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特表2023-548391改良型エンドヌクレアーゼによる遺伝子編集
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-11-16
(54)【発明の名称】改良型エンドヌクレアーゼによる遺伝子編集
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/09 20060101AFI20231109BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/113 20100101ALI20231109BHJP
   C12N 9/14 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/87 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/62 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/867 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/861 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 15/864 20060101ALI20231109BHJP
   A61K 38/46 20060101ALI20231109BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20231109BHJP
   A61K 47/69 20170101ALI20231109BHJP
   A61K 47/44 20170101ALI20231109BHJP
   A61K 9/51 20060101ALI20231109BHJP
   C12N 5/0783 20100101ALN20231109BHJP
   C12N 5/0775 20100101ALN20231109BHJP
   C12N 5/0789 20100101ALN20231109BHJP
【FI】
C12N15/09 110
C12N5/10 ZNA
C12N15/113 Z
C12N9/14
C12N15/87 Z
C12N15/62 Z
C12N15/63 Z
C12N15/867 Z
C12N15/861 Z
C12N15/864 100Z
A61K38/46
A61P43/00 105
A61K47/69
A61K47/44
A61K9/51
C12N5/0783
C12N5/0775
C12N5/0789
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023527313
(86)(22)【出願日】2021-11-04
(85)【翻訳文提出日】2023-07-10
(86)【国際出願番号】 IB2021060236
(87)【国際公開番号】W WO2022097070
(87)【国際公開日】2022-05-12
(31)【優先権主張番号】63/109,396
(32)【優先日】2020-11-04
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521479471
【氏名又は名称】スペシフィック バイオロジクス インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100118902
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 修
(74)【代理人】
【識別番号】100106208
【弁理士】
【氏名又は名称】宮前 徹
(74)【代理人】
【識別番号】100196508
【弁理士】
【氏名又は名称】松尾 淳一
(74)【代理人】
【識別番号】100122644
【弁理士】
【氏名又は名称】寺地 拓己
(72)【発明者】
【氏名】ステッド,ブレント・イー
(72)【発明者】
【氏名】マクマロー,トーマス・エイ
(72)【発明者】
【氏名】イスラエル,オディショ・ケイ
【テーマコード(参考)】
4B065
4C076
4C084
【Fターム(参考)】
4B065AA93X
4B065AA94X
4B065AB01
4B065BA02
4B065BA03
4B065CA44
4C076AA65
4C076CC09
4C076CC26
4C076EE51
4C084AA02
4C084AA07
4C084DC22
4C084NA05
4C084ZB21
(57)【要約】
独特の結合特性及び切断特性を有する操作されたヌクレアーゼ、並びに遺伝子編集のために前記改変されたエンドヌクレアーゼを用いて細胞の遺伝子発現を変化させる方法。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメイン、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼを、ex vivo細胞集団に投与することを含む、遺伝子操作された細胞組成物を作製する方法。
【請求項2】
細胞集団が、1以上の免疫細胞及び多能性細胞を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項3】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号8に対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項4】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iから成る群より選択される少なくとも1つの置換を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
【請求項5】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインがK26R置換を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
【請求項6】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが配列番号8を含む、請求項1に記載の方法。
【請求項7】
リンカーが、配列番号9~14又は59のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項8】
リンカーが、T95S、S101Y、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、又はS165Gから成る群より選択される少なくとも1つの置換を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項9】
前記リンカーが、T95S、V117F、K135R、N140S、又はQ158Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】
リンカーが、配列番号9~14又は59から成る群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~6のいずれか1項記載の方法。
【請求項11】
RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27、又は28のいずれか1つを含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項12】
RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27、又は28のいずれか1つと同一であるか、又は少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の方法。
【請求項13】
黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、D10A、D10E、H557A、N580A、H840A、D1135E、R1335Q、及びT1337Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する配列番号15を含む、請求項11又は12に記載の方法。
【請求項14】
RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、D10E置換を含む、請求項12に記載の方法。
【請求項15】
黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、置換D10E、並びにH557A、N580A、H840A、D1135E、R1335Q、及びT1337Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する配列番号15を含む、請求項11又は12に記載の方法。
【請求項16】
黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、置換D10A、並びにH557A、N580A、H840A、D1135E、R1335Q、及びT1337Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する配列番号15を含む、請求項11又は12に記載の方法。
【請求項17】
黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、置換H557A、並びにN580A、H840A、D1135E、R1335Q、及びT1337Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する配列番号15を含む、請求項11又は12に記載の方法。
【請求項18】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが配列番号8を含み;リンカーが配列番号9~14又は59のいずれか1つを含み;RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが配列番号15、16、26、27、又は28のいずれか1つを含む、請求項1~14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項19】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号8と同一であるか又は少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含み;リンカードメインが、配列番号9~14のいずれか1つと同一であるか又は少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含み;RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27、又は27と少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項1~14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項20】
キメラヌクレアーゼが、2本鎖DNAのI-TevI認識部位に対して切断活性を有する、請求項1~19のいずれか1項に記載の方法。
【請求項21】
キメラヌクレアーゼが、標的細胞のゲノムDNAに送達される、請求項1~19のいずれか1項に記載の方法。
【請求項22】
細胞集団が免疫細胞を含む、請求項1~21のいずれか1項に記載の方法。
【請求項23】
免疫細胞がT細胞である、請求項22に記載の方法。
【請求項24】
免疫細胞がナチュラルキラー(NK)細胞である、請求項22に記載の方法。
【請求項25】
細胞集団が多能性細胞を含む、請求項1~24のいずれか1項に記載の方法。
【請求項26】
多能性細胞が誘導多能性細胞である、請求項25に記載の方法。
【請求項27】
多能性細胞が造血幹細胞又はその前駆体を含む、請求項25に記載の方法。
【請求項28】
多能性細胞が、間葉系幹細胞又はその前駆体を含む、請求項25に記載の方法。
【請求項29】
多能性細胞が誘導多能性細胞である、請求項25に記載の方法。
【請求項30】
キメラヌクレアーゼが、DNA発現カセットを用いて標的細胞のゲノムDNAに送達される、請求項1~29のいずれか1項記載の方法。
【請求項31】
ウイルスベクターを使用しない、請求項1~30のいずれか1項に記載の方法。
【請求項32】
キメラヌクレアーゼが、エレクトロポレーションを用いて前記ex vivo細胞集団に投与される、請求項1~31のいずれか1項に記載の方法。
【請求項33】
エレクトロポレーションが、1000~2500Vの電流で適用される、請求項32に記載の方法。
【請求項34】
ドナーDNAを細胞集団に投与することをさらに含む、請求項1~33のいずれか1項記載の方法。
【請求項35】
前記ドナーDNAが、目的の外因性遺伝子を含む、請求項34に記載の方法。
【請求項36】
ドナーDNAが、平滑末端、及び2ヌクレオチドの3’突出末端を含む、請求項34又は35に記載の方法。
【請求項37】
ドナーDNAが、目的の外因性遺伝子に隣接する5’及び3’相同性を含む、請求項34又は35記載の方法。
【請求項38】
キメラヌクレアーゼが、ドナーDNAの非存在下で投与される、請求項1~33のいずれか1項に記載の方法。
【請求項39】
キメラヌクレアーゼが、ゲノムDNAの1つ以上の規定の長さを欠失させるように標的細胞のゲノムDNAを改変する、請求項1~38のいずれか1項に記載の方法。
【請求項40】
前記外因性遺伝子が、キメラ抗原受容体を発現する、請求項36又は37記載の方法。
【請求項41】
前記キメラヌクレアーゼが、B2M遺伝子、TRAC1遺伝子、TRCB1遺伝子、HLA-A遺伝子、又はHLA-B遺伝子を標的とし、切断する、請求項1~37のいずれか1項記載の方法。
【請求項42】
前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号17若しくは18のいずれか又はそれらの断片を含み、前記キメラヌクレアーゼが、B2M遺伝子を標的とし、切断する、請求項1~37のいずれか1項に記載の方法。
【請求項43】
前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号20又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼが、TRCB1遺伝子を標的とする、請求項1~37のいずれか1項に記載の方法。
【請求項44】
前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号21又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼが、HLA-A遺伝子を標的とし、切断する、請求項1~37のいずれか1項に記載の方法。
【請求項45】
前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号22又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼが、AAVS1遺伝子を標的とする、請求項1~37のいずれか1項に記載の方法。
【請求項46】
AAVS1遺伝子が、外因性ドナーDNAの存在下で標的化される、請求項45に記載の方法。
【請求項47】
キメラヌクレアーゼがAAVS1遺伝子上の2つの部位を標的とする、請求項45又は46記載の方法。
【請求項48】
外因性ドナーDNAが、AAVS1遺伝子上の2つの標的部位の間に組み込まれる、請求項47記載の方法。
【請求項49】
ガイドRNAが、非天然のヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾された核酸塩基の1つ以上を含む、請求項1~48のいずれか1項に記載の方法。
【請求項50】
非天然のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む、請求項49に記載の方法。
【請求項51】
核酸模倣物が、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む、請求項49に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項52】
修飾された糖部分が、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む、請求項49に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項53】
修飾された核酸塩基が、5-メチルシトシン;5-ヒドロキシメチルシトシン;キサンチン;ヒポキサンチン;2-アミノアデニン;アデニンの6-メチル誘導体;グアニンの6-メチル誘導体;アデニンの2-プロピル誘導体;グアニンの2-プロピル誘導体;2-チオウラシル;2-チオチミン;2-チオシトシン;5-ハロウラシル;5-ハロシトシン;5-プロピニルウラシル;5-プロピニルシトシン;6-アゾウラシル;6-アゾシトシン;6-アゾチミン;偽ウラシル;4-チオウラシル;8-ハロ;8-アミノ;8-チオール;8-チオアルキル;8-ヒドロキシル;5-ハロ;5-ブロモ;5-トリフルオロメチル;5-置換ウラシル;5-置換シトシン;7-メチルグアニン;7-メチルアデニン;2-F-アデニン;2-アミノアデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;3-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2,N-6,又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む、請求項49に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項54】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、及びCasXポリペプチドを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼが、ガイドRNA及び/又は核局在化シグナルを含んでもよい、前記キメラヌクレアーゼ。
【請求項55】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、及びCas12ポリペプチドを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼが、ガイドRNA及び/又は核局在化シグナルを含んでもよい、前記キメラヌクレアーゼ。
【請求項56】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、及びCas9ポリペプチドを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼが、ガイドRNA及び/又は核局在化シグナルを含んでもよい、前記キメラヌクレアーゼ。
【請求項57】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、TevIの配列番号53のK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1つ以上のアミノ酸残基における改変を含む、請求項54又は55に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項58】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、TevIの配列番号53のV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項59】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、TevIの配列番号53のV117Fに対応するアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項60】
修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53のV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項61】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーが、配列番号53のV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項62】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーが、配列番号53のK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項63】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53のK135R及びN140Sに対応するアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項64】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53のK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項65】
修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーが、配列番号53のK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸改変を含む、請求項54~57のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項66】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53と同一であるか又は少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項54~64のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項67】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号53の残基1~92を含み、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iに対応する改変を含んでもよい、請求項54~56のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項68】
I-TevIリンカードメインが、配列番号53の残基93~169を含み、T95S、S101Y、V117F、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、及びS165Gから成る群より選択される少なくとも1つの改変を含んでもよい、請求項54~56のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項69】
(a)改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号53の残基1~92を含み、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iに対応する改変を含んでもよく、そして(b)I-TevIリンカードメインが、配列番号53の残基93~169を含み、T95S、S101Y、V117F、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、及びS165Gから成る群より選択される少なくとも1つの改変を含んでもよい、請求項54~56のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項70】
CasXポリペプチドが、配列番号52と同一であるか、又は少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項54又は57~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項71】
CasXポリペプチドが、デルタプロテオバクテリア由来である、請求項54又は57~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項72】
Cas12ポリペプチドがアシダミノコッカス種BV3L6由来である、請求項55又は57~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項73】
Cas12ポリペプチドが、配列番号51と同一であるか、又は少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項55又は57~66のいずれか1項記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項74】
Cas9ポリペプチドが、配列番号15と同一であるか、又は少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項56~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項75】
Cas9ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌由来である、請求項56~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項76】
Cas9ドメインが、D10A、D10E、H557A、N580A、H840A、D1135E、R1335Q、及びT1337Rから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する配列番号15を含む、請求項56~66のいずれか1項に記載の方法。
【請求項77】
Cas9ポリペプチドが、配列番号27若しくは28と同一であるか、又は少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項56~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項78】
Cas9ポリペプチドが、化膿レンサ球菌由来である、請求項56~66のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項79】
Cas9ドメインが、D10A、D10E、D1135E、R1335Q、T1337R、及びH840Aから成る群より選択される少なくとも1つの置換を有する野生型化膿レンサ球菌Cas9配列を含む、請求項56~66のいずれか1項に記載の方法。
【請求項80】
キメラヌクレアーゼが、2本鎖DNAのI-TevI認識部位に対して切断活性を有する、請求項55~64のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項81】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、改変されたCas9ポリペプチド、及び任意のガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53のK26R、T95S、及びQ158Rに対応する少なくとも1つのアミノ酸改変を含み、改変されたCas9ポリペプチドが、配列番号54に記載の未改変Cas9を含むか、又はD10Eに対応するアミノ酸改変を含む、キメラヌクレアーゼ。
【請求項82】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインが、配列番号53と同一であるか、又は少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項81に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項83】
前記キメラヌクレアーゼが、核局在化シグナルを含む、請求項81又は82に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項84】
Cas9ポリペプチドが、黄色ブドウ球菌由来である、請求項81~83のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項85】
核局在化シグナルが、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む、請求項54~84のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項86】
核局在化シグナルが、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む、請求項54~84のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項87】
改変されたI-TevIリンカードメインが、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項54~86のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項88】
改変されたI-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む、請求項54~87のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項89】
キメラヌクレアーゼが、2本鎖DNAのI-TevI認識部位に対して切断活性を有する、請求項49~82のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項90】
ガイドRNAが、哺乳動物細胞内のゲノム標的を標的とする、請求項49~88のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項91】
ガイドRNAが、哺乳動物細胞における発がん性突然変異を標的とする、請求項49~88のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項92】
哺乳動物細胞がヒト細胞である、請求項91に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項93】
ガイドRNAが、細菌又はウイルス配列を標的とする、請求項49~88のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項94】
ガイドRNAが、非天然のヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾された核酸塩基の1つ以上を含む、請求項49~93のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項95】
非天然のヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノアルホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む、請求項94に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項96】
核酸模倣物が、ペプチド核酸(PNA)、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む、請求項94に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項97】
修飾された糖部分が、1以上の2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む、請求項94に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項98】
修飾された核酸塩基が、5-メチルシトシン;5-ヒドロキシメチルシトシン;キサンチン;ヒポキサンチン;2-アミノアデニン;アデニンの6-メチル誘導体;グアニンの6-メチル誘導体;アデニンの2-プロピル誘導体;グアニンの2-プロピル誘導体;2-チオウラシル;2-チオチミン;2-チオシトシン;5-ハロウラシル;5-ハロシトシン;5-プロピニルウラシル;5-プロピニルシトシン;6-アゾウラシル;6-アゾシトシン;6-アゾチミン;偽ウラシル;4-チオウラシル;8-ハロ;8-アミノ;8-チオール;8-チオアルキル;8-ヒドロキシル;5-ハロ;5-ブロモ;5-トリフルオロメチル;5-置換ウラシル;5-置換シトシン;7-メチルグアニン;7-メチルアデニン;2-F-アデニン;2-アミノアデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;3-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2,N-6,又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシンの1つ以上を含む、請求項94に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項99】
請求項49~93のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ及び/又はガイドRNAをコードする、核酸又は複数の核酸。
【請求項100】
キメラヌクレアーゼ及び/又はガイドRNAが、真核生物のプロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位の1つ以上に機能可能に連結されている、請求項99記載の核酸。
【請求項101】
核酸が、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである、請求項99又は100記載の核酸。
【請求項102】
個体に投与するために処方される、請求項49~98のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ。
【請求項103】
請求項49~98のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼ、及び薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体を含む、組成物。
【請求項104】
脂質ナノ粒子に封入された請求項49~98のいずれか1項に記載のキメラヌクレアーゼを含む、組成物。
【請求項105】
脂質ナノ粒子が、カチオン性及び/又は中性脂質を含む、請求項104に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
相互参照
[0001]本出願は、米国仮出願の利益を主張する。2020年11月4日に出願された米国特許出願第63/109,396号(参照によりその全体が本明細書に援用される)。
【背景技術】
【0002】
[0002]細胞療法は、健康なヒト細胞を注入して、損傷組織を再生させ、失われた又は機能不全の酵素又はタンパク質を産生させ、又は免疫細胞機能を、癌を含む無数の疾患に対する医薬治療として利用する。癌は生涯で米国人の約1/3が罹患し、増加すると予想されている。がんは、乳房、肺、前立腺、色素、膀胱の皮膚、血液など、ほぼすべての臓器に発生します。ほとんどの治療は、標的外の広範囲の副作用を有する毒性物質(化学療法及び放射線療法)を大量に投与され、しばしば患部組織の侵襲的切除が行われる。免疫療法では、患者さん自身の免疫系を利用して、がん細胞を標的にして死滅させます。細胞免疫療法は、典型的には、遺伝子編集を介して、患者の免疫細胞をプログラミングして、そのような細胞を標的にして、癌性細胞を選択的に殺すことを含む。腫瘍を攻撃するために患者の免疫細胞を改変することは、効果的で侵襲性の低い治療法となる可能性がある。また、損傷組織を再生したり、欠損したり、機能しなくなったりする酵素を産生するための工学的細胞療法は、患者自身の細胞を使用し、遺伝子編集技術によってプログラムされた多能性幹細胞を誘導することが多い。遺伝子編集技術の応用は、患者の免疫細胞や幹細胞の変化を可能にし、様々な疾患や状態の治療や治療の一部として用いられる可能性がある。
【0003】
[0003]遺伝子編集は、特定のDNA配列を認識し、切断するためにデザイナーゼに依存し、その後、先天性細胞DNA修復経路、すなわち、非相同末端結合(NHEJ)及び相同指向修復(HDR)を利用して、ゲノムに標的修復を導入する遺伝子治療アプローチである。これらのヌクレアーゼは、目的の標的遺伝子座に2本鎖切断を正確に導入するように設計することができる。遺伝子編集は、ex vivo及びin vivo環境の両方において標的を破壊、挿入、切り出し、及び修正を可能にすることにより、目的のゲノム配列を永久的に修飾する可能性を開く。CRISPR-Cas9(及びCas9融合)、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガータンパク質、IIS型制限エンドヌクレアーゼ(FokI及びFokI融合)及びTALENSのような既存の遺伝子編集技術は、特定の長さの遺伝子欠失を導入する能力、又は多くの遺伝病の治療薬として意味のある十分な数の細胞における標的遺伝子を正確に修復する能力が制限されている。さらに、単量体Cas9のような高度にプログラム可能なRNA誘導性ヌクレアーゼの研究では、標的部位のみに結合し、切断し、修復する特異性は限られていることが示唆されており、患者に2次疾患を引き起こす可能性のある細胞のゲノムDNAの有害な変化の可能性が懸念されている。
【0004】
[0004]細菌の自然免疫系を構成するII型CRISPRシステムの構成要素であるCas9(CRISPR-associated)タンパク質は、その使いやすさのためにゲノム編集の分野でパラダイムシフトを引き起こしている。所望の配列を切断するためにCas9をプログラミングすることは、Cas9に結合したガイドRNAの配列を標的部位に相補的に変えるという単純な問題である。Cas9をターゲティングするプログラミングの容易さは、他の試薬(ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、メガヌクレアーゼ、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN))に必要とされるより集中的なタンパク質工学とは対照的である。Cas9は、II型CRISPRシステムのタンパク質と共に、多様な生物における無数のゲノム編集応用に使用されており、現在、ヒトにおける治療応用の領域に入りつつある。Specific Biologics(Toronto,Ontario,CA)の名前で公開された国際特許出願(PCT/IB2020/054229、その内容は参照により本明細書に組み入れられる)は、I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~92、I-TevIリンカー領域のアミノ酸93~169、及び黄色ブドウ球菌Cas9(「saCas9」)ドメインを含む2重切断型キメラヌクレアーゼTevSaCas9のバージョンを記載している。また、TevSaCas9の製造方法についても記載しています。TevSaCas9を改変して、免疫細胞を標的とする癌関連細胞に改変することにより、癌治療細胞療法をより効率的かつ効果的にすることができる。さらに、TevSaCas9を改変して幹細胞を改変することにより、損傷組織の治療や、欠損した酵素やタンパク質の置換がより効果的になる可能性がある。
【0005】
[0005]免疫系は、表面タンパク質(抗原)を同定することによって異物や細胞を認識する。T細胞の表面に存在する受容体は、抗原を標的とし、T細胞を活性化するとともに、他の下流の免疫経路を開始させる。キメラ抗原受容体T細胞(CAR‐T細胞)は、免疫療法や血液及び固形腫瘍の治療に用いられる人工T細胞受容体(TCR)を産生する遺伝子改変T細胞である。CAR-T細胞療法は、患者からT細胞を採取し、遺伝的に癌細胞に特異的な抗原を認識するように改変する細胞療法の一種である。改変された細胞は、癌組織を標的とし、破壊するために患者に再注射される。T細胞は、患者の血液(自己)又は健康なドナー(同種異系)から採取することができる。抗原を認識すると、刺激されたCAR-T細胞は、増殖、細胞毒性、及びサイトカイン、インターロイキン、及び成長因子のような他の因子の分泌を増加させ、他の細胞型を活性化する。細胞の消耗、毒性、及び挿入発癌を制限するために、細胞療法(キメラ抗原受容体T細胞療法など)において遺伝子をノックアウトすることが望ましい(Lui Jら、(2019)、Front Immunol,10(456):1-8)。
【0006】
[0006]現在の技術は、主に細胞治療のためのウイルスベクターの使用に依存している。ウイルスベクターの使用は非常に効率的であるが、安全性に関しては疑問が残る。細胞治療を修飾するために使用されるランダムな挿入は、オフターゲットの内因性遺伝子機能を破壊し、腫瘍形成(すなわち、癌)及び細胞毒性をもたらす可能性がある。標的遺伝子を正確に破壊し、外来DNAを組み込んで効果的な細胞治療を行うためには、安全で効率的なツールが必要である。CRISPR技術を細胞治療に応用することにより、キメラ抗原受容体及びCAR T細胞の内因性遺伝子のより良い修飾が可能となり、T細胞治療の現在の限界を克服することができる。これらの進歩は、この分野全体に革命をもたらすと期待されているが、現在の遺伝子編集アプローチは、修飾の有効性、ヌクレアーゼの特異性に関する安全性の懸念、及び標的細胞タイプへの遺伝子編集ツールの提供によって制限されている。本発明の最初の反復は、免疫細胞(例えばT細胞)又は誘導多能性幹細胞(iPSC)のDNAを改変して、それらを遺伝子ノックアウト(個々に及び同時に)又は外因性遺伝子(例えばキメラ抗原受容体(CAR))の発現のために、より高い効率で改変するように意図的に設計されている。本発明はまた、他の細胞型を操作するために使用することもできる。
【発明の概要】
【0007】
[0007]本明細書に記載されているのは、I-TevIドメインの修飾されたバージョン、リンカーペプチド、及び宿主拒絶を排除し、細胞療法の有効性を高めるために遺伝子を標的化するように設計されたRNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9(「SaCas9」)の修飾されたバージョンを含むキメラヌクレアーゼ(「TevSaCas9」と称する)である。標的細胞に送達されると、新規なキメラヌクレアーゼは、外因性ドナーDNAの存在下でDNA配列を置換するか、又は外因性ドナーDNAの非存在下でDNAを欠失させる。請求項に係る発明の別の態様は、遺伝子を編集し、編集された遺伝子を用いて細胞治療を生成する方法に関する。また、I-TevIドメイン及びCasX又はCas12ヌクレアーゼから形成されるキメラヌクレアーゼも本明細書に記載される。
【0008】
[0008]本明細書では、(a)B2M、TRAC1、TRCB1及び/又はHLA-A遺伝子の特定の部位を標的とし、フレーム外の欠失を生じさせるTevSaCas9の新規アナログ;(b)エレクトロポレーションに適したヌクレアーゼ及び外因性ドナーDNAの処方;(c)1以上又はB2M、TRAC1、TRBC1及び/又はHLA-Aを標的とするヌクレアーゼの細胞内での同時の処方(多重遺伝子破壊);(d)AAVS1遺伝子中の安全なハーバー部位を標的とするTevSaCas9ヌクレアーゼとともに送達されたとき、ヌクレアーゼによって標的化された2つの部位の間に組み込むことができる外因性ドナーDNAを含む本発明のバージョン;及び(e)改変I-TevIドメイン、リンカードメイン及びRNA誘導ヌクレアーゼドメインを含むキメラヌクレアーゼの新規アナログが記載される。
【0009】
[0009]本明細書に記載される一態様では、改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、RNA誘導性ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメイン、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼをex vivo細胞集団に投与することを含む、遺伝子操作された細胞組成物を作製する方法であって、細胞集団が1つ以上の免疫細胞及び多能性細胞を含む、方法。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8に対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、K26R置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは配列番号8を含む。ある態様において、リンカーは、配列番号9~14又は59のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、S101Y、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、又はS165Gのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、V117F、K135R、N140S、又はQ158Rのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の態様において、リンカーは、配列番号9~14又は59のいずれか1つから選択されるペプチドである。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つを含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、T267A、L325F、V327I、D333G、A336S、I341L、E345D、D348N、K352E、S360A、T368A、N369E、N371E、S372P、E373K、K386T、N393R、H408N、N410S、I414M、A415T、T438S、Y467F、N471K、D485E、M489F、E506K、R409K、T510E、N515K、Y518F、A539P、F550Y、N551H、S596A、T602I、A617V、I617V、T620K、G654E、N667D、R685K、K695Q、I706Vのいずれか1つ以上から選択される置換を含むK722T、A723T、K724N、M731T、F732V、K735Q、S739N、P741L、E746D、Q747D、I754D、T755I、H757R、K760Q、H761S、P778I、I781K、I783V、N784D、D785E、L786L、L787V、Y788H、K792E、D798R、L799I、V801I、N803I、N805K、G806N、K814E、L818I、I829F、S822P、E824G、G847T、D848N、Y857H、V875、N884K、A888V、L890R、D894G、D895H、P897L、V903I、G920D、F924L、N929Y、E936D、N937G、V941I、N942D、S943L、C945A、E947K、K951R、L9552Q、S956N、N957E、Q958K、A959S、N9974D、G975K、V983A、N984S、N985D、D986G、I991V、V993L、M995F、I996V、T99N、Y1000K、R1001E、E1002D、L1004I、E1005K、N1006M、M1009N、D1009L、K10S、R1011T、P1012S、P1013F、I1015L、I1016R、A1020G、S1021K、Q1024K、K1027S、E1039K、H1045K、I0148M、又はK1050M。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、D10E置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは配列番号8を含み、リンカーは配列番号9~14又は59のいずれか1つを含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号8のいずれか1つと同一である、アミノ酸配列を含み、リンカードメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又はいずれか1つの配列番号9~14と同一である、アミノ酸配列を含み、RNAガイド下の核内黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%、99%同一である、又はいずれか1つの配列番号15、16、26、27又は28と同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNAにおけるI-TevI認識部位に対して切断活性を有する。ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、標的細胞のゲノムDNAに送達される。ある態様において、細胞集団は、免疫細胞を含む。ある態様において、免疫細胞は、T細胞である。ある態様において、免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞である。ある態様において、細胞集団は、多能性細胞を含む。特定の実施態様では、多能性細胞は誘導多能性細胞である。ある態様において、多能性細胞は、造血幹細胞又はその前駆体を含む。特定の実施態様では、多能性細胞は、間葉系幹細胞幹細胞又はその前駆体を含む。特定の実施態様では、多能性細胞は誘導多能性細胞である。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼは、DNA発現カセットを用いて標的細胞のゲノムDNAに送達される。ある態様において、該方法は、ウイルスベクターを使用しない。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼは、エレクトロポレーションを用いて該エクスビボ細胞集団に投与される。特定の実施形態では、エレクトロポレーションは、1000~2500Vの電流で適用される。ある態様において、本方法は、ドナーDNAを細胞集団に投与することをさらに含む。ある態様において、ドナーDNAは、平滑末端及び2つのヌクレオチド3’オーバーハング末端を含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、目的の外因性遺伝子に隣接する5’及び3’相同性を含む。ある態様において、該ドナーDNAは、外因性遺伝子を含む。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、ドナーDNAの非存在下で投与される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、ゲノムDNAの1つ以上の規定された長さを欠失させるために標的細胞のゲノムDNAを修飾する。ある態様において、該外因性遺伝子は、キメラ抗原受容体を発現する。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼは、B2M遺伝子、TRAC1遺伝子、TRCB1遺伝子、HLA-A遺伝子、又はHLA-B遺伝子を標的とし、切断する。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号17もしくは配列番号18のいずれか、又はそれらの断片を含み、ここに、該キメラヌクレアーゼは、B2M遺伝子を標的化し、切断する。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号19のいずれか、又はその断片を含み、ここに、該キメラヌクレアーゼは、TRAC1遺伝子を標的化し、切断する。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号20、又はその断片を含み、ここに、該キメラヌクレアーゼはTRCB1遺伝子を標的とする。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号21又はその断片を含み、ここに、該キメラヌクレアーゼは、HLA-A遺伝子を標的化し、切断する。特定の実施形態では、該キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号22、又はその断片を含み、ここに、該キメラヌクレアーゼは、AAVS1遺伝子を標的とする。ある態様において、AAVS1遺伝子は、外因性ドナーDNAの存在下で標的化される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、AAVS1遺伝子上の2つの部位を標的とする。ある態様において、外因性ドナーDNAは、AAVS1遺伝子上の2つの標的部位の間に組み込まれる。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾されたヌクレオベースのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロックされた核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾された糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾されたヌクレオベースは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトオシン、5-ハロウラシル、5-ハロサイトオシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾチミン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチルの1つ以上を含む。すなわち、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、2-F-アデニンである。 2-アミノ-アデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;7-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2、N-6又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシン。
【0010】
[0010]1つの局面において、本明細書に記載されているのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、該キメラヌクレアーゼは、任意に、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1以上のアミノ酸残基における修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号52と同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17Nのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A、R966K、K967R、又はK968R。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはプランクとミケス細菌由来である。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはデルタプロテオバクテリア由来である。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞中のゲノム標的を標的とする。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における発がん性突然変異を標的とする。特定の実施態様では、哺乳動物細胞はヒト細胞である。ある態様において、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾されたヌクレオベースのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロックされた核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾された糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾されたヌクレオベースは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトオシン、5-ハロウラシル、5-ハロサイトオシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾチミン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチルの1つ以上を含む。すなわち、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、2-F-アデニンである。2-アミノ-アデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;7-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2、N-6又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシン。また、キメラヌクレアーゼをコードする核酸又は複数の核酸も本明細書に記載される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び/又はガイドRNAは、真核生物のプロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位の1つ以上に機能し得るように連結されている。ある態様において、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、個体への投与のために処方される。また、キメラヌクレアーゼ及び薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含む組成物も本明細書に記載される。また、脂質ナノ粒子に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物も本明細書に記載される。ある態様において、脂質ナノ粒子は、カチオン性及び/又は中性脂質を含む。
【0011】
[0011]1つの局面において、本明細書に記載されているのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1以上のアミノ酸残基における修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TEVIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TEVIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス種BV3L6由来である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号51と同一である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、S74Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N1033K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358D、I393V、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、L516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G6635N、C673K、L683H、L697V、A75D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D11N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1176L、1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A、Q1295N、A1299N、又はL1304K。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNAにおけるI-TevI認識部位に対して切断活性を有する。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞中のゲノム標的を標的とする。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における発がん性突然変異を標的とする。特定の実施態様では、哺乳動物細胞はヒト細胞である。ある態様において、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾されたヌクレオベースのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロックされた核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾された糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾されたヌクレオベースは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトオシン、5-ハロウラシル、5-ハロサイトオシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾチミン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチルの1つ以上を含む。すなわち、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、2-F-アデニンである。2-アミノ-アデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;7-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2、N-6又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシン。また、キメラヌクレアーゼをコードする核酸又は複数の核酸も本明細書に記載される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び/又はガイドRNAは、真核生物のプロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位の1つ以上に機能し得るように連結されている。ある態様において、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、個体への投与のために処方される。また、キメラヌクレアーゼ及び薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含む組成物も本明細書に記載される。また、脂質ナノ粒子に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物も本明細書に記載される。ある態様において、脂質ナノ粒子は、カチオン性及び/又は中性脂質を含む。
【0012】
[0012]1つの局面において、本明細書に記載されるのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、修飾されたCas9ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、修飾されたCas9ポリペプチドは、D10Eに対応するアミノ酸修飾又は配列番号54に記載される未修飾Cas9のアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号53と同一であるアミノ酸配列を含む。ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施態様では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌由来である。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号55(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号56(KRPAATKKAGQAKKKK)を含む核プラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIリンカードメインは、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNAにおけるI-TevI認識部位に対して切断活性を有する。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞中のゲノム標的を標的とする。ある態様において、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における発がん性突然変異を標的とする。特定の実施態様では、哺乳動物細胞はヒト細胞である。ある態様において、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾されたヌクレオベースのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロックされた核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾された糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾されたヌクレオベースは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトオシン、5-ハロウラシル、5-ハロサイトオシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾチミン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチルの1つ以上を含む。すなわち、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、2-F-アデニンである。2-アミノ-アデニン;8-アザグアニン;8-アザアデニン;7-デアザグアニン;7-デアザアデニン;7-デアザグアニン;3-デアザアデニン;3環式ピリミジン;フェノキサジンシチジン;フェノチアジンシチジン;置換フェノキサジンシチジン;カルバゾールシチジン;ピリドインドールシチジン;7-デアザアデニン;7-デアザグアノシン;2-アミノピリジン;2-ピリドン;5-置換ピリミジン;6-アザピリミジン;N-2、N-6又はO-6置換プリン;2-アミノプロピルアデニン;5-プロピニルウラシル;及び5-プロピニルシトシン。また、キメラヌクレアーゼをコードする核酸又は複数の核酸も本明細書に記載される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び/又はガイドRNAは、真核生物のプロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位の1つ以上に機能し得るように連結されている。ある態様において、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。ある態様において、キメラヌクレアーゼは、個体への投与のために処方される。また、キメラヌクレアーゼ及び薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含む組成物も本明細書に記載される。また、脂質ナノ粒子に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物も本明細書に記載される。ある態様において、脂質ナノ粒子は、カチオン性及び/又は中性脂質を含む。
図面の簡単な説明
[0013]本発明の以下の詳細な説明は、本明細書の一部を形成し、本発明を実施することができる特定の実施形態を例示するために示される添付の図面を参照するものである。これらの実施形態は、当業者が本発明を実施することができるように十分に詳細に記載されている。本発明の範囲から逸脱することなく、他の実施形態を利用することができ、構造的及び論理的変更を行うことができる。次に、添付の図面を例示するに過ぎないが、以下の図面を参照する:
【図面の簡単な説明】
【0013】
図1】[0014]図1A~1Fは、TevSaCas9が複数のガイドRNAと複合体化され、細胞内にエレクトロポレーションされて、内因性T細胞受容体をコードする遺伝子を破壊し、外因性キメラ抗原受容体(CAR)をコードする配列を挿入するメカニズムを示す。
図2】[0015]図2A及び2Bは、B2M遺伝子を標的とするTevSaCas9がB2M遺伝子を切断することを示す。
図3】[0016]図3A及び3Bは、AAVS1遺伝子を標的とするTevSaCas9がAAVS1遺伝子を切断することを示す。
図4】[0017]図4A及び4Bは、TevSaCas9切断(黒)後のB2M遺伝子の標的部位及び切断部位へのドナー修復テンプレート(灰色)の挿入及び修復が起こることを示す図を示す。
図5】[0018]図5A及び5Bは、TevSaCas9による切断後のゲノム(黒色)内のAAVS1セーフハーバー部位を示す図であり、切断部位に挿入されたGFPレポーターの発現を示す。
図6】[0019]図6は、配列番号20のガイドを使用してTRBC1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム中のTRBC1標的部位を切断することを示す。
図7】[0020]図7Aは、単一のLoxP部位を含む2本鎖DNAオリゴヌクレオチドのAAVS1標的部位への挿入を示す。
図8】[0021]図8A及び8Bは、エレクトロポレーションされたリボ核タンパク質TevSaCas9が哺乳動物細胞のB2M標的部位を編集することを示す。
図9】[0022]図9A及び9Bは、I-TevIのCas12aへの融合が、2本鎖DNA基質を切断するためにガイドRNAによって活性化されることを示す。
図10】[0023]図10は、異なる核局在化シグナル(NLS)を有するHEK293細胞のTevSaCas9によるB2M遺伝子の切断を示す。
【発明を実施するための形態】
【0014】
[0024]以下の説明では、本明細書に開示されている本実施形態を完全に理解するために、特定の量、サイズなどの特定の詳細が記載されている。しかしながら、本開示がそのような特定の詳細なしに実施され得ることは当業者にとって自明であろう。多くの場合、そのような考慮事項等に関する詳細は、そのような詳細が、本開示の完全な理解を得るために必要でなく、関連技術の当業者の技量の範囲内であるので、省略されている。
Ex vivo遺伝子編集の方法
[0025]本開示は、既存の遺伝子編集技術及び方法よりも以下の利点を示すキメラヌクレアーゼ及びex vivo遺伝子編集の方法を記載する。たとえば、ヌクレアーゼが2つの部位で切断すると、正確な長さのDNA(I-TevIとSaCas9の標的部位によって約30~38塩基)が切断される。本明細書に記載された方法は、ゲノムから30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、又は40ヌクレオチドの正確な欠失を生じ得る。こうして、細胞内の遺伝子をノックアウトするような正確な長さの欠失を生じさせるために、標的部位を遺伝子内で選択することができる。記載されたヌクレアーゼの1つの実施形態において、ヌクレアーゼは、B2M遺伝子(配列番号1)(MHCクラスI分子のβ鎖、β-2-ミクログロビン、IMD43としても知られる)を標的化し、切断して、複数の枠外欠失を伴うB2Mのリーディングフレームを破壊する。記載されたヌクレアーゼの別の態様において、ヌクレアーゼは、B2M遺伝子(配列番号2)を標的化し、切断して、単一のフレーム外欠失でリーディングフレームを破壊する。記載されたヌクレアーゼのさらに別の実施形態において、ヌクレアーゼは、単一アウト・オブ・フレーム欠失で読み枠を破壊するように、TRAC遺伝子(配列番号3)(TRA、IMD7、TCRA、TRCA、T細胞受容体α遺伝子座、TCRD及びT細胞受容体遺伝子座としても知られる)を標的化し、切断する。記載されたヌクレアーゼの別の実施形態では、ヌクレアーゼは、TRCB遺伝子(配列番号4)(T細胞受容体β遺伝子座、TCRBC1、BV05S1J2.2としても知られる)を標的化し、切断して、単一のフレーム外欠失でリーディングフレームを破壊する。記載されたヌクレアーゼの別のバージョンは、単一のフレーム外欠失で読み枠を破壊するために、HLA-A遺伝子(配列番号5)(主要組織適合性複合体、クラスI、A、HLAクラスI組織適合性抗原、Aα鎖、HLAA、HLAクラスI組織適合性抗原、A-1α鎖、MHCクラスI抗原HLA-A重鎖、白血球抗原クラスI-A及びヒト白血球抗原Aとしても知られる)を標的化し、切断する。上記の2つ以上のヌクレアーゼの組み合わせは、細胞内のそれぞれの遺伝子のリーディングフレームを同時に破壊することができる。外因性ドナーDNAの存在下では、記載されたヌクレアーゼは、既存の技術又は実施よりも高いパーセンテージの細胞において標的DNA配列を置換するように設計される。記載されたヌクレアーゼのさらなる実施形態は、AAVS1遺伝子座(配列番号6)(アデノ関連ウイルス組込み部位1及びAAVとしても知られる)を標的化し、切断する。本明細書[0025]に記載される実施形態の別のバージョン、すなわち、AAVS1遺伝子座(配列番号7)を標的化し、切断するヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ切断部位を標的DNA挿入に相補する末端を有するドナーDNAの2本鎖切断部に向けられる。
【0015】
[0026]本開示は、ゲノム位置にヌクレオチド配列を改変、欠失、又は置換するために、細胞集団を遺伝的に操作するために記載されたヌクレアーゼを用いる方法を記載する。工程は、キメラヌクレアーゼガイドRNA複合体を形成し、キメラヌクレアーゼガイドRNA複合体を細胞に投与することを含む。この投与は、エレクトロポレーション又は脂質媒介トランスフェクション(例えば、カチオン性脂質)の1つ以上の方法を用いて行うことができる。あるいは、ガイドRNA及び/又はキメラヌクレアーゼをコードする核酸又は複数の核酸を、エレクトロポレーション、ウイルス形質導入、及び/又は脂質媒介トランスフェクションから選択される方法を用いて細胞内に移入することができる。実施形態において、ゲノム配列がゲノムを改変するために付加されるべきである場合、ドナーDNAもまた、挿入又は改変を行うために投与され得る。ドナーDNAは、線状化DNA、プラスミドDNA又はウイルスベクターとして適切に提供することができる。
【0016】
[0027]1つの態様では、本明細書に記載されたex vivo遺伝子編集方法を用いて、CAR T細胞又はCAR NK細胞を作製する。図1Aに示すように、精製されたTevSaCas9タンパク質1は、複数のガイドRNA2と複合体を形成し、リボ核タンパク質複合体3を形成する。TevSaCas9が標的とする部位の1つ以上に相補的末端を含む外因性ドナーCARをコードするドナーDNA 4も、リボ核タンパク質複合体3と混合される。図1Bに示すように、ゲノムDNA 7から発現された内在性T細胞受容体6をコードするT細胞5の集団を、リボ核タンパク質複合体3とドナーDNA 4の混合物に曝露する。細胞膜9を透過性にするために、電気パルス8が混合物に印加される。図1Dに示されるように、リボ核タンパク質複合体3及び供与DNA 4は、透過性細胞膜を通してT細胞に入る。リボ核タンパク質複合体3は、1つ以上の核局在化配列(「NLS」)を介して核10を標的とする。図1Eに示すように、リボ核タンパク質複合体3はゲノムDNA 7上の標的部位に結合する。図1Fに示されるように、リボ核タンパク質複合体3は、ゲノムDNA 7を切断し、規定された長さの欠失12を生成するか、又は適合性の供与体DNA 13が存在する場合、供与体DNA 13を切断部位に挿入する。ゲノムDNA 7の領域は、内因性T細胞受容体6をコードする遺伝子を欠失させ、ドナーDNA 13は、外因性CAR 14をコードし、T細胞を新たな抗原に向けて標的化する。
【0017】
[0028]クレームされたポリペプチドは、免疫細胞(例えば、T細胞)、造血幹細胞、間葉系幹細胞、又は誘導多能性幹細胞(iPSC)のDNAを修飾するように設計されており、これらの細胞型に限定されないが、細胞を免疫寛容のために及び/又はキメラ抗原受容体(CAR)のような外因性遺伝子を発現させるように設計されている。本明細書中に記載される方法及びヌクレアーゼによりエクスビボで修飾され得る細胞型は、免疫細胞、例えばT細胞又はNK細胞;又は多能性細胞、例えば間葉系幹細胞、造血幹細胞、又は当技術分野で公知の技術を用いて多能性に誘導され得る他の多能性細胞を含む。
【0018】
[0029]さらに、本開示は、(a)細胞をエクスビボでヌクレアーゼに曝す工程; (b)細胞集団に1000~2500Vの電流を印加して膜を透過性にし、クレームのヌクレアーゼが細胞内に移行することを可能にする工程を含む、ヒト細胞のゲノム中のDNA配列の全部又は一部を標的遺伝子で破壊して、フレーム外の遺伝子をノックアウトする方法に関する。1000~1500V、1501~1700V、1701~1900V、1901~2100V又は2101~2500Vの間の他の範囲の電流を印加することもできる。ヌクレアーゼはまた、リポフェクション又はポリマーベースのトランスフェクション、又はアデノ随伴ウイルスもしくはレンチウイルスのようなウイルスベクターの使用を用いて細胞に送達され得る。ヌクレアーゼはさらに、リボ核タンパク質複合体、ヌクレアーゼをコードするDNA、又はヌクレアーゼをコードするメッセンジャーRNAとして送達され得る。真核細胞では、記載されたヌクレアーゼ(TevSaCas9を含む)は、1つ以上の核局在化配列を介して細胞の核を標的とすることができる(「各国語サポート」)。免疫寛容細胞を作製する適用のためには、ヌクレアーゼの混合物を、細胞集団中のB2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A又はAAVS1(配列番号:1~6)の1つ以上を標的にするために適用する。ヌクレアーゼを正確なゲノム位置に標的化するための特異的ガイドRNAは、核酸によりコードされるヌクレアーゼ、又はメッセンジャーRNAに含まれ得る。ゲノム位置へのDNAの置換、修復、又は挿入を標的とする用途のために、ドナーDNAはまた、単離され精製された核酸として、線状2本鎖DNAによって、プラスミド又はウイルスベクターによって、含まれ得る。供与体DNAは、ヌクレアーゼ及びガイドRNAと共に、又は別個の処方で別々に提供されてもよく、又はヌクレアーゼ及びガイドRNAの送達とは異なる方法によって送達されてもよい。
【0019】
[0030]また、本明細書に記載されているのは、(a)細胞を新規なヌクレアーゼにエクスビボ曝露する工程;(b)細胞集団に1000~2500Vの電流を印加して、細胞内へのクレームのヌクレアーゼの通過を可能にする膜を透過させる工程を含む、規定の長さのDNA配列のヒト細胞への標的挿入の方法である。
【0020】
[0031]真核細胞において、記載されたヌクレアーゼ(TevSaCas9を含む)は、1つ以上の核局在化配列(「NLS」)を介して細胞の核を標的化することができる。免疫寛容細胞を作製する適用のためには、ヌクレアーゼの混合物を、細胞集団中のB2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A又はAAVS1(配列番号1~6)の1つ以上を標的にするために適用する。
【0021】
[0032]外因性供与体DNAの存在下では、細胞は、非相同末端連結を介した指向性連結を用いて、標的ゲノムDNA中の切断された2つの部位の間に外因性DNA配列(全体又は一部)を挿入することができる。
【0022】
[0033]操作されたCAR-T細胞の適用については、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするDNA配列を含む外因性ドナーDNA(配列番号7)によって、AAVS1セーフハーバー部位を標的とする(配列番号6)。
【0023】
[0034]本出願は、I-TevIドメイン、リンカードメイン、SaCas9ドメイン、及びガイドRNAの異なる組み合わせを含むキメラヌクレアーゼを含む新規な改変TevSaCas9ヌクレアーゼに関する。特に、キメラヌクレアーゼは、(a)少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%の同一性を有する、又は配列番号8のアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むI-TevIドメイン;(b)少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有する、又は配列番号9~14のいずれかのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むリンカードメイン;及び/又は少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有する、又は配列番号15~16のいずれかのアミノ酸配列と同一であるアミノ酸配列を含むsaCas9を含むことができる。
【0024】
[0035]B2M遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上記のキメラヌクレアーゼ;及び(b)少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するRNA配列を含む、又は配列番号17もしくは配列番号18の配列と同一であるガイドRNAを含む。
【0025】
[0036]TRAC遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上記のキメラヌクレアーゼ;及び(b)少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するRNA配列を含む、又は配列番号19の配列と同一であるガイドRNAを含む。
【0026】
[0037]TRBC遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上記のキメラヌクレアーゼ;及び(b)少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するRNA配列を含む、又は配列番号20の配列と同一であるガイドRNAを含む。
【0027】
[0038]HLA-A遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上記のキメラヌクレアーゼ;及び(b)少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有する配列を有するRNAを含むガイドRNA、又は配列番号21の配列と同一であるガイドRNAを含む。
【0028】
[0039]AAVS1遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上記のキメラヌクレアーゼ、及び(b)少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するRNA配列を含む、又は配列番号22の配列と同一であるガイドRNAを含む。
【0029】
[0040]クレームされた発明の1つの実施形態は、免疫寛容細胞を生成するために複数の遺伝子を同時に編集するために使用される組成物である。特に、本組成物は、配列番号17及び19~21の配列に従ってキメラヌクレアーゼに対する等モル比でガイドRNAの混合物と組み合わせて、上記パラグラフで議論したキメラヌクレアーゼの混合物に向けられる。別の態様において、本組成物は、配列番号18~21の配列に従うガイドRNAの混合物と組み合わせて、キメラヌクレアーゼに対する等モル比で、上記パラグラフで議論したキメラヌクレアーゼの混合物に向けられる。
【0030】
[0041]クレームされた発明の実施形態は、I-TevIドメイン、リンカードメイン、及びRNA誘導ヌクレアーゼドメインの異なる組み合わせを含む他のキメラヌクレアーゼの組成物である。特に、本組成物は配列番号44-49のキメラヌクレアーゼに関する。
【0031】
[0042]一態様では、本明細書に記載されるヌクレアーゼは、2つの異なるヌクレアーゼから形成されるキメラヌクレアーゼである。キメラヌクレアーゼは、本明細書に記載したex vivo遺伝子編集用途及びin vivo用途に有用である。
【0032】
[0043]本明細書に記載される1つの態様では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼは、任意に核局在化シグナルを含む。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはプランクとミケス細菌由来である。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはデルタプロテオバクテリア由来である。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びaQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号52と同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17Nのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A、R966K、K967R、又はK968R.ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号55(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号56(KRPAATKKAGQAKKKK)を含む核プラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIリンカードメインは、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。
【0033】
[0044]本明細書に記載される1つの局面では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼが核局在化シグナルを含む、キメラヌクレアーゼである。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス種BV3L6由来である。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号51と同一である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、S74Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N1033K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358D、I393V、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、L516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G6635N、C673K、L683H、L697V、A75D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D11N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A、Q1295N、A1299N、又はL1304K。ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号55(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号56(KRPAATKKAGQAKKKK)を含む核プラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIリンカードメインは、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。
【0034】
[0045]本明細書に記載される1つの局面では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、修飾されたCas9ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、修飾されたCas9ポリペプチドは、D10E又は配列番号54に記載される未修飾Cas9に対応するアミノ酸修飾を含む、キメラヌクレアーゼである。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号53と同一であるアミノ酸配列を含む。ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施態様では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌由来である。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号55(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号56(KRPAATKKAGQAKKKK)を含む核プラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIリンカードメインは、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。
【0035】
[0046]本明細書中に記載されるキメラヌクレアーゼは、本明細書中に記載されるCas12、Cas9、CasX又はI-TevIヌクレアーゼの機能性断片を含むことができる。このような機能的断片は、ヌクレアーゼのN末端及びC末端を保存するn-N末端欠失、C末端欠失、又は介在する欠失のうちの1つ以上を含み得る。I-TevIヌクレアーゼのそのような機能的断片はまた、I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~93、I-TevIリンカー断片のアミノ酸94~150、亜鉛-フィンガードメインのアミノ酸151~170、又は人工的リンカードメインのアミノ酸171~180のうちの1つ以上を含み得る。I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸R28はDNA切断に必要である。I-TevIヌクレアーゼドメインによる効率的なDNA切断には、ジンクフィンガードメインのアミノ酸C152、C154、C165及びC168が必要である。SaCas9ドメインのそのような機能断片はまた、1つ以上のアミノ酸を含み得る。特定の機能性断片(配列番号54に関して)が本明細書に記載されている。1-39及びヌクレアーゼローブのアミノ酸434-1052、認識ローブのアミノ酸41-424。認識ドメインの機能的断片には、N末端ヌクレアーゼローブに連結するためのブリッジヘリックスループを形成するアミノ酸41~72が含まれる。アミノ酸425~433は、認識ループとC末端ヌクレアーゼローブとを連結するためのリンカーループドメインを含む。ヌクレアーゼローブはさらに、RuvC-Iドメインのアミノ酸1~39、RuvC-IIドメインのアミノ酸434~479、RuvC-IIIドメインのアミノ酸649~773、HNHドメインのアミノ酸519~627、くさび(WED)ドメインのアミノ酸787~908、PAM相互作用(PI)ドメインのアミノ酸909~1052のうちの1つ以上の機能性断片を含む。PAM-相互作用ドメインは、さらに、トポイソメラーゼ相同(TOPO)ドメインのアミノ酸909~967の機能性断片及びC末端ドメインのアミノ酸968~1052を含む。HNHドメインは、L1リンカードメインのアミノ酸480-518によってRuvC-IIドメインに、及びL2リンカードメインのアミノ酸628-648によってRuvC-IIIドメインに連結される。RuvC-III及びWEDドメインは、リン酸ロックループドメインのアミノ酸774~786によって連結されている。saCas9ドメインのアミノ酸D10、H557及びN580は、DNA切断に必要である。
ヌクレアーゼ
[0047]いくつかの実施形態において、修飾されたTevSaCas9ヌクレアーゼの組成物は、本明細書中に記載されるように、I-TevI、SaCas9ドメイン及びガイドRNAの異なる組み合わせを含む。
【0036】
[0048]1つの局面において、本明細書に記載されているのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、該キメラヌクレアーゼは、任意に、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1以上のアミノ酸残基における修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号52と同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17Nのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A、R966K、K967R、又はK968R。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはプランクとミケス細菌由来である。特定の実施態様では、CasXポリペプチドはデルタプロテオバクテリア由来である。
【0037】
[0049]1つの局面において、本明細書に記載されているのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1以上のアミノ酸残基における修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載された未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載されている未修飾I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に示される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸におけるアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号53と同一である。特定の実施態様では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス種BV3L6由来である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含むか、又は配列番号51と同一である。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、S74Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N1033K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358D、I393V、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、L516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G6635N、C673K、L683H、L697V、A75D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D11N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A、Q1295N、A1299N、又はL1304K。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNAにおけるI-TevI認識部位に対して切断活性を有する。
【0038】
[0050]1つの局面において、本明細書に記載されるのは、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、修飾されたCas9ポリペプチド、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、ここで、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未修飾I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、修飾されたCas9ポリペプチドは、D10Eに対応するアミノ酸修飾又は配列番号54に記載される未修飾Cas9のアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号53と同一であるアミノ酸配列を含む。ある態様において、該キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施態様では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌由来である。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号55(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、アミノ酸配列番号56(KRPAATKKAGQAKKKK)を含む核プラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIリンカードメインは、配列番号57と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58と少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNAにおけるI-TevI認識部位に対して切断活性を有する。
I-TevIドメイン
[0051]配列番号8の配列は、2位のグリシン置換を除いて、I-TevIの野生型バージョンであり、この置換は、タンパク質の安定性を増加させ、N末端分解を妨げることが知られている。本明細書で言及する特定の置換に関しては、番号付けはグリシン安定化を欠く野生型タンパク質に対応する。従って、I-TevIの安定化バージョンにおいて、配列番号8の27位のリシンは、2位のグリシンを伴わない野生型位置に対応するK26と称される。したがって、他のI-TevI突然変異についても言及する。I-TevIヌクレアーゼ活性にほとんど影響を及ぼさないことが知られているI-TevIドメインに対するいくつかのI-TevI置換があり、これには、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、E81I(I-TevIの野生型バージョンを指す)が含まれる。I-TevIのヌクレアーゼ活性は、I-TevIドメインを含むキメラヌクレアーゼを既知のI-TevI標的を含む線状DNAと混合し、アガロースゲル上で切断反応の生成物を分解することによってアッセイすることができる。I-TevIヌクレアーゼが活性であれば、予測されるサイズの産物が存在する。特定の実施形態では、I-TevIへの置換は、野生型の未修飾I-TevIと比較して保存されるべきI-TevIヌクレアーゼ活性の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上を可能にする。
【0039】
[0052]I-TevIヌクレアーゼドメインの他のバージョンは、I-TevIドメインによって標的化される部位又はI-TevIドメインの活性を変化させるために、K26及び/又はC39のようなI-TevIによって認識される配列を変化させる突然変異を含む、異なる組み合わせの突然変異を含み得る。ヌクレアーゼの他のバージョンは、I-TevIドメインを他のGIY-YIGヌクレアーゼドメイン、例えば、I-BmoI、Eco29kIなどで置換することができる。I-TevIのいくつかのバージョンは、大腸菌で発現された場合にプロセシングの結果としてMet1を含まない。
【0040】
[0053]特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8に対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、K26R置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは配列番号8を含む。
リンカードメイン
[0054]特定の実施態様では、I-TevIヌクレアーゼドメインは、リンカーによってsaCas9に結合される。リンカーは、I-TevIリンカー(アミノ酸93-150又はI-TevI)を含み得る。リンカーは、10~100個のアミノ酸を含む可撓性アミノ酸リンカーを代替的に又はさらに含み得る。そのようなリンカーは、非構造化であってもよいし、Gly-Serリンカーを含むこともできる。
【0041】
[0055]ある態様において、リンカーは、配列番号9~14又は59のいずれか1つと少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、S101Y、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、又はS165Gのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、V117F、K135R、N140S、又はQ158Rのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の態様において、リンカーは、配列番号9~14又は59のいずれか1つから選択されるペプチドである。
SaCas9ドメイン
[0056]ヌクレアーゼの他のバージョンは、配列番号25~28のSaCas9ドメインを、他の天然に存在しないSaCas9又はSpCas9ドメインで置換してもよい。キメラヌクレアーゼの他のバージョンは、SaCas9ドメインを、配列番号44-48のキメラヌクレアーゼTevCas12a又は配列番号49のTevCasXを含む他のヌクレアーゼで置換することができる。キメラヌクレアーゼのさらなる実施形態は、SaCas9ドメインを、他のクラス1又はクラス2のCRISPR-Casタンパク質、CRISPR-Cas3、CRISPR-Cascade、Cas13dで置換することができる。ヌクレアーゼの他のバージョンは、SaCas9ドメインを、核酸と結合することができるポリペプチド配列、他のポリペプチド配列と結合することができるポリペプチド配列、ポリペプチドターゲティング配列を含む他の異種ポリペプチド配列で置換することができる。他の異種配列は、1~10の他のポリペプチドドメインを含み得る。
【0042】
[0057]特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つを含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、T267A、L325F、V327I、D333G、A336S、I341L、E345D、D348N、K352E、S360A、T368A、N369E、N371E、S372P、E373K、K386T、N393R、H408N、N410S、I414M、A415T、T438S、Y467F、N471K、D485E、M489F、E506K、R409K、T510E、N515K、Y518F、A539P、F550Y、N551H、S596A、T602I、A617V、I617V、T620K、G654E、N667D、R685K、K695Q、I706Vのいずれか1つ以上から選択される置換を含むK722T、A723T、K724N、M731T、F732V、K735Q、S739N、P741L、E746D、Q747D、I754D、T755I、H757R、K760Q、H761S、P778I、I781K、I783V、N784D、D785E、L786L、L787V、Y788H、K792E、D798R、L799I、V801I、N803I、N805K、G806N、K814E、L818I、I829F、S822P、E824G、G847T、D848N、Y857H、V875I、I876V、N884K、A888V、L890R、D894G、D895H、P897L、V903I、G920D、F924L、N929Y、E936D、N937G、V941I、N942D、S943L、C945A、E947K、K951R、L9552Q、S956N、N957E、Q958K、A959S、N9974D、G975K、V983A、N984S、N985D、D986G、I991V、V993L、M995F、I996V、T99N、Y1000K、R1001E、E1002D、L1004I、E1005K、N1006M、M1009N、D1009L、K10S、R1011T、P1012S、P1013F、I1015L、I1016R、A1020G、S1021K、Q1024K、K1027S、E1039K、H1045K、I0148M、又はK1050M。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、D10E置換を含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは配列番号8を含み、リンカーは配列番号9~14又は59のいずれか1つを含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つを含む。特定の実施形態では、修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又は配列番号8のいずれか1つと同一である、アミノ酸配列を含み、リンカードメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一である、又はいずれか1つの配列番号9~14と同一である、アミノ酸配列を含み、RNAガイド下の核内黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%、99%同一である、又はいずれか1つの配列番号15、16、26、27又は28と同一であるアミノ酸配列を含む。
ドナーDNA及び治療用細胞集団
[0058]本明細書に記載された方法及び技術は、細胞の集団の細胞の遺伝子修飾のためにエクスビボで有用である。そのようなex vivo修飾は、治療用細胞の産生に有用であり得る。そのような治療的修飾は、ゲノムDNA配列の除去又は破壊を含み得る。他の治療修飾は、ゲノムDNA配列の置換又は修復を含み得る。本明細書に記載されるドナーDNAは、細胞のゲノム中の特定の部位、例えば、既存の遺伝子を置換又は修復(すなわち、疾患に関与する1つ以上の遺伝子突然変異を修正)する、又はAAVS1部位のような安全なハーバー部位を標的とすることができる。外因性ドナーDNAは、相同組換えによる取込みのために構成することができる。相同組換えによる取込みのためのこのような外因性ドナーDNAは、第1の隣接相同領域、対象となる外因性ポリヌクレオチド配列、及び第2の隣接相同領域を含むことができる。あるいは、外因性ドナーDNAは、非相同末端結合の助けを借りて、1本鎖切断又は2本鎖切断でゲノム位置に組み込むことによって、ゲノム位置に挿入され得る。
【0043】
[0059]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、多能性細胞から産生され得る。特定の実施態様では、多能性細胞の治療用細胞又は集団は、マウス、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ又はヒトの多能性細胞のいずれか1つ以上を含むか、又はそれらから成る。ある態様において、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、多能性細胞を含むか、又はそれからなる。多能性細胞は、動物組織から単離するか、又は公知の方法を用いて誘導して多能性幹細胞を誘導することができる。
【0044】
[0060]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、免疫細胞から産生され得る。特定の実施態様では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、マウス、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ又はヒト免疫細胞のいずれか1つ以上を含むか又はそれ以上からなる。ある態様において、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ヒト免疫細胞を含むか又はそれからなる。
【0045】
[0061]細胞は、異種免疫細胞の単離細胞集団(例えば、末梢血単核細胞)、又はリンパ球、T細胞、B細胞、又はNK細胞のような特定の免疫細胞の単離及び精製された集団であり得る。このような細胞集団は、磁石ビーズ選択(正又は負の選択)のような当技術分野で公知の技術により、約80%、85%、90%又は95%を超える高純度まで単離することができる。
【0046】
[0062]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、哺乳動物の造血幹細胞から作製することができる。特定の実施態様では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、マウス、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ又はヒト造血幹細胞のいずれか1つ以上を含むか又はそれ以上からなる。ある態様において、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ヒト造血幹細胞を含むか、又はそれからなる。
【0047】
[0063]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、哺乳動物間葉系幹細胞から作製することができる。特定の実施態様では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、マウス、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ又はヒトの間葉系幹細胞のいずれか1つ以上を含むか又はそれ以上からなる。ある態様において、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、間葉系幹細胞を含むか、又はそれらからなる。
【0048】
[0064]ある態様において、治療用細胞は、CAR T細胞である。ある態様において、治療用細胞は、CAR NK細胞である。従って、本明細書中に記載されたキメラヌクレアーゼで送達されるドナーDNAは、キメラ抗原受容体(CAR)をコードすることができる。CARは、一般に、抗体に由来する標的化部分、膜貫通ドメイン、及びT細胞又はNK細胞において細胞毒性活性を活性化する1つ以上の細胞内シングリングドメインを含む。
【0049】
[0065]特定の実施形態では、治療用細胞は、免疫原性が低下した普遍的CAR T又はCAR Tである。このような免疫原性の低下は、T細胞受容体α鎖、T細胞受容体β鎖、又はMHC遺伝子(例えば、B2M、HLA-A、HLA-B、又はHLA-C)における1つ以上の破壊を導入することによって達成することができる。
【0050】
[0066]TevSaCas9キメラヌクレアーゼが2本鎖DNAを切断すると、Cas9は平滑末端を残し、I-TevIは2ヌクレオチド3’突出部を残す。提供されるドナーDNAは、平滑末端及び2つのヌクレオチド3’オーバーハングを含むことができ、TevSaCas9切断部位において生成された3’オーバーハングに結合するように構成される。
【0051】
[0067]1つの態様では、ドナーDNAは、機能的遺伝子をコードすることが知られていないゲノム部位に挿入されることが意図されたDNA配列を含む。そのような部位の例はAAVS1である。これはまた、標的ゲノムDNA中には見出されないDNA配列を含み、これらの配列は有用な遺伝子及び/又は他のDNAエレメントをコードし得る。特定の実施形態では、供与DNAは、ヌクレアーゼによって切断されたのと同じ長さの2本鎖DNAを含み、またTevSaCas9によって切断されたものと相補的DNA末端を含む。特定の実施形態では、供与DNAは、リン酸化されるDNAの5’末端を含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、I-TevI標的部位及びSaCas9標的部位を含む環状2本鎖DNAを含み、ここで、2本鎖DNAから切断された産物は、TevSaCas9によって切断された産物と相補的な末端を含む。
ガイドRNA
[0068]ガイドRNAの他のバージョンは、B2M、TRAC、TRBC、HLA-A、AVVS1遺伝子におけるDNAの同じ領域を標的とするが、集団における遺伝的多型を説明するために異なる配列を含む。ガイドRNAの他のバージョンは、B2M、TRAC、TRBC、HLA-A、AVVS1内の異なる配列を標的とし得る。ガイドRNAの他のバージョンは、ゲノム中の他の配列を標的とし、ヌクレアーゼをhROSA26及びCCR5のような別の安全な保菌部位に再標的化するかもしれない。他のバージョンは、同じ遺伝子内の複数の配列を標的とするガイドRNAの混合物を含むことがある。本発明のガイドRNAは、活性(例えば、標的結合及びヌクレアーゼ結合)に必要な全てのエレメントを含む1本鎖を含んでもよい。別法として、ガイドRNAは、2つ以上の核酸間の塩基対形成のために単一部分を形成する2つ以上の非共有結合的に結合した核酸を含み得る。ガイドRNAの他のバージョンは、5-メチルシトシン;5-ヒドロキシメチルシトシン;キサンチン;ヒポキサンチン;2-アミノアデニン;アデニンの6-メチル誘導体;グアニンの6-メチル誘導体;アデニンの2-プロピル誘導体;グアニンの2-プロピル誘導体;2-チオウラシル;2-チオチミン;2-チオサイトシン;5-プロピニルウラシル;5-プロピニルシトシン;6-アゾウラシルを含むが、これらに限定されない安定性のための異なるヌクレオベースを含み得る。6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロデニン、8-アミノアデニン、8-チオアルキルアデニン、8-ヒドロキシルアデニン、8-ハログアニン、8-アミノグアニン、8-チオルグアニン、8-チオアルキルグアニン、8-ヒドロキシルグアニン、5-ハロウラシル、5-ブロモウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、5-ハロシトシン すなわち、5-トリフルオロメチルシトシン、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノアデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3-デアザアデニン、3環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピルウラシルである 及び5-プロピニルシトシン。ガイドRNAの他のバージョンは、橋かけ核酸又はロック核酸のような他の核酸を含み得る。
【0052】
[0069]本明細書に記載されるガイドRNAは、さらに、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾された糖部分、及び修飾されたヌクレオベースのうちの1つ以上を含むことができる。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホラミデート、アミノアルキルホスホラミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロックされた核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾された糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾されたヌクレオベースは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトオシン、5-ハロウラシル、5-ハロサイトオシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、シュードウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチルの1つ以上を含む。5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシン。
【0053】
[0070]供与体DNAの組成: 上述のような2本鎖供与体DNAの他のバージョンは、ビオチンのような異なる5’末端化学修飾を含む。ドナーDNAの他のバージョンは、2’-フルオロ、2’-アミノ、及び2’-O-メチルを含むがこれらに限定されない、リボースの2’位置に対する安定性修飾を含み得る。ドナーDNAの他のバージョンは、逆dT又はビオチンのような3’末端修飾を含み得る。ドナーDNAの他のバージョンには、リボース糖の2’-O原子と4’-C原子がメチレンブリッジを介して結合するロックド核酸(LNA)が含まれる。2本鎖供与体DNAの他のバージョンは、TevSaCas9による切断がゲノム標的中のものと相補的なDNA末端を生じるTevSaCas9標的部位を含む環状プラスミドDNAを含み得る。2本鎖ドナーDNAは、合成又は増幅された直鎖2本鎖DNAを含み得る。特定の実施形態では、ドナーDNAは、アデノ随伴ウイルス又はレンチウイルスのようなウイルスベクターを用いて提供される。
キメラヌクレアーゼの産生
[0071]本明細書中に記載されるキメラヌクレアーゼは、WO2020/225719A1に記載されるような大腸菌発現系を用いることを含む、多くの方法で産生され得る。あるいは、キメラヌクレアーゼは、標的細胞中のヌクレアーゼの発現及び産生を指示する1つ以上の遺伝子ベクターを供給することによって改変される標的細胞によって産生され得る。さらに、ベクターは、キメラヌクレアーゼを特定のゲノム領域に標的化するようにガイドRNAの発現を指示する配列を提供することができる。
【0054】
[0072]本明細書に記載される遺伝子操作された細胞を作製するための例示的な方法は、以下に記載される。
【0055】
[0073]細胞の集団をTフラスコ中で70~90%のコンフルエントまで増殖させる。細胞を遠心分離により回収し、1.0×10細胞/ミリリットル(実用範囲0.2~2×10細胞/ミリリットル)に緩衝液T(Invitrogen(登録商標)、Carlsbad、米国カリフォルニア州)に再懸濁する。細胞を、配列番号25~49から選択されるものを含む本明細書中に記載されたヌクレアーゼでエレクトロポレーションし、2000ボルト(実用範囲1100~2500)、20ミリ秒(実用範囲10~30ミリ秒)及び1パルス(実用範囲1~4)にて、Neon(登録商標)トランスフェクションシステム(Thermo Fisher Scientific(登録商標)、米国マサチューセッツ州Waltham)を有するトリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン又はリン酸緩衝生理食塩水中で処方する。細胞を、0.3g/Lグルタミン及び2g/Lグルコース(Sigma-Aldrich(登録商標)、英国、Irvine)、10%ウシ胎児血清(Sigma-Aldrich(登録商標)、オンタリオ州オークビル)、2mM L-グルタミン、及び100単位のペニシリン及び0.1mgストレプトマイシン/mL(Sigma-Aldrich(登録商標)、米国、ミズーリ州セントルイス)と共に24時間RPMI 1640中で回収する。死細胞除去キット(Miltenyi Biotec(登録商標)、米国マサチューセッツ州サマービル)を用いて死細胞を除去する。ノックアウト効率は、ポリメラーゼ連鎖反応により標的遺伝子を増幅し、標的アンプリコン配列決定により編集された細胞の割合を測定することにより測定される(GENEWIZ、South Plainfield、NJ、US)。アンプリコンシークエンシングは、特定のゲノム領域における遺伝的変異を解析することができる、標的を絞った次世代シークエンシングの方法です。この方法はPCRを用いてアンプリコンとよばれるDNAの配列を作製する。異なるサンプルからのアンプリコンを多重化することができ、インデックス化又はプール化とも呼ばれます。これは、サンプルを識別できるようにバーコード(インデックス)をサンプルに追加することを意味します。多重化の前に、アンプリコン配列決定に使用される個々の試料は、アダプターを添加し、PCR増幅を介して標的領域を濃縮することによって、ライブラリーに変換されなければならない。アダプターは、インデックスされたアンプリコンの形成を可能にし、アンプリコンが配列決定のためにフローセルに接着することを可能にする。アンプリコン配列決定は、典型的には、細胞の集団における変異体検出のために使用される。
【0056】
[0074]エクスビボ細胞療法の製造方法改変された細胞療法を製造するための方法:ヌクレアーゼを細胞に送達するための他の方法、例えば、脂質ナノ粒子、ポリマー、ウイルスベクター、又は細胞浸透ペプチドを使用することができる。キメラヌクレアーゼ又はガイドRNAは、別々に、又は組み合わせて、1本鎖又は2本鎖のいずれかの形態でDNA又はRNAとして送達することができる。さらに、キメラヌクレアーゼは、以下のエレメント:5’キャップ、5’非翻訳領域、コード配列、3’非翻訳領域及びポリアデニン(ポリ-A)テールの1つ以上を含有するRNAとして送達され得る。RNAは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオサイトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシルを含むが、これらに限定されない、安定性のための異なるヌクレオベースを含み得る。6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロデニン、8-アミノアデニン、8-チオアルキルアデニン、8-ヒドロキシルアデニン、8-ハログアニン、8-アミノグアニン、8-チオルグアニン、8-チオアルキルグアニン、8-ヒドロキシルグアニン、5-ハロウラシル、5-ブロモウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、5-ハロシトシン、5-ブロモシトシン トリフルオロメチルシトシン、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザアデニン、3環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザグアジン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル及び5-プロピニルシトシン。
【0057】
[0075]別の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、限定されるわけではないが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、トランスポゾンベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクターを含む、組込みベクターとして送達され得る。キメラヌクレアーゼはまた、限定されるわけではないが、NucleofectorTM(Lonza、バーゼル、スイス)、MaxCyte(Gaithersburg、メリーランド)又はCliniMACS(登録商標)(Bergisch Gladbach、ドイツ)を含む他のエレクトロポレーションシステムによって送達され得る。
【0058】
[0076]キメラヌクレアーゼは、さらに、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤の1つ以上を含む薬学的組成物中に含まれ得る。用語「薬学的に許容される賦形剤」とは、本明細書中で使用される場合、本発明の薬学的組成物の活性成分(例えば、本発明の化合物)と適合性であり(好ましくは、それを安定化することができる)、治療される対象に有害ではない担体及びビヒクルを指す。例えば、本発明の化合物と特異的でより可溶性の複合体を形成する可溶化剤を、化合物の送達のための医薬賦形剤として使用することができる。適切なキャリア及びビヒクルは、当業者には公知である。本明細書で使用される用語「賦形剤」は、そのような担体、アジュバント、希釈剤、溶媒、又は他の不活性添加剤の全てを包含する。医薬処方物は、当該技術分野で一般的に使用される不活性希釈剤、例えば、水又は他の溶媒、可溶化剤及び乳化剤、例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、エチルカーボネート、エチルアセテート、ベンジルアルコール、ベンジル安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、1,3-ブチレングリコール、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、及びソルビタン、シクロデキストリン、アルブミン、ヒアルロン酸、キトサン及びそれらの混合物の脂肪酸エステルを含有し得る。ポリエチレングリコールは、溶解性、安定性、半減期、及び他の薬学的に有利な特性の望ましい特性を得るために使用され得る。安定化成分の代表的な例としては、ポリソルベート80、L-アルギニン、ポリビニルピロリドン、トレハロース、及びそれらの組み合わせが挙げられる。溶液バインダー又は抗酸化剤のような使用され得る他の賦形剤としては、ブチル化ヒドロキシトルエン、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム(2塩基性)、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、ポビドン、プレゼル化デンプン、プロピルパラベン、レチニルパルミテート、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ソルビトール、デンプン(コーン)、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンA、ビタミンE(α)が挙げられるが、これらに限定されない。トコフェロール、ビタミンC、キシリトール。
特定の実施態様
記載されているのは、本開示の特定の具体例に番号を付したものである
1. 修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー及び修飾されたRNA誘導ヌクレアーゼドメインを含むポリペプチド。
2. 改変されたI-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメイン、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、前記キメラヌクレアーゼが2つの活性ヌクレアーゼ部位を有する、キメラヌクレアーゼ。
3. 修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインが配列番号8である、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
4. リンカーが、配列番号9~14のいずれか1つ又はその断片から選択されるペプチドである、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
5. 前記RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つ又はその断片である、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
6. 修飾されたI-TevIヌクレアーゼドメインが配列番号8又はその断片であり、リンカーが配列番号9~14のいずれか1つ又はその断片であり、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが配列番号15、16、26、27又は28のいずれか1つ又はその断片である、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
7. 標的哺乳動物遺伝子を破壊する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを投与する工程を含み、ここで、標的細胞のゲノムDNAは、内因性遺伝子の発現を破壊するように改変される、方法。
8. 全ての標的遺伝子が破壊されている、実施形態7に記載の標的哺乳動物遺伝子を破壊する方法。
9. 標的遺伝子の一部が破壊されている、実施形態7に記載の標的哺乳動物遺伝子を破壊する方法。
10. 実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを投与する工程を含む、細胞の遺伝子構成を編集する方法。
11. 前記キメラヌクレアーゼが外因性DNAの存在下で投与される、実施形態10に記載の細胞の遺伝子構成を編集する方法。
12. 前記キメラヌクレアーゼが標的細胞の核に投与される、実施形態10に記載の細胞の遺伝子構成を編集する方法。
13. 1以上の核局在化配列がキメラヌクレアーゼを投与するために使用される、実施形態12に記載の細胞の遺伝子構成を編集する方法。
14. 前記キメラヌクレアーゼがゲノムDNAに送達される、実施形態10に記載の方法。
15. 前記キメラヌクレアーゼが標的細胞のゲノムDNAに送達される、実施形態14に記載の方法。
16. 標的細胞が免疫細胞である、実施形態15に記載の方法。
17. 前記免疫細胞がT細胞である、実施形態16に記載の方法。
18. 標的細胞が多能性細胞である、実施形態15に記載の方法。
19. 多能性細胞が誘導多能性細胞である、実施形態18に記載の方法。
20. 前記キメラヌクレアーゼが、DNA発現カセットを用いて標的細胞のゲノムDNAに送達される、実施形態15に記載の方法。
21. ウイルスベクターを使用しない、実施形態10に記載の方法。
22. キメラヌクレアーゼが、単離された標的細胞に投与される、実施形態15に記載の方法。
23. 前記単離された標的細胞がエクスビボで培養物中に単離される、実施形態22に記載の方法。
24. 単離された標的細胞が外因性ドナー細胞である、実施形態23に記載の方法。
25. 単離された標的細胞の前記エクスビボ培養物が、キメラヌクレアーゼと共にエレクトロポレーションに付される、実施形態23に記載の方法。
26. 前記エレクトロポレーションが1000~2500Vの電流で印加される、実施形態25に記載の方法。
27. 該キメラヌクレアーゼが、エレクトロポレーションに続いてエクスビボで該単離された標的細胞に浸透する、実施形態20に記載の方法。
28. 前記細胞が、動物細胞、細菌細胞、昆虫細胞、及び植物細胞からなる群から単離される、実施形態14に記載の方法。
29. 実施形態6に従うキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達する工程を含む、ゲノムDNAの規定された長さを欠失させる方法。
30. 改変されたゲノムDNAが、遺伝子の枠外をノックアウトすることによって内在性遺伝子の発現を破壊する、実施形態29に記載の方法。
31. 実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達する工程を含む、選択された外因性DNAの1つ以上の規定された長さを標的細胞のDNAに挿入する方法。
32. 投与されるキメラヌクレアーゼが、外因性ドナーDNAの存在下で、選択された外因性DNAの1つ以上の規定された長さを標的細胞のDNAに挿入する、実施形態31に記載の方法。
33. 前記外因性ドナーDNAが標的細胞のDNAに挿入される、実施形態32に記載の方法。
34. 選択されたDNAの前記規定された長さが、1以上の機能性遺伝子又はそれらの1以上の断片を含む、実施形態31に記載の方法。
35. 実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達する工程を含む、標的細胞のDNA中の選択DNAの1つ以上の規定された長さを欠失させる方法。
36. 前記キメラヌクレアーゼが外因性ドナーDNAの非存在下で投与される、請求項35に記載の方法。
37. キメラヌクレアーゼが、1つ以上の外因性遺伝子を発現するように標的細胞のゲノムDNAを修飾する、実施形態32又は35に記載の方法。
38. 標的細胞中の選択されたゲノムDNAの1つ以上の規定された長さを欠失させる方法であって、実施形態6に従ってキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達する工程を含む標的細胞のDNA中に選択された外因性DNAの1つ以上の規定された長さを挿入する方法であって、前記選択された外因性DNAが、改変されたゲノムDNAの欠失された部分に挿入されるか、又は前記選択されたゲノムDNAの異なる位置に挿入される方法。
39. 前記外因性遺伝子がキメラ抗原受容体を発現する、実施形態32、35又は38に記載の方法。
40. 前記キメラヌクレアーゼが、標的化細胞のゲノムDNA上の2つの独立した部位を標的とする、実施形態10に記載の方法。
41. 標的細胞のゲノムDNAが、標的細胞のゲノムDNA上の独立した部位の1つで切断される、実施形態40に記載の方法。
42. 標的細胞のゲノムDNAが、標的細胞のゲノムDNA上の両方の独立した部位で切断され、ゲノムDNA中に2つの切断部位を生成する、実施形態40に記載の方法。
43. 切断されたゲノムDNAが30~36塩基長である、実施形態41又は42に記載の方法。
44. 前記切断が、外因性ドナーDNAの存在下で起こる、実施形態42に記載の方法。
45. 外因性ドナーDNAが、切断された2つの部位の間に挿入される、実施形態44に記載の方法。
46. 外因性ドナーDNA全体が、切断された2つの部位の間に挿入される、実施形態45に記載の方法。
47. 外因性ドナーDNAの一部が、切断された2つの部位の間に挿入される、実施形態45に記載の方法。
48. 外因性ドナーDNAが、切断された2つの部位の間の特定の配向で挿入される、実施形態45~47に記載の方法。
49. 外因性ドナーDNAが、直接連結、微小相同末端連結又は非相同末端連結によってゲノムDNAに結合される、実施形態48に記載の方法。
50. キメラヌクレアーゼのガイドRNAが配列番号17もしくは配列番号18のいずれか、又はその断片であり、キメラヌクレアーゼがB2M遺伝子を標的とし、切断する、実施形態41又は42の1つに記載の方法。
51. キメラヌクレアーゼが、B2M遺伝子の枠外突然変異を生成する、実施形態50に記載の方法。
52. 前記フレーム外の突然変異が、適切なB2Mタンパク質の生成又は機能を阻害する、実施形態51に記載の方法。
53. 実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法であって、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが配列番号19である、又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼがTRAC1遺伝子を標的化し、切断する、方法。
54. キメラヌクレアーゼが、TRAC1遺伝子の枠外突然変異を生成する、実施形態53に記載の方法。
55. 前記フレーム外変異が、適切なTRAC1タンパク質の生成又は機能を阻害する、実施形態54に記載の方法。
56. 実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法であって、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが配列番号20又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼがTRCB1遺伝子を標的とする、方法。
57. 前記キメラヌクレアーゼが、TRCB1遺伝子の枠外突然変異を生成する、実施形態56に記載の方法。
58. 前記フレーム外突然変異が、適切なTRCB1タンパク質の生成又は機能を阻害する、実施形態57に記載の方法。
59. 実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法であって、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが配列番号21又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼがHLA-A遺伝子を標的とし、切断する、方法。
60. キメラヌクレアーゼが、HLA-A遺伝子の枠外突然変異を生成する、実施形態59に記載の方法。
61. 前記フレーム外突然変異は、適切なHLA-Aタンパク質の生成又は機能を阻害する、実施形態60のいずれか1つに記載の方法。
62. 実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法であって、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが配列番号22又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼがAAVS1遺伝子を標的とする、方法。
63. AAVS1遺伝子が外因性ドナーDNAの存在下で標的化される、実施形態62に記載の方法。
64. AAVS1遺伝子中のセーフハーバー部位が標的である、実施形態63に記載の方法。
65. キメラヌクレアーゼがAAVS1遺伝子上の2つの部位を標的とする、実施形態63に記載の方法。
66. 外因性ドナーDNAがAAVS1遺伝子上の2つの標的部位の間に組み込まれる、実施形態65に記載の方法。
67. 外因性ドナーDNAがキメラ抗原受容体を発現するDNA配列を含む、実施形態63~66のいずれか1つに記載の方法。
68. 組み込まれた外因性ドナーDNAが、非相同末端結合によって保持される、実施形態67に記載の方法。
69. 配列番号7のCD19を標的とするキメラ抗原受容体が、AAVS1部位に挿入される、実施形態67に記載の方法。
70. LoxP部位がAAVS1に挿入される、実施形態63に記載の方法。
71. LoxP部位が配列番号24のものである、実施形態70に記載の方法。
72. 実施形態6に従った2つ以上のキメラヌクレアーゼの混合物を投与する工程を含む、免疫寛容細胞を作製する方法。
73. 実施形態72に従ってキメラヌクレアーゼの混合物を投与する工程を含み、前記キメラヌクレアーゼがB2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A及びAAVS1から成る群より選択される1つ以上の遺伝子を標的とする、免疫寛容細胞を作製する方法。
74. キメラヌクレアーゼの前記混合物が、配列番号17もしくは18、19、20、及び21から成る群より選択される複数のガイドRNA、又はそれらの断片を含む、実施形態73に記載の免疫寛容細胞を作製する方法。
75. 複数のガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼの前記混合物が同時に投与される、実施形態73に従った免疫寛容細胞を作製する方法。
76. 前記混合物が、標的細胞の同一の外因性DNA内の複数の配列を標的化するための複数のガイドRNAを含む、実施形態75に記載の免疫寛容細胞を作製する方法。
77. キメラヌクレアーゼ及びガイドRNAの比率が等モルである、実施形態75に記載の免疫寛容細胞を作製する方法。
78. 配列番号17、18、19、20、及び21から選択される複数のガイドRNA、又はそれらの断片を含有するキメラヌクレアーゼの混合物を含み、前記キメラヌクレアーゼが標的細胞の同一の外因性DNA内の複数の配列を標的とする、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼを含有する製剤。
79. キメラヌクレアーゼ及びガイドRNAの比率が等モルである、実施形態76に記載の製剤。
80. 配列番号29~33のいずれか1つの全アミノ酸配列又はその断片を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
81. 配列番号34~38のいずれか1つの全アミノ酸配列又はその断片を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
82. 配列番号39~43のいずれか1つの全アミノ酸配列又はその断片を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
83. 配列番号44~48のいずれか1つの全アミノ酸配列又はその断片を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
84. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも80%を含むポリペプチド。
85. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも85%を含むポリペプチド。
86. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも90%を含むポリペプチド。
87. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも95%を含むポリペプチド。
88. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも80%を含むポリペプチド。
89. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも85%を含むポリペプチド。
90. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも90%を含むポリペプチド。
91. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも95%を含むポリペプチド。
92. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも80%を含むポリペプチド。
93. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも85%を含むポリペプチド。
94. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも90%を含むポリペプチド。
95. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも95%を含むポリペプチド。
96. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも80%を含むポリペプチド。
97. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも85%を含むポリペプチド。
98. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも90%を含むポリペプチド。
99. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも95%を含むポリペプチド。
100. 実施形態2に係るキメラヌクレアーゼを含む、薬学的に許容される製剤。
101. 実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを含む、薬学的に許容される製剤。
102. 前記薬学的に許容される製剤が、ヌクレアーゼでエレクトロポレーションを受けた細胞を含む、実施形態6に記載の薬学的に許容される製剤。
103. 前記キメラヌクレアーゼが配列番号25~49のいずれか1つである、実施形態100に記載の薬学的に許容される製剤。
104. 外因性ドナーDNAをさらに含む、実施形態100に記載の薬学的に許容される製剤。
105. 実施形態102に従って薬学的に許容される処方物を投与する工程を含む、疾患を治療する方法。
106. 疾患が癌である、実施形態103に記載の方法。
107. 実施形態72に従って免疫細胞を作製する工程を含む、疾患を治療する方法であって、前記キメラヌクレアーゼが免疫細胞のDNAを修飾する、方法。
108. 疾患が癌である、実施形態105に記載の疾患を治療する方法。
109. 実施形態102に従って薬学的に許容される製剤を投与する工程を含む、ヒトにおける免疫寛容を支持する方法。
110. 実施形態72による免疫細胞を作製する工程を含む、実施形態109による免疫寛容を支持する方法であって、前記キメラヌクレアーゼが免疫細胞のDNAを修飾する方法。
111. 外因性ドナーDNAが、2本鎖DNA、非相補末端を有する2本鎖DNA、又は環状2本鎖DNAから成る群より選択される、実施形態33に記載の方法。
112. 2本鎖DNAのポリヌクレオチド鎖が同じ長さであり、両方とも実施形態6に従った同じキメラヌクレアーゼによって切断された、実施形態111に記載の方法。
113. 非相補的DNA末端が、実施形態6に記載の同じキメラヌクレアーゼによって切断された、実施形態111に記載の方法。
114. 非相補末端を有する前記2本鎖DNA又は前記2本鎖DNAが、両方とも5’末端でリン酸化されるか又は化学的に修飾される、実施形態111に記載の方法。
115. 非相補末端を有する前記2本鎖DNA又は前記2本鎖DNAが、1つ以上のホスホロチオエート結合を含む、実施形態111に記載の方法。
116. 非相補末端を有する2本鎖DNA又は2本鎖DNAが、ビオチンで化学的に修飾される、実施形態111に記載の方法。
117. 前記環状2本鎖DNAがI-TevI及びSaCas9標的部位を含む、実施形態111に記載の方法。
118. 前記黄色ブドウ球菌 Cas9ドメインが配列番号25~28の1つである、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
119. RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが遺伝子多型を説明する配列を含む、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
120. RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが標的細胞中のゲノムDNA上の安全なハーバー部位を標的とする、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
121. 前記セーフハーバーがhROSA26及びCCR5である、実施形態120に記載のキメラヌクレアーゼ。
122. 前記キメラヌクレアーゼが、脂質ナノ粒子、ポリマー、ウイルスベクター又は細胞浸透性ペプチドを用いて送達される、実施形態7に記載の方法。
123. 細胞が肺細胞である、実施形態20に記載の方法。
124. キメラヌクレアーゼが配列番号31のポリペプチドである、実施形態20に記載の方法。
125. 前記DNA発現カセットが遺伝病を治療するために送達される、実施形態20に記載の方法。
126. 修飾されたI-Tevlヌクレアーゼドメイン、リンカー及び第2のヌクレアーゼドメインを含み、活性部位のヌクレアーゼ活性が協調している、2つの活性ヌクレアーゼ部位を有するキメラヌクレアーゼ。
127. 第2のヌクレアーゼが修飾RNA誘導ヌクレアーゼであり、ガイドRNAをさらに含む、実施形態126のキメラヌクレアーゼ。
128. 実施形態126に従うキメラヌクレアーゼを細胞又は生物体に投与する工程を含む、ゲノムDNAを編集する方法。
129. 実施形態128に従うキメラヌクレアーゼを細胞又は生物体に送達する工程を含む、DNA分子の規定された長さを欠失させる方法。
130. 実施形態128に従うキメラヌクレアーゼを細胞又は生物体に送達する工程を含むDNA分子からの選択配列を置換する方法。
131. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも80%を含むポリペプチド。
132. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも85%を含むポリペプチド。
133. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも90%を含むポリペプチド。
134. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも95%を含むポリペプチド。
定義と頭字語
[0077]別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記及び他の科学用語は、本開示が関係する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図する。いくつかの場合において、一般に理解される意味を有する用語は、明確性のため及び/又は容易に参照するために本明細書中で定義されている;従って、本明細書中にそのような定義を含めることは、当該技術分野において一般に理解されるものに対する実質的な相違を表すと解釈されるべきではない。
【0059】
[0078]本明細書及び後続の特許請求の範囲の枠内では、特に断らない限り、量、量、パーセンテージなどを表す全ての数字は、全ての場合において「約」という用語が先行するものとして理解されるべきである。本明細書中で使用される場合、用語「約」は±10%として定義される。また、数値実体の全ての範囲は、以下に具体的に示されるものに加えて、最大及び最小数値の全ての可能な組み合わせ及びその中の全ての可能な中間範囲を含む。
【0060】
[0079]本明細書中で使用される用語「及び/又は」は、一方又は他方又は両方を有する可能性として定義される。例えば、「A及び/又はB」は、Aのみ、又はBのみ、又はAとBの組み合わせを有するシナリオを提供する。クレームがA及び/又はB及び/又はCを読む場合、組成物は、Aのみ、Bのみ、Cのみ、A及びBを含み、C、B及びCは含まないが、A、A及びCは含まないが、A、A及びC、又はA、B及びCの全てを成分として含むことができる。
【0061】
[0080]対照ポリペプチド配列に関する配列同一性の割合(%)は、配列を整列し、必要に応じてギャップを導入して、配列同一性の最大パーセントを達成し、配列比較コンピュータプログラムALIGN-2を用いて計算したように、配列同一性の一部としていかなる保存的置換も考慮しないようにした後の、対照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の割合である。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムは、Genentech,Inc.によって作成され、ソースコードは、米国著作権局(ワシントンD.C.,20559)のユーザ文書とともに提出され、米国著作権登録番号TXU510087に登録されている。ALIGN-2プログラムは、カリフォルニア州サウスサンフランシスコのGenentech,Inc.から公に入手可能であるか、又はソースコードからコンパイルすることができる。ALIGN-2プログラムは、デジタルUNIX(登録商標) V4.0Dを含むUNIX(登録商標)オペレーティングシステムで使用するためにコンパイルする必要があります。シーケンス比較パラメータは全てALIGN-2プログラムで設定され、変化しません。ALIGN-2がアミノ酸配列比較のために使用される場合、所定のアミノ酸配列Aと所定のアミノ酸配列Bとの、所定のアミノ酸配列Bとの、又は所定のアミノ酸配列Bに対する、所定のアミノ酸配列Aとのアミノ酸配列同一性(又は所定のアミノ酸配列Bとの、又は所定のアミノ酸配列Aを有する所定のアミノ酸配列Aとして表現することもできる)の%アミノ酸配列同一性は、次のように計算される。X/Yの割合。ここでXは、当該プログラムのA及びBの配列アラインメントにおける配列アラインメントプログラムALIGN-2によって同一のアミノ酸残基としてスコア付けされたアミノ酸残基の数であり、Yは、Bのアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Aの長さがアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、AとBのアミノ酸配列同一性の%は、BとAとのアミノ酸配列同一性の%と等しくないことが理解される。他に特に述べられない限り、本明細書で使用されるすべてのアミノ酸配列同一性値は、得られる。ALIGN-2コンピュータプログラムを使用して、直前のパラグラフに記載されているように。
【0062】
[0081]本明細書中に記載されたポリペプチド、I-TevIドメイン、リンカードメイン、又はCasポリペプチドヌクレアーゼのいずれも、本明細書中に提供された配列リストに記載されたいずれかのリストされたポリペプチドと少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の同一性を有し得るか、又は同一であり得る。特定の実施形態では、記載された配列同一性を含むポリペプチドは、本明細書に記載された突然変異のいずれか1つ(例えば、Cas9のD10E突然変異;又はI-TevIの(K26R、T95S、及びQ158R突然変異)(V117F突然変異)(K135R/N140S)、(V117F/K135R/N140S)によって付与された、ポリペプチドの野生型バージョンのヌクレアーゼ活性又は変化したヌクレアーゼ活性のヌクレアーゼ活性を保存することができる。
【0063】
[0082]いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されるポリペプチド及びキメラヌクレアーゼのアミノ酸配列改変体が考えられる。改変体は、典型的には、1つ以上の置換、欠失、付加及び/又は挿入において、本明細書に具体的に開示されているポリペプチドとは異なる。そのような改変体は、天然に存在し得るか、又は、例えば、本明細書に記載のポリペプチド配列の1つ以上を修飾し、本明細書に記載のポリペプチドの1つ以上の生物学的活性を評価し、及び/又は多数の公知の技術のいずれかを使用することによって、合成的に生成し得る。最終構築物が所望の特性、例えば、抗原結合を有するならば、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せを最終構築物に到達させることができる。
【0064】
[0083]本明細書中で使用される場合、用語「相同」、「相同」、又は「相同」は、本明細書中で、参照配列に対するアミノ酸配列又は核酸配列を記載するために使用される場合、Karlin及びAltschul(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2264-2268,1990、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873-5877,1993に修飾された)により記載された式このような式は、Altschulら(J.Mol.Biol.215:403-410,1990)の基本的なローカルアラインメント検索ツール(BLAST)プログラムに組み込まれている。ASTを用いて決定することができる。本明細書中に記載される核酸又はガイドRNAのいずれかは、記載される配列によって付与される適切な結合活性(例えば、遺伝子又はヌクレアーゼに対する)を維持しつつ、記載される配列識別子に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%又は100%の相同性を含むことができる。
【0065】
[0084]本明細書では、物品「a」及び「an」とは、物品の文法的対象の1つ以上(すなわち、少なくとも1つ)を指すために使用される。本明細書中で使用される用語「及び/又は」は、一方又は他方又は両方を有する可能性として定義される。例えば、「A及び/又はB」は、Aのみ、又はBのみ、又はAとBの組み合わせを有するシナリオを提供する。クレームがA及び/又はB及び/又はCを読む場合、組成物は、Aのみ、Bのみ、Cのみ、A及びBを含み、C、B及びCは含まないが、A、A及びCは含まないが、A、A及びC、又はA、B及びCの全てを成分として含むことができる。
【0066】
[0085]用語「投与する」及び「投与する」は、本明細書中では、疾患又は状態を患っている患者への薬物、薬物、又は他の形態の治療剤の分配又は適用を指すために使用される。
【0067】
[0086]本明細書で使用される「緩衝液」は、医薬として許容され、所望のpH範囲内に本発明の組成物を維持することができる任意の酸又は塩の組み合わせである。開示された組成物中の緩衝液は、pHを約2~約8.5、約5.0~約8.0、約6.0~約7.5、約6.5~約7.5、又は約6.5の範囲に維持する。適切な緩衝液には、例えば、酢酸塩、酒石酸塩リン酸塩又はクエン酸塩緩衝液のような、上記のpH範囲を維持することができる任意の医薬上許容される緩衝液が含まれる。1つの実施形態では、緩衝液はリン酸緩衝液である。別の実施形態では、緩衝液は酢酸緩衝液である。1つの実施形態において、緩衝液は、リン酸水素二ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、及びリン酸二塩基カリウムである。
【0068】
[0087]用語「キメラ抗原受容体」は、本明細書中で使用される場合、免疫療法に使用するための人工T細胞受容体(CAR T細胞としても知られる)を産生するように遺伝子操作されたT細胞を指す。
【0069】
[0088]用語「キメラヌクレアーゼ」とは、本明細書中で使用される場合、配列特異性を与えるための1つ以上のDNA結合ドメイン及びDNA切断のための1つ以上のヌクレアーゼドメインを含む、操作されたタンパク質を指す。
【0070】
[0089]用語「切断」又は「切断」又は「切断」又は「切断」は、本明細書中で使用される場合、DNA分子の1つ以上のホスホジエステル結合の分割を指す。2本鎖DNAが単一の標的部位で切断されると、2つのDNA断片が生じ、これは非相同的末端結合又は相同的修復によって修復される。2本鎖DNAが2つの標的部位で切断されると、3つの断片が生じ、これは、中間断片の欠失又は欠失を伴う非相同末端結合又は相同指向性修復によって修復され得る。本出願に関して、2つの標的部位におけるゲノムDNAの「切断」は、予測可能な長さの欠失を生じることができる。
【0071】
[0090]用語「定義された」は、本明細書中でDNAもしくはRNA断片又は標的部位に関して使用される場合、特定のヌクレオチド長又は特定のヌクレオチド配列を有することを意味する。
【0072】
[0091]用語「送達する」又は「送達する」又は「送達」は、本明細書中で使用される場合、インビボ又はエクスビボで細胞のゲノムDNAの遺伝的修飾を行うために標的細胞に遺伝子編集ツール(例えば、ヌクレアーゼ、gRNA及び/又は外因性ドナーDNA)を直接送ることを指す。
【0073】
[0092]用語「遺伝子工学」及び文法的等価物とは、標的細胞又は個体のゲノムへの1つ以上の欠失、挿入、又は置換の導入を指す。
【0074】
[0093]用語「疾患」又は「疾患」とは、本明細書中で使用される場合、ヒト、動物、又は植物の構造又は機能の障害、特に、特異的な徴候又は症状を生じさせ、又は特定の位置に影響を及ぼす障害を指し、単に身体的損傷の直接的な結果ではない。
【0075】
[0094]用語「破壊する」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子の発現又は機能が阻害又は不活性化される任意のプロセスを指す。「破壊的発現」とは、機能的遺伝子産物(しばしばタンパク質)の合成において遺伝情報が使用される過程を改変、阻害又は排除することをいう。
【0076】
[0095]「ドメイン」及び「ドメイン」という用語は、本明細書中で使用される場合、所与のタンパク質配列及び3次構造の保存された部分を指し、タンパク質鎖の残りの部分とは独立に進化し、機能し、存在することができる。各ドメインはコンパクトな3次元構造を形成し、独立して安定で折りたたまれることが多い。多くのタンパク質はいくつかの構造ドメインから構成されている。1つのドメインがいろいろなタンパク質に現れる。分子進化はドメインを構成要素として用い、これらは異なる配置で組換えられ、異なる機能をもつタンパク質をつくり出す。一般に、ドメインの長さは、約50個のアミノ酸から1500個のアミノ酸まで様々である。カルモジュリンのカルシウム結合性EFハンドドメインのように、ドメインはしばしば機能単位を形成する。ドメインは独立に安定であるので、あるタンパク質と別のタンパク質の間で遺伝子工学によって“交換”され、キメラタンパク質をつくることができる。
【0077】
[0096]用語「編集」又は「編集」又は「編集」は、本明細書中で使用される場合、生物のゲノムDNAを変化させるための一連の技術を指す。これらの技術により、ゲノムの特定の場所で遺伝物質を加えたり、除去したり、変化させたりすることができる。
【0078】
[0097]本明細書中で使用される場合、「有効量」とは、所望の応答を引き出すのに十分な量を指す。本発明において、所望の生物学的応答は、T細胞及び多能性幹細胞を含む細胞の遺伝子改変である。
【0079】
[0098]用語「エレクトロポレーション」とは、本明細書中で使用される場合、細胞膜の透過性を増加させるために、細胞に電場を印加し、化学物質、薬物、DNA、又はタンパク質を細胞に導入することを可能にする微生物学的技術を指す。
【0080】
[0099]用語「内在性」とは、本明細書中で使用される場合、生育中又は生体内に由来することを指す。
【0081】
[00100]用語「等モル」とは、本明細書中で使用される場合、同数のモルを指すか、又はそれに関連する。
【0082】
[00101]用語「ex vivo」は、本明細書中で使用される場合、自然条件の最小限の変化で、外部環境中の生物からの組織内又は組織上で行われる実験又は測定を指す。ex vivoとは、被験試料が微生物から抽出されていることを意味する。ex vivo実験は、in vivo実験(無傷の生物)で可能であるよりも、より制御された条件下で生物の細胞又は組織を使用することを可能にする。ex vivo標本の使用の例としては、(1)アッセイ、(2)生体の癌細胞に対して効果的な癌治療剤の発見、(3)生命を維持できない可能性のある様々な環境(例えば、極度の圧力又は温度)における、物理的、熱的、電気的、機械的、光学的、及びその他の組織特性の測定、(4)外科的処置の開発のための現実的なモデル、(5)異なるエネルギータイプと組織との相互作用の研究が挙げられる。本発明において、エクスビボは、編集された細胞又は組織を、それを必要とする被験体に移植又は投与する目的で、細胞又は組織を編集することを含む。
【0083】
[00102]用語「ドナーDNA」又は「外因性ドナーDNA」とは、本明細書中で使用される場合、非相同末端結合、相同指向性修復、微小相同指向性修復、又は上記の任意の組合せなどの任意の方法によってゲノムに挿入されることが意図される本明細書中に記載されるヌクレアーゼと共に細胞に提供されるDNAをいう。ドナーDNAは、オープンリーディングフレーム、エクソン、イントロン、又は生物又は細胞に天然には存在しない発現カセットなどの遺伝的要素を含むヌクレオチド配列を挿入することができ;又は既存の遺伝子を修復又は置き換えることができる。あるいは、ミスセンス、フレームシフト突然変異又は終止コドン突然変異をコドン領域又は調節エレメント(例えば、プロモーター、スプライスドナー/アクセプター)に導入することによって、ドナーDNAを挿入して、内因性遺伝子を破壊することができる。ドナーDNAは、プラスミド、線状の1本鎖もしくは2本鎖DNA、合成の1本鎖もしくは2本鎖DNA、又はウイルスベクターによって、非限定的な例として本明細書に記載の細胞又は生物体に供給することができる。ドナーDNAは、本明細書中に記載されるキメラヌクレアーゼ及びガイドRNAをコードする核酸及び/又は送達ベクターから区別される。
【0084】
[00103]「発現カセット」という用語は、本明細書中で使用される場合、トランスフェクトされた細胞によって発現される調節配列に機能し得るように連結された遺伝子からなるベクターDNAの別個の成分を指す。トランスフェクションが成功するたびに、発現カセットが細胞の装置にRNAとタンパク質を合成させる。いくつかの発現カセットは、タンパク質をコードする配列をモジュールクローニングするように設計されており、同じカセットを容易に改変して異なるタンパク質を作ることができる。発現カセットは、1つ以上の遺伝子とそれらの発現を制御する配列から構成される。発現カセットは、プロモーター配列、オープンリーディングフレーム、及び真核生物では通常ポリアデニル化部位を含む3’非翻訳領域の3つの構成要素からなる。正しい調節配列が用いられる限り、異なる発現カセットを、細菌、酵母、植物、及び哺乳動物細胞を含む異なる生物にトランスフェクトすることができる。
【0085】
[00104]用語「断片」もしくは「断片」又は「それらの断片」は、本明細書中で使用される場合、より大きな実体から破壊された小さな部分を指す。Casヌクレアーゼ又はI-TevIヌクレアーゼのようなヌクレアーゼに言及するときに本明細書中に記載される断片は、N末端、C末端からのアミノ酸残基欠失、又はヌクレアーゼの酵素活性を維持する規定された内部欠失を含む。欠失は、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10個以上のアミノ酸欠失を、本明細書中に記載されたポリペプチドのN末端、C末端、又は内部配列から含み得る。
【0086】
[00105]用語「機能性遺伝子」とは、本明細書中で使用される場合、1つのポリペプチド鎖又は他の遺伝子産物をコードするDNAの一部を指す。したがって、「1つの遺伝子/1つの酵素」仮説は「1つのシストロン(遺伝子)/1つのポリペプチド」仮説又は「1つの遺伝子/1つの機能的産物」仮説となる。
【0087】
[00106] [0062]用語「ゲノムDNA」又は「gDNA」は、本明細書中で使用される場合、生物の染色体DNAを指し、その遺伝物質の大部分を表す。細菌のプラスミドDNA、相補的DNA、ミトコンドリアDNAとは異なる。
【0088】
[00107]用語「免疫寛容性」は、所与の生物において免疫応答を誘導する能力を有する物質又は組織に対する免疫系の不応答状態を意味する。
【0089】
[00108]用語「含む」は、本明細書中で使用される場合、「含むがこれに限定されない」を意味するために使用される。「含む」及び「含むがこれに限定されない」は、互換的に使用される。
【0090】
[00109]用語「独立部位」とは、本明細書中で使用される場合、DNA分子又はタンパク質/ペプチドのような、互いに、又は互いに連結されているが、同一の配列ではなく、分離していると考えられる標的上の、又は標的中の領域を指す。
【0091】
[00110]用語「誘導多能性幹細胞」は、本明細書中で使用される場合、体細胞から直接生成され得る多能性幹細胞の1種を指す。
【0092】
[00111]用語「阻害する」又は「阻害する」又は「阻害する」又は「阻害する」又は「阻害する」又は「阻害する」又は「阻害する」という用語は、本明細書中で、かつクレームされた発明に特に使用される場合、酵素又は他の剤の機能を遅延させる又は阻害する能力又は活性を低下させる能力を指す。
【0093】
[00112]用語「挿入」は、本明細書中で使用される場合、遺伝子全体又はDNA分子の規定された長さの細胞への付加、又はヌクレオチドのサブセットの遺伝子への付加及び/又は置換を意味するために使用される。
【0094】
[00113]用語「リンカー」は、本明細書中で使用される場合、RNA誘導性ヌクレアーゼドメイン(Cas9)が標的DNA配列に結合する状況を指し、アミノ酸リンカードメインは、I-TevIドメインの移動性を保証し、細胞生理学的条件下でその標的配列の認識、結合及び切断を可能にする(典型的には、pH=7.2、温度=約37℃、[K]=140mM、[Na]=約5~15mM、[Cl]=約4mM、[Ca++]=0.0001mM)。アミノ酸リンカーの長さは、Cas9標的部位とITevI標的部位との間でどれだけのヌクレオチドが好ましいかに影響する。リンカー中の特定のアミノ酸はまた、TevCas9によって標的化されたDNA配列と特異的に接触し得る。これらのリンカー-DNA接触はITevIドメインの柔軟性に影響を与える。リンカードメイン中のアミノ酸の置換は、リンカードメインがDNAと接触する能力に影響し得る。
【0095】
[00114]用語「改変する」又は「改変する」又は「改変する」又は「改変する」とは、本明細書中で使用される場合、生物のDNA内の所望の遺伝子からのヌクレオチドの改変を通して、植物、動物又は微生物の特徴を改変する技術を指す。改変には、遺伝子全体、及び/又はその断片を含むヌクレオチドの除去及び/又は付加が含まれ得る。用語は、免疫寛容のために細胞を操作することにより免疫細胞(例えばT細胞)又は誘導多能性幹細胞(iPSC)のDNAを変化させること、及び/又はキメラ抗原受容体(例えばCAR)のような外因性遺伝子を発現させることにより、これらの細胞型に限定されるわけではないが、新しい機能を与えるために、基本的又は基本的な変化を行うことを指す。本出願に関しては、それは一般に、細胞中のDNA中のヌクレオチドの付加又は欠失を指す。特に、これは、I-TevIドメインの合成されたバージョン、リンカーペプチド、及び既知の細胞療法における免疫原性を促進するために遺伝子を標的化するように設計されたRNA誘導ヌクレアーゼの改変されたバージョンを指す。
【0096】
[00115]用語「非相同末端結合」は、本明細書中で使用される場合、DNAにおける2本鎖切断を修復する経路を指す。NHEJは、「非相同性」と呼ばれるが、これは、相同性指向性修復が修復を導くために相同配列を必要とするのとは対照的に、切断末端が相同性鋳型を必要とせずに直接連結されるからである。
【0097】
[00116]用語「ヌクレアーゼ」は、本明細書中で使用される場合、核酸のヌクレオチド間のホスホジエステル結合を切断する酵素を指す。
【0098】
[00117]用語「ヌクレアーゼドメイン」とは、本明細書中で使用される場合、DNA鎖の物理的切断に責任があり、1本鎖又は2本鎖切断のいずれかを導入し得る標的上の領域を指す。例えば、いくつかの実施形態において、ヌクレアーゼドメインは、野生型I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~92、又は改変されたアミノ酸配列及び/又は結合もしくはヌクレアーゼ特性を有するその改変体を指すことができる。
【0099】
[00118]用語「フレーム外突然変異」又は「フレームシフト突然変異」は、本明細書中で使用される場合、完全に機能しないタンパク質又はタンパク質を全く生成しないタンパク質の生成を生じるタンパク質の生成を著しく妨害する1以上のヌクレオチドの除去又は付加を指す。
【0100】
[00119]用語「患者」、「被験体」又は本方法により治療される「宿主」は、ヒト又は非ヒト動物のいずれかを意味し得る。ヒト以外の動物には、コンパニオンアニマル(例えば、ネコ、イヌ)及び消費のために飼育されたウシ、ブタ、ニワトリなどの動物(すなわち、食用アニマル)が含まれる。
【0101】
[00120]用語「薬学的に許容される製剤」は、当技術分野において認識されており、任意の対象組成物又はその成分を、身体の1つの器官又は一部から、別の器官又は身体の一部へ運搬又は輸送することに関与する、液体又は固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒又はカプセル化材料のような薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクルを指す。各担体は、本組成物及びその成分と適合性であり、かつ患者を傷害しないという意味で「許容可能」でなければならない。医薬品として使用される可能性のある物質の例 製薬上許容される担体には、(1)糖、例えばデキストロース、ラクトース、グルコース及びスクロース;(2)デンプン、例えばトウモロコシデンプン及びジャガイモデンプン;(3)セルロース、及びその誘導体、例えば微結晶セルロース、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルが含まれる。セルロース(HPMC)及びセルロースアセテート;(4)プロピレングリコールのようなグリコール;(5)グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールのようなポリオール;(6)エチルオレエート、グリセリルベヘン酸及びラウリン酸エチルのようなエステル;(7)1塩基性及び2塩基性リン酸塩、トリス/ホウ酸塩/EDTA及びトリス/酢酸塩/EDTAのような緩衝剤;(9)等張食塩水;(10)リンゲル液;(11)エチルアルコール;(12)リン酸塩緩衝液;(13)ポリソルベート;(14)ポリリン酸塩;及び(15)医薬製剤に用いられるその他の非毒性適合性物質。開示された賦形剤は、複数の機能を果たすことができる。例えば、可溶化剤は、懸濁助剤、乳化剤、保存剤などでもよい。
【0102】
[00121]用語「多能性幹細胞」とは、本明細書中で使用される場合、自己再生を行い、身体の組織のいずれかの細胞を生じさせる能力を有するタイプの細胞を指す。
【0103】
[00122]本明細書に記載されるT細胞は、適応細胞性免疫応答に関与する免疫細胞の1種である。T細胞は細胞表面分子CD3の発現によって同定される。T細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)を発現する場合、治療細胞として利用され得る。
【0104】
[00123]本明細書に記載されるNK細胞は、免疫応答に関与する免疫細胞の1種である。NK細胞は細胞表面分子CD56の発現によって同定される。NK細胞は、キメラ抗原受容体(CAR)を発現する場合、治療細胞として利用され得る。
【0105】
[00124]本明細書に記載される造血幹細胞(HSC)は、白血球、赤血球、及び血小板を含む全てのタイプの血液細胞に発達することができる未成熟細胞である。造血幹細胞は末梢血及び骨髄中に認められる。血液幹細胞とも呼ばれます。造血幹細胞は細胞表面分子CD34の発現によって同定される。
【0106】
[00125]本明細書に記載される間葉系幹細胞は、骨芽細胞(骨細胞)、軟骨細胞(軟骨細胞)、筋細胞(筋細胞)及び脂肪細胞(脂肪細胞)を含む種々の細胞型に分化することができる多能性間質細胞である。
【0107】
[00126]用語「ポリペプチド」とは、本明細書中で使用される場合、タンパク質分子の一部(又は全体)を形成する多数のアミノ酸残基が鎖状に互いに結合した直鎖状有機ポリマーを指す。
【0108】
[00127]本明細書中でタンパク質の生成又は機能に関して使用される「適切」という用語は、実質的にその生物学的効果又は活性を保持する、又は本明細書中に記載されるその意図される用途に適したタンパク質の実質的に正常な又は天然の形態の生成を指す。
【0109】
[00128]「RNAガイド」又は「ガイドRNA」という用語は、本明細書中で使用される場合、CRISPR及びCas9を含む原核生物のDNA編集を指す。この原核生物のDNA編集システムでは、RNAガイド下のヌクレアーゼがCRISPR-Cas9システムに標的配列特異性を付与する。これらのgRNAは、相補的な標的DNA配列に結合する非コード短いRNA配列である。
【0110】
[00129]用語「選択DNA」は、本明細書中で使用される場合、より多数のDNA配列から選択又は単離されることを意味する。
【0111】
[00130]用語「適切」は、本明細書中で使用される場合、用途又は目的に十分適合することを指す。
【0112】
[00131]用語「標的部位」又は「標的部位」とは、本明細書中で使用される場合、特に、本発明に関して、ヌクレアーゼで標的化されたときにヌクレアーゼによって結合及び/又は切断される遺伝子中の位置を指す。標的部位は、I-TevI又はCRISPR/Casヌクレアーゼの切断部位、又はI-TevIヌクレアーゼ又はCRISPR/CasガイドRNAのDNA結合部位などの多数のヌクレオチドを含むことができる。標的部位は、種々の細胞型及び生物のいずれの遺伝子又は遺伝子間領域にあってもよい。
【0113】
[00132]用語「標的」又は「標的」又は「標的化」又は「標的化」は、本明細書中で使用される場合、本出願の発明に関して、例えば、選択された又は操作されたDNA結合ドメイン又はガイドRNAを用いて、ヌクレアーゼを特定の選択されたDNA配列に向けるか又は向けることを意味する。
【0114】
[00133]用語「ウイルスベクター」は、本明細書中で使用される場合、遺伝物質を細胞内に送達するために一般的に使用されるツールを指す。このプロセスは、生体内(in vivo)又は細胞培養(in vitro)で行うことができる。ウイルスベクターの例としては、AAVベクター、レンチウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターが挙げられる。
【0115】
[00134]用語「同時に」とは、本明細書中で使用される場合、複数のgRNAと同時に又は実質的に同時にCRISPR/Cas9複合体を投与することを指す。特定の手順は、連続的に発生するが、小さな間隔で離間されるステップで実行することができることが理解されるであろう。例えば、細胞のエレクトロポレーションに続くドナーDNAの約1時間以内の投与。
【0116】
[00135]用語「置換」とは、本明細書中で使用される場合、配列中のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを指す。本明細書中で使用される場合、略称X10Yは、アミノ酸Yが、配列の10番目の位置に見られるアミノ酸Xに対して「置換」されていることを示す。1例として、W26Cは、アミノ酸トリプトファン-26(Trp、W)がシステイン(Cys)に変化したことを示す。同様に、AAXという記号は、AAがXの位置にあるアミノ酸を置換したアミノ酸であることを示している。1例として、Lys26は、配列中の26番目の位置のアミノ酸がリジンで置換されていることを示す。どちらの略語の使用も互換性がある。さらに、アミノ酸の1つ又は3つの略号を使用することも互換性がある。
【0117】
[00136]用語「治療する」は、本明細書中で使用される場合、状態、疾患、障害などの改善をもたらす任意の効果、例えば、軽減、減少、調節、又は除去を含む。本明細書で使用する「治療」は、予防的及び治療的処置の両方を含むことができる。例えば、治療的処置は、嚢胞性線維症又は非小細胞肺癌の進行を遅延又は予防すること、嚢胞性線維症又は非小細胞肺癌に関連する症状の軽減又は除去を含むことができる。予防的治療には、嚢胞性線維症又は非小細胞肺癌の発症の予防、抑制又は遅延が含まれ得る。
略語
[0096]ここで使用される略語は、以下のように定義される:
AA: アミノ酸
AAVS1: アデノ随伴ウイルス組込み部位1
B2M: β2ミクログロブリン
CAR: キメラ抗原受容体
Cas9: CRISPR関連蛋白質9
Cpf1: Prevotella及びFrancisella 1由来のCRISPR: クラスター化された調節性間隔をおいた短い回帰性反復
CFTR: 嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節遺伝子
DNA: デオキシリボ核酸
E.Coli: 大腸菌
EDTA: エチレンジアミン四酢酸
EGFR: 上皮成長因子受容体
HDR: 相同性指向性修復
HLA-A: 組織適合性抗原、Aα鎖
iPSC: 人工多能性幹細胞
NHEJ: 非相同的末端結合
NLS: 核局在化シグナル
PCR: ポリメラーゼ連鎖反応
RNA リボ核酸
saCas9 黄色ブドウ球菌Cas9
scCas9 Streptococcus canis Cas9
spCas9 化膿レンサ球菌Cas9
TALEN: 転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ
TCR: T細胞受容体
TevCas9: 修飾I-TevIドメイン、リンカーペプチド、及び修飾RNA誘導ヌクレアーゼ 黄色ブドウ球菌Cas9
TRAC1: T細胞受容体α鎖定常
TRBC1: T細胞受容体β定常1
ZFN: ジンクフィンガーヌクレアーゼ
実施例
[00137]以下の例示的な実施例は、本明細書に記載される組成物及び方法の実施形態の代表であり、いかなる意味においても限定的であることを意味しない。
実施例1 - TevSaCas9は標的部位を切断する
[00138]図2Aは、配列番号17のガイドRNAを用いてB2M遺伝子を標的とするTevSaCas9が、インビトロでB2M DNA基質を切断することを示す。開裂反応の生成物をアガロースゲル上に経時的に可視化する。図2Bは、切断可能なGFPタグに融合されたTevSaCas9のプラスミドDNAバージョンをトランスフェクトした哺乳動物細胞を、48時間処理後にCytation5(Biotek Instruments Inc.、VT、USA)上で位相コントラスト及びGFPイメージングを用いてイメージングする。図2Cは、PCR増幅及び回収された細胞から抽出されたゲノムDNAのT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出されるように、プラスミドDNAがコードするTevSaCas9によってB2M遺伝子で編集することを示している。図2Dは、配列番号29の精製TevSaCas9タンパク質、又は配列番号17のB2Mを標的とするガイドRNAと複合体を形成し、哺乳動物細胞にトランスフェクトしたV117F/K135R/N140S突然変異を含む配列番号32のTevSaCas9タンパク質を用いて、B2M遺伝子を編集することを示す。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、B2M遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0118】
[00139]図3Aは、配列番号22のガイドを用いて、AAVS1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム中のAAVS1標的部位を(標的上に)切断するが、標的外の配列は切断しないことを示す。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、AAVS1遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。また、in silicoで予測される上位5つのオフ標的部位での編集は、T7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによっても測定されたが、オフ標的は検出されなかった。図3Bは、AAVS1のオンターゲット部位とオフターゲット部位の配列を示す。灰色のハイライトされた配列はガイドRNAの標的部位を示している。小文字のヌクレオチドは、オンの標的に対するミスマッチ位置を示す。下線を引いた配列は、推定上のI-TevI結合及び切断部位を示す。図3Cは、哺乳動物細胞における配列番号37のTev[VKN]-SaCas9[D10E]及び配列番号33のTev[KTQ]-SaCas9[野生型]のAAVS1遺伝子における活性を示す。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、AAVS1遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0119】
[00140]図6は、配列番号20のガイドを使用してTRBC1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム中のTRBC1標的部位を切断することを示す。回収された細胞からゲノムDNAを抽出し、TRBC1遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
実施例2 - TevSaCas9はドナーDNAを特定のゲノム部位に挿入する
[00141]図4Aは、TevSaCas9切断(黒色)及びドナーオリゴヌクレオチド修復テンプレート(灰色)の切断部位への挿入後のB2M遺伝子の標的部位を示す図であり、オリゴヌクレオチド修復が起こることを示す。図4Bは、ドナーオリゴヌクレオチド修復鋳型の挿入を示す。TevSaCas9をトランスフェクトした細胞のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)及び制限酵素消化(「RE」)の結果。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、B2M遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。オリゴヌクレオチド修復鋳型の挿入は制限酵素消化によって測定される。
【0120】
[00142]図5A及び5Bは、TevSaCas9による切断後のゲノム(黒)内のAAVS1安全なハーバー部位を示す図である。灰色で示すのは、TevSaCas9切断部位に適合する末端を有する約1.2キロベースの緑色蛍光タンパク質(GFP)レポーター構築物である。GFP蛍光は、レポータープラスTevSaCas9細胞で観察されたが、レポーターのみの細胞では観察されなかった。図5Bは、HEK293細胞におけるAAVS1部位におけるGFPレポーターの挿入及び発現を示す。レポーター構築物の有無でTevSaCas9で処理した細胞を、同時トランスフェクションの48時間後に画像化した。GFP陽性細胞の存在は、GFPレポーターの発現を示す。
【0121】
[00143]図7Aは、単一のLoxP部位を含む2本鎖DNAオリゴヌクレオチド修復鋳型の配列の図である。小文字はBglII制限酵素部位を示し、下線は単一のLoxP部位を示す。図7Bは、単一のLoxP部位を含む2本鎖DNAオリゴヌクレオチドのAAVS1標的部位への挿入を示す。TevSaCas9標的をAAVS1にトランスフェクトした細胞のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)及び制限酵素消化(「RE」)の結果を示し、BglII及びLoxP部位を有する修復鋳型(RT)の有無を問わない。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、AAVS1遺伝子での編集をPCR増幅及びT7E1アッセイによって検出する。オリゴヌクレオチド修復鋳型の挿入はRE消化によって測定される。RTを含むTevSaCas9で処理した細胞は、予想されるサイズのRE消化産物を示し、RTがAAVS1標的部位に挿入されていることを示す。
【0122】
[00144]図8Aは、エレクトロポレーションされたリボ核タンパク質TevSaCas9が哺乳動物細胞中のB2M標的部位を編集することを示す。HEK293細胞を、Neon(登録商標) Transfection System(Thermo Fisher Scientific(登録商標)、マサチューセッツ州Waltham、米国)上で、各々20ミリ秒の2パルスを有する1150ボルトを用いて、B2Mを標的とする1.5μMのTevSaCas9リボ核タンパク質複合体でエレクトロポレーションした。TevSaCas9処理細胞又は模擬エレクトロポレーション細胞に対するT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)の結果を示す。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、B2M遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。図8Bは、電気穿孔したTevSaCas9リボ核タンパク質複合体を用いて、ドナーDNAをB2M標的部位に組み込むことができることを示す。緑色蛍光蛋白質(GFP)レポーターを含有する2μgの線形化ドナーDNA(RT)を除いて、HEK293細胞を(A)のようにエレクトロポレーションした。次いで、蛍光活性化細胞選別を用いてGFP陽性細胞を単一細胞に選別し、細胞のクローン集団を拡大した。GFPレポーターの存在は、ゲノムDNAの試料を抽出し、B2M遺伝子座を増幅することによってクローン中で検出された。ドナーDNA構築物のサイズに対応するアガロースゲル上のバンド(*で示される)がクローン2において観察され、これは、レポーターのB2M標的部位への組み込みが成功していることを示す。図8Cは、誘導されたドナーDNAが、多能性幹細胞(iPSC)中のB2M標的部位に組み込まれ得ることを示す。iPSCは、mCherry蛍光レポーターを含む2μgの線形化ドナーDNA(「RT」)と共に、及び、伴わずに、B2Mに標的化された7.5μgのTevSaCas9リボ核タンパク質複合体でエレクトロポレーションされた。細胞のみで模擬エレクトロポレーションを行った。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、PCRによりB2M遺伝子座を増幅した。アガロースゲル上のバンド(*で示される)は、供与DNAがB2M遺伝子座に挿入されていることを示すRTの存在下でのみ観察される。
実施例3 - 異なる核局在化シグナル(NLS)を有するTevSaCas9は標的部位を切断する
[00145]図10は、異なる核局在化シグナル(NLS)を有するHEK293細胞における配列番号32のTevSaCas9によるB2M遺伝子の切断を示す。B2M遺伝子を標的としたTevSaCas9のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)の結果として、ヒトインフルエンザ血球凝集素(HA)配列(「ヌクレオプラズミン」)によって分離された配列56の2つのC末端ヌクレオプラズミンNLS、HA配列によって分離された配列55の2つのSV40NLS(「バイパーティトSV40」)、又は2つのSV40NLS(「タンデムSV40」)によるTevSaCas9の結果を示す。また、リポフェクション試薬(「Mock」)で処理した細胞も示す。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、B2M遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
実施例4 - I-TevIのCas12aへの融合による2本鎖DNA切断
[00146]図9A及び9Bは、配列番号47のCas12aへのI-TevIの融合が、2本鎖DNA基質を切断するためにガイドRNAによって活性化されることを示す。配列番号50のガイドRNAを用いてAAVS1遺伝子を標的とした精製Cas12a及びTevCas12は、in vitroでAAVS1のDNA基質を切断する。「C」と表示されたレーンは、タンパク質のみを示していた。開裂反応の生成物をアガロースゲル上に経時的に可視化する。Cas12aの切断によって生じる2本のバンドは、単一の切断を示している。予想外に、いくつかの切断産物がTevCas12aで観察され、ガイドRNAの存在下では、TevCas12aが2本鎖DNAを非特異的に切断することを示す。図9Bは、TevCas12aが細胞内のAAVS1標的部位を切断することを示す。HEK293細胞を、AAVS1を標的としたCas12a及びTevCas12aでリポフェクトした。回収した細胞からゲノムDNAを抽出し、AAVS1遺伝子での編集をPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出した。Cas12a及びTevCas12a試料中の有意に多くの産物の存在は、TevCas12aが細胞中のAAVS1遺伝子を切断することを示している。
【0123】
[00147]本発明の好ましい実施形態をここに公開/説明したが、当然ながら、当業者はこれらの実施形態は例示に過ぎないと考えている。当業者は本発明を逸脱しない範囲で、数々の変化、変更、置き換えを実施する。本願で説明した本発明の実施形態の様々な代替物を採用して本発明を実施することができることは明らかである。
【0124】
[00148]本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、発行された特許、及び他の文書は、あたかも各個別の刊行物、特許出願、発行された特許、又は他の文書が、その全体が参照により援用されることを具体的かつ個別に示しているかのように、参照により本明細書に援用される。参照により本文に組み込まれる定義は、それらが本開示の定義に矛盾する場合には除外される。
【0125】
[0097]本発明の特定の実施形態について議論したが、上記の明細書は例示的なものであり、限定的なものではない。本発明の多くの変形例は、本明細書をレビューすることにより当業者に明らかになる。発明の全範囲は、特許請求の範囲、それらの均等物の全範囲、及び明細書、ならびにそのような変更を参照することによって決定されるべきである。
【0126】
[0098]別段の指示がない限り、本明細書及び特許請求の範囲で使用される成分の量、反応条件などを表す全ての数字は、全ての場合において、「約」という用語によって修正されていると理解されるべきである。従って、本明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメータは、別段の指示がない限り、本発明によって得られようとする所望の特性に応じて変化し得る近似値である。
【0127】
[0099]上記の説明は、本発明の原理及び種々の実施形態を例示することを意味する。上述の開示が完全に理解されれば、当業者には多数のバリエーション、組み合わせ及び修正が明らかになるであろう。以下の特許請求の範囲は、そのようなバリエーション及び修正の全てを包含するように解釈されることが意図されている。
配列
配列番号1
ATTCCTGAAGCTGACAGCATTCGGGCCGAGATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGTAAGCAGCATCATGGAGGTTTGAAGATGCCGCATTTGGATTGGATGAATTCCAAATTCTGCTTGCTTGCTTTTTAATATTGATATGCTTATACACTTACACTTTATGCACAAAATGTAGGGTTATAATAATGTTAACATGGACATGATCTTCTTTATAATTCTACTTTGAGTGCTGTCTCCATGTTTGATGTATCTGAGCAGGTTGCTCCACAGGTAGCTCTAGGAGGGCTGGCAACTTAGAGGTGGGGAGCAGAGAATTCTCTTATCCAACATCAACATCTTGGTCAGATTTGAACTCTTCAATCTCTTGCACTCAAAGCTTGTTAAGATAGTTAAGCGTGCATAAGTTAACTTCCAATTTACATACTCTGCTTAGAATTTGGGGGAAAATTTAGAAATATAATTGACAGGATTATTGGAAATTTGTTATAATGAATGAAACATTTTGTCATATAAGATTCATATTTACTTCTTATACATTTGATAAAGTAAGGCATGGTTGTGGTTAATCTGGTTTATTTTTGTTCCACAAGTTAAATAAATCATAAAACTTGATGTGTTATCTCTTATATCTCACTCCCACTATTACCCCTTTATTTTCAAACAGGGAAACAGTCTTCAAGTTCCACTTGGTAAAAAATGTGAACCCCTTGTATATAGAGTTTGGCTCACAGTGTAAAGGGCCTCAGTGATTCACATTTTCCAGATTAGGAATCTGATGCTCAAAGAAGTTAAATGGCATAGTTGGGGTGACACAGCTGTCTAGTGGGAGGCCAGCCTTCTATATTTTAGCCAGCGTTCTTTCCTGCGGGCCAGGTCATGAGGAGTATGCAGACTCTAAGAGGGAGCAAAAGTATCTGAAGGATTTAATATTTTAGCAAGGAATAGATATACAATCATCCCTTGGTCTCCCTGGGGGATTGGTTTCAGGACCCCTTCTTGGACACCAAATCTATGGATATTTAAGTCCCTTCTATAAAATGGTATAGTATTTGCATATAACCTATCCACATCCTCCTGTATACTTTAAATCATTTCTAGATTACTTGTAATACCTAATACAATGTAAATGCTATGCAAATAGTTGTTATTGTTTAAGGAATAATGACAAGAAAAAAAAGTCTGTACATGCTCAGTAAAGACACAACCATCCCTTTTTTTCCCCAGTGTTTTTGATCCATGGTTTGCTGAATCCACAGATGTGGAGCCCCTGGATACGGAAGGCCCGCTGTACTTTGAATGACAAATAACAGATTTAAAATTTTCAAGGCATAGTTTTATACCTGA
長さ: 1675
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: β-2-ミクログロブリン(B2M)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す
配列番号2
ATTCCTGAAGCTGACAGCATTCGGGCCGAGATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGTAAGCAGCATCATGGAGGTTTGAAGATGCCGCATTTGGATTGGATGAATTCCAAATTCTGCTTGCTTGCTTTTTAATATTGATATGCTTATACACTTACACTTTATGCACAAAATGTAGGGTTATAATAATGTTAACATGGACATGATCTTCTTTATAATTCTACTTTGAGTGCTGTCTCCATGTTTGATGTATCTGAGCAGGTTGCTCCACAGGTAGCTCTAGGAGGGCTGGCAACTTAGAGGTGGGGAGCAGAGAATTCTCTTATCCAACATCAACATCTTGGTCAGATTTGAACTCTTCAATCTCTTGCACTCAAAGCTTGTTAAGATAGTTAAGCGTGCATAAGTTAACTTCCAATTTACATACTCTGCTTAGAATTTGGGGGAAAATTTAGAAATATAATTGACAGGATTATTGGAAATTTGTTATAATGAATGAAACATTTTGTCATATAAGATTCATATTTACTTCTTATACATTTGATAAAGTAAGGCATGGTTGTGGTTAATCTGGTTTATTTTTGTTCCACAAGTTAAATAAATCATAAAACTTGATGTGTTATCTCTTATATCTCACTCCCACTATTACCCCTTTATTTTCAAACAGGGAAACAGTCTTCAAGTTCCACTTGGTAAAAAATGTGAACCCCTTGTATATAGAGTTTGGCTCACAGTGTAAAGGGCCTCAGTGATTCACATTTTCCAGATTAGGAATCTGATGCTCAAAGAAGTTAAATGGCATAGTTGGGGTGACACAGCTGTCTAGTGGGAGGCCAGCCTTCTATATTTTAGCCAGCGTTCTTTCCTGCGGGCCAGGTCATGAGGAGTATGCAGACTCTAAGAGGGAGCAAAAGTATCTGAAGGATTTAATATTTTAGCAAGGAATAGATATACAATCATCCCTTGGTCTCCCTGGGGGATTGGTTTCAGGACCCCTTCTTGGACACCAAATCTATGGATATTTAAGTCCCTTCTATAAAATGGTATAGTATTTGCATATAACCTATCCACATCCTCCTGTATACTTTAAATCATTTCTAGATTACTTGTAATACCTAATACAATGTAAATGCTATGCAAATAGTTGTTATTGTTTAAGGAATAATGACAAGAAAAAAAAGTCTGTACATGCTCAGTAAAGACACAACCATCCCTTTTTTTCCCCAGTGTTTTTGATCCATGGTTTGCTGAATCCACAGATGTGGAGCCCCTGGATACGGAAGGCCCGCTGTACTTTGAATGACAAATAACAGATTTAAAATTTTCAAGGCATAGTTTTATACCTGA
長さ: 1675
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: β-2-ミクログロブリン(B2M)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す。
配列番号3
TTTTGAAACCCTTCAAAGGCAGAGACTTGTCCAGCCTAACCTGCCTGCTGCTCCTAGCTCCTGAGGCTCAGGGCCCTTGGCTTCTGTCCGCTCTGCTCAGGGCCCTCCAGCGTGGCCACTGCTCAGCCATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACCCTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGGCAGCCACGTCTCTGTCTCTGAAGGAGCCCTGGTTCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCGTCTGTTCCACCATATCTCTTCTGGTATGTGCAATACCCCAACCAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGTACACATCAGCGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAGAGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGACGCGGCTGAGTACTTCTGTGCTGTGAGTGATCTCGAACCGAACAGCAGTGCTTCCAAGATAATCTTTGGATCAGGGACCAGACTCAGCATCCGGCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGAGATCTGCAAGATTGTAAGACAGCCTGTGCTCCCTCGCTCCTTCCTCTGCATTGCCCCTCTTCTCCCTCTCCAAACAGAGGGAACTCTCCTACCCCCAAGGAGGTGAAAGCTGCTACCACCTCTGTGCCCCCCCGGTAATGCCACCAACTGGATCCTACCCGAATTTATGATTAAGATTGCTGAAGAGCTGCCAAACACTGCTGCCACCCCCTCTGTTCCCTTATTGCTGCTTGTCACTGCCTGACATTCACGGCAGAGGCAAGGCTGCTGCAGCCTCCCCTGGCTGTGCACATTCCCTCCTGCTCCCCAGAGACTGCCTCCGCCATCCCACAGATGATGGATCTTCAGTGGGTTCTCTTGGGCTCTAGGTCCTGGAGAATGTTGTGAGGGGTTTATTTTTTTTTAATAGTGTTCATAAAGAAATACATAGTATTCTTCTTCTCAAGACGTGGGGGGAAATTATCTCATTATCGAGGCCCTGCTATGCTGTGTGTCTGGGCGTGTTGTATGTCCTGCTGCCGATGCCTTCATTAAAATGATTTGGAA
長さ: 1508
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: T細胞受容体α定常(TRAC)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す。
配列番号4
GGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTATCCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAGTGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCCCTTTATCTTTGCGCCAGCAGCCGGACAGGGGGCGTAAAGAATTCACCCCTCCACTTTGGGAACGGGACCAGGCTCACTGTGACAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGAAGGCAGCCCTGGAAGTGGAGTTAGGAGCTTCTAACCCGTCATGGTTTCAATACACATTCTTCTTTTGCCAGCGCTTCTGAAGAGCTGCTCTCACCTCTCTGCATCCCAATAGATATCCCCCTATGTGCATGCACACCTGCACACTCACGGCTGAAATCTCCCTAACCCAGGGGGACCTTAGCATGCCTAAGTGACTAAACCAATAAAAATGTTCTGGTCTGGCCTGAAAAAAAAAAAAAAAA
長さ: 1221
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: T細胞受容体β定常(TRBC)コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
配列番号5
GATGGCCGTCATGGCGCCCCGAACCCTCCTCCTGCTACTCTCGGGGGCCCTGGCCCTGACCCAGACCTGGGCGGGCTCCCACTCCATGAGGTATTTCTTCACATCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCGCCGTGGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCGGTTCGACAGCGACGCCGCGAGCCAGAAGATGGAGCCGCGGGCGCCGTGGATAGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGACCAGGAGACACGGAATATGAAGGCCCACTCACAGACTGACCGAGCGAACCTGGGGACCCTGCGCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGACGGTTCTCACACCATCCAGATAATGTATGGCTGCGACGTGGGGCCGGACGGGCGCTTCCTCCGCGGGTACCGGCAGGACGCCTACGACGGCAAGGATTACATCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCTTGGACCGCGGCGGACATGGCAGCTCAGATCACCAAGCGCAAGTGGGAGGCGGTCCATGCGGCGGAGCAGCGGAGAGTCTACCTGGAGGGCCGGTGCGTGGACGGGCTCCGCAGATACCTGGAGAACGGGAAGGAGACGCTGCAGCGCACGGACCCCCCCAAGACACATATGACCCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCGGGATGGGGAGGACCAGACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCGGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACCTGCCATGTGCAGCATGAGGGTCTGCCCAAGCCCCTCACCCTGAGATGGGAGCTGTCTTCCCAGCCCACCATCCCCATCGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGAGCTGTGATCACTGGAGCTGTGGTCGCTGCCGTGATGTGGAGGAGGAAGAGCTCAGATAGAAAAGGAGGGAGTTACACTCAGGCTGCAAGCAGTGACAGTGCCCAGGGCTCTGATGTGTCTCTCACAGCTTGTAAAGTGTGAGACAGCTGCCTTGTGTGGGACTGAGAGGCAAGAGTTGTTCCTGCCCTTCCCTTTGTGACTTGAAGAACCCTGACTTTGTTTCTGCAAAGGCACCTGCATGTGTCTGTGTTCGTGTAGGCATAATGTGAGGAGGTGGGGAGAGCACCCCACCCCCATGTCCACCATGACCCTCTTCCCACGCTGACCTGTGCTCCCTCTCCAATCATCTTTCCTGTTCCAGAGAGGTGGGGCTGAGGTGTCTCCATCTCTGTCTCAACTTCATGGTGCACTGAGCTGTAACTTCTTCCTTCCCTATTAAAATTAGAACCTGAGTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
長さ: 1434
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: 主要組織適合性複合体、クラスI、A(HLA-A)コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
配列番号6
GTCAGCGCCCCCCGCCCGGCGTCTCCCGGGGCCAGGTCCACCCTCTGCTGCGCCACCTGGGGCATCCTCCTTCCCCGTTGCCAGTCTCGATCCGCCCCGTCGTTCCTGGCCCTGGGCTTTGCCACCCTATGCTGACACCCCGTCCCAGTCCCCCTTACCATTCCCCTTCGACCACCCCACTTCCGAATTGGAGCCGCTTCAACTGGCCCTGGGCTTAGCCACTCTGTGCTGACCACTCTGCCCCAGGCCTCCTTACCATTCCCCTTCGACCTACTCTCTTCCGCATTGGAGTCGCTTTAACTGGCCCTGGCTTTGGCAGCCTGTGCTGACCCATGCAGTCCTCCTTACCATCCCTCCCTCGACTTCCCCTCTTCCGATGTTGAGCCCCTCCAGCCGGTCCTGGACTTTGTCTCCTTCCCTGCCCTGCCCTCTCCTGAACCTGAGCCAGCTCCCATAGCTCAGTCTGGTCTATCTGCCTGGCCCTGGCCATTGTCACTTTGCGCTGCCCTCCTCTCGCCCCCGAGTGCCCTTGCTGTGCCGCCGGAACTCTGCCCTCTAACGCTGCCGTCTCTCTCCTGAGTCCGGACCACTTTGAGCTCTACTGGCTTCTGCGCCGCCTCTGGCCCACTGTTTCCCCTTCCCAGGCAGGTCCTGCTTTCTCTGACCTGCATTCTCTCCCCTGGGCCTGTGCCGCTTTCTGTCTGCAGCTTGTGGCCTGGGTCACCTCTACGGCTGGCCCAGATCCTTCCCTGCCGCCTCCTTCAGGTTCCGTCTTCCTCCACTCCCTCTTCCCCTTGCTCTCTGCTGTGTTGCTGCCCAAGGATGCTCTTTCCGGAGCACTTCCTTCTCGGCGCTGCACCACGTGATGTCCTCTGAGCGGATCCTCCCCGTGTCTGGGTCCTCTCCGGGCATCTCTCCTCCCTCACCCAACCCCATGCCGTCTTCACTCGCTGGGTTCCCTTTTCCTTCTCCTTCTGGGGCCTGTGCCATCTCTCGTTTCTTAGGATGGCCTTCTCCGACGGATGTCTCCCTTGCGTCCCGCCTCCCCTTCTTGTAGGCCTGCATCATCACCGTTTTTCTGGACAACCCCAAAGTACCCCGTCTCCCTGGCTTTAGCCACCTCTCCATCCTCTTGCTTTCTTTGCCTGGACACCCCGTTCTCCTGTGGATTCGGGTCACCTCTCACTCCTTTCATTTGGGCAGCTCCCCTACCCCCCTTACCTCTCTAGTCTGTGCTAGCTCTTCCAGCCCCCTGTCATGGCATCTTCCAGGGGTCCGAGAGCTCAGCTAGTCTTCTTCCTCCAACCCGGGCCCCTATGTCCACTTCAGGACAGCATGTTTGCTGCCTCCAGGGATCCTGTGTCCCCGAGCTGGGACCACCTTATATTCCCAGGGCCGGTTAATGTGGCTCTGGTTCTGGGTACTTTTATCTGTCCCCTCCACCCCACAGTGGGGCCACTAGGGACAGGATTGGTGACAGAAAAGCCCCATCCTTAGGCCTCCTCCTTCCTAGTCTCCTGATATTGGGTCTAACCCCCACCTCCTGTTAGGCAGATTCCTTATCTGGTGACACACCCCCATTTCCTGGAGCCATCTCTCTCCTTGCCAGAACCTCTAAGGTTTGCTTACGATGGAGCCAGAGAGGATCCTGGGAGGGAGAGCTTGGCAGGGGGTGGGAGGGAAGGGGGGGATGCGTGACCTGCCCGGTTCTCAGTGGCCACCCTGCGCTACCCTCTCCCAGAACCTGAGCTGCTCTGACGCGGCCGTCTGGTGCGTTTCACTGATCCTGGTGCTGCAGCTTCCTTACACTTCCCAAGAGGAGAAGCAGTTTGGAAAAACAAAATCAGAATAAGTTGGTCCTGAGTTCTAACTTTGGCTCTTCACCTTTCTAGTCCCCAATTTATATTGTTCCTCCGTGCGTCAGTTTTACCTGTGAGATAAGGCCAGTAGCCAGCCCCGTCCTGGCAGGGCTGTGGTGAGGAGGGGGGTGTCCGTGTGGAAAACTCCCTTTGTGAGAATGGTGCGTCCTAGGTGTTCACCAGGTCGTGGCCGCCTCTACTCCCTTTCTCTTTCTCCATCCTTCTTTCCTTAAAGAGTCCCCAGTGCTATCTGGGACATATTCCTCCGCCCAGAGCAGGGTCCCGCTTCCCTAAGGCCCTGCTCTGGGCTTCTGGGTTTGAGTCCTTGGCAAGCCCAGGAGAGGCGCTCAGGCTTCCCTGTCCCCCTTCCTCGTCCACCATCTCATGCCCCTGGCTCTCCTGCCCCTTCCCTACAGGGGTTCCTGGCTCTGCTCTTCAGACTGAGCCCCGTTCCCCTGCATCCCCGTTCCCCTGCATCCCCCTTCCCCTGCATCCCCCAGAGGCCCCAGGCCACCTACTTGGCCTGGACCCCACGAGAGGCCACCCCAGCCCTGTCTACCAGGCTGCCTTTTGGGTGGATTCTCCTCCAACTGTGGGGTGACTGCTTGGCAAACTCACTCTTCGGGGTATCCCAGGAGGCCTGGAGCATTGGGGTGGGCTGGGGTTCAGAGAGGAGGGATTCCCTTCTCAGGTTACGTGGCCAAGAAGCAGGGGAGCTGGGTTTGGGTCAGGTCTGGGTGTGGGGTGACCAGCTTATGCTGTTTGCCCAGGACAGCCTAGTTTTAGCACTGAAACCCTCAGTCCTAGGAAAACAGGGATGGTTGGTCACTGTCTCTGGGTGACTCTTGATTCCCGGCCAGTTTCTCCACCTGGGGCTGTGTTTCTCGTCCTGCATCCTTCTCCAGGCAGGTCCCCAAGCATCGCCCCCCTGCTGTGGCTGTTCCCAAGTTCTTAGGGTACCCCACGTGGGTTTATCAACCACTTGGTGAGGCTGGTACCCTGCCCCCATTCCTGCACCCCAATTGCCTTAGTGGCTAGGGGGTTGGGGGCTAGAGTAGGAGGGGCTGGAGCCAGGATTCTTAGGGCTGAACAGAGAAGAGCTGGGGGCCTGGGCTCCTGGGTTTGAGAGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCCTGGGTCCGAGGGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGTGGAGGGACTGGGGGCCTGGACTCCTGGGTCCGAGGGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCGTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCTGGGGGCCTGGACTTCTGGGTCTTAGGGAGGCGGGGCTGGGCCTGGACCCCTGGGTCTGAATGGGGAGAGGCTGGGGGCCTGGACTCCTTCATCTGAGGGCGGAAGGGCTGGGGCCTGGCCTCCTGGGTTGAATGGGGAGGGGTTGGGCCTGGACTCTGGAGTCCCTGGTGCCCAGGCCTCAGGCATCTTTCACAGGGATGCCTGTACTGGGCAGGTCCTTGAAAGGGAAAGGCCCATTGCTCTCCTTGCCCCCCTCCCCTATCGCCATGACAACTGGGTGGAAATAAACGAGCCGAGTTCATCCCGTTCCCAGGGCACGTGCGGCCCCTTCACAGCCCGAGTTTCCATGACCTCATGCTCTTGGCCCTCGTAGCTCCCTCCCGCCTCCTCCAGATGGGCAGCTTTGGAGAGGTGAGGGACTTGGGGGGTAATTTATCCCGTGGATCTAGGAGTTTAGCTTCACTCCTTCCTCAGCTCCAGTTCAGGTCCCGGAGCCCACCCAGTGTCCACAAGGCCTGGGGCAAGTCCCTCCTCCGACCCCCTGGACTTCGGCTTTTGTCCCCCCAAGTTTTGGACCCCTAAGGGAAGAATGAGAAACGGTGGCCCGTGTCAGCCCCTGGCTGCAGGGCCCCGTGCAGAGGGGGCCTCAGTGAACTGGAGTGTGACAGCCTGGGGCCCAGGCACACAGGTGTGCAGCTGTCTCACCCCTCTGGGAGTCCCGCCCAGGCCCCTGAGTCTGTCCCAGCACAGGGTGGCCTTCCTCCACCCTGCATAGCCCTGGGCCCACGGCTTCGTTCCTGCAGAGTATCTGCTGGGGTGGTTTCCGAGCTTGACCCTTGGAAGGACCTGGCTGGGTTTAAGGCAGGAGGGGCTGGGGGCCAGGACTCCTGGCTCTGAAGGAGGAGGGGCTGGAACCTCTTCCCTAGTCTGAGCACTGGAAGCGCCACCTGTGGGTGGTGACGGGGGTTTTGCCGTGTCTAACAGGTACCATGTGGGGTTCCCGCACCCAGATGAGAAGCCCCCTCCCTTCCCCGTTCACTTCCTGTTTGCAGATAGCCAGGAGTCCTTTCGTGGTTTCCACTGAGCACTGAAGGCCTGGCCGGCCTGACCACTGGGCAACCAGGCGTATCTTAAACAGCCAGTGGCCAGAGGCTGTTGGGTCATTTTCCCCACTGTCCTAGCACCGTGTCCCTGGATCTGTTTTCGTGGCTCCCTCTGGAGTCCCGACTTGCTGGGACACCGTGGCTGGGGTAGGTGCGGCTGACGGCTGTTTCCCACCCCCAG
長さ: 4427
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: アデノ関連ウイルス組込み部位1(AAVS1)非コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
配列番号7
5’-GGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTGTCGTGACGCGGGATCCGCCACCATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGCATTCCTCCTGATCCCAGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCTCCACCTCTGGATCCGGCAAGCCCGGATCTGGCGAGGGATCCACCAAGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCGGCCGCAATTGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAACCATTATCCATGTGAAAGGGAAACACCTTTGTCCAAGTCCCCTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGGGGAGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCTGGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCCAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA-3’
3’-CCCCCGTCTCGCGTGTAGCGGGTGTCAGGGGCTCTTCAACCCCCCTCCCCAGCCGTTAACTTGGCCACGGATCTCTTCCACCGCGCCCCATTTGACCCTTTCACTACAGCACATGACCGAGGCGGAAAAAGGGCTCCCACCCCCTCTTGGCATATATTCACGTCATCAGCGGCACTTGCAAGAAAAAGCGTTGCCCAAACGGCGGTCTTGTGTCCACAGCACTGCGCCCTAGGCGGTGGTACGAAGAGGACCACTGTTCGGAAGACGAGACACTCAATGGTGTGGGTCGTAAGGAGGACTAGGGTCTGTAGGTCTACTGTGTCTGATGTAGGAGGGACAGACGGAGAGACCCTCTGTCTCAGTGGTAGTCAACGTCCCGTTCAGTCCTGTAATCATTTATAAATTTAACCATAGTCGTCTTTGGTCTACCTTGACAATTTGAGGACTAGATGGTATGTAGTTCTAATGTGAGTCCTCAGGGTAGTTCCAAGTCACCGTCACCCAGACCTTGTCTAATAAGAGAGTGGTAATCGTTGGACCTCGTTCTTCTATAACGGTGAATGAAAACGGTTGTCCCATTATGCGAAGGCATGTGCAAGCCTCCCCCCTGATTCAACCTTTATTGTCCGAGGTGGAGACCTAGGCCGTTCGGGCCTAGACCGCTCCCTAGGTGGTTCCCGCTCCACTTTGACGTCCTCAGTCCTGGACCGGACCACCGCGGGAGTGTCTCGGACAGGCAGTGTACGTGACAGAGTCCCCAGAGTAATGGGCTGATACCACATTCGACCTAAGCGGTCGGAGGTGCTTTCCCAGACCTCACCGACCCTCATTATACCCCATCACTTTGGTGTATGATATTAAGTCGAGAGTTTAGGTCTGACTGGTAGTAGTTCCTGTTGAGGTTCTCGGTTCAAAAGAATTTTTACTTGTCAGACGTTTGACTACTGTGTCGGTAAATGATGACACGGTTTGTAATAATGATGCCACCATCGATACGATACCTGATGACCCCAGTTCCTTGGAGTCAGTGGCAGAGGAGTCGCCGGCGTTAACTTCAATACATAGGAGGAGGAATGGATCTGTTACTCTTCTCGTTACCTTGGTAATAGGTACACTTTCCCTTTGTGGAAACAGGTTCAGGGGATAAAGGGCCTGGAAGATTCGGGAAAACCCACGACCACCACCAACCCCCTCAGGACCGAACGATATCGAACGATCATTGTCACCGGAAATAATAAAAGACCCACTCCTCATTCTCCTCGTCCGAGGACGTGTCACTGATGTACTTGTACTGAGGGGCGGCGGGGCCCGGGTGGGCGTTCGTAATGGTCGGGATACGGGGTGGTGCGCTGAAGCGTCGGATAGCGAGGTCTCACTTCAAGTCGTCCTCGCGTCTGCGGGGGCGCATGGTCGTCCCGGTCTTGGTCGAGATATTGCTCGAGTTAGATCCTGCTTCTCTCCTCATGCTACAAAACCTGTTCTCTGCACCGGCCCTGGGACTCTACCCCCCTTTCGGCTCTTCCTTCTTGGGAGTCCTTCCGGACATGTTACTTGACGTCTTTCTATTCTACCGCCTCCGGATGTCACTCTAACCCTACTTTCCGCTCGCGGCCTCCCCGTTCCCCGTGCTACCGGAAATGGTCCCAGAGTCATGTCGGTGGTTCCTGTGGATGCTGCGGGAAGTGTACGTCCGGGACGGGGGAGCGATT-5’
長さ: 1707
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴: CD19を標的とするキメラ抗原受容体をAAVS1部位に挿入;DNAの方向性を5’又は3’で示す;2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
その他の情報:
配列番号8
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIA
長さ: 93
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特長: I-TEVIドメイン
その他の情報:
配列番号9
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: リンカードメイン
その他の情報: V117F;突然変異に下線を付す。
配列番号10
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴:リンカードメイン
その他の情報: K135R/N140S;突然変異に下線を付す。
配列番号11
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: リンカードメイン
その他の情報: V117F/K135R/N140S;突然変異に下線を付す。
配列番号12
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGS
長さ: 86
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメインバリアント
その他の情報:
配列番号13
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGGGSGGGGS
長さ: 87
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメインバリアント
その他の情報:
配列番号14
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNKESGSVSSEQLAQFRSLD
長さ: 95
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメインバリアント
その他の情報:
配列番号15
MKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
病原体: 黄色ブドウ球菌
特徴:
その他の情報:
配列番号16
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10E突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号17
CGCUACUCUCUCUUUCUGGCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特長: B2M遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号18
AGCGCGAGCACAGCUAAGGCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特長: B2M遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号19
UUUUGUCUGUGAUAUACACAU
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: TRAC遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号20
CUUGACAGCGGAAGUGGUUGC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: TRBC遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号21
UGGGUCAGGGCCAGGGCCCCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: HLA-A遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号22
CCCUGCUCUGGGCUUCUGGGU
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: AAVS1部位を標的とする
その他の情報:
配列番号23
5’-GGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTGTCGTGACGCGGGATCCGCCACCATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGCATTCCTCCTGATCCCAGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCTCCACCTCTGGATCCGGCAAGCCCGGATCTGGCGAGGGATCCACCAAGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCGGCCGCAATTGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAACCATTATCCATGTGAAAGGGAAACACCTTTGTCCAAGTCCCCTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGGGGAGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCTGGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCCAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA-3’
3’-CCCCCGTCTCGCGTGTAGCGGGTGTCAGGGGCTCTTCAACCCCCCTCCCCAGCCGTTAACTTGGCCACGGATCTCTTCCACCGCGCCCCATTTGACCCTTTCACTACAGCACATGACCGAGGCGGAAAAAGGGCTCCCACCCCCTCTTGGCATATATTCACGTCATCAGCGGCACTTGCAAGAAAAAGCGTTGCCCAAACGGCGGTCTTGTGTCCACAGCACTGCGCCCTAGGCGGTGGTACGAAGAGGACCACTGTTCGGAAGACGAGACACTCAATGGTGTGGGTCGTAAGGAGGACTAGGGTCTGTAGGTCTACTGTGTCTGATGTAGGAGGGACAGACGGAGAGACCCTCTGTCTCAGTGGTAGTCAACGTCCCGTTCAGTCCTGTAATCATTTATAAATTTAACCATAGTCGTCTTTGGTCTACCTTGACAATTTGAGGACTAGATGGTATGTAGTTCTAATGTGAGTCCTCAGGGTAGTTCCAAGTCACCGTCACCCAGACCTTGTCTAATAAGAGAGTGGTAATCGTTGGACCTCGTTCTTCTATAACGGTGAATGAAAACGGTTGTCCCATTATGCGAAGGCATGTGCAAGCCTCCCCCCTGATTCAACCTTTATTGTCCGAGGTGGAGACCTAGGCCGTTCGGGCCTAGACCGCTCCCTAGGTGGTTCCCGCTCCACTTTGACGTCCTCAGTCCTGGACCGGACCACCGCGGGAGTGTCTCGGACAGGCAGTGTACGTGACAGAGTCCCCAGAGTAATGGGCTGATACCACATTCGACCTAAGCGGTCGGAGGTGCTTTCCCAGACCTCACCGACCCTCATTATACCCCATCACTTTGGTGTATGATATTAAGTCGAGAGTTTAGGTCTGACTGGTAGTAGTTCCTGTTGAGGTTCTCGGTTCAAAAGAATTTTTACTTGTCAGACGTTTGACTACTGTGTCGGTAAATGATGACACGGTTTGTAATAATGATGCCACCATCGATACGATACCTGATGACCCCAGTTCCTTGGAGTCAGTGGCAGAGGAGTCGCCGGCGTTAACTTCAATACATAGGAGGAGGAATGGATCTGTTACTCTTCTCGTTACCTTGGTAATAGGTACACTTTCCCTTTGTGGAAACAGGTTCAGGGGATAAAGGGCCTGGAAGATTCGGGAAAACCCACGACCACCACCAACCCCCTCAGGACCGAACGATATCGAACGATCATTGTCACCGGAAATAATAAAAGACCCACTCCTCATTCTCCTCGTCCGAGGACGTGTCACTGATGTACTTGTACTGAGGGGCGGCGGGGCCCGGGTGGGCGTTCGTAATGGTCGGGATACGGGGTGGTGCGCTGAAGCGTCGGATAGCGAGGTCTCACTTCAAGTCGTCCTCGCGTCTGCGGGGGCGCATGGTCGTCCCGGTCTTGGTCGAGATATTGCTCGAGTTAGATCCTGCTTCTCTCCTCATGCTACAAAACCTGTTCTCTGCACCGGCCCTGGGACTCTACCCCCCTTTCGGCTCTTCCTTCTTGGGAGTCCTTCCGGACATGTTACTTGACGTCTTTCTATTCTACCGCCTCCGGATGTCACTCTAACCCTACTTTCCGCTCGCGGCCTCCCCGTTCCCCGTGCTACCGGAAATGGTCCCAGAGTCATGTCGGTGGTTCCTGTGGATGCTGCGGGAAGTGTACGTCCGGGACGGGGGAGCGATT-5’
長さ: 1707
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴: CD19を標的とするキメラ抗原受容体をAAVS1部位に挿入;DNAの方向性を5’又は3’で示す;2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
その他の情報:
配列番号24
5’-TCTTAAGATCTTTGCTTTCCCTTCTCTATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTATATTCGTCT-3’
3’-CCAGAATTCTAGAAACGAAAGGGAAGAGATATTGAAGCATATCGTATGTAATATGCTTCAATATAAGCAGA-5’
長さ: 71
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴: ロックスカセットをAAVS1部位に挿入;DNAの方向性を5’又は3’で示す。
その他の情報: 2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
配列番号25
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEESKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10E+N580A突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号26
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEESKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10A+N580A突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号27
MDKKYSIGLIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
長さ: 1368
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SpCas9 D10E、D1135E、R1335Q、T1337R突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号28
MDKKYSIGLIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
長さ: 1368
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SpCas9 D10E、H840A、D1135E、R1335Q、T1337R突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号29
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[野生型]
その他の情報:
配列番号30
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号31
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号32
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号33
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長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号34
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号35
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号36
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号37
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号38
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号39
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号40
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号41
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号42
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号43
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号44
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-Cas12a[野生型]
その他の情報:
配列番号45
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号46
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1,486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号47
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド; Tev[V117F/K135R/N140S]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号48
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
配列番号49
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSQEIKRINKIRRRLVKDSNTKKAGKTGPMKTLLVRVMTPDLRERLENLRKKPENIPQPISNTSRANLNKLLTDYTEMKKAILHVYWEEFQKDPVGLMSRVAQPAPKNIDQRKLIPVKDGNERLTSSGFACSQCCQPLYVYKLEQVNDKGKPHTNYFGRCNVSEHERLILLSPHKPEANDELVTYSLGKFGQRALDFYSIHVTRESNHPVKPLEQIGGNSCASGPVGKALSDACMGAVASFLTKYQDIILEHQKVIKKNEKRLANLKDIASANGLAFPKITLPPQPHTKEGIEAYNNVVAQIVIWVNLNLWQKLKIGRDEAKPLQRLKGFPSFPLVERQANEVDWWDMVCNVKKLINEKKEDGKVFWQNLAGYKRQEALLPYLSSEEDRKKGKKFARYQFGDLLLHLEKKHGEDWGKVYDEAWERIDKKVEGLSKHIKLEEERRSEDAQSKAALTDWLRAKASFVIEGLKEADKDEFCRCELKLQKWYGDLRGKPFAIEAENSILDISGFSKQYNCAFIWQKDGVKKLNLYLIINYFKGGKLRFKKIKPEAFEANRFYTVINKKSGEIVPMEVNFNFDDPNLIILPLAFGKRQGREFIWNDLLSLETGSLKLANGRVIEKTLYNRRTRQDEPALFVALTFERREVLDSSNIKPMNLIGIDRGENIPAVIALTDPEGCPLSRFKDSLGNPTHILRIGESYKEKQRTIQAAKEVEQRRAGGYSRKYASKAKNLADDMVRNTARDLLYYAVTQDAMLIFENLSRGFGRQGKRTFMAERQYTRMEDWLTAKLAYEGLPSKTYLSKTLAQYTSKTCSNCGFTITSADYDRVLEKLKKTATGWMTTINGKELKVEGQITYYNRYKRQNVVKDLSVELDRLSEESVNNDISSWTKGRSGEALSLLKKRFSHRPVQEKFVCLNCGFETHADEQAALNIARSWLFLRSQEYKKYQTNKTTGNTDKRAFVETWQSFYRKKLKEVWKPAV
長さ: 1156
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-CasX
その他の情報:
配列番号50
UAAUUUCUACUCUUGUAGAU
長さ: 20
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: AAVS1遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号51[Cas12a]
TQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDA
配列番号52[CasX]
QEIKRINKIRRRLVKDSNTKKAGKTGPMKTLLVRVMTPDLRERLENLRKKPENIPQPISNTSRANLNKLLTDYTEMKKAILHVYWEEFQKDPVGLMSRVAQPAPKNIDQRKLIPVKDGNERLTSSGFACSQCCQPLYVYKLEQVNDKGKPHTNYFGRCNVSEHERLILLSPHKPEANDELVTYSLGKFGQRALDFYSIHVTRESNHPVKPLEQIGGNSCASGPVGKALSDACMGAVASFLTKYQDIILEHQKVIKKNEKRLANLKDIASANGLAFPKITLPPQPHTKEGIEAYNNVVAQIVIWVNLNLWQKLKIGRDEAKPLQRLKGFPSFPLVERQANEVDWWDMVCNVKKLINEKKEDGKVFWQNLAGYKRQEALLPYLSSEEDRKKGKKFARYQFGDLLLHLEKKHGEDWGKVYDEAWERIDKKVEGLSKHIKLEEERRSEDAQSKAALTDWLRAKASFVIEGLKEADKDEFCRCELKLQKWYGDLRGKPFAIEAENSILDISGFSKQYNCAFIWQKDGVKKLNLYLIINYFKGGKLRFKKIKPEAFEANRFYTVINKKSGEIVPMEVNFNFDDPNLIILPLAFGKRQGREFIWNDLLSLETGSLKLANGRVIEKTLYNRRTRQDEPALFVALTFERREVLDSSNIKPMNLIGIDRGENIPAVIALTDPEGCPLSRFKDSLGNPTHILRIGESYKEKQRTIQAAKEVEQRRAGGYSRKYASKAKNLADDMVRNTARDLLYYAVTQDAMLIFENLSRGFGRQGKRTFMAERQYTRMEDWLTAKLAYEGLPSKTYLSKTLAQYTSKTCSNCGFTITSADYDRVLEKLKKTATGWMTTINGKELKVEGQITYYNRYKRQNVVKDLSVELDRLSEESVNNDISSWTKGRSGEALSLLKKRFSHRPVQEKFVCLNCGFETHADEQAALNIARSWLFLRSQEYKKYQTNKTTGNTDKRAFVETWQSFYRKKLKEVWKPAV
配列番号53[I-TevI野生型ヌクレアーゼドメイン及びリンカードメイン]
MKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRN
配列番号54[Cas9野生型]
KRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
配列番号55[SV40核局在化配列]
PKKKRKV
配列番号56[ヌクレオプラズミン核局在化配列]
KRPAATKKAGQAKKKK
配列番号57[I-TevIリンカー断片]
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRN
配列番号58[I-TevIヌクレアーゼドメイン]
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIA
配列番号59[I-TevIリンカードメイン]
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
図1
図2
図3
図4
図5
図6
図7
図8
図9
図10
【配列表】
2023548391000001.app
【誤訳訂正書】
【提出日】2023-08-09
【誤訳訂正1】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
相互参照
[0001]本出願は、2020年11月4日に出願された米国仮出願第63/109,396号の利益を主張するものであり、この仮出願は、その全体が本明細書に援用される。
【背景技術】
【0002】
[0002]細胞療法は、健康なヒト細胞を注入して損傷組織を再生する、欠損若しくは機能不全の酵素若しくはタンパク質を生成する、又はがんを含む数多くの疾患の薬物による処置として免疫細胞機能を活用する。がんは、アメリカ人のほぼ1/3をその生涯において冒し、この割合は上昇すると予想される。がんは、乳房、肺、前立腺、結腸(color)、膀胱の皮膚、及び血液を含むほぼ全ての臓器系で発生し得る。大部分の処置では、オフターゲットかつ広範な副作用を有する大量の毒性物質(化学療法剤及び放射線)が投与され、多くの場合、罹患組織の侵襲的切除を含む。免疫療法は、がん性細胞を標的として殺傷するために患者自身の免疫系を用いる。細胞免疫療法は、通常は遺伝子編集を通して患者の免疫細胞をプログラミングし、そのような細胞を標的として、がん細胞を選択的に殺傷することを含む。腫瘍を攻撃するように患者の免疫細胞を改変することは、効果的で侵襲性の低い処置となる可能性がある。損傷した組織を再生する、又は欠損若しくは機能不全の酵素若しくはタンパク質を生成するための遺伝子工学的細胞療法もまた、患者自身の細胞、及び多くの場合遺伝子編集技術を通してプログラムされる人工多能性幹細胞を使用する。遺伝子編集技術の応用は、患者の免疫細胞又は幹細胞の変化を可能にし、さまざまな疾患及び状態のための療法又は処置の一部として使用され得る。
【0003】
[0003]遺伝子編集は、特異的DNA配列を認識して切断するためにデザイナーヌクレアーゼに依存し、その後、自然の細胞DNA修復経路、いわゆる非相同末端結合(NHEJ)及び相同組換え修復(HDR)を利用して、ゲノム内に標的化改変を導入する遺伝子療法アプローチである。これらのヌクレアーゼは、目的の標的遺伝子座において2本鎖切断を正確に導入するように設計することができる。遺伝子編集は、ex vivo設定とin vivo設定の両方で、標的とした破壊、挿入、切除、及び修正を可能にすることによって、目的のゲノム配列を永久的に改変する可能性を広げる。CRISPR-Cas9(及びCas9融合体)、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガータンパク質、タイプIIS制限エンドヌクレアーゼ(FokI及びFokI融合体)並びにTALENSなどの既存の遺伝子編集技術は、特定の長さの遺伝子欠失を導入する、又は多くの遺伝子疾患の治療剤として意味のある十分な数の細胞において標的遺伝子を正確に修復する能力が制限されている。さらに、単量体Cas9などの高度にプログラム可能なRNA誘導ヌクレアーゼについて、研究により、それらの標的部位のみを予測可能に結合、切断、及び修復するための特異性が限定されており、患者において2次疾患を意図せずに引き起こし得る細胞のゲノムDNAへの潜在的に有害な変化に対する懸念を生じることが示唆される。
【0004】
[0004]細菌の自然免疫系を構成するタイプII CRISPR系の構成成分であるCas9(CRISPR関連)タンパク質は、その使いやすさのためにゲノム編集の分野でパラダイムシフトを引き起こした。所望の配列を切断するようにCas9をプログラムすることは、Cas9関連ガイドRNAの配列を標的部位に対して相補的であるように変化させる簡単なことである。Cas9標的化をプログラムすることの容易さは、他の試薬(ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、メガヌクレアーゼ、転写活性因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN))が必要とするより集中的なタンパク質工学とは対照的である。Cas9は、タイプII CRISPR系からのタンパク質と共に、多種多様な生物で無数のゲノム編集応用に使用されており、現在、ヒトの治療応用の領域に入ってきている。Specific Biologics(カナダ国オンタリオ州トロント)の名称で公開されている国際特許出願(PCT/IB2020/054229、その内容が、本明細書に援用される)は、I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~92、I-TevIリンカー領域のアミノ酸93~169を含むリンカー領域、及び黄色ブドウ球菌Cas9(「saCas9」)ドメインを含む2重切断キメラヌクレアーゼTevSaCas9の1つの型について記載している。TevSaCas9を製造する方法も記載している。免疫細胞を関連するがんを標的とするように改変するためにTevSaCas9を改変することで、がん処置の細胞療法をより効率的かつ効果的にすることができる。さらに、幹細胞を改変するためにTevSaCas9を改変することで、損傷した組織の処置、又は欠損している酵素若しくはタンパク質の補充をより効果的にすることができる。
【0005】
[0005]免疫系は、表面タンパク質(抗原)を特定することによって、外来物及び/又は細胞を認識する。T細胞の表面上に存在する受容体は、抗原を標的とし、T細胞を活性化し、並びに他の下流の免疫経路を開始させる。キメラ抗原受容体T細胞(CAR-T細胞)は、免疫療法並びに血液及び固形の腫瘍の処置で使用される人工T細胞受容体(TCR)を産生する遺伝子改変されたT細胞である。CAR-T細胞療法は、T細胞が患者から採取され、がん性細胞に対して特異的な抗原を認識するように遺伝子組換えされる一種の細胞療法である。改変細胞は、患者に注入して戻され、がん組織を標的として、それを破壊する。T細胞は、患者の血液(自己)か、又は健康なドナーの血液(同種)から収集され得る。抗原認識時に、刺激されたCAR-T細胞は、増殖、細胞傷害性、並びに他の細胞型を活性化するサイトカイン、インターロイキン、及び増殖因子のような追加の因子の分泌を増大させる。細胞療法(キメラ抗原受容体T細胞療法など)では、細胞の疲弊、毒性、及び挿入による腫瘍形成を制限するために、遺伝子をノックアウトすることが望ましい(Lui Jら、(2019)、Front Immunol、10(456):1-8)。
【0006】
[0006]現在の技術は、細胞療法の生成のためにウイルスベクターの使用に主として依存している。ウイルスベクターの使用は高効率であるが、安全性に関する疑問が残っている。細胞療法の改変に使用されるランダム挿入は、オフターゲットの内在性遺伝子機能を破壊し、腫瘍形成(すなわち、がん)及び細胞の毒性をもたらす可能性がある。効果的な細胞療法を作り出すための標的遺伝子の正確な破壊及び外来DNAの組込みにとって、安全かつ効率的なツールが必要である。CRISPR技術を細胞療法に適用することにより、キメラ抗原受容体及びCAR T細胞の内在性遺伝子のより良好な改変が可能となり、T細胞療法の現在の限界を克服する。これらの進歩は分野全体に革命を起こすと予想されるが、現在の遺伝子編集アプローチは、改変の有効性、ヌクレアーゼの特異性に関連する安全性の懸念、及び標的細胞型への遺伝子編集ツールの送達によって制限されている。本発明の最初のイテレーションは、免疫細胞(T細胞など)又は人工多能性幹細胞(iPSC)のDNAを改変して、それらを遺伝子ノックアウト(個別及び同時の両方)、又は効率が向上したキメラ抗原受容体(CAR)などの外来性遺伝子の発現のために操作するように意図的に設計されている。本発明はまた、他の細胞型を操作するために使用されてもよい。
【発明の概要】
【0007】
[0007]本明細書に記載されるのは、宿主の拒絶を排除し、細胞療法の有効性を高めるために遺伝子を標的とするように設計された、改変型I-TevIドメイン、リンカーペプチド、及び改変型RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9(「SaCas9」)ドメインを含むキメラヌクレアーゼ(「TevSaCas9」と称される)である。標的とされる細胞に送達された場合、新規なキメラヌクレアーゼは、外来性ドナーDNAの存在下でDNA配列を置き換えるか、又は外来性ドナーDNAの非在下でDNAを欠失させる。特許請求される発明の別の態様は、遺伝子を編集し、本明細書に記載の編集された遺伝子を用いて細胞療法を作り出す方法を対象とする。また、本明細書に記載されるのは、I-TevIドメイン及びCasX又はCas12ヌクレアーゼから形成されたキメラヌクレアーゼである。
【0008】
[0008]本明細書に記載されるのは、(a)アウトオブフレーム欠失を生成するための、B2M、TRAC1、TRCB1、及び/又はHLA-A遺伝子の特定の部位を標的とするTevSaCas9の新規類似体、(b)エレクトロポレーションに好適なヌクレアーゼ及び外来性ドナーDNAの製剤、(c)細胞内のB2M、TRAC1、TRCB1、及び/又はHLA-Aのうちの1つ以上を同時に標的とする(多重遺伝子破壊)ヌクレアーゼの製剤、(d)AAVS1遺伝子内のセーフハーバー部位に標的とされるTevSaCas9ヌクレアーゼと共に送達された場合、ヌクレアーゼによって標的とされる2つの部位の間を統合することができる外来性ドナーDNAを含有する本発明の1つの形態、並びに(e)改変I-TevIドメイン、リンカードメイン、及びRNA誘導ヌクレアーゼドメインを含むキメラヌクレアーゼの新規類似体である。
【0009】
[0009]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、遺伝子操作された細胞組成物を作製する方法であって、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメイン、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼをex vivo細胞集団に投与することを含み、細胞集団が、免疫細胞及び多能性細胞のうちの1つ以上を含む、方法である。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8に対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、K26R置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8を含む。特定の実施形態では、リンカーは、配列番号9~14又は59のいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、S101Y、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、又はS165Gのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、V117F、K135R、N140S、又はQ158Rのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、配列番号9~14又は59のうちのいずれか1つから選択されるペプチドである。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つを含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、若しくは28のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又は配列番号15、16、26、27、若しくは28のうちのいずれか1つに対して同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、T267A、L325F、V327I、D333G、A336S、I341L、E345D、D348N、K352E、S360A、T368A、N369E、N371E、S372P、E373K、K386T、N393R、H408N、N410S、I414M、A415T、T438S、Y467F、N471K、D485E、M489F、E506K、R409K、T510E、N515K、Y518F、A539P、F550Y、N551H、S596A、T602I、A611S、I617V、T620K、G654E、N667D、R685K、K695Q、I706V、K722T、A723T、K724N、M731T、F732V、K735Q、S739N、P741L、E742G、E746D、Q747D、I754D、T755I、H757R、K760Q、H761S、P778I、E781K、I783V、N784D、D785E、T786L、L787V、Y788H、K792E、D794T、T798R、L799I、V801I、N803S、L804I、N805K、G806N、D813G、K814E、L818I、I819F、S822P、E824G、L841T、G847S、D848N、Y857H、V875I、I876V、N884K、A888V、L890R、D894G、D895H、P897L、V903I、G920D、F924L、N929Y、E936D、N937G、V941I、N942D、S943L、C945A、E947K、K951R、L952Q、S956N、N957E、Q958K、A959S、N974D、G975K、V983A、N984S、N985D、D986G、I991V、V993L、M995F、I996V、T999N、Y1000K、R1001E、E1002D、L1004I、E1005K、N1006M、M1007N、D1009L、K1010S、R1011T、P1012S、P1013F、I1015L、I1016R、A1020G、S1021K、Q1024K、K1027S、E1039K、H1045K、I0148M、又はK1050Mのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、D10E置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8を含み、リンカーは、配列番号9~14又は59のうちのいずれか1つを含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含み、リンカードメインは、配列番号9~14のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNA中のI-TevI認識部位に対する切断活性を有する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、標的細胞のゲノムDNAに送達される。特定の実施形態では、細胞集団は、免疫細胞を含む。特定の実施形態では、免疫細胞は、T細胞である。特定の実施形態では、免疫細胞は、ナチュラルキラー(NK)細胞である。特定の実施形態では、細胞集団は、多能性細胞を含む。特定の実施形態では、多能性細胞は、人工多能性細胞である。特定の実施形態では、多能性細胞は、造血幹細胞又はその前駆体を含む。特定の実施形態では、多能性細胞は、間葉系幹細胞又はその前駆体を含む。特定の実施形態では、多能性細胞は、人工多能性細胞である。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、DNA発現カセットを使用して、標的細胞のゲノムDNAに送達される。特定の実施形態では、前記方法は、ウイルスベクターを使用しない。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、エレクトロポレーションを使用して、前記ex vivo細胞集団に投与される。特定の実施形態では、エレクトロポレーションは、1000~2500Vの電流で適用される。特定の実施形態では、方法は、ドナーDNAを細胞集団に投与する工程をさらに含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、平滑末端及び2つのヌクレオチドの3’突出末端を含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、目的の外来性遺伝子に隣接する5’及び3’相同性を含む。特定の実施形態では、前記ドナーDNAは、外来性遺伝子を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、ドナーDNAの非在下で投与される。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、標的細胞のゲノムDNAを改変して、1つ以上の規定された長さのゲノムDNAを欠失させる。特定の実施形態では、前記外来性遺伝子は、キメラ抗原受容体を発現する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、B2M遺伝子、TRAC1遺伝子、TRCB1遺伝子、HLA-A遺伝子、又はHLA-B遺伝子を標的とし、それらを切断する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号17若しくは配列番号18、又はその断片のいずれかを含み、前記キメラヌクレアーゼは、B2M遺伝子を標的とし、それを切断する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号19又はその断片のいずれかを含み、前記キメラヌクレアーゼは、TRAC1遺伝子を標的とし、それを切断する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号20又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼは、TRCB1遺伝子を標的とする。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号21又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼは、HLA-A遺伝子を標的とし、それを切断する。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAは、配列番号22又はその断片を含み、前記キメラヌクレアーゼは、AAVS1遺伝子を標的とする。特定の実施形態では、AAVS1遺伝子は、外来性ドナーDNAの存在下で標的とされる。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、AAVS1遺伝子上の2つの部位を標的とする。特定の実施形態では、外来性ドナーDNAは、AAVS1遺伝子上の2つの標的化部位の間に組み込まれる。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾糖部分、及び修飾核酸塩基のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホロアミデート、アミノアルキルホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む。
【0010】
[0010]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、任意選択で、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1つ以上のアミノ酸残基において修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸アにおいてミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、配列番号52に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17N、N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A、R966K、K967R、又はK968Rのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、プランクトミケス(Planctomycetes)細菌に由来する。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、デルタプロテオバクテリア(Deltaproteobacteria)に由来する。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞内のゲノム標的を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における腫瘍形成突然変異を標的とする。特定の実施形態では、哺乳動物細胞は、ヒト細胞である。特定の実施形態では、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾糖部分、及び修飾核酸塩基のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホロアミデート、アミノアルキルホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼをコードする1つ以上の核酸である。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び又はガイドRNAは、真核生物プロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位のうちの1つ以上に作動可能に連結している。特定の実施形態では、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ関連ウイルスベクター、並びにアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、個体への投与用に製剤化されている。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼと、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体と、を含む組成物である。また本明細書に記載されるのは、脂質ナノ粒子中に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物である。特定の実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質及び/又は中性脂質を含む。
【0011】
[0011]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1つ以上のアミノ酸残基において修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス属種(Acidaminococcus sp.)BV3L6に由来する。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、配列番号51に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、N74P、S76Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N103K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S169V、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S331A、T337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358A、N386D、I393V、L396A、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、A516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G552C、V557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G663N、Q665K、C673H、L683V、L697V、A711G、L717F、Q723E、A733L、E735D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D1111N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A、Q1295N、A1299N、又はL1304Kのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNA中のI-TevI認識部位に対する切断活性を有する。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞中のゲノム標的を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における腫瘍形成突然変異を標的とする。特定の実施形態では、哺乳動物細胞は、ヒト細胞である。特定の実施形態では、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾糖部分、及び修飾核酸塩基のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホロアミデート、アミノアルキルホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼをコードする1つ以上の核酸である。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び又はガイドRNAは、真核生物プロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位のうちの1つ以上に作動可能に連結している。特定の実施形態では、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ関連ウイルスベクター、並びにアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、個体への投与用に製剤化されている。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼと、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体と、を含む組成物である。また本明細書に記載されるのは、脂質ナノ粒子中に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物である。特定の実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質及び/又は中性脂質を含む。
【0012】
[0012]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、改変Cas9ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載される未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、改変Cas9ポリペプチドは、配列番号54に記載される未改変Cas9又はそのD10Eに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌に由来する。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIリンカードメインは、配列番号57に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNA中のI-TevI認識部位に対する切断活性を有する。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、ガイドRNAをさらに含む。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞内のゲノム標的を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、哺乳動物細胞における腫瘍形成突然変異を標的とする。特定の実施形態では、哺乳動物細胞は、ヒト細胞である。特定の実施形態では、ガイドRNAは、細菌又はウイルス配列を標的とする。特定の実施形態では、ガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾糖部分、及び修飾核酸塩基のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホロアミデート、アミノアルキルホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼをコードする1つ以上の核酸である。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼ及び又はガイドRNAは、真核生物プロモーター、エンハンサー、又はポリアデニル化部位のうちの1つ以上に作動可能に連結している。特定の実施形態では、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、及びアデノ関連ウイルスベクター、並びにアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、個体への投与用に製剤化されている。また本明細書に記載されるのは、キメラヌクレアーゼと、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体と、を含む組成物である。また本明細書に記載されるのは、脂質ナノ粒子中に封入されたキメラヌクレアーゼを含む組成物である。特定の実施形態では、脂質ナノ粒子は、カチオン性脂質及び/又は中性脂質を含む。
【0013】
図面の簡単な説明
[0013]以下の本発明の詳細な説明では、本明細書の一部を形成し、本発明が実施され得る具体的な実施形態が例示として示されている添付の図面を参照する。これらの実施形態は、当業者が本発明を実施することを可能にするのに十分詳細に記載されている。本発明の範囲から逸脱することなく、他の実施形態を利用することができ、構造的及び論理的な変更を加えることができる。ここで、単なる例として添付の図面を参照する。
【図面の簡単な説明】
【0014】
図1】[0014]図1A~1Fは、TevSaCas9が複数のガイドRNAと複合体化され、細胞内にエレクトロポレーションされて、内在性T細胞受容体をコードする遺伝子を破壊し、外来性キメラ抗原受容体(CAR)をコードする配列を挿入する機構の図を表示する。
図2】[0015]図2A及び2Bは、B2M遺伝子を標的とするTevSaCas9がB2M遺伝子を切断することを例示する。
図3】[0016]図3A及び3Bは、AAVS1遺伝子を標的とするTevSaCas9がAAVS1遺伝子を切断することを例示する。
図4】[0017]図4A及び4Bは、TevSaCas9の切断(黒色)及び切断部位へのドナー修復テンプレート(灰色)挿入及び修復が生じた後のB2M遺伝子中の標的部位を表す図を示す。
図5】[0018]図5A及び5Bは、TevSaCas9による切断後のゲノム内のAAVS1セーフハーバー部位(黒色)を表示する図であり、切断部位へ挿入されたGFPレポーターの発現を示す。
図6】[0019]図6は、配列番号20のガイドを使用してTRBC1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム内のTRBC1標的部位を切断することを例示する。
図7】[0020]図7Aは、単一のLoxP部位を含有する2本鎖DNAオリゴヌクレオチドのAAVS1標的部位への挿入を例示する。
図8】[0021]図8A及び8Bは、エレクトロポレーションされたリボ核タンパク質TevSaCas9が哺乳動物細胞内のB2M標的部位を編集することを例示する。
図9】[0022]図9A及び9Bは、I-TevIのCas12aへの融合が、ガイドRNAによって活性化されて、2本鎖DNA基質を切断することを例示する。
図10】[0023]図10は、異なる核局在化シグナル(NLS)を用いたHEK293細胞のTevSaCas9によるB2M遺伝子の切断を例示する。
【発明を実施するための形態】
【0015】
[0024]本明細書に開示されている本実施形態の完全な理解を提供するために、以下の説明では、具体的な数量、サイズなどの特定の詳細が示されている。しかしながら、本開示は、そのような具体的な詳細なしでも実施されてもよいことが当業者には明らかであろう。多くの場合、そのような考慮事項などに関する詳細は、本開示を完全に理解するためにそのような詳細が必要ではなく、関連分野の当業者の技術の範囲内にあるため、省略されている。
【0016】
ex vivo遺伝子編集の方法
[0025]本開示は、キメラヌクレアーゼ並びに既存の遺伝子編集技術及び方法を超える以下の利点を示すex vivo遺伝子編集の方法を記載する。例えば、ヌクレアーゼが2つの部位を切断する場合、それは、正確な長さのDNA(I-TevI及びSaCas9により標的とされる部位に応じて、約30~38の塩基)を切り出す。本明細書に記載される方法は、ゲノムからの30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、又は40ヌクレオチドの正確な欠失を生じることができる。したがって、標的部位は、細胞内で遺伝子をアウトオブフレームでノックアウトする正確な長さの欠失を生じさせるように遺伝子内で選択され得る。記載されたヌクレアーゼの1つの実施形態では、ヌクレアーゼは、B2M遺伝子(配列番号1)(MHCクラスI分子のβ鎖、β-2-ミクログロビン、IMD43としても知られる)を標的とし、それを切断して、複数回のアウトオブフレーム欠失を用いてB2Mのリーディングフレームを破壊する。記載されたヌクレアーゼの別の実施形態では、ヌクレアーゼは、B2M遺伝子(配列番号2)を標的とし、それを切断して、1回のアウトオブフレーム欠失を用いてリーディングフレームを破壊する。記載のヌクレアーゼのさらに別の実施形態では、ヌクレアーゼは、TRAC遺伝子(配列番号3)(TRA、IMD7、TCRA、TRCA、T細胞受容体α遺伝子座、TCRD、及びT細胞受容体遺伝子座としても知られる)を標的とし、それを切断して、それにより1回のアウトオブフレーム欠失を用いてリーディングフレームを破壊する。記載のヌクレアーゼの別の実施形態では、ヌクレアーゼは、TRCB遺伝子(配列番号4)(T細胞受容体β遺伝子座、TCRBC1、BV05S1J2.2としても知られる)を標的とし、それを切断して、それにより1回のアウトオブフレーム欠失を用いてリーディングフレームを破壊する。記載されたヌクレアーゼの別の型は、HLA-A遺伝子(配列番号5)(主要組織適合性複合体、クラスI、A、HLAクラスI組織適合性抗原、Aα鎖、HLAA、HLAクラスI組織適合性抗原、A-1α鎖、MHCクラスI抗原HLA-A重鎖、白血球抗原クラスI-A、及びヒト白血球抗原Aとしても知られる)を標的とし、それを切断して、それにより1回のアウトオブフレーム欠失を用いてリーディングフレームを破壊する。上述したヌクレアーゼのうちの2つ以上の組合せは、細胞内のそれぞれの遺伝子のリーディングフレームを同時に破壊することができる。外来性ドナーDNAの存在下で、記載されたヌクレアーゼは、既存の技術又は慣行よりも高い割合の細胞内で、標的DNA配列を置き換えるように設計される。記載のヌクレアーゼのさらなる実施形態は、AAVS1遺伝子座(配列番号6)(アデノ関連ウイルス組込み部位1及びAAVとしても知られる)を標的とし、それを切断する。本明細書[0025]に記載の実施形態の別の型、すなわち、AAVS1遺伝子座(配列番号7)を標的とし、それを切断するヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ切断部位を補完してDNA挿入を標的とする末端を有するドナーDNAの2本鎖部分を対象とする。
【0017】
[0026]本開示は、ゲノム位置においてヌクレオチド配列を挿入、修飾、欠失、又は置換するために、記載のヌクレアーゼを使用して細胞集団を遺伝子操作する方法を記載する。工程は、キメラヌクレアーゼガイドRNA複合体を形成すること、及びキメラヌクレアーゼガイドRNA複合体を細胞に投与することを含む。この投与は、エレクトロポレーション又は脂質媒介トランスフェクション(例えば、カチオン性脂質)のうちの1つ以上の方法を使用して行うことができる。あるいは、ガイドRNA及び/又はキメラヌクレアーゼをコードする1つ以上の核酸を、エレクトロポレーション、ウイルス形質導入から選択される方法を使用して細胞に移入することができ、及び/又は脂質媒介トランスフェクションを利用することができる。ゲノム配列がゲノムを変更させるために付加される実施形態では、挿入又は変更を行うために、ドナーDNAを投与することもできる。ドナーDNAは、線状DNA、プラスミドDNA、又はウイルスベクターとして好適に提供され得る。
【0018】
[0027]1つの態様では、本明細書に記載のex vivo遺伝子編集法は、CAR T細胞又はCAR NK細胞を作り出すために使用される。図1Aに例示されるように、精製されたTevSaCas9タンパク質 1は、複数のガイドRNA 2と混合されて複合体化され、リボ核タンパク質複合体 3を形成する。TevSaCas9によって標的とされる部位の1つ以上に対して相補的な末端を含有する外来性ドナーCARをコードするドナーDNA 4もまた、リボ核タンパク質複合体 3と混合される。図1Bに示すように、ゲノムDNA 7から発現された内在性T細胞受容体 6をコードするT細胞の集団 5が、リボ核タンパク質複合体 3とドナーDNA 4との混合物に曝露される。図1Cで、電気パルス 8が混合物に印加され、細胞膜 9を透過化する。図1Dに表示するように、リボ核タンパク質複合体 3及びドナーDNA 4が、透過化された細胞膜を通してT細胞に進入する。1つ以上の核局在化配列(「NLS」)を通して、リボ核タンパク質 3は、核 10を標的とする。図1Eに示すように、リボ核タンパク質複合体 3は、ゲノムDNA 7上のその標的部位に結合する。図1Fに表示するように、リボ核タンパク質複合体 3は、ゲノムDNA 7を切断して、規定された長さの欠失 12を作り出すか、又は適合性のあるドナーDNA 13が存在する場合、ドナーDNA 13を切断された部位に挿入する。欠失されたゲノムDNA 7の領域は、内在性T細胞受容体 6をコードする遺伝子を破壊し、ドナーDNA 13は、外来性CAR 14をコードして、T細胞を新しい抗原に対して標的とする。
【0019】
[0028]特許請求されるポリペプチドは、これらの細胞型だけに限定されないが、免疫細胞(T細胞など)、造血幹細胞、間葉系幹細胞、又は人工多能性幹細胞(iPSC)のDNAを改変し、前記細胞を免疫寛容に対して操作する及び/又はキメラ抗原受容体(CAR)などの外来性遺伝子を発現するように設計される。本明細書に記載される方法及びヌクレアーゼによってex vivoで改変され得る細胞型には、T細胞若しくはNK細胞などの免疫細胞;又は間葉系幹細胞、造血幹細胞などの多能性細胞、又は別の方法で当該技術分野において公知の手法を使用して多能性に誘導された細胞が挙げられる。
【0020】
[0029]加えて、本開示は、遺伝子をアウトオブフレームでノックアウトするための、ヒト細胞のゲノム内のDNA配列の全部又は一部の標的化遺伝子破壊の方法であって、(a)細胞をex vivoでヌクレアーゼに曝露すること、(b)1000~2500Vの電流を細胞集団に印加し、膜を透過化して、特許請求されるヌクレアーゼの細胞への通過を可能にすること、を含む方法を対象とする。1000~1500V、1501~1700V、1701~1900V、1901~2100V、又は2101~2500Vの他の範囲の電流が印加されてもよい。ヌクレアーゼはまた、リポフェクション若しくはポリマーベースのトランスフェクションを使用して、又はアデノ関連ウイルス若しくはレンチウイルスなどのウイルスベクターの使用で細胞に送達されてもよい。ヌクレアーゼは、リボ核タンパク質複合体、ヌクレアーゼをコードするDNAとして、又はヌクレアーゼをコードするメッセンジャーRNAとしてさらに送達されてもよい。真核生物細胞において、記載されたヌクレアーゼ(TevSaCas9を含む)は、1つ以上の核局在化配列(「NLS」)を通して、細胞の核を標的とすることができる。免疫寛容細胞を生成する用途については、ヌクレアーゼの混合物を適用することにより、細胞集団中のB2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A又はAAVS1(配列番号1~6)のうちの1つ以上を標的とする。ヌクレアーゼを正確なゲノム位置へ標的化するための特異的ガイドRNAには、核酸、又はメッセンジャーRNAによってコードされるヌクレアーゼが含まれ得る。DNAの置換、修復、又はゲノム位置への挿入を目的とする用途については、ドナーDNAはまた、線状2本鎖DNAによって、プラスミド若しくはウイルスベクターによってのいずれかで、単離され精製された核酸として含まれてもよい。ドナーDNAは、ヌクレアーゼ及びガイドRNAと共に、若しくは別個の配合物で別々に提供されてもよく、又はヌクレアーゼ及びガイドRNAの送達とは異なる方法で送達されてもよい。
【0021】
[0030]また本明細書に記載されるのは、規定された長さのDNA配列のヒト細胞への標的化挿入の方法であって、(a)細胞をex vivoで新規なヌクレアーゼに曝露すること、(b)1000~2500Vの電流を細胞集団に印加し、膜を透過化して、特許請求されるヌクレアーゼの細胞への通過を可能にすること、を含む方法である。
【0022】
[0031]真核生物細胞において、記載されたヌクレアーゼ(TevSaCas9を含む)は、1つ以上の核局在化配列(「NLS」)を通して、細胞の核を標的とすることができる。免疫寛容細胞を生成する用途については、ヌクレアーゼの混合物を適用することにより、細胞集団中のB2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A又はAAVS1(配列番号1~6)のうちの1つ以上を標的とする。
【0023】
[0032]外来性ドナーDNAの存在下では、細胞は、非相同末端結合を介した指向性ライゲーションを使用して、外来性DNA配列(全部又は一部)を標的ゲノムDNA内の2つの切断された部位の間に挿入することができる。
【0024】
[0033]操作されたCAR-T細胞の用途については、AAVS1セーフハーバー部位が、キメラ抗原受容体(CAR)(配列番号7)をコードするDNA配列を含有する外来性ドナーDNAによって標的(配列番号6)とされる。
【0025】
[0034]本出願は、I-TevIドメイン、リンカードメイン、SaCas9ドメイン、及びガイドRNAの異なる組合せを含有するキメラヌクレアーゼを含む新規な改変TevSaCas9ヌクレアーゼを対象とする。特に、キメラヌクレアーゼは、(a)配列番号8のアミノ酸配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含むI-TevIドメインと、(b)配列番号9~14のいずれか1つのアミノ酸配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含むリンカードメイン、及び/又は、配列番号15~16のいずれか1つのアミノ酸配列に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含むsaCa9と、を含み得る。
【0026】
[0035]B2M遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上述したようなキメラヌクレアーゼと、(b)配列番号17又は18の配列と少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるRNA配列を含むガイドRNAと、を含む。
【0027】
[0036]TRAC遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上述したようなキメラヌクレアーゼと、(b)配列番号19の配列と少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるRNA配列を含むガイドRNAと、を含む。
【0028】
[0037]TRBC遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上述したようなキメラヌクレアーゼと、(b)配列番号20の配列と少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるRNA配列を含むガイドRNAと、を含む。
【0029】
[0038]HLA-A遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上述したようなキメラヌクレアーゼと、(b)配列番号21の配列と少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるRNA配列を含むガイドRNAと、を含む。
【0030】
[0039]AAVS1遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、(a)上述したようなキメラヌクレアーゼと、(b)配列番号22の配列と少なくとも約90%、95%、97%、98%、99%の同一性を有するか、又はそれと同一であるRNA配列を含むガイドRNAと、を含む。
【0031】
[0040]特許請求される発明の実施形態は、複数の遺伝子を同時に編集して免疫寛容細胞を生成するために使用される組成物である。特に、組成物は、前段落で議論したキメラヌクレアーゼの混合物に、配列番号17及び19~21によるガイドRNAの混合物を、キメラヌクレアーゼと等モル比で組み合わせた混合物を対象とする。別の実施形態では、組成物は、前段落で議論したキメラヌクレアーゼの混合物に、配列番号18~21によるガイドRNAの混合物を、キメラヌクレアーゼと等モル比で組み合わせた混合物を対象とする。
【0032】
[0041]特許請求される発明の1つの実施形態は、I-TevIドメイン、リンカードメイン、及びRNA誘導ヌクレアーゼドメインの異なる組合せを含有する他のキメラヌクレアーゼの組成物である。特に、組成物は、配列番号44~49のキメラヌクレアーゼを対象とする。
【0033】
[0042]1つの態様では、本明細書に記載のヌクレアーゼは、2つの異なるヌクレアーゼから形成されたキメラヌクレアーゼである。キメラヌクレアーゼは、本明細書に記載のex vivo遺伝子編集用途及びin vivo用途に有用である。
【0034】
[0043]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、任意選択で、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、プランクトミケス細菌に由来する。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、デルタプロテオバクテリアに由来する。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、配列番号52に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17N、N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A、R966K、K967R、又はK968Rのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIリンカードメインは、配列番号57に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0035】
[0044]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス属種BV3L6に由来する。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸でアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸でアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、配列番号51に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、N74P、S76Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N103K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S169V、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S331A、T337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358A、N386D、I393V、L396A、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、A516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G552C、V557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G663N、Q665K、C673H、L683V、L697V、A711G、L717F、Q723E、A733L、E735D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D1111N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A,Q1295N、A1299N、又はL1304Kのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIリンカードメインは、配列番号57に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0036】
[0045]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、改変Cas9ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、改変Cas9ポリペプチドは、配列番号54に記載の未改変Cas9又はそのD10Eに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号58に対して少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌に由来する。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIリンカードメインは、配列番号57に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0037】
[0046]本明細書に記載されるキメラヌクレアーゼは、本明細書に記載されるCas12、Cas9、CasX、又はI-TevIヌクレアーゼの機能的断片を含み得る。そのような機能的断片は、N末端欠失、C末端欠失、又はヌクレアーゼのN末端とC末端とを保存する介在欠失のうちの1つ以上を含んでもよい。I-TevIヌクレアーゼのそのような機能的断片はまた、I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~93、I-TevIリンカー断片のアミノ酸94~150、ジンクフィンガードメインのアミノ酸151~170、又は人工リンカードメインのアミノ酸171~180のうちの1つ以上を含んでもよい。I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸R28は、DNA切断に必要である。ジンクフィンガードメインのアミノ酸C152、C154、C165及びC168は、I-TevIヌクレアーゼドメインによる効率的なDNA切断に必要である。SaCas9ドメインのそのような機能的断片もまた、アミノ酸の1つ以上を含み得る。ある特定の機能的断片が配列番号54を参照して本明細書に記載されている。ヌクレアーゼローブのアミノ酸1~39及び434~1052、認識ローブのアミノ酸41~424。認識ドメインの機能的断片は、N末端ヌクレアーゼローブに接続するブリッジヘリックスループを形成するアミノ酸41~72を含む。アミノ酸425~433は、認識ループとC末端ヌクレアーゼローブとを接続するリンカーループドメインを含む。ヌクレアーゼローブは、RuvC-Iドメインのアミノ酸1~39、RuvC-IIドメインのアミノ酸434~479、RuvC-IIIドメインのアミノ酸649~773、HNHドメインのアミノ酸519~627、くさび(WED)ドメインのアミノ酸787~908、PAM相互作用(PI)ドメインのアミノ酸909~1052のうちの1つ以上の機能的断片をさらに含む。PAM相互作用ドメインは、トポイソメラーゼホモロジー(TOPO)ドメインのアミノ酸909~967及びC末端ドメインのアミノ酸968~1052の機能的断片をさらに含む。HNHドメインは、L1リンカードメインのアミノ酸480~518によってRuvC-IIドメインに、かつL2リンカードメインのアミノ酸628~648によってRuvC-IIIに接続されている。RuvC-IIIとWEDドメインとは、リン酸ロックループドメインのアミノ酸774~786によって接続されている。saCas9ドメインのアミノ酸D10、H557、及びN580は、DNA切断に必要である。
【0038】
ヌクレアーゼ
[0047]いくつかの実施形態では、改変TevSaCas9ヌクレアーゼの組成物は、本明細書に記載されるようなI-TevI、SaCas9ドメイン、及びガイドRNAの異なる組合せを含有する。
【0039】
[0048]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、CasXポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、任意選択で、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1つ以上のアミノ酸残基において修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、配列番号52に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、R11K、R12K、V14S、K15A、S17N、N18A、A22V、G23S、T25S、P38D、K41K、E42K、N46K、L47R、N53V、I54M、P57V、T61N、S62A、R63A、A64N、E75K、H82Q、Q89K、P104S、N106K、I113K、N199K、S124T、S125A、C133G、Y137F、N145S、D146E、H151Y、S161A、R165K、N177S、L180A、R202K、N205T、G215A、C219Y、V236I、T241S、L248I、I254V、S269G、I290V、E291D、V297I、Q299R、I314L、E318D、Q323L、L333V、E359D、D360M、K362R、Q366S、N367G、L368V、A369T、G370A、Y371E、H404Y、H409Y、G410A、E411G、Y417F、V428I、E429A、S432T、K433S、L437R、S443A、A451V、I464L、A470M、I502V、L503V、I531L、G537K、L540I、N553S、I559L、S563G、V571L、N579Q、H589T、S607L、L608I、L620I、R623K、R624K、L644V、S646P、M652V、I657V、R679E、L684S、N686G、H689D、S696G、T702A、T737S、L742F、Y744H、Q748H、M751V、I753V、A771T、R777K、P792T、S818T、R823G、V824M、E826V、K827R、A832S、T833D、M836A、I839L、G841N、V846A、N860T、V862E、D864E、V867A、V877G、S883K、S889R、G890D、S894F、K908Q、N913D、F916H、T918V、R936N、Q938N、Y940F、K942S、S963A,R966K、K967R、又はK968Rのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、プランクトミケス細菌に由来する。特定の実施形態では、CasXポリペプチドは、デルタプロテオバクテリアに由来する。
【0040】
[0049]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、Cas12ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、V117、K135、N140、及びQ158に対応する1つ以上のアミノ酸残基において修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117Fに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117、K135、及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのV117F、K135R、及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135及びN140に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK135R及びN140Sに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26、T95、及びQ158に対応するアミノ酸においてアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はリンカーは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、アシダミノコッカス属種BV3L6に由来する。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、配列番号51に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、Cas12ポリペプチドは、T1S、Q2N、E4S、G5E、N8H、L9K、K28E、H29N、I30L、Q31T、E32A、Q33Y、F35M、I36V、E37N、E38D、A41L、N43S、D44E、H45N、E48K、I52V、R55K、T59Y、Y60F、A61I、D62E、Q63E、C64T、Q66K、L67H、Q69A、L70I、N74P、S76Y、A77K、D80T、S81A、Y82F、E85D、E88L、T90N、R91N、N92T、A93N、I95R、E97I、A99D、T100N、Y101C、N103K、A104S、H106A、D107G、I110E、R112K、T113V、D114P、R159K、S169V、S185A、A187S、I192L、D195E、K201I、T212K、R218N、N223T、I228T、S233G、I236L、E237D、V239I、F242V、Q249C、Y257F、V279T、I284V、F305Y、N313S、S324N、I329L、S331A、T337E、L338K、L345I、E349Q、S357L、I358A、N386D、I393V、L396A、I400L、S403N、V408I、Q409E、G427D、K428D、Q436A、L442I、S468V、Q469L、S472A、L473V、L479T、E487D、S488D、A497V、L510I、A516V、K522Q、Q535S、M536N、S541D、V545E、K549Q、N550Q、G552C、V557E、N559E、S586N、Y596Q、A601S、I604L、A613D、S628N、E637T、A657D、K660R、G663N、Q665K、C673H、L683V、L697V、A711G、L717F、Q723E、A733L、E735D、Y740F、K751E、K756A、G766A、I778V、R793P、L844F、I858V、S865T、I874L、H898N、I903V、I916A、L931F、K941N、N945Q、V951I、S958T、V959A、D965E、I938V、H984Q、A1009S、C1024Y、G1037S、T1049E、G1055R、T1056N、Y1068F、L1075A、V1083R、K1085G、L1097I、H1104K、D1106N、D1111N、L1122K、A1134D、V1138I、D1147A、V1160E、P1161F、R1171Q、R1173E、Y1176L、N1205T、D1207N、S1220L、V1221T、A1230E、N1237S、L1243I、M1259K、Q1274L、G1291A,Q1295N、A1299N、又はL1304Kのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNA内のI-TevI認識部位に対する切断活性を有する。
【0041】
[0050]1つの態様では、本明細書に記載されるのは、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメイン、改変Cas9ポリペプチド、並びにガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであり、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号53に記載の未改変I-TevIヌクレアーゼのK26R、T95S、及びQ158Rに対応するアミノ酸修飾を含み、改変Cas9ポリペプチドは、配列番号54に記載の未改変Cas9又はそのD10Eに対応するアミノ酸修飾を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメイン及び/又はI-TevIリンカードメインは、配列番号58に対して少なくとも約80%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは、核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、Cas9ポリペプチドは、黄色ブドウ球菌に由来する。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号55のアミノ酸配列(PKKKRKV)を含むSV40核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号56のアミノ酸配列(KRPAATKKAGQAKKKK)を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIリンカードメインは、配列番号57に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号58に対して少なくとも約85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、2本鎖DNA内のI-TevI認識部位に対する切断活性を有する。
【0042】
I-TevIドメイン
[0051]配列番号8における配列は、タンパク質安定性の増加を助けてN末端分解を予防することが公知の2位でのグリシン置換を除いて、I-TevIの野生型である。本明細書に言及される特異的置換に関しては、番号付けは、グリシン安定化を欠くタンパク質の野生型に対応する。したがって、I-TevIの安定化型では、配列番号8の27位のリジンは、2位にグリシンを有さない野生型位置に対応するK26と称される。他のI-TevI突然変異は、それに応じて参照される。T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、E81Iを含めて、I-TevIヌクレアーゼ活性に対してほとんど効果を有さないことが知られているI-TevIドメインに対するいくつかのI-TevI置換がある(I-TevIの野生型を参照)。I-TevIのヌクレアーゼ活性は、I-TevIドメインを含有するキメラヌクレアーゼを、公知のI-TevI標的を含有する線状DNAと混合し、切断反応の産物をアガロースゲル上で分解することによってアッセイすることができる。I-TevIヌクレアーゼが活性である場合、予想されたサイズの産物が存在する。特定の実施形態では、I-TevIへの置換は、野生型の未改変I-TevIと比較して、I-TevIヌクレアーゼ活性の少なくとも50%、60%、70%、80%、90%以上が保存されることを可能にする。
【0043】
[0052]I-TevIヌクレアーゼドメインの他の型は、K26及び/又はC39などの、I-TevIによって認識される配列を変更する突然変異を含む、I-TevIドメインによって標的とされる部位又はI-TevIドメインの活性を変更するための突然変異の異なる組合せを含有し得る。ヌクレアーゼの他の型は、I-TevIドメインを他のGIY-YIGヌクレアーゼドメイン、例えば、I-BmoI、Eco29kIなどで置換してもよい。I-TevIの一部の型は、大腸菌で発現される場合、処理の結果としてMet1を含有しない。
【0044】
[0053]特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8に対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、T11V、V16I、N14G、E25D、K26R、R27A、E36S、K37N、G38N、C39V、S41H、L45F、F49Y、I60V、及びE81Iのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、K26R置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8を含む。
【0045】
リンカードメイン
[0054]特定の実施形態では、I-TevIヌクレアーゼドメインは、リンカーによってsaCas9に接合される。リンカーは、I-TevIリンカー(アミノ酸93~150又はI-TevI)を含み得る。リンカーは、あるいは、又はさらに10~100個のアミノ酸を含む柔軟なアミノ酸リンカーを含み得る。そのようなリンカーは、構造化されていないか、又はGly-Serを含み得る。
【0046】
[0055]特定の実施形態では、リンカーは、配列番号9~14又は59のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、S101Y、A119D、K120N、K135N、K135R、P126S、D127K、N140S、T147I、Q158R、A161V、又はS165Gのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、T95S、V117F、K135R、N140S、又はQ158Rのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、リンカーは、配列番号9~14又は59のうちのいずれか1つから選択されるペプチドである。
【0047】
SaCas9ドメイン
[0056]ヌクレアーゼの他の型は、SaCas9ドメインを配列25~28の他の天然に存在しないSaCas9又はSpCas9ドメインで置換してもよい。キメラヌクレアーゼの他の型は、SaCas9ドメインを、配列番号44~48のキメラヌクレアーゼTevCas12a又は配列番号49のTevCasXを含む他のヌクレアーゼで置換してもよい。キメラヌクレアーゼのさらなる実施形態は、SaCas9ドメインを、他のクラス1又はクラス2 CRISPR-Casタンパク質、CRISPR-Cas3、CRISPR-カスケード、Cas13dに置換してもよい。ヌクレアーゼの他の型は、SaCas9ドメインを、核酸を結合することができるポリペプチド配列、他のポリペプチド配列を結合することができるポリペプチド配列、ポリペプチド標的化配列を含む他の異種ポリペプチド配列で置換してもよい。他の異種配列は、1~10個の他のポリペプチドドメインを含んでもよい。
【0048】
[0057]特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つを含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、若しくは28のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又は配列番号15、16、26、27、若しくは28のうちのいずれか1つに対して同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、T267A、L325F、V327I、D333G、A336S、I341L、E345D、D348N、K352E、S360A、T368A、N369E、N371E、S372P、E373K、K386T、N393R、H408N、N410S、I414M、A415T、T438S、Y467F、N471K、D485E、M489F、E506K、R409K、T510E、N515K、Y518F、A539P、F550Y、N551H、S596A、T602I、A611S、I617V、T620K、G654E、N667D、R685K、K695Q、I706V、K722T、A723T、K724N、M731T、F732V、K735Q、S739N、P741L、E742G、E746D、Q747D、I754D、T755I、H757R、K760Q、H761S、P778I、E781K、I783V、N784D、D785E、T786L、L787V、Y788H、K792E、D794T、T798R、L799I、V801I、N803S、L804I、N805K、G806N、D813G、K814E、L818I、I819F、S822P、E824G、L841T、G847S、D848N、Y857H、V875I、I876V、N884K、A888V、L890R、D894G、D895H、P897L、V903I、G920D、F924L、N929Y、E936D、N937G、V941I、N942D、S943L、C945A、E947K、K951R、L952Q、S956N、N957E、Q958K、A959S、N974D、G975K、V983A、N984S、N985D、D986G、I991V、V993L、M995F、I996V、T999N、Y1000K、R1001E、E1002D、L1004I、E1005K、N1006M、M1007N、D1009L、K1010S、R1011T、P1012S、P1013F、I1015L、I1016R、A1020G、S1021K、Q1024K、K1027S、E1039K,H1045K、I0148M、又はK1050Mのうちのいずれか1つ以上から選択される置換を含む。特定の実施形態では、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、D10E置換を含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8を含み、リンカーは、配列番号9~14又は59のうちのいずれか1つを含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つを含む。特定の実施形態では、改変I-TevIヌクレアーゼドメインは、配列番号8のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含み、リンカードメインは、配列番号9~14のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるか、又はそれと同一であるアミノ酸配列を含み、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインは、配列番号15、16、26、27、又は28のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%、90%、95%、97%、98%、99%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0049】
ドナーDNA及び治療用細胞集団
[0058]本明細書に記載される方法及び技術は、ex vivoでの細胞又は細胞集団の遺伝子改変に有用である。そのようなex vivo改変は、治療用細胞の産生に有用であり得る。そのような治療用改変は、ゲノムDNA配列の除去又は破壊を含み得る。他の治療用改変は、ゲノムDNA配列の置き換え又は修復を含んでもよい。本明細書に記載のドナーDNAは、既存の遺伝子を置換若しくは修復する(すなわち、疾患に起因する1つ以上の遺伝子突然変異を修正する)ために細胞のゲノム内の特定の部位に、又はAAVS1などのセーフハーバー部位に、標的化され得る。外来性ドナーDNAは、相同組換えによる組込みのために構成され得る。そのような相同組換えによる組込みのため外来性ドナーDNAは、第1の隣接相同領域、目的の外来性ポリヌクレオチド配列、及び第2の隣接相同領域を含み得る。あるいは、外来性ドナーDNAは、非相同末端結合の助けにより、単一の2本鎖切断又は2重の2本鎖切断でのゲノム位置への組込みによってゲノム位置に挿入されてもよい。
【0050】
[0059]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、多能性細胞から産生され得る。特定の実施形態では、治療用細胞又は多能性細胞の集団は、ネズミ、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ、又はヒトの多能性細胞のうちのいずれか1つ以上を含むか、又はそれから成る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、多能性細胞を含むか、又はそれから成る。多能性細胞は、動物組織から単離されても、多能性幹細胞を誘導するための公知の方法を使用して誘導されてもよい。
【0051】
[0060]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、免疫細胞から産生され得る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ネズミ、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ、又はヒトの免疫細胞のうちのいずれか1つ以上を含むか、又はそれから成る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ヒト免疫細胞を含むか、又はそれから成る。
【0052】
[0061]細胞は、異種免疫細胞の単離された細胞集団(例えば、末梢血単核細胞)、又はリンパ球、T細胞、B細胞、若しくはNK細胞などの特定の免疫細胞の単離かつ精製された集団であり得る。そのような細胞集団は、磁気ビーズ選択(ポジティブ又はネガティブ選択)などの当該技術分野で公知の技術によって、約80%、85%、90%、又は95%を超える高純度に単離され得る。
【0053】
[0062]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、哺乳動物造血幹細胞から産生され得る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ネズミ、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ、又はヒトの造血幹細胞のうちのいずれか1つ以上を含むか、又はそれから成る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ヒト造血幹細胞を含むか、又はそれから成る。
【0054】
[0063]治療用細胞又は治療用細胞の集団は、哺乳動物間葉系幹細胞から産生され得る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、ネズミ、イヌ、ネコ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ、又はヒトの間葉系幹細胞のうちのいずれか1つ以上を含むか、又はそれから成る。特定の実施形態では、治療用細胞又は治療用細胞の集団は、間葉系幹細胞を含むか、又はそれから成る。
【0055】
[0064]特定の実施形態では、治療用細胞は、CAR T細胞である。特定の実施形態では、治療用細胞は、CAR NK細胞である。したがって、本明細書に記載のキメラヌクレアーゼを用いて送達されるドナーDNAは、キメラ抗原受容体(CAR)をコードすることができる。CARは、一般に、抗体に由来する標的化部分、膜貫通ドメイン、及びT細胞又はNK細胞の細胞傷害性を活性化する1つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
【0056】
[0065]特定の実施形態では、治療用細胞は、ユニバーサルCAR T又は低減された免疫原性を有するCAR Tである。そのような低減された免疫原性は、T細胞受容体α鎖、T細胞受容体β鎖、又はMHC遺伝子(例えば、B2M、HLA-A、HLA-B、又はHLA-C)に1つ以上の破壊を導入することによって達成することができる。
【0057】
[0066]TevSaCas9キメラヌクレアーゼが2本鎖DNAを切断すると、Cas9は平滑末端を残し、I-TevIは、2つのヌクレオチドの3’突出末端を残す。供給されるドナーDNAは、平滑末端、及びTevSaCas9切断部位において作出された3’突出末端を結合するように構成された2つのヌクレオチドの3’突出末端を含み得る。
【0058】
[0067]1つの態様では、ドナーDNAは、機能的遺伝子をコードすることが知られていないゲノム部位に挿入されるように意図されるDNA配列を含む。そのような部位の例は、AAVS1である。それはまた、標的ゲノムDNA内で見られないDNA配列を含み、これらの配列は有用な遺伝子及び/又は他のDNAエレメントをコードし得る。特定の実施形態では、ドナーDNAは、ヌクレアーゼによって切断された同じ長さの2本鎖DNAを含み、またTevSaCas9によって切断されたものに対して相補的DNA末端も含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、リン酸化されているDNAの5’末端を含む。特定の実施形態では、ドナーDNAは、I-TevI標的部位及びSaCas9標的部位を含む環状2本鎖DNAを含み、2本鎖DNAから切断された産物は、TevSaCas9によって切断されたものに対して相補的な末端を含有する。
【0059】
ガイドRNA
[0068]ガイドRNAの他の型は、B2M、TRAC、TRBC、HLA-A、AVVS1遺伝子におけるDNAの同じ領域を標的としてもよいが、集団における遺伝的多型の主な原因となる異なる配列を含有する。ガイドRNAの他の型は、B2M、TRAC、TRBC、HLA-A、AVVS1における異なる配列を標的としてもよい。ガイドRNAの他の型は、ゲノム内の他の配列を標的として、hROSA26及びCCR5などの追加のセーフハーバー部位に対してヌクレアーゼを再標的化させてもよい。他の型は、同じ遺伝子内の複数の配列を標的とするために、ガイドRNAの混合物を含有してもよい。記載の発明のガイドRNAは、活性(例えば、標的結合及びヌクレアーゼ結合)に必要な全てのエレメントを含む1本鎖を含み得る。あるいは、ガイドRNAは、2以上の核酸間の塩基対合により単一部分を形成する2以上の非共有結合核酸を含み得る。ガイドRNAの他の型は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロアデニン、8-アミノアデニン、8-チオールアデニン、8-チオアルキルアデニン、8-ヒドロキシルアデニン、8-ハログアニン、8-アミノグアニン、8-チオールグアニン、8-チオアルキルグアニン、8-ヒドロキシルグアニン、5-ハロウラシル、5-ブロモウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、5-ハロシトシン、5-ブロモシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6、又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンが挙げられるが、これらに限定されない、安定化のための異なる核酸塩基を含み得る。ガイドRNAの他の型は、架橋核酸又はロック核酸などの他の核酸を含んでもよい。
【0060】
[0069]本明細書に記載のガイドRNAは、非天然ヌクレオシド間結合、核酸模倣物、修飾糖部分、及び修飾核酸塩基のうちの1つ以上をさらに含み得る。特定の実施形態では、非天然ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート、ホスホロアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、3’-アルキレンホスホネート、5’-アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、3’-アミノホスホロアミデート、アミノアルキルホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、核酸模倣物は、ペプチド核酸(PNA)、モルフォリノ核酸、シクロヘキセニル核酸(CeNA)、又はロック核酸(LNA)のうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾糖部分は、2’-O-(2-メトキシエチル)、2’-ジメチルアミノオキシエトキシ、2’-ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-O-メチル、及び2’-フルオロのうちの1つ以上を含む。特定の実施形態では、修飾核酸塩基は、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-チオアルキル、8-ヒドロキシル、5-ハロ、5-ブロモ、5-トリフルオロメチル、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザ-アデニン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンのうちの1つ以上を含む。
【0061】
[0070]ドナーDNAの組成: 上述したような2本鎖ドナーDNAの他の型は、ビオチンなどの異なる5’-末端化学修飾を含有する。ドナーDNAの他の型は、2’-フルオロ、2’-アミノ、及び2’-O-メチルが挙げられるが、これらに限定されないリボースの2’位に対する安定性修飾を含んでもよい。ドナーDNAの他の型は、反転dT又はビオチンなどの3’-末端修飾を含有してもよい。ドナーDNAの他の型は、リボース糖の2’-O及び4’-C原子がメチレン架橋を通して接合されているロック核酸(LNA)を含み得る。2本鎖ドナーDNAの他の型は、TevSaCas9による切断がゲノム標的に対して相補的なDNA末端を作り出すTevSaCas9標的部位を含有する環状プラスミドDNAを含み得る。2本鎖ドナーDNAは、合成又は増幅された線状2本鎖DNAを含んでもよい。特定の実施形態では、ドナーDNAは、アデノ関連ウイルス又はレンチウイルスなどのウイルスベクターを使用して供給される。
【0062】
キメラヌクレアーゼの産生
[0071]本明細書に記載のキメラヌクレアーゼは、WO2020/225719A1に記載されるような大腸菌発現系を使用することを含む多くの方法で産生され得る。あるいは、キメラヌクレアーゼは、標的細胞内のヌクレアーゼの発現及び産生を支持する1つ以上の遺伝子ベクターを供給することによって改変される標的細胞によって産生されてもよい。さらに、ベクターは、キメラヌクレアーゼを特定のゲノム領域に標的化するためのガイドRNAの発現を指示する配列を提供してもよい。
【0063】
[0072]本明細書に記載されるような遺伝子操作された細胞を産生するための例示的な方法を以下に説明する。
【0064】
[0073]細胞の集団を、Tフラスコ内で70~90%コンフルエントまで増殖させる。細胞を遠心分離によって採取し、バッファーT(インビトロジェン(登録商標)、米国カリフォルニア州カールスバッド)中に1mL当たり1.0×10個細胞(実際の範囲:1mL当たり0.2~2×10個細胞)を再懸濁させる。Neon(登録商標)トランスフェクションシステム(サーモフィッシャーサイエンティフィック(登録商標)、米国マサチューセッツ州ウォルサム)を用いて、2000V(実際の範囲:1100~2500)、20ミリ秒(実際の範囲:10~30ミリ秒)、及び1パルス(実際の範囲:1~4)にて、配列番号25~49から選択されるものを含めた本明細書に記載のヌクレアーゼで細胞をエレクトロポレーションし、トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタン又はリン酸緩衝生理食塩水に配合した。細胞を、0.3g/Lのグルタミン及び2g/Lのグルコース(シグマ-アルドリッチ(登録商標)、英国アーバイン)、10%のウシ胎仔血清(シグマ-アルドリッチ(登録商標)、カナダ国オンタリオ州オークビル)、2mMのL-グルタミン、及び100単位のペニシリンと0.1mgのストレプトマイシン/mL(シグマ-アルドリッチ(登録商標)、米国ミズーリ州セントルイス)を含むRPMI 1640に24時間回収する。Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec(登録商標)、米国マサチューセッツ州サマービル)を用いて死細胞を除去する。ポリメラーゼ連鎖反応によって標的遺伝子を増幅し、標的化アンプリコンシーケンシング(GENEWIZ、米国ニュージャージー州サウスプレインフィールド)によって編集された細胞の割合を測定することによって、ノックアウト効率を測定する。アンプリコンシーケンシングは、特定のゲノム領域の遺伝的変異を分析することを可能にする標的化次世代シーケンシングの方法である。この方法は、PCRを使用してアンプリコンと呼ばれるDNAの配列を作り出す。異なる試料由来のアンプリコンは多重化することができ(インデックス付け又はプール化とも称される)、これは、試料が特定され得るように、試料にバーコード(インデックス)を付与することを伴う。多重化の前に、アンプリコンシーケンシングに使用される個々の試料は、アダプターを付加して、PCR増幅を介して標的領域を富化することによってライブラリーに変換しなければならない。アダプターは、インデックス付きアンプリコンの形成を可能にし、アンプリコンをシーケンシング用フローセルに接着させる。アンプリコンシーケンシングは、典型的には、細胞集団中の変異体検出に使用される。
【0065】
[0074]ex vivo細胞療法を作り出す方法 改変された細胞療法を製造する方法:脂質ナノ粒子、ポリマー、ウイルスベクター、又は細胞膜透過性ペプチドなどの、ヌクレアーゼを細胞に送達するための他の方法が使用されてもよい。キメラヌクレアーゼ又はガイドRNAは、別々に、又は1本鎖若しくは2本鎖のいずれかの形態でDNA若しくはRNAと組み合わせて送達されてもよい。さらに、キメラヌクレアーゼは、以下のエレメント:5’キャップ、5’非翻訳領域、コード配列、3‘非翻訳領域、及びポリアデニン(ポリA)テールのうちの1つ以上を含有するRNAとして送達されてもよい。RNAは、5-メチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、アデニンの6-メチル誘導体、グアニンの6-メチル誘導体、アデニンの2-プロピル誘導体、グアニンの2-プロピル誘導体、2-チオウラシル、2-チオチミン、2-チオシトシン、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシン、6-アゾチミン、偽ウラシル、4-チオウラシル、8-ハロアデニン、8-アミノアデニン、8-チオールアデニン、8-チオアルキルアデニン、8-ヒドロキシルアデニン、8-ハログアニン、8-アミノグアニン、8-チオールグアニン、8-チオアルキルグアニン、8-ヒドロキシルグアニン、5-ハロウラシル、5-ブロモウラシル、5-トリフルオロメチルウラシル、5-ハロシトシン、5-ブロモシトシン、5-トリフルオロメチルシトシン、5-置換ウラシル、5-置換シトシン、7-メチルグアニン、7-メチルアデニン、2-F-アデニン、2-アミノ-アデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-デアザグアニン、7-デアザアデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、3環性ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、7-デアザグアノシン、2-アミノピリジン、2-ピリドン、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジン、N-2、N-6又はO-6置換プリン、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシル、及び5-プロピニルシトシンが挙げられるが、これらに限定されないさまざまな核酸塩基を安定化のために含み得る。
【0066】
[0075]別の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、トランスポゾンベクター、及びアデノ関連ウイルスベクターが挙げられるが、これらに限定されない組込み型ベクターとして送達されてもよい。キメラヌクレアーゼはまた、Nucleofector(商標)(ロンザ、スイス国バーゼル)、MaxCyte(メリーランド州ゲイザースバーグ)又はCliniMACS(登録商標)(ドイツ国ベルギッシュ・グラートバッハ)が挙げられるが、これらに限定されない他のエレクトロポレーションシステムによって送達されてもよい。
【0067】
[0076]キメラヌクレアーゼは、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤のうちの1つ以上を含む医薬組成物にさらに含まれてもよい。用語「薬学的に許容される賦形剤」は、本明細書で使用される場合、本発明の医薬組成物の活性成分(例えば、本発明の化合物)と適合性があり(好ましくは、それを安定化することができる)、処置される対象に有害ではない担体及びビヒクルを表す。例えば、本発明の化合物とともに特定のより可溶性の複合体を形成する可溶化剤は、化合物の送達のために医薬賦形剤として利用され得る。好適な担体及びビヒクルは、当業者に公知である。本明細書で使用される用語「賦形剤」は、全てのそのような担体、アジュバント、希釈剤、溶媒、又は他の不活性添加剤を包含する。医薬製剤は、例えば、水又は他の溶媒などの当該技術分野において一般的に使用される不活性希釈剤、可溶化剤、及び乳化剤、例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、1,3-ブチレングリコール、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、及びソルビタンの脂肪酸エステル、シクロデキストリン、アルブミン、ヒアルロン酸、キトサン、並びにそれらの混合物を含有する。ポリエチレングリコール(PEG)は、溶解性、安定性、半減期、及び他の薬学的に有利な特性のうちの所望の特性を得るために使用され得る。安定化構成成分の代表的な例としては、ポリソルベート80、L-アルギニン、ポリビニルピロリドン、トレハロース、及びそれらの組合せが挙げられる。溶液結合剤又は抗酸化剤などの、使用できる他の賦形剤としては、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、炭酸カルシウム、第二リン酸カルシウム、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋結合ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、ポビドン、α化デンプン、プロピルパラベン、パルミチン酸レチニル、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、グリコール酸デンプンナトリウム、ソルビトール、デンプン(トウモロコシ)、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンA、ビタミンE(α-トコフェロール)、ビタミンC、及びキシリトールが挙げられるが、これらに限定されない。
【0068】
特定の実施形態
本開示の特定の具体的に番号付けされた実施形態を記載する。
1. 改変I-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、及び改変RNA誘導ヌクレアーゼドメインを含む、ポリペプチド。
2. 改変I-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメイン、及びガイドRNAを含むキメラヌクレアーゼであって、2つの活性ヌクレアーゼ部位を有する、キメラヌクレアーゼ。
3. 改変I-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号8又はその断片である、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
4. リンカーが、配列番号9~14又はその断片のうちのいずれか1つから選択されるペプチドである、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
5. RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27、若しくは28、又はそれらの断片のうちのいずれか1つである、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
6. 改変I-TevIヌクレアーゼドメインが、配列番号8又はその断片であり、リンカーが、配列番号9~14又はそれらの断片のうちのいずれか1つであり、RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号15、16、26、27、若しくは28、又はそれらの断片のうちのいずれか1つである、実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼ。
7. 標的とされる哺乳動物遺伝子を破壊する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを投与することを含み、標的細胞のゲノムDNAが、内在性遺伝子の発現を破壊するように改変される、方法。
8. 標的とされる遺伝子の全てが破壊される、実施形態7に記載の標的とされる哺乳動物遺伝子を破壊する方法。
9. 標的とされる遺伝子の一部が破壊される、実施形態7に記載の標的とされる哺乳動物遺伝子を破壊する方法。
10. 細胞の遺伝子構造を編集する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを投与することを含む、方法。
【0069】
11. 前記キメラヌクレアーゼが、外来性DNAの存在下で投与される、実施形態10に記載の細胞の遺伝子構造を編集する方法。
12. 前記キメラヌクレアーゼが、標的細胞の核に投与される、実施形態10に記載の細胞の遺伝子構造を編集する方法。
13. 1つ以上の核局在化配列が、キメラヌクレアーゼを投与するために使用される、実施形態12に記載の細胞の遺伝子構造を編集する方法。
14. 前記キメラヌクレアーゼが、ゲノムDNAに送達される、実施形態10に記載の方法。
15. 前記キメラヌクレアーゼが、標的細胞のゲノムDNAに送達される、実施形態14に記載の方法。
16. 標的細胞が免疫細胞である、実施形態15に記載の方法。
17. 免疫細胞がT細胞である、実施形態16に記載の方法。
18. 標的細胞が多能性細胞である、実施形態15に記載の方法。
19. 多能性細胞が人工多能性細胞である、実施形態18に記載の方法。
20. 前記キメラヌクレアーゼが、DNA発現カセットを使用して標的細胞のゲノムDNAに送達される、実施形態15に記載の方法。
【0070】
21. 前記方法が、ウイルスベクターを使用しない、実施形態10に記載の方法。
22. 前記キメラヌクレアーゼが、単離された標的細胞に投与される、実施形態15に記載の方法。
23. 前記単離された標的細胞が、ex vivoで培地に単離される、実施形態22に記載の方法。
24. 前記単離された標的細胞が、外来性ドナー細胞である、実施形態23に記載の方法。
25. キメラヌクレアーゼと共に、単離された標的細胞の前記ex vivo培養物が、エレクトロポレーションに供される、実施形態23に記載の方法。
26. エレクトロポレーションが、1000~2500Vの電流で適用される、実施形態25に記載の方法。
27. 前記キメラヌクレアーゼが、エレクトロポレーション後に、前記単離された標的細胞をex vivoで透過する、実施形態20に記載の方法。
28. 前記細胞が、動物細胞、細菌細胞、昆虫細胞、及び植物細胞から成る群から単離される、実施形態14に記載の方法。
29. 規定の長さのゲノムDNAを欠失する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達することを含む、方法。
30. 改変されたゲノムDNAは、遺伝子をアウトオブフレームでノックアウトすることによって、内在性遺伝子の発現を破壊する、実施形態29に記載の方法。
【0071】
31. 1つ以上の規定の長さの選択外来性DNAを標的細胞のDNAに挿入する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを、標的細胞に送達することを含む、方法。
32. 投与されたキメラヌクレアーゼが、外来性ドナーDNAの存在下で、1つ以上の規定の長さの選択外来性DNAを標的細胞のDNAに挿入する、実施形態31に記載の方法。
33. 前記外来性ドナーDNAが、標的細胞のDNAに挿入される、実施形態32に記載の方法。
34. 前記規定の長さの選択DNAが、1つ以上の機能的遺伝子又は1つ以上のその断片を含む、実施形態31に記載の方法。
35. 標的細胞のDNA中の1つ以上の規定の長さの選択DNAを欠失する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達することを含む、方法。
36. キメラヌクレアーゼが、外来性ドナーDNAの非在下で投与される、実施形態35に記載の方法。
37. キメラヌクレアーゼが、標的細胞のゲノムDNAを改変して、1つ以上の外来性遺伝子を発現させる、実施形態32又は35に記載の方法。
38. 標的細胞中の1つ以上の規定の長さの選択ゲノムDNAを欠失し、1つ以上の規定の長さの選択外来性DNAを標的細胞のDNAに挿入する方法であって、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを標的細胞に送達することを含み、前記選択外来性DNAが、改変されたゲノムDNAの欠失部分に挿入されるか、又は選択ゲノムDNAの異なる位置に挿入される、方法。
39. 前記外来性遺伝子が、キメラ抗原受容体を発現する、実施形態32、35、又は38に記載の方法。
40. 前記キメラヌクレアーゼが、標的とされる細胞のゲノムDNA上の2つの独立した部位を標的とする、実施形態10に記載の方法。
【0072】
41. 標的細胞のゲノムDNAが、標的とされる細胞のゲノムDNA上の独立した部位のうちの1つで切断される、実施形態40に記載の方法。
42. 標的細胞のゲノムDNAが、標的とされる細胞のゲノムDNA上の両方の独立した部位で切断され、ゲノムDNAに2つの切断された部位を作り出す、実施形態40に記載の方法。
43. 切断されたゲノムDNAが、30~36塩基の長さである、実施形態41又は42に記載の方法。
44. 切断が、外来性ドナーDNAの存在下で起こる、実施形態42に記載の方法。
45. 外来性ドナーDNAが、2つの切断された部位の間に挿入される、実施形態44に記載の方法。
46. 外来性ドナーDNAの全体が、2つの切断された部位の間に挿入される、実施形態45に記載の方法。
47. 外来性ドナーDNAの一部が、2つの切断された部位の間に挿入される、実施形態45に記載の方法。
48. 外来性ドナーDNAが、2つの切断された部位の間に特定の配向で挿入される、実施形態45~47に記載の方法。
49. 外来性ドナーDNAが、直接ライゲーション、マイクロホモロジー末端結合、又は非相同末端結合によってゲノムDNAに結合される、実施形態48に記載の方法。
50. 前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号17若しくは18のいずれか、又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼが、B2M遺伝子を標的とし、かつそれを切断する、実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法。
【0073】
51. 前記キメラヌクレアーゼが、B2M遺伝子のアウトオブフレーム突然変異を生成する、実施形態50に記載の方法。
52. 前記アウトオブフレーム突然変異が、適切なB2Mタンパク質生成又は機能を阻害する、実施形態51に記載の方法。
53. 前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号19又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼが、TRAC1遺伝子を標的とし、かつそれを切断する、実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法。
54. 前記キメラヌクレアーゼが、TRAC1遺伝子のアウトオブフレーム突然変異を生成する、実施形態53に記載の方法。
55. 前記アウトオブフレーム突然変異が、適切なTRAC1タンパク質生成又は機能を阻害する、実施形態54に記載の方法。
56. 前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号20又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼが、TRCB1遺伝子を標的とする、実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法。
57. 前記キメラヌクレアーゼが、TRCB1遺伝子のアウトオブフレーム突然変異を生成する、実施形態56に記載の方法。
58. 前記アウトオブフレーム突然変異が、適切なTRCB1タンパク質生成又は機能を阻害する、実施形態57に記載の方法。
59. 前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号21又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼが、HLA-A遺伝子を標的とし、かつそれを切断する、実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法。
60. 前記キメラヌクレアーゼが、HLA-A遺伝子のアウトオブフレーム突然変異を生成する、実施形態59に記載の方法。
【0074】
61. 前記アウトオブフレーム突然変異が、適切なHLA-Aタンパク質生成又は機能を阻害する、実施形態60に記載の方法。
62. 前記キメラヌクレアーゼのガイドRNAが、配列番号22又はその断片であり、前記キメラヌクレアーゼが、AAVS1遺伝子を標的とする、実施形態41又は42のいずれか1つに記載の方法。
63. AAVS1遺伝子が、外来性ドナーDNAの存在下で標的とされる、実施形態62に記載の方法。
64. AAVS1遺伝子のセーフハーバー部位が標的とされる、実施形態63に記載の方法。
65. キメラヌクレアーゼが、AAVS1遺伝子上の2つの部位を標的とする、実施形態63に記載の方法。
66. 外来性ドナーDNAが、AAVS1遺伝子上の2つの標的化部位の間に組み込まれる、実施形態65に記載の方法。
67. 外来性ドナーDNAが、キメラ抗原受容体を発現するDNA配列を含有する、実施形態63~66のいずれか1つに記載の方法。
68. 組み込まれた外来性ドナーDNAが、非相同末端結合を介して保持される、実施形態67に記載の方法。
69. 配列番号7のCD19を標的とするキメラ抗原受容体が、AAVS1部位に挿入される、実施形態67に記載の方法。
70. LoxP部位がAAVS1に挿入される、実施形態63に記載の方法。
【0075】
71. LoxP部位が、配列番号24のものである、実施形態70に記載の方法。
72. 免疫寛容細胞を生成する方法であって、実施形態6に記載の2つ以上のキメラヌクレアーゼの混合物を投与することを含む、方法。
73. 前記キメラヌクレアーゼが、B2M、TRAC1、TRBC1、HLA-A、及びAAVS1から成る群より選択される1つ以上の遺伝子を標的とする、実施形態72に記載のキメラヌクレアーゼの混合物を投与することを含む免疫寛容細胞を生成する方法。
74. 前記キメラヌクレアーゼの前記混合物が、配列番号17、18、19、20、及び21、又はそれらの断片から成る群より選択される複数のガイドRNAを含有する、実施形態73に記載の免疫寛容細胞を生成する方法。
75. 複数のガイドRNAを含有するキメラヌクレアーゼの前記混合物が、同時に投与される、実施形態73に記載の免疫寛容細胞を生成する方法。
76. 前記混合物が複数のガイドRNAを含有して、標的細胞の同じ外来性DNA内の複数の配列を標的とする、実施形態75に記載の免疫寛容細胞を生成する方法。
77. キメラヌクレアーゼとガイドRNAとの比が等モルである、実施形態75に記載の免疫寛容細胞を生成する方法。
78. 実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼを含有する製剤であって、配列番号17、18、19、20、及び21、又はそれらの断片から選択される複数のガイドRNAを含有するキメラヌクレアーゼの混合物を含み、前記キメラヌクレアーゼが、標的細胞の同じ外来性DNA内の複数の配列を標的とする、製剤。
79. キメラヌクレアーゼとガイドRNAとの比が等モルである、実施形態76に記載の製剤。
80. 配列番号29~33又はそれらの断片のうちのいずれか1つの全アミノ酸配列を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
【0076】
81. 配列番号34~38又はそれらの断片のうちのいずれか1つの全アミノ酸配列を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
82. 配列番号39~43又はそれらの断片のうちのいずれか1つの全アミノ酸配列を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
83. 配列番号44~48又はそれらの断片のうちのいずれか1つの全アミノ酸配列を含む、実施形態1に記載のポリペプチド。
84. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも80%を含む、ポリペプチド。
85. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも85%を含む、ポリペプチド。
86. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも90%を含む、ポリペプチド。
87. 配列番号29のアミノ酸配列の少なくとも95%を含む、ポリペプチド。
88. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも80%を含む、ポリペプチド。
89. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも85%を含む、ポリペプチド。
90. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも90%を含む、ポリペプチド。
【0077】
91. 配列番号34のアミノ酸配列の少なくとも95%を含む、ポリペプチド。
92. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも80%を含む、ポリペプチド。
93. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも85%を含む、ポリペプチド。
94. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも90%を含む、ポリペプチド。
95. 配列番号39のアミノ酸配列の少なくとも95%を含む、ポリペプチド。
96. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも80%を含む、ポリペプチド。
97. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも85%を含む、ポリペプチド。
98. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも90%を含む、ポリペプチド。
99. 配列番号44のアミノ酸配列の少なくとも95%を含む、ポリペプチド。
100. 実施形態2に記載のキメラヌクレアーゼを含む、薬学的に許容される製剤。
【0078】
101. 実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼを含む、薬学的に許容される製剤。
102. ヌクレアーゼのエレクトロポレーションを受けた細胞を含む、実施形態6に記載の薬学的に許容される製剤。
103. 前記キメラヌクレアーゼが、配列番号25~49のうちのいずれか1つである、実施形態100に記載の薬学的に許容される製剤。
104. 外来性ドナーDNAをさらに含む、実施形態100に記載の薬学的に許容される製剤。
105. 疾患を処置する方法であって、実施形態102に記載の薬学的に許容される製剤を投与することを含む、方法。
106. 前記疾患ががんである、実施形態103に記載の方法。
107. 実施形態72に記載の免疫細胞を生成することを含む方法であって、前記キメラヌクレアーゼが免疫細胞のDNAを改変する、疾患を処置する方法。
108. 前記疾患ががんである、実施形態105に記載の疾患を処置する方法。
109. ヒトにおいて免疫寛容を支援する方法であって、実施形態102に記載の薬学的に許容される製剤を投与することを含む、方法。
110. 実施形態72に記載の免疫細胞を生成することを含み、前記キメラヌクレアーゼが免疫細胞のDNAを改変する、実施形態109に記載の免疫寛容を支援する方法。
【0079】
111. 前記外来性ドナーDNAが、2本鎖DNA、非相補性末端を有する2本鎖DNA、又は環状2本鎖DNAから成る群より選択される、実施形態33に記載の方法。
112. 前記2本鎖DNAのポリヌクレオチド鎖が、同じ長さのものであり、両方とも実施形態6に記載の同じキメラヌクレアーゼによって切断された、実施形態111に記載の方法。
113. 前記非相補性DNA末端が、実施形態6に記載の同じキメラヌクレアーゼによって切断された、実施形態111に記載の方法。
114. 前記2本鎖DNA又は前記非相補性末端を有する2本鎖DNAが、両方とも5’末端でリン酸化されているか又は化学修飾されている、実施形態111に記載の方法。
115. 前記2本鎖DNA又は前記非相補性末端を有する2本鎖DNAが、1つ以上のホスホロチオエート結合を含有する、実施形態111に記載の方法。
116. 前記2本鎖DNA又は前記非相補性末端を有する2本鎖DNAが、ビオチンで化学修飾されている、実施形態111に記載の方法。
117. 前記環状2本鎖DNAが、I-TevI及びSaCas9標的部位を含む、実施形態111に記載の方法。
118. 前記黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、配列番号25~28のうちの1つである、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
119. RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、遺伝的多型の主な原因となる配列を含有する、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
120. RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9ドメインが、標的細胞のゲノムDNA上のセーフハーバー部位を標的とする、実施形態6に記載のキメラヌクレアーゼ。
【0080】
121. セーフハーバーが、hROSA26及びCCR5である、実施形態120に記載のキメラヌクレアーゼ。
122. 前記キメラヌクレアーゼが、脂質ナノ粒子、ポリマー、ウイルスベクター、又は細胞膜透過性ペプチドを使用して送達される、実施形態7に記載の方法。
123. 細胞が肺細胞である、実施形態20に記載の方法。
124. キメラヌクレアーゼが、配列番号31のポリペプチドである、実施形態20に記載の方法。
125. DNA発現カセットが、遺伝子疾患を処置するために送達される、実施形態20に記載の方法。
126. 改変I-TevIヌクレアーゼドメイン、リンカー、及び第2のヌクレアーゼドメインを含む2つの活性ヌクレアーゼ部位を有するキメラヌクレアーゼであって、活性部位のヌクレアーゼ活性が調整されている、キメラヌクレアーゼ。
127. 第2のヌクレアーゼが改変されたRNA誘導ヌクレアーゼであり、ガイドRNAをさらに含む、実施形態126に記載のキメラヌクレアーゼ。
128. ゲノムDNAを編集する方法であって、実施形態126に記載のキメラヌクレアーゼを細胞又は生物に投与することを含む、方法。
129. 規定の長さのDNA分子を欠失する方法であって、実施形態128に記載のキメラヌクレアーゼを細胞又は生物に送達することを含む、方法。
130. DNA分子からの選択配列を置換する方法であって、実施形態128に記載のキメラヌクレアーゼを細胞又は生物に送達することを含む、方法。
【0081】
131. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも80%を含む、ポリペプチド。
132. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも85%を含む、ポリペプチド。
133. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも90%を含む、ポリペプチド。
134. 配列番号49のアミノ酸配列の少なくとも95%を含む、ポリペプチド。
【0082】
定義及び略語
[0077]特に規定されない限り、本明細書で使用される全ての専門用語、表記、及び他の科学用語は、本開示が関係する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味を有することが意図される。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語が、明確かつ/又は容易に参照できるように本明細書で定義されており、したがって、本明細書にそのような定義を含めることは、当該技術分野において一般的に理解されているものに対する実質的な違いを表すと解釈されるべきではない。
【0083】
[0078]本明細書及び後続の特許請求の範囲の枠組みの中で、別段の指示がある場合を除き、量、分量、パーセンテージなどを表す全ての数には、全ての場合において、「約」という用語が前に付けられていると理解するべきである。本明細書で使用される場合、用語「約」は、±10%と定義される。また、数値実体の全ての範囲は、その後に具体的に示されるものに加えて、最大数値と最小数値との全ての可能な組合せ及びその中の可能な中間範囲を含む。
【0084】
[0079]本明細書で使用される用語「及び/又は」は、どちらか一方、又は両方を有している可能性として定義される。例えば、「A及び/又はB」は、Aだけ若しくはBだけ、又はAとBの組合せを有しているシナリオを提供する。特許請求の範囲にA及び/又はB及び/又はCと書かれている場合、組成物は、構成成分として、Aを単独で、Bを単独で、Cを単独で含んでも、AとBを含むがCを含まなくても、BとCを含むがAを含まなくても、AとCを含むがBを含まなくても、又はA、B及びCの3つ全てを含んでもよい。
【0085】
[0080]参照ポリペプチド配列に対する配列同一性%は、最大の配列同一性%を達成するために、配列をアライメントし、必要であればギャップを導入した後の、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の割合であり、配列比較コンピュータプログラムALIGN-2を使用して計算されるような配列同一性の一部としてのいかなる保存的置換も考慮していない。ALIGN-2配列比較コンピュータプログラムは、Genentech,Inc.によって作成され、ソースコードは米国著作権局(ワシントンD.C.、20559)のユーザードキュメントに提出されており、米国著作権登録番号TXU510087で登録されている。ALIGN-2プログラムは、Genentech,Inc.、カリフォルニア州サウスサンフランシスコから一般公開されており、又はソースコードからコンパイルされてもよい。ALIGN-2プログラムは、デジタルUNIX(登録商標) V4.0Dを含むUNIX(登録商標)オペレーティングシステムで使用するためにコンパイルする必要がある。全ての配列比較パラメータはALIGN-2プログラムによって設定され、変化しない。ALIGN-2がアミノ酸配列の比較に用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Bへの、それとの、又はそれに対する所与のアミノ酸配列Aのアミノ酸配列同一性%(あるいは、所与のアミノ酸配列Bへの、それとの、又はそれに対して特定のアミノ酸配列同一性%を有するか、又は含む所与のアミノ酸配列Aとして表現することもできる)は次のように計算される:100×分数X/Y(ここで、Xは、AとBとのプログラムのアライメントにおいて配列アライメントプログラムALIGN-2によって完全な一致としてスコア付けされたアミノ酸残基の数であり、ここで、YはBのアミノ酸残基の総数である)。アミノ酸配列Aの長さがアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、AのBに対するアミノ酸配列同一性%は、BのAに対するアミノ酸配列同一性%と等しくないことが認識される。特に明記しない限り、本明細書で使用される全てのアミノ酸配列同一性%値は、ALIGN-2コンピュータプログラムを使用して、直前の段落で説明したように得られる。
【0086】
[0081]本明細書に記載のポリペプチド、I-TevIドメイン、リンカードメイン、又はCasポリペプチドヌクレアーゼのいずれも、本明細書と共に提供される配列表で記載される列挙されたポリペプチドのいずれかに対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%の同一性を有するか、又はそれらに対して同一であり得る。特定の実施形態では、列挙された配列同一性を含むポリペプチドは、ポリペプチドの野生型のヌクレアーゼ活性又は本明細書に記載の突然変異(例えば、Cas9のD10E突然変異;又はI-TevIの(K26R、T95S、及びQ158R突然変異)、(V117F突然変異)(K135R/N140S)、(V117F/K135R/N140S))のいずれか1つによって付与される変更されたヌクレアーゼ活性を保存することができる。
【0087】
[0082]いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるポリペプチド及びキメラヌクレアーゼのアミノ酸配列変異体が企図される。変異体は、典型的には、1つ以上の置換、欠失、付加、及び/又は挿入において、本明細書に具体的に開示されるポリペプチドとは異なる。そのような変異体は、天然に存在し得るか、あるいは、例えば、本明細書に記載のポリペプチド配列のうちの1つ以上を改変し、本明細書に記載されるようなポリペプチドの1つ以上の生物学的活性を評価すること、及び/又はいくつかの公知の技術のいずれかを使用することによって、合成的に生成され得る。最終構築物に到達させるために、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せを行うことができるが、但し、最終構築物が所望の特徴、例えば、抗原結合を有することを条件とする。
【0088】
[0083]本明細書で使用される場合、参照配列に対してアミノ酸配列又は核酸配列を説明するために本明細書で使用される場合の用語「相同」、「相同性」、又は「相同性%」は、Karlin及びAltschulによって記載された式(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2264~2268,1990;Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873~5877、1993において修正)を使用して決定することができる。そのような式は、Altschulらのbasic local alignment search tool(BLAST)プログラム(J.Mol.Biol.215:403~410、1990)に組み込まれている。配列の相同性%は、本願の出願日現在のBLASTの最新バージョンを使用して決定することができる。本明細書に記載の核酸又はガイドRNAのいずれかは、列挙された配列によって付与される適切な結合活性(例えば、遺伝子又はヌクレアーゼに対する)を維持しながら、列挙された配列識別子に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、98%、99%、又は100%の相同性を含み得る。
【0089】
[0084]冠詞「1つの(a)」及び「1つの(an)」は、冠詞の文法上の目的語のうちの1つ又は2つ以上(すなわち、少なくとも1つ)を表すために本明細書で使用される。本明細書で使用される用語「及び/又は」は、どちらか一方、又は両方を有している可能性として定義される。例えば、「A及び/又はB」は、Aだけ若しくはBだけ、又はAとBの組合せを有しているシナリオを提供する。特許請求の範囲にA及び/又はB及び/又はCと書かれている場合、組成物は、構成成分として、Aを単独で、Bを単独で、Cを単独で含んでも、AとBを含むがCを含まなくても、BとCを含むがAを含まなくても、AとCを含むがBを含まなくても、又はA、B及びCの3つ全てを含んでもよい。
【0090】
[0085]用語「投与する(administer)」及び「投与すること(administering)」は、薬物、医薬品、又は他の形態の治療剤の、疾患又は状態を患う患者への分配又は適用を表すために本明細書で使用される。
【0091】
[0086]本明細書で使用される「緩衝液」は、薬学的に許容され、本発明の組成物を所望のpH範囲内に維持することができる任意の酸又は塩の組合せである。開示される組成物中の緩衝液は、pHを、約2~約8.5、約5.0~約8.0、約6.0~約7.5、約6.5~約7.5、又は約6.5の範囲に維持する。好適な緩衝液としては、例えば、酢酸、酒石酸、リン酸、又はクエン酸緩衝液などの、上記pH範囲を維持することができる任意の薬学的に許容される緩衝液が挙げられる。1つの実施形態では、緩衝液は、リン酸緩衝液である。別の実施形態では、緩衝液は、酢酸緩衝液である。1つの実施形態では、緩衝液は、リン酸水素二ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、及びリン酸二水素カリウムである。
【0092】
[0087]用語「キメラ抗原受容体」は、本明細書で使用される場合、免疫療法で使用するために人工T細胞受容体を産生するように遺伝子操作されたT細胞を表す(CAR T細胞としても知られる)。
【0093】
[0088]用語「キメラヌクレアーゼ」は、本明細書で使用される場合、配列特異性を与えるための1つ以上のDNA結合ドメイン及びDNA切断のための1つ以上のヌクレアーゼドメインを含む操作されたタンパク質を表す。
【0094】
[0089]用語「切断する(cleave)」、又は「切断する(to cleave)」、又は「切断された(cleaved)」、又は「切断(cleavage)」は、本明細書で使用される場合、DNA分子の1つ以上のホスホジエステル結合の分割を表す。単一の標的部位での2本鎖DNAの切断は、2つのDNAの断片をもたらし、これらは非相同末端結合又は相同組換え修復によって修復され得る。2つの標的部位での2本鎖DNAの切断は、3つの断片をもたらし、これらは中間の断片の喪失又は欠失を伴い非相同末端結合又は相同組換え修復によって修復され得る。本願に関しては、2つの標的部位でのゲノムDNAの「切断」は、予測可能な長さの欠失を作り出すことができる。
【0095】
[0090]用語「規定された」は、DNA若しくはRNA断片又は標的部位に関して本明細書で使用される場合、特定のヌクレオチド長又は特定のヌクレオチド配列を有することを表す。
【0096】
[0091]用語「送達する(deliver)」、又は「送達する(to deliver)」、又は「送達された(delivered)」、又は「送達(delivery)」は、本明細書で使用される場合、in vivo又はex vivoで細胞のゲノムDNAの遺伝子改変をもたらすために、遺伝子編集ツール(例えば、ヌクレアーゼ、gRNA、及び/又は外来性ドナーDNA)を標的細胞に直接送り込むことを表す。
【0097】
[0092]用語「遺伝子操作」及び文法上の等価物は、1つ以上の欠失、挿入、又は置換を標的細胞又は個体のゲノムへ導入することを表す。
[0093]用語「疾患」又は「罹病した(diseased)」は、本明細書で使用される場合、ヒト、動物、又は植物における構造又は機能の障害、特に、特定の徴候若しくは症状を生じるか、又は特定の位置に影響を与え、単に物理的な損傷の直接的な結果ではない障害を表す。
【0098】
[0094]用語「破壊する」は、本明細書で使用される場合、遺伝子の発現又は機能がそれにより阻害又は不活性化される任意のプロセスを表す。「発現を破壊する」ことは、遺伝情報が、それにより機能的遺伝子産物、多くの場合タンパク質の合成で使用されるプロセスを変更し、阻害し、又は排除することを表す。
【0099】
[0095]用語「ドメイン」は、本明細書で使用される場合、タンパク質鎖の残りの部分とは独立して進化し、機能し、存在し得る所与のタンパク質配列及び3次構造の保存された部分を表す。各ドメインは、コンパクトな3次元構造を形成し、多くの場合、独立して安定して、折り畳むことができる。多くのタンパク質は、いくつかの構造ドメインから成る。1つのドメインが、さまざまな異なるタンパク質に現れることがある。分子の進化は、ドメインをビルディングブロックとして使用し、これらはさまざまな配置で組み換えられて、さまざまな機能を有するタンパク質を産生し得る。一般に、ドメインは、約50個のアミノ酸長から1,500個のアミノ酸長まで長さが変化する。ドメインは、多くの場合、カルモジュリンのカルシウム結合EFハンドドメインなどの機能ユニットを形成する。それらは独立して安定であるため、ドメインは、キメラタンパク質を作製するために、1つのタンパク質と別のタンパク質との間で遺伝子操作することによって「交換」することができる。
【0100】
[0096]用語「編集する(edit)」又は「編集する(to edit)」又は「編集すること(editing)」は、本明細書で使用される場合、生物のゲノムDNAを変更するための一群の技術を表す。これらの技術は、遺伝物質がゲノムの特定の位置で付加され、除去され、又は変更されることを可能にする。
【0101】
[0097]本明細書で使用される場合、「有効量」は、所望の応答を誘発するのに十分な量を表す。本発明では、所望の生物学的応答は、T細胞及び多能性幹細胞を含む細胞の遺伝子改変である。
【0102】
[0098]用語「エレクトロポレーション」は、本明細書で使用される場合、細胞膜の透過性を増加させるために電界が細胞に印加され、化学薬品、薬物、DNA、又はタンパク質が細胞内に導入されることを可能にする微生物学的技術を表す。
【0103】
[0099]用語「内在性」は、本明細書で使用される場合、生物体内で成長するか、又はそれに由来することを表す。
[0100]用語「等モル(の)」は、本明細書で使用される場合、等しいモル数を表すか、又は等しいモル数に関することを表す。
【0104】
[0101]用語「ex vivo」は、本明細書で使用される場合、自然条件の変化を最小限に抑えた状態で、外部環境において生物に由来する組織内又は組織上で行われる実験又は測定を表す。ex vivoは、試験される試料が、生物から抽出されていることを意味する。ex vivo実験は、in vivo実験(インタクトな生物における)で可能であるよりも制御された条件下での生物の細胞又は組織の使用を可能にする。ex vivoの検体の使用の例としては、(1)アッセイ、(2)生物のがん細胞に対して有効ながん処置剤の発見、(3)物理的、熱的、電気的、機械的、光学的、及び他の組織の特性の、特に、生命を維持できないさまざまな環境における(例えば、極端な圧力又は温度での)測定、(4)外科的手技の開発のための現実的なモデル、(5)さまざまなエネルギータイプと組織との相互作用に関する調査が挙げられる。本発明では、ex vivoは、移植又は投与を必要としている対象に、編集された細胞又は組織を移植又は投与する目的で、細胞又は組織を編集することを含む。
【0105】
[0102]本明細書で使用される用語「ドナーDNA」又は「外来性ドナーDNA」は、非相同末端結合、相同組換え修復、マイクロホモロジー組換え修復、又は上記の任意の組合せなどの任意の方法によって、ゲノムに挿入されることを意図する本明細書に記載されるヌクレアーゼと一緒に細胞に供給されるDNAを表す。ドナーDNAは、生物又は細胞内に天然には存在しないオープンリーディングフレーム、エクソン、イントロン、又は発現カセットなどの遺伝子エレメントを含むヌクレオチド配列を挿入してもよく、又は既存の遺伝子を修復又は置換してもよい。あるいは、ドナーDNAは、ミスセンス、フレームシフト突然変異、又は終止コドン突然変異をコドン領域又は調節エレメント(例えば、プロモーター、スプライスドナー/アクセプター)に導入することによって、内在性遺伝子を破壊するために挿入されてもよい。ドナーDNAは、非限定的な例として、プラスミド、線状1本鎖若しくは2本鎖DNA、合成1本鎖若しくは2本鎖DNA、又はウイルスベクターによって、本明細書に記載の細胞又は生物に供給され得る。ドナーDNAは、本明細書に記載のキメラヌクレアーゼ及びガイドRNAをコードする核酸及び/又は送達ベクターから区別される。
【0106】
[0103]用語「発現カセット」は、本明細書で使用される場合、トランスフェクトされた細胞によって発現される調節配列に作動可能に連結された遺伝子から成るベクターDNAの特有の構成成分を表す。成功した各トランスフェクションにおいて、発現カセットは、細胞の機構にRNA及びタンパク質を作製するように指示する。一部の発現カセットは、同じカセットが、異なるタンパク質を作製するように容易に変更され得るように、タンパク質コード配列のモジュラークローニングのために設計される。発現カセットは、1つ以上の遺伝子及びそれらの発現を制御する配列から構成される。発現カセットは、3つの構成成分:プロモーター配列、オープンリーディングフレーム、及び真核生物では、通常ポリアデニル化部位を含有する3’非翻訳領域を含む。異なる発現カセットは、正確な調節配列が使用される限り、細菌、酵母、植物、及び哺乳動物細胞を含めた異なる生物にトランスフェクトされ得る。
【0107】
[0104]用語「断片」又は「その断片」は、本明細書で使用される場合、より大きな実体から分割されたより小さな部分を表す。本明細書に記載される断片は、Casヌクレアーゼ又はI-TevIヌクレアーゼなどのヌクレアーゼについて言及する場合、ヌクレアーゼの酵素活性を保存する、N-末端、C-末端、又は規定の内部欠失からのアミノ酸残基欠失を含む。欠失は、本明細書に記載されるポリペプチドのN-末端、C末端、又は内部配列からの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれ以上のアミノ酸欠失を含み得る。
【0108】
[0105]用語「機能的遺伝子」は、本明細書で使用される場合、1つのポリペプチド鎖又は他の遺伝子産物をコードするDNAの一部を表す。したがって、「1つの遺伝子/1つの酵素」仮説は、「1つのシストロン(遺伝子)/1つのポリペプチド」仮説又は「1つの遺伝子/1つの機能的産物」仮説になる。
【0109】
[0106]用語「ゲノムDNA」又は「gDNA」は、本明細書で使用される場合、その遺伝物質の大部分を表す生物の染色体DNAを表す。それは、細菌プラスミドDNA、相補的DNA、又はミトコンドリアDNAとは明確に異なる。
【0110】
[0107]用語「免疫寛容」は、所与の生物で免疫応答を誘発する能力を有する物質又は組織に対する免疫系の非応答の状態を表す。
[0108]用語「含まれる(including)」は、本明細書で使用される場合、「含まれるが、それらに限定されない」を意味するように使用される。「含まれる」及び「含まれるが、それらに限定されない」は、互換可能に使用される。
【0111】
[0109]用語「独立した部位」は、本明細書で使用される場合、DNA分子又はタンパク質/ペプチドなどの標的上又は標的内のエリアを表す、これらは別のものと又は互いに接続されているが同じ配列ではなく、別個のものとみなされる。
【0112】
[0110]用語「人工多能性幹細胞」は、本明細書で使用される場合、体細胞から直接生成され得る1種の多能性幹細胞を表す。
[0111]用語「阻害する(inhibit)」、又は「阻害する(to inhibit)」、又は「阻害する(inhibits)」、又は「阻害すること(inhibiting)」、又は「阻害(inhibition)」、又は「その阻害(inhibition thereof)」は、本明細書、特に特許請求される発明で使用される場合、機能を遅らせるか若しくは妨害するか、又は酵素若しくは他の薬剤の活性を低下させる能力を表す。
【0113】
[0112]本明細書で使用される用語「挿入する」は、遺伝子全体若しくは規定の長さのDNA分子の細胞への付加、又はヌクレオチドのサブセットの遺伝子への付加及び/若しくは置換を意味するよう使用される。
【0114】
[0113]用語「リンカー」は、本明細書で使用される場合、RNA誘導ヌクレアーゼドメイン(Cas9)が標的DNA配列に結合するという状況を表し、アミノ酸リンカードメインは、I-TevIドメインの可動性を保証して、細胞生理学的条件下(典型的には、pH≒7.2、温度≒37℃、[K]≒140mM、[Na]≒5~15mM、[Cl]≒4mM、[Ca++]≒0.0001mM)でその標的配列の認識、結合、及び切断を可能にする。アミノ酸リンカーの長さは、Cas9標的部位とI-TevI標的部位との間でどれほどの数のヌクレオチドが好ましいかに影響を与え得る。リンカー中の特定のアミノ酸もまた、TevCas9により標的とされるDNA配列と特異的な接触部を作り出す。これらのリンカー-DNA接触部は、I-TevIドメインの柔軟性に影響を与え得る。リンカードメインのアミノ酸を置換することは、DNAと接触するためのリンカードメインの能力に影響を与える場合もある。
【0115】
[0114]用語「改変する(modify)」、又は「改変する(to modify)」、又は「改変する(modifies)」、又は「改変された(modified)」、又は「改変(modification)」は、本明細書で使用される場合、生物のDNA内の所望の遺伝子に由来するヌクレオチドの変更を通して、植物、動物、又は微生物の特徴を変化させるための技術を表す。変更は、遺伝子全体を含むヌクレオチド、及び/又はその断片の除去及び/又は付加を含み得る。用語は、新しい機能を与えるために基本的又は根本的な変更を行うこと、例えば、免疫寛容のために、及び/又はキメラ抗原受容体(CAR)などの外来性遺伝子を発現させるために免疫細胞(T細胞など)又は人工多能性幹細胞(iPSC)を操作することによって、前記細胞のDNAを変化させることを表すが、これらの細胞型だけに限定されない。本願に関しては、これは一般に、細胞内のDNAのヌクレオチドの付加又は欠失を表す。特に、これは、I-TevIドメインの合成型、リンカーペプチド及び公知の細胞療法における免疫原性を促進させるために遺伝子を標的とするように設計されたRNA誘導ヌクレアーゼの改変型を表す。
【0116】
[0115]用語「非相同末端結合」は、本明細書で使用される場合、DNAの2本鎖切断を修復する経路を表す。NHEJは、修復を導くために相同配列を必要とする相同組換え修復とは対照的に、相同テンプレートを必要とすることなく切断末端が直接ライゲーションされるため、「非相同」と称される。
【0117】
[0116]用語「ヌクレアーゼ」は、本明細書で使用される場合、核酸のヌクレオチド間のホスホジエステル結合を切断する酵素を表す。
[0117]用語「ヌクレアーゼドメイン」は、本明細書で使用される場合、DNA鎖の物理的切断を担当し、1本鎖切断又は2本鎖切断のいずれかを導入し得る標的上のエリアを表す。例えば、いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼドメインは、野生型I-TevIヌクレアーゼドメインのアミノ酸1~92、あるいは変更されたアミノ酸配列及び/又は結合若しくはヌクレアーゼ特性を有するその変異体を表すことができる。
【0118】
[0118]用語「アウトオブフレーム突然変異」又は「フレームシフト突然変異」は、本明細書で使用される場合、タンパク質の産生を著しく妨害し、完全に機能しないタンパク質をもたらすか、又はタンパク質を全く産生させないようにする1つ以上のヌクレオチドの除去又は追加を表す。
【0119】
[0119]主題の方法によって処置される用語「患者」、「対象」、又は「宿主」は、ヒト又は非ヒト動物のいずれかを意味し得る。非ヒト動物には、愛玩動物(例えば、ネコ、イヌ)、並びにウシ、ブタ、及びニワトリなどの消費用に飼育された動物(すなわち、食用動物)が挙げられる。
【0120】
[0120]用語「薬学的に許容される製剤」は、当該技術分野において承認されており、任意の主題の組成物又はその構成成分を1つの臓器、又は身体の一部から別の臓器、又は身体の別の部分に運ぶか又は輸送することに関与する液体若しくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、又は封入材料などの薬学的に許容される材料、組成物、又はビヒクルを表す。各担体は、主題の組成物及びその構成成分と適合性があり、患者に害を及ぼさないという意味で「許容され」なければならない。薬学的に許容される担体として機能し得る材料のいくつかの例としては、(1)デキストロース、ラクトース、グルコース、及びスクロースなどの糖、(2)トウモロコシデンプン及び馬鈴薯デンプンなどのデンプン、(3)微結晶セルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)、及び酢酸セルロースなどのセルロース、並びにその誘導体、(4)プロピレングリコールなどのグリコール、(5)グリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコールなどのポリオール、(6)オレイン酸エチル、ベヘン酸グリセリル、及びラウリン酸エチルなどのエステル、(7)1塩基性リン酸塩及び2塩基性リン酸塩、トリス/ホウ酸/EDTA、並びにトリス/酢酸/EDTAなどの緩衝剤、(8)パイロジェンフリー水、(9)等張食塩水、(10)リンガー溶液、(11)エチルアルコール、(12)リン酸緩衝溶液、(13)ポリソルベート、(14)ポリリン酸塩、並びに(15)医薬製剤中で用いられる他の非毒性適合性物質が挙げられる。開示される賦形剤は、2つ以上の機能を果たしてもよい。例えば、可溶化剤は、懸濁助剤、乳化剤、保存剤などでもあり得る。
【0121】
[0121]用語「多能性幹細胞」は、本明細書で使用される場合、自己再生を行い、身体の組織の任意の細胞を生じさせる能力を有する細胞の種類を表す。
[0122]本明細書に記載されるようなT細胞は、適応細胞免疫応答に関与する免疫細胞の1種である。T細胞は、細胞表面分子CD3の発現によって特定される。T細胞は、それらがキメラ抗原受容体(CAR)を発現する場合、治療用細胞として利用され得る。
【0122】
[0123]本明細書に記載されるようなNK細胞は、免疫応答に関与する免疫細胞の1種である。NK細胞は、細胞表面分子CD56の発現によって特定される。NK細胞は、それらがキメラ抗原受容体(CAR)を発現する場合、治療用細胞として利用され得る。
【0123】
[0124]本明細書に記載されるような造血幹細胞(HSC)は、白血球、赤血球、及び血小板が含まれるあらゆる種類の血液細胞に発達することができる未成熟細胞である。造血幹細胞は、末梢血及び骨髄で見出される。血液幹細胞とも称される。造血幹細胞は、細胞表面分子CD34の発現によって特定される。
【0124】
[0125]本明細書に記載されるような間葉系幹細胞は、骨芽細胞(骨細胞)、軟骨細胞(chondrocyte)(軟骨細胞(cartilage cell))、筋細胞(筋肉細胞)及び脂肪細胞(adipocyte)(脂肪細胞(fat cell))が含まれるさまざまな細胞型に分化することができる複能性間質細胞である。
【0125】
[0126]用語「ポリペプチド」は、本明細書で使用される場合、タンパク質分子の一部(又は全部)を形成する鎖で一緒に結合された多数のアミノ酸残基からなる線状有機ポリマーを表す。
【0126】
[0127]用語「適切な」は、タンパク質の生成又は機能に関して本明細書で使用される場合、その生物学的効果若しくは活性を実質的に保持するか、又は本明細書に記載されるような意図された使用に好適であるタンパク質の実質的に正常又は天然の形態の生成を表す。
【0127】
[0128]用語「RNA誘導(guided)」又は「ガイドRNA」は、本明細書で使用される場合、CRISPR及びCas9が関与する原核生物DNA編集を表す。この原核生物DNA編集システムに関し、RNA誘導ヌクレアーゼは、CRISPR―Cas9システムに標的配列特異性を付与する。これらのgRNAは、相補的な標的DNA配列に結合する非コード短RNA配列である。
【0128】
[0129]用語「選択DNA」は、本明細書で使用される場合、より多数のDNA配列から選択又は単離されることを表す。
[0130]用語「好適な」は、本明細書で使用される場合、使用又は目的に十分に適合することを表す。
【0129】
[0131]用語「標的部位」は、本明細書で使用される場合、特に本発明に関しては、ヌクレアーゼによって標的とされた場合、ヌクレアーゼによって結合及び/又は切断される遺伝子の位置を表す。標的部位は、I-TevI若しくはCRISPR/Casヌクレアーゼの切断部位、又はI-TevIヌクレアーゼ若しくはCRISPR/CasガイドRNAのDNA結合部位などの複数のヌクレオチドを包含し得る。標的部位は、さまざまな細胞型及び生物のいずれかにおける遺伝子又は遺伝子間領域にあり得る。
【0130】
[0132]用語「標的とする(target)」又は「標的とする(targets)」又は「標的とする(to target)」又は「標的化(targeting)」は、本明細書で使用される場合、本出願の本発明に関しては、例えば、選択若しくは操作されたDNA結合ドメイン又はガイドRNAを使用して、ヌクレアーゼを、特に選択されたDNA配列に狙いを定めるか、又はそれに向けることを表す。
【0131】
[0133]用語「ウイルスベクター」は、本明細書で使用される場合、遺伝物質を細胞に送達するために一般的に使用されるツールを表す。このプロセスは、生存生物内(in vivo)又は細胞培養物中(in vitro)で実施することができる。ウイルスベクターの例としては、AAVベクター、レンチウイルスベクター、及びアデノウイルスベクターが挙げられる。
【0132】
[0134]用語「同時に」は、本明細書で使用される場合、CRISPR/Cas複合体の、複数のgRNAと同じ時間、又は実質的に同じ時間の投与を表す。特定の手順は、逐次的に行われるが、少ない間隔で間隔を空けて実行される工程で実行することができることが理解されよう。例えば、細胞のエレクトロポレーションに続いて約1時間以内にドナーDNAが投与される。
【0133】
[0135]用語「置換」は、本明細書で使用される場合、配列中のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを表す。本明細書で使用される場合、簡略表現X10Yは、配列の10番目の位置で見出されるアミノ酸Xがアミノ酸Yに「置換」されていることを示す。例として、W26Cは、アミノ酸のトリプトファン26(Trp、W)が、システイン(Cys)に交換されていることを意味する。同様に、表記AAXは、AAが、X位置で見出されるアミノ酸を置換したアミノ酸であることを示す。例として、Lys26は、配列の26番目の位置のアミノ酸のリジンによる置換を意味する。いずれかの簡略表現の使用は互換的である。加えて、アミノ酸の1文字略記又は3文字略記の使用も互換的である。
【0134】
[0136]用語「処置すること(treating)」は、本明細書で使用される場合、状態、疾患、障害などの改善をもたらす任意の効果、例えば、軽減、低減、調節、排除することを含む。本明細書で使用される場合、「処置すること」は、予防的処置、及び治療的処置の両方を含み得る。例えば、治療的処置は、嚢胞性線維症又は非小細胞肺がんの進行を遅延、阻害、若しくは防止すること、嚢胞性線維症又は非小細胞肺がんに関連する症状の低減又は排除を含み得る。予防的処置は、嚢胞性線維症又は非小細胞肺がんの発症を予防、阻害又は遅延することを含み得る。
【0135】
略語
[0096]本明細書で使用される略語は以下のように定義される:
AA: アミノ酸
AAVS1: アデノ関連ウイルス組込み部位1
B2M: β-2ミクログロブリン
CAR: キメラ抗原受容体
Cas9: CRISPR関連タンパク質9
Cpf1: プレボテラ属(Prevotella)及びフランシセラ属(Francisella 1)由来のCRISPR
CRISPR: クラスター化された規則的な配置の短い回文反復配列
CFTR: 嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス制御因子
DNA: デオキシリボ核酸
E.coli: 大腸菌
EDTA: エチレンジアミン四酢酸
EGFR: 上皮増殖因子受容体
HDR: 相同組換え修復
HLA-A: 組織適合性抗原、Aα鎖
iPSC: 人工多能性幹細胞
NHEJ: 非相同末端結合
NLS: 核局在化シグナル
PCR: ポリメラーゼ連鎖反応
RNA: リボ核酸
saCas9: 黄色ブドウ球菌Cas9
scCas9: 溶血性レンサ球菌(Streptococcus canis)Cas9
spCas9: 化膿レンサ球菌(Streptococcus pyogenes)Cas9
TALEN: 転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ
TCR: T細胞受容体
TevCas9: 改変I-TevIドメイン、リンカーペプチド、及び改変RNA誘導ヌクレアーゼ黄色ブドウ球菌Cas9
TRAC1: T細胞受容体α鎖定常
TRBC1: T細胞受容体β鎖定常1
ZFN: ジンクフィンガーヌクレアーゼ
【実施例
【0136】
[0137]以下の例示的な実施例は、本明細書に記載の組成物及び方法の実施形態及び方法を代表するものであり、多少なりとも限定することを意味していない。
【0137】
実施例1 - TevSaCas9は標的部位を切断する
[0138]図2Aは、配列番号17のガイドRNAを使用して、B2M遺伝子を標的とするTevSaCas9が、B2M DNA基質をin vitroで切断することを例示する。経時的な切断反応の産物を、アガロースゲル上で視覚化する。図2Bは、処置の48時間後に、Cytation5(Biotek Instruments Inc、米国バーモント州)の位相差及びGFPイメージングを使用して撮像された、切断可能なGFPタグを融合したTevSaCas9のプラスミドDNA型でトランスフェクトした哺乳動物細胞である。図2Cは、採取した細胞から抽出されたゲノムDNAのPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出されるように、TevSaCas9をコードするプラスミドDNAによるB2M遺伝子の編集を証明する。図2Dは、配列番号17のB2Mを標的とするガイドRNAと複合体化され、哺乳動物細胞にトランスフェクトされた、配列番号29の精製されたTevSaCas9タンパク質、又はV11F/K135R/N140S突然変異を含有する配列番号32のTevSaCas9タンパク質を使用した、B2M遺伝子の編集を証明する。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、B2M遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0138】
[0139]図3Aは、配列番号22のガイドを使用して、AAVS1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム内のAAV1標的部位(オンターゲット)を切断するが、オフターゲット配列を切断しないことを例示する。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、AAVS1遺伝子の編集はPCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。インシリコで予測された上位5つのオフターゲット部位での編集も、T7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって測定したが、オフターゲットは検出しなかった。図3Bは、AAVS1についてのオンターゲット及びオフターゲット部位の配列を示す。灰色の強調された配列は、ガイドRNA標的部位を示す。小文字のヌクレオチドは、オンターゲットに対するミスマッチ位置を示す。下線を引いた配列は、推定されたI-TevI結合部位及び切断部位を示す。図3Cは、哺乳動物細胞のAAVS1遺伝子における配列番号37のTev[VKN]-SaCas9[D10E]及び配列番号33のTev[KTQ]-SaCas9[野生型]の活性を証明する。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、AAVS1遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0139】
[0140]図6は、配列番号20のガイドを使用して、TRBC1遺伝子を標的とするTevSaCas9が、哺乳動物細胞のゲノム内でTRBC1標的部位を切断することを例示する。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、TRBC1遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0140】
実施例2 - TevSaCas9はドナーDNAを特定のゲノム部位に挿入する
[0141]図4Aは、TevSaCas9による切断(黒色)及び切断部位へのドナーオリゴヌクレオチド修復テンプレート(灰色)の挿入、そしてオリゴヌクレオチド修復が生じた後の、B2M遺伝子の標的部位を表す略図を示す。図4Bは、ドナーオリゴヌクレオチド修復テンプレートの挿入を例示する。B2Mに対するTevSaCas9及び固有の制限酵素部位を保有する修復テンプレートをトランスフェクトされた細胞のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)及び制限酵素消化(「RE」)の結果を示す。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、B2M遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。オリゴヌクレオチド修復テンプレートの挿入は、制限酵素消化によって測定する。
【0141】
[0142]図5A及び5Bは、TevSaCas9による切断後のゲノム内のAAVS1セーフハーバー部位(黒色)を表示する略図である。灰色で示されるのは、TevSaCas9切断部位と適合性の末端を有する、およそ1.2kbの緑色蛍光タンパク質(GFP)レポーター構築物である。GFPの蛍光は、レポーター+TevSaCas9細胞で観察されたが、レポーターのみを有する細胞では観察されなかった。図5Bは、HEK293細胞内のAAVS1部位におけるGFPレポーターの挿入及び発現を証明する。レポーター構築物と共に又は伴わずに、TevSaCas9で処置された細胞を、同時トランスフェクションの48時間後に撮像した。GFP陽性細胞の存在は、GFPレポーターの発現を示す。
【0142】
[0143]図7Aは、単一LoxP部位を含有する2本鎖DNAオリゴヌクレオチド修復テンプレート(「RT」)の配列の略図である。小文字で示されているのは、BglII制限酵素部位であり、下線が付されているのは、単一LoxP部位である。図7Bは、単一LoxP部位を含有する2本鎖DNAオリゴヌクレオチドのAAVS1標的部位への挿入を証明する。BglII及びLoxP部位を保有する修復テンプレート(RT)と共に又は伴わずに、AAVS1を標的とするTevSaCas9をトランスフェクトされた細胞のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)及び制限酵素消化(「RE」)の結果を示す。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、AAVS1遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7E1アッセイによって検出する。オリゴヌクレオチド修復テンプレートの挿入を、RE消化によって測定する。RTを含んだTevSaCas9で処置された細胞は、AAVS1標的部位でのRTの挿入を示す予想されたサイズのRE消化産物を示す。
【0143】
[0144]図8Aは、エレクトロポレーションされたリボ核タンパク質TevSaCas9が、哺乳動物細胞のB2M標的部位を編集することを例示する。HEK293細胞を、それぞれNeon(登録商標)トランスフェクションシステム(サーモフィッシャーサイエンティフィック(登録商標)、米国マサチューセッツ州ウォルサム)を用いて、1150V、20ミリ秒の2パルスにて、B2Mを標的とする1.5μMのTevSaCas9リボ核タンパク質複合体でエレクトロポレーションした。TevSaCas9で処置された細胞、又はモックエレクトロポレーションされた細胞に対するT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)の結果を示す。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、B2M遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。図8Bは、ドナーDNAが、エレクトロポレーションされたTevSaCas9リボ核タンパク質複合体を使用して、B2M標的部位に組み込まれ得ることを証明する。緑色蛍光タンパク質(GFP)レポーターを含有する2μgの線状ドナーDNA(RT)を含むこと以外は、(A)と同じようにHEK293細胞をエレクトロポレーションした。次いで、蛍光活性化細胞ソーティングを使用して、GFP陽性細胞を単一細胞に選別し、細胞のクローン集団を増殖させた。ゲノムDNAの試料を抽出し、B2M遺伝子座を増幅することによって、GFPレポーターの存在をクローン中で検出した。ドナーDNA構築物のサイズに対応するアガロースゲル上のバンド(で表示)がクローン2で観察され、これはレポーターのB2M標的部位への組込みが成功したことを示す。図8Cは、誘導されたドナーDNAが、多能性幹細胞(iPSC)のB2M標的部位に組み込まれ得ることを証明する。iPSCを、mCherry蛍光レポーターを含有する2μgの線状ドナーDNA(「RT」)と共に又は伴わずに、B2Mを標的とする7.5μgのTevSaCas9リボ核タンパク質複合体でエレクトロポレーションした。モックエレクトロポレーションを細胞のみで行った。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、B2M遺伝子座をPCRで増幅した。ドナーDNA構築物のサイズに対応するアガロースゲル上のバンド(で表示)はRTの存在下でのみ観察され、これはドナーDNAのB2M遺伝子座への挿入を示す。
【0144】
実施例3 - さまざまな核局在化シグナル(NLS)を有するTevSaCas9が標的部位を切断する
[0145]図10は、さまざまな核局在化シグナル(NLS)を有する、HEK293細胞中の配列番号32のTevSaCas9によるB2M遺伝子の切断を例示する。ヒトインフルエンザ血球凝集素(HA)配列によって分離された配列番号56の2つのC-末端ヌクレオプラスミンNLS(「ヌクレオプラスミン」)、HA配列によって分離された配列番号55の2つのSV40 NLS(「双節型SV40」)、又は2つのSV40 NLSが続くHA配列(「タンデムSV40」)有する、B2M遺伝子を標的とするTevSaCas9のT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイ(「T7E1」)の結果を示す。リポフェクション試薬で処置された細胞(「モック」)も示す。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、B2M遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出する。
【0145】
実施例4 - I-TevIとCas12aとの融合物による2本鎖DNAの切断
[0146]図9A及び9Bは、配列番号47のI-TevIとCas12aとの融合物が、ガイドRNAによって活性化されて、2本鎖DNA基質を切断することを例示する。配列番号50のガイドRNAを使用して、AAVS1遺伝子を標的とする精製されたCas12a及びTevCas12は、AAVS1 DNA基質をin vitroで切断する。「C」と記載したレーンは、タンパク質のみの試料を示す。経時的な切断反応の産物を、アガロースゲル上に視覚化する。Cas12a切断から生じた2本のバンドは、単一切断を示す。予期せぬことに、いくつかの切断産物がTevCas12aで観察され、これは、ガイドRNAの存在下で、TevCas12aが2本鎖DNAを非特異的に切断することを示す。図9Bは、TevCas12aが細胞内でAAVS1標的部位を切断することを証明する。HEK293細胞を、AAVS1を標的とするCas12a及びTevCas12aでリポフェクションした。ゲノムDNAは採取した細胞から抽出し、AAVS1遺伝子の編集は、PCR増幅及びT7エンドヌクレアーゼI切断アッセイによって検出した。Cas12a試料及びTevCas12a試料中の著しく多い産物の存在は、TevCas12aが細胞内のAAVS1遺伝子を切断することを示す。
【0146】
[00147]本発明の好ましい実施形態をここに公開/説明したが、当然ながら、当業者はこれらの実施形態は例示に過ぎないと考えている。当業者は本発明を逸脱しない範囲で、数々の変化、変更、置き換えを実施する。本願で説明した本発明の実施形態の様々な代替物を採用して本発明を実施することができることは明らかである。
【0147】
[00148]本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、発行された特許、及び他の文書は、あたかも各個別の刊行物、特許出願、発行された特許、又は他の文書が、その全体が参照により援用されることを具体的かつ個別に示しているかのように、参照により本明細書に援用される。参照により本文に組み込まれる定義は、それらが本開示の定義に矛盾する場合には除外される。
【0148】
[0097]本発明の特定の実施形態について議論したが、上記の明細書は例示的なものであり、限定的なものではない。本発明の多くの変形例は、本明細書をレビューすることにより当業者に明らかになる。発明の全範囲は、特許請求の範囲、それらの均等物の全範囲、及び明細書、並びにそのような変更を参照することによって決定されるべきである。
【0149】
[0098]別段の指示がない限り、本明細書及び特許請求の範囲で使用される成分の量、反応条件などを表す全ての数字は、全ての場合において、「約」という用語によって修正されていると理解されるべきである。従って、本明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメータは、別段の指示がない限り、本発明によって得られようとする所望の特性に応じて変化し得る近似値である。
【0150】
[0099]上記の説明は、本発明の原理及び種々の実施形態を例示することを意味する。上述の開示が完全に理解されれば、当業者には多数のバリエーション、組み合わせ及び修正が明らかになるであろう。以下の特許請求の範囲は、そのようなバリエーション及び修正の全てを包含するように解釈されることが意図されている。
【0151】
配列
配列番号1
ATTCCTGAAGCTGACAGCATTCGGGCCGAGATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGTAAGCAGCATCATGGAGGTTTGAAGATGCCGCATTTGGATTGGATGAATTCCAAATTCTGCTTGCTTGCTTTTTAATATTGATATGCTTATACACTTACACTTTATGCACAAAATGTAGGGTTATAATAATGTTAACATGGACATGATCTTCTTTATAATTCTACTTTGAGTGCTGTCTCCATGTTTGATGTATCTGAGCAGGTTGCTCCACAGGTAGCTCTAGGAGGGCTGGCAACTTAGAGGTGGGGAGCAGAGAATTCTCTTATCCAACATCAACATCTTGGTCAGATTTGAACTCTTCAATCTCTTGCACTCAAAGCTTGTTAAGATAGTTAAGCGTGCATAAGTTAACTTCCAATTTACATACTCTGCTTAGAATTTGGGGGAAAATTTAGAAATATAATTGACAGGATTATTGGAAATTTGTTATAATGAATGAAACATTTTGTCATATAAGATTCATATTTACTTCTTATACATTTGATAAAGTAAGGCATGGTTGTGGTTAATCTGGTTTATTTTTGTTCCACAAGTTAAATAAATCATAAAACTTGATGTGTTATCTCTTATATCTCACTCCCACTATTACCCCTTTATTTTCAAACAGGGAAACAGTCTTCAAGTTCCACTTGGTAAAAAATGTGAACCCCTTGTATATAGAGTTTGGCTCACAGTGTAAAGGGCCTCAGTGATTCACATTTTCCAGATTAGGAATCTGATGCTCAAAGAAGTTAAATGGCATAGTTGGGGTGACACAGCTGTCTAGTGGGAGGCCAGCCTTCTATATTTTAGCCAGCGTTCTTTCCTGCGGGCCAGGTCATGAGGAGTATGCAGACTCTAAGAGGGAGCAAAAGTATCTGAAGGATTTAATATTTTAGCAAGGAATAGATATACAATCATCCCTTGGTCTCCCTGGGGGATTGGTTTCAGGACCCCTTCTTGGACACCAAATCTATGGATATTTAAGTCCCTTCTATAAAATGGTATAGTATTTGCATATAACCTATCCACATCCTCCTGTATACTTTAAATCATTTCTAGATTACTTGTAATACCTAATACAATGTAAATGCTATGCAAATAGTTGTTATTGTTTAAGGAATAATGACAAGAAAAAAAAGTCTGTACATGCTCAGTAAAGACACAACCATCCCTTTTTTTCCCCAGTGTTTTTGATCCATGGTTTGCTGAATCCACAGATGTGGAGCCCCTGGATACGGAAGGCCCGCTGTACTTTGAATGACAAATAACAGATTTAAAATTTTCAAGGCATAGTTTTATACCTGA
長さ: 1675
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: β-2-ミクログロブリン(B2M)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す
【0152】
配列番号2
ATTCCTGAAGCTGACAGCATTCGGGCCGAGATGTCTCGCTCCGTGGCCTTAGCTGTGCTCGCGCTACTCTCTCTTTCTGGCCTGGAGGCTATCCAGCGTACTCCAAAGATTCAGGTTTACTCACGTCATCCAGCAGAGAATGGAAAGTCAAATTTCCTGAATTGCTATGTGTCTGGGTTTCATCCATCCGACATTGAAGTTGACTTACTGAAGAATGGAGAGAGAATTGAAAAAGTGGAGCATTCAGACTTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTATCTCTTGTACTACACTGAATTCACCCCCACTGAAAAAGATGAGTATGCCTGCCGTGTGAACCATGTGACTTTGTCACAGCCCAAGATAGTTAAGTGGGATCGAGACATGTAAGCAGCATCATGGAGGTTTGAAGATGCCGCATTTGGATTGGATGAATTCCAAATTCTGCTTGCTTGCTTTTTAATATTGATATGCTTATACACTTACACTTTATGCACAAAATGTAGGGTTATAATAATGTTAACATGGACATGATCTTCTTTATAATTCTACTTTGAGTGCTGTCTCCATGTTTGATGTATCTGAGCAGGTTGCTCCACAGGTAGCTCTAGGAGGGCTGGCAACTTAGAGGTGGGGAGCAGAGAATTCTCTTATCCAACATCAACATCTTGGTCAGATTTGAACTCTTCAATCTCTTGCACTCAAAGCTTGTTAAGATAGTTAAGCGTGCATAAGTTAACTTCCAATTTACATACTCTGCTTAGAATTTGGGGGAAAATTTAGAAATATAATTGACAGGATTATTGGAAATTTGTTATAATGAATGAAACATTTTGTCATATAAGATTCATATTTACTTCTTATACATTTGATAAAGTAAGGCATGGTTGTGGTTAATCTGGTTTATTTTTGTTCCACAAGTTAAATAAATCATAAAACTTGATGTGTTATCTCTTATATCTCACTCCCACTATTACCCCTTTATTTTCAAACAGGGAAACAGTCTTCAAGTTCCACTTGGTAAAAAATGTGAACCCCTTGTATATAGAGTTTGGCTCACAGTGTAAAGGGCCTCAGTGATTCACATTTTCCAGATTAGGAATCTGATGCTCAAAGAAGTTAAATGGCATAGTTGGGGTGACACAGCTGTCTAGTGGGAGGCCAGCCTTCTATATTTTAGCCAGCGTTCTTTCCTGCGGGCCAGGTCATGAGGAGTATGCAGACTCTAAGAGGGAGCAAAAGTATCTGAAGGATTTAATATTTTAGCAAGGAATAGATATACAATCATCCCTTGGTCTCCCTGGGGGATTGGTTTCAGGACCCCTTCTTGGACACCAAATCTATGGATATTTAAGTCCCTTCTATAAAATGGTATAGTATTTGCATATAACCTATCCACATCCTCCTGTATACTTTAAATCATTTCTAGATTACTTGTAATACCTAATACAATGTAAATGCTATGCAAATAGTTGTTATTGTTTAAGGAATAATGACAAGAAAAAAAAGTCTGTACATGCTCAGTAAAGACACAACCATCCCTTTTTTTCCCCAGTGTTTTTGATCCATGGTTTGCTGAATCCACAGATGTGGAGCCCCTGGATACGGAAGGCCCGCTGTACTTTGAATGACAAATAACAGATTTAAAATTTTCAAGGCATAGTTTTATACCTGA
長さ: 1675
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: β-2-ミクログロブリン(B2M)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す。
【0153】
配列番号3
TTTTGAAACCCTTCAAAGGCAGAGACTTGTCCAGCCTAACCTGCCTGCTGCTCCTAGCTCCTGAGGCTCAGGGCCCTTGGCTTCTGTCCGCTCTGCTCAGGGCCCTCCAGCGTGGCCACTGCTCAGCCATGCTCCTGCTGCTCGTCCCAGTGCTCGAGGTGATTTTTACCCTGGGAGGAACCAGAGCCCAGTCGGTGACCCAGCTTGGCAGCCACGTCTCTGTCTCTGAAGGAGCCCTGGTTCTGCTGAGGTGCAACTACTCATCGTCTGTTCCACCATATCTCTTCTGGTATGTGCAATACCCCAACCAAGGACTCCAGCTTCTCCTGAAGTACACATCAGCGGCCACCCTGGTTAAAGGCATCAACGGTTTTGAGGCTGAATTTAAGAAGAGTGAAACCTCCTTCCACCTGACGAAACCCTCAGCCCATATGAGCGACGCGGCTGAGTACTTCTGTGCTGTGAGTGATCTCGAACCGAACAGCAGTGCTTCCAAGATAATCTTTGGATCAGGGACCAGACTCAGCATCCGGCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGCTAGACATGAGGTCTATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCTGAGATCTGCAAGATTGTAAGACAGCCTGTGCTCCCTCGCTCCTTCCTCTGCATTGCCCCTCTTCTCCCTCTCCAAACAGAGGGAACTCTCCTACCCCCAAGGAGGTGAAAGCTGCTACCACCTCTGTGCCCCCCCGGTAATGCCACCAACTGGATCCTACCCGAATTTATGATTAAGATTGCTGAAGAGCTGCCAAACACTGCTGCCACCCCCTCTGTTCCCTTATTGCTGCTTGTCACTGCCTGACATTCACGGCAGAGGCAAGGCTGCTGCAGCCTCCCCTGGCTGTGCACATTCCCTCCTGCTCCCCAGAGACTGCCTCCGCCATCCCACAGATGATGGATCTTCAGTGGGTTCTCTTGGGCTCTAGGTCCTGGAGAATGTTGTGAGGGGTTTATTTTTTTTTAATAGTGTTCATAAAGAAATACATAGTATTCTTCTTCTCAAGACGTGGGGGGAAATTATCTCATTATCGAGGCCCTGCTATGCTGTGTGTCTGGGCGTGTTGTATGTCCTGCTGCCGATGCCTTCATTAAAATGATTTGGAA
長さ: 1508
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: T細胞受容体α定常(TRAC)コード配列
その他の情報: SaCas9ガイドRNA配列に下線を付す。
【0154】
配列番号4
GGGCTCCAGGCTGCTCTGTTGGGTGCTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTAAAGGCTGGAGTCACTCAAACTCCAAGATATCTGATCAAAACGAGAGGACAGCAAGTGACACTGAGCTGCTCCCCTATCTCTGGGCATAGGAGTGTATCCTGGTACCAACAGACCCCAGGACAGGGCCTTCAGTTCCTCTTTGAATACTTCAGTGAGACACAGAGAAACAAAGGAAACTTCCCTGGTCGATTCTCAGGGCGCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCTGAGATGAATGTGAGCACCTTGGAGCTGGGGGACTCGGCCCTTTATCTTTGCGCCAGCAGCCGGACAGGGGGCGTAAAGAATTCACCCCTCCACTTTGGGAACGGGACCAGGCTCACTGTGACAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCTGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGACGAGTGGACCCAGGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGAAGGCAGCCCTGGAAGTGGAGTTAGGAGCTTCTAACCCGTCATGGTTTCAATACACATTCTTCTTTTGCCAGCGCTTCTGAAGAGCTGCTCTCACCTCTCTGCATCCCAATAGATATCCCCCTATGTGCATGCACACCTGCACACTCACGGCTGAAATCTCCCTAACCCAGGGGGACCTTAGCATGCCTAAGTGACTAAACCAATAAAAATGTTCTGGTCTGGCCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
長さ: 1221
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: T細胞受容体β定常(TRBC)コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
【0155】
配列番号5
GATGGCCGTCATGGCGCCCCGAACCCTCCTCCTGCTACTCTCGGGGGCCCTGGCCCTGACCCAGACCTGGGCGGGCTCCCACTCCATGAGGTATTTCTTCACATCCGTGTCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCGCCGTGGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCGGTTCGACAGCGACGCCGCGAGCCAGAAGATGGAGCCGCGGGCGCCGTGGATAGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGACCAGGAGACACGGAATATGAAGGCCCACTCACAGACTGACCGAGCGAACCTGGGGACCCTGCGCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGACGGTTCTCACACCATCCAGATAATGTATGGCTGCGACGTGGGGCCGGACGGGCGCTTCCTCCGCGGGTACCGGCAGGACGCCTACGACGGCAAGGATTACATCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCTTGGACCGCGGCGGACATGGCAGCTCAGATCACCAAGCGCAAGTGGGAGGCGGTCCATGCGGCGGAGCAGCGGAGAGTCTACCTGGAGGGCCGGTGCGTGGACGGGCTCCGCAGATACCTGGAGAACGGGAAGGAGACGCTGCAGCGCACGGACCCCCCCAAGACACATATGACCCACCACCCCATCTCTGACCATGAGGCCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGCGGAGATCACACTGACCTGGCAGCGGGATGGGGAGGACCAGACCCAGGACACGGAGCTCGTGGAGACCAGGCCTGCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCGGCTGTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACCTGCCATGTGCAGCATGAGGGTCTGCCCAAGCCCCTCACCCTGAGATGGGAGCTGTCTTCCCAGCCCACCATCCCCATCGTGGGCATCATTGCTGGCCTGGTTCTCCTTGGAGCTGTGATCACTGGAGCTGTGGTCGCTGCCGTGATGTGGAGGAGGAAGAGCTCAGATAGAAAAGGAGGGAGTTACACTCAGGCTGCAAGCAGTGACAGTGCCCAGGGCTCTGATGTGTCTCTCACAGCTTGTAAAGTGTGAGACAGCTGCCTTGTGTGGGACTGAGAGGCAAGAGTTGTTCCTGCCCTTCCCTTTGTGACTTGAAGAACCCTGACTTTGTTTCTGCAAAGGCACCTGCATGTGTCTGTGTTCGTGTAGGCATAATGTGAGGAGGTGGGGAGAGCACCCCACCCCCATGTCCACCATGACCCTCTTCCCACGCTGACCTGTGCTCCCTCTCCAATCATCTTTCCTGTTCCAGAGAGGTGGGGCTGAGGTGTCTCCATCTCTGTCTCAACTTCATGGTGCACTGAGCTGTAACTTCTTCCTTCCCTATTAAAATTAGAACCTGAGTATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
長さ: 1434
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: 主要組織適合性複合体、クラスI、A(HLA-A)コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
【0156】
配列番号6
GTCAGCGCCCCCCGCCCGGCGTCTCCCGGGGCCAGGTCCACCCTCTGCTGCGCCACCTGGGGCATCCTCCTTCCCCGTTGCCAGTCTCGATCCGCCCCGTCGTTCCTGGCCCTGGGCTTTGCCACCCTATGCTGACACCCCGTCCCAGTCCCCCTTACCATTCCCCTTCGACCACCCCACTTCCGAATTGGAGCCGCTTCAACTGGCCCTGGGCTTAGCCACTCTGTGCTGACCACTCTGCCCCAGGCCTCCTTACCATTCCCCTTCGACCTACTCTCTTCCGCATTGGAGTCGCTTTAACTGGCCCTGGCTTTGGCAGCCTGTGCTGACCCATGCAGTCCTCCTTACCATCCCTCCCTCGACTTCCCCTCTTCCGATGTTGAGCCCCTCCAGCCGGTCCTGGACTTTGTCTCCTTCCCTGCCCTGCCCTCTCCTGAACCTGAGCCAGCTCCCATAGCTCAGTCTGGTCTATCTGCCTGGCCCTGGCCATTGTCACTTTGCGCTGCCCTCCTCTCGCCCCCGAGTGCCCTTGCTGTGCCGCCGGAACTCTGCCCTCTAACGCTGCCGTCTCTCTCCTGAGTCCGGACCACTTTGAGCTCTACTGGCTTCTGCGCCGCCTCTGGCCCACTGTTTCCCCTTCCCAGGCAGGTCCTGCTTTCTCTGACCTGCATTCTCTCCCCTGGGCCTGTGCCGCTTTCTGTCTGCAGCTTGTGGCCTGGGTCACCTCTACGGCTGGCCCAGATCCTTCCCTGCCGCCTCCTTCAGGTTCCGTCTTCCTCCACTCCCTCTTCCCCTTGCTCTCTGCTGTGTTGCTGCCCAAGGATGCTCTTTCCGGAGCACTTCCTTCTCGGCGCTGCACCACGTGATGTCCTCTGAGCGGATCCTCCCCGTGTCTGGGTCCTCTCCGGGCATCTCTCCTCCCTCACCCAACCCCATGCCGTCTTCACTCGCTGGGTTCCCTTTTCCTTCTCCTTCTGGGGCCTGTGCCATCTCTCGTTTCTTAGGATGGCCTTCTCCGACGGATGTCTCCCTTGCGTCCCGCCTCCCCTTCTTGTAGGCCTGCATCATCACCGTTTTTCTGGACAACCCCAAAGTACCCCGTCTCCCTGGCTTTAGCCACCTCTCCATCCTCTTGCTTTCTTTGCCTGGACACCCCGTTCTCCTGTGGATTCGGGTCACCTCTCACTCCTTTCATTTGGGCAGCTCCCCTACCCCCCTTACCTCTCTAGTCTGTGCTAGCTCTTCCAGCCCCCTGTCATGGCATCTTCCAGGGGTCCGAGAGCTCAGCTAGTCTTCTTCCTCCAACCCGGGCCCCTATGTCCACTTCAGGACAGCATGTTTGCTGCCTCCAGGGATCCTGTGTCCCCGAGCTGGGACCACCTTATATTCCCAGGGCCGGTTAATGTGGCTCTGGTTCTGGGTACTTTTATCTGTCCCCTCCACCCCACAGTGGGGCCACTAGGGACAGGATTGGTGACAGAAAAGCCCCATCCTTAGGCCTCCTCCTTCCTAGTCTCCTGATATTGGGTCTAACCCCCACCTCCTGTTAGGCAGATTCCTTATCTGGTGACACACCCCCATTTCCTGGAGCCATCTCTCTCCTTGCCAGAACCTCTAAGGTTTGCTTACGATGGAGCCAGAGAGGATCCTGGGAGGGAGAGCTTGGCAGGGGGTGGGAGGGAAGGGGGGGATGCGTGACCTGCCCGGTTCTCAGTGGCCACCCTGCGCTACCCTCTCCCAGAACCTGAGCTGCTCTGACGCGGCCGTCTGGTGCGTTTCACTGATCCTGGTGCTGCAGCTTCCTTACACTTCCCAAGAGGAGAAGCAGTTTGGAAAAACAAAATCAGAATAAGTTGGTCCTGAGTTCTAACTTTGGCTCTTCACCTTTCTAGTCCCCAATTTATATTGTTCCTCCGTGCGTCAGTTTTACCTGTGAGATAAGGCCAGTAGCCAGCCCCGTCCTGGCAGGGCTGTGGTGAGGAGGGGGGTGTCCGTGTGGAAAACTCCCTTTGTGAGAATGGTGCGTCCTAGGTGTTCACCAGGTCGTGGCCGCCTCTACTCCCTTTCTCTTTCTCCATCCTTCTTTCCTTAAAGAGTCCCCAGTGCTATCTGGGACATATTCCTCCGCCCAGAGCAGGGTCCCGCTTCCCTAAGGCCCTGCTCTGGGCTTCTGGGTTTGAGTCCTTGGCAAGCCCAGGAGAGGCGCTCAGGCTTCCCTGTCCCCCTTCCTCGTCCACCATCTCATGCCCCTGGCTCTCCTGCCCCTTCCCTACAGGGGTTCCTGGCTCTGCTCTTCAGACTGAGCCCCGTTCCCCTGCATCCCCGTTCCCCTGCATCCCCCTTCCCCTGCATCCCCCAGAGGCCCCAGGCCACCTACTTGGCCTGGACCCCACGAGAGGCCACCCCAGCCCTGTCTACCAGGCTGCCTTTTGGGTGGATTCTCCTCCAACTGTGGGGTGACTGCTTGGCAAACTCACTCTTCGGGGTATCCCAGGAGGCCTGGAGCATTGGGGTGGGCTGGGGTTCAGAGAGGAGGGATTCCCTTCTCAGGTTACGTGGCCAAGAAGCAGGGGAGCTGGGTTTGGGTCAGGTCTGGGTGTGGGGTGACCAGCTTATGCTGTTTGCCCAGGACAGCCTAGTTTTAGCACTGAAACCCTCAGTCCTAGGAAAACAGGGATGGTTGGTCACTGTCTCTGGGTGACTCTTGATTCCCGGCCAGTTTCTCCACCTGGGGCTGTGTTTCTCGTCCTGCATCCTTCTCCAGGCAGGTCCCCAAGCATCGCCCCCCTGCTGTGGCTGTTCCCAAGTTCTTAGGGTACCCCACGTGGGTTTATCAACCACTTGGTGAGGCTGGTACCCTGCCCCCATTCCTGCACCCCAATTGCCTTAGTGGCTAGGGGGTTGGGGGCTAGAGTAGGAGGGGCTGGAGCCAGGATTCTTAGGGCTGAACAGAGAAGAGCTGGGGGCCTGGGCTCCTGGGTTTGAGAGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCCTGGGTCCGAGGGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGTGGAGGGACTGGGGGCCTGGACTCCTGGGTCCGAGGGAGGAGGGGCTGGGGCCTGGACTCGTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCTGGGGGCCTGGACTTCTGGGTCTTAGGGAGGCGGGGCTGGGCCTGGACCCCTGGGTCTGAATGGGGAGAGGCTGGGGGCCTGGACTCCTTCATCTGAGGGCGGAAGGGCTGGGGCCTGGCCTCCTGGGTTGAATGGGGAGGGGTTGGGCCTGGACTCTGGAGTCCCTGGTGCCCAGGCCTCAGGCATCTTTCACAGGGATGCCTGTACTGGGCAGGTCCTTGAAAGGGAAAGGCCCATTGCTCTCCTTGCCCCCCTCCCCTATCGCCATGACAACTGGGTGGAAATAAACGAGCCGAGTTCATCCCGTTCCCAGGGCACGTGCGGCCCCTTCACAGCCCGAGTTTCCATGACCTCATGCTCTTGGCCCTCGTAGCTCCCTCCCGCCTCCTCCAGATGGGCAGCTTTGGAGAGGTGAGGGACTTGGGGGGTAATTTATCCCGTGGATCTAGGAGTTTAGCTTCACTCCTTCCTCAGCTCCAGTTCAGGTCCCGGAGCCCACCCAGTGTCCACAAGGCCTGGGGCAAGTCCCTCCTCCGACCCCCTGGACTTCGGCTTTTGTCCCCCCAAGTTTTGGACCCCTAAGGGAAGAATGAGAAACGGTGGCCCGTGTCAGCCCCTGGCTGCAGGGCCCCGTGCAGAGGGGGCCTCAGTGAACTGGAGTGTGACAGCCTGGGGCCCAGGCACACAGGTGTGCAGCTGTCTCACCCCTCTGGGAGTCCCGCCCAGGCCCCTGAGTCTGTCCCAGCACAGGGTGGCCTTCCTCCACCCTGCATAGCCCTGGGCCCACGGCTTCGTTCCTGCAGAGTATCTGCTGGGGTGGTTTCCGAGCTTGACCCTTGGAAGGACCTGGCTGGGTTTAAGGCAGGAGGGGCTGGGGGCCAGGACTCCTGGCTCTGAAGGAGGAGGGGCTGGAACCTCTTCCCTAGTCTGAGCACTGGAAGCGCCACCTGTGGGTGGTGACGGGGGTTTTGCCGTGTCTAACAGGTACCATGTGGGGTTCCCGCACCCAGATGAGAAGCCCCCTCCCTTCCCCGTTCACTTCCTGTTTGCAGATAGCCAGGAGTCCTTTCGTGGTTTCCACTGAGCACTGAAGGCCTGGCCGGCCTGACCACTGGGCAACCAGGCGTATCTTAAACAGCCAGTGGCCAGAGGCTGTTGGGTCATTTTCCCCACTGTCCTAGCACCGTGTCCCTGGATCTGTTTTCGTGGCTCCCTCTGGAGTCCCGACTTGCTGGGACACCGTGGCTGGGGTAGGTGCGGCTGACGGCTGTTTCCCACCCCCAG
長さ: 4427
タイプ: DNA
生物: ホモサピエンス
特徴: アデノ関連ウイルス組込み部位1(AAVS1)非コード配列
その他の情報: TevSaCas9が標的とする配列を強調表示。I-TevI部位に下線を付し、Cas9ガイドRNA配列に2重下線を付し、PAM配列は小文字で示す。
【0157】
配列番号7
5’-GGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTGTCGTGACGCGGGATCCGCCACCATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGCATTCCTCCTGATCCCAGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCTCCACCTCTGGATCCGGCAAGCCCGGATCTGGCGAGGGATCCACCAAGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCGGCCGCAATTGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAACCATTATCCATGTGAAAGGGAAACACCTTTGTCCAAGTCCCCTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGGGGAGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCTGGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCCAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA-3’
3’-CCCCCGTCTCGCGTGTAGCGGGTGTCAGGGGCTCTTCAACCCCCCTCCCCAGCCGTTAACTTGGCCACGGATCTCTTCCACCGCGCCCCATTTGACCCTTTCACTACAGCACATGACCGAGGCGGAAAAAGGGCTCCCACCCCCTCTTGGCATATATTCACGTCATCAGCGGCACTTGCAAGAAAAAGCGTTGCCCAAACGGCGGTCTTGTGTCCACAGCACTGCGCCCTAGGCGGTGGTACGAAGAGGACCACTGTTCGGAAGACGAGACACTCAATGGTGTGGGTCGTAAGGAGGACTAGGGTCTGTAGGTCTACTGTGTCTGATGTAGGAGGGACAGACGGAGAGACCCTCTGTCTCAGTGGTAGTCAACGTCCCGTTCAGTCCTGTAATCATTTATAAATTTAACCATAGTCGTCTTTGGTCTACCTTGACAATTTGAGGACTAGATGGTATGTAGTTCTAATGTGAGTCCTCAGGGTAGTTCCAAGTCACCGTCACCCAGACCTTGTCTAATAAGAGAGTGGTAATCGTTGGACCTCGTTCTTCTATAACGGTGAATGAAAACGGTTGTCCCATTATGCGAAGGCATGTGCAAGCCTCCCCCCTGATTCAACCTTTATTGTCCGAGGTGGAGACCTAGGCCGTTCGGGCCTAGACCGCTCCCTAGGTGGTTCCCGCTCCACTTTGACGTCCTCAGTCCTGGACCGGACCACCGCGGGAGTGTCTCGGACAGGCAGTGTACGTGACAGAGTCCCCAGAGTAATGGGCTGATACCACATTCGACCTAAGCGGTCGGAGGTGCTTTCCCAGACCTCACCGACCCTCATTATACCCCATCACTTTGGTGTATGATATTAAGTCGAGAGTTTAGGTCTGACTGGTAGTAGTTCCTGTTGAGGTTCTCGGTTCAAAAGAATTTTTACTTGTCAGACGTTTGACTACTGTGTCGGTAAATGATGACACGGTTTGTAATAATGATGCCACCATCGATACGATACCTGATGACCCCAGTTCCTTGGAGTCAGTGGCAGAGGAGTCGCCGGCGTTAACTTCAATACATAGGAGGAGGAATGGATCTGTTACTCTTCTCGTTACCTTGGTAATAGGTACACTTTCCCTTTGTGGAAACAGGTTCAGGGGATAAAGGGCCTGGAAGATTCGGGAAAACCCACGACCACCACCAACCCCCTCAGGACCGAACGATATCGAACGATCATTGTCACCGGAAATAATAAAAGACCCACTCCTCATTCTCCTCGTCCGAGGACGTGTCACTGATGTACTTGTACTGAGGGGCGGCGGGGCCCGGGTGGGCGTTCGTAATGGTCGGGATACGGGGTGGTGCGCTGAAGCGTCGGATAGCGAGGTCTCACTTCAAGTCGTCCTCGCGTCTGCGGGGGCGCATGGTCGTCCCGGTCTTGGTCGAGATATTGCTCGAGTTAGATCCTGCTTCTCTCCTCATGCTACAAAACCTGTTCTCTGCACCGGCCCTGGGACTCTACCCCCCTTTCGGCTCTTCCTTCTTGGGAGTCCTTCCGGACATGTTACTTGACGTCTTTCTATTCTACCGCCTCCGGATGTCACTCTAACCCTACTTTCCGCTCGCGGCCTCCCCGTTCCCCGTGCTACCGGAAATGGTCCCAGAGTCATGTCGGTGGTTCCTGTGGATGCTGCGGGAAGTGTACGTCCGGGACGGGGGAGCGATT-5’
長さ: 1707
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴: CD19を標的とするキメラ抗原受容体をAAVS1部位に挿入;DNA配向を5’又は3’で示す;2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
その他の情報:
【0158】
配列番号8
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIA
長さ: 93
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特長: I-TevIドメイン
その他の情報:
配列番号9
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: リンカードメイン
その他の情報: V117F;突然変異に下線を付す。
配列番号10
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴:リンカードメイン
その他の情報: K135R/N140S;突然変異に下線を付す。
配列番号11
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
長さ: 83
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: リンカードメイン
その他の情報: V117F/K135R/N140S;突然変異に下線を付す。
配列番号12
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGS
長さ: 86
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメイン変異体
その他の情報:
配列番号13
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGGGSGGGGS
長さ: 87
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメイン変異体
その他の情報:
配列番号14
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSRPGSKSGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNKESGSVSSEQLAQFRSLD
長さ: 95
種類: アミノ酸
生体: 人工的
特徴: リンカードメイン変異体
その他の情報:
【0159】
配列番号15
MKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
病原体: 黄色ブドウ球菌
特徴:
その他の情報:
【0160】
配列番号16
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10E突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0161】
配列番号17
CGCUACUCUCUCUUUCUGGCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特長: B2M遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号18
AGCGCGAGCACAGCUAAGGCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特長: B2M遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号19
UUUUGUCUGUGAUAUACACAU
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: TRAC遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号20
CUUGACAGCGGAAGUGGUUGC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: TRBC遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号21
UGGGUCAGGGCCAGGGCCCCC
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: HLA-A遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号22
CCCUGCUCUGGGCUUCUGGGU
長さ: 21
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: AAVS1部位を標的とする
その他の情報:
【0162】
配列番号23
5’-GGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTGTCGTGACGCGGGATCCGCCACCATGCTTCTCCTGGTGACAAGCCTTCTGCTCTGTGAGTTACCACACCCAGCATTCCTCCTGATCCCAGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCTCCACCTCTGGATCCGGCAAGCCCGGATCTGGCGAGGGATCCACCAAGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGCGGCCGCAATTGAAGTTATGTATCCTCCTCCTTACCTAGACAATGAGAAGAGCAATGGAACCATTATCCATGTGAAAGGGAAACACCTTTGTCCAAGTCCCCTATTTCCCGGACCTTCTAAGCCCTTTTGGGTGCTGGTGGTGGTTGGGGGAGTCCTGGCTTGCTATAGCTTGCTAGTAACAGTGGCCTTTATTATTTTCTGGGTGAGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCCAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA-3’
3’-CCCCCGTCTCGCGTGTAGCGGGTGTCAGGGGCTCTTCAACCCCCCTCCCCAGCCGTTAACTTGGCCACGGATCTCTTCCACCGCGCCCCATTTGACCCTTTCACTACAGCACATGACCGAGGCGGAAAAAGGGCTCCCACCCCCTCTTGGCATATATTCACGTCATCAGCGGCACTTGCAAGAAAAAGCGTTGCCCAAACGGCGGTCTTGTGTCCACAGCACTGCGCCCTAGGCGGTGGTACGAAGAGGACCACTGTTCGGAAGACGAGACACTCAATGGTGTGGGTCGTAAGGAGGACTAGGGTCTGTAGGTCTACTGTGTCTGATGTAGGAGGGACAGACGGAGAGACCCTCTGTCTCAGTGGTAGTCAACGTCCCGTTCAGTCCTGTAATCATTTATAAATTTAACCATAGTCGTCTTTGGTCTACCTTGACAATTTGAGGACTAGATGGTATGTAGTTCTAATGTGAGTCCTCAGGGTAGTTCCAAGTCACCGTCACCCAGACCTTGTCTAATAAGAGAGTGGTAATCGTTGGACCTCGTTCTTCTATAACGGTGAATGAAAACGGTTGTCCCATTATGCGAAGGCATGTGCAAGCCTCCCCCCTGATTCAACCTTTATTGTCCGAGGTGGAGACCTAGGCCGTTCGGGCCTAGACCGCTCCCTAGGTGGTTCCCGCTCCACTTTGACGTCCTCAGTCCTGGACCGGACCACCGCGGGAGTGTCTCGGACAGGCAGTGTACGTGACAGAGTCCCCAGAGTAATGGGCTGATACCACATTCGACCTAAGCGGTCGGAGGTGCTTTCCCAGACCTCACCGACCCTCATTATACCCCATCACTTTGGTGTATGATATTAAGTCGAGAGTTTAGGTCTGACTGGTAGTAGTTCCTGTTGAGGTTCTCGGTTCAAAAGAATTTTTACTTGTCAGACGTTTGACTACTGTGTCGGTAAATGATGACACGGTTTGTAATAATGATGCCACCATCGATACGATACCTGATGACCCCAGTTCCTTGGAGTCAGTGGCAGAGGAGTCGCCGGCGTTAACTTCAATACATAGGAGGAGGAATGGATCTGTTACTCTTCTCGTTACCTTGGTAATAGGTACACTTTCCCTTTGTGGAAACAGGTTCAGGGGATAAAGGGCCTGGAAGATTCGGGAAAACCCACGACCACCACCAACCCCCTCAGGACCGAACGATATCGAACGATCATTGTCACCGGAAATAATAAAAGACCCACTCCTCATTCTCCTCGTCCGAGGACGTGTCACTGATGTACTTGTACTGAGGGGCGGCGGGGCCCGGGTGGGCGTTCGTAATGGTCGGGATACGGGGTGGTGCGCTGAAGCGTCGGATAGCGAGGTCTCACTTCAAGTCGTCCTCGCGTCTGCGGGGGCGCATGGTCGTCCCGGTCTTGGTCGAGATATTGCTCGAGTTAGATCCTGCTTCTCTCCTCATGCTACAAAACCTGTTCTCTGCACCGGCCCTGGGACTCTACCCCCCTTTCGGCTCTTCCTTCTTGGGAGTCCTTCCGGACATGTTACTTGACGTCTTTCTATTCTACCGCCTCCGGATGTCACTCTAACCCTACTTTCCGCTCGCGGCCTCCCCGTTCCCCGTGCTACCGGAAATGGTCCCAGAGTCATGTCGGTGGTTCCTGTGGATGCTGCGGGAAGTGTACGTCCGGGACGGGGGAGCGATT-5’
長さ: 1707
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴: CD19を標的とするキメラ抗原受容体をAAVS1部位に挿入;DNA配向を5’又は3’で示す;2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
その他の情報:
【0163】
配列番号24
5’-TCTTAAGATCTTTGCTTTCCCTTCTCTATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTATATTCGTCT-3’
3’-CCAGAATTCTAGAAACGAAAGGGAAGAGATATTGAAGCATATCGTATGTAATATGCTTCAATATAAGCAGA-5’
長さ: 71
タイプ: 2本鎖DNA
生物: 人工的
特徴:LoxPカセットをAAVS1部位に挿入;DNA配向を5’又は3’で示す。
その他の情報: 2ヌクレオチド突出末端を下線で示す。
【0164】
配列番号25
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEESKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10E+N580A突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0165】
配列番号26
MKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEESKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1053
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SaCas9 D10A+N580A突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0166】
配列番号27
MDKKYSIGLIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
長さ: 1368
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SpCas9 D10E、D1135E、R1335Q、T1337R突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0167】
配列番号28
MDKKYSIGLIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD
長さ: 1368
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: SpCas9 D10E、H840A、D1135E、R1335Q、T1337R突然変異体
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0168】
配列番号29
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[野生型]
その他の情報:
【0169】
配列番号30
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0170】
配列番号31
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長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0171】
配列番号32
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長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0172】
配列番号33
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0173】
配列番号34
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0174】
配列番号35
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0175】
配列番号36
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0176】
配列番号37
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0177】
配列番号38
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[D10E]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0178】
配列番号39
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0179】
配列番号40
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0180】
配列番号41
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0181】
配列番号42
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0182】
配列番号43
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
長さ: 1232
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-saCas9[H557A]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0183】
配列番号44
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-Cas12a[野生型]
その他の情報:
【0184】
配列番号45
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0185】
配列番号46
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1,486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K135R/N140S]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0186】
配列番号47
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETKAKMLKLGPDGRKALYSPGSKGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[V117F/K135R/N140S]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0187】
配列番号48
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFERWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADAFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRITSAYTCSKCRNGGSGGTGGSGTQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
長さ: 1486
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[K26R/T95S/Q158R]-Cas12a[野生型]
その他の情報: 突然変異に下線を付す。
【0188】
配列番号49
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGTGGSQEIKRINKIRRRLVKDSNTKKAGKTGPMKTLLVRVMTPDLRERLENLRKKPENIPQPISNTSRANLNKLLTDYTEMKKAILHVYWEEFQKDPVGLMSRVAQPAPKNIDQRKLIPVKDGNERLTSSGFACSQCCQPLYVYKLEQVNDKGKPHTNYFGRCNVSEHERLILLSPHKPEANDELVTYSLGKFGQRALDFYSIHVTRESNHPVKPLEQIGGNSCASGPVGKALSDACMGAVASFLTKYQDIILEHQKVIKKNEKRLANLKDIASANGLAFPKITLPPQPHTKEGIEAYNNVVAQIVIWVNLNLWQKLKIGRDEAKPLQRLKGFPSFPLVERQANEVDWWDMVCNVKKLINEKKEDGKVFWQNLAGYKRQEALLPYLSSEEDRKKGKKFARYQFGDLLLHLEKKHGEDWGKVYDEAWERIDKKVEGLSKHIKLEEERRSEDAQSKAALTDWLRAKASFVIEGLKEADKDEFCRCELKLQKWYGDLRGKPFAIEAENSILDISGFSKQYNCAFIWQKDGVKKLNLYLIINYFKGGKLRFKKIKPEAFEANRFYTVINKKSGEIVPMEVNFNFDDPNLIILPLAFGKRQGREFIWNDLLSLETGSLKLANGRVIEKTLYNRRTRQDEPALFVALTFERREVLDSSNIKPMNLIGIDRGENIPAVIALTDPEGCPLSRFKDSLGNPTHILRIGESYKEKQRTIQAAKEVEQRRAGGYSRKYASKAKNLADDMVRNTARDLLYYAVTQDAMLIFENLSRGFGRQGKRTFMAERQYTRMEDWLTAKLAYEGLPSKTYLSKTLAQYTSKTCSNCGFTITSADYDRVLEKLKKTATGWMTTINGKELKVEGQITYYNRYKRQNVVKDLSVELDRLSEESVNNDISSWTKGRSGEALSLLKKRFSHRPVQEKFVCLNCGFETHADEQAALNIARSWLFLRSQEYKKYQTNKTTGNTDKRAFVETWQSFYRKKLKEVWKPAV
長さ: 1156
種類: アミノ酸
生物: 人工的
特徴: 合成ポリペプチド;Tev[野生型]-CasX
その他の情報:
【0189】
配列番号50
UAAUUUCUACUCUUGUAGAU
長さ: 20
タイプ: RNA
生物: 人工的
特徴: AAVS1遺伝子を標的とする
その他の情報:
配列番号51[Cas12a]
TQFEGFTNLYQVSKTLRFELIPQGKTLKHIQEQGFIEEDKARNDHYKELKPIIDRIYKTYADQCLQLVQLDWENLSAAIDSYRKEKTEETRNALIEEQATYRNAIHDYFIGRTDNLTDAINKRHAEIYKGLFKAELFNGKVLKQLGTVTTTEHENALLRSFDKFTTYFSGFYENRKNVFSAEDISTAIPHRIVQDNFPKFKENCHIFTRLITAVPSLREHFENVKKAIGIFVSTSIEEVFSFPFYNQLLTQTQIDLYNQLLGGISREAGTEKIKGLNEVLNLAIQKNDETAHIIASLPHRFIPLFKQILSDRNTLSFILEEFKSDEEVIQSFCKYKTLLRNENVLETAEALFNELNSIDLTHIFISHKKLETISSALCDHWDTLRNALYERRISELTGKITKSAKEKVQRSLKHEDINLQEIISAAGKELSEAFKQKTSEILSHAHAALDQPLPTTLKKQEEKEILKSQLDSLLGLYHLLDWFAVDESNEVDPEFSARLTGIKLEMEPSLSFYNKARNYATKKPYSVEKFKLNFQMPTLASGWDVNKEKNNGAILFVKNGLYYLGIMPKQKGRYKALSFEPTEKTSEGFDKMYYDYFPDAAKMIPKCSTQLKAVTAHFQTHTTPILLSNNFIEPLEITKEIYDLNNPEKEPKKFQTAYAKKTGDQKGYREALCKWIDFTRDFLSKYTKTTSIDLSSLRPSSQYKDLGEYYAELNPLLYHISFQRIAEKEIMDAVETGKLYLFQIYNKDFAKGHHGKPNLHTLYWTGLFSPENLAKTSIKLNGQAELFYRPKSRMKRMAHRLGEKMLNKKLKDQKTPIPDTLYQELYDYVNHRLSHDLSDEARALLPNVITKEVSHEIIKDRRFTSDKFFFHVPITLNYQAANSPSKFNQRVNAYLKEHPETPIIGIDRGERNLIYITVIDSTGKILEQRSLNTIQQFDYQKKLDNREKERVAARQAWSVVGTIKDLKQGYLSQVIHEIVDLMIHYQAVVVLENLNFGFKSKRTGIAEKAVYQQFEKMLIDKLNCLVLKDYPAEKVGGVLNPYQLTDQFTSFAKMGTQSGFLFYVPAPYTSKIDPLTGFVDPFVWKTIKNHESRKHFLEGFDFLHYDVKTGDFILHFKMNRNLSFQRGLPGFMPAWDIVFEKNETQFDAKGTPFIAGKRIVPVIENHRFTGRYRDLYPANELIALLEEKGIVFRDGSNILPKLLENDDSHAIDTMVALIRSVLQMRNSNAATGEDYINSPVRDLNGVCFDSRFQNPEWPMDADANGAYHIALKGQLLLNHLKESKDLKLQNGISNQDWLAYIQELRN
【0190】
配列番号52[CasX]
QEIKRINKIRRRLVKDSNTKKAGKTGPMKTLLVRVMTPDLRERLENLRKKPENIPQPISNTSRANLNKLLTDYTEMKKAILHVYWEEFQKDPVGLMSRVAQPAPKNIDQRKLIPVKDGNERLTSSGFACSQCCQPLYVYKLEQVNDKGKPHTNYFGRCNVSEHERLILLSPHKPEANDELVTYSLGKFGQRALDFYSIHVTRESNHPVKPLEQIGGNSCASGPVGKALSDACMGAVASFLTKYQDIILEHQKVIKKNEKRLANLKDIASANGLAFPKITLPPQPHTKEGIEAYNNVVAQIVIWVNLNLWQKLKIGRDEAKPLQRLKGFPSFPLVERQANEVDWWDMVCNVKKLINEKKEDGKVFWQNLAGYKRQEALLPYLSSEEDRKKGKKFARYQFGDLLLHLEKKHGEDWGKVYDEAWERIDKKVEGLSKHIKLEEERRSEDAQSKAALTDWLRAKASFVIEGLKEADKDEFCRCELKLQKWYGDLRGKPFAIEAENSILDISGFSKQYNCAFIWQKDGVKKLNLYLIINYFKGGKLRFKKIKPEAFEANRFYTVINKKSGEIVPMEVNFNFDDPNLIILPLAFGKRQGREFIWNDLLSLETGSLKLANGRVIEKTLYNRRTRQDEPALFVALTFERREVLDSSNIKPMNLIGIDRGENIPAVIALTDPEGCPLSRFKDSLGNPTHILRIGESYKEKQRTIQAAKEVEQRRAGGYSRKYASKAKNLADDMVRNTARDLLYYAVTQDAMLIFENLSRGFGRQGKRTFMAERQYTRMEDWLTAKLAYEGLPSKTYLSKTLAQYTSKTCSNCGFTITSADYDRVLEKLKKTATGWMTTINGKELKVEGQITYYNRYKRQNVVKDLSVELDRLSEESVNNDISSWTKGRSGEALSLLKKRFSHRPVQEKFVCLNCGFETHADEQAALNIARSWLFLRSQEYKKYQTNKTTGNTDKRAFVETWQSFYRKKLKEVWKPAV
【0191】
配列番号53[I-TevI野生型ヌクレアーゼドメイン及びリンカードメイン]
MKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIADATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRN
【0192】
配列番号54[Cas9野生型]
KRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
【0193】
配列番号55[SV40核局在化配列]
PKKKRKV
配列番号56[ヌクレオプラズミン核局在化配列]
KRPAATKKAGQAKKKK
配列番号57[I-TevIリンカー断片]
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRN
配列番号58[I-TevIヌクレアーゼドメイン]
MGKSGIYQIKNTLNNKVYVGSAKDFEKRWKRHFKDLEKGCHSSIKLQRSFNKHGNVFECSILEEIPYEKDLIIERENFWIKELNSKINGYNIA
配列番号59[I-TevIリンカードメイン]
DATFGDTCSTHPLKEEIIKKRSETVKAKMLKLGPDGRKALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNGGSGGS
【誤訳訂正2】
【訂正対象書類名】図面
【訂正対象項目名】全図
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
図1
図2
図3
図4
図5
図6
図7
図8
図9
図10
【国際調査報告】