(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-07-26
(54)【発明の名称】ＲＮＡ断片を調節するための人工ＲＮＡ
(51)【国際特許分類】
C12N 15/113 20100101AFI20230719BHJP
A61P 31/12 20060101ALI20230719BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20230719BHJP
A61P 31/16 20060101ALI20230719BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20230719BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20230719BHJP
【ＦＩ】
C12N15/113 100Z
C12N15/113 ZNA
A61P31/12
A61P31/14
A61P31/16
A61K48/00
A61K31/7105
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022579978
(86)(22)【出願日】2021-06-28
(85)【翻訳文提出日】2023-02-21
(86)【国際出願番号】 EP2021067756
(87)【国際公開番号】W WO2021260233
(87)【国際公開日】2021-12-30
(31)【優先権主張番号】20382569.0
(32)【優先日】2020-06-26
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521364993
【氏名又は名称】ウニベルシタ ポンペウ ファブラ
(74)【代理人】
【識別番号】110000796
【氏名又は名称】弁理士法人三枝国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】ディエス アントン フアナ マリア
(72)【発明者】
【氏名】ドトゥ ロドリゲス イバン ハビエル
(72)【発明者】
【氏名】タジョ パルラ マルク
【テーマコード（参考）】
4C084
4C086
【Ｆターム（参考）】
4C084AA13
4C084NA14
4C084ZB331
4C084ZB332
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZB33
(57)【要約】
本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に対する少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域を有する人工ＲＮＡに関し、そのような人工ＲＮＡは、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊し、それによって１つ以上のＲＮＡ断片の機能性を調節するのに適している。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊するのに適した人工環状ＲＮＡであって、（ａ）前記人工環状ＲＮＡが、１５０～８００ヌクレオチド、好ましくは２００～６００ヌクレオチドを含み、
（ｂ）前記人工環状ＲＮＡが、２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含み、
（ｉ）前記１つ以上のＲＮＡ断片の前記１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズし、
（ｉｉ）合計７～１００ヌクレオチド、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有し、
（ｃ）前記１つ以上の標的破壊構造が、
（ｉ）不対ヌクレオチドの領域の前又は後に少なくともヘアピンループを含み、
（ｉｉ）少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含み、前記少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域が、前記人工環状ＲＮＡの前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域の各々と完全にハイブリダイズし、
（ｄ）前記人工環状ＲＮＡに含まれる前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、前記標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、前記ハイブリダイゼーション領域と前記少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のＲＮＡｃｏｆｏｌｄによって測定される前記ハイブリダイゼーションのエネルギーが、前記標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって前記標的破壊構造を破壊することから、更に特徴付けられる、人工環状ＲＮＡ。
【請求項2】
前記人工環状ＲＮＡが６～２０個のハイブリダイゼーション領域を含む、請求項１に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項3】
前記ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、及び好ましくは全てが、同じ標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる、請求項２に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項4】
前記ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、好ましくは全てが、異なるヌクレオチド配列を有する、請求項２～３のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項5】
前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される；又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない；又は
ｃ）重複している、
請求項２～４のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項6】
前記１つ以上のＲＮＡ断片が、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、非コードＲＮＡ及びウイルスゲノムＲＮＡから選択される、請求項１～５のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項7】
前記１つ以上のＲＮＡ断片がウイルスゲノムＲＮＡである、請求項６に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項8】
前記１つ以上のＲＮＡ断片がプラスセンス一本鎖ウイルスゲノムＲＮＡである、請求項７に記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項9】
前記ウイルスゲノムＲＮＡが、インフルエンザウイルス、ＨＡＶ、ポリオウイルス、コクサッキーＢウイルス、コロナウイルス及びライノウイルス（感冒）から選択される、請求項６～７のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項10】
前記ウイルスゲノムＲＮＡが、Ｃ型肝炎ウイルス、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル及び黄熱ウイルスから選択される、請求項６～８のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項11】
前記ウイルスゲノムＲＮＡが重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）に由来する、請求項６～８のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項12】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、以下からなる群より選択される、請求項７～１１のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ：（ａ）Ｃ型肝炎ウイルス由来の内部リボソーム進入（ＩＲＥＳ）ドメインＩＶ及びドメインＶ、キャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）又はＳＬ４２７、
（ｂ）デングウイルス由来の短いステムループ（ｓＨＰ）又はキャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）、
（ｃ）チクングニア由来の５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）、反復配列要素（ＲＳＥ）又は再コーディング要素、
（ｄ）西ナイル由来のステムループＩＩＩ（ＳＬＩＩＩ）、及び／又は
（ｅ）ＳＬ－２、複製部位、標的Ａ、標的Ｃ、コロナウイルス由来の、好ましくは重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来の標的Ｄ。
【請求項13】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、Ｃ型肝炎ウイルス由来の配列番号７６、７７、７８及び／又は７９からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号２５、２６、２７及び２８からそれぞれ選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項14】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス由来の配列番号２９及び／又は３０からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号２９及び３０からそれぞれ選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項15】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、チクングニアウイルス由来の配列番号８０、８１及び／又は８２からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３３、３５及び３１からそれぞれ選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項16】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、西ナイル由来の配列番号８３の前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が配列番号３７である、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項17】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来の配列番号８４、５８、８５、８６及び／又は８７からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号６２、５８、５９、６０及び６１からそれぞれ選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項18】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス及びＣ型肝炎ウイルス由来の配列番号３０及び／又は７９からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３０及び２８から選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項19】
前記少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス及び西ナイルウイルス由来の配列番号３０及び／又は８３からなる群より選択される前記標的破壊構造を含み、前記標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３０及び３７からそれぞれ選択される、請求項７～１２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【請求項20】
請求項１～１９のいずれかに定義される人工環状ＲＮＡを含む、組成物。
【請求項21】
請求項１～１９のいずれかに定義される人工環状ＲＮＡ又は請求項２０に定義される組成物と、前記人工環状ＲＮＡ又は組成物を使用するための説明書とを含む、キット。
【請求項22】
前記人工ＲＮＡの配列が、配列番号２、３、４、５、６（Ｃ型肝炎ウイルスの場合）；配列番号８、９、１０（デングウイルスの場合）；配列番号１２、１３、１４、１５、３９（チクングニアウイルスの場合）；配列番号１６及び１７（Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号２４及び１９（西ナイルウイルスの場合）；配列番号２１、２２及び２３（デングウイルス及び西ナイルウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３２（Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３６、３８、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２の場合）で定義されるヌクレオチドを含むか、又は好ましくはそれらからなる、請求項１～１９のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ、又は請求項２０に記載の組成物、又は請求項２１に記載のキット。
【請求項23】
前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする前記人工環状ＲＮＡの前記１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域が、配列番号１、配列番号７、配列番号１１、配列番号３４及び／又は配列番号２０で定義される前記人工ＲＮＡに含まれる、請求項１～１９のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ、又は請求項２０に記載の組成物、又は請求項２１に記載のキット。
【請求項24】
医薬品として用いられる、請求項１～１９及び２２及び２３のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ、又は請求項２０～２３のいずれかに記載の組成物、又は請求項２１～２３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項25】
ウイルス感染症を予防及び／又は治療する方法のために用いられる、請求項１～１９及び２２～２４のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ、又は請求項２０～２４のいずれかに記載の組成物、又は請求項２１～２４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項26】
前記ウイルス感染症が、Ｃ型肝炎ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、ポリオウイルス、インフルエンザウイルス、コクサッキーＢウイルス、ライノウイルス（感冒）、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル、黄熱ウイルス又はコロナウイルス、例えばＳＡＲＳ及び／又はＭＥＲＳ、好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる、請求項２５に記載の、請求項１～１９及び２２～２５のいずれか一項に記載の人工環状ＲＮＡ、又は請求項２０～２５のいずれかに記載の組成物、又は請求項２１～２６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項27】
１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡをスクリーニングする方法であって、前記標的破壊構造が、ｉｉｉ．不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｉｖ．少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含む、と定義され、
前記方法が、
ｄ）前記人工環状ＲＮＡの前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域を、合計７～１００ヌクレオチド長、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有する領域として同定する工程であって、前記少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域と前記少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間の前記ハイブリダイゼーションのエネルギーが前記標的破壊構造のエネルギーよりも負であり、それによって前記１つ以上の標的破壊構造を破壊し、前記人工環状ＲＮＡに含まれる前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって同定される工程、
ｅ）工程ａ）で同定された前記１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡを設計する工程であって、前記人工環状ＲＮＡが１５０～８００ヌクレオチド長、好ましくは２００～６００ヌクレオチドである、工程、及び
ｆ）任意に、工程ｂ）で設計された前記１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる前記人工環状ＲＮＡを選択し、任意にそれを製品にパッケージングする工程を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、バイオテクノロジーの分野に関する。特に、本発明は、本発明で定義される人工ＲＮＡに関する。より詳しくは、本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊し、それによって１つ以上のＲＮＡ断片を調節するのに適した人工ＲＮＡに関する。
【背景技術】
【0002】
現在市販されていない病原体を治療するための、又は癌を治療するための抗ウイルス薬等の薬全般の範囲を拡大するために、膨大な量の研究開発が進行中である。また、ウイルス及び腫瘍細胞が変異して薬剤耐性になる傾向があるため、今必要とされるのは、抗腫瘍薬及び／又は抗ウイルス薬のパイプラインを開発し、新たな治療法でリフレッシュすることである。最近の市場報告（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｍｏｒｄｏｒｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ．ｃｏｍ／ｉｎｄｕｓｔｒｙ－ｒｅｐｏｒｔｓ／ｇｌｏｂａｌ－ａｎｔｉｖｉｒａｌ－ｄｒｕｇｓ－ｍａｒｋｅｔ－ｉｎｄｕｓｔｒｙ）によれば、この市場に利用可能な機会は、（ｉ）広域スペクトル抗ウイルス薬に対するニーズの高まり、及び（ｉｉ）製薬市場における抗ウイルス薬へのアクセスである。
【0003】
現在承認されている有効な抗ウイルス治療には、ウイルスのライフサイクルに不可欠なウイルスタンパク質と特異的に相互作用する分子が含まれる。これらの治療分子の開発は、費用がかかり、非常に時間がかかる。更に、全ての分子は、特定のウイルスに対してのみ機能する。ウイルスＲＮＡゲノムを標的とするＲＮＡベースの抗ウイルス治療を開発するための複数の努力がなされている［Ｂｒｉｃｅ Ａ Ｓｕｌｌｅｎｇｅｒ ａｎｄ Ｓｍｉｔａ Ｎａｉｒ．Ｆｒｏｍ ｔｈｅ ＲＮＡ ｗｏｒｌｄ ｔｏ ｔｈｅ ｃｌｉｎｉｃ．Ｓｃｉｅｎｃｅ３５２（６２９２），１４１７－１４２０］。これらには、ウイルスＲＮＡゲノムと特異的に相互作用し、細胞ＲＩＳＣシステムによるその後の分解をもたらす１９ヌクレオチド長マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）の設計が含まれる。細胞培養において成功しているにもかかわらず、それらの臨床使用のための大きな欠点は、ｍｉＲＮＡとの相互作用を阻害するＲＮＡゲノムにおける突然変異の迅速な出現及び選択である。抗ウイルス分子としてのｍｉＲＮＡの別の欠点は、それらが細胞崩壊機構によって自然に分解されることから、それらの安定性である。
【0004】
ウイルスタンパク質に対する新たな治療剤を開発するのに必要なコストと時間のために、ＲＮＡベースの治療薬は、ここ数年で大きな注目を集めている。ＲＮＡベースの治療法は、抗体及び小分子アプローチでは治療できない標的に対処することができた［Ｌｉｎｇ－Ｌｉｎｇ Ｃｈｅｎ．Ｔｈｅ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ ａｎｄ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｒｏｌｅｓ ｏｆ ｃｉｒｃｕｌａｒ ＲＮＡｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７，２０５－２１１（２０１６），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｒｍ．２０１５．３２］。その結果、複数の疾患を治療するためのＲＮＡベースの治療法を開発するための複数の企業が創出されている。例えば、Ｍｏｄｅｒｎａ社は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）によって引き起こされる感染に対するｍＲＮＡベースのワクチンを開発している。これらの企業は、アンチセンス、ｓｉＲＮＡ、アプタマー及びマイクロＲＮＡ模倣物／抗マイクロＲＮＡの使用に焦点を当てている。しかしながら、これらの分子は、（ｉ）急速に分解され、（ｉｉ）タンパク質及び抗体ベースの治療法と、ウイルスが変異する傾向が高いことによる薬物耐性の出現を共有する。
【0005】
本発明者らは、環状ＲＮＡ等の安定な人工ＲＮＡに特に焦点を当てた。環状ＲＮＡは、細胞内で自然に現れる前駆体ｍＲＮＡのバックスプライシング産物である（総説［Ｌｉｎｇ－Ｌｉｎｇ Ｃｈｅｎ．Ｔｈｅ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ ａｎｄ ｅｍｅｒｇｉｎｇ ｒｏｌｅｓ ｏｆ ｃｉｒｃｕｌａｒ ＲＮＡｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ １７，２０５－２１１（２０１６），ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｒｍ．２０１５．３２］を参照）。以前は無関係な副生成物であると考えられていたが、現在では、ｍｉＲＮＡスポンジ及びＲＢＰ（ＲＮＡ結合タンパク質）スポンジ等のいくつかの機能を果たすことが証明されている。環状ＲＮＡには末端がない。細胞内のほとんどのｍＲＮＡ分解経路は、細胞エキソヌクレアーゼがそれらの分解機能を実行するために５’末端又は３’末端を必要とすることから、これは非常に重要である。その結果、ｃｉｒｃＲＮＡは極めて安定な分子である。新規な治療プラットフォームとしてのｃｉｒｃＲＮＡの可能性は、完全には活用されていない。
【0006】
国際公開第２０１７／２２２９１１号は、免疫応答を刺激するための外因性イントロンで生成された環状ＲＮＡ、又は外来ＲＮＡの免疫認識を防止するための内因性イントロンで生成された環状ＲＮＡの使用を開示している。
【0007】
国際公開第００６１５９５号は、相補的プライマーを使用したライゲーションによって閉鎖型を形成するように構築された共有結合的に閉鎖された多重アンチセンス（ＣＭＡＳ：ｃｏｖａｌｅｎｔｌｙ－ｃｌｏｓｅｄ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ）オリゴ、及び複数のアンチセンス配列を含む２つのループと、両方の５プライム末端で相補的配列を使用したライゲーションによって構築された２つのループを接続するステムとから構成されるリボン型アンチセンス（ＲｉＡＳ）オリゴを開示している。
【0008】
国際公開第２０１３／１６２３５０号は、ウイルス複製を阻止することができる三重らせんを形成するために、ウイルスのピリミジンリッチ領域を標的とすることができる２つのプリンリッチドメインで構成される環状ＲＮＡの使用に関する。
【0009】
中国特許出願公開第１０８１６５５４９号は、マイクロＲＮＡスポンジとしての環状ＲＮＡの使用に関する。これは、複数の部分相補性領域が、ハイブリダイゼーション時にＡＧＯ２経路を活性化する成熟マイクロＲＮＡを標的とする、内因性ｃｉｒｃＲＮＡの周知の機能の人工製剤を提示する。
【0010】
更に、癌、ウイルス感染症、自己免疫疾患、神経疾患、遺伝性障害等の多くの病態の根底にある分子機構をよりよく理解する必要性が高まっている。これらの病態のほとんどで、ＲＮＡは、根底にある機構において役割を果たす。したがって、病態に関与する分子機構に関与するＲＮＡの特定の機能の研究を可能にするツールが必要とされている。
【0011】
本発明は、上記の課題に対処し、複数の用途を可能にする、例えばウイルスゲノム等のＲＮＡ断片の機能性の調節を可能にするツールに関する。例えば、本発明のツール（人工ＲＮＡ）を用いて、特定のＲＮＡ断片、又は特定のＲＮＡ断片内の特定の領域の構造－機能関係を研究することが可能である。加えて、本発明のＲＮＡを用いると、ウイルス感染症、癌、免疫疾患、遺伝性障害等、ＲＮＡ断片が関与する疾患を予防及び／又は治療することが可能である。例えば、本発明の人工ＲＮＡを用いて、二本鎖ＲＮＡモチーフに結合するＲＢＰ（リボソーム結合タンパク質）を研究することが可能である。
【発明の概要】
【0012】
第１の態様では、本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊するのに適した人工環状ＲＮＡを提供し、
（ａ）人工環状ＲＮＡは、１５０～８００ヌクレオチド、好ましくは２００～６００ヌクレオチドを含み、
（ｂ）人工環状ＲＮＡが、２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含み、
（ｉ）１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズし、
（ｉｉ）合計７～１００ヌクレオチド、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有し、
（ｃ）１つ以上の標的破壊構造が、
（ｉ）不対ヌクレオチドの領域の前又は後に少なくともヘアピンループを含み、
（ｉｉ）少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含み、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域が、人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域の各々と完全にハイブリダイズし、
（ｄ）人工環状ＲＮＡに含まれる２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、ハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のＲＮＡｃｏｆｏｌｄによって測定されるハイブリダイゼーションのエネルギーが、標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって標的破壊構造を破壊することから、更に特徴付けられる。
（ａ）人工環状ＲＮＡは、１５０～８００ヌクレオチド、好ましくは２００～６００ヌクレオチドを含み、
（ｂ）人工環状ＲＮＡが、２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含み、
（ｉ）１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズし、
（ｉｉ）合計７～１００ヌクレオチド、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有し、
（ｃ）１つ以上の標的破壊構造が、
（ｉ）不対ヌクレオチドの領域の前又は後に少なくともヘアピンループを含み、
（ｉｉ）少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含み、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域が、人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域の各々と完全にハイブリダイズし、
（ｄ）人工環状ＲＮＡに含まれる２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、ハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のＲＮＡｃｏｆｏｌｄによって測定されるハイブリダイゼーションのエネルギーが、標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって標的破壊構造を破壊することから、更に特徴付けられる。
【0013】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡは、６～２０個のハイブリダイゼーション領域を含む。好ましくは、ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、及び好ましくは全てが、同じ標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる。好ましくは、ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、及び好ましくは全てが、異なるヌクレオチド配列を有する。
【0014】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、２つ以上のハイブリダイゼーション領域は、
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している。
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している。
【0015】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、１つ以上のＲＮＡ断片は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、非コードＲＮＡ及びウイルスゲノムＲＮＡから選択される。
【0016】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、１つ以上のＲＮＡ断片はウイルスゲノムＲＮＡである。
【0017】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、１つ以上のＲＮＡ断片は、プラスセンス一本鎖ウイルスゲノムＲＮＡである。
【0018】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、ウイルスゲノムＲＮＡは、インフルエンザウイルス、ＨＡＶ、ポリオウイルス、コクサッキーＢウイルス、コロナウイルス及びライノウイルス（感冒）から選択される。
【0019】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、ウイルスゲノムＲＮＡは、Ｃ型肝炎ウイルス、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル及び黄熱ウイルスから選択される。
【0020】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、ウイルスゲノムＲＮＡは、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来である。
【0021】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造は、以下からなる群より選択される：
（ａ）Ｃ型肝炎ウイルス由来の内部リボソーム進入（ＩＲＥＳ）ドメインＩＶ及びドメインＶ、キャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）又はＳＬ４２７、
（ｂ）デングウイルス由来の短いステムループ（ｓＨＰ）又はキャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）、
（ｃ）チクングニア由来の５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）、反復配列要素（ＲＳＥ）又は再コーディング要素、
（ｄ）西ナイル由来のステムループＩＩＩ（ＳＬＩＩＩ）、及び／又は
（ｅ）ＳＬ－２、複製部位、標的Ａ、標的Ｃ、コロナウイルス由来の、好ましくは重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来の標的Ｄ。
（ａ）Ｃ型肝炎ウイルス由来の内部リボソーム進入（ＩＲＥＳ）ドメインＩＶ及びドメインＶ、キャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）又はＳＬ４２７、
（ｂ）デングウイルス由来の短いステムループ（ｓＨＰ）又はキャプシドコード領域ヘアピン要素（ｃＨＰ）、
（ｃ）チクングニア由来の５’非翻訳領域（５’ＵＴＲ）、反復配列要素（ＲＳＥ）又は再コーディング要素、
（ｄ）西ナイル由来のステムループＩＩＩ（ＳＬＩＩＩ）、及び／又は
（ｅ）ＳＬ－２、複製部位、標的Ａ、標的Ｃ、コロナウイルス由来の、好ましくは重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来の標的Ｄ。
【0022】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、Ｃ型肝炎ウイルス由来の配列番号７６、７７、７８及び／又は７９からなる群より選択される標的破壊構造を含み、標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号２５、２６、２７及び２８からそれぞれ選択される。
【0023】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス由来の配列番号２９及び／又は３０からなる群より選択される標的破壊構造を含み、標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号２９及び３０からそれぞれ選択される。
【0024】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、チクングニアウィルス由来の配列番号８０、８１及び／又は８２からなる群より選択される標的破壊構造を含み、標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３３、３５及び３１からそれぞれ選択される。
【0025】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造は、西ナイル由来の配列番号８３の標的破壊構造を含むか又はそれからなり、標的ハイブリダイゼーション領域は配列番号３７である。
【0026】
好ましくは、第１の態様又はその態様のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造は、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）由来の配列番号８４、５８、８５、８６及び／又は８７からなる群より選択される標的破壊構造を含むか又はそれからなり、標的ハイブリダイゼーション領域は、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号６２、５８、５９、６０、及び６１からそれぞれ選択される。
【0027】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス及びＣ型肝炎ウイルス由来の配列番号３０及び／又は７９からなる群より選択される標的破壊構造を含み、標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３０及び２８からそれぞれ選択される。
【0028】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡにおいて、少なくとも１つ以上の標的破壊構造が、デングウイルス及び西ナイルウイルス由来の配列番号３０及び／又は８３からなる群より選択される標的破壊構造を含むか又はそれからなり、標的ハイブリダイゼーション領域が、これらの標的破壊構造のそれぞれについて、配列番号３０及び３７からそれぞれ選択される。
【0029】
好ましくは、第１の態様又はその実施形態のいずれかによる人工環状ＲＮＡの配列は、配列番号２、３、４、５、６（Ｃ型肝炎ウイルスの場合）；配列番号８、９、１０（デングウイルスの場合）；配列番号１２、１３、１４、１５、３９（チクングニアウイルスの場合）；配列番号１６及び１７（Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号２４及び１９（西ナイルウイルスの場合）；配列番号２１、２２及び２３（デングウイルス及び西ナイルウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３２（Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３６、３８、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２の場合）で定義される以下のヌクレオチドを含むか、又は好ましくは以下からなる。
【0030】
好ましくは、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする人工環状ＲＮＡの１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１、配列番号７、配列番号１１、配列番号３４及び／又は配列番号２０で定義される人工ＲＮＡに含まれる。
【0031】
第２の態様では、本発明は、本発明の人工ＲＮＡを含む組成物に関する。
【0032】
第３の態様では、本発明は、本発明の人工ＲＮＡ及び／又は組成物を含むキットに関する。
【0033】
第４の態様では、本発明は、医薬品として用いられる、好ましくはウイルス感染症を予防及び／又は治療する方法に用いられる本発明の人工ＲＮＡ及び／又は組成物に関する。好ましくは、ウイルス感染症は、Ｃ型肝炎ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、ポリオウイルス、インフルエンザウイルス、コクサッキーＢウイルス、ライノウイルス（感冒）、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル、黄熱ウイルス又はコロナウイルス、例えばＳＡＲＳ及び／又はＭＥＲＳ、好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる。
【0034】
第６の態様では、本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡをスクリーニングする方法を提供し、標的破壊構造は、
ｉ．不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｉｉ．少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含む、と規定され、
本方法は、
ａ）人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域を、合計７～１００ヌクレオチド長、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有する領域として同定する工程であって、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊構造のエネルギーよりも負であり、それによって１つ以上の標的破壊構造を破壊し、人工環状ＲＮＡに含まれる２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって同定される工程、
ｂ）工程ａ）で同定された１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡを設計する工程であって、人工環状ＲＮＡが１５０～８００ヌクレオチド長、好ましくは２００～６００ヌクレオチドである、工程、及び
ｃ）任意に、工程ｂ）で設計された１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる人工環状ＲＮＡを選択し、任意にそれを製品にパッケージングする工程、を含む。
ｉ．不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｉｉ．少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含む、と規定され、
本方法は、
ａ）人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域を、合計７～１００ヌクレオチド長、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有する領域として同定する工程であって、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊構造のエネルギーよりも負であり、それによって１つ以上の標的破壊構造を破壊し、人工環状ＲＮＡに含まれる２つ以上のハイブリダイゼーション領域が、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって同定される工程、
ｂ）工程ａ）で同定された１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡを設計する工程であって、人工環状ＲＮＡが１５０～８００ヌクレオチド長、好ましくは２００～６００ヌクレオチドである、工程、及び
ｃ）任意に、工程ｂ）で設計された１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる人工環状ＲＮＡを選択し、任意にそれを製品にパッケージングする工程、を含む。
【図面の簡単な説明】
【0035】
【0036】
【図2】ＲＮＡの合成及び環状化。４つの主要なステップからなるワークフロー：（Ａ）ＰＣＲによるＴ７プロモーターに隣接するテンプレートの生成。（Ｂ）ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によるＲＮＡ調製。（Ｃ）ライゲーションのための特異的末端の生成。ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写ＲＮＡは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ環状化の前に脱リン酸化されなければならない。（Ｄ）Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ１又はｃｉｒｃＲＮＡリガーゼによるライゲーション。環状又は線状オリゴマーは、副産物として形成することができる。
【0037】
【0038】
【図4】図４は、関連する動作モードの一例を概略的に表す。この図は、環状ＲＮＡのハイブリダイゼーションがウイルス周期をどのように変化させ得るかの例を示す。第１に、ＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）は、ウイルスのライフサイクルの多くの段階に必要である。これらのＲＢＰは、一般に、配列及び構造（又は構造的状況）の両方が必要なウイルスゲノムの特定の領域に結合する。図と同様に、一例は、多くのピコルナウイルスのＩＲＥＳ要素の最後のドメインにおけるＰＴＢの結合であり、これは安定なヘアピンのすぐ３’側の一本鎖ピリミジンのボックスに結合する。右図のように、環状ＲＮＡがＩＲＥＳの特定の構造化領域及びこの構造化領域に先行する一本鎖領域に結合すると、ピリミジンのボックスがもはや同じ電子構造の状況にないようにＲＮＡ構造を変化させ、したがってＲＢＰはそれに結合することができない。
【0039】
【0040】
【0041】
【0042】
【0043】
【0044】
【0045】
【0046】
【0047】
【0048】
【0049】
【0050】
【0051】
【0052】
【0053】
【0054】
【図20】図２０は、ＤＥＮＶ ＲＮＡ複製に必要な領域に対する設計されたＤＥＮＶ ＲＮＡの結果及びＨＣＶ複製を阻害するその能力を表す。ＲＮＡ複製を指示するＤＥＮＶ ＲＮＡゲノム内の構造を標的とするように設計されたＣｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１は、ＤＥＮＶ ＲＮＡ複製を阻害する。ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１は、ＲＮＡゲノムが翻訳及び複製される場合４８時間でルシフェラーゼ発現レベルを阻害するが、単独で翻訳される場合８時間では阻害しない。全ての結果を、少なくとも３回の生物学的反復実験から得た。統計学的有意性は、Ｔ検定を用いて計算した（＊は＜０．０５を表す）。
【0055】
【図21】人工的なｃｉｒｃＲＮＡ構造及び作用様式。１）ＣｉｒｃＲＮＡは、いくつかの異なるハイブリダイゼーション（褐色の領域Ｈ）及び分離配列（薄い灰色の領域Ｓ）を含む。ハイブリダイゼーション配列は、ウイルスＲＮＡゲノム（濃い灰色の領域）を標的とし、分離配列は、ハイブリダイゼーション配列間の構造的柔軟性及び物理的分離を可能にする。全てのＨ及びＳ配列はそれらの間で異なることに留意されたい。２）ハイブリダイゼーション領域は、特定のウイルスＲＮＡゲノム構造を標的化して破壊し、感染性の低下をもたらすように設計される。ハイブリダイゼーションは、一本鎖領域、外部又はヘアピンループ又はシュードノットで始まり、ヘリックス内で終了し、その結果、ヘリックスが破壊される。
【0056】
【図22】ｃｉｒｃＷＮＶの設計に使用されるＷＮＶ構造。ＷＮＶゲノムからの５’－ＵＴＲ（上）及び３’－ＵＴＲ（下）の表示。赤色はｃｉｒｃＷＮＶの設計に使用したハイブリダイゼーション領域である。ＵＴＲ：非翻訳領域［Ａｄａｐｔｅｄ ｆｒｏｍ Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｆｒｏｎｔ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８，１－１６］。
【0057】
【図23】ｃｉｒｃＣＨＩＫＶの設計に使用される概略的なＣＨＩＫＶ構造。予測される５’－ＵＴＲ（Ａ）、ＲＳＥ（Ｂ）及び再コーディング要素（Ｃ）の表示。Ａ及びＢでは、全ての構造がＣ中のｃｉｒｃＲＮＡによって標的化され、ハイブリダイゼーション領域は赤色で示されている。ＵＴＲ：非翻訳領域；ＲＳＥ：反復配列要素。［Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２０１８，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３３９，２００－２１２より転載；及びｆｒｏｍ Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．８３，３０７５－３０８４］。
【0058】
【図24】設計された広域スペクトルのｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶ及びＨＣＶ感染性の両方を損なう。細胞に、ｃｉｒｃＲＮＡ ｄｖ＿ｃｈｐ＿ｖ１、ｃｉｒｃＲＮＡ ｈｃｖ＿ｃｄｓ２、又はｃｉｒｃＲＮＡ ｄｖ＿ｃｈｐ＿ｖ１及びｃｉｒｃＲＮＡ ｈｃｖ＿ｃｄｓ２由来のハイブリダイゼーション配列を含む広域スペクトルｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ ｄｃｈｐ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２＿２）をトランスフェクトした。次に、細胞を、ルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ又はＨＣＶのいずれかに感染させ、４８時間後に感染性を測定した。全ての結果を、少なくとも３回の生物学的反復実験から得た。感染性に対する効果は、ルシフェラーゼ発現レベルの変化によって決定される。統計学的有意性は、Ｔ検定を用いて計算した（＊はｐ値＜０．０５を表す）。
【0059】
【図25】ｉｎ ｖｉｔｒｏで環状ＲＮＡを得るためのプロトコルを示す。
【0060】
【図26】ｉｎ ｖｉｔｒｏで生成されたＤＮＶ及びＷＮＶに対する環状ＲＮＡと、ＨＣＶに対する環状ＲＮＡの両方の結果を示す。
【0061】
【図27】標的破壊構造（内側の線）及び標的ハイブリダイゼーション領域（外側の線）の種類を示す。
【0062】
【図28】標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域及びハイブリダイゼーション領域の関係を例示し、ハイブリダイゼーションによる破壊の機構を示す。
【0063】
【図29】異なるハンマーへヘッドリボザイムの切断効率の比較。
【0064】
【図30】異なるマグネシウム条件を有するゲル。
【0065】
【図31】様々なＩＶＴ時間を示すゲル。
【0066】
【図32】ゲル精製なしでＲＮＡｓｅ Ｒ効果を示すゲル。
【0067】
【図33】ＳＡＲ－Ｃｏｖ２に対して設計されたｃｉｒｃＲＮＡの有効性結果を示す。
【0068】
【図34】ＳＡＲ－Ｃｏｖ２に対するｉｎ ｖｉｔｒｏで精製されたｃｉｒｃＲＮＡの有効性を示す。
【発明の詳細な説明】
【0069】
定義
本開示を説明する際に、以下の用語が使用され、以下に示されるように定義される。
本開示を説明する際に、以下の用語が使用され、以下に示されるように定義される。
【0070】
「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」という形は、文脈上別段の指示がない限り、複数の指示対象を含む。
【0071】
所与の量又は量に関して「約」という用語は、±５パーセントの偏差を含むことを意味する。
【0072】
「人工環状ＲＮＡ」又は「環状ＲＮＡ」又は「ｃｉｒｃＲＮＡ」という用語は、本明細書では、３’及び５’末端が互いに結合している共有結合的に閉じた連続ループを形成する非コードＲＮＡを指すために使用され、したがって、それらは５’キャップ及び結果としてポリアデニル化尾部を欠いている。したがって、それらは、エキソヌクレアーゼ媒介分解及び脱分枝酵素に対して耐性であり、それらに他のＲＮＡに対してより高い安定性を付与する。
【0073】
「相補的」及び「相補性」という用語は交換可能であり、ポリヌクレオチドが互いに塩基対を形成する能力を指す。塩基対は、典型的には、逆平行ポリヌクレオチド鎖又は領域中のヌクレオチド単位間の水素結合によって形成される。相補的なポリヌクレオチド鎖又はポリヌクレオチド領域は、ワトソン・クリック様式で塩基対合することができる（例えば、ＡとＴ、ＡとＵ、ＣとＧ）。１００％（又は合計）相補的とは、１つのポリヌクレオチド鎖又は領域の各ヌクレオチド単位が第２のポリヌクレオチド鎖又は領域の各ヌクレオチド単位と水素結合することができる状況を指す。不完全な（又は部分的な）相補性とは、２本の鎖又は２つの領域のヌクレオチド単位の全部ではなくいくつかが互いに水素結合することができ、パーセンテージとして表すことができる状況を指す。
【0074】
「ハイブリダイゼーション」という用語は、一方の鎖から他方の鎖への塩基対合を介して二本鎖構造を形成するＲＮＡの２本の独立した鎖によって形成される構造を指すために使用される。これらの塩基対は、Ｇ－Ｃ、Ａ－Ｕ及びＧ－Ｕであると考えられる。（Ａ－アデニン、Ｃ－シトシン、Ｇ－グアニン、Ｕ－ウラシル）。相補性の場合のように、ハイブリダイゼーションは、全体的又は部分的であり得る。
【0075】
「トランスフェクション」又は「トランスフェクト」という用語は、細胞による環状ＲＮＡの取り込みを指すために使用される。環状ＲＮＡが細胞膜の内側に導入された場合、細胞は「トランスフェクト」されている。
【0076】
「ステムループ分子内塩基対合」（「ステムループ」）は、一本鎖ＤＮＡで、又はより一般的にはＲＮＡで起こり得るパターンである。この構造は、「ヘアピン」又は「ヘアピンループ」としても知られている。これは、同じ鎖の２つの領域が塩基対を形成して、不対ループで終わる二重らせんを形成するときに起こり、通常は反対方向に読み取られたときにヌクレオチド配列において相補的である。得られた構造は、多くのＲＮＡ二次構造の重要な構成要素である。ヘリックスの塩基対形成は完全である必要はなく、「バルジ」又は「内部ループ」と呼ばれる一本鎖ヌクレオチドのストレッチが存在し得る。ＲＮＡの重要な二次構造として、ＲＮＡ折り畳みを指示し、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の構造安定性を保護し、ＲＮＡ結合タンパク質の認識部位を提供し、酵素反応の基質として機能することができる。
【0077】
ＲＮＡ中の「内部（ｉｎｔｅｒｎａｌ）ループ」（「内部（ｉｎｔｅｒｉｏｒ）ループ」とも呼ばれる）は、ヌクレオチド間のワトソン－クリック塩基対合がないために二本鎖ＲＮＡが分離する場所に見出される。内部ループは、対称又は非対称のいずれかに分類することができ、いくつかの非対称の内部ループはバルジとしても知られる。内部ループは、二本鎖ＲＮＡのストレッチの中央に生じるため、ステムループとは異なる。
【0078】
「外部ループ」は、ヘアピンループ又はマルチループを分離する一本鎖ヌクレオチドのストレッチである。
【0079】
「マルチループ」は、二本鎖領域からいくつかのヘアピンループに分岐している。
【0080】
本発明との関連では、「標的破壊構造」は、好ましくは一続きの不対ヌクレオチド（外部ループ、バルジ又は内部ループ又はマルチループ、図２７を参照）の前又は後にあるステムループ（又はヘアピンループ）である。
【0081】
本発明との関連では、「標的ハイブリダイゼーション領域」は、二本鎖領域に先行する又は後続する一本鎖領域から構成される標的破壊構造内の領域である。したがって、標的ハイブリダイゼーション領域は、別のＲＮＡ鎖のハイブリダイゼーション時に、それが属する構造の破壊をもたらす領域である。
【0082】
「ハイブリダイゼーションによる破壊」：標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域、及び標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする人工ＲＮＡが与えられると、ハイブリダイゼーションによる破壊は、ハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊構造のエネルギーよりも有利である（より負である）場合に起こる。そのようなハイブリダイゼーション時に、標的破壊構造の構造は、少なくとも完全に、標的破壊構造と標的ハイブリダイゼーション領域との間の重複について変化する。そのようなエネルギー計算は、ＲＮＡｃｏｆｏｌｄ（Ｌｏｒｅｎｚ，Ｒｏｎｎｙ ａｎｄ Ｂｅｒｎｈａｒｔ，Ｓｔｅｐｈａｎ Ｈ．ａｎｄ Ｈｏｎｅｒ ｚｕ Ｓｉｅｄｅｒｄｉｓｓｅｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ ａｎｄ Ｔａｆｅｒ，Ｈａｋｉｍ ａｎｄ Ｆｌａｍｍ，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈ ａｎｄ Ｓｔａｄｌｅｒ，Ｐｅｔｅｒ Ｆ．ａｎｄ Ｈｏｆａｃｋｅｒ，Ｉｖｏ Ｌ．，ＶｉｅｎｎａＲＮＡ Ｐａｃｋａｇｅ ２．０，Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ ｆｏｒ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，６：１ ２６，２０１１，ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４８－７１８８－６－２６；Ｒｅｕｔｅｒ，Ｊ．Ｓ．，＆Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．（２０１０）．ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ：ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ．ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．１１，１２９；Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．，ｅｔ ａｌ．，’’Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｔｏ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｔａｒｇｅｔｓ’’，ＲＮＡ，１９９９ ５：１４５８－１４６９）、ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（ｈｔｔｐｓ：／／ｒｎａ．ｕｒｍｃ．ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ．ｅｄｕ／ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．ｈｔｍｌ）、Ｍｆｏｌｄ（ｈｔｔｐ：／／ｕｎａｆｏｌｄ．ｒｎａ．ａｌｂａｎｙ．ｅｄｕ／？ｑ＝ｍｆｏｌｄ，Ｍ．Ｚｕｋｅｒ，’’Ｍｆｏｌｄ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｆｏｌｄｉｎｇ ａｎｄ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ’’，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３１（１３），３４０６－３４１５，２００３）、又はＶｉｅｎｎａ ｐａｃｋａｇｅ（ｈｔｔｐ：／／ｒｎａ．ｔｂｉ．ｕｎｉｖｉｅ．ａｃ．ａｔ／；Ｌｏｒｅｎｚ，Ｒｏｎｎｙ ａｎｄ Ｂｅｒｎｈａｒｔ，Ｓｔｅｐｈａｎ Ｈ．ａｎｄ Ｈｏｎｅｒ ｚｕ Ｓｉｅｄｅｒｄｉｓｓｅｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ ａｎｄ Ｔａｆｅｒ，Ｈａｋｉｍ ａｎｄ Ｆｌａｍｍ，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈ ａｎｄ Ｓｔａｄｌｅｒ，Ｐｅｔｅｒ Ｆ．ａｎｄ Ｈｏｆａｃｋｅｒ，Ｉｖｏ Ｌ．，ＶｉｅｎｎａＲＮＡ Ｐａｃｋａｇｅ２．０，Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ ｆｏｒ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，６：１ ２６，２０１１，ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４８－７１８８－６－２６）のような十分に確立されたソフトウェアを使用してｉｎ ｓｉｌｉｃｏで得ることができる。
【0083】
「ウイルス保存構造」とは、同じ種、属、ファミリー等のメンバー間で保存されているウイルスゲノムＲＮＡ構造を指す。これらの構造は、文献で特徴付けられることがあり、実験的に検証されている。そのような実験的証明がない場合、そのような構造をｉｎ ｓｉｌｉｃｏで予測することができるソフトウェアが存在する。例えば、同じファミリーの全てのウイルスゲノムを、例えばＣｌｕｓｔａｌＷを使用し、次いでＲＮＡｚを使用して整列させることができる（ＲＮＡｚ ２．０：Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，Ｇｒｕｂｅｒ ＡＲ，Ｆｉｎｄｅｉβ Ｓ，Ｗａｓｈｉｅｔｌ Ｓ，Ｈｏｆａｃｋｅｒ ＩＬ，Ｓｔａｄｌｅｒ ＰＦ．Ｐａｃ Ｓｙｍｐ Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔ．１５：６９－７９，２０１０；Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９４ Ｎｏｖ １１；２２（２２）：４６７３－４６８０，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／２２．２２．４６７３，ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ３０８５１７，ＰＭＩＤ：７９８４４１７；ＣＬＵＳＴＡＬ Ｗ：Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｔｈｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｔｈｒｏｕｇｈ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｗｅｉｇｈｔｉｎｇ，ｐｏｓｉｔｉｏｎ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｇａｐ ｐｅｎａｌｔｉｅｓ ａｎｄ ｗｅｉｇｈｔ ｍａｔｒｉｘ ｃｈｏｉｃｅ，Ｊ Ｄ Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｄ Ｇ Ｈｉｇｇｉｎｓ，ａｎｄ Ｔ Ｊ Ｇｉｂｓｏｎ）。ＲＮＡｚは、同じ長さ及び配列組成（ｚスコア）のランダム配列との比較によって予想されるよりも熱力学的に安定な構造化領域を予測し、更に、配列アラインメントにおける補償的で一貫した突然変異の支持によって領域を評価する。そのような保存された構造は、ウイルスのライフサイクルにおけるその機能的関連性のためにそうであると考えられる。実施例１４では、本発明者らは、これらのウイルス保存構造がどのようにして見出されたかを示す。
【0084】
５’ＵＴＲという用語は、開始コドンの直前の、コード領域の上流の領域を指す。
【0085】
「ＩＲＥＳ」という用語は、内部リボソーム進入部位として定義され、タンパク質合成のより大きなプロセスの一部として、キャップ非依存的な様式で翻訳開始を可能にするＲＮＡ要素である。真核生物翻訳では、開始複合体のアセンブリには５’キャップ認識が必要であるため、開始は典型的にはｍＲＮＡ分子の５’末端で起こる。ＩＲＥＳ要素の位置は多くの場合５’ＵＴＲにあるが、ｍＲＮＡの他の場所にも存在し得る。
【0086】
ＣＤＳという用語は、メッセンジャーＲＮＡ又はウイルスゲノムのコード領域を指す。これは、対応するタンパク質をコードする領域である。
【0087】
３’ＵＴＲという用語は、終止コドンの直後の、ＣＤＳの下流のウイルスゲノムの領域を指す。
【0088】
「ｃＨＰ」という用語は、ＣＤＳ内に見られるいくつかのフラビウイルスゲノムの既知の領域である「キャプシドコード領域ヘアピン要素」を意味する。
【0089】
「ＲＳＥ」という用語は「保存された反復配列要素」を意味し、いくつかのアルファウイルスゲノムの３’ＵＴＲに見られる既知の構造である。
【0090】
ウイルスのライフサイクルに不可欠な構造化領域である「ＳＲＶＶＬＣ」は、ウイルスの複製、キャプシド形成及び／又は翻訳に不可欠なＲＮＡウイルスゲノムの構造化領域であり、すなわち破壊された場合、ウイルスはそのライフサイクルの本質的な機能を果たすことができないやめ、そのウイルスは感染性が低い。
【0091】
人工ＲＮＡを細胞に「投与する」ことは、形質導入法、トランスフェクティング法、エレクトロポレーション法、転位（ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｎｇ）法、融合法、貪食法、シューティング法又は弾道法（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ ｍｅｔｈｏｄ）等、すなわち、細胞膜を横切って核酸を輸送することができる任意の手段を含む。
【0092】
「相同性領域」は、共通の構造的及び／又は機能的特徴を共有する異なるウイルス株／血清型の領域を指す。相同構造は、必要な条件として配列同一性を意味しない。当業者は、従来の手段によって、本出願で定義されたもののような他のウイルス株／血清型の相同領域を同定することができる。
【0093】
２つの配列間の同一性の程度は、従来の方法によって、例えば、技術水準で公知の標準的な配列アラインメントアルゴリズム、例えばＢＬＡＳＴｎ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．Ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ．Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９９０ Ｏｃｔ ５；２１５（３）：４０３－１０）によって決定することができる。
【0094】
特許請求の範囲の記載のうち、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語及びその変形は、他の技術的特徴、添加剤、構成要素又は工程を排除することを意図しない。更に、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語も包含し得る。
【0095】
発明の説明
一般に、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、非コードＲＮＡ、ウイルスＲＮＡゲノム、ウイルスｍＲＮＡ等のＲＮＡ断片は、それらの機能に必須であるか、又は必須ではないが、当該ＲＮＡ断片の機能において多かれ少なかれ重要な役割を果たし得る高度に構造化された領域（二次構造を有する領域）を含む。これらの高度に構造化された領域は、ヘアピンループ又はヘアピンループの少なくとも一部の前又は後に不対ヌクレオチドの領域を含む。これらのヘアピンループ又はヘアピンループの一部の構造（二次構造等）が変化すると、ＲＮＡ断片内で立体配座変化が起こる。これは、ＲＮＡ断片の機能性の変化をもたらすであろう。
一般に、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、非コードＲＮＡ、ウイルスＲＮＡゲノム、ウイルスｍＲＮＡ等のＲＮＡ断片は、それらの機能に必須であるか、又は必須ではないが、当該ＲＮＡ断片の機能において多かれ少なかれ重要な役割を果たし得る高度に構造化された領域（二次構造を有する領域）を含む。これらの高度に構造化された領域は、ヘアピンループ又はヘアピンループの少なくとも一部の前又は後に不対ヌクレオチドの領域を含む。これらのヘアピンループ又はヘアピンループの一部の構造（二次構造等）が変化すると、ＲＮＡ断片内で立体配座変化が起こる。これは、ＲＮＡ断片の機能性の変化をもたらすであろう。
【0096】
生物学的ＲＮＡは一本鎖であり、リボース糖中の余分なヒドロキシル基に由来する水素結合を形成する能力の増加により、複雑で入り組んだ塩基対合相互作用を形成することが多い。ＲＮＡの二次構造は、同じ分子内で折り畳まれた単一のポリヌクレオチドからなる。ＲＮＡの塩基対合は、ＲＮＡが相補性領域間で折り畳まれるときに起こる。一本鎖領域と二本鎖領域の両方がＲＮＡ分子に見られることが多い。逆平行鎖はらせん形状を形成する。ＲＮＡの二次構造における４つの基本的な要素は、ヘリックス、ループ、バルジ、及びジャンクションである。ステムループ又はヘアピンループは、ＲＮＡ二次構造の最も一般的な要素である。ステムループは、ＲＮＡ鎖がそれ自体で折り返されてステムと呼ばれる二重らせん構造を形成すると形成され、不対ヌクレオチドはループと呼ばれる一本鎖領域を形成する。
【0097】
ＲＮＡの二次構造は、計算的又は実験的方法のいずれかで予測することができる。計算上、ＲＮＡ二次構造は、上記のように、当業者に公的に利用可能なツール、例えばウイーンパッケージを使用して、１つ又はいくつかの核酸配列から予測することができる。
【0098】
上記で概説したように、ＲＮＡ二次構造等のＲＮＡ構造は、メッセンジャーＲＮＡの翻訳調節、一本鎖ＲＮＡウイルスの複製、並びに構造ＲＮＡ及びＲＮＡ／タンパク質複合体の機能を含む多くの生物学的プロセスにおいて重要である。実際、多くのＲＮＡ分子では、二次構造はＲＮＡの正しい機能にとって非常に重要であり、実際の配列よりも重要であることが多い。
【0099】
したがって、ＲＮＡ断片の二次構造の変化は、必然的にＲＮＡ断片の機能性の変化をもたらす。
【0100】
本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、それらが標的とするＲＮＡ断片の二次構造を変化させることができる。したがって、本発明の人工ＲＮＡを用いて、標的ＲＮＡ断片の機能性を調節することが可能である。例えば、ウイルスゲノム内には、ウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な高度に構造化された領域がある。これらの領域がそれらの立体配座又は二次構造において変化する（例えば、破壊される）場合、ウイルスは、そのライフサイクルの本質的な機能を果たすことができないであろう（及び、好ましくは不可能となる）。したがって、ウイルスのライフサイクルに不可欠なこれらの領域の立体配座又は二次構造を変化させると、ウイルスの感染性が低下し、理想的には完全に無効になる。同じ原理を他のＲＮＡ断片にも適用することができる。例えば、ｔＲＮＡ分子の立体配座の変化は、その特異的ｔＲＮＡの翻訳効率の低下（又は増加）をもたらし得る。例えば、ｍＲＮＡ分子の二次構造の変化は、そのｍＲＮＡ分子及び特定のタンパク質又はリボソームの結合親和性の減少（又は増加）をもたらし、したがってその翻訳速度に影響を及ぼし得る。ウイルス及び細胞の両方のＩＲＥＳ要素の構造の変化は、翻訳開始に影響を及ぼし得る。ｍＲＮＡのＵＴＲの構造の変化は、ｍｉＲＮＡ結合部位を不明瞭にする可能性があり、したがって、そのようなｍＲＮＡの翻訳調節に影響を及ぼす。イントロン領域の構造の変化は、スプライシング等に影響を及ぼし得る。
【0101】
特に、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、標的ＲＮＡ断片内の特定の領域とハイブリダイズすることができる。そうすることで、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、標的ＲＮＡ断片内のこれらの特定の標的領域を破壊することができる。これらの「標的ＲＮＡ断片内の特定の領域」は、いわゆる「標的破壊構造」である。
【0102】
標的破壊構造は、不対ヌクレオチドの領域の前又は後に少なくともヘアピンループを含み、いわゆる「標的ハイブリダイゼーション領域」も含む。標的ハイブリダイゼーション領域は、二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチドの一本鎖領域を含む標的破壊構造内の領域である。
【0103】
本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、いわゆる「ハイブリダイゼーション領域」を介して標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズする。言い換えれば、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域を含み、これは、標的ＲＮＡ断片の標的破壊領域に含まれる１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる人工ＲＮＡの領域である。
【0104】
ハイブリダイゼーション（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）（又はハイブリダイゼーション（ｈｙｂｒｉｄｉｓａｔｉｏｎ））は、２つのＲＮＡ分子が塩基対合相互作用を介して互いにアニールする現象である。本発明との関連では、標準的な塩基対合のみが考慮される（Ｃ－Ｇ、Ａ－Ｕ及びＧ－Ｕ）。「完全なハイブリダイゼーション」により、人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の全てのヌクレオチドが標的ハイブリダイゼーション領域の全てのヌクレオチドとアニーリングすることが理解される。
【0105】
ハイブリダイゼーション領域が標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする場合、ハイブリダイゼーション領域と標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーは、標的破壊領域のエネルギーよりも負である。これが起こると、標的破壊構造が破壊される、すなわち標的ＲＮＡ断片の二次構造が変化する。したがって、標的ＲＮＡ断片の機能性も変化し、すなわちＲＮＡ断片の機能性は、本発明の人工ＲＮＡによって調節されている。これは再現することができ、したがって、標的ハイブリダイゼーション領域が以下に説明するように知られると、ＮＵＰＡＣＫ又はＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ設計ツールを使用することによって、標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズするハイブリダイゼーション領域の候補を容易に見出すことができる。
【0106】
第１の態様では、本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊するのに適した人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡに関する。
【0107】
「１つ以上ＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊する」ことにより、本発明との関連で、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造の二次構造は、本発明の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域が標的破壊構造の対応する標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズするときに変化すると理解される。
【0108】
本発明の人工ＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、本発明に記載の少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域を含み、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊するのに適している限り、任意の長さであり得る。好ましくは、本発明のＲＮＡ、好ましくはｃｉｒｃＲＮＡは、１００～１０００ヌクレオチド、より好ましくは１５０～８００ヌクレオチド、更により好ましくは２００～６００ヌクレオチドを含む。
【0109】
上述のように、本発明の人工ＲＮＡは、好ましくは環状ＲＮＡであり、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域を含む。少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする人工ＲＮＡ（すなわち、ヌクレオチドの配列）の領域である。ハイブリダイゼーション領域のヌクレオチド数は、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる限り制限されないが、好ましくは、１つ以上の標的破壊構造に含まれる標的ハイブリダイゼーション領域と同じ長さを有し、そうすることで、１つ以上の標的破壊構造の破壊を行う（すなわち、二次構造を変更する）ことができる。
【0110】
好ましい実施形態では、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、合計７～１００ヌクレオチド、より好ましくは１０～５０ヌクレオチド、更により好ましくは１５～３５ヌクレオチド、例えば１５～２５ヌクレオチドを有する。
【0111】
上記のように、ハイブリダイゼーション領域は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする。標的破壊構造は、不対ヌクレオチドの領域が先行する又は後続するヘアピンループの少なくとも一部を含むＲＮＡ断片の領域である。標的破壊構造は、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域を含む。標的ハイブリダイゼーション領域は、二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチドの一本鎖領域を含む領域（すなわち、ヌクレオチドの配列）である。標的ハイブリダイゼーション領域の長さは、二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチドの一本鎖領域を含み、人工ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる限り制限されない。好ましくは、標的ハイブリダイゼーション領域の一本鎖領域は、３ヌクレオチド以上、例えば３、４、５、１０、１５ヌクレオチド以上を含む。好ましくは、標的ハイブリダイゼーション領域の二本鎖領域は、５ヌクレオチド以上、例えば５、７、１０、１５、２０、２５ヌクレオチド以上を含む。
【0112】
重要なことに、好ましくは環状ＲＮＡである本発明の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする。したがって、本発明の人工ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、それがハイブリダイズする少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と正確に同じ数のヌクレオチドを有する。したがって、本発明の人工ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、標的ハイブリダイゼーション領域の一本鎖領域と完全にハイブリダイズする一定数のヌクレオチドの第１の領域と、標的ハイブリダイゼーション領域の二本鎖領域と完全にハイブリダイズする一定数のヌクレオチドの第２の領域とを有する。
【0113】
言い換えれば、第１の工程において、標的ハイブリダイゼーション領域の一本鎖領域は、好ましくは環状ＲＮＡである人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の特定のヌクレオチドとアニーリングする。第２の工程では、一本鎖領域の前又は後の標的ハイブリダイゼーション領域の二本鎖領域が破壊され、標的ハイブリダイゼーション領域の二本鎖領域の１つの鎖と人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の特定のヌクレオチドとの間に新たな相互作用が形成され、これらは互いにアニーリングする。標的ハイブリダイゼーション領域の二本鎖領域の破壊は、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負（より有利）である場合に起こる。ハイブリダイゼーションのエネルギー及び１つ以上の標的破壊構造を破壊する能力は、例えば、ＲＮＡｃｏｆｏｌｄを用いて測定することができ、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負である（より有利である）ことを特徴とする本発明の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の潜在的な候補の同定は、実施例４に示すように、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ、又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって容易に同定することができる。
【0114】
その結果、標的ハイブリダイゼーション領域の少なくとも二本鎖領域が破壊され、したがって標的破壊構造も破壊される。したがって、標的破壊構造の構造は、少なくとも完全に、標的破壊構造と標的ハイブリダイゼーション領域との間の重複について変化する。したがって、標的ＲＮＡ断片の二次構造が変化するため、その機能性も変化する。
【0115】
人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域とＲＮＡ断片の標的破壊構造の標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏで追跡することができる。ＲＮＡ断片の二次構造の変化は、ＳＨＡＰＥ（Ｐｏｕｌｓｅｎ，Ｌｉｎｅ Ｄａｈｌ ｅｔ ａｌ．’’ＳＨＡＰＥ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ（ＳＨＡＰＥＳ）ｅｎｒｉｃｈ ｆｏｒ ＲＮＡ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｉｇｎａｌ ｉｎ ＳＨＡＰＥ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ－ｂａｓｅｄ ｐｒｏｂｉｎｇ ｄａｔａ．’’ＲＮＡ（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．）ｖｏｌ．２１，５（２０１５）：１０４２－５２．ｄｏｉ：１０．１２６１／ｒｎａ．０４７０６８．１１４）ｏｒ ＰＡＲＩＳ（Ｌｕ Ｚ，Ｇｏｎｇ Ｊ，Ｚｈａｎｇ ＱＣ．ＰＡＲＩＳ：Ｐｓｏｒａｌｅｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｗｉｔｈ Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ａｎｄ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１８；１６４９：５９－８４．ｄｏｉ：１０．１００７／９７８－１－４９３９－７２１３－５＿４）等の当該技術分野で周知の技術を用いて確認することもできる。
【0116】
その結果、本発明の人工ＲＮＡに含まれる少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって標的破壊構造が破壊されるため、更に特徴付けられる。上述のように、当業者は、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギー及び標的破壊領域のエネルギーを予測することができる。この予測に利用可能なツールは、例えば、上に詳述されるように、ＲＮＡｃｏｆｏｌｄ（Ｌｏｒｅｎｚ，Ｒｏｎｎｙ ａｎｄ Ｂｅｒｎｈａｒｔ，Ｓｔｅｐｈａｎ Ｈ．ａｎｄ Ｈｏｎｅｒ ｚｕ Ｓｉｅｄｅｒｄｉｓｓｅｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ ａｎｄ Ｔａｆｅｒ，Ｈａｋｉｍ ａｎｄ Ｆｌａｍｍ，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈ ａｎｄ Ｓｔａｄｌｅｒ，Ｐｅｔｅｒ Ｆ．ａｎｄ Ｈｏｆａｃｋｅｒ，Ｉｖｏ Ｌ．，ＶｉｅｎｎａＲＮＡ Ｐａｃｋａｇｅ２．０，Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ ｆｏｒ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，６：１ ２６，２０１１，ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４８－７１８８－６－２６；Ｒｅｕｔｅｒ，Ｊ．Ｓ．，＆Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．（２０１０）．ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ：ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ．ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．１１，１２９、Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．，’’Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｔｏ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｔａｒｇｅｔｓ’’，ＲＮＡ，１９９９ ５：１４５８－１４６９）、ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（ｈｔｔｐｓ：／／ｒｎａ．ｕｒｍｃ．ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ．ｅｄｕ／ＲＮＡｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．ｈｔｍｌ）、Ｍｆｏｌｄ（ｈｔｔｐ：／／ｕｎａｆｏｌｄ．ｒｎａ．ａｌｂａｎｙ．ｅｄｕ／？ｑ＝ｍｆｏｌｄ，Ｍ．Ｚｕｋｅｒ，’’Ｍｆｏｌｄ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｆｏｌｄｉｎｇ ａｎｄ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ’’，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３１（１３），３４０６－３４１５，２００３）又はＶｉｅｎｎａ ｐａｃｋａｇｅ（ｈｔｔｐ：／／ｒｎａ．ｔｂｉ．ｕｎｉｖｉｅ．ａｃ．ａｔ／）のような十分に確立されたソフトウェアである。
【0117】
好ましくは、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギー及び標的破壊領域のエネルギーは、好ましくは、Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．，ｅｔ ａｌ．，’’Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｆｆｉｎｉｔｙ ｔｏ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｔａｒｇｅｔｓ’’，ＲＮＡ，１９９９ ５：１４５８－１４６９に記載されている設定で、ＲＮＡｃｏｆｏｌｄソフトウェアを用いて計算される。しかしながら、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負（より有利）であることを特徴とする本発明の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の潜在的な候補の同定のために、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールが使用される場合、そのような計算は不要であることに留意されたい。
【0118】
所与のＲＮＡ断片について、当業者は、潜在的な標的破壊構造を同定することができ、これらが、不対ヌクレオチドの領域の前又は後にヘアピンループの少なくとも一部を含むＲＮＡの領域であるためである。当業者に利用可能であり、所与のＲＮＡ配列の二次構造を予測する多くのＲＮＡ構造予測ソフトウェアがある。例えば、本発明者らは、Ｍａｔｈｅｗｓ，Ｄ．Ｈ．，ｅｔ ａｌ．’’ＲＮＡ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．’’Ｃｕｒｒｅｎｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｖｏｌ．Ｃｈａｐｔｅｒ１１（２００７）：Ｕｎｉｔ１１．２．ｄｏｉ：１０．１００２／０４７１１４２７００．ｎｃ１１０２ｓ２８．を参照する。
【0119】
更に、標的ハイブリダイゼーション領域は、標的破壊構造に含まれ、上で定義したように、二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチドの一本鎖領域を含むため、当業者は、標的破壊構造内の１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域を同定することができる。
【0120】
標的ハイブリダイゼーション領域が同定されると、当業者は、上記に示されるように、標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする１つ以上のハイブリダイゼーション領域を設計することができる。上記と同様に、当業者は、所与のＲＮＡ配列と完全にハイブリダイズし得るＲＮＡ配列の設計のための幾つかのソフトウェア、例えば、ＮＵＰＡＣＫ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｕｐａｃｋ．ｏｒｇ／ｄｅｓｉｇｎ／ｎｅｗ、Ｂ．Ｒ．Ｗｏｌｆｅ，Ｎ．Ｊ．Ｐｏｒｕｂｓｋｙ，Ｊ．Ｎ．Ｚａｄｅｈ，Ｒ．Ｍ．Ｄｉｒｋｓ，ａｎｄ Ｎ．Ａ．Ｐｉｅｒｃｅ，’’Ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｍｕｌｔｉｓｔａｔｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｅｓｉｇｎ ｆｏｒ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｐａｔｈｗａｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ’’，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ，１３９：３１３４－３１４４，２０１７；Ｂ．Ｒ．Ｗｏｌｆｅ ａｎｄ Ｎ．Ａ．Ｐｉｅｒｃｅ，’’Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｅｓｉｇｎ ｆｏｒ ａ ｔｅｓｔ ｔｕｂｅ ｏｆ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｔｒａｎｄｓ’’，ＡＣＳ Ｓｙｎｔｈ Ｂｉｏｌ，４：１０８６－１１００，２０１５；Ｊ．Ｎ．Ｚａｄｅｈ，Ｂ．Ｒ．Ｗｏｌｆｅ，ａｎｄ Ｎ．Ａ．Ｐｉｅｒｃｅ，’’Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｅｓｉｇｎ ｖｉａ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｅｎｓｅｍｂｌｅ ｄｅｆｅｃｔ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ’’Ｊ Ｃｏｍｐｕｔ Ｃｈｅｍ，３２：４３９－４５２，２０１１；及びＲ．Ｍ．Ｄｉｒｋｓ，Ｍ．Ｌｉｎ，Ｅ．Ｗｉｎｆｒｅｅ，ａｎｄ Ｎ．Ａ．Ｐｉｅｒｃｅ，’’Ｐａｒａｄｉｇｍｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｓｉｇｎ’’Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，３２：１３９２－１４０３，２００４．も参照）、又はＲＮＡｉＦｏｌｄ（ｈｔｔｐｓ：／／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｂｃ．ｅｄｕ／ｃｌｏｔｅｌａｂ／ＲＮＡｉＦｏｌｄ／、Ｊｕａｎ Ａｎｔｏｎｉｏ Ｇａｒｃｉａ－Ｍａｒｔｉｎ，Ｐｅｔｅｒ Ｃｌｏｔｅ，Ｉｖａｎ Ｄｏｔｕ，’’ＲＮＡｉＦｏｌｄ：Ａ ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔ ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ＲＮＡ ｉｎｖｅｒｓｅ ｆｏｌｄｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｅｓｉｇｎ，Ｊ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ１１（２）：１３５０００１，２０１３；及びＧａｒｃｉａ－Ｍａｒｔｉｎ ＪＡ，Ｄｏｔｕ Ｉ，Ｃｌｏｔｅ Ｐ．，’’ＲＮＡｉＦｏｌｄ ２．０Ａ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ａｎｄ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｃｕｓｔｏｍ ａｎｄ Ｒｆａｍ－ｂａｓｅｄ ＲＮＡ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ’’，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｗｅｂ Ｓｅｒｖｅｒ ｉｓｓｕｅ，２０１５，ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｖ４６０，’’ＲＮＡｉＦｏｌｄ ２．０ Ａ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ａｎｄ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｔｏ ｄｅｓｉｇｎ ｃｕｓｔｏｍ ａｎｄ Ｒｆａｍ－ｂａｓｅｄ ＲＮＡ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ’’も参照）を知っている。更に、特定の標的ハイブリダイゼーション領域を考慮して、特定の標的破壊構造がハイブリダイゼーションによって破壊され得るかどうかを確認することが可能である。これは、ＮＵＰＡＣＫ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｕｐａｃｋ．ｏｒｇ／ｄｅｓｉｇｎ／ｎｅｗ），ＲＮＡｉＦｏｌｄ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｂｃ．ｅｄｕ／ｃｌｏｔｅｌａｂ／ＲＮＡｉＦｏｌｄ／）又はその最近の拡張ＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ（ｈｔｔｐｓ：／／ｍｏｉｒａｉｂｉｏｄｅｓｉｇｎ．ｃｏｍ／ｄｅｓｉｇｎ／）等の公開されているいくつかのＲＮＡ逆フォールディング又はＲＮＡ設計ツールを使用して達成することができる。
【0121】
例えば、ＲＮＡｉＦｏｌｄ（及びＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ）では、図２８（ＡＡＵＡＧＡＧＵＣＣＵＧＣＣＣＡＵＵＧＧＣＧＧＧ）に示すもの及びその標的ハイブリダイゼーション領域（ＧＡＧＵＣＣＵＧＣＣ）等の任意の特定の標的破壊構造が与えられると、以下の入力ファイルを使用することができる：
#RNAscdstr
((((((((((&....))))))))))..........
#RNAseqcon
NNNNNNNNNN&AAUAGAGUCCUGCCCAUUGGCGGG
#RNAscdstr
((((((((((&....))))))))))..........
#RNAseqcon
NNNNNNNNNN&AAUAGAGUCCUGCCCAUUGGCGGG
【0122】
ここで、（（（（（（（（（（＆．．．．））））））））））．．．．．．．．．．の入力は、十分に確立されたドットブラケット表記に対応し（例えば、ＲＮＡｌｉｂ－２．４．１８：ＲＮＡ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｎｏｔａｔｉｏｎｓ（ｕｎｉｖｉｅ．ａｃ．ａｔ）を参照）、入力ＮＮＮＮＮＮＮ＆ＡＡＵＡＧＡＧＵＣＣＵＧＣＣＣＡＵＵＧＧＣＧＧＧは、全ての「Ｎ」が、上記「（」に対応し、上に示される対応する「）」とハイブリダイズしなければならないヌクレオチド（任意のヌクレオチドＡ、Ｃ、Ｇ又はＵ）であることを示す。すなわち、ＲＮＡｉＦｏｌｄ（及びＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ）は、標的ハイブリダイゼーション領域ＧＡＧＵＣＣＵＧＣＣへの完全なハイブリダイゼーションの際に標的破壊構造ＡＡＵＡＧＡＧＵＣＣＵＧＣＣＣＡＵＵＧＧＣＧＧＧを実際に破壊することができる潜在的なハイブリダイゼーション領域の解決策（又は複数の解決策）を返すはずである。
【0123】
この場合、ＲＮＡ逆フォールディングツールによって戻される１０個の解決策のサンプルセットは以下の通りであった：
第１に、標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができること、第２に、ハイブリダイゼーション領域（太字）を使用して、標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができるｃｉｒｃＲＮＡ（これらの領域をランダムポリヌクレオチド領域と分離することによって）を構築することができることが続く。
【0124】
したがって、これらの入力指示が提供されると、ソフトウェアツールが解決策（又は複数の解決策）を返す場合、それは標的破壊構造が実際にハイブリダイゼーションによって破壊され得ることを意味する。解決策のセットから、本発明のｃｉｒｃＲＮＡの生成に従う：任意の数のこれらの解決策（ハイブリダイゼーション領域）を取り、それらをランダムヌクレオチド領域によって分離する。実施例１４は、本出願を通じて実施例として使用されるいくつかの標的破壊構造の追加の入力ファイルを示す。
【0125】
本発明に関連して、ハイブリダイゼーション領域は、目的のＲＮＡ断片中の標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズし、ハイブリダイゼーションによって標的破壊構造を破壊することができる人工環状ＲＮＡ内の領域である（これらの全ての概念が互いにどのように関連するかの描写については図２８を参照）。好ましい実施形態では、ハイブリダイゼーションのエネルギー及び１つ以上の標的破壊構造を破壊する能力は、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ、ＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールを用いて計算することができる。
【0126】
上記のように、はるかに好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡは環状ＲＮＡである。この意味で、本発明者らは、本明細書に開示される人工ＲＮＡベースの治療法、好ましくは環状ＲＮＡの使用が、他のＲＮＡ分子に比べて基本的な利点を有することを見出した：
【0127】
－安定性。一方で、ｃｉｒｃＲＮＡは、細胞エキソヌクレアーゼに利用できないため、極めて安定である。この安定性は、高価であり、不自然であり、毒性の懸念をもたらす可能性がある化学修飾を必要とする他の現在のＲＮＡベースの治療法とは対照的に、治療におけるそれらの使用を単純化する。
【0128】
－エスケープ変異体の出現及び選択に対する耐性。設計された人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡは、好ましくは、（ｉ）標的ハイブリダイゼーション領域へのハイブリダイゼーションが単一突然変異によって影響されないより長い配列、及び（ｉｉ）ウイルスＲＮＡゲノム内の複数の標的ハイブリダイゼーション領域に完全にハイブリダイズすることができ、単一突然変異の選択による耐性変異体の出現を妨げる複数のハイブリダイゼーション領域を含む。
【0129】
－複数の標的に対処する能力。現在の有効な治療法は全て、特定のウイルスタンパク質を標的とする分子を含み、したがって単一の感染症のみを治癒することができる。設計された人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡに、異なるウイルスゲノム等の異なるＲＮＡ断片の標的破壊構造に含まれる異なる標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズすることができるハイブリダイゼーション領域を含めることによって、本発明者らは、異なるウイルス等の異なるＲＮＡ断片を同時に標的化することができる。この広域療法は、（ｉ）同時感染の治療を単純化するため、及び（ｉｉ）地理的位置及び初期症状を共有する急性感染、例えばデングウイルス、ジカウイルス及びチクギニヤウイルスによって引き起こされるもの、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及びインフルエンザによって引き起こされるものを治療するために非常に価値がある。急性感染では、疾患及び流行を制御するために早期治療が重要である。広域療法は、最終診断が達成される前であっても治療を可能にする。更に、流行の間、予防的処置としてそのような治療法を使用することが望ましいであろう。
【0130】
－薬剤耐性のリスクを最小限に抑える。更に、薬物耐性のリスクを更に最小限に抑えるため、同じウイルス標的破壊構造を標的とする、設計された人工ＲＮＡ、例えば、ｃｉｒｃＲＮＡ（例えば、図２１を参照）におけるハイブリダイゼーション領域は全て、本発明の人工ＲＮＡ、例えば、ｃｉｒｃＲＮＡとは異なり、有利には、Ｇ－Ｕペアリングを含み得る。相補性が必要とされるＤＮＡとは対照的に、Ｇ－Ｕ対形成は、ＲＮＡにおける有効なハイブリダイゼーション対である。
【0131】
更なる実施形態では、好ましくは環状ＲＮＡである本発明の人工ＲＮＡは、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域を含み、少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域は、同じＲＮＡ断片内の異なる標的破壊構造からの、又は異なるＲＮＡ断片からのものであっても標的ハイブリダイゼーション領域にハイブリダイズすることができる。
【0132】
好ましい実施形態では、好ましくは環状ＲＮＡである本発明の人工ＲＮＡは、２つ以上のハイブリダイゼーション領域、好ましくは６～２０個のハイブリダイゼーション領域を含む。更なる好ましい実施形態では、ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、及び好ましくは全てが、同じ標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる。したがって、この好ましい実施形態による人工ＲＮＡは、ＲＮＡ断片の標的破壊構造を破壊する確率がより高く、次いでＲＮＡ断片、特に突然変異を起こしやすいＲＮＡ断片（例えば、ウイルス及び／又は腫瘍）の機能性を調節するのにより有効である。したがって、複数のハイブリダイゼーション領域を有することは、主にウイルス／腫瘍の変異体回避能力に影響を及ぼす。
【0133】
別のより好ましい実施形態では、好ましくは環状ＲＮＡである本発明のＲＮＡは、少なくとも２つのハイブリダイゼーション領域を含み、ハイブリダイゼーション領域の少なくとも２つ、及び好ましくは全てが異なるヌクレオチド配列を有する、すなわちヌクレオチド配列に関して互いに異なる。したがって、この好ましい実施形態では、少なくとも２つのハイブリダイゼーション領域、好ましくは人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域の全てが互いに異なり、それらは全て同じ標的ハイブリダイゼーション領域を標的とする（ハイブリダイズすることができる）（「多対１」アプローチ）。このようにして、この好ましい実施形態による人工ＲＮＡは、ＲＮＡ断片の標的破壊構造を破壊する確率がより高く、次いでＲＮＡ断片の機能性を調節するのにより効果的である。あるいは、互いに異なる人工ＲＮＡの少なくとも２つのハイブリダイゼーション領域、好ましくは全てのハイブリダイゼーション領域は、同じＲＮＡ断片内、又は異なるＲＮＡ断片からのものであっても、異なる標的破壊構造からの異なる標的ハイブリダイゼーション領域を標的化する（ハイブリダイズすることができる）。
【0134】
更に好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域は、
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している。
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している。
【0135】
好ましくは、１つ以上のＲＮＡ断片は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、非コードＲＮＡ及びウイルスゲノムＲＮＡから選択される。より好ましくは、ＲＮＡ断片はウイルスゲノムＲＮＡである。更により好ましくは、１つ以上のＲＮＡ断片は、プラスセンス一本鎖（ｓｓ）ウイルスゲノムＲＮＡである。
【0136】
ウイルスＲＮＡゲノム及びウイルスｍＲＮＡは、その機能に不可欠な不対ヌクレオチドの領域が先行又は後続するヘアピンループの少なくとも一部を含む高度に構造化された領域（「標的破壊構造」）を含む。これらの高度に構造化された領域は、好ましくは、ウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な構造化領域である。これらの領域が破壊されると、ウイルスは、そのライフサイクルの本質的な機能を果たすことができなくなる（及び、好ましくは不可能である）。したがって、これらの領域を破壊すると、ウイルスは感染性が低くなり、理想的には完全に無効になる。
【0137】
本発明者らは、ウイルスゲノムＲＮＡ中に存在する少なくとも１つの標的破壊構造（例えば、１つ、又は２つ、又はそれ以上）内の少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域（例えば、１つ、又は２つ、又はそれ以上）にハイブリダイズし、それを破壊する少なくとも１つの（及び好ましくは２つ以上の）ハイブリダイゼーション領域を含み、その結果、ウイルス感染を低減又は阻害する人工ＲＮＡ、好ましくは環状ＲＮＡを設計した。上記のように、好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡは、互いに異なり、ウイルスゲノムＲＮＡに存在する１つの標的破壊構造内の１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズしてそれを破壊することができ、その結果、ウイルス感染を減少させるか又は阻害することさえできる少なくとも２つ（及び好ましくはそれ以上）のハイブリダイゼーション領域を含む。このようにして（「多対１」アプローチ）、破壊の効率が向上する。
【0138】
一実施形態では、１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素に含まれる。好ましくは、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素に含まれる１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な構造化領域である。
【0139】
別の実施形態では、１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスゲノムの５’ＵＴＲ及び／又は３’ＵＴＲに含まれる。好ましくは、ウイルスゲノムの５’ＵＴＲ及び／又は３’ＵＴＲに含まれる１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な構造化領域である。
【0140】
更なる実施形態では、１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスゲノムのＣＤＳに含まれる。好ましくは、ウイルスゲノムのＣＤＳに含まれる１つ以上の標的破壊構造は、ウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な構造化領域である。
【0141】
更なる実施形態では、人工ＲＮＡの少なくとも２つのハイブリダイゼーション領域は、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素、５’ＵＴＲの領域、ＣＤＳの領域及び／又は３’ＵＴＲの領域の２つの位置の任意の組み合わせに存在する少なくとも１つの破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる。
【0142】
更なる実施形態では、好ましくは環状ＲＮＡである本発明の人工ＲＮＡは、少なくとも２つのウイルスゲノムＲＮＡに含まれる１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる。好ましくは、本発明の人工ＲＮＡは、少なくとも２つのウイルスゲノムＲＮＡに含まれるウイルスのライフサイクルに不可欠な１つ以上の構造化領域をハイブリダイゼーションによって破壊することができる。
【0143】
好ましい実施形態では、ウイルスのライフサイクルに不可欠な１つ以上の構造化領域の破壊は、ウイルスの活性を低下させ、より好ましくは、ウイルスのライフサイクルに不可欠な１つ以上の構造化領域の破壊は、ウイルスを完全に不活性にする。
【0144】
標的ＲＮＡ断片（ウイルスゲノムＲＮＡ）としてのウイルスゲノムは限定されない。標的破壊構造（すなわち、不対ヌクレオチドの領域の前又は後に少なくともヘアピンループを含む領域）を有する任意のウイルスゲノムは、本発明の人工ＲＮＡに適した標的ＲＮＡ断片であり得る。本発明による標的ＲＮＡ断片であり得るウイルスゲノムの例は、以下の通りである：肝炎－Ｃウイルス（ＨＣＶ）、インフルエンザウイルス、肝炎－Ａウイルス（ＨＡＶ）、ポリオウイルス、コクサッキーＢウイルス、コロナウイルス、ライノウイルス（感冒）、デングウイルス、ジカウイルス、チクングニアウイルス、西ナイルウイルス及び黄熱ウイルス。
【0145】
別の好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡが破壊することができる標的破壊構造は、ウイルスゲノムの５’ＵＴＲに含まれる標的破壊構造である。好ましい実施形態では、ＤＥＮＶ（デングウイルス）ゲノムの５’ＵＴＲ領域の標的破壊構造は、ｃＨＰ（カプシドコーディングヘアピン領域）である。
【0146】
別の好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡが破壊することができる標的破壊構造は、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素に含まれる標的破壊構造である。好ましい実施形態では、ＨＣＶ（Ｃ型肝炎ウイルス）ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素の標的破壊構造は、ＩＲＥＳ１及び／又はＩＲＥＳ ２である。
【0147】
別の好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡが破壊することができる標的破壊構造は、ウイルスゲノムのＣＤＳに含まれる標的破壊構造である。好ましい実施形態では、ウイルスゲノムのＣＤＳの標的破壊構造は、ＣＤＳ１及び／又はＣＤＳ２である。好ましくは、標的破壊構造は、ＨＣＶのゲノムの領域ＳＬ３８８、ＳＬ４２７、ＳＬ５８８及び／又はＳＬ７５０から選択される。好ましい実施形態では、標的破壊構造は、ＨＣＶのゲノムの領域ＳＬ４２７及び／又は領域ＳＬ５８８である（ＳＬはステムループを表す）。
【0148】
別の好ましい実施形態では、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡが破壊することができる標的破壊構造は、ウイルスゲノムの３’ＵＴＲに含まれる標的破壊構造である。好ましい実施形態では、ＤＥＮＶゲノムの３’ＵＴＲ領域の標的破壊構造は、ｓＨＰ（短いステムループ又は短いヘアピン領域）である。更に好ましい実施形態では、ＷＮＶ（西ナイルウイルス）ゲノムの３’ＵＴＲ領域の標的破壊構造はＳＬ＿ＩＩである。
【0149】
別の好ましい実施形態では、先行する実施形態のいずれかによる環状ＲＮＡにおいて、標的破壊構造は、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素、５’ＵＴＲの構造化領域、ＣＤＳの構造化領域又は３’ＵＴＲの構造化領域のうちの２つ以上の組み合わせにおいて見出される。
【0150】
別の好ましい実施形態では、ＣＨＩＫＶ（チクングニアウイルス）ゲノムの標的破壊構造は、ＲＳＥ領域及び／又は再コーディング要素（ＲＥ）である。
【0151】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２５～２８のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号２５～２８で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号２５～２８で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＨＣＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0152】
好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２５～２７（組み合わせｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｉｒｅｓ１、ｃｉｒｃ ＨＣＶ２及びｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１、下記の表１を参照）で定義されるヌクレオチド配列、又は配列番号２５～２７で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号２５～２７で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＨＣＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0153】
２つの配列間の同一性の程度は、従来の方法によって、例えば、技術水準で公知の標準的な配列アラインメントアルゴリズム、例えばＢＬＡＳＴｎ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ．Ｆ．ｅｔ ａｌ．Ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ．Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１９９０ Ｏｃｔ ５；２１５（３）：４０３－１０）によって決定することができる。
【0154】
「相同性領域」は、共通の構造的及び／又は機能的特徴を共有する異なるウイルス株／血清型の領域を指す。相同構造は、必要な条件として配列同一性を意味しない。当業者は、従来の手段によって、本出願で定義されたもののような他のウイルス株／血清型のホモログ領域を同定することができる。
【0155】
【表1】
【0156】
表１．ＨＣＶに対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＨＣＶに対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、ハイブリダイゼーションによって破壊する標的破壊構造、人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする標的ハイブリダイゼーション領域の配列、全ｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補（各人工環状ＲＮＡ）中に存在するハイブリダイゼーション領域の数の情報と共に表に分類する。ＩＲＥＳ：内部リボソーム進入部位；ＣＤＳ：コード配列；ｃＨＰ：カプシドヘアピン。
【0157】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号７に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２９～３０のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号２９～３０で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号２９～３０で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＤＥＮＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0158】
【表2】
【0159】
表２．ＤＥＮＶに対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＤＥＮＶに対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、ハイブリダイゼーションによって破壊する標的破壊構造、人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする標的ハイブリダイゼーション領域の配列、全ｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補（各人工環状ＲＮＡ）中に存在するハイブリダイゼーション領域の数の情報と共に表に分類する。ＵＴＲ：非翻訳領域ｃＨＰ：カプシド領域ヘアピン
【0160】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１及び配列番号７の１つ以上に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号３０及び配列番号２８のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号３０及び配列番号２８で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号３０及び配列番号２８で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＤＥＮＶ株／ＨＣＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0161】
【表3】
【0162】
表３．広域スペクトルＤＥＮＶ－ＨＣＶ ｃｉｒｃＲＮＡ。２つの標的破壊構造（ＤＥＮＶ ｃＨＰ及びＨＣＶ ＣＤＳ）のｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１－ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２、標的ハイブリダイゼーション領域、完全なｃｉｒｃＲＮＡの配列、及び各ｃｉｒｃＲＮＡにおけるハイブリダイゼーション領域の数に関する情報。ｃＨＰ：キャプシド領域ヘアピンＣＤＳ：コード配列。
【0163】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１１に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号３１、３３及び３５のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号３１、３３及び３５で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号３１、３３及び３５で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＣＨＩＫＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0164】
【表4】
【0165】
表４．ＣＨＩＫＶに対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＣＨＩＫＶに対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域の配列、全ｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補中に存在するハイブリダイゼーション領域の数（各人工ｃｉｒｃＲＮＡ中）の情報と共に表に分類する。ＵＴＲ：非翻訳領域 ＣＤＳ：コード配列。
【0166】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２０に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号３７で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号３７で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号３７で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＷＮＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0167】
【表5】
【0168】
表５．ＷＮＶに対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＷＮＶに対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域の配列、完全なｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補中に存在するハイブリダイゼーション領域の数（各人工ｃｉｒｃＲＮＡ中）の情報と共に表に分類する。ＳＬＩＩＩ：ステムループＩＩＩ。ＵＴＲ：非翻訳領域。
【0169】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２０及び配列番号７に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号３０及び３７のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号３０及び３７で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号３０及び３７で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＤＥＮＶ／ＷＮＶ株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0170】
【表6】
【0171】
表６．ＷＮＶ及びＤＥＮＶに対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＷＮＶ及びＤＥＮＶに対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域の配列、完全なｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補中に存在するハイブリダイゼーション領域の数（各人工ｃｉｒｃＲＮＡ中）の情報と共に表に分類する。ＳＬＩ：ステムループＩ。ｃＨＰ：カプシド領域ヘアピン
【0172】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１、配列番号７、配列番号１１及び／又は配列番号２０の１つ以上に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２５～３１、３３及び３５、３７のうちの１つ以上で定義されるヌクレオチド配列、又は配列番号２５～３１、３３及び３５、３７で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号２５～３１、３３及び３５、３７で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
【0173】
別の好ましい実施形態では、ＨＣＶウイルスゲノム内の標的破壊構造は、ＩＲＥＳ及び／又はＣＤＳ領域及び／又はそれらの組み合わせに見出される。より好ましくは、ＨＣＶゲノムの標的破壊構造は、配列番号７６、７７、７８若しくは７９、又は配列番号７６、７７、７８若しくは７９に定義されているヌクレオチド配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列、又はそれらの任意の組み合わせを含む標的破壊構造のリストから選択される。
【0174】
別の好ましい実施形態では、デングウイルスゲノム内の標的破壊構造は、３’ＵＴＲ及び／又はｃＨＰ及び／又はそれらの組み合わせに見出される。より好ましくは、ＤＥＮＶゲノムの標的破壊構造は、配列番号２９若しくは３０、又は配列番号２９若しくは３０に定義されているヌクレオチド配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列、又はそれらの任意の組み合わせを含む標的破壊構造のリストから選択される。
【0175】
別の好ましい実施形態では、ジカウイルスゲノム内の標的破壊構造は、５’ＵＴＲ及び／又はＲＳＥ及び／又はそれらの組み合わせに見出される。
【0176】
別の好ましい実施形態では、チクングニアウイルスゲノム内の標的破壊構造は、５’ＵＴＲ及び／又はＲＳＥ及び／又はそれらの組み合わせに見出される。より好ましくは、ＣＨＩＫＶゲノムの標的破壊構造は、配列番号８０、８１若しくは８２、又は配列番号８０、８１若しくは８２に定義されているヌクレオチド配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列、又はそれらの任意の組み合わせを含む標的破壊構造のリストから選択される。
【0177】
別の好ましい実施形態では、西ナイルのウイルスゲノム内の標的破壊構造は、ステムループＩＩＩ（ＳＬｌＩＩ）である。より好ましくは、ＷＮＶゲノムの標的破壊構造は、配列番号８３、又は配列番号８３で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むか又はそれからなる。
【0178】
別の好ましい実施形態では、好ましくは環状ＲＮＡである本発明の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域は、１つのウイルスゲノムに存在する２つ以上の標的破壊構造を標的とする（すなわち、１つのウイルスゲノムに存在する標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズすることができる）。
【0179】
特定の実施形態では、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡは、ＲＮＡウイルスゲノム、好ましくはＨＣＶ、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル及び黄熱ウイルスゲノムに対して広域活性を有する。本発明において、人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の環状ＲＮＡに関する「広域活性」とは、当該人工ＲＮＡが広範囲のＲＮＡウイルス、好ましくはＨＣＶ、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル及び黄熱に対して有効であることを意味する。
【0180】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号３４に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号５８～６２のうちの１つ以上で定義されたヌクレオチド配列、又は配列番号５８～６２で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号５８～６２で定義されたヌクレオチド配列と少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列、又は別のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株／血清型中のホモログ領域を含む。
【0181】
別の好ましい実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノム内の標的破壊構造は、標的Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、及び／又はそれらの組み合わせに見出される。より好ましくは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムの標的破壊構造は、配列番号８４、５８、８５、８６、８７、又は配列番号８４、５８、８５、８６若しくは８７に定義されているヌクレオチド配列と少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の同一性を有するヌクレオチド配列、又はそれらの任意の組み合わせを含む標的破壊構造のリストから選択される。
【0182】
【表7】
【0183】
表７．重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（完全ゲノム：配列番号３４）に対して設計されたＣｉｒｃＲＮＡ：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対して設計された異なるｃｉｒｃＲＮＡを、標的破壊構造、標的ハイブリダイゼーション領域の配列、完全なｃｉｒｃＲＮＡの配列及び各候補中に存在するハイブリダイゼーション領域の数（各人工ｃｉｒｃＲＮＡ中）の情報と共に表に分類する。
【0184】
更に好ましい実施形態では、本発明による人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡの少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域が完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１、配列番号７、配列番号１１及び／又は配列番号２０の１つ以上に含まれる。特に、標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号２５～３１、３３、３５、３７及び５８～６２のうちの１つ以上で定義されるヌクレオチド配列、又は配列番号２５～３１、３３及び３５、３７で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも７０％の同一性、好ましくは配列番号２５～３１、３３、３５、３７及び５８～６２で定義されるヌクレオチド配列と少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同一性、更により好ましくは少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
【0185】
上に開示された同じウイルス又は異なるウイルス由来の標的破壊構造及び／又は標的ハイブリダイゼーション領域の全ての可能な組み合わせは、本発明のｃｉｒｃＲＮＡ配列の設計のための特定の実施形態として本明細書に含まれる。本発明を通して開示される各標的破壊構造（ＩＲＥＳ、ＣＤＳ等）について、ｃｉｒｃＲＮＡを設計するために、異なる対応するハイブリダイゼーション領域を本明細書に記載されるように使用及び／又は組み合わせることができることに留意されたい。
【0186】
第２の態様では、本発明は、本明細書に開示される実施形態のいずれかにおいて、単独で又は組み合わせて、本発明の人工ＲＮＡを含む組成物を提供する。
【0187】
好ましくは、組成物は医薬組成物であり、好ましくは実施形態のいずれかにおける本発明の人工ＲＮＡと、１つ以上の薬学的に許容され得る担体とを含む。
【0188】
臨床用途が企図される場合、医薬組成物は、意図される用途に適した形態で調製される。一般に、これは、発熱物質、並びにヒト又は動物に有害であり得る他の不純物を本質的に含まない組成物を調製することを伴う。
【0189】
巨大分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、及びリポソームを含む脂質ベースの系等のコロイド分散系を、環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡの送達ビヒクルとして使用することができる。本開示の核酸を組織に送達するのに適した市販の脂肪乳剤としては、Ｉｎｔｒａｌｉｐｉｄ、Ｌｉｐｏｓｙｎ、Ｌｉｐｏｓｙｎ ＩＩ、Ｌｉｐｏｓｙｎ ＩＩＩ、Ｎｕｔｒｉｌｉｐｉｄ、及び他の同様の脂質乳剤が挙げられる。ｉｎ ｖｉｖｏで送達ビヒクルとして使用するためのコロイド系は、リポソーム（すなわち、人工膜小胞）である。そのような系の調製及び使用は当該技術分野で周知である。例示的な製剤は、米国特許第５，９８１，５０５号；米国特許第．６，２１７，９００；米国特許第．６，３８３，５１２；米国特許第．５，７８３，５６５；米国特許第．７，２０２，２２７；米国特許第．６，３７９，９６５；米国特許第．６，１２７，１７０；米国特許第．５，８３７，５３３；米国特許第．６，７４７，０１４；；及び国際公開第０３／０９３４４９号にも開示されている。特に、リポフェクタミンを含むカチオン性リポソーム製剤を送達に使用することができる。リポフェクタミンは、中性共脂質又はヘルパー脂質と共に製剤化され得る。例えば、米国特許第７，４７９，５７３号、Ｄａｌｂｙ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｉｒｅｃｔ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ３３：９５－１０３，Ｈａｗｌｅｙ－Ｎｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｆｏｃｕｓ １５：７３－７９を参照されたい。
【0190】
送達ビヒクルを安定にし、標的細胞による取り込みを可能にするために、適切な塩及び緩衝液を使用することが一般に望まれる。（例えば、環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡでｅｘ ｖｉｖｏでトランスフェクトした）組換え細胞を患者に導入する場合、緩衝液も使用される。本開示の水性組成物は、薬学的に許容され得る担体又は水性媒体に溶解又は分散された有効量の送達ビヒクルを含む。
【0191】
「薬学的に許容され得る」又は「薬理学的に許容され得る」という語句は、動物又はヒトに投与した場合に有害なアレルギー反応又は他の不都合な反応を生じない分子実体及び組成物を指す。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容され得る担体」は、ヒトへの投与に適した薬品等の薬品を製剤化する際の使用に許容され得る溶媒、緩衝液、溶液、分散媒、コーティング、抗菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等を含む。薬学的に活性な物質に対するそのような媒体及び薬剤の使用は、当該技術分野で周知である。
【0192】
任意の従来の媒体又は薬剤が本開示の活性成分と不適合である限り、治療用組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性成分も、組成物の核酸を不活性化しない限り、組成物に組み込むことができる。
【0193】
注射使用又はカテーテル送達に適した医薬形態には、例えば、滅菌水溶液又は分散液、及び滅菌注射液又は分散液の即時調製のための滅菌粉末が含まれる。一般に、これらの調製物は、容易な注入性が存在する程度に無菌で流動性である。調製物は、製造及び貯蔵の条件下で安定でなければならず、細菌及び真菌等の微生物の汚染作用に対して保存されなければならない。適切な溶媒又は分散媒は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール等）、それらの適切な混合物、及び植物油を含有し得る。適切な流動性は、例えば、レシチン等のコーティングの使用、分散液の場合には必要な粒径の維持、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール等によってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば糖又は塩化ナトリウムを含むことが好ましい。注射用組成物の持続的な吸収は、吸収遅延剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンの組成物における使用によってもたらされ得る。
【0194】
滅菌注射液は、必要に応じて（例えば、上に列挙したような）任意の他の成分と共に適切な量の活性化合物を溶媒に組み込み、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般に、分散液は、例えば上に列挙したように、種々の滅菌された活性成分を、塩基性分散媒及び所望の他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射液の調製のための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法としては、真空乾燥及び凍結乾燥技術が挙げられ、これにより、活性成分（複数可）及び任意の追加の所望の成分の粉末が、予め滅菌濾過されたその溶液から得られる。
【0195】
本発明の組成物は、一般に、中性形態又は塩形態で製剤化され得る。薬学的に許容され得る塩としては、例えば、無機酸（例えば、塩酸若しくはリン酸、又は有機酸（例えば、酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸等）に由来する酸付加塩（タンパク質の遊離アミノと共に形成される）が挙げられる。タンパク質の遊離カルボキシル基と共に形成される塩は、無機塩基（例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム又は水酸化第二鉄）又は有機塩基（例えば、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカイン等）から誘導することもできる。
【0196】
製剤化すると、溶液は、好ましくは、投与製剤と適合する様式で、治療上有効な量で投与される。製剤は、注射液、薬物放出カプセル等の様々な剤形で容易に投与することができる。水溶液での非経口投与の場合、例えば、溶液は一般に適切に緩衝され、液体希釈剤はまず、例えば十分な生理食塩水又はグルコースを用いて等張性にされる。そのような水溶液は、例えば、静脈内、筋肉内、皮下及び腹腔内投与のために使用され得る。好ましくは、当業者に知られているように、特に本開示に照らして、滅菌水性媒体が使用される。実例として、単回用量を１ｍｌの等張性ＮａＣｌ溶液に溶解し、１０００ｍｌの皮下注入液に添加するか、又は提案された注入部位に注射することができる（例えば、’’Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ’’１５ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ、１０３５～１０３８頁及び１５７０～１５８０ページを参照）。治療される対象の状態に応じて、投与量のいくらかの変動が必然的に生じるであろう。投与の責任者は、いずれにせよ、個々の対象に対する適切な用量を決定する。更に、ヒトへの投与のために、製剤は、ＦＤＡオフィスのＢｉｏｌｏｇｉｅｓ規格によって要求される無菌性、発熱原性、並びに一般的な安全性及び純度の基準を満たさなければならない。
【0197】
本発明の医薬組成物はまた、意図される送達様式及び使用様式に応じて、シリンジ、埋め込みデバイス等に収容することができる。好ましくは、本明細書に記載のように調製された人工ＲＮＡ、例えば人工環状ＲＮＡを含む組成物は、単位剤形であり、これは、予め測定された形態又は予め包装された形態での単回用量に適した組成物の量を意味する。
【0198】
投与に関して、人工環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡによる治療の少なくとも１つの治療有効サイクルは、例えばＨＣＶ、デングウイルス、ジカウイルス、チクングニアウイルス、西ナイルウイルス、黄熱ウイルス又はコロナウイルス、例えばＳＡＲＳ及び／又はＭＥＲＳ、好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされるウイルス感染の治療のために対象に投与され得る。
【0199】
人工環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡを含む組成物の「治療有効用量又は量」とは、本明細書に記載されるように投与された場合、治療された状態、例えばウイルス感染、癌又は遺伝性障害からの改善された回復等のプラスの治療応答をもたらす量を意図する。
【0200】
複数の治療有効用量の、本発明の人工ＲＮＡ、例えば本発明の人工環状ＲＮＡ、及び／又は１つ以上の他の治療剤を含む組成物が投与される。本発明の組成物は、必ずしもそうとは限らないが、典型的には、注射（皮下、静脈内、動脈内、又は筋肉内）によって、注入によって、又は局所的に投与される。腹腔内、髄腔内、腫瘍内、リンパ内、血管内、病巣内、経皮等の更なる投与様式も企図される。いくつかの実施形態では、人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡを含む医薬組成物は、局所投与される。人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡ及び他の薬剤を含む医薬組成物は、当該技術分野で公知の任意の医学的に許容され得る方法に従って、同じ又は異なる投与経路を使用して投与することができる。
【0201】
人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡを含む医薬組成物はまた、例えばウイルス感染及び／又は癌及び／又は遺伝性障害を予防するために予防的に投与されてもよい。
【0202】
人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡ及び／又は他の薬剤を含む医薬組成物は、持続放出製剤、又は持続放出装置を使用して投与される製剤である。そのような装置は当該技術分野で周知であり、例えば、非持続放出医薬組成物で持続放出効果を達成するために、様々な用量で連続的な定常状態の様式で経時的に送達を提供することができる小型埋め込み型ポンプが挙げられる。
【0203】
当業者は、本発明の人工ＲＮＡを含む組成物が効果的に治療及び／又は予防することができる条件を理解するであろう。投与される実際の用量は、対象の年齢、体重及び全身状態、並びに治療される状態の重症度、医療専門家の判断、及び投与されるコンジュゲートに応じて変化するであろう。
【0204】
治療有効量は、当業者によって決定することができ、各特定の場合の特定の要件に合わせて調整される。人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡを含む組成物は、単独で、又は１つ以上の他の治療剤と組み合わせて投与することができる。具体的な投与スケジュールは、当業者に公知であるか、又は日常的な方法を用いて実験的に決定することができる。例示的な投与スケジュールとしては、１日５回、１日４回、１日３回、１日２回、１日１回、週３回、週２回、週１回、月２回、月１回、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。好ましい組成物は、１日１回以下の投与を必要とする組成物である。
【0205】
人工環状ＲＮＡ等の本発明の人工ＲＮＡを含む組成物は、他の薬剤の前に、他の薬剤と同時に、又は他の薬剤の後に投与することができる。他の薬剤と同時に提供される場合、本発明の人工ＲＮＡは、同じ又は異なる組成物において提供することができる。したがって、人工ＲＮＡ及び１つ以上の他の薬剤を、同時療法によって個体に提示することができる。
【0206】
「同時療法」とは、物質の組み合わせの治療効果が治療を受けている対象において引き起こされるような対象への投与を意図する。例えば、同時療法は、特定の投与レジメンに従って、本発明による人工ＲＮＡ、例えば人工環状ＲＮＡを含む医薬組成物の用量、及び治療有効用量を組み合わせて含む少なくとも１つの他の薬剤を含む医薬組成物の用量を投与することによって達成され得る。同様に、本発明の人工ＲＮＡ及び１つ以上の他の治療剤は、少なくとも１つの治療用量で投与することができる。別々の医薬組成物の投与は、これらの物質の組み合わせの治療効果が、治療法を受けている対象において引き起こされる限り、同時に又は異なる時間（すなわち、連続的に、いずれかの順序で、同じ日に、又は異なる日に）に行うことができる。
【0207】
第３の態様では、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、本発明の人工ＲＮＡ又は本発明の組成物と、人工ＲＮＡ又は組成物を使用するための説明書を含むキットを提供する。
【0208】
したがって、本明細書に記載される人工ＲＮＡ及び／又は組成物のいずれかがキットに含まれ得る。例えば、本明細書中に開示されるような環状ＲＮＡがキットに含まれる場合がある。キットはまた、人工ＲＮＡの細胞への送達を容易にするための１つ以上のトランスフェクション試薬を含み得る。そのようなキットはまた、ポリヌクレオチドを保存するか、又はそれらの分解から保護する成分を含み得る。そのような成分は、ＲＮＡｓｅ不含であってもよく、又はＲＮＡｓｅに対して保護してもよい。
【0209】
そのようなキットは、一般に、適切な手段で、個々の試薬又は溶液ごとに別個の容器を含む。キットは、人工ＲＮＡ及び他の薬剤を保持する１つ以上の容器を含み得る。組成物に適した容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ及び試験管が挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチックを含む様々な材料から形成することができる。容器は、滅菌アクセスポート（例えば、容器は、皮下注射針によって穿刺可能な栓を有するバイアルであってもよい）を有することができる。
【0210】
キットは、リン酸緩衝生理食塩水、リンゲル液、又はデキストロース溶液等の薬学的に許容され得る緩衝液を含む容器を更に含むことができる。キットはまた、バッファ、希釈剤、フィルタ、針、及びシリンジ又は他の送達装置等の他の薬学的に許容され得る製剤化溶液を含む、エンドユーザに有用な他の材料を含むことができる。送達装置は、組成物で予め充填されていてもよい。
【0211】
キットはまた、本発明の人工ＲＮＡでウイルス感染症を治療する方法の説明書を含む添付文書を含むことができる。添付文書は、未承認のドラフト添付文書であってもよく、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）又は他の規制機関によって承認された添付文書であってもよい。
【0212】
上記のように、好ましくは、本発明の組成物又はキットに含まれ得る本発明の人工ＲＮＡは、その実施形態のいずれかにおいて、配列番号２、３、４、５、６（ＨＣＶの場合）；配列番号８、９、１０（デングウイルスの場合）；配列番号１２、１３、１４、１５、３９（チクングニアウイルスの場合）；配列番号１６及び１７（ＨＣＶ及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号２４及び１９（西ナイルウイルスの場合）；配列番号２１、２２及び２３（デング及び西ナイルウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３２（ＨＣＶ及びデングウイルスの両方についての広域スペクトル活性）、配列番号３６、３８、４０、４１、４２、８８、８９、６５、４３、４４、４５、６６、６７、４６、４７、４８、４９、６８、６９、７０、５０、５１、５２、５３、７１、７２、５４、５５、５６、５７（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの場合）で定義されるヌクレオチド配列を含む。これらは、以下の実施例に記載される人工ＲＮＡに含まれるハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする標的ハイブリダイゼーション領域である。
【0213】
好ましくは、その実施形態のいずれかにおいて、本発明の組成物及び／又はキットに含まれてもよい、本発明の人工ＲＮＡに含まれる少なくとも１つのハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする１つ以上の標的ハイブリダイゼーション領域は、配列番号１、配列番号７、配列番号１１、配列番号２０及び／又は配列番号３４に含まれる。
【0214】
第４の態様では、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、医薬品として使用するための本発明の人工ＲＮＡ、又は本発明の組成物若しくはキットを提供する。好ましくは、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、ウイルス感染を予防及び／又は治療する方法に使用するための本発明の人工ＲＮＡ、又は本発明の組成物若しくはキットを提供する。好ましくは、本発明の人工ＲＮＡは、２つ以上のＲＮＡウイルスに対して広域活性を有する。
【0215】
更なる実施形態では、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、癌を予防及び／又は治療する方法に使用するための本発明の人工ＲＮＡ、又は本発明の組成物若しくはキットを提供する。
【0216】
更なる実施形態では、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、遺伝性障害を予防及び／又は治療する方法に使用するための本発明の人工ＲＮＡ、又は本発明の組成物若しくはキットを提供する。
【0217】
本発明との関連で、遺伝性障害は、ゲノムにおける１つ以上の異常によって引き起こされる健康問題を指す。これは、単一の遺伝子（一遺伝子性）又は複数の遺伝子（多遺伝子性）における突然変異又は染色体異常によって引き起こされ得る。遺伝性障害の例は以下の通りである：家族性高コレステロール血症、多発性嚢胞腎疾患、神経線維腫症Ｉ型、遺伝性球状赤血球症、マルファン症候群、ハンチントン病、鎌状赤血球貧血、嚢胞性線維症、テイ・サックス病、フェニルケトン尿症、ムコ多糖症、リソソーム酸リパーゼ欠損症、糖原病、ガラクトース血症、デュシェンヌ筋ジストロフィー又は血友病。
【0218】
したがって、第４の態様では、本発明は、その実施形態のいずれかにおいて、ウイルス感染及び／又は癌及び／又は遺伝性障害を予防及び／又は治療するための医薬品を製造するための本発明の人工ＲＮＡ、又は本発明の組成物又はキットの使用を提供する。
【0219】
好ましい実施形態では、ウイルス感染は、ＨＣＶ、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル、黄熱病ウイルス又はコロナウイルス、例えばＳＡＲＳ及び／又はＭＥＲＳ、好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２によって引き起こされる。
【0220】
当該技術分野で周知であるように（例えば、国際公開第２０１７／２２２９１１号を参照）、核酸送達の任意の公知の方法を、本明細書に開示される人工ＲＮＡ（例えば、免疫原性又は非免疫原性）の対象への投与に使用することができる。例えば、人工ＲＮＡをｉｎ ｖｉｖｏでのトランスフェクションによって投与することができる。あるいは、人工ＲＮＡは、ｅｘ ｖｉｖｏでのトランスフェクション及びその後の人工ＲＮＡでトランスフェクトされた細胞の対象への移入によって投与され得る。
【0221】
環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡは、核酸担体（例えばカチオン性担体）又はナノ粒子（例えば、脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子、ポリマーとペプチドの組み合わせを含むナノ粒子、又は静電複合体）と共に送達することができる。人工ＲＮＡは、組換えウイルス、エキソソーム、リポソーム、若しくは他の脂質小胞、又は環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡを分泌するように操作された細胞を使用して対象に送達され得る。
【0222】
環状ＲＮＡ等の人工ＲＮＡは、対象の特定の部位（例えば、細胞、組織又は器官）への局所送達のために標的化リガンド（例えば、小分子、ペプチド又はタンパク質）にコンジュゲートすることもできる。人工ＲＮＡは、細胞への侵入を容易にするために、内在化配列、タンパク質形質導入ドメイン、又は細胞透過性ペプチドに連結することさえできる。
【0223】
第５の態様では、本発明は、本発明の人工ＲＮＡ、好ましくは本発明の人工環状ＲＮＡを製造する方法であって、本方法は、
ａ）本発明の人工ＲＮＡを合成する工程、
ｂ）１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる、好ましくはＳＲＶＶＬＣを破壊することができる及び／又はウイルスをそのライフサイクルの本質的な機能を実行することができない（理想的には不可能にする）人工ＲＮＡ、すなわち、標的ＲＮＡ断片に立体配座変化を生じさせ、例えばウイルスのライフサイクルの本質的な機能を妨げるウイルスのＲＮＡに立体配座変化を生じさせることができる人工ＲＮＡについて、工程ａ）の人工ＲＮＡをスクリーニングする工程、を含む。
ａ）本発明の人工ＲＮＡを合成する工程、
ｂ）１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる、好ましくはＳＲＶＶＬＣを破壊することができる及び／又はウイルスをそのライフサイクルの本質的な機能を実行することができない（理想的には不可能にする）人工ＲＮＡ、すなわち、標的ＲＮＡ断片に立体配座変化を生じさせ、例えばウイルスのライフサイクルの本質的な機能を妨げるウイルスのＲＮＡに立体配座変化を生じさせることができる人工ＲＮＡについて、工程ａ）の人工ＲＮＡをスクリーニングする工程、を含む。
【0224】
ｃｉｒｃＲＮＡの生成
人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡを、社内のソフトウェアツールを使用して設計する。このツールは、いくつかの設計制約、例えば配列のＧＣ含有量範囲を考慮に入れることを可能にする。人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡが設計されると、それらは細胞内で又はｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって生成され得る。
人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡを、社内のソフトウェアツールを使用して設計する。このツールは、いくつかの設計制約、例えば配列のＧＣ含有量範囲を考慮に入れることを可能にする。人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡが設計されると、それらは細胞内で又はｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって生成され得る。
【0225】
（１）人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡの細胞内生成。
ＤＮＡ形態の対応する人工ＲＮＡ配列（ｃｉｒｃＲＮＡ配列等）を商業的に入手し、以下の工程を用いて細胞に後で形質転換するためにクローニングする。
ＤＮＡ形態の対応する人工ＲＮＡ配列（ｃｉｒｃＲＮＡ配列等）を商業的に入手し、以下の工程を用いて細胞に後で形質転換するためにクローニングする。
【0226】
最初に、設計された人工ＲＮＡ配列を、スプライシング及び環状化を媒介する２つの配列、ＳＡ（スプライシングアクセプター）及びＳＤ（スプライシングドナー）の間のプラスミド（例えばｐｃＤＮＡ３－ＣＩＲＳ７プラスミド）にクローニングする（クローンは、オーフス大学（デンマーク）のＴｈｏｍａｓ Ｂ．Ｈａｎｓｅｎ博士から善意により提供された（特許出願：国際公開第２０１４／０８２６４４号）。このプラスミドは、抗生物質アンピシリンに対する耐性を付与する遺伝子を含む。次いで、誘導されたプラスミドをＸＬ１－Ｂｌｕｅコンピテント細胞（Ｓｉｇｍａ）に形質転換する。形質転換細胞を、選択のためにアンピシリン（ＬＢ－Ａｍｐ）を含むＬＢ培地中で増殖させる。次いで、選択されたコロニーの一方を、増幅のためにＬＢ－Ａｍｐ液体培地中で３６時間増殖させる。この時間の後、培養物を遠心分離して細菌細胞を得て、プラスミドをＮｕｃｌｅｏＳｐｉｎ（登録商標）Ｐｌａｓｍｉｄキット（Ｍａｃｈｅｒｅｙ－Ｎａｇｅｌ）を用いて精製する。
【0227】
これらの誘導されたプラスミドがヒト細胞に導入されると、転写プロモーターＣＭＶは細胞転写機構によって認識され、ｍＲＮＡは宿主転写機構を使用して発現される。ｃｉｒｃＲＮＡの生成のため、得られたＲＮＡを、設計されたｃｉｒｃＲＮＡを生成する宿主スプライシング機構によって環状化する（図１を参照）。
【0228】
人工ｃｉｒｃＲＮＡのｉｎ ｖｉｔｒｏ生成。
ｃｉｒｃＲＮＡの生成は、化学合成又はｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって対応する直鎖ＲＮＡを得、次いでＲＮＡリガーゼでそれを環状化することによってｉｎ ｖｉｔｒｏでも達成することができる（図２を参照）。
ｃｉｒｃＲＮＡの生成は、化学合成又はｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって対応する直鎖ＲＮＡを得、次いでＲＮＡリガーゼでそれを環状化することによってｉｎ ｖｉｔｒｏでも達成することができる（図２を参照）。
【0229】
より効率的なアプローチは、Ｔ７プロモーターに隣接するテンプレートからｉｎ ｖｉｔｒｏでｃｉｒｃＲＮＡを生成することである。このプラスミドは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写後に切断されて環状化及びｃｉｒｃＲＮＡの生成を可能にする末端を生成する自己切断リボザイムを含む。各候補について、Ｔ７プロモータープラスミドを、ＨｉｎｄＩＩＩ（ＦａｓｔＤｉｇｅｓｔ）を使用して３７℃で３０分間直線化した。精製した直線化分子をｉｎ ｖｉｔｒｏで転写し、ポリアクリルアミドゲルから精製した。その後、ＲｔｃＢ（ＮＥＢ）を使用してＲＮＡを環状化し、３７℃で３０分間のＲＮＡｓｅ Ｒ（Ｌｕｃｉｇｅｎ）処理後に環状化分子を選択した（図２５を参照）。
【0230】
より具体的には、自己切断能を有するＲＮＡ分子であるリボザイムによって両端が取り囲まれた目的のｃｉｒｃＲＮＡを含むＴ７由来プラスミドからｃｉｒｃＲＮＡを生成した。本発明者らは、５’ではナス潜在性ウイロイド（ＥＬＶｄ）を使用し、３’ではサンゴのものをハンマーヘッドのペアとして使用した。５’ハンマーヘッドではより低い切断効率が見られたので、どのハンマーヘッド対がより効率的であるかを決定するために、本発明者らは、天然及び人工の両方のいくつかのリボザイムを試験した。図２９に見られるように、試験した全てのハンマーヘッドは、３番及び７番を除いて所望の切断されたＲＮＡ分子を生成し、異なる切断効率を有し、ハンマーヘッド５－６－９が最良であった。ゲルから対応する切断されたＲＮＡ分子のバンドを抽出した後、本発明者らは３つのハンマーヘッドで同様の量を見たが、ハンマーヘッドがｉｎ ｓｉｌｉｃｏでの予測と同じように挙動したことから、本発明者らは、人工リボザイム３（ＡＲＴ－ＲＢＺ３）を使用することに決めた。
【0231】
次いで、本発明者らは、緩衝液中の異なる濃度のマグネシウムを使用して、部分的に切断された／完全に切断された比を増加させることができるかどうかを試験したが、本発明者らは差を観察しなかった（図３０）。
【0232】
ハンマーヘッドが確立され、本発明者らの所望のｃｉｒｃＲＮＡの生成を継続するために、本発明者らは、ｃｉｒｃＲＮＡ配列をプラスミドにクローニングし、製造業者の指示に従ってＨｉｎｄ ＩＩＩ（Ｆａｓｔ Ｄｉｇｅｓｔ）を使用して１０マイクログラムを直線化した。直線化ＤＮＡをフェノール－クロロホルム精製し、更にｉｎ ｖｉｔｒｏ転写した。更に、本発明者らは、テンプレートとして使用するための直線化プラスミドの最適量及び反応時間を試験した。本発明者らは、１０マイクログラム又は１マイクログラムの直線化ＤＮＡのいずれかを使用して、（製造業者によって推奨されるように）６時間又は３時間インキュベートしたＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ（Ｔａｋａｒａ）を使用して同じ量の切断ＲＮＡ分子を得たことを確認した（図３１）。したがって、本発明者らは、１マイクログラムのテンプレート及び３時間の反応を用いてＩＶＴを行うことにした。
【0233】
ＩＶＴを停止し、尿素ゲル中で４時間実行し、所望のバンド（完全切断）を切り取り、そこからＲＮＡを更に単離した。この最後の工程は、回収されたＲＮＡの収率を低くし、プロトコルを更に続けるのに十分な線状分子を生成するのに十分な時間を必要とする。これを改善するために、本発明者らは、回収に関してより良好な結果を有するゲルを泳動する代わりに、クロロホルム／イソアミルアルコール抽出によってＩＶＴを精製した。
【0234】
次に、本発明者らは、ＲｔｃＢ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を使用して、３７℃で１時間、１０マイクログラムの精製された直鎖ＲＮＡの環状化を進める。非環状ＲＮＡ形態を排除するために、得られたＲＮＡをＲＮＡｓｅ Ｒ（Ｌｕｃｉｇｅｎ）処理し、製造業者の指示に従って精製した。ＲＮＡｓｅ Ｒ処理を検証するために、本発明者らは、尿素ゲルを実行し、ｃｉｒｃＲＮＡバンドを選択した。前述のように、尿素ゲル精製はＲＮＡ材料の有意な喪失を引き起こした。したがって、本発明者らは、ゲル精製を回避し、ＲＮＡｓｅ Ｒ条件を増加させ（図３２）、より多量のｃｉｒｃＲＮＡを得るプロトコルで以前に行ったように精製することを決定した。プロトコルのこの変更（図２５を参照）は、妥当なコスト及び時間で有意な量のｃｉｒｃＲＮＡを達成するために重要である。最後に、１％の材料のみを使用してＴＢＥ－尿素ゲルを用いて、ｃｉｒｃＲＮＡの存在を確認した。
【0235】
作用様式
ｃｉｒｃＲＮＡ等の人工ＲＮＡは、ＲＮＡウイルスゲノム等の１つ以上のＲＮＡ断片の標的破壊構造に存在する選択された領域（標的ハイブリダイゼーション領域）とハイブリダイズするように設計される。これらの標的破壊構造は、上記のように、ＲＮＡ断片の機能性に関連する。例えば、ＲＮＡ断片がＲＮＡウイルスゲノムである場合、標的破壊構造は、翻訳、複製、局在化又は／及びカプセル化等のウイルスＲＮＡの複数の機能及び感染性に関連し得る。これらのシグナルは、ウイルスＲＮＡゲノムの５’及び３’非翻訳領域並びにコード配列領域（ＣＤＳ）に見出すことができる。一実施形態では、これらの標的破壊構造は、ＩＲＥＳ要素（内部リボソーム進入部位）内に位置することができ、ＩＲＥＳ要素は、いくつかのウイルスＲＮＡゲノムに対するウイルスタンパク質の翻訳を開始するために宿主リボソームを隔離することに関与する。
ｃｉｒｃＲＮＡ等の人工ＲＮＡは、ＲＮＡウイルスゲノム等の１つ以上のＲＮＡ断片の標的破壊構造に存在する選択された領域（標的ハイブリダイゼーション領域）とハイブリダイズするように設計される。これらの標的破壊構造は、上記のように、ＲＮＡ断片の機能性に関連する。例えば、ＲＮＡ断片がＲＮＡウイルスゲノムである場合、標的破壊構造は、翻訳、複製、局在化又は／及びカプセル化等のウイルスＲＮＡの複数の機能及び感染性に関連し得る。これらのシグナルは、ウイルスＲＮＡゲノムの５’及び３’非翻訳領域並びにコード配列領域（ＣＤＳ）に見出すことができる。一実施形態では、これらの標的破壊構造は、ＩＲＥＳ要素（内部リボソーム進入部位）内に位置することができ、ＩＲＥＳ要素は、いくつかのウイルスＲＮＡゲノムに対するウイルスタンパク質の翻訳を開始するために宿主リボソームを隔離することに関与する。
【0236】
作用機序は、技術水準とは対照的に、人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域と標的破壊構造の標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションだけではなく、このハイブリダイゼーション時に引き起こされる構造変化がＲＮＡ断片の二次構造を変化させ、最終的にその機能に影響を及ぼす。例えば、ウイルスＲＮＡゲノム及びウイルスｍＲＮＡは、それらの機能に不可欠な高度に構造化された領域を含む。ウイルスＲＮＡゲノム中の破壊構造を標的とする設計人工ＲＮＡの結合は、構造のアンフォールディング（二次構造の変化）をもたらし、その結果、感染性の減少又は阻害さえももたらす（例えば、図３を参照）。
【0237】
例えば、ＲＮＡウイルスゲノム中の標的破壊構造の破壊は、それらの標的ウイルスＲＮＡ配列へのＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）の接近可能性を妨げることができる。この戦略は、ＲＢＰの正確な結合部位をハイブリダイズさせることを目的とするものとは異なることに留意されたい（例えば、図４を参照）。
【0238】
時として、ＲＢＰは、特定の構造的状況で、例えばステムループのすぐ３’で見られることを必要とする一本鎖ＲＮＡ領域に結合する（例えば、図４の左側を参照）。本発明者らの場合、異なる標的ハイブリダイゼーション領域とのハイブリダイズは、このステムループ（標的破壊構造の一部である）を破壊する可能性があり、結合部位はアクセス可能なままであるが、構造変化はＲＢＰ結合を無効にする（例えば、図４の右側を参照）。
【0239】
構造
ｃｉｒｃＲＮＡ等の設計された人工ＲＮＡの構造は非常に柔軟である。一般に、それは、好ましくはウイルスゲノム中の１つ以上のＲＮＡ断片の少なくとも１つ、好ましくはいくつかの標的破壊構造中に存在する少なくとも１つ、好ましくはいくつかの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズする少なくとも１つ、好ましくはいくつかのハイブリダイゼーション領域を含む。好ましくは人工ＲＮＡ中のこれらのいくつかのハイブリダイゼーション領域は、好ましくはいくつかのハイブリダイゼーション領域を分離する以外のいかなる機能も実行せず、設計制約（低い二次構造、特定のＧＣ含有量等）の遵守を可能にするという意味で、準ランダムな配列によって分離されることが好ましい。例えば、１つの標的破壊構造当たり２つのハイブリダイゼーション領域を有するウイルスゲノムの３つの異なる標的破壊構造を標的とする、ｃｉｒｃＲＮＡである人工ＲＮＡの例を図５に示す。同じ色を有する領域は、それらが同じウイルス標的破壊構造を標的とするという事実を表す。
ｃｉｒｃＲＮＡ等の設計された人工ＲＮＡの構造は非常に柔軟である。一般に、それは、好ましくはウイルスゲノム中の１つ以上のＲＮＡ断片の少なくとも１つ、好ましくはいくつかの標的破壊構造中に存在する少なくとも１つ、好ましくはいくつかの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズする少なくとも１つ、好ましくはいくつかのハイブリダイゼーション領域を含む。好ましくは人工ＲＮＡ中のこれらのいくつかのハイブリダイゼーション領域は、好ましくはいくつかのハイブリダイゼーション領域を分離する以外のいかなる機能も実行せず、設計制約（低い二次構造、特定のＧＣ含有量等）の遵守を可能にするという意味で、準ランダムな配列によって分離されることが好ましい。例えば、１つの標的破壊構造当たり２つのハイブリダイゼーション領域を有するウイルスゲノムの３つの異なる標的破壊構造を標的とする、ｃｉｒｃＲＮＡである人工ＲＮＡの例を図５に示す。同じ色を有する領域は、それらが同じウイルス標的破壊構造を標的とするという事実を表す。
【0240】
しかしながら、上記で説明したように、特定の標的破壊構造内の同じ標的ハイブリダイゼーション領域を標的とする人工ＲＮＡ、例えばｃｉｒｃＲＮＡのこれらの好ましくはいくつかのハイブリダイゼーション領域は、好ましくは互いに異なるように設計される。これは、ＲＮＡが３つの異なる塩基対合タイプ：Ｇ－Ｃ、Ａ－Ｕ及びＧ－Ｕを可能にすることから可能である。この事実はまた、例えば、人工ＲＮＡからの（突然変異による）ウイルスエスケープが、全ての異なるハイブリダイゼーション領域を同時に回避する必要があるため、より困難であることを伴う。ハイブリダイゼーション要件は、アンチセンス要件又は相補性要件とは異なることに留意されたい。
【0241】
異なるＲＮＡウイルスの異なる領域等の異なるＲＮＡ断片の異なる領域を標的とし、広域スペクトル人工ＲＮＡを得るために、単一の人工ＲＮＡのハイブリダイゼーション領域を設計することも可能である。
【0242】
第６の態様では、本発明は、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡをスクリーニングする方法を提供し、標的破壊構造は、
ｉ．不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｉｉ．少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域、を含むと規定され、
本方法は、
ａ）人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域を、合計７～１００ヌクレオチド長、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有する領域として同定する工程であって、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊構造のエネルギーよりも負であり、それによって１つ以上の標的破壊構造を破壊し、人工環状ＲＮＡに含まれる前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域の各々が、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって同定される工程、
ｂ）工程ａ）で同定された１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡを設計する工程であって、人工環状ＲＮＡが１５０～８００ヌクレオチド長、好ましくは２００～６００ヌクレオチドである、工程、
ｃ）任意に、工程ｂ）で設計された１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる人工環状ＲＮＡを選択し、任意にそれを製品にパッケージングする工程、を含む。
ｉ．不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｉｉ．少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域、を含むと規定され、
本方法は、
ａ）人工環状ＲＮＡの２つ以上のハイブリダイゼーション領域を、合計７～１００ヌクレオチド長、好ましくは１０～５０ヌクレオチドを有する領域として同定する工程であって、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズするとき、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊構造のエネルギーよりも負であり、それによって１つ以上の標的破壊構造を破壊し、人工環状ＲＮＡに含まれる前記２つ以上のハイブリダイゼーション領域の各々が、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ又はＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって同定される工程、
ｂ）工程ａ）で同定された１つ以上の標的破壊構造を破壊することができる２つ以上のハイブリダイゼーション領域を含む人工環状ＲＮＡを設計する工程であって、人工環状ＲＮＡが１５０～８００ヌクレオチド長、好ましくは２００～６００ヌクレオチドである、工程、
ｃ）任意に、工程ｂ）で設計された１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊することができる人工環状ＲＮＡを選択し、任意にそれを製品にパッケージングする工程、を含む。
【0243】
上に示されるように、第６の態様又はその実施形態のいずれかによる方法の工程ａ）において、工程ａ）による２つ以上のハイブリダイゼーション領域の同定は、ＮＵＰＡＣＫ、ＲＮＡｉｆｏｌｄ、ＭｏｉＲＮＡｉＦｏｌｄ等のＲＮＡ逆フォールディングツールによって行われ、本方法は、好ましくは、
ａ）ＲＮＡ逆フォールディングツールに標的破壊構造／配列及び標的ハイブリダイゼーション領域の少なくとも両方を提供することによって、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする可能性のある２つ以上のハイブリダイゼーション領域の１つ以上のヌクレオチド配列を生成する工程、
ｂ）標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズする場合、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって標的破壊構造を破壊する、それらのハイブリダイゼーション領域の１つ以上のヌクレオチド配列のみを出力として得る工程、を含む。
ａ）ＲＮＡ逆フォールディングツールに標的破壊構造／配列及び標的ハイブリダイゼーション領域の少なくとも両方を提供することによって、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造に含まれる少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域と完全にハイブリダイズする可能性のある２つ以上のハイブリダイゼーション領域の１つ以上のヌクレオチド配列を生成する工程、
ｂ）標的ハイブリダイゼーション領域とハイブリダイズする場合、２つ以上のハイブリダイゼーション領域と少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが標的破壊領域のエネルギーよりも負であり、それによって標的破壊構造を破壊する、それらのハイブリダイゼーション領域の１つ以上のヌクレオチド配列のみを出力として得る工程、を含む。
【0244】
第６の態様又はその実施形態のいずれかによる方法の好ましい実施形態では、方法は、以下を含む１つ以上のＲＮＡ断片の構造を標的破壊構造として同定することを含む前工程を含む：
ａ）不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｂ）少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域。
ａ）不対ヌクレオチドの第２の領域の前又は後に少なくともヘアピンループを有する第１の領域；及び
ｂ）少なくとも５ヌクレオチド、好ましくは１０ヌクレオチド以上の二本鎖領域の前又は後に少なくとも２ヌクレオチド、好ましくは３ヌクレオチド以上の一本鎖領域を含む、少なくとも１つの標的ハイブリダイゼーション領域。
【0245】
第６の態様又はその実施形態のいずれかによる方法の好ましい実施形態では、本方法は、工程ｂ）で設計された設計人工環状ＲＮＡの、１つ以上のＲＮＡ断片の１つ以上の標的破壊構造をハイブリダイゼーションによって破壊する能力を生物学的設定で確認する更なる工程ｄ）を含む。
【0246】
好ましい実施形態では、第６の態様又はその実施形態のいずれかによる方法は、表１～７において上に定義された標的破壊構造及び標的ハイブリダイゼーション領域の使用を含む。
【0247】
本発明を、本発明の範囲を限定することを意図しない以下の実施例を参照して更に説明する。
［配列表］
［配列表］
【0248】
配列番号１
<211> 9678
<212> RNA
＜２１３＞Ｃ型肝炎ウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 24..56
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５’ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 323..346
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５’ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 372..399
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 459..474
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 651..668
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 9567..9600
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３’ＵＴＲの標的領域」
<400> 1
accugccccu aauaggggcg acacuccgcc augaaucacu ccccugugag gaacuacugu 60
cuucacgcag aaagcgccua gccauggcgu uaguaugagu gucguacagc cuccaggccc 120
cccccucccg ggagagccau aguggucugc ggaaccggug aguacaccgg aauugccggg 180
aagacugggu ccuuucuugg auaaacccac ucuaugcccg gccauuuggg cgugcccccg 240
caagacugcu agccgaguag cguuggguug cgaaaggccu ugugguacug ccugauaggg 300
cgcuugcgag ugccccggga ggucucguag accgugcacc augagcacaa auccuaaacc 360
ucaaagaaaa accaaaagaa acaccaaccg ucgcccagaa gacguuaagu ucccgggcgg 420
cggccagauc guuggcggag uauacuuguu gccgcgcagg ggccccaggu ugggugugcg 480
cacgacaagg aaaacuucgg agcgguccca gccacguggg agacgccagc ccauccccaa 540
agaucggcgc uccacuggca aggccugggg aaaaccaggu cgccccuggc cccuauaugg 600
gaaugaggga cucggcuggg caggauggcu ccuguccccc cgaggcucuc gccccuccug 660
gggccccacu gacccccggc auaggucgcg caacgugggu aaagucaucg acacccuaac 720
guguggcuuu gccgaccuca ugggguacau ccccgucgua ggcgccccgc uuaguggcgc 780
cgccagagcu gucgcgcacg gcgugagagu ccuggaggac gggguuaauu augcaacagg 840
gaaccuaccc gguuuccccu uuucuaucuu cuugcuggcc cuguuguccu gcaucaccgu 900
uccggucucu gcugcccagg ugaagaauac caguagcagc uacaugguga ccaaugacug 960
cuccaaugac agcaucacuu ggcagcucga ggcugcgguu cuccacgucc ccgggugcgu 1020
cccgugcgag agagugggga auacgucacg guguugggug ccagucucgc caaacauggc 1080
ugugcggcag cccggugccc ucacgcaggg ucugcggacg cacaucgaua ugguugugau 1140
guccgccacc uucugcucug cucucuacgu gggggaccuc uguggcgggg ugaugcucgc 1200
ggcccaggug uucaucgucu cgccgcagua ccacugguuu gugcaagaau gcaauugcuc 1260
caucuacccu ggcaccauca cuggacaccg cauggcaugg gacaugauga ugaacugguc 1320
gcccacggcc accaugaucc uggcguacgu gaugcgcguc cccgagguca ucauagacau 1380
cguuagcggg gcucacuggg gcgucauguu cggcuuggcc uacuucucua ugcagggagc 1440
gugggcgaag gucauuguca uccuucugcu ggccgcuggg guggacgcgg gcaccaccac 1500
cguuggaggc gcuguugcac guuccaccaa cgugauugcc ggcguguuca gccauggccc 1560
ucagcagaac auucagcuca uuaacaccaa cggcaguugg cacaucaacc guacugccuu 1620
gaauugcaau gacuccuuga acaccggcuu ucucgcggcc uuguucuaca ccaaccgcuu 1680
uaacucguca ggguguccag ggcgccuguc cgccugccgc aacaucgagg cuuuccggau 1740
aggguggggc acccuacagu acgaggauaa ugucaccaau ccagaggaua ugaggccgua 1800
cugcuggcac uaccccccaa agccgugugg cguagucccc gcgaggucug uguguggccc 1860
aguguacugu uucaccccca gcccgguagu agugggcacg accgacagac guggagugcc 1920
caccuacaca uggggagaga augagacaga ugucuuccua cugaacagca cccgaccgcc 1980
gcagggcuca ugguucggcu gcacguggau gaacuccacu gguuucacca agacuugugg 2040
cgcgccaccu ugccgcacca gagcugacuu caacgccagc acggacuugu ugugcccuac 2100
ggauuguuuu aggaagcauc cugaugccac uuauauuaag ugugguucug ggcccuggcu 2160
cacaccaaag ugccuggucc acuacccuua cagacucugg cauuaccccu gcacagucaa 2220
uuuuaccauc uucaagauaa gaauguaugu aggggggguu gagcacaggc ucacggccgc 2280
augcaacuuc acucgugggg aucgcugcga cuuggaggac agggacagga gucagcuguc 2340
uccucuguug cacucuacca cggaaugggc cauccugccc ugcaccuacu cagacuuacc 2400
cgcuuuguca acuggucuuc uccaccuuca ccagaacauc guggacguac aauacaugua 2460
uggccucuca ccugcuauca caaaauacgu cguucgaugg gagugggugg uacucuuauu 2520
ccugcucuua gcggacgcca gagucugcgc cugcuugugg augcucaucu uguugggcca 2580
ggccgaagca gcauuggaga aguuggucgu cuugcacgcu gcgagugcgg cuaacugcca 2640
uggccuccua uauuuugcca ucuucuucgu ggcagcuugg cacaucaggg gucggguggu 2700
ccccuugacc accuauugcc ucacuggccu auggcccuuc ugccuacugc ucauggcacu 2760
gccccggcag gcuuaugccu augacgcacc ugugcacgga cagauaggcg uggguuuguu 2820
gauauugauc acccucuuca cacucacccc gggguauaag acccuccucg gccagugucu 2880
guggugguug ugcuaucucc ugacccuggg ggaagccaug auucaggagu ggguaccacc 2940
caugcaggug cgcggcggcc gcgauggcau cgcgugggcc gucacuauau ucugcccggg 3000
ugugguguuu gacauuacca aauggcuuuu ggcguugcuu gggccugcuu accucuuaag 3060
ggccgcuuug acacaugugc cguacuucgu cagagcucac gcucugauaa ggguaugcgc 3120
uuuggugaag cagcucgcgg gggguaggua uguucaggug gcgcuauugg cccuuggcag 3180
guggacuggc accuacaucu augaccaccu cacaccuaug ucggacuggg ccgcuagcgg 3240
ccugcgcgac uuagcggucg ccguggaacc caucaucuuc aguccgaugg agaagaaggu 3300
caucgucugg ggagcggaga cggcugcaug uggggacauu cuacauggac uucccguguc 3360
cgcccgacuc ggccaggaga uccuccucgg cccagcugau ggcuacaccu ccaaggggug 3420
gaagcuccuu gcucccauca cugcuuaugc ccagcaaaca cgaggccucc ugggcgccau 3480
aguggugagu augacggggc gugacaggac agaacaggcc ggggaagucc aaauccuguc 3540
cacagucucu caguccuucc ucggaacaac caucucgggg guuuugugga cuguuuacca 3600
cggagcuggc aacaagacuc uagccggcuu acgggguccg gucacgcaga uguacucgag 3660
ugcugagggg gacuugguag gcuggcccag ccccccuggg accaagucuu uggagccgug 3720
caagugugga gccgucgacc uauaucuggu cacgcggaac gcugauguca ucccggcucg 3780
gagacgcggg gacaagcggg gagcauugcu cuccccgaga cccauuucga ccuugaaggg 3840
guccucgggg gggccggugc ucugcccuag gggccacguc guugggcucu uccgagcagc 3900
ugugugcucu cggggcgugg ccaaauccau cgauuucauc cccguugaga cacucgacgu 3960
uguuacaagg ucucccacuu ucagugacaa cagcacgcca ccggcugugc cccagaccua 4020
ucaggucggg uacuugcaug cuccaacugg caguggaaag agcaccaagg ucccugucgc 4080
guaugccgcc cagggguaca aaguacuagu gcuuaacccc ucgguagcug ccacccuggg 4140
guuuggggcg uaccuaucca aggcacaugg caucaauccc aacauuagga cuggagucag 4200
gaccgugaug accggggagg ccaucacgua cuccacauau ggcaaauuuc ucgccgaugg 4260
gggcugcgcu agcggcgccu augacaucau cauaugcgau gaaugccacg cuguggaugc 4320
uaccuccauu cucggcaucg gaacgguccu ugaucaagca gagacagccg gggucagacu 4380
aacugugcug gcuacggcca caccccccgg gucagugaca accccccauc ccgauauaga 4440
agagguaggc cucgggcggg agggugagau ccccuucuau gggagggcga uuccccuauc 4500
cugcaucaag ggagggagac accugauuuu cugccacuca aagaaaaagu gugacgagcu 4560
cgcggcggcc cuucggggca ugggcuugaa ugccguggca uacuauagag gguuggacgu 4620
cuccauaaua ccagcucagg gagauguggu ggucgucgcc accgacgccc ucaugacggg 4680
guacacugga gacuuugacu ccgugaucga cugcaaugua gcggucaccc aagcugucga 4740
cuucagccug gaccccaccu ucacuauaac cacacagacu gucccacaag acgcugucuc 4800
acgcagucag cgccgcgggc gcacagguag aggaagacag ggcacuuaua gguauguuuc 4860
cacuggugaa cgagccucag gaauguuuga caguguagug cuuugugagu gcuacgacgc 4920
aggggcugcg ugguacgauc ucacaccagc ggagaccacc gucaggcuua gagcguauuu 4980
caacacgccc ggccuacccg ugugucaaga ccaucuugaa uuuugggagg caguuuucac 5040
cggccucaca cacauagacg cccacuuccu cucccaaaca aagcaagcgg gggagaacuu 5100
cgcguaccua guagccuacc aagcuacggu gugcgccaga gccaaggccc cucccccguc 5160
cugggacgcc auguggaagu gccuggcccg acucaagccu acgcuugcgg gccccacacc 5220
ucuccuguac cguuugggcc cuauuaccaa ugaggucacc cucacacacc cugggacgaa 5280
guacaucgcc acaugcaugc aagcugaccu ugaggucaug accagcacgu ggguccuagc 5340
uggaggaguc cuggcagccg ucgccgcaua uugccuggcg acuggaugcg uuuccaucau 5400
cggccgcuug cacgucaacc agcgagucgu cguugcgccg gauaaggagg uccuguauga 5460
ggcuuuugau gagauggagg aaugcgccuc uagggcggcu cucaucgaag aggggcagcg 5520
gauagccgag auguugaagu ccaagaucca aggcuugcug cagcaggccu cuaagcaggc 5580
ccaggacaua caacccgcua ugcaggcuuc auggcccaaa guggaacaau uuugggccag 5640
acacaugugg aacuucauua gcggcaucca auaccucgca ggauugucaa cacugccagg 5700
gaaccccgcg guggcuucca ugauggcauu cagugccgcc cucaccaguc cguugucgac 5760
caguaccacc auccuucuca acaucauggg aggcugguua gcgucccaga ucgcaccacc 5820
cgcgggggcc accggcuuug ucgucagugg ccuggugggg gcugccgugg gcagcauagg 5880
ccuggguaag gugcuggugg acauccuggc aggauauggu gcgggcauuu cgggggcccu 5940
cgucgcauuc aagaucaugu cuggcgagaa gcccucuaug gaagauguca ucaaucuacu 6000
gccugggauc cugucuccgg gagcccuggu gguggggguc aucugcgcgg ccauucugcg 6060
ccgccacgug ggaccggggg agggcgcggu ccaauggaug aacaggcuua uugccuuugc 6120
uuccagagga aaccacgucg ccccuacuca cuacgugacg gagucggaug cgucgcagcg 6180
ugugacccaa cuacuuggcu cucuuacuau aaccagccua cucagaagac uccacaauug 6240
gauaacugag gacugcccca ucccaugcuc cggauccugg cuccgcgacg ugugggacug 6300
gguuugcacc aucuugacag acuucaaaaa uuggcugacc ucuaaauugu uccccaagcu 6360
gcccggccuc cccuucaucu cuugucaaaa gggguacaag gguguguggg ccggcacugg 6420
caucaugacc acgcgcugcc cuugcggcgc caacaucucu ggcaaugucc gccugggcuc 6480
uaugaggauc acagggccua aaaccugcau gaacaccugg caggggaccu uuccuaucaa 6540
uugcuacacg gagggccagu gcgcgccgaa accccccacg aacuacaaga ccgccaucug 6600
gaggguggcg gccucggagu acgcggaggu gacgcagcau gggucguacu ccuauguaac 6660
aggacugacc acugacaauc ugaaaauucc uugccaacua ccuucuccag aguuuuucuc 6720
cuggguggac ggugugcaga uccauagguu ugcacccaca ccaaagccgu uuuuccggga 6780
ugaggucucg uucugcguug ggcuuaauuc cuaugcuguc gggucccagc uucccuguga 6840
accugagccc gacgcagacg uauugagguc caugcuaaca gauccgcccc acaucacggc 6900
ggagacugcg gcgcggcgcu uggcacgggg aucaccucca ucugaggcga gcuccucagu 6960
gagccagcua ucagcaccgu cgcugcgggc caccugcacc acccacagca acaccuauga 7020
cguggacaug gucgaugcca accugcucau ggagggcggu guggcucaga cagagccuga 7080
guccagggug cccguucugg acuuucucga gccaauggcc gaggaagaga gcgaccuuga 7140
gcccucaaua ccaucggagu gcaugcuccc caggagcggg uuuccacggg ccuuaccggc 7200
uugggcacgg ccugacuaca acccgccgcu cguggaaucg uggaggaggc cagauuacca 7260
accgcccacc guugcugguu gugcucuccc cccccccaag aaggccccga cgccuccccc 7320
aaggagacgc cggacagugg gucugagcga gagcaccaua ucagaagccc uccagcaacu 7380
ggccaucaag accuuuggcc agccccccuc gagcggugau gcaggcucgu ccacgggggc 7440
gggcgccgcc gaauccggcg guccgacguc cccuggugag ccggcccccu cagagacagg 7500
uuccgccucc ucuaugcccc cccucgaggg ggagccugga gauccggacc uggagucuga 7560
ucagguagag cuucaaccuc ccccccaggg ggggggggua gcucccgguu cgggcucggg 7620
gucuuggucu acuugcuccg aggaggacga uaccaccgug ugcugcucca ugucauacuc 7680
cuggaccggg gcucuaauaa cucccuguag ccccgaagag gaaaaguugc caaucaaccc 7740
uuugaguaac ucgcuguugc gauaccauaa caagguguac uguacaacau caaagagcgc 7800
cucacagagg gcuaaaaagg uaacuuuuga caggacgcaa gugcucgacg cccauuauga 7860
cucagucuua aaggacauca agcuagcggc uuccaagguc agcgcaaggc uccucaccuu 7920
ggaggaggcg ugccaguuga cuccacccca uucugcaaga uccaaguaug gauucggggc 7980
caaggagguc cgcagcuugu ccgggagggc cguuaaccac aucaaguccg uguggaagga 8040
ccuccuggaa gacccacaaa caccaauucc cacaaccauc auggccaaaa augagguguu 8100
cugcguggac cccgccaagg gggguaagaa accagcucgc cucaucguuu acccugaccu 8160
cggcguccgg gucugcgaga aaauggcccu cuaugacauu acacaaaagc uuccucaggc 8220
gguaauggga gcuuccuaug gcuuccagua cuccccugcc caacgggugg aguaucucuu 8280
gaaagcaugg gcggaaaaga aggaccccau ggguuuuucg uaugauaccc gaugcuucga 8340
cucaaccguc acugagagag acaucaggac cgaggagucc auauaccagg ccugcucccu 8400
gcccgaggag gcccgcacug ccauacacuc gcugacugag agacuuuacg uaggagggcc 8460
cauguucaac agcaaggguc aaaccugcgg uuacagacgu ugccgcgcca gcggggugcu 8520
aaccacuagc auggguaaca ccaucacaug cuaugugaaa gcccuagcgg ccugcaaggc 8580
ugcggggaua guugcgccca caaugcuggu augcggcgau gaccuaguag ucaucucaga 8640
aagccagggg acugaggagg acgagcggaa ccugagagcc uucacggagg ccaugaccag 8700
guacucugcc ccuccuggug auccccccag accggaauau gaccuggagc uaauaacauc 8760
cuguuccuca aaugugucug uggcguuggg cccgcggggc cgccgcagau acuaccugac 8820
cagagaccca accacuccac ucgcccgggc ugccugggaa acaguuagac acuccccuau 8880
caauucaugg cugggaaaca ucauccagua ugcuccaacc auauggguuc gcaugguccu 8940
aaugacacac uucuucucca uucucauggu ccaagacacc cuggaccaga accucaacuu 9000
ugagauguau ggaucaguau acuccgugaa uccuuuggac cuuccagcca uaauugagag 9060
guuacacggg cuugacgccu uuucuaugca cacauacucu caccacgaac ugacgcgggu 9120
ggcuucagcc cucagaaaac uuggggcgcc accccucagg guguggaaga gucgggcucg 9180
cgcagucagg gcgucccuca ucucccgugg agggaaagcg gccguuugcg gccgauaucu 9240
cuucaauugg gcggugaaga ccaagcucaa acucacucca uugccggagg cgcgccuacu 9300
ggacuuaucc aguugguuca ccgucggcgc cggcgggggc gacauuuuuc acagcguguc 9360
gcgcgcccga ccccgcucau uacucuucgg ccuacuccua cuuuucguag ggguaggccu 9420
cuuccuacuc cccgcucggu agagcggcac acacuaggua cacuccauag cuaacuguuc 9480
cuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuucuuuuu uuuuuuuuuc 9540
ccucuuucuu cccuucucau cuuauucuac uuucuuucuu gguggcucca ucuuagcccu 9600
agucacggcu agcugugaaa gguccgugag ccgcaugacu gcagagagug ccguaacugg 9660
ucucucugca gaucaugu 9678
配列番号２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_ires1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 1..33
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 1..33
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 43..75
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 85..117
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 127..159
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..201
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..201
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 211..243
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 253..285
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 2
uaguuccuca cgggggagug guucguggug gagcggcgcc aaugguuuuu ugcgggggag 60
ugguucgugg cggggguaac cccuuaguuc uucauggggg ggugguucau gguggggaaa 120
cuaccguagu uuuucacagg ggggugguuc auggcggaga gaagcgcuua guuucuuaug 180
ggggagugau ucauggcgga guguggggca ugguuuuucg caggggagug auucguggug 240
gggagaguuu ugugguucuu uguagggggg ugauucgugg uggggacauc auug 294
配列番号３
<211> 373
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..34
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 44..67
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 77..100
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 110..123
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 133..166
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 176..199
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 209..232
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..265
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 275..298
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 308..331
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 341..373
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 3
ugccgaaaau gcuuauggug cacgguuugc gagagcaaga agagcuugug gugcaugguu 60
ugcggggaca guaaaggcuc auggugcaug gucuacgagg ugagauagcg uuuauggugu 120
acggucugug ggaaauuccg guguucgugg ugugcggucu gugggauauu agaucguuca 180
ugguguacgg uuugugggga uaauagcggc uuauggugca cggucuaugg gacgcgagaa 240
ggcucauggu gugugguuug ugaggcagug ugcgguucau ggugcacggu cugcgagaca 300
ccaggcggcu cguggugcac ggucuauggg gugucgucgu gcuuguggug ugcggucuau 360
gagggcggcu gaa 373
配列番号４
<211> 346
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣＤＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_cds1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 53..80
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 95..122
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 137..164
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 179..206
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 221..248
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 263..290
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 305..332
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 4
cugcacuggg uuugggcgac gguugguguu uuuuuuggac gagauuucuu gcucugggcg 60
acgguuggug uuucuuuugg guguuagugc guacucuggg cgaugguugg uguuucuuuu 120
gguaauuauu acuuucuuug ggcgaugguu gguguuuuuu uugguggggu gaaaagaguu 180
ugggcggugg uugguguuuc uuuuggcgug gugaguaaca uuuggguggc gguugguguu 240
uuuuuuggcu gcaacgcacc gguuugggcg acgguuggug uuucuuuugg gggucaaccg 300
ggaaucuggg uggcgguugg uguuuuuuuu ggugauggcc gaggua 346
配列番号５
<211> 355
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ１、ＩＲＥＳ２及びＣＤＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列(circ_hcv_combo1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..43
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..77
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 88..115
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 126..158
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..192
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 203..230
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 241..273
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 284..307
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 318..345
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 5
gcgccaagua uaguuccuca caggggagug auuuauggug gagaccccua aacgcuugug 60
gugcacgguc uacgggguac cgagaaguuu gggcgguggu ugguguuuuu uuuggcgcuu 120
gugggugguu uuuugcaggg gagugauuua ugguggaggc aagaguuugc uuauggugua 180
cggucuguga gaugacauca gguuugggcg gcgguuggug uuuuuuuugg augaggaacc 240
uaguucuuca uaggggagug auuuguggug gagacagcga guuguuugug gugcacgguu 300
uacgagaaga augaagaucu ggguggcggu ugguguuucu uuugguagca caugu 355
配列番号６
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣＤＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_cds2)
<220>
<221> misc_feature
<222> 4..14
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 28..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 52..62
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 76..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 100..110
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 124..134
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..158
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 172..182
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 196..206
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 220..230
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 244..254
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 266..278
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 6
cccccugggg cucugaugag gaaccucucu ggggucccca cagcgagucu ccuuggggcc 60
ccuagaauga aguucuuugg gguuucauag cacgguucuc cugggguuuu cauacgauug 120
ucucuugggg ucuugcgugu uuacccuuuu gggguccugc uaagggggcu uucuggggcc 180
uuucgaauaa gucuuuuugg ggccucguuu uaucacucuu cugggguucc cagccuuucc 240
cuucuugggg cuccuccgac caugccccuu gggguucuac ccuguaug 288
配列番号７
<211> 10722
<212> RNA
＜２１３＞デングウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 108..140
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃＨＰの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 10615..10646
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲの標的領域」
<400> 7
aguuguuagu cuacguggac cgacaaagac agauucuuug agggagcuaa gcucaacgua 60
guucuaacag uuuuuuaauu agagagcaga ucucugauga auaaccaacg gaaaaaggcg 120
aaaaacacgc cuuucaauau gcugaaacgc gagagaaacc gcgugucgac ugugcaacag 180
cugacaaaga gauucucacu uggaaugcug cagggacgag gaccauuaaa acuguucaug 240
gcccuggugg cguuccuucg uuuccuaaca aucccaccaa cagcagggau auugaagaga 300
uggggaacaa uuaaaaaauc aaaagcuauu aauguuuuga gaggguucag gaaagagauu 360
ggaaggaugc ugaacaucuu gaauaggaga cgcagaucug caggcaugau cauuaugcug 420
auuccaacag ugauggcguu ccauuuaacc acacguaacg gagaaccaca caugaucguc 480
agcagacaag agaaagggaa aagucuucug uuuaaaacag aggauggcgu gaacaugugu 540
acccucaugg ccauggaccu uggugaauug ugugaagaca caaucacgua caaguguccc 600
cuucucaggc agaaugagcc agaagacaua gacuguuggu gcaacucuac guccacgugg 660
guaacuuaug ggacguguac caccauggga gaacauagaa gagaaaaaag aucaguggca 720
cucguuccac augugggaau gggacuggag acacgaacug aaacauggau gucaucagaa 780
ggggccugga aacaugucca gagaauugaa acuuggaucu ugagacaucc aggcuucacc 840
augauggcag caauccuggc auacaccaua ggaacgacac auuuccaaag agcccugauu 900
uucaucuuac ugacagcugu cacuccuuca augacaaugc guugcauagg aaugucaaau 960
agagacuuug uggaaggggu uucaggagga agcuggguug acauagucuu agaacaugga 1020
agcuguguga cgacgauggc aaaaaacaaa ccaacauugg auuuugaacu gauaaaaaca 1080
gaagccaaac agccugccac ccuaaggaag uacuguauag aggcaaagcu aaccaacaca 1140
acaacagaau cucgcugccc aacacaaggg gaacccagcc uaaaugaaga gcaggacaaa 1200
agguucgucu gcaaacacuc caugguagac agaggauggg gaaauggaug uggacuauuu 1260
ggaaagggag gcauugugac cugugcuaug uucagaugca aaaagaacau ggaaggaaaa 1320
guugugcaac cagaaaacuu ggaauacacc auugugauaa caccucacuc aggggaagag 1380
caugcagucg gaaaugacac aggaaaacau ggcaaggaaa ucaaaauaac accacagagu 1440
uccaucacag aagcagaauu gacagguuau ggcacuguca caauggagug cucuccaaga 1500
acgggccucg acuucaauga gaugguguug cugcagaugg aaaauaaagc uuggcuggug 1560
cacaggcaau gguuccuaga ccugccguua ccaugguugc ccggagcgga cacacaaggg 1620
ucaaauugga uacagaaaga gacauugguc acuuucaaaa auccccaugc gaagaaacag 1680
gauguuguug uuuuaggauc ccaagaaggg gccaugcaca cagcacuuac aggggccaca 1740
gaaauccaaa ugucaucagg aaacuuacuc uucacaggac aucucaagug caggcugaga 1800
auggacaagc uacagcucaa aggaauguca uacucuaugu gcacaggaaa guuuaaaguu 1860
gugaaggaaa uagcagaaac acaacaugga acaauaguua ucagagugca auaugaaggg 1920
gacggcucuc caugcaagau cccuuuugag auaauggauu uggaaaaaag acaugucuua 1980
ggucgccuga uuacagucaa cccaauugug acagaaaaag auagcccagu caacauagaa 2040
gcagaaccuc cauucggaga cagcuacauc aucauaggag uagagccggg acaacugaag 2100
cucaacuggu uuaagaaagg aaguucuauc ggccaaaugu uugagacaac aaugaggggg 2160
gcgaagagaa uggccauuuu aggugacaca gccugggauu uuggauccuu gggaggagug 2220
uuuacaucua uaggaaaggc ucuccaccaa gucuuuggag caaucuaugg agcugccuuc 2280
agugggguuu cauggacuau gaaaauccuc auaggaguca uuaucacaug gauaggaaug 2340
aauucacgca gcaccucacu gucugugaca cuaguauugg ugggaauugu gacacuguau 2400
uugggaguca uggugcaggc cgauaguggu ugcguuguga gcuggaaaaa caaagaacug 2460
aaauguggca gugggauuuu caucacagac aacgugcaca cauggacaga acaauacaag 2520
uuccaaccag aauccccuuc aaaacuagcu ucagcuaucc agaaagccca ugaagagggc 2580
auuuguggaa uccgcucagu aacaagacug gagaaucuga uguggaaaca aauaacacca 2640
gaauugaauc acauucuauc agaaaaugag gugaaguuaa cuauuaugac aggagacauc 2700
aaaggaauca ugcaggcagg aaaacgaucu cugcggccuc agcccacuga gcugaaguau 2760
ucauggaaaa cauggggcaa agcaaaaaug cucucuacag agucucauaa ccagaccuuu 2820
cucauugaug gccccgaaac agcagaaugc cccaacacaa auagagcuug gaauucguug 2880
gaaguugaag acuauggcuu uggaguauuc accaccaaua uauggcuaaa auugaaagaa 2940
aaacaggaug uauucugcga cucaaaacuc augucagcgg ccauaaaaga caacagagcc 3000
guccaugccg auauggguua uuggauagaa agugcacuca augacacaug gaagauagag 3060
aaagccucuu ucauugaagu uaaaaacugc cacuggccaa aaucacacac ccucuggagc 3120
aauggagugc uagaaaguga gaugauaauu ccaaagaauc ucgcuggacc agugucucaa 3180
cacaacuaua gaccaggcua ccauacacaa auaacaggac cauggcaucu agguaagcuu 3240
gagauggacu uugauuucug ugauggaaca acagugguag ugacugagga cugcggaaau 3300
agaggacccu cuuugagaac aaccacugcc ucuggaaaac ucauaacaga auggugcugc 3360
cgaucuugca cauuaccacc gcuaagauac agaggugagg augggugcug guacgggaug 3420
gaaaucagac cauugaagga gaaagaagag aauuugguca acuccuuggu cacagcugga 3480
caugggcagg ucgacaacuu uucacuagga gucuugggaa uggcauuguu ccuggaggaa 3540
augcuuagga cccgaguagg aacgaaacau gcaauacuac uaguugcagu uucuuuugug 3600
acauugauca cagggaacau guccuuuaga gaccugggaa gagugauggu uaugguaggc 3660
gccacuauga cggaugacau agguaugggc gugacuuauc uugcccuacu agcagccuuc 3720
aaagucagac caacuuuugc agcuggacua cucuugagaa agcugaccuc caaggaauug 3780
augaugacua cuauaggaau uguacuccuc ucccagagca ccauaccaga gaccauucuu 3840
gaguugacug augcguuagc cuuaggcaug augguccuca aaauggugag aaauauggaa 3900
aaguaucaau uggcagugac uaucauggcu aucuugugcg ucccaaacgc agugauauua 3960
caaaacgcau ggaaagugag uugcacaaua uuggcagugg uguccguuuc cccacugcuc 4020
uuaacauccu cacagcaaaa aacagauugg auaccauuag cauugacgau caaaggucuc 4080
aauccaacag cuauuuuucu aacaacccuc ucaagaacca gcaagaaaag gagcuggcca 4140
uuaaaugagg cuaucauggc agucgggaug gugagcauuu uagccaguuc ucuccuaaaa 4200
aaugauauuc ccaugacagg accauuagug gcuggagggc uccucacugu gugcuacgug 4260
cucacuggac gaucggccga uuuggaacug gagagagcag ccgaugucaa augggaagac 4320
caggcagaga uaucaggaag caguccaauc cugucaauaa caauaucaga agaugguagc 4380
augucgauaa aaaaugaaga ggaagaacaa acacugacca uacucauuag aacaggauug 4440
cuggugaucu caggacuuuu uccuguauca auaccaauca cggcagcagc augguaccug 4500
ugggaaguga agaaacaacg ggccggagua uugugggaug uuccuucacc cccacccaug 4560
ggaaaggcug aacuggaaga uggagccuau agaauuaagc aaaaagggau ucuuggauau 4620
ucccagaucg gagccggagu uuacaaagaa ggaacauucc auacaaugug gcaugucaca 4680
cguggcgcug uucuaaugca uaaaggaaag aggauugaac caucaugggc ggacgucaag 4740
aaagaccuaa uaucauaugg aggaggcugg aaguuagaag gagaauggaa ggaaggagaa 4800
gaaguccagg uauuggcacu ggagccugga aaaaauccaa gagccgucca aacgaaaccu 4860
ggucuuuuca aaaccaacgc cggaacaaua ggugcuguau cucuggacuu uucuccugga 4920
acgucaggau cuccaauuau cgacaaaaaa ggaaaaguug ugggucuuua ugguaauggu 4980
guuguuacaa ggaguggagc auaugugagu gcuauagccc agacugaaaa aagcauugaa 5040
gacaacccag agaucgaaga ugacauuuuc cgaaagagaa gacugaccau cauggaccuc 5100
cacccaggag cgggaaagac gaagagauac cuuccggcca uagucagaga agcuauaaaa 5160
cgggguuuga gaacauuaau cuuggccccc acuagaguug uggcagcuga aauggaggaa 5220
gcccuuagag gacuuccaau aagauaccag accccagcca ucagagcuga gcacaccggg 5280
cgggagauug uggaccuaau gugucaugcc acauuuacca ugaggcugcu aucaccaguu 5340
agagugccaa acuacaaccu gauuaucaug gacgaagccc auuucacaga cccagcaagu 5400
auagcagcua gaggauacau cucaacucga guggagaugg gugaggcagc ugggauuuuu 5460
augacagcca cucccccggg aagcagagac ccauuuccuc agagcaaugc accaaucaua 5520
gaugaagaaa gagaaauccc ugaacguucg uggaauuccg gacaugaaug ggucacggau 5580
uuuaaaggga agacuguuug guucguucca aguauaaaag caggaaauga uauagcagcu 5640
ugccugagga aaaauggaaa gaaagugaua caacucagua ggaagaccuu ugauucugag 5700
uaugucaaga cuagaaccaa ugauugggac uucgugguua caacugacau uucagaaaug 5760
ggugccaauu ucaaggcuga gaggguuaua gaccccagac gcugcaugaa accagucaua 5820
cuaacagaug gugaagagcg ggugauucug gcaggaccua ugccagugac ccacucuagu 5880
gcagcacaaa gaagagggag aauaggaaga aauccaaaaa augagaauga ccaguacaua 5940
uacauggggg aaccucugga aaaugaugaa gacugugcac acuggaaaga agcuaaaaug 6000
cuccuagaua acaucaacac gccagaagga aucauuccua gcauguucga accagagcgu 6060
gaaaaggugg augccauuga uggcgaauac cgcuugagag gagaagcaag gaaaaccuuu 6120
guagacuuaa ugagaagagg agaccuacca gucugguugg ccuacagagu ggcagcugaa 6180
ggcaucaacu acgcagacag aagguggugu uuugauggag ucaagaacaa ccaaauccua 6240
gaagaaaacg uggaaguuga aaucuggaca aaagaagggg aaaggaagaa auugaaaccc 6300
agaugguugg augcuaggau cuauucugac ccacuggcgc uaaaagaauu uaaggaauuu 6360
gcagccggaa gaaagucucu gacccugaac cuaaucacag aaauggguag gcucccaacc 6420
uucaugacuc agaaggcaag agacgcacug gacaacuuag cagugcugca cacggcugag 6480
gcagguggaa gggcguacaa ccaugcucuc agugaacugc cggagacccu ggagacauug 6540
cuuuuacuga cacuucuggc uacagucacg ggagggaucu uuuuauucuu gaugagcgga 6600
aggggcauag ggaagaugac ccugggaaug ugcugcauaa ucacggcuag cauccuccua 6660
ugguacgcac aaauacagcc acacuggaua gcagcuucaa uaauacugga guuuuuucuc 6720
uaguuuugcu uauuccagaa ccugaaaaac agagaacacc ccaagacaac caacugaccu 6780
acguugucau agccauccuc acaguggugg ccgcaaccau ggcaaacgag auggguuucc 6840
uagaaaaaac gaagaaagau cucggauugg gaagcauugc aacccagcaa cccgagagca 6900
acauccugga cauagaucua cguccugcau cagcauggac gcuguaugcc guggccacaa 6960
cauuuguuac accaauguug agacauagca uugaaaauuc cucagugaau gugucccuaa 7020
cagcuauagc caaccaagcc acaguguuaa ugggucucgg gaaaggaugg ccauugucaa 7080
agauggacau cggaguuccc cuucucgcca uuggaugcua cucacaaguc aaccccauaa 7140
cucucacagc agcucuuuuc uuauugguag cacauuaugc caucauaggg ccaggacucc 7200
aagcaaaagc aaccagagaa gcucagaaaa gagcagcggc gggcaucaug aaaaacccaa 7260
cugucgaugg aauaacagug auugaccuag auccaauacc uuaugaucca aaguuugaaa 7320
agcaguuggg acaaguaaug cuccuagucc ucugcgugac ucaaguauug augaugagga 7380
cuacaugggc ucugugugag gcuuuaaccu uagcuaccgg gcccaucucc acauuguggg 7440
aaggaaaucc agggagguuu uggaacacua ccauugcggu gucaauggcu aacauuuuua 7500
gagggaguua cuuggccgga gcuggacuuc ucuuuucuau uaugaagaac acaaccaaca 7560
caagaagggg aacuggcaac auaggagaga cgcuuggaga gaaauggaaa agccgauuga 7620
acgcauuggg aaaaagugaa uuccagaucu acaagaaaag uggaauccag gaaguggaua 7680
gaaccuuagc aaaagaaggc auuaaaagag gagaaacgga ccaucacgcu gugucgcgag 7740
gcucagcaaa acugagaugg uucguugaga gaaacauggu cacaccagaa gggaaaguag 7800
uggaccucgg uuguggcaga ggaggcuggu cauacuauug uggaggacua aagaauguaa 7860
gagaagucaa aggccuaaca aaaggaggac caggacacga agaacccauc cccaugucaa 7920
cauaugggug gaaucuagug cgucuucaaa guggaguuga cguuuucuuc aucccgccag 7980
aaaaguguga cacauuauug ugugacauag gggagucauc accaaauccc acaguggaag 8040
caggacgaac acucagaguc cuuaacuuag uagaaaauug guugaacaac aacacucaau 8100
uuugcauaaa gguucucaac ccauauaugc ccucagucau agaaaaaaug gaagcacuac 8160
aaaggaaaua uggaggagcc uuagugagga auccacucuc acgaaacucc acacaugaga 8220
uguacugggu auccaaugcu uccgggaaca uagugucauc agugaacaug auuucaagga 8280
uguugaucaa cagauuuaca augagauaca agaaagccac uuacgagccg gauguugacc 8340
ucggaagcgg aacccguaac aucgggauug aaagugagau accaaaccua gauauaauug 8400
ggaaaagaau agaaaaaaua aagcaagagc augaaacauc auggcacuau gaccaagacc 8460
acccauacaa aacgugggca uaccauggua gcuaugaaac aaaacagacu ggaucagcau 8520
cauccauggu caacggagug gucaggcugc ugacaaaacc uugggacguc guccccaugg 8580
ugacacagau ggcaaugaca gacacgacuc cauuuggaca acagcgcguu uuuaaagaga 8640
aaguggacac gagaacccaa gaaccgaaag aaggcacgaa gaaacuaaug aaaauaacag 8700
cagaguggcu uuggaaagaa uuagggaaga aaaagacacc caggaugugc accagagaag 8760
aauucacaag aaaggugaga agcaaugcag ccuugggggc cauauucacu gaugagaaca 8820
aguggaaguc ggcacgugag gcuguugaag auaguagguu uugggagcug guugacaagg 8880
aaaggaaucu ccaucuugaa ggaaagugug aaacaugugu guacaacaug augggaaaaa 8940
gagagaagaa gcuaggggaa uucggcaagg caaaaggcag cagagccaua ugguacaugu 9000
ggcuuggagc acgcuucuua gaguuugaag cccuaggauu cuuaaaugaa gaucacuggu 9060
ucuccagaga gaacucccug aguggagugg aaggagaagg gcugcacaag cuagguuaca 9120
uucuaagaga cgugagcaag aaagagggag gagcaaugua ugccgaugac accgcaggau 9180
gggauacaag aaucacacua gaagaccuaa aaaaugaaga aaugguaaca aaccacaugg 9240
aaggagaaca caagaaacua gccgaggcca uuuucaaacu aacguaccaa aacaaggugg 9300
ugcgugugca aagaccaaca ccaagaggca caguaaugga caucauaucg agaagagacc 9360
aaagagguag uggacaaguu ggcaccuaug gacucaauac uuucaccaau auggaagccc 9420
aacuaaucag acagauggag ggagaaggag ucuuuaaaag cauucagcac cuaacaauca 9480
cagaagaaau cgcugugcaa aacugguuag caagaguggg gcgcgaaagg uuaucaagaa 9540
uggccaucag uggagaugau uguguuguga aaccuuuaga ugacagguuc gcaagcgcuu 9600
uaacagcucu aaaugacaug ggaaagauua ggaaagacau acaacaaugg gaaccuucaa 9660
gaggauggaa ugauuggaca caagugcccu ucuguucaca ccauuuccau gaguuaauca 9720
ugaaagacgg ucgcguacuc guuguuccau guagaaacca agaugaacug auuggcagag 9780
cccgaaucuc ccaaggagca ggguggucuu ugcgggagac ggccuguuug gggaagucuu 9840
acgcccaaau guggagcuug auguacuucc acagacgcga ccucaggcug gcggcaaaug 9900
cuauuugcuc ggcaguacca ucacauuggg uuccaacaag ucgaacaacc ugguccauac 9960
augcuaaaca ugaauggaug acaacggaag acaugcugac agucuggaac agggugugga 10020
uucaagaaaa cccauggaug gaagacaaaa cuccagugga aucaugggag gaaaucccau 10080
acuuggggaa aagagaagac caauggugcg gcucauugau uggguuaaca agcagggcca 10140
ccugggcaaa gaacauccaa gcagcaauaa aucaaguuag aucccuuaua ggcaaugaag 10200
aauacacaga uuacaugcca uccaugaaaa gauucagaag agaagaggaa gaagcaggag 10260
uucuguggua gaaagcaaaa cuaacaugaa acaaggcuag aagucagguc ggauuaagcc 10320
auaguacgga aaaaacuaug cuaccuguga gccccgucca aggacguuaa aagaagucag 10380
gccaucauaa augccauagc uugaguaaac uaugcagccu guagcuccac cugagaaggu 10440
guaaaaaauc cgggaggcca caaaccaugg aagcuguacg cauggcguag uggacuagcg 10500
guuagaggag accccucccu uacaaaucgc agcaacaaug ggggcccaag gcgagaugaa 10560
gcuguagucu cgcuggaagg acuagagguu agaggagacc cccccgaaac aaaaaacagc 10620
auauugacgc ugggaaagac cagagauccu gcugucuccu cagcaucauu ccaggcacag 10680
aacgccagaa aauggaaugg ugcuguugaa ucaacagguu cu 10722
配列番号８
<211> 293
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞３ＵＴＲ（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_3utr)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 48..79
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 89..120
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 130..161
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 171..202
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 212..243
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 253..284
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 8
gcgccgucuu uggucuuuuu uggcgucagu auguuguuuu uuaaccaucu uugguuuuuc 60
cuggcgucag ugugcuguua uaguaugguc ucugguuuuu uuuagcguua gugugcuguu 120
aaagcuuucu cucuggucuu uuccaguguc aauaugcugu uuagugugcu ucuuugguuu 180
uucuuggugu uggugugcug uuucagcaag uucucugguc uuuucuggcg uugauguguu 240
guucgcuggc gaucuuuggu cuuucucggu gucgauaugu uguuaguggc cca 293
配列番号９
<211> 300
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣｈＰ（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_cHP_v1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 49..81
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 91..123
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 133..165
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 175..207
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 217..249
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 259..291
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 9
gcgccgaugu uggggggugu guuuuuuguc uuuuuucguu gggguguaau guugagaggc 60
guguuuuuug cuuuuuuuug ugcaccuuau auauugggag guguguuuuu cgcuuuuuuc 120
cgucuggcug gcauauuggg gggcguguuu uucguuuuuu uucguuacaa gcuaauauug 180
aagggugugu uuuucgccuu uuuccguguu aaagauaugu ugaaaggcgu guuuuucguu 240
uuuuuccgua aguuuuaaau auuggagggc guguuuuucg cuuuuuucug uagaccggaa 300
配列番号１０
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣｈＰ２（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_cHP_v2)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 55..87
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 103..135
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 151..183
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 199..231
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 247..279
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 10
gcgccgaugu ugagaggugu guuuuuugcu uuuuuucguu uauuacucca acagauauug 60
agaggcgugu uuuucgcuuu uuuucguaga agguaauaga aaauauuggg gggcguguuu 120
uucgucuuuu uucgugacuc uuacgaguuu auguugaaag guguguuuuu cgcuuuuuuu 180
uguagggaac agucgcaaau auuggggggu guguuuuucg ccuuuuuucg uggcaccgua 240
auccgcaugu ugaaaggugu guuuuucguu uuuuuccguc aacucguucu uaua 294
配列番号１１
<211> 11840
<212> RNA
＜２１３＞チクングニアウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 14..48
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 11367..11399
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥの標的領域」
<400> 11
auggcugcgu gagacacacg uagccuacca guuucuuacu gcucuacucu gcaaagcaag 60
agauuaauaa cccaucaugg auccugugua cguggacaua gacgcugaca gcgccuuuuu 120
gaaggcccug caacgugcgu accccauguu ugagguggaa ccaaggcagg ucacaccgaa 180
ugaccaugcu aaugcuagag cguucucgca ucuagcuaua aaacuaauag agcaggaaau 240
ugaccccgac ucaaccaucc uggauaucgg cagugcgcca gcaaggagga ugaugucgga 300
caggaaguac cacugcgucu gcccgaugcg cagugcggaa gaucccgaga gacucgccaa 360
uuaugcgaga aagcuagcau cugccgcagg aaaaguccug gacagaaaca ucucuggaaa 420
gaucggggac uuacaagcag uaauggccgu gccagacacg gagacgccaa cauucugcuu 480
acacacagac gucucaugua gacagagagc agacgucgcu auauaccaag acgucuaugc 540
uguacacgca cccacgucgc uauaccacca ggcgauuaaa gggguccgag uggcguacug 600
gguuggguuc gacacaaccc cguucaugua caaugccaug gcgggugccu accccucaua 660
cucgacaaac ugggcagaug agcagguacu gaaggcuaag aacauaggau uauguucaac 720
agaccugacg gaagguagac gaggcaaguu gucuauuaug agagggaaaa agcuaaaacc 780
gugcgaccgu gugcuguucu caguaggguc aacgcucuac ccggaaagcc gcaagcuacu 840
uaagagcugg caccugccau cgguguucca uuuaaagggc aaacucagcu ucacaugccg 900
cugugauaca gugguuucgu gugagggcua cgucguuaag agaauaacga ugagcccagg 960
ccuuuaugga aaaaccacag gguaugcggu aacccaccac gcagacggau uccugaugug 1020
caagacuacc gacacgguug acggcgaaag arugucauuc ucggugugca cauacgugcc 1080
ggcgaccauu ugugaucaaa ugaccggcau ccuugcuaca gaagucacgc cggaggaugc 1140
acagaagcug uugguggggc ugaaccagag aauagugguu aacggcagaa cgcaacggaa 1200
uacgaacacc augaaaaauu aucugcuucc cguggucgcc caagccuuca guaagugggc 1260
aaaggagugc cggaaagaca uggaagauga aaaacuccug ggggucagag aaagaacacu 1320
gaccugcugc ugucuauggg cauucaagaa gcagaaaaca cacacggucu acaagaggcc 1380
ugauacccag ucaauucaga agguucaggc cgaguuugac agcuuugugg uaccgagucu 1440
guggucgucc ggguugucaa ucccuuugag gacuagaauc aaaugguugu uaagcaaggu 1500
gccaaaaacc gaccugaucc cauacagcgg agacgcccga gaagcccggg acgcagaaaa 1560
agaagcagag gaagaacgag aagcagaacu gacucgcgaa gcccuaccac cucuacaggc 1620
agcacaggaa gauguucagg ucgaaaucga cguggaacag cuugaggaca gagcgggcgc 1680
aggaauaaua gagacuccga gaggagcuau caaaguuacu gcccaaccaa cagaccacgu 1740
cgugggagag uaccugguac ucuccccgca gaccguacua cguagccaga agcucagucu 1800
gauucacgcu uuggcggagc aagugaagac gugcacgcac aacggacgag cagggaggua 1860
ugcggucgaa gcguacgacg gccgaguccu agugcccuca ggcuaugcaa ucucgccuga 1920
agacuuccag agucuaagcg aaagcgcaac gaugguguau aacgaaagag aguucguaaa 1980
cagaaagcua caccauauug cgaugcacgg accagcccug aacaccgacg aagagucgua 2040
ugagcuggug agggcagaga ggacagaaca cgaguacguc uacgacgugg aucagagaag 2100
augcuguaag aaggaagaag ccgcaggacu gguacuggug ggcgacuuga cuaauccgcc 2160
cuaccacgaa uucgcauaug aagggcuaaa aauccgcccu gccugcccau acaaaauugc 2220
agucauagga gucuucggag uaccgggauc uggcaaguca gcuauuauca agaaccuagu 2280
uaccaggcag gaccugguga cuagcggaaa gaaagaaaac ugccaagaaa ucaccaccga 2340
cgugaugaga cagagagguc uagagauauc ugcacguacg guugacucgc ugcucuugaa 2400
uggaugcaac agaccagucg acguguugua cguagacgag gcguuugcgu gccacucugg 2460
aacgcuacuu gcuuugaucg ccuuggugag accaaggcag aaaguuguac uuugugguga 2520
cccgaagcag ugcggcuucu ucaauaugau gcagaugaaa gucaacuaua aucacaacau 2580
cugcacccaa guguaccaca aaaguaucuc caggcggugu acacugccug ugaccgccau 2640
ugugucaucg uugcauuacg aaggcaaaau gcgcacuacg aaugaguaca acaagccgau 2700
uguaguggac acuacaggcu caacaaaacc ugacccugga gaccucgugu uaacgugcuu 2760
cagagggugg guuaaacaac ugcaaauuga cuaucgugga uacgagguca ugacagcagc 2820
cgcaucccaa ggguuaacca gaaaaggagu uuacgcaguu agacaaaaag uuaaugaaaa 2880
cccgcucuau gcaucaacgu cagagcacgu caacguacuc cuaacgcgua cggaagguaa 2940
acugguaugg aagacacuuu ccggcgaccc guggauaaag acgcugcaga acccaccgaa 3000
aggaaacuuc aaagcaacua uuaaggagug ggagguggag caugcaucaa uaauggcggg 3060
caucugcagu caccaaauga ccuucgauac auuccaaaau aaagccaacg uuuguugggc 3120
uaagagcuug gucccuaucc ucgaaacagc ggggauaaaa cuaaaugaua ggcagugguc 3180
ucagauaauu caagccuuca aagaagacaa agcauacuca ccugaaguag cccugaauga 3240
aauauguacg cgcauguaug ggguggaucu agacagcggg cuauuuucua aaccguuggu 3300
gucuguguau uacgcggaua accacuggga uaauaggccu ggagggaaaa uguucggauu 3360
uaaccccgag gcagcaucca uucuagaaag aaaguaucca uucacaaaag ggaaguggaa 3420
caucaacaag cagaucugcg ugacuaccag gaggauagaa gacuuuaacc cuaccaccaa 3480
caucauaccg gccaacagga gacuaccaca cucauuagug gccgaacacc gcccaguaaa 3540
aggggaaaga auggaauggc ugguuaacaa gauaaacggc caccacgugc uccuggucag 3600
uggcuauaac cuugcacugc cuacuaagag agucacuugg guagcgccgu uagguguccg 3660
cggagcggac uacacauaca accuagaguu gggucugcca gcaacgcuug guagguauga 3720
ccuagugguc auaaacaucc acacaccuuu ucgcauacac cauuaccaac agugcgucga 3780
ccacgcaaug aaacugcaaa ugcucggggg ugacucauug agacugcuca aaccgggcgg 3840
cucucuauug aucagagcau augguuacgc agauagaacc agugaacgag ucaucugcgu 3900
auugggacgc aaguuuagau cgucuagagc guugaaacca ccauguguca ccagcaacac 3960
ugagauguuu uuccuauuca gcaacuuuga caauggcaga aggaauuuca caacucaugu 4020
caugaacaau caacugaaug cagccuucgu aggacagguc acccgagcag gaugugcacc 4080
gucguaccgg guaaaacgca uggacaucgc gaagaacgau gaagagugcg uagucaacgc 4140
cgcuaacccu cgcggguuac cgggugrcgg uguuugcaag gcaguauaca aaaaauggcc 4200
ggaguccuuu aagaacagug caacaccagu gggaaccgca aaaacaguua ugugcgguac 4260
guauccagua auccacgcug uuggaccaaa cuucucuaau uauucggagu cugaagggga 4320
ccgggaauug gcagcugccu aucgagaagu cgcaaaggaa guaacuaggc ugggaguaaa 4380
uaguguagcu auaccucucc ucuccacagg uguauacuca ggagggaaag acaggcugac 4440
ccagucacug aaccaccucu uuacagccau ggacucgacg gaugcagacg uggucaucua 4500
cugccgcgac aaagaauggg agaagaaaau aucugaggcc auacagaugc ggacccaagu 4560
agagcugcug gaugagcaca ucuccauaga cugcgauauu guucgcgugc acccugacag 4620
cagcuuggca ggcagaaaag gauacagcac cacggaaggc gcacuguacu cauaucuaga 4680
agggacccgu uuucaucaga cggcugugga uauggcggag auacauacua uguggccaaa 4740
gcaaacagag gccaaugagc aagucugccu auaugcccug ggggaaagua uugaaucgau 4800
caggcagaaa ugcccggugg augaugcaga cgcaucaucu ccccccaaaa cugucccgug 4860
ccuuugccgu uacgcuauga cuccagaacg cgucacccgg cuucgcauga accacgucac 4920
aagcauaauu guguguucuu cguuuccccu cccaaaguac aaaauagaag gagugcaaaa 4980
agucaaaugc ucuaagguaa ugcuauuuga ccacaacgug ccaucgcgcg uaaguccaag 5040
ggaauauaka ucuucccagg agucugcaca ggaggcgagu acaaucacgu cacugacgca 5100
uagucaauuc gaccuaagcg uugauggcga gauacugccc gucccgucag accuggaugc 5160
ugacgcccca gcccuagaac cagcacuaga cgacggggcg acacacacgc ugccauccac 5220
aaccggaaac cuugcggccg ugucugauug gguaaugagc accguaccug ucgcgccgcc 5280
cagaagaagg cgagggagaa accugacugu gacaugugac gagagagaag ggaauauaac 5340
acccauggcu agcguccgau ucuuuagggc agagcugugu ccggucguac aagaaacagc 5400
ggagacgcgu gacacagcaa ugucucuuca ggcaccaccg aguaccgcca cggaaccgaa 5460
ucauccgccg aucuccuucg gagcaucaag cgagacguuc cccauuacau uuggggacuu 5520
caacgaagga gaaaucgaaa gcuugucuuc ugagcuacua acuuucggag acuucuuacc 5580
aggagaagug gaugacuuga cagacagcga cugguccacg ugcucagaca cggacgacga 5640
guuaugacua gacagggcag guggguauau auucucgucg gacaccgguc caggucauuu 5700
acaacagaag ucaguacgcc agucagugcu gccggugaac acccuggagg aaguccacga 5760
ggagaagugu uacccaccua agcuggauga agcaaaggag caacuauuac uuaagaaacu 5820
ccaggagagu gcauccaugg ccaacagaag cagguaucag ucgcgcaaag uagaaaacau 5880
gaaagcagca aucauccaga gacuaaagag aggcuguaga cuauacuuaa ugucagagac 5940
cccaaaaguc ccuacuuacc ggacuacaua uccggcgccu guguacucgc cuccgaucaa 6000
cguccgauug uccaaucccg aguccgcagu ggcagcaugc aaugaguucu uagcuagaaa 6060
cuauccaacu gucucaucau accaaauuac cgacgaguau gaugcauauc uagacauggu 6120
ggacgggucg gagaguugcc uggaccgagc gacauucaau ccgucaaaac ucaggagcua 6180
cccgaaacag cacgcuuacc acgcgcccuc caucagaagc gcuguaccgu ccccauucca 6240
gaacacacua cagaauguac uggcagcagc cacgaaaaga aacugcaacg ucacacagau 6300
gagggaauua cccacuuugg acucagcagu auucaacgug gaguguuuca aaaaauucgc 6360
augcaaccaa gaauacuggg aagaauuugc ugccagcccu auuaggauaa caacugagaa 6420
uuuagcaacc uauguuacua aacuaaaagg gccaaaagca gcagcgcuau ucgcaaaaac 6480
ccauaaucua cugccacuac aggaaguacc aauggauagg uucacaguag auaugaaaag 6540
ggacguaaag gugacuccug guacaaagca uacagaggaa agaccuaagg ugcagguuau 6600
acaggcggcu gaacccuugg cgacagcaua ccuauguggg auucacagag agcugguuag 6660
gaggcugaac gccguccucc uacccaaugu acauacacua uuugacaugu cugccgagga 6720
uuucgaugcc aucauagccg cacacuuuaa gccaggagac acuguuuugg aaacggacau 6780
agccuccuuu gauaagagcc aagaugauuc acuugcgcuu acugcuuuga ugcuguuaga 6840
ggauuuaggg guggaucacu cccugcugga cuugauagag gcugcuuucg gagagauuuc 6900
cagcugucac cuaccgacag guacgcgcuu caaguucggc gccaugauga aaucagguau 6960
guuccuaacu cuguucguca acacauuguu aaacaucacc aucgccagcc gagugcugga 7020
agaucgucug acaaaauccg cgugcgcggc cuucaucggc gacgacaaca uaauacaugg 7080
agucgucucc gaugaauuga uggcagccag augugccacu uggaugaaca uggaagugaa 7140
gaucauagau gcaguuguau ccuugaaagc cccuuacuuu uguggagggu uuauacugca 7200
cgauacugug acaggaacag cuugcagagu ggcagacccg cuaaaaaggc uuuuuaaacu 7260
gggcaaaccg cuagcggcag gugacgaaca agaugaagau agaagacgag cgcuggcuga 7320
cgaagugauc agauggcaac gaacagggcu aauugaugag cuggagaaag cgguauacuc 7380
uagguacgaa gugcagggua uaucaguugu gguaaugucc auggccaccu uugcaagcuc 7440
cagauccaac uucgagaagc ucagaggacc cgucauaacu uuguacggcg guccuaaaua 7500
gguacgcacu acagcuaccu auuuugcaga agccgacagc aaguaucuaa acacuaauca 7560
gcuacaaugg aguucauccc aacccaaacu uuuuacaaua ggagguacca gccucgaccc 7620
uggacuccgc gcccuacuau ccaagucauc aggcccagac cgcgcccuca gaggcaagcu 7680
gggcaacuug cccagcugau cucagcaguu aauaaacuga caaugcgcgc gguaccccaa 7740
cagaagccac gcaggaaucg gaagaauaag aagcaaaagc aaaaacaaca ggcgccacaa 7800
aacaacacaa aucaaaagaa gcagccaccu aaaaagaaac cggcucaaaa gaaaaagaag 7860
ccgggccgca gagagaggau gugcaugaaa aucgaaaaug auuguauuuu cgaagucaag 7920
cacgaaggua agguaacagg uuacgcgugc cugguggggg acaaaguaau gaaaccagca 7980
cacguaaagg ggaccaucga uaacgcggac cuggccaaac uggccuuuaa gcggucaucu 8040
aaguaugacc uugaaugcgc gcagauaccc gugcacauga aguccgacgc uucgaaguuc 8100
acccaugaga aaccggaggg guacuacaac uggcaccacg gagcaguaca guacucagga 8160
ggccgguuca ccaucccuac aggugcuggc aaaccagggg acagcggcag accgaucuuc 8220
gacaacaagg gacgcguggu ggccauaguc uuaggaggag cuaaugaagg agcccguaca 8280
gcccucucgg uggugaccug gaauaaagac auugucacua aaaucacccc cgagggggcc 8340
gaagagugga gucuugccau cccaguuaug ugccuguugg caaacaccac guuccccugc 8400
ucccagcccc cuugcacgcc cugcugcuac gaaaaggaac cggaggaaac ccuacgcaug 8460
cuugaggaca acgucaugag accuggguac uaucagcugc uacaagcauc cuuaacaugu 8520
ucuccccacc gccagcgacg cagcaccaag gacaacuuca augucuauaa agccacaaga 8580
ccauacuuag cucacugucc cgacugugga gaagggcacu cgugccauag ucccguagca 8640
cuagaacgca ucagaaauga agcgacagac gggacgcuga aaauccaggu cuccuugcaa 8700
aucggaauaa agacggauga cagccacgau uggaccaagc ugcguuauau ggacaaccac 8760
augccagcag acgcagagag ggcggggcua uuuguaagaa caucagcacc guguacgauu 8820
acuggaacaa ugggacacuu cauccuggcc cgauguccaa aaggggaaac ucugacggug 8880
ggauucacug acaguaggaa gauuagucac ucauguacgc acccauuuca ccacgacccu 8940
ccugugauag gucgggaaaa auuccauucc cgaccgcagc acgguaaaga gcuaccuugc 9000
agcacguacg ugcagagcac cgccgcaacu accgaggaga uagagguaca caugccccca 9060
gacaccccug aucgcacauu aaugucacaa caguccggca acguaaagau cacagucaau 9120
ggccagacgg ugcgguacaa guguaauugc gguggcucaa augaaggacu aacaacuaca 9180
gacaaaguga uuaauaacug caagguugau caaugucaug ccgcggucac caaucacaaa 9240
aaguggcagu auaacucccc ucuggucccg cguaaugcug aacuugggga ccgaaaagga 9300
aaaauucaca ucccguuucc gcuggcaaau guaacaugca gggugccuaa agcaaggaac 9360
cccaccguga cguacgggaa aaaccaaguc aucaugcuac uguauccuga ccacccaaca 9420
cuccuguccu accggaauau gggagaagaa ccaaacuauc aagaagagug ggugaugcau 9480
aagaaggaag ucgugcuaac cgugccgacu gaagggcucg aggucacgug gggcaacaac 9540
gagccguaua aguauuggcc gcaguuaucu acaaacggua cagcccaugg ccacccgcau 9600
gagauaauuc uguauuauua ugagcuguac cccacuauga cuguaguagu ugugucagug 9660
gccacguuca uacuccuguc gauggugggu auggcagcgg ggaugugcau gugugcacga 9720
cgcagaugca ucacaccgua ugaacugaca ccaggagcua ccgucccuuu ccugcuuagc 9780
cuaauaugcu gcaucagaac agcuaaagcg gccacauacc aagaggcugc gauauaccug 9840
uggaacgagc agcaaccuuu guuuuggcua caagcccuua uuccgcuggc agcccugauu 9900
guucuaugca acugucugag acucuuacca ugcugcugua aaacguuggc uuuuuuagcc 9960
guaaugagcg ucggugccca cacugugagc gcguacgaac acguaacagu gaucccgaac 10020
acggugggag uaccguauaa gacucuaguc aauagaccug gcuacagccc caugguauug 10080
gagauggaac uacugucagu cacuuuggag ccaacacuau cgcuugauua caucacgugc 10140
gaguacaaaa ccgucauccc gucuccguac gugaagugcu gcgguacagc agagugcaag 10200
gacaaaaacc uaccugacua cagcuguaag gucuucaccg gcgucuaccc auuuaugugg 10260
ggcggcgccu acugcuucug cgacgcugaa aacacgcagu ugagcgaagc acacguggag 10320
aaguccgaau caugcaaaac agaauuugca ucagcauaca gggcucauac cgcaucugca 10380
ucagcuaagc uccgcguccu uuaccaagga aauaacauca cuguaacugc cuaugcaaac 10440
ggcgaccaug ccgucacagu uaaggacgcc aaauucauug uggggccaau gucuucagcc 10500
uggacaccuu ucgacaacaa aauuguggug uacaaaggug acgucuauaa cauggacuac 10560
ccgcccuuug gcgcaggaag accaggacaa uuuggcgaua uccaaagucg cacaccugag 10620
aguaaagacg ucuaugcuaa uacacaacug guacugcaga gaccggcugu ggguacggua 10680
cacgugccau acucucaggc accaucuggc uuuaaguauu ggcuaaaaga acgcggggcg 10740
ucgcugcagc acacagcacc auuuggcugc caaauagcaa caaacccggu aagagcggug 10800
aacugcgccg uagggaacau gcccaucucc aucgacauac cggaagcggc cuucacuagg 10860
gucgucgacg cgcccucuuu aacggacaug ucgugcgagg uaccagccug cacccauucc 10920
ucagacuuug ggggcgucgc cauuauuaaa uaugcagcca gcaagaaagg caagugugcg 10980
gugcauucga ugacuaacgc cgucacuauu cgggaagcug agauagaagu ugaagggaau 11040
ucucagcugc aaaucucuuu cucgacggcc uuagccagcg ccgaauuccg cguacaaguc 11100
uguucuacac aaguacacug ugcagccgag ugccaccccc cgaaggacca cauagucaac 11160
uacccggcgu cacauaccac ccucgggguc caggacaucu ccgcuacggc gaugucaugg 11220
gugcagaaga ucacgggagg ugugggacug guuguugcug uugccgcacu gauucuaauc 11280
guggugcuau gcgugucguu cagcaggcac uaacuugaca auuaaguaug aagguauaug 11340
uguccccuaa gagacacacu guacauagca aauaaucuau agaucaaagg gcuacgcaac 11400
cccugaauag uaacaaaaua caaaaucacu aaaaauuaua aaaacagaaa aauacauaaa 11460
uagguauacg uguccccuaa gagacacauu guauguaggu gauaaguaua gaucaaaggg 11520
ccgaauaacc ccugaauagu aacaaaauau gaaaaucaau aaaaaucaua aaauagaaaa 11580
accauaaaca gaaguaguuc aaagggcuau aaaaccccug aauaguaaca aaacauaaaa 11640
uuaauaaaaa ucaaaugaau accauaauug gcaaacggaa gagauguagg uacuuaagcu 11700
uccuaaaagc agccgaacuc acuuugagaa guaggcauag cauaccgaac ucuuccacga 11760
uucuccgaac ccacagggac guaggagaug uuauuuuguu uuuaauauuu caaaaaaaaa 11820
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 11840
配列番号１２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞５ＵＴＲに対する環状人工配列（チクングニアウイルス）
(chikv_5utr1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..41
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 55..89
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 103..137
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 151..185
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 199..233
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 247..281
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 12
gcgccgagua gagcagugag gaacuggugg guugcgugug uuuugucacu acguaguaga 60
gugguaggaa auuggugggc ugcgugugug gcuuccagug ccaguagagc ggugagagau 120
ugguagguua uguguguguu cucgcccgaa aguagagugg ugagggguug guagguuacg 180
uguguucaaa uaugacggag uagaguagug gggggcuggu ggguugugug uguucggaga 240
ccagacagua gaguaguaag agguuggugg gcuacgugug ugccacacca cccg 294
配列番号１３
<211> 314
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞５ＵＴＲに対する環状人工配列（チクングニアウイルス）
(chikv_5utr2)
<220>
＜２２１＞ｍｉｓｃ＿ｆｅａｔｕｒｅ
<222> 7..41
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 51..85
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 95..129
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 139..173
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 183..217
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 227..261
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 271..305
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 13
gcgccgagua gagugguggg ggguugguag guugcgugug ucuuagcgcc aguagagcag 60
uaagggacug guaggcugcg ugugugguac uuacaguaga gcggugagag acuggugggc 120
uaugugugug ccauccuuag uagaguggua gggaguuggu gggcugugug uguggggccu 180
auaguagagu agugggagau ugguagguua cguguguagc ugcacgagua gagcaguggg 240
aaguuggugg guugugugug ucuccgacga aguagaguag uaagaaauug guggguuaug 300
uguguaccug aguc 314
配列番号１４
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対する環状人工配列
(chikv_RSE1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 101..133
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..180
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 195..227
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..274
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 14
gcgccguugc guggcucuuu ggucuauaga uuauuuguuu gcggguugcc cucuugcgug 60
guucuuuggu cuguggauug uuugcuugcc cgcgagcagg uuguguaguc cuuugaucug 120
uagguuguuu guuguucgua acacuucuug cguagcucuu ugaucuauag guuauuugcu 180
cuagguucga accguugcgu ggucuuuuga ucuauggguu guuuguucau caaaaccuuu 240
cuuguguggc cuuuuggucu guagauuguu uguuuccaac gacguacu 288
配列番号１５
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対する環状人工配列
(chikvRSE)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 101..133
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..180
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 195..227
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..274
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 15
gcgccguugc guggcucuuu ggucuauggg uuguuugcuu gcggguugcc cucuugugua 60
gcuuuuugau cuguggguua uuugcuugcc cgcgagcagg uugcguaguu cuuugauuug 120
uagguuguuu gcuguucgua acacuucuug cguaguuuuu ugaucuaugg auuguuugcu 180
cuagguucga accguugcgu agcucuuugg uuuauagauu auuugcucau caaaaccuuu 240
cuuguguggu ccuuugaucu auagguuauu ugcuuccaac gacguacu 288
配列番号１６
<211> 620
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスに対する広域スペクトル環状ＲＮＡ
(DENV1 cHP_ HCV CDS2_T)
<220>
<221> misc_feature
<222> 16..48
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 58..90
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 100..132
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 142..174
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 184..216
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 226..258
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 268..300
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 330..340
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 354..364
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 378..388
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 402..412
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 426..436
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 450..460
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 474..484
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 498..508
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 522..532
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 546..556
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 570..580
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 594..604
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 16
ggauccgcgg cgccgauguu ggggggugug uuuuuugucu uuuuucguug ggguguaaug 60
uugagaggcg uguuuuuugc uuuuuuuugu gcaccuuaua uauugggagg uguguuuuuc 120
gcuuuuuucc gucuggcugg cauauugggg ggcguguuuu ucguuuuuuu ucguuacaag 180
cuaauauuga aggguguguu uuucgccuuu uuccguguua aagauauguu gaaaggcgug 240
uuuuucguuu uuuuccguaa guuuuaaaua uuggagggcg uguuuuucgc uuuuuucugu 300
agaccggaac cgggaauuca cucgagcccc cuggggcucu gaugaggaac cucucugggg 360
uccccacagc gagucuccuu ggggccccua gaaugaaguu cuuugggguu ucauagcacg 420
guucuccugg gguuuucaua cgauugucuc uuggggucuu gcguguuuac ccuuuugggg 480
uccugcuaag ggggcuuucu ggggccuuuc gaauaagucu uuuuggggcc ucguuuuauc 540
acucuucugg gguucccagc cuuucccuuc uuggggcucc uccgaccaug ccccuugggg 600
uucuacccug uaugggaucc 620
配列番号１７
<211> 298
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスに対する広域スペクトル環状ＲＮＡ
(DENV1 cHP_ HCV CDS2_1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..22
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 35..67
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 80..95
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 108..140
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 153..168
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 181..213
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 226..241
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 254..286
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 17
gcgccgccug gcuugggguu uucccaggac ucuaauauug gaaggcgugu uuuuugucuu 60
uuuucguguc cugccuccuc uuagccuggg guuuuacgac cgcaccuaug uugagaggug 120
uguuuuuugc cuuuuuucgu uugauacccu cauuuaaucu ggggcucuag gugcagcaaa 180
auguuggagg gcguguuuuu cguuuuuuuc uguccugcac gaucucccga uuugggguuc 240
ucguugguga cguauauuga gggguguguu uuucgcuuuu uuucguauug gacgucgu 298
配列番号１８
<211> 41
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞配列が特定の値を有さない、図４による動作モードの概要例を示すための人工配列
<400> 18
aacgccaugc aagcgcgcag aucgagcugu gcgcuuuuuu u 41
配列番号１９
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> circ_wnv_sIII_2
<400> 19
ugcaguuaga uaaacuuucc gguuugauuu ucucuucaaa agacaguucu ucgaacuucc 60
cggcuugguu uucuuuucaa aaauggggcc ccucaacuuc cuggucuggu uuucuccuua 120
aaaggcuaua cgaucaacuu ucuggccuga cuuucuucuu aaaaagcuau caucgcaacu 180
ucucggcuug acuuucucuu uaaaacccuc gguaaccaac uuuucggccu gauuuucuuc 240
ucaaaaguuu uggcgacuaa cuucuugguu uggcuuucuc cucaaaaaau auaaacagc 299
配列番号２０
<211> 11029
<212> RNA
＜２１３＞西ナイルウイルス
<220>
＜２２３＞ゲノム西ナイルウイルス
<400> 20
aguaguucgc cugugugagc ugacaaacuu aguaguguuu gugaggauua acaacaauua 60
acacagugcg agcuguuucu uagcacgaag aucucgaugu cuaagaaacc aggagggccc 120
ggcaagagcc gggcugucaa uaugcuaaaa cgcggaaugc cccgcguguu guccuugauu 180
ggacugaaga gggcuauguu gagccugauc gacggcaagg ggccaauacg auuuguguug 240
gcucucuugg cguucuucag guucacagca auugcuccga cccgagcagu gcuggaucga 300
uggagaggug ugaacaaaca aacagcgaug aaacaccuuc ugaguuuuaa gaaggaacua 360
gggaccuuga ccagugcuau caaucggcgg agcucaaaac aaaagaaaag aggaggaaag 420
accggaauug cagucaugau uggccugauu gccagcguag gagcaguuac ccucucuaac 480
uuccaaggga aggugaugau gacgguaaau gcuacugacg ucacagaugu caucacgauu 540
ccaacagcug cuggaaagaa ccuaugcauu gucagagcaa uggauguggg auacaugugc 600
gaugauacua ucacuuauga augcccagug cugucggcug guaaugaucc agaagacauc 660
gacuguuggu gcacaaaguc agcagucuac gucagguaug gaagaugcac caagacacgc 720
cacucaagac gcagucggag gucacugaca gugcagacac acggagaaag cacucuagcg 780
aacaagaagg gggcuuggau ggacagcacc aaggccacaa gguauuuggu aaaaacagaa 840
ucauggaucu ugaggaaccc uggauaugcc cugguggcag ccgucauugg uuggaugcuu 900
gggagcaaca ccaugcagag aguuguguuu gucgugcuau ugcuuuuggu ggccccagcu 960
uacagcuuca acugccuugg aaugagcaac agagacuucu uggaaggagu gucuggagca 1020
acaugggugg auuugguucu cgaaggcgac agcugcguga cuaucauguc uaaggacaag 1080
ccuaccaucg augugaagau gaugaauaug gaggcggcca accuggcaga gguccgcagu 1140
uauugcuauu uggcuaccgu cagcgaucuc uccaccaaag cugcgugccc gaccauggga 1200
gaagcucaca augacaaacg ugcugaccca gcuuuugugu gcagacaagg agugguggac 1260
aggggcuggg gcaacggcug cggacuauuu ggcaaaggaa gcauugacac augcgccaaa 1320
uuugccugcu cuaccaaggc aauaggaaga accaucuuga aagagaauau caaguacgaa 1380
guggccauuu uuguccaugg accaacuacu guggagucgc acggaaacua cuccacacag 1440
guuggagcca cucaggcagg gagauucagc aucacuccug cggcgccuuc auacacacua 1500
aagcuuggag aauauggaga ggugacagug gacugugaac cacggucagg gauugacacc 1560
aaugcauacu acgugaugac uguuggaaca aagacguucu ugguccaucg ugagugguuc 1620
auggaccuca accucccuug gagcagugcu ggaaguacug uguggaggaa cagagagacg 1680
uuaauggagu uugaggaacc acacgccacg aagcagucug ugauagcauu gggcucacaa 1740
gagggagcuc ugcaucaagc uuuggcugga gccauuccug uggaauuuuc aagcaacacu 1800
gucaaguuga cgucggguca uuugaagugu agagugaaga uggaaaaauu gcaguugaag 1860
ggaacaaccu auggcgucug uucaaaggcu uucaaguuuc uugggacucc cgcagacaca 1920
ggucacggca cugugguguu ggaauugcag uacacuggca cggauggacc uugcaaaguu 1980
ccuaucucgu caguggcuuc auugaacgac cuaacgccag ugggcagauu ggucacuguc 2040
aacccuuuug uuucaguggc cacggccaac gcuaaggucc ugauugaauu ggaaccaccc 2100
uuuggagacu cauacauagu ggugggcaga ggagaacaac agaucaauca ccauuggcac 2160
aagucuggaa gcagcauugg caaagccuuu acaaccaccc ucaaaggagc gcagagacua 2220
gccgcucuag gagacacagc uugggacuuu ggaucaguug gagggguguu caccucaguu 2280
gggaaggcug uccaucaagu guucggagga gcauuccgcu cacuguucgg aggcaugucc 2340
uggauaacgc aaggauugcu gggggcucuc cuguugugga ugggcaucaa ugcucgugau 2400
agguccauag cucucacguu ucucgcaguu ggaggaguuc ugcucuuccu cuccgugaac 2460
gugcacgcug acacugggug ugccauagac aucagccggc aagagcugag auguggaagu 2520
ggaguguuca uacacaauga uguggaggcu uggauggacc gguacaagua uuacccugaa 2580
acgccacaag gccuagccaa gaucauucag aaagcucaua aggaaggagu gugcggucua 2640
cgaucaguuu ccagacugga gcaucaaaug ugggaagcag ugaaggacga gcugaacacu 2700
cuuuugaagg agaauggugu ggaccuuagu gucgugguug agaaacagga gggaauguac 2760
aagucagcac cuaaacgccu caccgccacc acggaaaaau uggaaauugg cuggaaggcc 2820
uggggaaaga guauuuuauu ugcaccagaa cucgccaaca acaccuuugu gguugauggu 2880
ccggagacca aggaaugucc gacucagaau cgcgcuugga auagcuuaga aguggaggau 2940
uuuggauuug gucucaccag cacucggaug uuccugaagg ucagagagag caacacaacu 3000
gaaugugacu cgaagaucau uggaacggcu gucaagaaca acuuggcgau ccacagugac 3060
cuguccuauu ggauugaaag caggcucaau gauacgugga agcuugaaag ggcaguucug 3120
ggugaaguca aaucauguac guggccugag acgcauaccu uguggggcga uggaauccuu 3180
gagagugacu ugauaauacc agucacacug gcgggaccac gaagcaauca caaucggaga 3240
ccuggguaca agacacaaaa ccagggccca ugggacgaag gccggguaga gauugacuuc 3300
gauuacugcc caggaacuac ggucacccug agugagagcu gcggacaccg uggaccugcc 3360
acucgcacca ccacagagag cggaaaguug auaacagauu ggugcugcag gagcugcacc 3420
uuaccaccac ugcgcuacca aacugacagc ggcuguuggu augguaugga gaucagacca 3480
cagagacaug augaaaagac ccucgugcag ucacaaguga augcuuauaa ugcugauaug 3540
auugacccuu uucaguuggg ccuucugguc guguucuugg ccacccagga gguccuucgc 3600
aagaggugga cagccaagau cagcaugcca gcuauacuga uugcucugcu aguccuggug 3660
uuugggggca uuacuuacac ugauguguua cgcuauguca ucuugguggg ggcagcuuuc 3720
gcagaaucua auucgggagg agacguggua cacuuggcgc ucauggcgac cuucaagaua 3780
caaccagugu uuaugguggc aucguuucuc aaagcgagau ggaccaacca ggagaacauu 3840
uuguugaugu uggcggcugu uuucuuucaa auggcuuauc acgaugcccg ccaaauucug 3900
cucugggaga ucccugaugu guugaauuca cuggcgguag cuuggaugau acugagagcc 3960
auaacauuca caacgacauc aaacgugguu guuccgcugc uagcccugcu aacacccggg 4020
cugagacgcu ugaaucugga uguguacagg auacugcugu ugauggucgg aauaggcagc 4080
uugaucaggg agaagaggag ugcagcugca aaaaagaaag gagcaagucu gcuaugcuug 4140
gcucuagccu caacaggacu uuucaacccc augauccuug cugcuggacu gauugcaugu 4200
gaucccaacc guaaacgcgg auggcccgca acugaaguga ugacagcugu cggccuaaug 4260
uuugccaucg ucggagggcu ggcagagcuu gacauugacu ccauggccau uccaaugacu 4320
aucgcggggc ucauguuugc ugcuuucgug auuucuggga aaucaacaga uauguggauu 4380
gagagaacgg cggacauuuc cugggaaagu gaugcagaaa uuacaggcuc gagcgaaaga 4440
guugaugugc ggcuugauga ugauggaaac uuccagcuca ugaaugaucc aggagcaccu 4500
uggaagauau ggaugcucag aauggucugu cucgcgauua gugcguacac ccccugggca 4560
aucuugcccu caguaguugg auuuuggaua acucuccaau acacaaagag aggaggcgug 4620
uugugggaca cucccucacc aaaggaguac aaaaaggggg acacgaccac cggcgucuac 4680
aggaucauga cucgugggcu gcucggcagu uaucaagcag gagcgggcgu gaugguugaa 4740
gguguuuucc acacccuuug gcauacaaca aaaggagccg cuuugaugag cggagagggc 4800
cgccuggacc cauacugggg cagugucaag gaggaucgac uuuguuacgg aggacccugg 4860
aaauugcagc acaaguggaa cgggcaggau gaggugcaga ugauuguggu ggaaccuggc 4920
aagaacguua agaacguccg gacgaaacca gggguguuca aaacaccuga aggagaaauc 4980
ggggccguga cuuuggacuu ccccacugga acaucaggcu caccaauagu ggacaaaaac 5040
ggugauguga uugggcuuua uggcaaugga gucauaaugc ccaacggcuc auacauaagc 5100
gcgauagugc agggugaaag gauggaugag ccaaucccag ccggauucga accugagaug 5160
cugaggaaaa aacagaucac uguacuggau cuccaucccg gcgccgguaa aacaaggagg 5220
auucugccac agaucaucaa agaggccaua aacagaagac ugagaacagc cgugcuagca 5280
ccaaccaggg uuguggcugc ugagauggcu gaagcacuga gaggacugcc cauccgguac 5340
cagacauccg cagugcccag agaacauaau ggaaaugaga uuguugaugu caugugucau 5400
gcuacccuca cccacaggcu gaugucuccu cacagggugc cgaacuacaa ccuguucgug 5460
auggaugagg cucauuucac cgacccagcu agcauugcag caagagguua cauuuccaca 5520
aaggucgagc uaggggaggc ggcggcaaua uucaugacag ccaccccacc aggcacuuca 5580
gauccauucc cagaguccaa uucaccaauu uccgacuuac agacugagau cccggaucga 5640
gcuuggaacu cuggauacga auggaucaca gaauacaccg ggaagacggu uugguuugug 5700
ccuaguguca agauggggaa ugagauugcc cuuugccuac aacgugcugg aaagaaagua 5760
guccaauuga acagaaaguc guacgagacg gaguacccaa aauguaagaa cgaugauugg 5820
gacuuuguua ucacaacaga cauaucugaa augggggcua acuucaaggc gagcagggug 5880
auugacagcc ggaagagugu gaaaccaacc aucauaacag aaggagaagg gagagugauc 5940
cugggagaac caucugcagu gacagcagcu agugccgccc agagacgugg acguaucggu 6000
agaaauccgu cgcaaguugg ugaugaguac uguuaugggg ggcacacgaa ugaagacgac 6060
ucgaacuucg cccauuggac ugaggcacga aucaugcugg acaacaucaa caugccaaac 6120
ggacugaucg cucaauucua ccaaccagag cgugagaagg uauauaccau ggauggggaa 6180
uaccggcuca gaggagaaga gagaaaaaac uuucuggaac uguugaggac ugcagaucug 6240
ccaguuuggc uggcuuacaa gguugcagcg gcuggagugu cauaccacga ccggaggugg 6300
ugcuuugaug guccuaggac aaacacaauu uuagaagaca acaacgaagu ggaagucauc 6360
acgaagcuug gugaaaggaa gauucugagg ccgcgcugga uugacgccag gguguacucg 6420
gaucaccagg cacuaaaggc guucaaggac uucgccucgg gaaaacguuc ucagauaggg 6480
cucauugagg uucugggaaa gaugccugag cacuucaugg ggaagacaug ggaagcacuu 6540
gacaccaugu acguuguggc cacugcagag aaaggaggaa gagcucacag aauggcccug 6600
gaggaacugc cagaugcucu ucagacaauu gccuugauug ccuuauugag ugugaugacc 6660
augggaguau ucuuccuccu caugcagcgg aagggcauug gaaagauagg uuugggaggc 6720
gcugucuugg gagucgcgac cuuuuucugu uggauggcug aaguuccagg aacgaagauc 6780
gccggaaugu ugcugcucuc ccuucucuug augauugugc uaauuccuga gccagagaag 6840
caacguucgc agacagacaa ccagcuagcc guguuccuga uuugugucau gacccuugug 6900
agcgcagugg cagccaacga gauggguugg cuagauaaga ccaagaguga cauaagcagu 6960
uuguuugggc aaagaauuga ggucaaggag aauuucagca ugggagaguu ccuucuggac 7020
uugaggccgg caacagccug gucacuguac gcugugacaa cagcgguccu cacuccacug 7080
cuaaagcauu ugaucacguc agauuacauc aacaccucau ugaccucaau aaacguucag 7140
gcaagugcac uauucacacu cgcgcgaggc uuccccuucg ucgauguugg agugucggcu 7200
cuccugcuag cagccggaug cuggggacaa gucacccuca ccguuacggu aacagcggca 7260
acacuccuuu uuugccacua ugccuacaug guucccgguu ggcaagcuga ggcaaugcgc 7320
ucagcccagc ggcggacagc ggccggaauc augaagaacg cuguagugga uggcaucgug 7380
gccacggacg ucccagaauu agagcgcacc acacccauca ugcagaagaa aguuggacag 7440
aucaugcuga ucuugguguc ucuagcugca guaguaguga acccgucugu gaagacagua 7500
cgagaagccg gaauuuugau cacggccgca gcggugacgc uuugggagaa uggagcaagc 7560
ucuguuugga acgcaacaac ugccaucgga cucugccaca ucaugcgugg ggguugguug 7620
ucaugucuau ccauaacaug gacacucaua aagaacaugg aaaaaccagg acuaaaaaga 7680
gguggggcaa aaggacgcac cuugggagag guuuggaaag aaagacucaa ccagaugaca 7740
aaagaagagu ucacuaggua ccgcaaagag gccaucaucg aagucgaucg cucagcggca 7800
aaacacgcca ggaaagaagg caaugucacu ggagggcauc cagucucuag gggcacagca 7860
aaacugagau ggcuggucga acggagguuu cucgaaccgg ucggaaaagu gauugaccuu 7920
ggauguggaa gaggcgguug guguuacuau auggcaaccc aaaaaagagu ccaagaaguc 7980
agaggguaca caaagggcgg ucccggacau gaagagcccc aacuagugca aaguuaugga 8040
uggaacauug ucaccaugaa gaguggagug gauguguucu acagaccuuc ugaguguugu 8100
gacacccucc uuugugacau cggagagucc ucgucaagug cugagguuga agagcauagg 8160
acgauucggg uccuugaaau gguugaggac uggcugcacc gagggccaag ggaauuuugc 8220
gugaaggugc ucugccccua caugccgaaa gucauagaga agauggagcu gcuccaacgc 8280
cgguaugggg ggggacuggu cagaaaccca cucucacgga auuccacgca cgagauguau 8340
ugggugaguc gagcuucagg caauguggua cauucaguga auaugaccag ccaggugcuc 8400
cuaggaagaa uggaaaaaag gaccuggaag ggaccccaau acgaggaaga uguaaacuug 8460
ggaaguggaa ccagggcggu gggaaaaccc cugcucaacu cagacaccag uaaaaucaag 8520
aacaggauug aacgacucag gcgugaguac aguucgacgu ggcaccacga ugagaaccac 8580
ccauauagaa ccuggaacua ucacggcagu uaugauguga agcccacagg cuccgccagu 8640
ucgcugguca auggaguggu caggcuccuc ucaaaaccau gggacaccau cacgaauguu 8700
accaccaugg ccaugacuga cacuacuccc uucgggcagc agcgaguguu caaagagaag 8760
guggacacga aagcuccuga accgccagaa ggagugaagu acgugcucaa cgagaccacc 8820
aacugguugu gggcguuuuu ggccagagaa aaacguccca gaaugugcuc ucgagaggaa 8880
uucauaagaa aggucaacag caaugcagcu uugggugcca uguuugaaga gcagaaucaa 8940
uggaggagcg ccagagaagc aguugaagau ccaaaauuuu gggagauggu ggaugaggag 9000
cgcgaggcac aucugcgggg ggaaugucac acuugcauuu acaacaugau gggaaagaga 9060
gagaaaaaac ccggagaguu cggaaaggcc aagggaagca gagccauuug guucaugugg 9120
cucggagcuc gcuuucugga guucgaggcu cuggguuuuc ucaaugaaga ccacuggcuu 9180
ggaagaaaga acucaggagg aggugucgag ggcuugggcc uccaaaaacu ggguuacauc 9240
cugcgugaag uuggcacccg gccugggggc aagaucuaug cugaugacac agcuggcugg 9300
gacacccgca ucacgagagc ugacuuggaa aaugaagcua aggugcuuga gcugcuugau 9360
ggggaacauc ggcgucuugc cagggccauc auugagcuca ccuaucguca caaaguugug 9420
aaagugaugc gcccggcugc ugauggaaga accgucaugg auguuaucuc cagagaagau 9480
cagaggggga guggacaagu ugucaccuac gcccuaaaca cuuucaccaa ccuggccguc 9540
cagcugguga ggaugaugga aggggaagga gugauuggcc cagaugaugu ggagaaacuc 9600
acaaaaggga aaggacccaa agucaggacc uggcuguuug agaaugggga agaaagacuc 9660
agccgcaugg cugucagugg agaugacugu gugguaaagc cccuggacga ucgcuuugcc 9720
accucgcucc acuuccucaa ugcuauguca aagguucgca aagacaucca agaguggaaa 9780
ccgucaacug gaugguauga uuggcagcag guuccauuuu gcucaaacca uuucacugaa 9840
uugaucauga aagauggaag aacacuggug guuccaugcc gaggacagga ugaauuggua 9900
ggcagagcuc gcauaucucc aggggccgga uggaacgucc gcgacacugc uugucuggcu 9960
aagucuuaug cccagaugug gcugcuucug uacuuccaca gaagagaccu gcggcucaug 10020
gccaacgcca uuugcuccgc ugucccugug aauugggucc cuaccggaag aaccacgugg 10080
uccauccaug caggaggaga guggaugaca acagaggaca uguuggaggu cuggaaccgu 10140
guuuggauag aggagaauga auggauggaa gacaaaaccc caguggagaa auggagugac 10200
gucccauauu caggaaaacg agaggacauc ugguguggca gccugauugg cacaagagcc 10260
cgagccacgu gggcagaaaa cauccaggug gcuaucaacc aagucagagc aaucaucgga 10320
gaugagaagu auguggauua caugaguuca cuaaagagau augaagacac aacuuugguu 10380
gaggacacag uacuguagau auuuaaucaa uuguaaauag acaauauaag uaugcauaaa 10440
aguguaguuu uauaguagua uuuaguggug uuaguguaaa uaguuaagaa aauuuugagg 10500
agaaagucag gccgggaagu ucccgccacc ggaaguugag uagacggugc ugccugcgac 10560
ucaaccccag gaggacuggg ugaacaaagc cgcgaaguga uccauguaag cccucagaac 10620
cguuucggaa ggaggacccc acauguugua acuucaaagc ccaaugucag accacgcuac 10680
ggcgugcuac ucugcggaga gugcagucug cgauagugcc ccaggaggac uggguuaaca 10740
aaggcaaacc aacgccccac gcggcccuag ccccgguaau gguguuaacc agggcgaaag 10800
gacuagaggu uagaggagac cccgcgguuu aaagugcacg gcccagccug gcugaagcug 10860
uaggucaggg gaaggacuag agguuagugg agaccccgug ccacaaaaca ccacaacaaa 10920
acagcauauu gacaccuggg auagacuagg agaucuucug cucugcacaa ccagccacac 10980
ggcacagugc gccgacaaug guggcuggug gugcgagaac acaggaucu 11029
配列番号２１
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_A
<400> 21
ugcaguuaga uaauauuggg agguguguuu uuugccuuuu uccguagauc cucgcgaaac 60
uucuuggccu gguuuucuuu ucaaaagagu ccuuacguau auuggagggu guguuuuucg 120
cuuuuuuccg ucucggaaac gauaacuucc uggcuugauu uuuucuucaa aagcugcguu 180
aucuauauug agaggcgugu uuuucgucuu uuuccguucc aaccuggaga acuuuuuggc 240
cugauuuucu cuucaaaacc aggccguacc 270
配列番号２２
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_B
<400> 22
ugcaguuaga uaauauugga aggcguguuu uuugcuuuuu uccguagauc cuaacggaac 60
uuccuggccu gauuuucuuc uuaaaagagu ccuuacguau auugaaaggu guguuuuucg 120
ccuuuuuccg ucucggaaac gauaacuuuc cggccugguu uuuuccuuaa aagcugcguu 180
aucuauauug aggggugugu uuuuugucuu uuuccguucc aaccuggaga acuuccuggu 240
uuggcuuuuu ucuugaaacc aggccguacc 270
配列番号２３
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_C
<400> 23
ugcaguuaga uaauauuggg agguguguuu uuugccuuuu uccguagauc cucgcgaaac 60
uucuuggccu gguuuucuuu ucaaaagagu ccuuacguau auuggagggu guguuuuucg 120
cuuuuuuccg ucucggaaac gauaacuucc uggcuugauu uuuucuucaa aagcugcguu 180
aucuauauug agaggcgugu uuuucgucuu uuuccguucc aaccuggaga acuucccggc 240
cugacuuuuu ccuuaaaacc aggccguacc 270
配列番号２４
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> circ_wnv_sIII_1
<400> 24
ugcaguuaga uaaacuuucu gguuugguuu ucuccucaaa agacaguucu ucgaacuucc 60
cgguuugauu uucucuuuaa aaauggggcc ccucaacuuc uuggucugac uuucucuuca 120
aaaggcuaua cgaucaacuu cucggccuga uuuucuuuuc aaaaagcuau caucgcaacu 180
uccuggucug guuuucuucu caaaacccuc gguaaccaac uuuccggcuu gacuuucuuc 240
uuaaaacguu uugcgacaaa cuuuucggcu uggcuuucuc cuuaaaauau guaaacagc 299
配列番号２５
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＩＲＥＳ Ｃｉｒｃ ＨＣＶ１
<400> 25
cuccgccaug aaucacuccc cugugaggaa cua 33
配列番号２６
<211> 24
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＩＲＥＳ Ｃｉｒｃ ＨＣＶ２
<400> 26
ucucguagac cgugcaccau gagc 24
配列番号２７
<211> 28
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｃＨＰ（ＣＤＳ１）ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１
<400> 27
ccaaaagaaa caccaaccgu cgcccaga 28
配列番号２８
<211> 16
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＣＤＳ２ ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２
<400> 28
ggggccccag g 16
配列番号２９
<211> 32
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｓＨＰ（３’ＵＴＲ）ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ
<400> 29
aacagcauau ugacgcuggg aaagaccaga ga 32
配列番号３０
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｃＨＰ１／２ ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１／２
<400> 30
acggaaaaag gcgaaaaaca cgccuuucaa uau 33
配列番号３１
<211> 34
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列Ｃｈｉｋｖ＿ｒｅ
<400> 31
gcugcuguaa aacguuggcu uuuuuagccg uaau 34
配列番号３２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＤＥＮＶ ｃＨＰ及びＨＣＶに対する広域スペクトル環状人工配列
CDS (circ_dv_cHP_v1_circ_hcv_cds2_2)
<400> 32
gcgccgaugu ugaaaggugu guuuuucguu uuuuucuguc aaguguagga ucuucugggg 60
ucucgggccc cacgaccaau guuggggggc guguuuuucg cuuuuuucug ucaaaauaau 120
guugaccugg gguucuuuac ugaacucauu auguugggag gcguguuuuu ugucuuuuuu 180
uguuuuaucu acacccgucu gggguuuugu cggcgccacg acauguuggg ggguguguuu 240
uuugccuuuu uccgucucag ugcggcgccc uugggguucc cuuucgcauc acgu 294
配列番号３３
<211> 35
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列５ ＵＴＲ ｃｈｉｋｖ５ｕｔｒ
<400> 33
acacacguag ccuaccaguu ucuuacugcu cuacu 35
配列番号３４
<211> 29903
<212> RNA
＜２１３＞コロナウイルス科
<220>
＜２２３＞ＮＣ＿０４５５１２．２重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１、完全ゲノム
<400> 34
auuaaagguu uauaccuucc cagguaacaa accaaccaac uuucgaucuc uuguagaucu 60
guucucuaaa cgaacuuuaa aaucugugug gcugucacuc ggcugcaugc uuagugcacu 120
cacgcaguau aauuaauaac uaauuacugu cguugacagg acacgaguaa cucgucuauc 180
uucugcaggc ugcuuacggu uucguccgug uugcagccga ucaucagcac aucuagguuu 240
cguccgggug ugaccgaaag guaagaugga gagccuuguc ccugguuuca acgagaaaac 300
acacguccaa cucaguuugc cuguuuuaca gguucgcgac gugcucguac guggcuuugg 360
agacuccgug gaggaggucu uaucagaggc acgucaacau cuuaaagaug gcacuugugg 420
cuuaguagaa guugaaaaag gcguuuugcc ucaacuugaa cagcccuaug uguucaucaa 480
acguucggau gcucgaacug caccucaugg ucauguuaug guugagcugg uagcagaacu 540
cgaaggcauu caguacgguc guagugguga gacacuuggu guccuugucc cucauguggg 600
cgaaauacca guggcuuacc gcaagguucu ucuucguaag aacgguaaua aaggagcugg 660
uggccauagu uacggcgccg aucuaaaguc auuugacuua ggcgacgagc uuggcacuga 720
uccuuaugaa gauuuucaag aaaacuggaa cacuaaacau agcaguggug uuacccguga 780
acucaugcgu gagcuuaacg gaggggcaua cacucgcuau gucgauaaca acuucugugg 840
cccugauggc uacccucuug agugcauuaa agaccuucua gcacgugcug guaaagcuuc 900
augcacuuug uccgaacaac uggacuuuau ugacacuaag agggguguau acugcugccg 960
ugaacaugag caugaaauug cuugguacac ggaacguucu gaaaagagcu augaauugca 1020
gacaccuuuu gaaauuaaau uggcaaagaa auuugacacc uucaaugggg aauguccaaa 1080
uuuuguauuu cccuuaaauu ccauaaucaa gacuauucaa ccaaggguug aaaagaaaaa 1140
gcuugauggc uuuaugggua gaauucgauc ugucuaucca guugcgucac caaaugaaug 1200
caaccaaaug ugccuuucaa cucucaugaa gugugaucau uguggugaaa cuucauggca 1260
gacgggcgau uuuguuaaag ccacuugcga auuuuguggc acugagaauu ugacuaaaga 1320
aggugccacu acuugugguu acuuacccca aaaugcuguu guuaaaauuu auuguccagc 1380
augucacaau ucagaaguag gaccugagca uagucuugcc gaauaccaua augaaucugg 1440
cuugaaaacc auucuucgua aggguggucg cacuauugcc uuuggaggcu guguguucuc 1500
uuauguuggu ugccauaaca agugugccua uuggguucca cgugcuagcg cuaacauagg 1560
uuguaaccau acagguguug uuggagaagg uuccgaaggu cuuaaugaca accuucuuga 1620
aauacuccaa aaagagaaag ucaacaucaa uauuguuggu gacuuuaaac uuaaugaaga 1680
gaucgccauu auuuuggcau cuuuuucugc uuccacaagu gcuuuugugg aaacugugaa 1740
agguuuggau uauaaagcau ucaaacaaau uguugaaucc ugugguaauu uuaaaguuac 1800
aaaaggaaaa gcuaaaaaag gugccuggaa uauuggugaa cagaaaucaa uacugagucc 1860
ucuuuaugca uuugcaucag aggcugcucg uguuguacga ucaauuuucu cccgcacucu 1920
ugaaacugcu caaaauucug ugcguguuuu acagaaggcc gcuauaacaa uacuagaugg 1980
aauuucacag uauucacuga gacucauuga ugcuaugaug uucacaucug auuuggcuac 2040
uaacaaucua guuguaaugg ccuacauuac aggugguguu guucaguuga cuucgcagug 2100
gcuaacuaac aucuuuggca cuguuuauga aaaacucaaa cccguccuug auuggcuuga 2160
agagaaguuu aaggaaggug uagaguuucu uagagacggu ugggaaauug uuaaauuuau 2220
cucaaccugu gcuugugaaa uugucggugg acaaauuguc accugugcaa aggaaauuaa 2280
ggagaguguu cagacauucu uuaagcuugu aaauaaauuu uuggcuuugu gugcugacuc 2340
uaucauuauu gguggagcua aacuuaaagc cuugaauuua ggugaaacau uugucacgca 2400
cucaaaggga uuguacagaa aguguguuaa auccagagaa gaaacuggcc uacucaugcc 2460
ucuaaaagcc ccaaaagaaa uuaucuucuu agagggagaa acacuuccca cagaaguguu 2520
aacagaggaa guugucuuga aaacugguga uuuacaacca uuagaacaac cuacuaguga 2580
agcuguugaa gcuccauugg uugguacacc aguuuguauu aacgggcuua uguugcucga 2640
aaucaaagac acagaaaagu acugugcccu ugcaccuaau augaugguaa caaacaauac 2700
cuucacacuc aaaggcggug caccaacaaa gguuacuuuu ggugaugaca cugugauaga 2760
agugcaaggu uacaagagug ugaauaucac uuuugaacuu gaugaaagga uugauaaagu 2820
acuuaaugag aagugcucug ccuauacagu ugaacucggu acagaaguaa augaguucgc 2880
cuguguugug gcagaugcug ucauaaaaac uuugcaacca guaucugaau uacuuacacc 2940
acugggcauu gauuuagaug aguggaguau ggcuacauac uacuuauuug augagucugg 3000
ugaguuuaaa uuggcuucac auauguauug uucuuucuac ccuccagaug aggaugaaga 3060
agaaggugau ugugaagaag aagaguuuga gccaucaacu caauaugagu augguacuga 3120
agaugauuac caagguaaac cuuuggaauu uggugccacu ucugcugcuc uucaaccuga 3180
agaagagcaa gaagaagauu gguuagauga ugauagucaa caaacuguug gucaacaaga 3240
cggcagugag gacaaucaga caacuacuau ucaaacaauu guugagguuc aaccucaauu 3300
agagauggaa cuuacaccag uuguucagac uauugaagug aauaguuuua gugguuauuu 3360
aaaacuuacu gacaauguau acauuaaaaa ugcagacauu guggaagaag cuaaaaaggu 3420
aaaaccaaca gugguuguua augcagccaa uguuuaccuu aaacauggag gagguguugc 3480
aggagccuua aauaaggcua cuaacaaugc caugcaaguu gaaucugaug auuacauagc 3540
uacuaaugga ccacuuaaag ugggugguag uuguguuuua agcggacaca aucuugcuaa 3600
acacugucuu cauguugucg gcccaaaugu uaacaaaggu gaagacauuc aacuucuuaa 3660
gagugcuuau gaaaauuuua aucagcacga aguucuacuu gcaccauuau uaucagcugg 3720
uauuuuuggu gcugacccua uacauucuuu aagaguuugu guagauacug uucgcacaaa 3780
ugucuacuua gcugucuuug auaaaaaucu cuaugacaaa cuuguuucaa gcuuuuugga 3840
aaugaagagu gaaaagcaag uugaacaaaa gaucgcugag auuccuaaag aggaaguuaa 3900
gccauuuaua acugaaagua aaccuucagu ugaacagaga aaacaagaug auaagaaaau 3960
caaagcuugu guugaagaag uuacaacaac ucuggaagaa acuaaguucc ucacagaaaa 4020
cuuguuacuu uauauugaca uuaauggcaa ucuucaucca gauucugcca cucuuguuag 4080
ugacauugac aucacuuucu uaaagaaaga ugcuccauau auagugggug auguuguuca 4140
agaggguguu uuaacugcug ugguuauacc uacuaaaaag gcugguggca cuacugaaau 4200
gcuagcgaaa gcuuugagaa aagugccaac agacaauuau auaaccacuu acccggguca 4260
ggguuuaaau gguuacacug uagaggaggc aaagacagug cuuaaaaagu guaaaagugc 4320
cuuuuacauu cuaccaucua uuaucucuaa ugagaagcaa gaaauucuug gaacuguuuc 4380
uuggaauuug cgagaaaugc uugcacaugc agaagaaaca cgcaaauuaa ugccugucug 4440
uguggaaacu aaagccauag uuucaacuau acagcguaaa uauaagggua uuaaaauaca 4500
agagggugug guugauuaug gugcuagauu uuacuuuuac accaguaaaa caacuguagc 4560
gucacuuauc aacacacuua acgaucuaaa ugaaacucuu guuacaaugc cacuuggcua 4620
uguaacacau ggcuuaaauu uggaagaagc ugcucgguau augagaucuc ucaaagugcc 4680
agcuacaguu ucuguuucuu caccugaugc uguuacagcg uauaaugguu aucuuacuuc 4740
uucuucuaaa acaccugaag aacauuuuau ugaaaccauc ucacuugcug guuccuauaa 4800
agauuggucc uauucuggac aaucuacaca acuagguaua gaauuucuua agagagguga 4860
uaaaagugua uauuacacua guaauccuac cacauuccac cuagauggug aaguuaucac 4920
cuuugacaau cuuaagacac uucuuucuuu gagagaagug aggacuauua agguguuuac 4980
aacaguagac aacauuaacc uccacacgca aguuguggac augucaauga cauauggaca 5040
acaguuuggu ccaacuuauu uggauggagc ugauguuacu aaaauaaaac cucauaauuc 5100
acaugaaggu aaaacauuuu auguuuuacc uaaugaugac acucuacgug uugaggcuuu 5160
ugaguacuac cacacaacug auccuaguuu ucuggguagg uacaugucag cauuaaauca 5220
cacuaaaaag uggaaauacc cacaaguuaa ugguuuaacu ucuauuaaau gggcagauaa 5280
caacuguuau cuugccacug cauuguuaac acuccaacaa auagaguuga aguuuaaucc 5340
accugcucua caagaugcuu auuacagagc aagggcuggu gaagcugcua acuuuugugc 5400
acuuaucuua gccuacugua auaagacagu aggugaguua ggugauguua gagaaacaau 5460
gaguuacuug uuucaacaug ccaauuuaga uucuugcaaa agagucuuga acguggugug 5520
uaaaacuugu ggacaacagc agacaacccu uaagggugua gaagcuguua uguacauggg 5580
cacacuuucu uaugaacaau uuaagaaagg uguucagaua ccuuguacgu gugguaaaca 5640
agcuacaaaa uaucuaguac aacaggaguc accuuuuguu augaugucag caccaccugc 5700
ucaguaugaa cuuaagcaug guacauuuac uugugcuagu gaguacacug guaauuacca 5760
guguggucac uauaaacaua uaacuucuaa agaaacuuug uauugcauag acggugcuuu 5820
acuuacaaag uccucagaau acaaaggucc uauuacggau guuuucuaca aagaaaacag 5880
uuacacaaca accauaaaac caguuacuua uaaauuggau gguguuguuu guacagaaau 5940
ugacccuaag uuggacaauu auuauaagaa agacaauucu uauuucacag agcaaccaau 6000
ugaucuugua ccaaaccaac cauauccaaa cgcaagcuuc gauaauuuua aguuuguaug 6060
ugauaauauc aaauuugcug augauuuaaa ccaguuaacu gguuauaaga aaccugcuuc 6120
aagagagcuu aaaguuacau uuuucccuga cuuaaauggu gauguggugg cuauugauua 6180
uaaacacuac acacccucuu uuaagaaagg agcuaaauug uuacauaaac cuauuguuug 6240
gcauguuaac aaugcaacua auaaagccac guauaaacca aauaccuggu guauacguug 6300
ucuuuggagc acaaaaccag uugaaacauc aaauucguuu gauguacuga agucagagga 6360
cgcgcaggga auggauaauc uugccugcga agaucuaaaa ccagucucug aagaaguagu 6420
ggaaaauccu accauacaga aagacguucu ugaguguaau gugaaaacua ccgaaguugu 6480
aggagacauu auacuuaaac cagcaaauaa uaguuuaaaa auuacagaag agguuggcca 6540
cacagaucua auggcugcuu auguagacaa uucuagucuu acuauuaaga aaccuaauga 6600
auuaucuaga guauuagguu ugaaaacccu ugcuacucau gguuuagcug cuguuaauag 6660
ugucccuugg gauacuauag cuaauuaugc uaagccuuuu cuuaacaaag uuguuaguac 6720
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cuuuacuuua uugcuacaau uguguacuuu uacuagaagu acaaauucua gaauuaaagc 6840
aucuaugccg acuacuauag caaagaauac uguuaagagu gucgguaaau uuugucuaga 6900
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guuaauuaaa guuacacuug uguuccuuuu uguugcugcu auuuucuauu uaauaacacc 8640
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caagaauuua aacccaggag ucaaauggaa auugauuucu uagaauuagc uauggaugaa 20280
uucauugaac gguauaaauu agaaggcuau gccuucgaac auaucguuua uggagauuuu 20340
agucauaguc aguuaggugg uuuacaucua cugauuggac uagcuaaacg uuuuaaggaa 20400
ucaccuuuug aauuagaaga uuuuauuccu auggacagua caguuaaaaa cuauuucaua 20460
acagaugcgc aaacagguuc aucuaagugu guguguucug uuauugauuu auuacuugau 20520
gauuuuguug aaauaauaaa aucccaagau uuaucuguag uuucuaaggu ugucaaagug 20580
acuauugacu auacagaaau uucauuuaug cuuuggugua aagauggcca uguagaaaca 20640
uuuuacccaa aauuacaauc uagucaagcg uggcaaccgg guguugcuau gccuaaucuu 20700
uacaaaaugc aaagaaugcu auuagaaaag ugugaccuuc aaaauuaugg ugauagugca 20760
acauuaccua aaggcauaau gaugaauguc gcaaaauaua cucaacugug ucaauauuua 20820
aacacauuaa cauuagcugu acccuauaau augagaguua uacauuuugg ugcugguucu 20880
gauaaaggag uugcaccagg uacagcuguu uuaagacagu gguugccuac ggguacgcug 20940
cuugucgauu cagaucuuaa ugacuuuguc ucugaugcag auucaacuuu gauuggugau 21000
ugugcaacug uacauacagc uaauaaaugg gaucucauua uuagugauau guacgacccu 21060
aagacuaaaa auguuacaaa agaaaaugac ucuaaagagg guuuuuucac uuacauuugu 21120
ggguuuauac aacaaaagcu agcucuugga gguuccgugg cuauaaagau aacagaacau 21180
ucuuggaaug cugaucuuua uaagcucaug ggacacuucg caugguggac agccuuuguu 21240
acuaauguga augcgucauc aucugaagca uuuuuaauug gauguaauua ucuuggcaaa 21300
ccacgcgaac aaauagaugg uuaugucaug caugcaaauu acauauuuug gaggaauaca 21360
aauccaauuc aguugucuuc cuauucuuua uuugacauga guaaauuucc ccuuaaauua 21420
agggguacug cuguuauguc uuuaaaagaa ggucaaauca augauaugau uuuaucucuu 21480
cuuaguaaag guagacuuau aauuagagaa aacaacagag uuguuauuuc uagugauguu 21540
cuuguuaaca acuaaacgaa caauguuugu uuuucuuguu uuauugccac uagucucuag 21600
ucaguguguu aaucuuacaa ccagaacuca auuacccccu gcauacacua auucuuucac 21660
acgugguguu uauuacccug acaaaguuuu cagauccuca guuuuacauu caacucagga 21720
cuuguucuua ccuuucuuuu ccaauguuac uugguuccau gcuauacaug ucucugggac 21780
caaugguacu aagagguuug auaacccugu ccuaccauuu aaugauggug uuuauuuugc 21840
uuccacugag aagucuaaca uaauaagagg cuggauuuuu gguacuacuu uagauucgaa 21900
gacccagucc cuacuuauug uuaauaacgc uacuaauguu guuauuaaag ucugugaauu 21960
ucaauuuugu aaugauccau uuuugggugu uuauuaccac aaaaacaaca aaaguuggau 22020
ggaaagugag uucagaguuu auucuagugc gaauaauugc acuuuugaau augucucuca 22080
gccuuuucuu auggaccuug aaggaaaaca ggguaauuuc aaaaaucuua gggaauuugu 22140
guuuaagaau auugaugguu auuuuaaaau auauucuaag cacacgccua uuaauuuagu 22200
gcgugaucuc ccucaggguu uuucggcuuu agaaccauug guagauuugc caauagguau 22260
uaacaucacu agguuucaaa cuuuacuugc uuuacauaga aguuauuuga cuccugguga 22320
uucuucuuca gguuggacag cuggugcugc agcuuauuau guggguuauc uucaaccuag 22380
gacuuuucua uuaaaauaua augaaaaugg aaccauuaca gaugcuguag acugugcacu 22440
ugacccucuc ucagaaacaa aguguacguu gaaauccuuc acuguagaaa aaggaaucua 22500
ucaaacuucu aacuuuagag uccaaccaac agaaucuauu guuagauuuc cuaauauuac 22560
aaacuugugc ccuuuuggug aaguuuuuaa cgccaccaga uuugcaucug uuuaugcuug 22620
gaacaggaag agaaucagca acuguguugc ugauuauucu guccuauaua auuccgcauc 22680
auuuuccacu uuuaaguguu auggaguguc uccuacuaaa uuaaaugauc ucugcuuuac 22740
uaaugucuau gcagauucau uuguaauuag aggugaugaa gucagacaaa ucgcuccagg 22800
gcaaacugga aagauugcug auuauaauua uaaauuacca gaugauuuua caggcugcgu 22860
uauagcuugg aauucuaaca aucuugauuc uaagguuggu gguaauuaua auuaccugua 22920
uagauuguuu aggaagucua aucucaaacc uuuugagaga gauauuucaa cugaaaucua 22980
ucaggccggu agcacaccuu guaauggugu ugaagguuuu aauuguuacu uuccuuuaca 23040
aucauauggu uuccaaccca cuaauggugu ugguuaccaa ccauacagag uaguaguacu 23100
uucuuuugaa cuucuacaug caccagcaac uguuugugga ccuaaaaagu cuacuaauuu 23160
gguuaaaaac aaauguguca auuucaacuu caaugguuua acaggcacag guguucuuac 23220
ugagucuaac aaaaaguuuc ugccuuucca acaauuuggc agagacauug cugacacuac 23280
ugaugcuguc cgugauccac agacacuuga gauucuugac auuacaccau guucuuuugg 23340
uggugucagu guuauaacac caggaacaaa uacuucuaac cagguugcug uucuuuauca 23400
ggauguuaac ugcacagaag ucccuguugc uauucaugca gaucaacuua cuccuacuug 23460
gcguguuuau ucuacagguu cuaauguuuu ucaaacacgu gcaggcuguu uaauaggggc 23520
ugaacauguc aacaacucau augaguguga cauacccauu ggugcaggua uaugcgcuag 23580
uuaucagacu cagacuaauu cuccucggcg ggcacguagu guagcuaguc aauccaucau 23640
ugccuacacu augucacuug gugcagaaaa uucaguugcu uacucuaaua acucuauugc 23700
cauacccaca aauuuuacua uuaguguuac cacagaaauu cuaccagugu cuaugaccaa 23760
gacaucagua gauuguacaa uguacauuug uggugauuca acugaaugca gcaaucuuuu 23820
guugcaauau ggcaguuuuu guacacaauu aaaccgugcu uuaacuggaa uagcuguuga 23880
acaagacaaa aacacccaag aaguuuuugc acaagucaaa caaauuuaca aaacaccacc 23940
aauuaaagau uuuggugguu uuaauuuuuc acaaauauua ccagauccau caaaaccaag 24000
caagagguca uuuauugaag aucuacuuuu caacaaagug acacuugcag augcuggcuu 24060
caucaaacaa uauggugauu gccuugguga uauugcugcu agagaccuca uuugugcaca 24120
aaaguuuaac ggccuuacug uuuugccacc uuugcucaca gaugaaauga uugcucaaua 24180
cacuucugca cuguuagcgg guacaaucac uucugguugg accuuuggug caggugcugc 24240
auuacaaaua ccauuugcua ugcaaauggc uuauagguuu aaugguauug gaguuacaca 24300
gaauguucuc uaugagaacc aaaaauugau ugccaaccaa uuuaauagug cuauuggcaa 24360
aauucaagac ucacuuucuu ccacagcaag ugcacuugga aaacuucaag auguggucaa 24420
ccaaaaugca caagcuuuaa acacgcuugu uaaacaacuu agcuccaauu uuggugcaau 24480
uucaaguguu uuaaaugaua uccuuucacg ucuugacaaa guugaggcug aagugcaaau 24540
ugauagguug aucacaggca gacuucaaag uuugcagaca uaugugacuc aacaauuaau 24600
uagagcugca gaaaucagag cuucugcuaa ucuugcugcu acuaaaaugu cagagugugu 24660
acuuggacaa ucaaaaagag uugauuuuug uggaaagggc uaucaucuua uguccuuccc 24720
ucagucagca ccucauggug uagucuucuu gcaugugacu uaugucccug cacaagaaaa 24780
gaacuucaca acugcuccug ccauuuguca ugauggaaaa gcacacuuuc cucgugaagg 24840
ugucuuuguu ucaaauggca cacacugguu uguaacacaa aggaauuuuu augaaccaca 24900
aaucauuacu acagacaaca cauuuguguc ugguaacugu gauguuguaa uaggaauugu 24960
caacaacaca guuuaugauc cuuugcaacc ugaauuagac ucauucaagg aggaguuaga 25020
uaaauauuuu aagaaucaua caucaccaga uguugauuua ggugacaucu cuggcauuaa 25080
ugcuucaguu guaaacauuc aaaaagaaau ugaccgccuc aaugagguug ccaagaauuu 25140
aaaugaaucu cucaucgauc uccaagaacu uggaaaguau gagcaguaua uaaaauggcc 25200
augguacauu uggcuagguu uuauagcugg cuugauugcc auaguaaugg ugacaauuau 25260
gcuuugcugu augaccaguu gcuguaguug ucucaagggc uguuguucuu guggauccug 25320
cugcaaauuu gaugaagacg acucugagcc agugcucaaa ggagucaaau uacauuacac 25380
auaaacgaac uuauggauuu guuuaugaga aucuucacaa uuggaacugu aacuuugaag 25440
caaggugaaa ucaaggaugc uacuccuuca gauuuuguuc gcgcuacugc aacgauaccg 25500
auacaagccu cacucccuuu cggauggcuu auuguuggcg uugcacuucu ugcuguuuuu 25560
cagagcgcuu ccaaaaucau aacccucaaa aagagauggc aacuagcacu cuccaagggu 25620
guucacuuug uuugcaacuu gcuguuguug uuuguaacag uuuacucaca ccuuuugcuc 25680
guugcugcug gccuugaagc cccuuuucuc uaucuuuaug cuuuagucua cuucuugcag 25740
aguauaaacu uuguaagaau aauaaugagg cuuuggcuuu gcuggaaaug ccguuccaaa 25800
aacccauuac uuuaugaugc caacuauuuu cuuugcuggc auacuaauug uuacgacuau 25860
uguauaccuu acaauagugu aacuucuuca auugucauua cuucagguga uggcacaaca 25920
aguccuauuu cugaacauga cuaccagauu ggugguuaua cugaaaaaug ggaaucugga 25980
guaaaagacu guguuguauu acacaguuac uucacuucag acuauuacca gcuguacuca 26040
acucaauuga guacagacac ugguguugaa cauguuaccu ucuucaucua caauaaaauu 26100
guugaugagc cugaagaaca uguccaaauu cacacaaucg acgguucauc cggaguuguu 26160
aauccaguaa uggaaccaau uuaugaugaa ccgacgacga cuacuagcgu gccuuuguaa 26220
gcacaagcug augaguacga acuuauguac ucauucguuu cggaagagac agguacguua 26280
auaguuaaua gcguacuucu uuuucuugcu uucgugguau ucuugcuagu uacacuagcc 26340
auccuuacug cgcuucgauu gugugcguac ugcugcaaua uuguuaacgu gagucuugua 26400
aaaccuucuu uuuacguuua cucucguguu aaaaaucuga auucuucuag aguuccugau 26460
cuucuggucu aaacgaacua aauauuauau uaguuuuucu guuuggaacu uuaauuuuag 26520
ccauggcaga uuccaacggu acuauuaccg uugaagagcu uaaaaagcuc cuugaacaau 26580
ggaaccuagu aauagguuuc cuauuccuua cauggauuug ucuucuacaa uuugccuaug 26640
ccaacaggaa uagguuuuug uauauaauua aguuaauuuu ccucuggcug uuauggccag 26700
uaacuuuagc uuguuuugug cuugcugcug uuuacagaau aaauuggauc accgguggaa 26760
uugcuaucgc aauggcuugu cuuguaggcu ugauguggcu cagcuacuuc auugcuucuu 26820
ucagacuguu ugcgcguacg cguuccaugu ggucauucaa uccagaaacu aacauucuuc 26880
ucaacgugcc acuccauggc acuauucuga ccagaccgcu ucuagaaagu gaacucguaa 26940
ucggagcugu gauccuucgu ggacaucuuc guauugcugg acaccaucua ggacgcugug 27000
acaucaagga ccugccuaaa gaaaucacug uugcuacauc acgaacgcuu ucuuauuaca 27060
aauugggagc uucgcagcgu guagcaggug acucagguuu ugcugcauac agucgcuaca 27120
ggauuggcaa cuauaaauua aacacagacc auuccaguag cagugacaau auugcuuugc 27180
uuguacagua agugacaaca gauguuucau cucguugacu uucagguuac uauagcagag 27240
auauuacuaa uuauuaugag gacuuuuaaa guuuccauuu ggaaucuuga uuacaucaua 27300
aaccucauaa uuaaaaauuu aucuaaguca cuaacugaga auaaauauuc ucaauuagau 27360
gaagagcaac caauggagau ugauuaaacg aacaugaaaa uuauucuuuu cuuggcacug 27420
auaacacucg cuacuuguga gcuuuaucac uaccaagagu guguuagagg uacaacagua 27480
cuuuuaaaag aaccuugcuc uucuggaaca uacgagggca auucaccauu ucauccucua 27540
gcugauaaca aauuugcacu gacuugcuuu agcacucaau uugcuuuugc uuguccugac 27600
ggcguaaaac acgucuauca guuacgugcc agaucaguuu caccuaaacu guucaucaga 27660
caagaggaag uucaagaacu uuacucucca auuuuucuua uuguugcggc aauaguguuu 27720
auaacacuuu gcuucacacu caaaagaaag acagaaugau ugaacuuuca uuaauugacu 27780
ucuauuugug cuuuuuagcc uuucugcuau uccuuguuuu aauuaugcuu auuaucuuuu 27840
gguucucacu ugaacugcaa gaucauaaug aaacuuguca cgccuaaacg aacaugaaau 27900
uucuuguuuu cuuaggaauc aucacaacug uagcugcauu ucaccaagaa uguaguuuac 27960
agucauguac ucaacaucaa ccauauguag uugaugaccc guguccuauu cacuucuauu 28020
cuaaauggua uauuagagua ggagcuagaa aaucagcacc uuuaauugaa uugugcgugg 28080
augaggcugg uucuaaauca cccauucagu acaucgauau cgguaauuau acaguuuccu 28140
guuuaccuuu uacaauuaau ugccaggaac cuaaauuggg uagucuugua gugcguuguu 28200
cguucuauga agacuuuuua gaguaucaug acguucgugu uguuuuagau uucaucuaaa 28260
cgaacaaacu aaaaugucug auaauggacc ccaaaaucag cgaaaugcac cccgcauuac 28320
guuuggugga cccucagauu caacuggcag uaaccagaau ggagaacgca guggggcgcg 28380
aucaaaacaa cgucggcccc aagguuuacc caauaauacu gcgucuuggu ucaccgcucu 28440
cacucaacau ggcaaggaag accuuaaauu cccucgagga caaggcguuc caauuaacac 28500
caauagcagu ccagaugacc aaauuggcua cuaccgaaga gcuaccagac gaauucgugg 28560
uggugacggu aaaaugaaag aucucagucc aagaugguau uucuacuacc uaggaacugg 28620
gccagaagcu ggacuucccu auggugcuaa caaagacggc aucauauggg uugcaacuga 28680
gggagccuug aauacaccaa aagaucacau uggcacccgc aauccugcua acaaugcugc 28740
aaucgugcua caacuuccuc aaggaacaac auugccaaaa ggcuucuacg cagaagggag 28800
cagaggcggc agucaagccu cuucucguuc cucaucacgu agucgcaaca guucaagaaa 28860
uucaacucca ggcagcagua ggggaacuuc uccugcuaga auggcuggca auggcgguga 28920
ugcugcucuu gcuuugcugc ugcuugacag auugaaccag cuugagagca aaaugucugg 28980
uaaaggccaa caacaacaag gccaaacugu cacuaagaaa ucugcugcug aggcuucuaa 29040
gaagccucgg caaaaacgua cugccacuaa agcauacaau guaacacaag cuuucggcag 29100
acguggucca gaacaaaccc aaggaaauuu uggggaccag gaacuaauca gacaaggaac 29160
ugauuacaaa cauuggccgc aaauugcaca auuugccccc agcgcuucag cguucuucgg 29220
aaugucgcgc auuggcaugg aagucacacc uucgggaacg ugguugaccu acacaggugc 29280
caucaaauug gaugacaaag auccaaauuu caaagaucaa gucauuuugc ugaauaagca 29340
uauugacgca uacaaaacau ucccaccaac agagccuaaa aaggacaaaa agaagaaggc 29400
ugaugaaacu caagccuuac cgcagagaca gaagaaacag caaacuguga cucuucuucc 29460
ugcugcagau uuggaugauu ucuccaaaca auugcaacaa uccaugagca gugcugacuc 29520
aacucaggcc uaaacucaug cagaccacac aaggcagaug ggcuauauaa acguuuucgc 29580
uuuuccguuu acgauauaua gucuacucuu gugcagaaug aauucucgua acuacauagc 29640
acaaguagau guaguuaacu uuaaucucac auagcaaucu uuaaucagug uguaacauua 29700
gggaggacuu gaaagagcca ccacauuuuc accgaggcca cgcggaguac gaucgagugu 29760
acagugaaca augcuaggga gagcugccua uauggaagag cccuaaugug uaaaauuaau 29820
uuuaguagug cuauccccau gugauuuuaa uagcuucuua ggagaaugac aaaaaaaaaa 29880
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 29903
配列番号３５
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＲＳＥ Ｃｉｒｃ ｃｈｉｋｖＲＳＥ
<400> 35
agcaaauaau cuauagauca aagggcuacg caa 33
配列番号３６
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＡＲＮ １；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 36
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uacuugugcu guguaguuau gagaguuugu uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu uuauuugugu uguguaguua cgggaguucg uuuuguccca 240
cauagaguug cuugugcuau gugguuacgg ggauuuauuu ugccagggcc aaac 294
配列番号３７
<211> 29
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＳＬ ＩＩＩ ３’ ＵＴＲ ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿１／２
<400> 37
uuuugaggag aaagucaggc cgggaaguu 29
配列番号３８
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＡＲＮ ２；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 38
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uacuugugcu guguaguuau gagaguuugu uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu uuguuugugu uguguaguua cggggguucg uuuuguccca 240
cauagaguua cuugugcuau guaguuauga ggauucauuu ugccagggcc aaac 294
配列番号３９
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> Circ Chikv_re
<400> 39
gcgccgauua uggcuaaaag agucaacguu uuguaguagc ugcggguugc ccucauuacg 60
guuaagaggg uuaauguuuu auagcagcug cccgcgagca ggauuauggu uggaaagguu 120
aacguuuugc agcagcguuc guaacacuuc auuauggcua aggaagccaa cguuuugugg 180
uagccuaggu ucgaaccgau uauggcuaga ggggucagcg uuuuauggua gccaucaaaa 240
ccuuucauua cggcugagag agccaauguu uuacaguagc uccaacgacg uacu 294
配列番号４０
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 40
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uguuugugcu auguaguuac gaggguucau uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu cugcuugugc uguguaguua ugagaguuug uuuuguccca 240
cauagaguua uuuguguugu guaguugugg gaguuuguuu ugccagggcc aaac 294
配列番号４１
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 41
ugcaguuaga uauuguuugu gcuauguggu uguggggauu cauucugaug ucguauuguu 60
ugcuuguguu gugugguuac gggaauuugu uuugaacucu uaguuguugu uugugcugug 120
uaguuguggg gguuuguucu gauguucuga ucuuuguuug uguuauguag uuacgaggau 180
uuauucuggu gcaacaaguu cuauuugugu uaugugguug cggggguucg uuuugcccgg 240
ccuucgcuua cuuguguugu guaguuguga ggauucguuu uggaugcauc gaac 294
配列番号４２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ５；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 42
ugcaguuaga uacuauuugu gcuauguagu ugcggggguu uguuuugugg cuuucuuacc 60
uguuuguguu augugguugu gaggauuugu uuuggccgac ucguuccugc uugugcugug 120
uaguuguggg aguucauuuu guucagaguu agccuacuug uguuauguag uuaugagagu 180
ucguuuugga gagacgcaca cuguuugugu ugugugguua uggggauucg uuuugugggu 240
ccggcuccug uuugugcugu gugguuauga gaauuuguuc ugaagauuua uucc 294
配列番号４３
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 43
ugcaguuaga uaagaucugc aggggguuga ggguugguug auccaggcug cuagaucuau 60
aagggguugg gaguugguuc uuuagcuauc ccagauuugu gagggguugg ggguugguua 120
ggcuuacagu uaagaucuau gggagguugg agguugguua ccgccgaguu auagauuuau 180
aggggaucgg aaguugguua aagcuagggc gaagaucugc gggggguugg aaguugguua 240
uacaacgaau uaagauuuau ggggggucgg ggguugguuu aguaguugga ug 292
配列番号４４
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 44
ugcaguuaga uaggaucuau aagggguugg aaguugguua uguggucgcg cgaggucugu 60
aagagauuga aaguugguug ucacugacgu aaagauuuac gagagaucga ggguugguug 120
aaugucgguc ugggguuugu gggggguugg agguugguua uugguauaac ggaggucuau 180
gagagguuga ggguugguuc gcgauagaca ccgggucugc aggaggucgg aaguugguua 240
guugaacaga cuggguuuau ggggggucga gaguugguua uuuguuccga gg 292
配列番号４５
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 45
ugcaguuaga uaagguuugc gagggauugg aaguugguug aaauguggaa ggggauuugc 60
gagagguuga aaguugguuu uuauuaaagg uaggaucuac aagggauuga agguugguua 120
cccaguagcu caggguuuac aggaggucgg agguugguuu uucuggauag aaaggucuau 180
aagagguuga ggguugguuu ggagauugua acggauuuau gagagaucga gaguugguua 240
aaaacaagga acggauuuac aagggguugg ggguugguua uacuuagcgg ug 292
配列番号４６
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 46
ugcaguuaga uauggugcug ugucgucguc uauucuaagu uugggagauc cugcuggugg 60
uauuauguua cugucuguuc uaaauuugag gauaccuuua gcuggugucg uguuauuguc 120
uguuuuggac uuaggcucgg aaacgauugg uacuguguca cugucuguuu uaggcuugaa 180
gcugcuuccu cuugguguua ugucaucguc uauuuugaac uuggguccca cauagagugg 240
uaccaugucg uugucuguuc uggauuuaaa ccagggccaa ac 282
配列番号４７
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 47
ugcaguuaga uaugguacug ugucacuguc uguucugaac uugagcguuc acgucucugg 60
ugcuauguug ucgucuauuc uaaacuuaag aacuagguau aguggugucg uguuaucguc 120
uauuuugggc uugggggcuc cccuuggugg uaccauguca ccgucuauuc ugaauuuaaa 180
ucucccauag ugugguaucg uguugccguc uauuuuagac uuggaccacc gucuguuugg 240
uacuauguug cugucuguuu ugaacuugag aucagauuaa gg 282
配列番号４８
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 48
ugcaguuaga uaugguaccg ugucgucguc uauuuuggau uuaaaagauc cugcuggugg 60
uauuaugucg uuguuuguuc ugaguuuaaa gauaccuuua gcugguacca uguuaccguc 120
uguucuaagu uuaaacucgg aaacgauugg uauuguguug ucguuuguuc uagauuuaaa 180
gcugcuuccu cuugguaucg ugucgccguc uauucugagc uuaaauccca cauagagugg 240
uacuauguug uugucuauuu ugaguuuaaa ccagggccaa ac 282
配列番号４９
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 49
ugcaguuaga uaugguaccg ugucgccguu uguucugagc uuaaaguucu ugcgcucugg 60
uaucauguug cuguuuauuc uaggcuuaaa ucggccgucu ggugguauug ugucguuguc 120
uguucugagu uuaaaucucu uucccggugg uacuguguug ucgucuauuc uggguuuaaa 180
acucgacccc ggugguacca ugucaccguc uguuuuagac uuaaaguuac aagucgcugg 240
uauuauguug cugucuauuc uagauuuaaa auucccccag cc 282
配列番号５０
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 50
ugcaguuaga uauagaggcc uugguggcag guuucuuggu gaagugagua uaguagaggu 60
cuuaguagca gguuuuuuag ugauguaacc uauguagaag ccucagcagc agauuucuug 120
gugggggguc aaggguaggg gucuuggugg uagauuuuuu gguggcacuu gaggaguagg 180
aguuucggcg guggauuucu uagugggcua ggaaauuugg gagcuuuggu gguagguuuu 240
uuggugaggu gggaggguug ggggcuucgg uagcggauuu uuuaguggaa cugaaagcg 299
配列番号５１
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 51
ugcaguuaga uauaggaguu ucggcggcgg guuuuuuggu gaaaguugaa uuuagaaguu 60
ucgguggcgg guuucuuagu gagaaauuca gauagaaguu uuggcagugg auuucuuggu 120
gaggaauggg uuuggaagcc uugguagugg auuuuuuagu ggccacccuu gguagaagcu 180
uuggugguag auuuuuuggu ggguaacuua auugggaguu uugguggcag guuuuuuagu 240
gauaggagac cguagggguu ucagcaguag auuucuuagu gggagacaga cu 292
配列番号５２
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 52
ugcaguuaga uauaggaguc ucggcagcgg auuuuuuagu ggacaugacu uuuagaggcc 60
uugguagcgg auuucuuagu ggucuacagc gaugggaguu uuggcggugg guuuuuuggu 120
gaccucuaau guuggaggcu ucagcagcag guuuuuuagu gauaagagua gguaggggcc 180
uuaguagcag auuucuuggu gggauucgaa uuuagagguu uuaguaguag guuucuuagu 240
gaagggcuuu auuggggguu uuagcggcag auuuuuuggu ggauucgauc ug 292
配列番号５３
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 53
ugcaguuaga uauggaaguu uuggcagugg guuucuuagu ggugggacuu gauagaaguc 60
uuagugguag guuucuuggu ggggcggagu guuggaggcu uugguagcgg guuuuuuagu 120
ggggcuaucu cgugggaguc uugguaguag auuucuuggu gaaggaugcg gguggaaguc 180
uuagcggcgg auuuuuuggu ggccaguuag uauggggguu uugguagcag guuuuuuggu 240
gauaguagac ucuggaggcu ucgguagcag auuuuuuagu gaguuauaaa gg 292
配列番号５４
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 54
ugcaguuaga uaaaaccgua agcagccugu agaagguaga cgaguccaga cguacaaacc 60
guaggcagcu ugcagaagau agacgaagaa cgaguacuaa accgugggca guuugcgggg 120
gauagacgaa gcuuggagac uaaaccguaa guagucugug ggggauggac gaauuucugg 180
caauaaaccg uagguaguuu gcagagggua gacgagcucg uagcuagaaa ccgugaguag 240
ccuguagagg auggacgacu gagaccucaa 270
配列番号５５
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 55
ugcaguuaga uaaaaccgua ggcagccugu aggagguaga cgaguuuucu cacggaaacc 60
guggguagcu uguaggagau agacgaguug aggaccagaa accguaagug guuugcagga 120
gauggacgag uuugggcagu uaaaccguga gcagucugca ggggguagac gaauguucgg 180
agcaaaaccg ugaguaguuu guagaaggug gacgagagga gaguaggaaa ccguaagcag 240
ucuguagggg auggacgauu uauaaucagu 270
配列番号５６
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 56
ugcaguuaga uaaagccgug agcggcuugu ggaagauaga ugaaaggauu ggaaaagacc 60
guaagcagcu uguagaagau gggugacaag uaauggaaaa auuguaagug gucugcggaa 120
ggugggugga uaaggaacuu gagaucguag guaguuugua gaggguaggu gggacuaugg 180
ggaugaacug ugggcggucu gcaggaggug gacgagagag guacauaaga ccguaaguag 240
uuuguggggg augggcgaug uauugcacac 270
配列番号５７
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 57
ugcaguuaga uaaagccgug agcggcuugu ggaagauaga ugaaaggauu ggaaaagacc 60
guaagcagcu uguagaagau gggugacaag uaauggaaaa auuguaagug gucugcggaa 120
ggugggugga uaaggaacuu gagaucguag guaguuugua gaggguaggu gggacuaugg 180
ggaugaacug ugggcggucu gcaggaggug gacgagagag guacauaaag ccguaaguag 240
cuuguagggg auagauggug uauugcacac 270
配列番号５８
<211> 27
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－５’ＵＴＲ ＳＬＩＩに含まれる
<400> 58
aaccaacuuu cgaucucuug uagaucu 27
配列番号５９
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ａ
<400> 59
uuuaaguuua gaauagacgg ugacauggua cca 33
配列番号６０
<211> 30
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ｃ
<400> 60
ucacuaagaa aucugcugcu gaggcuucua 30
配列番号６１
<211> 31
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ｄ
<400> 61
ucgucuaucu ucugcaggcu gcuuacgguu u 31
配列番号６２
<211> 35
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> SARS-CoV-2 target hybridization region - comprised in
3UTR Replication Site
<400> 62
cagaaugaau ucucguaacu acauagcaca aguag 35
配列番号６３
<211> 289
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＷＮＶ及びＤＥＮＶに対する人工環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ）
<400> 63
ugcaguuaga uaugcaguua gauaauauug ggaggugugu uuuuugccuu uuuccguaga 60
uccucgcgaa acuucuuggc cugguuuucu uuucaaaaga guccuuacgu auauuggagg 120
guguguuuuu cgcuuuuuuc cgucucggaa acgauaacuu ccuggcuuga uuuuuucuuc 180
aaaagcugcg uuaucuauau ugagaggcgu guuuuucguc uuuuuccguu ccaaccugga 240
gaacuuuuug gccugauuuu cucuucaaaa ccaggccgua ccgacaguc 289
配列番号６４
<211> 307
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＨＣＶ人工環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＨＣＶ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ）
<400> 64
ugcaguuaga uacccccugg ggcucugaug aggaaccucu cugggguccc cacagcgagu 60
cuccuugggg ccccuagaau gaaguucuuu gggguuucau agcacgguuc uccugggguu 120
uucauacgau ugucucuugg ggucuugcgu guuuacccuu uugggguccu gcuaaggggg 180
cuuucugggg ccuuucgaau aagucuuuuu ggggccucgu uuuaucacuc uucugggguu 240
cccagccuuu cccuucuugg ggcuccuccg accaugcccc uugggguucu acccuguaug 300
gacaguc 307
＞配列番号６５
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGCTGTGTAGTTACGAGGATTCGTTCTGACCGTGTCTTCGCTATTTGTGCTATGTAGTTATGGGAGTTTATTCTGCTGCTCGTGGACCTACTTGTGTTATGTAGTTGTGGGAGTTCGTTCTGGGGCAGTTCGCTCTATTTGTGCTGTGTGGTTGCGGGGGTTCATTTTGATCCCGATAAGCCTACTTGTGTTGTGTAGTTATGAGGGTTTGTTTTGACCATACGACAGCTACTTGTGCTATGTGGTTGTGAGGATTCATTCTGGACAGTC
＞配列番号６６
CCCGGTTCCGCAAGATTTGTAGGAGGTCGAAAGTTGGTTTACAACGCTACTGGGGTCTACAGGAGGTTGAAGGTTGGTTGTCATAATGCAGTGGATCTACAGGGGGTCGAGAGTTGGTTGCCGCCATTCACAGGGTCTGCAGGGGGTCGGAAGTTGGTTAGCAGATGTTTGAAGGTCTACGAGAGATTGGGGGTTGGTTAGGCTCGGAAGAAAGATTTATAGGGGGTTGGAGGTTGGTTCCAGTCAGTTTACGGATCTACAAGGGGTTGGGAGTTGGTTGACAGTC
＞配列番号６７
CCCGGTTCCGCAAGATTTGTAGGAGGTCGAAAGTTGGTTTACAACGCTACTGGGGTCTACAGGAGGTTGAAGGTTGGTTGTCATAATGCAGTGGATCTACAGGGGGTCGAGAGTTGGTTGCCGCCATTCACAGGGTCTGCGAGAGGTCGGAAGTTGGTTAGCAGATGTTTGAAGGTCTACGAGAGATTGGGGGTTGGTTAGGCTCGGAAGAAAGATTTATAGGGGGTTGGAGGTTGGTTCCAGTCAGTTTACGGATCTACAAGGGGTTGGGAGTTGGTTGACAGTC
＞配列番号６８
CCCGGTTCCGCATGGTATTGTGTTACCGTCTATTTTAAGCTTAAGGCCCCCAAACTAGTTGGTGCCGTGTTGCCGTCTGTTCTAAGCTTAAGCTCGATCCCGTGTTTGGTGCTATGTCACCGTCTATTCTAGACTTAGGCCGTCACTATCATTTGGTGTTGTGTTATTGTCTATTTTGGACTTGAACATGATTACACAACTGGTATCGTGTTGTCGTCTGTTTTAGACTTAGGTCGCTTTTCTTTCCTGGTACCATGTCGCCGTCTGTTTTGGGCTTGAGGACAGTC
＞配列番号６９
CCCGGTTCCGCATGGTATTATGTTGCCGTCTATTCTGGACTTAAACATTCCGTCATAGCTGGTGTCGTGTTATCGTCTATTCTAAACTTGAGGTCACAGTCGAACCTGGTGCTATGTCGTTGTCTGTTCTGGGTTTAAGCTACTTTTTCATGATGGTACTGTGTTACTGTCTGTTCTAGACTTGGGCGAGCAGAGATCTTTGGTACTATGTCACCGTCTATTTTAAGCTTGGGATTAAAGCACCTGGTGGTACCGTGTCGCTGTCTATTTTGGGCTTAGAGACAGTC
＞配列番号７０
CCCGGTTCCGCATGGTATTATGTTATTGTTTGTTCTGGGCTTAAAGAAGTACCATTAGGTGGTATCGTGTTGTTGTTTATTCTAGATTTAAAGACCTGGGGGCATCTGGTACTGTGTTGTCGTCTATTTTAGACTTAAAGTGGGCGATCGAGTTGGTACCATGTCATCGTTTATTTTAGGCTTAAACACAGATTCGCCTCTGGTACTATGTCGCCGTTTATTTTGGGTTTAAATATGCGTGGAGCAATGGTATCATGTTACCGTCTATTTTGAACTTAAAGACAGTC
＞配列番号７１
CCCGGTTCCGCATAGGGGCCTTGGCAGTAGGTTTTTTAGTGGAGTAGCCATTTAGGGGTTTCAGTGGTAGATTTCTTAGTGGAACCATATTGTAGGAGTCTCGGTAGTGGATTTCTTGGTGAATCGCTTGGCTGGAAGCCTTAGTAGCAGGTTTTTTGGTGGCAGCTAAGCATAGAGGCCTCGGTAGTAGATTTTTTAGTGATCGTAGAGGATAGGGGCTTTGGCAGCAGATTTTTTGGTGGGAGATTGCCTTAGGAGCCTCGGCAGCAGGTTTCTTGGTGAGACAGTC
＞配列番号７２
CCCGGTTCCGCATAGGAGCCTTAGCGGTAGGTTTCTTAGTGAACTATTATTTTAGAAGCTTTAGTAGCGGATTTTTTGGTGGTTTTTATAACTGGAGGTTTCAGTGGCAGGTTTTTTAGTGGAGGAGTGAGCTGGAAGTCTCGGTAGCAGGTTTTTTGGTGATGGCATTGACTGGAAGTCTTGGCGGTAGATTTCTTGGTGAGTCTCACCGATGGAAGTTTCAGCGGCGGGTTTCTTGGTGGTGAATGAACTTAGGGGCTTCAGCGGCGGATTTCTTAGTGGGACAGTC
配列番号７３
5′-FAM-ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC-BHQ1-3′
配列番号７４
5′-GACCCCAAAATCAGCGAAAT-3′
配列番号７５
5′-TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG-3
標的１：ＩＲＥＳ１（ドメインＩＩ）
配列番号７６、
標的２：ＩＲＥＳ ２（ドメインＩＶ）
配列番号７７
標的３：ＣＤＳ １（ｃＨＰ）
配列番号７８；
標的４：ＣＤＳ２（ＳＬ４２７）
配列番号７９；
標的１：５’ＵＴＲ：
配列番号８０、
標的２：反復配列要素：
配列番号８１、
標的３：再コーディング要素：
配列番号８２、
標的１：ＳＬＩＩ：
配列番号８３、
標的１：センザンコウ（ｐａｎｇｏｌｉｎ）及びＲａｔＧ１３において完全に保存された複製部位
配列番号８４、
標的３：標的Ａ
配列番号８５、
標的４：標的Ｃ
配列番号８６
標的５：標的Ｄ
配列番号８７、
＞配列番号８８
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGTTATGTAGTTACGAGGATTCGTTTTGCTCTTTTCTCCCTTATTTGTGTTGTGTAGTTATGGGAGTTTGTTCTGGCGTGGTACGTCTTACTTGTGTTGTGTGGTTATGAGAGTTCATTCTGTATCACCACTAGCTGCTTGTGCTGTGTAGTTATGAGGATTTATTCTGGAATACCGTTCCCTGTTTGTGCTGTGTGGTTATGGGAGTTCGTTCTGTGAGGTGTTCCACTGCTTGTGCTATGTGGTTACGAGAATTTGTTTTGGACAGTC
＞配列番号８９
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGCTGTGTAGTTACGAGGATTCGTTCTGACCGTGTCTTCGCTATTTGTGCTATGTAGTTATGGGAGTTTATTCTGCAACCAGTGGACCTACTTGTGTTATGTAGTTGTGGGAGTTCGTTCTGGGGCAGTTCGCTCTATTTGTGCTGTGTGGTTGCGGGGGTTCATTTTGATCCCGATAAGCCTACTTGTGTTGTGTAGTTATGAGGGTTTGTTTTGACCATACGACAGCTACTTGTGCTATGTGGTTGTGAGGATTCATTCTGGACAGTC
<211> 9678
<212> RNA
＜２１３＞Ｃ型肝炎ウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 24..56
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５’ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 323..346
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５’ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 372..399
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 459..474
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 651..668
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 9567..9600
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３’ＵＴＲの標的領域」
<400> 1
accugccccu aauaggggcg acacuccgcc augaaucacu ccccugugag gaacuacugu 60
cuucacgcag aaagcgccua gccauggcgu uaguaugagu gucguacagc cuccaggccc 120
cccccucccg ggagagccau aguggucugc ggaaccggug aguacaccgg aauugccggg 180
aagacugggu ccuuucuugg auaaacccac ucuaugcccg gccauuuggg cgugcccccg 240
caagacugcu agccgaguag cguuggguug cgaaaggccu ugugguacug ccugauaggg 300
cgcuugcgag ugccccggga ggucucguag accgugcacc augagcacaa auccuaaacc 360
ucaaagaaaa accaaaagaa acaccaaccg ucgcccagaa gacguuaagu ucccgggcgg 420
cggccagauc guuggcggag uauacuuguu gccgcgcagg ggccccaggu ugggugugcg 480
cacgacaagg aaaacuucgg agcgguccca gccacguggg agacgccagc ccauccccaa 540
agaucggcgc uccacuggca aggccugggg aaaaccaggu cgccccuggc cccuauaugg 600
gaaugaggga cucggcuggg caggauggcu ccuguccccc cgaggcucuc gccccuccug 660
gggccccacu gacccccggc auaggucgcg caacgugggu aaagucaucg acacccuaac 720
guguggcuuu gccgaccuca ugggguacau ccccgucgua ggcgccccgc uuaguggcgc 780
cgccagagcu gucgcgcacg gcgugagagu ccuggaggac gggguuaauu augcaacagg 840
gaaccuaccc gguuuccccu uuucuaucuu cuugcuggcc cuguuguccu gcaucaccgu 900
uccggucucu gcugcccagg ugaagaauac caguagcagc uacaugguga ccaaugacug 960
cuccaaugac agcaucacuu ggcagcucga ggcugcgguu cuccacgucc ccgggugcgu 1020
cccgugcgag agagugggga auacgucacg guguugggug ccagucucgc caaacauggc 1080
ugugcggcag cccggugccc ucacgcaggg ucugcggacg cacaucgaua ugguugugau 1140
guccgccacc uucugcucug cucucuacgu gggggaccuc uguggcgggg ugaugcucgc 1200
ggcccaggug uucaucgucu cgccgcagua ccacugguuu gugcaagaau gcaauugcuc 1260
caucuacccu ggcaccauca cuggacaccg cauggcaugg gacaugauga ugaacugguc 1320
gcccacggcc accaugaucc uggcguacgu gaugcgcguc cccgagguca ucauagacau 1380
cguuagcggg gcucacuggg gcgucauguu cggcuuggcc uacuucucua ugcagggagc 1440
gugggcgaag gucauuguca uccuucugcu ggccgcuggg guggacgcgg gcaccaccac 1500
cguuggaggc gcuguugcac guuccaccaa cgugauugcc ggcguguuca gccauggccc 1560
ucagcagaac auucagcuca uuaacaccaa cggcaguugg cacaucaacc guacugccuu 1620
gaauugcaau gacuccuuga acaccggcuu ucucgcggcc uuguucuaca ccaaccgcuu 1680
uaacucguca ggguguccag ggcgccuguc cgccugccgc aacaucgagg cuuuccggau 1740
aggguggggc acccuacagu acgaggauaa ugucaccaau ccagaggaua ugaggccgua 1800
cugcuggcac uaccccccaa agccgugugg cguagucccc gcgaggucug uguguggccc 1860
aguguacugu uucaccccca gcccgguagu agugggcacg accgacagac guggagugcc 1920
caccuacaca uggggagaga augagacaga ugucuuccua cugaacagca cccgaccgcc 1980
gcagggcuca ugguucggcu gcacguggau gaacuccacu gguuucacca agacuugugg 2040
cgcgccaccu ugccgcacca gagcugacuu caacgccagc acggacuugu ugugcccuac 2100
ggauuguuuu aggaagcauc cugaugccac uuauauuaag ugugguucug ggcccuggcu 2160
cacaccaaag ugccuggucc acuacccuua cagacucugg cauuaccccu gcacagucaa 2220
uuuuaccauc uucaagauaa gaauguaugu aggggggguu gagcacaggc ucacggccgc 2280
augcaacuuc acucgugggg aucgcugcga cuuggaggac agggacagga gucagcuguc 2340
uccucuguug cacucuacca cggaaugggc cauccugccc ugcaccuacu cagacuuacc 2400
cgcuuuguca acuggucuuc uccaccuuca ccagaacauc guggacguac aauacaugua 2460
uggccucuca ccugcuauca caaaauacgu cguucgaugg gagugggugg uacucuuauu 2520
ccugcucuua gcggacgcca gagucugcgc cugcuugugg augcucaucu uguugggcca 2580
ggccgaagca gcauuggaga aguuggucgu cuugcacgcu gcgagugcgg cuaacugcca 2640
uggccuccua uauuuugcca ucuucuucgu ggcagcuugg cacaucaggg gucggguggu 2700
ccccuugacc accuauugcc ucacuggccu auggcccuuc ugccuacugc ucauggcacu 2760
gccccggcag gcuuaugccu augacgcacc ugugcacgga cagauaggcg uggguuuguu 2820
gauauugauc acccucuuca cacucacccc gggguauaag acccuccucg gccagugucu 2880
guggugguug ugcuaucucc ugacccuggg ggaagccaug auucaggagu ggguaccacc 2940
caugcaggug cgcggcggcc gcgauggcau cgcgugggcc gucacuauau ucugcccggg 3000
ugugguguuu gacauuacca aauggcuuuu ggcguugcuu gggccugcuu accucuuaag 3060
ggccgcuuug acacaugugc cguacuucgu cagagcucac gcucugauaa ggguaugcgc 3120
uuuggugaag cagcucgcgg gggguaggua uguucaggug gcgcuauugg cccuuggcag 3180
guggacuggc accuacaucu augaccaccu cacaccuaug ucggacuggg ccgcuagcgg 3240
ccugcgcgac uuagcggucg ccguggaacc caucaucuuc aguccgaugg agaagaaggu 3300
caucgucugg ggagcggaga cggcugcaug uggggacauu cuacauggac uucccguguc 3360
cgcccgacuc ggccaggaga uccuccucgg cccagcugau ggcuacaccu ccaaggggug 3420
gaagcuccuu gcucccauca cugcuuaugc ccagcaaaca cgaggccucc ugggcgccau 3480
aguggugagu augacggggc gugacaggac agaacaggcc ggggaagucc aaauccuguc 3540
cacagucucu caguccuucc ucggaacaac caucucgggg guuuugugga cuguuuacca 3600
cggagcuggc aacaagacuc uagccggcuu acgggguccg gucacgcaga uguacucgag 3660
ugcugagggg gacuugguag gcuggcccag ccccccuggg accaagucuu uggagccgug 3720
caagugugga gccgucgacc uauaucuggu cacgcggaac gcugauguca ucccggcucg 3780
gagacgcggg gacaagcggg gagcauugcu cuccccgaga cccauuucga ccuugaaggg 3840
guccucgggg gggccggugc ucugcccuag gggccacguc guugggcucu uccgagcagc 3900
ugugugcucu cggggcgugg ccaaauccau cgauuucauc cccguugaga cacucgacgu 3960
uguuacaagg ucucccacuu ucagugacaa cagcacgcca ccggcugugc cccagaccua 4020
ucaggucggg uacuugcaug cuccaacugg caguggaaag agcaccaagg ucccugucgc 4080
guaugccgcc cagggguaca aaguacuagu gcuuaacccc ucgguagcug ccacccuggg 4140
guuuggggcg uaccuaucca aggcacaugg caucaauccc aacauuagga cuggagucag 4200
gaccgugaug accggggagg ccaucacgua cuccacauau ggcaaauuuc ucgccgaugg 4260
gggcugcgcu agcggcgccu augacaucau cauaugcgau gaaugccacg cuguggaugc 4320
uaccuccauu cucggcaucg gaacgguccu ugaucaagca gagacagccg gggucagacu 4380
aacugugcug gcuacggcca caccccccgg gucagugaca accccccauc ccgauauaga 4440
agagguaggc cucgggcggg agggugagau ccccuucuau gggagggcga uuccccuauc 4500
cugcaucaag ggagggagac accugauuuu cugccacuca aagaaaaagu gugacgagcu 4560
cgcggcggcc cuucggggca ugggcuugaa ugccguggca uacuauagag gguuggacgu 4620
cuccauaaua ccagcucagg gagauguggu ggucgucgcc accgacgccc ucaugacggg 4680
guacacugga gacuuugacu ccgugaucga cugcaaugua gcggucaccc aagcugucga 4740
cuucagccug gaccccaccu ucacuauaac cacacagacu gucccacaag acgcugucuc 4800
acgcagucag cgccgcgggc gcacagguag aggaagacag ggcacuuaua gguauguuuc 4860
cacuggugaa cgagccucag gaauguuuga caguguagug cuuugugagu gcuacgacgc 4920
aggggcugcg ugguacgauc ucacaccagc ggagaccacc gucaggcuua gagcguauuu 4980
caacacgccc ggccuacccg ugugucaaga ccaucuugaa uuuugggagg caguuuucac 5040
cggccucaca cacauagacg cccacuuccu cucccaaaca aagcaagcgg gggagaacuu 5100
cgcguaccua guagccuacc aagcuacggu gugcgccaga gccaaggccc cucccccguc 5160
cugggacgcc auguggaagu gccuggcccg acucaagccu acgcuugcgg gccccacacc 5220
ucuccuguac cguuugggcc cuauuaccaa ugaggucacc cucacacacc cugggacgaa 5280
guacaucgcc acaugcaugc aagcugaccu ugaggucaug accagcacgu ggguccuagc 5340
uggaggaguc cuggcagccg ucgccgcaua uugccuggcg acuggaugcg uuuccaucau 5400
cggccgcuug cacgucaacc agcgagucgu cguugcgccg gauaaggagg uccuguauga 5460
ggcuuuugau gagauggagg aaugcgccuc uagggcggcu cucaucgaag aggggcagcg 5520
gauagccgag auguugaagu ccaagaucca aggcuugcug cagcaggccu cuaagcaggc 5580
ccaggacaua caacccgcua ugcaggcuuc auggcccaaa guggaacaau uuugggccag 5640
acacaugugg aacuucauua gcggcaucca auaccucgca ggauugucaa cacugccagg 5700
gaaccccgcg guggcuucca ugauggcauu cagugccgcc cucaccaguc cguugucgac 5760
caguaccacc auccuucuca acaucauggg aggcugguua gcgucccaga ucgcaccacc 5820
cgcgggggcc accggcuuug ucgucagugg ccuggugggg gcugccgugg gcagcauagg 5880
ccuggguaag gugcuggugg acauccuggc aggauauggu gcgggcauuu cgggggcccu 5940
cgucgcauuc aagaucaugu cuggcgagaa gcccucuaug gaagauguca ucaaucuacu 6000
gccugggauc cugucuccgg gagcccuggu gguggggguc aucugcgcgg ccauucugcg 6060
ccgccacgug ggaccggggg agggcgcggu ccaauggaug aacaggcuua uugccuuugc 6120
uuccagagga aaccacgucg ccccuacuca cuacgugacg gagucggaug cgucgcagcg 6180
ugugacccaa cuacuuggcu cucuuacuau aaccagccua cucagaagac uccacaauug 6240
gauaacugag gacugcccca ucccaugcuc cggauccugg cuccgcgacg ugugggacug 6300
gguuugcacc aucuugacag acuucaaaaa uuggcugacc ucuaaauugu uccccaagcu 6360
gcccggccuc cccuucaucu cuugucaaaa gggguacaag gguguguggg ccggcacugg 6420
caucaugacc acgcgcugcc cuugcggcgc caacaucucu ggcaaugucc gccugggcuc 6480
uaugaggauc acagggccua aaaccugcau gaacaccugg caggggaccu uuccuaucaa 6540
uugcuacacg gagggccagu gcgcgccgaa accccccacg aacuacaaga ccgccaucug 6600
gaggguggcg gccucggagu acgcggaggu gacgcagcau gggucguacu ccuauguaac 6660
aggacugacc acugacaauc ugaaaauucc uugccaacua ccuucuccag aguuuuucuc 6720
cuggguggac ggugugcaga uccauagguu ugcacccaca ccaaagccgu uuuuccggga 6780
ugaggucucg uucugcguug ggcuuaauuc cuaugcuguc gggucccagc uucccuguga 6840
accugagccc gacgcagacg uauugagguc caugcuaaca gauccgcccc acaucacggc 6900
ggagacugcg gcgcggcgcu uggcacgggg aucaccucca ucugaggcga gcuccucagu 6960
gagccagcua ucagcaccgu cgcugcgggc caccugcacc acccacagca acaccuauga 7020
cguggacaug gucgaugcca accugcucau ggagggcggu guggcucaga cagagccuga 7080
guccagggug cccguucugg acuuucucga gccaauggcc gaggaagaga gcgaccuuga 7140
gcccucaaua ccaucggagu gcaugcuccc caggagcggg uuuccacggg ccuuaccggc 7200
uugggcacgg ccugacuaca acccgccgcu cguggaaucg uggaggaggc cagauuacca 7260
accgcccacc guugcugguu gugcucuccc cccccccaag aaggccccga cgccuccccc 7320
aaggagacgc cggacagugg gucugagcga gagcaccaua ucagaagccc uccagcaacu 7380
ggccaucaag accuuuggcc agccccccuc gagcggugau gcaggcucgu ccacgggggc 7440
gggcgccgcc gaauccggcg guccgacguc cccuggugag ccggcccccu cagagacagg 7500
uuccgccucc ucuaugcccc cccucgaggg ggagccugga gauccggacc uggagucuga 7560
ucagguagag cuucaaccuc ccccccaggg ggggggggua gcucccgguu cgggcucggg 7620
gucuuggucu acuugcuccg aggaggacga uaccaccgug ugcugcucca ugucauacuc 7680
cuggaccggg gcucuaauaa cucccuguag ccccgaagag gaaaaguugc caaucaaccc 7740
uuugaguaac ucgcuguugc gauaccauaa caagguguac uguacaacau caaagagcgc 7800
cucacagagg gcuaaaaagg uaacuuuuga caggacgcaa gugcucgacg cccauuauga 7860
cucagucuua aaggacauca agcuagcggc uuccaagguc agcgcaaggc uccucaccuu 7920
ggaggaggcg ugccaguuga cuccacccca uucugcaaga uccaaguaug gauucggggc 7980
caaggagguc cgcagcuugu ccgggagggc cguuaaccac aucaaguccg uguggaagga 8040
ccuccuggaa gacccacaaa caccaauucc cacaaccauc auggccaaaa augagguguu 8100
cugcguggac cccgccaagg gggguaagaa accagcucgc cucaucguuu acccugaccu 8160
cggcguccgg gucugcgaga aaauggcccu cuaugacauu acacaaaagc uuccucaggc 8220
gguaauggga gcuuccuaug gcuuccagua cuccccugcc caacgggugg aguaucucuu 8280
gaaagcaugg gcggaaaaga aggaccccau ggguuuuucg uaugauaccc gaugcuucga 8340
cucaaccguc acugagagag acaucaggac cgaggagucc auauaccagg ccugcucccu 8400
gcccgaggag gcccgcacug ccauacacuc gcugacugag agacuuuacg uaggagggcc 8460
cauguucaac agcaaggguc aaaccugcgg uuacagacgu ugccgcgcca gcggggugcu 8520
aaccacuagc auggguaaca ccaucacaug cuaugugaaa gcccuagcgg ccugcaaggc 8580
ugcggggaua guugcgccca caaugcuggu augcggcgau gaccuaguag ucaucucaga 8640
aagccagggg acugaggagg acgagcggaa ccugagagcc uucacggagg ccaugaccag 8700
guacucugcc ccuccuggug auccccccag accggaauau gaccuggagc uaauaacauc 8760
cuguuccuca aaugugucug uggcguuggg cccgcggggc cgccgcagau acuaccugac 8820
cagagaccca accacuccac ucgcccgggc ugccugggaa acaguuagac acuccccuau 8880
caauucaugg cugggaaaca ucauccagua ugcuccaacc auauggguuc gcaugguccu 8940
aaugacacac uucuucucca uucucauggu ccaagacacc cuggaccaga accucaacuu 9000
ugagauguau ggaucaguau acuccgugaa uccuuuggac cuuccagcca uaauugagag 9060
guuacacggg cuugacgccu uuucuaugca cacauacucu caccacgaac ugacgcgggu 9120
ggcuucagcc cucagaaaac uuggggcgcc accccucagg guguggaaga gucgggcucg 9180
cgcagucagg gcgucccuca ucucccgugg agggaaagcg gccguuugcg gccgauaucu 9240
cuucaauugg gcggugaaga ccaagcucaa acucacucca uugccggagg cgcgccuacu 9300
ggacuuaucc aguugguuca ccgucggcgc cggcgggggc gacauuuuuc acagcguguc 9360
gcgcgcccga ccccgcucau uacucuucgg ccuacuccua cuuuucguag ggguaggccu 9420
cuuccuacuc cccgcucggu agagcggcac acacuaggua cacuccauag cuaacuguuc 9480
cuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuuuuuuuu uuuucuuuuu uuuuuuuuuc 9540
ccucuuucuu cccuucucau cuuauucuac uuucuuucuu gguggcucca ucuuagcccu 9600
agucacggcu agcugugaaa gguccgugag ccgcaugacu gcagagagug ccguaacugg 9660
ucucucugca gaucaugu 9678
配列番号２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_ires1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 1..33
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 1..33
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 43..75
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 85..117
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 127..159
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..201
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..201
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 211..243
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 253..285
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 2
uaguuccuca cgggggagug guucguggug gagcggcgcc aaugguuuuu ugcgggggag 60
ugguucgugg cggggguaac cccuuaguuc uucauggggg ggugguucau gguggggaaa 120
cuaccguagu uuuucacagg ggggugguuc auggcggaga gaagcgcuua guuucuuaug 180
ggggagugau ucauggcgga guguggggca ugguuuuucg caggggagug auucguggug 240
gggagaguuu ugugguucuu uguagggggg ugauucgugg uggggacauc auug 294
配列番号３
<211> 373
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..34
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 44..67
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 77..100
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 110..123
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 133..166
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 176..199
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 209..232
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..265
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 275..298
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 308..331
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 341..373
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 3
ugccgaaaau gcuuauggug cacgguuugc gagagcaaga agagcuugug gugcaugguu 60
ugcggggaca guaaaggcuc auggugcaug gucuacgagg ugagauagcg uuuauggugu 120
acggucugug ggaaauuccg guguucgugg ugugcggucu gugggauauu agaucguuca 180
ugguguacgg uuugugggga uaauagcggc uuauggugca cggucuaugg gacgcgagaa 240
ggcucauggu gugugguuug ugaggcagug ugcgguucau ggugcacggu cugcgagaca 300
ccaggcggcu cguggugcac ggucuauggg gugucgucgu gcuuguggug ugcggucuau 360
gagggcggcu gaa 373
配列番号４
<211> 346
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣＤＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_cds1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 53..80
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 95..122
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 137..164
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 179..206
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 221..248
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 263..290
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 305..332
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 4
cugcacuggg uuugggcgac gguugguguu uuuuuuggac gagauuucuu gcucugggcg 60
acgguuggug uuucuuuugg guguuagugc guacucuggg cgaugguugg uguuucuuuu 120
gguaauuauu acuuucuuug ggcgaugguu gguguuuuuu uugguggggu gaaaagaguu 180
ugggcggugg uugguguuuc uuuuggcgug gugaguaaca uuuggguggc gguugguguu 240
uuuuuuggcu gcaacgcacc gguuugggcg acgguuggug uuucuuuugg gggucaaccg 300
ggaaucuggg uggcgguugg uguuuuuuuu ggugauggcc gaggua 346
配列番号５
<211> 355
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＩＲＥＳ１、ＩＲＥＳ２及びＣＤＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列(circ_hcv_combo1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 11..43
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..77
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 88..115
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 126..158
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 169..192
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 203..230
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ１（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 241..273
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ１（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 284..307
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 318..345
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＩＲＥＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 5
gcgccaagua uaguuccuca caggggagug auuuauggug gagaccccua aacgcuugug 60
gugcacgguc uacgggguac cgagaaguuu gggcgguggu ugguguuuuu uuuggcgcuu 120
gugggugguu uuuugcaggg gagugauuua ugguggaggc aagaguuugc uuauggugua 180
cggucuguga gaugacauca gguuugggcg gcgguuggug uuuuuuuugg augaggaacc 240
uaguucuuca uaggggagug auuuguggug gagacagcga guuguuugug gugcacgguu 300
uacgagaaga augaagaucu ggguggcggu ugguguuucu uuugguagca caugu 355
配列番号６
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣＤＳ２（Ｃ型肝炎ウイルス）に対する環状人工配列
(circ_hcv_cds2)
<220>
<221> misc_feature
<222> 4..14
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 28..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 52..62
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 76..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 100..110
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 124..134
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..158
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 172..182
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 196..206
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 220..230
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 244..254
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 266..278
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 6
cccccugggg cucugaugag gaaccucucu ggggucccca cagcgagucu ccuuggggcc 60
ccuagaauga aguucuuugg gguuucauag cacgguucuc cugggguuuu cauacgauug 120
ucucuugggg ucuugcgugu uuacccuuuu gggguccugc uaagggggcu uucuggggcc 180
uuucgaauaa gucuuuuugg ggccucguuu uaucacucuu cugggguucc cagccuuucc 240
cuucuugggg cuccuccgac caugccccuu gggguucuac ccuguaug 288
配列番号７
<211> 10722
<212> RNA
＜２１３＞デングウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 108..140
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃＨＰの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 10615..10646
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲの標的領域」
<400> 7
aguuguuagu cuacguggac cgacaaagac agauucuuug agggagcuaa gcucaacgua 60
guucuaacag uuuuuuaauu agagagcaga ucucugauga auaaccaacg gaaaaaggcg 120
aaaaacacgc cuuucaauau gcugaaacgc gagagaaacc gcgugucgac ugugcaacag 180
cugacaaaga gauucucacu uggaaugcug cagggacgag gaccauuaaa acuguucaug 240
gcccuggugg cguuccuucg uuuccuaaca aucccaccaa cagcagggau auugaagaga 300
uggggaacaa uuaaaaaauc aaaagcuauu aauguuuuga gaggguucag gaaagagauu 360
ggaaggaugc ugaacaucuu gaauaggaga cgcagaucug caggcaugau cauuaugcug 420
auuccaacag ugauggcguu ccauuuaacc acacguaacg gagaaccaca caugaucguc 480
agcagacaag agaaagggaa aagucuucug uuuaaaacag aggauggcgu gaacaugugu 540
acccucaugg ccauggaccu uggugaauug ugugaagaca caaucacgua caaguguccc 600
cuucucaggc agaaugagcc agaagacaua gacuguuggu gcaacucuac guccacgugg 660
guaacuuaug ggacguguac caccauggga gaacauagaa gagaaaaaag aucaguggca 720
cucguuccac augugggaau gggacuggag acacgaacug aaacauggau gucaucagaa 780
ggggccugga aacaugucca gagaauugaa acuuggaucu ugagacaucc aggcuucacc 840
augauggcag caauccuggc auacaccaua ggaacgacac auuuccaaag agcccugauu 900
uucaucuuac ugacagcugu cacuccuuca augacaaugc guugcauagg aaugucaaau 960
agagacuuug uggaaggggu uucaggagga agcuggguug acauagucuu agaacaugga 1020
agcuguguga cgacgauggc aaaaaacaaa ccaacauugg auuuugaacu gauaaaaaca 1080
gaagccaaac agccugccac ccuaaggaag uacuguauag aggcaaagcu aaccaacaca 1140
acaacagaau cucgcugccc aacacaaggg gaacccagcc uaaaugaaga gcaggacaaa 1200
agguucgucu gcaaacacuc caugguagac agaggauggg gaaauggaug uggacuauuu 1260
ggaaagggag gcauugugac cugugcuaug uucagaugca aaaagaacau ggaaggaaaa 1320
guugugcaac cagaaaacuu ggaauacacc auugugauaa caccucacuc aggggaagag 1380
caugcagucg gaaaugacac aggaaaacau ggcaaggaaa ucaaaauaac accacagagu 1440
uccaucacag aagcagaauu gacagguuau ggcacuguca caauggagug cucuccaaga 1500
acgggccucg acuucaauga gaugguguug cugcagaugg aaaauaaagc uuggcuggug 1560
cacaggcaau gguuccuaga ccugccguua ccaugguugc ccggagcgga cacacaaggg 1620
ucaaauugga uacagaaaga gacauugguc acuuucaaaa auccccaugc gaagaaacag 1680
gauguuguug uuuuaggauc ccaagaaggg gccaugcaca cagcacuuac aggggccaca 1740
gaaauccaaa ugucaucagg aaacuuacuc uucacaggac aucucaagug caggcugaga 1800
auggacaagc uacagcucaa aggaauguca uacucuaugu gcacaggaaa guuuaaaguu 1860
gugaaggaaa uagcagaaac acaacaugga acaauaguua ucagagugca auaugaaggg 1920
gacggcucuc caugcaagau cccuuuugag auaauggauu uggaaaaaag acaugucuua 1980
ggucgccuga uuacagucaa cccaauugug acagaaaaag auagcccagu caacauagaa 2040
gcagaaccuc cauucggaga cagcuacauc aucauaggag uagagccggg acaacugaag 2100
cucaacuggu uuaagaaagg aaguucuauc ggccaaaugu uugagacaac aaugaggggg 2160
gcgaagagaa uggccauuuu aggugacaca gccugggauu uuggauccuu gggaggagug 2220
uuuacaucua uaggaaaggc ucuccaccaa gucuuuggag caaucuaugg agcugccuuc 2280
agugggguuu cauggacuau gaaaauccuc auaggaguca uuaucacaug gauaggaaug 2340
aauucacgca gcaccucacu gucugugaca cuaguauugg ugggaauugu gacacuguau 2400
uugggaguca uggugcaggc cgauaguggu ugcguuguga gcuggaaaaa caaagaacug 2460
aaauguggca gugggauuuu caucacagac aacgugcaca cauggacaga acaauacaag 2520
uuccaaccag aauccccuuc aaaacuagcu ucagcuaucc agaaagccca ugaagagggc 2580
auuuguggaa uccgcucagu aacaagacug gagaaucuga uguggaaaca aauaacacca 2640
gaauugaauc acauucuauc agaaaaugag gugaaguuaa cuauuaugac aggagacauc 2700
aaaggaauca ugcaggcagg aaaacgaucu cugcggccuc agcccacuga gcugaaguau 2760
ucauggaaaa cauggggcaa agcaaaaaug cucucuacag agucucauaa ccagaccuuu 2820
cucauugaug gccccgaaac agcagaaugc cccaacacaa auagagcuug gaauucguug 2880
gaaguugaag acuauggcuu uggaguauuc accaccaaua uauggcuaaa auugaaagaa 2940
aaacaggaug uauucugcga cucaaaacuc augucagcgg ccauaaaaga caacagagcc 3000
guccaugccg auauggguua uuggauagaa agugcacuca augacacaug gaagauagag 3060
aaagccucuu ucauugaagu uaaaaacugc cacuggccaa aaucacacac ccucuggagc 3120
aauggagugc uagaaaguga gaugauaauu ccaaagaauc ucgcuggacc agugucucaa 3180
cacaacuaua gaccaggcua ccauacacaa auaacaggac cauggcaucu agguaagcuu 3240
gagauggacu uugauuucug ugauggaaca acagugguag ugacugagga cugcggaaau 3300
agaggacccu cuuugagaac aaccacugcc ucuggaaaac ucauaacaga auggugcugc 3360
cgaucuugca cauuaccacc gcuaagauac agaggugagg augggugcug guacgggaug 3420
gaaaucagac cauugaagga gaaagaagag aauuugguca acuccuuggu cacagcugga 3480
caugggcagg ucgacaacuu uucacuagga gucuugggaa uggcauuguu ccuggaggaa 3540
augcuuagga cccgaguagg aacgaaacau gcaauacuac uaguugcagu uucuuuugug 3600
acauugauca cagggaacau guccuuuaga gaccugggaa gagugauggu uaugguaggc 3660
gccacuauga cggaugacau agguaugggc gugacuuauc uugcccuacu agcagccuuc 3720
aaagucagac caacuuuugc agcuggacua cucuugagaa agcugaccuc caaggaauug 3780
augaugacua cuauaggaau uguacuccuc ucccagagca ccauaccaga gaccauucuu 3840
gaguugacug augcguuagc cuuaggcaug augguccuca aaauggugag aaauauggaa 3900
aaguaucaau uggcagugac uaucauggcu aucuugugcg ucccaaacgc agugauauua 3960
caaaacgcau ggaaagugag uugcacaaua uuggcagugg uguccguuuc cccacugcuc 4020
uuaacauccu cacagcaaaa aacagauugg auaccauuag cauugacgau caaaggucuc 4080
aauccaacag cuauuuuucu aacaacccuc ucaagaacca gcaagaaaag gagcuggcca 4140
uuaaaugagg cuaucauggc agucgggaug gugagcauuu uagccaguuc ucuccuaaaa 4200
aaugauauuc ccaugacagg accauuagug gcuggagggc uccucacugu gugcuacgug 4260
cucacuggac gaucggccga uuuggaacug gagagagcag ccgaugucaa augggaagac 4320
caggcagaga uaucaggaag caguccaauc cugucaauaa caauaucaga agaugguagc 4380
augucgauaa aaaaugaaga ggaagaacaa acacugacca uacucauuag aacaggauug 4440
cuggugaucu caggacuuuu uccuguauca auaccaauca cggcagcagc augguaccug 4500
ugggaaguga agaaacaacg ggccggagua uugugggaug uuccuucacc cccacccaug 4560
ggaaaggcug aacuggaaga uggagccuau agaauuaagc aaaaagggau ucuuggauau 4620
ucccagaucg gagccggagu uuacaaagaa ggaacauucc auacaaugug gcaugucaca 4680
cguggcgcug uucuaaugca uaaaggaaag aggauugaac caucaugggc ggacgucaag 4740
aaagaccuaa uaucauaugg aggaggcugg aaguuagaag gagaauggaa ggaaggagaa 4800
gaaguccagg uauuggcacu ggagccugga aaaaauccaa gagccgucca aacgaaaccu 4860
ggucuuuuca aaaccaacgc cggaacaaua ggugcuguau cucuggacuu uucuccugga 4920
acgucaggau cuccaauuau cgacaaaaaa ggaaaaguug ugggucuuua ugguaauggu 4980
guuguuacaa ggaguggagc auaugugagu gcuauagccc agacugaaaa aagcauugaa 5040
gacaacccag agaucgaaga ugacauuuuc cgaaagagaa gacugaccau cauggaccuc 5100
cacccaggag cgggaaagac gaagagauac cuuccggcca uagucagaga agcuauaaaa 5160
cgggguuuga gaacauuaau cuuggccccc acuagaguug uggcagcuga aauggaggaa 5220
gcccuuagag gacuuccaau aagauaccag accccagcca ucagagcuga gcacaccggg 5280
cgggagauug uggaccuaau gugucaugcc acauuuacca ugaggcugcu aucaccaguu 5340
agagugccaa acuacaaccu gauuaucaug gacgaagccc auuucacaga cccagcaagu 5400
auagcagcua gaggauacau cucaacucga guggagaugg gugaggcagc ugggauuuuu 5460
augacagcca cucccccggg aagcagagac ccauuuccuc agagcaaugc accaaucaua 5520
gaugaagaaa gagaaauccc ugaacguucg uggaauuccg gacaugaaug ggucacggau 5580
uuuaaaggga agacuguuug guucguucca aguauaaaag caggaaauga uauagcagcu 5640
ugccugagga aaaauggaaa gaaagugaua caacucagua ggaagaccuu ugauucugag 5700
uaugucaaga cuagaaccaa ugauugggac uucgugguua caacugacau uucagaaaug 5760
ggugccaauu ucaaggcuga gaggguuaua gaccccagac gcugcaugaa accagucaua 5820
cuaacagaug gugaagagcg ggugauucug gcaggaccua ugccagugac ccacucuagu 5880
gcagcacaaa gaagagggag aauaggaaga aauccaaaaa augagaauga ccaguacaua 5940
uacauggggg aaccucugga aaaugaugaa gacugugcac acuggaaaga agcuaaaaug 6000
cuccuagaua acaucaacac gccagaagga aucauuccua gcauguucga accagagcgu 6060
gaaaaggugg augccauuga uggcgaauac cgcuugagag gagaagcaag gaaaaccuuu 6120
guagacuuaa ugagaagagg agaccuacca gucugguugg ccuacagagu ggcagcugaa 6180
ggcaucaacu acgcagacag aagguggugu uuugauggag ucaagaacaa ccaaauccua 6240
gaagaaaacg uggaaguuga aaucuggaca aaagaagggg aaaggaagaa auugaaaccc 6300
agaugguugg augcuaggau cuauucugac ccacuggcgc uaaaagaauu uaaggaauuu 6360
gcagccggaa gaaagucucu gacccugaac cuaaucacag aaauggguag gcucccaacc 6420
uucaugacuc agaaggcaag agacgcacug gacaacuuag cagugcugca cacggcugag 6480
gcagguggaa gggcguacaa ccaugcucuc agugaacugc cggagacccu ggagacauug 6540
cuuuuacuga cacuucuggc uacagucacg ggagggaucu uuuuauucuu gaugagcgga 6600
aggggcauag ggaagaugac ccugggaaug ugcugcauaa ucacggcuag cauccuccua 6660
ugguacgcac aaauacagcc acacuggaua gcagcuucaa uaauacugga guuuuuucuc 6720
uaguuuugcu uauuccagaa ccugaaaaac agagaacacc ccaagacaac caacugaccu 6780
acguugucau agccauccuc acaguggugg ccgcaaccau ggcaaacgag auggguuucc 6840
uagaaaaaac gaagaaagau cucggauugg gaagcauugc aacccagcaa cccgagagca 6900
acauccugga cauagaucua cguccugcau cagcauggac gcuguaugcc guggccacaa 6960
cauuuguuac accaauguug agacauagca uugaaaauuc cucagugaau gugucccuaa 7020
cagcuauagc caaccaagcc acaguguuaa ugggucucgg gaaaggaugg ccauugucaa 7080
agauggacau cggaguuccc cuucucgcca uuggaugcua cucacaaguc aaccccauaa 7140
cucucacagc agcucuuuuc uuauugguag cacauuaugc caucauaggg ccaggacucc 7200
aagcaaaagc aaccagagaa gcucagaaaa gagcagcggc gggcaucaug aaaaacccaa 7260
cugucgaugg aauaacagug auugaccuag auccaauacc uuaugaucca aaguuugaaa 7320
agcaguuggg acaaguaaug cuccuagucc ucugcgugac ucaaguauug augaugagga 7380
cuacaugggc ucugugugag gcuuuaaccu uagcuaccgg gcccaucucc acauuguggg 7440
aaggaaaucc agggagguuu uggaacacua ccauugcggu gucaauggcu aacauuuuua 7500
gagggaguua cuuggccgga gcuggacuuc ucuuuucuau uaugaagaac acaaccaaca 7560
caagaagggg aacuggcaac auaggagaga cgcuuggaga gaaauggaaa agccgauuga 7620
acgcauuggg aaaaagugaa uuccagaucu acaagaaaag uggaauccag gaaguggaua 7680
gaaccuuagc aaaagaaggc auuaaaagag gagaaacgga ccaucacgcu gugucgcgag 7740
gcucagcaaa acugagaugg uucguugaga gaaacauggu cacaccagaa gggaaaguag 7800
uggaccucgg uuguggcaga ggaggcuggu cauacuauug uggaggacua aagaauguaa 7860
gagaagucaa aggccuaaca aaaggaggac caggacacga agaacccauc cccaugucaa 7920
cauaugggug gaaucuagug cgucuucaaa guggaguuga cguuuucuuc aucccgccag 7980
aaaaguguga cacauuauug ugugacauag gggagucauc accaaauccc acaguggaag 8040
caggacgaac acucagaguc cuuaacuuag uagaaaauug guugaacaac aacacucaau 8100
uuugcauaaa gguucucaac ccauauaugc ccucagucau agaaaaaaug gaagcacuac 8160
aaaggaaaua uggaggagcc uuagugagga auccacucuc acgaaacucc acacaugaga 8220
uguacugggu auccaaugcu uccgggaaca uagugucauc agugaacaug auuucaagga 8280
uguugaucaa cagauuuaca augagauaca agaaagccac uuacgagccg gauguugacc 8340
ucggaagcgg aacccguaac aucgggauug aaagugagau accaaaccua gauauaauug 8400
ggaaaagaau agaaaaaaua aagcaagagc augaaacauc auggcacuau gaccaagacc 8460
acccauacaa aacgugggca uaccauggua gcuaugaaac aaaacagacu ggaucagcau 8520
cauccauggu caacggagug gucaggcugc ugacaaaacc uugggacguc guccccaugg 8580
ugacacagau ggcaaugaca gacacgacuc cauuuggaca acagcgcguu uuuaaagaga 8640
aaguggacac gagaacccaa gaaccgaaag aaggcacgaa gaaacuaaug aaaauaacag 8700
cagaguggcu uuggaaagaa uuagggaaga aaaagacacc caggaugugc accagagaag 8760
aauucacaag aaaggugaga agcaaugcag ccuugggggc cauauucacu gaugagaaca 8820
aguggaaguc ggcacgugag gcuguugaag auaguagguu uugggagcug guugacaagg 8880
aaaggaaucu ccaucuugaa ggaaagugug aaacaugugu guacaacaug augggaaaaa 8940
gagagaagaa gcuaggggaa uucggcaagg caaaaggcag cagagccaua ugguacaugu 9000
ggcuuggagc acgcuucuua gaguuugaag cccuaggauu cuuaaaugaa gaucacuggu 9060
ucuccagaga gaacucccug aguggagugg aaggagaagg gcugcacaag cuagguuaca 9120
uucuaagaga cgugagcaag aaagagggag gagcaaugua ugccgaugac accgcaggau 9180
gggauacaag aaucacacua gaagaccuaa aaaaugaaga aaugguaaca aaccacaugg 9240
aaggagaaca caagaaacua gccgaggcca uuuucaaacu aacguaccaa aacaaggugg 9300
ugcgugugca aagaccaaca ccaagaggca caguaaugga caucauaucg agaagagacc 9360
aaagagguag uggacaaguu ggcaccuaug gacucaauac uuucaccaau auggaagccc 9420
aacuaaucag acagauggag ggagaaggag ucuuuaaaag cauucagcac cuaacaauca 9480
cagaagaaau cgcugugcaa aacugguuag caagaguggg gcgcgaaagg uuaucaagaa 9540
uggccaucag uggagaugau uguguuguga aaccuuuaga ugacagguuc gcaagcgcuu 9600
uaacagcucu aaaugacaug ggaaagauua ggaaagacau acaacaaugg gaaccuucaa 9660
gaggauggaa ugauuggaca caagugcccu ucuguucaca ccauuuccau gaguuaauca 9720
ugaaagacgg ucgcguacuc guuguuccau guagaaacca agaugaacug auuggcagag 9780
cccgaaucuc ccaaggagca ggguggucuu ugcgggagac ggccuguuug gggaagucuu 9840
acgcccaaau guggagcuug auguacuucc acagacgcga ccucaggcug gcggcaaaug 9900
cuauuugcuc ggcaguacca ucacauuggg uuccaacaag ucgaacaacc ugguccauac 9960
augcuaaaca ugaauggaug acaacggaag acaugcugac agucuggaac agggugugga 10020
uucaagaaaa cccauggaug gaagacaaaa cuccagugga aucaugggag gaaaucccau 10080
acuuggggaa aagagaagac caauggugcg gcucauugau uggguuaaca agcagggcca 10140
ccugggcaaa gaacauccaa gcagcaauaa aucaaguuag aucccuuaua ggcaaugaag 10200
aauacacaga uuacaugcca uccaugaaaa gauucagaag agaagaggaa gaagcaggag 10260
uucuguggua gaaagcaaaa cuaacaugaa acaaggcuag aagucagguc ggauuaagcc 10320
auaguacgga aaaaacuaug cuaccuguga gccccgucca aggacguuaa aagaagucag 10380
gccaucauaa augccauagc uugaguaaac uaugcagccu guagcuccac cugagaaggu 10440
guaaaaaauc cgggaggcca caaaccaugg aagcuguacg cauggcguag uggacuagcg 10500
guuagaggag accccucccu uacaaaucgc agcaacaaug ggggcccaag gcgagaugaa 10560
gcuguagucu cgcuggaagg acuagagguu agaggagacc cccccgaaac aaaaaacagc 10620
auauugacgc ugggaaagac cagagauccu gcugucuccu cagcaucauu ccaggcacag 10680
aacgccagaa aauggaaugg ugcuguugaa ucaacagguu cu 10722
配列番号８
<211> 293
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞３ＵＴＲ（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_3utr)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..38
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 48..79
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 89..120
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 130..161
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 171..202
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 212..243
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 253..284
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「３ＵＴＲ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 8
gcgccgucuu uggucuuuuu uggcgucagu auguuguuuu uuaaccaucu uugguuuuuc 60
cuggcgucag ugugcuguua uaguaugguc ucugguuuuu uuuagcguua gugugcuguu 120
aaagcuuucu cucuggucuu uuccaguguc aauaugcugu uuagugugcu ucuuugguuu 180
uucuuggugu uggugugcug uuucagcaag uucucugguc uuuucuggcg uugauguguu 240
guucgcuggc gaucuuuggu cuuucucggu gucgauaugu uguuaguggc cca 293
配列番号９
<211> 300
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣｈＰ（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_cHP_v1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 49..81
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 91..123
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 133..165
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 175..207
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 217..249
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 259..291
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 9
gcgccgaugu uggggggugu guuuuuuguc uuuuuucguu gggguguaau guugagaggc 60
guguuuuuug cuuuuuuuug ugcaccuuau auauugggag guguguuuuu cgcuuuuuuc 120
cgucuggcug gcauauuggg gggcguguuu uucguuuuuu uucguuacaa gcuaauauug 180
aagggugugu uuuucgccuu uuuccguguu aaagauaugu ugaaaggcgu guuuuucguu 240
uuuuuccgua aguuuuaaau auuggagggc guguuuuucg cuuuuuucug uagaccggaa 300
配列番号１０
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＣｈＰ２（デングウイルス）に対する環状人工配列
(circ_dv_cHP_v2)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 55..87
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 103..135
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 151..183
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 199..231
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 247..279
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣｈＰ２（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 10
gcgccgaugu ugagaggugu guuuuuugcu uuuuuucguu uauuacucca acagauauug 60
agaggcgugu uuuucgcuuu uuuucguaga agguaauaga aaauauuggg gggcguguuu 120
uucgucuuuu uucgugacuc uuacgaguuu auguugaaag guguguuuuu cgcuuuuuuu 180
uguagggaac agucgcaaau auuggggggu guguuuuucg ccuuuuuucg uggcaccgua 240
auccgcaugu ugaaaggugu guuuuucguu uuuuuccguc aacucguucu uaua 294
配列番号１１
<211> 11840
<212> RNA
＜２１３＞チクングニアウイルス
<220>
<221> misc_feature
<222> 14..48
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲの標的領域」
<220>
<221> misc_feature
<222> 11367..11399
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥの標的領域」
<400> 11
auggcugcgu gagacacacg uagccuacca guuucuuacu gcucuacucu gcaaagcaag 60
agauuaauaa cccaucaugg auccugugua cguggacaua gacgcugaca gcgccuuuuu 120
gaaggcccug caacgugcgu accccauguu ugagguggaa ccaaggcagg ucacaccgaa 180
ugaccaugcu aaugcuagag cguucucgca ucuagcuaua aaacuaauag agcaggaaau 240
ugaccccgac ucaaccaucc uggauaucgg cagugcgcca gcaaggagga ugaugucgga 300
caggaaguac cacugcgucu gcccgaugcg cagugcggaa gaucccgaga gacucgccaa 360
uuaugcgaga aagcuagcau cugccgcagg aaaaguccug gacagaaaca ucucuggaaa 420
gaucggggac uuacaagcag uaauggccgu gccagacacg gagacgccaa cauucugcuu 480
acacacagac gucucaugua gacagagagc agacgucgcu auauaccaag acgucuaugc 540
uguacacgca cccacgucgc uauaccacca ggcgauuaaa gggguccgag uggcguacug 600
gguuggguuc gacacaaccc cguucaugua caaugccaug gcgggugccu accccucaua 660
cucgacaaac ugggcagaug agcagguacu gaaggcuaag aacauaggau uauguucaac 720
agaccugacg gaagguagac gaggcaaguu gucuauuaug agagggaaaa agcuaaaacc 780
gugcgaccgu gugcuguucu caguaggguc aacgcucuac ccggaaagcc gcaagcuacu 840
uaagagcugg caccugccau cgguguucca uuuaaagggc aaacucagcu ucacaugccg 900
cugugauaca gugguuucgu gugagggcua cgucguuaag agaauaacga ugagcccagg 960
ccuuuaugga aaaaccacag gguaugcggu aacccaccac gcagacggau uccugaugug 1020
caagacuacc gacacgguug acggcgaaag arugucauuc ucggugugca cauacgugcc 1080
ggcgaccauu ugugaucaaa ugaccggcau ccuugcuaca gaagucacgc cggaggaugc 1140
acagaagcug uugguggggc ugaaccagag aauagugguu aacggcagaa cgcaacggaa 1200
uacgaacacc augaaaaauu aucugcuucc cguggucgcc caagccuuca guaagugggc 1260
aaaggagugc cggaaagaca uggaagauga aaaacuccug ggggucagag aaagaacacu 1320
gaccugcugc ugucuauggg cauucaagaa gcagaaaaca cacacggucu acaagaggcc 1380
ugauacccag ucaauucaga agguucaggc cgaguuugac agcuuugugg uaccgagucu 1440
guggucgucc ggguugucaa ucccuuugag gacuagaauc aaaugguugu uaagcaaggu 1500
gccaaaaacc gaccugaucc cauacagcgg agacgcccga gaagcccggg acgcagaaaa 1560
agaagcagag gaagaacgag aagcagaacu gacucgcgaa gcccuaccac cucuacaggc 1620
agcacaggaa gauguucagg ucgaaaucga cguggaacag cuugaggaca gagcgggcgc 1680
aggaauaaua gagacuccga gaggagcuau caaaguuacu gcccaaccaa cagaccacgu 1740
cgugggagag uaccugguac ucuccccgca gaccguacua cguagccaga agcucagucu 1800
gauucacgcu uuggcggagc aagugaagac gugcacgcac aacggacgag cagggaggua 1860
ugcggucgaa gcguacgacg gccgaguccu agugcccuca ggcuaugcaa ucucgccuga 1920
agacuuccag agucuaagcg aaagcgcaac gaugguguau aacgaaagag aguucguaaa 1980
cagaaagcua caccauauug cgaugcacgg accagcccug aacaccgacg aagagucgua 2040
ugagcuggug agggcagaga ggacagaaca cgaguacguc uacgacgugg aucagagaag 2100
augcuguaag aaggaagaag ccgcaggacu gguacuggug ggcgacuuga cuaauccgcc 2160
cuaccacgaa uucgcauaug aagggcuaaa aauccgcccu gccugcccau acaaaauugc 2220
agucauagga gucuucggag uaccgggauc uggcaaguca gcuauuauca agaaccuagu 2280
uaccaggcag gaccugguga cuagcggaaa gaaagaaaac ugccaagaaa ucaccaccga 2340
cgugaugaga cagagagguc uagagauauc ugcacguacg guugacucgc ugcucuugaa 2400
uggaugcaac agaccagucg acguguugua cguagacgag gcguuugcgu gccacucugg 2460
aacgcuacuu gcuuugaucg ccuuggugag accaaggcag aaaguuguac uuugugguga 2520
cccgaagcag ugcggcuucu ucaauaugau gcagaugaaa gucaacuaua aucacaacau 2580
cugcacccaa guguaccaca aaaguaucuc caggcggugu acacugccug ugaccgccau 2640
ugugucaucg uugcauuacg aaggcaaaau gcgcacuacg aaugaguaca acaagccgau 2700
uguaguggac acuacaggcu caacaaaacc ugacccugga gaccucgugu uaacgugcuu 2760
cagagggugg guuaaacaac ugcaaauuga cuaucgugga uacgagguca ugacagcagc 2820
cgcaucccaa ggguuaacca gaaaaggagu uuacgcaguu agacaaaaag uuaaugaaaa 2880
cccgcucuau gcaucaacgu cagagcacgu caacguacuc cuaacgcgua cggaagguaa 2940
acugguaugg aagacacuuu ccggcgaccc guggauaaag acgcugcaga acccaccgaa 3000
aggaaacuuc aaagcaacua uuaaggagug ggagguggag caugcaucaa uaauggcggg 3060
caucugcagu caccaaauga ccuucgauac auuccaaaau aaagccaacg uuuguugggc 3120
uaagagcuug gucccuaucc ucgaaacagc ggggauaaaa cuaaaugaua ggcagugguc 3180
ucagauaauu caagccuuca aagaagacaa agcauacuca ccugaaguag cccugaauga 3240
aauauguacg cgcauguaug ggguggaucu agacagcggg cuauuuucua aaccguuggu 3300
gucuguguau uacgcggaua accacuggga uaauaggccu ggagggaaaa uguucggauu 3360
uaaccccgag gcagcaucca uucuagaaag aaaguaucca uucacaaaag ggaaguggaa 3420
caucaacaag cagaucugcg ugacuaccag gaggauagaa gacuuuaacc cuaccaccaa 3480
caucauaccg gccaacagga gacuaccaca cucauuagug gccgaacacc gcccaguaaa 3540
aggggaaaga auggaauggc ugguuaacaa gauaaacggc caccacgugc uccuggucag 3600
uggcuauaac cuugcacugc cuacuaagag agucacuugg guagcgccgu uagguguccg 3660
cggagcggac uacacauaca accuagaguu gggucugcca gcaacgcuug guagguauga 3720
ccuagugguc auaaacaucc acacaccuuu ucgcauacac cauuaccaac agugcgucga 3780
ccacgcaaug aaacugcaaa ugcucggggg ugacucauug agacugcuca aaccgggcgg 3840
cucucuauug aucagagcau augguuacgc agauagaacc agugaacgag ucaucugcgu 3900
auugggacgc aaguuuagau cgucuagagc guugaaacca ccauguguca ccagcaacac 3960
ugagauguuu uuccuauuca gcaacuuuga caauggcaga aggaauuuca caacucaugu 4020
caugaacaau caacugaaug cagccuucgu aggacagguc acccgagcag gaugugcacc 4080
gucguaccgg guaaaacgca uggacaucgc gaagaacgau gaagagugcg uagucaacgc 4140
cgcuaacccu cgcggguuac cgggugrcgg uguuugcaag gcaguauaca aaaaauggcc 4200
ggaguccuuu aagaacagug caacaccagu gggaaccgca aaaacaguua ugugcgguac 4260
guauccagua auccacgcug uuggaccaaa cuucucuaau uauucggagu cugaagggga 4320
ccgggaauug gcagcugccu aucgagaagu cgcaaaggaa guaacuaggc ugggaguaaa 4380
uaguguagcu auaccucucc ucuccacagg uguauacuca ggagggaaag acaggcugac 4440
ccagucacug aaccaccucu uuacagccau ggacucgacg gaugcagacg uggucaucua 4500
cugccgcgac aaagaauggg agaagaaaau aucugaggcc auacagaugc ggacccaagu 4560
agagcugcug gaugagcaca ucuccauaga cugcgauauu guucgcgugc acccugacag 4620
cagcuuggca ggcagaaaag gauacagcac cacggaaggc gcacuguacu cauaucuaga 4680
agggacccgu uuucaucaga cggcugugga uauggcggag auacauacua uguggccaaa 4740
gcaaacagag gccaaugagc aagucugccu auaugcccug ggggaaagua uugaaucgau 4800
caggcagaaa ugcccggugg augaugcaga cgcaucaucu ccccccaaaa cugucccgug 4860
ccuuugccgu uacgcuauga cuccagaacg cgucacccgg cuucgcauga accacgucac 4920
aagcauaauu guguguucuu cguuuccccu cccaaaguac aaaauagaag gagugcaaaa 4980
agucaaaugc ucuaagguaa ugcuauuuga ccacaacgug ccaucgcgcg uaaguccaag 5040
ggaauauaka ucuucccagg agucugcaca ggaggcgagu acaaucacgu cacugacgca 5100
uagucaauuc gaccuaagcg uugauggcga gauacugccc gucccgucag accuggaugc 5160
ugacgcccca gcccuagaac cagcacuaga cgacggggcg acacacacgc ugccauccac 5220
aaccggaaac cuugcggccg ugucugauug gguaaugagc accguaccug ucgcgccgcc 5280
cagaagaagg cgagggagaa accugacugu gacaugugac gagagagaag ggaauauaac 5340
acccauggcu agcguccgau ucuuuagggc agagcugugu ccggucguac aagaaacagc 5400
ggagacgcgu gacacagcaa ugucucuuca ggcaccaccg aguaccgcca cggaaccgaa 5460
ucauccgccg aucuccuucg gagcaucaag cgagacguuc cccauuacau uuggggacuu 5520
caacgaagga gaaaucgaaa gcuugucuuc ugagcuacua acuuucggag acuucuuacc 5580
aggagaagug gaugacuuga cagacagcga cugguccacg ugcucagaca cggacgacga 5640
guuaugacua gacagggcag guggguauau auucucgucg gacaccgguc caggucauuu 5700
acaacagaag ucaguacgcc agucagugcu gccggugaac acccuggagg aaguccacga 5760
ggagaagugu uacccaccua agcuggauga agcaaaggag caacuauuac uuaagaaacu 5820
ccaggagagu gcauccaugg ccaacagaag cagguaucag ucgcgcaaag uagaaaacau 5880
gaaagcagca aucauccaga gacuaaagag aggcuguaga cuauacuuaa ugucagagac 5940
cccaaaaguc ccuacuuacc ggacuacaua uccggcgccu guguacucgc cuccgaucaa 6000
cguccgauug uccaaucccg aguccgcagu ggcagcaugc aaugaguucu uagcuagaaa 6060
cuauccaacu gucucaucau accaaauuac cgacgaguau gaugcauauc uagacauggu 6120
ggacgggucg gagaguugcc uggaccgagc gacauucaau ccgucaaaac ucaggagcua 6180
cccgaaacag cacgcuuacc acgcgcccuc caucagaagc gcuguaccgu ccccauucca 6240
gaacacacua cagaauguac uggcagcagc cacgaaaaga aacugcaacg ucacacagau 6300
gagggaauua cccacuuugg acucagcagu auucaacgug gaguguuuca aaaaauucgc 6360
augcaaccaa gaauacuggg aagaauuugc ugccagcccu auuaggauaa caacugagaa 6420
uuuagcaacc uauguuacua aacuaaaagg gccaaaagca gcagcgcuau ucgcaaaaac 6480
ccauaaucua cugccacuac aggaaguacc aauggauagg uucacaguag auaugaaaag 6540
ggacguaaag gugacuccug guacaaagca uacagaggaa agaccuaagg ugcagguuau 6600
acaggcggcu gaacccuugg cgacagcaua ccuauguggg auucacagag agcugguuag 6660
gaggcugaac gccguccucc uacccaaugu acauacacua uuugacaugu cugccgagga 6720
uuucgaugcc aucauagccg cacacuuuaa gccaggagac acuguuuugg aaacggacau 6780
agccuccuuu gauaagagcc aagaugauuc acuugcgcuu acugcuuuga ugcuguuaga 6840
ggauuuaggg guggaucacu cccugcugga cuugauagag gcugcuuucg gagagauuuc 6900
cagcugucac cuaccgacag guacgcgcuu caaguucggc gccaugauga aaucagguau 6960
guuccuaacu cuguucguca acacauuguu aaacaucacc aucgccagcc gagugcugga 7020
agaucgucug acaaaauccg cgugcgcggc cuucaucggc gacgacaaca uaauacaugg 7080
agucgucucc gaugaauuga uggcagccag augugccacu uggaugaaca uggaagugaa 7140
gaucauagau gcaguuguau ccuugaaagc cccuuacuuu uguggagggu uuauacugca 7200
cgauacugug acaggaacag cuugcagagu ggcagacccg cuaaaaaggc uuuuuaaacu 7260
gggcaaaccg cuagcggcag gugacgaaca agaugaagau agaagacgag cgcuggcuga 7320
cgaagugauc agauggcaac gaacagggcu aauugaugag cuggagaaag cgguauacuc 7380
uagguacgaa gugcagggua uaucaguugu gguaaugucc auggccaccu uugcaagcuc 7440
cagauccaac uucgagaagc ucagaggacc cgucauaacu uuguacggcg guccuaaaua 7500
gguacgcacu acagcuaccu auuuugcaga agccgacagc aaguaucuaa acacuaauca 7560
gcuacaaugg aguucauccc aacccaaacu uuuuacaaua ggagguacca gccucgaccc 7620
uggacuccgc gcccuacuau ccaagucauc aggcccagac cgcgcccuca gaggcaagcu 7680
gggcaacuug cccagcugau cucagcaguu aauaaacuga caaugcgcgc gguaccccaa 7740
cagaagccac gcaggaaucg gaagaauaag aagcaaaagc aaaaacaaca ggcgccacaa 7800
aacaacacaa aucaaaagaa gcagccaccu aaaaagaaac cggcucaaaa gaaaaagaag 7860
ccgggccgca gagagaggau gugcaugaaa aucgaaaaug auuguauuuu cgaagucaag 7920
cacgaaggua agguaacagg uuacgcgugc cugguggggg acaaaguaau gaaaccagca 7980
cacguaaagg ggaccaucga uaacgcggac cuggccaaac uggccuuuaa gcggucaucu 8040
aaguaugacc uugaaugcgc gcagauaccc gugcacauga aguccgacgc uucgaaguuc 8100
acccaugaga aaccggaggg guacuacaac uggcaccacg gagcaguaca guacucagga 8160
ggccgguuca ccaucccuac aggugcuggc aaaccagggg acagcggcag accgaucuuc 8220
gacaacaagg gacgcguggu ggccauaguc uuaggaggag cuaaugaagg agcccguaca 8280
gcccucucgg uggugaccug gaauaaagac auugucacua aaaucacccc cgagggggcc 8340
gaagagugga gucuugccau cccaguuaug ugccuguugg caaacaccac guuccccugc 8400
ucccagcccc cuugcacgcc cugcugcuac gaaaaggaac cggaggaaac ccuacgcaug 8460
cuugaggaca acgucaugag accuggguac uaucagcugc uacaagcauc cuuaacaugu 8520
ucuccccacc gccagcgacg cagcaccaag gacaacuuca augucuauaa agccacaaga 8580
ccauacuuag cucacugucc cgacugugga gaagggcacu cgugccauag ucccguagca 8640
cuagaacgca ucagaaauga agcgacagac gggacgcuga aaauccaggu cuccuugcaa 8700
aucggaauaa agacggauga cagccacgau uggaccaagc ugcguuauau ggacaaccac 8760
augccagcag acgcagagag ggcggggcua uuuguaagaa caucagcacc guguacgauu 8820
acuggaacaa ugggacacuu cauccuggcc cgauguccaa aaggggaaac ucugacggug 8880
ggauucacug acaguaggaa gauuagucac ucauguacgc acccauuuca ccacgacccu 8940
ccugugauag gucgggaaaa auuccauucc cgaccgcagc acgguaaaga gcuaccuugc 9000
agcacguacg ugcagagcac cgccgcaacu accgaggaga uagagguaca caugccccca 9060
gacaccccug aucgcacauu aaugucacaa caguccggca acguaaagau cacagucaau 9120
ggccagacgg ugcgguacaa guguaauugc gguggcucaa augaaggacu aacaacuaca 9180
gacaaaguga uuaauaacug caagguugau caaugucaug ccgcggucac caaucacaaa 9240
aaguggcagu auaacucccc ucuggucccg cguaaugcug aacuugggga ccgaaaagga 9300
aaaauucaca ucccguuucc gcuggcaaau guaacaugca gggugccuaa agcaaggaac 9360
cccaccguga cguacgggaa aaaccaaguc aucaugcuac uguauccuga ccacccaaca 9420
cuccuguccu accggaauau gggagaagaa ccaaacuauc aagaagagug ggugaugcau 9480
aagaaggaag ucgugcuaac cgugccgacu gaagggcucg aggucacgug gggcaacaac 9540
gagccguaua aguauuggcc gcaguuaucu acaaacggua cagcccaugg ccacccgcau 9600
gagauaauuc uguauuauua ugagcuguac cccacuauga cuguaguagu ugugucagug 9660
gccacguuca uacuccuguc gauggugggu auggcagcgg ggaugugcau gugugcacga 9720
cgcagaugca ucacaccgua ugaacugaca ccaggagcua ccgucccuuu ccugcuuagc 9780
cuaauaugcu gcaucagaac agcuaaagcg gccacauacc aagaggcugc gauauaccug 9840
uggaacgagc agcaaccuuu guuuuggcua caagcccuua uuccgcuggc agcccugauu 9900
guucuaugca acugucugag acucuuacca ugcugcugua aaacguuggc uuuuuuagcc 9960
guaaugagcg ucggugccca cacugugagc gcguacgaac acguaacagu gaucccgaac 10020
acggugggag uaccguauaa gacucuaguc aauagaccug gcuacagccc caugguauug 10080
gagauggaac uacugucagu cacuuuggag ccaacacuau cgcuugauua caucacgugc 10140
gaguacaaaa ccgucauccc gucuccguac gugaagugcu gcgguacagc agagugcaag 10200
gacaaaaacc uaccugacua cagcuguaag gucuucaccg gcgucuaccc auuuaugugg 10260
ggcggcgccu acugcuucug cgacgcugaa aacacgcagu ugagcgaagc acacguggag 10320
aaguccgaau caugcaaaac agaauuugca ucagcauaca gggcucauac cgcaucugca 10380
ucagcuaagc uccgcguccu uuaccaagga aauaacauca cuguaacugc cuaugcaaac 10440
ggcgaccaug ccgucacagu uaaggacgcc aaauucauug uggggccaau gucuucagcc 10500
uggacaccuu ucgacaacaa aauuguggug uacaaaggug acgucuauaa cauggacuac 10560
ccgcccuuug gcgcaggaag accaggacaa uuuggcgaua uccaaagucg cacaccugag 10620
aguaaagacg ucuaugcuaa uacacaacug guacugcaga gaccggcugu ggguacggua 10680
cacgugccau acucucaggc accaucuggc uuuaaguauu ggcuaaaaga acgcggggcg 10740
ucgcugcagc acacagcacc auuuggcugc caaauagcaa caaacccggu aagagcggug 10800
aacugcgccg uagggaacau gcccaucucc aucgacauac cggaagcggc cuucacuagg 10860
gucgucgacg cgcccucuuu aacggacaug ucgugcgagg uaccagccug cacccauucc 10920
ucagacuuug ggggcgucgc cauuauuaaa uaugcagcca gcaagaaagg caagugugcg 10980
gugcauucga ugacuaacgc cgucacuauu cgggaagcug agauagaagu ugaagggaau 11040
ucucagcugc aaaucucuuu cucgacggcc uuagccagcg ccgaauuccg cguacaaguc 11100
uguucuacac aaguacacug ugcagccgag ugccaccccc cgaaggacca cauagucaac 11160
uacccggcgu cacauaccac ccucgggguc caggacaucu ccgcuacggc gaugucaugg 11220
gugcagaaga ucacgggagg ugugggacug guuguugcug uugccgcacu gauucuaauc 11280
guggugcuau gcgugucguu cagcaggcac uaacuugaca auuaaguaug aagguauaug 11340
uguccccuaa gagacacacu guacauagca aauaaucuau agaucaaagg gcuacgcaac 11400
cccugaauag uaacaaaaua caaaaucacu aaaaauuaua aaaacagaaa aauacauaaa 11460
uagguauacg uguccccuaa gagacacauu guauguaggu gauaaguaua gaucaaaggg 11520
ccgaauaacc ccugaauagu aacaaaauau gaaaaucaau aaaaaucaua aaauagaaaa 11580
accauaaaca gaaguaguuc aaagggcuau aaaaccccug aauaguaaca aaacauaaaa 11640
uuaauaaaaa ucaaaugaau accauaauug gcaaacggaa gagauguagg uacuuaagcu 11700
uccuaaaagc agccgaacuc acuuugagaa guaggcauag cauaccgaac ucuuccacga 11760
uucuccgaac ccacagggac guaggagaug uuauuuuguu uuuaauauuu caaaaaaaaa 11820
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 11840
配列番号１２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞５ＵＴＲに対する環状人工配列（チクングニアウイルス）
(chikv_5utr1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..41
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 55..89
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 103..137
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 151..185
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 199..233
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 247..281
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 12
gcgccgagua gagcagugag gaacuggugg guugcgugug uuuugucacu acguaguaga 60
gugguaggaa auuggugggc ugcgugugug gcuuccagug ccaguagagc ggugagagau 120
ugguagguua uguguguguu cucgcccgaa aguagagugg ugagggguug guagguuacg 180
uguguucaaa uaugacggag uagaguagug gggggcuggu ggguugugug uguucggaga 240
ccagacagua gaguaguaag agguuggugg gcuacgugug ugccacacca cccg 294
配列番号１３
<211> 314
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞５ＵＴＲに対する環状人工配列（チクングニアウイルス）
(chikv_5utr2)
<220>
＜２２１＞ｍｉｓｃ＿ｆｅａｔｕｒｅ
<222> 7..41
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 51..85
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 95..129
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 139..173
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 183..217
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 227..261
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 271..305
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「５ＵＴＲ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 13
gcgccgagua gagugguggg ggguugguag guugcgugug ucuuagcgcc aguagagcag 60
uaagggacug guaggcugcg ugugugguac uuacaguaga gcggugagag acuggugggc 120
uaugugugug ccauccuuag uagaguggua gggaguuggu gggcugugug uguggggccu 180
auaguagagu agugggagau ugguagguua cguguguagc ugcacgagua gagcaguggg 240
aaguuggugg guugugugug ucuccgacga aguagaguag uaagaaauug guggguuaug 300
uguguaccug aguc 314
配列番号１４
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対する環状人工配列
(chikv_RSE1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 101..133
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..180
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 195..227
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..274
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 14
gcgccguugc guggcucuuu ggucuauaga uuauuuguuu gcggguugcc cucuugcgug 60
guucuuuggu cuguggauug uuugcuugcc cgcgagcagg uuguguaguc cuuugaucug 120
uagguuguuu guuguucgua acacuucuug cguagcucuu ugaucuauag guuauuugcu 180
cuagguucga accguugcgu ggucuuuuga ucuauggguu guuuguucau caaaaccuuu 240
cuuguguggc cuuuuggucu guagauuguu uguuuccaac gacguacu 288
配列番号１５
<211> 288
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対する環状人工配列
(chikvRSE)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..39
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 54..86
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 101..133
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 148..180
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 195..227
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 242..274
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＲＳＥ２（チクングニアウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 15
gcgccguugc guggcucuuu ggucuauggg uuguuugcuu gcggguugcc cucuugugua 60
gcuuuuugau cuguggguua uuugcuugcc cgcgagcagg uugcguaguu cuuugauuug 120
uagguuguuu gcuguucgua acacuucuug cguaguuuuu ugaucuaugg auuguuugcu 180
cuagguucga accguugcgu agcucuuugg uuuauagauu auuugcucau caaaaccuuu 240
cuuguguggu ccuuugaucu auagguuauu ugcuuccaac gacguacu 288
配列番号１６
<211> 620
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスに対する広域スペクトル環状ＲＮＡ
(DENV1 cHP_ HCV CDS2_T)
<220>
<221> misc_feature
<222> 16..48
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 58..90
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 100..132
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 142..174
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 184..216
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 226..258
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 268..300
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 330..340
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 354..364
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 378..388
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 402..412
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 426..436
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 450..460
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 474..484
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 498..508
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 522..532
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 546..556
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 570..580
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 594..604
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 16
ggauccgcgg cgccgauguu ggggggugug uuuuuugucu uuuuucguug ggguguaaug 60
uugagaggcg uguuuuuugc uuuuuuuugu gcaccuuaua uauugggagg uguguuuuuc 120
gcuuuuuucc gucuggcugg cauauugggg ggcguguuuu ucguuuuuuu ucguuacaag 180
cuaauauuga aggguguguu uuucgccuuu uuccguguua aagauauguu gaaaggcgug 240
uuuuucguuu uuuuccguaa guuuuaaaua uuggagggcg uguuuuucgc uuuuuucugu 300
agaccggaac cgggaauuca cucgagcccc cuggggcucu gaugaggaac cucucugggg 360
uccccacagc gagucuccuu ggggccccua gaaugaaguu cuuugggguu ucauagcacg 420
guucuccugg gguuuucaua cgauugucuc uuggggucuu gcguguuuac ccuuuugggg 480
uccugcuaag ggggcuuucu ggggccuuuc gaauaagucu uuuuggggcc ucguuuuauc 540
acucuucugg gguucccagc cuuucccuuc uuggggcucc uccgaccaug ccccuugggg 600
uucuacccug uaugggaucc 620
配列番号１７
<211> 298
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞Ｃ型肝炎ウイルス及びデングウイルスに対する広域スペクトル環状ＲＮＡ
(DENV1 cHP_ HCV CDS2_1)
<220>
<221> misc_feature
<222> 7..22
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 35..67
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 80..95
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 108..140
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 153..168
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 181..213
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 226..241
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ＣＤＳ２（２）（ｃ型肝炎ウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<220>
<221> misc_feature
<222> 254..286
＜２２３＞／ｎｏｔｅ＝「ｃｈｐ（デングウイルス）に対するハイブリダイゼーション部位」
<400> 17
gcgccgccug gcuugggguu uucccaggac ucuaauauug gaaggcgugu uuuuugucuu 60
uuuucguguc cugccuccuc uuagccuggg guuuuacgac cgcaccuaug uugagaggug 120
uguuuuuugc cuuuuuucgu uugauacccu cauuuaaucu ggggcucuag gugcagcaaa 180
auguuggagg gcguguuuuu cguuuuuuuc uguccugcac gaucucccga uuugggguuc 240
ucguugguga cguauauuga gggguguguu uuucgcuuuu uuucguauug gacgucgu 298
配列番号１８
<211> 41
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞配列が特定の値を有さない、図４による動作モードの概要例を示すための人工配列
<400> 18
aacgccaugc aagcgcgcag aucgagcugu gcgcuuuuuu u 41
配列番号１９
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> circ_wnv_sIII_2
<400> 19
ugcaguuaga uaaacuuucc gguuugauuu ucucuucaaa agacaguucu ucgaacuucc 60
cggcuugguu uucuuuucaa aaauggggcc ccucaacuuc cuggucuggu uuucuccuua 120
aaaggcuaua cgaucaacuu ucuggccuga cuuucuucuu aaaaagcuau caucgcaacu 180
ucucggcuug acuuucucuu uaaaacccuc gguaaccaac uuuucggccu gauuuucuuc 240
ucaaaaguuu uggcgacuaa cuucuugguu uggcuuucuc cucaaaaaau auaaacagc 299
配列番号２０
<211> 11029
<212> RNA
＜２１３＞西ナイルウイルス
<220>
＜２２３＞ゲノム西ナイルウイルス
<400> 20
aguaguucgc cugugugagc ugacaaacuu aguaguguuu gugaggauua acaacaauua 60
acacagugcg agcuguuucu uagcacgaag aucucgaugu cuaagaaacc aggagggccc 120
ggcaagagcc gggcugucaa uaugcuaaaa cgcggaaugc cccgcguguu guccuugauu 180
ggacugaaga gggcuauguu gagccugauc gacggcaagg ggccaauacg auuuguguug 240
gcucucuugg cguucuucag guucacagca auugcuccga cccgagcagu gcuggaucga 300
uggagaggug ugaacaaaca aacagcgaug aaacaccuuc ugaguuuuaa gaaggaacua 360
gggaccuuga ccagugcuau caaucggcgg agcucaaaac aaaagaaaag aggaggaaag 420
accggaauug cagucaugau uggccugauu gccagcguag gagcaguuac ccucucuaac 480
uuccaaggga aggugaugau gacgguaaau gcuacugacg ucacagaugu caucacgauu 540
ccaacagcug cuggaaagaa ccuaugcauu gucagagcaa uggauguggg auacaugugc 600
gaugauacua ucacuuauga augcccagug cugucggcug guaaugaucc agaagacauc 660
gacuguuggu gcacaaaguc agcagucuac gucagguaug gaagaugcac caagacacgc 720
cacucaagac gcagucggag gucacugaca gugcagacac acggagaaag cacucuagcg 780
aacaagaagg gggcuuggau ggacagcacc aaggccacaa gguauuuggu aaaaacagaa 840
ucauggaucu ugaggaaccc uggauaugcc cugguggcag ccgucauugg uuggaugcuu 900
gggagcaaca ccaugcagag aguuguguuu gucgugcuau ugcuuuuggu ggccccagcu 960
uacagcuuca acugccuugg aaugagcaac agagacuucu uggaaggagu gucuggagca 1020
acaugggugg auuugguucu cgaaggcgac agcugcguga cuaucauguc uaaggacaag 1080
ccuaccaucg augugaagau gaugaauaug gaggcggcca accuggcaga gguccgcagu 1140
uauugcuauu uggcuaccgu cagcgaucuc uccaccaaag cugcgugccc gaccauggga 1200
gaagcucaca augacaaacg ugcugaccca gcuuuugugu gcagacaagg agugguggac 1260
aggggcuggg gcaacggcug cggacuauuu ggcaaaggaa gcauugacac augcgccaaa 1320
uuugccugcu cuaccaaggc aauaggaaga accaucuuga aagagaauau caaguacgaa 1380
guggccauuu uuguccaugg accaacuacu guggagucgc acggaaacua cuccacacag 1440
guuggagcca cucaggcagg gagauucagc aucacuccug cggcgccuuc auacacacua 1500
aagcuuggag aauauggaga ggugacagug gacugugaac cacggucagg gauugacacc 1560
aaugcauacu acgugaugac uguuggaaca aagacguucu ugguccaucg ugagugguuc 1620
auggaccuca accucccuug gagcagugcu ggaaguacug uguggaggaa cagagagacg 1680
uuaauggagu uugaggaacc acacgccacg aagcagucug ugauagcauu gggcucacaa 1740
gagggagcuc ugcaucaagc uuuggcugga gccauuccug uggaauuuuc aagcaacacu 1800
gucaaguuga cgucggguca uuugaagugu agagugaaga uggaaaaauu gcaguugaag 1860
ggaacaaccu auggcgucug uucaaaggcu uucaaguuuc uugggacucc cgcagacaca 1920
ggucacggca cugugguguu ggaauugcag uacacuggca cggauggacc uugcaaaguu 1980
ccuaucucgu caguggcuuc auugaacgac cuaacgccag ugggcagauu ggucacuguc 2040
aacccuuuug uuucaguggc cacggccaac gcuaaggucc ugauugaauu ggaaccaccc 2100
uuuggagacu cauacauagu ggugggcaga ggagaacaac agaucaauca ccauuggcac 2160
aagucuggaa gcagcauugg caaagccuuu acaaccaccc ucaaaggagc gcagagacua 2220
gccgcucuag gagacacagc uugggacuuu ggaucaguug gagggguguu caccucaguu 2280
gggaaggcug uccaucaagu guucggagga gcauuccgcu cacuguucgg aggcaugucc 2340
uggauaacgc aaggauugcu gggggcucuc cuguugugga ugggcaucaa ugcucgugau 2400
agguccauag cucucacguu ucucgcaguu ggaggaguuc ugcucuuccu cuccgugaac 2460
gugcacgcug acacugggug ugccauagac aucagccggc aagagcugag auguggaagu 2520
ggaguguuca uacacaauga uguggaggcu uggauggacc gguacaagua uuacccugaa 2580
acgccacaag gccuagccaa gaucauucag aaagcucaua aggaaggagu gugcggucua 2640
cgaucaguuu ccagacugga gcaucaaaug ugggaagcag ugaaggacga gcugaacacu 2700
cuuuugaagg agaauggugu ggaccuuagu gucgugguug agaaacagga gggaauguac 2760
aagucagcac cuaaacgccu caccgccacc acggaaaaau uggaaauugg cuggaaggcc 2820
uggggaaaga guauuuuauu ugcaccagaa cucgccaaca acaccuuugu gguugauggu 2880
ccggagacca aggaaugucc gacucagaau cgcgcuugga auagcuuaga aguggaggau 2940
uuuggauuug gucucaccag cacucggaug uuccugaagg ucagagagag caacacaacu 3000
gaaugugacu cgaagaucau uggaacggcu gucaagaaca acuuggcgau ccacagugac 3060
cuguccuauu ggauugaaag caggcucaau gauacgugga agcuugaaag ggcaguucug 3120
ggugaaguca aaucauguac guggccugag acgcauaccu uguggggcga uggaauccuu 3180
gagagugacu ugauaauacc agucacacug gcgggaccac gaagcaauca caaucggaga 3240
ccuggguaca agacacaaaa ccagggccca ugggacgaag gccggguaga gauugacuuc 3300
gauuacugcc caggaacuac ggucacccug agugagagcu gcggacaccg uggaccugcc 3360
acucgcacca ccacagagag cggaaaguug auaacagauu ggugcugcag gagcugcacc 3420
uuaccaccac ugcgcuacca aacugacagc ggcuguuggu augguaugga gaucagacca 3480
cagagacaug augaaaagac ccucgugcag ucacaaguga augcuuauaa ugcugauaug 3540
auugacccuu uucaguuggg ccuucugguc guguucuugg ccacccagga gguccuucgc 3600
aagaggugga cagccaagau cagcaugcca gcuauacuga uugcucugcu aguccuggug 3660
uuugggggca uuacuuacac ugauguguua cgcuauguca ucuugguggg ggcagcuuuc 3720
gcagaaucua auucgggagg agacguggua cacuuggcgc ucauggcgac cuucaagaua 3780
caaccagugu uuaugguggc aucguuucuc aaagcgagau ggaccaacca ggagaacauu 3840
uuguugaugu uggcggcugu uuucuuucaa auggcuuauc acgaugcccg ccaaauucug 3900
cucugggaga ucccugaugu guugaauuca cuggcgguag cuuggaugau acugagagcc 3960
auaacauuca caacgacauc aaacgugguu guuccgcugc uagcccugcu aacacccggg 4020
cugagacgcu ugaaucugga uguguacagg auacugcugu ugauggucgg aauaggcagc 4080
uugaucaggg agaagaggag ugcagcugca aaaaagaaag gagcaagucu gcuaugcuug 4140
gcucuagccu caacaggacu uuucaacccc augauccuug cugcuggacu gauugcaugu 4200
gaucccaacc guaaacgcgg auggcccgca acugaaguga ugacagcugu cggccuaaug 4260
uuugccaucg ucggagggcu ggcagagcuu gacauugacu ccauggccau uccaaugacu 4320
aucgcggggc ucauguuugc ugcuuucgug auuucuggga aaucaacaga uauguggauu 4380
gagagaacgg cggacauuuc cugggaaagu gaugcagaaa uuacaggcuc gagcgaaaga 4440
guugaugugc ggcuugauga ugauggaaac uuccagcuca ugaaugaucc aggagcaccu 4500
uggaagauau ggaugcucag aauggucugu cucgcgauua gugcguacac ccccugggca 4560
aucuugcccu caguaguugg auuuuggaua acucuccaau acacaaagag aggaggcgug 4620
uugugggaca cucccucacc aaaggaguac aaaaaggggg acacgaccac cggcgucuac 4680
aggaucauga cucgugggcu gcucggcagu uaucaagcag gagcgggcgu gaugguugaa 4740
gguguuuucc acacccuuug gcauacaaca aaaggagccg cuuugaugag cggagagggc 4800
cgccuggacc cauacugggg cagugucaag gaggaucgac uuuguuacgg aggacccugg 4860
aaauugcagc acaaguggaa cgggcaggau gaggugcaga ugauuguggu ggaaccuggc 4920
aagaacguua agaacguccg gacgaaacca gggguguuca aaacaccuga aggagaaauc 4980
ggggccguga cuuuggacuu ccccacugga acaucaggcu caccaauagu ggacaaaaac 5040
ggugauguga uugggcuuua uggcaaugga gucauaaugc ccaacggcuc auacauaagc 5100
gcgauagugc agggugaaag gauggaugag ccaaucccag ccggauucga accugagaug 5160
cugaggaaaa aacagaucac uguacuggau cuccaucccg gcgccgguaa aacaaggagg 5220
auucugccac agaucaucaa agaggccaua aacagaagac ugagaacagc cgugcuagca 5280
ccaaccaggg uuguggcugc ugagauggcu gaagcacuga gaggacugcc cauccgguac 5340
cagacauccg cagugcccag agaacauaau ggaaaugaga uuguugaugu caugugucau 5400
gcuacccuca cccacaggcu gaugucuccu cacagggugc cgaacuacaa ccuguucgug 5460
auggaugagg cucauuucac cgacccagcu agcauugcag caagagguua cauuuccaca 5520
aaggucgagc uaggggaggc ggcggcaaua uucaugacag ccaccccacc aggcacuuca 5580
gauccauucc cagaguccaa uucaccaauu uccgacuuac agacugagau cccggaucga 5640
gcuuggaacu cuggauacga auggaucaca gaauacaccg ggaagacggu uugguuugug 5700
ccuaguguca agauggggaa ugagauugcc cuuugccuac aacgugcugg aaagaaagua 5760
guccaauuga acagaaaguc guacgagacg gaguacccaa aauguaagaa cgaugauugg 5820
gacuuuguua ucacaacaga cauaucugaa augggggcua acuucaaggc gagcagggug 5880
auugacagcc ggaagagugu gaaaccaacc aucauaacag aaggagaagg gagagugauc 5940
cugggagaac caucugcagu gacagcagcu agugccgccc agagacgugg acguaucggu 6000
agaaauccgu cgcaaguugg ugaugaguac uguuaugggg ggcacacgaa ugaagacgac 6060
ucgaacuucg cccauuggac ugaggcacga aucaugcugg acaacaucaa caugccaaac 6120
ggacugaucg cucaauucua ccaaccagag cgugagaagg uauauaccau ggauggggaa 6180
uaccggcuca gaggagaaga gagaaaaaac uuucuggaac uguugaggac ugcagaucug 6240
ccaguuuggc uggcuuacaa gguugcagcg gcuggagugu cauaccacga ccggaggugg 6300
ugcuuugaug guccuaggac aaacacaauu uuagaagaca acaacgaagu ggaagucauc 6360
acgaagcuug gugaaaggaa gauucugagg ccgcgcugga uugacgccag gguguacucg 6420
gaucaccagg cacuaaaggc guucaaggac uucgccucgg gaaaacguuc ucagauaggg 6480
cucauugagg uucugggaaa gaugccugag cacuucaugg ggaagacaug ggaagcacuu 6540
gacaccaugu acguuguggc cacugcagag aaaggaggaa gagcucacag aauggcccug 6600
gaggaacugc cagaugcucu ucagacaauu gccuugauug ccuuauugag ugugaugacc 6660
augggaguau ucuuccuccu caugcagcgg aagggcauug gaaagauagg uuugggaggc 6720
gcugucuugg gagucgcgac cuuuuucugu uggauggcug aaguuccagg aacgaagauc 6780
gccggaaugu ugcugcucuc ccuucucuug augauugugc uaauuccuga gccagagaag 6840
caacguucgc agacagacaa ccagcuagcc guguuccuga uuugugucau gacccuugug 6900
agcgcagugg cagccaacga gauggguugg cuagauaaga ccaagaguga cauaagcagu 6960
uuguuugggc aaagaauuga ggucaaggag aauuucagca ugggagaguu ccuucuggac 7020
uugaggccgg caacagccug gucacuguac gcugugacaa cagcgguccu cacuccacug 7080
cuaaagcauu ugaucacguc agauuacauc aacaccucau ugaccucaau aaacguucag 7140
gcaagugcac uauucacacu cgcgcgaggc uuccccuucg ucgauguugg agugucggcu 7200
cuccugcuag cagccggaug cuggggacaa gucacccuca ccguuacggu aacagcggca 7260
acacuccuuu uuugccacua ugccuacaug guucccgguu ggcaagcuga ggcaaugcgc 7320
ucagcccagc ggcggacagc ggccggaauc augaagaacg cuguagugga uggcaucgug 7380
gccacggacg ucccagaauu agagcgcacc acacccauca ugcagaagaa aguuggacag 7440
aucaugcuga ucuugguguc ucuagcugca guaguaguga acccgucugu gaagacagua 7500
cgagaagccg gaauuuugau cacggccgca gcggugacgc uuugggagaa uggagcaagc 7560
ucuguuugga acgcaacaac ugccaucgga cucugccaca ucaugcgugg ggguugguug 7620
ucaugucuau ccauaacaug gacacucaua aagaacaugg aaaaaccagg acuaaaaaga 7680
gguggggcaa aaggacgcac cuugggagag guuuggaaag aaagacucaa ccagaugaca 7740
aaagaagagu ucacuaggua ccgcaaagag gccaucaucg aagucgaucg cucagcggca 7800
aaacacgcca ggaaagaagg caaugucacu ggagggcauc cagucucuag gggcacagca 7860
aaacugagau ggcuggucga acggagguuu cucgaaccgg ucggaaaagu gauugaccuu 7920
ggauguggaa gaggcgguug guguuacuau auggcaaccc aaaaaagagu ccaagaaguc 7980
agaggguaca caaagggcgg ucccggacau gaagagcccc aacuagugca aaguuaugga 8040
uggaacauug ucaccaugaa gaguggagug gauguguucu acagaccuuc ugaguguugu 8100
gacacccucc uuugugacau cggagagucc ucgucaagug cugagguuga agagcauagg 8160
acgauucggg uccuugaaau gguugaggac uggcugcacc gagggccaag ggaauuuugc 8220
gugaaggugc ucugccccua caugccgaaa gucauagaga agauggagcu gcuccaacgc 8280
cgguaugggg ggggacuggu cagaaaccca cucucacgga auuccacgca cgagauguau 8340
ugggugaguc gagcuucagg caauguggua cauucaguga auaugaccag ccaggugcuc 8400
cuaggaagaa uggaaaaaag gaccuggaag ggaccccaau acgaggaaga uguaaacuug 8460
ggaaguggaa ccagggcggu gggaaaaccc cugcucaacu cagacaccag uaaaaucaag 8520
aacaggauug aacgacucag gcgugaguac aguucgacgu ggcaccacga ugagaaccac 8580
ccauauagaa ccuggaacua ucacggcagu uaugauguga agcccacagg cuccgccagu 8640
ucgcugguca auggaguggu caggcuccuc ucaaaaccau gggacaccau cacgaauguu 8700
accaccaugg ccaugacuga cacuacuccc uucgggcagc agcgaguguu caaagagaag 8760
guggacacga aagcuccuga accgccagaa ggagugaagu acgugcucaa cgagaccacc 8820
aacugguugu gggcguuuuu ggccagagaa aaacguccca gaaugugcuc ucgagaggaa 8880
uucauaagaa aggucaacag caaugcagcu uugggugcca uguuugaaga gcagaaucaa 8940
uggaggagcg ccagagaagc aguugaagau ccaaaauuuu gggagauggu ggaugaggag 9000
cgcgaggcac aucugcgggg ggaaugucac acuugcauuu acaacaugau gggaaagaga 9060
gagaaaaaac ccggagaguu cggaaaggcc aagggaagca gagccauuug guucaugugg 9120
cucggagcuc gcuuucugga guucgaggcu cuggguuuuc ucaaugaaga ccacuggcuu 9180
ggaagaaaga acucaggagg aggugucgag ggcuugggcc uccaaaaacu ggguuacauc 9240
cugcgugaag uuggcacccg gccugggggc aagaucuaug cugaugacac agcuggcugg 9300
gacacccgca ucacgagagc ugacuuggaa aaugaagcua aggugcuuga gcugcuugau 9360
ggggaacauc ggcgucuugc cagggccauc auugagcuca ccuaucguca caaaguugug 9420
aaagugaugc gcccggcugc ugauggaaga accgucaugg auguuaucuc cagagaagau 9480
cagaggggga guggacaagu ugucaccuac gcccuaaaca cuuucaccaa ccuggccguc 9540
cagcugguga ggaugaugga aggggaagga gugauuggcc cagaugaugu ggagaaacuc 9600
acaaaaggga aaggacccaa agucaggacc uggcuguuug agaaugggga agaaagacuc 9660
agccgcaugg cugucagugg agaugacugu gugguaaagc cccuggacga ucgcuuugcc 9720
accucgcucc acuuccucaa ugcuauguca aagguucgca aagacaucca agaguggaaa 9780
ccgucaacug gaugguauga uuggcagcag guuccauuuu gcucaaacca uuucacugaa 9840
uugaucauga aagauggaag aacacuggug guuccaugcc gaggacagga ugaauuggua 9900
ggcagagcuc gcauaucucc aggggccgga uggaacgucc gcgacacugc uugucuggcu 9960
aagucuuaug cccagaugug gcugcuucug uacuuccaca gaagagaccu gcggcucaug 10020
gccaacgcca uuugcuccgc ugucccugug aauugggucc cuaccggaag aaccacgugg 10080
uccauccaug caggaggaga guggaugaca acagaggaca uguuggaggu cuggaaccgu 10140
guuuggauag aggagaauga auggauggaa gacaaaaccc caguggagaa auggagugac 10200
gucccauauu caggaaaacg agaggacauc ugguguggca gccugauugg cacaagagcc 10260
cgagccacgu gggcagaaaa cauccaggug gcuaucaacc aagucagagc aaucaucgga 10320
gaugagaagu auguggauua caugaguuca cuaaagagau augaagacac aacuuugguu 10380
gaggacacag uacuguagau auuuaaucaa uuguaaauag acaauauaag uaugcauaaa 10440
aguguaguuu uauaguagua uuuaguggug uuaguguaaa uaguuaagaa aauuuugagg 10500
agaaagucag gccgggaagu ucccgccacc ggaaguugag uagacggugc ugccugcgac 10560
ucaaccccag gaggacuggg ugaacaaagc cgcgaaguga uccauguaag cccucagaac 10620
cguuucggaa ggaggacccc acauguugua acuucaaagc ccaaugucag accacgcuac 10680
ggcgugcuac ucugcggaga gugcagucug cgauagugcc ccaggaggac uggguuaaca 10740
aaggcaaacc aacgccccac gcggcccuag ccccgguaau gguguuaacc agggcgaaag 10800
gacuagaggu uagaggagac cccgcgguuu aaagugcacg gcccagccug gcugaagcug 10860
uaggucaggg gaaggacuag agguuagugg agaccccgug ccacaaaaca ccacaacaaa 10920
acagcauauu gacaccuggg auagacuagg agaucuucug cucugcacaa ccagccacac 10980
ggcacagugc gccgacaaug guggcuggug gugcgagaac acaggaucu 11029
配列番号２１
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_A
<400> 21
ugcaguuaga uaauauuggg agguguguuu uuugccuuuu uccguagauc cucgcgaaac 60
uucuuggccu gguuuucuuu ucaaaagagu ccuuacguau auuggagggu guguuuuucg 120
cuuuuuuccg ucucggaaac gauaacuucc uggcuugauu uuuucuucaa aagcugcguu 180
aucuauauug agaggcgugu uuuucgucuu uuuccguucc aaccuggaga acuuuuuggc 240
cugauuuucu cuucaaaacc aggccguacc 270
配列番号２２
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_B
<400> 22
ugcaguuaga uaauauugga aggcguguuu uuugcuuuuu uccguagauc cuaacggaac 60
uuccuggccu gauuuucuuc uuaaaagagu ccuuacguau auugaaaggu guguuuuucg 120
ccuuuuuccg ucucggaaac gauaacuuuc cggccugguu uuuuccuuaa aagcugcguu 180
aucuauauug aggggugugu uuuuugucuu uuuccguucc aaccuggaga acuuccuggu 240
uuggcuuuuu ucuugaaacc aggccguacc 270
配列番号２３
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> dchp_wsII_C
<400> 23
ugcaguuaga uaauauuggg agguguguuu uuugccuuuu uccguagauc cucgcgaaac 60
uucuuggccu gguuuucuuu ucaaaagagu ccuuacguau auuggagggu guguuuuucg 120
cuuuuuuccg ucucggaaac gauaacuucc uggcuugauu uuuucuucaa aagcugcguu 180
aucuauauug agaggcgugu uuuucgucuu uuuccguucc aaccuggaga acuucccggc 240
cugacuuuuu ccuuaaaacc aggccguacc 270
配列番号２４
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> circ_wnv_sIII_1
<400> 24
ugcaguuaga uaaacuuucu gguuugguuu ucuccucaaa agacaguucu ucgaacuucc 60
cgguuugauu uucucuuuaa aaauggggcc ccucaacuuc uuggucugac uuucucuuca 120
aaaggcuaua cgaucaacuu cucggccuga uuuucuuuuc aaaaagcuau caucgcaacu 180
uccuggucug guuuucuucu caaaacccuc gguaaccaac uuuccggcuu gacuuucuuc 240
uuaaaacguu uugcgacaaa cuuuucggcu uggcuuucuc cuuaaaauau guaaacagc 299
配列番号２５
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＩＲＥＳ Ｃｉｒｃ ＨＣＶ１
<400> 25
cuccgccaug aaucacuccc cugugaggaa cua 33
配列番号２６
<211> 24
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＩＲＥＳ Ｃｉｒｃ ＨＣＶ２
<400> 26
ucucguagac cgugcaccau gagc 24
配列番号２７
<211> 28
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｃＨＰ（ＣＤＳ１）ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１
<400> 27
ccaaaagaaa caccaaccgu cgcccaga 28
配列番号２８
<211> 16
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＣＤＳ２ ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２
<400> 28
ggggccccag g 16
配列番号２９
<211> 32
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｓＨＰ（３’ＵＴＲ）ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ
<400> 29
aacagcauau ugacgcuggg aaagaccaga ga 32
配列番号３０
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ｃＨＰ１／２ ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１／２
<400> 30
acggaaaaag gcgaaaaaca cgccuuucaa uau 33
配列番号３１
<211> 34
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列Ｃｈｉｋｖ＿ｒｅ
<400> 31
gcugcuguaa aacguuggcu uuuuuagccg uaau 34
配列番号３２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＤＥＮＶ ｃＨＰ及びＨＣＶに対する広域スペクトル環状人工配列
CDS (circ_dv_cHP_v1_circ_hcv_cds2_2)
<400> 32
gcgccgaugu ugaaaggugu guuuuucguu uuuuucuguc aaguguagga ucuucugggg 60
ucucgggccc cacgaccaau guuggggggc guguuuuucg cuuuuuucug ucaaaauaau 120
guugaccugg gguucuuuac ugaacucauu auguugggag gcguguuuuu ugucuuuuuu 180
uguuuuaucu acacccgucu gggguuuugu cggcgccacg acauguuggg ggguguguuu 240
uuugccuuuu uccgucucag ugcggcgccc uugggguucc cuuucgcauc acgu 294
配列番号３３
<211> 35
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列５ ＵＴＲ ｃｈｉｋｖ５ｕｔｒ
<400> 33
acacacguag ccuaccaguu ucuuacugcu cuacu 35
配列番号３４
<211> 29903
<212> RNA
＜２１３＞コロナウイルス科
<220>
＜２２３＞ＮＣ＿０４５５１２．２重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）分離株Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１、完全ゲノム
<400> 34
auuaaagguu uauaccuucc cagguaacaa accaaccaac uuucgaucuc uuguagaucu 60
guucucuaaa cgaacuuuaa aaucugugug gcugucacuc ggcugcaugc uuagugcacu 120
cacgcaguau aauuaauaac uaauuacugu cguugacagg acacgaguaa cucgucuauc 180
uucugcaggc ugcuuacggu uucguccgug uugcagccga ucaucagcac aucuagguuu 240
cguccgggug ugaccgaaag guaagaugga gagccuuguc ccugguuuca acgagaaaac 300
acacguccaa cucaguuugc cuguuuuaca gguucgcgac gugcucguac guggcuuugg 360
agacuccgug gaggaggucu uaucagaggc acgucaacau cuuaaagaug gcacuugugg 420
cuuaguagaa guugaaaaag gcguuuugcc ucaacuugaa cagcccuaug uguucaucaa 480
acguucggau gcucgaacug caccucaugg ucauguuaug guugagcugg uagcagaacu 540
cgaaggcauu caguacgguc guagugguga gacacuuggu guccuugucc cucauguggg 600
cgaaauacca guggcuuacc gcaagguucu ucuucguaag aacgguaaua aaggagcugg 660
uggccauagu uacggcgccg aucuaaaguc auuugacuua ggcgacgagc uuggcacuga 720
uccuuaugaa gauuuucaag aaaacuggaa cacuaaacau agcaguggug uuacccguga 780
acucaugcgu gagcuuaacg gaggggcaua cacucgcuau gucgauaaca acuucugugg 840
cccugauggc uacccucuug agugcauuaa agaccuucua gcacgugcug guaaagcuuc 900
augcacuuug uccgaacaac uggacuuuau ugacacuaag agggguguau acugcugccg 960
ugaacaugag caugaaauug cuugguacac ggaacguucu gaaaagagcu augaauugca 1020
gacaccuuuu gaaauuaaau uggcaaagaa auuugacacc uucaaugggg aauguccaaa 1080
uuuuguauuu cccuuaaauu ccauaaucaa gacuauucaa ccaaggguug aaaagaaaaa 1140
gcuugauggc uuuaugggua gaauucgauc ugucuaucca guugcgucac caaaugaaug 1200
caaccaaaug ugccuuucaa cucucaugaa gugugaucau uguggugaaa cuucauggca 1260
gacgggcgau uuuguuaaag ccacuugcga auuuuguggc acugagaauu ugacuaaaga 1320
aggugccacu acuugugguu acuuacccca aaaugcuguu guuaaaauuu auuguccagc 1380
augucacaau ucagaaguag gaccugagca uagucuugcc gaauaccaua augaaucugg 1440
cuugaaaacc auucuucgua aggguggucg cacuauugcc uuuggaggcu guguguucuc 1500
uuauguuggu ugccauaaca agugugccua uuggguucca cgugcuagcg cuaacauagg 1560
uuguaaccau acagguguug uuggagaagg uuccgaaggu cuuaaugaca accuucuuga 1620
aauacuccaa aaagagaaag ucaacaucaa uauuguuggu gacuuuaaac uuaaugaaga 1680
gaucgccauu auuuuggcau cuuuuucugc uuccacaagu gcuuuugugg aaacugugaa 1740
agguuuggau uauaaagcau ucaaacaaau uguugaaucc ugugguaauu uuaaaguuac 1800
aaaaggaaaa gcuaaaaaag gugccuggaa uauuggugaa cagaaaucaa uacugagucc 1860
ucuuuaugca uuugcaucag aggcugcucg uguuguacga ucaauuuucu cccgcacucu 1920
ugaaacugcu caaaauucug ugcguguuuu acagaaggcc gcuauaacaa uacuagaugg 1980
aauuucacag uauucacuga gacucauuga ugcuaugaug uucacaucug auuuggcuac 2040
uaacaaucua guuguaaugg ccuacauuac aggugguguu guucaguuga cuucgcagug 2100
gcuaacuaac aucuuuggca cuguuuauga aaaacucaaa cccguccuug auuggcuuga 2160
agagaaguuu aaggaaggug uagaguuucu uagagacggu ugggaaauug uuaaauuuau 2220
cucaaccugu gcuugugaaa uugucggugg acaaauuguc accugugcaa aggaaauuaa 2280
ggagaguguu cagacauucu uuaagcuugu aaauaaauuu uuggcuuugu gugcugacuc 2340
uaucauuauu gguggagcua aacuuaaagc cuugaauuua ggugaaacau uugucacgca 2400
cucaaaggga uuguacagaa aguguguuaa auccagagaa gaaacuggcc uacucaugcc 2460
ucuaaaagcc ccaaaagaaa uuaucuucuu agagggagaa acacuuccca cagaaguguu 2520
aacagaggaa guugucuuga aaacugguga uuuacaacca uuagaacaac cuacuaguga 2580
agcuguugaa gcuccauugg uugguacacc aguuuguauu aacgggcuua uguugcucga 2640
aaucaaagac acagaaaagu acugugcccu ugcaccuaau augaugguaa caaacaauac 2700
cuucacacuc aaaggcggug caccaacaaa gguuacuuuu ggugaugaca cugugauaga 2760
agugcaaggu uacaagagug ugaauaucac uuuugaacuu gaugaaagga uugauaaagu 2820
acuuaaugag aagugcucug ccuauacagu ugaacucggu acagaaguaa augaguucgc 2880
cuguguugug gcagaugcug ucauaaaaac uuugcaacca guaucugaau uacuuacacc 2940
acugggcauu gauuuagaug aguggaguau ggcuacauac uacuuauuug augagucugg 3000
ugaguuuaaa uuggcuucac auauguauug uucuuucuac ccuccagaug aggaugaaga 3060
agaaggugau ugugaagaag aagaguuuga gccaucaacu caauaugagu augguacuga 3120
agaugauuac caagguaaac cuuuggaauu uggugccacu ucugcugcuc uucaaccuga 3180
agaagagcaa gaagaagauu gguuagauga ugauagucaa caaacuguug gucaacaaga 3240
cggcagugag gacaaucaga caacuacuau ucaaacaauu guugagguuc aaccucaauu 3300
agagauggaa cuuacaccag uuguucagac uauugaagug aauaguuuua gugguuauuu 3360
aaaacuuacu gacaauguau acauuaaaaa ugcagacauu guggaagaag cuaaaaaggu 3420
aaaaccaaca gugguuguua augcagccaa uguuuaccuu aaacauggag gagguguugc 3480
aggagccuua aauaaggcua cuaacaaugc caugcaaguu gaaucugaug auuacauagc 3540
uacuaaugga ccacuuaaag ugggugguag uuguguuuua agcggacaca aucuugcuaa 3600
acacugucuu cauguugucg gcccaaaugu uaacaaaggu gaagacauuc aacuucuuaa 3660
gagugcuuau gaaaauuuua aucagcacga aguucuacuu gcaccauuau uaucagcugg 3720
uauuuuuggu gcugacccua uacauucuuu aagaguuugu guagauacug uucgcacaaa 3780
ugucuacuua gcugucuuug auaaaaaucu cuaugacaaa cuuguuucaa gcuuuuugga 3840
aaugaagagu gaaaagcaag uugaacaaaa gaucgcugag auuccuaaag aggaaguuaa 3900
gccauuuaua acugaaagua aaccuucagu ugaacagaga aaacaagaug auaagaaaau 3960
caaagcuugu guugaagaag uuacaacaac ucuggaagaa acuaaguucc ucacagaaaa 4020
cuuguuacuu uauauugaca uuaauggcaa ucuucaucca gauucugcca cucuuguuag 4080
ugacauugac aucacuuucu uaaagaaaga ugcuccauau auagugggug auguuguuca 4140
agaggguguu uuaacugcug ugguuauacc uacuaaaaag gcugguggca cuacugaaau 4200
gcuagcgaaa gcuuugagaa aagugccaac agacaauuau auaaccacuu acccggguca 4260
ggguuuaaau gguuacacug uagaggaggc aaagacagug cuuaaaaagu guaaaagugc 4320
cuuuuacauu cuaccaucua uuaucucuaa ugagaagcaa gaaauucuug gaacuguuuc 4380
uuggaauuug cgagaaaugc uugcacaugc agaagaaaca cgcaaauuaa ugccugucug 4440
uguggaaacu aaagccauag uuucaacuau acagcguaaa uauaagggua uuaaaauaca 4500
agagggugug guugauuaug gugcuagauu uuacuuuuac accaguaaaa caacuguagc 4560
gucacuuauc aacacacuua acgaucuaaa ugaaacucuu guuacaaugc cacuuggcua 4620
uguaacacau ggcuuaaauu uggaagaagc ugcucgguau augagaucuc ucaaagugcc 4680
agcuacaguu ucuguuucuu caccugaugc uguuacagcg uauaaugguu aucuuacuuc 4740
uucuucuaaa acaccugaag aacauuuuau ugaaaccauc ucacuugcug guuccuauaa 4800
agauuggucc uauucuggac aaucuacaca acuagguaua gaauuucuua agagagguga 4860
uaaaagugua uauuacacua guaauccuac cacauuccac cuagauggug aaguuaucac 4920
cuuugacaau cuuaagacac uucuuucuuu gagagaagug aggacuauua agguguuuac 4980
aacaguagac aacauuaacc uccacacgca aguuguggac augucaauga cauauggaca 5040
acaguuuggu ccaacuuauu uggauggagc ugauguuacu aaaauaaaac cucauaauuc 5100
acaugaaggu aaaacauuuu auguuuuacc uaaugaugac acucuacgug uugaggcuuu 5160
ugaguacuac cacacaacug auccuaguuu ucuggguagg uacaugucag cauuaaauca 5220
cacuaaaaag uggaaauacc cacaaguuaa ugguuuaacu ucuauuaaau gggcagauaa 5280
caacuguuau cuugccacug cauuguuaac acuccaacaa auagaguuga aguuuaaucc 5340
accugcucua caagaugcuu auuacagagc aagggcuggu gaagcugcua acuuuugugc 5400
acuuaucuua gccuacugua auaagacagu aggugaguua ggugauguua gagaaacaau 5460
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cacacuuucu uaugaacaau uuaagaaagg uguucagaua ccuuguacgu gugguaaaca 5640
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ucaguaugaa cuuaagcaug guacauuuac uugugcuagu gaguacacug guaauuacca 5760
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ugaucuugua ccaaaccaac cauauccaaa cgcaagcuuc gauaauuuua aguuuguaug 6060
ugauaauauc aaauuugcug augauuuaaa ccaguuaacu gguuauaaga aaccugcuuc 6120
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uaaacacuac acacccucuu uuaagaaagg agcuaaauug uuacauaaac cuauuguuug 6240
gcauguuaac aaugcaacua auaaagccac guauaaacca aauaccuggu guauacguug 6300
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aggagacauu auacuuaaac cagcaaauaa uaguuuaaaa auuacagaag agguuggcca 6540
cacagaucua auggcugcuu auguagacaa uucuagucuu acuauuaaga aaccuaauga 6600
auuaucuaga guauuagguu ugaaaacccu ugcuacucau gguuuagcug cuguuaauag 6660
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uuuaaugucu aauuuaggca ugccuucuua cuguacuggu uacagagaag gcuauuugaa 7080
cucuacuaau gucacuauug caaccuacug uacugguucu auaccuugua guguuugucu 7140
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aucuuuuaaa ugggauuuaa cugcuuuugg cuuaguugca gagugguuuu uggcauauau 7260
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uuacaaacgu aauagagcaa caagagucga auguacaacu auuguuaaug guguuagaag 7560
guccuuuuau gucuaugcua auggagguaa aggcuuuugc aaacuacaca auuggaauug 7620
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uuaugaaaga cauucucucu cucauuuugu uaacuuagac aaccugagag cuaauaacac 7860
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agaucaggca uuagugucug auguugguga uagugcggaa guugcaguua aaauguuuga 8040
ugcuuacguu aauacguuuu caucaacuuu uaacguacca auggaaaaac ucaaaacacu 8100
aguugcaacu gcagaagcug aacuugcaaa gaaugugucc uuagacaaug ucuuaucuac 8160
uuuuauuuca gcagcucggc aaggguuugu ugauucagau guagaaacua aagauguugu 8220
ugaaugucuu aaauugucac aucaaucuga cauagaaguu acuggcgaua guuguaauaa 8280
cuauaugcuc accuauaaca aaguugaaaa caugacaccc cgugaccuug gugcuuguau 8340
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auggaacguu aaagauuuca ugucauuguc ugaacaacua cgaaaacaaa uacguagugc 8460
ugcuaaaaag aauaacuuac cuuuuaaguu gacaugugca acuacuagac aaguuguuaa 8520
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guugcguagu gaugugcuau uaccucuuac gcaauauaau agauacuuag cucuuuauaa 9900
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ggcuucgaug ucgaggggug ucaugcuacu agagaagcug uugguaccaa uuuaccuuua 18360
cagcuagguu uuucuacagg uguuaaccua guugcuguac cuacagguua uguugauaca 18420
ccuaauaaua cagauuuuuc cagaguuagu gcuaaaccac cgccuggaga ucaauuuaaa 18480
caccucauac cacuuaugua caaaggacuu ccuuggaaug uagugcguau aaagauugua 18540
caaauguuaa gugacacacu uaaaaaucuc ucugacagag ucguauuugu cuuaugggca 18600
cauggcuuug aguugacauc uaugaaguau uuugugaaaa uaggaccuga gcgcaccugu 18660
ugucuaugug auagacgugc cacaugcuuu uccacugcuu cagacacuua ugccuguugg 18720
caucauucua uuggauuuga uuacgucuau aauccguuua ugauugaugu ucaacaaugg 18780
gguuuuacag guaaccuaca aagcaaccau gaucuguauu gucaagucca ugguaaugca 18840
cauguagcua guugugaugc aaucaugacu aggugucuag cuguccacga gugcuuuguu 18900
aagcguguug acuggacuau ugaauauccu auaauuggug augaacugaa gauuaaugcg 18960
gcuuguagaa agguucaaca caugguuguu aaagcugcau uauuagcaga caaauuccca 19020
guucuucacg acauugguaa cccuaaagcu auuaagugug uaccucaagc ugauguagaa 19080
uggaaguucu augaugcaca gccuuguagu gacaaagcuu auaaaauaga agaauuauuc 19140
uauucuuaug ccacacauuc ugacaaauuc acagauggug uaugccuauu uuggaauugc 19200
aaugucgaua gauauccugc uaauuccauu guuuguagau uugacacuag agugcuaucu 19260
aaccuuaacu ugccugguug ugaugguggc aguuuguaug uaaauaaaca ugcauuccac 19320
acaccagcuu uugauaaaag ugcuuuuguu aauuuaaaac aauuaccauu uuucuauuac 19380
ucugacaguc caugugaguc ucauggaaaa caaguagugu cagauauaga uuauguacca 19440
cuaaagucug cuacguguau aacacguugc aauuuaggug gugcugucug uagacaucau 19500
gcuaaugagu acagauugua ucucgaugcu uauaacauga ugaucucagc uggcuuuagc 19560
uuguggguuu acaaacaauu ugauacuuau aaccucugga acacuuuuac aagacuucag 19620
aguuuagaaa auguggcuuu uaauguugua aauaagggac acuuugaugg acaacagggu 19680
gaaguaccag uuucuaucau uaauaacacu guuuacacaa aaguugaugg uguugaugua 19740
gaauuguuug aaaauaaaac aacauuaccu guuaauguag cauuugagcu uugggcuaag 19800
cgcaacauua aaccaguacc agaggugaaa auacucaaua auuugggugu ggacauugcu 19860
gcuaauacug ugaucuggga cuacaaaaga gaugcuccag cacauauauc uacuauuggu 19920
guuuguucua ugacugacau agccaagaaa ccaacugaaa cgauuugugc accacucacu 19980
gucuuuuuug augguagagu ugauggucaa guagacuuau uuagaaaugc ccguaauggu 20040
guucuuauua cagaagguag uguuaaaggu uuacaaccau cuguaggucc caaacaagcu 20100
agucuuaaug gagucacauu aauuggagaa gccguaaaaa cacaguucaa uuauuauaag 20160
aaaguugaug guguugucca acaauuaccu gaaacuuacu uuacucagag uagaaauuua 20220
caagaauuua aacccaggag ucaaauggaa auugauuucu uagaauuagc uauggaugaa 20280
uucauugaac gguauaaauu agaaggcuau gccuucgaac auaucguuua uggagauuuu 20340
agucauaguc aguuaggugg uuuacaucua cugauuggac uagcuaaacg uuuuaaggaa 20400
ucaccuuuug aauuagaaga uuuuauuccu auggacagua caguuaaaaa cuauuucaua 20460
acagaugcgc aaacagguuc aucuaagugu guguguucug uuauugauuu auuacuugau 20520
gauuuuguug aaauaauaaa aucccaagau uuaucuguag uuucuaaggu ugucaaagug 20580
acuauugacu auacagaaau uucauuuaug cuuuggugua aagauggcca uguagaaaca 20640
uuuuacccaa aauuacaauc uagucaagcg uggcaaccgg guguugcuau gccuaaucuu 20700
uacaaaaugc aaagaaugcu auuagaaaag ugugaccuuc aaaauuaugg ugauagugca 20760
acauuaccua aaggcauaau gaugaauguc gcaaaauaua cucaacugug ucaauauuua 20820
aacacauuaa cauuagcugu acccuauaau augagaguua uacauuuugg ugcugguucu 20880
gauaaaggag uugcaccagg uacagcuguu uuaagacagu gguugccuac ggguacgcug 20940
cuugucgauu cagaucuuaa ugacuuuguc ucugaugcag auucaacuuu gauuggugau 21000
ugugcaacug uacauacagc uaauaaaugg gaucucauua uuagugauau guacgacccu 21060
aagacuaaaa auguuacaaa agaaaaugac ucuaaagagg guuuuuucac uuacauuugu 21120
ggguuuauac aacaaaagcu agcucuugga gguuccgugg cuauaaagau aacagaacau 21180
ucuuggaaug cugaucuuua uaagcucaug ggacacuucg caugguggac agccuuuguu 21240
acuaauguga augcgucauc aucugaagca uuuuuaauug gauguaauua ucuuggcaaa 21300
ccacgcgaac aaauagaugg uuaugucaug caugcaaauu acauauuuug gaggaauaca 21360
aauccaauuc aguugucuuc cuauucuuua uuugacauga guaaauuucc ccuuaaauua 21420
agggguacug cuguuauguc uuuaaaagaa ggucaaauca augauaugau uuuaucucuu 21480
cuuaguaaag guagacuuau aauuagagaa aacaacagag uuguuauuuc uagugauguu 21540
cuuguuaaca acuaaacgaa caauguuugu uuuucuuguu uuauugccac uagucucuag 21600
ucaguguguu aaucuuacaa ccagaacuca auuacccccu gcauacacua auucuuucac 21660
acgugguguu uauuacccug acaaaguuuu cagauccuca guuuuacauu caacucagga 21720
cuuguucuua ccuuucuuuu ccaauguuac uugguuccau gcuauacaug ucucugggac 21780
caaugguacu aagagguuug auaacccugu ccuaccauuu aaugauggug uuuauuuugc 21840
uuccacugag aagucuaaca uaauaagagg cuggauuuuu gguacuacuu uagauucgaa 21900
gacccagucc cuacuuauug uuaauaacgc uacuaauguu guuauuaaag ucugugaauu 21960
ucaauuuugu aaugauccau uuuugggugu uuauuaccac aaaaacaaca aaaguuggau 22020
ggaaagugag uucagaguuu auucuagugc gaauaauugc acuuuugaau augucucuca 22080
gccuuuucuu auggaccuug aaggaaaaca ggguaauuuc aaaaaucuua gggaauuugu 22140
guuuaagaau auugaugguu auuuuaaaau auauucuaag cacacgccua uuaauuuagu 22200
gcgugaucuc ccucaggguu uuucggcuuu agaaccauug guagauuugc caauagguau 22260
uaacaucacu agguuucaaa cuuuacuugc uuuacauaga aguuauuuga cuccugguga 22320
uucuucuuca gguuggacag cuggugcugc agcuuauuau guggguuauc uucaaccuag 22380
gacuuuucua uuaaaauaua augaaaaugg aaccauuaca gaugcuguag acugugcacu 22440
ugacccucuc ucagaaacaa aguguacguu gaaauccuuc acuguagaaa aaggaaucua 22500
ucaaacuucu aacuuuagag uccaaccaac agaaucuauu guuagauuuc cuaauauuac 22560
aaacuugugc ccuuuuggug aaguuuuuaa cgccaccaga uuugcaucug uuuaugcuug 22620
gaacaggaag agaaucagca acuguguugc ugauuauucu guccuauaua auuccgcauc 22680
auuuuccacu uuuaaguguu auggaguguc uccuacuaaa uuaaaugauc ucugcuuuac 22740
uaaugucuau gcagauucau uuguaauuag aggugaugaa gucagacaaa ucgcuccagg 22800
gcaaacugga aagauugcug auuauaauua uaaauuacca gaugauuuua caggcugcgu 22860
uauagcuugg aauucuaaca aucuugauuc uaagguuggu gguaauuaua auuaccugua 22920
uagauuguuu aggaagucua aucucaaacc uuuugagaga gauauuucaa cugaaaucua 22980
ucaggccggu agcacaccuu guaauggugu ugaagguuuu aauuguuacu uuccuuuaca 23040
aucauauggu uuccaaccca cuaauggugu ugguuaccaa ccauacagag uaguaguacu 23100
uucuuuugaa cuucuacaug caccagcaac uguuugugga ccuaaaaagu cuacuaauuu 23160
gguuaaaaac aaauguguca auuucaacuu caaugguuua acaggcacag guguucuuac 23220
ugagucuaac aaaaaguuuc ugccuuucca acaauuuggc agagacauug cugacacuac 23280
ugaugcuguc cgugauccac agacacuuga gauucuugac auuacaccau guucuuuugg 23340
uggugucagu guuauaacac caggaacaaa uacuucuaac cagguugcug uucuuuauca 23400
ggauguuaac ugcacagaag ucccuguugc uauucaugca gaucaacuua cuccuacuug 23460
gcguguuuau ucuacagguu cuaauguuuu ucaaacacgu gcaggcuguu uaauaggggc 23520
ugaacauguc aacaacucau augaguguga cauacccauu ggugcaggua uaugcgcuag 23580
uuaucagacu cagacuaauu cuccucggcg ggcacguagu guagcuaguc aauccaucau 23640
ugccuacacu augucacuug gugcagaaaa uucaguugcu uacucuaaua acucuauugc 23700
cauacccaca aauuuuacua uuaguguuac cacagaaauu cuaccagugu cuaugaccaa 23760
gacaucagua gauuguacaa uguacauuug uggugauuca acugaaugca gcaaucuuuu 23820
guugcaauau ggcaguuuuu guacacaauu aaaccgugcu uuaacuggaa uagcuguuga 23880
acaagacaaa aacacccaag aaguuuuugc acaagucaaa caaauuuaca aaacaccacc 23940
aauuaaagau uuuggugguu uuaauuuuuc acaaauauua ccagauccau caaaaccaag 24000
caagagguca uuuauugaag aucuacuuuu caacaaagug acacuugcag augcuggcuu 24060
caucaaacaa uauggugauu gccuugguga uauugcugcu agagaccuca uuugugcaca 24120
aaaguuuaac ggccuuacug uuuugccacc uuugcucaca gaugaaauga uugcucaaua 24180
cacuucugca cuguuagcgg guacaaucac uucugguugg accuuuggug caggugcugc 24240
auuacaaaua ccauuugcua ugcaaauggc uuauagguuu aaugguauug gaguuacaca 24300
gaauguucuc uaugagaacc aaaaauugau ugccaaccaa uuuaauagug cuauuggcaa 24360
aauucaagac ucacuuucuu ccacagcaag ugcacuugga aaacuucaag auguggucaa 24420
ccaaaaugca caagcuuuaa acacgcuugu uaaacaacuu agcuccaauu uuggugcaau 24480
uucaaguguu uuaaaugaua uccuuucacg ucuugacaaa guugaggcug aagugcaaau 24540
ugauagguug aucacaggca gacuucaaag uuugcagaca uaugugacuc aacaauuaau 24600
uagagcugca gaaaucagag cuucugcuaa ucuugcugcu acuaaaaugu cagagugugu 24660
acuuggacaa ucaaaaagag uugauuuuug uggaaagggc uaucaucuua uguccuuccc 24720
ucagucagca ccucauggug uagucuucuu gcaugugacu uaugucccug cacaagaaaa 24780
gaacuucaca acugcuccug ccauuuguca ugauggaaaa gcacacuuuc cucgugaagg 24840
ugucuuuguu ucaaauggca cacacugguu uguaacacaa aggaauuuuu augaaccaca 24900
aaucauuacu acagacaaca cauuuguguc ugguaacugu gauguuguaa uaggaauugu 24960
caacaacaca guuuaugauc cuuugcaacc ugaauuagac ucauucaagg aggaguuaga 25020
uaaauauuuu aagaaucaua caucaccaga uguugauuua ggugacaucu cuggcauuaa 25080
ugcuucaguu guaaacauuc aaaaagaaau ugaccgccuc aaugagguug ccaagaauuu 25140
aaaugaaucu cucaucgauc uccaagaacu uggaaaguau gagcaguaua uaaaauggcc 25200
augguacauu uggcuagguu uuauagcugg cuugauugcc auaguaaugg ugacaauuau 25260
gcuuugcugu augaccaguu gcuguaguug ucucaagggc uguuguucuu guggauccug 25320
cugcaaauuu gaugaagacg acucugagcc agugcucaaa ggagucaaau uacauuacac 25380
auaaacgaac uuauggauuu guuuaugaga aucuucacaa uuggaacugu aacuuugaag 25440
caaggugaaa ucaaggaugc uacuccuuca gauuuuguuc gcgcuacugc aacgauaccg 25500
auacaagccu cacucccuuu cggauggcuu auuguuggcg uugcacuucu ugcuguuuuu 25560
cagagcgcuu ccaaaaucau aacccucaaa aagagauggc aacuagcacu cuccaagggu 25620
guucacuuug uuugcaacuu gcuguuguug uuuguaacag uuuacucaca ccuuuugcuc 25680
guugcugcug gccuugaagc cccuuuucuc uaucuuuaug cuuuagucua cuucuugcag 25740
aguauaaacu uuguaagaau aauaaugagg cuuuggcuuu gcuggaaaug ccguuccaaa 25800
aacccauuac uuuaugaugc caacuauuuu cuuugcuggc auacuaauug uuacgacuau 25860
uguauaccuu acaauagugu aacuucuuca auugucauua cuucagguga uggcacaaca 25920
aguccuauuu cugaacauga cuaccagauu ggugguuaua cugaaaaaug ggaaucugga 25980
guaaaagacu guguuguauu acacaguuac uucacuucag acuauuacca gcuguacuca 26040
acucaauuga guacagacac ugguguugaa cauguuaccu ucuucaucua caauaaaauu 26100
guugaugagc cugaagaaca uguccaaauu cacacaaucg acgguucauc cggaguuguu 26160
aauccaguaa uggaaccaau uuaugaugaa ccgacgacga cuacuagcgu gccuuuguaa 26220
gcacaagcug augaguacga acuuauguac ucauucguuu cggaagagac agguacguua 26280
auaguuaaua gcguacuucu uuuucuugcu uucgugguau ucuugcuagu uacacuagcc 26340
auccuuacug cgcuucgauu gugugcguac ugcugcaaua uuguuaacgu gagucuugua 26400
aaaccuucuu uuuacguuua cucucguguu aaaaaucuga auucuucuag aguuccugau 26460
cuucuggucu aaacgaacua aauauuauau uaguuuuucu guuuggaacu uuaauuuuag 26520
ccauggcaga uuccaacggu acuauuaccg uugaagagcu uaaaaagcuc cuugaacaau 26580
ggaaccuagu aauagguuuc cuauuccuua cauggauuug ucuucuacaa uuugccuaug 26640
ccaacaggaa uagguuuuug uauauaauua aguuaauuuu ccucuggcug uuauggccag 26700
uaacuuuagc uuguuuugug cuugcugcug uuuacagaau aaauuggauc accgguggaa 26760
uugcuaucgc aauggcuugu cuuguaggcu ugauguggcu cagcuacuuc auugcuucuu 26820
ucagacuguu ugcgcguacg cguuccaugu ggucauucaa uccagaaacu aacauucuuc 26880
ucaacgugcc acuccauggc acuauucuga ccagaccgcu ucuagaaagu gaacucguaa 26940
ucggagcugu gauccuucgu ggacaucuuc guauugcugg acaccaucua ggacgcugug 27000
acaucaagga ccugccuaaa gaaaucacug uugcuacauc acgaacgcuu ucuuauuaca 27060
aauugggagc uucgcagcgu guagcaggug acucagguuu ugcugcauac agucgcuaca 27120
ggauuggcaa cuauaaauua aacacagacc auuccaguag cagugacaau auugcuuugc 27180
uuguacagua agugacaaca gauguuucau cucguugacu uucagguuac uauagcagag 27240
auauuacuaa uuauuaugag gacuuuuaaa guuuccauuu ggaaucuuga uuacaucaua 27300
aaccucauaa uuaaaaauuu aucuaaguca cuaacugaga auaaauauuc ucaauuagau 27360
gaagagcaac caauggagau ugauuaaacg aacaugaaaa uuauucuuuu cuuggcacug 27420
auaacacucg cuacuuguga gcuuuaucac uaccaagagu guguuagagg uacaacagua 27480
cuuuuaaaag aaccuugcuc uucuggaaca uacgagggca auucaccauu ucauccucua 27540
gcugauaaca aauuugcacu gacuugcuuu agcacucaau uugcuuuugc uuguccugac 27600
ggcguaaaac acgucuauca guuacgugcc agaucaguuu caccuaaacu guucaucaga 27660
caagaggaag uucaagaacu uuacucucca auuuuucuua uuguugcggc aauaguguuu 27720
auaacacuuu gcuucacacu caaaagaaag acagaaugau ugaacuuuca uuaauugacu 27780
ucuauuugug cuuuuuagcc uuucugcuau uccuuguuuu aauuaugcuu auuaucuuuu 27840
gguucucacu ugaacugcaa gaucauaaug aaacuuguca cgccuaaacg aacaugaaau 27900
uucuuguuuu cuuaggaauc aucacaacug uagcugcauu ucaccaagaa uguaguuuac 27960
agucauguac ucaacaucaa ccauauguag uugaugaccc guguccuauu cacuucuauu 28020
cuaaauggua uauuagagua ggagcuagaa aaucagcacc uuuaauugaa uugugcgugg 28080
augaggcugg uucuaaauca cccauucagu acaucgauau cgguaauuau acaguuuccu 28140
guuuaccuuu uacaauuaau ugccaggaac cuaaauuggg uagucuugua gugcguuguu 28200
cguucuauga agacuuuuua gaguaucaug acguucgugu uguuuuagau uucaucuaaa 28260
cgaacaaacu aaaaugucug auaauggacc ccaaaaucag cgaaaugcac cccgcauuac 28320
guuuggugga cccucagauu caacuggcag uaaccagaau ggagaacgca guggggcgcg 28380
aucaaaacaa cgucggcccc aagguuuacc caauaauacu gcgucuuggu ucaccgcucu 28440
cacucaacau ggcaaggaag accuuaaauu cccucgagga caaggcguuc caauuaacac 28500
caauagcagu ccagaugacc aaauuggcua cuaccgaaga gcuaccagac gaauucgugg 28560
uggugacggu aaaaugaaag aucucagucc aagaugguau uucuacuacc uaggaacugg 28620
gccagaagcu ggacuucccu auggugcuaa caaagacggc aucauauggg uugcaacuga 28680
gggagccuug aauacaccaa aagaucacau uggcacccgc aauccugcua acaaugcugc 28740
aaucgugcua caacuuccuc aaggaacaac auugccaaaa ggcuucuacg cagaagggag 28800
cagaggcggc agucaagccu cuucucguuc cucaucacgu agucgcaaca guucaagaaa 28860
uucaacucca ggcagcagua ggggaacuuc uccugcuaga auggcuggca auggcgguga 28920
ugcugcucuu gcuuugcugc ugcuugacag auugaaccag cuugagagca aaaugucugg 28980
uaaaggccaa caacaacaag gccaaacugu cacuaagaaa ucugcugcug aggcuucuaa 29040
gaagccucgg caaaaacgua cugccacuaa agcauacaau guaacacaag cuuucggcag 29100
acguggucca gaacaaaccc aaggaaauuu uggggaccag gaacuaauca gacaaggaac 29160
ugauuacaaa cauuggccgc aaauugcaca auuugccccc agcgcuucag cguucuucgg 29220
aaugucgcgc auuggcaugg aagucacacc uucgggaacg ugguugaccu acacaggugc 29280
caucaaauug gaugacaaag auccaaauuu caaagaucaa gucauuuugc ugaauaagca 29340
uauugacgca uacaaaacau ucccaccaac agagccuaaa aaggacaaaa agaagaaggc 29400
ugaugaaacu caagccuuac cgcagagaca gaagaaacag caaacuguga cucuucuucc 29460
ugcugcagau uuggaugauu ucuccaaaca auugcaacaa uccaugagca gugcugacuc 29520
aacucaggcc uaaacucaug cagaccacac aaggcagaug ggcuauauaa acguuuucgc 29580
uuuuccguuu acgauauaua gucuacucuu gugcagaaug aauucucgua acuacauagc 29640
acaaguagau guaguuaacu uuaaucucac auagcaaucu uuaaucagug uguaacauua 29700
gggaggacuu gaaagagcca ccacauuuuc accgaggcca cgcggaguac gaucgagugu 29760
acagugaaca augcuaggga gagcugccua uauggaagag cccuaaugug uaaaauuaau 29820
uuuaguagug cuauccccau gugauuuuaa uagcuucuua ggagaaugac aaaaaaaaaa 29880
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaa 29903
配列番号３５
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＲＳＥ Ｃｉｒｃ ｃｈｉｋｖＲＳＥ
<400> 35
agcaaauaau cuauagauca aagggcuacg caa 33
配列番号３６
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＡＲＮ １；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 36
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uacuugugcu guguaguuau gagaguuugu uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu uuauuugugu uguguaguua cgggaguucg uuuuguccca 240
cauagaguug cuugugcuau gugguuacgg ggauuuauuu ugccagggcc aaac 294
配列番号３７
<211> 29
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞標的配列ＳＬ ＩＩＩ ３’ ＵＴＲ ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿１／２
<400> 37
uuuugaggag aaagucaggc cgggaaguu 29
配列番号３８
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＡＲＮ ２；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 38
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uacuugugcu guguaguuau gagaguuugu uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu uuguuugugu uguguaguua cggggguucg uuuuguccca 240
cauagaguua cuugugcuau guaguuauga ggauucauuu ugccagggcc aaac 294
配列番号３９
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> Circ Chikv_re
<400> 39
gcgccgauua uggcuaaaag agucaacguu uuguaguagc ugcggguugc ccucauuacg 60
guuaagaggg uuaauguuuu auagcagcug cccgcgagca ggauuauggu uggaaagguu 120
aacguuuugc agcagcguuc guaacacuuc auuauggcua aggaagccaa cguuuugugg 180
uagccuaggu ucgaaccgau uauggcuaga ggggucagcg uuuuauggua gccaucaaaa 240
ccuuucauua cggcugagag agccaauguu uuacaguagc uccaacgacg uacu 294
配列番号４０
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 40
ugcaguuaga uacugcuugu guuauguggu ugugaggguu uauuuugaga uccugcuggu 60
uguuugugcu auguaguuac gaggguucau uuuggauacc uuuagccugc uuguguugug 120
ugguugcgag gauuuauucu gcucggaaac gauuuguuug uguuauguag uuguggggau 180
ucauucuggc ugcuuccucu cugcuugugc uguguaguua ugagaguuug uuuuguccca 240
cauagaguua uuuguguugu guaguugugg gaguuuguuu ugccagggcc aaac 294
配列番号４１
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 41
ugcaguuaga uauuguuugu gcuauguggu uguggggauu cauucugaug ucguauuguu 60
ugcuuguguu gugugguuac gggaauuugu uuugaacucu uaguuguugu uugugcugug 120
uaguuguggg gguuuguucu gauguucuga ucuuuguuug uguuauguag uuacgaggau 180
uuauucuggu gcaacaaguu cuauuugugu uaugugguug cggggguucg uuuugcccgg 240
ccuucgcuua cuuguguugu guaguuguga ggauucguuu uggaugcauc gaac 294
配列番号４２
<211> 294
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ５；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ３’ＵＴＲ複製部位に含まれる標的破壊構造
<400> 42
ugcaguuaga uacuauuugu gcuauguagu ugcggggguu uguuuugugg cuuucuuacc 60
uguuuguguu augugguugu gaggauuugu uuuggccgac ucguuccugc uugugcugug 120
uaguuguggg aguucauuuu guucagaguu agccuacuug uguuauguag uuaugagagu 180
ucguuuugga gagacgcaca cuguuugugu ugugugguua uggggauucg uuuugugggu 240
ccggcuccug uuugugcugu gugguuauga gaauuuguuc ugaagauuua uucc 294
配列番号４３
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 43
ugcaguuaga uaagaucugc aggggguuga ggguugguug auccaggcug cuagaucuau 60
aagggguugg gaguugguuc uuuagcuauc ccagauuugu gagggguugg ggguugguua 120
ggcuuacagu uaagaucuau gggagguugg agguugguua ccgccgaguu auagauuuau 180
aggggaucgg aaguugguua aagcuagggc gaagaucugc gggggguugg aaguugguua 240
uacaacgaau uaagauuuau ggggggucgg ggguugguuu aguaguugga ug 292
配列番号４４
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 44
ugcaguuaga uaggaucuau aagggguugg aaguugguua uguggucgcg cgaggucugu 60
aagagauuga aaguugguug ucacugacgu aaagauuuac gagagaucga ggguugguug 120
aaugucgguc ugggguuugu gggggguugg agguugguua uugguauaac ggaggucuau 180
gagagguuga ggguugguuc gcgauagaca ccgggucugc aggaggucgg aaguugguua 240
guugaacaga cuggguuuau ggggggucga gaguugguua uuuguuccga gg 292
配列番号４５
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ５’ＵＴＲ（ＳｌＩＩ）に含まれる標的破壊構造
<400> 45
ugcaguuaga uaagguuugc gagggauugg aaguugguug aaauguggaa ggggauuugc 60
gagagguuga aaguugguuu uuauuaaagg uaggaucuac aagggauuga agguugguua 120
cccaguagcu caggguuuac aggaggucgg agguugguuu uucuggauag aaaggucuau 180
aagagguuga ggguugguuu ggagauugua acggauuuau gagagaucga gaguugguua 240
aaaacaagga acggauuuac aagggguugg ggguugguua uacuuagcgg ug 292
配列番号４６
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 46
ugcaguuaga uauggugcug ugucgucguc uauucuaagu uugggagauc cugcuggugg 60
uauuauguua cugucuguuc uaaauuugag gauaccuuua gcuggugucg uguuauuguc 120
uguuuuggac uuaggcucgg aaacgauugg uacuguguca cugucuguuu uaggcuugaa 180
gcugcuuccu cuugguguua ugucaucguc uauuuugaac uuggguccca cauagagugg 240
uaccaugucg uugucuguuc uggauuuaaa ccagggccaa ac 282
配列番号４７
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 47
ugcaguuaga uaugguacug ugucacuguc uguucugaac uugagcguuc acgucucugg 60
ugcuauguug ucgucuauuc uaaacuuaag aacuagguau aguggugucg uguuaucguc 120
uauuuugggc uugggggcuc cccuuggugg uaccauguca ccgucuauuc ugaauuuaaa 180
ucucccauag ugugguaucg uguugccguc uauuuuagac uuggaccacc gucuguuugg 240
uacuauguug cugucuguuu ugaacuugag aucagauuaa gg 282
配列番号４８
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 48
ugcaguuaga uaugguaccg ugucgucguc uauuuuggau uuaaaagauc cugcuggugg 60
uauuaugucg uuguuuguuc ugaguuuaaa gauaccuuua gcugguacca uguuaccguc 120
uguucuaagu uuaaacucgg aaacgauugg uauuguguug ucguuuguuc uagauuuaaa 180
gcugcuuccu cuugguaucg ugucgccguc uauucugagc uuaaauccca cauagagugg 240
uacuauguug uugucuauuu ugaguuuaaa ccagggccaa ac 282
配列番号４９
<211> 282
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ａ
<400> 49
ugcaguuaga uaugguaccg ugucgccguu uguucugagc uuaaaguucu ugcgcucugg 60
uaucauguug cuguuuauuc uaggcuuaaa ucggccgucu ggugguauug ugucguuguc 120
uguucugagu uuaaaucucu uucccggugg uacuguguug ucgucuauuc uggguuuaaa 180
acucgacccc ggugguacca ugucaccguc uguuuuagac uuaaaguuac aagucgcugg 240
uauuauguug cugucuauuc uagauuuaaa auucccccag cc 282
配列番号５０
<211> 299
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 50
ugcaguuaga uauagaggcc uugguggcag guuucuuggu gaagugagua uaguagaggu 60
cuuaguagca gguuuuuuag ugauguaacc uauguagaag ccucagcagc agauuucuug 120
gugggggguc aaggguaggg gucuuggugg uagauuuuuu gguggcacuu gaggaguagg 180
aguuucggcg guggauuucu uagugggcua ggaaauuugg gagcuuuggu gguagguuuu 240
uuggugaggu gggaggguug ggggcuucgg uagcggauuu uuuaguggaa cugaaagcg 299
配列番号５１
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 51
ugcaguuaga uauaggaguu ucggcggcgg guuuuuuggu gaaaguugaa uuuagaaguu 60
ucgguggcgg guuucuuagu gagaaauuca gauagaaguu uuggcagugg auuucuuggu 120
gaggaauggg uuuggaagcc uugguagugg auuuuuuagu ggccacccuu gguagaagcu 180
uuggugguag auuuuuuggu ggguaacuua auugggaguu uugguggcag guuuuuuagu 240
gauaggagac cguagggguu ucagcaguag auuucuuagu gggagacaga cu 292
配列番号５２
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 52
ugcaguuaga uauaggaguc ucggcagcgg auuuuuuagu ggacaugacu uuuagaggcc 60
uugguagcgg auuucuuagu ggucuacagc gaugggaguu uuggcggugg guuuuuuggu 120
gaccucuaau guuggaggcu ucagcagcag guuuuuuagu gauaagagua gguaggggcc 180
uuaguagcag auuucuuggu gggauucgaa uuuagagguu uuaguaguag guuucuuagu 240
gaagggcuuu auuggggguu uuagcggcag auuuuuuggu ggauucgauc ug 292
配列番号５３
<211> 292
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｃ
<400> 53
ugcaguuaga uauggaaguu uuggcagugg guuucuuagu ggugggacuu gauagaaguc 60
uuagugguag guuucuuggu ggggcggagu guuggaggcu uugguagcgg guuuuuuagu 120
ggggcuaucu cgugggaguc uugguaguag auuucuuggu gaaggaugcg gguggaaguc 180
uuagcggcgg auuuuuuggu ggccaguuag uauggggguu uugguagcag guuuuuuggu 240
gauaguagac ucuggaggcu ucgguagcag auuuuuuagu gaguuauaaa gg 292
配列番号５４
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ １；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 54
ugcaguuaga uaaaaccgua agcagccugu agaagguaga cgaguccaga cguacaaacc 60
guaggcagcu ugcagaagau agacgaagaa cgaguacuaa accgugggca guuugcgggg 120
gauagacgaa gcuuggagac uaaaccguaa guagucugug ggggauggac gaauuucugg 180
caauaaaccg uagguaguuu gcagagggua gacgagcucg uagcuagaaa ccgugaguag 240
ccuguagagg auggacgacu gagaccucaa 270
配列番号５５
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ２；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 55
ugcaguuaga uaaaaccgua ggcagccugu aggagguaga cgaguuuucu cacggaaacc 60
guggguagcu uguaggagau agacgaguug aggaccagaa accguaagug guuugcagga 120
gauggacgag uuugggcagu uaaaccguga gcagucugca ggggguagac gaauguucgg 180
agcaaaaccg ugaguaguuu guagaaggug gacgagagga gaguaggaaa ccguaagcag 240
ucuguagggg auggacgauu uauaaucagu 270
配列番号５６
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ３；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 56
ugcaguuaga uaaagccgug agcggcuugu ggaagauaga ugaaaggauu ggaaaagacc 60
guaagcagcu uguagaagau gggugacaag uaauggaaaa auuguaagug gucugcggaa 120
ggugggugga uaaggaacuu gagaucguag guaguuugua gaggguaggu gggacuaugg 180
ggaugaacug ugggcggucu gcaggaggug gacgagagag guacauaaga ccguaaguag 240
uuuguggggg augggcgaug uauugcacac 270
配列番号５７
<211> 270
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞人工環状ＲＮＡ ４；標的ハイブリダイゼーション領域：
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的Ｄ
<400> 57
ugcaguuaga uaaagccgug agcggcuugu ggaagauaga ugaaaggauu ggaaaagacc 60
guaagcagcu uguagaagau gggugacaag uaauggaaaa auuguaagug gucugcggaa 120
ggugggugga uaaggaacuu gagaucguag guaguuugua gaggguaggu gggacuaugg 180
ggaugaacug ugggcggucu gcaggaggug gacgagagag guacauaaag ccguaaguag 240
cuuguagggg auagauggug uauugcacac 270
配列番号５８
<211> 27
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－５’ＵＴＲ ＳＬＩＩに含まれる
<400> 58
aaccaacuuu cgaucucuug uagaucu 27
配列番号５９
<211> 33
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ａ
<400> 59
uuuaaguuua gaauagacgg ugacauggua cca 33
配列番号６０
<211> 30
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ｃ
<400> 60
ucacuaagaa aucugcugcu gaggcuucua 30
配列番号６１
<211> 31
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２標的ハイブリダイゼーション領域－標的Ｄ
<400> 61
ucgucuaucu ucugcaggcu gcuuacgguu u 31
配列番号６２
<211> 35
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
<223> SARS-CoV-2 target hybridization region - comprised in
3UTR Replication Site
<400> 62
cagaaugaau ucucguaacu acauagcaca aguag 35
配列番号６３
<211> 289
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＷＮＶ及びＤＥＮＶに対する人工環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ）
<400> 63
ugcaguuaga uaugcaguua gauaauauug ggaggugugu uuuuugccuu uuuccguaga 60
uccucgcgaa acuucuuggc cugguuuucu uuucaaaaga guccuuacgu auauuggagg 120
guguguuuuu cgcuuuuuuc cgucucggaa acgauaacuu ccuggcuuga uuuuuucuuc 180
aaaagcugcg uuaucuauau ugagaggcgu guuuuucguc uuuuuccguu ccaaccugga 240
gaacuuuuug gccugauuuu cucuucaaaa ccaggccgua ccgacaguc 289
配列番号６４
<211> 307
<212> RNA
＜２１３＞人工配列
<220>
＜２２３＞ＨＣＶ人工環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＨＣＶ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ）
<400> 64
ugcaguuaga uacccccugg ggcucugaug aggaaccucu cugggguccc cacagcgagu 60
cuccuugggg ccccuagaau gaaguucuuu gggguuucau agcacgguuc uccugggguu 120
uucauacgau ugucucuugg ggucuugcgu guuuacccuu uugggguccu gcuaaggggg 180
cuuucugggg ccuuucgaau aagucuuuuu ggggccucgu uuuaucacuc uucugggguu 240
cccagccuuu cccuucuugg ggcuccuccg accaugcccc uugggguucu acccuguaug 300
gacaguc 307
＞配列番号６５
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGCTGTGTAGTTACGAGGATTCGTTCTGACCGTGTCTTCGCTATTTGTGCTATGTAGTTATGGGAGTTTATTCTGCTGCTCGTGGACCTACTTGTGTTATGTAGTTGTGGGAGTTCGTTCTGGGGCAGTTCGCTCTATTTGTGCTGTGTGGTTGCGGGGGTTCATTTTGATCCCGATAAGCCTACTTGTGTTGTGTAGTTATGAGGGTTTGTTTTGACCATACGACAGCTACTTGTGCTATGTGGTTGTGAGGATTCATTCTGGACAGTC
＞配列番号６６
CCCGGTTCCGCAAGATTTGTAGGAGGTCGAAAGTTGGTTTACAACGCTACTGGGGTCTACAGGAGGTTGAAGGTTGGTTGTCATAATGCAGTGGATCTACAGGGGGTCGAGAGTTGGTTGCCGCCATTCACAGGGTCTGCAGGGGGTCGGAAGTTGGTTAGCAGATGTTTGAAGGTCTACGAGAGATTGGGGGTTGGTTAGGCTCGGAAGAAAGATTTATAGGGGGTTGGAGGTTGGTTCCAGTCAGTTTACGGATCTACAAGGGGTTGGGAGTTGGTTGACAGTC
＞配列番号６７
CCCGGTTCCGCAAGATTTGTAGGAGGTCGAAAGTTGGTTTACAACGCTACTGGGGTCTACAGGAGGTTGAAGGTTGGTTGTCATAATGCAGTGGATCTACAGGGGGTCGAGAGTTGGTTGCCGCCATTCACAGGGTCTGCGAGAGGTCGGAAGTTGGTTAGCAGATGTTTGAAGGTCTACGAGAGATTGGGGGTTGGTTAGGCTCGGAAGAAAGATTTATAGGGGGTTGGAGGTTGGTTCCAGTCAGTTTACGGATCTACAAGGGGTTGGGAGTTGGTTGACAGTC
＞配列番号６８
CCCGGTTCCGCATGGTATTGTGTTACCGTCTATTTTAAGCTTAAGGCCCCCAAACTAGTTGGTGCCGTGTTGCCGTCTGTTCTAAGCTTAAGCTCGATCCCGTGTTTGGTGCTATGTCACCGTCTATTCTAGACTTAGGCCGTCACTATCATTTGGTGTTGTGTTATTGTCTATTTTGGACTTGAACATGATTACACAACTGGTATCGTGTTGTCGTCTGTTTTAGACTTAGGTCGCTTTTCTTTCCTGGTACCATGTCGCCGTCTGTTTTGGGCTTGAGGACAGTC
＞配列番号６９
CCCGGTTCCGCATGGTATTATGTTGCCGTCTATTCTGGACTTAAACATTCCGTCATAGCTGGTGTCGTGTTATCGTCTATTCTAAACTTGAGGTCACAGTCGAACCTGGTGCTATGTCGTTGTCTGTTCTGGGTTTAAGCTACTTTTTCATGATGGTACTGTGTTACTGTCTGTTCTAGACTTGGGCGAGCAGAGATCTTTGGTACTATGTCACCGTCTATTTTAAGCTTGGGATTAAAGCACCTGGTGGTACCGTGTCGCTGTCTATTTTGGGCTTAGAGACAGTC
＞配列番号７０
CCCGGTTCCGCATGGTATTATGTTATTGTTTGTTCTGGGCTTAAAGAAGTACCATTAGGTGGTATCGTGTTGTTGTTTATTCTAGATTTAAAGACCTGGGGGCATCTGGTACTGTGTTGTCGTCTATTTTAGACTTAAAGTGGGCGATCGAGTTGGTACCATGTCATCGTTTATTTTAGGCTTAAACACAGATTCGCCTCTGGTACTATGTCGCCGTTTATTTTGGGTTTAAATATGCGTGGAGCAATGGTATCATGTTACCGTCTATTTTGAACTTAAAGACAGTC
＞配列番号７１
CCCGGTTCCGCATAGGGGCCTTGGCAGTAGGTTTTTTAGTGGAGTAGCCATTTAGGGGTTTCAGTGGTAGATTTCTTAGTGGAACCATATTGTAGGAGTCTCGGTAGTGGATTTCTTGGTGAATCGCTTGGCTGGAAGCCTTAGTAGCAGGTTTTTTGGTGGCAGCTAAGCATAGAGGCCTCGGTAGTAGATTTTTTAGTGATCGTAGAGGATAGGGGCTTTGGCAGCAGATTTTTTGGTGGGAGATTGCCTTAGGAGCCTCGGCAGCAGGTTTCTTGGTGAGACAGTC
＞配列番号７２
CCCGGTTCCGCATAGGAGCCTTAGCGGTAGGTTTCTTAGTGAACTATTATTTTAGAAGCTTTAGTAGCGGATTTTTTGGTGGTTTTTATAACTGGAGGTTTCAGTGGCAGGTTTTTTAGTGGAGGAGTGAGCTGGAAGTCTCGGTAGCAGGTTTTTTGGTGATGGCATTGACTGGAAGTCTTGGCGGTAGATTTCTTGGTGAGTCTCACCGATGGAAGTTTCAGCGGCGGGTTTCTTGGTGGTGAATGAACTTAGGGGCTTCAGCGGCGGATTTCTTAGTGGGACAGTC
配列番号７３
5′-FAM-ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC-BHQ1-3′
配列番号７４
5′-GACCCCAAAATCAGCGAAAT-3′
配列番号７５
5′-TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG-3
標的１：ＩＲＥＳ１（ドメインＩＩ）
配列番号７６、
配列番号７７
配列番号７８；
配列番号７９；
配列番号８０、
配列番号８１、
配列番号８２、
配列番号８３、
配列番号８４、
配列番号８５、
配列番号８６
配列番号８７、
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGTTATGTAGTTACGAGGATTCGTTTTGCTCTTTTCTCCCTTATTTGTGTTGTGTAGTTATGGGAGTTTGTTCTGGCGTGGTACGTCTTACTTGTGTTGTGTGGTTATGAGAGTTCATTCTGTATCACCACTAGCTGCTTGTGCTGTGTAGTTATGAGGATTTATTCTGGAATACCGTTCCCTGTTTGTGCTGTGTGGTTATGGGAGTTCGTTCTGTGAGGTGTTCCACTGCTTGTGCTATGTGGTTACGAGAATTTGTTTTGGACAGTC
＞配列番号８９
CCCGGTTCCGCACTACTTGTGCTGTGTAGTTACGAGGATTCGTTCTGACCGTGTCTTCGCTATTTGTGCTATGTAGTTATGGGAGTTTATTCTGCAACCAGTGGACCTACTTGTGTTATGTAGTTGTGGGAGTTCGTTCTGGGGCAGTTCGCTCTATTTGTGCTGTGTGGTTGCGGGGGTTCATTTTGATCCCGATAAGCCTACTTGTGTTGTGTAGTTATGAGGGTTTGTTTTGACCATACGACAGCTACTTGTGCTATGTGGTTGTGAGGATTCATTCTGGACAGTC
【実施例】
【0249】
実施例１：
本発明者らは、４つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｉｒｅｓ１（配列番号２）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１（配列番号４）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）、ｙ ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｏｍｂｏ１（配列番号５）を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＨＣＶゲノムの２つの異なる領域（配列番号１を参照）に対して設計し、試験した。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｉｒｅｓ１は、ＩＲＥＳ要素内の配列を標的とする長さ３３ヌクレオチドの７つのハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１は、コード領域内の配列を標的とする長さ２８ヌクレオチドの８つのハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２は、コード領域内の配列を標的とする１２個のハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｏｍｂｏ１は、標的領域あたり３つのハイブリダイゼーション部位を含む（ＩＲＥＳ１（配列番号２５）、ＩＲＥＳ２（配列番号２６）及びｃＨＰ（ＣＤＳ１）（配列番号２７））。ＨＣＶゲノム中の標的領域を図６及び配列番号１に示す。ＩＲＥＳ１（ドメインＩＶ）及びＩＲＥＳ２（ドメインＶ）標的破壊構造の両方を、Ｃ Ｒｏｍｅｒｏ－Ｌｏｐｅｚ ｅｔ ａｌ．２００７（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ）ｈｔｔｐｓ：／／ｐｕｂｍｅｄ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／１７９３８８５８／．におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。ＣＤＳ１（ｃＨＰ）及びＣＤＳ２（ＳＬ４２７）標的破壊構造の両方を、Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ ａ２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｍｏｌｃｅｌ．２０１６．０１．０２４）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
本発明者らは、４つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｉｒｅｓ１（配列番号２）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１（配列番号４）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）、ｙ ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｏｍｂｏ１（配列番号５）を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＨＣＶゲノムの２つの異なる領域（配列番号１を参照）に対して設計し、試験した。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｉｒｅｓ１は、ＩＲＥＳ要素内の配列を標的とする長さ３３ヌクレオチドの７つのハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ１は、コード領域内の配列を標的とする長さ２８ヌクレオチドの８つのハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２は、コード領域内の配列を標的とする１２個のハイブリダイゼーション部位を含む。Ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｏｍｂｏ１は、標的領域あたり３つのハイブリダイゼーション部位を含む（ＩＲＥＳ１（配列番号２５）、ＩＲＥＳ２（配列番号２６）及びｃＨＰ（ＣＤＳ１）（配列番号２７））。ＨＣＶゲノム中の標的領域を図６及び配列番号１に示す。ＩＲＥＳ１（ドメインＩＶ）及びＩＲＥＳ２（ドメインＶ）標的破壊構造の両方を、Ｃ Ｒｏｍｅｒｏ－Ｌｏｐｅｚ ｅｔ ａｌ．２００７（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ）ｈｔｔｐｓ：／／ｐｕｂｍｅｄ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／１７９３８８５８／．におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。ＣＤＳ１（ｃＨＰ）及びＣＤＳ２（ＳＬ４２７）標的破壊構造の両方を、Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ ａ２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ．ｈｔｔｐ：／／ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０１６／ｊ．ｍｏｌｃｅｌ．２０１６．０１．０２４）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
【0250】
細胞培養及びトランスフェクション
本発明者らは、各ｃｉｒｃＲＮＡをＨｕｈ７細胞にトランスフェクトし、本発明者らは、トランスフェクションの２４時間後に、ルシフェラーゼを発現するＨＣＶ誘導体を細胞に感染させた。感染後４８時間後、本発明者らは、ルシフェラーゼレベルを測定し、その値を対照（擬似トランスフェクト）と比較した。本発明者らは、各条件について５回の生物学的反復実験を行った。試験した全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＨＣＶ感染を有意な量で阻害する。図７に示されるように、設計された全てのｃｉｒｃＲＮＡは、対照に対して３０％～７０％の範囲の異なる効率で感染を低下させることができる。
本発明者らは、各ｃｉｒｃＲＮＡをＨｕｈ７細胞にトランスフェクトし、本発明者らは、トランスフェクションの２４時間後に、ルシフェラーゼを発現するＨＣＶ誘導体を細胞に感染させた。感染後４８時間後、本発明者らは、ルシフェラーゼレベルを測定し、その値を対照（擬似トランスフェクト）と比較した。本発明者らは、各条件について５回の生物学的反復実験を行った。試験した全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＨＣＶ感染を有意な量で阻害する。図７に示されるように、設計された全てのｃｉｒｃＲＮＡは、対照に対して３０％～７０％の範囲の異なる効率で感染を低下させることができる。
【0251】
実施例２：
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（配列番号８）、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１（配列番号９）、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ２（配列番号１０））を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの２つの異なる領域（配列番号７）に対して設計し、試験した。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。３つ全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶゲノムの対応する領域を標的とする７つのハイブリダイゼーション領域を含む（図８及び配列番号７を参）。ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（ｓＨＰ）に対応する標的破壊構造を、Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１９（Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌｕｍｅ １０，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：１４０８（２０１９）），ａｎｄ ｔｈｅ ｔａｒｇｅｔ ｄｉｓｒｕｐｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃＨＰ ｗａｓ ｃｏｎｓｉｄｅｒｅｄ ＳＲＶＶＬＣ ｉｎ Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；８：５４６，ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１７．００５４６）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（配列番号８）、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１（配列番号９）、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ２（配列番号１０））を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの２つの異なる領域（配列番号７）に対して設計し、試験した。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ．Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。３つ全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶゲノムの対応する領域を標的とする７つのハイブリダイゼーション領域を含む（図８及び配列番号７を参）。ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（ｓＨＰ）に対応する標的破壊構造を、Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１９（Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌｕｍｅ １０，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：１４０８（２０１９）），ａｎｄ ｔｈｅ ｔａｒｇｅｔ ｄｉｓｒｕｐｔｉｏｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃＨＰ ｗａｓ ｃｏｎｓｉｄｅｒｅｄ ＳＲＶＶＬＣ ｉｎ Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；８：５４６，ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１７．００５４６）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
【0252】
細胞培養及びトランスフェクション
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0253】
結果を図９に示し、対照（空のプラスミド）と比較したＤＥＮＶ感染の有意な阻害を示す。
【0254】
実施例３：
本発明者らは、５つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｈｉｋｖ＿５ｕｔｒ１（配列番号１２）、ｃｈｉｋｖ＿５ｕｔｒ２（配列番号１３）、ｃｈｉｋｖ＿ＲＳＥ１（配列番号１４）、ｃｈｉｋｖ＿ＲＳＥ２（配列番号１５）及びｃｈｉｋｖ＿ＲＥ（配列番号３９）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＣＨＩＫＶ（チクングニア）ゲノム（配列番号１１）の３つの異なる領域に対して設計し、試験した。ガウシアルシフェラーゼのレポーター遺伝子を持つＣＨＩＫＶを作製するためのプラスミド（エストニア、タルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された）は、Ｌａ Ｒｅｕｎｉｏｎ（分離株ＬＲ２００６＿ＯＰＹ１（ＤＱ４４３５４４）からのヒト患者から単離されたウイルス配列に直接基づいている。５つ全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＣＨＩＫＶゲノムの対応する領域を標的とする６つのハイブリダイゼーション領域を含む（配列番号１１）。ＣＨＩＫＶの５’ＵＴＲにおける標的破壊構造と標的破壊構造「反復配列構造」の両方は、Ｈｏｓｓａｉｎ Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２００２（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００２），８３，３０７５－３０８４）においてＳＲＶＶＬＣと見なされた。ＣＨＩＫＶの第３の標的破壊構造である再コーディング要素は、Ａ．Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２０１８（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２０１８）２９３（４５）１７５３６－１７５４５）においてＳＲＶＶＬＣと見なされた。
本発明者らは、５つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｈｉｋｖ＿５ｕｔｒ１（配列番号１２）、ｃｈｉｋｖ＿５ｕｔｒ２（配列番号１３）、ｃｈｉｋｖ＿ＲＳＥ１（配列番号１４）、ｃｈｉｋｖ＿ＲＳＥ２（配列番号１５）及びｃｈｉｋｖ＿ＲＥ（配列番号３９）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＣＨＩＫＶ（チクングニア）ゲノム（配列番号１１）の３つの異なる領域に対して設計し、試験した。ガウシアルシフェラーゼのレポーター遺伝子を持つＣＨＩＫＶを作製するためのプラスミド（エストニア、タルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された）は、Ｌａ Ｒｅｕｎｉｏｎ（分離株ＬＲ２００６＿ＯＰＹ１（ＤＱ４４３５４４）からのヒト患者から単離されたウイルス配列に直接基づいている。５つ全てのｃｉｒｃＲＮＡは、ＣＨＩＫＶゲノムの対応する領域を標的とする６つのハイブリダイゼーション領域を含む（配列番号１１）。ＣＨＩＫＶの５’ＵＴＲにおける標的破壊構造と標的破壊構造「反復配列構造」の両方は、Ｈｏｓｓａｉｎ Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２００２（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００２），８３，３０７５－３０８４）においてＳＲＶＶＬＣと見なされた。ＣＨＩＫＶの第３の標的破壊構造である再コーディング要素は、Ａ．Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２０１８（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２０１８）２９３（４５）１７５３６－１７５４５）においてＳＲＶＶＬＣと見なされた。
【0255】
細胞培養及びトランスフェクション
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にチクングニアウイルスを３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の１６時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞の上清を回収し、ＵＶで１０分間不活性化した。４μｌの上清を２０μｌのＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にチクングニアウイルスを３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の１６時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞の上清を回収し、ＵＶで１０分間不活性化した。４μｌの上清を２０μｌのＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0256】
結果を図１０に示し、対照（空のプラスミド）と比較したＣＨＩＫＶ感染の有意な阻害を示す。
【0257】
実施例４：
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ＤＥＮＶ１ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿１（配列番号１７）、ＤＥＮＶ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿２（ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１＿ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２＿２、配列番号３２）及び（ＤＥＮＶ１ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿Ｔ（配列番号１６）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの１つの領域（配列番号７）及びＨＣＶゲノムの１つの領域（配列番号１）に対して設計し、試験した。ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＨＣＶ（ｐＦＫ－Ｌｕｃ－Ｊｃ１）を作製するためのプラスミドは以前に記載されている（Ｗａｋｉｔａ Ｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ｔｉｓｓｕｅ ｃｕｌｔｕｒｅ ｆｒｏｍ ａ ｃｌｏｎｅｄ ｖｉｒａｌ ｇｅｎｏｍｅ，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２００５；１１：７９１－７９６）。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ＤＥＮＶ１ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿１（配列番号１７）、ＤＥＮＶ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿２（ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１＿ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２＿２、配列番号３２）及び（ＤＥＮＶ１ ｃＨＰ＿ＨＣＶ ＣＤＳ２＿Ｔ（配列番号１６）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの１つの領域（配列番号７）及びＨＣＶゲノムの１つの領域（配列番号１）に対して設計し、試験した。ホタルルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＨＣＶ（ｐＦＫ－Ｌｕｃ－Ｊｃ１）を作製するためのプラスミドは以前に記載されている（Ｗａｋｉｔａ Ｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ｔｉｓｓｕｅ ｃｕｌｔｕｒｅ ｆｒｏｍ ａ ｃｌｏｎｅｄ ｖｉｒａｌ ｇｅｎｏｍｅ，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２００５；１１：７９１－７９６）。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。
【0258】
最初の２つのｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶゲノム及びＨＣＶゲノムの対応する領域を標的とする６つのハイブリダイゼーション領域を含み、最後のものはＤＥＮＶに対して７つ及びＨＣＶに対して１２のハイブリダイゼーション領域を含む。
【0259】
細胞培養及びトランスフェクション
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0260】
ヒト肝細胞癌細胞株Ｈｕｈ７／Ｓｃｒを、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、２．５×１０４個のＨｕｈ７／Ｓｃｒ細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。
【0261】
一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞に種々のウイルスを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＰａｓｓｉｖｅ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。５０μｌの溶解物を２５μｌのルシフェラーゼアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）と混合し、室温で５分間インキュベートした。その後、ルシフェラーゼ活性をルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0262】
ＤＥＮＶ及びＨＣＶの両方に対する各ｃｉｒｃＲＮＡの結果を、実施例１及び２からの対応する陽性対照及び陰性対照と共に図１１、１２、１３、１４及び２４に示す。両方のウイルス感染における全てのｃｉｒｃＲＮＡについて阻害が示されており、設計ｃｉｒｃＲＮＡの広域スペクトル能力を実証している。
【0263】
実施例５：
本発明者らは、２つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿１（配列番号２４）、ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿２（配列番号１９））を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＷＮＶ（西ナイルウイルス）ゲノム（配列番号２０）の１つの領域に対して設計し、試験した。Ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＷＮＶを作製するためのプラスミドは、エストニアのタルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された。両方のｃｉｒｃＲＮＡが、ＷＮＶゲノムの対応する領域を標的とする７つのハイブリダイゼーション領域を含む。標的破壊構造ＳＬＩＩを、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，２０１７（Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；８：５４６ ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１７．００５４６）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
本発明者らは、２つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿１（配列番号２４）、ｃｉｒｃ＿ｗｎｖ＿ｓｌＩＩ＿２（配列番号１９））を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＷＮＶ（西ナイルウイルス）ゲノム（配列番号２０）の１つの領域に対して設計し、試験した。Ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＷＮＶを作製するためのプラスミドは、エストニアのタルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された。両方のｃｉｒｃＲＮＡが、ＷＮＶゲノムの対応する領域を標的とする７つのハイブリダイゼーション領域を含む。標的破壊構造ＳＬＩＩを、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ－Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．，２０１７（Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；８：５４６ ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｍｉｃｂ．２０１７．００５４６）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。
【0264】
細胞培養及びトランスフェクション
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＷＮＶを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＷＮＶを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0265】
結果を図１５に示し、対照（空のプラスミド）と比較したＷＮＶ感染の有意な阻害を示す。
【0266】
実施例６：
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ａ（配列番号２１）、ｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ｂ（配列番号２２）及びｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ｃ（配列番号２３）を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの１つの領域（配列番号７）及びＷＮＶゲノムの１つの領域（配列番号２０）に対して設計し、試験した。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。Ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＷＮＶを作製するためのプラスミドは、エストニアのタルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された。ｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶゲノム及びＷＮＶゲノムの対応する領域を標的とする６つのハイブリダイゼーション領域を含む。
本発明者らは、３つのｃｉｒｃＲＮＡ（ｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ａ（配列番号２１）、ｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ｂ（配列番号２２）及びｄｃｈｐ＿ｗｓＩｌＩ＿Ｃ（配列番号２３）を、先にｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で開示されるように、ＤＥＮＶ（デング熱）ゲノムの１つの領域（配列番号７）及びＷＮＶゲノムの１つの領域（配列番号２０）に対して設計し、試験した。ウミシイタケルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＤＥＮＶ（ｐＦＫ－ＤＶｓ－Ｒ２Ａ）を作製するためのプラスミドが以前に記載されている（Ｓｃａｔｕｒｒｏ，Ｐ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｏｄｅ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｏｔｅｎｔ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃａｐｓｉｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．８８，１１５４０－５５（２０１４））。Ｎａｎｏｌｕｃルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するＷＮＶを作製するためのプラスミドは、エストニアのタルトゥ大学のＭｅｒｉｔｓ博士から厚意により提供された。ｃｉｒｃＲＮＡは、ＤＥＮＶゲノム及びＷＮＶゲノムの対応する領域を標的とする６つのハイブリダイゼーション領域を含む。
【0267】
細胞培養及びトランスフェクション
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルス又は西ナイルウイルスを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個／ウェルのＨＥＫ２９３細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にデングウイルス又は西ナイルウイルスを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液に溶解し、凍結した。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0268】
ＤＥＮＶ及びＷＮＶの両方に対する各ｃｉｒｃＲＮＡの結果を、実施例２及び５からの対応する陽性対照及び陰性対照と共に図１６及び１７に示す。両方のウイルス感染におけるｃｉｒｃＲＮＡについて阻害が示されており、設計されたｃｉｒｃＲＮＡの広域スペクトル能力を実証している。
【0269】
実施例７：
本発明者らは、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）が既に確立された感染を阻害し得るかどうかを試験した。このために、Ｈｕｈ７／Ｓｃｒ細胞をＨＣＶＪｃ１－ｌｕｃに感染させ、４８時間後にｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）をトランスフェクトした。ルシフェラーゼ値をトランスフェクションの２４時間後に測定した。重要なことに、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２は、細胞が感染前にｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２を発現していた場合と同様の効率で感染性を阻害した（図１８）。
本発明者らは、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）が既に確立された感染を阻害し得るかどうかを試験した。このために、Ｈｕｈ７／Ｓｃｒ細胞をＨＣＶＪｃ１－ｌｕｃに感染させ、４８時間後にｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）をトランスフェクトした。ルシフェラーゼ値をトランスフェクションの２４時間後に測定した。重要なことに、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２は、細胞が感染前にｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２を発現していた場合と同様の効率で感染性を阻害した（図１８）。
【0270】
実施例８：
次に、本発明者らは、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）が、標的配列、ウイルスＲＮＡ複製について記載される機能を実際に阻害しているかどうかを調べる。このために、本発明者らは、ルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するが、カプシド形成に必要なウイルス構造遺伝子を有さないＨＣＶ ＲＮＡレプリコンを使用した。したがって、これらのレプリコンは、ウイルスＲＮＡゲノムの効率的な翻訳及び複製を可能にするが、ウイルス粒子生成は可能にしない。Ｈｕｈ７／Ｓｃｒ細胞を、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）又は対応する空のプラスミドでトランスフェクトし、翌日、ＨＣＶレプリコンでトランスフェクトした。ルシフェラーゼ値を、ＨＣＶレプリコントランスフェクションの４時間後及び４８時間後に測定した。これらの時間を選択したのは、既に確立された動態が、４時間でのルシフェラーゼ生成がＨＣＶ ＲＮＡ翻訳のみに由来し、４８時間での翻訳及び複製の両方に由来することを証明しているからである。実際、ウイルス感染性の減少がトランスフェクション後４８で観察されたが、４時間では観察されず（図１９）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２がウイルスＲＮＡ複製を損なうことを示している。
次に、本発明者らは、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）が、標的配列、ウイルスＲＮＡ複製について記載される機能を実際に阻害しているかどうかを調べる。このために、本発明者らは、ルシフェラーゼレポーター遺伝子を有するが、カプシド形成に必要なウイルス構造遺伝子を有さないＨＣＶ ＲＮＡレプリコンを使用した。したがって、これらのレプリコンは、ウイルスＲＮＡゲノムの効率的な翻訳及び複製を可能にするが、ウイルス粒子生成は可能にしない。Ｈｕｈ７／Ｓｃｒ細胞を、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２（配列番号６）又は対応する空のプラスミドでトランスフェクトし、翌日、ＨＣＶレプリコンでトランスフェクトした。ルシフェラーゼ値を、ＨＣＶレプリコントランスフェクションの４時間後及び４８時間後に測定した。これらの時間を選択したのは、既に確立された動態が、４時間でのルシフェラーゼ生成がＨＣＶ ＲＮＡ翻訳のみに由来し、４８時間での翻訳及び複製の両方に由来することを証明しているからである。実際、ウイルス感染性の減少がトランスフェクション後４８で観察されたが、４時間では観察されず（図１９）、ｃｉｒｃ＿ｈｃｖ＿ｃｄｓ２がウイルスＲＮＡ複製を損なうことを示している。
【0271】
実施例９：
ＲＮＡ複製を指示するＤＥＮＶ ＲＮＡゲノム内の構造を標的とするように設計されたＣｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（配列番号８）及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１（配列番号９）を試験して、実施例８と同じ手順に従ってＤＥＮＶ ＲＮＡ複製を阻害するかどうかを確認した。結果は、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１は、ＲＮＡゲノムが翻訳及び複製される場合４８時間でルシフェラーゼ発現レベルを阻害するが、単独で翻訳される場合８時間では阻害しないことを示す（図２０）。
ＲＮＡ複製を指示するＤＥＮＶ ＲＮＡゲノム内の構造を標的とするように設計されたＣｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ（配列番号８）及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１（配列番号９）を試験して、実施例８と同じ手順に従ってＤＥＮＶ ＲＮＡ複製を阻害するかどうかを確認した。結果は、ｃｉｒｃ＿ｄｖ＿３ｕｔｒ及びｃｉｒｃ＿ｄｖ＿ｃＨＰ＿ｖ１は、ＲＮＡゲノムが翻訳及び複製される場合４８時間でルシフェラーゼ発現レベルを阻害するが、単独で翻訳される場合８時間では阻害しないことを示す（図２０）。
【0272】
実施例１０：
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３及び肝細胞癌細胞株Ｈｕｈ７を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個のＨＥＫ２９３細胞／ウェル又は４×１０４個のＨｕｈ７細胞／ウェルを２４ウェルプレートに播種した。製造業者の指示に従い、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＷＮＶ－ＤＥＮＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号６３）、又はＨＣＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＨＣＶ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ配列番号６４）を１００ナノグラムトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。ＨＥＫ２９３細胞にデングウイルス又は西ナイルウイルスを３７℃で４時間接種した。並行して、Ｈｕｈ７細胞にＣ型肝炎ウイルスを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液（ＨＥＫ２９３）又は１５０μｌのＰａｓｓｉｖｅ溶解緩衝液に溶解し、凍結させた。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。ＤＥＮＶ及びＷＮＶの場合、４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。ＨＣＶの場合、５０μｌの溶解物を２５μｌのルシフェラーゼアッセイ試薬（ＬＡＲＩＩ）と５分間混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとして図２６にプロットした。
ヒト胎児腎臓細胞株ＨＥＫ２９３及び肝細胞癌細胞株Ｈｕｈ７を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、１×１０５個のＨＥＫ２９３細胞／ウェル又は４×１０４個のＨｕｈ７細胞／ウェルを２４ウェルプレートに播種した。製造業者の指示に従い、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＷＮＶ－ＤＥＮＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号６３）、又はＨＣＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＨＣＶ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ配列番号６４）を１００ナノグラムトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。ＨＥＫ２９３細胞にデングウイルス又は西ナイルウイルスを３７℃で４時間接種した。並行して、Ｈｕｈ７細胞にＣ型肝炎ウイルスを３７℃で４時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、ルシフェラーゼ活性をアッセイした。細胞を１×ＰＢＳで洗浄し、１５０μｌのＲｅｎｉｌｌａ溶解緩衝液（ＨＥＫ２９３）又は１５０μｌのＰａｓｓｉｖｅ溶解緩衝液に溶解し、凍結させた。融解したら、溶解物をピペッティングによって再懸濁した。ＤＥＮＶ及びＷＮＶの場合、４μｌの溶解物を２０μｌのＲｅｎｉｌａルシフェラーゼアッセイ緩衝液及びＲｅｎｉｌｌａルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ）からの１／２００の基質と混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。ＨＣＶの場合、５０μｌの溶解物を２５μｌのルシフェラーゼアッセイ試薬（ＬＡＲＩＩ）と５分間混合し、直ちにルミノメーターで２秒間測定した。平均相対光単位（ＲＬＵ）を、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとして図２６にプロットした。
【0273】
実施例１１：
本発明者らは、１２個のｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿４（配列番号４９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿５（配列番号６８）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿６（配列番号６９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿７（配列番号７０）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿３（配列番号５２）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿５（配列番号７１）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿６（配列番号７２）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿６（配列番号６３）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿７（配列番号８９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿８（配列番号６５）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿５ｕｔｒ＿４（配列番号６６）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿５ｕｔｒ＿５（配列番号６７）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムの４つの領域（配列番号５８；配列番号５９；配列番号６０；配列番号６２）に対して設計し、試験した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株ｈＣｏＶ－１９／Ｓｐａｉｎ／ＶＨ０００００１１３３／２０２０（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４１８８６０）はバルセロナ自治大学のＭｉｇｕｅｌ Ｃｈｉｌｌｏｎから厚意により提供された。設計されたｃｉｒｃＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム中の対応する領域を標的とする６～７個のハイブリダイゼーション領域を含む。標的破壊構造物複製部位を、Ｊ．Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００４（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＶｉｒｏｌｏｇｙＶｏｌｕｍｅ７８，Ｉｓｓｕｅ １４，Ｐａｇｅｓ７８４６－７８５１ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２８／ＪＶＩ．７８．１４．７８４６－７８５１．２００４）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。標的破壊構造ＳＬ－２を、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ４０１（２０１０）２９－４１ ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖｉｒｏｌ．２０１０．０２．００７）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。残りの標的破壊構造（Ａ、Ｃ及びＤ）を、上述したＲＮＡｚアプローチに従って、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．，２０２０（ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）におけるウイルス保存構造と見なした。
本発明者らは、１２個のｃｉｒｃＲＮＡ（ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿４（配列番号４９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿５（配列番号６８）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿６（配列番号６９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＡ＿７（配列番号７０）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿３（配列番号５２）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿５（配列番号７１）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿ｔＣ＿６（配列番号７２）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿６（配列番号６３）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿７（配列番号８９）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿３ｕｔｒ＿８（配列番号６５）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿５ｕｔｒ＿４（配列番号６６）、ｃｉｒｃ＿ＳＡＲＳ＿５ｕｔｒ＿５（配列番号６７）を、ｃｉｒｃＲＮＡの生成の節で先に開示されるように、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムの４つの領域（配列番号５８；配列番号５９；配列番号６０；配列番号６２）に対して設計し、試験した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株ｈＣｏＶ－１９／Ｓｐａｉｎ／ＶＨ０００００１１３３／２０２０（ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４１８８６０）はバルセロナ自治大学のＭｉｇｕｅｌ Ｃｈｉｌｌｏｎから厚意により提供された。設計されたｃｉｒｃＲＮＡは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム中の対応する領域を標的とする６～７個のハイブリダイゼーション領域を含む。標的破壊構造物複製部位を、Ｊ．Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００４（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＶｉｒｏｌｏｇｙＶｏｌｕｍｅ７８，Ｉｓｓｕｅ １４，Ｐａｇｅｓ７８４６－７８５１ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１２８／ＪＶＩ．７８．１４．７８４６－７８５１．２００４）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。標的破壊構造ＳＬ－２を、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０（Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ４０１（２０１０）２９－４１ ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖｉｒｏｌ．２０１０．０２．００７）におけるＳＲＶＶＬＣと見なした。残りの標的破壊構造（Ａ、Ｃ及びＤ）を、上述したＲＮＡｚアプローチに従って、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．，２０２０（ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）におけるウイルス保存構造と見なした。
【0274】
実施例１２：細胞培養及びトランスフェクション
ミドリザル腎臓上皮細胞株ＶＥＲＯ Ｅ６を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、ウェルあたり６×１０４個のＶＥＲＯ Ｅ６細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、上清を回収し、不活化し、Ｑｕｉｃｋ－ＲＮＡ Ｖｉｒａｌ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、米国アーバイン）を用いてウイルスＲＮＡを抽出した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡレベルを、ｑＳｃｒｉｐｔ ＸＬＴ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲ ＴｏｕｇｈＭｉｘ、ＲＯＸ（Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国ビバリー）を使用し、特異的プローブ２０１９ ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｐ、５’－ＦＡＭ－ＡＣＣＣＣＧＣＡＴＴＡＣＧＴＴＴＧＧＴＧＧＡＣＣ－ＢＨＱ １－３’（配列番号７３）、並びにプライマー２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｆ、５’－ＧＡＣＣＣＣＡＡＡＡＴＣＡＧＣＧＡＡＡＴ－３’（配列番号７４）及び２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｒ、５’－ＴＣＴＧＧＴＴＡＣＴＧＣＣＡＧＴＴＧＡＡＴＣＴＧ－３’（配列番号７５）（Ｂｉｏｍｅｒｓ、ドイツ国ウルム）を使用して、ｑＰＣＲによって測定した。平均相対ＲＮＡレベルを、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
ミドリザル腎臓上皮細胞株ＶＥＲＯ Ｅ６を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、ウェルあたり６×１０４個のＶＥＲＯ Ｅ６細胞を２４ウェルプレートに播種した。ｃｉｒｃＲＮＡ又は空のプラスミドを含有する各プラスミド２マイクログラムを、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造業者の説明書に従って使用してトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、上清を回収し、不活化し、Ｑｕｉｃｋ－ＲＮＡ Ｖｉｒａｌ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、米国アーバイン）を用いてウイルスＲＮＡを抽出した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡレベルを、ｑＳｃｒｉｐｔ ＸＬＴ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲ ＴｏｕｇｈＭｉｘ、ＲＯＸ（Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国ビバリー）を使用し、特異的プローブ２０１９ ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｐ、５’－ＦＡＭ－ＡＣＣＣＣＧＣＡＴＴＡＣＧＴＴＴＧＧＴＧＧＡＣＣ－ＢＨＱ １－３’（配列番号７３）、並びにプライマー２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｆ、５’－ＧＡＣＣＣＣＡＡＡＡＴＣＡＧＣＧＡＡＡＴ－３’（配列番号７４）及び２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｒ、５’－ＴＣＴＧＧＴＴＡＣＴＧＣＣＡＧＴＴＧＡＡＴＣＴＧ－３’（配列番号７５）（Ｂｉｏｍｅｒｓ、ドイツ国ウルム）を使用して、ｑＰＣＲによって測定した。平均相対ＲＮＡレベルを、対照感染（ｃｉｒｃｏＶＩＲプラスミドでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとしてプロットした。
【0275】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する各ｃｉｒｃＲＮＡの結果を図３３に示す。阻害はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルス感染におけるｃｉｒｃＲＮＡについて示されており、設計されたｃｉｒｃＲＮＡの抗ウイルス効果を実証している。
【0276】
実施例１３：
ミドリザル腎臓上皮細胞株ＶＥＲＯ Ｅ６を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、ウェルあたり６×１０４個のＶＥＲＯ Ｅ６細胞を２４ウェルプレートに播種した。製造業者の指示に従い、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＳＡＲＳ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号７０）、又はＷＮＶ－ＤＥＮＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号２１）を１００ナノグラムトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、上清を回収し、不活化し、Ｑｕｉｃｋ－ＲＮＡ Ｖｉｒａｌ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、米国アーバイン）を用いてウイルスＲＮＡを抽出した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡレベルを、ｑＳｃｒｉｐｔ ＸＬＴ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲ ＴｏｕｇｈＭｉｘ、ＲＯＸ（Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国ビバリー）を使用し、特異的プローブ２０１９ ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｐ、５’－ＦＡＭ－ＡＣＣＣＣＧＣＡＴＴＡＣＧＴＴＴＧＧＴＧＧＡＣＣ－ＢＨＱ １－３’（配列番号７３）、並びにプライマー２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｆ、５’－ＧＡＣＣＣＣＡＡＡＡＴＣＡＧＣＧＡＡＡＴ－３’（配列番号７４）及び２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｒ、５’－ＴＣＴＧＧＴＴＡＣＴＧＣＣＡＧＴＴＧＡＡＴＣＴＧ－３’（配列番号７５）（Ｂｉｏｍｅｒｓ、ドイツ国ウルム）を使用して、ｑＰＣＲによって測定した。平均相対ＲＮＡレベルを、対照感染（無関係なｃｉｒｃＲＮＡでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとして図３４にプロットした。
ミドリザル腎臓上皮細胞株ＶＥＲＯ Ｅ６を、１０％熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）及び１０％非必須アミノ酸を補充したダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カリフォルニア州カールスバッド）中で維持した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２のインキュベーター内で増殖させた。トランスフェクションの前日に、ウェルあたり６×１０４個のＶＥＲＯ Ｅ６細胞を２４ウェルプレートに播種した。製造業者の指示に従い、リポフェクタミン２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＳＡＲＳ－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号７０）、又はＷＮＶ－ＤＥＮＶに対する環状ＲＮＡ（ｃｉｒｃＷＤ１－ｉｎ ｖｉｔｒｏ 配列番号２１）を１００ナノグラムトランスフェクトした。一晩のインキュベーション後、ＤＭＥＭ培地を除去し、細胞を１×ＰＢＳで洗浄した。細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を３７℃で１時間接種した。最後に、ウイルス含有培地を新鮮な培地と交換した。感染の４８時間後、上清を回収し、不活化し、Ｑｕｉｃｋ－ＲＮＡ Ｖｉｒａｌ Ｋｉｔ（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、米国アーバイン）を用いてウイルスＲＮＡを抽出した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡレベルを、ｑＳｃｒｉｐｔ ＸＬＴ Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ ＲＴ－ｑＰＣＲ ＴｏｕｇｈＭｉｘ、ＲＯＸ（Ｑｕａｎｔａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、米国ビバリー）を使用し、特異的プローブ２０１９ ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｐ、５’－ＦＡＭ－ＡＣＣＣＣＧＣＡＴＴＡＣＧＴＴＴＧＧＴＧＧＡＣＣ－ＢＨＱ １－３’（配列番号７３）、並びにプライマー２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｆ、５’－ＧＡＣＣＣＣＡＡＡＡＴＣＡＧＣＧＡＡＡＴ－３’（配列番号７４）及び２０１９－ｎＣｏＶ＿Ｎ１－Ｒ、５’－ＴＣＴＧＧＴＴＡＣＴＧＣＣＡＧＴＴＧＡＡＴＣＴＧ－３’（配列番号７５）（Ｂｉｏｍｅｒｓ、ドイツ国ウルム）を使用して、ｑＰＣＲによって測定した。平均相対ＲＮＡレベルを、対照感染（無関係なｃｉｒｃＲＮＡでトランスフェクトした細胞）に対するパーセンテージとして図３４にプロットした。
【0277】
実施例１４：
この実施例では、本発明者らは、標的破壊構造が実際にハイブリダイゼーションによって破壊することが可能であるかどうかをチェックするためのＲＮＡｉＦｏｌｄの入力ファイルのいくつかを提示する（そこから、ｃｉｒｃＲＮＡとそれを破壊するハイブリダイゼーション領域の設計がすぐに続く）。
この実施例では、本発明者らは、標的破壊構造が実際にハイブリダイゼーションによって破壊することが可能であるかどうかをチェックするためのＲＮＡｉＦｏｌｄの入力ファイルのいくつかを提示する（そこから、ｃｉｒｃＲＮＡとそれを破壊するハイブリダイゼーション領域の設計がすぐに続く）。
【0278】
ＨＣＶ標的破壊構造ｃＨＰ及び対応する標的ハイブリダイゼーション領域（太字で強調表示された配列番号２７）について：
【0279】
入力「（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（（＆）））））））））））））））））））））））））））），，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，」は、ソフトウェアが、ｋヌクレオチド長であるヌクレオチド配列を探すべきであることを意味し、最小自由エネルギー構造において、開いた括弧「（」に対応する位置に配置されているヌクレオチドは、閉じた括弧「）」に対応する位置に配置されているヌクレオチドと対合した塩基となる。コンマ「，」は、対応する位置のヌクレオチドが塩基対を形成し得るか、又は最小自由エネルギー構造内に存在し得ないことを意味する。＆記号は両方の鎖を分離する。第２の鎖（標的破壊構造）上の塩基対ヌクレオチドが標的ハイブリダイゼーション領域に対応することに留意されたい。
【0280】
更に、入力：
は、Ｎが任意のヌクレオチド（Ａ、Ｃ、Ｇ又はＵ）を意味する場合、選択に利用可能なヌクレオチドを固定することを意味する。この場合、標的破壊構造に対応するヌクレオチドは固定されており、ハイブリダイゼーション領域に対応する全てのヌクレオチドは固定されていない（Ｎ－任意のヌクレオチド）。結果を以下に示す：
【0281】
ＣＨＩＫＶ標的破壊構造ＲＳＥ及び対応する標的ハイブリダイゼーション領域（配列番号３５）について：
【0282】
結果を以下に示す：
UUGCGUGGCCCUUUGGUCUGUAGGUUGUUUGCU&AGCAAAUAAUCUAUAGAUCAAAGGGCUACGCAACCCCUGAA
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UUGCGUGGUCCUUUGGUCUGUAGGUUGUUUGCU&AGCAAAUAAUCUAUAGAUCAAAGGGCUACGCAACCCCUGAA
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【0283】
ＷＮＶ標的破壊構造ＳＬＩＩ及び対応する標的ハイブリダイゼーション領域（配列番号３７）について：
【0284】
結果を以下に示す：
【0285】
ＳＡＲ－Ｃｏｖ２標的破壊構造複製部位及び対応する標的ハイブリダイゼーション領域（配列番号６２）について：
【0286】
結果を以下に示す：
【0287】
上に示されていないものを含む全ての場合において、ＲＮＡｉＦｏｌｄは、複数の解決策、すなわち、ハイブリダイゼーションによって対応する標的破壊構造を破壊する可能性のあるハイブリダイゼーション領域に対応する配列を戻す。
【0288】
最後に、本発明者らは、各ウイルスについて標的ハイブリダイゼーション領域（本明細書では太字で強調されている）を得るために本発明で使用される十分に確立されたドットブラケット表記法を本明細書で提示する：
標的１：ＩＲＥＳ１（ドメインＩＩ）
配列番号７６、Ｒｏｍｅｒｏ ｅｔ ａｌ．２００７（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ．）の図１ａ：
標的２：ＩＲＥＳ ２（ドメインＩＶ）
配列番号７７、Ｒｏｍｅｒｏ ｅｔ ａｌ．（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ．）の図１ａ：
標的３：ＣＤＳ １（ｃＨＰ）
配列番号７８；Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ）の図Ｓ１ Ｂ：
標的４：ＣＤＳ２（ＳＬ４２７）
配列番号７９；Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ）の図２ａ．
標的１：ｓＨＰ
配列番号２９；Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１９（Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌｕｍｅ１０，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：１４０８，２０１９）の図１ｃ．
標的２：ｃＨＰ
配列番号３０；Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；８：５４６．）の図２Ｂ：
標的１：５’ＵＴＲ：
配列番号８０、Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．２００２（Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｖｏｌｕｍｅ ８３，Ｉｓｓｕｅ １２）の図３Ａ：
標的２：反復配列要素：
配列番号８１、Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．２００２（Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｖｏｌｕｍｅ ８３，Ｉｓｓｕｅ １２）の図４Ｂ：
標的３：再コーディング要素：
配列番号８２、Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．２０１８（Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．２０１８Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ａｎｄ Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ｜ Ｖｏｌｕｍｅ ２９３，Ｉｓｓｕｅ ４５，Ｐ１７５３６－１７５４５，Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ０９，２０１８）の図４Ｄ：
標的１：ＳＬＩＩ：
配列番号８３；Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；８：５４６．）の図３：
標的１：センザンコウ（ｐａｎｇｏｌｉｎ）及びＲａｔＧ１３において完全に保存された複製部位
配列番号８４、Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．２００４（Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｊｕｌｙ ２００４，ｐ．７８４６－７８５１）の図１：
標的２：ＳＬ－２、
配列番号５８、Ｃｈｅｎｇ Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．２０１０（Ｃｈｅｎｇ Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ ４０１，Ｉｓｓｕｅ １，２５ Ｍａｙ ２０１０，Ｐａｇｅｓ ２９－４１）の図３ｂ
標的３：標的Ａ
配列番号８５、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
標的４：標的Ｃ
配列番号８６、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
標的５：標的Ｄ
配列番号８７、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
配列番号７６、Ｒｏｍｅｒｏ ｅｔ ａｌ．２００７（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ．）の図１ａ：
配列番号７７、Ｒｏｍｅｒｏ ｅｔ ａｌ．（Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．２００７ Ｎｏｖ；６４（２２）：２９９４－３００６．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ０００１８－００７－７３４５－ｙ．）の図１ａ：
配列番号７８；Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ）の図Ｓ１ Ｂ：
配列番号７９；Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．２０１６（Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ６２，１１１－１２０ Ａｐｒｉｌ ７，２０１６ Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ）の図２ａ．
配列番号２９；Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１９（Ｈｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ ｖｏｌｕｍｅ１０，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：１４０８，２０１９）の図１ｃ．
配列番号３０；Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；８：５４６．）の図２Ｂ：
配列番号８０、Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．２００２（Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｖｏｌｕｍｅ ８３，Ｉｓｓｕｅ １２）の図３Ａ：
配列番号８１、Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．２００２（Ｋｈａｎ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ Ｖｏｌｕｍｅ ８３，Ｉｓｓｕｅ １２）の図４Ｂ：
配列番号８２、Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．２０１８（Ｋｅｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．２０１８Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ａｎｄ Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ｜ Ｖｏｌｕｍｅ ２９３，Ｉｓｓｕｅ ４５，Ｐ１７５３６－１７５４５，Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ０９，２０１８）の図４Ｄ：
配列番号８３；Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７（Ｓａｎｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１７．Ｆｒｏｎｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．；８：５４６．）の図３：
配列番号８４、Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．２００４（Ｇｏｅｂｅｌ ｅｔ ａｌ．．Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｊｕｌｙ ２００４，ｐ．７８４６－７８５１）の図１：
配列番号５８、Ｃｈｅｎｇ Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．２０１０（Ｃｈｅｎｇ Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ ４０１，Ｉｓｓｕｅ １，２５ Ｍａｙ ２０１０，Ｐａｇｅｓ ２９－４１）の図３ｂ
配列番号８５、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
配列番号８６、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
配列番号８７、Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．２０２０（Ｒａｎｇａｎ ｅｔ ａｌ．ｂｉｏＲｘｉｖ ｐｒｅｐｒｉｎｔ ｄｏｉ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２０．０３．２７．０１２９０６）の図２：
【0289】
本発明の更なる項目
本発明はまた、以下の項目を含む：
本発明はまた、以下の項目を含む：
【0290】
１．１つ以上のＲＮＡウイルスゲノムの１つ以上の構造化領域に対して１０～５０ヌクレオチドの間のサイズの６～２０個のハイブリダイゼーション領域を有する２００～６００ヌクレオチドの人工環状ＲＮＡであって、そのようなハイブリダイゼーション領域は互いに異なる配列を有し、１つ以上の構造化領域は、一本鎖領域が先行するウイルスのライフサイクル（ＳＲＶＶＬＣ）に不可欠な構造化領域であり、人工環状ＲＮＡは、１つ以上のＳＲＶＶＬＣの構造を破壊することができ、ウイルスの感染性を低くする、人工環状ＲＮＡ。
【0291】
２．前記ハイブリダイゼーション領域が、
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している、
項目１に記載の人工環状ＲＮＡ。
ａ）最大２０ヌクレオチドのサイズの非ハイブリダイゼーション領域によって分離される、又は
ｂ）非ハイブリダイゼーション領域によって分離されていない、又は
ｃ）重複している、
項目１に記載の人工環状ＲＮＡ。
【0292】
３．前記ハイブリダイゼーション領域の標的がウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素のＳＲＶＶＬＣである、項目１又は２に記載の人工環状ＲＮＡ。
【0293】
４．ハイブリダイゼーション領域の標的がウイルスゲノムの５’ＵＴＲのＳＲＶＶＬＣである、項目１又は２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【0294】
５．ハイブリダイゼーション領域の標的がウイルスゲノムのＣＤＳのＳＲＶＶＬＣである、項目１又は２のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【0295】
６．ハイブリダイゼーション領域の標的がウイルスゲノムの３’ＵＴＲのＳＲＶＶＬＣである、項目１又は２に記載の人工環状ＲＮＡ。
【0296】
７．前記ハイブリダイゼーション領域の標的が、ウイルスゲノムのＩＲＥＳ要素、５’ＵＴＲの領域、ＣＤＳの領域又は３’ＵＴＲの領域の２つ以上の組み合わせである、項目１～６のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【0297】
８．前記ウイルスゲノムが、ＨＣＶ、ＨＡＶ、ポリオウイルス、コクサッキーＢウイルス及びライノウイルス（感冒）から選択される、項目３又は７に記載の人工環状ＲＮＡ。
【0298】
９．前記ウイルスゲノムが、ＨＣＶ、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル及び黄熱ウイルスから選択される、項目４～７のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【0299】
１０．前記環状ＲＮＡが、２つ以上のＲＮＡウイルスゲノムに対して広域スペクトル活性を有する、項目１～９のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ。
【0300】
１１．前記項目のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡを含む組成物。
【0301】
１２．項目１～１０のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ又は項目１１に記載の組成物と、前記環状ＲＮＡ又は組成物を使用するための説明書を含む、キット。
【0302】
１３．前記環状ＲＮＡが、配列番号２、４、５、６（ＨＣＶの場合）；配列番号８、９、１０（デングウイルスの場合）；配列番号１２、１３、１４、１５、３９（チクングニアウイルスの場合）；配列番号１６及び１７（ＨＣＶ及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号２４及び１９（西ナイルウイルスの場合）；配列番号２１、２２及び２３（デング及び西ナイルウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）；配列番号３２（ＨＣＶ及びデングウイルスの両方に対する広域スペクトル活性）から選択される配列を含む、６～２０個のハイブリダイゼーション領域の前記１つ以上の標的が。配列番号１、配列番号７、配列番号１１及び／又は配列番号２０に含まれる、項目１～１０のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ、又は項目１１に記載の組成物、又は項目１２に記載のキット。
【0303】
１４．ウイルス感染の予防及び／又は治療に使用するための、項目１～１０若しくは１３のいずれかに記載の人工環状ＲＮＡ、又は項目１１若しくは１３に記載の組成物、又は項目１２若しくは１３に記載のキット。
【0304】
１５．前記ウイルス感染が、ＨＣＶ、ＨＡＶ、ポリオウイルス、コクサッキーＢウイルス、ライノウイルス（感冒）、デング熱、ジカ、チクングニア、西ナイル又は黄熱ウイルスによって引き起こされる、項目１４に記載の使用のための人工環状ＲＮＡ又は組成物又はキット。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【図28】
【図29】
【図30】
【図31】
【図32】
【図33】
【図34】
【配列表】
【国際調査報告】