特表 2023-550036 富化された生体活性腎細胞集団、その特徴及び使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-11-30

(54)【発明の名称】富化された生体活性腎細胞集団、その特徴及び使用

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/68 20180101AFI20231122BHJP

   C12N 5/071 20100101ALI20231122BHJP

   A61K 35/22 20150101ALI20231122BHJP

   A61P 13/12 20060101ALI20231122BHJP

   A61K 31/728 20060101ALI20231122BHJP

   G01N 33/68 20060101ALI20231122BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/68

C12N5/071

A61K35/22

A61P13/12

A61K31/728

G01N33/68

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023528161

(86)(22)【出願日】2021-11-12

(85)【翻訳文提出日】2023-06-27

(86)【国際出願番号】 US2021059215

(87)【国際公開番号】W WO2022104120

(87)【国際公開日】2022-05-19

(31)【優先権主張番号】63/113,437

(32)【優先日】2020-11-13

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/214,483

(32)【優先日】2021-06-24

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/255,704

(32)【優先日】2021-10-14

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】519031841

【氏名又は名称】ベルトラム， ティモシー エー．

(71)【出願人】

【識別番号】519031830

【氏名又は名称】ジャイン， ディーパク

(74)【代理人】

【識別番号】110000796

【氏名又は名称】弁理士法人三枝国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】ベルトラム， ティモシー エー．

(72)【発明者】

【氏名】ジャイン， ディーパク

【テーマコード（参考）】

2G045

4B063

4B065

4C086

4C087

【Ｆターム（参考）】

2G045AA25

2G045CB01

2G045DA36

4B063QA05

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR32

4B063QR35

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065CA23

4B065CA24

4B065CA46

4C086AA01

4C086AA02

4C086EA25

4C086MA02

4C086MA04

4C086NA05

4C086NA14

4C086ZA81

4C086ZC75

4C087AA01

4C087AA02

4C087BB41

4C087MA02

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA81

(57)【要約】

治療可能性を有する富化された不均一腎細胞集団を識別する方法、治療可能性を有する富化された不均一腎細胞集団、及びその使用。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法であって、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞が少なくとも１つの腎形成マーカーを発現するかどうかを判定する工程と、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞が前記少なくとも１つの腎形成マーカーを発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する工程と、
を含み、ここで、前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上を含む、方法。

【請求項2】

前記判定する工程は、前記少なくとも１つの腎形成マーカーを発現する前記富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２を含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で約６．０％以下がＳＩＸ２を発現する場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項5】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＯＳＲ１を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項6】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＯＳＲ１を含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現する場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項7】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＬＨＸ１を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項8】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＬＨＸ１を含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項9】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＲＥＴを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＲＥＴを含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現する場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項11】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＦＧＦ８を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項12】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＦＧＦ８を含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現する場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項13】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又は、
（ｂ）ＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又は、
（ｃ）ＳＩＸ２及びＲＥＴ、又は、
（ｄ）ＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又は、
（ｅ）ＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又は、
（ｆ）ＯＳＲ１及びＲＥＴ、又は、
（ｇ）ＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又は、
（ｈ）ＬＨＸ１及びＲＥＴ、又は、
（ｉ）ＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又は、
（ｊ）ＲＥＴ及びＦＧＦ８、
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項14】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｂ）ＳＩＸ２及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｃ）ＳＩＸ２及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｄ）ＳＩＸ２及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｅ）ＯＳＲ１及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｆ）ＯＳＲ１及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｇ）ＯＳＲ１及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｈ）ＬＨＸ１及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｉ）ＬＨＸ１及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｊ）ＲＥＴ及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項15】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｂ）ＳＩＸ２及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｃ）ＳＩＸ２及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｄ）ＳＩＸ２及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｅ）ＯＳＲ１及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現することが判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｆ）ＯＳＲ１及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｇ）ＯＳＲ１及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｈ）ＬＨＸ１及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｉ）ＬＨＸ１及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｊ）ＲＥＴ及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項16】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又は、
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又は、
（ｃ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又は、
（ｄ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又は、
（ｅ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又は、
（ｆ）ＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又は、
（ｇ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又は、
（ｈ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又は、
（ｉ）ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又は、
（ｊ）ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項17】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｃ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｄ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｅ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６．０％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｆ）ＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｇ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｈ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｉ）ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｊ）ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項18】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現することが判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｃ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｄ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｅ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｆ）ＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｇ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｈ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｉ）ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；又は、
（ｊ）ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項19】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、
（ｃ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、
（ｄ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、
（ｅ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項20】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｃ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｄ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｅ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項21】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、
（ａ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｂ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｃ）ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｄ）ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
（ｅ）ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する；
を含む、請求項２に記載の方法。

【請求項22】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項23】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦを含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％超がＬＨＸ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％超がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項24】

前記少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８を含み、ここで、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定され、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％～約９０％がＲＥＴを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２に記載の方法。

【請求項25】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、又はＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、又はＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項26】

前記１つ以上は、ネフリンを含む、請求項２５に記載の方法。

【請求項27】

前記１つ以上は、ポドシンを含む、請求項２５に記載の方法。

【請求項28】

前記１つ以上は、ポドシンを更に含む、請求項２６に記載の方法。

【請求項29】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を含む、請求項２５に記載の方法。

【請求項30】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を更に含む、請求項２６に記載の方法。

【請求項31】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を更に含む、請求項２７に記載の方法。

【請求項32】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を更に含む、請求項２８に記載の方法。

【請求項33】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４％～約９９％がネフリンを発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２６に記載の方法。

【請求項34】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２７に記載の方法。

【請求項35】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４％～約９９％がネフリンを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２８に記載の方法。

【請求項36】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項２９に記載の方法。

【請求項37】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４％～約９９％がネフリンを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項３０に記載の方法。

【請求項38】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項３１に記載の方法。

【請求項39】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４％～約９９％がネフリンを発現し、前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現し、かつ前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項３２に記載の方法。

【請求項40】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＢＭＰ４、ＢＭＰ７、ＧＤＮＦ、ＨＯＸ１１、ＥＹＡ１、ＳＡＬ１、及びＳＩＸ４の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＢＭＰ４、ＢＭＰ７、ＧＤＮＦ、ＨＯＸ１１、ＥＹＡ１、ＳＡＬ１、及びＳＩＸ４の１つ以上を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項１～３９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項41】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＰＡＸ２、ＣＩＴＥＤ１、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１０、ＨＯＸ１０、ＰＯＤ１、及びＭＵＣ１の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＰＡＸ２、ＣＩＴＥＤ１、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１０、ＨＯＸ１０、ＰＯＤ１、及びＭＵＣ１の１つ以上を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項42】

前記１つ以上は、ＰＡＸ２を含む、請求項４１に記載の方法。

【請求項43】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＢＭＰ７、ＳＭＡＤ、ＬＩＦ、ＦＯＸＤ１、ＨＯＸＢ７、ＡＬＫ３、ＤＫＫ１、及びＳＰＲＹ１の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＢＭＰ７、ＳＭＡＤ、ＬＩＦ、ＦＯＸＤ１、ＨＯＸＢ７、ＡＬＫ３、ＤＫＫ１、及びＳＰＲＹ１の１つ以上を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項44】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がヒアルロナン媒介運動性受容体（ＲＨＡＭＭ）、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、又はＴｍ４ｓｆ４の遺伝子の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＲＨＡＭＭ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、又はＴｍ４ｓｆ４の遺伝子の１つ以上を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項１～４３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項45】

前記１つ以上の遺伝子は、ＲＨＡＭＭを含む、請求項４４に記載の方法。

【請求項46】

請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法に従って識別された富化された不均一腎細胞集団。

【請求項47】

請求項４６に記載の富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物。

【請求項48】

治療を必要とする患者における腎臓疾患を治療する方法であって、
治療的有効量の請求項４７に記載の医薬組成物を投与すること、
を含む、方法。

【請求項49】

腎臓疾患を治療する医薬の製造における、請求項４７に記載の医薬組成物の使用。

【請求項50】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法であって、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞によるＲＨＡＭＭ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、及びＴｍ４ｓｆ４の遺伝子の１つ以上の発現レベルを決定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞による前記１つ以上の遺伝子の発現レベルが、コントロール腎細胞集団の細胞による前記１つ以上の遺伝子の発現レベルと比べて増加している場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を含む、方法。

【請求項51】

前記１つ以上の遺伝子は、ＲＨＡＭＭを含む、請求項５０に記載の方法。

【請求項52】

前記富化された不均一腎細胞集団は、密度勾配分離の工程を含む方法を介して調製され、かつ前記コントロール腎細胞集団は、前記密度勾配分離の工程に供された細胞を含む、請求項５０又は５１に記載の方法。

【請求項53】

前記方法を介して調製された前記富化された不均一腎細胞集団は、約１．０４ｇ／ｍＬ超の浮遊密度の細胞を含む、請求項５２に記載の方法。

【請求項54】

請求項５０～５３のいずれか一項に記載の方法に従って識別された富化された不均一腎細胞集団。

【請求項55】

請求項５４に記載の富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物。

【請求項56】

ヒアルロン酸を更に含む、請求項５５に記載の医薬組成物。

【請求項57】

治療を必要とする患者における腎臓疾患を治療する方法であって、
治療的有効量の請求項５５又は５６に記載の医薬組成物を投与すること、
を含む、方法。

【請求項58】

腎臓疾患を治療する医薬の製造における、請求項５５又は５６に記載の医薬組成物の使用。

【請求項59】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法であって、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を含む、方法。

【請求項60】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約１０％がＳＩＸ２を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項５９に記載の方法。

【請求項61】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％がＳＩＸ２を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項６０に記載の方法。

【請求項62】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項５９～６１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項63】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８５％がＯＳＲ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項５９～６２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項64】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項５９～６３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項65】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の８５％超がポドシンを発現することが判定される場合に、前記集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項５９～６４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項66】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、又はネフロンの１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、又はネフロンの１つ以上を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項５９～６５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項67】

前記１つ以上は、ＬＨＸ１を含む、請求項６６に記載の方法。

【請求項68】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％～約５８％がＬＨＸ１を発現すると判定されることが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項６７に記載の方法。

【請求項69】

前記１つ以上は、ＦＧＦ８を含む、請求項６６～６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項70】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項６９に記載の方法。

【請求項71】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を含む、請求項６６～７０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項72】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７１に記載の方法。

【請求項73】

前記１つ以上は、ネフリンを含む、請求項６６～７２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項74】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４％～約９９％がネフリンを発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７３に記載の方法。

【請求項75】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法であって、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現する場合に、前記集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を含む、方法。

【請求項76】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の７０％超がネフリンを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７５に記載の方法。

【請求項77】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の７５％超がネフリンを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７６に記載の方法。

【請求項78】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の８０％超がポドシンを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７５～７７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項79】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の９０％超がポドシンを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７８に記載の方法。

【請求項80】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の１０％超がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項７５～７９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項81】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の２０％超がＬＨＸ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項８０に記載の方法。

【請求項82】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ＦＧＦ８、又はＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現するかどうかを判定することと、
前記富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ＦＧＦ８、又はＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現すると判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することと、
を更に含む、請求項７５～８１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項83】

前記１つ以上は、ＳＩＸ２を含む、請求項８２に記載の方法。

【請求項84】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約１５％がＳＩＸ２を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項８３に記載の方法。

【請求項85】

前記１つ以上は、ＯＳＲ１を含む、請求項８２～８４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項86】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％～約８４％がＯＳＲ１を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項８５に記載の方法。

【請求項87】

前記１つ以上は、ＲＥＴを含む、請求項８２～８６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項88】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＲＥＴを発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項８７に記載の方法。

【請求項89】

前記１つ以上は、ＦＧＦ８を含む、請求項８２～８８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項90】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．４８％～約５９％がＦＧＦ８を発現することが判定される場合に、前記富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項８９に記載の方法。

【請求項91】

前記１つ以上は、ＲＡＣＫ－１を含む、請求項８２～９０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項92】

前記富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８５％がＲＡＣＫ－１を発現することが判定される場合に、前記不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する、請求項９１に記載の方法。

【請求項93】

請求項７５～９２のいずれか一項に記載の方法に従って治療可能性を有するものとして識別された前記富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物。

【請求項94】

治療を必要とする患者における腎臓疾患を治療する方法であって、
治療的有効量の請求項９３に記載の医薬組成物を投与すること、
を含む、方法。

【請求項95】

腎臓疾患を治療する医薬の製造における、請求項９３に記載の医薬組成物の使用。

【発明の詳細な説明】

【背景技術】

【0001】

慢性腎臓疾患（ＣＫＤ）は、治療的介入がなければ悪化することになる進行性の腎症を特徴としており、最終的に患者は末期腎疾患（ＥＳＲＤ）に至る可能性がある。米国から欧州までの有病率データによれば、一般母集団のおよそ１０％が病期１～病期３のＣＫＤを患っていることが分かっている（ヨーロッパ腎臓学会２００９年（ERA, 2009）、米国腎臓病データシステム２０１１年（USRDS, 2011）、非特許文献１）。世界中で、ＣＫＤ及びＥＳＲＤの罹患率及び有病率は増加している一方で、治療成績は依然として不良のままである（非特許文献２）。慢性腎臓疾患の有病率は、米国だけでも１９９６年から２００６年の間に３３％超増加した（非特許文献３）。ＣＫＤの罹患率の増加は重大な公衆衛生への脅威をもたらし、その影響は大きくなることが予測されるばかりである。

【0002】

ＥＳＲＤの最大の原因は真性糖尿病であり（非特許文献４）、ＣＫＤの罹患率は、主に２型糖尿病の罹患率の増加が原因で増加し続けている（非特許文献４）。ＣＫＤは、しばしば高血圧症及び腎血管疾患を含む基礎となる併存症及び／又は危険因子による有害な転帰を伴う（非特許文献５、非特許文献６）。重篤な併存症のため、ＣＫＤを伴う患者は生存してＥＳＲＤまで進行するよりも早期に死亡する可能性が５倍～１１倍高い（非特許文献７、非特許文献８）。ＥＳＲＤ患者が生存するには腎代替療法（透析又は移植）が必要とされる。現在、米国では５０万人を超える人々が透析又は腎臓移植を必要とし、メディケアコストにおいて年間２２０億ドル超を占めている（総メディケア予算の６％）（非特許文献９）。腎臓移植はＣＫＤについての決定的な標準治療であり、透析よりも良好な長期生存率（及び費用対効果）をもたらすが、臓器は相変わらず慢性的に不足したままである。死体腎臓ドナー及び生体腎臓ドナーは両方とも増加しているにもかかわらず、米国における１００透析患者年当たりの移植率は事実上減少している。ＣＫＤの有害な転帰をその疾患に早期に介入することによって予防すること又は遅延させることは、ＣＫＤ管理における主要な戦略である。残念なことに、疾患の進行を防ぐ早期治療アプローチは成功に至っていない。

【0003】

組織工学及び細胞ベースの応用を含む新たな治療パラダイムは、腎臓機能の実質的かつ持続的な増強をもたらし、疾患の進行を遅延させ、この患者集団において生活の質を改善することができる。これらの次世代の再生医療技術は、ＣＫＤについての治療選択肢として単離腎細胞を提供する（Presnellらによる特許文献１及びIlaganらによる特許文献２）。これらの生体活性腎細胞をＣＫＤに関する動物モデルの腎臓に注射すると、動物の生存率及び腎臓機能の大幅な改善がもたらされた。

【0004】

当該技術分野においては、腎臓疾患の治療についての治療可能性を有する細胞をそれらの再生能力又は腎形成能力に基づいて識別し、腎細胞ベースの療法薬が有効性の期待されるレベルを満たすことを保証する必要がある。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0005】

【特許文献1】国際公開第２０１０／０５６３２８号

【特許文献2】国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０３６３４７号

【非特許文献】

【0006】

【非特許文献1】Jha et al.著の「慢性腎臓疾患：世界的な側面及び展望（Chronic kidney disease: global dimension and perspectives.）」 Lancet. 2013; 382:260-72

【非特許文献2】Shaw et al.著の「２０１０年及び２０３０年についての糖尿病の有病率の世界的推定（Global estimates of the prevalence of diabetes for 2010 and 2030.）」 Diabetes Res Clin Pract. 2010; 87:4-14

【非特許文献3】米国腎臓統計システム．ＣＫＤ及びＥＳＲＤのコスト．ミネソタ州ミネアポリス，２００７年（U.S. Renal Data System. Costs of CKD and ESRD. Minneapolis, MN, 2007）

【非特許文献4】Postma and de Zeeuw, 2009

【非特許文献5】Khan et al., 2002

【非特許文献6】Stenvinkel P.著の「慢性腎臓疾患－公衆衛生上の優先順位及び早発性心血管疾患の前触れ（Chronic kidney disease - a public health priority and harbinger of premature cardiovascular disease）」J Intern med. 2010; 268:456-67

【非特許文献7】Collins et al., 2003

【非特許文献8】Smith et al., 2004

【非特許文献9】米国臓器調達及び移植ネットワーク並びに移植レシピエントの科学的登録の年次報告書：移植データ１９９８年～２００７年．メリーランド州ロックビル：ＨＨＳ／ＨＲＳＡ／ＨＳＢ／ＤＯＴ，２００８年（Annual Report of the U.S. Organ Procurement and Transplantation Network and the Scientific Registry of Transplant Recipients: Transplant Data 1998-2007. Rockville, MD: HHS/HRSA/HSB/DOT, 2008）

【発明の概要】

【0007】

本開示は、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法を記載する。この方法においては、富化された不均一腎細胞集団の細胞が少なくとも１つの腎形成マーカーを発現するかどうかを判定する。富化された不均一腎細胞集団の細胞が少なくとも１つの腎形成マーカーを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する。少なくとも１つの腎形成マーカーには、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上が含まれる。

【0008】

本開示はまた、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する更なる方法を記載する。この方法においては、富化された不均一腎細胞集団の細胞によるＲＨＡＭＭ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、及びＴｍ４ｓｆ４の遺伝子の１つ以上の発現レベルを決定する。富化された不均一腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子の発現レベルがコントロール腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子の発現レベルと比べて増加している場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する。

【0009】

本開示は、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する更に別の方法を記載する。この方法においては、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現するかどうかを判定する。富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する。

【0010】

本開示は、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別するなおも更なる方法を記載する。この方法においては、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現するかどうかを判定する。富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する。

【図面の簡単な説明】

【0011】

【図1A】選択された腎細胞集団、例えば、富化された不均一腎細胞集団の細胞により発現されたものとして検出された細胞マーカー、それらのマーカーについての細胞起源、及びそれらのマーカーを発現する細胞が腎臓における発生に関与し得る構造物を記載する表である。

【図1B】図１Ａに記載されるマーカーを発現することが蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）によって判定された、選択された腎細胞集団、例えば、富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセントを示すグラフである。平均パーセント及び９５％ＣＩが表される。

【図2】発現変動遺伝子（ＤＥＧ）セットにおけるエンリッチメントされた京都遺伝子ゲノム百科事典（ＫＥＧＧ）パスウェイの散布図である。縦の座標はパスウェイ名を表し、横の座標はリッチ係数（Rich factor）を表す。各点のサイズ及び色は、それぞれパスウェイ内の差次的遺伝子の数及び異なるＱ値の範囲を表す。ＴＧＦ－βシグナル伝達経路、サルモネラ感染症、関節リウマチ、ピリミジン代謝、癌におけるプロテオグリカン、癌における経路、他の種類のＯ－グリカン生合成、レジオネラ症、Ｈｉｐｐｏシグナル伝達経路、ＨＴＬＶ－１感染症、ＦｏｘＯシグナル伝達経路、薬物代謝－その他の酵素、及び細胞周期についての暗点は全て、１．００に近い高いＱ値の範囲内にある。糖尿病合併症におけるＡＧＥ－ＲＡＧＥシグナル伝達経路及びアメーバ症についての点は全て、０．００に近い低いＱ値の範囲にある。タンパク質消化及び吸収、小細胞肺癌、ＥＣＭ－受容体相互作用、軸索誘導、並びにアルギニン及びプロリン代謝についての点は、中程度ないし低いＱ値の範囲にある。

【図3】ＤＥＧセットのＫＥＧＧパスウェイについてのアノテーションのグラフである。

【図4】メチル化変動領域（ＤＭＲ）の平均メチル化レベル分布のバイオリン型箱ひげ図である。Ｈｙｐｅｒ－ｄｍｒは、試料中の過剰メチル化されているｄｍｒを指し、ｈｙｐｏ－ｄｍｒは、試料中の低メチル化されているｄｍｒを指す。

【図5】（Ａ）ＳＩＸ２、（Ｂ）ＯＳＲ１、（Ｃ）ＬＨＸ１、（Ｄ）ＲＥＴ、（Ｅ）ネフリン、（Ｆ）ポドシン、（Ｇ）ＦＧＦ８、及び（Ｈ）ＲＡＣＫ－１の発現についての細胞のＦＡＣＳ解析からの散布図である。（Ａ）～（Ｈ）のそれぞれについての上方の散布図では、陰性細胞をゲーティングしたアイソタイプコントロール抗体を使用した。（Ａ）～（Ｈ）のそれぞれの下方の散布図では、抗原特異的抗体を使用して陽性細胞を検出し、ゲーティングして陰性細胞から切り離した。陽性細胞集団は、縦軸の右側又は横軸の上のいずれかにある。

【発明を実施するための形態】

【0012】

腎臓は、血管系から電解質を選択的に濾過する働きをする、個別の特化された機能単位、すなわちネフロンへと腎実質全体にわたって組織化される足細胞、メサンギウム細胞、内皮細胞、線維芽細胞、上皮細胞、並びに多数の幹細胞及び前駆細胞集団を含む多数の異なる細胞型から構成された複雑な器官である。腎臓のこの複雑さにより、固形腎臓器の代替構造物を作製することは非常に困難なものとなる。

【0013】

哺乳動物の腎臓発生の複雑なプロセスは、中間中胚葉として知られる中胚葉の領域において始まる。前腎、すなわち「第１の腎臓」は、中間中胚葉から起こる腎臓発生における系統決定の最初の工程に相当する。前腎は、前腎管に接続された上皮尿細管細胞の小さな中空の球体である。次に、前腎管は尾側に伸長する一方で、前腎自体は退縮する。中間中胚葉は目下、第２の腎臓、すなわち中腎管の別名でも知られる中腎を形成している。女性ではこれは退行するが、男性では最終的に精巣上体、すなわち精巣と膀胱との間の結合組織となる。中腎腎臓は約３０本の細管からなる。中腎細管の側先端は中腎管と癒合し、排泄部から総排出腔への通路が開かれる。総排出腔は最終的に膀胱及び直腸となる。最後に、後腎、すなわち後腎間葉は尿管芽から発生し、これは腎管から出芽して広範囲に分岐し、それぞれの新しい成長先端が後腎芽組織のキャップ状の凝集体を獲得し、それによって分葉状の後腎が得られる。

【0014】

尿管芽と後腎間葉との間の双方向シグナル伝達は、最終的に腎形成の影響力の大きい事象を媒介する役割を担う。Ｅ１０．５での腎管の伸長物である尿管芽は、周囲の後腎間葉にシグナルを伝え、侵入している尿管芽の先端周りで後腎間葉細胞の凝縮を誘導する。次に、これらの間葉凝縮体は間葉－上皮移行を経て、腎小体として知られる原始上皮小胞を形成する。尿管芽の分岐が続くことにより、集合管系及び腎盂の構成要素の発生がもたらされる。一方で、腎小体は体系的な一連の形態学的変化を経て、最終的には尿管芽上皮と癒合して、連続した上皮尿細管であるＳ字体を形成する。Ｓ字体に内皮細胞が侵入することにより、糸球体血管系の形成が引き起こされる。隣接する後腎間葉からのシグナル伝達に応答して尿管芽上皮からの分岐形態形成が続くことにより、今度は尿管芽先端での後腎間葉の新たな凝集体の誘導及び腎形成事象の継続がもたらされる。尿管芽の分岐形態形成及び追加の間葉凝縮体の誘導のこの反復プロセスは発生中の腎臓の放射軸に沿って続き、最も若いネフロンが末梢に向かって誘導される。

【0015】

発生中の腎臓における分岐形態形成及びそれに付随する腎形成の基礎となる分子遺伝学は複雑である。簡単に言うと、尿管芽の誘導は、分泌された成長因子ＧＤＮＦのその受容体ＲＥＴを介した上方調節によって引き起こされる。前腎管に沿ったＲＥＴの発現は尿管芽形成部位で最も高い。ＧＤＮＦ又はＲＥＴのいずれかのノックアウト突然変異は胚致死性であり、尿管出芽の不全並びにその結果としての腎臓及び尿管の形成の停止に関連している。ＧＤＮＦ発現の上方調節は、ＰＡＸ２、ＳＩＸ１、ＳＩＸ２、ＳＩＸ４を含む転写因子の作用によるものである。

【0016】

後腎間葉凝縮体から腎小体への変換の間の間葉－上皮移行は、主としてＷＮＴ９ｂ及びＷＮＴ４を含むＷＮＴファミリーのタンパク質によって制御される。このために、ＷＮＴ４のノックアウト体は生後２４時間以内に死亡し、腎臓は小さく異常であり、未分化の後腎間葉からなる。尿管芽の分岐及び腎形成の側面を調節する他の成長因子としては、ＴＧＦ－β、ＦＧＦ２、ＦＧＦ７、ＬＩＦ、及びＬＩＭ１が挙げられる。さらに、多数の相互作用シグナル伝達経路が尿管芽分岐及び腎形成の両方の側面の調節に関与している。これらには、古典的ＷＮＴ／β－カテニン経路、ソニックヘッジホッグ経路、並びにＴＧＦ－βスーパーファミリーシグナル伝達経路のＢＭＰ及びＦＧＦメンバーが含まれる。

【0017】

前／後軸に沿った中間中胚葉の領域化は、ＰＡＸ２、ＰＡＸ８、ＯＳＲ１、及びＷＴ１を含む或る特定の主要な転写因子の発現によって特徴付けられる。ＯＳＲ１は、最初は沿軸運命及び側板運命から中間中胚葉を決定するが、それでもなおキャップ間葉の決定及び生存にとって重要である。ＯＳＲ１発現はキャップ間葉に限定されることになり、ＯＳＲ１ヌルマウスは主要なキャップ間葉遺伝子（ＰＡＸ２、ＳＩＸ２、ＧＤＮＦ、ＥＹＡ１、及びＳＡＬＬ１）の発現を示すことができない。対照的に、ＯＳＲ１は、これらの系譜の分離前に後腎間葉で発現されるにもかかわらず、ＦＯＸＤ１＋間質コンパートメントの形成には必要とされない。

【0018】

ＷＮＴ９ｂ遺伝子は、後腎発生の誘導前に上皮ウォルフ管において発現される。ＷＮＴ９ｂの発現は尿管芽において継続しており、ここでは、その発現は先端よりも茎領域においてより顕著である。マウスにおけるＷＮＴ９ｂの発現は、成体になるまで集合管内で維持される。キャップ間葉におけるＷＮＴ９ｂ媒介性誘導により、ＷＮＴ４、線維芽細胞成長因子８（ＦＧＦ８）、ペアードボックス８（ＰＡＸ８）、及びＬＩＭホメオボックスタンパク質１（ＬＨＸ１）をコードする遺伝子の発現が開始される。これらの遺伝子は、ＷＮＴ９ｂ欠損胚腎臓のキャップ間葉においては発現に至ることはできず、ネフロンが形成されないため、結果的にＷＮＴ９ｂノックアウトマウスは出生後すぐに死亡する。

【0019】

胚性腎形成中の最も早期のシグナル伝達事象に典型的に関連した多数のマーカーの発現が観察されたことは、腎臓から単離した後に拡大され、分離工程を受けた富化された不均一腎細胞集団が脱分化し、より多くの腎前駆体様特性を獲得した可能性があることを示している。したがって、これらの腎前駆体様特性を有する富化された不均一腎細胞集団を罹患した腎実質に導入すると、通常は腎形成を媒介するが成体実質の状況では再生として解釈される重要なシグナル伝達カスケードの開始が引き起こされ得る。

【0020】

本明細書においては、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法、治療可能性を有するものとして識別された不均一腎細胞集団、並びに治療可能性を有する不均一腎細胞集団の方法及び使用が記載される。

【0021】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の治療可能性は、腎臓疾患、尿細管輸送欠損症、又は糸球体濾過欠損症の治療におけるものであり得る。

【0022】

富化された不均一腎細胞集団が腎臓疾患を治療する可能性を有するものとして識別される場合に、その腎臓疾患は、腎臓が血液を濾過し、血液から過剰な水分、電解質、及び老廃物を除去する機能を発揮する能力の喪失をもたらす急性腎不全又は慢性腎不全のあらゆる段階又は程度に関連し得る。腎臓疾患としては、貧血、例えば、エリスロポエチン欠乏症及びミネラル平衡異常、例えば、ビタミンＤ欠乏症等の内分泌機能不全を挙げることができる。腎臓疾患は腎臓に由来する場合もあれば、又は別の病態、例えば、心不全、高血圧症、糖尿病、自己免疫疾患、若しくは肝臓疾患に続発する場合もある。代替的に、腎臓疾患は腎臓への急性損傷後に発症する場合もあれば、又は腎臓及び／又は尿路の異常の結果である場合もある。

【0023】

富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団は、腎機能を回復し、腎機能を安定化し、腎機能を改善し、腎線維症を軽減し、腎炎症を軽減し、腎臓における尿細管形成を誘導し、腎臓における腎形成を誘導し、腎臓における糸球体形成を誘導し、又はそのような治療を必要とする患者の腎臓において再生効果を有し得る。富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団は、そのような治療を必要とする患者においてミネラル平衡を回復し、又は貧血を緩和し得る。富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団は、透析の必要性を引き延ばし、若しくは防ぐことができ、又は腎臓疾患についての治療を必要とする患者における腎臓移植の必要性を引き延ばし、若しくは防ぐことができる。

【0024】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞が少なくとも１つの腎形成マーカーを発現するかどうかを判定することができる。上記方法において発現が判定される少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸホメオボックス２（ＳＩＸ２）、オッドスキップ関連１（odd-skipped-related 1）（ＯＳＲ１）、ＬＩＭホメオボックス１（ＬＨＸ１）、トランスフェクション中の再構成（rearranged during transfection）（ＲＥＴ）、又は線維芽細胞成長因子８（ＦＧＦ８）のいずれか１つであり得る。上記方法において発現が判定される少なくとも１つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれか１つ、いずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は全てであり得るか、又はそれらを含み得る。

【0025】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別するこれらの方法において、少なくとも１つの腎形成マーカーの発現の判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか２つの発現の判定であり得るか、又はそれらを含み得る。発現の判定がこれらの腎形成マーカーのいずれか２つの判定である場合に、２つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又はＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又はＯＳＲ１及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１及びＲＥＴ、又はＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又はＲＥＴ及びＦＧＦ８であり得るか、又はそれらを含み得る。

【0026】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、少なくとも１つの腎形成マーカーの発現の判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか３つの発現の判定であり得るか、又はそれらを含み得る。発現の判定がこれらの腎形成マーカーのいずれか３つの判定である場合に、３つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８であり得るか、又はそれらを含み得る。

【0027】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、少なくとも１つの腎形成マーカーの発現の判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか４つの発現の判定であり得るか、又はそれらを含み得る。発現の判定がこれらの腎形成マーカーのいずれか４つの判定である場合に、４つの腎形成マーカーは、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれかであり得るか、又はそれらを含み得る。

【0028】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、少なくとも１つの腎形成マーカーの発現の判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の腎形成マーカーのそれぞれの発現の判定であり得るか、又はそれらを含み得る。

【0029】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、不均一の富化された腎細胞集団の細胞が少なくとも１つ（例えば、いずれか１つ、又はいずれか２つ、又はいずれか３つ、又はいずれか４つ、又は５つ全て）の腎形成マーカーを発現することの判定は、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0030】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、少なくとも１つの腎形成マーカーの発現の判定は、少なくとも１つの腎形成マーカーを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを更に含み得る。少なくとも１つの腎形成マーカーを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか１つ、いずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てを発現する細胞のパーセンテージを決定することができる。少なくとも１つの腎形成マーカーを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、ほぼ或る特定の又は特定のパーセンテージの富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか１つ、いずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0031】

ＳＩＸ２を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを上記方法において決定し、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．０２％がＳＩＸ２を発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。代替的に、ＳＩＸ２を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも約０．０４％、又は少なくとも約０．１％、又は少なくとも約０．５％、又は少なくとも約１．０％、又は少なくとも約１．５％、又は少なくとも約２．０％、又は少なくとも約２．５％、又は少なくとも約３．０％、又は少なくとも約３．５％、又は少なくとも約４．０％、又は少なくとも約４．５％、又は少なくとも約５．０％、又は少なくとも約５．５％であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ＳＩＸ２を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが０％超で多くとも約１５．０％まで、０％超で多くとも約１０．０％まで、又は０％超で多くとも約９．５％まで、又は０％超で多くとも約９．０％まで、又は０％超で多くとも約８．５％まで、又は０％超で多くとも約８．０％まで、又は０％超で多くとも約７．５％まで、又は０％超で多くとも約７．０％まで、又は０％超で多くとも約６．５％まで、又は０％超で多くとも約６．０％までであると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。さらに、ＳＩＸ２を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが約０．０２％から約１５．０％の間、又は約０．０２％から約１０．０％の間、又は約０．０２％から約９．０％の間、又は約０．０２％から約８．０％の間、又は約０．０２％から約７．０％の間、又は約０．０２％から約６．０％の間、又は約０．０４％から約１５．０％の間、又は約０．０４％から約１０．０％の間、又は約０．０４％から約９．０％の間、又は約０．０４％から約８．０％の間、又は約０．０４％から約７．０％の間、又は約０．０４％から約６．０％の間、又は約１．０％から約１５．０％の間、又は約１．０％から約１０．０％の間、又は約１．０％から約９．０％の間、又は約１．０％から約８．０％の間、又は約１．０％から約７．０％の間、又は約１．０％から約６．０％の間であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0032】

ＯＳＲ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを上記方法において決定し、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３０％がＯＳＲ１を発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。代替的に、ＯＳＲ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも約３５％、又は少なくとも約３６％、又は少なくとも約３７％、又は少なくとも約３８％、又は少なくとも約３９％、又は少なくとも約４０％、又は少なくとも約４１％、又は少なくとも約４２％、又は少なくとも約４３％、又は少なくとも約４４％、又は少なくとも約４５％、又は少なくとも約５０％であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ＯＳＲ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８４％まで、又は０％超で多くとも約８２％まで、又は０％超で多くとも約８０％まで、又は０％超で多くとも約７５％まで、又は０％超で多くとも約７０％までであると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を再生可能性を有するものとして識別することができる。さらに、ＯＳＲ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが約３０％から約９０％の間、又は約３０％から約８８％の間、又は約３０％から約８６％の間、又は約３０％から約８４％の間、又は約３０％から約８２％の間、又は約３０％から約８０％の間、又は３４％から９０％の間、又は約３４％から約８８％の間、又は約３４％から約８６％の間、又は約３４％から約８４％の間、又は約３４％から約８２％の間、又は約３４％から約８０％の間、又は約３６％から約９０％の間、又は約３６％から約８８％の間、又は約３６％から約８６％の間、又は約３６％から約８４％の間、又は約３６％から約８２％の間、又は約３６％から約８０％の間、又は約４０％から約９０％の間、又は約４０％から約８５％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８５％の間、又は約５０％から約９０％の間、又は約５０％から約８５％の間、又は約５５％から約９０％の間、又は約５５％から約８５％の間、又は約６０％から約９０％の間、又は約６０％から約８５％の間、又は約６５％から約９０％の間、又は約６５％から約８５％の間、又は約７０％から約９０％の間、又は約７０％から約８５％の間であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を再生可能性を有するものとして識別することができる。

【0033】

ＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを上記方法において決定し、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約５％がＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、不均一の富化された腎細胞集団を再生可能性を有するものとして識別することができる。代替的に、ＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも約６％、又は少なくとも約７％、又は少なくとも約８％、又は少なくとも約９％、又は少なくとも約１０％であると決定される場合に、不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが０％超で多くとも７５％まで、又は０％超で多くとも７０％まで、又は０％超で多くとも約６５％まで、又は０％超で多くとも約６４％まで、又は０％超で多くとも約６３％まで、又は０％超で多くとも約６２％まで、又は０％超で多くとも約６１％まで、又は０％超で多くとも約６０％まで、又は０％超で多くとも約５９％まで、又は０％超で多くとも約５８％まで、又は０％超で多くとも約５７％まで、又は０％超で多くとも約５６％まで、又は０％超で多くとも約５５％までであると決定される場合に、不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。さらに、ＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが約６％から約６０％の間、又は約６％から約５９％の間、又は約６％から約５８％の間、又は約６％から約５７％の間、又は約６％から約５６％の間、又は約６％から約５５％の間、又は約６％から約５４％の間、又は約８％から約６０％の間、又は約８％から約５９％の間、又は約８％から約５８％の間、又は約８％から約５７％の間、又は約８％から約５６％の間、又は約８％から約５５％の間、又は約８％から約５４％の間、又は約１０％から約６０％の間、又は約１０％から約５９％の間、又は約１０％から約５８％の間、又は約１０％から約５７％の間、又は約１０％から約５６％の間、又は約１０％から約５５％の間、又は約１０％から約５４％の間、又は約１６％から８０％の間、又は約１６％から７０％の間、又は約１６％から約６０％の間、又は約１６％から約５８％の間、又は約１６％から約５６％の間、又は約１６％から約５４％の間、又は約１６％から約５２％の間、又は約１６％から約５０％の間、又は２２％から約６０％の間、又は約２２％から約５８％の間、又は約２２％から約５６％の間、又は約２２％から約５４％の間、又は約２２％から約５２％の間、又は約２２％から約５０％の間であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を再生可能性を有するものとして識別することができる。

【0034】

ＲＥＴを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを上記方法において決定し、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約４５％がＲＥＴを発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。代替的に、ＲＥＴを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、少なくとも約２６％、少なくとも約２８％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２％、少なくとも約３４％、少なくとも約３６％、少なくとも約３８％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２％、少なくとも約４４％、少なくとも約４６％、又は少なくとも約４７％、又は少なくとも約４８％、又は少なくとも約４９％、又は少なくとも約５０％、又は少なくとも約５１％、又は少なくとも約５２％、又は少なくとも約５３％、又は少なくとも約５４％であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ＲＥＴを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが０％超で多くとも約９５％まで、又は０％超で多くとも約９４％まで、又は０％超で多くとも約９３％まで、又は０％超で多くとも約９２％まで、又は０％超で多くとも約９１％まで、又は０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８９％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８７％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８５％までであると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。さらに、ＲＥＴを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが約４５％から約９５％の間、又は約４５％から約９４％の間、又は約４５％から約９３％の間、又は約４５％から約９２％の間、又は約４５％から約９１％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８９％の間、又は約４５％から約８８％の間、又は約４７％から約９５％の間、又は約４７％から約９４％の間、又は約４７％から約９３％の間、又は約４７％から約９２％の間、又は約４７％から約９１％の間、又は約４７％から約９０％の間、又は約４７％から約８９％の間、又は約４７％から約８８％の間、又は約４９％から約９５％の間、又は約４９％から約９４％の間、又は約４９％から約９３％の間、又は約４９％から約９２％の間、又は約４９％から約９１％の間、又は約４９％から約９０％の間、又は約４９％から約８９％の間、又は約４９％から約８８％の間、又は約２０％から約６０％の間、又は約２０％から約５５％の間、又は約２０％から約５０％の間、又は約２０％から約４５％の間、又は約２０％から約４０％の間、又は約２５％から約６０％の間、又は約２５％から約５５％の間、又は約２５％から約５０％の間、又は約２５％から約４５％の間、又は約２５％から約４０％の間であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0035】

ＦＧＦ８を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを上記方法において決定し、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．２％がＦＧＦ８を発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。代替的に、ＦＧＦ８を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも約０．２５％、又は少なくとも約０．３％、又は少なくとも約０．３５％、又は少なくとも約０．４％、又は少なくとも約０．４５％、又は少なくとも約０．４８％、又は少なくとも約０．５％、又は少なくとも約０．５５％、又は少なくとも約０．６％、又は少なくとも約０．８％、又は少なくとも約１．０％、又は少なくとも約１．５％、又は少なくとも約２．０％、又は約２．５％であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ＦＧＦ８を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが０％超で多くとも約６５％まで、又は０％超で多くとも約６４％まで、又は０％超で多くとも約６３％まで、又は０％超で多くとも約６２％まで、又は０％超で多くとも約６１％まで、又は０％超で多くとも約６０％まで、又は０％超で多くとも約５９％若しくは多くとも約５８％まで、又は０％超で多くとも約５７％まで、又は０％超で多くとも約５６％まで、又は０％超で多くとも約５５％までであると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。さらに、ＦＧＦ８を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが約０．３％から約６４％の間、又は約０．３％から約６３％の間、又は約０．３％から約６２％の間、又は約０．３％から約６１％の間、又は約０．３％から約６０％の間、又は約０．３％から約５９％の間、又は約０．３％から約５８％の間、又は約０．３％から約５７％の間、又は約０．４％から約６４％の間、又は約０．４％から約６３％の間、又は約０．４％から約６２％の間、又は約０．４％から約６１％の間、又は約０．４％から約６０％の間、又は約０．４％から約５９％の間、又は約０．４％から約５８％の間、又は約０．４％から約５７％の間、又は約０．５％から約６４％の間、又は約０．５％から約６３％の間、又は約０．５％から約６２％の間、又は約０．５％から約６１％の間、又は約０．５％から約６０％の間、又は約０．５％から約５９％の間、又は約０．５％から約５８％の間、又は約０．５％から約５７％の間、又は約１％から約６４％の間、又は約１％から約５４％の間、又は約１％から約４４％の間、又は約１％から約３４％の間、又は１％から約２４％の間、又は約２％から約６４％の間、又は約２％から約５４％の間、又は約２％から約４４％の間、又は約２％から約３４％の間、又は２％から約２４％の間、又は約３％から約６４％の間、又は約３％から約５４％の間、又は約３％から約４４％の間、又は約３％から約３４％の間、又は３％から約２４％の間であると決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0036】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の腎形成マーカーのいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての組合せを発現する不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定する工程を含み得る。例えば、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての組合せが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６％までがＳＩＸ２を発現すること、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３６％がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８％がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約４９％がＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５９％までがＦＧＦ８を発現すること。別の例においては、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．０４％がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約８５％までがＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５８％までがＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．４８％がＦＧＦ８を発現すること。以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして更に識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．０４％から約６．０％の間がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３６％から約８５％の間がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％から約５８％の間がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４９％から約９０％の間がＲＥＴを発現すること、及び細胞の約０．４８％及び／又は約５９％の間がＦＧＦ８を発現すること。これらのパーセンテージで発現が決定され得るいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての腎形成マーカーの組合せは、ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又はＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又はＯＳＲ１及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１及びＲＥＴ、又はＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又はＲＥＴ及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれかの組合せであり得る。

【0037】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして代替的に識別することができる：不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約１０％までがＳＩＸ２を発現すること、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３０％がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約５％がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約４０％がＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６０％までがＦＧＦ８を発現すること。別の例においては、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．０２％がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６５％までがＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９５％までがＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．４％がＦＧＦ８を発現すること。さらに、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．０２％から約１０．０％の間がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３０％から約９０％の間がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約５％から約６５％の間がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約４０％から約９５％の間がＲＥＴを発現すること、及び／又は細胞の約０．４％から約６０％の間がＦＧＦ８を発現すること。これらのパーセンテージで発現が決定され得るいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての腎形成マーカーの組合せは、ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又はＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又はＯＳＲ１及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１及びＲＥＴ、又はＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又はＲＥＴ及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれかの組合せであり得る。

【0038】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約３％までがＳＩＸ２を発現すること、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約６０％がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約２５％がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約６５％がＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約３５％までがＦＧＦ８を発現すること。別の例においては、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．５％がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約８０％までがＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約５５％までがＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約５％がＦＧＦ８を発現すること。さらに、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．５％から約３．０％の間がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約６０％から約８０％の間がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約２５％から約５５％の間がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約６５％から約９０％の間がＲＥＴを発現すること、及び／又は細胞の約５％から約３５％の間がＦＧＦ８を発現すること。これらのパーセンテージで発現が決定され得るいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての腎形成マーカーの組合せは、ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又はＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又はＯＳＲ１及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１及びＲＥＴ、又はＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又はＲＥＴ及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれかの組合せであり得る。

【0039】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約１０％までがＳＩＸ２を発現すること、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約３５％がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８％がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約２０％がＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６０％までがＦＧＦ８を発現すること。別の例においては、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．２％がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約８５％までがＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約６５％までがＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の０％超で多くとも約９０％までがＲＥＴを発現すること、及び／又は富化された不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約０．５％がＦＧＦ８を発現すること。さらに、以下のいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全てが決定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる：富化された不均一腎細胞集団の細胞の約０．２％から約１０．０％の間がＳＩＸ２を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約３５％から約８５％の間がＯＳＲ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約８％から約６５％の間がＬＨＸ１を発現すること、富化された不均一腎細胞集団の細胞の約２０％から約９０％の間がＲＥＴを発現すること、及び／又は細胞の約０．５％から約６０％の間がＦＧＦ８を発現すること。これらのパーセンテージで発現が決定され得るいずれか２つ、いずれか３つ、いずれか４つ、又は５つ全ての腎形成マーカーの組合せは、ＳＩＸ２及びＯＳＲ１、又はＳＩＸ２及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１及びＬＨＸ１、又はＯＳＲ１及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１及びＲＥＴ、又はＬＨＸ１及びＦＧＦ８、又はＲＥＴ及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＳＩＸ２、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、又はＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８のいずれかの組合せであり得る。

【0040】

或る特定のマーカーを発現する細胞のパーセンテージが「約」特定の数のパーセンテージ、例えば、約５％として示される場合に、細胞のパーセンテージは正確に特定の数、例えば、正確に５％である必要はないことを理解されたい。むしろ、或る特定のマーカーを発現する細胞のパーセンテージが「約」特定の数、例えば、約５％であると示される場合に、或る特定のマーカーを発現する細胞のパーセンテージは、その特定の数の最大１０％以内、例えば４．５％から５．５％の間であり得ることを理解されたい。

【0041】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞が１つ以上の更なるマーカー、すなわち、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の腎形成マーカー以外のマーカーを発現するかどうかを判定することができる。１つ以上の更なるマーカーは、足細胞マーカー、上皮マーカー、発生マーカー、又はｍｉＲＮＡの１つ以上であり得るか、又はそれらを含み得る。１つ以上の更なるマーカーが足細胞マーカーを含む場合に、１つ以上の更なるマーカーは、１つ以上のネフリン、ＥｐｉＣＡＭ、ＮＰＨＳ２（ポドシンをコードする）、ポドシン、ウィルムス腫瘍タンパク質（ＷＴ１）、又はポドカリキシンを含み得る。１つ以上の更なるマーカーが上皮細胞マーカーを含む場合に、１つ以上の更なるマーカーは、Ｅ－カドヘリン、Ｎ－カドヘリン、キュブリン（cubulin）／メガリン、ビタミンＤ－２５ヒドロキシラーゼ（ＣＹＰ２Ｒ１）、γ－グルタミルトランスフェラーゼ１（ＧＧＴ１）、肝臓濃縮転写タンパク質（ＬＡＰ）、サイトケラチン（ＣＫ）１８、アクアポリン（ＡＱＰ）２、腎臓損傷分子（ＫＩＭ１）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、キナーゼ挿入ドメイン受容体（ＫＤＲ）、上皮細胞接着分子（ＥＣＡＭ）、又はＡＱＰ１の１つ以上を含み得る。１つ以上の更なるマーカーが発生マーカーを含む場合に、発生マーカーは、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ）、ソニックヘッジホッグ（ＳＨＨ）、ＮＯＴＣＨ、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン受容体４（ＣＸＣＲ４）、ルナティックフリンジ（lunatic fringe）（ＬＦＮＧ）、又はＩＬ－１１の１つ以上を含み得る。１つ以上の更なるマーカーは、活性化Ｃキナーゼ１（ＲＡＣＫ－１）についての受容体であり得るか、又はそれを含み得る。１つ以上の更なるマーカーがｍｉＲＮＡを含む場合に、ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ２２、ｍｉＲ１８１、又はｍｉＲ１４５の１つ以上であり得る。

【0042】

１つ以上の更なるマーカーが足細胞マーカーを含む場合に、足細胞マーカーは、ネフリンであり得る。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリンを発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがネフリンであるか、又はネフリンを含む場合に、ネフリンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ネフリンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、又は少なくとも約９５％がネフリンを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。ネフリンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の約４％から約９５％の間、又は約１０％から約９５％の間、又は約１５％から約９５％の間、又は約２０％から約９５％の間、又は約２５％から約９５％の間、及び約３０％から約９５％の間、又は３５％から約９５％の間、又は約４０％から約９５％の間、又は約４５％から９５％の間、又は約５０％から約９５％の間、又は約５５％から約９５％の間、又は約６０％から約９５％の間、又は約６５％から約９５％の間、又は７０％から約９５％の間、又は約７５％から約９５％の間、又は約８０％から約９５％の間、又は約８５％から約９５％の間がネフリンを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0043】

１つ以上の更なるマーカーが足細胞マーカーであるか、又はそれを含む場合に、足細胞マーカーは、ポドシンであり得る。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がポドシンを発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがポドシンであるか、又はポドシンを含む場合に、ポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％がポドシンを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0044】

１つ以上の更なるマーカーが足細胞マーカーを含む場合に、足細胞マーカーは、ネフリン及びポドシンの両方を含み得る。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン及びポドシンを発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがネフリン及びポドシンを含む場合に、ネフリン及びポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ネフリン及びポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、細胞の少なくとも４％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも８％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、細胞の少なくとも１０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも１２％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも１４％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも２０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも２５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも３０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも３５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも４０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも４５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも５０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも５５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも６０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも６５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも７０％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、又は細胞の少なくとも７５％がネフリンを発現し、かつ細胞の少なくとも約９０％がポドシンを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0045】

１つ以上の更なるマーカーがＲＡＣＫ－１であるか、又はＲＡＣＫ－１を含む場合に、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＲＡＣＫ－１を発現する場合に、その細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがＲＡＣＫ－１であるか、又はＲＡＣＫ－１を含む場合に、ＲＡＣＫ－１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ＲＡＣＫ－１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％がＲＡＣＫ－１を発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0046】

１つ以上の更なるマーカーが上皮細胞マーカーを含む場合に、上皮細胞マーカーは、ＣＹＰ２Ｒ１であり得る。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＣＹＰ２Ｒ１を発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがＣＹＰ２Ｒ１であるか、又はＣＹＰ２Ｒ１を含む場合に、ＣＹＰ２Ｒ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ＣＹＰ２Ｒ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の約７５％から約１００％の間、又は約８０％から約１００％の間、又は約８５％から約１００％の間、又は約８６％から約１００％の間、又は約８７％から約１００％の間、又は約８８％から約１００％の間、又は約７５％から約９７％の間、又は約８０％から約９７％の間、又は約８５％から約９７％の間、又は約８６％から約９７％の間、又は約８７％から約９７％の間、又は約８８％から約９７％の間がＣＹＰ２Ｒ１を発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0047】

１つ以上の更なるマーカーが発生マーカーを含む場合に、発生マーカーは、ＣＸＣＲ４であり得る。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＣＸＣＲ４を発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の更なるマーカーがＣＸＣＲ４であるか、又はＣＸＣＲ４を含む場合に、ＣＸＣＲ４を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ＣＸＣＲ４を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが決定される場合に、不均一腎細胞集団の細胞の約１５％超、又は約１６％超、又は約１７％超、又は約１８％超、又は約１９％超、又は約２０％超、又は約２１％超、又は約２２％超、又は約２３％超、又は約２４％超、又は約２５％超がＣＸＣＲ４を発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0048】

１つ以上の更なるマーカーは、骨形成タンパク質（ＢＭＰ）４、ＢＭＰ７、グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ホメオボックスタンパク質ＨＯＸ１１、眼欠損ホモログ１（eyes absent homolog 1）（ＥＹＡ１）、ＳＡＬ１、及びＳＩＸ４（ＳＩＸホメオボックス４）の１つ以上の組合せを含み得る。１つ以上の更なるマーカーは、ペアードボックス２（ＰＡＸ２）、Ｇｌｕ／Ａｓｐリッチなカルボキシ末端ドメインを有するＣｂｐ／Ｐ３００相互作用トランス活性化因子１（Cbp/P300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 1）（ＣＩＴＥＤ１）、線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）１、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１０、ホメオボックスタンパク質ＨＯＸ１０、カプスリング（capsuling）／エディカルジン（edicardin）／Ｔｃｆ２１（ＰＯＤ１）ＰＯＤ１、及びムチン１（ＭＵＣ１）の１つ以上の組合せを含み得る。１つ以上の更なるマーカーは、ヒアルロナン媒介運動性受容体（Receptor for Hyaluronan Mediated Motility）（ＲＨＡＭＭ）、補体成分Ｃ２、補体成分Ｃ３、補体成分Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫチロシンキナーゼ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、フォン・ヴィレブランド因子（ＶＷＦ）、Ａｄａｍ１５、成長停止特異的６（Growth arrest-specific 6）（Ｇａｓ６）、インスリン様成長因子結合タンパク質（Ｉｇｆｂｐ）１、又は膜貫通４スーパーファミリーメンバー４（Transmembrane 4 Superfamily member 4）（Ｔｍ４ｓｆ４）の１つ以上の組合せを含み得る。１つ以上の更なるマーカーは、ＲＨＡＭＭを含み得る。

【0049】

１つ以上の更なるマーカーは、ＣＤＫＮ２Ａ、インターロイキン１１（ＩＬ１１）、転写成長因子（ＴＧＦ）β２、フィブロネクチン（ＦＮ）１、システインリッチ分泌タンパク質ＬＣＣＬドメイン含有２（cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2）（ＣＲＩＳＰＬＤ２）、１型コラーゲンα１鎖（ＣＯＬ１Ａ１）、リシルオキシダーゼ（ＬＯＸ）、ｒｕｎｔ関連転写因子２（ＲＵＮＸ２）、ルナティックフリンジ（ＬＦＮＧ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、クローディン（ＣＬＤＮ）３、ウリジンホスホリラーゼ（ＵＰＰ）１、クルッペル様因子（ＫＬＦ）１４、グリコシルトランスフェラーゼ様（glycosyltransferase-like）（ＧＹＬＴＬ）１Ｂ、α－マンノシダーゼクラス１Ｃメンバー１（mannosidase alpha class 1C member 1）（ＭＡＮ１Ｃ１）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ９（ＧＡＬＮＴ９）、アクアポリン（ＡＱＰ１）、溶質キャリアファミリー４７メンバー１（ＳＬＣ４７Ａ１）、ＷＮＫリジン欠損プロテインキナーゼ（ＷＮＫ）２、カルシウム感知受容体（ＣＡＳＲ）、レチノイン酸誘導性２（retinoic acid induced 2）（ＲＡＩ２）、原形質膜小胞関連タンパク質（ＰＬＶＡＰ）、シーサファミリーメンバー（shisa family member）（ＳＨＩＳＡ）３、前立腺アンドロゲン調節ムチン様タンパク質１（prostate androgen-regulated mucin-like protein 1）（ＰＡＲＭ１）、ＦＧＦ１１、フォークヘッドボックスＥ１（ＦＯＸＥ１）、ＷＮＴファミリーメンバー（ＷＮＴ）５Ａ、ＷＮＴ１０Ａ、ＴＧＦβ１、及びインスリン様成長因子結合タンパク質（ＩＧＦＢＰ）３の１つ以上の組合せを含み得る。１つ以上の更なるマーカーは、ＩＬ１１、ＴＧＦβ２、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＬＯＸ、ＬＮＦＧ、ＢＤＮＦ、ＷＮＴ５Ａ、又はＩＧＦＢＰ３のいずれか１つ以上を含み得る。

【0050】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する幾つかの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現するかどうかを判定することができる。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ、ＲＥＴ、及びポドシンを発現することの判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ、ＲＥＴ、及びポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを含み得る。

【0051】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ、ＲＥＴ、及びポドシンを発現することの判定が、ＳＩＸ２、ＯＳＲ、ＲＥＴ、及びポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを含む場合に、（ｉ）ＳＩＸ２を発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも１５．０％まで、又は０％超で多くとも約１０．０％まで、又は０％超で多くとも約９．５％まで、又は０％超で多くとも約９．０％まで、又は０％超で多くとも約８．５％まで、又は０％超で多くとも約８．０％まで、又は０％超で多くとも約７．５％まで、又は０％超で多くとも約７．０％まで、又は０％超で多くとも約６．５％まで、又は０％超で多くとも約６．０％まで、又は約０．０２％から約１５％の間、又は約０．０２％から約１０．０％の間、又は約０．０２％から約９．０％の間、又は約０．０２％から約８．０％の間、又は約０．０２％から約７．０％の間、又は約０．０２％から約６．０％の間、又は約０．０４％から約１５％の間、又は約０．０４％から約１０．０％の間、又は約０．０４％から約９．０％の間、又は約０．０４％から約８．０％の間、又は約０．０４％から約７．０％の間、又は約０．０４％から約６．０％の間、又は約１．０％から約１５．０％の間、又は約１．０％から約１０．０％の間、又は約１．０％から約９．０％の間、又は約１．０％から約８．０％の間、又は約１．０％から約７．０％の間、又は約１．０％から約６．０％の間であり得て、（ｉｉ）ＯＳＲを発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８４％まで、又は０％超で多くとも約８２％まで、又は０％超で多くとも約８０％まで、又は０％超で多くとも約７５％まで、又は０％超で多くとも約７０％まで、約３０％から約９０％の間、又は約３０％から約８８％の間、又は約３０％から約８６％の間、又は約３０％から約８４％の間、又は約３０％から約８２％の間、又は約３０％から約８０％の間、又は３４％から９０％の間、又は約３４％から約８８％の間、又は約３４％から約８６％の間、又は約３４％から約８４％の間、又は約３４％から約８２％の間、又は約３４％から約８０％の間、又は約３６％から約９０％の間、又は約３６％から約８８％の間、又は約３６％から約８６％の間、又は約３６％から約８４％の間、又は約３６％から約８２％の間、又は約３６％から約８０％の間、又は約４０％から約９０％の間、又は約４０％から約８５％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８５％の間、又は約５０％から約９０％の間、又は約５０％から約８５％の間、又は約５５％から約９０％の間、又は約５５％から約８５％の間、又は約６０％から約９０％の間、又は約６０％から約８５％の間、又は約６５％から約９０％の間、又は約６５％から約８５％の間、又は約７０％から約９０％の間、又は約７０％から約８５％の間であり得て、（ｉｉｉ）ＲＥＴを発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９４％まで、又は０％超で多くとも約９３％まで、又は０％超で多くとも約９２％まで、又は０％超で多くとも約９１％まで、又は０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８９％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８７％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８５％まで、又は約４５％から約９５％の間、又は約４５％から約９４％の間、又は約４５％から約９３％の間、又は約４５％から約９２％の間、又は約４５％から約９１％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８９％の間、又は約４５％から約８８％の間、又は約４７％から約９５％の間、又は約４７％から約９４％の間、又は約４７％から約９３％の間、又は約４７％から約９２％の間、又は約４７％から約９１％の間、又は約４７％から約９０％の間、又は約４７％から約８９％の間、又は約４７％から約８８％の間、又は約４９％から約９５％の間、又は約４９％から約９４％の間、又は約４９％から約９３％の間、又は約４９％から約９２％の間、又は約４９％から約９１％の間、又は約４９％から約９０％の間、又は約４９％から約８９％の間、又は約４９％から約８８％の間、又は約２０％から約６０％の間、又は約２０％から約５５％の間、又は約２０％から約５０％の間、又は約２０％から約４５％の間、又は約２０％から約４０％の間、又は約２５％から約６０％の間、又は約２５％から約５５％の間、又は約２５％から約５０％の間、又は約２５％から約４５％の間、又は約２５％から約４０％の間であり得て、かつ（ｉｖ）ポドシンを発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得る。

【0052】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現するかどうかを判定して、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリンの１つ以上を発現するかどうかを更に判定することができる。これらの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ、ＲＥＴ、及びポドシンを発現すると判定され、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞がＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリンの１つ以上を発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0053】

これらの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現するかどうかの判定、並びに富化された不均一腎細胞集団の細胞がＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリンの１つ以上を発現するかどうかの更なる判定は、富化された不均一腎細胞集団の細胞が以下のいずれかを発現するかどうかの判定であり得る：ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、及びＬＨＸ１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、及びＲＡＣＫ－１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＲＡＣＫ－１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ１、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＦＧＦ８、及びＲＡＣＫ－１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＦＧＦ８、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＲＡＣＫ－１、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ１、ＦＧＦ８、及びＲＡＣＫ－１、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ１、ＦＧＦ８、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ、ＲＡＣＫ－１、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリン、又はＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシン、ＬＨＸ、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリン。

【0054】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現し、更にＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリンの１つ以上を発現するかどうかの判定は、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ポドシンを発現し、更にＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１、及びネフリンの１つ以上を発現する細胞のパーセントの決定であり得る。富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びポドシンを発現し、更にＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現することが判定される場合に、（ｉ）ＳＩＸ２を発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも１５％までであり得るか、又は０％超で多くとも約１０．０％まで、又は０％超で多くとも約９．５％まで、又は０％超で多くとも約９．０％まで、又は０％超で多くとも約８．５％まで、又は０％超で多くとも約８．０％まで、又は０％超で多くとも約７．５％まで、又は０％超で多くとも約７．０％まで、又は０％超で多くとも約６．５％まで、又は０％超で多くとも約６．０％まで、又は約０．０２％から約１５．０％の間、又は約０．０２％から約１０．０％の間、又は約０．０２％から約９．０％の間、又は約０．０２％から約８．０％の間、又は約０．０２％から約７．０％の間、又は約０．０２％から約６．０％の間、又は約０．０４％から約１５％の間、又は約０．０４％から約１０．０％の間、又は約０．０４％から約９．０％の間、又は約０．０４％から約８．０％の間、又は約０．０４％から約７．０％の間、又は約０．０４％から約６．０％の間、又は約１．０％から約１５．０％の間、又は約１．０％から約１０．０％の間、又は約１．０％から約９．０％の間、又は約１．０％から約８．０％の間、又は約１．０％から約７．０％の間、又は約１．０％から約６．０％の間であり得て、（ｉｉ）ＯＳＲ１を発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８４％まで、又は０％超で多くとも約８２％まで、又は０％超で多くとも約８０％まで、又は０％超で多くとも約７５％まで、又は０％超で多くとも約７０％まで、約３０％から約９０％の間、又は約３０％から約８８％の間、又は約３０％から約８６％の間、又は約３０％から約８４％の間、又は約３０％から約８２％の間、又は約３０％から約８０％の間、又は３４％から９０％の間、又は約３４％から約８８％の間、又は約３４％から約８６％の間、又は約３４％から約８４％の間、又は約３４％から約８２％の間、又は約３４％から約８０％の間、又は約３６％から約９０％の間、又は約３６％から約８８％の間、又は約３６％から約８６％の間、又は約３６％から約８４％の間、又は約３６％から約８２％の間、又は約３６％から約８０％の間、又は約４０％から約９０％の間、又は約４０％から約８５％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８５％の間、又は約５０％から約９０％の間、又は約５０％から約８５％の間、又は約５５％から約９０％の間、又は約５５％から約８５％の間、又は約６０％から約９０％の間、又は約６０％から約８５％の間、又は約６５％から約９０％の間、又は約６５％から約８５％の間、又は約７０％から約９０％の間、又は約７０％から約８５％の間であり得て、（ｉｉｉ）ＲＥＴを発現する集団の細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９４％まで、又は０％超で多くとも約９３％まで、又は０％超で多くとも約９２％まで、又は０％超で多くとも約９１％まで、又は０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８９％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８７％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８５％まで、又は約４５％から約９５％の間、又は約４５％から約９４％の間、又は約４５％から約９３％の間、又は約４５％から約９２％の間、又は約４５％から約９１％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８９％の間、又は約４５％から約８８％の間、又は約４７％から約９５％の間、又は約４７％から約９４％の間、又は約４７％から約９３％の間、又は約４７％から約９２％の間、又は約４７％から約９１％の間、又は約４７％から約９０％の間、又は約４７％から約８９％の間、又は約４７％から約８８％の間、又は約４９％から約９５％の間、又は約４９％から約９４％の間、又は約４９％から約９３％の間、又は約４９％から約９２％の間、又は約４９％から約９１％の間、又は約４９％から約９０％の間、又は約４９％から約８９％の間、又は約４９％から約８８％の間、又は約２０％から約６０％の間、又は約２０％から約５５％の間、又は約２０％から約５０％の間、又は約２０％から約４５％の間、又は約２０％から約４０％の間、又は約２５％から約６０％の間、又は約２５％から約５５％の間、又は約２５％から約５０％の間、又は約２５％から約４５％の間、又は約２５％から約４０％の間であり得て、（ｉｖ）ポドシンを発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得て、任意に（ｖ）ＬＨＸ１を発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約５％、少なくとも約６％、又は少なくとも約７％、又は少なくとも約８％、又は少なくとも約９％、又は少なくとも約１０％、０％超で多くとも約８０％まで、又は０％超で多くとも約７０％まで、又は０％超で多くとも約６５％まで、又は０％超で多くとも約６４％まで、又は０％超で多くとも約６３％まで、又は０％超で多くとも約６２％まで、又は０％超で多くとも約６１％まで、又は０％超で多くとも約６０％まで、又は０％超で多くとも約５９％まで、又は０％超で多くとも約５８％まで、又は０％超で多くとも約５７％まで、又は０％超で多くとも約５６％まで、又は０％超で多くとも約５５％まで、約６％から約６０％の間、又は約６％から約５９％の間、又は約６％から約５８％の間、又は約６％から約５７％の間、又は約６％から約５６％の間、又は約６％から約５５％の間、又は約６％から約５４％の間、又は約８％から約６０％の間、又は約８％から約５９％の間、又は約８％から約５８％の間、又は約８％から約５７％の間、又は約８％から約５６％の間、又は約８％から約５５％の間、又は約８％から約５４％の間、又は約１０％から約６０％の間、又は約１０％から約５９％の間、又は約１０％から約５８％の間、又は約１０％から約５７％の間、又は約１０％から約５６％の間、又は約１０％から約５５％の間、又は約１０％から約５４％の間、又は約１６％から約８０％の間、又は約１６％から約７０％の間、又は約１６％から約６０％の間、又は約１６％から約５８％の間、又は約１６％から約５６％の間、又は約１６％から約５４％の間、又は約１６％から約５２％の間、又は約１６％から約５０％の間、又は２２％から約６０％の間、又は約２２％から約５８％の間、又は約２２％から約５６％の間、又は約２２％から約５４％の間、又は約２２％から約５２％の間、又は約２２％から約５０％の間であり得て、任意に（ｖｉ）ＦＧＦ８を発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．４５％、又は少なくとも約０．４８％、又は少なくとも約０．５％、又は少なくとも約０．５５％、又は少なくとも約０．６％、又は少なくとも約０．８％、又は少なくとも約１．０％、又は少なくとも約１．５％、又は少なくとも約２．０％、又は約２．５％、０％超で多くとも約６５％まで、又は０％超で多くとも約６４％まで、又は０％超で多くとも約６３％まで、又は０％超で多くとも約６２％まで、又は０％超で多くとも約６１％まで、又は０％超で多くとも約６０％まで、又は０％超で多くとも約５９％若しくは多くとも約５８％まで、又は０％超で多くとも約５７％まで、又は０％超で多くとも約５６％まで、又は０％超で多くとも約５５％まで、約０．３％から約６４％の間、又は約０．３％から約６３％の間、又は約０．３％から約６２％の間、又は約０．３％から約６１％の間、又は約０．３％から約６０％の間、又は約０．３％から約５９％の間、又は約０．３％から約５８％の間、又は約０．３％から約５７％の間、又は約０．４％から約６４％の間、又は約０．４％から約６３％の間、又は約０．４％から約６２％の間、又は約０．４％から約６１％の間、又は約０．４％から約６０％の間、又は約０．４％から約５９％の間、又は約０．４％から約５８％の間、又は約０．４％から約５７％の間、又は約０．５％から約６４％の間、又は約０．５％から約６３％の間、又は約０．５％から約６２％の間、又は約０．５％から約６１％の間、又は約０．５％から約６０％の間、又は約０．５％から約５９％の間、又は約０．５％から約５８％の間、又は約０．５％から約５７％の間、又は約１％から約６４％の間、又は約１％から約５４％の間、又は約１％から約４４％の間、又は約１％から約３４％の間、又は１％から約２４％の間、又は約２％から約６４％の間、又は約２％から約５４％の間、又は約２％から約４４％の間、又は約２％から約３４％の間、又は２％から約２４％の間、又は約３％から約６４％の間、又は約３％から約５４％の間、又は約３％から約４４％の間、又は約３％から約３４％の間、又は３％から約２４％の間であり得て、任意に（ｖｉｉ）ＲＡＣＫ－１を発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得て、任意に（ｖｉｉｉ）ネフロンを発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約４％、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、約４％から約９５％の間、又は約１０％から約９５％の間、又は約１５％から約９５％の間、又は約２０％から約９５％の間、又は約２５％から約９５％の間、及び約３０％から約９５％の間、又は３５％から約９５％の間、又は約４０％から約９５％の間、又は約４５％から９５％の間、又は約５０％から約９５％の間、又は約５５％から約９５％の間、又は約６０％から約９５％の間、又は約６５％から約９５％の間、又は７０％から約９５％の間、又は約７５％から約９５％の間、又は約８０％から約９５％の間、又は約８５％から約９５％の間であり得る。

【0055】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する幾つかの他の方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現するかどうかを判定することができる。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0056】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現することの判定は、ネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを含み得る。上記判定が、ネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定し、次いで、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することを含む場合に、（ｉ）ネフリンを発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約７０％、少なくとも約７２％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７％、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８５％、少なくとも約８７％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９５％、又は少なくとも約９７％であり得て、（ｉｉ）ポドシンを発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得て、かつ（ｉｉｉ）ＬＨＸ１を発現する集団の細胞のパーセンテージは、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、約１５％から約８０％の間、約２０％から約８０％の間、約１５％から約７５％の間、約１５％から約７０％の間、又は約２０％から約８０％の間であり得る。

【0057】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現するかどうかを判定して、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の腎形成マーカーの１つ以上を発現するかどうかを更に判定することができる。これらの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現すると判定され、かつ富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の１つ以上を発現すると更に判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0058】

これらの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現し、更にＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の１つ以上を発現するかどうかの判定は、富化された不均一腎細胞集団の細胞が以下のいずれかを発現するかどうかの判定であり得る：ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＳＩＸ２、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＯＳＲ１、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＲＥＴ、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、及びＯＳＲ１、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、及びＲＥＴ、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＯＲＳ１、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＲＥＴ、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、及びＦＧＦ８、又はネフリン、ポドシン、ＬＨＸ１、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８。

【0059】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現し、更にＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上を発現するかどうかの判定は、ネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現し、更にＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上を発現する細胞のパーセントの決定であり得る。ネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１、並びにＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上を発現する集団の細胞のパーセンテージを決定し、次いで、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する場合に、（ｉ）ネフリンを発現する細胞のパーセンテージは、少なくとも約７０％、少なくとも約７２％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７％、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８５％、少なくとも約８７％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９５％、又は少なくとも約９７％であり得て、（ｉｉ）ポドシンを発現する細胞のパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得て、（ｉｉｉ）ＬＨＸ１を発現する細胞のパーセンテージは、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、約１５％から約８０％の間、約２０％から約８０％の間、約１５％から約７５％の間、約１５％から約７０％の間、又は約２０％から約８０％の間であり得て、任意に（ｉｖ）ＳＩＸ２を発現する細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約１５．０％まで、又は０％超で多くとも約１３％まで、又は０％超で多くとも約１１％まで、又は０％超で多くとも約９％まで、又は０％超で多くとも約７％まで、又は０％超で多くとも約５％まで、又は０％超で多くとも約３％まで、又は約０．０２％から約１５％の間、又は約０．０２％から約１３％の間、又は約０．０２％から約１１％の間、又は約０．０２％から約９％の間、又は約０．０２％から約７％の間、又は約０．０２％から約５％の間、又は約０．０２％から約３％の間、又は約０．０４％から約１５％の間、又は約０．０４％から約１３％の間、又は約０．０４％から約１１％の間、又は約０．０４％から約９％の間、又は約０．０４％から約７％の間、又は約０．０４％から約５％の間、又は約０．０４％から約３％の間、又は約１％から約１５％の間、又は約１％から約１３％の間、又は約１％から約１１％の間、又は約１％から約９％の間、又は約１％から約７％の間、又は約１％から約５％の間、又は約１％から約３％の間であり得て、任意に（ｖ）ＯＳＲ１を発現する細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８４％まで、又は０％超で多くとも約８２％まで、又は０％超で多くとも約８０％まで、又は０％超で多くとも約７５％まで、又は０％超で多くとも約７０％まで、約３０％から約９０％の間、又は約３０％から約８８％の間、又は約３０％から約８６％の間、又は約３０％から約８４％の間、又は約３０％から約８２％の間、又は約３０％から約８０％の間、又は３４％から９０％の間、又は約３４％から約８８％の間、又は約３４％から約８６％の間、又は約３４％から約８４％の間、又は約３４％から約８２％の間、又は約３４％から約８０％の間、又は約３６％から約９０％の間、又は約３６％から約８８％の間、又は約３６％から約８６％の間、又は約３６％から約８４％の間、又は約３６％から約８２％の間、又は約３６％から約８０％の間、又は約４０％から約９０％の間、又は約４０％から約８５％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８５％の間、又は約５０％から約９０％の間、又は約５０％から約８５％の間、又は約５５％から約９０％の間、又は約５５％から約８５％の間、又は約６０％から約９０％の間、又は約６０％から約８５％の間、又は約６５％から約９０％の間、又は約６５％から約８５％の間、又は約７０％から約９０％の間、又は約７０％から約８５％の間であり得て、任意に（ｖｉ）ＲＥＴを発現する細胞のパーセンテージは、０％超で多くとも約９４％まで、又は０％超で多くとも約９３％まで、又は０％超で多くとも約９２％まで、又は０％超で多くとも約９１％まで、又は０％超で多くとも約９０％まで、又は０％超で多くとも約８９％まで、又は０％超で多くとも約８８％まで、又は０％超で多くとも約８７％まで、又は０％超で多くとも約８６％まで、又は０％超で多くとも約８５％まで、又は約４５％から約９５％の間、又は約４５％から約９４％の間、又は約４５％から約９３％の間、又は約４５％から約９２％の間、又は約４５％から約９１％の間、又は約４５％から約９０％の間、又は約４５％から約８９％の間、又は約４５％から約８８％の間、又は約４７％から約９５％の間、又は約４７％から約９４％の間、又は約４７％から約９３％の間、又は約４７％から約９２％の間、又は約４７％から約９１％の間、又は約４７％から約９０％の間、又は約４７％から約８９％の間、又は約４７％から約８８％の間、又は約４９％から約９５％の間、又は約４９％から約９４％の間、又は約４９％から約９３％の間、又は約４９％から約９２％の間、又は約４９％から約９１％の間、又は約４９％から約９０％の間、又は約４９％から約８９％の間、又は約４９％から約８８％の間、又は約２０％から約６０％の間、又は約２０％から約５５％の間、又は約２０％から約５０％の間、又は約２０％から約４５％の間、又は約２０％から約４０％の間、又は約２５％から約６０％の間、又は約２５％から約５５％の間、又は約２５％から約５０％の間、又は約２５％から約４５％の間、又は約２５％から約４０％の間であり得て、任意に（ｖｉｉ）ＦＧＦ８を発現する細胞のパーセンテージは、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．４５％、又は少なくとも約０．４８％、又は少なくとも約０．５％、又は少なくとも約０．５５％、又は少なくとも約０．６％、又は少なくとも約０．８％、又は少なくとも約１．０％、又は少なくとも約１．５％、又は少なくとも約２．０％、又は少なくとも約２．５％、０％超で多くとも約６５％まで、又は０％超で多くとも約６０％まで、又は０％超で多くとも約５９％若しくは多くとも約５８％まで、又は０％超で多くとも約５７％まで、又は０％超で多くとも約５６％まで、又は０％超で多くとも約５５％まで、約０．３％から約６４％の間、又は約０．３％から約６３％の間、又は約０．３％から約６２％の間、又は約０．３％から約６１％の間、又は約０．３％から約６０％の間、又は約０．３％から約５９％の間、又は約０．３％から約５８％の間、又は約０．３％から約５７％の間、又は約０．４％から約６４％の間、又は約０．４％から約６３％の間、又は約０．４％から約６２％の間、又は約０．４％から約６１％の間、又は約０．４％から約６０％の間、又は約０．４％から約５９％の間、又は約０．４％から約５８％の間、又は約０．４％から約５７％の間、又は約０．５％から約６４％の間、又は約０．５％から約６３％の間、又は約０．５％から約６２％の間、又は約０．５％から約６１％の間、又は約０．５％から約６０％の間、又は約０．５％から約５９％の間、又は約０．５％から約５８％の間、又は約０．５％から約５７％の間、又は約１％から約６４％の間、又は約１％から約５４％の間、又は約１％から約４４％の間、又は約１％から約３４％の間、又は１％から約２４％の間、又は約２％から約６４％の間、又は約２％から約５４％の間、又は約２％から約４４％の間、又は約２％から約３４％の間、又は２％から約２４％の間、又は約３％から約６４％の間、又は約３％から約５４％の間、又は約３％から約４４％の間、又は約３％から約３４％の間、又は３％から約２４％の間であり得る。

【0060】

富化された不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現するかどうかを判定して、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、又はＦＧＦ８の腎形成マーカーの１つ以上を発現するかどうかを判定するのに加えて又はその代わりとして、この細胞がＲＡＣＫ１を発現するかどうかを更に判定することができる。これらの方法において、不均一腎細胞集団の細胞がネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現し、更にＲＡＣＫ－１を発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0061】

これらの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＲＡＣＫ１を発現するかどうかの判定は、ネフリン、ポドシン、及びＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージ、並びに任意にＳＩＸ１、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の１つ以上を発現する細胞のパーセンテージに加えて、ＲＡＣＫ１を発現する細胞のパーセンテージの決定であり得る。ＲＡＣＫ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが上記方法の部分として決定される場合に、富化された腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別するパーセンテージは、少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％であり得る。

【0062】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する更に別の方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がγ－グルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）－１、ＣＫ１８、及びポドシンを発現するかどうかを判定することができる。そのような方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞がＧＧＴ－１、ＣＫ１８、及びポドシンを発現すると判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。富化された不均一腎細胞集団の細胞がＧＧＴ－１、ＣＫ１８、及びポドシンを発現することの判定は、ＧＧＴ－１、ＣＫ１８、及びポドシンを発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することを含み得る。富化された不均一腎細胞集団の細胞がＧＧＴ－１、ＣＫ１８、及びポドシンを発現することが判定される場合に、（ｉ）集団の細胞の少なくとも４．５％、又は少なくとも１０％、又は少なくとも１８％がＧＧＴ－１を発現し、（ｉｉ）集団の細胞の少なくとも８０％がＣＫ１８を発現し、かつ（ｉｉｉ）集団の細胞の少なくとも約８０％、少なくとも約８２％、少なくとも約８４％、少なくとも約８６％、少なくとも約８８％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９６％、又は少なくとも約９８％がポドシンを発現する場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。これらの方法において、集団の細胞によって細胞培養培地中に分泌されたＶＥＧＦ及び／又はＫＩＭ－１は、更にその細胞を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0063】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する幾つかの方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞が少なくとも１つの腎形成マーカーを発現するかどうかを判定することは必要とされない。富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別するこれらの代替的な方法において、ＲＨＡＭＭ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、又はＴｍ４ｓｆ４の遺伝子の１つ以上の発現レベルを決定することによって、その細胞を治療可能性を有するものとして識別することができる。これらの代替的な方法において、発現レベルが決定され得る１つ以上の遺伝子はＲＨＡＭＭであり得る。これらの代替的な方法において、富化された不均一腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子の決定された発現レベルがコントロール腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子の発現と比べて増加している場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0064】

さらに、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法のいずれかにおいて、富化された不均一腎細胞集団を更に転写解析又はトランスクリプトームシグネチャー解析に供することができる。富化された不均一腎細胞集団が転写解析又はトランスクリプトームシグネチャー解析に供される場合に、富化された不均一腎細胞集団の細胞が補体若しくは補体カスケードに関連する転写経路若しくはシグネチャー、血管発生、血管形態形成、血管系発生、又は創傷への応答について上方調節されている及び／又は細胞外マトリックス－受容体相互作用に関連する転写経路又はシグネチャーについて下方調節されていることが判定される場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。

【0065】

本明細書において論じられる、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別するのに有用なマーカー、例えば、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、及びＲＡＣＫ－１は、富化された不均一腎細胞集団による治療を必要とする患者、例えば、腎臓疾患、尿細管輸送欠損症、又は糸球体濾過欠損症についての治療を必要とする患者が、治療に対する中ないし高レスポンダー又は低レスポンダーであるかどうかを識別する方法においても有用であり得る。そのような方法において、患者が中ないし高レスポンダーと識別される場合に、その患者を、治療に対する奏効が推定糸球体濾過率（ｅＧＦＲ）の増加であり得る患者と識別することができる。患者が低レスポンダーと識別される場合に、その患者を、治療に対する奏効がｅＧＦＲの傾きの改善であり得るがｅＧＦＲの増加を伴わない患者と識別することができる。患者が中ないし高レスポンダー又は低レスポンダーであり得るかどうかを識別するために、マーカー、例えば、ＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＲＥＴ、ＬＨＸ１、ＦＧＦ８、ネフリン、ポドシン、及びＲＡＣＫ－１の１つ以上を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。例えば、患者が中ないし高レスポンダー又は低レスポンダーであるかどうかを識別するために、ＬＨＸ１を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ＬＨＸ１を発現する不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも５０％であると決定される場合に、その患者を中ないし高レスポンダーと識別することができる。ＬＨＸ１を発現する不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが５０％未満であると決定される場合に、その患者を低レスポンダーと識別することができる。別の例として、患者が中ないし高レスポンダー又は低レスポンダーであるかどうかを識別するために、ＳＩＸ２を発現する富化された不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージを決定することができる。ＳＩＸ２を発現する不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが少なくとも３．５％であると決定される場合に、その患者を中ないし高レスポンダーと識別することができる。ＳＩＸ２を発現する不均一腎細胞集団の細胞のパーセンテージが３．５％未満であるが０％超であると決定される場合に、その患者を低レスポンダーと識別することができる。ＬＨＸ１及びＳＩＸ２の両方のパーセンテージを決定して、患者を中ないし高レスポンダー又は低レスポンダーと識別することができる。

【0066】

富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別する方法のいずれかにおいて、富化された不均一腎細胞集団の細胞が１つ以上の、例えば腎形成マーカー及び／又は更なるマーカーを発現するかどうかの判定（又は１つ以上の遺伝子の発現レベルの決定）は、富化された不均一腎細胞集団の細胞が核酸、例えば、ｍＲＮＡ若しくはｍｉＲＮＡ又はポリペプチドの形態のマーカーを発現するかどうかを判定することであり得る（又は１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定することであり得る）。マーカー（又はその発現が判定される若しくは発現レベルが決定される遺伝子）は、膜結合型若しくは膜会合型である場合もあれば、細胞内である場合もあれば、又は細胞から分泌される場合もある。富化された不均一腎細胞集団の細胞による１つ以上の、例えば、腎形成マーカー及び／又は更なるマーカーの発現（又は遺伝子の発現レベル）を、マーカーの存在（又は遺伝子の発現レベル）の検出に適したあらゆるアッセイを介して決定することができる。多くのそのようなアッセイは、当該技術分野において既知である。例えば、マーカー（又は遺伝子の発現レベルが決定され、その発現）がポリペプチドの形態で決定される場合に、これをウェスタンブロット、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）等のアッセイによって決定することができる。マーカー（又は遺伝子の発現レベルが決定され、その発現）が核酸の形態で決定される場合に、これをサザンブロット、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）若しくは逆転写酵素ＰＣＲ、遺伝子発現連鎖解析（ＳＡＧＥ）、Ｍａｓｓ ＡＲＲＡＹ、又は蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）等のアッセイによって決定することができる。アッセイが、腎形成マーカー及び／又は更なるマーカーが富化された不均一腎細胞集団の細胞によって発現されるかどうかを判定する（又は１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定する）かどうかにかかわらず、アッセイは、マーカー（又は発現レベルが決定される遺伝子）が存在するかどうかを判定する、及び／又はマーカー（又は遺伝子）を発現する細胞のパーセントを決定する標識された検出試薬を含み得る。標識された検出試薬は、（ｉ）マーカー（又は遺伝子の発現産物）と直接的又は間接的に複合体を形成する部分と、（ｉｉ）検出部分とを含み得る。非限定的な検出部分としては、放射性同位体、例えば、^３５Ｓ、^１４Ｃ、^１２５Ｉ、^３Ｈ、及び^１３１Ｉ、金コロイド粒子、蛍光標識、例えば、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、フィコクリテリン（phycocryterin）、フィコシアニン、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ１、並びに酵素基質、例えば、ホタルルシフェラーゼ、細菌ルシフェラーゼ、ルシフェリン、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、又はβ－ガラクトシダーゼが挙げられる。

【0067】

上記方法のいずれかにおいて治療可能性を有するものとして識別され得る富化された不均一腎細胞集団は、腎上皮細胞、腎尿細管細胞、腎尿細管上皮細胞、又は腎近位尿細管細胞等の１つ以上の腎細胞型について富化されていてもよい。これらの１つ以上の腎細胞型についての富化された不均一腎細胞集団の富化は、患者の腎臓組織、患者の腎臓生検、又は患者の腎臓組織若しくは腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物（まとめて「出発腎細胞集団」と呼称され得る）よりも高いパーセンテージの１つ以上の腎細胞型を有する富化された不均一腎細胞集団への言及であり得る。出発腎細胞集団は、患者の腎臓組織又は患者の腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物である場合に、腎臓組織又は腎臓生検の解離された細胞（例えば、腎臓組織又は腎臓生検から細切及び／又は酵素消化を介して解離された細胞）を含む、赤血球及び破片を除去する処理がなされていても、又はなされていなくてもよい腎細胞調製物であり得る。富化された不均一腎細胞集団の一例は、本明細書の実施例において記載される選択された腎細胞集団（ＳＲＣ）である。

【0068】

富化された不均一腎細胞集団は、出発腎細胞集団（例えば、患者の腎臓組織、患者の腎臓生検、又は患者の腎臓組織若しくは腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物）から分離工程を含む方法を介して調製された結果として１つ以上の腎細胞型について富化されていてもよい。分離工程は、１回、２回、又は３回より多く継代されていない出発腎細胞集団の細胞をそれらの浮遊密度に基づいて分離する工程であり得る。分離工程が細胞をそれらの浮遊密度に基づいて分離する工程である場合に、その分離工程は、グリセロール、グルコース、ＯｐｔｉＰｒｅｐ、Ｐｅｒｃｏｌｌ、又はＦｉｃｏｌｌ－Ｐａｑｕｅ等の密度勾配媒体を使用する単一段階又は多段階の連続密度勾配又は不連続密度勾配を利用することができる。このような密度勾配媒体をこうして使用した結果として、出発腎細胞集団（又は多くとも１回、２回、若しくは３回継代された出発腎細胞集団）の細胞を１つ以上の区別可能な画分に分離することができ、その画分から、富化された不均一腎細胞集団の細胞を明確に識別し、単離することができる。区別可能な画分（複数の場合もある）は、画分（複数の場合もある）中の細胞の浮遊密度が約１．０４５ｇ／ｍＬ超、又は１．０４５ｇ／ｍＬ超、又は１．０４５ｇ／ｍＬ以上である画分であり得る。区別可能な画分（複数の場合もある）は、画分（複数の場合もある）中の細胞の浮遊密度が約１．０４ｇ／ｍＬ超、又は１．０４ｇ／ｍＬ超、又は１．０４ｇ／ｍＬ以上、又は約１．０４１９ｇ／ｍＬ超、又は１．０４１９ｇ／ｍＬ超、又は１．０４１９ｇ／ｍＬ以上である画分であり得る。区別可能な画分（複数の場合もある）は、浮遊密度が約１．０４５ｇ／ｍＬから約１．０９１ｇ／ｍＬの間、又は約１．０４５ｇ／ｍＬから約１．０５２ｇ／ｍＬの間である画分であり得る。代替的に、分離工程は、出発腎細胞集団の細胞（又は１回、２回、若しくは３回より多く継代されていない出発腎細胞集団の細胞）を、これらがそれらの表面上に特定のマーカーを発現するかどうかに基づいて分離する工程であり得る。分離工程が細胞をそれらの特定の細胞表面マーカーの発現に基づいて分離する場合に、分離工程は、フローサイトメトリーを利用する工程であり得る。フローサイトメトリーは、出発腎細胞集団（又は多くとも１回、２回、若しくは３回継代された出発腎細胞集団）が、例えば、腎上皮細胞、腎尿細管細胞、腎尿細管上皮細胞、又は腎近位尿細管細胞に特徴的なネフリン等の特定の表面マーカーを発現する場合に、その出発腎細胞集団から細胞を選別し、それによって、単離された富化された不均一腎細胞集団を形成することができる。

【0069】

出発腎細胞集団（又は多くとも１回、２回、若しくは３回継代された出発腎細胞集団）から調製された富化された不均一腎細胞集団を、分離工程の前に低酸素条件下で培養することができる。細胞が分離工程の前に低酸素条件下で培養される場合に、その細胞を、酸素レベルが約２０％未満、又は約１５％未満、又は約１０％未満、又は約９％未満、又は約８％未満、又は約７％未満、又は約６％未満、又は約５％未満の酸素、又は約４％未満の酸素、又は約３％未満の酸素、又は約２％未満の酸素である条件下で培養することができる。細胞が低酸素条件下で培養される場合に、その細胞を、低酸素条件下で少なくとも６時間、少なくとも８時間、少なくとも１０時間、少なくとも１２時間、少なくとも１４時間、少なくとも１６時間、少なくとも２０時間、少なくとも２４時間、少なくとも３０時間、少なくとも３６時間、少なくとも４２時間、又は少なくとも４８時間培養することができる。

【0070】

概して、富化された不均一腎細胞集団の調製を、あらゆる出発細胞集団、例えば、患者の腎臓組織又は患者の腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物から行うことができる。富化された不均一腎細胞集団が、患者の腎臓組織又は腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物から調製される場合に、そのｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物の細胞を、多くとも１回、又は多くとも２回、又は多くとも３回継代することによって拡大させることができる。代替的に、所望であれば、腎臓組織又は腎臓生検から樹立された細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物の細胞を凍結保存した後に、多くとも１回、又は多くとも２回、又は多くとも３回継代することによって拡大させることができる。細胞を拡大させたら、拡大された細胞を凍結保存することができる。次いで、拡大された細胞を、凍結保存されているか否かにかかわらず、分離工程に供することもでき、又は低酸素培養条件に続いて分離工程に供することもできる。富化された不均一腎細胞集団は、分離工程を実施することによって単離可能である。富化された腎細胞集団が単離されたら、これを凍結及び／又は解析した後に療法薬として使用することができる。

【0071】

さらに、出発腎細胞集団からの富化された不均一腎細胞集団の調製において、１つ以上のコントロール腎細胞集団が生成され得る。コントロール腎細胞集団は、富化された不均一腎細胞集団の調製において、分離工程の前に出発腎細胞集団を１つ以上の工程又は条件に供した結果として生成されるあらゆる腎細胞集団であり得る。コントロール腎細胞集団は、分離工程の前に、例えば、出発腎細胞集団を多くとも１回、２回、又は３回継代することによって出発腎細胞集団を拡大工程に供した後に、出発腎細胞集団から生成された腎細胞集団であり得る。代替的には、コントロール腎細胞集団は、分離工程の前に、出発腎細胞集団を低酸素条件下で培養した後に、出発腎細胞集団から生成された腎細胞集団であり得る。別の例において、コントロール腎細胞集団は、分離工程の実施前に、出発腎細胞集団を多くとも１回、２回、又は３回継代し、低酸素条件下で培養した結果として、出発腎細胞集団から生成された腎細胞集団であり得る。更に別の例において、コントロール腎細胞集団は、分離工程の実施前に、出発腎細胞集団を多くとも１回、２回、又は３回継代することによって拡大させ、及び／又は低酸素条件下で培養し、及び／又は凍結保存した結果として、出発腎細胞集団から生成された腎細胞集団であり得る。コントロール腎細胞集団は、分離工程を実施する準備において完全な一連の工程又は条件に供されたが、まだ分離工程には供されていない、出発腎細胞集団から生成された腎細胞集団であり得る。

【0072】

このようなコントロール腎細胞集団を本明細書で提供される方法において使用することができ、ここで、富化された不均一腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子、例えば、ＲＨＡＭＭ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、フィブリノーゲン、凝固第ＸＩＩＩ因子、ＴＥＫ、ＫＤＲ、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、又はＴｍ４ｓｆ４の発現レベルが、コントロール腎細胞集団の細胞による１つ以上の遺伝子の発現のレベルと比べて増加している場合に、富化された不均一腎細胞集団を治療可能性を有するものとして識別することができる。１つ以上の遺伝子の発現におけるレベルの増加は、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は少なくとも１００％の増加であり得る。そのような方法において、１つ以上の遺伝子は、ＲＨＡＭＭであり得るか、又はＲＨＡＭＭを含み得て、コントロール集団と比べての富化された不均一腎細胞集団におけるＲＨＡＭＭ発現レベルの増加は、少なくとも５％、少なくとも６％、少なくとも７％、少なくとも８％、少なくとも９％、少なくとも１０％、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、又は少なくとも１００％の増加であり得る。そのような方法において、発現レベルにおける増加は、１つ以上の遺伝子を発現する細胞のパーセンテージにおける増加であり得るか、又は１つ以上の遺伝子の総発現量（細胞数で調節される）における増加であり得る。

【0073】

富化された不均一腎細胞集団が本明細書に開示される方法のいずれかに従って治療可能性を有するものとして識別される場合に、その細胞集団を医薬組成物中に含めることができ、又は治療を必要とする患者における腎臓疾患を治療する方法において投与することができ、及び／又は腎臓疾患を治療する医薬の製造において使用することができる。富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別され、かつ医薬組成物中に含まれる場合に、その細胞集団をヒドロゲル組成物又は液体組成物として製剤化することができる。その組成物はヒアルロン酸を含んでもよく、又はヒアルロン酸を含まなくてもよい。

【0074】

医薬組成物をヒドロゲル組成物として製剤化する場合に、富化された不均一腎細胞組成物の細胞を、約８℃以下でゲル状態を維持し、ほぼ周囲温度以上で実質的に液体状態を維持し、かつ約８℃からほぼ周囲温度以上の間で固－液遷移状態にある温度感受性細胞安定化生体材料と合わせることができる。ヒドロゲル組成物に含まれる温度感受性細胞安定化生体材料は、組換え由来の細胞外マトリックスタンパク質、腎臓若しくは別の組織若しくは器官を起源とする細胞外マトリックス、又はゼラチンの１つ以上であり得る。温度感受性細胞安定化生体材料がゼラチンを含む場合に、ゼラチンは、ブタＩ型αＩコラーゲン又は組換えヒトＩ型αＩコラーゲン等のＩ型αＩコラーゲンに由来し得る。温度感受性細胞安定化生体材料がゼラチンを含む場合に、ゼラチンは、医薬組成物中に約０．５％～約１％（重量／容量）、又は約０．８％～約０．９％（重量／容量）、又は約０．８８％（重量／容量）で存在し得る。富化された不均一腎細胞集団の細胞は、生体材料全体にわたって分散されている場合もあれば、又は生体材料全体にわたって実質的に均一に分布している場合もある。

【0075】

医薬組成物を液体組成物として製剤化する場合に、富化された不均一腎細胞集団を、あらゆる適切な液体、例えば、適切な細胞貯蔵培地若しくは細胞培養培地、生理食塩水、又はそれらの組合せと合わせて、直ちに使用するか、又はそれを使用するタイミングまで凍結貯蔵することができる。

【0076】

富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を、腎臓疾患を治療する方法において患者に投与することができる。富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を、腎臓疾患を治療する医薬の製造において使用することができる。腎臓疾患は、あらゆる段階又は程度の急性腎不全又は慢性腎不全であり得る。腎臓疾患は腎臓において生ずる場合もあれば、又は別の病態、例えば、心不全、高血圧症、糖尿病、自己免疫疾患、若しくは肝臓疾患に続発する場合もある。代替的に、腎臓疾患は、腎臓への急性損傷から起こる腎臓疾患、又は腎臓及び／又は尿路の異常の結果であり得る。腎臓疾患としては、貧血、例えば、エリスロポエチン欠乏症及びミネラル平衡異常、例えば、ビタミンＤ欠乏症等の内分泌機能不全を更に挙げることができる。

【0077】

富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を投与して、腎臓疾患を治療することができる。腎臓機能を回復し、腎臓機能を安定化し、腎臓機能を改善し、腎線維症を軽減し、腎炎症を軽減し、そのような治療を必要とする患者の腎臓において誘導することによって腎臓疾患を治療することができる。腎臓疾患の治療は、そのような治療を必要とする患者におけるミネラル平衡を回復し、又は貧血を緩和することができる。腎臓疾患の治療は、透析の必要性を引き延ばし、又は防ぐことができ、又は腎臓疾患についての治療を必要とする患者における腎臓移植の必要性を引き延ばし、又は防ぐことができる。腎臓疾患の治療が、患者における透析の必要性又は腎臓移植の必要性を引き延ばす場合に、引き延ばしは、少なくとも１年、少なくとも１．５年、少なくとも２年、少なくとも２．５年、少なくとも３年、少なくとも３．５年、少なくとも４年、少なくとも４．５年、少なくとも５年、少なくとも５．５年、少なくとも６年、少なくとも６．５年、少なくとも７年、少なくとも７．５年、少なくとも８年、少なくとも８．５年、少なくとも９年、少なくとも９．５年、又は少なくとも１０年であり得る。腎臓疾患の治療を、患者の血清アルブミン、アルブミン対グロブリン比（Ａ／Ｇ比）、血清リン、血清ナトリウム、腎臓のサイズ（超音波により計測可能）、血清カルシウム、リン：カルシウム比、血清カリウム、タンパク尿、尿クレアチニン、血清クレアチニン、血中窒素尿素（ＢＵＮ）、コレステロール値、トリグリセリド値及び糸球体濾過率（ＧＦＲ）、体重、血圧（平均全身血圧、拡張期血圧、又は収縮期血圧）、並びに身体的持久運動能力の改善を観察することによって決定することができる。

【0078】

富化された不均一腎細胞集団が治療可能性を有するものとして識別される場合に、その細胞集団を、当該技術分野において既知であるあらゆる適切な投与経路によって患者に投与することができる。例えば、富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を、腎臓疾患についての治療を必要とする患者に全身投与することができる。富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を、腎臓疾患についての治療を必要とする患者の腎臓（複数の場合もある）に又はその中に投与することができる。富化された不均一腎細胞集団が腎臓疾患についての治療を必要とする患者の腎臓（複数の場合もある）に又はその中に投与される場合に、その細胞集団を単回又は多回の注射を介して投与することができる。その細胞集団を、直接的な開腹術を介して、直接的な腹腔鏡手術を介して、経腹的に又は経皮的に投与することができる。富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物を、腎臓の腎皮質への経皮注射によって投与することができ、又はガイドカニューレを経皮的に挿入して腎臓被膜に穿刺した後に、富化された不均一腎細胞集団を腎臓中に注入することによって投与することができる。

【0079】

富化された不均一腎細胞集団、又は富化された不均一腎細胞集団を含む医薬組成物は、あらゆる適切な経路によって治療的有効用量で投与される。腎臓疾患についての治療を必要とする患者に投与する治療的有効用量又は治療的有効量は、患者の推定腎臓重量のグラム当たり約１×１０^６個～９×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞を含み得る。医薬組成物の治療的有効量は、患者の推定腎臓重量のグラム当たり約１×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、１×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、約２×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、２×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、約３×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、３×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、約４×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、４×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、約５×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞、又は５×１０^６個の富化された不均一腎細胞集団の細胞の用量であり得る。

【0080】

当業者は、日常的な実験を超えた実験を使用しなくても、本明細書において記載される特定の実施形態の多くの均等物を認識し、又は把握することができるであろう。そのような均等物は、添付の特許請求の範囲により包含されることが意図される。

【0081】

本明細書において挙げられる全ての出版物、特許、及び特許出願は、それぞれの個々の出版物、特許、又は特許出願の全体が引用することにより具体的にかつ個別に本明細書の一部をなすことを示すのと同じ程度で、引用することにより本明細書の一部をなす。

【実施例】

【0082】

実施例１：富化された不均一腎細胞集団の調製
解決策。富化された不均一腎細胞集団を調製する一方法において、表１に示される試薬を使用して、富化された不均一腎細胞集団を腎臓組織又は生検試料から調製した。

【0083】

【表1】

【0084】

ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）は、あらゆる細胞洗浄に有用である。

【0085】

腎臓試料からの細胞の単離。この方法において、富化されていない腎細胞の調製に至るための原材料として、腎臓生検を介した腎組織を使用した。一般に、調製において使用される腎組織は、皮質組織、皮髄境界部組織、又は髄質組織の１つ以上から構成され得る。皮髄境界部組織が好ましい。ＣＫＤの腎臓からは、瘢痕組織を避けて多数の生検コア（最低２つ）が必要とされる場合がある。腎組織は臨床医によって患者から取得された。必要に応じて、組織は組織輸送培地中で輸送される場合がある。

【0086】

組織を組織洗浄溶液で洗浄して、入り込むバイオバーデンを減らしてから、組織を処理して細胞を抽出した。

【0087】

腎組織を細切し、消化溶液中で解離させた。得られた細胞懸濁液を中和し、洗浄し、ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄ－ＭＥＭ）＋１０％のウシ胎児血清（ＦＢＳ）（Invitrogen、カリフォルニア州カールスバッド）中に再懸濁し、洗浄し、腎細胞成長培地（ＲＣＧＭ）中に再懸濁した。組織培養処理されたポリスチレンフラスコ又はディッシュ上での培養の開始をＲＣＧＭ中で行った。例えば、１つの生検を８ｍＬのＲＣＧＭ中で１つのＴ２５ Ｎｕｎｃフラスコ中にプレーティングした。

【0088】

富化されていない不均一腎臓培養の拡大。腎細胞の拡大は、受け取った組織の量と、入り込む組織からの腎細胞の単離の成功とに依存していた。必要に応じて、単離された細胞を凍結保存することができる。腎細胞の成長動態は、個々の患者から単離された細胞の固有のばらつきのため、試料ごとに異なる可能性がある。

【0089】

規定の細胞拡大プロセスが開発されており、このプロセスは、入り込む組織のばらつきに起因する細胞回収の範囲に対応する。表２。腎細胞の拡大は、密閉培養容器（例えば、Ｔフラスコ、Cell Factories、ＨｙｐｅｒＳｔａｃｋｓ（商標））における腎細胞成長培地中での規定の細胞培養手順を使用する連続継代を要した。

【0090】

【表2】

【0091】

最初のＴフラスコ（継代０）において細胞成長が観察され、目に見える汚染の兆候がなくなったら、培養培地を取り替え、その後は２日～４日ごとに交換した。顕微鏡下で培養物を視覚的に観察することによって、細胞を評価して、腎細胞の形態を検証した。培養物は、細胞が互いに密集しているため、隙間のない舗道又は石畳の外観を特徴的に示した。これらの形態学的特徴は拡大中に変化する場合があり、全ての継代で存在し得るわけではない。細胞培養コンフルエンスは、細胞拡大全体にわたって使用される培養容器内の様々なレベルのコンフルエンスにある細胞の画像ライブラリーを使用して推定された。

【0092】

培養容器が少なくとも５０％のコンフルエントとなったときに、腎細胞をトリプシン処理によって継代した。剥離した細胞を腎細胞成長培地が入った容器中に収集し、計数し、細胞生存率を計算した。各細胞継代において、十分な数の培養容器において細胞を５００個～４０００個の細胞／ｃｍ^２で播種して、治療製剤又は評価に必要とされる細胞数まで細胞数を増やした。培養容器を５％のＣＯ_２環境において３７℃のインキュベーター内に入れた。上記のように、細胞の形態及びコンフルエンスを監視し、組織培養培地を２日～４日ごとに交換した。表３に、ヒトドナーからの腎臓生検の細胞単離及び細胞拡大の間に見られるヒト腎細胞の生存率を列記する。

【0093】

【表3】

【0094】

異なる患者からの組織の固有のばらつきにより、培養において異なる細胞収率がもたらされる可能性がある。したがって、細胞継代のタイミング又は各継代で目標の細胞数を達成するのに必要とされる培養容器の数及び種類を厳密に規定することは現実的ではなかった。典型的には、腎細胞は２回又は３回の継代を経るが、培養期間及び細胞収率は、細胞成長速度に応じて変動し得る。

【0095】

採取又は継代のために、ＴｒｙｐＬＥ（Invitrogen）を用いて細胞を剥離した。生存率をトリパンブルー排除を介して評価し、血球計算盤を使用して手動で又は自動式のＣｅｌｌｏｍｅｔｅｒ（商標）計数システム（Nexcelom Bioscience、マサチューセッツ州ローレンス）を使用して又はＡＯ／ＤＡＰＩを用いてＮＣ－２００ヌクレオカウンターを使用して計数を実施した。

【0096】

培養された細胞の凍結保存。拡大された腎細胞を凍結保存して、個々の患者からの細胞成長の固有のばらつきに対応し、かつ療法薬、例えば、富化された不均一腎細胞集団を、必要に応じて、予め決められた臨床スケジュールで送達することができる。凍結保存された細胞はまた、治療用量／追加の治療用量が必要とされる状況（例えば、患者の病気による遅延、予期せぬ経過事象等の状況における追加の用量）において予備の細胞供給源を提供する。細胞を凍結保存し、解凍時に生存可能な機能的な細胞を回復するのに使用される条件を確立した。

【0097】

拡大された腎細胞を凍結保存した場合に、細胞を凍結保存溶液中に１ｍＬ当たり約５０×１０^６個の細胞の最終濃度に懸濁し、バイアル中に分注した。１ｍＬ当たり約５０×１０^６個の細胞が入った１ｍｌのバイアルを、速度制御フリーザーの凍結室に入れ、予めプログラムされた速度で凍結させた。凍結後に、細胞を工程内貯蔵のために液体窒素フリーザーに移した。

【0098】

富化された不均一腎細胞集団の調製。凍結保存された細胞から成長させた又は拡大培養物から直接的に成長させた最終培養容器から、富化された不均一腎細胞集団を調製することができる。

【0099】

凍結保存された細胞の場合に、細胞を解凍し、組織培養容器にプレーティングして、最後の１回の拡大工程を行った。最終培養容器がおよそ５０％～１００％のコンフルエンスになったときに、細胞は富化された不均一腎細胞集団を分離する処理の準備ができていた。培地交換及びＮＫＡの最終洗浄により、最終産物中の残りの全ての凍結保存溶液が希釈された。

【0100】

最終的な細胞培養容器が少なくとも５０％のコンフルエンスに達したら、培養容器を、３７℃で５％のＣＯ_２環境において２％の酸素に設定された低酸素インキュベーターに移し、一晩培養した。細胞は２％の酸素に設定された酸素制御インキュベーターにおいて２４時間未満又は一晩保持され得る。より生理学的に関連性のある低酸素（２％）環境への曝露は、細胞分離効率を改善し、ＶＥＧＦ等の低酸素誘導性マーカーのより優れた検出を可能にした。

【0101】

細胞を低酸素条件に十分な時間（一晩ないし４８時間）曝露した後に、細胞をＴｒｙｐＬＥ（Invitrogen）を用いて剥離した。生存率をトリパンブルー排除を介して評価し、血球計算盤を使用して手動で又は自動式のＣｅｌｌｏｍｅｔｅｒ（商標）計数システム（Nexcelom Bioscience、マサチューセッツ州ローレンス）を使用して又はＡＯ／ＤＡＰＩを用いてＮＣ－２００ヌクレオカウンターを使用して計数を実施した。細胞をＯｐｔｉＭＥＭにより１回洗浄し、ＤＰＢＳ中で１ｍＬ当たり約８５０×１０^６個の細胞に再懸濁した。

【0102】

密度境界／界面にまたがる遠心分離を使用して、採取された腎細胞集団を細胞浮遊密度に基づいて分離した。腎細胞懸濁液を、ＯｐｔｉＭＥＭ中の７％イオジキサノール溶液（ＯｐｔｉＰｒｅｐ、６０％（重量／容量））にわたって遠心分離することによって分離した。

【0103】

７％のＯｐｔｉＰｒｅｐ密度界面溶液を調製し、使用前に所望の密度の指標となる屈折率を測定した（屈折率１．３４５６±０．０００４）。採取された腎細胞を溶液の上面に成層させた。密度界面を、遠心分離管又は細胞プロセッサー（例えば、ＣＯＢＥ ２９９１）のいずれかにおいて、室温で８００×ｇにて２０分間（間断なく）遠心分離した。およそ１．０４５ｇ／ｍＬを超える浮遊密度を示す細胞画分を、遠心分離後に別個のペレットとして収集した。１．０４５ｇ／ｍＬ未満の浮遊密度を維持している細胞を除外し、廃棄した。

【0104】

富化された不均一腎細胞集団のペレットをＤＰＢＳ中に再懸濁した。最終産物中の残留ＯｐｔｉＰｒｅｐ、ＦＢＳ、培養培地、及び補助物質の繰り越しを４回のＤＰＢＳ洗浄工程によって最小限に抑えた。

【0105】

実施例２：治療可能性を示す富化された不均一腎細胞集団による腎形成マーカー発現の識別及び判定
序論。腎臓を含む複雑な組織及び器官の再生には、発生及び器官形成に共通する機構要素が利用され得る。胚性腎形成中の最も早期のシグナル伝達事象に典型的に関連した多数のマーカーの発現は、例えば、実施例１に記載されるプロセスを介して調製された富化された不均一腎細胞集団が脱分化し、より腎前駆体様の特性を獲得したことを示すこととなる。これらの形質を有する富化された不均一腎細胞集団を罹患した腎実質に導入すると、通常は腎形成を媒介するが（成体実質の状況では）再生として解釈され得る重要なシグナル伝達カスケードの開始が引き起こされ得る。

【0106】

方法。例えば、実施例１に記載されるように調製された富化された不均一腎細胞集団を、ＦＡＣＳ解析により腎形成マーカーの発現について試験した。細胞の腎形成マーカー発現の検出に使用される抗体を表４において明らかにする。

【0107】

【表4】

【0108】

ＦＡＣＳ用の細胞調製。ＦＡＣＳ解析を実施するのに、富化された不均一腎細胞集団の細胞をトリプシン消化によって採取し、４００ｇで１０分間遠心分離して細胞ペレットを形成した。細胞ペレットをリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄し、細胞内抗原の検出に必要とされる細胞透過処理用のサポニンを含む４％のパラホルムアルデヒド溶液中に再懸濁して、固定した。固定後に、細胞をペレット化し、１×洗浄バッファー（Becton Dickenson、独自組成）で２回洗浄し、１００μｌ～２００μｌの洗浄バッファー中に再懸濁した。

【0109】

ＦＡＣＳ染色及び解析。ＦＡＣＳ染色を、表４に示されるように２μｇの一次抗体（直接標識又は非標識）を加えることによって４℃で２０分間実施した。細胞を抗体とともにインキュベートした後に、細胞を洗浄バッファーで２回洗浄した。必要に応じて、例えば、一次抗体が非標識である場合に、細胞をＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ４８８等の検出可能な蛍光体を有する適切な二次抗体で更に免疫標識した。ＦＡＣＳ解析の間にチャンネルの適切なゲーティングを可能にするのに、主要な染色反応と並行して適切なアイソタイプコントロール及び二次抗体コントロールを設けた。

【0110】

全ての細胞集団を再度洗浄バッファーで洗浄し、２００μｌのＰＢＳ中に再懸濁した。免疫染色された富化された不均一腎細胞集団の解析を、ＭＡＣＳＱｕａｎｔアナライザーにおいて実施した。

【0111】

結果。合計１８個の富化された不均一腎細胞集団の臨床試料において、５つの腎形成マーカーの特定のレベルの発現が観察された。表５及び表６を参照のこと。

【0112】

【表5】

【0113】

【表6】

【0114】

ネフリンは、治療可能性を有する富化された不均一腎細胞集団の約４．３４パーセントから９８．７２パーセントの間の細胞によって発現されることも判明した。

【0115】

富化された不均一腎細胞集団の更なる臨床試料の解析を行って、再び５つの腎形成マーカーの発現レベルを決定した。５つの腎形成マーカーに加えて、ネフリン及びポドシン（腎形成の間の糸球体の発生に重要であり得る）並びにＲＡＣＫ－１の特定のレベルも決定した。図１Ｂを参照のこと。

【0116】

腎臓の再生には、発生及び器官形成に共通する機構要素を利用することが必要とされ得る。胚性腎形成における最も早期のシグナル伝達事象に典型的に関連したマーカーの発現は、例えば、実施例１に記載されるように調製された富化された不均一腎細胞集団が脱分化し、より腎前駆体様の特性を獲得したことを示すこととなる。したがって、そのような富化された不均一腎細胞集団を罹患した腎臓へと導入すると、通常は腎形成を媒介するが（成体実質の状況では）再生として解釈され得る重要なシグナル伝達カスケードの開始が引き起こされ得る。腎形成マーカーであるＳＩＸ２、ＯＳＲ１、ＬＨＸ１、ＲＥＴ、及びＦＧＦ８の発現は、富化された不均一腎細胞集団が、例えば、罹患した腎臓の再生効果を介して、どのようにして治療的便益を得ることができるかというメカニズムを説明することができる。例えば、実施例１に記載される方法に従って調製された富化された不均一腎細胞集団は、腎臓疾患についての治療を必要とする患者において、透析の引き延ばし、アルブミン対クレアチニン比の減少、及びｅＧＦＲの増加等の治療効果を実証した。続いて、各腎形成マーカー及び腎形成におけるその役割について簡単に説明する。

【0117】

ＳＩＸ２は、ショウジョウバエ「シネ・オクリス（sine oculis）」ホメオボックスタンパク質と相同なタンパク質をコードする脊椎動物遺伝子ファミリーのメンバーである。ＳＩＸ２タンパク質は、腎臓、頭蓋骨、及び胃を含む幾つかの器官の発生に重要な役割を果たす転写因子である。腎臓の発生の間に、ＳＩＸ２は尿管芽から発せられる誘導的シグナルに対抗することによってキャップ間葉の多能性ネフロン前駆細胞を未分化状態に維持し、ＷＮＴ９Ｂと協働して再生中の前駆細胞増殖を促進する。ＳＩＸ２は、古典的なＷＮＴシグナル伝達に依存せずにＴＣＦ７Ｌ２及びＯＳＲ１とのその相互作用を通じて機能し得ることから、ＷＮＴ４等のキャップ間葉における分化遺伝子の転写を防ぐ。さらに、ＳＩＸ２は、ＯＳＲ１とは独立して作用し、それ自体、ＧＤＮＦ、及びＯＳＲ１を含む多くのキャップ間葉遺伝子の発現を活性化する。

【0118】

ＯＳＲ１は、生殖腺及び腎臓を形成する中間中胚葉の最初期マーカーである。この発現は中間中胚葉の形成には必須ではなく、むしろ腎臓構造及び生殖腺構造に向かう分化に不可欠である。ＯＳＲ１は、初期の泌尿器生殖器の発生に関与する転写因子ＬＨＸ１、ＰＡＸ２、及びＷＴ１の上流で作用し、これらの発現を引き起こす。正常な腎臓の発生において、ＰＡＸ２－ＥＹＡ１－ＨＯＸ１１複合体の活性化並びにそれに続くＳＩＸ２及びＧＤＮＦの発現の活性化により、尿管芽の分岐及びネフロンを形成するキャップ間葉の維持が可能となる。ＳＩＸ２はキャップ間葉の自己再生状態を維持し、ＧＤＮＦ－ＲＥＴシグナル伝達経路を介したＧＤＮＦは、成長中の尿管芽の誘引及び分岐に必要とされる。発生中の腎臓内で、ＯＳＲ１発現細胞はメサンギウム細胞、周皮細胞、尿管平滑筋、及び腎被膜となる。ＯＳＲ１発現細胞が分化する細胞型は、発現喪失のタイミングによって決まり、血管系又は尿管上皮の一部となる細胞は初期（Ｅ８．５）にＯＳＲ１の発現を失い、ネフロンとなる細胞は後期（Ｅ１１．５）に発現を失う。ＯＳＲ１発現が欠如したマウスにおいては、腎臓形成の３つの全ての段階が影響を受けており、ＷＴ１及びＰＡＸ２の発現が低下したマウスと同様であり、ウォルフ管が異常であり、存在する中腎細管がより少なく、腎臓を形成する後腎及び生殖腺が欠損している。胎生１０．５日目に、ＯＳＲ１発現が欠如した胚は尿管芽を成長させることができず、尿管芽は非緻密化後腎間葉へと移行する。尿管芽からの誘導シグナルの欠如と、下流のＰＡＸ２発現の減少とが組み合わさった結果、腎臓のアポトーシス及び無形成が引き起こされる。

【0119】

ＬＨＸ１は転写因子である。脊椎動物の胚において、腎臓は中間中胚葉に由来する。ＬＩＭクラスのホメオボックス転写因子ＬＨＸ１は中間中胚葉において初期に発現され、腎間葉において発現される最初の遺伝子の１つである。アフリカツメガエルの胚におけるＬＨＸ１の枯渇は、腎野のほぼ完全な喪失をもたらす。

【0120】

ＲＥＴは、とりわけ、正常な腎臓の発生及び精子の産生（精子形成）に必要である。ＲＥＴタンパク質は細胞膜を貫通しているため、タンパク質の一端は細胞内に留まり、もう一端は細胞の外表面から突き出ている。このタンパク質の配置により、該タンパク質は細胞外の特定の因子と相互作用し、細胞がその環境に応答するのを助けるシグナルを受け取ることができる。成長及び発生を刺激する分子（成長因子）がＲＥＴタンパク質に取り付くと、細胞内で複雑な化学反応のカスケードが引き起こされる。これらの反応により、細胞は分裂又は成熟して特化した機能を獲得する等の或る特定の変化を受けるよう指示される。

【0121】

ＦＧＦ８遺伝子は、線維芽細胞成長因子８（ＦＧＦ８）をコードする。このタンパク質は、細胞分裂、細胞成長及び細胞成熟の調節、並びに出生前の発生を含む多くのプロセスに関与する線維芽細胞成長因子と呼ばれるタンパク質ファミリーの一部である。ＦＧＦ８は、細胞表面上の線維芽細胞成長因子受容体１（ＦＧＦＲ１）と呼ばれる別のタンパク質に取り付き（結合し）、それにより細胞内で化学反応のカスケードが引き起こされる。

【0122】

治療可能性を有する富化された不均一腎細胞集団によって発現される腎形成マーカーのパネルを識別した。これらのマーカーの発現は、富化された不均一腎細胞集団の細胞が、腎形成又は腎臓の再生を媒介するシグナル伝達カスケードに影響を及ぼし、それにより治療効果をもたらす能力を有するという証拠を与える。マーカーの発現には幾らかのばらつきがあることが留意されるが、これが予想されるのは細胞が自己起源となるためである。

【0123】

実施例３：富化された不均一腎細胞集団の治療的生体活性にとって機構的に重要な転写物調節の特定。
序論：富化された不均一腎細胞集団の修復的活性、回復的活性、及び／又は再生的活性の根底にあるメカニズムを更に理解するのに、そこに含まれる腎細胞の部分集団に対してゲノムワイドなトランスクリプトームプロファイリングを実施した。ＰｒｅＧ（勾配分画前（pre-gradient fractionation））材料の密度勾配分離によって調製された４つの構成要素富化された腎細胞部分集団（Ｂ２、Ｂ３、Ｂ４、及びＢ５）が、富化された不均一腎細胞集団に含まれる。この実施例において、齧歯類ＰｒｅＧ材料、及び齧歯類の富化された不均一腎細胞集団を構成する４つの構成要素富化された腎細胞部分集団（Ｂ２、Ｂ３、Ｂ４、及びＢ５）のトランスクリプトームプロファイルを別々に解析し、比較し、対比した。４つの構成要素富化された腎細胞部分集団（Ｂ２、Ｂ３、Ｂ４、及びＢ５）のそれぞれを別々に解析し、それらのトランスクリプトームプロファイルをＰｒｅＧ材料のプロファイルと比較することにより、富化された不均一腎細胞集団の観察された修復的生体活性、回復的生体活性、及び再生的生体活性に対するそれぞれの寄与を理解することができた。

【0124】

材料及び方法／腎細胞集団の調製：３匹の独立したドナー（５週齢、雄、同質遺伝子型ルイス実験室ラット）からの腎臓を、この解析において特徴付けられた全ての腎細胞集団及び部分集団の３つの独立した生物学的複製物についての出発材料として使用した。ラット腎臓全体からの選択された生体活性初代腎細胞の調製は詳細に記載されている（A.T., Guthrie, K.I., Kelley, R. Methods Mol Biol 1001, 53, 2013、Kelley, R., et al. American Journal of Physiology & Renal Physiology 299, 1026, 2010、Kelley, R., et al. Cell Transplantation 22, 1023, 2013）。簡単に言うと、５週齢の雄ルイスラット（Hilltop Labs、米国ペンシルベニア州、スコッツデール）から全腎臓を採取し、腎臓組織を４．０ユニット／ｍＬのディスパーゼ（Stem Cell Technologies, Inc.、カナダ国ブリティッシュコロンビア州、バンクーバー）及び３００ユニット／ｍＬのコラゲナーゼＩＶ（Worthington Biochemical、米国ニュージャージー州、レイクウッド）を含むバッファー中で酵素的に解離させた。１５％のイオジキサノール（Ｏｐｔｉｐｒｅｐ（商標）、Axis Shield、米国マサチューセッツ州、ノートン）による遠心分離によって、赤血球及び破片を除去した。初代腎細胞を組織培養処理されたポリスチレンプレート（ＮＵＮＣ、米国ニューヨーク州、ロチェスター）へと播種し、５％のウシ胎児血清（ＦＢＳ）、２．５μｇのＥＧＦ、２５ｍｇのウシ下垂体抽出物（ＢＰＥ）、１×ＩＴＳ（インスリン／トランスフェリン／亜セレン酸ナトリウム培地サプリメント）、及び抗生物質／抗真菌薬（全てInvitrogen（米国カリフォルニア州、カールスバッド）から）を含む高グルコースダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）：ケラチノサイト無血清培地（ＫＳＦＭ）の１：１混合物である５０：５０培地中で培養した。培養後の細胞分離の前に、初代腎細胞培養物を大気酸素条件（２１％）からより生理学的に適切な低酸素環境（２％）に２４時間移して、細胞分離効率を向上させた。２ｍＬの無添加のＫＳＦＭ（ｕＫＳＦＭ）中で７５×１０^６個の細胞として調製された初代腎細胞培養物の分離を、１５ｍＬのコニカルポリプロピレンチューブにおいて齧歯類用に特別に層状化された４段階のイオジキサノール（ＯｐｔｉＰｒｅｐ、ｕＫＳＦＭ中６０％（重量／容量））密度勾配（１６％、１３％、１１％、及び７％）を介した遠心分離によって実施し、８００×ｇで室温にて２０分間（間断なく）遠心分離した。遠心分離後に、細胞副画分をピペットを介して勾配から抽出し、４つの異なるバンド（Ｂ１～Ｂ４）及びペレット（Ｂ５）として収集した。全てのバンドを滅菌リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で３回洗浄してから使用した。勾配前試料（「ＰｒｅＧ」）及び全腎臓組織試料（「Ｍａｃｒｏ」）を比較のために各齧歯類から収集した。各齧歯類細胞集団に使用される培養条件を以下の表７にまとめる。

【0125】

【表7】

【0126】

材料及び方法／転写物解析：ゲノムワイドな転写物解析用のＲＮＡを、QiagenのＲＮＡ単離キットを使用して製造業者の指示に従って調製した。以下の表８に従って正規化された各試料からの２μｇのＲＮＡを使用して、AffymetrixのＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｒａｔ Ｇｅｎｏｍｅ ２３０ ２．０アレイ（ウェイクフォレスト大学の健康科学マイクロアレイコア施設（Wake Forest University Health Sciences Microarray Core Facility）、ノースカロライナ州、ウィンストン・セーラム）におけるゲノムワイドな転写物解析を行った。

【0127】

【表8】

【0128】

材料及び方法／データ解析：AffymetrixのＧｅｎｅＣｈｉｐデータを、ＲＭＡ（Rafael et al., 2003. Nucleic Acids Research 31:e15）を使用して正規化した。それぞれの構成要素富化された腎細胞部分集団（Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、Ｂ４、Ｂ５）からの遺伝子発現プロファイルを、対応のあるｔ検定を使用してＰｒｅＧ材料における遺伝子発現プロファイルと比較した。発現変動遺伝子を、対応のあるｔ検定によってＰ＜０．０５で検出した後に、ＤＡＶＩＤ（http://david.abcc.ncifcrf.gov）によって解析して、遺伝子オントロジー（ＧＯ）カテゴリー及び京都遺伝子ゲノム百科事典（ＫＥＧＧ）パスウェイを検出したところ、これらは各画分とＰｒｅＧとの間で有意に異なっていた。ＧＯ解析には、冗長性を最小限に抑え、ＧＯタームにおける特異性を高めるのにＤＡＶＩＤによって提供されたＧＯ生物学的プロセスカテゴリーであるＧＯ－ＢＰ－ＦＡＴを使用した。ＧＯ及びＫＥＧＧのパスウェイ解析から生成されたＰ値にボンフェローニ調整を適用して、多重検定補正を行った。ＫＥＧＧパスウェイプロットを、BioconductorのＰａｔｈｖｉｅｗ（Weijun Luo and Cory Brouwer. Bioinformatics, 29(14):1830-1831, 2013）を使用して作成した。QIAGENのＩｎｇｅｎｕｉｔｙパスウェイ解析（ＩＰＡ（商標）、QIAGEN Redwood City、www.qiagen.com/ingenuity）を使用して、ＧＯカテゴリーについての遺伝子ネットワークを作成した。

【0129】

結果／副画分Ｂ１：ＰｒｅＧ材料に対するＢ１部分集団のＧＯ解析により、細胞周期（Ｐ＝９．４０×１０^－４）、細胞分裂（Ｐ＝９．８１×１０^－５）、及び細胞周期期（Ｐ＝０．０１６）の調節に関連するＧＯカテゴリーの有意な下方調節が示された（表９）。ＫＥＧＧパスウェイ解析によっても同様の結果が生じた（表９）。下方調節された周期パスウェイ遺伝子は、細胞成長（Ｇ１、Ｇ２）、ＤＮＡ複製（Ｓ）、及び有糸分裂（Ｍ）を含む細胞周期の各期に分布していた。例えば、Ｂ１においてＰｒｅＧと比べて負の調節を受ける主要な細胞周期調節タンパク質には、ＣＤＫ２、ＣＤＫ７、ＣＹＣＥ、ＣＤＣ４５、ＯＲＣ、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＭＡＤ２、ＣＤＣ２０、及びＡＰＣが含まれていた。さらに、転写の調節（Ｐ＝０．００１）、ＲＮＡ代謝プロセスの調節（Ｐ＝０．０４４）、及びスプライセオソーム（Ｐ＝０．００２）を含む、転写の調節に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーは、有意に下方調節されていた（表９）。

【0130】

【表9】

【0131】

これらのトランスクリプトームデータは、Ｂ１部分集団が有意により低い増殖可能性及び再生可能性を表すことを示唆しており、ＣＫＤの齧歯類モデルにおいて腎病態生理に対するＢ１細胞による機能的影響がないことが観察されることと一致している（Bruce, A.T., Guthrie, K.I., Kelley, R. Methods Mol Biol 1001, 53, 2013、Kelley, R., et al. American Journal of Physiology & Renal Physiology 299, 1026, 2010、Kelley, R., et al. Cell Transplantation 22, 1023, 2013）。

【0132】

ＰｒｅＧ材料に対するＢ１部分集団におけるＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの有意な上方調節には、免疫応答に関与するサイトカイン媒介性シグナル伝達経路（Ｐ＝０．０２３）並びに異物及び細胞老廃物の消化に関与するリソソーム（Ｐ＝４．４４×１０^－４）が含まれていた。細胞接着（Ｐ＝０．０４５）も上方調節されていた（表９）。これらのデータは、改めて、ＣＫＤの齧歯類モデルにおいて腎病態生理に対するＢ１細胞による機能的影響がないことが観察されることと一致している。Ｂ１富化された腎細胞部分集団は、富化された不均一腎細胞集団の構成要素ではない。

【0133】

結果／副画分Ｂ２：Ｂ２のトランスクリプトームプロファイルは、パスウェイレベルでＰｒｅＧと類似していることが判明した。ＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーは、有意に上方調節されているとは識別されなかった。たった１つのパスウェイであるＥＣＭ受容体相互作用（ｒｎｏ０４５１２）が、ＰｒｅＧ材料と比べて有意に下方調節（Ｐ＝０．０３９）されていることが判明した。ＥＣＭ受容体相互作用の下方調節と一致して、コラーゲン、ラミニン、リーリン、テネイシン、ビトロネクチン、及びトロンボスポンジン（ＴＨＢＳ）を含む多数のＥＣＭタンパク質はＢ２において有意に下方調節されていた。細胞外マトリックス（ＥＣＭ）成分の過剰な沈着が組織線維化を引き起こすことはよく知られている（Liu Y. Kidney International 69, 213, 2006、Kisseleva and Brenner, 2008. Proc Am Thorac Soc 5: 338-42、El-Nahas, 2003. Kidney Int 64: 1553-63）。さらに、腎線維症は、慢性腎臓疾患（ＣＫＤ）から末期腎臓疾患への疾患進行の証しである。

【0134】

ＥＣＭ関連遺伝子で観察される負に調節されたトランスクリプトームプロファイルとは対照的に、ヒアルロナン媒介運動性受容体（ＲＨＡＭＭ；ＣＤ１６８又はヒアルロナン媒介運動性受容体（ＨＭＭＲ）としても知られる）の発現は、Ｂ２部分集団においてＰｒｅＧ材料と比べて特異的に上方調節されていた（倍率変化＝１．１１４、Ｐ＝０．０３０）。ＲＨＡＭＭの発現は、多くのｉｎ ｖｉｔｒｏモデル系及びｉｎ ｖｉｖｏモデル系において再生的生体活性に直接的に関連付けられている。例えば、ＲＨＡＭＭは、血管新生、３Ｄ唾液腺スフェロイドの再生、並びにアフリカツメガエルのオタマジャクシの尾及び細胞の運動性のそれぞれを促進することも分かっている。したがって、ＲＨＡＭＭの発現レベルの増加は組織再生に有益である可能性がある（Pradhan-Bhatt et al., 2014. Laryngoscope 124: 456-461、Contreras et al., 2009. Development 136: 2987-96、Tolg et al., 2006. J Cell Biol 175: 1017-28、Savani RC, et al. 2001. J. Biol. Chem. 276 (39): 36770-8、Hall CL, et al. 1994.. J. Cell Biol. 126 (2): 575-88、Hamilton SR, et al. 2007. J. Biol. Chem. 282 (22): 16667-80）。さらに、ＲＨＡＭＭを受容体とするヒアルロン酸（ＨＡ）は、発生中の腎臓の間質腔全体に存在し（Bakala, H., et al., 1988. J Morphol 196: 1-14）、尿管芽の集合管への分化及び後腎間葉の間葉－上皮移行を分子量に依存せずに刺激することが分かっているＥＣＭ構成要素である。Ｂ２部分集団におけるＲＨＡＭＭの有意な上方調節及びこれらのデータは、腎組織工学及び細胞ベースの医学にとって興味深い可能性をもたらす。一例として、或る特定の濃度で規定の分子量のＨＡを放出するように設計された足場を、再生結果の調節を期待して腎臓内に移植することができる。

【0135】

結果／副画分Ｂ３：ＫＥＧＧパスウェイ解析により、補体カスケード及び凝固カスケードに関連するカテゴリーが、Ｂ３部分集団においてＰｒｅＧ材料と比べて有意に上方調節されていることが判明した（Ｐ＝０．００８）（表１０）。上方調節されている遺伝子には、Ｃ２、Ｃ３、及びＣ４等の補体成分遺伝子、並びにフィブリノーゲン（ＦＧ）及び凝固第ＸＩＩＩ因子（Ｆ１３）等の凝固関連遺伝子が含まれていた。補体系及び凝固系は、損傷及び侵入者に対する「防御の第一線」と考えられている（Choi G, et al. Swiss Med Wkly. 2006; 136:139-144）。したがって、このパスウェイの上方調節は免疫応答の増加を示す。ＫＥＧＧ解析と一致して、ＧＯ解析でも体液性免疫応答の有意な増加が見出された（Ｐ＝０．０２５）（表１０）。細胞免疫系及び体液性免疫系の両方の多数の構成要素は、四肢、骨格筋、心臓、及び神経系を含む多数の器官及び組織での修復結果、回復結果、又は再生結果に寄与することが十分に確立されている（Aurora and Olson, 2014. Cell Stem Cell 15: 14-25）。

【0136】

【表10】

【0137】

Ｂ３部分集団における有意に下方調節されたＧＯカテゴリーは、アクチン重合及びアクチンフィラメントの長さの調節に関連していた（表１０）。アクチン細胞骨格の動的な再組織化は、細胞遊走の主なドライバーである。アクチン重合の阻害は、細胞遊走及びＢ３部分集団の治療効果に対して悪影響を与える可能性がある。

【0138】

結果／副画分Ｂ４：Ｂ４部分集団は、ＣＫＤに関する齧歯類モデルにおいて機能的な結果をもたらすことが観察された。その観察されたｉｎ ｖｉｖｏでの治療的生体活性と一致して、血管系の発生（Ｐ＝７．７６×１０^－７）、血管の発生（Ｐ＝１．３６×１０^－６）、血管形態形成（Ｐ＝１．７６×１０^－６）、血管新生（Ｐ＝１．８２×１０^－６）、及び創傷に対する応答（Ｐ＝１．３５×１０^－５）を含む多数の再生関連のＧＯカテゴリーは、Ｂ４部分集団においてＰｒｅＧ材料よりも有意に上方調節されていることが判明した（表１１）。ＧＯカテゴリーの血管新生は、腎臓、心臓、並びにその他の多数の器官及び組織における修復、回復、又は再生の中心となる（Takiya and Borojevic, 2011. Kidney Int Suppl 1: 99-102、Kramann and Humphreys, 2014. Semin Nephrol 34: 374-83、Park and Gerecht, 2014. Development 141: 2760-9、Kaully et al., 2009. Tissue Eng Part B 15: 159-69）。ＣＸＣＲ４、ＴＥＫ、ＦＧＦＲ１、及びＫＤＲを含む血管新生及びその他の再生関連のシグナル伝達経路の中心となる主要な受容体が上方調節されていることが判明した。これらの中で、ＳＤＦ１／ＣＸＣＲ４軸は、異所性の細胞ベースの療法に応答して腎修復、腎回復、又は腎再生の中心となる（Togel and Westenfelder, 2011. Kidney Int Suppl 1: 87-89、Sharma et al., 2011. Stem Cells Dev 20: 933-46、Sagrinati, C., et al. Trends Mol Med 14, 277, 2008）。創傷に対する応答のＧＯカテゴリーにおいて、Ｎｏｔｃｈ１、Ｎｏｔｃｈ３、Ｔｉｍｐ３、Ｖｗｆ、Ａｄａｍ１５、Ｇａｓ６、Ｉｇｆｂｐ１、及びＴｍ４ｓｆ４等の上方調節された多くの遺伝子は、ＧＯカテゴリーの創傷治癒並びに組織修復、組織補修、又は組織再生にも属する。これらの遺伝子のＰｒｅＧに対する有意な上方調節は、部分集団Ｂ４の再生的生体活性とも一致する。

【0139】

【表11】

【0140】

さらに、細胞接着関連のＧＯカテゴリーは、Ｂ４においてＰｒｅＧ材料と比べて有意に上方調節されていることが判明した（表１１）。細胞接着は、移植された細胞の宿主環境への取り込み及び機能的統合に不可欠である。細胞接着遺伝子の誘導は、移植された細胞のホーミングに有益である可能性がある。

【0141】

解析されたパスウェイが、Ｂ４において有意に下方調節されていることは見出されなかった。

【0142】

結果／副画分Ｂ５：部分集団Ｂ５は、遺伝子発現レベルでＰｒｅＧ材料と比べて最も特徴的な画分であることが判明した。４０個のＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーは、ＰｒｅＧとは有意に異なっていた（表１２及び表１３）。

【0143】

【表12】

【0144】

【表13】

【0145】

上方調節されたＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーには、細胞接着、血管新生、管の分岐形態形成、細胞形態形成、上皮細胞増殖の調節、血管の発生、血管形態形成、血管系の発生、細胞成分の形態形成、細胞形態形成、分化に関与する細胞形態形成、管の形態形成、細胞突起の組織化及び形態形成、細胞部分の形態形成、分岐構造の形態形成、発生の成熟、並びに栄養素に対する応答等が含まれていた。これらの有意に上方調節されたＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの大部分は、明らかに修復結果、回復結果、又は再生結果の触媒反応に関与している。

【0146】

Ｂ４で観察されるように、主要な血管新生促進受容体のＣＸＣＲ４、ＴＥＫ、及びＫＤＲはＢ５において顕著に上方調節されている。さらに、血管新生促進リガンドであるＰＧＦ、ＡＮＧＰＴ２、ＡＮＧＰＴ４、ＶＥＧＦＡ、及びＰＤＧＦＡは、Ｂ５部分集団においてＰｒｅＧ材料と比べて有意に上方調節されていることが観察された。これらのリガンドの再生的生体活性は十分に確立されている。

【0147】

特に興味深い幾つかの有意に異なって調節されるパスウェイには、古典的なＷｎｔ／β－カテニンシグナル伝達経路が含まれていた。古典的なＷｎｔ／β－カテニンシグナル伝達経路は、Ｂ５部分集団においてＰｒｅＧ材料と比べて有意に下方調節されていた（表１３）。Ｗｎｔシグナル伝達は腎形成及び器官形成に密接に関与しているが、適切な状況では線維化促進作用もあり、病状の維持に寄与することもできる（Kawakami et al., 2013. J Pathol 229: 221-31、Shkreli et al., 2011. Nat Med 18: 111-9、Cisternas et al., 2014. Curr Mol Med 14: 510-22）。ＳＲＣとの関連におけるＢ５についての適切なＷｎｔシグナル伝達生体活性は、その線維化促進作用であり得ることが可能であるため、Ｗｎｔシグナル伝達のあらゆる減少は、線維性の罹患腎臓内への移植の際の望ましい結果であると思われる（Cuevas et al., 2015. Biomed Res Int. 論文ID 726012）。

【0148】

また、興味深いことに、ＧＯカテゴリー「管の分岐形態形成」が、Ｂ５部分集団においてＰｒｅＧ材料と比べて上方調節されていた。哺乳動物の腎形成が、腎管の派生物である尿管芽と、周囲の後腎間葉との間の分岐形態形成の反復プロセスによって誘導されることを考えると、これは興味深いものであった。隣接する後腎間葉からのシグナル伝達に応答して尿管芽上皮からの分岐形態形成が継続することにより、今度は尿管芽先端での後腎間葉の新たな凝集体の誘導及び腎形成事象の継続がもたらされる。この反復プロセスは、発生中の腎臓の放射軸に沿って継続し、最も若いネフロンが末梢に向かって誘導される（Basu and Ludlow, 2012. Birth Defects Research Part C 96: 30-38によって概説される）。このために、富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣの成体齧歯類の腎臓における移植は、新生ネフロン様構造物の誘導と新たに関連付けられた（Basu, J., et al. Cell Transplantation 20, 1771, 2011）。

【0149】

最後に興味深いことに、ＴＧＦ－β１シグナル伝達経路を介したＧＯカテゴリーの上皮細胞増殖の調節の活性化は、宿主の細管上皮細胞の増殖促進における富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣの潜在的な役割と一致するとして注目された。実際、このために、移植された富化された不均一腎細胞集団は、５／６Ｎ_ｘモデルにおける尿細管細胞の増殖を促進することが観察された。富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣでの治療により、特に細管上皮におけるＫｉ６７^＋増殖細胞の数が特異的に増加した。このコンパートメント特異的な増殖は、治療転帰の直接的な指標となり得る。上皮の増殖は腎機能の補充につながるのに対して、間質の増殖は線維症につながる。

【0150】

ＰｒｅＧ材料と比べてＢ５部分集団におけるタンパク質代謝に関連する多数のＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの有意な下方調節が観察され、これは単純にＢ５部分集団についての全体的な代謝率がＰｒｅＧ材料と比べて低下していることを示し得る。

【0151】

要約。富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣは、ＰｒｅＧ材料のイオジキシノール（iodixinol）勾配遠心分離によって製造される。ＰｒｅＧ材料のイオジキシノール勾配遠心分離により、ＰｒｅＧ材料の５つのＢ１～Ｂ５の部分集団への分離がもたらされる。Ｂ１～Ｂ５の部分集団のトランスクリプトームプロファイリングにより、慢性腎臓疾患の治療における修復的生体活性、回復的生体活性、及び再生的生体活性によって明らかなように、富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣの根底にあり得る主要なトランスクリプトームネットワーク及びそれに付随するシグナル伝達経路、作用機序が特定された。ＰｒｅＧ材料と比べての、最終的な富化された不均一腎細胞集団産物に含まれるＢ２～Ｂ５の部分集団における有意差には、部分集団Ｂ２におけるＥＣＭ受容体相互作用に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの下方調節、部分集団Ｂ３における免疫応答に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの上方調節及びアクチン重合の調節に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの下方調節、Ｂ４における修復、回復、再生、及び細胞接着に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーの上方調節、並びにＢ５における修復的活性、回復的活性、又は再生的活性に明確に関連する多数のカテゴリーを含む４０個の調節が異なるＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーが含まれる。富化された不均一腎細胞集団に含まれない部分集団Ｂ１は、ＰｒｅＧ材料と比べて、細胞周期及び転写制御に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーにおいて有意な下方調節を示し、かつ炎症に関連するＧＯ／ＫＥＧＧカテゴリーにおいて有意な上方調節を示した。

【0152】

総合すると、トランスクリプトームデータは、治療的に使用される富化された不均一腎細胞集団、例えばＳＲＣが、腎臓において、部分的に、再生の促進に関連する多数のトランスクリプトームネットワークを活性化する一方で同時に腎疾患及び病態生理の継続的な進展を促進し得る代わりの転写経路を抑制することによって、修復結果、回復結果、又は再生結果を触媒することを示唆している。

【0153】

実施例４：慢性腎臓疾患の治療に使用される富化された不均一ヒト腎細胞集団の再生的生体活性について機構的に重要な発生経路の特定。
序論：実施例３における齧歯類データを更に基にして、臨床試験に使用するために調製されたヒトの富化された不均一腎細胞集団に対してトランスクリプトーム解析及びエピゲノム解析を実施した。腎自家細胞療法（ＲＥＡＣＴ）は、慢性腎臓疾患、糖尿病性腎症、並びに腎臓及び尿路の先天異常の治療用の新規の再生医学の候補である（Stavas 2021. 「腎臓及び尿路の先天異常に続発する慢性腎臓疾患を伴う成人における腎自家細胞療法注射に関するプロトコル及びベースラインデータ（Protocol and Baseline Data on Renal Autologous Cell Therapy Injection in Adults with Chronic Kidney Disease Secondary to Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract.）」. Blood Purif 50(4-5):678-683、Stenvinkel P, Wadstroem J, Bertram T, Detwiler R, Gerber D, Brismar TB, et al.著の「病期３及び病期４の糖尿病性慢性腎臓疾患における選択された自家腎細胞の移植－「ファースト・イン・ヒューマン」試験の臨床治験（Implantation of autologous selected renal cells in diabetic chronic kidney disease stages 3 and 4-clinical experience of a "First in Human" study.）」. Kidney Int Rep. 2016 1(3):105-13）。ＲＥＡＣＴは、被験体自身の腎生検に由来する初期細胞集団（この実施例においては初期細胞集団はＢＲＣ０又はＢＲＣ０集団と呼ばれる）から調製又は製造された、富化された不均一腎細胞集団（この実施例においてはＳＲＣ又はＳＲＣ集団と呼ばれる）を用いて製剤化される。ヒトＳＲＣ集団対ＢＲＣ０集団のトランスクリプトームプロファイル及びエピゲノムプロファイルの比較を行って、腎臓疾患の治療に使用されるヒトＳＲＣの修復的活性及び回復的活性の根底にあるメカニズムを確認し、更に調査した。

【0154】

材料及び方法／慢性腎臓疾患の治療に使用されるＳＲＣの調製：腎組織生検から選択された腎細胞を調製する方法は、以前に詳細に記載されている（Bruce, A.T., Guthrie, K.I., Kelley, R.著の「機能的腎細胞のｅｘ ｖｉｖｏ培養及び分離（Ex vivo culture and separation of functional renal cells.）」 Methods Mol Biol 1001, 53, 2013、Halberstadt et al., 2013, Methods Mol. Biol.）。

【0155】

材料及び方法／ｃＤＮＡライブラリー構築：ライブラリー構築のために、各細胞集団（ｎ＝６）からＲＮＡを抽出した。ＤＮアーゼＩ処理及び品質管理（ＱＣ）の実施後に、２００ｎｇの高品質トータルＲＮＡを使用してライブラリー構築を行った。オリゴ（ｄＴ）を含む磁気ビーズを使用してｍＲＮＡを単離した。断片化バッファーを加えることによってｍＲＮＡをランダムに断片化し、次いで、ｄＮＴＰ、ＲＮアーゼＨ、及びＤＮＡポリメラーゼＩを加えた後に、ｍＲＮＡテンプレート及びランダムヘキサマープライマーを使用することによってｃＤＮＡを合成した。短い断片を精製し、ＥＢバッファーで溶解して、末端修復及び単一ヌクレオチドＡ（アデニン）付加を行った。その後に、短い断片をシーケンシングアダプターと接続した。サイズ選択及びＰＣＲ濃縮を通じて、二本鎖ｃＤＮＡライブラリーを完成させた。ＱＣ工程の間に、試料ライブラリーの定量化及び定性化において、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００バイオアナライザー及びＡＢＩ ＳｔｅｐＯｎｅＰｌｕｓリアルタイムＰＣＲシステムを使用した。最後に、有効濃度及び予想されるデータ量に従ってプールした後に、CD Genomics（ニューヨーク州シャーリー）のＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ６０００を使用して、定性化されたＲＮＡ－ｓｅｑライブラリーをシーケンシングした。

【0156】

材料及び方法／バイオインフォマティクス解析：ＦａｓｔＱＣツール（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq）を使用して、生のリードの品質に関する基本的な統計を実施した。シーケンシングアダプター及び低品質データを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ（バージョン０．３６）（Juhling, F., et al.著の「ｍｅｔｉｌｅｎｅ：亜硫酸水素塩シーケンシングデータからのメチル化変動領域の高速かつ高感度な呼び出し（metilene: fast and sensitive calling of differentially methylated regions from bisulfite sequencing data.）」 Genome Res, 2016. 26(2): p. 256-62）によって削除した。フィルタリングされたクリーンリードを、ＨＩＳＡＴ２（Kanehisa, M., et al.著の「ゲノムを生命及び環境に結び付けるＫＥＧＧ（KEGG for linking genomes to life and the environment.）」 Nucleic Acids Res, 2008. 36(Database issue): p. D480-4）によって参照ゲノムにマッピングし、位置及び遺伝子の特徴を取得した。ＣｕｆｆｌｉｎｋｓソフトウェアのＣｕｆｆｑｕａｎｔコンポーネント及びＣｕｆｆｎｏｒｍコンポーネントを使用して、遺伝子にマッピングされたリードの位置情報を使用して転写物及び遺伝子発現レベルを定量化した。異なる発現レベルでの遺伝子の数だけではなく各単一遺伝子の遺伝子発現レベルも解析した。ＤＥＳｅｑを使用して、生物学的複製物を含む試料についてＤＥＧを解析し、複製物を含まない試料についてはＥＢＳｅｑを解析した。解析中に、試料を最初にグループ化したため、後に２つごとの群間でコントロール－治療のペアとして比較を行うことができた。このプロセス中に、２以上の変化倍率及び０．０１未満のＦＤＲをスクリーニング基準として設定した。遺伝子オントロジー（ＧＯ－遺伝子オントロジーコンソーシアム２０００年（Gene Ontology Consortium, 2000））エンリッチメント解析は、発現変動タンパク質をコードする遺伝子と有意に関連するＧＯタームの特定を試みる、遺伝子機能の記述の国際標準化された分類系のセットである。ＧＯ分子は３つの主要なカテゴリーに分けられる：１）細胞成分：細胞内構造、位置、及び核小体、テロメア等の巨大分子複合体、及び初期複合体の認識を説明するのに使用される；２）分子機能：遺伝子、遺伝子産物、炭水化物結合又はＡＴＰヒドロラーゼ活性等の個々の機能を説明するのに使用される；並びに３）生物学的プロセス：有糸分裂又はプリン代謝等の生物学的プロセスに関与する遺伝子によってコードされる産物を説明するのに使用される。ＫＥＧＧパスウェイを使用して、ゲノムバックグラウンド全体と比較して特定の遺伝子が有意にエンリッチメントされたパスウェイを特定した。この解析用の式は、

【数1】

（式中、「Ｎ」は、パスウェイのアノテーションを有する全ての遺伝子の数であり、「ｎ」は、Ｎ内の候補遺伝子の数であり、かつ「ｍ」は、特定のパスウェイでアノテーションされた遺伝子の数であった）であった。０．０５以下のＦＤＲを有するパスウェイを、有意にエンリッチメントされたパスウェイとして規定した。ＫＯＢＡＳ（２．０）を使用して、パスウェイエンリッチメント解析を実施した。

【0157】

材料及び方法／縮約表現重亜硫酸塩シーケンシング（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）（ＲＲＢＳ）：Ｎｕｃｌｅｏｎ（商標）ＢＡＣＣゲノムＤＮＡ抽出キット（GE Healthcare、Life Sciences）を使用して細胞試料（ＢＲＣ０、ＳＲＣ、ｎ＝４）からゲノムＤＮＡを単離し、Ｑｕｂｉｔ高感度アッセイ（Life Technologies）を使用して二本鎖ＤＮＡ含有量を定量化した。各細胞試料からの１μｇのゲノムＤＮＡをＭｓｐＩ（NEB）で消化し、続いてＰｒｅｍｉｕｍ ＲＲＢＳキット（Diagenode）を使用して末端調製及びアダプターライゲーションを行った。ＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズ（Beckman Coulter, Inc.）を使用してサイズ選択を行って、１５０ｂｐ～３５０ｂｐの範囲内の最もＣｐＧリッチな領域が富化しているＭｓｐＩ消化産物のＤＮＡ画分を得た。引き続き、ZYMOのＥＺ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－Ｇｏｌｄキットを使用して重亜硫酸塩処理を行った。次いで、２５μｌのＫＡＰＡ ＨｉＦｉ ＨｏｔＳｔａｒｔ Ｕｒａｃｉｌ＋ＲｅａｄｙＭｉｘ（２×）及び１μＭの最終濃度をそれぞれ有する８ｂｐのインデックスプライマーを使用して、変換されたＤＮＡを１２サイクルのＰＣＲによって増幅し、ＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズを使用してクリーンアップした。構築されたＲＲＢＳライブラリーをCD Genomics（ニューヨーク州シャーリー）に送り、シーケンシング及びバイオインフォマティクス解析を行った。簡単に言うと、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ｄｓＤＮＡ ＨＳアッセイキット（Invitrogen）を用いてＱｕｂｉｔ蛍光光度計によってライブラリーを定量化し、IlluminaのＨｉｓｅｑプラットフォームにおいてペアエンド１５０ｂｐ戦略を使用してシーケンシングした。

【0158】

材料及び方法／ＲＲＢＳデータ解析：ＦａｓｔＱＣツール（www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq）を使用して、生のリードの品質に関する基本的な統計を実施した。次いで、シーケンシングアダプター及びシーケンシングデータの低品質データを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ（バージョン０．３６）（Juhling, F., et al.著の「ｍｅｔｉｌｅｎｅ：亜硫酸水素塩シーケンシングデータからのメチル化変動領域の高速かつ高感度な呼び出し（metilene: fast and sensitive calling of differentially methylated regions from bisulfite sequencing data.）」 Genome Res, 2016. 26(2): p. 256-62）によって削除した。ＢＳＭＡＰソフトウェアを使用して、パラメーター「－ｎ ０ －ｇ ０ －ｖ ０．０８ －ｍ ５０ －ｘ １０００」を用いて重亜硫酸塩配列を参照ゲノムにマッピングした（Kanehisa, M., et al.著の「ゲノムを生命及び環境に結び付けるＫＥＧＧ（KEGG for linking genomes to life and the environment.）」 Nucleic Acids Res, 2008. 36(Database issue): p. D480-4）。アラインメントの統計情報を収集したが、ここでは、後続の解析のためにユニークなマッピングされたリードだけが保持される。少なくとも５の配列デプスカバレッジ（sequence depth coverage）を有するメチル化シトシンのみを使用した。アラインメントにおける塩基がＣである場合にメチル化が起こり、逆に、アラインメントにおける塩基がＴである場合にメチル化は起こらなかった。個々のシトシンのメチル化レベルを、個々のＣｐＧシトシンの総シーケンシングデプスに対する確認されたメチル化ＣｐＧシトシンのシーケンシングデプスの比、すなわち、ＭＬ＝ｍＣ／（ｍＣ＋ｕｍＣ）（式中、ＭＬは、メチル化レベルであり、ｍＣ及びｕｍＣは、それぞれメチル化Ｃに対応するリードの数及び非メチル化Ｃに対応するリードの数を表す）として計算した。ソフトウェアｍｅｔｉｌｅｎｅ（バージョン０．２－７）を使用して、バイナリセグメンテーションアルゴリズムと二次元統計検定（パラメーター：－Ｍ ３００ －ｍ ５ －ｄ ０．１ －ｔ １ －ｆ １ －ｖ ０．７）との組合せによってＤＭＲ（メチル化変動領域）を特定した（Bruce et al., 2013. 「機能的腎細胞のｅｘ ｖｉｖｏ培養及び分離（Ex vivo culture and separation of functional renal cells.）」 Methods Mol Biol 1001:53-640）。ＤＭＲ関連遺伝子の遺伝子オントロジー（ＧＯと呼ばれる、http://www.geneontology.org/）エンリッチメント解析を適用して、対象となる生物学的プロセスを明らかにした。０．０５以下のＱ値を有するパスウェイを、ＤＭＲ関連遺伝子で有意にエンリッチメントされていると見なした。ＤＭＲアノテーションの結果及びＫＥＧＧのデータベースに基づいて（Sha et al., 2021. 「選択された腎細胞（ＳＲＣ）のゲノムワイドな転写プロファイリング：慢性腎臓疾患の治療における再生的生体活性についての機能的パスウェイの特定（Genome-wide transcriptional profiling of selected renal cells (SRC): identification of functional pathways for regenerative bioactivity in treatment of chronic kidney disease.）」投稿論文）、遺伝子本体並びに上流領域及び下流領域（２ｋ上流、遺伝子本体、及び２ｋ下流）がＤＭＲと重複することが観察された遺伝子に対して機能的エンリッチメント解析を実施した。

【0159】

結果／ＳＲＣ集団の細胞とＢＲＣ０集団の細胞との間を区別する発現変動転写物
合計ｎ＝６の個々のドナーを使用して、「材料及び方法」において記載されるように、ライブラリー構築及びＲＮＡ－ｓｅｑ解析用のトータルＲＮＡ及びｃＤＮＡを調製した。ＳＲＣ集団対ＢＲＣ０集団を判別する合計２２１個のＤＥＧを特定した。これらの２２１個のＤＥＧは、ＳＲＣにおいてＢＲＣ０と比べて特異的に上方調節された１１９個の遺伝子と、ＳＲＣにおいてＢＲＣ０と比べて特異的に下方調節された１０２個の遺伝子とから構成される。ＳＲＣにおいてＢＲＣ０と比べて上方調節及び下方調節された上位２０個の遺伝子のリストをそれぞれ表１４及び表１５に示す。これらの転写物についての偽発見率（ＦＤＲ）は１０^－６以下であり、これは非常に高い統計的有意性を反映している。

【0160】

【表14】

【0161】

【表15】

【0162】

表１４及び表１５に列挙された遺伝子の調査により、ＳＲＣをＢＲＣ０から明確に区別する上位の上方調節されたＤＥＧには、細胞周期制御（ＣＤＫＮ２Ａ、ＩＬ１１、ＴＧＦβ２）、細胞外マトリックス再組織化（ＦＮ１、ＣＲＩＳＰＬＤ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＬＯＸ）、及び発生に関与するシグナル伝達経路（ＲＵＮＸ２、ＬＦＮＧ、ＢＤＮＦ）の側面を媒介する遺伝子が含まれることが分かった。ＳＲＣをＢＲＣ０から明確に区別する上位の下方調節されたＤＥＧには、タイトジャンクションのアセンブリ及び組織化（ＣＬＤＮ３）、グルコース代謝（ＵＰＰ１、ＫＬＦ１５）、タンパク質グリコシル化（ＧＹＬＴＬ１Ｂ、ＭＡＮ１Ｃ１、ＧＡＬＮＴ９）、並びに水及びイオン輸送（ＡＱＰ１、ＳＬＣ４７Ａ１、ＷＮＫ２、ＣＡＳＲ）、並びに発生に関与するシグナル伝達経路（ＲＡＩ２、ＰＬＶＡＰ、ＳＨＩＳＡ３、ＰＡＲＭ１、ＣＡＳＲ）に関与する遺伝子が含まれていた。その他の注目すべき上方調節されたＤＥＧ（表１４には示されていないが依然として非常に重要である）には、ＢＤＮＦ、ＦＧＦ１１、ＦＯＸＥ１、ＷＮＴ５Ａ、ＷＮＴ１０Ａ、ＴＧＦβ１、及びＩＧＦＢＰ３が含まれており、これらは全て、発生及び形態形成に関連する細胞間シグナル伝達の側面に関与している。

【0163】

これらの遺伝子の中で、ＣＤＫＮ２Ａの発現は、この遺伝子が細胞老化の確立されたマーカーであるため、単にｉｎ ｖｉｔｒｏでの細胞集団の長期継代の現れである可能性が高い（Famulski & Halloran, 2005；「腎臓の老化における分子事象（Molecular events in kidney ageing）」, Curr Opin Nephrol Hyperten 14:243-248）。

【0164】

ＩＬ１１に関して、腎臓及び他の器官における線維性疾患及び炎症性疾患の多数の側面に密接に関与しているが（Cook and Schafer, 2020; 「日常に潜んでいる：インターロイキン１１は線維症、組織完全性、及び間質炎症の主制御因子として現れる（Hiding in Plain Sight: Interleukin-11 Emerges as a Master Regulator of Fibrosis, Tissue Integrity, and Stromal Inflammation）」, Ann Rev Med. 71: 263）、ＩＬ１１は、特に関連性のある再生的生体活性において潜在的な役割を担う。ＩＬ１１は、尾の再生中の多数の細胞系譜にわたる未分化前駆体集団の誘導及び維持を通じて、アフリカツメガエルにおける器官再生に必要であることが分かっている（Tsujioka et al., 2017; 「インターロイキン－１１は、アフリカツメガエルのオタマジャクシの尾の再生中に異なる細胞系譜の前駆体を誘導し、維持する（interleukin-11 induces and maintains progenitors of different cell lineages during Xenopus tadpole tail regeneration.）」 Nature Commun. 8: 495）。

【0165】

ＴＧＦβ２遺伝子だけでなくＴＧＦβスーパーファミリーの他のメンバーも腎臓発生の重要なメディエーターであり、ネフロン数を直接的又は間接的のいずれかで調節することが知られている（Sims-Lucas et al., 2008, 「ＴＧＦ－β２ヘテロ接合突然変異マウスにおける腎形成の増強及び加速（Augmented and accelerated nephrogenesis in TGF-β2 heterozygous mutant mice）」, Pedr. Res 63: 607-612）。さらに、ＴＧＦ－β２は、ＦＧＦ２と相乗的に作用し、単離された齧歯類の後腎間葉外植片において多数の尿細管形成を誘導することが分かっている（Plisov et al., 2001. 「ＴＧＦβ２、ＬＩＦ、及びＦＧＦ２は協働して腎形成を誘導する（TGF beta 2, LIF and FGF2 cooperate to induce nephrogenesis）」, Development 128: 1045）。

【0166】

分岐モルフォゲン（branching morphogen）ＣＲＩＳＰＬＤ２（ＬＤＬ１としても知られる）は、発生中の尿管分岐先端（ＵＢＴ）に対して特異的な局在パターンを有することが分かっている（Rutledge et al., 2017. 「尿管前駆体ニッチにおける細胞の不均一性及び器官発生における分岐形態形成の明確なプロファイル（Cellular heterogeneity in the ureteric progenitor niche and distinct profiles of branching morphogenesis in organ development）」, Development 144:3177）。ＣＲＩＳＰＬＤ２／ＬＤＬ１の発現の観察は、後腎間葉細胞から分泌されたＣＲＩＳＰＬＤ２が腎臓集尿系の分岐形態形成を促進することを示唆しており、これは肺芽の分枝形成の初期段階に対するその推定効果と同等である（Quinlan et al., 2007. 「発生中の腎臓における新規の分岐モルフォゲンであるＬＧＬ１は、レチノイン酸によって誘導される（LGL1, a novel branching morphogen in developing kidney, is induced by retinoic acid.）」 Am J Physiol Renal Physiol; 293(4):F987-93）。

【0167】

ＬＯＸ及びＬＯＸ様タンパク質ファミリーは、細胞外マトリックスのアセンブリ及び再組織化におけるそれらの生体活性を通じて、発生及び器官形成において多数の役割を果たすことが知られている。ＬＯＸ及びＬＯＸ様タンパク質は、脳、脊髄、肺、心臓、大動脈、歯、骨、軟骨、筋肉及び腱、皮膚、並びに子宮を含む多数の組織及び器官の発生に関係している（Wei et al., 2020; 「器官の発生におけるリシルオキシダーゼファミリーの役割（総説）（Role of the lysyl oxidase family in organ development (Review)）」, Exp. Ther. Med. 20: 163-172）。

【0168】

ＬＦＮＧは３つのＮｏｔｃｈリガンドのうちの１つであり、その発現は腎小体における近位／遠位極性の確立及び分界に関与している。Ｎｏｔｃｈ経路は、コンマ体段階及びＳ字体段階を通じて成し遂げられる近位極性を確立し、近位尿細管及び足細胞の発生にとって不可欠である（O-Brian and McMahon, 2014. 「後腎ネフロンの誘導及びパターン化（Induction and patterning of the metanephric nephron.）」 Semin Cell Dev Biol. 36:31-38）。ＬＦＮＧ及び密接に関連するグリコシルトランスフェラーゼラジカルフリンジの発現は、アフリカツメガエルにおける発生の尾芽段階で近位前腎の背前領域において観察されている。ＬＦＮＧの発現は、Ｅ１４．５マウス胚における発生中のネフロンの遠位部分及び近位部分には存在しないことが分かっているが、将来の近位尿細管においては強く検出される（ＮｏｔｃｈリガンドＤＬＬ１の発現と同様）。そしてＥ１７．５までに、ＬＦＮＧ発現は腎臓末梢における発生中のネフロンの一部に限定されていることが分かっており、将来の近位尿細管の細胞におけるＮＯＴＣＨシグナル伝達によってＬＦＮＧが調節され得ることが示唆される（Leimeister et al., 2003. 「マウス胎児後腎におけるＮｏｔｃｈ経路遺伝子の発現は、近位尿細管の発生における役割を示唆している（Expression of Notch pathway genes in the embryonic mouse metanephros suggests a role in proximal tubule development.）」 Gene Expression Patterns 3: 595-598）。

【0169】

ヒト胎児腎臓におけるＢＤＮＦの発現解析により、ＢＤＮＦが発生中の原始糸球体構造及び間葉由来尿細管内の上皮細胞の頂端領域に局在していることが分かった。ＢＤＮＦは分化とともに遠位尿細管において検出されるが、その発現は誘導されていない間葉においては観察されておらず、こうしてＢＤＮＦが初期の誘導事象には関与せず、むしろネフロン組織化の後期段階に関与していることが示唆される（Huber et al., 1996. 「ヒト胎児腎臓におけるニューロトロフィン及びニューロトロフィン受容体（Neurotrophins and neurotrophin receptors in human fetal kidney.）」 Developmental biology 179: 369-381）。興味深いことに、ＢＤＮＦは、細胞骨格アクチン重合におけるマイクロＲＮＡに依存した増加を通じて、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで足細胞の補修を媒介することも明らかにされた（Li et al., 2015. 「ＢＤＮＦは、アクチン重合のマイクロＲＮＡを介した増加により足細胞の損傷を補修する（BDNF repairs podocyte damage by microRNA-mediated increase of actin polymerization.）」 J Pathol 235: 731-744）。ゼブラフィッシュ幼生におけるモルホリノを介したＢＤＮＦのノックダウンは、異常な糸球体形態、足細胞の数の減少、並びに足細胞マーカーであるネフリン及びポドシンの誤発現をもたらした（Endlich et al., 2018. 「ＢＤＮＦ：慢性腎臓疾患を伴う患者の尿細胞におけるｍＲＮＡ発現及び腎機能におけるその役割（BDNF: mRNA expression in urine cells of patients with chronic kidney disease and its role in kidney function.）」 J Cell Mol Med. 22: 5265-5277）。

【0170】

ＷＮＴ５Ａは、腎臓の発生において不可欠であることが分かっており、ロビノウ症候群を呈する患者における先天性腎尿路異常（ＣＡＫＵＴ）は、ＷＮＴ５Ａ遺伝子における突然変異と関連している。尿管樹の発生、尿細管上皮細胞の組織化、及び基底膜の完全性における異常は、ＷＮＴ５Ａ欠損齧歯類（Pietila et al., 2016. 「Ｗｎｔ５ａ欠損は、尿管樹の発生、尿細管上皮細胞の組織化、及び基底膜の完全性における異常を引き起こし、腎臓集合管のパターン化における役割を示す（Wnt5a Deficiency Leads to Anomalies in Ureteric Tree Development, Tubular Epithelial Cell Organization and Basement Membrane Integrity Pointing to a Role in Kidney Collecting Duct Patterning.）」 Plos One 11: e0147171）だけでなく、異所性尿管芽（ＵＢ）誘導による重複尿管及び重複腎においても観察されている。初期のＵＢ形成中に、ＷＮＴ５Ａ突然変異胚は、後腎間葉（ＭＭ）の配置の調節不全を示し、その結果、ＭＭとウォルフ管との間の時空間的に異常な相互作用が生じ、ウォルフ管との不適切なＧＤＮＦシグナル伝達が引き起こされる。さらに、突然変異型ＭＭにおける細胞増殖は、コントロールと比べて大幅に減少していることが分かっており、これは発生中の尿管芽の正しい上皮尿細管形成を確実にするためのＭＭの形態形成におけるＷＮＴ５Ａ／ＲＯＲ２シグナル伝達の重要な役割を示唆している（Nishita et al., 2014. 「尿管出芽中の後腎間葉の形態形成におけるＷｎｔ５ａ－Ｒｏｒ２シグナル伝達の役割（Role of Wnt5a-Ror2 Signaling in Morphogenesis of the Metanephric Mesenchyme during Ureteric Budding）」; Mol Cell Biol 16: 3096-3105）。ＷＮＴ５Ａシグナル伝達はまた、足細胞の発生、及び平面内細胞極性経路を介したアクチン細胞骨格の再組織化による損傷からの糸球体足細胞の回復に関与している可能性もある（Babayeva et al., 2011. 「平面内細胞極性経路は、足細胞におけるアクチンの再構成、細胞の形状、運動性、及びネフリンの分布を調節する（Planar cell polarity pathway regulates actin rearrangement, cell shape, motility, and nephrin distribution in podocytes.）」AJPRP F549-60）。

【0171】

ＩＧＦＢＰ３は、ヒト胎児腎臓における集尿系及び尿管の成熟細胞及び分化細胞において記録されており、おそらく腎形成の間にＩＧＦの生体活性を調節するように作用する（Matsell et al., 1994. 「腎形成の間のインスリン様成長因子及び結合タンパク質遺伝子の発現（Expression of insulin-like growth factor and binding protein genes during nephrogenesis.）」 Kidney Int 46: 1031-42）。

【0172】

結果／ＤＥＧ遺伝子セットのＧＯ解析により、発生に関連する分類子のエンリッチメントが示される：進化的関係によるタンパク質解析（Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships）（ＰＡＮＴＨＥＲ）過剰表現解析を実施して、ヒトゲノム全体と比べてＤＥＧ遺伝子セットにおいて特異的にエンリッチメントされたＧＯカテゴリーを特定した。ＰＡＮＴＨＥＲ解析の結果は、表１４及び表１５に示される結果と大体一致しており、ここで、ＤＥＧデータセットは、細胞コミュニケーション、細胞分化、細胞間接着、発生プロセス、神経系発生、及び系の発生を含む発生に関連するＧＯ識別子のエンリッチメントを示している。ＤＥＧセット全体のＲＥＡＣＴＯＭＥパスウェイ解析において強調される主要なパスウェイには、発生生物学、細胞周期、細胞間コミュニケーション、細胞外マトリックス組織化、神経系、シグナル伝達、遺伝子発現（転写）パスウェイが含まれていた。

【0173】

ヒトゲノム全体と比較した、ＳＲＣ対ＢＲＣ０における全てのＤＥＧのＧＯ－ＢＰ（生物学的プロセス）、ＧＯ－ＣＣ（細胞成分）、及びＧＯ－ＭＦ（分子機能）の解析も実施した。ヒトゲノム全体と比べたＤＥＧの特異的なエンリッチメントが、発生に関連する以下のＧＯ－ＢＰカテゴリーについて観察された：細胞プロセス、単一生物プロセス、生物学的調節、代謝プロセス、刺激に対する応答、多細胞生物プロセス、発生プロセス、シグナル伝達、局在化、細胞成分の組織化又は生合成、多生物プロセス、免疫系プロセス、生殖、生殖プロセス、運動、生物学的接着、行動、化学的シナプス伝達に関与するシナプス前プロセス、細胞殺傷、及び細胞凝集。エクソソームを介した細胞間コミュニケーションがＳＲＣにとって重要な作用メカニズムであることを示す以前の報告（Bruce et al., 2013. 「機能的な腎細胞のｅｘ ｖｉｖｏ培養及び分離（Ex vivo culture and separation of functional renal cells.）」 Methods Mol Biol 1001:53-64）と一貫して、ＳＲＣ／ＢＲＣ０のＤＥＧセットにおける以下のＧＯ－ＣＣカテゴリーのエンリッチメントに注目した：細胞外領域、細胞外領域部分、超分子複合体、シナプス、他の生物、及び他の生物部分。最後に、以下のＧＯ－ＭＦカテゴリーについて、ヒトゲノム全体と比べたＤＥＧのエンリッチメントが観察された：構造分子活性、分子機能調節因子、トランスポーター活性、核酸結合転写因子活性、分子トランスデューサー活性。これらのＧＯ分類子のそれぞれの遺伝子組成及び祖先／子に関する追加の詳細は、amigo.geneontology.orgで確認することができる。

【0174】

結果／ＤＥＧ遺伝子セットのＫＥＧＧ解析により、発生に関連する分類子のエンリッチメントが示される：ＳＲＣ／ＢＲＣ０のＤＥＧ遺伝子セットに関連する主要な特定された代謝経路及びシグナル伝達経路のＫＥＧＧアノテーションも行った。ＤＥＧ遺伝子セットにおいて特異的にエンリッチメントされたＫＥＧＧ細胞プロセス分類子は、上皮細胞結合の形成、組織化及び維持、細胞周期の制御、並びに幹細胞の多能性の調節に広く関連していた：接着結合、ｐ５３シグナル伝達経路、タイトジャンクション、幹細胞の多能性を調節するシグナル伝達経路、アクチン細胞骨格の調節、エンドサイトーシス、細胞周期、及び接着斑。さらに、発生、細胞周期制御、及び再生に関連する多数の主要なシグナル伝達経路も、主要なＫＥＧＧカテゴリー：ＡＭＰＫ、ｍＴＯＲ、ＷＮＴ、ＨＩＦ－１、ＪＡＫ－ＳＴＡＴ、ＲＡＰ－１、ＴＮＦ、ＴＧＦβ、ＭＡＰＫ、ＦＯＸＯ、ＨＩＰＰＯ、及びＰＩ３Ｋ－ＡＫＴシグナル伝達経路だけでなく、サイトカイン－サイトカイン受容体相互作用、ＥＣＭ受容体相互作用においてもエンリッチメントされていた。

【0175】

図２として示される散布図は、ＫＥＧＧエンリッチメント解析結果のグラフ表示である。この図において、ＫＥＧＧエンリッチメントの程度は、リッチ係数、ｑ値、及び特定のパスウェイにおいてエンリッチメントされた遺伝子の数によって測定された。リッチ係数とは、パスウェイ内に位置するアノテーションされた遺伝子の総数に対する、パスウェイ内に位置する発現変動遺伝子の数の比率を指す。リッチ係数が大きいほど、エンリッチメントの程度が高くなる。ｑ値は、多数の仮説検定後の補正されたｐ値である。ｑ値の値の範囲は［０，１］であり、ゼロに近づくほどエンリッチメントが有意である。腎臓の再生に関連する主要なＫＥＧＧパスウェイには、ＴＧＦ－βシグナル伝達経路、ＨＩＰＰＯシグナル伝達経路、ＦＯＸＯシグナル伝達経路、細胞周期、ＥＣＭ受容体相互作用、ピリミジン代謝が含まれていた。

【0176】

上方調節されたＤＥＧセットに特に焦点を当てると、以下のＫＥＧＧ分類子が有意であることが明らかになった：接着結合、エンドサイトーシス、細胞周期、アクチン細胞骨格の調節、ｐ５３シグナル伝達経路、幹細胞の多能性を調節するシグナル伝達経路、及び接着斑。上方調節されたＤＥＧセットにおいて有意な追加のパスウェイには、Ｒａｐ１シグナル伝達経路、ＨＩＦ１シグナル伝達経路、ＪＡＫ－ＳＴＡＴシグナル伝達経路、ＴＧＦ－βシグナル伝達経路、ＭＡＰＫシグナル伝達経路、ＴＮＦシグナル伝達経路、及びＨＩＰＰＯシグナル伝達経路が含まれていた（図３）。上方調節されたＤＥＧ遺伝子セットのｔｏｐＧＯ解析を図３に示す。再生に特に関連する主要なＧＯ－ＢＰ識別子には、子宮内胚発生、上皮成長因子受容体シグナル伝達経路、Ｇタンパク質共役型受容体シグナル伝達経路、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路、及び上皮細胞増殖の負の調節が含まれていた。

【0177】

下方調節されたＤＥＧセットの具体的な調査により、以下のＫＥＧＧ分類子：接着斑、アポトーシス、リソソーム、細胞周期、タイトジャンクション、及びエンドサイトーシスだけでなく、シグナル伝達経路：ＨＩＰＰＯ、ヘッジホッグ、及びＡＭＰＫについてもエンリッチメントが示された。下方調節されたＤＥＧセットのｔｏｐＧＯ解析により、以下のＢＰ分類子についてのエンリッチメントが示された：ＥＧＦＲシグナル伝達経路、Ｎｏｔｃｈシグナル伝達経路、ＧＰＣＲシグナル伝達経路、消化管形態形成、心臓ルーピング、上皮細胞増殖の負の調節。

【0178】

結果／ＳＲＣ集団及びＢＲＣ０集団のエピゲノムプロファイリング：ＳＲＣとＢＲＣ０との間のメチル化変動領域（ＤＭＲ）の比較を図４にバイオリン型箱ひげ図として表す。これは、ＳＲＣゲノムがＢＲＣ０ゲノムと比べて、割合的に過剰メチル化が多く、低メチル化が少ないことを示している（ｎ＝４）。ＤＭＲアノテーションの結果に基づいて、遺伝子本体並びに上流領域及び下流領域（２ｋ上流、遺伝子本体、及び２ｋ下流）がＤＭＲと重複する遺伝子に対して機能的エンリッチメント解析を実施した。ＳＲＣ対ＢＲＣ０における最も高度にエンリッチメントされたＤＭＲ関連遺伝子におけるＧＯ－ＢＰ分類子には、細胞接着、シグナル伝達、及びＲＮＡポリメラーゼによる転写の負／正の調節が含まれていた。ＢＲＣ０と比べてＳＲＣ集団において高度にエンリッチメントされていることが特定されたＫＥＧＧパスウェイには、アクチン細胞骨格の調節、癌におけるプロテオグリカン、接着斑、エンドサイトーシス、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、ＲＡＳシグナル伝達経路、ＲＡＰ１シグナル伝達経路、ＰＩ３－ＡＫＴシグナル伝達経路、ＭＡＰＫシグナル伝達経路、及びＨＩＰＰＯシグナル伝達が含まれていた。大まかに言うと、これらの分類子は、細胞外マトリックスの組織化及び再組織化、並びに生物の発生及び細胞増殖に関連するシグナル伝達経路に関与する遺伝子を診断するものであった。これらの分類子は、ＤＥＧセットの解析において以前に特定された分類子とも一致していた。

【0179】

同様に、ゲノム上のＤＭＲの分布に基づいて、遺伝子プロモーター領域（転写開始部位から１．５Ｋ上流、及び転写開始部位の０．５Ｋ下流）に関する機能的エンリッチメント解析の場合に重複遺伝子が存在した。この解析によれば、ＤＭＲ関連遺伝子に関連するＧＯ分類子には、アクチン細胞骨格の調節、エンドサイトーシス、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、細胞接着分子ＣＡＭ、ＲＡＰ１シグナル伝達経路が含まれていた。また、ＳＲＣ対ＢＲＣ０における最大の倍率変化について注目すべきことは、創傷治癒及び組織再生に関連する重要な炎症段階である白血球の経内皮遊走であった。さらに、ＤＭＲ関連遺伝子に関連するＫＥＧＧ分類子には、アクチン細胞骨格の調節、ｃＡＭＰシグナル伝達経路、幹細胞の多能性を調節するシグナル伝達経路、ＲＡＳシグナル伝達経路、ＲＡＰ１シグナル伝達経路、ＰＩ３Ｋ－ＡＫＴシグナル伝達経路、エンドサイトーシス、細胞接着ＣＡＭ、白血球の経内皮経路が含まれていた。これらの分類子は、ＤＥＧセットにおいて以前に特定されたものとも大体一致していた。

【0180】

結果／要約：全体として、ヒト起源のＳＲＣは、発生に関連するＧＯ分類子及びＫＥＧＧ分類子においてエンリッチメントされたＤＥＧセットを示した。ＤＥＧ遺伝子セットにおいて特異的にエンリッチメントされたＫＥＧＧ細胞プロセス分類子は、上皮細胞結合の形成、組織化及び維持、細胞周期の制御、並びに幹細胞の多能性の調節に広く関連していた。ＤＭＲ遺伝子セットにおいて同様のエンリッチメントパターンが観察された。これらの発現データ及び明細書に示される他の発現データに基づいて、ＳＲＣは、損傷部位又は罹患部位で新規腎臓様組織形成を最終的に引き起こす胚性腎形成の側面と同等である機構的パスウェイを部分的に活性化することによって、腎臓のｉｎ ｖｉｖｏでの再生を媒介し、腎臓疾患患者の臨床転帰を改善することができる。

【0181】

実施例５：中等度ないし進行型の２型糖尿病関連ＣＫＤ被験体に投与される富化された不均一腎細胞集団－腎形成マーカーの発現レベル及び臨床転帰との潜在的な関係の評価
序論：富化された不均一腎細胞集団、例えばこの実施例において言及されるＳＲＣが、新規腎形成を媒介するシグナル伝達カスケードに影響を与えることによって、罹患した腎臓に対する再生効果を媒介する可能性があるという理解の下で、中等度ないし進行型の２型糖尿病関連ＣＫＤを伴う臨床試験被験体に投与されたＳＲＣを、腎形成マーカーの発現レベルについて評価し、それに応じて患者の臨床的奏効と比較した。

【0182】

材料及び方法／投与用のＳＲＣの調製：臨床試験における全ての患者に標準的な経皮腎生検を行って腎臓細胞を単離し、そこから投与用のそれらのＳＲＣを調製した。実施例１及び実施例４に記載されるように、ＳＲＣを腎生検から調製した。

【0183】

材料及び方法／ＳＲＣの表現型マーカー解析：懸濁液中のＳＲＣを３００×ｇで室温にて５分間遠心分離した。得られたＳＲＣペレットをダルベッコリン酸緩衝生理食塩水（ＤＰＢＳ）で１回洗浄した後に、ＢＤ固定／透過化溶液（BD Biosciences、カタログ番号５５４７１４）中で４℃にて２０分間固定した。固定した細胞を５００×ｇで室温にて５分間遠心分離した。細胞ペレットをＢＤ透過化／洗浄バッファー（Perm/Wash buffer）中に再懸濁した。再懸濁した細胞をアリコート（１５００００個の細胞を含む２０μＬ）に分けた後に、１μｇの一次抗体とともに４℃で１時間インキュベートした。このインキュベーションの終わりに、細胞をペレット化し、ＢＤ透過化／洗浄バッファーで洗浄し、再度ペレット化し、１５０μＬのＤＰＢＳ中に再懸濁した。蛍光体に直接コンジュゲートされていない抗体の場合は、１μｇの二次抗体を細胞とともに更に３０分間インキュベートした後に、洗浄し、ＤＰＢＳ中に再懸濁した。次いで、細胞をフローサイトメトリーによって解析した。

【0184】

材料及び方法／ＳＲＣのＦＡＣＳ解析：ＳＲＣがキャップ間葉、腎形成間質、及び尿管芽についてのマーカーを含むかどうかを判定するのに、細胞をこれらの特定の成分を識別する膜タンパク質についてスクリーニングした。以下の免疫試薬を使用してスクリーニングを行った：ヤギ抗ウサギＩｇＧ Ｈ＆Ｌ（Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ４８８）（Abcam Inc. カタログ番号ａｂ１５００７７）、ＮＰＨＳ２に対するウサギポリクローナル（Abcam Inc. カタログ番号ａｂ５０３３９）、ネフリンに対するウサギモノクローナル（Ｙ１７Ｒ）（Abcam Inc. カタログ番号ａｂ１３６８９４）、ＲＥＴに対するＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ４８８ウサギモノクローナル（ＥＰＲ２８７１）（Abcam Inc. ａｂ２３７１０５）、ポリクローナルウサギＩｇＧアイソタイプコントロール（Abcam Inc. ａｂ３７４１５）、Ｓｉｘ２抗体（Ｈ－４）ＰＥ（Santa Cruz, カタログ番号ｓｃ－３７７１９３ ＰＥ）、ＯＳＲ１抗体（Santa Cruz、カタログ番号ｓｃ３７６５４５ ＰＥ）、Ｌｈｘ１モノクローナルＩｇＧ２ａ（Santa Cruz、カタログ番号ｓｃ５１５６３１ ＰＥ）、ＲＥＴウサギモノクローナル抗体（Abcam Inc. カタログ番号ａｂ２３７１０５）、ＲＢ ＩＧＧに対するヤギポリクローナル二次抗体（Ｈ＆Ｌ）－Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８（Abcam Inc. カタログ番号ａｂ１５００７７）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（商標）６４７マウスＩｇＧ２ａ，κアイソタイプコントロール（BD、カタログ番号５５７７１５）、全長Ｆｇｆ８モノクローナル（Abcam、カタログ番号ａｂ８９５５０）、ウサギＩｇＧアイソタイプコントロール［ＰＥ］（Novus Biologicals、カタログ番号ＮＢＰ２－３６４６３ＰＥ）、及びＰＥマウスＩｇＧ１，κアイソタイプコントロール（BD, カタログ番号５５５７４９）。

【0185】

材料及び方法／ＦＡＣＳ表現型マーカー解析：１．５ｍＬのマイクロ遠心分離管において少なくとも５００００個のＳＲＣをペレット化し、細胞を１００μＬのＢＤ固定／透過化溶液中で４℃にて２０分間固定することによって、表現型マーカー解析を実施した。次いで、マイクロ遠心分離管をマイクロ遠心分離機において３分間５００×ｇに置き、固定した細胞をペレット化した後に、これを５００μＬのＢＤ透過化／洗浄バッファーで１回洗浄した。洗浄物のペレットを２０μＬのＢＤ透過化／洗浄バッファー中に再懸濁し、１μｇの一次抗体を加えて４℃で１時間インキュベートした。細胞を５００μＬのＢＤ透過化／洗浄バッファーで１回洗浄し、２０μＬのＢＤ透過化／洗浄バッファー中に再懸濁し、１μｇの二次抗体を加えて、４℃で３０分間インキュベートした。最後の洗浄を５００μＬのＢＤ透過化／洗浄バッファーを用いて実施した。ペレットを１５０μＬのＤＰＢＳ中に再懸濁し、細胞をフローサイトメトリーにより解析した。

【0186】

結果／ＳＲＣのマーカー発現解析：臨床試験において被験体に投与されたＳＲＣのマーカー発現解析の結果を表１６に示す。

【0187】

【表16】

【0188】

例えば、実施例２において示された以前の解析と一致して、臨床試験被験体のＳＲＣは、腎形成マーカーパネルのマーカー、並びにネフリン、ポドシン、及びＲＡＣＫ－１を含む他のマーカーを発現した。臨床試験被験体のＳＲＣにはまた、以前に記載されたマーカーを発現する細胞が同様のパーセンテージで含まれていた。様々なマーカーの相関により、それらの共発現の証拠が見つかった（図５Ａ～図５Ｈを参照のこと）。

【0189】

ＳＲＣによるマーカーの発現を更に解析したところ、低レスポンダー（ｅＧＦＲの傾きは改善したがｅＧＦＲの改善はなかった）として識別された被験体と比べて、中／高レスポンダー（ｅＧＦＲの改善）として識別された被験体が、様々なバイオマーカーのより高い発現を示し、Ｓｉｘ２については有意性への傾向があり、ＬＨｘ１については有意性を有することが明らかになった（表１６）。これらの解析は、ＳＲＣ集団の細胞がより高いレベルの腎形成マーカーの発現レベルを有するため、これらが再生的活性及び回復的活性を媒介する能力を高め、それによって罹患した腎臓に治療効果をもたらし得ることを実証することにより、ＳＲＣが新規腎形成を媒介する可能性があることの更なる証拠を示す。

【図1A】

【図1B】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【国際調査報告】