2023-537923 | 知財ポータル「IP Force」

知財求人 - 知財ポータルサイト「IP Force」

2023-537923感作患者を低免疫原性細胞で処置する方法、ならびに関連する方法及び組成物

書誌要約請求の範囲詳細な説明課題実施例実施するための形態図面の説明

目に優しい文字サイズ小中大 PDF Top

< >

1A
1B
1C
1D
1E
1F
2A
2B
3A
3B
4A
4B
4C
5A
5B
5C
6A
6B
6C
7A
7B
7C
8A
8B
8C
8D
8E
9
10
11
12A
12B
13A
13B
13C
14A
14B
14C
14D
14E
14F
14G
15A
15B
15C
15D
15E
15F
15G
15H
15I
15J
16
17
18
19A
19B
19C

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-09-06

(54)【発明の名称】感作患者を低免疫原性細胞で処置する方法、ならびに関連する方法及び組成物

(51)【国際特許分類】

A61K 35/12 20150101AFI20230830BHJP

C12N 5/10 20060101ALI20230830BHJP

C07K 14/705 20060101ALI20230830BHJP

C12N 15/12 20060101ALI20230830BHJP

C12N 5/0783 20100101ALI20230830BHJP

C12N 5/07 20100101ALI20230830BHJP

C07K 19/00 20060101ALI20230830BHJP

C12N 15/09 20060101ALI20230830BHJP

C12N 15/62 20060101ALI20230830BHJP

A61K 35/39 20150101ALI20230830BHJP

A61K 35/34 20150101ALI20230830BHJP

A61K 35/30 20150101ALI20230830BHJP

A61P 43/00 20060101ALI20230830BHJP

C07K 16/28 20060101ALN20230830BHJP

【ＦＩ】

A61K35/12

C12N5/10 ZNA

C07K14/705

C12N15/12

C12N5/0783

C12N5/07

C07K19/00

C12N15/09 100

C12N15/62 Z

A61K35/39

A61K35/34

A61K35/30

A61P43/00 101

C07K16/28

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023508562

(86)(22)【出願日】2021-08-12

(85)【翻訳文提出日】2023-04-06

(86)【国際出願番号】 US2021045822

(87)【国際公開番号】W WO2022036150

(87)【国際公開日】2022-02-17

(31)【優先権主張番号】63/065,342

(32)【優先日】2020-08-13

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/151,628

(32)【優先日】2021-02-19

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/136,137

(32)【優先日】2021-01-11

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/175,030

(32)【優先日】2021-04-14

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．パイレックス

２．ＴＲＩＴＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】522043688

【氏名又は名称】サナバイオテクノロジー，インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100079108

【弁理士】

【氏名又は名称】稲葉良幸

(74)【代理人】

【識別番号】100109346

【弁理士】

【氏名又は名称】大貫敏史

(74)【代理人】

【識別番号】100117189

【弁理士】

【氏名又は名称】江口昭彦

(74)【代理人】

【識別番号】100134120

【弁理士】

【氏名又は名称】内藤和彦

(72)【発明者】

【氏名】シュレプファー，ソーニャ

(72)【発明者】

【氏名】ハー，スティーブ

(72)【発明者】

【氏名】マリー，チャールズ，イー．

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA90X

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA44

4C087AA01

4C087AA02

4C087AA03

4C087BB45

4C087BB47

4C087BB51

4C087BB64

4C087BB65

4C087CA04

4C087NA06

4C087NA14

4C087ZA01

4C087ZA31

4C087ZA36

4C087ZC35

4H045AA11

4H045AA20

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA41

4H045CA40

4H045DA50

4H045DA76

4H045EA20

4H045EA34

4H045FA74

(57)【要約】

本明細書では、感作患者に投与するための低免疫原性細胞が開示される。一部の事例では、患者は、以前の妊娠または以前の移植から感作されている。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＤ４７タンパク質を外因的に発現するとともに、ＭＨＣクラスＩタンパク質、ＭＨＣクラスＩＩタンパク質、または両方の低減された発現を示す。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

処置する必要がある患者を処置する方法であって、低免疫原性細胞の集団を投与することを含み、前記低免疫原性細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）前記患者が、感作患者であり、前記患者が、
ｉ．１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、
ｉｉ．１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている、
ｉｉｉ．以前の移植から感作されている、
ｉｖ．以前の妊娠から感作されている、
ｖ．病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または
ｖｉ．組織移植もしくは臓器移植患者であり、前記低免疫原性細胞が、前記組織移植もしくは前記臓器移植を施与する前、それと同時、及び／またはその後に投与される、
前記方法。

【請求項2】

処置する必要がある患者を処置する方法であって、膵島細胞の集団を投与することを含み、前記膵島細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者であり、前記患者が、
ｉ．１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、
ｉｉ．１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている、
ｉｉｉ．以前の移植から感作されている、
ｉｖ．以前の妊娠から感作されている、
ｖ．病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または
ｖｉ．組織もしくは臓器患者であり、前記膵島細胞が、前記組織移植もしくは前記臓器移植を施与する前に投与される、
前記方法。

【請求項3】

処置する必要がある患者を処置する方法であって、心筋前駆細胞の集団を投与することを含み、前記心筋前駆細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者であり、前記患者が、
ｉ．１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、
ｉｉ．１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている、
ｉｉｉ．以前の移植から感作されている、
ｉｖ．以前の妊娠から感作されている、
ｖ．病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または
ｖｉ．組織もしくは臓器患者であり、前記心筋細胞が、前記組織移植もしくは前記臓器移植を施与する前に投与される、
前記方法。

【請求項4】

処置する必要がある患者を処置する方法であって、グリア前駆細胞の集団を投与することを含み、前記グリア前駆細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者であり、前記患者が、
ｉ．１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、
ｉｉ．１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている、
ｉｉｉ．以前の移植から感作されている、
ｉｖ．以前の妊娠から感作されている、
ｖ．病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または
ｖｉ．組織もしくは臓器患者であり、前記グリア前駆細胞が、前記組織移植もしくは前記臓器移植を施与する前に投与される、
前記方法。

【請求項5】

前記患者が、感作患者であり、前記患者が、前記１つもしくは複数の同種異系抗原または前記１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項6】

前記１つもしくは複数の同種異系抗原が、ヒト白血球抗原を含む、請求項５に記載の方法。

【請求項7】

前記患者が、以前の移植から感作されている感作患者であり、
ａ．前記以前の移植が、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、前記以前の移植が、同種異系移植片であるか、または
ｂ．前記以前の移植が、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、前記以前の移植が、自家移植である、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

前記患者が、以前の妊娠から感作されている感作患者であり、前記患者が、妊娠中の同種免疫化を以前に示したことがあり、任意選択で、前記妊娠中の同種免疫化が、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、または胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ）である、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項9】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者であり、前記病態または前記疾患が、前記患者が請求項１～６のいずれか１項に記載の処置を受けている前記疾患または前記病態とは異なるか、またはそれと同じである、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項10】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、前記以前の処置が、前記細胞集団を含まず、
ａ．前記細胞集団が、前記以前の処置と同じ病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
ｂ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対して強化された治療効果を示す、
ｃ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対してより長期の治療効果を示す、
ｄ．前記以前の処置が、治療上有効であった、
ｅ．前記以前の処置が、治療上有効でなかった、
ｆ．前記患者が、前記以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または
ｇ．前記細胞集団が、前記以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
請求項１～６または９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項11】

前記以前の処置が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、前記免疫反応が、前記自殺遺伝子または前記安全スイッチシステムの作動に応答して起こる、請求項１０に記載の方法。

【請求項12】

前記以前の処置が、機械補助による処置を含み、任意選択で、前記機械補助による処置が、血液透析または補助人工心臓を含む、請求項１０に記載の方法。

【請求項13】

前記以前の処置が、同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を含み、前記自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法が、ブレクスカブタゲンオートルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル、イデカブタゲンビクルユーセル、リソカブタゲンマラルユーセル、チサゲンレクルユーセル、ＣａｒｔｅｓｉａｎＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＤｅｓｃａｒｔｅｓ－０８またはＤｅｓｃａｒｔｅｓ－１１、ＮｏｖａｒｔｉｓからのＣＴＬ１１０、ＰｏｓｅｉｄａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＰ－ＢＭＣＡ－１０１、ＡｕｔｏｌｕｓＬｉｍｉｔｅｄからのＡＵＴＯ４、ＣｅｌｌｅｃｔｉｓからのＵＣＡＲＴＣＳ、ＰｒｅｃｉｓｉｏｎＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＰＢＣＡＲ１９ＢまたはＰＢＣＡＲ２６９Ａ、ＦａｔｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＦＴ８１９、及びＣｌｙａｄＯｎｃｏｌｏｇｙからのＣＹＡＤ－２１１からなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。

【請求項14】

前記患者が、アレルギーを有し、任意選択で、前記アレルギーが、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項15】

前記細胞が、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項16】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項17】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ４６をさらに含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項18】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ５９をさらに含む、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項19】

前記細胞が、幹細胞から分化させられる、請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項20】

前記幹細胞が間葉系幹細胞である、請求項１８に記載の方法。

【請求項21】

前記幹細胞が胚性幹細胞である、請求項１８に記載の方法。

【請求項22】

前記幹細胞が多能性幹細胞であり、任意選択で、前記多能性幹細胞が人工多能性幹細胞である、請求項１８に記載の方法。

【請求項23】

前記細胞が、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及びＣＡＲ－ＮＫ細胞からなる群から選択される、請求項１～２１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項24】

前記細胞が、初代細胞に由来する、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記初代細胞が、初代Ｔ細胞、初代ベータ細胞、または初代網膜色素上皮細胞である、請求項２３に記載の方法。

【請求項26】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、前記患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する、請求項２４に記載の方法。

【請求項27】

前記細胞が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項28】

前記ＣＡＲの抗原結合ドメインが、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する、請求項２６に記載の方法。

【請求項29】

前記ＣＡＲが、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である、請求項２７に記載の方法。

【請求項30】

前記ＣＡＲが、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項２７に記載の方法。

【請求項31】

前記細胞が、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより前記細胞が、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項２７に記載の方法。

【請求項32】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる、請求項３０に記載の方法。

【請求項33】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる、請求項３０に記載の方法。

【請求項34】

前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される、請求項１～３２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項35】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が同じである、請求項３３に記載の方法。

【請求項36】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が異なる、請求項３３に記載の方法。

【請求項37】

前記細胞が各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項38】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座または前記第２のゲノム遺伝子座と同じである、請求項３６に記載の方法。

【請求項39】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座及び／または前記第２のゲノム遺伝子座とは異なる、請求項３６に記載の方法。

【請求項40】

前記セーフハーバー遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項41】

前記標的遺伝子座が、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項42】

前記ＣＣＲ５遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である、請求項３９に記載の方法。

【請求項43】

前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である、請求項３９に記載の方法。

【請求項44】

前記ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である、請求項３９に記載の方法。

【請求項45】

前記ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への前記挿入が、前記ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である、請求項４０に記載の方法。

【請求項46】

前記セーフハーバー遺伝子座内への前記挿入が、ＳＨＳ２３１遺伝子座である、請求項４０に記載の方法。

【請求項47】

前記ＣＤ１４２遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項４０に記載の方法。

【請求項48】

前記ＭＩＣＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項４０に記載の方法。

【請求項49】

前記ＭＩＣＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項４０に記載の方法。

【請求項50】

前記Ｂ２Ｍ遺伝子座内への前記挿入が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項51】

前記ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項52】

前記ＴＲＡＣ遺伝子内への前記挿入が、前記ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項53】

前記ＴＲＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項３３～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項54】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項２４～５２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項55】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、ＴＲＡＣの低減された発現を含んでいた、請求項５３に記載の方法。

【請求項56】

前記細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、
のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である、請求項２２～５２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項57】

前記細胞が、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である、請求項５５に記載の方法。

【請求項58】

前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１～５６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項59】

前記プロモーターが、ＣＡＧ及び／またはＥＦ１ａプロモーターである、請求項５７に記載の方法。

【請求項60】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１日以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１日以上後に投与される、請求項１～５８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項61】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される、請求項１～５８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項62】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される、請求項１～５８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項63】

前記患者が、前記細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す、請求項１～６１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項64】

前記細胞集団の投与時の前記免疫応答の不在が、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される、請求項６２に記載の方法。

【請求項65】

前記患者が、
ａ．前記細胞集団を投与したときの全身性のＴＨ１活性化の不在、
ｂ．前記細胞集団を投与したときの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化の不在、
ｃ．前記細胞集団を投与したときの前記細胞集団に対するドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、
ｄ．前記細胞集団を投与したときの前記細胞集団に対するＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、ならびに
ｅ．前記細胞集団を投与したときの前記細胞集団の細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在、
のうちの１つまたは複数を示す、請求項６３に記載の方法。

【請求項66】

前記患者が、前記細胞集団の前記投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない、請求項１～６４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項67】

前記方法が、
ａ．治療上有効量の前記細胞集団を含む１回目の投与、
ｂ．回復期間、及び
ｃ．治療上有効量の前記細胞集団を含む２回目の投与、
を含む投与レジメンを含む、請求項１～６５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項68】

前記回復期間が、少なくとも１ヶ月以上を含む、請求項６６に記載の方法。

【請求項69】

前記回復期間が、少なくとも２ヶ月以上を含む、請求項６６に記載の方法。

【請求項70】

前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始され、任意選択で、前記細胞が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムからもたらされる排除に起因してもはや検出可能でない、請求項６６～６８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項71】

前記低免疫原性細胞が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項６６～６９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項72】

前記投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む、請求項６６～７０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項73】

前記細胞集団が、細胞欠損症の処置のために、または心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、脳、脊髄、及び骨からなる群から選択される組織もしくは臓器における病態もしくは疾患の前記処置のための細胞療法として投与される、請求項１～７１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項74】

ａ．前記細胞欠損症が、神経変性疾患に関連するか、または前記細胞療法が、神経変性疾患の前記処置のためである、
ｂ．前記細胞欠損症が、肝臓疾患に関連するか、または前記細胞療法が、肝臓疾患の前記処置のためである、
ｃ．前記細胞欠損症が、角膜疾患に関連するか、または前記細胞療法が、角膜疾患の前記処置のためである、
ｄ．前記細胞欠損症が、心血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記細胞療法が、心血管病態もしくは疾患の前記処置のためである、
ｅ．前記細胞欠損症が、糖尿病に関連するか、または前記細胞療法が、糖尿病の前記処置のためである、
ｆ．前記細胞欠損症が、血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記細胞療法が、血管病態もしくは疾患の前記処置のためである、
ｇ．前記細胞欠損症が、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または前記細胞療法が、自己免疫性甲状腺炎の前記処置のためである、あるいは
ｈ．前記細胞欠損症が、腎臓疾患に関連するか、または前記細胞療法が、腎臓疾患の前記処置のためである、
請求項１～７２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項75】

ａ．前記神経変性疾患が、白質ジストロフィー、ハンチントン病、パーキンソン病、多発性硬化症、横断性脊髄炎、及びペリツェウス・メルツバッハ病（ＰＭＤ）からなる群から選択される、
ｂ．前記肝臓疾患が、肝硬変を含む、
ｃ．前記角膜疾患が、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである、または
ｄ．前記心血管疾患が、心筋梗塞もしくはうっ血性心不全である、
請求項７３に記載の方法。

【請求項76】

前記細胞集団が、
ａ．グリア前駆細胞、乏突起膠細胞、星状細胞、及びドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択され、任意選択で、前記ドーパミン作動性ニューロンが、神経幹細胞、神経前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される、細胞、
ｂ．肝細胞もしくは肝前駆細胞、
ｃ．角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞、
ｄ．心筋細胞もしくは心筋前駆細胞、
ｅ．膵臓ベータ島細胞を含む膵島細胞であって、任意選択で、前記膵島細胞が、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、及び成熟膵島細胞からなる群から選択される、前記膵島細胞、
ｆ．内皮細胞、
ｇ．甲状腺前駆細胞、または
ｈ．腎前駆体細胞もしくは腎細胞、
を含む、請求項７３または７４に記載の方法。

【請求項77】

前記細胞集団が、がんの前記処置のために投与される、請求項１～７５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項78】

前記がんが、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される、請求項７６に記載の方法。

【請求項79】

前記患者が、組織移植または臓器移植を受けており、任意選択で、前記組織移植もしくは前記臓器移植または部分的臓器移植が、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、骨移植、部分的肺移植、部分的腎臓移植、部分的肝臓移植、部分的膵臓移植、部分的腸移植、及び部分的角膜移植からなる群から選択される、請求項１～７５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項80】

前記組織移植もしくは前記臓器移植が、同種異系移植片移植である、請求項７８に記載の方法。

【請求項81】

前記組織移植もしくは前記臓器移植が、自家移植片移植である、請求項７８に記載の方法。

【請求項82】

前記細胞集団が、組織または臓器における細胞欠損症の前記処置のために投与され、前記組織移植もしくは前記臓器移植が、同じ組織または臓器の置換のためである、請求項７８～８０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項83】

前記細胞集団が、組織または臓器における細胞欠損症の前記処置のために投与され、前記組織移植もしくは前記臓器移植が、異なる組織または臓器の置換のためである、請求項７８～８０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項84】

前記臓器移植が、腎臓移植であり、前記細胞集団が、膵臓ベータ島細胞の集団である、請求項７８～８２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項85】

前記患者が、糖尿病を有する、請求項８３に記載の方法。

【請求項86】

前記臓器移植が、心臓移植であり、前記細胞集団が、ペースメーカー細胞の集団である、請求項７８～８２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項87】

前記臓器移植が、膵臓移植であり、前記細胞集団が、ベータ島細胞の集団である、請求項７８～８２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項88】

前記臓器移植が、部分的肝臓移植であり、前記細胞集団が、肝細胞または肝前駆細胞の集団である、請求項７８～８２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項88】

患者における障害の処置のための低免疫原性細胞の集団の使用であって、前記低免疫原性細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者である、
前記使用。

【請求項89】

患者における障害の処置のための膵島細胞の集団の使用であって、前記膵島細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者である、
前記使用。

【請求項90】

患者における障害の処置のための心筋細胞の集団の使用であって、前記心筋細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者である、
前記使用。

【請求項91】

患者における障害の処置のためのグリア前駆細胞の集団の使用であって、前記グリア前駆細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者である、
前記使用。

【請求項92】

前記患者が、感作患者であり、前記患者が、前記１つもしくは複数の同種異系抗原または前記１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す、請求項８８～９１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項93】

前記１つもしくは複数の同種異系抗原が、ヒト白血球抗原を含む、請求項９２に記載の使用。

【請求項94】

前記患者が、以前の移植から感作されている感作患者であり、
ａ．前記以前の移植が、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、前記以前の移植が、同種異系移植片であるか、または
ｂ．前記以前の移植が、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、前記以前の移植が、自家移植である、
請求項８８～９３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項95】

【請求項96】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者である、請求項８８～９３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項97】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、前記以前の処置が、前記細胞集団を含まず、
ａ．前記細胞集団が、前記以前の処置と同じ病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
ｂ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対して強化された治療効果を示す、
ｃ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対してより長期の治療効果を示す、
ｄ．前記以前の処置が、治療上有効であった、
ｅ．前記以前の処置が、治療上有効でなかった、
ｆ．前記患者が、前記以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または
ｇ．前記細胞集団が、前記以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
請求項８８～９３または９６のいずれか１項に記載の使用。

【請求項98】

前記以前の処置が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、前記免疫反応が、前記自殺遺伝子または前記安全スイッチシステムの作動に応答して起こる、請求項９７に記載の使用。

【請求項99】

前記以前の処置が、機械補助による処置を含み、任意選択で、前記機械補助による処置が、血液透析または補助人工心臓を含む、請求項９７に記載の使用。

【請求項100】

前記患者が、アレルギーを有し、任意選択で、前記アレルギーが、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである、請求項８８～９９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項101】

前記細胞が、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む、請求項８８～１００のいずれか１項に記載の使用。

【請求項102】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む、請求項８８～１０１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項103】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ４６をさらに含む、請求項８８～１０２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項104】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ５９をさらに含む、請求項８８～１０３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項105】

前記細胞が、幹細胞から分化させられる、請求項８８～１０４のいずれか１項に記載の使用。

【請求項106】

前記幹細胞が間葉系幹細胞である、請求項１０５に記載の使用。

【請求項107】

前記幹細胞が胚性幹細胞である、請求項１０５に記載の使用。

【請求項108】

前記幹細胞が多能性幹細胞であり、任意選択で、前記多能性幹細胞が人工多能性幹細胞である、請求項１０５に記載の使用。

【請求項109】

前記細胞が、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及びＣＡＲ－ＮＫ細胞からなる群から選択される、請求項８８～１０８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項110】

前記細胞が、初代細胞に由来する、請求項８８～１０９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項111】

前記初代細胞が、初代Ｔ細胞、初代ベータ細胞、または初代網膜色素上皮細胞である、請求項１１０に記載の使用。

【請求項112】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、前記患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する、請求項１１１に記載の使用。

【請求項113】

前記細胞が、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項８８～１１２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項114】

前記ＣＡＲの抗原結合ドメインが、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する、請求項１１３に記載の使用。

【請求項115】

前記ＣＡＲが、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である、請求項１１４に記載の使用。

【請求項116】

前記ＣＡＲが、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項１１４に記載の使用。

【請求項117】

前記細胞が、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより前記細胞が、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項１１４に記載の使用。

【請求項118】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる、請求項１１７に記載の使用。

【請求項119】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる、請求項１１７に記載の使用。

【請求項120】

前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される、請求項８８～１１９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項121】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が同じである、請求項１２０に記載の使用。

【請求項122】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が異なる、請求項１２０に記載の使用。

【請求項123】

前記細胞が各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項８８～１２２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項124】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座または前記第２のゲノム遺伝子座と同じである、請求項１２３に記載の使用。

【請求項125】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座及び／または前記第２のゲノム遺伝子座とは異なる、請求項１２３に記載の使用。

【請求項126】

前記セーフハーバー遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される、請求項１２０～１２５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項127】

前記標的遺伝子座が、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項１２０～１２５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項128】

前記ＣＣＲ５遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である、請求項１２６に記載の使用。

【請求項129】

前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である、請求項１２６に記載の使用。

【請求項130】

前記ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である、請求項１２６に記載の使用。

【請求項131】

前記ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への前記挿入が、前記ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である、請求項１２７に記載の使用。

【請求項132】

前記セーフハーバー遺伝子座内への前記挿入が、ＳＨＳ２３１遺伝子座である、請求項１２７に記載の使用。

【請求項133】

前記ＣＤ１４２遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項１２７に記載の使用。

【請求項134】

前記ＭＩＣＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項１２７に記載の使用。

【請求項135】

前記ＭＩＣＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項１２７に記載の使用。

【請求項136】

前記Ｂ２Ｍ遺伝子座内への前記挿入が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項１２０～１３５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項137】

前記ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である、請求項１２０～１３５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項138】

前記ＴＲＡＣ遺伝子内への前記挿入が、前記ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項１２０～１３５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項139】

前記ＴＲＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項１２０～１３５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項140】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項１１１～１３９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項141】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、ＴＲＡＣの低減された発現を含む、請求項１４０に記載の使用。

【請求項142】

前記細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞であり、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項１０９～１３９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項143】

前記細胞が、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である、請求項１４２に記載の使用。

【請求項144】

前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項８８～１４３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項145】

前記プロモーターが、ＣＡＧ及び／またはＥＦ１ａプロモーターである、請求項１４４に記載の使用。

【請求項146】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１日以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１日以上後に投与される、請求項８８～１４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項147】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される、請求項８８～１４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項148】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される、請求項８８～１４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項149】

前記患者が、前記細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す、請求項８８～１４８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項150】

前記細胞集団の投与時の前記免疫応答の不在が、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される、請求項１４９に記載の使用。

【請求項151】

【請求項152】

前記患者が、前記細胞集団の前記投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない、請求項８８～１５１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項153】

前記方法が、
ａ．治療上有効量の前記細胞集団を含む１回目の投与、
ｂ．回復期間、及び
ｃ．治療上有効量の前記細胞集団を含む２回目の投与、
を含む投与レジメンを含む、請求項８８～１５２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項154】

前記回復期間が、少なくとも１ヶ月以上を含む、請求項１５３に記載の使用。

【請求項155】

前記回復期間が、少なくとも２ヶ月以上を含む、請求項１５３に記載の使用。

【請求項156】

前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項１５３～１５５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項157】

前記低免疫原性細胞が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項１５３～１５６のいずれか１項に記載の使用。

【請求項158】

前記投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む、請求項１５５～１５７のいずれか１項に記載の使用。

【請求項159】

前記細胞集団が、細胞欠損症の処置のために、または心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、脳、脊髄、及び骨からなる群から選択される組織もしくは臓器における病態もしくは疾患の前記処置のための細胞療法として投与される、請求項８８～１５８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項160】

ａ．前記細胞欠損症が、神経変性疾患に関連するか、または前記細胞療法が、神経変性疾患の前記処置のためである、
ｂ．前記細胞欠損症が、肝臓疾患に関連するか、または前記細胞療法が、肝臓疾患の前記処置のためである、
ｃ．前記細胞欠損症が、角膜疾患に関連するか、または前記細胞療法が、角膜疾患の前記処置のためである、
ｄ．前記細胞欠損症が、心血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記細胞療法が、心血管病態もしくは疾患の前記処置のためである、
ｅ．前記細胞欠損症が、糖尿病に関連するか、または前記細胞療法が、糖尿病の前記処置のためである、
ｆ．前記細胞欠損症が、血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記細胞療法が、血管病態もしくは疾患の前記処置のためである、
ｇ．前記細胞欠損症が、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または前記細胞療法が、自己免疫性甲状腺炎の前記処置のためである、あるいは
ｈ．前記細胞欠損症が、腎臓疾患に関連するか、または前記細胞療法が、腎臓疾患の前記処置のためである、
請求項８８～１５９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項161】

【請求項162】

【請求項163】

前記細胞集団が、がんの前記処置のために投与される、請求項８８～１６２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項164】

【請求項165】

前記患者が、組織移植または臓器移植を受けており、任意選択で、前記組織移植もしくは前記臓器移植または部分的臓器移植が、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、骨移植、部分的肺移植、部分的腎臓移植、部分的肝臓移植、部分的膵臓移植、部分的腸移植、及び部分的角膜移植からなる群から選択される、請求項８８～１６４のいずれか１項に記載の使用。

【請求項166】

前記組織移植もしくは前記臓器移植が、同種異系移植片移植である、請求項１６５に記載の使用。

【請求項167】

前記組織移植もしくは前記臓器移植が、自家移植片移植である、請求項１６５に記載の使用。

【請求項168】

前記細胞集団が、組織または臓器における細胞欠損症の前記処置のために投与され、前記組織移植もしくは前記臓器移植が、同じ組織または臓器の置換のためである、請求項１６５～１６７のいずれか１項に記載の使用。

【請求項169】

前記細胞集団が、組織または臓器における細胞欠損症の前記処置のために投与され、前記組織移植もしくは前記臓器移植が、異なる組織または臓器の置換のためである、請求項１６５～１６８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項170】

前記臓器移植が、腎臓移植であり、前記細胞集団が、腎前駆体細胞もしくは腎細胞の集団である、請求項１６５～１６９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項171】

前記患者が、糖尿病を有する、請求項１７０に記載の使用。

【請求項172】

前記臓器移植が、心臓移植であり、前記細胞集団が、心筋前駆細胞またはペースメーカー細胞の集団である、請求項１６５～１６９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項173】

前記臓器移植が、膵臓移植であり、前記細胞集団が、膵臓ベータ島細胞の集団である、請求項１６５～１６９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項174】

前記臓器移植が、部分的肝臓移植であり、前記細胞集団が、肝細胞または肝前駆細胞の集団である、請求項１６５～１６９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項175】

処置する必要がある患者を処置する方法であって、低免疫原性細胞の集団を投与することを含み、前記低免疫原性細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者であり、前記患者が、
ｉ．１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、
ｉｉ．１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている、
ｉｉｉ．以前の移植から感作されている、
ｉｖ．以前の妊娠から感作されている、
ｖ．病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または
ｖｉ．組織もしくは臓器患者であり、前記低免疫原性細胞が、前記組織移植もしくは前記臓器移植を施与する前に投与される、
前記方法。

【請求項176】

前記患者が、感作患者であり、前記患者が、前記１つもしくは複数の同種異系抗原または前記１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す、請求項１７５に記載の方法。

【請求項177】

前記１つもしくは複数の同種異系抗原が、ヒト白血球抗原を含む、請求項１７６に記載の方法。

【請求項178】

前記患者が、以前の移植から感作されている感作患者であり、
ａ．前記以前の移植が、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、前記以前の移植が、同種異系移植片であるか、または
ｂ．前記以前の移植が、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、前記以前の移植が、自家移植である、
請求項１７５～１７７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項179】

【請求項180】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者である、請求項１７５～１７８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項181】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、前記以前の処置が、前記細胞集団を含まず、
ａ．前記細胞集団が、前記以前の処置と同じ病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
ｂ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対して強化された治療効果を示す、
ｃ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対してより長期の治療効果を示す、
ｄ．前記以前の処置が、治療上有効であった、
ｅ．前記以前の処置が、治療上有効でなかった、
ｆ．前記患者が、前記以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または
ｇ．前記細胞集団が、前記以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
請求項１７５～１７８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項182】

前記以前の処置が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、前記免疫反応が、前記自殺遺伝子または前記安全スイッチシステムの作動に応答して起こる、請求項１８１に記載の方法。

【請求項183】

前記以前の処置が、機械補助による処置を含み、任意選択で、前記機械補助による処置が、血液透析または補助人工心臓を含む、請求項１８１に記載の方法。

【請求項184】

前記患者が、アレルギーを有し、任意選択で、前記アレルギーが、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである、請求項１～１８３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項185】

【請求項186】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む、請求項１７５～１８５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項187】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ４６をさらに含む、請求項１７５～１８６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項188】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ５９をさらに含む、請求項１７５～１８７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項189】

前記細胞が、幹細胞から分化させられる、請求項１７５～１８８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項190】

前記幹細胞が間葉系幹細胞である、請求項１８９に記載の方法。

【請求項191】

前記幹細胞が胚性幹細胞である、請求項１８９に記載の方法。

【請求項192】

前記幹細胞が多能性幹細胞であり、任意選択で、前記多能性幹細胞が人工多能性幹細胞である、請求項１８９に記載の方法。

【請求項193】

前記細胞が、ＣＡＲＴ細胞またはＣＡＲ－ＮＫ細胞である、請求項１７５～１９２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項194】

前記細胞が、初代Ｔ細胞に由来する、請求項１７５～１９３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項195】

前記細胞が、前記患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する、請求項１９４に記載の方法。

【請求項196】

前記ＣＡＲの抗原結合ドメインが、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する、請求項１７５～１９５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項197】

前記ＣＡＲが、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である、請求項１９６に記載の方法。

【請求項198】

前記ＣＡＲが、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項１９６に記載の方法。

【請求項199】

前記細胞が、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより前記細胞が、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項１９６に記載の方法。

【請求項200】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる、請求項１９９に記載の方法。

【請求項201】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる、請求項１９９に記載の方法。

【請求項202】

前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される、請求項１７５～２０１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項203】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が同じである、請求項２０２に記載の方法。

【請求項204】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が異なる、請求項２０２に記載の方法。

【請求項205】

前記細胞が各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１７５～２０４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項206】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座または前記第２のゲノム遺伝子座と同じである、請求項２０６に記載の方法。

【請求項207】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座及び／または前記第２のゲノム遺伝子座とは異なる、請求項２０６に記載の方法。

【請求項208】

前記セーフハーバー遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２０２～２０７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項209】

前記標的遺伝子座が、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２０２～２０７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項210】

前記ＣＣＲ５遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である、請求項２０８に記載の方法。

【請求項211】

前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である、請求項２０８に記載の方法。

【請求項212】

前記ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である、請求項２０８に記載の方法。

【請求項213】

前記ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への前記挿入が、前記ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である、請求項２０９に記載の方法。

【請求項214】

前記セーフハーバー遺伝子座内への前記挿入が、ＳＨＳ２３１遺伝子座である、請求項２０９に記載の方法。

【請求項215】

前記ＣＤ１４２遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２０９に記載の方法。

【請求項216】

前記ＭＩＣＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２０９に記載の方法。

【請求項217】

前記ＭＩＣＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２０９に記載の方法。

【請求項218】

前記Ｂ２Ｍ遺伝子座内への前記挿入が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２０２～２１７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項219】

前記ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である、請求項２０２～２１７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項220】

前記ＴＲＡＣ遺伝子内への前記挿入が、前記ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２０２～２１７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項221】

前記ＴＲＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２０２～２１７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項222】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項１９４～２２１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項223】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、ＴＲＡＣの低減された発現を含んでいた、請求項２２２に記載の方法。

【請求項224】

前記細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞であり、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項１９３～２２１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項225】

前記細胞が、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である、請求項２２４に記載の方法。

【請求項226】

前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１７５～２２５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項227】

前記プロモーターが、ＣＡＧ及び／またはＥＦ１ａプロモーターである、請求項２２６に記載の方法。

【請求項228】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１日以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１日以上後に投与される、請求項１７５～２２７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項229】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される、請求項１７５～２２７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項230】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される、請求項１７５～２２７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項231】

前記患者が、前記細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す、請求項１７５～２３０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項232】

前記細胞集団の投与時の前記免疫応答の不在が、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される、請求項２３１に記載の方法。

【請求項233】

【請求項234】

前記患者が、前記細胞集団の前記投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない、請求項１７５～２３３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項235】

前記方法が、
ａ．治療上有効量の前記細胞集団を含む１回目の投与、
ｂ．回復期間、及び
ｃ．治療上有効量の前記細胞集団を含む２回目の投与、
を含む投与レジメンを含む、請求項１７５～２３４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項236】

前記回復期間が、少なくとも１ヶ月以上を含む、請求項２３５に記載の方法。

【請求項237】

前記回復期間が、少なくとも２ヶ月以上を含む、請求項２３５に記載の方法。

【請求項238】

前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項２３５～２３７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項239】

前記低免疫原性細胞が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項２３５～２３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項240】

前記投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む、請求項２３５～２３９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項241】

前記細胞集団が、がんの前記処置のために投与される、請求項１７５～２４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項242】

【請求項243】

患者における障害の処置のための低免疫原性細胞の集団の使用であって、前記低免疫原性細胞が、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドと、
（Ｉ）
ａ．主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｂ．ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、
ｃ．ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または
ｄ．Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現、
のうちの１つまたは複数と、を含み、
前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、
（ＩＩ）
ａ．前記患者が、感作患者ではないか、または
ｂ．前記患者が、感作患者である、
前記使用。

【請求項244】

前記患者が、感作患者であり、前記患者が、前記１つもしくは複数の同種異系抗原または前記１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す、請求項２４３に記載の使用。

【請求項245】

前記１つもしくは複数の同種異系抗原が、ヒト白血球抗原を含む、請求項２４４に記載の使用。

【請求項246】

前記患者が、以前の移植から感作されている感作患者であり、
ａ．前記以前の移植が、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、前記以前の移植が、同種異系移植片であるか、または
ｂ．前記以前の移植が、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、前記以前の移植が、自家移植である、
請求項２４３～２４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項247】

【請求項248】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者である、請求項２４３～２４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項249】

前記患者が、病態または疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、前記以前の処置が、前記細胞集団を含まず、
ａ．前記細胞集団が、前記以前の処置と同じ病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
ｂ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対して強化された治療効果を示す、
ｃ．前記細胞集団が、前記以前の処置と比較して前記患者における前記病態もしくは前記疾患の前記処置に対してより長期の治療効果を示す、前記以前の処置が、治療上有効であった、
ｄ．前記以前の処置が、治療上有効でなかった、
ｅ．前記患者が、前記以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または
ｆ．前記細胞集団が、前記以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の前記処置のために投与される、
請求項２４３～２４５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項250】

前記以前の処置が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、前記免疫反応が、前記自殺遺伝子または前記安全スイッチシステムの作動に応答して起こる、請求項２４９に記載の使用。

【請求項251】

前記以前の処置が、機械補助による処置を含み、任意選択で、前記機械補助による処置が、血液透析または補助人工心臓を含む、請求項２４９に記載の使用。

【請求項252】

前記患者が、アレルギーを有し、任意選択で、前記アレルギーが、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである、請求項２４３～２５１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項253】

前記細胞が、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む、請求項２４３～２５２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項254】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む、請求項２４３～２５３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項255】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ４６をさらに含む、請求項２４３～２５４のいずれか１項に記載の使用。

【請求項256】

前記細胞が、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ５９をさらに含む、請求項２４３～２５５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項257】

前記細胞が、幹細胞から分化させられる、請求項２４３～２５６のいずれか１項に記載の使用。

【請求項258】

前記幹細胞が間葉系幹細胞である、請求項２５７に記載の使用。

【請求項259】

前記幹細胞が胚性幹細胞である、請求項２５７に記載の使用。

【請求項260】

前記幹細胞が多能性幹細胞であり、任意選択で、前記多能性幹細胞が人工多能性幹細胞である、請求項２５７に記載の使用。

【請求項261】

前記細胞が、ＣＡＲＴ細胞またはＣＡＲ－ＮＫ細胞である、請求項２４３～２６０のいずれか１項に記載の使用。

【請求項262】

前記細胞が、初代Ｔ細胞に由来する、請求項２４３～２６１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項263】

前記細胞が、前記患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する、請求項２６２に記載の使用。

【請求項264】

前記ＣＡＲの抗原結合ドメインが、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する、請求項２４３～２６３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項265】

前記ＣＡＲが、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である、請求項２６４に記載の使用。

【請求項266】

前記ＣＡＲが、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより前記細胞が、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項２６４に記載の使用。

【請求項267】

前記細胞が、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより前記細胞が、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である、請求項２６４に記載の使用。

【請求項268】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる、請求項２６７に記載の使用。

【請求項269】

前記ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及び前記ＣＤ２２特異的ＣＡＲが、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる、請求項２６７に記載の使用。

【請求項270】

前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される、請求項２４３～２６９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項271】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が同じである、請求項２７０に記載の使用。

【請求項272】

前記第１のゲノム遺伝子座及び前記第２のゲノム遺伝子座が異なる、請求項２７０に記載の使用。

【請求項273】

前記細胞が各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項２４３～２７２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項274】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座または前記第２のゲノム遺伝子座と同じである、請求項２７３に記載の使用。

【請求項275】

前記第３のゲノム遺伝子座が、前記第１のゲノム遺伝子座及び／または前記第２のゲノム遺伝子座とは異なる、請求項２７３に記載の使用。

【請求項276】

前記セーフハーバー遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２７０～２７５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項277】

前記標的遺伝子座が、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２７０～２７５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項278】

前記ＣＣＲ５遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である、請求項２７６に記載の使用。

【請求項279】

前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である、請求項２７６に記載の使用。

【請求項280】

前記ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である、請求項２７６に記載の使用。

【請求項281】

前記ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への前記挿入が、前記ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である、請求項２７７に記載の使用。

【請求項282】

前記セーフハーバー遺伝子座内への前記挿入が、ＳＨＳ２３１遺伝子座である、請求項２７７に記載の使用。

【請求項283】

前記ＣＤ１４２遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２７７に記載の使用。

【請求項284】

前記ＭＩＣＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２７７に記載の使用。

【請求項285】

前記ＭＩＣＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２７７に記載の使用。

【請求項286】

前記Ｂ２Ｍ遺伝子座内への前記挿入が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２７０～２８５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項287】

前記ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である、請求項２７０～２８５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項288】

前記ＴＲＡＣ遺伝子内への前記挿入が、前記ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である、請求項２７０～２８５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項289】

前記ＴＲＢ遺伝子座内への前記挿入が、前記ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である、請求項２７０～２８５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項290】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項２６２～２８９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項291】

前記初代Ｔ細胞に由来する細胞が、ＴＲＡＣの低減された発現を含んでいた、請求項２９０に記載の使用。

【請求項292】

前記細胞が、
ａ．内在性Ｔ細胞受容体、
ｂ．細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、
ｃ．プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び
ｄ．プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞であり、前記低減された発現が、改変に起因し、前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項２６１～２８９のいずれか１項に記載の使用。

【請求項293】

前記細胞が、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である、請求項２９２に記載の使用。

【請求項294】

前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項２４３～２９３のいずれか１項に記載の使用。

【請求項295】

前記プロモーターが、ＣＡＧ及び／またはＥＦ１ａプロモーターである、請求項２９４に記載の使用。

【請求項296】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１日以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１日以上後に投与される、請求項２４３～２９５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項297】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後、または前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される、請求項２４３～２９５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項298】

前記細胞集団が、前記患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、前記患者が前記同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される、請求項２４３～２９５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項299】

前記患者が、前記細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す、請求項２４３～２９８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項300】

前記細胞集団の投与時の前記免疫応答の不在が、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される、請求項２９９に記載の使用。

【請求項301】

【請求項302】

前記患者が、前記細胞集団の前記投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない、請求項２４３～３０１のいずれか１項に記載の使用。

【請求項303】

前記方法が、
ａ．治療上有効量の前記細胞集団を含む１回目の投与、
ｂ．回復期間、及び
ｃ．治療上有効量の前記細胞集団を含む２回目の投与、
を含む投与レジメンを含む、請求項２４３～３０２のいずれか１項に記載の使用。

【請求項304】

前記回復期間が、少なくとも１ヶ月以上を含む、請求項３０３に記載の使用。

【請求項305】

前記回復期間が、少なくとも２ヶ月以上を含む、請求項３０３に記載の使用。

【請求項306】

前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項３０３～３０５のいずれか１項に記載の使用。

【請求項307】

前記低免疫原性細胞が、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、前記２回目の投与が、前記１回目の投与からの前記細胞が前記患者においてもはや検出可能でないときに開始される、請求項３０３～３０６のいずれか１項に記載の使用。

【請求項308】

前記投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む、請求項３０３～３０７のいずれか１項に記載の使用。

【請求項309】

前記細胞集団が、がんの前記処置のために投与される、請求項２４３～３０８のいずれか１項に記載の使用。

【請求項310】

【請求項311】

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本願は、米国特許法第１１９条（ｅ）の下、２０２０年８月１３日に出願された米国仮出願第６３／０６５，３４２号、２０２１年１月１１日に出願された同第６３／１３６，１３７号、２０２１年２月１９日に出願された同第６３／１５１，６２８号、及び２０２１年４月１４日に出願された同第６３／１７５，０３０号に対する優先権を主張するものであり、同文献の開示は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【発明の概要】

【0002】

抗原（例えば、ドナー同種異系抗原）に対する感作は、臨床移植療法が直面している問題である。例えば、移植レシピエントの免疫系が同種異系材料を拒絶する傾向が、治療法の潜在的な有効性を大幅に低減し、かかる治療に関連する考えられるプラスの効果を減弱させる。幸いなことに、動物モデル及びヒト患者の両方において、低免疫原性細胞または組織移植が多数の障害及び病態の処置への科学的に実現可能で臨床的に有望なアプローチであるという確固たる証拠がある。

【0003】

したがって、レシピエントの免疫系による検出を回避する細胞ベースの治療法を生み出すための新規のアプローチ、組成物、及び方法に対する必要性が依然として存在する。

【0004】

【0005】

【0006】

一部の態様では、処置の必要がある患者を処置する方法が提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を投与することを含み、ここで、低免疫原性細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）患者は、感作患者であり、ここで、患者は、（ｉ）１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、（ｉｉ）１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている、（ｉｉｉ）以前の移植から感作されている、（ｉｖ）以前の妊娠から感作されている、（ｖ）病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または（ｖｉ）組織移植もしくは臓器移植患者であり、低免疫原性細胞は、組織移植または臓器移植を施与する前、それと同時、及び／またはその後に投与される。

【0007】

一部の態様では、処置の必要がある患者を処置する方法が提供され、該方法は、膵島細胞の集団を投与することを含み、ここで、膵島細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者であり、ここで、患者は、（ｉ）１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、（ｉｉ）１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている、（ｉｉｉ）以前の移植から感作されている、（ｉｖ）以前の妊娠から感作されている、（ｖ）病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または（ｖｉ）組織もしくは臓器患者であり、膵島細胞は、組織移植または臓器移植を施与する前に投与される。

【0008】

一部の態様では、処置の必要がある患者を処置する方法が提供され、該方法は、心筋前駆細胞の集団を投与することを含み、ここで、心筋前駆細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者であり、ここで、患者は、（ｉ）１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、（ｉｉ）１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている、（ｉｉｉ）以前の移植から感作されている、（ｉｖ）以前の妊娠から感作されている、（ｖ）病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または（ｖｉ）組織もしくは臓器患者であり、心筋細胞は、組織移植または臓器移植を施与する前に投与される。

【0009】

一部の態様では、処置の必要がある患者を処置する方法が提供され、該方法は、グリア前駆細胞の集団を投与することを含み、ここで、グリア前駆細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者であり、ここで、患者は、（ｉ）１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、（ｉｉ）１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている、（ｉｉｉ）以前の移植から感作されている、（ｉｖ）以前の妊娠から感作されている、（ｖ）病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または（ｖｉ）組織もしくは臓器患者であり、グリア前駆細胞は、組織移植または臓器移植を施与する前に投与される。

【0010】

一部の実施形態では、患者は、感作患者であり、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原または１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。一部の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。

【0011】

一部の実施形態では、患者は、以前の移植から感作されている感作患者であり、ここで、（ａ）以前の移植は、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、以前の移植は、同種異系移植片であるか、または（ｂ）以前の移植は、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、以前の移植は、自家移植片である。

【0012】

一部の実施形態では、患者は、以前の妊娠から感作されている感作患者であり、ここで、患者は、妊娠中の同種免疫化を以前に示したことがあり、任意選択で、妊娠中の同種免疫化は、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、または胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ）である。

【0013】

一部の実施形態では、患者は、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者であり、ここで、病態もしくは疾患は、患者が本明細書に記載される処置を受けている疾患または病態とは異なるか、またはそれと同じである。

【0014】

一部の実施形態では、患者は、病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、ここで、以前の処置は、該細胞集団を含まず、（ａ）該細胞集団は、以前の処置と同じ病態もしくは疾患の処置のために投与される、（ｂ）該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対して強化された治療効果を示す、（ｃ）該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対してより長期の治療効果を示す、（ｄ）以前の処置は、治療上有効であった、（ｅ）以前の処置は、治療上有効でなかった、（ｆ）患者は、以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または（ｇ）該細胞集団は、以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の処置のために投与される。

【0015】

一部の実施形態では、以前の処置は、自殺遺伝子または安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、免疫反応は、自殺遺伝子または安全スイッチシステムの作動に応答して起こる。

【0016】

一部の実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含み、任意選択で、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含む。

【0017】

一部の実施形態では、以前の処置は、同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を含み、ここで、自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法は、ブレクスカブタゲンオートルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル、イデカブタゲンビクルユーセル、リソカブタゲンマラルユーセル、チサゲンレクルユーセル、ＣａｒｔｅｓｉａｎＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＤｅｓｃａｒｔｅｓ－０８またはＤｅｓｃａｒｔｅｓ－１１、ＮｏｖａｒｔｉｓからのＣＴＬ１１０、ＰｏｓｅｉｄａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＰ－ＢＭＣＡ－１０１、ＡｕｔｏｌｕｓＬｉｍｉｔｅｄからのＡＵＴＯ４、ＣｅｌｌｅｃｔｉｓからのＵＣＡＲＴＣＳ、ＰｒｅｃｉｓｉｏｎＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＰＢＣＡＲ１９ＢまたはＰＢＣＡＲ２６９Ａ、ＦａｔｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＦＴ８１９、及びＣｌｙａｄＯｎｃｏｌｏｇｙからのＣＹＡＤ－２１１からなる群から選択される。

【0018】

一部の実施形態では、患者は、アレルギーを有し、任意選択で、アレルギーは、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである。

【0019】

一部の実施形態では、該細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。

【0020】

一部の実施形態では、該細胞は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む。一部の実施形態では、該細胞は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ４６をさらに含む。一部の実施形態では、該細胞は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、低減された発現レベルのＣＤ５９をさらに含む。

【0021】

一部の実施形態では、該細胞は、幹細胞から分化させられる。一部の実施形態では、幹細胞は、間葉系幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、胚性幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞であり、任意選択で、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及びＣＡＲ－ＮＫ細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞は、初代細胞に由来する。一部の実施形態では、初代細胞は、初代Ｔ細胞、初代ベータ細胞、または初代網膜色素上皮細胞である。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0022】

一部の実施形態では、該細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する。

【0023】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより該細胞は、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる。一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる。

【0024】

一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される。

【0025】

一部の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は同じである。一部の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は異なる。一部の実施形態では、該細胞は各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座または第２のゲノム遺伝子座と同じである。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座及び／または第２のゲノム遺伝子座とは異なる。

【0026】

一部の実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的遺伝子座は、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。

【0027】

一部の実施形態では、ＣＣＲ５遺伝子座内への挿入は、ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である。一部の実施形態では、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への挿入は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である。一部の実施形態では、ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への挿入は、ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である。一部の実施形態では、ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への挿入は、ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である。一部の実施形態では、セーフハーバー遺伝子座内への挿入は、ＳＨＳ２３１遺伝子座である。一部の実施形態では、ＣＤ１４２遺伝子座内への挿入は、ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＭＩＣＡ遺伝子座内への挿入は、ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＭＩＣＢ遺伝子座内への挿入は、ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子座内への挿入は、Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への挿入は、ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子座内への挿入は、ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＴＲＢ遺伝子座内への挿入は、ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である。

【0028】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、内在性Ｔ細胞受容体、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、プログラム細胞死（ＰＤ１）、及びプログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、ＴＲＡＣの低減された発現を含んでいた。

【0029】

一部の実施形態では、該細胞は、内在性Ｔ細胞受容体、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、プログラム細胞死（ＰＤ１）、及びプログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である。

【0030】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧ及び／またはＥＦ１ａプロモーターである。

【0031】

【0032】

一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される。

【0033】

一部の実施形態では、患者は、細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す。一部の実施形態では、該細胞集団の投与時の免疫応答の不在は、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される。

【0034】

一部の実施形態では、患者は、（ａ）該細胞集団を投与したときの全身性のＴＨ１活性化の不在、（ｂ）該細胞集団を投与したときの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化の不在、（ｃ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、（ｄ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、ならびに（ｅ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団の細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在のうちの１つまたは複数を示す。

【0035】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0036】

一部の実施形態では、該方法は、治療上有効量の該細胞集団を含む１回目の投与、回復期間、及び治療上有効量の該細胞集団を含む２回目の投与を含む、投与レジメンを含む。一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも１ヶ月以上を含む。一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも２ヶ月以上を含む。

【0037】

一部の実施形態では、２回目の投与は、１回目の投与からの細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始され、任意選択で、細胞は、自殺遺伝子または安全スイッチシステムからもたらされる排除に起因してもはや検出可能でない。

【0038】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、２回目の投与は、１回目の投与からの細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始される。

【0039】

一部の実施形態では、該方法は、該投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む。一部の実施形態では、該細胞集団は、細胞欠損症の処置のために、または心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、脳、脊髄、及び骨からなる群から選択される組織もしくは臓器における病態もしくは疾患の処置のための細胞療法として投与される。

【0040】

該方法の一部の実施形態では、（ａ）細胞欠損症は、神経変性疾患に関連するか、または細胞療法は、神経変性疾患の処置のためである、（ｂ）細胞欠損症は、肝臓疾患に関連するか、または細胞療法は、肝臓疾患の処置のためである、（ｃ）細胞欠損症は、角膜疾患に関連するか、または細胞療法は、角膜疾患の処置のためである、（ｄ）細胞欠損症は、心血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、心血管病態もしくは疾患の処置のためである、（ｅ）細胞欠損症は、糖尿病に関連するか、または細胞療法は、糖尿病の処置のためである、（ｆ）細胞欠損症は、血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、血管病態もしくは疾患の処置のためである、（ｇ）細胞欠損症は、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または細胞療法は、自己免疫性甲状腺炎の処置のためである、あるいは（ｈ）細胞欠損症は、腎臓疾患に関連するか、または細胞療法は、腎臓疾患の処置のためのものである。

【0041】

該方法の一部の実施形態では、（ａ）神経変性疾患は、白質ジストロフィー、ハンチントン病、パーキンソン病、多発性硬化症、横断性脊髄炎、及びペリツェウス・メルツバッハ病（ＰＭＤ）からなる群から選択される、（ｂ）肝臓疾患は、肝硬変を含む、（ｃ）角膜疾患は、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである、または（ｄ）心血管疾患は、心筋梗塞またはうっ血性心不全である。

【0042】

一部の実施形態では、該細胞集団は、（ａ）グリア前駆細胞、乏突起膠細胞、星状細胞、及びドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される細胞（任意選択で、ドーパミン作動性ニューロンは、神経幹細胞、神経前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される）、（ｂ）肝細胞もしくは肝前駆細胞、（ｃ）角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞、（ｄ）心筋細胞もしくは心筋前駆細胞、（ｅ）膵臓ベータ島細胞を含む膵島細胞（任意選択で、膵島細胞は、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、及び成熟膵島細胞からなる群から選択される）、（ｆ）内皮細胞、（ｇ）甲状腺前駆細胞、または（ｈ）腎前駆体細胞もしくは腎細胞を含む。

【0043】

一部の実施形態では、該細胞集団は、がんの処置のために投与される。一部の実施形態では、がんは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される。

【0044】

一部の実施形態では、患者は、組織移植または臓器移植を受けており、任意選択で、組織移植または臓器移植もしくは部分的臓器移植は、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、骨移植、部分的肺移植、部分的腎臓移植、部分的肝臓移植、部分的膵臓移植、部分的腸移植、及び部分的角膜移植からなる群から選択される。

【0045】

一部の実施形態では、組織移植または臓器移植は、同種異系移植片移植である。一部の実施形態では、組織移植または臓器移植は、自家移植片移植である。

【0046】

一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、同じ組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、異なる組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、臓器移植は、腎臓移植であり、該細胞集団は、膵臓ベータ島細胞の集団である。一部の実施形態では、患者は、糖尿病を有する。一部の実施形態では、臓器移植は、心臓移植であり、該細胞集団は、ペースメーカー細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、膵臓移植であり、該細胞集団は、ベータ島細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、部分的肝臓移植であり、該細胞集団は、肝細胞もしくは肝前駆細胞の集団である。

【0047】

一部の態様では、患者における障害の処置のための低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、低免疫原性細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者である。

【0048】

一部の態様では、患者における障害の処置のための膵島細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、膵島細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者である。

【0049】

一部の態様では、患者における障害の処置のための心筋細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、心筋細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者である。

【0050】

一部の態様では、患者における障害の処置のためのグリア前駆細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、グリア前駆細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者である。

【0051】

【0052】

一部の実施形態では、患者は、以前の移植から感作されている感作患者であり、ここで、以前の移植は、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択され、任意選択で、以前の移植は、同種異系移植片であるか、または以前の移植は、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植であり、任意選択で、以前の移植は、自家移植片である。

【0053】

【0054】

一部の実施形態では、患者は、病態または疾患に対する以前の処置から感作されている感作患者である。一部の実施形態では、患者は、病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがあり、ここで、以前の処置は、該細胞集団を含まず、（ａ）該細胞集団は、以前の処置と同じ病態もしくは疾患の処置のために投与される、（ｂ）該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対して強化された治療効果を示す、（ｃ）該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対してより長期の治療効果を示す、（ｄ）以前の処置は、治療上有効であった、（ｅ）以前の処置は、治療上有効でなかった、（ｆ）患者は、以前の処置に対して免疫反応を起こした、及び／または（ｇ）該細胞集団は、以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の処置のために投与される。

【0055】

【0056】

一部の実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含み、任意選択で、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含む。

【0057】

【0058】

【0059】

【0060】

一部の実施形態では、該細胞は、幹細胞から分化させられる。一部の実施形態では、幹細胞は、間葉系幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、胚性幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞であり、任意選択で、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。

【0061】

一部の実施形態では、該細胞は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及びＣＡＲ－ＮＫ細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞は、初代細胞に由来する。一部の実施形態では、初代細胞は、初代Ｔ細胞、初代ベータ細胞、または初代網膜色素上皮細胞である。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0062】

一部の実施形態では、該細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより該細胞は、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる。一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる。

【0063】

【0064】

【0065】

一部の実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される。

【0066】

一部の実施形態では、標的遺伝子座は、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。

【0067】

【0068】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、（ａ）内在性Ｔ細胞受容体、（ｂ）細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、（ｃ）プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び（ｄ）プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、ＴＲＡＣの低減された発現を含む。

【0069】

一部の実施形態では、該細胞は、（ａ）内在性Ｔ細胞受容体、（ｂ）細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、（ｃ）プログラム細胞死（ＰＤ１）、及び（ｄ）プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞であり、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。一部の実施形態では、該細胞は、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である。

【0070】

【0071】

一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１日以上後、または患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１日以上後に投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後、または患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後、患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される。

【0072】

【0073】

【0074】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0075】

【0076】

【0077】

一部の実施形態では、該細胞の使用は、該投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む。

【0078】

一部の実施形態では、該細胞集団は、細胞欠損症の処置のために、または心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、脳、脊髄、及び骨からなる群から選択される組織もしくは臓器における病態もしくは疾患の処置のための細胞療法として投与される。

【0079】

一部の実施形態では、（ａ）細胞欠損症は、神経変性疾患に関連するか、または細胞療法は、神経変性疾患の処置のためである、（ｂ）細胞欠損症は、肝臓疾患に関連するか、または細胞療法は、肝臓疾患の処置のためである、（ｃ）細胞欠損症は、角膜疾患に関連するか、または細胞療法は、角膜疾患の処置のためである、（ｄ）細胞欠損症は、心血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、心血管病態もしくは疾患の処置のためである、（ｅ）細胞欠損症は、糖尿病に関連するか、または細胞療法は、糖尿病の処置のためである、（ｆ）細胞欠損症は、血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、血管病態もしくは疾患の処置のためである、（ｇ）細胞欠損症は、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または細胞療法は、自己免疫性甲状腺炎の処置のためである、あるいは（ｈ）細胞欠損症は、腎臓疾患に関連するか、または細胞療法は、腎臓疾患の処置のためのものである。

【0080】

一部の実施形態では、（ａ）神経変性疾患は、白質ジストロフィー、ハンチントン病、パーキンソン病、多発性硬化症、横断性脊髄炎、及びペリツェウス・メルツバッハ病（ＰＭＤ）からなる群から選択される、（ｂ）肝臓疾患は、肝硬変を含む、（ｃ）角膜疾患は、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである、または（ｄ）心血管疾患は、心筋梗塞またはうっ血性心不全である。

【0081】

一部の実施形態では、該細胞集団は、（ａ）グリア前駆細胞、（ｂ）乏突起膠細胞、星状細胞、及びドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される細胞（任意選択で、ドーパミン作動性ニューロンは、神経幹細胞、神経前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される）、（ｃ）肝細胞もしくは肝前駆細胞、（ｄ）角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞、（ｅ）心筋細胞もしくは心筋前駆細胞、（ｆ）膵臓ベータ島細胞を含む膵島細胞（任意選択で、膵島細胞は、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、及び成熟膵島細胞からなる群から選択される）、（ｇ）内皮細胞、（ｈ）甲状腺前駆細胞、または（ｉ）腎前駆体細胞もしくは腎細胞を含む。

【0082】

【0083】

【0084】

【0085】

一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、同じ組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、異なる組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、臓器移植は、腎臓移植であり、該細胞集団は、腎前駆体細胞もしくは腎細胞の集団である。一部の実施形態では、患者は、糖尿病を有する。一部の実施形態では、臓器移植は、心臓移植であり、該細胞集団は、心筋前駆細胞またはペースメーカー細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、膵臓移植であり、該細胞集団は、膵臓ベータ島細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、部分的肝臓移植であり、該細胞集団は、肝細胞もしくは肝前駆細胞の集団である。

【0086】

一部の態様では、処置の必要がある患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を投与することを含み、ここで、低免疫原性細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）（ａ）患者は、感作患者ではないか、または（ｂ）患者は、感作患者であり、ここで、患者は、（ｉ）１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている、（ｉｉ）１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている、（ｉｉｉ）以前の移植から感作されている、（ｉｖ）以前の妊娠から感作されている、（ｖ）病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある、及び／または（ｖｉ）組織もしくは臓器患者であり、低免疫原性細胞は、組織移植または臓器移植を施与する前に投与される。

【0087】

【0088】

【0089】

【0090】

【0091】

【0092】

一部の実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含み、任意選択で、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含む。

【0093】

【0094】

【0095】

【0096】

一部の実施形態では、該細胞は、幹細胞から分化させられる。一部の実施形態では、幹細胞は、間葉系幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、胚性幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞であり、任意選択で、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲＴ細胞またはＣＡＲ－ＮＫ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、初代Ｔ細胞に由来する。一部の実施形態では、該細胞は、患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0097】

一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１９、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに結合する。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ１９ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２特異的ＣＡＲであり、それにより該細胞は、ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲを含み、それにより該細胞は、ＣＤ１９／ＣＤ２２ＣＡＲＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、単一のバイシストロン性ポリヌクレオチドによってコードされる。

【0098】

一部の実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲは、２つの別個のポリヌクレオチドによってコードされる。

【0099】

一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は同じである。一部の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は異なる。

【0100】

一部の実施形態では、該細胞は各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座または第２のゲノム遺伝子座と同じである。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座及び／または第２のゲノム遺伝子座とは異なる。

【0101】

【0102】

【0103】

【0104】

一部の実施形態では、該細胞は、内在性Ｔ細胞受容体、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、プログラム細胞死（ＰＤ１）、及びプログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）のうちの１つまたは複数の低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞であり、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。一部の実施形態では、該細胞は、ＴＲＡＣ及びＴＲＢの低減された発現を含む人工多能性幹細胞に由来するＴ細胞である。

【0105】

【0106】

【0107】

【0108】

一部の実施形態では、患者は、（ｉ）該細胞集団を投与したときの全身性のＴＨ１活性化の不在、（ｉｉ）該細胞集団を投与したときの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化の不在、（ｉｉｉ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、（ｉｖ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、ならびに（ｖ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団の細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在のうちの１つまたは複数を示す。

【0109】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0110】

【0111】

一部の実施形態では、２回目の投与は、１回目の投与からの細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始される。

【0112】

【0113】

一部の実施形態では、該方法は、該投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む。

【0114】

【0115】

一態様では、患者における障害の処置のための低免疫原性細胞の集団の使用が提供され、ここで、低免疫原性細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドと、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドと、（Ｉ）（ａ）主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現、（ｃ）ベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の低減された発現、及び／または（ｄ）Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現のうちの１つまたは複数と、を含み、ここで、低減された発現は、改変に起因し、低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり、（ＩＩ）患者は、感作患者ではないか、または患者は、感作患者である。

【0116】

一部の実施形態では、患者は、感作患者であり、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原または１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。

【0117】

一部の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。

【0118】

【0119】

【0120】

【0121】

【0122】

【0123】

【0124】

一部の実施形態では、該細胞は、幹細胞から分化させられる。一部の実施形態では、幹細胞は、間葉系幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、胚性幹細胞である。一部の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞であり、任意選択で、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲＴ細胞またはＣＡＲ－ＮＫ細胞である。該細胞は、幹細胞から分化させられる。一部の実施形態細胞は、初代Ｔ細胞に由来する。一部の実施形態では、該細胞は、患者とは異なる１以上の対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0125】

【0126】

【0127】

【0128】

一部の実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、標的遺伝子座は、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＣＲ５遺伝子座内への挿入は、ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、または別のコード配列（ＣＤＳ）内である。一部の実施形態では、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座内への挿入は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である。一部の実施形態では、ＣＬＹＢＬ遺伝子座内への挿入は、ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である。

【0129】

一部の実施形態では、ＲＯＳＡ２６遺伝子座内への挿入は、ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である。一部の実施形態では、セーフハーバー遺伝子座内への挿入は、ＳＨＳ２３１遺伝子座である。一部の実施形態では、ＣＤ１４２遺伝子座内への挿入は、ＣＤ１４２遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＭＩＣＡ遺伝子座内への挿入は、ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＭＩＣＢ遺伝子座内への挿入は、ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子座内への挿入は、Ｂ２Ｍ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内への挿入は、ＣＩＩＴＡ遺伝子のエクソン３または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子座内への挿入は、ＴＲＡＣ遺伝子のエクソン２または別のＣＤＳ内である。一部の実施形態では、ＴＲＢ遺伝子座内への挿入は、ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳ内である。

【0130】

【0131】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、ＴＲＡＣの低減された発現を含んでいた。

【0132】

【0133】

【0134】

【0135】

一部の実施形態では、患者は、細胞集団の投与時に免疫応答の不在を示す。一部の実施形態では、該細胞集団の投与時の免疫応答の不在は、全身性の免疫応答の不在、適応免疫応答の不在、自然免疫応答の不在、Ｔ細胞応答の不在、Ｂ細胞応答の不在、及び全身性の急性細胞性免疫応答の不在からなる群から選択される。一部の実施形態では、患者は、（ａ）該細胞集団を投与したときの全身性のＴＨ１活性化の不在、（ｂ）該細胞集団を投与したときの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化の不在、（ｃ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、（ｄ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対するＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、ならびに（ｅ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団の細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在のうちの１つまたは複数を示す。

【0136】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0137】

一部の実施形態では、該方法は、（ａ）治療上有効量の該細胞集団を含む１回目の投与、（ｂ）回復期間、及び（ｃ）治療上有効量の該細胞集団を含む２回目の投与を含む、投与レジメンを含む。一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも１ヶ月以上を含む。一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも２ヶ月以上を含む。一部の実施形態では、２回目の投与は、１回目の投与からの細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始される。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、自殺遺伝子または安全スイッチシステムによって排除され、２回目の投与は、１回目の投与からの細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始される。一部の実施形態では、本明細書で提供される細胞の使用は、該投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む。

【0138】

【0139】

記載される使用または方法の一部の実施形態では、以前の処置は、同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を含み、ここで、自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法は、ブレクスカブタゲンオートルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル、イデカブタゲンビクルユーセル、リソカブタゲンマラルユーセル、チサゲンレクルユーセル、ＣａｒｔｅｓｉａｎＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＤｅｓｃａｒｔｅｓ－０８またはＤｅｓｃａｒｔｅｓ－１１、ＮｏｖａｒｔｉｓからのＣＴＬ１１０、ＰｏｓｅｉｄａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＰ－ＢＭＣＡ－１０１、ＡｕｔｏｌｕｓＬｉｍｉｔｅｄからのＡＵＴＯ４、ＣｅｌｌｅｃｔｉｓからのＵＣＡＲＴＣＳ、ＰｒｅｃｉｓｉｏｎＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＰＢＣＡＲ１９ＢまたはＰＢＣＡＲ２６９Ａ、ＦａｔｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＦＴ８１９、及びＣｌｙａｄＯｎｃｏｌｏｇｙからのＣＹＡＤ－２１１からなる群から選択される。

【図面の簡単な説明】

【0140】

【図1A】野生型ヒト及びＨＩＰｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射で野生型ヒトｉＰＳＣ（野生型^異種）、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図1B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射で野生型ヒトｉＰＳＣ（野生型^異種）、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図1C】ヒトＨＩＰｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射で野生型ヒトｉＰＳＣ（野生型^異種）、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図1D】野生型ヒト及びＨＩＰｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図1E】ヒトＨＩＰｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図1F】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清からの一連の代表的なＥＬＩＳＰＯＴ定量である。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きのバー及び縦線付きのバーとして示される。種々の時点で、例えば、細胞投与の処置前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）、７日目、１３日目、７５日目、ならびにクロスオーバー注射時（「ｐｒｅ－Ｔｘ」）及びクロスオーバー注射後７日目、１３日目、及び７５日目を含むそれ以降に、分析のために血液を採取した。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図2A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中のドナー特異的ＩｇＧ抗体結合を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種及びＨＩＰ^異種に対して実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きの円及び縦線付きの円として示される。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図2B】ＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中のドナー特異的ＩｇＧ抗体結合を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。ＨＩＰ^異種注射を与えた後のＩｇＧＤＳＡレベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図3A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中のドナー特異的ＩｇＧ抗体結合を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種及びＨＩＰ^異種に対して実行した全てのアッセイは、それぞれ横線付きの円及び縦線付きの円として示される。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図3B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中のドナー特異的ＩｇＧ抗体結合を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射を与えた後のＩｇＧＤＳＡレベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図4A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図4B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。野生型^異種注射を与えた後の総ＩｇＭ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図4C】ＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でヒトＨＩＰｉＰＳＣ（ＨＩＰ^異種）、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。２回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた後の総ＩｇＭ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図5A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図5B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。２回目の注射で野生型^異種を与えた後の総ＩｇＭ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図5C】ＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＭ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた後の総ＩｇＭ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図6A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図6B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。３回目の注射で野生型^異種を与えた後の総ＩｇＧ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図6C】ＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群の結果を示す。２回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた後の総ＩｇＧ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図7A】野生型またはＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図7B】野生型ヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。２回目の注射で野生型^異種を与えた後の総ＩｇＧ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図7C】ＨＩＰヒトｉＰＳＣをクロスオーバーで投与したＮＨＰの血清中の総ＩｇＧ抗体を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群の結果を示す。３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた後の総ＩｇＧ抗体レベルを示す。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図8A】野生型ＮＨＰへのＨＩＰヒトｉＰＳＣのナチュラルキラー（ＮＫ）細胞媒介性殺傷の不在を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群におけるＮＫ細胞媒介性殺傷を示す。１回目の注射段階でのヒトＨＩＰｉＰＳＣのＮＫ細胞殺傷の不在が、リアルタイム細胞バイオセンサーデータグラフで図示される。

【図8B】野生型ＮＨＰへのＨＩＰヒトｉＰＳＣのナチュラルキラー（ＮＫ）細胞媒介性殺傷の不在を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群におけるＮＫ細胞媒介性殺傷を示す。２回目の注射段階でのヒトＨＩＰｉＰＳＣのＮＫ細胞殺傷の不在が、リアルタイム細胞バイオセンサーデータグラフで図示される。

【図8C】野生型ＮＨＰへのＨＩＰヒトｉＰＳＣのナチュラルキラー（ＮＫ）細胞媒介性殺傷の不在を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射でＨＩＰ^異種、２回目の注射でＨＩＰ^異種、及び３回目の注射で野生型^異種を与えた試験群におけるＮＫ細胞媒介性殺傷を示す。標的細胞殺傷パーセントが左側のｙ軸上に（平均値±標準偏差）、殺傷速度が右側のｙ軸上に（殺傷ｔ_１／２ ^－１、平均値±標準誤差；中空の三角形として示される）示される。野生型^異種及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行したアッセイは、それぞれ横線付きの円及び縦線付きの円として示される。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図8D】野生型ＮＨＰへのＨＩＰヒトｉＰＳＣのナチュラルキラー（ＮＫ）細胞媒介性殺傷の不在を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群におけるＮＫ細胞媒介性殺傷を示す。３回目の注射段階でのヒトＨＩＰｉＰＳＣのＮＫ細胞殺傷の不在が、リアルタイム細胞バイオセンサーデータグラフで図示される。

【図8E】野生型ＮＨＰへのＨＩＰヒトｉＰＳＣのナチュラルキラー（ＮＫ）細胞媒介性殺傷の不在を示す一連の代表的なグラフである。１回目の注射で野生型^異種、２回目の注射で野生型^異種、及び３回目の注射でＨＩＰ^異種を与えた試験群におけるＮＫ細胞媒介性殺傷を示す。標的細胞殺傷パーセントが左側のｙ軸上に（平均値±標準偏差）、殺傷速度が右側のｙ軸上に（殺傷ｔ_１／２ ^－１、平均値±標準誤差；中空の三角形として示される）示される。野生型^異種及びＨＩＰ^異種注射を与えた後に実行したアッセイは、それぞれ横線付きの円及び縦線付きの円として示される。下の括弧内の日を表す数字は、１回目の注射（１行目）、２回目の注射（２行目）、及び３回目の注射（３行目）に対する、血液が採取された時間を表示する。

【図9】Ａは、同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣの代表的なＢＬＩ画像を示す。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。Ｂは、移植後６週間での注射部位からの組織の免疫組織学的画像を示す。画像は、移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ及びその子孫を示す、ＳＭＡ陽性血管及びルシフェラーゼ陽性細胞を示す。

【図10】同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における移植された野生型アカゲザルｉＰＳＣ（上段）、及び野生型アカゲザルｉＰＳＣの移植に次いで５週間感作された同じレシピエントの右脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ（下段）の代表的なＢＬＩ画像を示す。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。

【図11】別の同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における移植された野生型アカゲザルｉＰＳＣ（上段）、及び野生型アカゲザルｉＰＳＣの移植に次いで５週間感作された同じレシピエントの右脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ（下段）の代表的なＢＬＩ画像を示す。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。

【図12A】ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ対野生型アカゲザルｉＰＳＣのクロスオーバー研究からの同種異系ＮＨＰレシピエントの代表的なＢＬＩ画像を示す。上段は、同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ及びその子孫の画像を示し、下段は、同じレシピエントの右脚における移植された野生型アカゲザルｉＰＳＣを示す。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。

【図12B】ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ対野生型アカゲザルｉＰＳＣのクロスオーバー研究からの同種異系ＮＨＰレシピエントの代表的なＢＬＩ画像を示す。また、右下には、初回ＨＩＰｉＰＳＣ移植後８週間及び９週間での同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ及びその子孫の画像が図示される。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。

【図13A】同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における初回の移植された野生型アカゲザルｉＰＳＣ、及びクロスオーバー注射時の同じレシピエントの右脚における移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣの代表的な同種異系ＮＨＰレシピエントについての代表的な経時的ＢＬＩシグナルを示す。

【図13B】同種異系ＮＨＰレシピエントの左脚における初回の移植されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣ、及びクロスオーバー注射時の同じレシピエントの右脚における移植された野生型アカゲザルｉＰＳＣの代表的な同種異系ＮＨＰレシピエントについての代表的な経時的ＢＬＩシグナルを示す。

【図13C】１回目の注射において左脚に投与されたＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣの同種異系ＮＨＰレシピエントの、０日目から９週目までの代表的なＢＬＩ画像を示す。経時的なＢＬＩシグナル、及び０日目または移植前でのレベルに対する経時的なＢＬＩシグナルのパーセントがＢＬＩ画像の下に示される。

【図14A】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^異種培養物の形態を示す。

【図14B】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^異種培養物の形態を示す。

【図14C】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^異種上でのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩならびにＣＤ４７の表面発現をフローサイトメトリーによって評定し、ヒストグラムとして図示した。

【図14D】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^異種上でのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩならびにＣＤ４７の表面発現をフローサイトメトリーによって評定し、ヒストグラムとして図示した。

【図14E】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。移植前の野生型^異種及びＨＩＰ^異種の細胞調製物の生存率を示す。ＮＨＰレシピエントの中への生存率は９０％超（平均値±標準偏差）であった。

【図14F】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^異種ｉＰＳＣを皮下注射されたＮＳＧマウスの代表的なＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルを示す。

【図14G】ＮＨＰレシピエントへの異種間移植前のヒト野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^異種ｉＰＳＣを皮下注射されたＮＳＧマウスの代表的なＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルを示す。

【図15A】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^同種異系培養物の形態を示す。

【図15B】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系培養物の形態を示す。

【図15C】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系培養物の形態を示す。

【図15D】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^同種異系上でのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩならびにＣＤ４７の表面発現をフローサイトメトリーによって評定し、ヒストグラムとして図示した。

【図15E】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系上でのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩならびにＣＤ４７の表面発現をフローサイトメトリーによって評定し、ヒストグラムとして図示した。

【図15F】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系上でのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩならびにＣＤ４７の表面発現をフローサイトメトリーによって評定し、ヒストグラムとして図示した。

【図15G】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。移植前の野生型^同種異系及びＨＩＰ^同種異系の細胞調製物の生存率を示す。ＮＨＰレシピエントの中への生存率は９０％超（平均値±標準偏差）であった。

【図15H】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。野生型^同種異系ｉＰＳＣを皮下注射されたＮＳＧマウスの代表的なＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルを示す。

【図15I】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系ｉＰＳＣを皮下注射されたＮＳＧマウスの代表的なＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルを示す。

【図15J】ＮＨＰレシピエントへの同種異系移植前のアカゲザル野生型及びＨＩＰｉＰＳＣの特性評価を示す。ＨＩＰ^同種異系ｉＰＳＣを皮下注射されたＮＳＧマウスの代表的なＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルを示す。

【図16】Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣにおけるＣＤ４７発現を評定する代表的なグラフである。これらのｉＰＳＣにおいては、ＣＤ４７導入遺伝子をセーフハーバー部位（ＡＡＶＳ１、ＣＹＢＬ、またはＣＣＲ５）内に挿入し、ＣＡＧまたはＥＦ１αプロモーターを使用して、ＣＤ４７ポリヌクレオチドの発現を制御した。示されるように、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣは、ベースラインを約３０～２００倍上回ってＣＤ４７を発現する。

【図17】Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣにおけるＣＤ４７発現を評定する代表的なグラフである。これらのｉＰＳＣにおいては、ＣＤ４７導入遺伝子をＣＹＢＬセーフハーバー部位内に挿入し、ＥＦ１αプロモーターを使用して、ＣＤ４７ポリヌクレオチドの発現を制御した。示されるように、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣは、Ｐ２３及びＰ２７でＣＤ４７を過剰発現する。

【図18】Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣにおけるいくつかの時点（Ｐ２０、Ｐ２１、Ｐ２３、及びＰ２７）でのＣＤ４７発現を評定する代表的なグラフである。これらのｉＰＳＣにおいては、ＣＤ４７導入遺伝子をＣＣＲ５またはＣＬＹＢＬセーフハーバー部位内に挿入し、ＣＡＧまたはＥＦ１αプロモーターを使用して、ＣＤ４７ポリヌクレオチドの発現を制御した。示されるように、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣは、種々の時点でＣＤ４７を過剰発現する。

【図19A】自然免疫細胞（ＮＫ細胞及びマクロファージ）によるＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣの殺傷を評定するための研究からの代表的なグラフである。Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}及びＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}ｉＰＳＣのＣＤ４７ｔｇをセーフハーバー部位（ＡＡＶＳ１）内に挿入した。示されるように、全ての細胞クローンは、ＮＫ及びマクロファージによる細胞殺傷から保護された。

【図19B】自然免疫細胞（ＮＫ細胞及びマクロファージ）によるＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣの殺傷を評定するための研究からの代表的なグラフである。Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}及びＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}ｉＰＳＣのＣＤ４７ｔｇをセーフハーバー部位（ＣＹＢＬ）内に挿入した。示されるように、全ての細胞クローンは、ＮＫ及びマクロファージによる細胞殺傷から保護された。

【図19C】自然免疫細胞（ＮＫ細胞及びマクロファージ）によるＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣの殺傷を評定するための研究からの代表的なグラフである。Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}及びＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}ｉＰＳＣのＣＤ４７ｔｇをセーフハーバー部位（ＣＣＲ５）内に挿入した。示されるように、全ての細胞クローンは、ＮＫ及びマクロファージによる細胞殺傷から保護された。

【0141】

本技術の他の目的、利点、及び実施形態は、以下の詳細な説明から明らかとなろう。

【発明を実施するための形態】

【0142】

Ｉ．序論
本開示は、細胞療法に対する免疫系の反応の影響を緩和する及び／または回避するための方法及び組成物に関連する。対象の免疫によるこれらの細胞由来移植片及び／または組織移植片の拒絶反応の問題を克服するために、本発明者らは、任意の移植可能な細胞種のための実用可能な供給源を代表する免疫回避性細胞（例えば、低免疫原性細胞または低免疫原性多能性細胞）を開発しており、これを本明細書に開示する。有利なことに、本明細書に開示される細胞は、対象の遺伝子構成、あるいは１つまたは複数の以前の同種異系または自家細胞由来移植片及び／または組織移植片に対する対象内の任意の既存の応答を問わず、レシピエント対象の免疫系によって拒絶されない。

【0143】

本明細書に開示される技術は、遺伝子改変を利用して、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、レアカット（ｒａｒｅ－ｃｕｔｔｉｎｇ）エンドヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及びホーミングエンドヌクレアーゼシステム）を利用したゲノム編集技術を使用して、ヒト細胞における免疫応答に関与する遺伝子の発現もまた（例えば、遺伝子発現が影響を受けるように、免疫応答に関与する遺伝子のゲノムＤＮＡを欠失させることによって、またはかかる遺伝子へのゲノムＤＮＡの挿入によって）低減または排除される。ある特定の実施形態では、ゲノム編集技術または他の遺伝子調節技術を使用して、ヒト細胞において耐性誘導（寛容原性）因子が挿入されて、それらの細胞及びそれらから調製される分化細胞を、レシピエント対象への移植時に免疫認識を回避することができる細胞にする。かくして、本明細書に記載の細胞は、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ発現に影響を及ぼす１つまたは複数の遺伝子及び／または因子の調節された発現を示す。

【0144】

本明細書に記載のゲノム編集技法は、所望の遺伝子座部位での二本鎖ＤＮＡ切断を可能にする。これらの制御された二本鎖切断は、特定の遺伝子座部位にて相同組換えを促進する。このプロセスは、当該配列を認識してそれに結合し、当該核酸分子における二本鎖切断を誘導するエンドヌクレアーゼによる、染色体等の核酸分子の特定の配列の標的化に焦点を当てる。二本鎖切断は、エラープローン非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同組換え（ＨＲ）のいずれかによって修復される。

【0145】

本明細書に記載のある特定のゲノム編集技法は、ゲノム配列を変化させるために、塩基編集またはプライム編集を使用して単一の核酸塩基を代替の塩基に変更することができる、所望の遺伝子座部位での一本鎖ＤＮＡ切断を可能にする。一部の実施形態では、塩基編集を使用して、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ抗原、寛容原性因子（複数可）、及び／またはＣＡＲ発現が調節される。塩基編集の説明は、例えば、Ｒｏｔｈｇａｎｇｌｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０２１，３９，９４９－９５７、Ｐｏｒｔｏｅｔａｌ．，ＮａｔＲｅｖＤｒｕｇＤｉｓｃｏｖ．，２０２０，１９，８３９－８５９、及びＲｅｅｓａｎｄＬｕｉ，ＮａｔＲｅｖＧｅｎｅｔ．，２０１８，１９（１２），７７０－７８８に見出すことができる。一部の実施形態では、プライム編集を使用して、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ抗原、寛容原性因子（複数可）、及び／またはＣＡＲ発現が調節される。プライム編集の説明は、例えば、Ａｎｚａｌｏｎｅｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１９，５７６，１４９－１５７、Ｋａｎｔｏｒｅｔａｌ．，ＩｎｔＪＭｏｌｅＳｃｉ．，２０２０，２１（１７），６２４０、Ｓｃｈｅｎｅｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２０２０，１１，５２３２、及びＳｃｈｏｌｅｆｉｅｌｄａｎｄＨａｒｒｉｓｏｎ，ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ，２０２１，ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１４３４－０２１－００２６３－９に見出すことができる。

【0146】

特定の実施形態の実施は、特にそれとは反対の指示がない限り、当業者の技能の範囲内である化学、生化学、有機化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ技法、遺伝学、免疫学、及び細胞生物学の従来の方法を用いることになり、これらのうちの多くが例示説明の目的で下記に記載される。かかる技法は、文献において完全に説明される。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（３ｒｄＥｄｉｔｉｏｎ，２００１）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（２ｎｄＥｄｉｔｉｏｎ，１９８９）、Ｍａｎｉａｔｉｓｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（１９８２）、Ａｕｓｕｂｅｌｅｔａｌ．，ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ（ＪｏｈｎＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ，ｕｐｄａｔｅｄＪｕｌｙ２００８）、ＳｈｏｒｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ：ＡＣｏｍｐｅｎｄｉｕｍｏｆＭｅｔｈｏｄｓｆｒｏｍＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，ＧｒｅｅｎｅＰｕｂ．ＡｓｓｏｃｉａｔｅｓａｎｄＷｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｇｌｏｖｅｒ，ＤＮＡＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＡｐｐｒｏａｃｈ，ｖｏｌ．Ｉ＆ＩＩ（ＩＲＬＰｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８５）、Ａｎａｎｄ，ＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓｆｏｒｔｈｅＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｍｐｌｅｘＧｅｎｏｍｅｓ，（ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，１９９２）、ＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｎｄＴｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ＆Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｅｄｓ．，１９８４）、Ｐｅｒｂａｌ，ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＧｕｉｄｅｔｏＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ（１９８４）、ＨａｒｌｏｗａｎｄＬａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，（ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９８）ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙＱ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ａ．Ｍ．Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ，Ｄ．Ｈ．Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｅ．Ｍ．ＳｈｅｖａｃｈａｎｄＷ．Ｓｔｒｏｂｅｒ，ｅｄｓ．，１９９１）、ＡｎｎｕａｌＲｅｖｉｅｗｏｆＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、ならびにＡｄｖａｎｃｅｓｉｎＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ等の刊行物における研究論文を参照されたい。

【0147】

ＩＩ．定義
「自己免疫疾患」という用語は、対象がそれ自身の組織及び／または細胞に対して破壊的な免疫応答を発動する任意の疾患または障害を指す。自己免疫障害は、神経系、胃腸管系、及び内分泌系、ならびに皮膚及び他の結合組織、眼、血液及び血管の疾患を含むがこれらに限定されない、対象（例えば、ヒト）におけるほぼ全ての臓器系を侵す可能性がある。自己免疫疾患の例としては、橋本甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、グレーブス病、強皮症、関節リウマチ、多発性硬化症、重症筋無力症、及び糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。

【0148】

本明細書で使用される「がん」という用語は、細胞の過剰増殖であって、その固有の形質（例えば、正常な制御の喪失）が無制御な成長、分化の欠如、局所組織浸潤、及び転移をもたらすものとして定義される。本発明の方法に関して、がんは、急性リンパ性癌、急性骨髄性白血病、胞巣型横紋筋肉腫、膀胱癌、骨癌、脳癌、乳癌、肛門、肛門管、または肛門直腸の癌、眼癌、肝内胆管癌、関節の癌、頸部、胆嚢、または胸膜の癌、鼻、鼻腔、または中耳の癌、口腔癌、外陰部の癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性癌、結腸癌、食道癌、子宮頸癌、線維肉腫、消化管カルチノイド腫瘍、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、白血病、液体腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性中皮腫、肥満細胞腫、黒色腫、多発性骨髄腫、鼻咽頭癌、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、腹膜、大網、及び腸間膜の癌、咽頭癌、前立腺癌、直腸癌、腎癌、皮膚癌、小腸癌、軟組織癌、固形腫瘍、胃癌、精巣癌、甲状腺癌、尿管癌、及び／または膀胱癌のうちのいずれも含む、任意のがんであり得る。本明細書で使用されるとき、「腫瘍」という用語は、別途明確に指示されない限り悪性型の細胞または組織の異常な成長を指し、良性型の組織は含まない。

【0149】

「慢性感染性疾患」という用語は、感染因子によって引き起こされる疾患であって、感染が持続しているものを指す。かかる疾患には、肝炎（Ａ、Ｂ、またはＣ）、ヘルペスウイルス（例えば、ＶＺＶ、ＨＳＶ－１、ＨＳＶ－６、ＨＳＶ－ＩＩ、ＣＭＶ、及びＥＢＶ）、及びＨＩＶ／ＡＩＤＳが含まれ得る。非ウイルス性の例としては、アスペルギルス症、カンジダ症、コクシジオイデス症、ならびにクリプトコッカス及びヒストプラズマ症に関連する疾患のような慢性真菌性疾患が挙げられ得る。慢性細菌性感染因子の非限定的な例は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｌｉｓｔｅｒｉａｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、及びＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓであり得る。一部の実施形態では、障害は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染症である。一部の実施形態では、障害は、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）である。

【0150】

一部の実施形態では、本明細書に記載の変化または改変（例えば、遺伝子変化または改変を含む）は、標的または選択したポリヌクレオチド配列の低減された発現をもたらす。一部の実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択したポリペプチド配列の低減された発現をもたらす。一部の実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択したポリヌクレオチド配列の発現の増加をもたらす。一部の実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択したポリペプチド配列の発現の増加をもたらす。「減少する」、「低減された」、「低減」、及び「減少」という用語は全て、統計学的に有意な量の減少を一般に意味するように本明細書で使用される。しかしながら、疑義を避けるために、「減少する」、「低減された」、「低減」、「減少」とは、参照レベルと比較して少なくとも１０％の減少、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の減少、または最大１００％かつこれを含む減少（すなわち、参照試料と比較して不在のレベル）、または１０～１００％の任意の減少を意味する。一部の実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞と比べて１つまたは複数の標的の低減された発現を有するように操作される。細胞の文脈における「野生型（ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ）」または「野生型（ｗｔ）」とは、自然界で見出される任意の細胞を意味する。しかしながら、例として、本明細書で使用される、操作された細胞または低免疫原性細胞の文脈において、「野生型」とはまた、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらすような遺伝子編集手順を経なかった、操作された細胞または低免疫原性細胞も意味し得、例えば、細胞は、ＣＤ４７に関して「野生型」であり得るが、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体に関しては変化している可能性がある。本明細書で使用されるとき、「野生型」はまた、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現をもたらすような遺伝子編集手順を経なかった、操作された細胞または低免疫原性細胞も意味し得、例えば、細胞は、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体に関して「野生型」であり得るが、ＣＤ４７に関しては変化している可能性がある。ＰＳＣまたはその子孫の文脈において、「野生型」とはまた、多能性をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現、及び／またはＣＤ４７タンパク質の過剰発現を達成するような本技術の遺伝子編集手順を経なかった、ＰＳＣまたはその子孫も意味する。また、ＰＳＣまたはその子孫の文脈において、「野生型」とはまた、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現をもたらすような遺伝子編集手順を経なかった、ＰＳＣまたはその子孫も意味する。初代細胞またはその子孫の文脈において、「野生型」とはまた、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらすような遺伝子編集手順を経なかった、初代細胞またはその子孫も意味する。また、初代細胞またはその子孫の文脈において、「野生型」とはまた、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変更を含有し得るが、ＭＨＣＩ及び／またはＩＩ及び／またはＴ細胞受容体の低減された発現をもたらすような遺伝子編集手順を経なかった、初代細胞またはその子孫も意味する。一部の実施形態では、該細胞は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、１つまたは複数の標的の低減されたまたは増加した発現を有するように操作される。

【0151】

「内在性」という用語は、細胞内に自然に存在する指示対象の分子またはポリペプチドを指す。同様に、コーディング核酸の発現に関して使用される場合のこの用語は、細胞内に自然に含まれる、外因的に導入されたのではないコーディング核酸の発現を指す。

【0152】

本明細書で使用されるとき、「外因性」という用語は、指示対象の分子または指示対象のポリペプチドが目的の細胞に導入されることを意味することが意図される。ポリペプチドは、例えば、コーディング核酸を、染色体内への組み込みによって、またはプラスミドもしくは発現ベクター等の非染色体遺伝物質として等で、細胞の遺伝物質に導入することによって導入され得る。したがって、この用語は、コーディング核酸の発現に関して使用されるとき、発現可能な形態でのコーディング核酸の細胞への導入を指す。「外因性」分子とは、細胞内に通常は存在しないが、１つまたは複数の遺伝学的方法、生化学的方法、または他の方法によって細胞に導入され得る分子、構築物、因子等である。「細胞内での通常の存在」は、細胞の特定の発生段階及び環境条件に対して決定される。故に、例えば、ニューロンの胚発生中にのみ存在する分子は、成体ニューロン細胞に対して外因性分子である。外因性分子は、例えば、機能不全の内在性分子の機能性バージョン、または正常に機能している内在性分子の機能不全バージョンを含み得る。

【0153】

外因性分子または因子は、とりわけ、例えば、コンビナトリアルケミストリープロセスによって生成される低分子、またはタンパク質、核酸、炭水化物、脂質、糖タンパク質、リポタンパク質、多糖類等の高分子、上記の分子の任意の改変された誘導体、または上記の分子のうちの１つもしくは複数を含む任意の複合体であり得る。核酸には、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれ、一本鎖または二本鎖であり得、直鎖状、分岐状、または環状であり得、任意の長さであり得る。核酸には、二重鎖を形成することができる核酸、ならびに三重鎖形成核酸が含まれる。例えば、米国特許第５，１７６，９９６号及び同第５，４２２，２５１号を参照されたい。タンパク質には、ＤＮＡ結合タンパク質、転写因子、クロマチンリモデリング因子、メチル化ＤＮＡ結合タンパク質、ポリメラーゼ、メチラーゼ、デメチラーゼ、アセチラーゼ、デアセチラーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、インテグラーゼ、リコンビナーゼ、リガーゼ、トポイソメラーゼ、ジャイレース、及び／またはヘリカーゼが含まれるが、これらに限定されない。

【0154】

本開示の目的において、「遺伝子」は、遺伝子産物をコードするＤＮＡ領域、ならびに遺伝子産物の産生を制御する全てのＤＮＡ領域（かかる制御配列がコード配列及び／または転写された配列に隣接するか否かにかかわらず）を含む。したがって、遺伝子には、プロモーター配列、ターミネーター、翻訳制御配列、例えば、リボソーム結合部位及び内部リボソーム進入部位、エンハンサー、サイレンサー、インシュレーター、境界エレメント、複製起点、マトリックス付着部位、及び／または遺伝子座制御領域が含まれるが、必ずしもこれらに限定されない。

【0155】

「遺伝子発現」とは、遺伝子に含まれる情報の遺伝子産物への変換を指す。遺伝子産物は、遺伝子の直接転写産物（例えば、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム、構造ＲＮＡ、または任意の他の種類のＲＮＡ）、またはｍＲＮＡの翻訳によって産生されるタンパク質であり得る。遺伝子産物にはまた、キャッピング、ポリアデニル化、メチル化、及び編集等のプロセスによって修飾されるＲＮＡ、ならびに、例えば、メチル化、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、ＡＤＰリボシル化、ミリストイル化、及び／またはグリコシル化によって修飾されるタンパク質も含まれる。

【0156】

本明細書で使用される「遺伝子改変」という用語及びその文法上の等価物は、核酸、例えば、生物のゲノム内の核酸の１つまたは複数の変化を指し得る。例えば、遺伝子改変とは、遺伝子もしくは遺伝子の一部分または他の核酸配列の変化、付加、及び／または欠失を指し得る。遺伝子改変された細胞とはまた、遺伝子または遺伝子の一部分の付加、欠失、及び／または変化を有する細胞も指し得る。遺伝子改変された細胞とはまた、遺伝子または遺伝子部分ではない核酸配列の付加を有する細胞も指し得る。遺伝子改変には、例えば、標的遺伝子もしくは遺伝子の一部分または核酸配列の一過性のノックインまたはノックダウン機構、及び永続的なノックイン、ノックダウン、またはノックアウトをもたらす機構の両方が含まれる。遺伝子改変には、例えば、核酸配列の一過性のノックイン、及び永続的なノックインをもたらす機構の両方が含まれる。

【0157】

本明細書で使用されるとき、「移植すること（ｇｒａｆｔｉｎｇ）」、「投与すること」、「導入すること」、「埋め込むこと」、及び「移植すること（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｉｎｇ）」という用語、ならびにその文法的変形は、導入された細胞の所望の部位での局在化もしくは少なくとも部分的な局在化または全身性導入（例えば、循環中へ）をもたらす方法または経路による、細胞（例えば、本明細書に記載の細胞）の、対象内への配置の文脈において互換的に使用される。細胞は、対象内の所望の部位に直接埋め込まれ得るか、または代替として、所望の箇所への送達をもたらす任意の適切な経路によって投与され得、ここで、埋め込まれた細胞または細胞の構成要素の少なくとも一部分は、生存したままである。対象への投与後の細胞の生存期間は、数時間、例えば、２４時間ほどの短期間から、数日、数年ほどの長期間であり得る。一部の実施形態では、細胞はまた、例えば、埋め込まれた細胞を埋め込み箇所に維持するとともに、埋め込まれた細胞の移動を回避するためにカプセル中で、脳内または皮下等の所望の部位以外の箇所に投与する（例えば、注射する）こともできる。

【0158】

「ＨＬＡ」または「ヒト白血球抗原」複合体とは、ヒトにおいて主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）タンパク質をコードする遺伝子複合体である。ＨＬＡ複合体を構成するこれらの細胞表面タンパク質は、抗原に対する免疫応答の制御を担う。ヒトにおいては、クラスＩ及びクラスＩＩの２種のＭＨＣ、「ＨＬＡ－Ｉ」及び「ＨＬＡ－ＩＩ」が存在する。ＨＬＡ－Ｉには、細胞の内側からペプチドを提示するＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃの３種のタンパク質が含まれ、ＨＬＡ－Ｉ複合体によって提示される抗原が、キラーＴ細胞（別名、ＣＤ８＋Ｔ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞）を引き付ける。ＨＬＡ－Ｉタンパク質は、β－２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）に会合している。ＨＬＡ－ＩＩには、細胞の外側から抗原をＴリンパ球に提示するＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲの５種のタンパク質が含まれる。これは、ＣＤ４＋細胞（別名、ヘルパーＴ細胞）を刺激する。「ＭＨＣ」または「ＨＬＡ」のいずれかの使用は、遺伝子がヒト（ＨＬＡ）またはマウス（ＭＨＣ）のどちらに由来するかに依存するため、限定することは意図されないことを理解されたい。故に、それが哺乳類細胞に関するとき、これらの用語は、本明細書で互換的に使用され得る。

【0159】

本明細書で細胞を特徴付けるために使用されるとき、「低免疫原性」という用語は、一般に、かかる細胞が、かかる細胞を移植される対象による免疫拒絶反応、例えば、自然免疫または適応免疫拒絶反応を受けにくい、例えば、該細胞が、かかる細胞を移植される対象による同種異系拒絶反応を受けにくいことを意味する。例えば、未変化または未改変の野生型細胞または非低免疫細胞と比べて、かかる低免疫原性細胞は、かかる細胞を移植される対象による免疫拒絶反応を約２．５％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７．５％、９９％、またはそれを超えて、受けにくい可能性がある。一部の実施形態では、ゲノム編集技術を使用して、ＭＨＣＩ及びＭＨＣＩＩ遺伝子の発現が調節され、ひいては低免疫原性細胞の生成に寄与する。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントにおいて免疫拒絶反応を回避する。一部の事例では、本明細書に概説される低免疫原性幹細胞から生産される分化細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントに投与された（例えば、移植された（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植された（ｇｒａｆｔｅｄ））ときに免疫拒絶反応を回避する。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、Ｔ細胞媒介性の適応免疫による拒絶反応及び／または自然免疫細胞による拒絶反応から保護される。低免疫原性細胞、その生産方法、及びその使用方法の詳細な説明は、２０１５年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１、２０１８年１月１４日に出願されたＷＯ２０１８１３２７８３、２０１８年３月２０日に出願されたＷＯ２０１８１７６３９０、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６１５、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６２０、２０２０年７月３１日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５、２０１９年８月１日に出願されたＵＳ６２／８８１，８４０、２０１９年８月２３日に出願されたＵＳ６２／８９１，１８０、２０２０年４月２７日に出願されたＵＳ６３／０１６，１９０、及び２０２０年７月１５日に出願されたＵＳ６３／０５２，３６０に見出され、実施例、配列表、及び図を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0160】

細胞の低免疫原性は、細胞が適応免疫応答及び自然免疫応答を誘発する能力またはかかる適応免疫応答及び自然免疫応答を誘発するのを回避する能力等の細胞の免疫原性を評価することによって決定することができる。かかる免疫応答は、当業者に認識されるアッセイを使用して測定することができる。一部の実施形態では、免疫応答アッセイは、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞活性化、Ｔ細胞殺傷、ドナー特異的抗体生成、ＮＫ細胞増殖、ＮＫ細胞活性化、及びマクロファージ活性に対する低免疫原性細胞の効果を測定する。場合によっては、低免疫原性細胞及びその派生物は、対象への投与時にＴ細胞及び／またはＮＫ細胞による減少した殺傷を経る。一部の事例では、該細胞及びその派生物は、未改変または野生型の細胞と比較してマクロファージの貪食の減少を示す。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、対応する未改変の野生型細胞と比較してレシピエント対象において低減または減弱した免疫応答を誘発する。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、レシピエント対象において非免疫原性であるか、または免疫応答を誘発するに至らない。

【0161】

２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈における「同一性」パーセントという用語は、下記に記載される配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮまたは当業者に利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを使用してまたは目視検査によって測定したとき、最大限に対応するように比較及びアライメントした場合に同じであるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の指定のパーセンテージを有する、２つ以上の配列または部分配列を指す。用途に応じて、「同一性」パーセントは、比較されている配列のある領域にわたって、例えば、機能的ドメインにわたって存在し得るか、または代替として、比較される２つの配列の全長にわたって存在し得る。配列比較のために、典型的には、一方の配列は、試験配列の比較対象となる参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要であれば部分配列の座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列（複数可）の配列同一性パーセントを算出する。

【0162】

比較のための配列の最適なアライメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８５：２４４４（１９８８）の類似検索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ実装によって（ＷｉｓｃｏｎｓｉｎＧｅｎｅｔｉｃｓＳｏｆｔｗａｒｅＰａｃｋａｇｅ，ＧｅｎｅｔｉｃｓＣｏｍｐｕｔｅｒＧｒｏｕｐ，５７５ＳｃｉｅｎｃｅＤｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）、または目視検査によって実施することができる（全般的にはＡｕｓｕｂｅｌら（下記）を参照されたい）。

【0163】

配列同一性及び配列類似性パーセントを決定するのに好適なアルゴリズムの一例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載される、ＢＬＡＳＴアルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ解析を実施するためのソフトウェアは、ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを介して一般公開されている。

【0164】

本明細書で使用される「免疫シグナル伝達因子」とは、場合によっては、免疫シグナル伝達経路を活性化する分子、タンパク質、ペプチド等を指す。

【0165】

本明細書で使用される「免疫抑制因子」または「免疫制御因子」または「寛容原性因子」とは、細胞が投与、移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）、または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）時に宿主またはレシピエント対象の免疫系によって認識される能力を調節するかまたはそれに影響を及ぼす、低免疫因子、補体インヒビター、及び他の因子を含む。これらは、追加の遺伝子改変と組み合わせたものであってもよい。

【0166】

「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は全て、本明細書で統計学的に有意な量の増加を一般に意味するように使用される。疑義を避けるために、「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の増加、または最大１００％かつこれを含む増加、または１０～１００％の任意の増加、または参照レベルと比較して少なくとも約２倍、もしくは少なくとも約３倍、もしくは少なくとも約４倍、もしくは少なくとも約５倍、もしくは少なくとも約１０倍の増加、または２倍～１０倍超の任意の増加を意味する。

【0167】

一部の実施形態では、変化は、インデルである。本明細書で使用されるとき、「インデル」とは、挿入、欠失、またはそれらの組み合わせからもたらされる変異を指す。当業者には理解されようが、ゲノム配列のコード領域におけるインデルは、インデルの長さが３の倍数でない限り、フレームシフト変異をもたらすことになる。一部の実施形態では、変化は、点変異である。本明細書で使用されるとき、「点変異」とは、ヌクレオチドのうちの１つを置き換える置換を指す。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、例えば、遺伝子編集、塩基編集、またはプライム編集を使用して、標的ポリヌクレオチド配列において任意の長さのインデルまたは点変異を誘導することができる。「塩基編集」という用語は、一部の事例では二本鎖ＤＮＡ切断を作製することのない、及び他の事例では一本鎖ＤＮＡ切断を作製することのない、標的遺伝子座での１つの塩基対から別の塩基対へのプログラム可能な変換のための方法を指す。一部の実施形態では、塩基編集は、触媒的に損なわれたＣａｓ９を利用して標的ＤＮＡ部位を認識し、また様々なＰＡＭ配列認識により、プロトスペーサー配列内及び／またはその外側の塩基編集ウィンドウを認識する。「プライム編集」という用語は、プログラム可能なポリメラーゼ（限定されないが、ＷＯ２０２０１９１２４２に記載されるようなｎａｐＤＮＡｂｐ等）及び特定のガイドＲＮＡを利用する、遺伝子編集のための方法を指す。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、標的ＤＮＡ配列に組み込まれる遺伝情報をコードするための（または遺伝情報を欠失させるための）ＤＮＡ合成鋳型を含む。当業者には認識されようが、塩基編集及びプライム編集は、記載されるポリヌクレオチド及びポリペプチドの発現を調節する（例えば、低減する、排除する、増加させる、及び強化する）のに有用である。

【0168】

本明細書で使用されるとき、「ノックアウト」及び「ノックダウン」とは、それぞれ、編集された遺伝子の発現の不在及び低減された発現をもたらす遺伝子改変を指す。本明細書で使用されるとき、「ノックダウン」とは、標的ｍＲＮＡまたは対応する標的タンパク質の発現の低減を指す。ノックダウンは一般的に、ＲＮＡの発現レベルの低減を媒介しない対照分子（例えば、非標的化対照ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ガイドＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡ）の投与または発現後に存在するレベルに対して報告される。一部の実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、またはＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）を用いて達成される。一部の実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、デグロン法等のタンパク質ベースの方法を用いて達成される。一部の実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡを含めた遺伝子改変、または遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）の使用によって達成される。

【0169】

ノックダウンは一般的に、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）増幅を使用してｍＲＮＡレベルを測定することによって、またはウェスタンブロットもしくは酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によってタンパク質レベルを測定することによって評定される。タンパク質レベルの分析は、ｍＲＮＡ切断ならびに翻訳阻害の両方の評定を提供する。ノックダウンを測定するためのさらなる技法には、ＲＮＡ溶液ハイブリダイゼーション、ヌクレアーゼ保護、ノーザンハイブリダイゼーション、マイクロアレイを用いた遺伝子発現の監視、抗体結合、ラジオイムノアッセイ、及び蛍光活性化細胞解析が含まれる。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）をどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。

【0170】

本明細書における「ノックイン」とは、宿主細胞における染色体遺伝子座内へのＤＮＡ配列の挿入からもたらされる遺伝子改変を意味する。これは、ノックインされた遺伝子、遺伝子の一部分、または核酸配列挿入産物の発現レベルの増加、例えば、ＲＮＡ転写物レベル及び／またはコードされたタンパク質レベルの増加を引き起こす。当業者には理解されようが、これは、遺伝子もしくはその一部分の１つもしくは複数の追加のコピーを宿主細胞に挿入もしくは付加すること、または内在性遺伝子の制御構成要素を変化させることにより、作製されるタンパク質の発現を増加させること、または発現が所望される特定の核酸配列を挿入することを含めた、いくつかの方式で遂行することができる。これは、プロモーターを改変すること、異なるプロモーターを付加すること、エンハンサーを付加すること、他の制御エレメントを付加すること、または他の遺伝子発現配列を改変することによって遂行されてもよい。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、相同性アームを有する鋳型を使用した相同ＤＮＡ修復によって、または特定の配列が編集により導入されるプライム編集もしくは遺伝子ライティング（ｇｅｎｅｗｒｉｔｉｎｇ）によってのいずれを問わず、配列をノックインすることができる。一部の事例では、「ノックイン」という用語は、遺伝子機能を宿主細胞に付加するプロセスとして意図される。これは、ノックインされた遺伝子産物、例えば、ＲＮＡまたはコードされたタンパク質のレベルの増加を引き起こす。当業者には理解されようが、これは、遺伝子の１つもしくは複数の追加のコピーを宿主細胞に付加すること、または内在性遺伝子の制御構成要素を変化させることにより、作製されるタンパク質の発現を増加させることを含めた、いくつかの方式で遂行することができる。これは、プロモーターを改変すること、異なるプロモーターを付加すること、エンハンサーを付加すること、または他の遺伝子発現配列を改変することによって遂行されてもよい。

【0171】

本明細書で使用されるとき、「ノックアウト」は、標的ポリヌクレオチド配列の翻訳または機能を妨げるように、標的ポリヌクレオチド配列の全てまたは一部分を欠失させることを含む。例えば、ノックアウトは、標的ポリヌクレオチド配列の機能的ドメイン（例えば、ＤＮＡ結合ドメイン）内を含めて、標的ポリヌクレオチド配列内に挿入または欠失（「インデル」）を誘導することにより標的ポリヌクレオチド配列を変化させることによって、達成され得る。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）をどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。

【0172】

一部の実施形態では、遺伝子改変または変化は、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトまたはノックダウンをもたらす。本技術の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を使用した標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトは、様々な用途に有用であり得る。例えば、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトを研究目的のためにインビトロで実施することができる。エクスビボ目的では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトは、（例えば、細胞における変異アレルをエクスビボでノックアウトし、ノックアウトされた変異アレルを含むそれらの細胞を対象に導入することによって）標的ポリヌクレオチド配列の発現に関連する障害を処置もしくは予防するか、または細胞の遺伝型もしくは表現型を変更するのに有用であり得る。一部の事例では、本明細書で使用されるとき、「ノックアウト」は、標的ポリヌクレオチド配列の機能を妨げるように、標的ポリヌクレオチド配列の全てまたは一部分を欠失させることを含む。例えば、ノックアウトは、標的ポリヌクレオチド配列の機能的ドメイン（例えば、ＤＮＡ結合ドメイン）において標的ポリヌクレオチド配列におけるインデルを誘導することにより標的ポリヌクレオチド配列を変化させることによって、達成され得る。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）をどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。一部の実施形態では、変化は、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトをもたらす。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトは、様々な用途に有用であり得る。例えば、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトを研究目的のためにインビトロで実施することができる。エクスビボ目的では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトは、（例えば、細胞における変異アレルをエクスビボでノックアウトし、ノックアウトされた変異アレルを含むそれらの細胞を対象に導入することによって）標的ポリヌクレオチド配列の発現に関連する障害を処置または予防するのに有用であり得る。

【0173】

遺伝子発現の「調節」とは、遺伝子の発現レベルの変化を指す。発現の調節には、遺伝子活性化及び遺伝子抑制が含まれ得るが、これらに限定されない。調節はまた、完全であってもよく（すなわち、遺伝子発現が完全に不活性化されるか、または野生型のレベル以上まで活性化される）、またはそれは部分的であってもよい（遺伝子発現が部分的に低減されるか、または野生型のレベルのある割合まで部分的に活性化される）。

【0174】

追加のまたは代替の態様では、本技術は、当業者に利用可能な任意の様態で、例えば、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）またはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）システム等のヌクレアーゼシステムを利用して、標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ（例えば、Ｃａｓ９及びＣｐｆ１）及びＴＡＬＥＮを利用した方法の例が本明細書に詳述されているが、本技術は、これらの方法／システムの使用に限定されないことを理解されたい。標的細胞における発現を低減または消失させるために、当業者に既知の他の標的化方法を本明細書で利用することができる。本明細書で提供される方法を使用して、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる。本技術は、任意の目的で細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。一部の実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、変異細胞を生産するように変化させられる。本明細書で使用されるとき、「変異細胞」とは、結果として生じる遺伝型がその元の遺伝型とは異なる細胞を指す。一部の事例では、「変異細胞」は、例えば、正常に機能している遺伝子が本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を使用して変化させられる場合、変異表現型を示す。他の事例では、「変異細胞」は、例えば、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を使用して変異遺伝型が補正される場合、野生型表現型を示す。一部の実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、遺伝子変異を補正または修復するように（例えば、細胞に正常な表現型を取り戻すように）変化させられる。一部の実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、遺伝子変異を誘導するように（例えば、遺伝子またはゲノムエレメントの機能を破壊するように）変化させられる。

【0175】

「作動的に連結された」または「作動可能に連結された」という用語は、２つ以上の構成要素（配列エレメント等）の並置に関して互換的に使用され、これらの構成要素は、両方の構成要素が正常に機能し、構成要素のうちの少なくとも１つが、その他の構成要素のうちの少なくとも１つに及ぼす機能を媒介し得るという可能性を許容するように配置される。例示説明として、プロモーター等の転写制御配列は、その転写制御配列が１つまたは複数の転写制御因子の存否に応答してコード配列の転写レベルを制御する場合、コード配列に作動的に連結されている。転写制御配列は、一般に、シスでコード配列と作動的に連結されるが、それに直接隣接している必要はない。例えば、エンハンサーは、コード配列に、それらが連続していない場合であっても、作動的に連結されている転写制御配列である。

【0176】

本明細書で使用される「多能性幹細胞」は、内胚葉（例えば、胃壁、消化管、肺等）、中胚葉（例えば、筋肉、骨、血液、泌尿生殖器系組織等）、または外胚葉（例えば、上皮組織及び神経系組織）の３種の胚葉のうちのいずれかへと分化する潜在能力を有する。本明細書で使用される「多能性幹細胞」という用語はまた、「人工多能性幹細胞」または「ｉＰＳＣ」、すなわち非多能性細胞に由来する多能性幹細胞の一種も包含する。一部の実施形態では、多能性幹細胞は、多能性細胞ではない細胞から生産または生成される。換言すれば、多能性幹細胞は、非多能性細胞の直接的または間接的な子孫であり得る。親細胞の例としては、種々の手段によって多能性で未分化の表現型を誘導するように再プログラミングされた体細胞が挙げられる。かかる「ｉＰＳ」または「ｉＰＳＣ」細胞は、ある特定の制御遺伝子の発現を誘導することによって、またはある特定のタンパク質の外因性の適用によって作出することができる。ｉＰＳ細胞の誘導のための方法は、当該技術分野で既知であり、下記にさらに記載される（例えば、Ｚｈｏｕｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓ２７（１１）：２６６７－７４（２００９）、Ｈｕａｎｇｆｕｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２６（７）：７９５（２００８）、Ｗｏｌｔｊｅｎｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ４５８（７２３９）：７６６－７７０（２００９）、及びＺｈｏｕｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｔｅｍＣｅｌｌ８：３８１－３８４（２００９）を参照されたく、同文献の各々は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される）。人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）の生成は、下記に概説される。本明細書で使用されるとき、「ｈｉＰＳＣ」とは、ヒト人工多能性幹細胞である。

【0177】

本明細書で使用される「セーフハーバー遺伝子座」とは、新たに挿入された遺伝要素が予測通りに機能することを可能にする様態での導入遺伝子または外因性遺伝子の発現を可能にし、また宿主細胞にリスクをもたらす様態での宿主ゲノムの変化を引き起こさない可能性がある、遺伝子座を指す。例となる「セーフハーバー」遺伝子座には、ＣＣＲ５遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、ＣＬＹＢＬ遺伝子、及び／またはＲｏｓａ遺伝子（例えば、ＲＯＳＡ２６）が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用される「標的遺伝子座」とは、導入遺伝子または外因性遺伝子の発現を可能にする遺伝子座を指す。例となる「標的遺伝子座」には、ＣＸＣＲ４遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、及び／またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）が含まれるが、これらに限定されない。外因性遺伝子は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ、ＣＣＲ５、Ｆ３（すなわち、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＫＤＭ５Ｄ（すなわち、ＨＹ）、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、及び／またはＧＦＡＰのＣＤＳ領域に挿入され得る。外因性遺伝子は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（すなわち、ＡＡＶＳ１）またはＣＣＲ５のイントロン１または２に挿入され得る。外因性遺伝子は、ＣＣＲ５のエクソン１または２または３に挿入され得る。外因性遺伝子は、ＣＬＹＢＬのイントロン２に挿入され得る。外因性遺伝子は、Ｃｈ－４：５８，９７６，６１３（すなわち、ＳＨＳ２３１）における５００ｂｐウィンドウに挿入され得る。外因性遺伝子は、例えば、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内のイントロン、エクソン、またはコード配列領域を含めた、外因性遺伝子の発現を可能にする前述のセーフハーバーまたは標的遺伝子座の任意の好適な領域に挿入され得る。

【0178】

「対象」及び「個体」という用語は、本明細書で互換的に使用され、細胞を得ることができる及び／または本明細書に記載されるような細胞による処置（予防的処置を含む）が提供される、動物、例えば、ヒトを指す。ヒト対象等の特定の動物に特有である感染症、病態、または疾患状態の処置の場合、対象という用語は、その特定の動物を指す。本明細書で互換的に使用される「非ヒト動物」及び「非ヒト哺乳動物」は、ラット、マウス、ウサギ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、及び／または非ヒト霊長類等の哺乳動物を含む。「対象」という用語はまた、哺乳動物、爬虫類、両生類、及び／または魚類を含むがこれらに限定されない、任意の脊椎動物を含む。しかしながら、有利には、対象は、ヒト等の哺乳動物、または、例えば、イヌ、ネコ、ウマ等の飼育哺乳動物、もしくは、例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ等の生産哺乳動物等の他の哺乳動物である。

【0179】

本明細書で使用されるとき、「処置すること」及び「処置」という用語は、対象が疾患の少なくとも１つの症状の低減または疾患の改善、例えば、有益なまたは所望の臨床結果を有するように、有効量の本明細書に記載の細胞を対象に投与することを含む。本技術の目的において、有益なまたは所望の臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。処置することは、処置を受けない場合に予想される生存期間と比較して生存期間を延長することを指し得る。故に、当業者は、処置が病状を改善し得るが、疾患に対する完全な治療ではない場合があることを認識している。一部の実施形態では、疾患または障害の１つまたは複数の症状は、疾患の処置により少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％緩和される。

【0180】

本技術の目的において、疾患処置の有益なまたは所望の臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。

【0181】

「ベクター」または「構築物」は、遺伝子配列を標的細胞に移入することができる。典型的には、「ベクター構築物」、「発現ベクター」、及び「遺伝子移入ベクター」とは、目的の遺伝子の発現を導くことができ、遺伝子配列を標的細胞に移入し得る、任意の核酸構築物を意味する。故に、この用語は、クローニング、及び発現ビヒクル、ならびに組み込みベクターを含む。ベクターまたは構築物を細胞に導入するための方法は、当業者に既知であり、これには脂質媒介性移入（すなわち、中性及びカチオン性脂質を含むリポソーム）、エレクトロポレーション、直接注入、細胞融合、粒子ボンバードメント、リン酸カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性移入、及び／またはウイルスベクター媒介性移入が含まれるが、これらに限定されない。

【0182】

特許請求の範囲は、いずれの任意選択的な要素も除外するように起草され得ることに留意されたい。したがって、この記述は、特許請求の範囲の要素の列挙に関連した「単に」、「のみ」等のような排他的な専門用語の使用のため、または「否定的な」制限の使用のための先行詞として役立つよう意図される。本開示を読むと当業者には明らかであるように、本明細書に記載及び例示される個々の実施形態の各々は、本技術の範囲または趣旨から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のうちのいずれかの特徴から容易に切り離されるか、またはそれと組み合わされる別々の構成要素及び特徴を有する。いずれの列挙される方法も、列挙される事象の順序で、または論理的に可能な任意の他の順序で実施され得る。本明細書に記載される方法及び材料と類似または同等の任意の方法及び材料が、本技術の実施または試験においても使用され得るが、代表的な例示的方法及び材料が次に記載される。

【0183】

【0184】

別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本技術が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。値の範囲が提供される場合、文脈上そうでないとする明確な指示がない限り下限値の単位の１０分の１までの、その範囲の上限値から下限値の間の各介在値、ならびにその表示範囲の任意の他の表示値または介在値が、本技術内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限値及び下限値は独立して、より小さい範囲内に含まれてもよく、また、表示範囲内の任意の具体的に除外される限界値を条件として、本技術内に包含されてもよい。表示範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界値の片方または両方を除外する範囲もまた、本技術に含まれる。ある特定の範囲は、本明細書で、数値の前に「約」という用語を付けて提示される。「約」という用語は、それが前に付く数そのもの、ならびにこの用語が前に付く数に近いまたはそれに近似する数に文字通りの支持を提供するように本明細書で使用される。ある数が具体的に列挙される数に近いまたはそれに近似するかどうかを決定する際、その近いまたは近似する列挙されていない数は、提示される文脈において、具体的に列挙される数の実質的な同等値を提供する数であり得る。

【0185】

本明細書で引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかもそれぞれ個々の刊行物、特許、または特許出願が、参照により援用されることが明確かつ個別に示された場合と同じ程度に、参照により本明細書に援用される。さらに、引用される各刊行物、特許、または特許出願は、それらの刊行物が関連して引用される内容を開示及び説明するために、参照により本明細書に援用される。いずれの刊行物の引用も、出願日より前のその開示のためのものであり、本明細書に記載の技術が、先行技術に基づいてかかる刊行物に先行する権利を有しないことを認めるものとして解釈されるべきではない。さらに、提供される刊行物の日付は、実際の刊行物の日付とは異なる場合があり、独立して確認する必要があり得る。

【0186】

本技術をさらに説明する前に、本技術が記載される特定の実施形態に限定されず、かくして当然のことながら、様々であり得ることを理解されたい。本明細書で使用される専門用語は、特定の実施形態を説明するためのものにすぎず、本技術の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、限定するものとしては意図されないことも理解されたい。本明細書で使用される見出しは、限定するものではなく、読み手に方向性を与えることが意図されるにすぎないが、その内容は一般に、本明細書に開示される技術に当てはまることも理解されるべきである。

【0187】

ＩＩＩ．発明を実施するための形態
Ａ．低免疫原性細胞の患者への投与
一態様では、本明細書に記載の低免疫原性細胞の集団を投与することによって患者を処置する方法が本明細書で提供される。本明細書で提供される対象となる低免疫原性細胞（例えば、本明細書に記載される低免疫原性幹細胞から分化させた細胞）は、例えば、疾患または障害の処置のための細胞療法の候補を含めた、任意の好適な患者に投与することができる。細胞療法の候補には、本明細書で提供される対象となる低免疫原性細胞の治療効果が有益な可能性があり得る、疾患または病態を有する任意の患者が含まれる。一部の実施形態では、患者は、細胞欠損症を有する。本明細書で提供される対象となる低免疫原性細胞の治療効果が有益である候補は、疾患または病態の排除、低減、または改善を示す。本明細書で使用されるとき、「細胞欠損症」とは、患者において細胞集団の機能不全または喪失を引き起こし、患者が細胞集団を自然に置換または再生することができない、任意の疾患または病態を指す。例となる細胞欠損症には、自己免疫性疾患（例えば、多発性硬化症、重症筋無力症、関節リウマチ、糖尿病、全身性ループス及びエリテマトーデス）、神経変性疾患（例えば、ハンチントン病及びパーキンソン病）、心血管病態及び疾患、血管病態及び疾患、角膜病態及び疾患、肝臓病態及び疾患、甲状腺病態及び疾患、及び／または腎臓病態及び疾患が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞を投与される患者は、がんを有する。本明細書で提供される低免疫原性細胞によって処置され得る、例となるがんには、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び／または膀胱癌が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、がん患者は、本明細書で提供される低免疫原性ＣＡＲ－Ｔ細胞の投与によって処置される。

【0188】

一部の実施形態では、本明細書で提供される低免疫原性細胞は、例えば、細胞移植、輸血、組織移植、及び／または臓器移植等の、以前の移植に存在する１つまたは複数の抗原から感作された患者の処置に有用である。ある特定の実施形態では、以前の移植は、同種異系移植であり、患者は、同種異系移植からの１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。同種異系移植には、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、及び／または同種異系臓器移植が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、患者は、妊娠しているか、または妊娠したことがある（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）感作患者である。ある特定の実施形態では、患者は、以前の移植に含まれる１つまたは複数の抗原から感作されており、ここで、以前の移植は、改変されたヒト細胞、組織、及び／または臓器である。一部の実施形態では、改変されたヒト細胞、組織、及び／または臓器は、改変された自家ヒト細胞、組織、及び／または臓器である。一部の実施形態では、以前の移植は、非ヒト細胞、組織、及び／または臓器である。例となる実施形態では、以前の移植は、改変された非ヒト細胞、組織、及び／または臓器である。ある特定の実施形態では、以前の移植は、ヒト成分を含むキメラである。ある特定の実施形態では、以前の移植は、ＣＡＲ－Ｔ細胞であり、及び／またはそれを含む。ある特定の実施形態では、以前の移植は、自家移植であり、患者は、自家移植からの１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている。ある特定の実施形態では、以前の移植は、自家細胞、組織、及び／または臓器である。一部の実施形態では、感作患者は、同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を以前に受けている。自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法の非限定的な例としては、ブレクスカブタゲンオートルユーセル（ＴＥＣＡＲＴＵＳ（登録商標））、アキシカブタゲンシロルユーセル（ＹＥＳＣＡＲＴＡ（登録商標））、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＭＡ（登録商標））、リソカブタゲンマラルユーセル（ＢＲＥＹＡＮＺＩ（登録商標））、チサゲンレクルユーセル（ＫＹＭＲＩＡＨ（登録商標））、ＣａｒｔｅｓｉａｎＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＤｅｓｃａｒｔｅｓ－０８及びＤｅｓｃａｒｔｅｓ－１１、ＮｏｖａｒｔｉｓからのＣＴＬ１１０、ＰｏｓｅｉｄａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＰ－ＢＭＣＡ－１０１、ならびにＡｕｔｏｌｕｓＬｉｍｉｔｅｄからのＡＵＴＯ４が挙げられる。同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法の非限定的な例としては、ＣｅｌｌｅｃｔｉｓからのＵＣＡＲＴＣＳ、ＰｒｅｃｉｓｉｏｎＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＰＢＣＡＲ１９Ｂ及びＰＢＣＡＲ２６９Ａ、ＦａｔｅＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＦＴ８１９、ならびにＣｌｙａｄＯｎｃｏｌｏｇｙからのＣＹＡＤ－２１１が挙げられる。一部の実施形態では、患者が、本技術の細胞を含まない同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を含む第１の療法を以前に受けた後、感作患者は、本技術の細胞を含む第２の療法を施与される。一部の実施形態では、患者が、本技術の細胞を含まない同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法のいずれかを含む第１の療法及び／または第２の療法を以前に受けた後、感作患者は、本技術の細胞を含む第３の療法を施与される。一部の実施形態では、患者が、本技術の細胞を含まない同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法または自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法を含む一連の療法を以前に受けた後、感作患者は、本技術の細胞を含む後続の療法を施与される。一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、（ｉ）限定されないが、本明細書で提供される細胞を含まない同種異系もしくは自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法等の、処置の不成功の後、（ｉｉ）限定されないが、本明細書で提供される細胞を含まない同種異系もしくは自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法等の、治療上有効でない処置の後、または（ｉｉｉ）限定されないが、本明細書で提供される細胞を含まない同種異系もしくは自家ＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法等の、有効な処置の後の、特定の病態もしくは疾患に対する次の選択（ｎｅｘｔｉｎ－ｌｉｎｅ）処置として使用され、各場合において、一部の実施形態では第１選択、第２選択、第３選択、及び追加の選択処置に続く使用を含む。

【0189】

ある特定の実施形態では、感作患者は、アレルギーを有するか、１つまたは複数のアレルゲンに感作されている。例となる実施形態では、患者は、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及び／またはアトピー性皮膚炎を有する。

【0190】

本開示に鑑みて当該技術分野で既知の任意の好適な方法を使用して、患者が感作患者であるかどうかを決定することができる。患者が感作患者であるかどうかを決定するための方法の例としては、補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）及びフローサイトメトリーアッセイを含めた細胞ベースのアッセイ、ならびにＥＬＩＳＡ及びポリスチレンビーズベースアレイアッセイを含めた固相アッセイが挙げられるが、これらに限定されない。患者が感作患者であるかどうかを決定するための方法の他の例としては、抗体スクリーニング法、パーセントパネル反応性抗体（ＰＲＡ）試験、例えば、単一抗体ビーズ（ＳＡＢ）及びＬｕｍｉｎｅｘＩｇＧアッセイを使用した、Ｌｕｍｉｎｅｘベースのアッセイ、ＨＬＡ抗体の平均蛍光強度（ＭＦＩ）値の評価、計算パネル反応性抗体（ｃＰＲＡ）アッセイ、ＩｇＧ力価試験、補体結合アッセイ、ＩｇＧサブタイピングアッセイ、及び／またはＣｏｌｖｉｎｅｔａｌ．，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ．２０１９Ｍａｒ１９；１３９（１２）：ｅ５５３－ｅ５７８に記載されるものが挙げられるが、これらに限定されない。

【0191】

一部の実施形態では、対象となる低免疫原性細胞を使用した処置を受けている患者は、以前の処置を受けたことがある。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、以前の処置と同じ病態を処置するために使用される。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、以前の処置とは異なる病態を処置するために使用される。一部の実施形態では、患者に投与される低免疫原性細胞は、以前の処置によって処置された同じ病態もしくは疾患の処置に対して強化された治療効果を示す。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対してより長期の治療効果を示す。例となる実施形態では、投与された細胞は、以前の処置と比較してがん細胞に対して強化された効力、有効性、及び／または特異性を示す。特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、がんの処置のためのＣＡＲ－Ｔ細胞である。

【0192】

一部の実施形態では、本明細書で提供される方法は、処置の不成功の後、治療上有効でない処置の後、または有効な処置後の、特定の病態もしくは疾患に対する次の選択処置として使用され得、各場合において、第１選択、第２選択、第３選択、及び追加の選択処置に続く使用を含む。一部の実施形態では、以前の処置（例えば、第１選択処置）は、治療上有効でない処置である。本明細書で使用されるとき、「治療上有効でない」処置は、患者において所望に満たない臨床成果をもたらす処置を指す。例えば、細胞欠損症に対する処置に関して、治療上有効でない処置とは、患者において欠損細胞を置換するために所望されるレベルの機能的細胞及び／または細胞活性を達成しない、及び／または治療持続性を欠いた処置を指す場合がある。がん処置に関しては、治療上有効でない処置とは、所望されるレベルの効力、有効性、及び／または特異性を達成しない処置を指す。治療有効性は、当該技術分野で既知の任意の好適な技法を使用して測定することができる。一部の実施形態では、患者は、以前の処置に対して免疫応答を生じる。一部の実施形態では、以前の処置は、患者によって拒絶される細胞、組織、及び／または臓器移植片である。一部の実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含んでいた。一部の実施形態では、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含んでいた。一部の実施形態では、患者は、機械補助による処置に対して免疫応答を生じた。一部の実施形態では、以前の処置は、治療用細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するようなことがあれば、安全スイッチが作動されると治療用細胞の死を引き起こすことができる、安全スイッチを含む治療用細胞の集団を含んでいた。一部の実施形態では、患者は、安全スイッチにより誘導される治療用細胞の死の結果として、免疫応答を生じる。一部の実施形態では、患者は、以前の処置から感作されている。例となる実施形態では、患者は、投与された低免疫原性細胞によっては感作されない。

【0193】

一部の実施形態では、対象となる低免疫原性細胞は、組織、臓器、及び／または部分的臓器移植を、それを必要とする患者に提供する前、それと同時、及び／またはその後に投与される。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞に対して免疫応答を示さない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、特定の組織及び／または臓器における細胞欠損症の処置のために患者に投与され、患者はその後、同じ特定の組織または臓器に対する組織移植または臓器移植を受ける。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、移植用の組織または臓器内でインサイチュとして患者に投与される。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、組織移植または臓器移植前または後に組織または臓器内でインサイチュとして患者に投与される。かかる実施形態では、低免疫原性細胞による処置は、やがて行われる組織または臓器置換へのブリッジ療法として機能する。例えば、一部の実施形態では、患者は、肝臓障害を有し、肝臓移植を受ける前に、本明細書で提供される低免疫原性肝細胞による処置を受ける。一部の実施形態では、患者は、肝臓障害を有し、肝臓移植を受けた後に、本明細書で提供される低免疫原性肝細胞による処置を受ける。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、特定の組織及び／または臓器における細胞欠損症の処置のために患者に投与され、患者はその後、異なる組織または臓器に対する組織移植及び／または臓器移植を受ける。例えば、一部の実施形態では、患者は、腎臓移植を受ける前に低免疫原性膵臓ベータ細胞で処置される糖尿病患者である。一部の実施形態では、患者は、腎臓移植を受けた後に低免疫原性膵臓ベータ細胞で処置される糖尿病患者である。一部の実施形態では、低免疫原性細胞による処置は、患者が組織移植または臓器移植を受ける前及び／または受けた後に、ドナー組織及び／または臓器に施与される。一部の実施形態では、該方法は、細胞欠損症の処置のためのものである。例となる実施形態では、組織移植または臓器移植は、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、及び／または骨移植である。

【0194】

患者を処置する方法は一般に、本明細書で提供される細胞、特に低免疫原性細胞の投与を介する。理解されようが、該細胞及び／または療法のタイミングに関連する本明細書に記載の全ての複数の実施形態に関して、該細胞の投与は、所望の部位での導入細胞の少なくとも部分的な局在化をもたらす方法または経路によって遂行される。細胞は、対象内の所望の部位に直接埋め込まれ得るか、または代替として、所望の箇所への送達をもたらす任意の適切な経路によって投与され得、ここで、埋め込まれた細胞または細胞の構成要素の少なくとも一部分は、生存したままである。一部の実施形態では、該細胞は、所望の臓器または臓器の所望の箇所においてインサイチュで埋め込まれる。一部の実施形態では、該細胞は、患者が組織移植または臓器移植を受ける前及び／または受けた後に、ドナー組織及び／または臓器に埋め込まれ得る。一部の実施形態では、該細胞は、細胞療法によって緩和され得る任意の疾患、障害、病態等の疾患または障害、及び／またはその症状を処置するために投与される。

【0195】

一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が感作されてから少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、または少なくとも１ヶ月以上後に投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が感作されてから、または感作の特性もしくは特徴を示してから少なくとも１週間（例えば、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、またはそれよりも長い期間）以上後に投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が移植（例えば、同種異系移植）を受けてから、妊娠してから（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）、及び／または感作されてから、及び／または感作の特性及び／または特徴を示してから少なくとも１ヶ月（例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、またはそれよりも長い期間）以上後に投与される。

【0196】

一部の実施形態では、移植を受けたことがある、妊娠したことがある（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）、及び／または抗原（例えば、同種異系抗原）に対して感作されている患者は、本明細書に記載の細胞集団の１回目の用量の投与、１回目の用量の後の回復期間、及び記載される細胞集団の２回目の用量の投与を含む、投与レジメンを施与される。一部の実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団中に存在する細胞種の混成は異なる。ある特定の実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団中に存在する細胞種の混成は、同じであるか、または実質的に同等である。多くの実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団は、同じ細胞種を含む。一部の実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団は、異なる細胞種を含む。一部の実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団は、同じパーセンテージの細胞種を含む。他の実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団は、異なるパーセンテージの細胞種を含む。

【0197】

一部の実施形態では、該細胞集団は、細胞欠損症の処置のために、及び／または心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、脳、脊髄、及び／または骨からなる群から選択される組織及び／または臓器における病態もしくは疾患の処置のための細胞療法として投与される。

【0198】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、神経変性疾患に関連し、細胞療法は、神経変性疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、神経変性疾患は、白質ジストロフィー、ハンチントン病、パーキンソン病、多発性硬化症、横断性脊髄炎、及び／またはペリツェウス・メルツバッハ病（ＰＭＤ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞は、グリア前駆細胞、乏突起膠細胞、星状細胞、及びドーパミン作動性ニューロン、任意選択で、ドーパミン作動性ニューロンは、神経幹細胞、神経前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される。一部の実施形態では、細胞欠損症は、肝臓疾患に関連し、細胞療法は、肝臓疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、肝臓疾患は、肝硬変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、肝細胞もしくは肝前駆細胞である。一部の実施形態では、細胞欠損症は、角膜疾患に関連し、細胞療法は、角膜疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、角膜疾患は、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである。一部の実施形態では、該細胞は、角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞である。一部の実施形態では、細胞欠損症は、心血管病態もしくは疾患に関連し、細胞療法は、心血管病態もしくは疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、心血管疾患は、心筋梗塞及び／またはうっ血性心不全である。一部の実施形態では、該細胞は、心筋細胞もしくは心筋前駆細胞である。一部の実施形態では、細胞欠損症は、糖尿病に関連し、細胞療法は、糖尿病の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞は、膵臓ベータ島細胞を含む膵島細胞であり、任意選択で、膵島細胞は、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、及び成熟膵島細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、細胞欠損症は、血管病態もしくは疾患に関連し、細胞療法は、血管病態もしくは疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞は、内皮細胞である。一部の実施形態では、細胞欠損症は、自己免疫性甲状腺炎に関連し、細胞療法は、自己免疫性甲状腺炎の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞は、甲状腺前駆細胞である。一部の実施形態では、細胞欠損症は、腎臓疾患に関連し、細胞療法は、腎臓疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞は、腎前駆体細胞もしくは腎細胞である。

【0199】

一部の実施形態では、該細胞集団は、がんの処置のために投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、がんの処置のために投与され、該細胞集団は、ＣＡＲ－Ｔ細胞の集団である。一部の実施形態では、がんは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される。

【0200】

一部の実施形態では、患者は、組織移植または臓器移植を受けており、任意選択で、組織移植または臓器移植もしくは部分的臓器移植は、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、骨移植、部分的肺移植、部分的腎臓移植、部分的肝臓移植、部分的膵臓移植、部分的腸移植、及び／または部分的角膜移植からなる群から選択される。

【0201】

一部の実施形態では、組織移植または臓器移植は、同種異系移植片移植である。一部の実施形態では、組織移植または臓器移植は、自家移植片移植である。一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、同じ組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、組織及び／または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植及び／または臓器移植は、異なる組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、臓器移植は、腎臓移植であり、該細胞集団は、腎前駆体細胞もしくは腎細胞の集団である。一部の実施形態では、患者は、糖尿病を有し、該細胞集団は、ベータ島細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、心臓移植であり、該細胞集団は、心筋前駆細胞またはペースメーカー細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、膵臓移植であり、該細胞集団は、膵臓ベータ島細胞の集団である。一部の実施形態では、臓器移植は、部分的肝臓移植であり、該細胞集団は、肝細胞もしくは肝前駆細胞の集団である。

【0202】

一部の実施形態では、回復期間は、低免疫原性細胞の集団の１回目の投与に次いで開始し、かかる細胞が、患者においてもはや存在しないかまたは検出可能でないときに終了する。一部の実施形態では、回復期間の継続期間は、該細胞の初回投与から少なくとも１週間（例えば、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、またはそれよりも長い期間）以上後である。一部の実施形態では、回復期間の継続期間は、該細胞の初回投与から少なくとも１ヶ月（例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、またはそれよりも長い期間）以上後である。

【0203】

一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において減少したまたはより低いレベルの全身性のＴＨ１活性化を誘発する。一部の事例では、該細胞によって誘発される全身性のＴＨ１活性化のレベルは、免疫原性細胞の投与によってもたらされる全身性のＴＨ１活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において全身性のＴＨ１活性化を誘発するに至らない。

【0204】

一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において減少したまたはより低いレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発する。一部の事例では、該細胞によって誘発されるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルは、免疫原性細胞の投与によってもたらされるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者においてＰＢＭＣの免疫活性化を誘発するに至らない。

【0205】

一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において減少したまたはより低いレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発する。一部の事例では、該細胞によって誘発されるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルは、免疫原性細胞の投与によってもたらされるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者においてドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するに至らない。

【0206】

一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において減少したまたはより低いレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発する。一部の事例では、該細胞によって誘発されるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルは、免疫原性細胞の投与によってもたらされるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者においてＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するに至らない。

【0207】

一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において減少したまたはより低いレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発する。一部の事例では、該細胞によって誘発される細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷のレベルは、免疫原性細胞の投与によってもたらされる細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。一部の実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、患者において細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発するに至らない。

【0208】

上記で考察したように、本明細書では、ある特定の実施形態においてヒト白血球抗原等の同種異系抗原に対して感作された患者に投与され得る、細胞が提供される。一部の実施形態では、患者は、妊娠しているか、または妊娠したことがあり、例えば、妊娠中の同種免疫化（例えば、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、または胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ））を有する。換言すれば、患者は、限定されないが、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、ならびに胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ）等の、妊娠中の同種免疫化に関連する障害または病態を有するか、または有したことがある。一部の実施形態では、患者は、限定されないが、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、または同種異系臓器移植等の、同種異系移植を受けたことがある。一部の実施形態では、患者は、同種異系抗原に対するメモリーＢ細胞を示す。一部の実施形態では、患者は、同種異系抗原に対するメモリーＴ細胞を示す。かかる患者は、同種異系抗原に対するメモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞の両方を示す可能性がある。

【0209】

記載される細胞の投与時に、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、全身性の免疫応答の不在または低減されたレベルの全身性の免疫応答を示す。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、適応免疫応答の不在または低減されたレベルの適応免疫応答を示す。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、自然免疫応答の不在または低減されたレベルの自然免疫応答を示す。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、Ｔ細胞応答の不在または低減されたレベルのＴ細胞応答を示す。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、Ｂ細胞応答の不在または低減されたレベルのＢ細胞応答を示す。

【0210】

本明細書にさらに詳細に記載されるように、本明細書では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともにＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともにＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団、ならびに外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともにＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団が提供される。

【0211】

Ｂ．低免疫原性細胞
本明細書では、ＭＨＣＩ分子、ＭＨＣＩＩ分子、またはＭＨＣＩ及びＭＨＣＩＩ分子の発現を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変を含む細胞が提供される。ある特定の態様では、改変は、ＣＤ４７の発現を増加させることを含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する１つまたは複数の一過性の改変またはゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。換言すれば、操作された細胞は、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含み、かつ１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示す。一部の実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する１つまたは複数のゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。一部の事例では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７核酸及びタンパク質を含み、かつ１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示す。一部の実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する１つまたは複数のゲノム改変、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する１つまたは複数のゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。一部の実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７タンパク質を含み、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示し、かつ１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の表面発現の低減または欠如を示す。多くの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。

【0212】

ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ発現の低減は、例えば、以下のうちの１つまたは複数によって遂行することができる：（１）多型ＨＬＡアレル（ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ）及びＭＨＣ－ＩＩ遺伝子を直接標的化すること、（２）Ｂ２Ｍの除去により、全てのＭＨＣ－Ｉ分子の表面輸送を低減すること、及び／または（３）ＨＬＡ発現に重要である、ＬＲＣ５、ＲＦＸ－５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＩＲＦ１、ＮＦ－Ｙ（ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃを含む）、及びＣＩＩＴＡ等のＭＨＣエンハンセオソームの１つまたは複数の構成要素の欠失。

【0213】

ある特定の実施形態では、ＨＬＡ発現が妨害される。一部の実施形態では、ＨＬＡ発現は、個々のＨＬＡを標的化すること（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃの発現をノックアウトすること）、ＨＬＡ発現の転写レギュレーターを標的化すること（例えば、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＰ、ＲＦＸＡＮＫ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、及び／またはＩＲＦ－１の発現をノックアウトすること）、ＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送を遮断すること（例えば、Ｂ２Ｍ及び／またはＴＡＰ１の発現をノックアウトすること）、及び／またはＨＬＡ－Ｒａｚｏｒで標的化すること（例えば、ＷＯ２０１６１８３０４１を参照されたい）によって妨害される。

【0214】

ある特定の態様では、本明細書に開示される、幹細胞または分化した幹細胞を含めた細胞は、ＭＨＣ－Ｉ及び／またはＭＨＣ－ＩＩに対応する１つまたは複数のヒト白血球抗原（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ）を発現せず、故に低免疫原性であるとして特徴付けられる。例えば、ある特定の態様では、本明細書に開示される、幹細胞または分化した幹細胞を含めた細胞は、該幹細胞またはそれから調製される分化した幹細胞が以下のＭＨＣ－Ｉ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数を発現しないか、またはその発現の低減を示すように改変されている。一部の実施形態では、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数が、細胞から「ノックアウト」され得る。ＨＬＡ－Ａ遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ遺伝子、及び／またはＨＬＡ－Ｃ遺伝子がノックアウトされた細胞は、ノックアウトされた各遺伝子の発現の低減または排除を示し得る。

【0215】

ある特定の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子における保存領域を標的とすることによって全てのＭＨＣクラスＩアレルの同時欠失を可能にするガイドＲＮＡは、ＨＬＡＲａｚｏｒとして特定される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、ＣＲＩＳＰＲシステム、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムの一部である。代替の態様では、ｇＲＮＡは、ＴＡＬＥＮシステムの一部である。一態様では、ＨＬＡにおける特定された保存領域を標的とするＨＬＡＲａｚｏｒが、ＷＯ２０１６１８３０４１に記載される。他の態様では、特定された保存領域を標的とする複数のＨＬＡＲａｚｏｒが利用される。一般に、ＨＬＡにおける保存領域を標的とする任意のガイドがＨＬＡＲａｚｏｒとしての機能を果たし得ることが理解される。

【0216】

一部の実施形態では、該細胞は、ＣＤ４７、ならびにＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＣＤ１６、ＣＤ５２、Ｈ２－Ｍ３、及びＳｅｒｐｉｎｂ９からなる群から選択される１つまたは複数の因子の発現を増加させるための改変を含む。

【0217】

一部の実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子、ＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれか、またはＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を制御する、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、遺伝子編集システムを使用して、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列が改変される。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５を含む群から選択される１つまたは複数である。一部の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。特定の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集による改変を含む。一部の実施形態では、細胞のゲノムは、ＨＬＡ発現の重要な構成要素を低減または欠失させるように変化させられている。

【0218】

一部の実施形態では、本開示は、遺伝子が、ゲノムＤＮＡの連続した連なりを欠失するように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ分子の発現、例えば、細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。ある特定の態様では、本開示は、遺伝子が、ゲノムＤＮＡの連続した連なりを欠失するように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。特定の態様では、本開示は、１つまたは複数の遺伝子が、ゲノムＤＮＡの連続した連なりを欠失するように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ及びＩＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。

【0219】

ある特定の実施形態では、ＭＨＣＩ分子及び／またはＭＨＣＩＩ分子の発現は、ゲノムＤＮＡの連続した連なりを標的化して欠失させ、それによってＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５からなる群から選択される標的遺伝子の発現が低減または排除されることによって調節される。一部の実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＣＩＩＴＡ遺伝子配列、ならびに一部の事例ではＢ２Ｍ遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞（例えば、改変されたヒト細胞）が本明細書に記載される。一部の実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＣＩＩＴＡ遺伝子配列、ならびに一部の事例ではＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。一部の実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＢ２Ｍ遺伝子配列、ならびに一部の事例ではＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。一部の実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＢ２Ｍ遺伝子配列、ならびに一部の事例ではＣＩＩＴＡ遺伝子配列及びＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。

【0220】

一部の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、ＴＲＢ^－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、ＴＲＢ^－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞である。

【0221】

一部の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、及びＣＤ４７ｔｇ細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞である。

【0222】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞には、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる幹細胞に由来するまたはそれから生産された分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、及びそれらの任意の子孫が含まれるが、これらに限定されない。

【0223】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせを含む群から選択される。

【0224】

一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＡＣ遺伝子のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＢ遺伝子のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、低免疫Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子のゲノム改変を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。

【0225】

一部の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＢ^－／－、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。一部の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^－／－、ＣＩＩＴＡ^－／－、ＴＲＡＣ^－／－、ＴＲＢ^－／－、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。多くの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。多くの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＢ^{インデル／インデル}、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。多くの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}、ＴＲＢ^{インデル／インデル}、及びＣＤ４７ｔｇ細胞である。一部の実施形態では、記載される改変細胞は、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞から分化させた細胞、または初代Ｔ細胞である。初代Ｔ細胞の非限定的な例としては、ＣＤ３＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプが挙げられる。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、及び／またはそれらの組み合わせを含む群から選択される。

【0226】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、レシピエント対象（例えば、該細胞を投与される患者）とは異なる１以上のドナー対象からの初代Ｔ細胞のプールからのものである。初代Ｔ細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、１００、またはそれよりも多くのドナー対象から得、一緒にプールすることができる。初代Ｔ細胞は、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上のドナー対象から得、一緒にプールすることができる。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、１以上の個体から採取され、一部の事例では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、インビトロで培養される。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、ＣＤ４７を外因性で発現するように操作され、インビトロで培養される。

【0227】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように操作される。ＣＡＲは、当業者に既知のいずれでもあり得る。有用なＣＡＲには、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、及びＢＣＭＡを含む群から選択される抗原に結合するものが含まれる。場合によっては、ＣＡＲは、限定されないが、ブレクスカブタゲンオートルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル、イデカブタゲンビクルユーセル、リソカブタゲンマラルユーセル、チサゲンレクルユーセル、または臨床試験で調査中のその他において使用されるもの等の、ＦＤＡ承認済みのＣＡＲ－Ｔ細胞療法で使用されるものと同じまたは同等である。

【0228】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、未改変の初代Ｔ細胞と比較して内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を示すように操作される。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、未改変の初代Ｔ細胞と比較してＣＴＬＡ４、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４及びＰＤ１の両方の低減された発現を示すように操作される。Ｔ細胞を含めた細胞を遺伝子改変する方法は、例えば、ＷＯ２０２００１８６２０及びＷＯ２０１６１８３０４１に詳述され、この開示は参照により、表、付録、配列表、及び図を含めてその全体が本明細書に援用される。

【0229】

一部の実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ細胞は、（ａ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む第１世代ＣＡＲ、（ｂ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲ、（ｃ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲ、ならびに（ｄ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲを含む群から選択されるＣＡＲを含む。

【0230】

一部の実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ細胞は、抗原結合ドメイン、膜貫通、及び１つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含むＣＡＲを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲはまた、リンカーも含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９抗原結合ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２８またはＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＷｈｉｔｌｏｗリンカーＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１４）を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインを含むがこれらに限定されない群から選択される。

【0231】

一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分または断片、ｓｃＦｖ、及びＦａｂを含む群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、またはＢＣＭＡに結合する。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、限定されないがＦＭＣ６３等の抗ＣＤ１９ｓｃＦｖである。

【0232】

一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＣＤ４５、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＦｃεＲＩγ、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２Ｂの膜貫通領域、及びそれらの機能的バリアントを含む群から選択される１つを含む。

【0233】

一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。例えば、単数のシグナル伝達ドメインが、単数の共刺激ドメインを含有し得る。あるいは、単数のシグナル伝達ドメインが、１つまたは複数の共刺激ドメインを含有し得る。ある特定の実施形態では、単数のシグナル伝達ドメインは、単数の共刺激ドメインを含む。他の実施形態では、複数のシグナル伝達ドメインは、複数の共刺激ドメインを含む。場合によっては、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、同じでない。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0234】

本明細書に記載されるように、第４世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含有し得る。一部の事例では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞の内在性または外因性サイトカイン遺伝子である。場合によっては、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片を含む群から選択される。一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0235】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータ（ＣＤ３ζ）ドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0236】

ＣＡＲ構築物を導入する方法またはＣＡＲ－Ｔ細胞を生産する方法は、当業者に周知である。詳細な説明は、例えば、Ｖｏｒｍｉｔｔａｇｅｔａｌ．，ＣｕｒｒＯｐｉｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０１８，５３，１６２－１８１、及びＥｙｑｕｅｍｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４３，１１３－１１７に見出される。

【0237】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、例えば、内在性Ｔ細胞受容体遺伝子（例えば、Ｔ細胞受容体アルファ定常領域（「ＴＲＡＣ」と称される）及び／またはＴ細胞受容体ベータ定常領域（「ＴＲＢＣ」または「ＴＲＢ」と称される）の破壊によって、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、破壊されたＴ細胞受容体遺伝子にて挿入される。一部の実施形態では、ポリペプチドをコードする外因性核酸は、ＴＲＡＣまたはＴＲＢ遺伝子座にて挿入される。

【0238】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）及び／またはプログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、ならびにＣＴＬＡ４及びＰＤ１の両方の発現を低減または排除する方法には、限定されないが、レアカットエンドヌクレアーゼを利用する遺伝子改変技術、及びＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉技術等の、当業者に認識されるいずれも含まれ得る。レアカットエンドヌクレアーゼの非限定的な例としては、任意のＣａｓタンパク質、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及び／またはホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられる。一部の実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、ＣＴＬＡ４及び／またはＰＤ１遺伝子座にて挿入される。

【0239】

一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。あらかじめ選択された遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座または標的遺伝子座であり得る。セーフハーバー遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及び／またはＲｏｓａ遺伝子座（例えば、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）が含まれるが、これらに限定されない。標的遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＸＣＲ４遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）、Ｂ２Ｍ遺伝子、ＣＩＩＴＡ遺伝子、ＴＲＡＣ遺伝子、ＴＲＢＣ遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、Ｆ３（すなわち、ＣＤ１４２）遺伝子、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ（すなわち、ＨＹ）遺伝子、ＰＤＧＦＲａ遺伝子、ＯＬＩＧ２遺伝子、及び／またはＧＦＡＰ遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子座である。一部の実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座である。一部の実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座である。一部の実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＴＲＢ遺伝子座である。

【0240】

一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、同じ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、異なる遺伝子座内に挿入される。多くの事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。多くの事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。一部の事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座（例えば、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及び／またはＲｏｓａ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、標的遺伝子座（例えば、ＣＸＣＲ４遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）、Ｂ２Ｍ遺伝子、ＣＩＩＴＡ遺伝子、ＴＲＡＣ遺伝子、ＴＲＢＣ遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、Ｆ３（すなわち、ＣＤ１４２）遺伝子、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ（すなわち、ＨＹ）遺伝子、ＰＤＧＦＲａ遺伝子、ＯＬＩＧ２遺伝子、及び／またはＧＦＡＰ遺伝子内に挿入される。

【0241】

多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。多くの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。一部の事例では、記載される任意の導入遺伝子の発現を制御するプロモーターは、構成的プロモーターである。他の事例では、記載される任意の導入遺伝子に対するプロモーターは、誘導性プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ＥＦ１アルファ（ＥＦ１α）プロモーターである。一部の実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧプロモーターである。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は両方とも、構成的プロモーターによって制御される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は両方とも、誘導性プロモーターによって制御される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、構成的プロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、誘導性プロモーターによって制御される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、誘導性プロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、構成的プロモーターによって制御される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＥＦ１アルファプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＥＦ１アルファプロモーターによって制御される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子の両方の発現が、単一のＥＦ１アルファプロモーターによって制御される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子の両方の発現が、単一のＣＡＧプロモーターによって制御される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＥＦ１アルファプロモーターによって制御される。一部の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＥＦ１アルファプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御される。

【0242】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞は、安全スイッチを含む。本明細書で使用される「安全スイッチ」という用語は、下方制御または上方制御されたときに、例えば、宿主の免疫系による認識を通して、細胞の排除または死を引き起こす、目的の遺伝子またはタンパク質の発現を制御するためのシステムを指す。安全スイッチは、有害臨床事象の際に外因性分子によって発動されるように設計することができる。安全スイッチは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びタンパク質レベルで発現を制御することによって操作することができる。安全スイッチには、有害事象に応答して細胞活性の制御を可能にするタンパク質または分子が含まれる。一実施形態では、安全スイッチは、非作動状態で発現される「殺傷スイッチ」であり、外部から提供される選択的な薬剤によりスイッチが作動されると、安全スイッチを発現している細胞にとって致死的である。一実施形態では、安全スイッチ遺伝子は、構築物における目的の遺伝子に対してシス作用型である。安全スイッチの作動は、細胞にそれ自体のみ、またはそれ自体及び隣接する細胞をアポトーシスまたは壊死により殺傷させる。一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、造血幹細胞、初代細胞、または心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、ＣＡＲＴ細胞、ＮＫ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞を含むがこれらに限定されない分化細胞は、安全スイッチを含む。

【0243】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞は、「自殺遺伝子」（または「自殺スイッチ」）を含む。自殺遺伝子は、低免疫原性細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するようなことがあれば、それらの細胞の死を引き起こすことができる。「自殺遺伝子」による除去アプローチは、特定の化合物によって作動されたときにのみ細胞殺傷をもたらすタンパク質をコードする、遺伝子移入ベクター内の自殺遺伝子を含む。自殺遺伝子は、無毒の化合物を毒性の高い代謝産物へと選択的に変換する酵素をコードし得る。一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、造血幹細胞、初代細胞、または心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、ＣＡＲＴ細胞、ＮＫ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞を含むがこれらに限定されない分化細胞は、自殺遺伝子を含む。

【0244】

一部の実施形態では、記載される操作された細胞の集団は、レシピエント対象への投与時に低減されたレベルの免疫活性化を誘発するかまたは免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、低減された免疫応答は、「野生型」細胞集団を投与された患者または対照被験者における免疫応答と比較される。一部の実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化を誘発するかまたは全身性のＴＨ１活性化を誘発しない。一部の実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発するかまたはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に該細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するかまたはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。一部の実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において該細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するかまたはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。一部の実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に該細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発する。

【0245】

１．Ｔ細胞及びｉＰＳＣに由来する治療用細胞
本明細書では、免疫認識を回避する、Ｔ細胞を含むがこれらに限定されない低免疫原性細胞が提供される。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ｉＰＳＣ、ＭＳＣ、及び／またはＥＳＣ等の多能性幹細胞から生産される（例えば、生成、培養、または派生させられる）。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞等のＴ細胞から生産される（例えば、生成、培養、または派生させられる）。一部の事例では、初代Ｔ細胞は、対象または個体から得られる（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、Ｔ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、Ｔ細胞のプールから生産される。一部の実施形態では、Ｔ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。一部の実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。一部の実施形態では、Ｔ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。一部の実施形態では、Ｔ細胞のプールが得られるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。

【0246】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。障害を処置する方法が提供され、該方法は、障害を処置する必要がある対象（例えば、レシピエント）または患者への低免疫原性細胞の集団の反復投与を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞（例えば、低免疫原性初代Ｔ細胞）の集団は、ヒト患者に少なくとも２回（例えば、２、３、４、５回、またはそれよりも多く）投与される。

【0247】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。疾患を処置する必要がある対象（例えば、レシピエント）または患者に低免疫原性細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。一部の事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。一部の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。

【0248】

一部の実施形態では、本技術は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現するとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＴＣＲ複合体分子の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いている、低免疫原性初代Ｔ細胞を対象とする。本明細書に概説される細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、免疫認識を回避する。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ抗原、ＭＨＣクラスＩＩ抗原、及び／またはＴＣＲ複合体分子の低減されたレベルまたは活性を示す。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変をもつ。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変をもつ。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＡＣ遺伝子にゲノム改変をもつ。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＢ遺伝子にゲノム改変をもつ。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子のうちの１つまたは複数にゲノム改変をもつ。

【0249】

本開示の例となるＴ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＲＡＴ細胞、制御性Ｔ細胞、組織浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。多くの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。一部の実施形態では、セントラルＴ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＴ細胞は、ＰＤ１、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＲＡＴ細胞は、ＰＤ１、ＣＤ５７、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。

【0250】

一部の実施形態では、Ｔ細胞は、改変されたＴ細胞である。場合によっては、改変されたＴ細胞は、該細胞に、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、変異細胞、及びそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの表面上に発現した目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、少なくとも１つのキメラ抗原受容体を発現させる改変を含む。他の実例では、改変されたＴ細胞は、該細胞が隣接する細胞、組織、または臓器に近接する場合に、該細胞に、隣接する細胞、組織、または臓器における目的の生物学的効果を調節する少なくとも１つのタンパク質を発現させる改変を含む。初代Ｔ細胞に対する有用な改変は、ＵＳ２０１６／０３４８０７３及びＷＯ２０２０／０１８６２０に詳述され、同文献の開示は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0251】

一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。一部の事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。一部の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。一部の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）の低減された発現を含む。他の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、プログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。ある特定の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、ＣＴＬＡ４及びＰＤ１の低減された発現を含む。ある特定の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、ＰＤ－Ｌ１の強化された発現を含む。

【0252】

一部の実施形態では、低免疫原性Ｔ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。

【0253】

２．キメラ抗原受容体
本明細書では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む低免疫原性細胞が提供される。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、本明細書で提供される低免疫原性多能性細胞（ＨＩＰ）（例えば、多能性幹細胞）に由来する初代Ｔ細胞またはＴ細胞である。一部の実施形態では、ＣＡＲは、第１世代ＣＡＲ、第２世代ＣＡＲ、第３世代ＣＡＲ、及び第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。

【0254】

一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、抗原結合ドメイを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含むであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも１つのシグナル伝達ドメイン（例えば、１、２、または３つのシグナル伝達ドメイン）を含む第１世代ＣＡＲであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲを含む。一部の実施形態では、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲ。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、ｓｃＦｖ、またはＦａｂであるか、またはそれを含む。

【0255】

一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞（例えば、低免疫原性初代Ｔ細胞またはＨＩＰ由来のＴ細胞）は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、及び／またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。

【0256】

ａ）抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、新生細胞またはがん細胞に特有の抗原を標的とする
一部の実施形態では、抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、新生細胞に特有の抗原を標的とする。換言すれば、抗原結合ドメインは、新生細胞またはがん細胞によって発現される抗原を標的とする。一部の実施形態では、ＡＢＤは、腫瘍関連抗原に結合する。一部の実施形態では、新生細胞に特有の抗原（例えば、新生細胞またはがん細胞に関連する抗原）または腫瘍関連抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）（ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ２／ＨＥＲ２、ＥｒｂＢ３／ＨＥＲ３、及びＥｒｂＢ４／ＨＥＲ４を含む）、線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）（ＦＧＦ１、ＦＧＦ２、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１８、及びＦＧＦ２１を含む）、血管内皮細胞増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）（ＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、及びＰＩＧＦを含む）、ＲＥＴ受容体及びＥｐｈ受容体ファミリー（ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、ＥｐｈＡ８、ＥｐｈＡ９、ＥｐｈＡ１０、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、及びＥｐｈＢ６を含む）、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ６、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ８、ＣＦＴＲ、ＣＩＣ－１、ＣＩＣ－２、ＣＩＣ－４、ＣＩＣ－５、ＣＩＣ－７、ＣＩＣ－Ｋａ、ＣＩＣ－Ｋｂ、ベストロフィン、ＴＭＥＭ１６Ａ、ＧＡＢＡ受容体、グリシン受容体、ＡＢＣ輸送体、ＮＡＶ１．１、ＮＡＶ１．２、ＮＡＶ１．３、ＮＡＶ１．４、ＮＡＶ１．５、ＮＡＶ１．６、ＮＡＶ１．７、ＮＡＶ１．８、ＮＡＶ１．９、スフィンゴシン－１－リン酸受容体（Ｓ１Ｐ１Ｒ）、ＮＭＤＡチャネル、膜貫通型タンパク質、マルチスパン膜貫通型タンパク質、Ｔ細胞受容体モチーフ；Ｔ細胞アルファ鎖；Ｔ細胞β鎖；Ｔ細胞γ鎖；Ｔ細胞δ鎖、ＣＣＲ７、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ６８、ＣＤ８０、ＣＤ９５、ＣＤ１１７、ＣＤ１２７、ＣＤ１３３、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１６３、Ｆ４／８０、ＩＬ－４Ｒａ、Ｓｃａ－１、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＧＡＲＰ、ＬＡＰ、グランザイムＢ、ＬＦＡ－１、トランスフェリン受容体、ＮＫｐ４６、パーフォリン、ＣＤ４＋、Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７、Ｔｈ４０、Ｔｈ２２、Ｔｈ９、Ｔｆｈ、古典的Ｔｒｅｇ、ＦｏｘＰ３＋、Ｔｒ１、Ｔｈ３、Ｔｒｅｇ１７、Ｔ_ＲＥＧ、ＣＤＣＰ、ＮＴ５Ｅ、ＥｐＣＡＭ、ＣＥＡ、ｇｐＡ３３、ムチン、ＴＡＧ－７２、炭酸脱水酵素ＩＸ、ＰＳＭＡ、葉酸結合タンパク質、ガングリオシド（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＧＭ２）、ルイス－γ^２、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ１／２／３、αＶβ３、α５β１、ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ１／ＨＥＲ２、ＥｒＢ３、ｃ－ＭＥＴ、ＩＧＦ１Ｒ、ＥｐｈＡ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ１、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＲＡＮＫＬ、ＦＡＰ、テネイシン、ＰＤＬ－１、ＢＡＦＦ、ＨＤＡＣ、ＡＢＬ、ＦＬＴ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＩＬ－１β、ＡＬＫ、ＲＡＮＫＬ、ｍＴＯＲ、ＣＴＬＡ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＪＡＫ３、ＢＲＡＦ、ＰＴＣＨ、スムーズンド、ＰＩＧＦ、ＡＮＰＥＰ、ＴＩＭＰ１、ＰＬＡＵＲ、ＰＴＰＲＪ、ＬＴＢＲ、もしくはＡＮＴＸＲ１、葉酸受容体アルファ（ＦＲａ）、ＥＲＢＢ２（Ｈｅｒ２／ｎｅｕ）、ＥｐｈＡ２、ＩＬ－１３Ｒａ２、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、メソテリン、ＴＳＨＲ、ＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＣＤ２２、ＣＤ３０、ＣＤ１７１、ＣＳ－１、ＣＬＬ－１、ＣＤ３３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＧＤ２、ＧＤ３、ＢＣＭＡ、ＭＵＣ１６（ＣＡ１２５）、Ｌ１ＣＡＭ、ＬｅＹ、ＭＳＬＮ、ＩＬ１３Ｒα１、Ｌ１－ＣＡＭ、ＴｎＡｇ、前立腺特異膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＲＯＲ１、ＦＬＴ３、ＦＡＰ、ＴＡＧ７２、ＣＤ３８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＥＡ、ＥＰＣＡＭ、Ｂ７Ｈ３、ＫＩＴ、インターロイキン－１１受容体ａ（ＩＬ－１１Ｒａ）、ＰＳＣＡ、ＰＲＳＳ２１、ＶＥＧＦＲ２、ルイスＹ、ＣＤ２４、血小板由来成長因子受容体－ベータ（ＰＤＧＦＲ－ベータ）、ＳＳＥＡ－４、ＣＤ２０、ＭＵＣ１、ＮＣＡＭ、前立腺、ＰＡＰ、ＥＬＦ２Ｍ、エフリンＢ２、ＩＧＦ－１受容体、ＣＡＩＸ、ＬＭＰ２、ｇｐ１００、ｂｃｒ－ａｂｌ、チロシナーゼ、フコシルＧＭ１、ｓＬｅ、ＧＭ３、ＴＧＳ５、ＨＭＷＭＡＡ、ｏ－アセチル－ＧＤ２、葉酸受容体ベータ、ＴＥＭ１／ＣＤ２４８、ＴＥＭ７Ｒ、ＣＬＤＮ６、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＣＸＯＲＦ６１、ＣＤ９７、ＣＤ１７９ａ、ＡＬＫ、ポリシアル酸、ＰＬＡＣｌ、ＧｌｏｂｏＨ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＵＰＫ２、ＨＡＶＣＲ１、ＡＤＲＢ３、ＰＡＮＸ３、ＧＰＲ２０、ＬＹ６Ｋ、ＯＲ５１Ｅ２、ＴＡＲＰ、ＷＴ１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、ＭＡＧＥ－Ａ１、レグマイン、ＨＰＶＥ６、Ｅ７、ＥＴＶ６－ＡＭＬ、精子タンパク質１７、ＸＡＧＥ１、Ｔｉｅ２、ＭＡＤ－ＣＴ－１、ＭＡＤ－ＣＴ－２、主要組織適合性複合体クラスＩ関連遺伝子タンパク質（ＭＲ１）、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）、Ｆｏｓ関連抗原１、ｐ５３、ｐ５３変異体、プロステイン、サバイビン、テロメラーゼ、ＰＣＴＡ－１／ガレクチン８、ＭｅｌａｎＡ／ＭＡＲＴ１、Ｒａｓ変異体、ｈＴＥＲＴ、肉腫転座切断点、ＭＬ－ＩＡＰ、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２ＥＴＳ融合遺伝子）、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、アンドロゲン受容体、サイクリンＢ１、ＭＹＣＮ、ＲｈｏＣ、ＴＲＰ－２、ＣＹＰＩＢＩ、ＢＯＲＩＳ、ＳＡＲＴ３、ＰＡＸ５、ＯＹ－ＴＥＳ１、ＬＣＫ、ＡＫＡＰ－４、ＳＳＸ２、ＲＡＧＥ－１、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、ＲＵ１、ＲＵ２、腸カルボキシルエステラーゼ、ｍｕｔｈｓｐ７０－２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ７２、ＬＡＩＲ１、ＦＣＡＲ、ＬＩＬＲＡ２、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＢＳＴ２、ＥＭＲ２、ＬＹ７５、ＧＰＣ３、ＦＣＲＬ５、ＩＧＬＬ１、新生抗原、ＣＤ１３３、ＣＤ１５、ＣＤ１８４、ＣＤ２４、ＣＤ５６、ＣＤ２６、ＣＤ２９、ＣＤ４４、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ（ＨＬＡ－Ａ，Ｂ，Ｃ）、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ１５１、ＣＤ３４０、ＣＤ２００、ｔｋｒＡ、ｔｒｋＢ、もしくはｔｒｋＣ、及び／またはそれらの抗原断片もしくは抗原部分から選択される。

【0257】

ｂ）ＡＢＤは、Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする
一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする。一部の実施形態では、ＡＢＤは、Ｔ細胞に関連する抗原に結合する。一部の事例では、かかる抗原は、Ｔ細胞によって発現されるか、またはＴ細胞の表面上に位置する。一部の実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原すなわちＴ細胞関連抗原は、Ｔ細胞に特有の細胞表面受容体、膜輸送タンパク質（例えば、イオンチャネルタンパク質、膜孔形成タンパク質等といった、例えば、能動または受動輸送タンパク質）、膜貫通型受容体、膜酵素、及び／または細胞接着タンパク質から選択される。一部の実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、ＡＫＴ１；ＡＫＴ２；ＡＫＴ３；ＡＴＦ２；ＢＣＬ１０；ＣＡＬＭ１；ＣＤ３Ｄ（ＣＤ３δ）；ＣＤ３Ｅ（ＣＤ３ε）；ＣＤ３Ｇ（ＣＤ３γ）；ＣＤ４；ＣＤ８；ＣＤ２８；ＣＤ４５；ＣＤ８０（Ｂ７－１）；ＣＤ８６（Ｂ７－２）；ＣＤ２４７（ＣＤ３ζ）；ＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）；ＥＬＫ１；ＥＲＫ１（ＭＡＰＫ３）；ＥＲＫ２；ＦＯＳ；ＦＹＮ；ＧＲＡＰ２（ＧＡＤＳ）；ＧＲＢ２；ＨＬＡ－ＤＲＡ；ＨＬＡ－ＤＲＢ１；ＨＬＡ－ＤＲＢ３；ＨＬＡ－ＤＲＢ４；ＨＬＡ－ＤＲＢ５；ＨＲＡＳ；ＩＫＢＫＡ（ＣＨＵＫ）；ＩＫＢＫＢ；ＩＫＢＫＥ；ＩＫＢＫＧ（ＮＥＭＯ）；ＩＬ２；ＩＴＰＲ１；ＩＴＫ；ＪＵＮ；ＫＲＡＳ２；ＬＡＴ；ＬＣＫ；ＭＡＰ２Ｋ１（ＭＥＫ１）；ＭＡＰ２Ｋ２（ＭＥＫ２）；ＭＡＰ２Ｋ３（ＭＫＫ３）；ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＫＫ４）；ＭＡＰ２Ｋ６（ＭＫＫ６）；ＭＡＰ２Ｋ７（ＭＫＫ７）；ＭＡＰ３Ｋ１（ＭＥＫＫ１）；ＭＡＰ３Ｋ３；ＭＡＰ３Ｋ４；ＭＡＰ３Ｋ５；ＭＡＰ３Ｋ８；ＭＡＰ３Ｋ１４（ＮＩＫ）；ＭＡＰＫ８（ＪＮＫ１）；ＭＡＰＫ９（ＪＮＫ２）；ＭＡＰＫ１０（ＪＮＫ３）；ＭＡＰＫ１１（ｐ３８β）；ＭＡＰＫ１２（ｐ３８γ）；ＭＡＰＫ１３（ｐ３８δ）；ＭＡＰＫ１４（ｐ３８α）；ＮＣＫ；ＮＦＡＴ１；ＮＦＡＴ２；ＮＦＫＢ１；ＮＦＫＢ２；ＮＦＫＢＩＡ；ＮＲＡＳ；ＰＡＫ１；ＰＡＫ２；ＰＡＫ３；ＰＡＫ４；ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ；ＰＩＫ３Ｃ３（ＶＰＳ３４）；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３ＣＤ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＫＣＡ；ＰＫＣＢ；ＰＫＣＭ；ＰＫＣＱ；ＰＬＣＹ１；ＰＲＦ１（パーフォリン）；ＰＴＥＮ；ＲＡＣ１；ＲＡＦ１；ＲＥＬＡ；ＳＤＦ１；ＳＨＰ２；ＳＬＰ７６；ＳＯＳ；ＳＲＣ；ＴＢＫ１；ＴＣＲＡ；ＴＥＣ；ＴＲＡＦ６；ＶＡＶ１；ＶＡＶ２；及び／またはＺＡＰ７０であり得る。

【0258】

ｃ）ＡＢＤは、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする
一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする。一部の実施形態では、ＡＢＤは、自己免疫障害または炎症性障害に関連する抗原に結合する。一部の事例では、抗原は、自己免疫障害または炎症性障害に関連する細胞によって発現される。一部の実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害は、慢性移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、ループス、関節炎、免疫複合体糸球体腎炎、グッドパスチャー、ブドウ膜炎、肝炎、全身性硬化症または強皮症、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、寒冷凝集素症、尋常性天疱瘡、グレーブス病、自己免疫溶血性貧血、血友病Ａ、原発性シェーグレン症候群、血栓性血小板減少性紫斑病、視神経脊髄炎、エバンス症候群、ＩｇＭ媒介性ニューロパチー、クリオグロブリン血症、皮膚筋炎、特発性血小板減少症、強直性脊椎炎、水疱性類天疱瘡、後天性血管性浮腫、慢性蕁麻疹、抗リン脂質脱髄性多発ニューロパチー、及び自己免疫血小板減少症または好中球減少症または赤芽球癆から選択され、一方で、同種異系免疫疾患の例となる非限定的例としては、造血または実質臓器移植、輸血による同種異系感作（ａｌｌｏｓｅｎｓｉｔｉｚａｔｉｏｎ）（例えば、Ｂｌａｚａｒｅｔａｌ．，２０１５，Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ，１５（４）：９３１－４１を参照されたい）及び／または異種感作、胎児同種異系感作を伴う妊娠、新生児の同種異系免疫性血小板減少症、新生児溶血性疾患、酵素またはタンパク質補充療法、血液製剤、及び／または遺伝子療法で処置される遺伝性または後天性欠損障害の補充に伴い起こり得るもの等の外来抗原への感作が挙げられる。同種異系感作とは、一部の事例では、レシピエント対象または妊娠している対象の免疫系が非自己抗原と見なすヒト白血球抗原に対する免疫応答（循環抗体等）の発達を指す。一部の実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、及び／またはヒスチジンキナーゼ会合型受容体から選択される。

【0259】

一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｂ細胞、形質細胞、または形質芽細胞上に発現したリガンドに結合する。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４５Ｒ、ＣＤ１３８、ＣＤ３１９、ＢＣＭＡ、ＣＤ２８、ＴＮＦ、インターフェロン受容体、ＧＭ－ＣＳＦ、ＺＡＰ－７０、ＬＦＡ－１、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ５、またはＣＤ２に結合する。ＵＳ２００３／００７７２４９、ＷＯ２０１７／０５８７５３、ＷＯ２０１７／０５８８５０を参照されたく、同文献の内容は参照により本明細書に援用される。

【0260】

ｄ）ＡＢＤは、老化細胞に特有の抗原を標的とする
一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、老化細胞に特有の抗原、例えば、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）を標的とする。一部の実施形態では、ＡＢＤは、老化細胞に関連する抗原に結合する。一部の事例では、抗原は、老化細胞によって発現される。一部の実施形態では、ＣＡＲは、老化細胞の異常な蓄積を特徴とする障害、例えば、肝臓及び肺線維症、アテローム性動脈硬化症、糖尿病、ならびに骨関節炎の処置または予防に使用されてもよい。

【0261】

ｅ）ＡＢＤは、感染性疾患に特有の抗原を標的とする
一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、感染性疾患に特有の抗原を標的とする。一部の実施形態では、ＡＢＤは、感染性疾患に関連する抗原に結合する。一部の事例では、抗原は、感染性疾患に罹患した細胞によって発現される。一部の実施形態では、ここで、感染性疾患は、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、ヒトヘルペスウイルス８（ＨＨＶ－８、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（ＫＳＨＶ））、ヒトＴリンパ向性ウイルス－１（ＨＴＬＶ－１）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、エプスタイン・バーウイルス、ＣＭＶ、ヒトパピローマウイルスから選択される。一部の実施形態では、感染性疾患に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、ＨＩＶＥｎｖ、ＨＩＶ－１Ｅｎｖ上のｇｐ１２０またはＣＤ４誘導性エピトープから選択される。

【0262】

ｆ）ＡＢＤは、細胞の細胞表面抗原に結合する
一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、細胞の細胞表面抗原に結合する。一部の実施形態では、細胞表面抗原は、特定のまたは具体的な細胞種に特有である（例えば、それによって発現される）。一部の実施形態では、細胞表面抗原は、１つよりも多くの種類の細胞に特有である。

【0263】

一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｔ細胞上の細胞表面抗原等の、Ｔ細胞に特有の細胞表面抗原に結合する。一部の実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｔ細胞に特有の細胞表面受容体、膜輸送タンパク質（例えば、イオンチャネルタンパク質、膜孔形成タンパク質等といった、例えば、能動または受動輸送タンパク質）、膜貫通型受容体、膜酵素、及び／または細胞接着タンパク質であり得る。一部の実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、及び／またはヒスチジンキナーゼ会合型受容体であり得る。

【0264】

一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｔ細胞受容体に結合する。一部の実施形態では、Ｔ細胞受容体は、ＡＫＴ１；ＡＫＴ２；ＡＫＴ３；ＡＴＦ２；ＢＣＬ１０；ＣＡＬＭ１；ＣＤ３Ｄ（ＣＤ３δ）；ＣＤ３Ｅ（ＣＤ３ε）；ＣＤ３Ｇ（ＣＤ３γ）；ＣＤ４；ＣＤ８；ＣＤ２８；ＣＤ４５；ＣＤ８０（Ｂ７－１）；ＣＤ８６（Ｂ７－２）；ＣＤ２４７（ＣＤ３ζ）；ＣＴＬＡ４（ＣＤ１５２）；ＥＬＫ１；ＥＲＫ１（ＭＡＰＫ３）；ＥＲＫ２；ＦＯＳ；ＦＹＮ；ＧＲＡＰ２（ＧＡＤＳ）；ＧＲＢ２；ＨＬＡ－ＤＲＡ；ＨＬＡ－ＤＲＢ１；ＨＬＡ－ＤＲＢ３；ＨＬＡ－ＤＲＢ４；ＨＬＡ－ＤＲＢ５；ＨＲＡＳ；ＩＫＢＫＡ（ＣＨＵＫ）；ＩＫＢＫＢ；ＩＫＢＫＥ；ＩＫＢＫＧ（ＮＥＭＯ）；ＩＬ２；ＩＴＰＲ１；ＩＴＫ；ＪＵＮ；ＫＲＡＳ２；ＬＡＴ；ＬＣＫ；ＭＡＰ２Ｋ１（ＭＥＫ１）；ＭＡＰ２Ｋ２（ＭＥＫ２）；ＭＡＰ２Ｋ３（ＭＫＫ３）；ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＫＫ４）；ＭＡＰ２Ｋ６（ＭＫＫ６）；ＭＡＰ２Ｋ７（ＭＫＫ７）；ＭＡＰ３Ｋ１（ＭＥＫＫ１）；ＭＡＰ３Ｋ３；ＭＡＰ３Ｋ４；ＭＡＰ３Ｋ５；ＭＡＰ３Ｋ８；ＭＡＰ３Ｋ１４（ＮＩＫ）；ＭＡＰＫ８（ＪＮＫ１）；ＭＡＰＫ９（ＪＮＫ２）；ＭＡＰＫ１０（ＪＮＫ３）；ＭＡＰＫ１１（ｐ３８β）；ＭＡＰＫ１２（ｐ３８γ）；ＭＡＰＫ１３（ｐ３８δ）；ＭＡＰＫ１４（ｐ３８α）；ＮＣＫ；ＮＦＡＴ１；ＮＦＡＴ２；ＮＦＫＢ１；ＮＦＫＢ２；ＮＦＫＢＩＡ；ＮＲＡＳ；ＰＡＫ１；ＰＡＫ２；ＰＡＫ３；ＰＡＫ４；ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ；ＰＩＫ３Ｃ３（ＶＰＳ３４）；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３ＣＤ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＫＣＡ；ＰＫＣＢ；ＰＫＣＭ；ＰＫＣＱ；ＰＬＣＹ１；ＰＲＦ１（パーフォリン）；ＰＴＥＮ；ＲＡＣ１；ＲＡＦ１；ＲＥＬＡ；ＳＤＦ１；ＳＨＰ２；ＳＬＰ７６；ＳＯＳ；ＳＲＣ；ＴＢＫ１；ＴＣＲＡ；ＴＥＣ；ＴＲＡＦ６；ＶＡＶ１；ＶＡＶ２；またはＺＡＰ７０であり得る。

【0265】

ｇ）膜貫通ドメイン
一部の実施形態では、ＣＡＲ－膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域を含む。一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ８α、ＣＤ８β、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ４、ＦｃεＲＩγ、ＣＤ１６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３２、ＣＤ６４、ＣＤ６４、ＣＤ４５、ＣＤ５、ＣＤ９、ＣＤ２２、ＣＤ３７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、及び／またはＦＧＦＲ２Ｂ、及び／またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む。

【0266】

ｈ）シグナル伝達ドメイン（単数）または複数のシグナル伝達ドメイン
一部の実施形態では、本明細書に記載のＣＡＲは、Ｂ７－１／ＣＤ８０；Ｂ７－２／ＣＤ８６；Ｂ７－Ｈ１／ＰＤ－Ｌ１；Ｂ７－Ｈ２；Ｂ７－Ｈ３；Ｂ７－Ｈ４；Ｂ７－Ｈ６；Ｂ７－Ｈ７；ＢＴＬＡ／ＣＤ２７２；ＣＤ２８；ＣＴＬＡ－４；Ｇｉ２４／ＶＩＳＴＡ／Ｂ７－Ｈ５；ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８；ＰＤ１；ＰＤ－Ｌ２／Ｂ７－ＤＣ；ＰＤＣＤ６）；４－１ＢＢ／ＴＮＦＳＦ９／ＣＤ１３７；４－１ＢＢリガンド／ＴＮＦＳＦ９；ＢＡＦＦ／ＢＬｙＳ／ＴＮＦＳＦ１３Ｂ；ＢＡＦＦＲ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ；ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７；ＣＤ２７リガンド／ＴＮＦＳＦ７；ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８；ＣＤ３０リガンド／ＴＮＦＳＦ８；ＣＤ４０／ＴＮＦＲＳＦ５；ＣＤ４０／ＴＮＦＳＦ５；ＣＤ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ５；ＤＲ３／ＴＮＦＲＳＦ２５；ＧＩＴＲ／ＴＮＦＲＳＦ１８；ＧＩＴＲリガンド／ＴＮＦＳＦ１８；ＨＶＥＭ／ＴＮＦＲＳＦ１４；ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４；リンホトキシン－アルファ／ＴＮＦ－ベータ；ＯＸ４０／ＴＮＦＲＳＦ４；ＯＸ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ４；ＲＥＬＴ／ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ；ＴＡＣＩ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ；ＴＬ１Ａ／ＴＮＦＳＦ１５；ＴＮＦ－アルファ；ＴＮＦＲＩＩ／ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）；２Ｂ４／ＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４；ＢＬＡＭＥ／ＳＬＡＭＦ８；ＣＤ２；ＣＤ２Ｆ－１０／ＳＬＡＭＦ９；ＣＤ４８／ＳＬＡＭＦ２；ＣＤ５８／ＬＦＡ－３；ＣＤ８４／ＳＬＡＭＦ５；ＣＤ２２９／ＳＬＡＭＦ３；ＣＲＡＣＣ／ＳＬＡＭＦ７；ＮＴＢ－Ａ／ＳＬＡＭＦ６；ＳＬＡＭ／ＣＤ１５０）；ＣＤ２；ＣＤ７；ＣＤ５３；ＣＤ８２／Ｋａｉ－１；ＣＤ９０／Ｔｈｙ１；ＣＤ９６；ＣＤ１６０；ＣＤ２００；ＣＤ３００ａ／ＬＭＩＲ１；ＨＬＡクラスＩ；ＨＬＡ－ＤＲ；Ｉｋａｒｏｓ；インテグリンアルファ４／ＣＤ４９ｄ；インテグリンアルファ４ベータ１；インテグリンアルファ４ベータ７／ＬＰＡＭ－１；ＬＡＧ－３；ＴＣＬ１Ａ；ＴＣＬ１Ｂ；ＣＲＴＡＭ；ＤＡＰ１２；デクチン－１／ＣＬＥＣ７Ａ；ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６；ＥｐｈＢ６；ＴＩＭ－１／ＫＩＭ－１／ＨＡＶＣＲ；ＴＩＭ－４；ＴＳＬＰ；ＴＳＬＰＲ；リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）；ＮＫＧ２Ｃ、ＣＤ３ゼータドメイン、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤ８３と特異的に結合するリガンド、及び／またはそれらの機能的断片のうちの１つまたは複数から選択される１つまたは少なくとも１つのシグナル伝達ドメインを含む。

【0267】

一部の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。

【0268】

一部の実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。

【0269】

一部の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。

【0270】

一部の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ８αまたはその機能的バリアントを含む。

【0271】

【0272】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。

【0273】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアント、及び／または（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。

【0274】

【0275】

ｉ）ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメイン
一部の実施形態では、第１世代、第２世代、第３世代、または第４世代ＣＡＲは、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインをさらに含む。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含むＣＡＲを含む標的細胞にとって内在性または外因性である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＴＮＦ、もしくはＩＦＮ－ガンマ、またはそれらの機能的断片をコードする。一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片は、活性化Ｔ細胞の核内因子（ＮＦＡＴ）、ＮＦ－ｋＢ、またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。例えば、Ｚｈａｎｇ．Ｃ．ｅｔａｌ．，ＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇＣＡＲ－Ｔｃｅｌｌｓ．ＢｉｏｍａｒｋｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ．５：２２（２０１７）、ＷＯ２０１６１２６６０８、Ｓｈａ，Ｈ．ｅｔａｌ．ＣｈｉｍａｅｒｉｃａｎｔｉｇｅｎｒｅｃｅｐｔｏｒＴ－ｃｅｌｌｔｈｅｒａｐｙｆｏｒｔｕｍｏｕｒｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅＲｅｐｏｒｔｓＪａｎ２７，２０１７，３７（１）を参照されたい。

【0276】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のスペーサー、またはヒンジをさらに含み、例えば、ここで、スペーサーは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間の第１のスペーサーである。一部の実施形態では、第１のスペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは改変バージョンの少なくとも一部分を含む。一部の実施形態では、スペーサーは、膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間の第２のスペーサーである。一部の実施形態では、第２のスペーサーは、オリゴペプチドであり、例えば、ここで、オリゴペプチドは、限定されないがグリシン－セリンダブレット等のグリシン及びセリン残基を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、２つ以上のスペーサー、例えば、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサー及び膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間のスペーサーを含む。一部の実施形態では、スペーサーは、ＣＤ２８ヒンジ、ＣＤ８ａヒンジ、またはＩｇＧ４ヒンジである。

【0277】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの形式は一般に、２つの可変ドメインが柔軟なペプチド配列または「リンカー」によって、ＶＨ－リンカー－ＶＬまたはＶＬ－リンカー－ＶＨのいずれかの向きで連結されたものである。本明細書に鑑みて当該技術分野で既知の任意の好適なリンカーがＣＡＲで使用され得る。好適なリンカーの例としては、ＧＳベースのリンカー配列、及びＷｈｉｔｌｏｗリンカーＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号１４）が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、リンカーは、ＧＳまたはｇｌｙ－ｓｅｒリンカーである。例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列Ｓｅｒ（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_ｎ、ならびに（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_ｎ及び／または（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ_３）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３、すなわち、Ｓｅｒ（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_３である。一部の実施形態では、ｎ＝４、すなわち、Ｓｅｒ（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_４である。一部の実施形態では、ｎ＝５である。一部の実施形態では、ｎ＝６である。一部の実施形態では、ｎ＝７である。一部の実施形態では、ｎ＝８である。一部の実施形態では、ｎ＝９である。一部の実施形態では、ｎ＝１０である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列Ｓｅｒ（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３である。別の実施形態では、ｎ＝４である。一部の実施形態では、ｎ＝５である。一部の実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３である。一部の実施形態では、ｎ＝４である。一部の実施形態では、ｎ＝５である。一部の実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ_３Ｓｅｒ）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３である。一部の実施形態では、ｎ＝４である。別の実施形態では、ｎ＝５である。なおも別の実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ_３）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３である。一部の実施形態では、ｎ＝４である。一部の実施形態では、ｎ＝５である。一部の実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）_ｎを含む。一部の実施形態では、ｎ＝１である。一部の実施形態では、ｎ＝２である。一部の実施形態では、ｎ＝３である。一部の実施形態では、ｎ＝４である。別の実施形態では、ｎ＝５である。なおも別の実施形態では、ｎ＝６である。

【0278】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第１世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。一部の実施形態では、第１世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。

【0279】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第２世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。一部の実施形態では、第２世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び２つのシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0280】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第３世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。一部の実施形態では、第３世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。一部の実施形態では、第３世代ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つの共刺激ドメインは、同じでない。

【0281】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第４世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。一部の実施形態では、第４世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２、３、または４つのシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。一部の実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0282】

ｊ）抗体またはその抗原結合部分を含むＡＢＤ
一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、抗体またはその抗原結合部分であるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖまたはＦａｂであるか、またはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｔ細胞アルファ鎖抗体、Ｔ細胞β鎖抗体、Ｔ細胞γ鎖抗体、Ｔ細胞δ鎖抗体、ＣＣＲ７抗体、ＣＤ３抗体、ＣＤ４抗体、ＣＤ５抗体、ＣＤ７抗体、ＣＤ８抗体、ＣＤ１１ｂ抗体、ＣＤ１１ｃ抗体、ＣＤ１６抗体、ＣＤ１９抗体、ＣＤ２０抗体、ＣＤ２１抗体、ＣＤ２２抗体、ＣＤ２５抗体、ＣＤ２８抗体、ＣＤ３４抗体、ＣＤ３５抗体、ＣＤ４０抗体、ＣＤ４５ＲＡ抗体、ＣＤ４５ＲＯ抗体、ＣＤ５２抗体、ＣＤ５６抗体、ＣＤ６２Ｌ抗体、ＣＤ６８抗体、ＣＤ８０抗体、ＣＤ９５抗体、ＣＤ１１７抗体、ＣＤ１２７抗体、ＣＤ１３３抗体、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）抗体、ＣＤ１６３抗体、Ｆ４／８０抗体、ＩＬ－４Ｒａ抗体、Ｓｃａ－１抗体、ＣＴＬＡ－４抗体、ＧＩＴＲ抗体ＧＡＲＰ抗体、ＬＡＰ抗体、グランザイムＢ抗体、ＬＦＡ－１抗体、ＭＲ１抗体、ｕＰＡＲ抗体、またはトランスフェリン受容体抗体のｓｃＦｖまたはＦａｂ断片を含む。

【0283】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、共刺激ドメインであるシグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、第２の共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも３つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもののうちの１つまたは複数から選択される共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、異なる。一部の実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、同じである。

【0284】

本明細書に記載のＣＡＲに加えて、種々のＣＡＲ及びそれらをコードするヌクレオチド配列が当該技術分野で既知であり、本明細書に記載されるようなインビボ及びインビトロでの標的細胞のフソソーム送達及びリプログラミングに好適であろう。例えば、ＷＯ２０１３０４０５５７、ＷＯ２０１２０７９０００、ＷＯ２０１６０３０４１４、ＳｍｉｔｈＴ，ｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＮａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．２０１７．ＤＯＩ：１０．１０３８／ＮＮＡＮＯ．２０１７．５７を参照されたく、同文献の開示は参照により本明細書に援用される。

【0285】

３．多能性幹細胞に由来する治療用細胞
本明細書では、免疫認識を回避する、多能性幹細胞に由来する細胞を含む低免疫原性細胞が提供される。一部の実施形態では、該細胞は、患者または対象（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。障害を処置する方法が提供され、該方法は、障害を処置する必要があるレシピエント対象への低免疫原性細胞の集団の反復投与を含む。

【0286】

一部の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞は、ＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原の低減された発現を示すように改変される。他の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞は、ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示すように改変される。一部の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞は、ＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示すように改変される。一部の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示し、かつ増加したＣＤ４７の発現を示すように改変される。一部の事例では、該細胞は、寛容原性因子をコードする１つまたは複数の導入遺伝子を内部にもつことによってＣＤ４７を過剰発現する。一部の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示し、かつ増加した寛容原性因子の発現を示すように改変される。一部の事例では、該細胞は、１つまたは複数のＣＤ２４導入遺伝子を内部にもつことによってＣＤ２４を過剰発現する。一部の事例では、該細胞は、１つまたは複数のＤＵＸ４導入遺伝子を内部にもつことによってＤＵＸ４を過剰発現する。かかる多能性幹細胞は、低免疫原性多能性細胞である。かかる分化細胞は、低免疫原性細胞である。分化細胞の例としては、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞が挙げられるが、これらに限定されない。

【0287】

本明細書に記載の多能性幹細胞のうちのいずれも、生物及び組織の任意の細胞に分化させることができる。一部の実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示す。一部の事例では、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原の発現は、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して低減される。一部の実施形態では、該細胞は、増加したＣＤ４７の発現を示す。一部の事例では、ＣＤ４７の発現は、本明細書に記載の細胞において、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して増加する。ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原のレベルを低減するとともに、ＣＤ４７及び１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるための方法が、本明細書に記載される。

【0288】

一部の実施形態では、本明細書に記載の方法において使用される細胞は、患者（例えば、レシピエント対象）に投与されたときに免疫認識及び応答を回避する。該細胞は、インビトロ及びインビボで免疫細胞による殺傷を回避することができる。一部の実施形態では、該細胞は、マクロファージ及びＮＫ細胞による殺傷を回避する。一部の実施形態では、該細胞は、免疫細胞または対象の免疫系によって無視される。換言すれば、本明細書に記載の方法に従って投与される細胞は、免疫系の免疫細胞によって検出可能でない。一部の実施形態では、該細胞は、覆い隠され、したがって免疫拒絶反応を回避する。

【0289】

多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞が免疫認識を回避するかどうかを決定する方法には、ＩＦＮ－γ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイ、ミクログリア殺傷アッセイ、細胞移植動物モデル、サイトカイン放出アッセイ、ＥＬＩＳＡ、生物発光イメージングまたはクロム放出アッセイまたはＸｃｅｌｌｉｇｅｎｃｅ解析を使用した殺傷アッセイ、混合リンパ球反応、免疫蛍光解析等が含まれるが、これらに限定されない。

【0290】

本明細書に概説される治療用細胞は、限定されないが、がん、遺伝子障害、慢性感染性疾患、自己免疫障害、神経学的障害等といった障害を処置するのに有用である。

【0291】

４．改変細胞の例となる実施形態
一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、及びＭＨＣクラスＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、及びＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩＩ及びＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。

【0292】

一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現及びＢ２Ｍの低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現及びＣＩＩＴＡの低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現及びＮＬＲＣ５の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。本明細書に記載の細胞のうちのいずれも、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含むがこれらに限定されない群から選択される１つまたは複数の因子の増加した発現もまた示す可能性がある。

【0293】

一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩＩ及びＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＢ２Ｍの低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡの低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＮＬＲＣ５の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７及び少なくとも１つの他の寛容原性因子の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。一部の実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含むがこれらに限定されない群からのいずれも含む。

【0294】

当業者であれば、遺伝子、タンパク質、または分子の増加した発現または低減された発現等の発現レベルは、同等の細胞を基準とし得るかまたはそれと比較され得ることを理解しよう。一部の実施形態では、ＣＤ４７の増加した発現を有する操作された幹細胞は、未改変の幹細胞と比較してより高いレベルのＣＤ４７タンパク質を有する改変された幹細胞を指す。

【0295】

一実施形態では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ複合体タンパク質、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ複合体タンパク質のいずれか、またはＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ複合体タンパク質の任意の組み合わせの低減された発現を有する細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、ＣＡＲ－Ｔ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞）が本明細書で提供される。別の実施形態では、該細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、低減されたレベルのＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡポリペプチドを発現する。一部の実施形態では、該細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子の遺伝子改変をもつ。一部の事例では、該遺伝子改変は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子を不活性化する。

【0296】

一部の実施形態では、該細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、ＣＡＲ－Ｔ細胞及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞）は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子を不活性化する遺伝子改変をもつとともに、ＣＤ４７及びＤＵＸ４、ＣＤ４７及びＣＤ２４、ＣＤ４７及びＣＤ２７、ＣＤ４７及びＣＤ４６、ＣＤ４７及びＣＤ５５、ＣＤ４７及びＣＤ５９、ＣＤ４７及びＣＤ２００、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７及びＰＤ－Ｌ１、ＣＤ４７及びＩＤＯ１、ＣＤ４７及びＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＣＤ４７及びＣ１－インヒビター、ＣＤ４７及びＩＬ－１０、ＣＤ４７及びＩＬ－３５、ＣＤ４７及びＩＬ－３９、ＣＤ４７及びＦａｓＬ、ＣＤ４７及びＣＣＬ２１、ＣＤ４７及びＣＣＬ２２、ＣＤ４７及びＭｆｇｅ８、ならびにＣＤ４７及びＳｅｒｐｉｎｂ９、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される複数の外因性ポリペプチドを発現する。一部の事例では、かかる細胞はまた、ＣＤ１４２遺伝子を不活性化する遺伝子改変をもつ。

【0297】

Ｃ．ＣＤ４７
一部の実施形態では、本開示は、寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）ＣＤ４７を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＣＤ４７を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。一部の実施形態では、幹細胞は、外因性ＣＤ４７を発現する。一部の事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。一部の実施形態では、該細胞は、相同性指向修復を使用して、ＣＤ４７をコードする組み込まれた外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。

【0298】

ＣＤ４７は、白血球表面抗原であり、インテグリンの細胞接着及び調節において役割を有する。それは細胞の表面上に発現し、循環マクロファージに当該細胞を食べないようにさせるシグナルを伝達する。

【0299】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に定められる配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７に対するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に定められるＣＤ４７に対するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ＣＤ４７ポリヌクレオチドをコードするヌクレオチド配列は、コドン最適化された配列である。一部の実施形態では、ＣＤ４７ポリヌクレオチドをコードするヌクレオチド配列は、ヒトコドン最適化された配列である。

【0300】

一部の実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。

【0301】

シグナル配列を含む及びシグナル配列を含まないヒトＣＤ４７の例となるアミノ酸配列が、表１で提供される。

【0302】

【表1】

【0303】

一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１２のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１２のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。

【0304】

一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１３のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、配列番号１３のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ヌクレオチド配列は、特定の細胞における発現のためにコドン最適化される。

【0305】

一部の実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドの挿入が容易にされる。場合によっては、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表４に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。

【0306】

別の実施形態では、ＣＤ４７タンパク質発現は、ＣＤ４７タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ４７ｍＲＮＡの存在が確認される。

【0307】

Ｄ．ＣＤ２４
一部の実施形態では、本開示は、寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）ＣＤ２４を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＣＤ２４を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。一部の実施形態では、幹細胞は、外因性ＣＤ２４を発現する。一部の事例では、該細胞は、ヒトＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。一部の実施形態では、該細胞は、相同性指向修復を使用して、ＣＤ２４をコードする組み込まれた外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。

【0308】

熱安定性抗原または小細胞肺癌クラスター４抗原とも称されるＣＤ２４は、グリコシル化グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー型表面タンパク質である（Ｐｉｒｒｕｃｃｅｌｌｏｅｔａｌ．，ＪＩｍｍｕｎｏｌ，１９８６，１３６，３７７９－３７８４、Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ，２０１７，５７，８００－８０６）。それは自然免疫細胞上のＳｉｇｌｅｃ－１０に結合する。最近、Ｓｉｇｌｅｃ－１０を介してＣＤ２４が自然免疫チェックポイントとしての機能を果たすことが示された（Ｂａｒｋａｌｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１９，５７２，３９２－３９６）。

【0309】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿００１２７８６６６．１、ＮＰ＿００１２７８６６７．１、ＮＰ＿００１２７８６６８．１、及びＮＰ＿０３７３６２．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿００１２７８６６６．１、ＮＰ＿００１２７８６６７．１、ＮＰ＿００１２７８６６８．１、及びＮＰ＿０３７３６２．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。

【0310】

一部の実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１２９７３７．１、ＮＭ＿００１２９７３８．１、ＮＭ＿００１２９１７３９．１、及びＮＭ＿０１３２３０．３に定められる配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１２９７３７．１、ＮＭ＿００１２９７３８．１、ＮＭ＿００１２９１７３９．１、及びＮＭ＿０１３２３０．３に定められるヌクレオチド配列を含む。

【0311】

別の実施形態では、ＣＤ２４タンパク質発現は、ＣＤ２４タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ２４ｍＲＮＡの存在が確認される。

【0312】

一部の実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドの挿入が容易にされる。場合によっては、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表４に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。

【0313】

Ｅ．ＤＵＸ４
一部の実施形態では、本開示は、ＤＵＸ４等の寛容原性または免疫抑制因子の発現を増加させるように改変されたゲノムを含む細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＤＵＸ４の増加した発現をもたらすように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。一態様では、本開示は、外因性で発現させたＤＵＸ４タンパク質を含む細胞またはその集団を提供する。一部の実施形態では、該細胞は、相同性指向修復を使用して、ＤＵＸ４をコードする組み込まれた外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。一部の実施形態では、ＤＵＸ４の増加した発現は、以下のＭＨＣＩ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を抑制、低減、または排除する。

【0314】

ＤＵＸ４は、胚組織及び人工多能性幹細胞において活性をもち、正常な健常体細胞組織においてはサイレントである転写因子である（Ｆｅｎｇｅｔａｌ．，２０１５，ＥＬｉｆｅ４、ＤｅＩａｃｏｅｔａｌ．，２０１７，ＮａｔＧｅｎｅｔ．，４９，９４１－９４５、Ｈｅｎｄｒｉｃｋｓｏｎｅｔａｌ．，２０１７，ＮａｔＧｅｎｅｔ．，４９，９２５－９３４、Ｓｎｉｄｅｒｅｔａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳＧｅｎｅｔ．，ｅ１００１１８１、Ｗｈｉｄｄｏｎｅｔａｌ．，２０１７，ＮａｔＧｅｎｅｔ．）。ＤＵＸ４発現は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ遺伝子発現（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃの発現）のＩＦＮ－ガンマ媒介性の誘導を遮断するように作用する。ＤＵＸ４発現は、ＭＨＣクラスＩによる抗原提示の抑制に関わっているとされている（Ｃｈｅｗｅｔａｌ．，ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌＣｅｌｌ，２０１９，５０：１－１４）。ＤＵＸ４は、切断段階の遺伝子発現（転写）プログラムにおける転写因子として機能する。その標的遺伝子には、コード遺伝子、非コード遺伝子、及び反復エレメントが含まれるが、これらに限定されない。

【0315】

ＤＵＸ４の少なくとも２つのアイソフォームが存在し、このうち最も長いアイソフォームがＤＵＸ４のＣ末端に転写活性化ドメインを含む。これらのアイソフォームは、選択的スプライシングによって生み出される。例えば、Ｇｅｎｇｅｔａｌ．，２０１２，ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌＣｅｌｌ，２２，３８－５１、Ｓｎｉｄｅｒｅｔａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳＧｅｎｅｔ．，ｅ１００１１８１を参照されたい。ＤＵＸ４の活性なアイソフォームは、そのＮ末端にＤＮＡ結合ドメイン及びそのＣ末端に活性化ドメインを含む。例えば、Ｃｈｏｉｅｔａｌ．，２０１６，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄＲｅｓ．，４４，５１６１－５１７３を参照されたい。

【0316】

ＤＵＸ４のＣｐＧモチーフの数を低減することにより、ＤＵＸ４導入遺伝子のサイレンシングが減少することが示されている（Ｊａｇａｎｎａｔｈａｎｅｔａｌ．，ＨｕｍａｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＧｅｎｅｔｉｃｓ，２０１６，２５（２０）：４４１９－４４３１）。Ｊａｇａｎｎａｔｈａｎｅｔａｌ．，（上記参照）で提供される核酸配列は、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しながらＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列を表す。この核酸配列は、Ａｄｄｇｅｎｅ（カタログ番号９９２８１）から市販されている。

【0317】

ある特定の態様では、少なくとも１つまたは複数のポリヌクレオチドを利用して、細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞によるＤＵＸ４の外因性発現を容易にしてもよい。

【0318】

一部の実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドの挿入が容易にされる。場合によっては、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表４に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。

【0319】

一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しながらＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４のコドンが変化したヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、２０２０年７月３１日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の配列同一性を有する。一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１である。

【0320】

一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択される配列に対して少なくとも９５％（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の配列同一性を有するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列である。一部の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択されるポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列である。配列番号２～２９として定められるアミノ酸配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の図１Ａ～１Ｇに示される。

【0321】

一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２０９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２０９．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１２８０７２７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１２８０７２７．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８９．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８５．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＵＡ６０６２２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＵＡ６０６２２．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８３．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８３．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２１０．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２１０．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７０６．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７０６．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８５．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８８．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１７．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９０．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９０．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８９．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９２．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９３．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９３．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１２．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９１．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９１．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１４．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１４．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８４．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８４．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９５．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９９．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿９４２０８８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２８のアミノ酸配列を含む。一部の事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２９に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２９のアミノ酸配列を含む。

【0322】

他の実施形態では、寛容原性因子の発現は、発現ベクターを使用して容易にされる。一部の実施形態では、発現ベクターは、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しながらＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、コドンが変化した配列である、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列を含む。場合によっては、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１を含む。場合によっては、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１である。他の実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１を含む、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択される配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＤＵＸ４ポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択されるＤＵＸ４ポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含む。

【0323】

ＤＵＸ４発現の増加は、本明細書に記載の分子のうちのいずれかの発現の存在について、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、イムノアッセイ等といった既知の技法を使用してアッセイすることができる。

【0324】

Ｆ．ＣＩＩＴＡ
ある特定の態様では、本明細書に開示される技術は、クラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣＩＩ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0325】

ＣＩＩＴＡは、ＬＲ、またはヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのタンパク質のメンバーであり、ＭＨＣエンハンセオソームと会合することによってＭＨＣＩＩの転写を制御する。

【0326】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのオルソログである。

【0327】

一部の実施形態では、ＣＩＩＴＡの低減された発現またはその排除は、以下のＭＨＣクラスＩＩ、すなわちＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。

【0328】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。一部の実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録１または表１２の配列番号５１８４～３６３５２からなる群から選択され、この開示は参照によりその全体が援用される。一部の実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、ＣＩＩＴＡ遺伝子にて挿入される。

【0329】

ＣＩＩＴＡ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＣＩＩＴＡ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－ＩＩ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＩＩＴＡタンパク質発現は、ＣＩＩＴＡタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0330】

Ｇ．Ｂ２Ｍ
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される技術は、アクセサリー鎖Ｂ２Ｍの発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0331】

Ｂ２Ｍの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、ＭＨＣ－Ｉ分子の表面輸送が遮断され、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに免疫寛容を示す。一部の実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。

【0332】

一部の実施形態では、本明細書で提供される標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのオルソログである。

【0333】

一部の実施形態では、Ｂ２Ｍの発現の減少または排除は、以下のＭＨＣＩ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。

【0334】

一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＢ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＢ２Ｍ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６／１８３０４１の付録２または表１５の配列番号８１２４０～８５６４４からなる群から選択され、この開示は参照によりその全体が援用される。一部の実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、Ｂ２Ｍ遺伝子にて挿入される。

【0335】

Ｂ２Ｍ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＢ２Ｍ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－Ｉ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、Ｂ２Ｍタンパク質発現は、Ｂ２Ｍタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0336】

Ｈ．ＮＬＲＣ５
ある特定の態様では、本明細書に開示される技術は、ＮＬＲファミリー、ＣＡＲＤドメイン含有５／ＮＯＤ２７／ＣＬＲ１６．１（ＮＬＲＣ５）の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＮＬＲＣ５発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0337】

ＮＬＲＣ５は、ＭＨＣ－Ｉ媒介性免疫応答のレギュレーターであり、ＣＩＩＴＡと同様に、ＮＬＲＣ５は、ＩＦＮ－γによって高度に誘導性であり、核内に移行することができる。ＮＬＲＣ５は、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子のプロモーターを活性化し、ＭＨＣ－Ｉのみならず、ＭＨＣ－Ｉ抗原提示に関与する関連遺伝子の転写を誘導する。

【0338】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のオルソログである。

【0339】

一部の実施形態では、ＮＬＲＣ５の発現の減少または排除は、以下のＭＨＣＩ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。

【0340】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＮＬＲＣ５遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＮＬＲＣ５遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。一部の実施形態では、ＮＬＲＣ５遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録３または表１４の配列番号３６３５３～８１２３９からなる群から選択され、この開示は参照によりその全体が援用される。

【0341】

ＮＬＲＣ５遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＮＬＲＣ５遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－Ｉ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＮＬＲＣ５タンパク質発現は、ＮＬＲＣ５タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0342】

Ｉ．ＴＲＡＣ
多くの実施形態では、本明細書に開示される技術は、Ｔ細胞受容体アルファ鎖の定常領域の発現を制御可能に標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＴＲＡＣ遺伝子を含むＴＣＲ遺伝子の発現を制御可能に調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＴＲＡＣ発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0343】

ＴＲＡＣの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、ＴＣＲ分子の表面輸送が遮断される。一部の実施形態では、該細胞はまた、レシピエント対象において免疫応答を誘導する能力も低減されている。

【0344】

一部の実施形態では、本技術の標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのオルソログである。

【0345】

一部の実施形態では、ＴＲＡＣの発現の減少または排除は、ＴＣＲの表面発現を低減または排除する。

【0346】

一部の実施形態では、限定されないが、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、人工多能性幹細胞から分化させたＴ細胞、初代Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞に由来する細胞等の細胞は、ＴＲＡＣタンパク質をコードする遺伝子座にて制御可能な遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座にて制御可能な遺伝子改変を含む。一部の事例では、ＴＲＡＣタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ番号Ｘ０２５９２．１に定められる。一部の事例では、ＴＲＡＣ遺伝子座は、参照配列番号ＮＧ＿００１３３２．３及びＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８７５５に記載される。ある特定の実例では、ＴＲＡＣのアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８として示される。ＴＲＡＣタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８、ＨＧＮＣ参照番号１２０２９、及びＯＭＩＭ参照番号１８６８８０に見出すことができる。

【0347】

一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子を標的とする制御可能な遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子を標的とする制御可能な遺伝子改変は、制御可能なＣａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードする制御可能なポリヌクレオチド、及びＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、制御可能なレアカットエンドヌクレアーゼを用いる。一部の実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号５３２～６０９及び９１０２～９７９７からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。

【0348】

ＴＲＡＣ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一部の実施形態では、結果として生じるＴＲＡＣ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＴＣＲ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＴＲＡＣタンパク質発現は、ＴＲＡＣタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0349】

一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ発現の制御可能なノックアウトを含み、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＡＣ^－／－である。一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内にインデルを制御可能に導入し、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＡＣ^{インデル／インデル}である。一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ発現の制御可能なノックダウンを含み、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＡＣ^{ノックダウン}である。

【0350】

Ｊ．ＴＲＢ
多くの実施形態では、本明細書に開示される技術は、Ｔ細胞受容体ベータ鎖の定常領域の発現を制御可能に標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、Ｔ細胞抗原受容体、ベータ鎖をコードする遺伝子（例えば、ＴＲＢ、ＴＲＢＣ、またはＴＣＲＢ遺伝子）を含むＴＣＲ遺伝子の発現を制御可能に調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＴＲＢ発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0351】

ＴＲＢの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、ＴＣＲ分子の表面輸送が遮断される。一部の実施形態では、該細胞はまた、レシピエント対象において免疫応答を誘導する能力も低減されている。

【0352】

一部の実施形態では、本技術の標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのオルソログである。

【0353】

一部の実施形態では、ＴＲＢの発現の減少または排除は、ＴＣＲの表面発現を低減または排除する。

【0354】

一部の実施形態では、限定されないが、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、人工多能性幹細胞から分化させたＴ細胞、初代Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞に由来する細胞等の細胞は、ＴＲＢタンパク質をコードする遺伝子座にて制御可能な遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＴＲＢ遺伝子座にて制御可能な遺伝子改変を含む。一部の事例では、ＴＲＢタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＤＳＥ２に定められる。一部の事例では、ＴＲＢ遺伝子座は、参照配列番号ＮＧ＿００１３３３．２及びＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６９５７に記載される。ある特定の実例では、ＴＲＢのアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８として示される。ＴＲＢタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、ＧｅｎＢａｎｋ番号Ｌ３６０９２．２、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０ＤＳＥ２、及びＨＧＮＣ参照番号１２１５５に見出すことができる。

【0355】

一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＢ遺伝子を標的とする制御可能な遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、ＴＲＢ遺伝子を標的とする制御可能な遺伝子改変は、制御可能なＣａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードする制御可能なポリヌクレオチド、及びＴＲＢ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、制御可能なレアカットエンドヌクレアーゼを用いる。一部の実施形態では、ＴＲＢ遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号６１０～７６５及び９７９８～１０５３２からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。

【0356】

ＴＲＢ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一部の実施形態では、結果として生じるＴＲＢ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＴＣＲ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＴＲＢタンパク質発現は、ＴＲＢタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0357】

一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＢ発現の制御可能なノックアウトを含み、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＢ^－／－である。一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内にインデルを制御可能に導入し、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＢ^{インデル／インデル}である。一部の実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、ＴＲＢ発現の制御可能なノックダウンを含み、それにより該細胞は、制御可能にＴＲＢ^{ノックダウン}である。

【0358】

Ｋ．ＣＤ１４２
ある特定の態様では、本明細書に開示される技術は、ＣＤ１４２（組織因子、因子ＩＩＩ、及びＦ３としても知られる）の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＣＤ１４２発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0359】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２またはＣＤ１４２のバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２のホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２のオルソログである。

【0360】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＣＤ１４２遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＤ１４２遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＤ１４２遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＣＤ１４２を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。

【0361】

ＣＤ１４２遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＣＤ１４２遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＣＤ１４２発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＤ１４２タンパク質発現は、ＣＤ１４２タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0362】

ヒトＣＤ１４２についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｍ０９４５３０、ＨＧＮＣ番号３５４１、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ２１５２、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１１７８０９６．１、ＮＭ＿００１９９３．４、ＮＰ＿００１１７１５６７．１、及びＮＰ＿００１９８４．１、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ１３７２６等で提供される。

【0363】

Ｌ．ＣＴＬＡ４
ある特定の態様では、本明細書に開示される技術は、ＣＴＬＡ４の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＣＴＬＡ４発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0364】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ４またはＣＴＬＡ４のバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ４のホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ４のオルソログである。

【0365】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＣＴＬＡ４遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＴＬＡ４遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。遺伝子改変は、初代Ｔ細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞を含むＴ細胞におけるＣＴＬＡ４ポリヌクレオチド及びＣＴＬＡ４ポリペプチドの発現を低減し得る。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＴＬＡ４遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＴＬＡ４遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＣＴＬＡ４を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。

【0366】

ＣＴＬＡ４遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＣＴＬＡ４遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＣＴＬＡ４発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＴＬＡ４タンパク質発現は、ＣＴＬＡ４タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0367】

ヒトＣＴＬＡ４についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０２Ｐ２０３８６７、ＨＧＮＣ番号２５０５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ１４９３、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００５２１４．４、ＮＭ＿００１０３７６３１．２、ＮＰ＿００１０３２７２０．１及びＮＰ＿００５２０５．２、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ１６４１０等で提供される。

【0368】

Ｍ．ＰＤ１
ある特定の態様では、本明細書に開示される技術は、ＰＤ１の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。一部の実施形態では、調節は、遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、ホーミングエンドヌクレアーゼ、及びメガヌクレアーゼからなる群から選択される方法を使用したノックアウトまたはノックダウンからなる群から選択されるＤＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、改変は、一過性である（例えば、ｓｉＲＮＡ法を用いることによるものを含む）。一部の実施形態では、調節は、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、及びＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）からなる群から選択されるＲＮＡベースの方法を使用して起こる。一部の実施形態では、ＰＤ１発現の調節には、低減された転写、減少したｍＲＮＡ安定性（ＲＮＡｉ機構を用いて等）、及び低減されたタンパク質レベルが含まれるが、これらに限定されない。

【0369】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ１またはＰＤ１のバリアントである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ１のホモログである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ１のオルソログである。

【0370】

一部の実施形態では、本明細書に概説される細胞は、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ１）タンパク質をコードする遺伝子またはＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。遺伝子改変は、初代Ｔ細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞を含むＴ細胞におけるＰＤ１ポリヌクレオチド及びＰＤ１ポリペプチドの発現を低減し得る。一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＰＤＣＤ１遺伝子を特異的に標的とするための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＰＤ１を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。

【0371】

ＰＤＣＤ１遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＰＤＣＤ１遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＰＤ１発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＰＤ１タンパク質発現は、ＰＤ１タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。

【0372】

ＰＤＣＤ１遺伝子を含むヒトＰＤ１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０２Ｍ２４１８４９、ＨＧＮＣ番号８７６０、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ５１３３、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ１５１１６、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００５０１８．２及びＮＰ＿００５００９．２で提供される。

【0373】

Ｎ．追加の寛容原性因子
ある特定の実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子をゲノム編集された細胞に挿入または再挿入して、普遍的ドナー幹細胞、普遍的ドナーＴ細胞、または普遍的ドナー細胞等の、免疫特権が備わった普遍的ドナー細胞を作出することができる。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される低免疫原性細胞は、１つまたは複数の寛容原性因子を発現するようにさらに改変されている。

【0374】

例となる寛容原性因子には、限定されないが、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＤ１６Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、Ｈ２－Ｍ３、及びＣＤ３５が含まれる。一部の実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、及びＭｆｇｅ８からなる群から選択される。一部の実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、及びＩＬ－３５からなる群から選択される。一部の実施形態では、寛容原性因子は、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、及びＩＬ－３５からなる群から選択される。

【0375】

一部の事例では、免疫拒絶反応を能動的に阻害するために、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム等の遺伝子編集システムを使用して、ＡＡＶＳ１遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内への寛容原性因子等の、寛容原性因子の挿入が容易にされる。一部の事例では、寛容原性因子は、発現ベクターを使用してセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座である。

【0376】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣＤ４７を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＣＤ４７を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＣＤ４７の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表２９の配列番号２００７８４～２３１８８５からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0377】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｃを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｃを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｃの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１０の配列番号３２７８～５１８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0378】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｅを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｅを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｅの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１９の配列番号１８９８５９～１９３１８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0379】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｆを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｆを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｆの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表４５の配列番号６８８８０８～３９９７５４からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0380】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｇを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｇを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＨＬＡ－Ｇの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１８の配列番号１８８３７２～１８９８５８からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0381】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＰＤ－Ｌ１を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＰＤ－Ｌ１を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＰＤ－Ｌ１の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表２１の配列番号１９３１８４～２００７８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0382】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣＴＬＡ４－Ｉｇを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＣＴＬＡ４－Ｉｇを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＣＴＬＡ４－Ｉｇの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。

【0383】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣ１－インヒビターを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、Ｃ１－インヒビターを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＣ１－インヒビターの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0384】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＩＬ－３５を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＩＬ－３５を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＩＬ－３５の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。一部の実施形態では、初代細胞には、心細胞、心筋前駆細胞、神経細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、幹細胞には、胚性幹細胞、人工幹細胞、間葉系幹細胞、及び造血幹細胞が含まれるが、これらに限定されない。

【0385】

一部の実施形態では、寛容原性因子は、発現ベクターを使用して細胞において発現される。例えば、細胞においてＣＤ４７を発現させるための発現ベクターは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチド配列を含む。発現ベクターは、誘導性発現ベクターであり得る。発現ベクターは、限定されないがレンチウイルスベクター等のウイルスベクターであり得る。

【0386】

一部の実施形態では、本開示は、細胞のゲノムが、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＣＩＩＴＡ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＬＲＣ５、Ｂ２Ｍ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＮＦＹ－Ｂ、ＰＤ－Ｌ１、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、ＴＡＰ１、ＧＩＴＲ、４－１ＢＢ、ＣＤ２８、Ｂ７－１、ＣＤ４７、Ｂ７－２、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、ＳＬＡＭ、ＣＤ２２６、ＩＣＯＳ、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、ＣＤ２４４、ＬＦＡ－１、ＳＴ２、ＨＬＡ－Ｆ、ＣＤ３０、Ｂ７－Ｈ３、ＶＩＳＴＡ、ＴＬＴ、ＰＤ－Ｌ２、ＣＤ５８、ＣＤ２、ＨＥＬＩＯＳ、及びＩＤＯ１からなる群から選択されるポリペプチドのうちのいずれか１つを発現するように改変されたゲノムを含む、細胞（例えば、初代細胞及び／または低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＣＩＩＴＡ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＬＲＣ５、Ｂ２Ｍ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＮＦＹ－Ｂ、ＰＤ－Ｌ１、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、ＴＡＰ１、ＧＩＴＲ、４－１ＢＢ、ＣＤ２８、Ｂ７－１、ＣＤ４７、Ｂ７－２、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＨＶＥＭ、ＳＬＡＭ、ＣＤ２２６、ＩＣＯＳ、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ３、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、ＣＤ２４４、ＬＦＡ－１、ＳＴ２、ＨＬＡ－Ｆ、ＣＤ３０、Ｂ７－Ｈ３、ＶＩＳＴＡ、ＴＬＴ、ＰＤ－Ｌ２、ＣＤ５８、ＣＤ２、ＨＥＬＩＯＳ、及びＩＤＯ１からなる群から選択されるポリペプチドのうちのいずれか１つを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の態様では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内への選択されたポリペプチドの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録１～４７及び配列表に開示されるいずれか１つから選択され、同文献の開示は参照により本明細書に援用される。

【0387】

一部の実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドの挿入が容易にされる。場合によっては、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、ＧＦＡＰ、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表４に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。

【0388】

Ｏ．遺伝子改変の方法
一部の実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼは、レアカットエンドヌクレアーゼをコードする核酸の形態で、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞に導入される。核酸を細胞に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ｍＲＮＡ（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）を含む。

【0389】

本明細書に記載の標的ポリヌクレオチド配列は、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を利用して、当業者に利用可能である任意の様態で変化させてもよい。細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる任意のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが使用され得る。かかるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、様々なＣａｓタンパク質を用いることができる（Ｈａｆｔｅｔａｌ．ＰＬｏＳＣｏｍｐｕｔＢｉｏｌ．２００５；１（６）ｅ６０）。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを可能にするかかるＣａｓタンパク質の分子機構には、ＲＮＡ結合タンパク質、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、ならびにポリメラーゼが含まれる。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。

【0390】

本明細書に開示される遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して、細胞内の任意の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる。当業者であれば、任意の特定の細胞において変化させるのに望ましい標的ポリヌクレオチド配列は、ゲノム配列の発現が障害に関連するかまたはさもなければ細胞内への病原体の進入を容易にする、任意のゲノム配列に対応してもよいことを容易に理解しよう。例えば、細胞において変化させるのに望ましい標的ポリヌクレオチド配列は、疾患に関連する単一ポリヌクレオチド多型を含有するゲノム配列に対応するポリヌクレオチド配列であってもよい。かかる例では、本明細書に開示されるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、細胞において疾患に関連するＳＮＰを、それを野生型アレルと置き換えることによって補正することができる。別の例では、細胞内への病原体の進入または増殖の原因となる標的遺伝子のポリヌクレオチド配列が、標的遺伝子の機能を破壊して、病原体が該細胞に進入するかまたは該細胞の内部で増殖することを阻止するための好適な欠失または挿入の標的であり得る。

【0391】

一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ゲノム配列である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ヒトゲノム配列である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、哺乳類ゲノム配列である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、脊椎動物ゲノム配列である。

【0392】

一部の実施形態では、本明細書で提供されるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓタンパク質、及びＣａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる少なくとも１～２つのリボ核酸を含む。本明細書で使用されるとき、「タンパク質」及び「ポリペプチド」とは、ペプチド結合によって接合された一続きのアミノ酸残基（すなわち、アミノ酸のポリマー）を指して互換的に使用され、修飾されたアミノ酸（例えば、リン酸化、糖化、グリコシル化等）及びアミノ酸類似体を含む。例となるポリペプチドまたはタンパク質には、遺伝子産物、天然型タンパク質、ホモログ、パラログ、断片、ならびに上記のものの他の同等物、バリアント、及び類似体が含まれる。

【0393】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つまたは複数のアミノ酸置換または改変を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換を含む。一部の事例では、置換及び／または改変は、細胞においてタンパク質分解を阻止もしくは低減する、及び／またはポリペプチドの半減期を延長することができる。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ペプチド結合の置き換え（例えば、尿素、チオ尿素、カルバメート、スルホニル尿素等）を含み得る。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、天然型アミノ酸を含み得る。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、代替のアミノ酸（例えば、Ｄ－アミノ酸、ベータ－アミノ酸、ホモシステイン、ホスホセリン等）を含み得る。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、部分構造（例えば、ＰＥＧ化、グリコシル化、脂質化、アセチル化、エンドキャッピング等）を含めるような修飾を含み得る。

【0394】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、コアＣａｓタンパク質、そのアイソフォーム、または任意のＣａｓタンパク質もしくはそのアイソフォームの類似の機能または活性を有する任意のＣａｓ様タンパク質を含む。例となるＣａｓコアタンパク質には、Ｃａｓ１、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ６、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８、及びＣａｓ９が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ２）を含む。Ｅ．Ｃｏｌｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｅ３、Ｃｓｅ４、及びＣａｓ５ｅが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＹｐｅｓｔサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ３）を含む。Ｙｐｅｓｔサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＣｓｙ４が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＮｍｅｎｉサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ４）を含む。Ｎｍｅｎｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｎ１及びＣｓｎ２が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＤｖｕｌｇサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ１）を含む。Ｄｖｕｌｇサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｄ１、Ｃｓｄ２、及びＣａｓ５ｄが含まれる。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＴｎｅａｐサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ７）を含む。Ｔｎｅａｐサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｔ１、Ｃｓｔ２、Ｃａｓ５ｔが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＨｍａｒｉサブタイプのＣａｓタンパク質を含む。Ｈｍａｒｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｈ１、Ｃｓｈ２、及びＣａｓ５ｈが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＡｐｅｒｎサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ５）を含む。Ａｐｅｒｎサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓａ１、Ｃｓａ２、Ｃｓａ３、Ｃｓａ４、Ｃｓａ５、及びＣａｓ５ａが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＭｔｕｂｅサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ６）を含む。Ｍｔｕｂｅサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｍ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、及びＣｓｍ５が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質を含む。例となるＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質には、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ２、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、及びＣｍｒ６が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｋｌｏｍｐｅｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ５７１，２１９－２２５（２０１９）、Ｓｔｒｅｃｋｅｒｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ３６５，４８－５３（２０１９）を参照されたい。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｉ型サブタイプのＣａｓタンパク質を含む。Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質は、クラス１ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質のサブタイプである。例としては、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及び／またはＧＳＵ００５４が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及び／またはＧＳＵ００５４を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＩＩ型サブタイプのＣａｓタンパク質を含む。ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質は、クラス２ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質のサブタイプである。例としては、Ｃａｓ９、Ｃｓｎ２、及び／またはＣａｓ４が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９、Ｃｓｎ２、及び／またはＣａｓ４を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＩＩＩ型サブタイプのＣａｓタンパク質を含む。ＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質は、クラス１ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質のサブタイプである。例としては、Ｃａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及び／またはＣｓｘ１０が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及び／またはＣｓｘ１０を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＩＶ型サブタイプのＣａｓタンパク質を含む。ＩＶ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質は、クラス１ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質のサブタイプである。例としては、Ｃｓｆ１が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃｓｆ１を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｖ型サブタイプのＣａｓタンパク質を含む。Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質は、クラス２ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエフェクタータンパク質のサブタイプである。Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム及びそれらのエフェクタータンパク質（例えば、Ｃａｓ１２ａ等のＣａｓ１２ファミリータンパク質）の例については、例えば、Ｓｈｍａｋｏｖｅｔａｌ．，ＮａｔＲｅｖＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；１５（３）：１６９－１８２：“Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆｃｌａｓｓ２ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓｓｙｓｔｅｍｓ．”を参照されたい。例としては、Ｃａｓ１２ファミリー（Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ）、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、及びＣ２ｃ９、ならびにＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）が挙げられるが、これらに限定されない。また、例えば、Ｋｏｏｎｉｎｅｔａｌ．，ＣｕｒｒＯｐｉｎＭｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；３７：６７－７８：“Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｅｖｏｌｕｔｉｏｎｏｆＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓｓｙｓｔｅｍｓ．”も参照されたい。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃａｓ１２ｄ、及び／またはＣａｓ１２ｅ等のＣａｓ１２タンパク質を含む。

【0395】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載のＣａｓタンパク質のうちのいずれか１つまたはその機能的部分を含む。本明細書で使用されるとき、「機能的部分」とは、少なくとも１つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））と複合体化して、標的ポリヌクレオチド配列を切断するその能力を保持するペプチドの一部分を指す。一部の実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ９タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。一部の実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ１２ａ（別名、Ｃｐｆ１）タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。一部の実施形態では、機能的ドメインは、複合体を形成する。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＨＮＨヌクレアーゼドメインの機能的部分を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。

【0396】

一部の実施形態では、外因性Ｃａｓタンパク質は、ポリペプチド形態で細胞に導入され得る。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞透過ポリペプチドまたは細胞透過ペプチドにコンジュゲートまたは融合され得る。本明細書で使用されるとき、「細胞透過ポリペプチド」及び「細胞透過ペプチド」とは、細胞内への分子の取り込みを容易にするポリペプチドまたはペプチドをそれぞれ指す。細胞透過ポリペプチドは、検出可能な標識を含有し得る。

【0397】

ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、荷電タンパク質（例えば、正電荷、負電荷、または全体的に中性の電荷を保有する）にコンジュゲートまたは融合され得る。かかる連結は、共有結合性であり得る。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質が細胞を透過する能力を顕著に増加させるために、超陽性荷電したＧＦＰに融合され得る（Ｃｒｏｎｉｃａｎｅｔａｌ．ＡＣＳＣｈｅｍＢｉｏｌ．２０１０；５（８）：７４７－５２）。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞内へのその進入を容易にするためにタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）に融合され得る。例となるＰＴＤには、Ｔａｔ、オリゴアルギニン、及びペネトラチンが含まれる。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。

【0398】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸の形態で、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞に導入され得る。核酸を細胞に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。一部の実施形態では、核酸は、ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ＤＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡを含む。一部の実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ｍＲＮＡ（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）を含む。

【0399】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。

【0400】

本明細書に開示される方法は、Ｃａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる、任意のリボ核酸の使用を企図する。一部の実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ｔｒａｃｒＲＮＡを含む。一部の実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ＣＲＩＳＰＲＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、単一のリボ核酸が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸の両方が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。当業者には理解されようが、本明細書で提供されるリボ核酸は、用いられる特定のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに応じて様々な異なる標的モチーフにハイブリダイズし、標的ポリヌクレオチドの配列にハイブリダイズするように選択され得る。１～２つのリボ核酸はまた、標的ポリヌクレオチド配列以外の核酸配列とのハイブリダイゼーションを最小限に抑えるようにも選択され得る。一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも２つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも１つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸は、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々が、標的モチーフ間に位置する変異アレルの両側に位置する、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。

【0401】

一部の実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。

【0402】

一部の実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の同じ鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。一部の実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。一部の実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列には相補的でなく、及び／またはそれにはハイブリダイズしない。一部の実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の重複する標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。一部の実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列のオフセット標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。

【0403】

一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸及び少なくとも１～２つのリボ核酸をコードする核酸は、ウイルス形質導入（例えば、レンチウイルス形質導入）を介して細胞に導入される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。

【0404】

本明細書に記載の遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な例となるｇＲＮＡ配列が、表２で提供される。これらの配列は、２０１６年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１に見出すことができ、表、付録、及び配列表を含めたこの開示は、参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0405】

【表2】

【0406】

本明細書に記載される遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な他の例となるｇＲＮＡ配列は、２０２１年５月１９日に出願された米国仮特許出願第６３／１９０，６８５号、及び２０２１年７月１４日に出願された米国仮特許出願第６３／２２１，８８７号で提供され、表、付録、及び配列表を含めた同文献の開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0407】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）手法を使用して作製される。「ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）とは、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）に典型的に由来する核酸結合ドメイン及び核酸標的配列を切断するための１つのヌクレアーゼ触媒ドメインからなる融合タンパク質を意図する。触媒ドメインは、好ましくはヌクレアーゼドメイン、より好ましくは、例えば、Ｉ－ＴｅｖＩ、ＣｏｌＥ７、ＮｕｃＡ、及びＦｏｋ－Ｉのような、エンドヌクレアーゼ活性を有するドメインである。特定の実施形態では、ＴＡＬＥドメインは、例えば、Ｉ－ＣｒｅＩ及びＩ－Ｏｎｕｌまたはそれらの機能的バリアントのような、メガヌクレアーゼに融合され得る。より好ましい実施形態では、該ヌクレアーゼは、モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼは、ＷＯ２０１２１３８９２７に記載される操作されたＴＡＬリピートとＩ－ＴｅｖＩの触媒ドメインとの融合体等の、特異的認識及び切断のために二量体化を必要としないＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、細菌種Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ由来のタンパク質であり、複数のリピートを含み、各リピートが、１２位及び１３位において核酸標的配列の各ヌクレオチド塩基に特異的である二残基（ＲＶＤ）を含む。類似のモジュール式塩基対塩基核酸結合特性（ｍｏｄｕｌａｒｂａｓｅ－ｐｅｒ－ｂａｓｅｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄｂｉｎｄｉｎｇｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ）を有する結合ドメイン（ＭＢＢＢＤ）もまた、出願人によって最近発見された異なる細菌種における新たなモジュール式タンパク質に由来し得る。この新たなモジュール式タンパク質は、ＴＡＬリピートよりも大きな配列可変性を示すという利点を有する。好ましくは、異なるヌクレオチドの認識に関連するＲＶＤは、Ｃを認識するためのＨＤ、Ｔを認識するためのＮＧ、Ａを認識するためのＮＩ、ＧまたはＡを認識するためのＮＮ、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴを認識するためのＮＳ、Ｔを認識するためのＨＧ、Ｔを認識するためのＩＧ、Ｇを認識するためのＮＫ、Ｃを認識するためのＨＡ、Ｃを認識するためのＮＤ、Ｃを認識するためのＨＩ、Ｇを認識するためのＨＮ、Ｇを認識するためのＮＡ、ＧまたはＡを認識するためのＳＮ及びＴを認識するためのＹＧ、Ａを認識するためのＴＬ、ＡまたはＧを認識するためのＶＴ、ならびにＡを認識するためのＳＷである。別の実施形態では、アミノ酸１２及び１３は、ヌクレオチドＡ、Ｔ、Ｃ、及びＧに対するそれらの特異性を調節するため、ならびに特にこの特異性を強化するために、他のアミノ酸残基に向けて変異させることができる。ＴＡＬＥＮキットは、市販されている。

【0408】

一部の実施形態では、該細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用して操作される。「ジンクフィンガー結合タンパク質」とは、亜鉛イオンの配位によるタンパク質構造の安定化の結果として、好ましくは配列特異的様態で、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及び／またはタンパク質に結合するタンパク質またはポリペプチドである。ジンクフィンガー結合タンパク質という用語は、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＰと略称される場合が多い。個々のＤＮＡ結合ドメインは、典型的には、「フィンガー」と称される。ＺＦＰは、少なくとも１つのフィンガー、典型的には２つのフィンガー、３つのフィンガー、または６つのフィンガーを有する。各フィンガーは、ＤＮＡの２～４つの塩基対、典型的にはＤＮＡの３または４つの塩基対に結合する。ＺＦＰは、標的部位または標的セグメントと呼ばれる核酸配列に結合する。各フィンガーは、典型的には、およそ３０アミノ酸の亜鉛キレート化ＤＮＡ結合サブドメインを含む。このクラスの単一のジンクフィンガーは、単一のベータターンの２つのシステイン残基とともに亜鉛と配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含むアルファヘリックスからなることが、研究により実証されている（例えば、Ｂｅｒｇ＆Ｓｈｉ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２７１：１０８１－１０８５（１９９６）を参照されたい）。

【0409】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ホーミングエンドヌクレアーゼを使用して作製される。かかるホーミングエンドヌクレアーゼは、当該技術分野で周知である（Ｓｔｏｄｄａｒｄ２００５）。ホーミングエンドヌクレアーゼは、ＤＮＡ標的配列を認識し、一本鎖または二本鎖切断を生じさせる。ホーミングエンドヌクレアーゼは、高度に特異的であり、長さ１２～４５塩基対（ｂｐ）の範囲、通常は長さ１４～４０ｂｐの範囲のＤＮＡ標的部位を認識する。ホーミングエンドヌクレアーゼは、例えば、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧエンドヌクレアーゼ、ＨＮＨエンドヌクレアーゼ、またはＧＩＹ－ＹＩＧエンドヌクレアーゼに対応し得る。一部の実施形態では、ホーミングエンドヌクレアーゼは、Ｉ－ＣｒｅＩバリアントであり得る。

【0410】

一部の実施形態では、本明細書に記載の細胞は、メガヌクレアーゼを使用して作製される。メガヌクレアーゼは、定義上、大きな配列を認識する配列特異的エンドヌクレアーゼである（Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ，Ｂ．Ｓ．ａｎｄＢ．Ｌ．Ｓｔｏｄｄａｒｄ，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，２００１，２９，３７５７－３７７４）。それらは、生細胞において固有の部位を切断し、それによって切断部位の近傍で遺伝子の標的化を１０００倍以上強化することができる（Ｐｕｃｈｔａｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，１９９３，２１，５０３４－５０４０、Ｒｏｕｅｔｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９４，１４，８０９６－８１０６、Ｃｈｏｕｌｉｋａｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９５，１５，１９６８－１９７３、Ｐｕｃｈｔａｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９６，９３，５０５５－５０６０、Ｓａｒｇｅｎｔｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９７，１７，２６７－７７、Ｄｏｎｏｈｏｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ，１９９８，１８，４０７０－４０７８、Ｅｌｌｉｏｔｔｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，９３－１０１、Ｃｏｈｅｎ－Ｔａｎｎｏｕｄｊｉｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，１４４４－１４４８）。

【0411】

一部の実施形態では、本明細書で提供される細胞は、寛容原性因子等のポリペプチドの発現をノックダウンする（例えば、減少させる、排除する、または阻害する）ためのＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ、別称ｓｉＲＮＡ）を使用して作製される。有用なＲＮＡｉ法は、合成ＲＮＡｉ分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＩＷＩ相互作用ＮＲＡ（ｐｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及び当業者に認識される他の一過性ノックダウン法を利用するものを含む。配列特異的ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等を含めたＲＮＡｉのための試薬は、市販されている。例えば、多能性幹細胞において、細胞にＣＩＩＴＡｓｉＲＮＡを導入するかまたはＣＩＩＴＡｓｈＲＮＡ発現ウイルスを形質導入することによって、ＣＩＩＴＡをノックダウンすることができる。一部の実施形態では、ＲＮＡ干渉を用いて、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、及びＮＬＲＣ５からなる群から選択される少なくとも１つの発現が低減または阻害される。

【0412】

１．遺伝子編集システム
一部の実施形態では、１つまたは複数の遺伝子をノックアウト、ノックダウン、または別様に改変するように細胞を遺伝子改変するための方法は、当該技術分野で既知の、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、トランスポザーゼ、及び規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステムを含めた部位特異的ヌクレアーゼ、ならびにニッカーゼシステム、塩基編集システム、プライム編集システム、及び遺伝子ライティングシステムを使用することを含む。

【0413】

ａ）ＺＦＮ
ＺＦＮは、細菌ＦｏｋＩ制限酵素のエンドヌクレアーゼドメインに結合したジンクフィンガー含有転写因子から適応された数々の部位特異的ＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質である。ＺＦＮは、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）のＤＮＡ結合ドメインまたはジンクフィンガードメインを有してもよい。例えば、Ｃａｒｒｏｌｌｅｔａｌ．，ＧｅｎｅｔｉｃｓＳｏｃｉｅｔｙｏｆＡｍｅｒｉｃａ（２０１１）１８８：７７３－７８２、Ｋｉｍｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９６）９３：１１５６－１１６０を参照されたい。各ジンクフィンガードメインは、１つまたは複数の亜鉛イオンによって安定化された小さなタンパク質の構造モチーフであり、通常、３～４ｂｐのＤＮＡ配列を認識する。タンデムドメインは、故に、細胞のゲノム内で固有である長いヌクレオチド配列に結合する可能性があり得る。

【0414】

特異性が知られている種々のジンクフィンガーを組み合わせて、約６、９、１２、１５、または１８ｂｐの配列を認識するマルチフィンガーポリペプチドを生み出すことができる。ファジーディスプレイ、酵母ワンハイブリッドシステム、細菌ワンハイブリッド及びツーハイブリッドシステム、ならびに哺乳類細胞を含む、特定の配列を認識するジンクフィンガー（及びそれらの組み合わせ）を生成するための種々の選択及びモジュール式組立て技法が利用可能である。ジンクフィンガーは、既定の核酸配列に結合するように操作され得る。既定の核酸配列に結合するようにジンクフィンガーを操作するための基準は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｓｅｒａｅｔａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００２）４１：７０７４－７０８１、Ｌｉｕｅｔａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２００８）２４：１８５０－１８５７を参照されたい。

【0415】

ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインまたは他の二量体ヌクレアーゼドメインを含有するＺＦＮは、二量体として機能する。故に、非回文型ＤＮＡ部位を標的とするためにＺＦＮの対が必要とされる。２つの個々のＺＦＮは、それらのヌクレアーゼが適切に離間した状態でＤＮＡのそれぞれ反対の鎖に結合しなければならない。Ｂｉｔｉｎａｉｔｅｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９８）９５：１０５７０－１０５７５を参照されたい。ゲノム内の特定の部位を切断するために、ＺＦＮの対は、一方が順方向鎖上、他方が逆方向鎖上で、当該部位の両側に位置する２つの配列を認識するように設計される。ＺＦＮが当該部位のそれぞれの側で結合すると、ヌクレアーゼドメインは二量体化し、当該部位にてＤＮＡを切断して、５’オーバーハングを伴うＤＳＢを生じさせる。次いでＨＤＲを使用して、相同性アームが両側に位置する所望の変異を含有する修復鋳型の一助により、特定の変異を誘導することができる。修復鋳型は通常、細胞に導入される外因性二本鎖ＤＮＡベクターである。Ｍｉｌｌｅｒｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：７３１－７３４を参照されたい。

【0416】

ｂ）ＴＡＬＥＮ
ＴＡＬＥＮは、標的遺伝子を編集するために使用され得る人工ヌクレアーゼの別の例である。ＴＡＬＥＮは、長いＤＮＡ配列に結合し、それを認識する１０～３０個のリピートを有するタンデムアレイを通常含む、ＴＡＬＥリピートと呼ばれるＤＮＡ結合ドメインに由来する。各リピートは、３３～３５アミノ酸長であり、このうち２つの隣接するアミノ酸（反復可変性二残基（ｒｅｐｅａｔ－ｖａｒｉａｂｌｅｄｉ－ｒｅｓｉｄｕｅ）またはＲＶＤと呼ばれる）が４つのＤＮＡ塩基対のうちの１つに対する特異性を付与する。故に、標的ＤＮＡ配列においてリピートと塩基対との間に１対１の対応関係が存在する。

【0417】

ＴＡＬＥＮは、１つまたは複数のＴＡＬＥＤＮＡ結合ドメイン（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）をヌクレアーゼドメイン、例えば、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼドメインに融合することによって人工的に生産される。Ｚｈａｎｇ，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４９－１５３を参照されたい。ＴＡＬＥＮにおける使用に向けてＦｏｋＩに対するいくつかの変異が作製されており、これらは、例えば、切断特異性または活性を改善する。Ｃｅｒｍａｋｅｔａｌ．，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２０１１）３９：ｅ８２、Ｍｉｌｌｅｒｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：７３１－７３４、Ｗｏｏｄｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１１）３３３：３０７、Ｄｏｙｏｎｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓ（２０１０）８：７４－７９、Ｓｚｃｚｅｐｅｋｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ（２００７）２５：７８６－７９３、Ｇｕｏｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２０１０）２００：９６を参照されたい。ＦｏｋＩドメインは二量体として機能するため、適切な向き及び間隔での、標的ゲノム内の部位に対する固有のＤＮＡ結合ドメインを有する２つの構築物を必要とする。ＴＡＬＥＤＮＡ結合ドメインとＦｏｋＩヌクレアーゼドメインとの間のアミノ酸残基の数、及び２つの個々のＴＡＬＥＮ結合部位の間の塩基の数の両方が、高レベルの活性を達成するために重要なパラメータであるようである。Ｍｉｌｌｅｒｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８。

【0418】

操作されたＴＡＬＥリピートをヌクレアーゼドメインと組み合わせることによって、任意の所望のＤＮＡ配列に特異的な部位特異的ヌクレアーゼを生産することができる。ＺＦＮに類似して、ＴＡＬＥＮを細胞に導入して、ゲノム内の所望の標的部位にてＤＳＢを生じさせることができるため、これを使用して、類似のＨＤＲ媒介性経路で遺伝子をノックアウトまたは変異をノックインすることができる。Ｂｏｃｈ，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１３５－１３６、Ｂｏｃｈｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：１５０９－１５１２、Ｍｏｓｃｏｕｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：３５０１を参照されたい。

【0419】

ｃ）メガヌクレアーゼ
メガヌクレアーゼは、大きなＤＮＡ配列（１４～４０塩基対）を認識し、切断する能力を特徴とする、エンドヌクレアーゼファミリー内の酵素である。メガヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性及び／またはＤＮＡ認識に影響を及ぼすそれらの構造モチーフに基づいて複数のファミリーに群分けされる。最も普及し、最もよく知られたメガヌクレアーゼは、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー内のタンパク質であり、それらの名称は保存されたアミノ酸配列に帰する。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。一方で、ＧＩＹ－ＹＩＧファミリーメンバーは、ＧＩＹ－ＹＩＧモジュールを有し、これは７０～１００残基長であり、４つの不変残基を有し、このうち２つが活性に必要とされる、４つまたは５つの保存された配列モチーフを含む。ＶａｎＲｏｅｙｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＳｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２００２）９：８０６－８１１を参照されたい。Ｈｉｓ－Ｃｙｓファミリーのメガヌクレアーゼは、数百個のアミノ酸残基を包含する領域にわたって高度に保存された一連のヒスチジン及びシステインを特徴とする。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。ＮＨＮファミリーのメンバーは、アスパラギン残基に囲まれた２対の保存されたヒスチジンを含有するモチーフによって定義される。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。

【0420】

特異性要件の高さに起因して特定の標的ＤＮＡ配列に対する天然メガヌクレアーゼを特定する見込みが低いため、変異誘発法及び高スループットスクリーニング法を含めた種々の方法を使用して、固有の配列を認識するメガヌクレアーゼバリアントが作出されている。例えば、既定の核酸配列に結合するように、変化したＤＮＡ結合特異性を有するメガヌクレアーゼを操作するための戦略は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．（２００２）１０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ（２００３）３１：２９５２－２９６２、Ｓｉｌｖａｅｔａｌ．，ＪＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２００６）３６１：７４４－７５４、Ｓｅｌｉｇｍａｎｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ（２００２）３０：３８７０－３８７９、Ｓｕｓｓｍａｎｅｔａｌ．，ＪＭｏｌＢｉｏｌ（２００４）３４２：３１－４１、Ｄｏｙｏｎｅｔａｌ．，ＪＡｍＣｈｅｍＳｏｃ（２００６）１２８：２４７７－２４８４、Ｃｈｅｎｅｔａｌ．，ＰｒｏｔｅｉｎＥｎｇＤｅｓＳｅｌ（２００９）２２：２４９－２５６、Ａｒｎｏｕｌｄｅｔａｌ．，ＪＭｏｌＢｉｏｌ．（２００６）３５５：４４３－４５８、Ｓｍｉｔｈｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．（２００６）３６３（２）：２８３－２９４を参照されたい。

【0421】

ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮと同様に、メガヌクレアーゼは、ゲノムＤＮＡにＤＳＢを作出することができ、これにより、例えばＮＨＥＪを介して、不適切に修復される場合にフレームシフト変異が作出され得、細胞における標的遺伝子の発現の減少につながる。代替として、メガヌクレアーゼに加えて外来ＤＮＡを細胞に導入することができる。外来ＤＮＡの配列及び染色体配列に応じて、このプロセスを使用して、標的遺伝子を改変することができる。Ｓｉｌｖａｅｔａｌ．，ＣｕｒｒｅｎｔＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ（２０１１）１１：１１－２７を参照されたい。

【0422】

ｄ）トランスポザーゼ
トランスポザーゼは、トランスポゾンの末端に結合し、切り貼り機構または複製型転移機構によってゲノムの別の部分へのその移動を触媒する酵素である。トランスポザーゼをＣＲＩＳＰＥＲ／Ｃａｓシステム等の他のシステムと連結することによって、ゲノムＤＮＡの部位特異的挿入または操作を可能にする新たな遺伝子編集ツールを開発することができる。触媒的に不活性なＣａｓエフェクタータンパク質及びＴｎ７様トランスポゾンを使用する、トランスポゾンを使用した２つの既知のＤＮＡ組み込み方法が存在する。トランスポザーゼ依存性のＤＮＡ組み込みは、ゲノム内にＤＳＢを誘発せず、これはより安全でより特異的なＤＮＡ組み込みを保証し得る。

【0423】

ｅ）ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム
ＣＲＩＳＰＲシステムは元々、獲得免疫の一形態を提供する、侵入するファージ及びプラスミドに対する防御に関与するシステムとして原核生物（例えば、細菌及び古細菌）において発見された。今では、それは研究及び臨床応用で普及した遺伝子編集ツールとして適応され、使用されている。

【0424】

ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは一般に、少なくとも２つの構成要素、すなわち１つまたは複数のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）及びＣａｓタンパク質を含む。Ｃａｓタンパク質は、標的部位にＤＳＢを導入するヌクレアーゼである。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、以下の２つの主要なクラスに該当する：クラス１システムは、核酸を分解するために複数のＣａｓタンパク質の複合体を使用し、クラス２システムは、同じ目的のために単一の大きなＣａｓタンパク質を使用する。クラス１は、Ｉ型、ＩＩＩ型、及びＩＶ型に分類され、クラス２は、ＩＩ型、Ｖ型、及びＶＩ型に分類される。遺伝子編集用途に適応された異なるＣａｓタンパク質には、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＭａｄ７が含まれるが、これらに限定されない。最も広く使用されるＣａｓ９は、ＩＩ型Ｃａｓタンパク質であり、例示説明として本明細書に記載される。これらのＣａｓタンパク質は、異なる源の種を起源とし得る。例えば、Ｃａｓ９は、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓまたはＳ．ａｕｒｅｕｓに由来し得る。

【0425】

元の微生物ゲノム内で、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムは、宿主ゲノム内のアレイとしてコードされるＣＲＩＳＰＲリピート配列の間に侵入ＤＮＡからの配列を組み込む。ＣＲＩＳＰＲリピートアレイからの転写物は、各々がＣＲＩＳＰＲリピートの部分のみならず「プロトスペーサー」配列として知られる侵入ＤＮＡから転写された可変配列を内部にもつ、ＣＲＩＳＰＲＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）へとプロセスされる。各ｃｒＲＮＡは、第２のトランス活性化ＣＲＩＳＰＲＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）とハイブリダイズし、これらの２つのＲＮＡが、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと複合体を形成する。ｃｒＲＮＡのプロトスペーサーにコードされる部分は、相補的な標的ＤＮＡ配列を、それらが「プロトスペーサー隣接モチーフ」（ＰＡＭ）として知られる短い配列に隣接することを条件として、切断するようにＣａｓ９複合体を導く。

【0426】

その発見以来、ＣＲＩＳＰＲシステムは、細菌からヒト細胞を含めた真核細胞に及ぶ広範な細胞及び生物において配列特異的ＤＳＢ及び標的ゲノム編集を誘導するために適応されてきた。遺伝子編集用途でのその使用においては、人工的に設計された合成ｇＲＮＡが元のｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を置き換えている。例えば、ｇＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ、テトラループ、及びｔｒａｃｒＲＮＡから構成される単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であり得る。ｃｒＲＮＡは通常、目的の標的ＤＮＡを認識するようにユーザー設計される相補的領域（別称、スペーサー、通常は約２０ヌクレオチド長）を含む。ｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、Ｃａｓヌクレアーゼ結合のための足場領域を含む。ｃｒＲＮＡ配列及びｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、テトラループによって連結され、各々が互いとハイブリダイズするための短いリピート配列を有し、故にキメラｓｇＲＮＡを生成する。ｇＲＮＡに存在するスペーサーまたは相補的領域の配列を単に変更することによって、Ｃａｓヌクレアーゼのゲノム標的を変更することができる。相補的領域は、標準的なＲＮＡ－ＤＮＡ相補的塩基対合規則によりＣａｓヌクレアーゼを標的ＤＮＡ部位に導く。

【0427】

Ｃａｓヌクレアーゼが機能するためには、ＰＡＭがゲノムＤＮＡ内の標的配列の直ぐ下流に存在しなければならない。Ｃａｓタンパク質によるＰＡＭの認識は、隣接するゲノム配列を不安定化すると考えられ、ｇＲＮＡによる配列の問合せを可能にして、一致する配列が存在する場合にｇＲＮＡ－ＤＮＡ対合をもたらす。ＰＡＭの特定の配列は、Ｃａｓ遺伝子の種に応じて様々である。例えば、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓに由来する、最も一般的に使用されるＣａｓ９ヌクレアーゼは、５’－ＮＧＧ－３’のＰＡＭ配列を認識するか、またはそれよりも低い効率で５’－ＮＡＧ－３’を認識する（ここで、「Ｎ」は任意のヌクレオチドであることができる）。代替のＰＡＭを用いる他のＣａｓヌクレアーゼバリアントもまた特性評価され、ゲノム編集に成功裏に使用されている。これらは下記の表３に要約される。

【0428】

【表3】

【0429】

一部の実施形態では、Ｃａｓヌクレアーゼは、それらの活性、特異性、認識、及び／または他の特性を変化させるための１つまたは複数の変異を含んでもよい。例えば、Ｃａｓヌクレアーゼは、オフターゲット効果を軽減するためにその忠実度を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい（例えば、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９－ＨＦ１、ＨｙｐａＳｐＣａｓ９、ＨｅＦＳｐＣａｓ９、及びｅｖｏＳｐＣａｓ９は、ＳｐＣａｓ９の高忠実度バリアントである）。別の例として、Ｃａｓヌクレアーゼは、そのＰＡＭ特異性を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい。

【0430】

一部の実施形態では、本明細書で提供される細胞は、免疫特権が備わった細胞または低免疫原性細胞を作出するために、１つまたは複数の免疫因子（標的ポリペプチドを含む）の発現を低減するように遺伝子改変される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、及びＣＡＲ－Ｔ細胞）は、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような１つまたは複数の遺伝子改変を含む。かかる標的ポリヌクレオチド及びポリペプチドの非限定的な例としては、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、ＮＬＲＣ５、ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢＭ、ＨＬＡ－Ｃ、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＮＦＹ－Ａ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、及び／またはＴＡＰ１が挙げられる。

【0431】

一部の実施形態では、遺伝子改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに減少した免疫活性化を示す。一部の実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。

【0432】

ｆ）ニッカーゼ
Ｃａｓ（特にＣａｓ９）ヌクレアーゼのヌクレアーゼドメインを独立して変異させて、ＤＮＡ「ニッカーゼ」と称される酵素を生成することができる。ニッカーゼは、例えばＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を含めた通常のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼシステムと同じ特異性で、一本鎖切断を導入することができる。ニッカーゼを用いて、遺伝子編集システムにおいて有用であり得る二本鎖切断を生じさせることができる（Ｍａｌｉｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。一部の事例では、２つのＣａｓニッカーゼが使用される場合、切断末端の各々において平滑末端の代わりに長いオーバーハングが生み出され、これにより精密な遺伝子組み込み及び挿入に対する追加の制御が可能となる（Ｍａｌｉｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。両方のニッキングＣａｓ酵素がそれらの標的ＤＮＡに有効に切れ目を入れなければならないため、対合したニッカーゼは、二本鎖切断Ｃａｓベースのシステムと比較してより低いオフターゲット効果を有し得る（Ｒａｎｅｔａｌ．，Ｃｅｌｌ，１５５（２）：４７９－４８０（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．ＮａｔｕｒｅＭｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。

【0433】

Ｐ．寛容原性因子及び／またはキメラ抗原受容体の組換え発現方法
これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。ある特定の実施形態では、寛容原性因子またはキメラ抗原受容体をコードする組換え核酸は、発現構築物において１つまたは複数の制御ヌクレオチド配列に作動可能に連結されてもよい。制御ヌクレオチド配列は、一般に、処置される宿主細胞及びレシピエント対象に適切であろう。様々な宿主細胞に対して、数多くの種類の適切な発現ベクター及び好適な制御配列が当該技術分野で既知である。典型的には、１つまたは複数の制御ヌクレオチド配列には、プロモーター配列、リーダーまたはシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始及び終結配列、翻訳開始及び終結配列、ならびにエンハンサーまたは活性化因子配列が含まれ得るが、これらに限定されない。当該技術分野で既知であるような構成的または誘導性プロモーターもまた企図される。プロモーターは、天然型プロモーター、または１つよりも多くのプロモーターのエレメントを組み合わせたハイブリッドプロモーターのいずれであってもよい。発現構築物は、細胞においてプラスミド等のエピソーム上に存在してもよいし、または発現構築物は、染色体内に挿入されてもよい。具体的な実施形態では、発現ベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を可能にするための選択可能マーカー遺伝子を含む。ある特定の実施形態は、少なくとも１つの制御配列に作動可能に連結されたバリアントポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、発現ベクターを含む。本明細書で使用するための制御配列には、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御エレメントが含まれる。ある特定の実施形態では、発現ベクターは、形質転換される宿主細胞、発現させることが望まれる特定のバリアントポリペプチド、ベクターのコピー数、そのコピー数を制御する能力、及び／またはベクターによってコードされる任意の他のタンパク質、例えば、抗生物質マーカーの発現の選定に対して設計される。

【0434】

好適な哺乳類プロモーターの例としては、例えば、以下の遺伝子からのプロモーター、すなわち、伸長因子１アルファ（ＥＦ１α）プロモーター、ハムスターのユビキチン／Ｓ２７ａプロモーター（ＷＯ９７／１５６６４）、サル空胞ウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター、マウスメタロチオネイン－Ｉプロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）の長鎖末端反復配列領域、マウス乳癌ウイルスプロモーター（ＭＭＴＶ）、モロニーマウス白血病ウイルス長鎖末端反復配列領域、及びヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）の初期プロモーターが挙げられる。他の異種哺乳類プロモーターの例は、アクチン、免疫グロブリン、または熱ショックプロモーター（複数可）である。追加の実施形態では、哺乳類宿主細胞において使用するためのプロモーターは、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス（１９８９年７月５日に公開されたＵＫ２，２１１，５０４）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、及びサルウイルス４０（ＳＶ４０）等のウイルスのゲノムから得ることができる。さらなる実施形態では、異種哺乳類プロモーターが使用される。例としては、アクチンプロモーター、免疫グロブリンプロモーター、及び熱ショックプロモーターが挙げられる。ＳＶ４０の初期及び後期プロモーターは、ＳＶ４０ウイルス複製起点も含有するＳＶ４０制限断片として好都合に得られる（Ｆｉｅｒｓｅｔａｌ，Ｎａｔｕｒｅ２７３：１１３－１２０（１９７８））。ヒトサイトメガロウイルスの最初期プロモーターは、ＨｉｎｄＩＩＩ制限酵素断片として好都合に得られる（Ｇｒｅｅｎａｗａｙｅｔａｌ，Ｇｅｎｅ１８：３５５－３６０（１９８２））。前述の参考文献は、参照によりそれらの全体が援用される。

【0435】

一部の実施形態では、発現ベクターは、バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターである。バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターは、（１）オープンリーディングフレームの各々に融合された複数のプロモーター、（２）遺伝子の間のスプライシングシグナルの挿入、（３）発現が単一のプロモーターによって駆動される遺伝子の融合、及び（４）遺伝子の間のタンパク質分解切断部位の挿入（自己切断ペプチド）または遺伝子の間の内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）の挿入を含んでもよい。

【0436】

本明細書に記載のポリヌクレオチドを細胞に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成することができる。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、フソゲン、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を介して細胞に導入されるか（例えば、レンチウイルス形質導入）、またはウイルスベクター上で別様に送達される（例えば、フソゲン媒介性送達）。

【0437】

本明細書では、レシピエント対象への投与時に免疫応答を発動または活性化しない細胞が提供される。上述したように、一部の実施形態では、該細胞は、レシピエントにおける免疫認識及び寛容に影響を及ぼす遺伝子及び寛容原性（例えば、免疫）因子の発現を増加させるように改変される。

【0438】

ある特定の実施形態では、本明細書に列挙される１つまたは複数の標的タンパク質の発現を調節するゲノム改変を内部にもつ、本明細書に開示される細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞ＣＡＲ－Ｔ細胞、及びＣＡＲ－ＮＫ細胞）のうちのいずれも、１つまたは複数の寛容原性因子を発現するようにもまた改変される。例となる寛容原性因子には、限定されないが、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９のうちの１つまたは複数が含まれる。一部の実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、ＣＤ４７、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含む群から選択される。

【0439】

ヒトＣＤ２７（ＣＤ２７Ｌ受容体、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー７（ＴＮＦＳＦ７）、Ｔ細胞活性化抗原Ｓ１５２、Ｔｐ５５、及びＴ１４としても知られる）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１２Ｐ００８１４４、ＨＧＮＣ番号１１９２２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ９３９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ２６８４２、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１２４２．４及びＮＰ＿００１２３３．１で提供される。

【0440】

ヒトＣＤ４６についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７７５２、ＨＧＮＣ番号６９５３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ４１７９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１５５２９、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、ＮＭ＿１７２３６１．２、ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１で提供される。

【0441】

ヒトＣＤ５５（別名、補体崩壊促進因子）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７３２１、ＨＧＮＣ番号２６６５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ１６０４、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０８１７４、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、ＮＭ＿００１３００９０４．１、ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１で提供される。

【0442】

ヒトＣＤ５９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１１Ｍ０３３７０４、ＨＧＮＣ番号１６８９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ９６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３９８７、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＰ＿９７６０７５．１、ＮＭ＿２０３３３０．２、ＮＰ＿９７６０７６．１、及びＮＭ＿２０３３３１．２で提供される。

【0443】

ヒトＣＤ２００についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０３Ｐ１１２３３２、ＨＧＮＣ番号７２０３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ４３４５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４１２１７、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１００４１９６．２、ＮＭ＿００１００４１９６．３、ＮＰ＿００１３０５７５７．１、ＮＭ＿００１３１８８２８．１、ＮＰ＿００５９３５．４、ＮＭ＿００５９４４．６、ＸＰ＿００５２４７５３９．１、及びＸＭ＿００５２４７４８２．２で提供される。

【0444】

ヒトＨＬＡ－Ｃについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｍ０３１２７２、ＨＧＮＣ番号４９３３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３１０７、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１０３２１、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２１０８．４及びＮＭ＿００２１１７．５で提供される。

【0445】

ヒトＨＬＡ－Ｅについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２８１、ＨＧＮＣ番号４９６２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３１３３、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３７４７、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００５５０７．３及びＮＭ＿００５５１６．５で提供される。

【0446】

ヒトＨＬＡ－Ｇについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２５６、ＨＧＮＣ番号４９６４、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３１３５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１７６９３、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２１１８．１及びＮＭ＿００２１２７．５で提供される。

【0447】

ヒトＰＤ－Ｌ１またはＣＤ２７４についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｐ００５４５０、ＨＧＮＣ番号１７６３５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ２９１２６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ９ＮＺＱ７、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１２５４６３５．１、ＮＭ＿００１２６７７０６．１、ＮＰ＿０５４８６２．１、及びＮＭ＿０１４１４３．３で提供される。

【0448】

ヒトＩＤＯ１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０８Ｐ０３９８９１、ＨＧＮＣ番号６０５９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３６２０、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１４９０２、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２１５５．１及びＮＭ＿００２１６４．５で提供される。

【0449】

ヒトＩＬ－１０についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｍ２０６７６７、ＨＧＮＣ番号５９６２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３５８６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ２２３０１、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６３．１及びＮＭ＿０００５７２．２で提供される。

【0450】

ヒトＦａｓリガンド（ＦａｓＬ、ＦＡＳＬＧ、ＣＤ１７８、ＴＮＦＳＦ６等として知られる）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ１７２６２８、ＨＧＮＣ番号１１９３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ３５６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４８０２３、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６３０．１、ＮＭ＿０００６３９．２、ＮＰ＿００１２８９６７５．１、及びＮＭ＿００１３０２７４６．１で提供される。

【0451】

ヒトＣＣＬ２１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｍ０３４７０９、ＨＧＮＣ番号１０６２０、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ６３６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００５８５、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２９８０．１及びＮＭ＿００２９８９．３で提供される。

【0452】

ヒトＣＣＬ２２についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１６Ｐ０５７３５９、ＨＧＮＣ番号１０６２１、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ６３６７、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００６２６、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２９８１．２、ＮＭ＿００２９９０．４、ＸＰ＿０１６８７９０２０．１、及びＸＭ＿０１７０２３５３１．１で提供される。

【0453】

ヒトＭｆｇｅ８についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１５Ｍ０８８８９８、ＨＧＮＣ番号７０３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ４２４０、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ０８４３１、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１１０８０８６．１、ＮＭ＿００１１１４６１４．２、ＮＰ＿００１２９７２４８．１、ＮＭ＿００１３１０３１９．１、ＮＰ＿００１２９７２４９．１、ＮＭ＿００１３１０３２０．１、ＮＰ＿００１２９７２５０．１、ＮＭ＿００１３１０３２１．１、ＮＰ＿００５９１９．２、及びＮＭ＿００５９２８．３で提供される。

【0454】

ヒトＳｅｒｐｉｎＢ９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｍ００２８８７、ＨＧＮＣ番号８９５５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ５２７２、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ５０４５３、ならびにＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００４１４６．１、ＮＭ＿００４１５５．５、ＸＰ＿００５２４９２４１．１、及びＸＭ＿００５２４９１８４．４で提供される。

【0455】

遺伝子及び因子（タンパク質）の発現を調節するための方法には、ゲノム編集技術、及びＲＮＡまたはタンパク質発現技術等が含まれる。これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。

【0456】

一部の実施形態では、標的遺伝子（例えば、ＤＵＸ４、ＣＤ４７、または別の寛容原性因子）の発現は、（１）内在性ＤＵＸ４、ＣＤ４７、または他の遺伝子に特異的な部位特異的結合ドメイン、及び（２）転写活性化因子を含有する、融合タンパク質またはタンパク質複合体の発現によって増加させられる。

【0457】

一部の実施形態では、該方法は、相同性指向修復／組換えを含む遺伝子改変方法によって達成される。

【0458】

一部の実施形態では、制御因子は、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）等の部位特異的ＤＮＡ結合核酸分子から構成される。一部の実施形態では、該方法は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）としても知られるジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはＺＦＰを含有する融合タンパク質等の、部位特異的ＤＮＡ結合標的タンパク質によって達成される。

【0459】

一部の実施形態では、制御因子は、標的領域にて遺伝子に特異的に結合またはハイブリダイズする、例えばＤＮＡ結合タンパク質またはＤＮＡ結合核酸を使用した、部位特異的結合ドメインを含む。一部の実施形態では、提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、改変ヌクレアーゼ等の部位特異的ヌクレアーゼに連結されるかまたはそれと複合体化される。例えば、一部の実施形態では、投与は、改変ヌクレアーゼ、例えば、メガヌクレアーゼまたはＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、例えば、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖回文配列核酸（ＣＲＩＳＰＲ）－Ｃａｓシステム、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムのＤＮＡ標的化タンパク質を含む融合体を使用して成し遂げられる。一部の実施形態では、ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性を欠くように改変される。一部の実施形態では、改変ヌクレアーゼは、触媒的に死んだｄＣａｓ９である。

【0460】

一部の実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ヌクレアーゼに由来し得る。例えば、Ｉ－ＳｃｅＩ、Ｉ－ＣｅｕＩ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＰＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅＩＶ、Ｉ－ＣｓｍＩ、Ｉ－ＰａｎＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩ、Ｉ－ＰｐｏＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－ＣｒｅＩ、Ｉ－ＴｅｖＩ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ、及びＩ－ＴｅｖＩＩＩ等のホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼの認識配列。また、米国特許第５，４２０，０３２号、米国特許第６，８３３，２５２号、Ｂｅｌｆｏｒｔｅｔａｌ．，（１９９７）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２５：３３７９－３３８８、Ｄｕｊｏｎｅｔａｌ．，（１９８９）Ｇｅｎｅ８２：１１５－１１８、Ｐｅｒｌｅｒｅｔａｌ，（１９９４）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２２，１１２５－１１２７、Ｊａｓｉｎ（１９９６）ＴｒｅｎｄｓＧｅｎｅｔ．１２：２２４－２２８、Ｇｉｍｂｌｅｅｔａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：１６３－１８０、Ａｒｇａｓｔｅｔａｌ，（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８０：３４５－３５３、及びＮｅｗＥｎｇｌａｎｄＢｉｏｌａｂｓカタログも参照されたい。加えて、ホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼのＤＮＡ結合特異性は、非天然標的部位に結合するように操作され得る。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒｅｔａｌ，（２００２）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ１０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔｅｔａｌ，（２００３）ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．３１：２９５２－２９６２、Ａｓｈｗｏｒｔｈｅｔａｌ，（２００６）Ｎａｔｕｒｅ４４１：６５６－６５９、Ｐａｑｕｅｓｅｔａｌ，（２００７）ＣｕｒｒｅｎｔＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ７：４９－６６、米国特許公開第２００７／０１１７１２８号を参照されたい。

【0461】

ジンクフィンガー、ＴＡＬＥ、及びＣＲＩＳＰＲシステムの結合ドメインは、例えば、天然型ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥタンパク質の認識ヘリックス領域を操作すること（１つまたは複数のアミノ酸を変化させること）によって、既定のヌクレオチド配列に結合するように「操作」され得る。操作されたＤＮＡ結合タンパク質（ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥ）は、天然に存在しないタンパク質である。設計のための合理的基準は、置換規則の適用、ならびに既存のＺＦＰ及び／またはＴＡＬＥ設計及び結合データの情報を格納するデータベース内の情報を処理するためのコンピュータ化アルゴリズムを含む。例えば、米国特許第６，１４０，０８１号、同第６，４５３，２４２号、及び同第６，５３４，２６１号を参照されたく、また、ＷＯ９８／５３０５８、ＷＯ９８／５３０５９、ＷＯ９８／５３０６０、ＷＯ０２／０１６５３６、及びＷＯ０３／０１６４９６、ならびに米国公開第２０１１０３０１０７３号も参照されたい。

【0462】

一部の実施形態では、部位特異的結合ドメインは、配列特異的様態でＤＮＡに結合する１つもしくは複数のジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはそのドメインを含む。ＺＦＰまたはそのドメインは、亜鉛イオンの配位により構造が安定化される結合ドメイン内のアミノ酸配列の領域である、１つまたは複数のジンクフィンガーを介して配列特異的様態でＤＮＡに結合するタンパク質、またはより大きなタンパク質内のドメインである。

【0463】

ＺＦＰの中には、個々のフィンガーの集合によって生成される、典型的には９～１８ヌクレオチド長の特異的ＤＮＡ配列を標的とする人工ＺＦＰドメインがある。ＺＦＰには、単一のフィンガードメインの長さがおよそ３０アミノ酸であり、単一のベータターンの２つのシステインとともに亜鉛へと配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含有するアルファヘリックスを含有し、２、３、４、５、または６つのフィンガーを有するものが含まれる。一般に、ＺＦＰの配列特異性は、ジンクフィンガーの認識ヘリックス上の４つのヘリックス位置（－１、２、３、及び６）にてアミノ酸置換を行うことによって変化させてもよい。故に、一部の実施形態では、ＺＦＰまたはＺＦＰ含有分子は、非天然型であり、例えば、選択する標的部位に結合するように操作される。例えば、Ｂｅｅｒｌｉｅｔａｌ．（２００２）ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：１３５－１４１、Ｐａｂｏｅｔａｌ．（２００１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．７０：３１３－３４０、Ｉｓａｌａｎｅｔａｌ．（２００１）ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９：６５６－６６０、Ｓｅｇａｌｅｔａｌ．（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１２：６３２－６３７、Ｃｈｏｏｅｔａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１０：４１１－４１６、米国特許第６，４５３，２４２号、同第６，５３４，２６１号、同第６，５９９，６９２号、同第６，５０３，７１７号、同第６，６８９，５５８号、同第７，０３０，２１５号、同第６，７９４，１３６号、同第７，０６７，３１７号、同第７，２６２，０５４号、同第７，０７０，９３４号、同第７，３６１，６３５号、同第７，２５３，２７３号、及び米国特許公開第２００５／００６４４７４号、同第２００７／０２１８５２８号、同第２００５／０２６７０６１号を参照されたく、全て参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0464】

多くの遺伝子特異的な操作されたジンクフィンガーが市販されている。例えば、ＳａｎｇａｍｏＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）と提携して、研究者がジンクフィンガーの構築及び検証を完全に省略することを可能にするジンクフィンガー構築のためのプラットフォーム（ＣｏｍｐｏＺｒ）を開発し、何千ものタンパク質に対して特異的に標的化されたジンクフィンガーを提供する（Ｇａｊｅｔａｌ．，ＴｒｅｎｄｓｉｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１３，３１（７），３９７－４０５）。一部の実施形態では、市販のジンクフィンガーが使用されるか、またはカスタム設計される。

【0465】

一部の実施形態では、部位特異的結合ドメインは、転写活性化因子様タンパク質エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質にあるような、天然型または操作された（非天然型）転写活性化因子様タンパク質（ＴＡＬ）のＤＮＡ結合ドメインを含む。例えば、米国特許公開第２０１１０３０１０７３号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。

【0466】

一部の実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに由来する。一般に、「ＣＲＩＳＰＲシステム」は、Ｃａｓ遺伝子をコードする配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例えば、ｔｒａｃｒＲＮＡまたは活性な部分的ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒメイト配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの関連において「ダイレクトリピート」及びｔｒａｃｒＲＮＡによりプロセシングされた部分的ダイレクトリピートを包含する）、ガイド配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの関連において「スペーサー」、または「標的化配列」とも称される）、及び／またはＣＲＩＳＰＲ遺伝子座からの他の配列及び転写物を含めた、ＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａｓ」）遺伝子の発現に関与するかまたはその活性を導く転写物及び他のエレメントを総称的に指す。

【0467】

一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズして、ＣＲＩＳＰＲ複合体の標的配列への配列特異的結合を導くのに十分な標的ポリヌクレオチド配列との相補性を有するポリヌクレオチド配列を含む、標的化ドメインを含む。一部の実施形態では、ガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性の程度は、好適なアライメントアルゴリズムを使用して最適にアライメントされたときに、約５０％以上、約６０％以上、約７５％以上、約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７．５％以上、約９９％以上、またはそれを超える。一部の例では、ｇＲＮＡの標的化ドメインは、標的核酸上の標的配列に相補的、例えば、少なくとも８０、８５、９０、９５、９８、または９９％相補的、例えば、完全に相補的である。

【0468】

一部の実施形態では、標的部位は、標的遺伝子の転写開始部位の上流にある。一部の実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位に隣接している。一部の実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位の下流のＲＮＡポリメラーゼ休止部位に隣接している。

【0469】

一部の実施形態では、標的化ドメインは、転写開始、１つもしくは複数の転写エンハンサーもしくは活性化因子、及び／またはＲＮＡポリメラーゼの結合を促進するための標的遺伝子のプロモーター領域を標的とするように構成される。１つまたは複数のｇＲＮＡを使用して、遺伝子のプロモーター領域を標的化することができる。一部の実施形態では、遺伝子の１つまたは複数の領域を標的化することができる。ある特定の態様では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位（ＴＳＳ）のいずれかの側の６００塩基対以内にある。

【0470】

エクソン配列ならびにプロモーター及び活性化因子を含む制御領域の配列を含めた、遺伝子を標的とする配列であるかまたはその配列を含むｇＲＮＡ配列を設計または同定することは、当業者の技能水準の範囲内である。ＣＲＩＳＰＲゲノム編集のためのゲノム全域にわたるｇＲＮＡデータベースが一般公開されており、これは、ヒトゲノムまたはマウスゲノムにおける遺伝子の構成的エクソン内の例となる単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）標的配列を含む（例えば、ｇｅｎｅｓｃｒｉｐｔ．ｃｏｍ／ｇＲＮＡ－ｄａｔａｂａｓｅ．ｈｔｍｌを参照されたく、また、Ｓａｎｊａｎａｅｔａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１１：７８３－４、ｗｗｗ．ｅ－ｃｒｉｓｐ．ｏｒｇ／Ｅ－ＣＲＩＳＰ／、ｃｒｉｓｐｒ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／も参照されたい）。一部の実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、非標的遺伝子へのオフターゲット結合が最小である配列であるか、またはそれを含む。

【0471】

一部の実施形態では、制御因子は、機能的ドメイン、例えば、転写活性化因子をさらに含む。

【0472】

一部の実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の１つまたは複数の転写制御エレメント等の１つまたは複数の制御エレメントであるか、またはそれを含有し、それによって、上記で提供されるような部位特異的ドメインが認識されて、かかる遺伝子の発現を駆動する。一部の実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の発現を駆動する。場合によっては、転写活性化因子は、異種トランス活性化ドメインの全部または一部分であり得るか、またはそれを含有し得る。例えば、一部の実施形態では、転写活性化因子は、単純ヘルペス由来トランス活性化ドメイン、Ｄｎｍｔ３ａメチルトランスフェラーゼドメイン、ｐ６５、ＶＰ１６、及びＶＰ６４から選択される。

【0473】

一部の実施形態では、制御因子は、ジンクフィンガー転写因子（ＺＦ－ＴＦ）である。一部の実施形態では、制御因子は、ＶＰ６４－ｐ６５－Ｒｔａ（ＶＰＲ）である。

【0474】

ある特定の実施形態では、制御因子は、転写制御ドメインをさらに含む。一般的なドメインには、例えば、転写因子ドメイン（活性化因子、抑制因子、共活性化因子、共抑制因子）、サイレンサー、発がん遺伝子（例えば、ｍｙｃ、ｊｕｎ、ｆｏｓ、ｍｙｂ、ｍａｘ、ｍａｄ、ｒｅｌ、ｅｔｓ、ｂｃｌ、ｍｙｂ、ｍｏｓファミリーメンバー等）；ＤＮＡ修復酵素ならびにそれらの関連因子及び修飾因子；ＤＮＡ再構成酵素ならびにそれらの関連因子及び修飾因子；クロマチン関連タンパク質及びそれらの修飾因子（例えば、キナーゼ、アセチラーゼ、及びデアセチラーゼ）；ならびにＤＮＡ修飾酵素（例えば、ＤＮＭＴファミリーのメンバー等のメチルトランスフェラーゼ（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等、トポイソメラーゼ、ヘリカーゼ、リガーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ポリメラーゼ、エンドヌクレアーゼ）ならびにそれらの関連因子及び修飾因子が含まれる。例えば、米国公開第２０１３／０２５３０４０号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。

【0475】

活性化を達成するのに好適なドメインには、ＨＳＶＶＰ１６活性化ドメイン（例えば、Ｈａｇｍａｎｎｅｔａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７１，５９５２－５９６２（１９７）を参照されたい）、核内ホルモン受容体（例えば、Ｔｏｒｃｈｉａｅｔａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０：３７３－３８３（１９９８）を参照されたい）、核内因子カッパＢのｐ６５サブユニット（Ｂｉｔｋｏ＆Ｂａｎｋ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：５６１０－５６１８（１９９８）及びＤｏｙｌｅ＆Ｈｕｎｔ，Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ８：２９３７－２９４２（１９９７））、Ｌｉｕｅｔａｌ．，ＣａｎｃｅｒＧｅｎｅＴｈｅｒ．５：３－２８（１９９８））、またはＶＰ６４等の人工キメラ機能的ドメイン（Ｂｅｅｒｌｉｅｔａｌ．，（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：１４６２３－３３）、及びデグロン（Ｍｏｌｉｎａｒｉｅｔａｌ．，（１９９９）ＥＭＢＯＪ．１８，６４３９－６４４７）が含まれる。追加の例となる活性化ドメインには、Ｏｃｔ１、Ｏｃｔ－２Ａ、Ｓｐｌ、ＡＰ－２、及びＣＴＦ１（Ｓｅｉｐｅｌｅｔａｌ，ＥＭＢＯＪ．１１，４９６１－４９６８（１９９２）、ならびにｐ３００、ＣＢＰ、ＰＣＡＦ、ＳＲＣ１ＰｖＡＬＦ、ＡｔＨＤ２Ａ、及びＥＲＦ－２が含まれる。例えば、Ｒｏｂｙｒｅｔａｌ，（２０００）Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１４：３２９－３４７、Ｃｏｌｌｉｎｇｗｏｏｄｅｔａｌ，（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ２３：２５５－２７５、Ｌｅｏｅｔａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ２４５：１－１１、Ｍａｎｔｅｕｆｆｅｌ－Ｃｙｍｂｏｒｏｗｓｋａ（１９９９）ＡｃｔａＢｉｏｃｈｉｍ．Ｐｏｌ．４６：７７－８９、ＭｃＫｅｎｎａｅｔａｌ，（１９９９）Ｊ．ＳｔｅｒｏｉｄＢｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．６９：３－１２、Ｍａｌｉｋｅｔａｌ，（２０００）ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２５：２７７－２８３、及びＬｅｍｏｎｅｔａｌ，（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．９：４９９－５０４を参照されたい。追加の例となる活性化ドメインには、ＯｓＧＡＩ、ＨＡＬＦ－１、Ｃｌ、ＡＰ１、ＡＲＦ－５、－６、－１、及び－８、ＣＰＲＦ１、ＣＰＲＦ４、ＭＹＣ－ＲＰ／ＧＰ、ならびにＴＲＡＢ１が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｏｇａｗａｅｔａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ２４５：２１－２９、Ｏｋａｎａｍｉｅｔａｌ，（１９９６）ＧｅｎｅｓＣｅｌｌｓ１：８７－９９、Ｇｏｆｆｅｔａｌ，（１９９１）ＧｅｎｅｓＤｅｖ．５：２９８－３０９、Ｃｈｏｅｔａｌ，（１９９９）ＰｌａｎｔＭｏｌＢｉｏｌ４０：４１９－４２９、Ｕｌｍａｓｏｎｅｔａｌ，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９６：５８４４－５８４９、Ｓｐｒｅｎｇｅｒ－Ｈａｕｓｓｅｌｓｅｔａｌ，（２０００）ＰｌａｎｔＪ．２２：１－８、Ｇｏｎｇｅｔａｌ，（１９９９）ＰｌａｎｔＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．４１：３３－４４、及びＨｏｂｏｅｔａｌ．，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９６：１５，３４８－１５，３５３を参照されたい。

【0476】

遺伝子抑制因子を作製するために使用され得る、例となる抑制ドメインには、ＫＲＡＢＡ／Ｂ、ＫＯＸ、ＴＧＦ－ベータ誘導性初代遺伝子（ＴＩＥＧ）、ｖ－ｅｒｂＡ、ＳＩＤ、ＭＢＤ２、ＭＢＤ３、ＤＮＭＴファミリーのメンバー（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等）、Ｒｂ、及びＭｅＣＰ２が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｂｉｒｄｅｔａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ９９：４５１－４５４、Ｔｙｌｅｒｅｔａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ９９：４４３－４４６、Ｋｎｏｅｐｆｌｅｒｅｔａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ９９：４４７－４５０、及びＲｏｂｅｒｔｓｏｎｅｔａｌ，（２０００）ＮａｔｕｒｅＧｅｎｅｔ．２５：３３８－３４２を参照されたい。追加の例となる抑制ドメインには、ＲＯＭ２及びＡｔＨＤ２Ａが含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｃｈｅｍｅｔａｌ，（１９９６）ＰｌａｎｔＣｅｌｌ８：３０５－３２１、及びＷｕｅｔａｌ，（２０００）ＰｌａｎｔＪ．２２：１９－２７を参照されたい。

【0477】

一部の事例では、ドメインは、染色体の後成的制御に関与する。一部の実施形態では、ドメインは、核局在性のヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）（例えば、Ａ型）、例えば、ＭＹＳＴファミリーメンバーＭＯＺ、Ｙｂｆ２／Ｓａｓ３、ＭＯＦ、及びＴｉｐ６０、ＧＮＡＴファミリーメンバーＧｃｎ５またはｐＣＡＦ、ｐ３００ファミリーメンバーＣＢＰ、ｐ３００、またはＲｔｔ１０９（ＢｅｍｄｓｅｎａｎｄＤｅｎｕ（２００８）ＣｕｒｒＯｐｉｎＳｔｒｕｃｔＢｉｏｌ１８（６）：６８２－６８９）である。他の事例では、ドメインは、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）、例えば、クラスＩ（ＨＤＡＣ－ｌ、２、３、及び８）、クラスＩＩ（ＨＤＡＣＩＩＡ（ＨＤＡＣ－４、５、７及び９）、ＨＤＡＣＩＩＢ（ＨＤＡＣ６及び１０））、クラスＩＶ（ＨＤＡＣ－ｌ１）、クラスＩＩＩ（別名、サーチュイン（ＳＩＲＴ）；ＳＩＲＴ１～７）である（Ｍｏｔｔａｍａｌｅｔａｌ．，（２０１５）Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ２０（３）：３８９８－３９４１を参照されたい）。一部の実施形態で使用される別のドメインは、ヒストンホスホリラーゼまたはキナーゼであり、例としては、ＭＳＫ１、ＭＳＫ２、ＡＴＲ、ＡＴＭ、ＤＮＡ－ＰＫ、Ｂｕｂｌ、ＶｐｒＢＰ、ＩＫＫ－ａ、ＰＫＣｐｉ、Ｄｉｋ／Ｚｉｐ、ＪＡＫ２、ＰＫＣ５、ＷＳＴＦ、及びＣＫ２が挙げられる。一部の実施形態では、メチル化ドメインが使用され、これはＥｚｈ２、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲＭＴ２／６、ＣＡＲＭ１、ｓｅｔ７／９、ＭＬＬ、ＡＬＬ－１、Ｓｕｖ３９ｈ、Ｇ９ａ、ＳＥＴＤＢ１、Ｅｚｈ２、Ｓｅｔ２、Ｄｏｔｌ、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲ－Ｓｅｔ７、及びＳｕｖ４－２０ｈ等の群から選定され得る。ＳＵＭＯ化及びビオチン化に関与するドメイン（Ｌｙｓ９、１３、４、１８、及び１２）もまた一部の実施形態で使用され得る（概説については、Ｋｏｕｓａｒｉｄｅｓ（２００７）Ｃｅｌｌ１２８：６９３－７０５を参照されたい）。

【0478】

融合分子は、当業者に周知であるクローニング方法及び生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。融合分子は、ＤＮＡ結合ドメイン及び機能的ドメイン（例えば、転写活性化または抑制ドメイン）を含む。融合分子はまた、任意選択で、核局在化シグナル（例えば、ＳＶ４０中型Ｔ抗原からのシグナル等）及びエピトープタグ（例えば、ＦＬＡＧ及びヘマグルチニン等）を含む。融合タンパク質（及びそれらをコードする核酸）は、融合体の構成要素の間で翻訳リーディングフレームが保存されるように設計される。

【0479】

一方で機能的ドメイン（またはその機能的断片）のポリペプチド構成要素と、他方で非タンパク質ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、抗生物質、インターカレーター、副溝結合剤、核酸）との間の融合体は、当業者に既知の生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。例えば、ＰｉｅｒｃｅＣｈｅｍｉｃａｌＣｏｍｐａｎｙ（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）Ｃａｔａｌｏｇｕｅを参照されたい。副溝結合剤とポリペプチドとの間の融合体を作製するための方法及び組成物が記載されている。Ｍａｐｐｅｔａｌ，（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９７：３９３０－３９３５。同様に、ポリペプチド構成要素である機能ドメインと関連付けてｓｇＲＮＡ核酸である構成要素を含むＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓＴＦ及びヌクレアーゼもまた、当業者に既知であるとともに、本明細書に詳述される。

【0480】

本明細書では、野生型Ｔ細胞と比べて低減されたＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む非活性化Ｔ細胞が提供され、ここで、活性化Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第１の遺伝子をさらに含む。

【0481】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ２８抗体、Ｔ細胞活性化サイトカイン、または可溶性Ｔ細胞共刺激分子で処理されていない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、活性化マーカーを発現しない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＤ３及びＣＤ２８を発現し、ここで、ＣＤ３及び／またはＣＤ２８は、不活性である。

【0482】

一部の実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、ＯＫＴ３である。一部の実施形態では、抗ＣＤ２８抗体は、ＣＤ２８．２である。一部の実施形態では、Ｔ細胞活性化サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなるＴ細胞活性化サイトカインの群から選択される。一部の実施形態では、可溶性Ｔ細胞共刺激分子は、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ８０抗体、抗ＣＤ８６抗体、抗ＣＤ１３７Ｌ抗体、及び抗ＩＣＯＳ－Ｌ抗体からなる可溶性Ｔ細胞共刺激分子の群から選択される。

【0483】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞である。他の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、本技術の低免疫原性細胞から分化させられる。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８^＋Ｔ細胞である。

【0484】

一部の実施形態では、第１の遺伝子は、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される。一部の実施形態では、第１の遺伝子は、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＡＲは、二重特異性ＣＡＲである。一部の実施形態では、二重特異性ＣＡＲは、ＣＤ１９／ＣＤ２２二重特異性ＣＡＲである。

【0485】

一部の実施形態では、第１の遺伝子及び／または第２の遺伝子は、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される。一部の実施形態では、第１の遺伝子及び／または第２の遺伝子は、フソゲン媒介性送達、または条件付きもしくは誘導性トランスポザーゼ、条件付きもしくは誘導性ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、条件付きもしくは誘導性ＳｌｅｅｐｉｎｇＢｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｍｏｓ１トランスポゾン、及び条件付きもしくは誘導性Ｔｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して細胞に導入される。

【0486】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、第２の遺伝子ＣＤ４７をさらに含む。一部の実施形態では、第１の遺伝子及び／または第２の遺伝子は、Ｔ細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、特定の遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、異なる遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、同じ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子、遺伝子座ＭＩＣＢ遺伝子、遺伝子座ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、ＰＤＧＦＲａ遺伝子座、ＯＬＩＧ２遺伝子座、ＧＦＡＰ遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座）からなる群から選択される。

【0487】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ抗原を発現しない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍを発現しない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲ抗原を発現しない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡを発現しない。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＣＲ－アルファ及びＴＣＲ－ベータを発現しない。

【0488】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及び／またはＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及び／またはＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及び／またはＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及び／またはＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。

【0489】

本明細書では、野生型Ｔ細胞と比べて低減されたＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む操作されたＴ細胞が提供され、ここで、操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第１の遺伝子をさらに含む。

【0490】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、初代Ｔ細胞である。他の実施形態では、操作されたＴ細胞は、本技術の低免疫原性細胞から分化させられる。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８^＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞である。

【0491】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、活性化マーカーを発現しない。一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＣＤ３及びＣＤ２８を発現し、ここで、ＣＤ３及び／またはＣＤ２８は、不活性である。

【0492】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ２８抗体、Ｔ細胞活性化サイトカイン、または可溶性Ｔ細胞共刺激分子で処理されていない。一部の実施形態では、抗ＣＤ３抗体はＯＫＴ３であり、抗ＣＤ２８抗体はＣＤ２８．２であり、Ｔ細胞活性化サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される１つまたは複数のＴ細胞活性化サイトカインの群から選択され、可溶性Ｔ細胞共刺激分子は、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ８０抗体、抗ＣＤ８６抗体、抗ＣＤ１３７Ｌ抗体、及び抗ＩＣＯＳ－Ｌ抗体からなる可溶性Ｔ細胞共刺激分子の群から選択される。一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される１つまたは複数のＴ細胞活性化サイトカインで処理されていない。一部の事例では、サイトカインは、ＩＬ－２である。一部の実施形態では、１つまたは複数のサイトカインは、ＩＬ－２であり、別のサイトカインは、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される。

【0493】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、第２の遺伝子ＣＤ４７をさらに含む。一部の実施形態では、第１の遺伝子及び／または第２の遺伝子は、Ｔ細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、特定の遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、異なる遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、同じ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及びＣＡＲをコードする第１の遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢ遺伝子座、またはセーフハーバーもしくは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子、遺伝子座ＭＩＣＢ遺伝子、遺伝子座ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、ＰＤＧＦＲａ遺伝子座、ＯＬＩＧ２遺伝子座、ＧＦＡＰ遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座）からなる群から選択される。

【0494】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲからなる群から選択される。

【0495】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ抗原を発現せず、操作されたＴ細胞は、Ｂ２Ｍを発現せず、操作されたＴ細胞は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲ抗原を発現せず、操作されたＴ細胞は、ＣＩＩＴＡを発現せず、及び／または操作されたＴ細胞は、ＴＣＲ－アルファ及びＴＣＲ－ベータを発現しない。

【0496】

一部の実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内、ＴＲＢ遺伝子座内、Ｂ２Ｍ遺伝子座内、またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第２の遺伝子及び／またはＣＡＲをコードする第１の遺伝子を含む、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＴＲＡＣ^{インデル／インデル}細胞である。

【0497】

一部の実施形態では、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、対象の内部にある。他の実施形態では、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、インビトロである。

【0498】

一部の実施形態では、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を発現する。一部の実施形態では、ＣＤ８結合因子は、抗ＣＤ８抗体である。一部の実施形態では、抗ＣＤ８抗体は、マウス抗ＣＤ８抗体、ウサギ抗ＣＤ８抗体、ヒト抗ＣＤ８抗体、ヒト化抗ＣＤ８抗体、ラクダ科動物（例えば、ラマ、アルパカ、ラクダ）抗ＣＤ８抗体、及びそれらの断片からなる群から選択される。一部の実施形態では、その断片は、ｓｃＦＶまたはＶＨＨである。一部の実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ＣＤ８アルファ鎖及び／またはＣＤ８ベータ鎖に結合する。

【0499】

一部の実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ウイルスエンベロープに組み込まれて膜貫通ドメインに融合される。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、ウイルス融合タンパク質でシュードタイピングされる。一部の実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、その天然受容体への結合を低減するような１つまたは複数の改変を含む。

【0500】

一部の実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合される。一部の実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合されたニパウイルスＦ糖タンパク質及びニパウイルスＧ糖タンパク質を含む。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、Ｔ細胞活性化分子またはＴ細胞共刺激分子を含まない。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、第１の遺伝子及び／または第２の遺伝子をコードする。

【0501】

一部の実施形態では、第１の対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、第２の対象への移入後の野生型細胞と比較して低減される、（ａ）Ｔ細胞応答、（ｂ）ＮＫ細胞応答、及び（ｃ）マクロファージ応答からなる群から選択される１つまたは複数の応答を示す。一部の実施形態では、第１の対象及び第２の対象は、異なる対象である。一部の実施形態では、マクロファージ応答は、貪食である。

【0502】

一部の実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたＴＨ１活性化、（ｂ）対象における低減されたＮＫ細胞殺傷、及び（ｃ）対象における全ＰＢＭＣによる低減された殺傷からなる群から選択される１つまたは複数を示す。

【0503】

一部の実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたドナー特異的抗体、（ｂ）対象における低減されたＩｇＭまたはＩｇＧ抗体、及び（ｃ）対象における低減された補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）からなる群から選択される１つまたは複数を誘発する。

【0504】

一部の実施形態では、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象の内部で、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターにより形質導入される。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、ＣＡＲ及び／またはＣＤ４７をコードする遺伝子を運搬する。

【0505】

本明細書では、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、薬学的組成物が提供される。

【0506】

本明細書では、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本技術の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む組成物を対象に投与することを含む方法が提供される。

【0507】

一部の実施形態では、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。一部の実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。

【0508】

本明細書では、がんを患う対象を処置する方法が提供され、該方法は、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団を含む組成物、または本技術の１つもしくは複数の薬学的組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。一部の実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。

【0509】

本明細書では、腫瘍細胞を認識し、殺傷する必要がある対象における腫瘍細胞を認識し、殺傷することができるＴ細胞を対象の内部で増殖させるための方法が提供され、該方法は、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団を含む組成物、または本技術の１つもしくは複数の薬学的組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。一部の実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。

【0510】

本明細書では、対象における疾患または障害を処置するための投与レジメンが提供され、該レジメンは、本技術の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本技術の１つもしくは複数の薬学的組成物と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む薬学的組成物の投与を含み、ここで、薬学的組成物は、約１～３回用量で投与される。

【0511】

ひとたび変化させられると、本明細書に記載の分子のうちのいずれかの発現の存在について、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＦＡＣＳアッセイ等といった既知の技法を使用してアッセイすることができる。

【0512】

Ｑ．人工多能性幹細胞の生成
一態様では、低免疫原性多能性細胞の生産方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、該方法は、多能性幹細胞を生成することを含む。マウス及びヒト多能性幹細胞（ｉＰＳＣと総称される；マウス細胞の場合はｍｉＰＳＣ、またはヒト細胞の場合はｈｉＰＳＣ）の生成は、一般に当該技術分野で既知である。当業者には理解されようが、ｉＰＳＣの生成のための様々な異なる方法が存在する。元々の誘導は、Ｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、ｃ－Ｍｙｃ、及びＫｌｆ４の４つの転写因子のウイルスによる導入を使用してマウス胚性または成体線維芽細胞から行われた。ＴａｋａｈａｓｈｉａｎｄＹａｍａｎａｋａＣｅｌｌ１２６：６６３－６７６（２００６）を参照されたい（参照によりその全体が、特にその中で概説される技法に関して本明細書に援用される）。それ以来、いくつかの方法が開発されてきた。概観についてはＳｅｋｉｅｔａｌ，ＷｏｒｌｄＪ．ＳｔｅｍＣｅｌｌｓ７（１）：１１６－１２５（２０１５）、及びＬａｋｓｈｍｉｐａｔｈｙａｎｄＶｅｒｍｕｒｉ，ｅｄｉｔｏｒｓ，ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ：ＰｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔＳｔｅｍＣｅｌｌｓ，ＭｅｔｈｏｄｓａｎｄＰｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ２０１３を参照されたく、同文献はいずれも、参照によりそれらの全体が、とりわけｈｉＰＳＣを生成するための方法（例えば、後者の参考文献の第３章を参照されたい）に関して本明細書に明示的に援用される。

【0513】

一般に、ｉＰＳＣは、通常はエピソームベクターを使用して導入される、宿主細胞における１つまたは複数の再プログラミング因子の一過性発現によって生成される。これらの条件下では、少量の細胞が誘導されて、ｉＰＳＣとなる（一般に、このステップの効率は低いため、選択マーカーは使用されない）。ひとたび細胞が「再プログラミング」され、多能性となると、それらはエピソームベクター（複数可）を喪失し、内在性遺伝子を使用して当該因子を産生する。

【0514】

同じく当業者には理解されようが、使用され得るまたは使用される再プログラミング因子の数は、様々であり得る。一般的に、より少数の再プログラミング因子が使用される場合、多能性状態への細胞の形質転換の効率、ならびに「多能性」は下がり、例えば、より少数の再プログラミング因子は、完全に多能性でないが、より少数の細胞種に分化することのみ可能であり得る細胞をもたらし得る。

【0515】

一部の実施形態では、単一の再プログラミング因子、ＯＣＴ４が使用される。他の実施形態では、２つの再プログラミング因子、ＯＣＴ４及びＫＬＦ４が使用される。他の実施形態では、３つの再プログラミング因子、ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、及びＳＯＸ２が使用される。他の実施形態では、４つの再プログラミング因子、ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、ＳＯＸ２、及びｃ－Ｍｙｃが使用される。他の実施形態では、ＳＯＫＭＮＬＴ、すなわちＳＯＸ２、ＯＣＴ４（ＰＯＵ５Ｆ１）、ＫＬＦ４、ＭＹＣ、ＮＡＮＯＧ、ＬＩＮ２８、及びＳＶ４０ＬＴ抗原から選択される５、６、または７つの再プログラミング因子が使用され得る。一般に、これらの再プログラミング因子遺伝子は、当該技術分野で既知であり、市販されているようなエピソームベクター上で提供される。

【0516】

一般に、当該技術分野で既知であるように、ｉＰＳＣは、本明細書に記載されるような再プログラミング因子を一過性で発現させることによって、限定されないが血液細胞、線維芽細胞等といった非多能性細胞から作製される。

【0517】

Ｒ．低免疫原性表現型及び多能性の保持に関するアッセイ
ひとたび低免疫原性細胞が生成されると、それらは、ＷＯ２０１６１８３０４１及びＷＯ２０１８１３２７８３に記載されるように、それらの低免疫原性及び／または多能性の保持に関してアッセイすることができる。

【0518】

一部の実施形態では、低免疫原性は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１３及び図１５に例として挙げられるようないくつかの技法を使用してアッセイされる。これらの技法は、同種異系宿主への移植、及び宿主免疫系を回避する低免疫原性多能性細胞の増殖（例えば、奇形腫）に対する監視を含む。一部の事例では、低免疫原性多能性細胞の誘導体が、ルシフェラーゼを発現するように形質導入され、次いで生物発光イメージングを使用して追跡され得る。同様に、かかる細胞に対する宿主動物のＴ細胞及び／またはＢ細胞応答が、細胞が宿主動物において免疫反応を引き起こさないことを確認するために試験される。Ｔ細胞応答は、Ｅｌｉｓｐｏｔ、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、ＰＣＲ、またはマスサイトメトリー（ＣＹＴＯＦ）によって評定され得る。Ｂ細胞応答または抗体応答は、ＦＡＣＳまたはルミネックスを使用して評定される。追加としてまたは代替として、細胞は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１４及び１５に一般に示されるように、それらが自然免疫応答、例えば、ＮＫ細胞による殺傷を回避する能力に関してアッセイすることができる。

【0519】

一部の実施形態では、細胞の免疫原性は、当業者に認識されるＴ細胞増殖アッセイ、Ｔ細胞活性化アッセイ、及びＴ細胞殺傷アッセイ等のＴ細胞イムノアッセイを使用して評価される。場合によっては、Ｔ細胞増殖アッセイは、細胞をインターフェロン－ガンマで前処理することと、細胞を標識したＴ細胞と共培養し、あらかじめ選択された一定時間後にＴ細胞集団（または増殖しているＴ細胞集団）の存在をアッセイすることとを含む。場合によっては、Ｔ細胞活性化アッセイは、Ｔ細胞を本明細書に概説される細胞と共培養することと、Ｔ細胞におけるＴ細胞活性化マーカーの発現レベルを決定することとを含む。

【0520】

本明細書に概説される細胞の免疫原性を評定するために、インビボアッセイを実施することができる。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の生存及び免疫原性は、同種異系ヒト化免疫不全マウスモデルを使用して決定される。一部の事例では、低免疫原性多能性幹細胞は、同種異系ヒト化ＮＳＧ－ＳＧＭ３マウスに移植され、細胞拒絶反応、細胞生存、及び奇形腫形成に関してアッセイされる。一部の事例では、移植された低免疫原性多能性幹細胞またはその分化細胞は、マウスモデルにおいて長期生存を示す。

【0521】

細胞の低免疫原性を含めた免疫原性を決定するための追加の技法は、例えば、Ｄｅｕｓｅｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎｅｔａｌ．，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に記載され、図、図の凡例、及び方法の説明を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0522】

同様に、多能性の保持は、いくつかの方式で試験される。一実施形態では、多能性は、本明細書に一般に記載されるとともに、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２９に示されるように、ある特定の多能性特異的因子の発現によってアッセイされる。追加としてまたは代替として、多能性細胞は、多能性の指標として１つまたは複数の細胞種に分化させられる。

【0523】

当業者には理解されようが、多能性細胞におけるＭＨＣＩ機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡＩ）の低減は、当該技術分野で既知であるとともに下記に記載されるような技法、例えば、ＨＬＡ複合体に結合する標識抗体を使用した、例えば、ヒト主要組織適合性ＨＬＡクラスＩ抗原のアルファ鎖に結合する市販のＨＬＡ－Ａ、Ｂ、Ｃ抗体を使用したＦＡＣＳ技法を使用して、測定することができる。

【0524】

加えて、ＨＬＡＩ複合体が細胞表面上で発現しないことを確認するために、細胞を試験することができる。これは、上記で考察したようなＨＬＡ細胞表面の１つまたは複数の構成要素に対する抗体を使用してＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。

【0525】

多能性細胞またはその誘導体におけるＭＨＣＩＩ機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡＩＩ）の低減の成功は、当該タンパク質に対する抗体を使用したウェスタンブロッティング、ＦＡＣＳ技法、ＲＴ－ＰＣＲ技法等といった、当該技術分野で既知の技法を使用して測定することができる。

【0526】

加えて、ＨＬＡＩＩ複合体が細胞表面上で発現しないことを確認するために、細胞を試験することができる。ここでもまた、このアッセイは、当該技術分野で既知であるように行われ（例えば、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２１を参照されたい）、一般には、ヒトＨＬＡクラスＩＩＨＬＡ－ＤＲ、ＤＰ、及びほとんどのＤＱ抗原に結合する市販の抗体に基づくウェスタンブロットまたはＦＡＣＳ解析のいずれかを使用して行われる。

【0527】

ＨＬＡＩ及びＩＩ（またはＭＨＣＩ及びＩＩ）の低減に加えて、本明細書で提供される低免疫原性細胞は、マクロファージの食作用及びＮＫ細胞による殺傷に対して低減された感受性を有する。結果として生じる低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＣＤ２４導入遺伝子の発現に起因して免疫マクロファージ及び自然経路を「回避する」。

【0528】

Ｓ．多能性幹細胞の維持
ひとたび低免疫原性多能性幹細胞が生成されると、それらは、ｉＰＳＣの維持に関して既知であるように、未分化状態で維持され得る。例えば、細胞は、分化を防止するとともに多能性を維持する培養基を使用してマトリゲル上で培養され得る。加えて、それらは、多能性を維持するような条件下で培養基中にあることができる。

【0529】

Ｔ．低免疫原性人工多能性（ＨＩＰ）幹細胞から分化させた細胞
ある態様では、レシピエント対象へのその後の移植用に異なる細胞種に分化させられるＨＩＰ細胞が本明細書で提供される。分化は、一般に細胞特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。当業者には理解されようが、分化した低免疫原性多能性細胞派生物は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植することができる。

【0530】

１．低免疫原性多能性細胞から分化させた心細胞
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用にＨＩＰ細胞から分化させた心細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる心細胞種には、心筋細胞、結節心筋細胞、伝導心筋細胞（ｃｏｎｄｕｃｔｉｎｇｃａｒｄｉｏｍｙｏｃｙｔｅ）、稼働心筋細胞（ｗｏｒｋｉｎｇｃａｒｄｉｏｍｙｏｃｙｔｅ）、心筋細胞の前駆体細胞、心筋細胞の前駆細胞、心臓幹細胞、心筋細胞、心房心臓幹細胞、心室心臓幹細胞、心外膜細胞、造血細胞、血管内皮細胞、心内膜内皮細胞、心臓弁間質細胞、心臓ペースメーカー細胞等が含まれるが、これらに限定されない。

【0531】

一部の実施形態では、本明細書に記載の心細胞は、小児期心筋症、加齢性心筋症、拡張型心筋症、肥大型心筋症、拘束型心筋症、慢性虚血性心筋症、周産期心筋症、炎症性心筋症、特発性心筋症、他の心筋症、心筋虚血再灌流傷害、心室機能不全、心不全、うっ血性心不全、冠動脈疾患、末期心疾患、アテローム性動脈硬化症、虚血、高血圧症、再狭窄、狭心症、リウマチ性心臓、動脈炎症、心血管疾患、心筋梗塞、心筋虚血、うっ血性心不全、心筋梗塞、心虚血、心外傷、心筋虚血、血管疾患、後天性心疾患、先天性心疾患、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患、機能不全の伝導系、機能不全の冠動脈、肺高血圧症、心不整脈、筋ジストロフィー、筋肉量異常、筋肉変性、心筋炎、感染性心筋炎、薬物または毒素誘発性筋肉異常、過敏性心筋炎、及び自己免疫心内膜炎からなる群から選択される心障害を処置するために、レシピエント対象に投与される。

【0532】

したがって、本明細書では、心外傷または心疾患もしくは障害の処置及び予防を必要とする対象における、心外傷または心疾患もしくは障害の処置及び予防のための方法が提供される。本明細書に記載の方法を使用して、いくつかの心疾患またはそれらの症状、例えば、心臓の構造及び／または機能への病理学的損傷をもたらすものを処置するか、改善させるか、予防するか、またはその進行を緩徐化することができる。「心疾患」、「心障害」、及び「心外傷」という用語は、本明細書で互換的に使用され、弁、内皮、梗塞領域、または心臓の他の構成要素もしくは構造を含めた心臓に関係する病態及び／または障害を指す。かかる心疾患または心臓関連疾患には、とりわけ、心筋梗塞、心不全、心筋症、先天性心臓欠陥、心臓弁疾患または機能不全、心内膜炎、リウマチ熱、僧帽弁逸脱症、感染性心内膜炎、肥大型心筋症、拡張型心筋症、心筋炎、心肥大、及び／または僧帽弁閉鎖不全症が含まれるが、これらに限定されない。

【0533】

一部の実施形態では、心筋細胞前駆体には、成熟（最終段階）心筋細胞を含む子孫を生じさせることができる細胞が含まれる。心筋細胞の前駆体細胞は、多くの場合、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、及びＭＥＦ－２ファミリーの転写因子から選択される１つまたは複数のマーカーを使用して特定することができる。一部の事例では、心筋細胞は、以下のリストからの１つまたは複数のマーカー（ときには少なくとも２、３、４、または５つのマーカー）を発現する未成熟心筋細胞または成熟心筋細胞を指す：心臓トロポニンＩ（ｃＴｎｌ）、心臓トロポニンＴ（ｃＴｎＴ）、サルコメリックミオシン重鎖（ＭＨＣ）、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、Ｎ－カドヘリン、β２－アドレナリン受容体、ＡＮＦ、ＭＥＦ－２ファミリーの転写因子、クレアチンキナーゼＭＢ（ＣＫ－ＭＢ）、ミオグロビン、及び心房性ナトリウム利尿因子（ＡＮＦ）。一部の実施形態では、心細胞は、自発的な周期的収縮活動を示す。場合によっては、その心細胞が、適切なＣａ^２＋濃度及び電解質の均衡を有する好適な組織培養環境で培養される場合、細胞は、培養培地にいずれの追加の構成成分も添加する必要なしに、細胞の一軸方向に周期的様態で収縮し、次いで収縮を解除することが観察され得る。一部の実施形態では、心細胞は、低免疫原性心細胞である。

【0534】

一部の実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性（ＨＩＰ）細胞の集団から低免疫原性心細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＷＮＴアンタゴニストを含む培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、心臓前駆細胞の集団を生産することと、（ｃ）インスリンを含む培養培地中で心臓前駆細胞の集団を培養して、低免疫心細胞の集団を生産することとを含む。一部の実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、ＷＮＴアンタゴニストは、ＩＷＲ１、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＷＮＴアンタゴニストは、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。

【0535】

一部の実施形態では、低免疫原性心細胞の集団は、非心細胞から単離される。一部の実施形態では、低免疫原性心細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性心細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。

【0536】

一部の実施形態では、多能性細胞は、心血管疾患に対処するために心筋細胞に分化させられる。ｈｉＰＳＣの心筋細胞への分化のための技法は、当該技術分野で既知であり、実施例で考察される。分化は、一般に心筋細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｌｏｈｅｔａｌ．，Ｃｅｌｌ，２０１６，１６６，４５１－４６７を参照されたい（参照によりその全体が、特に心筋細胞を含む幹細胞を分化させる方法に関して本明細書に援用される）。

【0537】

人工多能性幹細胞または多能性幹細胞を心細胞に分化させるための他の有用な方法は、例えば、ＵＳ２０１７／０１５２４８５、ＵＳ２０１７／００５８２６３、ＵＳ２０１７／０００２３２５、ＵＳ２０１６／０３６２６６１、ＵＳ２０１６／００６８８１４、ＵＳ９，０６２，２８９、ＵＳ７，８９７，３８９、及びＵＳ７，４５２，７１８に記載される。人工多能性幹細胞または多能性幹細胞から心細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｘｕｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓａｎｄＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，２００６，１５（５）：６３１－９、Ｂｕｒｒｉｄｇｅｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｔｅｍＣｅｌｌ，２０１２，１０：１６－２８、及びＣｈｅｎｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｓ，２０１５，ｌ５（２）：３６５－３７５に記載される。

【0538】

種々の実施形態では、低免疫原性心細胞は、ＢＭＰ経路阻害剤、ＷＮＴシグナル伝達活性化剤、ＷＮＴシグナル伝達阻害剤、ＷＮＴアゴニスト、ＷＮＴアンタゴニスト、Ｓｒｃ阻害剤、ＥＧＦＲ阻害剤、ＰＣＫ活性化剤、サイトカイン、成長因子、心臓作用性剤（ｃａｒｄｉｏｔｒｏｐｉｃａｇｅｎｔ）、化合物等を含む培養培地中で培養され得る。

【0539】

ＷＮＴシグナル伝達活性化剤には、ＣＨＩＲ９９０２１が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣＫ活性化剤には、ＰＭＡが含まれるが、これらに限定されない。ＷＮＴシグナル伝達阻害剤には、ＫＹ０２１１１、ＳＯ３０３１（ＫＹ０１－Ｉ）、ＳＯ２０３１（ＫＹ０２－Ｉ）、及びＳＯ３０４２（ＫＹ０３－Ｉ）、及びＸＡＶ９３９から選択される化合物が含まれるが、これらに限定されない。Ｓｒｃ阻害剤には、Ａ４１９２５９が含まれるが、これらに限定されない。ＥＧＦＲ阻害剤には、ＡＧ１４７８が含まれるが、これらに限定されない。

【0540】

ｉＰＳＣから心細胞を生成するための薬剤の非限定的な例としては、アクチビンＡ、ＢＭＰ４、Ｗｎｔ３ａ、ＶＥＧＦ、可溶性フリズルドタンパク質、シクロスポリンＡ、アンジオテンシンＩＩ、フェニルエフリン、アスコルビン酸、ジメチルスルホキシド、５－アザ－２’－デオキシシチジン等が挙げられる。

【0541】

本明細書で提供される細胞は、低免疫原性多能性細胞の心細胞への分化を補助及び／または促進するための合成表面等の表面上で培養することができる。一部の実施形態では、表面は、選択される１つまたは複数のアクリレートモノマーのホモポリマーまたはコポリマーを含むがこれらに限定されない、ポリマー材料を含む。アクリレートモノマー及びメタクリレートモノマーの非限定的な例としては、テトラ（エチレングリコール）ジアクリレート、グリセロールジメタクリレート、１，４－ブタンジオールジメタクリレート、ポリ（エチレングリコール）ジアクリレート、ジ（エチレングリコール）ジメタクリレート、テトラ（エチレン（ｅｔｈｙｉｅｎｅ）グリコール）ジメタクリレート、１，６－ヘキサンジオールプロポキシレートジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリメチロールプロパンベンゾエートジアクリレート、トリメチロールプロパンエトキシレート（ｅｉｈｏｘｙｌａｔｅ）（１ＥＯ／ＱＨ）メチル、トリシクロ［５．２．１．０^２，６］デカンジメタノールジアクリレート、ネオペンチルグリコールエトキシレート（ｅｘｈｏｘｙｌａｔｅ）ジアクリレート、及びトリメチロールプロパントリアクリレートが挙げられる。アクリレートは、当該技術分野で既知のように合成されるか、またはＰｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．、及びＳａｒｔｏｍｅｒ，Ｉｎｃ．等の商業的供給業者から得られる。

【0542】

ポリマー材料は、支持材料の表面上に分散させることができる。細胞を培養するのに好適である有用な支持材料には、セラミック物質、ガラス、プラスチック、ポリマーもしくはコポリマー、それらの任意の組み合わせ、または１つの材料の別の材料上へのコーティングが含まれる。一部の事例では、ガラスには、ソーダ石灰ガラス、パイレックスガラス、バイコールガラス、石英ガラス、ケイ素、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。

【0543】

一部の事例では、プラスチック、または樹枝状ポリマーを含めたポリマーには、ポリ（塩化ビニル）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（酢酸ビニル－無水マレイン酸）、ポリ（ジメチルシロキサン）モノメタクリレート、環状オレフィンポリマー、フルオロカーボンポリマー、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンイミン、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。一部の事例では、コポリマーには、ポリ（酢酸ビニル－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（スチレン－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－アクリル酸）、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。

【0544】

本明細書に記載されるように調製された心細胞の有効性は、処置なしでは左室壁組織の５５％が瘢痕組織となることにつながる心臓凍結損傷の動物モデルにおいて評定することができる（Ｌｉｅｔａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．６２：６５４，１９９６、Ｓａｋａｉｅｔａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．８：２０７４，１９９９、Ｓａｋａｉｅｔａｌ．，Ｔｈｏｒａｃ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｓｕｒｇ．１１８：７１５，１９９９）。処置の成功は、瘢痕の面積を低減し、瘢痕の拡大を制限し、収縮期圧、拡張期圧、及び最大圧によって決定されるような心臓機能を改善し得る。心外傷はまた、左前下行枝の遠位部において塞栓コイルを使用してモデル化することもでき（Ｗａｔａｎａｂｅｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＴｒａｎｓｐｌａｎｔ．７：２３９，１９９８）、処置の有効性を組織学的検査及び心機能によって評価することができる。

【0545】

一部の実施形態では、投与は、対象の心臓組織内への埋め込み、静脈内注射、動脈内注射、冠動脈内注射、筋肉内注射、腹腔内注射、心筋内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、または輸注を含む。

【0546】

一部の実施形態では、操作された心細胞を投与される患者はまた、心臓薬も投与される。併用療法において使用するのに好適である心臓薬の例示的な例としては、成長因子、成長因子をコードするポリヌクレオチド、血管新生剤、カルシウムチャネル遮断薬、血圧降下剤、有糸分裂阻害剤、変力作用剤、アテローム生成抑制剤、抗凝血薬、ベータ遮断薬、抗不整脈剤、抗炎症剤、血管拡張剤、血栓溶解剤、強心配糖体、抗生物質、抗ウイルス剤、抗真菌剤、原虫を阻害する薬剤、硝酸塩、アンジオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、アンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニスト、脳性ナトリウム利尿ペプチド（ＢＮＰ）；抗新生細胞剤、ステロイド等が挙げられるが、これらに限定されない。

【0547】

本明細書で提供される方法による療法の効果は、様々な方式で監視され得る。例えば、心電図（ＥＣＧ）またはホルターモニターを利用して、処置の有効性を決定することができる。ＥＣＧは、心臓のリズム及び電気インパルスの尺度であり、療法が対象の心臓における電気伝導を改善もしくは維持、予防、またはその性能低下を緩徐化したかどうかを決定するために非常に有効で非侵襲的な方法である。心臓異常、不整脈障害等を監視するために長時間にわたって装着され得る携帯型ＥＣＧであるホルターモニターの使用もまた、療法の有効性を評定するための信頼のおける方法である。ＥＣＧまたは核研究を使用して、心室機能の改善を決定することができる。

【0548】

２．低免疫原性多能性細胞から分化させた神経細胞
本明細書では、レシピエント対象へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に有用である、ＨＩＰ細胞から分化させた異なる神経細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる神経細胞種には、脳内皮細胞、ニューロン（例えば、ドーパミン作動性ニューロン）、グリア細胞等が含まれるが、これらに限定されない。

【0549】

一部の実施形態では、人工多能性幹細胞の分化は、目的とする特定の所望の系列及び／または細胞種にそれらの分化を標的指向化するように、特定の細胞系列（複数可）を生み出すことが知られている特定の因子に細胞を曝露または接触させることによって実施される。一部の実施形態では、最終分化した細胞は、特化した表現型の特性または特徴を示す。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の幹細胞は、神経外胚葉性、ニューロン、神経内分泌、ドーパミン作動性、コリン作動性、セロトニン作動性（５－ＨＴ）、グルタミン酸作動性、ＧＡＢＡ作動性、アドレナリン作動性、ノルアドレナリン作動性、交感神経ニューロン、副交感神経ニューロン、交感神経末梢ニューロン、またはグリア細胞集団に分化させられる。一部の事例では、グリア細胞集団には、ミクログリア（例えば、アメボイド型、ラミファイド型、活性化した食作用性、及び活性化した非食作用性）細胞集団、もしくはマクログリア（中枢神経系細胞：星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及び放射状グリア；ならびに末梢神経系細胞：シュワン細胞及び衛星細胞）細胞集団、または前述の細胞のうちのいずれかの前駆体及び前駆細胞が含まれる。

【0550】

異なる種類の神経細胞を生成するためのプロトコルは、ＰＣＴ出願第ＷＯ２０１０１４４６９６号、米国特許第９，０５７，０５３号、同第９，３７６，６６４号、及び同第１０，２３３，４２２号に記載される。低免疫原性多能性細胞を分化させるための方法の追加の説明は、例えば、Ｄｅｕｓｅｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎｅｔａｌ．，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に見出すことができる。神経学的障害または神経学的病態の動物モデルにおける神経細胞移植の効果を決定するための方法は、以下の参考文献に記載される：脊髄損傷については、Ｃｕｒｔｉｓｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｔｅｍＣｅｌｌ，２０１８，２２，９４１－９５０、パーキンソン病については、Ｋｉｋｕｃｈｉｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８：５９２－５９６、ＡＬＳについては、Ｉｚｒａｅｌｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｓｅａｒｃｈ，２０１８，９（１）：１５２及びＩｚｒａｅｌｅｔａｌ．，ＩｎｔｅｃｈＯｐｅｎ，ＤＯＩ：１０．５７７２／ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．７２８６２、癲癇については、Ｕｐａｄｈｙａｅｔａｌ．，ＰＮＡＳ，２０１９，１１６（１）：２８７－２９６。

【0551】

ａ．脳内皮細胞
一部の実施形態では、神経細胞は、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、他の神経変性疾患または病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、他の神経精神性障害を処置するために対象に投与される。一部の実施形態では、本明細書に記載の神経細胞は、脳卒中を処置または改善するために対象に投与される。一部の実施形態では、ニューロン及びグリア細胞が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を有する対象に投与される。一部の実施形態では、脳内皮細胞が、脳出血の症状または影響を緩和するために投与される。一部の実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンが、パーキンソン病を有する患者に投与される。一部の実施形態では、ノルアドレナリン作動性ニューロン、ＧＡＢＡ作動性介在ニューロンが、癲癇発作を経験した患者に投与される。一部の実施形態では、運動ニューロン、介在ニューロン、シュワン細胞、乏突起膠細胞、及びミクログリアが、脊髄損傷を経験した患者に投与される。

【0552】

一部の実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、脳ＥＣまたは神経細胞の生成を促進する１つまたは複数の因子を含む培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞（例えば、人工多能性幹細胞）から分化させられる。一部の事例では、培地は、以下のうちの１つまたは複数を含む：ＣＨＩＲ－９９０２１、ＶＥＧＦ、塩基性ＦＧＦ（ｂＦＧＦ）、及びＹ－２７６３２。一部の実施形態では、培地は、神経細胞の生存及び機能性を促進するように設計されたサプリメントを含む。

【0553】

一部の実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、非馴化または馴化培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞から分化させられる。一部の事例では、培地は、分化を促進または容易にする因子または低分子を含む。一部の実施形態では、培地は、ＶＥＧＲ、ＦＧＦ、ＳＤＦ－１、ＣＨＩＲ－９９０２１、Ｙ－２７６３２、ＳＢ４３１５４２、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の因子または低分子を含む。一部の実施形態では、分化用の表面は、１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質を含む。表面を１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質でコーティングすることができる。細胞は、懸濁液中で分化させ、次いで細胞生存を容易にするためにマトリゲル、ゼラチン、またはフィブリン／トロンビン形態等のゲルマトリックス形態に入れることができる。場合によっては、分化は、一般に細胞特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。

【0554】

一部の実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＶＥカドヘリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される因子を発現または分泌する。ある特定の実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ４５、ＣＤ１１７（ｃ－ｋｉｔ）、ＣＤ１４６、ＣＸＣＲ４、ＶＥＧＦ、ＳＤＦ－１、ＰＤＧＦ、ＧＬＵＴ－１、ＰＥＣＡＭ－１、ｅＮＯＳ、クローディン－５、オクルディン、ＺＯ－１、ｐ－糖タンパク質、フォン・ヴィレブランド因子、ＶＥ－カドヘリン、低密度リポタンパク質受容体ＬＤＬＲ、低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質１ＬＲＰ１、インスリン受容体ＩＮＳＲ、レプチン受容体ＬＥＰＲ、基底細胞接着分子ＢＣＡＭ、トランスフェリン受容体ＴＦＲＣ、終末糖化産物特異的受容体ＡＧＥＲ、レチノール取り込み受容体ＳＴＲＡ６、大型中性アミノ酸輸送体小サブユニット１ＳＬＣ７Ａ５、興奮性アミノ酸輸送体３ＳＬＣ１Ａ１、ナトリウム共役中性アミノ酸輸送体５ＳＬＣ３８Ａ５、溶質キャリアファミリー１６メンバー１ＳＬＣ１６Ａ１、ＡＴＰ依存性トランスロカーゼＡＢＣＢ１、ＡＴＰ－ＡＢＣＣ２結合カセット輸送体ＡＢＣＧ２、多剤耐性関連タンパク質１ＡＢＣＣ１、小管多重特異性有機アニオン輸送体１ＡＢＣＣ２、多剤耐性関連タンパク質４ＡＢＣＣ４、及び多剤耐性関連タンパク質５ＡＢＣＣ５からなる群から選択される因子のうちの１つまたは複数を発現または分泌する。

【0555】

一部の実施形態では、脳ＥＣは、タイトジャンクションの高発現、高い電気抵抗、低窓性、小さな血管周囲腔、インスリン及びトランスフェリン受容体の高い分布率、ならびに多数のミトコンドリアからなる群から選択される特徴のうちの１つまたは複数を特徴とする。

【0556】

一部の実施形態では、脳ＥＣは、正の選択戦略を使用して選択または精製される。一部の事例では、脳ＥＣは、限定されないがＣＤ３１等の内皮細胞マーカーに照らし合わせて選別される。換言すれば、ＣＤ３１陽性脳ＥＣが単離される。一部の実施形態では、脳ＥＣは、負の選択戦略を使用して選択または精製される。一部の実施形態では、ＴＲＡ－１－６０及びＳＳＥＡ－１を含むがこれらに限定されない多能性マーカーを発現する細胞について選択することによって、未分化または多能性幹細胞が除去される。

【0557】

ｂ．ドーパミン作動性ニューロン
一部の実施形態では、本明細書に記載のＨＩＰ細胞は、ニューロン幹細胞、ニューロン前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンを含めたドーパミン作動性ニューロンに分化させられる。

【0558】

場合によっては、「ドーパミン作動性ニューロン」という用語は、ドーパミン合成のための律速酵素であるチロシンヒドロキシラーゼ（ＴＨ）を発現するニューロン細胞を含む。一部の実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンは、神経伝達物質ドーパミンを分泌し、ドーパミンヒドロキシラーゼをほとんどまたは全く発現しない。ドーパミン作動性（ＤＡ）ニューロンは、以下のマーカーのうちの１つまたは複数を発現することができる：ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、１－芳香族アミノ酸脱炭酸酵素、小胞モノアミン輸送体２、ドーパミン輸送体、Ｎｕｒｒ－ｌ、及びドーパミン－２受容体（Ｄ２受容体）。ある特定の実例では、「神経幹細胞」という用語は、神経細胞経路に沿って部分的に分化させられており、例えば、ネスチンを含めた１つまたは複数の神経マーカーを発現する、多能性細胞の集団を含む。神経幹細胞は、ニューロンまたはグリア細胞（例えば、星状細胞及び乏突起膠細胞）に分化させられてもよい。「神経前駆細胞」という用語は、ＦＯＸＡ２及び低レベルのｂ－チューブリンを発現するが、チロシンヒドロキシラーゼは発現しない培養細胞を含む。かかる神経前駆細胞は、本明細書に記載の因子等の適切な因子の培養時に、様々なニューロンサブタイプ、特に様々なドーパミン作動性ニューロンサブタイプに分化する能力を有する。

【0559】

一部の実施形態では、ＨＩＰ細胞に由来するＤＡニューロンは、神経変性疾患または病態を処置するために患者、例えば、ヒト患者に投与される。場合によっては、神経変性疾患または病態は、パーキンソン病、ハンチントン病、及び多発性硬化症からなる群から選択される。他の実施形態では、ＤＡニューロンは、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、及びうつ病等の神経精神性障害の１つまたは複数の症状を処置または改善するために使用される。なおも他の実施形態では、ＤＡニューロンは、障害のあるＤＡニューロンを有する患者を処置するために使用される。

【0560】

一部の実施形態では、ＤＡニューロン、その前駆体、及び前駆細胞は、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で幹細胞を培養することによって多能性幹細胞から分化させられる。ＤＡニューロンの分化、成長、増殖、維持、及び／または成熟を促進する有用な因子及び添加剤には、Ｗｎｔｌ、ＦＧＦ２、ＦＧＦ８、ＦＧＦ８ａ、ソニックヘッジホッグ（ＳＨＨ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、トランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ－ａ）、ＴＧＦ－ｂ、インターロイキン１ベータ、グリア細胞株由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ＧＳＫ－３阻害剤（例えば、ＣＨＩＲ－９９０２１）、ＴＧＦ－ｂ阻害剤（例えば、ＳＢ－４３１５４２）、Ｂ－２７サプリメント、ドルソモルフィン、プルモルファミン、ノギン、レチノイン酸、ｃＡＭＰ、アスコルビン酸、ニュールツリン、ノックアウト血清置換、Ｎ－アセチルシステイン、ｃ－ｋｉｔリガンド、それらの改変形態、それらの模倣体、それらの類似体、及びそれらのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＤＡニューロンは、ＷＮＴ経路、ＮＯＴＣＨ経路、ＳＨＨ経路、ＢＭＰ経路、ＦＧＦ経路等を活性化または阻害する１つまたは複数の因子の存在下で分化させられる。分化プロトコル及びその詳細な説明は、例えば、ＵＳ９，９６８，６３７、ＵＳ７，６７４，６２０、Ｋｉｍｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８，５０－５６、Ｂｊｏｒｋｌｕｎｄｅｔａｌ．，ＰＮＡＳ，２００２，９９（４），２３４４－２３４９、Ｇｒｏｗｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓＴｒａｎｓｌＭｅｄ．２０１６，５（９）：１１３３－４４、ならびにＣｈｏｅｔａｌ，ＰＮＡＳ，２００８，１０５：３３９２－３３９７で提供され、実施例、方法、図、及び結果の詳細な説明を含めたそれらの全体的な開示は、参照により本明細書に援用される。

【0561】

一部の実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの集団は、非ニューロン細胞から単離される。一部の実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。

【0562】

ＤＡの分化を特性評価及び監視するとともに、ＤＡの表現型を評定するために、任意の数の分子マーカー及び遺伝子マーカーの発現を評価することができる。例えば、遺伝子マーカーの存在は、当業者に既知の種々の方法によって決定することができる。分子マーカーの発現は、限定されないが、ｑＰＣＲベースのアッセイ、イムノアッセイ、免疫細胞化学アッセイ、免疫ブロットアッセイ等といった定量法によって決定することができる。ＤＡニューロンに対する例となるマーカーには、ＴＨ、ｂ－チューブリン、ペアードボックスタンパク質（Ｐａｘ６）、インスリン遺伝子エンハンサータンパク質（Ｉｓｌ１）、ネスチン、ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）、Ｇタンパク質活性化内向き整流カリウムチャネル２（ＧＩＲＫ２）、微小管関連タンパク質２（ＭＡＰ－２）、ＮＵＲＲ１、ドーパミン輸送体（ＤＡＴ）、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２（ＦＯＸＡ２）、ＦＯＸ３、ダブルコルチン、及びＬＩＭホメオボックス転写因子ｌ－ベータ（ＬＭＸ１Ｂ）等が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ＤＡニューロンは、コリン、ＦＯＸＡ２、ＴｕＪ１、ＮＵＲＲ１、及びそれらの任意の組み合わせから選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。

【0563】

一部の実施形態では、ＤＡニューロンは、細胞の電気生理学的活性に従って評定される。細胞の電気生理学は、当業者に既知のアッセイを使用することによって評価することができる。例えば、全細胞及び穿孔パッチクランプ法、細胞の電気生理学的活性を検出するためのアッセイ、細胞の活動電位の規模及び持続期間を測定するためのアッセイ、ならびにＤＡ細胞のドーパミン産生を検出するための機能アッセイ。

【0564】

一部の実施形態では、ＤＡニューロンの分化は、自発性律動的活動電位、及び脱分極電流の注入時のスパイク周波数適応を伴う高周波活動電位を特徴とする。他の実施形態では、ＤＡの分化は、ドーパミンの産生を特徴とする。産生されるドーパミンのレベルは、それが最大振幅の半分に達した時点での活動電位の幅（スパイク半値幅）を測定することによって算出される。

【0565】

一部の実施形態では、分化したＤＡニューロンは、患者において静脈内にまたは特定の箇所での注射によってのいずれかで移植される。一部の実施形態では、分化したＤＡ細胞は、パーキンソン病をもたらした変性を有するＤＡニューロンを置換するために、脳の黒質（特に緻密部内にまたはそれに隣接して）、腹側被蓋野（ＶＴＡ）、尾状核、被殻、側坐核、視床下核、またはそれらの任意の組み合わせに移植される。分化したＤＡ細胞は、細胞懸濁液として標的領域に注射することができる。代替として、分化したＤＡ細胞は、支持マトリックスまたは足場に（かかる送達デバイス内に収容された場合）埋め込むことができる。一部の実施形態では、足場は、生分解性である。他の実施形態では、足場は、生分解性ではない。足場は、天然または合成（人工）材料を含み得る。

【0566】

ＤＡニューロンの送達は、限定されないがリポソーム、微粒子、またはマイクロカプセル等の好適なビヒクルを使用することによって達成することができる。他の実施形態では、分化したＤＡニューロンは、等張性賦形剤を含む薬学的組成物中で投与される。薬学的組成物は、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。一部の実施形態では、ＨＩＰ細胞から分化させたＤＡニューロンは、薬学的組成物の形態で供給される。細胞組成物の治療用製剤の一般原則は、ＣｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ：ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ，ａｎｄＣｅｌｌｕｌａｒＩｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，Ｇ．Ｍｏｒｓｔｙｎ＆Ｗ．Ｓｈｅｒｉｄａｎｅｄｓ，ＣａｍｂｒｉｄｇｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ，１９９６、及びＨｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃＳｔｅｍＣｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ，Ｅ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ＆Ｐ．Ｌａｗ，ＣｈｕｒｃｈｉｌｌＬｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００に見出され、これらの開示は参照により本明細書に援用される。

【0567】

幹細胞に由来するニューロン有用な説明及びその作製方法は、例えば、Ｋｉｒｋｅｂｙｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＲｅｐ，２０１２，１：７０３－７１４、Ｋｒｉｋｓｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８０：５４７－５５１、Ｗａｎｇｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ，２０１８，１１（１）：１７１－１８２、ＬｏｒｅｎｚＳｔｕｄｅｒ，“Ｃｈａｐｔｅｒ８－ＳｔｒａｔｅｇｉｅｓｆｏｒＢｒｉｎｇｉｎｇＳｔｅｍＣｅｌｌ－ＤｅｒｉｖｅｄＤｏｐａｍｉｎｅＮｅｕｒｏｎｓｔｏｔｈｅｃｌｉｎｉｃ－ＴｈｅＮＹＳＴＥＭＴｒｉａｌ”ｉｎＰｒｏｇｒｅｓｓｉｎＢｒａｉｎＲｅｓｅａｒｃｈ，２０１７，ｖｏｌｕｍｅ２３０，ｐｇ．１９１－２１２、Ｌｉｕｅｔａｌ．，ＮａｔＰｒｏｔｏｃ，２０１３，８：１６７０－１６７９、Ｕｐａｄｈｙａｅｔａｌ．，ＣｕｒｒＰｒｏｔｏｃＳｔｅｍＣｅｌｌＢｉｏｌ，３８，２Ｄ．７．１－２Ｄ．７．４７、米国公開出願第２０１６０１１５４４８号、ならびにＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ８，２７３，５７０、ＵＳ９，４８７，７５２、及びＵＳ１０，０９３，８９７に見出すことができ、これらの内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。

【0568】

ＤＡニューロンに加えて、他のニューロン細胞、その前駆体、及び前駆細胞が、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で細胞を培養することによって、本明細書に概説されるＨＩＰ細胞から分化させられ得る。因子及び添加剤の非限定的な例としては、ＧＤＮＦ、ＢＤＮＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｂ２７、塩基性ＦＧＦ、塩基性ＥＧＦ、ＮＧＦ、ＣＮＴＦ、ＳＭＡＤ阻害剤、Ｗｎｔアンタゴニスト、ＳＨＨシグナル伝達活性化剤、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられる。一部の実施形態では、ＳＭＡＤ阻害剤は、ＳＢ４３１５４２、ＬＤＮ－１９３１８９、ノギンＰＤ１６９３１６、ＳＢ２０３５８０、ＬＹ３６４９４７、Ａ７７－０１、Ａ－８３－０１、ＢＭＰ４、ＧＷ７８８３８８、ＧＷ６６０４、ＳＢ－５０５１２４、レルデリムマブ、メテリムマブ、ＧＣ－Ｉ００８、ＡＰ－１２００９、ＡＰ－１１０Ｉ４、ＬＹ５５０４１０、ＬＹ５８０２７６、ＬＹ３６４９４７、ＬＹ２１０９７６１、ＳＢ－５０５１２４、Ｅ－６１６４５２（ＲｅｐＳｏｘＡＬＫ阻害剤）、ＳＤ－２０８、ＳＭＩ６、ＮＰＣ－３０３４５、Ｋ２６８９４、ＳＢ－２０３５８０、ＳＤ－０９３、アクチビン－Ｍ１０８Ａ、Ｐ１４４、可溶性ＴＢＲ２－Ｆｃ、ＤＭＨ－１、ドルソモルフィン二塩酸塩、及びそれらの誘導体からなる群から選択される。一部の実施形態では、Ｗｎｔアンタゴニストは、ＸＡＶ９３９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ－２、ＤＫＫ－３、ＤＫＫ－４、ＳＦＲＰ－１、ＳＦＲＰ－２、ＳＦＲＰ－３、ＳＦＲＰ－４、ＳＦＲＰ－５、ＷＩＦ－１、Ｓｏｇｇｙ、ＩＷＰ－２、ＩＷＲ１、ＩＣＧ－００１、ＫＹ０２１１、Ｗｎｔ－０５９、ＬＧＫ９７４、ＩＷＰ－Ｌ６、及びその誘導体からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子は、平滑化アゴニスト（ＳＡＧ）、ＳＡＧ類似体、ＳＨＨ、Ｃ２５－ＳＨＨ、Ｃ２４－ＳＨＨ、プルモルファミン、Ｈｇ－Ａｇ、及び／またはそれらの誘導体からなる群から選択される。

【0569】

一部の実施形態では、ニューロンは、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＮＭＤＡ型サブユニット１ＧＲＩＮ１、グルタミン酸脱炭酸酵素１ＧＡＤ１、ガンマ－アミノ酪酸ＧＡＢＡ、チロシンヒドロキシラーゼＴＨ、ＬＩＭホメオボックス転写因子１－アルファＬＭＸ１Ａ、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ１ＦＯＸＯ１、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２ＦＯＸＡ２、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ４ＦＯＸＯ４、ＦＯＸＧ１、２’，３’－環状－ヌクレオチド３’－ホスホジエステラーゼＣＮＰ、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、チューブリンベータ鎖３ＴＵＢ３、チューブリンベータ鎖３ＮＥＵＮ、溶質キャリアファミリー１メンバー６ＳＬＣ１Ａ６、ＳＳＴ、ＰＶ、カルビンジン、ＲＡＸ、ＬＨＸ６、ＬＨＸ８、ＤＬＸ１、ＤＬＸ２、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６、ＳＯＸ６、ＭＡＦＢ、ＮＰＡＳ１、ＡＳＣＬ１、ＳＩＸ６、ＯＬＩＧ２、ＮＫＸ２．１、ＮＫＸ２．２、ＮＫＸ６．２、ＶＧＬＵＴ１、ＭＡＰ２、ＣＴＩＰ２、ＳＡＴＢ２、ＴＢＲ１、ＤＬＸ２、ＡＳＣＬ１、ＣｈＡＴ、ＮＧＦＩ－Ｂ、ｃ－ｆｏｓ、ＣＲＦ、ＲＡＸ、ＰＯＭＣ、ヒポクレチン、ＮＡＤＰＨ、ＮＧＦ、Ａｃｈ、ＶＡＣｈＴ、ＰＡＸ６、ＥＭＸ２ｐ７５、ＣＯＲＩＮ、ＴＵＪ１、ＮＵＲＲ１、及び／またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。

【0570】

ｃ．グリア細胞
一部の実施形態では、記載される神経細胞には、限定されないが、多能性幹細胞を治療上有効なグリア細胞等に分化させることによって生産されるミクログリア、星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及びシュワン細胞、そのグリア前駆体、及びグリア前駆細胞等のグリア細胞が含まれる。低免疫原性多能性幹細胞の分化は、低免疫原性グリア細胞等の低免疫原性神経細胞を生産する。

【0571】

一部の実施形態では、グリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞は、レチノイン酸、ＩＬ－３４、Ｍ－ＣＳＦ、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ－ＣＳＦ、ＣＣＬ２、ＴＧＦベータ阻害剤、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子、ＦＧＦ、血小板由来増殖因子ＰＤＧＦ、ＰＤＧＦＲ－アルファ、ＨＧＦ、ＩＧＦ１、ノギン、ＳＨＨ、ドルソモルフィン、ノギン、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の作用物質を含む培地中で多能性幹細胞を培養することによって生成される。ある特定の事例では、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤は、ＬＤＮ１９３１８９、ＳＢ４３１５４２、またはそれらの組み合わせである。一部の実施形態では、グリア細胞は、ＮＫＸ２．２、ＰＡＸ６、ＳＯＸ１０、脳由来神経栄養因子ＢＤＮＦ、ニューロトロフィン（ｎｅｕｔｒｏｔｒｏｐｈｉｎ）－３ＮＴ－３、ＮＴ－４、ＥＧＦ、毛様体神経栄養因子ＣＮＴＦ、神経増殖因子ＮＧＦ、ＦＧＦ８、ＥＧＦＲ、ＯＬＩＧ１、ＯＬＩＧ２、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、ＧＡＰ－４３、ＬＮＧＦＲ、ネスチン、ＧＦＡＰ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＸ３ＣＲ１、Ｐ２ＲＹ１２、ＩＢＡ－１、ＴＭＥＭ１１９、ＣＤ４５、及びそれらの任意の組み合わせを発現する。例となる分化培地は、当業者によって認識されるような、グリア細胞種の生成を容易または可能にし得る任意の特定の因子及び／または低分子を含むことができる。

【0572】

インビトロ分化プロトコルに従って生成された細胞がグリア細胞の性質及び特徴を示すかどうかを決定するために、細胞を動物モデルに移植することができる。一部の実施形態では、グリア細胞は、免疫無防備状態のマウス、例えば、免疫無防備状態のシバラーマウスに注射される。グリア細胞は、マウスの脳に投与され、あらかじめ選択された一定時間後に、移植された細胞が評価される。一部の事例では、脳内の移植された細胞は、免疫染色及びイメージング法を使用することによって可視化される。一部の実施形態では、グリア細胞が既知のグリア細胞バイオマーカーを発現することが決定される。

【0573】

幹細胞からグリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞を生成するための有用な方法は、例えば、ＵＳ７，５７９，１８８、ＵＳ７，５９５，１９４、ＵＳ８，２６３，４０２、ＵＳ８，２０６，６９９、ＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ９，１９３，９５１、ＵＳ９，８６２，９２５、ＵＳ８，２２７，２４７、ＵＳ９，７０９，５５３、ＵＳ２０１８／０１８７１４８、ＵＳ２０１７／０１９８２５５、ＵＳ２０１７／０１８３６２７、ＵＳ２０１７／０１８２０９７、ＵＳ２０１７／２５３８５６、ＵＳ２０１８／０２３６００４、ＷＯ２０１７／１７２９７６、及びＷＯ２０１８／０９３６８１に見出される。多能性幹細胞を分化させるための方法は、例えば、Ｋｉｋｕｃｈｉｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８，５９２－５９６、Ｋｒｉｋｓｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，５４７－５５１、Ｄｏｉｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２，３３７－５０、Ｐｅｒｒｉｅｒｅｔａｌ．，ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ，２００４，１０１，１２５４３－１２５４８、Ｃｈａｍｂｅｒｓｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，２７，２７５－２８０、及びＫｉｒｋｅｂｙｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ，２０１２，１，７０３－７１４に記載される。

【0574】

脊髄損傷に対する神経細胞移植の有効性は、例えば、ＭｃＤｏｎａｌｄｅｔａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，１９９９，５：１４１０及びＫｉｍｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８：５０によって記載されるような、急性脊髄損傷のラットモデルにおいて評定することができる。例えば、移植の成功は、２～５週間後の病変における移植由来の細胞の存在、星状細胞、乏突起膠細胞、及び／またはニューロンへの分化、病変端部から脊髄に沿った移動、ならびに歩行、協調、及び体重負荷の改善を示し得る。具体的な動物モデルは、神経細胞種及び処置される神経学的疾患または神経学的病態に基づいて選択される。

【0575】

神経細胞は、それらが意図される組織部位に生着し、機能的に不全の領域を再構成または再生することを可能にする様態で投与することができる。例えば、神経細胞は、処置されている疾患に応じて、中枢神経系の実質部位または髄腔内部位に直接移植することができる。一部の実施形態では、脳内皮細胞、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、上衣細胞、星状細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞、及びシュワン細胞を含めた、本明細書に記載の神経細胞のうちのいずれも、静脈内、脊髄内、脳室内、髄腔内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、筋肉内、腹部内、眼内、眼球後、及びそれらの組み合わせを介して患者に注射される。一部の実施形態では、細胞は、ボーラス注射または持続注入の形態で注射または蓄積される。ある特定の実施形態では、神経細胞は、脳内に、脳に適切（ａｐｐｏｓｉｔｅ）に、及びそれらの組み合わせへの注射によって投与される。注射は、例えば、対象の頭蓋に作製された穿頭孔を通して行うことができる。脳への神経細胞の投与に好適な部位には、脳室、側脳室、大槽、被殻、基底核、海馬皮質、線条体、脳の尾状領域、及びそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。

【0576】

本技術における使用に向けたドーパミン作動性ニューロンを含めた神経細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0577】

３．低免疫原性多能性細胞から分化させた内皮細胞
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に種々の内皮細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。

【0578】

一部の実施形態では、対象となる低免疫原性多能性細胞から分化させられた内皮細胞は、患者、例えば、投与の必要があるヒト患者に投与される。内皮細胞は、限定されないが、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、脳卒中、再灌流損傷、肢虚血、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝臓不全、腎臓不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、血管損傷、組織損傷、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管性高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行等のような疾患または病態を患う患者に投与することができる。ある特定の実施形態では、患者は、一過性の虚血性発作または脳卒中を患ったことがあるか、またはそれを患っており、これは場合によっては、脳血管疾患に起因し得る。一部の実施形態では、操作された内皮細胞は、例えば、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞、及び肢虚血において起こるような組織虚血を処置するため、ならびに損傷した血管を修復するために投与される。一部の事例では、該細胞は、移植片の生体工学で使用される。

【0579】

例えば、内皮細胞は、虚血組織の修復、血管及び心臓弁の形成、人工血管の工学、損傷を受けた血管の修復、ならびに操作された組織における血管の形成の誘導（例えば、移植前）のために細胞療法で使用され得る。追加として、内皮細胞は、作用物質を標的に送達し、腫瘍を処置するようにさらに改変され得る。

【0580】

多くの実施形態では、血管細胞または血管新生を必要とする組織の修復または置換方法が本明細書で提供される。該方法は、かかる処置を必要とするヒト患者に、かかる組織における血管新生を促進するために単離された内皮細胞を含有する組成物を投与することを伴う。血管細胞または血管新生を必要とする組織は、とりわけ、心組織、肝臓組織、膵臓組織、腎組織、筋組織、神経組織、骨組織であり得、これは損傷を受けた、過剰な細胞死を特徴とする組織、損傷の危険性がある組織、または人工的に操作された組織であり得る。

【0581】

一部の実施形態では、心疾患または障害に関連し得る血管疾患は、限定されないが、本明細書に記載されるように派生させた最終的な血管内皮細胞及び心内膜内皮細胞等の内皮細胞を投与することによって処置することができる。かかる血管疾患には、冠動脈疾患、脳血管疾患、大動脈狭窄、大動脈瘤、末梢動脈疾患、アテローム性動脈硬化症、静脈瘤、血管障害、冠灌流を欠いた心臓の梗塞領域、非治癒性創傷、糖尿病性もしくは非糖尿病性潰瘍、または血管の形成の誘導が望ましい任意の他の疾患もしくは障害が含まれるが、これらに限定されない。

【0582】

ある特定の実施形態では、内皮細胞は、血管再建手術で使用される補綴インプラント（例えば、Ｄａｃｒｏｎ及びＧｏｒｔｅｘ等の合成材料で作製された血管）を改善するために使用される。例えば、重要な臓器または肢を灌流する病変動脈を置換するために、補綴動脈移植片が使用される場合が多い。他の実施形態では、操作された内皮細胞は、弁表面での血栓形成性を下げることによって塞栓形成の危険性を低下させるように補綴心臓弁の表面を覆うために使用される。

【0583】

概説される内皮細胞は、組織及び／または単離された細胞を血管に移植するための周知の外科的技法を使用して、患者に移植することができる。一部の実施形態では、該細胞は、注射（例えば、心筋内注射、冠動脈内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、経皮注射）、注入、移植、及び埋め込みによって患者の心臓組織に導入される。

【0584】

内皮細胞の投与（送達）には、静脈内、動脈内（例えば、冠動脈内）、筋肉内、腹腔内、心筋内、経心内膜、経心外膜、鼻腔内投与ならびに髄腔内、及び注入技法を含む、皮下または非経口が含まれるが、これらに限定されない。

【0585】

当業者には理解されようが、ＨＩＰ派生物は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植される。一部の実施形態では、該細胞は、患者において静脈内にまたは特定の箇所での注射によってのいずれかで移植される。特定の箇所で移植する場合、細胞は、それらが定着する間の分散を防止するためにゲルマトリックス中に懸濁させてもよい。

【0586】

例となる内皮細胞種には、毛細血管内皮細胞、血管内皮細胞、大動脈内皮細胞、動脈内皮細胞、静脈内皮細胞、腎内皮細胞、脳内皮細胞、肝臓内皮細胞等が含まれるが、これらに限定されない。

【0587】

本明細書に概説される内皮細胞は、１つまたは複数の内皮細胞マーカーを発現し得る。かかるマーカーの非限定的な例としては、ＶＥ－カドヘリン（ＣＤ１４４）、ＡＣＥ（アンジオテンシン変換酵素）（ＣＤ１４３）、ＢＮＨ９／ＢＮＦ１３、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ５４（ＩＣＡＭ－ｌ）、ＣＤ６２Ｅ（Ｅ－セレクチン）、ＣＤ１０５（エンドグリン）、ＣＤ１４６、エンドカン（ＥＳＭ－ｌ）、エンドグリクス－ｌ、エンドムチン、エオタキシン－３、ＥＰＡＳ１（内皮ＰＡＳドメインタンパク質１）、第ＶＩＩＩ因子関連抗原、ＦＬＩ－ｌ、Ｆｌｋ－ｌ（ＫＤＲ、ＶＥＧＦＲ－２）、ＦＬＴ－ｌ（ＶＥＧＦＲ－ｌ）、ＧＡＴＡ２、ＧＢＰ－ｌ（グアニル酸結合タンパク質－ｌ）、ＧＲＯ－アルファ、ＨＥＸ、ＩＣＡＭ－２（細胞間接着分子２）、ＬＭ０２、ＬＹＶＥ－ｌ、ＭＲＢ（マジックラウンドアバウト（ｍａｇｉｃｒｏｕｎｄａｂｏｕｔ））、ヌクレオリン、ＰＡＬ－Ｅ（病理解剖学的ライデン内皮（ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｃｈｅａｎａｔｏｍｉｅＬｅｉｄｅｎ－ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ）、ＲＴＫ、ｓＶＣＡＭ－ｌ、ＴＡＬＩ、ＴＥＭ１（腫瘍内皮マーカー１）、ＴＥＭ５（腫瘍内皮マーカー５）、ＴＥＭ７（腫瘍内皮マーカー７）、トロンボモジュリン（ＴＭ、ＣＤ１４１）、ＶＣＡＭ－ｌ（血管細胞接着分子－１）（ＣＤ１０６）、ＶＥＧＦ、ｖＷＦ（フォン・ヴィレブランド因子）、ＺＯ－ｌ、内皮細胞選択的接着分子（ＥＳＡＭ）、ＣＤ１０２、ＣＤ９３、ＣＤ１８４、ＣＤ３０４、及びＤＬＬ４が挙げられる。

【0588】

一部の実施形態では、内皮細胞は、障害／病態を処置するかまたは障害／病態の症状を改善させるのに有用である、限定されないが酵素、ホルモン、受容体、リガンド、または薬物等の目的のタンパク質をコードする外因性遺伝子を発現するように遺伝子改変される。内皮細胞を遺伝子改変するための標準的方法は、例えば、ＵＳ５，６７４，７２２に記載される。

【0589】

かかる内皮細胞を使用して、疾患の予防または処置において有用であるポリペプチドまたはタンパク質の構成的合成及び送達を提供することができる。このようにして、ポリペプチドは、個体の血流または身体の他の領域（例えば、中枢神経系）中に直接分泌される。一部の実施形態では、内皮細胞は、インスリン、血液凝固因子（例えば、第ＶＩＩＩ因子またはフォン・ヴィレブランド因子）、アルファ－１抗トリプシン、アデノシンデアミナーゼ、組織プラスミノーゲン活性化因子、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３）等を分泌するように改変され得る。

【0590】

一部の実施形態では、内皮細胞は、埋め込まれた移植片の関連においてそれらの性能を改善するように改変され得る。非限定的で例示的な例としては、管腔内血塊形成を予防するための血栓溶解物質の分泌もしくは発現、平滑筋肥大に起因する管腔狭窄を予防するための平滑筋増殖の阻害物質の分泌、ならびに内皮細胞増殖を刺激し、移植片管腔の内皮細胞による裏打ちの範囲もしくは持続期間を改善するための内皮細胞分裂促進因子もしくは自己分泌因子の発現及び／または分泌が挙げられる。

【0591】

一部の実施形態では、操作された内皮細胞は、治療的レベルの分泌産物を特定の臓器または肢に送達するのに利用される。例えば、インビトロで操作された（形質導入された）内皮細胞で裏打ちされた血管インプラントが、特定の臓器または肢に移植され得る。形質導入された内皮細胞の分泌産物は、灌流組織に高濃度で送達され、それによって標的とする解剖学的位置への所望の効果を達成するであろう。

【0592】

他の実施形態では、内皮細胞は、血管新生化している腫瘍において、内皮細胞によって発現されるときに血管新生を妨害または阻害する遺伝子を含有するように遺伝子改変される。場合によっては、内皮細胞はまた、腫瘍処置の完了時に移植された内皮細胞の負の選択を可能にする、本明細書に記載の選択可能自殺遺伝子のうちのいずれか１つを発現するように遺伝子改変され得る。

【0593】

一部の実施形態では、本明細書に記載の内皮細胞は、血管損傷、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、高血圧症、虚血性組織損傷、再灌流損傷、肢虚血、脳卒中、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝不全、腎不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、脳血管疾患、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管性高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行、及び／または他の血管病態または疾患からなる群から選択される血管障害を処置するためにレシピエント対象に投与される。

【0594】

一部の実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、末梢動脈疾患に対処するために新たな血管を形成させるための内皮コロニー形成細胞（ＥＣＦＣ）に分化させられる。内皮細胞への分化のための技法は、既知である。例えば、Ｐｒａｓａｉｎｅｔａｌ．，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０４８を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの内皮細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に内皮細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。

【0595】

一部の実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性細胞の集団から低免疫原性内皮細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む第１の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦを含む第２の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、内皮前駆細胞の集団を生産することと、（ｃ）ＲＯＣＫ阻害剤及びＡＬＫ阻害剤を含む第３の培養培地中で内皮前駆細胞の集団を培養して、低免疫原性内皮細胞の集団を生産することとを含む。

【0596】

一部の実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約１ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約２０ｐＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約０．５ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。

【0597】

一部の実施形態では、第１の培養培地は、２ｐＭ～約１０ｐＭのＣＨＩＲ－９９０２１を含む。一部の実施形態では、第２の培養培地は、５０ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ及び１０ｎｇ／ｍｌのｂＦＧＦを含む。他の実施形態では、第２の培養培地は、Ｙ－２７６３２及びＳＢ－４３１５４２をさらに含む。種々の実施形態では、第３の培養培地は、１０ｐＭのＹ－２７６３２及び１ｐＭのＳＢ－４３１５４２を含む。ある特定の実施形態では、第３の培養培地は、ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦをさらに含む。特定の事例では、第１の培養培地及び／または第２の培地は、インスリンを含まない。

【0598】

【0599】

一部の実施形態では、内皮細胞は、ポリマーマトリックス上に播種されてもよい。場合によっては、ポリマーマトリックスは、生分解性である。好適な生分解性マトリックスは、当該技術分野で周知であり、これにはコラーゲン－ＧＡＧ、コラーゲン、フィブリン、ＰＬＡ、ＰＧＡ、及びＰＬＡ／ＰＧＡコポリマーが含まれる。追加の生分解性材料には、ポリ（無水物）、ポリ（ヒドロキシ酸）、ポリ（オルトエステル）、ポリ（プロピルフマレート）、ポリ（カプロラクトン）、ポリアミド、ポリアミノ酸、ポリアセタール、生分解性ポリシアノアクリレート、生分解性ポリウレタン、及び多糖類が含まれる。

【0600】

非生分解性ポリマーも同様に使用されてもよい。他の非生分解性であるが、それでも生体適合性であるポリマーには、ポリピロール、ポリアニブン（ｐｏｌｙａｎｉｂｎｅ）、ポリチオフェン、ポリスチレン、ポリエステル、非生分解性ポリウレタン、ポリ尿素、ポリ（エチレン酢酸ビニル）、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリカーボネート、及びポリ（エチレンオキシド）が含まれる。ポリマーマトリックスは、任意の形状で、例えば、粒子、スポンジ、管、球、ストランド、コイル状ストランド、毛細管網目構造、フィルム、繊維、メッシュ、またはシートとして、形成され得る。ポリマーマトリックスは、天然または合成の細胞外マトリックス材料及び因子を含むように改変され得る。

【0601】

【0602】

【0603】

一部の実施形態では、低免疫原性内皮細胞の集団は、非内皮細胞から単離される。一部の実施形態では、低免疫原性内皮細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性内皮細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。

【0604】

本明細書で提供される方法における使用に向けた内皮細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0605】

４．低免疫原性多能性細胞から分化させた甲状腺細胞
一部の実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、自己免疫性甲状腺炎に対処するために甲状腺ホルモンを分泌することができる甲状腺前駆細胞及び甲状腺濾胞オルガノイドに分化させられる。甲状腺細胞への分化のための技法は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｋｕｒｍａｎｎｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｔｅｍＣｅｌｌ，２０１５Ｎｏｖ５；１７（５）：５２７－４２を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの甲状腺細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に甲状腺細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。

【0606】

５．低免疫原性多能性細胞から分化させた肝細胞
一部の実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するために肝細胞に分化させられる。ＨＩＰ細胞を肝細胞に分化させるために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｐｅｔｔｉｎａｔｏｅｔａｌ，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｐｒｅ３２８８８，Ｓｎｙｋｅｒｓｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ，２０１１６９８：３０５－３１４，Ｓｉ－Ｔａｙｅｂｅｔａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５１：２９７－３０５及びＡｓｇａｒｉｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｖ，２０１３，９（４）：４９３－５０４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にアルブミン、アルファフェトプロテイン、及びフィブリノゲンを含むがこれらに限定されない肝細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。分化はまた、アンモニアの代謝、ＬＤＬ貯蔵及び取り込み、ＩＣＧ取り込み及び放出、ならびにグリコーゲン貯蔵等、機能的に測定することもできる。

【0607】

６．低免疫原性多能性細胞から分化させた膵島細胞
一部の実施形態では、膵島細胞（別称、膵臓ベータ細胞）は、本明細書に記載のＨＩＰ細胞に由来する。一部の事例では、種々の膵島細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞は、対象（例えば、レシピエント）に移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｅｄ）される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる膵島細胞種には、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、成熟膵島細胞等が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、本明細書に記載の膵臓細胞は、糖尿病を処置するために対象に投与される。

【0608】

一部の実施形態では、膵島細胞は、本明細書に記載の低免疫原性多能性細胞に由来する。多能性幹細胞を膵島細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、ＵＳ９，６８３，２１５、ＵＳ９，１５７，０６２、及びＵＳ８，９２７，２８０に記載される。

【0609】

一部の実施形態では、本明細書に開示される方法によって生産される膵島細胞は、インスリンを分泌する。一部の実施形態では、膵島細胞は、内在性膵島細胞の少なくとも２つの性質、例えば、限定されないが、グルコースに応答したインスリンの分泌、及びベータ細胞マーカーの発現を示す。

【0610】

例となるベータ細胞マーカーまたはベータ細胞前駆細胞マーカーには、ｃ－ペプチド、Ｐｄｘ１、グルコース輸送体２（Ｇｌｕｔ２）、ＨＮＦ６、ＶＥＧＦ、グルコキナーゼ（ＧＣＫ）、プロホルモン変換酵素（ＰＣ１／３）、Ｃｄｃｐｌ、ＮｅｕｒｏＤ、Ｎｇｎ３、Ｎｋｘ２．２、Ｎｋｘ６．１、Ｎｋｘ６．２、Ｐａｘ４、Ｐａｘ６、Ｐｔｆ１ａ、Ｉｓｌ１、Ｓｏｘ９、Ｓｏｘ１７、及びＦｏｘＡ２が含まれるが、これらに限定されない。

【0611】

一部の実施形態では、単離された膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを産生する。種々の実施形態では、単離された膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを分泌する。一部の実施形態では、この細胞は、敷石の細胞形態及び／または約１７ｐｍ～約２５ｐｍの直径等の特有の形態を有する。

【0612】

一部の実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、Ｉ型真性糖尿病（Ｔ１ＤＭ）に対処するための移植用にベータ様細胞または島オルガノイドに分化させられる。細胞システムは、Ｔ１ＤＭに対処するための有望な方法である。例えば、Ｅｌｌｉｓｅｔａｌ．，ＮａｔＲｅｖＧａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌＨｅｐａｔｏｌ．２０１７Ｏｃｔ；１４（１０）：６１２－６２８を参照されたい（参照により本明細書に援用される）。追加として、Ｐａｇｌｉｕｃａら（Ｃｅｌｌ，２０１４，１５９（２）：４２８－３９）は、ｈｉＰＳＣからのβ細胞の成功裏の分化に関して報告している（この内容は、参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。さらに、Ｖｅｇａｓらは、ヒト多能性幹細胞からのヒトβ細胞の生産、続いて宿主による免疫拒絶反応を回避するための封入について示している（Ｖｅｇａｓｅｔａｌ．，ＮａｔＭｅｄ，２０１６，２２（３）：３０６－１１（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。

【0613】

一部の実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性細胞の集団から低免疫原性膵島細胞の集団を生産する方法は、（ａ）インスリン様成長因子、形質転換成長因子、ＦＧＦ、ＥＧＦ、ＨＧＦ、ＳＨＨ、ＶＥＧＦ、形質転換成長因子－ｂスーパーファミリー、ＢＭＰ２、ＢＭＰ７、ＧＳＫ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＢＭＰ１型受容体阻害剤、ならびにレチノイン酸からなる群から選択される１つまたは複数の因子を含む第１の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、未成熟膵島細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中で未成熟膵島細胞の集団を培養して、低免疫膵島細胞の集団を生産することとを含む。一部の実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。

【0614】

一部の実施形態では、低免疫原性膵島細胞の集団は、非膵島細胞から単離される。一部の実施形態では、低免疫原性膵島細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性膵島細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。

【0615】

分化は、一般にインスリンを含むがこれらに限定されないβ細胞関連または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。分化はまた、グルコース代謝の測定等、機能的に測定することもできる。一般に、Ｍｕｒａｒｏｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｙｓｔ．２０１６Ｏｃｔ２６；３（４）：３８５－３９４．ｅ３を参照されたい（参照によりその全体が、特に同文献で概説されるバイオマーカーに関して本明細書に援用される）。ひとたびベータ細胞が生成されると、それらは、門脈／肝臓、大網、胃腸粘膜、骨髄、筋肉、または皮下嚢に移植され得る（細胞懸濁液としてまたは本明細書で考察されるゲルマトリックス内でのいずれかで）。

【0616】

本技術における使用に向けたドーパミン作動性ニューロンを含めた膵島細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0617】

７．低免疫原性多能性細胞から分化させた網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞
本明細書では、上述のＨＩＰ細胞に由来する網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞が提供される。例えば、ヒトＲＰＥ細胞は、ヒトＨＩＰ細胞を分化させることによって生産することができる。一部の実施形態では、種々のＲＰＥ細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞は、対象（例えば、レシピエント）に移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｅｄ）される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。

【0618】

「ＲＰＥ」細胞という用語は、天然ＲＰＥ細胞の遺伝子発現プロファイルに類似または実質的に類似した遺伝子発現プロファイルを有する色素性網膜上皮細胞（ｐｉｇｍｅｎｔｅｄｒｅｔｉｎａｌｅｐｉｔｈｅｌｉａｌｃｅｌｌ）を指す。多能性幹細胞に由来するかかるＲＰＥ細胞は、平面基板上でコンフルエントの状態まで増殖させたときに天然ＲＰＥ細胞の多角形で平面状のシートの形態をもつことが可能である。

【0619】

ＲＰＥ細胞は、黄斑変性を患う患者または損傷を受けたＲＰＥ細胞を有する患者に移植することができる。一部の実施形態では、患者は、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、初期ＡＭＤ、中期ＡＭＤ、後期ＡＭＤ、新生血管を伴わない加齢黄斑変性、ドライ型黄斑変性（ドライ型加齢黄斑変性）、ウェット型黄斑変性（ウェット型加齢黄斑変性）、若年性黄斑変性（ＪＭＤ）（例えば、スターガルト病、ベスト病、及び若年性網膜分離症）、レーバー先天性黒内障、または網膜色素変性症を有する。他の実施形態では、患者は、網膜剥離を患う。

【0620】

例となるＲＰＥ細胞種には、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞、ＲＰＥ前駆細胞、未成熟ＲＰＥ細胞、成熟ＲＰＥ細胞、機能的ＲＰＥ細胞等が含まれるが、これらに限定されない。

【0621】

多能性幹細胞をＲＰＥ細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、ＵＳ９，４５８，４２８及びＵＳ９，８５０，４６３に記載され、これらの開示は、明細書を含めてそれらの全体が参照により本明細書に援用される。ヒト人工多能性幹細胞からＲＰＥ細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｌａｍｂａｅｔａｌ．，ＰＮＡＳ，２００６，１０３（３４）：１２７６９－１２７７４、Ｍｅｌｌｏｕｇｈｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓ，２０１２，３０（４）：６７３－６８６、Ｉｄｅｌｓｏｎｅｔａｌ．，ＣｅｌｌＳｔｅｍＣｅｌｌ，２００９，５（４）：３９６－４０８、Ｒｏｗｌａｎｄｅｔａｌ．，ＪｏｕｒｎａｌｏｆＣｅｌｌｕｌａｒＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，２０１２，２２７（２）：４５７－４６６、Ｂｕｃｈｈｏｌｚｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓＴｒａｎｓＭｅｄ，２０１３，２（５）：３８４－３９３、及びｄａＣｒｕｚｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈ，２０１８，３６：３２８－３３７に見出すことができる。

【0622】

ヒト多能性幹細胞は、Ｋａｍａｏｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ２０１４：２：２０５－１８に概説される技法を使用して、ＲＰＥ細胞に分化させられた（参照によりその全体が、特に分化技法及び試薬について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。また、Ｍａｎｄａｉｅｔａｌ．，ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ，２０１７，３７６：１０３８－１０４６も参照されたい（この内容は参照によりその全体が、ＲＰＥ細胞のシートの生成及び患者への移植のための技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節の第１段落に概説されるマーカーに関して本明細書に援用される）。

【0623】

一部の実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性細胞の集団から低免疫原性網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞の集団を生産する方法は、（ａ）アクチビンＡ、ｂＦＧＦ、ＢＭＰ４／７、ＤＫＫ１、ＩＧＦ１、ノギン、ＢＭＰ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＲＯＣＫ阻害剤、及びＶＥＧＦＲ阻害剤からなる群から選択される因子のうちのいずれか１つを含む第１の培養培地中で低免疫原性多能性細胞の集団を培養して、ＲＰＥ前駆細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中でＲＰＥ前駆細胞の集団を培養して、低免疫原性ＲＰＥ細胞の集団を生産することとを含む。一部の実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。一部の事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。一部の実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。

【0624】

分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節に関して本明細書に援用される）。

【0625】

本技術における使用に向けたＲＰＥ細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0626】

治療用途では、開示される方法に従って調製された細胞は、典型的には、等張性賦形剤を含む薬学的組成物の形態で供給することができ、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。細胞組成物の医薬製剤における一般原則については、“ＣｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ：ＳｔｅｍＣｅｌｌＴｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，ＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ，ａｎｄＣｅｌｌｕｌａｒＩｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，”ｂｙＭｏｒｓｔｙｎ＆Ｓｈｅｒｉｄａｎｅｄｓ，ＣａｍｂｒｉｄｇｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ，１９９６、及び“ＨｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃＳｔｅｍＣｅｌｌＴｈｅｒａｐｙ，”Ｅ．Ｄ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ＆Ｐ．Ｌａｗ，ＣｈｕｒｃｈｉｌｌＬｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００を参照されたい。細胞は、流通または臨床使用に好適なデバイスまたは容器に包装され得る。

【0627】

８．低免疫原性多能性細胞に由来するＴリンパ球
本明細書で提供される、Ｔリンパ球（初代Ｔ細胞を含むＴ細胞）は、本明細書に記載のＨＩＰ細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来する。多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＣＡＲ－Ｔ細胞を含めたＴ細胞を生成するための方法は、例えば、Ｉｒｉｇｕｃｈｉｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＣｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ１２，４３０（２０２１）、Ｔｈｅｍｅｌｉｅｔａｌ．，１６（４）：３５７－３６６（２０１５）、Ｔｈｅｍｅｌｉｅｔａｌ．，ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ３１：９２８－９３３（２０１３）に記載される。低免疫原性細胞に由来するＴリンパ球には、免疫認識を回避する初代Ｔ細胞が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞等のＴ細胞から生産される（例えば、生成、培養、または派生させられる）。一部の事例では、初代Ｔ細胞は、対象または個体から得られる（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞は、Ｔ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、Ｔ細胞のプールから生産される。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。一部の実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。一部の実施形態では、Ｔ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。一部の実施形態では、Ｔ細胞のプールが得られるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。

【0628】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。障害を処置する必要がある対象（例えば、レシピエント）または患者に低免疫原性細胞の集団を投与することによって障害を処置する方法が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。一部の事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。一部の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。

【0629】

一部の実施形態では、ＨＩＰ由来のＴ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、ＨＩＰ由来のＴ細胞に含まれ得る。一部の実施形態では、ＨＩＰ由来のＴ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。

【0630】

本明細書で提供されるＨＩＰ由来のＴ細胞は、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌を含むがこれらに限定されない、好適ながんの処置に有用である。

【0631】

９．低免疫原性多能性細胞に由来するＮＫ細胞
本明細書で提供される、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、本明細書に記載のＨＩＰ細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来する。

【0632】

ＮＫ細胞（「大顆粒リンパ球」とも定義される）は、リンパ球系共通前駆細胞（これはまたＢリンパ球及びＴリンパ球も生じさせる）から分化した細胞系列を表す。Ｔ細胞とは異なり、ＮＫ細胞は、原形質膜でＣＤ３を自然には含まない。重要な点として、ＮＫ細胞は、ＴＣＲを発現せず、典型的には、他の抗原特異的な細胞表面受容体（ならびにＴＣＲ及びＣＤ３、それらはまた免疫グロブリンＢ細胞受容体も発現せず、代わりに、典型的にはＣＤ１６及びＣＤ５６を発現する）もまた欠いている。ＮＫ細胞の細胞傷害性活性は、感作を必要しないが、ＩＬ－２を含めた様々なサイトカインによる活性化によって強化される。ＮＫ細胞は、一般に、抗原－受容体媒介性シグナル伝達に必要な適切または完全なシグナル伝達経路が欠如していると考えられ、故に、抗原受容体依存性シグナル伝達、活性化、及び増殖の能力があると考えられていない。ＮＫ細胞は細胞傷害性であり、それらの細胞傷害性活性を調節するために活性化及び阻害性受容体シグナル伝達の均衡を保つ。例えば、ＣＤ１６を発現しているＮＫ細胞は、感染細胞に結合した抗体のＦｃドメインに結合して、ＮＫ細胞の活性化をもたらし得る。対照的に、高レベルのＭＨＣクラスＩタンパク質を発現している細胞に対しては活性が低減される。標的細胞に接触すると、ＮＫ細胞は、パーフォリン等のタンパク質、及びプロテアーゼ（グランザイム）等の酵素を放出する。パーフォリンは、標的細胞の細胞膜に孔を形成して、アポトーシスまたは細胞溶解を誘導することができる。

【0633】

多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＣＡＲ－ＮＫ細胞を含めたＮＫ細胞を生成するために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｚｈｕｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ．２０１９；２０４８：１０７－１１９、Ｋｎｏｒｒｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌｓＴｒａｎｓｌＭｅｄ．２０１３２（４）：２７４－８３．ｄｏｉ：１０．５９６６／ｓｃｔｍ．２０１２－００８４、Ｚｅｎｇｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｐｏｒｔｓ．２０１７Ｄｅｃ１２；９（６）：１７９６－１８１２、Ｎｉｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ．２０１３；１０２９：３３－４１、Ｂｅｒｎａｒｅｇｇｉｅｔａｌ．，ＥｘｐＨｅｍａｔｏｌ．２０１９７１：１３－２３、Ｓｈａｎｋａｒｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｓＴｈｅｒ．２０２０；１１（１）：２３４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にＣＤ５６、ＫＩＲ、ＣＤ１６、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ４６、ＮＫＧ２Ｄ、ＴＲＡＩＬ、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２４４、ＮＫ１．１、ＮＫＧ２Ａ／Ｃ、ＮＣＲ１、Ｌｙ４９、ＣＤ４９ｂ、ＣＤ１１ｂ、ＫＬＲＧ１、ＣＤ４３、ＣＤ６２Ｌ、及び／またはＣＤ２２６を含むがこれらに限定されないＮＫ細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。

【0634】

一部の実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するために肝細胞に分化させられる。ＨＩＰ細胞を肝細胞に分化させるために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｐｅｔｔｉｎａｔｏｅｔａｌ，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｐｒｅ３２８８８，Ｓｎｙｋｅｒｓｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌＢｉｏｌ，２０１１６９８：３０５－３１４，Ｓｉ－Ｔａｙｅｂｅｔａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５１：２９７－３０５及びＡｓｇａｒｉｅｔａｌ．，ＳｔｅｍＣｅｌｌＲｅｖ，２０１３，９（４）：４９３－５０４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にアルブミン、アルファフェトプロテイン、及びフィブリノゲンを含むがこれらに限定されない肝細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。分化はまた、アンモニアの代謝、ＬＤＬ貯蔵及び取り込み、ＩＣＧ取り込み及び放出、ならびにグリコーゲン貯蔵等、機能的に測定することもできる。

【0635】

一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。障害を処置する必要がある対象（例えば、レシピエント）または患者にＮＫ細胞の集団を投与することによって障害を処置する方法が提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載のＮＫ細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）ＮＫ細胞を含む。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、ＮＫ細胞に含まれ得る。一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲをＮＫ細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。

【0636】

Ｕ．外因性ポリヌクレオチド
一部の実施形態では、本明細書で提供される低免疫原性細胞は、低免疫原性細胞の１つまたは複数のゲノム遺伝子座に挿入された１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、目的のタンパク質、例えば、キメラ抗原受容体をコードする。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、外因性ポリヌクレオチドを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。

【0637】

外因性ポリヌクレオチドは、低免疫原性細胞の任意の好適なゲノム遺伝子座内に挿入され得る。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。好適なセーフハーバー及び標的遺伝子座には、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子、Ｒｏｓａ遺伝子（例えば、ＲＯＳＡ２６）、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＰＤＧＦＲａ遺伝子、ＯＬＩＧ２遺伝子、ＧＦＡＰ遺伝子、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座のイントロン、エクソン、またはコード配列領域内に挿入（ｉｎｔｅｒｅｓｔｅｄ）される。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、内在性遺伝子内に挿入され、この挿入が、内在性遺伝子のサイレンシングまたは低減された発現を引き起こす。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子座に挿入される。外因性ポリヌクレオチドの挿入に向けた例となるゲノム遺伝子座が、表４及び５に示される。

【0638】

【表4】

【0639】

【表5】

【0640】

Ｃａｓ９ガイドに関しては、全てのＣａｓ９ガイドに対するスペーサー配列が、表６で提供される。２０ｎｔのガイド配列は固有のガイド配列に対応し、例えば、表６に列挙されるものを含めた、本明細書に記載されるもののうちのいずれかであり得るという説明付き。

【0641】

【表6】

【0642】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、例えば、本明細書に記載される、低免疫原性多能性細胞（ＨＩＰ）に由来する。かかる低免疫原性細胞には、例えば、心細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、膵島細胞（ベータ細胞）、網膜色素上皮細胞、及びＴ細胞が含まれる。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、膵臓ベータ細胞、Ｔ細胞（例えば、初代Ｔ細胞）、またはグリア前駆細胞である。

【0643】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、外因性ＣＤ４７ポリペプチド（例えば、ヒトＣＤ４７ポリペプチド）をコードし、外因性ポリペプチドは、本明細書に開示されるようなセーフハーバーもしくは標的遺伝子座またはセーフハーバーもしくは標的部位、または内在性遺伝子のサイレンシングもしくは低減された発現を引き起こすゲノム遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子座に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢ遺伝子座、ＰＤ１遺伝子座及びＣＴＬＡ４遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＡＲをコードする遺伝子は、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする遺伝子及びＣＡＲをコードする遺伝子は、異なる遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする遺伝子及びＣＡＲをコードする遺伝子は、同じ遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、ＣＤ４７をコードする遺伝子及びＣＡＲをコードする遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢ遺伝子座、またはセーフハーバーもしくは標的遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子、遺伝子座ＭＩＣＢ遺伝子、遺伝子座ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、ＰＤＧＦＲａ遺伝子座、ＯＬＩＧ２遺伝子座、ＧＦＡＰ遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座）からなる群から選択される。

【0644】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞である。例となる実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、キメラ抗原受容体（例えば、本明細書に記載のＣＡＲのうちのいずれか）である。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、低免疫原性細胞における外因性ポリヌクレオチドの発現用のプロモーターに作動可能に連結されている。

【0645】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞であり、ＣＡＲポリペプチドをコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７ポリペプチドをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。例となる実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞である。

【0646】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、初代ＮＫ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＮＫ細胞である。例となる実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、キメラ抗原受容体（例えば、本明細書に記載のＣＡＲのうちのいずれか）である。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、低免疫原性細胞における外因性ポリヌクレオチドの発現用のプロモーターに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、初代ＮＫ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＮＫ細胞であり、ＣＡＲポリペプチドをコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７ポリペプチドをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。例となる実施形態では、低免疫原性細胞は、初代ＮＫ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）に由来するＮＫ細胞である。

【0647】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、本明細書（例えば、表４）に記載される１つまたは複数のゲノム遺伝子座に挿入された１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの異なる外因性ポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。

【0648】

一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、以下の因子のうちの１つ：ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及び本明細書で提供される寛容原性因子のうちのいずれかをコードする。

【0649】

Ｖ．細胞の移植
当業者には理解されようが、該細胞及びその派生物は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植することができる。一般に、本明細書に記載の細胞は、患者において静脈内からまたは特定の箇所での注射によってのいずれかで移植することができる。特定の箇所で移植する場合、細胞は、それらが定着する間の分散を防止するためにゲルマトリックス中に懸濁させてもよい。

【0650】

Ｗ．免疫抑制剤
一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、低免疫原性細胞の集団の１回目の投与前に患者に投与されない。多くの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、低免疫原性細胞集団の１回目の投与前に患者に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日前、またはそれよりも前に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に投与される。特定の実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与後に患者に投与されないか、または該細胞の１回目の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日後、もしくはそれよりも後に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に投与される。免疫抑制剤及び／または免疫調節剤の非限定的な例としては、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、プレドニゾン等のコルチコステロイド、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナール、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスペルグアリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン、チモシン－α、及び類似の薬剤が挙げられる。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、ＩＬ－２受容体のｐ７５に結合する抗体、例えば、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－．アルファ．、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、またはＣＤ５８に結合する抗体、及びそれらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体からなる免疫抑制抗体の群から選択される。免疫抑制剤及び／または免疫調節剤が細胞の１回目の投与前または後に患者に投与される一部の実施形態では、投与は、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。

【0651】

一実施形態では、かかる免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、可溶性ＩＬ－１５Ｒ、ＩＬ－１０、Ｂ７分子（例えば、Ｂ７－１、Ｂ７－２、それらのバリアント、及びそれらの断片）、負のＴ細胞制御因子の阻害剤であるＩＣＯＳ及びＯＸ４０（ＣＴＬＡ－４に対する抗体等）、ならびに類似の薬剤から選択され得る。

【0652】

一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、低免疫原性細胞の集団の投与前に患者に投与されない。多くの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、低免疫原性細胞集団の１回目及び／または２回目の投与前に患者に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日前、またはそれよりも前に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目及び／または２回目の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に投与される。特定の実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日後、またはそれよりも後に投与される。一部の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目及び／または２回目の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に投与される。免疫抑制剤及び／または免疫調節剤が細胞の投与前または後に患者に投与される一部の実施形態では、投与は、ＭＨＣＩ及び／またはＭＨＣＩＩ発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。

【0653】

ＩＶ．発明を実施するための形態
一態様では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が本明細書で提供され、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。一部の実施形態では、該方法は、患者における障害を処置するためのものである。

【0654】

一部の実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の同種異系移植から感作されている。一部の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。一部の実施形態では、同種異系移植は、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、及び同種異系臓器移植からなる群から選択される。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。一部の事例では、患者は、同種異系移植に対して免疫応答を示し、低免疫原性細胞の集団に対しては低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。一部の実施形態では、低減された免疫応答または免疫応答の不在は、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。

【0655】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後に投与される。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される。

【0656】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及び／またはそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む。

【0657】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、多能性幹細胞に由来する分化細胞である。一部の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞を含む。一部の実施形態では、分化細胞は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）、及び上皮細胞からなる群から選択される。

【0658】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞に由来する細胞を含む。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0659】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、キメラ抗原受容体を含む。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は、（ａ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む第１世代ＣＡＲ、（ｂ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲ、（ｃ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲ、ならびに（ｄ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。

【0660】

ＣＡＲの一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインからなる群から選択される。

【0661】

一部の実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９またはＢＣＭＡに結合する。

【0662】

一部の実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＣＤ４５、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＦｃεＲＩγ、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２Ｂの膜貫通領域、及びそれらの機能的バリアントからなる群から選択される１つを含む。

【0663】

一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、共刺激ドメイン（複数可）は、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0664】

ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲに関して、一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。

【0665】

第４世代ＣＡＲの一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0666】

初代Ｔ細胞に由来する細胞の一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータ（ＣＤ３ζ）ドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0667】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。特定の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）及び／またはプログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）の増加した発現を含む。

【0668】

該方法の一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの免疫活性化を誘発するかまたは免疫活性化を誘発しない。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化を誘発するかまたは全身性のＴＨ１活性化を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発するかまたはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。特定の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するかまたはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するかまたはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。他の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発するかまたは細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発しない。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において全身性の急性細胞性免疫応答を発動しない。

【0669】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0670】

別の態様では、（ａ）治療上有効量の低免疫原性細胞を含む１回目の投与、（ｂ）回復期間、及び（ｃ）治療上有効量の低免疫原性細胞を含む２回目の投与を含む、投与レジメンを患者に施与することを含む方法が本明細書で提供され、ここで、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含み、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。一部の実施形態では、該方法は、患者における障害を処置するのに有用である。

【0671】

【0672】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。一部の事例では、低減された免疫応答または免疫応答の不在は、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。

【0673】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の１回目の投与は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１週間以上後に起こる。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の１回目の投与は、患者が１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されてから少なくとも１ヶ月以上後に起こる。

【0674】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原の低減された発現をさらに含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現が低減されている。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの発現が低減されている。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む。

【0675】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、多能性幹細胞に由来する分化細胞である。ある特定の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞を含む。多くの実施形態では、分化細胞は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）、及び上皮細胞からなる群から選択される。

【0676】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞に由来する細胞を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、キメラ抗原受容体を含む。

【0677】

一部の実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は、（ａ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む第１世代ＣＡＲ、（ｂ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲ、（ｃ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲ、ならびに（ｄ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。

【0678】

一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９またはＢＣＭＡに結合する。

【0679】

【0680】

一部の実施形態では、シグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、共刺激ドメイン（複数可）は、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0681】

第４世代ＣＡＲの一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功は、サイトカイン遺伝子の発現を誘導する。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。第４世代ＣＡＲの一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0682】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータ（ＣＤ３ζ）ドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0683】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）及び／またはプログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）の増加した発現を含む。

【0684】

一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも１ヶ月以上（例えば、少なくとも１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、またはそれよりも長い期間）を含む。一部の実施形態では、回復期間は、少なくとも２ヶ月以上（例えば、少なくとも２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、またはそれよりも長い期間）を含む。

【0685】

一部の実施形態では、細胞の２回目の投与は、１回目の投与からの低免疫原性細胞が患者においてもはや検出可能でないときに開始される。

【0686】

一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に（例えば、１回目の投与もしくは２回目の投与時に、または１回目及び２回目の両方の投与時に）、低免疫原性細胞は、患者において低減されたレベルの免疫活性化を誘発するかまたは免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に、低免疫原性細胞は、患者において低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化を誘発するかまたは全身性のＴＨ１活性化を誘発しない。一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に、低免疫原性細胞は、患者において低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発するかまたはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に、低免疫原性細胞は、患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するかまたはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に、低免疫原性細胞は、患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するかまたはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。一部の実施形態では、１回目の投与及び／または２回目の投与時に、低免疫原性細胞は、患者において低免疫原性細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発するかまたは細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発しない。

【0687】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の１回目の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の２回目の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。ある特定の実施形態では、患者は、回復期間中に免疫抑制剤を投与されない。

【0688】

一部の実施形態では、記載される方法は、該投与レジメンを少なくとも２回施与することをさらに含む。ある特定の事例では、該投与レジメンは、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている患者に少なくとも２回（例えば、少なくとも２、３、４回、またはそれよりも多くの回数）施与される。

【0689】

患者における障害の処置のための、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。

【0690】

患者における障害の処置のための、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。

【0691】

患者における障害の処置のための、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、低減されたレベルのＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡポリペプチドを含む、低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。

【0692】

患者における障害の処置のための、外因性ＣＤ４７ポリペプチド、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変、及びＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変を含む、低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。

【0693】

該細胞集団の使用の一部の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。

【0694】

記載される使用の一部の実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の同種異系移植から感作されている。一部の実施形態では、同種異系移植は、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、及び同種異系臓器移植からなる群から選択される。

【0695】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。ある特定の実施形態では、低減された免疫応答または免疫応答の不在は、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。

【0696】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＣＤ１４２遺伝子のゲノム改変をさらに含む。

【0697】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、多能性幹細胞に由来する分化細胞を含む。一部の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞を含む。一部の実施形態では、分化細胞は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）、及び上皮細胞からなる群から選択される。

【0698】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、初代Ｔ細胞に由来する細胞を含む。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。

【0699】

【0700】

【0701】

ＣＡＲの一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９またはＢＣＭＡに結合する。

【0702】

ＣＡＲの一部の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＣＤ４５、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＦｃεＲＩγ、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２Ｂの膜貫通領域、及びそれらの機能的バリアントからなる群から選択される１つを含む。

【0703】

ＣＡＲの一部の実施形態では、シグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。一部の実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、共刺激ドメイン（複数可）は、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。

【0704】

第４世代ＣＡＲで記載されるように、ＣＡＲのシグナル伝達の成功は、サイトカイン遺伝子の発現を誘導する。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。第４世代ＣＡＲの一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0705】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0706】

【0707】

一態様では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が本明細書で提供され、ここで、患者は、同種異系移植を以前に受けていた。

【0708】

一部の実施形態では、同種異系移植は、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、及び同種異系臓器移植からなる群から選択される。一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。一部の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。

【0709】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。一部の実施形態では、低減された免疫応答または免疫応答の不在は、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。

【0710】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１週間以上後に投与される。特定の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、患者が同種異系移植を受けてから少なくとも１ヶ月以上後に投与される。

【0711】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む。

【0712】

【0713】

【0714】

【0715】

一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９またはＢＣＭＡに結合する。

【0716】

【0717】

【0718】

サイトカイン遺伝子の発現を誘導する第４世代ＣＡＲの一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。

【0719】

【0720】

一部の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞のＣＡＲは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。

【0721】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0722】

【0723】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの免疫活性化を誘発するかまたは免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化を誘発するかまたは全身性のＴＨ１活性化を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発するかまたはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するかまたはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するかまたはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において低免疫原性細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発するかまたは細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発しない。一部の実施形態では、低免疫原性細胞の集団は、投与時に患者において全身性の急性細胞性免疫応答を発動しない。

【0724】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0725】

別の態様では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が提供され、ここで、患者は、妊娠中の同種免疫化を以前に示したことがあった。一部の実施形態では、妊娠中の同種免疫化は、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、または胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ）である。一部の実施形態では、記載される方法は、患者における障害を処置するのに有用である。

【0726】

【0727】

多くの実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＩＤＯ１、ＦａｓＬ、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＳｅｒｐｉｎＢ９、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリペプチドをさらに含む。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、低減された発現レベルのＣＤ１４２をさらに含む。

【0728】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、多能性幹細胞に由来する分化細胞である。ある特定の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞を含む。

【0729】

多くの実施形態では、分化細胞は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）、及び上皮細胞からなる群から選択される。

【0730】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞に由来する細胞を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、患者とは異なる１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）対象からの初代Ｔ細胞を含むＴ細胞のプールに由来する。

【0731】

【0732】

一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。一部の実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９またはＢＣＭＡに結合する。

【0733】

【0734】

【0735】

サイトカイン遺伝子の発現を誘導する第４世代ＣＡＲに関して、一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するＣＡＲのドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0736】

【0737】

【0738】

【0739】

一部の実施形態では、患者は、低免疫原性細胞の集団の投与前または後の少なくとも３日以上、免疫抑制剤を投与されない。

【0740】

一態様では、細胞欠損症を有する感作患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を患者に投与することを含む。

【0741】

別の態様では、細胞療法の候補である感作患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を患者に投与することを含む。

【0742】

一態様では、細胞療法の候補である患者に１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を投与することを含む方法が本明細書で提供され、ここで、患者は、病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある。

【0743】

一態様では、細胞療法の候補である感作患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を患者に投与することを含み、ここで、患者は、該細胞集団の投与前、最中、または後に免疫抑制剤を投与されない。

【0744】

一態様では、処置する必要がある、少なくとも部分的な臓器不全を有する患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、患者に少なくとも部分的な臓器移植を施与する前に１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を患者に投与することを含む。

【0745】

別の態様では、処置する必要がある患者に組織移植または臓器移植を施与する方法が本明細書で提供され、該方法は、組織移植または臓器移植を施与する前に１つまたは複数の低免疫原性改変を含む幹細胞から分化した細胞集団を患者に投与することを含む。

【0746】

一部の実施形態では、患者は、感作患者である。ある特定の実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の移植から感作されている。ある特定の実施形態では、以前の移植は、細胞移植、輸血、組織移植、及び臓器移植からなる群から選択される。一部の実施形態では、以前の移植は、同種異系移植である。

【0747】

一部の実施形態では、以前の移植は、ヒト起源のキメラ、改変された非ヒト自家細胞、改変された自家細胞、自家組織、及び自家臓器からなる群から選択される移植である。一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原または１つもしくは複数の自己抗原に対して感作されている。ある特定の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原または１つもしくは複数の自己抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。

【0748】

一部の実施形態では、患者は、アレルギーを有する。ある特定の実施形態では、アレルギーは、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、及びアトピー性皮膚炎からなる群から選択されるアレルギーである。

【0749】

ある特定の実施形態では、該細胞集団は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの低減された発現を有する細胞を含む。一部の実施形態では、該細胞集団は、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、膵島細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞、形質細胞、血小板、腎細胞、上皮細胞、及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞からなる群から選択される。

【0750】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。一部の実施形態では、低減された免疫応答は、「野生型」細胞集団を投与された患者または対照被験者における免疫応答と比較される。一部の実施形態では、該細胞集団に対する低減された免疫応答または免疫応答の不在の応答が示されることは、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。例となる実施形態では、患者は、ａ）該細胞集団を投与したときの低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化もしくは全身性のＴＨ１活性化の不在、ｂ）該細胞集団を投与したときの低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化もしくはＰＢＭＣの免疫活性化の不在、ｃ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体もしくはドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、ｄ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生もしくはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、及び／またはｅ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷もしくは細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在を示す。

【0751】

ある特定の実施形態では、患者は、該細胞集団の投与前に免疫抑制剤を投与されない。一部の実施形態では、該細胞集団は、患者が感作されてから少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、または少なくとも１ヶ月以上後に投与される。

【0752】

一部の実施形態では、幹細胞は、多能性幹細胞である。ある特定の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。

【0753】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、神経変性疾患に関連するか、または細胞療法は、神経変性疾患の処置のためのものである。ある特定の実施形態では、神経変性疾患は、白質ジストロフィー、ハンチントン病、パーキンソン病、多発性硬化症、横断性脊髄炎、及びペリツェウス・メルツバッハ病（ＰＭＤ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞集団は、グリア前駆細胞、乏突起膠細胞、星状細胞、及びドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される細胞を含む。ある特定の実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンは、神経幹細胞、神経前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンからなる群から選択される。

【0754】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、糖尿病に関連するか、または細胞療法は、糖尿病の処置のためのものである。ある特定の実施形態では、該細胞集団は、膵臓ベータ島細胞を含む膵島細胞の集団である。一部の実施形態では、膵島細胞は、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、及び成熟膵島細胞からなる群から選択される。

【0755】

ある特定の実施形態では、細胞欠損症は、心血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、心血管病態もしくは疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、心筋細胞の集団である。

【0756】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、血管病態もしくは疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、内皮細胞の集団である。

【0757】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または細胞療法は、自己免疫性甲状腺炎の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、甲状腺前駆細胞の集団である。

【0758】

ある特定の実施形態では、細胞欠損症は、肝臓疾患に関連するか、または細胞療法は、肝臓疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、肝臓疾患は、肝硬変を含む。

【0759】

一部の実施形態では、該細胞集団は、肝細胞または肝前駆細胞の集団である。ある特定の実施形態では、細胞欠損症は、角膜疾患に関連するか、または細胞療法は、角膜疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、角膜疾患は、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである。一部の実施形態では、該細胞集団は、角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞の集団である。

【0760】

一部の実施形態では、細胞欠損症は、腎臓疾患に関連するか、または細胞療法は、腎臓疾患の処置のためのものである。一部の実施形態では、該細胞集団は、腎前駆体細胞もしくは腎細胞の集団である。

【0761】

ある特定の実施形態では、細胞療法は、がんの処置のためのものである。一部の実施形態では、がんは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞集団は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞の集団である。

【0762】

一部の実施形態では、以前の処置は、細胞集団を含まなかった。ある特定の実施形態では、該細胞集団は、以前の処置と同じ病態もしくは疾患の処置のために投与される。一部の実施形態では、該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対して強化された治療効果を示す。ある特定の実施形態では、該細胞集団は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対してより長期の治療効果を示す。一部の実施形態では、該細胞集団は、以前の処置とは異なる病態もしくは疾患の処置のために投与される。一部の実施形態では、以前の処置は、治療上有効でない。一部の実施形態では、患者は、以前の処置に対して免疫反応を起こした。

【0763】

一部の実施形態では、以前の処置は、自殺遺伝子安全スイッチシステムを含む治療用細胞の集団を投与することを含み、免疫反応は、自殺遺伝子安全スイッチシステムの作動に応答して起こる。

【0764】

一部の実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含む。例となる実施形態では、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含む。

【0765】

一部の実施形態では、組織移植及び／または臓器移植もしくは部分的臓器移植は、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、骨移植、部分的肺移植、部分的腎臓移植、部分的肝臓移植、部分的膵臓移植、部分的腸移植、及び／または部分的角膜移植からなる群から選択される。一部の実施形態では、該細胞集団は、心臓、肺、腎臓、肝臓、膵臓、腸、胃、角膜、骨髄、血管、心臓弁、及び／または骨からなる群から選択される組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与される。

【0766】

一部の実施形態では、組織移植または臓器移植は、同種異系移植片移植である。ある特定の実施形態では、組織移植または臓器移植は、自家移植片移植である。一部の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、同じ組織または臓器の置換のためのものである。

【0767】

ある特定の実施形態では、該細胞集団は、組織または臓器における細胞欠損症の処置のために投与され、組織移植または臓器移植は、異なる組織または臓器の置換のためのものである。一部の実施形態では、臓器移植は、腎臓移植であり、該細胞集団は、膵臓ベータ島細胞の集団である。例となる実施形態では、患者は、糖尿病を有する。

【0768】

別の態様では、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が本明細書で提供される。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0769】

一態様では、ある投与レジメンを患者に施与することを含む方法が本明細書で提供される。この方法では、該投与レジメンは、ａ）治療上有効量の低免疫原性細胞を含む１回目の投与、ｂ）回復期間、及びｃ）治療上有効量の低免疫原性細胞を含む２回目の投与を含み、ここで、低免疫原性細胞は各々、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチドを含み、また、低免疫原性細胞は各々、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0770】

一態様では、患者における疾患の処置のための低免疫原性細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、低免疫原性細胞は各々、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチドを含み、また、低免疫原性細胞は各々、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含むとともに、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0771】

一態様では、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が本明細書で提供される。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含み、ここで、患者は、同種異系移植を以前に受けていた。

【0772】

一態様では、細胞療法の候補である患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0773】

一態様では、細胞療法の候補である患者に低免疫原性細胞の集団を投与することを含む方法が本明細書で提供される。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含み、ここで、患者は、病態もしくは疾患に対する以前の処置を受けたことがある。

【0774】

一態様では、細胞療法の候補である患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含み、ここで、低免疫原性細胞は各々、ａ）Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含み、ここで、患者は、該細胞集団の投与前、最中、または後に免疫抑制剤を投与されない。

【0775】

別の態様では、処置する必要がある、少なくとも部分的な臓器不全を有する患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含み、ここで、低免疫原性細胞の集団は、患者に少なくとも部分的な臓器移植を施与する前に投与される。

【0776】

なおも別の態様では、組織移植または臓器移植の必要がある患者に組織移植または臓器移植を施与する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された外因性ポリヌクレオチド、及びｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含み、ここで、低免疫原性細胞の集団は、組織移植または臓器移植を施与する前に投与される。

【0777】

別の態様では、低免疫原性細胞の集団を患者に投与する方法が本明細書で提供される。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む遺伝子改変、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0778】

別の態様では、がんを処置する必要がある患者を必要とするがんを処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む。低免疫原性細胞は各々、ａ）セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座を含むゲノム遺伝子座内に挿入された、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする外因性ポリヌクレオチド、ｂ）外因性ＣＤ４７ポリペプチド、ならびにｃ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を含む。

【0779】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドをコードする追加の外因性ポリヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態では、追加の外因性ポリヌクレオチドは、ｉ）（ａ）におけるゲノム遺伝子座とは異なるゲノム遺伝子座に位置する、またはｉｉ）（ａ）におけるゲノム遺伝子座と同じゲノム遺伝子座に位置する。

【0780】

別の態様では、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む方法が本明細書で提供される。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）第１のゲノム遺伝子座内に挿入された、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド、及びｂ）第２のゲノム遺伝子座内に挿入された、ＣＤ４７ポリペプチドをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示し、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は各々、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座である。

【0781】

一態様では、がんを処置する必要がある患者を必要とするがんを処置する方法が本明細書で提供され、低免疫原性細胞の集団を患者に投与することを含む。この方法では、低免疫原性細胞は各々、ａ）第１のゲノム遺伝子座内に挿入された、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド、及びｂ）第２のゲノム遺伝子座内に挿入された、ＣＤ４７ポリペプチドをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、低免疫原性細胞は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原の低減された発現を示し、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は各々、セーフハーバー遺伝子座、標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座である。

【0782】

一部の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は同じである。ある特定の実施形態では、第１のゲノム遺伝子座及び第２のゲノム遺伝子座は異なる。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は各々、第３のゲノム遺伝子座内に挿入された第３の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座または第２のゲノム遺伝子座と同じである。一部の実施形態では、第３のゲノム遺伝子座は、第１のゲノム遺伝子座及び／または第２のゲノム遺伝子座とは異なる。

【0783】

一部の実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、ＰＤＧＦＲａ遺伝子座、ＯＬＩＧ２遺伝子座、ＧＦＡＰ遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ＣＣＲ５遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子のエクソン１～３、イントロン１～２、またはコード配列（ＣＤＳ）である。一部の実施形態では、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子のイントロン１またはイントロン２である。一部の実施形態では、ＣＬＹＢＬ遺伝子座は、ＣＬＹＢＬ遺伝子のイントロン２である。ある特定の実施形態では、ＲＯＳＡ２６遺伝子座は、ＲＯＳＡ２６遺伝子のイントロン１である。一部の実施形態では、標的ハーバー遺伝子座（ｔａｒｇｅｔｈａｒｂｏｒｌｏｃｕｓ）は、ＳＨＳ２３１遺伝子座である。一部の実施形態では、ＣＤ１４２遺伝子座は、ＣＤ１４２遺伝子のＣＤＳである。ある特定の実施形態では、ＭＩＣＡ遺伝子座は、ＭＩＣＡ遺伝子のＣＤＳである。一部の実施形態では、ＭＩＣＢ遺伝子座は、ＭＩＣＢ遺伝子のＣＤＳである。一部の実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子のＣＤＳである。例となる実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子座は、ＣＩＩＴＡ遺伝子のＣＤＳである。ある特定の実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子のＣＤＳである。一部の実施形態では、ＴＲＢ遺伝子座は、ＴＲＢ遺伝子のＣＤＳである。

【0784】

ある特定の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。

【0785】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、多能性幹細胞に由来する分化細胞である。一部の実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞を含む。

【0786】

ある特定の実施形態では、分化細胞は、膵臓ベータ島細胞、グリア前駆細胞、心細胞、神経細胞、内皮細胞、Ｂ細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）、及び上皮細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、分化細胞は、Ｔ細胞である。

【0787】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞に由来する。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、多能性幹細胞に由来するＴ細胞である。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞に由来する。一部の実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする。

【0788】

例となる実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は、ａ）少なくとも１つの抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む第１世代ＣＡＲ、ｂ）少なくとも１つの抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲ、ｃ）少なくとも１つの抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲ、ならびにｄ）少なくとも１つの抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。

【0789】

一部の実施形態では、少なくとも１つの抗原結合ドメインは、ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、ｃ）自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及びｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインからなる群から選択される。

【0790】

ある特定の実施形態では、少なくとも１つの抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分、ｓｃＦｖ、及びＦａｂからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＣＡＲは、２つの異なる抗原に結合する２つの抗原結合ドメインを含む二重特異性ＣＡＲである。一部の実施形態では、少なくとも１つの抗原結合ドメイン（複数可）は、ＣＤ１９、ＣＤ２２、及びＢＣＭＡからなる群から選択される抗原に結合する。ある特定の実施形態では、二重特異性ＣＡＲは、ＣＤ１９及びＣＤ２２に結合する。

【0791】

一部の実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＣＤ４５、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＦｃεＲＩγ、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２Ｂからの膜貫通領域、及びそれらの機能的バリアントからなる群から選択される膜貫通領域を含む。

【0792】

ある特定の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。ある特定の実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。一部の実施形態では、共刺激ドメイン（複数可）は、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、低免疫原性細胞にとって内在性または外因性のサイトカイン遺伝子である。一部の実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。一部の実施形態では、炎症促進性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びそれらの機能的断片からなる群から選択される。ある特定の実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。

【0793】

一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータ（ＣＤ３ζ）ドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。

【0794】

一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。一部の実施形態では、低免疫原性細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）及び／またはプログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。ある特定の実施形態では、低免疫原性細胞は、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）の増加した発現を含む。

【0795】

一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。一部の実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の同種異系移植から感作されている。ある特定の実施形態では、１つもしくは複数の同種異系抗原は、ヒト白血球抗原を含む。

【0796】

一部の実施形態では、患者は、１つもしくは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。ある特定の実施形態では、同種異系移植は、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、及び同種異系臓器移植からなる群から選択される。

【0797】

一部の実施形態では、患者は、該細胞集団に対して低減された免疫応答または免疫応答の不在を示す。ある特定の実施形態では、該細胞集団に対する低減された免疫応答または免疫応答の不在の応答が示されることは、低免疫原性細胞の集団に対する低減された全身性の免疫応答または全身性の免疫応答の不在、低減された適応免疫応答または適応免疫応答の不在、低減された自然免疫応答または自然免疫応答の不在、低減されたＴ細胞応答またはＴ細胞応答の不在、及び低減されたＢ細胞応答またはＢ細胞応答の不在からなる群から選択される。

【0798】

一部の実施形態では、患者は、ａ）該細胞集団を投与したときの低減されたレベルの全身性のＴＨ１活性化もしくは全身性のＴＨ１活性化の不在、ｂ）該細胞集団を投与したときの低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化もしくはＰＢＭＣの免疫活性化の不在、ｃ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体もしくはドナー特異的ＩｇＧ抗体の不在、ｄ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生もしくはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生の不在、及び／またはｅ）該細胞集団を投与したときの該細胞集団の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷もしくは細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷の不在を示す。

【0799】

一部の実施形態では、障害は、がんまたは細胞療法は、がんの処置のためのものである。一部の実施形態では、がんは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される。

【実施例】

【0800】

Ｖ．実施例
実施例１：異種間移植研究におけるヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞
細胞移植に関してＭＨＣＩ及びＭＨＣＩＩ発現を減少させるとともに、ＣＤ４７発現を増加させることの効果を研究するために、ヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞（ＨＩＰ細胞）をアカゲザル（非ヒト霊長類またはＮＨＰ）レシピエントに移植した（異種間移植）。

【0801】

研究設計及び投与。８匹のＮＨＰ（雌／雄、２～３ｋｇ、月齢１２～３６ヶ月）を、野生型細胞またはＨＩＰ細胞のいずれかを盲検下で投与するために２つの群（ｎ＝４）に無作為割付けした。ＩＡＣＵＣにより承認されたプロトコルの下で、各ＮＨＰの背中に約１０^７個のヒト野生型細胞またはＨＩＰ細胞の４回の皮下注射を投与した。ヒト野生型ｉＰＳＣ及びヒトＨＩＰｉＰＳＣの特性が、図１４に示される。注射前（「ｐｒｅ－Ｔｘ」または０日目）、注射後７、１３、２５日目、及び以下同様に分析のために血液を採取した。また、生物発光イメージング（ＢＬＩ）のために、野生型細胞及びＨＩＰ細胞の両方にホタルルシフェラーゼをトランスジェニックで発現させ、細胞生存をＢＬＩによって監視した。研究設計及び結果が、図１Ａ～１Ｆ、２Ａ、２Ｂ、３Ａ、３Ｂ、４Ａ～４Ｃ、５Ａ～５Ｃ、６Ａ～６Ｃ、及び７Ａ～７Ｃに示される。

【0802】

Ｔ細胞活性化、ＩｇＭ及びＩｇＧレベル、ならびにドナー特異的ＩｇＭ及びＩｇＧの増加を示した、野生型細胞を注射したＮＨＰとは対照的に、異種間ＨＩＰ細胞を受けたＮＨＰにおいて最初の注射後に全身性の免疫応答は何ら観察されなかった。ＨＩＰ細胞が、免疫活性化の類似の欠如を伴って再投与され得るかどうかを決定するために、最初の注射後１１８日目～１２３日目に、ＮＨＰに２回目の注射として同じ細胞種（野生型またはＨＩＰ）を再注射した。前と同様に、再注射前（「ｐｒｅ－Ｔｘまたは０日目）ならびに再注射後７及び１３日目に（１回目の注射からそれぞれ１２５及び１３１日後）分析のために血液を採取し、細胞生存をＢＬＩによって監視した。際だったことに、異種間ＨＩＰ細胞を再注射した動物において全身性の免疫応答は何ら観察されなかったが、一方で、野生型細胞を再注射した動物は、全身性の免疫活性化を示した。ＨＩＰ細胞を投与した動物において全身性の免疫活性化は何ら観察されなかったが、これらの細胞は、見たところでは局所の異種間応答ならびにビヒクル（マトリゲル）に対する応答に起因して、初回用量または２回目の用量に際して１３日の期間にわたっては生き延びなかった（ＢＬＩ＜最初の５％）。これらの結果は、ＨＩＰ細胞が複数回投与時に免疫認識及び活性化を回避し得ることを示す。

【0803】

ＨＩＰ細胞が、既に形成された免疫応答を回避し得るかどうかを決定するために、野生型細胞の２回用量を最初に投与した４匹のＮＨＰにＨＩＰ細胞を移植し、その逆もまた行った（クロスオーバー投与）。２回目の注射後１１８日目～１２３日目（初回注射後２４１日目）に、ＨＩＰまたは野生型細胞を動物に皮下投与した。前と同様に、再注射の４８日前ならびに再注射後７及び１３日目に（１回目の注射からそれぞれ２４８及び２５４日後）分析のために血液を採取し、細胞生存をＢＬＩによって監視した。

【0804】

Ｔ細胞活性化。野生型及びＨＩＰヒトｉＰＳＣを投与した動物におけるＴ細胞活性化をＥｌｉｓｐｏｔアッセイによって測定した。一方向性Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイのために、３回目の注射（クロスオーバー投与）の４８日前ならびに注射から７及び１３日後にレシピエントＰＢＭＣをアカゲザルから単離した。Ｔ細胞をＣＤ３のＭＡＣＳ選別（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）によってＰＢＭＣから精製し、これをレスポンダー細胞として使用した。ドナー細胞（野生型またはＨＩＰ細胞）をマイトマイシンで処理し（５０μｇ／ｍＬ、３０分間、Ｓｉｇｍａ）、刺激細胞として使用した。１×１０^５個の刺激細胞を５×１０^５個のレシピエントレスポンダーＴ細胞とともに３６時間インキュベートし、Ｅｌｉｓｐｏｔプレートリーダーを使用してＩＦＮ－γスポット頻度を数えた。ＨＩＰ細胞の２回の先の注射後に野生型細胞を投与した動物については、観察されたＥｌｉｓｐｏｔ活性は、クロスオーバー注射後７日目に最も高かった（図１Ａ～１Ｆ）。これらの結果は、ＨＩＰ細胞の先の注射による免疫抑制を伴わない、野生型細胞の注射後の全身性のＴＨ１活性化及び急性細胞性免疫応答を示すものである。対照的に、野生型細胞の２回の先の注射後にＨＩＰ細胞を注射した動物（クロスオーバー注射）は、０日目にナイーブＴＨ１細胞と同等のＥｌｉｓｐｏｔ活性を有し、このことは、野生型異種間細胞に対する既に形成された免疫応答を有する動物においてさえも、改変細胞に対する全身性のＴＨ１活性化または細胞性免疫応答が不在であること示す（図１Ａ～１Ｆ）。

【0805】

ドナー特異的抗体活性。野生型及びＨＩＰ細胞のクロスオーバー注射時の動物によるドナー特異的抗体の産生もまたアッセイした。レシピエントサルの血清を５６℃まで３０分間加熱することによって補体を失活させた。等量の血清及び野生型またはＨＩＰ細胞懸濁液（５×１０^６個の細胞／ｍＬ）を４℃で４５分間インキュベートした。細胞をＦＩＴＣコンジュゲートヤギ抗ＩｇＭ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）または抗ＩｇＧで標識し、フローサイトメトリー（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）によって分析した。

【0806】

ＨＩＰ細胞を先に投与した動物において野生型細胞のクロスオーバー注射後７及び１３日目で、注射前レベルを上回るドナー特異的反応性の増加が観察され、このうちＩｇＭは、アイソタイプスイッチングと一致するように７日目から１３日目で減少した（データは図示せず）。対照的に、野生型細胞の２回の注射を先に与えた、ＨＩＰ細胞を投与した動物においてドナー特異的ＩｇＭ結合は何ら観察されなかった（データは図示せず）。ＨＩＰ細胞を先に投与した動物において野生型細胞のクロスオーバー注射後１３日目で、ドナー特異的反応性の増加が観察され、このうちＩｇＧは、アイソタイプスイッチングと一致するように７日目から１３日目で増加し、次いで１３日目から７５日目で減少した（図３Ａ～３Ｂ）。対照的に、７、１３、及び７５日目で、野生型細胞の２回の注射を先に与えた、ＨＩＰ細胞を投与した動物においてドナー特異的ＩｇＧ結合は何ら観察されなかった（図２Ａ及び２Ｂ）。

【0807】

バルク抗体産生。ＩｇＭ及びＩｇＧＥＬＩＳＡキット（Ａｂｃａｍ）を使用して、野生型またはＨＩＰ細胞のクロスオーバー注射を与えた動物における総計の抗体産生もまたアッセイした。洗浄による未結合のタンパク質の除去後、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）とコンジュゲートした抗ＩｇＭまたは抗ＩｇＧ抗体を添加する。これらの酵素標識抗体は、先に結合したＩｇＭまたはＩｇＧと複合体を形成する。免疫吸着剤に結合した酵素を、発色基質である３，３’，５，５’－テトラメチル－ベンジジン（ＴＭＢ）の添加によってアッセイする。ＨＩＰ細胞の２回の投与後に野生型細胞をクロスオーバーで投与した動物において、総ＩｇＭ及びＩｇＧの急激な増加が観察され、このうち最も高いＩｇＭ産生が７日目で観察され、最も高いＩｇＧ産生が１３日目で観察され、これはアイソタイプスイッチングを示すものである（図４Ａ～４Ｃ及び６Ａ～６Ｃ）。

【0808】

際だったことに、野生型細胞の２回の注射後にＨＩＰ細胞をクロスオーバーで投与した動物においては、総ＩｇＭまたはＩｇＧの増加は何ら観察されなかった（図５Ａ～５Ｃ及び７Ａ～７Ｃ）。

【0809】

ＨＩＰの注射前にいくらかのＩｇＧが観察され、これは恐らく先の野生型の投与からの残存する産生である（図７Ａ～５Ｃ）。まとめると、これらの結果は、ＨＩＰ細胞に対する液性免疫応答のほぼ完全な欠如を示す。

【0810】

ＮＫ細胞殺傷。野生型またはＨＩＰ細胞をクロスオーバーで注射した動物において、ＮＫ細胞による全身性の自然免疫もまたアッセイした。ＮＫ細胞殺傷アッセイは、ＸＣＥＬＬＩＧＥＮＣＥＭＰプラットフォーム（ＡＣＥＡＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）で実施した。９６ウェルＥ－プレート（ＡＣＥＡＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ）をコラーゲン（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）でコーティングし、４×１０^５個の野生型またはＨＩＰ細胞を１００μｌの細胞特異的培地中にプレートした。細胞インデックス値が０．７に達した後、処置動物から単離されたアカゲザルＮＫ細胞を、１ｎｇ／ｍｌのアカゲザルＩＬ－２（ＭｙＢｉｏｓｏｕｒｃｅ，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）とともにまたはそれなしで１：１のＥ：Ｔ比で添加した。殺傷対照として、細胞を２％ＴＲＩＴＯＮＸ１００で処理した。刺激されたまたは未刺激のＮＫ細胞による殺傷は、野生型またはＨＩＰ細胞で何ら観察されず、このことは、ＨＩＰ細胞上のＣＤ４７発現がＨＬＡＩ及びＨＬＡＩＩの不在下でＮＫ細胞及びマクロファージから保護するのに有効であったことを示す（Ｄｅｕｓｅｅｔａｌ．，２０１９，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，３７：２５２－２５８を参照されたい）。図８Ａ～８ｃに示されるように、野生型ＮＨＰへのＨＩＰ細胞の１回目の用量の投与後にも（図８Ｃ）、野生型ＮＨＰへのＨＩＰ細胞の再投与でも（図８ｃ）、ＮＫ細胞殺傷は何ら観察されなかった。ＨＩＰ細胞に対するＨＬＡＩ／ＨＬＡＩＩ（例えば、ＭＨＣ編集）にもかかわらず、既存の免疫を有する野生型ＮＨＰへのＨＩＰ細胞のクロスオーバー注射後にも、ＮＫ細胞殺傷の欠如が観察された（図８Ｄ及び８Ｅ）。

【0811】

移植細胞の生存。ヒトＨＩＰ細胞をクロスオーバーで投与した動物について全身性の免疫応答は何ら観察されなかったものの、これらの細胞は、恐らくは局所の異種間応答に起因して生き延びなかった。先の野生型及びＨＩＰ注射に関して、動物から取り出した細胞栓に対して実施した病理組織学的分析は、好中球浸潤またはフィブリン（好中球が当該領域内に存在していることの指標として）、ならびにビヒクルに対する異物反応及びＩＶ型過敏症反応の徴候を示し、これはそれぞれ、ヒト細胞に対する異種間応答及びビヒクルに対するアレルギー反応を示すものである。ビヒクルに対するアレルギー反応及び異物反応は、類似の病理組織学的特徴を示した、ビヒクルのみ（細胞なし）を注射した追加の対照サルによって確認された。

【0812】

この実施例は、既存の全身性の同種異系免疫応答を有する対象に、新たな全身性の免疫応答を誘発することなくＨＩＰ細胞を投与することができることを実証する。

【0813】

実施例２：同種異系移植クロスオーバー研究におけるヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）及び野生型ｉＰＳＣ
この実施例は、アカゲザル（非ヒト霊長類またはＮＨＰ）レシピエントへのヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞（ＨＩＰｉＰＳＣ）及び野生型ｉＰＳＣの移植の効果を比較する同種異系移植クロスオーバー研究について記載する。一組のクロスオーバー研究において、野生型ｉＰＳＣをレシピエント動物の背中に皮下（ｓｕｂｃｕｔａｎｅｏｕｓｌｙ）（皮下（ｓ．ｃ，））移植し、約６週間後、ＨＩＰｉＰＳＣを隣接箇所に皮下移植した。第２の組のクロスオーバー研究において、ＨＩＰｉＰＳＣをレシピエント動物の背中に皮下移植し、約６週間後、野生型ｉＰＳＣを隣接箇所に皮下移植した。移植された細胞及びそれらの子孫の存在を監視した。

【0814】

データは、ＨＩＰｉＰＳＣが、感作されたＮＨＰレシピエント（野生型ｉＰＳＣを初回に移植したＮＨＰレシピエント）の免疫系によって検出されず、故に免疫拒絶反応を回避することを示す。移植されたＨＩＰｉＰＳＣは、レシピエントが機能する免疫系をもつ場合であってもレシピエント免疫応答を回避した。加えて、ＨＩＰｉＰＳＣを初回に移植したＮＨＰレシピエントは、その後に移植された野生型ｉＰＳＣに対する免疫応答を有した。

【0815】

Ａ．方法
アカゲザルＣＤ４７を過剰発現させるヒトｉＰＳＣの遺伝子編集。ヒトｉＰＳＣＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／}アカゲザルＣＤ４７ｔｇ細胞（別称、ＨＩＰｉＰＳＣまたはＨＩＰ細胞）を、当業者に認識される標準的なヒトｉＰＳＣ細胞の培養方法を使用して培養した。アカゲザル野生型ｉＰＳＣ及びアカゲザルＨＩＰｉＰＳＣの特性が、図１５に示される。

【0816】

アカゲザルｉＰＳＣ細胞培養。アカゲザルｉＰＳＣを、当業者に認識される標準的なアカゲザルｉＰＳＣ細胞の培養方法を使用して培養した。

【0817】

ｈＩＰＳＣのルシフェラーゼ形質導入。ｈｉＰＳＣ（すなわち、ＨＩＰｉＰＳＣ及び野生型ｉＰＳＣ）を、構成的に活性なプロモーター（すなわち、ＣＡＧプロモーター）による発現制御下でルシフェラーゼＩＩ遺伝子を発現させるレンチウイルス粒子に感染させた。標準的な市販のルシフェラーゼアッセイを使用して感染細胞によるルシフェラーゼ発現を確認した。

【0818】

非ヒト霊長類への移植用のｉＰＳＣ調製。ｉＰＳＣを、生存促進カクテル（すなわち、カスパーゼ阻害剤、ＢｃＬ－ｘＬ、ＩＧＦ－１、ピナシジル、及びシクロスポリンＡを含むカクテル）を含む標準的な培養基中に再懸濁させた。細胞を注射のためにシリンジに充填した。

【0819】

アカゲザルにおける筋肉内ｉＰＳＣ注射。動物を、速効型麻酔剤（すなわち、チレタミン及びゾラゼパン（ｚｏｌａｚｅｐａｎ）の組み合わせ）の筋肉内（ＩＭ）注射で鎮静させた（好ましくは細胞インプラントを受ける脚ではない）。ひとたび麻酔がかかると、動物の両脚のカテーテル及び細胞インプラント部位を剃毛した。血液試料を、経皮的静脈穿刺を介して大腿静脈から採取した。カテーテルを伏在静脈内に留置した（好ましくは細胞インプラントを受ける脚ではない）。細胞埋め込みの領域、すなわち、大腿前面または四頭筋を、グルコン酸クロルヘキシジン／エタノールスクラブ剤を交互に使用し、最終的にグルコン酸クロルヘキシジンで終えるようにして外科的にこすった。

【0820】

動物の四頭筋の中部前側にわたって皮膚に切開を作製した。四頭筋をつまむことによって分離し、ｉＰＳＣを星形模様で注射し、注射された細胞が模様内の複数の箇所に注射されるようにした。切開を縫合により閉じ、今後の参照のために注射領域に印を付けた。

【0821】

ルシフェリン注入のためにあらかじめ留置した静脈内カテーテルを介してルシフェリンをレシピエント動物に注射した。ひとたび動物の心拍等のバイタルが正常に戻ると、生物発光イメージング（ＢＬＩ）を用いて注射領域を画像化した。細胞生存をＢＬＩによって監視した。定量的生物発光イメージングデータ（ａｔａ）は、ＢＬＩ画像及び経時的なＢＬＩシグナルとして表される。

【0822】

Ｂ．ＨＩＰｉＰＳＣの移植
図９Ａに示されるように、同種異系ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣをアカゲザルレシピエントの左脚に移植した。かかるＨＩＰ細胞は、レシピエントにおいて免疫応答を誘発しなかった。移植された細胞は、移植後少なくとも６週間にわたって注射部位で検出された。図９Ｂは、ＨＩＰｉＰＳＣを移植された左脚の移植後６週間での免疫組織化学的染色を示す。図９Ｂは、血管を表す平滑筋アクチン（ＳＭＡ）の染色、及び移植されたＨＩＰｉＰＳＣを示すルシフェラーゼを示す。

【0823】

また、図１３Ｃは、同種異系アカゲザルレシピエントの左脚における移植された同種異系ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣの存在を監視するための類似の研究のＢＬＩ画像を示す。移植された細胞及びその子孫は、初回移植後少なくとも９週間にわたって注射部位で見出された。ＨＩＰｉＰＳＣは、この細胞が移植後少なくとも９週間にわたって存続したことから、アカゲザルレシピエントにおいて顕著な免疫応答を誘発しなかった。

【0824】

Ｃ．クロスオーバー研究：同じＮＨＰにおける野生型ｉＰＳＣとそれに続くＨＩＰｉＰＳＣの投与
野生型ｉＰＳＣからＨＩＰｉＰＳＣへのクロスオーバー研究において、同種異系アカゲザル野生型ｉＰＳＣをアカゲザルレシピエントの左脚に移植した。移植されたアカゲザル野生型ｉＰＳＣの集団は、移植後７日目までに実質的に減少した（１００％から６．８％、図１０）。移植後２週間で、移植された集団のわずか１０％が検出され、移植後３週間で、集団のほんの１．４％が残っていた。移植後４週間及び５週間で、移植された細胞は、注射部位で何ら見当たらなかった。かくして、アカゲザルレシピエントは、感作されたようであった。同研究のクロスオーバーアームにおいて、初回野生型ｉＰＳＣ移植後５週間で（クロスオーバー０日目（ｄ０）とも称される）、同種異系ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣを感作アカゲザルレシピエントの右脚に注射した。

【0825】

クロスオーバー移植の０日目、移植された同種異系ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣは、注射部位で検出された（図１０、下段）。クロスオーバー移植の７日目（ｄ７）、移植されたＨＩＰｉＰＳＣの６９．２％が検出された。また、クロスオーバー移植から２週間後、この細胞の４８．１％が残っていた。かくして、レシピエント動物は、同研究の最初のアームでは野生型ｉＰＳＣに対して免疫応答を誘発し、クロスオーバーアームでは、ＨＩＰｉＰＳＣが感作レシピエント動物において存続した。

【0826】

図１１は、野生型ｉＰＳＣからＨＩＰｉＰＳＣへの別のクロスオーバー研究からの結果を示す。移植されたアカゲザル野生型ｉＰＳＣは、ナイーブレシピエントにおいて免疫応答を誘発した。具体的に述べると、移植された野生型ｉＰＳＣのわずか１０．２％が移植後ｄ７で検出された。アカゲザル野生型ｉＰＳＣの初回移植後５週間で（クロスオーバー移植のｄ０とも称される）、ＨＩＰアカゲザルｉＰＳＣを今や感作されたアカゲザルレシピエントの右脚に移植した。移植されたＨＩＰｉＰＳＣが注射部位で検出された（図１１、下段）。クロスオーバー移植後７日目で、移植された細胞及びその子孫の２８．８％が、注射部位において所在が特定された。クロスオーバー移植後３週間で、検出された集団は、移植されたＨＩＰｉＰＳＣの約３２．９％であった。

【0827】

Ｄ．クロスオーバー研究：同じＮＨＰにおけるＨＩＰｉＰＳＣとそれに続く野生型ｉＰＳＣの投与
ＨＩＰｉＰＳＣから野生型ｉＰＳＣへのクロスオーバー研究において、同種異系ＨＩＰｉＰＳＣをアカゲザルレシピエントの左脚に移植した（図１２）。移植されたＨＩＰｉＰＳＣ及びその子孫は、移植後少なくとも９週間にわたって注射部位で検出可能であった。移植後５週間で、初回移植されたＨＩＰｉＰＳＣ集団及びその子孫の約１１２％が存在し、７週間で、ＨＩＰｉＰＳＣ及びその子孫の２０２．４％が存在していた。８週間及び９週間で、ＨＩＰｉＰＳＣ及びその子孫のそれぞれ１５４．８％及び１７８．６％が存在していた。ＨＩＰｉＰＳＣは、初回移植後少なくとも９週間にわたってレシピエント内に見出された。

【0828】

ＨＩＰｉＰＳＣの初回移植後６週間で（クロスオーバー移植の０日目とも称される）、同種異系アカゲザル野生型ｉＰＳＣをアカゲザルレシピエントの右脚に移植した。移植された野生型ｉＰＳＣが注射部位で検出された（図１２、下段）。クロスオーバー移植後７日目で、移植された細胞及びその子孫は、注射部位において何一つ所在が特定されなかった。ルシフェラーゼシグナルは何ら検出されなかった。対照的に、ＨＩＰｉＰＳＣの初回移植後７週間で、アカゲザルレシピエントの左脚において初回移植されたＨＩＰｉＰＳＣ集団及びその子孫の約２０２．４％が存在した。

【0829】

上述の一連のクロスオーバー研究からの結果は、ＨＩＰｉＰＳＣが感作ＮＨＰレシピエント（野生型ｉＰＳＣを初回に移植したＮＨＰレシピエント）の免疫系から隠れることができ、故に、ＨＩＰｉＰＳＣが免疫拒絶反応を回避し得ることを示す。加えて、ＨＩＰｉＰＳＣを初回に移植したレシピエントは、その後に移植された野生型ｉＰＳＣに対する免疫応答を生じた。例えば、図１３Ａ及び１３Ｂを参照されたい。移植されたＨＩＰｉＰＳＣは、レシピエントが機能する免疫系をもっていた場合であっても免疫応答を回避した。

【0830】

実施例３：セーフハーバー部位を使用したヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）における外因性ＣＤ４７の発現
この実施例は、外因性ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドがｉＰＳＣのセーフハーバー部位内に挿入される、ヒトＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇ人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）における外因性ＣＤ４７発現の発現を特性評価する研究について記載する。

【0831】

Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）を、標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して生成した。ＣＡＧまたはＥＦ１αプロモーターによって駆動され、３つのセーフハーバー部位（ＡＡＶＳ１、ＣＬＹＢＬ、またはＣＣＲ５）に対する１ｋｂ相同性アームが両側に位置する、発現カセット内のヒトＣＤ４７をコードするＨＤＲドナープラスミドを、Ｂ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}ｉＰＳＣに導入した。

【0832】

セーフハーバー部位でのＣＤ４７の標的組み込みは、相同性指向修復を媒介する標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して達成した。以下のバルク編集された株を生成した。
・ＣＡＧ－ＣＤ４７＿ＡＡＶＳ１
・ＣＡＧ－ＣＤ４７＿ＣＬＹＢＬ
・ＣＡＧ－ＣＤ４７＿ＣＣＲ５
・ＥＦ１α－ＣＤ４７＿ＡＡＶＳ１
・ＥＦ１α－ＣＤ４７＿ＣＬＹＢＬ
・ＥＦ１α－ＣＤ４７＿ＣＣＲ５

【0833】

バルク編集された株からの単一細胞クローニングを実施した。クローンをコピー数及びプラスミド挿入に関して評定し、セーフハーバー部位への正しい組み込み箇所を検証するために標準的な技法を使用してＰＣＲによる遺伝子型判定を実施した。ゲノム評定に合格したクローンを増殖させ、各セーフハーバー部位につき２つまたは３つのクローンに絞り込むためにクローン選択アッセイを実施した。フローサイトメトリーを使用してＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇクローンにおけるＣＤ４７発現の評定を実施した。

【0834】

図１６に示されるように、ＣＤ４７導入遺伝子が３つのハーバー部位の各々に挿入されているＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇは、内在性レベルを約３０～２００倍上回って強化されたＣＤ４７発現を示した。ＣＤ４７はまた、ｉＰＳＣのいくつかのセーフハーバー部位からＣＡＧプロモーターによって安定に発現されることが観察された（図１７及び１８を参照されたい）。上述の方法を使用して全身性の自然免疫からのＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣの保護をさらに評定した。図１９に示されるように、セーフハーバー部位内に挿入されたＣＤ４７導入遺伝子を含むＢ２Ｍ^{インデル／インデル}、ＣＩＩＴＡ^{インデル／インデル}、ＣＤ４７ｔｇｉＰＳＣは、ＮＫ細胞及びマクロファージによる殺傷から保護するのに十分なレベルでＣＤ４７を安定に発現した。

【0835】

全ての見出し及び節の表記は、明確化及び参照目的で使用されるにすぎず、いかようにも限定するものと見なされるべきではない。例えば、当業者であれば、本明細書に記載の技術の趣旨及び範囲に従って、適宜、異なる見出し及び節からの種々の態様を組み合わせることの有用性を理解しよう。

【0836】

本明細書で引用される全ての参考文献は、あたかもそれぞれ個々の刊行物または特許もしくは特許出願が参照によりその全体が全目的で援用されることが明確かつ個別に示された場合と同じ程度に、本明細書での参照によりそれらの全体が全目的で本明細書に援用される。

【0837】

当業者には明らかであろうが、本願の趣旨及び範囲から逸脱することなく、本願の多くの修正及び変形を行うことができる。本明細書に記載の具体的な実施形態及び実施例は、例として提供されるにすぎず、本願は、添付の特許請求の範囲が権利を有する均等物の全範囲とともに、特許請求の範囲の条件によってのみ限定されるべきである。

【図1A】