特表 2023-533504 バイオフィルムの処置および予防のための併用療法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-08-03

(54)【発明の名称】バイオフィルムの処置および予防のための併用療法

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/13 20060101AFI20230727BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20230727BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20230727BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20230727BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230727BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20230727BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20230727BHJP

   A61K 47/60 20170101ALI20230727BHJP

   A61K 47/54 20170101ALI20230727BHJP

   A61K 38/17 20060101ALI20230727BHJP

   A61K 47/64 20170101ALI20230727BHJP

   A61K 47/65 20170101ALI20230727BHJP

   A61K 47/68 20170101ALI20230727BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61K 35/12 20150101ALI20230727BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 17/02 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 11/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 27/16 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 9/14 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 1/00 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 13/02 20060101ALI20230727BHJP

   A61P 1/02 20060101ALI20230727BHJP

   C07K 16/12 20060101ALN20230727BHJP

   C07K 16/46 20060101ALN20230727BHJP

   C07K 14/435 20060101ALN20230727BHJP

【ＦＩ】

C12N15/13

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

A61K39/395 N

A61K47/60

A61K47/54

A61K38/17

A61K47/64

A61K47/65

A61K47/68

A61P31/04

A61P43/00 121

A61K48/00

A61K35/12

A61K45/00

A61P17/02

A61P11/00

A61P29/00

A61P27/16

A61P9/14

A61P1/00

A61P13/02

A61P43/00 105

A61P1/02

A61K39/395 L

C07K16/12 ZNA

C07K16/46

C07K14/435

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022581467

(86)(22)【出願日】2021-07-06

(85)【翻訳文提出日】2023-02-27

(86)【国際出願番号】 US2021040576

(87)【国際公開番号】W WO2022010942

(87)【国際公開日】2022-01-13

(31)【優先権主張番号】63/049,065

(32)【優先日】2020-07-07

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/175,487

(32)【優先日】2021-04-15

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

２．ＴＲＩＴＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】515289842

【氏名又は名称】リサーチ インスティチュート アット ネイションワイド チルドレンズ ホスピタル

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】グッドマン， スティーブン ディー．

(72)【発明者】

【氏名】バカレッツ， ローレン オー．

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C085

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA01Y

4B065AA57X

4B065AA57Y

4B065AA72X

4B065AA72Y

4B065AA83X

4B065AA83Y

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA25

4B065CA44

4C076AA95

4C076CC04

4C076CC32

4C076CC41

4C076DD67

4C076EE23

4C076EE41

4C076EE59

4C084AA13

4C084AA22

4C084BA01

4C084BA08

4C084BA22

4C084BA23

4C084BA41

4C084CA18

4C084CA53

4C084DC50

4C084MA02

4C084NA05

4C084ZA341

4C084ZA342

4C084ZA441

4C084ZA442

4C084ZA591

4C084ZA592

4C084ZA661

4C084ZA662

4C084ZA671

4C084ZA672

4C084ZA811

4C084ZA812

4C084ZA891

4C084ZA892

4C084ZB111

4C084ZB112

4C084ZB211

4C084ZB212

4C084ZB351

4C084ZB352

4C084ZC751

4C085AA14

4C085AA25

4C085BB33

4C085BB34

4C085BB35

4C085BB36

4C085BB37

4C085BB41

4C085BB43

4C085BB44

4C085CC23

4C085EE03

4C085GG02

4C085GG03

4C085GG04

4C085GG05

4C085GG08

4C087AA01

4C087AA02

4C087BB64

4C087BB65

4C087CA04

4C087CA12

4C087MA02

4C087NA05

4C087ZA34

4C087ZA44

4C087ZA59

4C087ZA66

4C087ZA67

4C087ZA81

4C087ZA89

4C087ZB11

4C087ZB21

4C087ZB35

4C087ZC75

4H045AA10

4H045AA30

4H045BA41

4H045CA40

4H045DA76

4H045EA20

4H045FA72

4H045FA74

(57)【要約】

高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、その変異体および／または断片ならびに抗ＤＮＡＢＩＩ抗体、その断片またはバリアントを使用して、バイオフィルムおよび関連障害を処置および予防する際の治療的使用および診断的使用のための組成物および組合せが、本明細書に提供される。ポリペプチドおよび抗体は、同じまたは別々の組成物として投与され得る。ＨＭＧボックスポリペプチド（その非限定的な例は、ＨＭＧＢ１ポリペプチドを含む）と抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片（例えば、ＤＮＡＢＩＩの先端またはキメラ先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体）との、またはその各々の等価物の組合せが、本明細書に提供される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、またはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むその断片；ならびに
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含む重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含む重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含む重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含む軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含む軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含む軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含む抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含む、組成物または組合せ物。

【請求項2】

前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１、配列番号２、または配列番号３のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含む、請求項１に記載の組成物または組合せ物。

【請求項3】

前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のいずれか１つのアミノ酸２１～１３２を含むａ軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含む、請求項２に記載の組成物または組合せ物。

【請求項4】

前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含み、前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインが、配列番号７のアミノ酸２１～１３２を含む、請求項３に記載の組成物または組合せ物。

【請求項5】

前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含み、前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインが、配列番号８のアミノ酸２１～１３２を含む、請求項３に記載の組成物または組合せ物。

【請求項6】

前記抗体またはその抗原結合断片が、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含み、前記ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインが、配列番号９のアミノ酸２１～１３２を含む、請求項３に記載の組成物または組合せ物。

【請求項7】

前記抗体が、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域、またはＩｇＭ定常領域から選択される定常領域を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項8】

前記その抗原結合断片が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、またはＦｖを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項9】

前記抗体またはその抗原結合断片が修飾されている、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項10】

前記抗体またはその抗原結合断片が、ペグ化、ポリシアリル化、ＨＥＳ化またはグリコシル化から選択されるプロセスによって修飾されている、請求項９に記載の組成物または組合せ物。

【請求項11】

前記抗体またはその抗原結合断片が、モノクローナル抗体、または前記モノクローナル抗体の抗原結合断片である、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項12】

前記抗体またはその抗原結合断片が、ヒト化またはヒトフレームワークを含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項13】

前記ＨＭＧＢポリペプチドが、ＨＭＧＢ１ポリペプチドであって、必要に応じてＫ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、もしくはＫ１１４における変異の群から選択される１つもしくは複数の変異をさらに含むＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはＫ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、もしくはＫ１１４における変異の群から選択される１つもしくは複数の変異を含む前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドに対応する変異を有する、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、もしくはＨＭＧＢ４ポリペプチドの群から選択されるＨＭＧＢポリペプチドを含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項14】

前記ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１１ポリペプチドの前記Ａボックスが、Ｋ１２、Ｃ２３、もしくはＣ４５における変異の群から選択される１つもしくは複数の変異、または前記ＨＭＧＢポリペプチドが、前記変異したＨＭＧＢ１ポリペプチドに対応する変異を有するＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、もしくはＨＭＧＢ４ポリペプチドの群から選択される場合には、対応する変異をさらに含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項15】

前記ＨＭＧＢ、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドの前記Ｂボックスが、Ｃ１０６もしくはＫ１１４における１つの変異もしくは両方の変異、または前記ＨＭＧＢポリペプチドが、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、もしくはＨＭＧＢ４ポリペプチドの群から選択される場合には、前記変異したＨＭＧＢ１ポリペプチドに対応する変異をさらに含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項16】

前記１つまたは複数の変異が、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異である、請求項１３～１５のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項17】

前記ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドが、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つもしくは複数の変異をさらに含む、または前記ＨＭＧＢポリペプチドが、前記変異したＨＭＧＢ１ポリペプチドに対応する１つもしくは複数の変異を有する、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、もしくはＨＭＧＢ４ポリペプチドの群から選択される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項18】

前記ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドが、Ｃ４５Ｓの変異、または前記変異したＨＭＧＢ１ポリペプチドに対応する変異を有する、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、もしくはＨＭＧＢ４ポリペプチドの群から選択されるＨＭＧＢポリペプチドをさらに含む、請求項１～１７のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項19】

（ａ）Ｃ４５Ｓの変異をさらに含む前記ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）配列番号１のアミノ酸２５～１４４を含む前記重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインと、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のアミノ酸２１～１３２を含む前記軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメインとを含む前記抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の組成物または組合せ物。

【請求項20】

（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
を含む組成物または組合せ物であって、
ただし、（ｉ）前記組成物もしくは組合せ物が、配列番号５２を含まない、または（ｉｉ）前記抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは前記抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、組成物または組合せ物。

【請求項21】

前記先端ドメインが、ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ（配列番号３１）；ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ（配列番号３２）；

【化52】

（式中、「Ｘ」は、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３８）；

【化53】

（式中、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３９）；または

【化54】

から選択される１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載の組成物または組合せ物。

【請求項22】

（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはまたはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むその断片；ならびに
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含む重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含む重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含む重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含む軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含む軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含む軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含む抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むポリペプチド。

【請求項23】

（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
を含むポリペプチドであって、
ただし、（ｉ）前記ポリペプチドが、配列番号５２を含まない、または（ｉｉ）前記抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは前記抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、ポリペプチド。

【請求項24】

前記先端ドメインが、ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ（配列番号３１）；ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ（配列番号３２）；

【化55】

（式中、「Ｘ」は、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３８）；

【化56】

（式中、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３９）；または

【化57】

から選択される１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載のポリペプチド。

【請求項25】

（ａ）と（ｂ）との間に位置する切断可能なペプチドをさらに含む、請求項２２～２４のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項26】

（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むその断片；ならびに
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含む重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含む重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含む重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含む軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含む軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含む軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含む抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
をコードするポリヌクレオチド、
あるいはそれと相補的なポリヌクレオチド。

【請求項27】

（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
をコードするポリヌクレオチド、あるいはこれと相補的なポリヌクレオチドであって、
ただし、（ｉ）前記ポリヌクレオチドが、配列番号５２をコードしない、または（ｉｉ）前記抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは前記抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、ポリヌクレオチド。

【請求項28】

前記先端ドメインが、ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ（配列番号３１）；ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ（配列番号３２）；

【化58】

（式中、「Ｘ」は、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３８）；

【化59】

（式中、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３９）；または

【化60】

から選択される１つまたは複数のアミノ酸配列を含む、請求項２７に記載のポリヌクレオチド。

【請求項29】

請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。

【請求項30】

請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物もしくは組合せ物、請求項２２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、または請求項２９に記載のベクター、のうちの１つまたは複数を含む宿主細胞。

【請求項31】

前記ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたは前記その断片；および前記抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片を分泌する、請求項３０に記載の宿主細胞。

【請求項32】

（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、
（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、
（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または
（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること
のうちの１つまたは複数のための方法であって、
前記対象に、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むその断片；ならびに
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含む重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含む重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含む重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含む軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含む軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含む軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含む抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含む、方法。

【請求項33】

（ｉ）前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片が、配列番号５２を含まない、または（ｉｉ）前記抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは前記抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、請求項３２に記載の方法。

【請求項34】

対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させるための方法、および必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、前記バイオフィルムを破壊するための方法であって、
前記対象に、
（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；ならびに
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含む重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含む重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含む重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含む軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含む軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含む軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含む抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含む、方法。

【請求項35】

前記（ａ）の投与および前記（ｂ）の投与が、同時にまたは逐次的に行われる、請求項３２～３４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項36】

前記（ａ）および（ｂ）の投与が、少なくとも１回、少なくとも２回、少なくとも３回、またはそれよりも多くの回数反復される、請求項３２～３５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項37】

（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、
（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、
（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または
（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること
のうちの１つまたは複数のための方法であって、
前記対象に、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物もしくは組合せ物、請求項２２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項２９に記載のベクター、または請求項３０もしくは３１に記載の宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含む、方法。

【請求項38】

対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させ、必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、前記バイオフィルムを破壊するための方法であって、前記対象に、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物もしくは組合せ物、請求項２２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項２９に記載のベクター、または請求項３０もしくは３１に記載の宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含み、前記ＨＭＧＢ１ポリペプチドが、配列番号５２のアミノ酸配列、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片を含む、方法。

【請求項39】

前記対象に、ＤＮアーゼ酵素、抗生剤、抗微生物剤、抗感染剤、抗真菌剤、抗寄生生物剤、抗ウイルス剤、またはＯＭＰ Ｐ５、ｒｓＰｉｌＡ、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２、もしくはＩＶ型Ｐｉｌｉｎを特異的に認識しこれに結合する抗体もしくはその抗原結合断片、のうちの１つまたは複数を投与するステップをさらに含む、請求項３２～３８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項40】

バイオフィルムの形成によって特徴付けられる前記状態が、慢性非治癒性創傷、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．に起因する肺感染症、静脈性潰瘍、糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、洞感染症、尿路感染症、胃腸管の病気、院内肺炎、人工呼吸器関連肺炎、外科的インプラント関連感染症、肺感染症、気道感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、留置デバイス関連感染症、植え込まれた補綴と関連付けられる感染症、骨髄炎、蜂巣炎、膿瘍、または歯周病のうちの１つまたは複数を含む、請求項３２、３３、３５～３７、および３９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項41】

使用のための指示と、請求項１～２１のいずれか一項に記載の組成物もしくは組合せ物、請求項２２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド、請求項２６～２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項２９に記載のベクター、または請求項３０もしくは３１に記載の宿主細胞、のうちの１つまたは複数とを含む、請求項３２～４０のいずれか一項に記載の方法における使用のためのキット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）（３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ））の下、２０２０年７月７日出願の米国仮出願第６３／０４９，０６５号および２０２１年４月１５日出願の米国仮出願第６３／１７５，４８７号の優先権を主張し、これらの各々の内容は、その全体が参照により本出願に組み込まれる。

【0002】

連邦政府支援の声明
本発明は、国立衛生研究所により与えられた認可番号ＤＣ０１１８１８の下で政府支援によりなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。

【0003】

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。このＡＳＣＩＩコピーは、２０２１年７月２日に作成され、名称は１０６８８７－７９６０＿ＳＴ２５．ｔｘｔであり、サイズは２３３，１６３バイトである。

【背景技術】

【0004】

背景
ＤＮＡＢＩＩファミリーのタンパク質は、細菌細胞の外側で天然に見られ、バイオフィルムの形成に寄与する。公知の真正細菌すべてにおいて、ＤＮＡＢＩＩファミリーの少なくとも１つのタンパク質が見出される。それのタンパク質は強力な自然免疫および獲得免疫反応を誘発するが、宿主被験体は、感染の結果として、ファミリーメンバーに対する免疫保護性抗体を自然に産生することができない。細菌バイオフィルムに伴う主な問題は、宿主免疫系ならびに／または抗生物質および他の抗菌薬がバイオフィルム内に保護された細菌にアクセス不可能であることである。

【0005】

ヒト宿主内の細菌は、バイオフィルムとしても公知の群集アーキテクチャを好む。バイオフィルムは、自由生活（浮遊性）細菌が互いに付着する場合（凝集物バイオフィルム）または表面に付着する場合（付着したバイオフィルム）に形成され、遺伝子発現、細胞間連絡、および重要なことには自作細胞外マトリックス（細胞外高分子物質またはＥＰＳ）の産生における変化を含む発達プログラムを開始させる。これらの群集アーキテクチャの各々の内部の常在細菌は、宿主免疫系および抗微生物薬に対して不応性であり（Ｓｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｄｉａｇｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ， ２００６． ５６（３）： ｐ． ２４７－５３；およびＳｔａｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ， ２００８． ５２（１）： ｐ． １３７－４５）、このことは、細菌が存続することを可能にし、慢性および再発性感染症を維持するためのリザーバーとして働く。したがって、細菌バイオフィルムを溶解するための標的化された戦略を開発する決定的な必要性が存在する。

【0006】

バイオフィルムは工業環境にも存在する。例えば、バイオフィルムは、生産現場からガソリンスタンドの貯蔵タンクまでの広範囲の石油処理問題に関係する。前記現場では、硫酸還元バイオフィルム細菌は硫化水素を産生する（サワーオイル（ｓｏｕｒｅｄ ｏｉｌ））。プロセスパイプラインでは、バイオフィルム活性は、フィルタおよび開口部を妨げるスライムを発生させる。バイオフィルムおよびバイオフィルム生物はまた、パイプラインおよび石油処理装置の腐食を引き起こす。これらの問題は、油またはガス生産設備全体を通して、汚損および腐食性バイオフィルム生物が最終製品貯蔵タンクの表面上にさえ見出される程度まで顕在化し得る。

【0007】

バイオフィルムは、家庭および工業の両方の広範囲の水処理に関係する。それらは処理装置の表面上で成長し、装置の性能を害し得る（例えば、熱伝達の劣化またはフィルタおよび膜の閉塞）。冷却塔充填材上で成長するバイオフィルムは、充填材の崩壊を引き起こすために十分な重量を追加し得る。バイオフィルムは、高度に特殊化されたステンレス鋼の腐食でさえも引き起こす。水処理におけるバイオフィルムは、例えば、紙加工におけるバイオフィルムの夾雑、またはシリコンチップ上への単一細胞の付着さえも、最終生成物の価値を低下させる可能性がある。飲料水配送システムにおいて成長するバイオフィルムは、水の美的品質を劣化させる潜在的な病原生物、腐食性生物または細菌を有し得る。家庭では、バイオフィルムは、微生物成長を支える任意の表面中にまたはその上に、例えば、排水管に、調理面に、トイレに、ならびにスイミングプールおよびスパに見出される。
したがって、関連細菌感染症を処置または死滅させて表面および水系からそれらを除去するために、バイオフィルム保護壁を突破する必要性が存在する。本開示はこの必要性を満たし、関連利点も提供する。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0008】

【非特許文献1】Ｓｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｄｉａｇｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ， ２００６． ５６（３）： ｐ． ２４７－５３

【非特許文献2】Ｓｔａｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ， ２００８． ５２（１）： ｐ． １３７－４５

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0009】

概要
ＨＭＧボックスポリペプチド（その非限定的な例は、ＨＭＧＢ１ポリペプチドを含む）と抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片（例えば、ＤＮＡＢＩＩの先端またはキメラ先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体）との、またはその各々の等価物の組合せが、本明細書に提供される。その上、組合せの要素を単独で、または互いに組み合わせて発現する、ポリヌクレオチド、ベクター、および宿主細胞が提供される。さらにその上、それらを産生または使用する方法と共に、組合せ、または組合せを発現するポリヌクレオチドもしくはベクターもしくは宿主細胞、あるいはその両方を含むか、あるいはそれから本質的になるか、あるいはまたさらにそれからなる組成物、組合せ物およびキットが提供される。理論に束縛されることは望まないが、開示される組合せは、バイオフィルムの形成を予防すること、またはバイオフィルムを破壊することにおいて、相乗効果を示す。

【0010】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、さらに必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）
（ｉ）配列番号１３、２４または２６のいずれか１つのアミノ酸（ａａ）２５～ａａ１４４、あるいはその各々の等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン；および／または
（ｉｉ）配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、または配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６、もしくはその各々の等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0011】

さらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、さらに必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）
（ｉ）配列番号１３、２４または２６のいずれか１つまたは複数、またはその各々の等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または
（ｉｉ）配列番号１４、２５、または２７のいずれか１つまたは複数、またはその各々の等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0012】

なおさらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド（またはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）：ＧＦＴＦＸＸＹ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）５０～ａａ５６）、ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）、またはＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｉｉ）：ＸＳＸＸＸＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）７６～ａａ８１）、ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）、またはＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｉｉｉ）：ＸＸＸＸＸＸＸＹＸＸＦＤＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）１２１～ａａ１３３）、ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）、またはＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｉｖ）：ＱＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５７）、ＱＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５２）、ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）、またはＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｖ）：ＸＸＳ（配列番号１４のａａ７５～ａａ７７）、ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）、またはＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；および
（ｖｉ）以下のいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）：ＸＱＧＸＸＸＸＸＴ（配列番号１４のａａ１１４～ａａ１２２）、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）、またはＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0013】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチドまたはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0014】

別の態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質ＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなるその断片；および
（ｂ）
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0015】

さらに別の態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはそれからなるその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、組成物または組合せ物であって、
ただし、
（ｉ）組成物または組合せ物が、配列番号５２を含まない、または
（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは
（ｉ）および（ｉｉ）の両方
である、組成物または組合せ物が提供される。

【0016】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチドまたはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；；および
（ｂ）
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物；および／または
（ｉｉ）配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つのＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0017】

さらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片とエピトープの結合について競合する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0018】

なおさらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチドまたはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）本明細書に開示される相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むポリペプチド
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。一部の実施形態では、組合せ物は、組合せで投与するために別々に製剤化される。一部の実施形態では、ＣＤＲは、重鎖（ＨＣ）ＣＤＲ１（ＣＤＲＨ１）、ＨＣＣＤＲ２（ＣＤＲＨ２）、ＨＣＣＤＲ３（ＣＤＲＨ３）、軽鎖（ＬＣ）ＣＤＲ１（ＣＤＲＬ１）、ＬＣＣＤＲ２（ＣＤＲＬ２）、またはＬＣＣＤＲ３（ＣＤＲＬ３）のいずれか１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0019】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、さらに必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチドまたはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）以下：
（ｉ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）：ＧＦＴＦＸＸＹ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）５０～ａａ５６、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）、ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）、ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）、ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９：ここで、小文字のａはＡである、すなわち、配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９、またはここで、小文字のａはＫである、すなわち、配列番号３のａａ４７～ａａ５９）、ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）、またはａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号２６のａａ４７～ａａ５９：ここで、小文字のａはＡである、すなわち、配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９、またはここで、小文字のａはＴである、すなわち、配列番号６のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）：ＸＳＸＸＸＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）７６～ａａ８１、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）、ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）、ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）、ＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８３）、ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）、ＷＶＡＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹＹＰ（配列番号１または２または３または２４のａａ７１～ａａ８５）、ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）、またはＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）；
（ｉｉｉ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）：ＸＸＸＸＸＸＸＹＸＸＦＤＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）１２１～ａａ１３３、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）、ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）、ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）、またはＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）；
（ｉｖ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）：ＱＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５７、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＱＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５２、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）、ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）、ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９：ここで、小文字のｒはＲである、すなわち、配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９、またはここで、小文字のｒはＫである、すなわち、配列番号９のａａ４４～ａａ５９、またはＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）；
（ｖ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）：ＸＸＳ（配列番号１４のａａ７５～ａａ７７、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）、ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）、ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１：ここで、小文字のｌはＬである、すなわち、配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１、またはここで、小文字のｌはＲである、すなわち、配列番号８のａａ７５～ａａ８１）、ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１：ここで、小文字のｌはＬである、すなわち、配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１、またはここで、小文字のｌはＲである、すなわち、配列番号８のａａ７４～ａａ８１）、ＬＶＳＫｌＤＳＧ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８２：ここで、小文字のｌはＬである、すなわち、配列番号７または９のａａ７５～ａａ８２、またはここで、小文字のｌはＲである、すなわち、配列番号８のａａ７５～ａａ８２）、ＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８３：ここで、小文字のｌはＬである、すなわち、配列番号７または９のａａ７４～ａａ８３、またはここで、小文字のｌはＲである、すなわち、配列番号８のａａ７４～ａａ８３）、ＲＬＩＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶＰＤ（配列番号２５のａａ７１～ａａ８５：ここで、小文字のｌはＬである、すなわち、配列番号７または９のａａ７１～ａａ８５、またはここで、小文字のｌはＲである、すなわち、配列番号８のａａ７１～ａａ８５）、ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）；またはＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）；および
（ｖｉ）以下のいずれか１つを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）：ＸＱＧＸＸＸＸＸＴ（配列番号１４のａａ１１４～ａａ１２２、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である）、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）、ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）、ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）、ＷＱＧＴＨＦＰＹ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２１）、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）、またはＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）
のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる相補性決定領域（ＣＤＲ）
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0020】

さらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチドであって、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドであり、さらに必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチドまたはＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４における対応する変異）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）配列番号１～１４または２４～２７、またはその各々の等価物のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる単離されたポリペプチド
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0021】

またさらなる態様では、
（ａ）本明細書で開示するＨＭＧＢポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、もしくはその断片、またはその各々の等価物をコードし、その発現を指示する調節配列、例えば、プロモーターもしくはエンハンサーまたはその両方に必要に応じて作動可能に連結された、単離されたポリヌクレオチド；および
（ｂ）本明細書で開示する抗体もしくはその抗原結合断片、またはその各々の等価物をコードし、その発現を指示する調節配列、例えば、プロモーターもしくはエンハンサーまたはその両方に必要に応じて作動可能に連結された、単離されたポリヌクレオチド
を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、組成物または組合せ物が提供される。

【0022】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド、、あるいはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書に開示される抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片、例えば、
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるポリペプチドが提供される。

【0023】

さらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはそれからなるその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるポリペプチドであって、
ただし、
（ｉ）ポリペプチドが、配列番号５２を含まない、または
（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは
（ｉ）および（ｉｉ）の両方
である、ポリペプチドが提供される。

【0024】

一態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド、、あるいはそのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書に開示される抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片、例えば、
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片
をコードするポリヌクレオチド、
あるいはそれと相補的なポリヌクレオチドが提供される。

【0025】

さらなる態様では、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはそれからなるその断片；および
（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片
をコードするポリヌクレオチド、あるいはこれと相補的なポリヌクレオチドであって、
ただし、
（ｉ）ポリヌクレオチドが、配列番号５２をコードしない、または
（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは
（ｉ）および（ｉｉ）の両方
である、ポリヌクレオチドが提供される。

【0026】

一態様では、本明細書で開示するポリヌクレオチドを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるベクターが提供される。一部の実施形態では、ベクターは、非ウイルスベクター（例えば、プラスミド）またはウイルスベクターである。さらなる実施形態では、ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルスベクターからなる群から選択される。その上またはあるいは、ベクターは、ポリヌクレオチドの発現を指示する調節配列をさらに含む。

【0027】

本明細書で説明される組成物もしくは組合せ、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、または本明細書で開示するベクター、のうちの１つまたは複数を含む宿主細胞が、本明細書に提供される。

【0028】

一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質の、微生物ＤＮＡへの結合を阻害するため、またはこれと競合するための方法が提供される。この方法は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質を本明細書で開示する組合せまたは組成物と接触させるステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0029】

別の態様では、バイオフィルムを破壊する方法が提供される。この方法は、バイオフィルムを本明細書で開示する組成物または組合せと接触させるステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0030】

さらに別の態様では、表面上のバイオフィルムの形成を予防するため、もしくはバイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、バイオフィルムを本明細書で開示する組合せもしくは組成物と接触させること、またはバイオフィルムに対して感受性な表面もしくはバイオフィルムを含有する表面を、本明細書で開示する組合せもしくは組成物で処置するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0031】

さらなる態様では、対象においてバイオフィルムの形成を予防するため、もしくはバイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物または組合せを投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0032】

またさらなる態様では、対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置するための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組合せまたは組成物を投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0033】

一態様では、対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置するための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物または組合せを投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0034】

一態様では、（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること、のうちの１つまたは複数のための方法が提供される。この方法は、対象に、
（ａ）高移動度群ボックスタンパク質（ＨＭＧＢ）ポリペプチド、必要に応じて、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0035】

一態様では、対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させるための方法、および必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、バイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、対象に、
（ａ）配列番号５２のアミノ酸配列を含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0036】

一態様では、（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること、のうちの１つまたは複数のための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0037】

一態様では、対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させるための方法、および必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、バイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ただし、ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、配列番号５２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0038】

その上、本明細書で開示する方法における使用のためのキットが提供される。キットは、使用のための指示と、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【図面の簡単な説明】

【0039】

【図1】図１は、ｅＤＮＡ依存性細菌バイオフィルムマトリックスのＨＭＧＢ１媒介性制御のモデルを提供する。

【0040】

【図2】図２Ａ～２Ｅは、バイオフィルムと感染の部位に対して誘導された豊富なＰＭＮとの間のゾーンを示す合成写真を提供する。図２Ａは、実験的中耳炎の間にチンチラの中耳において分類不能（ｎｏｎｔｙｐｅａｂｌｅ）Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ＮＴＨＩ）によって産生された１７日のバイオフィルムのＨ＆Ｅ染色された凍結切片の代表的な低倍率光学顕微鏡写真である。濃いＰＭＮ浸潤の領域は、右上隅の領域中に主に位置するが、ＮＴＨＩ誘導性バイオフィルムは、画像の左下領域を占める。これら２つの領域が出会うゾーンは、破線によって境界が定められている。バー＝１００μｍ。図２Ｂは、図２Ａに示されるｉｎ ｓｉｔｕバイオフィルムの連続切片の代表的な画像であり、ここでは、ＰＭＮの境界を定めるためのエラスターゼに対する抗体で免疫標識されたＰＭＮ－リッチ領域は、ＮＴＨＩ誘導性バイオフィルムの境界を定めるためのＮＴＨＩ外膜タンパク質に対する抗体で免疫標識されたＮＴＨＩバイオフィルムと交わり、交わった領域は、両方の蛍光色素が混ざって見える。バー＝１００μｍ。チンチラ中耳から回収された１１日齢のＮＴＨＩバイオフィルムの高倍率免疫標識共焦点画像：図２Ｃは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質ＨＵに対する抗体で殆どもっぱら標識されたＮＴＨＩバイオフィルムを示し、ここでは、ＨＵ標識化は、細菌ｅＤＮＡの鎖上で検出される；図２Ｄは、ＮＴＨＩ誘導性バイオフィルムがＰＭＮ－リッチ領域と交わる領域を提供し、ここでは、抗ＤＮＡＢＩＩ（ＨＵ）標識化が明らかであり、抗ＨＭＧＢ１による標識化も明らかである；ｄ１およびｄ２は、挿入図の連続１μｍＺ平面画像であり、ＤＮＡＢＩＩおよびＨＭＧＢ１標識化の物理的重複が存在しないことを実証している。図２Ｅは、ＰＭＮ－リッチ領域を提供し、ここでは、標識化は、もっぱら抗ＨＭＧＢ１に対してである。パネルＣ～Ｅ中のバー＝５μｍ。

【0041】

【図3】図３Ａ～３Ｂは、ＨＭＧＢ１バリアントが、多様な高優先度ヒト病原体によって形成されたバイオフィルムを破壊したことを示している。図３Ａは、ＨＭＧＢ１の示されたアイソフォーム（別に示されない限り、２００ｎＭ）を、２４時間のバイオフィルムに、ｉｎ ｖｉｔｒｏで添加し１６時間おいたことを示している。試験した各病原体について、５つのバーが示され、それらは、左から右に、対照、α－ＩＨＦ_Ｅｃ、ｒＨＭＧＢ１、ｍＨＭＧＢ１、およびｎＨＭＧＢ１から得られたデータを示す。例外は次の通りであった：Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＥＳＫＡＰＥ中で示されるＳ）については８００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１または２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１；Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ（ＥＳＫＡＰＥ中で示されるＥ）については８００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１、８００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１、３．３ｍＭ α－ＩＨＦ_Ｅｃ ＩｇＧ、Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍが産生するプロテアーゼによる潜在的分解を回避するために、１時間のみ。バイオフィルムを、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）染色剤で染色し、共焦点レーザー走査顕微鏡（ＣＬＳＭ）を介して可視化し、ＣＯＭＳＴＡＴによって解析して、平均厚さを計算した。対照と比較した、バイオフィルム厚さにおけるパーセント変化をプロットした。バーは、ＳＥＭを示す。対応のないｔ検定を介して^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。図３Ｂは、示された濃度のｒＨＭＧＢ１と共にインキュベートしたＵＰＥＣバイオフィルムの代表的な画像を提供する。データは、合わせると、ｒＨＭＧＢ１、ｎＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１が、多様なヒト病原体によって形成された細菌バイオフィルムを有意に破壊したことを示しており、ｒＨＭＧＢ１が、ＵＰＥＣバイオフィルムの用量依存性破壊を誘導したことをさらに示している。

【0042】

【図4】図４Ａ～４Ｂは、ＨＭＧＢ１が、バイオフィルムを破壊し、バイオフィルム常在細菌を浮遊状態へと放出させたことを示している。２４時間のＵＰＥＣバイオフィルムを、ｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートし、次いで、浮遊状態にある細菌（馴化培地） 対 バイオフィルム状態にある細菌（接着性細菌）を計数した。総ＣＦＵ（浮遊性＋バイオフィルム）を図４Ａ中でプロットした。浮遊状態にある細菌の総数 対 バイオフィルム状態にある細菌の総数の相対的パーセントを、図４Ｂ中でプロットした。バーは、ＳＥＭを示す。対応のあるｔ検定を介して^＊Ｐ＜０．０５。ｒＨＭＧＢ１は、殺菌効果を有さなかったが、バイオフィルム常在から浮遊状態への細菌の分配を誘導したことに留意されたい。

【0043】

【図5】図５Ａ～５Ｂは、ｒＨＭＧＢ１が、浮遊性細菌およびバイオフィルム常在細菌の根絶において、抗生物質とｉｎ ｖｉｔｒｏで相乗作用したことを示している。２４時間のＮＴＨＩバイオフィルムを、単独の、またはアンピシリン（３２μｇ／ｍｌ）もしくはアモキシシリン－クラブラン酸塩（１μｇ／ｍｌ）と組み合わせたｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートし、次いで、浮遊状態にある細菌（馴化培地） 対 バイオフィルム状態にある細菌（接着性細菌）を計数した。バイオフィルムＣＦＵ（図５Ａ）および浮遊性ＣＦＵ（図５Ｂ）をプロットした。バーは、ＳＥＭを示す。対応のないｔ検定を介して^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１。ｒＨＭＧＢ１は、殺菌効果を有さなかったが、抗生物質と組み合わせて送達された場合、ｒＨＭＧＢ１は、浮遊性細菌およびバイオフィルム常在細菌の両方の死滅を促進したことに留意されたい。

【0044】

【図6-1】図６Ａ～６Ｃは、ｒＨＭＧＢ１の酸化が、その抗バイオフィルム活性に負に影響を与え（図６Ａ）、ｒＨＭＧＢ１のアセチル化およびリン酸化が、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性に影響を与えなかった（図６Ｂおよび６Ｃ）ことを示している。図６Ａ中、ＵＰＥＣによってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成された２４時間のバイオフィルムを、ｏｘ－ｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートした。バイオフィルムを、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）染色剤で染色し、共焦点レーザー走査顕微鏡（ＣＬＳＭ）を介して可視化し、ＣＯＭＳＴＡＴによって解析して、平均厚さを計算した。バーは、ＳＥＭを示す。対応のないｔ検定によって評価して、^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能が、ｒＨＭＧＢ１の酸化の際に有意に低減されたことに留意されたい。図６Ｂ中、アセチル化された形態またはリン酸化された形態を、トリトン酢酸尿素ゲル（ＴＡＵゲル；上）およびα－アセチル－リシンを用いたウエスタンブロット（α－Ａｃ－Ｌｙｓ；下）によって確認した。図６Ｃ中、（Ｂｃ － Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ；Ｅ － Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ、またはＫ － Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）によってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成された２４時間のバイオフィルムは、対照と比較して、Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１およびＰｒＨＭＧＢ１の両方によって有意に破壊された。バーは、ＳＥＭを示す。対応のないｔ検定によって評価して、^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能が、アセチル化またはリン酸化のいずれとも関係なく、未変化のままであったことに留意されたい。

【図6-2】同上。

【0045】

【図7】図７は、操作された単一アミノ酸バリアントｍＨＭＧＢ１が、ＨＪ ＤＮＡに結合するその能力を保持したことを示している。５’末端標識した６－カルボキシフルオレセインＨＪ ＤＮＡ（２０ｎＭ）を、漸増濃度（５０～５００ｎＭ）のＩＨＦ、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１と共にインキュベートし、次いで、非変性ＰＡＧＥによって分離した。矢印は、ＨＪ ＤＮＡ－タンパク質複合体を示す。ｍＨＭＧＢ１が、ＨＪ ＤＮＡに結合するその能力を維持したことに留意されたい。

【0046】

【図8】図８Ａ～８Ｃは、ＨＭＧＢ１がＨＪ ＤＮＡに結合したが、ＨＪ ＤＮＡを安定化することができなかったことを示している。５’末端標識した^３２Ｐ ＨＪ ＤＮＡを、漸増濃度（２５～５００ｎＭ）のＩＨＦ（図８Ａ）、ｒＨＭＧＢ１（図８Ｂ）またはＲｕｖＡ（図８Ｃ）と共に、室温（ＲＴ）または５５℃のいずれかで１０分間インキュベートし、次いで、６％非変性ＰＡＧＥ上で分離した。アスタリスクは、融解したオリゴを示し、矢印は、ＤＮＡ－タンパク質複合体を示す。ＤＮＡ－ＨＭＧＢ１複合体は、ＲＴにおいて安定であったが、５５℃では不安定であり、これが、融解した構成要素オリゴの存在量における増加を生じた。この成果は、ＩＨＦおよび原型的ＨＪ ＤＮＡ結合タンパク質ＲｕｖＡの両方で観察された成果と対照をなす。

【0047】

【図9】図９は、ＨＭＧＢ１アイソフォームが、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルム内の格子様ｅＤＮＡ網目構造をｉｎ ｖｉｔｒｏで破壊したことを示している。２４時間のＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルムを、示されたタンパク質（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートした。未固定のバイオフィルムを、α－ｄｓＤＮＡモノクローナル抗体と共にインキュベートし、次いで、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８にコンジュゲートされたヤギα－マウスＩｇＧと共にインキュベートした（下パネル）。Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを、ＦｉｌｍＴｒａｃｅｒ ＦＭ ４－６４で染色した（上パネル）。バイオフィルムを、ＣＬＳＭによって可視化した。対照におけるより合わさった蜘蛛の巣様構造と、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１による蜘蛛の巣様構造の破壊とに留意されたい。スケールバーは、１０μｍを示す。

【0048】

【図10】図１０Ａ～１０Ｂは、ＨＭＧＢ１が、バイオフィルム細胞外マトリックス内のＨＪ様構造に結合するその能力を介してバイオフィルムを破壊したことを示している。図１０Ａは、ＵＰＥＣによってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成された２４時間のバイオフィルムを、示されたタンパク質の各々の存在下または非存在下でｍＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートしたことを示している。図１０Ｂは、ＵＰＥＣによってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成された２４時間のバイオフィルムを、ｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）またはＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と共に１６時間インキュベートしたことを示している。バイオフィルムを、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）染色剤で染色し、共焦点レーザー走査顕微鏡（ＣＬＳＭ）を介して可視化し、ＣＯＭＳＴＡＴによって解析して、平均厚さを計算した。バーは、ＳＥＭを示す。対応のないｔ検定によって評価して、^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１。ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能が、ｅＤＮＡに直接結合し、したがって、ｅＤＮＡへの結合についてＨＭＧＢ１と競合する競合因子（ＨＵ、ＲｕｖＡ）の存在下で、またはＨＪ ＤＮＡに結合するその能力に直接影響を与えるｒＨＭＧＢ１の改変の際に、喪失されたことに留意されたい。

【0049】

【図11】図１１Ａ～１１Ｂは、ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１がＨＪ ＤＮＡに結合しないことを示す。図１１Ａは、ＮＥＭ改変されたｒＨＭＧＢ１がトリトン酢酸尿素ゲル（ＴＡＵゲル）によって確認されたことを提供する。図１１Ｂに示す通り、５’末端標識した６－カルボキシフルオレセインＨＪ ＤＮＡ（２０ｎＭ）を、漸増濃度（２５０～５００ｎＭ）のＩＨＦ、ｒＨＭＧＢ１またはＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１と共にインキュベートし、次いで、非変性ＰＡＧＥによって分離した。矢印は、ＨＪ ＤＮＡ－タンパク質複合体を示す。ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１がＨＪ ＤＮＡに結合するその能力を喪失したことに留意されたい。

【0050】

【図12】図１２は、ＨＭＧＢ１アイソフォームが、様々な程度の好中球媒介性ＮＥＴ形成をｉｎ ｖｉｔｒｏで誘導したことを示している。好中球を、示されたタンパク質（２００ｎＭ）と共に３．５時間インキュベートした。好中球を固定し、次いで、α－ｄｓＤＮＡモノクローナル抗体およびα－好中球エラスターゼ抗体と共にインキュベートし、次いで、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８にコンジュゲートされたヤギα－マウスＩｇＧおよびＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ５９４にコンジュゲートされたヤギａ－ウサギＩｇＧと共にインキュベートした。好中球を、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ３５０にコンジュゲートされたコムギ胚芽凝集素（ＷＧＡ）で染色した。ＮＥＴを、ＣＬＳＭによって可視化した。より合わさったＮＥＴが、様々な程度までではあるが、好中球とｒＨＭＧＢ１、ｍＨＭＧＢ１およびＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１とのインキュベーションの際に特異的に形成したことに留意されたい。スケールバーは、１０μｍを示す。

【0051】

【図13-1】図１３Ａ～１３Ｆは、ＨＭＧＢ１が、マウス肺由来のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ凝集物のクリアランスを促進することを示している。図１３Ａは、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａに感染したマウスから回収された肺の肺切片の代表的なＩＦ画像を提供する。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを、１０^７ＣＦＵにｉ．ｔ．曝露させ、同時（予防）、または２４時間後（処置）のいずれかで、０．２ｎｍｏｌの示されたＨＭＧＢ１バリアントを与えた。気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）を、１８ｈｐｉ（予防、図１３Ｂ）または７２ｈｐｉ（処置、図１３Ｃ）で収集し、次いで、ＣＦＵについて解析した。図１３Ｄは、Ｈ＆Ｅで染色した代表的な画像を提供する（１０×および４０×倍率）。図１３Ｅに示す通り、ＢＡＬ中の細胞を、α－ＣＤ４５、ＣＤ１１ｂ、およびＬｙ－６Ｇで染色し、フローサイトメトリーによって解析して、相対的好中球流入を測定した（図１３Ｆ）。バーは、ＳＤを示す。マン・ホイットニー検定によって評価して、^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１。ＨＭＧＢ１処置は、マウス肺中のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａのＣＦＵを有意に減少させ、ｍＨＭＧＢ１内の操作されたＣ４５Ｓ変異による処置は、炎症促進活性を排除した。

【図13-2】同上。

【0052】

【図14-1】図１４Ａ～１４Ｃは、ｍＨＭＧＢ１が、低減されたファゴサイトーシスにもかかわらず、マウス肺からＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを取り除き、腹膜腔への減弱した好中球動員を示したことを示している。図１４Ａは、Ｃ５７ＢＬ／６マウスを、１０^７ＣＦＵのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａにｉ．ｔ．曝露させ、０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１で２４時間後に処置したことを提供する。処置の４８時間後、マウスを屠殺し、肺の切片をＥ．ｃｏｌｉ α－ＥＦ－Ｔｕモノクローナル抗体で標識してＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを標識し、ＤＡＰＩで標識して好中球を検出した。図１４Ｂは、マクロファージを、５μｇ／ｍｌ ｒＨＭＧＢ１、５μｇ／ｍｌ ｍＨＭＧＢ１または１０μＭ サイトカラシンＤで２時間処置し、次いで、ｐＨｒｏｄｏ ｒｅｄ Ｅ．ｃｏｌｉ生体粒子を添加し、２時間インキュベートしたことを示している。いずれの過剰な生体粒子をも、細胞をＨＢＳＳで洗浄することによって除去し、ファゴサイトされた生体粒子を、プレートリーダー（５６０／５８５ｎｍ）によって測定した。図１４Ｃは、Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、示されたＨＭＧＢ１アイソフォームをｉ．ｐ．注射し、次いで、２４時間後に、腹膜腔中への好中球の流入を、α－ＣＤ４５、ＣＤ１１ｂ、およびＬｙ－６Ｇ抗体を用いるフローサイトメトリーによって決定したことを示している。ｎ＝３。バーは、ＳＤを示す。^＊Ｐ＜０．０５。ｒＨＭＧＢ１による処置は、腹膜腔中への好中球の有意な遊走を誘導したが、ｍＨＭＧＢ１による処置は、ファゴサイトーシスにおける中程度の低減にもかかわらず、この炎症促進応答を有意に減弱させた。

【図14-2】同上。

【0053】

【図15】図１５は、バイオフィルムをｉｎ ｖｉｖｏで処置するために使用したｒＨＭＧＢ１が、マウスにおいて敗血症性ショックと関連付けられる感染症に対する調節不全の宿主応答を誘導しなかったことを示している。マウスに、０．２ｎｍｏｌの内毒素なしのＨＭＧＢ１、５ｍｇ／ｋｇ ＬＰＳ、またはその両方のいずれかをｉ．ｐ．注射し、次いで、敗血症性ショックの徴候について２４時間モニタリングした。血清ＴＮＦ－αを、２４時間後にＥＬＩＳＡによって測定した。バーは、ＳＤを示す。ＬｏＤ：検出限界。ｉｎ ｖｉｖｏバイオフィルムを処置するために使用したのと同じ濃度のｒＨＭＧＢ１が、ＴＮＦ－αにおける増加によって示されるように、敗血症性ショックを誘導しなかったことに留意されたい。

【0054】

【図16-1】図１６Ａ～１６Ｊは、ｍＨＭＧＢ１が、バイオフィルム常在ＮＴＨＩのクリアランス、確立された粘膜バイオフィルムの根絶、および実験的疾患の解消を媒介したことを示しており、これは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の免疫保護的ドメインに対する抗体断片（先端－チャイマーＦａｂ）との共送達の際に増強された成果である。図１６Ａは、チンチラ中耳中の既に確立されたＮＴＨＩバイオフィルムを溶解する、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１の相対的能力を評価するための研究タイムラインを提供する。図１６Ｂは、治療の完了の１日後の、粘膜バイオフィルム内に常在するＮＴＨＩおよび中耳粘膜に接着性のＮＴＨＩの相対量を提供する。図１６Ｃに示す通り、処置の完了の１日後に残存した中耳粘膜バイオフィルムの量を定性的に評価するために使用した注釈。図１６Ｄは、コホート当たりの各中耳内の粘膜バイオフィルムの相対量を提供する。図１６Ｅ中、処置の完了の１日後の中耳粘膜炎症の量を定性的に評価するために使用した注釈。図１６Ｆは、コホート当たりの各中耳内の粘膜炎症の相対量を提供する。図１６Ｇは、粘膜バイオフィルムの相対的存在／クリアランスと炎症／非炎症状態とを実証するための、各コホートからの中耳の代表的な画像を提供する。図１６Ｈは、チンチラ中耳中の既に確立されたＮＴＨＩバイオフィルムを溶解する、先端－チャイマーＦａｂと共に共送達されたｍＨＭＧＢ１の付加的潜在性を評価するための研究タイムラインである。図１６Ｉは、１回または２回の処置用量の２４時間後の粘膜バイオフィルム内に常在するＮＴＨＩおよび中耳粘膜に接着性のＮＴＨＩの相対量を提供する。図１６Ｊは、１回または２回の処置用量の２４時間後のコホート当たりの各中耳内の粘膜バイオフィルムの相対量を提供する。ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１は共に、バイオフィルム常在ＮＴＨＩの迅速なクリアランスおよび確立された粘膜バイオフィルムの根絶を誘導したが、ｍＨＭＧＢ１のみが、限定的な粘膜炎症を誘導した。さらに、ｍＨＭＧＢ１と先端－チャイマーＦａｂ断片との共送達は、中耳からＮＴＨＩおよび関連するバイオフィルムを根絶するのに高度に効果的であった。

【図16-2】同上。

【0055】

【図17】図１７は、炎症促進性サイトカインＩＬ－１βおよびＩＬ－１７Ａが、ｒＨＭＧＢ１で処置したチンチラから回収された中耳液中で有意に豊富であったが、ｍＨＭＧＢ１処置したコホートでは抗炎症性サイトカインが優勢であったことを示している。ＮＴＨＩ曝露の６日後（処置の完了の１日後）、中耳液を回収し、炎症促進性サイトカインおよび抗炎症性サイトカインのパネルの相対量について、サイトメトリービーズアレイによってスクリーニングした。各データポイントは、個々の中耳液と、示された各コホートについての平均とを示す。ｒＨＭＧＢ１処置したチンチラにおける炎症促進性サイトカインＩＬ－１βおよびＩＬ－１７Ａの有意に上昇した濃度（ｐ＜０．０５）に留意されたいが、一方で、抗炎症性サイトカインＩＬ－１０の有意に上昇した濃度が、ｍＨＭＧＢ１で処置したコホートにおいて観察された（Ｐ＜０．０１）。

【発明を実施するための形態】

【0056】

詳細な説明
定義
理解されるように、セクションまたはサブセクション見出しは、本明細書で使用される場合、構成のみを目的とするものであり、記載される主題を制限および／または分離すると解釈すべきではない。

【0057】

別に定義されない限り、本明細書で使用する全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する分野の当業者によって通常理解されるのと同じ意味を有する。本明細書で提供される全てのヌクレオチド配列は、５’～３’方向で示される。本明細書で説明する方法および材料と類似または等価の任意の方法および材料は、本開示の実施または試験において使用することができるが、特定の非限定的な例示的方法、デバイスおよび材料をここで説明する。本明細書で引用する全ての技術出版物および特許出版物は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書中のいずれも、先行発明によって、本開示がそのような開示を先行するものとする権利を与えられないことの承認として解釈されるべきではない。

【0058】

本開示の実施は、別に示されない限り、当該技術分野の技術の範囲内である組織培養、免疫学、分子生物学、微生物学、細胞生物学および組換えＤＮＡの従来技術を使用する。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ ｅｄｓ， （２００１） Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， ３^ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ；叢書Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ． ｅｄｓ． （２００７） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；叢書Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．， Ｎ．Ｙ．）；ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ． （１９９１） ＰＣＲ １： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ ａｔ Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ）；ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ． （１９９５） ＰＣＲ ２： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ ｅｄｓ． （１９９９） Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ；Ｆｒｅｓｈｎｅｙ （２００５） Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ： Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ， ５^ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ；Ｇａｉｔ ｅｄ． （１９８４） Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ；米国特許第４，６８３，１９５号；Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ ｅｄｓ． （１９８４） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ；Ａｎｄｅｒｓｏｎ （１９９９） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ；Ｈａｍｅｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ ｅｄｓ． （１９８４） Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ； Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ （ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ （１９８６））；Ｐｅｒｂａｌ （１９８４） Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｃａｌｏｓ ｅｄｓ， （１９８７） Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；Ｍａｋｒｉｄｅｓ ｅｄ． （２００３） Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ；Ｍａｙｅｒ ａｎｄ Ｗａｌｋｅｒ ｅｄｓ． （１９８７） Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｌｏｎｄｏｎ）；およびＨｅｒｚｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ． ｅｄｓ （１９９６） Ｗｅｉｒ’ｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙを参照されたい。

【0059】

範囲を含む全ての数字表示、例えば、ｐＨ、温度、時間、濃度および分子量は、適宜１．０または０．１の増分で、またはあるいは＋／－１５％、またはあるいは１０％、またはあるいは５％、またはあるいは２％の変動で（＋）または（－）に変動する近似値である。必ずしも明白に示されていないが、全ての数字表示に、「約」という用語が先行することが理解されるべきである。また、必ずしも明白に示されていないが、本明細書で説明する試薬は単に例示であり、かつそのようなものの等価物は当該技術分野で公知であることが理解されるべきである。

【0060】

「約」という用語は、本明細書で使用される場合、測定可能な値、例えば、量または濃度などについて言及する場合、特定された量の２０％、１０％、５％、１％、０．５％、またはさらには０．１％の変動を包含する意味である。

【0061】

本明細書および特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに別のように規定しない限り、複数の指示物を含む。例えば、「ポリペプチド（ａ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）」という用語は、その混合物を含む複数のポリペプチドを含む。

【0062】

本明細書で使用される場合、「～を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、組成物および方法が、列挙される要素を含むが、その他のものを除外しないことを意味すると意図される。「～から本質的になる」は、組成物および方法を定義するために使用される場合、意図される使用のための組合せにとって任意の本質的に重要な他の要素を除外することを意味する。したがって、本明細書で定義する要素から本質的になる組成物は、単離および精製方法からの微量夾雑物、および薬学的に許容される担体、例えば、リン酸緩衝食塩水、保存剤等を除外しない。「～からなる」は、他の成分および本明細書で開示する組成物を投与するための実質的な方法ステップの微量要素より多くのものを除外することを意味する。これらの遷移用語の各々によって定義される実施形態は、本開示の範囲内である。

【0063】

「必要に応じた」または「必要に応じて」は、次に記載された条件が起こっても起こらなくてもよいことを意味し、したがって、この記載は、その条件が起こる場合およびその条件が起こらない場合を含む。

【0064】

本明細書で使用される場合、「および／または」は、関連する列挙された項目のうちの１つまたは複数のいずれかのおよび全ての可能な組合せ、ならびに選択肢（「または」）で解釈される場合には組合せの欠如を指し、これらを包含する。

【0065】

「実質的に」または「本質的に」は、殆ど全体的にまたは完全に、例えば、ある所与の量の９５％またはそれよりも多くを意味する。一部の実施形態では、「実質的に」または「本質的に」は、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または９９．９％を意味する。

【0066】

「許容される」、「有効な」、または「十分な」という用語は、本明細書で開示する任意の構成成分、範囲、レベル、速度、用量形態などの選択を記載するために使用される場合、これらの構成成分、範囲、レベル、速度、用量形態などが、開示される目的のために好適であることを意図する。

【0067】

本明細書で使用される場合、相対的な用語、本明細書で使用される場合には、例えば、より高い、より低い、増加、減少、低減、またはそれらの任意の文法的バリエーションは、参照からのある特定の変動を指し得る。一部の実施形態では、そのような変動は、参照よりも約１０％、もしくは約２０％、もしくは約３０％、もしくは約４０％、もしくは約５０％、もしくは約６０％、もしくは約７０％、もしくは約８０％、もしくは約９０％、もしくは約１倍、もしくは約２倍、もしくは約３倍、もしくは約４倍、もしくは約５倍、もしくは約６倍、もしくは約７倍、もしくは約８倍、もしくは約９倍、もしくは約１０倍、もしくは約２０倍、もしくは約３０倍、もしくは約４０倍、もしくは約５０倍、もしくは約６０倍、もしくは約７０倍、もしくは約８０倍、もしくは約９０倍、もしくは約１００倍またはそれよりも大きく高いことを指し得る。一部の実施形態では、そのような変動は、参照の約１％、または約２％、または約３％、または約４％、または約５％、または約６％、または約７％、または約８％、または約０％、または約１０％、または約２０％、または約３０％、または約４０％、または約５０％、または約６０％、または約７０％、または約７５％、または約８０％、または約８５％、または約９０％、または約９５％、または約９６％、または約９７％、または約９８％、または約９９％を指し得る。

【0068】

「バイオフィルム」とは、微生物が、分泌し、放出しおよび／または細菌の溶解に起因して細胞外環境において利用可能になるＤＮＡ等の高分子と共に、有機または無機であり得る構造表面に付着することもある、組織化された微生物群集を意図する。バイオフィルムは、マイクロバイオティクス（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔｉｃｓ）および抗微生物剤に非常に抵抗性である。それらは、歯肉組織、歯および修復物上で生存し、歯周プラーク疾患としても公知の、う歯および歯周病を引き起こす。また、それらは、慢性中耳感染を引き起こす。また、バイオフィルムは、歯科インプラント、ステント、カテーテル系およびコンタクトレンズの表面上に形成し得る。それらは、ペースメーカー、心臓弁置換物、人工関節および他の外科的インプラント上で生育する。疾病管理センター（Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ）は、院内（病院内で獲得される）感染の６５％より多くが、バイオフィルムによって引き起こされると見積もっている。それらは、慢性膣感染を引き起こし、免疫系が妨げられている人々において生命を脅かす全身性感染をもたらす。また、バイオフィルムは、多くの疾患に関与する。例えば、嚢胞性線維症患者は、多くの場合抗生物質抵抗性バイオフィルムをもたらすＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染を有する。一実施形態では、バイオフィルムは、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質を含む。さらなる実施形態では、バイオフィルムは、ＩＨＦおよび／またはＨＵを含む。またさらなる実施形態では、バイオフィルムは、ＩＨＦＡおよび／またはＩＨＦＢを含む。

【0069】

「好中球」という用語は、哺乳動物における一種の顆粒細胞、一種の白血球細胞、および一種のファゴサイトを指し、炎症細胞の第１応答者である。好中球は、骨髄において骨髄前駆体から発生する顆粒含有多形核白血球である。これらは、ファゴソームにおいて外来性粒子を破壊することによって細胞内で、または好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）を放出し、急性炎症を促進することによって細胞外で、自然免疫応答において重要な役割を果たす。ヒトでは、好中球は、最も豊富な循環白血球であり、白血球細胞の５０～７０％を占めるが、循環マウス白血球の１０～２５％が好中球である。好中球は、それらの核の形状および細胞質粒度に基づいて視覚的に同定することができるが、ある特定のマーカー（複数可）の発現に基づいても同定することができる。マウス好中球は、Ｌｙ－６ＧおよびＣＤ１１ｂ／インテグリンアルファＭの細胞表面発現に基づいて一般に同定される。マウス顆粒球性骨髄由来サプレッサー細胞もまた、これらのマーカーを発現することができるので、好中球は、しばしば、免疫抑制的特性の非存在と共に、Ｍ－ＣＳＦ Ｒ／ＣＤ１１５およびＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４の発現の欠如に基づいて、マウスにおいてこれらの細胞から区別される。ヒトでは、好中球は、ＣＤ１４の発現の欠如と共に、ヒト好中球上のＣＤ１５およびＣＤ１６／ＦｃガンマＲＩＩＩの両方の発現に基づいて、好酸球および単球から区別される。加えて、ＣＤ６６ｂ／ＣＥＡＣＡＭ－８、ＣＤ１１ｂ／インテグリンアルファＭ、ＣＤ３３、および細胞質マーカーミエロペルオキシダーゼが、ヒト好中球を同定するために使用される他の一般的なマーカーである。

【0070】

本明細書で使用される場合、好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）は、病原体に結合する、好中球由来のＤＮＡから主に構成される、細胞外繊維の網目構造を指す。ＮＥＴは、宿主細胞への損傷を最小限にしつつ、好中球が細胞外病原体を死滅させることを可能にする。高解像度走査電子顕微鏡法により、ＮＥＴは、それぞれ１５～１７ｎｍおよび２５ｎｍの直径を有する、ＤＮＡのストレッチおよび球状タンパク質ドメインからなることが示されている。これらは、５０ｎｍの直径を有するより大きい糸へと凝集する。しかし、流動条件下では、ＮＥＴは、ずっと大きい構造を形成し得、数百ナノメートルの長さおよび幅に達する。免疫蛍光による解析により、ＮＥＴが、アズール親和性顆粒（好中球エラスターゼ、カテプシンＧおよびミエロペルオキシダーゼ）、特異的顆粒（ラクトフェリン）、三次顆粒（ゼラチナーゼ）、および細胞質由来のタンパク質を含有することが裏付けられた；しかし、ＣＤ６３、アクチン、チューブリンおよび様々な他の細胞質タンパク質は、ＮＥＴ中には存在しない。一部の実施形態では、ＮＥＴは、例えば、免疫蛍光によって、その構成成分（好中球エラスターゼを含むがこれに限定されない）のうちの１つまたは複数を評価することによって測定することができる。ＮＥＴの活性化および放出は、本明細書でＮＥＴｏｓｉｓと呼ばれ、これは、自殺的（ｓｕｉｃｉｄａｌ）ＮＥＴｏｓｉｓおよびバイタル（ｖｉｔａｌ）ＮＥＴｏｓｉｓの２つの形態で生じ得る動的プロセスである。

【0071】

本明細書で使用される場合、「直接隣接した」という句は、ギャップも間隔もなしに、参照位置または構造に直接接続された位置を指す。

【0072】

一部の実施形態では、「破壊する」という用語は、微生物バイオフィルムの構成成分であるＤＮＡ／タンパク質マトリックスの形成における低減を意図する。その上またはあるいは、「破壊する」という用語は、形成されたバイオフィルムの低減、例えば、バイオフィルムを部分的にまたは完全に消散させることを意図する。そのような低減は、様々なパラメーターで示すことができる。例えば、バイオフィルムのバイオマスもしくは細菌負荷またはその両方は、処置の前および後に評価され得、処置後のその低減は、処置の有効性を示すために使用することができる。パラメーターの別の例は、盲検評価人によって与えられる相対的粘膜バイオフィルムスコアまたはバイオマススコアである。他の好適なパラメーターは、本明細書で開示する実施例に示される。一部の実施形態では、処置は、バイオフィルムを、処置の前のバイオフィルムの少なくとも約９０％（少なくとも約８５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約７５％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約６５％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約５５％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約４５％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約３５％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約２５％、または少なくとも約２０％、または少なくとも約１５％、または少なくとも約１０％、または少なくとも約９％％、または少なくとも約８％、または少なくとも約７％、または少なくとも約６％、または少なくとも約５％、または少なくとも約４％、または少なくとも約３％、または少なくとも約２％、または少なくとも約１％、または１％未満、または約０％を含むがこれらに限定されない）に低減させる。ある特定の実施形態では、バイオフィルムを破壊するとは、バイオフィルムを（完全にまたは部分的に）消散させること、バイオフィルムのＤＮＡ／タンパク質マトリックスから微生物を放出させること、ならびに必要に応じて、宿主免疫エフェクターおよび／または抗生物質による微生物の死滅を可能にすることを指す。

【0073】

「ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質」は、ＤＮＡ結合ドメインからなり、したがって、微生物ＤＮＡについて特異的または一般的親和性を有するＤＮＡ結合タンパク質またはポリペプチドを意図する。一態様では、それらは、ＤＮＡの副溝（ｍｉｎｏｒ ｇｒｏｖｅ）に結合する。ＤＮＡＢＩＩタンパク質の非限定的な例は、組込み宿主因子（ＩＨＦ：ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ ｈｏｓｔ ｆａｃｔｏｒ）タンパク質およびＥ． ｃｏｌｉ株Ｕ９３からのヒストン様タンパク質（ＨＵ：ｈｉｓｔｏｎｅ－ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆｒｏｍ Ｅ． ｃｏｌｉ ｓｔｒａｉｎ Ｕ９３）である。バイオフィルムと関連付けられ得る他のＤＮＡ結合タンパク質には、ＤＰＳ（ジェンバンク（Ｇｅｎｂａｎｋ）アクセッション番号ＣＡＡ４９１６９）、Ｈ－ＮＳ（ジェンバンクアクセッション番号ＣＡＡ４７７４０）、Ｈｆｑ（ジェンバンクアクセッション番号ＡＣＥ６３２５６）、ＣｂｐＡ（ジェンバンクアクセッション番号ＢＡＡ０３９５０）およびＣｂｐＢ（ジェンバンクアクセッション番号ＮＰ＿４１８８１３）が含まれる。

【0074】

「組込み宿主因子」または「ＩＨＦ」タンパク質は、バクテリオファージによってそれらのＤＮＡを宿主細菌に組み込むために使用される細菌タンパク質である。また、それらは、細胞外微生物ＤＮＡに結合する。Ｅ． ｃｏｌｉにおいてＩＨＦタンパク質サブユニットをコードする遺伝子は、ｈｉｍＡ（ジェンバンクアクセッション番号ＰＯＡ６Ｘ７．１）およびｈｉｍＤ（ＰＯＡ６Ｙ１．１）遺伝子である。これらの遺伝子のホモログは他の生物において発見されている。ある特定の実施形態では、「ＩＨＦ」という用語は、２つのＩＨＦサブユニット：組込み宿主因子サブユニットアルファ（ＩＨＦＡまたはＩｈｆＡ）および組込み宿主因子サブユニットベータ（ＩＨＦＢまたはＩｈｆＢ）、のうちの一方または両方を指す。

【0075】

「ＨＵ」または「Ｅ． ｃｏｌｉ株Ｕ９３からのヒストン様タンパク質」とは、典型的にＥ． ｃｏｌｉに付随するあるクラスのヘテロ二量体タンパク質を指す。ＨＵタンパク質は、ＤＮＡ接合部に結合することが公知である。関連タンパク質が、他の微生物から単離されている。Ｅ． ｃｏｌｉ ＨＵの完全なアミノ酸配列は、Ｌａｉｎｅ ｅｔ ａｌ． （１９８０） Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ １０３（３）４４７－４８１によって報告された。ＨＵタンパク質に対する抗体は、Ａｂｅａｍから市販されている。Ｅ．ｃｏｌｉにおいてＨＵタンパク質サブユニットをコードする遺伝子は、それぞれ配列番号２９および３０に対応するｈｕｐＡおよびｈｕｐＢである。これらの遺伝子のホモログが、他の生物において見出されており、他の生物からのこれらの遺伝子に対応するペプチドは、ＷＯ２０１１／１２３３９６の表１０において見出すことができる。

【0076】

「表面抗原」または「表面タンパク質」という用語は、細胞、例えば、細菌細胞の表面上のタンパク質またはペプチドを指す。表面抗原の例は、例えば、ＯＭＰ Ｐ５（ジェンバンクアクセッション番号ＹＰ＿００４１３９０７９．１）、ＯＭＰ Ｐ２（ジェンバンクアクセッション番号ＺＺＸ８７１９９．１）、およびＯＭＰ Ｐ２６（ジェンバンクアクセッション番号ＹＰ＿６６５０９１．１）であり、外膜タンパク質の例は、ｒｓＰｉｌＡまたは組換え可溶型ＰｉｌＡ（ジェンバンクアクセッション番号ＥＦＵ９６７３４．１）およびＩＶ型Ｐｉｌｉｎ（ジェンバンクアクセッション番号Ｙｐ＿００３８６４３５１．１）である。

【0077】

「Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ」という用語は、多くの様々な感染症、例えば、耳感染症、眼感染症および副鼻腔炎等を引き起こし得る病原性細菌を指す。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの多くの様々な株が単離されており、ＩｈｆＡ、ｉｈｆＢおよびｈｕｐＡ遺伝子またはタンパク質を有する。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの様々な株の一部の非限定的な例には、Ｒｄ ＫＷ２０、８６－０２８ＮＰ、Ｒ２８６６、ＰｉｔｔＧＧ、ＰｉｔｔＥＥ、Ｒ２８４６および２０１９が含まれる。

【0078】

「微生物ＤＮＡ」とは、バイオフィルムに組み込まれている微生物からの一本鎖または二本鎖ＤＮＡを意図する。

【0079】

バイオフィルムを「阻害すること、予防することまたは破壊すること」とは、バイオフィルムの構造の予防的または治療的低減を意図する。

【0080】

「ベントポリヌクレオチド」とは、１つの鎖に他の鎖と対形成しない小ループを含有する二本鎖ポリヌクレオチドを意図する。一部の実施形態では、ループは、１塩基～約２０塩基の長さ、またはあるいは２塩基～約１５塩基の長さ、またはあるいは約３塩基～約１２塩基の長さ、またはあるいは約４塩基～約１０塩基の長さであるか、またはあるいは約４、５または６、または７、または８、または９、または１０塩基を有する。

【0081】

「ＤＮＡＢＩＩとの結合と競合するポリペプチド、例えば、ＤＮＡとの結合におけるＩＨＦ」は、屈曲したまたは歪んだＤＮＡ構造と結合する際にＤＮＡＢＩＩ（例えば、ＩＨＦ）と競合するが、ＤＮＡとバイオフィルムを形成しないタンパク質またはペプチドを意図する。例には、限定することなく、ＩＨＦの１つもしくは複数のＤＮＡ結合ドメインを含むＩＨＦの断片、またはその生物学的等価物が含まれる。

【0082】

診断または処置の「対象」は、細胞または動物、例えば、哺乳動物またはヒトである。診断または処置に供される非ヒト動物は、感染に供される非ヒト動物または動物モデル、例えば、サル類、ネズミ科、例えば、ラット、マウス、チンチラ、イヌ科、例えば、イヌ、ウサギ類、例えば、ウサギ、家畜、競技用動物およびペットである。「対象」、「宿主」、「個体」および「患者」という用語は、本明細書で互換的に使用される場合、動物、典型的に哺乳動物を指すものである。哺乳動物の非限定的な例には、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、類人猿、テナガザル、チンパンジー、オランウータン、サル、マカク等）、飼育動物（例えば、イヌおよびネコ）、家畜動物（例えば、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）および実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、モルモット）が含まれる。一部の実施形態では、哺乳動物はヒトである。哺乳動物は、任意の年齢または任意の発達段階であってもよい（例えば、成体、青年期、子、幼体または子宮内の哺乳動物）。哺乳動物は、雄または雌であり得る。一部の実施形態では、対象は、ヒトである。

【0083】

「タンパク質」、「ペプチド」および「ポリペプチド」という用語は、互換的に、かつそれらの最も広い意味で使用されて、２つまたはそれよりも多いサブユニットアミノ酸、アミノ酸アナログまたはペプチドミメティクスの化合物を指す。サブユニットは、ペプチド結合によって連結され得る。別の実施形態では、サブユニットは、他の結合、例えば、エステル、エーテル等によって連結され得る。タンパク質またはペプチドは、少なくとも２つのアミノ酸を含有しなければならず、タンパク質の配列またはペプチドの配列を構成し得るアミノ酸の最大数に限定は設けられていない。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、グリシンならびにＤおよびＬ光学異性体の両方を含む天然および／もしくは非天然または合成アミノ酸のいずれか、アミノ酸アナログおよびペプチドミメティクスを指す。

【0084】

本明細書で使用される場合、「相補的」配列は、互いにアンチパラレルで整列させた場合に、互いに対形成する複数の個々のヌクレオチド塩基を含有する２つのヌクレオチド配列を指す。ヌクレオチド塩基の対形成は、水素結合を形成し、したがって、相補的配列によって形成される二本鎖構造を安定化する。配列が「相補的」とみなされるためには、２つの配列中の全てのヌクレオチド塩基が互いに対形成する必要はない。例えば、配列は、２つの配列中のヌクレオチド塩基の少なくとも３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、または１００％が互いに対形成する場合、相補的とみなされ得る。一部の実施形態では、相補的という用語は、２つの配列中のヌクレオチド塩基の１００％が互いに対形成することを指す。加えて、配列は、２つの配列の総長さが互いに有意に異なる場合、なおも「相補的」とみなされ得る。例えば、プライマーの複数の個々のヌクレオチド塩基が、より長いポリヌクレオチド中のヌクレオチド塩基と対形成する場合、プライマーをより長いポリヌクレオチドの特定の領域とアンチパラレルで整列させた場合、１５ヌクレオチドのプライマーは、数百のヌクレオチドを含有するより長いポリヌクレオチドに対して「相補的」とみなされ得る。ヌクレオチド塩基対形成は、当技術分野で公知であり、例えば、ＤＮＡでは、プリンアデニン（Ａ）は、ピリミジンチミン（Ｔ）と対形成し、ピリミジンシトシン（Ｃ）は、プリングアニン（Ｇ）と常に対形成するが、ＲＮＡでは、アデニン（Ａ）は、ウラシル（Ｕ）と対形成し、グアニン（Ｇ）は、シトシン（Ｃ）と対形成する。さらに、２つの相補的配列中の、互いにアンチパラレルで整列されるが、対ではないヌクレオチド塩基は、本明細書でミスマッチと呼ばれる。

【0085】

「Ｃ末端のポリペプチド」は、少なくとも１０、もしくはあるいは、少なくとも１５、もしくはあるいは、少なくとも２０、もしくは少なくとも２５個のＣ末端のアミノ酸、またはあるいは、ポリペプチドの半分を意図する。別の態様では、９０個のアミノ酸を含有するポリペプチドでは、Ｃ末端のポリペプチドは、アミノ酸４６から９０を含むことになる。一態様では、この用語は、カルボキシ末端からＣ末端の２０個のアミノ酸を意図する。

【0086】

ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの「先端断片」は、例として、ＩＨＦアルファおよびＩＨＦベータを使用して、タンパク質の２つのアームを形成するＤＮＡＢＩＩポリペプチドを意図する。その非限定的な例は、以下に例示される、ＩｈｆＡ、Ａ先端断片：ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ、配列番号３１、およびＩｈｆＢ、Ｂ先端断片：ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ、配列番号３２、ならびに配列番号３１または３２と整列させた別の種（例えば、別の細菌）由来のＤＮＡＢＩＩポリペプチドのアミノ酸配列、ならびに必要な確認を提供するための２つの先端ドメインまたは改変されたドメイン、例えば、ｍＩｈＦＢ４およびＩｈｆＡ先端ドメインを含有するペプチドを含む。

【0087】

ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの「尾部断片」は、バルク培地に曝露され、ＤＮＡまたは他のポリペプチドによって閉塞されていないタンパク質の領域を意図する。

【0088】

本明細書で使用される場合、ＥＳＫＡＰＥ病原体は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ種を含む。これらの病原体は、世界中で院内感染の主な原因である。

【0089】

「ＨＭＧドメイン」、「高移動度群（ＨＭＧ）ボックスドメイン」または「ＨＭＧＢ」は、ＤＮＡの結合に関与するアミノ酸配列を指す（Ｓｔｒｏｓら、Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．６４（１９－２０）：２５９０－６０６（２００７））。一実施形態では、ＨＭＧボックスドメインの構造は、不規則な配列の３つのヘリックスからなる。別の実施形態では、ＨＭＧボックスドメインは、タンパク質が高い親和性で（捻れたまたは巻き戻された）非Ｂ型ＤＮＡコンフォメーションに結合することを可能にする。ＨＭＧボックスドメインは、ＤＮＡ依存性プロセス、例えば転写、複製およびＤＮＡ修復の調節に関与する高移動度群タンパク質に見出され、これらはすべて、クロマチンのコンフォメーションの変化を必要とする（Ｔｈｏｍａｓ（２００１）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．２９（Ｐｔ ４）：３９５－４０１）。

【0090】

ＨＭＧボックスタンパク質は、様々な真核生物において見出され、配列依存性ＤＮＡ認識および配列非依存性ＤＮＡ認識に基づいて、２つの群へと大まかに分割され得る；前者は通常、１つのＨＭＧボックスモチーフを含有するが、後者は、複数のＨＭＧボックスモチーフを含有し得る。ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドの非限定的な例は、クロマチンのＨＭＧ１（ＨＭＧＢ１）、ＨＭＧ２（ＨＭＧＢ２）、ＨＭＧＢ３およびＨＭＧＢ４非ヒストン構成成分；差次的生殖腺形成に関与するＳＲＹ（性決定領域Ｙタンパク質）；ＳＯＸファミリーの転写因子（Ｈａｒｌｅｙ ｅｔ ａｌ． （２００３） Ｅｎｄｏｃｒ． Ｒｅｖ． ２４（４）：４６６－８７）；臓器形成および胸腺細胞分化の調節に関与する配列特異的ＬＥＦ１（リンパ系エンハンサー結合因子１）およびＴＣＦ－１（Ｔ－細胞因子１）（Ｌａｂｂｅ ｅｔ ａｌ． （２０００） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９７（１５）：８３５８－６３）；転写および複製に関与する構造特異的認識タンパク質ＳＳＲＰ；ＭＴＦ１ミトコンドリア転写因子；ＲＮＡポリメラーゼＩによる転写に関与する核小体転写因子ＵＢＦ １／２（上流結合因子）；Ａｂｆ２酵母ＡＲＳ－結合因子（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ． （２００１） Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ． １５２２（３）：１７５－８６）；酵母転写因子ｌｘｒ１、Ｒｏｘ１、Ｎｈｐ６ｂおよびＳｐｐ４１；真菌の有性生殖に関与する交配型タンパク質（ＭＡＴ）（Ｂａｒｖｅ ｅｔ ａｌ． （２００３） Ｆｕｎｇａｌ Ｇｅｎｅｔ． Ｂｉｏｌ． ３９（２）：１５１－６７）；ならびにＹＡＢＢＹ植物特異的転写因子を含む。

【0091】

「ＨＭＧＢ１」は、ＤＮＡの副溝に結合しこれを歪めると報告されている、高移動度群ボックス（ＨＭＧＢ）１タンパク質である。組換えまたは単離されたタンパク質およびポリペプチドは、Ａｔｇｅｎｇｌｏｂａｌ、ＰｒｏＳｐｅｃＢｉｏ、Ｐｒｏｔｅｉｎ１およびＡｂｎｏｖａから市販されている。ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、ＨＭＧＢ１タンパク質またはその等価物について言及して、本明細書で利用される。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１タンパク質は、配列番号５１を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１等価物は、ＨＭＧボックスタンパク質、例えば、本明細書で開示するものを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１等価物は、ＨＭＧボックスドメイン、例えば、本明細書で開示するものを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、ＨＭＧＢ１等価物は、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４のうちの１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。その上またはあるいは、ＨＭＧＢ１等価物は、本明細書で開示する１つまたは複数の変異を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１等価物は、配列番号５２～５８、６８～７４、８４～９０もしくは１００～１１４、またはその各々の等価物のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0092】

ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドの例示的な配列は、ＮＰ＿００２１１９（ヒトＨＭＧＢ１）、ＮＰ＿００１１２４１６０（ヒトＨＭＧＢ２）、ＮＰ＿００５３３３（ヒトＨＭＧＢ３）およびＮＰ＿６６０２０６（ヒトＨＭＧＢ４）を含む。ヒトＨＭＧＢ１の約９～約７６のアミノ酸残基が、例えば、ＨＭＧボックスドメインを形成し、約９０～約１３８のアミノ酸残基が、別のＨＭＧボックスドメインを形成する。例えば、これら２つのＨＭＧボックスドメインのうちのいずれかを含有するＨＭＧＢ１断片もまた、本開示の意味の範囲内の、ＨＭＧボックスドメインを含むポリペプチドを構成する。本明細書で説明される例では、組換えＨＭＧＢ１（ヒトに由来する、およびＥ．ｃｏｌｉにおいて組換え発現され精製された）が、ｍＨＭＧＢ１（Ｃ４５Ｓ）に対する比較対象として使用され、配列：

【化1】

を有する。

【0093】

本明細書で使用される場合、アミノ酸変異は、数字によって分離された２つの文字によって同定され得る。最初の文字は、元のアミノ酸残基を指し、数字は、参照配列中の変異の位置を示し、２番目の文字は、変異したアミノ酸残基を示す。例えば、Ｃ４５Ｓ変異を含むＨＭＧＢ１ポリペプチドは、ＨＭＧＢ１の４５番目のアミノ酸残基であるシステイン（Ｃ）がセリン（Ｓ）に変異されていることを示す。さらなる実施形態では、全長配列、例えば、配列番号５１が、例えば、断片中のアミノ酸位置を同定する場合に、参照として使用され得る。一例では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックス断片は、Ｃ１０６Ｓ変異を含み得、ここで、数字１０６は、Ｂボックス断片の代わりに全長ＨＭＧＢ１ポリペプチド中のアミノ酸残基位置を指す。一部の実施形態では、参照は、配列番号５１である。一部の実施形態では、位置について言及する場合、２番目の文字は割愛され得る。

【0094】

本明細書で使用される場合、配列中のアミノ酸位置は、文字とその後の数字とによって同定される。文字は、その位置におけるアミノ酸残基を指すが、数字は、参照配列中の変異の位置を示す。例えば、Ｃ４５は、システイン（Ｃ）である、ＨＭＧＢ１の４５番目のアミノ酸残基を示す。さらなる実施形態では、全長配列、例えば、配列番号５１が、例えば、断片中のアミノ酸位置を同定する場合に、参照として使用され得る。一例では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックス断片は、Ｃ１０６Ｓ変異を含み得、ここで、数字１０６は、Ｂボックス断片の代わりに全長ＨＭＧＢ１ポリペプチド中のアミノ酸残基位置を指す。一部の実施形態では、参照は、配列番号５１である。

【0095】

「改変された高移動度群ボックス１ドメイン」およびｍＨＭＧＢ１という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、ヒトに由来するＨＭＧＢ１のコンセンサス配列ポリペプチド：配列番号５１に基づいて、２３位、４５位、および／または１０６位のシステイン残基の置換を介して変異した、ＨＭＧＢ１を指す。

【0096】

改変された高移動度群ボックス１ドメイン（即ち、ｍＨＭＧＢ１）の非限定的な例示的な配列は、以下を含むがこれらに限定されない：Ｃ２３Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ）、即ち、配列番号５３；Ｃ４５Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ４５Ｓ）、即ち、

【化2】

；からなる配列番号５２；Ｃ１０６Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ１０６Ｓ）、即ち、配列番号５４；Ｃ２３ＳおよびＣ４５Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号５５；Ｃ２３ＳおよびＣ１０６Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号５６；Ｃ４５ＳおよびＣ１０６Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号５７；ならびにＣ２３Ｓ、Ｃ４５ＳおよびＣ１０６Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号５１であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号５８。

【0097】

ヒトＨＭＧＢ１をコードする例示される核酸配列は、以下に提供される：

【化3】

【0098】

これらの改変された高移動度群ボックス１ドメイン（即ち、ｍＨＭＧＢ１）をコードする核酸配列もまた提供される：Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ）、配列番号６０を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号５９のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ４５Ｓ）、配列番号６１を参照されたい；Ｃ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ１０６Ｓ）、配列番号６２を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号５９のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号５９のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ － 二重変異体）、配列番号６３を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号５９のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、配列番号６４を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号５９のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号５９のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、配列番号６５を参照されたい；ならびにＣ２３ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号５９、即ち、配列番号５９のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号５９のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号５９のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号５９のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号５９であるｍＨＭＧＢ１（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 三重変異体）、配列番号６６を参照されたい。

【0099】

「改変された高移動度群ボックス１ドメイン」という用語は、ＨＭＧＢ１コンセンサス配列または配列番号５１～５８のうちのいずれか１つに対して少なくとも約６０％、または少なくとも約６５％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の同一性を有し、ＨＭＧＢ１コンセンサス配列または配列番号５１～５８のうちのいずれか１つに対する整列に基づいて、等価な配列中の対応する位置において同じ置換を含む等価物をさらに包含することが理解される。

【0100】

改変された高移動度群ボックス１ドメインに対する等価物の中には、改変された高移動度群ボックス１またはその等価物のＣ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓに対応する１つまたは複数のアミノ酸位置においてシステインからセリンへの置換を含む、改変された高移動度群ボックス２、改変された高移動度群ボックス３、および改変された高移動度群ボックス４があることが理解される。当業者に理解されるように、１つよりも多くのＨＭＧボックスタンパク質（例えば、ＨＭＧＢ１、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３またはＨＭＧＢ４）中の変異は、１つよりも多くのＨＭＧボックスタンパク質中の変異した位置が、１つよりも多くのＨＭＧボックスタンパク質の配列整列において互いに整列される場合、等価とみなされる。その上および必要に応じて、変異される元のアミノ酸残基は、等価な変異において同じである。さらにその上および必要に応じて、変異先のアミノ酸残基は、等価な変異において同じである。したがって、ＨＭＧＢ１ポリペプチドの等価物は、本明細書で開示する、１つまたは複数の位置、例えば、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓまたはこれらの任意の組合せにおいて変異した野生型ＨＭＧＢ１であり得る。さらに、ＨＭＧＢ１ポリペプチドの等価物は、等価な変異を含むＨＭＧＢ１以外のＨＭＧボックスタンパク質、例えば、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３またはＨＭＧＢ４であり得る。１つの非限定的な例は、ＨＭＧＢ１ Ｃ４５Ｓ変異体であり、これは、ＨＭＧＢ２ Ｃ４５Ｓ変異体、ならびにＨＭＧＢ３ Ｃ４５ＳまたはＨＭＧＢ４ Ｃ４５Ｓの等価物である。あるいは、理論によって束縛されないが、出願人は、本明細書で開示する改変されたＨＭＧＢ１断片が同様に機能すると考えるので、本明細書で特定するＣからＳへの変異は、その位置がどこであろうと、互いに等価とみなされ得る。

【0101】

改変された高移動度群ボックス２を生じるための対応するアミノ酸置換は、ヒトに由来するＨＭＧＢ２のコンセンサス配列ポリペプチド：

【化4】

に基づいて、２３位、４５位、および／または１０６位のシステイン残基においてなされ得る。

【0102】

改変された高移動度群ボックス２ドメインの非限定的な例示的な配列は、以下を含むがこれらに限定されない：Ｃ２３Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ）、即ち、配列番号６８；Ｃ４５Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ４５Ｓ）、即ち、配列番号６９；Ｃ１０６Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ１０６Ｓ）、即ち、配列番号７０；Ｃ２３ＳおよびＣ４５Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号７１；Ｃ２３ＳおよびＣ１０６Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号７２；Ｃ４５ＳおよびＣ１０６Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号７３；ならびにＣ２３Ｓ、Ｃ４５ＳおよびＣ１０６Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号６７であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号７４。

【0103】

ヒトＨＭＧＢ２をコードする例示される核酸配列は、以下に提供される：

【化5】

【0104】

これらの改変された高移動度群ボックス２ドメインをコードする核酸配列もまた提供される：Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号７５のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ）、配列番号７６を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ４５Ｓ）、配列番号７７を参照されたい；Ｃ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ１０６Ｓ）、配列番号７８を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号７５のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号７５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ－二重変異体）、配列番号７９を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号７５のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号７５のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、配列番号８０を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号７５のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 二重変異体）、配列番号８１を参照されたい；ならびにＣ２３ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０６ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号７５、即ち、配列番号７５のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号７５のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号７５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、および配列番号７５のヌクレオチド残基３１６におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号７５であるｍＨＭＧＢ２（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０６Ｓ － 三重変異体）、配列番号８２を参照されたい。

【0105】

改変された高移動度群ボックス３（ｍＨＭＧＢ３）を生じるための対応するアミノ酸置換は、ヒトに由来するＨＭＧＢ３のコンセンサス配列ポリペプチド：

【化6】

に基づいて、２３位、４５位、および／または１０４位のシステイン残基においてなされ得る。当業者によって理解されるように、ｍＨＭＧＢ３（Ｃ１０４Ｓ）は、ｍＨＭＧＢ１（Ｃ１０６Ｓ）またはｍＨＭＧＢ２（Ｃ１０６Ｓ）の等価物である。

【0106】

改変された高移動度群ボックス３ドメインの非限定的な例示的な配列は、以下を含むがこれらに限定されない：Ｃ２３Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ）、即ち、配列番号８４；Ｃ４５Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ４５Ｓ）、即ち、配列番号８５；Ｃ１０４Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ１０４Ｓ）、即ち、配列番号８６；Ｃ２３ＳおよびＣ４５Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号８７；Ｃ２３ＳおよびＣ１０４Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号８８；Ｃ４５ＳおよびＣ１０４Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号８９；ならびにＣ２３Ｓ、Ｃ４５ＳおよびＣ１０４Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号８３であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号９０。

【0107】

ヒトＨＭＧＢ３をコードする例示される核酸配列は、以下に提供される：

【化7】

【0108】

これらの改変された高移動度群ボックス３ドメインをコードする核酸配列もまた、以下で本明細書に提供される：Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ）、配列番号９２を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ４５Ｓ）、配列番号９３を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基３１２におけるＴからＣへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ１０４Ｓ）、配列番号９４を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ － 二重変異体）、配列番号９５を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０４ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基３１２におけるＴからＣへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、配列番号９６を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０４ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基３１２におけるＴからＣへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、配列番号９７を参照されたい；Ｃ２３ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０４ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号９１、即ち、配列番号９１のヌクレオチド残基６７におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基６９におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基１３５におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号９１のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号９１のヌクレオチド残基３１２におけるＴからＣへの１つの変異をさらに含む配列番号９１であるｍＨＭＧＢ３（Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 三重変異体）、配列番号９８を参照されたい。

【0109】

改変された高移動度群ボックス４（ｍＨＭＧＢ４）を生じるための対応するアミノ酸置換は、ヒトに由来するＨＭＧＢ４のコンセンサス配列ポリペプチド：

【化8】

に基づいて、４５位、１０４位、１６４位、および／または１７８位のシステイン残基においてなされ得る。

【0110】

改変された高移動度群ボックス４ドメインの非限定的な例示的な配列は、以下を含むがこれらに限定されない：Ｃ４５Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ）、即ち、配列番号１００；Ｃ１０４Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ）、即ち、配列番号１０１；Ｃ１６４Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ）、即ち、配列番号１０２；Ｃ１７８Ｓの１つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１７８Ｓ）、即ち、配列番号１０３；Ｃ４５ＳおよびＣ１０４Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０４；Ｃ４５ＳおよびＣ１６４Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０５；Ｃ４５ＳおよびＣ１７８Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０６；Ｃ１０４ＳおよびＣ１６４Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０７；Ｃ１０４ＳおよびＣ１７８Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０８；Ｃ１６４ＳおよびＣ１７８Ｓの２つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、即ち、配列番号１０９；Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、およびＣ１６４Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号１１０；Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、およびＣ１７８Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号１１１；Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、およびＣ１７８Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号１１２；Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、およびＣ１７８Ｓの３つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、即ち、配列番号１１３；ならびにＣ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、およびＣ１７８Ｓの４つの変異をさらに含む配列番号９９であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 四重変異体）、即ち、配列番号１１４。

【0111】

ヒトＨＭＧＢ４をコードする例示される核酸配列は、以下に提供される：

【化9】

【0112】

これらの改変された高移動度群ボックス４ドメインをコードする核酸配列もまた、以下で本明細書に提供される：Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５、即ち、配列番号１１５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ）、配列番号１１６を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５、即ち、配列番号１１５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号１１５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ）、配列番号１１７を参照されたい；Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ）、配列番号１１８を参照されたい；Ｃ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１７８Ｓ）、配列番号１１９を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２０を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２１を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２２を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２３を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２４を参照されたい；Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１２５を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 三重変異体）、配列番号１２６を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１２７を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１２８を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１２９を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１１５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 四重変異体）、配列番号１３０を参照されたい。

【0113】

ヒトＨＭＧＢ４をコードする追加の例示される核酸配列は、以下に提供される：

【化10】

【0114】

これらの改変された高移動度群ボックス４ドメインをコードする核酸配列もまた、以下で本明細書に提供される：Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ）、配列番号１３６を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ）、配列番号１３７を参照されたい；Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ）、配列番号１３８を参照されたい；Ｃ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１７８Ｓ）、配列番号１３９を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１０４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異および必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４０を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４１を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４２を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４３を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４４を参照されたい；Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴおよびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 二重変異体）、配列番号１４５を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１６４ＳをコードするＡＧＴをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ － 三重変異体）、配列番号１４６を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１４７を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１４８を参照されたい；Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、即ち、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 三重変異体）、配列番号１４９を参照されたい；Ｃ４５ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１０４ＳをコードするＡＧＴ、Ｃ１６４ＳをコードするＡＧＴ、およびＣ１７８ＳをコードするＡＧＣをさらに含む配列番号１３５、例えば、配列番号１３５のヌクレオチド残基１３３におけるＴからＡへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１０におけるＴからＡへの１つの変異、必要に応じて、配列番号１３５のヌクレオチド残基３１２におけるＣからＴへの１つの変異、配列番号１３５のヌクレオチド残基４９０におけるＴからＡへの１つの変異、および配列番号１３５のヌクレオチド残基５３２におけるＴからＡへの１つの変異をさらに含む配列番号１３５であるｍＨＭＧＢ４（Ｃ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、Ｃ１７８Ｓ － 四重変異体）、配列番号１５０を参照されたい。

【0115】

改変された高移動度群ボックス１ドメインに対する等価物の中には、改変された高移動度群ボックス１のＣ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓに対応する１つまたは複数のアミノ酸位置においてシステインからセリンへの置換を含む、改変された高移動度群ボックス２、改変された高移動度群ボックス３、および改変された高移動度群ボックス４があることが理解される。改変された高移動度群ボックス２について、対応するシステイン残基は、２３位、４５位、および１０６位において見出される；改変された高移動度群ボックス３について、対応するシステイン残基は、２３位、４５位、および１０４位において見出される；改変された高移動度群ボックス４について、対応するシステイン残基は、４５位、１０４位、１６４位、および１７８位において見出される。したがって、出願人らは、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓの群から選択される１つまたは複数の置換を含む改変された高移動度群ボックス１に関することは、挙げられた位置において１つまたは複数のシステインからセリンへの置換を有する上述の高移動度群ボックス種、例えば、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓの群から選択される１つまたは複数の置換を含む改変された高移動度群ボックス２；Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０４Ｓの群から選択される１つまたは複数の置換を含む改変された高移動度群ボックス３；ならびにＣ４５Ｓ、Ｃ１０４Ｓ、Ｃ１６４Ｓ、およびＣ１７８Ｓの群から選択される１つまたは複数の置換を含む改変された高移動度群ボックス４に等しく適用可能であると考える。一態様では、そのようなポリペプチドまたはタンパク質の等価物は、少なくとも７０％またはそれよりも高い（本明細書で説明される）パーセント同一性を有するものを含むが、ただし、特定の置換されたアミノ酸、例えば、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、および／またはＣ１０６Ｓは維持される。

【0116】

「Ａボックス」ポリペプチドは、ＨＭＧＢ１タンパク質のＡボックスドメインを含むポリペプチドを意図する。Ａボックスポリペプチドは、変異され得るか、または追加の配列、例えば、リンカー配列、シグナル配列もしくは分泌配列を含有し得る。アミノ酸Ｋ１２、Ｃ２３およびＣ４５において、１つまたは複数の点変異が導入され得る。一部の実施形態では、Ａボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ９～ａａ７９またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ９～ａａ７９と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ａボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１～ａａ７９またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１～ａａ７９と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ａボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１～ａａ７０またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１～ａａ７０と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。Ａボックスポリペプチドの例は、

【化11】

を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0117】

「Ｂボックス」ポリペプチドは、ＨＭＧＢ１タンパク質のＢボックスドメインを含むポリペプチドを意図する。Ｂボックスポリペプチドは、変異され得るか、または追加の配列、例えば、リンカー配列、シグナル配列もしくは分泌配列を含有し得る。アミノ酸Ｋ１１４またはＣ１０６において、点変異が、ＤＮＡ結合、炎症特性、および抗バイオフィルム活性をもたらすために導入され得る。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ９５～ａａ１６３またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ９５～ａａ１６３と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ８８～ａａ１６４またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ８８～ａａ１６４と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ８０～ａａ１６４またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ８０～ａａ１６４と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ８０～ａａ１７６またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ８０～ａａ１７６と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ９０～ａａ１７６またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ９０～ａａ１７６と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ８９～ａａ１６２またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ８９～ａａ１６２と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。Ｂボックスポリペプチドの例は、

【化12】

を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0118】

「Ｃボックス」ポリペプチドは、ＨＭＧＢ１タンパク質のＣ尾部ドメインを含むポリペプチドを意図する。Ｃ尾部ポリペプチドは、変異され得るか、または追加の配列、例えば、リンカー配列、シグナル配列もしくは分泌配列を含有し得る。一部の実施形態では、Ｃボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１８６～ａａ２１５またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１８６～ａａ２１５と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、Ｃボックスポリペプチドは、ＥＥＥＥＤＥＥＤＥＥＤＥＥＥＥＥＤＥＥＤＥＤＥＥＥＤＤＤＤＥ（配列番号１３３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0119】

「ＡＢボックス」ポリペプチドは、一緒に融合されたＨＭＧＢ１タンパク質のＡおよびＢボックスドメインを含むが、全長野生型タンパク質に対応するアミノ酸は存在しない、ポリペプチドを意図する。ＡＢボックスポリペプチドは、変異され得るか、または追加の配列、例えば、リンカー配列、シグナル配列もしくは分泌配列を含有し得る。本明細書で説明されるアミノ酸において（例えば、アミノ酸Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、および／またはＫ１１４において）、１つまたは複数の点変異が、ＤＮＡ結合、炎症特性、および抗バイオフィルム活性をもたらすために導入され得る。一部の実施形態では、ＡＢボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１～ａａ１７６またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１～ａａ１７６と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＡＢボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１～ａａ１６２またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１～ａａ１６２と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＡＢボックスポリペプチドは、配列番号５１のａａ１～ａａ１６４またはその等価物、例えば、配列番号５１のａａ１～ａａ１６４と整列させた本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0120】

一部の実施形態では、本明細書で説明されるＨＭＧＢ１ポリペプチドに対する等価物は、本明細書で説明されるＨＭＧボックスドメイン短縮体および／もしくは変異体、または開示されるアミノ酸置換を有するタンパク質もしくは断片のＨＭＧボックスドメイン、短縮体、変異体もしくは等価物のうちの１つもしくは複数を含有するタンパク質もしくはタンパク質の断片を含み得るか、またはそれから本質的になり得るか、またはまたさらにそれからなり得る。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片は、本明細書で開示するＡボックスポリペプチド、本明細書で開示するＢボックスポリペプチド、または本明細書で開示するＡＢボックスポリペプチドのうちの１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0121】

一部の実施形態では、Ａボックスポリペプチドは、さらにＫ１２、Ｃ２３およびＣ４５から選択される１つもしくはそれを超えるアミノ酸変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸に改変されたネイティブＫまたはＣの変異）、またはＫ１２、Ｃ２３およびＣ４５から選択される１つもしくはそれを超えるアミノ酸変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸に改変されたネイティブＫまたはＣの変異）を含むその同等物を含むか、もしくはあるいはそれから本質的になるか、もしくはさらにはそれからなることができる。一態様では、変異はＣ４５Ｓ変異である。Ａボックスポリペプチドは、一方または両方の末端に位置するリンカーまたはペプチド配列をさらに含み得る。ペプチドリンカーの例はＰＰＫＧＥＴＫＫＫＦ（配列番号１３１）である。

【0122】

組換え的に産生される場合、Ａボックスポリペプチドは、当技術分野、例えばＯｌｉａ
ＡＳら、（２０１５）ＡＣＳ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ．１０（９）：２０３４－４７．ｄｏｉ：１０．１０２１／ａｃｓｃｈｅｍｂｉｏ．５ｂ００３４２，ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２６０８３６７４；ＰｕｂＭｅｄ Ｃｅｎｔｒａｌ ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４６１０８１０；Ｕｇｒｉｎｏｖａ Ｉら、（２１０２）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１２；３９（１１）：９９４７－５３．Ｅｐｕｂ ２０１２／０６／２９．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１１０３３－０１２－１８６３－ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２２７４０１４１；およびＩｔｏ Ｔら、（２００７）ＪＴＨ，５（１）：１０９－１６．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１５３８－７８３６．２００６．０２２５５．ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：１７２３９１６６で公知の方法を使用して、部分的または完全にアセチル化、酸化、またはリン酸化され得る。一態様では、Ａボックスポリペプチドは、前述の変異を有する野生型ＨＭＧＢ１ポリペプチドのアミノ酸１～７０を含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにはそれからなる。Ａボックスポリペプチドの例は、

【0123】

一部の実施形態では、Ｂボックスポリペプチドは、アミノ酸Ｃ１０６またはＫ１１４または両方における変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸へのネイティブシステインの変異）、またはアミノ酸Ｃ１０６またはＫ１１４または両方における変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸へのネイティブシステインの変異）を含むその同等物を含むか、もしくはあるいはそれから本質的になるか、もしくはさらにはそれからなることができる。一態様では、Ｂボックスポリペプチドは、前述の変異を有するｗｔＨＭＧＢ１ポリペプチドの約８０～約１７６または約８８～約１６４または約８９～約１６２またはさらには約８０～約１６４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにはそれからなる。

【0124】

Ｂボックスポリペプチドは、一方または両方の末端に位置するリンカーまたはペプチド配列をさらに含み得る。ペプチドリンカーの例はＰＰＫＧＥＴＫＫＫＦ（配列番号１３１）である。組換え的に産生される場合、開示されるＢボックスポリペプチドは、当技術分野、例えばＯｌｉａ ＡＳら、（２０１５）ＡＣＳ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ．１０（９）：２０３４－４７．ｄｏｉ：１０．１０２１／ａｃｓｃｈｅｍｂｉｏ．５ｂ００３４２，ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２６０８３６７４；ＰｕｂＭｅｄ Ｃｅｎｔｒａｌ ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４６１０８１０；Ｕｇｒｉｎｏｖａ Ｉら、（２１０２）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１２；３９（１１）：９９４７－５３．Ｅｐｕｂ ２０１２／０６／２９．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１１０３３－０１２－１８６３－ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２２７４０１４１；およびＩｔｏ Ｔら、（２００７）ＪＴＨ，５（１）：１０９－１６．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１５３８－７８３６．２００６．０２２５５．ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：１７２３９１６６で公知の方法を使用して、部分的または完全にアセチル化、酸化、またはリン酸化され得る。

【0125】

一部の実施形態では、ＡＢボックスポリペプチドは、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６もしくはＫ１１４から選択される１つもしくは複数のアミノ酸変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンから選択される群からのアミノ酸に改変されたネイティブＫまたはＣ）、またはＫ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６もしくはＫ１１４から選択される１つもしくは複数のアミノ酸変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンから選択される群からのアミノ酸に改変されたネイティブＫまたはＣ）を含むその等価物を含み得るか、またはあるいは、それから本質的になり得るか、またはさらにそれからなり得る。一態様では、変異はＣ４５Ｓ変異である。別の態様では、ポリペプチドは、アミノ酸Ｃ１０６における変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸へのネイティブシステインの変異）を含むか、またはＫ１２、Ｃ２３、Ｃ４５から選択される１つもしくはそれを超えるアミノ酸変異と、アミノ酸Ｃ１０６における変異（例えば、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンから選択される群からのアミノ酸へのネイティブシステインの変異）とを含むその同等物である。一態様では、ＡＢボックスポリペプチドは、Ｃ４５ＳおよびＣ１０６Ｓ変異を含み、同等物はこれらの変異を保持する。一態様では、ＡＢボックスポリペプチドは、前述の変異を有する野生型ＨＭＧＢ１ポリペプチドのアミノ酸１～１７６、または１～１６２、またはさらには１～１６４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにはそれからなる。

【0126】

一部の実施形態では、ＡＢボックスポリペプチドは、ＡボックスポリペプチドおよびＢボックスポリペプチドの間の位置にあるリンカーポリペプチドと、一態様では、ＢボックスおよびＣボックスポリペプチドを連結する第２のリンカーとをさらに含む。組換え的に産生される場合、ＡＢまたはＡ、ＢおよびＣボックスポリペプチドは、部分的または完全にアセチル化、酸化、またはリン酸化され得る。ペプチドリンカーの例はＰＰＫＧＥＴＫＫＫＦ（配列番号１３１）である。一態様では、当技術分野、例えばＯｌｉａ ＡＳら、（２０１５）ＡＣＳ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｂｉｏｌｏｇｙ．１０（９）：２０３４－４７．ｄｏｉ：１０．１０２１／ａｃｓｃｈｅｍｂｉｏ．５ｂ００３４２，ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２６０８３６７４；ＰｕｂＭｅｄ Ｃｅｎｔｒａｌ ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ４６１０８１０；Ｕｇｒｉｎｏｖａ Ｉら、（２１０２）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１２；３９（１１）：９９４７－５３．Ｅｐｕｂ ２０１２／０６／２９．ｄｏｉ：１０．１００７／ｓ１１０３３－０１２－１８６３－ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：２２７４０１４１；およびＩｔｏ Ｔら、（２００７）ＪＴＨ，５（１）：１０９－１６．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１５３８－７８３６．２００６．０２２５５．ｘ．ＰｕｂＭｅｄ ＰＭＩＤ：１７２３９１６６で公知の方法を使用して必要に応じて部分的または完全にアセチル化、酸化またはリン酸化され得るＡおよび／またはＢボックスドメインにおいて１つまたはそれを超える本明細書に記載されるアミノ酸置換を有する単離された変異ＨＭＧＢ１ポリペプチドが提供される。

【0127】

ＡＢボックスポリペプチドの例は、前述の変異を有する：

【化13】

を含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにはそれからなる。

【0128】

さらなる態様では、ＡＢボックスポリペプチドは、ＡボックスポリペプチドとＢボックスポリペプチドとの間に位置するリンカーポリペプチドをさらに含む。

【0129】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、Ａ、ＢおよびＣドメインを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ポリペプチドは、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、もしくはＫ１１４から選択される１つもしくは複数のアミノ酸変異、またはその等価物、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６もしくはＫ１１４から選択される１つもしくは複数のアミノ酸変異を含むその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0130】

本明細書で使用される場合、ポリペプチドの同等物は、参照ポリペプチドと少なくとも約７０％またはあるいは少なくとも約７５％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一の配列であって、一態様では変異アミノ酸（複数可）を保持する配列を指す。いくつかの態様では、ポリペプチドの同等物は、例えば、ＨＭＧボックスドメインを含有するが、必要に応じて炎症促進反応を誘導しないポリペプチドの目的の機能および／または構造特徴を保持する。一態様では、同等なポリペプチドは、ＨＭＧボックスドメインと少なくとも約７０％、またはあるいは少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９８％または少なくとも約９９％同一のドメインであって、一態様では変異アミノ酸（複数可）を保持するドメインを含む。いくつかの態様では、このような同等なドメインは、ＨＭＢボックスドメインの機能および／または構造特徴、例えば、ＨＭＢボックス結合標的への結合を保持するが、必要に応じて炎症促進反応を誘導しない。一態様では、同等なポリペプチドは、ストリンジェントな条件下で、ＨＭＢボックスドメインポリペプチドをコードするポリヌクレオチドとハイブリダイズし得るポリヌクレオチドによりコードされる。

【0131】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ボックスポリペプチドは、ＡボックスポリペプチドおよびＢボックスポリペプチドの間の位置にあるリンカーポリペプチドと、ＢボックスポリペプチドおよびＣボックスポリペプチドを連結する第２のリンカーポリペプチドとをさらに含む。ペプチドリンカーの例はＰＰＫＧＥＴＫＫＫＦ（配列番号１３１）である。

【0132】

免疫優勢抗原は、抗体に認識され、高親和性でそれに結合するタンパク質の領域を意図する。

【0133】

免疫保護抗原は、抗体に認識され、高親和性でそれに結合し、タンパク質の機能を妨害するタンパク質の領域を意図し；免疫保護抗原に対して生成された抗体は、タンパク質の機能の妨害の結果として、標的兆候に対する増強されたかまたは最適な効果、この場合には、バイオフィルムを取り除く能力の改善によって特徴付けられる。

【0134】

「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語は、互換的に使用され、任意の長さのデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドのいずれかのヌクレオチドまたはそのアナログの重合形態を指す。ポリヌクレオチドは、任意の３次元構造を有することができ、公知または未知の任意の機能を行い得る。以下のもの：遺伝子または遺伝子断片（例えば、プローブ、プライマー、ＥＳＴまたはＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、ＲＮＡｉ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブおよびプライマーは、ポリヌクレオチドの非限定的な例である。ポリヌクレオチドは、改変ヌクレオチド、例えば、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造への改変は、ポリヌクレオチドの組立て前または後に与えられ得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド構成成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、標識化構成成分とのコンジュゲーションによって、重合化後にさらに改変してもよい。また、この用語は、二本鎖および一本鎖分子の両方を指す。別に特定または要求されない限り、ポリヌクレオチドである本明細書で開示する任意の実施形態は、二本鎖形態、および二本鎖形態を構成することが公知または予想される２つの相補的一本鎖形態の各々の両方を包含する。

【0135】

ポリヌクレオチドは、４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）；シトシン（Ｃ）；グアニン（Ｇ）；チミン（Ｔ）；およびポリヌクレオチドがＲＮＡである場合チミンの代わりにウラシル（Ｕ）の特定の配列からなる。したがって、「ポリヌクレオチド配列」という用語は、ポリヌクレオチド分子のアルファベット表現である。このアルファベット表現は、中央処理装置を有するコンピュータのデータベースに入力され、バイオインフォマティクス適用、例えば、機能ゲノミクスおよび相同性検索に使用され得る。

【0136】

「単離された」または「組換え」という用語は、核酸、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡについて本明細書で使用される場合、高分子の天然源に存在する、それぞれ、他のＤＮＡまたはＲＮＡおよびポリペプチドから分離された分子を指す。「単離された、または組換え核酸」という用語は、断片として天然に存在しない、天然状態で見出されない核酸断片を含むことを意味する。また、「単離された」という用語は、他の細胞タンパク質から単離されたポリヌクレオチド、ポリペプチドおよびタンパク質を指すために本明細書で使用され、精製されたポリペプチドおよび組換えポリペプチドの両方を包含することを意味する。他の実施形態では、「単離された、または組換え」という用語は、細胞の構成要素、およびそうでなければ、通常天然で会合している細胞、組織、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（複数可）から分離されていることを意味する。例えば、単離された細胞は、似ていない表現型または遺伝子型の組織または細胞から分離されている細胞である。単離されたポリヌクレオチドは、それが通常そのネイティブまたは天然環境で、例えば、染色体上で、会合している３’および５’隣接ヌクレオチドから分離されている。当業者に明らかである通り、天然に存在しないポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（複数可）は、その天然に存在する相対物からそれを区別するための「単離」を必要としない。

【0137】

「単離された」という用語は、本明細書で使用される場合、他の材料を実質的に含まない分子、生物製剤、細胞材料、細胞または生体試料を指す。一態様では、「単離された」という用語は、それぞれ、天然源中に存在する他のＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはタンパク質もしくはポリペプチド、または細胞もしくは細胞オルガネラ、または組織もしくは臓器から分離された、核酸、例えば、ＤＮＡもしくはＲＮＡ、またはタンパク質もしくはポリペプチド（例えば、抗体もしくはその誘導体）、または細胞もしくは細胞オルガネラ、または組織もしくは臓器を指す。

【0138】

一部の実施形態では、「操作された」という用語は、天然に存在する相対物、野生型または親において通常は見出されない少なくとも１つの改変を含むことを指す。一部の実施形態では、「操作された」という用語は、「組換え」と互換的に使用されて、ヒトによって合成されることを指す。

【0139】

本開示がポリペプチド、タンパク質、ポリヌクレオチドまたは抗体に関する場合、そのようなものの等価物または生物学的等価物が、本開示の範囲内で意図されることは、明白な列挙なしで、かつ別のように意図されない限り、推測されるべきである。本明細書で使用される場合、「その生物学的等価物」という用語は、参照タンパク質、抗体、断片、ポリペプチドまたは核酸について言及する場合、「その等価物」と同義であると意図され、最小限の相同性を有する一方で、それでも所望の構造または機能性を維持するものを意図する。本明細書で特に列挙されない限り、本明細書で挙げる任意のポリヌクレオチド、ポリペプチドまたはタンパク質もまたその等価物を含むことが企図される。一態様では、等価なポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下において、説明される方法において使用するための本明細書で説明するポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの相補物にハイブリダイズするポリヌクレオチドである。別の態様では、等価な抗体または抗原結合性ポリペプチドは、少なくとも７０％、またはあるいは少なくとも７５％、またはあるいは少なくとも８０％、またはあるいは少なくとも８５％、またはあるいは少なくとも９０％、またはあるいは少なくとも９５％の親和性またはそれよりも高い親和性で、参照抗体または抗原結合断片に結合する抗体または抗原結合性ポリペプチドを意図する。別の態様では、その等価物は、競合ＥＬＩＳＡアッセイ下で、抗体または抗原結合断片の、その抗原への結合と競合する。別の態様では、等価物は、少なくとも約８０％の相同性または同一性、およびあるいは少なくとも約８５％、またはあるいは少なくとも約９０％、またはあるいは少なくとも約９５％、またはあるいは９８％のパーセント相同性または同一性を意図し、参照タンパク質、ポリペプチドまたは核酸に対して実質的に等価な生物活性を示す。生物学的に等価なポリペプチドの例は、開示されるアミノ酸配列に対する保存的アミノ酸置換を同定する、ＷＯ２０１１／１２３３９６の表９に提供される。

【0140】

一部の態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。さらなる態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。またさらなる態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。一態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９６％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。さらなる態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９７％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。またさらなる態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９８％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。一態様では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含む、および／またはアミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補体に高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。

【0141】

別の配列に対してある特定のパーセンテージ（例えば、８０％、８５％、９０％または９５％）の「配列同一性」を有するポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域（またはポリペプチドもしくはポリペプチド領域）は、整列した場合、塩基（またはアミノ酸）のそのパーセンテージが、２つの配列の比較において同じであることを意味する。整列およびパーセント相同性または配列同一性は、当該技術分野で公知のソフトウェアプログラム、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ． １９８７） Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ３０， ｓｅｃｔｉｏｎ ７．７．１８， Ｔａｂｌｅ ７．７．１で説明されるソフトウェアプログラムを使用して決定することができる。ある特定の実施形態では、デフォルトパラメーターが整列に使用される。非限定的な例示的整列プログラムは、デフォルトパラメーターを使用する、ＢＬＡＳＴである。特に、例示的なプログラムには、以下のデフォルトパラメーター：遺伝子コード＝標準；フィルター＝なし；鎖＝両方；カットオフ＝６０；予測＝１０；マトリックス＝ＢＬＯＳＵＭ６２；記載＝５０個の配列；分類＝高スコア；データベース＝非重複ジェンバンク＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ＋ジェンバンクＣＤＳ翻訳＋ＳｗｉｓｓＰｒｏｔｅｉｎ＋ＳＰｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲを使用する、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰが含まれる。これらのプログラムの詳細は、以下のインターネットアドレス：ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｃｇｉ－ｂｉｎ／ＢＬＡＳＴで見出すことができる。配列同一性およびパーセント同一性は、それらをｃｌｕｓｔａｌＷ（ウェブアドレス：ａｌｉｇｎ．ｇｅｎｏｍｅ．ｊｐ（最終アクセス２０１１年３月７日）で入手可能）に組み込むことによって決定した。一部の実施形態では、ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｃｌｕｓｔａｌｏ／においてアクセス可能なＣｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａが、配列整列において、または同一性パーセンテージの決定において使用される。さらなる実施形態では、デフォルト設定が適用される。

【0142】

「相同性」または「同一性」または「類似性」とは、２つのペプチド間または２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、比較の目的のために整列され得る各配列中の位置を比較することによって決定することができる。比較される配列中の位置が、同じ塩基またはアミノ酸によって占有されている場合、分子はその位置で相同である。配列間の相同性の程度は、配列によって共有される整合位置または相同位置の数の関数である。「非関連」または「非相同」配列は、本開示の配列のうちの１つと４０％未満の同一性、またはあるいは２５％未満の同一性を共有する。

【0143】

また、「相同性」または「同一性」または「類似性」は、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする２つの核酸分子を指し得る。

【0144】

「ハイブリダイゼーション」とは、１つまたは複数のポリヌクレオチドが反応して、ヌクレオチド残基の塩基間の水素結合を介して安定化される複合体を形成する反応を指す。水素結合は、ワトソン－クリック塩基対形成、フーグスティーン結合によって、または他の任意の配列特異的様式で起こり得る。複合体は、二本鎖構造を形成する２つの鎖、多鎖複合体を形成する３つまたはそれよりも多い鎖、単一の自己ハイブリダイズ鎖、またはこれらの任意の組合せを含み得る。ハイブリダイゼーション反応は、より広範なプロセスのステップ、例えば、ＰＣＲ反応の開始またはリボザイムによるポリヌクレオチドの酵素切断を構成し得る。

【0145】

ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例には：約２５℃～約３７℃のインキュベーション温度；約６×ＳＳＣ～約１０×ＳＳＣのハイブリダイゼーション緩衝液濃度；約０％～約２５％のホルムアミド濃度；および約４×ＳＳＣ～約８×ＳＳＣの洗浄溶液が含まれる。中程度のハイブリダイゼーション条件の例には：約４０℃～約５０℃のインキュベーション温度；約９×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの緩衝液濃度；約３０％～約５０％のホルムアミド濃度；および約５×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの洗浄溶液が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には：約５５℃～約６８℃のインキュベーション温度；約１×ＳＳＣ～約０．１×ＳＳＣの緩衝液濃度；約５５％～約７５％のホルムアミド濃度；および約１×ＳＳＣ、０．１×ＳＳＣの洗浄溶液または脱イオン水が含まれる。一般的に、ハイブリダイゼーションインキュベーション時間は、５分間～２４時間であり、１、２回またはそれよりも多い洗浄ステップを伴い、洗浄インキュベーション時間は、約１、２または１５分間である。ＳＳＣは、０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸緩衝液である。他の緩衝液系を使用するＳＳＣの等価物が使用され得ることが理解される。

【0146】

本明細書で使用される場合、「発現」とは、ポリヌクレオチドがｍＲＮＡに転写されるプロセス、および／または転写されたｍＲＮＡが次に、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に翻訳されるプロセスを指す。ポリヌクレオチドがゲノムＤＮＡに由来する場合、発現は、真核細胞におけるｍＲＮＡのスプライシングを含み得る。

【0147】

「コードする」という用語は、それがポリヌクレオチドに適用されるとき、そのネイティブ状態で、または当業者に周知の方法によって操作された場合、それが転写および／または翻訳されて、ｍＲＮＡそしてポリペプチドおよび／またはその断片を産生することができる場合、ポリペプチドを「コードする」と言われるポリヌクレオチドを指す。アンチセンス鎖は、そのような核酸の相補物であり、コード配列は、それから推定することができる。

【0148】

本明細書で使用される場合、「処置する」、「処置」などの用語は、本明細書では、所望の薬理学的および／または生理学的効果を得ることを意味するために使用される。効果は、障害もしくはその兆候もしくは症状の完全なもしくは部分的な防止の点で予防的であり得、ならびに／または障害および／もしくは障害に起因する有害作用の部分的もしくは完全な治癒の点で治療的であり得る。本明細書で使用される場合、また、対象における疾患の「処置すること」または「処置」とは、（１）疾患にかかりやすいか、または疾患の症状をまだ示していない対象において症状または疾患が起こることを予防すること；（２）疾患を阻害することまたはその発症を阻止すること；または（３）疾患または疾患の症状を改善することまたはその退縮をもたらすことを指し得る。当該技術分野で理解される通り、「処置」とは、臨床結果を含む、有益な結果または所望の結果を得るための手法である。本技術の目的のために、有益な結果または所望の結果は、１つまたは複数の：１つまたは複数の症状の軽減または改善；状態（疾患を含む）の程度の減弱；状態（疾患を含む）の安定化（すなわち、悪化していない）状況；状態（疾患を含む）の遅延または緩慢化、；状態（疾患を含む）、状況および寛解（部分的であるか、全体的であるかにかかわらず）の進行、改善または緩和を、検出可能であるか、検出不能であるかにかかわらず、含み得るが、これらに限定されない。一態様では、処置は、予防を除外する。

【0149】

予防することは、障害または影響（ｅｆｆｅｃｔ）にかかりやすい系または対象において、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで障害または影響を予防することを意図する。そのようなことの一例は、バイオフィルムを産生することが公知の微生物に感染した系において、バイオフィルムの形成を予防することである。

【0150】

「組成物」とは、活性剤と、不活性（例えば、検出可能な剤または標識）または活性な、別の化合物または組成物、例えば、アジュバント、希釈剤、結合剤、安定剤、緩衝液、塩、親油性溶媒、保存剤、アジュバントなどとの組合せを意味することを意図し、薬学的に許容される担体を含む。また、担体は、医薬賦形剤および添加剤、タンパク質、ペプチド、アミノ酸、脂質および炭水化物（例えば、単糖、ジ、トリ、テトラ－オリゴ糖およびオリゴ糖を含む糖；誘導体化糖、例えば、アルジトール、アルドン酸、エステル化糖等；および多糖または糖高分子）を含み、それらは、単独または１～９９．９９重量％または体積％の組合せを含む、単独で、または組合せで存在し得る。例示的なタンパク質賦形剤には、血清アルブミン、例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ：ｈｕｍａｎ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ）、組換えヒトアルブミン（ｒＨＡ：ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ｈｕｍａｎ ａｌｂｕｍｉｎ）、ゼラチン、カゼイン等が含まれる。緩衝能においても機能し得る代表的なアミノ酸／抗体構成成分には、アラニン、アルギニン、グリシン、アルギニン、ベタイン、ヒスチジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、システイン、リシン、ロイシン、イソロイシン、バリン、メチオニン、フェニルアラニン、アスパルテーム等が含まれる。また、炭水化物賦形剤は、この技術の範囲内で意図され、その例には、単糖、例えば、果糖、麦芽糖、ガラクトース、ブドウ糖、Ｄ－マンノース、ソルボース等；二糖、例えば、乳糖、ショ糖、トレハロース、セロビオース等；多糖、例えば、ラフィノース、メレジトース、マルトデキストリン、デキストラン、デンプン等；およびアルジトール、例えば、マンニトール、キシリトール、マルチトール、ラクチトール、キシリトール ソルビトール（グルシトール）およびミオイノシトールが含まれるが、これらに限定されない。

【0151】

「医薬組成物」とは、活性剤と、組成物をｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｅｘ ｖｉｖｏでの診断的または治療的使用に好適にする不活性または活性な担体との組合せを含むことを意図する。

【0152】

「薬学的に許容される担体」とは、本明細書で開示される組成物において使用され得る任意の希釈剤、賦形剤または担体を指す。薬学的に許容される担体には、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えば、ホスフェート、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物性脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、塩または電解質、例えば、硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、セルロースベースの物質、ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリレート、蝋、ポリエチレン－ポリオキシプロピレン－ブロックポリマー、ポリエチレングリコールおよび羊毛脂が含まれる。好適な医薬担体は、この分野の標準の参考教本であるＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙで説明されている。それらは、意図される剤形、すなわち、経口錠剤、カプセル剤、エリキシル剤、シロップ剤等に関して、かつ従来の医薬実務と一致して選択され得る。

【0153】

本開示に従って使用される組成物は、投与の容易さおよび投与量の均一性のために投与単位形態で包装され得る。「単位用量」または「投与量」という用語は、対象における使用に好適な物理的に別個の単位を指し、各単位は、その投与、すなわち、適切な経路およびレジメンに付随して所望の応答をもたらすように計算された所定の量の組成物を含有する。処置の回数および単位用量の両方による、投与されるべき量は、所望される結果および／または保護に依存する。また、組成物の正確な量は、実施者の判断に依存し、各個体に特有である。用量に影響を与える因子には、対象の身体的および臨床的状態、投与経路、意図される処置の目的（症状の軽減対治癒）ならびに特定の組成物の効力、安定性および毒性が含まれる。製剤化に際して、液剤は、投与用製剤と適合性の様式で、かつ治療的または予防的に有効な量で投与される。製剤は、様々な剤形、例えば、本明細書で説明する注射用液剤のタイプで容易に投与される。

【0154】

組合せ物は、本明細書で使用される場合、組成物の個々の活性成分が、組み合わせた使用のために別々に製剤化され、特定の投与量ありまたはなしで別々に包装され得ることを意図する。組合せ物の活性成分は、同時にまたは逐次的に投与され得る。

【0155】

「生物活性剤」または本明細書で開示される活性剤とは、単離された、もしくは組換えポリペプチド、単離された、もしくは組換えポリヌクレオチド、ベクター、単離された宿主細胞または抗体のうちの１つまたは複数、およびこれらのうちの１つまたは複数を含む組成物を意図する。

【0156】

「投与」は、１つの用量で、処置の過程全体を通して連続的または断続的にもたらされ得る。投与の最も有効な手段および投与量を決定する方法は、当業者に公知であり、治療に使用される組成物、治療の目的、処置される標的細胞および処置される対象によって変動する。単回または複数回の投与は、処置する医師によって選択される用量レベルおよびパターンで行われ得る。好適な投与用製剤およびその作用物質を投与する方法は、当該技術分野で公知である。また、投与経路を決定することができ、最も有効な投与経路を決定する方法は、当業者に公知であり、処置に使用される組成物、処置の目的、処置される対象の健康状態または疾患段階および標的細胞または組織によって変動する。投与経路の非限定的な例には、経口投与、経鼻投与、注射および局所適用が含まれる。

【0157】

本開示の作用物質は、任意の好適な投与経路によって治療のために投与され得る。また、最適な経路は、レシピエントの状態および年齢ならびに処置される疾患によって変動することが理解される。

【0158】

「接触させること」という用語は、２つまたはそれよりも多くのものの間の直接的または間接的結合または相互作用を意味する。直接的相互作用の特定の例は、結合である。間接的相互作用の特定の例は、１つの実体が中間の分子に作用し、次にそれが第２の参照実体に作用する場合である。接触させることは、本明細書で使用される場合、溶液中、固相中、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、ｅｘ ｖｉｖｏで、細胞で、およびｉｖ ｖｉｖｏで接触させるステップを含む。ｉｖ ｖｉｖｏで接触させることは、投与することまたは投与と呼ばれ得る。

【0159】

「有効量」という用語は、所望の効果を達成するために十分な量を指す。治療または予防適用に関して、有効量は、問題の状態のタイプおよび重症度、ならびに個体対象の特徴、例えば、健康全般、年齢、性別、体重および医薬組成物に対する耐容性に依存する。免疫原性組成物に関して、一部の実施形態では、有効量は、病原体に対する保護的応答をもたらすために十分な量である。他の実施形態では、免疫原性組成物の有効量は、抗原に対する抗体生成をもたらすために十分な量である。一部の実施形態では、有効量は、それを必要とする対象に対して受動免疫を与えるために必要な量である。免疫原性組成物について、一部の実施形態では、有効量は、上記に説明する因子に加えて、意図される使用、特定の抗原性化合物の免疫原性の程度および対象の免疫系の健康／応答性に依存する。当業者は、これらおよび他の因子に依存して適切な量を決定することができる。

【0160】

ｉｖ ｖｉｔｒｏ適用の場合、一部の実施形態では、有効量は、問題の適用のサイズおよび性質に依存する。また、それは、ｉｖ ｖｉｔｒｏ標的の性質および感度ならびに使用における方法に依存する。当業者は、これらおよび他の考慮事項に基づいて有効量を決定することができる。有効量は、実施形態に依存して組成物の１回または複数回の投与を含み得る。

【0161】

「接触させること」という用語は、２つまたはそれよりも多くのものの間の直接的または間接的結合または相互作用を意味する。直接的相互作用の特定の例は、結合である。間接的相互作用の特定の例は、１つの実体が中間の分子に作用し、次にそれが第２の参照実体に作用する場合である。接触させることは、本明細書で使用される場合、溶液中、固相中、ｉｎ ｖｉｔｒｏで、ｅｘ ｖｉｖｏで、細胞で、およびｉｖ ｖｉｖｏで接触させるステップを含む。ｉｖ ｖｉｖｏで接触させることは、投与することまたは投与と呼ばれ得る。

【0162】

「コンジュゲートした部分」という用語は、キメラポリペプチドの残基と共有結合を形成することによって単離されたキメラポリペプチドに付加され得る部分を指す。この部分は、キメラポリペプチドの残基に直接結合してもよく、またはキメラポリペプチドの残基と共有結合を次いで形成するリンカーと共有結合を形成してもよい。

【0163】

「ペプチドコンジュゲート」とは、１つまたは複数のポリペプチドと別の化学的または生物学的化合物との共有または非共有結合による会合を指す。非限定的な例では、ポリペプチドと化学的化合物との「コンジュゲーション」は、ポリペプチドの意図される目的について改善されたポリペプチドの安定性または有効性をもたらす。一実施形態では、ペプチドは担体とコンジュゲートされ、担体はリポソーム、ミセルまたは薬学的に許容される高分子である。

【0164】

「リポソーム」とは、同心円状の脂質二重層からなる微視的小胞である。構造的に、リポソームは、大きさおよび形状が長管～球に及び、寸法が数百オングストローム～数分の１ミリメートルに及ぶ。小胞形成脂質は、外層の脂質組成を提供する最終複合体の特定された程度の流動性または剛性を達成するように選択される。これらは、中性（コレステロール）または双極性であり、リン脂質、例えば、ホスファチジルコリン（ＰＣ：ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）、ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥ：ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ）、ホスファチジルイノシトール（ＰＩ：ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）およびスフィンゴミエリン（ＳＭ：ｓｐｈｉｎｇｏｍｙｅｌｉｎ）、ならびに１４～２２の範囲の炭化水素鎖長を有し、かつ飽和であるか、または１つまたは複数の二重Ｃ＝Ｃ結合を有する、非限定的に、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ：ｄｉｏｌｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ）を含む他のタイプの双極性脂質を含む。単独で、または他の脂質構成成分との組合せで、安定なリポソームを生成することができる脂質の例は、リン脂質、例えば、水素添加大豆ホスファチジルコリン（ＨＳＰＣ：ｈｙｄｒｏｇｅｎａｔｅｄ ｓｏｙ ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）、レシチン、ホスファチジルエタノールアミン、リゾレシチン、リゾホスファチジルエタノール－アミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、スフィンゴミエリン、セファリン、カルジオリピン、ホスファチジン酸、セレブロシド、ジステアロイルホスファチジルエタノールミン（ＤＳＰＥ：ｄｉｓｔｅａｒｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎ－ｏｌａｍｉｎｅ）、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ：ｄｉｏｌｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ：ｄｉｐａｌｍｉｔｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ： ｐａｌｍｉｔｏｙｌｏｔｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｃｈｏｌｉｎｅ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＰＯＰＥ：ｐａｌｍｉｔｏｙｌｏｌｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ）およびジオレオイルホスファチジルエタノールアミン４－（Ｎ－マレイミド－トリエチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＤＯＰＥ－ｍａｌ：ｄｉｏｌｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｅｔｈａｎｏｌａｍｉｎｅ ４－（Ｎ－ｍａｌｅｉｍｉｄｏ－ｔｒｉｅｔｈｙｌ）ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｅ－１－ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ）である。リポソームに組み込むことができる追加のリン非含有脂質には、ステアリルアミン、ドデシルアミン、ヘキサデシルアミン、イソプロピルミリステート、トリエタノールアミン－ラウリルサルフェート、アルキル－アリールサルフェート、アセチルパルミテート、グリセロールリシノレエート、ヘキサデシルステレエート（ｈｅｘａｄｅｃｙｌ ｓｔｅｒｅａｔｅ）、両性アクリルポリマー、ポリエチルオキシル化脂肪酸アミドおよび上記に挙げるカチオン性脂質（ＤＤＡＢ、ＤＯＤＡＣ、ＤＭＲＩＥ、ＤＭＴＡＰ、ＤＯＧＳ、ＤＯＴＡＰ（ＤＯＴＭＡ）、ＤＯＳＰＡ、ＤＰＴＡＰ、ＤＳＴＡＰ、ＤＣ－Ｃｈｏｌ）が含まれる。負荷電脂質には、ホスファチジン酸（ＰＡ：ｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｉｃ ａｃｉｄ）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（ＤＰＰＧ：ｄｉｐａｌｍｉｔｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｇｌｙｃｅｒｏｌ）、ジオレオイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ： ｄｉｏｔｅｏｙｌｐｈｏｓｐｈａｔｉｄｙｌｇｌｙｃｅｒｏｌ）および小胞を形成することができるジセチルホスフェートが含まれる。典型的に、リポソームは、それらの全体的なサイズおよび層状構造の性質に基づいて３つのカテゴリーに分けることができる。１９７７年１２月のニューヨークアカデミー科学会議「Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｉｒ Ｕｓｅ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ」によって展開された３つの分類は、多層小胞（ＭＬＶ：ｍｕｌｔｉ－ｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）、小型単層小胞（ＳＵＶ：ｓｍａｌｌ ｕｎｉ－ｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）および大型単層小胞（ＬＵＶ：ｌａｒｇｅ ｕｎｉ－ｌａｍｅｌｌａｒ ｖｅｓｉｃｌｅ）である。生物活性剤は、本明細書で説明する方法に従う投与のためにそのようなものに被包され得る。

【0165】

「ミセル」は、液体コロイド中に分散した界面活性分子の凝集物である。水溶液中の典型的なミセルは、親水性の「頭部」領域を周囲の溶媒と接触させ、疎水性尾部領域をミセル中心に隔離した凝集物を形成する。このタイプのミセルは、順相ミセル（水中油ミセル）として公知である。逆ミセルは、中心に頭部基を有し、尾部を外に向けている（油中水ミセル）。ミセルは、本明細書で説明するポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または組成物を結合して、標的細胞または組織への効率的な送達を促進するために使用され得る。

【0166】

「薬学的に許容される高分子」という句は、本明細書で説明する１つまたは複数のポリペプチドにコンジュゲートされ得る化合物の群を指す。高分子のポリペプチドへのコンジュゲーションは、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏでのポリペプチドの半減期を延長することができることが企図される。非限定的な例には、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、セルロース誘導体、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、糖、ポリオールおよびその混合物が含まれる。生物活性剤は、本明細書で説明する方法に従う投与のために薬学的に許容される高分子にコンジュゲートされ得る。

【0167】

「遺伝子送達媒体」は、挿入されたポリヌクレオチドを宿主細胞に運搬することができる任意の分子として定義される。遺伝子送達媒体の例は、リポソーム；ミセル；天然高分子および合成高分子を含む生物適合性高分子；リポタンパク質；ポリペプチド；多糖；リポ多糖；人工ウイルスエンベロープ；金属粒子；ならびに細菌またはウイルス、例えば、バキュロウイルス、アデノウイルスおよびレトロウイルス、バクテリオファージ、コスミド、プラスミド、真菌ベクター、および様々な真核および原核宿主における発現について説明されており、遺伝子治療および単純なタンパク質発現に使用され得る当該技術分野で典型的に使用される他の組換え媒体である。

【0168】

本明細書で開示するポリヌクレオチドは、遺伝子送達媒体を使用して細胞または組織に送達され得る。「遺伝子送達」、「遺伝子導入」、「形質導入」等は、本明細書で使用される場合、導入に使用される方法にかかわりなく、外因性ポリヌクレオチド（ときには「導入遺伝子」と呼ばれる）の宿主細胞への導入について言及する用語である。そのような方法には、様々な周知の技術、例えば、ベクター媒介遺伝子導入（例えば、ウイルス感染／トランスフェクション、または様々な他のタンパク質ベースまたは脂質ベースの遺伝子送達複合体による）および「ネイキッド」ポリヌクレオチドの送達を促進する技術（例えば、電気穿孔、「遺伝子銃」送達、およびポリヌクレオチドの導入に使用される様々な他の技術）が含まれる。導入されたポリヌクレオチドは、宿主細胞において安定に、または一過性に維持され得る。安定な維持は、典型的に、導入されたポリヌクレオチドが、宿主細胞と適合性の複製起点を含有するか、または宿主細胞のレプリコン、例えば、染色体外レプリコン（例えば、プラスミド）または核染色体もしくはミトコンドリア染色体に統合することのいずれかを必要とする。当該技術分野で公知かつ本明細書で説明される通り、いくつかのベクターは、遺伝子の哺乳動物細胞への移入を媒介することができることが公知である。

【0169】

「調節配列」、「調節エレメント」、「発現制御エレメント」または「プロモーター」という用語は、本明細書で使用される場合、転写および／または複製されるポリヌクレオチドに作動可能に連結され、ポリヌクレオチドの発現および／または複製を促進するポリヌクレオチドを意図する。調節配列の非限定的な例は、プロモーター、エンハンサー、またはポリアデニル化配列を含む。

【0170】

「プロモーター」という用語は、本明細書で使用される場合、コード配列、例えば遺伝子の発現を調節する任意の配列を指す。プロモーターは、例えば、構成的、誘導性、抑制性、または組織特異的であり得る。「プロモーター」は、転写の開始および速度がそこで制御されるポリヌクレオチド配列の領域である制御配列である。「プロモーター」は、調節タンパク質および分子がそこでＲＮＡポリメラーゼおよび他の転写因子などと結合し得る遺伝エレメントを含有し得る。プロモーターの非限定的な例は、サイトメガロウイルスＣＭＶプロモーターまたはレトロウイルス末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーターを含む。例えば、Ｗｅｂｅｒ ｅｔ ａｌ． Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ． ２００７ Ｓｅｐ；１８（９）：８４９－６０を参照されたい。

【0171】

エンハンサーは、標的配列の発現を増加させる調節エレメントである。「プロモーター／エンハンサー」は、プロモーター機能およびエンハンサー機能の両方を提供することができる配列を含有するポリヌクレオチドである。例えば、レトロウイルスの末端反復配列は、プロモーター機能およびエンハンサー機能の両方を含有する。エンハンサー／プロモーターは、「内因性」または「外因性」または「異種」であり得る。「内因性」エンハンサー／プロモーターは、ゲノム中の所与の遺伝子と天然に連結されているエンハンサー／プロモーターである。「外因性」または「異種」エンハンサー／プロモーターは、連結されたエンハンサー／プロモーターによってその遺伝子の転写が指示されるように、遺伝子操作（即ち、分子生物学的技術）によって遺伝子に並置して配置されるエンハンサー／プロモーターである。

【0172】

本明細書で使用される場合、「ｅＤＮＡ」という用語は、病原性バイオフィルムの構成成分として見出される細胞外ＤＮＡを指す。

【0173】

「プラスミド」は、染色体ＤＮＡとは独立して複製することができる、染色体ＤＮＡから分離している染色体外ＤＮＡ分子である。多くの場合、それは環状かつ二本鎖である。プラスミドは、微生物の集団内で水平方向の遺伝子導入のための機構を提供し、典型的に、所与の環境状態下で選択的利益を提供する。プラスミドは、競合的環境ニッチにおいて天然に存在する抗生物質に対する抵抗性を提供する遺伝子を運搬し得るか、またはあるいは、産生されるタンパク質は、同様の条件下で毒素として作用し得る。

【0174】

遺伝子工学において使用される「プラスミド」は、「プラスミドベクター」と呼ばれる。多くのプラスミドは、そのような使用のために市販されている。複製するべき遺伝子を、細胞を特定の抗生物質に対して抵抗性にする遺伝子と、いくつかの一般的に使用される制限部位を含有し、この場所でのＤＮＡ断片の容易な挿入を可能にする短い領域であるマルチクローニングサイト（ＭＣＳ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｃｌｏｎｉｎｇ ｓｉｔｅ、またはポリリンカー）とを含有するプラスミドのコピーに挿入する。プラスミドの別の主要な使用は、大量のタンパク質を製造することである。この場合、研究者らは、目的の遺伝子を宿すプラスミドを含有する細菌を成長させる。細菌が、その抗生物質抵抗性を与えるタンパク質を産生するのと同じように、それはまた挿入された遺伝子から大量のタンパク質を産生するように誘導され得る。これは、遺伝子またはそして遺伝子がコードするタンパク質を大量産生する安価で容易な方法である。

【0175】

「酵母人工染色体」または「ＹＡＣ（ｙｅａｓｔ ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ）」とは、大きなＤＮＡ断片（１００ｋｂよりも大きく、最大で３０００ｋｂ）をクローニングするために使用されるベクターを指す。それは、人工的に構築された染色体であり、酵母細胞における複製および保存に必要とされるテロメア配列、セントロメア配列および複製起点配列を含有する。初期環状プラスミドを使用して組み立てると、それらを、制限酵素を使用することによって直鎖状にし、その後ＤＮＡリガーゼにより、付着末端の使用によって直鎖分子内に目的の配列または遺伝子を付加することができる。酵母発現ベクター、例えば、ＹＡＣ、ＹＩｐ（酵母組込みプラスミド：ｙｅａｓｔ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｐｌａｓｍｉｄ）およびＹＥｐ（酵母エピソームプラスミド：ｙｅａｓｔ ｅｐｉｓｏｍａｌ ｐｌａｓｍｉｄ）は、酵母はそれ自体、真核細胞であるため、翻訳後修飾を有する真核生物タンパク質生成物を得ることができるので、非常に有用であるが、しかしながら、ＹＡＣは、ＢＡＣよりも不安定であり、キメラ効果を生ずることが分かっている。

【0176】

「ウイルスベクター」は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれかで、宿主細胞に送達されるべきポリヌクレオチドを含む組換え産生ウイルスまたはウイルス粒子として定義される。ウイルスベクターの例には、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター等が含まれる。感染性タバコモザイクウイルス（ＴＭＶ：ｔｏｂａｃｃｏ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ）ベースのベクターは、タンパク質を製造する（ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｅｒ）ために使用される場合があり、タバコ葉においてグリフィスシン（Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓｉｎ）を発現することが報告されている（Ｏ’Ｋｅｅｆｅ ｅｔ ａｌ． （２００９） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ １０６（１５）：６０９９－６１０４）。また、アルファウイルスベクター、例えば、セムリキ森林ウイルスベースのベクターおよびシンドビスウイルスベースのベクターは、遺伝子治療および免疫療法における使用のために開発されている。Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ ＆ Ｄｕｂｅｎｓｋｙ （１９９９） Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ５：４３４－４３９およびＹｉｎｇ ｅｔ ａｌ． （１９９９） Ｎａｔ． Ｍｅｄ． ５（７）：８２３－８２７を参照されたい。遺伝子導入がレトロウイルスベクターによって媒介される態様では、ベクター構築物とは、レトロウイルスゲノムまたはその部分と治療用遺伝子とを含むポリヌクレオチドを指す。

【0177】

本明細書で使用される場合、「レトロウイルス媒介遺伝子導入」または「レトロウイルス形質導入」は、同じ意味を有し、細胞に入り、ウイルスのゲノムを宿主細胞ゲノムに組み込むウイルスによって、遺伝子または核酸配列が宿主細胞に安定に移入されるプロセスを指す。ウイルスは、その正常な感染機構を介して宿主細胞に入ってもよく、ウイルスが異なる宿主細胞表面受容体またはリガンドに結合して細胞に入るように改変されてもよい。本明細書で使用される場合、レトロウイルスベクターとは、ウイルスまたはウイルス様侵入機構を通して外因性核酸を細胞に導入することができるウイルス粒子を指す。

【0178】

レトロウイルスは、それらの遺伝子情報をＲＮＡの形態で運搬する；しかしながら、ウイルスが細胞に感染すると、ＲＮＡは、ＤＮＡ形態に逆転写され、それは感染した細胞のゲノムＤＮＡに組み込まれる。組み込まれたＤＮＡ形態は、プロウイルスと呼ばれる。

【0179】

遺伝子導入がＤＮＡウイルスベクター、例えば、アデノウイルス（Ａｄ：ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ）またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ：ａｄｅｎｏ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｖｉｒｕｓ）によって媒介される態様では、ベクター構築物とは、ウイルスゲノムまたはその部分と導入遺伝子とを含むポリヌクレオチドを指す。アデノウイルス（Ａｄ）は、比較的十分に特徴付けられているウイルスの同種の群であり、５０個を超える血清型を含む。例えば、ＰＣＴ国際出願公開番号ＷＯ９５／２７０７１号を参照されたい。Ａｄは、宿主細胞ゲノムへの組込みを必要としない。組換えＡｄ由来ベクター、特に組換えおよび野生型ウイルスの生成の潜在性を低減した組換えＡｄ由来ベクターもまた、構築されている。ＰＣＴ国際出願公開番号ＷＯ９５／００６５５号およびＷＯ９５／１１９８４号を参照されたく、野生型ＡＡＶは、宿主細胞ゲノムへ組み込まれる高感染力および特異性を有する。Ｈｅｒｍｏｎａｔ ＆ Ｍｕｚｙｃｚｋａ （１９８４） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８１：６４６６－６４７０およびＬｅｂｋｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ． （１９８８） Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ． ８：３９８８－３９９６を参照されたい。

【0180】

ポリヌクレオチドが作動可能に連結され得るプロモーターおよびクローニングサイトの両方を含有するベクターは、当該技術分野で周知である。そのようなベクターは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏでＲＮＡを転写することができ、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（Ｌａ Ｊｏｌｌａ、Ｃａｌｉｆ．）およびＰｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ（Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）等の供給元から市販されている。発現および／またはｉｎ ｖｉｔｒｏ転写を最適化するために、クローンの５’および／または３’非翻訳部分を除去、付加または変更して、余分の潜在的で不適切な選択的翻訳開始コドン、または転写または翻訳レベルのいずれかで発現に干渉するか、またはこれを低減し得る他の配列を削除することが必要であり得る。あるいは、コンセンサスリボソーム結合部位は、開始コドンのすぐ５’に挿入されて発現を向上し得る。

【0181】

また、遺伝子送達媒体には、ＤＮＡ／リポソーム複合体、ミセルおよび標的とされたウイルスタンパク質－ＤＮＡ複合体が含まれる。また、ターゲティング抗体またはその抗原結合断片を含むリポソームは、本明細書で開示する方法で使用することができる。ポリヌクレオチドの細胞または細胞集団への送達に加えて、本明細書で説明するタンパク質の細胞または細胞集団への直接的導入は、タンパク質トランスフェクションの非限定的な技術によって行ってもよく、あるいは、本明細書で開示するタンパク質の発現の向上および／または活性の促進を可能にする培養条件は、他の非限定的な技術である。

【0182】

本明細書で使用される場合、「抗体」、「複数の抗体」および「免疫グロブリン」という用語は、抗体全体および任意の抗原結合断片またはその単一の鎖を含む。したがって、「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子の少なくとも一部を含む任意のタンパク質またはペプチド含有分子を含む。また、「抗体」、「複数の抗体」および「免疫グロブリン」という用語には、任意のアイソタイプの免疫グロブリン；非限定的に、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ）_２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ｄｓＦｖ、Ｆｄ断片、ｄＡｂ、ＶＨ、ＶＬ、ＶｈＨおよびＶ－ＮＡＲドメインを含む抗原への特異的結合を保持する抗体の断片；ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディおよびカッパボディ；抗体断片および１つまたは複数の単離されたものから形成された多重特異性抗体断片が含まれる。そのようなものの例には、重鎖もしくは軽鎖またはそのリガンド結合性部分の相補性決定領域（ＣＤＲ：ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎ）、重鎖または軽鎖可変領域（本明細書において可変ドメインとも称される）、重鎖または軽鎖定常領域（本明細書において定常ドメインとも称される）、フレームワーク（ＦＲ：ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）領域、またはその任意の部分、結合性タンパク質の少なくとも一部分、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体、および抗体の抗原結合性部分と非抗体タンパク質とを含む融合タンパク質が含まれるが、これらに限定されない。免疫グロブリン分子の重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体（Ａｂ）の定常領域は、免疫グロブリンの宿主組織への結合を媒介し得る。「抗～」という用語は、例えば、抗ＤＮＡＢＩＩ、抗ＩＨＦ、抗ＨＵ、抗ＯＭＰ Ｐ５のように、タンパク質名称の前に使用される場合、特定のタンパク質への結合および／または特定のタンパク質への親和性の所有を示すモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を指す。例えば、「抗ＩＨＦ」とは、ＩＨＦタンパク質に結合する抗体を指す。特異的抗体は、タンパク質であってその抗体がそれに対して産生されたタンパク質以外のタンパク質への親和性を有するか、または結合し得る。例えば、抗ＩＨＦは、ＩＨＦタンパク質に対して特異的に産生されたものであるが、配列相同性を通じて、または構造相同性を通じて関連する他のタンパク質にも結合し得る。

【0183】

相補性決定領域（ＣＤＲ）は、それぞれ、Ｂ細胞およびＴ細胞によって生成された抗体またはＴ細胞受容体の可変領域の一部であり、ここで、これらの分子はそれらの特異的抗原に結合する（エピトープとも呼ばれる）。ある特定の実施形態では、「可変領域」および「可変ドメイン」という用語は互換的に使用され、抗体ごとにアミノ酸残基の配列が多いに変化し、かつ特定の抗原に対して抗体の特異性を付与する結合部位のコンフォメーションを決定する抗体の軽鎖または重鎖のポリペプチドを指す。さらなる実施形態では、可変領域は、非限定的に、約１００アミノ酸長、またはあるいは約１１０アミノ酸長、またはあるいは約１２０アミノ酸長、またはあるいは約１３０アミノ酸長、またはあるいは約１４０アミノ酸長、またはあるいは約１５０アミノ酸長、またはあるいは約１６０アミノ酸長、またはあるいは約１７０アミノ酸長、またはあるいは約１８０アミノ酸長、またはあるいは約１９０アミノ酸長を含む、約９０アミノ酸長～約２００アミノ酸長である。ある特定の実施形態では、アミノ酸配列の可変領域は、本明細書で使用される場合、アミノ酸配列の最初の約１００個のアミノ酸、またはあるいは約１１０個のアミノ酸、またはあるいは約１２０個のアミノ酸、またはあるいは約１３０個のアミノ酸、またはあるいは約１４０個のアミノ酸、またはあるいは約１５０個のアミノ酸（該当する場合、シグナルペプチドを含むかまたは除外する）が可変領域であることを指す。

【0184】

ＣＤＲのセットは、抗原を認識し、それに結合する抗体の一部である、抗原結合性部位とも呼ばれるパラトープを構成する。重鎖または軽鎖等の抗原受容体の可変領域のアミノ酸配列上に、必要に応じてアミノ末端からカルボキシ末端へと、非連続的に配置された３つのＣＤＲ（ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３）が存在する。本明細書で使用される場合、ＣＤＲｎは、免疫グロブリン鎖におけるＣＤＲｎまたは免疫グロブリン鎖に由来するＣＤＲｎを指し、ここで、数字ｎは１～３から選択される。一実施形態では、ＣＤＲＬｎは、軽鎖におけるＣＤＲｎまたは軽鎖に由来するＣＤＲｎを指し、ここで、数字ｎは１～３から選択され、一方、ＣＤＲＨｎは、重鎖におけるＣＤＲｎまたは重鎖に由来するＣＤＲｎを指し、ここで、数字ｎは１～３から選択される。ある特定の実施形態では、フレームワーク領域（ＦＲ）は、ＣＤＲではない可変領域の一部を指す。ある特定の実施形態では、ＦＲｎは、重鎖もしくは軽鎖におけるＦＲまたは重鎖もしくは軽鎖に由来するＦＲを指し、ここで、数字ｎは１～４から選択される。ある特定の実施形態では、可変領域は、以下（必要に応じて、提供された順序に従い、さらに必要に応じて、アミノ末端からカルボキシ末端の順に）：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３およびＦＲ４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0185】

抗体の可変領域および／もしくはＣＤＲまたはその断片は、例えば、公共に利用可能なツールまたは市販のツールを使用して、当業者によって決定され得る。このようなツールの非限定的な例には、ＩｇＢｌａｓｔ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／でアクセス可能）、Ｓｃａｌｉｇｎｅｒ（ｗｗｗ．ｓｃａｌｉｇｎｅｒ．ｃｏｍ／のｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎｔｅｃｈから入手可能）、ＩＭＧＴルールおよび／もしくはツール（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ＩＭＧＴ－ＦＲＣＤＲｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．ｈｔｍｌを参照されるか、またｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／でアクセス可能）、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃａｎｏｎｉｃａｌ Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ（ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ｃｈｏｔｈｉａ．ｈｔｍｌでアクセス可能）、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＣａｌｓｓｉｆｉｃａｔｉＩｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ、ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｎｅｗｓａｂｄａｂ／ｓａｂｐｒｅｄ／ａｎａｒｃｉ／でアクセス可能）、Ｋａｂａｔナンバリング方法／スキーム（例えば、Ｋａｂａｔ， Ｅ．Ａ．， ｅｔ ａｌ．， （１９９１） Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ， Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｕ．Ｓ． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ， ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ． ９１－３２４２）、またはＰａｒａｔｏｍｅウェブサーバー（ｗｗｗ．ｏｆｒａｎｌａｂ．ｏｒｇ／ｐａｒａｔｏｍｅ／でアクセス可能、Ｖｅｒｅｄ Ｋｕｎｉｋ， ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， Ｖｏｌｕｍｅ ４０， Ｉｓｓｕｅ Ｗ１， １ Ｊｕｌｙ ２０１２， Ｐａｇｅｓ Ｗ５２１－Ｗ５２４を参照されたい）が含まれる。

【0186】

抗体は、それらが、所望の生物活性を示す限り、ポリクローナル、モノクローナル、多特異性（例えば、二重特異性抗体）および抗体断片であり得る。抗体は、任意の好適な生物学的供給源、例えば、ネズミ科、ラット、ヒツジおよびイヌ科から単離することができる。

【0187】

「ポリクローナル抗体」または「ポリクローナル抗体組成物」という用語は、本明細書で使用される場合、様々なＢ細胞系に由来する抗体の調製物を指す。それらは、特定の抗原に対して分泌された免疫グロブリン分子の混合物であり、各々は異なるエピトープを認識する。

【0188】

本明細書で使用される場合、「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体集団から得られる抗体を指す。各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して向けられているので、モノクローナル抗体は、高度に特異的である。抗体は、例えば、放射性同位体、検出可能な生成物を生成する酵素、蛍光タンパク質等で検出可能に標識され得る。抗体は、他の部分、例えば、特異的結合対のメンバー、例えば、ビオチン（ビオチン－アビジン特異的結合対のメンバー）等にさらにコンジュゲートされ得る。また、抗体は、非限定的に、ポリスチレンプレートまたはビーズ等を含む固体支持体に結合され得る。

【0189】

モノクローナル抗体は、当該技術分野で公知のハイブリドーマ技術または組換えＤＮＡ法を使用して生成され得る。ハイブリドーマは、抗体産生リンパ球と抗体非産生がん細胞、通常、骨髄腫またはリンパ腫との融合から研究室で産生される細胞である。ハイブリドーマは増殖し、特異的モノクローナル抗体の連続試料を産生する。抗体を生成または選択するための代替の技術には、リンパ球の目的の抗原へのｉｎ ｖｉｔｒｏ曝露、および細胞、ファージまたは同様の系における抗体ディスプレイライブラリーのスクリーニングが含まれる。

【0190】

「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変および定常領域を有する抗体を含むことを意図する。本明細書で開示するヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでランダムまたは部位特異的変異誘発によって、またはｉｎ ｖｉｖｏで体細胞変異によって導入された変異）を含み得る。しかしながら、「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、別の哺乳動物種、例えば、マウスの生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上にグラフトされた抗体を含むことを意図しない。したがって、本明細書で使用される場合、「ヒト抗体」という用語は、タンパク質の実質的にどの部分（例えば、ＣＤＲ、フレームワーク、Ｃ_Ｌ、Ｃ_Ｈドメイン（例えば、Ｃ_Ｈ１、Ｃ_Ｈ２、Ｃ_Ｈ３）、ヒンジ、（ＶＬ、ＶＨ））も、ヒトにおいて実質的に非免疫原性であり、少ない配列変化または変動のみを伴う抗体を指す。同様に、霊長類（サル、ヒヒ、チンパンジー等）、げっ歯類（マウス、ラット、ウサギ、モルモット、ハムスター等）および他の哺乳動物指定の抗体は、そのような種、亜属、属、亜科、科特異的抗体を指定する。さらに、キメラ抗体は、上記の任意の組合せを含む。そのような変化または変動は、必要に応じて、非改変抗体と比較してヒトまたは他の種において免疫原性を保持または低減する。したがって、ヒト抗体は、キメラ抗体またはヒト化抗体とは別個である。ヒト抗体は、機能的に再配置されたヒト免疫グロブリン（例えば、重鎖および／または軽鎖）遺伝子を発現することができる非ヒト動物または原核細胞もしくは真核細胞によって産生され得ることが指摘される。さらに、ヒト抗体が単鎖抗体である場合、それは、ネイティブヒト抗体で見られないリンカーペプチドを含み得る。例えば、Ｆｖは、リンカーペプチド、例えば、２～約８個のグリシンまたは他のアミノ酸残基を含む場合があり、それは、重鎖の可変領域と軽鎖の可変領域とを接続する。そのようなリンカーペプチドは、ヒト起源のものと考えられる。

【0191】

本明細書で使用される場合、抗体が、ヒト免疫グロブリン配列を使用する系から、例えば、ヒト免疫グロブリン遺伝子を有するトランスジェニックマウスを免疫することによって、またはヒト免疫グロブリン遺伝子ライブラリーをスクリーニングすることによって得られる場合、ヒト抗体は特定の生殖細胞系列配列に「由来」する。ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に「由来」するヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列をヒト生殖細胞系列免疫グロブリンのアミノ酸配列と比較することによってそれ自体特定することができる。典型的に、選択されたヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とアミノ酸配列において少なくとも９０％同一であり、他の種の生殖細胞系列免疫グロブリンアミノ酸配列（例えば、ネズミ科生殖細胞系列配列）と比較した場合、ヒト抗体をヒト抗体であると特定するアミノ酸残基を含有する。ある特定の場合、ヒト抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とアミノ酸配列において少なくとも９５％、またはさらに、少なくとも９６％、９７％、９８％もしくは９９％同一であり得る。典型的に、特定のヒト生殖細胞系列配列に由来するヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と１０個以下のアミノ酸の相違を示す。ある特定の場合、ヒト抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と５個以下、またはさらに、４、３、２もしくは１個以下のアミノ酸の相違を示し得る。

【0192】

本明細書で使用される場合、「ヒト化抗体」または「ヒト化免疫グロブリン」という用語は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限配列を含有するヒト／非ヒトキメラ抗体を指す。ほとんどの部分について、ヒト化抗体は、レシピエントの可変領域またはその断片（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全てのＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性および能力を有する非ヒト種、例えば、マウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類の可変領域またはその断片（例えば、１、２、３、４、５、または６つ全てのＣＤＲ）（ドナー抗体）からの残基によって置換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ヒト化抗体は、レシピエント抗体で、またはドナー抗体で見出されない残基を含み得る。また、ヒト化抗体は、必要に応じて、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部分；フレームワーク領域、定常領域またはＣＤＲ中に、ヒト抗体からの、対応して位置付けられるアミノ酸で置換された１つまたは複数のアミノ酸を含有する非ヒト抗体を含み得る。理論に束縛されることを望むものではないが、ヒト化抗体は、同じ抗体の非ヒト化バージョンと比較して、ヒト宿主において免疫応答の低減をもたらす。ヒト化抗体は、抗原結合または他の抗体機能に実質的に影響を有しない保存的アミノ酸置換を有し得る。保存的置換分類には、グリシン－アラニン、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リシン－アルギニン、アラニン－バリン、セリン－トレオニンおよびアスパラギン－グルタミンが含まれる。具体的には、本明細書に開示されるヒト化抗体は、ある特定の範囲の、以下の：ＥＣ_５０、Ｋ_ｏｎ、Ｋ_ｏｆｆ、Ｋ_Ａおよび／またはＫ_Ｄのうちの１つまたは複数で、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはその断片（先端キメラペプチドまたは尾部キメラペプチド等）に特異的に結合し、対象を処置する際にある特定のサイトカインを阻害もしくは放出する。さらなる実施形態では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（先端キメラペプチド等）に特異的に結合するヒト化抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏとｉｎ ｖｉｔｒｏの両方でバイオフィルムを破壊する。加えて、ヒト化のプロセスは、合理的設計プロセスであるが、例えば、結合親和性、抗原特異性、または可溶性もしくは凝集性等の物理特性において予期せぬ変化（正または負の）を生み出す可能性があり、よって、ヒト化抗体の特性は、出発非ヒト抗体の特性から本質的に予測することができない。

【0193】

一部の実施形態では、本明細書において使用される抗体は、組換え抗体であり得る。「組換えヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、組換え手段によって調製、発現、作出または単離された全ての抗体、例えば、免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックまたは染色体導入動物（例えば、マウス）またはそれから調製されたハイブリドーマから単離された抗体；抗体を発現するように形質転換された宿主細胞から、例えば、トランスフェクトーマから単離された抗体；組換えコンビナトリアル抗体ライブラリーから単離された抗体；および免疫グロブリン（Ｉｇ）遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングに関与する他の任意の手段によって調製、発現、作出または単離された抗体を含む。しかしながら、ある特定の実施形態では、そのような組換え抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ変異誘発（またはＩｇ配列についてトランスジェニックな動物が使用される場合、ｉｎ ｖｉｖｏ体細胞変異誘発）に供される場合があり、したがって、組換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ｉｎ ｖｉｖｏで抗体生殖細胞系列レパートリー内に天然に存在しない場合がある配列である。これらの抗体を製造する方法は、本明細書で説明される。

【0194】

一部の実施形態では、本明細書において使用される抗体は、キメラ抗体であり得る。本明細書で使用される場合、キメラ抗体は、異なる種に属する抗体可変領域および定常領域遺伝子から、典型的に遺伝子工学によって、軽鎖および重鎖遺伝子が構築された抗体である。

【0195】

本明細書で使用される場合、「抗体誘導体」という用語は、アミノ酸のうちの１つまたは複数が、例えば、抗体を第２の分子に連結するために、アルキル化、ペグ化、アシル化、エステル形成またはアミド形成などによって化学修飾されている全長抗体または抗体の断片を含む。これは、ペグ化抗体、システイン－ペグ化抗体およびそのバリアントを含むが、これらに限定されない。

【0196】

本明細書で使用される場合、「標識」という用語は、「標識された」組成物を生成するために、検出するべき組成物に直接的または間接的にコンジュゲートされた直接的または間接的検出可能化合物または組成物、例えば、Ｎ末端ヒスチジンタグ（Ｎ－Ｈｉｓ）、磁気的旋光同位体、例えば、^１１５Ｓｎ、^１１７Ｓｎおよび^１１９Ｓｎ、非放射性同位体、例えば、^１３Ｃおよび^１５Ｎ、ポリヌクレオチドまたはタンパク質、例えば、抗体を意図する。また、この用語は、挿入された配列の発現に際してシグナルを提供する、ポリヌクレオチドにコンジュゲートされた配列、例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ：ｇｒｅｅｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）等を含む。標識は、それ自体で検出可能であってもよく（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物または組成物の化学変化を触媒してもよい。標識は、小スケール検出に好適であっても、ハイスループットスクリーニングにより好適であってもよい。よって、好適な標識には、磁気的旋光同位体、非放射性同位体、放射性同位体、蛍光色素、化学発光化合物、染料、および酵素を含むタンパク質が含まれるが、これらに限定されない。標識は単純に検出してもよく、標識は定量してもよい。単純に検出される応答は、一般的に、存在が単に確認される応答を含み、一方で、定量される応答は、一般的に、定量可能な（例えば、数字で報告可能な）値、例えば、強度、分極および／または他の特性を有する応答を含む。発光または蛍光アッセイにおいて、検出可能な応答は、実際に結合に関与するアッセイ構成成分と会合した発光団または蛍光団を使用して直接的に、または別の（例えば、レポーターまたはインジケーター）構成成分と会合した発光団または蛍光団を使用して間接的に生成され得る。シグナルを産生する発光標識の例には、生物発光および化学発光が含まれるが、これらに限定されない。検出可能な発光応答は、一般的に、発光シグナルの変化、または発光シグナルの発生を含む。アッセイ構成成分を発光標識するために好適な方法および発光団は、当該技術分野で公知であり、例えば、Ｈａｕｇｌａｎｄ， Ｒｉｃｈａｒｄ Ｐ． （１９９６） Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ （６^ｔｈ ｅｄ）で説明されている。発光プローブの例には、エクオリンおよびルシフェラーゼが含まれるが、これらに限定されない。

【0197】

本明細書で使用される場合、「イムノコンジュゲート」という用語は、第２の作用物質、例えば、細胞傷害剤、検出可能な剤、放射性剤、ターゲティング剤、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、合成抗体、半合成抗体または多重特異性抗体と会合した、または連結した抗体または抗体誘導体を含む。

【0198】

好適な蛍光標識の例には、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリスロシン、クマリン、メチル－クマリン、ピレン、マラカイトグリーン（Ｍａｌａｃｉｔｅ ｇｒｅｅｎ）、スチルベン、ルシファーイエロー、Ｃａｓｃａｄｅ Ｂｌｕｅ（商標）およびテキサスレッドが含まれるが、これらに限定されない。他の好適な光学染料は、Ｈａｕｇｌａｎｄ， Ｒｉｃｈａｒｄ Ｐ． （１９９６） Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ （６^ｔｈ ｅｄ．）で説明されている。

【0199】

別の態様では、蛍光標識は、細胞表面マーカーのように、細胞もしくは組織内、または細胞表面もしくは組織表面上に存在している細胞構成成分への共有結合を促進するように官能化される。好適な官能基には、イソチオシアネート基、アミノ基、ハロアセチル基、マレイミド、スクシンイミジルエステルおよびスルホニルハライドが含まれるが、これらに限定されず、これらの全ては、蛍光標識を第２の分子に結合するために使用され得る。蛍光標識の官能基の選択は、リンカー、作用物質、マーカーまたは第２の標識剤のいずれかへの結合部位に依存する。

【0200】

「真核細胞」は、モネラ界を除く全ての生命界を含む。それらは、膜結合核によって容易に区別することができる。動物、植物、真菌および原生生物は、真核生物、または細胞が内部膜および細胞骨格によって複合体構造に組織化されている生物である。最も特徴的な膜結合構造は、核である。特に列挙しない限り、「宿主」という用語は、例えば、酵母、高等植物、昆虫および哺乳動物細胞を含む真核生物宿主を含む。真核細胞または宿主の非限定的な例には、サル類、ウシ属、ブタ、ネズミ科、ラット、鳥類、爬虫類およびヒトが含まれる。

【0201】

「原核細胞」は、通常、核または他の任意の膜結合オルガネラを欠き、２つのドメイン、細菌および古細菌に分けられる。染色体ＤＮＡに加えて、これらの細胞は、エピソームと呼ばれる環状ループ内の遺伝子情報も含有し得る。細菌細胞は、非常に小さく、およそ動物ミトコンドリアのサイズ（直径約１～２μｍおよび１０μｍの長さ）である。原核細胞は、３つの主要な形状：桿状、球状およびらせん状を特徴とする。真核生物のような精巧な複製プロセスを経る代わりに、細菌細胞は、二分裂によって分裂する。例には、Ｂａｃｉｌｌｕｓ細菌、Ｅ． ｃｏｌｉ細菌およびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ細菌が含まれるが、これらに限定されない。

【0202】

「ネイティブ」または「天然」抗原は、天然の生物学的供給源から単離され、かつ対象において抗原受容体、特に、Ｔ細胞抗原受容体（ＴＣＲ：Ｔ ｃｅｌｌ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ）に特異的に結合し得る、エピトープを含有するポリペプチド、タンパク質または断片である。

【0203】

「抗原」および「抗原性」という用語は、抗体によって認識される能力、またはそうでなければ、抗体－リガンド対のメンバーとして作用する能力を有する分子を指す。「特異的結合」または「結合」とは、抗原と免疫グロブリン重鎖および軽鎖の可変領域との相互作用を指す。抗体－抗原結合は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで起こり得る。当業者は、タンパク質、核酸、脂肪酸、脂質、リポ多糖および多糖を含む巨大分子は、抗原として作用する潜在性を有することを理解する。当業者は、抗体リガンドとして作用する潜在性を有するタンパク質をコードする核酸は、必然的に抗原をコードすることをさらに理解する。当業者は、抗原は、全長分子に限定されず、部分的分子も含み得ることをさらに理解する。「抗原性」という用語は、抗原の特性を有する分子についての形容詞的言及である。この用語は、免疫原性である物質、すなわち、免疫原、および免疫学的不応答性またはアネルギーを誘導する物質、すなわち、アナジェン（ａｎｅｒｇｅｎ）を包含する。

【0204】

「変更された抗原」とは、対応する野生型抗原の一次配列とは異なる一次配列を有する抗原である。変更された抗原は、合成または組換え法によって製造することができ、例えば、リン酸化；グリコシル化；架橋結合；アシル化；タンパク質分解切断；抗体分子、膜分子または他のリガンドへの連結によって、翻訳中または翻訳後に差次的に改変される抗原性ペプチドを含むが、これらに限定されない。（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ ｅｔ ａｌ． （１９８８） Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ５７：２８５－３２０）。本明細書で開示する合成抗原または変更された抗原は、天然エピトープと同じＴＣＲに結合することを意図する。

【0205】

「自己抗原」は、本明細書中ではネイティブまたは野生型抗原ともいい、その抗原に対して自己寛容であることに起因して対象において免疫応答をほとんどまたは全く誘導しない抗原性ペプチドである。自己抗原の例は、メラノーマ特異的抗原ｇｐ１００である。

【0206】

「免疫応答」とは、リンパ球の外来性物質への抗原特異的応答を広範に指す。「免疫原」および「免疫原性」という用語は、免疫応答を誘導する能力を有する分子を指す。全ての免疫原は抗原であるが、しかしながら、全ての抗原が免疫原性というわけではない。本明細書で開示する免疫応答は、体液性（抗体活性を介する）または細胞媒介性（Ｔ細胞活性化を介する）であり得る。応答は、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏで起こり得る。当業者は、タンパク質、核酸、脂肪酸、脂質、リポ多糖および多糖を含む様々な巨大分子は、免疫原性である潜在性を有することを理解する。当業者は、免疫応答を誘導することができる分子をコードする核酸は、必然的に免疫原をコードすることをさらに理解する。当業者は、免疫原は、全長分子に限定されず、部分的分子を含み得ることをさらに理解する。

【0207】

「受動免疫」という用語は、抗体の移入を通した１つの対象から別の対象への免疫の移入を指す。受動免疫は、母体の抗体が胎児に移入した場合、天然に起こり得る。また、受動免疫は、抗体組成物が非免疫対象に投与された場合、人工的に起こり得る。抗体ドナーおよびレシピエントは、ヒトまたは非ヒト対象であり得る。実施形態に依存して、抗体は、ポリクローナルであっても、モノクローナルであってもよく、ｉｎ ｖｉｔｒｏで生成しても、ｉｎ ｖｉｖｏで生成してもよく、精製しても、部分精製しても、非精製であってもよい。本明細書で説明する一部の実施形態では、受動免疫は、特定の抗原を特異的に認識するか、またはそれに結合する抗体または抗原結合断片の投与を通して、それを必要とする対象に与えられる。一部の実施形態では、受動免疫は、特定の抗原を特異的に認識するか、またはそれに結合する抗体または抗原結合断片をコードする単離された、または組換えポリヌクレオチドの投与を通して与えられる。

【0208】

本開示の文脈において、「リガンド」とは、ポリペプチドである。一態様では、「リガンド」という用語は、本明細書で使用される場合、別の分子上の特定の部位に結合する任意の分子を指す。換言すれば、リガンドは、免疫エフェクター細胞またはタンパク質に対する抗体またはタンパク質に対するＤＮＡとの反応においてそのタンパク質の特異性を付与する。一態様では、免疫エフェクター細胞上の相補的結合部位と直接的に組み合わさるものは、タンパク質内のリガンド部位である。

【0209】

本明細書で使用される場合、互換的に使用される「固相支持体」または「固体支持体」は、特定のタイプの支持体に限定されない。むしろ、多数の支持体が使用可能であり、当業者に公知である。固相支持体には、シリカゲル、樹脂、誘導体化プラスチックフィルム、ガラスビーズ、綿、プラスチックビーズ、アルミナゲルが含まれる。また、本明細書で使用される場合、「固体支持体」には、合成抗原提示マトリックス、細胞およびリポソームが含まれる。好適な固相支持体は、所望の最終使用、および様々なプロトコールについての好適性に基づいて選択され得る。例えば、ペプチド合成について、固相支持体は、樹脂、例えば、ポリスチレン（例えば、Ｂａｃｈｅｍ Ｉｎｃ．、Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ等から得られるＰＡＭ－樹脂）、ＰＯＬＹＨＩＰＥ（登録商標）樹脂（Ａｍｉｎｏｔｅｃｈ、Ｃａｎａｄａから得られる）、ポリアミド樹脂（Ｐｅｎｉｎｓｕｌａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから得られる）、ポリエチレングリコールとグラフトしたポリスチレン樹脂（ＴｅｎｔａＧｅｌ（登録商標）、Ｒａｐｐ Ｐｏｌｙｍｅｒｅ、Ｔｕｂｉｎｇｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）またはポリジメチルアクリルアミド樹脂（Ｍｉｌｌｉｇｅｎ／Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ、Ｃａｌｉｆ．から得られる）を指し得る。

【0210】

固相支持体の例には、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および改変セルロース、ポリアクリルアミド、斑レイ岩ならびにマグネタイトが含まれる。担体の性質は、ある程度まで可溶性、または不溶性のいずれかであり得る。支持体材料は、結合した分子がポリヌクレオチド、ポリペプチドまたは抗体に結合することができる限り、事実上、任意の可能な構造的配置を有し得る。したがって、支持体配置は、ビーズにおけるように球状、または試験管の内側表面または棒の外部表面におけるように円柱状であり得る。あるいは、表面は、平面、例えば、シート、試験紙等、またはあるいはポリスチレンビーズであり得る。当業者は、抗体または抗原を結合させるための多くの他の好適な担体を知っているか、またはルーチン実験の使用によってこれを確認することができる。

【0211】

本明細書で使用される場合、生体試料、または試料は、対象、細胞系または培養された細胞もしくは組織から得ることができる。例示的な試料には、非限定的に、細胞試料、組織試料、血液等の液体試料および生体起源の他の液体試料（非限定的に、眼液（眼房水および硝子体液）、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、眼房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液体剤、カウパー液もしくは前射精液（ｐｒｅ－ｅｊａｃｕｌａｔｏｒｙ ｆｌｕｉｄ）、女性の射精（ｆｅｍａｌｅ ｅｊａｃｕｌａｔｅ）、汗、涙、嚢胞液、胸腔内液および腹腔液、心膜液体剤、腹水、リンパ、粥状液、乳糜、胆汁、間質液、月経、膿、皮脂、嘔吐物、膣分泌物／洗浄液、滑液、粘膜分泌物、水様便（ｓｔｏｏｌ ｗａｔｅｒ）、膵液、鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液（ｂｌａｓｔｏｃｙｌ ｃａｖｉｔｙ ｆｌｕｉｄ）、または臍帯血が含まれる。一実施形態では、生体試料は、バイオフィルムを有することを疑われている。別の実施形態では、生体試料はバイオフィルムを含む。

【0212】

本明細書で使用される場合、「シグナルペプチド」または「シグナルポリペプチド」という用語は、新たに合成された分泌ポリペプチドもしくは分泌タンパク質または膜ポリペプチドもしくは膜タンパク質の通常はＮ末端に存在するアミノ酸配列を意図する。それは、ポリペプチドを、特定の細胞位置に、例えば、細胞膜を横断するように、細胞膜に入るように、または核に入るように、方向付けるように作用する。一部の実施形態では、シグナルペプチドは、以下の位置から除去される。シグナルペプチドの例は当技術分野で周知である。非限定的な例は、米国特許第８，８５３，３８１号、同第５，９５８，７３６号および同第８，７９５，９６５号に記載されたものである。

【0213】

本明細書で使用される場合、切断可能なリンカーとも呼ばれる切断可能なペプチドは、例えば酵素によって切断され得るペプチドを意味する。そのような切断可能なペプチドを含む１つの翻訳されたポリペプチドは、２つの最終産物を産生し得、したがって、１つのオープンリーディングフレームからの１つよりも多くのポリペプチドの発現を可能にする。切断可能なペプチドの一例は、自己切断性ペプチド、例えば、２Ａ自己切断性ペプチドである。２Ａ自己切断性ペプチドは、細胞において組換えタンパク質の切断を誘導し得る、１８～２２ａａ長のペプチドのクラスである。一部の実施形態では、２Ａ自己切断性ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｔ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２ＡおよびＢｍＣＰＶ２Ａから選択される。例えば、Ｗａｎｇ Ｙ， ｅｔ ａｌ． ２Ａ ｓｅｌｆ－ｃｌｅａｖｉｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅ－ｂａｓｅｄ ｍｕｌｔｉ－ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ ｉｎ ｔｈｅ ｓｉｌｋｗｏｒｍ Ｂｏｍｂｙｘ ｍｏｒｉ． Ｓｃｉ Ｒｅｐ． ２０１５；５：１６２７３． Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ２０１５ Ｎｏｖ ５を参照されたい。

【0214】

本明細書で使用される場合、「Ｔ２Ａ」および「２Ａペプチド」という用語は、互換的に使用されて、任意の２Ａペプチドもしくはその断片、任意の２Ａ様ペプチドもしくはその断片、またはコンセンサスポリペプチドモチーフＤ－Ｖ／Ｉ－Ｅ－Ｘ－Ｎ－Ｐ－Ｇ－Ｐを含有する（起源のウイルスに依存して、２０アミノ酸長のオーダーの）比較的短いペプチド配列中に必要なアミノ酸を含む人工的ペプチドを指し、式中、Ｘは、自己切断性であると一般に考えられている、いずれかのアミノ酸を指す（配列番号１３４）。

【0215】

本明細書で使用される場合、「キメラ」または「キメラペプチド」という用語は、互いに直接的または間接的に（例えば、リンカーを介して）コンジュゲートしたＤＮＡＢＩＩポリペプチドの２つまたはそれより多い断片またはドメインを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組換えポリペプチドを指す。一実施形態では、ドメインは、コンフォメーション先端ドメインおよび／またはコンフォメーション尾部ドメインである。その上またはあるいは、２つまたはそれより多い断片またはドメインは、同じかまたは異なるＤＮＡＢＩＩポリペプチドに由来する。一実施形態では、キメラペプチドは、互いに直接的または間接的に（例えば、リンカーを介して）コンジュゲートしたＩｈｆＡの先端ドメインおよびＩｈｆＢの先端ドメインを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、キメラペプチドは、互いに直接的または間接的に（例えば、リンカーを介して）コンジュゲートしたＩｈｆＡの尾部ドメインおよびＩｈｆＢの尾部ドメインを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ポリペプチドの「コンフォメーション先端ドメイン」は、構造が、典型的にプロリン残基に媒介される急なターンを有する逆平行ベータリボンを有する一次アミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。ＩＨＦポリペプチドの「先端」は、ＷＯ２０１８／１２９０７８の図１に示される。

【0216】

本明細書で使用される場合、「に由来する」という句は、そこから単離されたこと、そこから精製されたこと、もしくはそこから操作されたこと、またはこれらの任意の組合せを意味する。

【0217】

ある特定の実施形態では、抗体は、

【化14】

（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列であり、ここで、「Ｘ_１」は任意のアミノ酸であるか、またはあるいは、「Ｘ_１」はアミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択される）のポリペプチド配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに特異的に結合する。さらなる態様では、「Ｘ_１」は、ＫまたはＱである。さらなる実施形態では、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩは、

【化15】

（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列）のポリペプチド配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩは、

【化16】

のポリペプチド配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0218】

ある特定の実施形態では、抗体は、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦ－Ｘ－ＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号４１）（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列である）のポリペプチド配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに特異的に結合する。ある特定の実施形態では、リンカーは、配列番号４２～４９のうちのいずれか１つまたは複数から選択される。一実施形態では、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩは、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦＧＰＳＬＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号５０）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0219】

本明細書で使用される場合、「ＥＣ_５０」という用語は、特定された曝露時間後に、ベースラインと最大との間の中間の応答（例えば、抗体またはその抗原結合断片とその標的との間の結合）を誘導する抗体またはその抗原結合断片の濃度を指す。

【0220】

いくつかのパラメーターは、受容体（Ｒ、例えば、抗体またはその抗原結合断片）とリガンド（Ｌ、例えば、抗体またはその抗原結合断片の標的）分子の結合および非結合反応を説明するために本明細書で使用され、Ｒ＋Ｌ⇔ＲＬのように形式化される。この反応は、それぞれ、Ｍ^－１ｓ^－１およびｓ^－１の単位を有するオンレート定数ｋ_ｏｎとオフレート定数ｋ_ｏｆｆによって特徴付けられる。平衡状態では、順方向の結合遷移Ｒ＋Ｌ→ＲＬは、逆方向の非結合遷移ＲＬ→Ｒ＋Ｌとバランスを取る必要がある。すなわち、ｋ_ｏｎ［Ｒ］［Ｌ］＝ｋ_ｏｆｆ［ＲＬ］であり、ここで、［Ｒ］、［Ｌ］および［ＲＬ］は、非結合遊離受容体の濃度、非結合遊離リガンドの濃度および受容体－リガンド複合体の濃度を表す。さらに、平衡解離定数「Ｋ_Ｄ」は、［Ｒ］×［Ｌ］／［ＲＬ］であるｋ_ｏｆｆ／ｋ_ｏｎとして計算することができ、一方、平衡結合定数「Ｋ_Ａ」は、［ＲＬ］／（［Ｒ］×［Ｌ］）であるｋ_ｏｎ／ｋ_ｏｆｆとして計算することができる。

【0221】

本明細書で使用される場合、「サイトカイン」という用語は、非限定的に、一般にホルモン以外のケモカイン、インターフェロン、インターロイキン（ＩＬ）、リンフォカインおよび腫瘍壊死因子を含む細胞シグナル伝達において重要な小分子タンパク質（約５～２０ｋＤａ）を指す。サイトカインはペプチドであり、細胞の脂質二重層を横切って細胞質に侵入することができない。炎症性サイトカインまたは炎症誘発性サイトカインは、ヘルパーＴ細胞（Ｔｈ）およびマクロファージのような免疫細胞、ならびに炎症を促進するある特定の他の細胞種から分泌されるシグナル伝達分子（サイトカイン）の一種である。これらは、（非限定的に）インターロイキン－１（ＩＬ－１）、ＩＬ－１２、およびＩＬ－１８、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）を含み、自然免疫応答を媒介する際に重要な役割を果たす。炎症性サイトカインは、炎症反応の上方調節によって優先的に産生され、それに関わる。「抗炎症性サイトカイン」という用語は、炎症誘発性サイトカイン応答を制御する免疫調節分子を含む。サイトカインは、特定のサイトカイン阻害剤および可溶性サイトカイン受容体と一緒に作用し、ヒト免疫応答を調節する。主要な抗炎症性サイトカインには、インターロイキン（ＩＬ）－１受容体アンタゴニスト、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１１およびＩＬ－１３が含まれる。ＩＬ－１に対する特異的サイトカイン受容体、腫瘍壊死因子－アルファ、およびＩＬ－１８も、炎症誘発性サイトカイン阻害剤として機能する。抗炎症性サイトカインおよび炎症誘発性サイトカインを含むサイトカイン、そのレベルを測定する方法は、当技術分野で周知である。例えば、血清中サイトカインレベルは、市販の酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）キットを使用して測定することができる。

【0222】

本明細書で使用される場合、「炎症促進応答」および「炎症応答」という用語は、病原体、例えば、疾患を引き起こし得る細菌、ウイルスまたは他の微生物に対する対象の生物応答について言及して、互換的に使用される。一部の実施形態では、炎症促進応答または炎症応答は、特異的および非特異的防御系が関与する免疫応答を指す。特異的防御系反応は、抗原に対する特異的免疫系反応である。特異的防御系反応の例は、抗体応答を含む。非特異的防御系反応は、免疫学的記憶が一般にはできない白血球、例えば、マクロファージ、好酸球および好中球によって媒介される炎症応答である。一部の実施形態では、免疫応答は、上昇した炎症促進性サイトカインレベルを生じる炎症促進性サイトカインの分泌を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。その上またはあるいは、免疫応答は、抗炎症性サイトカインのレベルの低減を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。したがって、炎症促進応答は、炎症促進性サイトカインの分泌、もしくは抗炎症性サイトカインの低減、またはその両方を含み得るか、またはそれから本質的になり得るか、またはまたさらにそれからなり得る。

【0223】

本明細書で使用される場合、「抗感染症薬」という用語は、感染性生物の広がりを阻害するか、または感染性生物を完全に死滅させることが可能である薬を指す。この用語は、非限定的に、抗生物質、抗真菌薬（ａｎｔｉｆｕｎｇａｌ）、駆虫薬、抗マラリア薬、抗原虫薬、抗結核薬、および抗ウイルス薬を包含する。抗真菌剤（ａｎｔｉｆｕｎｇａｌ ａｇｅｎｔ）は、抗真菌剤（ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃ ａｇｅｎｔ）とも呼ばれる。これらは、真菌を死滅させるかまたは不活性化させ、真菌感染症（酵母感染症を含む）を処置するために使用される。１つの非限定的な例であるポリエン抗真菌薬は、経口的に投与された場合に吸収されないため、鵞口瘡等の胃腸管の真菌感染症を処置するために使用される。別の非限定的な例は、広域スペクトル活性を有する合成の静真菌剤であるアゾール抗真菌薬、（１，３）ベータ－ｄ－グルカンシンターゼ酵素を非競合的に阻害し、真菌細胞壁を標的とするリポペプチド分子であるエキノキャンディン、Ｆｕｌｖｉｃｉｎ Ｕ／Ｆ（すなわち、グリセオフルビン）、Ｇｒｉｆｕｌｖｉｎ Ｖ（Ｐｒｏ）（すなわち、グリセオフルビン）、Ｌａｍｉｓｉｌ（Ｐｒｏ）（すなわち、テルビナフィン）、Ｇｒｉｓ－ＰＥＧ（Ｐｒｏ）（すなわち、グリセオフルビン）、Ａｎｃｏｂｏｎ（Ｐｒｏ）（すなわち、ｆｌｕｃｙｔｏｓｉｎｅ）、Ｆｕｌｖｉｃｉｎ Ｐ／Ｇ（すなわち、グリセオフルビン）およびＴｅｒｂｉｎｅｘ（Ｐｒｏ）（すなわち、テルビナフィン）である。さらなる抗感染因子は、例えば、ｗｗｗ．ｄｒｕｇｂａｎｋ．ｃａ／ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ／ＤＢＣＡＴ００００６５で見出すことができる。「抗ウイルス薬（ａｎｔｉ－ｖｉｒａｌ）」または「抗ウイルス薬（ａｎｔｉｖｉｒａｌ）」という用語は、ウイルス感染症を処置するために使用される薬品の分類を指す。ほとんどの抗ウイルス薬は特定のウイルスを標的とするが、広域スペクトルの抗ウイルス薬は、広範囲のウイルスに対して有効である。ほとんどの抗生物質と異なり、抗ウイルス薬（ａｎｔｉｖｉｒａｌ ｄｒｕｇ）は、それらの標的病原体を破壊せず、代わりに、これらの発生を阻害する。これらが作用することができる方法のいくつかには、ウイルスのＤＮＡポリメラーゼを阻害すること；特異的細胞表面受容体に結合して、ウイルスの浸透または脱殻を阻害すること；ウイルスのタンパク質合成を阻害すること；またはウイルスアセンブリーの後期段階をブロックすることによってウイルスの複製を予防することが含まれる。抗ウイルス剤の非限定的な例は、例えば、ｗｗｗ．ｄｒｕｇｂａｎｋ．ｃａ／ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ／ＤＢＣＡＴ００００６６で見出すことができる。

【0224】

本明細書で使用される場合、「抗寄生虫薬」という用語は、寄生虫疾患、例えば、とりわけ、蠕虫、アメーバ、外寄生生物、寄生真菌、およびプロトゾアによって引き起こされる疾患の処置のために必要とされる薬品の分類を指す。抗寄生虫薬の非限定的な例は、例えば、ｗｗｗ．ｄｒｕｇｂａｎｋ．ｃａ／ｃａｔｅｇｏｒｉｅｓ／ＤＢＣＡＴ０００５２２で見出すことができる。
本開示を行うための様式

【0225】

細胞外高分子物質（ＥＰＳ）の構成要素分子は、細菌種間で変動するが、細胞外ＤＮＡ（ｅＤＮＡ）は、多様な細菌バイオフィルムのいたるところで共通する基礎をなす構造的構成成分として働く（Ｆｌｅｍｍｉｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１０． ８（９）： ｐ． ６２３－３３）。ｅＤＮＡ構造は、さらに特徴付けられており、ｅＤＮＡ格子は、ｅＤＮＡ依存性細菌バイオフィルムＥＰＳの安定性に不可欠なホリデイジャンクション（ＨＪ）様構造から構成されることが決定された（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ， ２０１９ Ｄｅｃ １０；１１６（５０）：２５０６８－２５０７７）。組込み宿主因子（ＩＨＦ）およびヒストン様タンパク質（ＨＵ）を含む細菌ＤＮＡＢＩＩファミリーのＤＮＡ結合タンパク質は、ｅＤＮＡ格子内のこれらのＨＪ様構造に結合し、ｅＤＮＡ依存性ＥＰＳの構造的完全性を維持する要のタンパク質として働く（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．）。遊離ＤＮＡＢＩＩタンパク質の隔離（ＤＮＡＢＩＩタンパク質のＤＮＡ結合ドメインに対する特異的抗体（α－ＤＮＡＢＩＩ）への曝露を介した）は、ｅＤＮＡ結合した状態から未結合の状態へと平衡をシフトさせ、これが次に、細菌バイオフィルムの崩壊を引き起こす（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．；Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ２０１１． ４（６）： ｐ． ６２５－３７；Ｇｕｓｔａｖｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｃｙｓｔ Ｆｉｂｒｏｓ， ２０１３． １２（４）： ｐ． ３８４－９；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ， ２０１３． ８（６）： ｐ． ｅ６７６２９；Ｂｒｏｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１４． ９３（６）： ｐ． １２４６－５８；Ｂｒａｎｄｓｔｅｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ Ｌａｒｙｎｇｏｓｃｏｐｅ， ２０１３． １２３（１１）： ｐ． ２６２６－２６３２；Ｒｏｃｃｏ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１６；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ， ２０１６． １０： ｐ． ３３－４４；Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙｏｐｅｎ， ２０１７；Ｆｒｅｉｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１７． ３２（１）： ｐ． ７４－８８；およびＮｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ＮＰＪ Ｖａｃｃｉｎｅｓ， ２０１９． ４： ｐ． ４３．）。

【0226】

ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、脊椎動物には存在しないが、真核生物は、類似の屈曲したＤＮＡ構造、例えば、ＨＪ ＤＮＡに結合する部分的機能的オルソログＨＭＧＢ１を保有する（Ｂｉａｎｃｈｉ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， １９８９． ２４３（４８９４ Ｐｔ １）： ｐ． １０５６－９）。ＨＭＧＢ１は、真核生物における遍在性のタンパク質であり、クロマチンのネイティブの一部である（Ｂｉａｎｃｈｉ ａｎｄ Ｂｅｌｔｒａｍｅ， Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ， １９９８． ６３（６）： ｐ． １５７３－７；およびＡｇｒｅｓｔｉ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ， ２００５． １８（１）： ｐ． １０９－２１）。これは、単量体として機能し、２つのタンデムＤＮＡ結合ドメインおよび酸性Ｃ末端尾部からなり（Ｂｉａｎｃｈｉ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ， １９９２． １１（３）： ｐ． １０５５－６３）、その場所（核、細胞質または細胞外）および活性を規定する翻訳後修飾（ＰＴＭ）を有する場合が多い（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ａｓｐｅｃｔｓ Ｍｅｄ， ２０１４． ４０： ｐ． １－１１６で概説される）。ＨＭＧＢ１は、配列非依存的様式でＤＮＡに結合しこれを屈曲させるその能力を介して、組換え、ＤＮＡ修復および転写を含む複数のＤＮＡ－タンパク質トランスアクションにおいてアクセサリータンパク質として働く（Ｌｉｔｔｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， ２０１３． ４１（５）： ｐ． ３２８９－３０１；Ｓｕｔｒｉａｓ－Ｇｒａｕ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ， １９９９． ２７４（３）： ｐ． １６２８－３４；およびＹｕａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ， ２００４． ２７９（２０）： ｐ． ２０９３５－４０）。ＨＭＧＢ１は、細胞外環境中への真核細胞からのその放出の際に、ＴＬＲ２、ＴＬＲ４、ＴＬＲ９およびＲＡＧＥに結合することによって、ＮＦ－κＢ経路を介して炎症促進性カスケードを誘導する損傷関連分子パターン（ＤＡＭＰ）分子としても機能し（Ｋｌｕｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｅｄ， ２００８． １４（７－８）： ｐ． ４７６－８４；Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．， Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ， ２００３． ２８４（４）： ｐ． Ｃ８７０－９；Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ， ２００７． ３３（１０）： ｐ． １８２９－３９；およびＨｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｓｉａｎ Ｐａｃ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ Ｐｒｅｖ， ２０１２． １３（４）： ｐ． １３６５－７０）、したがって、宿主にとって壊滅的な帰結を有する敗血症を引き起こす潜在性を有するアラーミン（ａｌａｒｍｉｎ）として働く（Ｑｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ， ２００６． ２０３（７）： ｐ． １６３７－４２；およびＤｉｅｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ， ２０１３． ９１（７）： ｐ． ４４３－５０）。細胞外で、ＨＭＧＢ１は、組織再生および創傷治癒、老化、ならびに非常に高い濃度（１．７５μＭ～１２μＭ）では、細菌死滅を含む、広範な機能もまた有する（Ｒａｎｚａｔｏ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ， ２００９． ３３２（１－２）： ｐ． １９９－２０５；Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｂｉｏｍｅｄ Ｓｃｉ， ２００９． １６： ｐ． ８３；Ｄａｖａｌｏｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ， ２０１３． ２０１（４）： ｐ． ６１３－２９；およびＺｅｔｔｅｒｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．， Ｐｅｄｉａｔｒ Ｒｅｓ， ２００２． ５２（２）： ｐ． １４８－５４）。おそらくは最も重要なことに、細胞外ＨＭＧＢ１は、さらなる排除のために細菌を隔離するための宿主の最初の手段である好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）のｅＤＮＡの不可欠な部分であり（Ｔａｄｉｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｌｕｎｇ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ， ２０１３． ３０４（５）： ｐ． Ｌ３４２－９；Ｒｅｍｉｊｓｅｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ Ｄｅａｔｈ Ｄｉｆｆｅｒ， ２０１１． １８（４）： ｐ． ５８１－８；Ｂｒｉｎｋｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２００４． ３０３（５６６３）： ｐ． １５３２－５；およびＰｅｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ， ２０１７． ７（１）： ｐ． １６６２８）、本明細書で提案されるように、その上、細菌バイオフィルムの増殖を予防するための方策として働くことができる。

【0227】

真核生物宿主自然免疫エフェクターＨＭＧＢ１、および細菌ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、それぞれ宿主および細菌において、核タンパク質トランスアクションにおけるアクセサリータンパク質として類似の役割を果たす（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ． ａｎｄ Ｂｒｏｗｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１０． １３（６）： ｐ． ７７３－８０で概説される）。ＨＭＧＢ１タンパク質とＤＮＡＢＩＩタンパク質とは、認識できる配列同一性も二次構造も共有しないが、それにもかかわらず、これらは、ｉｎ ｖｉｔｒｏトランスアクションにおいて互いに機能的に置き換わることができる。このように、ＨＭＧＢ１は元々、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の機能的オルソログであると考えられていた（Ｐａｕｌｌ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ， １９９３． ７（８）： ｐ． １５２１－３４；およびＳｅｇａｌｌ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ， １９９４． １３（１９）： ｐ． ４５３６－４８）。両方のタンパク質が、ＤＮＡに結合しこれを屈曲させるが、これらは、別個の機構を介してそれを行う。ＨＭＧＢ１（単量体として）およびＤＮＡＢＩＩタンパク質（二量体として）は共に、その副溝を介してＤＮＡに結合するが、ＨＭＧＢ１は、ＤＮＡ屈曲を凸面表面から安定化し、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ＤＮＡ屈曲をその凹面表面から安定化する（Ｓａｎｃｈｅｚ－Ｇｉｒａｌｄｏ ｅｔ ａｌ．， Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ， ２０１５． ７１（Ｐｔ ７）： ｐ． １４２３－３２；およびＲｉｃｅ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ， １９９６． ８７（７）： ｐ． １２９５－３０６）。細胞内でのその並外れた機能的類似性を考慮し、また、ＨＭＧＢ１およびＤＮＡＢＩＩタンパク質は、細胞外でも見出されるので、細菌バイオフィルムのｅＤＮＡ依存性ＥＰＳ内のＨＭＧＢ１の相互作用が、本明細書でさらに開示される。

【0228】

細菌バイオフィルムの増殖における脊椎動物高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）のこれまで未知であった細胞外機能が、本明細書で説明および例示される。これらのタンパク質はアミノ酸配列同一性を共有していないにもかかわらず、宿主細胞内で、ＨＭＧＢ１は、遍在性のＤＮＡＢＩＩファミリーの細菌タンパク質と類似したＤＮＡアーキテクチャタンパク質として機能する。細胞外で、ＨＭＧＢ１は、炎症促進性免疫応答を誘導するが、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、細菌バイオフィルムを維持する細胞外ＤＮＡ依存性マトリックスを安定化する。理論に束縛されることは望まないが、両方のタンパク質が細菌バイオフィルム内のｅＤＮＡに向かう場合、ＨＭＧＢ１は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質とは異なり、強い炎症応答（これは単一の操作されたアミノ酸変化によって減弱された）の誘導にもかかわらず、２つの別個の動物モデルにおいて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ（高優先度ＥＳＫＡＰＥＥ病原体を含む）およびｉｎ ｖｉｖｏの両方で、バイオフィルムを破壊した。細胞外ＨＭＧＢ１が、バイオフィルム常在細菌の過剰な放出なしに、誘導された炎症の程度とバイオフィルム封じ込めとのバランスを取るモデルが、本明細書で提案された。

【0229】

ＤＮＡＢＩＩタンパク質と細胞外ＤＮＡとの結合を（例えば、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体を投与することによって）妨害し、ＨＭＧＢ１ポリペプチドを提供する間、驚くべき有益な効果、即ち、完全なバイオフィルム根絶が、例示および観察された。実施例１ならびに図１６Ｉおよび１６Ｊを参照されたい。ＨＭＧＢ１ポリペプチド単独または抗ＤＮＡＢＩＩ抗体単独の反復投与が、ＨＭＧＢ１ポリペプチドおよび抗ＤＮＡＢＩＩ抗体の組合せの単回の投与によって達成されるバイオフィルム低減レベルに到達しないことがさらに留意され、これは、相加的を上回る（即ち、相乗的）効果を示唆している。そのような観察は、本明細書で提案された機構と合致する。理論によって束縛されないが、そのような相乗作用は、他のＨＭＧＢポリペプチドおよび抗ＤＮＡ抗体、例えば、先端ポリペプチドまたは先端チャイマーポリペプチドに結合する抗体またはその断片の組合せについて予測される。^＊＊＊

【0230】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；および（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片、を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0231】

別の態様では、組成物または組合せ物は、（ａ）Ｃ４５Ｓの変異をさらに含むＨＭＧＢ１ポリペプチド；および（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0232】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはその断片；および（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物であって、ただし、（ｉ）組成物または組合せ物が、配列番号５１～５８のうちの１つもしくは複数、例えば、配列番号５２を含まない、または（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、組成物または組合せ物が提供される。

【0233】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはその断片；および（ｂ）抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるポリペプチドが提供される。

【0234】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはその断片；および（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるポリペプチドであって、ただし、（ｉ）ポリペプチドが、配列番号５１～５８のうちの１つもしくは複数、例えば、配列番号５２を含まない、または（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、ポリペプチドが提供される。

【0235】

一部の実施形態では、ポリペプチドは、（ａ）と（ｂ）との間に位置する切断可能なペプチドをさらに含む。

【0236】

さらなる態様では、本明細書で開示するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、またはこれと相補的なポリヌクレオチドが提供される。

【0237】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはその断片；および（ｂ）抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、あるいはこれと相補的なポリヌクレオチドが提供される。

【0238】

一態様では、（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはその断片；および（ｂ）ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端ドメインを特異的に認識しこれに結合する抗体またはその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチド、あるいはこれと相補的なポリヌクレオチドであって、ただし、（ｉ）ポリヌクレオチドが、配列番号５１～５８のうちの１つもしくは複数、例えば、配列番号５２をコードしない、または（ｉｉ）抗原結合断片が、Ｆａｂ、必要に応じて、ポリクローナル抗体のＦａｂを含まない、もしくは抗体が、ポリクローナル抗体を含まない、あるいは（ｉ）および（ｉｉ）の両方である、ポリヌクレオチドが提供される。

【0239】

一部の実施形態では、（ａ）および（ｂ）は、例えば、同じ調節配列（複数可）の指示の下で、１つの隣接ポリヌクレオチドによってコードされる。さらなる実施形態では、（ａ）および（ｂ）は、異なる調節配列の指示の下で、１つの隣接ポリヌクレオチドによってコードされる、即ち、ポリヌクレオチドは、バイシストロニックである。他の実施形態では、（ａ）および（ｂ）は、２つのポリヌクレオチドによってコードされる。

【0240】

一態様では、本明細書で開示するポリヌクレオチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるベクターが提供される。

【0241】

一態様では、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、または本明細書で開示するベクター、のうちの１つまたは複数を含む宿主細胞が提供される。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片；および抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片を分泌する。一部の実施形態では、宿主細胞は、例えば、宿主細胞を培養し、組成物もしくは組合せ物、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、またはベクターを収集することによって、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、または本明細書で開示するベクターを産生する際に使用される。

【0242】

一態様では、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物を産生する方法が提供される。この方法は、本明細書で開示するポリヌクレオチドを含む宿主細胞を培養すること、ならびに細胞培養物から、ＨＭＢＧ１ポリペプチドまたはその断片および抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片を単離するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにそれからなる。別の態様では、本明細書で開示するポリペプチドを産生する方法が提供される。この方法は、本明細書で開示するポリヌクレオチドを含む宿主細胞を培養することおよび細胞培養物からポリペプチドを単離するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはさらにそれからなる。一部の実施形態では、この方法は、ポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドを含むベクターを宿主細胞に導入することをさらに含む。

【0243】

一態様では、（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること、のうちの１つまたは複数のための方法が提供される。この方法は、対象に、
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0244】

一態様では、対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させるための方法、および必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、バイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、対象に、
（ａ）配列番号５１～５８のうちのいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列を含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド、またはそのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるその断片；および
（ｂ）本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を投与するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0245】

一態様では、（Ａ）ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｅｘ ｖｉｖｏにおいてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｂ）対象においてバイオフィルムの形成を予防すること、もしくはバイオフィルムを破壊すること、（Ｃ）対象において、バイオフィルムを産生する微生物感染症を阻害、予防もしくは処置すること、または（Ｄ）対象において、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置すること、のうちの１つまたは複数のための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0246】

一態様では、対象において、バイオフィルムに直接隣接した好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）の形成を誘導または増加させるための方法、および必要に応じて炎症促進応答を誘導することなしに、バイオフィルムを破壊するための方法が提供される。この方法は、対象に、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ただし、ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、配列番号５１～５８のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0247】

一部の実施形態では、この方法は、対象に、ＤＮアーゼ酵素、抗生剤、抗微生物剤、抗感染剤、抗真菌剤、抗寄生生物剤、抗ウイルス剤、またはＯＭＰ Ｐ５、ｒｓＰｉｌＡ、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２、もしくはＩＶ型Ｐｉｌｉｎを特異的に認識しこれに結合する抗体もしくはその抗原結合断片、のうちの１つまたは複数を投与することをさらに含む。

【0248】

一部の実施形態では、バイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態は、慢性非治癒性創傷、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ感染症、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．に起因する肺感染症、静脈性潰瘍、糖尿病性足部潰瘍、耳感染症、洞感染症、尿路感染症、胃腸管の病気、院内肺炎、人工呼吸器関連肺炎、外科的インプラント関連感染症、肺感染症、気道感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、留置デバイス関連感染症、植え込まれた補綴と関連付けられる感染症、骨髄炎、蜂巣炎、膿瘍、または歯周病のうちの１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0249】

一部の実施形態では、（ａ）の投与および（ｂ）の投与は、同時にまたは逐次的に行われる。その上またはあるいは、（ａ）および（ｂ）の投与は、少なくとも１回、少なくとも２回、少なくとも３回、またはそれよりも多くの回数反復される。

【0250】

投与ステップを必要に応じて含む、本明細書で開示する任意の方法（複数可）に関する一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、対象において、炎症促進性サイトカインのうちの１つまたは複数を低減させ、抗炎症性サイトカインのうちの１つまたは複数を増加させる。本明細書で開示する方法について、出願人は、本明細書で開示するＨＭＧＢ１断片が、翻訳後修飾されていないが、それにもかかわらずＤＮＡ結合活性を保持することを、予想外に見出している。理論によって束縛されないが、出願人は、改変されたＨＭＧＢ１断片が同様に機能すると考える。

【0251】

本明細書で開示する任意の態様（複数可）、任意の実施形態（複数可）および／または方法（複数可）に関する一部の態様では、本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片および本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片は、（例えば、薬学的に許容される担体を必要に応じてさらに含む同じ医薬組成物中で、および／または本明細書で開示する方法において、１つの組成物として同時に接触させる、もしくは投与することで）同じ組成物中で組み合わされ、この中に含有される。

【0252】

本明細書で開示する任意の態様（複数可）、任意の実施形態（複数可）および／または方法（複数可）に関する別の態様では、本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、第１の組成物（本明細書でＨＭＧＢ１組成物と呼ばれ、必要に応じて、薬学的に許容される担体を必要に応じてさらに含む医薬組成物）であり、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片は、第２のまたは別々の個別の組成物（本明細書で抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物と呼ばれ、別の医薬組成物であり得る）として提供される。さらなる態様では、ＨＭＧＢ１組成物および抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物の混合物は、本明細書で開示する方法において使用される本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片および抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片の両方を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる。一態様では、ＨＭＧＢ１組成物は、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物とは別々に（即ち、他方の非存在下で）、本明細書で開示する方法において接触または投与される。その上またはあるいは、ＨＭＧＢ１組成物は、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物と併せて（例えば、０．５時間以内に）、本明細書で開示する方法において接触または投与される。さらに別の態様では、ＨＭＧＢ１組成物は、それらの間にタイプギャップありまたはなしに、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物と順次、本明細書で開示する方法において接触または投与される。そのようなギャップは、０．５時間、１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、１．５週間、２週間またはそれよりも長い時間から必要に応じて選択されるがこれらに限定されない、数分間～数週間であり得る。その上またはあるいは、ＨＭＧＢ１組成物および抗ＤＮＡＢＩＩ抗体組成物は、同じ投与経路で、例えば、静脈内で、または異なる投与経路で、本明細書で開示する方法において投与され得る。さらなる態様では、組成物は、意図した投与経路（複数可）に好適である、例えば、好適なｐＨを有する。理論に束縛されることは望まないが、一実施形態では、そのような組成物（複数可）、医薬組成物（複数可）、および／または薬学的に許容される担体（複数可）は、ＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片および／または抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片を安定化し、ならびに／あるいはＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片および／または抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片の分解を予防する。

【0253】

本明細書で開示する方法に関する一部の態様では、この方法は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドに結合する抗体またはその抗体の抗原結合断片を、バイオフィルムを含有すると疑われる試料と接触させること、およびバイオフィルムと抗体またはその断片との結合を検出することによって、バイオフィルムを検出することをさらに含む。一態様では、検出抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域に結合する。別の態様では、検出抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域に結合する。

【0254】

本明細書で説明される組成物または方法の使用のために対象をスクリーニングするための方法もまた提供される。このスクリーニング方法は、本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体、抗ＤＮＡＢＩＩポリペプチド、またはその抗体の抗原結合断片を、バイオフィルムを含む、対象から単離された生体試料と接触させること、および抗体またはその抗原結合断片の、試料中のいずれかのバイオフィルムへの結合を検出するステップを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一態様では、抗体の抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、またはＦｖの群から選択される。その上またはあるいは、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に特異的に結合する。一態様では、ＤＮＡＢＩＩペプチドは、ＩＨＦペプチドである。一態様では、スクリーニング抗体または抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域に結合する。別の態様では、スクリーニング抗体または抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域に結合する。

【0255】

一態様では、本明細書で開示する方法における使用のためのキットが提供される。このキットは、使用のための指示と、本明細書で開示する組成物もしくは組合せ物、本明細書で開示するポリペプチド、本明細書で開示するポリヌクレオチド（例えば、本明細書で開示するポリヌクレオチド）、本明細書で開示するベクター、または本明細書で開示する宿主細胞、のうちの１つまたは複数とを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0256】

ＨＭＧＢ組成物
一部の実施形態では、ＨＭＧＢは、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である。一部の実施形態では、ＨＭＧＢポリペプチドは、本明細書で使用される場合、本明細書で開示するＨＭＧボックスドメイン（例えば、ＨＭＧＢ１、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３またはＨＭＧＢ４）、または変異した改変された高移動度群ボックスドメイン（例えば、ｍＨＭＧＢ１、ｍＨＭＧＢ２、ｍＨＭＧＢ３またはｍＨＭＧＢ４）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＭＧＢポリペプチドは、配列番号５１～５８、６８～７４、８４～９０または１００～１１４のうちのいずれか１つまたは複数を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0257】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１は、本明細書で開示するＨＭＧＢ２、またはＨＭＧＢ３、またはＨＭＧＢ４、または別の等価物によって置換される。

【0258】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における変異の群から選択される１つまたは複数の変異をさらに含む。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドのＡボックスは、Ｋ１２、Ｃ２３、またはＣ４５における変異の群から選択される１つまたは複数の変異をさらに含む。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスは、Ｃ１０６またはＫ１１４における１つの変異または両方の変異をさらに含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の変異は、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異である。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異をさらに含む。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドは、Ｃ４５Ｓの変異をさらに含む。さらなる実施形態では、ＨＭＧＢポリペプチドは、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３もしくはＨＭＧＢ４、またはＫ１２、Ｃ２３、もしくはＣ４５における改変されたＨＭＧＢ１に対応する位置において、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンもしくはスレオニンへの変異を有する改変されたバージョンである。その上またはあるいは、変異体ＨＭＧＢ（ｍＨＭＧＢ）は、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓに対応する位置において１つまたは複数の変異を含む。さらなる態様では、ポリペプチドは、対応するＣ４５Ｓにおいて変異をさらに含む。

【0259】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数は、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における変異の群から選択される。さらなる態様では、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数は、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４におけるセリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択される。その上またはあるいは、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）は、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含む。さらなる実施形態では、ＨＭＧＢポリペプチドは、ＨＭＧＢ２、ＨＭＧＢ３もしくはＨＭＧＢ４、またはＫ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６もしくはＫ１１４における改変されたＨＭＧＢ１に対応する位置において、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンもしくはスレオニンへの変異を有する改変されたバージョンである。その上またはあるいは、変異体ＨＭＧＢ（ｍＨＭＧＢ）は、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓに対応する位置において１つまたは複数の変異を含む。

【0260】

一部の実施形態では、ＨＭＧＢポリペプチド、例えば、ＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片は、そのＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＭＧＢ１ポリペプチドの断片またはＨＭＧＢ１ポリペプチドは、本明細書で開示するＢボックスポリペプチドまたは本明細書で開示するＡボックスポリペプチドまたは本明細書で開示するＡ
Ｂボックスポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0261】

抗体組成物
一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、本明細書で使用される場合、重鎖（ＨＣ）可変ドメイン配列および軽鎖（ＬＣ）可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、重鎖および軽鎖免疫グロブリン可変ドメイン配列は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質のエピトープに結合する抗原結合性部位を形成する。ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチド（例えば、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域もしくは先端チャイマー、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域；ならびに／あるいはＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部領域）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに結合する。

【0262】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（即ち、先端ドメイン）または先端チャイマーに結合する。一態様では、ＤＮＡＢＩＩペプチドは、ＩＨＦペプチドである。一部の実施形態では、先端ドメインは、ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ（配列番号３１）；ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ（配列番号３２）；

【化17】

（式中、「Ｘ」は、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３８）；

【化18】

（式中、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸である）（配列番号３９）；または

【化19】

から選択される１つまたは複数のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0263】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0264】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、ＨＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号１、配列番号２、または配列番号３のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のいずれか１つのアミノ酸２１～１３２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメインおよびＬＣ免疫グロブリン可変ドメインを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、ＨＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号１、配列番号２、または配列番号３のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号７、配列番号８、または配列番号９のいずれか１つのアミノ酸２１～１３２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、ＨＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号７のアミノ酸２１～１３２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、ＨＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号８のアミノ酸２１～１３２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、ＨＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号１のいずれか１つのアミノ酸２５～１４４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、ＬＣ免疫グロブリン可変ドメインは、配列番号９のアミノ酸２１～１３２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0265】

一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域、またはＩｇＭ定常領域から必要に応じて選択される定常領域を含む。

【0266】

一部の実施形態では、その抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、またはＦｖを含む。

【0267】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、修飾されている。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ペグ化、ポリシアリル化、ＨＥＳ化（ＨＥＳｙｌａｔｉｏｎ）またはグリコシル化から選択されるプロセスによって修飾されている。

【0268】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、モノクローナル抗体、またはモノクローナル抗体の抗原結合断片である。

【0269】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ヒト化またはヒトフレームワークを含む。

【0270】

一部の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、哺乳動物に由来する。さらなる実施形態では、抗体または抗原結合断片は、非ヒト哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ブタ、ウシ、ウサギ、ヤギ、ニワトリ、ウマ、イヌ、ネコまたはラマに由来する。他の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ヒトに由来する。さらに他の実施形態では、抗体または抗原結合断片は、ヒト化されている。抗体または抗原結合断片の非限定的な例は、米国特許第８，９９９，２９１号、同第９，７４５，３６６号、同第１０，９４０，２０４号；米国特許出願公開第２０１６－０１７５４４０号、同第２０１８－０３０３９００号、同第２０１９－０３３８０１８号、同第２０１９－０３３７９９６号、同第２０２０－０１９０１７０号および同第２０２１－０１３９５５１号；ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ２０２１／００７２６０中で見出すことができる。

【0271】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ１４４の群から選択される配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0272】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または配列番号７～９、１４、または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ４７３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0273】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６の群から選択される配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択される配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0274】

一部の実施形態では、、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６の群から選択される配列、またはその各々の等価物のいずれか１つまたはいずれか２つまたは３つ全てのＣＤＲ；および／または配列番号７～１２、１４、２５または２７の群から選択される配列、またはその各々の等価物のいずれか１つまたはいずれか２つまたは３つ全てのＣＤＲを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0275】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３、２４または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択される配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択される配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択される配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択される配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0276】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはあるいはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0277】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のいずれか１つのアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のいずれか１つのアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６のいずれか１つのアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0278】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0279】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメインを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含む軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、もしくはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0280】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0281】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0282】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むかまたはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列、またはその等価物を含む軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0283】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列および配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0284】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0285】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0286】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。

【0287】

一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0288】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0289】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号２５のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦまたはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩが挙げられるが、これらに限定されない）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに結合する。なおさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のアミノ酸配列、またはそれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0290】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および配列番号２７のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部領域（ＩＨＦまたはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩが挙げられるが、これらに限定されない）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに結合する。なおさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0291】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号２５のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0292】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号２６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および配列番号２７のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。また別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）、および／または配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0293】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～３もしくは２４の群から選択される配列のいずれか１つもしくはいずれか２つもしくは３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物、および／または配列番号７～９もしくは２５の群から選択される配列のいずれか１つもしくはいずれか２つもしくは３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～３もしくは２４の群から選択される配列の３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物、および／または配列番号７～９もしくは２５の群から選択される配列の３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0294】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４～６もしくは２６の群から選択される配列のいずれか１つもしくはいずれか２つもしくは３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物、および／または配列番号１０～１２もしくは２７の群から選択される配列のいずれか１つもしくはいずれか２つもしくは３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩに結合する。またさらなる実施形態では、断片は抗原結合断片である。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４～６もしくは２６の群から選択される配列の３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物、および／または配列番号１０～１２もしくは２７の群から選択される配列の３つ全てのＣＤＲもしくはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる。

【0295】

ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体またはその抗原結合断片は、１つまたは複数のシグナルペプチドをさらに含む。一実施形態では、シグナルペプチドは、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのアミノ酸（ａａ）１～ａａ２４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の実施形態では、シグナルペプチドは、配列番号７～１２、１４、２５および２７のいずれか１つのａａ１～ａａ２０を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、シグナルペプチドは、軽鎖可変領域のアミノ末端に位置する。その上またはあるいは、同じシグナルペプチドまたは異なるシグナルペプチドは、重鎖可変領域のアミノ末端に位置する。

【0296】

本明細書に提供される抗体またはその抗原結合断片は、単一特異性または二特異性であってもよい。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、三特異性、または四特異性、または五特異性である。その上またはあるいは、抗体は、ＩｇＡ（例えば、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４）、またはＩｇＭ抗体の群から選択される。一実施形態では、抗体は、ＩｇＡ定常領域（例えば、ＩｇＡ１定常領域またはＩｇＡ２定常領域）、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域（例えば、ＩｇＧ１定常領域、ＩｇＧ２定常領域、ＩｇＧ３定常領域、またはＩｇＧ４定常領域）またはＩｇＭ定常領域の群から選択される定常領域をさらに含む。

【0297】

ある特定の実施形態では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（約８０％～１００％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％を含む）のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。その上またはあるいは、アミノ酸配列に対する等価物は、アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、アミノ酸配列に対する等価物は、そのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％（約８０％～１００％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％を含む）の同一性であるポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、アミノ酸配列（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片、または非限定的に、配列番号１３、２４もしくは２６の２５～ａａ１４４、配列番号１４もしくは２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６、配列番号１３、２４もしくは２６のａａ２５～ａａ４７３、配列番号１４もしくは２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号２７のａａ２１～ａａ２３３を含む本明細書に開示される配列番号１～１４および２４～２６のいずれか１つもしくは複数またはその断片）に対する等価物は、そのアミノ酸配列のうちの１つもしくは複数または全てのＣＤＲを含むポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。その上またはあるいは、ポリペプチドは、アミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（約８０％～１００％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％を含む）のアミノ酸同一性である。

【0298】

ある特定の実施形態では、アミノ酸配列に対する等価物、例えば、抗体、その抗原結合断片、その相補性決定領域（ＣＤＲ）、またはＣＤＲ含有ポリペプチドは、ＣＤＲにおけるアミノ酸配列に対するアミノ酸の相違を欠く。しかし、アミノ酸配列に対する等価物、例えば、抗体、その抗原結合断片、そのＣＤＲまたはＣＤＲ含有ポリペプチドは、非ＣＤＲ領域におけるアミノ酸配列と比較したアミノ酸の相違のうちの１つまたは複数（例えば、非限定的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５）を含むが、但し、ＣＤＲの三次元配列および／またはＣＤＲが保持されることを条件とする。ある特定の実施形態では、アミノ酸配列に対して等価なポリペプチド、例えば、抗体、その抗原結合断片、そのＣＤＲまたはＣＤＲ含有ポリペプチドは、アミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（約８０～１００％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％を含む）のアミノ酸同一性であるが、但し、ＣＤＲの三次元配列および／またはＣＤＲが保持されることを条件とする。

【0299】

このような非ＣＤＲ領域の非限定的な例には、フレームワーク領域（ＦＲ）、定常領域、Ｆｃ領域、ｐＦｃ’領域、定常重鎖（ＣＨ）ドメイン（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３またはＣＨ４）、定常軽鎖（ＣＬ）ドメイン、またはヒンジ領域が含まれる。一実施形態では、このようなアミノ酸の相違は、保存的アミノ酸置換であってもよく、および／または抗体、その抗原結合断片、そのＣＤＲもしくはＣＤＲ含有ポリペプチドの三次元配列を変化させない。別の実施形態では、等価物は、ＣＤＲの境界内、例えば、ＣＤＲのアミノ末端、カルボキシ末端またはその両方の１つまたは２つのアミノ酸に保存的アミノ酸置換を含んでもよい。

【0300】

一態様では、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片のＣＤＲのうちの１つまたは複数（例えば、いずれか１、または２、または３、または４、または５、または６個のＣＤＲ）が提供される。一実施形態では、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片のＣＤＲのうちの１つまたは複数（例えば、いずれか１、または２、または３、または４、または５、または６個のＣＤＲ）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるＣＤＲのセットが提供される。一実施形態では、本明細書に開示される可変領域のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるＣＤＲのセットが提供される。さらなる実施形態では、本明細書に開示される可変領域のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるＣＤＲのセットが提供される。またさらなる実施形態では、本明細書に開示される可変領域のＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３、ならびに本明細書に開示される別の可変領域のＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるＣＤＲのセットが提供される。ある特定の実施形態では、ＣＤＲのセットはパラトープを構成する。その上またはあるいは、ＣＤＲのセットは、ＤＮＡＢＩＩペプチド（例えば、非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む先端領域および／または尾部領域）に特異的に結合する。さらなる実施形態では、本明細書に開示されるいずれか１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体、その抗原結合断片、またはその各々の等価物が提供される。またさらなる実施形態では、本明細書に開示されるＣＤＲのセットを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体、その抗原結合断片、またはその各々の等価物が提供される。

【0301】

ある特定の実施形態では、配列番号１～１３のＣＤＲが以下の表に例示される。ある特定の実施形態では、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのＣＤＲＨ１は、それぞれ、配列番号１～６、１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）５０～ａａ５７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのＣＤＲＨ２は、それぞれ、配列番号１～６、１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）７５～ａａ８２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つのＣＤＲＨ３は、それぞれ、配列番号１～６、１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）１２１～ａａ１３３を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのＣＤＲＬ１は、それぞれ、配列番号７～９、１４または２５のアミノ酸（ａａ）４７～ａａ５７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのＣＤＲＬ２は、それぞれ、配列番号７～９、１４または２５のアミノ酸（ａａ）７５～ａａ７７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９、１４または２５のいずれか１つのＣＤＲＬ３は、それぞれ、配列番号７～９、１４または２５のアミノ酸（ａａ）１１４～ａａ１２２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２または２７のいずれか１つのＣＤＲＬ１は、それぞれ、配列番号１０～１２または２７のアミノ酸（ａａ）４７～ａａ５２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２または２７のいずれか１つのＣＤＲＬ２は、それぞれ、配列番号１０～１２または２７のアミノ酸（ａａ）７０～ａａ７２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２または２７のいずれか１つのＣＤＲＬ３は、それぞれ、配列番号１０～１２または２７のアミノ酸（ａａ）１０９～ａａ１１６を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【表1-1】

【表1-2】

【表1-3】

【0302】

ある特定の実施形態では、以下の２つの表において特定される通りのＣＤＲが提供される。

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表2-4】

【表2-5】

【表2-6】

【表2-7】

【表2-8】

【表2-9】

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【表3-4】

【表3-5】

【表3-6】

【表3-7】

【表3-8】

【表3-9】

【0303】

ある特定の実施形態では、対応する可変領域配列において、そのアミノ末端、またはカルボキシ末端またはその両方に、追加の１つのアミノ酸、またはあるいは２つのアミノ酸、またはあるいは３つのアミノ酸、またはあるいは４つのアミノ酸、またはあるいは５つのアミノ酸、またはあるいは６つのアミノ酸、またはあるいは７つのアミノ酸、またはあるいは８つのアミノ酸をさらに含む、本明細書で特定されたＣＤＲである代替のＣＤＲが提供される。その上またはあるいは、対応する可変領域配列において、そのアミノ末端、またはカルボキシ末端またはその両方で切断された１つのアミノ酸、またはあるいは２つのアミノ酸、またはあるいは３つのアミノ酸、またはあるいは４つのアミノ酸、またはあるいは５つのアミノ酸、またはあるいは６つのアミノ酸、またはあるいは７つのアミノ酸、またはあるいは８つのアミノ酸を有する、本明細書で特定されたＣＤＲである代替のＣＤＲが提供される。例えば、配列番号１のＣＤＲ１は、配列番号１のアミノ酸５０～アミノ酸５７であってもよい。しかし、配列番号１のＣＤＲ１は、配列番号１のアミノ酸４２、または４３、または４４、または４５、または４６、または４７、または４８、または４９、または５０、または５１、または５２、または５３、または５４、または５５、または５６、または５７、または５８から開始することもできる。さらに、配列番号１のＣＤＲ１は、ＣＤＲ１がその開始後に終止することを条件として、配列番号１のアミノ酸４９、または５０、または５１、または５２、または５３、または５４、または５５、または５６、または５７、または５８、または５９、または６０、または６１、または６２、または６３、または６４、または６５で終止する。その上またはあるいは、ＣＤＲは、約１、またはあるいは約２、またはあるいは約３、またはあるいは約４、またはあるいは約５、またはあるいは約６、またはあるいは約７、またはあるいは約８、またはあるいは約９、またはあるいは約１０、またはあるいは約１１、またはあるいは約１２、またはあるいは約１３、またはあるいは約１４、またはあるいは約１５アミノ酸長である。

【0304】

ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸７１～アミノ酸８５を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸１２１～アミノ酸１３３を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸７１～アミノ酸８１を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸１１４～アミノ酸１２１を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸６６～アミノ酸７６を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸１０９～アミノ酸１１５を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0305】

ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸５０～アミノ酸５７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸７５～アミノ酸８２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸１２１および１２２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸４７～アミノ酸５７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸７５～アミノ酸７７を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸１１４および１２０を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸４７～アミノ酸５２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸７０～アミノ酸７２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸１０９および１１０を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0306】

ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸４７～アミノ酸５９を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１～６のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１～６の各々のアミノ酸７４～アミノ酸８３を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸４４～アミノ酸５９を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸７４～アミノ酸８１を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号７～９のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号７～９の各々のアミノ酸１１４および１２２を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ１は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸４４～アミノ酸５４を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ２は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸７９～アミノ酸７６を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、配列番号１０～１２のいずれか１つのＣＤＲ３は、それぞれ、配列番号１０～１２の各々のアミノ酸１０９および１１６を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0307】

一態様では、本明細書に開示される抗体もしくはその抗原結合断片の可変領域、および／またはその可変領域の等価物のうちの１つもしくは複数のうちの１つまたは複数が提供される。さらなる実施形態では、本明細書に開示される可変領域および／またはその可変領域の等価物のうちの１つもしくは複数のうちのいずれか１つまたはいずれか２つまたはそれより多くを含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体、その抗原結合断片、またはその各々の等価物が提供される。その上またはあるいは、可変領域のうちの１つまたは複数は、ＤＮＡＢＩＩペプチド（例えば、非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む先端領域および／または尾部領域）に特異的に結合する。ある特定の実施形態では、可変領域は、以下の：配列番号１～６、１３、２４および２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ１４４、配列番号７～９、１４および２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６、配列番号１～６、１３、２４および２６のアミノ酸２４～アミノ酸１４４、配列番号７～１２、１４、２５および２７のアミノ酸２０～アミノ酸１３２、配列番号７～１２、１４、２５および２７のアミノ酸２０～アミノ酸１２６から選択される。

【0308】

さらなる実施形態では、可変領域またはその等価物は、本明細書に提供される配列番号が対応する配列において、そのアミノ末端、またはカルボキシ末端またはその両方に、追加の１つのアミノ酸、またはあるいは２つのアミノ酸、またはあるいは３つのアミノ酸、またはあるいは４つのアミノ酸、またはあるいは５つのアミノ酸、またはあるいは６つのアミノ酸、またはあるいは７つのアミノ酸、またはあるいは８つのアミノ酸をさらに有する、本明細書に開示される可変領域である。その上またはあるいは、可変領域またはその等価物は、本明細書に提供される配列番号が対応する配列において、そのアミノ末端、またはカルボキシ末端またはその両方で切断された、１つのアミノ酸、またはあるいは２つのアミノ酸、またはあるいは３つのアミノ酸、またはあるいは４つのアミノ酸、またはあるいは５つのアミノ酸、またはあるいは６つのアミノ酸、またはあるいは７つのアミノ酸、またはあるいは８つのアミノ酸を有する、本明細書に開示される可変領域である。例えば、配列番号１の可変領域は、配列番号１のアミノ酸５０～アミノ酸５７であってもよい。しかし、配列番号１のアミノ酸２４～アミノ酸１４４からなる可変領域に関する可変領域またはその等価物はまた、配列番号１のアミノ酸１６、または１７、または１８、または１９、または２０、または２１、または２２、または２３、または２４、または２５、または２６、または２７、または２８、または２９、または３０、または３１、または３２から開始し得る。さらに、配列番号１のアミノ酸２４～アミノ酸１４４からなる可変領域に関する可変領域またはその等価物は、可変領域がその開始後に終止することを条件として、配列番号１のアミノ酸１３６、または１３７、または１３８、または１３９、または１４０、または１４１、または１４２、または１４３、または１４４、または１４５、または１４６、または１４７、または１４８、または１４９、または１５０、または１５１、または１５２で終止し得る。その上またはあるいは、可変領域は、約９０アミノ酸長～約２００アミノ酸長、例えば、約１００アミノ酸長、またはあるいは約１１０アミノ酸長、またはあるいは約１２０アミノ酸長、またはあるいは約１３０アミノ酸長、またはあるいは約１４０アミノ酸長、またはあるいは約１５０アミノ酸長、またはあるいは約１６０アミノ酸長、またはあるいは約１７０アミノ酸長、またはあるいは約１８０アミノ酸長、またはあるいは約１９０アミノ酸長、またはあるいは約２００アミノ酸長である。

【0309】

その上またはあるいは、抗体またはその抗原結合断片に対する等価物は、可変ドメイン以外の領域（本明細書で非ＶＨ領域と称される）における抗体またはその抗原結合断片と比較して、アミノ酸の相違のうちの１つまたは複数（例えば、非限定的に、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５個）を含む。このような非ＶＨ領域には、非限定的に、定常領域、Ｆｃ領域、ｐＦｃ’領域、定常重鎖（ＣＨ）ドメイン（例えば、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３またはＣＨ４）、定常軽鎖（ＣＬ）ドメイン、またはヒンジ領域が含まれる。本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、またはその各々の等価物が、非ＶＨ領域においてさらに改変され（例えば、重鎖の軽鎖とのアセンブリーを増加させるため、検出可能なマーカーもしくは薬物または精製マーカーもしくは薬物に直接的または間接的にコンジュゲートするため、相補物の活性化を増加または低下させるため、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）を増強または低減させるため、あるいは免疫細胞の活性化および動員を増加または減少させるため）、さらなる等価物を提供できることが、当業者によって理解されるであろう。

【0310】

ある特定の実施形態では、等価物は、アミノ末端もしくはカルボキシ末端のいずれかに、またはその両方に、最大５０、またはあるいは最大３０、またはあるいは最大２５、またはあるいは最大２０、またはあるいは最大１５、またはあるいは最大１０、またはあるいは最大５個のランダムなアミノ酸をさらに含む。ある特定の実施形態では、アミノ酸配列の等価物は、アミノ末端もしくはカルボキシ末端またはその両方で切断されたアミノ酸配列、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０または２５個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。このような付加および切断は、ＣＤＲの三次元配列および／または抗体、その抗原結合断片、そのＣＤＲもしくはＣＤＲ含有ペプチドの三次元配列を変化させなくてもよい。

【0311】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は軽鎖および重鎖を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、さらに必要に応じて軽鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、抗体またはその抗原結合断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含み、さらに必要に応じて重鎖は、配列番号１～６、１３、２４または２６のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、抗体またはその抗原結合断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含む。

【0312】

一態様では、ＣＤＲＨ１は、ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＨ１は、ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＫである（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0313】

追加的にまたは代替的に、一態様では、ＣＤＲＨ２は、ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＨ２は、ＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の態様では、ＣＤＲＨ２は、ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる態様では、ＣＤＲＨ２は、ＷＶＡＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹＹＰ（配列番号１または２または３または２４のａａ７１～ａａ８５）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0314】

追加的にまたは代替的に、ＣＤＲＬ１は、ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0315】

追加的にまたは代替的に、一態様では、ＣＤＲＬ２は、ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＬ２は、ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なお別の態様では、ＣＤＲＬ２は、ＬＶＳＫｌＤＳＧ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８２）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる態様では、ＣＤＲＬ２は、ＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８３）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８３）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。なおさらなる態様では、ＣＤＲＬ２は、ＲＬＩＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶＰＤ（配列番号２５のａａ７１～ａａ８５）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７１～ａａ８５）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７１～ａａ８５）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0316】

追加的にまたは代替的に、一態様では、ＣＤＲＬ３は、ＷＱＧＴＨＦＰＹ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２１）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＬ３は、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0317】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0318】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0319】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＫである（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0320】

別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0321】

なお別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0322】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0323】

別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0324】

なお別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0325】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７４～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0326】

別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）；
（ｖ）ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0327】

なお別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７５～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0328】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0329】

別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７５～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0330】

なお別の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0331】

追加的に、
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（すなわち、変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であって、必要に応じてＨＭＧＢ、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスまたはＡボックスまたは両方（例えば、ＡＢボックス）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる断片であり、必要に応じてＨＭＧＢポリペプチドまたはＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片は、単離されているか、または操作されているか、または両方である、ＨＭＧＢポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその抗原結合断片
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる組成物または組合せ物が提供される。

【0332】

一態様では、ＣＤＲＨ１は、ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＨ１は、ａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号：２６のａａ４７～ａａ５９）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＴである（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0333】

追加的にまたは代替的に、一態様では、ＣＤＲＨ２は、ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＨ２は、ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0334】

追加的にまたは代替的に、ＣＤＲＨ３は、ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0335】

追加的にまたは代替的に、ＣＤＲＬ１は、ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0336】

追加的にまたは代替的に、一態様では、ＣＤＲＬ２は、ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＣＤＲＬ２は、ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0337】

追加的にまたは代替的に、ＣＤＲＬ３は、ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0338】

一態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0339】

別の態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0340】

なお別の態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号：２６のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＴである（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0341】

一態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0342】

別の態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＴＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0343】

なお別の態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0344】

一態様では、組成物または組合せ物は、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）配列ＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0345】

ある特定の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の群から選択される配列のＣＤＲ１～３；および／または
（ｉｉ）配列番号７～１２、１４、２５もしくは２７の群から選択される配列のＣＤＲ１～３
を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0346】

一部の態様では、抗体は、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、または五重特異性抗体の群から選択される。

【0347】

一部の態様では、抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ抗体の群から選択される。

【0348】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域またはＩｇＭ定常領域の群から選択される定常領域をさらに含む。さらなる態様では、定常領域は、ＩｇＧ１定常領域である。またさらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の重鎖（ＨＣ）定常領域、および／または配列番号７～１２、１４、２５もしくは２７の軽鎖（ＬＣ）定常領域をさらに含む。一態様では、ＨＣ定常領域は、配列番号１～６、１３、２４または２６の定常領域（必要に応じて、配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ１４５～ａａ４７３から選択される配列）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＨＣ定常領域は、配列番号１５～２２のうちのいずれか１つの定常領域を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一態様では、ＬＣ定常領域は、配列番号７～１２または２７の定常領域（必要に応じて、配列番号７～９、１４もしくは２５のａａ１３３～ａａ２３９、および／または配列番号１０～１２もしくは２７のａａ１２７～ａａ２３３から選択される配列）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。別の態様では、ＬＣ定常領域は、配列番号２３の定常領域を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0349】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩへの結合について競合する。一態様では、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩは、ＲＰＧＲＮＰＸ１ＴＧＤＶＶＰＶＳＡＲＲＶＶ－Ｘ－ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＸ１ＴＧＤＳＶ（配列番号３８）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、式中、「Ｘ」は、必要に応じて、１アミノ酸～２０アミノ酸の間を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ１」は、いずれかのアミノ酸であるか、またはあるいは「Ｘ１」は、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、ＳもしくはＴから選択される。さらなる態様では、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩは、ＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶＰＶＳＡＲＲＶＶ－Ｘ－ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶ（配列番号３９）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、式中、「Ｘ」は、必要に応じて、１アミノ酸～２０アミノ酸の間を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、必要に応じたアミノ酸リンカー配列である。またさらなる態様では、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩは、

【化20】

を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0350】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩへの結合について競合する。一態様では、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩは、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦ－Ｘ－ＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号４１）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、式中、「Ｘ」は、必要に応じて、１アミノ酸～２０アミノ酸の間を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、必要に応じたアミノ酸リンカー配列である。さらなる態様では、尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩは、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦＧＰＳＬＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号５０）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0351】

一部の態様では、アミノ酸リンカーは、ＧＧＳＧＧＳ（配列番号４２）、ＧＰＳＬＫＬ（配列番号４３）、ＧＧＧ（配列番号４４）、ＧＰＳＬ（配列番号４５）、ＧＰＳ（配列番号４６）、ＰＳＬＫ（配列番号４７）、ＧＰＳＬＫ（配列番号４８）、またはＳＬＫＬ（配列番号４９）の群から選択される。

【0352】

一部の態様では、抗体は、ポリクローナル、モノクローナルまたはヒト化抗体の群から選択される。

【0353】

一部の態様では、断片は、抗原結合断片である。さらなる態様では、抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、またはＦｖの群から選択される。

【0354】

一部の態様では、ＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片、または抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片のいずれかまたは両方は、検出可能なマーカーまたは精製マーカーをさらに含む。

【0355】

ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、ＶＨのアミノ末端および／またはＶＬのアミノ末端において、シグナルペプチドを含む。一実施形態では、ＶＨシグナルペプチドは、ＶＬシグナルペプチドとは異なる。別の実施形態では、ＶＨシグナルペプチドは、ＶＬシグナルペプチドと比較して同じである。さらなる実施形態では、シグナルペプチドは、配列番号１のアミノ酸１～２４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、シグナルペプチドは、配列番号７のアミノ酸１～２０のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片に対する等価物は、抗体のシグナルペプチド（複数可）とは異なるシグナルペプチドを含み、ただし、等価物のシグナルペプチドは、抗体のシグナルペプチド（複数可）と同じ細胞場所へと、ＶＨおよび／またはＶＬを指向させる。

【0356】

ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片に対する等価物は、抗体または抗原結合断片の機能的活性の少なくとも５０％（例えば、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％）を保持するか、またはそのうちの１つまたは複数を改善する。このような機能的活性には、非限定的に、ＤＮＡＢＩＩペプチド（例えば、非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む先端領域および／または尾部領域）に対する結合特異性、結合アビディティーおよび／または親和性が含まれ、ｉｎ ｖｉｖｏもしくはｉｎ ｖｉｔｒｏでのバイオフィルムの形成を予防するか、またはｉｎ ｖｉｖｏもしくはｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムを破壊する。このような機能的活性を定量する方法は、実施例において例証される。

【0357】

さらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片と、エピトープへの結合について競合する。抗体またはその抗原結合断片は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体および／またはヒト化抗体またはその抗原結合断片であってもよい。

【0358】

一態様では、抗体は、二特異性抗体または三特異性、四特異性もしくは五特異性抗体である。さらなる態様では、抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧまたはＩｇＭ抗体である。別の態様では、抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧまたはＩｇＭ定常領域から選択される定常領域をさらに含む。具体的態様では、定常領域は、ＩｇＧ１定常領域である。別の態様では、抗体は、本明細書に開示される抗体と、エピトープへの結合について競合する。これらは、従来の技法、例えば競合的ＥＬＩＳＡを使用して同定することができる。

【0359】

本明細書に開示される抗体は、ポリクローナル、モノクローナルまたはヒト化であってもよい。一態様では、抗体は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの「先端」領域、例えばＨＵまたはＩＨＦ（例えば、ＩｈｆＡおよびＩｈｆＢ）に結合する。さらなる態様では、抗体は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの「尾部」領域、例えば、ＨＵまたはＩＨＦ（例えば、ＩｈｆＡおよびＩｈｆＢ）に結合する。上記のように、本開示は抗原結合断片を提供する。抗原結合断片は、当業者に公知の従来の技法を使用して調製することができる、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖまたはＦｖのいずれか１つである。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体またはその抗原結合断片は、可溶性Ｆａｂである。別の態様では、本開示は、本明細書に開示される抗体のＦａｂ断片であって、抗体またはその抗原結合断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に特異的に結合する、Ｆａｂ断片を提供する。本開示の一態様では、ＤＮＡＢＩＩは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドである。具体的態様では、ＤＮＡＢＩＩはＩＨＦペプチドである。

【0360】

上記のように、本開示は、抗体および抗原結合断片に対する等価物を提供する。等価物は、ポリペプチドと少なくとも８０％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド、またはそのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含み得る。

【0361】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、５００ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは２５０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは２００ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは１５０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは１００ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは９０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは８０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは７０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは６５ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは６０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは５５ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは５０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは４５ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは４０ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは３５ｎｇ／ｍＬ未満、またはあるいは３０ｎｇ／ｍＬ未満の半数最大有効濃度（ＥＣ_５０）で、ＤＮＡＢＩＩタンパク質（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。さらなる実施形態では、このようなＥＣ_５０は、実施例において示したＥＬＩＳＡ方法を使用して決定される。

【0362】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、１０^－４Ｍ、１０^－５Ｍ、１０^－６Ｍ、１０^－７Ｍ、１０^－８Ｍ、１０^－９Ｍ、１０^－１０Ｍ、１０^－１１Ｍ、または１０^－１２Ｍ未満の平衡定数Ｋ_Ｄで、ＤＮＡＢＩＩタンパク質（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、１０００ｎＭ未満、またはあるいは９００ｎＭ未満、またはあるいは８００ｎＭ未満、またはあるいは７００ｎＭ未満、またはあるいは６００ｎＭ未満、またはあるいは５００ｎＭ未満、またはあるいは４００ｎＭ未満、またはあるいは３００ｎＭ未満、またはあるいは２００ｎＭ未満、またはあるいは１００ｎＭ未満、またはあるいは９０ｎＭ未満、またはあるいは８０ｎＭ未満、またはあるいは７０ｎＭ未満、またはあるいは６０ｎＭ未満、またはあるいは５０ｎＭ未満、またはあるいは４０ｎＭ未満、またはあるいは３０ｎＭ未満、またはあるいは２０ｎＭ未満、またはあるいは１５ｎＭ未満、またはあるいは１０ｎＭ未満、またはあるいは９ｎＭ未満、またはあるいは８ｎＭ未満、またはあるいは７ｎＭ未満、またはあるいは６ｎＭ未満、またはあるいは５ｎＭ未満、またはあるいは４ｎＭ未満、またはあるいは３ｎＭ未満、またはあるいは２ｎＭ未満、またはあるいは１ｎＭ未満のＫ_Ｄで、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に結合する。一実施形態では、このようなＫ_Ｄは、実施例に示される表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）方法を使用して決定される。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗原結合性部位は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に特異的に結合する。

【0363】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、１．０Ｅ－０２ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０３ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０４ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０５ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０５ｓ^－１未満のＫ_ｏｆｆで、ＤＮＡＢＩＩタンパク質（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、このようなＫ_ｏｆｆは、実施例に示される表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）方法を使用して決定される。

【0364】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、９．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０２Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０３Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０４Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは９．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは８．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは７．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは６．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは５．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは４．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは３．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは２．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満、またはあるいは１．０Ｅ－０５Ｍ^－１ｓ^－１未満のＫ_ｏｎで、ＤＮＡＢＩＩタンパク質（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、このようなＫ_ｏｎは、実施例に示される表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）方法を使用して決定される。

【0365】

本発明の一部の態様では、ＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ先端キメラペプチド（１／Ｍで）に関する結合定数Ｋ_Ａは、約３Ｅ＋０５～約２Ｅ＋０８である。別の態様では、Ｋ_Ａは、約３Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約２Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０６～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０７～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０４～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０６～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０７～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０８～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０４～約１Ｅ＋０９、またはあるいは約１Ｅ＋０３～約１Ｅ＋１０である。

【0366】

別の態様では、ＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ先端キメラペプチド（Ｍで）に関する解離定数Ｋ_Ｄは、約５Ｅ－０９～約３Ｅ－０６、またはあるいは約１Ｅ－０９～約１Ｅ－０６、またはあるいは約１Ｅ－０８～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０７～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０６～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０９～約１Ｅ－０８、またはあるいは約１Ｅ－０８～約１Ｅ－０７、またはあるいは約１Ｅ－９～約１Ｅ－０８、またはあるいは約１Ｅ－１０～約１Ｅ－０９、またはあるいは約１Ｅ－１１～約１Ｅ－１０である。

【0367】

一態様では、ＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩ尾部キメラペプチド（１／Ｍで）に関するＫ_Ａは、約７Ｅ＋０６～約２Ｅ＋０９、またはあるいは約１Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０６～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０７～約１Ｅ＋０８、またはあるいは約１Ｅ＋０４～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０５～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０６～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０７～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０８～約１Ｅ＋０９、あるいは約１Ｅ＋０４～約１Ｅ＋０９、またはあるいは約１Ｅ＋０３～約１Ｅ＋１０、またはあるいは約１Ｅ＋０３～約１Ｅ＋１１、またはあるいは約１Ｅ＋０３～約１Ｅ＋１２、またはあるいは約１Ｅ＋０９～約１Ｅ＋１０、またはあるいは約１Ｅ＋１０～約１Ｅ＋１１、またはあるいは約１Ｅ＋１１～約１Ｅ＋１２である。

【0368】

別の態様では、ＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩ尾部キメラペプチド（Ｍで）に関するＫ_Ｄは、約６Ｅ－１０～約２Ｅ－０７、またはあるいは約１Ｅ－０９～約１Ｅ－０６、またはあるいは約１Ｅ－０８～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０７～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０６～約１Ｅ－０５、またはあるいは約１Ｅ－０９～約１Ｅ－０８、またはあるいは約１Ｅ－０８～約１Ｅ－０７、またはあるいは約１Ｅ－９～約１Ｅ－０８、またはあるいは約１Ｅ－１０～約１Ｅ－０９、またはあるいは約１Ｅ－１１～約１Ｅ－１０、またはあるいは約１Ｅ－１１～約１Ｅ－１２である。

【0369】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、少なくとも約１０％、またはあるいは少なくとも約１５％、またはあるいは少なくとも約２０％、またはあるいは少なくとも約２５％、またはあるいは少なくとも約３０％、またはあるいは少なくとも約３５％、またはあるいは少なくとも約４０％、またはあるいは少なくとも約４５％、またはあるいは少なくとも約５０％、またはあるいは少なくとも約５５％、またはあるいは少なくとも約６０％、またはあるいは少なくとも約６５％、またはあるいは少なくとも約７０％、またはあるいは少なくとも約７５％、またはあるいは少なくとも約８０％、またはあるいは少なくとも約８５％、またはあるいは少なくとも約９０％、またはあるいは少なくとも約９５％、ｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムのバイオマスを低減する。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、約１％未満、またはあるいは約２％未満、またはあるいは約３％未満、またはあるいは約４％未満、またはあるいは約５％未満、またはあるいは約６％未満、またはあるいは約７％未満、またはあるいは約８％未満、またはあるいは約９％未満、またはあるいは約１０％未満、またはあるいは約１２％未満、またはあるいは約１５％未満、またはあるいは約２０％未満、またはあるいは約２５％未満、またはあるいは約３０％未満、またはあるいは約３５％未満、またはあるいは約４０％未満、またはあるいは約４５％未満、またはあるいは約５０％未満、ｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムのバイオマスを低減する。一実施形態では、このようなバイオマスの変化は、実施例３または４に示される方法を使用して決定される。

【0370】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、少なくとも約１０％、またはあるいは少なくとも約１５％、またはあるいは少なくとも約２０％、またはあるいは少なくとも約２５％、またはあるいは少なくとも約３０％、またはあるいは少なくとも約３５％、またはあるいは少なくとも約４０％、またはあるいは少なくとも約４５％、またはあるいは少なくとも約５０％、またはあるいは少なくとも約５５％、またはあるいは少なくとも約６０％、またはあるいは少なくとも約６５％、またはあるいは少なくとも約７０％、またはあるいは少なくとも約７５％、またはあるいは少なくとも約８０％、またはあるいは少なくとも約８５％、またはあるいは少なくとも約９０％、またはあるいは少なくとも約９１％、またはあるいは少なくとも約９２％、またはあるいは少なくとも約９３％、またはあるいは少なくとも約９４％、またはあるいは少なくとも約９５％、またはあるいは少なくとも約９６％、またはあるいは少なくとも約９７％、またはあるいは少なくとも約９８％、またはあるいは少なくとも約９９％、対象において細菌負荷を低減する。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、約１％未満、またはあるいは約２％未満、またはあるいは約３％未満、またはあるいは約４％未満、またはあるいは約５％未満、またはあるいは約６％未満、またはあるいは約７％未満、またはあるいは約８％未満、またはあるいは約９％未満、またはあるいは約１０％未満、またはあるいは約１２％未満、またはあるいは約１５％未満、またはあるいは約２０％未満、またはあるいは約２５％未満、またはあるいは約３０％未満、またはあるいは約３５％未満、またはあるいは約４０％未満、またはあるいは約４５％未満、またはあるいは約５０％未満、対象において細菌負荷を低減する。一実施形態では、細菌負荷におけるこのような変化は、実施例に示される方法を使用して決定される。

【0371】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、少なくとも約１０％、またはあるいは少なくとも約１５％、またはあるいは少なくとも約２０％、またはあるいは少なくとも約２５％、またはあるいは少なくとも約３０％、またはあるいは少なくとも約３５％、またはあるいは少なくとも約４０％、またはあるいは少なくとも約４５％、またはあるいは少なくとも約５０％、またはあるいは少なくとも約５５％、またはあるいは少なくとも約６０％、またはあるいは少なくとも約６５％、またはあるいは少なくとも約７０％、またはあるいは少なくとも約７５％、またはあるいは少なくとも約８０％、またはあるいは少なくとも約８５％、またはあるいは少なくとも約９０％、またはあるいは少なくとも約９１％、またはあるいは少なくとも約９２％、またはあるいは少なくとも約９３％、またはあるいは少なくとも約９４％、またはあるいは少なくとも約９５％、またはあるいは少なくとも約９６％、またはあるいは少なくとも約９７％、またはあるいは少なくとも約９８％、またはあるいは少なくとも約９９％、中耳炎（ＯＭ）を有する対象における中耳閉塞を低減する。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、約１％未満、またはあるいは約２％未満、またはあるいは約３％未満、またはあるいは約４％未満、またはあるいは約５％未満、またはあるいは約６％未満、またはあるいは約７％未満、またはあるいは約８％未満、またはあるいは約９％未満、またはあるいは約１０％未満、またはあるいは約１２％未満、またはあるいは約１５％未満、またはあるいは約２０％未満、またはあるいは約２５％未満、またはあるいは約３０％未満、またはあるいは約３５％未満、またはあるいは約４０％未満、またはあるいは約４５％未満、またはあるいは約５０％未満、中耳炎（ＯＭ）を有する対象における中耳閉塞を低減する。一実施形態では、中耳閉塞のこのような変化は、実験ＯＭモデルにおいて実施例で示される方法を使用して決定される。

【0372】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、少なくとも約１０％、またはあるいは少なくとも約１５％、またはあるいは少なくとも約２０％、またはあるいは少なくとも約２５％、またはあるいは少なくとも約３０％、またはあるいは少なくとも約３５％、またはあるいは少なくとも約４０％、またはあるいは少なくとも約４５％、またはあるいは少なくとも約５０％、またはあるいは少なくとも約５５％、またはあるいは少なくとも約６０％、またはあるいは少なくとも約６５％、またはあるいは少なくとも約７０％、またはあるいは少なくとも約７５％、またはあるいは少なくとも約８０％、またはあるいは少なくとも約８５％、またはあるいは少なくとも約９０％、またはあるいは少なくとも約９１％、またはあるいは少なくとも約９２％、またはあるいは少なくとも約９３％、またはあるいは少なくとも約９４％、またはあるいは少なくとも約９５％、またはあるいは少なくとも約９６％、またはあるいは少なくとも約９７％、またはあるいは少なくとも約９８％、またはあるいは少なくとも約９９％、粘膜バイオフィルムを有する（例えば、ＯＭを有する）対象における相対的粘膜バイオフィルムスコアおよび／またはバイオマススコアを低減する。一実施形態では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、少なくとも約０．５、またはあるいは少なくとも約１、またはあるいは少なくとも約１．５、またはあるいは少なくとも約２、またはあるいは少なくとも約２．５、またはあるいは少なくとも約３、またはあるいは少なくとも約３．５、またはあるいは少なくとも約４、粘膜バイオフィルムを有する（例えば、ＯＭを有する）対象における相対的粘膜バイオフィルムスコアおよび／またはバイオマススコアを低減する。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、約１％未満、またはあるいは約２％未満、またはあるいは約３％未満、またはあるいは約４％未満、またはあるいは約５％未満、またはあるいは約６％未満、またはあるいは約７％未満、またはあるいは約８％未満、またはあるいは約９％未満、またはあるいは約１０％未満、またはあるいは約１２％未満、またはあるいは約１５％未満、またはあるいは約２０％未満、またはあるいは約２５％未満、またはあるいは約３０％未満、またはあるいは約３５％未満、またはあるいは約４０％未満、またはあるいは約４５％未満、またはあるいは約５０％未満、粘膜バイオフィルムを有する（例えば、ＯＭを有する）対象における相対的粘膜バイオフィルムスコアおよび／またはバイオマススコアを低減する。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、約０．１未満、またはあるいは約０．２未満、またはあるいは約０．３未満、またはあるいは約０．４未満、またはあるいは約０．５未満、またはあるいは約０．６未満、またはあるいは約０．７未満、またはあるいは約０．８未満、またはあるいは約０．９未満、またはあるいは約１未満、またはあるいは約１．５未満、またはあるいは約２未満、またはあるいは約２．５未満、粘膜バイオフィルムを有する（例えば、ＯＭを有する）対象における相対的粘膜バイオフィルムスコアおよび／またはバイオマススコアを低減する。一実施形態では、このようなスコアは、実施例に示される方法を使用して決定される。

【0373】

ある特定の実施形態では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ＨＵまたはＩＨＦである。さらなる実施形態では、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ＩｈｆＡ、ＩｈｆＢまたはその両方である。さらにさらなる実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の先端領域または尾部領域（非限定的に、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含む）に結合する。一実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、ＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ先端キメラペプチドに結合する。別の実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチドまたはＣＤＲは、ＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩ尾部キメラペプチドに結合する。

【0374】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体またはその抗原結合断片は可溶性Ｆａｂである。

【0375】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、同じポリペプチド鎖の構成成分である。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、ＨＣおよびＬＣ可変ドメイン配列は、異なるポリペプチド鎖の構成成分である。

【0376】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体は、全長抗体である。

【0377】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体もしくはその抗原結合断片は、キメラまたはヒト化である。

【0378】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体もしくはその抗原結合断片は、Ｆｃドメインを含む。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体は、非ヒト動物、例えば、ラット、羊、ウシ、イヌ、ネコまたはウサギ抗体である。本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体は、ヒトもしくはヒト化抗体である、またはヒトにおいて非免疫原性である。

【0379】

本明細書に提供される抗体の態様の一部では、抗体もしくはその抗原結合断片は、ヒト抗体フレームワーク領域を含む。ＬＣおよびＨＣ配列に融合され得るフレームワーク領域の例は当技術分野で公知であり、このようなものの例は、配列番号１５～２３、またはその各々の等価物において提供される。

【0380】

他の態様では、本明細書に提供される抗体のＣＤＲにおける１つまたは複数のアミノ酸残基は、別のアミノ酸で置換される。置換は、同じアミノ酸ファミリー内の置換であるという意味で「保存的」となることができる。天然に存在するアミノ酸は、次の４つのファミリーに分けることができ、保存的置換は、これらのファミリー内で行われる。
１）塩基性側鎖を有するアミノ酸：リシン、アルギニン、ヒスチジン。
２）酸性側鎖を有するアミノ酸：アスパラギン酸、グルタミン酸
３）無電荷極性側鎖を有するアミノ酸：アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン。
４）非極性側鎖を有するアミノ酸：グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン、システイン。

【0381】

別の態様では、１つまたは複数のアミノ酸残基が、抗体の１つまたは複数のＣＤＲに付加されるまたはこれから欠失される。斯かる付加または欠失は、ＣＤＲのＮもしくはＣ末端でまたはＣＤＲ内の位置で起こる。

【0382】

アミノ酸の付加、欠失または置換によって抗体のＣＤＲのアミノ酸配列を変動させることにより、標的抗原に対する結合親和性増加等、様々な効果を得ることができる。

【0383】

斯かる変動されたＣＤＲ配列を含む本開示の抗体が、依然として、開示されている抗体と同様の特異性および感度プロファイルで、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に結合することを十分に理解するべきである。このことは、ＥＬＩＺＡまたはＳＰＲなどの結合アッセイによって検査することができる。

【0384】

さらなる態様では、抗体は、適切なアッセイおよびスクリーニングを使用して決定される通り、免疫優性および免疫保護の両方であることによって特徴付けられる。

【0385】

一部の態様では、抗体またはその抗原結合断片は、修飾されている。別の態様では、抗体は、従来の技法によって修飾することができ、これらは、一態様では、抗体の半減期を増加させることができ、例えば、ＰＥＧ化、ＰＥＧミメティック、ポリシアリル化、ＨＥＳ化またはグリコシル化を増加させることができる。

【0386】

抗体および抗原結合断片は、検出可能なマーカーまたは精製マーカーをさらに含むことができる。
抗体およびその誘導体

【0387】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、本明細書に開示される方法における使用のための、単離されたポリペプチドに結合する、および／またはこれを特異的に認識して結合する。抗体は、本明細書に記載される様々な抗体のいずれかとなることができ、そのようなものの非限定的な例は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ベニア化（ｖｅｎｅｅｒｅｄ）抗体、ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、ヒト化抗体、抗体誘導体、組換えヒト化抗体、またはその各々の等価物（誘導体など）もしくは断片を含む。一態様では、断片は、抗体のＣＤＲを含む、またはあるいは、これから本質的になる、またはさらになお、これからなる。一態様では、抗体は、検出可能に標識される、またはこれにコンジュゲートされた検出可能な標識をさらに含む。

【0388】

本明細書に開示されるモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ細胞系も提供される。上述の実施形態のうちの１つまたは複数を含む、またはあるいは、これから本質的になる、またはさらになお、これからなる組成物が、本明細書にさらに提供される。抗体および断片のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、ならびに抗体ポリペプチドおよびその断片を組換えにより産生するまたは化学合成する方法がさらに提供される。抗体ポリペプチドは、真核もしくは原核細胞において、または当技術分野で公知であり本明細書に記載される他の方法によって産生することができる。

【0389】

ＣＤＲ配列の例としては、抗体の重鎖可変領域またはその断片が以下のポリヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチドを含むか、本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなること、を含むか、本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなることが挙げられるがこれらに限定されない：

【0390】

抗体は、文献に十分に記載されている当技術分野で公知の従来の技術を使用して生成され得る。ポリクローナル抗体の産生のためのいくつかの方法が存在する。例えば、ポリクローナル抗体は、典型的には、適切な哺乳動物、例えば限定されないが、ニワトリ、ヤギ、モルモット、ハムスター、ウマ、マウス、ラットおよびウサギを免疫することにより産生される。抗原を哺乳動物に注射し、抗原に特異的な免疫グロブリンを産生するようにＢリンパ球を誘導する。免疫グロブリンは、哺乳動物の血清から精製され得る。

【0391】

本方法論の変形形態は、最適な産生および動物の人道的な扱いのための、アジュバント、投与の経路および部位、部位当たりの注射体積、ならびに動物当たりの部位の数の改変を含む。例えば、アジュバントは典型的に、抗原に対する免疫応答の改善または増強に使用される。大部分のアジュバントは、流入領域リンパ節への抗原の緩徐放出（ｓｔｏｗ ｒｅｌｅａｓｅ）を可能にする、注射部位抗原デポーを提供する。他のアジュバントは、大規模な表面積および免疫賦活性分子にわたるタンパク質抗原分子の富化を促進する界面活性物質を含む。ポリクローナル抗体生成のためのアジュバントの非限定的な例は、フロイントアジュバント、ＲｉｂｉアジュバントシステムおよびＴｉｔｅｒｍａｘを含む。当技術分野で公知の方法を使用して、ポリクローナル抗体を生成することができ、そのうちいくつかは、米国特許第７，２７９，５５９号；同第７，１１９，１７９号；同第７，０６０，８００号；同第６，７０９，６５９号；同第６，６５６，７４６号；同第６，３２２，７８８号；同第５，６８６，０７３号；および同第５，６７０，１５３号に記載されている。

【0392】

当技術分野で公知であり文献において十分に記載されている従来のハイブリドーマ技法を使用して、モノクローナル抗体を生成することができる。例えば、適した不死細胞系（例えば、Ｓｐ２／０、Ｓｐ２／０－ＡＧ１４、ＮＳＯ、ＮＳ１、ＮＳ２、ＡＥ－１、Ｌ．５、Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８，６５３、Ｓｐ２ ＳＡ３、Ｓｐ２ ＭＡＩ、Ｓｐ２ ＳＳ１、Ｓｐ２ ＳＡ５、Ｕ３９７、ＭＩＡ １４４、ＡＣＴ ＩＶ、ＭＯＬＴ４、ＤＡ－１、ＪＵＲＫＡＴ、ＷＥＨＩ、Ｋ－５６２、ＣＯＳ、ＲＡＪＩ、ＮＩＨ ３１３、ＨＬ－６０、ＭＬＡ １４４、ＮＡＭＡＩＷＡ、ＮＥＵＲＯ ２Ａ、ＣＨＯ、ＰｅｒＣ．６、ＹＢ２／Ｏ等が挙げられるがこれらに限定されない、ミエローマ細胞系）などまたはヘテロミエローマ（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）、その融合産物、またはそれに由来するいずれかの細胞もしくは融合細胞、または当技術分野で公知の他のいずれかの適した細胞系（次のウェブアドレス、例えば、ａｔｃｃ．ｏｒｇ， ｌｉｆｅｔｅｃｈ．ｃｏｍ、最終アクセス２００７年１１月２６日における細胞系を参照）を、内因性もしくは異種核酸として、組換えもしくは内因性の、ウイルスの、細菌の、藻類の、原核生物の、両生類の、昆虫の、爬虫類の、魚類の、哺乳動物の、齧歯類の、ウマの、ヒツジの、ヤギの、羊の、霊長類の、真核生物の、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｒＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡもしくはＲＮＡ、葉緑体ＤＮＡもしくはＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、一本、二本もしくは三本鎖の、ハイブリダイズしたものなど、またはこれらのいずれかの組合せとして、重鎖または軽鎖定常または可変またはフレームワークまたはＣＤＲ配列を発現する、単離されたまたはクローニングされた脾臓、末梢血、リンパ、扁桃腺または他の免疫もしくはＢ細胞含有細胞、または他のいずれかの細胞等が挙げられるがこれらに限定されない抗体産生細胞と融合することにより、ハイブリドーマが産生される。抗体産生細胞を、目的の抗原で免疫されたヒトまたは他の適した動物の、末梢血から、または特定の実施形態では、脾臓もしくはリンパ節から得て、次いで、目的の活性に関してスクリーニングすることもできる。本開示の抗体、その指定の断片またはバリアントをコードする異種または内因性核酸を発現させるために、他のいずれかの適した宿主細胞を使用することもできる。融合された細胞（ハイブリドーマ）または組換え細胞を、選択的培養条件または他の適した公知方法を使用して単離し、限界希釈もしくは細胞選別、または他の公知方法によってクローニングすることができる。

【0393】

当技術分野で公知の方法を使用して、ペプチドまたはタンパク質ライブラリー（例えば、バクテリオファージ、リボソーム、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ、またはその他のディスプレイライブラリーが挙げられるがこれらに限定されない；例えば、ＭｏｒｐｈｏＳｙｓ（Ｍａｒｔｉｎｓｒｅｉｄ／Ｐｌａｎｅｇｇ、Ｄｅｌ．）、ＢｉｏＩｎｖｅｎｔ（Ｌｕｎｄ、Ｓｗｅｄｅｎ）、Ａｆｆｉｔｅｃｈ（Ｏｓｌｏ、Ｎｏｒｗａｙ）等の様々な商業的ベンダーから入手できるような）から組換え抗体を選択する方法を含むがこれらに限定されない、必要な特異性の抗体を産生または単離する他の適した方法を使用することができる。当技術分野の公知方法は、特許文献に記載されており、そのうちいくつかは、米国特許第４，７０４，６９２号；同第５，７２３，３２３号；同第５，７６３，１９２号；同第５，８１４，４７６号；同第５，８１７，４８３号；同第５，８２４，５１４号；および同第５，９７６，８６２号を含む。代替方法は、当技術分野で公知の通り、および／または本明細書に記載される通り、ヒト抗体のレパートリーを産生することができる、トランスジェニック動物（例えば、ＳＣＩＤマウス、Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ． （１９７７） Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４１：９０１－９０７ （１９９７）；Ｓａｎｄｈｕ ｅｔ ａｌ． （１９９６） Ｃｒｉｔ， Ｒｅｖ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． １６：９５－１１８；Ｅｒｅｎ ｅｔ ａｌ． （１９９８） Ｍｕｍｍａ ９３：１５４－１６１）の免疫に依拠する。斯かる技法は、リボソームディスプレイ（Ｗａｎｅｓ ｅｔ ａｌ． （１９９７） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９４：４９３７－４９４２；Ｈａｎｅｓ ｅｔ ａｌ． （１９９８） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９５：１４１３０－１４１３５）；単一細胞抗体産生技術（例えば、選択されたリンパ球抗体方法（ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍｅｔｈｏｄ）（「ＳＬＡＭ」）（米国特許第５，６２７，０５２号；Ｗｅｎ ｅｔ ａｌ． （１９８７） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ １７：８８７－８９２；Ｂａｂｃｏｏｋ ｅｔ ａｌ． （１９９６） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９３：７８４３－７８４８）；ゲル微小液滴およびフローサイトメトリー（Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ． （１９９０） Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ８：３３３－３３７；Ｏｎｅ Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｓｓ．）；Ｇｒａｙ ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ｊ． Ｉｍｍ． Ｍｅｔｈ． １８２：１５５－１６３；およびＫｅｎｎｙ ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ｂｉｏ． Ｔｅｃｈｎｏｌ． １３：７８７－７９０）；Ｂ細胞選択（Ｓｔｅｅｎｂａｋｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ． （１９９４） Ｍｏｌｅｃ． Ｂｉｏｌ． Ｒｅｐｏｒｔｓ １９：１２５－１３４）を含むがこれらに限定されない。

【0394】

一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、抗体誘導体を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。本開示の抗体誘導体は、本明細書に開示される抗体をコードするポリヌクレオチドを適した宿主に送達して、例えば、斯かる抗体をその乳汁中に産生する、例えばヤギ、ウシ、馬、羊などのトランスジェニック動物または哺乳動物を用意することにより調製することもできる。このような方法は、当技術分野で公知であり、例えば、米国特許第５，８２７，６９０号；同第５，８４９，９９２号；同第４，８７３，３１６号；同第５，８４９，９９２号；同第５，９９４，６１６号；同第５，５６５，３６２号；および同第５，３０４，４８９号に記載されている。

【0395】

用語「抗体誘導体」は、抗体または断片の線形ポリペプチド配列に対する翻訳後修飾を含む。例えば、米国特許第６，６０２，６８４（Ｂ１）号は、増強されたＦｅ媒介性細胞毒性を有する、抗体全体の分子、抗体断片、または免疫グロブリンのＦｃ領域と等価の領域を含む融合タンパク質を含む、改変されたグリコール形態の抗体の生成のための方法と、そのようにして生成された糖タンパク質について記載する。

【0396】

本明細書に開示される抗体は、共有結合による付着が、抗体が抗イディオタイプ応答を生成することを妨げないような、抗体へのいずれかの種類の分子の共有結合による付着によって修飾された誘導体も含む。抗体誘導体は、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、公知の保護基／遮断基による誘導体化、タンパク質分解性切断、細胞リガンドまたは他のタンパク質への連結等によって改変された抗体を含むがこれらに限定されない。その上、誘導体は、１つまたは複数の非古典的アミノ酸を含有することができる。

【0397】

抗体誘導体は、本明細書に開示されるポリヌクレオチドを送達して、植物部分またはそれから培養された細胞において斯かる抗体、指定の部分またはバリアントを産生するトランスジェニック植物および培養された植物細胞（例えば、タバコ、トウモロコシおよびウキクサが挙げられるがこれらに限定されない）を用意することにより調製することもできる。例えば、Ｃｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ． （１９９９） Ｃｕｒｒ． Ｔｏｐ． Ｍｉｃｒｏｂｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２４０：９５－１１８およびその中で引用されている参考文献は、例えば、誘導性プロモーターを使用した、大量の組換えタンパク質を発現するトランスジェニックタバコ葉の産生について記載する。トランスジェニックトウモロコシを使用して、他の組換え系において産生されたまたは天然の供給源から精製されたものと等価の生物活性を有する哺乳動物タンパク質を商業的産生レベルで発現させた。例えば、Ｈｏｏｄ ｅｔ ａｌ． （１９９９） Ａｄｖ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ． ４６４：１２７－１４７およびその中で引用されている参考文献を参照されたい。抗体誘導体は、また、タバコ種子およびジャガイモ塊茎を含む、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）等の抗体断片を含むトランスジェニック植物種子から大量に産生された。例えば、Ｃｏｎｒａｄ ｅｔ ａｌ． （１９９８） Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ３８：１０１－１０９およびその中で引用されている参考文献を参照されたい。よって、公知（ｋｎｏｗ）方法に従ってトランスジェニック植物を使用して、抗体を産生することもできる。

【0398】

抗体誘導体は、例えば、外因性配列を付加して、免疫原性を改変する、または結合、親和性、オンレート（ｏｎ－ｒａｔｅ）、オフレート（ｏｆｆ－ｒａｔｅ）、アビディティー、特異性、半減期もしくは他のいずれかの適した特徴を低減、増強もしくは改変することにより産生することもできる。一般に、非ヒトまたはヒトＣＤＲ配列の一部または全体が維持される一方で、可変および定常領域の非ヒト配列が、ヒトまたは他のアミノ酸または他のアイソタイプ由来の可変もしくは定常領域に置き換えられる。

【0399】

一般に、ＣＤＲ残基は、抗原結合性への影響に直接的にかつ最も実質的に関与する。抗体のヒト化または操作は、米国特許第５，７２３，３２３号；同第５，９７６，８６２号；同第５，８２４，５１４号；同第５，８１７，４８３号；同第５，８１４，４７６号；同第５，７６３，１９２号；同第５，７２３，３２３号；同第５，７６６，８８６号；同第５，７１４，３５２号；同第６，２０４，０２３号；同第６，１８０，３７０号；同第５，６９３，７６２号；同第５，５３０，１０１号；同第５，５８５，０８９号；同第５，２２５，５３９号；および同第４，８１６，５６７号に記載されている方法等が挙げられるがこれらに限定されない、いずれか公知の方法を使用して行うことができる。

【0400】

本開示のキメラ、ヒト化または霊長類化（ｐｒｉｍａｔｉｚｅｄ）抗体は、標準分子生物学技法を使用して調製された参照モノクローナル抗体の配列に基づき調製することができる。標準分子生物学技法を使用して、重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードするＤＮＡを目的のハイブリドーマから得て、非参照（例えば、ヒト）免疫グロブリン配列を含有するように操作することができる。例えば、キメラ抗体を作製するために、当技術分野で公知の方法（米国特許第４，８１６，５６７号）を使用して、マウス可変領域をヒト定常領域に連結することができる。ヒト化抗体を作製するために、当技術分野で公知の方法（米国特許第５，２２５，５３９号ならびに米国特許第５，５３０，１０１号；同第５，５８５，０８９号；同第５，６９３，７６２号；および同第６，１８０，３７０号）を使用して、マウスＣＤＲ領域をヒトフレームワークに挿入することができる。同様に、霊長類化抗体を作製するために、当技術分野で公知の方法（ＷＯ９３／０２１０８およびＷＯ９９／５５３６９）を使用して、マウスＣＤＲ領域を霊長類フレームワークに挿入することができる。

【0401】

部分的～完全にヒト抗体を作製するための技法は、当技術分野で公知であり、いかなる斯かる技法を使用することもできる。一実施形態において、完全にヒト抗体配列は、ヒト重鎖および軽鎖抗体遺伝子を発現するように操作されたトランスジェニックマウスにおいて作製される。異なるクラスの抗体を産生することができる、斯かるトランスジェニックマウスの複数の系統が作製された。望ましい抗体を産生しているトランスジェニックマウス由来のＢ細胞を融合させて、所望の抗体の持続的産生のためのハイブリドーマ細胞系を作製することができる（例えば、Ｒｕｓｓｅｌ ｅｔ ａｌ． （２０００） Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ Ａｐｒｉｌ ２０００：１８２０－１８２６；Ｇａｌｌｏ ｅｔ ａｌ． （２０００） Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ． ｏｆ Ｉｍｍｕｎ． ３０：５３４－５４０；Ｇｒｅｅｎ （１９９９） Ｊ． ｏｆ Ｉｍｍｕｎ． Ｍｅｔｈｏｄｓ ２３１：１１－２３；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ． （１９９９Ａ） Ｊ． ｏｆ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ６６：４０１－４１０；Ｙａｎｇ （１９９９Ｂ） Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ５９（６）：１２３６－１２４３；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９８） Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｄｒｕｇ Ｒｅｖｉｅｗｓ ３１：３３－４２；Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９８） Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． １８８（３）：４８３－４９５；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９８） Ｅｘｐ． Ｏｐｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． Ｄｒｕｇｓ ７（４）：６０７－６１４；Ｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ． （１９９７） Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４２：４１３－４２１；Ｓｈｅｒｍａｎ－Ｇｏｌｄ （１９９７） Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｎｅｗｓ １７（１４）；Ｍｅｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ． （１９９７） Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １５：１４６－１５６；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９６） Ｗｅｉｒ’ｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｔｈｅ Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ Ｖｏｌ． ＩＶ， １９４．１－１９４．７；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９５） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：５６１－５６６；Ｍｅｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ２６：２９４－３０７；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９４） Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙ ４（８）：７６１－７６３；Ａｒｂｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ． （１９９４） Ｉｍｍｕｎｉｔｙ １（４）：２４７－２６０；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ （１９９３） Ｎａｔｕｒｅ ３６２（６４１７）：２５５－２５８；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０（６）：２５５１－２５５５；および米国特許第６，０７５，１８１号を参照）。

【0402】

本明細書に開示される抗体を改変して、キメラ抗体を作製することもできる。キメラ抗体は、抗体の重鎖および軽鎖の様々なドメインが、２つ以上の種由来のＤＮＡによってコードされた抗体である。例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照されたい。

【0403】

あるいは、本明細書に開示される抗体を改変して、ベニア化抗体を作製することもできる。ベニア化抗体は、第１の種の抗体が、第２の種において免疫原性とならず、これにより抗体の免疫原性を低減させるように、ある１つの種の抗体の外面アミノ酸残基が、第２の種のアミノ酸残基に賢明に置き換えられたまたは「ベニア化された」抗体である。タンパク質の抗原性は、その表面の性質に主に依存するため、別の哺乳動物種において通常見出される残基と異なる露出した残基を置き換えることにより、抗体の免疫原性を低減させることができる。このような賢明な外面残基置き換えは、内側ドメインまたはドメイン間接触に対して影響を殆どまたは全く与えないはずである。よって、可変領域フレームワーク残基に限定される変更の帰結として、リガンド結合特性は影響を受けないはずである。抗体の外表面または外皮（ｓｋｉｎ）のみが変更され、支持的残基は乱されないままであるため、このプロセスは、「ベニア化（ｖｅｎｅｅｒｉｎｇ）」と称される。

【0404】

「ベニア化」のための手順は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ． （１９８７） Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ， ４ｔｈ ｅｄ．， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， Ｍｄ．， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈによってコンパイルされたヒト抗体可変ドメインのための利用できる配列データ、このデータベースのアップデート、ならびに他のアクセス可能な米国および外国のデータベース（核酸およびタンパク質の両方）を活用する。ベニア化抗体（ｖｅｎｅｅｒｅｄ ａｎｔｉｂｏｄｙ）の生成に使用される方法の非限定的な例は、ＥＰ５１９５９６；米国特許第６，７９７，４９２号を含み；Ｐａｄｌａｎ ｅｔ ａｌ． （１９９１） Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ２８（４－５）：４８９－４９８に記載されている。

【0405】

用語「抗体誘導体」は、２個の抗原結合性部位を有する小型の抗体断片である「ダイアボディ」も含み、この断片は、同じポリペプチド鎖において軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む（例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ９３／１１１６１；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９０：６４４４－６４４８を参照）。同じ鎖における２個のドメインの間の対形成を可能にするには短すぎるリンカーを使用することにより、ドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対形成することを余儀なくされ、２個の抗原結合性部位を作り出す（親抗体の超可変領域に挿入された１つまたは複数のアミノ酸を有し、抗原に対する親抗体の結合親和性よりも少なくとも約２倍強い、標的抗原に対する結合親和性を有する抗体バリアントを開示する、米国特許第６，６３２，９２６号、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．も参照）。

【0406】

用語「抗体誘導体」は、ｓｃＦｖ、ｄＡｂ、ナノボディ、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｙ）、ユニボディ（Ｕｎｉｂｏｄｙ）およびアフィボディ（Ａｆｆｉｂｏｄｙ）等、操作された抗体分子、断片および単一ドメインをさらに含む（＆ Ｈｕｄｓｏｎ （２００５） Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ ２３（９）：１１２６－３６；米国特許出願公開第２００６／０２１１０８８号；ＰＣＴ国際出願公開番号ＷＯ２００７／０５９７８２；米国特許第５，８３１，０１２号）。

【0407】

用語「抗体誘導体」は、「線形抗体」をさらに含む。線形抗体を作製するための手順は、当技術分野で公知であり、Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ． ８（１０）：１０５７－１０６２に記載されている。簡潔に説明すると、このような抗体は、一対の抗原結合性領域を形成する一対のタンデムＥｄセグメント（Ｖ_Ｈ－Ｃ_Ｈ１－ＶＨ－Ｃ_Ｈ１）を含む。線形抗体は、二特異性または単一特異性となることができる。

【0408】

本明細書に開示される抗体は、プロテインＡ精製、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィーを含むがこれらに限定されない公知の方法によって、組換え細胞培養物から回収および精製することができる。高速液体クロマトグラフィー（「ＨＰＬＣ」）を精製に使用することもできる。

【0409】

本開示の抗体は、天然で精製された産物、化学合成手順の産物、ならびに例えば、酵母、高等植物、昆虫および哺乳動物細胞を含む真核生物宿主からまたはあるいは、上述の通り原核生物宿主から組換え技法によって産生された産物を含む。いくつかの抗体産生系が、Ｂｉｒｃｈ ＆ Ｒａｄｎｅｒ （２００６） Ａｄｖ． Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ． ５８： ６７１－６８５に記載されている。

【0410】

検査されている抗体が、タンパク質またはポリペプチドと結合する場合、検査されている抗体と本開示によって提供される抗体は、等価物である。検査されている抗体によって、本明細書に開示される抗体が、この抗体が正常に反応するタンパク質またはポリペプチドに結合することができなくなるかを決定することにより、過度の実験法を行わずに、抗体が、本明細書に開示される抗体と同じ特異性を有するかを決定することも可能である。本明細書に開示されるモノクローナル抗体による結合の減少によって示される通り、検査されている抗体が、本明細書に開示される抗体と競合する場合、この２種の抗体が、同じまたは密接に関係しているエピトープに結合する可能性がある。あるいは、本明細書に開示される抗体を、それが正常に反応するタンパク質と共にプレインキュベートし、検査されている抗体が、抗原に結合するその能力において阻害されるかを決定することができる。検査されている抗体が阻害される場合、ほぼ確実に、これは、本明細書に開示される抗体と同じまたは密接に関係しているエピトープ特異性を有する。

【0411】

用語「抗体」はまた、あらゆる免疫グロブリンアイソタイプおよびサブクラスの抗体を含むことも意図する。特定のアイソタイプのモノクローナル抗体は、初期融合物から選択することにより直接的に調製することができる、またはｓｉｂ選択技法を使用することにより異なるアイソタイプのモノクローナル抗体を分泌する親ハイブリドーマから二次的に調製して、Ｓｔｅｐｌｅｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ． （１９８５） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８２：８６５３またはＳｐｉｒａ ｅｔ ａｌ． （１９８４） Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ ７４：３０７に記載の手順を使用してクラススイッチバリアントを単離することができる。あるいは、組換えＤＮＡ技法を使用することができる。

【0412】

本明細書に記載されるモノクローナル抗体の特異性を有する他のモノクローナル抗体の単離は、当業者によって、抗イディオタイプ抗体を産生することにより達成することもできる。Ｈｅｒｌｙｎ ｅｔ ａｌ． （１９８６） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：１００。抗イディオタイプ抗体は、目的のモノクローナル抗体に存在する特有の決定基を認識する抗体である。

【0413】

本明細書に開示される一部の態様では、抗体を検出可能にまたは治療的に標識することが有用である。適した標識は、上に記載されている。これらの作用物質に抗体をコンジュゲートするための方法は、当技術分野で公知である。単なる説明目的で、抗体は、例えば放射性原子、発色団、フルオロフォアなどの検出可能な部分で標識することができる。斯かる標識された抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏで、または単離された検査試料において、診断技法に使用することができる。

【0414】

低分子量ハプテンへの抗体のカップリングは、アッセイにおける抗体の感度を増加させることができる。次いで、ハプテンは、第２の反応を用いて特異的に検出することができる。例えば、アビジンと反応するビオチン、または特異的抗ハプテン抗体と反応することができるジニトロフェノール、ピリドキサールおよびフルオレセイン等のハプテンを使用することが一般的である。Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ （１９８８）上記、を参照されたい。

【0415】

本開示の抗体の可変領域は、ＶＨおよび／またはＶＬ ＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３領域内のアミノ酸残基を変異させて、抗体の１つまたは複数の結合特性（例えば、親和性）を改善することにより改変することができる。変異は、部位特異的変異誘発またはＰＣＲ媒介性変異誘発によって導入することができ、目的の抗体結合または他の機能特性における効果を適切なｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏアッセイにおいて評価することができる。ある特定の実施形態では、保存的改変が導入され、典型的に、ＣＤＲ領域内の１、２、３、４または５残基以下が変更される。変異は、アミノ酸置換、付加または欠失であってよい。

【0416】

例えば、１つまたは複数のフレームワーク残基を対応する生殖系列配列へと「戻し変異（ｂａｃｋｍｕｔａｔｉｎｇ）」させることにより、フレームワーク改変を抗体に為して、免疫原性を減少させることができる。

【0417】

加えて、本明細書に開示される抗体は、Ｆｃ領域内に改変を含むように操作して、血清半減期（ｈａｌｆ－ｆｉｆｅ）、補体固定、Ｆｃ受容体結合および／または抗原依存性細胞性細胞傷害等の抗体の１つまたは複数の機能特性を変更することができる。斯かる改変は、軽鎖および重鎖のアセンブリーを容易にするためまたは抗体の安定性を増加もしくは減少させるためのヒンジ領域におけるシステイン残基の数の変更（米国特許第５，６７７，４２５号）、および抗体の生物学的半減期を減少させるためのＦｃヒンジ領域におけるアミノ酸変異（米国特許第６，１６５，７４５号）を含むがこれらに限定されない。

【0418】

その上、本明細書に開示される抗体は、化学的に修飾することができる。抗体のグリコシル化は、例えば、抗体配列内のグリコシル化の１つまたは複数の部位を改変して、抗原に対する抗体の親和性を増加させることにより変更することができる（米国特許第５，７１４，３５０号および同第６，３５０，８６１号）。あるいは、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害を増加させるために、変更されたグリコシル化機構を有する宿主細胞において抗体を発現させることにより、低減された量のフコシル残基を有する低フコシル化（ｈｙｐｏｆｕｃｏｓｙｌａｔｅｄ）抗体、または増加されたバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造を有する抗体を得ることができる（Ｓｈｉｅｌｄｓ， Ｒ． Ｌ． ｅｔ ａｌ． （２００２） Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７７：２６７３３－２６７４０；Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ． （１９９９） Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． １７：１７６－１８０）。

【0419】

１つまたは複数のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基が抗体または抗体断片に結合されるようになる条件下で、抗体またはその断片をＰＥＧまたはＰＥＧの反応性エステルもしくはアルデヒド誘導体と反応させることにより、本明細書に開示される抗体をペグ化して、生物学的半減期を増加させることができる。抗体ペグ化は、反応性ＰＥＧ分子（または類似の反応性水溶性ポリマー）とのアシル化反応またはアルキル化反応によって実行することができる。本明細書で使用される場合、用語「ポリエチレングリコール」は、モノ（Ｃ１～Ｃ１０）アルコキシ－もしくはアリールオキシ－ポリエチレングリコールまたはポリエチレングリコール－マレイミド等、他のタンパク質を誘導体化するのに使用されたことがあるＰＥＧ形態のいずれかを包含することを意図する。ペグ化されるべき抗体は、無グリコシル化（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ）抗体となることができる。タンパク質をペグ化するための方法は、当技術分野で公知であり、本明細書に開示される抗体に適用することができる（ＥＰ０１５４３１６およびＥＰ０４０１３８４）。

【0420】

その上、抗体は、ヒト血清アルブミン等の血清タンパク質に抗体の抗原結合性領域をコンジュゲートまたは融合することにより化学的に修飾して、結果として生じる分子の半減期を増加させることができる。斯かるアプローチは、例えば、ＥＰ０３２２０９４およびＥＰ０４８６５２５に記載されている。

【0421】

本開示の抗体またはその断片は、診断剤にコンジュゲートし、診断的に使用して、例えば、疾患の発症または進行をモニターし、所与の処置レジメンの有効性を決定することができる。診断剤の例は、酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射性材料、様々なポジトロン放出断層撮影を使用したポジトロン放出金属、および非放射性常磁性金属イオンを含む。検出可能な物質は、当技術分野で公知の技法を使用して、抗体もしくはその抗原結合断片に直接的に、またはリンカーを介して間接的に、カップリングまたはコンジュゲートすることができる。適した酵素の例は、西洋わさびペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ－ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼを含む。適した補欠分子族複合体の例は、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンを含む。適した蛍光材料の例は、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、塩化ダンシルまたはフィコエリトリンを含む。発光材料の例は、ルミノールを含む。生物発光材料の例は、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンを含む。適した放射性材料の例は、^１２５Ｉ、^１３１Ｉ、インジウム－１１１、ルテチウム－１７１、ビスマス－２１２、ビスマス－２１３、アスタチン－２１１、銅－６２、銅－６４、銅－６７、イットリウム－９０、ヨウ素－１２５、ヨウ素－１３１、リン－３２、リン－３３、スカンジウム－４７、銀－１１１、ガリウム－６７、プラセオジム－１４２、サマリウム－１５３、テルビウム－１６１、ジスプロシウム－１６６、ホルミウム－１６６、レニウム－１８６、レニウム－１８８、レニウム－１８９、鉛－２１２、ラジウム－２２３、アクチニウム－２２５、鉄－５９、セレニウム－７５、ヒ素－７７、ストロンチウム－８９、モリブデン－９９、ロジウム－１１０５、パラジウム－１０９、プラセオジム－１４３、プロメチウム－１４９、エルビウム－１６９、イリジウム－１９４、金－１９８、金－１９９および鉛－２１１を含む。モノクローナル抗体は、抗体に共有結合により連結された二官能性キレート化剤の使用により、放射性金属イオンと間接的にコンジュゲートすることができる。キレート化剤は、アミノ基（ａｍｉｔｉｅｓ）（Ｍｅａｒｅｓ ｅｔ ａｌ． （１９８４） Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １４２：６８－７８）；アミノ酸残基のスルフヒドリル（ｓｕｌｆｈｙｄｒａｌ）基（Ｋｏｙａｍａ （１９９４） Ｃｈｅｍ． Ａｂｓｔｒ． １２０：２１７－２６２）および炭水化物基（Ｒｏｄｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ． （１９８６） ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８３：２６３２－２６３６；Ｑｕａｄｒｉ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｎｕｃｌ． Ｍｅｄ． Ｂｉｏｌ． ２０：５５９－５７０）を介して結合することができる。

【0422】

さらに、本開示の抗体またはその断片は、治療剤にコンジュゲートすることができる。適した治療剤は、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロマイド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テニポシド（ｔｅｎｏｐｏｓｉｄｅ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン（ｄｉｈｙｄｒｏｘｙ ａｎｔｈｒａｃｉｎ ｄｉｏｎｅ）、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１－デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロールおよびピューロマイシン、代謝拮抗薬（メトトレキセート、６－メルカプトプリン、６－チオグアニン、シタラビン、フルダラビン（ｆｌｕｄａｒａｂｉｎ）、５－フルオロウラシル、ダカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）、ヒドロキシウレア、アスパラギナーゼ、ゲムシタビン（ｇｅｍｃｉｔａｂｉｎｃ）、クラドリビン等）、アルキル化剤（メクロレタミン、チオテパ（ｔｈｉｏｅｐａ）、クロラムブシル（ｃｈｌｏｒａｍｈｕｃｉｌ）、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、プロカルバジン、マイトマイシンＣ、シスプラチン、およびカルボプラチン等の他の白金誘導体等）、抗生物質（ダクチノマイシン（以前はアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ダウノルビシン（以前はダウノマイシン）、ドキソルビシン、イダルビシン、ミトラマイシン、マイトマイシン、ミトキサントロン、プリカマイシン、アントラマイシン（ＡＭＣ）等）、ジフテリア毒素および関連分子（ジフテリアＡ鎖およびその活性断片、ならびにハイブリッド分子等）、リシン毒素（リシンＡまたは脱グリコシル化リシンＡ鎖毒素等）、コレラ毒素、志賀毒素様毒素（ＳＬＴ－Ｉ、ＳＬＴ－ＩＩ、ＳＬＴ－ＩＩＶ）、ＬＴ毒素、Ｃ３毒素、志賀毒素、百日咳毒素、破傷風毒素、大豆ボウマン・バークプロテアーゼインヒビター、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素、アロリン（ａｌｏｒｉｎ）、サポリン、モデクシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）、ゲラニン（ｇｅｌａｎｉｎ）、アブリンＡ鎖、モデクシンＡ鎖、アルファ－サルシン（ｓａｒｃｉｎ）、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ－Ｓ）、Ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、Ｓａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリエトシン（ｒｅｓｔｒｉｅｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）毒素および混合毒素を含む。

【0423】

追加の適したコンジュゲートされた分子は、リボヌクレアーゼ（ＲＮアーゼ）、ＤＮアーゼ Ｉ、アンチセンス核酸、ｓｉＲＮＡ分子等の阻害性ＲＮＡ分子、免疫賦活性核酸、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、および外部ガイド配列を含む。アプタマーは、ステム・ループまたはＧ－カルテット等、定義された二次および三次構造へと折り畳む、１５～５０塩基の長さに及ぶ小型の核酸であり、ＡＴＰ（米国特許第５，６３１，１４６号）およびテオフィリン（ｔｈｅｏｐｈｉｌｉｎｅ）（米国特許第５，５８０，７３７号）等の小分子、ならびに逆転写酵素（米国特許第５，７８６，４６２号）およびトロンビン（米国特許第５，５４３，２９３号）等の大分子に結合することができる。リボザイムは、分子内または分子間のいずれかで、化学反応を触媒することができる核酸分子である。リボザイムは典型的に、標的基質の認識および結合と、その後の切断により、核酸基質を切断する。３本のＤＮＡ鎖が、ワトソン・クリックおよびフーグスティーン塩基対形成の両方に依存する複合体を形成する、三重鎖を形成することにより、三重鎖形成機能核酸分子は、二本鎖または一本鎖核酸と相互作用することができる。三重鎖分子は、高い親和性および特異性で、標的領域に結合することができる。

【0424】

機能的核酸分子は、標的分子によって保有される比活性のエフェクター、インヒビター、モジュレーターおよび刺激因子として作用することができる、または機能的核酸分子は、他のいかなる分子からも独立したｄｅ ｎｏｖｏ活性を保有することができる。

【0425】

治療剤は、多数の利用できる方法のいずれかを使用して、直接的にまたは間接的に抗体に連結することができる。例えば、作用物質は、還元した抗体成分のヒンジ領域において、Ｎ－スクシニル３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）等の架橋剤を使用したジスルフィド結合形成を介して、または抗体のＦｃ領域における炭水化物部分を介して、結合することができる（Ｙｕ ｅｔ ａｌ． １９９４ Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ ５６： ２４４；Ｕｐｅｓｌａｃｉｓ ｅｔ ａｌ．， ”Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｂｉｒｃｈ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐａｇｅｓ １８７－２３０ （Ｗｉｌｅｙ－Ｌｉｓｓ， Ｉｎｃ． １９９５）；Ｐｒｉｃｅ， ”Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ， ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ｒｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐａｇｅｓ ６０－８４ （Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ １９９５））。

【0426】

治療剤を抗体にコンジュゲートするための技法は、周知されている（Ａｍｏｎ ｅｔ ａｌ． ”Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ； Ｒｅｉｓｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐｐ． ２４３－５６ （Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ， Ｉｎｃ． １９８５）；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ． ”Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ，” ｉｎ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ （２ｎｄ Ｅｄ．）； Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐｐ． ６２３－５３ （Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ， Ｉｎｃ． １９８７）；Ｔｈｏｒｐｅ ”Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ： Ａ Ｒｅｖｉｅｗ，” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ’８４： Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ， Ｐｉｎｃｈｅｒａ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐｐ． ４７５－５０６ （１９８５）；”Ａｎａｌｙｓｉｓ， Ｒｅｓｕｌｔｓ， Ａｎｄ Ｆｕｔｕｒｅ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ Ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｕｓｅ Ｏｆ Ｒａｄｉｏｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，” ｉｎ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ， Ｂａｌｄｗｉｎ ｅｔ ａｌ． （ｅｄｓ．）， ｐｐ． ３０３－１６ （Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ １９８５）およびＴｈｏｒｐｅ ｅｔ ａｌ． ”Ｔｈｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ Ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｔｏｘｉｎ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ，” （１９８２） Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｒｅｖ． ６２：１１９－５８）。

【0427】

本明細書に開示される抗体またはその抗原結合性領域は、別の抗体または受容体のリガンド等、別の機能的分子に連結して、少なくとも２種またはそれよりも多くの種の異なる結合部位または標的分子に結合する二特異性または多特異性分子を生成することができる。別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣物等、１つまたは複数の他の結合分子への抗体の連結は、例えば、化学的カップリング、遺伝的融合または非共有結合的会合によって為すことができる。多特異性分子は、第１および第２の標的エピトープに加えて、第３の結合特異性をさらに含むことができる。

【0428】

二特異性および多特異性分子は、当技術分野で公知の方法を使用して調製することができる。例えば、二特異的分子（ｈｉ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）の各結合単位を別々に生成し、次いで互いにコンジュゲートすることができる。結合分子がタンパク質またはペプチドである場合、種々のカップリング剤または架橋剤を共有結合コンジュゲーションに使用することができる。架橋剤の例は、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジルＳ－アセチル－チオアセテート（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸（ｎｉｔｒｏｂｅｒｉｚｏｉｃ ａｃｉｄ））（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル３－（２－ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）およびスルホスクシンイミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン（ｃｙｃｌｏｈａｘａｎｅ）－Ｉ－カルボキシレート（スルホ－ＳＭＣＣ）を含む（Ｋａｒｐｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ． （１９８４） Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． １６０：１６８６；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ． （１９８５） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８２：８６４８）。結合分子は、抗体である場合、２個の重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合によってコンジュゲートすることができる。

【0429】

本開示の抗体またはその断片は、抗体が結合される細胞に対して毒性がある部分に連結して、「枯渇」抗体を形成することができる。これらの抗体は、ＮＫ細胞を枯渇させることが望まれる用途において特に有用である。

【0430】

本明細書に開示される抗体は、標的抗原のイムノアッセイまたは精製に特に有用な固体支持体に結合することもできる。斯かる固体支持体は、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニルまたはポリプロピレンを含むがこれらに限定されない。

【0431】

抗体は、多くの異なる担体に結合させることもできる。よって、本開示はまた、抗体と、活性または不活性の別の物質とを含有する組成物を提供する。周知の担体の例は、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ（ａｍｙｌａｓｅ）、天然および改変セルロース、ポリアクリルアミド、アガロース、ならびにマグネタイトを含む。担体の性質は、本明細書に開示される目的のため、可溶性または不溶性のいずれかとなることができる。当業者であれば、モノクローナル抗体の結合のための他の適した担体について知っている、またはルーチンの実験法を使用して、そのようなものを確かめることができる。

【0432】

ある特定の態様では、本開示は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質もしくはその断片の先端もしくは尾部ドメイン、尾部断片または先端断片を特異的に認識するかまたは結合する抗体または抗原結合断片に関する。ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはその断片は、ＩＨＦまたはＨＵポリペプチドであり得る。
抗体による機能解析

【0433】

本明細書に開示される抗体を使用して、本明細書に開示されるポリペプチドを精製し、生物学的に等価なポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを同定することができる。本明細書に開示される抗体を使用して、本明細書に開示されるポリペプチドの機能を改変する作用物質を同定することもできる。このような抗体は、当業者にとって馴染みがあり上に記載されている、ポリクローナル抗血清、モノクローナル抗体、およびこのような調製物に由来する様々な試薬を含む。

【0434】

同定された遺伝子によってコードされるタンパク質の活性を中和する抗体をｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏで使用して、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏ検査システムに斯かる中和抗体を添加することにより、機能を実証することもできる。抗体は、本明細書に開示されるポリペプチドの活性をモジュレートするための医薬品としても有用である。

【0435】

ＥＬＩＳＡアッセイまたはウエスタンブロット等の解析方法において様々な抗体調製物を使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで、検査細胞による、同定された遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を実証することもできる。適切なポリクローナル抗血清と実験的試料に由来する試料を使用することにより、代謝においてプロテアーゼ分解によって生成された斯かるタンパク質の断片を同定することもできる。

【0436】

本明細書に開示される抗体は、単独で、またはペプチドもしくはタンパク質に基づくワクチンまたは樹状細胞に基づくワクチンと組み合わせて、ワクチン接種にまたはワクチン接種のブーストに使用することができる。

【0437】

診断および治療方法
ＤＮＡＢＩＩポリペプチドもしくはタンパク質、または微生物ＤＮＡを、上述の作用物質、例えば本明細書に開示される抗体、またはその抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲ、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片のうちの１つまたは複数の有効量と接触させ、それによってＤＮＡＢＩＩタンパク質またはポリペプチドの微生物ＤＮＡへの結合を予防する、または阻害する、または競合することによって、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質の微生物ＤＮＡへの結合を予防する、または阻害する、または競合する方法が提供される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に選択的に結合する。一実施形態では、配列番号２４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１、２、もしくは３の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７、８、もしくは９の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、接触させることは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。

【0438】

別の態様では、本明細書に開示される方法に使用するための抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１３、２４、もしくは２６の群から選択される配列もしくはその各々の等価物を含む重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または配列番号１４、２５、もしくは２７の群から選択される配列もしくはその各々の等価物を含む軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。

【0439】

さらなる態様では、本明細書に開示されるＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび／または微生物ＤＮＡおよび／または抗体もしくはその抗原結合断片、および／またはポリペプチドまたはＣＤＲのうちの１つまたは複数は、例えば放射性同位体、または互いに緊密に接触した場合にシグナルを放出する発光分子によって検出可能に標識される。接触させることは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで実施することができる。これらの方法を診断方法と組み合わせて、例えば本明細書に開示されるＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび／または微生物ＤＮＡおよび／または抗体もしくはその抗原結合断片、および／またはポリペプチドまたはＣＤＲのうちの１つまたは複数を使用して、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識される。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。

【0440】

別の態様では、微生物バイオフィルムを破壊する方法は、バイオフィルムを、上述の作用物質、例えば抗体またはその抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲのうちの１つまたは複数の有効量と接触させ、それによって微生物バイオフィルムを破壊することによって、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片が提供される。一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に選択的に結合する。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。一実施形態では、配列番号２４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１、２、もしくは３の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７、８、もしくは９の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、接触させることはｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。

【0441】

一態様では、微生物バイオフィルムは、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドを搬出する微生物によって産生される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。さらなる態様では、抗体、抗原結合断片、ＤＮＡＢＩＩポリペプチド、および微生物ＤＮＡのうちの１つまたは複数は、例えば放射性同位体、または互いに緊密に接触した場合にシグナルを放出する発光分子によって検出可能に標識される。接触させることは、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで実施することができる。一態様では、作用物質は、互いに同じまたは異なる１つまたは複数の抗体および／または抗原結合断片である。一部の実施形態では、そのような抗体または抗原結合断片は、単独で、または互いに、もしくは抗体以外の作用物質、もしくはまたさらに薬学的に有効な作用物質と組み合わせて、単独で、または薬学的に許容される担体と組み合わせて投与される。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または尾部断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0442】

また、表面上のバイオフィルムの形成を予防するかまたはバイオフィルムを破壊する方法であって、バイオフィルムを生じやすいかまたはバイオフィルムを含有する表面を、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲ、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片のうちの１つまたは複数の有効量によって処理するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、抗体またはその抗原結合断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する方法も提供される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。

【0443】

一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、検出可能な標識を含む。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識される。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的に以下からなるか、またはまたさらに以下からなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。

【0444】

対象に、本明細書で開示する抗体もしくはその抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲのうちの１つまたは複数の有効量を対象に投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる、対象においてバイオフィルムを検出する方法が、本明細書にさらに提供される。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書で開示する抗体または抗原結合断片の使用を含む。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は、検出可能に標識される。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／あるいは配列番号１０、１１もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0445】

対象におけるバイオフィルムを予防または破壊する方法が提供される。方法は、対象に、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれから本質的になる。一態様では、対象におけるバイオフィルムを予防または破壊する方法であって、対象に、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲのうちの１つもしくは複数の有効量、および／または抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲ、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドもしくはベクターの１つもしくは複数の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいはそれからなるか、またはまたさらにそれからなる方法が提供される。ＤＮＡＢＩＩペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に選択的に結合する。一実施形態では、配列番号２４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１、２、もしくは３の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７、８、もしくは９の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、接触させることはｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識され得る。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0446】

対象におけるバイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置する方法が提供され、方法は、対象に、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片を投与するステップを含むか、または本質的にそれからなるか、またはそれからなる。一態様では、対象に、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲのうちの１つもしくは複数の有効量、および／または抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲ、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドもしくはベクターのうちの１つもしくは複数の有効量を投与することによって、対象におけるバイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を予防または処置する方法が提供される。別の態様では、対象におけるバイオフィルムを産生する微生物感染を阻害する、予防する、または処置する方法であって、対象に、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲのうちの１つもしくは複数の有効量、および／または抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲ、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドもしくはベクターのうちの１つもしくは複数の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいはそれからなるか、またはまたさらにそれからなる方法が提供される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。一態様では、抗体またはその抗原結合断片は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に選択的に結合する。一実施形態では、配列番号２４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１、２、もしくは３の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７、８、もしくは９の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。またさらなる実施形態では、接触させることはｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または尾部断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0447】

上記の方法では、バイオフィルムは、グラム陰性またはグラム陽性バイオフィルム産生細菌に由来する。状態の非限定的な例は、静脈潰瘍および糖尿病性足潰瘍を含む慢性の非治癒性創傷、耳感染症、副鼻腔感染症、尿路感染症、胃腸管の病気、肺感染症、気道感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、留置デバイス関連感染症、植込み型補綴物関連感染症、骨髄炎、蜂窩織炎、膿瘍、および歯周病の群から選択される。

【0448】

本明細書で開示する方法のある特定の実施形態では、本明細書で開示する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲ、およびＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片のうちの１つまたは複数の投与は、対象において、炎症促進性サイトカインのうちの１つまたは複数を低減させる。炎症促進性サイトカインの非限定的な例は、ＩＬ－１β、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２ｐ７０、ＩＬ１７Ａ、インターフェロン（ＩＦＮ）および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）を含む。その上またはあるいは、本明細書で開示する抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲ、およびＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片のうちの１つまたは複数の有効量の投与は、対象において、抗炎症性サイトカインのうちの１つまたは複数を増加させる。一実施形態では、抗炎症性サイトカインは、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ－１ｒａ、ＩＬ－４、ＩＬ－１１、およびトランスフォーミング増殖因子－β（ＴＧＦ－β）を含むがこれらに限定されない。

【0449】

また、それを必要とする対象における炎症促進性応答を誘導すること、または低減された炎症応答によって媒介される状態を処置することのうちの１つまたは複数の方法であって、対象に、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する抗体またはその抗原結合断片、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいは本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる方法も提供される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。これらの方法を診断方法と組み合わせて、組織または対象におけるサイトカインの放出またはレベルを検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または尾部断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。非限定的なサイトカインとしては、例えばＩＬ１ベータ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２ｐ７０、ＩＬ１０、ＩＬ１３、およびＩＦＮが挙げられる。

【0450】

また、それを必要とする対象における炎症促進性応答を阻害すること、または増強された炎症応答によって媒介される状態を処置することのうちの１つまたは複数の方法であって、対象に、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する抗体またはその抗原結合断片、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる方法も提供される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドはＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。これらの方法を診断方法と組み合わせて、組織または対象におけるサイトカインの放出またはレベルを検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または尾部断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。非限定的なサイトカインとしては、例えばＩＬ１ベータ、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２ｐ７０、ＩＬ１０、ＩＬ１３、およびＩＦＮが挙げられる。

【0451】

さらにまたはあるいは、表面上のバイオフィルムを検出する方法であって、表面（一態様では、バイオフィルムを生じやすいかまたはバイオフィルムを含有する）を、本明細書に記載される抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲのうちの１つまたは複数の有効量と接触させるステップを含むか、またはあるいはそれからなるか、またはまたさらにそれからなり、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲが、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部または先端領域（ＩＨＦまたはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの先端領域、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦまたはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する方法が提供される。一実施形態では、接触させることは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0452】

さらにまたはあるいは、対象においてバイオフィルムを産生する微生物感染を検出する方法が提供される。方法は、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲのうちの１つまたは複数の有効量を、バイオフィルムを含むことが疑われ、対象から単離された生物試料と接触させること、および抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲの、試料中の任意のバイオフィルムへの結合を検出するステップを含むか、またはあるいはそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。一実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲは、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部または先端領域（ＩＨＦまたはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの先端領域、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦまたはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する。さらなる実施形態では、接触させることは、ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0453】

さらにまたはあるいは、バイオフィルムを有する対象をスクリーニングする方法であって、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲのうちの１つまたは複数の有効量を、バイオフィルムを含み、対象から単離された生物試料と接触させること、および抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲの試料中の任意のバイオフィルムへの結合を検出するステップを含むか、またはあるいはそれからなるか、またはまたさらにそれからなる方法が提供される。一実施形態では、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲは、ＤＮＡＢＩＩペプチドの尾部または先端領域（ＩＨＦまたはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの先端領域、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ、ＩＨＦまたはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する。さらなる実施形態では、結合が検出された対象を、本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲのうちの１つもしくは複数の有効量、および／または抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲをコードするポリヌクレオチドもしくはベクターのうちの１つもしくは複数の有効量の投与のために選択し、抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲは、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦまたはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡまたはＩＨＦＢの先端領域、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する。またさらなる実施形態では、接触させることはｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏである。一実施形態では、配列番号２６のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２７のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号４、５、もしくは６の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号１０、１１、もしくは１２の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0454】

さらに、本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片に対する特異的結合パートナーに特異的に結合する約１０～２０ヌクレオチドからなる核酸を調製すること、および必要に応じて方法によって調製された干渉核酸を単離するステップを含む、干渉核酸を調製する方法が提供される。

【0455】

ｉｎ ｖｉｔｒｏで実施される場合、開示される方法のいくつかは、本明細書で開示するポリペプチド、ポリヌクレオチド、抗体、宿主細胞、小分子および組成物と同じ、同様の、または反対の能力を有する作用物質（例えば、抗体、その断片および模倣物）をスクリーニングまたは確認するために有用である。あるいは、それらは、どの作用物質が微生物感染を処置するために最も適しているか、または処置が有効であったかどうかを特定するために使用され得る。例えば、例えばＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡならびに試験されるべき作用物質を含有する２つの試料を有することによって、新しい作用物質または組合せ治療をスクリーニングすることができる。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。第２の試料は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡ、ならびに陽性対照としてはたらくための、活性であることが公知の作用物質、例えば、上記の作用物質、例えば、抗体もしくはその抗原結合断片を含有する。さらなる態様では、いくつかの試料が提供され、臨床環境における対象の処置において有効である可能性がある最適用量を決定するために、作用物質を、希釈を増やしながら系に添加する。当業者に明らかである通り、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡを含有する陰性対照を提供してもよい。さらなる態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドおよび微生物ＤＮＡは、検出可能に、例えば、互いに緊密に接触した場合にシグナルを放出する発光分子で、標識される。試料を、作用物質が、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドと微生物ＤＮＡとの間の相互作用を阻害、競合または滴定するために有効な時間の間、同様の条件下で含有し、その後、試料を、発光分子からのシグナルの放出についてアッセイする。試料がシグナルを放出する場合、作用物質は、結合を阻害するために有効ではない。

【0456】

別の態様では、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法は、感染を引き起こす微生物（例えば、細菌）分離菌がヒト／動物から単離され、その後、培養されて、それがｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムとして増殖することを可能にし得る小型化チャンバースライド系で実施される。作用物質（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片）または潜在的作用物質バイオフィルムを、抗体もしくはその抗原結合断片などの潜在的化合物または作用物質の希釈を増やしながら、または増やさずに、培養物に単独で、または別の作用物質と組み合わせて添加して、感染が存在した対象に送達された場合にその患者を処置することにおいて有効であり得るような最適用量を見出す。当業者に明らかである通り、陽性対照および陰性対照を同時に行ってもよい。

【0457】

さらなる態様では、本方法は、フローセル中の上記の作用物質（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片）および／または潜在的作用物質（単独で、または別の作用物質と組み合わせて）を伴うハイスループットプラットホームにおいて実施される。上記の作用物質（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片）または潜在的作用物質を、潜在的作用物質または上記の作用物質、例えば、抗体もしくはその抗原結合断片（または他の抗体、小分子、作用物質等）の希釈を増やしながら、または増やさずに、培養物に単独で、または別の作用物質と組み合わせて添加して、感染が存在した対象に送達された場合にその患者を処置することにおいて有効であり得るような最適用量を見出す。バイオフィルム分離菌を超音波処理して、微生物ＤＮＡに結合したＤＮＡＢＩＩポリペプチド、例えば、ＩＨＦからバイオフィルム細菌を分離する。ＤＮＡＢＩＩポリペプチド－ＤＮＡ複合体は、プラットホーム上の抗ＤＮＡＢＩＩまたはＩＨＦ抗体によって分離される。その後、微生物ＤＮＡを、例えば、塩洗浄で放出させ、添加されたバイオフィルム細菌を同定するために使用する。その後、遊離したＤＮＡを、例えば、ＰＣＲ配列決定することによって同定する。ＤＮＡが遊離しない場合、作用物質（複数可）が、微生物ＤＮＡにうまく作用したか、または微生物ＤＮＡにうまく結合した。ＤＮＡが試料中に見られる場合、作用物質は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチド－微生物ＤＮＡ結合に干渉しなかった。当業者に明らかである通り、陽性対照および／または陰性対照を同時に行ってもよい。

【0458】

また、所与の細菌種は、別の作用物質よりもある作用物質によるそのバイオフィルムの破棄に対してよりよく応答する可能性があるので、上記の方法は、診断試験として使用することができ、この迅速なハイスループットアッセイ系は、当業者が、可能性のある抗ＤＮＡＢＩＩまたはＩＨＦ様作用物質の集団をアッセイして、群のうちの最も効果的なものを特定することを可能にし得る。

【0459】

これらの方法の利点は、ほとんどの院内臨床微生物検査室は、既に、液体培養で（または浮遊性で）成長している細菌を使用するこれらの種類のアッセイ（すなわち、ＭＩＣ、ＭＢＣ値の決定）を行うための備えがあることである。当業者に明らかである通り、細菌は、一般的に、それらが疾患を引き起こしている場合、浮遊性で成長しない。その代わりに、それらは安定なバイオフィルムとして成長しており、これらのバイオフィルムは、抗生物質、抗体または他の治療薬による処置に対して有意により抵抗性である。この抵抗性は、ほとんどのＭＩＣ／ＭＢＣ値が正確にｉｎ ｖｉｖｏでの有効性を予測することができないことの理由である。したがって、どの「用量」の作用物質が（上記に説明されるように）ｉｎ ｖｉｔｒｏで細菌バイオフィルムを逆転し得るかを決定することによって、出願人らの前臨床アッセイは、個別化医療の適用としてでさえも、臨床有効性のより信頼できる予測因子になり得る。

【0460】

臨床環境に加えて、本方法は、産業的環境において感染を引き起こす微生物を特定することおよび／または有効な処置および作用物質を確認することのために使用することができる。したがって、産業的環境において、作用物質を使用して、バイオフィルムを処置、阻害または破壊することができる。

【0461】

上記の方法のさらなる態様では、基礎をなす感染の成長を阻害することが公知の抗生物質または抗微生物薬を、逐次的に、または同時に添加して、感染が阻害され得るかどうかを決定する。また、干渉する作用物質を微生物ＤＮＡまたはＤＮＡＢＩＩポリペプチドに添加し、その後、欠損した複合体を添加して、バイオフィルム阻害についてアッセイすることが可能である。一態様では、ＤＮａｓｅ処置は使用の方法から除外される。

【0462】

非ヒト動物、例えば、チンチラにおいてｉｎ ｖｉｖｏで実施される場合、本方法は、前臨床スクリーニングを提供して、バイオフィルムを破壊するために単独で、または他の作用物質と組み合わせて使用され得る作用物質を特定する。

【0463】

別の態様では、対象に上述の作用物質、例えば抗体またはその抗原結合断片および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片の有効量を投与し、それによって、微生物バイオフィルムを阻害、予防または破壊することによる、対象におけるバイオフィルムを阻害、予防、または破壊する方法が本明細書で提供される。方法は、対象に、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片、および本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片を投与するステップを含むか、またはそれから本質的になるか、またはそれからなる。ＤＮＡＢＩＩペプチドは、ＩＨＦまたはＨＵペプチドであり得る。抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識され得る。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0464】

一態様では、作用物質は、互いに同じまたは異なる１つまたは複数の抗体および／または抗原結合断片である。一部の実施形態では、そのような抗体または抗原結合断片は、単独で、または互いに、または抗体以外の作用物質、またはまたさらに薬学的に有効な作用物質と組み合わせて、単独でまたは薬学的に許容される担体と組み合わせて投与される。そのような対象の非限定的な例には、哺乳動物、例えばペットおよびヒト患者が含まれる。

【0465】

また、それを必要とする対象において免疫応答を誘導するか、または受動免疫を与える方法であって、対象に本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、およびＤＮＡＢＩＩペプチド、例えばＩＨＦまたはＨＵペプチドの先端領域に結合する、その中に記載される抗体またはその抗原結合断片のうちの１つまたは複数の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいは本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる方法が提供される。ＤＮＡＢＩＩペプチドのそのような先端領域としては、ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩが挙げられるがこれらに限定されない。一態様では、対象において受動免疫を与える方法であって、対象に本明細書に開示されるＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、および本明細書に開示される抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲのうちの１つもしくは複数の有効量、および／または抗体、その抗原結合断片、ポリペプチド、もしくはＣＤＲをコードするポリヌクレオチドもしくはベクターのうちの１つもしくは複数の有効量を投与するステップを含むか、またはあるいは本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなり、抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲがＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に結合する方法が提供される。一実施形態では、配列番号２４のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号２５のアミノ酸配列もしくはその等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗体またはその抗原結合断片が提供される。さらなる実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、配列番号１、２、もしくは３の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列、および／または配列番号７、８、もしくは９の群から選択されるアミノ酸配列もしくはその各々の等価物を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる。抗体またはその抗原結合断片は検出可能に標識され得る。これらの方法を診断方法と組み合わせて、バイオフィルムの形成および／または破壊を検出および／またはモニターすることができる。一態様では、診断方法は、一態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域または尾部断片（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に特異的に結合する本明細書に開示される抗体または抗原結合断片の使用を含む。さらなる態様では、抗体または抗原結合断片は検出可能に標識される。

【0466】

一態様では、作用物質は、互いに同じまたは異なる１つまたは複数の抗体および／または抗原結合断片である。一部の実施形態では、そのような抗体または抗原結合断片は、単独でまたは互いに、または抗体以外の作用物質、またはまたさらに薬学的に有効な作用物質と組み合わせて、単独で、または薬学的に許容される担体と組み合わせて投与される。

【0467】

さらなる態様では、方法は、対象に抗微生物薬、抗原性ペプチド、またはアジュバントのうちの１つまたは複数の有効量を投与することをさらに含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。

【0468】

抗微生物薬の非限定的な例は、別のワクチン構成成分、例えば表面抗原、例えばＯＭＰ Ｐ５、ｒｓＰｉｌＡ、ＯＭＰ２６、ＯＭＰ Ｐ２、またはＩＶ型Ｐｉｌｉｎタンパク質（Ｊｕｒｃｉｓｅｋ ａｎｄ Ｂａｋａｌｅｔｚ （２００７） Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ １８９（１０）：３８６８－３８７５； Ｍｕｒｐｈｙ， Ｔ．Ｆ． ｅｔ ａｌ． （２００９） Ｔｈｅ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ２８：Ｓ１２１－Ｓ１２６を参照されたい）である。

【0469】

本明細書で開示する作用物質および組成物は、他の抗微生物剤および／または表面抗原と共に同時にまたは逐次的に投与され得る。特定の一態様では、投与は、例えば、直接注射によって、または吸入によって、感染の部位について局所である。投与の他の非限定的な例には、経皮に、尿道に、舌下に、直腸に、膣に、眼に、皮下、筋内に、腹腔内に、鼻内に、吸入による、または経口に、を含む１つまたは複数の方法による投与が含まれる。

【0470】

本明細書で開示する方法によって処置され得る微生物感染および疾患には、バイオフィルムを生産するグラム陽性またはグラム陰性生物、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍｅｓ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍｅｓ ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａまたはＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉによる感染が含まれる。一態様では、微生物感染は、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（分類不能）、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓのうちの１つまたは複数である。これらの微生物感染は、上気道、中気道および下気道に存在し得る（耳炎、副鼻腔炎、気管支炎、それだけでなく、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ：ｃｈｒｏｎｉｃ ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ ｐｕｌｍｏｎａｒｙ ｄｉｓｅａｓｅ）の増悪、慢性咳嗽、嚢胞性線維症（ＣＦ）の合併症および／またはＣＦの主因ならびに市中感染性肺炎（ＣＡＰ：ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ａｃｑｕｉｒｅｄ ｐｎｅｕｍｏｎｉａ））。したがって、本明細書で開示するｉｎ ｖｉｖｏ法を実施することによって、これらの疾患およびこれらの感染からの合併症もまた、予防または処置され得る。

【0471】

また、感染症は、口腔（う歯、歯周炎）で起こり、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｖｃｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓによって引き起こされ得る。また、感染症は、皮膚に局在し（膿瘍、「ブドウ球菌」感染、膿痂疹、熱傷の二次感染、ライム病）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＢｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｄｏｒｆｅｒｉによって引き起こされ得る。尿路感染症（ＵＴＩ：Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｕｒｉｎａｒｙ ｔｒａｃｔ）もまた処置することができ、典型的に、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉによって引き起こされる。胃腸管感染症（ＧＩ：Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｔｒａｃｔ）（下痢、コレラ、胆石、胃潰瘍）は、典型的に、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａ ｓｅｒｏｖａｒ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉによって引き起こされる。生殖器感染症は、典型的に、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅを含み、これによって引き起こされる。感染症は、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓによって引き起こされる膀胱の感染症または留置デバイスの感染症であり得る。典型的に、様々な細菌によって引き起こされる、埋入された補綴デバイス、例えば、人工臀部もしくは膝置換物、または歯科インプラント、または医療デバイス、例えば、ポンプ、カテーテル、ステントもしくはモニタリング系と関連付けられる感染症は、本明細書で開示する方法によって処置することができる。これらのデバイスは、本明細書で説明する作用物質でコーティングするか、またはこれにコンジュゲートすることができる。したがって、本明細書で開示するｉｎ ｖｉｖｏ法を実施することによって、これらの疾患およびこれらの感染症からの合併症もまた予防または処置することができる。

【0472】

また、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅによって引き起こされる感染は、本明細書で開示する方法によって処置することができ、それは、新生児における細菌性敗血症の主原因である。髄膜炎を引き起こし得るＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓによって引き起こされる感染もまた、処置することができる。

【0473】

したがって、本明細書で開示する方法に適用可能な投与経路には、鼻内、筋内、尿道、気管内、皮下、皮内、経皮、局所適用、静脈内、直腸、鼻、経口、吸入ならびに他の経腸および非経口投与経路が含まれる。投与経路は、作用物質および／または所望の効果に依存して、所望の場合、組み合わせられ、または調整され得る。活性剤は、単回用量で、または複数回用量で投与され得る。これらの方法および送達に好適な経路の実施形態には、全身性経路または局部経路が含まれる。概して、本明細書で開示する方法に好適な投与経路には、直接注射、経腸、非経口または吸入経路が含まれるが、これらに限定されない。

【0474】

吸入投与以外の非経口投与経路には、局所、経皮、皮下、筋内、眼窩内、嚢内、脊髄内、胸骨内および静脈内経路、すなわち、消化管を通る経路以外の任意の投与経路が含まれるが、これらに限定されない。非経口投与は、阻害する作用物質（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ ａｇｅｎｔ）の全身性または局所送達をもたらすように行われ得る。全身送達が所望される場合、投与は、典型的に、医薬調節物の浸潤性または全身吸収性の局所投与または粘膜投与を含む。

【0475】

また、本明細書で開示する作用物質は、経腸投与によって対象に送達され得る。経腸投与経路には、経口および直腸（例えば、坐剤を使用する）送達が含まれるが、これらに限定されない。

【0476】

皮膚または粘膜を通した活性剤の投与の方法には、好適な医薬調製物の局所適用、経皮的伝達、経皮伝達、注射および上皮投与が含まれるが、これらに限定されない。経皮伝達のために、吸収促進剤またはイオン導入は、好適な方法である。イオン導入伝達は、製品を、壊れていない皮膚を通して電気パルスを介して連続的に数日間またはそれよりも長い期間の間送達する市販の「パッチ」を使用して達成することができる。

【0477】

本明細書で開示する方法の様々な実施形態では、干渉する作用物質は、連続して毎日のように、少なくとも１日１回（ＱＤ）および様々な実施形態では、１日２回（ＢＩＤ）、３回（ＴＩＤ）またはさらに４回、吸入により、注射により、または経口で投与される。典型的に、治療有効１日量は、少なくとも約１ｍｇ、または少なくとも約１０ｍｇ、または少なくとも約１００ｍｇ、または約２００～約５００ｍｇ、およびときには、化合物に依存して、最大で約１ｇ～約２．５ｇほどである。

【0478】

投与（Ｄｏｓｉｎｇ ｏｆ）は、カプセル剤、錠剤、経口懸濁剤、筋内注射用懸濁剤、静脈内点滴用懸濁剤、局所適用用ゲル剤（ｇｅｔ）もしくはクリーム剤、または関節内注射用懸濁剤を使用して、本明細書で開示する方法に従って達成することができる。

【0479】

本明細書で説明する組成物の投与量、毒性および治療的有効性は、例えば、ＬＤ５０（集団の５０％に致死的な用量）およびＥＤ５０（集団の５０％において治療的に有効な用量）を決定するための、細胞培養物または実験動物における標準の薬学的手順によって決定することができる。毒性効果と治療効果との間の用量比は、治療指数であり、それは、比ＬＤ５０／ＥＤ５０として表すことができる。ある特定の実施形態では、組成物は、高い治療指数を示す。毒性副作用を示す化合物が使用され得る一方で、非感染細胞への潜在的損傷を最小限にし、それによって、副作用を低減するために、そのような化合物を、罹患組織部位を標的とする送達系を設計するように注意を払うべきである。

【0480】

細胞培養アッセイおよび動物研究から得たデータは、ヒトにおける使用のためのある範囲の投与量を製剤化するために使用され得る。そのような化合物の投与量は、ある特定の実施形態では、毒性をほとんどまたは全く有しないＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内にある。投与量は、使用される剤形および利用される投与経路に依存して、この範囲内で変動し得る。本方法において使用される任意の化合物について、治療有効用量は、最初に細胞培養アッセイから見積もることができる。用量は、細胞培養物において決定されたＩＣ５０（すなわち、症状の最大半量の阻害を達成する試験化合物の濃度）を含む循環血漿濃度範囲を達成するように動物モデルにおいて製剤化され得る。そのような情報は、ヒトにおける有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。血漿中のレベルは、例えば、高速液体クロマトグラフィーによって、測定され得る。

【0481】

一部の実施形態では、治療効果または予防効果を達成するために十分な組成物の有効量は、１投与当たり体重１キログラム当たり約０．０００００１ｍｇ～１投与当たり体重１キログラム当たり約１０，０００ｍｇに及ぶ。好適には、投与量範囲は、１投与当たり体重１キログラム当たり約０．０００１ｍｇ～１投与当たり体重１キログラム当たり約１００ｍｇである。投与は、初期用量として提供され、続いて１つまたは複数の「ブースター」用量が提供され得る。ブースター用量は、初期用量の１日、２日、３日、１週間、２週間、３週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月または１２ヶ月後に提供され得る。一部の実施形態では、ブースター用量は、前の投与に対する対象の応答の評価後に投与される。

【0482】

当業者は、非限定的に、疾患または障害の重症度、以前の処置、対象の健康全般および／または年齢ならびに存在する他の疾患を含む、ある特定の因子が、対象を有効に処置するために必要とされる投与量および時間調整に影響を及ぼし得ることを理解する。さらに、治療有効量の本明細書で説明する治療組成物による対象の処置は、単回処置または一連の処置を含み得る。

【0483】

ポリペプチド
また、アミノ末端またはカルボキシ末端のいずれか（または両方）に最大２５個、またはあるいは２０個、またはあるいは１５個、またはあるいは最大１０個、またはあるいは最大５個のランダムアミノ酸が付加された抗体、その抗原結合断片、ＣＤＲ、およびその各々の等価物の重鎖および軽鎖を含む単離されたポリペプチドも本明細書に提供される。

【0484】

一態様では、配列番号１～１４もしくは２４～２７の群のアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる単離されたポリペプチドが本明細書に提供される。ポリペプチドは、検出可能なまたは精製マーカーをさらに含み得る。

【0485】

本開示はまた、単離されたポリペプチドまたは断片またはその各々の等価物の１４個全てのうちの２つもしくはそれよりも多く、または３つもしくはそれよりも多く、４つもしくはそれよりも多く、５つもしくはそれよりも多く、６個もしくはそれよりも多く、７個もしくはそれよりも多く、８個もしくはそれよりも多く、９個もしくはそれよりも多く、１０個もしくはそれよりも多く、１１個もしくはそれよりも多く、１２個もしくはそれよりも多く、１３個もしくはそれよりも多くを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる単離されたまたは組換えポリペプチドも提供する。

【0486】

上記の実施形態のいずれにおいても、ペプチドリンカーを、ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に付加することができる。「リンカー」または「ペプチドリンカー」は、ポリペプチド配列のＮ末端またはＣ末端のいずれかに連結されたペプチド配列を指す。一態様では、リンカーは、約１～約２０アミノ酸残基の長さまたはあるいは２～約１０、約３～約５アミノ酸残基の長さである。ペプチドリンカーの例は、Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ（配列番号３３）である。他の例には、Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ（配列番号３４）；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ；Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ（配列番号３５）；Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ（配列番号３６）およびＳｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ（配列番号３７）が含まれる。

【0487】

一部の態様では、ポリヌクレオチドのいずれかまたは両方は、可変ドメイン、鎖、ＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片、またはＣＤＲの上流に位置するシグナルペプチドコードポリヌクレオチド配列をさらに含む。ポリヌクレオチドの発現のための追加の調節エレメントは、一部の実施形態では、ポリペプチドの発現および／または複製のために作動可能に連結される。これらのエレメントは、当該技術分野で公知であり、例えば、プロモーター、エンハンサーまたはベクターエレメントを含む。一態様では、本明細書で開示するＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片または本明細書で開示する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片のいずれかまたは両方は、可変ドメイン、鎖、ＣＤＲ、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片の上流に位置するシグナルペプチドをさらに含む。

【0488】

本明細書に開示される単離されたポリペプチドは、原核宿主細胞および真核宿主細胞からの組換えにより産生されたポリペプチドおよびタンパク質、ならびにそのムテイン、アナログ、および断片を含むことが意図され、そのような細胞の例は上述の通りである。一部の実施形態では、用語はまた、本明細書に記載される抗体および抗イディオタイプ抗体も含む。そのようなポリペプチドは、当技術分野で公知の、および本明細書に簡潔に説明される方法を使用して単離または産生され得る。

【0489】

野生型ポリペプチドまたはタンパク質の機能的等価物またはバリアント、例えばアミノ酸の保存的アミノ酸置換を有するものもまた、本開示の範囲内であると理解される。

【0490】

さらなる態様では、例えばＰＥＧ化、ＰＥＧミメティック、ポリシアリル化、ＨＥＳ化、またはグリコシル化のように、ポリペプチドを検出可能な標識または作用物質にコンジュゲートまたは連結して、ポリペプチドの半減期を増加させる。適した標識は当技術分野で公知であり、本明細書に記載される。

【0491】

またさらなる態様では、検出可能な標識を有するまたは有しないポリペプチドは、宿主原核細胞または樹状細胞などの真核宿主細胞の表面上に含有され得るか、または発現させることができる。

【0492】

タンパク質およびポリペプチドは、精製、化学合成および組換え法を含む当業者に公知の多くのプロセスにより入手可能である。ポリペプチドは、抗体を用いた免疫沈降などの方法、ならびにゲル濾過、イオン交換、逆相およびアフィニティークロマトグラフィーなどの標準的な技術により、宿主細胞系などの調製物から単離され得る。このような方法については、例えば、Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒら、（１９９９）Ｇｕｉｄｅ Ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｖｏｌ．１８２，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ）を参照のこと。したがって、本開示はまた、これらのポリペプチドを得るためのプロセス、ならびにこれらのプロセスにより取得可能なおよび得られた生成物を提供する。

【0493】

ポリペプチドはまた、市販の自動ペプチド合成機、例えばＰｅｒｋｉｎ／Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．，Ｍｏｄｅｌ ４３０Ａまたは４３ｌＡ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡにより製造されたものを使用して化学合成により得られ得る。合成したポリペプチドを沈殿させ、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）によりさらに精製し得る。したがって、本開示はまた、タンパク質の配列および試薬、例えばアミノ酸および酵素を提供し、適切な配向および線状配列でアミノ酸を一緒に連結することにより、本明細書に開示のタンパク質を化学的に合成するためのプロセスを提供する。

【0494】

あるいは、タンパク質およびポリペプチドは、例えば、本明細書に記載される宿主細胞およびベクター系を使用して、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲に記載されている周知の組換え法により得られ得る。

【0495】

また、診断方法に使用するために検出可能な作用物質にコンジュゲートされた本明細書に記載されるポリペプチドもまた、本出願によって提供される。例えば検出可能に標識したポリペプチドをカラムに結合させて、抗体の検出および精製のために使用することができる。それらはまた、抗体産生のための免疫原としても有用である。本明細書に開示されるポリペプチドは、細胞プロセスをモジュレートする作用物質または薬物についてスクリーニングするためのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイ系において有用である。別の態様では、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの尾部領域（ＩＨＦもしくはＨＵの尾部領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの尾部領域、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に対して特異的である抗体は、バイオフィルムの検出のための診断アッセイにおいて特に有用であり、単独で、または本明細書に記載される１つもしくは複数の抗体と組み合わせて使用することができる。一態様では、尾部領域に対して特異的な抗体は、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドの先端領域（ＩＨＦもしくはＨＵの先端領域、ＩＨＦＡもしくはＩＨＦＢの先端領域、および／または先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩを含むがこれらに限定されない）に対して特異的な抗体またはその抗原結合断片のためのコンパニオン診断として使用される。ＤＮＡＢＩＩポリペプチドは、ＩＦＨまたはＨＵポリペプチドであり得る。

【0496】

本明細書に開示されるペプチドに改変を行って、変更された特性をペプチドに提供できることは、当業者に周知である。本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、グリシンならびにＤおよびＬ光学異性体の両方を含む天然および／または非天然もしくは合成アミノ酸のいずれか、アミノ酸アナログおよびペプチドミメティクスを指す。３つまたはそれよりも多くのアミノ酸のペプチドは、ペプチド鎖が短い場合には一般的にオリゴペプチドと呼ばれる。ペプチド鎖が長い場合、ペプチドは一般的にポリペプチドまたはタンパク質と呼ばれる。

【0497】

本明細書で開示されるペプチドは、非天然アミノ酸を含むように改変することができる。よって、ペプチドは、ペプチドに特別な特性を伝えるために、Ｄアミノ酸、Ｌアミノ酸の組合せ、および様々な「デザイナー」アミノ酸（例えば、ベータ－メチルアミノ酸、Ｃ－アルファ－メチルアミノ酸、およびＮ－アルファ－メチルアミノ酸等）を含み得る。その上、特定のカップリングステップで特定のアミノ酸を割付することによって、アルファヘリックス、ベータターン、ベータシート、ガンマターンを有するペプチド、および環状ペプチドを生成することができる。一般的に、アルファ－ヘリックス二次構造またはランダム二次構造は特に有用であり得ると考えられる。

【0498】

本明細書に開示されるポリペプチドはまた、様々な固相担体、例えば埋込物、ステント、ペースト、ゲル、歯科インプラントもしくは医療用インプラント、または液相担体、例えばビーズ、滅菌溶液もしくは水溶液、薬学的に許容され得る担体、薬学的に許容され得るポリマー、リポソーム、ミセル、懸濁液およびエマルジョンと組み合わされ得る。非水性溶媒の例としては、プロピルエチレングリコール、ポリエチレングリコールおよび植物油が挙げられる。インビボで抗体を調製するかまたは免疫反応を誘導するために使用される場合、担体はまた、特異的免疫反応を非特異的に増大させるために有用なアジュバントを含み得る。当業者は、アジュバントが必要であるかを容易に決定し、それを選択し得る。しかしながら、単に例示目的で、適切なアジュバントとしては、限定されないが、フロイント完全アジュバントおよびフロイント不完全アジュバント、無機塩類およびポリヌクレオチドが挙げられる。他の適切なアジュバントとしては、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、大腸菌易熱性エンテロトキシンの変異体誘導体、コレラ毒素の変異体誘導体、ＣＰＧオリゴヌクレオチドおよびスクアレンに由来するアジュバントが挙げられる。

【0499】

本開示はまた、本明細書に開示されるポリペプチド、アナログ、ムテイン、または断片のいずれかを単独で、または互いにもしくは他の作用物質、例えば抗生物質および許容される担体または固相支持体と組み合わせて含むか、またはあるいは本質的にそれからなるか、またはまたさらにそれからなる医薬組成物または組合せ物も提供する。これらの組成物または組合せ物は、本明細書に記載される様々な診断および治療方法にとって有用である。

【0500】

ポリヌクレオチド
本開示はまた、上記で特定されている抗体、その断片、ＣＤＲ、単離されたまたは組換えポリペプチドの１つまたはそれよりも多くをコードする単離されたまたは組換えポリヌクレオチドおよびそれらの各相補鎖を提供する。単離されたまたは組換えポリヌクレオチドを含むベクターがさらに提供され、その例は当技術分野で公知であり、本明細書に簡単に記載されている。１つを超える単離されたまたは組換えポリヌクレオチドが単一ユニットとして発現させるべき一態様では、単離されたまたは組換えポリヌクレオチドは、ポリシストロン性ベクター内に含有され得る。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｍＲＮＡまたは干渉ＲＮＡ、例えばｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡまたはｄｓＲＮＡであり得る。

【0501】

別の態様では、本開示は、ＤＮＡの微生物バイオフィルム中のポリペプチドまたはタンパク質への結合に干渉するポリヌクレオチド、またはホリデイジャンクションに類似する４方向ジャンクションのポリヌクレオチド、複製フォークに類似する３方向ジャンクションのポリヌクレオチド、固有の柔軟性を有するポリヌクレオチド、またはベントポリヌクレオチドである干渉作用物質を提供し、それらはＤＮＡＢＩＩポリヌクレオチド（ＨＵまたはＩＨＦ）が微生物ＤＮＡに結合するのを処置または阻害することができ、同様にバイオフィルム形成および関連する感染症および障害を処置、予防、または阻害することができる。当業者は本明細書に提供される情報および当業者の知識を使用して、そのようなポリヌクレオチドを作製することができる。Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｋａｙ （１９９９） Ｊ． Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍ． ２７４（５２）：３７００４－３７０１１およびＫａｍａｓｈｅｖ ａｎｄ Ｒｏｕｖｉｅｒｅ－Ｙａｎｉｖ （２０００） ＥＭＢＯ Ｊ． １９（２３）：６５２７－６５３５を参照されたい。

【0502】

本開示はさらに、ＲＮＡ転写のプロモーターならびにＤＮＡまたはＲＮＡの複製および／または一過性発現もしくは安定的発現のための他の調節配列に機能的に連結された単離されたまたは組換えポリヌクレオチドを提供する。本明細書で使用される場合、「機能的に連結された」という用語は、プロモーターが、ＤＮＡ分子からのＲＮＡの転写を指令するように配置されていることを意味する。このようなプロモーターの例は、ＳＰ６、Ｔ４およびＴ７である。特定の実施形態では、細胞特異的プロモーターは、挿入されたポリヌクレオチドの細胞特異的発現に使用される。終始コドンおよび選択マーカー配列、ならびにＤＮＡの挿入片がそのプロモーターに機能的に連結され得るクローニング部位と共にプロモーターまたはプロモーター／エンハンサーを含有するベクターが当技術分野で公知であり、市販されている。一般的な方法およびクローニング戦略については、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｇｏｅｄｄｅｌ ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９９１））およびそこで引用されている参照文献、ならびに様々な適切なベクターについてのマップ、機能的特性、商業的供給業者およびＧｅｎＥＭＢＬ受託番号の参照を含有するＥｓｓｅｎｔｉａｌ Ｄａｔａ Ｓｅｒｉｅｓ（Ｇａｃｅｓａ ａｎｄ Ｒａｍｊｉ，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９４））を参照のこと。

【0503】

一実施形態では、本明細書に開示のポリヌクレオチド由来のポリヌクレオチドは、本明細書に記載される診断的および治療的有用性を有するポリペプチドまたはタンパク質、ならびにタンパク質の転写産物を同定するためのプローブ（これは存在してもよいしまたは存在しなくてもよい）をコードする。これらの核酸断片は、例えば、より大きなポリヌクレオチドの制限酵素消化により調製され、次いで、検出可能なマーカーで標識され得る。あるいは、ランダム断片は、分子のニックトランスレーションを使用して生成され得る。このような断片の調製および標識のための方法については、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲を参照のこと。

【0504】

これらの核酸を含有する発現ベクターは、タンパク質およびポリペプチドを産生するための宿主ベクター系を得るために有用である。これらの発現ベクターは、宿主生物において、エピソームとして、または染色体ＤＮＡの不可欠な一部として複製可能でなければならないことが示されている。適切な発現ベクターの非限定的な例としては、プラスミド、酵母ベクター、ウイルスベクターおよびリポソームが挙げられる。インビトロおよびインビボの両方における高レベルの発現および細胞の効率的な形質転換により、アデノウイルスベクターはインビボで遺伝子を組織に導入するために特に有用である。核酸が適切な宿主細胞、例えば原核または真核細胞および宿主細胞複製物に挿入される場合、タンパク質は組換え的に産生され得る。適切な宿主細胞はベクターに依存し、公知の方法を使用して構築された哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞および細菌細胞を含み得る。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲を参照のこと。細胞への外因性核酸の挿入のためのウイルスベクターの使用に加えて、核酸は、当技術分野で公知の方法、例えば細菌細胞のための形質転換；哺乳動物細胞のための、リン酸カルシウム沈降を使用したトランスフェクション；またはＤＥＡＥ－デキストラン；エレクトロポレーション；またはマイクロインジェクションにより、宿主細胞に挿入され得る。方法についてはＳａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲を参照のこと。したがって、本開示はまた、タンパク質またはポリペプチドまたは抗体をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞、例えば哺乳動物細胞、動物細胞（ラットまたはマウス）、ヒト細胞または原核細胞、例えば細菌細胞を提供する。

【0505】

ポリヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド、例えば、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリヌクレオチドの組立て前または後に与えられ得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド構成成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、標識化構成成分とのコンジュゲーションによって、重合化後にさらに修飾してもよい。また、この用語は、二本鎖および一本鎖分子の両方を指す。別に特定または要求されない限り、ポリヌクレオチドである本明細書で開示する任意の実施形態は、二本鎖形態、および二本鎖形態を構成することが公知または予想される２つの相補的一本鎖形態の各々の両方を包含する。

【0506】

ベクターが、インビボまたはエクスビボで遺伝子療法として本明細書に開示の方法において使用される場合、複製能力欠損レトロウイルスまたはアデノウイルスベクターなどの薬学的に許容され得るベクターが、例示的であり（非限定的ではあるが）、特に有用であり得る。本明細書に開示の核酸を含有する薬学的に許容され得るベクターは、挿入されたポリヌクレオチドを一過性または安定的発現のためにさらに改変され得る。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容され得るベクター」という用語は、限定されないが、核酸を選択的に標的としそれを分裂細胞へと導入する能力を有するベクターまたは送達ビヒクルを含む。このようなベクターの例は、ウイルスタンパク質を産生して感染宿主細胞においてベクターを拡散させることができないことにより定義される「複製能力欠損」ベクターである。複製能力欠損レトロウイルスベクターの例は、ＬＮＬ６（Ｍｉｌｌｅｒら、（１９８９）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ７：９８０－９９０）である。遺伝子マーカーのレトロウイルス媒介遺伝子移入のために複製能力欠損レトロウイルスを使用する方法が確立されている（Ｂｏｒｄｉｇｎｏｎ（１９８９）ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８６：８９１２－８９５２；Ｃｕｌｖｅｒ（１９９１）ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８８：３１５５；およびＲｉｌｌ（１９９１）Ｂｌｏｏｄ ７９（１０）：２６９４－２７００）。

【0507】

本開示はまた、本明細書に開示のポリヌクレオチドを含有し、および／またはそれを発現する遺伝子改変細胞を提供する。遺伝子改変細胞は、上流調節配列、例えばプロモーターまたは遺伝子活性化因子の挿入により作製され得る（米国特許第５，７３３，７６１号を参照のこと）。一実施形態では、改変細胞は真核細胞または原核細胞である。

【0508】

ポリヌクレオチドは、細胞における核酸の検出および／または遺伝子の発現のために、検出可能マーカー、例えば酵素標識または放射性同位体にコンジュゲートされ得る。検出可能なシグナルを生じさせることができる蛍光リガンド、放射性リガンド、酵素リガンドまたは他のリガンド、例えばアビジン／ビオチンを含む多種多様な適切な検出可能なマーカーが当技術分野で公知である。一態様では、放射性試薬または他の環境的に望ましくない試薬に代えて、蛍光標識または酵素タグ、例えばウレアーゼ、アルカリホスファターゼまたはペルオキシダーゼを用いることが望まれる可能性がある。酵素タグの場合、熱量測定インジケーター基質（ｃａｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ ｉｎｄｉｃａｔｏｒ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）を用いて、相補的な核酸含有サンプルとの特異的ハイブリダイゼーションを同定するための、目視可能な手段または分光光度的に検出可能な手段を提供し得る。したがって、本開示はさらに、相補的一本鎖ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションが可能になる条件下で（必要に応じて、中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件）、または必要に応じて高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標的一本鎖ポリヌクレオチドを、本明細書に開示のポリヌクレオチドの一部である標識一本鎖ポリヌクレオチド（プローブ）と接触させることにより、一本鎖ポリヌクレオチドまたはその相補体を検出するための方法を提供する。ハイブリダイズしたポリヌクレオチド対は、ハイブリダイズしなかった一本鎖ポリヌクレオチドから分離される。ハイブリダイズしたポリヌクレオチド対は、当業者に公知の方法、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら（１９８９年）前掲に記載されている方法を使用して検出される。

【0509】

本開示で具体化されるポリヌクレオチドは、化学合成、組換えクローニング法、ＰＣＲまたはそれらの任意の組み合わせを使用して得られ得る。化学的なポリヌクレオチド合成は当技術分野で公知であり、本明細書に詳細に記載される必要はない。当業者は、本明細書で提供される配列データを使用して、ＤＮＡ合成機を用いることにより、または商業的サービスを依頼することにより所望のポリヌクレオチドを得ることができる。

【0510】

本明細書に開示のポリヌクレオチドは、ＰＣＲを使用して単離または複製され得る。ＰＣＲ技術は、米国特許第４，６８３，１９５、米国特許第４，８００，１５９、米国特許第４，７５４，０６５、米国特許第４，６８３，２０２号の主題であり、ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ（Ｍｕｌｌｉｓら、ｅｄｓ．，Ｂｉｒｋｈａｕｓｅｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｓｔｏｎ（１９９４））またはＭａｃＰｈｅｒｓｏｎら、（１９９１）および（１９９５）上記、ならびにそこで引用されている参考文献に記載されている。あるいは、当業者は、本明細書で提供される配列および市販のＤＮＡ合成機を使用して、ＤＮＡを複製し得る。したがって、本開示はまた、ポリヌクレオチドの線状配列、ヌクレオチド、適切なプライマー分子、化学物質、例えば酵素およびそれらを複製のための指示を提供し、ポリヌクレオチドを得るために適切な方向でヌクレオチドを化学的に複製または連結することにより、本明細書に開示のポリヌクレオチドを得るためのプロセスを提供する。別の実施形態では、これらのポリヌクレオチドはさらに単離される。なおさらに、当業者は、複製および増幅のために、ポリヌクレオチドを適切な複製ベクターに挿入し、ベクターを適切な宿主細胞（原核または真核細胞）に挿入し得る。そのようにして増幅されたＤＮＡは、当業者に公知の方法により、細胞から単離され得る。この方法によりポリヌクレオチドを得るためのプロセス、およびそのようにして得られたポリヌクレオチドが本明細書でさらに提供される。

【0511】

ＲＮＡは、最初に、ＤＮＡポリヌクレオチドを適切な宿主細胞に挿入することにより得られ得る。ＤＮＡは、任意の適切な方法により、例えば、適切な遺伝子送達ビヒクル（例えば、リポソーム、プラスミドまたはベクター）の使用により、またはエレクトロポレーションにより送達され得る。細胞が複製してＤＮＡがＲＮＡに転写されたら、次いで、ＲＮＡは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲に記載されている当業者に公知の方法を使用して単離され得る。例えば、ｍＲＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）前掲に記載されている手順にしたがって、様々な溶菌酵素または化学溶液を使用して単離され得、製造業者により提供される添付の指示にしたがって、核酸結合樹脂により抽出され得る。

【0512】

本明細書に開示のポリヌクレオチドとの配列相補性または相同性を示すポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションプローブとして、または本明細書で同定された特定のポリヌクレオチドの同等物として有用である。転写産物の完全なコード配列は公知であるので、この配列または相同配列の任意の部分は、本明細書に開示の方法において使用され得る。

【0513】

「完全に一致する」プローブは、特異的なハイブリダイゼーションに必要ではないことが当技術分野で公知である。少数の塩基の置換、欠失または挿入により達成されるプローブ配列の軽微な変化は、ハイブリダイゼーション特異性に影響を及ぼさない。一般に、２０％程度の塩基対ミスマッチ（最適にアラインメントされた場合）が許容され得る。一部の実施形態では、前述のｍＲＮＡを検出するために有用なプローブは、相同領域と少なくとも約８０％同一である。より好ましくは、プローブは、相同領域のアラインメント後に、対応する遺伝子配列と８５％同一であり、一部の実施形態では、それは９０％の同一性を示す。

【0514】

これらのプローブは、様々な細胞またはこれらの細胞を含有する組織を検出、予後診断、診断またはモニタリングするために、ラジオアッセイ（例えば、サザンおよびノーザンブロット分析）において使用され得る。プローブはまた、本明細書に開示のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現の検出のためのハイスループットスクリーニングアッセイにおいて使用するために、チップなどの固体支持体またはアレイに結合され得る。したがって、本開示は、ハイスループットスクリーニングにおいて使用するために固体支持体に結合された本明細書に開示のポリヌクレオチドまたはその同等物またはその相補体またはその断片を含むかまたはそれに対応するプローブを提供する。

【0515】

断片の合計サイズおよび相補的ストレッチのサイズは、特定の核酸セグメントの目的の使用または適用に依存する。より小さな断片は、一般に、ハイブリダイゼーション実施形態において使用され、相補領域の長さは、例えば、少なくとも５から１０から約１００ヌクレオチドまでの間で、またはさらには検出したい相補配列に応じて全長で変動し得る。

【0516】

ハイブリッドの安定性および選択性を増加させ、それにより、得られる特定のハイブリッド分子の特異性を改善するために、５～１０ヌクレオチド長を超えるストレッチにわたる相補配列を有するヌクレオチドプローブが一般によく適している。ある特定の実施形態では、１０ヌクレオチド長もしくはそれを超えるまたは５０ヌクレオチド長もしくはそれを超えるまたはさらには所望の場合にはより長い遺伝子相補的ストレッチを有するポリヌクレオチドを設計し得る。このような断片は、例えば、化学的手段により断片を直接合成することにより、核酸複製技術、例えば米国特許第４，６０３，１０２号に記載されている２つのプライミングオリゴヌクレオチドを用いたＰＣＲ技術の適用により、または組換え産生のために選択配列を組換えベクターに導入することにより容易に調製され得る。一態様では、プローブは、約５０～７５ヌクレオチド長もしくはそれを超えるあるいは５０～１００ヌクレオチド長である。

【0517】

本開示のポリヌクレオチドは、本明細書に記載される細胞において発現される遺伝子または遺伝子転写産物の検出のためのプライマーとして機能し得る。この文脈では、増幅は、妥当な忠実度で標的配列を複製することができるプライマー依存的ポリメラーゼを用いる任意の方法を意味する。増幅は、天然または組換えＤＮＡポリメラーゼ、例えばＴ７ ＤＮＡポリメラーゼ、大腸菌ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ断片および逆転写酵素により行われ得る。単に例示目的で、プライマーは、プローブについて特定されているものと同じ長さである。

【0518】

ポリヌクレオチドを増幅するための１つの方法はＰＣＲであり、ＰＣＲ増幅のためのキットは市販されている。増幅後、得られるＤＮＡ断片は、当技術分野で公知の任意の適切な方法により、例えば、アガロースゲル電気泳動、続いて、臭化エチジウム染色および紫外線照射による可視化により検出され得る。

【0519】

有効量の遺伝子送達ベクターまたはビヒクルを細胞に投与するための方法は開発されており、当業者に公知であり、本明細書に記載されている。細胞における遺伝子発現を検出するための方法は当技術分野で公知であり、ＤＮＡマイクロアレイへのハイブリダイゼーション、インサイチューハイブリダイゼーション、ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護アッセイおよびノーザンブロット分析などの技術が挙げられる。このような方法は、細胞における遺伝子の発現を検出および定量するために有用である。あるいは、コードされるポリペプチドの発現は、様々な方法により検出され得る。特に、標的ポリペプチドと特異的に反応性であるポリクローナルまたはモノクローナル抗体を調製することが有用である。このような抗体は、例えば、免疫組織学法、ＥＬＩＳＡおよびウエスタンブロット法などの技術を使用して、ポリペプチドを発現する細胞を可視化するために有用である。これらの技術は、発現されたポリヌクレオチドの発現レベルを決定するために使用され得る。

【0520】

産生方法
抗体、断片、ＣＤＲ、またはポリペプチドを産生する方法であって、本明細書で開示する抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、またはＣＤＲおよびＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞を、ポリヌクレオチドの発現のための条件下で培養すること、ならびに必要に応じて、細胞および／または培養物から、本明細書で開示する抗体、抗原結合断片、ＣＤＲポリペプチド、および／またはＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片を単離するステップを含むか、またはあるいは、それからなるか、またはまたさらにそれからなる方法もまた提供される。その上、ポリヌクレオチドの発現のための条件下の、本明細書で開示する抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、ＣＤＲ、および／またはＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片をコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞が提供される。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞または原核細胞である。さらなる実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
組成物

【0521】

組成物がさらに提供される。組成物は、担体と、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞、本明細書に開示される小分子または抗体、および／または本明細書に開示される抗原結合断片のうちの１つまたは複数とを含む。担体は、固体支持体または薬学的に許容される担体のうちの１つまたは複数となることができる。組成物は、アジュバントまたはワクチンとしての投与に適した他の成分をさらに含むことができる。一態様では、組成物は、１つまたは複数の薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、担体および／またはアジュバントと共に製剤化される。加えて、本開示の組成物の実施形態は、１つまたは複数の薬学的に許容される物質と共に製剤化された、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される小分子、単離された宿主細胞または本開示の抗体もしくはその抗原結合断片のうちの１つまたは複数を含む。

【0522】

経口調製物のため、本明細書に記載される単離されたまたは組換えポリペプチド、本明細書に記載される単離されたまたは組換えポリヌクレオチド、本明細書に記載されるベクター、本明細書に記載される単離された宿主細胞、本明細書に記載される小分子または抗体もしくはその抗原結合断片のうちいずれか１つまたは複数を、単独で使用するか、または錠剤、散剤、顆粒剤またはカプセル剤を作製するための適切な添加物と組み合わせて、例えば、ラクトース、マンニトール、トウモロコシデンプンまたはジャガイモデンプン等の従来の添加物と；結晶性セルロース、セルロース誘導体、アカシア、トウモロコシデンプンまたはゼラチン等の結合剤と；トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプンまたはカルボキシメチルセルロースナトリウム等の崩壊剤と；タルクまたはステアリン酸マグネシウム等の滑沢剤と；および所望であれば、希釈剤、緩衝剤、保湿剤、保存剤および香味剤と、組み合わせて化合物を含むもしくはこれから本質的になる本明細書に開示される医薬製剤において使用することができる。薬学的に適合性な結合剤（ｂｉｎｄｉｎｇ ａｇｅｎｔ）および／またはアジュバント材料が、組成物の一部として含まれてよい。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などは、次の成分または同様の性質の化合物のいずれかを含有することができる：微結晶性セルロース、トラガカントゴムもしくはゼラチン等の結合剤（ｂｉｎｄｅｒ）；デンプンもしくはラクトース等の賦形剤、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇｅｌもしくはトウモロコシデンプン等の崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムもしくはＳｔｅｒｏｔｅｓ等の滑沢剤；コロイド性二酸化ケイ素等の滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）；スクロースもしくはサッカリン等の甘味剤；またはペパーミント、サリチル酸メチルもしくはオレンジ香味料等の香味剤。

【0523】

経口投与に適した医薬製剤および単位用量形態は、慢性状態、感染症の処置、および患者が薬物を自己投与する治療法において特に有用である。一態様では、製剤は、小児投与に特異的である。

【0524】

本開示は、医薬製剤を提供し、この医薬製剤において、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞、または本明細書に開示される抗体もしくはその抗原結合断片のうちの１つまたは複数は、これらを、植物油もしくは他の同様の油、合成脂肪族酸グリセリド、高級脂肪族酸のエステル、またはプロピレングリコール等の水性または非水性溶媒に溶解、懸濁または乳化することにより、本開示に従って注射用調製物へと、所望であれば、可溶化剤、等張剤、懸濁化剤、乳化剤、安定剤および保存剤または他の抗微生物剤等の従来の添加物と共に、製剤化され得る。そのようなものの非限定的な例は、表面抗原、例えば、ＯＭＰ Ｐ５、ＯＭＰ ２６、ＯＭＰ Ｐ２またはＩＶ型ピリンタンパク質（Ｊｕｒｃｉｓｅｋ ａｎｄ Ｂａｋａｌｅｔｚ （２００７） Ｊ． ｏｆ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ １８９（１０）：３８６８－３８７５およびＭｕｒｐｈｙ， Ｔ Ｆ， Ｂａｋａｌｅｔｚ， Ｌ Ｏ ａｎｄ Ｓｍｅｅｓｔｅｒｓ， Ｐ Ｒ （２００９） Ｔｈｅ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２８：Ｓ１２１－Ｓ１２６を参照）等の他のワクチン成分、および抗菌剤等の抗微生物剤である。静脈内投与のため、適した担体は、生理的静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬ（商標）（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。全ての事例において、非経口投与のための組成物は、滅菌されていなければならず、容易に注射できる程度まで流動性があるべきである。

【0525】

本開示によって提供されるエアロゾル製剤は、吸入により投与することができ、噴射剤または非噴射剤ベースとなることができる。例えば、本明細書に開示される医薬製剤の実施形態は、例えばジクロロジフルオロメタン、プロパン、窒素などの加圧された許容される噴射剤中に製剤化された本明細書に開示される化合物を含む。吸入による投与のため、化合物は、適した噴射剤、例えば、二酸化炭素等のガスを含有する加圧された容器もしくはディスペンサーまたはネブライザーからエアロゾルスプレーの形態で送達することができる。非噴射剤の非限定的な例は、機械力（すなわち、指でピストンを押し下げること、または容器の壁に加えられる圧縮力もしくは壁それ自体によって、例えば、弾性嚢によって及ぼされる弾性力等、容器の圧縮による）を用いて閉鎖容器から駆出されるポンプスプレーである。

【0526】

本明細書に開示される坐剤は、本明細書に開示される化合物を、乳化基剤または水溶性基剤等の種々の基剤のいずれかと混合することにより調製することができる。本明細書に開示される化合物のこのような医薬製剤の実施形態は、坐剤により直腸投与することができる。坐剤は、体温で融解するが室温で凝固する、カカオバター、カルボワックス（ｃａｒｂｏｗａｘ）およびポリエチレングリコール等の媒体を含むことができる。

【0527】

シロップ剤、エリキシル剤および懸濁剤等、経口または直腸投与のための単位剤形を提供することができ、各投薬量単位、例えば、茶匙１杯（ｔｅａｓｐｏｏｎｆｕｌ）、食匙１杯（ｔａｂｌｅｓｐｏｏｎｆｕｌ）、錠剤または坐剤は、本明細書に開示される１つまたは複数の化合物を含有する組成物の所定の量を含有する。同様に、注射または静脈内投与のための単位剤形は、滅菌水、生理的食塩水（ｎｏｒｍａｌ ｓａｌｉｎｅ）または別の薬学的に許容される担体中の液剤としての組成物中に本明細書に開示される化合物を含むことができる。

【0528】

本明細書に開示される医薬製剤の実施形態は、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本開示における使用のための小分子、本明細書に開示される単離された宿主細胞または本明細書に開示される抗体もしくはその抗原結合断片のうちの１つまたは複数が、注射用組成物中に製剤化される実施形態を含む。本明細書に開示される注射用医薬製剤は、液体の液剤もしくは懸濁剤として；または注射に先立つ液体媒体への溶解もしくは懸濁に適した固体形態として調製される。本明細書に開示される医薬製剤の他の実施形態に従って、調製物は、乳化することもできる、またはリポソーム媒体に被包された活性成分となることもできる。

【0529】

ある実施形態では、本明細書に開示される単離されたポリペプチド、本明細書に開示される単離されたポリヌクレオチド、本明細書に開示されるベクター、本明細書に開示される単離された宿主細胞または本明細書に開示される抗体もしくはその抗原結合断片のうちの１つまたは複数は、持続的送達系による送達のために製剤化される。用語「持続的送達系」は、「制御された送達系」と互換的に本明細書で使用され、そのうち多種多様なものが当技術分野で公知である、カテーテル、注射デバイスなどと組み合わせた、持続的（例えば、制御された）送達デバイス（例えば、ポンプ）を包含する。

【0530】

機械的または電気機械的注入ポンプも、本開示による使用に適する場合がある。斯かるデバイスの例は、例えば、米国特許第４，６９２，１４７号；同第４，３６０，０１９号；同第４，４８７，６０３号；同第４，３６０，０１９号；同第４，７２５，８５２号；同第５，８２０，５８９号；同第５，６４３，２０７号；同第６，１９８，９６６号などに記載されているデバイスを含む。一般に、本明細書に開示される化合物の送達は、種々の詰め替え可能なポンプシステムのいずれかを使用して達成することができる。ポンプは、経時的に一貫した制御放出をもたらす。一部の実施形態では、本明細書に開示される化合物は、薬物不透過性リザーバー内の液体製剤中に存在し、持続的様式で個体に送達される。

【0531】

一実施形態では、薬物送達系は、少なくとも部分的に植込み型デバイスである。植込み型デバイスは、当技術分野で周知の方法およびデバイスを使用して、いずれか適した植込み部位に植え込むことができる。植込み部位は、薬物送達デバイスが導入され置かれる、対象の身体内の部位である。植込み部位は、真皮下、皮下、筋肉内、または対象の身体内の他の適した部位を含むが、これらに必ずしも限定されない。皮下植込み部位は、一部の実施形態では、薬物送達デバイスの植込みおよび除去における便宜のために使用される。

【0532】

本開示における使用に好適な薬物放出デバイスは、種々の操作機序のいずれか、ポリマー、例えば、いくつかのベンダー、例えば、ＢｉｏＤｅｇｍｅｒおよびＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈから市販されているポリ（グリコリド－ｃｏ－ラクチド）（ＰＧＬＡ）などに基づくことができる。例えば、薬物放出デバイスは、拡散システム、対流システムまたは侵食性システム（例えば、侵食に基づくシステム）に基づくことができる。例えば、薬物放出デバイスは、電気化学的ポンプ、浸透圧ポンプ、電気浸透圧ポンプ、蒸気圧ポンプまたは浸透圧バーストマトリックスとなることができ、この場合、例えば、薬物は、ポリマー（例えば、ＰＧＬＡ）に取り込まれ、ポリマーは、薬物含浸ポリマー材料（例えば、生分解性、薬物含浸ポリマー材料）の分解に付随して薬物製剤の放出をもたらす。他の実施形態では、薬物放出デバイスは、電気拡散システム、電解ポンプ、発泡ポンプ、圧電ポンプ、加水分解システム等に基づく。

【0533】

機械的または電気機械的注入ポンプに基づく薬物放出デバイスも、本開示による使用に適する場合がある。斯かるデバイスの例は、例えば、米国特許第４，６９２，１４７号；同第４，３６０，０１９号；同第４，４８７，６０３号；同第４，３６０，０１９号；同第４，７２５，８５２号などに記載されているデバイスを含む。一般に、対象処置方法は、種々の詰め替え可能で交換不可能なポンプシステムのいずれかを使用して達成することができる。ポンプおよび他の対流システムは、それらには、経時的に一般的により一貫性のある制御放出があるという理由から利用することができる。浸透圧ポンプは、一部の実施形態では、それらには、より一貫性のある制御放出と比較的小さいサイズという複合的利点があるという理由から使用される（例えば、ＰＣＴ国際出願公開番号ＷＯ９７／２７８４０ならびに米国特許第５，９８５，３０５号および同第５，７２８，３９６号を参照）。本開示における使用に適した例示的な浸透圧により駆動されるデバイスは、米国特許第３，７６０，９８４号；同第３，８４５，７７０号；同第３，９１６，８９９号；同第３，９２３，４２６号；同第３，９８７，７９０号；同第３，９９５，６３１号；同第３，９１６，８９９号；同第４，０１６，８８０号；同第４，０３６，２２８号；同第４，１１１，２０２号；同第４，１１１，２０３号；同第４，２０３，４４０号；同第４，２０３，４４２号；同第４，２１０，１３９号；同第４，３２７，７２５号；同第４，６２７，８５０号；同第４，８６５，８４５号；同第５，０５７，３１８号；同第５，０５９，４２３号；同第５，１１２，６１４号；同第５，１３７，７２７号；同第５，２３４，６９２号；同第５，２３４，６９３号；同第５，７２８，３９６号などに記載されているデバイスを含むが、これらに必ずしも限定されない。本開示に適応され得るさらに例示的なデバイスは、Ｓｙｎｃｈｒｏｍｅｄ注入ポンプ（Ｍｅｄｔｒｏｎｉｃ）である。

【0534】

一部の実施形態では、薬物送達デバイスは、植込み型デバイスである。薬物送達デバイスは、当技術分野で周知の方法およびデバイスを使用して、いずれか適した植込み部位に植え込むことができる。本明細書に記述される通り、植込み部位は、薬物送達デバイスが導入され置かれる、対象の身体内の部位である。植込み部位は、真皮下、皮下、筋肉内、または対象の身体内の他の適した部位を含むが、これらに必ずしも限定されない。

【0535】

本明細書に開示される化合物に適した賦形剤媒体は、例えば、水、食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、およびこれらの組合せである。加えて、所望であれば、媒体は、湿潤剤または乳化剤またはｐＨ緩衝剤等、少量の補助的物質を含有することができる。斯かる剤形を調製する方法は、公知である、または本開示を考慮することにより、当業者には明らかとなる。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ， Ｅａｓｔｏｎ， Ｐａ．， １７ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ， １９８５を参照されたい。投与されるべき組成物または製剤は、いかなる場合であっても、処置されている対象における所望の状態の達成に適切な化合物の含量を含有する。

【0536】

本開示の組成物は、徐放性マトリックスまたは制御放出マトリックスを含む組成物を含む。加えて、本開示の実施形態は、徐放性製剤を使用する他の処置と併せて使用することができる。本明細書で使用される場合、徐放性マトリックスは、酵素によるもしくは酸に基づく加水分解または溶解によって分解可能な材料、通常、ポリマーから作られたマトリックスである。身体内に挿入されると、マトリックスは、酵素および体液の作用を受ける。徐放性マトリックスは、望ましくは、リポソーム、ポリラクチド（ポリ乳酸）、ポリグリコリド（グリコール酸のポリマー）、ポリラクチドｃｏ－グリコリド（乳酸およびグリコール酸のコポリマー）、ポリ酸無水物、ポリ（オルト）エステル、ポリペプチド、ヒアルロン酸、コラーゲン、コンドロイチンサルフェート、カルボン酸（ｃａｒｂｏｘｃｙｌｉｃ ａｃｉｄ）、脂肪酸、リン脂質、多糖、核酸、ポリアミノ酸、フェニルアラニン（ｐｈｅｎｙｌａｔａｎｉｎｅ）、チロシン、イソロイシン等のアミノ酸、ポリヌクレオチド、ポリビニルプロピレン、ポリビニルピロリドンおよびシリコーン等の生体適合性材料から選択される。説明目的の生分解性マトリックスは、ポリラクチドマトリックス、ポリグリコリドマトリックスおよびポリラクチドｃｏ－グリコリド（乳酸およびグリコール酸のコポリマー）マトリックスを含む。

【0537】

別の実施形態では、ポリペプチド、抗体もしくはその抗原結合断片（および組合せ組成物）は、制御放出システムにおいて送達される。例えば、本明細書に開示される化合物は、静脈内注入、植込み型浸透圧ポンプ、経皮パッチ、リポソームまたは他の投与機序を使用して投与することができる。一実施形態では、ポンプを使用することができる（Ｓｅｆｔｏｎ （１９８７） ＣＲＣ Ｃｒｉｔ． Ｒｅｆ． Ｂｉｏｍｅｄ． Ｅｎｇ． １４：２０１；Ｂｕｃｈｗａｌｄ ｅｔ ａｌ． （１９８０） Ｓｕｒｇｅｒｙ ８８：５０７；Ｓａｕｄｅｋ ｅｔ ａｌ． （１９８９） Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ． ３２１：５７４）。別の実施形態では、ポリマー材料が使用される。さらに別の実施形態では、制御放出システムは、治療標的、すなわち、肝臓に近接して配置され、よって、全身性用量のごく一部しか要求しない。さらに別の実施形態では、制御放出システムは、治療標的に近接して配置され、よって、全身性用量のごく一部しか要求しない。他の制御放出システムは、Ｌａｎｇｅｒ （１９９０） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７－１５３３による概説において考察されている。

【0538】

別の実施形態では、本開示の組成物（および別々のまたは一緒の組合せ組成物）は、組成物を送達するために、縫合糸、包帯およびガーゼ等の吸収性材料への本明細書に記載される阻害する作用物質の含浸によって形成された組成物、または手術用ステープル、ジッパーおよびカテーテル等の固相材料の表面にコーティングされた組成物を含む。この種の他の送達系は、当業者には、本開示を考慮して容易に明らかとなる。

【0539】

本開示は、微生物感染の処置のための、干渉する作用物質のうちの１つまたは複数の宿主（例えば、ヒト）への投与のための方法および組成物を提供する。様々な実施形態では、本明細書に開示されるこのような方法は、ｉｎ ｖｉｖｏおよびｅｘ ｖｉｖｏ方法、ならびに全身性および局部投与経路を含む、薬物送達に適したほぼ全ての利用できる方法および経路に及ぶ。
スクリーニングアッセイ

【0540】

本開示は、本明細書に記載されるポリクローナル抗体と等価なモノクローナル抗体等の等価な作用物質、および活性剤の活性をモジュレートする様々な作用物質、および本明細書に開示される医薬組成物、または本明細書に開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドもしくはペプチド産物の機能に関してスクリーニングするための方法を提供する。本開示の目的のため、「作用物質」は、単純もしくは複雑な有機もしくは無機分子（核酸などの低分子として本明細書において言及される）、ペプチド、タンパク質（例えば、抗体）、ポリヌクレオチド（アンチセンス）、またはリボザイム等の生物学的または化学的な化合物を含むが、これらに限定されないことを意図する。広範囲の化合物、例えば、ポリペプチドおよびポリヌクレオチド等のポリマー、ならびに様々なコア構造に基づく合成有機化合物を合成することができ、これらもまた、用語「作用物質」に含まれる。加えて、例えば植物または動物抽出物など、様々な天然の供給源が、スクリーニングのための化合物をもたらすことができる。必ずしも明確に記述されているとは限らないが、作用物質が、単独で、または発明に関するスクリーニングによって同定される作用物質と同じもしくは異なる生物活性を有する別の作用物質と組み合わせて使用されることを理解されたい。

【0541】

一実施形態は、ＤＮＡ－ＤＮＡＢＩＩ（例えば、ＩＨＦまたはＨＵ）相互作用と、相互作用する、結合する、または阻害することができる作用物質をスクリーニングする方法である。したがって、本開示は、ＤＮＡ－ＤＮＡＢＩＩ（例えば、ＩＨＦまたはＨＵ）相互作用と、相互作用する、結合する、または阻害することができる作用物質を設計、選択、および合成するために、コンピューター補助技術、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ設計またはモデリングとしても知られるバーチャル設計技術の使用を容認する。次に、候補作用物質は、本明細書に記載されるバイオフィルムおよび関連疾患または状態（医学的、工業、または獣医学的）の処置において有効であり得る。よって、本開示は、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏの方法によって同定または設計された作用物質も提供する。

【0542】

候補作用物質は、候補作用物質といずれかまたは両方との間の所望の相互作用が見出される場合、ＤＮＡおよび／またはＤＮＡＢＩＩタンパク質に結合することができることが見出される。相互作用は、定量的、例えば相互作用の強度および／もしくは相互作用部位の数であり得るか、または定性的、例えば相互作用もしくは相互作用の欠如であり得る。したがって方法のアウトプットは、定量的または定性的であり得る。したがって、一態様では、本開示はまた、相互作用を阻害しないかまたはあるいはＤＮＡとタンパク質との間の相互作用を強める作用物質を特定する方法も提供する。

【0543】

作用物質、例えば小分子化合物の潜在的阻害効果または結合効果（すなわち、相互作用または結合）を、コンピューターモデリング技術を使用することによって、その実際の合成および検査前に分析することができる。所与の化合物の理論的構造が、バイオフィルムおよび／またはＤＮＡＢＩＩタンパク質におけるそれと微生物ＤＮＡとの間の相互作用および結合が不十分であることを示唆している場合、作用物質の合成および試験を回避することができる。しかし、コンピューターモデリングが強い相互作用を指し示している場合、作用物質を合成し、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏ実験などの様々な方法を使用して作用物質が相互作用に結合する能力または相互作用を阻害する能力に関して試験することができる。作用物質が、単独でまたは別の作用物質と共にバイオフィルムを阻害または滴定する能力を試験する方法を本明細書に開示する。このように、動作不能な作用物質および化合物の合成を回避することができる。

【0544】

当業者は、ＤＮＡＢＩＩまたは微生物ＤＮＡとの結合能、より詳しくは特異的結合部位との結合能に関して化学実体または生物実体または断片をスクリーニングするためにいくつかの方法のいずれを使用してもよい。次に、選択された断片または化学実体を、種々の方向に配置してもよく、またはＤＮＡもしくはＤＮＡＢＩＩポリペプチドの個々の結合部位内にドッキングさせてもよい。ドッキングは、ＱＵＡＮＴＡ、ＳＹＢＹＬなどのソフトウェアを使用して、その後にエネルギー最小化および標準的な分子力場による分子動力学法、例えばＣＨＡＲＭＭおよびＡＭＢＥＲを使用して達成され得る。

【0545】

市販のコンピュータープログラムもまた、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏ設計で利用可能である。例としては、ＧＲＩＤ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｏｘｆｏｒｄ、ＵＫ）、ＭＣＳＳ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、Ｍａｓｓ．）、ＡＵＴＯＤＯＣＫ（Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、Ｃａｌｉｆ．）、ＤＯＣＫ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．）、ＧＬＩＤＥ（Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒ Ｉｎｃ．）、ＦｌｅｘＸ（Ｔｒｉｐｏｓ Ｉｎｃ．）およびＧＯＬＤ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ Ｄａｔａ Ｃｅｎｔｒｅ）が挙げられるがこれらに限定されない。

【0546】

作用物質または化合物が、上記の方法によって設計または選択された後、作用物質または化合物が互いに結合し得る効率を試験し、コンピューター評価によって最適化してもよい。例えば、有効なＤＮＡＢＩＩ断片は、その結合状態と遊離状態（すなわち、結合の小さい変形エネルギー）の間のエネルギーの比較的小さい差を実証し得る。

【0547】

設計または選択された化合物はさらに、その結合状態において、それが必要に応じて標的タンパク質との静電反発相互作用を欠如し得るようにさらにコンピューターによって最適化され得る。そのような非相補的（例えば、静電）相互作用としては、反発電荷－電荷相互作用、双極子－双極子相互作用、および電荷－双極子相互作用が挙げられる。具体的には、作用物質または化合物がいずれかの作用物質に結合した場合のバイオフィルム中の作用物質およびＤＮＡＢＩＩおよび／または微生物ＤＮＡの間の全ての静電相互作用の合計は、必要に応じて結合のエンタルピーに中性にまたは好ましく寄与する。

【0548】

コンピューターソフトウェアもまた、当技術分野で化合物のひずみエネルギーおよび静電相互作用を評価するために使用可能である。例としては、Ｇａｕｓｓｉａｎ ９２［Ｇａｕｓｓｉａｎ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、Ｐａ．］；ＡＭＢＥＲ［Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ａｔ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ］；ＱＵＡＮＴＡ／ＣＨＡＲＭＭ［Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、Ｍａｓｓ．］；およびＩｎｓｉｇｈｔ ＩＩ／Ｄｉｓｃｏｖｅｒ［Ｂｉｏｓｙｓｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．］が挙げられるがこれらに限定されない。

【0549】

結合物質が上述のように最適に選択または設計された後、その結合特性を改善または改変するためにその原子または側鎖の一部に置換を行ってもよい。一般的に、最初の置換は保存的であり、すなわち置換基は、元の基とおよそ同じサイズ、形状、疎水性、および電荷を有する。当然、立体構造を変更することが当技術分野で公知の構成成分は回避すべきであると理解すべきである。次に、そのような置換された化学化合物を、上記で詳細に記載される同じコンピューター方法によってバイオフィルム中のＤＮＡＢＩＩタンパク質および／または微生物ＤＮＡへの適合効率に関して分析することができる。

【0550】

ある特定の実施形態は、本明細書に開示されるタンパク質またはポリヌクレオチドと相互作用することができる小分子をスクリーニングする方法に関する。本開示の目的に関して、「小分子」は、一実施形態では、目的のタンパク質に結合することができ、それによってタンパク質の機能を変更する低分子量（ＭＷ）を有する分子である。一部の実施形態では、小分子のＭＷは、１，０００以下である。タンパク質機能を変更することができる小分子をスクリーニングする方法は当技術分野で公知である。例えば、細胞における小分子－タンパク質相互作用を検出するための小型化アレイアッセイが、Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ． （１９９７） Ｃｈｅｍ． Ｂｉｏｌ． ４：９６１－９６８によって考察されている。

【0551】

スクリーニング方法をｉｎ ｖｉｔｒｏで実践するために、処置されるべき微生物に感染した適した細胞培養または組織を最初に提供する。細胞を、密度依存的制御なく指数的増殖を達成するための条件（温度、増殖または培養培地、および気体（ＣＯ_２））で適切な期間、培養する。また、対照として、感染していない追加の別々の細胞培養を維持することも望ましい。

【0552】

当業者には明らかなように、マイクロタイタープレートにおいて適した細胞を培養することができ、遺伝子型変化、表現型変化または微生物力価の低減に注目することにより、いくつかの作用物質を同時にアッセイすることができる。

【0553】

作用物質が、上述の通り、小分子等、ＤＮＡまたはＲＮＡ以外の組成物である場合、作用物質は、細胞培養物に直接的に添加することができる、または添加のための培養培地に添加することができる。当業者には明らかなように、経験的に決定することができる「有効」量（ａ ｍｏｕｎｔ）が添加されなければならない。

【0554】

作用物質が、抗体または抗原結合断片である場合、作用物質は、競合的ＥＬＩＳＡを行うための条件下で、標的抗原および本明細書に記載されるポリクローナル抗体と接触させるまたはこれと共にインキュベートすることができる。斯かる方法は、当業者にとって公知である。

【0555】

アッセイは、対象において行うこともできる。対象が、ラット、チンチラ、マウスまたはサル等の動物である場合、本方法は、ヒト患者における作用物質の臨床検査に先立ち使用することができる簡便な動物モデルシステムを提供する。このシステムにおいて、疾患または微生物感染の症状が、同じ感染を有する無処置動物とそれぞれ比較して低減または排除される場合、候補作用物質は、潜在的な薬物である。比較のための基礎を提供する、健康で処置されない細胞または動物の別々の陰性対照群を有することは有用であり得る。

【0556】

作用物質および組成物は、医薬組成物における活性成分等、医薬の製造において、また、従来の手順に従った投与によるヒトおよび他の動物の処置のために使用することができる。
併用療法

【0557】

本開示の組成物および関連方法は、他の療法の投与と組み合わせて使用することができる。これらは、ＤＮアーゼ酵素、抗生物質、抗微生物薬、抗感染症薬、抗真菌薬、抗寄生虫薬、抗ウイルス薬または他の抗体および本明細書に記載されるＨＭＧＢポリペプチドの投与を含むがこれらに限定されない。

【0558】

いくつかの実施形態では、前記方法および組成物は、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片と相乗的に作用するデオキシリボヌクレアーゼ（ＤＮａｓｅ）酵素を含む。ＤＮａｓｅは、ＤＮＡ骨格中のホスホジエステル結合の切断を触媒する任意の酵素である。十字構造だけではなく、ＤＮＡの様々な二次構造もまた標的とすることが公知のＤＮａｓｅ酵素の３つの非限定的な例としては、ＤＮａｓｅ Ｉ、Ｔ４ Ｅｎｄｏ ＶＩＩ、Ｔ７ Ｅｎｄｏ Ｉ、ＲｕｖＡＢＣおよびＲｕｓＡが挙げられる。特定の実施形態では、バイオフィルムを不安定化するために必要な抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片の有効量は、ＤＮａｓｅと組み合わされた場合に低減される。インビトロで投与される場合、ＤＮａｓｅは、アッセイに直接添加され得るか、または酵素を安定化することが公知の適切なバッファー中に添加され得る。ＤＮａｓｅの有効単位用量およびアッセイ条件は様々であって良く、当技術分野で公知の手順にしたがって最適化され得る。

【0559】

他の実施形態では、方法および組成物は、抗生物質および／または抗微生物薬と組み合わせることができる。抗微生物薬は、細菌、真菌または原生動物等の微生物の成長を死滅させるまたは阻害する物質である。バイオフィルムは一般に、抗生物質の作用に対し抵抗性であるが、本明細書に記載される組成物および方法を使用して、バイオフィルムが関与する感染を、感染を処置するための従来の治療方法に対して感受性にすることができる。他の実施形態では、本明細書に記載される方法および組成物と組み合わせた抗生物質または抗微生物薬の使用は、抗微生物薬および／またはバイオフィルム低減剤の有効量の低減を可能にする。本開示の方法と組み合わせて有用な抗微生物薬および抗生物質の一部の非限定的な例は、アモキシシリン、アモキシシリン・クラブラン酸塩、セフジニル、アジスロマイシンおよびスルファメトキサゾール・トリメトプリムを含む。バイオフィルム低減剤と組み合わせた抗微生物薬および／または抗生物質の治療有効用量は、従来の方法によって容易に決定することができる。一部の実施形態では、バイオフィルム低減剤と組み合わせた抗微生物剤の用量は、他の細菌感染、例えば、感染の病因がバイオフィルムを含まない細菌感染において有効であることが示された平均有効用量である。他の実施形態では、用量は、平均有効用量の０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．３０、０．３５、０．４０、０．４５、０．５０、０．５５、０．６０、０．６５、０．７０、０．７５、０．８、０．８５、０．９、０．９５、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．５、３．０または５倍である。抗生物質または抗微生物薬は、抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその抗原結合断片の添加の前に、それと同時にまたはその後に添加することができる。

【0560】

他の実施形態では、方法および組成物は、細菌感染を処置する抗体と組み合わせることができる。本明細書に記載される方法および組成物と組み合わせて有用な抗体もしくはその抗原結合断片の一例は、無関係の外膜タンパク質（すなわち、ＯＭＰ Ｐ５）に対する抗体もしくはその抗原結合断片である。この抗体もしくはその抗原結合断片単独による処置は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムを減量しない。この抗体もしくはその抗原結合断片およびバイオフィルム低減剤による組み合わせた治療法は、同じ濃度で単独で使用されたいずれかの試薬によって達成され得る効果よりも大きい効果をもたらす。バイオフィルム低減剤またはバイオフィルムを低減するための方法と組み合わせたときに相乗効果を生じさせることができる他の抗体は、抗ｒｓＰｉｌＡ、抗ＯＭＰ２６、抗ＯＭＰ Ｐ２および抗ＯＭＰ全体調製物を含む。

【0561】

本明細書に記載される組成物および方法を使用して、バイオフィルムが関与する細菌感染を、バイオフィルムによらない細菌感染の処置において有効であるが、他の面では、バイオフィルムが関与する細菌感染の処置において無効な一般的治療モダリティに対して感受性にすることができる。他の実施形態では、本明細書に記載される組成物および方法は、バイオフィルムが関与する細菌感染の処置において有効な治療モダリティと組み合わせて使用することができるが、斯かる追加の治療法およびバイオフィルム低減剤または方法の組合せは、バイオフィルム低減剤または追加の治療剤のいずれかの有効用量が低減され得るような相乗効果を生じさせる。他の実例では、斯かる追加の治療法およびバイオフィルム低減剤または方法の組合せは、処置が増強されるような相乗効果を生じさせる。処置の増強は、より短い時間量が感染の処置に要求されることによって証明することができる。

【0562】

追加の治療的処置は、バイオフィルムの低減に使用される方法または組成物の前に、それと同時にまたはその後に添加することができ、同じ製剤（ｆｏｒｍａｔｉｏｎ）／組成物内にまたは別々の製剤／組成物として含有され得る。
キット

【0563】

本明細書に記載されるｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏ方法を行うために必要な作用物質および指示を含有するキットも請求される。したがって、本開示は、これらの方法を実施するためのキットを提供し、そのキットは、抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクターまたは宿主細胞、ならびに、組織収集および／またはスクリーニング実施および／または結果解析および／または本明細書に定義される有効量の抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクターまたは宿主細胞の投与等の本明細書に開示される方法を実行するための指示を含むことができる。これらは、単独で、または他の適した抗微生物剤と組み合わせて使用することができる。

【0564】

例えば、キットは、上記で同定された作用物質、例えば抗体、抗原結合断片、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ベクター、または宿主細胞のうちの任意の１つまたは複数、および使用のための使用説明書を含み得るか、またはあるいは本質的にそれからなり得るか、またはまたさらにそれからなり得る。キットはさらに、アジュバント、抗原性ペプチド、または抗微生物薬のうちの１つまたは複数を含み得る。担体の例としては、液体担体、薬学的に許容される担体、固相担体、薬学的に許容される担体、薬学的に許容されるポリマー、リポソーム、ミセル、インプラント、ステント、ペースト、ゲル、歯科用インプラント、または医療用インプラントが挙げられる。

【0565】

次の実施例および付属書（その全体が参照により組み込まれる）は、本明細書で開示する実施形態を例示するが、限定はしない意図である。

【実施例】

【0566】

実験
実験番号１ － 細胞外自然免疫エフェクターＨＭＧＢ１は、病原性細菌バイオフィルム増殖を制限する
細菌バイオフィルムに対するＨＭＧＢ１の影響を試験した。特筆すべきことに、ＤＮＡ基質優先度における類似性にもかかわらず、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、バイオフィルムの構造的完全性を安定化したが、ＨＭＧＢ１は、細菌バイオフィルム構造を破壊したことが見出された。ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性の広がりを、複数の高優先度病原体に対するアッセイを介して複数の病原性バイオフィルムに対してｉｎ ｖｉｔｒｏで決定し、その後、ヒト疾患の２つの別個の動物モデルにおいて、バイオフィルム媒介性感染症を治療的に解消するＨＭＧＢ１の能力を評価した。さらに、ＨＭＧＢ１を、単一の重要なアミノ酸の修飾を介して、その抗バイオフィルム活性の喪失なしにその炎症促進活性を根絶するように操作することができるかどうかを評価した。次いで、宿主由来の修飾されたＨＭＧＢ１プラスＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する病原体指向性抗体の治療カクテルを、中耳炎（ＯＭ）の実験モデルの使用を介して試験して、ヒト気道の優勢な細菌病原体によって形成されたバイオフィルムを根絶するこのカクテルの能力を決定した。最後に、その新たに認識された抗バイオフィルム活性を含めて、ＨＭＧＢ１のネイティブ細胞外機能を説明するためのモデルが提案された。

【0567】

ＨＭＧＢ１およびＤＮＡＢＩＩタンパク質は、ｉｎ ｖｉｖｏバイオフィルム内のｅＤＮＡの格子構造上の別個の領域に局在化した

【0568】

ＨＭＧＢ１はＮＥＴ内のＤＮＡに結合し（Ｐｅｎｇ ｅｔ ａｌ．）病原体に対する最初の宿主防御、ＤＮＡに結合しこれを屈曲させるそれらの共有された能力のおかげで、ＨＭＧＢ１およびＤＮＡＢＩＩタンパク質は、いくつかのｉｎ ｖｉｔｒｏトランスアクションにおいて互いを機能的に補完するので、ｉｎ ｖｉｖｏで形成されたバイオフィルム内の宿主ＨＭＧＢ１および細菌ＤＮＡＢＩＩタンパク質を限局化することを最初に試みて、細菌バイオフィルムに対する宿主防御におけるＨＭＧＢ１の潜在的役割を特徴付けし始めた。分類不能Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（ＮＴＨＩ）によって誘導された中耳炎の間にチンチラ中耳から回収されたバイオフィルムのｅＤＮＡ－リッチマトリックス内のＨＭＧＢ１およびＤＮＡＢＩＩタンパク質を限局化するために、バイオフィルム検体を、ＨＭＧＢ１またはＤＮＡＢＩＩタンパク質のいずれかに対して特異的な抗体でプローブした。およそ２３６ミクロン領域の見かけの重複を伴って、好中球／ＮＥＴの領域から、細菌バイオフィルムの明らかな描写を有する領域を同定した（図２Ａおよび２Ｂ）。次いで、免疫蛍光顕微鏡法を使用して、排他的細菌バイオフィルムの領域、重複する界面、およびもっぱら好中球／ＮＥＴの領域内のｅＤＮＡ、ＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＨＭＧＢ１を標識した（図２Ｃ、２Ｄおよび２Ｅ）。ｅＤＮＡ格子は、３つ全てのパネルにおいて見ることができ、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、バイオフィルムパネルにおいて、もっぱらｅＤＮＡの頂点においてｅＤＮＡに結合し（図２Ｃ）、ＨＭＧＢ１は、もっぱら好中球／ＮＥＴパネルにおいて、ｅＤＮＡに結合した（図２Ｅ）。対照的に、界面において、ｅＤＮＡ上に、ＤＮＡＢＩＩタンパク質およびＨＭＧＢ１の両方の明らかな標識化が存在する。ＨＭＧＢ１は、ｅＤＮＡの交差した鎖において、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に近接近して検出されたが、図２Ｄの左上隅の境界を定められたボックス内に、少量のオーバーレイ（これは、複数のＺ－スタック画像の圧縮に起因するアーチファクトである）であるように見えるものがあるにもかかわらず、これらのタンパク質は、頂点において共局在しなかった（図２）。これは、個々のＺ－スタック画像内で明らかである（図２Ｄ、右パネル）。この結果は、宿主ＨＭＧＢ１が、細菌ＤＮＡＢＩＩタンパク質と同様に、細菌バイオフィルムのｅＤＮＡ依存性細胞外マトリックス中に実際に組込まれたことを示唆した。しかし、ＤＮＡＢＩＩタンパク質とは異なり、ＨＭＧＢ１は、格子内のｅＤＮＡの交差した鎖の頂点においては決して観察されず、これは、ＨＭＧＢ１がＨＪ様構造を安定化しなかったことを示唆し、これは、ＤＮＡＢＩＩタンパク質の機能と類似しないさらに別の機能である。

【0569】

組換えＨＭＧＢ１は、多様で重要な高優先度ヒト病原体によってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成されたバイオフィルムを破壊した。

【0570】

ＨＭＧＢ１は、細菌バイオフィルムＥＰＳ内に取り込まれ得るので、細菌バイオフィルムアーキテクチャに対する組換えＨＭＧＢ１（ｒＨＭＧＢ１）の影響を直接決定した。これを行うために、バイオフィルム状態を介してそれらのビルレンスを一部媒介する複数のヒト病原体を、本明細書でｉｎ ｖｉｔｒｏで試験した。これらは、Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＷＨＯ， Ｇｌｏｂａｌ Ｐｒｉｏｒｉｔｙ Ｌｉｓｔ ｏｆ Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｂａｃｔｅｒｉａ ｔｏ Ｇｕｉｄｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ， ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｎｅｗ Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ， ＷＨＯ ＰＰＬ Ｓｈｏｒｔ Ｓｕｍｍａｒｙ （２０１７））によって重要かつ高優先度であると定義されている、尿路病原性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ（ＵＰＥＣ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ（Ｂｃ）、ＮＴＨＩ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ（Ｅ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ）、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｎｏｍｉａｅ（Ｋ）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ（Ａ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（Ｐ）、およびＥｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ（Ｅ）を含む。これらの病原体の各々によって形成された２４時間のバイオフィルムを、Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍを除き、２００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１と共に１６時間インキュベートしたが、Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍでは、その分泌されたプロテアーゼによるｒＨＭＧＢ１の潜在的分解を回避するために、インキュベーション期間を１時間に短縮した（Ｃｈ’ｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１９． １７（２）： ｐ． ８２－９４．）。複数の細菌種によって形成されたバイオフィルムを破壊する、Ｅ．ｃｏｌｉ ＩＨＦに対する抗体（α－ＩＨＦ_Ｅｃ；ＩＨＦおよびＨＵの両方を認識する）（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．；Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１；Ｇｕｓｔａｖｅ ｅｔ ａｌ．；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１３；Ｂｒａｎｄｓｔｅｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．；Ｂｒｏｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ２０１４ Ｓｅｐ；９３（６）：１２４６－５８；およびＦｒｅｉｒｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２０１６． ２０１７ Ｆｅｂ；３２（１）：７４－８８）を、陽性対照として使用した。

【0571】

図３に示す通り、ｒＨＭＧＢ１は、バイオフィルムを培地のみの中でインキュベートした対照と比較したバイオフィルム平均厚さにおける有意な低減によって明らかなように、これらの病原体の各々によって形成されたバイオフィルムを破壊したことが見出された（図３Ａ）。Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＥ．ｆａｅｃｉｕｍのみが、バイオフィルム平均厚さにおける類似の低減を達成するために、非殺菌性ではあるがより高い用量（８００ｎＭ）のｒＨＭＧＢ１を要求した（図３Ａ）。その上、仔ウシ胸腺から精製されたネイティブＨＭＧＢ１（ｎＨＭＧＢ１）の、ＵＰＥＣおよびＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａバイオフィルムに対する抗バイオフィルム活性は、ｒＨＭＧＢ１のものと等価であり（図３Ａ）、これは、ｎＨＭＧＢ１とｒＨＭＧＢ１との間でのＰＴＭにおけるいずれの潜在的差異も、抗バイオフィルム活性に有意に影響しなかったことを示した。

【0572】

特に、ＵＰＥＣバイオフィルムを破壊するための、ｒＨＭＧＢ１の用量依存性の活性が、図３Ｂで実証される。ｒＨＭＧＢ１とのインキュベーションの後に、浮遊性ＵＰＥＣ 対 バイオフィルム常在ＵＰＥＣの相対的濃度を次に計数したところ、対照と比較して、総ＣＦＵにおいて統計的に有意な差異は存在しなかったので、ｒＨＭＧＢ１がいずれの殺菌効果も示さなかったことが見出された（図４Ａ）。しかし、かつ驚くべきことに、この培養システム内の、浮遊性細菌における統計的に有意な増加と、バイオフィルム常在細菌における付随する統計的に有意な減少とによって明らかなように、ｒＨＭＧＢ１は、バイオフィルム常在状態から浮遊状態への細菌のシフトを誘導するようであった（図４Ｂ）。

【0573】

最後に、ｒＨＭＧＢ１の存在下での抗生物質の有効性を直接試験するために、ＮＴＨＩバイオフィルムを、単独（Ｂｒｏｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．）の、またはｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）と組み合わせたいずれかの抗生物質（アンピシリン（３２μｇ／ｍｌ）もしくはアモキシシリン－クラブラン酸塩（１μｇ／ｍｌ））と共に、１６時間インキュベートした。浮遊性ＮＴＨＩ 対 バイオフィルム常在ＮＴＨＩの相対的濃度を計数したところ、ｒＨＭＧＢ１は、バイオフィルム常在状態から浮遊状態への細菌のシフトを誘導したが、アンピシリンまたはアモキシシリン－クラブラン酸塩のいずれかと組み合わせたｒＨＭＧＢ１は、おそらくは、これらの抗生物質が浮遊性細菌を死滅させる能力およびｒＨＭＧＢ１が細菌を脆弱な浮遊状態へと駆動する能力によって、統計的に有意な量の総細菌を死滅させたことが見出された（図５）。理論によって束縛されないが、ｒＨＭＧＢ１は、細菌バイオフィルムのクリアランスにおいて、抗生物質とｉｎ ｖｉｔｒｏで相乗作用した。

【0574】

ｒＨＭＧＢ１の酸化は、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性に負に影響を与えた

【0575】

ＨＭＧＢ１について、その場所、機能、およびＤＮＡに結合する能力をモジュレートするいくつかのＰＴＭが記載されている（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．で概説される）。ｒＨＭＧＢ１およびｎＨＭＧＢ１のＬＣ－ＭＳ／ＭＳ解析により、いずれか由来のペプチドの２０％未満が任意のＰＴＭを示したことが明らかになったが（データは示さず）、それにもかかわらず、ＨＭＧＢ１の酸化還元状態がその機能をモジュレートすることが公知であることを考慮して、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性に対する酸化の影響を、試験した（Ｖｅｎｅｒｅａｕ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ， ２０１２． ２０９（９）： ｐ． １５１９－２８）。２３位、４５位、および１０６位における３つのシステイン（Ｃ）残基の酸化状態は、炎症特性に影響を及ぼす（Ａｎｔｏｉｎｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｅｄ， ２０１４． ２０： ｐ． １３５－７）。Ｃ１０６チオール基およびＣ２３－Ｃ４５ジスルフィド結合を有するＨＭＧＢ１は、炎症を誘発するが、末端が酸化または還元されたシステインは、炎症の解消を促進する（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｅｄ， ２０１２． １８： ｐ． ２５０－９）。この目的のために、ＨＭＧＢ１を、説明されたように（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．， ＰＬｏＳ Ｏｎｅ， ２０１２． ７（４）： ｐ． ｅ３５３７９）、過酸化水素で最初に酸化した。次いで、Ｏｘ－ｒＨＭＧＢ１を評価して、ＵＰＥＣによって形成されたバイオフィルムを破壊するその相対的能力を決定した。Ｏｘ－ｒＨＭＧＢ１は、ｒＨＭＧＢ１と比較して、その抗バイオフィルム効果を喪失した（図６Ａ）。この結果は、ｒＨＭＧＢ１の酸化が、そのバイオフィルム破壊能力を有意に損なったことを示唆した。

【0576】

アセチル化もリン酸化も、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性に影響を与えなかった

【0577】

アセチル化およびリン酸化のみがＨＪ ＤＮＡに対するＨＭＧＢ１の親和性を増強することが公知であることを考慮して、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性に対するアセチル化またはリン酸化の影響を試験した（Ｐａｓｈｅｖａ ｅｔ ａｌ．， ２００４， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ４３， ２９３５－４０；および Ｕｇｒｉｎｏｖａ ｅｔ ａｌ．， ２０１２， Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｒｅｐ， ３９， ９９４７－５３）。ＨＪ様構造は、細菌バイオフィルム安定性によって重要であるので（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、ＨＭＧＢ１のアセチル化されたアイソフォーム（Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１）またはリン酸化されたアイソフォーム（Ｐ－ｒＨＭＧＢ１）の抗バイオフィルム活性を評価した。予測されるように、図６Ｂで見られる通り、Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１は、ｒＨＭＧＢ１よりも緩徐に移動し、ＰｒＨＭＧＢ１は、ｒＨＭＧＢ１よりも速く移動した（Ｒｙａｎ ａｎｄ Ａｎｎｕｎｚｉａｔｏ， ２００１， Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， Ｃｈａｐｔｅｒ ２１， Ｕｎｉｔ ２１ ２．）。α－アセチルリシン抗体の使用を介して、ｒＨＭＧＢ１のアセチル化をさらに確認した（図６Ｂ；下）。次いで、Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１およびＰ－ｒＨＭＧＢ１を評価して、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ、またはＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによって形成されたバイオフィルムを破壊するそれらの相対的能力を決定した。Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１およびＰ－ｒＨＭＧＢ１は、対照と比較したバイオフィルム平均厚さにおける有意な低減によって明らかなように、これらの病原体の各々によって形成されたバイオフィルムを有意に破壊した（図６Ｃ）。重要なことに、これらのアイソフォームの抗バイオフィルム活性は、ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性から区別不能であった（図３Ａおよび６Ｃ）。

【0578】

操作された単一のアミノ酸変異Ｃ４５Ｓを有する組換えＨＭＧＢ１は、複数のヒト病原体に対するｉｎ ｖｉｔｒｏでのその抗バイオフィルム機能を保持した

【0579】

したがって、ｒＨＭＧＢ１のいずれの所望されない炎症促進性効果をも軽減するために、Ｃ４５Ｓ点変異を操作して、Ｃ２３とのジスルフィド結合形成を抑制する修飾されたＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）を生成した。このバリアントを検証するために、ｍＨＭＧＢ１が、ＨＭＧＢ１の公知の結合基質であるＨＪ ＤＮＡに結合するその能力を保持したことを最初に実証した（図７）。次に、ｍＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能を、上で説明されたようにアッセイしたところ、ｍＨＭＧＢ１が抗バイオフィルム活性を完全に保持したことが実証された（図３Ａ）。Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍのみが、バイオフィルム平均厚さにおける類似の低減を達成するために、より高い用量のｍＨＭＧＢ１を要求した。理論によって束縛されないが、ＨＭＧＢ１の操作されたＣ４５Ｓバリアントは、バイオフィルム破壊能力を保持した。

【0580】

ＤＮＡＢＩＩタンパク質とは異なり、ＨＭＧＢ１は、モデルＨＪおよびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルム内のｉｎ ｖｉｔｒｏの格子様ｅＤＮＡ網目構造を安定化しなかった

【0581】

細菌バイオフィルムのｅＤＮＡ格子内のＨＪ様構造の存在が示されており（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、また、そのような分岐ＤＮＡ構造に対するその高い親和性（Ｂｉａｎｃｈｉ ｅｔ ａｌ．）を考慮して、理論に束縛されることは望まないが、ＨＭＧＢ１が、結合の際にＨＪ ＤＮＡを不安定化した可能性が高いと仮説を立てたが、これは、ｅＤＮＡの交差した鎖の頂点においてＨＭＧＢ１が決して観察されなかった理由であった（図２を参照されたい）。この仮説を試験するために、ＨＪ ＤＮＡを、ＨＭＧＢ１、ＤＮＡＢＩＩタンパク質ＩＨＦ、または原型的ＨＪ ＤＮＡ結合タンパク質、ＲｕｖＡのいずれかと共に室温（ＲＴ）または５５℃（ＨＪ ＤＮＡの融解温度）でインキュベートし、非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）によって複合体を分離した。３つ全てのタンパク質がＲＴでＨＪ ＤＮＡに結合して安定な複合体を形成したが、ＨＭＧＢ１のみは、シフトしたＨＪ ＤＮＡ－ＨＭＧＢ１複合体（矢印）の存在量における減少と、構成要素である融解オリゴ（アスタリスク）における付随する増加とによって示されるように、５５℃ではＨＪ ＤＮＡを効率的に安定化することができなかった（図８）。これらのデータは、ＩＨＦおよびＲｕｖＡの両方に対する類似のＨＪ ＤＮＡ結合部位優先度にもかかわらず、ＨＭＧＢ１が、ＨＪ構造を同様に安定化することができなかったことを示唆した。

【0582】

ｅＤＮＡ依存性細胞外マトリックスに対するＨＭＧＢ１アイソフォームの影響を直接評価するために、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかと併せた、２４時間のＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルム（代表的なモデル細菌バイオフィルムとして本明細書で使用される）とのインキュベーションを、１６時間行った。未固定のバイオフィルムを、二本鎖（ｄｓ）ＤＮＡに対するモノクローナル抗体で標識して、バイオフィルムマトリックス内のｅＤＮＡを可視化した。細菌を、ＦｉｌｍＴｒａｃｅｒ ＦＭ ４－６４で標識した（上パネル）。Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルム内のｅＤＮＡは、複雑な蜘蛛の巣様構造へと組織化されていたが（下パネル）、これが、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１とのインキュベーションの際に特に破壊された。この成果は、ＨＭＧＢ１のいずれかのアイソフォームの存在下での、バイオフィルム細菌における同時の実質的な低減と相関した（図９）。合わせると、これらのデータは、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１が共に、ｅＤＮＡ格子を特異的に破壊して、バイオフィルム破壊をｉｎ ｖｉｔｒｏで生じることによって、バイオフィルム細胞外マトリックスを直接不安定化したことを示唆した。この結果は、ＨＭＧＢ１がスキャフォールド内のｅＤＮＡの交差した鎖の頂点においては見出されなかった、ｉｎ ｖｉｖｏで形成されたバイオフィルムを標識した場合に観察された結果と一致した。本明細書で開示するモデルによれば、ＨＭＧＢ１は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質と競合し、このとき、安定化の代わりに、ＨＭＧＢ１は、これらのＨＪ様構造を不安定化し、結果として、バイオフィルムを破壊する。

【0583】

ＨＭＧＢ１は、バイオフィルム細胞外マトリックス内のＨＪ様構造に結合するその能力を介して、バイオフィルムを破壊した

【0584】

理論に束縛されることは望まないが、これらのタンパク質が細菌細胞外マトリックスをもはや安定化できないように、ｅＤＮＡマトリックス内のＨＪ ＤＮＡに直接結合することによって、またはＤＮＡＢＩＩタンパク質に結合することによって、ＨＭＧＢ１がその抗バイオフィルム効果を媒介できると仮説を立てた。最初に、ＨＭＧＢ１がその抗バイオフィルム効果を媒介した可能性を、ＨＪ ＤＮＡへの直接的結合によって試験した。この目的のために、ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能を、ｅＤＮＡ内の類似の結合部位についてｍＨＭＧＢ１と競合する外因性に添加されたＨＵ（ＤＮＡＢＩＩタンパク質）もしくはＲｕｖＡ（原型的ＨＪ ＤＮＡ結合タンパク質）、または陰性対照としての別の細菌核様体関連タンパク質ＣｂｐＡの存在下に限りであるが、上で説明されたようにアッセイした；ＲｕｖＡは、バイオフィルムＥＰＳにおける機能についてＤＮＡＢＩＩタンパク質を置き換えることができるが（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ． ２０１９）、ＣｂｐＡは、ＥＰＳ内のｅＤＮＡ格子構造の維持のために要求されない（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）ことが、以前に示されている。ｍＨＭＧＢ１は、添加されたＤＮＡＢＩＩタンパク質またはＲｕｖＡのいずれかの存在下では、ＵＰＥＣによって形成されたバイオフィルムを用量依存性様式で破壊することができなかったが、ＣｂｐＡの存在下ではＵＰＥＣバイオフィルムをなおも破壊することができたことが観察され（図１０Ａ）、これは、ｍＨＭＧＢ１が、バイオフィルム細胞外マトリックス内のＨＪ様構造に結合するその能力を介してその抗バイオフィルム効果を媒介したことを示唆した。第２に、Ｎ－エチルマレイミド（ＮＥＭ）によるＨＭＧＢ１のアルキル化は、ＤＮＡに結合するＨＭＧＢ１の能力を阻害することが示されているので（Ｓｈｅｆｌｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， １９９３． ３２（１３）： ｐ． ３２３８－４８）、ＮＥＭ処置したｒＨＭＧＢ１を使用して、ＨＭＧＢ１媒介性バイオフィルム破壊の機構を直接試験した。ｒＨＭＧＢ１と比較したＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１におけるシフトを明らかにしたトリトン－酢酸－尿素ゲルによって、ｒＨＭＧＢ１がＮＥＭによって修飾されたことが最初に検証された（図１１Ａ）。次に、ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１がＨＪ ＤＮＡに結合できなかったことが次いで実証された（図１１Ｂ）。ＮＥＭ－ＨＭＧＢ１が、なおも適切にフォールディングされ、他の点で機能的であったことを検証するために、ＮＥＴを形成するように好中球を誘導するＮＥＭ－ＨＭＧＢ１の能力をアッセイした。ヒト好中球を、新たな血液から単離し、ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１の非存在下または存在下で３．５時間インキュベートした。好中球を固定し、次いで、二本鎖（ｄｓ）ＤＮＡに対するモノクローナル抗体で標識して、ｅＤＮＡを可視化し（ＮＥＴ、図１２の上パネル）、好中球エラスターゼに対するポリクローナル抗体で標識して、ＮＥＴ由来のｅＤＮＡの境界を定めた（図１２の下パネルに示す通り）。好中球自体は、ＡＬＥＸＡＦＬＵＯＲ（登録商標）３５０にコンジュゲートされたコムギ胚芽凝集素（ＷＧＡ）で標識した（図１２の上パネルに示す通り）。図１２に示す通り、ＮＥＭ－ＨＭＧＢ１は、ＮＥＴを形成するように好中球を誘導し、これは、ｒＨＭＧＢ１のＮＥＭ修飾が、ＨＪ ＤＮＡに結合するその能力に特異的にしか干渉しなかったことを示唆した。最後に、ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム機能を、上で説明されたようにアッセイしたところ、ＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１がその抗バイオフィルム活性を喪失したことが実証された（図１０Ｂ）。これらの結果は、ＨＭＧＢ１が、バイオフィルム細胞外マトリックス内のＨＪ様構造に直接結合するその能力を介してバイオフィルムを破壊したことを示唆した。

【0585】

次に、ＨＭＧＢ１がその抗バイオフィルム効果を媒介した可能性を、ＤＮＡＢＩＩタンパク質への結合によって試験した。この目的のために、平衡解離定数（Ｋ_ｄ）を、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）解析によって、ＩＨＦ_ＮＴＨＩおよびＨＵ_ＮＴＨＩへのｍＨＭＧＢ１の結合親和性の尺度として測定したところ、ＩＨＦ_ＮＴＨＩへのｍＨＭＧＢ１結合についてのＫ_ｄが５７９ｎＭであり、ＨＵ_ＮＴＨＩへのｍＨＭＧＢ１結合についてのＫ_ｄが１０４ｎＭであったことが見出された（表１）。全長ＨＭＧＢ１は、２つのＤＮＡＢＩＩタンパク質のいずれかと比較して、少なくとも、より高い親和性の大きさのオーダー（Ｋ_ｄ約１０ｎＭ）でＨＪ ＤＮＡに結合するので（Ｘｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， ２０００． ２８（２０）： ｐ． ４０４４－５０）、合わせると、これらの結果は、ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム効果が、その高親和性ＨＪ ＤＮＡ標的に直接結合することによって支配され、したがって、ＤＮＡＢＩＩタンパク質とのタンパク質－タンパク質相互作用を介してではなくＨＪを不安定化したことを示唆した。

【0586】

ＨＭＧＢ１は、マウス肺からのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ凝集物のクリアランスを促進した。

【0587】

ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１は、複数の細菌によってｉｎ ｖｉｔｒｏで形成されたバイオフィルムを破壊したので、潜在的抗バイオフィルム活性を、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａによって媒介される肺感染症のマウスモデルにおいて評価した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスを、１０^７ＣＦＵのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａに気管内（ｉ．ｔ．）曝露させ、曝露の時点（予防コホート）または感染の２４時間後（ｈｐｉ）（処置コホート）のいずれかの時点で、マウスに、０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかをｉ．ｔ．で与えた。マウス肺内のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを、Ｅ．ｃｏｌｉ伸長因子Ｔｕに対するモノクローナル抗体（α－ＥＦ－Ｔｕ；Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａと交差反応する）の使用を介して、７２ｈｐｉの時点で免疫標識したところ、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａが肺内に凝集物を形成したことが実証された（図１３Ａ）。次に、肺内の細菌負荷を１８ｈｐｉ（予防）または７２ｈｐｉ（処置）のいずれかの時点で決定したところ、使用した予防戦略（図１３Ｂ） 対 処置戦略（図１３Ｃ）にかかわらず、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１が共に、肺からのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａのクリアランスを有意に促進したことが実証された。肺組織内のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを、７２ｈｐｉの時点で染色したところ、対照マウスの肺内で多数の細菌が観察された（図１４Ａ）。特筆すべきことに、対照と比較して、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかで処置したマウスにおいて、細菌負荷が有意に低減された（図１４Ａ）。これらのデータは、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかを用いた予防アプローチおよび処置アプローチの両方が、マウス肺からのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａのクリアランスを促進したことを示唆した。

【0588】

ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１は共に、マウス肺からのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａのクリアランスを促進したが、ＨＭＧＢ１は、マクロファージの食細胞能を低減させることが公知であるので（Ｂａｎｅｒｊｅｅ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ２０１１． １８７（９）： ｐ． ４６８６－９４）、マクロファージによるファゴサイトーシスに対するｍＨＭＧＢ１の影響を評価した。ｍＨＭＧＢ１は、対照と比較して、マクロファージの食細胞能を中程度に低減させ、ｒＨＭＧＢ１から区別不能であったことが見出された（図１４Ｂ）。サイトカラシンＤを陽性対照として使用した。これらの結果は、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１とのインキュベーションの際のマクロファージのファゴサイトーシスにおける僅かな低減が、４８ｈｐｉの時点で、細菌クリアランスに影響を与えなかったことを示唆し、これはさらに、ＨＭＧＢ１の主な治療機能がファゴサイトーシス依存性ではなかったことを示唆している。

【0589】

ＨＭＧＢ１は、潜在的に有害な炎症促進応答を誘導し得るので、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１がマウス腹膜中への好中球の炎症性動員を誘導する能力を評価した。マウスに、０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかを腹腔内（ｉ．ｐ．）注射し、腹膜腔内の好中球の相対的濃度を、α－ＣＤ４５、α－ＣＤ１１ｂおよびα－Ｌｙ６Ｇ抗体を用いたフローサイトメトリーによって４時間後に決定した。チオグリコレートを陽性対照として使用して、腹腔炎症を誘導した。対照と比較して、チオグリコレートを注射したマウスは、腹膜腔への有意な好中球遊走（２×１０^６個の好中球）を示したが、ｒＨＭＧＢ１を与えたマウスは、腹膜腔への中程度（３×１０^５個の好中球）ではあるがなおも有意な好中球遊走を示した（図１４Ｃ）。特筆すべきことに、ｍＨＭＧＢ１を注射したマウスは、ｒＨＭＧＢ１と比較して、好中球遊走における有意な低減（１×１０^５個未満の好中球）を実証し（図１４）、これは、ｍＨＭＧＢ１が減弱された炎症性好中球応答を誘導したことを示唆した。

【0590】

Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａに曝露させ、次いで、７２ｈｐｉの時点でｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかで処置したマウスの肺中への炎症細胞動員をさらに評価した。ｒＨＭＧＢ１で処置したマウス由来の肺は、ヘマトキシリン（Ｈａｅｍｏｔｏｘｙｌｉｎ）およびエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色から明らかなように、対照と比較して、炎症細胞の有意な浸潤を示したが、ｍＨＭＧＢ１で処置したマウス由来の肺は、炎症の徴候を示さず、その代わり、未感染の肺とより密接に似ていた（図１３Ｄ）。ｒＨＭＧＢ１による処置の後に肺中に遊走した炎症細胞を同定するために、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａに感染させ、１８ｈｐｉの時点でｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかで同時に処置したマウス由来の気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）試料に対して、フローサイトメトリーを（α－ＣＤ４５、α－Ｌｙ６Ｇおよびα－ＣＤ１１ｂ抗体を使用して）行った。感染マウスは、主に好中球の浸潤物を示したが、同様に感染させたがｒＨＭＧＢ１でも処置したマウスは、対照と比較して、ＢＡＬ中の有意に大きい数の好中球を示した（図１３Ｅおよび１３Ｆ）。逆に、ｍＨＭＧＢ１で処置したマウスは、ｒＨＭＧＢ１で処置したマウスと比較して、ＢＡＬ中の好中球の有意な低減を示し、対照から区別不能であった（図１３Ｅおよび１３Ｆ）。

【0591】

過剰量のＨＭＧＢ１は、敗血症性ショックと関連付けられる感染症に対する調節不全の宿主応答を媒介し得るので、ｒＨＭＧＢ１（０．２ｎｍｏｌ；ｉｎ ｖｉｖｏバイオフィルムを処置するために使用した濃度）が敗血症性ショックを誘導する能力を、マウスにおいて評価した。マウスに、内毒素なしのｒＨＭＧＢ１、リポ多糖（ＬＰＳ；５ｍｇ／ｋｇ）またはその両方のいずれか０．２ｎｍｏｌをｉ．ｐ．注射し、次いで、敗血症性ショックの徴候について２４時間モニタリングした。敗血症性ショックの誘導についての判断基準である血清ＴＮＦ－α（Ｓｔｅｖｅｎｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉ Ｒｅｐ， ２０１７． ７（１）： ｐ． ５８５０）により、ＬＰＳ単独は、有意な量のＴＮＦ－αを誘導したが、ｒＨＭＧＢ１は、検出可能なＴＮＦ－αを誘導せず、その代わり、対照と匹敵したことが明らかになった（図１５）。この結果は、バイオフィルムを溶解し、疾患解消を誘導するための前臨床有効性研究中の治療薬と同じ濃度で使用したｒＨＭＧＢ１が、これらのマウス研究におけるその証拠の欠如を考慮すると、全身性炎症を促進する可能性が低かったことを示唆した。

【0592】

最後に、ｒＨＭＧＢ１は、感染の部位への好中球遊走を誘導するだけでなく、好中球細胞外トラップ（ＮＥＴ）を形成するように好中球を誘導するので、好中球によるＮＥＴの誘導に対するｍＨＭＧＢ１の影響を評価した。ヒト好中球を、新たな血液から単離し、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかの非存在または存在下で３．５時間インキュベートした。好中球を固定し、次いで、上で説明されたように標識して、ＮＥＴを可視化した。ｒＨＭＧＢ１は、ＮＥＴの誘導に対して中程度の影響を有したが、ｍＨＭＧＢ１は、好中球のｉｎ ｖｉｔｒｏでのＮＥＴ形成をより強く誘導した（図１２）。合わせると、これらのデータは、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１が共に、マウス肺からのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ凝集物のクリアランスを促進したが、ｍＨＭＧＢ１のみが、肺感染症のマウスモデルにおいて、ｒＨＭＧＢ１の炎症促進活性なしにそれを促進したことを示唆した。

【0593】

ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１は、実験的中耳炎のチンチラモデルにおいて、中耳内のＮＴＨＩバイオフィルムの溶解を促進した

【0594】

ＮＴＨＩによって誘導された実験的中耳炎の確立されたモデルを利用して、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１が接着性粘膜バイオフィルムを破壊する能力をさらに評価した。ＮＴＨＩによる経骨胞曝露の４日後、チンチラの両方の中耳内のバイオフィルムを、連続する２日間の中耳中への直接的滴下注入によって、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１のいずれかで処置した（図１６Ａ）。陰性対照として、等価な体積の滅菌食塩水を送達した。第２の治療用量を受けた１日後、全ての動物を屠殺し、中耳バイオフィルム内のＮＴＨＩを計数した。粘膜バイオフィルムおよび粘膜炎症の相対量もまた、定性的に評価した。

【0595】

ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１による第２の処置を受けた１日後、対照コホートと比較して、有意な＞３－ｌｏｇ少ない、粘膜バイオフィルム内のＮＴＨＩおよび／または中耳粘膜に接着性のＮＴＨＩが存在した（図１６Ｂ）（Ｐ≦０．０１）。これら２つの処置間で、クリアランスにおける差異は観察されなかった。その上、６人の盲検評価人が、０のスコアがバイオフィルムの存在なしを示し、４＋がバイオフィルムで満たされた中耳を示す、確立された注釈を使用して、チンチラ中耳内に残存した粘膜バイオフィルムの相対量を定性的にランク付けした（図１６Ｃ）（Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ２０１１． ４（４）： ｐ． ４５６－６７）。陰性対照コホートの中耳は、３．１のスコアを付けた、即ち、中耳の７５％以上が、粘膜バイオフィルムで満たされたままであった（図１６Ｄ）。対照的に、ｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１で処置したチンチラは、１．０の平均スコアを得た、即ち、中耳の２５％未満が、バイオフィルムによって占められていた（Ｐ≦０．０００１）。再び、残存しているバイオフィルムの相対量について、処置間で差異は観察されなかった。次に、中耳を、相対的炎症について、盲検で定性的にランク付けした。０のスコアが炎症なしを示し、３＋が中耳粘膜内の広範な毛細血管拡張および複数の出血病巣の存在を示す注釈を使用した（図１６Ｅ）。ｒＨＭＧＢ１コホートは、滅菌食塩水対照コホートよりもわずかに低いだけのスコアを付けた（図１６Ｆ；それぞれ１．７ 対 ２．２）。逆に、対照コホートおよびｒＨＭＧＢ１コホートの両方よりも有意に少ない（スコア、０．７；Ｐ≦０．０００１）最小限の炎症が、ｍＨＭＧＢ１コホートにおいて見られた。代表的な中耳の画像は、図１６Ｇ中にある。重要なことに、ｍＨＭＧＢ１または希釈剤単独のいずれかによる処置と比較した、炎症促進性サイトカイン（ＩＬ－１βおよびＩＬ－１７Ａ）における統計的に有意な増加もまた、ｒＨＭＧＢ１で処置したチンチラから回収した中耳液中で見出された。特に、ｒＨＭＧＢ１または希釈剤単独のいずれかによる処置と比較した、ｍＨＭＧＢ１で処置したチンチラから回収した中耳液中の抗炎症性サイトカイン（ＩＬ－１０）における統計的に有意な増加もまた存在した（図１７）。したがって、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１は共に、粘膜バイオフィルムのクリアランスを促進したが、ｍＨＭＧＢ１のみが、明白な炎症の誘導なしにそれを促進した（図１６Ｆおよび１６Ｇ）。

【0596】

宿主由来のｒＨＭＧＢ１および病原体指向性のα－ＤＮＡＢＩＩ抗体によるコンビナトリアル処置は、チンチラ中耳内のＮＴＨＩバイオフィルムを根絶した

【0597】

ｉｎ ｖｉｖｏで形成されたバイオフィルムをｍＨＭＧＢ１プラスＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体（抗原結合断片；Ｆａｂの形態）の組合せで処置することに、さらなる価値があり得るかどうかを決定し、それにより、宿主由来＋病原体指向性の治療戦略を開発するために、実験的ＮＴＨＩ誘導性中耳炎のチンチラモデルを利用した。ＮＴＨＩによる曝露の４日後、チンチラの中耳内のバイオフィルムを、ｍＨＭＧＢ１（宿主由来）、および／またはＩＨＦの免疫保護的ドメインを模倣するように設計されたキメラペプチドに対する抗体（「先端－チャイマー」、病原体指向性）で、単独でまたは組み合わせて処置した（図１６Ｈ）。最初に、単一の処置の有効性を評価した。この目的のために、各コホート中の動物のサブセットを、単一の治療用量を受けた１日後に屠殺したが（図１６Ｈ）、各コホート中の残りの動物は、第２の処置を受けた２４時間後に屠殺した。処置は、単独の、もしくはウサギ抗先端チャイマーＩｇＧに由来するＦａｂ断片（「先端チャイマーＦａｂ」）３４２ｎＭと混合した２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１、または先端チャイマーＦａｂ単独を含んだ。陰性対照として、ＩＨＦの非保護的ドメインに対する抗体に由来するＦａｂ断片（「尾部－チャイマーＦａｂ」）（Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）を、単独で、またはｍＨＭＧＢ１と組み合わせて使用した。

【0598】

次いで、感染した中耳を、単独での、またはＩＨＦの尾部もしくは先端のいずれかに対するＦａｂ断片と組み合わせた上述のＨＭＧＢ１タンパク質で処置した。尾部チャイマーＦａｂは、予測されたように、用量の数にかかわらず、現存するバイオフィルムを変更することができなかった（図１６Ｉ、「尾部チャイマーＦａｂ」と標識される）。ｍＨＭＧＢ１プラス尾部チャイマーＦａｂを受けることは、ＮＴＨＩにおける有意な低減を促進し（Ｐ≦０．０１）、中耳の５０％（６のうち３）が、このニッチからＮＴＨＩを取り除いた（「尾部チャイマーＦａｂ＋ｍＨＭＧＢ１」と標識される）。しかし、この後者のクリアランスは、１つの用量の後に、中耳の５０％（６のうち３）からのＮＴＨＩの有意なクリアランスを単独で媒介したｍＨＭＧＢ１（「ｍＨＭＧＢ１」と標識される）の作用に起因し、これは、２つの用量を受けた後にさらに低減された。ＤＮＡＢＩＩ由来の先端－チャイマーＦａｂの単一の治療用量は、バイオフィルム常在ＮＴＨＩにおける有意な５－ｌｏｇの低減を生じ、中耳の６７％（６のうち４）は、培養陰性であり（「先端チャイマーＦａｂ」と標識される、Ｐ≦０．０５）、これは、以前に報告されたように（Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ， ２０２０． ５９： ｐ． １０２８６７）、第２の用量を受けることによってさらに低減された。中耳の８６％（６のうち５）が、中耳からＮＴＨＩを取り除いたので、ｍＨＭＧＢ１の単一の用量を先端－チャイマーＦａｂと組み合わせることは、試験したうちで最も有効な治療であり（「先端チャイマーＦａｂ＋ｍＨＭＧＢ１」と標識される）、これは、少なくとも相加的な効果を実証した。特筆すべきことに、ｍＨＭＧＢ１プラス先端－チャイマーＦａｂの２つの用量による処置は、検出のレベルを下回って、このコホート中の全ての動物の中耳からＮＴＨＩを根絶させ、これは、少なくとも相加的な効果を示している。

【0599】

これらのコホート中の動物の中耳を、残存しているＮＴＨＩバイオフィルムの相対量についても定性的に評価した。尾部チャイマーＦａｂの１つまたは２つの用量を受けることは、有効ではなく、平均粘膜バイオフィルムスコアは、各時点において＞３．０であり、これは、中耳の７５％以上が、ＮＴＨＩバイオフィルムで満たされたままであったことを再度示した（図１６Ｊ、「尾部チャイマーＦａｂ」と標識される）。ｍＨＭＧＢ１を尾部チャイマーＦａｂと混合することは、存在するバイオフィルムの量を半分だけ有意に低減させたが、バイオフィルムは、このコホートにおいて、中耳の２５％～５０％の間をなおも満たしていた（「尾部チャイマーＦａｂ＋ｍＨＭＧＢ１」と標識される；尾部チャイマーＦａｂに対してＰ≦０．０１）。ｍＨＭＧＢ１単独を受けることは、先端－チャイマーＦａｂによる１つまたは２つの処置を受けること（「先端チャイマーＦａｂ」と標識される）と同様、高度に有効であった（「ｍＨＭＧＢ１」と標識される）。しかし、全体で、最も有効な治療的処置は、先端－チャイマーＦａｂと混合したｍＨＭＧＢ１であった（「先端チャイマーＦａｂ＋ｍＨＭＧＢ１」と標識される）。単一の用量は、予め形成されたＮＴＨＩバイオフィルムを、中耳の６７％（６のうち４）から取り除き、粘膜バイオフィルムスコアは０．１であった。第２の用量は、この応答をさらに増強し、６のうち５の中耳（８３％）において、ＮＴＨＩバイオフィルムは見られなかった。さらに、１つまたは２つの用量を受けた後、先端チャイマーＦａｂ単独（Ｐ≦０．０５）またはｍＨＭＧＢ１単独（Ｐ≦０．０００１、単一の用量）と比較して、有意に低い粘膜バイオフィルムが観察された。合わせると、これらのデータは、ｍＨＭＧＢ１を受けた後に、両方の細菌負荷における有意な低減および粘膜ＮＴＨＩバイオフィルムの根絶を実証しており、成果は、先端－チャイマーＦａｂと共に共送達された場合、さらに強化された。これらの結果は、宿主由来＋病原体指向性の治療戦略が、α－ＤＮＡＢＩＩ先端ＦａｂおよびｍＨＭＧＢ１が別個の機構によってバイオフィルムを破壊したという事実におそらくは起因して、高度に有効であることを示唆しており、これらの機構は、組み合わさると、この動物モデルにおける既存の病原性バイオフィルムの事実上完全な根絶によって明らかなように、観察された組合せ成果を説明した。

【0600】

宿主ＨＭＧＢ１および細菌ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、細胞外環境中で見出され、この場所で、ＨＭＧＢ１は、炎症、細胞遊走、浸潤および増殖、組織再生ならびに抗微生物防御を含むいくつかのプロセスに関与する（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．で概説される）。対照的に、細胞外で、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、多様な細菌バイオフィルムのｅＤＮＡ依存性ＥＰＳの基礎をなす構造的構成成分の一部として働くことが発見された（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９；Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１；Ｇｕｓｔａｖｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１３；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１３；Ｂｒｏｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１４；Ｒｏｃｃｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１６；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１６；Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１７；Ｆｒｅｉｒｅ ｅｔ ａｌ．， ２０１７；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１９；Ｂｒａｎｄｓｔｅｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｌａｒｙｎｇｏｓｃｏｐｅ， ２０１３． １２３（１１）： ｐ． ２６２６－３２；Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ２０１５ Ｊｕｎ；９６（６）：１１１９－３５；Ｉｄｉｃｕｌａ ｅｔ ａｌ．， Ｌａｒｙｎｇｏｓｃｏｐｅ． ２０１６ Ａｕｇ；１２６（８）：１９４６－５１；およびＪｕｒｃｉｓｅｋ ｅｔ ａｌ．，． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ． ２０１７ Ａｕｇ ８；１１４（３２）：Ｅ６６３２－Ｅ６６４１）。理論に束縛されることは望まないが、細菌バイオフィルムＥＰＳ内に存在するＨＭＧＢ１は、ｉｎ ｖｉｖｏ感染の間の他のＮＥＴ構成成分、例えば、好中球エラスターゼおよびヒストンＨ３の局在化と一致していた（Ａｌｈｅｄｅ ｅｔ ａｌ．， Ｐａｔｈｏｇ Ｄｉｓ， ２０２０． ７８（２））。

【0601】

ＨＭＧＢ１が細菌バイオフィルムＥＰＳ内に局在化したことを考慮して、理論に束縛されることは望まないが、ＨＭＧＢ１によるバイオフィルム破壊が、ＤＮＡに結合するその能力によって媒介されたと仮説を立てた。細菌バイオフィルムの格子構造を形成するｅＤＮＡの交差した鎖の頂点は、ＨＪ様構造から構成され、この場所で、ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、バイオフィルムＥＰＳに結合しこれを安定化する（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。ＨＭＧＢ１は、ＨＪ ＤＮＡに対する高い親和性を有するが、これまで、ｅＤＮＡ格子の頂点においてｉｎ ｖｉｖｏで観察されたことはなかった。この結果は、ＨＭＧＢ１が、ｅＤＮＡ格子のこれらのＨＪ様構造に結合した場合に、それらを安定化することができず、帰結として、構造を崩壊させたことを示唆し、これは、この構造を安定化するＤＮＡＢＩＩタンパク質の効果とは反対である。これは、ＨＭＧＢ１の抗バイオフィルム活性が、ＨＭＧＢ１が遊離ＨＪに直接結合する競合的阻害機構を介して媒介されたことを主張する。ＨＭＧＢ１タンパク質とＤＮＡＢＩＩタンパク質との間でのこれらの生物学的差異に関するヒントは、生化学的解析から導出され得る。ＤＮＡＢＩＩおよびＨＭＧＢ１タンパク質は共に、ＤＮＡの副溝に結合するが、ＨＪとのそれらの接触は、異なる様式で生じる（Ｐｏｎｔｉｇｇｉａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， １９９３． ７（３）： ｐ． ３４３－５０）。ＤＮＡＢＩＩタンパク質は、Ｘ様構造を取るＨＪに対する結合優先度を有するが（Ｂｏｎｎｅｆｏｙ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， １９９４． ２４２（２）： ｐ． １１６－２９；Ｖｉｔｏｃ ａｎｄ Ｍｕｋｅｒｊｉ， Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ２０１１． ５０（９）： ｐ． １４３２－４１；およびＤｅｎｇ， Ｖ．Ｙ．， Ｍｕｋｅｒｊｉ， Ｉ．， Ｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ＤＮＡ Ｆｏｕｒ－ｗａｙ ｊｕｎｃｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ ｈｏｓｔ ｆａｃｔｏｒ． ２０１６， Ｗｅｓｌｅｙａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ． ｐ． １６０）、平面正方形構造にあるＨＪは、ＨＭＧＢ１のための好ましいコンフォメーションである（ＪＲ Ｐ．ｏ． ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ， １９９８． １７（３）： ｐ． ８１７－２６．）。平面正方形コンフォメーションにあるＨＪに特異的に結合する原型的ＨＪ ＤＮＡ結合タンパク質であるＲｕｖＡ（Ｈａｒｇｒｅａｖｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ， １９９８． ５（６）： ｐ． ４４１－６）は、バイオフィルムＥＰＳ内のＤＮＡＢＩＩタンパク質の喪失を相殺することが、以前に示されている（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）。この結果は、細菌バイオフィルムＥＰＳ内のｅＤＮＡ格子が、ＲｕｖＡに適合するコンフォメーションと十分に類似した、したがって、ＨＭＧＢ１が結合するＨＪから構成されていたが、ＲｕｖＡはｅＤＮＡ格子を安定化し、ＨＭＧＢ１は安定化しないことを暗示した。これは、ＨＪ基質を用いたＥＭＳＡ安定化研究によって裏付けられるが、ＨＭＧＢ１がｅＤＮＡ格子を安定化できないことを説明するためにまだ決定されていない明らかに他の因子が、ＤＮＡ結合において存在する。最後に、ｅＤＮＡマトリックス内のＨＪについてＨＭＧＢ１と競合するＤＮＡ結合タンパク質、またはＨＪ ＤＮＡに結合するＨＭＧＢ１の能力を直接抑制したＮＥＭによるＨＭＧＢ１の修飾、のいずれかの外因性の添加は、ＨＭＧＢ１の作用機構としての、ＤＮＡＢＩＩタンパク質とのＨＪ部位の競合的阻害を支持した直接的な証拠を提供した。これが唯一の作用機構であったことを検証するために、観察されたバイオフィルム破壊を媒介するための手段として、ＨＭＧＢ１が遊離ＤＮＡＢＩＩタンパク質に直接結合できた可能性もまた試験した。ＳＰＲ解析により、ＨＭＧＢ１が、ＤＮＡＢＩＩタンパク質に不十分に結合し、ＨＪ ＤＮＡに直接、高い親和性で優先的に結合することが実証された。したがって、ｅＤＮＡ内で、ＨＭＧＢ１は、ＤＮＡＢＩＩタンパク質へのいずれの限定的な結合をも介さずに、ＨＪを不安定化した可能性が高い。

【0602】

ＨＭＧＢ１が抗バイオフィルム治療薬として作用する能力は、その個々の機能を有するそのモジュラー構造にかかっている。ＨＭＧＢ１は、２つのタンデムＤＮＡ結合ドメインを有する；Ａボックス、Ｂボックス、および３０個の連続酸性アミノ酸残基からなるＣ末端尾部（Ｂｉａｎｃｈｉ ｅｔ ａｌ．， １９９２）。細胞外で、Ａボックス単独は、抗炎症活性を示し、ＨＭＧＢ１のアンタゴニストとして作用するが、Ｂボックス単独は、ＨＭＧＢ１の炎症促進活性を完全に保持し、Ｃ末端尾部は、細菌死滅に関与する。過剰量の場合、ＨＭＧＢ１は、微生物感染に応答した全身性炎症の一形態である敗血症の後期メディエーターとしても機能する（Ｑｉｎ ｅｔ ａｌ．， ２００６；およびＤｉｅｎｅｒ ｅｔ ａｌ， ２０１３）。したがって、細菌バイオフィルムに対して標的化される治療薬としてのＨＭＧＢ１の開発では、その炎症促進活性を減弱させることが必須である。バイオフィルムを有効に根絶した濃度でのｒＨＭＧＢ１の使用が、敗血症性ショックと関連付けられる感染症に対する調節不全の宿主応答を誘導しなかったことが本明細書で実証されたが、強力な抗バイオフィルム機能ならびに高度に減弱された炎症促進性機能を示した単一のＣ４５Ｓアミノ酸変異を有するｒＨＭＧＢ１の操作された誘導体（ｍＨＭＧＢ１）の生成を介した、ＨＭＧＢ１の炎症促進性機能からの、抗バイオフィルム活性の首尾よい分離が、本明細書で示される。最小限の炎症促進性機能を有してバイオフィルムを破壊するその能力を保持する最小限のｍＨＭＧＢ１分子を生成するための試みにおける、ｍＨＭＧＢ１の個々のドメインの各々のさらなる特徴付けは、現在調査中である。

【0603】

ＨＭＧＢ１およびその新たに見出された抗バイオフィルム活性を用いた結果を考慮して、ＮＥＴ機能の新たな増進されたパラダイムが、本明細書で示唆される。病原体に対する第一線の宿主防御である好中球は、散在を予防するための試みにおいて病原体を捕捉するために、ＬＰＳ、ＩＬ－８、ＴＮＦ－αおよびＨＭＧＢ１を含む炎症促進刺激にＮＥＴが応答する際にそれらのＤＮＡを放出する。その上、ＮＥＴは、微生物の根絶を促進するＨＭＧＢ１、ヒストン、エラスターゼ、およびミエロペルオキシダーゼでも修飾されている（Ｄｅｌｇａｄｏ－Ｒｉｚｏ ｅｔ ａｌ．， Ｆｒｏｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ， ２０１７． ８： ｐ． ８１で概説される）。ＨＭＧＢ１が抗細菌活性を示し、ＮＥＴ形成を誘導するための炎症促進性サイトカインとしても作用することを考慮して、理論に束縛されることは望まないが、次のモデルを提案した。細菌が宿主中で存続し、クリアランスに抵抗するためには、細菌は、宿主免疫エフェクターから細菌を保護する、凝集したバイオフィルム状態または付着したバイオフィルム状態いずれかを取る。さらに、これらの群集の部分的脱落は、コア常在バイオフィルム細菌のクリアランスのリスクなしに、病原体の拡大増殖を可能にする。しかし、細菌の放出および引き続く拡大増殖を予防するために、宿主は、制御されない炎症応答の誘導なしに、ＮＥＴｏｓｉｓの間に十分な濃度のＨＭＧＢ１を放出して、細菌病原体を閉じ込める。したがって、ＨＭＧＢ１は、バイオフィルム増殖への予防線を張りそれを制限するように、かつ自然免疫系に注意喚起するように作用する。細菌は、宿主免疫応答を回避するためにバイオフィルムを積極的に構築するが、宿主は、良好にバランスが取れたレベルのＨＭＧＢ１の分泌を介して、病原性細菌バイオフィルム拡大増殖を予防することを積極的に試みる、即ち、少なすぎるＨＭＧＢ１は、バイオフィルムの増殖をもたらすが、多すぎるＨＭＧＢ１は、敗血症性ショックと関連付けられる感染症に対する調節不全の宿主応答を引き起こす過度の炎症促進効果をもたらすので、このモデルは生物学的に適切である。ｍＨＭＧＢ１とＤＮＡＢＩＩタンパク質に対する抗体との送達を介して達成されたコンビナトリアル宿主指向性プラス病原体由来の治療アプローチは、前臨床モデルにおいて炎症応答の誘導なしにバイオフィルムの迅速なクリアランスを促進し、それにより、高度に不応性の細菌バイオフィルムの根絶において宿主に有利になるようにバランスを傾けたことが、本明細書で実証された。

【0604】

実験番号２ － 方法
細菌株：ＵＰＥＣ株ＵＴＩ８９は、膀胱炎を有する患者から単離した（Ｍｕｌｖｅｙ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ， ２００１． ６９（７）： ｐ． ４５７２－９）。Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ株Ｋ５６－２は、嚢胞性線維症（ＣＦ）患者から単離した（Ｂａｌｄｗｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ， ２００５． ４３（９）： ｐ． ４６６５－７３）。ＮＴＨＩ株８６－０２８ＮＰは、Ｎａｔｉｏｎｗｉｄｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌにおいて、慢性中耳炎を有する小児の鼻咽頭から単離した（Ｈａｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ， ２００５． １８７（１３）： ｐ． ４６２７－３６）。Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．およびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、尿路感染症を有する患者から単離した。Ｓ．ａｕｒｅｕｓ株ＡＴＣＣ（登録商標）２９２１３（商標）は、ＡＴＣＣから得た。Ａ．ｂａｕｍａｎｉｉ株ＡＴＣＣ（登録商標）１７９７８（商標）は、ＡＴＣＣから得た。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株ＡＴＣＣ（登録商標）２７８５３（商標）は、ＡＴＣＣから得た。Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ Ｃｏｍ１２株は、健康なヒトボランティアの糞便から単離した（Ｐａｌｍｅｒ ｅｔ ａｌ．， ｍＢｉｏ， ２０１２． ３（１）： ｐ． ｅ００３１８－１１）。これらの株の各々は、液体窒素中で低継代数で維持されていた。

【0605】

タンパク質精製：タグなし組換えＨＭＧＢ１を、以前に説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）、ＩＭＰＡＣＴキット（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いて生成した。ヒトＨＭＧＢ１を、赤血球凝集素でタグ化したヒトＨＭＧＢ１を含有するプラスミドから、オリゴヌクレオチド５’－ｇｇｔｇｇｔｔｇｃｔｃｔｔｃｃａａｃａｔｇｇｇｃａａａｇｇａｇ－３’（配列番号）および５’－ｇｇｔｇｇｔｃｃａｔｇｇｔｃａｔｔａｔｔｃａｔｃａｔｃａｔｃ－３’（配列番号）を用いてＰＣＲ増幅した。ＰＣＲ産物を、説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）、ｐＴＸＢ１ベクター中にクローニングして、タグなしヒトｒＨＭＧＢ１を生成した。構築物を、Ｅ．ｃｏｌｉ発現株ＥＲ２５６６（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）中に形質転換し、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含有する溶原ブロス（ＬＢ）寒天上で選択した。単一のアミノ酸変異Ｃ４５Ｓを有するｒＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）を、Ａｇｉｌｅｎｔ ＱｕｉｃｋＣｈａｎｇｅ ＩＩ Ｓｉｔｅ Ｄｉｒｅｃｔｅｄ Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ Ｍｅｔｈｏｄに従うことによって生成した。ＨＭＧＢ１を、ｐＳＧ８９９から、ＰＡＧＥ精製されたオリゴ５’－ｇｇｔｃｔｔｃｃａｃｃｔｃｔｃｔｇａａｃｔｃｔｔｃｔｔａｇａａａａｃｔｃｔｇａｇ－３’（配列番号）および５’－ｃｔｃａｇａｇｔｔｔｔｃｔａａｇａａｇａｇｔｔｃａｇａｇａｇｇｔｇｇａａｇａｃｃ－３’（配列番号）（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）ならびにＰｈｕｓｉｏｎ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を製造業者の指示に従って用いて、合計１６サイクルにわたってＰＣＲ増幅した。次いで、ＰＣＲ産物を、ＤｐｎＩで消化し、その後、製品のプロトコールに従ってＮＥＢ（登録商標）Ｓｔａｂｌｅ Ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ Ｅ．ｃｏｌｉ中に形質転換し、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含有するＬＢ寒天上で選択した。ランダム形質転換体を選択し、プラスミドを精製し、配列決定を介してＣ４５Ｓ変異を確認した。Ｃ４５Ｓ変異を含有する構築物を、発現株Ｅ．ｃｏｌｉ ＥＲ２５６６中にさらに形質転換した。説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１７）、ｒＨＭＧＢ１およびｍＨＭＧＢ１を過剰発現させ、キチン樹脂カラム上で精製した。溶出したタンパク質を、ヘパリン結合緩衝液（１０ｍＭリン酸Ｎａ緩衝液（ｐＨ７．０）、２００ｍＭ ＮａＣｌ）中で４℃で一晩透析した。透析されたタンパク質を、結合緩衝液中で平衡化した１ｍｌ ＨＩ－Ｔｒａｐヘパリン－セファロースカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して、ＡＫＴＡ ＰＵＲＥ ＦＰＬＣ上にロードした。カラムを、２０カラム体積の結合緩衝液で洗浄し、結合したタンパク質を、線形勾配を用いて３０カラム体積の溶出緩衝液（１０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ７）、２Ｍ ＮａＣｌ）で溶出させ、ＡＫＴＡ Ｆ９－Ｃ画分収集器によって分画した。各タンパク質を、４０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．５、２ｍＭ ＥＤＴＡ中で平衡化した１ｍｌ Ｈｉ－Ｔｒａｐ ＤＥＡＥ－セファロース樹脂カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用するＦＰＬＣによって、さらに精製した（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ解析によって純度が９５％未満である場合）。結合したタンパク質を、４０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．５、２ｍＭ ＥＤＴＡおよび１Ｍ ＮａＣｌを含有する溶出緩衝液の線形勾配の３０カラム体積で溶出させた。画分を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥによって解析し、プールし、貯蔵緩衝液（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、６００ｍＭ ＫＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ）中で透析した。タンパク質を、遠心分離フィルター（３０００ＭＷＣＯ）で濃縮し、製造業者によって推奨されるように、ウシ血清アルブミンを標準として用いるＰｉｅｒｃｅ ＢＣＡタンパク質アッセイキット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して定量した。タンパク質を、およそ９５％の均一性まで精製した。最後に、タンパク質に、１０％グリセロールを補充し、－８０℃で貯蔵した。

【0606】

ｒＨＭＧＢ１の酸化およびＮＥＭ修飾：ｒＨＭＧＢ１を、「タンパク質精製」において上で説明されたように精製した。精製されたｒＨＭＧＢ１を、説明されたように（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．， ２０１２）、過酸化水素で酸化した。ｒＨＭＧＢ１を、以前に説明されたように精製した。説明されたように（Ｋｗａｋ ｅｔ ａｌ．， Ｒｅｄｏｘ Ｂｉｏｌ， ２０１９． ２４： ｐ． １０１２０３）、ｒＨＭＧＢ１のプールされた画分を、１０ｍＭ ＤＴＴ（ジチオスレイトール）と共に４℃で１５分間インキュベートし、直後に、５０ｍＭの最終濃度で、ＮＥＭ（Ｎ－エチルマレイミド）を添加し５分間おいた。ＮＥＭ－ＨＭＧＢ１を、６００ｍＭ ＫＣｌを含む５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ７．４中で一晩透析した。タンパク質を、ＢＣＡアッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ）によって定量した。

【0607】

アセチル化およびリン酸化：精製されたｒＨＭＧＢ１を再懸濁し、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ ｐＨ８．０ ２００ｍＭ ＮａＣｌ中でＲＴで１時間平衡化した。ｒＨＭＧＢ１のアセチル化を、説明されたように行った（Ｏｌｉａ ｅｔ ａｌ．， ２０１５， ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ， １０， ２０３４－４７）。簡潔に説明すると、ｒＨＭＧＢ１を、３００μＭの最終濃度の１００ｍＭアセチル－補酵素Ａ（Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈカタログ番号１０１０１８９３００１）と共に３０℃で２時間インキュベートした。未結合のアセチル－ＣｏＡを、緩衝液交換によって除去した。ｒＨＭＧＢ１のリン酸化を、説明されたように行った（Ｕｇｒｉｎｏｖａ ｅｔ ａｌ．， ２０１２， Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｒｅｐ， ３９， ９９４７－５３）。簡潔に説明すると、組換えタンパク質キナーゼＣ（ｃＰＫＣα）を、１０ｍＭ ＭｇＣｌ_２、１ｍＭ ＣａＣｌ_２、１４０μＭホスファチジルセリン、５０μＭ ＡＴＰを含有する２０ｍＭ ＭＯＰＳ ｐＨ７．２中で、それぞれ２μｇ当たり２０ｎｇの比で、ｒＨＭＧＢ１と共に３０℃で３０分間インキュベートした。タンパク質に結合していない試薬を、緩衝液交換によって除去した。Ａｃ－ＨＭＧＢ１およびＰ－ＨＭＧＢ１を濃縮し、ＢＣＡアッセイによって定量した。アセチル化された形態およびリン酸化された形態のｒＨＭＧＢ１を、トリトン－尿素ゲル（Ｒｙａｎ ａｎｄ Ａｎｎｕｎｚｉａｔｏ， ２００１）によって確認し、クマシーブルーで染色した。Ａｃ－ＨＭＧＢ１を、α－Ａｃ－Ｌｙｓ抗体を用いたウエスタンブロットによってさらに確認した。

【0608】

ｉｎ ｖｉｖｏで形成されたバイオフィルム内のＨＭＧＢ１およびＤＮＡＢＩＩタンパク質の可視化：ＮＴＨＩに経骨胞で曝露させたチンチラからの骨胞を使用した。屠殺の際に、骨胞を取り出し、無菌的に開き、いずれの流体をも収集し、滅菌食塩水で洗浄し、ＯＣＴコンパウンドで満たし、次いで、液体窒素で瞬間凍結し、使用まで－８０℃で貯蔵した。切片化の前に、中耳の外骨を注意深く削り取る間、ＯＣＴを満たした骨胞を、ドライアイスの床上に置いた。次いで、骨胞を、鼓膜を通る平面で分け、配向のためにＯＣＴ中に再包埋した。１０ミクロンの連続切片を切り、スライド（Ｍｅｒｃｅｄｅｓ Ｍｅｄｉｃａｌ、Ｌａｋｅｗｏｏｄ Ｒａｎｃｈ、ＦＬ）上に置いた。スライドを、形態についてＨ＆Ｅで、または標準的な実験室技術を使用する免疫蛍光によって染色した。次の市販の抗体を使用した：ヒト好中球エラスターゼ（ＮＥ－エラスターゼ）に対するマウスモノクローナル抗体モノクローナル抗体（ＮＯＶＵＳ）、α－ＨＵおよびα－ＨＭＧＢ１、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８ヤギ抗モルモット、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ５４６ヤギ抗マウスおよびＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ５９４ヤギ抗ウサギ二次抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）。スライドを、室温で風乾させ、氷冷アセトン中で固定し、製造業者の指示に従ってＩＴＸ－画像増強剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）およびＳｕｐｅｒ Ｂｌｏｃｋ（Ｓｃｙｔｅｋ、Ｗｅｓｔ Ｌｏｇａｎ、ＵＴ）でブロッキングした。切片を、一次抗体のカクテル（（マウス抗エラスターゼおよびウサギ抗ＮＴＨＩ ＯＭＰ Ｐ５）または（マウス－抗ＨＭＧＢ１およびモルモット抗ＨＵ））と共に室温で１時間インキュベートし、洗浄し、蛍光タグ化二次抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）と共に３０分間インキュベートし、洗浄し、その後、Ｐｒｏｌｏｎｇ Ｇｏｌｄ ｐｌｕｓ ＤＡＰＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用してカバースリップをかけた。低倍率画像を、Ｚｅｉｓｓ Ａｘｉｏｓｋｏｐ顕微鏡およびＺｅｉｓｓ Ｚｅｎソフトウェアを使用して取得した。高倍率３Ｄ画像を、ａｉｒｙｓｃａｎを備えたＺｅｉｓｓ ＬＳＭ ８０００共焦点顕微鏡で取得した。

【0609】

ＨＭＧＢ１の様々なアイソフォームによる細菌バイオフィルムの破壊：ＵＰＥＣ株ＵＴＩ８９、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ、およびＡ．ｂａｕｍａｎｉｉを、５％ＣＯ_２を含有する加湿雰囲気中で、ＬＢ寒天上で３７℃で１８～２０時間培養し、次いで、４９０ｎｍでのＯＤが０．６５になるように、ＬＢブロス中に懸濁した。次いで、培養物を、ＬＢブロス中に１：１２希釈し、次いで、４９０ｎｍでのＯＤが０．６に達するまで、３７℃、５％ＣＯ_２で静的にインキュベートした。次いで、培養物を、ＬＢブロス中に希釈して、２×１０^５ＣＦＵ／ｍｌを含有するようにし、２００μｌのこの懸濁物を、８ウェルチャンバーのカバーガラススライド（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）の各ウェル中に接種した。ＮＴＨＩおよびＳ．ａｕｒｅｕｓを、５％ＣＯ_２を含有する加湿雰囲気中で、チョコレート寒天上で３７℃で１８～２０時間培養し、次いで、ＮＴＨＩを、４９０ｎｍでのＯＤが０．６５になるように、ｓＢＨＩ（ヘム（２μｇ／ｍｌ）およびｂ－ＮＡＤ（２μｇ／ｍｌ）を補充したブレインハートインフュージョンブロス）ブロス中に再懸濁した。Ｓ．ａｕｒｅｕｓを、４９０ｎｍでのＯＤが０．６５になるように、トリプティックソイブロス（ＴＳＢ）中に再懸濁した。ＮＴＨＩおよびＳ．ａｕｒｅｕｓを、それぞれｓＢＨＩおよびＴＳＢ中に１：６希釈し、次いで、３７℃、５％ＣＯ_２で３時間静的にインキュベートした。次いで、培養物を、そのそれぞれの培地中に希釈して、２×１０^５ＣＦＵ／ｍｌを含有するようにし、２００μｌのこの懸濁物を、８ウェルチャンバーのカバーガラススライドの各ウェル中に接種した。Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａおよびＥ．ｆａｅｃｉｕｍを、５％ＣＯ_２を含有する加湿雰囲気中で、それぞれＴＳＢ寒天およびＢＨＩ寒天上で３７℃で１８～２０時間培養し、次いで、４９０ｎｍでのＯＤが０．６５になるように、それぞれＴＳＢブロスまたはＢＨＩブロス中に懸濁した。次いで、培養物を、それぞれのブロス中に１：１２希釈し、次いで、４９０ｎｍでのＯＤが０．６に達するまで、３７℃、５％ＣＯ_２で静的にインキュベートした。次いで、培養物を、そのそれぞれの培地中に希釈して、２×１０^５ＣＦＵ／ｍｌを含有するようにし、２００μｌのこの懸濁物を、８ウェルチャンバーのカバーガラススライドの各ウェル中に接種した。３７℃、５％ＣＯ_２での細菌種の各々の１６時間のインキュベーションの後、培地を、それぞれの新たな培地で置き換え、３７℃、５％ＣＯ_２でもう８時間インキュベートした。２４時間の時点で、培地を、それぞれの新たな培地（対照）、あるいはＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）アイソフォーム（ｒＨＭＧＢ１、ｍＨＭＧＢ１、ｎＨＭＧＢ１、Ａｃ－ｒＨＭＧＢ１もしくはＰ－ｒＨＭＧＢ１）のうちの１つ、またはα－ＩＨＦ_Ｅｃ（１０００ｎＭ）、またはアンピシリン（３２μｇ／ｍｌ）もしくはアモキシシリン－クラブラン酸塩（１μｇ／ｍｌ）と組み合わせたｒＨＭＧＢ１を含有する新たな培地で置き換え、３７℃、５％ＣＯ_２で１６時間インキュベートした。３７℃、５％ＣＯ_２で、Ｓ．ａｕｒｅｕｓを、８００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１と共に１６時間インキュベートし、Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍを、８００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１または８００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１と共に１時間インキュベートした。ｎＨＭＧＢ１は、Ｃｈｏｎｄｒｅｘ Ｉｎｃ（Ｒｅｄｍｏｎｄ、ＷＡ）から購入した。ＵＰＥＣおよびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅを除く全てのバイオフィルムを、滅菌食塩水（０．９％）で２回洗浄し、製造業者の指示に従って、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）染色剤（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）で染色した。ＵＰＥＣおよびＫ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅは、滅菌食塩水で１回洗浄し、次いで、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ（登録商標）染色剤で染色した。次いで、バイオフィルムを、滅菌食塩水で１回洗浄し、０．１Ｍリン酸緩衝液ｐＨ７．４中１．６％パラホルムアルデヒド、０．０２５％グルタルアルデヒドおよび４％酢酸で固定した。次いで、バイオフィルムを、説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）画像化し解析した。全てのｉｎ ｖｉｔｒｏバイオフィルムアッセイを、別々の日に最低３回反復した。データは、平均±ＳＥＭとして示される。浮遊性細菌およびバイオフィルム常在細菌を、説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１５）計数した。

【0610】

Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａによって形成されたバイオフィルム内のｅＤＮＡ格子構造の可視化：Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅバイオフィルムを、「ＨＭＧＢ１の様々なアイソフォームによる細菌バイオフィルムの破壊」において上で説明されたように、２４時間確立させ、次いで、ＬＢブロス（対照）、ｒＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）、またはｍＨＭＧＢ１（２００ｎＭ）のうちの１つと共に、３７℃、５％ＣＯ_２で１６時間インキュベートした。ｅＤＮＡ格子構造を、説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）、免疫蛍光によって可視化した。

【0611】

好中球とＨＭＧＢ１の様々なアイソフォームとのインキュベーションの際のＮＥＴ構造の可視化：ヒト好中球を、ＥＡＳＹＳＥＰ（商標）単離キット（Ｓｔｅｍｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．）を使用して、血液から単離した。好中球（１×１０^５）を、チャンバーカバーガラスに付着させ、その後、２００ｎＭ ｒＨＭＧＢ１、ｍＨＭＧＢ１またはＮＥＭ－ｒＨＭＧＢ１と共に３７℃で３．５時間インキュベートした。ＮＥＴを、ホルマリン中で固定し、１０％正常ヤギ血清（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）でブロッキングし、２００μｌ ＰＢＳ中のα－ｄｓＤＮＡモノクローナル抗体（１μｇ）、ならびにα－好中球エラスターゼポリクローナル抗体（１μｇ）または未処理ウサギおよびマウスアイソタイプ対照（１μｇ）で４℃で１６時間で標識した。ＮＥＴを、ＰＢＳで洗浄し、１：２００希釈のＡＬＥＸＡＦＬＵＯＲ（登録商標）５９４にコンジュゲートされたヤギα－ウサギＩｇＧ、ＡＬＥＸＡＦＬＵＯＲ（登録商標）４８８にコンジュゲートされたヤギα－マウスＩｇＧ、および１：５００希釈のＡＬＥＸＡＦＬＵＯＲ（登録商標）３５０にコンジュゲートされたコムギ胚芽凝集素（ＰＭＮ膜染色剤）と共に１時間インキュベートした。ＮＥＴを、Ｚｅｉｓｓ ＬＳＭ ８００共焦点顕微鏡（Ｃａｒｌ Ｚｅｉｓｓ Ｉｎｃ．）で画像化し、Ｚｅｉｓｓ Ｚｅｎソフトウェアでレンダリングした。

【0612】

Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａによるマウス肺の気管内曝露およびＨＭＧＢ１アイソフォームによる処置：Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ株Ｋ５６－２を、２００ｒｐｍで３７℃で一晩、ＬＢブロス（Ｄｉｆｃｏ、ＭＤ）中で培養した。細菌濃度を、６００ｎｍでのＯＤに基づいて、各実験の前に調整した。Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、１０^７コロニー形成単位（ＣＦＵ）のＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを気管内で（ｉ．ｔ．）感染させた。マウスに、感染と同時に（予防）または２４ｈｐｉ（処置）に、０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１（ｉ．ｔ．）を与えた。動物を、２４または４８ｈｐｉに安楽死させ、気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）を、１ｍｌのＰＢＳプラス１ｍＭ ＥＤＴＡを用いて収集した。ＢＡＬからの細胞を、α－ＣＤ４５ ｂｒｉｌｌｉａｎｔ ｖｉｏｌｅｔ ６５０（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、α－ＣＤ１１ｂ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ７００（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）およびα－Ｌｙ６Ｇ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）抗体ならびにＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ ｂｌｕｅ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｏｒ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｅｕｇｅｎｅ ＯＲ）で染色した。細胞を、ＬＳＲ ＩＩフローサイトメーター（ＢＤ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）を用いて獲得した。細胞の数を、ＢＡＬ中の好中球（生、ＣＤ４５^＋、ＣＤ１１ｂ^高、Ｌｙ６Ｇ^高）の数に基づいて計算し、細胞の総計数を、血球計数器によって行った。コホート当たり２つの肺を固定し、パラフィン中に包埋した；スライドを、Ｈ＆Ｅ染色剤で染色した。Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを可視化するために、１０^７ＣＦＵのＢ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを感染させ、７２ｈｐｉに０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１またはｍＨＭＧＢ１で処置した肺からのパラフィン切片を、脱パラフィン処理し、抗原賦活化を、クエン酸ナトリウム緩衝液（１０ｍＭクエン酸ナトリウム、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０、ｐＨ６．０）中で１２１℃で１５分間行った。スライドを、０．５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００で１０分間透過処理し、１０％正常ヤギ血清（Ａｂｃａｍ）で３０分間ブロッキングし、Ｅ．ｃｏｌｉ伸長因子－Ｔｕに対するモノクローナル抗体（α－ＥＦ－Ｔｕ；Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａと交差反応する）（ＬＳＢｉｏ）で一晩染色して、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａを標識した。次いで、試料を、ヤギα－マウスＩｇＧ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８（Ａｂｃａｍ）でＲＴで１時間染色し、ＤＡＰＩを含むｆｌｕｏｒｏｓｈｉｅｌｄ培地（Ａｂｃａｍ）を用いてマウントし、４０×倍率のＮｉｋｏｎ Ｅｃｌｉｐｓｅ Ｔｉ（Ｎｉｋｏｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ Ｉｎｃ． Ａｍｅｒｉｃａｓ）を介して可視化し、ＩｍａｇｅＪソフトウェア（ＮＩＨ）によって解析した。細菌負荷を計数するために、動物を、１８または７２ｈｐｉに安楽死させ、気管支肺胞洗浄を、１ｍｌのＰＢＳプラス１ｍＭ ＥＤＴＡを用いて収集し、ＢＡＬのアリコートを、連続希釈し、ＬＢ寒天上にプレートした。マウス研究を、ＮＩＨ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌｓに従って、Ａｂｉｇａｉｌ Ｗｅｘｎｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ａｔ Ｎａｔｉｏｎｗｉｄｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認されたプロトコール番号ＡＲ１３０００２０の下で行った。いずれの動物も試料も、いずれの研究においても評価から除外しなかった。

【0613】

ファゴサイトーシスアッセイ：ヒト単球を、α－ＣＤ１４抗体および磁気ビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用することによって、末梢血から精製した。単球をマクロファージ（ＭΦ）に分化させるために、細胞を、コラーゲンでコーティングしたプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）中で、１０％ＦＢＳを補充したＲＰＭＩ培地中で、５日間培養した。ＭΦを、コラゲナーゼＩＶ（Ｗｏｒｔｈｉｎｇｔｏｎ）を使用することによって剥離させ、９６ウェルプレート中に１ウェル当たり８０，０００細胞の密度で播種し、１０％ＦＢＳを補充したＲＰＭＩ中で４８時間培養した。ＭΦを、５μｇ／ｍｌ ｒＨＭＧＢ１、５μｇ／ｍｌ ｍＨＭＧＢ１または１０μＭサイトカラシンＤで２時間処置し、次いで、ｐＨｒｏｄｏ ｒｅｄ Ｅ．ｃｏｌｉ生体粒子（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ）を製造業者の指示に従って添加し、２時間インキュベートした。いずれの過剰な生体粒子をも、細胞をＨＢＳＳで洗浄することによって除去し、ファゴサイトされた生体粒子を、プレートリーダー（５６０／５８５ｎｍ）および蛍光顕微鏡法（Ｎｉｋｏｎ Ｅｃｌｉｐｓｅ Ｔｉ）によって測定した。

【0614】

マウスの腹膜腔中への好中球流入のアッセイ：Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、２ｍｌの４％チオグリコレート（Ｆｌｕｋａ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ）、または０．２ｎｍｏｌのｒＨＭＧＢ１もしくはｍＨＭＧＢ１のうち１つをｉ．ｐ．注射した。４時間後、腹腔細胞を、ＰＢＳプラス１ｍＭ ＥＤＴＡ中に収集し、α－ＣＤ４５ ｂｒｉｌｌｉａｎｔ ｖｉｏｌｅｔ ４２１（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、α－ＣＤ１１ｂ Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ７００（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）およびα－Ｌｙ６Ｇ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）抗体ならびにＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ ｂｌｕｅ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｏｒ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｅｕｇｅｎｅ ＯＲ）で染色した。細胞を、ＬＳＲ ＩＩフローサイトメーター（ＢＤ、Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ、ＮＪ）を用いて獲得した。好中球の数を、腹膜腔中の好中球（生、ＣＤ４５^＋、ＣＤ１１ｂ^高、Ｌｙ６Ｇ^高）の数に基づいて計算し、総計数を、血球計数器によって行った。

【0615】

エンドトキシン血症のマウスモデル：Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、５ｍｇ／ｋｇのＥ．ｃｏｌｉリポ多糖（Ｓｉｇｍａ）、または単独のもしくはＬＰＳと組み合わせた０．２ｎｍｏｌ ｒＨＭＧＢ１をｉ．ｐ．注射した。動物を、２４時間後に安楽死させ、血清を収集し、ＴＮＦ－αをＥＬＩＳＡ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）によって定量した。

【0616】

ポリクローナルウサギ抗先端または尾部チャイマーＦａｂの生成：ポリクローナルウサギ抗先端チャイマーペプチドおよび抗尾部チャイマーペプチドは、Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ，Ｉｎｃ．において生成した。一部の実施形態では、先端チャイマーは、配列番号３８～４０のうちのいずれか１つのポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、先端チャイマーは、配列番号４０のポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。一部の実施形態では、尾部チャイマーは、配列番号４１または５０のポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。さらなる実施形態では、尾部チャイマーは、配列番号５０のポリペプチドを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる。製造業者の指示に従ってｒＰｒｏｔｅｉｎ Ａ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｇ ＧｒａｖｉＴｒａｐカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を通過させることによって、ＩｇＧを、各ウサギ血清から富化した。次いで、Ｆａｂを、Ｐｉｅｒｃｅ Ｆａｂ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎキットを介して生成した。ウサギＩｇＧのＦａｂへの消化を、ＣＯＯＭＡＳＳＩＥ ＦＬＵＯＲ（商標）Ｏｒａｎｇｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｇｅｌ染色剤（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を用いたＳＤＳ－ＰＡＧＥによって確認した。ＴｏｘｉｎＳｅｎｓｏｒ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＬＡＬ内毒素キット（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）を介した細菌内毒素試験を、使用の前に行った。

【0617】

実験的中耳炎（ＯＭ）のチンチラモデル：成体チンチラ（Ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ ｌａｎｉｇｅｒａ）は、Ｒａｕｓｃｈｅｒ’ｓ Ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ Ｒａｎｃｈ、ＬＬＣから得た。これらの非近交系の非特異的な病原体なしの動物を、体重に基づいてコホートへとランダムに分割し、雄および雌の両方の動物を登録した。２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１または等価な体積の滅菌食塩水と比較した、２００ｎＭ ｒＨＭＨＢ１によって誘導されたバイオフィルム破壊を試験するために、４～６匹の動物を各コホートに登録した。２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１ 対 ３４２ｎＭ先端チャイマーＦａｂ＋２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１、３４２ｎＭ先端チャイマーＦａｂ単独、３４２ｎＭ尾部チャイマーＦａｂ＋２００ｎＭ ｍＨＭＧＢ１または３４２ｎＭ尾部チャイマーＦａｂ単独の有効性を、コホート当たり３匹の動物を用いて評価した。３４２ｎＭの濃度は、０．１ｍｌの体積当たり５μｇのインタクトなＩｇＧをチンチラの中耳に注射した以前の研究（Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１；Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１６；およびＮｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）に基づいた。チンチラ研究を、ＮＩＨ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｎｉｍａｌｓに従って、Ａｂｉｇａｉｌ Ｗｅｘｎｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ａｔ Ｎａｔｉｏｎｗｉｄｅ Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅによって承認されたプロトコール番号０１３０４ＡＲの下で行った。いずれの動物も試料も、いずれの研究においても評価から除外しなかった。

【0618】

実験的ＯＭを有するチンチラの中耳内に常在するＮＴＨＩバイオフィルムの破壊：各動物の両方の中耳を、直接的注射によって１０００ＣＦＵのＮＴＨＩ株８６－０２８ＮＰに曝露させて、実験的ＯＭを誘導した。４日後、ＮＴＨＩ粘膜バイオフィルムは、中耳の＞５０％を満たす（Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）。この時点で、処置を各中耳に注射した（骨胞１つ当たり０．１ｍｌを送達した）。動物を、説明されたように、２４時間後に屠殺したか、または同一な処置を与えた。第２の処置を与えた動物を、追加の２４時間後に屠殺した。処置の成果を決定するために、動物を、抗体治療の完了の１日後に屠殺し、粘膜バイオフィルムの画像を、Ｚｅｉｓｓ ＳＶ６解剖顕微鏡で取得し、次いで、粘膜バイオフィルムおよび中耳粘膜を収集し、ホモジナイズし、チョコレート寒天上にプレートして、中耳内の非浮遊性細菌負荷を半定量した（Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）。粘膜バイオフィルムを、説明されたように（Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）、収集および処理した。追加の評価として、各中耳中のバイオフィルムの量を、定性的に決定した。各中耳の画像を取得し、ランダム化し、確立された注釈を使用して、６人の盲検再評価者がランク付けしたが、この注釈では、０＝目に見える粘膜バイオフィルムなし；１＝中耳の＜２５％が粘膜バイオフィルムによって塞がれている；２＝≧２５～＜５０％が塞がれている；３＝≧５０～＜７５％が塞がれている；４＝≧７５～１００％が塞がれている（Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ．， ２０１１）である。各中耳における相対的粘膜炎症を評価するために、第２の注釈を開発した：０＝炎症なし、粘膜は、白みを有する；１＝薄い毛細血管拡張、粘膜は、白みを有する；２＝薄いおよび濃い毛細血管拡張、粘膜は、赤みを有する、≦５個の小さい出血病巣；３＝濃い毛細血管拡張、粘膜は、赤みを有する、＞５個の小さいおよび大きい出血病巣。細菌負荷の定量および粘膜バイオフィルムの定性的評価の両方のために、各中耳を独立とみなした。

【0619】

中耳液中のサイトカインの定量：中耳液（ＭＥＦ）中のサイトカインを定量するために、ＢＤ（商標）Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙを、動物屠殺の時点で収集した液を用いて行った。ＢＤ（商標）ヒト特異的Ｆｌｅｘ Ｓｅｔｓを用いて、各ＭＥＦを、製造業者の指示に従って、ＩＬ－１β、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＩＬ１２－ｐ７０、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７Ａ、ＴＮＦまたはＩＦＮγの相対量について個々に試験した。各動物からのＭＥＦを、個々にアッセイした。データを、ＢＤ ＡＣＣＵＲＩ（商標）Ｃ６血球計算器（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で取得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＦｌｏｗＪｏ、ＬＬＣ）で解析した。各ＭＥＦ中のサイトカインの濃度を、標準曲線を使用して決定し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して計算した。

【0620】

表面プラズモン共鳴：ＨＭＧＢ１とＤＮＡＢＩＩタンパク質ＩＨＦ_ＮＴＨＩおよびＨＵ_ＮＴＨＩとの親和性を決定するために、Ｂｉａｃｏｒｅ ３０００機器（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用する表面プラズモン共鳴を行った。全ての実験を、２５℃で、ランニング緩衝液として働く、５ｍｇ／ｍｌ ＢＳＡを補充した１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）－１５０ｍＭ ＮａＣｌ－３ｍＭ ＥＤＴＡを用いて行った。アミンカップル化学を介し、５μｌ／分の流速において、ｍＨＭＧＢ１を、ＣＭ５センサーチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）のフローセルに、２５０レゾナンスユニットになるように固定化した。次に、ネイティブＩＨＦ_ＮＴＨＩまたはＨＵ_ＮＴＨＩを、ランニング緩衝液プラスＮＳＢ低減剤（ｒｅｄｕｃｅｒ）（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）中に懸濁し、緩衝液のみの試料を含め、５０ｎＭから３．１ｎＭまでの連続２倍希釈物を、ＫＩＮＪＥＣＴを使用して、３０μｌ／分の流速、３分の注射時間、３分の解離時間で、抗体結合および参照表面にわたって注入した。全てのデータは、参照セルおよび緩衝液対照を差し引いた。ＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して、センサーグラム曲線を整列させ、Ｋ_Ｄ値を決定した。

【0621】

電気泳動移動度シフトアッセイ（ＥＭＳＡ）：ＥＭＳＡを、以前に説明されたように（Ｄｅｖａｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２０１９）行った。

【0622】

統計分析：グラフィック結果および統計的検定を、全てのｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏアッセイについて、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８を用いて行った。ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイについての統計的有意性は、対応のないまたは対応のあるｔ検定によって評価した。マウスモデルについての統計的有意性は、マン・ホイットニー検定によって評価した。チンチラモデルにおける、細菌負荷における差異、平均粘膜バイオマススコアおよび相対的粘膜炎症は、多重比較を用いた一元配置ＡＮＯＶＡによって決定した。統計的有意性を、^＊Ｐ≦０．０５、^＊＊Ｐ≦０．０１、^＊＊＊Ｐ≦０．００１および^＊＊＊＊Ｐ≦０．０００１として示した。

【0623】

【表1】

【0624】

実験番号３
この実験は、８ウェルチャンバースライドにおける確立されたバイオフィルムの破棄についてのｉｎ ｖｉｔｒｏモデルを説明する。この実験で使用した材料は、以下である：チョコレート寒天；ｓＢＨＩ（２ｍｇヘム／ｍＬおよび２ｍｇ ｂ－ＮＡＤ／ｍＬを含むＢＨＩ）；８ウェルチャンバースライド（Ｎｕｎｃ^＊ Ｌａｂ－Ｔｅｋ^＊ Ｆｉｓｈｅｒカタログ番号１２－５６５－１８）；滅菌０．９％食塩水；ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ ＢａｃＬｉｇｈｔ Ｂａｃｔｅｒｉａｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｋｉｔ（Ｆｉｓｈｅｒカタログ番号ＮＣ９４３９０２３）およびホルマリン。

【0625】

ＮＴＨＩ ８６－０２８ＮＰコロニーを、チョコレート寒天上の一晩培養物から収集し、培地１ｍｌ当たり２μｇのβ－ＮＡＤおよびヘムを補充したブレインハートインフュージョンブロス（ｓＢＨＩ）中に懸濁した。次いで、４９０ｎｍでの光学密度を０．６５に調整し、培養物を、３７℃、５％ＣＯ_２で３時間の静的なインキュベーションの前に、ｓＢＨＩ中に１：６希釈した。次に、培養物を、新たなｓＢＨＩ中に１：２５００希釈し、２００μｌの懸濁物を、８ウェルチャンバースライドの各ウェル中にアリコート化した。次いで、スライドを、３７℃、５％ＣＯ_２で３時間、静的にインキュベートした。１６時間後、２００μｌの新たなｓＢＨＩを、各ウェルに添加し、スライドを、追加で８時間インキュベートした。この時点で、培地を、各ウェルから吸引し、抗体またはその抗原結合断片およびＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片を含む組成物を添加した。バイオフィルムを、追加で１６時間インキュベートした。次いで、バイオフィルムを洗浄し、ＦＭ１－４３ＦＸ細菌細胞膜染色剤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で染色し、０．１Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ７．４）中１６％パラホルムアルデヒド、２．５％グルタルアルデヒド、４．０％酢酸中で４℃で一晩固定した。固定液を吸引し、２００μｌの０．９％ハンクス平衡塩溶液を各ウェルに添加し、その後、Ｚｅｉｓｓ ８００ Ｍｅｔａ－レーザー走査共焦点顕微鏡上でバイオフィルムを調査した。画像を、Ｚｅｉｓｓ Ｚｅｎ Ｂｌｕｅソフトウェアでコンパイルし、バイオフィルムバイオマスを、ＣＯＭＳＴＡＴ２ソフトウェアで計算した。

【0626】

実験番号４
抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せの有効性を、一般的なバイオフィルム疾患である、蔓延している気道病原体分類不能Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅによって誘導された中耳炎の２つの十分に確立された前臨床モデルにおいて確立することができる。

【0627】

ｉｎ ｖｉｔｒｏバイオフィルム破壊アッセイを、別々の日に３回反復する。ｉｎ ｖｉｖｏ実験のために、チンチラを、体重に基づいてコホートへとランダムに分割する；雄および雌の両方の動物を登録する。３または４匹の動物を、各コホートに登録する。いずれの動物も試料も、研究から排除しない。処置後に中耳中に残存した相対的粘膜バイオフィルムの評価を、研究に関与していない、送達された治療について盲検の６～８人の個人が行う。各研究評価のために、各中耳を独立とみなす。

【0628】

Ｉｎ ｖｉｔｒｏバイオフィルム破壊
ＮＴＨＩ株８６－０２８ＮＰ（慢性的ＯＭを有する子供の鼻咽頭からの最少継代数の臨床分離菌、例えば、Ｂａｋａｌｅｔｚ ＬＯ ｅｔ ａｌ． （１９８８） Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ １９８８； ５６： ３３１－５を参照されたい）、Ｍ．ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ株７１６９（慢性ＯＭを有する子供の中耳からの最少継代数の臨床分離菌、例えば、Ｌｕｋｅ ＮＲ ｅｔ ａｌ （１９９９） Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ １９９９； ６７： ６８１－７を参照されたい）、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ株２７８５３、Ｂ．ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ株Ｋ５６（嚢胞性線維症を有する患者の喀痰から分離された、例えば、Ｍａｈｅｎｔｈｉｒａｌｉｎｇａｍ Ｅ ｅｔ ａｌ （２０００） Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０００； ３８： ９１０－３を参照されたい）、およびＳ．ａｕｒｅｕｓ株２９２１３によって形成されたバイオフィルムを最初に、８ウェルチャンバーカバーガラス（ＣｅｌｌＶｉｓ）において２４時間確立させた後、１７０ｎＭインタクトＩｇＧまたはＦａｂ断片と共にさらに１６時間インキュベートした（Ｓ．Ｄ． Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４：６２５－６３７； Ｊ．Ａ． Ｊｕｒｃｉｓｅｋ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｊ Ｖｉｓ Ｅｘｐ）。一実施形態では、ＮＴＨＩ株８６－０２８ＮＰは、これが１９８６年に小児から出現したので、継代回数４以下で維持する。加えてまたはあるいは、Ｍｃａｔ株は、その分離以降、同様に非常に低い継代数で維持する。さらなる実施形態では、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａは、嚢胞性線維症（ＣＦ）患者の喀痰から分離する。またさらなる実施形態では、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ分離菌はＡＴＣＣから得る。１７０ｎＭの濃度は、０．２ｍｌ体積あたり５μｇのインタクトＩｇＧをｉｎ ｖｉｔｒｏでバイオフィルムに適用した前回の試験に基づき（Ｇｏｏｄｍａｎ ＳＤ ｅｔ ａｌ （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１１； ４： ６２５－３７； Ｂｒｏｃｋｓｏｎ ＭＥ ｅｔ ａｌ （２０１４） Ｍｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０１４； ９３： １２４６－５８； Ｎｏｖｏｔｎｙ ＬＡ ｅｔ ａｌ （２０１９） ＮＰＪ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ２０１９； ４： ４３； Ｎｏｖｏｔｎｙ ＬＡ ｅｔ ａｌ （２０１３） ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ２０１３； ８： ｅ６７６２９； ａｎｄ Ｎｏｖｏｔｎｙ ＬＡ ｅｔ ａｌ （２０１６） ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ ２０１６； １０： ３３－４４）、ＩｇＧとＦａｂ媒介破壊の直接比較を可能にした。次いで、バイオフィルム内の細菌をＦＭ１－４３ＦＸ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）によって染色し、０．１Ｍリン酸緩衝液（ｐＨ７．４）中の１６％パラホルムアルデヒド－４％酢酸－２．５％グルタルアルデヒドの溶液中で一晩固定した後、１０ｍＭリン酸緩衝食塩水（ｐＨ７．４）によって洗浄する。Ｚｅｉｓｓ ８００走査型共焦点顕微鏡によってバイオフィルムを観察し、画像をＺｅｉｓｓ Ｚｅｎ Ｐｒｏソフトウェアによって編集し、バイオマスを、ＣＯＭＳＴＡＴ２．１ソフトウェアによって計算する（Ａ． Ｈｅｙｄｏｒｎ ｅｔ ａｌ． （２０００） Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ １４６ （ｐｔ １０）： ２３９５－２４０７）。ｉｎ ｖｉｔｒｏ バイオフィルム破壊アッセイを別の日に３回繰り返す。
動物

【0629】

若いまたは成体のチンチラ（Ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ ｌａｎｉｇｅｒａ；若い動物は、体重が２５０～４９９ｇであり；成体動物は、体重が５００～８５０ｇである）は、Ｒａｕｓｃｈｅｒ’ｓ Ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａ Ｒａｎｃｈ、ＬＬＣから得る。これらの非近交系の非特異的な病原体なしの動物を、オートクレーブしたトウモロコシの穂軸の寝床を有する個々のケージに収容し、滅菌水を自由に提供する。動物を、体重（若い状態または成体状態の指標として）に基づいてコホートへとランダムに分割し、雄および雌の両方の動物を使用する。一部の実施形態では、実験群は、次の通りである：（ａ）抗体またはその抗原結合断片およびＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片を含む組成物、（ｂ）抗体またはその抗原結合断片のみを含む組成物、（ｃ）ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片のみを含む組成物、ならびに（ｄ）対照（複数可）、によって誘導される中耳からのＮＴＨＩバイオフィルムの破壊を試験するために、３または４匹の動物を、各コホートに登録した。有効性を評価する。

【0630】

実験的ＯＭにおけるチンチラの中耳において形成されたＮＴＨＩバイオフィルムの破壊
各動物の両方の中耳に、１０００ ＣＦＵ ＮＴＨＩ株８６－０２８ＮＰを直接注射によって曝露し、実験的ＯＭを誘導する。４日後、ＮＴＨＩ粘膜バイオフィルムは中耳の＞５０％を覆った（Ｌ．Ａ． Ｎｏｖｏｎｔｙ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４： ４５６－４６７）。この時点で、組成物を投与し、同一の処置を２４時間後に送達する。処置の即時の成果を決定するために、動物を治療の終了後１日目に屠殺し、粘膜バイオフィルムの画像をＺｅｉｓｓ ＳＶ６解剖顕微鏡によって獲得し、次いで粘膜バイオフィルムおよび中耳粘膜を収集し、ホモジナイズして、チョコレート寒天上に播種し、中耳内の細菌負荷を定量する（Ｓ．Ｄ． Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４： ６２５－６３７）。各コホートにおける動物のサブセットを、追加の処置を行わずにさらに７日間モニターし、ＮＴＨＩバイオフィルムが抗体治療の中止時に再形成するかどうかを調べ、ならびにサイトカインプロファイルが経時的にどのように変化するかを決定する。粘膜バイオフィルムを収集し、記載のように処理する（Ｓ．Ｄ． Ｇｏｏｄｍａｎ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４： ６２５－６３７）。

【0631】

粘膜バイオフィルムの量の定量的評価
追加の評価として、各中耳におけるバイオフィルムの量を定性的に決定する。各中耳の画像を獲得し、無作為化し、送達された処置に対して盲検の６人のレビュアーが、確立された規定、すなわち０＝目に見える粘膜バイオフィルムなし、１＝中耳の＜２５％が粘膜バイオフィルムで塞がれている、２＝中耳の≧２５～５０％が塞がれている、３＝中耳の≧５０～７５％が塞がれている、４＝中耳の≧７５～１００％が塞がれている（Ｌ．Ａ． Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ． （２０１１） Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４： ４５６－４６７）ことを使用してランク付けする。細菌負荷の定量および粘膜バイオフィルムの定性的評価の両方に関して、各中耳は独立していると考えられる。

【0632】

中耳滲出液中のサイトカインの定量
中耳滲出液（ＭＥＦ）中のサイトカインを定量するために、ＢＤ（商標）サイトメトリックビーズアレイを、動物屠殺時に収集した流体について実施する。ＢＤ（商標）ヒト特異的Ｆｌｅｘ Ｓｅｔｓによって、各ＭＥＦを、製造元の使用説明書に従って、ＩＬ－１β（カタログ番号５５８２７９）、ＩＬ－６（カタログ番号５５８２７６）、ＩＬ－８（カタログ番号５５８２７７）、ＩＬ－１０（カタログ番号５５８２７４）、ＩＬ１２－ｐ７０（カタログ番号５５８２８３）、ＩＬ－１７Ａ（カタログ番号５６０３８３）、およびＴＮＦ（カタログ番号５６０１１２）の量に関して個々に調べる。サイトカインＩＬ－１３（カタログ番号５５８４５０）を、収集したＭＥＦをアッセイするために使用したパネルに添加する。各動物からのＭＥＦを個々にアッセイする。データを、ＢＤ Ａｃｃｕｒｉ（商標）Ｃ６サイトメーター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）において獲得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＦｌｏｗＪｏ，ＬＬＣ）によって分析する。各ＭＥＦにおけるサイトカインの濃度を、標準曲線を使用して決定し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用して計算する。
実験的ＮＴＨＩ誘導性ＯＭのウイルス－細菌共感染モデル

【0633】

耳内視鏡検査
全ての動物に、Ｗｅｌｃｈ Ａｌｌｙｎ ＭａｃｒｏＶｉｅｗ（商標）耳鏡およびＷｅｌｃｈ Ａｌｌｙｎ Ｖｉｅｗｅｒソフトウェアを使用して耳内視鏡検査を実施する。各鼓膜を、０～４の確立された尺度で盲検的にランク付けし、≧２．０のスコアを有する中耳は、炎症（紅斑）およびＭＥＦが目に見えるのでＯＭに関して陽性であると考えられる（Ｌ．Ａ． Ｎｏｖｏｔｎｙ ｅｔ ａｌ． （２００６） Ｖａｃｃｉｎｅ ２４： ４８０４－４８１１）。片側の中耳が≧２．０であるとランク付けされるが、反対側の耳が＜２．０であるとランク付けされた場合、動物はＯＭに関して陽性であると考えられる。ワクチンの有効性を計算するために、２０日の試験期間の間にＯＭの観察数を最初に決定し、各コホートの観察総数と比較してパーセンテージに変換する。次に、この値を、ｄｍＬＴのみを与えたコホートについて計算されたパーセンテージから差し引く。耳内視鏡検査を、送達した製剤に対して盲検の人が実施する。

【0634】

統計分析
グラフ結果および統計検定をＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ８によって実施する。ｉｎ ｖｉｔｒｏバイオフィルム破壊アッセイに関するバイオマスの差を、多重比較を伴う一元配置ＡＮＯＶＡによって決定する。コホートの中耳滲出液中のサイトカイン量の差を、多重比較を伴う一元配置ＡＮＯＶＡによって決定するように決定する。細菌負荷の差および平均粘膜バイオフィルムスコアを、多重比較を伴う一元配置ＡＮＯＶＡによって決定する。ＯＭ発症の遅れおよび疾患回復までの時間をマンテルコックス検定によって決定する。

【0635】

実験番号５
多くの口腔細菌（例えば、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）は、歯槽骨および歯肉を破壊する炎症性疾患、例えば歯周炎およびインプラント周囲炎の病因に関与している。これらの細菌の病因の調査は、有効な動物モデルの欠如により妨げられている。特定の細菌の病原性を調査する課題の１つは、外因性細菌が動物の口腔に入った場合のバイオフィルムを樹立することの困難性である。歯周炎の動物モデルが開発されているが、培養可能な細菌は、接種動物の口腔からほとんど回収されない。特定の細菌の病原性を評価し得る有効な動物モデルの開発は、それらの病原性機構の解明において非常に有用である。

【0636】

細菌バイオフィルム（例えば、Ａ．ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ、Ｐ．ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）がチタンネジインプラントのヘッド上で成長するインプラント周囲炎のラットモデル（Ｆｒｅｉｒｅ， Ｍ．Ｏ．， （２０１１） Ｊ． Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌｏｇｙ ８２（５）：７７８－８９ ａｎｄ Ｆｒｅｉｒｅ， Ｍ．Ｏ．， （２０１７） Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｒａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ３２（１）：７４－８８）を使用してこれらの疾患に対する有効性を確立できる。バイオフィルムで覆われたネジを、ラット上顎歯槽骨に外科的に移植し、経時的にモニターした。マイクロコンピューター断層撮影を使用してネジ周囲の骨の喪失を測定し、ネジならびにネジ周囲の組織および骨から抽出されたＤＮＡをｑＰＣＲまたはミクロビオーム分析のために利用し、存在する種を明らかにした。この確立された動物モデルは、移植後少なくとも２週間でネジインプラント周囲の骨喪失の存在、および接種した細菌病原体の検出を明らかにした。

【0637】

例えば、抗体もしくはその抗原結合断片単独を含む組成物または組合せ物あるいはＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片単独を含む組成物または組合せ物と比較した、抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せ物の有効性を、このモデルにおいて試験する。
実験番号６

【0638】

この実験は、ライム病を処置するための干渉剤の前臨床試験のためのマウスモデルを提供する。Ｄｒｅｓｓｅｒら、Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ ５（１２）ｅ１０００６８０，Ｅｐｕｂ ２００９ Ｄｅｃ．４．を参照のこと。ライム病は、米国で最も一般的なダニ媒介性疾患である。報告された症例は１９９２年から２００６年の間で倍以上であり、２００８年では約２９，０００例の新規症例が確認された。ライム病の実際の症例数は、流行地域では報告される症例数の６～１２倍を超えると推定されている。定義によれば、人口が都市から郊外および農村地域に移動し続け、（マダニ種Ｉｘｏｄｅｓを運ぶ）オジロジカがこれらの地域をますますうろつくにつれて、これらの流行地域は拡大している。ライム病は、スピロヘータである微生物Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉにより引き起こされる。Ｂ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉは、Ｉｘｏｄｅｓダニの咬傷を介して伝染し、続いて、血流を介して他の組織および器官に感染する。

【0639】

この動物モデルでは、背側皮下および腹腔内注射を介して、または静脈内注射を介して、スピロヘータをＣ３Ｈ／ＨｅＮマウスに注射する。感染のおよそ７日後に、微生物負荷の評価ならびに組織および器官における病理の評価のために、血液および生検標本を回収する。本明細書に開示される方法および組成物は、生じたＢ．ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉバイオフィルム（これは、チャレンジ後に形成し、疾患の病因および慢性的性質の両方に寄与すると考えられる）の減少および／または排除のための治療的および予防的戦略の両方を開発することが企図される。

【0640】

例えば、抗体もしくはその抗原結合断片単独を含む組成物または組合せ物あるいはＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片単独を含む組成物または組合せ物と比較した、抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せ物の有効性を、このモデルにおいて試験する。
実験番号７

【0641】

本実験は、嚢胞性線維症を処置するための干渉する作用物質の前臨床検査のためのブタモデルを提供する。Ｓｔｏｌｔｚ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２（２９）：２９－３１を参照されたい。嚢胞性線維症は、ＣＦ膜コンダクタンス制御因子（ＣＦＴＲと呼ばれる）アニオンチャネルをコードする遺伝子における変異による常染色体劣性疾患である。このモデルにおいて、「ＣＦＴＲ」と呼ばれる遺伝子に欠損を保有するように特異的に育種された豚は、ＣＦ豚と呼ばれ、複数の細菌種による下気道の感染を含むＣＦ肺疾患の特徴的なフィーチャを自発的に発症する。ブタを、１）これらのＣＦブタをポリペプチドまたは他の免疫原性作用物質のいずれかによって免疫するために干渉作用物質によって免疫し、それによって肺における細菌バイオフィルムを根絶する抗体の形成を誘導し、抗体またはその断片もしくは誘導体を噴霧化によってこれらの動物の肺に送達して疾患および関連する病態の兆候の改善を評価することができる。

【0642】

例えば、抗体もしくはその抗原結合断片単独を含む組成物または組合せ物あるいはＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片単独を含む組成物または組合せ物と比較した、抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せ物の有効性を、このモデルにおいて試験する。
実験番号８

【0643】

出願人らは、結核（ＴＢ）のための前臨床モデルも提供する。Ｏｒｄｗａｙ ｅｔ ａｌ． （２０１０） Ａｎｔｉ． Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ５４：１８２０を参照されたい。微生物Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓは、増大している世界的流行の原因となる。現在の数字は、年間で、ＴＢのおよそ８００万例の新たな症例およびＴＢによる約２７０万名の死亡が存在することを示唆する。ＨＩＶを有する個体の共感染としてのこの微生物の役割に加えて（ＨＩＶに感染したほぼ４５００万名のうち、ほぼ１／３が、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓにも共感染したことが推定される）、分離株が複数の薬物に対して高度に抵抗性になったことが特に厄介であり、ＴＢのための新たな薬物は四半世紀を超えて導入されていない。この動物モデルにおいて、バリアコロニーにおいてＳＰＦモルモットを維持し、ほぼ２０ｃｆｕのＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ株Ｅｒｄｍａｎ Ｋ０１桿菌をその肺に送達するためのエアロゾル化スプレーにより感染させる。細菌負荷および病理組織学的評価のための組織の回収の決定により、曝露後日数２５、５０、７５、１００、１２５および１５０日目に動物を屠殺する。ＴＢの古典的徴候を発症しないマウスとは異なり、この様式で曝露したモルモットは、ヒト疾患の特質である中心の壊死を有するよく組織化された肉芽腫を発症する。さらに、ヒトと同様に、モルモットは、一次病変複合体の一部として、重症化膿性肉芽腫性（ｓｅｖｅｒｅ ｐｙｏｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｕｓ）および流入領域リンパ節の壊死性リンパ節炎を発症する。このモデルの使用は、治療法を確認および同定するための前臨床スクリーニング、ならびに曝露後にこれらの動物の肺に形成することが観察され、疾患の病理発生および慢性化の両方に寄与することが考えられる、結果として生じるＭ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓバイオフィルムの低減および／または排除のための予防戦略を提供する。

【0644】

例えば、抗体もしくはその抗原結合断片単独を含む組成物または組合せ物あるいはＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片単独を含む組成物または組合せ物と比較した、抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せ物の有効性を、このモデルにおいて試験する。
実験番号９

【0645】

カテーテル／留置デバイスバイオフィルム感染の複数の動物モデルが公知である。Ｏｔｔｏ （２００９） Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ７：５５５を参照されたい。正常皮膚細菌叢と典型的に考慮されるが、微生物Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、多くの者が、院内感染の原因因子の中でも第１位の、肝要な日和見性病原体として配慮するものになった。主に、この細菌は、留置医療デバイスにおいて発症する感染の大部分の原因となり、留置医療デバイスは、デバイス挿入の際にこの一般的な皮膚生着菌によって汚染される。これは典型的に生命を脅かすものではないが、このようなバイオフィルム感染の処置に関連した困難は、その頻度と組み合わせて、重篤な公衆衛生上の負担となる。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓによる血管カテーテル関連血流感染単独の処置に関連した現在のコストは、米国において年間＄２０億に達する。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓに加えて、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓおよびＳ．ａｕｒｅｕｓも、留置医療デバイスに見出される汚染である。ウサギ、マウス、モルモットおよびラットを含む、カテーテル関連のＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ感染のいくつかの動物モデルが存在し、これらは全て、病理発生の分子機構の研究に使用されており、予防および／または治療法の研究に役立つ。ラット頸静脈カテーテルが使用されて、Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓバイオフィルム形成に干渉する治療法を評価した。バイオフィルム低減は、３つの仕方で測定されることが多い－（ｉ）カテーテルを超音波処理し、ＣＦＵを計算する、（ｉｉ）カテーテルを薄切りにするもしくは単純にプレート上に置き、スコア化する、または（ｉｉｉ）バイオフィルムは、クリスタルバイオレットまたは別の色素で染色し、溶出させ、ＣＦＵの代理としてＯＤ測定することができる。

【0646】

例えば、抗体もしくはその抗原結合断片単独を含む組成物または組合せ物あるいはＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片単独を含む組成物または組合せ物と比較した、抗体もしくはその抗原結合断片およびＨＭＧＢポリペプチド、例えば、ＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片を含む組成物または組合せ物の有効性を、このモデルにおいて試験する。
等価物

【0647】

上述の実施形態と併せて本開示について記載してきたが、前述の記載および実施例が、説明を意図し、本開示の範囲を限定するものではないことを理解されたい。本開示の範囲内の他の態様、利点および改変は、本開示が属する技術分野の当業者には明らかとなる。

【0648】

他に規定がなければ、本明細書で使用されるあらゆる技術および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意義を有する。本明細書に提供されるあらゆるヌクレオチド配列は、５’から３’の方向で提示される。

【0649】

説明目的で本明細書に記載される実施形態は、特に本明細書に開示されていないいかなるエレメント（単数または複数）、限定（単数または複数）の非存在下であっても、適切に実施することができる。よって、例えば、用語「を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「を含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「を含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」等は、拡大的に限定することなく読むべきである。その上、本明細書で用いられる用語および表現は、限定ではなく記載の用語として使用しており、斯かる用語および表現の使用において、示され記載された特色またはその部分のいかなる等価物を除外する意図もないが、本開示の範囲内で様々な改変が可能であることが認識される。

【0650】

よって、特異的な実施形態および必要に応じた特色によって本開示を特に開示してきたが、本明細書に開示されるその中の実施形態の改変、改善および変形形態は、当業者によって用いることができ、斯かる改変、改善および変形形態が、本開示の範囲内にあると考慮されることを理解されたい。本明細書に提供される材料、方法および実施例は、特定の実施形態を代表し、例示的であり、本開示の範囲における限定として意図するものではない。

【0651】

本開示の範囲（ｓｃｏｐｅｄ）を、本明細書で広く包括的に記載してきた。包括的な開示に含まれるより狭い種および亜属のグループ分けのそれぞれもまた、本開示の一部を形成する。これは、切り取られた材料が本明細書に特に列挙されているか否かに関係なく、属からいずれかの主題を除去する、条件付きの包括的な記載または否定的な制限を含む。

【0652】

加えて、本開示の特色または態様が、マーカッシュ群の観点から記載されている場合、当業者であれば、これにより、本開示の実施形態を、マーカッシュ群のいずれか個々のメンバーまたはメンバーのサブグループの観点から記載できることも認識する。

【0653】

本明細書に言及されているあらゆる刊行物、特許出願、特許および他の参考文献は、あたかもそれぞれが個々に参照により本明細書に組み込まれるのと同じ程度まで、それらの全体が参照により本明細書に明確に組み込まれる。矛盾が生じる場合、定義を含めて本明細書が優先するものとする。

【0654】

配列
配列番号１（Ｈ１０２１０（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＨＣ１））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化21】

【0655】

配列番号２（Ｈ１０２１１（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＨＣ２））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化22】

【0656】

配列番号３（Ｈ１０２１２（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＨＣ３））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化23】

【0657】

配列番号４（Ｈ１０２１３（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＨＣ１））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化24】

【0658】

配列番号５（Ｈ１０２１４（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＨＣ２））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化25】

【0659】

配列番号６（Ｈ１０２１５（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＨＣ３））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化26】

【0660】

配列番号７（Ｌ１０２１０（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＬＣ１））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化27】

【0661】

配列番号８（Ｌ１０２１１（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＬＣ２））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化28】

【0662】

配列番号９（Ｌ１０２１２（１Ｆ８．Ｆ１ヒト化ＬＣ３））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化29】

【0663】

配列番号１０（Ｌ１０２１３（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＬＣ１））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化30】

【0664】

配列番号１１（Ｌ１０２１４（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＬＣ２））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化31】

【0665】

配列番号１２（Ｌ１０２１５（１１Ｅ７．Ｃ７ヒト化ＬＣ３））
太字のフォントは、例示される可変領域を示すが、太字、イタリックかつ下線のフォントは、例示されるＣＤＲを示す。

【化32】

【0666】

配列番号１３（重鎖コンセンサス配列）

【化33】

式中、Ｘおよび小文字は、対応する位置において、いずれかのアミノ酸で、またはあるいは、配列番号１～６から選択されるアミノ酸で、置換され得る。一実施形態では、Ｘは、アミノ酸残基の非存在もまた示し得る。

【0667】

配列番号１４（軽鎖コンセンサス配列）

【化34】

式中、Ｘおよび小文字は、対応する位置において、いずれかのアミノ酸で、またはあるいは、配列番号７～１２から選択されるアミノ酸で、置換され得る。一実施形態では、Ｘは、アミノ酸残基の非存在もまた示し得る。

【0668】

配列番号１５ ヒトＩｇＤ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８８０

【化35】

【0669】

配列番号１６ ヒトＩｇＧ１定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５７

【化36】

【0670】

配列番号１７ ヒトＩｇＧ２定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８５９

【化37】

【0671】

配列番号１８ ヒトＩｇＧ３定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６０

【化38】

【0672】

配列番号１９ ヒトＩｇＭ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７１

【化39】

【0673】

配列番号２０ ヒトＩｇＧ４定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８６１

【化40】

【0674】

配列番号２１ ヒトＩｇＡ１定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７６

【化41】

【0675】

配列番号２２ ヒトＩｇＡ２定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８７７

【化42】

【0676】

配列番号２３ ヒトＩｇカッパ定常領域、Ｕｎｉｐｒｏｔ：Ｐ０１８３４

【化43】

【0677】

配列番号２４（先端重鎖コンセンサス配列）

【化44】

式中、小文字は、対応する位置において、配列番号１～３から選択されるアミノ酸で、置換され得る。

【0678】

配列番号２５（先端軽鎖コンセンサス配列）

【化45】

式中、小文字は、対応する位置において、配列番号７～９から選択されるアミノ酸で、置換され得る。

【0679】

配列番号２６（尾部重鎖コンセンサス配列）

【化46】

式中、小文字は、対応する位置において、配列番号４～６から選択されるアミノ酸で、置換され得る。

【0680】

配列番号２７（尾部軽鎖コンセンサス配列）

【化47】

式中、小文字は、対応する位置において、配列番号１０～１２から選択されるアミノ酸で、置換され得る。

【0681】

配列番号２８（ＩＨＦが結合するコンセンサス配列）
ＷＡＴＣＡＡＮＮＮＮＴＴＲ
式中、ＷはＡまたはＴであり、Ｒはプリンである。

【0682】

配列番号２９（Ｅ．ｃｏｌｉ ｈｕｐＡ、ジェンバンクアクセッション番号：ＡＰ＿００３８１８、最終アクセスは２０１１年３月２１日）
ＭＮＫＴＱＬＩＤＶＩＡＥＫＡＥＬＳＫＴＱＡＫＡＡＬＥＳＴＬＡＡＩＴＥＳＬＫＥＧＤＡＶＱＬＶＧＦＧＴＦＫ ＶＮＨＲＡＥＲＴＧＲＮＰＱＴＧＫＥＩＫＩＡＡＡＮＶＰＡＦＶＳＧＫＡＬＫＤＡＶＫ

【0683】

配列番号３０（Ｅ．ｃｏｌｉ ｈｕｐＢ、ジェンバンクアクセッション番号：ＡＰ＿００１０９０．１、最終アクセスは２０１１年３月２１日）
ＭＮＫＳＱＬＩＤＫＩＡＡＧＡＤＩＳＫＡＡＡＧＲＡＬＤＡＩＩＡＳＶＴＥＳＬＫＥＧＤＤＶＡＬＶＧＦＧ ＴＦＡＶＫＥＲＡＡＲＴＧＲＮＰＱＴＧＫＥＩＴＩＡＡＡＫＶＰＳＦＲＡＧＫＡＬＫＤＡＶＮ

【0684】

配列番号３１（ＩｈｆＡ、Ａ先端断片）
ＮＦＥＬＲＤＫＳＳＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶ

【0685】

配列番号３２（ＩｈｆＢ、Ｂ先端断片）
ＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶＮＬ

【0686】

配列番号３３（ペプチドリンカー）
Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ

【0687】

配列番号３４（ペプチドリンカー）
Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ

【0688】

配列番号３５（ペプチドリンカー）
Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ

【0689】

配列番号３６（ペプチドリンカー）
Ｇｌｙ－Ｐｒｏ－Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ

【0690】

配列番号３７（ペプチドリンカー）
Ｓｅｒ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ－Ｌｅｕ

【0691】

配列番号３８（先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ）

【化48】

式中、「Ｘ」は、必要に応じて、１アミノ酸～２０アミノ酸の間を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、必要に応じたアミノ酸リンカー配列であり、
式中、「Ｘ_１」は、いずれかのアミノ酸であり、またはあるいは、「Ｘ_１」は、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、Ｓ、またはＴから選択される。

【0692】

配列番号３９（先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ）

【化49】

式中、「Ｘ」は、必要に応じて、１アミノ酸～２０アミノ酸の間を含む、必要に応じたアミノ酸リンカー配列である。

【0693】

配列番号４０（先端－キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩ）

【化50】

【0694】

配列番号４１（尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩ）
ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦ－Ｘ－ＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ

【0695】

配列番号４２：非限定的な例示的なリンカー：ＧＧＳＧＧＳ

【0696】

配列番号４３：非限定的な例示的なリンカー：ＧＰＳＬＫＬ．

【0697】

配列番号４４：非限定的な例示的なリンカー：ＧＧＧ．

【0698】

配列番号４５：非限定的な例示的なリンカー：ＧＰＳＬ．

【0699】

配列番号４６：非限定的な例示的なリンカー：ＧＰＳ．

【0700】

配列番号４７：非限定的な例示的なリンカー：ＰＳＬＫ．

【0701】

配列番号４８：非限定的な例示的なリンカー：ＧＰＳＬＫ．

【0702】

配列番号４９：非限定的な例示的なリンカー：ＳＬＫＬ．

【0703】

配列番号５０（尾部－キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩ）
ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦＧＰＳＬＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ
実施形態

【0704】

実施形態１．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはｓを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）
（ｉ）配列番号１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ１４４の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または
（ｉｉ）配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む、組成物。

【0705】

実施形態２．抗体が、
（ｉ）配列番号２４のａａ２５～ａａ１４４の配列、またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または
（ｉｉ）配列番号２５のａａ２１～ａａ１３２の配列、またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0706】

実施形態３．抗体が、
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または
（ｉｉ）配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0707】

実施形態４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６、あるいはその各々の等価物の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0708】

実施形態５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0709】

実施形態６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0710】

実施形態７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0711】

実施形態８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0712】

実施形態９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0713】

実施形態１０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0714】

実施形態１１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0715】

実施形態１２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0716】

実施形態１３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0717】

実施形態１４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0718】

実施形態１５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0719】

実施形態１６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0720】

実施形態１７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0721】

実施形態１８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0722】

実施形態１９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0723】

実施形態２０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0724】

実施形態２１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0725】

実施形態２２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0726】

実施形態２３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0727】

実施形態２４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0728】

実施形態２５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0729】

実施形態２６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0730】

実施形態２７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0731】

実施形態２８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0732】

実施形態２９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0733】

実施形態３０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0734】

実施形態３１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0735】

実施形態３２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0736】

実施形態３３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0737】

実施形態３４．抗体またはその断片が、
（ｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列：配列番号１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ１４４；および／または
（ｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列：配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号２７のａａ２１～ａａ１２６
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0738】

実施形態３５．抗体が、
（ｉ）配列番号２４のａａ２５～ａａ１４４の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列；および／または
（ｉｉ）配列番号２５のａａ２１～ａａ１３２の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0739】

実施形態３６．抗体が、
（ｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列：配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ２５～ａａ１４４；および／または
（ｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列：配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0740】

実施形態３７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0741】

実施形態３８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0742】

実施形態３９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0743】

実施形態４０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0744】

実施形態４１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0745】

実施形態４２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ１３２、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ１２６の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0746】

実施形態４３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなるの群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0747】

実施形態４４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0748】

実施形態４５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0749】

実施形態４６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0750】

実施形態４７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0751】

実施形態４８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ１４４の群から選択されるアミノ酸配列を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0752】

実施形態４９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0753】

実施形態５０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0754】

実施形態５１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0755】

実施形態５２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0756】

実施形態５３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0757】

実施形態５４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号２のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0758】

実施形態５５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号７のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0759】

実施形態５６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号８のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0760】

実施形態５７．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号３のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号９のａａ２１～ａａ１３２のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0761】

実施形態５８．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0762】

実施形態５９．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0763】

実施形態６０．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号４のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0764】

実施形態６１．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0765】

実施形態６２．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0766】

実施形態６３．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号５のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0767】

実施形態６４．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１０のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0768】

実施形態６５．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１１のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0769】

実施形態６６．重鎖（ＨＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号６のａａ２５～ａａ１４４のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）免疫グロブリン可変ドメイン配列が、配列番号１２のａａ２１～ａａ１２６のアミノ酸配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態３４に記載の組成物。

【0770】

実施形態６７．抗体またはその断片が、
（ｉ）配列番号１３、２４または２６のアミノ酸（ａａ）２５～ａａ４７３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または
（ｉｉ）配列番号１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１に記載の組成物。

【0771】

実施形態６８．抗体が、
（ｉ）配列番号２４のａａ２５～ａａ４７３の配列、またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または
（ｉｉ）配列番号２５のａａ２１～ａａ２３９の配列、またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0772】

実施形態６９．抗体が、
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または
（ｉｉ）配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９の群から選択される配列、あるいはその各々の等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたそれからなる軽鎖（ＬＣ）を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0773】

実施形態７０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0774】

実施形態７１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0775】

実施形態７２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0776】

実施形態７３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0777】

実施形態７４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0778】

実施形態７５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～９、１４または２５のａａ２１～ａａ２３９、配列番号１０～１２または２７のａａ２１～ａａ２３３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0779】

実施形態７６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0780】

実施形態７７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0781】

実施形態７８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0782】

実施形態７９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0783】

実施形態８０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0784】

実施形態８１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６のａａ２５～ａａ４７３の群から選択されるアミノ酸配列、またはその各々の等価物を含むか、または本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0785】

実施形態８２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0786】

実施形態８３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0787】

実施形態８４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0788】

実施形態８５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0789】

実施形態８６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0790】

実施形態８７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0791】

実施形態８８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0792】

実施形態８９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0793】

実施形態９０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のａａ２１～ａａ２３９のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0794】

実施形態９１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0795】

実施形態９２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0796】

実施形態９３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0797】

実施形態９４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0798】

実施形態９５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0799】

実施形態９６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0800】

実施形態９７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0801】

実施形態９８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0802】

実施形態９９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のａａ２５～ａａ４７３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のａａ２１～ａａ２３３のアミノ酸配列またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態６７に記載の組成物。

【0803】

実施形態１００． ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、実施形態１～９９のいずれか１つに記載の組成物。

【0804】

実施形態１０１．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）
（ｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）：配列番号１３、２４または２６もしくはその各々の等価物；および／または
（ｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）：配列番号１４、２５、または２７もしくはその各々の等価物
を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む組成物。

【0805】

実施形態１０２．抗体が、
（ｉ）配列番号２４の配列またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）；および／または
（ｉｉ）配列番号２５の配列またはその等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0806】

実施形態１０３．抗体が、
（ｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖（ＨＣ）：配列番号１～６、１３、２４または２６もしくはその各々の等価物；および／または
（ｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖（ＬＣ）：配列番号７～１２、１４、２５、または２７、もしくはその各々の等価物
を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0807】

実施形態１０４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0808】

実施形態１０５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0809】

実施形態１０６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0810】

実施形態１０７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0811】

実施形態１０８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0812】

実施形態１０９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７～１２、１４、２５、または２７の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0813】

実施形態１１０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0814】

実施形態１１１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0815】

実施形態１１２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0816】

実施形態１１３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0817】

実施形態１１４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0818】

実施形態１１５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１～６、１３、２４、または２６の群から選択されるアミノ酸配列、あるいはそのそれぞれの等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0819】

実施形態１１６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0820】

実施形態１１７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0821】

実施形態１１８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0822】

実施形態１１９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0823】

実施形態１２０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0824】

実施形態１２１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0825】

実施形態１２２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号７のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0826】

実施形態１２３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0827】

実施形態１２４．重鎖（ＨＣ）が、配列番号３のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号９のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0828】

実施形態１２５．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0829】

実施形態１２６．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0830】

実施形態１２７．重鎖（ＨＣ）が、配列番号４のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0831】

実施形態１２８．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0832】

実施形態１２９．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0833】

実施形態１３０．重鎖（ＨＣ）が、配列番号５のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0834】

実施形態１３１．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0835】

実施形態１３２．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１１のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0836】

実施形態１３３．重鎖（ＨＣ）が、配列番号６のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、および／または軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２のアミノ酸配列、またはその等価物を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１０１に記載の組成物。

【0837】

実施形態１３４． ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、実施形態１０１～１３３のいずれか１つに記載の組成物。

【0838】

実施形態１３５．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）：ＧＦＴＦＸＸＹ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）５０～ａａ５６）、ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）、またはＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｉｖ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）：ＸＳＸＸＸＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）７６～ａａ８１）、ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）、またはＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｖ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）：ＸＸＸＸＸＸＸＹＸＸＦＤＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）１２１～ａａ１３３）、ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）、またはＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｖｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）：ＱＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５７）、ＱＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５２）、ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）、またはＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；
（ｖｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）：ＸＸＳ（配列番号１４のａａ７５～ａａ７７）、ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）、またはＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；および
（ｖｉｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）：ＸＱＧＸＸＸＸＸＴ（配列番号１４のａａ１１４～ａａ１２２）、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）、またはＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である、
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む組成物であって、
必要に応じて、抗体またはその断片は軽鎖および重鎖を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、さらに必要に応じて軽鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、さらに必要に応じて必要に応じて重鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である、組成物。

【0839】

実施形態１３６．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む組成物であって、
必要に応じて、抗体またはその断片は軽鎖および重鎖を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、さらには、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、さらに必要に応じて重鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である、組成物。

【0840】

実施形態１３７．ＣＤＲＨ１が、ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１３６のいずれか一項に記載の組成物。

【0841】

実施形態１３８．ＣＤＲＨ１が、ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のａはＡである（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＫである（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）、実施形態１３５～１３７のいずれか一項に記載の組成物。

【0842】

実施形態１３９．ＣＤＲＨ２が、ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１３８のいずれか一項に記載の組成物。

【0843】

実施形態１４０．ＣＤＲＨ２が、ＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８３）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１３９のいずれか一項に記載の組成物。

【0844】

実施形態１４１．ＣＤＲＨ２が、ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１４０のいずれか一項に記載の組成物。

【0845】

実施形態１４２．ＣＤＲＨ２が、ＷＶＡＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹＹＰ（配列番号１または２または３または２４のａａ７１～ａａ８５）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１４１のいずれか一項に記載の組成物。

【0846】

実施形態１４３．ＣＤＲＬ１が、ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）、実施形態１３５～１４２のいずれか一項に記載の組成物。

【0847】

実施形態１４４．ＣＤＲＬ２が、ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）、実施形態１３５～１４３のいずれか一項に記載の組成物。

【0848】

実施形態１４５．ＣＤＲＬ２が、ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）、実施形態１３５～１４４のいずれか一項に記載の組成物。

【0849】

実施形態１４６．ＣＤＲＬ２が、ＬＶＳＫｌＤＳＧ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８２）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８２）、実施形態１３５～１４４のいずれか一項に記載の組成物。

【0850】

実施形態１４７．ＣＤＲＬ２が、ＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８３）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８３）、実施形態１３５～１４６のいずれか一項に記載の組成物。

【0851】

実施形態１４８．ＣＤＲＬ２が、ＲＬＩＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶＰＤ（配列番号２５のａａ７１～ａａ８５）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７１～ａａ８５）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７１～ａａ８５）、実施形態１３５～１４７のいずれか一項に記載の組成物。

【0852】

実施形態１４９．ＣＤＲＬ３が、ＷＱＧＴＨＦＰＹ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２１）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１４８のいずれか一項に記載の組成物。

【0853】

実施形態１５０．ＣＤＲＬ３が、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５～１４９のいずれか一項に記載の組成物。

【0854】

実施形態１５１．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１３６に記載の組成物。

【0855】

実施形態１５２．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、および１５１のいずれか一項に記載の組成物。

【0856】

実施形態１５３．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＫである（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、および１５１のいずれか一項に記載の組成物。

【0857】

実施形態１５４．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１および１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0858】

実施形態１５５．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、および１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0859】

実施形態１５６．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、および１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0860】

実施形態１５７．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、および１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0861】

実施形態１５８．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、および１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0862】

実施形態１５９．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＫＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７４～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、１５３のいずれか一項に記載の組成物。

【0863】

実施形態１６０．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）；
（ｖ）ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、または１５１のいずれか一項に記載の組成物。

【0864】

実施形態１６１．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号７のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号７のａａ７５～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、または１６０のいずれか一項に記載の組成物。

【0865】

実施形態１６２．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号８のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＲＤＳ（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、または１６０のいずれか一項に記載の組成物。

【0866】

実施形態１６３．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＫＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳＫＬＤＳ（配列番号９のａａ７５～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１３６、１５１、または１６０のいずれか一項に記載の組成物。

【0867】

実施形態１６４．抗体が、以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１３６に記載の組成物。

【0868】

実施形態１６５．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む組成物であって、
必要に応じて、抗体またはその断片は軽鎖および重鎖を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、さらに必要に応じて軽鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、さらに必要に応じて重鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である、組成物。

【0869】

実施形態１６６．ＣＤＲＨ１が、ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５に記載の組成物。

【0870】

実施形態１６７．ＣＤＲＨ１が、ａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号：２６のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、ここで、小文字のａはＡである（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＴである（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）、実施形態１３５または１６５～１６６のいずれか一項に記載の組成物。

【0871】

実施形態１６８．ＣＤＲＨ２が、ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１６７のいずれか一項に記載の組成物。

【0872】

実施形態１６９．ＣＤＲＨ２が、ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１６８のいずれか一項に記載の組成物。

【0873】

実施形態１７０．ＣＤＲＨ３が、ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１６９のいずれか一項に記載の組成物。

【0874】

実施形態１７１．ＣＤＲＬ１が、ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１７０のいずれか一項に記載の組成物。

【0875】

実施形態１７２．ＣＤＲＬ２が、ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１７１のいずれか一項に記載の組成物。

【0876】

実施形態１７３．ＣＤＲＬ２が、ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１７２のいずれか一項に記載の組成物。

【0877】

実施形態１７４．ＣＤＲＬ３が、ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５～１７３のいずれか一項に記載の組成物。

【0878】

実施形態１７５．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５または１６５に記載の組成物。

【0879】

実施形態１７６．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる実施形態１３５、１６５、または１７５のいずれか１つに記載の組成物。

【0880】

実施形態１７７．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号：２６のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＴである（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１３５、１６５、または１７５のいずれか１つに記載の組成物。

【0881】

実施形態１７８．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＡＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる実施形態１３５、１６５、１７５、または１７７のいずれか１つに記載の組成物。

【0882】

実施形態１７９．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＴＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる実施形態１３５、１６５、１７５、または１７７のいずれか１つに記載の組成物。

【0883】

実施形態１８０．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）；
（ｉｉｉ）ＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる実施形態１３５、１６５、または１７５のいずれか１つに記載の組成物。

【0884】

実施形態１８１．以下の（ｉ）～（ｖｉ）：
（ｉ）ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）；
（ｉｉ）ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）．；
（ｉｉｉ）配列ＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）；
（ｉｖ）ＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）；
（ｖ）ＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）；および
（ｖｉ）ＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）の配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）
のうちの１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つまたは６つ全てを含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる実施形態１３５または１６５のいずれか１つに記載の組成物。

【0885】

実施形態１８２． ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含む、実施形態１３５～１８１のいずれか１つに記載の組成物。

【0886】

実施形態１８３． 抗体が、
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の群から選択される配列のＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物；および／あるいは
（ｉｉ）配列番号７～１２、１４、２５もしくは２７の群から選択される配列のＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物
を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１～１８２のいずれか１つに記載の組成物。

【0887】

実施形態１８４． 抗体が、
（ｉ）配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の群から選択される配列のＣＤＲ１～３；および／または
（ｉｉ）配列番号７～１２、１４、２５もしくは２７の群から選択される配列のＣＤＲ１～３
を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１～１８３のいずれか１つに記載の組成物。

【0888】

実施形態１８５．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｉ）（ｂ）配列番号１～６、１３、２４または２６の群から選択される配列のＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片；および／または
（ｉｉ）配列番号７～１２、１４、２５または２７の群から選択される配列のＣＤＲ１～３、またはその各々の等価物
を含む組成物であって、
必要に応じて、抗体またはその断片は軽鎖および重鎖を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなり、さらに必要に応じて軽鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対して少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、さらに必要に応じて重鎖は、配列番号７～１２、１４、２５または２７のいずれか１つまたは複数のアミノ酸配列、または必要に応じて配列が抗体またはその断片の１つまたは２つまたは３つのＣＤＲを含むそこから選択される配列番号に対してｉｓ少なくとも約８０％、または少なくとも約８５％、または少なくとも約９０％、または少なくとも約９１％、または少なくとも約９２％、または少なくとも約９３％、または少なくとも約９４％、または少なくとも約９５％、または少なくとも約９６％、または少なくとも約９７％、または少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である、組成物。

【0889】

実施形態１８６． 抗体が、二特異性抗体、三特異性抗体、四特異性抗体、または五特異性抗体の群から選択される、実施形態１から１８５のいずれか１つに記載の組成物。

【0890】

実施形態１８７． 抗体が、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ抗体の群から選択される、実施形態１から１８６のいずれか１つに記載の組成物。

【0891】

実施形態１８８． 抗体が、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域またはＩｇＭ定常領域の群から選択される定常領域をさらに含む、実施形態１から１８７のいずれか１つに記載の組成物。

【0892】

実施形態１８９． 定常領域が、ＩｇＧ１定常領域である、実施形態１８８に記載の組成物。

【0893】

実施形態１９０． 抗体が、配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の重鎖（ＨＣ）定常領域、および／または配列番号７～１２、１４、２５もしくは２７の軽鎖（ＬＣ）定常領域をさらに含む、実施形態１から１８８のいずれか１つに記載の組成物。

【0894】

実施形態１９１． ＨＣ定常領域が、配列番号１～６、１３、２４もしくは２６の定常領域（必要に応じて、配列番号１～６、１３、２４または２６のａａ１４５～ａａ４７３から選択される配列）を含むか、もしくはあるいは、それから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるか、またはＨＣ定常領域が、配列番号１５～２２のいずれか１つの定常領域を含むか、もしくはあるいは、それから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる、実施形態１９０に記載の組成物。

【0895】

実施形態１９２． ＬＣ定常領域が、配列番号７～１２もしくは２７の定常領域（必要に応じて、配列番号７～９、１４もしくは２５のａａ１３３～ａａ２３９、および／または配列番号１０～１２もしくは２７のａａ１２７～ａａ２３３から選択される配列）を含むか、もしくはあるいは、それから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなるか、またはＬＣ定常領域が、配列番号２３の定常領域を含むか、もしくはあるいは、それから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる、実施形態１９０または１９１に記載の組成物。

【0896】

実施形態１９３．
（ａ）１つもしくは複数の変異を必要に応じて含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを必要に応じて含むか、もしくはそれからなる、その断片であって、必要に応じて、単離および／または操作されている、ポリペプチドまたはその断片；ならびに
（ｂ）エピトープへの結合について、実施形態１～１９２のいずれか１つに開示される抗体またはその断片と競合する抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片
を含む組成物。

【0897】

実施形態１９４． 抗体またはその断片が、先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩへの結合について競合する、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～１９２のいずれか１つに記載の組成物。

【0898】

実施形態１９５． 先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩが、ＲＰＧＲＮＰＸ１ＴＧＤＶＶＰＶＳＡＲＲＶＶ－Ｘ－ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＸ１ＴＧＤＳＶ（配列番号３８）（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列であり、「Ｘ１」は、任意のアミノ酸またはあるいは、「Ｘ１」は、アミノ酸Ｑ、Ｒ、Ｋ、ＳまたはＴから選択される）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１９４に記載の組成物。

【0899】

実施形態１９６． 先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩが、ＲＰＧＲＮＰＫＴＧＤＶＶＰＶＳＡＲＲＶＶ－Ｘ－ＦＳＬＨＨＲＱＰＲＬＧＲＮＰＫＴＧＤＳＶ（配列番号３９）（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列である）を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１９４または１９５に記載の組成物。

【0900】

実施形態１９７． 先端キメラペプチドＩｈｆＡ５－ｍＩｈｆＢ４_ＮＴＨＩが、

【化51】

を含むか、またはあるいは、それから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる、実施形態１９４から１９６のいずれか１つに記載の組成物。

【0901】

実施形態１９８． 抗体またはその断片が、尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩへの結合について競合する、実施形態１、３～１５、２５～３４、３６～４７、５８～６７、６９～８１、９１～１０１、１０３～１１５、１２５～１３５、および１６６～１９２のいずれか１つに記載の組成物。

【0902】

実施形態１９９． 尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩが、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦ－Ｘ－ＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号４１）（ここで、「Ｘ」は、必要に応じて、１～２０個のアミノ酸を含むか、またはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる任意のアミノ酸リンカー配列である）を含むか、もしくはあるいは、それから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなり、および／または尾部キメラペプチドＩｈｆＡ３－ＩｈｆＢ２_ＮＴＨＩが、ＦＬＥＥＩＲＬＳＬＥＳＧＱＤＶＫＬＳＧＦＧＰＳＬＴＬＳＡＫＥＩＥＮＭＶＫＤＩＬＥＦＩＳＱ（配列番号５０）を含むか、もしくはそれから本質的になるか、もしくはまたさらにそれからなる、実施形態１９８に記載の組成物。

【0903】

実施形態２００． アミノ酸リンカーが、ＧＧＳＧＧＳ（配列番号４２）、ＧＰＳＬＫＬ（配列番号４３）、ＧＧＧ（配列番号４４）、ＧＰＳＬ（配列番号４５）、ＧＰＳ（配列番号４６）、ＰＳＬＫ（配列番号４７）、ＧＰＳＬＫ（配列番号４８）、またはＳＬＫＬ（配列番号４９）の群から選択される、実施形態１９５、１９６または１９９のいずれか１つに記載の組成物。

【0904】

実施形態２０１． 抗体が、ポリクローナル、モノクローナルまたはヒト化抗体である、実施形態１９３から２００のいずれか１つに記載の組成物。

【0905】

実施形態２０２． 断片が抗原結合断片である、実施形態１～２０１のいずれか１つに記載の組成物。

【0906】

実施形態２０３． 抗原結合断片がＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖまたはＦｖの群から選択される、実施形態２０２に記載の組成物。

【0907】

実施形態２０４． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも８０％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0908】

実施形態２０５． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９０％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0909】

実施形態２０６． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0910】

実施形態２０７． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９６％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0911】

実施形態２０８． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９７％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0912】

実施形態２０９． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９８％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0913】

実施形態２１０． アミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列に対して少なくとも９９％のアミノ酸同一性を有するポリペプチドを含み、および／またはアミノ酸配列に対する等価物が、そのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドの相補物と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む、実施形態１～３３、６７～１３４または１８３～２０３に記載の組成物。

【0914】

実施形態２１１． 抗体またはその断片が、修飾されており、必要に応じて、修飾が、ペグ化、ＰＥＧ模倣物、ポリシアリル化、ＨＥＳ化またはグリコシル化の群から選択される、実施形態１～２１０のいずれか１つに記載の組成物。

【0915】

実施形態２１２． ＨＭＧＢポリペプチドもしくはその断片、または抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその断片のいずれかまたは両方が、検出可能なマーカーまたは精製マーカーをさらに含む、実施形態１～２１１のいずれか１つに記載の組成物。

【0916】

実施形態２１３．
（ａ）１つもしくは複数の変異を必要に応じて含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを必要に応じて含むか、もしくはそれからなる、その断片であって、必要に応じて、単離および／または操作されている、ポリペプチドまたはその断片；ならびに
（ｂ）実施形態１～２１２のいずれか１つに記載の組成物の相補性決定領域（ＣＤＲ）
を含む組成物であって、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、組成物。

【0917】

実施形態２１４． ＣＤＲが、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２またはＣＤＲ３からなる群から選択される、実施形態２１３に記載の組成物。

【0918】

実施形態２１５．
（ａ）高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチドであって、必要に応じて１つもしくは複数の変異を含み（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはその断片であり、必要に応じてＨＭＧＢ１ポリペプチド断片のＢボックスまたはＡボックスまたはＡＢボックスを含むかまたはそれからなり、必要に応じてポリペプチドまたはその断片は単離および／または操作されている、ＨＭＧＢ１ポリペプチド；および
（ｂ）以下：
（ｉ）相補性決定領域（ＣＤＲ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＨ１）：ＧＦＴＦＸＸＹ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）５０～ａａ５６）、ＧＦＴＦＲＴＹ（配列番号５０～ａａ５６のａａ１または２または３または２４）、またはＧＦＴＦＳＲＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５６）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ＧＦＴＦＲＴＹＡ（配列番号１または２または３または２４のａａ５０～ａａ５７）；ａＡＳＧＦＴＦＲＴＹＡＭＳ（配列番号２４のａａ４７～ａａ５９）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号１または２のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＫである（配列番号３のａａ４７～ａａ５９）；ＧＦＴＦＳＲＹＧ（配列番号４または５または６または２６のａａ５０～ａａ５７）；またはａＡＳＧＦＴＦＳＲＹＧＭＳ（配列番号：２６のａａ４７～ａａ５９）、ここで、小文字のａはＡである（配列番号４または５のａａ４７～ａａ５９）またはここで、小文字のａはＴである（配列番号６のａａ４７～ａａ５９）；
（ｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＨ２）：ＸＳＸＸＸＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）７６～ａａ８１）、ＧＳＤＲＲＨ（配列番号１または２または３または２４のａａ７６～ａａ８１）、またはＳＳＧＧＳＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７６～ａａ８１）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ＩＧＳＤＲＲＨＴ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８２）；ＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７５～ａａ８３）；ＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ７４～ａａ８３）；ＷＶＡＴＩＧＳＤＲＲＨＴＹＹＰ（配列番号１または２または３または２４のａａ７１～ａａ８５）；ＩＳＳＧＧＳＹＴ（配列番号４または５または６または２６のａａ７５～ａａ８２）；またはＴＩＳＳＧＧＳＹＴＹ（配列番号４または５または６または２６のａａ７４～ａａ８３）；
（ｉｉｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる重鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＨ３）：ＸＸＸＸＸＸＸＹＸＸＦＤＸ（配列番号１３のアミノ酸（ａａ）１２１～ａａ１３３）、ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）、またはＥＲＨＧＧＤＧＹＷＹＦＤＶ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１３３）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号１～６から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ＶＧＰＹＤＧＹＹＧＥＦＤＹ（配列番号１または２または３または２４のａａ１２１～ａａ１３３）；またはＥＲ（配列番号４または５または６または２６のａａ１２１～ａａ１２２）；
（ｉｖ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域１（ＣＤＲＬ１）：ＱＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５７）、ＱＸＸＸＸＸ（配列番号１４のａａ４７～ａａ５２）、ＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦ（配列番号７または８または９または２５のａａ４７～ａａ５７）、またはＱＤＩＳＮＹ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４７～ａａ５２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ｒＳＳＱＳＬＬＤＳＤＧＫＴＦＬＮ（配列番号２５のａａ４４～ａａ５９）、ここで、小文字のｒはＲである（配列番号７または８のａａ４４～ａａ５９）またはここで、小文字のｒはＫである（配列番号９のａａ４４～ａａ５９）；またはＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ４４～ａａ５４）；
（ｖ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域２（ＣＤＲＬ２）：ＸＸＳ（配列番号１４のａａ７５～ａａ７７）、ＬＶＳ（配列番号７または８または９または２５のａａ７５～ａａ７７）、またはＹＴＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７２）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８１）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８１）；ＹＬＶＳＫｌＤＳ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８１）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８１）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８１）；ＬＶＳＫｌＤＳＧ（配列番号２５のａａ７５～ａａ８２）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７５～ａａ８２）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７５～ａａ８２）；ＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶ（配列番号２５のａａ７４～ａａ８３）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７４～ａａ８３）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７４～ａａ８３）；ＲＬＩＹＬＶＳＫｌＤＳＧＶＰＤ（配列番号２５のａａ７１～ａａ８５）、ここで、小文字のｌはＬである（配列番号７または９のａａ７１～ａａ８５）またはここで、小文字のｌはＲである（配列番号８のａａ７１～ａａ８５）；ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ７０～ａａ７６）；またはＹＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ６９～ａａ７６）；および
（ｖｉ）以下の群から選択される配列を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる軽鎖相補性決定領域３（ＣＤＲＬ３）：ＸＱＧＸＸＸＸＸＴ（配列番号１４のａａ１１４～ａａ１２２）、ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）、またはＱＱＧＮＰＬＲＴ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１６）、ここで、Ｘは、任意のアミノ酸または配列番号７～１２から選択される配列の整列されたａａ位置におけるアミノ酸である；ＷＱＧＴＨＦＰ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２０）；ＷＱＧＴＨＦＰＹ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２１）；ＷＱＧＴＨＦＰＹＴ（配列番号７または８または９または２５のａａ１１４～ａａ１２２）；ＱＱ（配列番号１０または１１または１２または２７のａａ１０９～ａａ１１０）
のいずれか１つまたは複数を含むか、またはあるいはそれから本質的になるか、またはまたさらにそれからなる相補性決定領域（ＣＤＲ）
を含む組成物であって、
必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異の１つもしくは複数は、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じてセリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはトレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じてｍＨＭＧＢ１は、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つもしくは複数の変異を含み、必要に応じてＨＭＧＢ１はヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、組成物。

【0919】

実施形態２１６．
（ａ）１つもしくは複数の変異を必要に応じて含む高移動度群ボックス１タンパク質（ＨＭＧＢ１）ポリペプチド（変異体ＨＭＧＢ１（ｍＨＭＧＢ１）ポリペプチド）、またはＨＭＧＢ１ポリペプチドのＢボックスもしくはＡボックスもしくはＡＢボックスを必要に応じて含むか、もしくはそれからなる、その断片であって、必要に応じて、単離および／または操作されている、ポリペプチドまたはその断片；ならびに
（ｂ）配列番号１～１４もしくは２４～２７、またはその各々の等価物の群から選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド
を含む組成物であって、
必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、組成物。

【0920】

実施形態２１７． ポリペプチドが、検出可能なマーカーまたは精製マーカーをさらに含む、実施形態２１６に記載の組成物。

【0921】

実施形態２１８．
実施形態１～２１７のいずれか１つに記載の組成物中の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片、またはその等価物をコードし、プロモーターおよびエンハンサーエレメントに必要に応じて作動可能に連結された、単離されたポリヌクレオチド、
実施形態１～２１７のいずれか１つに記載の組成物中の（ｂ）の抗体もしくはその断片、またはその各々の等価物をコードし、プロモーターおよびエンハンサーエレメントに必要に応じて作動可能に連結された、単離されたポリヌクレオチド
を含む組成物であって、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、組成物。

【0922】

実施形態２１９． ポリヌクレオチドのいずれかまたは両方が、可変ドメイン、鎖、ＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片、またはＣＤＲの上流に位置するシグナルペプチドコードポリヌクレオチド配列をさらに含む、実施形態２１８に記載の組成物。

【0923】

実施形態２２０． （ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドもしくはその断片または（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体もしくはその断片のいずれかまたは両方が、可変ドメイン、鎖、ＣＤＲ、ＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片の上流に位置するシグナルペプチドをさらに含む、実施形態１～２１７のいずれか１つに記載の組成物。

【0924】

実施形態２２１． 実施形態２１８または２１９に記載の組成物中の一方または両方の単離されたポリヌクレオチド（複数可）を含む、ベクター。

【0925】

実施形態２２２． プラスミドまたはウイルスベクターである、実施形態２２１に記載のベクター。

【0926】

実施形態２２３． ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、およびアデノ随伴ウイルスベクターからなる群から選択される、実施形態２２２に記載のベクター。

【0927】

実施形態２２４． 実施形態２１８もしくは２１９に記載の組成物、または実施形態２２１～２２３のいずれか１つに記載のベクターを含む、宿主細胞。

【0928】

実施形態２２５． ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質の、微生物ＤＮＡへの結合を阻害するかまたはこれと競合するための方法であって、ＤＮＡＢＩＩポリペプチドまたはタンパク質を、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片と接触させるステップを含み、抗体またはその断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に結合し、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0929】

実施形態２２６． バイオフィルムを破壊するための方法であって、バイオフィルムを、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片と接触させるステップを含み、抗体またはその断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に結合し、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0930】

実施形態２２７． 表面上のバイオフィルムの形成を予防するまたはこれを破壊する方法であって、バイオフィルムを含みやすい表面を、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片で処置するステップを含み、抗体またはその断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に結合し、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0931】

実施形態２２８． 被験体におけるバイオフィルムを予防または破壊する方法であって、被験体に実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片を投与するステップを含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0932】

実施形態２２９． 被験体におけるバイオフィルムを生産する細菌感染症を阻害、予防または処置する方法であって、被験体に、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片を投与するステップを含み、抗体またはその断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に結合し、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0933】

実施形態２３０． 被験体におけるバイオフィルムの形成によって特徴付けられる状態を処置する方法であって、被験体に、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物の（ａ）のＨＭＧＢ１ポリペプチドまたはその断片、ならびにその組成物の（ｂ）の抗ＤＮＡＢＩＩ抗体またはその断片を投与するステップを含み、抗体またはその断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に結合し、必要に応じて、ＨＭＧＢ１変異のうちの１つまたは複数が、Ｋ１２、Ｃ２３、Ｃ４５、Ｃ１０６、またはＫ１１４における、必要に応じて、セリン、グリシン、アラニン、バリン、イソロイシンまたはスレオニンへの変異の群から選択され、必要に応じて、ｍＨＭＧＢ１が、Ｃ２３Ｓ、Ｃ４５Ｓ、およびＣ１０６Ｓから選択される１つまたは複数の変異を含み、必要に応じて、ＨＭＧＢ１が、ヒトＨＭＧＢ１またはマウスＨＭＧＢ１である、方法。

【0934】

実施形態２３１． 抗体またはその断片が、対象において、１つまたは複数の炎症促進性サイトカインを低減させ、かつ１つまたは複数の抗炎症性サイトカインを増加させる、実施形態２２８から２３０のいずれか１つに記載の方法。

【0935】

実施形態２３２． 状態が、慢性難治性創傷、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、静脈性潰瘍、糖尿病性足潰瘍、耳感染症、副鼻腔感染症、尿管感染症、胃腸管の病気、肺感染症、気道感染症、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患、カテーテル関連感染症、留置デバイス関連感染症、植込み型補綴物関連感染症、骨髄炎、蜂窩織炎、膿瘍および歯周病からなる群から選択される、実施形態２３０または２３１に記載の方法。

【0936】

実施形態２３３． 組成物の（ａ）と組成物の（ｂ）とを接触させること、またはそれらを投与することが、同時にまたは逐次的に行われる、実施形態２２５～２３２のいずれか１つに記載の方法。

【0937】

実施形態２３４． ＤＮＡＢＩＩポリペプチドに結合する抗体またはその抗体の抗原結合断片を、バイオフィルムを含有することが疑われる試料と接触させ、バイオフィルムと抗体またはその断片の結合を検出することによって、バイオフィルムを検出するステップをさらに含む、実施形態２２５から２３３のいずれか１つに記載の方法。

【0938】

実施形態２３５． 本明細書で説明される組成物または方法の使用のために対象をスクリーニングするための方法であって、実施形態１～２１７および２２０のいずれか１つに記載の組成物を、バイオフィルムを含む、対象から単離された生体試料と接触させるステップ、および抗体またはその断片の、試料中のいずれかのバイオフィルムへの結合を検出するステップを含む、方法。

【0939】

実施形態２３６． 抗体の断片が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、またはＦｖの群から選択され、抗体断片が、ＤＮＡＢＩＩペプチドの先端領域に特異的に結合する、実施形態１～２４、３４～５７、６７～９０、１００～１２４、１３４～１６４および１８２～２０１、２０４～２１２および２２０のいずれか１つに記載の組成物。

【0940】

実施形態２３７． ＤＮＡＢＩＩペプチドが、ＩＨＦペプチドである、実施形態２３６に記載の組成物、または実施形態２２５～２２７および２２９～２３０のいずれか１つに記載の方法。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6-1】

【図6-2】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13-1】

【図13-2】

【図14-1】

【図14-2】

【図15】

【図16-1】

【図16-2】

【図17】

【配列表】

2023533504000001.app

【国際調査報告】