特表 2023-539474 加齢黄斑変性診断用バイオマーカーおよびこの用途

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-09-14

(54)【発明の名称】加齢黄斑変性診断用バイオマーカーおよびこの用途

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6883 20180101AFI20230907BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALN20230907BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6883 Z

C12Q1/6869 Z

【審査請求】有

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023512699

(86)(22)【出願日】2021-08-20

(85)【翻訳文提出日】2023-04-17

(86)【国際出願番号】 KR2021011149

(87)【国際公開番号】W WO2022039565

(87)【国際公開日】2022-02-24

(31)【優先権主張番号】10-2020-0104923

(32)【優先日】2020-08-20

(33)【優先権主張国・地域又は機関】KR

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】523059877

【氏名又は名称】ジノム オピニオン インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】ＧＥＮＯＭＥ ＯＰＩＮＩＯＮ ＩＮＣ．

【住所又は居所原語表記】＃７２１， ４８， Ａｃｈａｓａｎ－ｒｏ， １７－ｇｉｌ， Ｓｅｏｎｇｄｏｎｇ－ｇｕ， Ｓｅｏｕｌ ０４７９９ ＲＥＰＵＢＬＩＣ ＯＦ ＫＯＲＥＡ

(71)【出願人】

【識別番号】504314133

【氏名又は名称】ソウル ナショナル ユニバーシティ ホスピタル

(74)【代理人】

【識別番号】110002789

【氏名又は名称】弁理士法人ＩＰＸ

(72)【発明者】

【氏名】スン・チュン・ヒョン

(72)【発明者】

【氏名】キム・ス・ギョン

(72)【発明者】

【氏名】イム・ホ・ギュン

(72)【発明者】

【氏名】ソン・ハン

(72)【発明者】

【氏名】オ・ベク・ロク

(72)【発明者】

【氏名】チェ・ス・ヨン

【テーマコード（参考）】

4B063

【Ｆターム（参考）】

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ03

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR62

4B063QS25

4B063QX02

(57)【要約】

本発明は加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供するためのマーカー組成物、キット、遺伝子パネル、方法に関する。本発明は加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供できる新しい道具であって、敏感度が優秀であるだけでなく生検を利用せずに手軽に分析できるため、加齢黄斑変性の早期診断などに便利に使われ得る。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

個体から分離された生物学的試料を利用してクローン性造血誘発突然変異を検出できる製剤を含む
加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための、組成物。

【請求項2】

前記突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項3】

前記突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項4】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項5】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＳＥＴＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＳＦ３Ｂ１、ＡＳＸＬ２、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＲＩＴ１、ＳＲＳＦ２、ＳＵＺ１２、ＡＰＣ、ＳＴＡＴ３およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項6】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項7】

前記突然変異はミスセンス（ｍｉｓｓｅｎｓｅ）突然変異、フレームシフト（ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ）突然変異、ナンセンス（ｎｏｎｓｅｎｓｅ）突然変異またはスプライス（ｓｐｌｉｃｅ）突然変異である
請求項１に記載の組成物。

【請求項8】

前記製剤は前記突然変異を検出するためのプライマー、プローブまたはアンチセンス核酸を含む
請求項１に記載の組成物。

【請求項9】

前記加齢黄斑変性が湿性黄斑変性である
請求項１に記載の組成物。

【請求項10】

請求項１～請求項９のいずれか一項に記載された組成物を含む
加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するためのキット。

【請求項11】

請求項１～請求項９のいずれか一項に記載された組成物を含む
加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための遺伝子分析用パネル。

【請求項12】

個体から分離された生物学的試料の遺伝子分析を通じて個体にクローン性造血誘発突然変異が存在するかどうかを確認する段階を含む
加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供する方法。

【請求項13】

前記突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項14】

前記突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項15】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項16】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＳＥＴＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＳＦ３Ｂ１、ＡＳＸＬ２、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＲＩＴ１、ＳＲＳＦ２、ＳＵＺ１２、ＡＰＣ、ＳＴＡＴ３およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項17】

前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異を含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項18】

前記突然変異はミスセンス（ｍｉｓｓｅｎｓｅ）突然変異、フレームシフト（ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ）突然変異、ナンセンス（ｎｏｎｓｅｎｓｅ）突然変異またはスプライス（ｓｐｌｉｃｅ）突然変異である
請求項１２に記載の方法。

【請求項19】

前記生物学的試料は血液、血清、血漿、リンパ液、唾液、喀痰、粘液、小便または大便である
請求項１２に記載の方法。

【請求項20】

前記遺伝子分析は次世代ゲノムシーケンシング分析法（Ｎｅｘｔ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）を利用する
請求項１２に記載の方法。

【請求項21】

前記突然変異が存在すれば加齢黄斑変性の発生可能性が高いと判断する段階を追加で含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項22】

前記突然変異が存在すれば、加齢黄斑変性の発病または進行の危険を減少させるために、患者において前記突然変異を抑制するか前記突然変異が存在する遺伝子の機能を回復または補充するための処置をする必要があると判断する段階を追加で含む
請求項１２に記載の方法。

【請求項23】

前記加齢黄斑変性が湿性黄斑変性である
請求項１２に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は加齢黄斑変性の発生を予測したり診断できる、バイオマーカーおよびこの用途に関する。

【背景技術】

【0002】

黄斑変性は黄斑部分に変性が起きて視力障害を起こす目の疾患であり、発病初期には視野がぼやけたり、近いところの視力が歪んで見えたりして、進行すると失明に至ることになる。黄斑変性の主な原因は老化であり、その次に遺伝的な要因、そして、環境的要因としては紫外線、喫煙、高脂肪・高熱量の西洋化の献立などが挙げられている。

【0003】

加齢黄斑変性（ａｇｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｍａｃｕｌａｒ ｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ、ＡＭＤ）は重症の非可逆的な視力喪失を引き起こし、５０才以上の人口において失明の主な原因として知られている。加齢黄斑変性は乾性（ａｔｒｏｐｈｉｃ）と湿性（ｅｘｕｄａｔｉｖｅ）の二つの類型に区分することができ、乾性は老廃物が黄斑部に積もるものであり、視力の変化が初期に発生し得るが単に老化による症状と知られている。また、湿性は重症に進行した形態の黄斑変性であり、異常な血管が黄斑と網膜の下で成長して滲出物や血液が流れ出て黄斑に損傷を加え、健康な細胞を破壊させて最終的には視力の喪失につながり得る。

【0004】

加齢黄斑変性は一般的に、一度視力障害が始まると以前の視力を回復できない場合が多いので早期発見が非常に重要である。早期発見は眼科医による定期的な眼科検診を通じて可能であり、眼底検査を含む眼科的検診で加齢黄斑変性が疑われれば、蛍光眼底血管造影術、光干渉断層撮影などの眼科精密検査を施行して確診することができる。治療方法にはレーザー光凝固術（ｐｈｏｔｏｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ）、光線力学的療法（ｐｈｏｔｏｄｙｎａｍｉｃ ｔｈｅｒａｐｙ、ＰＤＴ）、ａｎｔｉ－ＶＥＧＦ製剤の硝子体腔内注入方法がある。

【0005】

このような加齢黄斑変性は初期自覚症状がなく、他の原因と誤認する場合が多いので、初期発見が難しいだけでなく診断のためには高価な装備が必要であるという問題点がある。また、前記の診断方法は遂行方法が非常に不便で危険性があるため、被検者がこれを嫌がっているのが実情である。したがって、手軽で速かに加齢黄斑変性の発病可能性またはその可否を診断できる検査方法の開発が要求されている。

【0006】

一方、クローン性造血（ＣＨ）は白血病関連遺伝子に体細胞突然変異を保有するクローン由来造血幹細胞（ＨＳＣ）の拡張と定義される状態であり、これは次世代シーケンシング（ＮＧＳ）により検出され得る（文献［Ｇｅｎｏｖｅｓｅ Ｇ、Ｋａｈｌｅｒ ＡＫ、Ｈａｎｄｓａｋｅｒ ＲＥ、ｅｔ ａｌ：Ｃｌｏｎａｌ ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｓｉｓ ａｎｄ ｂｌｏｏｄ－ｃａｎｃｅｒ ｒｉｓｋ ｉｎｆｅｒｒｅｄ ｆｒｏｍ ｂｌｏｏｄ ＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７１：２４７７－８７、２０１４］；文献［Ｐａｒｋ ＳＪ、Ｂｅｊａｒ Ｒ：Ｃｌｏｎａｌ ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｓｉｓ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ ８３：１０５－１１２、２０２０］；および文献［Ｊａｉｓｗａｌ Ｓ、Ｅｂｅｒｔ ＢＬ：Ｃｌｏｎａｌ ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｓｉｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ａｇｉｎｇ ａｎｄ ｄｉｓｅａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６６、２０１９］参照）。ＣＨの発生は老化と関連があり、心血管疾患および血液悪性腫瘍の発病と相当な関連があると報告された。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0007】

本発明は、前述した従来技術の問題点を解決することをその目的とする。

【0008】

本発明は、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のためのバイオマーカーを提供することを他の目的とする。

【0009】

本発明は、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための組成物、キット、またはパネルを提供することをさらに他の目的とする。

【0010】

本発明は加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供する方法を提供することをさらに他の目的とする。

【課題を解決するための手段】

【0011】

前記目的を達成するために、本発明者らは加齢黄斑変性の早期診断のためのバイオマーカーを確保するために研究した結果、クローン性造血（ＣＨ）誘発遺伝子変異の存在が重要な因子であることを確認することによって、本発明を完成した。

【0012】

本発明の一側面は、個体から分離された生物学的試料を利用してクローン性造血誘発突然変異を検出できる製剤を含む、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための組成物を提供する。

【0013】

本発明の他の側面は、前記組成物を含む加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するためのキットを提供する。

【0014】

本発明のさらに他の側面は、前記組成物を含む加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための遺伝子分析用パネルを提供する。

【0015】

本発明のさらに他の側面は、個体から分離された生物学的試料の遺伝子分析を通じて個体にクローン性造血誘発突然変異が存在するかどうかを確認する段階を含む、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供する方法を提供する。

【発明の効果】

【0016】

本発明に係る加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供するマーカー組成物、キット、パネルおよび方法は加齢黄斑変性を診断したり予防したり治療できる新しい道具であって、敏感度が優秀であるだけでなく、生検を利用せずに手軽に分析できるため、特に加齢黄斑変性の早期診断、予防または治療に便利に使われ得る。

【図面の簡単な説明】

【0017】

【図1】実施例３．１．１で確認されたＶＡＦ １．５％以上の体細胞配列変異を示す各遺伝子の検出頻度を棒グラフで示した図面である。

【図2】実施例４．１．１で確認されたＶＡＦ ２％以上の体細胞配列変異を示す各遺伝子の検出頻度を棒グラフで示した図面である。

【発明を実施するための形態】

【0018】

以下、本発明を詳細に説明する。

【0019】

本発明の一側面は個体から分離された生物学的試料を利用してクローン性造血誘発突然変異を検出できる製剤を含む、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための組成物を提供する。

【0020】

本明細書で使われた用語「クローン性造血（Ｃｌｏｎａｌ ｈａｅｍａｔｏｐｏｉｅｓｉｓ）」は造血幹細胞に体細胞突然変異が発生して選択的増殖の機会を得ることになる場合、突然変異が発生したクローンが拡張して白血球の一定部分を占める現象を意味する。前記クローン性造血に関連した体細胞突然変異が発生する遺伝子（クローン性造血誘発突然変異）としては、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＡＴＭ、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＣＯＲ、ＢＣＯＲＬ１、ＢＩＲＣ３、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＡＳＰ８、ＣＢＬ、ＣＤ５８、ＣＤ７９Ｂ、ＣＮＯＴ３、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＵＸ１、ＤＤＸ３Ｘ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＴＶ６、ＥＺＨ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＢＸＷ７、ＦＬＴ３、ＦＯＸＰ１、ＧＮＡＳ、ＧＮＢ１、ＧＰＳ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＩＤＨ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ２、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＪＡＲＩＤ２、ＫＤＭ６Ａ、ＫＩＴ、ＫＬＨＬ６、ＫＭＴ２Ｄ、ＫＲＡＳ、ＬＵＣ７Ｌ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＭＰＬ、ＭＹＤ８８、ＮＦ１、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＲＡＳ、ＰＤＳ５Ｂ、ＰＤＳＳ２、ＰＨＦ６、ＰＨＩＰ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＰＭ１Ｄ、ＰＲＤＭ１、ＰＲＰＦ４０Ｂ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＤ２１、ＲＩＴ１、ＲＰＳ１５、ＳＥＴＤ２、ＳＥＴＤＢ１、ＳＦ１、ＳＦ３Ａ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＭＣ１Ａ、ＳＭＣ３、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＧ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＰ５３、Ｕ２ＡＦ１、ＶＨＬ、ＷＴ１、ＺＲＳＲ２およびＣＨＥＫ２がある。

【0021】

一具現例において、前記クローン性造血誘発突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0022】

他の具現例において、前記突然変異はＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0023】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0024】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＳＥＴＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＳＦ３Ｂ１、ＡＳＸＬ２、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＲＩＴ１、ＳＲＳＦ２、ＳＵＺ１２、ＡＰＣ、ＳＴＡＴ３およびＴＮＦＡＩＰ３からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0025】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１からなる群から選択される一つ以上の遺伝子の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0026】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＤＮＭＴ３Ａの突然変異であるかこれを含むことができる。

【0027】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＴＥＴ２の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0028】

さらに他の具現例において、前記突然変異はＤＮＭＴ３ＡおよびＴＥＴ２、またはＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１の突然変異であるかこれを含むことができる。

【0029】

前記組成物により発生予測、診断または治療に必要な情報を提供できる加齢黄斑変性の病態は乾性および／または湿性を含むことができ、前記乾性の加齢黄斑変性は網膜にドルーゼンや網膜色素上皮の萎縮のような病変がさらに進行されて湿性の加齢黄斑変性に発展し得る。

【0030】

本明細書で使われる用語「発生予測」は、臨床的症状で加齢黄斑変性と診断されない個体（ｓｕｂｊｅｃｔ）の中で加齢黄斑変性が発生する傾向または危険が増加したかそのような傾向または危険が相対的に高い個体を選別または確認することを意味する。

【0031】

本明細書で使われる用語「診断」または「治療」は、当業界で通常的に意味する疾病または疾患の診断または治療を意味する。前記「診断」という用語は、加齢黄斑変性に対して個体の、すなわち検査対象者の感受性（ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ）を判定すること、一個体が加齢黄斑変性疾病または疾患を現在持っているかどうかを判定すること、または加齢黄斑変性に対する治療効能に対する情報を提供するために個体の治療状態をモニタリングすることを含む意味であり、最も狭い意味では、加齢黄斑変性の発病の有無を確認することを意味する。また、加齢黄斑変性の予防や治療のための早期診断や加齢黄斑変性の早期診断のための情報、例えば遺伝情報を提供することを含む。

【0032】

本明細書で使われる用語「個体」は人間を含んだ哺乳動物を指称するが、これに限定されない。

【0033】

本明細書で使われる用語「生物学的試料」とは、個体から収得した任意の生物学的標本であって、加齢黄斑変性の発病を確認しようとする個体から分離された血液、血清、血漿、リンパ液、唾液、喀痰、粘液、小便または大便のような試料などを含むが、これに制限されない。

【0034】

一具現例において、前記突然変異は羅列された遺伝子が暗号化する蛋白質の活性を野生型に比べて低くしたり欠如させることができる。また、前記突然変異は体細胞突然変異（ｓｏｍａｔｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎ）であり得る。

【0035】

前記突然変異はミスセンス（ｍｉｓｓｅｎｓｅ）突然変異、フレームシフト（ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ）突然変異、ナンセンス（ｎｏｎｓｅｎｓｅ）突然変異またはスプライス（ｓｐｌｉｃｅ）突然変異、ヌクレオチドの挿入、欠失または置換、これらの組み合わせなどの形態であり得る。

【0036】

本明細書で使われた用語「ミスセンス突然変異」は、ＤＮＡ鎖上のある部位に一つの塩基置換が起こり、ｍＲＮＡの遺伝暗号が変わって本来のものとは異なるアミノ酸に指定されて蛋白質に影響を与えることになる遺伝子突然変異を指称する。

【0037】

本明細書で使われた用語「フレームシフト突然変異」は、塩基が３に割れない個数に挿入されるか欠失して起こる遺伝子突然変異を指称する。

【0038】

本明細書で使われた用語「ナンセンス突然変異」は、一つの塩基置換で本来のいずれか一つのアミノ酸を暗号化するコドンが、アミノ酸を暗号化しない終止コドンに変化して蛋白質の合成がそのコドンがある所で中断される遺伝子突然変異を指称する。

【0039】

本明細書で使われた用語「スプライス突然変異」は、転写されたＲＮＡ分子内または個別的に転写されたＲＮＡ分子の間に代案的なスプライシング部位の使用を通じて発生する突然変異を指称する。

【0040】

例えば、前記ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の突然変異は、下記の表１に記載された変異のうち選択される一つ以上であり得るが、これに制限されるものではない。

【0041】

【表1】

【0042】

前記ＴＥＴ２遺伝子の突然変異は下記の表２に記載された変異のうち選択される一つ以上であり得るが、これに制限されるものではない。

【0043】

【表2】

【0044】

前記ＡＳＸＬ１遺伝子の突然変異は下記の表３に記載された変異のうち選択される一つ以上であり得るが、これに制限されるものではない。

【0045】

【表3】

【0046】

前記ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１遺伝子の突然変異は下記の表４に記載された変異であり得るが、これに制限されるものではない。

【0047】

【表4】

【0048】

例えば、前記ＪＡＫ２遺伝子１４番エクソンの突然変異は、ＮＭ＿００４９７２．３で表示される塩基配列において１８４９番位置の塩基ＧがＴに置換されるミスセンス突然変異であり得る。

【0049】

一実施例において、前記突然変異を検出できる製剤は、例えば前記突然変異遺伝子、これから由来するｍＲＮＡ、または前記突然変異遺伝子からコーディングされる蛋白質の発現を検出できる製剤を含むことができる。

【0050】

前記遺伝子またはｍＲＮＡ発現を検出できる製剤は、前記突然変異遺伝子またはｍＲＮＡに相補的に結合するヌクレオチド配列、例えば、センスおよびアンチセンスプライマー、プローブ、またはアンチセンス核酸であり得るが、これに限定されない。

【0051】

本明細書で使われる用語「プローブ」とは、試料内の検出しようとする標的物質と特異的に結合できる物質であって、前記結合を通じて特異的に試料内の標的物質の存在を確認できる物質を意味する。プローブはオリゴヌクレオチドプローブ、単鎖ＤＮＡプローブ、二重鎖ＤＮＡプローブ、ＲＮＡプローブなどの形態で製作され得る。プローブの選択および混成化条件は当業界で公知になっているものに基づいて変形することができる。

【0052】

本明細書で使われる用語「プライマー」とは、相補的な鋳型（ｔｅｍｐｌａｔｅ）と塩基対（ｂａｓｅ ｐａｉｒ）を形成でき、鋳型鎖のコピーのための開始地点として機能をする核酸配列を意味する。プライマーの配列は必ずしも鋳型の配列と正確に同じである必要はなく、十分に相補的であるので鋳型と混成化され得るのであればよい。プライマーは適切な緩衝溶液および温度で重合反応のための試薬および異なる４つのヌクレオシド三リン酸（ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ）の存在下でＤＮＡ合成を開始することができる。ＰＣＲ条件、センスおよびアンチセンスプライマーの長さは当業界で公知になっているものに基づいて変形することができる。例えば、商業的に購入可能なプライマー設計用プログラムを使って設計することができる。

【0053】

本明細書で使われる用語「アンチセンス核酸」は、ターゲットとする遺伝子変異体に対する相補的なヌクレオチド配列を有しているので、それと二量体を形成できる核酸基盤の分子を意味する。前記アンチセンス核酸は、前記ポリヌクレオチドまたはそのフラグメント、またはこれらに相補的なものであり得る。前記アンチセンス核酸は長さが１０ｎｔ以上、より具体的には１０～２００ｎｔ、１０～１５０ｎｔ、または１０～１００ｎｔであるものであり得るが、検出特異性を増加させるために適切な長さを選択することができる。

【0054】

前記プライマー、プローブまたはアンチセンス核酸を使って、突然変異の位置に特定の対立因子を有するヌクレオチド配列を増幅したりその存在を確認することができる。

【0055】

前記製剤の例示として、次のようなプローブの配列情報を羅列することができる。

【0056】

【表5】

【0057】

これは、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２およびＴＮＦＡＩＰ３の２４個の遺伝子に対するＮＧＳパネルの全体配列のうち、体細胞配列変異が検出された染色体配列に対するプローブ配列情報を例示的に提示したものであり、前記突然変異検出製剤はこれに制限されない。前記プローブ配列は配列番号１～６５で表示した。

【0058】

また、前記蛋白質を検出できる製剤は、前記蛋白質に特異的に結合できるモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメリック（ｃｈｉｍｅｒｉｃ）抗体、これら抗体のフラグメント（ｓｃＦｖ）、またはアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）であり得るが、これに限定されない。

【0059】

本発明の他の側面は前記組成物を含む加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するためのキットを提供する。

【0060】

具体的には、前記キットは分析方法に適合な一種類またはそれ以上の他の構成成分の組成物、溶液または装置で構成され得る。例えば、前記キットはＲＴ－ＰＣＲ（Ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ）キット、ＤＮＡチップキット、ＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ－ｌｉｎｋｅｄ ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ ａｓｓａｙ）キット、蛋白質チップキットまたはラピッド（ｒａｐｉｄ）キットであり得る。

【0061】

本発明の他の側面は前記組成物を含む加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するための遺伝子分析用パネルを提供する。

【0062】

前記遺伝子分析用パネルは、複数個の目的遺伝子に対する突然変異が一つのパネルで構成された遺伝子変異検査方法である。前記遺伝子パネルはＮＧＳに基づくことができる。

【0063】

本発明の他の側面は、個体から分離された生物学的試料の遺伝子分析を通じて個体にクローン性造血誘発突然変異が存在するかどうかを確認する段階を含む、加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療のための情報を提供する方法を提供する。

【0064】

前記「クローン性造血誘発突然変異」、「個体」、「生物学的試料」、「加齢黄斑変性」、「発生予測」、「診断」および「治療」に対する説明は前述したものを参照する。

【0065】

本発明に係る加齢黄斑変性の発生予測、診断または治療に必要な情報を提供するために多様な統計処理方法が使われ得る。統計的処理方法として例えば、ロジスティック回帰分析方法が使われ得る。また、統計処理を通じて加齢黄斑変性に診断するために試験群と対照群間の有意差に関する信頼水準を決定することができる。統計処理に使われるデータは各マーカーに対して二重、三重または多重に分析された値である。このような統計的分析方法はバイオマーカーはもちろん、臨床および遺伝的データの統計的処理を通じて臨床的に有意な判断をするのに非常に有用である。

【0066】

一実施例において、前記遺伝子群から選択される一つ以上の遺伝子で突然変異が確認される場合、前記個体の加齢黄斑変性の発病率が高いと判断することができる。具体的には、前記方法は前記一つ以上の遺伝子の突然変異が存在すれば加齢黄斑変性の発生可能性が高いと判断する段階を追加で含むことができる。

【0067】

また、前記方法は前記遺伝子の突然変異が存在すれば、加齢黄斑変性の発病または進行の危険を減少させるために、患者において前記突然変異を抑制するか前記突然変異が存在する遺伝子の機能を回復または補充するための処置をする必要があると判断する段階を追加で含むことができる。例えば、前記方法を通じて特定加齢黄斑変性治療剤を投与する必要性に対するコンパニオン診断（ｃｏｍｐａｎｉｏｎ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）関連情報を提供することができる。

【0068】

本明細書で使われる用語「コンパニオン診断」とは、特定の治療薬物を特定患者に適用するための可能性を確認するための診断テストのうち一つを意味するもので、クローン性造血誘発突然変異の存在の有無を検出できる製剤またはこれで遂行される実験を通じて加齢黄斑変性治療対象を識別したりモニタリングすることを意味する。

【0069】

前記遺伝子分析は次世代ゲノムシーケンシング分析法（Ｎｅｘｔ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＮＧＳ）を利用することができる。例えば、次世代ゲノムシーケンシング分析法を活用して、全ゲノム塩基配列分析（Ｗｈｏｌｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、全エクソーム塩基配列分析（Ｗｈｏｌｅ Ｅｘｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、ＲＮＡ塩基配列分析（ＲＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）等のデータ処理を通じて生成された情報を分析することができる。

【0070】

本発明のさらに他の側面は、前述したようなクローン性造血誘発突然変異がある細胞株または動物モデルに加齢黄斑変性の予防または治療のための候補物質をテストすることを含む、加齢黄斑変性の予防または治療用物質をスクリーニングする方法を提供する。

【発明の実施のための形態】

【0071】

以下、本発明を実施例によって詳細に説明する。ただし、下記の実施例は本発明を例示するためのものに過ぎず、本発明は下記の実施例に限定されるものではない。

【0072】

実施例１．患者群および試料収集

【0073】

ソウル大学病院眼科で５０才以上の加齢黄斑変性患者１９７人およびソウル大学病院カンナム検診センターで５０才以上の正常対照群３２７８人の血液試料を収得した。本研究はソウル大学病院の医学研究倫理審議委員会（ＩＲＢ）の承認を得て進めた（ＩＲＢ Ｎｏ：２００１－１５１－１０９７）。

【0074】

実施例２．次世代塩基配列分析法を通じての体細胞変異検出

【0075】

確保された血液試料に含まれている免疫細胞の体細胞突然変異（ｓｏｍａｔｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎ）を検出するために、ゲノムＤＮＡを抽出して次世代塩基配列シーケンシング分析を遂行した。免疫細胞の一部で増殖した突然変異を測定して検出するためには、数十個の遺伝子の多様な位置で発生し得るので、予め定められていない突然変異の塩基配列を検出できなければならない。また、１～２％で存在する微細な突然変異を信頼性があるように検出できなければならない。このためには、次世代塩基配列シーケンシング（以下、ＮＧＳ）技術が最も最適なプラットフォームである。免疫細胞に発生した突然変異を検出するための過程は下記の通りである。
１．末梢血ＤＮＡ抽出
（１）検査対象の末梢血を２～３ｍｌ採取
（２）遠心分離を通じて白血球分画分離
（３）白血球分画からＤＮＡ抽出
２．ＮＧＳ機器で解釈できるように末梢血ＤＮＡをＮＧＳライブラリーに変換
（１）末梢血ＤＮＡを超音波や制限酵素を利用して適当な長さ（１５０～３００ ｂａｓｅ ｐａｉｒ）に切断
（２）切断されたＤＮＡにＮＧＳ機器に合うａｄａｐｔｅｒ塩基配列付着
３．遺伝子パネルを利用したターゲットＤＮＡ選別
（１）８９個の遺伝子標識子（Ｐｒｏｂｅ）ハイブリダイゼーション（Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）
（２）ハイブリダイゼーションが起きたＤＮＡのみ選別して抽出
４．ＮＧＳシーケンシング（塩基配列解読）および塩基配列分析
（１）選別されたＮＧＳライブラリー（Ｔａｒｇｅｔｅｄ ｌｉｂｒａｒｙ）をＮＧＳ機器に入力
（２）目標とする量のデータ生産：平均塩基配列解読深さ（Ｍｅａｎ Ｄｅｐｔｈ ｏｆ ｃｏｖｅｒａｇｅ ８００ｘ以上）
（３）ヒトの標準ゲノム（ｈｇ１９）と比較して突然変異塩基配列分別
（４）分別された塩基配列の機能予測および突然変異データベースマッチング
（５）結果判別

【0076】

この時、１～２％程度の微細な突然変異を信頼性があるように解読するために、ＮＧＳ塩基配列データは平均塩基配列解読深さ（Ｄｅｐｔｈ ｏｆ ｃｏｖｅｒａｇｅ）が８００以上とならなければならず、ノイズを最小限に抑制しなければならない。

【0077】

本実施例ではｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ方式でシーケンシング対象領域を捕獲する方法が適用され、シーケンシングライブラリーはペアエンド（ｐａｉｒｅｄ ｅｎｄ）方式（ｆｏｒｗａｒｄ／ｒｅｖｅｒｓｅ ｒｅａｄｓ適用、ｒｅａｄ ｌｅｎｇｔｈ＝１５０ ｂａｓｅ ｐａｉｒｓ）で製作して、イルミナシーケンサー（Ｎｏｖａ－Ｓｅｑ）を利用して生産した。ＮＧＳデータは対象遺伝子の全体エクソンをシーケンシングデータで含み、製作したＮＧＳターゲットパネル（特定のゲノム配列のみを対象にシーケンシング）は下記の総８９個の遺伝子を含んだ：

【0078】

ＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＡＴＭ、ＢＣＬ１１Ｂ、ＢＣＯＲ、ＢＣＯＲＬ１、ＢＩＲＣ３、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＣ３、ＣＡＲＤ１１、ＣＡＳＰ８、ＣＢＬ、ＣＤ５８、ＣＤ７９Ｂ、ＣＮＯＴ３、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＵＸ１、ＤＤＸ３Ｘ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＴＶ６、ＥＺＨ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＢＸＷ７、ＦＬＴ３、ＦＯＸＰ１、ＧＮＡＳ、ＧＮＢ１、ＧＰＳ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＩＤＨ２、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ２、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＪＡＲＩＤ２、ＫＤＭ６Ａ、ＫＩＴ、ＫＬＨＬ６、ＫＭＴ２Ｄ、ＫＲＡＳ、ＬＵＣ７Ｌ２、ＭＡＰ３Ｋ１、ＭＰＬ、ＭＹＤ８８、ＮＦ１、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＲＡＳ、ＰＤＳ５Ｂ、ＰＤＳＳ２、ＰＨＦ６、ＰＨＩＰ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＰＭ１Ｄ、ＰＲＤＭ１、ＰＲＰＦ４０Ｂ、ＰＴＥＮ、ＰＴＰＮ１１、ＲＡＤ２１、ＲＩＴ１、ＲＰＳ１５、ＳＥＴＤ２、ＳＥＴＤＢ１、ＳＦ１、ＳＦ３Ａ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＭＣ１Ａ、ＳＭＣ３、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＧ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＰ５３、Ｕ２ＡＦ１、ＶＨＬ、ＷＴ１、ＺＲＳＲ２およびＣＨＥＫ２．

【0079】

ＮＧＳデータは平均ＤＯＣ（Ｄｅｐｔｈ ｏｆ Ｃｏｖｅｒａｇｅ）が>＝８００ｘとなるように生産した。これは体細胞配列変異（Ｓｏｍａｔｉｃ ｖａｒｉａｎｔ）の最小検出限界（ＬＯＤ、Ｌｉｍｉｔ ｏｆ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ）を対立遺伝子頻度（Ｖａｒｉａｎｔ Ａｌｌｅｌｅ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ、ＶＡＦ）>＝１．５％で検出することを保障するためのＮＧＳデータ品質基準として適用したものである。体細胞配列変異を構成するＳＮＶ、Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ、Ｄｅｌｅｔｉｏｎ検出は、出願人が直接具現して多くの研究で検証されたことのある検出分析ソフトウェア（ｉｎｈｏｕｓｅ ｓｏｆｔｗａｒｅ）を通じて遂行したし、有効な体細胞配列変異に対する判定は下記のような基準を適用した。

【0080】

ａ）１．５％<＝ＶＡＦ<＝３０％値である配列変異

【0081】

ｂ）配列変異の証拠となる５'、３' ｒｅａｄｓがそれぞれ５個以上ずつ存在

【0082】

ｃ）配列変異による効果がｆｒａｍｅ ｓｈｉｆｔ、ｓｔｏｐ ｃｏｄｏｎ ｇａｉｎ、またはｓｐｌｉｃｅ ｄｏｎｏｒ／ａｃｃｅｐｔｏｒであることまたはａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｈａｎｇｅでありながら、がんゲノムデータベースで血液がん１回以上であるか固形がん１０回以上検出であるものを潜在的なドライバー（Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｄｒｉｖｅｒ、ＰＤ）と区分し、その他の体細胞配列変異をＮｏｎ－ＰＤに区分した。

【0083】

ｄ）１０００Ｇｅｎｏｍｅ ｐｒｏｊｅｃｔ、ＥＳＰ６５００、ｇｎｏｍＡｄのすべてにおいて０．２％以下の出現頻度

【0084】

ｅ）自らの配列検出頻度データベース基準Ｎｏｎ－ＰＤである場合、２％以下の出現頻度、ＰＤである場合でも偽陽性ＶＡＦ範囲から外れた信頼度（９９．９％）配列変異のみ採択

【0085】

以上の条件をすべて満足する配列変異を有効な体細胞配列変異に選別して実施例３に適用した。

【0086】

実施例３．データ分析Ｉ

【0087】

実施例３．１．陽性率を示す遺伝子の確認

【0088】

実施例３．１．１．加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0089】

前記加齢黄斑変性患者群１９７個のサンプルと正常対照群３２７８個のサンプルに対して、８９個の遺伝子の陽性率を調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。この時、陽性は対象遺伝子のうちいずれか一つでも対立遺伝子頻度（Ｖａｒｉａｎｔ ａｌｌｅｌｅ ｆｒａｃｔｉｏｎ、ＶＡＦ）１．５％以上の遺伝変異が検出される場合、陽性と定義した。分析結果を下記の表６に示した。

【0090】

【表6】

【0091】

表６を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（３６．０％ ｖｓ ２１．２％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。前記８９個の遺伝子群でＶＡＦ １．５％以上の体細胞配列変異を示した遺伝子を確認した結果、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１総３０個の遺伝子が選別された。各遺伝子の検出頻度を図１に示した。これから前記遺伝子のうちいずれか一つ以上の遺伝子に体細胞配列突然変異がある場合、加齢黄斑変性危険が有意に高いことが分かる。

【0092】

実施例３．１．２．湿性加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0093】

前記実施例３．１．１．で分析した全体加齢黄斑変性患者群の１９７個のサンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表７に示した。

【0094】

【表7】

【0095】

表７を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が湿性加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（３９．２％ ｖｓ ２１．２％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。前記８９個の遺伝子群でＶＡＦ １．５％以上の体細胞配列変異を示した遺伝子を確認した結果、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ１、ＡＳＸＬ２、ＣＤ５８、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＲＩＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＰＰＭ１Ｄ、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２、ＴＢＬ１ＸＲ１、ＴＥＴ２、ＴＮＦＡＩＰ３およびＵ２ＡＦ１総２８個の遺伝子が選別された。これから前記遺伝子のうちいずれか一つ以上の遺伝子に体細胞配列突然変異がある場合に湿性加齢黄斑変性危険が有意に高いことが分かる。

【0096】

実施例３．２．主要遺伝子に対する陽性率確認

【0097】

実施例３．２．１．加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0098】

加齢黄斑変性患者群と対照群に対してＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１ ３個の遺伝子に対する陽性率を調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。分析結果を下記の表８に示した。

【0099】

【表8】

【0100】

表８を参照すると、分析結果患者群の陽性率が対照群の陽性率より有意に高かった（２５．９％ ｖｓ １２．２％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。

【0101】

実施例３．２．２．湿性加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0102】

前記実施例３．２．１．で分析した全体加齢黄斑変性患者群の１９７個のサンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表９に示した。

【0103】

【表9】

【0104】

表９を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が湿性加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（２８．１％ ｖｓ １２．２％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。またＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１ ３個の遺伝子が湿性加齢黄斑変性の可否に及ぼす影響を調べるために、年齢と性別および喫煙の有無を補正してロジスティック回帰分析を施行した。その結果、オッズ比は１．５７（ＣＩ １．０２－２．４０、ｐ－ｖａｌｕｅ ０．０３８３）であり、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２またはＡＳＸＬ１遺伝子の体細胞配列変異が存在する場合、湿性加齢黄斑変性と有意な関連性を示した。

【0105】

実施例３．３．個別遺伝子に対する陽性率確認

【0106】

各個別遺伝子ＤＮＭＴ３ＡとＴＥＴ２の陽性率を患者群と対照群で調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。

【0107】

実施例３．３．１．加齢黄斑変性患者に対するＴＥＴ２陽性率分析

【0108】

まず、ＴＥＴ２遺伝子の分析結果を下記の表１０に示した。

【0109】

【表10】

【0110】

表１０を参照すると、ＴＥＴ２遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（８．６％ ｖｓ ２．４％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。また、ＴＥＴ２遺伝子が加齢黄斑変性の有無に及ぼす影響をロジスティック回帰分析で調査した。年齢、性別、喫煙の有無を補正して分析した結果、ＴＥＴ２遺伝子にＶＡＦ １．５％以上の体細胞配列変異が存在する場合は年齢、性別、喫煙の有無を補正して分析した時に黄斑変性の危険が有意に増加することを確認した（ＯＲ ２．１３、ＣＩ １．１１－４．１１、ｐ－ｖａｌｕｅ＝０．０２３５）。

【0111】

実施例３．３．２．湿性加齢黄斑変性患者に対するＴＥＴ２陽性率分析

【0112】

全体サンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表１１に示した。

【0113】

【表11】

【0114】

表１１を参照すると、ＴＥＴ２遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（９．２％ ｖｓ ２．４％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。また，ＴＥＴ２遺伝子が湿性加齢黄斑変性の可否に及ぼす影響を調べるために、年齢と性別および喫煙の有無を補正してロジスティック回帰分析を施行した。その結果、オッズ比は２．０２（ＣＩ ０．９９－４．１６、ｐ－ｖａｌｕｅ ０．０５４８）であり、ＴＥＴ２遺伝子の体細胞配列変異が存在する場合、湿性加齢黄斑変性の危険が増加する傾向を示した。

【0115】

実施例３．３．３．加齢黄斑変性患者に対するＤＮＭＴ３Ａ陽性率分析

【0116】

次に、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の分析結果を下記の表１２に示した。

【0117】

【表12】

【0118】

表１２を参照すると、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（１６．２％ ｖｓ ８．８％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。

【0119】

実施例３．３．４．湿性加齢黄斑変性患者に対するＤＮＭＴ３Ａ陽性率分析

【0120】

全体サンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表１３に示した。

【0121】

【表13】

【0122】

表１３を参照すると、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（１８．３％ ｖｓ ８．８％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。

【0123】

実施例４．データ分析ＩＩ

【0124】

実施例１で確保された試料を、ＶＡＦが２％以上の遺伝子変異が検出される場合を陽性と定義したことを除いては、実施例２と同一の方式で体細胞変異を検出、選別した。

【0125】

実施例４．１．陽性率を示す遺伝子の確認

【0126】

実施例４．１．１．加齢黄斑変性患者に対する陽性率分

【0127】

前記加齢黄斑変性患者群１９７個のサンプルと正常対照群３２７８個のサンプルに対して、８９個の遺伝子の陽性率を調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。この時、陽性は対象遺伝子のうちいずれか一つでも対立遺伝子頻度（Ｖａｒｉａｎｔ ａｌｌｅｌｅ ｆｒａｃｔｉｏｎ、ＶＡＦ）２％以上の遺伝変異が検出される場合、陽性と定義した。分析結果を下記の表１４に示した。

【0128】

【表14】

【0129】

表１４を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（２９．４％ ｖｓ １５．３％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。前記８９個の遺伝子群でＶＡＦ ２％以上の体細胞配列変異を示した遺伝子を確認した結果、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＡＰＣ、ＡＳＸＬ２、ＢＣＯＲ、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＰ３００、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＲＩＴ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＴ３、ＳＵＺ１２およびＴＮＦＡＩＰ３総２４個の遺伝子が選別された。各遺伝子の検出頻度を図２に示した。これから前記遺伝子のうちいずれか一つ以上に体細胞配列突然変異がある場合、加齢黄斑変性の危険で高い有意性を示していることが分かる。

【0130】

実施例４．１．２．湿性加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0131】

前記実施例４．１．１で分析した全体加齢黄斑変性患者群の１９７個のサンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表１５に示した。

【0132】

【表15】

【0133】

表１５を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が湿性加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（３１．４％ ｖｓ １５．３％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。前記８９個の遺伝子群でＶＡＦ ２％以上の体細胞配列変異を示した遺伝子を確認した結果、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２、ＡＳＸＬ１、ＳＥＴＤ２、ＫＭＴ２Ｄ、ＮＦ１、ＮＯＴＣＨ２、ＳＦ３Ｂ１、ＡＳＸＬ２、ＣＨＥＫ２、ＣＵＸ１、ＥＺＨ２、ＧＮＢ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＲＩＴ１、ＳＲＳＦ２、ＳＵＺ１２、ＡＰＣ、ＳＴＡＴ３およびＴＮＦＡＩＰ３総２１個の遺伝子が選別された。これから前記遺伝子のうち一つ以上に体細胞配列突然変異がある場合、湿性加齢黄斑変性の危険で高い有意性を示していることが分かる。

【0134】

実施例４．２．主要遺伝子に対する陽性率確認

【0135】

実施例４．２．１．加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0136】

加齢黄斑変性患者群と対照群に対してＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１ ３個の遺伝子に対する陽性率を調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。分析結果を下記の表１６に示した。

【0137】

【表16】

【0138】

表１６を参照すると、分析結果患者群の陽性率が対照群の陽性率より有意に高かった（２０．３％ ｖｓ ９．４％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。

【0139】

実施例４．２．２．湿性加齢黄斑変性患者に対する陽性率分析

【0140】

前記実施例４．２．１．で分析した全体加齢黄斑変性患者群の１９７個のサンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表１７に示した。

【0141】

【表17】

【0142】

表１７を参照すると、前記８９個の遺伝子群に対する陽性率が湿性加齢黄斑変性患者群で正常対照群より有意に高いことを確認した（２１．６％ ｖｓ ９．４％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。また、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２およびＡＳＸＬ１ ３個の遺伝子が湿性加齢黄斑変性の可否に及ぼす影響を調べるために、年齢と性別および喫煙の有無を補正してロジスティック回帰分析を施行した。その結果、オッズ比は１．３７（ＣＩ ０．８６－２．２０、ｐ－ｖａｌｕｅ ０．１８８１）であり、ＤＮＭＴ３Ａ、ＴＥＴ２またはＡＳＸＬ１遺伝子の体細胞配列変異が存在する場合、湿性加齢黄斑変性と有意な関連性を示した。

【0143】

実施例４．３．個別遺伝子に対する陽性率確認

【0144】

各個別遺伝子ＤＮＭＴ３ＡとＴＥＴ２の陽性率を患者群と対照群で調査し、陽性率の差をカイ二乗検定で分析した。

【0145】

実施例４．３．１．加齢黄斑変性患者に対するＴＥＴ２陽性率分析

【0146】

まず、ＴＥＴ２遺伝子の分析結果を下記の表１８に示した。

【0147】

【表18】

【0148】

表１８を参照すると、ＴＥＴ２遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（６．６％ ｖｓ １．８％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。また、ＴＥＴ２遺伝子が加齢黄斑変性の有無に及ぼす影響をロジスティック回帰分析で調査した。年齢、性別、喫煙の有無を補正して分析した結果、ＴＥＴ２遺伝子に体細胞配列変異が存在する場合、黄斑変性の危険が増加する傾向があることを確認した（ＯＲ １．９３、ＣＩ ０．９０－４．１６、ｐ－ｖａｌｕｅ＝０．０９１３）。

【0149】

実施例４．３．２．湿性加齢黄斑変性患者に対するＴＥＴ２陽性率分析

【0150】

全体サンプルのうち、湿性加齢黄斑変性１５３個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表１９に示した。

【0151】

【表19】

【0152】

表１９を参照すると、ＴＥＴ２遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（７．２％ ｖｓ １．８％、ｐ－ｖａｌｕｅ<０．００１）。またＴＥＴ２遺伝子が湿性加齢黄斑変性の可否に及ぼす影響を調べるために、年齢と性別および喫煙の有無を補正してロジスティック回帰分析を施行した。その結果、オッズ比は１．８３（ＣＩ ０．８０－４．２０、ｐ－ｖａｌｕｅ ０．１５１９）であり、ＴＥＴ２遺伝子の体細胞配列変異が存在する場合、湿性加齢黄斑変性の危険が増加する傾向を示した。

【0153】

実施例４．３．３．加齢黄斑変性患者に対するＤＮＭＴ３Ａ陽性率分析

【0154】

次に、遺伝子の分析結果を下記の表２０に示した。

【0155】

【表20】

【0156】

表２０を参照すると、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（１１．７％ ｖｓ ６．９％、ｐ－ｖａｌｕｅ＝０．０１１）。

【0157】

実施例４．３．４．湿性加齢黄斑変性患者に対するＤＮＭＴ３Ａ陽性率分析

【0158】

全体サンプルのうち湿性加齢黄斑変性７７個のサンプルに対して同一の分析を施行し、分析結果を下記の表２１に示した。

【0159】

【表21】

【0160】

表２１を参照すると、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子の陽性率は患者群で対照群より有意に高かった（１２．４％ ｖｓ ６．９％、ｐ－ｖａｌｕｅ＝０．００９）。

【図1】

【図2】

【国際調査報告】