(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-09-12
(54)【発明の名称】原発性脳腫瘍の処置のためのエンハンサーRNAの標的化
(51)【国際特許分類】
C07H 21/02 20060101AFI20230905BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20230905BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20230905BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20230905BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20230905BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20230905BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20230905BHJP
C07H 21/00 20060101ALI20230905BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20230905BHJP
C12N 15/86 20060101ALI20230905BHJP
【FI】
C07H21/02
A61P25/00
A61P35/00
A61K35/76
A61K48/00
A61K31/7105
A61K31/7088
C07H21/00
C12N15/113 Z ZNA
C12N15/86 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023513948
(86)(22)【出願日】2021-09-01
(85)【翻訳文提出日】2023-04-26
(86)【国際出願番号】 US2021048671
(87)【国際公開番号】W WO2022051365
(87)【国際公開日】2022-03-10
(32)【優先日】2020-09-01
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】512241232
【氏名又は名称】ブラウン ユニバーシティ
(71)【出願人】
【識別番号】500430718
【氏名又は名称】ロード アイランド ホスピタル
(74)【代理人】
【識別番号】110000671
【氏名又は名称】IBC一番町弁理士法人
(72)【発明者】
【氏名】タピノス,ニコラオス
(72)【発明者】
【氏名】アコブンドゥ,ブレッシング
【テーマコード(参考)】
4C057
4C084
4C086
4C087
【Fターム(参考)】
4C057BB02
4C057CC03
4C057DD01
4C057MM01
4C057MM02
4C084AA13
4C084MA65
4C084MA66
4C084NA13
4C084NA14
4C084ZA02
4C084ZB26
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4C086AA02
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4C086MA65
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4C086NA14
4C086ZA02
4C086ZB26
4C087AA01
4C087AA02
4C087BC83
4C087NA13
4C087NA14
4C087ZA02
4C087ZB26
(57)【要約】
本発明は、グリオーマ幹細胞において特異的に発現され、その発現がグリオブラストーマを有する患者の生存の減少と相関する、エンハンサーRNA(eRNA)を提供する。eRNAは、例えば、eTMEM88b、eRTP5、またはeNINJ1から選択される。本発明はまた、eRNA発現をノックアウトする合成オリゴヌクレオチドを使用して、グリオーマ幹細胞eRNAを標的とするRNA療法も提供する。本発明はさらに、eRNAの発現を阻害するshRNAを送達するウイルスベクターを提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
脳腫瘍の処置において使用するための、本特許明細書において開示される、GapmeR。
【請求項2】
原発性脳腫瘍の処置において使用するための、請求項1に記載のGapmeR。
【請求項3】
原発性脳腫瘍の処置のために、特定のshRNAを担持する合成オリゴヌクレオチドまたはレンチウイルスを使用して、エンハンサーRNA(eRNA)を標的とする方法。
【請求項4】
前記合成オリゴヌクレオチドが、合成RNAオリゴヌクレオチドである、請求項3に記載の方法。
【請求項5】
前記合成オリゴヌクレオチドが、合成RNAオリゴヌクレオチドである、請求項3に記載の方法。
【請求項6】
前記合成オリゴヌクレオチドが、本特許明細書において開示されるGapmeRである、請求項3に記載の方法。
【請求項7】
グリオーマ幹細胞において特異的に発現され、その発現がグリオブラストーマを有する患者の生存の減少と相関する、エンハンサーRNA(eRNA)とハイブリダイズする、合成オリゴヌクレオチド。
【請求項8】
前記eRNAが、eTMEM88b、eRTP5、およびeNINJ1からなる群から選択される、請求項7に記載の合成オリゴヌクレオチド。
【請求項9】
前記合成オリゴヌクレオチドが、本特許明細書において開示されるGapmeRである、請求項7に記載の合成オリゴヌクレオチド。
【請求項10】
グリオーマ幹細胞eRNAの発現をノックアウトする合成オリゴヌクレオチドを使用して、グリオーマを処置する方法。
【請求項11】
前記合成オリゴヌクレオチドが、分解に対して耐性がある、請求項10に記載の方法。
【請求項12】
投与が、全身または髄腔内である、請求項10に記載の方法。
【請求項13】
eRNAを標的としてその発現を阻害するshRNAを送達する、ウイルスベクター。
【請求項14】
前記ウイルスベクターが、レンチウイルスである、請求項13に記載のウイルスベクター。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、概して、プロモーター領域の一部を形成しないエンハンサーである、転写に関連する特別なエレメントを有する、ベクター系に関する。
関連出願の相互参照
本特許出願は、2020年9月1日に出願された米国仮特許出願第63/073,177号の優先権を主張する。
【背景技術】
【0002】
グリオブラストーマは、もっとも一般的な原発性脳腫瘍であり、もっとも侵攻性かつ致死性のがんの1つである。グリオブラストーマの処置には、外科手術による腫瘍塊の切除、それに続く放射線照射およびテモゾロミド投与が含まれる。Stupp et al., N Engl.J.Med., 352,987-996(2005).しかしながら、この複数治療のアプローチを用いてでさえも、腫瘍の再発は回避できない。Stupp&Weber, Onkologie, 28, 315-317(2005).グリオブラストーマに起因する侵攻性は、主として、高い遊走能、化学療法および放射線照射に対する耐性、を示し、続発性腫瘍を形成する能力を有する、腫瘍塊内のグリオーマ幹細胞(GSC)集団によって駆動される。Singh et al., Cancer Res., 63, 5821-5828(2003);Singh et al., Nature, 432, 396-401(2004);Lee et al., Cancer Cell 9, 391-403(2006);およびSingh et al., Asian Pac.J.Cancer Prev., 18, 2215-2219(2017)。
【0003】
グリオーマ幹細胞は、顕著な可変性を呈し、未成熟な段階と分化した段階とで切り替わることができ、腫瘍微小環境に応じて様々なマーカーを可逆的に発現し得る。Ben-Porath et al., Nature Genetics, 40, 499-507(2008);およびJin et al., Nature Medicine, 23, 1352-1361(2017)。
【0004】
グリオーマをより良好に処置するための組成物および方法が、当該技術分野において必要とされている。
【発明の概要】
【0005】
本発明は、グリオーマ幹細胞の可変性を制御し、グリオブラストーマの成長に影響を及ぼす、分子機序を標的とする。
【0006】
第1の実施形態において、本発明は、グリオーマ幹細胞において特異的に発現され、その発現がグリオブラストーマを有する患者の生存の減少と相関する、エンハンサーRNA(eRNA)を提供する。第2の実施形態において、eRNAは、以下の配列表に示されるように、eTMEM88b、eRTP5、およびeNINJ1からなる群から選択される。
【0007】
第3の実施形態において、本発明は、RNA療法を提供する。この治療法は、eRNAの発現をノックアウトする合成オリゴヌクレオチドを使用して、グリオーマ幹細胞eRNAを標的とする。第4の実施形態において、合成オリゴヌクレオチドは、分解に対して耐性である。
【0008】
第5の実施形態において、本発明は、eRNAを標的とし、その発現を阻害するshRNAを送達する、ウイルスベクターを提供する。第6の実施形態において、ウイルスベクターは、レンチウイルスである。
【0009】
本発明は、いくつかの利点を有する。第1の態様において、標的特異性に関して、標的とされるeRNAは、グリオーマ幹細胞において特異的に発現される。第2の態様において、薬物特異性に関して、合成されたオリゴヌクレオチドまたはウイルスベクターは、意図される標的eRNAに特異的である。合成されたオリゴヌクレオチドまたはウイルスベクターは、他の遺伝子に対して実質的な作用を有さない。第3の態様において、分解に対する耐性に関して、オリゴヌクレオチドRNA治療薬は、分解に対して耐性となるように化学的に改変されている。オリゴヌクレオチドRNA治療薬は、インビボ適用で機能する。第4の態様において、グリオーマ幹細胞に対する特異的な作用に関して、標的eRNAの阻害により、Nanog、Oct6、およびSox2などのがん幹細胞表現型を定義する転写因子の発現の低減がもたらされる。この結果は、eRNA標的化が、がんの幹細胞性、腫瘍拡大、および侵攻に影響を及ぼし得ることを示す。
【0010】
全ゲノムデータ分析は、分化した細胞と比較して、グリオーマ幹細胞特異的eRNAが、15個存在することを示している。さらなる分析により、これらのeRNAが、少なくとも7個のグリオーマ幹細胞にわたって差次的に発現され、3つのeRNAの高い発現が、患者生存不良と有意に相関することが示されている。3つの臨床的に関連のあるeRNAのうちの1つの阻害に関する予備的な結果は、阻害が、グリオーマ幹細胞の必須遺伝子を調節するために重要であり得ることを示す。
【図面の簡単な説明】
【0011】
【
図1】
図1は、転写の調節に関するeRNAの概略図である。エンハンサー領域(青色の枠)は、H3K27Acによってマークされており、双方向様式でeRNAを産生するのを補助するように、転写因子(TF)およびRNA Pol IIがロードされている。プロモーター領域(紫色の枠)は、H3K4me3および転写因子によってマークされている。コヒーシンおよび媒介因子複合体によって媒介されるエンハンサーのプロモーターへのルーピングにより、eRNAをプロモーターに近接させ、標的遺伝子の転写が誘導される。
【
図2】
図2は、グリオーマ幹細胞および分化したグリオーマ細胞の特徴付けを示す。
図2(A)は、グリオーマ幹細胞が、幹細胞特異的転写産物であるCD133、Sox2、およびOlig2を発現し、それらが、EGF、bFGF、およびヘパリンの除去、ならびに10%血清の添加によって、7日間の分化後に、完全に失われるか(CD133、Olig2)、または下方調節される(Sox2)ことを示す、棒グラフである。分化したグリオーマ細胞は、GFAPの発現を獲得するが、これは、グリオーマ幹細胞においては発現されていなかった。棒グラフは、1つのグリオーマ幹細胞系から得られた代表的なRNA-seqデータを提示する。分析は、すべてのグリオーマ幹細胞および分化したグリオーマ細胞に行った。
図2(B)は、グリオーマ幹細胞の自己複製能力を判定するための限界希釈アッセイの結果を示すグラフである。アッセイを6回繰り返し、カイ二乗検定を用いて有意性を計算した(p<0.008)。
【
図3】
図3は、3つのグリオーマ幹細胞特異的eRNAの高い発現を有する患者と低い発現を有する患者との生存期間の比較を示す。3つのカプランマイヤー生存曲線は、全体的な患者の生存を、eTMEM88B(A)、eRTP5(B)、およびeNINJ1(C)eRNAとの相関関係で示す。生存期間は、70人のIDH野生型グリオブラストーマ患者(Rhode Island Hospital、Departments of Neurosurgery and Pathology)の臨床データから収集した。これらのeRNAの高い発現は、グリオブラストーマを有する患者の生存の低さと有意に相関する(p<0.05)。
【
図4】
図4は、eTMEM88BおよびTMEM88B遺伝子の阻害を示す棒グラフペアである。左側のグラフは、アンチセンスオリゴGapmeRでのeTMEM88Bの阻害が、TMEM88B、NANOG、OCT4、およびSOX2発現の阻害をもたらすことを示す。右側のグラフは、siRNAを使用したTMEM88B mRNAの阻害が、TMEM88B発現の阻害をもたらすが、NANOG、OCT4、およびSOX2には影響を及ぼさないことを示す。
【
図5】
図5は、eRNA治療薬のインビボ有効性測定の開発の概略図である。
【
図6】
図6は、レンチウイルスベクターpRSGEP-U6-sg-EF1-Puroの概略図である。
【
図7】
図7は、H3K27AcおよびRNA Pol II ChIP-seq分析パイプラインを通じたグリオーマ幹細胞特異的eRNAの特定を示す円グラフのセットである。H3K27AcおよびRNA Pol IIピークは、NINJ1 eRNAとオーバーラップしている。H3K27Ac ChIP-seqにより、GSC1およびGSC2において、それぞれ、39,247個および50,885個の部位が特定された。これらの部位を、RNA Pol IIシグナルの同時存在についてフィルタリングし、これにより、GSC1およびGSC2において、4284個および5348個の推定上のeRNA部位が得られた。
図7(A)を参照されたい。遺伝子と1:1の関係性を有し、遺伝子のアノテーションされたプロモーターの上流10kb以内に位置する、eRNA部位を特異的に調べてこれらの部位をフィルタリングした。
図7(B)を参照されたい。この分析により、GSC1については229個のeRNAが得られ、GSC2については213個のeRNAが得られた。これらのeRNAを、分化したグリオブラストーマ間質細胞において検出されたeRNA(同じ分析パイプラインを通じて)と比較し、2人の患者において共通している15個のグリオーマ幹細胞特異的eRNAを発見した。
図7(C)を参照されたい。
【
図8】
図8は、9個の患者由来のグリオーマ幹細胞および2つのヒト神経幹細胞サンプルにおけるeTMEM88b、eNINJ1、およびeRTP5の発現を示す棒グラフである。
【
図9】
図9は、9個の患者由来のグリオーマ幹細胞および2つのヒト神経幹細胞サンプルにおけるTMEM88b、NINJ1、およびRTP5遺伝子の発現を示す棒グラフである。
【
図10】
図10は、eNINJ1およびeTMEM88Bを標的とするGapmeRでの患者由来のグリオーマ幹細胞の処置が、eRNA発現の50%の阻害をもたらすことを示す棒グラフペアである。アッセイは、1人の患者のグリオーマ幹細胞において、独立して3回(n=3つの生物学的複製物)行った。
【
図11】
図11は、5μMのeTMEM88B GapmeRでの患者由来のグリオーマ幹細胞の処置が、がん幹細胞同一性遺伝子の有意な阻害をもたらすことを示す、棒グラフである。アッセイは、独立して2回行った(n=2つの生物学的複製物)。
【発明を実施するための形態】
【0012】
産業上の利用可能性
多形性グリオブラストーマは、依然として、処置がもっとも困難な疾患の1つである。現時点では、グリオブラストーマのためのグリオーマ幹細胞特異的治療法は存在しない。標準的な処置としては、外科手術、それに続く放射線療法および化学療法の組合せが挙げられる。従来的なGBM治療法は、一部の患者には有益となっているが、平均腫瘍再発時間は、7カ月である。
【0013】
DNAメチル化、ヒストン改変、および非コーディングRNAなどのエピジェネティックな異常に関する情報が、多形性グリオブラストーマを含むがんの作動因子として評価されている。Feng et al., Methods Mol.Biol., 1165, 115-43(2014)を参照されたい。
【0014】
最先端の全ゲノム技術、例えば、ChIP-seqを使用して、グリオーマ幹細胞特異的eRNAを特定することにより、eRNAが、グリオーマ幹細胞維持に必須であることが示されている。本発明は、eRNAを、多形性グリオブラストーマのための幹細胞特異的治療法とする手段を提供する。ロックド核酸GapmeRを使用するeRNAの特異的標的は、グリオブラストーマ患者のための、グリオーマ幹細胞特異的な、RNAに基づく治療の選択肢を提供する。
【0015】
グリオーマ幹細胞特異的eRNAの操作の成功は、多形性グリオブラストーマ患者のための有望なグリオーマ幹細胞特異的なRNAに基づく治療法の獲得に有益であり得る。本明細書は、多形性グリオブラストーマにおけるグリオーマ幹細胞特異的eRNAの機能的役割を判定する方法を示す。以下の実施例2を参照されたい。本明細書はまた、グリオーマ幹細胞におけるクロマチン状態の維持に対するeRNAの寄与を判定する方法も説明する。以下の実施例3を参照されたい。本明細書は、さらに、グリオーマ幹細胞特異的治療標的としてのeRNAの有効性を評価する方法も示す。以下の実施例4を参照されたい。
【0016】
定義
便宜上、本明細書、実施例、および添付の特許請求の範囲において使用されるいくつかの用語および語句の意味を、以下に列挙する。別途示されるかまたは文脈から暗に示されない限り、これらの用語および語句は、以下の意味を有する。これらの定義は、特定の実施形態を説明するのを補助するものであり、特許請求される発明を制限することを意図するものではない。別途定義されない限り、すべての技術用語および科学用語は、分子神経生物学分野もしくはバイオテクノロジー分野または両方の分野において当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。当該技術分野における用語の意味と、本明細書において提供される定義との間で明らかな相違がある場合には、本明細書において提供される意味が優先されるものとする。
【0017】
「ATAC-seq」またはシーケンシングを使用したトランスポサーゼがアクセス可能なクロマチンのアッセイ(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)は、全ゲノムクロマチンアクセス可能性を評価する分子生物学技法である。Buenrostroet al., Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins, and nucleosome position.Nature Methods, 10(12), 1213-8(December 2013)を参照されたい。
【0018】
「脳腫瘍」は、脳の組織内またはそれに由来する異常な細胞の成長という、神経生物学分野において認識されている意味を有する。脳腫瘍は、良性(がんではない)または悪性(がん)であり得る。National Cancer Institute Dictionary of Cancer Termsを参照されたい。
【0019】
「ChIP-seq」または「ChIP-シーケンシング」は、DNAとのタンパク質相互作用を分析するために使用される方法である。ChIP-seqは、クロマチン免疫沈降(ChIP)と、大規模並列DNAシーケンシングとを組み合わせて、DNA関連タンパク質の結合部位を特定する。
【0020】
「分化したグリオーマ細胞」(DGC)は、幹細胞から分化したグリオーマ細胞という、神経生物学分野において認識されている意味を有する。多形性グリオブラストーマの分子的および遺伝子的分類、ならびに多形性グリオブラストーマに対する処置アプローチは、主として、分化したグリオーマ細胞に依存している。研究室実務において、分化したグリオーマ細胞は、GFAPの発現を獲得するが、このマーカーは、グリオーマ幹細胞においては発現されていなかった。Bramanti et al., Biomarkers of glial cell proliferation and differentiation in culture. Front. Biosci.(Schol.Ed.), 2, 558-70(2010)を参照されたい。上記の
図2(A)の説明も参照されたい。
【0021】
「エンハンサーRNA」(eRNA)は、エンハンサー領域のDNA配列から転写される比較的短い非コーディングRNA分子(50~2000ヌクレオチド)のクラスのメンバーという、分子生物学分野において認識されている意味を有する。
図1を参照されたい。幹細胞特異的eRNAは、それらのもっとも近い遺伝子に従って命名され、本明細書全体を通じて、接頭辞「e」を用いて表記される。
【0022】
「GapmeR」は、配列の両側にRNA様セグメントを有する短いDNAアンチセンスオリゴヌクレオチド構造という、バイオテクノロジー分野において認識されている意味を有する。これらの線形遺伝子情報片は、RNA標的片にハイブリダイズし、RNase H切断の誘導を通じて、遺伝子をサイレンシングするように設計される。標的へのgapmerの結合は、改変されたRNA隣接領域、ならびにヌクレアーゼによる分解に対する耐性に起因して、高い親和性を有する。Stein et al., Nucleic Acids Res., 38(1), e3(2010);Crooke et al., Antisense technology:an overview and prospectus.Nature Reviews Drug Discovery, 1-27(March 24,2021)を参照されたい。
【0023】
「多形性グリオブラストーマ」脳腫瘍(GBM)は、脳内の神経細胞の健康状態を補助する星形のグリア細胞(星状細胞および乏突起膠細胞)から生じ、高速で成長する、グリオーマという神経生物学分野において認識されている意味を有する。GBMは、グレードIV星状細胞腫と称されることもある。National Cancer Institute(NCI)Dictionary of Cancer Termsを参照されたい。
【0024】
本明細書ではグリオブラストーマ幹細胞としても知られる「グリオーマ幹細胞」(GSC)は、グリオブラストーマに存在し、腫瘍開始および治療耐性に寄与する、自己複製性腫瘍原性がん幹細胞という、神経生物学分野において認識されている意味を有する。グリオーマ幹細胞は、「表現型可変性」を示し、これは、異なる細胞状態の多形性グリオブラストーマ(幹細胞状態および分化した状態)が、分子神経生物学分野の当業者によって、腫瘍機序および侵攻に寄与すると考えられているため、重要である。研究室実務において、グリオーマ幹細胞の公知の幹細胞性のマーカーとしては、乏突起膠細胞転写因子(Olig2)、Sox2、およびプロミニン-1(CD133)が挙げられる。Yan et al., Endothelial cells promote the stem-like phenotype of glioma cells through activating the Hedgehog pathway.J. Pathol., 234(1), 11-22(2014)を参照されたい。上記の
図2(A)の説明をも参照されたい。
【0025】
「H3K27Ac」は、DNAパッケージングタンパク質ヒストンH3に対するエピジェネティック改変という、分子生物学分野において認識されている意味を有する。これは、ヒストンH3タンパク質の27番目のリジン残基のアセチル化を示すマークである。H3K27acは、転写のより高い活性化と関連しており、したがって、活性エンハンサーマークとして定義される。H3K27acは、転写開始部位(TSS)の近位および遠位の両方の領域で見られる。
【0026】
「H3K4me3」は、DNAパッケージングタンパク質ヒストンH3に対するエピジェネティック改変という、分子生物学分野において認識されている意味を有する。これは、ヒストンH3タンパク質の4番目のリジン残基におけるトリメチル化を示すマークであり、遺伝子発現を調節することに関与することが多い。この名称は、ヒストンH3タンパク質のリジン4に対する3つのメチル基の付加(トリメチル化)を示す。
【0027】
「レンチウイルスウイルスベクター」は、レンチウイルスに由来するRNAまたはDNAヌクレオチドの配列を含む、複製欠損性ウイルスベクターという、分子生物学分野において認識されている意味を有する。
【0028】
「NINJ1」または「ニンジュリン1」は、タンパク質コーディング遺伝子である。NINJ1と関連付けられている疾患としては、遺伝性感覚性ニューロパチーおよび非機能性膵内分泌性腫瘍が挙げられる。この遺伝子の重要なパラログは、NINJ2である。いくつかの識別番号としては、GCID:GC09M093121、HGNC:7824、Entrez Gene:4814、Ensembl:ENSG00000131669、OMIM:602062、およびUniProtKB:Q92982がある。
【0029】
「非コーディングRNA」は、タンパク質の鋳型ではないRNA種という、分子生物学分野において認識されている意味を有し、これには、リボソームRNA(rRNA)、マイクロRNA(miRNA)、長い非コーディングRNA(lncRNA)、およびゲノム内の異なる領域において産生される他の形態が挙げられる。Costa, Non-coding RNAs:Meet thy masters.Bioessays, 32(7), 599-608(2010)、およびGuttman et al., Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals.Nature, 458(7235), 223-7(2009)を参照されたい。
【0030】
「原発性脳腫瘍」は、脳において発生する腫瘍という、分子神経生物学分野において認識されている意味を有する。原発性脳腫瘍は、種類および世界保健機関(WHO)グレードによって分類される。医師は、コンピュータ断層撮影(CT)スキャンまたは磁気共鳴イメージング(MRI)を行うことによって、原発性脳腫瘍を診断することが多い。完全な医学的検査も行われ得、医師が最良の管理過程を計画するために、詳細な病歴が考慮される。ヒト脳腫瘍が、重要な機能を有する脳の「ものを言う(eloquent)」部分(すなわち、発話および運動の領域)の近くにある場合、脳における腫瘍と機能との間の関係性をより良好に理解するために、神経放射線科医によって、より特化したMRIが行われ得る。
【0031】
「RTP5」または受容体トランスポータータンパク質5(推定上)は、タンパク質コーディング遺伝子である。RTP5と関連付けられている疾患としては、静脈性血管腫および筋萎縮性側索硬化症7が挙げられる。その関連経路としては、とりわけ、GPCRによるシグナル伝達および嗅覚伝達がある。この遺伝子の重要なパラログは、RTP3である。いくつかの識別番号としては、GCID:GC02P241869、HGNC:26585、Entrez Gene:285093、Ensembl:ENSG00000188011、およびUniProtKB:Q14D33がある。
【0032】
「shRNA」または短いヘアピンリボ核酸は、RNA干渉(RNAi)を通じて標的遺伝子発現をサイレンシングすることができる、タイトなヘアピンカーブを有する人工RNA分子という、分子生物学分野における意味を有する。Paddison et al., Genes&Development, 16(8), 948-58(April 2002)、Brummelkamp et al., Science, 296(5567), 550-3(April 2002)。細胞におけるshRNAの発現は、典型的に、プラスミドの送達によって、またはウイルスもしくは細菌ベクターを通じて、達成される。shRNAは、分解および代謝回転の速度が比較的低いことから、RNAiの有益な媒介因子である。
【0033】
「TMEM88B」または膜貫通タンパク質88Bは、タンパク質コーディング遺伝子である。TMEM88Bと関連付けられている疾患としては、アレキシサイミアが挙げられる。いくつかの識別番号としては、GCID:GC01P001426、HGNC:37099、Entrez Gene:643965、Ensembl:ENSG00000205116、およびUniProtKB:A6NKF7がある。
【0034】
「ウイルスベクター」は、少なくとも1つのウイルス起源のエレメントを含む、ウイルスベクター粒子にパッケージングすることができる核酸ベクターコンストラクトという、分子生物学分野において認識されている意味を有する。ウイルスベクターは、非必須ウイルス遺伝子の代わりに、ポリペプチドまたは核酸をコーディングする核酸を含み得る。ベクターまたは粒子は、インビトロまたはインビボのいずれかで、任意の核酸を細胞に移入することができる。多数のウイルスベクターが、分子生物学分野において公知である。
【0035】
材料および方法の案内
分子神経生物学分野の当業者であれば、本発明を作製および使用する場合に、以下の特許、特許出願、および科学参考文献を案内として使用して、結果を予測することができる。
【0036】
正確性および再現性を確保するために、本発明者らは、少なくとも3つの生物学的複製物を使用して、アッセイを繰り返す。
【0037】
eRNA阻害アッセイ。eRNA阻害の作用を、スクランブルGapmeRで処置したグリオーマ幹細胞と比較した。すべてのサブタイプの表示は、GapmeR RNAに基づく治療法から利益を得られる患者を特定するのに有用である。
【0038】
細胞死アッセイ。アポトーシス細胞死を、Incucyte生細胞分析システムを使用してカスパーゼ-3/7の切断を測定して、リアルタイムで定量する。このアッセイは、細胞膜を自由に横断する不活性非蛍光性基質を使用し、細胞膜で、活性化されたカスパーゼ-3/7によってそれが切断されて、緑色または赤色のいずれかのDNA結合蛍光標識が放出され得る。蛍光標識された核の出現により、アポトーシス細胞を特定する。
【0039】
増殖アッセイ。培養物における細胞の増殖速度を、Incucyte Cell-by-Cell分析ソフトウェアモジュールを使用して、リアルタイムで定量する。この標識を用いない直接的な細胞計数は、位相物体の数を経時的に計数することによって、個々の細胞を特定することを可能にする。細胞は、サイズおよび形状などの特性に基づいて、部分集団に分類される。
【0040】
自己複製アッセイ。グリオーマ幹細胞が自己複製する能力を、インビトロ極度限界希釈分析(ELDA、extreme limiting dilution analysis)を使用して分析する。
【0041】
ルシフェラーゼレポーターアッセイ。いくつかのルシフェラーゼアッセイが、市販入手可能である。
【0042】
製造の方法
第7の商業的実施形態において、バイオテクノロジー分野の当業者であれば、Qiagenのオンラインアルゴリズムを使用して、アンチセンスオリゴヌクレオチドGapmeRを設計することができる。Qiagen(Hilden、Germany)は、次いで、インビボ適用のためのカスタムGapmeRを合成することができる。Qiagenは、アンチセンスオリゴヌクレオチドが安定かつ分解耐性のままとなるように、独自の科学改変形態を合成することができる。
【0043】
処置の方法
処置の方法は、Southwell et al., Trends in Molecular Medicine, 18(11)(November 2012)および複数の他の文書の方法に基づく。治療法としてのオリゴヌクレオチドは、髄腔内注射、実質内、または脳脊髄液(CSG)送達で、効率的かつ安全に送達することができる。
【0044】
第8の特定の実施形態において、脳へのRNA治療薬の投与は、髄腔内である。本発明者らの事例では、ヒトまたは霊長類における髄腔内注射が好ましい。齧歯動物モデルについては、本発明者らは、GapmeRが脳脊髄液を通じて送達されるように、側脳室における注射を使用する。
【0045】
医薬組成物
医薬組成物およびリポソーム組成物(例えば、脂質ナノ粒子)のうちの1つまたは複数は、本明細書において開示される化合物のうちの1つまたは複数、および1つまたは複数の追加の脂質を含む。例えば、本明細書において開示される化合物のうちの1つまたは複数を含むか、またはそうでなければそれらが濃縮されている、脂質ナノ粒子は、さらに、DOTAP(1,2-ジオレイル-3-トリメチルアンモニウムプロパン)、DODAP(1,2-ジオレイル-3-ジメジジルアンモニウムプロパン)、DOTMA(1,2-ジ-0-オクタデカニル-3-ルリメチルアンモニウムプロパン(lrimethylammonium propane))、DLinDMA、DLin-KC2-DMA、CI2-200、およびICEのうちの1つまたは複数を含み得る。第9の実施形態において、医薬組成物は、HGT4001、DOPE、およびDMG-PEG2000を含む脂質ナノ粒子を含む。第10の実施形態において、医薬組成物は、HGT4003、DOPE、コレステロール、およびDMG-PEG2000を含む脂質ナノ粒子を含む。
【0046】
本明細書において記載される医薬組成物のうちの1つまたは複数は、1つまたは複数のPEG媒介型脂質を含み得る。例えば、本明細書において開示される化合物のうちの1つまたは複数を含むか、またはそうでなければそれらが濃縮されている、脂質ナノ粒子は、さらに、1つまたは複数のC6-C20アルキルを含む脂質に共有結合で結合された、最大5kDaの長さのポリ(エチレン)グリコール鎖を含むPEG改変脂質のうちの1つまたは複数を含み得る。
【0047】
同様に、医薬組成物(例えば、脂質ナノ粒子)は、本明細書において開示される化合物のうちの1つまたは複数を含み得るか、またはそうでなければそれらが濃縮されていてもよく、さらに、DSPC(1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン)、DPPC(1,2-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン)、DOPE(1,2-ジオレイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DPPE(1,2-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DMPE(1,2-ジミリストイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DOPG(,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホ-(1’-rac-グリセロール))、DOPE(1,2-ジオレオイル-swグリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DSPE(1,2-ジステアロイル-s/i-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DLPE(1,2-ジラウロイルグリセロ-3-ホスホエタノールアミン)、DPPS(1,2-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3-ホスホ-L-セリン)、セラミド、スフィンゴミエリン、およびコレステロールからなる群から選択されるヘルパー脂質のうちの1つまたは複数を含み得る。
【0048】
以下の実施例は、本発明を例示するために提供されるものであり、その範囲を制限するとみなされるものではない。
【実施例1】
【0049】
標的eRNAを阻害するオリゴヌクレオチドGapmeR。
【0050】
グリオーマ幹細胞において特異的に発現されるeRNAを発見するために、本発明者らは、TCGAに基づくVerhaak分類スキームの間葉(GSC1)および前神経(GSC2)サブタイプを表す、2つの患者由来のグリオーマ幹細胞を使用した。分化したグリオーマ細胞を得るために、本発明者らは、グリオーマ幹細胞を、7日間の分化プロセスに供した。本発明者らは、グリオーマ幹細胞マーカーおよび分化細胞マーカーについて、転写産物発現分析を行った。
図2(A)を参照されたい。すべてのグリオーマ幹細胞サンプルは、限界希釈アッセイ中に、自己複製能力を示した。
図2(B)を参照されたい。免疫不全マウスへの移植後に、グリオーマ幹細胞は、腫瘍形成能力を示した。
【0051】
グリオーマ幹細胞がどのeRNAを特異的に発現するのかを特定するため、本発明者らは、活性なエンハンサーについてはH3K27Acに対するChIP検証済み抗体、および活性な転写についてはRNAPII(活性なモチーフ)を使用して、ChIP-seqを行った。全ゲノム抗体結合を示すピークコーリングを、すべてのサンプルにおいて、H3K27AcおよびRNAPIIの両方について達成した。後続の分析としては、mRNA産生とのオーバーラップの除去;推定上のeRNA産生領域としてのRNAPIIおよびH3K27Acピークのオーバーラップの関係性;個々のサンプル特異的eRNAの特定;特定された推定上のeRNA部位から上流および下流10,000ヌクレオチド(10K)以内のピークは目的の遺伝子ともっとも良好に関係するため、これらの領域を選択すること;2つのグリオーマ幹細胞と分化したグリオーマ細胞サンプルとの間で共通のピークの単離;ならびに幹細胞サンプルおよび分化したサンプル内の固有のピークの発見が挙げられる。固有のピークを、RNAPIIおよびH3K27Acのピークとして定義した。本発明者らは、ピークが、同じエンハンサーピーク境界内に正確にアライメントし、オーバーラップすることを観察した。計算によるフィルタリング分析により、結果を、2つのグリオーマ幹細胞に固有な15個のeRNA、および2つの分化したグリオーマ細胞に固有な21個のeRNAに絞ることが可能であった。
【0052】
グリオーマ幹細胞特異的eRNAの発現を検証するために、本発明者らは、7個の追加の患者由来のグリオーマ幹細胞(GSC)ならびに2つの神経幹細胞(NSC)系(H9およびH14誘導体)から単離したRNAを使用して、RT-qPCRを行った。個々のeRNAは、グリオーマ幹細胞サンプル内および全体で、変動する発現パターンを有した。
【0053】
本発明者らは、次に、15個すべてのeRNAに対応する遺伝子の発現について調査した。本発明者らは、発現が、すべて、グリオーマ幹細胞において様々なレベルで増幅されたことを観察した。
【0054】
次に、本発明者らは、Rhode Island HospitalのDepartment of Pathologyから入手可能な70個の多形性グリオブラストーマ組織サンプルにおいて、eRNAの発現を判定した。RT-qPCRの結果により、eRNAのうちの1つ[eDAP3]が、様々なグリオーマ幹細胞サンプルにおいて低く発現されていたかまたは発現されていなかったことが示されたため、本発明者らは、15個のeRNAではなく、14個のeRNAを調査した。NanoString TechnologyおよびそのnSolver(商標)分析ソフトウェアを使用して、本発明者らは、70個の多形性グリオブラストーマ組織サンプルについて、すべてのサンプルにわたって高(赤色で示される)および低(青色)で、eRNA発現ヒートマップを生成した。
図5を参照されたい。本発明者らは、標準化対数順位統計および最大選択順位統計を使用して、eRNAの組織発現を、患者の生存と相関付けた。
【0055】
高いeTMEM88B(膜貫通タンパク質88B)、eRTP5(受容体トランスポータータンパク質5)、およびeNINJ1(神経損傷誘導タンパク質)の発現を有する患者は、低い発現のものと比較して、統計学的に有意なレベルで、もっとも低い生存を示した。
図3を参照されたい。
【実施例2】
【0056】
多形性グリオブラストーマについてのグリオーマ幹細胞特異的eRNAの機能的関連性の判定
本発明者らは、薬理学的アプローチを使用して、グリオーマ幹細胞のアポトーシス、増殖、自己複製、および分化に対するeRNA阻害の作用を分析する。本発明者らは、臨床的に関連するeRNAを阻害し、次いで、阻害の効果を調べる。
【0057】
グリオーマ幹細胞に対する阻害の作用を調べるためのeRNAの阻害および機能性分析。実施例1において、1つのグリオーマ幹細胞サンプルおよび2つの濃度のロックド核酸GapmeRを使用して、eTMEM88Bを標的は、濃度依存性様式でこのeRNAの有望なノックダウンを示している。本発明者らは、この阻害を、他の2つのeRNA:eRTP5およびeNINJ1について、繰り返す。
【0058】
以下のアッセイにより、eRNAの阻害が、グリオーマ幹細胞の生存性、増殖、自己複製、および分化に影響を及ぼすかどうかを示すことができる。
【0059】
グリオーマ幹細胞に対するeRNAの作用のさらなる機序。グリオーマ幹細胞におけるeRNAの機能的役割に関して、本発明者らは、報告されている機能が、eRNA自体に起因するのか、同種遺伝子TMEM88Bに起因するのかを判定する。本発明者らは、別個の単独試験を行って、そこで、GapmeRを使用したeTMEM88B阻害、およびTMEM88B遺伝子の阻害時の、3つの必須幹細胞遺伝子(NANOG、OCT4、SOX2)の発現レベルを、siRNAのプールを使用して調べた。これらの結果は、eTMEM88Bの阻害が、特に、5μMの高い濃度において、同種遺伝子TMEM88Bの有意なノックダウンをもたらすことを示した。さらに、本発明者らは、GapmeRの用量に関係なく、NANOG、OCT4、およびSOX2のわずかな阻害を観察した。siRNAによるTMEM88B遺伝子のノックダウンは、NANOG、OCT4、およびSOX2発現に影響を及ぼさない。
図8を参照されたい。
【0060】
したがって、eTMEM88B発現は、グリオーマ幹細胞におけるその同種遺伝子だけでなく、幹細胞性遺伝子発現の制御においても、特異的な役割を有する。
【0061】
本発明者らは、ルシフェラーゼレポーターアッセイを使用して重要なプロモーター領域における変化を調べるなど、グリオーマ幹細胞に対するeRNAの作用の他のパラメーターも調査する。
【0062】
代替的な戦略。GapmeRを使用した阻害は、ジムノーシスと称される直接的な細胞取り込み方法を含んだ。この方法は、約50%のノックダウンしか示さなかった。したがって、本発明者らは、GapmeR取り込みを増加させ、すべてのeRNA標的について、より高いノックダウンを達成するために、代替的な方法、例えば、最適化された脂質トランスフェクションを使用することができる。それぞれのグリオーマ幹細胞サンプルが、その固有な培養要件を有するため、本発明者らは、それぞれのサンプルについて実験的に、最適な条件を判定するために、それらのトランスフェクションプロトコールにトラブルシューティングを行うことができる。
【実施例3】
【0063】
グリオーマ幹細胞のクロマチン状態における変化に対するeRNAの寄与の判定
eRNAの操作は、グリオーマ幹細胞のクロマチン状態をモジュレートし得る。本発明者らは、高スループットシーケンシングを伴うトランスポザーゼがアクセス可能なクロマチンについてのアッセイ(ATAC-seq、Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)および高スループットシーケンシングを伴うクロマチン免疫沈降(ChIP-seq)の全ゲノムシーケンシングツールの組合せを使用して、この操作を試験する。この作業は、細胞可変性およびがん幹細胞性のエピジェネティック調節因子としてのeRNAの機能を判定するためのものである。
【0064】
研究アプローチ。クロマチンアクセシビリティに対するeRNAの効果。全ゲノムクロマチンアクセシビリティパターンを判定するために、本発明者らは、eRNAの阻害後にグリオーマ幹細胞においてATAC-seqを行い、対照グリオーマ幹細胞(スクランブルGapmeRで処置したもの)から得られたATAC-seqデータと比較する。データ分析を行って、eRNA発現の阻害が、遺伝子制御領域にわたってグローバルクロマチンアクセシビリティにどのように影響を及ぼすかを見出す。本発明者らは、プロモーターおよびエンハンサー領域にわたってクロマチンアクセシビリティを判定し、差次的にアクセス可能なプロモーターおよびエンハンサーにもっとも近い遺伝子を機能的にクラスター化する。
【0065】
転写制御に対するeRNAの効果。高次真核生物ゲノム機能性アーキテクチャ構造およびそれらの関連する部分核コンパートメントは、DNA転写を含む、核活性の多数の態様に寄与する重要な成分として、分子神経生物学分野の当業者に認識されている。科学刊行物により、eRNAは、様々な一般的な補因子、例えば、CBP、媒介因子、BRD4、およびコヒーシンとの相互作用を通じて、遺伝子転写を増大させることが示されている。この転写機序におけるグリオーマ幹細胞特異的eRNAの役割を発見するために、本発明者らは、上述のように、オリゴヌクレオチドGapmeRでのeRNA発現のノックダウン後に、媒介因子、コヒーシン、ならびにCBPおよびBRD4のそれぞれについて、ChIP-seqを行うことができる。
【0066】
代替的な戦略。分子神経生物学分野の当業者であれば、ATAC-seqおよびChIP-seqの実行および分析の経験を有する。分子神経生物学分野の当業者であれば、代替的な分析戦略、例えば、公的に入手可能なChromHMMパッケージを用いて、グリオーマ幹細胞サンプルのゲノムにおいて、異なる「クロマチン状態」をアノテーションする経験も有する。ChromHMMパッケージは、多変数隠れマルコフモデル、および入力として与えられたエピゲノミックマークを使用し、ゲノム領域におけるマーカーの不在または存在、ならびにこれらのマークの空間的関係性に基づいて、これらのクロマチン状態を特定する。
【実施例4】
【0067】
RNA治療薬としてのeRNAの有効性の評価。
【0068】
多形性グリオブラストーマの治療法は、多数の課題、特に、薬物の血液脳関門(BBB)の通過の妨害に直面している。本発明者らは、インビボで本発明者らの標的eRNAを阻害する準備が整ったロックド核酸GapmeRを化学的に改変し、安定化した。次に、本発明者らは、磁気共鳴イメージング(MRI)を使用して腫瘍成長およびサイズに対する阻害の有効性を評価し、RNA-seqを使用して幹細胞必須遺伝子転写産物の変化を評価する。
【0069】
グリオーマ幹細胞の有望な治療薬としてのeRNA阻害の有効性を判定するために、本発明者らは、ヒトグリオブラストーマの同所性異種移植片モデルを使用して、インビボ研究を行う。eRNAは、グリオーマ幹細胞に存在し、それらの分化した子孫には存在しない特定のeRNA群の同定に起因して、グリオーマ幹細胞の適切な治療標的であり得る。
【0070】
研究アプローチ。腫瘍生成およびeRNA GapmeRでの処置。本発明者らは、Zepeckiら、Oncogene(2018)によって説明されているように、定位案内下において、患者由来のグリオーマ幹細胞(約200,000個の細胞/マウス)を、Nu/Jマウスに埋め込むことができる。本発明者らは、次いで、腫瘍を、1カ月間成長させ、浸透圧ポンプ(Alzet)に連結された側脳室に顕微カテーテルを挿入して、標的化eRNAに対して、インビボで安定なGapmeRを継続的に送達する。
図5を参照されたい。処置の有効性を比較するために、本発明者らは、非処置対照群には12匹のマウス、スクランブルGapmeR陰性対照群には12匹のマウス、およびeRNA標的化GapmeR処置群には12匹のマウスを使用する。
【0071】
設計したアッセイ(それぞれのアッセイについて、1群当たり12匹のマウス)。それぞれのeRNAの阻害を定量し、幹細胞マーカーおよび分化マーカーの発現を調べる。本発明者らは、RT-qPCRを使用して、標的eRNAの阻害の成功を調べ、幹細胞マーカーおよび分化マーカーの変化を試験する:CD44およびGFAPは、それぞれ、インビボ分析が、eRNAの阻害に起因することを確認するためのものである。
【0072】
腫瘍体積に対するeRNA阻害の作用の判定。本発明者らは、Zepeckiら、Oncogene(2018)によって以前に示されているように、HuNu抗体(Abcam)を用いてマウスの脳の連続切片を染色して、ヒトグリオーマ細胞を正確に検出し、腫瘍体積の3D再構成および定量を行う。
【0073】
本発明者らは、eRNAを標的とするGapmeRで1カ月間処置した後、腫瘍を微細切片にし、RNAseqを行って、グリオブラストーマトランスクリプトームに対するeRNA阻害の作用を判定する。実施例2において記載されるように、eRNAのインビトロ阻害は、幹細胞性遺伝子発現の阻害をもたらす。処置した腫瘍は、対照腫瘍よりも低い進行性トランスクリプトームシグネチャーを示すはずである。
【0074】
多形性グリオブラストーマの治療法との関連性。治療用分子を中枢神経系に送達するための核酸改変および薬物担体は、開発中である。代替として、中枢神経系への治療用分子の送達は、ポンプを介した治療薬の脳室内送達、薬物の脳実質への対流増加送達を含む、外科的技法によって達成することができ、ウイルスまたは細胞の直接的な定位注射が、現在依然として選択されている技法である。
【0075】
多形性グリオブラストーマにおいて重要なeRNAの直接的な標的化は、いくつかの理由から有望である。第1には、mRNAに対して細胞において発現されるeRNAのコピー数が低いことにより、eRNA阻害を達成するために必要な阻害性GapmeRの数は、確実に少ない。第2には、eRNAは、クロマチンアクセス可能性に影響を及ぼし、遺伝子発現パターンを改変する。第3には、eRNAは、遺伝子発現パターンの変更に重要なノードを示す。第4には、eRNA発現パターンは、TCGAおよび他の大きなRNA配列データベースにおいて、多形性グリオブラストーマ患者の臨床生存と関連付けられている。
【0076】
代替的な戦略。AlzetポンプによるGapmeRの脳室内送達は、バルク腫瘍において治療レベルを達成することができない。Souweidane et al., The Lancet Oncology, 19(8), 1040-50(2018)によって示されるように、対流増加送達を必要とする可能性がある。本発明者らはまた、グリオーマ幹細胞サンプルにおいてこれらのeRNAの組合せ作用にアクセスするために、3つすべてのeRNAを一度に標的とする「カクテルGapmeR」の選択肢も探究することができる。グリオーマ幹細胞特異的治療法としてのeRNAの有効性を探究するために、本発明者らは、それぞれのeRNAを様々な濃度でテモゾロミド(多形性グリオブラストーマの現時点の化学療法)と組み合わせ、次いで、グリオーマ幹細胞に対する作用を評価することができる。
【実施例5】
【0077】
グリオーマ幹細胞特異的eRNAの特定
グリオーマ幹細胞特異的eRNAを特定するために、本発明者らは、2人の患者に由来するグリオーマ幹細胞および分化したグリオーマ細胞に、H3K27Ac ChIP-seqおよびRNA Pol II ChiP-seqを行った。H3K27Acは、活性なエンハンサーを特定するヒストンマークであり、RNA Pol IIは、活性な転写を示す。H3K27AcおよびRNA Pol IIが共に存在するゲノムにおけるオーバーラップするピークの検出が、eRNAの存在を示すものである。H3K27Ac ChIP-seqにより、GSC1およびGSC2において、それぞれ、39,247個および50,885個の部位が特定された。これらの部位を、RNA Pol IIシグナルの同時存在についてフィルタリングし、これにより、GSC1およびGSC2において、4284個および5348個の推定上のeRNA部位が得られた。
図7(A)を参照されたい。本発明者らは、遺伝子と1:1の関係性を有し、遺伝子のアノテーションされたプロモーターの上流10kb以内に位置する、eRNA部位を特異的に調べてこれらの部位をフィルタリングした。
図7(B)を参照されたい。この分析により、GSC1については229個のeRNAが得られ、GSC2については213個のeRNAが得られた。本発明者らは、次いで、これらのeRNAを、分化したグリオブラストーマ間質細胞において検出されたeRNA(同じ分析パイプラインを通じて)と比較し、2人の患者において共通している15個のグリオーマ幹細胞特異的eRNAを発見した。
図7(C)を参照されたい。本発明者らは、NINJ1遺伝子のエンハンサー領域上のH3K27AcおよびRNA Pol IIシグナルの存在を視覚化し、GSC1およびGSC2においてNINJ1 eRNAの存在を示した。
【実施例6】
【0078】
グリオブラストーマを有する患者におけるeRNAの発現
eTMEM88b、eNINJ1、およびeRTP5(患者生存ともっとも有意に相関する15個のGSC特異的eRNAのうちの3つ)を、グリオブラストーマを有する9人の患者から単離したGSC、ならびに対照として2つのヒト神経幹細胞系(NIHに由来するH9およびH4誘導体)において試験した。
図5を参照されたい。すべての患者が、変動レベルで3つのeRNAを発現する。eTMEM88bは、GSCおよび対照細胞において高い発現を示し、eNINJ1は、GSCにおいて中等度のレベルで発現され、対照細胞においては検出されず、一方で、eRTP5は、GSCにおいても神経幹細胞においてもほとんど検出されない。
図8を参照されたい。
【0079】
eRNAは、通常、それらの同種遺伝子の発現を調節するため、本発明者らは、GSCおよび対照ヒト神経幹細胞におけるeRNAの同種遺伝子の発現を判定した。Ninj1遺伝子は、9個すべてのGSCサンプルおよび2つの神経幹細胞サンプルにおいて、変動するレベルで発現される。TMEM88bは、9個のGSCのうち2つにおいてほとんど発現を示さず、一方で、RTP5は、GSCにおいて発現されない。
図9を参照されたい。グリオブラストーマ腫瘍における3つのeRNAの発現を判定するために、本発明者らは、Rhode Island Hospitalにおいて手術を受けた70人の患者に由来するグリオブラストーマ腫瘍サンプルにおいて、ナノストリング発現分析を行った。この結果は、eNINJ1およびeTMEM88bが、70個すべてのグリオブラストーマ腫瘍サンプルにおいて、変動性であるが高い発現を有し、一方でeRTP5は低い発現を示すことを示した。eRNAのクラスタリングを、ユークリッド距離を使用して判定した。
【0080】
本発明者らは、標準化対数順位統計および最大選択順位統計を使用して、3つのeRNAの組織発現を、患者の生存と相関付けた。eNINJ1の高い発現を有する患者は、生存の減少とのもっとも有意な相関を示し(p<0.002)、一方でeTMEM88bおよびeRTP5の高い発現もまた、生存の減少と相関したが、相関は、eNINJ1よりは低かった。
図5を参照されたい。
【実施例7】
【0081】
eNINJ1およびeTMEM88bを標的とするオリゴヌクレオチドGapmeRの設計および合成
本発明者らは、eNINJ1およびeTMEM88b配列の様々な領域を標的とするLNA改変オリゴヌクレオチドGapmeRを設計し、患者由来のGSCにおいてそれらを試験して、eRNA発現の阻害を検証した。初期候補GapmeRは、eNINJ1およびeTMEM88b発現のわずかな阻害を示したが、最大で総eRNA発現の50%でしかなかった。
図10を参照されたい。
【0082】
GapmeRに誘導されるNinj1 eRNAの阻害を増加させるために、本発明者らは、Ninj1 eRNAの配列全体にまたがる96個の候補GapmeRを設計した。eNinj1に対するeRNA治療薬としてのさらなるインビトロおよびインビボ研究のための最良の阻害性GapmeRを発見するために高スループットなインビトロアッセイにおいて使用しようとするGapmeRの配列のうちの一部については、表1を参照されたい。
【0083】
【実施例8】
【0084】
eTMEM88Bの阻害は、グリオーマ幹細胞同一性遺伝子の阻害をもたらす。
【0085】
グリオブラストーマにおけるこれらの遺伝子の重要性は、以前に示されている。Notch1は、グリオブラストーマの成長、アポトーシスに対する耐性、およびGSC特性の維持を調節する。Notch1は、PTCH1、Sox2、およびNanogの発現を調節する。Klf4は、GSCの成長を調節し、化学療法でのグリオブラストーマの処置後に上方調節される。これらの遺伝子の変化倍数を、非標的化GapmeRで処置したGSCとの比較で計算し、ハウスキーピング遺伝子発現に対して正規化した。
図11を参照されたい。
配列表
eTMEM88B:第1番染色体(GSC1-開始:1430292-GSC2-終了:1430960)。長さ:668ヌクレオチド。
ATCTAGTACATCATATTGCCAGCAGGGCTCAGCCTGTGACCAGCAAGGTCTGGGCTCCGTCTGGGGCCAGGGTCAAGGCTCATTCCGTGGCCTTGAGCACAGCCTGGTGTGTGGCTGGGTCGAGTCCAGCAGAAGTCTCGGGGTTTTCCAGCCTCCATCCGAGTCCGGCTTTGATGCCTTTCCTGGTCAGACAGGAGCCGGGCCAGTGGCCAAGCTGCCAGGATGGCTTCCCCGGGGCCGCGGCCGCCTTCCTTCCCCTCCTGCCCGGGCTGGCTCTGGTCGCCACTAGGGGTTGAAGATGAGGGCTCTCCTGGGAAGCTCTTGGCTGAGGATCCGCCTGGTCCCGGAGCCGTGAAAACAACAGCTGGGCCTGGTGGGGGTGGGGAGGCTGAGCGGAGAGGCCAGCTCCCTTGGCTGCTGGGCAGGGTCTTCTGTCCACAGCTGCCTCAGGCGGCTGTTTCCAAAGGTGTTTCCAGCTTCCCAGGCCCACCCTGAGGCCCCGCACCGCCAGGGAGGTGGAAGGCACGGAGCAGCGAAGCCCGGCCCCGGCCCCGGCCGCCCGACCAGCTCACAGAGGAACACCTGTGGGGGGGCCTGTGGGCGGTTCACAGAGGGATGTAGGAACGTGCCTGTGGGAGGCCGTAGCCCCGGAGAGCAGAGGCCTGGCC [SEQ ID NO: 3].
eRTP5:第2番染色体(GSC1-開始:242088593-GSC2-終了:242088884)。長さ:291ヌクレオチド。
CGGCAGCAACACTGCCACGCGAATCCGCGCCGGCCAATCAGCATGGCCAGGGGCGGGGCTTCCCTGAGGCGCGCCGAGAGGCGGTGGCCCACTTCCGGCAATAATCGCCTGGTCGCCGTCAGGTGCCGGCCCAGGTGGCAGGCGCGCCCGTTGGGCACTGGGGGACGCGGGCGCGTCAGGTGAAGACTGGGGGCTGCAGGCGCGCTAGGTAGGTACGGGGTGCCGCGGGCGCGTCAGGTGAAGACTGGGCGCCGCAGGCGCCTTAGGTGAAGATTGGGGATCGCGGGCGCG [SEQ ID NO: 4].
eNINJ1:第9番染色体(GSC1-開始:93143058-GSC2-終了:93144787)。長さ:1,832ヌクレオチド。
agaattgcctgaaccaggggttggaggttgcagcgggtggaaattttgccactgcactccagcctgggtgacagagtgagaccctgtctcaaagaaaaaaaaaaaaagaTACATCATCTGGGACAATAACCTTGAAAAGCAGGGGTCCCAGACGACCTTATTTGCAGAGAATGCGACTGCAGACGGCAAGCAGGGGGGCATGCCCTTCGCTCTCTGTCCTCTGCTCTTTGCCCCGGCCACTGTCGGCCTCATCTGAAGGCCACCTGTGCCTCACGGTCTGAAAACGCTGGTTTCCACAGCTGCTTCTCCTTCCAAATTTCCCTGGAGTCTTGCTTTGGTGGCGAACCTCTGGTTCTATTCCTTCCTTTTAACTGAAGCCTATAGGAAAAATTTGGAAGTTGAAATATGCCAGTCCAAGGAAGGTGGACGTGGAGTTCTGAGGGTGGGGGTGCTGCCAGGGAAGTGGCACTGTGCAGGGGACCGCCCCTGGGACCCCCTGGTTCCTGTCAAGAGCAGGTAGGggctgggcgcggtggctcacgcctataatcccagcactttgggaggtcaaggagagtggatcacctaaggtcaggagttcaagaccagctgaccaacatggtgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaattagctgggcgtggtggcaggcgcctataatcccaggtattcaggaggctgaggcaggagaatagcttgaacccaggaggcagaggttgcagtgagctgagatcgcaccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactctgtctacacacacacacacacacacacagacacacacacacacacaGATCAGGTAGGATGTGAGGTGTGTCCTCATGGCCGGACATGGGGTGGGTGGGGCCAAACAACCACAGGGACTCGTCCTGTGGCCACTGCTGCTCAGGAAGTGGATCCCAAGGAGCAGAGTCGCCAGACCCCTCAGTTCCCAGCTCCACATTTAAGGCAGGTCTGGCCATGAGCCAGGCCTCTGCATGTGACCTGGGGCCTCACTGTGGCATGGCTGCCTGTCCCACCTGTGGATGTTGCCTGTGCTGTGTAGAAGCCACATAGCCTCCGGGGCGGCTCCCCAGAATGCCACATTTCCTGTCTCTGGCTCTGATGGCGTCTAGGCTGGCAGGGGTCCCGGCCCCAGCAGTACTGTTGCCGGGCAGAGCTCAGGGCCACGTGCAGTTGGGTCTGGCTGAGAGCATCTCATGGGTTTATGAGAACCCTTCCAGCACAAAGGGGCATTTATCAGGCAGGGATGGCATGTCTTGGTCTGAACACAGGAAACACAGAAATAGCCTTTCACAGAGTGCCAGCAGGGCTGGGCTCGCCTGCTGTGGAGGGTGTCGGCTTTCCAACTCCTTCTCCAAGCTGTGCGACCCGTCCATGTTCCCCTGTGAGTTGTTCTGTCCCAGACAGGGCATTCCCTGAGAACGCTCCTGCTGCAACTGgagggagagaggcagggaggggaaaggggaagacttgcagggagaaggaagaagggagacagatggagacagacagaaggagggatggaagaaatgagagagagagagggagggagaTGGAAACATAGATTGTCTCCACTGTGACACCCTGCCTCCATGGTTCTCCATGATGGGAATGGAATTCATGTCTCACCTGGCAGCAAGGGTCTCCACAATATGACTTCACCTTCTTTCTCTTAGTAAGGCGAGAGCAGACAGGCAGACACTCCAGGAAGTAACTGATGTGTCCCTGAAAATGCCTGTCTTTCCCAGCTTGTACAACTTTGCTTGTGTTATTTCTT [SEQ ID NO: 5].
標的eRNA配列(eNINJ1)、1,832ヌクレオチドの非コーディングRNAをスクリーニングして20ヌクレオチドの長さの理想的/標的領域を見出すバイオインフォマティクス方法を使用して、以下の配列を生成した。理想的/標的領域は、GC含有量%(約30~60%)、miRNAヒット数(スコア0を選択)、遺伝子ヒット(スコア1以下を選択)、および順位システム(標的配列が良好であるかそうでないかを示す、バイオインフォマティクスの賜物であった)などの基準を使用して選択した。上位(50個)の標的領域を、eNINJ1の選択された領域を標的とするGapmeR(LNAおよび2’MOE)の合成および生成に選択した。(lN)#は、LNAヌクレオチドである。(eN)#は、2’MOEヌクレオチドである。(dN)#は、デオキシリボヌクレオチド(DNA)である。
【0086】
LNCRNA_22_LNA。標的の20ヌクレオチド(nt)(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGUACAAGCUGGGAAAGACA[配列番号6]。
【0087】
LNCRNA_22_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGUCUUUCCCAGCUUGUACA[配列番号7]。
【0088】
LNCRNA_22_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(lG)#(lT)#(lA)#(lC)#(lA)[配列番号8]。
【0089】
LNCRNA_22_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(eG)#(eT)#(eA)#(eC)#(eA)[配列番号9]。
【0090】
LNCRNA_30_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CUGGGAAAGACAGGCAUUUU[配列番号10]。
【0091】
LNCRNA_30_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAAAUGCCUGUCUUUCCCAG[配列番号11]。
【0092】
LNCRNA_30_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG)[配列番号12]。
【0093】
LNCRNA_30_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG)[配列番号13]
LNCRNA_40_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CAGGCAUUUUCAGGGACACA[配列番号14]。
【0094】
LNCRNA_40_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGUGUCCCUGAAAAUGCCUG[配列番号15]。
【0095】
LNCRNA_40_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lT)#(lG)#(lT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lT)#(lG)[配列番号16]。
【0096】
LNCRNA_40_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eT)#(eG)#(eT)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eT)#(eG)[配列番号18]。
【0097】
LNCRNA_49_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCAGGGACACAUCAGUUACU[配列番号19]。
【0098】
LNCRNA_49_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGUAACUGAUGUGUCCCUGA[配列番号20]。
【0099】
LNCRNA_49_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lT)#(lA)#(lA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(lC)#(lC)#(lT)#(lG)#(lA)[配列番号21]。
【0100】
LNCRNA_49_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eT)#(eA)#(eA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(eC)#(eC)#(eT)#(eG)#(eA)[配列番号22]。
【0101】
LNCRNA_51_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AGGGACACAUCAGUUACUUC[配列番号23]。
【0102】
LNCRNA_51_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GAAGUAACUGAUGUGUCCCU[配列番号24]。
【0103】
LNCRNA_51_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lA)#(lA)#(lG)#(lT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(lT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lT)[配列番号25]。
【0104】
LNCRNA_51_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eA)#(eA)#(eG)#(eT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dG)#(eT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eT)[配列番号26]。
【0105】
LNCRNA_109_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AAAGAAGGUGAAGUCAUAUU[配列番号27]。
【0106】
LNCRNA_109_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAUAUGACUUCACCUUCUUU[配列番号28]。
【0107】
LNCRNA_109_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lT)#(lA)#(lT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(lT)#(lC)#(lT)#(lT)#(lT)[配列番号29]。
【0108】
LNCRNA_109_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eT)#(eA)#(eT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(eT)#(eC)#(eT)#(eT)#(eT)[配列番号30]。
【0109】
LNCRNA_118_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。GAAGUCAUAUUGUGGAGACC[配列番号31]。
【0110】
LNCRNA_118_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GGUCUCCACAAUAUGACUUC[配列番号32]。
【0111】
LNCRNA_118_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(lA)#(lC)#(lT)#(lT)#(lC)[配列番号33]。
【0112】
LNCRNA_118_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(eA)#(eC)#(eT)#(eT)#(eC)[配列番号34]。
【0113】
LNCRNA_141_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。GCUGCCAGGUGAGACAUGAA[配列番号35]。
【0114】
LNCRNA_141_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UUCAUGUCUCACCUGGCAGC[配列番号36]。
【0115】
LNCRNA_141_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lT)#(lC)#(lA)(lT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lC)[配列番号37]。
【0116】
LNCRNA_141_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eT)#(eC)#(eA)(eT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dC)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eC)[配列番号38]。
【0117】
LNCRNA_150_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGAGACAUGAAUUCCAUUCC[配列番号39]。
【0118】
LNCRNA_150_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GGAAUGGAAUUCAUGUCUCA[配列番号40]。
【0119】
LNCRNA_150_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lA)#(lA)(lT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(lT)#(lC)#(lT)#(lC)#(lA)[配列番号41]。
【0120】
LNCRNA_150_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eA)#(eA)(eT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(eT)#(eC)#(eT)#(eC)#(eA)[配列番号42]。
【0121】
LNCRNA_196_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGUCACAGUGGAGACAAUCU[配列番号43]。
【0122】
LNCRNA_196_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGAUUGUCUCCACUGUGACA[配列番号44]。
【0123】
LNCRNA_196_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA)[配列番号45]。
【0124】
LNCRNA_196_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(dG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA)[配列番号46]。
LNCRNA_250_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCUUCCAUCCCUCCUUCUGU[配列番号47]。
【0125】
LNCRNA_250_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。ACAGAAGGAGGGAUGGAAGA[配列番号48]。
【0126】
LNCRNA_250_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lG)#(lA)[配列番号49]。
【0127】
LNCRNA_250_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eG)#(eA)[配列番号50]。
【0128】
LNCRNA_377_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCUGGGACAGAACAACUCAC[配列番号51]。
【0129】
LNCRNA_377_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GUGAGUUGUUCUGUCCCAGA[配列番号52]。
【0130】
LNCRNA_377_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)[配列番号53]。
【0131】
LNCRNA_377_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)[配列番号54]。
【0132】
LNCRNA_485_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CUGUGAAAGGCUAUUUCUGU[配列番号55]。
【0133】
LNCRNA_485_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。ACAGAAAUAGCCUUUCACAG[配列番号56]。
【0134】
LNCRNA_485_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lG)[配列番号57]。
【0135】
LNCRNA_485_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eG)[配列番号58]。
【0136】
LNCRNA_491_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AAGGCUAUUUCUGUGUUUCC[配列番号59]。
【0137】
LNCRNA_491_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GGAAACACAGAAAUAGCCUU[配列番号60]。
【0138】
LNCRNA_491_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(lG)#(lC)#(lC)#(lT)#(lT)[配列番号61]。
【0139】
LNCRNA_491_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(eG)#(eC)#(eC)#(eT)#(eT)[配列番号62]。
【0140】
LNCRNA_499_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUCUGUGUUUCCUGUGUUCA[配列番号63]。
【0141】
LNCRNA_499_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGAACACAGGAAACACAGAA[配列番号64]。
【0142】
LNCRNA_499_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(lC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA)[配列番号65]。
【0143】
LNCRNA_499_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(eC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA)[配列番号66]。
【0144】
LNCRNA_500_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCUGUGUUUCCUGUGUUCAG[配列番号67]。
【0145】
LNCRNA_500_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。CUGAACACAGGAAACACAGA[配列番号68]。
【0146】
LNCRNA_500_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lC)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)[配列番号69]。
【0147】
LNCRNA_500_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eC)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(dC)#(dA)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)[配列番号70]。
【0148】
LNCRNA_517_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CAGACCAAGACAUGCCAUCC[配列番号71]。
【0149】
LNCRNA_517_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GGAUGGCAUGUCUUGGUCUG[配列番号72]。
【0150】
LNCRNA_517_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lA)#(lT)#(lG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dG)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(lG)[配列番号73]。
【0151】
LNCRNA_517_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eA)#(eT)#(eG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(dT)#(dG)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(eG)[配列番号74]。
【0152】
LNCRNA_527_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CAUGCCAUCCCUGCCUGAUA[配列番号75]。
【0153】
LNCRNA_527_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UAUCAGGCAGGGAUGGCAUG[配列番号76]。
【0154】
LNCRNA_527_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lA)#(lT)#(lC)#(lA)#(dG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lT)#(lG)[配列番号77]。
【0155】
LNCRNA_527_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eA)#(eT)#(eC)#(eA)#(dG)#(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eT)#(eG)[配列番号78]。
【0156】
LNCRNA_536_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CCUGCCUGAUAAAUGCCCCU[配列番号79]。
【0157】
LNCRNA_536_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGGGGCAUUUAUCAGGCAGG[配列番号80]。
【0158】
LNCRNA_536_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lG)#(lG)#(lG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dG)#(lG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lG)[配列番号81]。
【0159】
LNCRNA_536_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eG)#(eG)#(eG)#(dC)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dG)#(eG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eG)[配列番号82]。
【0160】
LNCRNA_555_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUUGUGCUGGAAGGGUUCUC[配列番号83]。
【0161】
LNCRNA_555_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GAGAACCCUUCCAGCACAAA[配列番号84]。
【0162】
LNCRNA_555_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)#(lA)[配列番号85]。
【0163】
LNCRNA_555_LNA。5-10-5 MOE Gapmerは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)#(eA)[配列番号86]。
【0164】
LNCRNA_556_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUGUGCUGGAAGGGUUCUCA[配列番号87]。
【0165】
LNCRNA_556_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGAGAACCCUUCCAGCACAA[配列番号88]。
【0166】
LNCRNA_556_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lA)#(dA)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)[配列番号89]。
【0167】
LNCRNA_556_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eA)#(dA)#(dC)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)[配列番号90]。
【0168】
LNCRNA_569_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。GUUCUCAUAAACCCAUGAGA[配列番号91]。
【0169】
LNCRNA_569_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UCUCAUGGGUUUAUGAGAAC[配列番号92]。
【0170】
LNCRNA_569_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lC)#(lT)#(lC)#(lA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(lA)#(lG)#(lA)#(lA)#(lC)[配列番号93]。
【0171】
LNCRNA_569_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eC)#(eT)#(eC)#(eA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(eA)#(eG)#(eA)#(eA)#(eC)[配列番号94]。
【0172】
LNCRNA_571_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCUCAUAAACCCAUGAGAUG[配列番号95]。
【0173】
LNCRNA_571_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。CAUCUCAUGGGUUUAUGAGA[配列番号96]。
【0174】
LNCRNA_571_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lC)#(lA)#(lT)#(lC)#(lT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lA)[配列番号97]。
【0175】
LNCRNA_571_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eC)#(eA)#(eT)#(eC)#(eT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dA)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eA)[配列番号98]。
【0176】
LNCRNA_972_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CCUCACAUCCUACCUGAUCU[配列番号99]。
【0177】
LNCRNA_972_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGAUCAGGUAGGAUGUGAGG[配列番号100]。
【0178】
LNCRNA_972_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dT)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lG)#(lG)[配列番号101]。
【0179】
LNCRNA_972_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dT)#(dA)#(dG)#(dG)#(dA)#(dT)#(dG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eG)#(eG)[配列番号102]。
【0180】
LNCRNA_1027_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGUGUAGACAGAGUCUCGCU[配列番号103]。
【0181】
LNCRNA_1027_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGCGAGACUCUGUCUACACA[配列番号104]。
【0182】
LNCRNA_1027_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lC)#(lG)#(lA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(lA)#(lC)#(lA)#(lC)#(lA)[配列番号105]。
【0183】
LNCRNA_1027_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eC)#(eG)#(eA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dT)#(eA)#(eC)#(eA)#(eC)#(eA)[配列番号106]。
【0184】
LNCRNA_1207_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUCACCAUGUUGGUCAGCUG[配列番号107]。
【0185】
LNCRNA_1207_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。CAGCUGACCAACAUGGUGAA[配列番号108]。
【0186】
LNCRNA_1207_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(lG)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA)[配列番号109]。
【0187】
LNCRNA_1207_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eT)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dG)#(eG)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA)[配列番号110]。
【0188】
LNCRNA_1216_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUGGUCAGCUGGUCUUGAAC[配列番号111]。
【0189】
LNCRNA_1216_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GUUCAAGACCAGCUGACCAA[配列番号112]。
【0190】
LNCRNA_1216_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lT)#(lT)#(lC)#(lA)#(dA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(lA)#(lC)#(lC)#(lA)#(lA)[配列番号113]。
【0191】
LNCRNA_1216_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eT)#(eT)#(eC)#(eA)#(dA)#(dG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(eA)#(eC)#(eC)#(eA)#(eA)[配列番号114]。
【0192】
LNCRNA_1415_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CUUGGACUGGCAUAUUUCAA[配列番号115]。
【0193】
LNCRNA_1415_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UUGAAAUAUGCCAGUCCAAG[配列番号116]。
【0194】
LNCRNA_1415_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lT)#(lG)#(lA)#(lA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dT)#(lC)#(lC)#(lA)#(lA)#(lG)[配列番号117]。
【0195】
LNCRNA_1415_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eT)#(eG)#(eA)#(eA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dG)#(dT)#(eC)#(eC)#(eA)#(eA)#(eG)[配列番号118]。
【0196】
LNCRNA_1421_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CUGGCAUAUUUCAACUUCCA[配列番号119]。
【0197】
LNCRNA_1421_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGGAAGUUGAAAUAUGCCAG[配列番号120]。
【0198】
LNCRNA_1421_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lA)#(lG)[配列番号121]。
【0199】
LNCRNA_1421_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eA)#(eG)[配列番号122]。
【0200】
LNCRNA_1422_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGGCAUAUUUCAACUUCCAA[配列番号123]。
【0201】
LNCRNA_1422_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UUGGAAGUUGAAAUAUGCCA[配列番号124]。
【0202】
LNCRNA_1422_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lT)#(lG)#(lG)#(lA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(lT)#(lG)#(lC)#(lC)#(lA)[配列番号125]。
【0203】
LNCRNA_1422_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eT)#(eG)#(eG)#(eA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(eT)#(eG)#(eC)#(eC)#(eA)[配列番号126]。
【0204】
LNCRNA_1427_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UAUUUCAACUUCCAAAUUUU[配列番号127]。
【0205】
LNCRNA_1427_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAAAUUUGGAAGUUGAAAUA[配列番号128]。
【0206】
LNCRNA_1427_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(lA)#(lA)#(lA)#(lT)#(lA)[配列番号129]。
【0207】
LNCRNA_1427_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dT)#(dT)#(dG)#(eA)#(eA)#(eA)#(eT)#(eA)[配列番号130]。
【0208】
LNCRNA_1445_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUUCCUAUAGGCUUCAGUUA[配列番号131]。
【0209】
LNCRNA_1445_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UAACUGAAGCCUAUAGGAAA[配列番号132]。
【0210】
LNCRNA_1445_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lA)#(lA)#(lC)#(lT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(dT)#(dA)#(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)[配列番号133]。
【0211】
LNCRNA_1445_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eA)#(eA)#(eC)#(eT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(dT)#(dA)#(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)[配列番号134]。
【0212】
LNCRNA_1447_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCCUAUAGGCUUCAGUUAAA[配列番号135]。
【0213】
LNCRNA_1447_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UUUAACUGAAGCCUAUAGGA[配列番号136]。
【0214】
LNCRNA_1447_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lT)#(lT)#(lA)#(lA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(lT)#(lA)#(lG)#(lG)#(lA)[配列番号137]。
【0215】
LNCRNA_1447_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eT)#(eT)#(eA)#(eA)#(dC)#(dT)#(dG)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dC)#(dT)#(dA)#(eT)#(eA)#(eG)#(eG)#(eA)[配列番号138]。
【0216】
LNCRNA_1460_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AGUUAAAAGGAAGGAAUAGA[配列番号139]。
【0217】
LNCRNA_1460_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UCUAUUCCUUCCUUUUAACU[配列番号140]。
【0218】
LNCRNA_1460_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lC)#(lT)#(lA)#(lT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(lT)#(lA)#(lA)#(lC)#(lT)[配列番号141]。
【0219】
LNCRNA_1460_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eC)#(eT)#(eA)#(eT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(eT)#(eA)#(eA)#(eC)#(eT)[配列番号142]。
【0220】
LNCRNA_1488_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUCGCCACCAAAGCAAGACU[配列番号143]。
【0221】
LNCRNA_1488_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGUCUUGCUUUGGUGGCGAA[配列番号144]。
【0222】
LNCRNA_1488_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lT)#(lC)#(lT)#(dT)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(lG)#(lC)#(lG)#(lA)#(lA)[配列番号145]。
【0223】
LNCRNA_1488_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eT)#(eC)#(eT)#(dT)#(dG)#(dC)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(eG)#(eC)#(eG)#(eA)#(eA)[配列番号146]。
【0224】
LNCRNA_1532_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AGCUGUGGAAACCAGCGUUU[配列番号147]。
【0225】
LNCRNA_1532_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAACGCUGGUUUCCACAGCU[配列番号148]。
【0226】
LNCRNA_1532_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lA)#(lC)#(lG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lT)[配列番号149]。
【0227】
LNCRNA_1532_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eA)#(eC)#(eG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dT)#(dT)#(dT)#(dC)#(dC)#(dA)#(eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eT)[配列番号150]。
【0228】
LNCRNA_1664_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。CUCUGCAAAUAAGGUCGUCU[配列番号151]。
【0229】
LNCRNA_1664_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGACGACCUUAUUUGCAGAG[配列番号152]。
【0230】
LNCRNA_1664_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lA)#(lC)#(lG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(lC)#(lA)#(lG)#(lA)#(lG)[配列番号153]。
【0231】
LNCRNA_1664_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eA)#(eC)#(eG)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(eC)#(eA)#(eG)#(eA)#(eG)[配列番号154]。
【0232】
LNCRNA_1683_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGGGACCCCUGCUUUUCAAG[配列番号155]。
【0233】
LNCRNA_1683_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。CUUGAAAAGCAGGGGUCCCA[配列番号156]。
【0234】
LNCRNA_1683_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lC)#(lT)#(lT)#(lG)#(lA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dG)#(lT)#(lC)#(lC)#(lC)#(lA)[配列番号157]。
【0235】
LNCRNA_1683_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eC)#(eT)#(eT)#(eG)#(eA)#(dA)#(dA)#(dA)#(dG)#(dC)#(dA)#(dG)#(dG)#(dG)#(dG)#(eT)#(eC)#(eC)#(eC)#(eA)[配列番号158]。
【0236】
LNCRNA_1695_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUUUCAAGGUUAUUGUCCCA[配列番号159]。
【0237】
LNCRNA_1695_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。UGGGACAAUAACCUUGAAAA[配列番号160]。
【0238】
LNCRNA_1695_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(lA)[配列番号161]。
【0239】
LNCRNA_1695_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(dA)#(dA)#(dC)#(dC)#(dT)#(dT)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(eA)[配列番号162]。
【0240】
LNCRNA_1706_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AUUGUCCCAGAUGAUGUAUC[配列番号163]。
【0241】
LNCRNA_1706_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GAUACAUCAUCUGGGACAAU[配列番号164]。
【0242】
LNCRNA_1706_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lA)#(lT)#(lA)#(lC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)#(lT)[配列番号165]。
【0243】
LNCRNA_1706_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eA)#(eT)#(eA)#(eC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(dG)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)#(eT)[配列番号166]。
【0244】
LNCRNA_1707_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UUGUCCCAGAUGAUGUAUCU[配列番号167]。
【0245】
LNCRNA_1707_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AGAUACAUCAUCUGGGACAA[配列番号168]。
【0246】
LNCRNA_1707_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(lA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA)#(lA)[配列番号169]。
【0247】
LNCRNA_1707_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(eA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(dG)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA)#(eA)[配列番号170]。
【0248】
LNCRNA_1708_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UGUCCCAGAUGAUGUAUCUU[配列番号171]。
【0249】
LNCRNA_1708_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAGAUACAUCAUCUGGGACA[配列番号172]。
【0250】
LNCRNA_1708_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lG)#(lA)#(lT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(lG)#(lG)#(lA)#(lC)#(lA)[配列番号173]。
【0251】
LNCRNA_1708_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eG)#(eA)#(eT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(dG)#(eG)#(eG)#(eA)#(eC)#(eA)[配列番号174]。
【0252】
LNCRNA_1709_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。GUCCCAGAUGAUGUAUCUUU[配列番号175]。
【0253】
LNCRNA_1709_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAAGAUACAUCAUCUGGGAC[配列番号176]。
【0254】
LNCRNA_1709_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lA)#(lG)#(lA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA)#(lC)[配列番号177]。
【0255】
LNCRNA_1709_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eA)#(eG)#(eA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA)#(eC)[配列番号178]。
【0256】
LNCRNA_1710_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。UCCCAGAUGAUGUAUCUUUU[配列番号179]。
【0257】
LNCRNA_1710_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。AAAAGAUACAUCAUCUGGGA[配列番号180]。
【0258】
LNCRNA_1710_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lA)#(lA)#(lA)#(lA)#(lG)#(dA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(lT)#(lG)#(lG)#(lG)#(lA)[配列番号181]。
【0259】
LNCRNA_1710_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eA)#(eA)#(eA)#(eA)#(eG)#(dA)#(dT)#(dA)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(dA)#(dT)#(dC)#(eT)#(eG)#(eG)#(eG)#(eA)[配列番号182]。
【0260】
LNCRNA_1775_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。AGUGCAGUGGCAAAAUUUCC[配列番号183]。
【0261】
LNCRNA_1775_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。GGAAAUUUUGCCACUGCACU[配列番号184]。
【0262】
LNCRNA_1775_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lA)#(lA)#(lA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(lG)#(lC)#(lA)#(lC)#(lT)[配列番号185]。
【0263】
LNCRNA_1775_LNA。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eA)#(eA)#(eA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dC)#(dT)#(eG)#(eC)#(eA)#(eC)#(eT)[配列番号186]。
【0264】
LNCRNA_1783_LNA。標的の20nt(5’-3’)は、GapmeR設計に選択されたもともとのeRNA配列を含む(それぞれ20ヌクレオチド)。GGCAAAAUUUCCACCCGCUG[配列番号187]。
【0265】
LNCRNA_1783_LNA。AS配列(5’-3’)は、上記のeRNA領域を標的とするアンチセンス配列を含む。アンチセンス配列は、RNAヌクレオチドとして提供される。CAGCGGGUGGAAAUUUUGCC[配列番号188]。
【0266】
LNCRNA_1783_LNA。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lC)#(lA)#(lG)#(lC)#(lG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(lT)#(lT)#(lG)#(lC)#(lC)[配列番号189]。
【0267】
LNCRNA_1783_LNA。5-10-5 MOE Gapmerは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eC)#(eA)#(eG)#(eC)#(eG)#(dG)#(dG)#(dT)#(dG)#(dG)#(dA)#(dA)#(dA)#(dT)#(dT)#(eT)#(eT)#(eG)#(eC)#(eC)[配列番号190]。
【0268】
MALAT1。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lG)#(lG)#(lG)#(lT)#(lC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(lG)#(lC)#(lT)#(lA)#(lG)[配列番号191]。
【0269】
MALAT1。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eG)#(eG)#(eG)#(eT)#(eC)#(dA)#(dG)#(dC)#(dT)#(dG)#(dC)#(dC)#(dA)#(dA)#(dT)#(eG)#(eC)#(eT)#(eA)#(eG)[配列番号192]。
【0270】
NTC_LNAGapmer。5-10-5 LNA GapmeRは、LNA GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)LNA配列に続いて、(10)DNA配列、最後に(5)LNA配列。(lT)#(lA)#(lA)#(lT)#(lC)#(dG)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dA)#(lA)#(lT)#(lC)#(lA)#(lT)[配列番号193]。
【0271】
NTC_LNAGapmer。5-10-5 MOE GapmeRは、2’MOE GapmeR配列をこの構造順で含む:(5)2’MOE配列、続いて、(10)DNA配列、最後に(5)2’MOE配列。(eT)#(eA)#(eA)#(eT)#(eC)#(dG)#(dT)#(dA)#(dT)#(dT)#(dT)#(dG)#(dT)#(dC)#(dA)#(eA)#(eT)#(eC)#(eA)#(eT)[配列番号194]。
【0272】
実施形態の一覧
原発性脳腫瘍の処置のためにエンハンサーRNAを標的とする特定の組成物および方法について、記載してきた。本明細書における詳細な説明は、例示であり、制限するものでも排他的なものでもない。詳細な説明は、本開示を、開示されている厳密な形態に限定することを意図するものではない。分子神経生物学分野における当業者には認識されるように、すでに記載されているもの以外の他の均等物および改変形態が、本明細書に記載される発明の概念から逸脱することなく可能である。本明細書または特許請求の範囲が、方法ステップまたは機能を、ある順序で記載している場合、代替的な実施形態では、機能が異なる順序で、または実質的に同時に、実行されてもよい。本発明の主題は、したがって、本開示の趣旨以外において、制限されるものではない。
【0273】
本開示を解釈する際、すべての用語は、文脈に一致する可能な限り広範な様式で解釈されるべきである。別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語および科学用語は、分子神経生物学分野における当業者によって広く理解されているものと同じ意味を有する。本発明は、本明細書に記載されている特定の手法、プロトコール、試薬などに限定されず、したがって、実際に変動し得る。本明細書において使用される用語は、特許請求の範囲によってのみ定められる本発明の範囲を制限することを意図するものではない。
【0274】
「含む(comprise)」および「含むこと(comprising)」という用語は、非排他的な様式で要素、構成要素、またはステップに言及すると解釈されるべきであり、参照される要素、構成要素、またはステップは、他の要素、構成要素、またはステップとともに存在し得るか、使用され得るか、または組み合わされ得る。単数形の「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」という用語は、文脈により別途に示されない限り、複数形の参照物を含む。同様に、「または」という言葉は、文脈により別途示されない限り、「および」を包含する。「例えば(e.g.)」という略語は、非限定的な例を示すために使用され、「例えば(for example)」という用語と同義である。
【0275】
値の範囲が提供される場合、文脈により別途に示されない限り、その範囲の上限値と下限値との間にある、下限値の単位の10分の1までのそれぞれの介在値、およびその範囲内の任意の他の言及された値または介在値。
【0276】
記載される技術のいくつかの実施形態が、以下の番号付けされた段落に従って定義され得る。
【0277】
1.脳腫瘍の処置において使用するための、本特許明細書において開示されるGapmeR。
【0278】
2.原発性脳腫瘍の処置において使用するための、本特許明細書において開示されるGapmeR。
【0279】
3.原発性脳腫瘍の処置のための特定のshRNAを担持する合成オリゴヌクレオチドまたはレンチウイルスを使用して、エンハンサーRNA(eRNA)を標的とする方法。
【0280】
4.合成オリゴヌクレオチドが、合成RNAオリゴヌクレオチドである、実施形態3に記載の方法。
【0281】
5.グリオーマ幹細胞において特異的に発現され、その発現がグリオブラストーマを有する患者の生存の減少と相関する、エンハンサーRNA(eRNA)とハイブリダイズする、合成オリゴヌクレオチド。
【0282】
6.eRNAが、eTMEM88b、eRTP5、およびeNINJ1からなる群から選択される、実施形態5に記載の合成オリゴヌクレオチド。
【0283】
7.グリオーマ幹細胞eRNAの発現をノックアウトする合成オリゴヌクレオチドを使用して、グリオーマを処置する方法。
【0284】
8.合成オリゴヌクレオチドが、分解に対して耐性である、実施形態5に記載の方法。
【0285】
9.投与が、全身または髄腔内である、実施形態5に記載の方法。
【0286】
10.eRNAを標的とし、その発現を阻害するshRNAを送達する、ウイルスベクター。
【0287】
11.ウイルスベクターが、レンチウイルスである、実施形態8に記載のウイルスベクター。
参考文献
分子神経生物学分野の当業者は、本発明を作製および使用する際の予測可能な結果に対する指針として、これらの特許、特許出願、および科学的参考文献を使用することができる。
【0288】
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【0289】
U.S. Pat. Publ. 2015/0337376 A1 (Saint-Andre et al.), Core transcriptional circuitry in human cells and methods of use.この特許公報は、細胞または組織のコア調節回路または細胞識別プログラムを同定するための方法を開示する。この特許公報はまた、前記方法を用いて同定されたコア調節回路または細胞識別プログラムを含む、診断、スクリーニング、および治療の関連する方法を開示する。
【0290】
U.S. Pat. Publ. 2019/0062752 A1 (Young et al.), Transcription factor trapping by RNA in gene regulatory elements.この特許公報は、標的遺伝子の調節エレメントの少なくとも1つから転写されたリボ核酸(RNA)と、RNAおよび調節エレメントの両方に結合する転写因子との間の結合を調節することによって、標的遺伝子の発現を調節するのに有用な方法を開示する。この特許公報はまた、調節エレメントの少なくとも1つから転写されたRNAと、RNAおよび調節エレメントに結合する転写因子との間の結合を妨害する剤を同定するための方法およびアッセイを開示する。この特許公報は、凝縮物の形成、組成、維持、溶解、および制御を調節することによって遺伝子制御を調節するための組成物および方法をさらに開示する。
【0291】
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本明細書を通して引用される全ての特許および刊行物は、本明細書に記載される技術と共に使用され得る材料および方法を開示および記載するために、参照により明示的に組み込まれる。論じられる刊行物は、出願日前のそれらの開示のためにのみ提供される。それらは、本発明者らが先行発明に基づいて、または任意の他の理由で、そのような開示に先行することができないという承認として解釈されるべきではない。以前の特許または刊行物と本明細書に提供される説明との間に明らかな矛盾がある場合、本明細書(任意の定義を含む)および特許請求の範囲が支配するものとする。日付に関するすべての陳述又はこれらの書類の内容に関する表現は出願人が利用可能な情報に基づいており、これらの書類の日付又は内容の正確さに関する承認を構成しない。本明細書において提供される刊行物の日付は、実際の刊行日と異なる場合がある。本明細書に提供される公開日と、発行者によって提供される実際の公開日との間に明らかな矛盾がある場合、実際の公開日が支配するものとする。
【配列表】
【国際調査報告】