特表 2023-548580 ＣＲＩＳＰＲ－ＣＡＳ系を含むエシェリキア属に対するファージ組成物およびその使用方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-11-17

(54)【発明の名称】ＣＲＩＳＰＲ－ＣＡＳ系を含むエシェリキア属に対するファージ組成物およびその使用方法

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/11 20060101AFI20231110BHJP

   C12N 15/09 20060101ALI20231110BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20231110BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20231110BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20231110BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20231110BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20231110BHJP

【ＦＩ】

C12N15/11 Z

C12N15/09 110

C12N7/01 ZNA

C12N1/21

A61K35/76

A61P31/04

A61P43/00 121

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023527226

(86)(22)【出願日】2021-11-04

(85)【翻訳文提出日】2023-07-10

(86)【国際出願番号】 US2021058095

(87)【国際公開番号】W WO2022098899

(87)【国際公開日】2022-05-12

(31)【優先権主張番号】63/110,107

(32)【優先日】2020-11-05

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/184,647

(32)【優先日】2021-05-05

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】520429509

【氏名又は名称】ローカス バイオサイエンシーズ，インク．

(74)【代理人】

【識別番号】110003797

【氏名又は名称】弁理士法人清原国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】ガロフォロ，ポール

(72)【発明者】

【氏名】オースターアウト，デビッド ジー．

(72)【発明者】

【氏名】セル，カート

(72)【発明者】

【氏名】テュソン，ハンナ ヒューイット

(72)【発明者】

【氏名】マクミラン，ラナ

(72)【発明者】

【氏名】デロレンツォ，ドリュー

(72)【発明者】

【氏名】マッキー，ロバート

(72)【発明者】

【氏名】プリボル，キャメロン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA26X

4B065AA98X

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA23

4B065CA31

4B065CA44

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC83

4C087MA02

4C087MA13

4C087MA16

4C087MA35

4C087MA37

4C087MA44

4C087MA52

4C087MA55

4C087MA58

4C087MA59

4C087MA60

4C087MA63

4C087MA65

4C087NA14

4C087ZB35

4C087ZC75

(57)【要約】

ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含むエシェリキア属に対するファージ組成物、およびその使用方法が本明細書に開示される。
【選択図】図４

【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号３９に対して少なくとも８０％の同一性を有する核酸配列。

【請求項2】

配列番号２５を含む、請求項１に記載の核酸。

【請求項3】

配列番号２４を含む、請求項１または２に記載の核酸。

【請求項4】

配列番号１２を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項5】

配列番号１３を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項6】

配列番号３９、または配列番号３９に対して少なくとも９０％同一である配列を含む、請求項１に記載の核酸。

【請求項7】

請求項１～６のいずれか一項に記載の核酸配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項8】

プロモーターをさらに含む、請求項７に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項9】

前記プロモーターは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％同一である配列を含む、請求項８に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項10】

前記プロモーターは、配列番号１１に対して少なくとも約８０％同一である配列を含む、請求項９に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項11】

配列番号４３に対して少なくとも８０％同一である配列を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項12】

配列番号４３に対して少なくとも８０％同一である配列を含む、ＣＲＩＳＰＲアレイ。

【請求項13】

請求項２～６のいずれか一項に記載の核酸、または請求項７～１１のいずれか一項に記載のＣＲＩＳＰＲアレイを含む、バクテリオファージ。

【請求項14】

請求項１に記載の核酸、または請求項１２に記載のＣＲＩＳＰＲアレイを含む、バクテリオファージ。

【請求項15】

核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージＤＮＡを置き換える、請求項１３または請求項１４に記載のバクテリオファージ。

【請求項16】

前記バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる、請求項１５に記載のバクテリオファージ。

【請求項17】

前記核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、前記バクテリオファージ中に存在するＣＲＩＳＰＲ系の一部である、請求項１３～１６のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項18】

前記ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、請求項１７に記載のバクテリオファージ。

【請求項19】

前記ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系を含む、請求項１７または１８に記載のバクテリオファージ。

【請求項20】

ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項21】

ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項22】

ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項23】

ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項24】

ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項25】

ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む、組換えファージ。

【請求項26】

（ａ）配列番号１２または２０～３７から選択される配列を含む第１のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＣＲＩＳＰＲ系を含む、バクテリオファージ。

【請求項27】

前記第１のスペーサー配列は、配列番号１２、配列番号２５、または配列番号２４を含む、請求項２６に記載のバクテリオファージ。

【請求項28】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、第２のスペーサー配列を含む、請求項２６に記載のバクテリオファージ。

【請求項29】

前記第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、前記第２のスペーサー配列は配列番号２５を含む、または前記第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、前記第２のスペーサー配列は配列番号２４を含む、または前記第１のスペーサー配列は配列番号２５を含み、前記第２のスペーサー配列は配列番号２４を含む、請求項２８に記載のバクテリオファージ。

【請求項30】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、第３のスペーサー配列を含む、請求項２８に記載のバクテリオファージ。

【請求項31】

前記第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、前記第２のスペーサー配列は配列番号２５を含み、前記第３のスペーサー配列は配列番号２４を含む、請求項３０に記載のバクテリオファージ。

【請求項32】

（ａ）第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイであって、前記第１のスペーサー配列は、第１のエシェリキア属種中の第１の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、前記第２のスペーサー配列は、前記第１のエシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、前記エシェリキア属種、前記第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的な第３のスペーサー配列をさらに含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＣＲＩＳＰＲ系を含む、バクテリオファージ。

【請求項33】

前記第１のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含み、前記第２のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含み、存在する場合、前記第３のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含む、請求項３２に記載のバクテリオファージ。

【請求項34】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する配列を含む反復配列を含む、請求項２６～３３のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項35】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％同一である配列を含むプロモーター配列を含む、請求項２６～３４のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項36】

前記ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、請求項２６～３５のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項37】

バクテリオファージＤＮＡを、ＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列で置き換えるように修飾されたバクテリオファージであって、前記ＣＲＩＳＰＲ系は、標的細菌における標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列、およびＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼをコードする配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイを含み、前記標的細菌はエシェリキア属種を含む、バクテリオファージ。

【請求項38】

前記ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、請求項３７に記載のバクテリオファージ。

【請求項39】

前記バクテリオファージＤＮＡは、前記バクテリオファージの生存性または機能性に必須ではない、請求項３７または３８に記載のバクテリオファージ。

【請求項40】

前記バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる、請求項３７～３９のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項41】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する配列を含むスペーサー配列を含む、請求項３７～４０のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項42】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の同一性を含む反復配列を含む、請求項３７～４１のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項43】

前記ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の同一性を含むプロモーター配列を含む、請求項３７～４２のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項44】

前記ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、請求項３７～４３のいずれか一項に記載のバクテリオファージ。

【請求項45】

請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージ、および野生型ファージを含む組成物。

【請求項46】

前記野生型ファージはｐ００ｋｅを含む、請求項４５に記載の組成物。

【請求項47】

前記野生型ファージはｐ５５１６を含む、請求項４６に記載の組成物。

【請求項48】

前記野生型ファージはｐ００ｊｃを含む、請求項４７に記載の組成物。

【請求項49】

ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項50】

ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項51】

ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項52】

ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項53】

ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項54】

ｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。

【請求項55】

（ａ）請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージまたは請求項４５～５４のいずれか一項に記載の組成物と、
（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤と
を含む、医薬組成物。

【請求項56】

前記医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある、請求項５５に記載の医薬組成物。

【請求項57】

細菌を死滅させる方法であって、請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージまたは請求項４５～５６のいずれか一項に記載の組成物から得られる遺伝物質を、前記細菌に導入する工程を含む、方法。

【請求項58】

疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、前記方法は、請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージまたは請求項４５～５６のいずれか一項に記載の組成物を、前記個体に投与する工程を含む、方法。

【請求項59】

細菌を死滅させる方法であって、前記細菌と、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、方法。

【請求項60】

細菌を死滅させる方法であって、前記細菌と、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、方法。

【請求項61】

細菌を死滅させる方法であって、前記細菌と、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、方法。

【請求項62】

疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、前記方法は、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を前記個体に投与する工程を含む、方法。

【請求項63】

疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、前記方法は、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を前記個体に投与する工程を含む、方法。

【請求項64】

疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、前記方法は、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を前記個体に投与する工程を含む、方法。

【請求項65】

複数の細菌を死滅させる方法であって、前記方法は、前記複数の細菌と第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージとを組み合わせる工程を含み、前記第１のバクテリオファージは、前記複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、前記第２のバクテリオファージは、前記複数の細菌の第２のサブセットを標的とし、前記複数の細菌は、表６に記載の２つ以上の細菌を含む、方法。

【請求項66】

複数の細菌を含む個体の疾患を処置する方法であって、前記方法は、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージを前記個体に投与する工程を含み、前記第１のバクテリオファージは、前記複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、前記第２のバクテリオファージは、前記複数の細菌の第２のサブセットを標的とし、前記複数の細菌は、表６に記載の２つ以上の細菌を含む、方法。

【請求項67】

前記複数の細菌は、表６に記載の少なくとも５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、または３５０個の細菌を含む、請求項６５または６６に記載の方法。

【請求項68】

前記第１のバクテリオファージは、請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージを含む、請求項６５～６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項69】

前記第２のバクテリオファージは、請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージを含む、請求項６５～６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項70】

（ｉ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｉ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｉｉ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｖ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋｅ００９に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｖ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、または（ｖｉ）前記第１のバクテリオファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、請求項６５または６６に記載の方法。

【請求項71】

（ｉ）前記第１のファージは、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｉ）前記第１のファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｉｉ）前記第１のファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｖ）前記第１のファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｖ）前記第１のファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、あるいは（ｖｉ）前記第１のファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、前記第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項６５または６６に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

相互参照
本出願は、２０２０年１１月５日出願の米国仮特許出願第６３／１１０，１０７号および２０２１年５月５日出願の米国仮特許出願第６３／１８４，６４７号に基づく利益を主張するものであり、これら仮出願はともに、参照により本明細書に援用される。

【0002】

配列表
本出願は配列表を包含しており、これは、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、その全体を参照することで本明細書に援用される。２０２１年１１月３日に作製された上記のＡＳＣＩＩコピーは、５３２４０－７４４＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、４３，５６２バイトのサイズである。

【発明の概要】

【0003】

いくつかの態様では、核酸、ＣＲＩＳＰＲアレイ、および同じ物を含むバクテリオファージが本明細書に提供される。核酸、ＣＲＩＳＰＲアレイ、および／またはバクテリオファージを含む組成物を用いてエシェリキア属を死滅させる方法がさらに提供される。

【0004】

特定の態様では、配列番号３９に対して少なくとも８０％の同一性を有する核酸配列が提供される。いくつかの実施形態では、核酸は配列番号２５を含む。いくつかの実施形態では、核酸は配列番号２４を含む。いくつかの実施形態では、核酸は配列番号１２を含む。いくつかの実施形態では、核酸は配列番号１３を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号３９、または配列番号３９に対して少なくとも９０％同一である配列を含む。

【0005】

特定の態様では、本明細書の核酸配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイはプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは、配列番号１１に対して少なくとも約８０％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４３に対して少なくとも８０％同一である配列を含む。

【0006】

特定の態様では、配列番号４３に対して少なくとも８０％同一である配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイが本明細書に提供される。

【0007】

特定の態様では、本明細書の核酸またはＣＲＩＳＰＲアレイを含むバクテリオファージが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージＤＮＡを置き換える。いくつかの実施形態では、バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる。いくつかの実施形態では、核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージ中に存在するＣＲＩＳＰＲ系の一部である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＩＩ型のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｖ型のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系を含む。

【0008】

特定の態様では、組換えファージが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも９０％の配列同一性を含む組換えファージが提供される。

【0009】

特定の態様では、（ａ）配列番号１２または２０～３７から選択される配列を含む第１のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列とを含むＣＲＩＳＰＲ系を含むバクテリオファージが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、第１のスペーサー配列は、配列番号１２、配列番号２５、または配列番号２４を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは第２のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、第２のスペーサー配列は配列番号２５を含む、または第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、第２のスペーサー配列は配列番号２４を含む、または第１のスペーサー配列は配列番号２５を含み、第２のスペーサー配列は配列番号２４を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは第３のスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のスペーサー配列は配列番号１２を含み、第２のスペーサー配列は配列番号２５を含み、第３のスペーサー配列は配列番号２４を含む。

【0010】

特定の態様では、（ａ）第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイであって、第１のスペーサー配列は、第１のエシェリキア属種中の第１の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、第１のエシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的な第３のスペーサー配列をさらに含むＣＲＩＳＰＲアレイと、（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列とを含むＣＲＩＳＰＲ系を含む、バクテリオファージが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、第１のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含み、第２のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含み、存在する場合、第３のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性の配列を含む。

【0011】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する配列を含むリピート配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％同一である配列を含むプロモーター配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。

【0012】

特定の態様では、バクテリオファージＤＮＡを、標的細菌中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列と、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼをコードする配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイとを含むＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列で置き換えるように修飾されたバクテリオファージが本明細書に提供され、標的細菌はエシェリキア属種を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージＤＮＡは、バクテリオファージの生存性または機能性に必須ではない。いくつかの実施形態では、バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する配列を含むスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の同一性を含むリピート配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号１１、１～１０、または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の同一性を含むプロモーター配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。

【0013】

特定の態様では、本明細書のバクテリオファージおよび野生型ファージを含む組成物が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、野生型ファージはｐ００ｋｅを含む。いくつかの実施形態では、野生型ファージはｐ５５１６を含む。いくつかの実施形態では、野生型ファージはｐ００ｊｃを含む。

【0014】

特定の態様では、２つ以上のバクテリオファージを含む組成物が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物が提供される。

【0015】

特定の態様では、（ａ）請求項１～４４のいずれか一項に記載のバクテリオファージまたは請求項４５～５４のいずれか一項に記載の組成物と、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある。

【0016】

特定の態様では、殺菌方法および処置方法が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、本明細書のバクテリオファージまたは組成物から得られる遺伝物質を細菌に導入する工程を含む、細菌を死滅させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が提供され、上記方法は、本明細書のバクテリオファージまたは組成物を個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、細菌と、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、細菌と、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、細菌と、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法が提供される。いくつかの実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が提供され、上記方法は、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が提供され、上記方法は、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が提供され、上記方法は、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌を死滅させる方法が提供され、上記方法は、複数の細菌と第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージとを組み合わせる工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とし、複数の細菌は、表６に記載の２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌を含む個体の疾患を処置する方法が提供され、上記方法は、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージを個体に投与する工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とし、複数の細菌は、表６に記載の２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、複数の細菌は、表６に記載の少なくとも５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、または３５０個の細菌を含む。いくつかの実施形態では、第１および／または第２のバクテリオファージは、本明細書のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、（ｉ）第１のバクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｉ）第１のバクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｉｉ）第１のバクテリオファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｉｖ）第１のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋｅ００９に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、（ｖ）第１のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む、または（ｖｉ）第１のバクテリオファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％同一であるファージを含む。いくつかの実施形態では、（ｉ）第１のファージは、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｉ）第１のファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｉｉ）第１のファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｉｖ）第１のファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有する、（ｖ）第１のファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、または（ｖｉ）第１のファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を有し、第２のファージは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する。

【0017】

特定の態様では、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、カスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージが本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、図１Ａ～図１Ｃのいずれか１つに記載されている配列に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列または遺伝子間配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の細菌株を感染させる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、偏性溶菌性（ｏｂｌｉｇａｔｅ ｌｙｔｉｃ）バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌性にされる溶原バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は相乗的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、Ｔ４ウイルス（Ｔｅｑｕａｔｒｏｖｉｒｕｓ）、モシグウイルス（Ｍｏｓｉｇｙｖｉｒｕｓ）、ファペコクタウイルス（Ｐｈａｐｅｃｏｃｔａｖｉｒｕｓ）、特有のミオウイルス科（Ｕｎｉｑｕｅ Ｍｙｏｖｉｒｉｄａｅ）、またはベクターウイルス（Ｖｅｃｔｒｅｖｉｒｕｓ）を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７またはｐ００４Ｋｅ００５である。いくつかの実施形態では、核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子に挿入される。いくつかの実施形態では、（ａ）本明細書に開示されるバクテリオファージと、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、医薬組成物が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも２つのバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスからなる系統からのものである。いくつかの実施形態では、医薬組成物は少なくとも６つのバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージは、ｐ００４ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、およびｐ５５１６を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある。

【0018】

特定の態様では、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、カスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージを、エシェリキア属種に導入する工程を含む、エシェリキア属種を死滅させる方法が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、図１Ａ～図１Ｃのいずれか１つに記載されている配列に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列または遺伝子間配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、偏性溶菌性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌性にされる溶原バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は相乗的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の細菌株を感染させる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の同一性を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子の代わりに、またはそれに隣接して挿入される。いくつかの実施形態では、細菌細胞の混合集団は、エシェリキア属種を含む。

【0019】

特定の態様では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が本明細書に開示され、上記方法は、ＣＲＩＳＰＲアレイと、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むカスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージを個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、図１Ａ～図１Ｃのいずれか１つに記載されている配列に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列または遺伝子間配列を含む。いくつかの実施形態では、標的核酸配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、（ｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は相乗的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の細菌株を感染させる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、偏性溶菌性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌性にされる溶原バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の同一性を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子の代わりに、またはそれに隣接して挿入される。いくつかの実施形態では、疾患は細菌感染症である。いくつかの実施形態では、疾患を生じさせるエシェリキア属種は、薬剤耐性のエシェリキア属種である。いくつかの実施形態では、薬剤耐性のエシェリキア属種は、少なくとも１つの抗生物質に耐性を示す。いくつかの実施形態では、疾患を生じさせるエシェリキア属種は、多剤耐性のエシェリキア属種である。いくつかの実施形態では、多剤耐性のエシェリキア属種は、少なくとも１つの抗生物質に耐性を示す。いくつかの実施形態では、抗生物質は、セファロスポリン、フルオロキノロン、カルバペネム、コリスチン、アミノグリコシド、バンコマイシン、ストレプトマイシン、またはメチシリンを含む。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は大腸菌である。いくつかの実施形態では、投与は、動脈内、静脈内、尿道内、筋肉内、経口、皮下、吸入、局所、皮膚、経皮、口腔粘膜、植込み、舌下、頬側、直腸、膣、眼、耳、鼻の投与、またはそれらのあらゆる組合せである。いくつかの実施形態では、個体は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、図１Ａ～図１Ｃのいずれか１つに記載されている配列に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列または遺伝子間配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は相乗的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の細菌株を感染させる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、偏性溶菌性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌性にされる溶原バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の同一性を含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子に挿入される。

【0020】

いくつかの実施形態では、成熟ｃｒＲＮＡは、エフェクター複合体中の単一のＣａｓタンパク質により結合される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ複合体はＩＩ型系である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列を含むＩＩ型エフェクター複合体は、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的な配列、およびＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は相乗的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される。

【0021】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、成熟ｃｒＲＮＡがＣａｓ１０および他のＣａｓタンパク質によって結合されるＩＩＩ型系である。

【0022】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＶ型系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｃａｓ１２タンパク質によって結合される。

【0023】

いくつかの実施形態では、（ａ）本明細書に開示されるバクテリオファージと、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、医薬組成物が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも２つのバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、少なくとも６つのバクテリオファージを含み、各バクテリオファージは、ｐ００４ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、およびｐ５５１６に対して少なくとも８０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある。

【0024】

特定の態様では、除菌を必要とする表面を除菌する方法が本明細書に開示され、上記方法は、ＣＲＩＳＰＲアレイと、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むカスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージを、上記表面に塗布する工程を含む。いくつかの実施形態では、表面は、院内表面、ビヒクル表面、装置表面、または工業表面である。

【0025】

特定の態様では、食品製品または栄養補助物質の汚染を予防する方法が本明細書に開示され、上記方法は、食品製品または栄養補助物質に、ＣＲＩＳＰＲアレイと、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むカスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージを添加する工程を含む。いくつかの実施形態では、食品製品または栄養補助物質は、牛乳、ヨーグルト、カード、チーズ、発酵乳、牛乳を用いた発酵製品、アイスクリーム、発酵穀物を用いた製品、牛乳を用いた粉末、乳児用フォーミュラもしくはタブレット、液体懸濁液、乾燥した経口サプリメント、湿式の経口サプリメント、またはドライ・チューブ・フィーディング（ｄｒｙ－ｔｕｂｅ－ｆｅｅｄｉｎｇ）を含む。

【0026】

特定の態様では、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイであって、スペーサー配列が配列番号１２または２０～３７を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、カスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージが、本明細書に開示される。

【0027】

特定の態様では、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含むバクテリオファージが本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７またはｐ００４Ｋｅ００５に対して少なくとも８０％の同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲアレイと、シュードモナス属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的な１つ以上のスペーサー配列を含むカスケードポリペプチドと、Ｃａｓ３ポリペプチドとをさらに含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のうち少なくとも１つを、または配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、図１Ａ～図１Ｃのいずれか１つに記載されている配列に対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列または遺伝子間配列を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％の配列同一性を含む。

【図面の簡単な説明】

【0028】

本開示の新規な特徴は、とりわけ添付の特許請求の範囲で説明される。本開示の特徴と利点は、本開示の原理が利用される例示的な実施形態および添付の図面を説明する、以下の詳細な説明を参照することによりさらに良く理解されるであろう。

【0029】

【図1A】ＳＣ２スペーサー（配列番号５５のリンカーを有する配列番号４２）を含有するｃｒＡｒｒａｙの配列および構成を描く。

【図1B】ファージｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、およびｐ００ｅｘｅ０１４（標識ＰＡＩＣアレイ２、配列番号４３）に対するアレイ配列を描く。

【図1C】ｐＪＣ＿Ｃｆｐ１アレイ配列（アレイ：配列番号４４、配列番号５６に示される配列）を描く。

【図2】野生型ファージｐ００４ｋおよびその操作されたバリアントｐ００４ｋｅ００７のゲノムの概略図である。ゲノム軸より下のバーは、除去かつ置き換えられたゲノムの領域を示す。ファージゲノムより下の概略図は、欠失させられた領域中でＷＴファージ遺伝子を置換するのに使用されたＤＮＡを例示する。

【図3A】大腸菌におけるｃｒＡｒｒａｙ／Ｃａｓ系挿入物の有効性を例示する。図３Ａは、大腸菌の３つの菌株（ｂ３４０２、ｂ３４１８、またはｂ４０９８）を用いて混合されたｐ００４ｋｗｔ（野生型）およびｐ００４ｋｅ００７（ＳＣ２＋Ｃａｓ系）の寒天プレート上の増殖を描く。

【図3B】大腸菌におけるｃｒＡｒｒａｙ／Ｃａｓ系挿入物の有効性を例示する。図３Ｂは、ｂ３４０２、ｂ３４１８、およびｂ４０９８それぞれにおける細胞増殖の光学密度の定量化である。

【図3C】大腸菌におけるｃｒＡｒｒａｙ／Ｃａｓ系挿入物の有効性を例示する。図３Ｃは、ｂ３４０２、ｂ３４１８、およびｂ４０９８それぞれにおける細胞増殖の光学密度の定量化である。

【図3D】大腸菌におけるｃｒＡｒｒａｙ／Ｃａｓ系挿入物の有効性を例示する。図３Ｄは、ｂ３４０２、ｂ３４１８、およびｂ４０９８それぞれにおける細胞増殖の光学密度の定量化である。

【図4】大腸菌の２つの菌株（ｂ２１８５またはｂ３９１１）を用いて混合されたｐ００ＥＸ．０１５およびｐ００ＥＸｅ０１４．００８（３つの完全な構築物のスペーサー）の寒天プレート上の増殖を描く。

【図5】選択された構築物を試験するための例示的なＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を示す。

【図6】標的細菌中のｃｒＲＮＡアレイを試験するためのプラスミドベースの実験設定を例示する。

【図7】スペーサーが高い適用範囲および有効性を有することを実証するデータを示す。

【図8】個々のＰＡＩＣスペーサー死滅試験から得られたデータを示す。

【図9A】ｃｒＲＮＡ単独ではＣＦＵ形成において統計的な低下をもたらさないことを示す。

【図9B】選択されたスペーサーが内因性ＥｃＩＦ系またはＥｃＩＥ系を活性化しないことを表すデータを示す。図９Ｂは、同定されたスペーサーのＥＣＩＦクロストークを示す。

【図9C】選択されたスペーサーが内因性ＥｃＩＦ系またはＥｃＩＥ系を活性化しないことを示すデータを示す。図９Ｃは、ＰＡＩＣスペーサーのＥＣＩＥ活性を示す。

【図10】エスケープ変異を緩和するための標的部位の数を予測するための変異モデルを示す。

【図11】プラスミドベースのＰＡＩＣアレイ死滅データを示す。

【図12A】８８－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１２Ａは、８８株全ての宿主域を表す。

【図12B】８８－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１２Ｂは、２１個のＭＤＲ株の宿主域を表す。

【図12C】８８－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１２Ｃは、セフェムを除いた任意のβラクタム耐性を有する３１個の株の宿主域を表す。単回処置は、ＣＫ６１８または抗生物質のいずれかを用いた処置である。抗生物質＋ＣＫ６１８は、抗生物質およびＣＫ６１８の組合せである。

【図13A】３０４－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１３Ａは、３０４株全ての宿主域を表す。

【図13B】３０４－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１３Ｂは、９３個のＭＤＲ株の宿主域を表す。

【図13C】３０４－単離株パネル上のＣＫ６１８および抗生物質の宿主領域を示す。図１３Ｃは、セフェムを除いた任意のβラクタム耐性を有する９１個の株の宿主域を表す。単回処置は、ＣＫ６１８または抗生物質のいずれかを用いた処置である。抗生物質＋ＣＫ６１８は、抗生物質およびＣＫ６１８の組合せである。

【図14A】ＣＫ５７０ファージカクテルを使用して、操作されたファージ有効性のｉｎ ｖｉｖｏ試験の概略的設計を示す。

【図14B】ＣＫ６１８ファージカクテルを使用して、操作されたファージ有効性のｉｎ ｖｉｖｏ試験の概略的設計を示す。

【図15A】マウスＵＴＩモデルにおけるＣＫ５７０投与後の腎臓における細菌負荷の低下を実証するデータを示す。

【図15B】マウスＵＴＩモデルにおけるＣＫ５７０投与後の膀胱における細菌負荷の低下を実証するデータを示す。

【図15C】マウスＵＴＩモデルにおけるＣＫ５７０投与後の尿における細菌負荷の低下を実証するデータを示す。

【図16A】ＣＫ５７０投与後の腎臓におけるファージの検出可能なレベルを実証するデータを示す。

【図16B】ＣＫ５７０投与後の膀胱におけるファージの検出可能なレベルを実証するデータを示す。

【図16C】ＣＫ５７０投与後の尿におけるファージの検出可能なレベルを実証するデータを示す。

【図16D】ＣＫ５７０投与後の血液におけるファージの検出可能なレベルを実証するデータを示す。

【図16E】ＣＫ５７０投与後の脾臓におけるファージの検出可能なレベルを実証するデータを示す。

【図17A】マウスＵＴＩモデルにおけるＣＫ６１８投与後の腎臓における細菌負荷の低下を実証するデータを示す。

【図17B】マウスＵＴＩモデルにおけるＣＫ６１８投与後の膀胱における細菌負荷の低下を実証するデータを示す。

【図18A】腎臓におけるＣＫ６１８の初回尿道内用量の有無にかかわらず、単回用量としてまたは５用量を１日２回の用量として投与された静脈内ＣＫ６１８の体内分布を実証するデータを示す。

【図18B】膀胱におけるＣＫ６１８の初回尿道内用量の有無にかかわらず、単回用量としてまたは５用量を１日２回の用量として投与された静脈内ＣＫ６１８の体内分布を実証するデータを示す。

【図18C】血漿におけるＣＫ６１８の初回尿道内用量の有無にかかわらず、単回用量としてまたは５用量を１日２回の用量として投与された静脈内ＣＫ６１８の体内分布を実証するデータを示す。

【図19】ＯＤ（光学密度）に対するＡＵＣ（曲線下面積）比率および時間のグラフ表示を示す。

【発明を実施するための形態】

【0030】

特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージが本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列とを含む。ＣＲＩＳＰＲ系の一例は、（ａ）ＣＲＩＳＰＲアレイ（「ｃｒＡｒｒａｙ」とも称する）と、（ｂ）カスケードポリペプチドと、（ｃ）Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。別の例はＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系である。さらなるＣＲＩＳＰＲ系の例としては、ＩＩ型およびＶ型のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系が挙げられる。

【0031】

本明細書に開示される付加的なバクテリオファージの実施形態は、バクテリオファージＤＮＡを、標的細菌中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼをコードする配列とを含むＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列で置き換えるように修飾されたバクテリオファージを含む。

【0032】

特定の実施形態では、本明細書に開示されるバクテリオファージを含む医薬組成物も本明細書に開示される。

【0033】

特定の実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージをエシェリキア属種に導入する工程を含む、エシェリキア属種を死滅させる方法が本明細書にさらに開示される。特定の実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法が本明細書にさらに開示され、上記方法は、本明細書に記載されるバクテリオファージを個体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態のバクテリオファージは野生型ファージである。いくつかの実施形態のバクテリオファージは操作されたファージである。いくつかの実施形態のバクテリオファージは、表１に記載の１つ以上のバクテリオファージを、または表１に記載の１つ以上のバクテリオファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含む。バクテリオファージは、２つ以上の異なるバクテリオファージをカクテル、例えば、ＣＫ６１８中に含んでもよい。

【0034】

本開示は、例えば、バクテリオファージに取り込むための核酸配列をさらに提供する。いくつかの実施形態では、核酸は、配列番号３８～４４のいずれか１つに対して少なくとも約８０％の同一性を有する。いくつかのそのような核酸配列は、スペーサー配列および／またはリピート配列を含み、スペーサー配列は、存在する場合、標的細菌配列に相補的である。

【0035】

特定の用語
別段の定めのない限り、本明細書中で使用される技術用語と科学用語はすべて、本開示が属する当該技術分野における当業者が共通して理解するものと同じ意味を有する。本明細書中の開示の記載に使用される用語は、特定の実施形態のみを記載することを目的としており、本開示を限定するようには意図されていない。

【0036】

文脈上別段の定めのない限り、本明細書に記載される本開示の種々の特徴があらゆる組合せで使用可能であることが、具体的に意図される。さらに本開示は、いくつかの実施形態では本明細書中に明記されるいずれかの特徴またはその組合せが除外または省略されることも企図している。例示目的では、本明細書中で組成物が成分Ａ、Ｂ、およびＣを含むと述べられる場合、Ａ、Ｂ、もしくはＣのいずれか、またはそれらのあらゆる組合せは、単独で、またはあらゆる組合せで省略かつ排除されることが、具体的に意図される。

【0037】

当業者は、文献中で一貫性が欠けていること、および種々のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系とその構成要素を指定する用語を統一する試みが当該技術分野で進行中であることに起因して、このような用語の互換性を理解するであろう。

【0038】

本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、前後関係から明らかでない限り、同様に複数形を含むことが意図される。また、本明細書中で使用されるとき、「および／または」は、列挙された関連項目のうち１つ以上のいずれかおよびすべての考えられ得る組合せのほか、代替物（「または」）で解釈されるときの組合せの欠如を指し、かつ包含している。

【0039】

「約」という用語は、本明細書中で使用されるとき、投与量や期間などの測定可能な値を指す場合、特定された量の±２０％、±１０％、±５％、±１％、＋０．５％、またはさらに±０．１％の変動を指す。本明細書中で使用されるとき、「ＸとＹの間」や「約ＸとＹの間」などの句は、ＸとＹを含むものと解釈されたい。本明細書中で使用されるとき、「約ＸとＹの間」などの句は「約Ｘと約Ｙの間」を意味し、「約Ｘ～Ｙの間」などの句は「約Ｘ～約Ｙの間」を意味する。

【0040】

「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｅ）」、ならびに「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」という用語は、本明細書中で使用されるとき、述べられた特徴、工程、操作、要素、および／または構成要素の存在を明記するが、１つもしくは複数の他の特徴、工程、操作、要素、および／または構成要素の存在も追加も排除するものではない。

【0041】

本明細書中で使用されるとき、「～から本質的になる」という移行句は、請求項の範囲が、請求項中に列挙される特定の材料または工程を包含し、請求された開示の基本的かつ新規な特徴に実質的に影響を及ぼさないものと解釈されるべきであるということを意味する。ゆえに、「～から本質的になる」という用語は、本開示の請求項で使用されるとき、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と等価であると解釈されることを意図されていない。

【0042】

「～からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｏｆ）」および「～からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語は、本明細書中で使用されるとき、特別に直接述べられていないすべての特徴、工程、操作、要素、および／または構成要素を除外する。「～からなる」の使用は、その節で記述される特徴、工程、操作、要素、および／または構成要素のみに限定され、他の特徴、工程、操作、要素、および／または構成要素は全体として請求項から除外される。

【0043】

いくつかの実施形態では、本明細書で使用されるとき、「の一部」または「の一部分」または類似の用語は、適用可能な場合、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基またはアミノ酸を含む。

【0044】

「相補的な」または「相補性」という用語は、本明細書中で使用されるとき、許容される塩と温度条件の下での塩基対合によるポリヌクレオチドの自然な結合を指す。例えば、配列「Ａ－Ｇ－Ｔ」は、相補的配列「Ｔ－Ｃ－Ａ」に結合する。２つの一本鎖分子間の相補性は、ヌクレオチドの一部のみが結合される場合は「部分的（ｐａｒｔｉａｌ）」であり、または、すべての相補性が一本鎖分子間に存在する場合は完全である。核酸鎖の間の相補性の程度は、核酸鎖の間のハイブリダイゼーションの効率と強度に対して有意な効果を奏する。

【0045】

「補体（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ）」は、本明細書中で使用されるとき、対照ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性もしくは同一性を意味するか、または、１００％未満の相補性（例えば、約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％などの相補性）を意味する。補体または補足可能物（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｂｌｅ）は、突然変異に対する「補体」、または突然変異を「補足する」という観点でも使用される場合がある。

【0046】

本明細書中で使用されるとき、「ＣＲＩＳＰＲファージ」、「ＣＲＩＳＰＲ増強ファージ」、および「ｃｒＰｈａｇｅ」という用語は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の少なくとも１つの成分をコードする少なくとも１つの異種ポリヌクレオチドを含むバクテリオファージＤＮＡを含んでいるバクテリオファージ粒子（例えば、ＣＲＩＳＰＲアレイ、ｃｒＲＮＡであり、例えば標的化ｃｒＲＮＡの挿入を含むＰ１バクテリオファージ）を指す。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の少なくとも１つの転写活性化因子をコードする。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の抗ＣＲＩＳＰＲポリペプチドの少なくとも１つの成分をコードする。

【0047】

本明細書中で使用されるとき、２個の核酸分子、ヌクレオチド配列、もしくはタンパク質配列の観点で「実質的に同一の」または「実質的な同一性」という句は、最大の対応に対して比較かつアライメントされる場合、後述の配列比較アルゴリズムのうち１つを用いるかまたは目視検査により測定したときに、少なくとも約５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、および／または１００％のヌクレオチドまたはアミノ酸残基の同一性を指す。いくつかの実施形態では、実質的な同一性は、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５、９６、９６、９７、９８、または９９％の同一性を有する２個以上の配列またはサブ配列を指す。配列比較では一般的に、１個の配列が、試験配列に対する比較対象となる参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列と参照配列はコンピュータに入力され、必要に応じてサブ配列の配位が指定され、サブ配列アルゴリズムプログラムのパラメーターが指定される。次いで、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムのパラメーターに基づき、参照配列に対する試験配列の配列同一性の割合を算出する。

【0048】

比較ウィンドウをアライメントするための最適な配列アライメントは、ＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎの局所相同アルゴリズム、ＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈの相同アライメントアルゴリズム、ＰｅａｒｓｏｎとＬｉｐｍａｎの類似度検索法などのツールにより実行され、かつ任意選択で、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、ＴＦＡＳＴＡなど、ＧＣＧ（登録商標）Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｐａｃｋａｇｅ（登録商標）（Ａｃｃｅｌｒｙｓ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）の一部として利用可能な上記アルゴリズムのコンピュータ実装により実施される。試験配列および参照配列のアライメントされたセグメントに対する「同一性部分（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｆｒａｃｔｉｏｎ）」とは、アライメントされた２個の配列により共有される同一の成分を、参照配列セグメントの成分、すなわち参照配列全体または参照配列のうち定義された小さな部分の総数で割った数である。配列同一性の割合は、同一性部分に１００を掛けて表される。１つ以上のポリヌクレオチド配列の比較は、完全長のポリヌクレオチド配列もしくはその部分、またはさらに長いポリヌクレオチド配列に対して行われる。いくつかの例では、「同一性の割合」は、翻訳されたヌクレオチド配列ではＢＬＡＳＴＸのバージョン２．０、およびポリヌクレオチド配列ではＢＬＡＳＴＮのバージョン２．０を用いて判定される。

【0049】

本明細書で使用されるとき、「標的ヌクレオチド配列」は、ＣＲＩＳＰＲアレイ中でスペーサー配列に対して完全に相補的または実質的に相補的（例えば、少なくとも７０％（例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％以上）相補的）である標的遺伝子の一部（すなわち、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列に隣接するゲノムまたは「プロトスペーサー配列」中の標的領域）を指す。

【0050】

本明細書中で使用されるとき、「プロトスペーサー隣接モチーフ」または「ＰＡＭ」という用語は、スペーサー配列に一致するヌクレオチド配列に隣接している標的ＤＮＡ分子上に存在するＤＮＡ塩基配列を指す。このモチーフは、領域に相補的であることによりスペーサー配列が結合する領域の隣にある標的遺伝子に見られ、スペーサーヌクレオチド配列との塩基対合が開始する点を特定する。必要とされる正確なＰＡＭ配列は、それぞれ異なるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系間で変動する。ＰＡＭの非限定的な例には、ＣＣＡ、ＣＣＴ、ＣＣＧ、ＴＴＣ、ＡＡＧ、ＡＧＧ、ＡＴＧ、ＧＡＧ、および／またはＣＣが挙げられる。いくつかの例では、Ｉ型の系においてＰＡＭは、スペーサーに一致する配列に対して５’の間近にあるので、スペーサーヌクレオチド配列と塩基対を形成する配列に対して３’であり、カスケードにより直接認識される。いくつかの例では、Ｂ．ハロデュランス（Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）のＩ－Ｃ型系では、ＰＡＭはＹＹＣであり、ＹはＴまたはＣのいずれかであり得る。いくつかの例では、緑膿菌Ｉ－Ｃ型系では、ＰＡＭはＴＴＣである。いったん同種のプロトスペーサーおよびＰＡＭが認識されると、Ｃａｓ３が動員され、その後に標的ＤＮＡを切断し、分解させる。ＩＩ型の系では、ＰＡＭは、ゲノムを用いたそのガイドＲＮＡのワトソン－クリック対合を介して特異的なＤＮＡ配列を調べるためのＲループを形成するべく、Ｃａｓ９／ｓｇＲＮＡに必要とされる。ＰＡＭの特異性は、Ｃａｓ９タンパク質（例えば、Ｃａｓ９のＣ末端におけるモチーフ認識ドメインに隣接するプロトスペーサー）のＤＮＡ結合特異性に応じる。

【0051】

本明細書で使用されるとき、「遺伝子」という用語は、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、抗ｍｉｃｒｏＲＮＡ、制御性ＲＮＡなどを産生するのに使用可能な核酸分子を指す。遺伝子は、機能タンパク質または遺伝子産物を産生するのに使用可能な場合もあれば、そうでない場合もある。遺伝子は、コード領域と非コード領域（例えば、イントロン、制御要素、プロモーター、エンハンサー、終止配列、ならびに／または５’および３’の未翻訳領域）の両方を含む。遺伝子は、自然の状態にある核酸と関連して通常見出される構成成分から核酸が実質的または本質的に離れるという意味で、「単離される」。このような構成成分として、他の細胞材料、組換え型産生による培養培地、および／または核酸の化学合成に用いられる種々の化学物質が挙げられる。

【0052】

「処置する（ｔｒｅａｔ）」「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、または「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」という用語は、対象の疾病の重症度が低下するかまたは少なくとも部分的に改善すること、および、少なくとも１つの臨床症状における一部の緩和、軽減、または低下が達成され、ならびに／あるいは疾患もしくは疾病の進行の遅れ、および／または疾患もしくは病気の発症の遅れが認められることを意図される。感染症、疾患、または疾病に対して、この用語は、感染症、疾患、または疾病の症状または他の徴候の低下を指す。いくつかの実施形態では、処置は、感染症、疾患、または疾病の症状または他の徴候を少なくとも約５％、例えば約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、またはそれよりも多く低下させる。

【0053】

「予防する（ｐｒｅｖｅｎｔ）」、「予防すること（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」、および「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）」（およびそれらの文法上の変形）という用語は、感染症、疾患、疾病、および／もしくは臨床症状の発症前に本開示の方法を実行しない場合に生じるものと比較して、対象における感染症、疾患、疾病、および／もしくは臨床症状の発症の予防および／もしくは遅延、ならびに／または、感染症、疾患、疾病、および／もしくは臨床症状の発症の重症度の低下を指す。このため、いくつかの実施形態では、感染症を予防するために、食品、表面、医療ツールおよびデバイスは、本明細書に開示される組成物および方法により処理される。

【0054】

本明細書中で使用される「感染症」、「疾患」、または「疾病」に関する用語は、対象におけるあらゆる不都合な、ネガティブな、または有害な生理学的疾病を指す。いくつかの実施形態では、「感染症」、「疾患」、または「疾病」の原因は、対象におけるおよび／または対象上の標的細菌集団の存在である。いくつかの実施形態では、細菌集団は１つ以上の標的細菌種を含む。いくつかの実施形態では、細菌集団中の１つ以上の細菌種は、１つ以上の細菌の１つ以上の菌株を含む。いくつかの実施形態では、標的細菌集団は、急性または慢性の「感染症」、「疾患」、または「疾病」を引き起こす。いくつかの実施形態では、標的細菌集団は、限局性または全身性の「感染症」、「疾患」、または「疾病」を引き起こす。いくつかの実施形態では、標的細菌集団は、特発性の「感染症」、「疾患」、または「疾病」を引き起こす。いくつかの実施形態では、標的細菌集団は、呼吸器吸入、食物摂取、皮膚および創傷の感染、血流感染、中耳感染、胃腸管感染、腹膜感染、尿路感染、尿生殖路感染、口腔軟組織感染、腹腔内感染、表皮または粘膜の吸収、眼感染（コンタクトレンズ汚染を含む）、心内膜炎、嚢胞性線維症における感染、留置医療機器、例えば、人工関節、歯科インプラント、カテーテル、および心臓インプラントの感染、性的接触、および／または院内感染、ならびに人工呼吸器関連の細菌性肺炎を含むがこれらに限定されない手段によってもたらされる「感染症」、「疾患」または「疾病」を引き起こす。

【0055】

「個体」または「対象」という用語は、本明細書で使用されるとき、感染症、疾患、または疾病に関与する細菌を有しているか、またはそれに罹りやすいあらゆる動物を含む。このため、いくつかの実施形態では、対象は、哺乳動物、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、甲殻類、または軟体動物である。哺乳動物対象として、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、ゴリラ、サル、ヒヒ、チンパンジーなど）、イヌ、ネコ、ヤギ、ウマ、ブタ、ウシ、ヒツジなど、および実験動物（例えば、ラット、モルモット、マウス、アレチネズミ、ハムスターなど）が挙げられるが、これらに限定されない。鳥類対象として、ニワトリ、アヒル、七面鳥、ガチョウ、ウズラ、キジ、およびペットとして飼われている鳥類（例えば、インコ、オウム、コンゴウインコ、ボタンインコ、カナリアなど）が挙げられるが、これらに限定されない。魚類対象には、水産養殖で使用される種（例えば、マグロ、サーモン、ティラピア、ナマズ、コイ、マス、タラ、バス、スズキ、フエダイなど）が挙げられるが、これらに限定されない。甲殻類対象には、水産養殖で使用される種（例えば、小エビ、クルマエビ、ロブスター、ザリガニ、カニなど）が挙げられるが、これらに限定されない。軟体動物対象には、水産養殖で使用される種（例えば、アワビ、ムラサキイガイ、カキ、ハマグリ、ホタテガイなど）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、好適な対象には、胎児（例えば、子宮内または卵内）、乳児、幼児、青年、成人、および高齢者の対象を含め、あらゆる年齢の男性と女性の両対象が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。

【0056】

本明細書中で使用されるとき、核酸配列の文脈における「単離された」という用語は、その自然環境とは別に存在する核酸配列である。

【0057】

本明細書中で使用されるとき、「発現カセット」とは、目的のヌクレオチド配列を含む組換え核酸分子（例えば、本明細書に開示される組換え核酸分子およびＣＲＩＳＰＲアレイ）を意味し、ヌクレオチド配列は少なくとも１つの対照配列（例えば、プロモーター）と操作可能に関連付けられる。

【0058】

本明細書中で使用されるとき、「キメラ」とは、少なくとも２つの構成成分が様々な供給源（例えば、様々な生物、様々なコード領域）から由来する核酸分子またはポリペプチドを指す。

【0059】

本明細書中で使用されるとき、「選択可能なマーカー」とは、発現時に、マーカーを発現する宿主細胞に別個の表現型を与えることで、このように形質転換された細胞がマーカーを有していない細胞と区別可能となるヌクレオチド配列を意味する。

【0060】

本明細書中で使用されるとき、「ベクター」とは、核酸（または複数の核酸）を細胞に転写、送達、または導入するための組成物を指す。

【0061】

本明細書中で使用されるとき、「薬学的に許容可能な」とは、生物学的またはその他の点で望ましくないものではない材料を意味し、すなわち、この材料は、毒性などのあらゆる望ましくない生体作用を生じさせることなく対象に投与される。

【0062】

本明細書中で使用されるとき、「バイオフィルム」という用語は、多糖類のマトリックスに埋め込まれる微生物の蓄積物を意味する。バイオフィルムは固形の生体表面または非生体表面上に生じるとともに医学的に重要であり、身体での微生物感染の８０パーセントより多くを占めている。

【0063】

本明細書中で使用されるとき、「ｉｎ ｖｉｖｏ」という用語は、対象の身体に生じる事象を説明するために使用される。

【0064】

本明細書で使用するとき、「ｉｎ ｖｉｔｒｏ」という用語は、材料が得られる生物学的供給源から分離されるように、検査試薬を保持するための容器に包含された状態で事象を説明するために使用される。ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイは、生存または死滅している細胞を利用する細胞系アッセイを包含することができる。ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイはさらに、無傷の細胞を利用しない無細胞アッセイを包含することができる。

【0065】

ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ系
ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、細菌および古細菌に見られる自然適応免疫系である。ＣＲＩＳＰＲ系は、獲得免疫の一形態をもたらすファージおよびプラスミドへの侵入に対する防御に関与するヌクレアーゼ系である。ｃａｓ遺伝子のセットおよびそれらの系統発生的関係に基づき、多様なＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系が存在する。少なくとも６つの異なる型（Ｉ～ＶＩ）が存在し、Ｉ型は細菌と古細菌の両方で特定されるすべての系の５０％より多くを表す。いくつかの実施形態では、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、ＩＶ型、Ｖ型、またはＶＩ型のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系が、本明細書中で使用される。

【0066】

Ｉ型の系は、Ｉ－Ａ型、Ｉ－Ｂ型、Ｉ－Ｃ型、Ｉ－Ｄ型、Ｉ－Ｅ型、Ｉ－Ｆ型、およびＩ－Ｕ型を含む７つのサブタイプに分けられる。Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、カスケード（抗ウイルス防御に関連する複合体用）と称される多重サブユニット複合体、Ｃａｓ３（標的ＤＮＡの分解に寄与するヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、およびエキソヌクレアーゼ活性を有するタンパク質）、およびｃｒＲＮＡをコードするＣＲＩＳＰＲアレイ（カスケード複合体を安定させ、カスケードおよびＣａｓ３をＤＮＡ標的に向ける）を含む。カスケードはｃｒＲＮＡと複合体を形成し、タンパク質とＲＮＡの対は、そのゲノム標的を、ｃｒＲＮＡ配列の５’末端と所定のプロトスペーサーとの間での相補的塩基対合により認識する。この複合体は、ｃｒＲＮＡ内でコードされた領域、および病原体ゲノム内でプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を介して、病原体ＤＮＡの相同な座位に向けられる。塩基対合はｃｒＲＮＡと標的ＤＮＡ配列との間に生じ、コンホメーション変化が引き起こされる。Ｉ－Ｅ型の系では、ＰＡＭはカスケード内でＣａｓＡタンパク質により認識されるので、後に隣接するＤＮＡとの結合を解除されて、ｃｒＲＮＡの標的部分とスペーサー部分との間の塩基対合の程度が評価される。十分な認識により、カスケードは動員されてＣａｓ３を活性化させる。その後、Ｃａｓ３は非標的鎖にニッキングを行い、３’～５’の方向で鎖を分解し始める。

【0067】

Ｉ－Ｃ型の系では、タンパク質Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｃ、およびＣａｓ７は、カスケードエフェクター複合体を形成する。Ｃａｓ５はプレｃｒＲＮＡ（多重スペーサーアレイの形態、または２つのリピート間で単一スペーサーの形態を呈することができるもの）を処理して、残りのリピート配列と線形配列から形成されるヘアピン構造で構成されるｃｒＲＮＡを個々に産生する。その後、エフェクター複合体は、処理されたｃｒＲＮＡに結合してＤＮＡを走査し、ＰＡＭ部位を特定する。Ｉ－Ｃ型の系では、ＰＡＭはＣａｓ８ｃタンパク質により認識されるので、その後ＤＮＡ二本鎖の結合を解除するように作用する。ＰＡＭの配列３’が、エフェクター複合体に結合されるｃｒＲＮＡスペーサーに一致する場合、複合体中にコンホメーション変化が生じ、Ｃａｓ３がその部位に動員される。その後、Ｃａｓ３は非標的鎖にニッキングを行い、ＤＮＡを分解し始める。

【0068】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、エシェリキア属種に対して内因性である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、エシェリキア属種に対して外因性である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩ－Ｕ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。

【0069】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＩＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。

【0070】

いくつかの実施形態では、本明細書中で開示されるＣＲＩＳＰＲアレイの処理には、以下のプロセス：１）プレｃｒＲＮＡをコードする核酸の転写、２）カスケードおよび／またはＣａｓ６などカスケードの特定の員の認識、ならびに３）カスケードまたはＣａｓ６などカスケードの特定の員によるプレｃｒＲＮＡの成熟ｃｒＲＮＡへの処理が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ系における作用の形態には、以下のプロセス：４）カスケードとの成熟ｃｒＲＮＡ複合体形成、５）複合体形成された成熟ｃｒＲＮＡ／カスケード複合体による標的認識、および６）ＤＮＡ分解を生じさせる標的におけるヌクレアーゼ活性が挙げられるが、これらに限定されない。

【0071】

ＣＲＩＳＰＲファージ
特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含むバクテリオファージ組成物およびその使用方法が本明細書に開示される。

【0072】

バクテリオファージ、または「ファージ」は、細菌ウイルスの一群を表しており、環境源から操作されるか、または供給される（ｓｏｕｒｃｅｄ）。個々のバクテリオファージ宿主の範囲は通常狭く、すなわち、ファージは細菌種の１個の株または数個の株に対して高度に特異的であり、この特異性により、ファージはその抗菌作用において固有のものとなる。バクテリオファージは、複製を行う宿主の細胞の機構に依存する細菌ウイルスである。バクテリオファージは、一般的にその生活様式に応じて毒性ファージまたは溶原性ファージとして分類される。溶菌性バクテリオファージとしても知られる毒性ファージは、溶菌性複製のみを受ける可能性がある。溶菌性バクテリオファージは宿主細胞を感染させて、多数回の複製を受け細胞溶解を引き起こすことで、新たに作られたバクテリオファージ粒子を放出する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される溶菌性バクテリオファージは、その複製能を保持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される溶菌性バクテリオファージは、その細胞溶解誘発能を保持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される溶菌性バクテリオファージは、その複製能と細胞溶解誘発能の両方を保持する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるバクテリオファージはＣＲＩＳＰＲアレイを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージが複製を行う、および／または細胞溶解を誘発する能力に影響を及ぼさない。溶原性または溶原（ｌｙｓｏｇｅｎｉｃ）バクテリオファージは溶原化を受ける場合があり、そこでファージは複製を止めて宿主細胞内に安定して存在し、細菌ゲノムに統合されるか、または染色体外プラスミドとして維持される。溶原性ファージはまた、その溶菌性バクテリオファージ相当物と同様の溶菌性複製を受けることができる。溶原性ファージが溶菌により複製するか、または感染後に溶原化を受けるかどうかは、細胞の成長条件や生理学的状態を含む種々の因子に依存する。溶原性ファージがそのゲノムに統合されている細菌細胞は、溶原細菌または溶原菌と称される。悪条件に曝露されると、溶原性ファージの再活性化、溶原性状態の終結、およびファージによる溶解性複製の再開が誘発される場合がある。このプロセスは誘導と呼ばれている。溶原性状態の終結をもたらす悪条件には、枯渇、ＵＶまたはイオン化放射能への曝露、および変異原性化学物質への曝露が挙げられる。これにより、ファージ遺伝子の発現、統合プロセスの逆転、および溶菌性増殖が生じる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される溶原性ファージは、溶菌性にされる。「溶原化遺伝子」という用語は、その遺伝子産物が溶原性ファージの溶原化を促進させるいずれかの遺伝子を指す。溶原化遺伝子は、バクテリオファージの宿主ゲノムへの統合を容易にするインテグラーゼタンパク質の場合のように、直接促進を行うことができる。溶原化遺伝子はまた、溶菌性複製に必要な遺伝子の転写を妨げることで溶原化を維持するＣＩ転写制御因子の場合のように、間接的に溶原化を促進できる。

【0073】

バクテリオファージは、３つの全体的なアプローチを使用して合成ＤＮＡを包装し、送達する。第１のアプローチでは、合成ＤＮＡは、標的とされた状態でバクテリオファージゲノムに再び組み合わせられるので、通常は選択可能なマーカーに関与する。第２のアプローチでは、ファージ内の制限部位が、ｉｎ ｖｉｔｒｏで合成ＤＮＡを導入するために使用される。第３のアプローチでは、全体としてファージ包装部位および細胞溶解の複製起点をコードするプラスミドが、バクテリオファージ粒子の集合体の一部として包装される。得られたプラスミドは、鋳造された（ｃｏｉｎｅｄ）「ファージミド」であった。

【0074】

ファージは、発達上の理由で所与の菌株に限定される。場合により、それらの遺伝子材料を互換性のない株へと注入することは、逆効果である。そのためファージは、細菌株の制限された断面を特異的に感染させるために発展した。しかし、一部のファージは、それらの遺伝子材料を広範囲の細菌へと注入することが分かっている。典型例はファージＰ１であり、グラム陰性菌の範囲でＤＮＡを注入すると示されている。

【0075】

いくつかの実施形態では、第１スペーサー配列またはそこから転写されるｃｒＲＮＡをコードする第１の核酸配列を含むバクテリオファージが本明細書に開示され、第１のスペーサー配列は、エシェリキア属種における標的遺伝子からの標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、第１のスペーサー配列またはそこから転写されるｃｒＲＮＡをコードする第１の核酸配列を含み、第１のスペーサー配列は、エシェリキア属種中の標的遺伝子からの標的ヌクレオチド配列に相補的であるが、バクテリオファージが溶菌性にされることを前提とする。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの維持において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの確立において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの確立と溶原サイクルの維持の両方において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は抑制因子遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｃＩ抑制遺伝子である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原性遺伝子の調節要素の除去によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原性遺伝子のプロモーターの除去によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原性遺伝子の機能要素の除去により溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は活性化因子遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｃＩＩ遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｉｎｔ（インテグラーゼ）遺伝子である。いくつかの実施形態では、２つ以上の溶原性遺伝子は、バクテリオファージ溶菌サイクルの阻止および／または溶原化サイクルの誘導を生じさせるために除去、置換え、または不活性化される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原遺伝子を対象とする第２のスペーサーを含む第２のＣＲＩＳＰＲアレイを介して溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、１つ以上の溶菌性遺伝子の挿入によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌サイクルの誘導に寄与する１つ以上の遺伝子の挿入によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶菌サイクルの誘導に寄与する１つ以上の遺伝子の発現を改質することにより溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、表現型上、溶原バクテリオファージから溶菌性バクテリオファージに変化する。いくつかの実施形態では、表現型の変化は、溶原化が不可能であることから、バクテリオファージを溶菌性にするために自己標的化ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を介して行われる。いくつかの実施形態では、自己標的化ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓは、プロファージゲノムからの自己標的化ｃｒＲＮＡを含み、溶原菌を死滅させる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、環境の改質により溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、環境の改質には、温度、ｐＨ、または栄養素の改質、抗生物質、過酸化水素、外来性ＤＮＡ、またはＤＮＡ損傷剤への曝露、有機炭素の存在、および重金属（例えば、クロム（ＶＩ）の形にあるもの）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、溶菌性にされるバクテリオファージは、溶原状態に戻ることを防止される。いくつかの実施形態では、溶菌性にされるバクテリオファージは、追加のＣＲＩＰＳＲアレイの導入により溶原状態に戻ることを防止される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、バクテリオファージの溶菌活性および／またはＣＲＩＳＰＲアレイの活性による細胞死因を越えて、エシェリキア属種上に新たな特性を付与しない。いくつかの実施形態では、第１のスペーサー配列またはそこから転写されるｃｒＲＮＡをコードする第１の核酸配列を含む溶原性バクテリオファージがさらに本明細書に開示され、第１のスペーサー配列は、エシェリキア属種における標的遺伝子からの標的ヌクレオチド配列に相補的であるが、バクテリオファージが溶菌性にされることを前提とする。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の細菌株を感染させる。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、標的遺伝子に対するプロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、標的遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、エシェリキア属種の生存に必要とされる必須遺伝子の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非必須遺伝子にある。非必須遺伝子の非制限的な例としては、ｐｐＳａ（例えば、ＳＣ２）、ｒａｉＡ（例えば、ＳＣ６）、および遺伝子間の保存されたリピート（例えば、ＳＣ６）が挙げられる。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列である。いくつかの実施形態では、非コード配列は、遺伝子間配列である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、エシェリキア属種において高度に保存された配列の標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、エシェリキア属種における配列の標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、必須遺伝子のプロモーター配列のすべてまたは一部を含む標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、第１の核酸配列は、少なくとも１つのリピート配列を含む第１のＣＲＩＳＰＲアレイを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいて第１のスペーサー配列に操作可能に連結される。

【0076】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたはファージミドＤＮＡは、溶原または溶原性バクテリオファージからのものである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたはファージミドとしては、Ｐ１ファージ、Ｍ１３ファージ、λファージ、Ｔ４ファージ、φＣ２ファージ、φＣＤ２７ファージ、φＮＭ１ファージ、Ｂｃ４３１ ｖ３ファージ、φ１０ファージ、φ２５ファージ、φ１５１ファージ、Ａ５１１様ファージ、Ｂ０５４、０１７６様ファージ、またはカンピロバクターファージ（ＮＣＴＣ １２６７６およびＮＣＴＣ １２６７７など）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、バクテリオファージとしては、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６が挙げられるが、これらに限定されない。

【0077】

いくつかの実施形態では、複数のバクテリオファージが一緒に使用される。いくつかの実施形態では、一緒に使用される複数のバクテリオファージは、試料または対象中の同じまたは異なる細菌を標的とする。

【0078】

いくつかの実施形態では、目的のバクテリオファージは、環境供給源または市場調査ベンダーから得られる。いくつかの実施形態では、得られたバクテリオファージは、細菌のライブラリーおよびその関連する株に対する溶菌活性についてスクリーニングされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、スクリーニングされた細菌において一次抵抗を精製する能力について、細菌のライブラリーおよびその関連する株に対してスクリーニングされる。

【0079】

いくつかの実施形態では、核酸はバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸は、ｃｒＡｒｒａｙ、Ｃａｓ系、またはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、目的のオペロンの末端の転写ターミネーター部位でバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の除去された非必須遺伝子の置換えとしてバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の除去された溶原遺伝子の置換えとしてバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸での置換えは、バクテリオファージの溶菌活性を増強する。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸での置換えは、溶原バクテリオファージを溶菌性にする。

【0080】

いくつかの実施形態では、核酸は第１の位置でバクテリオファージゲノムに導入される一方で、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子は、別個の位置でバクテリオファージゲノムから別々に除去および／または不活性化される。いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の除去は、溶原バクテリオファージを溶菌性バクテリオファージにする。同様に、いくつかの実施形態では、１つ以上の溶菌性遺伝子がバクテリオファージに導入され、非溶菌性の溶原バクテリオファージを溶菌性バクテリオファージにする。

【0081】

いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の置換え、除去、不活性化、またはそれらのあらゆる組合せは、化学的、生化学的、および／またはあらゆる適切な方法により達成される。いくつかの実施形態では、１つ以上の溶菌性遺伝子の挿入は、あらゆる適切な化学的、生化学的、および／または相同組換えによる物理的方法により達成される。

【0082】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージから除去および／または置き換えられる非必須遺伝子は、バクテリオファージの生存に必須ではない遺伝子である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージから除去および／または置き換えられる非必須遺伝子は、溶菌サイクルの導入および／または維持に必須ではない遺伝子である。

【0083】

特定の実施形態では、完全な外因性ＣＲＩＳＰＲ系を含むバクテリオファージが本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、ＩＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である。特定の実施形態では、（ａ）ＣＲＩＳＰＲアレイと、（ｂ）カスケードポリペプチドと、（ｃ）Ｃａｓ３ポリペプチドとを含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージが本明細書に開示される。例示的なＩ型成分の配列は、配列番号４７～５４として提供される。特定の実施形態では、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼポリペプチド関連ＣＲＩＳＰＲアレイを含むＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１（Ｃａｓ１２ａ）系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージが本明細書に開示される。Ｃｐｆ１配列の一例は、配列番号４６として提供される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、配列番号４６～５４のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ系は、配列番号４６～５４のいずれか１つを含む。例えば、ＣＲＩＳＰＲ系は、配列番号４６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号４７に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号４８に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号４９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号５０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号５１に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号５２に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、配列番号５３に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、または配列番号５４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列、あるいはそれらのあらゆる組合せを含む。

【0084】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００４ｋｅ００７である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００４Ｋｅ００５である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００４Ｋである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｃ０である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｅｘである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｊｃである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｋｅである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ５５１６である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００４ｋｅ００９である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｃ０ｅ０３０である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージはｐ００ｅｘｅ０１４である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、表１に列挙されるファージを含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。

【0085】

いくつかの実施形態では、複数のバクテリオファージが一緒に使用される。いくつかの実施形態では、一緒に使用される複数のバクテリオファージは、試料または対象中の同じまたは異なる細菌を標的とする。いくつかの実施形態では、複数のバクテリオファージを含むカクテルが、一緒に使用される。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される２個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される３個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される３個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される４個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される５個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、表１から選択される６個のファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテル中の少なくとも１つのバクテリオファージは、（例えば、表２～表４の１つ以上の成分を含む）ＣＲＩＳＰＲアレイを含む。いくつかの実施形態では、カクテル中に存在する少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲアレイを含む。いくつかの実施形態では、カクテル中の少なくとも１つのバクテリオファージは、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、カクテル中に存在する少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのバクテリオファージは、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、カクテル中の少なくとも１つのバクテリオファージは、Ｃａｓ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、カクテル中に存在する少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれより多くのバクテリオファージは、Ｃａｓ３ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４を含み、各バクテリオファージは、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルはｐ５５１６をさらに含む。いくつかの実施形態では、カクテルはｐ００ｊｃをさらに含む。いくつかの実施形態では、カクテルはｐ００ｋｅをさらに含む。

【0086】

ＣＲＩＳＰＲアレイ
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイ（ｃｒＡｒｒａｙ）は、スペーサー配列と少なくとも１つのリピート配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、処理された成熟ｃｒＲＮＡをコードする。いくつかの実施形態では、成熟ｃｒＲＮＡは、ファージまたはエシェリキア属種に導入される。いくつかの実施形態では、内因性または外因性Ｃａｓ６は、ＣＲＩＳＰＲアレイを成熟ｃｒＲＮＡへと処理する。いくつかの実施形態では、外因性Ｃａｓ６はファージに導入される。いくつかの実施形態では、ファージは外因性Ｃａｓ６を含む。いくつかの実施形態では、外因性Ｃａｓ６はエシェリキア属種に導入される。

【0087】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイはスペーサー配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは任意の長さであり、かつ、１つ以上の必須遺伝子を標的とすることにより所望のレベルのエシェリキア属種の死滅を達成するのに必要な反復ヌクレオチド配列と交互になっている任意の数のスペーサーヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、１～約１００個のスペーサーヌクレオチド配列を含むか、当該配列から本質的になるか、または当該配列からなり、それぞれがその５’末端および３’末端上で反復ヌクレオチド配列に連結される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、またはそれより多くのスペーサーヌクレオチド配列を含むか、当該配列から本質的になるか、または当該配列からなる。

【0088】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号３８を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0089】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号３９を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0090】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号４０を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0091】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４１に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号４１を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0092】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４２に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号４２を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0093】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４３に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号４３を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0094】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号４４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは配列番号４４を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のスペーサー（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のスペーサーを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表３に記載のリピート（例えば、表３に記載の１、２、または３つのスペーサー）に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表３に記載のリピートを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは、表１に記載のプロモーターに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイは表１に記載のプロモーターを含む。

【0095】

スペーサー配列
いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、コード領域である。いくつかの実施形態では、コード領域は必須遺伝子である。いくつかの実施形態では、コード領域は非必須遺伝子である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非コード配列である。いくつかの実施形態では、非コード配列は、遺伝子間配列である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、エシェリキア属種において高度に保存された配列の標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、エシェリキア属種における配列の標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、必須遺伝子のプロモーター配列のすべてまたは一部を含む標的ヌクレオチド配列に相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、標的ヌクレオチド配列と比較して１、２、３、４、または５つのミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、ミスマッチは隣接している。いくつかの実施形態では、ミスマッチは隣接していない。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、標的ヌクレオチド配列に対して７０％の相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、標的ヌクレオチド配列に対して８０％の相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、標的ヌクレオチド配列に対して８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補性である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、長さが少なくとも約８ヌクレオチド～約１５０ヌクレオチドである標的ヌクレオチド配列の領域にわたり、完全な相補性または実質的な相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、長さが少なくとも約２０ヌクレオチド～約１００ヌクレオチドである標的ヌクレオチド配列の領域にわたり、完全な相補性または実質的な相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の５’領域は標的ヌクレオチド配列に対し１００％相補的であり、一方でスペーサーの３’領域は標的ヌクレオチド配列に対して実質的に相補的であるため、標的ヌクレオチド配列に対するスペーサー配列の全体的な相補性は、１００％未満である。例えば、いくつかの実施形態では、２０ヌクレオチドスペーサー配列（シード領域）の３’領域における最初の７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６ヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％相補的であり、一方でスペーサー配列の５’領域における残りのヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して実質的に相補的である（例えば、少なくとも約７０％相補的である）。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の３’末端の最初の７～１２ヌクレオチドは標的ヌクレオチド配列に対して１００％相補的であり、一方でスペーサー配列の５’領域における残りのヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して実質的に相補的である（例えば、少なくとも約５０％（例えば、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上）相補的である）。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の３’末端における最初の７～１０ヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して７５％～９９％相補的であり、一方でスペーサー配列の５’領域における残りのヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して少なくとも約５０％～約９９％相補的である。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の３’末端における最初の７～１０ヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％相補的であり、一方でスペーサー配列の５’領域における残りのヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して実質的に相補的である（例えば、少なくとも７０％相補的である）。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の（シード領域内の）最初の１０ヌクレオチドは標的ヌクレオチド配列に対して１００％相補的であり、一方でスペーサー配列の５’領域における残りのヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して実質的に相補的である（例えば、少なくとも約７０％相補的である）。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の５’領域（例えば、５’末端にある最初の８ヌクレオチド、５’末端にある最初の１０ヌクレオチド、５’末端にある最初の１５ヌクレオチド、５’末端にある最初の２０ヌクレオチド）は、標的ヌクレオチド配列に対して約７５％以上の相補性（７５％～約１００％の相補性）を有しており、一方でスペーサー配列の残りは、標的ヌクレオチド配列に対して約５０％以上の相補性を有している。いくつかの実施形態では、スペーサー配列の５’末端における最初の８ヌクレオチドは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有しているか、または１つもしくは２つの変異を有しているので、それぞれ標的ヌクレオチド配列に対して約８８％相補的または約７５％相補的であり、一方でスペーサーヌクレオチド配列の残りは、標的ヌクレオチド配列に対して少なくとも約５０％以上相補的である。

【0096】

いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、長さが約１５ヌクレオチド～約１５０ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、スペーサーヌクレオチド配列は、長さが約１５ヌクレオチド～約１００ヌクレオチドである（例えば、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００ヌクレオチド、またはそれ以上である）。いくつかの実施形態では、スペーサーヌクレオチド配列は、長さが約８～約１５０ヌクレオチド、約８～約１００ヌクレオチド、約８～約５０ヌクレオチド、約８～約４０ヌクレオチド、約８～約３０ヌクレオチド、約８～約２５ヌクレオチド、約８～約２０ヌクレオチド、約１０～約１５０ヌクレオチド、約１０～約１００ヌクレオチド、約１０～約８０ヌクレオチド、約１０～約５０ヌクレオチド、約１０～約４０ヌクレオチド、約１０～約３０ヌクレオチド、約１０～約２５ヌクレオチド、約１０～約２０ヌクレオチド、約１５～約１５０ヌクレオチド、約１５～約１００ヌクレオチド、約１５～約５０ヌクレオチド、約１５～約４０ヌクレオチド、約１５～約３０ヌクレオチド、約２０～約１００ヌクレオチド、約２０～約８０ヌクレオチド、約２０～約５０ヌクレオチド、約２０～約４０ヌクレオチド、約２０～約３０ヌクレオチド、約２０～約２５ヌクレオチド、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３２、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも４４、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約１１０、少なくとも約１２０、少なくとも約１３０、少なくとも約１４０、少なくとも約１５０ヌクレオチド、またはそれ以上、およびその中のいずれかの値または範囲である。いくつかの実施形態では、緑膿菌Ｉ－Ｃ型Ｃａｓ系は、約３０～３９ヌクレオチド、約３１～約３８ヌクレオチド、約３２～約３７ヌクレオチド、約３３～約３６ヌクレオチド、約３４～約３５ヌクレオチド、または約３５ヌクレオチドのスペーサー長を有する。いくつかの実施形態では、緑膿菌Ｉ－Ｃ型Ｃａｓ系は、約３４ヌクレオチドのスペーサー長を有する。いくつかの実施形態では、緑膿菌Ｉ－Ｃ型Ｃａｓ系は、少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２９、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、少なくとも３４、少なくとも約３５、少なくとも約３６、少なくとも約３７、少なくとも約３８、少なくとも約３９、少なくとも約２０、少なくとも約４１、少なくとも約４２、少なくとも約４３、少なくとも約４４、少なくとも約４５、または約４５より大きなヌクレオチドのスペーサー長を有する。

【0097】

いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して、少なくともまたは約７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの例では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくともまたは約９０％の相同性を含む。いくつかの例では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくともまたは約９７％の相同性を含む。いくつかの例では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して少なくともまたは約９９％の相同性を含む。いくつかの例では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７に対して１００％の相同性を含む。いくつかの例では、スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７の、少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３４より多くのヌクレオチドを有している少なくとも一部を含む。

【0098】

「配列同一性」という用語は、２つのポリヌクレオチド配列が比較ウィンドウ上で同一である（すなわち、ヌクレオチド対ヌクレオチドベースで）ことを意味する。「配列同一性の割合」という用語は、最適にアライメントされた２つの配列を比較ウィンドウ上で比較し、同一の核酸塩基（例えばＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が両配列に生じる位置の数を求めることで一致した位置の数を得て、この一致した位置の数を比較ウィンドウの位置の総数（すなわち、ウィンドウサイズ）で割り、その結果に１００を掛けることで配列同一性のパーセンテージを得ることによって、算出される。

【0099】

２つのタンパク質間における「相同性」または「類似性」という用語は、アミノ酸配列および１つのタンパク質配列のその保存されたアミノ酸置換を、第２のタンパク質配列と比較することにより決定される。類似性は、当該技術分野で周知の手順、例えばＢＬＡＳＴプログラム（Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ ａｔ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）により決定され得る。

【0100】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの２つ以上のスペーサー配列の同一性は、同じである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの２つ以上のスペーサー配列の同一性は、異なっている。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの２つ以上のスペーサー配列の同一性は異なっているが、１つ以上の標的ヌクレオチド配列に対して相補的である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの２つ以上のスペーサー配列の同一性は異なっており、重複する配列である１つ以上の標的ヌクレオチド配列に対して相補的である。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの２つ以上のスペーサー配列の同一性は異なっており、重複する配列でない１つ以上の標的ヌクレオチド配列に対して相補的である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、生物のゲノムにおいてＰＡＭ配列（標的領域のすぐ３’に位置するＰＡＭ配列）の真隣りに位置する、長さが約１０～４０の連続したヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）に隣接するか、またはその隣に位置する。

【0101】

ＰＡＭ配列は、領域に相補的であることによりスペーサー配列が結合する領域の隣にある標的遺伝子に見られ、スペーサーヌクレオチド配列との塩基対形成が開始する点を特定する。必要とされる正確なＰＡＭ配列は、異なるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系間で変動し、確立されたバイオインフォマティクスおよび実験手順を介して特定される。ＰＡＭの非限定的な例には、ＣＣＡ、ＣＣＴ、ＣＣＧ、ＴＴＣ、ＡＡＧ、ＡＧＧ、ＡＴＧ、ＧＡＧ、および／またはＣＣが挙げられる。Ｉ型の系において、ＰＡＭは、スペーサーに一致する配列のすぐ５’に位置するので、スペーサーヌクレオチド配列と塩基対を形成する配列に対して３’に位置し、カスケードにより直接認識される。一旦、プロトスペーサーが認識されると、カスケードは、通常エンドヌクレアーゼＣａｓ３を動員することで、標的ＤＮＡを切断して分解する。ＩＩ型の系では、ＰＡＭは、ゲノムを用いたそのガイドＲＮＡのワトソン－クリック対合を介して特異的なＤＮＡ配列を調べるためのＲループを形成するべく、Ｃａｓ９／ｓｇＲＮＡに必要とされる。ＰＡＭの特異性は、Ｃａｓ９タンパク質（例えば、Ｃａｓ９のＣ末端におけるプロトスペーサー隣接モチーフ認識ドメイン）のＤＮＡ結合特異性に応じる。

【0102】

いくつかの実施形態では、死滅させられる細菌中の標的ヌクレオチド配列は、目的の必須標的ヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非必須配列である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子のプロモーターコードするヌクレオチド配列もしくはその補体のすべてまたは一部を含むか、それらから本質的になるか、あるいはそれらからなる。いくつかの実施形態では、スペーサーヌクレオチド配列は、必須遺伝子のプロモーターまたはその一部に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子のコードまたは非コード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコーディング上に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。

【0103】

いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、その生存に重要である生物の任意の遺伝子である。しかし、必須であるということは、生物が生存している環境に大きく左右される。例えば、デンプンの消化に必要な遺伝子は、デンプンが唯一のエネルギー源である場合にのみ必須である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、標的遺伝子に対するプロモーター配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、標的遺伝子の転写された領域のコード鎖上に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部を含む。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、エシェリキア属種の生存に必要とされる必須遺伝子の少なくとも一部を含む。いくつかの実施形態では、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、非必須遺伝子またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、非必須遺伝子は、その生存に重要ではない生物の任意の遺伝子である。しかし、非必須であるということは、生物が生存している環境に大きく左右される。非必須遺伝子の非制限的な例としては、ｐｐＳａ（例えば、ＳＣ２）、ｒａｉＡ（例えば、ＳＣ６）、および遺伝子間の保存されたリピート（例えば、ＳＣ６）が挙げられる。

【0104】

いくつかの実施形態では、目的の標的ヌクレオチド配列の非限定的な例としては、転写調節因子、翻訳調節因子、ポリメラーゼ遺伝子、代謝酵素、輸送体、ＲＮａｓｅ、プロテアーゼ、ＤＮＡ複製酵素、ＤＮＡ修飾もしくは分解酵素、調節性ＲＮＡ、転移ＲＮＡ、またはリボソームＲＮＡをコードする、標的ヌクレオチド配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、細胞分裂、細胞構造、代謝、運動性、病原性、毒性、または抗生物質耐性に関与する遺伝子からの配列である。いくつかの実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、その機能がまだ特徴付けられていない仮定的遺伝子からの配列である。したがって、例えば、これら遺伝子は、任意の細菌由来の任意の遺伝子である。

【0105】

いくつかの実施形態では、完全構築物ファージに適切なスペーサー配列は、代表的なゲノムの検索セットの位置決め、関連パラメーターを用いたゲノムの検索、およびＣＲＩＳＰＲで操作されたファージに使用するためのスペーサーの質の決定により特定される。

【0106】

最初に、代表的なゲノムの適切な検索セットが位置決めされ、目的の生物／種／標的のために獲得される。いくつかの実施形態では、代表的なゲノムのセットは、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋまたはＰＡＴＲＩＣデータベースを含むがこれらに限定されない、種々のデータベースで見つけることができる。ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋは利用可能な最大のデータベースの１つであり、現時点で配列決定されたほぼすべての生物に関する参照ゲノムおよび提出されたゲノムの混合物を包含している。具体的に、病原性原核生物において、ＰＡＴＲＩＣ（Ｐａｔｈｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ）のデータベースでは、ゲノムの付加的で包括的な資源が提供されており、臨床的に関連性のある株および薬物製品に関連するゲノムに対し焦点が当てられている。上記のデータベースはともに、ＦＴＰ（Ｆｉｌｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｐｒｏｔｏｃｏｌ）サーバーを介したゲノムの大規模（ｂｕｌｋ）なダウンロードを可能にして、迅速かつプログラム的なデータセットの取得を可能にする。

【0107】

次に、関連パラメーターを用いてゲノムを検索し、適切なスペーサー配列を位置決めする。いくつかの実施形態では、ゲノムは、正（ｆｏｒｗａｒｄ）と逆両方の相補配向において開始から終了まで読み取られることができ、ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）部位を含有するＤＮＡの隣接する伸張部を位置決めされる。スペーサー配列は、ＰＡＭ部位に隣接するＮ長のＤＮＡ配列３’または５’となり（ＣＲＩＳＰＲ系の種類に応じる）、Ｎは、目的のＣａｓ系に特異的であり、一般的に事前に把握される。ＰＡＭ配列およびスペーサー配列の特徴付けは、Ｃａｓ系の発見および初期の研究中に実行され得る。観察されたＰＡＭ隣接スペーサーはすべて、ダウンストリームでの使用のためにファイルおよび／またはデータベースに保存され得る。必要とされる正確なＰＡＭ配列は、異なるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系間で変動し、確立されたバイオインフォマティクスおよび実験手順を介して特定される。

【0108】

次に、ＣＲＩＳＰＲ操作されたファージに使用するためのスペーサーの質が決定される。観察されたスペーサーはそれぞれ、どのくらいの数の評価されたゲノムの中に存在しているのかを決定するために評価され得る。観察されたスペーサーは、それらが所与のゲノムそれぞれにどのくらいの頻度で生じ得るのかを確認するために評価され得る。ゲノムごとに１より多くの位置に生じるスペーサーは、突然変異が生じる場合にＣａｓ系が標的部位を認識できない場合があり、追加の「バックアップ」部位がそれぞれ、適切で変異のない標的位置が存在する可能性を増大させることから、有利であり得る。観察されたスペーサーは、ゲノムの機能注釈された領域に生じるかどうかを決定するために評価され得る。このような情報が利用可能な場合、それらゲノム領域が生物の生存と機能に「必須」どうかを決定するために、機能注釈がさらに評価されてもよい。目的の評価されたゲノムのすべて、またはほぼすべて（９９％以上）に生じるスペーサーに焦点を置くことにより、スペーサーの選択は、多くの標的とされたゲノムに広く適用できる場合がある。保存されたスペーサーの大きな選択プールが存在する場合、既知の機能を有するゲノムの領域に生じるスペーサーが優先される場合があり、それらゲノム領域が生存に「必須」であり、ゲノムごとに１回より多く生じる場合にはさらに優先される。

【0109】

いくつかの実施形態では、完全構築物ファージのスペーサー配列が検証される。いくつかの実施形態では、第１の工程は、目的の生物、種、または標的において反復するプラスミドを特定することを含む。いくつかの実施形態では、プラスミドは選択可能なマーカーを有する。いくつかの実施形態では、選択可能なマーカーは、抗生物質耐性遺伝子である。いくつかの実施形態では、発現カセットは、選択可能なマーカーのヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、選択可能なマーカーは、アデニンデアミナーゼ（ａｄａ）、ブラスチシジンＳデアミナーゼ（Ｂｓｒ、ＢＳＤ）、ブレオマイシン結合タンパク質（Ｂｌｅ）、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ（ｎｅｏ）、ヒスチジノールデヒドロゲナーゼ（ｈｉｓＤ）、グルタミンシンセターゼ（ＧＳ）、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ｄｈｆｒ）、シトシンデアミナーゼ（ｃｏｄＡ）、ピューロマイシンＮ－アセチルトランスフェラーゼ（Ｐａｃ）、またはヒグロマイシンＢホスホトランスフェラーゼ（Ｈｐｈ）、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、テトラサイクリン、ポリミキシンＢ、エリスロマイシン、カルベニシリン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン、ピューロマイシンＮ－アセチルトランスフェラーゼ（Ｐａｃ）、またはゼオシン（Ｓｈ ｂｌａ）である。いくつかの実施形態では、選択可能なマーカーは、チミジル酸シンターゼ、チミジンキナーゼ、ジヒドロ葉酸レダクターゼ、またはグルタミンシンセターゼに関与する遺伝子である。いくつかの実施形態では、選択可能なマーカーは、蛍光タンパク質をコードする遺伝子である。

【0110】

いくつかの実施形態では、第２の工程は、Ｃａｓ系をコードする遺伝子をプラスミドに挿入して、目的の生物、種、または標的において発現されるようにすることを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターはＣａｓ系の上流に提供される。いくつかの実施形態では、プロモーターは、Ｃａｓ系の発現を誘導するために目的の生物、種、または標的により認識される。例示的なプロモーターには、Ｌ－アラビノース誘導性（ａｒａＢＡＤ、ＰＢＡＤ）プロモーター、任意のｌａｃプロモーター、Ｌ－ラムノース誘導性（ｒｈａＰＢＡＤ）プロモーター、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーター、ｔｒｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ラムダファージプロモーター（ｐＬｐＬ－９Ｇ－５０）、アンヒドロテトラサイクリン－誘導性（ｔｅｔＡ）プロモーター、ｔｒｐ、Ｉｐｐ、ｐｈｏＡ、ｒｅｃＡ、ｐｒｏＵ、ｃｓｔ－１、ｃａｄＡ、ｎａｒ、Ｉｐｐ－ｌａｃ、ｃｓｐＡ、１１－ｌａｃオペレーター、Ｔ３－ｌａｃオペレーター、Ｔ４遺伝子３２、Ｔ５－ｌａｃオペレーター、ｎｐｒＭ－ｌａｃオペレーター、Ｖｈｂ、プロテインＡ、コリネバクテリア大腸菌様プロモーター、ｔｈｒ、ｈｏｒｎ、ジフテリア毒素プロモーター、ｓｉｇ Ａ、ｓｉｇ Ｂ、ｎｕｓＧ、ＳｏｘＳ、ｋａｔｂ、α－アミラーゼ（Ｐａｍｙ）、Ｐｔｍｓ、Ｐ４３（２つの重複するＲＮＡポリメラーゼσ因子認識部位、σΑ、σΒで構成される）、Ｐｔｍｓ、Ｐ４３、ｒｐｌＫ－ｒｐｌＡ、フェレドキシンプロモーター、および／またはキシロースプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＢＢａ＿Ｊ２３１０２、ＢＢａ＿Ｊ２３１０４、またはＢＢａ＿Ｊ２３１０９である。いくつかの実施形態では、プロモーターは、内因性ＣＲＩＳＰＲプロモーター、内因性Ｃａｓオペロンプロモーター、ｐ１６、ｐｌｐｐ、またはｐｔａｔなどの生物、種、または標的細菌に由来する。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ｇｐ１０５またはｇｐ２４５のプロモーターなどのファージプロモーターである。いくつかの実施形態では、リボソーム結合部位（ＲＢＳ）は、プロモーターとＣａｓ系との間に提供される。いくつかの実施形態では、ＲＢＳは、目的の生物、種、または標的により認識される。

【0111】

いくつかの実施形態では、第３の工程は、ゲノム標的化スペーサーをプラスミドへと提供することを含む。いくつかの実施形態では、ゲノム標的化スペーサーは、バイオインフォマティクスを使用して特定される。いくつかの実施形態では、ゲノム標的化スペーサーは、リピート－スペーサー－リピートの上流に提供される。いくつかの実施形態では、プロモーターが提供される。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ｃｒＲＮＡの発現を誘導するために目的の生物、種、または標的により認識される。いくつかの実施形態では、第３の工程におけるクローニングは、クローニングされるスペーサーによって標的化されない生物または種を使用することを含む。

【0112】

いくつかの実施形態では、第４の工程は、非標的スペーサーを、Ｃａｓ系を発現するプラスミドへと提供することを含む。いくつかの実施形態では、非標的スペーサーは、ランダムである配列を含む。いくつかの実施形態では、非標的スペーサーは、目的の生物、種、または標的のゲノム中に標的化部位を含まない配列を含む。いくつかの実施形態では、非標的スペーサー配列は、バイオインフォマティクスを使用して、目的の生物、種、または標的のゲノム中に標的化部位を含まないことが決定される。いくつかの実施形態では、非標的スペーサー配列は、リピート－スペーサー－リピートの上流に提供される。いくつかの実施形態では、プロモーターが提供される。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ｃｒＲＮＡの発現を誘導するために目的の生物、種、または標的により認識される。

【0113】

いくつかの実施形態では、第５の工程は、生成された各スペーサーの有効性を決定することを含む。いくつかの実施形態では、死滅の有効性が決定される。いくつかの実施形態では、細菌ゲノムの標的化における各スペーサーの有効性が、決定される。いくつかの実施形態では、スペーサーを含むプラスミドは、非標的化スペーサーを含むプラスミドと比較して、約０．５倍、約１倍、５倍、１０倍、２０倍、４０倍、６０倍、８０倍、または最大約１００倍の移動速度の低下を含む。

【0114】

反復ヌクレオチド配列
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲアレイの反復ヌクレオチド配列は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の任意の既知の反復ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、反復ヌクレオチド配列は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系からのネイティブリピート（ｎａｔｉｖｅ ｒｅｐｅａｔ）（例えば、内部ヘアピン）の二次構造を含む合成配列の配列である。いくつかの実施形態では、反復ヌクレオチド配列は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の既知の反復ヌクレオチド配列に基づき互いに相違する。いくつかの実施形態では、反復ヌクレオチド配列は、それぞれＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系からのネイティブリピート（例えば、内部ヘアピン）の別個の二次構造で構成される。いくつかの実施形態では、反復ヌクレオチド配列は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系で動作可能な別個の反復ヌクレオチド配列の組合せである。

【0115】

いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、その５’末端でリピート配列の３’末端に結合される。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、その５’末端で、リピート配列の３’末端の約１～約８、約１～約１０、または約１～約１５ヌクレオチドに結合される。いくつかの実施形態では、リピート配列の約１～約８、約１～約１０、約１～約１５ヌクレオチドは、リピート配列の３’末端の一部である。いくつかの実施形態では、スペーサーヌクレオチド配列は、その３’末端でリピート配列の５’末端に結合される。いくつかの実施形態では、スペーサーは、その３’末端で、リピート配列の５’末端の約１～約８、約１～約１０、または約１～約１５ヌクレオチドに結合される。いくつかの実施形態では、リピート配列の約１～約８、約１～約１０、約１～約１５ヌクレオチドは、リピート配列の５’末端の一部である。

【0116】

いくつかの実施形態では、スペーサーヌクレオチド配列は、その５’末端で第１の配列に結合され、かつその３’末端で第２の配列に結合されて、リピート－スペーサー－リピートの配列を形成する。いくつかの実施形態では、スペーサー配列は、その５’末端で第１のリピート配列の３’末端に結合され、かつその３’末端で第２のリピート配列の５’末端に結合され、スペーサー配列と第２のリピート配列は、繰り返されることで、ｎが１～１００のいずれかの整数となるようにリピート－（スペーサー－リピート）ｎの配列を形成する。いくつかの実施形態では、リピート－（スペーサー－リピート）ｎの配列は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、またはそれより多くのスペーサーヌクレオチド配列を含むか、当該配列から本質的になるか、または当該配列からなる。

【0117】

いくつかの実施形態では、リピート配列は、野生型ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座からのリピート配列に対して同一であるか、または実質的に同一である。いくつかの実施形態では、リピート配列は、表３に見られるリピート配列である。いくつかの実施形態では、リピート配列は、本明細書に記載の配列である。いくつかの実施形態では、リピート配列は、野生型リピート配列の一部（例えば、野生型リピート配列の、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、またはそれより多くの隣接するヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、リピート配列は、少なくとも１つのヌクレオチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、もしくはそれより多くのヌクレオチド、またはその中のいずれかの範囲）を含むか、当該ヌクレオチドから本質的になるか、または当該ヌクレオチドからなる。いくつかの実施形態では、リピート配列は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００以下のヌクレオチドを含むか、当該ヌクレオチドから本質的になるか、または当該ヌクレオチドからなる。いくつかの実施形態では、リピート配列は、約２０～４０、２１～４０、２２～４０、２３～４０、２４～４０、２５～４０、２６～４０、２７～４０、２８～４０、２９～４０、３０～３０、３１～４０、３２～４０、３３～４０、３４～４０、３５～４０、３６～４０、３７～４０、３８～４０、３９～４０、２０～３９、２０～３８、２０～３７、２０～３６、２０～３５、２０～３４、２０～３３、２０～３２、２０～３１、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、または２０～２１ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、リピート配列は、約２０～３５、２１～３５、２２～３５、２３～３５、２４～３５、２５～３５、２６～３５、２７～３５、２８～３５、２９～３５、３０～３０、３１～３５、３２～３５、３３～３５、３４～３５、２５～４０、２５～３９、２５～３８、２５～３７、２５～３６、２５～３５、２５～３４、２５～３３、２５～３２、２５～３１、２５～３０、２５～２９、２５～２８、２５～２６ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、系は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型Ｃａｓ系である。いくつかの実施形態では、緑膿菌Ｉ－Ｃ型Ｃａｓ系は、約２５～３８ヌクレオチドの反復長を有する。

【0118】

いくつかの実施形態では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくともまたは約７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの例では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくともまたは約９５％の相同性を含む。いくつかの例では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくともまたは約９７％の相同性を含む。いくつかの例では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくともまたは約９９％の相同性を含む。いくつかの例では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して１００％の相同性を含む。いくつかの例では、リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つの、少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、または３２より多くのヌクレオチドを有している少なくとも一部を含む。

【0119】

Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系
いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ａ型系、Ｉ－Ｂ型系、Ｉ－Ｃ型系、Ｉ－Ｄ型系、Ｉ－Ｅ型系、またはＩ－Ｆ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ａ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ｂ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ｃ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ｄ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ｅ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｉ－Ｆ型系である。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、カスケードポリペプチドを含む。Ｉ型カスケードポリペプチドは、ＣＲＩＳＰＲアレイを処理して、後に処理済みのＲＮＡ中のスペーサーに相補的な標的配列に複合体を結合させるために使用される、処理済のＲＮＡを産生する。いくつかの実施形態では、Ｉ型カスケード複合体は、Ｉ－Ａ型カスケードポリペプチド、Ｉ－Ｂ型カスケードポリペプチド、Ｉ－Ｃ型カスケードポリペプチド、Ｉ－Ｄ型カスケードポリペプチド、Ｉ－Ｅ型カスケードポリペプチド、Ｉ－Ｆ型カスケードポリペプチド、またはＩ－Ｕ型カスケードポリペプチドである。

【0120】

いくつかの実施形態では、Ｉ型カスケード複合体は、（ａ）Ｃａｓ７（Ｃｓａ２）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ８ａ１（Ｃｓｘ１３）ポリペプチドもしくはＣａｓ８ａ２（Ｃｓｘ９）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃｓａ５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ６ａポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ３’ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”をコードをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ａ型）、（ｂ）Ｃａｓ６ｂポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ８ｂ（Ｃｓｈ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ７（Ｃｓｈ２）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびＣａｓ５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ｂ型）、（ｃ）Ｃａｓ５ｄポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ８ｃ（Ｃｓｄ１）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびＣａｓ７（Ｃｓｄ２）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ｃ型）、（ｄ）Ｃａｓｌ Ｏｄ（Ｃｓｃ３）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃｓｃ２ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃｓｃ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびＣａｓ６ｄポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ｄ型）、（ｅ）Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ７（ＣａｓＣ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ５（ＣａｓＤ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびＣａｓ６ｅ（ＣａｓＥ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ｅ型）、ならびに／または（ｆ）Ｃｙｓ１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃｙｓ２ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、Ｃａｓ７（Ｃｙｓ３）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、およびＣａｓ６ｆ）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（Ｉ－Ｆ型）を含む。

【0121】

いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、エシェリキア属種に対して外因性である。

【0122】

Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ系
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法に利用されるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼ（例えば、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）およびフランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ１）由来のＣＲＩＳＰＲ）を使用した、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ系である。長さが１２００～１５００アミノ酸であるこのモノマータンパク質は、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲ系に属する。Ｃｐｆ１ ＣＲＩＳＰＲアレイは９つのスペーサー配列からなり、３６ヌクレオチド長のリピート配列によって切り離される。Ｃｐｆ１は、ＤＮＡ標的内で５’－ＴＴＴＶ－３’ＰＡＭを認識し、これにより、ｃｒＲＮＡのスペーサー由来のセグメントと相補的な標的ＤＮＡとの塩基対形成がもたらされる。Ｃｐｆ１は、ＲＮＡａｓｅおよびデオキシリボヌクレアーゼ活性を同時に有するので、ｃｒＲＮＡ生合成のためにｔｒａｃｒＲＮＡを利用せず、代わりに、プレｃｒＲＮＡは、Ｃｐｆ１それ自体によって認識および切断されるシュードノットを形成する。Ｃｐｆ１は切断された部位で付着末端（ｃｒＲＮＡ長に関する５または８ヌクレオチドの５’オーバーハング）を誘導する。ＡＭ認識は、Ｃｐｆ１を介した遺伝子編集における第１の工程である。ＰＡＭが、関連するプロトスペーサーの周囲に位置するとき、続いてｃｒＲＮＡと標的ＤＮＡ鎖とのハイブリダイゼーションおよびＲループ構造の形成を開始する。Ｃｐｆ１ファミリータンパク質のＰＡＭ配列は主にＴリッチであり、チミジンの数のみが異なる。また、Ｃｐｆ１のヌクレアーゼ成分が、標的鎖上の５’－ＴＴＮ－３’ＰＡＭを認識することが明らかにされた。ＰＩ、ＲＥＣ１、およびＷＥＤドメインは、ＰＡＭ認識に全体的に関与する。

【0123】

エシェリキア属
いくつかの実施形態では、細菌は、エシェリキア属の１つ以上の種を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、エシェリキア属の１つ以上の株を含む。いくつかの実施形態では、標的細菌は大腸菌である。

【0124】

いくつかの実施形態では、大腸菌は感染症または疾患を引き起こす。いくつかの実施形態では、感染症または疾患は、急性または慢性である。いくつかの実施形態では、感染症または疾患は、限局性または全身性である。いくつかの実施形態では、感染症または疾患は、特発性である。いくつかの実施形態では、感染症または疾患は、呼吸器吸入、食物摂取、皮膚および創傷の感染、血流感染、中耳感染、胃腸管感染、腹膜感染、尿路感染、尿生殖路感染、口腔軟組織感染、腹腔内感染、表皮または粘膜の吸収、眼感染（コンタクトレンズ汚染を含む）、心内膜炎、嚢胞性線維症における感染、留置医療機器、例えば、人工関節、歯科インプラント、カテーテル、および心臓インプラントの感染、性的接触、および／または院内感染、ならびに人工呼吸器関連の細菌性肺炎を含むがこれらに限定されない手段によってもたらされる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、尿路感染症を引き起こす。いくつかの実施形態では、大腸菌は、炎症性疾患を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、自己免疫疾患を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を引き起こす。いくつかの実施形態では、大腸菌は、乾癬を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、乾癬性関節炎（ＰＡ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、関節リウマチ（ＲＡ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、多発性硬化症（ＭＳ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、グレーブス病を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、橋本甲状腺炎を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、重症筋無力症を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、脈管炎を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、癌を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、癌進行を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、癌転移を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、癌治療に対する耐性を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、癌に対処するために使用される治療には、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、標的とされた薬物治療、および／または放射線療法が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、癌は、肛門、膀胱、血液および血液成分、骨、骨髄、脳、乳房、子宮頚、結腸および直腸、食道、腎臓、喉頭、リンパ系、筋肉（すなわち軟組織）、口腔および咽頭、卵巣、膵臓、前立腺、皮膚、小腸、胃、睾丸、甲状腺、子宮、および／または外陰部を含むが、これらに限定されない器官で進行する。いくつかの実施形態では、大腸菌は、中枢神経系（ＣＮＳ）の障害を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、注意欠陥多動障害（ＡＤＨＤ）を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、自閉症を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、双極性障害を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、大鬱病性障害を引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、てんかんを引き起こし、かつ／または悪化させる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、アルツハイマー病、ハンチントン病、および／もしくはパーキンソン病を含むがこれらに限定されない神経変性障害を引き起こし、かつ／または悪化させる。

【0125】

いくつかの実施形態では、１つ以上のバクテリオファージが、嚢胞性線維症、または嚢胞性線維症に付随する気管支拡張症を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージの組合せが、嚢胞性線維症、または嚢胞性線維症に付随する気管支拡張症を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、嚢胞性線維症、または嚢胞性線維症に付随する気管支拡張症を有する患者にバクテリオファージを投与することで、患者における細菌負荷が減少する。いくつかの実施形態では、細菌負荷が減少すると、嚢胞性線維症、または嚢胞性線維症に付随する気管支拡張症を有する患者に臨床的な改善が生じる。いくつかの実施形態では、１つ以上のバクテリオファージが、非嚢胞性線維症性気管支拡張症を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージの組合せが、非嚢胞性線維症性気管支拡張症を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、非嚢胞性線維症性気管支拡張症を有する患者にバクテリオファージを投与することで、患者における細菌負荷が減少する。いくつかの実施形態では、細菌負荷が減少すると、非嚢胞性線維症性気管支拡張症を有する患者に臨床的な改善が生じる。

【0126】

バクテリオファージ
いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、偏性溶菌性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、溶原性遺伝子が保持された溶原性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、いくつかの溶原性遺伝子が除去、置換え、または不活性化された溶原性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、１つの溶原性遺伝子が除去、置換え、または不活性化されることによってバクテリオファージを溶菌性にする溶原性バクテリオファージである。

【0127】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージはエシェリキア属種を標的とする。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、大腸菌を標的とする。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、他の細菌種よりもエシェリキア属種を特異的に標的とする。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の非存在下でエシェリキア属種を標的とする。

【0128】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスを含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、Ｔ４ウイルスである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、モシグウイルスである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ファペコクタウイルスである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、特有のミオウイルス科である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ベクターウイルスである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ３系を含む。

【0129】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、エシェリキア属種を標的とする、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージには、ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、「バクテリオファージ」は、１つ以上のバクテリオファージを含み、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージは異なるまたは同じである。例えば、バクテリオファージは、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、およびｐ００ｅｘｅ０１４を含む。

【0130】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ００４Ｋバクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００５に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００７に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。

【0131】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｃ０、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｃ０に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ００ｃ０バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。

【0132】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｅｘ、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｅｘに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ００ｅｘバクテリオファージである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。

【0133】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｊｃ、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ００ｊｃバクテリオファージである。

【0134】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｋｅ、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ００ｋｅバクテリオファージである。

【0135】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ５５１６、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ系を含むｐ５５１６バクテリオファージである。

【0136】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、表１に列挙されるファージ、またはエシェリキア属種を標的とする能力を保持するそのバリアントである。

【0137】

２つ以上のバクテリオファージを含むカクテルも本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスからなる系統から選択される。いくつかの実施形態では、カクテルは少なくとも６つのバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、およびベクターウイルスを含む。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも１つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも２つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも４つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも１つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。いくつかの実施形態では、カクテルの少なくとも２つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0138】

いくつかの実施形態では、カクテルは少なくとも２つのバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００４ｋｅ００９に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第１のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第２のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第３のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第４のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｊｃに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第５のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｊｃに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第５のバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｋｅに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第５のバクテリオファージを含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ００ｋｅに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第５のバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは、ｐ５５１６に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む第６のバクテリオファージを含む。

【0139】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第６のバクテリオファージを含み、第６のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0140】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0141】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ００ｅｘに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第６のバクテリオファージを含み、第６のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0142】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第６のバクテリオファージを含み、第６のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0143】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００４Ｋ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００４Ｋ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００４Ｋ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００４Ｋ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第６のバクテリオファージを含み、第６のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００４Ｋ、もしくはｐ５５１６に対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0144】

いくつかの実施形態では、第１のバクテリオファージは、ｐ５５１６に対して７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第２のバクテリオファージを含み、第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第３のバクテリオファージを含み、第３のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第４のバクテリオファージを含み、第４のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第５のバクテリオファージを含み、第５のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、カクテルは第６のバクテリオファージを含み、第６のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、もしくはｐ００４Ｋに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、３、４、または５つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１、２、または３つのバクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含まない。

【0145】

いくつかの実施形態では、目的のバクテリオファージは、環境供給源または市場調査ベンダーから得られる。いくつかの実施形態では、得られたバクテリオファージは、細菌のライブラリーおよびその関連する株に対する溶菌活性についてスクリーニングされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、スクリーニングされた細菌において一次抵抗を精製する能力について、細菌のライブラリーおよびその関連する株に対してスクリーニングされる。

【0146】

挿入部位
いくつかの実施形態では、バクテリオファージへの核酸配列の挿入は、バクテリオファージの溶菌活性を保つ。いくつかの実施形態では、核酸配列は、バクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸配列は、目的のオペロンの末端の転写ターミネーター部位でバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸配列は、１つ以上の除去された非必須遺伝子の置換えとしてバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、核酸配列は、１つ以上の除去された溶原遺伝子の置換えとしてバクテリオファージゲノムに挿入される。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸配列での置換えは、バクテリオファージの溶菌活性に影響を及ぼさない。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸配列での置換えは、バクテリオファージの溶菌活性を保つ。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸配列での置換えは、バクテリオファージの溶菌活性を増強する。いくつかの実施形態では、非必須および／または溶原遺伝子の核酸配列での置換えは、溶原バクテリオファージを溶菌性にする。

【0147】

いくつかの実施形態では、核酸配列は第１の位置においてバクテリオファージゲノムへと導入される一方で、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子は、別個の位置においてバクテリオファージゲノムから別々に除去および／または不活性化される。いくつかの実施形態では、核酸配列は第１の位置においてバクテリオファージへと導入される一方で、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子は、複数の別個の位置においてバクテリオファージゲノムから別々に除去および／または不活性化される。いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の除去ならびに／あるいは不活性化は、バクテリオファージの溶菌活性に影響を及ぼさない。いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の除去ならびに／あるいは不活性化により、バクテリオファージの溶菌活性が保たれる。いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の除去は、溶原バクテリオファージを溶菌性バクテリオファージにする。

【0148】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、前述の手段のうちのいずれかにより溶菌性にされた溶原性バクテリオファージである。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、１つ以上の溶原遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性は、少なくとも１つの溶原遺伝子の除去、置換え、または不活性化に起因する。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの維持において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの確立において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は、バクテリオファージ中の溶原サイクルの確立と溶原サイクルの維持の両方において役割を果たす。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は抑制因子遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｃＩ抑制遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子は活性化因子遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｃＩＩ遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｌｅｘＡ遺伝子である。いくつかの実施形態では、溶原遺伝子はｉｎｔ（インテグラーゼ）遺伝子である。いくつかの実施形態では、２つ以上の溶原性遺伝子は、バクテリオファージ溶原化サイクルの阻止および／または溶菌サイクルの誘導を生じさせるために除去、置換え、または不活性化される。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、１つ以上の溶菌性遺伝子の挿入によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、溶菌サイクルの誘導に寄与する１つ以上の遺伝子の挿入によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、溶菌サイクルの誘導に寄与する１つ以上の遺伝子の発現を改質することによって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、表現型上、溶原バクテリオファージから溶菌性バクテリオファージに変化する。いくつかの実施形態では、溶原性バクテリオファージは、環境の改質によって溶菌性にされる。いくつかの実施形態では、環境の改質には、温度、ｐＨ、または栄養素の改質、抗生物質、過酸化水素、外来性ＤＮＡ、またはＤＮＡ損傷剤への曝露、有機炭素の存在、および重金属（例えば、クロム（ＶＩ）の形にあるもの）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、溶菌性にされる溶原性バクテリオファージは、溶原状態に戻ることを防止される。いくつかの実施形態では、溶菌性にされる溶原性バクテリオファージは、最初に導入されたＣＲＩＳＰＲアレイの自己標的化活性により溶原状態に戻ることを防止される。いくつかの実施形態では、溶菌性にされる溶原性バクテリオファージは、追加のＣＲＩＳＰＲアレイの導入により溶原状態に戻ることを防止される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、バクテリオファージの溶菌活性および／または第１もしくは第２のＣＲＩＳＰＲアレイの活性による細胞死因を越えて、標的細菌上に新たな特性を付与しない。

【0149】

いくつかの実施形態では、１つ以上の非必須および／または溶原遺伝子の置換え、除去、不活性化、またはそれらのあらゆる組合せは、化学的、生化学的、および／またはあらゆる適切な方法により達成される。いくつかの実施形態では、１つ以上の溶菌性遺伝子の挿入は、あらゆる適切な化学的、生化学的、および／または相同組換えによる物理的方法により達成される。

【0150】

非必須遺伝子
いくつかの実施形態では、バクテリオファージから除去されるおよび／または置き換えられる非必須遺伝子は、バクテリオファージの生存に必須ではない遺伝子である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージから除去されるおよび／または置き換えられる非必須遺伝子は、溶菌サイクルの導入および／または維持に必須ではない遺伝子である。

【0151】

転写活性化因子
いくつかの実施形態では、核酸配列は、転写活性化因子をさらに含む。いくつかの実施形態では、コードされた転写活性化因子は、エシェリキア属種内での目的の遺伝子の発現を調節する。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、外因性か内因性かにかかわらず、エシェリキア属種内での目的の遺伝子の発現を活性化する。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、エシェリキア属種内で１つ以上の阻害要素の活性を妨害することにより、エシェリキア属種内での目的の発現遺伝子を活性化する。いくつかの実施形態では、阻害要素は、転写制御因子を含む。いくつかの実施形態では、阻害要素は、大域的な転写制御因子を含む。いくつかの実施形態では、阻害要素は、ヒストン様核様体構造（Ｈ－ＮＳ）タンパク質またはその相同体もしくは機能的断片である。いくつかの実施形態では、阻害要素は、ロイシン応答調節タンパク質（ＬＲＰ）である。いくつかの実施形態では、阻害要素は、ＣｏｄＹタンパク質である。

【0152】

一部の細菌では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系は、発現が少なく、大半の環境条件下で活動しないと考慮される。これらの細菌では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の調節は、転写制御因子、例えば、宿主ゲノムの転写調節に広く関与するヒストン様核様体構造（Ｈ－ＮＳ）タンパク質の活性の結果である。Ｈ－ＮＳは、ＤＮＡの湾曲をもたらすＡＴリッチ部位に沿った多量体化により、宿主の転写調節の制御を行う。大腸菌などの一部の細菌では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ３オペロンの調節は、Ｈ－ＮＳにより調節される。

【0153】

同様に、一部の細菌では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の抑制は、阻害要素、例えばロイシン応答調節タンパク質（ＬＲＰ）により制御される。ＬＲＰは、転写開始部位の上流および下流の領域への結合に関係している。顕著には、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現の調節におけるＬＲＰの活性は、細菌間で変動する。広範な種間での抑制活性を有するＨ－ＮＳとは異なり、ＬＲＰは、宿主ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現を差次的に調節すると示されている。そのため、いくつかの例では、ＬＲＰは、異なる細菌でのＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系発現を調節する宿主特異的な手段を反映する。

【0154】

いくつかの例では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の抑制は、阻害要素ＣｏｄＹによっても制御される。ＣｏｄＹは、ＤＮＡ結合を介して作用するＧＴＰ感知転写制御因子である。ＧＴＰの細胞内濃度は、環境上の栄養状態における指標として作用する。正常な培養条件下、ＧＴＰは豊富であり、転写活性を抑制するためにＣｏｄＹと結合する。しかし、ＧＴＰ濃度が低下すると、ＣｏｄＹはＤＮＡの結合における活性が低くなり、それにより以前は抑制された遺伝子の転写が可能となる。そのため、ＣｏｄＹは、厳格で大域的な転写制御因子として作用する。

【0155】

いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、ＬｅｕＯポリペプチド、その相同体もしくは機能的断片、ｌｅｕＯコード配列、またはＬｅｕＯをアップレギュレートする薬剤である。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、ＬｅｕＯのあらゆるオルソログまたは機能的等価物を含む。一部の細菌では、ＬｅｕＯは、細菌の環境上の栄養状態に応答する大域的な転写制御因子として作用することにより、Ｈ－ＮＳとは反対に作用する。正常な条件下では、ＬｅｕＯの発現は不十分である。しかし、アミノ酸飢餓、および／または細菌のライフサイクルにおける定常期の到達下では、ＬｅｕＯはアップレギュレートされる。ＬｅｕＯの発現増加により、重複するプロモーター領域でＨ－ＮＳがアンタゴナイズされて、遺伝子発現が達成される。ＬｅｕＯの過剰発現は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現をアップレギュレートする。

【0156】

いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現により、阻害要素の破壊が生じる。いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現を原因とする阻害要素の破壊は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の転写抑制を除去する。いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現は、Ｈ－ＮＳの活性を原因とするＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の転写抑制を除去する。いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現を原因とする阻害要素の破壊は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現増加をもたらす。いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現による阻害要素の破壊を原因とするＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現増加は、ＣＲＩＳＰＲアレイを含む核酸配列のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ処理の増加をもたらす。いくつかの実施形態では、ＬｅｕＯの発現による阻害要素の破壊を原因とするＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の発現増加は、ＣＲＩＳＰＲアレイを含む核酸配列のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ処理の増加をもたらすことで、細菌に対するＣＲＩＳＰＲアレイの致死レベルを上昇させる。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、バクテリオファージおよび／またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性増加をもたらす。

【0157】

調節要素
いくつかの実施形態では、核酸配列は、様々な生物または細胞における発現の種々のプロモーター、ターミネーター、および他の調節要素と操作可能に関連する。いくつかの実施形態では、核酸配列は、リーダー配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、核酸配列は、プロモーター配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのプロモーターおよび／またはターミネーターは、ＣＲＩＳＰＲアレイに操作可能に連結される。本開示に有用なあらゆるプロモーターが使用され、例えば、目的の生物に対し機能的なプロモーターのほか、本明細書中に開示される連続的な、誘導性の、発達的な調節された組織特異的／好ましいプロモーターなどが挙げられる。本明細書中で使用される調節要素は、内因性または異種性である。いくつかの実施形態では、対象生物に由来する内因性の調節要素は、それが自然に生じない遺伝学的状況（例えば、自然に見出されるものとは異なるゲノム位置）へと挿入されることにより、組換え型または非天然の核酸を産生する。

【0158】

いくつかの実施形態では、核酸配列の発現は、連続的であるか、誘導性であるか、一時的に調節されるか、発達的に調節されるか、または化学的に調節される。いくつかの実施形態では、核酸配列の発現は、核酸配列を目的の生物中の機能的プロモーターに操作可能に連結させることにより、連続的にされるか、誘導性にされるか、一時的に調節されるか、発達的に調節されるか、または化学的に調節されるいくつかの実施形態では、抑制は、核酸配列を目的の生物中の機能的である誘導性プロモーターに操作可能に連結させることにより、可逆的にされる。本明細書中に開示されるプロモーターの選択は、発現における量的、時間的、および空間的な要件のほか、形質転換されることとなる宿主細胞によっても変動する。

【0159】

本明細書中に開示される方法、バクテリオファージ、および組成物との使用における例示的なプロモーターは、細菌中で機能的であるプロモーターを含む。例えば、Ｌ－アラビノース誘導性（ａｒａＢＡＤ、ＰＢＡＤ）プロモーター、任意のｌａｃプロモーター、Ｌ－ラムノース誘導性（ｒｈａＰＢＡＤ）プロモーター、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーター、ｔｒｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ラムダファージプロモーター（ｐＬｐＬ－９Ｇ－５０）、アンヒドロテトラサイクリン－誘導性（ｔｅｔＡ）プロモーター、ｔｒｐ、Ｉｐｐ、ｐｈｏＡ、ｒｅｃＡ、ｐｒｏＵ、ｃｓｔ－１、ｃａｄＡ、ｎａｒ、Ｉｐｐ－ｌａｃ、ｃｓｐＡ、１１－ｌａｃオペレーター、Ｔ３－ｌａｃオペレーター、Ｔ４遺伝子３２、Ｔ５－ｌａｃオペレーター、ｎｐｒＭ－ｌａｃオペレーター、Ｖｈｂ、プロテインＡ、コリネバクテリア大腸菌様プロモーター、ｔｈｒ、ｈｏｒｎ、ジフテリア毒素プロモーター、ｓｉｇ Ａ、ｓｉｇ Ｂ、ｎｕｓＧ、ＳｏｘＳ、ｋａｔｂ、α－アミラーゼ（Ｐａｍｙ）、Ｐｔｍｓ、Ｐ４３（２つの重複するＲＮＡポリメラーゼσ因子認識部位、σΑ、σΒで構成される）、Ｐｔｍｓ、Ｐ４３、ｒｐｌＫ－ｒｐｌＡ、フェレドキシンプロモーター、および／またはキシロースプロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＢＢａ＿Ｊ２３１０２プロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＢＢａ＿Ｊ２３１０４やＢＢａ＿Ｊ２３１０９などの広範な細菌中で作動する。いくつかの実施形態では、プロモーターは、内因性ＣＲＩＳＰＲプロモーター、内因性Ｃａｓオペロンプロモーター、ｐ１６、ｐｌｐｐ、またはｐｔａｔなどの標的細菌に由来する。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ｇｐ１０５またはｇｐ２４５のプロモーターなどのファージプロモーターである。

【0160】

いくつかの実施形態では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくともまたは約７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくともまたは約９５％の相同性を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくともまたは約９７％の相同性を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくともまたは約９９％の相同性を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して１００％の相同性を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つの、少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、または５０ヌクレオチド以上を有する少なくとも一部を含む。いくつかの例では、プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つの、少なくともまたは約５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、または２１５ヌクレオチド以上を有する少なくとも一部を含む。

【0161】

いくつかの実施形態では、誘導性プロモーターが使用される。いくつかの実施形態では、外因性の化学調節因子の適用を介して生物中の遺伝子発現を調節するために、化学調節されたプロモーターが使用される。化学的に調節されたプロモーターの使用により、核酸配列によってコードされるＲＮＡおよび／またはポリペプチドは、例えば、誘導を行う化学物質により生物が処置されたときにのみ合成されることが可能になる。化学物質誘導性プロモーターが使用されるいくつかの実施形態では、化学物質の適用により遺伝子発現が誘導される。化学物質抑制性プロモーターが使用されるいくつかの実施形態では、化学物質の適用により遺伝子発現が抑制される。いくつかの実施形態では、プロモーターは光誘導性プロモーターであるため、特定波長の光の適用により遺伝子発現が誘導される。いくつかの実施形態では、プロモーターは光抑制性プロモーターであるため、特定波長の光の適用により遺伝子発現が抑制される。

【0162】

発現カセット
いくつかの実施形態では、核酸配列は、発現カセットであるか、または発現カセット中にある。いくつかの実施形態では、発現カセットは、本明細書中に開示される核酸配列を発現するように設計されている。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の構成成分をコードする発現カセットである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の構成成分をコードする発現カセットである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、操作可能なＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする発現カセットである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、カスケードおよびＣａｓ３を含む、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の操作可能な成分をコードする発現カセットである。いくつかの実施形態では、核酸配列は、ｃｒＲＮＡ、カスケード、およびＣａｓ３を含む、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の操作可能な成分をコードする発現カセットである。

【0163】

いくつかの実施形態では、目的の核酸配列を含む発現カセットはキメラであり、このことは、その成分の少なくとも１つが、他の成分の少なくとも１つに対して異種であることを意味している。いくつかの実施形態では、発現カセットは自然に生じるが、異種発現に有用な組換え形態で得られている。

【0164】

いくつかの実施形態では、発現カセットは、選択された宿主細胞中で機能的である転写および／または翻訳の終結領域（すなわち、終結領域）を含む。いくつかの実施形態では、終結領域は、目的の異種核酸配列を超える転写の終結、および正確なｍＲＮＡポリアデニル化に寄与する。いくつかの実施形態では、終結領域は、転写開始領域に固有であるか、操作可能に連結された目的の核酸配列に固有であるか、宿主細胞に固有であるか、または、別の供給源（すなわち、外部のもの、または、プロモーター、目的の核酸配列、宿主、もしくはそれらのあらゆる組合せに対して異種のもの）から得られる。いくつかの実施形態では、ターミネーターは、本明細書中に開示される核酸配列に操作可能に結合される。

【0165】

いくつかの実施形態では、発現カセットは、選択可能なマーカーのヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、選択的な薬剤（例えば、抗生物質）を使用するなど化学的手段により選択された形質をマーカーが与えるかどうかに応じて、または、そのマーカーが単に、スクリーニング（例えば、蛍光）などによる観察もしくは検査を介して特定される形質であるかどうかに応じて、選択可能かスクリーニング可能なマーカーのいずれかをコードする。

【0166】

ベクター
発現カセットに加えて、本明細書中に開示される核酸配列（例えば、ＣＲＩＳＰＲアレイを含む核酸配列）は、ベクターとともに使用される。ベクターは、転写、送達、または導入されることとなるヌクレオチド配列を含む核酸分子を含む。ベクターの一般的な分類の非限定的な例には、自己伝達可能であるかそうでない場合のある二本鎖または一本鎖である線形または円形の形態にある、ウイルスベクター、プラスミドベクター、ファージベクター、ファージミドベクター、コスミドベクター、フォスミドベクター、バクテリオファージ、人工染色体、またはアグロバクテリウムバイナリベクターが挙げられるが、これらに限定されない。ベクターは、細胞ゲノムへの統合、または染色体外での存在（例えば、複製起点を有する自己複製を行うプラスミド）のいずれかにより、原核生物または真核生物の宿主を形質転換させる。加えて、自然にまたは２つの異なる宿主生物中での複製を自然に、または設計により可能とするＤＮＡビヒクルを意味するシャトルベクターが含まれる。いくつかの実施形態では、シャトルベクターは、放線菌ならびに細菌および／または真核生物において複製する。いくつかの実施形態では、ベクター中の核酸は、宿主細胞中の転写に適切なプロモーターまたは他の調節要素の制御下にあり、それらに操作可能に連結される。いくつかの実施形態では、ベクターは、複数の宿主中で機能する二機能性の発現ベクターである。

【0167】

コドン最適化
いくつかの実施形態では、核酸配列は、目的のあらゆる種における発現のために最適化されたコドンである。コドン最適化は、種特異的なコドン利用テーブルを使用して、コドン利用のバイアスに対するヌクレオチド配列の修飾に関与する。コドン利用テーブルは、目的の種において最も高度に発現された遺伝子の配列分析に基づき生成される。ヌクレオチド配列が核中で発現される場合、コドン利用テーブルは、目的の種において高度に発現された核内遺伝子の配列分析に基づき生成される。ヌクレオチド配列の修飾は、種特異的なコドン利用テーブルを天然のポリヌクレオチド配列に存在するコドンと比較することにより判定される。ヌクレオチド配列のコドン最適化は、生来のヌクレオチド配列に対して１００％未満の同一性（例えば、５０％、６０％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％など）を有するが、元のヌクレオチド配列によってコードされるものと同じ機能を有するポリペプチドを依然としてコードする、ヌクレオチド配列をもたらす。いくつかの実施形態では、本開示の核酸配列は、目的の生物／種における発現のために最適化されたコドンである。

【0168】

形質転換
いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される核酸配列、および／または発現カセットは、一時的に発現され、および／または安定して宿主生物のゲノムへと組み込まれる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される核酸配列および／または発現カセットは、当業者に公知のいずれかの方法により細胞へと導入される。形質転換の例示的な方法には、コンピテント細胞のエレクトロポレーションを介した形質転換、コンピテント細胞による受動的な取込み、コンピテント細胞の化学的形質転換のほか、細胞への核酸の導入を生じさせる他のあらゆる電気的、化学的、物理的（機械的）、および／または生物学的な機構によるものが挙げられ、それらのあらゆる組合せも挙げられる。いくつかの実施形態では、細胞の形質転換は、核形質転換を含む。いくつかの実施形態では、細胞の形質転換は、プラスミド形質転換およびコンジュゲーションを含む。

【0169】

いくつかの実施形態では、１より多くの核酸配列が導入される場合、ヌクレオチド配列は、単一の核酸構築物の一部として、または別個の核酸構築物として組み立てられて、同じまたは異なる核酸上に位置付けられる。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、単一の形質転換事象、または別個の形質転換事象において目的の細胞へと導入される。

【0170】

抗微生物薬およびペプチド
いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、抗菌ペプチド、抗菌ペプチドの機能的断片、または溶菌性遺伝子を発現するようにさらに遺伝子的に修飾される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、本明細書中に開示される少なくとも１つの抗微生物薬またはペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、核酸配列のタンパク質生成物がファージ耐性菌を標的とするエンザイバイオティック（ｅｎｚｙｂｉｏｔｉｃ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、バイオフィルムマトリクスの破壊または分解を補助する酵素をコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、ディスパーシンＤアミノペプチダーゼ、アミラーゼ、カルボヒドラーゼ、カルボキシペプチダーゼ、カタラーゼ、セルラーゼ、キチナーゼ、クチナーゼ、シクロデキストリングリコシルトランスフェラーゼ、デオキシリボヌクレアーゼ、エステラーゼ、αガラクトシダーゼ、βガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、αグルコシダーゼ、βグルコシダーゼ、ハロペルオキシダーゼ、インベルターゼ、ラッカーゼ、リパーゼ、マンノシダーゼ、オキシダーゼ、ペクチン分解酵素、ペプチドグルタミナーゼ、ペルオキシダーゼ、フィターゼ、ポリフェノールオキシダーゼ、タンパク質分解酵素、リボヌクレアーゼ、トランスグルタミナーゼ、キシラナーゼ、またはリアーゼをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、酵素は、セルラーゼＡとも呼ばれる酵素のグリコシルヒドロキシラーゼ５ファミリーなどのセルラーゼのグリコシルヒドロキシラーゼファミリーといったセルラーゼ、ポリグルコサミン（ＰＧＡ）デポリメラーゼ、および１，４－Ｌ－フコダイズ（ｆｕｃｏｄｉｓｅ）ヒドロラーゼ、コラン酸、脱重合アルギナーゼ、ＤＮａｓｅ Ｉ、またはそれらの組合せなどのコロン酸デポリメラーゼからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、本明細書中に開示される酵素を分泌する。

【0171】

いくつかの実施形態では、抗微生物薬またはペプチドは、本明細書中に開示されるバクテリオファージにより発現および／または分泌される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、アンピシリン、ペニシリン、ペニシリン誘導体、セファロスポリン、モノバクタム、カルバペネム、オフロキサシン、シプロフロキサシン、レボフロキサシン、ガチフロキサシン、ノルフロキサシン、ロメフロキサシン、トロバフロキサシン、モキシフロキサシン、スパルフロキサシン、ゲミフロキサシン、パズフロキサシン、または本明細書中に開示されるあらゆる抗生物質などの抗生物質を分泌し、かつ発現する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、抗菌ペプチドをコードする核酸配列を含むか、抗菌ペプチドを発現するか、または大腸菌の死滅を補助もしくは増強するペプチドを分泌する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、ペプチドをコードする核酸配列、抗菌ペプチドをコードする核酸配列を含むか、抗菌ペプチドを発現するか、または第１および／もしくは第２のＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性を補助もしくは増強するペプチドを分泌する。

【0172】

使用方法
特定の実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージのうちいずれかを大腸菌に導入する工程を含む、大腸菌を死滅させる方法が本明細書に開示される。

【0173】

特定の実施形態では、必須遺伝子中に標的ヌクレオチド配列を含む第１の細菌種と、必須遺伝子中に標的ヌクレオチド配列を含まない第２の細菌種とを有する細菌細胞の混合集団を修飾する方法であって、本明細書中に開示されるバクテリオファージのうちいずれかを、細菌細胞の混合集団に導入する工程を含む方法が本明細書にさらに開示される。

【0174】

また特定の実施形態では、疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、本明細書中に開示されるバクテリオファージのうちいずれかを個体に投与する工程を含む方法が本明細書に開示される。

【0175】

いくつかの実施形態では、大腸菌は、バクテリオファージの溶菌活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性だけで死滅させられる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、細菌の標的遺伝子中の標的ヌクレオチド配列においてＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓに基づくエンドヌクレアーゼの活性および／または切断を対象とすることが可能な処理済みのｃｒＲＮＡを産生するために、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系によるＣＲＩＳＰＲアレイの処理によって死滅させられる。

【0176】

いくつかの実施形態では、大腸菌は、バクテリオファージの溶菌活性とＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性との組合せにより死滅させられる。いくつかの実施形態では、大腸菌は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性により死滅させられる。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性およびバクテリオファージの溶菌活性は、相加的である。

【0177】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性およびＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、相乗的である。いくつかの実施形態では、相乗的な活性は、バクテリオファージの溶菌活性とＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系との相加的な組合せよりも高レベルでファージの死滅をもたらす活性として定められる。いくつかの実施形態では、バクテリオファージの溶菌活性は、バクテリオファージの濃度により調節される。いくつかの実施形態では、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性は、バクテリオファージの濃度により調節される。

【0178】

いくつかの実施形態では、細菌の相乗的な死滅は、細菌に投与されるバクテリオファージの濃度を上昇させることにより、第１のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性よりも、バクテリオファージの溶菌活性による死滅を支持するように調節される。いくつかの実施形態では、細菌の相乗的な死滅は、細菌に投与されるバクテリオファージの濃度を低下させることにより、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性よりも、バクテリオファージの溶菌活性による死滅を支持しないように調節される。いくつかの実施形態では、溶菌性の複製は、低濃度で標的細菌の増幅および死滅を可能にする。いくつかの実施形態では、ファージの増幅は、高濃度では必要とされない。いくつかの実施形態では、細菌の相乗的な死滅は、ＣＲＩＳＰＲアレイの致死性を増加させるようにスペーサーの数、長さ、組成、同一性、またはそれらの組合せを改質することにより、バクテリオファージの溶菌活性よりも、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性による死滅を支持するように調節される。いくつかの実施形態では、細菌の相乗的な死滅は、ＣＲＩＳＰＲアレイの致死性を低下させるようにスペーサーの数、長さ、組成、同一性、またはそれらの組合せを改質することにより、バクテリオファージの溶菌活性よりも、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系の活性による死滅を支持しないように調節される。

【0179】

投与経路および投与量
本明細書中に開示される組成物の用量と投与期間は、対象の年齢、対象の体重、およびファージの忍容性を含む種々の因子に左右されることとなる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、患者に動脈内、静脈内、尿道内、筋肉内、経口、皮下、吸入、またはそれらのあらゆる組合せで投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、経口投与により患者に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、局所、皮膚、経皮、口腔粘膜、植込み、舌下、頬側、直腸、経膣、経眼、経耳、または経鼻での投与により患者に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、前述の投与経路のあらゆる組合せにより患者に投与される。

【0180】

いくつかの実施形態では、１０^３～１０^２０ＰＦＵの間のファージの用量が投与される。いくつかの実施形態では、１０^３～１０^１０ＰＦＵの間のファージの用量が投与される。いくつかの実施形態では、１０^６～１０^２０ＰＦＵの間のファージの用量が投与される。いくつかの実施形態では、１０^６～１０^１０ＰＦＵの間のファージの用量が投与される。例えば、いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、１０^３～１０^１１ＰＦＵの間の量で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、約１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０、１０^１１、１０^１２、１０^１３、１０^１４、１０^１５、１０^１６、１０^１７、１０^１８、１０^１９、１０^２０、１０^２１、１０^２２、１０^２３、１０^２４ＰＦＵ以上の量で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、１０１ＰＦＵ未満の量で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、１０１～１０^８、１０^４～１０^９、１０^５～１０^１０、または１０^７～１０^１１ＰＦＵの間の量で組成物中に存在する。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージを含む組成物が対象に投与され、各バクテリオファージは、約１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６、１０１７、１０１８、１０１９、１０２０、１０２１、１０２２、１０２３、１０２４ＰＦＵ以上の量で投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージを含む組成物が対象に投与され、各バクテリオファージは、１０１ＰＦＵ未満の量で投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上のバクテリオファージを含む組成物が対象に投与され、各バクテリオファージは、１０１～１０８、１０４～１０９、１０５～１０１０、または１０７～１０１１ＰＦＵの間の量で投与される。

【0181】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたは混合物は、投与を必要とする対象に、１日に１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４回投与される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたは混合物は、投与を必要とする対象に、１週間に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１回投与される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたは混合物は、投与を必要とする対象に、１か月に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、または９０回投与される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージまたは混合物は、投与を必要とする対象に、２、４、６、８、１０、１２、１４、１８、２０、２２、または２４時間ごとに投与される。

【0182】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される組成物（バクテリオファージ）は、疾患または疾病の発生の前、最中、または後に投与される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージを含有する組成物を投与するタイミングは、様々である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、予防薬として使用され、かつ、疾患または疾病の発生を防止するために疾患または疾病に罹りやすい対象に継続して投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、症状の発症中、または発症後可能な限り早急に対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物の投与は、症状発症の最初の４８時間以内に、症状発症の最初の２４時間以内に、症状発症の最初の６時間以内に、または症状発症の３時間以内に開始される。いくつかの実施形態では、組成物の初回投与は、本明細書中に開示されるあらゆる製剤を用いた本明細書中に記載のあらゆる経路など、あらゆる実用的な経路を介して行われる。いくつかの実施形態では、組成物は、疾患または疾病の発症が検出されるか疑われた後に実用可能となると早急に、あるいは、例えば約１か月～約３か月など疾患の処置に必要な期間にわたり、投与される。いくつかの実施形態では、処置の長さは、対象ごとに変動することになる。

【0183】

細菌感染症
特定の実施形態では、細菌感染症を処置する方法が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、ヒトまたは動物の対象における、本明細書に記載される細菌により媒介されるか引き起こされる疾患もしくは疾病を処置または予防する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、ヒトまたは動物の対象における、本明細書に記載される細菌により引き起こされるか悪化させられる疾患もしくは疾病を処置または予防する。そのような細菌は、通常、腸、口腔、肺、脇腹、眼、膣、肛門、耳、鼻、または喉の組織を含む対象の組織と接触している。いくつかの実施形態では、細菌感染症は、細菌の活性を調節すること、および／または細菌を直接死滅させることにより処置される。

【0184】

いくつかの実施形態では、細菌はエシェリキア属種である。いくつかの実施形態では、細菌は大腸菌である。

【0185】

いくつかの実施形態では、細菌集団に存在する１つ以上のエシェリキア属種は、病原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、尿路病原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、尿路病原性大腸菌（ＵＰＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、下痢原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、下痢原性大腸菌（ＤＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性大腸菌（ＳＴＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性大腸菌（ＳＴＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性大腸菌（ＳＴＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、様々なＯ抗原：Ｈ抗原血清型大腸菌である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、腸管病原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）である。

【0186】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、対象の胃腸管における感染症、疾患、または疾病を処置するために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内の複数の細菌のうち１つ以上の標的細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内の複数の細菌のうち１つ以上の標的腸管病原性細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、標的腸管病原性細菌は、腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内の複数の細菌のうち１つ以上の標的下痢原性細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、標的下痢原性細菌は、下痢原性大腸菌（ＤＥＣ）である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内の複数の細菌のうち１つ以上の標的志賀毒素産生性細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、標的志賀毒素産生性細菌は、志賀毒素産生性大腸菌（ＳＴＥＣ）である。

【0187】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、対象の尿路における感染症、疾患、または疾病を処置するために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の尿路フローラ内の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。尿路フローラには、表皮ブドウ球菌、エンテロコッカス・フェーカリス、およびいくつかのアルファ溶血性連鎖球菌が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の尿路フローラ内の複数の細菌のうち１つ以上の標的尿路病原性細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、標的細菌は、尿路病原性大腸菌（ＵＰＥＣ）である。

【0188】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、対象の皮膚上の感染症、疾患、または疾病を処置するために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の皮膚上の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。

【0189】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、対象の粘膜上の感染症、疾患、または疾病を処置するために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の粘膜上の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。

【0190】

いくつかの実施形態では、病原性細菌は、抗生物質耐性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）産生性である。一実施形態では、病原性細菌は、カルバペネム耐性大腸菌である。

【0191】

いくつかの実施形態では、細菌集団に存在する１つ以上の標的細菌は、バイオフィルムを形成する。いくつかの実施形態では、バイオフィルムは、病原性細菌を含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、バイオフィルムを処理するために使用される。

【0192】

いくつかの実施形態では、細菌はエシェリキア属種を含む。いくつかの実施形態では、細菌は大腸菌である。

【0193】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ざ瘡、および他の関連する皮膚感染症を処置する。

【0194】

いくつかの実施形態では、エシェリキア属種は、多剤耐性（ＭＤＲ）細菌株である。ＭＤＲ株は、少なくとも１つの抗生物質に耐性を示す細菌株である。いくつかの実施形態では、細菌株は、セファロスポリン、フルオロキノロン、カルバペネム、コリスチン、アミノグリコシド、バンコマイシン、ストレプトマイシン、およびメチシリンなどの抗生物質クラスに耐性を示す。いくつかの実施形態では、細菌株は大腸菌である。

【0195】

いくつかの実施形態では、細菌は大腸菌である。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される方法と組成物は、獣医学および医療用途のほか、研究用途にも使用される。

【0196】

マイクロバイオーム
「マイクロバイオーム」、「微生物相」、および「微生物生息環境」は、以下で互換的に使用されるとともに、対象の体表面、体腔、および流体の上、または中に生息する微生物の共同体を指す。マイクロバイオームの生息環境の非限定的な例には、腸、結腸、皮膚、皮膚表面、皮膚の孔、鞘状腔、臍部、結膜領域、腸領域、胃、鼻腔（ｎａｓａｌ ｃａｖｉｔｉｅｓ ａｎｄ ｐａｓｓａｇｅｓ）、胃腸管、尿路、唾液、粘液、および糞便が挙げられる。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームは、細菌、古細菌、原生生物、真菌、およびウイルスを含むがこれらに限定されない微生物材料を含む。いくつかの実施形態では、微生物材料は、グラム陰性細菌を含む。いくつかの実施形態では、微生物材料は、グラム陽性細菌を含む。いくつかの実施形態では、微生物材料は、プロテオバクテリア、アクチノバクテリア、バクテロイデス、またはファーミキューテスを含む。

【0197】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、対象のマイクロバイオーム内の標的細菌を調節または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、溶菌活性、またはそれらの組合せによりマイクロバイオーム内の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオーム内の標的細菌を調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象のマイクロバイオーム内の複数の細菌のうち１つ以上の標的細菌を選択的に調節かつ／または死滅させるために使用される。いくつかの実施形態では、標的細菌は大腸菌である。いくつかの実施形態では、大腸菌は、多剤耐性（ＭＤＲ）菌株である。いくつかの実施形態では、大腸菌は、基質特異性拡張型βラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）菌株である。いくつかの実施形態では、大腸菌は、カルバペネム耐性菌株である。いくつかの実施形態では、大腸菌は、非多剤耐性（非ＭＤＲ）菌株である。いくつかの実施形態では、大腸菌は、非カルバペネム耐性菌株である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、尿路病原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、尿路病原性大腸菌（ＵＰＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、下痢原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、下痢原性大腸菌（ＤＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、志賀毒素産生性大腸菌（ＳＴＥＣ）である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、様々なＯ抗原：Ｈ抗原血清型大腸菌である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、腸管病原性である。いくつかの実施形態では、病原性細菌は、腸管病原性大腸菌（ＥＰＥＣ）である。

【0198】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の胃腸管のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内に、標的の単一の細菌または複数の細菌を調節または死滅させるために使用される。マイクロバイオームまたは腸内フローラの修飾（例えば、ディスバイオシス）は、糖尿病、精神障害、潰瘍性大腸炎、大腸癌、自己免疫異常、肥満症、糖尿病、中枢神経系の疾患、および炎症性腸疾患などの健康状態のリスクを上昇させる。胃腸管の疾患と疾病に関連する例示的な細菌は、大腸菌の菌株、亜株、およびエンテロタイプを含むバクテリオファージにより調節または死滅させられる。

【0199】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、対象の胃腸管のマイクロバイオームまたは腸内フローラ内に、標的の単一の細菌または複数の細菌を調節または死滅させるために使用される。マイクロバイオームまたは腸内フローラの修飾（例えば、ディスバイオシス）は、糖尿病、精神障害、潰瘍性大腸炎、大腸癌、自己免疫異常、肥満症、糖尿病、中枢神経系の疾患、および炎症性腸疾患などの健康状態のリスクを上昇させる。胃腸管の疾患と疾病に関連する例示的な細菌のリストは、腸内細菌科、パスツレラ科（ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリウム科（ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ナイセリア科（ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ベイヨネラ科（ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ゲメラ科（ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、バクテロイデス目（ｂａｃｔｅｒｉｏｄａｌｅｓ）、クロストリジウム目（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、エリシペロトリクス科（ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ビフィドバクテリウム科バクテロイデス（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、フィーカリバクテリウム属（ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ロゼブリア属（ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、ブラウティア属（ｂｌａｕｔｉａ）、ルミノコッカス属（ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、コプロコッカス属（ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌、ドレア属（ｄｏｒｅａ）、ブラウティア属（ｂｌａｕｔｉａ）、ルミノコッカス属、ラクトバチルス属（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エンテロコッカス属（ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、連鎖球菌、大腸菌、フソバクテリウム・ヌクレアタム（ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、ヘモフィルス・パラインフルエンザ（ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）（パスツレラ科）、ベイロネラ・パルブラ（ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ）、エイケネラ・コローデンス（ｅｉｋｅｎｅｌｌａ ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）（ナイセリア科）、ゲメラ・モルビロルム（ｇｅｍｅｌｌａ ｍｏｒｉｂｉｌｌｕｍ）、バクテロイデス・ブルガータス（ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ）、バクテロイデス・カッカエ（ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｅｎｔｕｍ）、ブラウティア。ハンセニイ（ｂｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ルミノコッカス・グナバス（ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｎｅｘｉｌｅ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツイ（ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、ルミノコッカス・トルキース（ｒｕｍｉｎｏｃｃｕｓ ｔｏｒｑｕｅｓ）、クロストリジウム・ボルテアエ（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ）、ユーバクテリウム・レクタレ（ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ）、ロゼブリア・インテスチナリス（ｒｏｓｅｂｕｒｉａ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、コプロコッカス・コメス（ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ）、アクチノミセス属（ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、ラクトコッカス属（ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ロゼブリア属、連鎖球菌、ブラウティア属、ジアリスタ属（ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、デスルフォビブリオ属（ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ）、エシェリキア属、ラクトバチルス属、コプロコッカス属、クロストリジウム属（ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、クレブシエラ属（ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、グラヌリカテラ属（ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ）、ユーバクテリウム属（ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アナエロスティペス属（ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、パラバクテロイデス属（ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、コプロバチルス属（ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ゴルドニバクター属（ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ）、コリンセラ属（ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、バクテロイデス属（ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、フィーカリバクテリウム属、アナエロツルンカス属（ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、アリスティペス属（ａｌｉｓｔｉｐｅｓ）、ヘモフィルス属（ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、アナエロコッカス属（ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイロネラ属（ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、プレボテラ属（ａｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アッカーマンシア属（ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）、ビロフィラ属（ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、サテレラ属（ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、エガセラ属（ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）、ホルデマニア属（ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）、ゲメラ属（ｇｅｍｅｌｌａ）、ペプトニフィラス属（ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、ロシア属（ｒｏｔｈｉａ）、エンテロコッカス属、ペディオコッカス属（ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター属（ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、オドリバクター属（ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、腸内細菌、フソバクテリウム属（ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびプロテウス属（ｐｒｏｔｅｕｓ）の菌株、亜株、およびエンテロタイプを含むバクテリオファージにより調節または死滅させられる。

【0200】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、健康なマイクロバイオームを増進させるために対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、健康を増進させるマイクロバイオーム組成物に対し対象のマイクロバイオームを回復させるために、対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージを含む組成物は、プレバイオティクスまたは第３の薬剤を含む。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームに関連する疾患または障害は、本明細書中に開示されるバクテリオファージにより処置される。

【0201】

環境療法
いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、食品および農業衛生（肉、果物、および野菜の衛生を含む）、院内衛生、家庭衛生、ビヒクルおよび装置の衛生、産業衛生などのためにさらに使用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、抗生物質耐性、または、細菌がヒトまたは動物に感染する、医療、獣医学、畜産、もしくはあらゆる追加の環境細菌からの他の望ましくない病原体の除去のために使用される。

【0202】

医療機関におけるファージの環境用途は、殺菌が困難または不可能である病原体による院内感染源となり得る、内視鏡などの装置、およびＩＣＵなどの環境向けである。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるファージは、よく用いられる消毒薬に耐性を示すようになる細菌属が生息する装置または環境を処理するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるファージ組成物は、無生物を殺菌するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される環境は、ファージ力価を有する水溶液とともに噴霧されるか、塗布されるか、または注がれる。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の溶液は、１０^１～１０^２０の間のプラーク形成単位（ＰＦＵ）／ｍｌを含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、バクテリオファージの環境への分布を促進させるために、乾燥分散剤を含む薬剤をエアロゾルとすることにより、適用される。いくつかの実施形態では、物体は、本明細書中に開示されるバクテリオファージを含有する溶液に浸される。

【0203】

衛生
いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、様々な分野で衛生薬剤として使用される。「ファージ」または「バクテリオファージ」という用語が使用されてもよいが、適切な場合、この用語は、単一のバクテリオファージ、複数のバクテリオファージ、例えば、バクテリオファージ混合物や、バクテリオファージと消毒薬、洗浄剤、界面活性剤、水などとの混合物を含むと広く解釈されるべきである。

【0204】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、手術室、病室、待合室、研究室、または他の様々な病院用器具を含む院内施設を清潔にするために使用される。いくつかの実施形態では、この装置には、心電計、人工呼吸器、心血管補助デバイス、動脈内バルーンポンプ、輸液用デバイス、他の患者介護デバイス、テレビ、モニタ、リモコン、電話、ベッドなどが挙げられる。場合により、バクテリオファージは、エアロゾルキャニスターを介して適用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、輸送ビヒクルで物体上のファージを拭うことにより適用される。

【0205】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、患者介護デバイスと合わせて使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、患者間の内外面を清潔にするために、従来のベンチレーターまたは呼吸療法デバイスと合わせて使用される。ベンチレーターの例には、手術中の通気を支援するデバイス、無能力状態患者の換気を支援するデバイス、および類似の装置が挙げられる。いくつかの実施形態では、既存の治療には、自動もしくは電動デバイス、または、救急処置室や救急車によく見られるものなどの手動バッグ型デバイスが挙げられる。いくつかの実施形態では、呼吸療法には、慢性閉塞性肺疾患または喘息に対しよく使用される気管支拡張剤などの薬剤を導入する吸入器、または持続気道陽圧デバイスなどの気道開通を維持するデバイスが挙げられる。

【0206】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、表面を消毒し、かつ、脳膜炎や腸管感染症などの高度に伝染性の細菌性疾患が存在する領域に集まる人々（ｃｏｌｏｎｉｚｅｄ ｐｅｏｐｌｅ）を処置するために使用される。

【0207】

いくつかの実施形態では、水道が、本明細書中に開示される組成物により処理される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、汚染水や、水槽、井戸、貯水庫、汚水槽、水道管、水路、および同様の水分配デバイス中に見られる水を処理するために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、水、油、冷却液、および他の液体が収集プールに溜まる産業用貯蔵タンクに適用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、細菌増殖を低下させるために産業用貯蔵タンクに定期的に導入される。

【0208】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、家、アパート、コンドミニアム、寄宿寮、またはあらゆる生活領域などの生活領域を衛生的にするために使用される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、劇場、コンサートホール、博物館、列車駅、空港、ペット用ベッドなどのペット領域、または汚物入れなどの公共区域を衛生的にするために使用される。この性能において、バクテリオファージは、ポンプスプレー、エアロゾル容器、噴出ボトル、ウェットタオル（ｐｒｅ－ｍｏｉｓｔｅｎｅｄ ｔｏｗｅｌｅｔｔｅｓ）を含む従来のデバイスから分配されて、衛生的にされる区域に直接適用（例えば、その上に噴霧）されるか、またはタオルやスポンジなどの運搬媒体を介して区域に運ばれる。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるファージは、キッチン、寝室、トイレ、ガレージ、地下室などを含む、家の様々な部屋に適用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるファージは、従来のクリーナーと同様の形にある。いくつかの実施形態では、ファージは、従来のクリーナーが適切なバクテリオファージの生物活性を保存するように製剤化されることを前提に、従来のクリーナーと合わせて（その前に、その後に、またはそれと同時に）適用される。

【0209】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、紙製品の処理中または処理の完了後のいずれかで、紙製品の構成成分に添加される。本明細書中に開示されるバクテリオファージが添加される紙製品には、ペーパータオル、トイレットペーパー、ウェットティッシュ（ｍｏｉｓｔ ｐａｐｅｒ ｗｉｐｅｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0210】

食品安全性
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、汚染予防のためにあらゆる食品製品または栄養補助食品に使用される。食品または医薬品の例は、牛乳、ヨーグルト、凝乳、チーズ、発酵乳、牛乳を用いた発酵製品、アイスクリーム、発酵穀物を用いた製品、牛乳を用いた粉末、乳児用調製乳もしくはタブレット、液体懸濁液、乾燥経口栄養補助食品、湿式経口栄養補助食品、または乾燥経管栄養食品である。

【0211】

バクテリオファージ衛生の広範な概念は、他の農業用途および生物に適用可能である。果物および植物、乳製品、ならびに他の農産物を含む製品が挙げられる。例えば、フレッシュカット食品は、病原性細菌で汚染された加工工場に到達することが多い。これにより、農産物に起因する食品由来疾病の発生が生じている。いくつかの実施形態では、農産物へのバクテリオファージ調製物の適用により、食品由来疾病に関連する細菌種に対する特性を有する単一のファージまたはファージ混合物の適用を介して、食品由来疾病の可能性が大幅に低下または排除される。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、種々の生産および処理の段階で適用されることで、その時点で細菌汚染を減少させるか、またはその後の時点での汚染を防ぐ。

【0212】

いくつかの実施形態では、特異的なバクテリオファージが、レストラン、食料雑貨店、農産物流通センターの農産物に適用される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、サラダバーの果物および野菜の内容物に定期的または継続的に適用される。いくつかの実施形態では、サラダバーに対する、または食品の外部を衛生的にするためのバクテリオファージの適用は、ミスト化もしくはスプレーのプロセス、または洗浄プロセスである。

【0213】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、肉、農産物、カットフルーツおよび野菜、ならびに他の食料品を含有する包装を伴うマトリックスまたは支持媒体に使用される。いくつかの実施形態では、包装に適したポリマーは、バクテリオファージ調製物を染み込ませられる。

【0214】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、農家および畜産飼料に使用される。いくつかの実施形態では、家畜を飼育する飼育場で、家畜は、バクテリオファージを飲料水、食品、またはその両方に入れて提供される。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載のバクテリオファージは、死骸へと噴霧され、かつ畜殺区域を殺菌するために使用される。

【0215】

農産物に対する生物防除剤としての特定のバクテリオファージの使用は、多くの利点をもたらす。例えば、バクテリオファージは、よく用いられる化学消毒剤が行うように天然のマイクロフローラの生態的均衡を妨害しないが標的とされた食品由来病原体を特異的に溶菌する、天然の非毒性生成物である。バクテリオファージは、化学消毒剤とは異なりそれらの宿主菌とともに発達する天然生成物であるので、活性薬剤である新たなファージが近年では出現し、必要時に耐性菌が速やかに特定されている一方で、新たな有効な消毒剤の特定は、さらに長期のプロセスであり、数年を要する。

【0216】

医薬組成物
特定の実施形態では、（ａ）本明細書中に開示される核酸配列と、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が本明細書に開示される。また、特定の実施形態では、（ａ）本明細書中に開示されるバクテリオファージと、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物が本明細書に開示される。特定の実施形態では、（ａ）本明細書中に開示される組成物と、（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物がさらに本明細書に開示される。

【0217】

いくつかの実施形態では、本開示は、細菌や古細菌の感染症を処置、または区域を殺菌するための医薬組成物、およびそれを投与する方法を提供する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容可能な担体中に上記で論じられた試薬のいずれかを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される医薬組成物または方法は、尿路感染症（ＵＴＩ）および／もしくは炎症性疾患（例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ））を処置する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される医薬組成物または方法は、クローン病を処置する。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される医薬組成物または方法は、潰瘍性大腸炎を処置する。

【0218】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される組成物は、薬剤、医薬品、担体、アジュバント、分散剤、希釈剤などを含む。

【0219】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、適切な方法に従って医薬品担体に入れて投与するために製剤化される。いくつかの実施形態では、本開示による医薬組成物の製造で、バクテリオファージは、とりわけ許容可能な担体と混合される。いくつかの実施形態では、この担体は、固体（粉体を含む）もしくは液体、またはその両方であり、好ましくは単位投与組成物として製剤化される。いくつかの実施形態では、１つ以上のバクテリオファージが、本明細書中に開示される組成物に組み込まれて、あらゆる適切な薬局方法により調製される。

【0220】

いくつかの実施形態では、対象のｉｎ ｖｉｖｏを処置する方法は、本明細書中に開示されるバクテリオファージを薬学的に許容可能な単体に入れて含む医薬組成物を対象に投与する工程を含み、医薬組成物は治療有効量で投与される。いくつかの実施形態では、投与を必要とするヒト対象または動物へのバクテリオファージの投与は、当該技術分野で公知のあらゆる手段により行われる。

【0221】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、経口投与用である。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、カプセル、錠剤、および粉末などの固形投与形態、またはエリキシル、シロップ、および懸濁液などの液体投与形態で投与される。いくつかの実施形態では、頬側（舌下）投与に適した組成物および方法は、風味をつけた基剤、通常はスクロースおよびアカシアまたはトラガカント中にバクテリオファージを含むロゼンジ、ならびに、ゼラチンおよびグリセリン、またはスクロースおよびアカシアなどの不活性基剤中にバクテリオファージを含む香錠とを含む。

【0222】

いくつかの実施形態では、本開示の方法および組成物は、バクテリオファージの注射用滅菌水溶液および非水溶液を含む非経口投与に適している。いくつかの実施形態では、これらの調製物は、意図したレシピエントの血液に対し等張である。いくつかの実施形態では、これらの調製物は、組成物を意図したレシピエントの血液と等張にする抗酸化剤、緩衝液、静菌剤（ｂａｃｔｅｒｉｏｓｔａｌｓ）、および溶質を含む。いくつかの実施形態では、水性および非水性の滅菌懸濁液は、懸濁化剤および増粘剤を含む。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される組成物は、単回投与用また複数回投与用の容器、例えば密封したアンプルやバイアルに入れて提供されるとともに、使用の直前に、滅菌液体担体、例えば注射用の生理食塩水または水の添加のみを必要とする冷凍乾燥（凍結乾燥）条件で保存される。

【0223】

いくつかの実施形態では、直腸投与に適した方法および組成物は、単位投与坐薬として提供される。いくつかの実施形態では、これらは、バクテリオファージを１つ以上の従来の固形担体、例えばカカオバターと混合し、次いで得られた混合物を成形することにより調製される。いくつかの実施形態では、皮膚への局所塗布に適した方法および組成物は、軟膏、クリーム、ローション剤、ペースト、ゲル、スプレー、エアロゾル、またはオイルの形態にある。いくつかの実施形態では、使用される担体には、ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール類、アルコール類、経皮浸透促進剤、およびそれら２つ以上の組合せが挙げられる。

【0224】

いくつかの実施形態では、経皮投与に適した方法および組成物は、長期間にわたりレシピエントの表皮との密接に接触して留まるように適合させた別個の貼付剤として提供される。

【0225】

いくつかの実施形態では、経鼻投与またはその他の手段で対象の肺に投与するのに適した方法および組成物は、あらゆる好適な手段を含み、例えば、バクテリオファージ組成物を含む吸入可能粒子のエアロゾル懸濁液により投与されることで、対象が吸入を行う。いくつかの実施形態では、吸入可能粒子は、液体または固体である。本明細書中で使用されるとき、「エアロゾル」は、あらゆる気体由来の懸濁相を含むので、細気管支または鼻腔への吸入が可能である。いくつかの実施形態では、液体粒子のエアロゾルは、圧力式エアロゾルネブライザまたは超音波ネブライザなどを用いるいずれかの適切な手段により産生される。いくつかの実施形態では、組成物を含む個体粒子のエアロゾルは、医薬品分野で公知の技法によりいずれかの固体粒子薬剤エアロゾル発生器を用いて産生される。

【0226】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージを物体または対象の表面に投与するのに適した方法および組成物は、水溶液を含む。いくつかの実施形態では、このような水溶液は、物体または対象の表面に噴霧される。いくつかの実施形態では、水溶液は、対象の物理的創傷に注がれて、それを細菌を含む異物から洗浄するために使用される。

【0227】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるバクテリオファージは、治療有効量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される少なくとも１つのバクテリオファージ組成物は、医薬製剤として製剤化される。いくつかの実施形態では、医薬製剤は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、またはそれより多くの本明細書中に開示されるバクテリオファージを含む。いくつかの例では、医薬製剤は、本明細書中に記載のバクテリオファージ、および賦形剤、希釈剤、または担体のうち少なくとも１つを含む。

【0228】

いくつかの実施形態では、医薬製剤は賦形剤を含む。賦形剤は、「ｔｈｅ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ， Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ （１９８６）」に記載されており、溶媒、分散媒、希釈剤、または他の液体ビヒクル、分散または懸濁液補助物質、界面活性剤、等張剤、増粘安定剤または乳化剤、防腐剤、固形結合剤、および潤滑剤が挙げられるが、これらに限定されない。

【0229】

適切な賦形剤の非限定的な例には、緩衝化剤、防腐剤、安定剤、結合剤、圧縮剤、潤滑剤、キレート化剤、分散促進剤、崩壊剤、香料、甘味料、着色料が挙げられるが、これらに限定されない。

【0230】

いくつかの実施形態では、賦形剤は緩衝化剤である。適切な緩衝化剤の非限定的な例には、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム、炭酸カルシウム、および炭酸水素カルシウムが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、医薬製剤は、重炭酸ナトリウム、重炭酸カリウム、水酸化マグネシウム、乳酸マグネシウム、グルコン酸マグネシウム（ｍａｇｎｅｓｉｕｍ ｇｌｕｃｏｍａｔｅ）、水酸化アルミニウム、クエン酸ナトリウム、酒石酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、ポリリン酸ナトリウム、ポリリン酸カリウム、ピロリン酸ナトリウム、ピロリン酸カリウム、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素二カリウム、リン酸三ナトリウム、リン酸三カリウム、メタリン酸カリウム、酸化マグネシウム、水酸化マグネシウム、炭酸マグネシウム、ケイ酸マグネシウム、酢酸カルシウム、グリセロリン酸カルシウム、塩化カリウム、水酸化カルシウム、および他のカルシウム塩のうち列挙したいずれか１つ以上の緩衝化剤を含む。

【0231】

いくつかの実施形態では、賦形剤は防腐剤である。適切な防腐剤の非限定的な例には、αトコフェロールおよびアスコルベート、ならびにパラベン、クロロブタノール、およびフェノールなどの抗菌剤が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、抗酸化剤には、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、クエン酸、アスコルビン酸、ブチルヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、ブチルヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、亜硫酸ナトリウム、ｐ－アミノ安息香酸、グルタチオン、没食子酸プロピル、システイン、メチオニン、エタノール、およびＮ－アセチルシステインが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、防腐剤には、バリダマイシンＡ、ＴＬ－３、オルトバナジン酸ナトリウム、フッ化ナトリウム、Ｎ－ａ－トシル－Ｐｈｅ－クロロメチルケトン、Ｎ－ａ－トシル－Ｌｙｓ－クロロメチルケトン、アプロチニン、フッ化フェニルメチルスルホニル、ジイソプロピルフルオロホスフェート、プロテアーゼ阻害剤、還元剤、アルキル化剤、抗微生物薬、オキシダーゼ阻害剤、または他の阻害剤が挙げられる。

【0232】

いくつかの実施形態では、医薬製剤は賦形剤として結合剤を含む。適切な結合剤の非限定的な例には、デンプン、α化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ_１２－Ｃ_１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、サッカライド、オリゴサッカライド、およびそれらの組合せが挙げられる。

【0233】

いくつかの実施形態では、医薬製剤に使用される結合剤は、ジャガイモデンプン、トウモロコシデンプン、コムギデンプンなどのデンプン、スクロース、グルコース、デキストロース、ラクトース、およびマルトデキストリンなどの糖類、天然および合成のガム、ゼラチン、微結晶性セルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロースなどのセルロース誘導体、ポリビニルピロリドン（ポビドン）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ワックス、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、ソルビトール、キシリトール、マンニトールなどのアルコール類、ならびに水、またはそれらの組合せから選択される。

【0234】

いくつかの実施形態では、医薬製剤は、賦形剤として潤滑剤を含む。適切な潤滑剤の非限定的な例には、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、水添植物油、ｓｔｅｒｏｔｅｘ、ポリオキシエチレンモノステアレート、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、および軽ミネラルオイルが挙げられる。いくつかの実施形態では、医薬製剤中の潤滑剤は、ステアリン酸金属塩（ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸アルミニウムなど）、脂肪酸エステル（フマル酸ステアリルナトリウムなど）、脂肪酸（ステアリン酸など）、脂肪族アルコール類、ベヘン酸グリセリル、ミネラルオイル、パラフィン、水添植物油、ロイシン、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ラウリル硫酸金属塩（ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウムなど）、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、およびタルク、またはそれらの組合せから選択される。

【0235】

いくつかの実施形態では、賦形剤は香料を含む。いくつかの実施形態では、香料には、天然油、植物、葉、花、および果物からの抽出物、ならびにこれらの組合せが挙げられる。

【0236】

いくつかの実施形態では、賦形剤は甘味料を含む。適切な甘味料の非限定的な例には、（担体として使用されないとき）グルコース（コーンシロップ）、デキストロース、転化糖、フルクトース、およびそれらの混合物、サッカリンおよびその種々の塩、例えばナトリウム塩、アスパルテームなどのジペプチド甘味料、ジヒドロカルコン化合物、グリチルリチン、Ｓｔｅｖｉａ Ｒｅｂａｕｄｉａｎａ（ステビオシド）、スクラロースなどのスクロースのクロロ誘導体、ならびにソルビトール、マンニトール、キシリトールなどの糖アルコール類が挙げられる。

【0237】

いくつかの例では、医薬製剤は着色料を含む。適切な着色料の非限定的な例には、食物・薬物・化粧品着色料（ＦＤ＆Ｃ）、薬物・化粧品着色料（Ｄ＆Ｃ）、および外用薬・化粧品着色料（Ｅｘｔ．Ｄ＆Ｃ）が挙げられる。

【0238】

いくつかの実施形態では、本明細書中に開示される医薬製剤は、キレート化剤を含む。いくつかの実施形態では、キレート化剤には、エチレンジアミン－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－４酢酸（ＥＤＴＡ）、ＥＤＴＡの二ナトリウム、三ナトリウム、四ナトリウム、二カリウム、三カリウム、二リチウム、および二アンモニウム塩、ＥＤＴＡのバリウム、カルシウム、コバルト、銅、ジスプロシウム、ユウロピウム、鉄、インジウム、ランタン、マグネシウム、マンガン、ニッケル、サマリウム、ストロンチウム、または亜鉛キレートが挙げられる。

【0239】

いくつかの例では、医薬製剤は希釈剤を含む。希釈剤の非限定的な例には、水、グリセロール、メタノール、エタノール、および他の同様の生体適合性希釈剤が挙げられる。いくつかの実施形態では、希釈剤は、酢酸、クエン酸、マレイン酸、塩酸、リン酸、硝酸、硫酸、または同様のものなどの水性の酸である。

【0240】

いくつかの実施形態では、医薬製剤は界面活性剤を含む。いくつかの実施形態では、界面活性剤は、限定されないが、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル（ポリソルベート）、ラウリル硫酸ナトリウム、ステアリルフマル酸ナトリウム、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ドクセートナトリウム、第四級アンモニウム化合物、Ｌ－ロイシンなどのアミノ酸、脂肪酸の糖エステル、脂肪酸のグリセリド、またはそれらの組合せから選択される。

【0241】

いくつかの例では、医薬製剤は、追加の薬剤を含む。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、抗生物質剤である。いくつかの実施形態では、抗生物質剤は、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン（第１、第２、第３、第４、および第５世代のセファロスポリンを含む）、リンコサミド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、キノロン、ペニシリン、スルホンアミド、ポリペプチド、またはテトラサイクリンからなる群のものである。

【0242】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、またはパロモマイシンなどのアミノグリコシドである。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、ゲルダナマイシンまたはハービマイシンなどのアンサマイシンである。

【0243】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、ロラカルベフなどのカルバセフェムである。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／クリアスタチン、またはメロペネムなどのカルバペネムである。

【0244】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、セファドロキシル、セファゾリン、セファレキシン、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）もしくはセファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｈｉｎ）などのセファロスポリン（第１世代）、または代替的に、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、もしくはセフロキシムなどのセファロスポリン（第２世代）である。いくつかの実施形態では、抗生物質剤は、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフチブテン、セフチゾキシム、およびセフトリアキソンなどのセファロスポリン（第３世代）、またはセフェピムもしくはセフトビプロールなどのセファロスポリン（第４世代）である。

【0245】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、クリンダマイシンおよびアジスロマイシンなどのリンコサミド、または、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、およびスペクチノマイシンなどのマクロライドである。

【0246】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、アズトレオナムなどのモノバクタム、またはフラゾリドンもしくはニトロフラントインなどのニトロフランである。

【0247】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧもしくはＶ、ピペラシリン、テモシリン、およびチカルシリンなどのペニシリンである。

【0248】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、マフェナイド、スルホンアミドクリソイジン、スルファセタミド、スルファダイアジン、スルファダイアジン銀、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニリミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム、またはトリメトプリム－スルファメトキサゾール（Ｃｏ－トリモキサゾール）（ＴＭＰ－ＳＭＸ）などのスルホンアミドである。

【0249】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、レボフロキサシン、レメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、およびテマフロキサシンなどのキノロンである。

【0250】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、バシトラシン、コリスチン、またはポリミキシンＢなどのポリペプチドである。

【0251】

いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の抗生物質剤は、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、またはオキシテトラサイクリンなどのテトラサイクリンである。

【0252】

さらなる実施形態
１． （ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイ、および
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列を含むＣＲＩＳＰＲ系
を含むバクテリオファージ。
２． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１に記載のバクテリオファージ。
３． スペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、エシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態１または２に記載のバクテリオファージ。
４． ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含み、任意選択で、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される、実施形態１～３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
５． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態４に記載のバクテリオファージ。
６． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１～３４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
７． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
８． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
９． 標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１０． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態９に記載のバクテリオファージ。
１１． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子または非必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１～１０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２． 実施形態１１に記載のバクテリオファージ、標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列の一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）のすべてを含み、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである。
１３． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態１～１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１４． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態１～１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１５． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４に記載のバクテリオファージ。
１６． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４に記載のバクテリオファージ。
１７． カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む、実施形態１４～１６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８． プロモーター配列を含む核酸配列をさらに含む、実施形態１～１５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態１～１８のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態１～１９のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１． 溶菌性にされる溶原性バクテリオファージである、実施形態１～２０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２２． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態２１に記載のバクテリオファージ。
２３． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌作用だけで死滅させられる、実施形態２０～２２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２４． エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ系の活性だけで死滅させられる、実施形態２０～２２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ系の活性との組合せにより死滅させられる、実施形態２０～２２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２６． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ系の活性により死滅させられる、実施形態２５に記載のバクテリオファージ。
２７． ＣＲＩＳＰＲ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する、実施形態２５に記載のバクテリオファージ。
２８． バクテリオファージの溶菌活性、およびＣＲＩＳＰＲ系の活性は、相乗的である、実施形態２５に記載のバクテリオファージ。
２９． バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される、実施形態２０～２６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
３０． Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスを含む、実施形態１～２９のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
３１． ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
３２． ｐ００４Ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｅｘｅ０１４である、実施形態３１に記載のバクテリオファージ。
３３． 核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子に挿入される、実施形態１～３３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
３４． （ａ）実施形態１～３３のいずれか１つに記載のバクテリオファージと、
（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤と
を含む、医薬組成物。
３５． 少なくとも２つのバクテリオファージを含む、実施形態３４に記載の医薬組成物。
３６． バクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスからなる系統からのものである、実施形態３４または実施形態３５に記載の医薬組成物。
３７． 医薬組成物は少なくとも６つのバクテリオファージを含み、上記バクテリオファージは、ｐ００４ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、およびｐ５５１６、またはｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、およびｐ５５１６を含む、実施形態３５または３６に記載の医薬組成物。
３８． 医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある 、実施形態３４～３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
３９． （ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＣＲＩＳＰＲ系を含むバクテリオファージから得られる遺伝子材料をエシェリキア属種に導入する工程を含む、エシェリキア属種を死滅させる方法。
４０． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態３９に記載の方法。
４１． スペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、エシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態３９または４０に記載の方法。
４２． ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含み、任意選択で、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される、実施形態３９～４１のいずれか１つに記載の方法。
４３． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態４２に記載の方法。
４４． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態３９～４３のいずれか１つに記載の方法。
４５． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態３９～４４のいずれか１つに記載の方法。
４６． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態３９～４４のいずれか１つに記載の方法。
４７． 標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態３９～４６のいずれか１つに記載の方法。
４８． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態４７に記載の方法。
４９． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子または非必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態３９～４８のいずれか１つに記載の方法。
５０． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列の一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）のすべてを含み、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである、実施形態４９に記載の方法。
５１． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態３９～５０のいずれか１つに記載の方法。
５２． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態３９～５０のいずれか１つに記載の方法。
５３． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４に記載のバクテリオファージを含む、実施形態５２に記載の方法。
５４． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態５２に記載の方法。
５５． カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む、実施形態５４に記載の方法。
５６． ＣＲＩＳＰＲ系は、プロモーター配列を含む核酸配列をさらに含む、実施形態３９～５５のいずれか１つに記載の方法。
５７． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態３９～５５のいずれか１つに記載の方法。
５８． 溶菌性にされる溶原バクテリオファージである、実施形態３９～５７のいずれか１つに記載の方法。
５９． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態５８に記載の方法。
６０． エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ系の活性だけで死滅させられる、実施形態３９～５９のいずれか１つに記載の方法。
６１． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ系の活性との組合せにより死滅させられる、実施形態５７～６０のいずれか１つに記載の方法。
６２． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ系の活性により死滅させられる、実施形態６１に記載の方法。
６３． ＣＲＩＳＰＲ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する、実施形態６１に記載の方法。
６４． バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ系の活性は相乗的である、実施形態６１に記載の方法。
６５． バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される、実施形態６０～６４のいずれか１つに記載の方法。
６６． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態３９～６５のいずれか１つに記載の方法。
６７． バクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、ｐ５５１６、ｐ００４Ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の同一性を含む、実施形態３９～６６のいずれか１つに記載の方法。
６８． 核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子の代わりに、またはそれに隣接して挿入される、実施形態３９～６７のいずれか１つに記載の方法。
６９． 細菌細胞の混合集団はエシェリキア属種を含む、実施形態３９～６８のいずれか１つに記載の方法。
７０． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、
（ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的な１つ以上のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＣＲＩＳＰＲ系を含むバクテリオファージを個体に投与する工程を含む、方法。
７１． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態７０に記載の方法。
７２． スペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列はエシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態７０または実施形態７１に記載の方法。
７３． ＣＲＩＳＰＲアレイは少なくとも１つのリピート配列をさらに含み、任意選択で、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に動作可能に連結される、実施形態７０または実施形態７１に記載の方法。
７４． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態７３に記載の方法。
７５． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態７０～７４のいずれか１つに記載の方法。
７６． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態７０～７５のいずれか１つに記載の方法。
７７． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態７０～７５のいずれか１つに記載の方法。
７８． 標的核酸配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態７０～７７のいずれか１つに記載の方法。
７９． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態７８に記載の方法。
８０． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子または非本質的な遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてもしくは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態７０～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列の一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）のすべてを含み、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである、実施形態８０に記載の方法。
８２． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態７０～８１のいずれか１つに記載の方法。
８３． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態７０～８１のいずれか１つに記載の方法。
８４． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４に記載のバクテリオファージを含む、実施形態８３に記載の方法。
８５． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態８４に記載の方法。
８６． ＣＲＩＳＰＲ系は、プロモーター配列を含む核酸配列をさらに含む、実施形態７０～８５のいずれか１つに記載の方法。
８７． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態７０～８６のいずれか１つに記載の方法。
８８． バクテリオファージは、溶菌性にされる溶原バクテリオファージである、実施形態７０～８６のいずれか１つに記載の方法。
８９． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態８８に記載の方法。
９０． エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ系の活性だけで死滅させられる、実施形態８７～８９のいずれか１つに記載の方法。
９１． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ系の活性との組合せにより死滅させられる、実施形態８７～８９のいずれか１つに記載の方法。
９２． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ系の活性により死滅させられる、実施形態９１に記載の方法。
９３． ＣＲＩＳＰＲ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する、実施形態９１に記載の方法。
９４． バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ系の活性は相乗的である、実施形態９１に記載の方法。
９５． バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される、実施形態８７～９４のいずれか１つに記載の方法。
９６． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態７０～９５のいずれか１つに記載の方法。
９７． バクテリオファージは、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、ｐ５５１６、ｐ００４Ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の同一性を含む、実施形態７０～９６のいずれか１つに記載の方法。
９８． 核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子の代わりに、またはそれに隣接して挿入される、実施形態７０～９７のいずれか１つに記載の方法。
９９． 疾患は細菌感染である、実施形態７０～９８のいずれか１つに記載の方法。
１００． 疾患または疾病を生じさせるエシェリキア属種は、薬剤耐性のエシェリキア属種である、実施形態７０～９９のいずれか１つに記載の方法。
１０１． 薬剤耐性のエシェリキア属種は、少なくとも１つの抗生物質に対して耐性を示す、実施形態１００に記載の方法。
１０２． 疾患または疾病を生じさせるエシェリキア属種は、多剤耐性のエシェリキア属種である、実施形態７０～１０１のいずれか１つに記載の方法。
１０３． 多剤耐性のエシェリキア属種は、少なくとも１つの抗生物質に対して耐性を示す、実施形態１０２に記載の方法。
１０４． 抗生物質は、セファロスポリン、フルオロキノロン、カルバペネム、コリスチン、アミノグリコシド、バンコマイシン、ストレプトマイシン、またはメチシリンを含む、実施形態１０１または１０３に記載の方法。
１０５． エシェリキア属種は大腸菌である、実施形態７０～１０４のいずれか１つに記載の方法。
１０６． 投与は、動脈内、静脈内、尿道内、筋肉内、経口、皮下、吸入、局所、皮膚、経皮、経粘膜、埋め込み、舌下、頬側、直腸、膣、眼、耳、鼻の投与、またはそれらのあらゆる組合せである、実施形態７０～１０５のいずれか１つに記載の方法。
１０７． 個体は哺乳動物である、実施形態７０～１０６のいずれか１つに記載の方法。
１０８． 少なくとも１つの追加のバクテリオファージを投与する工程をさらに含む、実施形態７０～１０７のいずれか１つに記載の方法。
１０９． （ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｃ、およびＣａｓ７を含むカスケードポリペプチドと、
（ｃ）Ｃａｓ３ポリペプチドと
を含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージ。
１１０． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１０９に記載のバクテリオファージ。
１１１． スペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、エシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態１０９または実施形態１１０に記載のバクテリオファージ。
１１２． ＣＲＩＳＰＲアレイは、少なくとも１つのリピート配列をさらに含み、任意選択で、少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される、実施形態１０９～１１１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１１３． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１１２に記載のバクテリオファージ。
１１４． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１０９～１１３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１１５． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態１０９～１１４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１１６． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態１０９～１１４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１１７． 標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１０９～１１６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１１８． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１１７に記載のバクテリオファージ。
１１９． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子または非必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１０９～１１８のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２０． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列の一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）のすべてを含み、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである、実施形態１１９に記載のバクテリオファージ。
１２１． ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系はプロモーター配列をさらに含む、実施形態１０９～１２０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２２． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態１０９～１２１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２３． 溶菌性にされる溶原性バクテリオファージである、実施形態１０９～１２１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２４． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態１２３に記載のバクテリオファージ。
１２５． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌作用だけで死滅させられる、実施形態１２１～１２４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２６． エシェリキア属種は、ＣＲＩＳＰＲ系の活性だけで死滅させられる、実施形態１２１～１２４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２７． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ系の活性との組合せにより死滅させられる、実施形態１２１～１２６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１２８． エシェリキア属種は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ系の活性により死滅させられる、実施形態１２７に記載のバクテリオファージ。
１２９． ＣＲＩＳＰＲ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する、実施形態１２７に記載のバクテリオファージ。
１３０． バクテリオファージの溶菌活性、およびＣＲＩＳＰＲ系の活性は、相乗的である、実施形態１２７に記載のバクテリオファージ。
１３１． バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される、実施形態１２５～１３０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１３２． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態１０９～１３１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１３３． ｐ００４ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００５、ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％の同一性を含む、実施形態１０９～１３２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１３４． 核酸配列は、非必須バクテリオファージ遺伝子に挿入される、実施形態１０９～１３３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１３５． （ａ）実施形態１０９～１３３のいずれか１つに記載のバクテリオファージと、
（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤と
を含む、医薬組成物。
１３６． 少なくとも２つのバクテリオファージを含む、実施形態１３５に記載の医薬組成物。
１３７． 医薬組成物は少なくとも６つのバクテリオファージを含み、各バクテリオファージは、ｐ００４ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、およびｐ５５１６、またはｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、およびｐ５５１６に対して少なくとも８０％配列同一性を含む、実施形態１３６に記載の医薬組成物。
１３８． 医薬組成物は、錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある、実施形態１３５～１３７のいずれか１つに記載の医薬組成物。
１３９． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、
（ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ系を含むバクテリオファージを表面に投与する工程を含む、方法。
１４０．表面は、院内表面、ビヒクル表面、装置表面、または工業表面である、実施形態１３９に記載の方法。
１４１． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態１３９または１４０に記載の方法。
１４２． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態１３９～１４１のいずれか１つに記載の方法。
１４３． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４２に記載の方法。
１４４． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４４に記載の方法。
１４５． 食品製品または栄養補助物質の汚染を予防する方法であって、食品製品または栄養補助物質に、
（ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージを添加する工程を含む、方法。
１４６． 食品製品または栄養補助物質は、牛乳、ヨーグルト、カード、チーズ、発酵乳、牛乳を用いた発酵製品、アイスクリーム、発酵穀物を用いた製品、牛乳を用いた粉末、乳児用フォーミュラもしくはタブレット、液体懸濁液、乾燥した経口サプリメント、湿式の経口サプリメント、またはドライ・チューブ・フィーディングを含む、実施形態１４５に記載の方法。
１４７． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態１４５または１４６に記載の方法。
１４８． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態１４５～１４７のいずれか１つに記載の方法。
１４９． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４８に記載の方法。
１５０． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１４９に記載の方法。
１５１． （ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイであって、スペーサー配列は配列番号１２または２０～３７の少なくとも１つを含む、ＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）ＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼをコードする核酸配列と
を含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系をコードする核酸配列を含むバクテリオファージ。
１５２． スペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、エシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態１５１に記載のバクテリオファージ。
１５３． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７から選択された２つまたは３つの配列を含む、実施形態１５１または１５２に記載のバクテリオファージ。
１５４． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態１５１～１５３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１５５． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態１５１～１５３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１５６． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、Ｃａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３”ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１５５に記載のバクテリオファージ。
１５７． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１５６に記載のバクテリオファージ。
１５８． ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、バクテリオファージ。
１５９． ｐ００４Ｋｅ００７、ｐ００４Ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％の同一性を含む、実施形態１５８に記載のバクテリオファージ。
１６０． （ａ）エシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的な１つ以上のスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、
（ｂ）カスケードポリペプチドをコードする核酸と、
（ｃ）Ｃａｓ３ポリペプチドをコードする核酸と
をさらに含む、実施形態１５８または１５９に記載のバクテリオファージ。
１６１． １つ以上のスペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７の少なくとも１つ、あるいは配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％の配列同一性を含む、実施形態１６０に記載のバクテリオファージ。
１６２． １つ以上のスペーサー配列は２つまたは３つのスペーサー配列を含み、各スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、実施形態１５８に記載のバクテリオファージ。
１６３． １つ以上のスペーサー配列は、第１のスペーサー配列および第２のスペーサー配列を含み、第１のスペーサー配列はエシェリキア属種中の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、第２のスペーサー配列は、エシェリキア属種および／または第２のエシェリキア属種中の第２の標的ヌクレオチド配列に相補的であり、任意選択で、スペーサー配列は第３のスペーサー配列を含み、第３のスペーサー配列は、エシェリキア属種、第２のエシェリキア属種、および／または第３のエシェリキア属種中の第３の標的ヌクレオチド配列に相補的である、実施形態１６０～１６２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１６４． ＣＲＩＳＰＲアレイは少なくとも１つのリピート配列をさらに含む、実施形態１５８～１６３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１６５． 少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される、実施形態１６４に記載のバクテリオファージ。
１６６． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１６４または１６５に記載のバクテリオファージ。
１６７． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１５８～１６６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１６８． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態１５８～１６７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１６９． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態１５８～１６７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７０． プロモーター配列を含む、実施形態１５６～１６８のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７１． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１７０に記載のバクテリオファージ。
１７２． バクテリオファージＤＮＡを、標的細菌中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、ＣＲＩＳＰＲアレイヌクレアーゼをコードする配列とを含むＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列で置き換えるように修飾された、バクテリオファージ。
１７３． 標的細菌はエシェリキア属種を含む、実施形態１７２に記載のバクテリオファージ。
１７４． 修飾されたバクテリオファージは生存可能である、実施形態１７２または１７３に記載のバクテリオファージ。
１７５． 修飾されたバクテリオファージは溶菌性である、実施形態１７２～１７４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７６． ＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列は、単一の核酸配列である、実施形態１７２～１７５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７７． ＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列は、ＣＲＩＳＰＲ系をコードする２つ以上の核酸配列を含む、実施形態１７２～１７５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７８． ＣＲＩＳＰＲ系、ＣＲＩＳＰＲアレイ、および／またはＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼをコードする配列は、プロモーターとタンパク質をコードする遺伝子とを含むバクテリオファージコード配列に隣接して（例えば、核酸塩基０個分離れて）、または上記バクテリオファージコード配列から少なくとも核酸塩基１個分離れて位置付けられる、実施形態１７２～１７７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１７９． ＣＲＩＳＰＲ系、ＣＲＩＳＰＲアレイ、および／またはＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼをコードする配列は、バクテリオファージの必須遺伝子に隣接して（例えば、核酸塩基０個分離れて）、または上記必須遺伝子から少なくとも核酸塩基１個分離れて位置付けられる、実施形態１７２～１７８のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８０． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態１７２～１７９のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８１． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約４０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態１７２～１８０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８０． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約５０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態１７２～１８１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８３． バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる、実施形態１７２～１８２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８４． バクテリオファージは修飾されたｐ００ｋｅファージである、実施形態１７２～１８３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８５． バクテリオファージは修飾されたｐ００ｃ０ファージである、実施形態１７２～１８３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８６． バクテリオファージは修飾されたｐ００ｅｘファージである、実施形態１７２～１８３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８７． バクテリオファージＤＮＡは、生存性に必須ではない、バクテリオファージ複製に影響を及ぼさない、バクテリオファージ溶菌に影響を及ぼさない、バクテリオファージの自然な生活様式に影響を及ぼさない、またはバクテリオファージの機能性に影響を及ぼさない、あるいはそれらの２つ以上のあらゆる組合せである、実施形態１７２～１８６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８８． ＣＲＩＳＰＲ系はＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１８９． ＣＲＩＳＰＲ系はＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系である、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９０． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９１． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９２． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１９１に記載のバクテリオファージ。
１９３． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態１９２に記載のバクテリオファージ。
１９４． カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む、実施形態１９２に記載の方法。
１９５． ＣＲＩＳＰＲ系はＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９６． ＣＲＩＳＰＲ系はＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９７． ＣＲＩＳＰＲ系はＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９８． ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼは、Ｃａｓ３、またはＣａｓ３’およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
１９９． ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼはＣｐｆ１を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２００． ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼはＣａｓ９を含む、実施形態１７２～１８７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０１． スペーサー配列は、配列番号１２または２０～３７のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１７２～２００のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０２． ＣＲＩＳＰＲアレイは少なくとも１つのリピート配列をさらに含む、実施形態１７２～２０１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０３． 少なくとも１つのリピート配列は、その５’末端または３’末端のいずれかにおいてスペーサー配列に操作可能に連結される、実施形態２０２に記載のバクテリオファージ。
２０４． リピート配列は、配列番号１３～１８のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２０２または２０３に記載のバクテリオファージ。
２０５． ＣＲＩＳＰＲアレイは、配列番号３８～４５から選択される配列に対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態１７２～２０４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０６． 標的ヌクレオチド配列はコード配列を含む、実施形態１７２～２０５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０７． 標的ヌクレオチド配列は非コード配列または遺伝子間配列を含む、実施形態１７２～２０５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０８． 標的ヌクレオチド配列は、プロモーター配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１７２～２０７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２０９． プロモーター配列は、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２０８に記載のバクテリオファージ。
２１０． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子または非必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列のすべてまたは一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）を含む、実施形態１７２～２０９のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１１． 標的ヌクレオチド配列は、必須遺伝子の転写された領域のコード鎖に位置するヌクレオチド配列の一部（例えば、少なくとも１０個の隣接する核酸塩基）のすべてを含み、必須遺伝子は、Ｔｓｆ、ａｃｐＰ、ｇａｐＡ、ｉｎｆＡ、ｓｅｃＹ、ｃｓｒＡ、ｔｒｍＤ、ｆｔｓＡ、ｆｕｓＡ、ｇｌｙＱ、ｅｎｏ、ｎｕｓＧ、ｄｎａＡ、ｄｎａＳ、ｐｈｅＳ、ｒｐｌＢ、ｇｌｔＸ、ｈｉｓＳ、ｒｐｌＣ、ａｓｐＳ、ｇｙｒＢ、ｇｌｎＳ、ｄｎａＥ、ｒｐｏＡ、ｒｐｏＢ、ｐｈｅＴ、ｉｎｆＢ、ｒｐｓＣ、ｒｐｌＦ、ａｌａＳ、ｌｅｕＳ、ｓｅｒＳ、ｒｐｌＤ、ｇｙｒＡ、ｇｌｍＳ、ｆｕｓ、ａｄｋ、ｒｐｓＫ、ｒｐｌＲ、ｃｔｒＡ、ｐａｒＣ、ｔＲＮＡ－Ｓｅｒ、ｔＲＮＡ－Ａｓｎ、またはｍｅｔＫである、実施形態２１０に記載のバクテリオファージ。
２１２． ＣＲＩＳＰＲ系は、プロモーター配列を含む核酸配列を含む、実施形態１７２～２１１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１３． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態１７２～２１２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１４． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態１７２～２１３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１５． 溶菌性にされる溶原性バクテリオファージである、実施形態１７２～２１３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１６． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態２１５に記載のバクテリオファージ。
２１７． 標的細菌は、バクテリオファージの溶菌作用だけで死滅させられる、実施形態１２１～１２４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１８． 標的細菌は、ＣＲＩＳＰＲ系の活性だけで死滅させられる、実施形態１２１～１２４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２１９． 標的細菌は、バクテリオファージの溶菌活性とＣＲＩＳＰＲ系の活性との組合せにより死滅させられる、実施形態１２１～１２６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２２０． 標的細菌は、バクテリオファージの溶菌活性とは無関係に、ＣＲＩＳＰＲ系の活性により死滅させられる、実施形態２１４または２１５に記載のバクテリオファージ。
２２１． ＣＲＩＳＰＲ系の活性は、バクテリオファージの溶菌活性を補充するかまたは増強する、実施形態２１４または２１５に記載のバクテリオファージ。
２２２． バクテリオファージの溶菌活性およびＣＲＩＳＰＲ系の活性は相乗的である、実施形態２１４または２１５に記載のバクテリオファージ。
２２３． バクテリオファージの溶菌活性、ＣＲＩＳＰＲ系の活性、またはその両方は、バクテリオファージの濃度により調節される、実施形態２１４または２１５に記載のバクテリオファージ。
２２４． Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスを含む、実施形態１７２～２２３のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２２５． ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、ｐ５５１６、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００４Ｋｅ００９、またはｐ００ｃ０ｅ０３０から選択されるファージに対して少なくとも８０％の配列同一性を含む、実施形態１７２～２２４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２２６． ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージから修飾される、実施形態１７２～２２５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２２７． 配列番号３８～４５のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する核酸配列。
２２８． 配列番号３９に対して少なくとも８０％の同一性を有する核酸配列。
２２９． 配列番号３９に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する、実施形態２２８に記載の核酸。
２３０． 配列番号３９を含む、実施形態２２８に記載の核酸。
２３１． 配列番号１２を含む、実施形態２２７～２３０のいずれか１つに記載の核酸。
２３２． 配列番号２５を含む、実施形態２２７～２３１のいずれか１つに記載の核酸。
２３３． 配列番号２４を含む、実施形態２２７～２３２のいずれか１つに記載の核酸。
２３４． 配列番号１３を含む、実施形態２２７～２３３のいずれか１つに記載の核酸。
２３５． 実施形態２２７～２３４のいずれか１つに記載の核酸配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイ。
２３６． プロモーターをさらに含む、実施形態２３５に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２３７． プロモーターは、エシェリキア属、赤痢菌属、クレブシエラ属、シュードモナス、属または他の細菌種由来のプロモーターである、実施形態２３６に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２３８． プロモーターは、配列番号１～１１または１９のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む、実施形態２３６または２３７に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２３９． プロモーターは、配列番号１１に対して少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む、実施形態２３６または２３７に記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２４０． プロモーターはｒｒｎＢ Ｐ１プロモーターである、実施形態２３６～２３９いずれか１つに記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２４１． 配列番号４３に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一である配列を含む、実施形態２２７～２４０のいずれか１つに記載のＣＲＩＳＰＲアレイ。
２４２． 実施形態２２７～２３４のいずれか１つに記載の核酸、または実施形態２３５～２４１のいずれか１つに記載のＣＲＩＳＰＲアレイを含む、バクテリオファージ。
２４３． 核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、プロモーターとタンパク質をコードする遺伝子とを含むバクテリオファージコード配列に隣接して（例えば、核酸塩基０個分離れて）、または上記バクテリオファージコード配列から少なくとも核酸塩基１個分離れて位置付けられる、実施形態２４２に記載のバクテリオファージ。
２４４． 核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、プロモーターとタンパク質をコードする遺伝子とを含むバクテリオファージコード配列に隣接して（例えば、核酸塩基０個分離れて）、または上記バクテリオファージコード配列から少なくとも核酸塩基１個分離れて位置付けられる、実施形態２４２または２４３に記載のバクテリオファージ。
２４５． 核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージＤＮＡを置き換える、実施形態２４２～２４４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２４６． バクテリオファージＤＮＡは、ｐ００４ｋｅ、ｐ００ｃ０、またはｐ００ｅｘファージから得られる、実施形態２４５に記載のバクテリオファージ。
２４７． バクテリオファージＤＮＡは修飾されたｐ００ｋｅファージである、実施形態２４５または２４６に記載のバクテリオファージ。
２４８． バクテリオファージＤＮＡは修飾されたｐ００ｃ０ファージである、実施形態２４５または２４７に記載のバクテリオファージ。
２４９． バクテリオファージＤＮＡは修飾されたｐ００ｅｘまたはファージである、実施形態２４５または２４７に記載のバクテリオファージ。
２５０． バクテリオファージＤＮＡは、生存性に必須ではない、バクテリオファージ複製に影響を及ぼさない、バクテリオファージ溶菌に影響を及ぼさない、バクテリオファージの自然な生活様式に影響を及ぼさない、またはバクテリオファージの機能性に影響を及ぼさない、あるいはそれらの２つ以上のあらゆる組み合わせである、実施形態２４２～２４９のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５１． バクテリオファージは生存可能である、実施形態２４２～２５０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５２． バクテリオファージは複数の細菌株を感染させる、実施形態２４２～２５１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５３． バクテリオファージは溶菌性である、実施形態２４２～２５２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５４． バクテリオファージは偏性溶菌性バクテリオファージである、実施形態２４２～２５２のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５５． 溶菌性にされる溶原性バクテリオファージである、実施形態２４２～２５４のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５６． 溶原バクテリオファージは、溶原性遺伝子の除去、置換え、または不活性化によって溶菌性にされる、実施形態２５５に記載のバクテリオファージ。
２５７． Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスを含む、実施形態１４２～２５６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５８． 核酸および／またはＣＲＩＳＰＲアレイは、バクテリオファージに存在するＣＲＩＳＰＲ系の一部である、実施形態２４２～２５７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２５９． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約３０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態２５８に記載のバクテリオファージ。
２６０． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約４０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態２５８に記載のバクテリオファージ。
２６１． ＣＲＩＳＰＲ系は、合計約５０００核酸塩基～約８０００核酸塩基を含む、実施形態２５８に記載のバクテリオファージ。
２６２． ＣＲＩＳＰＲ系はＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２６３． ＣＲＩＳＰＲ系はＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系である、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２６４． ＣＲＩＳＰＲ系は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃｐｆ１系、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含む、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２６５． ＣＲＩＳＰＲ系は、カスケードポリペプチドをコードする核酸配列をさらに含むＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含み、任意選択で、カスケードポリペプチドは、Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、またはＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成するＩ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のカスケード複合体を形成する、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２６６． カスケード複合体が、（ｉ）Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉ）Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ８ａ１ポリペプチドまたはＣａｓ８ａ２ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、Ｃｓａ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ａポリペプチド、Ｃａｓ３’ポリペプチド、およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’ポリペプチド（Ｉ－Ａ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｉｉ）Ｃａｓ６ｂポリペプチド、Ｃａｓ８ｂポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、およびＣａｓ５ポリペプチド（Ｉ－Ｂ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｉｖ）Ｃａｓ１０ｄポリペプチド、Ｃｓｃ２ポリペプチド、Ｃｓｃ１ポリペプチド、Ｃａｓ６ｄポリペプチド（Ｉ－Ｄ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、（ｖ）Ｃｓｅ１ポリペプチド、Ｃｓｅ２ポリペプチド、Ｃａｓ７ポリペプチド、Ｃａｓ５ポリペプチド、およびＣａｓ６ｅポリペプチド（Ｉ－Ｅ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）、または（ｖｉ）Ｃｓｙ１ポリペプチド、Ｃｓｙ２ポリペプチド、Ｃｓｙ３ポリペプチド、およびＣｓｙ４ポリペプチド（Ｉ－Ｆ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態２６５に記載のバクテリオファージ。
２６７． カスケード複合体は、Ｃａｓ５ｄポリペプチド、Ｃａｓ８ｃポリペプチド、およびＣａｓ７ポリペプチド（Ｉ－Ｃ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系）を含む、実施形態２６６に記載のバクテリオファージ。
２６８． カスケード複合体は、緑膿菌Ｉ－Ｃ型カスケード複合体を含む、実施形態２６６または２６７に記載の方法。
２６９． ＣＲＩＳＰＲ系はＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７０． ＣＲＩＳＰＲ系はＶ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７１． ＣＲＩＳＰＲ系はＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ成分を含む、実施形態２５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７２． ＣＲＩＳＰＲ系は、ヌクレアーゼをコードする核酸を含む、実施形態１５８～２６１のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７３． ヌクレアーゼは、Ｃａｓ３、またはＣａｓ３’およびヌクレアーゼ活性を有していないＣａｓ３’’を含む、実施形態２７２に記載のバクテリオファージ。
２７４． ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼはＣｐｆ１を含む、実施形態２７２に記載のバクテリオファージ。
２７５． ＣＲＩＳＰＲヌクレアーゼはＣａｓ９を含む、実施形態２７２に記載のバクテリオファージ。
２７６．ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２４２～２７５のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７７． ｐ００４Ｋ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｅｘ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６から選択されるファージから修飾される、実施形態２４２～２７６のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７８． ｐ００４Ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２４２～２７７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２７９． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２４２～２７７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２８０． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２４２～２７７のいずれか１つに記載のバクテリオファージ。
２８１． 実施形態１～２２６または２４２～２８０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ、および野生型ファージを含む組成物。
２８２． 野生型ファージは、表６に記載の細菌のいずれか１つを標的とする、実施形態２８１に記載の組成物。
２８３． 野生型ファージはｐ００ｋｅを含む、実施形態２８１または２８２に記載の組成物。
２８４． 野生型ファージはｐ５５１６を含む、実施形態２８１～２８３のいずれか１つに記載の組成物。
２８５． 野生型ファージはｐ００ｋｅを含む、実施形態２８１～２８４のいずれか１つに記載の組成物。
２８６． 実施形態１～２２６または２４２～２８０のいずれか１つに記載のバクテリオファージ、および第２のバクテリオファージを含む組成物。
２８７． 第２のバクテリオファージは、Ｔ４ウイルス、モシグウイルス、ファペコクタウイルス、特有のミオウイルス科、またはベクターウイルスからなる系統からのものである、実施形態２８６に記載の組成物。
２８８． 第２のバクテリオファージは、バクテリオファージＤＮＡを、標的細菌中の標的ヌクレオチド配列に相補的なスペーサー配列を含むＣＲＩＳＰＲアレイと、ＣＲＩＳＰＲアレイヌクレアーゼをコードする配列とを含むＣＲＩＳＰＲ系をコードする核酸配列で置き換えるように修飾される、実施形態２８６または２８７に記載の組成物。
２８９． 表６に記載の細菌の少なくとも１つは、第２のバクテリオファージによって標的とされる、実施形態２８６～２８８のいずれか１つに記載の組成物。
２９０． 表６に記載の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００、２５０、または３００個の細菌は、第２のバクテリオファージによって標的とされる、実施形態２８９に記載の組成物。
２９１． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２８６～２９０のいずれか１つに記載の組成物。
２９２． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２８６～２９０のいずれか１つに記載の組成物。
２９３． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、実施形態２８６～２９０のいずれか１つに記載の組成物。
２９４． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、組換えファージ。
２９５． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、組換えファージ。
２９６． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、組換えファージ。
２９７． ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、ファージ。
２９８． ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、ファージ。
２９９． ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を含む、ファージ。
３００． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０１． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０２． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０３． ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０４． ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０５． ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージとを含む、組成物。
３０６． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３０７． ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３０６に記載の組成物。
３０８． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３０９． ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３０８に記載の組成物。
３１０． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３１１． ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３１０に記載の組成物。
３１２． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３１３． ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｊｃ、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３１２に記載の組成物。
３１４． ｐ００４ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３１５． ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３１４に記載の組成物。
３１６． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３１７． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３１６に記載の組成物。
３１８． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３１９． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｋｅ、またはｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３１８に記載の組成物。
３２０． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３２１． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ５５１６、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３２０に記載の組成物。
３２２． ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３２３． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｅｘｅ０１４、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３２２に記載の組成物。
３２４． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３２５． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｋｅ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３２４に記載の組成物。
３２６． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３２７． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３２６に記載の組成物。
３２８． ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３２９． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３２８に記載の組成物。
３３０． ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３３１． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３３０に記載の組成物。
３３２． ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３３３． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３３２に記載の組成物。
３３４． ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１のファージと、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２のファージと、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第３のファージとを含む、組成物。
３３５． ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第４のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第５のファージを含み、任意選択で、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｅｘｅ０１４、ｐ００ｃ０ｅ０３０、またはｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する第６のファージを含む、実施形態３３４に記載の組成物。
３３６． 第４のファージは、第３のファージとは異なる、実施形態３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、または３３５のいずれか１つに記載の組成物。
３３７． 第５のファージが存在し、第５のファージは第３のファージおよび第４のファージとは異なる、実施形態３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、３３５、または３３６のいずれか１つに記載の組成物。
３３８． 第６のファージが存在し、第６のファージは第３のファージ、第４のファージ、および第５のファージとは異なる、実施形態３０７、３０９、３１１、３１３、３１５、３１７、３１９、３２１、３２３、３２５、３２７、３２９、３３１、３３３、または３３５～３３７のいずれか１つに記載の組成物。
３３９． （ａ）実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージまたは実施形態２８１～２９３もしくは３００～３３８のいずれか１つに記載の組成物と、
（ｂ）薬学的に許容可能な賦形剤と
を含む医薬組成物。
３４０． 錠剤、カプセル、液体、シロップ、経口製剤、静脈内製剤、鼻腔内製剤、眼製剤、耳製剤、皮下製剤、局所製剤、経皮製剤、経粘膜製剤、吸入可能な呼吸器製剤、坐薬、凍結乾燥製剤、噴霧化可能な製剤、およびそれらのあらゆる組合せの形態にある、実施形態３３９に記載の医薬組成物。
３４１． 細菌を死滅させる方法であって、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージから得られる遺伝物質を細菌に導入する工程を含む、方法。
３４２． 細菌を死滅させる方法であって、実施形態２８１～２９３または３００～３３８のいずれか１つに記載の組成物由来のバクテリオファージから得られる遺伝物質を細菌に導入する工程を含む、方法。
３４３． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージを個体に投与する工程を含む、方法。
３４４． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、実施形態２８１～２９３または３００～３３８のいずれか１つに記載の組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３４５． 疾患は細菌感染である、実施形態３４３または３４４に記載の方法。
３４６． 細菌はエシェリキア属である、実施形態３４３～３４５のいずれか１つに記載の方法。
３４７． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージを表面に投与する工程を含む、方法。
３４８． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、実施形態２８１～２９３または３００～３３８のいずれか１つに記載の組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３４９． 表面はエシェリキア属を含む、実施形態３４７または３４８に記載の方法。
３５０． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージを、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３５１． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、実施形態２８１～２９３または３００～３３８のいずれか１つに記載の組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３５２． 細菌はエシェリキア属である、実施形態３５０または３５１に記載の方法。
３５３． 細菌と、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５４． 細菌と、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５５． 細菌と、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５６． 細菌と、ｐ００ｊｃを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５７． 細菌と、ｐ００ｋｅを含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５８． 細菌と、ｐ５５１６を含む組成物とを接触させる工程を含む、細菌を死滅させる方法。
３５９． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６０． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６１． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６２． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ００ｊｃを含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６３． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ００ｋｅを含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６４． 疾患の処置を必要とする個体の疾患を処置する方法であって、ｐ５５１６を含む組成物を個体に投与する工程を含む、方法。
３６５． 疾患は細菌感染である、実施形態３５９３６４のいずれか１つに記載の方法。
３６６． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３６７． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３６８． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３６９． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ００ｊｃを含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３７０． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ００ｋｅを含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３７１． 消毒を必要とする表面を消毒する方法であって、ｐ５５１６を含む組成物を表面に投与する工程を含む、方法。
３７２． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７３． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７４． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一性のバクテリオファージを含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７５． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ００ｊｃを含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７６． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ００ｋｅを含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７７． 食品製品または栄養補助物質の細菌汚染を予防する方法であって、ｐ５５１６を含む組成物を、食品製品または栄養補助に添加する工程を含む、方法。
３７８． 細菌はエシェリキア属である、実施形態３６６～３７７のいずれか１つに記載の方法。
３７９． 複数の細菌を死滅させる方法であって、複数の細菌と第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージとを組み合わせる工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とする、方法。
３８０． 複数の細菌を含む個体の疾患を処置する方法であって、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージを個体に投与する工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とする、方法。
３８１． 疾患は細菌感染である、実施形態３８０に記載の方法。
３８２． 複数の細菌を含む表面を消毒する方法であって、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージを表面に投与する工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とする、方法。
３８３． 食品製品または栄養補助物質中の複数の細菌による細菌汚染を予防する方法であって、第１のバクテリオファージおよび第２のバクテリオファージを食品製品または栄養補助物質に添加する工程を含み、第１のバクテリオファージは、複数の細菌の第１のサブセットを標的とし、第２のバクテリオファージは、複数の細菌の第２のサブセットを標的とする、方法。
３８４． 複数の細菌の第１のサブセットを標的とすることは、複数の細菌の第１のサブセットを感染させることを含み、複数の細菌の第２のサブセットを標的とすることは、複数の細菌の第２のサブセットを感染させることを含む、実施形態３７９～３８３のいずれか１つに記載の方法。
３８５． 第１のサブセットは第２のサブセットとは異なる、実施形態３７９～３８４のいずれか１つに記載の方法。
３８６． 複数の細菌は、表６に記載の２つ以上の細菌を含む、実施形態３７９～３８５のいずれか１つに記載の方法。
３８７． 複数の細菌は、表６に記載の少なくとも５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、または３５０個の細菌を含む、実施形態３７９～３８６のいずれか１つに記載の方法。
３８８． 第１のバクテリオファージは、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３８９． 第２のバクテリオファージは、実施形態１～２２６、２４２～２８０、または２９４～２９９のいずれか１つに記載のバクテリオファージを含む、実施形態３７９～３８８のいずれか１つに記載の方法。
３９０． 第１のバクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９１． 第１のバクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９２． 第１のバクテリオファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９３． 第１のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９４． 第１のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９５． 第１のバクテリオファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８７のいずれか１つに記載の方法。
３９６． 第２のバクテリオファージは、ｐ００ｊｃに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。
３９７． 第２のバクテリオファージは、ｐ００ｋｅに対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。
３９８． 第２のバクテリオファージは、ｐ５５１６に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。
３９９． 第２のバクテリオファージは、ｐ００４Ｋｅ００９に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。
４００． 第２のバクテリオファージは、ｐ００ｃ０ｅ０３０に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。
４０１． 第２のバクテリオファージは、ｐ００ｅｘｅ０１４に対して少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一であるファージを含む、実施形態３７９～３８８または３９０～３９５のいずれか１つに記載の方法。

【実施例】

【0253】

実施例１：本出願で使用した操作されたファージ
バクテリオファージを、ｃｒＡｒｒａｙおよびＣａｓ構築物を含有するように操作した。表１は、以下の適用に使用されるファージの成分を表す。表２は、ｃｒＡｒｒａｙとＣａｓプロモーターの両方の発現を誘導するために使用されるプロモーターの配列を表す。表３は、特異的な部位を標的とするのに使用されるｃｒＡｒｒａｙ中のスペーサー配列の配列を表す。表４はリピート配列を示す。さらに、図１Ａは、以下の実施例で使用される予備的ｃｒＡｒｒａｙ５（ＳＣ２）の配列およびアラインメントを示す。図１Ｂは、最終カクテルファージの完全アレイ配列およびアラインメントを提供する。

【0254】

Ｃｐｆ１系および配列を本明細書に提供する。例示的なｐＪＣ＿Ｃｐｆ１アレイ配列およびアラインメントを図１Ｃに詳述する。Ｃｐｆ１配列エレメントも表１～４および２３に列挙されている。

【0255】

【表1】

【0256】

【表2-1】

【0257】

【表2-2】

【0258】

【表3-1】

【0259】

【表3-2】

【0260】

【表4】

【0261】

実施例２：大腸菌におけるｃｒＡｒｒａｙｓの標的化
図２は、野生型ファージｐ００４ｋおよびその操作された変異体ｐ００４ｋｅ００７のゲノムの概略図を示す。ゲノム軸より下のバーは、除去かつ交換されたゲノムの領域を示す。ファージゲノムより下の概略図は、欠失した領域中でＷＴファージ遺伝子を置き換えるのに使用されたＤＮＡを例示する。

【0262】

大腸菌ファージｐ００４ｋ－ｗｔ（野生型）およびｐ００４ｋｅ００７（ＳＣ２＋Ｃａｓ系を標的とする）を、細菌が対数増殖している間に、示された細菌株と混合し、接種から３時間後にＬＢ寒天上に播種した。ファージ対細菌の比は、ファージの希釈系列を実施することによって変更し、その結果、細菌の量は各スポットにおいて一定のままであったが、ファージの量は変化した。ファージ対細菌の相対比は、細菌が複製し、ファージで死滅するにつれて、実験の過程にわたってシフトし、このことが、ＭＯＩが列挙されていない理由である。各セットの画像の最上部のラベルは、示された菌株を表す。

【0263】

このアッセイでは、ファージを中程度の対数増殖で示された細菌培養物と１：１で混合して、画像の左側に列挙された最終ファージ力価を得た。図３Ａに示すように、細菌－ファージ混合物を３時間インキュベートし、その後、２μｌの培養物をＬＢプレート上にスポットした。ファージを生き残った細菌は複製して目に見えるコロニーを形成するため、より少ない細菌はより良好なファージ死滅を意味する。このアッセイにおいて、操作されたファージは、すべての希釈において野生型よりも良好に細菌を死滅させるように見えたが、１ｘ１０^７希釈は、各大腸菌株について最も視覚的に顕著であった。図３Ｂ～図３Ｄは、図３Ａにおける画像の定量化を示す。定量化は、各スポットの相対光学密度（本質的に、各スポットがどれだけ暗いのか。より暗いスポットはより多くの細胞増殖を示す）を比較することによって決定した。まとめると、これらのデータは、細菌ゲノムを標的とするＣａｓ系およびｃｒＡｒｒａｙを含有する操作されたファージが、複数の菌株において野生型ファージ親よりも死滅を改善させたことを示す。これらのデータは、外因性Ｃａｓ系を発現するファージが、多様なヒト病原体に対するファージを改善することを示す。

【0264】

実施例３：標的細菌を標的とするスペーサー配列の設計および検証
スペーサー設計
スペーサー配列は、以下のプロトコルを使用して設計される。第１に、目的の生物／種／標的についての代表的なゲノムの適切な検索セットが取得される。適切なデータベースの例としては、ＮＣＢＩ ｇｅｎｂａｎｋおよびＰＡＴＲＩＣ（Ｐａｔｈｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ）データベースが挙げられる。ゲノムは、ＦＴＰ（ファイル転送プロトコル）サーバーを介してバルクでダウンロードされ、迅速かつプログラムティックなデータセットの取得を可能にする。

【0265】

関連パラメーターを用いてゲノムを検索して、好適なスペーサー配列を位置決めする。ゲノムは、順方向と逆方向の両方の相補方向に開始から終了まで読み取られ、ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）部位を含有するＤＮＡの連続したストレッチの位置を決めることができる。スペーサー配列は、ＰＡＭ部位に対して３’隣接するＮ長さのＤＮＡ配列であり、Ｎは目的のＣａｓ系に対し特異的であり、かつ一般的に事前に把握される。ＰＡＭ配列およびスペーサー配列の特徴付けは一般に、Ｃａｓ系の発見および初期の研究中に実行される。観察されたＰＡＭ隣接スペーサーはすべて、ダウンストリームでの使用のためにファイルおよび／またはデータベースに保存することができる。

【0266】

次に、以下のプロセスを用いて、ＣＲＩＳＰＲ操作されたファージに使用するためのスペーサーの質が判定される。まず、観察された各スペーサーは、どれだけ多くの評価されたゲノムにスペーサーが存在するのかを判断するために、評価することができる。観察されたスペーサーは、所定のゲノムそれぞれにどのくらいの頻度で生じ得るのかを確認するために、さらに評価することができる。１つのゲノムあたり１を超える位置に生じるスペーサーは、突然変異が生じる場合にＣａｓ系が標的部位を認識できない場合があり、追加の「バックアップ」部位がそれぞれ、適切で、変異のない標的位置が存在する可能性を増大させることから、有利である。観察されたスペーサーを評価して、ゲノムの機能注釈された領域に生じるかどうかを判断することができる。このような情報が利用可能な場合、それらゲノム領域が生物の生存と機能に「不可欠」であるかどうかを判断するために、機能注釈をさらに評価することができる。すべてのまたはほぼすべての評価された目的のゲノム（＞＝９９）に存在するスペーサーに焦点を当てることは、スペーサー選択を正当化するための広い適用性を保証する。保存されたスペーサーの大きな選択プールが存在する場合、既知の機能を有するゲノムの領域に生じるスペーサーが優先される場合があり、それらゲノム領域が生存に「不可欠」であり、ゲノムごとに１回より多く生じる場合にはさらに優先される。

【0267】

スペーサー検証
その後、同定されたスペーサー配列は、以下の手順を完了することによって検証することができる。第１に、目的の生物において複製し、選択マーカー（例えば、抗生物質耐性遺伝子）を有するプラスミドが同定される。Ｃａｓ系をコードする遺伝子は、目的の生物において発現されるようにプラスミドに挿入される。Ｃａｓ系の上流には、Ｃａｓ系の発現を駆動する目的の生物によって認識されるプロモーターが含まれる。プロモーターとＣａｓ系との間には、目的の生物によって認識されるリボソーム結合部位（ＲＢＳ）が含まれる。

【0268】

２プラスミド系を使用した（図６に示す）。１つのプラスミドは、構成的プロモーター（操作されたファージの場合と同じプロモーターおよびＲＢＳ）および選択のためのカナマイシン耐性マーカーを介して発現されるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含んでいた。このプラスミドを大腸菌に形質転換した。

【0269】

第２のプラスミドは、構成的プロモーター（操作されたファージの場合と同じプロモーター）および選択のためのアンピシリン耐性マーカーを介して発現された個々のｃｒＲＮＡを含んでいた。エレクトロコンピテント細胞を、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓプラスミドを有する大腸菌株から調製した。その後、ｃｒＲＮＡ含有プラスミドをこの菌株に形質転換した。

【0270】

次に、試験した各スペーサーの死滅の有効性を決定する。表５に列挙したプラスミドを同じモル濃度に対して正規化する。各プラスミドを、形質転換、コンジュゲーション、またはプラスミドを細胞に導入するための任意の他の方法によって、目的の生物に導入する。形質転換細胞を適切な選択培地（例えば、抗生物質含有寒天）上に播種する。コロニーへの細胞増殖後、それぞれの異なるプラスミド導入から生じたコロニーを数える。非標的化スペーサーを含有する対照プラスミドよりも有意に低い導入速度で標的化スペーサーを含有するプラスミドは、細菌ゲノムを標的化するのに成功していると考えられる。

【0271】

【表5】

【0272】

実施例４：大腸菌操作ワークフローの概要
図５は、例示的なＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系、緑膿菌１Ｃ型Ｃａｓ系を示す。ＰＡＩＣ遺伝子オペロンは、ほぼ５７００ｂｐであり、４つの別々のタンパク質で構成される。ｃｒＲＮＡのアレイは別々に発現される。

【0273】

プラスミドベースのアッセイを利用して、ｃｒＲＮＡの有効性を試験した（図６に示す）。２プラスミド系を使用した。１つのプラスミドは、構成的プロモーター（操作されたファージの場合と同じプロモーターおよびＲＢＳ）および選択のためのカナマイシン耐性マーカーを介して発現されるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を含んでいた。このプラスミドを大腸菌に形質転換した。

【0274】

第２のプラスミドは、構成的プロモーター（操作されたファージの場合と同じプロモーター）および選択のためのアンピシリン耐性マーカーを介して発現された個々のｃｒＲＮＡを含んでいた。エレクトロコンピテント細胞を、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓプラスミドを有する大腸菌株から調製した。その後、ｃｒＲＮＡ含有プラスミドをこの菌株に形質転換した。

【0275】

活性ｃｒＲＮＡまたは「スクランブル」対照（通常のｃｒＲＮＡと同じ長さのランダム化されたヌクレオチド配列）のいずれかの形質転換後に形成されるコロニー形成単位（ＣＦＵ）の数を比較した。発生したコロニーが少なければ少ないほど、ｃｒＲＮＡプラスミドとＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓプラスミドとの組み合わせに起因する減少は大きくなる。

【0276】

例えば、対照ｃｒＲＮＡプラスミド形質転換が１Ｅ７ＣＦＵをもたらし、活性ｃｒＲＮＡプラスミド形質転換が１Ｅ４ＣＦＵをもたらす場合、これはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ誘導性細菌死滅に起因する３－ｌｏｇ減少を表す。

【0277】

図７に示すように、名目上のスペーサーは、高いカバレッジおよび有効性を有する。ｃｒＲＮＡの初期リストは、それらの標的配列が、公的に入手可能な約１０，０００個の大腸菌ゲノムのパネル上でどの程度保存されているかに基づいて選択した。有効性カラムを、先に記載したプラスミドベースのアッセイに基づいて決定した。強調表示されたスペーサー標的は、アレイ試験のために選択されたものである。選択は、限定されないが、とりわけ、カバレッジ率、有効性、および標的を含む複数のパラメーターに基づいていた。

【0278】

実施例５．ｃｒＲＮＡアレイの有効性の試験
スペーサーアレイを上記の方法を用いて試験した。図８は、例示的な代表的なＰａＩＣスペーサー効率を示し、４つの選択されたｃｒＲＮＡについてのプラスミドベースの形質転換結果を示している。スクランブル対照と比較して、４つすべてが大腸菌コロニーにおいて約２ｌｏｇ減少を示した。コロニーのない複製物は、検出限界（ＬＯＤ）の半分であると帰する。データを平均±Ｓ．Ｄ．としてプロットした。ＣＦＵの減少は、大腸菌のＣａｓヌル菌株（ＰＡＩＣ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓプラスミドなし）では実質的なＣＦＵ減少が観察されないため、一般的なプラスミド毒性または別の機構（すなわち、アンチセンス抑制）によって説明されなかった（図９Ａ）。さらに、選択されたｃｒＲＮＡプラスミドを天然ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を有する大腸菌株に形質転換した場合、ＣＦＵ形成の測定可能な減少はなかった。大腸菌ＩＦ型（ＥｃＩＦ）系のために設計されたｃｒＲＮＡは、ＣＦＵの複数の対数減少をもたらし、これは、ｃｒＲＮＡ設計の高い特異性、および同定されたＰａＩＣスペーサーのクロストークの非存在を示す（図９Ｂ）。大腸菌ＩＥ型（ＥｃＩＥ）のために設計されたｃｒＲＮＡは、天然ＥｃＩＥ系を活性化するために必要なＬｅｕＯ転写調節因子が存在しないため、内因性Ｃａｓ系を活性化しなかった（図９Ｃ）。Ｋ１２大腸菌株ＤＨ５－α株をＥｃＩＥ試験に使用し、大腸菌ＮＣ１０１株をこのアッセイにおけるＥｃＩＦ試験に使用した。

【0279】

実施例６．変異エスケープを充分に回避することができる標的部位の数の予測モデル
エスケープを予防するために必要な独立したＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ標的の数を理解するために、変異頻度の基本モデルを開発した。図１０に示されるデータは、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓによる３つの独立した部位の標的化が変異エスケープのリスクを軽減するのに充分であることを示唆する。このモデルは、例えば、いくつかの最悪の場合のパラメーターを仮定する：（ａ）ゲノム当たり１ｅ－６の正常変異率、（ｂ）１０^１４ＣＦＵ（総ＧＩマイクロバイオームまたは約１００ｍ^２の肺表面積の完全なコーティング）の高いバイオバーデン、（ｃ）インビボの高い増殖率（２０分の倍加時間）、（ｄ）いずれの変異もＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ活性を完全に排除する。これらの高度にストリンジェントな仮定の下では、３つのスペーサーは、１ヶ月の連続感染、または１０^１４ＣＦＵでの約２，０００個の細菌世代に対する耐性の出現を完全に抑制するのに充分である。

【0280】

実施例７．ＰａＩＣアレイ１および２の解析
前のセクションに記載したアッセイに基づいて、少なくとも２つのアレイ、ＰａＩＣアレイ１およびＰａＩＣアレイ２をさらに分析した。表９はアレイを特徴付ける。

【0281】

【表6】

【0282】

表９に示すように、両方のアレイは、約１０，０００個の臨床ＥＣ菌株に対して全体的に高いカバレッジを有する。先に記載したプラスミドベースの死滅方法を用いたアレイ死滅データの比較により、両方のＰａＩＣアレイは、細菌死滅において高い能力を示した（図１１）。アレイ配列を以下の表１０に示す。

【0283】

【表7】

【0284】

実施例８：精製およびカクテル大腸菌ファージ宿主範囲アッセイ
液体およびプラーク形成宿主範囲アッセイの組み合わせからの最良の結果で報告された、精製およびカクテル大腸菌ファージのデータを取得した。要約したデータは、所定のファージと菌株の組み合わせについての液体およびプラーク形成宿主範囲の両方にわたるバイナリーヒットの中央値であった。

【0285】

液体宿主範囲の決定は、適切な培養物、ファージ、および培地のみの対照と共に、凍結したＯＤ制御された培養材料５μＬ、既知の力価のファージ材料５μＬ、および増殖培地４０μＬを３６４ウェルプレートのウェルに添加することを含んでいた。プレートを振盪しながら３７℃で２０時間インキュベートし、ＯＤ_６００読み取り値を液体ハンドラーで毎時間取った。結果は、ファージを添加した試料およびそれらのそれぞれの対照についての曲線下面積（ＡＵＣ）間の比を決定することによって計算した。０．６５未満のＡＵＣ比を有する試料を陽性（＋）ヒットとみなし、０．６５以上のＡＵＣ比を陰性（－）ヒットとみなした。

【0286】

プラーク形成宿主範囲アッセイのために、目的の細菌株を培養し、プロファージについてスクリーニングした。目的のバクテリオファージを、マイクロタイタープレートにわたり、１×ＰＢＳ中で未希釈から５０～３まで５０倍に連続希釈した。力価宿主として使用した菌株の寒天オーバーレイを注ぎ、一晩静置した。翌日、目的の細菌株のライセートをスポットした。１５～２０分後、Ｈａｍｉｌｔｏｎ－ＳＴＡＲ－Ｃ０６２を使用してプレートを画像化し、手動で計数するか、または変換、背景差分、および計数のために内部開発された画像分析パイプラインを介して実行した。陽性（＋）数のプラーク形成単位を有する試料をヒットとみなした。

【0287】

大腸菌、野生型Ｔ４ウイルス（Ｔｅｑｕａｔｒｏｖｉｒｕｓ）ファージ（ｐ００４ｋおよびｐ００ｅｘ）、野生型モシグウイルス（Ｔｅｑｕａｔｒｏｖｉｒｕｓ）ファージ（ｐ００ｃ０）、野生型フェペコオクタウイルス（Ｐｈａｐｅｃｏｃｔａｖｉｒｕｓ）ファージ（ｐ００ｊｃ）、野生型の固有のミオウイルス科ファージ（ｐ００ｋｅ）、野生型ベクターウイルスファージ（ｐ５５１６）、およびカクテルＣＫ５０７を含むこのアッセイの結果を表１１に列挙した。カクテルＣＫ５０７は、ｐ００４ｋｅ００９、ｐ００ｃ０ｅ０３０、ｐ００ｅｘ０１４、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｋｅ、およびｐ５５１６を含む。全体として、宿主範囲データは、精製ファージと比較して、カクテルＣＫ５０７について増加した。

【0288】

【表8-1】

【0289】

【表8-2】

【0290】

【表8-3】

【0291】

【表8-4】

【0292】

【表8-5】

【0293】

【表8-6】

【0294】

【表8-7】

【0295】

実施例９：第２の大腸菌ファージアッセイにおける完全構築物
大腸菌細菌（ｂ２１８５株およびｂ３９１１株）とファージを混合し、すぐにプレートにスポットした後、３ｅ１０ ＰＦＵ／ｍｌ（約１００のＭＯＩ）から開始し、同じ細菌濃度でファージを１：５に連続希釈した標準的なプレート死滅アッセイを完了した。ｐ００Ｅｘ野生型および操作されたファージを、対数増殖において細菌と混合し、ＬＢ寒天上の２μｌスポットにすぐに播種した。ファージ対細菌の比は、細菌の量が各希釈で一定に保たれるが、ファージの量が１～５希釈であるように、希釈系列を通して変更した。最高希釈では、感染多重度（ＭＯＩ）は１００であり、細菌当たり約１００個のファージが存在したことを意味する。図４において、ｐ００ＥＸｅ０１４（ＦＣ）は、ｂ２１８５株およびｂ３９１１株の両方を、ｐ００ＥＸ野生型（ＷＴ）対応物よりも一貫して良好に死滅させた。両方の大腸菌株についてのデータは、完全な構築物ファージが予想通りに機能していたことを検証し、標準的なプレート死滅アッセイを検証した。

【0296】

実施例１０．精製されたファージカクテルＣＫ６１８
６つのファージ（ｐ００４ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｋｅ、ｐ５５１６、およびｐ００ｅｘ）を含む精製ファージカクテルを記載する。効力および純度の両方を、内毒素レベルを含む臨床試験材料との整合性について評価する。

【0297】

【表9】

【0298】

【表10-1】

【0299】

【表10-2】

【0300】

【表10-3】

【0301】

【表10-4】

【0302】

【表10-5】

【0303】

【表10-6】

【0304】

【表10-7】

【0305】

実施例１１．カクテルＣＫ６１８の高力価液体およびプラーク形成宿主範囲
この研究の目的は、２つの別個の方法によってＣＫ６１８およびその成分個々のファージの総宿主範囲を決定することであった。

【0306】

材料および方法
臨床的に関連する３００－単離株臨床パネル（ＣＰ）を開発した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）単離株は、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｅａｌｔｈ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ（ＩＨＭＡ）から入手し、各菌株の様々な特徴に関するメタデータを得た。菌株は、それらが３つ以上のクラスの抗生物質に対して耐性がある場合、ＭＤＲとして定義され、表１４に要約された。

【0307】

【表11-1】

【0308】

【表11-2】

【0309】

両方の宿主範囲アッセイのための細菌プレートを、３７℃の振盪インキュベーター中で約４～６時間、細菌株を対数期まで増殖させることによって作製した。その後、これらの培養物をグリセロールを含むＬＢで希釈して、２０％グリセロール中の６００ｎｍでの標的最終光学密度（ＯＤ_６００）０．０２にした後、パネルを凍結させた。さらなる試験後、パネル上の菌株の平均力価を、２．８９×１０^６コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬであると決定した。パネルを、宿主範囲試験に使用するまで－８０℃の冷凍庫で保存した。

【0310】

ＣＫ６１８由来の個々のファージを、利用可能な最大の力価で試験した。さらに、ＣＫ６１８中の各ファージ（表１５）を組み合わせて、３つの異なるファージ濃度を有するカクテルにした。

【0311】

【表12】

【0312】

最高力価のカクテルについては、等体積の各ファージを組み合わせて、１．０×１０^１１ＰＦＵ／ｍＬの総カクテル力価を有するカクテルを生成した。２つの低力価のカクテルについては、ファージ力価を正規化した後に組み合わせて、力価３．０×１０^９ＰＦＵ／ｍＬ（総カクテル力価１．８×１０^１０ＰＦＵ／ｍＬ）または１．０×１０^７ＰＦＵ／ｍＬ（総カクテル力価６．０×１０^７ＰＦＵ／ｍＬ）の各ファージを有するカクテルを生成した。ファージは、プロセス開発（ＰＤ）プロセスによって産生された。ＰＤプロセスは、より小さなスケールを除いて、臨床試験材料製造に使用されるのと同じ一般的な製造プロセスを使用する。効力および純度の両方を、内毒素レベルを含む臨床試験材料との整合性について評価する。その後、カクテルを、さらなる４つの目的の菌株とともに、上記の３００－単離株ＣＰに関する液体ベースのアッセイおよびプラーク形成ベースのアッセイを介して宿主範囲試験に供した。

【0313】

液体ベースの宿主範囲
凍結した細菌パネルを、Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＶＡＮＴＡＧＥ液体ハンドリングロボットでの液体宿主範囲プロトコルの開始の少なくとも４５分前に、冷凍庫から取り出した。増殖培地として１０ｍＭのＣａＣｌ_２および１０ｍＭのＭｇＣｌ_２で修正したＬＢ（以下、ＬＢ＋塩と呼ぶ）、細菌パネル（９６ウェルマイクロタイタープレート中の最大４つの異なるパネル）、およびエッペンドルフチューブ中のファージライセートを含む、必要な消耗品のすべてを用いて機器を準備した。ＬＢ＋塩のみを含むブランク試料を９６ウェルマイクロタイタープレートおよびエッペンドルフチューブに含めて、実行の潜在的汚染について対照として試験した。９６ウェルマイクロタイタープレートの各ウェルに、液体ハンドリングロボットによって、４０μＬのＬＢ＋塩、その後、５μＬのファージ、その後、細菌パネル由来の５μＬの細菌を負荷した。この調製物は、インプットファージの濃度の１／１０の試験試料中の最終ファージ濃度をもたらした。すべての組み合わせが調製されると、プレートを３７℃の振盪インキュベーターに入れた。プレートを２０時間インキュベートし、各プレートの各ウェルのＯＤ_６００を毎時間読み取った。

【0314】

前述のプロトコルは、ファージカクテルの存在下および非存在下における各細菌株の増殖曲線を生成する。曲線下面積（ＡＵＣ）を計算し、（ファージの存在下でのＡＵＣ）／（ファージの非存在下でのＡＵＣ）の比を計算する（図１９、左パネル）。ＡＵＣ比が＜０．６５である場合、菌株はファージカクテルによって標的とされると考えられる。試験した菌株の数で割った標的とされる菌株の数は、宿主範囲のパーセンテージ、すなわち、％ＨＲを与える。同じ分析を、多剤耐性（ＭＤＲ）として分類される菌株のサブセットに対して行った。加えて、ファージカクテルによって標的とされるいくつかの菌株は、最終的に耐性を身につけ、成長し始め、したがって、そのウェルにおけるＯＤ_６００読み取り値を増加させる。他の菌株は、アッセイ時間経過の終わり（２０時間）まで抑制されたままである。所定の菌株＋ファージ試料が０．４のＯＤ_６００に達するまでの時間量を調べることによって、菌株増殖を定量化した（図１９（ＥＲＲＯＲ。参照源が見つからない）右パネル）。試料が０．４のＯＤ_６００に決して達しない場合、その試料は抑制されたとみなした。０．４のＯＤ_６００未満まで抑制されたままである菌株の数を、試験した菌株の数で割ると、抑制測定基準（ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｅｔｒｉｃ）％ＯＤ＜０．４が得られる。

【0315】

プラーク形成ベースの宿主範囲
凍結した細菌パネルを冷凍庫から取り出して解凍し、１ｍＬのＬＢをディープウェルブロックの各ウェルに添加して、３７℃の振盪インキュベーター中で一晩インキュベートした。培養物が一晩増殖すると、それらを使用して、二重寒天オーバーレイ法に必要なオーバーレイを生成した。これらのオーバーレイを作製するために、矩形のＬＢ寒天プレートを使用し、１００μＬの細菌および０．５６％低塩上層寒天（ＬＢと３：１混合した低塩上層寒天）のオーバーレイ混合物をプレート上に注いだ。オーバーレイを寒天プレートに注ぎ、スポットする前に少なくとも２０分間凝固させた。

【0316】

ファージプラーク形成は、Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＶＡＮＴＡＧＥ液体ハンドリングロボットを用いて行った。各ファージ（利用可能な最大の力価、表１５）またはファージカクテル（「材料および方法」の段落に記載）をＬＢ中で１：１０に連続希釈した。二重寒天オーバーレイの凝固後、ファージをロボットによってオーバーレイ上にスポットした。スポット形成が完了してスポットが乾燥すると、プレートを液体ハンドリングロボットから取り出し、３７℃のインキュベーターに一晩置いた。

【0317】

一晩インキュベートした後、一体型カメラＩＤＳ ｕＥ ｙｅを用いて、液体ハンドリングロボットＨａｍｉｌｔｏｎ ＳＴＡＲでプレートを画像化した。インハウスアルゴリズムを使用して、個々のプラーク形成単位の数を数えることによって感受性細菌株を同定した。ヒットを指定するために最低３つのプラーク形成単位を使用した。異常値の結果（アルゴリズムにおける３つの方法間の＞２対数の差）を与えるプレートおよびアルゴリズムによってプラークが検出されないプレートを手動で計数した。

【0318】

結果
ファージカクテルの宿主範囲を、液体中でのファージ曝露後および細菌オーバーレイ上でのプラーク形成後にＡＵＣを生成する２つの方法を使用して試験した。これらの２つの測定基準の組み合わせは、最大実行可能力価でＣＫ６１８がＣＰ中の菌株の９２．４％を標的とすることを実証した。ＣＰの３８．８％を表すＭＤＲ菌株サブセットでは、宿主範囲の割合はＣＫ６１８について９４．１％に増加した。

【0319】

カクテルの性能を決定するために使用される追加の測定基準は、ＯＤまでの時間である。この測定基準は、当初の減少後の細菌株の増殖の抑制においてカクテルがどの程度有効であるかを決定するのに有用である。スコアは、ＯＤの当初の減少後にＯＤ≧０．４までリバウンドしない菌株のパーセンテージを考慮する。したがって、より高い時間対ＯＤパーセンテージは、カクテルによって抑制されたそれらの菌株を表す。ＣＫ６１８についての時間対ＯＤのスコアは、すべてのパネルで最大実行可能力価で６７．８％であり、ＭＤＲ菌株では６２．４％であった（表１６）。

【0320】

【表13-1】

【0321】

【表13-2】

【0322】

実施例１２．抗生物質とのインビトロ相乗作用
この研究の目的は、ＣＫ６１８と抗生物質との相互作用を評価することであった。

【0323】

材料および方法
ファージカクテルＣＫ６１８を、２つの単離株パネルに対する抗生物質と組み合わせて、および上記抗生物質とともに試験した。第１のアッセイは、北アメリカ、ヨーロッパ、ラテンアメリカ、およびアジアからの８８個の同時尿路感染症（ＵＴＩ）単離株のパネルを使用した。これらの単離株の２１個（２４％）は、多剤耐性（ＭＤＲ）として分類され、３つ以上の抗生物質クラスに対する耐性を有する。５種の標準治療（ＳＯＣ）抗生物質（セフトリアキソン、セファレキシン、トリメトプリム／スルファメトキサゾール［ＴＭＰ／ＳＭＸ］、コトリモキサゾールとも呼ばれる］、ホスホマイシン、およびニトロフラントイン）と、比較対照として通常使用される２つの非ＳＯＣ抗生物質（セフジニルおよびシプロフロキサシン）とを代表する７つの異なる抗生物質をこのパネルに対して試験した。第２のアッセイは、さらなる４つの目的の菌株を有する３００株臨床単離株パネル（表１４）で構成されるパネルを使用した。それらの単離株の９３％がＭＤＲとして分類される。８８個の単離株パネルに対して試験した同じＳＯＣ抗生物質の４つを、このパネルに対して試験した。非ＳＯＣ抗生物質は、臨床環境では使用が制限されるために含まれず、ニトロフラントインは、この薬物に対する耐性の確率が低いため含まれなかった。

【0324】

両方の単離株パネルについて、Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＣＬＳＩ）またはＥｕｒｏｐｅａｎ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ（ＥＵＣＡＳＴ）ブレークポイントを、感受性単離株を死滅させるが、標準ＡＳＴ微量希釈アッセイにおいて中間体または耐性単離株を増殖させる濃度で使用することによって、試験した抗生物質濃度を決定した（表１７）。

【0325】

【表14】

【0326】

提案された第２相ＣＲＩＳＰＲ増強ファージ（ＣＲＩＳＰＲ－ファージ、以後「ｃｒＰｈａｇｅ」と呼ぶ）カクテル（ＣＫ６１８）の組成は、ＣＫ５７０から、ＣＫ５７０中の３つのファージと比較して６つのファージを含むように更新されている。ファージカクテルＣＫ６１８を、すべてのファージが最終カクテルにおいて同等の力価を有するように調製した。次いで、カクテルを細菌と混合して、カクテルについて１×１０^６プラーク形成単位（ＰＦＵ）／ｍＬ／ファージ、および細菌について１×１０^５コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの最終力価を得て、試料中の各ファージについて１０の感染多重度（ＭＯＩ）が得られた。簡潔には、５μｌの各試料（ＣＫ６１８単独、ＣＫ６１８、および抗生物質、抗生物質単独、または培地単独）を、５μｌの光学密度（ＯＤ）正規化細菌単離株および４０μｌのＬＢ培地に添加した。反応物を振盪しながら３７℃でインキュベートし、ＯＤ測定を２０時間にわたって毎時間行った。

【0327】

宿主範囲パーセンテージは、抗生物質またはＣＫ６１８の処置に応答した単離株のパーセントである。８８－単離株パネルの場合、結果を完全なパネル、ならびに多剤耐性（ＭＤＲ）（ｎ＝２１）およびβ－ラクタム耐性（ｎ＝３１）として分類されたサブセットについて分析した。３０４－単離株パネルの場合、結果を完全なパネル、ならびにＭＤＲ（ｎ＝９３）およびβ－ラクタム耐性（ｎ＝９１）として分類された単離株のサブセットについて分析した。

【0328】

結果
ＣＫ６１８は、すべての菌株において、第１世代と第３世代のセファロスポリン、シプロフロキサシン、およびＴＭＰ／ＳＭＸを含むほとんどのＳＯＣ抗生物質よりも優れていた（図１２Ａ～図１２Ｃ、図１３Ａ～図１３Ｃ、表１８、表１９）。併用療法は、抗生物質処置単独と比較して、すべての場合においてより有効であった。ＭＤＲおよびベータ－ラクタム耐性株のサブセットにおいて、セファロスポリン、シプロフロキサシン、またはＴＭＰ／ＳＭＸとの併用療法は、ファージカクテル単独と同様に、またはそれよりわずかに良好に機能する。ホスホマイシンおよびニトロフラントインは、すべての菌株にわたって強い活性を有し、ＬＢＰ－ＥＣ０１の添加によってわずかに改善された。ＭＤＲおよびベータ－ラクタム耐性株については、セファロスポリン、シプロフロキサシン、およびＴＭＰ／ＳＭＸの全宿主範囲は減少したが、ＬＢＰ－ＥＣ０１、ニトロフラントイン、およびホスホマイシンは、試験した単離株にわたって抗生物質耐性の状態にかかわらず同様に機能した（図１２Ａ～図１２Ｃ、図１３Ａ～図１３Ｃ、表１８、表１９）。

【0329】

【表15】

【0330】

【表16】

【0331】

これらのデータは、ＣＫ６１８が、すでに抗生物質耐性機構のいくつかの実証された症例を有し、ＭＤＲ／ＸＤＲ単離株の出現までは広く使用されていなかったため、現在のみ有効である回復した薬物ホスホマイシンを除いて、試験した抗生物質のすべてよりも優れていたことを実証している。さらに、ＣＫ６１８は抗生物質と相補的に作用する。単離ＭＤＲ状態または抗生物質の独自性に関係なく、すべての場合において、ＣＫ６１８＋抗生物質による同時処置は、ＣＫ６１８または抗生物質のいずれか単独の処置よりも高い宿主範囲を実証している。バクトリム（Ｂａｃｔｒｉｍ）（ＴＭＰ／ＳＭＸまたはコトリモキサゾール）の場合、標的とされた３０４－単離株パネルからのＭＤＲ株のパーセントは、バクトリム単独で処置した場合の１７．２％から、バクトリム＋ＣＫ６１８で処置した場合の７５．３％まで増加し（表１９）、これは、同時処置の利益についての強力な議論を提供する。

【0332】

実施例１３．カクテルの有効性を試験するための尿路感染モデル
大腸菌による膀胱および腎臓の安定感染をもたらす大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株ＡＴＣＣ７００９２８に感染したＣ３Ｈ／ＯｕＪマウスにおいて、尿路感染（ＵＴＩ）モデルを開発した。ＣＫ６１８代用カクテルＣＫ５７０をこの研究において試験して、カクテルが膀胱、腎臓、および尿における大腸菌負荷を低減し得る程度を決定した。

【0333】

材料
ＣＲＩＳＰＲファージ（「ｃｒＰｈａｇｅ」）カクテルは、６つのファージ（ｐ００４ｋ、ｐ００ｊｃ、ｐ００ｃ０、ｐ００ｋｅ、ｐ５５１６、およびｐ００ｅｘ）を含んでいた。ＣＫ５７０において使用されるｐ００ｊｃの完全な構築物バージョンは、他の完全な構築物ファージにおいて使用されるＰＡＩＣ Ｃａｓオペロンではなく、ＣＲＩＳＰＲ系としてＣｐｆ１／Ｃａｓ１２ａを使用し、プロセス開発（ＰＤ）プロセスを通して産生された。ＰＤプロセスは、より小さなスケールを除いて、臨床試験材料製造に使用されるのと同じ一般的な製造プロセスを使用する。効力および純度の両方を、内毒素レベルを含む臨床試験材料との整合性について評価する。

【0334】

【表17】

【0335】

ＣＫ５７０は、７．６×１０^１０プラーク形成単位（ＰＦＵ）／ｍＬの複合効力および１６．６ＥＵ／ｍＬの推定エンドトキシン含有量を有する１×トリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）中で製剤化した。ＣＫ５７０で処置されたマウスは、尿道内（ＩＵ）投与を介して３．８×１０^９ＰＦＵ／用量、またはＩＶ投与を介して７．６×１０^９ＰＦＵ／用量を受けた。感染株に対するカクテル効力は、２．０×１０^１０ＰＦＵ／ｍＬ（連続希釈およびＡＴＣＣ７００９２８細菌オーバーレイ上でのプレーティングによって決定される）であった。この研究で使用したビヒクルは、１×ＴＢＳであった。シプロフロキサシンは陽性対照であり、調合薬局によって水中の２．５ｍｇ／ｍＬストックとして注射剤として調製した。

【0336】

約８週齢で体重２１～２４グラムのＣ３Ｈ／ＯｕＪのメスマウスをこの研究に使用した。マウスをケージ当たり１～５匹の動物で飼育し、食物（５Ｐ７６Ｐｒｏｌａｂ ｉｓｏｐｒｏ照射実験食）および水を自由に与えた。

【0337】

実験計画
０日目に、群１～５の動物に、５０μＬの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）の単回ＩＵ用量を投与した（以下に記載）。感染後（ｐ．ｉ．）の４８、６０、７２、８４、および９６時間目に、すべての動物にビヒクル（１×ＴＢＳ）、ＣＫ５７０、またはシプロフロキサシンをＩＵ（群１および２）またはＩＶ（群３～５）投与した（表２０）。

【0338】

【表18】

【0339】

簡潔には、０日目、０時間目に、マウスに大腸菌（ＡＴＣＣ ７００９２８）を１０９コロニー形成単位（ＣＦＵ）でＩＵ投与により感染させた（図１４Ａ）。マウスを酸素中１～４％イソフルランで２～３分間、深い麻酔面が達成されるまで麻酔し、つま先摘み反射によって確認した。その後、各マウスを、腹側を上にしてボード上に置き、鼻にノーズコーンを挿入してイソフルランを供給した。下腹部を優しくマッサージして膀胱内の尿を排出した。１ｍＬのシリンジに接続した２４Ｇ新生児カテーテル（ＢＤ Ｉｎｓｙｔｅ－Ｎ Ａｕｔｏｇｕａｒｄ ＢＣ ２４ ＧＡ ０．５６ＩＮ［０．７×１４ｍｍ］ｃａｔ＃３８１４１１）を使用して、５０μＬの接種材料を膀胱にゆっくりと注入した。ＩＶ投与のために、マウスを拘束装置で手動で拘束し、研究処置を外側尾静脈を介して投与した。１００μＬの用量体積をＩＶ注射に使用した。ＩＵ投与については、大腸菌の元の投与と同じ方法を使用した。５０μＬの用量体積をＩＵ投与に使用した。

【0340】

次いで、マウスの２つのコホートを安楽死させ、大腸菌負荷を連続希釈によって評価し、感染後４９時間および５４時間に（それぞれ、処置の１時間後および６時間後）にホモジナイズした組織から培養した。マウスの第３のコホートに、ビヒクル、シプロフロキサシン、またはＣＫ５７０のいずれかの４回の追加用量を１２時間毎に、感染後９６時間まで投与した。感染後１０２時間（最終処置の６時間後）目に、残りのマウスを安楽死させ、大腸菌負荷を数え上げた。吸入されたイソフルラン（１～５％）での麻酔後、腹部を開いて膀胱を露出させ、インスリンシリンジを用いて尿を無菌的に採取し、無菌のＤＮＡｓｅ／ＲＮＡｓｅフリーチューブに入れた。

【0341】

尿採取後、膀胱を取り出し、１．４ｍｍのセラミックビーズ（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ｃａｔ＃１５－３４０－１５３）と２００μＬの滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ｔｅｋｎｏｖａ ｃａｔ＃Ｐ０２００）を含むあらかじめ秤量した均質化チューブに入れ、１０００分の１の位まで再度秤量した。腎臓および脾臓を膀胱と同様の方法で１ｍＬの体積の滅菌ＰＢＳに回収した。心臓に針を挿入し、４ｍＬのヘパリンナトリウム血液採取管（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ ｃａｔ＃０２－６８９－５）に採取し、穏やかに回転させて、抗凝固剤と適切に混合させることによって、血液を採取した。組織をホモジナイズし、すべての試料をすぐに連続希釈し、ＣＦＵ計数のためにプレーティングした。ＣＦＵ／ｍＬの計算値を、膀胱および腎臓のグラム組織に対して正規化した。すべてのＣＦＵデータを対数変換した。

【0342】

結果
カクテルを感染部位に直接送達したＣＫ５７０のＩＵ投与は、腎臓ではすべての時点で、膀胱では感染後５４時間目および１０２時間目に、ならびに尿では感染後４９時間目および１０２時間目に、細菌負荷が有意に減少した（図１５Ａ～１５Ｃ）。細菌負荷の減少は、約２ｌｏｇ～約４ｌｏｇの範囲であり、場合によっては、検出限界（ＬＯＤ）に達した。これらのデータは、有意な有効性が、単回用量または１日２回（ＢＩＤ）投与される５回用量のいずれかで達成可能であることも実証している。

【0343】

重要なことに、全身投与経路であるＣＫ５７０の静脈内（ＩＶ）投与も、細菌負荷の有意な減少を達成した。数え上げたＣＦＵレベルの有意な減少が、腎臓においてすべての時点で、膀胱において感染後５４時間および１０２時間目に、ならびに尿において感染後１０２時間目に観察された（図１６Ａ～１６Ｃ）。細菌負荷の減少は、約２ｌｏｇ～約３ｌｏｇの範囲であった。シプロフロキサシン処置は、評価したすべての時点にわたって、各組織におけるＬＯＤに対する細菌負荷を有意に減少させた。注目すべきことに、シプロフロキサシンはヒト非合併症ＵＴＩの標準治療抗生物質ではなく、この実験におけるシプロフロキサシンの使用は、モデルが予想通りに実行されたことを確認するための陽性対照としてのみ意図されていた。ＣＦＵの計数に加えて、ＣＫ５７０ファージはさらに、ＡＴＣＣ７００９２８のオーバーレイ上の濾過された組織ホモジネート、濾過された血漿、および尿の連続希釈およびプラーク形成によって計数した。ファージのＩＵ投与は、特に初期の時点で、腎臓、膀胱、および尿において検出可能なレベルのＣＫ５７０をもたらした。ＩＶ投与は、初期の時点で血液および脾臓中の検出可能なレベルのＬＢＰＥＣ０１をもたらしたが、シグナルは感染後１０２時間までに検出限界またはその近くまで低下した。感染後１０２時間目では検出可能なファージが最低レベルであるにもかかわらず、両方の投与経路による細菌負荷の有意な減少によって証明されるように、有意なカクテル有効性が依然として存在した。まとめると、ＣＫ５７０のＩＵまたはＩＶ投与は、有効性を達成するために重要な器官へのカクテルの充分な送達をもたらす。

【0344】

したがって、ＩＵおよびＩＶ投与の両方が、細菌負荷の減少を達成するための有効な投与経路であり、ＣＫ５７０の全身送達が実行可能な臨床投与経路であることを実証した。さらに、有効性はＣＫ５７０の単回投与後に達成され、４回の追加投与後に維持された。まとめると、これらのデータは、ＣＫ５７０が非常に有効であり、ＵＴＩモデルにおいて大腸菌細菌負荷を有意に減少させることができることを示している。

【0345】

図１４Ｂに示す設計の概略図である別の研究では、ＣＫ６１８を使用して同様の結果が得られた。実験レイアウトを表２１に示す。

【0346】

【表19】

【0347】

結果
膀胱において、感染後４８時間目でのＣＫ６１８のＩＵ用量およびＩＶ用量の両方の投与は、ビヒクル処置またはＩＶ用量単独のいずれかと比較して、５４時間目のＣＦＵの有意な約３ｌｏｇ減少をもたらしたことが観察された（図１７Ｂ）。対照的に、１０２時間の時点で、５回のＣＫ６１８のＩＶ用量を投与された両方の処置群は、ビヒクル処置群と比較してＣＦＵの統計的に有意な２～３ｌｏｇ減少を示し、ＣＫ６１８の初期ＩＵ投与を受けた群と受けなかった群との間には有意差はなかった。したがって、初期ＩＵ用量はＣＫ６１８の単回ＩＶ用量の有効性を改善したが、ＢＩＤ投与した５回のＩＶ用量と比較して有効性のブーストをもたらさなかった。カクテルファージを数え上げることで、感染後４８時間でＣＫ６１８の単回ＩＶ用量のみで処置した動物の腎臓において５４時間で非常に少数の検出可能なファージが示されたが、ファージは、５回のＩＶ投与後、１０２時間の時点で腎臓において明らかに検出可能であった（図１８Ａ）。対照的に、ＩＶ投与前の感染後４８時間にＩＵ投与を受けた動物は、両方の時点で腎臓において明らかに検出可能なファージを有していた。膀胱および血漿において（図１８Ｂ～１８Ｃ）、ＩＵ負荷用量は、ＩＶ投与単独と比較していずれの時点でも生体内分布の有意な変化を引き起こさなかった。有効性データと一致して、これらの結果は、ＩＵ負荷用量が、単回ＩＶ用量と比較して尿路へのファージの生体内分布を改善し得るが、５回のＢＩＤ ＩＶ用量と比較して改善し得ないことを示唆している。

【0348】

【表20】

【0349】

【表21-1】

【0350】

【表21-2】

【0351】

【表21-3】

【0352】

【表21-4】

【0353】

【表21-5】

【0354】

本開示の好ましい実施形態が本明細書中で示され、記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されているに過ぎないということは、当業者に明らかであろう。多くの変形、変更、および置き換えは、本開示から逸脱することなく、当業者によって想到されるものである。本明細書に記載される本開示の実施形態の様々な代案が、本開示の実施に際して利用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本開示の範囲を定義するものであり、ならびに、この特許請求の範囲およびその同等物の範囲内の方法および構造はそれによって包含されることが、意図されている。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図3D】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9A】

【図9B】

【図9C】

【図10】

【図11】

【図12A】

【図12B】

【図12C】

【図13A】

【図13B】

【図13C】

【図14A】

【図14B】

【図15A】

【図15B】

【図15C】

【図16A】

【図16B】

【図16C】

【図16D】

【図16E】

【図17A】

【図17B】

【図18A】

【図18B】

【図18C】

【図19】

【配列表】

2023548580000001.app

【国際調査報告】