルのＣＤ１２３発現を特徴とし、これは、正常なヒト骨髄中の、対応する正常な造血幹細胞には存在しない（非特許文献４、３）。ＣＤ１２３は、ＡＭＬの４５％～９５％、有毛細胞白血病（ＨＣＬ）の８５％、及び急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）の４０％で発現される。ＣＤ１２３発現は、以下の他の複数の悪性腫瘍／前悪性腫瘍にも関連する：慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）前駆細胞（急性転化ＣＭＬを含む）；ホジキン／リード・シュテルンベルグ（ＲＳ）細胞；形質転換された非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；一部の慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）（ＣＤ１１ｃ＋）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）のサブセット（１６％、最も未成熟、大半が成人）、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）ＤＣ２悪性腫瘍、及びＣＤ３４＋／ＣＤ３８－骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）骨髄細胞悪性腫瘍。

【0008】

ＡＭＬは、形質転換された骨髄前駆細胞の、骨髄中での増殖及び蓄積を特徴とするクローン性疾患であり、これは最終的に造血不全につながる。ＡＭＬの発生率は年齢と共に上昇し、高齢の患者ほど、若年の患者に比べて治療成績が悪くなるのが典型的ある（非特許文献１６）。残念ながら現在、ＡＭＬに罹患したほとんどの成人は、この疾患によって死亡している。

【0009】

ＡＭＬの治療はまず、寛解の導入（導入療法）に焦点を合わせる。寛解が達成されると、治療は、このような寛解の確保（寛解後療法又は地固め療法）、及び場合によっては維持療法に焦点を合わせるようにシフトされる。ＡＭＬのための標準的な寛解導入パラダイムは、アントラサイクリン／シタラビンの併用による化学療法であり、またこれに続いて、集中治療に耐える患者の能力、及び化学療法単独での治癒の可能性に応じて、（通常は導入期間中に使用されたものと同一の薬剤をより多い用量で使用した）地固め化学療法、又はヒト幹細胞移植が行われる（例えば非特許文献１７を参照）。

【0010】

導入療法に頻繁に使用される作用剤としては、シタラビン及びアントラサイクリンが挙げられる。シタラビン（ＡｒａＣとしても公知）は、ＤＮＡ合成に干渉することによって、がん細胞（及び他の急速に分裂する正常な細胞）を殺滅する。ＡｒａＣ治療に関連する副作用としては：白血球産生の減少の結果としての、感染症に対する耐性の低下；血小板産生の減少の結果としての出血；及び赤血球細胞の潜在的減少による貧血が挙げられる。他の副作用としては、悪心及び嘔吐が挙げられる。アントラサイクリン（例えばダウノルビシン、ドキソルビシン、及びイダルビシン）は、ＤＮＡ及びＲＮＡ合成の阻害、ＤＮＡの高次構造の破壊、並びに細胞損傷性遊離酸素ラジカルの産生を含む、複数の作用機序を有する。アントラサイクリンの最も重要な副作用は心毒性であり、これにより、投与される生涯用量がかなり制限され、その有用性もある程度制限される。

【0011】

幹細胞移植は、初回又はその後の寛解における、ＡＭＬに罹患した患者の抗白血病療法の最も有効な形態として確立されている（非特許文献１７）。しかしながら残念なことに、新たに診断されたＡＭＬの治療における大幅な進歩にもかかわらず、患者の２０％～４０％は、標準的な導入化学療法で寛解を達成せず、第１完全寛解に達した患者の５０％～７０％は、３年以内の再発が予測される。再発時の、又は抵抗性疾患を有する患者のための最適な戦略は、依然として不確実である（非特許文献１８～２３を参照）。よって新規の治療戦略が必要とされている。

【0012】

ＩＶ．二重特異性分子
非単一特異性分子（例えば二重特異性抗体、二重特異性ダイアボディ、ＢｉＴＥ（登録商標）抗体等）の提供は、異なる複数のエピトープを発現する細胞を共連結及び共局在化する能力という、天然抗体等の単一特異性分子を上回る有意な利点を提供する。従って二重特異性分子は、療法及び免疫診断を含む広範な用途を有する。二重特異性により、様々な用途におけるダイアボディの設計及び操作に高い柔軟性がもたらされ、これにより、多量体抗原への結合活性の強化、異なる抗原の架橋、及び両方の標的抗原の存在に依存する特定の細胞タイプへの指向性標的化が提供される。特に重要なのは、異なる複数の細胞の共連結、例えば細胞傷害性Ｔ細胞等のエフェクタ細胞の、腫瘍細胞に対する架橋である（非特許文献２４、２５）。

【0013】

天然抗体よりも高い能力を有する分子を提供するために、広範な組み換え二重特異性抗体フォーマットが開発されており（例えば特許文献１～７）、これらの大半は、リンカーペプチドを用いて、更なる結合タンパク質（例えばｓｃＦｖ、ＶＬ、ＶＨ等）を、抗体コア（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ若しくはＩｇＭ）に、若しくはこれらの中に融合させるか、複数の抗体結合部分（例えば２つのＦａｂ断片若しくはｓｃＦｖ）を互いに融合させる。別のフォーマットは、リンカーペプチドを用いて、結合タンパク質（例えばｓｃＦｖ、ＶＬ、ＶＨ等）を、ＣＨ２‐ＣＨ３ドメイン等の二量体化ドメインに、又は別のポリペプチドに融合させ（特許文献８～１１）、また他のフォーマットでは、ＣＬ及びＣＨ１ドメインがそれぞれの自然な位置から交換される、並びに／又はＶＬ及びＶＨドメインが、２つ以上の抗原に結合できるように多様化される（特許文献１２、１３）。

【0014】

当該技術分野は更に、２つ以上の異なるエピトープ種に結合できるダイアボディを産生できることに言及している（例えば非特許文献２６を参照）。安定した共有結合型ヘテロ二量体非単一特異性ダイアボディが記載されている（例えば特許文献１４～１８、非特許文献２７～２９を参照）。このようなダイアボディは、１つ以上のシステイン残基を、採用されたポリペプチド種それぞれに組み込む。例えば、システイン残基をこのような構造のＣ末端に付加すると、ポリペプチド鎖間のジスルフィド結合が可能となり、２価分子の結合特性に干渉することなく、結果として得られるヘテロ二量体を安定させることができることが示されている。更に、ダイアボディ様ドメインを含む３価分子が記載されている（例えば特許文献１９、２０を参照）。ダイアボディエピトープ結合ドメインはまた、Ｔリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、又は他の単核細胞で発現される、ＣＤ３、ＣＤ１６、ＣＤ３２、又はＣＤ６４といったいずれの免疫エフェクタ細胞の表面決定因子を指向することもできる。多くの研究において、エフェクタ細胞決定因子、例えばＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）に結合するダイアボディは、該エフェクタ細胞を活性化することも分かった（非特許文献２５、３０、特許文献１４～１８）。通常、エフェクタ細胞の活性化は、Ｆｃ‐ＦｃγＲ相互作用による、エフェクタ細胞への抗原結合抗体の結合によってトリガされ、従ってこの点に関して、ダイアボディ分子は、Ｆｃドメインを含むかどうかにかかわらず、（例えば当該技術分野において公知の、又は本明細書で例示されている、いずれのエフェクタ機能アッセイ（例えばＡＤＣＣアッセイ）においてアッセイされるような）Ｉｇ様の機能を示し得る。腫瘍細胞とエフェクタ細胞とを架橋することにより、ダイアボディは、エフェクタ細胞を腫瘍細胞の付近に運ぶだけでなく、効果的な細胞殺滅をもたらす（例えば非特許文献３１を参照）。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0015】

【特許文献1】国際公開第２００８／００３１１６号

【特許文献2】国際公開第２００９／１３２８７６号

【特許文献3】国際公開第２００８／００３１０３号

【特許文献4】国際公開第２００７／１４６９６８号

【特許文献5】国際公開第２００９／０１８３８６号

【特許文献6】国際公開第２０１２／００９５４４号

【特許文献7】国際公開第２０１３／０７０５６５号

【特許文献8】国際公開第２００５／０７０９６６号

【特許文献9】国際公開第２００６／１０７７８６号

【特許文献10】国際公開第２００６／１０７６１７号

【特許文献11】国際公開第２００７／０４６８９３号

【特許文献12】国際公開第２００８／０２７２３６号

【特許文献13】国際公開第２０１０／１０８１２７号

【特許文献14】国際公開第２００６／１１３６６５号

【特許文献15】国際公開第／２００８／１５７３７９号

【特許文献16】国際公開第２０１０／０８０５３８号

【特許文献17】国際公開第２０１２／０１８６８７号

【特許文献18】国際公開第２０１２／１６２０６８号

【特許文献19】国際公開第２０１５／１８４２０３号

【特許文献20】国際公開第２０１５／１８４２０７号

【非特許文献】

【0016】

【非特許文献1】Stomski, F.C. et al. (1996) “Human Interleukin-3 (IL-3) Induces Disulfide-Linked IL-3 Receptor Alpha- And Beta-Chain Heterodimerization, Which Is Required For Receptor Activation But Not High-Affinity Binding,” Mol. Cell. Biol. 16(6):3035-3046

【非特許文献2】Taussig, D.C. et al. (2005) “Hematopoietic Stem Cells Express Multiple Myeloid Markers: Implications For The Origin And Targeted Therapy Of Acute Myeloid Leukemia,” Blood 106:4086-4092

【非特許文献3】Jordan, C.T. et al. (2000) “The Interleukin-3 Receptor Alpha Chain Is A Unique Marker For Human Acute Myelogenous Leukemia Stem Cells,” Leukemia 14:1777-1784

【非特許文献4】Jin, W. et al. (2009) “Regulation Of Th17 Cell Differentiation And EAE Induction By MAP3K NIK,” Blood 113:6603-6610

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【非特許文献8】Masten, B.J. et al. (2006) “Characterization Of Myeloid And Plasmacytoid Dendritic Cells In Human Lung,” J. Immunol. 177:7784-7793

【非特許文献9】Korpelainen, E.I. et al. (1995) “Interferon-Gamma Upregulates Interleukin-3 (IL-3) Receptor Expression In Human Endothelial Cells And Synergizes With IL-3 In Stimulating Major Histocompatibility Complex Class II Expression And Cytokine Production,” Blood 86:176-182

【非特許文献10】Tettamanti, M.S. et al. (2013) “Targeting Of Acute Myeloid Leukaemia By Cytokine-Induced Killer Cells Redirected With A Novel CD123-Specific Chimeric Antigen Receptor,” Br. J. Haematol. 161:389-401

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【非特許文献12】Thomas, S. et al. (2010) “Molecular Immunology Lessons From Therapeutic T-Cell Receptor Gene Transfer,” Immunology 129(2):170-177

【非特許文献13】Janeway, C.A. et al. (2005) In: Immunobiology: The Immune System In Health And Disease,” 6th Ed., Garland Science Publishing, NY, pp. 214- 216

【非特許文献14】Sun, Z. J. et al. (2001) “Mechanisms Contributing To T Cell Receptor Signaling And Assembly Revealed By The Solution Structure Of An Ectodomain Fragment Of The CD3ε:γ Heterodimer,” Cell 105(7):913-923

【非特許文献15】Kuhns, M.S. et al. (2006) “Deconstructing The Form And Function Of The TCR/CD3 Complex,” Immunity. 2006 Feb;24(2):133-139

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【非特許文献17】Roboz, G.J. (2012) “Current Treatment Of Acute Myeloid Leukemia,” Curr. Opin. Oncol. 24:711-719

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【非特許文献20】Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) “Cytokine Release Syndrome,” J. Immunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14

【非特許文献21】Milone, M.C. et al. (2018) “The Pharmacology of T Cell Therapies,” Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221

【非特許文献22】Dhodapkar, M.V. et al. (2017) “Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders,” Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568

【非特許文献23】Kroschinsky, F. et al. (2017) “New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management,” Crit. Care 14;21(1):89

【非特許文献24】Staerz et al. (1985) “Hybrid Antibodies Can Target Sites For Attack By T Cells,” Nature 314:628-631

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【非特許文献26】Holliger et al. (1993) “’Diabodies’: Small Bivalent And Bispecific Antibody Fragments,” Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 90:6444-6448

【非特許文献27】Johnson, S. et al. (2010) “Effector Cell Recruitment With Novel Fv-Based Dual-Affinity Re-Targeting Protein Leads To Potent Tumor Cytolysis And In Vivo B-Cell Depletion,” J. Molec. Biol. 399(3):436-449

【非特許文献28】Veri, M.C. et al. (2010) “Therapeutic Control Of B Cell Activation Via Recruitment Of Fcgamma Receptor IIb (CD32B) Inhibitory Function With A Novel Bispecific Antibody Scaffold,” Arthritis Rheum. 62(7):1933-1943

【非特許文献29】Moore, P.A. et al. (2011) “Application Of Dual Affinity Retargeting Molecules To Achieve Optimal Redirected T-Cell Killing Of B-Cell Lymphoma,” Blood 117(17):4542-4551

【非特許文献30】Holliger et al. (1999) “Carcinoembryonic Antigen (CEA)-Specific T-cell Activation In Colon Carcinoma Induced By Anti-CD3 x Anti-CEA Bispecific Diabodies And B7 x Anti-CEA Bispecific Fusion Proteins,” Cancer Res. 59:2909-2916

【非特許文献31】Cao et al. (2003) “Bispecific Antibody Conjugates In Therapeutics,” Adv. Drug. Deliv. Rev. 55:171-197

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0017】

ＣＤ１２３発現性悪性細胞のＴ細胞標的転換細胞殺滅を仲介できる、ＣＤ１２３及びＣＤ３を標的とするいくつかの二重特異性分子が開発中である（例えばVey, N., et al. (2017) “Interim Results From A Phase 1 First-In-Human Study Of Flotetuzumab, a CD123 x CD3 Bispecific DART Molecule In AML/MDS,” Annals of Oncology, 28(S5)5, mdx373.001; Godwin, C.D., et al. (2017) “Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 Adaptir^TM Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro” Blood. 130(S1): 2639; Forslund, A., et al. (2016) “Ex Vivo Activity Profile of the CD123xCD3 Duobody (Registered Trademark) Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples” Blood 128(22):2875を参照）。しかしながら、Ｔ細胞を血液悪性腫瘍の位置へと標的化できる二重特異性結合分子を採用するための努力は、十分に成功しているとは言えない。従って、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた血液悪性腫瘍の治療のための新規の戦略を開発することについて、満たされていない需要が存在し続けている。本発明はこの需要、及び以下に記載される他の需要に直接対処する。

【課題を解決するための手段】

【0018】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は特に、上述のような投与の前の上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【0019】

詳細には、本発明は、患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定する方法を提供し、上記方法は：
（ａ）１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現に対して、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップ；並びに
（ｂ）上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、上記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の上記発現に対して増大していることが分かった場合に、上記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として識別するステップであって、上記１つ以上の標的遺伝子は：ＳＥＲＰＨＩＮＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＦＣＧＲ３Ａ／Ｂ、ＦＰＲ１、ＦＢＰ１、ＰＤＧＦＡ、ＣＲＡＢＰ２、ＴＨＢＳ１、ＩＣＯＳ、及びＣＤ８Ｂからなる群から選択される、ステップ
を含む。

【0020】

本発明は更に、上記方法が：（ｉ）上記１つ以上の標的遺伝子の上記発現；及び（ｉｉ）その発現が血液悪性腫瘍と特徴的な関連を有しない１つ以上の基準遺伝子を評価する、上記方法の実施形態を提供する。

【0021】

本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の基準遺伝子のベースライン発現に対して上記１つ以上の標的遺伝子の上記発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0022】

本発明は更に、血液悪性腫瘍に罹患している個体の、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、血液悪性腫瘍に罹患している上記個体の、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、又は第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記方法の実施形態を提供する。

【0023】

本発明は更に、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療されなかった個体（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体）、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、良好に治療されなかった上記個体又は上記個体の集団の１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、又は第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記方法の実施形態を提供する。

【0024】

本発明は更に、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療された個体（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体）、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、良好に治療された上記個体又は上記個体の集団の上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数以内（即ち下２５％以内）、第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）、又は第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）である、上記方法の実施形態を提供する。

【0025】

本発明は更に、上記集団における上記１つ以上の標的遺伝子の相対発現レベルが、上記個体の集団から得られた細胞試料における遺伝子発現レベルを平均することによって確立される、上記方法の実施形態を提供する。

【0026】

本発明は更に、上記患者が：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内である、
上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0027】

本発明は更に、上記患者が：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第２四分位数以内である、
上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0028】

本発明は更に、上記患者が：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い、
上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0029】

本発明は更に、上記患者が上述のような治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、上記患者に治療投薬量の上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を投与するステップを更に含み、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の上記投与が、上記患者の体内の血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する、上記方法の実施形態を提供する。

【0030】

本発明は更に、血液悪性腫瘍を治療する方法を提供し、上記方法は：
（ａ）上述の実施形態のうちのいずれか１つの方法を採用して、患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定するステップ；
（ｂ）上記患者がこのような治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、治療投薬量の上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を上記患者に投与するステップ
を含み、
上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与は、上記患者の体内での血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する。

【0031】

本発明は更に、上記治療の開始後に、上記患者から得られた細胞試料中での上記１つ以上の標的遺伝子の発現を、１回以上評価するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0032】

本発明は更に、上記細胞試料が骨髄又は血液試料である、上記方法の実施形態を提供する。特に本発明は、上記細胞試料が骨髄試料である、上記方法の実施形態を提供する。

【0033】

本発明は更に、上記患者の骨髄の試料中での、上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0034】

本発明は更に、特にＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記患者の骨髄の試料中での、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0035】

本発明は更に、発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの判定が：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の遺伝子発現レベルを判定するステップ；及び
（ｂ）標的遺伝子発現レベルを、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルと比較するステップ
によって実施される、上記方法の実施形態を提供する。

【0036】

本発明は更に、発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの判定が：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームで、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の生ＲＮＡレベルを判定するステップであって、上記遺伝子発現プラットフォームは、ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む、ステップ；及び
（ｂ）内部基準遺伝子の測定されたＲＮＡレベルを用いて、上記標的遺伝子に関する測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれに、相対発現値を割り当てるステップ
によって実施される、上記方法の実施形態を提供する。

【0037】

本発明は更に、上記１つ以上の基準遺伝子が、ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢのうちの１つ以上を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0038】

本発明は更に、上記１つ以上の標的遺伝子に関して遺伝子シグネチャスコアを決定する、上記方法の実施形態を提供する。本発明の特定の実施形態では、上記遺伝子シグネチャスコアは、各上記標的遺伝子の上記生ＲＮＡレベルから：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での、各上記標的遺伝子に関する上記生ＲＮＡレベルを測定するステップ；
（ｂ）測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれを、上記ハウスキーピング遺伝子の幾何平均に対して正規化し、また任意に各ＲＮＡ値を標準に対して更に正規化するステップ；
（ｃ）各正規化済みＲＮＡ値を対数変換するステップ；
（ｄ）上記シグネチャ内の各標的に関する対数変換済みＲＮＡ値を合計するステップ；及び
（ｅ）正規化・対数変換済みＲＮＡ値の合計を、上記シグネチャ内の上記標的遺伝子の個数で除算して、遺伝子シグネチャスコアを生成するステップ
を含むプロセスによって決定される。

【0039】

本発明は更に：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0040】

本発明は更に：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第２四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0041】

本発明は更に：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0042】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、ｓｃＦｖを含む二重特異性抗体又は二重特異性分子である、上記方法の実施形態を提供する。

【0043】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、ＪＮＪ‐６３７０９１７８、ＸｍＡｂ１４０４５、又はＡＰＶＯ４３６である、上記方法の実施形態を提供する。

【0044】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、２つ、３つ、又は４つのポリペプチド鎖を有する共有結合型二重特異性ダイアボディである、上記方法の実施形態を提供する。

【0045】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号６のＣＤＲを含むＶＨ_CD123ドメイン；及び
（ｂ）配列番号１０のＣＤＲを含むＶＬ_CD123ドメイン
を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0046】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号６を含むＶＨ_CD123ドメイン；及び
（ｂ）配列番号１０を含むＶＬ_CD123ドメイン
を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0047】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号１４のＣＤＲを含むＶＨ_CD3ドメイン；及び
（ｂ）配列番号１のＣＤＲを含むＶＬ_CD3ドメイン
を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0048】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号１４を含むＶＨ_CD3ドメイン；及び
（ｂ）配列番号１を含むＶＬ_CD3ドメイン
を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0049】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を含む第１のポリペプチド鎖；及び
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を含む第２のポリペプチド鎖
を含むダイアボディであり、上記第１のポリペプチド鎖及び上記第２のポリペプチド鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合している、上記方法の実施形態を提供する。

【0050】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍が：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；ＣＭＬの急性転化；ＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；リヒター症候群；ＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫からなる群から選択される、上記方法の実施形態を提供する。

【0051】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍がＡＭＬ、ＭＤＳ、ＢＰＤＣＮ、又はＴ‐ＡＬＬである、上記方法の実施形態を提供する。

【0052】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍が、化学療法（ＣＴＸ）に対して不応性である、例えばシタラビン／アントラサイクリン系細胞傷害性化学療法に対して不応性である、又は低メチル化剤（ＨＭＡ）化学療法に対して不応性である、上記方法の実施形態を提供する。

【0053】

本発明は更に、芽球細胞（癌細胞）のＣＤ１２３の発現のレベルを、正常な末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）によって発現される対応するベースラインレベルＣＤ１２３と比較して決定するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0054】

本発明は更に、上記発現のレベルが、ＣＤ１２３の細胞表面発現を測定することによって決定される、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、ＣＤ１２３の細胞表面発現が、発現のベースラインレベルに対して少なくとも約２０％増大する、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、ＣＤ１２３発現の増大が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する上記患者の応答性を高める、上記方法の実施形態を提供する。

【0055】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の有効投薬量が、約３０、約６０、約１００、約２００、約３００、約４００、及び約５００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日からなる群から選択される、上記方法の実施形態を提供する。

【0056】

本発明は更に、上記治療投薬量が持続注入として投与される、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、約３０ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約６０ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約２００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約３００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約４００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与し、次に約５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を１日にわたって持続注入で投与する、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記治療投薬量が、最長で更に２１日にわたる、持続注入によって投与される約５００ｎｇ／ｋｇ／日の投与を更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0057】

本発明は更に、上記患者がヒト患者である、上述の全ての方法の実施形態を提供する。

【図面の簡単な説明】

【0058】

【図1】図１Ａ～１Ｃは、例示的なダイアボディ分子の全体的構造を示す。図１Ａは、２つのエピトープ結合ドメイン、ヘテロ二量体促進ドメイン、及びシステイン含有リンカーを有する２鎖ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディ（フロテツズマブとしても知られる「ＤＡＲＴ‐Ａ」）の、第１及び第２のポリペプチド鎖の構造を提供する。図１Ｂ～１Ｃは、３つのポリペプチド鎖で構成される、２つのエピトープ結合ドメインを有するＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディの全体的構造を提供する。上記ポリペプチド鎖のうちの２つは、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを有し、従って会合した鎖はＦｃドメインの全体又は一部を形成する。ＶＬ及びＶＨドメインを含むポリペプチド鎖は更に、ヘテロ二量体促進ドメイン及びリンカーを含む。システイン残基は、リンカーに（図１Ａ及び１Ｂ）、並びに／又はヘテロ二量体促進ドメインに（図１Ｃ）、存在してよい。同一のエピトープを認識するＶＬ及びＶＨドメインは、同一の濃淡又は塗りつぶしパターンを用いて示されている。

【図2】図２は、フロテツズマブに対する完全奏効（完全寛解（ＣＲ）、部分的な血液学的回復を伴う完全寛解（ＣＲｈ）、不完全な血液学的回復を伴う完全寛解（ＣＲｉ））に関連する上位１０個の遺伝子の発現を示す。このコホート内での各遺伝子の発現を、－２から＋２へとスケーリングした。治療後の患者の応答、並びに研究に組み入れた時点での状態及び免疫クラスタが、上部の複数の行に示されている。免疫クラスタ状態は、過去に詳述されているように定義された（Vadakekolathu J, et al. (2020) “Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia,” Sci Transl Med. 12:eaaz0463）。

【図3】図３は、完全奏効、部分奏功、及び無奏功を示す患者に関する１０遺伝子シグネチャスコアをプロットしている。

【図4】図４は、再発した不応性ＡＭＬの患者からのベースライン骨髄試料における、１０遺伝子分類因子スコアと、免疫細胞型特異的な生物活性シグニチャスコアとの間の、相関係数をまとめたヒートマップである。

【図5】図５は、フロテツズマブからの高白血病活性から、１０遺伝子シグネチャスコア及びＥＬＮ細胞遺伝学的リスクの単独での又は組み合わされた場合の予測能力を測定する、ＡＵＲＯＣ曲線を示す。

【発明を実施するための形態】

【0059】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は特に、上述のような投与の前の上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【0060】

上述のように、化学療法耐性及び再発は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）に罹患した小児及び成人の死亡の重大な原因であり続けている。従来の化学療法を受けても、患者のうちの２６．９％しか、５年を超えて生存しないと予想される。

【0061】

急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）に罹患した患者における治療アプローチは、３０年以上にわたってあまり変化していない。標準的な最前線の療法は、ダウノルビシンと組み合わせて投与されるシタラビンの、２薬剤レジメン（いわゆる７＋３導入療法、本明細書中では「ＣＴＸ」と略される）である。低メチル化剤（本明細書中では「ＨＭＡ」と略される）デシタビン及びアザシチジンは一般に、比較的高齢の患者に、又はＣＴＸレジメンが適合しないと考えられる患者に投与される。しかしながら、文献による推定では、患者のうちの最高４５％が、標準的な最前線の化学療法に対して不応性であることが示されている。従来の細胞傷害性化学療法の更なる強化は、これらの薬剤によって一般に誘発される正常細胞に対する急性かつ長期の副作用の重篤度を理由として、実行不可能とみなされてきた（Tasian, S.K. (2018 “Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?,” Ther. Adv. Hematol. 9(6):135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) “Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia” Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) “Cytokine Release Syndrome,” J. Immunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14; Milone, M.C. et al. (2018) “The Pharmacology of T Cell Therapies,” Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) “Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders,” Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) “New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management,” Crit. Care 14;21(1):89）。

【0062】

Ｔ細胞と結合する二重特異性抗体は、炎症誘発性サイトカインの放出を刺激する。このようなサイトカインは、直接的な細胞傷害性によって、並びに免疫細胞を活性化させて腫瘍部位に動員することにより、抗白血病的効能を増大させることができる(Hoseini, S.S. et al. (2107) “Acute Myeloid Leukemia Targets For Bispecific Antibodies,” Blood Cancer Journal 7:e522, doi:10.1038/bcj.2017.2; pp. 1-12）。特に、フロテツズマブというＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療は、再発／不応性（「Ｒ／Ｒ」）ＡＭＬのフェーズ１／２試験で試験されている。血液悪性腫瘍を引き起こす癌細胞を選択的に標的とする、免疫療法の優れた能力にもかかわらず（例えばKoch, J. et al. (2017) “Recombinant Antibodies to Arm Cytotoxic Lymphocytes in Cancer Immunotherapy,” Transfus. Med. Hemother. 44:337-350; Lichtenegger, F.S. et al. (2017) “Recent Developments In Immunotherapy Of Acute Myeloid Leukemia,” J. Hematol. Oncol. 10:142, pp. 1-20を参照）、Ｔ細胞を血液悪性腫瘍の位置に標的化できる二重特異性結合分子を採用するための努力は十分に成功していない。

【0063】

従って、免疫療法を含む新規の治療戦略の発見は、依然として優先事項である。免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境（「ＴＭＥ」）を有するＡＭＬ患者は、無再発生存期間が有意に短いことが過去に報告されており、これは標準的な導入化学療法に対する不応性を示唆している（Vadakekolathu, J. et al. (2017) “Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns,” Blood 130:3942A）。更に、特定の遺伝子発現シグネチャが、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子であるフロテツズマブに対する応答と相関することが報告されている（Vadakekolathu J, et al. (2020) “Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia,” Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463）。

【0064】

本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子発現シグネチャ（gene expression signature）」は、特定の細胞タイプ及び／又は生物学的プロセスに特徴的な遺伝子のグループの遺伝子発現のパターンを指すことを意図したものである（例えばStenner, F. et al. (2018) “Cancer Immunotherapy and the Immune Response in Follicular Lymphoma,” Front. Oncol. 8:219 doi: 10.3389/fonc.2018.00219, pages 1-7; Cesano, A. et al. (2018) “Bringing The Next Generation Of Immuno-Oncology Biomarkers To The Clinic,” Biomedicines 6(14) doi: 10.3390/biomedicines6010014, pages 1-11; Shrestha, G. et al. (2016) “The Value Of Genomics In Dissecting The RAS-Network And In Guiding Therapeutics For RAS-Driven Cancers,” Semin. Cell Dev. Biol. 58:108-117; Gingras, I. et al. (2015) “CCR 20th Anniversary Commentary: Gene-Expression Signature in Breast Cancer--Where Did It Start and Where Are We Now?,” Clin. Cancer Res. 21(21):4743-4746; Eberhart, C.G. (2011) “Molecular Diagnostics In Embryonal Brain Tumors,” Brain Pathol. 21(1):96-104; Baylin, S.B. (2009) “Stem Cells, Cancer, And Epigenetics,” StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.50.1, pages 1-14; Asakura, M. et al. (2009) “Global Gene Expression Profiling In The Failing Myocardium,” Circ. J. 73(9):1568-1576; Shaffer, A.L. et al. (2001) “Signatures Of The Immune Response,” Immunity 15(3):375-385; Staudt, L.M. et al. (2005) “The Biology Of Human Lymphoid Malignancies Revealed By Gene Expression Profiling,” Adv. Immunol. 87:163-208を参照）。観察された遺伝子発現シグネチャ、及び／又は変更された（若しくは変更されていない）１つ以上の生物学的プロセスに起因する該シグネチャの変化を用いて、病原性の医学的状態の存在、性質、及び／又は重篤度を評価できる。

【0065】

本発明の中心的な態様は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子であるフロテツズマブを採用した療法を含む、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を採用した療法に対する好ましい応答を予測する、独自の「１０遺伝子発現シグネチャ（10-Gene Expression Signature）」の特定に関する。「１０遺伝子発現シグネチャ」の１０個の遺伝子は：ＳＥＲＰＨＩＮＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＦＣＧＲ３Ａ／Ｂ、ＦＰＲ１、ＦＢＰ１、ＰＤＧＦＡ、ＣＲＡＢＰ２、ＴＨＢＳ１、ＩＣＯＳ、及びＣＤ８Ｂである。本発明は部分的に、不応性血液悪性腫瘍（例えば急性骨髄性白血病）に罹患した患者の特定の亜集団が、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子（例えばフロテツズマブ）を用いた治療に特に適しているという認識に由来する。この亜集団のメンバーは、上記メンバーが、上述のような１０遺伝子発現シグネチャの発現の上昇を示すことができることによって、容易に同定できる。

【0066】

Ｉ．本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療に特に好適な患者集団の同定
Ａ．「遺伝子発現シグネチャ」の決定方法
ある患者が、１０遺伝子発現シグネチャの発現の上昇を示すかどうかを判断することによって、本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に特に適しているかどうかを識別するために、患者から得られた細胞試料に由来するＲＮＡ試料を評価して、これが、上記シグネチャと相関して発現する１つ以上の「標的（target）」遺伝子の発現の増大のエビデンスとなるかどうかを判断する。このような評価は、遺伝子発現の既存の検出及び／若しくは測定を利用してよく、又はこのような遺伝子発現を検出及び／若しくは測定する１つ以上のステップを組み込んだものであってもよい。本明細書中で使用される場合、用語「細胞試料（cellular sample）」は、細胞又は細胞の抽出物を含有する試料を指す。

【0067】

ある患者が、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を採用した療法に対する好ましい応答に対する応答の特徴である１０遺伝子発現シグネチャを示すかどうかの判断において使用するためのＲＮＡ又はタンパク質のソースとして、いずれの細胞試料を採用してよい。特定の実施形態では、このような遺伝子発現の比較は、患者又はドナーの集団の骨髄（ＢＭ）試料から、又は血液試料から、又は芽球細胞（癌細胞）から得られたＲＮＡを使用して実施される。ドナーの集団の上述のような細胞からＲＮＡを得て、ベースライン発現レベルを提供する場合、採用された発現レベルの平均を使用してよい（例えば幾何平均を採用してよい）。多数の異なる基準集団を、このような遺伝子発現の比較に使用してよい。特定の実施形態では、患者が示す少なくとも１つの標的遺伝子の発現レベルを：血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団；上記基準発現レベルの決定時に上記血液悪性腫瘍に罹患していて、血液悪性腫瘍の治療に対する良好な応答性を有していなかった個体の集団（即ちＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）；及び／又は上記基準発現レベルの決定時に上記血液悪性腫瘍に罹患していて、その後、血液悪性腫瘍が、本発明の方法及び組成物を用いて良好に治療された個体の集団（即ちＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）において示される、上記標的遺伝子の発現レベルと比較する。比較対象集団が、血液悪性腫瘍に罹患している集団である場合、このような集団は好ましくは、同一の血液悪性腫瘍に罹患している個体を患者として含む。このような集団は、化学療法剤を用いた過去の治療後に再発した、及び／又は化学療法剤を用いた治療に対して不応性であった（即ち一次不応性の）個体を含んでよい。比較対象集団が、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた、又は有していなかった個体の集団である場合、上記集団は好ましくは、同一の血液悪性腫瘍に罹患している個体を患者として含む。

【0068】

本明細書中で使用される場合、遺伝子の発現は、ベースライン又は他の比較対象（例えばある集団におけるこのような遺伝子の発現）に対して、その発現が少なくとも約１０％多い、少なくとも約２０％多い、少なくとも約３０％多い、少なくとも約４０％多い、少なくとも約５０％多い、少なくとも約６０％多い、少なくとも約７０％多い、少なくとも約８０％多い、少なくとも約９０％多い、少なくとも約１．５倍多い、少なくとも約２倍多い、少なくとも約２．５倍多い、少なくとも約３倍多い、少なくとも約３．５倍多い、少なくとも約４倍多い、少なくとも約４．５倍多い、少なくとも約５倍多い、少なくとも約５．５倍多い、少なくとも約６倍多い、少なくとも約６．５倍多い、少なくとも約７倍多い、少なくとも約７．５倍多い、少なくとも約８倍多い、少なくとも約８．５倍多い、少なくとも約９倍多い、少なくとも約１０倍多い場合に、「増大している（increased）」と表現される。あるいはこのような増大を、「ｌｏｇ₂倍率変化（log₂-fold change）」に関して記述できる。発現の増大に関して、例えば０．４のｌｏｇ₂倍率変化は約３０％多い発現に相当し；０．５のｌｏｇ₂倍率変化は約４０％多い発現に相当し；０．６のｌｏｇ₂倍率変化は約５０％多い発現に相当し；０．７のｌｏｇ₂倍率変化は約６０％多い発現に相当し；０．８のｌｏｇ₂倍率変化は約７０％多い発現に相当し；０．９のｌｏｇ₂倍率変化は約９０％多い発現に相当し；１のｌｏｇ₂倍率変化は２倍の増大に相当し；１．５のｌｏｇ₂倍率変化は２．８倍の増大に相当し；２のｌｏｇ₂倍率変化は４倍の増大に相当し；２．５のｌｏｇ₂倍率変化は５．７倍の増大に相当し；３のｌｏｇ₂倍率変化は８倍の増大に相当し；３．５のｌｏｇ₂倍率変化は１１．３倍の増大に相当し；４のｌｏｇ₂倍率変化は１６倍の増大に相当する。ｌｏｇ₂倍率変化は一般に、計数をアレイデータと比較する際に使用され、ｔ検定にも適当である。

【0069】

あるいは上記増大は、「遺伝子シグネチャスコア（gene signature score）」に関して記述され、ここでは、標的遺伝子の各クラスタの発現を測定し、１つ以上のハウスキーピング遺伝子及び／又は内部標準に対して正規化して合計することにより、単一の遺伝子シグネチャスコアが生成される。任意に、正規化の後かつ合計の前に、各標的遺伝子の発現に対して対数変換及び／又は重み付けを実施してよい。上記スコアを算出するための方法は、当該技術分野において公知であり、本明細書では特定の方法を提供する（後述の実施例１を参照）。

【0070】

また、患者の１０遺伝子シグネチャスコアは、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0071】

また、患者の１０遺伝子シグネチャスコアは、血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0072】

また、患者の１０遺伝子シグネチャスコアは、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療された個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、少なくとも第１四分位数以内（即ち下２５％以内）である、上記遺伝子シグネチャスコアの少なくとも第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）である、少なくとも第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）である、８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0073】

１０遺伝子シグネチャスコアの増大の発見は、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である。

【0074】

一実施形態では、患者は、標的遺伝子の発現が、評価対象の患者における、該患者が健康だったときの若しくは該患者が血液悪性腫瘍の診断を受ける前の上記遺伝子の発現のベースラインレベルに対して、又は該患者の化学療法治療レジメンの経過中の、若しくは該患者のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を伴う治療レジメンの経過中のある時点における該遺伝子の発現に対して、「増大している」かどうかを判断することによって、１０遺伝子発現シグネチャの上昇を示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。

【0075】

第２の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、１０遺伝子発現シグネチャの上昇を示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベルよりも多く発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。

【0076】

第３の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、過去に本発明の方法及び組成物を用いて血液悪性腫瘍が良好に治療されなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、１０遺伝子発現シグネチャの上昇を示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベル以上に発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。

【0077】

第４の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、過去に本発明の方法及び組成物を用いて血液悪性腫瘍が良好に治療された個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、１０遺伝子発現シグネチャの上昇を示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベル以上に発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内（即ち下２５％以内）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第４四分位数以内の（即ち下７５％より高い）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に、更に好適である。

【0078】

特定の実施形態では、標的遺伝子の発現が「増大している」かどうかは、該標的遺伝子の発現レベルを、疾患に関連しない又は疾患状態の結果として発現の増大を示さない１つ以上の遺伝子（「基準（reference）」遺伝子）の発現レベルと比較することによって判断される。基準遺伝子は異なる複数のレベルで発現することが多いため、基準遺伝子の発現の幾何平均を利用して、スケーリング計数を算出できる。幾何平均は、データセット内のサンプル値毎に各遺伝子を乗算し、得られた積のｎ乗根（ｎは上記セット内の数の個数である）を求めることによって得られる。幾何平均は、一連の数値の中央傾向を示すという点で算術平均と類似している。しかしながら、算術平均とは異なり、幾何平均は、プローブ間の計数レベルの大きさの変動に対する感度が低い。試料のコホートにわたって生物学的シグネチャを比較する際、１つ以上の「基準遺伝子」のセットからの幾何平均を用いて、データセットにわたる個々の試料を正規化することにより、生物学的遺伝子間の比較を、試料の質量入力及び試料の品質等の技術的変動による差異から独立させることができる。

【0079】

好ましい「基準遺伝子」は、正常な細胞及び悪性細胞において同一のレベルで恒常的に発現される。基本的な細胞機能の維持に必要な遺伝子等のハウスキーピング遺伝子（Eisenberg, E. et al. (2003) “Human Housekeeping Genes Are Compact,” Trends in Genetics. 19(7):362-365; kon Butte, A.J. et al. (2001) “Further Defining Housekeeping, Or "Maintenance," Genes Focus On 'A Compendium Of Gene Expression In Normal Human Tissues’,” Physiol. Genomics. 7(2):95-96; Zhu, J. et al. (2008) “On The Nature Of Human Housekeeping Genes,” Trends in Genetics 24(10):481-484; Eisenberg, E. et al. (2013) “Human Housekeeping Genes, Revisited,” Trends in Genetics. 29(10):569-574）が、基準遺伝子の好ましいクラスである。

【0080】

更なる実施形態では、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法は更に、抗ヒトＰＤ‐Ｌ１抗体等の抗ヒトＰＤ‐Ｌ１結合分子、又はヒトＰＤ‐Ｌ１結合ドメインを有するダイアボディの投与を含んでよい。この実施形態に従って使用してよい抗ヒトＰＤ‐Ｌ１結合分子としては、アテゾリズマブ、アベルマブ、及びデュルバルマブが挙げられる（例えば米国特許第９，８７３，７４０号；米国特許第８，７７９，１０８号を参照）。アテゾリズマブ（WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):387）、デュルバルマブ（WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):393-394）、及びアベルマブ（WHO Drug Information, 2016, Recommended INN: List 74, 30(1):100-101）の完全重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、当該技術分野において公知である。

【0081】

更なる代替実施形態では、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法は更に、抗ヒトＰＤ‐１抗体等の抗ヒトＰＤ‐１結合分子、又はヒトＰＤ‐１結合ドメインを有するダイアボディの投与を含んでよい。この実施形態に従って使用してよい抗ヒトＰＤ‐１結合分子としては：ニボルマブ（５Ｃ４、ＢＭＳ‐９３６５５８、ＯＮＯ‐４５３８、ＭＤＸ‐１１０６としても公知、Ｂｒｉｓｔｏｌ‐Ｍｙｅｒｓ ＳｑｕｉｂｂがＯＰＤＩＶＯ（登録商標）として市販）、ペンブロリズマブ（旧称ランブロリズマブ、ＭＫ‐３４７５、ＳＣＨ‐９００４７５としても公知、ＭｅｒｃｋがＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）として市販）、ＥＨ１２．２Ｈ７（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄが市販）、ピジリズマブ（ＣＡＳ登録番号１０３６７３０‐４２‐３、ＣＴ‐０１１としても公知、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、レチファンリマブ（ＣＡＳ登録番号２２２６３４５‐８５‐１、ＭＧＡ０１２としても公知）、及びＤＡＲＴ‐Ｉ（国際公開第２０１７／０１９８４６号で開示）が挙げられる（例えば米国特許第５，９５２，１３６号；米国特許第７，４８８，８０２号；米国特許第７，５２１，０５１号；米国特許第８，００８，４４９号；米国特許第８，０８８，９０５号；米国特許第８，３５４，５０９号；米国特許第８，５５２，１５４号；米国特許第８，７７９，１０５号；米国特許第８，９００，５８７号；米国特許第９，０８４，７７６号；国際公開第２００４／０５６８７５号；国際公開第２００６／１２１１６８号；国際公開第２００８／１５６７１２号；国際公開第２０１２／１３５４０８号；国際公開第２０１２／１４５４９３号；国際公開第２０１３／０１４６６８号；国際公開第２０１４／１７９６６４号；国際公開第２０１４／１９４３０２号；国際公開第２０１５／１１２８００号；国際公開第２０１７／０１９８４６号；及び国際公開第２０１７／２１４０９２号も参照）。

【0082】

Ｂ．例示的な「標的」遺伝子
表１は、標的遺伝子と、１０遺伝子シグネチャにおいて特定される各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）登録番号とを開示する。

【0083】

【表1】

【0084】

Ｃ．例示的な「基準」遺伝子
正常な細胞及び悪性細胞において同一のレベルで恒常的に発現されるハウスキーピング遺伝子は、基準遺伝子の１つの例示的なクラスを構成する。ハウスキーピング遺伝子としては、一般的な遺伝子発現に関与する遺伝子（例えば転写因子、リプレッサ、ＲＮＡスプライシング因子、翻訳因子、ｔＲＮＡ合成酵素、ＲＮＡ結合タンパク質、リボソームタンパク質、ミトコンドリアリボソームタンパク質、ＲＮＡポリメラーゼ、タンパク質プロセシング因子、熱ショックタンパク質、ヒストン、細胞周期調節因子、アポトーシス、癌遺伝子、ＤＮＡ修復／複製等をコードする遺伝子）、代謝に関与する遺伝子（例えば：炭水化物代謝、クエン酸サイクル、脂質代謝、アミノ酸代謝、ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ、シトクロムＣオキシダーゼ、ＡＴＰａｓｅｓ、リソソーム酵素、プロテアソームタンパク質、リボヌクレアーゼ、チオレダクターゼ等の酵素をコードする遺伝子）、細胞構造の完全性に関与する遺伝子（例えば細胞骨格タンパク質、オルガネラ合成に関与するタンパク質、ミトコンドリアタンパク質等をコードする遺伝子）、並びに細胞表面タンパク質（例えば細胞接着タンパク質、イオンチャネル及びトランスポータ、受容体、ＨＬＡ／免疫グロブリン／細胞認識タンパク質等をコードする遺伝子）、及びキナーゼ／シグナリングタンパク質（例えば成長因子、組織壊死因子、カゼインキナーゼ等）に関与する遺伝子が挙げられる。この目的に好適な基準遺伝子は、以下をコードする遺伝子を含む：
・ステロール調節要素結合タンパク質（例えばＡＴＦ１、ＡＴＦ２、ＡＴＦ４、ＡＴＦ６、ＡＴＦ７、ＡＴＦ７、ＢＴＦ３、Ｅ２Ｆ４、ＥＲＨ、ＨＭＧＢ１、ＩＬＦ２、ＩＥＲ２、ＪＵＮＤ、ＴＣＥＢ２等）；
・リプレッサ（例えばＰＵＦ６０等）；
・ＲＮＡスプライシングタンパク質（例えばＢＡＴ１、ＨＮＲＰＤ、ＨＮＲＰＫ、ＰＡＢＰＮ１、ＳＲＳＦ３等）；
・翻訳因子（例えばＥＩＦ１、ＥＩＦ１ＡＤ、ＥＩＦ１Ｂ、ＥＩＦ２Ａ、ＥＩＦ２ＡＫ１、ＥＩＦ２ＡＫ３、ＥＩＦ２ＡＫ４、ＥＩＦ２ＡＫ１、ＥＩＦ２Ｂ２、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｂ４、ＥＩＦ２Ｓ２、ＥＩＦ３Ａ、ＥＩＦ３Ｂ、ＥＩＦ３Ｄ、ＥＩＦ３Ｇ、ＥＩＦ３Ｉ、ＥＩＦ３Ｈ、ＥＩＦ３Ｊ、ＥＩＦ３Ｋ、ＥＩＦ３Ｌ、ＥＩＦ３Ｍ、ＥＩＦ３Ｓ５、ＥＩＦ３Ｓ８、ＥＩＦ４Ａ１、ＥＩＦ４Ａ２、ＥＩＦ４Ａ３、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＩＦ４Ｇ１、ＥＩＦ４Ｇ２、ＥＩＦ４Ｇ３、ＥＩＦ４Ｈ、ＥＩＦ５、ＥＩＦ５、ＥＩＦ５Ａ、ＥＩＦ５ＡＬ１、ＥＩＦ５Ｂ、ＥＩＦ６、ＴＵＦＭ等）；
・ｔＲＮＡ合成酵素（例えばＡＡＲＳ、ＡＡＲＳ２、ＡＡＲＳＤ１４３４、ＣＡＲＳ、ＣＡＲＳ２、ＤＡＲＳ、ＤＡＲＳ２、ＥＡＲＳ２６１４、ＦＡＲＳ２、ＦＡＲＳＡ、ＦＡＲＳＢ、ＧＡＲＳ、ＨＡＲＳ、ＨＡＲＳ２、ＩＡＲＳ、ＩＡＲＳ２、ＫＡＲＳ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＲＳ、ＭＡＲＳ２、ＮＡＲＳ、ＮＡＲＳ２、ＱＡＲＳ、ＲＡＲＳ、ＲＡＲＳ２、ＳＡＲＳ、ＴＡＲＳ、ＶＡＲＳ２、ＷＡＲＳ２、ＹＡＲＳ、ＹＡＲＳ２４３６等）；
・ＲＮＡ結合タンパク質（例えばＥＬＡＶＬ１等）；
・リボソームタンパク質（例えばＲＰＬ５、ＲＰＬ８、ＲＰＬ９、ＲＰＬ１０Ａ、ＲＰＬ１１、ＲＰＬ１４、ＲＰＬ２５、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＲＰＬ２７、ＲＰＬ３０、ＲＰＬ３２、ＲＰＬ３４、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３５Ａ、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＳ５、ＲＰＳ６、ＲＰＳ６ＫＡ３、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＲＰＳ６ＫＢ２、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１９ＢＰ１、ＲＰＳ２０、ＲＰＳ２３、ＲＰＳ２４、ＲＰＳ２７、ＲＰＮ１等）；
・ミトコンドリアリボソームタンパク質（例えばＭＲＰＬ９、ＭＲＰＬ１、ＭＲＰＬ１０、ＭＲＰＬ１１、ＭＲＰＬ１２、ＭＲＰＬ１３、ＭＲＰＬ１４、ＭＲＰＬ１５、ＭＲＰＬ１６、ＭＲＰＬ１７、ＭＲＰＬ１８、ＭＲＰＬ１９、ＭＲＰＬ２、ＭＲＰＬ２０、ＭＲＰＬ２１、ＭＲＰＬ２２、ＭＲＰＬ２３、ＭＲＰＬ２４、ＭＲＰＬ２７、ＭＲＰＬ２８、ＭＲＰＬ３、ＭＲＰＬ３０、ＭＲＰＬ３２、ＭＲＰＬ３３、ＭＲＰＬ３５、ＭＲＰＬ３６、ＭＲＰＬ３７、ＭＲＰＬ３８、ＭＲＰＬ４、ＭＲＰＬ４０、ＭＲＰＬ４１、ＭＲＰＬ４２、ＭＲＰＬ４３、ＭＲＰＬ４４、ＭＲＰＬ４５、ＭＲＰＬ４６、ＭＲＰＬ４７、ＭＲＰＬ４８、ＭＲＰＬ４９、ＭＲＰＬ５０、ＭＲＰＬ５１、ＭＲＰＬ５２、ＭＲＰＬ５３、ＭＲＰＬ５４、ＭＲＰＬ５５、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１０、ＭＲＰＳ１１、ＭＲＰＳ１２、ＭＲＰＳ１４、ＭＲＰＳ１５、ＭＲＰＳ１６、ＭＲＰＳ１７、ＭＲＰＳ１８Ａ、ＭＲＰＳ１８Ｂ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２、ＭＲＰＳ２１、ＭＲＰＳ２２、ＭＲＰＳ２３、ＭＲＰＳ２４、ＭＲＰＳ２５、ＭＲＰＳ２６、ＭＲＰＳ２７、ＭＲＰＳ２８、ＭＲＰＳ３０、ＭＲＰＳ３１、ＭＲＰＳ３３、ＭＲＰＳ３４、ＭＲＰＳ３５、ＭＲＰＳ５、ＭＲＰＳ６、ＭＲＰＳ７、ＭＲＰＳ９等）；
・ＲＮＡポリメラーゼ（例えばＰＯＬＲ１Ｃ、ＰＯＬＲ１Ｄ、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＬＲ２Ａ、ＰＯＬＲ２Ｂ、ＰＯＬＲ２Ｃ、ＰＯＬＲ２Ｄ、ＰＯＬＲ２Ｅ、ＰＯＬＲ２Ｆ、ＰＯＬＲ２Ｇ、ＰＯＬＲ２Ｈ、ＰＯＬＲ２Ｉ、ＰＯＬＲ２Ｊ、ＰＯＬＲ２Ｋ、ＰＯＬＲ２Ｌ、ＰＯＬＲ３Ｃ、ＰＯＬＲ３Ｅ、ＰＯＬＲ３ＧＬ、ＰＯＬＲ３Ｋ等）；
・タンパク質プロセシングタンパク質（例えばＰＰＩＤ、ＰＰＩＥ、ＰＰＩＦ、ＰＰＩＧ、ＰＰＩＨ、ＣＡＮＸ、ＣＡＰＮ１、ＣＡＰＮ７、ＣＡＰＮＳ１、ＮＡＣＡ、ＮＡＣＡ２、ＰＦＤＮ２、ＰＦＤＮ４、ＰＦＤＮ５、ＰＦＤＮ６、ＳＮＸ２、ＳＮＸ３、ＳＮＸ４、ＳＮＸ５、ＳＮＸ６、ＳＮＸ９、ＳＮＸ１２、ＳＮＸ１３、ＳＮＸ１７、ＳＮＸ１８、ＳＮＸ１９、ＳＮＸ２５、ＳＳＲ１、ＳＳＲ２、ＳＳＲ３、ＳＵＭＯ１、ＳＵＭＯ３等）；
・熱ショックタンパク質（例えばＨＳＰＡ４、ＨＳＰＡ５、ＨＳＰＡ８、ＨＳＰＡ９、ＨＳＰＡ１４、ＨＳＢＰ１等）；
・ヒストン（例えばＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、Ｈ１ＦＸ、Ｈ２ＡＦＶ、Ｈ２ＡＦＸ、Ｈ２ＡＦＹ、Ｈ２ＡＦＺ等）；
・細胞周期タンパク質（例えばＡＲＨＧＡＰ３５、ＡＲＨＧＡＰ５、ＡＲＨＧＤＩＡ、ＡＲＨＧＥＦ１０Ｌ、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＲＨＧＥＦ７、ＲＡＢ１０、ＲＡＢ１１Ａ、ＲＡＢ１１Ｂ、ＲＡＢ１４、ＲＡＢ１８、ＲＡＢ１Ａ、ＲＡＢ１Ｂ、ＲＡＢ２１、ＲＡＢ２２Ａ、ＲＡＢ２Ａ、ＲＡＢ２Ｂ３８０、ＲＡＢ３ＧＡＰ１、ＲＡＢ３ＧＡＰ２、ＲＡＢ４０Ｃ、ＲＡＢ４Ａ、ＲＡＢ５Ａ、ＲＡＢ５Ｂ、ＲＡＢ５Ｃ、ＲＡＢ６Ａ、ＲＡＢ７Ａ、ＲＡＢ９Ａ、ＲＡＢＥＰ１、ＲＡＢＥＰＫ、ＲＡＢＧＥＦ１、ＲＡＢＧＧＴＡ、ＲＡＢＧＧＴＢ、ＣＥＮＰＢ、ＣＴＢＰ１、ＣＣＮＢ１ＩＰ１、ＣＣＮＤＢＰ１、ＣＣＮＧ１、ＣＣＮＨ、ＣＣＮＫ４０２、ＣＣＮＬ１、ＣＣＮＬ２、ＣＣＮＹ、ＰＰＰ１ＣＡ、ＰＰＰ１ＣＣ、ＰＰＰ１Ｒ１０、ＰＰＰ１Ｒ１１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＰＰＰ１Ｒ３７、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＰＰ１Ｒ８、ＰＰＰ２ＣＡ、ＰＰＰ２ＣＢ５５２、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＰＰ２Ｒ２Ｄ、ＰＰＰ２Ｒ３Ｃ、ＰＰＰ２Ｒ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｂ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｄ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｅ、ＰＰＰ４Ｃ、ＰＰＰ４Ｒ１、ＰＰＰ４Ｒ２、ＰＰＰ５Ｃ、ＰＰＰ６Ｃ、ＰＰＰ６Ｒ２、ＰＰＰ６Ｒ３、ＲＡＤ１、ＲＡＤ１７、ＲＡＤ２３Ｂ、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＩＳＴ１等）；
・アポトーシスタンパク質（例えばＤＡＤ１、ＤＡＰ３、ＤＡＸＸ等）；
・癌遺伝子タンパク質（例えばＡＲＡＦ、ＭＡＺ、ＭＹＣ等）；
・ＤＮＡ修復／複製タンパク質（例えばＭＣＭ３ＡＰ、ＸＲＣＣ５、ＸＲＣＣ６等）；
・代謝タンパク質（例えばＰＲＫＡＧ１、ＰＲＫＡＡ１、ＰＲＫＡＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＰＲＫＡＧ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＲＩＰ１等）；
・炭水化物代謝タンパク質（例えばＡＬＤＯＡ、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ３、Ｂ４ＧＡＬＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ７、ＧＳＫ３Ａ、ＧＳＫ３Ｂ、ＴＰＩ１、ＰＧＫ１、ＰＧＡＭ５、ＥＮＯＰＨ１、ＬＤＨＡ、ＴＡＬＤＯ１、ＴＳＴＡ３）；
・クエン酸サイクルタンパク質（例えばＳＤＨＡ、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ等）；
・脂質代謝タンパク質（例えばＨＡＤＨＡ等）；
・アミノ酸代謝タンパク質（例えばＣＯＭＴ等）；
・ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（例えばＮＤＵＦＡ２、ＮＤＵＦＡ３、ＮＤＵＦＡ４、ＮＤＵＦＡ５、ＮＤＵＦＡ６、ＮＤＵＦＡ７、ＮＤＵＦＡ８、ＮＤＵＦＡ９、ＮＤＵＦＡ１０、ＮＤＵＦＡ１１、ＮＤＵＦＡ１２、ＮＤＵＦＡ１３、ＮＤＵＦＡＦ２、ＮＤＵＦＡＦ３、ＮＤＵＦＡＦ４、ＮＤＵＦＢ２、ＮＤＵＦＢ３、ＮＤＵＦＢ４、ＮＤＵＦＢ５、ＮＤＵＦＢ６、ＮＤＵＦＢ７、ＮＤＵＦＢ１０、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤＵＦＢ８、ＮＤＵＦＢ９、ＮＤＵＦＣ１、ＮＤＵＦＣ２、ＮＤＵＦＣ２、ＮＤＵＦＳ５、ＮＤＵＦＶ２、ＮＤＵＦＳ２、ＮＤＵＦＳ３、ＮＤＵＦＳ４、ＮＤＵＦＳ５、ＮＤＵＦＳ６、ＮＤＵＦＳ７、ＮＤＵＦＳ８、ＮＤＵＦＶ１、ＮＤＵＦＶ２等）；
・シトクロムＣオキシダーゼ（例えばＣＯＸ４Ｉ１、ＣＯＸ５Ｂ、ＣＯＸ６Ｂ１、ＣＯＸ６Ｃ、ＣＯＸ７Ａ２、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＣＯＸ７Ｃ、ＣＯＸ８、ＣＯＸ８Ａ、ＣＯＸ１１、ＣＯＸ１４、ＣＯＸ１５、ＣＯＸ１６、ＣＯＸ１９６１７、ＣＯＸ２０、ＣＹＣ１、ＵＱＣＣ、ＵＱＣＲ１０、ＵＱＣＲ１１、ＵＱＣＲＢ、ＵＱＣＲＣ１、ＵＱＣＲＣ２、ＵＱＣＲＨＬ５９１、ＵＱＣＲＱ、ＡＴＰａｓｅ、ＡＴＰ２Ｃ１、ＡＴＰ５Ａ１、ＡＴＰ５Ｂ、ＡＴＰ５Ｃ１、ＡＴＰ５Ｄ、ＡＴＰ５Ｆ１、ＡＴＰ５Ｇ２、ＡＴＰ５Ｇ３、ＡＴＰ５Ｈ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＡＴＰ５Ｊ２、ＡＴＰ５Ｌ、ＡＴＰ５Ｏ、ＡＴＰ５Ｓ、ＡＴＰ５ＳＬ、ＡＴＰ６ＡＰ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ２、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｅ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｄ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｅ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｆ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｇ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｈ、ＡＴＰＡＦ２、ＡＴＰＩＦ１等）；
・リソソームタンパク質（例えばＣＴＳＤ、ＣＳＴＢ、ＬＡＭＰ１、ＬＡＭＰ２、Ｍ６ＰＲ等）；
・プロテアソームタンパク質（例えばＰＳＭＡ１、ＰＳＭＡ２、ＰＳＭＡ３、ＰＳＭＡ４、ＰＳＭＡ５、ＰＳＭＡ６、ＰＳＭＡ７、ＰＳＭＢ１、ＰＳＭＢ２、ＰＳＭＢ３、ＰＳＭＢ４、ＰＳＭＢ５、ＰＳＭＢ６、ＰＳＭＢ７、ＰＳＭＣ２、ＰＳＭＣ３、ＰＳＭＣ４、ＰＳＭＣ５、ＰＳＭＣ６、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１０、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１２、ＰＳＭＤ１３、ＰＳＭＤ１４、ＰＳＭＤ２、ＰＳＭＤ３、ＰＳＭＤ４、ＰＳＭＤ５、ＰＳＭＤ６、ＰＳＭＤ７、ＰＳＭＤ８、ＰＳＭＤ９、ＰＳＭＥ２、ＰＳＭＥ３、ＰＳＭＦ１、ＰＳＭＧ２、ＰＳＭＧ３、ＰＳＭＧ４５９１、ＵＢＡ１、ＵＢＡ２、ＵＢＡ３、ＵＢＡ５、ＵＢＡ５２、ＵＢＡＣ２、ＵＢＡＬＤ１、ＵＢＡＰ１、ＵＢＡＰ２Ｌ、ＵＢＢ、ＵＢＣ、ＵＢＥ２Ａ、ＵＢＥ２Ｂ、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｄ４、ＵＢＥ２Ｅ１、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＢＥ２Ｅ３、ＵＢＥ２Ｆ、ＵＢＥ２Ｇ２、ＵＢＥ２Ｈ、ＵＢＥ２Ｉ、ＵＢＥ２Ｊ１、ＵＢＥ２Ｊ２、ＵＢＥ２Ｋ、ＵＢＥ２Ｌ３、ＵＢＥ２Ｍ、ＵＢＥ２Ｎ、ＵＢＥ２ＮＬ９８９、ＵＢＥ２Ｑ１、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＢＥ２Ｖ１、ＵＢＥ２Ｖ２、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＢＥ２Ｚ、ＵＢＥ３Ａ、ＵＢＥ３Ｂ、ＵＢＥ３Ｃ、ＵＢＥ４Ａ、ＵＢＥ４Ｂ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２７Ｘ０７３、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４、ＵＳＰ４７、ＵＳＰ５、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ５９０等）；
・リボヌクレアーゼ（例えばＲＮＨ等）；
・チオレダクターゼ（例えばＴＸＮ２、ＴＸＮＤＣ１１、ＴＸＮＤＣ１２、ＴＸＮＤＣ１５、ＴＸＮＤＣ１７、ＴＸＮＤＣ９、ＴＸＮＬ１、ＴＸＮＬ４Ａ、ＴＸＮＬ４Ｂ、ＴＸＮＲＤ１、細胞骨格、ＡＮＸＡ６、ＡＮＸＡ７、ＡＲＰＣ１Ａ、ＡＲＰＣ２、ＡＲＰＣ５Ｌ、ＣＡＰＺＡ２、ＣＡＰＺＢ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＴ１、ＲＨＯＴ２、ＴＵＢＢ、ＷＤＲ１等）；
・オルガネラ合成に関与するタンパク質（例えばＢＬＯＣ１Ｓ１、ＢＬＯＣ１Ｓ２、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＬＯＣ１Ｓ４、ＢＬＯＣ１Ｓ６、ＡＰ１Ｇ１、ＡＰ１Ｍ１、ＡＰ２Ａ１、ＡＰ２Ａ２、ＡＰ２Ｍ１、ＡＰ２Ｓ１、ＡＰ３Ｂ１、ＡＰ３Ｄ１、ＡＰ３Ｍ１、ＡＰ３Ｓ１、ＡＰ３Ｓ２、ＡＰ４Ｂ１、ＡＰ５Ｍ１、ＡＮＸＡ６、ＡＮＸＡ７、ＡＰ１Ｂ１、ＣＬＴＡ、ＣＬＴＢ、ＣＬＴＣ等）；
・ミトコンドリアタンパク質（例えばＭＴＸ２等）；
・細胞表面タンパク質（例えばＡＰ２Ｓ１、ＣＤ８１、ＧＰＡＡ１、ＬＧＡＬＳ９、ＭＧＡＴ２、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＶＡＭＰ３等）；
・細胞接着タンパク質（例えばＣＴＮＮＡ１、ＣＴＮＮＢ１、ＣＴＮＮＢＩＰ１、ＣＴＮＮＢＬ１、ＣＴＮＮＤ１４５８等）；
・イオンチャネル及びトランスポータタンパク質（例えばＡＢＣＢ１０、ＡＢＣＢ７、ＡＢＣＤ３、ＡＢＣＥ１、ＡＢＣＦ１、ＡＢＣＦ２、ＡＢＣＦ３、ＣＡＬＭ１、ＭＦＳＤ１１、ＭＦＳＤ１２、ＭＦＳＤ３、ＭＦＳＤ５、ＳＬＣ１５Ａ４、ＳＬＣ２０Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＳＬＣ２５Ａ２６、ＳＬＣ２５Ａ２８、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ３２、ＳＬＣ２５Ａ３８、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＳＬＣ２５Ａ４６、ＳＬＣ２５Ａ５、ＳＬＣ２７Ａ４、ＳＬＣ３０Ａ１、ＳＬＣ３０Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ９、ＳＬＣ３５Ａ２、ＳＬＣ３５Ａ４、ＳＬＣ３５Ｂ１、ＳＬＣ３５Ｂ２、ＳＬＣ３５Ｃ２、ＳＬＣ３５Ｅ１、ＳＬＣ３５Ｅ３、ＳＬＣ３５Ｆ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ７、ＳＬＣ４１Ａ３、ＳＬＣ４６Ａ３、ＳＬＣ４８Ａ１、受容体、ＡＣＶＲ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＤ２３等）；
・ＨＬＡ／免疫グロブリン／細胞認識タンパク質（例えばＢＡＴ１、ＢＳＧ、ＭＩＦ、ＴＡＰＢＰ等）；
・キナーゼ／シグナリングタンパク質（例えばＡＤＲＢＫ１、ＡＧＰＡＴ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ３、ＡＲＦ４、ＡＲＦ５、ＡＲＬ２、ＣＳＦ１、ＣＳＫ、ＤＣＴ、ＥＦＮＡ３、ＦＫＢＰ１Ａ、ＧＤＩ１、ＧＮＡＳ１、ＧＮＡＩ２、ＨＡＸ１、ＩＬＫ、ＭＡＰＫＡＰＫ２、ＭＡＰ２Ｋ２、ＭＡＰ３Ｋ１１、ＰＩＴＰＮＭ、ＲＡＣ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＧＡ、ＳＴＫ１９、ＳＴＫ２４、ＳＴＫ２５、ＹＷＨＡＢ、ＹＷＨＡＨ、ＹＷＨＡＱ、ＹＷＨＡＺ等）；
・成長因子（例えばＡＩＦ１、ＨＤＧＦ、ＨＧＳ、ＬＴＢＰ４、ＶＥＧＦＢ、ＺＦＰ３６Ｌ１、組織壊死因子、ＣＤ４０、カゼインキナーゼ、ＣＳＮＫ１Ｅ、ＣＳＮＫ２Ｂ等）；及び
・雑多なタンパク質（例えばＡＬＡＳ１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＲＭＥＴ、ＡＥＳ、ＢＥＣＮ１、ＢＵＤ３１、ＣＫＢ、ＣＰＮＥ１、ＥＮＳＡ、ＦＴＨ１、ＧＤＩ２、ＧＵＫ１、ＨＰＲＴ、ＩＦＩＴＭ１、ＪＴＢ、ＭＭＰＬ２、ＮＭＥ２、ＮＯＮＯ、Ｐ４ＨＢ、ＰＲＤＸ１、ＰＴＭＡ、ＲＰＡ２、ＳＵＬＴ１Ａ３、ＳＹＮＧＲ２、ＴＴＣ１、Ｃ１１Ｏｒｆ１３、Ｃ１４ｏｒｆ２、Ｃ２１ｏｒｆ３３、ＳＰＡＧ７、ＳＲＭ、ＴＥＧＴ、ＤＡＺＡＰ２、ＭＥＡ１等）。

【0085】

例示的なハウスキーピング遺伝子としては、表２に列挙されているものが挙げられる。表２はまた、各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を提供する。これらの遺伝子（及び／又はそのスプライス多様体）のいずれの組み合わせ又は部分的組み合わせを採用してもよい。

【0086】

【表2】

【0087】

特定の実施形態では、以下の基準遺伝子が利用される：ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢ。

【0088】

Ｄ．標的及び基準遺伝子の発現を評価するための例示的方法
ベースライン又は１つ以上の基準遺伝子に対する１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを明らかにするために、評価される各標的遺伝子に対応する細胞試料中のｍＲＮＡの量を決定し、ベースライン又は１つ以上の基準遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現に対して正規化する。このような分析を達成するために、いずれの好適な方法を採用してよい。ある例示的な方法は、ｎＣＯＵＮＴＥＲ（登録商標）分析システム（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）を採用する。ｎＣＯＵＮＴＥＲ（登録商標）分析システムでは、試料のＲＮＡを、遺伝子特異的レポータプローブ及びキャプチャプローブのセットの存在下で、上記試料ＲＮＡが上記プローブにハイブリダイズできるようにするために十分な条件でインキュベートする。各レポータプローブは蛍光バーコードを担持し、各キャプチャプローブは、データ収集のためにハイブリダイズされた複合体を剛性支持体に固定化できるビオチン部分を含有する。ハイブリダイズ後、余剰のプローブを除去し、上記支持体を自動蛍光顕微鏡で走査する。標的分子毎にバーコードを計数する。データ分析は、ｎＳｏｌｖｅｒ（登録商標）４．０分析ソフトウェア（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）等を用いて実施できる。実施例１で提示されているデータは、ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）遺伝子発現パネルキット（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．）を用いて得られたものであり、上記キットは、７７０の異なる遺伝子（腫瘍、腫瘍微小環境、及び免疫応答の境界における主要な経路をカバーする７５０の遺伝子と、データの正規化に使用できる２０の内部基準遺伝子（表５））のためのプローブのセットを内包する。１０遺伝子シグネチャスコアは、以下のように算出される：
・各遺伝子に関する生データ数を、各サンプルに対して選択されたハウスキーピング（ＨＫ）遺伝子（例えばＡＢＣＦ１、ＮＲＤＥ２、Ｇ６ＰＤ、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、ＵＢＢ）の幾何平均に対して正規化する。
・次に、ＨＫ正規化データを、ＩＯ３６０パネル標準、好ましくは試験試料と同一のカートリッジで実行した標準に対して正規化する。
・次に、正規化された各遺伝子数を対数変換する。
・各正規化・対数変換済みＲＮＡ値を１つに合計する。
・正規化・対数変換済みＲＮＡ値の合計を、該シグネチャ内の標的遺伝子の個数（即ち１０）で除算して、単一のスコアを生成する。

【0089】

ＩＩ．例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子
Ａ．ＪＮＪ‐６３７０９１７８
ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、サイレンシングされたＦｃ機能を有するヒト化ＩｇＧ４二重特異性抗体である。この抗体は、Ｇｅｎｍａｂ ＤｕｏＢｏｄｙ（登録商標）技術を用いて生成されたものであり、腫瘍細胞上のＣＤ１２３、及びＴ細胞上のＣＤ３の両方に結合できる。ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、Ｔ細胞をＣＤ１２３発現性腫瘍細胞に動員して、これらの腫瘍細胞の試験管内での殺滅を誘発できる（ＭＯＬＭ‐１３、ＯＣＩ‐ＡＭＬ５、及びＫＧ‐１；ＥＣ５０＝０．５１‐０．９１ｎＭ）。ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、国際公開第２０１６／０３６９３７号、Gaudet, F. et al. (2016) “Development of a CD123 x CD3 Bispecific Antibody (JNJ-63709178) for the Treatment of Acute Myeloid Leukemia (AML),” Blood 128:2824；及びForslund, A. et al. (2016) “Ex Vivo Activity Profile of the CD123 x CD3 Duobody (Registered Trademark) Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples,” Blood 128:2875において開示されており、これらの文献は参照により本出願に援用される。ＪＮＪ‐６３７０９１７８並びに／又は関連抗体：１３ＲＢ１７９、１３ＲＢ１８０、１３ＲＢ１８１、１３ＲＢ１８２、１３ＲＢ１８３、１３ＲＢ１８６、１３ＲＢ１８７、１３ＲＢ１８８、１３ＲＢ１８９、ＣＤ３Ｂ１９、７９５９、３９７８、７９５５、９９５８、８７４７、８８７６、４４３５及び５４６６の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、国際公開第２０１６／０３６９３７号において開示されている。

【0090】

Ｂ．ＸｍＡｂ１４０４５
ＸｍＡｂ１４０４５（ビベコタマブとしても公知）は、ＣＤ１２３結合ドメイン及び細胞傷害性Ｔ細胞結合ドメイン（ＣＤ３）の両方を含む腫瘍指向性抗体である。ＸｍＡｂ二重特異性Ｆｃドメインは、これら２つの抗原結合ドメインの足場として機能し、ＸｍＡｂ１４０４５に対して、長い循環半減期、安定性、及び製造の容易さを付与する。ＸｍＡｂ１４０４５によるＣＤ３の結合は、ＣＤ１２３発現性腫瘍細胞の、極めて強力で標的化された殺滅のために、Ｔ細胞を活性化する（米国公開特許第２０１７／０３４９６６０号；Chu, S.Y. et al. (2014) “Immunotherapy with Long-Lived Anti-CD123 x CD3 Bispecific Antibodies Stimulates Potent T Cell-Mediated Killing of Human AML Cell Lines and of CD123+ Cells in Monkeys: A Potential Therapy for Acute Myelogenous Leukemia,” Blood 124(21):2316、これらの文献は参照により本出願に援用される）。ＸｍＡｂ１４０４５及び類似のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、米国公開特許第２０１７／０３４９６６０号、及びWHO Drug Information, Proposed INN: List 120, 2018, 32(4):658-660において開示されている。

【0091】

Ｃ．ＡＰＶＯ４３６
ＡＰＶＯ４３６は、抗ＣＤ１２３ ｓｃＦｖ部分及び抗ＣＤ３ ｓｃＦｖ部分を有するＡＤＡＰＴＩＲ（商標）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子である。上記ｓｃＦｖ部分はそれぞれ、ＡＤＣＣ／ＣＤＣエフェクタ機能を無効化するように修飾されたＦｃドメインに結合する。ＡＰＶＯ４３６は、低ｎＭ範囲内のＥＣ₅₀値でヒトＣＤ１２３及びＣＤ３発現性細胞に結合すること、及び低いエフェクタ：標的比において、ＣＤ１２３発現性腫瘍細胞株に対する強力な標的特異的活性を示すことが開示されている。ＡＰＶＯ４３６は、一次ＡＭＬ被験者試料及び正常ドナー試料を用いた実験において、ＣＤ１２３発現性細胞の枯渇を伴う内因性Ｔ細胞活性化及び増殖を強力に誘発できることが開示されている。ＡＰＶＯ４３６（Comeau, M.R. et al. (2018) “APVO436, a Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR^TM Molecule for Redirected T-cell Cytotoxicity, Induces Potent T-cell Activation, Proliferation and Cytotoxicity with Limited Cytokine Release,” AACR Annual Meeting April 2018, Abstract 1786; Godwin, C.D. et al. (2017) “Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 ADAPTIR^TM Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro,” American Society of Hematology Annual Meeting, December 2017, Blood 130:2639; Comeau, M.R. et al. (2017) “Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR^TM Molecules for Redirected T-cell Cytotoxicity in Hematological Malignancies,” AACR Annual Meeting April 2017, Abstract 597）。ＡＰＶＯ４３６ ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、国際公開第２０１８／０５７８０２Ａ１号において開示されている。

【0092】

Ｄ．ＤＡＲＴ‐Ａ
ＤＡＲＴ‐Ａ（フロテツズマブとしても公知、ＣＡＳ番号：１６６４３５５‐２８‐５）は、本発明の例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子である。ＤＡＲＴ‐Ａは、ＣＤ１２３のエピトープ及びＣＤ３のエピトープに同時に特異的に結合できる、配列最適化二重特異性ダイアボディＣＤ３（「ＣＤ１２３×ＣＤ３」二重特異性ダイアボディ）である（米国公開特許第２０１６‐０２００８２７号、国際公開第２０１５／０２６８９２号、Al-Hussaini, M. et al. (2016) “Targeting CD123 In Acute Myeloid Leukemia Using A T-Cell-Directed Dual-Affinity Retargeting Platform,” Blood 127:122-131, in Vey, N. et al. (2017) “A Phase 1, First-in-Human Study of MGD006/S80880 (CD123 x CD3) in AML/MDS,” 2017 ASCO Annual Meeting, June 2-6, 2017, Chicago, IL: Abstract TPS7070、これらの各文献は参照によりその全体が本出願に援用される）。ＤＡＲＴ‐Ａは、同様の組成の他の非配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディに比べて強化された機能的活性を示すことが分かっているため、「配列最適化（sequence-optimized）」ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディと呼ばれる。国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０５０４７１は、患者にＤＡＲＴ‐Ａを投与するための特定の投薬レジメンを記載しており、参照によりその全体が本出願に援用される。

【0093】

ＤＡＲＴ‐Ａは、第１のポリペプチド鎖及び第２のポリペプチド鎖を含む（図１）。この二重特異性ダイアボディの第１のポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体の軽鎖可変ドメイン（ＶＬドメイン）（ＶＬ_CD3）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体の重鎖可変ドメイン（ＶＨドメイン）（ＶＨ_CD123）、及びＣ末端を含むことになる。

【0094】

このようなＶＬ_CD3ドメインに関する例示的な配列は、配列番号１：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG
である。

【0095】

ＶＬ_CD3の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_L１（配列番号２）：RSSTGAVTTSNYAN
ＣＤＲ_L２（配列番号３）：GTNKRAP
ＣＤＲ_L３（配列番号４）：ALWYSNLWV
を含む。

【0096】

このようなリンカー１に関する例示的な配列は、配列番号５：GGGSGGGGである。このようなＶＨ_CD123ドメインに関する例示的な配列は、配列番号６：
EVQLVQSGAE LKKPGASVKV SCKASGYTFT DYYMKWVRQA PGQGLEWIGD
IIPSNGATFY NQKFKGRVTI TVDKSTSTAY MELSSLRSED TAVYYCARSH
LLRASWFAYW GQGTLVTVSS
である。

【0097】

ＶＨ_CD123の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_H１（配列番号７）：DYYMK
ＣＤＲ_H２（配列番号８）：DIIPSNGATFYNQKFKG
ＣＤＲ_H３（配列番号９）：SHLLRASWFAY
を含む。

【0098】

第２のポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD123）、介在リンカーペプチド（例えばリンカー１）、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD3）、及びＣ末端を含むことになる。このようなＶＬ_CD123ドメインに関する例示的な配列は、配列番号１０：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIK
である。

【0099】

ＶＬ_CD123の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_L１（配列番号１１）：KSSQSLLNSGNQKNYLT
ＣＤＲ_L２（配列番号１２）：WASTRES
ＣＤＲ_L３（配列番号１３）：QNDYSYPYT
を含む。

【0100】

このようなＶＨ_CD3ドメインに関する例示的な配列は、配列番号１４：
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS TYAMNWVRQA PGKGLEWVGR
IRSKYNNYAT YYADSVKDRF TISRDDSKNS LYLQMNSLKT EDTAVYYCVR
HGNFGNSYVS WFAYWGQGTL VTVSS
である。

【0101】

ＶＨ_CD3の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_H１（配列番号１５）：TYAMN
ＣＤＲ_H２（配列番号１６）：RIRSKYNNYATYYADSVKD
ＣＤＲ_H３（配列番号１７）：HGNFGNSYVSWFAY
を含む。

【0102】

本発明の配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディを、上記第１及び第２のポリペプチドがその長さに沿ってシステイン残基を介して互いに共有結合するように、操作する。このようなシステイン残基は、上記ポリペプチドのＶＬドメインとＶＨドメインとを隔てる介在リンカー（例えばリンカー１）に導入してよい。あるいは、第２のペプチド（リンカー２）を、例えば上記ポリペプチド鎖のＮ末端からＶＬドメインまで、又はＣ末端からＶＨドメインまでの位置において、各ポリペプチド鎖に導入する。このようなリンカー２に関する例示的な配列は、配列番号１８：GGCGGGである。

【0103】

上記ポリペプチド鎖を、反対の電荷のポリペプチドコイルを含有するように更に操作することによって、ヘテロ二量体の形成を促進できる。従ってある特定の実施形態では、ポリペプチド鎖のうちの一方を、その残基がｐＨ７において負の電荷を形成する「Ｅコイル（Ｅ‐ｃｏｉｌ）」ドメイン（配列番号１９：EVAALEKEVAALEKEVAALEKEVAALEK）を含有するように操作し、２つのポリペプチド鎖のうちのもう一方を、その残基がｐＨ７において正の電荷を形成する「Ｋコイル（K-coil）」ドメイン（配列番号２０：KVAALKEKVAALKEKVAALKEKVAALKE）を含有するように操作することになる。このような荷電ドメインの存在は、第１のポリペプチド鎖と第２のポリペプチド鎖との間の会合を促進し、従ってヘテロ二量体化を助長する。

【0104】

どのコイルを第１のポリペプチド鎖又は第２のポリペプチド鎖に提供するかは重要ではない。しかしながら、本発明のある例示的な配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディ（「ＤＡＲＴ‐Ａ」）は、以下の配列（配列番号２１）：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG GGGSGGGGEV QLVQSGAELK KPGASVKVSC KASGYTFTDY
YMKWVRQAPG QGLEWIGDII PSNGATFYNQ KFKGRVTITV DKSTSTAYME
LSSLRSEDTA VYYCARSHLL RASWFAYWGQ GTLVTVSSGG CGGGEVAALE
KEVAALEKEV AALEKEVAAL EK
を有する第１のポリペプチド鎖を有する。

【0105】

ＤＡＲＴ‐Ａの鎖１は：配列番号１‐配列番号５‐配列番号６‐配列番号１８‐配列番号１９で構成される。ＤＡＲＴ‐Ａの第１のポリペプチド鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２２：
caggctgtgg tgactcagga gccttcactg accgtgtccc caggcggaac
tgtgaccctg acatgcagat ccagcacagg cgcagtgacc acatctaact
acgccaattg ggtgcagcag aagccaggac aggcaccaag gggcctgatc
gggggtacaa acaaaagggc tccctggacc cctgcacggt tttctggaag
tctgctgggc ggaaaggccg ctctgactat taccggggca caggccgagg
acgaagccga ttactattgt gctctgtggt atagcaatct gtgggtgttc
gggggtggca caaaactgac tgtgctggga gggggtggat ccggcggcgg
aggcgaggtg cagctggtgc agtccggggc tgagctgaag aaacccggag
cttccgtgaa ggtgtcttgc aaagccagtg gctacacctt cacagactac
tatatgaagt gggtcaggca ggctccagga cagggactgg aatggatcgg
cgatatcatt ccttccaacg gggccacttt ctacaatcag aagtttaaag
gcagggtgac tattaccgtg gacaaatcaa caagcactgc ttatatggag
ctgagctccc tgcgctctga agatacagcc gtgtactatt gtgctcggtc
acacctgctg agagccagct ggtttgctta ttggggacag ggcaccctgg
tgacagtgtc ttccggagga tgtggcggtg gagaagtggc cgcactggag
aaagaggttg ctgctttgga gaaggaggtc gctgcacttg aaaaggaggt
cgcagccctg gagaaa
である。

【0106】

ＤＡＲＴ‐Ａの第２のポリペプチド鎖は、以下の配列（配列番号２３）：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIKGGGSGGG GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF
STYAMNWVRQ APGKGLEWVG RIRSKYNNYA TYYADSVKDR FTISRDDSKN
SLYLQMNSLK TEDTAVYYCV RHGNFGNSYV SWFAYWGQGT LVTVSSGGCG
GGKVAALKEK VAALKEKVAA LKEKVAALKE
を有する。

【0107】

ＤＡＲＴ‐Ａの鎖２は：配列番号１０‐配列番号５‐配列番号１４‐配列番号１８‐配列番号２０で構成される。ＤＡＲＴ‐Ａの第２のポリペプチド鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２４：
gacttcgtga tgacacagtc tcctgatagt ctggccgtga gtctggggga
gcgggtgact atgtcttgca agagctccca gtcactgctg aacagcggaa
atcagaaaaa ctatctgacc tggtaccagc agaagccagg ccagccccct
aaactgctga tctattgggc ttccaccagg gaatctggcg tgcccgacag
attcagcggc agcggcagcg gcacagattt taccctgaca atttctagtc
tgcaggccga ggacgtggct gtgtactatt gtcagaatga ttacagctat
ccctacactt tcggccaggg gaccaagctg gaaattaaag gaggcggatc
cggcggcgga ggcgaggtgc agctggtgga gtctggggga ggcttggtcc
agcctggagg gtccctgaga ctctcctgtg cagcctctgg attcaccttc
agcacatacg ctatgaattg ggtccgccag gctccaggga aggggctgga
gtgggttgga aggatcaggt ccaagtacaa caattatgca acctactatg
ccgactctgt gaaggataga ttcaccatct caagagatga ttcaaagaac
tcactgtatc tgcaaatgaa cagcctgaaa accgaggaca cggccgtgta
ttactgtgtg agacacggta acttcggcaa ttcttacgtg tcttggtttg
cttattgggg acaggggaca ctggtgactg tgtcttccgg aggatgtggc
ggtggaaaag tggccgcact gaaggagaaa gttgctgctt tgaaagagaa
ggtcgccgca cttaaggaaa aggtcgcagc cctgaaagag
である。

【0108】

ＤＡＲＴ‐Ａは、ヒト及びカニクイザル細胞によって配列されるようなＣＤ１２３及びＣＤ３に同時に結合できる能力を有する。ＤＡＲＴ‐Ａの提供はＴ細胞の活性化を引き起こし、芽球の減少を仲介し、Ｔ細胞膨張を促進し、Ｔ細胞活性化を誘発し、標的癌細胞の標的転換殺滅を引き起こすことが分かった（表３）。

【0109】

【表3】

【0110】

より詳細には、ＤＡＲＴ‐Ａは、最高活性の５０％（ＥＣ₅₀）を達成するために必要な濃度がｎｇ／ｍＬ未満の範囲で、強力な標的転換殺滅能力を示し、これは、ＣＤ１２３発現の程度が高い標的細胞株（Ｋａｓｕｍｉ‐３（ＥＣ₅₀＝０．０１ｎｇ／ｍＬ））、ＣＤ１２３発現の程度が中程度の標的細胞株（Ｍｏｌｍ１３（ＥＣ_５０＝０．１８ｎｇ／ｍＬ）及びＴＨＰ‐１（ＥＣ₅₀＝０．２４ｎｇ／ｍＬ））、並びにＣＤ１２３発現の程度が中程度のうちの低い方であるか又は低い標的細胞株（ＴＦ‐１（ＥＣ₅₀＝０．４６ｎｇ／ｍＬ）及びＲＳ４‐１１（ＥＣ₅₀＝０．５ｎｇ／ｍＬ））におけるＣＤ３エピトープ結合特異性とは無関係である。同様に、ＤＡＲＴ‐Ａ標的転換殺滅は、異なるドナーに由来するＴ細胞を含む複数の標的細胞株でも観察され、またＣＤ１２３を発現しない細胞株では標的転換殺滅は観察されなかった。結果を表４にまとめる。

【0111】

【表4】

【0112】

更に、ヒトＴ細胞及び腫瘍細胞（Ｍｏｌｍ１３又はＲＳ４‐１１）を組み合わせて、ＮＯＤ／ＳＣＩＤガンマ（ＮＳＧ）ノックアウトマウスに皮下注射した場合、ＭＯＬＭ１３腫瘍は、０．１６、０．５、０．２、０．１、０．０２、及び０．００４ｍｇ／ｋｇの用量レベルにおいて有意に阻害された。０．００４ｍｇ／ｋｇ以上の用量が、ＭＯＬＭ１３モデルにおいて活性であった。ＲＳ４‐１１モデルと比較した場合にＭＯＬＭ１３モデルにおいて腫瘍成長の阻害に関連するＤＡＲＴ‐Ａの用量がより少ないことは、ＭＯＬＭ１３細胞がＲＳ４‐１１細胞よりも高いＣＤ１２３発現レベルを有することを実証する試験管内データと一致しており、これは、ＭＯＬＭ１３細胞における試験管内でのＤＡＲＴ‐Ａ仲介細胞傷害性に対する感度の上昇と相関していた。

【0113】

ＤＡＲＴ‐Ａは、ＡＭＬ患者由来の一次ＡＭＬ試験片（骨髄単核球（ＢＭＮＣ）及び末梢血単核球（ＰＢＭＣ））に対して活性を有する。一次ＡＭＬ骨髄試料をＤＡＲＴ‐Ａと共にインキュベートすると、これに付随する残留Ｔ細胞（ＣＤ４及びＣＤ８の両方）の膨張と、Ｔ細胞活性化マーカー（ＣＤ２５及びＫｉ‐６７）の誘発とを伴う、経時的な白血病細胞集団の枯渇がもたらされた。ＣＤ８及びＣＤ４ Ｔ細胞の両方における、グランザイムＢ及びパーフォリンレベルの上方制御が観察された。一次ＡＭＬ骨髄試料をＤＡＲＴ‐Ａと共にインキュベートすると、未処理の対照、即ち対照ＤＡＲＴに比べて、経時的な白血病細胞集団の枯渇がもたらされた。Ｔ細胞を計数し（ＣＤ８及びＣＤ４染色）、活性化（ＣＤ２５染色）をアッセイすると、未処理の、即ち対照ＤＡＲＴ試料に比べて、ＤＡＲＴ‐ＡではＴ細胞が膨張して活性化された。またＤＡＲＴ‐Ａは、ヒトＰＢＭＣ及びカニクイザルＰＢＭＣの両方において、ｐＤＣ細胞の枯渇を仲介できることが分かり、カニクイザルｐＤＣは、わずか１０ｎｇ／ｋｇのＤＡＲＴ‐Ａの点滴のわずか４日後に枯渇した。サイトカインであるインターフェロンガンマ、ＴＮＦアルファ、ＩＬ６、ＩＬ５、ＩＬ４、及びＩＬ２のレベルの上昇は、ＤＡＲＴ‐Ａで処置した動物では観察されなかった。これらのデータは、ＤＡＲＴ‐Ａ仲介標的細胞殺滅が、グランザイムＢ及びパーフォリン経路を介して仲介されたことを示している。

【0114】

ＣＤ１２３陰性標的（Ｕ９３７細胞）又は対照ＤＡＲＴでは活性が観察されず、これは、観察されたＴ細胞の活性化が、標的細胞結合に強く依存していたこと、及びＤＡＲＴ‐ＡによるＣＤ３の１価結合は、Ｔ細胞の活性化をトリガするには不十分であったことを示している。

【0115】

要約すると、ＤＡＲＴ‐Ａは、ＴＣＲのＣＤ３εサブユニットに結合して、いくつかの血液悪性腫瘍において上方制御される抗原であるＣＤ１２３を発現する細胞に対してＴリンパ球を標的転換する、抗体ベースの分子である。ＤＡＲＴ‐Ａは、ヒト及びカニクイザルの抗原に同様の親和性で結合し、両方の種からのＴ細胞を標的転換してＣＤ１２３＋細胞を殺滅する。週毎にＤＡＲＴ‐Ａの用量を増加させながら１週間に４又は７日の注入を受けたサルは、処置の開始の７２時間後に、循環ＣＤ１２３＋Ｔ細胞の枯渇を示し、これは、投薬スケジュールに関係なく、４週間の処置全体を通して持続した。循環Ｔ細胞の減少も発生したが、４日の投薬スケジュールでは、サルにおける後の注入の前のベースラインに回復し、これはＤＡＲＴ‐Ａ仲介型の固定化と一致していた。ＤＡＲＴ‐Ａの投与は、循環ＰＤ１＋Ｔ細胞を増大させたが、ＴＩＭ‐３＋Ｔ細胞を増大させず；更に、処置後のサル由来のＴ細胞の生体外分析により、標的転換された標的細胞の溶解が変化していないことが示され、これは疲弊が発生していないことを示している。細胞傷害性は、ＤＡＲＴ‐Ａの最初の注入後、最小限の一過性のサイトカイン放出に制限されたが、後続の投与の後では、用量を増加させ、ＣＤ１２３＋骨髄前駆細胞の減少を伴う赤血球量の最小限の可逆的減少が発生した場合であっても制限されなかった。

【0116】

Ｅ．更なる二重特異性ダイアボディ分子
Ｆｃ領域を含み、かつ図１Ｂに示されている一般構造を有する、ＤＡＲＴ‐Ａの別のバージョンは、米国公開特許第２０１６‐０２００８２７号に記載されている。ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有する例示的なポリペプチドは、配列（配列番号２５）（「ノブ担持」Ｆｃドメイン）：
APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED PEVKFNWYVD
GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA
PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLWCLVK GFYPSDIAVE
WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE
ALHNHYTQKS LSLSPGX
（ここでＸはＫであるか、又は不在である）；
及び配列（配列番号２６）（「ホール担持」Ｆｃドメイン）：
APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED PEVKFNWYVD
GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA
PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLSCAVK GFYPSDIAVE
WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLVSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE
ALHNRYTQKS LSLSPGX
（ここでＸはＫであるか、又は不在である）
を有する。

【0117】

例示的なＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃ構築物の第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD123）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD3）、リンカー２、Ｅコイルドメイン、リンカー５、ペプチド１、ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有するポリペプチド、並びにＣ末端を含むことになる。例示的なリンカー５は、配列：ＧＧＧを有する。例示的なペプチド１は、配列：DKTHTCPPCP（配列番号２９）を有する。従って、このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第１のポリペプチドは：配列番号１０‐配列番号５‐配列番号１４‐配列番号１８‐配列番号１９‐ＧＧＧ‐配列番号２９‐配列番号２５（ここでＸはＫである）で構成される。

【0118】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第１のポリペプチドの例示的な配列は、配列（配列番号２７）：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIKGGGSGGG GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF
STYAMNWVRQ APGKGLEWVG RIRSKYNNYA TYYADSVKDR FTISRDDSKN
SLYLQMNSLK TEDTAVYYCV RHGNFGNSYV SWFAYWGQGT LVTVSSGGCG
GGEVAALEKE VAALEKEVAA LEKEVAALEK GGGDKTHTCP PCPAPEAAGG
PSVFLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS HEDPEVKFNW YVDGVEVHNA
KTKPREEQYN STYRVVSVLT VLHQDWLNGK EYKCKVSNKA LPAPIEKTIS
KAKGQPREPQ VYTLPPSREE MTKNQVSLWC LVKGFYPSDI AVEWESNGQP
ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT
QKSLSLSPGK
である。

【0119】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第２の鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD3）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD123）、リンカー２、Ｋコイルドメイン、並びにＣ末端を含むことになる。よって、このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第２のポリペプチドは：配列番号１‐配列番号５‐配列番号６‐配列番号１８‐配列番号２０で構成される。このようなポリペプチドは、配列（配列番号２８）：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG GGGSGGGGEV QLVQSGAELK KPGASVKVSC KASGYTFTDY
YMKWVRQAPG QGLEWIGDII PSNGATFYNQ KFKGRVTITV DKSTSTAYME
LSSLRSEDTA VYYCARSHLL RASWFAYWGQ GTLVTVSSGG CGGGKVAALK
EKVAALKEKV AALKEKVAAL KE
を有する。

【0120】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第３のポリペプチド鎖は、ＩｇＧ ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含むことになる。例示的なポリペプチドは、ペプチド１（DKTHTCPPCP；配列番号２９）と、ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメイン（配列番号２６、ここでＸはＫである）とで構成され、配列番号３０：
DKTHTCPPCP APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED
PEVKFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK
CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLSCAVK
GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLVSKL TVDKSRWQQG
NVFSCSVMHE ALHNRYTQKS LSLSPGK
の配列を有する。

【0121】

別の最適化された抗ＣＤ３結合ドメインを含む追加のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディは、国際公開第２０１９／１６０９０４号において提供されている。特にこのようなダイアボディは、配列番号６のＶＨ_CD123ドメインを含み、ＶＬ_CD123ドメインは配列番号１０であり、更にＦｃ領域を含む。

【0122】

ＩＩＩ．医薬製剤
本発明の組成物は、医薬組成物の製造において有用なバルク薬剤組成物（例えば不純又は非滅菌組成物）、及び医薬組成物（即ち被験者又は患者への投与に好適な組成物）を含み、これらはいずれも単位剤形の調製に使用できる。このような組成物は、予防又は治療的有効量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子と、薬学的に許容可能な担体とを含む。

【0123】

例示的な医薬製剤は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子及び水性安定剤、並びに任意に薬学的に許容可能な担体を含む。

【0124】

本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に許容可能な担体（pharmaceutically acceptable carrier）」は、動物、より詳細にはヒトの体内への送達に好適なものとして、規制当局に承認されている、又は米国薬局方若しくは別の一般に認識されている薬局方に記載されている、希釈剤、アジュバント（例えばフロイントアジュバント（完全及び不完全）、賦形剤、又はビヒクルを指すことを意図したものである。このような薬学的担体は、無菌液体、例えば水及び油であってよく、油は、石油由来、動物由来、植物由来、又は合成によるもの、例えば落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油等を含む。水は、医薬組成物が静脈内投与される場合に担体として使用できる。生理食塩水、並びにデキストロース及びグリセロール水溶液も、特に駐車用溶液のための液体担体として採用できる。好適な薬学的賦形剤としては、デンプン、ブドウ糖、乳糖、ショ糖、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール等が挙げられる。必要に応じて、上記組成物は少量の湿潤剤若しくは乳化剤、又はｐＨ緩衝剤も含有してよい。これらの組成物は、溶液、懸濁液、乳液、錠剤、丸剤、カプセル、粉体、徐放性製剤等の形態を取ることができる。

【0125】

一般に、本発明の組成物の成分は、例えば活性作用剤の量を示すバイアル、アンプル又はサシェ等の気密性コンテナ中の液体製剤、凍結乾燥粉末又は無水濃縮物として、別個に、又は単位剤形にまとめて混合された状態で供給される。組成物を注入によって投与する場合、組成物は、滅菌された薬学的グレードの水又は食塩水を内包する注入ボトルを用いて吐出できる。組成物を注射によって投与する場合、投与前に成分を混合できるように、注射用無菌水又は食塩水のアンプルを提供できる。

【0126】

本発明はまた、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を単独で又は安定剤若しくは薬学的に許容可能な担体と組み合わせて内包する１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。更に、疾患の治療に有用な１つ以上の他の予防剤又は治療剤も、上記医薬パック又はキットに含めることができる。本発明はまた、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つ又は複数で充填された１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。任意に、このような１つ以上のコンテナに、医薬製品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知を関連付けることができ、上記通知は、ヒトへの投与のための製造、使用又は販売の機関による承認を反映したものである。

【0127】

ＩＶ．キット
本発明は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子、（例えば保管、投薬量、適応症、副作用、対抗適応症等に関連する）説明資料、並びに任意に上述の方法で使用できる安定剤及び／又は担体を含む、キットを提供する。このようなキットでは、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、アンプル、バイアル、サシェ等の気密性コンテナ内にパッケージでき、上記気密性コンテナは、内包されている上記分子の量を示すことができる。上記コンテナは、ガラス、樹脂、プラスチック等のいずれの薬学的に許容可能な材料で形成してよい。このようなキットのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、気密性コンテナ内の液体溶液、滅菌凍結乾燥粉体、又は無水濃縮物として供給でき、例えば水又は生理食塩水を用いて、被験者への投与に適当な濃度に再構築できる。このような液体又は凍結乾燥材料は、その元のコンテナ内で２～８℃で保管する必要があり、また上記材料は、再構築後約２４時間以内、約１２時間以内、約６時間以内、約５時間以内、約３時間以内、又は約１時間以内に投与する必要がある。上記キットは、１つ以上のコンテナ内に、癌の治療に有用な１つ以上の他の予防及び／若しくは治療剤を更に含むことができ、並びに／又は癌に関連する１つ以上の癌抗原に結合する１つ以上の細胞傷害性抗体を更に含むことができる。特定の実施形態では、上記他の予防又は治療剤は化学療法剤である。他の実施形態では、上記予防又は治療剤は生物学的治療剤又はホルモン療法剤である。上記キットは、使用のための説明書、又は他の印刷された情報を更に含むことができる。

【0128】

更に、疾患の治療に有用な１つ以上の他の予防剤又は治療剤も、上記医薬パック又はキットに含めることができる。本発明はまた、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つ又は複数で充填された１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。任意に、このような１つ以上のコンテナは、医薬製品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知と関連するものとすることができ、上記通知は、ヒトへの投与のための製造、使用又は販売の機関による承認を反映したものである。

【0129】

Ｖ．投与方法
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、有効量の本発明の分子、又は本発明の融合タンパク質若しくはコンジュゲート分子を含む医薬組成物を、被験者に投与することによる、疾患、障害又は感染症に関連する１つ以上の症状の治療、予防及び改善のために提供できる。ある態様では、上記組成物は実質的に精製される（即ち上記組成物の効果を制限する、又は望ましくない副作用を生成する物質を実質的に含まない）。ある具体的実施形態では、被験者は動物、好ましくは非霊長類（例えばウシ属、ウマ科、ネコ科、イヌ科、げっ歯類等）又は霊長類（例えばカニクイザル等のサル、ヒト等）といった哺乳類である。ある特定の実施形態では、被験者又は患者はヒトである。

【0130】

本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤を投与する方法としては、非経口投与（例えば皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内及び皮下）が挙げられるがこれらに限定されない。ある具体的実施形態では、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、静脈内投与される。組成物は、いずれの便利な経路によって、例えば注入によって投与してよく、他の生物学的活性作用剤と共に投与してよい。

【0131】

注入による投与は、注入ポンプを用いて達成できる。「注入ポンプ（infusion pump）」は、患者の体内に流体を制御下で、特に所定の速度で長期間にわたって送達する、医療デバイスである。注入ポンプは物理的に動力供給されてよいが、より典型的には電気によって動力供給される。一部の注入ポンプは「据置型（stationary）」注入ポンプであり、患者のベッドサイドで使用するために設計されている。「移動式（ambulatory）」注入ポンプと呼ばれる他の注入ポンプは、携帯式又はウェアラブルなものとして設計される。「シリンジ（syringe）」ポンプは、送達対象の流体がチャンバのリザーバ（例えばシリンジ）内に保持されている注入ポンプであり、可動ピストンを用いて、上記チャンバの容積、従って流体の送達を制御する。「エラストマ（elastomeric）」注入ポンプでは、流体が伸縮性のバルーンリザーバ内に保持され、バルーンの伸縮自在の壁による圧力によって流体の送達が実施される。「蠕動（peristaltic）」注入ポンプでは、複数のローラのセットが可撓性配管を挟んで、その長さに沿って下がり、流体を押し出す。「マルチチャネル（multi-channel）」注入ポンプでは、流体を複数のリザーバから複数の速度で送達できる。「スマートポンプ（smart pump）」は、コンピュータ制御流体送達システムを備えた注入ポンプであり、有害な薬物相互作用のリスクに応じて、又はポンプのパラメータが指定された限界を超えて設定されている場合に、警告を発することができる。注入ポンプの例は公知であり、例えば［著者不明］2002 “General-Purpose Infusion Pumps,” Health Devices 31(10):353-387；及び米国特許第１０，０２９，０５１号、米国特許第１０，０２９，０４７号、米国特許第１０，０２９，０４５号、米国特許第１０，０２２，４９５号、米国特許第１０，０２２，４９４号、米国特許第１０，０１６，５５９号、米国特許第１０，００６，４５４号、米国特許第１０，００４，８４６号、米国特許第９，９９３，６００号、米国特許第９，９８１，０８２号、米国特許第９，９７４，９０１号、米国特許第９，９６８，７２９号、米国特許第９，９３１，４６３号、米国特許第９，９２７，９４３号等において提供されている。

【0132】

特定の実施形態では、患者が治療レジメン中に移動できるように、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、１つ以上の移動式ポンプによって促進される注入によって、投与される。特定の実施形態では、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、持続注入で投与される。ある具体的実施形態では、７日間持続注入レジメンは、３日間にわたる約３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の治療投薬量、及びこれに続く４日間にわたる約１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量（例えば、３日間にわたる３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の治療投薬量、及びこれに続く４日間にわたる１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、等）を含む。別の具体的実施形態では、７日間持続注入レジメンは、１日にわたる約３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の治療投薬量、これに続く１日にわたる約６０ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、これに続く１日にわたる約１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、これに続く１日にわたる約２００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、これに続く１日にわたる約３００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、これに続く１日にわたる約４００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量、及びこれに続く１日にわたる約５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を含む。特定の実施形態では、このような７日間持続注入レジメンの後に２１日間持続注入レジメンが続き、ここでは、２１日間にわたって５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量が投与される。特定の実施形態では、上記２１日間持続注入レジメンの後に２１日間持続注入レジメンが続き、ここでは、約５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量が、上記２１日レジメンの各週の１～４日目に投与され、各週の５～７日目には一切の治療投薬量が投与されない。

【0133】

上述の治療経過のいずれにおいて、腫瘍微小環境内のＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合を更に監視してよい。このような監視は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の投与前、ＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法の経過中、及び／又はＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法の１回のサイクルの完了後に実施してよい。

【0134】

ＶＩ．本発明の組成物の使用
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、ＣＤ１２３の発現に関連する、又はこれを特徴とする、いずれの疾患又は状態を治療するために使用できる。特に本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、血液悪性腫瘍を治療するために使用できる。本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、化学療法不応性血液悪性腫瘍を含む血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本明細書中で使用される場合、化学療法不応性血液悪性腫瘍は、２回以上の導入試行に対して不応性である、最初のＣＲが６ヶ月未満である、又は２サイクル以上の低メチル化剤を用いた治療の後に失敗する、血液悪性腫瘍である。

【0135】

よって、限定するものではないが、このような分子は：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（一次化学療法不応性ＡＭＬを含む）；ＣＭＬの急性転化、及びＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）を含む、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；リヒター症候群、又はＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化を含む、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫の診断又は治療に採用できる。本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は更に、上述の状態の治療のための医薬品の製造に使用できる。

【0136】

本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ、一次化学療法不応性急性骨髄性白血病を含む）、血液骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、又は急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）の治療における使用に特に好適である。

【実施例】

【0137】

ここまで本発明を概説してきたが、以下の実施例を参照することによって、本発明は更に容易に理解されるだろう。これらの実施形態は例示として提供されており、特段の記載がない限り、本発明の限定となることを意図したものではない。

【0138】

実施例１
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療に特に好適な患者集団の遺伝子発現シグネチャ
血液悪性腫瘍、特にＡＭＬに罹患した患者の遺伝子の発現パターンと、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法の好ましい結果との間の相関を実証するために、フロテツズマブ（ＮＣＴ＃０２１５２９５６、例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子）のフェーズ１／２臨床試験に登録した再発又は不応性ＡＭＬ患者から個別の同意の下で得られた骨髄（「ＢＭ」）試料から、ＲＮＡを単離した。

【0139】

所定の免疫遺伝子シグネチャスコアを含む７７０の免疫関連遺伝子の発現を、例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子であるフロテツズマブで治療された患者のサブグループのベースライン骨髄試料において、調査した。簡潔に述べると、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）アッセイを用いて、推奨される第２相用量（ｒｅｃｏｍｍｅｎｄｅｄ ｐｈａｓｅ ２ ｄｏｓｅ：ＲＰ２Ｄ）のフロテツズマブで処置された再発／不応性ＡＭＬの患者のサブグループ（ｎ＝３８）の骨髄試料における、１４の免疫細胞型及び３２の免疫腫瘍学シグネチャの存在量を含む、７７０の遺伝子の発現を調べる（ベースラインにおいて収集された３８の骨髄試料、並びに処置時に収集された３４の骨髄試料（サイクル１後［ｎ＝２５］及びサイクル２後［ｎ＝９］）。ＩＯ３６０遺伝子数は、基本的に以下のようにして、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）ｓｙｓｔｅｍ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．）を用いて生成された：ＲＮＡ（～１００ｎｇ／試料）を未分画の骨髄穿刺液から抽出し、ハイブリダイゼーションのために、レポータ及びキャプチャプローブ混合物と共にインキュベートした。高解像度セッティングを用いて、ｎＣｏｕｎｔｅｒ ＦＬＥＸ分析システム上で転写物数を分析した。本明細書中で詳述されているように、レポータコード数（reporter code count：ＲＣＣ）出力ファイルを使用して、遺伝子シグネチャスコアを算出する。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇによって記述される所定のシグネチャに対するシグネチャスコアを、基本的に国際公開第２０２０／０９２４０４号、及びVadakekolathu J, et al. (2020) “Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia,” Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463に記載されているような、生物学的に関連する遺伝子セットの事前に定義された線形結合（重み付き平均）を用いて算出した。更に、順位付けされた遺伝子のリスト（χ²値）を、Ｏｒａｎｇｅ３ソフトウェアパッケージ（バージョン３．２５．０）を用いて生成した。教師なし階層クラスタリング（ユークリッド距離、完全結合）。

【0140】

過去に報告されているように、１次導入失敗（primary induction failure：ＰＩＦ）／早期再発（early relapse：ＥＲ）の患者は、晩期再発（late relapse：ＬＲ）を示す患者に比べて高い免疫浸潤を示した。ＰＤ‐Ｌ１及び炎症性ケモカインスコアは、ＰＩＦ／ＥＲのＨＭＡ処置された患者において、ＬＲに比べて高かった。腫瘍炎症シグニチャスコア（tumor inflammation signature score：ＴＩＳ）は、抗原プロセシング機構及び炎症性ケモカインスコアと相関していた（Ｐ＜０．０００１）が、これは、強いＴ細胞炎症を起こした試料における、抗原提示及びＴ細胞化学誘引の発生を示唆するものである（Vadakekolathu J、et al. (2020) “Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia.” Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463）。

【0141】

遺伝子発現パネルの７７０の免疫関連遺伝子を順位付けすることによって、更なる分析を実施した。この順位付けは、完全寛解（ＣＲ）、不完全な血液学的回復を伴う完全寛解（ＣＲｉ）、又は部分的な血液学的回復を伴う完全寛解（ＣＲｈ）として定義される、例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子であるフロテツズマブに対する完全奏効に関連する上位１０個の遺伝子を包含する倹約的な（parsimonious）発現シグネチャを特定した。１０個の特定された遺伝子：ＣＤ８Ｂ、ＣＲＡＢＰ２、ＦＣＧＲ３Ａ／Ｂ、ＦＢＰ１、ＦＰＲ１、ＩＣＯＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＰＤＧＦＡ、ＳＥＲＰＩＮＨ１、及びＴＨＢＳ１は、上の表１に列挙されている。表１は、各遺伝子の代表的かつ非限定的なＮＣＢＩ受託番号も提供する。例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子であるフロテツズマブに対する完全奏効に関連するこれら１０個の遺伝子の発現を示すヒートマップは、図２に提供されている。新たに特定された１０遺伝子シグネチャスコアは、患者コホート全体にわたる遺伝子発現の平均合計として算出された。この１０遺伝子シグネチャの発現は、研究登録時にＰＩＦ／ＥＲである患者において、ＬＲ、及び免疫クラスタスコアが高いか又は中程度である患者に比べて高かった。図３は、患者の応答（完全奏効、部分奏功、又は無奏功）に応じて１０遺伝子シグネチャスコアをプロットしており、抗白血病応答を示す患者の１０遺伝子シグネチャスコアが高いことを示している。図４で提示されているヒートマップに示されているように、この１０遺伝子シグネチャスコアは、好中球、マクロファージ、及び骨髄細胞タイプを含む所定の免疫遺伝子シグネチャスコアの発現（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ）によって決定される、骨髄免疫浸潤の程度、並びに炎症性ケモカイン、及びＴ細胞炎症を起こしたＩＦＮ‐γ駆動型のＴＭＥを反映した他のシグネチャスコアと相関していた。いずれの特定のメカニズムによって束縛されるものではないが、シグニチャ中の遺伝子は、ＣＤ８Ｂ、免疫チェックポイントＩＣＯＳ及びＮＯＴＣＨ２を含み、これらは全て、フロテツズマブ等のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子によって再活性化される可能性がある、Ｔ細胞駆動型の、強く免疫抑制された腫瘍微小環境を反映していることに留意されたい。この点で、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達の増大は、結腸直腸癌の患者におけるＣＤ８Ｔ細胞浸潤の増進、及びＴ細胞応答の阻害と相関している。更に、Ｎｏｔｃｈ１シグナル伝達ではなくＮｏｔｃｈ２が、リンパ腫の実験モデルにおいて抗腫瘍活性を有する細胞傷害性Ｔリンパ球の生成に決定的に必要であり、グランザイムＢの転写活性化因子として作用する。

【0142】

機能性タンパク質会合ネットワークの分析を、ＳＴＲＩＮＧ（ｓｔｒｉｎｇ‐ｄｂ．ｏｒｇ）を用いて実施した。これらのデータは、完全奏効に関連する１０個の遺伝子が、抗原結合及びプロセシング、ＶＥＧＦ活性化受容体活性、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達、癌並びにＴヘルパー１型（Ｔｈ１）及び２型（Ｔｈ２）の分化におけるマイクロＲＮＡ調節に関連する、オントロジ及び経路に富むことを示した（表５）。これらのデータは、フロテツズマブ等のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子からの抗白血病応答の促進における、強化された持続的な抗原提示の潜在的な役割を裏付けるものである。

【0143】

【表5】

【0144】

研究の登録時点の欧州白血病ネット（European Leukemia Net：ＥＬＮ）リスク疾患状態の予測能力（Dohner H、et al., 2017, “Diagnosis and management of AML in adults: 2017 ELN recommendations from an international expert panel.” Blood 129(4): 424-47）と、例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子であるフロテツズマブの抗白血病活性に関する１０遺伝子シグネチャスコアとを測定したＡＵＲＯＣ曲線が、個別に又は組み合わせて図５に示されており、また標準誤差及び信頼区間が表６で提供されている。特筆すべきこととして、１０遺伝子シグネチャスコアのＡＵＲＯＣ値は、単独で考慮した場合には０．８５４であり、ＥＬＮリスクカテゴリと併せた場合には、ＥＬＮリスクカテゴリ単独の場合の０．６７２に対して０．９０４であった。更に、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子フロテツズマブを用いた処置によって、免疫浸潤、ＰＤ‐Ｌ１発現、抗原提示、及びＩＦＮ‐γシグナル伝達遺伝子シグネチャのレベルの上昇によって示唆されるように、ＴＭＥが調節された。

【0145】

【表6】

【0146】

本明細書において言及されている全ての公刊物及び特許は、個々の公刊物又は特許出願それぞれの全体が参照により本明細書に援用されていることが具体的かつ独立に指示されている場合と同程度に、参照により本明細書に援用されている。本発明をその具体的実施形態に関して説明したが、更なる修正形態が可能であり、本出願は、本発明が属する分野の公知の方法又は慣例の範囲内であるような、及びこれまでに挙げた必須の特徴に適用できるような、本開示からの逸脱を含む、本発明の原理に概ね従う本発明のいずれの変形、使用又は改変を包含することを意図していることを理解されたい。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【配列表】

2023531201000001.app

【国際調査報告】