▶ シンク・セラピューティクス・インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-12-07
(54)【発明の名称】最適化ペプチドワクチンの組成物および方法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/12 20060101AFI20231130BHJP
A61P 37/04 20060101ALI20231130BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20231130BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20231130BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20231130BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20231130BHJP
C07K 14/47 20060101ALI20231130BHJP
【ＦＩ】
C12N15/12
A61P37/04 ZNA
A61K48/00
A61P43/00 105
A61P35/00
A61K39/00 H
C07K14/47
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023530750
(86)(22)【出願日】2021-11-19
(85)【翻訳文提出日】2023-07-18
(86)【国際出願番号】 US2021060013
(87)【国際公開番号】W WO2022109220
(87)【国際公開日】2022-05-27
(31)【優先権主張番号】17/389,875
(32)【優先日】2021-07-30
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】17/114,237
(32)【優先日】2020-12-07
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】17/336,960
(32)【優先日】2021-06-02
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/249,235
(32)【優先日】2021-09-28
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】17/100,630
(32)【優先日】2020-11-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＰＹＴＨＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】523186829
【氏名又は名称】シンク・セラピューティクス・インコーポレイテッド
【氏名又は名称原語表記】Ｔｈｉｎｋ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ， Ｉｎｃ．
(74)【代理人】
【識別番号】100145403
【弁理士】
【氏名又は名称】山尾 憲人
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】ギフォード，デイビッド
(72)【発明者】
【氏名】カーター，ブランドン
【テーマコード（参考）】
4C084
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4C084AA13
4C084NA14
4C084ZB091
4C084ZB092
4C084ZB211
4C084ZB212
4C084ZB261
4C084ZB262
4C085AA03
4C085BB01
4C085BB11
4C085CC01
4C085DD62
4C085EE01
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045CA40
4H045DA86
4H045EA31
4H045FA72
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、核酸配列およびペプチド配列の方法、系、および組成物を提供する。本開示は、配列番号１～６、配列番号８～１０、配列番号１２～２８、および配列番号３０～４１からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。また、本開示は、配列番号４２～６５からなる群から選択される少なくとも１つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物を提供する。本開示は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む組成物を提供する。本開示は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列をさらに提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列。
【請求項2】
免疫原性組成物である、請求項１に記載の核酸配列。
【請求項3】
発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される、請求項１に記載の核酸配列。
【請求項4】
前記核酸配列の前記インビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている、請求項３に記載の核酸配列。
【請求項5】
前記少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である、請求項４に記載の核酸配列。
【請求項6】
前記突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される、請求項５に記載の核酸配列。
【請求項7】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項３に記載の核酸配列。
【請求項8】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項３に記載の核酸配列。
【請求項9】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物。
【請求項10】
前記少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される、請求項９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項11】
前記少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である、請求項９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項12】
前記突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される、請求項１１に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項13】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項14】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項15】
配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも３つのペプチドを含む、請求項９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項16】
配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列。
【請求項17】
請求項１６に記載の核酸配列を含む免疫原性組成物。
【請求項18】
発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される、請求項１６に記載の核酸配列。
【請求項19】
前記核酸配列の前記インビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている、請求項１８に記載の核酸配列。
【請求項20】
前記少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片である、請求項１６に記載の核酸配列。
【請求項21】
前記突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される、請求項２０に記載の核酸配列。
【請求項22】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項１６に記載の核酸配列。
【請求項23】
がんを治療するために対象に有効量で投与される、請求項１６に記載の核酸配列。
【請求項24】
配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物。
【請求項25】
前記免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される、請求項２４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項26】
前記免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である、請求項２４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項27】
前記突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される、請求項２６に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項28】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項２４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項29】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項２４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項30】
配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む、請求項２４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項31】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、前記第２の閾値は前記第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は集団カバー率を計算することを含み、前記集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記第１の閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、前記選択されたサブセットは、第３の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項32】
前記複数の未修飾ペプチド配列を選択して前記第１のペプチドセットを作出することは、前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、前記第１のペプチドセット中の前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項３１に記載の方法。
【請求項34】
前記第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項35】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、前記第１のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、前記少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する、請求項３１に記載の方法。
【請求項36】
前記第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である、請求項３１に記載の方法。
【請求項37】
前記集団カバー率は、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して計算される、請求項３１に記載の方法。
【請求項38】
前記第２の閾値は、約５００ｎＭ未満の結合親和性である、請求項３１に記載の方法。
【請求項39】
前記集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される、請求項３１に記載の方法。
【請求項40】
前記集団カバー率は、ヒト集団における前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される、請求項３１に記載の方法。
【請求項41】
前記複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質に由来する、請求項３１に記載の方法。
【請求項42】
前記第３の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である、請求項３１に記載の方法。
【請求項43】
前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質は、がんに関連付けられ、前記がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される、請求項３１に記載の方法。
【請求項44】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程であって、前記第２の閾値は前記第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記第１の閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、前記予測ワクチン性能は、前記第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項45】
前記複数の未修飾ペプチド配列を選択して前記第１のペプチドセットを作出することは、前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、前記第１のペプチドセット中の前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項４４に記載の方法。
【請求項47】
前記第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項48】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項49】
前記第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である、請求項４４に記載の方法。
【請求項50】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、前記第２の閾値は前記第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記第１の閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、前記予測ワクチン性能は、前記第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項51】
前記第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータに基づく、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
前記予測ワクチンの性能は、さらに、前記第１のペプチドセット中の第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの前記第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した前記複数の修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、前記第１の結合コアは、前記第１のペプチド配列の結合コアであり、前記第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、前記第１の結合コアおよび前記第２の結合コアは、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、前記第２の結合コアは、前記第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した前記複数の修飾ペプチド配列のうちの前記少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである、請求項５０に記載の方法。
【請求項53】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、前記第２の閾値は前記第１の閾値よりも制約されている、工程、
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記第１の閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項54】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項５３に記載の方法。
【請求項55】
前記複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質に由来する、請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する、請求項５４に記載の方法。
【請求項57】
前記複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質に由来する、請求項５３に記載の方法。
【請求項58】
前記複数の未修飾ペプチド配列は、前記対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質に由来する、請求項５３に記載の方法。
【請求項59】
前記免疫原性ペプチド組成物は、前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項60】
前記免疫原性ペプチド組成物は、前記第３のペプチドセット中の前記少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項61】
配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む組成物。
【請求項62】
免疫原性である、請求項６１に記載の組成物。
【請求項63】
前記核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される、請求項６１に記載の組成物。
【請求項64】
前記核酸配列の前記インビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている、請求項６３に記載の組成物。
【請求項65】
前記少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である、請求項６４に記載の組成物。
【請求項66】
前記ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２またはｂ２ａ２である、請求項６５に記載の組成物。
【請求項67】
前記核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項６３に記載の組成物。
【請求項68】
前記核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項６３に記載の組成物。
【請求項69】
配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物。
【請求項70】
前記少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される、請求項６９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項71】
前記免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である、請求項６９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項72】
前記ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２またはｂ２ａ２である、請求項７１に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項73】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項６９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項74】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項６９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項75】
配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも３つのペプチドを含む、請求項６９に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項76】
配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列。
【請求項77】
請求項７６に記載の核酸配列を含む免疫原性組成物。
【請求項78】
発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される、請求項７６に記載の核酸配列。
【請求項79】
前記核酸配列の前記インビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている、請求項７８に記載の核酸配列。
【請求項80】
前記少なくとも１つのアミノ酸配列は、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片に由来する、請求項７６に記載の核酸配列。
【請求項81】
前記ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２またはｂ２ａ２である、請求項８０に記載の核酸配列。
【請求項82】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項７６に記載の核酸配列。
【請求項83】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項７６に記載の核酸配列。
【請求項84】
配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物。
【請求項85】
前記少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される、請求項８４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項86】
前記免疫原性ペプチド組成物中の前記少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である、請求項８４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項87】
前記ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２またはｂ２ａ２である、請求項８６に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項88】
がんを予防するために有効量で対象に投与される、請求項８４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項89】
がんを治療するために有効量で対象に投与される、請求項８４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項90】
配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む、請求項８４に記載の免疫原性ペプチド組成物。
【請求項91】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は集団カバー率を計算することを含み、前記集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記第１の閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、前記選択されたサブセットは、第２の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項92】
前記複数の未修飾ペプチド配列を選択して前記第１のペプチドセットを作出することは、前記腫瘍ネオ抗原、前記病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、前記第１のペプチドセットの前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである、請求項９１に記載の方法。
【請求項93】
前記第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項９１に記載の方法。
【請求項94】
前記第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項95】
前記第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、前記第１のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、前記少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する、請求項９１に記載の方法。
【請求項96】
前記第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である、請求項９１に記載の方法。
【請求項97】
前記集団カバー率は、前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して計算される、請求項９１に記載の方法。
【請求項98】
前記集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される、請求項９１に記載の方法。
【請求項99】
前記集団カバー率は、ヒト集団における前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される、請求項９１に記載の方法。
【請求項100】
前記複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原、前記病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質に由来する、請求項９１に記載の方法。
【請求項101】
前記第２の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である、請求項９１に記載の方法。
【請求項102】
前記腫瘍ネオ抗原または前記自己タンパク質はがんに関連付けられ、前記がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される、請求項９１に記載の方法。
【請求項103】
前記病原体プロテオームは、ヒト対象における病原体感染に関連付けられる、請求項９１に記載の方法。
【請求項104】
前記免疫原性ペプチド組成物は、前記第３のペプチドセットの前記少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項105】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、前記予測ワクチン性能は、前記第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセットの前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項106】
前記複数の未修飾ペプチド配列を選択して前記第１のペプチドセットを作出することは、前記腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、前記第１のペプチドセットの前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである、請求項１０５に記載の方法。
【請求項107】
前記第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項１０５に記載の方法。
【請求項108】
前記第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項109】
前記第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項110】
前記閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項111】
前記少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する、請求項１０５に記載の方法。
【請求項112】
前記複数のペプチド配列は、前記対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原、前記病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質に由来する、請求項１１１に記載の方法。
【請求項113】
前記免疫原性ペプチド組成物は、前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項114】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、前記予測ワクチン性能は、前記第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセットの前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項115】
第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータに基づく、請求項１１４に記載の方法。
【請求項116】
前記予測ワクチン性能は、さらに、前記第１のペプチドセットの第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、前記第２のＨＬＡ対立遺伝子に関する、前記第２のペプチドセットの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、前記第１の結合コアは、前記第１のペプチド配列の結合コアであり、前記第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、前記第１の結合コアおよび前記第２の結合コアは各々、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、前記第２の結合コアは、前記少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである、請求項１１４に記載の方法。
【請求項117】
前記複数のペプチド配列は、対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原、前記病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質に由来する、請求項１１４に記載の方法。
【請求項118】
免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、
複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、
前記第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、前記複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、前記第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、
前記第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに
前記第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、前記選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、前記予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して前記閾値を満たさない場合、前記修飾ペプチド配列の、前記第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程
を実施すること；
実験的アッセイを実施して、前記第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに
前記実験的アッセイが実施された前記第３のペプチドセットの前記少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成すること
を含む方法。
【請求項119】
前記第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項120】
前記複数のペプチド配列は、前記対象に存在する前記腫瘍ネオ抗原、前記病原体プロテオーム、または前記自己タンパク質に由来する、請求項１１８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本出願は、２０２１年６月２日に出願された米国特許出願第１７／３３６，９６０号に対する米国特許法第１１９条（ｅ）の利益および優先権を主張するものである。米国特許出願第１７／３３６，９６０号は、現在は２０２１年７月１３日に特許登録された米国特許第１１，０５８，７５１号である、２０２０年１１月２０日に出願された米国特許出願第１７／１００，６３０号の継続である。これらの文献の各々の内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
また、本出願は、２０２１年７月３０日に出願された米国特許出願第１７／３８９，８７５号に対する米国特許法第１１９条（ｅ）の利益および優先権を主張するものであり、米国特許出願第１７／３８９，８７５号は、現在は２０２１年１１月２日に特許登録された米国特許第１１，１６１，８９２号である、２０２０年１２月７日に出願された米国特許出願第１７／１１４，２３７号の継続である。これらの文献の各々の内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0003】
また、本出願は、２０２１年９月２８日に出願された米国特許出願第６３／２４９，２３５号の利益を主張するものであり、その内容は全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0004】
本明細書に引用されるすべての特許、特許出願、および刊行物は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。そうした刊行物の開示はそれらの全体が、参照により本出願に組み込まれる。
【0005】
本特許開示は、著作権保護の対象である内容を含む。著作権所有者は、米国特許商標局特許ファイルまたは記録に記載されている特許文書または特許開示のファクシミリ複製に対して異議を唱えないが、それ以外の場合はありとあらゆる著作権を留保する。
【0006】
参照による組み込み
本明細書に引用されている文書はすべて、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に引用されている文書はすべて、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0007】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されている配列表を含み、この配列表は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。このＡＳＣＩＩコピーは、２０２１年１１月１５日に作成され、ファイル名は２２１５２６９＿００１２３ＷＯ１＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズは２３，０７０，２６３バイトである。
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されている配列表を含み、この配列表は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。このＡＳＣＩＩコピーは、２０２１年１１月１５日に作成され、ファイル名は２２１５２６９＿００１２３ＷＯ１＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズは２３，０７０，２６３バイトである。
【0008】
技術分野
本発明は、概して、ペプチドワクチンの組成物、系、および方法に関する。より詳細には、本発明は、予測集団免疫原性に基づいて最適化された、疾患を治療または予防するためのペプチドワクチンを設計するための組成物、系、および方法に関する。
本発明は、概して、ペプチドワクチンの組成物、系、および方法に関する。より詳細には、本発明は、予測集団免疫原性に基づいて最適化された、疾患を治療または予防するためのペプチドワクチンを設計するための組成物、系、および方法に関する。
【背景技術】
【0009】
ペプチドワクチンの目標は、標的ペプチドを提示する細胞を認識し、それらをエンゲージする能力を拡張するように免疫系をトレーニングして、がん性細胞または病原体に対する免疫応答を向上させることである。ペプチドワクチンは、因果関係のあるがん、他の疾患、または病原体に対する免疫応答を増加させるために、すでに罹患しているものに投与することもできる。その代わりに、ペプチドワクチンを投与して、１つまたは複数のペプチドに対して治療的寛容を有するように免疫系を誘導することができる。がん、他の疾患、または病原体感染から宿主を防御するために提示されることになる標的ペプチドの予測に基づくペプチドワクチンの組成物、系、および方法の必要性が存在する。本発明者らは、多数のがんで生じるＲＡＳ遺伝子の突然変異により導入されるネオ抗原、ならびに慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、および急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、浸潤性乳管癌、および他のがんの症例で生じるＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合に基づく、新規の予防用および治療用がんワクチンを提供する。
【発明の概要】
【0010】
一態様では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0011】
一部の実施形態では、核酸配列は、免疫原性組成物である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボ（ｉｎ ｖｉｖｏ）で投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0012】
別の態様では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物を提供する。
【0013】
一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される。一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも３つのペプチドを含む。
【0014】
別の態様では、本発明は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0015】
一部の実施形態では、核酸配列は免疫原性組成物である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0016】
別の態様では、本発明は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物を提供する。
【0017】
一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む。
【0018】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質と関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は集団カバー率を計算することを含み、集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、選択されたサブセットは、第３の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0019】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して、第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセット中の複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、第２の閾値は、約５００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団における少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、第３の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である。一部の実施形態では、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質はがんに関連付けられ、がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される。
【0020】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリック（ｍｅｔｒｉｃｓ）を決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0021】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセット中の複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。
【0022】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0023】
一部の実施形態では、第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータに基づく。一部の実施形態では、予測ワクチンの性能は、さらに、第１のペプチドセット中の第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した複数の修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、第１の結合コアは第１のペプチド配列の結合コアであり、第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、第１の結合コアおよび第２の結合コアは、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、第２の結合コアは、第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した複数の修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである。
【0024】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0025】
一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0026】
別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む組成物を提供する。
【0027】
一部の実施形態では、組成物は免疫原性である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0028】
別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノペプチドを含む組成物を提供する。
【0029】
一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む組成物を提供する。
【0030】
別の態様では、本発明は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0031】
一部の実施形態では、組成物は免疫原性である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸配列は、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片に由来する。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0032】
別の態様では、本発明は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0033】
一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む。
【0034】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は集団カバー率を計算することを含み、集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、選択されたサブセットは、第３の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0035】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセットの複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、集団カバー率は、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団における少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、第２の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である。一部の実施形態では、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質はがんに関連付けられ、がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される。一部の実施形態では、病原体プロテオームは、ヒト対象における病原体感染に関連付けられる。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0036】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0037】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセットの複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含む。一部の実施形態では、閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0038】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関する閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0039】
一部の実施形態では、第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータから決定される。一部の実施形態では、予測ワクチンの性能は、さらに、第１のペプチドセットの第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、第２のＨＬＡ対立遺伝子に関する、第２のペプチドセットの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、第１の結合コアは第１のペプチド配列の結合コアであり、第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、第１の結合コアおよび第２の結合コアは各々、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、第２の結合コアは、少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。
【0040】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0041】
一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。
【0042】
以下の図は、本発明の例示的な実施形態を図示する。
【図面の簡単な説明】
【0043】
【図3】図３は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ標的に対するワクチンサイズ別のＭＨＣクラスＩワクチンの予測集団カバー率を示すグラフである。
【図4】図４は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ標的に対するワクチンサイズ別のＭＨＣクラスＩＩワクチンの予測集団カバー率を示すグラフである。
【図5】図５は、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合物、少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒット（丸）、少なくとも３つのペプチド－ＨＬＡヒット（三角）、および少なくとも５つのペプチド－ＨＬＡヒット（四角）に対する、ヘテロクリティックペプチドを含むＭＨＣクラスＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示すグラフである。破線は、１個体当たり少なくとも１つ（上部破線）および５つ（下部破線）のペプチド－ＨＬＡヒットに対する、ヘテロクリティックペプチドを含まないＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合ワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図6】図６は、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合物、少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒット（丸）、少なくとも３つのペプチド－ＨＬＡヒット（三角）、および少なくとも５つのペプチド－ＨＬＡヒット（四角）に対する、ヘテロクリティックペプチドを含むＭＨＣクラスＩＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示すグラフである。破線は、１個体当たり少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒットに対する、ヘテロクリティックペプチドを有しないＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合ワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図7】図７は、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２融合物、少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒット（丸）、少なくとも３つのペプチド－ＨＬＡヒット（三角）、少なくとも５つのペプチド－ＨＬＡヒット（四角形）に対する、ヘテロクリティックペプチドを含むＭＨＣクラスＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示すグラフである。破線は、１個体当たり少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒットに対する、ヘテロクリティックペプチドを有しないＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合ワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図8】図８は、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２融合物、少なくとも１つのペプチド－ＨＬＡヒット（丸）、少なくとも３つのペプチド－ＨＬＡヒット（三角）、および少なくとも５つのペプチド－ＨＬＡヒット（四角）に対する、ヘテロクリティックペプチドを含むＭＨＣクラスＩＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示すグラフである。破線は、１個体当たり少なくとも１つ（上部破線）および５つ（下部破線）のペプチド－ＨＬＡヒットに対する、ヘテロクリティックペプチドを有しないＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２融合ワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図9】図９は、ＨＬＡディプロタイプＨＬＡ－Ａ０２：０３、ＨＬＡ－Ａ１１：０１、ＨＬＡ－Ｂ５５：０２、ＨＬＡ－Ｂ５８：０１、ＨＬＡ－Ｃ０３：０２、ＨＬＡ－Ｃ０３：０３について、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖワクチンのワクチンサイズ別の予測ペプチド－ＨＬＡヒットを示す。
【図12】図１２は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、およびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ標的に対する、膵臓がん複数標的（組合せ）ＭＨＣクラスＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。破線は、ＭＨＣクラスＩのヘテロクリティックペプチドを有さない膵臓がん組合せワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図13】図１３は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、およびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ標的に対する、膵臓がん複数標的（組合せ）ＭＨＣクラスＩＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。破線は、ＭＨＣクラスＩＩのヘテロクリティックペプチドを有さない膵臓がん組合せワクチンの予測集団カバー率を示す。
【図14】組合せワクチン設計手順のためのＭｅｒｇｅＭｕｌｔｉ関数のＰｙｔｈｏｎ実装例を示すスクリプトである。
【発明を実施するための形態】
【0044】
一部の実施形態では、本開示は、細胞上の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子により提示され、がんまたは病原体罹患細胞を認識するように免疫系をトレーニングすることになるペプチド配列が組み込まれたペプチドワクチンを提供する。一部の実施形態では、本開示は、自己免疫疾患に対する抗原特異的免疫療法において治療的寛容を誘導するために（Alhadj Ali et al., 2017、Gibson, et al. 2015）、細胞上の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子により提示されることになるペプチド配列が組み込まれたペプチドワクチンを提供する。一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、１つまたは複数のペプチドからなる組成物である。一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、１つまたは複数のペプチドをコードする、発現のためにインビボで投与されるｍＲＮＡまたはＤＮＡコンストラクトである。
【0045】
ＭＨＣ分子によるペプチド提示は、ペプチドが免疫原性であり、生じたペプチド－ＭＨＣ複合体を個体のＴ細胞により認識させて、Ｔ細胞の活性化、拡大増殖、および免疫メモリを誘発させるために必要であるが、十分ではない。一部の実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴ（Slota et al., 2011）または免疫アッセイおよび免疫受容体配列決定（ＭＩＲＡ）アッセイの組合せを使用した抗原特異的Ｔ細胞受容体の多重特定（Klinger et al., 2015）を使用して、ＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ対立遺伝子）によるペプチド提示（例えば、ペプチド結合を必要とするペプチド免疫原性）をスコア付けする（例えば、ペプチド－ＨＬＡ結合スコアとして測定される）。一部の実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴ（Slota et al., 2011）、または免疫アッセイおよび免疫受容体配列決定（ＭＩＲＡ）アッセイの組合せを使用した抗原特異的Ｔ細胞受容体の多重特定（Klinger et al., 2015）などのアッセイからの実験データを使用して、所与の実験状況または個体におけるペプチドおよびＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを生成することができる。一部の実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴ（Slota et al., 2011）、または免疫アッセイおよび免疫受容体配列決定（ＭＩＲＡ）アッセイの組合せを使用した抗原特異的Ｔ細胞受容体の多重特定（Klinger et al., 2015）などのアッセイからの実験データを、ＭＨＣ分子（例えば、ＨＬＡ対立遺伝子）によるペプチド提示（例えば、結合親和性）をスコア付けする（例えば、ペプチド－ＨＬＡ結合スコアとして測定される）ために、またはペプチド－免疫原性メトリックを決定するために、機械学習に基づく予測と組み合わせることができる。一部の実施形態では、ＭＨＣｆｌｕｒｒｙまたはＮｅｔＭＨＣｐａｎ（Reynisson et al., 2020）計算法（当技術分野で公知）を使用して、ＨＬＡ対立遺伝子によるペプチドのＭＨＣクラスＩ提示を予測する（表１を参照）。一部の実施形態では、ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ計算法（Reynisson et al., 2020）を使用して、ＨＬＡ対立遺伝子によるペプチドのＭＨＣクラスＩＩ提示を予測する（表２を参照）。
【0046】
一部の実施形態では、ＭＨＣｆｌｕｒｒｙ（Odonnell et al., 2018、Odonnell et al.,2020。これらの文献は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる）、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ（Reynisson et al., 2020。この文献は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）、およびＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ（Reynisson et al., 2020）を使用して、ＨＬＡ対立遺伝子によるペプチドのＭＨＣクラスＩ（ＭＨＣｆｌｕｒｒｙ、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ）提示またはクラスＩＩ（ＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ）提示のいずれかを予測する。他の実施形態では、国際公開第２００５／０４２６９８号パンフレットに開示のような、ペプチド－ＨＬＡ結合を決定するための他の方法が使用される。この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１およびＮｅｔＭＨＣＩＩｐａｎ－４．０では、ペプチド－ＨＬＡ結合を予測するためにＮＮＡｌｉｇｎ＿ＭＡアルゴリズム（Alvarez et al., 2019。この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる）が使用される。ＮＮＡｌｉｇｎ＿ＭＡは、次いでＮＮＡｌｉｇｎ（Nielsen et al., 2009、Nielsen et al., 2017、参照により全体が本明細書に組み込まれる）ニューラルネットワークに基づく。ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１（Reynisson et al., 2020）では、ペプチド配列を記述する少なくとも１８０入力（９×２０＝１８０入力）を有するＮＮＡｌｉｇｎ＿ＭＡネットワークが使用される。５６個および６６個の隠れニューロンの両方ならびに２つの出力を有するネットワークが使用される（Alvarez et al., 2019）。各ネットワークアーキテクチャ（５６個または６６個の隠れニューロン）は、５つの異なるランダムパラメーター初期化および５重相互検証でトレーニングされ、合計５０個の個々のトレーニング済みネットワーク（２つのアーキテクチャ×５つの初期化×５つの相互検証）がもたらされる。こうした５０個のトレーニング済みネットワークは、少なくとも１０，８００個のパラメーター（１８０入力×５６ニューロン）を有する２５個のネットワーク、および少なくとも１１，８８０個のパラメーター（１８０入力×６６ニューロン）からなる２５個のネットワークを有するアンサンブルとして使用される。したがって、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１の５０個のネットワークのアンサンブルは、ペプチド－ＭＨＣ結合を計算するための少なくとも５６７，０００回の算術演算で評価しなければならない少なくとも５６７，０００個のパラメーターからなる。ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１（Reynisson et al., 2020）では、ペプチド配列を記述する少なくとも１８０入力（９×２０＝１８０入力）を有するＮＮＡｌｉｇｎ＿ＭＡネットワークが使用される。２、１０、２０、４０、および６０個の隠れニューロンならびに２つの出力を有するネットワークが使用される（Alvarez et al., 2019）。各ネットワークアーキテクチャ（２、１０、２０、４０、および６０個の隠れニューロン）は、１０個の異なるランダムパラメーター初期化および５重相互検証でトレーニングされ、合計２５０個の個々のトレーニング済みネットワーク（５つのアーキテクチャ×１０個の初期化×５つの相互検証）がもたらされる。こうした２５０個のトレーニング済みネットワークは、少なくとも３６０個のパラメーター（１８０入力×２ニューロン）を有する５０個のネットワーク、少なくとも１８００個のパラメーター（１８０入力×１０ニューロン）を有する５０個のネットワーク、少なくとも３６００個のパラメーター（１８０入力×２０ニューロン）を有する５０個のネットワーク、少なくとも７２００個のパラメーター（１８０入力×４０ニューロン）を有する５０個のネットワーク、少なくとも１０，８００個のパラメーター（１８０入力×６０ニューロン）を有する５０個のネットワークを有するアンサンブルとして使用される。したがって、ＮｅｔＭＨＣｐａｎ－４．１の２５０個のネットワークのアンサンブルは、ペプチド－ＭＨＣ結合を計算するための少なくとも１，１８８，０００回の算術演算で評価しなければならない少なくとも１，１８８，０００個のパラメーターからなる。
【0047】
ペプチドは、ＭＨＣ分子の溝内に結合するとＭＨＣ分子により提示され、細胞表面に輸送され、そこでＴ細胞受容体により認識され得る。標的ペプチドは、外来性ペプチドまたは自己ペプチドを指す。一部の実施形態では、健康な個体における正常なプロテオームの一部であるペプチドは自己ペプチドであり、正常なプロテオームの一部ではないペプチドは外来性ペプチドである。一部の実施形態では、標的ペプチドは、異常な発現を呈する正常なプロテオームの一部であり得る（例えば、ＮＹ－ＥＳＯ－１などの、がん－精巣抗原）。外来性ペプチドは、ネオ抗原と呼ばれるエピトープを作出する腫瘍細胞内の正常な自己タンパク質の突然変異により、または病原体感染により生成され得る。一部の実施形態では、ネオ抗原は、ヒトタンパク質の任意の部分配列であり、部分配列は、健康な個体には出現しない１つまたは複数の変更されたアミノ酸またはタンパク質修飾を含む。したがって、本開示では、外来性ペプチドは、標的タンパク質／ペプチド（または完全長タンパク質／ペプチド）の断片をコードするアミノ酸配列を指し、標的タンパク質／ペプチドは、ネオ抗原タンパク質、病原体プロテオーム、または非自己であり、ＨＬＡ対立遺伝子により結合および提示されることが予想される任意の他の望ましくないタンパク質からなる。
【0048】
例えば、ＫＲＡＳ遺伝子突然変異は、がんにおいて最も頻繁に突然変異するがん遺伝子であるが、小分子療法剤で治療することが非常に困難である。ＫＲＡＳタンパク質は、細胞増殖を制御するシグナル伝達経路の一部であり、このタンパク質における点突然変異は、構成的経路活性化および制御されない細胞増殖を引き起こす可能性がある。単一アミノ酸ＫＲＡＳ突然変異は、タンパク質構造にわずかな変化しかもたらさず、そのため、突然変異型特異的結合ポケットを認識してＫＲＡＳシグナル伝達を不活化する小分子薬の開発が困難である。ＫＲＡＳ発がん性突然変異としては、１２位における、グリシンからアスパラギン酸への（Ｇ１２Ｄ）、グリシンからバリンへの（Ｇ１２Ｖ）、グリシンからアルギニンへの（Ｇ１２Ｒ）、もしくはグリシンからシスチンへの（Ｇ１２Ｃ）への突然変異；または１３位におけるグリシンからアスパラギン酸への突然変異（Ｇ１３Ｄ）が挙げられる。対応する外来性ペプチドは、こうした突然変異を含む。ＫＲＡＳは、ＲＡＳ遺伝子ファミリーのメンバーであり、ＨＲＡＳおよびＮＲＡＳも含まれる。ＫＲＡＳ、ＨＲＡＳ、およびＮＲＡＳは、残基１から残基８６までは配列が同一である。したがって、１つのＲＡＳファミリーメンバーにおける突然変異に対する本明細書に記載のワクチンおよびペプチド配列はすべて、任意の他のＲＡＳファミリーメンバーにおける同一の突然変異に対して使用することができる（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄワクチンは、ＨＲＡＳ Ｇ１２Ｄに対するワクチンでもある）。
【0049】
ＢＣＲ－ＡＢＬ突然変異は、第２２番染色体のＢＣＲ遺伝子と第９番染色体のＡＢＬ遺伝子との異常接合の結果であり、第２２番染色体での２つの遺伝子の融合がもたらされる。形成される融合産物の違いにより、異なるＢＣＲ－ＡＢＬ転写物がもたらされ、ｂ３ａ２（ｅ１４ａ２としても知られている）およびｂ２ａ２（ｅ１３ａ２としても知られている）が最も一般的である。ＢＣＲ－ＡＢＬ罹患患者２００人の研究では、４２％がｂ２ａ２を発現し、４１％がｂ３ａ２を発現し、１８％が両転写物を発現した（Jain et al., 2016）。異常なｂ２ａ２およびｂ３ａ２ ＢＣＲ－ＡＢＬ融合は、ＢＣＬおよびＡＢＬの接合部に外来性ペプチドを含む新規タンパク質配列を作出する。本明細書では、こうした外来性ペプチドおよびそれらの誘導体を、ワクチン設計のためのネオ抗原エピトープとして使用する方法が開示される。
【0050】
ペプチドワクチンの設計における課題は、ヒトＭＨＣ対立遺伝子（ＨＬＡ対立遺伝子）の多様性であり、ヒトＭＨＣ対立遺伝子（ＨＬＡ対立遺伝子）は、それらが提示することになるペプチド配列に対して各々が特定の優先順位を示す。ＭＨＣ内に位置するヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座は、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ分子をコードする。３つの古典的なクラスＩ遺伝子座（ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃ）およびクラスＩＩ分子をコードする３つの遺伝子座（ＨＬＡ－ＤＲ、ＨＬＡ－ＤＱ、およびＨＬＡ－ＤＰ）が存在する。個人のＨＬＡ型は、こうした遺伝子座の各々に個人が有する対立遺伝子を記述する。約８～約１１残基の長さのペプチドは、ＨＬＡクラスＩ（またはＭＨＣクラスＩ）分子に結合することができるが、約１３～約２５残基の長さのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ（またはＭＨＣクラスＩＩ）分子に結合する（Rist et al., 2013；Chicz et al., 1992）。異なる地理学的地域を起源とするヒト集団では、ＨＬＡ対立遺伝子の頻度が異なり、そうした集団は、ＨＬＡ遺伝子座間の連鎖不平衡を呈し、それにより集団特異的ハプロタイプ頻度がもたらされる。一部の実施形態では、ロバストに提示される可能性が高いペプチドのセットを達成するために、標的集団におけるＨＬＡ対立遺伝子頻度ならびにＨＬＡ遺伝子間の連鎖不均衡を考慮することを含む、有効なワクチンを作出するための方法が開示される。
【0051】
本開示は、単一のまたは複数の標的に対する免疫を生成するワクチン設計の組成物、系、および方法を提供する。一部の実施形態では、標的は、ネオ抗原タンパク質配列、病原体プロテオーム、または非自己であり、ＨＬＡ分子（本明細書ではＨＬＡ対立遺伝子とも呼ばれる）により結合および提示されることが予想される任意の他の望ましくないタンパク質配列である。標的が個体に存在する場合、様々なＨＬＡ対立遺伝子により提示される複数のペプチド配列がもたらされる可能性がある。一部の実施形態では、選択された自己ペプチドを含むワクチンを作出することが望ましい可能性があり、したがって、そうした選択された自己ペプチドは、本目的のための標的ペプチドであるとみなされる。
【0052】
ペプチド－ＨＬＡ結合という用語は、ペプチドとＨＬＡ対立遺伝子との結合であると規定され、計算的に予測すること、実験的に観察すること、または実験的観察を使用して計算的に予測することのいずれも可能である。ペプチド－ＨＬＡ結合のメトリックは、親和性、パーセンタイル順位、所定の閾値におけるバイナリ、確率、または当技術分野で公知の他のメトリックとして表すことができる。ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックという用語は、ＨＬＡ対立遺伝子が結合した際のペプチドの認識に基づくＴ細胞の活性化であると規定される。ペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアという用語は、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの別の用語であり、こうした用語は同義的である。ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックは、個体間で異なる可能性があり、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性のメトリックは、確率、バイナリ指標、またはペプチド－ＨＬＡ組合せが免疫原性となる尤度に関する他のメトリックとして表すことができる。一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性は、ＨＬＡ対立遺伝子が結合した際のペプチドの認識に基づく免疫寛容の誘導であると規定される。ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックは、計算的に予測することができるか、実験的に観察することができるか、または実験的観察を使用して計算的に予測することができる。一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性にはペプチド－ＨＬＡ結合が必要であるため、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックは、ペプチド－ＨＬＡ結合にのみ基づく。一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性データまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性の計算的予測を含めて、本明細書で開示の方法においてペプチド提示のスコアと組み合わせることができる。スコアを組み合わせる１つの方法は、罹患個体またはワクチン接種個体での免疫原性についてアッセイしたペプチドの免疫原性データを使用し、計算的方法により提示の尤度が最も高いと予測されたＨＬＡ対立遺伝子を選択することにより、ペプチドを、個体においてペプチドを提示したＨＬＡ対立遺伝子に帰属させることである。実験的にアッセイされていないペプチドについては、計算的提示予測を使用することができる。一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性またはペプチド－ＨＬＡ結合を予測するための異なる計算法を組み合わせることができる（Liu et al., 2020b）。ペプチドの所与のセットおよびＨＬＡ対立遺伝子のセットの場合、ペプチド－ＨＬＡヒットという用語は、所定の閾値においてペプチド－ＨＬＡ免疫原性または結合を呈するペプチドおよびＨＬＡ対立遺伝子の固有な組合せの数である。例えば、ペプチド－ＨＬＡヒットが２であることは、１つのペプチドが２つの異なるＨＬＡ対立遺伝子に結合する（またはＴ細胞活性化を誘発する）と予測されるか、２つのペプチドが２つの異なるＨＬＡ対立遺伝子に結合する（またはＴ細胞活性化を誘発する）と予測されるか、または２つのペプチドが同じＨＬＡ対立遺伝子に結合する（またはＴ細胞活性化を誘発する）と予測されることを意味することができる。所与のセットのペプチドおよびＨＬＡ頻度、ＨＬＡハプロタイプ頻度、またはＨＬＡディプロタイプ頻度の場合、予想ペプチド－ＨＬＡヒット数は、それらの出現頻度で加重された、個体を表すＨＬＡの各セットにおけるペプチドＨＬＡヒットの平均数である。
【0053】
免疫原性は個体間で異なる可能性があるため、ワクチン有効性の確率を増加させる１つの方法は、多様なセットの標的ペプチド（例えば、少なくとも２つのペプチド）を使用して、それらの一部のサブセットが所与の個体において免疫原性になる見込みを増加させることである。マウスモデルを使用した以前の研究では、ほとんどのＭＨＣ提示ペプチドが免疫原性であることが示されているが、免疫原性は、Croft et al. (2019)に記載のように、個体間で異なる。一部の実施形態では、実験的なペプチド－ＨＬＡ免疫原性データを使用して、どの標的ペプチドおよびそれらの修飾がワクチンにおいて有効な免疫原となるかを決定する。
【0054】
ペプチドワクチンの設計に関する考慮事項は、Liu et al., Cell Systems 11, Issue 2, p. 131-146 (Liu et al., 2020)および(Liu et al., 2020b)ならびに米国特許第１１，０５８，７５１号明細書および米国特許第１１，１６１，８９２号に概説されている。これらの文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0055】
ある特定の標的ペプチドは、幅広い範囲のＨＬＡ分子に対して高い親和性では結合しない可能性がある。標的ペプチドとＨＬＡ分子との結合を増加させるために、それらのアミノ酸組成を変更して、１つまたは複数のアンカー残基または他の残基を変化させることができる。一部の実施形態では、ＨＬＡ分子により提示された場合に標的ペプチドの免疫原性を増加させるために、標的ペプチドのアミノ酸組成を変更して、１つまたは複数の残基を変化させることができる。アンカー残基は、ＨＬＡ分子と相互作用し、ＨＬＡ分子に対するペプチドの親和性に最も大きな影響を及ぼすアミノ酸である。１つまたは複数のアミノ酸残基が変更されたペプチドは、ヘテロクリティックペプチドと呼ばれる。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドには、アンカー位置に残基修飾を有する標的ペプチドが含まれる。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドには、非アンカー位置に残基修飾を有する標的ペプチドが含まれる。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドには、非天然アミノ酸および／またはアミノ酸誘導体を含む残基修飾を有する標的ペプチドが含まれる。ヘテロクリティックペプチドを作出するための修飾は、ＭＨＣクラスＩ分子およびＭＨＣクラスＩＩ分子の両方に対するペプチドの結合を向上させることができ、必要とされる修飾は、ペプチドおよびＭＨＣクラスの両方に特異的であり得る。ペプチドアンカー残基は、ＭＨＣ分子溝に面しているため、Ｔ細胞受容体からは、他のペプチド残基よりも見えにくい。したがって、アンカー残基修飾を有するヘテロクリティックペプチドは、刺激されたＴ細胞が未修飾ペプチドにも応答するＴ細胞応答を誘導することが観察されている。ワクチンにおけるヘテロクリティックペプチドの使用は、ワクチンの有効性を向上させることができることが観察されている（Zirlik et al., 2006）。一部の実施形態では、当技術分野で公知のように（Houghton et al., 2007）、ヘテロクリティックペプチドの免疫原性を実験的に決定し、ヘテロクリティックペプチドの対応する基本（シードとも呼ばれる）ペプチドをも認識するＴ細胞を活性化する能力を決定する。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドの免疫原性および交差反応性のこうしたアッセイは、ヘテロクリティックペプチドが特定のＨＬＡ対立遺伝子により提示される場合に実施される。
【0056】
１つまたは複数の標的に対する免疫を誘導するペプチドワクチン
一部の実施形態では、１つまたは複数の標的に対する単一のワクチン設計を使用してペプチドワクチンを製剤化するための方法が提供される。一部の実施形態では、単一の標的は、特定の突然変異を有する外来性タンパク質（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ）である。一部の実施形態では、単一の標的は、自己タンパク質（例えば、がん／精巣抗原などの腫瘍細胞において過剰発現されるタンパク質）である。一部の実施形態では、単一の標的は、病原体タンパク質（例えば、ウイルスプロテオームに含まれるタンパク質）である。一部の実施形態では、複数の標的を使用することができる（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２ＤおよびＫＲＡＳの両方、またはＢＣＬ－ＡＢＬ転写物ｂ２ａ２およびｂ３ａ２に由来する外来性ペプチド）。
一部の実施形態では、１つまたは複数の標的に対する単一のワクチン設計を使用してペプチドワクチンを製剤化するための方法が提供される。一部の実施形態では、単一の標的は、特定の突然変異を有する外来性タンパク質（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ）である。一部の実施形態では、単一の標的は、自己タンパク質（例えば、がん／精巣抗原などの腫瘍細胞において過剰発現されるタンパク質）である。一部の実施形態では、単一の標的は、病原体タンパク質（例えば、ウイルスプロテオームに含まれるタンパク質）である。一部の実施形態では、複数の標的を使用することができる（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２ＤおよびＫＲＡＳの両方、またはＢＣＬ－ＡＢＬ転写物ｂ２ａ２およびｂ３ａ２に由来する外来性ペプチド）。
【0057】
一部の実施形態では、本方法は、Liu et al. (2020)に記載のように、すべての標的プロテオーム配列からペプチドを抽出して候補セットを構築することを含む。
【0058】
図１および図２は、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩワクチン設計に使用することができる例示的なワクチン設計法のフローチャートを示す。候補ペプチドセット（図１および図２を参照）は、入力タンパク質配列を窓処理することにより抽出された標的ペプチドで構成されている。一部の実施形態では、抽出された標的ペプチドは、約８～約１０アミノ酸長である［例えば、ＭＨＣクラスＩ結合の場合（Rist et al., 2013）］。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子により提示される抽出された標的ペプチドは、１１残基など、１０アミノ酸残基より長い（Trolle et al., 2016）。一部の実施形態では、抽出された標的ペプチドは、約１３～約２５の長さである［例えば、クラスＩＩ結合の場合（Chicz et al., 1992）］。一部の実施形態では、本明細書に記載の種々のサイズ範囲のスライド窓が、プロテオーム全体にわたって使用される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩスライド窓には、他の標的ペプチド長を使用することができる。一部の実施形態では、プロテアソーム切断の計算的予測を使用して、候補セット中のペプチドをフィルタリングまたは選択する。プロテアソーム切断を予測するための１つの計算方法は、Nielsen et al. (2005)に記載されている。一部の実施形態では、Liu et al. (2020)に記載のように、ペプチド突然変異率、グリコシル化、切断部位、または他の基準を、ペプチドのフィルタリングに使用することができる。一部の実施形態では、ペプチドは、所定の閾値を上回る進化的配列多様性に基づいてフィルタリングすることができる。進化的配列多様性は、他の種、他の病原体、他の病原体株、または他の関連生物に関して計算することができる。一部の実施形態では、第１のペプチドセットは候補セットである。
【0059】
一部の実施形態では、異常な遺伝子融合により生成される外来性ペプチドに対するワクチンを設計するために、候補ペプチドセットに含めるための標的ペプチドを、遺伝子融合産物から抽出し、抽出された標的ペプチドは各々、２つの遺伝子間にブレイクポイント（ｂｒｅａｋｐｏｉｎｔ）を含む。例えば、ＢＣＲ－ＡＢＬワクチンを設計するための一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２（ｅ１４ａ２）およびｂ２ａ２（ｅ１３ａ２）キメラタンパク質配列をＮＣＢＩから入手した（それぞれ、ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤ ＣＡＡ１０３７６．１およびＣＡＡ１０３７７．１）。各アイソフォーム毎に、長さ８～１１（ＭＨＣクラスＩ）および１３～２５（ＭＨＣクラスＩＩ）のスライド窓を、ＢＣＲ－ＡＢＬブレイクポイント周囲で抽出した。スライド窓は、本明細書の「ＭＨＣクラスＩワクチン設計手順」および「ＭＨＣクラスＩＩワクチン設計手順」に記載の手順を使用して抽出することができ、その場合、Ｐ１．．．ｎは、キメラタンパク質配列を含み、ｔは、キメラタンパク質配列中のブレイクポイントの位置を指定し、ｓ＝真である。ｂ３ａ２の場合、ＢＣＲ－ＡＢＬ接合部はトリプレットコドンを破壊し、ブレイクポイントに新規のリジン（「Ｋ」）が生成される（Clark et al., 2001）。ｂ２ａ２の場合、接合部のコドン破壊は、ＡｓｐからＧｌｕへの変更を引き起こすが、この新規アミノ酸は、正常なａ１ａ２接合部にも存在する（Clark et al., 2001）。したがって、ｂ３ａ２の場合、「Ｋ」ブレイクポイントをまたぐすべての得られた窓を保持した。ｂ２ａ２の場合、配列「ＫＥＥ」を含む窓のみを保持し、ＢＣＲタンパク質配列またはＡＢＬタンパク質配列にのみ見出される窓を排除した。この手順を適用して、融合遺伝子間のブレイクポイントを特定し、本記載の窓戦略を使用することにより、他の異常な遺伝子融合物に対するワクチンを生成することができる。
【0060】
図１～２に示されているように、一部の実施形態では、この方法の次の工程は、Liu et al. (2020)およびLiu et al. (2020b)に記載のように、すべての考慮されるＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチド－ＨＬＡ結合について、候補セット中の標的ペプチドをスコア付けすることを含む。一部の実施形態では、第１のペプチドセットは、標的ペプチドをスコア付けした後の候補セットである。スコア付けは、ヒトＨＬＡ分子、マウスＨ－２分子、ブタＳＬＡ分子、または予測アルゴリズムが使用可能もしくは開発可能な任意の種のＭＨＣ分子について達成することができる。したがって、非ヒト種を標的とするワクチンを、この方法を用いて設計することができる。スコア付けメトリックとしては、ＨＬＡ対立遺伝子に対する標的ペプチドのナノモル濃度での親和性、溶出リガンド、提示、およびパーセンタイル順位として表すことができるその他のスコア、または他のメトリックを挙げることができる。候補セットをさらにフィルタリングして、予測結合コアが目的の特定の病原性またはネオ抗原標的残基を含まないペプチド、または予測結合コアがアンカー位置に標的残基を含むペプチドを除外することができる。また、候補セットを、例えば、ＭＨＣクラスＩの長さ９など、特定の長さの標的ペプチドについてフィルタリングしてもよい。一部の実施形態では、標的ペプチドのスコア付けは、実験データ、または実験データおよび計算的予測法の組合せにより達成される。特定の（ペプチド、ＨＬＡ）対についてペプチド－ＨＬＡ結合予測を行うための計算モデルが使用できない場合、そのような対の結合値は、サポートされている対について得られている免疫原性値の平均値、中央値、最小値、もしくは最大値、固定値（結合しないことの指標など）により規定してもよく、またはスコア付けモデルにて使用可能な最も類似した（ペプチド、ＨＬＡ）対を予測する関数を含む他の技法を使用して推論してもよい。
【0061】
一部の実施形態では、異常な遺伝子融合により作出される外来性ペプチドは、ＨＬＡ対立遺伝子のＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩアンカー位置に入る融合ブレイクポイントを含む場合、排除されない。例えば、ＭＨＣクラスＩのＢＣＬ－ＡＢＬワクチンの設計では、ＢＣＲ－ＡＢＬブレイクポイントがペプチドアンカー位置内に入る場合、窓は排除されない。ＭＨＣクラスＩＩの場合、スコア付けモデルでは、ブレイクポイントが、所与のＨＬＡの予測９－ｍｅｒ結合コア内（任意の位置）に存在する必要があり、この基準を満たさないペプチド－ＨＬＡ対のスコアは排除される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩのＢＣＲ－ＡＢＬワクチンの設計の場合、ＢＣＲ－ＡＢＬブレイクポイントがペプチドアンカー位置内に入る場合、窓は排除される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩのＢＣＲ－ＡＢＬワクチンの設計の場合、ＢＣＲ－ＡＢＬブレイクポイントが、所与のペプチド－ＨＬＡ対の予測９－ｍｅｒ結合コアのアンカー位置内に存在する場合、ペプチド－ＨＬＡスコアは排除される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩワクチンの設計の場合、遺伝子融合ブレイクポイントは、所与のペプチド－ＨＬＡ対の予測９－ｍｅｒ結合コアの内側または外側のいずれの位置に存在してもよい。
【0062】
一部の実施形態では、基本セット（本明細書ではシードセットとも呼ばれる）は、個々のペプチド－ＨＬＡ結合または免疫原性基準を使用して、スコア付け候補セットからペプチドを選択することにより構築される（例えば、第１のペプチドセット）（図１）。一部の実施形態では、所与のペプチドは複数のペプチド－ＨＬＡスコアを有するため、選択は、最も良好な親和性または最も高い免疫原性（例えば、所与のＨＬＡ対立遺伝子に対して、最も強力に結合するかまたは最も強力にＴ細胞を活性化すると予測される）を有するペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックに基づいていてもよい。スコア付け手順中にペプチド－ＨＬＡ結合をスコア付けするために使用される基準は、基本セット選択段階中およびワクチン設計段階中の様々な目標に対応することができる。例えば、５００ｎＭのペプチド－ＨＬＡ結合親和性を有する標的ペプチドは、罹患している個体により提示される可能性があるが、その頻度は、５０ｎＭのペプチド－ＨＬＡ結合親和性を有する標的ペプチドよりも低い。ワクチンのコンビナトリアル設計段階中には、ワクチンペプチドがＨＬＡ分子により見出され、提示されることになる確率を増加させるために、５０ｎＭなどの、より制約された親和性基準を使用することができる（例えば、図１および図２では、第３のペプチドセット、標的に対するワクチンを選択する際）。一部の実施形態では、特定のＨＬＡ対立遺伝子のスコアについて、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性またはペプチド－ＨＬＡ結合の比較的制約の少ない閾値（例えば、約１０００ｎＭ未満または約５００ｎＭ未満）を、候補ペプチド－ＨＬＡスコアのフィルタリングの第１の閾値として使用し（図１および図２では、第１のペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリング工程）、比較的より制約の大きな第２の閾値（例えば、約５０ｎＭ未満）を、拡張セットペプチド－ＨＬＡスコアのフィルタリングに使用する（図１および図２では、第２のペプチドフィルタリングおよびスコア付け工程）。一部の実施形態では、所与のＨＬＡの修飾ペプチドの特定のペプチド－ＨＬＡスコアは、それらの未修飾対応ペプチドが第１の制約の少ない閾値を満たさない場合、ワクチン設計には使用されない。ペプチド－ＨＬＡスコアのこのフィルタリングは、ワクチン包含に十分な程度に免疫原性でないペプチドでも抗原性であり得るため（第１の閾値を満たす）、ワクチンにより拡大増殖されたＴ細胞クロノタイプにより認識される可能性があるという観察に基づく。ペプチドは、Ｔ細胞受容体により認識され、ＣＤ８＋Ｔ細胞細胞傷害性またはＣＤ４＋細胞活性化などの応答をもたらす場合、抗原性である。抗原性ペプチドの誘導体は、強力に免疫原性であり、ワクチンに含まれ、したがって抗原性ペプチドを認識するＴ細胞を活性化および拡大増殖させる。未修飾抗原性ペプチドを認識するＴ細胞の拡大増殖は、疾患制御に寄与する免疫応答を提供することができる。一部の実施形態では、ペプチドは、約５００ｎＭ未満のペプチド－ＨＬＡ結合親和性を有する第３のペプチドセット（図１および図２では、標的に対するワクチン）潜在的包含についてスコア付けされる。一部の実施形態では、少なくとも１つのＨＬＡ対立遺伝子に対して約１０００ｎＭ未満のペプチド－ＨＬＡ結合親和性を有するペプチドが基本セットに選択される。その代わりに、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性の予測を使用して、基本セット包含のための標的ペプチドを認定してもよい。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子によりそれらが提示される状況におけるペプチドの免疫原性の実験的観察、またはペプチドとＨＬＡ対立遺伝子との結合の実験的観察を使用して、ＨＬＡ対立遺伝子に対する結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてペプチドをスコア付けすることができる。
【0063】
一部の実施形態では、腫瘍細胞における特定のＨＬＡ対立遺伝子によるペプチド提示の実験的観察を使用して、ペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてペプチドをスコア付けすることができる。一部の実施形態では、特定のＨＬＡ対立遺伝子によるペプチド腫瘍細胞（ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌ）の提示の実験的観察を使用して、そのＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてペプチドをスコア付けすることができる。一部の実施形態では、ペプチド腫瘍細胞の提示の実験的観察を使用して、ペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてペプチドをスコア付けすることができ、特定の観察されたペプチドに対するＨＬＡ対立遺伝子は、予測ペプチド－ＨＬＡ結合または免疫原性閾値を満たす、腫瘍に存在するＨＬＡ対立遺伝子から選択される。一部の実施形態では、腫瘍細胞によるペプチドの提示を、Bear et al. (2021)またはWang et al. (2019)に記載のように、質量分析法を使用して実験的に決定し、こうしたデータを使用して、ペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性をスコア付けする。一部の実施形態では、腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、こうした実験データを使用して、ワクチンのための１つまたは複数のＨＬＡ対立遺伝子の基本セット（シードセット）ペプチドの包含を認定する。一部の実施形態では、腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、こうした実験データを使用して、そのペプチドがＨＬＡ対立遺伝子により提示されることが表示質量分析で観察されない場合、ペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアを除外する。一部の実施形態では、個体における腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、こうした実験データを使用して、１つまたは複数のＨＬＡ対立遺伝子について、その個体の基本セット（シードセット）ペプチドの包含を認定する。一部の実施形態では、個体における腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、こうした実験データを使用して、ペプチドがＨＬＡ対立遺伝子により提示されることが表示質量分析で観察されない場合、そのペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアを除外する。一部の実施形態では、Ogishi et al. (2019)またはBulik-Sullivan et al. (2019)の方法などの、ＨＬＡ対立遺伝子による提示の状況におけるペプチドの免疫原性の計算的予測を、スコア付けに使用することができる。
【0064】
一部の実施形態では、所与のＨＬＡ対立遺伝子の基本セット（シードセット）中の第１のペプチドのペプチド－ＨＬＡスコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアは、第１のペプチドに対応する野生型ペプチド（例えば、そのペプチドの未突然変異天然形態または規定の配列編集距離内の対応する種のペプチド）が、規定の閾値内の同じＨＬＡ対立遺伝子のペプチド－ＨＬＡスコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアを有する場合は、排除され、ワクチン設計に考慮されない。閾値は、第１のペプチドおよび野生型ペプチドのスコアの差、第１のペプチドおよび野生型ペプチドのスコアの比、野生型ペプチドのスコア、または他のメトリックに基づいていてもよい。規定の閾値は、指定の値より大きいかまたは小さいかのいずれであってもよい。一部の実施形態では、閾値は、野生型ペプチドが提示されないと予測されるように規定される。一部の実施形態では、ワクチン設計中に第１のペプチドのペプチド－ＨＬＡスコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアが排除される場合、同じＨＬＡ対立遺伝子に対するその誘導体（例えば、ヘテロクリティックペプチド誘導体）のすべてのペプチド－ＨＬＡスコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアも排除され、ワクチン設計に考慮されない。
【0065】
一部の実施形態では、この方法は、集団のＨＬＡハプロタイプ頻度を使用して、Liu et al. (2020)に記載のＯｐｔｉＶａｘ－Ｒｏｂｕｓｔアルゴリズムを、スコア付けされた候補セットに対して実行し、標的ペプチドの基本セット（本明細書ではシードセットとも呼ばれる）を構築することをさらに含む（図２）。一部の実施形態では、ＨＬＡディプロタイプ頻度を、ＯｐｔｉＶａｘに提供してもよい。ＯｐｔｉＶａｘ－Ｒｏｂｕｓｔは、様々な窓サイズを用いたスライド窓手法から生じるペプチド冗長性を排除するアルゴリズムを含むが、他の冗長性排除手段を使用して、候補セット中の標的ペプチド間の最小編集距離の制約を強制することができる。シードセットのサイズは、シードセット中の標的ペプチドの数の関数としての集団カバー率の収益逓減点により決定される。最小ワクチン標的ペプチド数、最大ワクチン標的ペプチド数、および所望の予測集団カバー率を含む、他の基準も使用することができる。一部の実施形態では、所定の集団カバー率は、約０．４未満であるか、約０．４～０．５であるか、約０．５～０．６であるか、約０．６～０．７であるか、約０．７～０．８であるか、約０．８～０．９であるか、または約０．９よりも大きい。別の考え得る基準は、各個体における最小予想ペプチド－ＨＬＡ結合ヒット数である。代替的な実施形態では、本方法は、ＯｐｔｉＶａｘ－Ｒｏｂｕｓｔの代わりに、Liu et al. (2020)に記載のＯｐｔｉＶａｘ－Ｕｎｌｉｎｋｅｄアルゴリズムを実行することをさらに含む。
【0066】
ＯｐｔｉＶａｘ－Ｒｏｂｕｓｔ法では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性のバイナリ予測が使用され、こうしたバイナリ予測は、Liu et al. (2020b)に記載のように生成することができる。ＯｐｔｉＶａｘ－Ｕｎｌｉｎｋｅｄ法では、標的ペプチドがＨＬＡ対立遺伝子に結合する確率が使用され、Liu et al. (2020)に記載のように生成することができる。一部の実施形態では、ＯｐｔｉＶａｘ－ＵｎｌｉｎｋｅｄおよびＥｖａｌＶａｘ－Ｕｎｌｉｎｋｅｄは、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性の確率と共に使用される。いずれの方法も、本明細書に記載の目的のために使用することができ、したがって「ＯｐｔｉＶａｘ」という用語は、Ｒｏｂｕｓｔ法またはＵｎｌｉｎｋｅｄ法のいずれをも指す。一部の実施形態では、実験的アッセイで観察されるペプチド－ＨＬＡ免疫原性の確率を、ＥｖａｌＶａｘ－ＵｎｌｉｎｋｅｄおよびＯｐｔｉＶａｘ－Ｕｎｌｉｎｋｅｄにおいてペプチド－ＨＬＡ結合の確率として使用することができる。一部の実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、世界集団を表すものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、地理学的地域に特有なものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、祖先に特有なものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、人種に特有なものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、リスクの遺伝的指標、年齢、化学物質への曝露、アルコール摂取、慢性炎症、食事、ホルモン、免疫抑制、感染性因子、肥満、放射線、日光、または喫煙などのリスク因子を有する個体に特有なものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供される集団のＨＬＡハプロタイプまたはＨＬＡ対立遺伝子頻度は、ある特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する個体に特有なものである。代替的な実施形態では、ワクチン設計のためにＯｐｔｉＶａｘに提供されるＨＬＡディプロタイプは、単一の個体を表し、個別化ワクチンの設計に使用される。
【0067】
一部の実施形態では、標的ペプチドの候補セットへのＯｐｔｉＶａｘ適用からもたらされる標的ペプチドの基本（またはシード）セット（例えば、第１のペプチドセット）は、考え得る小型ワクチン設計である未修飾標的ペプチドのセットを表す（図２のシードセット）。基本ペプチドは、基本またはシードペプチドセット（例えば、第１のペプチドセット）に含まれている標的ペプチドである。一部の実施形態では、シードセット（例えば、第１のペプチドセット）は、ＨＬＡ分子に関する予測または観察された親和性または免疫原性による候補ペプチドスコアのフィルタリングに基づく（図１のシードセット）。しかしながら、幅広い範囲のＨＬＡハプロタイプにおける標的ペプチドの提示を可能な限り向上させるため、一部の実施形態は、シード（または基本）セットの修飾を含む。一部の実施形態では、実験的アッセイを使用して、修飾シード（または基本）ペプチドが、基本／シードペプチドをも認識するＴ細胞を活性化することを保証することができる。
【0068】
所与の標的ペプチドについて、最適アンカー残基選択は、標的ペプチドに結合し、それを提示するＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子のクラス（ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ）に依存する可能性がある。シードペプチドセット（例えば、第１のペプチドセット）は、ＭＨＣクラスＩまたはＩＩペプチドのいずれかのアンカー残基修飾ペプチドを含めることにより拡張セットになり得る（図１～図２）。したがって、ワクチン設計の１つの態様は、異なるヘテロクリティックペプチドが、異なると共に潜在的に重複する集団カバー率を有することになることに照らして、ワクチン包含のために、同じ標的ペプチドに由来するヘテロクリティックペプチドの限定セットを選択する方法を考慮することである。
【0069】
一部の実施形態では、標的ペプチドの各基本セットのすべての考え得るアンカー修飾が考慮される。典型的には、ＭＨＣクラスＩ分子が結合するペプチドには２つのアンカー残基があり、９－ｍｅｒペプチドの場合、典型的には２位および９位にある。一部の実施形態では、８－ｍｅｒ、１０－ｍｅｒ、および１１－ｍｅｒのアンカーは、２位およびｎ位に見出され、ｎは最後の位置である（それぞれ、８、１０、および１１位）。ＭＨＣクラスＩ分子の場合、最後の位置ｎは、本明細書ではカルボキシル末端の「Ｃ」位と呼ばれる。一部の実施形態では、最良のヘテロクリティックペプチドを選択するために、各アンカー位置において２０個の考え得るアミノ酸が試みられる。したがって、ＭＨＣクラスＩ結合の場合、各基本標的ペプチド毎に４００（つまり、２つの位置毎に２０個アミノ酸＝２０２）－１個のヘテロクリティックペプチドが生成される。典型的には、ＭＨＣクラスＩＩ分子が結合するペプチドには４つのアンカー残基があり、典型的には、９－ｍｅｒ結合コアの１、４、６、および９位にある。したがって、ＭＨＣクラスＩＩ結合の場合、各基本標的ペプチド毎に１６０，０００（つまり、４つの位置毎に２０個アミノ酸＝２０４）－１個のヘテロクリティックペプチドが生成される。一部の実施形態では、２つよりも多くの（ＭＨＣクラスＩ）または４つよりも多くの（ＭＨＣクラスＩＩ）位置がアンカーとして考慮される。ベイジアン最適化を含む他の方法を使用して、最適なアンカー残基を選択し、各シード（または基本）セットペプチドからヘテロクリティックペプチドを作出することができる。最適なアンカー残基を選択する他の方法は、Dai et al. (2020)による「Machine learning optimization of peptides for presentation by class II MHCs」に示されている。この文献はその全体が本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、アンカー位置は、ペプチドを提示するＨＬＡ対立遺伝子により決定され、したがって、ヘテロクリティックペプチドのセットは、ＨＬＡ特異的アンカー位置の各セット毎にすべての考え得るアンカー修飾を含む。
【0070】
一部の実施形態では、基本／シードセット中の標的ペプチドのすべてについて、すべての考え得るアンカー残基修飾（例えば、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ）を有する新しいペプチド配列が作出され、こうした修飾のすべてを含む新しいヘテロクリティック基本セット（図１～図２では、拡張セット）がもたらされる。一部の実施形態では、ペプチドのアンカー残基位置のうちの１つまたは複数が、ペプチドを自己ペプチドと区別する置換突然変異を含む場合、ペプチドのアンカー残基修飾は、ヘテロクリティック基本セットには含まれない。一部の実施形態では、基本／シードペプチドのアンカー残基修飾は、基本／シードペプチドを自己ペプチドと区別する置換突然変異を含まないペプチド位置のみがヘテロクリティック基本セットに含まれる。一部の実施形態では、ペプチドのアンカー残基修飾は、その隣接するアンカー残基の対の間にペプチドの突然変異の１つまたは複数が生じていない場合、ヘテロクリティック基本セットには含まれない。一部の実施形態では、基本／シードセット中のペプチドのすべてについて、アンカー残基修飾（例えば、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ）を有する新しいペプチド配列が作出され、選択された修飾を含む新しいヘテロクリティック基本セット（図１～図２では、拡張セット）がもたらされる。一部の実施形態では、ペプチドを修飾するために使用されるアンカー残基位置は、ワクチン評価中に考慮されるＨＬＡ対立遺伝子により決定されるアンカー残基位置から選択される。一部の実施形態では、ヘテロクリティック基本セット（図１～図２では、拡張セット）は、元のシード（または基本）セット（図１～図２では、シードペプチドセット）も含む。一部の実施形態では、ヘテロクリティック基本セットは、非アンカー残基にアミノ酸置換を含む。一部の実施形態では、基本ペプチド残基の修飾は、Ｔ細胞受容体との結合を変更して療法有効性を向上させるために達成される（Candia et al., 2016）。一部の実施形態では、ヘテロクリティック基本セットは、非天然アミノ酸アナログのアミノ酸置換を含む。ヘテロクリティック基本セットは、ＨＬＡ親和性、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性、または本明細書に記載の他のメトリックについてスコア付けされる（図１～図２に示されている、別のラウンドのペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリング）。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドおよびＨＬＡ対立遺伝子の対について、スコア付け予測をさらに更新して、ヘテロクリティックペプチドが、ペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたは指定のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの指定の閾値ではＨＬＡ対立遺伝子により提示されることが予測されない、それが由来したシード（または基本）ペプチドを有する対を排除することができる。また、一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡスコアをフィルタリングして、特定のＨＬＡ対立遺伝子により提示されるヘテロクリティックペプチドの予測結合コアが、そのＨＬＡ対立遺伝子の対応するシード（または基本）セット標的ペプチドの結合コアと位置が正確にアラインされることを保証することができる。一部の実施形態では、スコア付け予測をＨＬＡ対立遺伝子についてフィルタリングして、そのＨＬＡ対立遺伝子に関して考慮されるヘテロクリティックペプチドが、そのＨＬＡ対立遺伝子により決定されるアンカー位置でのみ修飾されていることを保証する。スコア付けは、ペプチドおよびＨＬＡ対立遺伝子のペプチドＨＬＡ免疫原性のメトリックを生成し、メトリックは、バイナリ、免疫原性の確率、またはペプチド－ＨＬＡ親和性またはパーセント順位などの免疫原性の他のメトリックのいずれであってもよく、計算的予測、実験的観察、または計算的予測および実験的観察の両方の組合せに基づいてもよい。一部の実施形態では、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性の確率が、ＯｐｔｉＶａｘ－Ｕｎｌｉｎｋｅｄにより使用される。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドは、特定のＨＬＡ対立遺伝子に関するそれらのペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定するために、ＭＩＲＡ（Klinger et al., 2015）またはＥＬＩＳＰＯＴなどの実験的アッセイに含まれる。一部の実施形態では、Liu et al. (2020b)の方法を使用して、ヘテロクリティックペプチドのＭＩＲＡデータを、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性のモデルに組み込むことができる。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドのペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを実験的に決定し、ヘテロクリティックペプチドの対応するシード（または基本）ペプチドをも認識するＴ細胞を活性化する能力を当技術分野で公知のように実施して、ヘテロクリティックペプチドのワクチン包含を認定する（Houghton et al., 2007）。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドの免疫原性および交差反応性のこうしたアッセイは、ヘテロクリティックペプチドが特定のＨＬＡ対立遺伝子により提示される場合に実施される。
【0071】
一部の実施形態では、細胞における特定のＨＬＡ対立遺伝子によるヘテロクリティックペプチドの提示に関する実験的観察を使用して、ペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてペプチドをスコア付けすることができる。一部の実施形態では、細胞によるヘテロクリティックペプチドの提示を、Bear et al. (2021)またはWang et al. (2019)に記載のように、質量分析法を使用して実験的に決定し、そうしたデータを使用して、ペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてスコア付けする。一部の実施形態では、細胞によるヘテロクリティックペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、そうした実験データを使用して、ワクチンに含めるためのヘテロクリティックペプチドの包含を認定する。一部の実施形態では、腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、そうした実験データを使用して、ペプチドがＨＬＡ対立遺伝子により提示されることが表示質量分析により観察されない場合に、ペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアを除外する。一部の実施形態では、個体に見出されるＨＬＡ対立遺伝子を有する細胞によるヘテロクリティックペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、そうした実験データを使用して、その個体のためのワクチンに含めるためのヘテロクリティックペプチドの包含を認定する。一部の実施形態では、個体における腫瘍細胞によるペプチドの提示を、質量分析法を使用して実験的に決定し、そうした実験データを使用して、ペプチドがＨＬＡ対立遺伝子により提示されることが表示質量分析により観察されない場合に、そのペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアを除外する。一部の実施形態では、Ogishi et al. (2019)またはBulik-Sullivan et al. (2019)の方法などの、ＨＬＡ対立遺伝子による提示の状況におけるヘテロクリティックペプチドの免疫原性の計算的予測を、スコア付けに使用することができる。
【0072】
一部の実施形態では、ヘテロクリティック基本セット中のペプチドは、（１）ＨＬＡ対立遺伝子に対するそのアンカー位置のうちの１つが、基本／シードペプチドを自己ペプチドと区別する、それが由来した基本／シードペプチドの突然変異の位置に対応する場合、および（２）自己ペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合またはペプチド－ＨＬＡ免疫原性が、自己ペプチド結合または免疫原性の特定の閾値よりも強力である場合、除去される。これにより、ＴＣＲに面した残基を自己ペプチドと共有する結果として自己ペプチドと交差反応する可能性のある、ヘテロクリティック基本セット中のペプチドが排除される。一部の実施形態では、自己ペプチド結合の閾値は、およそ５００ｎＭ～１０００ｎＭである。
【0073】
一部の実施形態では、ヘテロクリティック基本セット中の冗長ペプチドが除去される。一部の実施形態では、冗長ペプチドは、すべてのスコア付けされたＨＬＡに対して、ヘテロクリティック基本セット中の第２のヘテロクリティックペプチドよりも免疫原性が低いペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有する第１のヘテロクリティックペプチドであり、第１および第２のヘテロクリティックペプチドは両方とも、同じ基本（またはシード）ペプチドに由来する。一部の実施形態では、ペプチド冗長性は、ＨＬＡ対立遺伝子のペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアを比較することによってのみ決定され、ＨＬＡ対立遺伝子に対する両ペプチドのペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアは、所定の閾値（例えば、結合の場合は５０ｎＭ）よりも免疫原性が高い。一部の実施形態では、冗長ペプチドは、ヘテロクリティック基本セット中の第２のヘテロクリティックペプチドの平均ペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアよりも免疫原性が低い平均ペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有する第１のヘテロクリティックペプチドであり、第１および第２のヘテロクリティックは両方とも、同じ基本（またはシード）ペプチドに由来し、ＨＬＡ対立遺伝子の平均スコアが計算され、ＨＬＡ対立遺伝子に対する両ペプチドのペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアは、所定の閾値（例えば、結合の場合は、５０ｎＭ）よりも免疫原性が高い。一部の実施形態では、冗長ペプチドは、ヘテロクリティック基本セット中の第２のヘテロクリティックペプチドの加重ペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアよりも免疫原性が低い加重ペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有する第１のヘテロクリティックペプチドであり、第１および第２のヘテロクリティックは両方とも、同じ基本（またはシード）ペプチドに由来し、加重は、ヒト集団におけるＨＬＡ対立遺伝子の頻度により決定され、ＨＬＡ対立遺伝子の加重スコアが計算され、ＨＬＡ対立遺伝子に対する両ペプチドのペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアは、所定の閾値（例えば、結合の場合は、５０ｎＭ）よりも免疫原性が高い。
【0074】
一部の実施形態では、次の工程は、ヘテロクリティック基本セット（第２のペプチドセット）をスコア付けすること、および得られたスコアをフィルタリングして、１つまたは複数のＨＬＡ対立遺伝子に対するペプチドのペプチド－ＨＬＡ免疫原性スコアまたはペプチド－ＨＬＡ結合スコアを閾値と比較することにより第２のペプチドセットを作出することを含む。一部の実施形態では、約５０ｎＭの親和性基準を使用して、ワクチンペプチドがＨＬＡ分子により見出され提示されることになる確率を増加させる。一部の実施形態では、親和性基準は、５０ｎＭよりも制約されている（つまり、＜５０ｎＭ）。一部の実施形態では、親和性基準は、５００ｎＭよりも制約されている（つまり、＜５００ｎＭ）。一部の実施形態では、個々のペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたは免疫原性メトリックが決定され、したがってペプチドは、少なくとも１つのＨＬＡ対立遺伝子に対する基準を満たす限り保持することができ、基準を満たすペプチド－ＨＬＡスコアのみがワクチン設計のために考慮される。
【0075】
一部の実施形態では、次の工程は、第２のペプチドセットをＯｐｔｉＶａｘに入力して、予測ワクチン性能を最大化するワクチンペプチドの小型セットを選択することを含む（ワクチン性能最適化；図１～図２）。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、予想ペプチド－ＨＬＡ結合親和性の関数である（例えば、所与のペプチドセットのすべてのペプチド－ＨＬＡ組合せにわたるか、または集団もしくは個体におけるＨＬＡ対立遺伝子の出現により加重された、ペプチド－ＨＬＡ結合親和性の分布の関数である）。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、ワクチンの予想集団カバー率である。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、集団または個体においてワクチンにより生成される予想ペプチド－ＨＬＡヒット数である。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、ワクチンにより生成される最小予測ペプチド－ＨＬＡヒット数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）を必要とする。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、集団カバー率およびワクチンにより生成される所望の予測ペプチド－ＨＬＡヒット数の関数である。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、ワクチンの全体的免疫原性特性を記述するメトリックであり、ワクチン中のペプチドのすべてが、２つまたはそれよりも多くのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、３つまたはそれよりも多くのＨＬＡ対立遺伝子）に対するペプチド－ＨＬＡ免疫原性についてスコア付けされる。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、最大ペプチド－ＨＬＡヒット数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）を上回る、選択されたＨＬＡ対立遺伝子による免疫原性寄与を除外する。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、最大ペプチド－ＨＬＡヒット数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）を上回る、個々のＨＬＡディプロタイプの疫原性寄与を除外する。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、カバーされる対立遺伝子の分率（ｆｒａｃｔｉｏｎ）であり、これは、ワクチンにより生成される予測ペプチド－ＨＬＡ免疫原性を有する最小数のペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）を有する各個体におけるＨＬＡ対立遺伝子の予想分率である。一部の実施形態では、予測ワクチン性能は、ワクチンにより生成される予測ペプチド－ＨＬＡ免疫原性を有する最小数のペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）を有する単一の個体におけるＨＬＡ対立遺伝子の予想分率である。
【0076】
一部の実施形態では、ワクチンは、ヘテロクリティック基本セット（図１～図２に示されているように、拡張セットとも呼ばれる）から、予測ペプチド免疫原性または提示に関する徐々に厳格性が低くなる基準でペプチドを反復選択することにより設計される。一部の実施形態では、ペプチドは、そのペプチド－ＨＬＡスコアの少なくとも１つが、使用される閾値により排除されない場合、保持される。一部の実施形態では、まずＯｐｔｉＶａｘを使用して、特定のペプチド認定基準（例えば、候補セットからのシードＨＬＡ－ペプチドスコアは、少なくとも１つのＭＨＣ分子に５００ｎＭでまたはそれよりも強力に結合しなければならず、拡張セットからのペプチド－ＨＬＡスコアは、少なくとも１つのＭＨＣ分子に５０ｎＭでまたはそれよりも強力に結合しなければならない）を用いて所望のワクチン性能を有するワクチンを設計する。次いで、ＯｐｔｉＶａｘのこの応用から得られたワクチンを、厳格性がより低い基準を用いて（例えば、候補セットからのシードペプチド－ＨＬＡスコアは、少なくとも１つのＭＨＣ分子と１０００ｎＭでまたはそれよりもより強力に結合しなければならず、拡張セットからのペプチド－ＨＬＡスコアは、少なくとも１つのＭＨＣ分子と１００ｎＭでまたはそれよりもより強力に結合しなければならない）ワクチン増補の基礎として使用して所望のワクチン性能をさらに向上させる。ワクチン増補の方法は、Liu et al. (2020b)に記載されており、この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、複数ラウンドのワクチン増補を使用することができる。一部の実施形態では、最終的な増補ワクチンは、選択されたワクチンである。
【0077】
一部の実施形態では、所望の予測ワクチン性能を満たすペプチドセットの選択は、ＯｐｔｉＶａｘ以外の計算アルゴリズムにより達成することができる。一部の実施形態では、ペプチドセットを選択するために、ＯｐｔｉＶａｘの代わりに整数線形計画法または混合整数線形計画法が使用される。ペプチドセット選択のための整数計画法の一例は、Toussaint et al. (2008)に記載されている。この文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。混合整数線形計画法の例示的な解法は、Toussaint et al. (2008)と併せて使用することができるＰｙｔｈｏｎ－ＭＩＰである。ワクチンペプチド選択の方法の第２の例は、Liu et al. (2021)による「Maximum n-times Coverage for Vaccine Design」に記載されており、この文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0078】
予測ワクチン性能は、メトリックを指す。予測ワクチン性能は、単一の数値、複数の数値、任意の数の非数値、およびそれらの組合せとして表すことができる。１つまたは複数の値は、任意の数学または記号用語および任意の尺度（例えば、名義尺度、順序尺度、間隔尺度、または比例尺度）で表すことができる。
【0079】
シード（または基本）ペプチドおよびそのシード（または基本）ペプチドに由来する修飾ペプチドのすべては、単一のペプチドファミリーを構成する。一部の実施形態では、所与のＨＬＡ対立遺伝子のペプチド－ＨＬＡ免疫原性に基づくワクチン性能の構成要素における、同じペプチドファミリーであるペプチドの最大数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）には、そのＨＬＡ対立遺伝子の計算的免疫原性クレジット（ｃｒｅｄｉｔ）が与えられる。ペプチドファミリーの免疫原性に対するこの制限は、同じ基本ペプチドの多数の修飾型により引き起こされるクレジットを制限する。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、予測ワクチン性能の所望のメトリックに対応するＥｖａｌＶａｘ目的関数を用いてＯｐｔｉＶａｘを実行するために含まれる。一部の実施形態では、集団カバー率は、シード（または基本）標的ペプチドに応答してＴ細胞を活性化する１つまたは複数の免疫原性ペプチドを提示する対象集団の割合を意味する。集団カバー率のメトリックは、代表的なヒト集団などの所与の集団におけるＨＬＡハプロタイプ頻度を使用して計算される。一部の実施形態では、集団カバー率のメトリックは、集団における限界ＨＬＡ頻度（ｍａｒｇｉｎａｌ ＨＬＡ ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ）を使用して計算される。集団カバー率の最大化は、所与の集団（例えば、代表的なヒト集団）におけるＨＬＡハプロタイプの割合に基づき、少なくとも最小数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８つ、またはそれよりも多く）の免疫原性ペプチド－ＨＬＡ結合を示す集団の最大分率を集合的にもたらすペプチドセット（基本ペプチドセット、修飾ペプチドセット、または基本ペプチドおよび修飾ペプチドの組合せのいずれか；例えば、第１のペプチドセット、第２のペプチドセット、または第３のペプチドセット）を選択することを意味する。一部の実施形態では、このプロセスは、対応するシード（または基本）ペプチドおよびヘテロクリティック基本ペプチドに応答するＴ細胞を活性化するヘテロクリティックペプチド（本開示に記載のような）をＯｐｔｉＶａｘ選択して、集団カバー率を向上させることを含む。一部の実施形態では、最終ワクチン設計にはシード（または基本）標的ペプチドが常に含まれる。一部の実施形態では、ペプチドは、臨床データ、動物モデル、または組織培養モデルにおいて免疫原性であることが観察された場合にのみ、ワクチン設計の候補とみなされる（例えば、第１、第２、および／または第３のペプチドセットに含まれる）。
【0080】
本開示ではヘテロクリティックペプチドが例示的な実施形態として使用されているが、ヘテロクリティックペプチドの代わりに任意の修飾ペプチドを使用することができる。修飾ペプチドは、標的基本／シードペプチドの１つまたは複数のアミノ酸置換を有するペプチドである。アミノ酸置換は、アンカー位置に位置してもよく、または任意の他の非アンカー位置に位置してもよい。
【0081】
一部の実施形態では、候補ワクチンペプチド（例えば、基本ペプチドまたは修飾ペプチド）は、自己ペプチドを認識するＴ細胞を活性化する場合、ワクチン包含から排除される（例えば、これは、図１～図２に示されているペプチドフィルタリングおよび選別の第１ラウンドおよび／または第２ラウンドで達成することができる）。一部の実施形態では、候補ワクチンペプチド（例えば、基本ペプチドまたは修飾ペプチド）は、ＨＬＡ対立遺伝子が結合した際にその外向きのアミノ酸が、同じＨＬＡ対立遺伝子により提示される外向きの自己ペプチド残基と類似する場合、ワクチン包含から計算的に排除され、この場合、類似性は、同一性により規定してもよく、またはＢＬＯＳＵＭマトリックス（ＢＬＯＳＵＭマトリックスは当技術分野で公知である）などの類似性メトリックにより規定してもよい。自己ペプチドを認識するＴ細胞を活性化する能力に関するワクチンペプチドの試験は、動物モデルにワクチン接種し、続いてＥＬＩＳＰＯＴもしくは他の免疫原性アッセイを行うか、またはヒト組織プロトコールを用いることにより実験的に達成することができる。いずれの場合でも、ワクチンペプチドを提示するＨＬＡ対立遺伝子を有するモデルが使用される。一部の実施形態では、ヒト初代血液単核球（ＰＢＭＣ）をワクチンペプチドで刺激し、Ｔ細胞の増殖を可能にし、次いで自己ペプチドによるＴ細胞活性化を、Tapia-Calle et al. (2019)に記載の通りにまたは当技術分野で公知の他の方法でアッセイする。一部の実施形態では、Ｔ細胞が自己ペプチドにより活性化される場合、そのワクチンペプチドはワクチン包含から除外される。一部の実施形態では、自己ペプチドをも認識するＴ細胞を活性化するペプチドの能力の計算的予測を使用することができる。こうした予測は、ペプチド－ＨＬＡ複合体の外向きの残基および他のペプチド残基とのそれらの相互作用のモデリングに基づいてもよい。一部の実施形態では、候補ワクチンペプチド（例えば、基本ペプチドまたは修飾ペプチド）は、候補ペプチド（例えば、基本ペプチドまたは修飾ペプチド）のペプチド－ＭＨＣ複合体および自己ペプチドのペプチド－ＭＨＣ複合体の構造的類似性に基づき自己ペプチドをも認識するＴ細胞を活性化すると予測される場合、ワクチン包含から排除されるか、または交差反応性について実験的に試験される。ペプチド－ＭＨＣ構造を予測するための１つの方法は、Park et al. (2013)に記載されている。
【0082】
一部の実施形態では、候補ヘテロクリティックワクチンペプチド（例えば、修飾ペプチド）およびＨＬＡ対立遺伝子のペプチド－ＨＬＡ結合スコアまたはペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックは、候補ヘテロクリティックワクチンペプチドが、所与のＨＬＡ対立遺伝子の場合に、その対応する基本／シード標的ペプチドを認識するＴ細胞を活性化しない場合、ワクチン設計中の考慮から排除される（ペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリングの第２ラウンド、図１～図２）。一部の実施形態では、ヘテロクリティックワクチンペプチド（例えば、修飾ペプチド）は、候補ヘテロクリティックワクチンペプチドが、所与のＨＬＡ対立遺伝子の場合に、その対応する基本／シード標的ペプチドを認識するＴ細胞を活性化しない場合、ワクチン設計から排除される（ペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリングの第２ラウンド、図１～図２）。同じＨＬＡ対立遺伝子に関して、その対応するシード（または基本）標的ペプチドを認識するＴ細胞を活性化する能力について候補ヘテロクリティックペプチド（例えば、修飾ペプチド）に関する試験は、動物モデルにワクチン接種し、続いてＥＬＩＳＰＯＴもしくは他の免疫原性アッセイを行うか、またはヒト組織プロトコールを用いることにより実験的に達成することができる。いずれの場合でも、ヘテロクリティックペプチドを提示するＨＬＡ対立遺伝子を有するモデルが使用される。一部の実施形態では、ヒトＰＢＭＣをヘテロクリティックペプチドで刺激し、Ｔ細胞の増殖を可能にし、次いでシード（または基本）標的ペプチドによるＴ細胞活性化を、Tapia-Calle et al. (2019)に記載の通りにまたは当技術分野で公知の他の方法を使用してアッセイする。一部の実施形態では、対応するシード（または基本）標的ペプチドをも認識するＴ細胞を活性化するヘテロクリティックペプチドの能力の計算的予測を使用することができる。こうした予測は、ペプチド－ＨＬＡ複合体の外向きの残基および他のペプチド残基とのそれらの相互作用のモデリングに基づいてもよい。一部の実施形態では、ヘテロクリティックペプチドのペプチド－ＨＬＡ複合体および対応するシード（または基本）標的のペプチド－ＨＬＡ複合体の構造的類似性を使用して、ワクチン包含のためにヘテロクリティックペプチドを認定するか、またはワクチン包含前に実験的免疫原性試験が必要とされる。
【0083】
ＴＣＲインターフェースダイバージェンス（ＴＣＲＩＤ、ＴＣＲ Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ Ｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅ）は、特定のＨＬＡ対立遺伝子に関する、第１のペプチドのＴＣＲ対向残基の３Ｄ位置と第２のペプチドの対応する残基位置との間の差異の最小二乗平均平方偏差である。一部の実施形態では、ＴＣＲＩＤには、最小二乗平均二乗偏差の代わりに他のメトリックが使用される。一部の実施形態では、ＴＣＲＩＤには、特定のＨＬＡ対立遺伝子に由来する非ＴＣＲ対向残基およびＭＨＣ残基の位置偏差を含む他のメトリックが使用される。一部の実施形態では、ＴＣＲＩＤを使用して、所与のＨＬＡ対立遺伝子により提示された場合に２つのペプチドが同じＴ細胞クロノタイプを活性化することになるか否かを予測する。一部の実施形態では、ＨＬＡ分子の結晶構造と併せて、ＦｌｅｘＰｅｐＤｏｃｋ（London et al., 2011、この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる）またはＤＩＮＣ（Antunes et al., 2018、この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる）を使用して、ペプチドの対のＴＣＲＩＤメトリックをあるＨＬＡ分子を考慮して計算することができる。一部の実施形態では、ＴＣＲＩＤは、（１）特定のＨＬＡ対立遺伝子が結合する２つの異なるペプチドの３Ｄペプチド－ＨＬＡ構造を決定すること、（２）ペプチド－ＨＬＡ構造のＨＬＡアルファヘリックスをアラインすること、および（３）アラインされたアルファヘリックス基準枠に関して２つのペプチドのＴＣＲ対向残基間の差異の最小二乗平均平方偏差を計算することにより計算される。
【0084】
一部の実施形態では、図１および図２における第２のペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリング工程は、ヘテロクリティックペプチドとそれが由来したその対応する基本（またはシード）ペプチドとの間のＨＬＡ特異的ＴＣＲＩＤが第１のＴＣＲＩＤ閾値を上回る場合、特定のＨＬＡ対立遺伝子に対するヘテロクリティックペプチドのペプチド－ＨＬＡ結合または免疫原性スコアを排除することになる。一部の実施形態では、図１および図２における第２のペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリング工程は、ヘテロクリティックペプチドとそれが由来したその対応する未突然変異型自己ペプチドとの間のＨＬＡ特異的ＴＣＲＩＤが第２のＴＣＲＩＤ閾値を下回る場合、ヘテロクリティックペプチドのすべてのペプチド－ＨＬＡ結合または免疫原性スコアを排除することになる。一部の実施形態では、図１および図２における第１のペプチドスコア付けおよびスコアフィルタリング工程は、ペプチドとその対応する未突然変異型自己ペプチドとの間のＨＬＡ特異的ＴＣＲＩＤが第３のＴＣＲＩＤ閾値を下回る場合、候補ペプチドのすべてのペプチド－ＨＬＡ結合または免疫原性スコアを排除することになる。一部の実施形態では、ＴＣＲＩＤ閾値のいずれかは、ペプチド－ＨＬＡ複合体に対するＴＣＲ分子の交差反応性を実験的に観察するかまたは計算的に予測することにより決定される。
【0085】
図３（ＭＨＣクラスＩ）および図４（ＭＨＣクラスＩＩ）は、ＫＲＡＳ突然変異Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄに対して設計された、異なる数のペプチドを有するＯｐｔｉＶａｘ－Ｒｏｂｕｓｔで選択された単一標的特異的ワクチンの予測集団カバー率を示す。図３～図４は、ワクチンのペプチド数が増加すると共に、その予測集団カバー率が増加することを示す。図３～図４に示されている集団カバー率は、ワクチンがカバーするように設計された特定の突然変異を有する個体のものである。ペプチド計数が増加すると、典型的には、その集団の各個体における平均ペプチド－ＨＬＡヒット数も増加することになる。
【0086】
図５は、ｂ３ａ２を生成するＢＣＬ－ＡＢＬ融合物に対するＭＨＣクラスＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。図６は、ｂ３ａ２を生成するＢＣＬ－ＡＢＬ融合物に対するＭＨＣクラスＩＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。図７は、ｂ２ａ２を生成するＢＣＬ－ＡＢＬ融合物に対するＭＨＣクラスＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。図８は、ｂ２ａ２を生成するＢＣＬ－ＡＢＬ融合物に対するＭＨＣクラスＩＩワクチンのワクチンサイズ別の予測集団カバー率を示す。
【0087】
ＯｐｔｉＶａｘを使用して、ＨＬＡ分子が、ワクチンの少なくともｐ個のペプチドと結合しそれらを提示すると予測される集団の分率／割合を最大化するようにワクチンを設計することができる。一部の実施形態では、この予測（例えばスコア付け）は、少なくともｐ個のペプチドが免疫原性であることを直接的に予測するための実験的免疫原性データを含む。数値ｐをＯｐｔｉＶａｘに入力し、ＯｐｔｉＶａｘを、ｐの値を変動させて複数回実行して、様々なペプチド計数ｐの場合の予測最適標的ペプチドセットを得ることができる。より大きなｐの値は、所望の集団カバー率を達成するためにペプチドをより多くする代償として、ワクチンの冗長性を増加させることになる。一部の実施形態では、特定のヘテロクリティック基本セットを考慮した場合、所与の集団カバー率を達成することが可能ではない場合がある。一部の実施形態では、数値ｐは、ワクチンの所望のサイズの関数である。
【0088】
本明細書に記載の方法を使用して、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩに基づく免疫のために別々のワクチン製剤を設計することができる。
【0089】
一部の実施形態では、この手順は、個体のためのワクチンを作出するために使用される。一部の実施形態では、個体に存在する標的ペプチドは、個体の腫瘍ＲＮＡまたはＤＮＡを配列決定し、外来性ペプチドを産生する突然変異を特定することにより決定される。この方法の一実施形態は、米国特許第１０，７３８，３５５号明細書に記載されており、この文献はその全体が本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、ペプチド配列決定法を使用して、個体における標的ペプチドを特定する。この一実施形態は、米国特許出願公開第２０１１／０２５７８９０号明細書に記載されている。一部の実施形態では、個体のワクチンに使用される標的ペプチドは、自己ペプチド、外来性ペプチド、病原体ペプチド、または自己ペプチド、外来性ペプチド、もしくは病原体ペプチドをコードするＲＮＡが、個体に由来する検体中に観察され、所定のレベルで存在する場合に選択される。個体における標的ペプチドは、本明細書に開示のワクチンを構築するために使用される。ワクチン設計のため、ＯｐｔｉＶａｘには、個体のＨＬＡ型を含むディプロタイプが提供される。代替的な実施形態では、個体のＨＬＡ型は、合計が１である頻度を有する複数のディプロタイプへと分離され、各ディプロタイプは、個体の１つまたは複数のＨＬＡ対立遺伝子、および他の対立遺伝子位置が評価されるべきではないという表記を含む。複数のディプロタイプの使用は、ＯｐｔｉＶａｘの目的関数が、構築されたディプロタイプのすべてにより免疫原性ペプチドが提示されることになる見込みの増加を引き起こすことになる。これにより、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性を呈する個体における別個のＨＬＡ対立遺伝子の数を最大化するという目的が達成され、したがって個体におけるワクチンの対立遺伝子カバー率が向上する。
【0090】
図９は、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡディプロタイプＨＬＡ－Ａ０２：０３、ＨＬＡ－Ａ１１：０１、ＨＬＡ－Ｂ５５：０２、ＨＬＡ－Ｂ５８：０１、ＨＬＡ－Ｃ０３：０２、およびＨＬＡ－Ｃ０３：０３を有する単一の個体のための１０例のＧ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩワクチンの予測ワクチン性能（予測ペプチド－ＨＬＡヒット数）を示す。ＯｐｔｉＶａｘを使用して、ペプチド計数が１～１０の範囲である、このＨＬＡディプロタイプに対する１０個のＧ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩワクチンを設計した。図９の結果の場合、各々が等しく加重され、各々が個々のＨＬＡディプロタイプに由来する１つのＨＬＡ対立遺伝子を有し、他の対立遺伝子位置が評価されないように標記された６つの合成ディプロタイプを用いてＯｐｔｉＶａｘを実行した。図９の１０個のペプチドワクチンは、配列番号３（GAVGVGKSL）、配列番号４（LMVVGAVGV）、配列番号７（VVGAVGVGK）、配列番号１４（GPVGVGKSV）、配列番号６９（LMVVGAVGI）、配列番号７２（LMVVGAVGL）、配列番号１３１（GAVGVGKSM）、配列番号１３８（GPVGVGKSA）、配列番号１４２（VTGAVGVGK）、および配列番号１９８（VAGAVGVGM）を含む。２つのペプチド配列番号３（ＧＡＶＧＶＧＫＳＬ）および配列番号１３１（ＧＡＶＧＶＧＫＳＭ）は、５０ｎＭまたはそれよりも低い親和性でＨＬＡ対立遺伝子の２つに結合することが予測される。
【0091】
ＭＨＣクラスＩワクチン設計手順
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩワクチン設計手順は、以下の計算工程からなる。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩワクチン設計手順は、以下の計算工程からなる。
【0092】
一部の実施形態では、計算のための入力は以下の通りである。
Ｐ１．．．ｎ：目的のネオ抗原または病原性標的（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）を含むペプチド配列（長さｎ）。Ｐｉは、ｉ位のアミノ酸を示す。
ｔ：Ｐにおける標的突然変異の位置、ｔ∈［１，．．．ｎ］（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄの場合、ｔ＝１２）。
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合（病原体標的など）は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
τ１：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの潜在的提示の閾値（例えば、５００ｎＭ結合親和性）
τ２：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの予測提示の閾値（例えば、５０ｎＭ結合親和性）
Ｎ：ＥｖａｌＶａｘおよびＯｐｔｉＶａｘ目的関数のパラメーター。個体がカバーされるとみなされるための集団カバー率目標の最小予測個体別ヒット数を指定する。初期設定＝１（Ｐ（ｎ≧１）集団カバー率を計算する）。
Ｐ１．．．ｎ：目的のネオ抗原または病原性標的（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）を含むペプチド配列（長さｎ）。Ｐｉは、ｉ位のアミノ酸を示す。
ｔ：Ｐにおける標的突然変異の位置、ｔ∈［１，．．．ｎ］（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄの場合、ｔ＝１２）。
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合（病原体標的など）は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
τ１：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの潜在的提示の閾値（例えば、５００ｎＭ結合親和性）
τ２：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの予測提示の閾値（例えば、５０ｎＭ結合親和性）
【0093】
一部の実施形態では、使用されるペプチド－ＨＬＡスコア付け関数は以下の通りである。
【0094】
【0095】
２番目の条件ｊ≠｛ｔ－（ｋ－１），ｔ－１｝は、ｔにおける突然変異が、窓処理されたｋ－ｍｅｒペプチドのＰ２またはＰｋ位（つまり、アンカー位置）にあり、突然変異が置換であるペプチドを除外する。
【0096】
Ｂ中のペプチドに由来するすべてのヘテロクリティックペプチドのセットＢ’を作出する：
【0097】
【0098】
【0099】
【0100】
一部の実施形態では、この手順を各目的の標的毎に独立して繰り返し、得られた独立ワクチンセットを、下記に記載のように組合せワクチンへと統合することができる。
【0101】
ＭＨＣクラスＩＩワクチン設計手順
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩワクチン設計手順は、以下の計算工程からなる。
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩワクチン設計手順は、以下の計算工程からなる。
【0102】
一部の実施形態では、計算のための入力は以下の通りである。
Ｐ１．．．ｎ：目的のネオ抗原（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）を含むペプチド配列（長さｎ）。Ｐｉは、ｉ位のアミノ酸を示す。
ｔ：Ｐにおける標的突然変異の位置、ｔ∈［１，．．．，ｎ］（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄの場合、ｔ＝１２）。
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合（病原体標的など）は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
τ１：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの潜在的提示の閾値（例えば、５００ｎＭ結合親和性）
τ２：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの予測提示の閾値（例えば、５０ｎＭ結合親和性）
Ｎ：ＥｖａｌＶａｘおよびＯｐｔｉＶａｘ目的関数のパラメーター。個体がカバーされるとみなされるための集団カバー率目標のための最小予測個体別ヒット数を指定する。初期設定＝１（Ｐ（ｎ≧１）集団カバー率を計算する）。
Ｐ１．．．ｎ：目的のネオ抗原（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）を含むペプチド配列（長さｎ）。Ｐｉは、ｉ位のアミノ酸を示す。
ｔ：Ｐにおける標的突然変異の位置、ｔ∈［１，．．．，ｎ］（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄの場合、ｔ＝１２）。
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合（病原体標的など）は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
τ１：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの潜在的提示の閾値（例えば、５００ｎＭ結合親和性）
τ２：ペプチド－ＭＨＣスコア付けのための、ＭＨＣによるペプチドの予測提示の閾値（例えば、５０ｎＭ結合親和性）
【0103】
一部の実施形態では、使用されるペプチド－ＨＬＡスコア付け関数は以下の通りである。
【0104】
【0105】
【0106】
【0107】
【0108】
【0109】
次に、Ｂ中のペプチドに由来するすべてのヘテロクリティックペプチドのセットＢ’を作出する：
数式中、ＡＮＣＨＯＲ－ＭＯＤＩＦＩＥＤ（ｂ，ｃ）は、９－ｍｅｒ結合コアｃのＰ１、Ｐ４、Ｐ６、およびＰ９にアミノ酸に対するすべての考え得る修飾を有するｂに由来するすべての２０４－１個のアンカー修飾ペプチドのセットを返す。したがって、各基本ペプチドｂ毎に、ヘテロクリティックセットＢ’は、スコア付け行列Ｓ２により示される有効なコア位置を有するｂを潜在的に提示するあらゆるＨＬＡ対立遺伝子について特定されたｂのすべての固有コアに対する修飾を有するすべてのアンカー修飾ペプチドｂ’を含む。
【0110】
【0111】
【0112】
特定のＨＬＡにより同じオフセットで生じるヘテロクリティックおよび基本ペプチドの特定された結合コアを条件として、ヘテロクリティックペプチドの更新スコア付け行列
を計算する。
数式中、各ヘテロクリティックペプチドｂ’∈Ｂ’は、基本ペプチドｂ∈Ｂの突然変異である。この条件は、ヘテロクリティックペプチドｂ’の結合コアが、基本ペプチドｂと同じ相対位置にあることを強制し、暗黙的に、標的残基Ｐｔが依然として９－ｍｅｒ結合コア内の非アンカー位置に入ることを強制する（工程３）。
数式中、各ヘテロクリティックペプチドｂ’∈Ｂ’は、基本ペプチドｂ∈Ｂの突然変異である。この条件は、ヘテロクリティックペプチドｂ’の結合コアが、基本ペプチドｂと同じ相対位置にあることを強制し、暗黙的に、標的残基Ｐｔが依然として９－ｍｅｒ結合コア内の非アンカー位置に入ることを強制する（工程３）。
【0113】
各ＨＬＡによる対応する基本ペプチドの潜在的な提示を条件として、ヘテロクリティックペプチドについて更新スコア行列：
を計算する。
数式中、各ヘテロクリティックペプチドｂ’∈Ｂ’は、基本ペプチドｂ∈Ｂの突然変異である。この条件は、ｈがｂを提示すると予測されなかった場合、ｂに由来するすべてのヘテロクリティックペプチドｂ’は、ｈにより提示されないことになることを強制する（たとえｈがｂ’を提示すると別様に予測された場合であっても）。
数式中、各ヘテロクリティックペプチドｂ’∈Ｂ’は、基本ペプチドｂ∈Ｂの突然変異である。この条件は、ｈがｂを提示すると予測されなかった場合、ｂに由来するすべてのヘテロクリティックペプチドｂ’は、ｈにより提示されないことになることを強制する（たとえｈがｂ’を提示すると別様に予測された場合であっても）。
【0114】
【0115】
一部の実施形態では、この手順を各目的の単一標的毎に独立して繰り返し、得られた独立ワクチンセットを、下記に記載のように組合せワクチンへと統合することができる。
【0116】
ペプチド保存度を優先したＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩワクチン設計法
一部の実施形態では、ワクチン包含には、目的の菌株、種、または他のタンパク質源にわたってより保存されているペプチド配列が優先される。一部の実施形態では、ワクチン設計には、タンパク質変異体と呼ばれる関連タンパク質配列のセットが考慮される。タンパク質変異体は、タンパク質配列ファミリーの一例であり、タンパク質変異体は、種々の種、病原体株、ウイルス株、またはワクチン設計に考慮される他の変異体に由来する配列であってもよい。一部の実施形態では、各タンパク質変異体は、タンパク質変異体確率と呼ばれる関連確率を有し、タンパク質変異体の供給セットに対するすべてのタンパク質変異体確率の合計は１である。一部の実施形態では、ペプチド保存度を優先するＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩワクチン設計法を使用して、複数の目的のタンパク質を単一ワクチンの設計に考慮することができる。こうした実施形態では、候補ペプチドを生成するために、すべての目的のタンパク質のタンパク質変異体が集合的に考慮される。一部の実施形態では、考慮される複数のタンパク質のすべてにわたるタンパク質変異体確率の合計は１である。
一部の実施形態では、ワクチン包含には、目的の菌株、種、または他のタンパク質源にわたってより保存されているペプチド配列が優先される。一部の実施形態では、ワクチン設計には、タンパク質変異体と呼ばれる関連タンパク質配列のセットが考慮される。タンパク質変異体は、タンパク質配列ファミリーの一例であり、タンパク質変異体は、種々の種、病原体株、ウイルス株、またはワクチン設計に考慮される他の変異体に由来する配列であってもよい。一部の実施形態では、各タンパク質変異体は、タンパク質変異体確率と呼ばれる関連確率を有し、タンパク質変異体の供給セットに対するすべてのタンパク質変異体確率の合計は１である。一部の実施形態では、ペプチド保存度を優先するＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩワクチン設計法を使用して、複数の目的のタンパク質を単一ワクチンの設計に考慮することができる。こうした実施形態では、候補ペプチドを生成するために、すべての目的のタンパク質のタンパク質変異体が集合的に考慮される。一部の実施形態では、考慮される複数のタンパク質のすべてにわたるタンパク質変異体確率の合計は１である。
【0117】
タンパク質変異体をペプチド配列にパースする（ｐａｒｓｅ）スライド窓法を使用して、候補ペプチドのセットを各タンパク質変異体から作出する。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの場合、８－ｍｅｒ、９－ｍｅｒ、１０－ｍｅｒ、および１１－ｍｅｒが生成されるが、このプロセスは、任意の所望の窓長で実施することができ、得られたペプチドセットを組み合わせることができる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの場合、９－ｍｅｒのみが生成される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩの場合、長さ１３～２５のすべての窓処理ペプチドが生成されるが、このプロセスは、任意の所望の窓長（例えば、１５－ｍｅｒのみ）を使用して実施することができる。一部の実施形態では、Liu et al. 2020に記載のように、所与のタンパク質変異体においてグリコシル化されると予測されるペプチドは除去され、その変異体は考慮されない。この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0118】
一部の実施形態では、各々の生成されたペプチド配列（ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ）保存度は、そのペプチド配列が生じる入力タンパク質変異体の分率として規定される。例えば、入力として提供されたタンパク質変異体の９０％から生成されたペプチドに所与の９－ｍｅｒペプチド配列が存在する場合、その保存度は０．９０である。一部の実施形態では、各々の生成されたペプチド配列（ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩ）の保存度は、そのペプチド配列が生じるタンパク質変異体頻度の合計として規定される。例えば、所与の９－ｍｅｒペプチド配列が、タンパク質変異体確率０．１０および０．２０を有するタンパク質変異体から生成されたペプチドに生じる場合、その保存度は０．３０である。一部の実施形態では、この機能性は、ペプチド配列を含むタンパク質変異体の頻度の合計を計算するＣｏｍｐｕｔｅＣｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ関数により実装される。一部の実施形態では、十分なタンパク質変異体が、予想される将来の保存度を計算するのに十分ではない場合、その全体が参照により本明細書に組み込まれるHie et al., 2021に見出されるものなどの、保存度を予測するための方法を使用して、ＣｏｍｐｕｔｅＣｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎを実装することができる。
【0119】
一部の実施形態では、ワクチン設計では、所望のワクチン性能メトリックを満たすために、他のペプチドよりも保存度の高いペプチドをワクチン包含に優先させることにより保存度が考慮される。一部の実施形態では、このワクチン設計法では、まず、すべてが第１の保存閾値を満たす候補ペプチドを用いてワクチンを設計することを試み、所望のワクチン性能が満たされない場合、厳格性がより低い保存度を有する追加のペプチドを繰り返し追加して、所望のワクチン性のメトリックを満たすことを試みる。一部の実施形態では、保存度を優先するワクチン設計は、ワクチン設計Ｄを空集合に設定し、次いで以下の工程を実施することにより進められる：（１）各ペプチドが候補ペプチドセットを作出するための保存度閾値を満たし、Ｄに存在しない候補ペプチドを選択する工程、（２）この候補セットから様々なペプチド数／組合せを有するワクチン設計を選択し、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩワクチン設計について本明細書に開示の方法を使用してワクチン性能メトリックを最適化し、Ｄに含まれているワクチン設計を増補する工程（ワクチン増補の一実装形態は、（Liu et al., 2021）に記載されており、この文献はその全体が参照により本明細書に組み込まれる）、（３）工程２から、所望のワクチン性能メトリックを満たすか、または選択されたセットにもう１つペプチドを追加しても、ワクチン性能メトリックに所望の最低限の向上がもたらされないかのいずれかの最小ワクチンペプチドセット設計を選択する工程、（４）工程３にてワクチンペプチドセットが見出された場合、工程３のワクチンペプチドセット設計をワクチン設計Ｄに追加する工程、ならびに（５）ワクチン設計Ｄが所望のワクチン性能メトリック目標を満たすか否かを決定し、満たす場合には、ワクチン設計Ｄを最終ワクチン設計として返す工程。工程６で、ワクチン設計Ｄが所望のワクチン性能メトリック目標を満たさない場合は、計算は以下の工程に進む：（６）更新された保存度閾値を、現在の保存度閾値よりも低く（より制約が少なく）設定する工程、および（７）工程６にて所望のワクチン性能メトリック目標が達成されるか、または更新された保存度閾値が最小の所望の保存度閾値よりも低くなるかのいずれかまで、現在のワクチン設計Ｄおよび現在の候補セットを保持しながら、工程１から始まるプロセスを繰り返す工程。いずれかの繰り返しにおいて、更新された保存度閾値が最小の所望の保存度閾値よりも低い場合、ワクチン設計Ｄの最新バージョンが最終ワクチン設計として使用されることになる。プロセスが完了した際には、最終ワクチン設計Ｄには、ワクチンに使用することができるペプチドのすべてが含まれている。
【0120】
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩまたはクラスＩＩワクチン設計手順は、以下の計算工程からなる。
【0121】
一部の実施形態では、計算のための入力は以下の通りである。
Ｏｊ：タンパク質変異体Ｐｊのタンパク質変異体確率
ｔｊ：標的突然変異のタンパク質変異体Ｐｊにおける位置 ｔ∈［１，．．．ｎ］
Ｄ：空集合φに初期化されたワクチン設計
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
ｃ１：ペプチドの初期保存度レベル
ｃｃ：現在の保存度閾値
ｃ２：各繰り返しでの保存度レベルの変化
ｃｍ：最小最終保存度
ν：標的ワクチン性能メトリック
νｄ：ワクチンサイズを増加させためのワクチン性能メトリックの最小変化
Ｎ：ＥｖａｌＶａｘおよびＯｐｔｉＶａｘ目的関数のパラメーター。個体がカバーされるとみなされるための集団カバー率目標のための最小予測個体別ヒット数を特定する。初期設定＝１（Ｐ（ｎ≧１）集団カバー率を計算する）。
ｔｊ：標的突然変異のタンパク質変異体Ｐｊにおける位置 ｔ∈［１，．．．ｎ］
Ｄ：空集合φに初期化されたワクチン設計
ｓ：置換突然変異ｓ∈［真，偽］は、突然変異が置換の場合は真であり、突然変異が欠失もしくは挿入である場合またはペプチドが突然変異を含まない場合は偽である。突然変異が欠失または挿入である場合、ｔは、欠失または挿入の直前の位置を示す。
ｃ１：ペプチドの初期保存度レベル
ｃｃ：現在の保存度閾値
ｃ２：各繰り返しでの保存度レベルの変化
ｃｍ：最小最終保存度
ν：標的ワクチン性能メトリック
νｄ：ワクチンサイズを増加させためのワクチン性能メトリックの最小変化
Ｎ：ＥｖａｌＶａｘおよびＯｐｔｉＶａｘ目的関数のパラメーター。個体がカバーされるとみなされるための集団カバー率目標のための最小予測個体別ヒット数を特定する。初期設定＝１（Ｐ（ｎ≧１）集団カバー率を計算する）。
【0122】
タンパク質変異体配列Ｐｊを使用して、各位置ｍから開始してｋ残基のペプチド長を有するタンパク質配列にわたる窓処理されたペプチドを生成する。結果は、タンパク質変異体Ｐｊのペプチド配列のすべてを含むセットＸｊである。Ｐｊ，ｍ．．．ｍ＋（ｋ－１）は、下付文字が、規定のタンパク質Ｐｊの範囲内にある場合にのみ配列を生成する。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの場合、ｋは、８－ｍｅｒ、９－ｍｅｒ、１０－ｍｅｒ、および１１－ｍｅｒを生成するように選択されるが、このプロセスは、任意の所望の窓長で実施することができ、得られたペプチドセットを組み合わせることができる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの場合、９－ｍｅｒのみが生成される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩの場合、本発明者らは、長さ１３～２５のすべての窓処理されたペプチドを抽出するが、このプロセスは、任意の所望の窓長（例えば、１５－ｍｅｒのみ）を使用して実施することができる。
【0123】
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの場合、２番目の条件ｍ≠｛ｔ－（ｋ－１），ｔ－１｝は、ｔにおける突然変異が、窓処理されたｋ－ｍｅｒペプチドのＰ２またはＰｋ位（つまり、アンカー位置）にあり、突然変異が置換であり、ＭＨＣクラスＩ設計のためである場合、ペプチドを除外する。ＭＨＣクラスＩＩ設計法では、ＭＨＣクラスＩＩアンカー位置をフィルタリングする。
【0124】
任意の入力タンパク質変異体に生じるすべてのペプチドのセットＢを作出する。
【0125】
【0126】
次いで、現在の保存度閾値を初期保存度閾値に設定する。
【0127】
【0128】
【0129】
【0130】
【0131】
工程５では、ワクチン設計Ｄが所望のワクチン性能メトリック目標を満たしているか否かを決定する。ワクチン設計セットＤが最終ワクチン性能設計メトリックνを満たす場合、Ｄを最終設計として返す。
【0132】
工程６では、保存度閾値を、現在の保存度閾値よりも低く（制約がより少なく）なるように更新する。ワクチン設計セットＤが最終ワクチン性能設計メトリックνを満たさない場合、ｃｃを低減させる。
【0133】
工程７では、工程５にて所望のワクチン性能メトリック目標が達成されるか、または更新された保存度閾値が最小の所望の保存度閾値よりも低くなるかのいずれかまで、現在のワクチン設計Ｄおよび現在の候補セットを保持しながら、工程１から始まるプロセスを繰り返す。ｃｃ＜ｃｍの場合、設計セットＤを最終ワクチンとして返す。そうでない場合は、工程１に戻り、すべての後続の工程を繰り返す。
【0134】
一部の実施形態では、この手順を各々の目的の病原体遺伝子変異体または標的変異体毎に独立して繰り返し、得られた独立ワクチンセットを、組合せワクチンへと統合することができる。
【0135】
複数のワクチンを組み合わせる方法
上記に記載の方法では、１つまたは複数の個々の標的に対して最適化標的ペプチドセット（例えば、第３のペプチドセット）を生成することになる。一部の実施形態では、複数の標的（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２ＤおよびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖなどの２つまたはそれよりも多くの標的）に対する、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩに基づく免疫のための別々のワクチンを設計するための方法が提供される。
上記に記載の方法では、１つまたは複数の個々の標的に対して最適化標的ペプチドセット（例えば、第３のペプチドセット）を生成することになる。一部の実施形態では、複数の標的（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２ＤおよびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖなどの２つまたはそれよりも多くの標的）に対する、ＭＨＣクラスＩおよびクラスＩＩに基づく免疫のための別々のワクチンを設計するための方法が提供される。
【0136】
一部の実施形態では、がんゲノムアトラス（ＴＣＧＡ）などの情報源からの経験的データに基づく、疾患での提示に関する表を使用することにより、複数の標的に対する組合せペプチドワクチンを生産するための方法が開示される。図１０は、種々の突然変異標的（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、およびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ）に対して提示される、各疾患提示に関する標的の確率により、疾患提示タイプ確率（例えば、膵臓がん、結腸直腸がん、および皮膚がん）をファクター化（ｆａｃｔｏｒｉｎｇ）するための一実施形態を示す。提示は、疾患の１つの形態（例えば、図１０に示されているような異なるタイプのがんまたはがん徴候）により提示される標的の固有セットである。図１０は、各提示毎に、その提示の確率、および所与の標的が観察される確率の例を示す。所与の提示について、各々が確率を有する１つまたは複数の標的が存在し得る。一部の実施形態では、多標的ワクチン設計の方法では、例えば、図１０に示されているように提示およびそれぞれの標的確率に基づいて疾患免疫を誘導するためにペプチド資源が配分されることになる。一部の実施形態では、提示は、異なるヒト集団または異なるリスク群における標的の出現率に対応する。集団における標的の確率は、各々の考え得る提示毎に、その提示の確率とその提示における標的の確率との積を合計することにより計算される。図１０は、各標的に対する個々のワクチン（行）を各疾患徴候に対する組合せワクチン（列）に統合するために使用される加重を示す。値は、各標的突然変異を含む症例の観察された分率を示す。データは、がんゲノムアトラス（ＴＣＧＡ）からのものである。ＴＣＧＡデータは、各疾患徴候毎に、主要部位が徴候である症例にフィルタリングされている。
【0137】
一部の実施形態では、異なるタンパク質に対する突然変異により生成された基本ペプチドが同一である場合、異なるタンパク質に対する突然変異に対して同じワクチン設計が生成されることになる。例えば、基本ペプチド選択の一部の実施形態では、以下の突然変異は、基本ペプチドの同じセットを共有するため、同一のワクチン設計を有する：ＨＲＡＳ Ｑ６１Ｋ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ、およびＫＲＡＳ Ｑ６１Ｋ；ＨＲＡＳ Ｑ６１Ｌ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｌ、およびＫＲＡＳ Ｑ６１Ｌ；ＨＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、およびＫＲＡＳ Ｑ６１Ｒ。図１０を参照すると、一部の実施形態では、２つの突然変異が同一の個々のワクチン設計を有する場合、下記に記載のように、組合せワクチンに含めるために個々のワクチン設計を加重する際にそれらの提示特異的確率が加算される（例えば、甲状腺がんＮＲＡＳ Ｑ６１ＲおよびＨＲＡＳ Ｑ６１Ｒの場合）。
【0138】
図１１を参照すると、一部の実施形態では、この方法は、まず、各標的に対する個々のペプチドワクチンを設計して、複数の標的に対する組合せワクチン設計を作出することを含む。これにより、初期には、標的特異的ワクチン設計のセットがもたらされる。一部の実施形態では、サイズｋの各標的特異的ワクチンの限界予測ワクチン性能（ｍａｒｇｉｎａｌ ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ ｖａｃｃｉｎｅ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ）は、サイズｋの予測ワクチン性能からサイズｋ－１のワクチンの予測ワクチン性能を減算することにより規定される。ワクチンの組成は、ワクチンに使用されるペプチドの数が増加すると共に変化する可能性があるため、組合せワクチンに対する寄与を計算するためは、ペプチドの特定のセットの代わりに、各標的特異的ワクチンの限界予測ワクチン性能が使用される。
【0139】
一部の実施形態では、各標的特異的ワクチンサイズ毎に、標的特異的ワクチン設計の加重限界予測ワクチン性能を、図１１に示されるように計算する。所与の標的特異的ワクチンサイズについて、その予測ワクチン性能に、集団における標的の確率を乗算することにより（例えば、図１０に示されているような値を使用することにより）、その加重予測ワクチン性能を計算する。標的特異的ワクチンの限界加重予測ワクチン性能は、サイズｋにおける加重カバー率からサイズｋ－１におけるカバー率を減算したものである。サイズ１の標的特異的ワクチンの限界加重予測ワクチン性能は、その加重予測ワクチン性能である。図１１に示されているように、すべてのワクチンの限界加重予測ワクチン性能を組み合わせて単一のリストにし、この組合せリストを、標的特異的ワクチンの加重限界予測ワクチン性能により最大から最小へと並べ替える。次いで、サイズｎの組合せワクチンを、このリストの最初のｎ要素により決定する。組合せワクチンのペプチドは、それらのサイズが加算されてｎになり、それらの加重予測ワクチン性能の合計が、並替えリストの最初のｎ要素と同じ合計になる個々のペプチド標的ワクチンにより決定される。これにより、サイズｎの組合せワクチンの予測ワクチン性能が最大化される。
【0140】
一部の実施形態では、組合せ複数標的ワクチンは、使用される提示表（例えば、図１０を参照）に応じて記載されている疾患に対するその全体的予測カバー率に基づいて、特定の徴候に対するその予測カバー率により、および／または予測ワクチン性能に使用される加重をそれに応じて調整することによる特定の標的のその予測カバー率により設計することができる。所望のカバー率レベルを選択したら、組合せワクチンのペプチドを、標的特異的設計の寄与により決定する。例えば、組合せワクチンがサイズｋの標的特異的ワクチンを含む場合、サイズｋの、この標的に対するワクチンペプチドが混合ワクチンに使用される。
【0141】
一実施形態の例として、図１０は、突然変異（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ）、および様々ながん徴候（例えば、膵臓がん）を有する個体に生じるそれぞれの確率を示す。図３（ＭＨＣクラスＩ）および図４（ＭＨＣクラスＩＩ）は、本明細書に記載のワクチンのための方法を使用した、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的に対する標的特異的ワクチンの集団カバー率を示す。所与のワクチンサイズにおける各標的特異的ワクチンの限界集団カバー率（ｍａｒｇｉｎａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｖｅｒａｇｅ）は、そのサイズおよびそのサイズ－１におけるカバー率の向上である。ペプチドが存在しない場合のカバー率はゼロである。各標的特異的ワクチンの限界カバー率（ｍａｒｇｉｎａｌ ｃｏｖｅｒａｇｅ）に、選択された徴候（例えば、膵臓がん）について図１０に示されている割合により決定される集団における標的の確率を乗算する。すべての標的特異的ワクチンのこうした加重限界カバー率を並べ替えて、最良の標的特異的組成を決定する。得られたリストは、リストの最初のｋ要素を取ることにより、選択された徴候に対する各サイズｋの組合せワクチンの組成を記述する。一実施形態の例として、図１２（ＭＨＣクラスＩ）および図１３（ＭＨＣクラスＩＩ）は、３つの突然変異型ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒに対する組合せＫＲＡＳワクチンの各ワクチンサイズにおける標的特異的寄与を示す。図１２および図１３では、本明細書に記載の組合せワクチンプロトコールの方法を使用して、こうした例を計算した。各組合せワクチンサイズにおいて、異なる成分の標的特異的ワクチンを表記の徴候に使用する。表１（下記）には、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的に対する独立（単一標的）および組合せ（複数標的）ＭＨＣクラスＩワクチン設計に存在するペプチドが含まれている。表２（下記）には、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的に対する独立（単一標的）ＭＨＣクラスＩＩワクチン設計に存在するペプチドが含まれており、個々の／単一の標的ワクチンの任意のサブセットを組み合わせて、２つまたはそれよりも多くの複数標的に対するＭＨＣクラスＩＩワクチンを作出することができる。代替的な実施形態では、配列表は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的に対するＭＨＣクラスＩワクチンに有用なヘテロクリティックペプチドを提供する。
【0142】
組合せワクチン設計手順
一部の実施形態では、本明細書に記載の手順を使用して、異なる標的に対して最適化された個々の小型ワクチンを、単一の最適化された組合せワクチンへと組み合わせる。
一部の実施形態では、本明細書に記載の手順を使用して、異なる標的に対して最適化された個々の小型ワクチンを、単一の最適化された組合せワクチンへと組み合わせる。
【0143】
一部の実施形態では、計算入力は以下の通りである。
τ：目的のネオ抗原または病原性標的のセット（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）
ν:各標的毎に個々に最適化されたワクチンセット。Ｖｔ，ｋは、標的ｔ∈Ｔに対する正確にｋ個のペプチドの最適ワクチンセットを示す（例えば、上記に記載の手順により計算される）。なお、νｔ，ｋ＋１は、必ずしもνｔ，ｋの上位セットであるとは限らないことに留意されたい。
Ｗ：τ→［０，１］：各標的ｔ∈τを、特定の目的の顕示（例えば、膵臓がん、提出物Ａ、例えば表１を参照）におけるｔの確率または加重にマッピングする標的加重関数。
τ：目的のネオ抗原または病原性標的のセット（例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２）
ν:各標的毎に個々に最適化されたワクチンセット。Ｖｔ，ｋは、標的ｔ∈Ｔに対する正確にｋ個のペプチドの最適ワクチンセットを示す（例えば、上記に記載の手順により計算される）。なお、νｔ，ｋ＋１は、必ずしもνｔ，ｋの上位セットであるとは限らないことに留意されたい。
Ｗ：τ→［０，１］：各標的ｔ∈τを、特定の目的の顕示（例えば、膵臓がん、提出物Ａ、例えば表１を参照）におけるｔの確率または加重にマッピングする標的加重関数。
【0144】
工程１では、各標的ｔ毎に（個々に）、サイズ１～ｍの最適化ワクチンをセットνｔ，ｋ（ｋはワクチンのサイズを示す）として計算し、次いで各ワクチンサイズにおけるそれらのワクチン性能を計算する。各標的ｔ（個々に）およびワクチンサイズ（ペプチド計数）ｋ毎に、非加重集団カバー率ｃｔ，ｋを計算する。
一部の実施形態では、各標的のｔ、ｃｔ，ｋは、一般に単調増加し、ｋの値が増加すると共に下方へと窪む（各追加ペプチドは、カバー率を増加させるが、リターンは減少する）。
一部の実施形態では、各標的のｔ、ｃｔ，ｋは、一般に単調増加し、ｋの値が増加すると共に下方へと窪む（各追加ペプチドは、カバー率を増加させるが、リターンは減少する）。
【0145】
工程２では、ワクチン限界性能が計算され、各標的の出現率加重により加重される。各標的ｔ（個々に）毎に、ワクチンセットに追加されるｋ番目のペプチドの限界カバー率ｍｔ，ｋを計算する。
一部の実施形態では、各標的ｔのｍｔ，ｋは、ｋ（上記の工程１による）の単調減少関数であるはずである。
【0146】
【0147】
【0148】
工程４では、所望の性能を有するワクチンを選択する。最終ワクチンサイズｋは、ワクチンの特定の集団カバー率目標に基づき様々であり得る。組合せワクチンの限界加重カバー率値Ｍｋをｋ個分にわたって累積的に合計して、ｋ個のペプチドを含む組合せワクチンの全体的有効（標的加重）集団カバー率を、Σｊ≦ＫＭｋとして得る（提示における標的の確率／加重およびＨＬＡ提示に基づくペプチドの予想集団カバー率の両方を考慮して）。
【0149】
【0150】
したがって、ｋ個のペプチドを有する組合せワクチンは、最適な個々の（Ｃｔ，ｋ）個のペプチドワクチンの組合せである。
【0151】
ＲＡＳワクチンのＭＨＣクラスＩペプチド配列
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが８つまたはそれよりも多くのアミノ酸からなる約５、１０、または２０個のＭＨＣクラスＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的のうちの１つまたは複数に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第１のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１．ＧＡＤＧＶＧＫＳＭ（配列番号１）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第２のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２．ＬＭＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第３のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３．ＧＡＶＧＶＧＫＳＬ（配列番号３）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第４のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４．ＬＭＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号４）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第５のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５．ＶＴＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号５）を含む。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的に対する、５個のペプチド（配列番号１～配列番号５）を有する例示的な組合せワクチンは、０．３６２０の加重集団カバー率を有すると予測される。
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが８つまたはそれよりも多くのアミノ酸からなる約５、１０、または２０個のＭＨＣクラスＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的のうちの１つまたは複数に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第１のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１．ＧＡＤＧＶＧＫＳＭ（配列番号１）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第２のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２．ＬＭＶＶＧＡＤＧＶ（配列番号２）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第３のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３．ＧＡＶＧＶＧＫＳＬ（配列番号３）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第４のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４．ＬＭＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号４）を含む。一部の実施形態では、５個ペプチドの組合せワクチン中の第５のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号５．ＶＴＧＡＲＧＶＧＫ（配列番号５）を含む。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的に対する、５個のペプチド（配列番号１～配列番号５）を有する例示的な組合せワクチンは、０．３６２０の加重集団カバー率を有すると予測される。
【0152】
一部の実施形態では、５個ペプチドのワクチン中のペプチド（ペプチド１～５）のいずれか１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、または配列番号５と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0153】
一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中のペプチド１～５のアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、および配列番号５を含む。一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中の第６のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号６．ＶＭＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号６）を含む。一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中の第７のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号７．ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ（配列番号７）を含む。一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中の第８のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号８．ＧＡＲＧＶＧＫＳＹ（配列番号８）を含む。一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中の第９のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号９．ＧＰＲＧＶＧＫＳＡ（配列番号９）を含む。一部の実施形態では、１０個ペプチドの組合せワクチン中の第１０のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１０．ＬＭＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号１０）を含む。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的に対する、１０個のペプチド（配列番号１～配列番号１０）を有する例示的な組合せワクチンは、０．４３７４の加重集団カバー率を有すると予測される。
【0154】
一部の実施形態では、１０個ペプチドのワクチン中のペプチド（ペプチド１～１０）のいずれか１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、または配列番号１０と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0155】
一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中のペプチド１～１０のアミノ酸配列は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、および配列番号１０を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１１のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１１．ＧＡＤＧＶＧＫＳＬ（配列番号１１）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１２のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１２．ＧＡＤＧＶＧＫＳＹ（配列番号１２）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１３のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１３．ＧＹＤＧＶＧＫＳＭ（配列番号１３）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１４のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１４．ＧＰＶＧＶＧＫＳＶ（配列番号１４）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１５のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１５．ＬＴＶＶＧＡＶＧＶ（配列番号１５）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１６のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１６．ＶＶＧＡＶＧＶＧＲ（配列番号１６）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１７のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１７．ＧＡＲＧＶＧＫＳＭ（配列番号１７）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１８のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１８．ＧＰＲＧＶＧＫＳＶ（配列番号１８）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第１９のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１９．ＬＬＶＶＧＡＲＧＶ（配列番号１９）を含む。一部の実施形態では、２０個ペプチドの組合せワクチン中の第２０のペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２０．ＶＡＧＡＲＧＶＧＭ（配列番号２０）を含む。ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、およびＧ１２Ｒ標的に対する、２０個のペプチド（配列番号１～配列番号２０）を有する例示的な組合せワクチンは、０．４６０４の加重集団カバー率を有すると予測される。
【0156】
一部の実施形態では、２０個ペプチドのワクチン中のペプチド（ペプチド１～２０）のいずれか１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、および配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、または配列番号２０と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0157】
表１は、それぞれの配列番号、配列番号に対応するアミノ酸配列、ＫＲＡＳタンパク質標的（特定の突然変異を有する）、シードアミノ酸配列（つまり、野生型ＫＲＡＳ断片のアミノ酸配列）、２位および９位におけるヘテロクリティックペプチドのアミノ酸置換（存在する場合）を含む、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩペプチド配列、ならびにペプチドが本明細書に記載の５、１０、または２０個組合せペプチドワクチン中に含まれていてもよい実施形態を詳述する備考を示す。表１には、配列番号２１～４１を含む追加のペプチド配列も含まれている。一部の実施形態では、表１に列挙されているペプチド（配列番号１～４１）の任意の組合せを使用して、約２～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１～４１；配列番号１～４１）のいずれか１つは、配列番号１～４１のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0158】
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【表1-4】
【0159】
ＭＨＣクラスＩヘテロクリティックペプチドの追加のアミノ酸配列は、配列表（配列番号６７～１５２２）に提供されている。一部の実施形態では、本明細書で開示のＭＨＣクラスＩペプチド（配列番号１～４１、６７～１５２２、１５２４～１５３６、および１５４７～１５４９）の任意の組合せを使用して、約２～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１～４１、６７～１５２２、１５２４～１５３６、および１５４７～１５４９）のいずれか１つは、配列番号１～４１、６７～１５２２、１５２４～１５３６、または１５４７～１５４９のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0160】
ＲＡＳワクチンのＭＨＣクラスＩＩペプチド配列
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが約２０個のアミノ酸からなる約２～４０個のＭＨＣクラスＩＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的のうちの１つまたは複数に対するものであることが意図されている。
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが約２０個のアミノ酸からなる約２～４０個のＭＨＣクラスＩＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｃ、およびＧ１３Ｄ標的のうちの１つまたは複数に対するものであることが意図されている。
【0161】
表２には、それぞれの配列番号、配列番号に対応するアミノ酸配列、ペプチドの結合コアに対応するアミノ酸配列、ＫＲＡＳタンパク質標的（特異的突然変異を有する）、シードアミノ酸配列（つまり、野生型ＫＲＡＳ断片のアミノ酸配列）、結合コアのシードアミノ酸配列、ならびに１、４、６、および９位におけるヘテロクリティックペプチドのアミノ酸置換（存在する場合）を含む、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩＩペプチド配列がまとめられている。表２は、組換えペプチドをコードする配列番号４２～６６．配列番号４２～６５（表２）を含むペプチド配列を含む。一部の実施形態では、表２に列挙されているペプチド（配列番号４２～６６）の任意の組合せを使用して、単一標的（個々の）ペプチドワクチンまたは約２～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド４２～６６；配列番号４２～６６）のいずれか１つは、配列番号４２～６６のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0162】
【表2-1】
【表2-2】
【表2-3】
【0163】
一部の実施形態では、本明細書で開示のＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩペプチド（配列番号１～１５２２および１５２４～１５４９）の任意の組合せを使用して、単一標的（個々の）ペプチドワクチンまたは約２～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１～１５２２および１５２４～１５４９；配列番号１～１５２２および１５２４～１５４９）のいずれか１つは、配列番号１～１５２２または１５２４～１５４９のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0164】
ＲＡＳ ｍＲＮＡおよびＤＮＡワクチン
一部の実施形態では、ワクチンペプチドは、ｍＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子としてコードされ、当技術分野で公知のように、発現のためにインビボで投与される。ｍＲＮＡによるワクチンのデリバリーの一例は、Kranz et al. (2016)および米国特許第８，６３７，００６号明細書に見出され、これらの文献は参照により本明細書に組み込まれる。一実施形態では、本明細書に記載の手順により最適化された、５個ペプチドのＭＨＣクラスＩ組合せ膵臓がんワクチン（標的：ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ）および５個ペプチドのＭＨＣクラスＩＩ組合せ膵臓がんワクチン（標的：ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ）を含むコンストラクトは、１０個のペプチドを含む。ペプチドには、Ｎ末端に分泌シグナル配列、続いてＭＨＣクラスＩ輸送シグナル（ＭＩＴＤ）（Kreiter et al., 2008；Sahin et al., 2017；米国特許第８，６３７，００６号明細書）が付加されている。ＭＩＴＤは、抗原を、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ提示のための経路に導くことが示されている（Kreiter et al., 2008）。ここで、本発明者らは、Sahin et al. (2017)の非免疫原性グリシン／セリンリンカーを使用して、各ＭＨＣクラスのすべてのペプチドを単一のコンストラクトへと組み合わせるが、Kreiter et al. (2008)により示されているように、同じ分泌シグナルおよびＭＩＴＤシグナルを有する単一のペプチドを含む個々のコンストラクトを構築することも考えられる。
一部の実施形態では、ワクチンペプチドは、ｍＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子としてコードされ、当技術分野で公知のように、発現のためにインビボで投与される。ｍＲＮＡによるワクチンのデリバリーの一例は、Kranz et al. (2016)および米国特許第８，６３７，００６号明細書に見出され、これらの文献は参照により本明細書に組み込まれる。一実施形態では、本明細書に記載の手順により最適化された、５個ペプチドのＭＨＣクラスＩ組合せ膵臓がんワクチン（標的：ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ）および５個ペプチドのＭＨＣクラスＩＩ組合せ膵臓がんワクチン（標的：ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ）を含むコンストラクトは、１０個のペプチドを含む。ペプチドには、Ｎ末端に分泌シグナル配列、続いてＭＨＣクラスＩ輸送シグナル（ＭＩＴＤ）（Kreiter et al., 2008；Sahin et al., 2017；米国特許第８，６３７，００６号明細書）が付加されている。ＭＩＴＤは、抗原を、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ提示のための経路に導くことが示されている（Kreiter et al., 2008）。ここで、本発明者らは、Sahin et al. (2017)の非免疫原性グリシン／セリンリンカーを使用して、各ＭＨＣクラスのすべてのペプチドを単一のコンストラクトへと組み合わせるが、Kreiter et al. (2008)により示されているように、同じ分泌シグナルおよびＭＩＴＤシグナルを有する単一のペプチドを含む個々のコンストラクトを構築することも考えられる。
【0165】
一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンによりコードされるアミノ酸配列は、配列番号１５２３を含む。下線のアミノ酸は、シグナルペプチド（またはリーダー）配列に対応する。太字のアミノ酸は、ＭＨＣクラスＩ（９アミノ酸長；５個のペプチド）およびＭＨＣクラスＩＩ（１３～２５アミノ酸長；５個のペプチド）ペプチド配列に対応する。イタリック体のアミノ酸は輸送シグナルに対応する。
【0166】
一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１５２３からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含むｍＲＮＡワクチンである。一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号１５２３と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0167】
一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号１５２３からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含むＤＮＡワクチンである。一部の実施形態では、ＤＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号１５２３と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0168】
一部の実施形態では、ｍＲＮＡコードワクチンペプチドが、自己増幅ＲＮＡワクチンのペイロードとして使用される。一実施形態では、Geall et al. (2012)に記載のように、感染性アルファウイルス粒子の１つまたは複数の構造タンパク質が、ワクチンペプチドをコードするｍＲＮＡ配列により置き換えられている。この文献は参照により本明細書に組み込まれる。Geall et al. (2012)に記載されているように、自己増幅ＲＮＡワクチンは、抗原産生の効率をインビボで増加させることができる。
【0169】
一部の実施形態では、本明細書で開示の１つまたは複数のＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩペプチド（配列番号１～１５２２および１５２４～１５４９）を、１つまたは複数のｍＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子にコードし、発現のためにインビボで投与することができる。一部の実施形態では、約２～約４０個のペプチド配列が、１つまたは複数のｍＲＮＡコンストラクトにコードされる。一部の実施形態では、約２～約４０個のペプチド配列が、１つまたは複数のＤＮＡコンストラクト（つまり、配列番号１～１５２２および１５２４～１５４９の１つまたは複数を含むアミノ酸配列をコードする核酸）にコードされる。一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンのアミノ酸配列またはＤＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号１～１５２２または１５２４～１５４９のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0170】
ＢＣＲ－ＡＢＬワクチンのＭＨＣクラスＩペプチド配列
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが８つまたはそれよりもよりも多くのアミノ酸からなる約１～４０個のＭＨＣクラスＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２およびｂ２ａ２からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、がんを予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、がんを治療することが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を治療するためであることが意図されている。
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが８つまたはそれよりもよりも多くのアミノ酸からなる約１～４０個のＭＨＣクラスＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２およびｂ２ａ２からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、がんを予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、がんを治療することが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を治療するためであることが意図されている。
【0171】
一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬに対するＭＨＣクラスＩペプチドワクチンのアミノ酸配列ワクチンは、配列番号１５５０～１５９４の１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬワクチン中のペプチドのいずれか１つは、配列番号１５５０～１５９４と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0172】
一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬに対するＭＨＣクラスＩペプチドワクチンのアミノ酸配列ワクチンは、配列番号１５５０～１５９４の２つまたはそれよりも多くを含む。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬワクチン中のペプチドのいずれか１つは、配列番号１５５０～１５９４と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0173】
表３は、それぞれの配列番号、配列番号に対応するアミノ酸配列、シードアミノ酸配列（つまり、野生型ＢＣＲ－ＡＢＬたんぱく質融合物断片のアミノ酸配列）、２位およびＣ位（カルボキシル末端）におけるヘテロクリティックペプチドのアミノ酸置換（存在する場合）を含む、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩペプチド配列、ならびにペプチドが本明細書に記載の組合せペプチドワクチンに含まれていてもよい実施形態を詳述する備考を示す。配列番号１５５０～１５８２および１５９４はＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２に由来し、配列番号１５８３～１５９３はＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２に由来する。一部の実施形態では、表３に列挙されるペプチド（配列番号１５５０～１５９４）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１５５０～１５９４；および１５５０～１５９４）のいずれか１つは、配列番号１５５０～１５９４のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0174】
一部の実施形態では、表３の「ｂ３ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５５０～１５８２および配列番号１５９４）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のこうしたペプチドのいずれか１つは、表３の「ｂ３ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５５０～１５８２および配列番号１５９４）と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0175】
一部の実施形態では、表３の「ｂ２ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５８３～１５９３）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のこうしたペプチドのいずれか１つは、表３の「ｂ２ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５８３～１５９３）と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0176】
ＭＨＣクラスＩワクチンペプチドの追加のアミノ酸配列は、配列表（配列番号１６６２～２２４９）に提供されている。一部の実施形態では、本明細書で開示のＭＨＣクラスＩペプチド（配列番号１５５０～１５９４および配列番号１６６２～２２４９）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（配列番号１５５０～１５９４および配列番号１６６２～２２４９）のいずれか１つは、配列番号１５５０～１５９４または配列番号１６６２～２２４９のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0177】
【表3-1】
【表3-2】
【0178】
ＢＣＲ－ＡＢＬワクチンのＭＨＣクラスＩＩペプチド配列
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが約２０個のアミノ酸からなる約１～４０個のＭＨＣクラスＩＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２およびｂ２ａ２からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、がんを予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、がんを治療するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を治療するためであることが意図されている。
一部の実施形態では、ペプチドワクチン（単一標的ワクチンまたは組合せ複数標的ワクチン）は、各ペプチドが約２０個のアミノ酸からなる約１～４０個のＭＨＣクラスＩＩペプチドを含む。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物に対するものであることが意図されている。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物は、ｂ３ａ２およびｂ２ａ２からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、がんを予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンは、がんを治療するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を予防するためであることが意図されている。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩペプチドワクチンは、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、または浸潤性乳管癌を治療するためであることが意図されている。
【0179】
一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬに対するＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンのアミノ酸配列ワクチンは、配列番号１５９５～１６６１の１つまたは複数を含む。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬワクチン中のペプチドのいずれか１つは、配列番号１５９５～１６６１と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0180】
一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬに対するＭＨＣクラスＩＩペプチドワクチンのアミノ酸配列ワクチンは、配列番号１５９５～１６６１の２つまたはそれよりも多くを含む。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬワクチン中のペプチドのいずれか１つは、配列番号１５９５～１６６１と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0181】
表４には、それぞれの配列番号、配列番号に対応するアミノ酸配列、ペプチドの結合コアに対応するアミノ酸配列、シードアミノ酸配列（つまり、野生型ＢＣＲ－ＡＢＬタンパク質融合物断片のアミノ酸配列）、結合コアのシードアミノ酸配列、ならびに１、４、６、および９位におけるヘテロクリティックペプチドのアミノ酸置換（存在する場合）を含む、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩＩペプチド配列がまとめられている。表４には、配列番号１５９５～１６６１を含むペプチド配列が含まれている。配列番号１５９５～１６６１（表４）は組換えペプチドをコードする。配列番号１５９５～１６２７はＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２に由来し、配列番号１６２８～１６６１はＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ２ａ２に由来する。一部の実施形態では、表４に列挙されるペプチド（配列番号１５９５～１６６１）の任意の組合せを使用して、単一標的（個々の）ペプチドワクチンまたは約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１５９５～１６６１；配列番号１５９５～１６６１）のいずれか１つは、配列番号１５９５～１６６１のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0182】
一部の実施形態では、表４の「ｂ３ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５９５～１６２７）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のこうしたペプチドのいずれか１つは、表４の「ｂ３ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１５９５～１６２７）と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0183】
一部の実施形態では、表４の「ｂ２ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１６２８～１６６１）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のこうしたペプチドのいずれか１つは、表４の「ｂ２ａ２ワクチン」列に列挙されているペプチド（配列番号１６２８～１６６１）と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0184】
ＭＨＣクラスＩＩワクチンペプチドの追加のアミノ酸配列は、配列表（配列番号２２５０～６３６６１）に提供されている。一部の実施形態では、本明細書で開示のＭＨＣクラスＩＩペプチド（配列番号１５９５～１６６１および配列番号２２５０～６３６６１）の任意の組合せを使用して、約１～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（配列番号１５９５～１６６１および配列番号２２５０～６３６６１）のいずれか１つは、配列番号１５９５～１６６１または配列番号２２５０～６３６６１のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0185】
一部の実施形態では、本明細書で開示のＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩペプチド（配列番号１５５０～６３６６２）の任意の組合せを使用して、単一標的（個々の）ペプチドワクチンまたは約２～約４０個のペプチドを有する組合せペプチドワクチンを作出することができる。一部の実施形態では、組合せワクチン中のペプチド（ペプチド１５５０～６３６６２；配列番号１５５０～６３６６２）のいずれか１つは、配列番号１５５０～６３６６２のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【0186】
【表4-1】
【表4-2】
【表4-3】
【表4-4】
【表4-5】
【0187】
ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍＲＮＡおよびＤＮＡワクチン
一実施形態では、本明細書に記載の手順により最適化された、１０個ペプチドのＭＨＣクラスＩ ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２ワクチンおよび１０個ペプチドのＭＨＣクラスＩＩ ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２ワクチンを含むコンストラクトは、２０個のペプチドを含む。ペプチドには、Ｎ末端に分泌シグナル配列、続いてＭＨＣクラスＩ輸送シグナル（ＭＩＴＤ）（Kreiter et al., 2008；Sahin et al., 2017；米国特許第８，６３７，００６号明細書、これらの文献は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる）が付加されている。ＭＩＴＤは、抗原を、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ提示のための経路に導くことが示されている（Kreiter et al., 2008）。ここで、本発明者らは、Sahin et al. (2017)の非免疫原性グリシン／セリンリンカーを使用して、各ＭＨＣクラスのすべてのペプチドを単一のコンストラクトに組み合わせるが、Kreiter et al. (2008)により示されているように、同じ分泌シグナルおよびＭＩＴＤシグナルを有する単一のペプチドを含む個々のコンストラクトを構築することも考えられる。
一実施形態では、本明細書に記載の手順により最適化された、１０個ペプチドのＭＨＣクラスＩ ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２ワクチンおよび１０個ペプチドのＭＨＣクラスＩＩ ＢＣＲ－ＡＢＬ ｂ３ａ２ワクチンを含むコンストラクトは、２０個のペプチドを含む。ペプチドには、Ｎ末端に分泌シグナル配列、続いてＭＨＣクラスＩ輸送シグナル（ＭＩＴＤ）（Kreiter et al., 2008；Sahin et al., 2017；米国特許第８，６３７，００６号明細書、これらの文献は参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる）が付加されている。ＭＩＴＤは、抗原を、ＨＬＡクラスＩおよびクラスＩＩ提示のための経路に導くことが示されている（Kreiter et al., 2008）。ここで、本発明者らは、Sahin et al. (2017)の非免疫原性グリシン／セリンリンカーを使用して、各ＭＨＣクラスのすべてのペプチドを単一のコンストラクトに組み合わせるが、Kreiter et al. (2008)により示されているように、同じ分泌シグナルおよびＭＩＴＤシグナルを有する単一のペプチドを含む個々のコンストラクトを構築することも考えられる。
【0188】
一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンによりコードされるアミノ酸配列は、配列番号６３６６２を含む。下線のアミノ酸は、シグナルペプチド（またはリーダー）配列に対応する。太字のアミノ酸は、ＭＨＣクラスＩ（８～１１アミノ酸長；１０個のペプチド）およびＭＨＣクラスＩＩ（１３～２５アミノ酸長；１０個のペプチド）ペプチド配列に対応する。イタリック体のアミノ酸は輸送シグナルに対応する。代替的な実施形態では、本明細書で開示の任意の数および変異型のペプチド配列を、下記の配列番号６３６６２に示されているシグナルペプチド配列および輸送シグナルを含むｍＲＮＡワクチンに含めることができる。
【0189】
一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号６３６６２からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含むｍＲＮＡワクチンである。一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号６３６６２と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0190】
一部の実施形態では、ワクチンは、配列番号６３６６２からなるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含むＤＮＡワクチンである。一部の実施形態では、ＤＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号６３６６２と８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0191】
一部の実施形態では、本明細書で開示の１つまたは複数のＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩペプチド（配列番号１５５０～６３６６２）を、１つまたは複数のｍＲＮＡまたはＤＮＡ分子にコードし、発現のためにインビボで投与することができる。一部の実施形態では、約２～約４０個のペプチド配列が、１つまたは複数のｍＲＮＡコンストラクトにコードされる。一部の実施形態では、約２～約４０個のペプチド配列が、１つまたは複数のＤＮＡコンストラクト（つまり、配列番号１５５０～６３６６２の１つまたは複数を含むアミノ酸配列をコードする核酸）にコードされる。一部の実施形態では、ｍＲＮＡワクチンのアミノ酸配列またはＤＮＡワクチンの核酸配列は、配列番号１５５０～６３６６２のいずれかと８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【0192】
本主題の非限定的な実施形態
一態様では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
一態様では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0193】
一部の実施形態では、核酸配列は、免疫原性組成物である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0194】
別の態様では、本発明は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物を提供する。
【0195】
一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される。一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、および配列番号４１からなる群から選択される少なくとも３つのペプチドを含む。
【0196】
別の態様では、本発明は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0197】
一部の実施形態では、核酸配列は免疫原性組成物である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0198】
別の態様では、本発明は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも１つのペプチドを含む免疫原性ペプチド組成物を提供する。
【0199】
一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、突然変異型ＫＲＡＳタンパク質は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、およびＫＲＡＳ Ｇ１３Ｄからなる群から選択される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、および配列番号６５からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む。
【0200】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質と関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は集団カバー率を計算することを含み、集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、選択されたサブセットは、第３の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0201】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して、第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセット中の複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、第２の閾値は、約５００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団における少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、第３の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である。一部の実施形態では、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質はがんに関連付けられ、がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される。
【0202】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0203】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセット中の複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、この方法は、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。
【0204】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列の非除外ペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0205】
一部の実施形態では、第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータに基づく。一部の実施形態では、予測ワクチンの性能は、さらに、第１のペプチドセット中の第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した複数の修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、第１の結合コアは第１のペプチド配列の結合コアであり、第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、第１の結合コアおよび第２の結合コアは、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、第２の結合コアは、第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合した複数の修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである。
【0206】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各修飾ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第２の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程であって、第２の閾値は第１の閾値よりも制約されている、工程、第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0207】
一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0208】
別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む組成物を提供する。
【0209】
一部の実施形態では、組成物は免疫原性である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0210】
別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのアミノペプチドを含む組成物を提供する。
【0211】
一部の実施形態では、少なくとも２つのペプチドのうちの少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。別の態様では、本発明は、配列番号１５５０～１５９３からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む組成物を提供する。
【0212】
別の態様では、本発明は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0213】
一部の実施形態では、組成物は免疫原性である。一部の実施形態では、核酸配列は、発現用のコンストラクト中にてインビボで投与される。一部の実施形態では、核酸配列のインビボ投与は、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される少なくとも１つのペプチドを産生するように構成されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸配列は、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片に由来する。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、核酸配列は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。
【0214】
別の態様では、本発明は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列をコードする核酸配列を提供する。
【0215】
一部の実施形態では、少なくとも１つのペプチドは、対象においてＨＬＡクラスＩＩ分子により提示される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物中の少なくとも１つのペプチドは、ＢＣＬ－ＡＢＬ遺伝子融合物の修飾断片または未修飾断片である。一部の実施形態では、ＢＣＲ－ＡＢＬ遺伝子融合物はｂ３ａ２またはｂ２ａ２である。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを予防するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、がんを治療するために有効量で対象に投与される。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、配列番号１５９５～１６６１からなる群から選択される少なくとも２つのペプチドを含む。
【0216】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は集団カバー率を計算することを含み、集団カバー率の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して第１の閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、選択されたサブセットは、第３の閾値を上回る集団カバー率を有する、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセット中の少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0217】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセットの複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含み、第１のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、少なくとも１つのアミノ酸残基は、アンカー位置に存在する。一部の実施形態では、第１の閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、集団カバー率は、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団におけるＨＬＡハプロタイプの頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、集団カバー率は、ヒト集団における少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子の頻度に基づいて計算される。一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、第２の閾値は、約０．７～約０．８のヒト集団の割合である。一部の実施形態では、腫瘍ネオ抗原または自己タンパク質はがんに関連付けられ、がんは、膵臓、結腸、直腸、腎臓、気管支、肺、子宮、子宮頸部、膀胱、肝臓、および胃からなる群から選択される。一部の実施形態では、病原体プロテオームは、ヒト対象における病原体感染に関連付けられる。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0218】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0219】
一部の実施形態では、複数の未修飾ペプチド配列を選択して第１のペプチドセットを作出することは、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質をコードするアミノ酸配列の少なくとも一部分にわたってサイズｎの窓をスライドさせることを含み、ｎは、約８アミノ酸長～約２５アミノ酸長であり、ｎは、第１のペプチドセットの複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列の長さである。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、第１のペプチドセットをフィルタリングして、標的アミノ酸残基をアンカー位置に含む予測結合コアを有するペプチド配列を除外することをさらに含む。一部の実施形態では、第１のペプチドセットの各ペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基を置換することをさらに含む。一部の実施形態では、閾値は、約１０００ｎＭ未満の結合親和性である。一部の実施形態では、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子は、対象のＨＬＡ型に存在する。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド組成物は、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。
【0220】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列の各ペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関する閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含み、予測ワクチン性能は、第３のペプチドセット中の各ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアの関数である、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0221】
一部の実施形態では、第２の閾値は、１つまたは複数の実験的アッセイから得られるデータから決定される。一部の実施形態では、予測ワクチンの性能は、さらに、第１のペプチドセットの第１のペプチド配列が、第１の結合コアにより第２のＨＬＡ対立遺伝子に結合すると予測される場合、第２のＨＬＡ対立遺伝子に関する、第２のペプチドセットの少なくとも１つの修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックの関数であり、第１の結合コアは第１のペプチド配列の結合コアであり、第１の結合コアは第２の結合コアと同一であり、第１の結合コアおよび第２の結合コアは各々、ペプチド配列内にアミノ酸位置を含み、第２の結合コアは、少なくとも１つの修飾ペプチド配列の結合コアである。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。
【0222】
別の態様では、本発明は、免疫原性ペプチド組成物を形成するための方法であって、プロセッサを使用して、複数の未修飾ペプチド配列を選択することにより第１のペプチドセットを作出する工程であって、複数の未修飾ペプチド配列のうちの少なくとも１つのペプチド配列は、腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に関連付けられる、工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列が、少なくとも３つのＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たすペプチド－ＨＬＡ結合スコアを有するか否かを決定する工程、第１のペプチドセットおよび複数の修飾ペプチド配列を含む第２のペプチドセットを作出する工程であって、複数の修飾ペプチド配列の各修飾ペプチド配列は、第１のペプチドセット中のペプチド配列の少なくとも１つのアミノ酸残基の置換を含む、工程、第２のペプチドセット中の各ペプチド配列毎に、複数のペプチド－ＨＬＡ結合スコアを決定する工程、ならびに第２のペプチドセットのサブセットを選択することにより第３のペプチドセットを作出する工程であって、選択は、対象のＨＬＡ型に基づき予測ワクチン性能を計算することを含み、予測ワクチン性能の計算は、修飾ペプチド配列に関連付けられる未修飾ペプチド配列のペプチド－ＨＬＡ結合スコアが、第１のＨＬＡ対立遺伝子に関して閾値を満たさない場合、修飾ペプチド配列の第１のＨＬＡ対立遺伝子に関するペプチド－ＨＬＡ結合スコアを除外することを含む、工程を実施すること；実験的アッセイを実施して、第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列について、ペプチド－ＨＬＡ免疫原性メトリックを得ること；ならびに実験的アッセイが実施された第３のペプチドセットの少なくとも１つのペプチド配列を含む免疫原性ペプチド組成物を形成することを含む方法を提供する。
【0223】
一部の実施形態では、第１のペプチドセット中の各ペプチド配列は、ＨＬＡクラスＩ分子またはＨＬＡクラスＩＩ分子に結合する。一部の実施形態では、複数のペプチド配列は、対象に存在する腫瘍ネオ抗原、病原体プロテオーム、または自己タンパク質に由来する。
【0224】
組成物
一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、本開示の１つまたは複数のペプチドを含み、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物中にて投与される。一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、本開示に記載の第３のペプチドセットを含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、噴霧、エアロゾル、ゲル、溶液、エマルション、脂質ナノ粒子、ナノ粒子、または懸濁物の形態である。一部の実施形態では、医薬組成物は、カチオン性ナノエマルジョンの形態であり、その一例は、Brito et al. (2014)に記載されている。この文献は参照により本明細書に組み込まれる。
一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、本開示の１つまたは複数のペプチドを含み、薬学的に許容される担体を含む医薬組成物中にて投与される。一部の実施形態では、ペプチドワクチンは、本開示に記載の第３のペプチドセットを含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、噴霧、エアロゾル、ゲル、溶液、エマルション、脂質ナノ粒子、ナノ粒子、または懸濁物の形態である。一部の実施形態では、医薬組成物は、カチオン性ナノエマルジョンの形態であり、その一例は、Brito et al. (2014)に記載されている。この文献は参照により本明細書に組み込まれる。
【0225】
組成物は、好ましくは、薬学的に許容される担体と共に対象に投与される。典型的には、一部の実施形態では、一部の実施形態では製剤を等張にすることができる適切な量の薬学的に許容される塩が製剤に使用される。
【0226】
ある特定の実施形態では、ペプチドは、本明細書に記載のペプチドのいずれか１つおよび薬学的に許容される担体を含む免疫原性組成物として提供される。ある特定の実施形態では、免疫原性組成物はアジュバントをさらに含む。ある特定の実施形態では、ペプチドは、当業者に公知のように、その有効性を増加させるために他の分子とコンジュゲートされている。例えば、ペプチドを、抗原提示細胞の細胞表面タンパク質を認識する抗体にカップリングして、ワクチンの有効性を増強させることができる。ペプチドデリバリーの有効性を増加させるため１つのそのような方法は、Woodham et al. (2018)に記載されている。自己免疫障害を治療するためのある特定の実施形態では、ペプチドは、当技術分野で公知のように、寛容性を誘導するように設計された組成物およびプロトコールを用いてデリバリーされる。免疫寛容化のためにペプチドを使用するための方法の例は、Alhadj Ali, et al. (2017)およびGibson, et al. (2015)に記載されている。
【0227】
一部の実施形態では、薬学的に許容される担体は、生理食塩水、リンゲル溶液、デキストロース溶液、およびそれらの組合せからなる群から選択される。当技術分野で公知の他の好適な薬学的に許容される担体が企図される。適切な担体およびそれらの製剤は、Remington's Pharmaceutical Sciences, 2005, Mack Publishing Co.に記載されている。溶液のｐＨは、好ましくは約５～約８、より好ましくは約７～約７．５である。また、製剤は凍結乾燥粉末を含んでいてもよい。さらなる担体としては、固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスなどの徐放性調製物が挙げられ、このマトリックスは、成形品、例えばフィルム、リポソーム、または微粒子の形態である。当業者には、例えば投与されるペプチドの投与経路および濃度に応じて、ある特定の担体がより好ましい場合があることは明らかであろう。
【0228】
薬学的に許容される担体という語句は、本明細書で使用される場合、主題の医薬品を、身体の１つの器官または部分から身体の別の器官または部分へと移動または輸送することに関与する、液体または固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、または封入材などの薬学的に許容される物質、組成物、または媒体を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性であり、患者に有害ではないという意味で許容可能である。薬学的に許容される担体としての役目を果たすことができる物質の例としては、以下のものが挙げられる：ラクトース、グルコース、およびスクロースなどの糖；トウモロコシデンプンおよびジャガイモデンプンなどのデンプン；カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、および酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体；粉末トラガカント；麦芽;ゼラチン;タルク;カカオバターおよび座薬ワックスなどの賦形剤；ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、および大豆油などの油；ブチレングリコールなどのグリコール；グリセリン、ソルビトール、マンニトール、およびポリエチレングリコールなどのポリオール；オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル；寒天；水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；アルギン酸;無発熱物質水；等張性食塩水；リンゲル溶液；エチルアルコール；リン酸緩衝溶液；ならびに医薬製剤に使用される他の非毒性適合性物質。担体という用語は、適用を容易にするために活性成分と組み合わせる、天然または合成の有機または無機成分を指す。また、医薬組成物の成分は、所望の医薬効率を実質的に損なうことになる相互作用が存在しないように、本発明の化合物とまた相互に混合することができる。また、組成物は、等張化剤、保存剤、界面活性剤、および二価カチオン、好ましくは亜鉛などの追加の作用剤を含んでもよい。
【0229】
また、組成物は、賦形剤、または緩衝剤、還元剤、バルクタンパク質、アミノ酸（例えば、グリシンまたはプラリン（ｐｒａｌｉｎｅ）など）、もしくは炭水化物などの、ペプチド組成物を安定化するための作用剤を含んでいてもよい。ペプチド組成物の製剤化に有用なバルクタンパク質としては、アルブミンが挙げられる。ペプチドの製剤化に有用な典型的な炭水化物としては、これらに限定されないが、スクロース、マンニトール、ラクトース、トレハロース、またはグルコースが挙げられる。
【0230】
界面活性剤は、組成物に含まれるペプチドまたはタンパク質の可溶性および不溶性の凝集および／または沈殿を防止するためにも使用することができる。好適な界面活性剤としては、これらに限定されないが、ソルビタントリオレエート、大豆レシチン、およびオレイン酸が挙げられる。ある特定の場合では、エタノールなどの溶媒を使用した溶液エアロゾルが好ましい。したがって、ペプチドを含む製剤は、エアロゾルを形成する際の溶液の噴霧化によるペプチドの表面誘導性凝集を低減または防止することができる界面活性剤をさらに含んでいてもよい。ポリオキシエチレン脂肪酸エステルおよびアルコール、ならびにポリオキシエチレンソルビトール脂肪酸エステルなどの種々の従来の界面活性剤を使用することができる。量は、一般には、製剤の０．００１重量％～４重量％の範囲である。一部の実施形態では、本開示と共に使用される界面活性剤は、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート、ポリソルベート８０、ポリソルベート２０である。また、当技術分野で公知の追加の作用剤が組成物に含まれていてもよい。
【0231】
一部の実施形態では、医薬組成物および剤形は、活性成分が崩壊することになるかまたは組成物の性質が変化することになる速度を低減する１つまたは複数の化合物をさらに含む。いわゆる安定剤または保存剤としては、これらに限定されないが、アミノ酸、酸化防止剤、ｐＨ緩衝剤、または塩緩衝剤を挙げることができる。酸化防止剤の非限定的な例としては、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、アスコルビン酸およびその誘導体、トコフェロールおよびその誘導体、ブチル化ヒドロキシアニソール、およびシステインが挙げられる。保存剤の非限定的な例としては、ｐ－ヒドロキシ安息香酸メチルまたはプロピルおよび塩化ベンザルコニウムなどのパラベンが挙げられる。アミノ酸のさらなる非限定的な例としては、グリシンまたはプロリンが挙げられる。
【0232】
また、本発明は、二価カチオンを有するかまたは有しない、プロリンまたはグリシンを含むアミノ酸を使用することにより、中性ｐＨまたは中性ｐＨ未満のペプチドを含む液体溶液を安定化させ（阻害剤タンパク質の熱的または機械的に誘導される可溶性または不溶性の凝集および／または沈殿を防止するかまたは最小限に抑えて）、室温で安定であるかまたは医薬品投与に好ましい透明またはほぼ透明な溶液をもたらすことを教示する。
【0233】
一実施形態では、組成物は、単一単位剤形または複数単位剤形の医薬組成物である。本発明の単一単位剤形または複数単位剤形の医薬組成物は、予防的または治療的有効量の１つまたは複数の組成物（例えば、本発明の化合物、または他の予防剤または療法剤）、典型的には１つまたは複数の媒体、担体、または賦形剤、安定化剤、および／または保存剤を含む。好ましくは、媒体、担体、賦形剤、安定化剤、および保存剤は、薬学的に許容されるものである。
【0234】
一部の実施形態では、医薬組成物および剤形は、無水医薬組成物および剤形を含む。本発明の無水医薬組成物および剤形は、無水または低水分含有成分および低水分条件または低湿度条件を使用して調製することができる。ラクトース、および第一級または第二級アミンを含む少なくとも１つの活性成分を含む医薬組成物および剤形は、製造、包装、および／または保管中に水分および／または湿気との実質的な接触が予想される場合、好ましくは無水である。無水医薬組成物は、その無水性質が維持されるように調製および保管されるべきである。したがって、無水組成物は、好適な処方キットに含めることができるように、水への曝露を防止することが知られている材料を使用して包装されることが好ましい。好適な包装の例としては、これらに限定されないが、気密密封ホイル、プラスチック、単位用量容器（例えば、バイアル）、ブリスターパック、およびストリップパックが挙げられる。
【0235】
好適な媒体は、薬学分野の当業者に周知であり、好適な媒体の非限定的な例としては、グルコース、スクロース、デンプン、ラクトース、ゼラチン、米、シリカゲル、グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、プロピレングリコール、水、ステアリン酸ナトリウム、エタノール、および当技術分野で周知の類似物質が挙げられる。生理食塩溶液ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液も、液体媒体として使用することができる。特定の媒体が医薬組成物または剤形への組込みに好適であるか否かは、これらに限定されないが、剤形が患者に投与されることになる方法および剤形中の特定の活性成分を含む、当技術分野で周知の様々な要因に依存する。医薬媒体は、水および油などの無菌液体であってもよく、ピーナツ油、大豆油、鉱油、およびゴマ油などの石油、動物、植物、または合成由来のものが挙げられる。
【0236】
また、本発明は、医薬組成物が、量が示されているアンプルまたはサシェ（ｓａｃｈｅｔｔｅ）などの気密密封容器に包装され得ることを提供する。一実施形態では、医薬組成物は、患者の下気道への投与に好適なデリバリーデバイス内の無菌凍結乾燥粉末として供給することができる。医薬組成物は、必要に応じて、活性成分を含む１つまたは複数の単位剤形を含むことができるパックまたはディスペンサーデバイスに入れて提供することができる。パックは、例えば、ブリスターパックなどの金属箔またはプラスチック箔を含むことができる。パックまたはディスペンサーデバイスには、投与に関する説明書を添付することができる。
【0237】
こうした製剤または組成物を調製するための方法は、本発明の化合物を、担体および適宜１つまたは複数の副成分と付随させる工程を含む。一般に、製剤は、本発明の化合物を、液体担体、または微粉固体担体、またはその両方と均一および緊密に付随させ、次いで必要に応じて生成物を成形することにより調製される。
【0238】
投与に好適な本発明の製剤は、各々が所定量の本発明の化合物（例えば、ペプチド）を活性成分として含む、粉末、顆粒の形態で、または水性液体もしくは非水性液体中の溶液もしくは懸濁液として、または水中油型もしくは油中水型液体エマルジョンとして、またはエリキシル剤もしくはシロップ剤として、またはトローチとして（ゼラチンおよびグリセリンなどの不活性基剤、またはスクロースおよびアカシアを使用して）、および／またはうがい薬などとしてであってもよい。
【0239】
本明細書の液体組成物は、そのままでデリバリーデバイスに使用することができるか、または例えば噴霧乾燥法により調製される、ペプチドを含む薬学的に許容される製剤の調製に使用することができる。Maa et al., Curr. Pharm. Biotechnol., 2001, 1, 283-302に開示されている、医薬品投与のためにペプチド／タンパク質を噴霧凍結乾燥する方法は、本明細書に組み込まれる。別の実施形態では、本明細書の液体溶液を凍結噴霧乾燥し、噴霧乾燥生成物を、個体に投与した場合に治療的に有効な分散性ペプチド含有粉末として収集する。
【0240】
本発明の化合物および医薬組成物は、併用療法に使用することができる。つまり、化合物および医薬組成物を、１つまたは複数の他の所望の療法剤または医療手技と同時に、その前に、またはその後に投与することができる（例えば、ペプチドワクチンは、化学療法、放射線、医薬品、および／または別の治療などの別の治療との併用療法に使用することができる）。併用レジメンで使用するための療法（療法剤または手技）の特定の組合せには、所望の療法剤および／または手技の適合性ならびに達成しようとする所望の治療効果が考慮されることになる。使用される療法は、同じ障害に対して所望の効果を達成することができることも理解されるだろう（例えば、本発明の化合物は、別の療法剤または予防剤と同時に投与することができる）。
【0241】
また、本発明は、本発明の医薬組成物の成分の１つまたは複数が充填された１つまたは複数の容器を含む医薬パックまたはキットを提供する。そのような容器には、医薬製品または生物学的製品の製造、使用、または販売を規制する政府機関が定める形式の通知が、適宜、添付されていてもよく、この通知は、ヒト投与に関する製造、使用、または販売の政府機関による承認を反映する。
【0242】
本発明は、がんまたは他の疾患の治療に好適なペプチドを含む剤形を提供する。剤形は、例えば、噴霧、エアロゾル、ナノ粒子、リポソーム、または当業者に公知の他の形態として製剤化することができる。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences; Remington: The Science and Practice of Pharmacy supra; Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems by Howard C., Ansel et al., Lippincott Williams & Wilkins; 7th edition (Oct. 1, 1999)を参照されたい。
【0243】
一般に、疾患の急性治療に使用される剤形は、それに含まれている活性成分の１つまたは複数を、同じ疾患の慢性治療に使用される剤形よりも多量に含んでいてもよい。加えて、予防的におよび治療的に有効な剤形は、条件が異なれば様々であり得る。例えば、がんまたは他の疾患を治療することが目的である場合、治療的に有効な剤形は、適切な免疫原性作用を有するペプチドを含んでいてもよい。その一方で、異なる有効投薬量は、本発明のペプチドをがんまたは別の疾患／状態に対する予防剤（例えばワクチン）として使用することが目的である場合、適切な免疫原性作用を有するペプチドを含んでいてもよい。本発明に包含される特定の剤形が互いに異なることになるこうした方法および他の方法は、当業者には直ちに明らかになるだろう。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences, 2005, Mack Publishing Co.；Remington: The Science and Practice of Pharmacy by Gennaro, Lippincott Williams & Wilkins; 20th edition (2003)；Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems by Howard C. Ansel et al., Lippincott Williams & Wilkins；7th edition (Oct. 1, 1999)；およびEncyclopedia of Pharmaceutical Technology, edited by Swarbrick, J. & J.C. Boylan, Marcel Dekker, Inc., New York, 1988を参照されたい。これらの文献は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0244】
また、医薬組成物または剤形のｐＨを調整して、１つまたは複数の活性成分のデリバリーおよび／または安定性を向上させることができる。同様に、溶媒担体の極性、そのイオン強度、または張度を調整して、デリバリーを向上させることができる。ステアレートなどの化合物を医薬組成物または剤形に添加して、１つまたは複数の活性成分の親水性または親油性を有利に変更してデリバリーを向上させることもできる。これに関して、ステアレートは、製剤の脂質媒体として、乳化剤または界面活性剤として、およびデリバリー促進剤または浸透促進剤としての役目を果たすこともできる。活性成分の異なる塩、水和物、または溶媒和物を使用して、得られる組成物の特性をさらに調整することができる。
【0245】
組成物は、免疫化に好適な組成物を得るための技法を使用して、適切な担体およびアジュバントと共に製剤化することができる。組成物は、例えば、これらに限定されないが、免疫化に好適なミョウバン、ポリＩＣ、ＭＦ－５９、スクアレン系アジュバント、またはリポソーム系アジュバントなどのアジュバントを含んでいてもよい。
【0246】
一部の実施形態では、組成物および方法は、宿主免疫寛容の機序および誘導された抗体の放出をモジュレートすることができる任意の好適な作用剤または免疫調節を含む。ある特定の実施形態では、免疫調節剤は、例えば、腫瘍ネオ抗原［つまり、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）］に対する抗体を含む免疫応答を誘導するために、対象の免疫応答の一過性モジュレーションに十分な時間および量で投与される。
【0247】
発現系
ある特定の態様では、本発明は、本明細書に記載のペプチドのいずれかを含む培養培地中で本発明のペプチドのいずれか１つを発現する細胞株を培養することを提供する。
ある特定の態様では、本発明は、本明細書に記載のペプチドのいずれかを含む培養培地中で本発明のペプチドのいずれか１つを発現する細胞株を培養することを提供する。
【0248】
組換えタンパク質／ペプチドを産生するための種々の発現系が当技術分野で公知であり、原核生物（例えば、細菌）発現系、植物発現系、昆虫発現系、酵母発現系、および哺乳動物発現系が挙げられる。好適な細胞株を、目的の分子を産生するために、本発明のペプチドのコード配列を含む核酸で形質転換、形質導入、またはトランスフェクトすることができる。宿主細胞でのヌクレオチド配列の発現を可能にするように少なくとも１つの調節配列に連結されていてもよいそのような核酸配列を含む発現ベクターを、当技術分野で公知の方法により導入することができる。当業者であれば、発現ベクターの設計は、トランスフェクトしようとする宿主細胞の選択ならびに／または発現させようとする所望のタンパク質のタイプおよび／もしくは量などの要因に依存する場合があることを理解する。エンハンサー領域は、非コードＤＮＡ領域にあるプロモーター領域の上流または下流に見出される配列であり、当技術分野では、発現の最適化に重要であることが公知である。必要に応じて、プラスミドＤＮＡの導入に原核生物宿主を使用する場合などでは、ウイルス起源の複製起点を使用することができる。しかしながら、真核生物では、染色体組込みが、ＤＮＡ複製の一般的な機序である。哺乳動物細胞の安定トランスフェクションでは、ごく一部の細胞しか、導入ＤＮＡをゲノムに組み込むことができない。使用される発現ベクターおよびトランスフェクション法は、組込み事象の成功に寄与する要因であり得る。所望のタンパク質を安定的に増幅および発現させるために、目的のタンパク質をコードするＤＮＡを含むベクターを、真核細胞（例えば、哺乳動物細胞）のゲノムに安定的に組み込んで、トランスフェクトされた遺伝子の安定発現をもたらす。目的のタンパク質をコードする遺伝子を安定的に発現するクローンを特定および選択するために、選択可能なマーカー（例えば、抗生物質または薬物に対する耐性）をコードする遺伝子を、目的の遺伝子と共に宿主細胞に導入することができる。目的の遺伝子を含む細胞を薬物選択により特定することができ、その場合、選択可能なマーカー遺伝子が組み込まれた細胞は薬物の存在下で生存することになる。選択可能なマーカーの遺伝子が組み込まれていない細胞は死滅する。次いで、生存細胞を、所望のタンパク質分子の産生についてスクリーニングすることができる。
【0249】
挿入配列の発現をモジュレートするか、または所望の特定の様式で核酸を修飾およびプロセシングする宿主細胞菌株も選択することができる。ペプチド／タンパク質産物のそのような修飾（例えば、グリコシル化および他の翻訳後修飾）およびプロセシング（例えば、切断）は、ペプチド／タンパク質の機能にとって重要であり得る。異なる宿主細胞菌株は、タンパク質および遺伝子産物の翻訳後プロセシングおよび修飾のための特徴的で特異的な機構を有する。したがって、適切な宿主系または細胞株を選択すれば、発現された標的タンパク質の正しい修飾およびプロセシングを確実に行うことができる。したがって、一次転写産物の正しいプロセシング、グリコシル化、および遺伝子産物のリン酸化のための細胞機構を有する真核宿主細胞を使用してもよい。
【0250】
培養中の宿主細胞に関しては、種々の培養パラメーターを使用することができる。哺乳動物細胞の適切な培養条件は、当技術分野で周知であるか（Cleveland WL, et al., J lmmunol Methods, 1983, 56(2): 221-234）、または当業者により決定することができる［例えば、Animal Cell Culture: A Practical Approach 2nd Ed., Rickwood, D. and Hames, B. D., eds. (Oxford University Press: New York, 1992を参照)］。細胞培養条件は、選択した宿主細胞のタイプに応じて様々であり得る。市販の培地を使用することができる。
【0251】
本発明のペプチドは、本発明のペプチドを発現する発現コンストラクトをトランスフェクトされた細胞を含む、ポリペプチドを発現する任意のヒトまたは非ヒト細胞から精製することができる。タンパク質の回収、単離、および／または精製の場合、細胞培養培地または細胞ライセートを遠心分離して、粒子状細胞および細胞破片を除去する。所望のポリペプチド分子は、好適な精製技法により、夾雑物である可溶性タンパク質およびポリペプチドから単離または精製される。タンパク質の非限定的な精製方法としては、以下のものが挙げられる：サイズ排除クロマトグラフィー；親和性クロマトグラフィー；イオン交換クロマトグラフィー；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカなどの樹脂またはカチオン交換樹脂、例えばＤＥＡＥでのクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；ＳＤＳ－ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えばＳｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－７５、セファロースを使用したゲル濾過；および免疫グロブリン夾雑物を除去するためのプロテインＡセファロースクロマトグラフィーなど。プロテアーゼ阻害剤（例えば、ＰＭＳＦまたはプロテイナーゼＫ）などの他の添加剤を使用して、精製中のタンパク質分解を阻害することができる。また、炭水化物を選択することができる精製手順、例えば、より酸性の画分が収集される、イオン交換ソフトゲルクロマトグラフィーまたはカチオン交換樹脂もしくはアニオン交換樹脂を使用したＨＰＬＣを使用することができる。
【0252】
治療の方法
一部の実施形態では、本明細書で開示の主題は、がんの診断後に、疾患の悪化を防止するためにまたは疾患を治癒するために開始される防止的医学的治療に関する。一部の実施形態では、「防止する」という用語は、潜在的な疾患発症（例えば、１つまたは複数のタイプのがん）を阻止するために対象に医学的治療を提供すること（例えば、本明細書で開示の核酸またはペプチドを投与することにより）を指すが、「防止する」とは、医学的治療を受けた対象の１００％に疾患が生じないことを必ずしも意味するわけではない。一実施形態では、本明細書で開示の主題は、がんのリスクがあると考えられる対象、または以前にがん（または別の疾患）と診断された対象の予防に関する。一実施形態では、対象には、本明細書に記載のペプチドワクチンまたはその医薬組成物を投与することができる。本発明では、本明細書に記載の系および方法により生成されるペプチドのいずれかを使用することが企図される。一実施形態では、本明細書に記載のペプチドワクチンは、シリンジまたは当技術分野で公知の他の好適な方法により皮下投与することができる。
一部の実施形態では、本明細書で開示の主題は、がんの診断後に、疾患の悪化を防止するためにまたは疾患を治癒するために開始される防止的医学的治療に関する。一部の実施形態では、「防止する」という用語は、潜在的な疾患発症（例えば、１つまたは複数のタイプのがん）を阻止するために対象に医学的治療を提供すること（例えば、本明細書で開示の核酸またはペプチドを投与することにより）を指すが、「防止する」とは、医学的治療を受けた対象の１００％に疾患が生じないことを必ずしも意味するわけではない。一実施形態では、本明細書で開示の主題は、がんのリスクがあると考えられる対象、または以前にがん（または別の疾患）と診断された対象の予防に関する。一実施形態では、対象には、本明細書に記載のペプチドワクチンまたはその医薬組成物を投与することができる。本発明では、本明細書に記載の系および方法により生成されるペプチドのいずれかを使用することが企図される。一実施形態では、本明細書に記載のペプチドワクチンは、シリンジまたは当技術分野で公知の他の好適な方法により皮下投与することができる。
【0253】
本明細書で開示の化合物もしくは化合物の組合せまたは医薬組成物は、任意の好適な手段により細胞、哺乳動物、またはヒトに投与することができる。投与方法の非限定的な例としては、なかでも、以下のものが挙げられる：（ａ）カプセル剤、錠剤、顆粒剤、噴霧剤、シロップ剤、または他のそのような形態での投与を含む、経口経路による投与；(ｂ）水性懸濁物もしくは油性調製物などまたは点滴、噴霧、座薬、膏薬、もしくは軟膏などとしての投与を含む、眼内、鼻腔内、耳介内、直腸、膣、尿道内、経粘膜、頬側、または経皮などの非経口経路による投与；（ｃ）注入ポンプデリバリーを含む、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、皮内、眼窩内、嚢内、脊髄内、または胸骨内などを含む注射による投与；（ｄ）腎臓領域または心臓領域への直接注射などによる、例えばデポー移植による局部投与；（ｅ）局所投与；本明細書で開示の化合物または化合物の組合せを生体組織と接触させるのに当業者が適切であると考えるもの；（ｆ）エアロゾル化、噴霧化、および粉末化製剤を含む、吸入による投与；ならびに（ｇ）移植による投与。
【0254】
当業者には直ちに明らかになることであるが、投与する有効インビボ用量および特定の投与方法は、年齢、体重、および治療される種、ならびに本明細書で開示の化合物または化合物の組合せが使用される特定の使用に応じて様々であろう。有効用量レベル、つまり所望の結果を達成するために必要な用量レベルの決定は、当業者であれば日常的な薬理学的方法を使用して達成することができる。典型的には、製品のヒト臨床応用は、より低用量レベルで開始され、所望の効果が達成されるまで用量レベルを増加させていく。その代わりに、許容可能なインビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）研究を使用して、確立された薬理学的方法を使用して、本方法により特定された組成物の有用な用量および投与経路を確立することができる。インビボ研究での有効動物用量は、当技術分野で公知の変換方法を使用して適切なヒト用量に変換することができる（例えば、Nair AB, Jacob S. A simple practice guide for dose conversion between animals and human. Journal of basic and clinical pharmacy. 2016 Mar;7(2):27を参照）。
【0255】
予防方法
一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、がんに対する（例えば、腫瘍ネオ抗原に対する）免疫応答を促進するためのワクチンとして使用することができる。一部の実施形態では、本発明は、免疫応答を誘導するための、例えば腫瘍ネオ抗原に対する抗体を誘導するための組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、抗体は、広域中和抗体である。一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、病原体に対する免疫応答を促進するためのワクチンとして使用することができる。一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、自己免疫疾患療法剤として免疫寛容を促進するために使用することができる。
一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、がんに対する（例えば、腫瘍ネオ抗原に対する）免疫応答を促進するためのワクチンとして使用することができる。一部の実施形態では、本発明は、免疫応答を誘導するための、例えば腫瘍ネオ抗原に対する抗体を誘導するための組成物および方法を提供する。一部の実施形態では、抗体は、広域中和抗体である。一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、病原体に対する免疫応答を促進するためのワクチンとして使用することができる。一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、自己免疫疾患療法剤として免疫寛容を促進するために使用することができる。
【0256】
一部の実施形態では、本発明の方法を使用して調製したペプチドは、追加のワクチン成分と組み合わせることができる。一部の実施形態では、こうした組合せワクチンは、本明細書に記載の方法を用いて生成されるペプチドおよび当技術分野で公知の追加のワクチン成分（例えば、ペプチドまたはタンパク質）をコードする１つまたは複数の核酸にコードされていてもよい。一部の実施形態では、こうした組合せワクチンは、組合せ製剤およびパッケージングに関して本明細書に記載されている方法からもたらされるペプチドの追加のワクチン成分をコードするペプチドまたはタンパク質を添加することにより作出される。ワクチン成分の組合せの例は、ＲＡＳワクチンの作出であり、その場合、ＫＲＡＳ Ｇ１２ＤおよびＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖに対するワクチンの成分をコードする１つまたは複数の核酸が使用され、そうした核酸をｍＲＮＡ－ＬＮＰもしくはＤＮＡ製剤にパッケージングするか、またはｍＲＮＡ－ＬＮＰもしくはＤＮＡとして異なる成分を別々に製剤化し、次いでパッケージングのためにもしくは個人に投与する直前にそれらを組み合わせる。
【0257】
本明細書で開示の組成物、系、および方法は、本明細書に記載の特定の実施形態の範囲に限定されるものではない。実際、当業者には、記載されているものに加えて、組成物、系、および方法の種々の修飾が上述の説明から明らかになるであろう。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【配列表】
【国際調査報告】