特表 2023-538557 カルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）をコードするバリアント核酸分子を有する対象における肥満の治療

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-09-08

(54)【発明の名称】カルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）をコードするバリアント核酸分子を有する対象における肥満の治療

(51)【国際特許分類】

   A61K 45/00 20060101AFI20230901BHJP

   A61P 3/04 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 31/337 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 31/55 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 31/485 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 38/16 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 31/137 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 31/155 20060101ALI20230901BHJP

   A61K 38/26 20060101ALI20230901BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20230901BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20230901BHJP

   C12Q 1/6813 20180101ALI20230901BHJP

【ＦＩ】

A61K45/00

A61P3/04

A61K31/337

A61K31/55

A61K31/485

A61K38/16

A61K31/137

A61K31/155

A61K38/26

C12Q1/6869 Z ZNA

C12Q1/686 Z

C12Q1/6813 Z

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023511640

(86)(22)【出願日】2021-08-13

(85)【翻訳文提出日】2023-02-14

(86)【国際出願番号】 US2021045887

(87)【国際公開番号】W WO2022040035

(87)【国際公開日】2022-02-24

(31)【優先権主張番号】63/066,182

(32)【優先日】2020-08-15

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/108,308

(32)【優先日】2020-10-31

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】597160510

【氏名又は名称】リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】ＲＥＧＥＮＥＲＯＮ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．

(74)【代理人】

【識別番号】100105957

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田 誠

(74)【代理人】

【識別番号】100068755

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田 博宣

(74)【代理人】

【識別番号】100142907

【弁理士】

【氏名又は名称】本田 淳

(74)【代理人】

【識別番号】100152489

【弁理士】

【氏名又は名称】中村 美樹

(72)【発明者】

【氏名】ロッタ、ルカ アンドレア

(72)【発明者】

【氏名】アクバリ、パーサ

(72)【発明者】

【氏名】フェレイラ、マヌエル アレン レベズ

(72)【発明者】

【氏名】バラス、アリス

【テーマコード（参考）】

4B063

4C084

4C086

4C206

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ42

4B063QQ53

4B063QR08

4B063QR32

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4B063QR62

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4C084BA01

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4C086ZA70

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4C206FA09

4C206HA31

4C206MA01

4C206MA04

4C206NA20

4C206ZA70

(57)【要約】

本開示は、肥満及び／または増加した体格指数（ＢＭＩ）を有する対象を治療する方法、ならび肥満及び／またはＢＭＩを発症する高いリスクを有する対象を同定する方法を提供する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／または体格指数（ＢＭＩ）を減少させる治療剤で対象を治療する方法であって、前記対象が、肥満及び／または増加したＢＭＩを有し、前記方法が、
前記対象が、カルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）の予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有するかどうかを、
前記対象由来の生体試料を得るまたは得たこと；及び
前記対象が前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定するために前記生体試料に対して配列解析を行うことまたは行ったことにより、判定することと；
前記対象に、ＣＡＬＣＲ参照である対象への標準投与量で、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する前記治療剤を投与することもしくは投与することを継続すること；または
前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性もしくはホモ接合性である対象への標準投与量と同じかまたはそれより多い量で肥満及び／または増加したＢＭＩを治療もしくは抑制する前記治療剤を前記対象に投与することもしくは投与することを継続することと、を含み、
前記ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在が、前記対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有していることを示す、前記方法。

【請求項2】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子がゲノム核酸分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記配列解析が、前記生体試料中のＣＡＬＣＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２に記載の方法。

【請求項4】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子がｍＲＮＡ分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

前記配列解析が、前記生体試料中のＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項４に記載の方法。

【請求項6】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項7】

前記配列解析が、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成される前記ＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項６に記載の方法。

【請求項8】

前記ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が、ミスセンスバリアント、スプライス部位バリアント、ストップゲインバリアント、スタートロスバリアント、ストップロスバリアント、フレームシフトバリアント、もしくはインフレームインデルバリアント、または切り詰めＣＡＬＣＲポリペプチドをコードするバリアントである、請求項１に記載の方法。

【請求項9】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が切り詰めＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

前記配列解析が、前記生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項11】

前記配列解析が、
ａ）前記ＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；
ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；
ｃ）前記標識された核酸分子を改変特異的プローブを含む支持体と接触させることと；
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項12】

前記試料中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡに逆転写される、請求項１１に記載の方法。

【請求項13】

前記配列解析が、
前記生体試料中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む改変特異的プローブと接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項14】

前記核酸分子が前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項15】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミド、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項16】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、セトメラノチドと、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミドのうちの１つ以上との組み合わせである、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項17】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、メラノコルチン４受容体（ＭＣ４Ｒ）アゴニストである、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項18】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、タンパク質、ペプチド、核酸分子、または小分子を含む、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記タンパク質がＭＣ４Ｒのペプチド類似体である、請求項１８に記載の方法。

【請求項20】

前記ペプチドがセトメラノチドである、請求項１８に記載の方法。

【請求項21】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、アミノ酸配列Ｈｉｓ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｔｒｐを含むペプチドである、請求項１８に記載の方法。

【請求項22】

前記小分子が１，２，３Ｒ，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸である、請求項１８に記載の方法。

【請求項23】

前記ＭＣ４ＲアゴニストがＡＬＢ－１２７１５８（ａ）である、請求項１８に記載の方法。

【請求項24】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、ＣＡＬＣＲアゴニストである、請求項１～１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記ＣＡＬＣＲアゴニストがカルシトニンまたはアミリンである、請求項２４に記載の方法。

【請求項26】

肥満及び／または増加した体格指数（ＢＭＩ）を発症する高いリスクを有する対象を同定する方法であって、前記方法が、
前記対象から得られた生体試料におけるカルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）の予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の存在または非存在を判定することまたは判定したこと、
を含み、
前記対象がＣＡＬＣＲ参照である場合、前記対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクが有さず、前記対象がＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、前記対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有している、前記方法。

【請求項27】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子がゲノム核酸分子である、請求項２６に記載の方法。

【請求項28】

前記判定するステップが、前記生体試料中のＣＡＬＣＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２７に記載の方法。

【請求項29】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子がｍＲＮＡ分子である、請求項２５に記載の方法。

【請求項30】

前記判定するステップが、前記生体試料中のＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項２９に記載の方法。

【請求項31】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が、ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項２６に記載の方法。

【請求項32】

前記判定するステップが、前記生体試料中のｍＲＮＡ分子から生成される前記ＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む、請求項３１に記載の方法。

【請求項33】

前記ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が、ミスセンスバリアント、スプライス部位バリアント、ストップゲインバリアント、スタートロスバリアント、ストップロスバリアント、フレームシフトバリアント、もしくはインフレームインデルバリアント、または切り詰めＣＡＬＣＲポリペプチドをコードするバリアントである、請求項２６に記載の方法。

【請求項34】

前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子が切り詰めＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする、請求項２６に記載の方法。

【請求項35】

前記判定するステップが、前記生体試料中の核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項２６～３４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項36】

前記判定するステップが、
ａ）前記ＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；
ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識することと；
ｃ）前記標識された核酸分子を改変特異的プローブを含む支持体と接触させることと；
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項２６～３５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項37】

前記試料中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡに逆転写される、請求項３６に記載の方法。

【請求項38】

前記判定するステップが、
前記生体試料中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む改変特異的プローブと接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項２６～３６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項39】

前記核酸分子が前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項２６～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項40】

前記対象が、前記ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であり、前記対象が、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤をさらに投与される、請求項２６～３９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項41】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミド、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、セトメラノチドと、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミドのうちの１つ以上との組み合わせである、請求項４１に記載の方法。

【請求項43】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、メラノコルチン４受容体（ＭＣ４Ｒ）アゴニストである、請求項４０に記載の方法。

【請求項44】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、タンパク質、ペプチド、核酸分子、または小分子を含む、請求項４３に記載の方法。

【請求項45】

前記タンパク質がＭＣ４Ｒのペプチド類似体である、請求項４４に記載の方法。

【請求項46】

前記ペプチドがセトメラノチドである、請求項４４に記載の方法。

【請求項47】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、アミノ酸配列Ｈｉｓ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｔｒｐを含むペプチドである、請求項４４に記載の方法。

【請求項48】

前記小分子が１，２，３Ｒ，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸である、請求項４４に記載の方法。

【請求項49】

前記ＭＣ４ＲアゴニストがＡＬＢ－１２７１５８（ａ）である、請求項４４に記載の方法。

【請求項50】

肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる前記治療剤が、ＣＡＬＣＲアゴニストである、請求項４０に記載の方法。

【請求項51】

前記ＣＡＬＣＲアゴニストがカルシトニンまたはアミリンである、請求項５０に記載の方法。

【請求項52】

カルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）の予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子；
ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子；または
ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子、を有する対象における肥満及び／または増加した体格指数（ＢＭＩ）の治療における使用のための肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤。

【請求項53】

シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミド、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項５２に記載の治療剤。

【請求項54】

セトメラノチドと、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミドのうちの１つ以上との組み合わせである、請求項５３に記載の治療剤。

【請求項55】

メラノコルチン４受容体（ＭＣ４Ｒ）アゴニストである、請求項５２に記載の治療剤。

【請求項56】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、タンパク質、ペプチド、核酸分子、または小分子を含む、請求項５５に記載の治療剤。

【請求項57】

前記タンパク質がＭＣ４Ｒのペプチド類似体である、請求項５６に記載の治療剤。

【請求項58】

前記ペプチドがセトメラノチドである、請求項５６に記載の治療剤。

【請求項59】

前記ＭＣ４Ｒアゴニストが、アミノ酸配列Ｈｉｓ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｔｒｐを含むペプチドである、請求項５６に記載の治療剤。

【請求項60】

前記小分子が１，２，３Ｒ，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸である、請求項５６に記載の治療剤。

【請求項61】

前記ＭＣ４ＲアゴニストがＡＬＢ－１２７１５８（ａ）である、請求項５６に記載の治療剤。

【請求項62】

ＣＡＬＣＲアゴニストである、請求項５２に記載の治療剤。

【請求項63】

前記ＣＡＬＣＲアゴニストがカルシトニンまたはアミリンである、請求項６２に記載の治療剤。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

配列表への参照
本出願は、２０２１年８月１２日に作成された、１８９２３８０３６０２ＳＥＱという名称の、２７１キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子的に提出された配列表を含む。この配列表は参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

本開示は、ＣＡＬＣＲの予測された機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有する対象を、肥満を治療または抑制する治療剤で治療する方法、及び肥満を発症する高いリスクを有する対象を同定する方法を提供する。

【背景技術】

【0003】

肥満とその心臓代謝合併症、特に２型糖尿病と冠動脈疾患は、世界的に重大な罹患率と死亡率の原因となっている。肥満に対する安全で効果的な減量アプローチと治療法には、満たされていない実質的な医学的必要性がある。

【0004】

肥満や過体重を管理するための第一の選択肢は、ダイエット及び身体活動に関するライフスタイルの介入であるが、効果は限られている可能性があり、体重の再増加が一般的である。肥満手術は、重度の肥満またはリスクの高い患者の減量に非常に効果的であるが、侵襲性、費用、周術期死亡を含む周術期の有害事象のリスクにより、その使用は制限される。いくつかの治療剤は減量効果が実証されているが、肥満の治療のための薬物療法は、ほとんどの治療剤によって誘発される中程度の体重減少、一部の薬剤の副作用プロファイル、禁忌、低い服薬順守、処方不足などの治療への障壁によって制限されている。

【0005】

カルシトニン受容体（ＣＡＬＣＲ）は、視床下部及び脳の他の領域で高く発現するＧタンパク質共役受容体である。ペプチドホルモンのカルシトニンとアミリンは、ＣＡＬＣＲの既知のリガンドである。

【発明の概要】

【0006】

本開示はまた、肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる治療剤により対象を治療する方法であって、対象が肥満、及び／または増加したＢＭＩを有し、方法が、対象から生体試料を得ることまたは得たこと、及び生体試料で配列解析を実施するかまたは実施したことで対象がＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定することによって、対象が予測された機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有するか判定することと、ＣＡＬＣＲ参照である対象への標準投与量で肥満及び／または増加したＢＭＩを治療もしくは抑制する治療剤を対象に投与することもしくは投与することを継続すること、またはＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性もしくはホモ接合性である対象への標準投与量と同じかまたはそれ以上の量で肥満及び／または増加したＢＭＩを治療もしくは抑制する治療剤を対象に投与することもしくは投与することを継続することとを含み、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在が、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有することを示す、方法を提供する。

【0007】

本開示は、肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有する対象を同定する方法であって、方法が、対象から得られた生体試料においてＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の存在または非存在を判定することまたは判定したことを含み、対象がＣＡＬＣＲ参照である場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する増加したリスクを有しておらず、対象がＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性もしくはホモ接合性である場合、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有する、方法を提供する。

【0008】

本開示はまた、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子；ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子；またはＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子を有する対象における肥満及び／または増加したＢＭＩの治療において使用するための、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療薬を提供する。

【図面の簡単な説明】

【0009】

【図1-1】ＣＡＬＣＲタンパク質の構造ドメインに対する、ＢＭＩに関連するＣＡＬＣＲバリアントの位置を示している（ｐ＜０．０５）；ピンク色の縦線は、より高いＢＭＩに関連するバリアントを示す；青色の縦線は、より低いＢＭＩに関連するバリアントを示す；黒色のボックスに示されているバリアントは次のとおりである：１）Ｓ１８Ｐ、２）Ｖ６２Ｉ、３）Ｒ９２Ｃ、４）Ｋ１２５ｆｓ、５）Ｉ１７８Ｖ、６）Ｓ２０９Ｎ、７）Ｒ３５５Ｑ、８）Ｆ３９０Ｖ、９）Ｖ３９２Ｉ、１０）Ａ４２２Ｖ、１１）Ｒ４３２Ｃ、１２）Ｓ４５６Ｆ、１３）Ｒ４６１ｆｓ、１４）Ｌ４８１Ｐ、及び１５）Ｎ４８７ｆｓ；示されているアミノ酸配列は、ヒトＣＡＬＣＲスプライスバリアントから生じるタンパク質のいくつかのアイソフォームであり、上から下まで次のものを含む：Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１５８２０９．２、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１５８２１０．１（Ｅｑｕ． Ｐ３０９８８－２）、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１７３３．１（Ｅｑｕ． Ｐ３０９８８－２）、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－１、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－２、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－３、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－４、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－５、及びＨ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－６；黒色の下線部分は膜貫通ドメインを表し、緑色の下線部分は細胞外ドメインを表し、赤色の下線部分は細胞内ドメインを表す。

【図1-2】同上。

【図1-3】同上。

【図1-4】同上。

【図1-5】同上。

【図1-6】同上。

【図1-7】同上。

【図1-8】同上。

【発明を実施するための形態】

【0010】

本開示の態様に関するさまざま用語は、本明細書及び特許請求の範囲全体を通して使用される。別段示されない限り、このような用語には、当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。具体的に定義されているその他の用語は、本明細書に示されている定義と一致する形で解釈されるものとする。

【0011】

別段に明示的な定めのない限り、本明細書に示されているいずれの方法または態様も、そのステップを特定の順序で行う必要があるものとして解釈するようには意図されていない。したがって、ステップを特定の順序に限定すべきことが、特許請求の範囲または説明において、方法クレームによって具体的に定められていない場合には、いかなる点においても、順序を定めるようには意図されていない。このことは、ステップもしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。

【0012】

本明細書で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、その文脈が別のものを明確に指示しない限り、複数の指示対象を包む。
本明細書で使用される場合、「約」という用語は、列挙された数値が近似値であり、小さな変動が開示された実施形態の実施に大きな影響を及ぼさないことを意味する。数値が使用される場合、文脈によって別段の指示がない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示された実施形態の範囲内に留まることができることを意味する。

【0013】

本明細書で使用される場合、「含む」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「からなる」または「から本質的になる」と置き換えてよい。
本明細書で使用される場合、核酸分子またはポリペプチドに関して、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドが、例えば、血液及び／または動物組織から離れて、その本来の環境以外の状態にあることを意味する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド、特に動物起源の他の核酸分子またはポリペプチドを実質的に含まない。いくつかの実施形態では、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態、すなわち、９５％を超える純度または９９％を超える純度であり得る。この文脈で使用される場合、用語「単離された」は、同じ核酸分子またはポリペプチドが、二量体などの代替的物理的形態、または代替的に、リン酸化形態もしくは誘導体化形態で存在することを除外するものではない。

【0014】

本明細書で使用される場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、一本鎖、二本鎖、または多重鎖であることができる。核酸の一方の鎖はその相補体も指す。

【0015】

本明細書で使用される場合、「対象」という用語には、哺乳動物を含む任意の動物が含まれる。哺乳動物としては、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタなど）、伴侶動物（例えば、イヌ、ネコなど）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギなど）、ならびに非ヒト霊長類動物（例えば、類人猿及びサル）が挙げられるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、医師の管理下にある患者である。

【0016】

本開示に従って、ＣＡＬＣＲ機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の遺伝子荷重（これらのバリエーションが特定の対象においてホモ接合性であるかヘテロ接合性であるかにかかわらず）は、肥満及び／または上昇したＢＭＩを発症する増加したリスクと関連していることが観察されている。ＣＡＬＣＲの遺伝子またはタンパク質における機能喪失バリアントは、ゲノムワイドまたはエクソームワイドの関連研究において、肥満または上昇したＢＭＩと関連していないと考えられている。したがって、肥満及び／または上昇したＢＭＩと関連しているＣＡＬＣＲの予測された機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性またはヘテロ接合性である対象は、肥満及び／または上昇したＢＭＩが抑制され、その症状が軽減され、及び／または症状の発現が抑制されるように治療され得る。また、そのような肥満及び／または上昇したＢＭＩを有している対象は、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤で治療することができると考えられている。

【0017】

本開示の目的のために、ヒトなどの任意の特定の対象を、３つのＣＡＬＣＲ遺伝子型、すなわち、ｉ）ＣＡＬＣＲ参照、ｉｉ）ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性、またはｉｉｉ）ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性、のうちの１つを有すると分類することができる。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のコピーを有していない場合、対象はＣＡＬＣＲ参照である。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の単一コピーを有する場合、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする任意の核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）である。部分的な機能喪失（または予測される部分的な機能喪失）を有するＣＡＬＣＲポリペプチドを有する対象は、ＣＡＬＣＲについて低形質性である。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の（同じかまたは異なる）２つのコピーを有する場合、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0018】

ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子について遺伝子型が決定されているか、ヘテロ接合性またはホモ接合性であると判定されている対象について、そのような対象は、増加したＢＭＩ、１型肥満、２型肥満、もしくは３型肥満などの肥満を発症する高いリスクを有するか、または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有する。ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子について遺伝子型が決定されているか、ヘテロ接合性またはホモ接合性であると判定されている対象について、そのような対象は、増加したＢＭＩ、１型肥満、２型肥満、もしくは３型肥満などの肥満を治療するのに効果的な薬剤、または増加したＢＭＩを治療するのに効果的な薬剤によって治療することができる。

【0019】

本明細書に記載されている実施形態のいずれかでは、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする任意の核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子など）であり得る。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、参照ＣＡＬＣＲと比較して、カルシトニン、アミリン、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、またはＣＡＬＣＲの他のリガンドに対する減少したインビトロ応答に関連する。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、ヒト参照ゲノム配列と比較して、ＣＡＬＣＲポリペプチドの時期尚早の切断をもたらす、またはもたらすと予測されるＣＡＬＣＲ核酸分子である。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、Ｐｏｌｙｐｈｅｎ、ＳＩＦＴ、または同様のアルゴリズムなどのインビトロ予測アルゴリズムによって損傷を与えると予測されるバリアントである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、ＣＡＬＣＲポリペプチドにおいて非同義アミノ酸置換を引き起こす、または引き起こすと予測されるバリアントであり、その対立遺伝子の頻度は、対象が選択される母集団において１／１，０００より少ない対立遺伝子である。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、任意のまれなミスセンスバリアント（対立遺伝子頻度＜０．１％；または１，０００対立遺伝子に１つ）、または任意のスプライス部位、ストップ－ゲイン、スタート－ロス、ストップ－ロス、フレームシフト、インフレームインデル、もしくはその他のフレームシフトＣＡＬＣＲバリアントである。いくつかの実施形態では、対象は、以下のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のうちの１つまたは２つを有する：７：９３４２６４１２：Ｃ：Ａ、７：９３４２６４２２：ＧＴ：Ｇ、７：９３４２６４３４：ＡＴ：Ａ、７：９３４２６５０１：ＣＧ：Ｃ、７：９３４２６５１２：Ｇ：ＧＴ、７：９３４２６５１７：Ａ：ＡＧ、７：９３４２６５５９：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５６１：Ｇ：ＧＣ、７：９３４２６５６４：Ｃ：Ｔ、７：９３４３４２５２：Ｃ：Ｔ、７：９３４３４２８８：ＡＧ：Ａ、７：９３４３４２８９：Ｇ：ＧＡ、７：９３４３６１７１：Ｃ：Ａ、７：９３４３６１７１：Ｃ：Ｔ、７：９３４３６１７１：ＣＴＧＣＡＡＡＴＡＴＡＣＧＧ：Ｃ、７：９３４３８０５６：ＴＣＡＣ：Ｔ、７：９３４３８０５９：Ｃ：Ｇ、７：９３４３８２０９：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６０３：Ｃ：Ａ、７：９３４４３６０７：ＡＧＣＣＣＡＡＧＡＧＡＴＡＡＴＡＣＣ：Ａ、７：９３４４３６４８：ＡＡＣ：Ａ、７：９３４４３７４３：ＡＡＴＣＴＴ：Ａ、７：９３４４３７５８：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０８３２：Ｇ：Ａ、７：９３４６０９４９：Ｔ：Ｃ、７：９３４６２０６０：Ｔ：ＴＡ、７：９３４６２１１２：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７８９：Ｇ：Ｔ、７：９３４７２３７３：Ａ：Ｇ、７：９３４７２３８４：Ｃ：ＣＴ、７：９３４７２４２０：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４２８：Ｇ：Ａ、７：９３４７２４４６：Ｔ：ＴＡ、７：９３４７２４８３：ＣＴ：Ｃ、７：９３４７７５５６：Ａ：Ｃ、７：９３４７７５５７：Ｃ：Ａ、７：９３４７７６２８：ＣＣＡＧＣＡ：Ｃ、７：９３４７７６６０：ＡＡＴ：Ａ、７：９３４７９３８７：Ｇ：Ａ、７：９３４７９４２６：Ｇ：Ａ、７：９３４７９４５０：Ｔ：ＴＧ、７：９３４８６９７９：ＣＡＴＴＴＴＴＧ：Ｃ、７：９３４８７００１：ＣＴＴ：Ｃ、７：９３４８７００８：Ｃ：Ｔ、７：９３４９５９０２：Ｇ：Ｔ、７：９３４９５９０３：Ｃ：Ｔ、７：９３４９５９３０：Ａ：Ｇ、７：９３４９５９７６：Ｔ：Ａ、または７：９３４９５９７６：Ｔ：Ｃ。

【0020】

いくつかの実施形態では、対象は、以下のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のうちの１つまたは２つを有する：７：９３４２６４２２：ＧＴ：Ｇ、７：９３４２６４４１：Ａ：Ｇ、７：９３４２６５０１：ＣＧ：Ｃ、７：９３４２６５１６：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５７１：Ｇ：Ａ、７：９３４３４２８１：Ｇ：Ａ、７：９３４３６０２９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３６０３５：Ａ：Ｃ、７：９３４３６１３９：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０９４５：Ｃ：Ｔ、７：９３４６８７５８：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２４８３：ＣＴ：Ｃ、７：９３４７７６５４：Ｇ：Ａ、７：９３４７９４３２：Ｃ：Ｔ、または７：９３４８６９８７：Ａ：Ｇ。すべてのバリアントは、低下したＢＭＩと関連している、７：９３４２６４４１：Ａ：Ｇ及び７：９３４７９４３２：Ｃ：Ｔを除いて、増加したＢＭＩと関連している。

【0021】

いくつかの実施形態では、対象は、以下のバリアントＣＡＬＣＲポリペプチドのうちの１つまたは２つを有する：Ｓ１８Ｐ、Ｖ６２Ｉ、Ｒ９２Ｃ、Ｋ１２５ｆｓ、Ｉ１７８Ｖ、Ｓ２０９Ｎ、Ｒ３５５Ｑ、Ｆ３９０Ｖ、Ｖ３９２Ｉ、Ａ４２２Ｖ、Ｒ４３２Ｃ、Ｓ４５６Ｆ、Ｒ４６１ｆｓ、Ｌ４８１Ｐ、またはＮ４８７ｆｓ。減少したＢＭＩに関連するＶ６２Ｉ及びＬ４８１Ｐを除いて、すべてのバリアントは増加したＢＭＩに関連している。多数のヒトＣＡＬＣＲスプライスバリアントは、タンパク質のいくつかのアイソフォームをもたらし、これらは、例えば以下のように指定できる：Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１５８２０９．２、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１１５８２１０．１（Ｅｑｕ． Ｐ３０９８８－２）、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ ＮＣＢＩ ＮＰ＿００１７３３．１（Ｅｑｕ． Ｐ３０９８８－２）、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－１、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－２、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－３、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－４、Ｈ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－５、及びＨ．ｓａｐｉｅｎｓ Ｕｎｉｐｒｏｔ Ｐ３０９８８－６。

【0022】

いくつかの実施形態では、対象は以下のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のうちの１つまたは２つを有する：７：９３４２６３６４：Ａ：Ｇ、７：９３４２６３７８：Ａ：Ｇ、７：９３４２６３８４：Ｔ：Ｇ、７：９３４２６３８５：Ｔ：Ａ、７：９３４２６３９８：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６４０８：Ｔ：Ｃ、７：９３４２６４１２：Ｃ：Ａ、７：９３４２６４１２：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６４１２：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６４１４：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６４２２：ＧＴ：Ｇ、７：９３４２６４３４：ＡＴ：Ａ、７：９３４２６４５１：Ｇ：Ａ、７：９３４２６４５６：Ａ：Ｇ、７：９３４２６４６９：Ｔ：Ａ、７：９３４２６４７５：Ｃ：Ａ、７：９３４２６４８１：Ｃ：Ａ、７：９３４２６４９０：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６４９６：Ｃ：Ａ、７：９３４２６５０１：ＣＧ：Ｃ、７：９３４２６５０１：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５０２：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５０５：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５１１：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６５１１：Ｇ：Ｃ、７：９３４２６５１１：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５１２：Ｇ：ＧＴ、７：９３４２６５１７：Ａ：ＡＧ、７：９３４２６５２６：Ｔ：ＴＣ、７：９３４２６５２８：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５３０：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５３１：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５３４：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５３４：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５３５：Ｇ：Ｃ、７：９３４２６５３８：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６５４３：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５４５：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５４６：Ｔ：Ｃ、７：９３４２６５６１：Ｇ：ＧＣ、７：９３４２６５６３：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６５６４：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５６５：Ａ：Ｇ、７：９３４２６５７１：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５７２：Ｃ：Ａ、７：９３４２６５７７：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５８５：Ｔ：Ｃ、７：９３４２６５８９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３４２５２：Ｃ：Ｔ、７：９３４３４２６１：Ｔ：Ｇ、７：９３４３４２６２：Ｇ：Ｃ、７：９３４３４２６７：Ａ：Ｇ、７：９３４３４２６９：Ｃ：Ｇ、７：９３４３４２７２：Ｔ：Ａ、７：９３４３４２８１：Ｇ：Ａ、７：９３４３４２８５：Ｃ：Ｔ、７：９３４３４２８７：Ａ：Ｇ、７：９３４３４２８８：ＡＧ：Ａ、７：９３４３４２８９：ＧＡ：Ｇ、７：９３４３５９５１：Ｃ：Ｔ、７：９３４３５９７１：Ｔ：Ｃ、７：９３４３５９７１：Ｔ：Ａ、７：９３４３５９７８：Ｃ：Ｔ、７：９３４３５９８０：Ｔ：Ｃ、７：９３４３５９８３：Ｔ：Ａ、７：９３４３５９８７：Ａ：Ｇ、７：９３４３５９８８：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６００７：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６０１１：Ａ：Ｇ、７：９３４３６０２３：Ｇ：Ｃ、７：９３４３６０２９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３６０３５：Ａ：Ｃ、７：９３４３６０５９：Ｇ：Ａ、７：９３４３６０６２：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６０６５：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６０９１：Ａ：Ｇ、７：９３４３６０９１：Ａ：Ｃ、７：９３４３６１０３：Ｇ：Ａ、７：９３４３６１０３：Ｇ：Ｔ、７：９３４３６１３９：Ｃ：Ｇ、７：９３４３６１３９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３６１４０：Ｇ：Ａ、７：９３４３６１４２：Ａ：Ｔ、７：９３４３６１５１：Ａ：Ｇ、７：９３４３６１６６：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６１６９：Ａ：Ｇ、７：９３４３６１７１：Ｃ：Ａ、７：９３４３８０５６：ＴＣＡＣ：Ｔ、７：９３４３８０５９：Ｃ：Ｇ、７：９３４３８０７０：Ｇ：Ａ、７：９３４３８０７０：Ｇ：Ｔ、７：９３４３８０７２：Ｃ：Ａ、７：９３４３８０７３：Ａ：Ｇ、７：９３４３８０７４：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８０７７：Ｃ：Ｇ、７：９３４３８０８０：Ｇ：Ｔ、７：９３４３８０８０：Ｇ：Ａ、７：９３４３８１０３：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８１０６：Ｇ：Ａ、７：９３４３８１１５：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８１１６：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８１２５：Ａ：Ｇ、７：９３４３８１２７：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８２０９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８２２６：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８２２９：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８２３８：Ｔ：Ｇ、７：９３４３８２４３：Ｔ：Ａ、７：９３４３８２４７：Ｔ：Ａ、７：９３４３８２４７：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８２５２：Ｇ：Ａ、７：９３４３８２５６：Ｇ：Ｔ、７：９３４３８２６４：Ｇ：Ａ、７：９３４３８２６６：Ｇ：Ｃ、７：９３４３８２７０：Ｃ：Ａ、７：９３４４３６０３：Ｃ：Ａ、７：９３４４３６０５：Ｃ：Ｇ、７：９３４４３６０７：ＡＧＣＣＣＡＡＧＡＧＡＴＡＡＴＡＣＣ：Ａ、７：９３４４３６１１：ＣＡＡ：Ｃ、７：９３４４３６１８：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３６２１：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３６２３：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６２４：Ｃ：Ａ、７：９３４４３６２５：Ａ：Ｇ、７：９３４４３６２８：Ｇ：Ａ、７：９３４４３６３４：Ｇ：Ａ、７：９３４４３６３７：Ｇ：Ｃ、７：９３４４３６４２：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３６４８：ＡＡＣ：Ａ、７：９３４４３６５２：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６５８：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６７８：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３６８１：Ａ：Ｔ、７：９３４４３６８２：Ｔ：Ｇ、７：９３４４３６９４：Ｇ：Ａ、７：９３４４３６９６：Ａ：Ｇ、７：９３４４３７０３：Ａ：Ｇ、７：９３４４３７０５：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３７０８：Ｔ：Ｇ、７：９３４４３７１１：Ｃ：Ｇ、７：９３４４３７１８：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３７１９：Ｃ：Ｇ、７：９３４４３７２７：Ｇ：Ｃ、７：９３４４３７２７：Ｇ：Ｔ、７：９３４４３７２９：Ｔ：Ａ、７：９３４４３７３３：Ａ：Ｇ、７：９３４４３７３９：Ｇ：Ｃ、７：９３４４３７３９：Ｇ：Ｔ、７：９３４４３７４３：ＡＡＴＣＴＴ：Ａ、７：９３４４３７４６：Ｃ：Ｇ、７：９３４４３７４６：Ｃ：Ａ、７：９３４４３７５８：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０８１９：ＡＣ：Ａ、７：９３４６０８２２：Ｇ：Ａ、７：９３４６０８２２：Ｇ：Ｔ、７：９３４６０８２６：Ｃ：Ａ、７：９３４６０８３１：Ｃ：Ａ、７：９３４６０８３２：Ｇ：Ａ、７：９３４６０８３５：Ｃ：Ｇ、７：９３４６０８３５：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０８３８：Ｇ：Ａ、７：９３４６０８４２：ＴＣ：Ｔ、７：９３４６０８４５：Ａ：Ｃ、７：９３４６０８５５：Ａ：Ｃ、７：９３４６０８５６：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０８５６：Ｃ：Ａ、７：９３４６０８６７：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０８８８：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０８９１：Ａ：Ｇ、７：９３４６０９００：Ｇ：Ｔ、７：９３４６０９０９：Ａ：Ｇ、７：９３４６０９１９：Ｇ：Ａ、７：９３４６０９２４：ＧＴ：Ｇ、７：９３４６０９２４：Ｇ：Ｔ、７：９３４６０９２４：Ｇ：Ｃ、７：９３４６０９３１：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０９３６：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０９４３：Ｇ：Ａ、７：９３４６０９４５：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０９４９：Ｔ：Ａ、７：９３４６０９４９：Ｔ：Ｃ、７：９３４６２０６０：Ｔ：ＴＡ、７：９３４６２０６２：Ｃ：Ｔ、７：９３４６２０６６：Ｇ：Ａ、７：９３４６２０６６：Ｇ：Ｔ、７：９３４６２０６７：Ｃ：Ａ、７：９３４６２０８６：Ｃ：Ｇ、７：９３４６２０８７：Ａ：Ｇ、７：９３４６２０９０：Ｇ：Ｔ、７：９３４６２０９０：Ｇ：Ａ、７：９３４６２０９１：ＧＡ：Ｇ、７：９３４６２０９１：Ｇ：Ａ、７：９３４６２０９７：Ｔ：Ａ、７：９３４６２１０２：Ｇ：Ｔ、７：９３４６２１０３：Ｔ：Ｃ、７：９３４６２１０４：Ｃ：Ｇ、７：９３４６２１１２：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７１４：Ｃ：Ａ、７：９３４６８７１７：Ｇ：Ｃ、７：９３４６８７２２：Ａ：Ｃ、７：９３４６８７３１：ＴＣ：Ｔ、７：９３４６８７５３：Ｇ：Ｔ、７：９３４６８７５８：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７５９：ＴＧ：Ｔ、７：９３４６８７６２：Ｃ：Ｔ、７：９３４６８７６４：Ａ：Ｇ、７：９３４６８７６９：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７７０：Ｇ：ＧＡＣＣＣＡＣＡ、７：９３４６８７７２：Ｃ：Ｇ、７：９３４６８７７５：Ａ：Ｇ、７：９３４６８７８１：Ｇ：Ｃ、７：９３４６８７８７：Ｔ：Ｇ、７：９３４６８７８９：Ｇ：Ｔ、７：９３４６８７９９：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２３７４：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２３７７：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２３７９：Ａ：Ｇ、７：９３４７２３８１：Ｔ：Ａ、７：９３４７２３８３：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２３８４：Ｃ：ＣＴ、７：９３４７２３９２：Ｔ：Ｇ、７：９３４７２４００：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２４０１：Ｔ：Ｇ、７：９３４７２４０２：Ｇ：Ｔ、７：９３４７２４１２：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２４１８：Ｇ：Ｔ、７：９３４７２４１８：ＧＡ：Ｇ、７：９３４７２４１８：Ｇ：Ｃ、７：９３４７２４２４：Ｇ：Ｔ、７：９３４７２４２７：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４２８：Ｇ：Ａ、７：９３４７２４３２：Ｇ：Ｃ、７：９３４７２４３７：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４４６：Ｔ：ＴＡ、７：９３４７２４５６：ＡＣ：Ａ、７：９３４７２４７０：Ａ：Ｇ、７：９３４７２４７３：Ａ：Ｇ、７：９３４７２４７９：ＴＡ：Ｔ、７：９３４７２４８２：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４８３：ＣＴ：Ｃ、７：９３４７２４８６：Ｔ：Ｇ、７：９３４７２４８８：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４８９：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７５５６：Ａ：Ｃ、７：９３４７７５５７：Ｃ：Ｇ、７：９３４７７５６７：ＣＡ：Ｃ、７：９３４７７５７５：Ｇ：Ａ、７：９３４７７５８４：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７５８７：Ｇ：Ｔ、７：９３４７７５９５：Ｃ：Ａ、７：９３４７７６０２：Ｇ：Ａ、７：９３４７７６０２：Ｇ：Ｔ、７：９３４７７６１１：Ｃ：Ａ、７：９３４７７６１２：Ｃ：Ｇ、７：９３４７７６１７：Ｇ：Ａ、７：９３４７７６１７：Ｇ：Ｔ、７：９３４７７６１７：Ｇ：Ｃ、７：９３４７７６２０：Ｇ：Ａ、７：９３４７７６２２：Ｇ：Ｃ、７：９３４７７６２２：Ｇ：Ｔ、７：９３４７７６２３：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７６２８：ＣＣＡＧＣＡ：Ｃ、７：９３４７７６３３：Ａ：Ｃ、７：９３４７７６３３：Ａ：Ｇ、７：９３４７７６３８：Ｃ：Ｇ、７：９３４７７６３９：Ａ：Ｇ、７：９３４７７６４４：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７６５０：Ｇ：Ａ、７：９３４７７６５０：Ｇ：Ｔ、７：９３４７７６５３：Ｃ：Ｔ、７：９３４７７６５４：Ｇ：Ａ、７：９３４７７６５６：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７６６０：Ａ：Ｇ、７：９３４７７６６１：Ａ：Ｔ、７：９３４７７６６８：Ｃ：Ａ、７：９３４７９３７２：Ｇ：Ａ、７：９３４７９３８１：Ｇ：Ａ、７：９３４７９３８３：Ａ：Ｔ、７：９３４７９３８６：Ｃ：Ｔ、７：９３４７９３８６：Ｃ：Ｇ、７：９３４７９３８７：Ｇ：Ａ、７：９３４７９３９３：Ａ：Ｔ、７：９３４７９４１０：Ｔ：Ｃ、７：９３４７９４１３：Ａ：Ｇ、７：９３４７９４２２：Ｔ：Ｃ、７：９３４７９４２５：Ｃ：Ｔ、７：９３４７９４２６：Ｇ：Ａ、７：９３４７９４５０：Ｔ：ＴＧ、７：９３４７９４５３：Ｇ：Ｔ、７：９３４７９４７０：Ｇ：Ｔ、７：９３４８６９３４：ＴＡＧ：Ｔ、７：９３４８６９５７：Ａ：Ｔ、７：９３４８６９７９：ＣＡＴＴＴＴＴＧ：Ｃ、７：９３４８６９８６：Ｇ：Ａ、７：９３４８６９８６：Ｇ：Ｔ、７：９３４８６９９５：Ａ：Ｇ、７：９３４８７００５：Ｇ：Ｔ、７：９３４８７００７：Ｃ：Ｔ、７：９３４８７００８：Ｃ：Ｔ、７：９３４９５９０２：Ｇ：Ａ、７：９３４９５９０２：Ｇ：Ｔ、７：９３４９５９０３：Ｃ：Ｔ、７：９３４９５９２９：Ｃ：Ｔ、７：９３４９５９３０：Ａ：Ｇ、７：９３４９５９７６：Ｔ：Ａ、７：９３４９５９７６：Ｔ：Ｃ、７：９３４２６３６０：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６３９１：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６３９３：Ａ：Ｔ、７：９３４２６３９９：Ｔ：Ｃ、７：９３４２６４３３：Ｃ：Ｇ、７：９３４２６４５９：Ｔ：Ａ、７：９３４２６４６５：Ｇ：Ｃ、７：９３４２６４８３：Ｇ：Ａ、７：９３４２６４９２：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６４９３：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５１９：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６５３５：Ｇ：Ｔ、７：９３４２６５５９：Ｇ：Ａ、７：９３４２６５７０：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５８２：Ｇ：Ｔ、７：９３４３５９５３：Ｔ：Ａ、７：９３４３６００６：Ｇ：Ｔ、７：９３４３６０３２：Ｃ：Ｇ、７：９３４３６０６８：Ｔ：Ａ、７：９３４３６１１３：Ｔ：Ａ、７：９３４３６１２７：Ｇ：Ａ、７：９３４３８０８５：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８０９５：Ａ：Ｃ、７：９３４３８１０１：Ａ：Ｔ、７：９３４３８１０９：Ｔ：Ａ、７：９３４３８１１２：Ａ：Ｇ、７：９３４３８１２４：Ｃ：Ｔ、７：９
３４３８２５５：Ｇ：Ａ、７：９３４３８２５９：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６２２：Ａ：Ｇ、７：９３４４３６２４：Ｃ：Ｇ、７：９３４４３６５７：Ａ：Ｇ、７：９３４４３６８２：Ｔ：Ａ、７：９３４４３７２０：Ａ：Ｇ、７：９３４４３７３４：Ａ：Ｔ、７：９３４４３７５３：Ｃ：Ｇ、７：９３４６０８４６：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０９０６：Ａ：Ｇ、７：９３４６０９１８：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０９２９：Ｃ：Ａ、７：９３４６０９３０：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０９３３：Ｔ：Ｃ、７：９３４６０９３９：Ｃ：Ｔ、７：９３４６２０８６：ＣＡ：Ｃ、７：９３４６８７５９：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７６９：Ｔ：Ｇ、７：９３４６８７８１：Ｇ：Ａ、７：９３４６８７８７：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２３７３：Ａ：Ｇ、７：９３４７２３９７：Ｇ：Ｃ、７：９３４７２４１５：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２４２０：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４５８：Ｃ：Ａ、７：９３４７２４７２：Ｔ：Ｃ、７：９３４７２４８２：Ｃ：Ａ、７：９３４７７５５７：Ｃ：Ａ、７：９３４７７５６６：Ｔ：Ａ、７：９３４７７５９０：Ｃ：Ｔ、７：９３４７７６２３：Ｔ：Ｇ、７：９３４７７６２６：Ｔ：Ｇ、７：９３４７７６３２：Ｃ：Ａ、７：９３４７７６３７：Ｃ：Ｇ、７：９３４７７６４４：Ｔ：Ａ、７：９３４７７６５４：Ｇ：Ｃ、７：９３４７７６６２：Ｔ：Ｃ、７：９３４７９３７１：Ｇ：Ａ、７：９３４７９４０４：Ｔ：Ｃ、７：９３４７９４２６：Ｇ：Ｃ、７：９３４７９４５６：Ｃ：Ｔ、７：９３４８６９４４：Ａ：Ｇ、７：９３４８７００１：ＣＴＴ：Ｃ、７：９３４８７００５：Ｇ：Ａ、７：９３４９５９１０：Ｔ：Ａ、７：９３４２６３７６：Ｃ：Ｔ、７：９３４２６５８８：Ａ：Ｃ、７：９３４３４２８９：Ｇ：ＧＡ、７：９３４３５９９１：Ｃ：Ａ、７：９３４３６００５：Ｔ：Ｃ、７：９３４３６０５３：Ｇ：Ａ、７：９３４３６０７９：Ｇ：Ａ、７：９３４３６１１０：Ｇ：Ａ、７：９３４３６１７１：ＣＴＧＣＡＡＡＴＡＴＡＣＧＧ：Ｃ、７：９３４３６１７１：Ｃ：Ｔ、７：９３４３８０８９：Ｔ：Ｃ、７：９３４３８０９２：Ｔ：Ｃ、７：９３４４３６４３：Ｃ：Ｔ、７：９３４４３６６６：Ａ：Ｃ、７：９３４４３７５０：Ｃ：Ｔ、７：９３４６０８３５：Ｃ：Ａ、７：９３４６０８９７：Ｔ：Ｃ、７：９３４６８７８２：Ｃ：Ｔ、７：９３４７２４２４：Ｇ：Ａ、７：９３４７２４６３：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７５９９：Ｔ：Ｃ、７：９３４７７６５３：Ｃ：Ａ、または７：９３４７７６６０：ＡＡＴ：Ａ。

【0023】

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、参照配列としてＣＡＬＣＲ参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号１；ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリ中のｃｈｒ７：９３，４２４，５３９－９３，５７４，７３０を包含するＥＮＳＴ０００００４２６１５１．６；ＥＮＳＧ０００００００４９４８．１５）を使用して、第７染色体の指定された位置にバリエーションを有する。追加の配列（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリ中のｃｈｒ７：９３，４２６，３１０－９３，４８７，０１３を包含するＥＮＳＴ０００００３６０２４９．８；ＥＮＳＧ０００００００４９４８．１５）もまたＣＡＬＣＲ参照配列として使用できる。

【0024】

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、タンパク質配列においてバリエーションをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、参照配列としてＣＡＬＣＲ参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号１；ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリ中のｃｈｒ７：９３，４２４，５３９－９３，５７４，７３０を包含するＥＮＳＴ０００００４２６１５１．６；ＥＮＳＧ０００００００４９４８．１５）を使用して、第７染色体の指定された位置にヌクレオチドを含み得る。

【0025】

本明細書に記載のＣＡＬＣＲバリアントの任意の１つ以上（すなわち、任意の組合せ）を、本明細書に記載の任意の方法内で使用して、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症するリスクが高いかどうかを判断することができる。特定のバリアントの組み合わせは、ＣＡＬＣＲと増加した肥満／ＢＭＩのリスクとの特定の相関関係の統計分析に使用されるマスクを形成し得る。

【0026】

本明細書に記載の実施形態のいずれかでは、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドは、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有する任意のＣＡＬＣＲポリペプチドであり得る。

【0027】

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、肥満は、１型肥満、２型肥満、または３型肥満である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、肥満は１型肥満である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、肥満は２型肥満である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、肥満は３型肥満である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、対象は増加したＢＭＩを有する。

【0028】

肥満の症状としては、過剰な体脂肪の蓄積（特に腰の周り）、息切れ、増加した発汗、いびき、突然の身体活動に対処できない、毎日非常に疲れている、背中や関節の疼痛、皮膚の問題（皮膚のひだに蓄積する水分から）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0029】

本開示は、肥満及を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる治療剤で対象を治療する方法を提供する。これらの方法では、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを有する。この方法は、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有するかどうかを判定するステップを含む。これらの方法では、そのような判定ステップは、対象から生体試料を取得すること、または取得したことを含む。これらの方法では、そのような判定ステップはまた、対象がＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するかどうかを判定するために生体試料に対して配列解析を行うことまたは行ったことを含む。対象がＣＡＬＣＲ参照である場合、方法は、標準投与量で肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤を対象に投与することまたは投与することを継続することをさらに含む。対象が、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、方法は、標準投与量と同じかまたはそれを超える量で肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤を対象に投与することまたは投与することを継続することをさらに含む。ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有することを示す。

【0030】

いくつかの実施形態では、対象は肥満を有している。いくつかの実施形態では、対象は増加したＢＭＩを有している。いくつかの実施形態では、対象はＣＡＬＣＲ参照である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0031】

いくつかの実施形態では、治療する方法は、対象からの生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の存在または非存在を検出することをさらに含む。本開示全体を通して使用されるとき、「ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子」は、部分的な機能喪失、完全な機能喪失、予測される部分的な機能喪失、または予測される完全な機能喪失を有するＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする任意の核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子など）である。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、参照ＣＡＬＣＲと比較して、カルシトニン、アミリン、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、またはＣＡＬＣＲの他のリガンドに対する減少したインビトロ応答に関連する。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、ヒト参照ゲノム配列と比較して、ＣＡＬＣＲポリペプチドの時期尚早の切断をもたらす、またはもたらすと予測される。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、Ｐｏｌｙｐｈｅｎ、ＳＩＦＴ、または同様のアルゴリズムなどのインビトロ予測アルゴリズムによって損傷を与えると予測されるバリアントである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、ＣＡＬＣＲにおいて非同義アミノ酸置換を引き起こす、または引き起こすと予測されるバリアントであり、その対立遺伝子の頻度は、対象が選択される母集団において１／１，０００より少ない対立遺伝子である。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子は、任意のまれなミスセンスバリアント（対立遺伝子頻度＜０．１％；または１，０００対立遺伝子に１つ）、または任意のスプライス部位、ストップ－ゲイン、スタート－ロス、ストップ－ロス、フレームシフト、インフレームインデル、もしくはその他のフレームシフトＣＡＬＣＲバリアントである。

【0032】

対象からの生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の存在または非存在を検出すること、及び／または対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有するかどうかを判定することは、本明細書に記載の方法のいずれかによって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インシチュで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで行うことができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0033】

本開示はまた、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤で対象を治療する方法であって、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを有する、方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、対象から生体試料を得るまたは得たこと、及び対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを判定するために生体試料でアッセイを実施することまたは実施したことによって、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有するか否かを判定することを含む。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有しない場合、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤は、標準的な投与量で対象に投与されるかまたは投与することが継続される。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有する場合、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤は、標準投与量と同じかまたはそれを超える量で対象に投与されるかまたは投与することが継続される。ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドの存在は、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有することを示す。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有している。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有していない。

【0034】

対象からの生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドの存在または非存在を検出すること、及び／または対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有するかどうかを判定することは、本明細書に記載の方法のいずれかによって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インシチュで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで行うことができる。これらの実施形態のいずれかでは、ポリペプチドは、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0035】

肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の例としては、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、トピラメート、ロルカセリン、ブプロピオン、Ｃｏｎｔｒａｖｅ（登録商標）（ナルトレキソン）、Ｓａｘｅｎｄａ（登録商標）（リラグルチド）、フェンテルミン、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、Ｓｙｍｌｉｎ（登録商標）（プラムリンチド）、トピラメート、ゾニサミド、Ｏｚｅｍｐｉｃ（登録商標）（セマグルチド）、Ｔｉｒｚｅｐａｔｉｄｅ（商標）（ＬＹ３２９８１７６）、ミアカルシン、アミリン、Ｍｙａｌｅｐｔ（登録商標）（メトレレプチン）、Ｑｓｙｍｉａ（登録商標）（フェンテルミン－トピラメート）、Ｂｙｅｔｔａ（登録商標）（エクセナチド）、Ｔｒｕｌｉｃｉｔｙ（登録商標）（デュラグルチド）、ＡＭ８３３、ダバリンチド、ＫＢＰ－０８８、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、レプチン、ＰＹＹ、コレシストキニン、ＰＹＹ１８７５、ＬＡ－ＧＤＦ１５、ＰＦ－０６８８２９６１、ＰＦ－０７０８１５３２、コタデュチド（ＭＥＤＩ０３８２）、エフィノペグデュチド（ＨＭ１２５２５Ａ）、ペグベルフェルミン、ＢＩＯ８９－１００、エフルキシフェルミン、ＹＨ－２５７２４、ＢＦＫＢ－８４８８Ａ、ＮＧＭ－３１３、ＮＧＭ－２８２、ラニフィブラノール、アルダフェルミン、レスメチロム、セラデルパー、Ｏｃａｌｉｖａ（登録商標）（オベチコール酸）、ＡＭＧ １７１、ＮＮ９２１５、ＪＮＪ－９０９０、ＮＧＭ３９５、ＮＧＭ１２０、ＡＶ－３８０、ｅｆｐｅｇｌｅｎａｔｉｄｅ、ＡＫＲ－００１、アルダフェルミン（ＮＧＭ２８２）、ＲＧ７９９２（ＢＦＫＢ－８４８８Ａ）、ＢＩＯ８９－１００、ＬＬＦ－５８０、ＮＧＭ－３１３、ＮＮ－９５００、ＴＳＬＢ－１３４４、ＹＨ－２５７２４、ＬＹ２４０５３１９、ＰＦ－０５２３１０２３、Ｆｃ－ＦＧＦ２１（ＲＧＥ）、ＢＭＳ－９８６０３６、ＴＢＲＩＡ（商標）（カルシトニン）、もしくはオキシントモジュリン、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤は、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、トピラメート、ロルカセリン、ブプロピオン、ナルトレキソン、リラグルチド、フェンテルミン、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、ゾニサミド、セマグルチド、ＬＹ３２９８１７６、ミアカルシン、アミリン、メトレレプチン、フェンテルミン－トピラメート、エクセナチド、デュラグルチド、ＡＭ８３３、ダバリンチド、ＫＢＰ－０８８、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、レプチン、ＰＹＹ、コレシストキニン、ＰＹＹ１８７５、ＬＡ－ＧＤＦ１５、ＰＦ－０６８８２９６１、ＰＦ－０７０８１５３２、コタデュチド（ＭＥＤＩ０３８２）、エフィノペグデュチド（ＨＭ１２５２５Ａ）、ペグベルフェルミン、ＢＩＯ８９－１００、エフルキシフェルミン、ＹＨ－２５７２４、ＢＦＫＢ－８４８８Ａ、ＮＧＭ－３１３、ＮＧＭ－２８２、ラニフィブラノール、アルダフェルミン、レスメチロム、セラデルパー、オベチコール酸、ＡＭＧ １７１、ＮＮ９２１５、ＪＮＪ－９０９０、ＮＧＭ３９５、ＮＧＭ１２０、ＡＶ－３８０、ｅｆｐｅｇｌｅｎａｔｉｄｅ、ＡＫＲ－００１、アルダフェルミン（ＮＧＭ２８２）、ＲＧ７９９２（ＢＦＫＢ－８４８８Ａ）、ＢＩＯ８９－１００、ＬＬＦ－５８０、ＮＧＭ－３１３、ＮＮ－９５００、ＴＳＬＢ－１３４４、ＹＨ－２５７２４、ＬＹ２４０５３１９、ＰＦ－０５２３１０２３、Ｆｃ－ＦＧＦ２１（ＲＧＥ）、ＢＭＳ－９８６０３６、カルシトニン、もしくはオキシントモジュリン、またはそれらの任意の組み合わせである。

【0036】

いくつかの実施形態では、肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる治療剤は、メラノコルチン４受容体（ＭＣ４Ｒ）アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＭＣ４Ｒアゴニストは、タンパク質、ペプチド、核酸分子、または小分子を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質はＭＣ４Ｒのペプチド類似体である。いくつかの実施形態では、ペプチドはセトメラノチドである。いくつかの実施形態では、肥満を治療もしくは抑制、及び／またはＢＭＩを減少させる治療剤は、はセトメラノチドと、シブトラミン、オルリスタット、フェンテルミン、ロルカセリン、ナルトレキソン、リラグルチド、ジエチルプロピオン、ブプロピオン、メトホルミン、プラムリンチド、トピラメート、及びゾニサミドのうちの１つ以上との組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＭＣ４Ｒアゴニストは、アミノ酸配列Ｈｉｓ－Ｐｈｅ－Ａｒｇ－Ｔｒｐを含むペプチドである。いくつかの実施形態では、小分子は、１，２，３Ｒ，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸である。いくつかの実施形態では、ＭＣ４ＲアゴニストはＡＬＢ－１２７１５８（ａ）である。

【0037】

いくつかの実施形態では肥満を治療もしくは抑制する、及び／またはＢＭＩを減少させる治療剤は、ＣＡＬＣＲアゴニストである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲアゴニストは、カルシトニン、アミリン、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、Ｓｙｍｌｉｎ（登録商標）（プラムリンチド）、ミアカルシン、ＡＭ８３３、ダバリンチド、ＫＢＰ－０８８、レプチン、ＰＹＹ、またはコレシストキニン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲアゴニストは、カルシトニン、アミリン、ＧＣＲＰ、アドレノメデュリン、プラムリンチド、ミアカルシン、ＡＭ８３３、ダバリンチド、ＫＢＰ－０８８、レプチン、ＰＹＹ、またはコレシストキニン、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲアゴニストは、カルシトニンまたはアミリンである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲアゴニストは、ＧＣＲＰまたはアドレノメデュリンである。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲアゴニストは、合成または非合成のＣＡＬＣＲアゴニストである。

【0038】

いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤は、肥満であるが、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子またはＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを伴わない対象に投与することができる。そのような実施形態では、目標は、完全なＣＡＬＣＲシグナル伝達を有する対象において、ＣＡＬＣＲ媒介性抗肥満特性を利用することである。いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤は、肥満であるが、ＣＡＬＣＲバリアント核酸分子またはＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有する対象に投与することができる。そのような実施形態では、目標は、遺伝子型のためにＣＡＬＣＲシグナル伝達が相対的に欠損している対象において、ＣＡＬＣＲ媒介性抗肥満特性を増強することである。

【0039】

いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、ＣＡＬＣＲ参照である（標準投与量を受けてよい）対象と比較して、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である患者またはヒト対象に対して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％増加させることができる（すなわち、標準投与量よりも多い）。いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％増加させることができる。加えて、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象の肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、ＣＡＬＣＲ参照である対象と比較して、高い頻度で投与することができる。

【0040】

いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象と比較して、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である対象に対して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％増加させることができる。いくつかの実施形態では、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％増加させることができる。加えて、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である対象の肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の用量は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象と比較して、高い頻度で投与することができる。

【0041】

肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週間後、２週間後、３週間後、１ヶ月後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、２ヶ月後、または３ヶ月後に反復することができる。反復投与は、同じ用量であっても、または異なる用量であってもよい。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上反復することができる。例えば、特定の投与レジメンによれば、患者は、長期間、例えば、６か月、１年、またはそれ以上の期間等の治療を受ける可能性がある。

【0042】

肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内が挙げられるがこれらに限定されない任意の好適な経路で行うことができる。投与用の医薬組成物は、無菌であり、実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造されることが望ましい。医薬組成物は、単位剤形（すなわち、単回投与の投与量）で提供することができる。医薬組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は、選択した投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤、または補助剤が製剤の他の成分と適合性であり、そのレシピエントに実質的に有害ではないことを意味する。

【0043】

本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、及び「治療」ならびに「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果などの所望の生物学的応答を引き出すことを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、肥満及び／または増加したＢＭＩの減少／軽減、肥満及び／または増加したＢＭＩの重症度低下／軽減（例えば、肥満及び／または増加したＢＭＩの発症の低減もしくは抑制など）、症状及び肥満に関連する影響の減少／軽減、症状及び肥満に関連する影響の発症の遅延、肥満に関連する影響の症状の重症度の軽減、症状及び肥満に関連する影響の数の低減、症状及び肥満に関連する影響の潜伏期の短縮、症状及び肥満に関連する影響の改善、二次的症状の軽減、肥満及び／または増加したＢＭＩの再発予防、再発エピソードの回数もしくは頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期の延長、持続的進行までの時間の延長、迅速な回復、または代替治療法の有効性の増大もしくはそれに対する抵抗性の低下、及び／または罹患宿主動物の生存時間の増加のうちの１つ以上を含む。予防効果は、治療プロトコールの投与後の、肥満の発生／進行の完全または部分的な回避／抑制、または遅延（例えば、完全もしくは部分的な回避／抑制または遅延など）、及び罹患宿主動物の生存期間延長を含み得る。肥満及び／または増加したＢＭＩの治療には、任意の臨床病期または臨床症状で何らかの形態の肥満及び／または増加したＢＭＩを有するとすでに診断された患者の治療、肥満及び／または増加したＢＭＩの症状または徴候の発症または進展または増悪または悪化の遅延、及び／または肥満及び／または増加したＢＭＩの重症度の予防及び／または軽減が包含される。

【0044】

本開示はまた、肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有する対象を同定する方法も提供する。これらの方法は、対象から得られた生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子の存在または非存在を判定することまたは判定したことを含む。対象がＣＡＬＣＲ参照である場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有しない。対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有している。

【0045】

いくつかの実施形態では、対象は肥満を有している。いくつかの実施形態では、対象は増加したＢＭＩを有している。いくつかの実施形態では、対象はＣＡＬＣＲ参照である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0046】

対象が、対象からの生体試料においてＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有しているかどうか、及び／または対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を含むかどうかを判定することは、本明細書に記載の方法のいずれかによって行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インシチュで行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで行うことができる。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0047】

いくつかの実施形態では、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有すると同定されると、対象は、本明細書に記載されているように、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤でさらに治療される。いくつかの実施形態では、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、対象は、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤を、標準投与量と同じかまたはそれより多い投与量で投与される。いくつかの実施形態では、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である場合、対象は、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤を、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象に投与される投与量と同じかまたはそれより多い投与量で投与される。いくつかの実施形態では、対象はＣＡＬＣＲ参照である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0048】

いくつかの実施形態では、方法は、肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する増加したリスクに関連するＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子（ゲノム、ｍＲＮＡ、またはｃＤＮＡ）、及び／または肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する増加したリスクに関連するＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有する対象の遺伝子荷重を判定することをさらに含むことができる。遺伝子荷重は、ＣＡＬＣＲ遺伝子のすべてのバリアントまたはまれなバリアントの集合体であり、肥満及び／または増加したＢＭＩとの関連分析で実行できる。いくつかの実施形態では、対象は、肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する増加したリスクに関連するＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする１つ以上のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する増加したリスクに関連するＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする１つ以上のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。関連分析の結果は、ＣＡＬＣＲのまれな機能喪失及びミスセンスバリアントが、肥満及び増加したＢＭＩの増加したリスクと関連していることを示唆している。

【0049】

いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする任意の１つ以上のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有する対象の遺伝子荷重は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のいずれかの複数の加重和を表す。いくつかの実施形態では、遺伝子荷重は、少なくとも約２、少なくとも約３、少なくとも約４、少なくとも約５、少なくとも約１０、少なくとも約２０、少なくとも約３０、少なくとも約４０、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約１００、少なくとも約１２０、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約１，０００、少なくとも約１０，０００、少なくとも約１００，０００、または１，０００，０００を超える、ＣＡＬＣＲ遺伝子内またはその周辺（最大１０Ｍｂ）に存在する遺伝的バリアントを使用して計算され、遺伝子荷重は、対立遺伝子の数に、それぞれの対立遺伝子についての肥満及び／または増加したＢＭＩの発症または関連する結果（例えば、重み付けされた負荷スコア）との関連推定値を掛けたものである。これには、ゲノムアノテーションに関係なく、遺伝的関連分析における肥満及び／または増加したＢＭＩ関連形質とゼロでない関連性を示すＣＡＬＣＲ遺伝子に近接する（遺伝子の周囲に最大１０Ｍｂ）、任意の遺伝的バリアントを含めることができる。いくつかの実施形態では、対象が所望の閾値スコアを超える遺伝子荷重を有する場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有する。いくつかの実施形態では、対象が所望の閾値スコア未満の遺伝子荷重を有する場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する低いリスクを有する。

【0050】

いくつかの実施形態では、遺伝子荷重は、例えば、上位五分位、中間五分位、及び下位五分位などの五分位に分けることができ、遺伝子荷重の上位五分位は最高リスク群に対応し、遺伝子荷重の下位五分位は最低リスク群に対応する。いくつかの実施形態では、より大きな遺伝子荷重を有する対象は、対象集団からの上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％の遺伝子荷重を含むが、これに限定されない最高加重の遺伝子荷重を含む。いくつかの実施形態では、遺伝的バリアントは、肥満及び／または増加したＢＭＩとの関連性を、関連性のｐ値範囲の上位１０％、上位２０％、上位３０％、上位４０％、または上位５０％に有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、同定された遺伝的バリアントのそれぞれは、約１０^－２、約１０^－３、約１０^－４、約１０－^５、約１０^－６、約１０^－７、約１０^－８、約１０^－９、約１０^－１０、約１０^－１１、約１０^－１２、約１０^－１３、約１０^－１４、または約１０^－１５以下のｐ値で肥満及び／または増加したＢＭＩと関連性を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、同定された遺伝的バリアントは５×１０^－８未満のｐ値で肥満及び／または増加したＢＭＩと関連性を有する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、同定された遺伝的バリアントは、オッズ比（ＯＲ）が分布の上位２０％について、約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、もしくは約２．２５以上；または約１．５以上、約１．７５以上、約２．０以上、約２．２５以上、約２．５以上、または約２．７５以上である残りの参照集団と比較して、高リスク対象における肥満及び／または増加したＢＭＩと関連する遺伝的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、オッズ比（ＯＲ）は、約１．０～約１．５、約１．５～約２．０、約２．０～約２．５、約２．５～約３．０、約３．０～約３．５、約３．５～約４．０、約４．０～約４．５、約４．５～約５．０、約５．０～約５．５、約５．５～約６．０、約６．０～約６．５、約６．５～約７．０の範囲、または７．０を超えていてもよい。いくつかの実施形態では、高リスク対象は参照母集団にて上端の十分位数、五分位数、または三分位数で遺伝子荷重を有する対象を含む。遺伝子荷重の閾値は、意図される実際の用途の性質と、その実際の用途にとって意味があると考えられるリスク差に基づいて決定される。

【0051】

いくつかの実施形態では、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有すると同定される場合、または肥満及び／または増加したＢＭＩを発症する低いリスク有するとして同定される場合、対象は本明細書に記載のように治療することができる。

【0052】

本開示は、対象において肥満及び／または増加したＢＭＩを診断する方法も提供する。この方法は、対象が、本明細書に記載のＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のいずれか１つ以上を有するかどうかを判定することまたは判定したことを含む。対象が、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を有し、肥満及び／または増加したＢＭＩの１つ以上の症状を有する場合、対象は肥満及び／または増加したＢＭＩ有すると診断される。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてホモ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、対象が肥満及び／または増加したＢＭＩを有すると同定される場合（肥満及び／または増加したＢＭＩの症状が１つ以上ある、ならびにＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であるなど）、対象は、本明細書に記載されているもののいずれかなどの、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療剤でさらに治療される。

【0053】

本開示はまた、対象からの生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子、及び／または対象からの生体試料におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子、及び／または対象からの生体試料におけるｍＲＮＡ分子から生成されたＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子の存在または非存在を検出する方法も提供する。集団内の遺伝子配列、及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型などの多型のために異なり得ることを理解されたい。

【0054】

生体試料は、対象からの任意の細胞、組織、または生体液に由来し得る。この試料は、骨髄試料、腫瘍生検標本、細針吸引生検標本、または血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿などの体液の試料のようないずれかの臨床的に適切な組織を含んでよい。場合によっては、試料は、口腔スワブを含む。本明細書に開示される方法において使用される試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用される組織、細胞、または抽出物に基づいて異なる。生体試料は、採用されるアッセイに応じて異なる処理を行うことができる。例えば、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードする任意のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについて試料を単離するまたは濃縮するように設計された予備処理を採用することができる。この目的では、さまざま技術を使用することができる。ＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合、さまざまな技術を使用して生体試料のｍＲＮＡを濃縮することができる。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために、さまざま方法を使用することができる。

【0055】

いくつかの実施形態では、対象においてＣＡＬＣＲバリアント核酸分子を検出することは、生体試料におけるＣＡＬＣＲゲノム核酸分子、及び／または、生体試料におけるＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子、及び／または生体試料におけるｍＲＮＡ分子から生成されるＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子が、機能喪失（部分的なまたは完全な）を引き起こす、または機能喪失（部分的なまたは完全な）引き起こすと予測される１以上のバリエーションを含むかどうかを判定するために対象から得られる生体試料で配列解析をアッセイするかまたは実施することを含む。

【0056】

いくつかの実施形態では、対象におけるＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｍＲＮＡから生成されたｃＤＮＡ分子など）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生体試料でアッセイを実施することを含む。アッセイは、生体試料中の核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むかどうかを判定する。

【0057】

いくつかの実施形態では、生体試料は細胞または細胞溶解物を含む。そのような方法は、例えば、ＣＡＬＣＲゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子を含む生体試料を対象から得ること、及びｍＲＮＡである場合、任意選択でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含み得る。そのようなアッセイは、例えば、特定のＣＡＬＣＲ核酸分子のこれらの位置の同一性を判定することを含むことができる。いくつかの実施形態では、方法はインビトロアッセイである。

【0058】

いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または配列解析は、生体試料中のＣＡＬＣＲゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子、またはＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された部分は、本明細書に記載のＣＡＬＣＲバリアント核酸分子のいずれかなどの、機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすか、または機能喪失（部分的もしくは完全）を引き起こすと予測される１つ以上のバリエーションを含む。

【0059】

いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または配列解析は、生体試料中のＣＡＬＣＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列、生体試料中のＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、または生体試料中のＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の、少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料中のＣＡＬＣＲゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または配列解析は、生体試料中のＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または配列解析は、生体試料中のＣＡＬＣＲのｍＲＮＡ分子から生成されるＣＡＬＣＲのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部を配列決定することを含む。

【0060】

いくつかの実施形態では、アッセイまたは配列解析は、核酸分子全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲゲノム核酸分子のみが解析される。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲのｍＲＮＡのみが解析される。いくつかの実施形態では、ＣＡＬＣＲのｍＲＮＡから得られたＣＡＬＣＲのｃＤＮＡのみが解析される。

【0061】

いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または配列解析は、ａ）ＣＡＬＣＲポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識で標識することと；ｃ）標識された核酸分子を改変特異的プローブを含む支持体と接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0062】

いくつかの実施形態では、核酸分子はｍＲＮＡであり、判定するステップは、増幅するステップの前にｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む。
いくつかの実施形態では、判定するステップ、検出するステップ、または遺伝子型決定アッセイは、生体試料中の核酸分子を検出可能な標識を含む改変特異的プローブと接触させることであって、改変特異的プローブがストリンジェントな条件下で増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にハイブリダイズする核酸配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。核酸配列中のＳＮＰなどの変異を検出するために改変特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用することができる。鋳型とのミスマッチが存在するとＤＮＡポリメラーゼは伸長しないため、改変特異的プライマーを使用することができる。

【0063】

いくつかの実施形態では、試料中の核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは、増幅するステップの前にｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。

【0064】

いくつかの実施形態では、アッセイまたは配列解析は、生体試料を、ストリンジェントな条件下でＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子、ＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子に特異的にハイブリダイズし、対応するＣＡＬＣＲ参照配列にはハイブリダイズしない改変特異的プライマーまたは改変特異的プローブなどのプライマーまたはプローブと接触させることと、ハイブリダイゼーションが生じたかどうかを判定することと、を含む。

【0065】

いくつかの実施形態では、アッセイは、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイはまた、例えば逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）によって、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することも含む。

【0066】

いくつかの実施形態では、本方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子、またはＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または同定するのに十分なヌクレオチドの長さのプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリダイゼーション条件または反応条件は、この結果を達成するように作業者が決定することができる。このヌクレオチドの長さは、本明細書で記載または例示される任意のアッセイを含めた選択された検出方法での使用に十分な、いかなる長さであってもよい。そのようなプローブ及びプライマーは、高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下で標的ヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズすることができる。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続したヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、プローブは、標的ヌクレオチド配列とは異なり、かつ、標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または同定する能力を保持しているものを従来の方法で設計することができる。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有し得る。

【0067】

例示的な核酸配列決定技術の例としては、鎖ターミネーター（サンガー）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法としては、精製ＤＮＡ、増幅ＤＮＡ、及び固定した細胞調製物を対象とする標識プライマーまたは標識プローブの使用を含む、配列決定以外の核酸ハイブリダイゼーション法（蛍光インシチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））が挙げられる。いくつかの方法では、標的核酸分子を、検出の前または検出と同時に増幅することができる。核酸増幅技術の実例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換型増幅法（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベースの増幅法（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法としては、リガーゼ連鎖反応、鎖置換型増幅法、及び高温ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0068】

ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーがその標的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件が用いられ得る。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の非標的配列に対するよりも、例えば、バックグラウンドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上の、例えばバックグラウンドの１０倍を超える、検知可能に高い程度でハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他の配列に対するよりも少なくとも２倍の検知可能に高い程度でハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他の配列に対するよりも少なくとも３倍の検知可能に高い程度でハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他の配列に対するよりも少なくとも４倍の検知可能に高い程度でハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、その標的ヌクレオチド配列に、他の配列に対するよりも１０倍を超える検知可能に高い程度でハイブリダイズする。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる条件では異なる。

【0069】

ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、その後の５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は、公知であるか、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見出すことができる。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検知のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．５Ｍ未満のＮａ^＋イオン、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａ^＋イオン濃度（またはその他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０個のヌクレオチド）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば５０個を超えるヌクレオチド）では少なくとも約６０℃である条件となる。ホルムアミドなどの不安定化剤を添加することで、厳しい条件を達成することもできる。任意選択により、洗浄緩衝液は、約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリダイゼーションの持続期間は、概ね約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄の持続期間は、少なくとも、平衡に達するのに十分な長さの時間である。

【0070】

本開示はまた、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象から得られた試料でアッセイを実施し、対象のＣＡＬＣＲポリペプチドが、本明細書に記載のＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドのいずれかのように、ポリペプチドが機能喪失（部分的もしくは完全）または予測される機能喪失（部分的もしくは完全）を有する原因となる１つ以上のバリエーションを含むかどうかを判定することを含む方法を提供する。ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドは、本明細書に記載のＣＡＬＣＲ切り詰め型バリアントポリペプチドのいずれかであり得る。

【0071】

いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチドの少なくとも一部を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、ポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。

【0072】

いくつかの実施形態では、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有していない場合、対象は、１型肥満、２型肥満、または３型肥満などの肥満を発症するか、増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有していない。いくつかの実施形態では、対象がＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドを有している場合、対象は、１型肥満、２型肥満、または３型肥満などの肥満を発症するか、増加したＢＭＩを発症する高いリスクを有している。

【0073】

本開示の文脈において、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば、改変特異的プローブまたは改変特異的プライマーなど）が、ＣＡＬＣＲ参照ゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子、及び／またはＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にはハイブリダイズしないことを意味する。

【0074】

「改変特異的プローブ」は、ストリンジェントな条件下で対応するＣＡＬＣＲ参照配列にハイブリダイズせず、ＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子、またはＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子に特異的にハイブリダイズする。

【0075】

いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、改変特異的プローブなど）は標識を含む。いくつかの実施形態では、標識は、蛍光標識、放射標識、またはビオチンである。
本開示はまた、本明細書に開示されるプローブのうちのいずれか１つ以上が結合している基質を含む支持体を提供する。固体支持体は、本明細書に開示されているプローブのいずれかなどの分子が会合できる固体状態の基質または支持体である。固体支持体の形態は、アレイである。固体支持体の別の形態は、アレイ検出器である。アレイ検知器は、複数の異なるプローブがアレイ状、グリッド状、またはその他の組織化されたパターンで結合している固体支持体である。固体状態の基質の一形態は、標準的な９６ウェルタイプのようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、通常、ウェルあたり１つのアレイを含むマルチウェルスライドガラスを用いることができる。

【0076】

ＣＡＬＣＲ参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号１（ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリ中のｃｈｒ７：９３，４２４，５３９－９３，５７４，７３０を包含するＥＮＳＴ０００００４２６１５１．６；ＥＮＳＧ０００００００４９４８．１５）に示される。

【0077】

ＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号４に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号５に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号６に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号７に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号８に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号９に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１０に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１１に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１２に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１３に示されている。

【0078】

ＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１４に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１５に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１６に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１７に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１９に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２０に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２１に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２２に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２３に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２４に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２５に示されている。

【0079】

ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生物からのものであり得る。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒト、または非ヒト哺乳動物、げっ歯類、マウス、もしくはラットなどの別の生物からのオルソログであり得る。集団内の遺伝子配列は、一塩基多型などの多型のために変動し得ることを理解されたい。本明細書で提供される例は、例示的配列にすぎない。他の配列もまた可能である。

【0080】

ＣＡＬＣＲ参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２６に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２７に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２８に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２９に示されている。別のＣＡＬＣＲ参照ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３０に示されている。

【0081】

添付の配列表に列挙されているヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基の標準文字略語、及びアミノ酸の３文字コードを使用して示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端から始まって先へ（すなわち、各行で左から右へ）進み、３’末端に至る標準規則に従っている。それぞれのヌクレオチド配列の１本の鎖のみが示されているが、相補鎖は、表示された鎖への言及によって包含されていると理解されたい。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端から始まりカルボキシ末端の方に（すなわち、それぞれの行において左から右に）進む標準的規則に従う。

【0082】

本開示はまた、ｉ）ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子；ｉｉ）ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子；またはｉｉｉ）ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子を有する対象における肥満及び／または増加したＢＭＩの治療において使用するための、肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または抑制する治療薬を提供する。

【0083】

いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載の、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子、ＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＣＡＬＣＲの予測される機能喪失型ポリペプチドをコードするＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子のうちのいずれかを有している。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載のＣＡＬＣＲバリアントゲノム核酸分子のいずれかを有している。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載のＣＡＬＣＲバリアントｍＲＮＡ分子のいずれかを有している。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書に記載のＣＡＬＣＲバリアントｃＤＮＡ分子のいずれかを有している。肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または阻害する治療剤は、本明細書に記載の肥満及び／または増加したＢＭＩを治療または阻害する治療剤のいずれかであり得る。

【0084】

上記または以下で引用されている特許文献、ウェブサイト、他の刊行物、アクセッション番号などはいずれも、個々の項目が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されているのと同じ程度に、すべての目的のためにその全体が参照により組み込まれている。あるアクセッション番号と関連付けられている配列のバージョンが、時期によって異なる場合には、本願の有効出願日に、そのアクセッション番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、そのアクセッション番号について言及している実際の出願日と、優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、時期によって、刊行物、ウェブサイトなどの異なるバージョンが刊行されている場合には、別段に示されていない限り、本願の有効出願日における最新刊行バージョンを意味する。本開示の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様は、特に明記しない限り、他の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。本開示を、明確化及び理解を目的として、例示及び例としてある程度詳細に説明してきたが、ある特定の変更及び改変が添付の特許請求の範囲内で実施され得ることは明らかであろう。

【0085】

以下の実施例は、実施形態をより詳細に説明するために提供される。これらは、特許請求する実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図していない。以下の実施例は、当業者に、本明細書に記載の化合物、組成物、物品、デバイス、及び／または方法がどのように作成及び評価されるかの開示及び説明を提供し、単に例示的なものであるように意図されており、いずれかの特許請求の範囲の範囲を限定することを意図するものではない。数値（例えば、量、温度など）に関して精度を保証するように努力がなされてはいるが、いくらかの誤差及び偏差が考慮され得る。別段に示されていない限り、部は重量部であり、温度は℃または周囲温度であり、圧力は大気圧またはその近傍である。

【実施例】

【0086】

実施例１：ＣＡＬＣＲのｐＬＯＦバリアントは、上昇したＢＭＩと肥満の増加したリスクに関連している
ＣＡＬＣＲのまれな非同義バリアントと、遺伝子内のいくつかの個々のバリアントの荷重は、ヒトでのＢＭＩと関連している。ゲノムワイド関連（ＧＷＡＳ）分析の結果、ＣＡＬＣＲのｐＬＯＦミスセンスバリアントと増加したＢＭＩ及び増加した肥満リスクとの関連が得られ（表１及び表２を参照されたい）、ＣＡＬＣＲでのＬＯＦと肥満を関連付ける最初のヒト遺伝的証拠が構成された。表１は、ＣＡＬＣＲのｐＬＯＦバリアント（またはｐＬＯＦバリアント及び異なる機能アノテーションを持つミスセンスバリアント）と増加したＢＭＩとの関連を要約する。ｐＬＯＦ、ｐＬＯＦ及び予測される有害なミスセンスバリアント（Ｍ３．０１、Ｍ４．０１）、またはｐＬＯＦ及びすべてのミスセンスバリアントを含む遺伝子荷重試験は、より高いＢＭＩ（Ｍ２．０１；表１を参照されたい）と関連していた。表２は、ＣＡＬＣＲのｐＬＯＦバリアント（またはｐＬＯＦバリアント及び異なる機能アノテーションを持つミスセンスバリアント）と肥満のより高いオッズとの関連を要約する。ｐＬＯＦ、ｐＬＯＦ及び予測される有害なミスセンスバリアント（Ｍ３．０１、Ｍ４．０１）、またはｐＬＯＦ及びすべてのミスセンスバリアントを含む遺伝子荷重試験は、肥満のより高いオッズ（Ｍ２．０１；表２を参照されたい）と関連していた。表３は、分析に含まれるＣＡＬＣＲのｐＬＯＦとミスセンスバリアントを列挙する。メタ分析からの個々の関連性を持つ１００個を超える非同義バリアントのうち、１５個はｐ＜０．０５でＢＭＩに関連しており、低下したＢＭＩに関連する２個のバリアントを含んだ（図１）。これらの１５個のバリアントのうち８個は、最後の細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内ドメインにあり、ＢＭＩ相関におけるベータアレスチン関連経路の役割の可能性を示唆している（図１）。さらに、ＢＭＩとのエクソームワイド関連が観察された（遺伝的曝露＝ｐＬＯＦ及びミスセンス；ＳＤ単位での対立遺伝子あたりのベータ９５％ＣＩ＝０．１０（０．０７、０．１３）；ｐ値＝１．４×１０^－１０；ＡＡＦ＝０．００４９；ｋｇ／ｍ^２単位での対立遺伝子あたりのベータ９５％ＣＩ＝０．６（０．４、０．７）；ならびに体重のｋｇでの対立遺伝子あたりのベータ９５％ＣＩ＝１．６（１．１、２．１）。

【0087】

【表1】

【0088】

【表2】

【0089】

【表3-1】

【0090】

【表3-2】

【0091】

【表3-3】

【0092】

【表3-4】

【0093】

【表3-5】

【0094】

【表3-6】

【0095】

【表3-7】

【0096】

【表3-8】

【0097】

【表3-9】

【0098】

【表3-10】

【0099】

実施例２：上昇したＢＭＩと肥満の増加したリスクと関連しているＣＡＬＣＲの拡大ＣＷＡＳ
参加コホート
英国（ＵＫ）バイオバンク（ＵＫＢ）コホート、Ｇｅｉｓｉｎｇｅｒ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｙｓｔｅｍ（ＧＨＳ）のＭｙＣｏｄｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｈｅａｌｔｈ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅコホート、及びメキシコシティ前向き研究（ＭＣＰＳ）で、遺伝的関連性の発見研究が実施された。ＵＫＢは、２００６～２０１０年の間に英国の２２か所の試験センターを通じて募集された４０～６９歳の人々の集団ベースのコホート研究である。利用可能な全エクソーム配列決定と臨床表現型データを持つ、合計４２８，７１９人のヨーロッパ系祖先の参加者が含まれていた（表４）。ＧＨＳ ＭｙＣｏｄｅ研究は、２００７～２０１９年に募集された中部及び東部ペンシルベニア州（米国）からの患者の医療システムに基づくコホートである。利用可能な全エクソーム配列決定と臨床表現型データを持つ、合計１２１，０６１人のヨーロッパ系祖先の参加者が含まれていた（表４）。ＭＣＰＳは、２０００～２００４年に、メキシコシティの隣接する２つの都市地区から募集された３５を超える年齢の人々のコホート研究である。利用可能な全エクソーム配列決定と臨床表現型データを持つ、合計９５，８４６人の混合アメリカ系祖先が含まれていた（表４）。

【0100】

【表4】

【0101】

表現型の定義
体格指数（ＢＭＩ）は、研究来院の１つで行われた人体計測測定に基づいて、キログラム単位の体重をメートル単位の身長の２乗で割ったものとして計算された。ＢＭＩ分類は、世界保健機関の分類に基づいて定義された。ＢＭＩ値は、逆標準正規関数によって変換され、それぞれの祖先群内で、男性と女性で別々に適用された。全体的及び局所的な身体の除脂肪量と脂肪量、パーセンテージ、及び体表面の正規化された指数は、ＵＫＢコホートの生体電気インピーダンスによって測定された。

【0102】

遺伝子型データ
前述のように、カバレッジの高い全エクソームシーケンスを実行した。ＮｉｍｂｌｅＧｅｎプローブ（ＶＣＲｏｍｅ）またはＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（ＩＤＴ）から入手可能なｘＧｅｎデザインの修正バージョンを標的配列捕捉に使用した。配列決定は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｖ４ ＨｉＳｅｑ ２５００または、ＮｏｖａＳｅｑ機器で７５ｂｐペアエンドリードを使用して実行された。配列決定は、ＶＣＲｏｍｅ試料の９６％で標的化塩基の８５％を２０倍超、ＩＤＴ試料の９９％で標的化塩基の９０％を２０倍超カバーするのに十分なカバー深度（すなわち、ゲノムの標的領域のそれぞれの塩基をカバーする配列リードの数）を有した。配列リードのアラインメントとバリアントコールは、ＧＲＣｈ３８ヒトゲノム参照配列に基づいていた。Ｅｎｓｅｍｂｌ ｖ８５遺伝子定義を使用して、単一ヌクレオチドバリアントと挿入－削除の機能的影響を判定した。予測されるＬＯＦ遺伝子バリアントには次のものが含まれる：ａ）フレームシフトをもたらす挿入または欠失；ｂ）未成熟終止コドンの導入または転写開始部位または終止部位の喪失をもたらす挿入、欠失または一塩基バリアント；ｃ）ドナースプライス部位またはアクセプタースプライス部位のバリアント。ミスセンスバリアントは、ＳＩＦＴ、Ｐｏｌｙｐｈｅｎ２＿ＨＤＩＶ及びＰｏｌｙｐｈｅｎ２＿ＨＶＡＲ、ＬＲＴ及びＭｕｔａｔｉｏｎＴａｓｔｅｒを使用して有害性を予測したインシリコ予測アルゴリズムの数に従って、機能への影響の可能性について分類された。それぞれの遺伝子について、代替対立遺伝子頻度（ＡＡＦ）とそれぞれのバリアントの機能アノテーションにより、これら７個の遺伝子荷重曝露への包含が判定された。１）ＡＡＦ＜１％を有するｐＬＯＦバリアント；２）ＡＡＦ＜１％を有する５／５のアルゴリズムによりｐＬＯＦまたはミスセンスバリアントが有害であると予測される；３）ＡＡＦ＜０．１％を有する５／５のアルゴリズムによりｐＬＯＦまたはミスセンスバリアントが有害であると予測される；４）ＡＡＦ＜１％を有する少なくとも１／５のアルゴリズムによりｐＬＯＦまたはミスセンスバリアントが有害であると予測される；５）ＡＡＦ＜０．１％を有する少なくとも１／５のアルゴリズムによりｐＬＯＦまたはミスセンスバリアントが有害であると予測される；６）ＡＡＦ＜１％を有するｐＬＯＦまたはいずれかのミスセンス；７）ＡＡＦ＜０．１％を有するｐＬＯＦまたはいずれかのミスセンスバリアント。

【0103】

ＢＭＩについてのゲノムワイドポリジェニックスコアの生成
ＳＮＰアレイ遺伝子型決定は、前述のようにＵＫＢで実行された。独立したデータセットでの以前の大規模なゲノムワイド関連研究の結果から、ＬＤｐｒｅｄソフトウェアを使用して、２５０万を超える一般的なバリアントによる高いＢＭＩの素因を捕捉する多遺伝子スコアが生成された。

【0104】

統計解析
ＢＯＬＴ－ＬＭＭ ｖ２．３．４４２または ＲＥＧＥＮＩＥ ｖ１．０．４３を使用して混合効果回帰モデルをフィッティングすることにより、遺伝的バリアントのＢＭＩまたはそれらの遺伝子荷重との関連性を推定した。これらのアプローチは、ゲノム全体からの遺伝子型を使用して多遺伝子スコアを推定することにより、関連性と集団構造を説明する。次いで、共変量としての多遺伝子スコアを条件として、遺伝的バリアントまたはそれらの荷重の関連付けが推定される。分析は、年齢、年齢^２、性別、年齢ごとの交互作用項、実験的なバッチ関連の共変量、及び遺伝的主成分についてさらに調整された。荷重の関連付けがＢＭＩ関連の一般的な遺伝的バリアントから統計的に独立していることを確認するために、以下で説明するように、ＢＭＩと共通の対立遺伝子のゲノム全体の関連付けをファインマッピングすることによって同定された共通のバリアントについて、遺伝子荷重の関連付け分析をさらに調整した。コホート全体の結果は、逆分散加重メタ分析を使用してプールされた。

【0105】

次の分析は、次の手順で実行された：
１． ＢＭＩ関連の一般的なバリアントは、ハプロタイプ参照コンソーシアムパネルを使用して推定された１，２００万を超える一般的から低頻度の遺伝的バリアントを含むゲノム全体の関連研究を実行することによって同定された。ＧＨＳ研究では、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｕｍａｎ Ｏｍｎｉ Ｅｘｐｒｅｓｓ Ｅｘｏｍｅアレイ（ＯＭＮＩセット）とＧｌｏｂａｌ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇアレイ（ＧＳＡセット）で遺伝型決定された試料でインピュテーションが別々に実行された。次いで、補完されたバリアントからの投与量データを２つのＧＨＳセット間でマージして、関連分析用の結合データセットを取得した。ＢＯＬＴ－ＬＭＭまたはＲＥＧＥＮＩＥを使用して混合効果線形回帰モデルをフィッティングすることにより、ＧＨＳ、ＵＫＢ、及びＭＣＰＳコホートでゲノム全体の関連分析を個別に実行した。次に、ＵＫＢ及びＧＨＳの分析の結果を逆分散加重メタ分析によって組み合わせて、発見コホートのヨーロッパのサブセットにおけるゲノム全体のメタ分析を得た。

【0106】

２． 一般的なバリアントによって駆動される条件付きで独立した遺伝的関連シグナルを同定するために、ＢＭＩに関連する遺伝的バリアントを担持するゲノム領域でのファインマッピングが、ＦＩＮＥＭＡＰソフトウェアを使用して、ｐ＜５×１０^－０８のゲノム全体の有意性閾値で実行された。連鎖不均衡は、ゲノム全体の関連分析に含まれる正確な個人のセットからの遺伝データを使用して推定された。ファインマッピングは、ヨーロッパ系祖先のＧＨＳ及びＵＫＢのコホートのメタ分析と、ＭＣＰＳコホートにおける混合アメリカ系の祖先分析で別々に実行された。

【0107】

３． ファインマッピングされたそれぞれの遺伝子座について、９５％信憑性のあるバリアントセットは、因果関係のある確率が最も高く、そのセットのリードコモンバリアント（マイナー対立遺伝子頻度≧１％）を保持するように同定された。合計で、ヨーロッパ系祖先サブセットの一般的なバリアントとの１，７６９の独立した関連付けと、より小さな混合アメリカ系のサブセットの１３４の関連付けが同定された。

【0108】

４． それぞれのコホートで、そのコホートの関連する祖先グループ内のファインマッピングによって同定されたＢＭＩ関連の一般的なバリアントの遺伝子型を共変量として使用して、遺伝子荷重関連のエクソーム全体の関連分析を実行した。次に、それぞれのコホート内のエクソーム全体の分析の結果をメタ分析して、ＢＭＩ関連の一般的なバリアントとは無関係な遺伝子荷重関連の推定値を取得した（表５；ＣＡＬＣＲ；ゲノム座標７：９３４２６３５５；ｐＬＯＦ及びミスセンス（１／５）；ＡＡＦ＜０．１％）。

【0109】

結果
６４５，６２６人のエクソーム全体の分析では、ＣＡＬＣＲは、エクソーム全体の統計的有意性レベルで、まれな非同義の遺伝的バリアントの荷重がＢＭＩと関連していた１６の遺伝子の１つであった（ｐ＜３．６×１０^－０７、２０，０００の遺伝子及び７つのバリアント選択モデルのボンフェローニ補正；表５）。ＣＡＬＣＲの関連付けは、メタ分析の構成データセット全体で一貫していた（表６）。

【0110】

１６個の遺伝子のうち５個は、ＣＡＬＣＲを含む脳及び中枢神経系で発現するＧタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ；ヒトゲノムにおける薬物標的の最大のクラス）をコードしている。この研究は、ＣＡＬＣＲのまれなコーディングバリエーションをＢＭＩ及び肥満関連の表現型に関連付ける最初のヒトの遺伝的証拠を提供する。

【0111】

【表5】

【0112】

【表6】

【0113】

【表7】

【0114】

【表8】

【0115】

本明細書で説明されるものに加えて、記載されている主題のさまざまな修正は、前述の説明から当業者には明らかとなろう。そのような修正はまた、添付の特許請求の範囲の範囲内に入ることが意図される。本出願で引用されたそれぞれの参考文献（雑誌記事、米国及び米国以外の特許、特許出願公開、国際特許出願公開、遺伝子バンクアクセッション番号、などを含むが、これらに限定されない）は、参照によってその全体がすべての目的のために本明細書に組み込まれる。

【図1-1】

【図1-2】

【図1-3】

【図1-4】

【図1-5】

【図1-6】

【図1-7】

【図1-8】

【配列表】

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【国際調査報告】