特表 2023-545506 多重化された標的結合候補スクリーニング分析

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-10-30

(54)【発明の名称】多重化された標的結合候補スクリーニング分析

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/686 20180101AFI20231023BHJP

   C12Q 1/6855 20180101ALI20231023BHJP

   C12M 1/00 20060101ALI20231023BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/686 Z

C12Q1/6855 Z

C12M1/00 A

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023523002

(86)(22)【出願日】2021-10-14

(85)【翻訳文提出日】2023-06-06

(86)【国際出願番号】 US2021055111

(87)【国際公開番号】W WO2022081934

(87)【国際公開日】2022-04-21

(31)【優先権主張番号】63/092,104

(32)【優先日】2020-10-15

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＰＹＴＨＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】509012625

【氏名又は名称】ジェネンテック， インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110002077

【氏名又は名称】園田・小林弁理士法人

(72)【発明者】

【氏名】カニンガム， クリスティアン エヌ．

(72)【発明者】

【氏名】ハレンベック， ケネス カール

【テーマコード（参考）】

4B029

4B063

【Ｆターム（参考）】

4B029AA07

4B029AA27

4B029FA10

4B029FA15

4B063QA13

4B063QQ42

4B063QR08

4B063QR62

4B063QS28

4B063QS36

4B063QX02

(57)【要約】

ＤＮＡを含有する複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための方法およびシステム。複数のサンプルについて、ＰＣＲ増幅プロセスを行うためのサイクルデータが識別される。サイクルデータは、複数のサンプルの各サンプルに対する対応するサイクル数を含む。複数のサンプルは、複数のビンのビン間のサイクル数変動が低減されるように、サイクルデータに基づいて複数のビンに選別される。ビンサイクル数は、複数のビンの各ビンに割り当てられる。ビンサイクル数は、複数のビンの各ビンに固有である。ビンの識別情報が生成される。複数のビンおよび複数のビンのビンごとのビンサイクル数を使用して、複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力が生成される。
【選択図】図２

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法であって、
第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々について定量化情報を受信することであって、前記ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
前記定量化情報を使用して、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、前記ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、
そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、
同じビンの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、
前記ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うように前記サーモサイクラーに指示することと
を含む、方法。

【請求項2】

前記ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記ペプチドが大環状分子を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項4】

前記定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）のサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

前記ビンのうちの少なくとも１つが、前記ＤＮＡ含有組成物の２つ以上のライブラリを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項6】

前記ビンのうちのいずれか１つの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、実質的に同一の量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される、請求項１に記載の方法。

【請求項7】

追加の増幅ＤＮＡを産生するために、追加の対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各々に対してＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項8】

対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲを行うために、各ビンを、前記対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項9】

増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

前記ＰＣＲプレートからソースプレートの元の位置に戻される前記増幅ＤＮＡ含有組成物に対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、前記方法が、
第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、前記ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
前記定量化情報を使用して、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、前記ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、
そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、
同じビンの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、
前記ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うように前記サーモサイクラーに指示することと
を含む、コンピュータプログラム製品。

【請求項12】

システムであって、
各選択ラウンドについてのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを記憶するように構成されたデータストアであって、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、
１つまたは複数のデータプロセッサと、
前記データストアに通信可能に接続され、前記データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、前記１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、前記方法が、
前記データセットを使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、前記定量化情報を使用してＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別すること
を含む、コンピューティングデバイスと、
同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行い、前記ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うように構成されたサーモサイクラーと
を備える、システム。

【請求項13】

同じビンの各ライブラリを、ソースプレートからＰＣＲプレートに移送するように構成された液体ハンドラをさらに備え、同じビンの各ライブラリが、同じビンに対して共通のＰＣＲサイクル数で前記ＰＣＲプレート上でＰＣＲによって増幅されて増幅ＤＮＡを生成する、請求項１２に記載のシステム。

【請求項14】

前記液体ハンドラが、全てのビンの増幅ＤＮＡを追加の選択ラウンドに供するようにさらに構成されている、請求項１３に記載のシステム。

【請求項15】

前記システムが、各選択ラウンドの前後に前記ライブラリの各々を定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、請求項１２に記載のシステム。

【請求項16】

前記ビンのいずれか１つの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、実質的に同一の量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される、請求項１２に記載のシステム。

【請求項17】

前記方法が、前記定量化情報を使用して、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することをさらに含み、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、請求項１２に記載のシステム。

【請求項18】

前記方法が、対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲを行うために、各ビンを、前記対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、請求項１２に記載のシステム。

【請求項19】

前記方法が、増幅ＤＮＡを生成するために、対応する共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行うための、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項１２に記載のシステム。

【請求項20】

前記方法が、前記ＰＣＲプレートから前記ソースプレートの元の位置に戻される前記増幅ＤＮＡに対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項１９に記載のシステム。

【請求項21】

標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための方法であって、
第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、前記ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
前記定量化情報を使用して、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、
そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なる各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、
同じビンの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、
前記ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されて各ライブラリについて増幅ＤＮＡを生成するように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うように前記サーモサイクラーに指示することと、
各ライブラリについて前記増幅ＤＮＡから前記標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するようにシーケンサーに指示することと
を含む、方法。

【請求項22】

前記ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項23】

前記ペプチドが大環状ペプチドを含む、請求項２２に記載の方法。

【請求項24】

前記定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）のサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項25】

前記複数のＤＮＡ含有組成物の各ライブラリが、ソースプレートの個々の空間に保存される、請求項２１に記載の方法。

【請求項26】

前記ビンのうちの１つの前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同様の量のＤＮＡを産生するように決定される、請求項２１に記載の方法。

【請求項27】

各ビンが、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同様の量のＤＮＡを産生するように決定される、請求項２１に記載の方法。

【請求項28】

ＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲを行うために、各ビンを、前記ＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項29】

増幅ＤＮＡを生成するために、対応する共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行うための、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項30】

前記ＰＣＲプレートから前記ソースプレートの元の位置に戻される前記増幅ＤＮＡに対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、請求項２９に記載の方法。

【請求項31】

追加の選択ラウンドが、
前記標的タンパク質に対する結合親和性のためのＤＮＡ含有組成物を、前記ライブラリの各々から選択するステップと、
そのように選択されたＤＮＡ含有組成物を増幅するステップと
を繰り返すことを含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項32】

前記標的タンパク質に対する結合親和性についての前記候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するように前記シーケンサーに指示することが、前記候補ＤＮＡコンジュゲート中のＤＮＡをシーケンシングするように前記シーケンサーに指示することを含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項33】

各選択ラウンドの後に、ＤＮＡ含有組成物の新たなライブラリを生成することであって、
ソースプレートの前記ライブラリの各々に対してインビトロ翻訳を実行して新たなペプチドを産生することと、
前記ソースプレートの前記ライブラリの各々に対してインビトロ逆転写を実行してＤＮＡ含有組成物の新たなペプチドライブラリを生成することと、を含む、ＤＮＡ含有組成物の新たなライブラリを生成すること
をさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項34】

前記ライブラリの各々を定量することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項35】

定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を使用して前記ライブラリの各々を定量することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項36】

前記ライブラリの各々について前記定量化情報を可視化するためのヒートマップを生成することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。

【請求項37】

１つまたは複数のデータプロセッサに、複数のライブラリの各々の定量化情報を監視してグラフィカルユーザインターフェース上の標的結合を検出するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、前記方法が、
第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、前記ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
前記定量化情報を使用して、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、前記ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、
そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なる各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、
増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、同じビンの前記ＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、
前記増幅ＤＮＡ含有組成物から、前記標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別することと
を含む、コンピュータプログラム製品。

【請求項38】

システムであって、
各選択ラウンドについてのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを記憶するように構成されたデータストアであって、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、
１つまたは複数のデータプロセッサと、
前記データストアに通信可能に接続され、前記データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、前記１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記１つまたは複数のデータプロセッサに、標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、前記方法が、
前記定量化情報を使用して、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、前記ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、前記ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、
そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用して、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定された前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、
増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行って、サーモサイクラーに指示することと、
前記増幅ＤＮＡ含有組成物から、前記標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別することと
を含む、コンピューティングデバイスと
を備える、システム。

【請求項39】

前記システムが、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数で前記ビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うように構成されたサーモサイクラーをさらに含む、請求項３８に記載のシステム。

【請求項40】

前記システムが、各選択ラウンドの前後にライブラリの各々を定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、請求項３８記載のシステム。

【請求項41】

ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を監視して標的結合を検出するための方法であって、
ａ）第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することであって、前記ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
ｂ）グラフィカルユーザインターフェース内に、前記第１の選択ラウンドについて前記ライブラリの各々の前記定量化情報を表示する第１のウィンドウを生成することと、
ｃ）複数の後続の選択ラウンドにわたって追加ウィンドウを生成するために、ａ）～ｂ）を繰り返すことであって、前記追加ウィンドウの各々が、各ラウンドに対する前記ライブラリの各々の前記ＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、後続の選択ラウンドの各々に対する前記ライブラリの各々の定量化情報を表示する、ａ）～ｂ）を繰り返すことと
を含む、方法。

【請求項42】

ａ）およびｃ）の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）入力分子、陽性の分子、陰性の分子またはそれらの任意の組み合わせについてのサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項43】

ａ）およびｃ）の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報が、入力分子に対する陽性の分子のパーセンテージを含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項44】

他のウィンドウを隠しながら、選択されたラウンドの定量化情報を表示する選択されたウィンドウを表示することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項45】

ａ）およびｃ）の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報が、前記ライブラリの各々のｑＰＣＲデータのデータスクレイピングから取得されている、請求項４１に記載の方法。

【請求項46】

前記ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項47】

前記ペプチドが大環状分子である、請求項４６に記載の方法。

【請求項48】

前記第１のウィンドウおよび前記追加ウィンドウが、複数の位置に第１のグラフィカル要素を含み、前記第１のグラフィカル要素の各々が、前記ライブラリの各々を表すように構成される、請求項４１に記載の方法。

【請求項49】

前記ライブラリの各々が、ソースプレートの個々の空間のうちの１つにあり、前記第１のグラフィカル要素の各々が、前記ソースプレートの前記個々の空間の各々に水平方向および垂直方向に対応するように構成される、請求項４８に記載の方法。

【請求項50】

前記第１のグラフィカル要素の各々が、ソースプレート内の同じウェルを表すために異なるウィンドウにわたって同じ位置に配置される、請求項４８に記載の方法。

【請求項51】

前記第１のウィンドウおよび前記追加ウィンドウが、異なるライブラリの定量化情報を視覚的に区別するように構成された第２のグラフィカル要素を含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項52】

前記第２のグラフィカル要素が色または数字を含む、請求項５１に記載の方法。

【請求項53】

前記第２のグラフィカル要素が数字を含む、請求項５１に記載の方法。

【請求項54】

ユーザによって新たな選択ラウンドが選択されたときに新たなウィンドウを表示するように前記グラフィカルユーザインターフェースを更新することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項55】

ラウンド対ラウンドの比較が生成されるように、同じグラフィカルユーザインターフェース内に前記第１のウィンドウおよび前記追加ウィンドウを表示することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項56】

前記第１のウィンドウおよび前記追加ウィンドウが、フィルタによって選択された前記ライブラリの各々の定量化情報を表示するために前記フィルタを設定するように構成された第３のグラフィカル要素を含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項57】

前記フィルタが、ユーザ選択足場、ユーザ選択コドン、またはユーザ選択標的である、請求項５６に記載の方法。

【請求項58】

前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々についてのラウンド対ラウンド比較を前記グラフィカルユーザインターフェース上にプロットすることをさらに含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項59】

１つまたは複数のデータプロセッサに、ライブラリの定量化情報を監視して、グラフィカルユーザインターフェースにおいて標的結合を検出するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、前記方法が、
ａ）第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することであって、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、前記第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、
ｂ）グラフィカルユーザインターフェース内に第１のウィンドウを表示することであって、前記第１のウィンドウが、前記第１の選択ラウンド後の前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報を含む、第１のウィンドウを表示することと、
ｃ）複数の後続の選択ラウンドにわたって追加ウィンドウを生成するために、ａ）～ｂ）を繰り返すことであって、前記追加ウィンドウの各々が、各ラウンドに対する前記ライブラリの各々の前記ＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、後続の選択ラウンドの各々に対する前記ライブラリの各々の定量化情報を表示する、ａ）～ｂ）を繰り返すことと
を含む、コンピュータプログラム製品。

【請求項60】

システムであって、
各選択ラウンドについてのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを記憶するように構成されたデータストアであって、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいて前記ＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、
１つまたは複数のデータプロセッサと、
前記データストアに通信可能に接続され、前記データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、前記１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記１つまたは複数のデータプロセッサに、前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報を表示するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、前記方法が、表示されるように選択された任意の選択ラウンドについて前記ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の前記定量化情報を表示するように選択されたウィンドウを含むグラフィカルユーザインターフェースを生成することを含む、コンピューティングデバイスと
を備える、システム。

【請求項61】

ＰＣＲ増幅のために前記ライブラリの各々をソースプレートからＰＣＲプレートに移すように構成された液体ハンドラをさらに備える、請求項６０に記載のシステム。

【請求項62】

前記液体ハンドラが、各２つの連続する選択ラウンドの間で前記ライブラリの各々を正規化するようにさらに構成される、請求項６１に記載のシステム。

【請求項63】

前記システムが、各選択ラウンドの後に前記ライブラリの各々を増幅するように構成されたサーモサイクラーをさらに備える、請求項６０に記載のシステム。

【請求項64】

前記システムが、各選択ラウンドの前後に前記ライブラリの各々を定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、請求項６０に記載のシステム。

【請求項65】

ＤＮＡを含有する複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための方法であって、
前記複数のサンプルに対する前記ＰＣＲ増幅プロセスを行うためのサイクルデータを識別することであって、前記サイクルデータが、前記複数のサンプルの各々のサンプルに対して対応するサイクル数を含む、サイクルデータを識別することと、
複数のビンのビン間のサイクル数変動が低減されるように、前記サイクルデータに基づいて前記複数のサンプルを前記複数のビンに選別することと、
ビンサイクル数を前記複数のビンの各ビンに割り当てることであって、前記ビンサイクル数が前記複数のビンの各ビンに固有である、ビンサイクル数を前記複数のビンの各ビンに割り当てることと、
前記複数のビンの識別情報を生成することと、
前記複数のビンおよび前記複数のビンの各ビンの前記ビンサイクル数を使用して、前記複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力を生成することと
を含む、方法。

【請求項66】

前記複数のサンプルが様々な量のＤＮＡを有し、前記複数のサンプルが複数の増幅サンプルになるように前記ＰＣＲ増幅プロセスが実行された後、増幅された前記複数のサンプルが正規化された量のＤＮＡを有する、請求項６５に記載の方法。

【請求項67】

前記識別情報を生成することが、
前記複数のビンの各ビンについてのビン識別子を生成することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項68】

前記出力を生成することが、
前記複数のビンのうちの１つのビンについての順方向ワークリストを生成することであって、前記順方向ワークリストが、前記ビン内のサンプルのセットが前記ビンについてソースプレートから対応するＰＣＲプレートに移送される順序を含む、順方向ワークリストを生成することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項69】

前記出力が、ＰＣＲプレートのセットを使用して前記ＰＣＲ増幅プロセスを実行するためのサーモサイクラーのための指示をさらに含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項70】

前記ビンサイクル数を割り当てることが、
ビン内のサンプルのセットの最高サイクル数、サンプルのセットの平均サイクル数、サンプルのセットの中央サイクル数、および前記最高サイクル数と選択されたサイクル数との合計からなる群からのサイクル数を使用して、前記複数のビンのうちの１つのビンの前記ビンサイクル数を生成することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項71】

前記選択されたサイクル数が、前記ＰＣＲ増幅プロセスの第１のランから前記ＰＣＲ増幅プロセスの第２のランに変更される、請求項７０に記載の方法。

【請求項72】

前記選別することが、
前記サイクルデータの任意の非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して修正サイクルデータを形成することと、
サイクル数の選択された範囲内にある前記修正サイクルデータの固有の整数サイクル数をＮ個のビンに割り当てることと、
ビンの目標数に到達するまで、距離方程式を使用して前記Ｎ個のビンの隣接するビンをマージすることであって、前記ビンの目標数が前記複数のビンの少なくとも一部を形成する、前記Ｎ個のビンの隣接するビンをマージすることと
を含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項73】

前記サイクルデータを識別することが、
定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）システムから初期サイクルデータを受信することであって、前記初期サイクルデータが、前記複数のサンプルの各サンプルの初期サイクル数を含む、初期サイクルデータを受信することと、
前記サイクルデータを生成するために前記複数のサンプルのうちの少なくとも１つの前記初期サイクル数を修正ことと
を含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項74】

前記複数のサンプルのうちのサンプルの前記初期サイクル数が未決定の値であり、前記修正することが、
前記サンプルの前記初期サイクル数を前記未決定の値から予め選択されたサイクル数に変更することを含む、請求項７３に記載の方法。

【請求項75】

前記修正することが、
前記複数のサンプルの各サンプルの前記初期サイクル数に２つのサイクルを加えること、または
各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換すること
のうちの少なくとも１つを含む、請求項７３に記載の方法。

【請求項76】

前記選別することが、
前記サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、前記複数のサンプルを前記複数のビンに分配することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項77】

前記分配することが、
前記サイクル数の選択された範囲外の対応するサイクル数を有する前記複数のサンプルの一部を前記複数のビンの一部に割り当てることと、
前記複数のビンの残りの部分の間の前記サイクル数の選択された範囲内の対応するサイクル数を有する前記複数のサンプルの残りの部分を実質的に均一に分配することと
を含む、請求項７６に記載の方法。

【請求項78】

前記選別することが、
前記サイクルデータ内の各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して修正サイクルデータを形成することと、
前記修正サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、前記複数のサンプルを前記複数のビンに実質的に均一に分配することと
を含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項79】

前記出力を生成することが、
前記識別情報を使用して、前記複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移送する際に使用するための移送出力を生成することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項80】

前記複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、前記選別することが、
複数の対応する選択された低サイクル数未満のサイクル数の第１のセットを有する前記複数のサンプルの第１の部分を前記複数のビンの最初のビンに割り当てることと、
選択された高い数を上回るサイクル数の第２のセットを有する前記複数のサンプルの第２の部分を前記複数のビンの最後のビンに割り当てることと、
前記複数のサンプルの残りの部分を前記最初のビンと前記最後のビンとの間のビンのセットに分配することと
を含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項81】

前記複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、前記選別することが、
前記複数の対応するサイクル数の分布を識別することをさらに含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項82】

前記分布を識別することが、
前記複数の対応するサイクル数のヒストグラム分布を識別することであって、前記複数の対応するサイクル数の６０％から１００％が、選択された低サイクル数と選択された高サイクル数との間およびそれらを含む選択された範囲内にある、前記複数の対応するサイクル数のヒストグラム分布を識別することを含む、請求項８１に記載の方法。

【請求項83】

前記選択された低サイクル数が４サイクル数であり、前記選択された高サイクル数が２４サイクル数である、請求項８２に記載の方法。

【請求項84】

前記選別することが、
前記選択された低サイクル数を下回る前記対応するサイクル数を有する前記複数のサンプルのうちの任意のサンプルを前記複数のビンのうちの最初のビンに割り当てることと、
前記選択された高サイクル数を上回る前記対応するサイクル数を有する前記複数のサンプルのうちの任意のサンプルを前記複数のビンのうちの最後のビンに割り当てることと
を含む、請求項８２に記載の方法。

【請求項85】

前記選別することが、
前記最初のビンと前記最後のビンとの間のビンのセットの間に前記複数のサンプルの残りの部分を分配することをさらに含む、請求項８４に記載の方法。

【請求項86】

前記複数の対応するサイクル数の１００％が前記選択された範囲内にあり、前記複数のサンプルを前記複数のビンに選別することが、
より高いサイクル数と比較してより低いサイクル数の間でより多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて、前記複数のビンの間に前記複数のサンプルを分配することを含む、請求項８２に記載の方法。

【請求項87】

前記選別することが、
前記サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、前記複数のサンプルを前記複数のビンに分配することと、
同じ整数値に関連付けられた対応するサイクル数を有する前記複数のサンプルのうちの任意のサンプルが同じビンに一緒にグループ化されるように、前記複数のビン内の前記複数のサンプルの前記分布を修正することと
を含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項88】

前記複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、前記複数の対応するサイクル数のうちの２つのサイクル数が、前記２つのサイクル数の各々が同じ整数値である整数を含む場合、同じ整数値に関連付けられる、請求項８７に記載の方法。

【請求項89】

前記複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、前記複数の対応するサイクル数のうちの２つのサイクル数が、前記２つのサイクル数の各々が同じ整数値に切り上げられた場合、同じ整数値に関連付けられる、請求項８７に記載の方法。

【請求項90】

前記選別することが、
前記複数のサイクル数の前記分布に基づいて、平均の１つの標準偏差の外にある前記複数のサイクル数の別の部分と比較して、前記複数のサイクル数の前記平均の前記１つの標準偏差の内にある前記複数のサイクル数の一部の間でより多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて、前記複数のサンプルを前記複数のビンに選別することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項91】

前記出力に基づいて、前記複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移送することと、
前記ＰＣＲプレートのセットを使用して前記ＰＣＲ増幅プロセスを実行することと
をさらに含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項92】

前記サイクルデータを識別することが、
定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）システムから前記サイクルデータを受信することを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項93】

システムであって、
１つまたは複数のデータプロセッサと、
命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、前記命令が、前記１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記１つまたは複数のデータプロセッサに、請求項１～１０、２１～３６、４１～５８、および６５～９２のいずれか一項に記載の１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させる、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と
を備える、システム。

【請求項94】

１つまたは複数のデータプロセッサに、請求項１～１０、２１～３６、４１～５８、および６５～９２のいずれか一項に記載の１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させるように構成された命令を含む非一時的機械可読記憶媒体において具現化された、コンピュータプログラム製品。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

発明者：Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｎ．Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ，Ｋｅｎｎｅｔｈ Ｋ．Ｈａｌｌｅｎｂｅｃｋ
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１０月１５日に出願された「Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｔａｒｇｅｔ－Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｃａｎｄｉｄａｔｅ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ａｎａｌｙｓｉｓ」と題する米国仮特許出願第６３／０９２，１０４号の優先権を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

発明の分野
改善された多重スクリーニング分析のための方法およびシステムが本明細書で提供される。より具体的には、標的結合活性についてのヌクレオチド標識ペプチドライブラリの多重スクリーニングのための方法およびシステムが提供される。

【背景技術】

【0003】

発明の背景
現在の多重化標的結合候補スクリーニング分析システムは、サンプル間の変動およびデータの複雑さなどの問題のために、所望の標的に結合するための多くのヌクレオチド含有ペプチドライブラリの同時選択が困難である。したがって、所望の結合標的、例えばタンパク質に対する候補結合剤の同時選択を助けるための改善された多重化標的結合候補スクリーニング分析システムおよび方法が必要とされている。

【発明の概要】

【0004】

発明の概要
本明細書に記載の実施形態は、改善された多重スクリーニング分析のための様々な方法、システム、およびコンピュータプログラム製品を提供する。

【0005】

いくつかの実施形態では、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法が提供される。本方法は、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することを含み、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。本方法は、定量化情報を使用してライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することをさらに含み、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生することができるか、または産生するように決定される。本方法は、そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することをさらに含み、各ビンが、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットが、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する。本方法は、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む。本方法は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む。

【0006】

いくつかの実施形態では、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を１つまたは複数のデータプロセッサに実行させるように構成された命令を含む非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化された、コンピュータプログラム製品が提供される。本方法は、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することを含み、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。本方法は、定量化情報を使用してライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することをさらに含み、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される。本方法は、そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することをさらに含み、各ビンが、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットが、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する。本方法は、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む。本方法は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む。

【0007】

いくつかの実施形態では、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するためのシステムが提供される。システムは、各選択ラウンドについてのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを記憶するように構成されたデータストアであって、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、１つまたは複数のデータプロセッサと、データストアに通信可能に接続され、データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備えるコンピューティングデバイスと、を含む。本方法は、データセットを使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、定量化情報を使用してＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットが、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することを含む。システムは、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行い、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うように構成されたサーモサイクラーをさらに含む。

【0008】

いくつかの実施形態では、標的結合を検出するためにＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を監視するための方法が提供される。本方法は、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することを含み、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。本方法は、グラフィカルユーザインターフェース内に、第１の選択ラウンドについてライブラリの各々の定量化情報を表示する第１のウィンドウを生成することをさらに含む。本方法は、複数の後続の選択ラウンドにわたって追加ウィンドウを生成するために、受信ステップおよび生成ステップを繰り返すことをさらに含み、追加ウィンドウの各々が、各ラウンドに対するライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、後続の選択ラウンドの各々に対するライブラリの各々の定量化情報を表示する。

【0009】

いくつかの実施形態では、標的結合を検出するためにＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を監視するための非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、１つまたは複数のデータプロセッサに、ライブラリの定量化情報を監視して標的結合をグラフィカルユーザインターフェースにおいて検出するための方法を実行させるように構成された命令を含む、コンピュータプログラム製品が提供される。本方法は、第１のステップにおいて、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することを含み、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。本方法は、第２のステップにおいて、グラフィカルユーザインターフェース内に、第１の選択ラウンド後のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を含む第１のウィンドウを表示することと、第１および第２のステップを繰り返して、複数回のその後の選択にわたって追加ウィンドウを生成することであって、追加ウィンドウの各々が、各ラウンドに対するライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、その後の各選択ラウンドに対するライブラリの各々の定量化情報を表示する、追加ウィンドウを生成することと、を含む。

【0010】

いくつかの実施形態では、標的結合を検出するためにＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を監視するためのシステムが提供される。システムは、各選択ラウンドについてのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを記憶するように構成されたデータストアを含み、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。システムは、１つまたは複数のデータプロセッサと、データストアに通信可能に接続され、データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を表示するための方法を１つまたは複数のデータプロセッサに実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備える、コンピューティングデバイスと、をさらに含む。本方法は、表示されるように選択された任意の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を表示するように選択されたウィンドウを含むグラフィカルユーザインターフェースを生成することを含む。

【0011】

１つまたは複数の実施形態では、ＤＮＡを含有する複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための方法が提供される。複数のサンプルについて、ＰＣＲ増幅プロセスを行うためのサイクルデータが識別される。サイクルデータは、複数のサンプルの各サンプルに対する対応するサイクル数を含む。複数のサンプルは、複数のビンのビン間のサイクル数変動が低減されるように、サイクルデータに基づいて複数のビンに選別される。ビンサイクル数は、複数のビンの各ビンに割り当てられる。ビンサイクル数は、複数のビンの各ビンに固有である。ビンの識別情報が生成される。複数のビンおよび複数のビンのビンごとのビンサイクル数を使用して、複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力が生成される。

【0012】

いくつかの実施形態では、１つまたは複数のデータプロセッサと、命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、命令が、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させる、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を備える、システムが提供される。

【0013】

いくつかの実施形態では、非一時的機械可読記憶媒体に具現化され、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させるように構成された命令を含む、コンピュータプログラム製品が提供される。

【0014】

本開示のいくつかの実施形態は、１つまたは複数のデータプロセッサを含むシステムを含む。いくつかの実施形態では、システムは、命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、命令が、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部および／または１つまたは複数のプロセスの一部または全部を実行させる、非一時的コンピュータ可読記憶媒体を含む。本開示のいくつかの実施形態は、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部および／または１つまたは複数のプロセスの一部または全部を実行させるように構成された命令を含む非一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化された、コンピュータプログラム製品を含む。

【0015】

使用された用語および表現は、限定ではなく説明の用語として使用され、そのような用語および表現の使用において、示されて説明された特徴のいかなる均等物またはその一部も除外する意図はないが、特許請求の範囲に記載された実施形態の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、特許請求される本実施形態は、実施形態および任意の特徴として具体的に開示されているが、本明細書に開示される概念の変更および変形は、当業者によって使用されてもよく、そのような修正および変形は、添付の特許請求の範囲内にあると見なされることを理解されたい。

【図面の簡単な説明】

【0016】

本開示は、以下の添付の図面と併せて説明される：

【0017】

【図1】様々な実施形態にかかる、所望の結合標的に結合するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリをスクリーニングするための一般的な概略的ワークフローの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0018】

【図2】様々な実施形態にかかる、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための一般的な概略的ワークフローの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0019】

【図3A-3C】様々な実施形態にかかる、結合標的に対する結合親和性について候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するためのワークフローの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0020】

【図4】様々な実施形態にかかる、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を示すフローチャートである。

【0021】

【図5】様々な実施形態にかかる、結合標的に対する結合親和性について候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための方法を示すフローチャートである。

【0022】

【図6】様々な実施形態にかかる、ＤＮＡを含有する複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための方法を示すフローチャートである。

【0023】

【図7】様々な実施形態にしたがって示されるＤＮＡを含有する複数のサンプルを正規化するための方法を示すフローチャートである。

【0024】

【図8】様々な実施形態にしたがって示されるＤＮＡを含有する複数のサンプルを正規化するための非限定的な例示的方法８００を示すフローチャートである。

【0025】

【図9A】１つまたは複数の実施形態にかかる、上側バイアスを使用する動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。

【0026】

【図9B】１つまたは複数の実施形態にかかる、上側バイアスを使用する動的ビニングの第４のラウンドを示す表である。

【0027】

【図10】１つまたは複数の実施形態にかかる、均一な分布を使用する動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。

【0028】

【図11A】１つまたは複数の実施形態にかかる、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対するバイアスを伴う動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。

【0029】

【図11B】１つまたは複数の実施形態にかかる、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対する動的ビニングバイアスの第４のラウンドを示す表である。

【0030】

【図12】様々な実施形態にかかる、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するように構成されたシステムの非限定的な例の概略図である。

【0031】

【図13】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的への結合を検出するために複数のライブラリの各々の定量化情報を監視するためのワークフローの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0032】

【図14】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的結合への結合を検出するために複数のライブラリの各々の定量化情報を監視するための方法を示すフローチャートである。

【0033】

【図15】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的への結合を検出するために複数のヌクレオチド標識ペプチドライブラリの各々の定量化情報を監視するためのシステムおよびグラフィカルユーザインターフェースの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0034】

【図16】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的への結合を検出するためにヌクレオチド標識ペプチドライブラリの定量化情報を監視するためのグラフィカルユーザインターフェースの非限定的な例示的な実施形態を示すスクリーンショットを描写している。

【0035】

【図17】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的への結合を検出するためにヌクレオチド標識ペプチドライブラリの定量化情報を監視するためのグラフィカルユーザインターフェースの非限定的な例示的な実施形態を示すスクリーンショットを描写している。

【0036】

【図18】様々な実施形態にかかる、グラフィカルユーザインターフェースにおいて結合標的への結合を検出するためにヌクレオチド標識ペプチドライブラリの定量化情報を監視するためのグラフィカルユーザインターフェースの非限定的な例示的な実施形態を示すスクリーンショットを描写している。

【0037】

【図19】様々な実施形態にかかる、本明細書で提供される方法を実行するように構成されたコンピュータシステムを示す非限定的な例のブロック図である。

【0038】

添付の図面において、同様の構成要素および／または特徴は、同じ参照ラベルを有することができる。さらに、同じタイプの様々な構成要素は、参照ラベルの後に同様の構成要素を区別するダッシュおよび第２のラベルを続けることによって区別されることができる。本明細書において第１の参照ラベルのみが使用される場合、説明は、第２の参照ラベルに関係なく、同じ第１の参照ラベルを有する同様の構成要素のいずれかに適用可能である。

【発明を実施するための形態】

【0039】

発明の詳細な説明
Ｉ．概要
本開示は、１つまたは複数の所望の標的への結合活性についてヌクレオチド標識ペプチドライブラリをスクリーニングするための方法およびシステムの様々な例示的な実施形態を記載する。しかしながら、本開示は、これらの例示的な実施形態および用途、または例示的な実施形態および用途が本明細書で動作するまたは説明される様式に限定されない。さらに、図は、簡略化されたまたは部分的な図を示す場合があり、図中の要素の寸法は、誇張されているか、または比例していない場合がある。

【0040】

ＩＩ．例示的な文脈および用語の説明
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明するためのものに過ぎず、限定することを意図するものではないことを理解するべきである。

【0041】

別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記および他の科学技術用語または専門用語は、特許請求の範囲に記載された主題が関係する技術分野における当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有することを意図する。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、明確性および／または容易な参照のために本明細書に定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、必ずしも、当該技術分野において一般に理解されるものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。一般に、化学、生化学、分子生物学、薬理学および毒物学に関連して利用される命名法およびその技法は、本明細書に記載されており、当該技術分野において周知であり、一般的に使用されるものである。

【0042】

本明細書で使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈上明確に別段の指示がない限り、複数形を同様に含むことを意図する。本明細書で使用される「および／または」という用語は、関連する列挙された項目のうちの１つまたは複数のあらゆる可能な組み合わせを指し、包含することも理解するべきである。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および／または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、記述された特徴、整数、ステップ、動作、要素、構成要素、および／またはユニットの存在を指定するが、１つまたは複数の他の特徴、整数、ステップ、動作、要素、構成要素、ユニット、および／またはそれらの群の存在または追加を排除するものではないことをさらに理解するべきである。

【0043】

本開示全体を通じて、様々な態様が範囲形式で提示される。範囲形式での記載は、便宜および簡潔性のためのものに過ぎず、本開示に対する柔軟性のない限定と解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の記載は、全ての可能な部分範囲ならびにその範囲内の個々の数値を具体的に開示していると見なされるべきである。例えば、値の範囲が提供されている場合、その範囲の上限と下限との間の各介在値、およびその記述された範囲内の他の任意の記述されたまたは介在する値が本開示に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限および下限は、独立してより小さい範囲に含まれてもよく、また、記述された範囲内の任意の具体的に除外された限界にもしたがって、本開示に包含される。記述された範囲が限界の一方または双方を含む場合、それらの含まれる限界のいずれかまたは双方を除外した範囲もまた、本開示に含まれる。これは、範囲の広さにかかわらず適用される。

【0044】

本明細書で使用される「約」という用語は、容易に知られるそれぞれの値についての通常の誤差範囲を含むように指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（および説明する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記載は、「Ｘ」の記載を含む。いくつかの実施形態では、「約」とは、当業者によって理解されるように、±１５％、±１０％、±５％、または±１％を指すことができる。

【0045】

さらに、「と通信する」もしくは「と通信可能に結合された」という用語または類似の語が本明細書で使用される場合、１つの要素は、１つまたは複数の有線通信リンク、１つまたは複数の無線通信リンク、１つまたは複数の光通信リンク、またはそれらの組み合わせにより、別の要素と直接的に、間接的に、またはその双方で通信することが可能とすることができる。さらに、要素のリスト（例えば、要素ａ、ｂ、ｃ）が参照される場合、そのような参照は、それ自体で列挙された要素のいずれか１つ、列挙された要素の全てよりも少ない要素の任意の組み合わせ、および／または列挙された要素の全ての組み合わせを含むことを意図する。

【0046】

本明細書で使用される場合、「実質的に」は、意図された目的のために機能するのに十分であることを意味する。したがって、「実質的に」という用語は、当業者によって予想されるが、全体的な性能にそれほど影響しないような、絶対的または完全な状態、寸法、測定値、結果などからの微細な、僅かな変動を考慮する。数値、または数値として表されることのできるパラメータ若しくは特性に関して使用される場合、「実質的に」とは、１０パーセント以内を意味する。

【0047】

本明細書で使用される場合、「複数のもの（ｏｎｅｓ）」という用語は、２つ以上のものを意味する。

【0048】

本明細書で使用される場合、「複数」または「群」という用語は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多い数とすることができる。

【0049】

本明細書で使用される場合、「セット」という用語は、１つまたは複数を意味する。

【0050】

本明細書において使用される場合、「のうちの少なくとも１つ」という語句は、項目のリストとともに使用される場合、列挙された項目のうちの１つまたは複数の異なる組み合わせが使用されてもよく、リスト内の項目のうちの１つのみが必要であってもよいことを意味することができる。項目は、特定の物体、物、ステップ、動作、プロセス、またはカテゴリとすることができる。換言すれば、「のうちの少なくとも１つ」は、リストから項目の任意の組み合わせまたは任意の数の項目が使用されてもよいが、リスト内の項目の全てが必要とされるわけではない場合があることを意味する。例えば、限定されないが、「項目Ａ、項目Ｂ、または項目Ｃのうちの少なくとも１つ」または「項目Ａ、項目Ｂ、および項目Ｃのうちの少なくとも１つ」は、項目Ａ；項目Ａおよび項目Ｂ；項目Ｂ；項目Ａ、項目Ｂ、および項目Ｃ；項目Ｂおよび項目Ｃ；または項目ＡおよびＣを意味することができる。場合によっては、「項目Ａ、項目Ｂ、または項目Ｃのうちの少なくとも１つ」または「項目Ａ、項目Ｂ、および項目Ｃのうちの少なくとも１つ」は、これらに限定されないが、項目Ａのうちの２つ、項目Ｂのうちの１つ、および項目Ｃのうちの１０個；項目Ｂのうちの４つおよび項目Ｃのうちの７つ；またはいくつかの他の適切な組み合わせを意味することができる。

【0051】

「個体」、「被験者」または「患者」は、哺乳動物とすることができる。哺乳動物は、これらに限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌおよびウマ）、霊長類（例えば、ヒトおよび非ヒト霊長類、例えば、サル）、ウサギおよびげっ歯類（例えば、マウスおよびラット）を含む。特定の態様では、個体または被験者は、ヒトである。

【0052】

本明細書で使用される場合、「核酸シーケンシングデータ」、「核酸シーケンシング情報」、「核酸配列」、「ゲノム配列」、「遺伝子配列」、または「断片配列」、または「核酸シーケンシングリード」とは、ＤＮＡまたはＲＮＡの分子（例えば、全ゲノム、全トランスクリプトーム、エクソーム、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、断片など）中のヌクレオチド塩基（例えば、アデニン、グアニン、シトシン、およびチミン／ウラシル）の順番を示す任意の情報またはデータを意味することができる。本教示は、これらに限定されないが、キャピラリー電気泳動、マイクロアレイ、ライゲーションに基づくシステム、ポリメラーゼに基づくシステム、ハイブリダイゼーションに基づくシステム、直接的または間接的なヌクレオチド特定システム、パイロシーケンシング、イオンまたはｐＨに基づく検出システム、電子シグネチャに基づくシステムなどを含む全ての利用可能な種々の技術、プラットフォームまたは技術を使用して得られた配列情報を企図することを理解されたい。

【0053】

「ヌクレオチド」、「ポリヌクレオチド」、「核酸」、または「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合によって接合されたヌクレオシド（デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシド、またはそのアナログを含む）の直鎖状ポリマーを指すことができる。典型的には、ポリヌクレオチドは、少なくとも３つのヌクレオシドを含む。通常、オリゴヌクレオチドは、数個のモノマー単位、例えば３～４個から数百個のモノマー単位までのサイズの範囲である。オリゴヌクレオチドなどのポリヌクレオチドが「ＡＴＧＣＣＴＧ」などの文字の配列によって表される場合はいつでも、別段の注記がない限り、ヌクレオチドは、左から右へ５’→３’の順番であり、「Ａ」はデオキシアデノシンを意味し、「Ｃ」はデオキシシチジンを意味し、「Ｇ」はデオキシグアノシンを意味し、「Ｔ」はチミジンを意味することが理解されよう。Ａ、Ｃ、Ｇ、およびＴという文字は、当該技術分野において標準的であるように、塩基自体、ヌクレオシド、または塩基を含むヌクレオチドを指すために使用されることができる。

【0054】

本明細書で使用される場合、「細胞」という用語は、「生体細胞」という用語と互換的に使用されることができる。生体細胞の非限定的な例は、真核細胞、植物細胞、動物細胞、例えば、哺乳動物細胞、爬虫類細胞、鳥類細胞、魚類細胞など、原核細胞、細菌細胞、真菌細胞、原生動物細胞など、組織、例えば、筋肉、軟骨、脂肪、皮膚、肝臓、肺、神経組織などから解離された細胞、免疫細胞、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー細胞、マクロファージなど、胚（例えば、接合子）、卵母細胞、卵子、精子細胞、ハイブリドーマ、培養細胞、細胞株からの細胞、癌細胞、感染細胞、トランスフェクトおよび／または形質転換細胞、レポーター細胞などを含む。哺乳動物細胞は、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、霊長類などからのものであってもよい。

【0055】

本明細書で使用される場合、ゲノムは、哺乳動物、例えば、ヒトなどの動物を含む、細胞または生物の遺伝物質である。ヒトにおいて、ゲノムは、例えば、遺伝子、非コードＤＮＡおよびミトコンドリアＤＮＡなどの全ＤＮＡを含む。ヒトゲノムは、典型的には、以下の２３対の線状染色体を含む：２２対の常染色体＋性決定ＸおよびＹ染色体。２３対の染色体は、各親からの１つのコピーを含む。染色体を構成するＤＮＡは、染色体ＤＮＡと称され、ヒト細胞の核内に存在する（核ＤＮＡ）。ミトコンドリアＤＮＡは、環状染色体としてミトコンドリア内に位置し、母親からのみ受け継がれ、核内に位置するＤＮＡの核ゲノムと比較してミトコンドリアゲノムと称される場合が多い。

【0056】

「シーケンシング」という語句は、核酸の少なくとも一部の連続するヌクレオチドの特定を可能にする当該技術分野において公知の任意の技法を指すことができる。非限定的な例示的なシーケンシング技術は、ＲＮＡ－ｓｅｑ（全トランスクリプトームシーケンシングとしても知られている）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（商標）シーケンシング、直接シーケンシング、ランダムショットガンシーケンシング、Ｓａｎｇｅｒジデオキシターミネーションシーケンシング、全ゲノムシーケンシング、超並列シグネチャシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、パイロシーケンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、デュプレックスシーケンシング、サイクルシーケンシング、単一塩基伸長シーケンシング、固相シーケンシング、ハイスループットシーケンシング、超並列シグネチャシーケンシング、エマルジョンＰＣＲ、可逆的ダイターミネーターによるシーケンシング、ペアードエンドシーケンシング、ニアターム（ｎｅａｒ－ｔｅｒｍ）シーケンシング、エキソヌクレアーゼシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、ショートリードシーケンシング、単一分子シーケンシング、合成によるシーケンシング、リアルタイムシーケンシング、リバースターミネーターシーケンシング、ナノポアシーケンシング、４５４シーケンシング、Ｓｏｌｅｘａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒシーケンシング、ＳＯＬｉＤ（商標）シーケンシング、ＭＳ－ＰＥＴシーケンシング、質量分析、およびそれらの任意の組み合わせを含む。

【0057】

「ＲＮＡ－ｓｅｑ（ＲＮＡ－シーケンシング）」という語句は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）などのシーケンシングを使用して生体サンプル中のＲＮＡの存在、数量または配列を調べることができる任意のステップまたは技術を指すことができる。ＲＮＡ－ｓｅｑは、ＲＮＡ内にコードされた遺伝子発現パターンのトランスクリプトームを分析することができる。

【0058】

「次世代シーケンシング」（ＮＧＳ）という語句は、伝統的なＳａｎｇｅｒおよびキャピラリー電気泳動に基づく手法と比較して増加したスループットを有する、例えば、数十万の比較的小さい配列リードを一度に生成する能力を有するシーケンシング技術を指すことができる。次世代シーケンシング技術のいくつかの例は、これらに限定されないが、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング、およびハイブリダイゼーションによるシーケンシングを含む。より具体的には、ＩｌｌｕｍｉｎａのＭＩＳＥＱ、ＨＩＳＥＱおよびＮＥＸＴＳＥＱシステムならびにＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ＣｏｒｐのＰｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｍａｃｈｉｎｅ（ＰＧＭ）およびＳＯＬｉＤシーケンシングシステムは、全または標的化ゲノムの超並列シーケンシングを提供する。ＳＯＬｉＤシステムおよび関連するワークフロー、プロトコール、化学等は、「Ｒｅａｇｅｎｔｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ，ａｎｄ Ｌｉｂｒａｒｉｅｓ ｆｏｒ Ｂｅａｄ－Ｂａｓｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ」というタイトルのＰＣＴ公開第ＷＯ２００６／０８４１３２号、国際出願日２００６年２月１日、「Ｌｏｗ－Ｖｏｌｕｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ Ｕｓｅ」というタイトルの米国特許出願第１２／８７３，１９０号、２０１０年８月３１日出願、および「Ｆａｓｔ－Ｉｎｄｅｘｉｎｇ Ｆｉｌｔｅｒ Ｗｈｅｅｌ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ Ｕｓｅ」というタイトルの米国特許出願第１２／８７３，１３２号、２０１０年８月３１日出願により詳細に記載されており、これらの出願の各々の全体が該出願への参照により本明細書に組み込まれる。

【0059】

「インビトロディスプレイ」という用語は、表現型と、表現型の配列をコード化する遺伝子型とを非共有結合または共有結合によって結合させることによって、表現型を遺伝子型とともに表示するシステムを指すことができる。インビトロディスプレイの非限定的な例は、ｍＲＮＡディスプレイ、ＰＤディスプレイ、ＳＴＡＢＬＥ（非共有結合ＤＮＡディスプレイ）、マイクロビーズ／液滴ディスプレイ、共有結合ＤＮＡディスプレイ、ファージディスプレイおよびリボソームディスプレイを含む。インビトロディスプレイは、試験管内で再構成された複製系を使用して活性種の濃縮および増幅（選択）を可能にすることができる。インビトロディスプレイシステムの大きな利点は、多種多様な標準的な、非標準的なペプチドまたはそれらの組み合わせを包含するライブラリを介して検索することを可能にし、原核生物および真核生物の培地としての使用を回避し、高度に活性な生理学的物質（例えば、ペプチド）の選択を可能にすることである。インビトロディスプレイは、１０の１３乗の多様性を有するライブラリを検索することを可能にすることができる。いくつかの実施形態ではｍＲＮＡディスプレイが例として説明されるが、代わりにインビトロディスプレイが使用されることができる。

【0060】

「ＲＮＡディスプレイ」または「ｍＲＮＡディスプレイ」という用語は、発現されたタンパク質またはペプチドがそれらのコード化核酸に共有結合または非共有結合相互作用によって結合されて「ｍＲＮＡ／ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲート」分子を形成するインビトロ技術を指すことができる。ｍＲＮＡ／ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲートのタンパク質またはペプチド成分は、所望の結合標的への結合の候補として選択され、候補タンパク質またはペプチドの同一性は、付着したコード化ｍＲＮＡ成分のシーケンシングによって決定される。

【0061】

「フレキシザイム」という用語は、アミノアシル－ｔＲＮＡシンセターゼとして開発された人工ＲＮＡ触媒を指すことができる。フレキシザイムは、ジニトロベンジルフレキシザイム（ｄＦｘ）、増強フレキシザイム（ｅＦｘ）、アミノフレキシザイム（ａＦｘ）などの名称でも知られている。フレキシザイムは、アミノ酸が反応するカルボニル基、アミノ酸の側鎖もしくは脱離基における芳香環、またはリンカーの３’末端におけるＡＣＣ－３’配列を認識することによって、弱く活性化されたアミノ酸を基質として使用して、３’末端におけるアデノシンのアミノアシル化を触媒することができる。

【0062】

「大環状ペプチド」または「大環状分子」という用語は、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個、またはそれ以上のアミノ酸の大環状構造、またはそれに由来する任意の中間範囲もしくは値を含むペプチドを指すことができる。本明細書で使用される場合、「大環状構造」は、直鎖状ペプチドに形成された閉環構造を指す。環構造は、少なくとも２つのアミノ酸残基によって分離された２つのアミノ酸を直接またはリンカーを介して結合することによって形成されることができる。大環状ペプチドまたは大環状分子は、１、２、３、４、５個またはそれ以上の環を含むことができる。

【0063】

「Ｃｔ（サイクル閾値）」という用語は、蛍光信号が閾値を超える（例えば、バックグラウンドレベルを超える）のに必要なサイクル数を指すことができる。Ｃｔレベルは、サンプル中の候補核酸の量に反比例する（すなわち、Ｃｔレベルが低いほど、サンプル中の候補核酸の量が多い）。

【0064】

標的結合選択において使用される「選択」という用語は、集団中の他の分子から分子を実質的に分離することを指すことができる。本明細書で使用される場合、「選択」ステップは、選択ステップ後の集団中の望ましくない分子と比較して、所望の分子の少なくとも２倍、好ましくは３０倍、より好ましくは１００倍、最も好ましくは１０００倍の濃縮を提供することができる。本明細書に示されるように、選択ステップは、任意の回数繰り返されてもよく、および／または異なるタイプの選択ステップが所与の手法で組み合わされてもよい。

【0065】

標的結合候補の発見

【0066】

本明細書に記載の様々な方法およびシステムの実施形態は、所望の標的に結合するための選択においてペプチド候補を検出するための改善された多重化方法を可能にする。例えば、ＲＮＡディスプレイ法がここで使用されることができる。ＲＮＡディスプレイは、一般に、タンパク質またはペプチドの発現を伴い、発現されたタンパク質またはペプチドは、それらのコード化ｍＲＮＡに共有結合または緊密な非共有結合相互作用によって結合され、ＲＮＡ／タンパク質融合分子を形成する。ＲＮＡ／タンパク質融合物のタンパク質またはペプチド成分は、所望の標的への結合のために選択されることができ、タンパク質またはペプチドの同一性は、付着したコード化ｍＲＮＡ成分のシーケンシングによって決定されることができる。

【0067】

図１は、様々な実施形態にかかる、所望の標的に結合するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリをスクリーニングするための一般的な概略的ワークフローの非限定的な例示的な実施形態を示している。

【0068】

ワークフロー１００は、ステップ１１０において、出発核酸ライブラリ（例えば、マルチウェルプレート内のウェル）を取得することと、出発核酸ライブラリを、それらの対応する核酸によってコード化されるペプチドライブラリに翻訳して、ヌクレオチド含有コンジュゲートのライブラリを生成することと、を含むことができる。出発核酸ライブラリは、少なくとも、最大で、または約１０、１００、１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３、１０^１４、１０^１５、１０^１６、１０^１７、１０^１８、１０^１９、または１０^２０（またはそれに由来する範囲の任意の中間数）個のコンジュゲートを含むことができる。出発核酸ライブラリは、設計優先で選択されることができる。例えば、出発核酸ライブラリは、低い存在量のコンジュゲートを有するように選択されることができ、約１０、１００、または１０^３（またはそれに由来する範囲の任意の中間数）個のコンジュゲートを含むことができる。出発核酸ライブラリは、中程度の存在量のコンジュゲートを有するように選択されることができ、約１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、または１０^９（またはそれに由来する範囲の任意の中間数）個のコンジュゲートを含むことができる。出発核酸ライブラリは、高い存在量のコンジュゲートを有するように選択されることができ、約１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３、または１０^１４（またはそれに由来する範囲の任意の中間数）個のコンジュゲートを含むことができる。

【0069】

いくつかの実施形態によれば、ワークフロー１００は、インビトロ翻訳混合物を添加することによってＲＮＡをペプチドに翻訳する。例えば、インビトロ翻訳混合物は、ｔＲＮＡを標準アミノ酸によってチャージするリボザイム、ｔＲＮＡを非標準アミノ酸によってチャージするリボザイム、またはそれらの組み合わせ、例えば標準アミノ酸を付加するためのアミノアシル－ｔＲＮＡシンテターゼ（ａａＲＳもしくはＡＲＳ、またはｔＲＮＡリガーゼとも呼ばれる）、非標準アミノ酸を付加するためのフレキシザイム、またはそれらの組み合わせを含む。インビトロ翻訳反応中、ｍＲＮＡ分子は、３’末端に融合したペプチドアクセプター（例えば、ピューロマイシン）を介してそれらのペプチド生成物に共有結合するようになる。追加の実施形態および代替の実施形態では、ヌクレオチド含有コンジュゲートは、ｍＲＮＡを対応するペプチドに結合するリンカーを含むことができる。

【0070】

ペプチドは、直鎖、ステープル、環状、またはそれらの組み合わせとすることができる。特定の実施形態では、環状ペプチドは、大環状ペプチドである。大環状ペプチドは、１、２、３個、またはそれ以上の環を有することができる。大環状ペプチドは、単環ペプチド、二環ペプチドもしくは四環ペプチド、またはそれらの組み合わせを含むことができる。ヌクレオチド含有コンジュゲートのライブラリは、ｍＲＮＡ表示ペプチドとしてペプチドにコンジュゲートしたＲＮＡを含むことができる。

【0071】

ワークフロー１００は、ステップ１２０において、ヌクレオチド含有コンジュゲートのインビトロ逆転写およびインビトロ逆転写産物の脱塩を含むことができる。例えば、ワークフロー１００は、ｍＲＮＡ－ペプチドコンジュゲートに逆転写混合物を加えることによって、ＤＮＡ－ｍＲＮＡ－ペプチドコンジュゲートを生成する。ワークフロー１００は、得られたＤＮＡ－ｍＲＮＡ－ペプチドコンジュゲートを脱塩カラムに移して塩および他の小分子を除去し、その結果、脱塩ライブラリが生成される。脱塩ライブラリは、標的結合候補ペプチドを検出するために選択ラウンドに投入されることができる。

【0072】

ワークフロー１００は、ステップ１３０において、入力ライブラリからの標的結合候補の選択を含むことができる。入力ライブラリは、インビトロ逆転写および脱塩後のヌクレオチド含有コンジュゲートを含むことができる。各選択は、所望の標的分子に結合する候補結合剤の正の選択、所望の標的分子なしで支持体に結合するライブラリを除去する負の選択、またはそれらの組み合わせを含むことができる。

【0073】

例えば、標的分子は、アガロースビーズなどの固体支持体に結合される。標的分子は、固体基質に直接結合される。別の実施形態では、標的分子が最初に修飾、例えばビオチン化され、次いで修飾標的分子が修飾を介してビーズなどの固体基質に結合される。固体支持体の非限定的な例は、ストレプトアビジン（ＳＡ）－Ｍ２８０、ニュートラアビジン－Ｍ２８０、ＳＡ－Ｍ２７０、ＮＡ－Ｍ２７０、ＳＡ－ＭｙＯｎｅ、ＮＡ－ＭｙＯｎｅ、ＳＡ－アガロース、およびＮＡ－アガロースを含む。追加の実施形態および代替の実施形態では、固体支持体は、磁気ビーズ、例えばＤｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）をさらに含む。そのような磁気ビーズは、磁石を使用するアッセイ混合物からの固体支持体および任意の結合したヌクレオチド含有コンジュゲートの分離を可能にする。

【0074】

負の選択では、入力ライブラリが空のビーズと完全に混合されることができる。入力ライブラリからの任意のビーズ結合部材が除去されることができる。いくつかの実施形態では、第１の選択ラウンドは、負の選択をスキップする。

【0075】

正の選択では、入力ライブラリが、固体支持体に結合した１つまたは複数の標的分子、例えば１つまたは複数の標的分子上に表示されたタグを捕捉するビーズによってインキュベートされることができる。例えば、プルダウンアッセイが実施されて、未結合ヌクレオチド含有コンジュゲートを洗い流し、標的タンパク質に結合したビーズ、すなわち、正のビーズから候補バインダーを溶出することができる。

【0076】

核酸成分の増幅の前に、標的結合ヌクレオチド含有コンジュゲートが固体支持体から溶出されることができる。任意の利用可能な溶出方法が企図される。代替的または追加的に、標的結合ヌクレオチド含有コンジュゲートは、高温、例えば沸騰で溶出されることができる。代替的または追加的に、標的結合ヌクレオチド含有コンジュゲートは、アルカリ条件、例えば、約８．０、８．５、９．０、９．５、１０．０のｐＨ、またはそれに由来する任意の中間範囲もしくは値を使用して溶出される。追加の実施形態および代替の実施形態では、標的結合ヌクレオチド含有コンジュゲートは、酸条件を使用して、例えば、約３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０のｐＨ、またはそれに由来する任意の中間範囲もしくは値を使用して溶出される。

【0077】

例えば、正のビーズがＰＣＲプレートに移され、密封され、煮沸されることができる。次いで、正のビーズが冷却され、磁気プレートに移されることができる。磁性プレートからの上清が除去され、ヌクレオチド含有コンジュゲートのさらなる分析のために新たなＰＣＲプレートに移されることができる。

【0078】

ワークフロー１００は、ステップ１４０において、入力ライブラリからの選択された標的結合候補の増幅を含むことができる。例えば、選択された標的結合候補は、ＤＮＡ－ＲＮＡ－ペプチドコンジュゲートである。ワークフロー１００は、選択された標的結合候補中のＤＮＡをＰＣＲによって増幅し、増幅産物を次の選択ラウンドについて入力として使用するか、またはシーケンシングによって分析する。

【0079】

ワークフロー１００は、ステップ１４０において、ＤＮＡ増幅のための選択された標的結合候補を定量化および正規化する。ワークフロー１００は、例えば定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によって、選択された標的結合候補中のＤＮＡ濃度を測定する。ワークフロー１００は、正規化のためにｑＰＣＲデータを収集および分析して、次の選択ラウンドにおいて使用される適切なＤＮＡ濃度を確実にする。例えば、ワークフロー１００は、ｑＰＣＲによって各選択された標的結合候補についてＣｔ値を収集し、ＰＣＲを使用して各選択された標的結合候補を増幅するための適切なＰＣＲサイクルを決定するために使用されることができる。

【0080】

追加の実施形態および代替の実施形態では、選択された標的結合候補中のＲＮＡが増幅されて、より多くのＲＮＡを産生することができる。ＲＮＡ複製の任意の利用可能な方法が、例えば、ＲＮＡレプリカーゼ酵素を使用して企図される。別の実施形態では、溶出された標的結合候補中のＲＮＡは、ＰＣＲによって増幅される前にｃＤＮＡに転写されることができる。

【0081】

ステップ１４０は、増幅のための選択された標的結合候補の定量化および正規化を含むことができ、これは、追加の正規化ワークフローおよび代替の正規化ワークフローならびにより詳細に図２～図８においてさらに例示されることができる。定量化および正規化結果の可視化は、可視化ワークフローおよび図９～図１４においてより詳細に説明されることができる。

【0082】

ワークフロー１００は、ステップ１５０において、入力ライブラリからの標的結合候補の反復選択を含むことができる。ＰＣＲ増幅プールは、最大親和性標的結合候補を濃縮するための１回または複数回の選択、例えば、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回またはそれ以上の選択に供されることができる。選択および増幅のプロセスは、ライブラリが所望の特性を有する候補によって支配されるまで繰り返される。必要な反復回数は、出発ライブラリの多様性および選択ステップにおいて達成される濃縮度に依存する。

【0083】

ステップ１５０において、増幅ＤＮＡヌクレオチドがｍＲＮＡに転写され、次いでペプチドに翻訳されて、ステップ１１０、１２０、１３０、および１４０の別のラウンド選択についてヌクレオチド含有コンジュゲートの追加のライブラリを産生することができる。

【0084】

追加的または代替的に、核酸配列は、増幅ＤＮＡに突然変異を導入し、それによって選択された核酸配列にさらなる多様性を導入する条件下で増幅されることができる。ＤＮＡ分子のこの変異プールは、さらなるラウンドの選択に供されることができる。

【0085】

追加的または代替的に、核酸のＰＣＲ増幅プールが、任意の利用可能なシーケンシング方法を使用してシーケンシングされて、選択された全てのヌクレオチド含有コンジュゲートの核酸配列、例えば次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を決定することができる。選択されたヌクレオチド含有コンジュゲートの配列同一性は、選択されたヌクレオチド配列の標的結合親和性の検証にさらに使用されることができる。

【0086】

ＩＩＩ．ヌクレオチド含有ライブラリの正規化
本明細書中に記載される様々な方法およびシステムの実施形態は、インビトロディスプレイを使用する標的結合選択の改善された信頼性の高い定量的評価を可能にする。特に、本明細書に記載の実施形態は、あるラウンドから別のラウンドまでのシミュレーション選択の進行および成功または失敗を追跡することを可能にする。本明細書に記載の方法およびシステムは、堅牢で再現性があり、標的結合選択のためにヌクレオチド含有ライブラリを正規化するために使用されることができる。

【0087】

正規化は、個々のＤＮＡ含有組成物間の次のラウンドへの投入ＤＮＡの変動、例えばウェルごとの変動を最小限に抑えるのに役立つ。入力ＤＮＡは、潜在的な結合剤のライブラリを生成するために使用されることができ、生成されたライブラリのＤＮＡ濃度は、各選択ラウンドにおける実験の一部として測定および記録されることができる。正規化は、各選択ラウンドにおける同時選択の進行および成功／失敗を比較するのに役立つ。

【0088】

１つの非限定的な利点は、本明細書で使用される正規化方法およびシステムが、手動介入の必要性を回避しながら、ＤＮＡ濃度の任意の可能な組み合わせを入力として数ラウンドの選択の進行を追跡することを可能にすることができることとすることができる。

【0089】

ＩＩＩ．Ａ．正規化ワークフロー
様々な実施形態にかかるＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための非限定的な例示的プロセスを示すために、一般的な概略的ワークフロー２００が図２に提供される。そのような正規化は、介入なしに異なる実験間で異なるライブラリのＤＮＡ濃度の任意の可能な組み合わせを扱うことができる。例えば、異なる実験は、標的結合候補に対する異なる選択ラウンド、例えばインビトロディスプレイ選択とすることができる。ワークフローは、図２に示されているものよりも多いか少ないかにかかわらず、特徴の様々な組み合わせを含むことができる。したがって、図２は、可能なワークフローの一例を単に示している。ワークフロー２００は、例えば、図１２に関して説明したシステム１２００または同様のシステムを使用して実装されることができる。

【0090】

ワークフロー２００は、ステップ２１０において、所望の標的分子への結合を検出するために選択ラウンドを開始することを含むことができる。選択ラウンドは、翻訳、逆転写、脱塩、および標的分子への結合を検出するための選択、ならびに例えばｑＰＣＲによる選択されたヌクレオチド含有組成物の定量によって開始することができる。

【0091】

ワークフロー２００は、ステップ２２０において、標的結合候補を検出するために選択ラウンドからのｑＰＣＲデータ収集を含むことができる。ワークフロー２００は、選択されたヌクレオチド含有コンジュゲートの各々の少量のサンプルを容器、例えば３８４ウェルプレートの指定された空間に移すことによってｑＰＣＲを行う。様々な実施形態では、ｑＰＣＲが使用されて、配列特異的ＤＮＡ増幅とそれに続くＤＮＡ濃度測定の反復サイクルを通して所与のサンプル中の候補ＤＮＡの濃度を測定する。その後のサイクルの間に、各候補ＤＮＡの量は、増幅の指数期の間にほぼ２倍になる。観察されたＤＮＡ濃度が最初に一定の閾値を超えるサイクルは、一般に閾値サイクル（Ｃｔ）と呼ばれる。これらのＣｔ値は、ＤＮＡ濃度の定量的評価を表し、その後の分析のための生データとして扱われることが多い。

【0092】

ステップ２２０において、ｑＰＣＲデータ収集は、ｑＰＣＲ機械からｑＰＣＲデータを受信することと、データ分析を実行することと、データをコンピュータにエクスポートすることと、を含むことができる。様々な実施形態では、最新のｑＰＣＲデータがデータベースに転送されて読み出されることができる。１つの選択ラウンドの各サンプルのＣｔ値がｑＰＣＲデータから抽出され、図９～図１４においてより詳細に説明するように同時に可視化されることができる。

【0093】

ワークフロー２００は、ステップ２３０において、複数のＤＮＡ含有組成物を選別することを含むことができる。例えば、複数のＤＮＡ含有組成物は、それらの各々の定量化情報、例えば、各サンプル（すなわち、ＤＮＡ含有組成物）のＣｔ値またはＣｔ値に基づいて決定された各サンプルのＰＣＲサイクル数に基づいてビンに選別されることができる。選別は、自動とすることができる。

【0094】

例えば、各ビンは、その後の増幅のために共通のＰＣＲサイクル数を共有して各ＤＮＡ含有組成物の濃度を正規化するように決定される。各ビンは、例えば、ある範囲内の同じＣｔ値またはある範囲内の同じＰＣＲサイクル数で、同様の濃度のＤＮＡ含有組成物をグループ化する。範囲内の同じＣｔ値は、１、２、３、４、または５つの整数値内のＣｔ値、またはそれから導出される任意の範囲または値を指すことができる。範囲内の同じＰＣＲサイクル数は、１、２、３、４、または５つの整数値内のＰＣＲサイクル数値、またはそれに由来する任意の範囲または値を指すことができる。

【0095】

例えば、３Ｃｔ値以内のＣｔ値（例えば、９、１０、および１１のＣｔ）を有する全ての個々のウェルが１つのビンに組み合わせられてもよく、その後の増幅のためにビン全体に対して同じ数のＰＣＲサイクル数（例えば、１０ＰＣＲサイクル）が適用されてもよい。各ビンには、バーコードなどの識別標識、およびｑＰＣＲ定量アッセイからのＣｔなどの定量化情報に基づいて割り当てられた共通のＰＣＲサイクルを有する対応するサンプルが割り当てられることができる。例えば、各ウェルの各ＰＣＲサイクル数または割り当てられた共通のＰＣＲサイクルは、所定の式に基づくことができ、例えば、各ウェルの各ＰＣＲサイクル数または割り当てられた共通のＰＣＲサイクルは、最も近い整数に丸められたそれぞれのウェルのＣｔであってもよく、または丸められた整数から整数を加算または減算するそれぞれのウェルのＣｔであってもよい。いくつかのウェルが類似のＣｔを有する場合、いくつかのウェルには共通のＰＣＲサイクル数が割り当てられることができるか、または各々が類似のＣｔに基づいて類似のＰＣＲサイクル数を有し、これらの類似のＣｔ値または類似のＰＣＲサイクル数の範囲に基づいて共通のＰＣＲサイクル数が割り当てられる。いくつかの実施形態では、各ウェルのＰＣＲサイクル数は、同等とすることができるか、または類似のＣｔ値を有するいくつかのウェルによって共有される共通のＰＣＲサイクル数と同等になるように調整されることができる。

【0096】

これらの割り当ては、ワークリストに編成され、液体ハンドラに転送されることができる。液体ハンドラは、サンプルを選択し、選択されたサンプルを、割り当てられた共通のＰＣＲサイクルによってソースプレートからＰＣＲ増幅用のプレートに移すことによって、ワークリストを実行することができる。ＰＣＲ増幅後、液体ハンドラは、そのように増幅されたサンプルをソースプレートの元のウェルに戻すことができる。

【0097】

表１に示されるように、将来の増幅のためのＰＣＲサイクル数は、決定されたｑＰＣＲ Ｃｔ値を使用して決定されることができる（ＭｉｎおよびＭａｘは、各ビンにおける最小および最大ｑＰＣＲ Ｃｔ値を指す）。表１において、全てのサンプルは、予め決定されたｑＰＣＲ Ｃｔ値にしたがってビンに選別され、各ビンは、将来の増幅のために共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたサンプルを有する。例えば、サンプルが１３のｑＰＣＲ Ｃｔを有する場合、それは３番目のビンにあり、以下の表１（「ＰＣＲサイクル数」）に示されるように、その後の増幅のために１５サイクルのＰＣＲを有するように割り当てられる。

【0098】

表１に示されるように、０から９のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために９サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。１０から１２のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために１２サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。１３から１５のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために１５サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。１６から１８のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために１８サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。１９から２０のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために２０サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。２１から２３のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために２３サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。２４から２６のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために２６サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。２７から４０のｑＰＣＲ Ｃｔを有する任意のサンプルは、ビン内の全てのサンプルがその後の増幅のために２８サイクルのＰＣＲを割り当てられるビンに割り当てられることができる。

【表1】

【0099】

追加の実施形態および代替の実施形態では、選別は、全てのサンプルのＰＣＲサイクル数値範囲を識別することと、各ビンが等しい数のサンプルまたはある範囲内の等しい数のサンプルを有するように、ＰＣＲサイクル数値範囲を使用して全てのサンプルを整数個のビンに選別することと、を含むことができる。整数個のビンは、少なくともまたは最大または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以上とすることができる。範囲内の等しいサンプル数は、各ビンが等しいサンプル数を有すること、または各ビン間のサンプルのサイズの差が１、２、３、４、５、６、７、または８を超えないことを意味することができる。特定の実施形態では、整数個のビンは、８つのビンであってもよく、８つのビンの各々は等しい数のサンプルを有する。したがって、１つまたは複数の実施形態では、サンプルは、選択された数Ｎのビンに均一に選別されてもよい。

【0100】

標的結合候補の各選択ラウンドにおいて、各ビンのサイズは、固定または動的とすることができる。いくつかの実施形態では、各ビンのサイズは、選択ラウンドにわたって固定されることができる。他の実施形態では、各ビンのサイズは、ＰＣＲサイクル数の範囲がどの程度広く変化するかに応じて変化することができる。例えば、より早いラウンドでは、より広い範囲のＰＣＲサイクル数に基づいて、整数個のビンおよびＰＣＲプレートの各々のより大きなビンサイズが自動的に生成されることができる。しかしながら、後の選択ラウンドでは、データが収束し始めると、整数個のビンおよびＰＣＲプレートの各々は、より狭い範囲のＰＣＲサイクル数に基づいて、はるかに小さいビンサイズ、すなわち、各ビン内のサンプルのより小さいサイズを有することができる。特定の実施形態では、整数は８である。サンプルを多数のビン、例えば８つのビンにわたって広げることは、良好な精度の正規化を達成する。

【0101】

ワークフロー２００は、ステップ２４０において、ワークリスト、例えば、順方向ワークリストおよび逆方向ワークリストの生成を含むことができる。ワークフロー２００は、各ビンに２つのワークリストを割り当てる。順方向ワークリストは、ビンの割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数に基づいてＰＣＲを行うために、ソースプレートの元のウェルからＰＣＲプレート内に選択されるべき１つのビンのサンプルについての指示を有する。例えば、ソースプレートは、同じＣｔ値を有し、同じビン（例えば、Ａ５、Ｂ５およびＤ５は、９６ウェルプレートのＡ、ＢおよびＤ行目ならびに５列目を指す）に選別される個々のウェルＡ５、Ｂ５、およびＤ５を有することができる。順方向ワークリストは、同じビン、すなわちウェルＡ５、Ｂ５、およびＤ５からのサンプルを、後続のＰＣＲ増幅のために同じＰＣＲプレートに選択するために生成されることができる。逆方向ワークリストでは、ＰＣＲ増幅後にサンプルがソースプレートの元のウェルに戻されることができる。

【0102】

ワークフロー２００は、ステップ２５０において、順方向ワークリストの実行を含むことができる。例えば、ワークフロー２００は、ＰＣＲプレートを取得し、ＰＣＲプレートに任意のバーコードを割り当てる。順方向ワークリストは、液体ハンドラがソースプレート内の元のウェルから対応するＰＣＲプレートにサンプルを移送するために実行されることができる。増幅のために共通のＰＣＲサイクル数を共有する各ビンは、特定のバーコードを有する対応するＰＣＲプレートに割り当てられてもよく、割り当てはデータベースに保存されてもよい。したがって、１つまたは複数の実施形態では、単一のＰＣＲプレートは、増幅のために共通のＰＣＲサイクル数を共有するサンプルのみを受け取ることができる。

【0103】

ワークフロー２００は、ステップ２６０において、順方向ワークリストにしたがってＰＣＲ増幅を行うための命令を作成し、サーモサイクラーに送信することを含むことができる。命令は、各ビンの共通のＰＣＲサイクル数に基づく。命令は、各ＰＣＲプレートのバーコードをデータベースと照合し、どのバーコードがＰＣＲの準備ができているかをＰＣＲサーモサイクラーに通知することができる。例えば、単一のビン内のサンプルのプレートが対応するＰＣＲプレートに移送されると、ワークフロー２００は、対応するＰＣＲプレートをＰＣＲサーモサイクラーに移動させ、指定されたファイルをＰＣＲプレートのバーコードによって更新することができる。データベースは、対応するビンと一致するバーコードのリストを含むファイルを有することから、ＰＣＲサーモサイクラーは、データベースにアクセスしてファイルを読み取り、どのバーコードがサーモサイクラーのＰＣＲプレートにロードされたかを確認し、データベースと比較して、定量化からの対応するＣｔ数および増幅のための割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数で一致するビンを識別することができる。命令はまた、ＰＣＲプレートのバーコードとサンプルのビンとの間の一致にしたがって、対応するサンプルに対して何サイクルのＰＣＲ（すなわち、増幅のために割り当てられた共通のサイクル数）を実行するかについてサーモサイクラーを更新することができる。

【0104】

ワークフロー２００は、ステップ２７０において、逆方向ワークリストを実行して、処理されたサンプルをソースプレートに戻すことを含むことができる。ＰＣＲの後、逆のワークリストが実行されて、各元のウェルの増幅ＤＮＡが生成されるように、ＰＣＲプレート内の増幅されたサンプルなどの処理されたサンプルをソースプレートの元のウェルに戻すことができる。

【0105】

例えば、ワークフロー２００は、最初にデータベースからワークリストを受信し、ワークリスト１および２を実行して、元のウェルから対応するＰＣＲプレートにサンプルを移送することができる。ワークフロー２００は、ＰＣＲサーモサイクラーに移されたＰＣＲプレートを有することができる。ワークフロー２００は、バーコード１および２ならびにそれらの対応するＰＣＲプレートがＰＣＲ増幅の準備ができていることをＰＣＲサーモサイクラーに通知することができる。ＰＣＲサーモサイクラーは、第１および第２のビン内のサンプルのいくつのＰＣＲサイクルがＰＣＲプレート１および２と一致するかをチェックし、次いで対応するＰＣＲサイクルを実行して第１および第２のビン内のサンプルを増幅することができる。逆方向ワークリスト１および２が実行されて、増幅されたサンプルをソースプレートの元のウェルに戻すことができる。次いで、ワークフロー２００は、バーコード３および４のワークリストが存在するかどうかをチェックし、存在する場合、ワークリスト１および２について上記のステップを繰り返すことができる。ワークフロー２００は、同時にいくつの異なるＰＣＲ反応が実行されることができるかに応じて、ワークリストを一度に１つ、一度に２つ、一度に３つ、一度に４つ、一度に５つ、一度に６つまたはそれ以上受信して実行することができる。

【0106】

ワークフロー２００は、ステップ２８０において、このラウンドを終了し、別のラウンドの選択を繰り返すことを含むことができる。後続の選択ラウンドは、ステップ２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、および２７０を含む同じワークフロー２００を含むことができる。

【0107】

図３Ａ～図３Ｃは、正規化ワークフロー３００の非限定的な例示的な実施形態を示すグラフである。正規化ワークフロー３００は、所望の標的への結合のための正の選択または所望の標的分子なしで支持体に結合するライブラリを除去するための負の選択の後、各選択ラウンド（最後の選択ラウンドを除く）の最後に繰り返されることができるため、選択後により多くのＤＮＡを有するライブラリは、全てのライブラリのＤＮＡ濃度を正規化するために増幅のためにより多くのＰＣＲサイクルを行うように決定される。

【0108】

図３Ａにおいて、正規化ワークフロー３００は、図１に示されるように、ＤＮＡを含有する入力ライブラリ３１０を、ｍＲＮＡディスプレイおよび標的結合選択後の標的結合結果を有するライブラリ３２０に変換することを含む。個々のウェル中のＤＮＡの量は、例えばヒートマップにおいて、異なるグレードの陰影、異なる色、異なるパターン、またはそれらの組み合わせとして同時に可視化されることができる。

【0109】

図３Ｂにおいて、標的結合結果を有するライブラリ３２０中のＤＮＡ濃度がｑＰＣＲによって測定され、異なるウェルにわたって正規化される。正規化ワークフロー３００のステップ３３０において、ｑＰＣＲの後、図３Ａの各ライブラリ３２０（例えば、マルチウェルプレート内の各ウェル）のＰＣＲサイクルがＣｔ値として計算され、対応するウェルと一致するようにエクスポートされることができる。例えば、予め設定された基準が使用されて、Ｃｔ値から所定の数を加算または減算することに基づいて、任意のサンプルのＰＣＲサイクル数を割り当てることができる。

【0110】

正規化ワークフロー３００のステップ３４０において、ＰＣＲ定量からの範囲内の同じＣｔ値を有するウェル、またはある範囲内の将来の増幅のための同じＰＣＲサイクル数でウェルが、５つのビンにグループ化されることができる。例えば、第１のビンは、ウェルＡ６、Ｂ５およびＤ５を有し、それらは全て９のｑＰＣＲ Ｃｔを有する。第２のビンは、ウェルＥ５、Ｆ５、Ｇ５、およびＨ５を有し、それらは全て１２のｑＰＣＲ Ｃｔを有する。第３のビンは、１５および１８の同様のｑＰＣＲ Ｃｔを有するいくつかのウェルを有する。第４のビンは、１８、２０、および２３の同様のｑＰＣＲ Ｃｔを有するいくつかのウェルを有する。第５のビンは、２３および２６のｑＰＣＲ Ｃｔ数を有するいくつかのウェルを有する。各ビン群は、ある範囲内の同じＣｔ値とコンジュゲートし、その後の増幅のために共通のＰＣＲサイクルを共有して、同じビン内の全てのライブラリおよび異なるビンにわたってＤＮＡ量を正規化するように決定される。

【0111】

３５０において、対応するＰＣＲプレートに移すためにソースプレートの元のウェルから一ビンのサンプルを選択するように指示する順方向ワークリストおよびソースプレートの元のウェルにサンプルを送り返すように指示する逆方向ワークリストが、例えばデータベースによって生成されることができる。

【0112】

正規化ワークフロー３００のステップ３６０において、各ビンは、割り当てられたバーコードを有する対応するＰＣＲプレートに割り当てられることができる。例えば、最低のＣｔ範囲または値を有するビンに１のバーコードが割り当てられることができる。順方向および逆方向ワークリストなどのワークリストは、そのビン内のサンプルのリストを有するバーコードを使用して生成されることができる。次いで、このプロセスは、全てのビンについて繰り返すことができる。２番目に低いＣｔ範囲または値を有するビンは、２のバーコードを有することができ、３番目に低いＣｔ範囲または値を有するビンは、３のバーコードを有することができ、最も高いＣｔ範囲または値を有するビンには、ビンの総数であるＮのバーコードが割り当てられるまで続く。ビンの数は、ｑＰＣＲデータに応じて、少なくとも、およそ、または最大で５、６、７、８、９、１０、またはそれに由来する任意の範囲もしくは値とすることができる。これは、バーコード割り当ておよび対応するバーコードへのビンの割り当てを伴う動的プロセスとすることができる。

【0113】

全てのビンにＰＣＲプレートのバーコードが割り当てられ、全てのワークリストが生成された後、ワークリストにアクセスし、ワークリストにしたがって増幅のためにＰＣＲプレートを処理するように指示するために、液体ハンドラなどのデバイスのためにワークリストが保存されることができる。例えば、増幅のための同様の一般的なＰＣＲサイクル数でビンが一緒に処理されることができる。第１のビンは、増幅のために９の割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数でことができる。第２のビンは、増幅のために１２の割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数でことができる。第３のビンは、増幅のために１５の割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数でことができる。第４のビンは、増幅のために１８の割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数でことができる。第５のビンは、増幅のために１８の割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数でことができる。処理は、低いＰＣＲサイクル数から高いＰＣＲサイクル数まで行うことができ、例えば、バーコード１および２を有するＰＣＲプレートが一緒に処理されることができ、バーコード３および４を有するＰＣＲプレートが一緒に処理されることができ、バーコード５を有するＰＣＲプレートが続いて処理されることができる。

【0114】

本開示の１つの非限定的な利点として、低いＰＣＲサイクル数でビン内のサンプルは、増幅後に高いＰＣＲサイクル数でビン内のサンプルと同様の量のＤＮＡを有するように増幅されるため、ウェル間の変動が最小限に抑えられることができる。

【0115】

３７０において、順方向ワークリストは、各ビン内のサンプルをソースプレート内のそれらの元のウェルから割り当てられた対応するＰＣＲプレートに移送し、各ビンに対して割り当てられた共通のＰＣＲサイクル数にしたがってＰＣＲを行うために、液体ハンドラによって実行されることができる。ＰＣＲの後、逆方向ワークリストは、増幅ＤＮＡを含有する処理されたサンプルをソースプレート内の各々の元のウェルに戻すために液体ハンドラによって実行されることができる。

【0116】

図３Ｃにおいて、ワークフロー３００は、全てのウェルにわたる範囲内の同じＤＮＡ濃度を有することができる正規化ライブラリ３８０を生成し続ける。正規化ライブラリ３８０は、その後の選択ラウンドにおいて入力ＤＮＡ３９０として使用されることができるか、またはシーケンシング分析に使用されることができる。

【0117】

ＩＩＩ．Ｂ．例示的な正規化方法
ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法が提供される。本方法は、コンピュータソフトウェアまたはハードウェアを介して実装されることができる。本方法はまた、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するためのエンジンの組み合わせを含むことができるコンピューティングデバイス／システム上で実装されることもできる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／システムは、直接接続またはインターネット接続を介して、データソース、サンプル分析装置（例えば、ゲノム配列分析装置）、および表示デバイスのうちの１つまたは複数に通信可能に接続されることができる。

【0118】

ＩＩＩ．Ｂ．１．ＰＣＲを行うための正規化
ここで図４を参照すると、様々な実施形態にかかる、正規化のための非限定的な例示的な方法４００を示すフローチャートが開示される。方法４００は、ステップ４０２において、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することを含むことができる。例えば、ライブラリの各々は、ＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。例えば、ＤＮＡコンジュゲートは、ペプチド、例えば大環状分子を含む。ＤＮＡコンジュゲートは、直鎖もしくは環状ペプチド、またはそれらの組み合わせなどのペプチドを含むことができる。環状ペプチドは、大環状分子を含むことができる。大環状分子は、１個、２個、３個、もしくはそれ以上の環、またはそれらの組み合わせを有することができる。例えば、定量化情報は、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）のサイクル閾値（Ｃｔ）を含む。

【0119】

方法４００は、ステップ４０４において、定量化情報を使用して各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することを含むことができ、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物は、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される。ＤＮＡの量がより少ないウェルは、ｑＰＣＲによって決定されるＣｔがより高く、ＤＮＡの量がより少ないウェルとＤＮＡの量がより多いウェルとの間の差を正規化するために、増幅においてより多くのＰＣＲサイクル数で必要がある。

【0120】

方法４００は、ステップ４０６において、ステップ４０４においてそのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用して、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することを含むことができる。各ビンは、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含むことができる。同じビンにあるＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセット中のライブラリは、ライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する。このようにして、各ビンに固有のＰＣＲサイクル数が割り当てられることができる。例えば、ビンのうちの少なくとも１つは、ＤＮＡ含有組成物の２つ以上のライブラリ、例えば２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上のライブラリを含むため、同様のＰＣＲサイクル数でライブラリが同じビンにグループ化されて、将来の増幅のために共通のＰＣＲサイクル数を割り当てることができる。

【0121】

いくつかの実施形態では、ビンのいずれか１つのＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々は、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同じまたは類似の量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される。したがって、本方法は、各ビンおよび異なるビンにわたって同じまたは類似の量のＤＮＡが存在するように、異なるビンごとに異なるＰＣＲサイクル数を決定することによって、各ビンの組成を正規化することができる。いくつかの実施形態では、同じまたは類似の量のＤＮＡは、所定の範囲内の量、例えば、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、または１％未満だけ異なる量のＤＮＡを有することができる。所定の範囲は、Ｃｔ値のビニングに基づいて決定されることができ、例えば、ビン内の全てのコンジュゲートのＣｔ値により多くの分散がある場合、所定の範囲はより高い。

【0122】

方法４００は、対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲ増幅を行うために、各ビンを、対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含むことができる。

【0123】

方法４００は、ステップ４０８において、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することを含むことができる。方法４００は、追加の増幅ＤＮＡを産生するために、追加の対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各々に対して、同時にＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含むことができる。

【0124】

方法４００は、増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲを行うための、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含むことができる。方法４００は、ＰＣＲプレートからソースプレートの元の位置（ウェル）に戻される増幅ＤＮＡ含有組成物に対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含むことができる。

【0125】

方法４００は、ステップ４１０において、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリがサンプル間の変動を最小限に抑えるように正規化されるように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することを含むことができる。正規化ライブラリは、インビトロ翻訳、逆転写、所望の標的または空ビーズによるインキュベーション、非結合剤の洗浄、推定結合剤の溶出、および本明細書に記載の正規化による候補結合剤の増幅を含む次の選択ラウンドを開始することができる。

【0126】

ＩＩＩ．Ｂ．２．標的タンパク質への結合親和性について候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための正規化
ここで図５を参照すると、様々な実施形態にかかる、標的結合選択における正規化のための非限定的な例示的方法５００を示すフローチャートが開示される。本方法は、標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するために使用されることができる。本方法は、ステップ５０２において、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することを含むことができ、各ライブラリは、ＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される。

【0127】

本方法は、ステップ５０４において、定量化情報を使用して各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することを含むことができ、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物は、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される。

【0128】

本方法は、ステップ５０６において、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することを含むことができ、各ビンは、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットは、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する。いくつかの実施形態では、ビンのうちの少なくとも１つは、ＤＮＡ含有組成物の２つ以上のライブラリ、例えば２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上のライブラリを含む。いくつかの実施形態では、ビンのいずれか１つのＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々は、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、実質的に同一の量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される。したがって、本方法は、各ビンおよび異なるビンにわたって同じまたは類似の量のＤＮＡが存在するように、異なるビンごとに異なるＰＣＲサイクル数を決定することによって、各ビンの組成を正規化することができる。いくつかの実施形態では、同じまたは類似の量のＤＮＡは、所定の範囲内の量、例えば、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％未満、またはそれに由来する任意の範囲もしくは値だけ異なる量のＤＮＡを有することができる。

【0129】

方法は、ステップ５０８において、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することを含むことができる。

【0130】

本方法は、ステップ５１０において、サンプル間の変動を最小限に抑えるために、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されて、ライブラリの各々について増幅ＤＮＡを生成するように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することを含むことができる。

【0131】

本方法は、ステップ５１２において、各ライブラリについて増幅ＤＮＡから標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するようにシーケンサーに指示することを含むことができる。候補ＤＮＡコンジュゲートは、次世代シーケンシングなどの任意の利用可能なシーケンシング方法によって識別されることができる。例えば、シーケンサーは、次世代シーケンシングシステムを含むことができる。

【0132】

ＩＩＩ．Ｂ．３．動的ビニングを使用したＰＣＲ増幅のための正規化
ここで図６を参照すると、様々な実施形態にかかる、ＤＮＡを含有する複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための非限定的な例示的方法６００を示すフローチャートが示されている。方法６００は、図１のワークフロー１００のステップ１４０において実行されることができる正規化のための実装形態の一例とすることができる。１つまたは複数の実施形態では、方法６００は、例えば、後述する図１２のコンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６などのコンピューティングシステムを使用して実装されることができる。場合によっては、方法６００は、コンピューティングシステムの１つまたは複数のエンジン（例えば、上記の図１２のＰＣＲサイクル数エンジン１２０８、選別エンジン１２１０、および増幅エンジン１２１２のうちの１つまたは複数）を使用して実装されることができる。

【0133】

方法６００は、ステップ６０２において、複数のサンプルのＰＣＲ増幅プロセスを実行するためのサイクルデータを識別するステップを含むことができ、サイクルデータは、複数のサンプルの各サンプルの対応するサイクル数（Ｃｔ）を含む。複数のサンプルは、複数のライブラリとも称されることがある。複数のサンプルは、例えば、ＤＮＡ含有組成物を含むことができる。サイクルデータは、ＰＣＲサイクルデータとも称されることがある。１つまたは複数の実施形態では、サイクルデータは、ｑＰＣＲシステムから受信される。他の実施形態では、サイクルデータは、ｑＰＣＲシステムから受信した初期サイクルデータを使用して生成され、初期サイクルデータは、複数のサンプルの各サンプルの初期サイクル数を含む。ステップ６０２は、複数のサンプルのうちの少なくとも１つのサンプルの初期サイクル数を修正することを含むことができる。例えば、場合によっては、複数のサンプルのうちの少なくとも１つのサンプルは、「未決定」またはヌル値を有する初期サイクル数でことができる。ステップ６０２は、少なくとも１つのサンプルの初期サイクル数を予め選択されたサイクル数（例えば、複数のサンプルの最小サイクル数と同じサイクル数、３サイクル、５サイクル、１０サイクル、または何らかの他のサイクル数）に変更することを含んでもよい。

【0134】

いくつかの実施形態では、ステップ６０２は、複数のサンプルの各初期サイクル数に選択された数のサイクルを追加すること、各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換すること（例えば、次の整数に切り上げる）、またはその双方を含むことができる。追加される選択されたサイクル数は、例えば、１、２、３、４、５、または他のいくつかのサイクル数であってもよい。一例では、１２．２のサイクル数は、１２であるサイクル数の「整数」部分を使用して、または１３である最も近い整数に切り上げることによって整数値に変換される。

【0135】

他の実施形態では、ステップ６０２は、例えば、ｑＰＣＲシステムから受信されるＤＮＡ量などの何らかの他の形態のデータからサイクルデータを導出することを含むことができる。

【0136】

方法６００は、ステップ６０４において、複数のビンの各ビン内のサイクル数変動が低減されるように、サイクルデータに基づいて複数のサンプルを複数のビンに選別することを含むことができる。ステップ６０４は、いくつかの異なる方法のいずれかで実行されることができる。１つまたは複数の実施形態では、ステップ６０４は、サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、複数のサンプルを複数のビンに実質的に均一に分配することによって実行されてもよい。実質的に均一に分配することは、ほぼ同じ数（例えば、同じ数の１つ、２つ、３つ、または４つ以内）のサンプルが各ビンに割り当てられるように、複数のサンプルを複数のビンに選別することを指すことができる。

【0137】

サイクル数の選択された範囲は、例えば、サイクルデータにおける最小サイクル数とサイクルデータにおける最大サイクル数との間であってもよい。別の例として、サイクル数の選択された範囲は、選択された低サイクル数（例えば、３、６、５、６などのサイクル数）と選択された高サイクル数（例えば、２３、２４、２５、２６、２７などのサイクル数）との間およびそれらを含むことができる。各ビン内のサイクル数の変動は、互いに同じサイクル数またはサイクル数の選択された範囲（例えば、１、２、３、５、６サイクル以内など）内の対応するサイクル数でサンプルを同じビンに割り当てることによって低減されることができる。

【0138】

１つまたは複数の実施形態では、ステップ６０４は、最初にサイクルデータ内の各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して修正サイクルデータを形成することによって実行されてもよい。非整数サイクル数（例えば、１３．２）は、最も近い整数（例えば、１４）に切り上げられてもよい。場合によっては、非整数サイクル数（例えば、１３．２）は、その整数（例えば、１３）に変換されてもよい。次いで、複数のサンプルは、修正サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、複数のビンに実質的に均一に分配されてもよい。この分配は、上記と同様に行われてもよい。

【0139】

１つまたは複数の実施形態では、ステップ６０４は、同じ整数値に関連付けられた対応するサイクル数で複数のサンプルの任意のサンプルが同じビンに一緒にグループ化されるように、複数のビン内の複数のサンプルの分布を修正することをさらに含むことができる。例えば、場合によっては、複数のビンへの複数のサンプルの実質的に均一な分布は、２つ（またはそれ以上）の異なるビン内にある同じ整数値に関連付けられたサイクル数をもたらすことができる。同じ整数値に関連付けられたサイクル数は、例えば、１３．２、１３．４、および１３．８を含むことができ、それらは全て１３の同じ整数値に対応する。場合によっては、次の最も近い整数値に丸めると同じ整数値１４になるため、これらのサイクル数は、同じ整数に関連付けられていると見なされることができる。この例では、分布を修正することは、１３の整数値（または、切り上げる場合、１４）に関連付けられたサイクル数で全てのサンプルが同じビンに一緒にビン化されることを保証する。

【0140】

方法６００は、ステップ６０６において、ビンサイクル数を複数のビンの各ビンに割り当てることを含むことができる。ステップ６０６に関して、ビンサイクル数は、複数のビンの各ビンに固有である。換言すれば、２つのビンに同じビンサイクル数を割り当てることはできない。複数のビンのうちの１つのビンのビンサイクル数は、例えば、ビン内のサンプルのセットの最高サイクル数、平均サイクル数、または中央サイクル数からなる群から選択されるサイクル数を使用して生成されることができる。例えば、所与のビン内のサンプルのセットの最高サイクル数がそのビンのビンサイクル数として使用されることができる。あるいは、最高サイクル数に関連付けられた整数値がビンサイクル数として使用されてもよい。場合によっては、ビンサイクル数は、サンプルのセットの最高サイクル数と選択されたサイクル数との合計、またはそのような合計の整数値である。選択されたサイクル数は、例えば、１、２、３、４、５、または他の数のサイクルであってもよい。一例として、選択されたサイクル数が２であるとき、ビン内のサンプルのセットの最高サイクル数が１０サイクルである場合、そのビンには１２のビンサイクル数が割り当てられることができる。

【0141】

方法６００は、ステップ６０８において、複数のビンの識別情報を生成することを含むことができる。識別情報は、複数のビンの各ビンについてのビン識別子を含むことができる。１つまたは複数の実施形態では、このビン識別子は、ビンを一意に識別する一意の識別子である。ビン識別子は、例えば、バーコードであってもよいが、これに限定されない。１つまたは複数の実施形態では、ビンに割り当てられたビン識別子は、ＰＣＲプレートに関連付けられたプレート識別子と同じであってもよい。例えば、ビンに割り当てられたビン識別子は、ＰＣＲプレートのバーコードであってもよい。このような割り当ては、そのビンに含まれるサンプルのセットが同じバーコードを有するＰＣＲプレートに移送されることを示す。他の実施形態では、ビン識別子は、ビン識別子をプレート識別子と照合するデータベース、スプレッドシート、または他のデータフォーマットを使用してＰＣＲプレートのプレート識別子と照合されることができるものである。いくつかの実施形態では、識別情報は、例えば、ビンの総数、各ビン内のサンプルのセットの総数、各ビンに関連付けられた最小および／または最大ビンサイクル数、複数のビンを全体としておよび／または各個々のビンとして特徴付ける他の情報、またはこれらの組み合わせなどの、複数のビンの追加情報を含むことができる。

【0142】

方法６００は、ステップ６１０において、複数のビンおよび複数のビンの各ビンについてのビンサイクル数を使用して複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力を生成することを含むことができる。出力は、例えば、識別情報を使用して複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移送する際に使用するための移送出力を含んでもよい。例えば、識別情報は、複数のビンの各ビンがＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに一致するように、複数のビンをＰＣＲプレートのセットに一致させるために使用されることができる。

【0143】

１または複数の実施形態では、移送出力は、複数のビンの複数の順方向ワークリストを含む。複数の順方向ワークリストの各順方向ワークリストは、複数のビンの対応するビンに関連付けられる。例えば、ビンについての順方向ワークリストは、ビン内のサンプルのセットが複数のサンプルを保持するソースプレートから選択され、ＰＣＲプレートに移送される順序を含むことができる。順方向ワークリストは、例えば、ソースプレート内のそのウェルの行および列によってサンプルを識別することができ、サンプルが移送されるＰＣＲプレート内の対応するウェルを識別することができる。様々な実施形態では、移送出力は、ＰＣＲプレートからソースプレートに（増幅後に）サンプルのセットを移送することを可能にする各ビンの逆方向ワークリストをさらに含むことができる。

【0144】

ステップ６１０において生成される出力は、例えば、ＰＣＲ増幅プロセスを実行する際に使用するための増幅出力をさらに含むことができる。増幅出力は、例えば、各ビンに関連付けられたビンサイクル数（それによって、ＰＣＲプレート）および／または各ＰＣＲプレートに関連付けられたビンサイクル数（ビンサイクル数がＰＣＲプレートに対応するビンに関連付けられているため）を示すサーモサイクラーのための指示を含むことができる。サーモサイクラーは、この情報を使用してＰＣＲを実行することができる。

【0145】

１つまたは複数の実施形態では、各ビンは、ＰＣＲプレートと一意的に一致する。換言すれば、２つのビンが同じＰＣＲプレートに割り当てられなくてもよい。しかしながら、他の実施形態では、２つのビンは、同じＰＣＲプレートに対応する同じ識別子を有してもよい。２つのビンを同じＰＣＲプレートに割り当てることは、例えば、２つのビンのビンサイクル数が選択された量未満だけ異なる（例えば、約１、０．７５、０．５など異なる）場合に行われることができる。

【0146】

方法６００は、ステップ６１２において、出力に基づいて、複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移送することを含むことができる。例えば、ビン内のサンプルのセットは、液体ハンドラによってソースプレートから対応するＰＣＲプレートに移送されることができる。

【0147】

方法６００は、ステップ６１４において、ＰＣＲプレートのセットを使用してＰＣＲ増幅プロセスを実行することを含むことができる。１つまたは複数の実施形態では、ＰＣＲ増幅は、ＰＣＲプレートのセットの各ＰＣＲプレートの増幅サイクル数が、各ＰＣＲプレートに関連する１つまたは複数のビンのビンサイクル数で決定される状態で行われる。増幅前に、複数のサンプルは、様々な量のＤＮＡを有する。ＰＣＲ増幅プロセスが実行された後、ＰＣＲプレートのセット内の複数のサンプルは、正規化された量のＤＮＡを有する増幅された複数のサンプルとすることができる。換言すれば、ＰＣＲ増幅プロセスは、増幅された複数のサンプル中のＤＮＡ量が概ね同一または類似（例えば、互いの選択された許容範囲内で）となるように行われる。例えば、ＤＮＡの正規化された量は、互いに閾値範囲（例えば、パーセント範囲、量など）内にあるＤＮＡの量とすることができる。一例として、正規化された量のＤＮＡは、互いに１％、２％、３％、４％、５％、８％、１０％、１５％、または他の何らかのパーセント範囲内にある量のＤＮＡを含むことができる。

【0148】

方法６００は、ＰＣＲ実行ごとに繰り返されることができる。場合によっては、ステップ６０８において、ビンの最高サイクル数に追加されてそのビンのビンサイクル数を形成する選択されたサイクル数は、選択されたサイクル数が必要に応じて実行ごとに変更されることができるという点で動的である。例えば、１回のランの後にデータが所望のＤＮＡ量よりも低いことを示す場合、選択されたサイクル数を増加させることができる（例えば、２から３に）。しかしながら、別のランの後に、データが、ＤＮＡ量が高すぎることを示す場合、選択されたサイクル数を減少させることができる（例えば、２から１に）。選択されたサイクルへの変更は、ユーザによって入力されたユーザ入力を介して行うことができ、または介して

【0149】

図７は、様々な実施形態にしたがって示されるＤＮＡを含有する複数のサンプルを正規化するための非限定的な例示的方法７００を示すフローチャートである。方法７００は、図１のワークフロー１００のステップ１４０において実行されることができる正規化のための実装の別の例であってもよい。

【0150】

本方法は、ステップ７０２において、複数のサイクル数が複数のサンプルの各サンプルに対する対応するサイクル数を含む、複数のサンプルに対する複数のサイクル数を識別することを含むことができる。複数のサイクル数は、例えば、ｑＰＣＲシステムから複数のサイクル数を受信することによって識別されることができる。１つまたは複数の実施形態では、複数のサイクル数は、ｑＰＣＲシステムから初期サイクル数を受信することによって識別され、その後、ｑＰＣＲシステムは、複数のサイクル数を形成するように修正される（例えば、初期サイクル数の少なくとも１つが修正される）。この修正は、図６に関して上述した方法６００のステップ６０２において上述した修正と同様の方法で実行されることができる。

【0151】

本方法は、ステップ７０４において、複数のサイクル数の分布を識別することを含むことができる。分布は、例えば、ヒストグラム分布であってもよい。１つまたは複数の実施形態では、複数のサイクル数の６０％から１００％は、選択された低サイクル数と選択された高サイクル数との間およびそれらを含む選択された範囲内にある。選択された低サイクル数は、例えば、２、３、４、または５サイクルであってもよい。選択された高サイクル数は、例えば、２２、２３、２４、２５、２６または２７サイクルであってもよい。したがって、１つまたは複数の実施形態では、選択された範囲は、４サイクルから２４サイクルの間（４サイクルを含む）とすることができる。

【0152】

本方法は、ステップ７０６において、サイクル数変動が複数のビンの各ビン内で低減され、同じ整数値に関連付けられた対応するサイクル数で複数のサンプルの任意のサンプルが同じビンに一緒にグループ化されるように、複数のサイクル数の分布に基づいて複数のサンプルを複数のビンに選別することを含むことができる。ステップ７０６は、いくつかの異なる方法のいずれかにおいて実行されることができる。

【0153】

１つまたは複数の実施形態では、ステップ７０６は、選択された低サイクル数を下回る対応するサイクル数で複数のサンプルのうちの任意のサンプルを複数のビンの最初のビンに割り当てることと、選択された高サイクル数を上回る対応するサイクル数で複数のサンプルのうちの任意のサンプルを複数のビンの最後のビンに割り当てることと、を含むことができる。一例として、８つのビンがあり、選択された低サイクル数が４サイクルであり、選択された高サイクル数が２４サイクルである場合、４サイクル未満の対応するサイクル数で任意のサンプルが第１のビンに割り当てられることができ、２４サイクルを超える対応するサイクル数で任意のサンプルが第８のビンに割り当てられることができる。したがって、外れ値サイクル数は、最初と最後のビンにおいてビニングされる。次いで、複数のサンプルの残りの部分が、最初のビンと最後のビンとの間のビンのセットの間に分配されることができる。

【0154】

場合によっては、選択された範囲（例えば、サイクル数の１００％が選択された範囲内である）に関して外れ値サイクル数が存在しない場合、複数のサンプルは、より高いサイクル数と比較してより低いサイクル数の間により多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて、複数のビンの間に分配されることができる。例えば、より低いサイクル数（例えば、４から１６サイクル数の間）を有するサンプルは、より高いサイクル数（例えば、１６から２４サイクル数の間）を有するサンプルと比較して、より多くのビンに分配されることができる。

【0155】

１つまたは複数の実施形態では、サンプルの大部分に対応するサイクル数間でより多くのビン分離を提供することにバイアスがかかり、複数のサイクル数の分布に基づいて、複数のサンプルが複数のビンに選別される。例えば、複数のサンプルは、平均の１つの標準偏差の外にある複数のサイクル数の別の部分と比較して、複数のサイクル数の平均の１つの標準偏差の内にある複数のサイクル数の一部の間により多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて、複数のサイクル数の分布に基づいて、複数のビンに選別されることができる。

【0156】

ステップ７０６は、同じ整数値に関連付けられた全てのサイクル数が一緒にビニングされることを保証することをさらに含むことができる。いくつかの実施形態では、２つのサイクル数の各々が同じ整数値である整数を含む場合、２つのサイクル数は、同じ整数値に関連付けられていると見なされることができる。例えば、１１．４２および１１．７５は、双方とも１１の整数値に関連付けられていると見なされる。他の実施形態では、２つのサイクル数の各々が、最も近い整数に切り上げられたときに同じ整数値に切り上げられる場合、２つのサイクル数は同じ整数値に関連付けられていると見なされることができる。例えば、双方のサイクル数が１２に切り上げられるため、１１．４２および１１．７５は、双方とも１２の整数値に関連付けられていると見なされる。

【0157】

本方法は、ステップ７０８において、ビンサイクル数を複数のビンの各ビンに割り当てることであって、ビンサイクル数が複数のビンの各ビンに固有である、ビンサイクル数を複数のビンの各ビンに割り当てることを含むことができる。ステップ７０８は、異なる方法で実装されてもよい。ステップ７０８は、図６に関して上述した方法６００のステップ６０６と同様の方法で実装されることができる。

【0158】

本方法は、ステップ７１０において、複数のビンおよび複数のビンの各ビンについてのビンサイクル数を使用して複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力を生成することを含むことができる。ステップ７１０は、図６に関して上述した方法６００のステップ６０８と同様の方法で実行されることができる。

【0159】

本方法は、ステップ７１２において、出力に基づいて、複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移すことを含むことができる。例えば、サンプルのセットは、ソースプレートから対応するＰＣＲプレートに移されることができる。

【0160】

本方法は、ステップ７１４において、ＰＣＲプレートのセットを使用してＰＣＲ増幅プロセスを実行することを含むことができる。ＰＣＲ増幅プロセスは、単一のＰＣＲプレートまたは一対のＰＣＲプレートを一度に実行することを含むことができる。ＰＣＲプレートのセットに対してＰＣＲが実行されると、ＰＣＲプレートのセットの中の複数のサンプルは、正規化された量のＤＮＡを有する増幅された複数のサンプルと見なされることができる。

【0161】

図８は、様々な実施形態にしたがって示されるＤＮＡを含有する複数のサンプルを正規化するための非限定的な例示的方法８００を示すフローチャートである。方法８００は、図１のワークフロー１００のステップ１４０において実行されることができる正規化のための実装の別の例とすることができる。１つまたは複数の実施形態では、方法８００の少なくとも一部は、上記の図６で説明した方法６００のステップ６０４および／または上記の図７で説明した方法７００のステップ７０４および７０６を実装するために使用されることができる。

【0162】

方法８００は、ステップ８０２において、複数のサンプルのサイクルデータの任意の非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して修正サイクルデータを形成することを含むことができる。非整数（例えば、１０進数）サイクル数は、最も近い整数に切り上げられるか、最も近い整数に切り下げられることができる。いくつかの実施形態では、全ての非整数サイクル数は、最も近い整数に切り上げられる。場合によっては、ステップ８０２は、上記の図６において説明した方法６００のステップ６０２および／または上記の図７において説明した方法７００のステップ７０２の少なくとも一部の実装の一例であってもよい。他の場合には、ステップ８０２は、上記の図６において説明した方法６００のステップ６０４の一部、または上記の図７において説明した方法７００の７０４および／または７０６の実装の一例と見なされることができる。

【0163】

本方法は、ステップ８０４において、修正サイクルデータ内のサイクル数のいずれかがサイクル数の選択された範囲外にあるかどうかを決定することを含むことができる。サイクル数の選択された範囲は、選択された低サイクル数と選択された高サイクル数との間の、それらを含む範囲である。選択された低サイクル数は、例えば、２、３、４、または５サイクルであってもよい。選択された高サイクル数は、例えば、２２、２３、２４、２５、２６または２７サイクルであってもよい。例えば、サイクル数の選択された範囲は、５から２４サイクルを含むことができるが、これに限定されない。

【0164】

サイクル数のいずれかがサイクル数の選択された範囲外にある場合、方法８００は、ステップ８０６において、サイクル数の選択された範囲外にある任意のサイクル数を１つまたは複数の外れ値ビンに割り当てることを含むことができる。例えば、利用可能なビンの総数が８ビンである場合、最初のビン（例えば、ビン１）および最後のビン（例えば、ビン８）は、外れ値ビンとして使用されることができる。サイクル数の選択された範囲を下回る任意のサイクル数が最初のビンに割り当てられてもよく、サイクル数の選択された範囲を上回る任意のサイクル数が最後のビンに割り当てられてもよい。サイクル数をビンに割り当てることは、そのサイクル数に関連する任意のサンプルをそのビンに割り当てることを含む。

【0165】

本方法は、ステップ８０８において、サイクル数の選択された範囲内にある修正サイクルデータの固有の整数サイクル数をＮ個のビンに割り当てることを含むことができる。１つまたは複数の実施形態では、固有の整数サイクル数は、昇順でＮ個のビンに配置され、Ｎは、固有の整数サイクル数の数である。

【0166】

本方法は、ステップ８１０において、ビンの目標数に到達するまで、距離方程式を使用してＮ個のビンの隣接するビンをマージすることを含むことができる。距離方程式は、ビンＭにおける最小サイクル数とビンＭ＋１における最小サイクル数との間の差として距離を定義する。最小距離を有する隣接するビンは、ビンの目標数に到達するまでマージされる。ビンの目標数は、サイクル数の選択された範囲内に入るサイクル数に基づいて変化してもよい。例えば、ビンの目標数は、利用可能なビンの総数（例えば、８ビン）から、ステップ８０８において使用される外れ値ビンの数（例えば、１または２）を引いたものであってもよい。

【0167】

本方法は、ステップ８１２において、各ビン内の最小サイクル数および最大サイクル数を調整することを含むことができる。例えば、ステップ８０２におけるサイクル数の切り上げおよび／または切り捨てを考慮するために調整を行うことができる。１つまたは複数の実施形態では、各ビンの最小サイクル数は、第１の調整によって減少され、各ビンの最大サイクル数は、第２の調整によって増加される。第１の調整および第２の調整は、同じであっても異なっていてもよい。第１の調整および第２の調整は、例えば０．５であってもよい。他の例では、第１の調整は、０．５であってもよく、第２の調整は、１．０であってもよく、またはその逆であってもよい。

【0168】

再びステップ８０４を参照すると、サイクル数のいずれもサイクル数の選択された範囲外にない場合、方法８００は、上述したようにステップ８０８に進む。これらのそのような例では、ステップ８０８におけるビンの目標数は、単に利用可能なビンの総数であってもよい。

【0169】

このようにして、方法８００は、サイクル数を複数のビンに選別するためのプロセスである。この選別が実行された後、図６の方法６００のステップ６０６および図７の方法７００のステップ７０８において説明したように、各ビンにビンサイクル数が割り当てられることができる。

【0170】

ＩＩＩ．Ｂ．４．動的ビニングの例示的な結果
図９Ａは、１つまたは複数の実施形態にかかる、上側バイアスを使用する動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。表９００は、上側バイアスによる選別に基づく第１のラウンドのｑＰＣＲ分析後のサンプルの動的ビニングおよびそれらの対応するサイクル数の結果を示している。

【0171】

図９Ｂは、１つまたは複数の実施形態にかかる、上側バイアスを使用する動的ビニングの第４のラウンドを示す表である。表９０２は、上側バイアスによる選別に基づく第４のラウンドのｑＰＣＲ分析後のサンプルの動的ビニングおよびそれらの対応するサイクル数の結果を示している。

【0172】

図１０は、１つまたは複数の実施形態にかかる、均一な分布を使用する動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。表１０００は、サンプルおよびそれらの対応するサイクル数が利用可能なビン（８ビン）にわたって均一に分布している場合の、サンプルの動的ビニングおよび第１のラウンドのｑＰＣＲ分析後のそれらの対応するサイクル数の結果を示している。

【0173】

図１１Ａは、１つまたは複数の実施形態にかかる、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対するバイアスを伴う動的ビニングの第１のラウンドを示す表である。表１１００は、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対するバイアスでの選別に基づくｑＰＣＲ分析の第１のラウンド後のサンプルの動的ビニングおよびそれらの対応するサイクル数の結果を示している。このバイアスは、サイクル数の選択された範囲内のサンプルに対する所望のサイクル数（例えば、ｑＰＣＲシステムを介して得られるサイクル数）からのＰＣＲ増幅の偏差を減少させるために使用される。したがって、このタイプのビニングは、外れ値のサイクル数（サイクル数の選択された範囲外）を有するサンプルと比較して、最大数の中間サンプル（サイクル数の選択された範囲内）に正しいＰＣＲサイクルが与えられることを確実にするのに役立つことができる。

【0174】

図１１Ｂは、１つまたは複数の実施形態にかかる、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対する動的ビニングバイアスの第４のラウンドを示す表である。表１１０２は、サイクル数の選択された範囲内のサイクル数でサンプルに対するバイアスでの選別に基づくｑＰＣＲ分析の第１のラウンド後のサンプルの動的ビニングおよびそれらの対応するサイクル数の結果を示している。

【0175】

正規化システム
図１２は、様々な実施形態にかかる、標的結合選択において複数のライブラリを正規化するように構成された非限定的な例示的システムを示している。システム１２００は、それが図１２に示された特徴よりも多いかまたは少ない特徴であるかにかかわらず、特徴の様々な組み合わせを含むことができる。したがって、図１２は、可能なシステムの一例を単に示している。

【0176】

システム１２００は、定量的ＰＣＲユニット１２０２、データ記憶ユニット１２０４、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６、ディスプレイ１２１４、ＰＣＲサーモサイクラー１２１６、および液体ハンドラ１２１８を含む。定量的ＰＣＲユニット１２０２は、ＤＮＡを増幅して検出する機械である定量的ＰＣＲ機器である。定量的ＰＣＲ機器は、サーマルサイクラーおよび蛍光光度計の機能を組み合わせて、定量的ＰＣＲのプロセスを可能にする。定量的ＰＣＲ機器は、蛍光を測定することによって、ＰＣＲの進行および増幅産物の性質を監視する。

【0177】

定量的ＰＣＲユニット１２０２は、シリアルバスを介して（双方とも統合機器プラットフォームを形成する場合）、またはネットワーク接続を介して（双方とも分散／別々のデバイスである場合）、データ記憶ユニット１２０４に通信可能に接続されることができる。生成されたｑＰＣＲデータセットは、その後の処理のためにデータ記憶ユニット１２０４に記憶される。様々な実施形態では、処理および分析の前に、１つまたは複数の生ｑＰＣＲデータセットがデータ記憶ユニット１２０４に記憶されることもできる。したがって、様々な実施形態では、データ記憶ユニット１２０４は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリに対応する本明細書の様々な実施形態のｑＰＣＲデータセットを記憶するように構成されることができる。様々な実施形態では、処理および分析されたｑＰＣＲデータセットは、さらに下流の分析のためにリアルタイムでコンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６に供給されることができる。

【0178】

データ記憶ユニット１２０４は、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６に通信可能に接続されることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１２０４およびコンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、統合装置の一部とすることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１２０４は、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６とは異なるデバイスによってホストされることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１２０４およびコンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、分散ネットワークシステムの一部とすることができる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、「ハードワイヤード」物理ネットワーク接続（例えば、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮなど）または無線ネットワーク接続（例えば、Ｗｉ－Ｆｉ、ＷＬＡＮなど）のいずれかとすることができるネットワーク接続を介してデータ記憶ユニット１２０４に通信可能に接続されることができる。コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、様々な実施形態によれば、ワークステーション、メインフレームコンピュータ、分散コンピューティングノード（「クラウドコンピューティング」または分散ネットワーキングシステムの一部）、パーソナルコンピュータ、モバイルデバイスなどとすることができる。コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、クライアントコンピューティングデバイスとすることができる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６は、ｑＰＣＲユニット１２０２、データ記憶ユニット１２０４、ディスプレイ１２１４、ＰＣＲサーモサイクラー１２１６、および液体ハンドラ１２１８の動作を制御するために使用されることができるウェブブラウザ（例えば、ＩＮＴＥＲＮＥＴ ＥＸＰＬＯＲＥＲ（商標）、ＦＩＲＥＦＯＸ（商標）、ＳＡＦＡＲＩ（商標）など）を有するパーソナルコンピューティングデバイスとすることができる。

【0179】

コンピュータデバイス／分析サーバ１２０６などのコンピューティングシステムは、様々な実施形態にかかる、１つまたは複数のＰＣＲサイクル数エンジン１２０８、１つまたは複数の選別エンジン１２１０、および１つまたは複数の増幅エンジン１２１２をホストするように構成されている。ＰＣＲサイクル数エンジン１２０８、選別エンジン１２１０、および増幅エンジン１２１２などのエンジンは、コンピューティングシステム（コンピュータデバイス／分析サーバ１２０６）内のソフトウェア、ファームウェア、ハードウェア、またはそれらの組み合わせを使用して実装されることができる。

【0180】

ＰＣＲサイクル数エンジン１２０８は、定量化情報を使用して各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定するように構成され、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物は、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される。

【0181】

選別エンジン１２１０は、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別するように構成され、各ビンは、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、各ビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なる各サブセットは、異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する。１つまたは複数の実施形態では、選別エンジン１２１０は、図４のステップ４０６、図５のステップ５０６、図６のステップ６０２、６０４、６０６、６０８、および６１０のうちの１つまたは複数、図７のステップ７０２、７０４、７０６、７０８、および７１０のうちの１つまたは複数、図８のステップ８０２、８０４、８０６、８０８、８１０、および８１２のうちの１つまたは複数、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを実行するために使用されることができる。

【0182】

増幅エンジン１２１２は、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットに対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンのうちの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラー１２１６に指示するように構成されている。増幅エンジン１２１２は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラー１２１６に指示するように構成されている。増幅エンジン１２１２は、例えば、図４のステップ４０８および４１０のうちの１つまたは複数、図５のステップ５０８および５１０のうちの１つまたは複数、図６のステップ６１０、６１２、および６１４のうちの１つまたは複数、図７のステップ７１０、７１２、および７１４のうちの１つまたは複数、またはそれらの組み合わせを実行するために使用されることができる。

【0183】

システム１２００は、同じビンの各ライブラリをソースプレートからＰＣＲプレートに移送するように構成された液体ハンドラ１２１８をさらに備え、同じビンの各ライブラリは、増幅ＤＮＡを生成するために、同じビンに対して共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲプレート上でＰＣＲによって増幅される。液体ハンドラ１２１８は、全てのビンの増幅ＤＮＡを追加の選択ラウンドに供するようにさらに構成されている。増幅エンジン１２１２は、液体ハンドラ１２１８に通信可能に結合されて、液体ハンドラ１２１８にサンプルをソースプレートに戻して移送するように指示することができる。

【0184】

コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６がデータ記憶ユニット１２０４からデータを受信および処理している間、または処理が完了した後、結果の出力は、コンピューティングデバイス／分析サーバ１２０６に通信可能に接続されたディスプレイまたはクライアント端末１２１４に結果または要約として表示されることができる。ディスプレイまたはクライアント端末１２１４は、クライアントコンピューティングデバイスとすることができる。ディスプレイまたはクライアント端末１２１４は、ｑＰＣＲユニット１２０２、データ記憶ユニット１２０４、ＰＣＲサイクル数エンジン１２０８、選別エンジン１２１０、増幅エンジン１２１２、ＰＣＲサーモサイクラー１２１６、および液体ハンドラ１２１８の動作を制御するために使用されることができるウェブブラウザ（例えば、ＩＮＴＥＲＮＥＴ ＥＸＰＬＯＲＥＲ（商標）、ＦＩＲＥＦＯＸ（商標）、ＳＡＦＡＲＩ（商標）など）を有するパーソナルコンピューティングデバイスとすることができる。

【0185】

様々なエンジンは、特定の用途またはシステムアーキテクチャの要件に応じて、単一のエンジン、構成要素またはモジュールに組み合わせられるか、または折り畳まれることができることを理解されたい。エンジン１２０８、１２１０、１２１２は、特定のアプリケーションまたはシステムアーキテクチャによって必要に応じて追加のエンジンまたは構成要素を備えることができる。

【0186】

ＩＶ．ヌクレオチド含有ライブラリの定量化情報の可視化
所望の標的に結合するための１つまたは複数の選択ラウンドにおけるヌクレオチド含有ライブラリの定量化情報の可視化および監視のための方法およびシステムが本明細書で提供されることができる。現在、多数のライブラリを同時に可視化することは非常に困難であり、異なるデータセット間を行き来することによって大規模選択からの異なるデータセットを比較することは時間がかかり、誤りを起こしやすい可能性がある。本明細書で提供される方法およびシステムは、より効率的且つ効果的な方法で大規模データセットの同時追跡および監視を可能にする。

【0187】

ＩＶ．Ａ．可視化ワークフロー
様々な実施形態にかかる、標的結合を検出するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報をグラフィカルユーザインターフェース上で可視化および監視するための非限定的な例示的プロセスを示すために、一般的な概略的ワークフロー１３００が図１３に提供される。そのようなグラフィカルユーザインターフェースは、標的結合のための選択ラウンドおよびラウンド間の比較のための多数のライブラリの同時の目視観察および比較を可能にすることができる。ワークフローは、それが図１３に示されたものよりも多いか少ないかにかかわらず、特徴の様々な組み合わせを含むことができる。したがって、図１３は、可能なワークフローの一例を単に示している。

【0188】

ワークフロー１３００は、ステップ１３１０において、ｑＰＣＲデータを含むＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリについての定量化情報を受信することを含むことができる。定量化情報を受信することは、入力分子、陽性の分子および陰性の分子についてｑＰＣＲデータを収集することを含むことができる。標的結合選択の各ラウンドの前に、各ｍＲＮＡ－ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲートライブラリのアリコートに対してｑＰＣＲが行われる。その事前選択反応によって生成されたＣｔは、それが任意の結合ステップの前の各ライブラリの総量を表し、入力分子の定量化情報を提供することから、各「入力」ライブラリの分子数を表す。陽性の分子の定量化情報は、正の性選択後の各ｍＲＮＡ－ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲートライブラリのアリコート、すなわち正の選択の標的結合ステップから捕捉されたＤＮＡのｑＰＣＲによって生成されたＣｔを含む。陰性の分子の定量化情報は、負の選択後の各ｍＲＮＡ－ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲートライブラリのアリコートのｑＰＣＲによって生成されたＣｔを含む。

【0189】

ｑＰＣＲデータは、一連の自動または手動ライブラリ生成、標的結合選択およびｑＰＣＲによるＤＮＡ測定の後に生成されることができる。本明細書に記載されるような可視化のためのさらなる処理がなければ、生のｑＰＣＲデータ、例えば、全てのラウンドにわたる全ての個々のウェルにおける全てのデータを含む表は、理解または解釈が容易ではない。例えば、１３６ウェルプレートにおいて、４回から１０回の標的結合選択ラウンドを経る１３６回の実験が存在することができる。ｑＰＣＲ生データの表において、全ての標的結合選択ラウンドにわたる各ウェルにおけるＤＮＡのＣｔレベルは、効率的且つ効果的な方法で洞察を提供するために、同じ選択ラウンドにおける別のウェルと、または別の選択ラウンドにおける同じウェルと比較することが非常に困難である。

【0190】

本明細書に記載の可視化方法のいくつかの実施形態は、選択された定量化情報を同時に表示してより良い情報に基づいた決定を行うことによって、これらの問題を解決することができる。

【0191】

ワークフロー１３００は、ステップ１３２０において、定量化データを転送し、データをデータベースに記憶することを含むことができる。データ転送は、コンピュータプログラムが別のプログラム、例えばＥｘｃｅｌから到来する人間が読み取り可能な出力からデータを抽出するデータスクレイピングを含んでもよい。データベースは、自動的または非自動的にエクスポートされた各データセットおよび全ての関連するメタデータ（例えば、日付、時刻、およびプレートバーコードなど）を記憶する。

【0192】

ワークフロー１３００は、ステップ１３３０において、データセットを対応する選択ラウンドに割り当てることを含むことができる。いくつかの実施形態によれば、エクスポートされた各データセットは、ユーザによる対応する選択ラウンドに割り当てられてもよい。

【0193】

ワークフロー１３００は、ステップ１３４０において、グラフィカルディスプレイ面上にデータを可視化することを含むことができる。各データセットが対応する弾に割り当てられると、全てのヒートマップおよびチャートは、予め設定された基準またはフィルタの選択にしたがって生成される。例えば、ラウンド対ラウンド比較が選択された場合、％ｍＲＮＡ回収のラウンド対ラウンド比較の棒グラフが生成される（例えば、正または負の回収）。例えば、ｍＲＮＡ％回収が選択された場合、各ウェルのｍＲＮＡ％回収を用いたヒートマップが生成される。例えば、ラウンド１後に陰性の分子が選択された場合、第１のラウンド後の各ウェルの陰性の分子のｑＰＣＲ結果を用いたヒートマップが生成される。例えば、ラウンド１後に陽性の分子が選択された場合、第１のラウンド後の各ウェルのｍＲＮＡ％回収を用いたヒートマップが生成される（例えば、正または負の回収）。例えば、ｍＲＮＡ％の負の回収は、入力／正＊１００と定義される。例えば、入力分子は、入力分子＝（入力ｑＰＣＲ結果＊２０＊５０＊１００００）などの予め定義された乗算器によって乗算され、ユーザは、これらの乗算器を予め入力する。例えば、正または陰性の分子のヒートマップ色定義は以下のとおりである：１０ｅ８は赤色、１０ｅ１０は青色、１０ｅ１３は紫色である。

【0194】

ＩＶ．Ｂ．可視化方法
標的結合を検出するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を可視化するための方法が提供される。本方法は、コンピュータソフトウェアまたはハードウェアを介して実装されることができる。本方法はまた、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するためのエンジンの組み合わせを含むことができるコンピューティングデバイス／システム上で実装されることもできる。コンピューティングデバイス／システムは、直接接続またはインターネット接続を介して、データソース、サンプル分析装置（例えば、ゲノム配列分析装置）、および表示デバイスのうちの１つまたは複数に通信可能に接続されることができる。

【0195】

ここで図１４を参照すると、様々な実施形態にかかる、正規化のための非限定的な例示的な方法１４００を示すフローチャートが開示される。方法１４００は、ステップ１４０２において、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することを含むことができる。例えば、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々は、ＤＮＡコンジュゲートを含む。ＤＮＡコンジュゲートは、直鎖もしくは環状ペプチド、またはそれらの組み合わせなどのペプチドを含むことができる。環状ペプチドは、単環式、二環式または四環式ペプチドを含むことができる大環状とすることができる。方法１４００は、ＤＮＡコンジュゲートが、第１の選択ラウンドおよび結合親和性についての追加の選択ラウンドについて標的タンパク質に対する結合親和性について選択されているスクリーニングアッセイの一部とすることができる。

【0196】

例えば、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報は、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）入力分子、陽性の分子、陰性の分子またはそれらの任意の組み合わせについてのサイクル閾値（Ｃｔ）を含む。追加的および代替的に、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報は、入力分子に対する陽性の分子のパーセンテージ、入力分子に対する陰性の分子のパーセンテージ、またはそれらの組み合わせを含む。

【0197】

ＤＮＡ含有組成物の各ライブラリの定量化情報は、いくつかの実施形態では、各ライブラリのｑＰＣＲデータのデータスクレイピングから得られたものである。

【0198】

方法１４００は、ステップ１４０４において、コンピュータ画面上のグラフィカルユーザインターフェース内に、複数のＤＮＡ含有組成物の各々についての定量化情報を含む第１のウィンドウを表示することを含むことができる。

【0199】

方法１４００は、ステップ１４０６において、複数のウィンドウを生成するためにステップ１４０２および１４０４を繰り返すことを含むことができ、複数のウィンドウの各々は、複数の後続ラウンドにおいて標的結合を検出するためのライブラリの各々の定量化情報が動的に監視されるように、複数の後続ラウンドの選択の各々についての定量化情報に対応する。

【0200】

いくつかの実施形態では、任意のウィンドウは、複数の位置に第１のグラフィカル要素を含むことができる。第１のグラフィカル要素の各々は、ライブラリの各々を表すように構成されることができる。例えば、ライブラリの各々は、ソースプレートの個々の空間のうちの１つにあり、第１のグラフィカル要素の各々は、ソースプレートの個々の空間の各々に水平方向および垂直方向に対応するように構成されている。いくつかの実施形態では、第１のグラフィカル要素の各々は、ソースプレート内の同じウェルを表すために異なるウィンドウにわたって同じ位置に配置される。

【0201】

任意のウィンドウはまた、異なるライブラリの定量化情報を視覚的に区別するように構成された第２のグラフィカル要素を含むことができる。第２のグラフィカル要素は、色、数字、またはそれらの組み合わせを含む。

【0202】

任意のウィンドウは、フィルタを設定して、フィルタによって選択された各ライブラリの定量化情報を表示するように構成された第３のグラフィカル要素を含むことができる。例えば、フィルタは、ユーザ選択足場、ユーザ選択コドン、またはユーザ選択標的である。任意のウィンドウは、第１、第２、第３のグラフィカル要素、または任意の追加のグラフィカル要素、またはそれらの組み合わせを含むことができる。

【0203】

方法１４００は、他のウィンドウを隠しながら、選択されたラウンドの定量化情報を表示する選択されたウィンドウを表示することをさらに含む。方法１４００は、新たな選択ラウンドがユーザによって選択されたときに新たなウィンドウを表示するようにグラフィカルユーザインターフェースを更新することをさらに含む。方法１４００は、ラウンド対ラウンド比較が生成されるように、同じグラフィカルユーザインターフェース内に第１のウィンドウおよび追加ウィンドウを表示することをさらに含む。方法１４００は、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々についてのラウンド対ラウンド比較をグラフィカルユーザインターフェース上にプロットすることをさらに含む。

【0204】

ＩＶ．Ｃ．可視化システム
様々な実施形態にかかる、標的結合を検出するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を可視化するための非限定的な例示的システムを示すための一般的システム１５００が図１５に提供されている。システム１５００は、それが図１５に示された特徴よりも多いかまたは少ない特徴であるかにかかわらず、特徴の様々な組み合わせを含むことができる。したがって、図１５は、可能なシステムの一例を単に示している。

【0205】

システム１５００は、定量的ＰＣＲユニット１５０２、データ記憶ユニット１５０４、およびコンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６を含む。定量的ＰＣＲユニット１５０２は、ＤＮＡを増幅して検出する機械である定量的ＰＣＲ機器である。定量的ＰＣＲ機器は、サーマルサイクラーおよび蛍光光度計の機能を組み合わせて、定量的ＰＣＲのプロセスを可能にする。定量的ＰＣＲ機器は、蛍光を測定することによって、ＰＣＲの進行および増幅産物の性質を監視する。

【0206】

定量的ＰＣＲユニット１５０２は、シリアルバスを介して（双方とも統合機器プラットフォームを形成する場合）、またはネットワーク接続を介して（双方とも分散／別々のデバイスである場合）、データ記憶ユニット１５０４に通信可能に接続されることができる。生成されたｑＰＣＲデータセットは、その後の処理のためにデータ記憶ユニット１５０４に記憶される。処理および分析の前に、１つまたは複数の生ｑＰＣＲデータセットがデータ記憶ユニット１５０４に記憶されることもできる。したがって、様々な実施形態では、データ記憶ユニット１５０４は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリに対応する本明細書の様々な実施形態のｑＰＣＲデータセットを記憶するように構成されることができる。処理および分析されたｑＰＣＲデータセットは、さらに下流の分析のためにリアルタイムでコンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６に供給されることができる。

【0207】

データ記憶ユニット１５０４は、コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６に通信可能に接続されることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１５０４およびコンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、統合装置の一部とすることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１５０４は、コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６とは異なるデバイスによってホストされることができる。様々な実施形態では、データ記憶ユニット１５０４およびコンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、分散ネットワークシステムの一部とすることができる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、「ハードワイヤード」物理ネットワーク接続（例えば、インターネット、ＬＡＮ、ＷＡＮ、ＶＰＮなど）または無線ネットワーク接続（例えば、Ｗｉ－Ｆｉ、ＷＬＡＮなど）のいずれかとすることができるネットワーク接続を介してデータ記憶ユニット１５０４に通信可能に接続されることができる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、ワークステーション、メインフレームコンピュータ、分散コンピューティングノード（「クラウドコンピューティング」または分散ネットワーキングシステムの一部）、パーソナルコンピュータ、モバイルデバイスなどとすることができる。

【0208】

コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、クライアントコンピューティングデバイスとすることができる。様々な実施形態では、コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、ｑＰＣＲユニット１５０２およびデータ記憶ユニット１５０４の動作を制御するために使用されることができるウェブブラウザ（例えば、ＩＮＴＥＲＮＥＴ ＥＸＰＬＯＲＥＲ（商標）、ＦＩＲＥＦＯＸ（商標）、ＳＡＦＡＲＩ（商標）など）を有するパーソナルコンピューティングデバイスとすることができる。

【0209】

コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６のディスプレイ上に、１つまたは複数のグラフィカルユーザインターフェース１５０８が表示されることができる。コンピューティングデバイス／分析サーバ／ディスプレイ１５０６は、様々な実施形態では、１つまたは複数のグラフィカルユーザインターフェース１５０８をホストするように構成されている。例えば、グラフィカルユーザインターフェース１５０８は、グラフィカルユーザインターフェース上に表示されるべき各ライブラリの特定の定量化情報を決定するために、１つまたは複数のフィルタを設定するグラフィカル要素１５１０を含む。グラフィカル要素の非限定的な例示的フォーマットは、空白フィールド、テキストボックス、チェックボックス、プルダウンメニュー、またはユーザがデータ出力を選択することができる他の入力領域を含むことができる。

【0210】

例えば、グラフィカル要素１５１０は、ユーザ選択足場、ユーザ選択コドン、またはユーザ選択標的などのフィルタである。例えば、グラフィカル要素１５１０は、正の回収、負の回収、入力、正の融解曲線、負の融解曲線、濃縮、ｑＰＣＲ Ｃｔサイクル、ラウンド１、ラウンド２、ラウンド３、ラウンド４、ラウンド５、ラウンド６、任意の適切なラウンド数、またはそれらの任意の組み合わせを含むがこれらに限定されない、いくつかのオプションのメニューである。

【0211】

グラフィカル要素１５１０が選択された後、１つのアッセイにおける全てのウェルの対応する定量化情報を示すために、１つまたは複数の対応するウィンドウ１５１２が表示される。各ウェルは、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリ中の各ライブラリを表す。例えば、ウィンドウ１５１２は、グラフィカル要素１５１４、１５１６、およびグリッド１５１８を表示する。グリッド１５１８は、ｑＰＣＲアッセイにおけるソースプレートの対応する列および行と一致する定量化情報の列および行を含む。グラフィカル要素１５１４は、ウィンドウ１５１２の内容およびグラフィカル要素１５１０上の一致する対応する選択を示すラベルを表示する。例えば、グラフィカル要素１５１０が「入力」および「ラウンド１」を表示するように選択されると、グリッド１５１８の内容は、ラウンド１の入力分子のｑＰＣＲ結果を示し、グラフィカル要素１５１４は、「入力ｑＰＣＲ Ｒ１」を示す。グラフィカル要素１５１６は、入力、正、または陰性の分子のｑＰＣＲ結果の選択など、ウィンドウ１５１２に表示される定量化情報のサブセットを選択するためのフィルタである。

【0212】

図１６～図１４は、標的結合選択においてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを可視化するためのグラフィカルユーザインターフェースの非限定的な例示的な実施形態を示すグラフである。

【0213】

図１６は、選択された標的結合選択ラウンドにおけるＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々を可視化するためのグラフィカルユーザインターフェース１６００の非限定的な例示的な実施形態を示している。グラフィカルユーザインターフェース１６００は、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報からフィルタリングされたデータを表示するように選択されることができるフィルタ１６０２、１６０４、１６０６、および１６０８を含む。例えば、フィルタは、正の回収、負の回収、入力、正の融解曲線、負の融解曲線、濃縮、ｑＰＣＲ、Ｃｔサイクル、またはラウンド数（例えば、ラウンド１またはＲ１、ラウンド２またはＲ２、ラウンド３またはＲ３、ラウンド４またはＲ４、ラウンド５またはＲ５、ラウンド６またはＲ６など）を含む。追加のフィルタは、可視化のために特定の足場を有するペプチドの定量化情報を選択することができるフィルタ１６０４（例えば、足場１、足場２、足場３などの標的結合選択のための複数のペプチド候補ライブラリにおけるペプチド長）、可視化のために特定のコドンを有するペプチドの定量化情報を選択することができるフィルタ１６０６（例えば、標的結合選択のための複数のライブラリにおいてペプチド候補を作製する際に使用されるコドン、例えば、コドンテーブル１、コドンテーブル２、コドンテーブル３など）、可視化のために特定の標的に対してスクリーニングされたペプチドの定量化情報を選択することができるフィルタ１６０８（例えば、標的結合スクリーニングまたは選択において使用される所望のタンパク質標的、例えば、標的１、標的２、標的３など）を含むことができるが、これらに限定されない。特定のユーザ選択値によって選択された特定のフィルタを用いて、例えば、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報、または選択されたフィルタと一致する各選択ラウンドが、例示的なグラフ１６１０～１２１６および図１７～図１４に表示されることができる。

【0214】

図１７は、全ての標的結合選択ラウンドにおけるＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々を可視化するためのグラフィカルユーザインターフェース１７００の非限定的な例示的な実施形態を示している。図１７は、グラフィカルユーザインターフェース１７００のスクリーンショットであり、各ラウンド（Ｒ１＝ラウンド１、Ｒ２＝ラウンド２、Ｒ３＝ラウンド３、Ｒ４＝ラウンド４、Ｒ５＝ラウンド５、Ｒ６＝ラウンド６）について各ウェル（ウェルＡ１からＨ１２）内の異なるＤＮＡ濃度をそれぞれ表示するために色を使用する６つのヒートマップ（色はグレーの濃淡として表される）を含む。「Ｐｏｓ」は、正の選択ラウンド後のＤＮＡ濃度のｑＰＣＲ結果を指す。これは、標的結合選択の全体的な実行経過を監視するための代表的なビューであり、ユーザが別のラウンドの標的結合選択が望ましいかどうかを決定するのを助けることができる。例えば、中ＤＮＡ濃度を示すラウンド４、５および６の４～７列目は、低ＤＮＡ濃度を示す他のカラムと比較して、標的結合選択において比較的良好に機能していた。あるラウンドから別のラウンドまで継続するこの濃縮の傾向の可視化は、ユーザが選択プロセス全体がうまく機能しているという確信を構築するのに役立つ。

【0215】

図１８は、全ての標的結合選択ラウンドにおけるＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々を可視化するためのグラフィカルユーザインターフェース１８００の別の非限定的な例示的な実施形態を示している。図１８は、グラフィカルユーザインターフェース１８００のスクリーンショットである。各ラウンドの選択後のＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々のｑＰＣＲデータが、陽性の分子または陰性の分子を入力分子で割ることによって％ｍＲＮＡ回収に分析された。例えば、各ラウンドにおける％ｍＲＮＡ回収（％正回収および％負回収）が棒グラフとしてプロットされて、各個々のウェル、例えばマクロサイクル－ＤＮＡ－ＲＮＡコンジュゲートの各ライブラリに対する実験の進行を表示した。このデータは、別のラウンドが望ましいかどうかを決定するために、図１９に例示されているような分子ヒートマップと併せて各ラウンドでレビューされる。％ｍＲＮＡ回収がｑＰＣＲデータから計算される。％ｍＲＮＡ回収は、標的によって捕捉された各ライブラリの総ｍＲＮＡ／ＤＮＡ／ペプチド量を表す。陽性の分子は、正の選択の標的結合ステップから捕捉されたＤＮＡを指す。陰性の分子は、負の選択の空ビーズ結合ステップ後に残存するＤＮＡを指す。標的結合選択の各ラウンドの前に、各ｍＲＮＡ－ＤＮＡ－ペプチドコンジュゲートライブラリのアリコートに対してｑＰＣＲが行われる。その事前選択反応によって生成されるＣｔは、結合ステップ前の各ライブラリの総量を表すため、各「入力」ライブラリのＤＮＡの分子数を表す。

【0216】

Ｖ．コンピュータ実装システム
様々な実施形態では、異なるＤＮＡ濃度を有する異なるライブラリにわたる正規化および標的結合候補の同時選択の可視化のための任意の方法が、ソフトウェア、ハードウェア、ファームウェア、またはそれらの組み合わせを介して実装されることができる。

【0217】

すなわち、図１２に描写されるように、本明細書に開示された正規化方法は、コンピュータシステム１２０６などのコンピュータシステム（例えば、コンピューティングデバイス／分析サーバ）上に実装されることができる。コンピュータシステム１２０６（例えば、コンピューティングデバイス／分析サーバ）は、直接接続またはネットワーク接続（例えば、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットなど）を介してデータ記憶装置１２０４およびディスプレイシステム１２１４に通信可能に接続されることができる。図１２に示すコンピュータシステム１２０６（例えば、コンピューティングデバイス／分析サーバ）は、特定のアプリケーションまたはシステムアーキテクチャによって必要に応じて追加のエンジンまたは構成要素を備えることができることを理解されたい。

【0218】

また、図１５に描写されるように、本明細書で開示される可視化方法は、コンピュータシステム１５００上で実装されることができる。様々な実施形態では、コンピュータシステム１５００（例えば、デバイス／分析／ディスプレイシステム）は、直接接続またはネットワーク接続（例えば、ＬＡＮ、ＷＡＮ、インターネットなど）を介してコンピューティングデバイス／分析／ディスプレイシステム１５０６に通信可能に接続されたデータ記憶装置１５０４を備えることができる。図１５に示すコンピューティングデバイス／分析／ディスプレイシステム１５００は、特定のアプリケーションまたはシステムアーキテクチャによって必要に応じて追加のエンジンまたは構成要素を備えることができることを理解されたい。

【0219】

図１９は、本教示の実施形態が実装されることができるコンピュータシステム１９００を示すブロック図である。本教示の様々な実施形態では、コンピュータシステム１９００は、情報を通信するためのバス１９０２または他の通信機構と、情報を処理するためのバス１９０２に結合されたプロセッサ１９０４とを含むことができる。様々な実施形態では、コンピュータシステム１９００はまた、プロセッサ１９０４によって実行される命令を決定するためにバス１９０２に結合された、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）１９０６または他の動的記憶デバイスとすることができるメモリを含むことができる。メモリはまた、プロセッサ１９０４によって実行される命令の実行中に一時変数または他の中間情報を記憶するために使用されることができる。様々な実施形態では、コンピュータシステム１９００は、プロセッサ１９０４のための静的情報および命令を記憶するためにバス１９０２に結合された読み出し専用メモリ（ＲＯＭ）１９０８または他の静的記憶デバイスをさらに含むことができる。磁気ディスクまたは光ディスクなどの記憶デバイス１９１０が設けられ、情報および命令を記憶するためにバス１９０２に結合されることができる。

【0220】

様々な実施形態では、プロセッサ１９０４は、コンピュータユーザに情報を表示するために、バス１９０２を介して、陰極線管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）などのディスプレイ１９１２に結合されることができる。英数字および他のキーを含む入力デバイス１９１４は、プロセッサ１９０４への情報およびコマンド選択の通信のためにバス１９０２に結合されることができる。別の種類のユーザ入力デバイスは、プロセッサ１９０４に方向情報およびコマンド選択を通信し、ディスプレイ１９１２上のカーソル移動を制御するための、マウス、トラックボール、またはカーソル方向キーなどのカーソル制御装置である。この入力デバイス１９１４は、典型的には、デバイスが平面内の位置を指定することを可能にする第１の軸（すなわち、ｘ）および第２の軸（すなわち、ｙ）の２軸の２自由度を有する。しかしながら、３次元（ｘ、ｙおよびｚ）カーソル移動を考慮する入力デバイス１９１４も本明細書で企図されることを理解されたい。

【0221】

本教示の特定の実施と一致して、結果は、メモリ１９０６に含まれる１つまたは複数の命令の１つまたは複数のシーケンスを実行するプロセッサ１９０４に応答して、コンピュータシステム１９００によって提供されることができる。そのような命令は、記憶デバイス１９１０などの別のコンピュータ可読媒体またはコンピュータ可読記憶媒体からメモリ１９０６に読み込まれることができる。メモリ１９０６に含まれる命令のシーケンスの実行は、プロセッサ１９０４に本明細書に記載のプロセスを実行させることができる。あるいは、本教示を実装するために、ソフトウェア命令の代わりに、またはソフトウェア命令と組み合わせて、ハードワイヤード回路構成が使用されることができる。したがって、本教示の実装形態は、ハードウェア回路構成とソフトウェアとのいずれかの具体的な組み合わせに限定されない。

【0222】

本明細書で使用される「コンピュータ可読媒体」（例えば、データストア、データ記憶装置など）または「コンピュータ可読記憶媒体」という用語は、実行のためにプロセッサ１９０４に命令を提供することに関与する任意の媒体を指す。そのような媒体は、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含むがこれらに限定されない多くの形態をとることができる。不揮発性媒体の例は、これに限定されないが、メモリ１９０６などのダイナミックメモリを含むことができる。伝送媒体の例は、これらに限定されないが、バス１９０２を備えるワイヤを含む、同軸ケーブル、銅線、および光ファイバを含むことができる。

【0223】

コンピュータ可読媒体の一般的な形態は、例えば、フロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、または他の任意の磁気媒体、ＣＤ－ＲＯＭ、他の任意の光学媒体、パンチカード、紙テープ、孔のパターンを有する他の任意の物理媒体、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、フラッシュＥＰＲＯＭ、他のメモリチップまたはカートリッジ、またはコンピュータが読み取ることができる他の任意の有形媒体を含む。

【0224】

コンピュータ可読媒体に加えて、命令またはデータは、実行のためにコンピュータシステム１９００のプロセッサ１９０４に１つまたは複数の命令のシーケンスを提供するために、通信装置またはシステムに含まれる伝送媒体上の信号として提供されることができる。例えば、通信装置は、命令およびデータを示す信号を有するトランシーバを含むことができる。命令およびデータは、１つまたは複数のプロセッサに、本明細書の開示に概説される機能を実装させるように構成されている。データ通信伝送接続の代表的な例は、これらに限定されないが、電話モデム接続、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、赤外線データ接続、ＮＦＣ接続などを含むことができる。

【0225】

本明細書に記載されるフローチャート、図、および付随する開示は、コンピュータシステム１９００をスタンドアロンデバイスとして使用して、またはクラウドコンピューティングネットワークなどの分散ネットワークもしくは共有コンピュータ処理リソース上で実装されることができることを理解されたい。

【0226】

本明細書に記載された方法論は、用途に応じて様々な手段によって実装されることができる。例えば、これらの方法は、ハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、またはそれらの任意の組み合わせで実装されることができる。ハードウェア実装の場合、処理ユニットは、１つまたは複数の特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、デジタル信号プロセッサ（ＤＳＰ）、デジタル信号処理デバイス（ＤＳＰＤ）、プログラマブルロジックデバイス（ＰＬＤ）、フィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）、プロセッサ、コントローラ、マイクロコントローラ、マイクロプロセッサ、電子デバイス、本明細書に記載された機能を実行するように設計された他の電子ユニット、および／またはそれらの組み合わせ内に実装されることができる。

【0227】

様々な実施形態では、本教示の方法は、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｐｙｔｈｏｎなどのような従来のプログラミング言語で書かれたファームウェアおよび／またはソフトウェアプログラムおよびアプリケーションとして実装されてもよい。ファームウェアおよび／またはソフトウェアとして実装される場合、本明細書に記載される実施形態は、コンピュータに上述した方法を実行させるためのプログラムが記憶された非一時的コンピュータ可読媒体上に実装されることができる。本明細書に記載の様々なエンジンは、コンピュータシステム１９００などのコンピュータシステム上に提供されることができ、それによってプロセッサ１９０４は、メモリ構成要素１９０６／１５０８／１５１０および入力デバイス１９１４を介して提供されるユーザ入力のいずれか１つまたはそれらの組み合わせによって提供される命令にしたがって、これらのエンジンによって提供される分析および決定を実行することを理解されたい。

【0228】

本教示は、様々な実施形態に関連して説明されているが、本教示がそのような実施形態に限定されることは意図されていない。逆に、本教示は、当業者によって理解されるように、様々な代替、修正、および均等物を包含する。

【0229】

様々な実施形態を説明する際に、本明細書は、特定の順序のステップとして方法および／またはプロセスを提示している場合がある。しかしながら、方法またはプロセスが本明細書に記載の特定の順序のステップに依存しない限り、方法またはプロセスは、記載の特定の順序のステップに限定されるべきではなく、当業者は、順序が変更されてもよく、依然として様々な実施形態の趣旨および範囲内にあることを容易に理解することができる。

【0230】

ＶＩ．実施形態の記載
実施形態１：ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法であって、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、定量化情報を使用して、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを各ビンが含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットについて、対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することと、を含む、方法。

【0231】

実施形態２：ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、実施形態１に記載の方法。

【0232】

実施形態３：ペプチドが大環状分子を含む、実施形態２に記載の方法。

【0233】

実施形態４：定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）のサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。

【0234】

実施形態５：ビンのうちの少なくとも１つが、ＤＮＡ含有組成物の２つ以上のライブラリを含む、実施形態１～４のいずれか１つに記載の方法。

【0235】

実施形態６：ビンのいずれか１つのＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同じ量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される、実施形態１～５のいずれか１つに記載の方法。

【0236】

実施形態７：追加の増幅ＤＮＡを産生するために、追加の対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各々に対してＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することをさらに含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載の方法。

【0237】

実施形態８：対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲ増幅を行うために、各ビンを、対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。

【0238】

実施形態９：増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の方法。

【0239】

実施形態１０：ＰＣＲプレートからソースプレートの元の位置に戻される増幅ＤＮＡ含有組成物に対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態１～９のいずれか１つに記載の方法。

【0240】

実施形態１１：１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、方法が、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、定量化情報を使用して、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、そのように決定された対応するＰＣＲサイクル数を用いてＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを各ビンが含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットについて、対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように、追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを実行するようにサーモサイクラーに指示することと、を含む、コンピュータプログラム製品。

【0241】

実施形態１２：システムであって、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを各選択ラウンドについて記憶するように構成されたデータストアであって、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、１つまたは複数のデータプロセッサと、データストアに通信可能に接続され、データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリを正規化するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、方法が、データセットを使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、定量化情報を使用してＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットが、ライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することを含む、コンピューティングデバイスと、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して同じランで、ＰＣＲを同時に行い、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されるように追加のビンのＤＮＡ含有組成物の各ライブラリに対してＰＣＲを行うように構成されたサーモサイクラーと、を備える、システム。

【0242】

実施形態１３：同じビンの各ライブラリをソースプレートからＰＣＲプレートに移すように構成された液体ハンドラをさらに備え、同じビンの各ライブラリが、増幅ＤＮＡを生成するために、同じビンについての共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲプレート上でＰＣＲによって増幅される、実施形態１２に記載のシステム。

【0243】

実施形態１４：液体ハンドラが、全てのビンの増幅ＤＮＡを追加の選択ラウンドに供するようにさらに構成されている、実施形態１３に記載のシステム。

【0244】

実施形態１５：システムが、各選択ラウンドの前後にライブラリの各々を定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、実施形態１１～１４のいずれか１つに記載のシステム。

【0245】

実施形態１６：ビンのいずれか１つのＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同じ量の増幅ＤＮＡを産生するように決定される、実施形態１１～１５のいずれか１つに記載のシステム。

【0246】

実施形態１７：方法が、定量化情報を使用して、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することをさらに含み、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連するプリセット量のＤＮＡを産生するように決定される、実施形態１１～１６のいずれか１つに記載のシステム。

【0247】

実施形態１８：方法が、対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲ増幅を行うために、各ビンを、対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、実施形態１１～１７のいずれか１つに記載のシステム。

【0248】

実施形態１９：方法が、増幅ＤＮＡを生成するために、対応する共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行うための、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態１１～１８のいずれか１つに記載のシステム。

【0249】

実施形態２０：方法が、ＰＣＲプレートからソースプレートの元の位置に戻される増幅ＤＮＡに対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態１１～１９のいずれか１つに記載のシステム。

【0250】

実施形態２１：標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための方法であって、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲーが選択される、定量化情報を受信することと、定量化情報を使用して、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、各ライブラリのＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、各ライブラリに特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、ＤＮＡ増幅のための共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを各ビンが含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットがライブラリの他のビンとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、同じビンのＤＮＡ含有組成物のライブラリのサブセットについて、対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリが正規化されて、各ライブラリについて増幅ＤＮＡを生成するように、対応する共通のＰＣＲサイクル数で追加のビンの各々に対してＰＣＲを行うようにサーモサイクラーに指示することと、各ライブラリについて増幅ＤＮＡから標的タンパク質への結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するようにシーケンサーに指示することと、を含む、方法。

【0251】

実施形態２２：ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、実施形態２１に記載の方法。

【0252】

実施形態２３：ペプチドが大環状ペプチドを含む、実施形態２２に記載の方法。

【0253】

実施形態２４：定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）のためのサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、実施形態２１から２３のいずれか１つに記載の方法。

【0254】

実施形態２５：複数のＤＮＡ含有組成物の各ライブラリがソースプレートの個々の空間に保存される、実施形態２１から２４のいずれか１つに記載の方法。

【0255】

実施形態２６：ビンのうちの１つのＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々が、同じビンに対して対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に、同じ量のＤＮＡを産生するように決定される、実施形態２１から２５のいずれか１つに記載の方法。

【0256】

実施形態２７：各ビンが、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に同じ量のＤＮＡを産生するように決定される、実施形態２１から２６のいずれか１つに記載の方法。

【0257】

実施形態２８：対応するＰＣＲプレート上で対応する共通のＰＣＲサイクル数で同じビンのＤＮＡ含有組成物に対してＰＣＲ増幅を行うために、各ビンを、対応するＰＣＲプレートと相関させることをさらに含む、、実施形態２１から２７のいずれか１つに記載の方法。

【0258】

実施形態２９：増幅ＤＮＡを生成するために、対応する共通のＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行うための、ソースプレートの元の位置からＰＣＲプレートに移される各ビンのＤＮＡ含有組成物に対応する第１のリストを含む順方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態２１から２８のいずれか１つに記載の方法。

【0259】

実施形態３０：ＰＣＲプレートからソースプレートの元の位置に戻される増幅ＤＮＡに対応する第２のリストを含む逆方向ワークリストを生成することをさらに含む、実施形態２１から２９のいずれか１つに記載の方法。

【0260】

実施形態３１：追加の選択ラウンドが、標的タンパク質に対する結合親和性のためのＤＮＡ含有組成物をライブラリの各々から選択するステップと、そのように選択されたＤＮＡ含有組成物を増幅するステップと、を繰り返すことを含む、実施形態２１から３０のいずれか１つに記載の方法。

【0261】

実施形態３２：標的タンパク質に対する結合親和性について候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するようにシーケンサーに指示することが、候補ＤＮＡコンジュゲート中のＤＮＡをシーケンシングするようにシーケンサーに指示することを含む、実施形態２１から３１のいずれか１つに記載の方法。

【0262】

実施形態３３：各選択ラウンド後に、ＤＮＡ含有組成物の新たなライブラリを生成することであって、供給源のライブラリの各々に対してインビトロ翻訳を実行して新たなペプチドを産生することと、ソースプレートのライブラリの各々に対してインビトロ逆転写を実行してＤＮＡ含有組成物の新たなペプチドライブラリを生成することとを含む、ＤＮＡ含有組成物の新たなライブラリを生成することをさらに含む、実施形態２１から３２のいずれか１つに記載の方法。

【0263】

実施形態３４：ライブラリの各々を定量することをさらに含む、実施形態２１から３３のいずれか１つに記載の方法。

【0264】

実施形態３５：定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を使用してライブラリの各々を定量することをさらに含む、実施形態２１から３４のいずれか１つに記載の方法。

【0265】

実施形態３６：各ライブラリの定量化情報を可視化するためのヒートマップを生成することをさらに含む、実施形態２１から３５のいずれか１つに記載の方法。

【0266】

実施形態３７：１つまたは複数のデータプロセッサに、複数のライブラリの各々の定量化情報を監視して、グラフィカルユーザインターフェース上の標的結合を検出するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、方法が、第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々についての定量化情報を受信することであって、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、定量化情報を使用して、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、ライブラリの各々に特異的なポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットが、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、増幅ＤＮＡ含有組成物から標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別することと、を含む、コンピュータプログラム製品。

【0267】

実施形態３８：システムであって、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを各選択ラウンドについて記憶するように構成されたデータストアであって、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、１つまたは複数のデータプロセッサと、データストアに通信可能に接続され、データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、命令が、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別するための方法を実行させ、方法が、定量化情報を使用してライブラリの各々に固有のポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することであって、ライブラリの各々のＤＮＡ含有組成物が、対応するＰＣＲサイクル数でＰＣＲを行った後に関連する予め設定された量のＤＮＡを産生するように決定される、ライブラリの各々に固有のポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）サイクル数を決定することと、そのように決定されたＰＣＲサイクル数を使用してＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することであって、各ビンが、共通のＰＣＲサイクル数を共有すると決定されたＤＮＡ含有組成物のライブラリの異なるサブセットを含み、同じビン内のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各サブセットが、ライブラリの他のビンのものとは異なる共通のＰＣＲサイクル数を共有する、ＤＮＡ含有組成物のライブラリをビンに選別することと、増幅ＤＮＡ含有組成物を生成するために、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うようにサーモサイクラーに指示することと、増幅ＤＮＡ含有組成物から標的タンパク質に対する結合親和性についての候補ＤＮＡコンジュゲートを識別することと、を含む、コンピューティングデバイスと、を備える、システム。

【0268】

実施形態３９：システムが、同じビンのＤＮＡ含有組成物に対して対応する共通のＰＣＲサイクル数でビンの１つに対して、同じランで、ＰＣＲを同時に行うように構成されたサーモサイクラーをさらに備える、実施形態３８に記載のシステム。

【0269】

実施形態４０：システムが、各選択ラウンドの前後にライブラリの各々を定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、実施形態３８または３９に記載のシステム。

【0270】

実施形態４１：標的結合を検出するためのＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの定量化情報を監視するための方法であって、ａ）第１の選択ラウンドについてＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することであって、ライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、ｂ）グラフィカルユーザインターフェース内に、第１の選択ラウンドについてライブラリの各々の定量化情報を表示する第１のウィンドウを生成することと、ｃ）ａ）～ｂ）を繰り返して、複数のその後の選択ラウンドにわたって追加ウィンドウを生成することであって、各追加ウィンドウが、各ラウンドについての各ライブラリのＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、その後の選択ラウンドの各々についての各ライブラリの定量化情報を表示する、追加ウィンドウを生成することと、を含む、方法。

【0271】

実施形態４２：ａ）およびｃ）のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報が、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）入力分子、陽性の分子、陰性の分子またはそれらの任意の組み合わせについてのサイクル閾値（Ｃｔ）を含む、実施形態４１に記載の方法。

【0272】

実施形態４３：ａ）およびｃ）のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報が、入力分子に対する陽性の分子のパーセンテージを含む、実施形態４１または４２に記載の方法。

【0273】

実施形態４４：他のウィンドウを隠しながら、選択されたラウンドの定量化情報を表示する選択されたウィンドウを表示することをさらに含む、実施形態４１から４３のいずれか１つに記載の方法。

【0274】

実施形態４５：ａ）およびｃ）のＤＮＡ含有組成物の各ライブラリの定量化情報が、各ライブラリのｑＰＣＲデータのデータスクレイピングから取得されている、実施形態４１から４４のいずれか１つに記載の方法。

【0275】

実施形態４６：ＤＮＡコンジュゲートがペプチドを含む、実施形態４１から４５のいずれか１つに記載の方法。

【0276】

実施形態４７：ペプチドが大環状分子を含む、実施形態４１から４６のいずれか１つに記載の方法。

【0277】

実施形態４８：第１のウィンドウおよび追加ウィンドウは、複数の位置に第１のグラフィカル要素を含み、第１のグラフィカル要素の各々が、ライブラリの各々を表すように構成されている、実施形態４１から４７のいずれか１つに記載の方法。

【0278】

実施形態４９：ライブラリの各々が、ソースプレートの個々の空間のうちの１つにあり、第１のグラフィカル要素の各々が、ソースプレートの個々の空間の各々に水平方向および垂直方向に対応するように構成されている、実施形態４１から４８のいずれか１つに記載の方法。

【0279】

実施形態５０：第１のグラフィカル要素の各々が、ソースプレート内の同じウェルを表すために異なるウィンドウにわたって同じ位置に配置される、実施形態４１から４９のいずれか１つに記載の方法。

【0280】

実施形態５１：第１のウィンドウおよび追加ウィンドウが、異なるライブラリの定量化情報を視覚的に区別するように構成された第２のグラフィカル要素を含む、実施形態４１から５０のいずれか１つに記載の方法。

【0281】

実施形態５２：第２のグラフィカル要素が色または数字を含む、実施形態４１から５１のいずれか１つに記載の方法。

【0282】

実施形態５３：第２のグラフィカル要素が数字を含む、実施形態４１から５２のいずれか１つに記載の方法。

【0283】

実施形態５４：ユーザによって新たな選択ラウンドが選択されたときに新たなウィンドウを表示するようにグラフィカルユーザインターフェースを更新することをさらに含む、実施形態４１から５３のいずれか１つに記載の方法。

【0284】

実施形態５５：ラウンド対ラウンドの比較が生成されるように、同じグラフィカルユーザインターフェース内に、第１のウィンドウおよび追加ウィンドウを表示することをさらに含む、実施形態４１から５４のいずれか１つに記載の方法。

【0285】

実施形態５６：第１のウィンドウおよび追加ウィンドウが、フィルタによって選択された各ライブラリの定量化情報を表示するためにフィルタを設定するように構成された第３のグラフィカル要素を含む、実施形態４１から５５のいずれか１つに記載の方法。

【0286】

実施形態５７：フィルタが、ユーザ選択足場、ユーザ選択コドン、またはユーザ選択標的である、実施形態４１から５６のいずれか１つに記載の方法。

【0287】

実施形態５８：ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々についてのラウンド対ラウンド比較をグラフィカルユーザインターフェース上にプロットすることをさらに含む、実施形態４１から５７のいずれか１つに記載の方法。

【0288】

実施形態５９：１つまたは複数のデータプロセッサに、ライブラリの定量化情報を監視して、グラフィカルユーザインターフェースで標的結合を検出するための方法を実行させるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、方法が、ａ）第１の選択ラウンドのために、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を受信することであって、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、第１の選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、定量化情報を受信することと、ｂ）グラフィカルユーザインターフェース内に、第１の選択ラウンド後のＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を含む第１のウィンドウを表示することと、ｃ）ａ）～ｂ）を繰り返して、複数のその後の選択ラウンドにわたって追加ウィンドウを生成することであって、各追加ウィンドウが、各ラウンドについての各ライブラリのＤＮＡ含有組成物の定量化情報が監視されるように、その後の選択ラウンドの各々についての各ライブラリの定量化情報を表示する、追加ウィンドウを生成することと、を含む、コンピュータプログラム製品。

【0289】

実施形態６０：システムであって、ＤＮＡ含有組成物の複数のライブラリの各々の定量化情報を含むデータセットを各選択ラウンドについて記憶するように構成されたデータストアであって、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々がＤＮＡコンジュゲートを含み、各選択ラウンドによって、標的タンパク質に対する結合親和性に基づいてＤＮＡコンジュゲートが選択される、データストアと、１つまたは複数のデータプロセッサと、データストアに通信可能に接続され、データセットを受信するように構成されたコンピューティングデバイスであって、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、ＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を表示するための方法を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体を備え、方法が、表示されるように選択された任意の選択ラウンドのためにＤＮＡ含有組成物のライブラリの各々の定量化情報を表示するように選択されたウィンドウを含むグラフィカルユーザインターフェースを生成することを含む、コンピューティングデバイスと、を備える、システム。

【0290】

実施形態６１：ＰＣＲ増幅のために各ライブラリをソースプレートからＰＣＲプレートに移すように構成された液体ハンドラをさらに備える、実施形態６０に記載のシステム。

【0291】

実施形態６２：液体ハンドラが、各２回の連続する選択ラウンドの間でライブラリの各々を正規化するようにさらに構成されている、実施形態６１に記載のシステム。

【0292】

実施形態６３：システムが、各選択ラウンドの後に各ライブラリを増幅するように構成されたサーモサイクラーをさらに備える、実施形態６０から６２のいずれか１つに記載のシステム。

【0293】

実施形態６４：システムが、各選択ラウンドの前後に各ライブラリを定量するように構成された定量的ＰＣＲユニットをさらに備える、実施形態６０から６３のいずれか１つに記載のシステム。

【0294】

実施形態６５。ＤＮＡを含む複数のサンプルに対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅プロセスを正規化するための方法であって、複数のサンプルに対するＰＣＲ増幅プロセスを実行するためのサイクルデータを識別することであって、サイクルデータが、複数のサンプルの各サンプルに対する対応するサイクル数を含む、サイクルデータを識別することと、複数のビンのビン間のサイクル数変動が低減されるように、サイクルデータに基づいて複数のサンプルを複数のビンに選別することと、ビンサイクル数を複数のビンの各ビンに割り当てることであって、ビンサイクル数が複数のビンの各ビンに固有である、ビンサイクル数を複数のビンの各ビンに割り当てることと、複数のビンの識別情報を生成することと、複数のビンおよび複数のビンの各ビンについてのビンサイクル数を使用して複数のサンプルのＰＣＲ増幅を行うための出力を生成することと、を含む、方法。

【0295】

実施形態６６。複数のサンプルが様々な量のＤＮＡを有し、複数のサンプルが増幅された複数のサンプルになるようにＰＣＲ増幅プロセスが実行された後、増幅された複数のサンプルが正規化された量のＤＮＡを有する、実施形態６５に記載の方法。

【0296】

実施形態６７。識別情報を生成することが、複数のビンの各ビンについてビン識別子を生成することを含む、実施形態６５または実施形態６６に記載の方法。

【0297】

実施形態６８。出力を生成することが、複数のビンのうちの１つのビンについての順方向ワークリストを生成することであって、順方向ワークリストが、ビン内のサンプルのセットがソースプレートからビンの対応するＰＣＲプレートに移送される順序を含む、順方向ワークリストを生成することを含む、実施形態６５～６７のいずれか１つに記載の方法。

【0298】

実施形態６９。出力が、ＰＣＲプレートのセットを使用してＰＣＲ増幅プロセスを実行するためのサーモサイクラーのための指示をさらに含む、実施形態６５～６８のいずれか１つに記載の方法。

【0299】

実施形態７０。ビンサイクル数を割り当てることが、ビン内のサンプルのセットの最高サイクル数、サンプルのセットの平均サイクル数、サンプルのセットの中央サイクル数、および最高サイクル数と選択されたサイクル数との合計からなる群からのサイクル数を使用して、複数のビンのうちの１つのビンのビンサイクル数を生成することを含む、実施形態６５～６９のいずれか１つに記載の方法。

【0300】

実施形態７１。選択されたサイクル数が、ＰＣＲ増幅プロセスの第１のランからＰＣＲ増幅プロセスの第２のランに変更される、実施形態７０に記載の方法。

【0301】

実施形態７２。選別することが、サイクルデータの任意の非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して、修正サイクルデータを形成することと、サイクル数の選択された範囲内にある修正サイクルデータの固有の整数サイクル数をＮ個のビンに割り当てることと、ビンの目標数に到達するまで、距離方程式を使用してＮ個のビンの隣接するビンをマージすることであって、ビンの目標数が複数のビンの少なくとも一部を形成する、Ｎ個のビンの隣接するビンをマージすることと、を含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0302】

実施形態７３。サイクルデータを識別することが、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）システムから初期サイクルデータを受信することであって、初期サイクルデータが、複数のサンプルの各サンプルの初期サイクル数を含む、初期サイクルデータを受信することと、サイクルデータを生成するために複数のサンプルのうちの少なくとも１つの初期サイクル数を修正することと、を含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0303】

実施形態７４。複数のサンプルのうちのサンプルの初期サイクル数が未決定の値であり、修正することが、サンプルの初期サイクル数を未決定の値から予め選択されたサイクル数に変更することを含む、実施形態７３に記載の方法。

【0304】

実施形態７５。修正することが、複数のサンプルの各サンプルの初期サイクル数に２つのサイクルを追加すること、または、各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換すること、のうちの少なくとも１つを含む、実施形態７３～７４のいずれか１つに記載の方法。

【0305】

実施形態７６。選別することが、サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、複数のサンプルを複数のビンに分配することを含む、実施形態６５～７１または７２～７５のいずれか１つに記載の方法。

【0306】

実施形態７７。分配することが、サイクル数の選択された範囲外の対応するサイクル数で複数のサンプルの一部を複数のビンの一部に割り当てることと、複数のビンの残りの部分の間で、サイクル数の選択された範囲内の対応するサイクル数で複数のサンプルの残りの部分を実質的に均一に分配することと、を含む、実施形態７６に記載の方法。

【0307】

実施形態７８。選別することが、サイクルデータ内の各非整数サイクル数を整数サイクル数に変換して、修正サイクルデータを形成することと、修正サイクルデータ内のサイクル数の選択された範囲に基づいて、複数のサンプルを複数のビンに実質的に均一に分配することと、を含む、実施形態６５～７１または７２～７５のいずれか１つに記載の方法。

【0308】

実施形態７９。出力を生成することが、識別情報を使用して、複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移送する際に使用するための移送出力を生成することを含む、実施形態６５～７８のいずれか１つに記載の方法。

【0309】

実施形態８０。複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、選別することが、複数の対応する選択された低サイクル数未満のサイクル数の第１のセットを有する複数のサンプルの第１の部分を、複数のビンの最初のビンに割り当てることと、選択された高い数を上回るサイクル数の第２のセットを有する複数のサンプルの第２の部分を複数のビンの最後のビンに割り当てることと、複数のサンプルの残りの部分を、最初のビンと最後のビンとの間のビンのセットに分配することと、を含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0310】

実施形態８１。複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、選別することが、複数の対応するサイクル数の分布を識別することをさらに含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0311】

実施形態８２。分布を識別することが、複数の対応するサイクル数のヒストグラム分布を識別することであって、複数の対応するサイクル数の６０％～１００％が、選択された低サイクル数と選択された高サイクル数との間およびそれらを含む選択された範囲内にある、複数の対応するサイクル数のヒストグラム分布を識別することを含む、実施形態８１に記載の方法。

【0312】

実施形態８３。選択された低サイクル数が４サイクル数であり、選択された高サイクル数が２４サイクル数である、実施形態８２に記載の方法。

【0313】

実施形態８４。選別することが、選択された低サイクル数を下回る対応するサイクル数で複数のサンプルのうちの任意のサンプルを、複数のビンのうちの最初のビンに割り当てることと、選択された高サイクル数を上回る対応するサイクル数で複数のサンプルのうちの任意のサンプルを複数のビンのうちの最後のビンに割り当てることと、を含む、実施形態８２または実施形態８３に記載の方法。

【0314】

実施形態８５。選別することが、最初のビンと最後のビンとの間のビンのセットの間で複数のサンプルの残りの部分を分配することをさらに含む、実施形態８４に記載の方法。

【0315】

実施形態８６。複数の対応するサイクル数の１００％が選択された範囲内にあり、複数のサンプルを複数のビンに選別することが、より高いサイクル数と比較してより低いサイクル数間でより多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて複数のサンプルを複数のビンの間に分配することを含む、実施形態８２または実施形態８３に記載の方法。

【0316】

実施形態８７。選別することが、サイクルデータにおけるサイクル数の選択された範囲に基づいて、複数のサンプルを複数のビンに分配することと、同じ整数値に関連付けられた対応するサイクル数で複数のサンプルのうちの任意のサンプルが同じビンに一緒にグループ化されるように、複数のビン内の複数のサンプルの分布を修正することと、を含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0317】

実施形態８８。複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、複数の対応するサイクル数のうちの２つのサイクル数が、２つのサイクル数の各々が同じ整数値である整数を含む場合、同じ整数値と関連付けられる、実施形態８７に記載の方法。

【0318】

実施形態８９。複数のサンプルが複数の対応するサイクル数を有し、複数の対応するサイクル数のうちの２つのサイクル数が、２つのサイクル数の各々が同じ整数値に切り上げられた場合、同じ整数値に関連付けられる、実施形態８７に記載の方法。

【0319】

実施形態９０。選別することが、複数のサイクル数についての分布に基づいて、平均の１つの標準偏差の外にある複数のサイクル数の別の部分と比較して、複数のサイクル数の平均の１つの標準偏差の内にある複数のサイクル数の一部の間でより多くのビン分離を提供するようにバイアスをかけて、複数のサンプルを複数のビンに選別することを含む、実施形態６５～７１のいずれか１つに記載の方法。

【0320】

実施形態９１。出力に基づいて、複数のビンの各ビン内のサンプルのセットをＰＣＲプレートのセットの対応するＰＣＲプレートに移すことと、ＰＣＲプレートのセットを使用してＰＣＲ増幅プロセスを実行することと、をさらに含む、実施形態６５～９０のいずれか１つに記載の方法。

【0321】

実施形態９２。サイクルデータを識別することが、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）システムからサイクルデータを受信することを含む、実施形態６５～９１のいずれか１つに記載の方法。

【0322】

実施形態９３。１つまたは複数のデータプロセッサと、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、実施形態１～１０、２１～３６、４１～５８、および６５～９２に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させる、命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を備える、システム。

【0323】

実施形態９４。１つまたは複数のデータプロセッサに、請求項１～１０、２１～３６、４１～５８、および６５～９２のいずれか一項に記載の１つまたは複数の方法の一部または全部を実行させるように構成された命令を含む一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化された、コンピュータプログラム製品。

【0324】

ＶＩＩ．追加の考察
本文書のセクションおよびサブセクション間の見出しおよび小見出しは、読みやすさを改善するために含まれるに過ぎず、特徴がセクションおよびサブセクションをまたいで組み合わされることができないことを示唆するものではない。したがって、セクションおよびサブセクションは、別個の実施形態を説明するものではない。

【0325】

本開示のいくつかの実施形態は、１つまたは複数のデータプロセッサを含むシステムを含む。いくつかの実施形態では、システムは、命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、命令が、１つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部および／または１つまたは複数のプロセスの一部または全部を実行させる、非一時的コンピュータ可読記憶媒体を含む。本開示のいくつかの実施形態は、１つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された１つまたは複数の方法の一部または全部および／または１つまたは複数のプロセスの一部または全部を実行させるように構成された命令を含む非一時的機械可読記憶媒体において有形に具現化された、コンピュータプログラム製品を含む。

【0326】

その後の説明は、好ましい例示的な実施形態のみを提供し、本開示の範囲、適用可能性または構成を限定することを意図しない。むしろ、好ましい例示的な実施形態のその後の説明は、様々な実施形態を実装するための可能な説明を当業者に提供する。添付の特許請求の範囲に記載の趣旨および範囲から逸脱することなく、要素の機能および配置に様々な変更を加えることができることが理解される。

【0327】

実施形態の完全な理解を提供するために、以下の説明において具体的な詳細が与えられる。しかしながら、これらの具体的な詳細なしで実施形態が実施されることができることが理解されよう。例えば、回路、システム、ネットワーク、プロセス、および他の構成要素は、実施形態を不必要に詳細に不明瞭にしないために、ブロック図形式の構成要素として示されてもよい。他の例では、実施形態を不明瞭にすることを避けるために、周知の回路、プロセス、アルゴリズム、構造、および技術が不必要な詳細なしに示されてもよい。

【0328】

様々な実施形態を説明する際に、本明細書は、特定の一連のステップとして方法および／またはプロセスを提示している場合がある。しかしながら、方法またはプロセスが本明細書に記載の特定の順序のステップに依存しない限り、方法またはプロセスは、記載の特定の順序のステップに限定されるべきではなく、当業者は、順序が変更されてもよく、依然として様々な実施形態の趣旨および範囲内にあることを容易に理解することができる。

【0329】

特許出願、特許公報、およびＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号を含む、本明細書に引用される全ての参考文献は、各個々の参考文献が参照により組み込まれると具体的且つ個別に指示されているかのように、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。

【図1】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9A】

【図9B】

【図10】

【図11A】

【図11B】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【図17】

【図18】

【図19】

【国際調査報告】