特表 2023-540037 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的にする抗原結合分子

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-09-21

(54)【発明の名称】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的にする抗原結合分子

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/13 20060101AFI20230913BHJP

   C07K 16/10 20060101ALI20230913BHJP

   C07K 19/00 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 15/62 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230913BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20230913BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20230913BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20230913BHJP

【ＦＩ】

C12N15/13

C07K16/10 ZNA

C07K19/00

C12N15/62 Z

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

A61K39/395 S

A61P31/14

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023513355

(86)(22)【出願日】2021-08-26

(85)【翻訳文提出日】2023-04-06

(86)【国際出願番号】 US2021047757

(87)【国際公開番号】W WO2022047033

(87)【国際公開日】2022-03-03

(31)【優先権主張番号】63/070,707

(32)【優先日】2020-08-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

(71)【出願人】

【識別番号】520445473

【氏名又は名称】フラッグシップ パイオニアリング イノベーションズ シックス，エルエルシー

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】グリゴリアン， ゲボルグ

(72)【発明者】

【氏名】イングラハム， ジョン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C085

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA90X

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA25

4B065CA44

4C085AA14

4C085BA71

4C085BB41

4C085BB43

4C085BB50

4C085CC05

4C085DD33

4C085DD35

4C085DD62

4C085EE01

4C085GG02

4H045AA11

4H045AA30

4H045DA76

4H045EA22

4H045EA29

4H045FA72

4H045FA74

(57)【要約】

本発明は、様々な実施形態において、重症急性呼吸器症候群コロナウイルスのスパイク糖タンパク質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチド（例えば、ラクダ抗体及びその抗原結合断片）を提供する。本発明は、様々な実施形態において、ポリペプチドの１つ以上を含む融合タンパク質、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドの発現に適したベクター及び宿主細胞並びにウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）を処置するための方法も提供する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、
ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープを含むポリペプチド。

【請求項2】

免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含む、請求項１に記載のポリペプチド。

【請求項3】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４又は配列番号５のアミノ酸配列のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３と同一である重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｈ）アミノ酸配列を含むポリペプチド。

【請求項4】

ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
を含む単一ドメイン抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む、請求項３に記載のポリペプチド。

【請求項5】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号２のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｈ）を含み、
ａ）Ｘ_１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｖでないか；若しくは
ｃ）Ｘ_３は、Ｖでないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項6】

ａ）Ｘ_１は、Ｔ若しくはＶであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｖ若しくはＨであるか；又は
ａ）Ｘ_３は、Ｖ若しくはＬであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項５に記載のポリペプチド。

【請求項7】

ａ）Ｘ_１は、Ｖであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｈであるか；若しくは
ｃ）Ｘ_３は、Ｌであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項６に記載のポリペプチド。

【請求項8】

前記Ｖ_Ｈは、重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４又は配列番号５のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とアミノ酸配列において同一である重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）を含む、請求項５～７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項9】

前記Ｖ_Ｈは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも８５％同一である、請求項１～８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項10】

前記Ｖ_Ｈは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項11】

前記アミノ酸置換は、保存的置換である、請求項１０に記載のポリペプチド。

【請求項12】

前記アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である、請求項１１に記載のポリペプチド。

【請求項13】

前記Ｖ_Ｈは、ヒトフレームワーク領域を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項14】

単一ドメイン抗体又はその抗原結合断片である、請求項１～１３のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項15】

抗体重鎖定常ドメイン配列をさらに含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項16】

前記抗体重鎖定常ドメインは、ＩｇＡ定常ドメイン、ＩｇＤ定常ドメイン、ＩｇＥ定常ドメイン、ＩｇＧ定常ドメイン及びＩｇＭ定常ドメインからなる群から選択される、請求項１５に記載のポリペプチド。

【請求項17】

前記抗体重鎖定常ドメインは、ＩｇＧ１重鎖定常ドメインである、請求項１６に記載のポリペプチド。

【請求項18】

第２のポリペプチドに連結されている、請求項１～１７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項19】

前記第２のポリペプチドは、請求項１～１７のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む、請求項１８に記載のポリペプチド。

【請求項20】

前記第２のポリペプチドは、
ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含む単一ドメイン抗体のパラトープと同一であるパラトープ；
ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含む単一ドメイン抗体のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３と同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含むＶ_Ｈ；
ｃ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも８５％同一であるＶ_Ｈ；若しくは
ｄ）配列番号３のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含むＶ_Ｈ、又は
上記のいずれかの組み合わせ
を含む、請求項１８に記載のポリペプチド。

【請求項21】

ａ）前記ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号３、４若しくは５のアミノ酸配列を含むか；又は
ｂ）前記ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、及び前記第２のポリペプチドは、配列番号３、４若しくは５のアミノ酸配列を含む、請求項１８に記載のポリペプチド。

【請求項22】

前記ポリペプチド及び前記第２のポリペプチドは、リンカーを介して互いに連結されている、請求項１８～２１のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項23】

前記リンカーは、ジスルフィド結合である、請求項２２に記載のポリペプチド。

【請求項24】

免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｌ）に連結されている、請求項１～１７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項25】

前記ポリペプチド、前記第２のポリペプチド又は両方は、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｌ）を含む第３のポリペプチドに連結されている、請求項１８～２３のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項26】

前記第３のポリペプチドは、抗体軽鎖定常ドメイン配列をさらに含む、請求項２４又は２５に記載のポリペプチド。

【請求項27】

前記抗体軽鎖定常ドメインは、κ定常ドメイン又はλ定常ドメインからなる群から選択される、請求項２６に記載のポリペプチド。

【請求項28】

異種部分にコンジュゲートされている、請求項１～２７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項29】

前記異種部分は、治療剤、診断剤又はそれらの組み合わせである、請求項２８に記載のポリペプチド。

【請求項30】

前記異種部分は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子及び異種ポリペプチド配列又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項２８に記載のポリペプチド。

【請求項31】

前記ポリマーナノ粒子は、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む、請求項３０に記載のポリペプチド。

【請求項32】

前記異種ポリペプチド配列は、担体ポリペプチドを含む、請求項２８に記載のポリペプチド。

【請求項33】

前記担体ポリペプチドは、アルブミン又はＦｃポリペプチドである、請求項３２に記載のポリペプチド。

【請求項34】

ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１０μＭ以下のＫ_Ｄで結合するか；
ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；若しくは
ｃ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１～３３のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項35】

前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ及びＤ９５０Ｎを含み、且つ任意選択的にＧ１４２Ｄをさらに含む変異体である、請求項３４に記載のポリペプチド。

【請求項36】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１００ｎＭ以下のＫ_Ｄで結合する、請求項３４又は３５に記載のポリペプチド。

【請求項37】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％だけ低減する、請求項３４～３６のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項38】

前記ＡＣＥ２は、霊長類ＡＣＥ２である、請求項３４～３７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項39】

前記霊長類ＡＣＥ２は、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的タンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である、請求項３８に記載のポリペプチド。

【請求項40】

前記霊長類ＡＣＥ２は、チンパンジーＡＣＥ２、マカクＡＣＥ２、カニクイザルＡＣＥ２及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である、請求項３８に記載のポリペプチド。

【請求項41】

ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約３０％だけ低減する、請求項３４又は３５に記載のポリペプチド。

【請求項42】

請求項１～４１のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む融合タンパク質。

【請求項43】

請求項１～４１のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項４２に記載の融合タンパク質をコードする配列を含むポリヌクレオチド。

【請求項44】

請求項４３に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。

【請求項45】

請求項４３に記載のポリヌクレオチド又は請求項４４に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。

【請求項46】

請求項１～４１のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項４２に記載の融合タンパク質を含む組成物。

【請求項47】

１つ以上の医薬賦形剤、希釈剤又は担体をさらに含む、請求項４６に記載の組成物。

【請求項48】

処置を、それを必要とする対象において行う方法であって、有効量の、請求項４６又は４７に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。

【請求項49】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクと、対象における細胞との間の融合を阻害する方法であって、前記細胞を、有効量の、請求項４６又は４７に記載の組成物と接触させることを含む方法。

【請求項50】

前記対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有する、請求項４８又は４９に記載の方法。

【請求項51】

前記対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある、請求項４８又は４９に記載の方法。

【請求項52】

前記対象は、ヒトである、請求項４８～５１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項53】

前記対象は、心疾患を有する、請求項４８～５２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項54】

前記心疾患は、うっ血性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺心症、リウマチ性心疾患、心臓弁疾患、心筋症、心不全及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５３に記載の方法。

【請求項55】

前記心不全は、うっ血性心不全である、請求項５４に記載の方法。

【請求項56】

前記炎症性心疾患は、心内膜炎、心肥大、心筋炎及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５４に記載の方法。

【請求項57】

前記対象は、糖尿病を有する、請求項４８～５６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項58】

前記対象は、肺疾患を有する、請求項４８～５７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項59】

前記肺疾患は、急性呼吸促迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患、肺血管疾患、気道感染症及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項５８に記載の方法。

【請求項60】

ａ）前記気道感染症は、上気道感染症、下気道感染症若しくは肺炎であるか；
ｂ）前記胸膜腔疾患は、胸膜中皮腫若しくは緊張性気胸であるか；
ｃ）前記肺血管疾患は、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧若しくは出血であるか；又は
ｄ）それらの組み合わせ
である、請求項５９に記載の方法。

【請求項61】

前記対象は、喫煙者である、請求項４８～６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項62】

前記対象は、免疫力が低下している、請求項４８～６１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項63】

前記対象は、免疫抑制療法を受けている、請求項６２に記載の方法。

【請求項64】

前記対象は、４０歳以上である、請求項４８～６３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項65】

治療有効量のさらなる治療剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項４８～６４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項66】

前記さらなる治療剤は、抗ウイルス剤、ＡＣＥ２阻害剤、さらなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク結合抗体、抗生物質、抗マラリア剤、ワクチン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６５に記載の方法。

【請求項67】

ａ）前記さらなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク－結合抗体は、バムラニビマブ、エテセビマブ、カシリビマブ、イムデビマブ及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｂ）前記抗ウイルス剤は、オセルタミビル（タミフル）、ファビピラビル、アマンタジン、レムデシビル、リマンタジン、プレコナリル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｃ）前記ＡＣＥ２阻害剤は、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２変異体、抗ＡＣＥ２抗体及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｄ）前記抗生物質は、アジスロマイシンを含むか；
ｅ）前記抗マラリア剤は、クロロキンを含むか；
ｆ）前記ワクチンは、核酸ワクチン若しくは不活化ウイルスワクチンであるか；又は
ｇ）それらの組み合わせ
である、請求項６６に記載の方法。

【請求項68】

前記ワクチンは、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３又はそれらの組み合わせでる、請求項６７に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本出願は、２０２０年８月２６日に出願された米国仮特許出願第６３／０７０，７０７号明細書の利益を主張する。上記の出願の全教示は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

ＡＳＣＩＩテキストファイルの資料の参照による組み込み
本出願には、本明細書と同時に提出される以下のＡＳＣＩＩテキストファイルに含まれる配列表が参照により組み込まれる。
ａ）ファイル名：５７０８＿１０２９００１＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ；２０２１年８月２６日作成、サイズ３３，０１４ＫＢ。

【背景技術】

【0003】

新規なコロナウイルスであるＳＡＲＳ－コロナウイルス－２（ＳＡＲＳ－Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ－２）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、中国の武漢において最初に肺炎症例のクラスターを引き起こした（ＣＯＶＩＤ－１９）。２０２０年３月１日時点で、中国における７９，９６８名の患者が検査でＣＯＶＩＤ－１９陽性であり、２，８７３名の死亡が生じており、それは、３．６％の死亡率（９５％ＣＩ３．５～３．７）に匹敵するものであった（Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０））。しかし、この数値は、症候性患者におけるＣＯＶＩＤ－１９の潜在的脅威を過小評価したものであり得る（同上）。
ＣＯＶＩＤ－１９は、世界中で急速に蔓延しており、パンデミックをもたらしている。２０２０年４月２１日に世界保健機関からリリースされたコロナウイルス疾患（ＣＯＶＩＤ－２０１９）の状況報告では、２，３９７，２１６名の確定感染者及び１６２，９５６名の死亡が報告された。とりわけ、過去２４時間以内に８３，００６名の新しい症例及び５，１０９名の死亡が追加された。検疫、隔離及び感染の抑制対策は、疾患蔓延を予防すること及び病気になる者に対する支持療法に依存している（Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０））。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0004】

【非特許文献1】Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０）

【非特許文献2】Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０）

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

ＣＯＶＩＤ－１９の感染を予防するとともに、ＣＯＶＩＤ－１９患者を処置するための特定の抗ウイルス治療剤を開発することが決定的に必要である。

【課題を解決するための手段】

【0006】

本明細書に開示される発明は、部分的に、本発明のポリペプチドが重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２のスパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するという発見に基づいている。従って、本発明は、一般に、細胞へのスパイク（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）媒介ウイルス侵入を低減するために有用な組成物（例えば、ポリペプチド、医薬組成物）及び方法に関する。

【0007】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドが本明細書で提供される。一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープを含む。

【0008】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｈ）を含む。

【0009】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４又は配列番号５のアミノ酸配列のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３と同一である重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｈ）アミノ酸配列を含む。

【0010】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
を含む単一ドメイン抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。

【0011】

別の態様において、本発明は、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈを含むポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ_１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｖでないか；若しくは
ｃ）Ｘ_３は、Ｖでないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0012】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、単一ドメイン抗体又はその抗原結合断片である。

【0013】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、第２のポリペプチドに連結されている。「連結されている」という用語は、共有結合的又は非共有結合的相互作用を介して結合されていることを意味する。コンジュゲーションでは、好適な連結剤を使用することができる。非限定的な例としては、ペプチドリンカー、複合リンカー及び化学架橋剤が挙げられる。特定の実施形態において、リンカーは、ジスルフィド結合である。

【0014】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合タンパク質である。

【0015】

他の態様において、本発明は、本明細書に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、そのようなポリヌクレオチドを含むベクター及びそのようなポリヌクレオチド又はベクターを含む宿主細胞を提供する。

【0016】

別の態様において、本発明は、処置を、それを必要とする対象（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染を有する対象）において行う方法であって、有効量の、本明細書に開示されるポリペプチド又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0017】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクと細胞（例えば、対象における細胞）との間の融合を阻害する方法であって、細胞を、有効量の、本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）と接触させることを含む方法を提供する。

【0018】

特許又は出願ファイルは、色付けして作成された少なくとも１つの図面を含む。色付け図面を伴う本特許又は特許出願公開のコピーは、必要な料金の要求及び支払いの際に当局によって提供される。

【0019】

前述の内容は、添付の図面に示されているように、例示的な実施形態の以下のより具体的な説明から明らかであり、同様の参照文字は、異なる表示の全体にわたって同じ部分を参照している。図面は必ずしも原寸に比例しておらず、代わりに実施形態を説明することに重点が置かれている。

【図面の簡単な説明】

【0020】

【図1】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクの受容体結合ドメイン（ＲＢＤのアミノ酸配列（配列番号２１）を示す。本明細書に開示される参照抗体によって結合されるエピトープ残基がアスタリスクによって示される。

【図2】本発明のポリペプチドにおいて有用である重鎖可変（Ｖ_Ｈ）配列の非限定的な例のアライメントを表す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。パラトープ残基は、黒色「^＊」で示される。追加の考えられるパラトープ残基は、赤色「^＊」で示される。Ｘ_ｎ（ｎは、１～３の数である）の位置は、アライメントの下部の対応する数によって示される。表１のＶ_Ｈコンセンサス（配列番号２）も参照されたい。抗体配列は、参照ポリペプチド（参照）の配列及び構造からの情報を用いて計算的に作製された。パラトープ位置は、親構造における抗原の５オングストローム以内の抗体残基と定義された。

【図3】参照ＶＨＨ分子（参照）及び本発明の２つの変異体ＶＨＨ分子ＡＢ－１及びＡＢ－２の、ＣＯＶ－２ ＲＢＤに対する親和性を、酵母表面ディスプレイを用いる測定として表す。

【図4】本発明のポリペプチド（ＡＢ－１）が突然変異体ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２疑似ウイルスを中和する能力を図示する。バーは、親Ｄ６１４Ｇ－親ウイルスに対して出現する突然変異又は欠失を有する疑似ウイルスの抗体中和におけるＩＣ_５０値の倍数差（ＷＴ－突然変異体）／（ＷＴ）を表す。－２．５～２．５の値は、このアッセイにおいて有意でないと見なされる。

【発明を実施するための形態】

【0021】

実施形態例の説明は、以下の通りである。

【0022】

本発明のいくつかの態様は、あくまで例示を目的とする例を参照して以下で説明される。多数の具体的な詳細、関連性及び方法を記載することで本発明の十分な理解をもたらすことが理解されるべきである。しかし、関連する技術分野における当業者は、本発明が具体的な詳細の１つ若しくは複数を用いずに実施可能であるか、又は他の方法、プロトコル、試薬、細胞株及び動物を用いて実施可能であることを容易に理解するであろう。本発明は、一部の行為が他の行為又は事象と異なる順序で且つ／又は同時に行われ得ることから、行為又は事象の例示的順序によって限定されない。さらに、本発明に従って方法論を実現するために、例示的な行為、ステップ又は事象の全てが必要とされるわけではない。本明細書で説明又は参照される技術及び手順の多くは、当業者により、従来からの方法論を用いて十分に理解され、一般に利用される。

【0023】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチド
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質（ヒト宿主細胞などの宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの侵入を促進するタンパク質）の病原体である。理論によって拘束されない場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、宿主細胞の表面上の侵入受容体（例えば、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）又は膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２））に結合することによって感染を促進すると考えられる。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列の非限定的な例は、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ ＹＰ＿００９７２４３９０（配列番号１）である。

【化1】

【0024】

本明細書で用いられるとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の変異体並びに野生型及び変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の修飾形態を含む。

【0025】

一態様において、本発明は、配列番号１を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチドを提供する。

【0026】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクの変異体に結合する。いくつかの実施形態において、変異体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列（例えば、配列番号１）に対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列に対して少なくとも約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約９９．１％、約９９．２％、約９９．３％、約９９．４％、約９９．５％、約９９．６％、約９９．７％、約９９．８％又は約９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、約９０～９９．８％、約９２～９９．８％、約９２～９９．６％、約９４～９９．６％、約９４～９９．５％、約９５～９９．５％、約９５～９９．４％、約９６～９９．４％、約９６～９９．２％、約９７～９９．２％又は約９７～９９％である。

【0027】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｌ５Ｆ、Ｓ１３Ｉ、Ｔ１９Ｒ、Ａ６７Ｖ、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、Ｄ８０Ｇ、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、１４４ｄｅｌ、Ｗ１５２Ｃ、Ｅ１５４Ｋ、Ｆ１５７Ｓ、Ａ２２２Ｖ、Ｄ２５３Ｇ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｓ４９４Ｐ、Ｅ４８４Ｑ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ｆ５６５Ｌ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｑ６７７Ｈ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ａ７０１Ｖ、Ｔ７１６Ｉ、Ｔ８５９Ｎ、Ｆ８８８Ｌ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ９５０Ｎ、Ｑ９５７Ｒ、Ｑ１０７１Ｈ、Ｖ１１７６Ｆ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｋ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５の全ての突然変異を含む。

【0028】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ若しくはＫ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ及びＤ１１１８Ｈを含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ若しくはＫ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせをさらに含む。

【0029】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ若しくはＡ７０１Ｖ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ及びＡ７０１Ｖを含む。

【0030】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ若しくはＤ９５０Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ及びＤ９５０Ｎを含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｇ１４２Ｄをさらに含む。

【0031】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ａ２２２Ｖ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ若しくはＤ６１４Ｇ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0032】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ若しくはＤ６１４Ｇ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0033】

いくつかの実施形態において、修飾ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号１に対して、Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0034】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（配列番号１７）又はＲＢＤ内部のエピトープ（例えば、ＲＢＤコミュニティー７によって認識される）に結合する。

【化2】

【0035】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤの変異体又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤ内部のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、変異体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤ（例えば、配列番号１７）に対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば少なくとも約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約９９．１％、約９９．２％、約９９．３％、約９９．４％、約９９．５％、約９９．６％、約９９．７％、約９９．８％又は約９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、約９０～９９．８％、約９２～９９．８％、約９２～９９．６％、約９４～９９．６％、約９４～９９．５％、約９５～９９．５％、約９５～９９．４％、約９６～９９．４％、約９６～９９．２％、約９７～９９．２％又は約９７～９９％である。

【0036】

いくつかの実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１、配列番号１７）に結合し、且つ免疫グロブリン重鎖可変領域を含むポリペプチドは、配列番号６、配列番号７及び配列番号９の３つ全てを含むことはない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号６、配列番号７及び配列番号９から選択される１つ又は２つのＣＤＲを含む。

【0037】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号３と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含むポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、配列番号６、配列番号７及び配列番号９の３つ全てを含むことはない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号６、配列番号７及び配列番号９から選択される１つ又は２つのＣＤＲを含む。

【0038】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）に結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の１つ以上のエピトープ残基（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤ内の１つ以上のエピトープ残基）に結合する。

【0039】

本明細書で用いられるとき、「参照」又は「参照ポリペプチド」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に特異的に結合するポリペプチド（例えば、免疫グロブリン分子）を指し、本発明のポリペプチドではない。参照ポリペプチド及び本発明のポリペプチドの配列を比較し、それらの間の構造的差異（例えば、アミノ酸置換など、１つ以上のアミノ酸位置での差異）を図示することができる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、参照ポリペプチドと比較して、非実質性に留まらない差異（例えば、１つ以上の実質的差異）を有することになり、そのため、一般に、本発明のポリペプチドは、制御された条件下において、異なる機能の１つ以上（即ち１つ、２つ又は３つ全て）を異なる様式で示し、参照ポリペプチドと比較して、異なる結果を達成することになる。参照ポリペプチドは、本発明のポリペプチドと１つ以上のアミノ酸、例えばいくつかの実施形態において１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれを超えるアミノ酸だけ異なることになる。特定の実施形態では、参照ポリペプチドは、本発明によって提供されるポリペプチドと少なくとも約０．４％、約０．８％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％又はそれを超えるアミノ酸同一性だけ異なる。

【0040】

いくつかの実施形態において、「参照ポリペプチド」は、配列番号３のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈ領域を含む、本明細書で「参照抗体」と称される抗体である。参照抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに結合し、ＡＣＥ２との相互作用をブロックする単一ドメインラクダ抗体である。参照抗体についてのさらなる情報としては、例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）アクセッション６ＷＡＱ、Ｈｕｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｎａｎｏｂｏｄｉｅｓ ｂｉｎｄ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｓｐｉｋｅ ＲＢＤ ａｎｄ ｂｌｏｃｋ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＡＣＥ２，Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２７（９）：８４６－５４（２０２０）及びＷｒａｐｐ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂａｓｉｓ ｆｏｒ Ｐｏｔｅｎｔ Ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｅｓ ｂｙ Ｓｉｎｇｌｅ－Ｄｏｍａｉｎ Ｃａｍｅｌｉｄ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｅｌｌ １８１（５）：１００４－１５（２０２０））を参照されたい。

【0041】

本明細書で使用される場合、「配列同一性」という用語は、配列がアラインされて最大レベルのパーセンテージで表される同一性を達成するときに、２つのヌクレオチド配列又は２つのアミノ酸配列が同じ位置に同じ残基を有する程度を指す。配列アライメント及び比較のために、典型的には、１つの配列が参照配列として指定され、これと試験配列が比較される。参照配列と試験配列との間の配列同一性は、参照配列と試験配列のアライメント時に参照配列と試験配列が同じヌクレオチド又はアミノ酸を共有して最大レベルの同一性を達成する、参照配列の全長にわたる位置のパーセンテージとして表される。一例として、最大レベルの同一性を達成するためのアライメント時、試験配列が参照配列の全長にわたって同じ位置の７０％に同じヌクレオチド又はアミノ酸残基を有する場合、２つの配列は７０％の配列同一性を有すると見なされる。

【0042】

最大レベルの同一性を達成するための比較用の配列のアライメントは、適切なアライメント方法又はアルゴリズムを使用して、当業者によって容易に実施され得る。場合によっては、アライメントは、最大レベルの同一性を提供するために導入されたギャップを含み得る。例には、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所ホモロジーアルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ，及びＴＦＡＳＴＡ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）及び外観検査（一般的に、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙを参照されたい）が含まれる。

【0043】

配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列がコンピューターに入力され、その後必要に応じて座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。次に、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。パーセント配列同一性を決定するために一般的に使用されるツールは、米国国立衛生研究所の国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センターから入手可能なＰｒｏｔｅｉｎ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴＰ）である。（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９０）。

【0044】

「ポリペプチド」、「ペプチド」又は「タンパク質」という用語は、長さ又は翻訳後修飾（例えば、グリコシル化又はリン酸化）と無関係に、アミド結合によって共有結合的に連結された少なくとも２つのアミノ酸のポリマーを表す。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、任意の好適なＬ－及び／又はＤ－アミノ酸、例えば一般的なα－アミノ酸（例えば、アラニン、グリシン、バリン）、非α－アミノ酸（例えば、β－アラニン、４－アミノ酪酸、６－アミノカプロン酸、サルコシン、スタチン）及び珍しいアミノ酸（例えば、シトルリン、ホモシトルリン、ホモセリン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン）を含み得る。ペプチド上のアミノ、カルボキシル及び／又は他の官能基は、遊離型（例えば、非修飾）であり得るか又は好適な保護基で保護され得る。アミノ基及びカルボキシル基に適した保護基並びに保護基を付加又は除去するための方法は、当技術分野で公知であり、例えばＧｒｅｅｎ ａｎｄ Ｗｕｔｓ，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，”Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１に開示されている。また、タンパク質、ペプチド又はポリペプチドの官能基は、当技術分野で公知の方法を用いて、誘導体化（例えば、アルキル化）又は（例えば、フルオロゲン又はハプテンなどの検出可能な標識で）標識され得る。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、必要に応じて、１つ以上の修飾（例えば、アミノ酸リンカー、アシル化、アセチル化、アミド化、メチル化、末端修飾因子（例えば、環化修飾）、Ｎ－メチル－α－アミノ基置換）を含み得る。さらに、タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、公知の及び／又は天然に存在するペプチドの類似体、例えば保存的アミノ酸残基置換を有するペプチド類似体であり得る。

【0045】

一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープを含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｈ）を含む。

【0046】

配列番号４及び５について表１を、配列番号４及び５を含む抗体のパラトープ残基について図２を参照されたい。いくつかの実施形態において、パラトープは、配列番号２のＳ５２、Ｗ５３又はＹ５３、Ｓ５４、Ｇ５６、Ｓ５７、Ｔ５８、Ｙ５９、Ｇ１０２、Ｔ１０３又はＶ１０３、Ｖ１０４又はＨ１０４、Ｖ１０５又はＬ１０５、Ｓ１０６、Ｅ１０７、Ｗ１０８、Ｙ１１０及びＤ１１１に対応するアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態において、前記パラトープは、配列番号２のＧ５５及びＤ６２に対応するアミノ酸残基をさらに含む。

【0047】

「パラトープ」という用語は、標的タンパク質のエピトープとの結合相互作用に寄与する、抗体又はその抗原結合断片中のアミノ酸残基のセットを指す。結合相互作用は、水素結合、塩架橋、ファンデルワールス相互作用、イオン結合又はそれらの組み合わせであり得る。結合相互作用は、直接的又は例えばイオン若しくは水などの協調的な中間分子を介して間接的であり得る。パラトープの残基は、いくつかの実施形態において、定義されたＣＤＲの一部である残基のみを含む。他の実施形態では、パラトープの残基は、定義されたＣＤＲの一部ではない１つ以上の残基をさらに含む。

【0048】

いくつかの実施形態において、パラトープは、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満、例えばエピトープから約４．５、約４．０、約３．５、約３．０、約２．５、約２．４、約２．３、約２．２、約２．１、約２．０、約１．９、約１．８、約１．７、約１．６、約１．５、約１．４、約１．３、約１．２、約１．１、約１．０若しくは約０．９オングストローム未満又は約０．９～５．０、約０．９～４．８．約１．０～５、約１．０～４．５、約１．０～４．０、約１．０～３．５、約１．１～３．５、約１．１～３．０、約１．２～３．０、約１．２～２．５、約１．３～２．５、約１．３～２．４、約１．４～２．４、約１．４～２．３、約１．５～２．３、約１．５～２．２、約１．６～２．２、約１．６～２．１、約１．７～２．１、約１．７～２．０若しくは約１．８～２．０オングストロームにわたり配向される。いくつかの実施形態において、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、パラトープを構成するアミノ酸残基の全てが標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満にわたり配向される。他の実施形態では、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、パラトープにおけるパラトープを構成するアミノ酸残基の全て未満（例えば、アミノ酸残基の約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％）が標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満にわたり配向される。

【0049】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるパラトープを含むポリペプチドは、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｌ）をさらに含む。

【0050】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４又は配列番号５のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とアミノ酸配列において同一である重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）を含むＶ_Ｈアミノ酸配列を含む。

【0051】

ＣＤＲ（例えば、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及び／又はＨＣＤＲ３）は、本明細書でさらに記載の通り、抗体のＣＤＲ残基を同定するための任意の当技術分野で承認されている方法によって定義されたＣＤＲ（例えば、Ｋａｂａｔによって定義されたＣＤＲ、Ｃｈｏｔｈｉａによって定義されたＣＤＲ）であり得る。

【0052】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４；又は
ｂ）配列番号５
のアミノ酸配列を含む単一ドメイン抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。

【0053】

別の態様において、本発明は、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ_１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｖでないか；若しくは
ｃ）Ｘ_３は、Ｖでないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0054】

配列番号２として同定された配列は、以下に示され、それは、本明細書中の配列番号３～５におけるコンセンサスＶ_Ｈ配列である。

【化3】

【0055】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_１は、Ｔ若しくはＶであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｖ若しくはＨであるか；又は
ｃ）Ｘ_３は、Ｖ若しくはＬであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0056】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_１は、Ｖであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｈであるか；若しくは
ｃ）Ｘ_３は、Ｌであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0057】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｔでない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｔ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｖでない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｖ又はＨである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｈである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｖでない。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｖ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｌである。

【0058】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４又は配列番号５のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とアミノ酸配列において同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含むＶ_Ｈを含む（配列番号４及び５について表１を、対応するＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列について図２を参照されたい）。

【0059】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｈを含む。例えば、Ｖ_Ｈは、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。配列番号３として同定された配列は、以下に示され、それは、ヒトＶ_Ｈドメインに対応する。

【化4】

【0060】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｈを含む。例えば、Ｖ_Ｈは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。

【0061】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号１５若しくは配列番号１６又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む。例えば、アミノ酸配列は、配列番号１５又は配列番号１６又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、アミノ酸配列は、配列番号１５若しくは配列番号１６又は上記の組み合わせのアミノ酸配列と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。

【0062】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｈを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号３のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0063】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｈを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号４若しくは配列番号５又は上記の組み合わせのアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0064】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号１５若しくは配列番号１６又は上記の組み合わせのアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むアミノ酸配列を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、アミノ酸配列は、配列番号１５若しくは配列番号１６又は上記の組み合わせのアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0065】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。「保存的アミノ酸置換」又は「保存的置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において、０以上の値を有するアミノ酸置換を指す。

【0066】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。「高度に保存的なアミノ酸置換」又は「高度に保存的な置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において、少なくとも１（例えば、少なくとも２）の値を有するアミノ酸置換を指す。

【0067】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号４又は配列番号５のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含むＶ_Ｈを含む。

【0068】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号１５又は配列番号１６のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含む。

【0069】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、ヒトフレームワーク領域を含むＶ_Ｈを含む。

【0070】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、抗体（例えば、全抗体、インタクトな抗体）又は抗体の抗原結合断片などの免疫グロブリン分子である。本明細書で用いられるとき、「抗体」という用語は、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に、免疫グロブリン分子の可変領域内に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を介して特異的に結合する能力がある免疫グロブリン分子を指す。本明細書で用いられるとき、「抗体」という用語は、完全長抗体を指す。

【0071】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、単一ドメイン抗体又はその抗原結合断片である。本明細書で用いられるとき、「単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）」又は「ナノボディ」という用語は、単一の単量体可変抗体ドメインからなり、標的に特異的に結合する能力がある免疫グロブリン分子を指す。単一ドメイン抗体は、マウス抗体、ヒト抗体又はヒト化単一ドメイン抗体などの任意の種であり得る。

【0072】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、２つ以上の重鎖を含むが、軽鎖を欠いている重鎖抗体又はその抗原結合断片である。重鎖抗体の非限定的な例としては、ラクダＶｈｈ（ＶＨＨ又はＶ_ＨＨとも称される）抗体が挙げられる。ラクダ抗体は、ラマ、ラクダ及びアルカパを含む哺乳類のラクダ科（Ｃａｍｅｌｉｄａｅ）からの抗体である。

【0073】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、ジスルフィド結合によって相互接続された２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む抗体又はその多量体（例えば、ＩｇＭ）である。各重鎖は、重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）及び重鎖定常領域（ドメインＣＨ１、ヒンジＣＨ２及びＣＨ３を含む）を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）及び軽鎖定常領域（ＣＬ）を含む。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）内に散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域にさらに細分化され得る。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌは、アミノ末端からカルボキシ末端にかけてＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３及びＦＲ４の順序で配列された３つのＣＤＲ及び４つのＦＲセグメントをそれぞれ含む。抗体は、マウス抗体、ヒト抗体又はヒト化抗体などの任意の種であり得る。

【0074】

抗体のフレームワーク領域及びＣＤＲの範囲は、当技術分野で周知であるいくつかの好適な方法論の１つを用いて、例えばＫａｂａｔ定義、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、ＡｂＭ定義及び／又は接触定義によって同定され得る。フレームワーク及び／又はＣＤＲ領域を同定するための公的に及び／又は商業的に利用されるツールは、ＩｇＢｌａｓｔ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／でアクセス可能）、Ｓｃａｌｉｇｎｅｒ（ｗｗｗ．ｓｃａｌｉｇｎｅｒ．ｃｏｍ／のｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎｔｅｃｈから入手可能）、ＩＭＧＴ規則及び／又はツール（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ＩＭＧＴ－ＦＲＣＤＲｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．ｈｔｍｌを参照されたい、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／でもアクセス可能）、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃａｎｏｎｉｃａｌ Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ（ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ｃｈｏｔｈｉａ．ｈｔｍｌでアクセス可能）、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＣａｌｓｓｉｆｉｃａｔｉＩｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ，ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｎｅｗｓａｂｄａｂ／ｓａｂｐｒｅｄ／ａｎａｒｃｉ／でアクセス可能）又はＰａｒａｔｏｍｅウェブサーバー（ｗｗｗ．ｏｆｒａｎｌａｂ．ｏｒｇ／ｐａｒａｔｏｍｅ／でアクセス可能、Ｖｅｒｅｄ Ｋｕｎｉｋ，ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅ ４０，Ｉｓｓｕｅ Ｗ１，１ Ｊｕｌｙ ２０１２，Ｐａｇｅｓ Ｗ５２１－Ｗ５２４を参照されたい）を含む。

【0075】

本明細書で用いられるとき、「ＣＤＲ」は、抗体上のＣＤＲ残基を同定するための当技術分野で承認されている方法によって定義される任意のＣＤＲを包含する。例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２，Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７７；Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．，（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；Ａｌ－ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８；及びＡｌｍａｇｒｏ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１７：１３２－１４３（２００４）を参照されたい。ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋ及びｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓも参照されたい。２つの抗体は、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及び／又はＬＣＤＲ３に関して、そのＣＤＲの同一性が両抗体において同じ方法を用いて決定されるとき、相互に同じＣＤＲを有するように決定される。

【0076】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、抗体の抗原結合断片である。「抗原結合断片」という用語は、親完全長単一ドメイン抗体の抗原結合特性を保持する免疫グロブリン分子（例えば、単一ドメイン抗体）の一部を指す。抗原結合断片の非限定的な例には、Ｖ_Ｈ領域、Ｖ_Ｌ領域、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）_２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片及び１つのＶ_Ｈドメイン又は１つのＶ_Ｌドメインからなるドメイン抗体（ｄＡｂ）などが挙げられる。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインは、Ｖ_Ｈ／Ｖ_Ｌドメインが分子内で対合する場合又は分子間的にＶ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインが別々の鎖によって表されるような場合に様々なタイプの一本鎖抗体設計を形成し、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）又はダイアボディーなどの一価抗原結合部位を形成するため、合成リンカーを介して一緒に連結され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ又はＦｖから選択される抗原結合断片である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ｓｃＦｖである。

【0077】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド（例えば、抗体又は抗原結合断片）は、細胞ベースの療法に組み込まれる。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、改変されたＴ細胞受容体である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、（例えば、Ｔ（ＣＡＲ－Ｔ）細胞、ナチュラルキラー（ＣＡＲ－ＮＫ）細胞又はマクロファージ（ＣＡＲ－Ｍ）細胞で発現される）キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、膜貫通ドメイン及び抗原認識部分を含み、抗原認識部分は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、例えばＲＢＤコミュニティー７によって認識されるＲＢＤ内のエピトープ）に結合する。

【0078】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、抗体模倣物である。「抗体模倣物」という用語は、抗体の抗原に結合する能力を模倣することができるが、天然の単鎖抗体構造と構造的に異なるポリペプチドを指す。抗体模倣物の非限定的な例には、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アビマー、ダルピン、フィノマー、クニッツドメインペプチド、モノボディー、ナノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ及びバーサボディが挙げられる。

【0079】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、抗体重鎖定常ドメイン配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域及びＩｇＭ定常領域からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ定常領域は、ＩｇＧ１定常領域、ＩｇＧ２定常領域、ＩｇＧ３定常領域又はＩｇＧ４定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ２定常領域は、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ定常領域又はＩｇＧ２ｃ定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＡ定常領域は、ＩｇＡ１定常領域又はＩｇＡ２定常領域である。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域（例えば、ＩＧＨＶ５－５１）である。

【0080】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（Ｖ_Ｌ）をさらに含む。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインは、リンカー（例えば、合成リンカー）を介して共に連結され、様々なタイプの一本鎖抗体設計であって、Ｖ_Ｈ／Ｖ_Ｌドメインが分子内で対合する場合又は分子間的にＶ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインが別々の鎖によって発現されるような場合の一本鎖抗体設計を形成し、一価抗原結合部位を形成することができる。

【0081】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、抗体軽鎖定常ドメイン配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常ドメインは、κ定常ドメイン及びλ定常ドメインからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域であり、抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域である。

【0082】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号１２として同定された配列は、以下に示される。

【化5】

【0083】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号１３及び配列番号１４として同定された配列は、以下に示される。
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１３）
ＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号１４）

【0084】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号１２のアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号１２のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0085】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0086】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。

【0087】

いくつかの実施形態において、本明細書で開示されるポリペプチドは、第２のポリペプチドに連結される。

【0088】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド及び第２のポリペプチドは、リンカーを介して互いに連結される。いくつかの実施形態において、リンカーは、ジスルフィド結合である。

【0089】

いくつかの実施形態において、第２のポリペプチドは、本明細書に記載のポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、第２のポリペプチドは、
ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含む単一ドメイン抗体のパラトープと同一であるパラトープ；
ｂ）配列番号３のアミノ酸配列を含む単一ドメイン抗体のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３と同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含むＶ_Ｈ；
ｃ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも８５％同一であるＶ_Ｈ；若しくは
ｄ）配列番号３のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含むＶ_Ｈ、又は
上記のいずれかの組み合わせを含む。

【0090】

いくつかの実施形態において、
ａ）ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３、４若しくは５のアミノ酸配列を含むか；又は
ｂ）ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３、４若しくは５のアミノ酸配列を含む。

【0091】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。

【0092】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含み、及び第２のポリペプチドは、配列番号１６のアミノ酸配列を含む。

【0093】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド、第２のポリペプチド又は両方は、Ｖ_Ｌを含む第３のポリペプチドに連結される。

【0094】

いくつかの実施形態において、第３のポリペプチドは、抗体軽鎖定常ドメイン配列をさらに含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常ドメインは、κ定常ドメイン及びλ定常ドメインからなる群から選択される。

【0095】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。

【0096】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号１３又は配列番号１４のアミノ酸配列に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。

【0097】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイク、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイク変異体又はその組み合わせへの結合に対して、参照抗体と競合し、ここで、参照抗体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに特異的に結合する。「特異的に結合すること」又は「特異的に結合する」という用語は、抗体又はその抗原結合断片と、そのエピトープとの間の、他の抗原又はアミノ酸配列に対する、優先的相互作用、即ち有意により高い結合親和性を指す。

【0098】

いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号３のＶ_Ｈアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号６、配列番号７及び配列番号９のそれぞれＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。

【0099】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、単離されたポリペプチドである。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、組換え的に作製される。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、合成的に生成される。

【0100】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、異種部分にコンジュゲートされている。「コンジュゲート」という用語は、共有又は非共有相互作用を介して結合することを指す。コンジュゲーションは、適切な連結剤のいずれかを使用することができる。非限定的な例には、ペプチドリンカー、化合物リンカー及び化学的架橋剤が含まれる。

【0101】

いくつかの実施形態において、異種部分は、治療剤、診断薬又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態において、異種部分は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、ナノ粒子、多量体化ドメイン及び担体ペプチドである。

【0102】

いくつかの実施形態において、ナノ粒子は脂質ナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ナノ粒子はポリマーナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ポリマーは両親媒性ポリマーである。他の実施形態において、ポリマーは、疎水性又は親水性ポリマーである。ポリマーの非限定的な例には、ポリ（乳酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ｄ－α－トコフェリルポリエチレングリコールコハク酸塩、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－エチレンオキシドフマル酸塩、ポリ（グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリカプロラクトン－ポリ（エチレングリコール）又はそれらの塩が含まれる。いくつかの実施形態において、ポリマーナノ粒子は、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む。

【0103】

いくつかの実施形態において、担体ポリペプチドは、アルブミン又はＦｃポリペプチドである。

【0104】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、
ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤのアミノ酸残基Ｙ３６、Ｎ３７、Ｓ３８、Ｔ３９、Ｆ４０、Ｆ４１、Ｓ４２、Ｔ４３、Ｆ４４、Ｋ４５、Ｃ４６、Ａ５１、Ｔ５２、Ｇ７１、Ｄ７２、Ｖ７４、Ｒ７５、Ｉ１６９、Ｇ１７０及びＹ１７４に対応するアミノ酸残基を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのエピトープに結合する能力があるか；
ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１０μＭ以下の親和性で結合するか；
ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；若しくは
ｄ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0105】

野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイク配列の非限定的な例は、配列番号２１である。

【化6】

【0106】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤのアミノ酸残基Ｙ３６、Ｎ３７、Ｓ３８、Ｔ３９、Ｆ４０、Ｆ４１、Ｓ４２、Ｔ４３、Ｆ４４、Ｋ４５、Ｃ４６、Ａ５１、Ｔ５２、Ｇ７１、Ｄ７２、Ｖ７４、Ｒ７５、Ｉ１６９、Ｇ１７０及びＹ１７４に対応するアミノ酸残基を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのエピトープに結合する能力がある。特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ１ ＲＢＤ、例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ ＲＢＤのアミノ酸残基Ｙ３６、Ｎ３７、Ｓ３８、Ｔ３９、Ｆ４０、Ｆ４１、Ｓ４２、Ｔ４３、Ｆ４４、Ｋ４５、Ｃ４６、Ａ５１、Ｔ５２、Ｇ７１、Ｄ７２、Ｖ７４、Ｒ７５、Ｉ１６９、Ｇ１７０及びＹ１７４にも結合し得る。

【0107】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約１０μＭ以下の結合定数（Ｋ_Ｄ）で結合する。本明細書で用いられるとき、「結合定数」、「平衡解離定数」又は「親和性定数」とも称される、「Ｋ_Ｄ」という用語は、２つの分子種（例えば、抗体及び標的タンパク質）間の可逆的会合の範囲の尺度であり、実際の結合親和性と見かけの結合親和性の両方を含む。結合親和性は、当技術分野で公知の方法を用いて、例えば表面プラズモン共鳴の測定により、例えばバイオレイヤー干渉法（Ｏｃｔｅｔ，ＦｏｒｔｅＢｉｏ）又は表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ）のシステム及びアッセイを用いて決定することができる。結合親和性及び動力学を測定するために、様々な表面技術を比較する参考文献は、Ｙａｎｇ，Ｄ．，Ｓｉｎｇｈ，Ａ．，Ｗｕ，Ｈ．，＆Ｋｒｏｅ－Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｒ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ｐｌａｔｆｏｒｍｓ ｉｎ ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｇｈ ａｆｆｉｎｉｔｙ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｋｉｎｅｔｉｃｓ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５０８：７８－９６（２０１６）（その内容は、参照により全体として本明細書に組み込まれる）である。

【0108】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約５μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満のＫ_Ｄで結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１００ｎＭ以下のＫ_Ｄで結合する。

【0109】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約１０^－１０～１０^－５Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ又は約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0110】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、例えばＲＢＤコミュニティー７によって認識されるＲＢＤ内のエピトープ）又はその変異体に、約１０^－６Ｍ以下、例えば約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満；又は約１０^－１０～１０^－６Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－７Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－７Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－７Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－７Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ若しくは約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0111】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに、約１０μＭ以下のＫ_Ｄで結合する。いくつかの実施形態において、Ｋ_Ｄは、約５μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに、約１０^－１０～１０^－５Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ又は約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0112】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、例えばＲＢＤコミュニティー７によって認識されるＲＢＤ内のエピトープ）又はその変異体に約１０^６／Ｍｓ以下、例えば約５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^５／Ｍｓ、約１０^５／Ｍｓ、約５×１０^４／Ｍｓ、約２×１０^４／Ｍｓ、約１０^４／Ｍｓ若しくはそれ未満；又は約１０^４～１０^６／Ｍｓ、約１０^４～５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^４～５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^４～２×１０^５／Ｍｓ、約５×１０^４～２×１０^５／Ｍｓ若しくは約５×１０^４～１０^５／Ｍｓの会合定数で結合する。

【0113】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えばＲＢＤコミュニティー７によって認識されるＲＢＤ内のエピトープ）又はその変異体に約１０^－２／ｓ以下、例えば約８×１０^－３／ｓ、約６×１０^－３／ｓ、約４×１０^－３／ｓ、約２×１０^－３／ｓ、約１０^－３／ｓ、約８×１０^－４／ｓ、約６×１０^－４／ｓ、約４×１０^－４／ｓ、約２×１０^－４／ｓ、約１０^－４／ｓ、約８×１０^－５／ｓ、約６×１０^－５／ｓ、約４×１０^－５／ｓ、約２×１０^－５／ｓ、約１０^－５／ｓ、約８×１０^－６／ｓ、約６×１０^－６／ｓ、約４×１０^－６／ｓ、約２×１０^－６／ｓ若しくは約１０^－６／ｓ又はそれ未満；又は約１０^－６～１０^－２／ｓ、約２×１０^－６～１０^－２／ｓ、約２×１０^－６～５×１０^－３／ｓ、約５×１０^－６～５×１０^－３／ｓ、約５×１０^－６～２×１０^－３／ｓ、約１０^－５～２×１０^－３／ｓ、約１０^－５～１０^－３／ｓ、約２×１０^－５～１０^－３／ｓ、約２×１０^－５～５×１０^－４／ｓ、約５×１０^－５～５×１０^－４／ｓ、約５×１０^－５～２×１０^－４／ｓ若しくは約１０^－４～２×１０^－４／ｓの解離定数で結合する。

【0114】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、例えばＲＢＤコミュニティー７によって認識されるＲＢＤ内のエピトープ）又はその変異体に、約０．０５以上、例えば、約０．１、約０．１５、約０．２、約０．２５、約０．３、約０．３５、約０．４、約０．４５、約０．５、約０．５５、約０．６、約０．６５、約０．７、約０．７５、約０．８、約０．８５、約０．９、約０．９５、約１．０、約１．１、約１．２、約１．３、約１．４、約１．５、約１．６、約１．７、約１．８、約１．９、約２．０若しくはそれ以上；又は約０．１～２．０、約０．１５～２．０、約０．１５～１．８、約０．２～１．８、約０．２～１．６、約０．２５～１．６、約０．２５～１．４、約０．３～１．４、約０．３～１．２、約０．３５～１．２、約０．３５～１．０、約０．４～１．０、約０．４～０．９５、約０．４５～０．９５、約０．４５～０．９、約０．５～０．９、約０．５～０．８５、約０．５５～０．８５、約０．５５～０．８、約０．６～０．８、約０．６～０．７５、約０．６５～０．７５若しくは約０．６５～０．７のＲ_ｍａｘで結合する。

【0115】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクの侵入受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２－スパイクのＳ１サブユニット受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）への結合に対して、侵入受容体（例えば、ＡＣＥ２）と競合する。

【0116】

いくつかの実施形態において、侵入受容体は、ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、哺乳類ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、霊長類ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的なタンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、チンパンジーＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｊ８ＫＵ９６、ＸＰ＿０１６７９８４６８．１、ＸＰ＿０１６７９８４６９．１、ＰＮＩ３８５７８．１）、マカクＡＣＥ２（例えば、Ｂ６ＤＵＦ２、ＮＰ＿００１１２９１６８．１、ＸＰ＿０２４６４７４５０．１）、カニクイザルＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｋ５Ｘ２８３、ＸＰ＿００５５９３０９４．１）及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である。

【0117】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を少なくとも約１０％だけ低減する。例えば、少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0118】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば約８５％、約８０％、約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％又は約１％未満である。

【0119】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えばポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0120】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクのその細胞標的受容体への結合を少なくとも約１０％だけ低減する。例えば、少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。

【0121】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を約２５，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば約２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２，５００ｎｇ／ｍＬ、約１，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５０ｎｇ／ｍＬ、約５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０ｎｇ／ｍＬ、約１００ｎｇ／ｍＬ、約７５ｎｇ／ｍＬ、約５０ｎｇ／ｍＬ、約２５ｎｇ／ｍＬ若しくは約１０ｎｇ／ｍＬ又はそれ未満；例えば約１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、約５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ若しくは約５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ_５０で中和する。

【0122】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、ラクダ抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を約５０，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば約２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２，５００ｎｇ／ｍＬ、約１，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５０ｎｇ／ｍＬ、約５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０ｎｇ／ｍＬ、約１００ｎｇ／ｍＬ、約７５ｎｇ／ｍＬ、約５０ｎｇ／ｍＬ、約２５ｎｇ／ｍＬ若しくは約１０ｎｇ／ｍＬ又はそれ未満；例えば約１０～５０，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、約５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ若しくは約５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ_８０で中和する。

【0123】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼ（ＴＭＰＲＳＳ２））への結合を低減する。理論に拘束されない場合、一次標的細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク活性化及び初期ウイルス侵入を媒介する主な宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。

【0124】

いくつかの実施形態において、宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、哺乳類ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、霊長類ＴＭＰＲＳＳ２、例えばヒトＴＭＰＲＳＳ２又は非ヒト霊長類ＴＭＰＲＳＳ２（例えば、チンパンジーＴＭＰＲＳＳ２、マカクＴＭＰＲＳＳ２又はカニクイザルＴＭＰＲＳＳ２）である。

【0125】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）への結合を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ低減する。

【0126】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば約８５％、約８０％、約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％又は約１％未満である。

【0127】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えばポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0128】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）への侵入を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞への侵入を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ低減する。

【0129】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％だけ低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0130】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％だけ低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0131】

感染性又は再感染は、疑似ウイルス中和アッセイ又は生ウイルス中和アッセイなどの技術を用いて測定することができる（例えば、Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ａ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－９５（２０２０）を参照されたく、その内容は、参照により本明細書に組み込まれる）。キット、例えばＧｅｎＳｃｒｉｐｔ ｃＰａｓｓ（商標）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体検出キット（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）は、製造業者のプロトコルに従って使用することができる。

【0132】

いくつかの実施形態において、宿主細胞は、肺ＩＩ型肺細胞、回腸吸収性腸細胞、鼻杯分泌細胞及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。

【0133】

融合タンパク質
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される１つ以上のポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。

【0134】

「融合タンパク質」という用語は、合成、半合成又は組換えの単一タンパク質分子を指す。融合タンパク質は、共有結合（例えば、ペプチド結合）によって結合される２つ以上の異なるタンパク質及び／又はポリペプチドの全部又は一部を含み得る。本発明の融合タンパク質は、当技術分野で周知の通常の方法及び試薬を使用して、組換え又は合成により産生することができる。例えば、本発明の融合タンパク質は、当技術分野で公知の方法に従って、適切な宿主細胞（例えば、細菌）において組換えにより産生することができる。たとえば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９２；及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。例えば、本明細書に記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、適切な宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））において導入及び発現することができ、発現された融合タンパク質は、通常の方法及び容易に入手可能な試薬を使用して、宿主細胞（例えば、封入体中）から単離／精製することができる。例えば、異なるタンパク質配列（例えば、光応答性ドメイン、異種ペプチド成分）をコードするＤＮＡ断片は、従来の技術に従って、インフレームで一緒に連結することができる。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化されたＤＮＡシンセサイザーを含む従来技術によって合成することができる。代わりに、核酸断片のＰＣＲ増幅は、２つの連続する核酸断片間に相補的なオーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して実行でき、その後、アニーリング及び再増幅してキメラ核酸配列を生成できる（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９２を参照されたい）。

【0135】

核酸、発現ベクター、発現宿主細胞
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、単一のポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、複数のポリヌクレオチドによってコードされる。

【0136】

いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、選択された宿主細胞に対してコドン最適化されたヌクレオチド配列を含む。

【0137】

別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つ以上を含む発現ベクターを提供する。

【0138】

「発現ベクター」という用語は、発現ベクターが適切な発現宿主細胞に形質転換されるときに１つ以上のタンパク質を発現させることができる複製可能な核酸を指す。

【0139】

いくつかの実施形態において、発現ベクターは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結された発現制御ポリヌクレオチド配列、選択マーカーをコードするポリヌクレオチド配列又はその両方をさらに含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、プロモーター配列、エンハンサー配列又はその両方を含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、誘導性プロモーター配列を含む。「プロモーター」という用語は、ＲＮＡポリメラーゼが結合して遺伝子の転写を開始するＤＮＡの領域を指す。「作動可能に連結された」という用語は、核酸が、それが連結されたエレメント（例えば、プロモーター）の制御下で核酸の発現を可能にするような方法で、組換えポリヌクレオチド、例えばベクターに配置されることを意味する。「選択マーカーエレメント」という用語は、人為選択に適した形質を与えるエレメントである。選択可能なマーカーエレメントは、ネガティブ又はポジティブ選択マーカーであり得る。

【0140】

別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチド又は発現ベクターのいずれか１つ以上を含む発現宿主細胞を提供する。

【0141】

「発現宿主細胞」という用語は、ベクターを受け取り、維持し、複製し、且つ増幅するのに有用な細胞を指す。

【0142】

発現宿主細胞の非限定的な例には、ハイブリドーマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの哺乳動物細胞、ＣＯＳ細胞、ヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）細胞などの酵母細胞又はＤＨ５αなどの細菌細胞などが含まれる。

【0143】

組成物
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は医薬組成物である。

【0144】

いくつかの実施形態において、組成物（例えば、医薬組成物）は、薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤をさらに含む（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））。適切な薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤は、使用される投与量及び濃度でレシピエントに対して無毒である。薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤の非限定的な例には、緩衝剤（例えば、リン酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン）、抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸又はメチオニン）、防腐剤、タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン）；親水性ポリマー、アミノ酸、炭水化物（例えば、単糖、二糖、グルコース、マンノース又はデキストリン）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、糖（例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール）、塩形成対イオン（例えば、ナトリウム）、金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）；非イオン性界面活性剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれる。

【0145】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、適切な投与スケジュール及び経路のために製剤化される。投与経路の非限定的な例には、経口、直腸、粘膜、静脈内、筋肉内、皮下及び局所などが含まれる。いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、水溶液又は乾燥製剤（例えば、凍結乾燥）の形態で保存される。

【0146】

いくつかの実施形態において、組成物は、注入（例えば、静脈内注入）によって投与されるように製剤化される。

【0147】

いくつかの実施形態において、組成物は、組み合わせ治療として第２の治療剤とともに投与されるように製剤化される。

【0148】

使用方法
別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性を低減する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0149】

いくつかの実施形態において、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ減少する。

【0150】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下での対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、ポリペプチドの不在下での可能性に対して約１～９０％、例えば約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0151】

「対象」又は「患者」という用語は、動物（例えば、哺乳動物）を指す。本明細書に記載の方法に従って処置される対象は、特定の病態（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）と診断されている者又はそのような病態を発現するリスクがある者であり得る。診断は、当技術分野で公知の任意の方法又は技術によって実施され得る。当業者は、本開示に従って処置される対象が、標準的な試験を受けた可能性があるか、又は検査なしで、疾患又は状態と関連する１つ以上の危険因子の存在に起因する危険性があると特定された可能性があることを理解するであろう。

【0152】

いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９と診断されている。他の実施形態では、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある。

【0153】

いくつかの実施形態において、対象は、哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウマ、ブタ、ヒツジ、雌ウシ、チンパンジー、マカク、カニクイザル及びヒトからなる群から選択される哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、霊長類である。いくつかの実施形態において、対象は、ヒトである。

【0154】

いくつかの実施形態において、対象は、心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、先天性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺心症、リウマチ性心疾患、心臓弁疾患、心筋症、心不全及びそれらの組み合わせからなる群から選択される心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、うっ血性心不全を有する。いくつかの実施形態において、対象は、心内膜炎、心肥大、心筋炎及びそれらの組み合わせからなる群から選択される炎症性心疾患を有する。

【0155】

いくつかの実施形態において、対象は、糖尿病を有する。

【0156】

いくつかの実施形態において、対象は、肺疾患を有する。肺疾患の非限定的な例には、急性呼吸促迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患（例えば、胸膜中皮腫又は緊張性気胸）、肺血管疾患（例えば、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧又は出血）、気道感染症（例えば、肺炎又は他の上気道若しくは下気道感染症）が挙げられる。

【0157】

いくつかの実施形態において、対象は、喫煙者である。

【0158】

いくつかの実施形態において、対象は、免疫力が低下している（例えば、基礎疾患を有するか又は免疫抑制療法を受けている）。

【0159】

いくつかの実施形態において、対象は、４０歳以上、例えば少なくとも４５歳、５０歳、５５歳、６０歳、６５歳、７０歳、７５歳、８０歳、８５歳、９０歳である。

【0160】

「治療有効量」、「有効量」又は「有効用量」は、所望の治療結果（例えば、生理学的応答又は病態などの処置、治癒、阻害又は寛解）を達成するのに必要な用量及び期間中での有効な量である。十分な治療効果は、必ずしも１用量の投与によって生じることはなく、一連の用量の投与後に限って生じ得る。従って、治療有効量は、１回又は複数回投与において投与され得る。治療有効量は、哺乳動物の病態、年齢、性別及び体重、投与様式並びに治療薬又は治療薬の組み合わせの、個体における所望の応答を誘発する能力などの要素に応じて変化し得る。

【0161】

投与される薬剤の有効量は、通常の技能を有する臨床医により、本明細書で提供されるガイダンス及び当技術分野で公知の他の方法を用いて決定され得る。関連する要素は、所与の薬剤、医薬製剤、投与経路、疾患若しくは障害のタイプ、対象のアイデンティティ（例えば、年齢、性別、体重）又は処置中の宿主などを含む。例えば、好適な用量は、１回の処置につき、体重で、約０．００１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇであり得る。特定の薬剤、対象及び疾患に対する用量の決定は、当業者の能力の範囲内で十分になされる。好ましくは、その用量は、最低でも有害な副作用を引き起こすか又はもたらすことはない。

【0162】

所望の応答又は所望の結果は、細胞レベル、組織レベル又は臨床結果での効果を含む。そのようなものとして、「治療有効量」又はその同義語は、それが適用されている文脈に依存する。例えば、いくつかの実施形態において、それは、組成物の投与なしに得られる応答と比較して、治療応答を達成するのに十分な組成物の量である。他の実施形態では、それは、対照と比較して、対象における有利な又は所望的な結果をもたらす量である。本明細書で定義される通り、本開示の組成物の治療有効量は、当業者により、当技術分野で公知の通常の方法によって容易に決定され得る。投与計画及び投与経路は、最適な治療反応をもたらすように調節され得る。

【0163】

いくつかの実施形態において、本方法は、予防的治療法のために使用される。いくつかの実施形態において、有効用量は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を受けている対象を予防するのに十分である。

【0164】

いくつかの実施形態において、本方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するために使用される。「処置すること」又は「処置」という用語は、疾患、病状又は障害（本明細書に例示される特定の適応症など）を改善、緩和、安定化し（即ち悪化させず）、予防又は治癒することを目的とした対象の医学的管理を指す。この用語には、積極的処置（疾患、病状又は障害を改善することに向けられた処置）、原因処置（関連する疾患、病状又は障害の原因に向けられた処置）、緩和処置（症状を緩和するために設計された処置）、予防的処置（関連する疾患、病状又は障害の発症を最小限に抑えるか、又は部分的若しくは完全に阻害することに向けられた処置）；及び補助的処置（別の療法を補うために利用される処置）が含まれる。処置には、検出可能又は検出不可能な、疾患又は状態の程度の減少；疾患又は状態の拡大の予防；疾患又は状態の進行の遅延又は減速；疾患又は状態の改善又は緩和；及び寛解（部分又は完全）も含まれる。疾患又は状態を「改善すること」又は「緩和すること」とは、処置の非存在下での程度又は時間経過と比較して、疾患、障害又は状態の程度及び／又は望ましくない臨床症状が軽減され、且つ／又は進行の時間経過が減速するか又は長くなることを意味する。「処置」は、処置を受けていない場合に期待される生存と比較して生存を延長することも意味し得る。処置が必要な人には、すでにその状態若しくは障害を有する人及びその状態若しくは障害を生じやすい人又はその状態若しくは障害を予防すべき人が含まれる。

【0165】

いくつかの実施形態において、有効用量は、対象におけるウイルス負荷を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、ウイルス負荷の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、ウイルス負荷の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0166】

いくつかの実施形態において、有効用量は、ウイルスのその標的タンパク質、標的細胞又は両方への結合を低減するのに十分である。いくつかの実施形態において、結合の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、結合の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0167】

いくつかの実施形態において、有効用量は、標的細胞とのウイルス介在性融合を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、融合の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、融合の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0168】

いくつかの実施形態において、有効用量は、細胞感染性に必要なウイルスエンベロープタンパク質における立体構造変化に干渉するのに十分である。

【0169】

本明細書に記載の治療剤は、化合物及び処置対象の特定の疾患に応じて、例えば経口、食事、局所、経皮、直腸、非経口（例えば、動脈内、静脈内、筋肉内、皮下注射、皮内注射）、静脈内注入及び吸入（例えば、気管支内、鼻腔内又は経口吸入、鼻内滴下）の投与経路を含む、種々の投与経路を介して投与され得る。投与は、適応に応じて、局所又は全身であり得る。好ましい投与様式は、選択される特定の化合物に応じて変化し得る。

【0170】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物は、１つ以上のさらなる治療剤と組み合わせて（例えば、１つ以上のさらなる治療剤と同時に又は逐次的に）対象に投与される。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物の投与に先立ち、以前に１つ以上の治療剤で処置されている。いくつかの実施形態において、本方法は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物の投与と同時に又はそれに続いて、治療有効量の１つ以上のさらなる治療剤を対象に投与することをさらに含む。

【0171】

さらなる治療剤の非限定的な例には、抗生物質（例えば、アジスロマイシン）、抗体又はその抗原結合断片（例えば、他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク結合ペプチド）、抗マラリア剤（例えば、クロロキン又はヒドロキシクロロキン）、抗ウイルス剤（例えば、ファビピラビル、ロピナビル及び／又はリトナビル）、サイトカイン（例えば、インターフェロンベータ－１ａなどの１型インターフェロン）、ヌクレオチド類似体（例えば、レムデシビル）、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ダノプレビル）、レニン－アンジオテンシン－アルドステロン系阻害剤（例えば、ＡＣＥ２阻害剤又はアンジオテンシン受容体遮断薬（ＡＲＢ））が挙げられる。

【0172】

いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、アマンタジン、ファビピラビル、ロピナビル、オセルタミビル（タミフル）、プレコナリル、リマンタジン、リトナビル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。

【0173】

いくつかの実施形態において、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤを標的にする。いくつかの実施形態において、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、中和モノクローナル抗体である。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の非限定的な例には、バムラニビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ５５５又はＬＹ３８１９２５３）、エテセビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ０１６又はＬＹ３８３２４７９）、カシリビマブ（ＲＥＧＮ１０９３３）及びイムデビマブ（ＲＥＧＮ１０９８７）が挙げられる。例えば、ｗｗｗ．ｃｏｖｉｄ１９ｔｒｅａｔｍｅｎｔｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｔｈｅｒａｐｉｅｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ－ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓを参照されたい。

【0174】

いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２阻害剤は、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２変異体、抗ＡＣＥ２抗体、ワクチン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗生物質は、アジスロマイシンである。いくつかの実施形態において、抗マラリア剤は、クロロキン又はヒドロキシクロロキンを含む。いくつかの実施形態において、ワクチンは、核酸ワクチン又は不活化ウイルスワクチンである。いくつかの実施形態において、ワクチンは、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３又はそれらの組み合わせである。

【0175】

２つ以上の治療剤の投与は、薬学的組み合わせなどでの、実質的に同時様式での治療剤の同時投与を包含する。代わりに、そのような投与は、各治療剤の、複数の容器又は別々の容器（例えば、カプセル、粉末及び液体）での同時投与を包含する。そのような投与は、ほぼ同じ時点又は異なる時点のいずれかにおける逐次的様式での治療剤の各タイプの使用も包含する。本明細書に記載の組成物及びさらなる治療剤は、同じ投与経路又は異なる投与経路を介して投与され得る。

【0176】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0177】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0178】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルス負荷を低減する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0179】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞への結合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0180】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞上の標的タンパク質への結合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0181】

別の態様において、本発明は、標的細胞とのウイルス介在性融合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0182】

特段の定義がされていない限り、本明細書で用いられる全ての専門用語、記号及び他の科学用語又は用語法は、本発明が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されている意味を有することが意図される。いくつかの場合、一般に理解されている意味を有する用語は、明確性及び／又は容易な参照を意図して、本明細書で定義され、本明細書でのそのような定義の包含については、当技術分野で一般に理解されていることを超える実質的差異を表すように必ずしも解釈されるべきではない。一般に使用される辞書で定義されるような用語は、関連する技術分野との関連において且つ／又は本明細書で定義される以外に、それらの意味に一致する意味を有するものとして解釈されるべきであることがさらに理解されるであろう。

【0183】

本明細書で用いられる用語法は、あくまで特定の実施形態を説明することを目的とし、限定することを意図されない。

【0184】

本明細書で用いられるとき、不定冠詞「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その」は、文脈上明らかに別の意味を示していない限り、複数の参照を含むと理解されるべきである。

【0185】

本明細書及び後続する特許請求の範囲の全体を通して、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」並びに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含んでいる」などの変形は、例えば、指定された整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を包含するが、任意の他の整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を除外しないことを意味すると理解されるであろう。本明細書で用いられるとき、「含む」という用語は、「含有する」又は「包含する」という用語と交換可能である。

【0186】

本明細書で用いられるとき、「～からなる」は、クレーム要素において特定されない任意の要素、ステップ又は成分を除外する。本明細書で用いられるとき、「～から本質的になる」は、クレームの基本的で新規な特徴に実質的に影響しない材料又はステップを除外しない。「含む」、「含有する」、「包含する」及び「有する」という用語のいずれも、本発明の態様又は実施形態に関連して本明細書で用いられるときには常に、いくつかの実施形態において、本開示の範囲を変化させるための「～からなる」又は「～から本質的になる」という用語と交換可能である。

【0187】

本明細書で用いられるとき、複数の列記される要素間の「及び／又は」という接続用語は、個別の選択肢及び組み合わされた選択肢の両方を包含するものとして理解される。例えば、２つの要素が「及び／又は」によって結合される場合、第１の選択肢は、第２要素を伴わない第１要素の適用可能性を指す。第２の選択肢は、第１要素を伴わない第２要素の適用可能性を指す。第３の選択肢は、第１及び第２要素の併用の適用可能性を指す。これらの選択肢のいずれか１つは、本明細書で用いられるとき、その意味の範囲内に該当し、従って「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。選択肢の２つ以上の併用の適用可能性は、その意味の範囲内にも該当し、従って「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。

【0188】

リストが提示されるとき、特に断りのない限り、そのリストのそれぞれの個別の要素及びそのリストのあらゆる組み合わせが別々の実施形態であることが理解されるべきである。例えば、「Ａ、Ｂ又はＣ」として提示される実施形態のリストは、実施形態「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ又はＣ」、「Ｂ又はＣ」又は「Ａ、Ｂ又はＣ」を含むものとして解釈されるべきである。

【実施例】

【0189】

実施例１．抗原結合分子とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのＳ１サブユニット受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）との間の直接的結合
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ＥＬＩＳＡプレートを、市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのＰＢＳ中の１μｇ／ｍＬで一晩コーティングする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、次に３７℃で１時間にわたり、ＰＢＳ中の５％ＢＳＡでブロッキングし、非特異的結合をブロックする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子を、ＥＬＩＳＡプレート内で希釈系列において滴定し、３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、標的分子に特異的な（ＨＲＰとコンジュゲートした）二次抗体を、プレートに固定希釈で添加する。プレートを、３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＭＢ基質を目的のウェルに添加することにより、結合をそれとともにプローブする。５～１０分後、反応を酸性停止溶液で停止させ、シグナルを、プレートリーダーで４５０ｎｍでの吸光度を測定することによって定量する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドについての吸光度読み取りに対応する。結合の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈での結合の力を評価することによって推定することができる。理論上、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する親和性がより大きい候補分子は、より弱い結合剤と比較して、より大きい希釈で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0190】

実施例２．抗原結合分子はインビトロでＲＢＤへの結合に対してヒトＡＣＥ２（ｈＡＣＥ２）と競合する
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ＥＬＩＳＡプレートを、市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのＰＢＳ中の１μｇ／ｍＬで一晩コーティングする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、次に３７℃で１時間にわたり、ＰＢＳ中の５％ＢＳＡでブロッキングし、非特異的結合をブロックする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子を、ＥＬＩＳＡプレート内で希釈系列において滴定する。同時に、固定濃度の市販のｈＡＣＥ２（ビオチン化）を、候補分子と共インキュベートする。固定濃度のｈＡＣＥ２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する最大結合の５０％がこのアッセイ形式において経験的に決定されたときの濃度に対応する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ビオチン化ｈＡＣＥ２に特異的な二次抗体（ＨＲＰとコンジュゲートされたストレプトアビジン）を、プレートに固定希釈で添加する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＭＢ基質を目的のウェルに添加することにより、結合をそれとともにプローブする。５～１０分後、反応を酸性停止溶液で停止させ、シグナルを、プレートリーダーで４５０ｎｍでの吸光度を測定することによって定量する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドを上回る候補分子を有しないウェルに対する、候補分子を有するウェルにおける吸光度の減少に対応する。標的分子のｈＡＣＥ２と競合する能力の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈でのｈＡＣＥ２結合の全減少を評価することによって推定することができる。理論上、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対してｈＡＣＥ２と競合する能力がより大きい候補分子は、より弱い能力を有する分子と比較して、より大きい希釈で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0191】

実施例３．抗原結合分子は細胞表面上のＲＢＤへの結合に対してｈＡＣＥ２と競合する
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ｈＡＣＥ２を野生型レベルで発現する細胞株を培養し、（表面タンパク質破壊を阻止するため）トリプシン処理なしに収集し、計数する。一定数の細胞を、９６ウェルプレートに添加し、希釈系列において滴定された目的の分子とともにインキュベートする。同時に、固定濃度の市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ビオチン化）を、候補分子と共インキュベートする。固定濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、細胞上のｈＡＣＥ２に対する最大結合の５０％がこのアッセイ形式において経験的に決定されたときの濃度に対応する。細胞のプレートを、暗所、４℃で１時間インキュベートする。プレートを、４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中の０．２％ＢＳＡで洗浄する。このプロセスを、さらに２回反復し、合計３回洗浄する。ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に特異的な二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８とコンジュゲートされたストレプトアビジン）を、プレートに固定希釈で添加する。細胞のプレートを、暗所、４℃で１時間インキュベートする。プレートを、４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中の０．２％ＢＳＡで洗浄する。次に、細胞を、ＰＢＳ中の一定体積の０．２％ＢＳＡに再懸濁し、フローサイトメトリーを実施する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤの全結合をＦＩＴ－Ｃチャネルの中央値蛍光強度（ＭＦＩ）によって分析する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドを上回る候補分子を有しないウェルに対する、候補分子を有するウェルにおけるＭＦＩの減少に対応する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤと競合する能力の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＭＦＩの全減少を評価することによって推定することができる。理論上、（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する親和性と考えることもできる）ｈＡＣＥ２に対してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤと競合する能力がより大きい候補分子は、より弱い能力を有するより大きい希釈分子で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0192】

実施例４．抗体設計の酵母ディスプレイの特徴付け
抗体を、ｃ－Ｍｙｃエピトープタグに融合された単一のＶＨドメインとしてフォーマットし、結合について酵母ディスプレイを用いて試験した。ＶＨ－ｃ－Ｍｙｃ融合構築物を、酵母ディスプレイベクターへのクローニング用のオーバーハングを伴うＤＮＡ断片として合成した（ＴＷＩＳＴ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）。ＤＮＡインサート及び消化されたベクターを、酵母に形質転換し、全プラスミドをインビボで相同組換えによって作製した。細胞を、ＶＨ－ｃ－Ｍｙｃの発現及び提示のため、酵母細胞表面上に誘導した。誘導された細胞を染色し、ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）抗原（ＡＣＲＯＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）及び抗ｃ－ｍｙｃ（Ｅｘａｌｐｈａ）に結合させ、ＶＨｃ－Ｍｙｃを発現させた。結合を示したクローンについて、平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）を、様々な濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ抗原による滴定曲線を作成することによって評価した。ＳＡＲ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合した全てのクローンは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤとの交差反応性結合も示した。結合特異性及びＫ_Ｄ値を表２にまとめる。

【0193】

実施例５．ＶＨ－Ｆｃ融合体の生成
従来の方法を用いて、ＶＨ－ｃＭｙｃ融合構築物をＶＨ－Ｆｃ融合体にリフォーマットした。ホモ二量体ＶＨＨ抗体を、ＣＭＶプロモーターを含む発現プラスミドを使用して発現を駆動し、シグナルペプチドを使用して完全に折り畳まれたＶＨ－Ｆｃ融合体の上清への分泌を促進することによって作製した。哺乳類発現宿主系（チャイニーズハムスター卵巣－ＣＨＯ Ｓ細胞株など）を、フェドバッチ生産手順による、カチオン性脂質ベースの一過性トランスフェクション法を用いるタンパク質発現に使用した。発現された可溶性ＶＨ－Ｆｃ融合体を、プロテインＡ親和性樹脂（例えば、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ Ｓｕｒｅ樹脂、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）及び水性緩衝液を用いる親和性捕捉ベースの精製方法を用いて精製した。溶出は、低いｐＨ（ｐＨ３．５など）の酸性条件下で実施し、次いで２Ｍトリス塩基を用いてｐＨ７．５まで中和した。精製されたＶＨＨ抗体を、水性緩衝液（ＮａＣｌを含有するヒスチジンベースの緩衝液）中でさらに安定化し、長期貯蔵／凍結に備えた。

【0194】

実施例６．ＶＨＨ抗体の結合動力学及び親和性
結合動力学及び親和性は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を用いるバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって測定した。抗体を、バイオセンサーに捕捉した。次に、バイオセンサーを、会合及び解離のため、連続希釈でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）とともにインキュベートした。

【0195】

実施例７．材料及び方法
完全長ＩｇＧの発現
設計された抗体のＶＨＨ可変ドメイン（ｓｃＦｃ）配列をコードする逆翻訳されたＤＮＡをＰＣＲ増幅し、ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ（登録商標）ＨｉＦｉ ＤＮＡ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を使用し、ＣＭＶプロモーター配列、シグナルペプチド及び対応する定常領域を含むヒトｈＧ１ Ｆｃベクターにクローン化した。ＶＨＨタンパク質を、製造業者の方法（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に従い、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞内で発現させ、製造業者の方法に従い、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕｒｅプロテインＡ親和性樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用する親和性クロマトグラフィーによって精製した。

【0196】

中和アッセイ
予備滴定量のｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、連続希釈したモノクローナル抗体とともに３７℃で１時間インキュベートした後、９６ウェルプレート内のコンフルエントなベロ（ＡＴＣＣ ＣＣＬ－８１）単層に添加した。感染を、５％ＣＯ_２下、３７℃で１６～１８時間進行させた後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、１０μｇ／ｍＬのヘキストで染色した。細胞を、ＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ ＣＸ５イメージャを用いて画像化し、感染を、全細胞と緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を発現する細胞の自動数え上げによって定量化した。感染を、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照とともにインキュベートした、ｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で感染した細胞の平均数に正規化した。

【0197】

ＷＴ及び突然変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の作製
スパイクタンパク質を、エピトープビニング試験及び構造生物学を意図して、外部ドメインの残基１４～１２０８（Ｇｅｎｂａｎｋ：ＭＮ９０８９４７）、６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）並びに北欧におけるスピルオーバー／スピルバックに関連する全て／大部分の変異体において確立されたＤ６１４Ｇ突然変異及び切断部位残基６８２～６８５（「ＲＲＡＲ」（配列番号１８）～「ＧＳＡＳ」（配列番号１９））の置換を有する）ＨｅｘａＰｒｏバックグラウンドを用いて作製した。得られたスパイク変異体を、Ｎ末端Ｇａｕｓｓｉａルシフェラーゼシグナル配列（ＭＧＶＫＶＬＦＡＬＩＣＩＡＶＡＥＡ（配列番号２０））及びＣ末端ｆｏｌｄｏｎ三量体化ドメイン、それに続くＨＲＶ－３Ｃ切断部位及びＴｗｉｎ－Ｓｔｒｅｐ－Ｔａｇを含むｐｈＣＭＶ哺乳類発現ベクターにクローン化した。プラスミドを、Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓ Ｍｉｄｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、Ｓｔｅｌｌａｒコンピテント細胞に形質転換し、単離した。

【0198】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＨｅｘａＰｒｏスパイクを、Ｆｒｅｅｓｔｙｌｅ ２９３－Ｆ又はＥｘｐｉＣＨＯ－Ｓ細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に、一過性にトランスフェクトした。製造業者のプロトコルに従い、両細胞株を維持し、トランスフェクトした。つまり、トランスフェクションの日に（０日目）、２９３－Ｆ細胞を、２．０×１０^６細胞／ｍＬの密度まで成長させ、１．０×１０^６細胞／ｍＬまで希釈した。プラスミドＤＮＡ及びポリエチレンイミンを、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）中で混合し、２５分間インキュベートし、次に細胞に添加した。細胞培養物を、３７℃、８％ＣＯ_２及び１２０ＲＰＭでインキュベートし、５日目に収集した。ＥｘｐｉＣＨＯ培養物の場合、製造業者の「高力価」プロトコルを使用した。つまり、トランスフェクションの日に（０日目）、細胞を、１×１０^７細胞／ｍＬの密度まで成長させ、６×１０^６細胞／ｍＬまで希釈した。プラスミドＤＮＡ及びＥｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅを、製造業者の使用説明書に従い、Ｏｐｔｉ－ＰＲＯ ＳＦＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）中で混合し、細胞に添加した。１日目、細胞に、提示されたプロトコルに従い、製造業者供給のフィード及びエンハンサーを与え、次に培養物を、３２℃、５％ＣＯ_２及び１１５ＲＰＭでインキュベートした。７日目、ＥｘｐｉＣＨＯ培養物を収集した。全ての培養物を、遠心分離によって清澄化し、続いて、ＢｉｏＬｏｃｋ（ＩＢＡ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｇｏｅｔｔｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を添加し、上清を０．２２μＭの滅菌フィルターにフロースルーさせ、ＴＢＳ緩衝液（２５ｍＭトリスｐＨ７．６、２００ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ＮａＮ_３）で平衡化した５ｍＬのＳｔｒｅｐＴｒａｐ－ＨＰカラムを用いて、Ａｅ ＫＴＡ ＧＯ（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）上で精製し、５ｍＭのｄ－デスチオビオチン（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加したＴＢＳ緩衝液で溶出させた。ストレプタグを、ＨＲＶ－３Ｃプロテアーゼを用いて切断し、タンパク質を、ＴＢＳ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ６ｉｎｃｒｅａｓｅ１０／３００カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）上でのサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によってさらに精製した。

【0199】

ハイスループット表面プラズモン共鳴（ＨＴ－ＳＰＲ）エピトープビニング
エピトープビニングは、サンドイッチアッセイ形式で、２５℃でのＣＭＤＰセンサチップを備えたＣａｒｔｅｒｒａ ＬＳＡ ＳＰＲ装置で、ＨＢＳＴＥ－ＢＳＡランニングバッファー（１０ｍＭヘペス ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０、０．５ｍｇ／ｍｌのＢＳＡを添加）中で実施した。２つのマイクロ流体モジュール、９６チャネルのプリントヘッド（９６ＰＨ）及び単一のフローセル（ＳＦＣ）を用いて、サンプルをセンサチップ上に送達した。２５ｍＭ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）と、ランニングバッファーとして０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０を用いて、表面調製を実施した。チップを、ＳＦＣを用いて、０．１Ｍ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）中、１３０ｍＭの１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）＋３３ｍＭのＮ－ヒドロキシスルホスクシンイミド（スルホ－ＮＨＳ）の新しく調製した溶液で活性化させた。抗体を、９６ＰＨを用いて、１０μｇ／ｍＬで１０分間固定化し、１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．２５）に希釈した。非反応性エステルを、ＳＦＣを用いて、１Ｍエタノールアミン－ＨＣｌ（ｐＨ８．５）の７分間注射でクエンチした。ビニング分析は、このアレイ上で、ランニングバッファーとしてのＨＢＳＴＥ－ＢＳＡ緩衝液及びサンプル希釈剤を用いて実施した。ＲＢＤ抗原を、各サイクルにおいて５０ｎＭ（１．３μｇ／ｍＬ）で４分間注射し、その直後、分析物抗体を、３０μｇ／ｍＬ（ＩｇＧ構築物において２００ｎＭ）で４分間注射した。各サイクルにおいて、表面を、１０ｍＭグリシン（ｐＨ２．０）の二重パルス（１７秒／パルス）で再生させた。データを、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｔｏｏｌソフトウェア（Ｃａｒｔｅｒｒａ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＴ）によって処理及び分析した。

【0200】

実施例８．エピトープ及び親和性
可溶性Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク外部ドメイン及び単量体ＲＢＤに対するモノクローナル抗体の親和性を試験した。ハイスループット表面プラズモン共鳴分析を用いて、ＲＢＤと反応する抗体を、７つの異なる「コミュニティー」（コロナウイルス免疫療法コンソーシアム（ＣＯＶＩＣ））に選別した。ＲＢＤコミュニティーを、を、同じコミュニティーの２つのメンバー間で、結合における共有エピトープを示す、ＳＰＲサンドイッチ対を作れないことと定義した。参照のＡＢ－１及びＡＢ－２クラスターが、「ＲＢＤコミュニティー７」、即ち異なる「ＲＢＤコミュニティー」エピトープビンにクラスター化することが見出された（ＣＯＶＩＣ、データは示さず）。これらの抗体は、標的抗原のＧ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク外部ドメイン及び単量体ＲＢＤに対する親和性を表２に記載する。

【0201】

実施例９．ＶＨＨ分子はＹＳＤによってＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤに結合する
ｃ－ｍｙｃエピトープタグに融合されたＳｃＦｖ構築物を、酵母ディスプレイベクターへのクローニング用のオーバーハングを伴うＤＮＡ断片として合成した（Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）。ＤＮＡインサート及び消化されたベクターを、酵母に形質転換し、全プラスミドをインビボで相同組換えによって作製した。細胞を、ｓｃＦｖの発現及び提示のため、酵母細胞表面上に誘導した。誘導された細胞を染色し、ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）抗原（ＡＣＲＯＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）及び抗ｃ－ｍｙｃ（Ｅｘａｌｐｈａ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｓ Ｉｎｃ，Ｓｈｉｒｌｅｙ，ＭＡ）に結合させ、ｓｃＦｖを発現させた。親和性を、滴定濃度の抗原で構築物を染色し、各濃度で中央値蛍光強度をプロットすることによって平衡時のＫ_Ｄを計算することにより、決定した（表２、図３）。

【0202】

実施例１０．ＶＨＨ分子はインビトロでＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２を中和する
ＡＢ－１及びＡＢ－２を、中和試験のため、コロナウイルス免疫療法コンソーシアム（ＣＯＶＩＣ）に提出した。両分子は、疑似及び真正ＷＴウイルス双方のベロ単層の感染をブロックする能力を示す（表２）。

【0203】

ＡＢ－１を選択し、ＣＯＶ－２ ＲＢＤ内の出現する突然変異の感受性をさらに調べた。疑似ウイルス中和試験を、複数のヒト及びミンク変異体に見出される点突然変異を有する疑似ウイルスを用いて実施した。データを図４に提示する。ＡＢ－１は、－２．５～２．５のＩＣ_５０倍数変化によって示されるように、大部分の突然変異に対して耐性であった。

【0204】

【表1】

【0205】

【表2】

【0206】

重鎖ＩｇＧ１、軽鎖κ、軽鎖λ配列は、非限定的な例の配列である。

【0207】

【表3】

【0208】

参考文献
１．Ｂａｕｄ Ｄ，ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｒｅａｌ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．：Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．［Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ］．
２．Ｌｉｎｄｓｅｙ Ｒ．Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｅｒｉｃ Ｊ．Ｒｕｂｉｎ（２０２０）Ｃｏｖｉｄ－１９－Ｔｈｅ Ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｅ２００５４７７．
３．Ｚｉｅｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０２０）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＡＣＥ２ ｉｓ ａｎ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ－ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ａｉｒｗａｙ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｉｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｅｌｌ ｓｕｂｓｅｔｓ ａｃｒｏｓｓ ｔｉｓｓｕｅｓ，Ｃｅｌｌ，ＤＯＩ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２０．０４．０３５［Ｊｏｕｒｎａｌ ｐｒｅ－ｐｒｏｏｆ］．

【0209】

本明細書で引用された全ての特許、公開された出願及び参考文献の教示は、それらの全体が参照により組み込まれる。

【0210】

例示的な実施形態が特に示され、説明されているが、添付の特許請求の範囲に包含される実施形態の範囲から逸脱することなく、形態及び詳細における様々な変更形態がなされ得ることが当業者に理解されるであろう。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【配列表】

2023540037000001.app

【国際調査報告】