(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-12-20
(54)【発明の名称】CD19+、CD20+、若しくはCD22+腫瘍又はB細胞由来の自己免疫疾患を治療するためのCAR T細胞
(51)【国際特許分類】
C12N 15/12 20060101AFI20231213BHJP
C07K 14/705 20060101ALI20231213BHJP
C12N 15/54 20060101ALI20231213BHJP
C12N 15/86 20060101ALI20231213BHJP
C12N 15/861 20060101ALI20231213BHJP
C12N 15/867 20060101ALI20231213BHJP
C12N 15/869 20060101ALI20231213BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20231213BHJP
C12N 1/00 20060101ALI20231213BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20231213BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20231213BHJP
A61K 35/761 20150101ALI20231213BHJP
A61K 35/17 20150101ALI20231213BHJP
A61K 38/17 20060101ALI20231213BHJP
A61K 39/39 20060101ALI20231213BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20231213BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20231213BHJP
A61P 37/06 20060101ALI20231213BHJP
【FI】
C12N15/12
C07K14/705 ZNA
C12N15/54
C12N15/86 Z
C12N15/861 Z
C12N15/867 Z
C12N15/869 Z
C12N5/10
C12N1/00 B
A61K48/00
A61K35/76
A61K35/761
A61K35/17
A61K38/17
A61K39/39
A61P35/00
A61P35/02
A61P37/06
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023534361
(86)(22)【出願日】2021-12-10
(85)【翻訳文提出日】2023-08-02
(86)【国際出願番号】 IT2021050402
(87)【国際公開番号】W WO2022123613
(87)【国際公開日】2022-06-16
(31)【優先権主張番号】102020000030266
(32)【優先日】2020-12-10
(33)【優先権主張国・地域又は機関】IT
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】520352377
【氏名又は名称】オスペダーレ ペディアトリコ バンビーノ ジェス
【氏名又は名称原語表記】OSPEDALE PEDIATRICO BAMBINO GESU’
(74)【代理人】
【識別番号】100107456
【氏名又は名称】池田 成人
(74)【代理人】
【識別番号】100162352
【氏名又は名称】酒巻 順一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100123995
【氏名又は名称】野田 雅一
(72)【発明者】
【氏名】クインタレッリ, コンチェッタ
(72)【発明者】
【氏名】デ アンジェリス, ビアジョ
(72)【発明者】
【氏名】ロカテッリ, フランコ
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C085
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B065AA94X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065BB19
4B065CA24
4B065CA44
4C084AA02
4C084AA03
4C084AA13
4C084BA01
4C084BA08
4C084BA22
4C084BA23
4C084NA14
4C084ZB08
4C084ZB26
4C084ZB27
4C085AA38
4C085EE06
4C085FF24
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB37
4C087BB65
4C087BC83
4C087CA12
4C087NA14
4C087ZB08
4C087ZB26
4C087ZB27
4H045AA10
4H045AA30
4H045BA09
4H045DA50
4H045EA20
4H045FA74
(57)【要約】
本発明は、白血病及びリンパ系悪性腫瘍などのCD19
+、CD20
+又はCD22
+腫瘍を治療するための強力なCAR T細胞に関し、これは、前記腫瘍の治療における安全性の向上を提供し、及びCAR
+ B細胞白血病芽球におけるエピトープマスキングを防止し、前記CAR T細胞は、CD19
-/CAR
+、CD20
-/CAR
+又はCD22
-/CAR
+白血病再発の潜在的リスクを減少させることができる。さらに、本発明によるCAR T細胞は、自己抗体を産生するB細胞によって引き起こされる自己免疫疾患の治療においても、安全性の向上を提供する。
【選択図】
図6A
【特許請求の範囲】
【請求項1】
N末端からC末端まで:
a)シグナルペプチド、
b)抗CD19一本鎖抗体ドメイン、抗CD20一本鎖抗体ドメイン、又は抗CD22一本鎖抗体ドメインからなる群から選択される一本鎖抗体ドメインであって、前記一本鎖抗体ドメインは、リンカーによって互いに連結されたVL及びVH配列を含むか、又はそれらからなる、一本鎖抗体ドメイン、
c)ヒンジ、
d)膜貫通ドメイン、
e)共刺激性シグナル伝達ドメイン、及び
f)CD3ゼータ鎖配列
を含むか、又はそれらからなるキメラ抗原受容体であって、
前記リンカーは、例えば7個~12個又は7個~10個又は8個などの7個~14個のアミノ酸の長さの短いフレキシブルなリンカーである、キメラ抗原受容体。
【請求項2】
抗CD19一本鎖抗体ドメインは、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL及びVH配列を含み、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列は、CDR1配列QDISKY(配列番号1)、CDR2配列HTS及びCDR3配列GNTLP(配列番号2)を含む一方で、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列は、CDR1配列GVSLPDYG(配列番号3)、CDR2配列IWGSETT(配列番号4)及びCDR3配列AKHYYYGGSYAMDY(配列番号5)を含み;
抗CD20一本鎖抗体ドメインは、抗CD20 VL及びVH配列を含み、抗CD20 VL配列は、CDR1配列SSVSY(配列番号6)、CDR2配列ATS及びCDR3配列QQWTSNPPT(配列番号7)を含む一方で、抗CD20 VH配列は、CDR1配列GYTFTSYN(配列番号8)、CDR2配列IYPGNGDT(配列番号9)及びCDR3配列ARSTYYGGDWYFNV(配列番号10)を含み;
抗CD22一本鎖抗体ドメインは、抗CD22 VL及びVH配列を含み、抗CD22 VL配列は、CDR1配列QSLANSYGNTF(配列番号11)、CDR2配列GIS及びCDR3配列LQGTHQP(配列番号12)を含む一方で、抗CD 22 VH配列は、CDR1配列GYRFTNYWIH(配列番号13)、CDR2配列INPGNNYA(配列番号14)及びCDR3配列TRを含む、請求項1に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項3】
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列が、以下の配列
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEIT(配列番号15)
を含むか、又は配列からなり、
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列が、以下の配列
EVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSS(配列番号16);
を含むか、又は配列からなり、
抗CD20 VL配列が、以下の配列
QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQKPGSSPKPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIK(配列番号17)
を含むか、又は配列からなり、
抗CD20 VH配列が、以下の配列
QVQLQQPGAELVKPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPGRGLEWIGAIYPGNGDTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSTYYGGDWYFNVWGAGTTVTVSA(配列番号18);
を含むか、又は配列からなり、
抗CD22 VL配列が、以下の配列
DVQVTQSPSSLSASVGDRVTITCRSSQSLANSYGNTFLSWYLHKPGKAPQLLIYGISNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQGTHQPYTFGQGTKVEIK(配列番号19)
を含むか、又は配列からなり、
抗CD22 VH配列が、以下の配列
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYRFTNYWIHWVRQAPGQGLEWIGGINPGNNYATYRRKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTREGYGNYGAWFAYWGQGTLVTVSS(配列番号20)
を含むか、又は配列からなる、請求項2に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項4】
VL及びVH配列を連結する前記リンカーが、(G4S)2リンカーGGGGSGGGG(配列番号35)、G4SG2リンカーGGGGSGG(配列番号37)又はG3SG4リンカーGGGSGGGG(配列番号38)、SG4SG3リンカーSGGGGSGGG(配列番号186)、(SG4)2 SリンカーSGGGGSGGGGS(配列番号187)、(SG4)2 SGリンカーSGGGGSGGGGSG(配列番号188)、(SG4)2 SG3リンカーSGGGGSGGGGSGGGリンカー(配列番号189)、(SG4)2 SGGGGSGGGG(配列番号190)、(SG4)2 SG2 SGGGGSGGGGSGG(配列番号191)などの、グリシンを豊富に含むフレキシブルなフレックスリンカーからなる群から選択され、好ましくはG3SG4リンカーである、請求項1~3のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項5】
前記ヒンジが、以下のヒンジ:
CD8ストーク
TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号21);
ヒンジCD28
EVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHLCPSPLFPGPSKP(配列番号22);
ヒンジCH2-CH3
ESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号23);又は
ヒンジCH3:
ESKYGPPCPSCPGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号24)、
のうちの1つ又は複数を含むか、又はそれらからなり、
好ましくは、CD8ストークである、請求項1~4のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項6】
前記ヒンジが、N末端で追跡可能なマーカーに連結されており、前記追跡可能なマーカーは、任意選択で第2のリンカーによって、前記一本鎖抗体ドメインに連結されている、請求項1~5のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項7】
前記追跡可能なマーカーが:
ΔCD34 ELPTQGTFSNVSTNVS(配列番号25);又は
NGFR
KEACPTGLYTHSGECCKACNLGEGVAQPCGANQTVCEPCLDSVTFSDVVSATEPCKPCTECVGLQSMSAPCVEADDAVCRCAYGYYQDETTGRCEACRVCEAGSGLVFSCQDKQNTVCEECPDGTYSDEANHVDPCLPCTVCEDTERQLRECTRWADAECEEIPGRWITRSTPPEGSDSTAPSTQEPEAPPEQDLIASTVAGVVTTVMGSSQPVVTRGTTDN(配列番号26)、
からなる群から選択され、
好ましくは、ΔCD34である、請求項6に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項8】
前記ヒンジCD8ストークが、前記追跡可能なマーカーΔCD34に連結されている、請求項1~7のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項9】
前記膜貫通ドメインが、CD28TM FWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWV(配列番号27)又はCD8aTM IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号28)からなる群から選択され、好ましくはCD8aTMである、請求項1~8のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項10】
前記共刺激性シグナル伝達ドメインが、
CD28細胞質配列RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS(配列番号29)、
CD137(4-1BB)配列KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号30)、
OX40配列RDQRLPPDAHKPPGGGSFRTPIQEEQADAHSTLAKI(配列番号31)、又は
以下を連結して得られる配列:
CD28細胞質配列(配列番号29)とCD137(4-1BB)配列(配列番号30)、
CD137(4-1BB)配列(配列番号30)とCD28細胞質配列(配列番号29)、
CD28細胞質配列(配列番号29)とOX40配列(配列番号31)、
OX40配列(配列番号31)とCD28細胞質配列(配列番号29)、
OX40配列(配列番号31)とCD137(4-1BB)配列(配列番号30)、
CD137(4-1BB)配列(配列番号30)とOX40配列(配列番号31)
からなる群から選択される、請求項1~9のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項11】
前記CD3ゼータ鎖配列が
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR*(配列番号32)である、請求項1~10のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項12】
前記膜貫通ドメインと前記共刺激性シグナル伝達ドメインとの間にCD8cyt:LYCNHRNRRRVCKCPR(配列番号40)の細胞質部分をさらに含む、請求項1~11のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項13】
前記シグナルペプチドがMEFGLSWLFLVAILKGVQC(配列番号41)を含むか、又はそれからなる、請求項1~12のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項14】
前記抗CD19キメラ抗原受容体が、以下の配列:
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSELPTQGTFSNVSTNVSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号72)
又は
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号33)
を含むか、又はそれらからなる、請求項1~13のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項15】
請求項1~14のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列を含むか、又はそれからなるヌクレオチド配列。
【請求項16】
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列が、以下のヌクレオチド配列
GACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACA(配列番号52)
によってコードされ、
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列が、以下のヌクレオチド配列
GAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCA(配列番号53);
によってコードされ、
抗CD20 VL配列が、以下のヌクレオチド配列
CAGATCGTGCTGAGCCAGAGCCCCGCCATCCTGAGCGCCAGCCCCGGCGAGAAGGTGACCATGACCTGCAGGGCCAGCAGCAGCGTGAGCTACATCCACTGGTTCCAGCAGAAGCCCGGCAGCAGCCCCAAGCCCTGGATCTACGCCACCAGCAACCTGGCCAGCGGCGTGCCCGTGAGGTTCAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCAGCTACAGCCTGACCATCAGCAGGGTGGAGGCCGAGGACGCCGCCACCTACTACTGCCAGCAGTGGACCAGCAACCCCCCCACCTTCGGCGGCGGCACCAAGCTGGAGATCAAG(配列番号54)
によってコードされ、
抗CD20 VH配列が、以下のヌクレオチド配列
CAGGTGCAGCTGCAGCAGCCCGGCGCCGAGCTGGTGAAGCCCGGCGCCAGCGTGAAGATGAGCTGCAAGGCCAGCGGCTACACCTTCACCAGCTACAACATGCACTGGGTGAAGCAGACCCCCGGCAGGGGCCTGGAGTGGATCGGCGCCATCTACCCCGGCAACGGCGACACCAGCTACAACCAGAAGTTCAAGGGCAAGGCCACCCTGACCGCCGACAAGAGCAGCAGCACCGCCTACATGCAGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCGTGTACTACTGCGCCAGGAGCACCTACTACGGCGGCGACTGGTACTTCAACGTGTGGGGCGCCGGCACCACCGTGACCGTGAGC(配列番号55);
によってコードされ、
抗CD22 VL配列が、以下のヌクレオチド配列
GACGTGCAGGTGACCCAGAGCCCCAGCAGCCTGAGCGCCAGCGTGGGCGACAGGGTGACCATCACCTGCAGGAGCAGCCAGAGCCTGGCCAACAGCTACGGCAACACCTTCCTGAGCTGGTACCTGCACAAGCCCGGCAAGGCCCCCCAGCTGCTGATCTACGGCATCAGCAACAGGTTCAGCGGCGTGCCCGACAGGTTCAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCGACTTCACCCTGACCATCAGCAGCCTGCAGCCCGAGGACTTCGCCACCTACTACTGCCTGCAGGGCACCCACCAGCCCTACACCTTCGGCCAGGGCACCAAGGTGGAGATCAAG(配列番号56)
によってコードされ、
抗 CD22 VH配列が、以下のヌクレオチド配列
GAGGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCCGAGGTGAAGAAGCCCGGCGCCAGCGTGAAGGTGAGCTGCAAGGCCAGCGGCTACAGGTTCACCAACTACTGGATCCACTGGGTGAGGCAGGCCCCCGGCCAGGGCCTGGAGTGGATCGGCGGCATCAACCCCGGCAACAACTACGCCACCTACAGGAGGAAGTTCCAGGGCAGGGTGACCATGACCGCCGACACCAGCACCAGCACCGTGTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGGAGCGAGGACACCGCCGTGTACTACTGCACCAGGGAGGGCTACGGCAACTACGGCGCCTGGTTCGCCTACTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACCGTGAGCAGC(配列番号57)
によってコードされる、請求項15に記載のヌクレオチド配列。
【請求項17】
抗CD19キメラ抗原受容体をコードする前記ヌクレオチド配列が:
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA(配列番号58)
又は
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAAA(配列番号34)
である、請求項15~16のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列。
【請求項18】
2A自己切断ペプチドをコードするヌクレオチド配列によって前記キメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列に連結された自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列をさらに含む、請求項15~17のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列。
【請求項19】
前記自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列が、キメラカスパーゼ-9ポリペプチドであるか、又は単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼを含む、請求項18に記載のヌクレオチド配列。
【請求項20】
ATGCTCGAGATGCTGGAGGGAGTGCAGGTGGAGACTATTAGCCCCGGAGATGGCAGAACATTCCCCAAAAGAGGACAGACTTGCGTCGTGCATTATACTGGAATGCTGGAAGACGGCAAGAAGGTGGACAGCAGCCGGGACCGAAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGGAAGCAGGAAGTGATCCGGGGCTGGGAGGAAGGAGTCGCACAGATGTCAGTGGGACAGAGGGCCAAACTGACTATTAGCCCAGACTACGCTTATGGAGCAACCGGCCACCCCGGGATCATTCCCCCTCATGCTACACTGGTCTTCGATGTGGAGCTGCTGAAGCTGGAAAGCGGAGGAGGATCCGGAGTGGACGGGTTTGGAGATGTGGGAGCCCTGGAATCCCTGCGGGGCAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGTCTATGGAGCCTTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAGAGCGGGCTGCGGACCAGAACAGGATCCAATATTGACTGTGAAAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAGGTGAAAGGCGATCTGACCGCTAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAACTGGCTCGGCAGGACCATGGGGCACTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGAGTCACGGCTGCCAGGCTTCACATCTGCAGTTCCCTGGGGCAGTCTATGGAACTGACGGCTGTCCAGTCAGCGTGGAGAAGATCGTGAACATCTTCAACGGCACCTCTTGCCCAAGTCTGGGCGGGAAGCCCAAACTGTTCTTTATTCAGGCCTGTGGAGGCGAGCAGAAAGATCACGGCTTCGAAGTGGCTAGCACCTCCCCCGAGGACGAATCACCTGGAAGCAACCCTGAGCCAGATGCAACCCCCTTCCAGGAAGGCCTGAGGACATTTGACCAGCTGGATGCCATCTCAAGCCTGCCCACACCTTCTGACATTTTCGTCTCTTACAGTACTTTCCCTGGATTTGTGAGCTGGCGCGATCCAAAGTCAGGCAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGATATCTTTGAGCAGTGGGCCCATTCTGAAGACCTGCAGAGTCTGCTGCTGCGAGTGGCCAATGCTGTCTCTGTGAAGGGGATCTACAAACAGATGCCAGGATGCTTCAACTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACCTCCGCATCTAGGGCCCCGCGGGAAGGCCGAGGGAGCCTGCTGACATGTGGCGATGTGGAGGAAAACCCAGGACCACCATGGATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA(配列番号180)
である、請求項15~19のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列。
【請求項21】
DNAベクター、RNAベクター、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、γ-レトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクター、又は非ウイルスベクターである、請求項15~20のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列を含むベクター。
【請求項22】
請求項1~14のいずれか一項に記載の前記キメラ抗原受容体及び/又は請求項21に記載の前記ベクター若しくは前記プラスミドを含む、アルファ/ベータ及びガンマ/デルタT細胞などのT細胞、NK細胞、NK-T細胞などの細胞。
【請求項23】
キメラカスパーゼ-9ポリペプチドなどの自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列をさらに含むか、又は単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼをさらに含む、請求項22に記載の細胞。
【請求項24】
前記キメラカスパーゼ-9ポリペプチドが:
短い5’リーダーペプチドMLEMLE(配列番号43)及び以下の配列
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号44)のヒトFKBP12(V36F)の変異体を含むか、又はそれらからなるFKBP12結合領域であって、該FKBP12結合領域は、SGGGSG(配列番号45)リンカーなどのリンカーによってカスパーゼ-9ポリペプチド
VDGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELARQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号46)に連結されており、該カスパーゼ-9ポリペプチドは、ASRAPR(配列番号47)リンカーなどのリンカーによって、
T2A AEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号48)、P2A ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号49)、E2A QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号50)、又はF2A:VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号51)からなる群から選択されるポリヌクレオチド2A自己切断ペプチド、好ましくは、T2Aに連結されている、FKBP12結合領域を含むか、又はそれらからなる、請求項23に記載の細胞。
【請求項25】
IL-7及びIL-15の両方が存在する培養条件、例えば、前記細胞の調製のための過程の活性化ステップ、形質導入ステップ及び/又は拡大ステップの培養条件で得られる、請求項22~24のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項26】
請求項16~20のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列、又は請求項21に記載のベクター、又は請求項22~25のいずれか一項に記載の細胞を、1つ以上の賦形剤及び/又はアジュバントとともに含む、医薬組成物。
【請求項27】
医療用途のための、請求項1~15のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体、請求項16~20のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列、請求項21に記載のベクター、請求項22~25のいずれか一項に記載の細胞、請求項26に記載の医薬組成物。
【請求項28】
CD19
+、CD20
+又はCD22
+がん、例えば、B細胞リンパ腫(非ホジキンリンパ腫(NHL))、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、骨髄性白血病及び慢性リンパ性白血病(CLL)、B細胞由来の自己免疫疾患の治療への使用のための、請求項1~15のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体、請求項16~20のいずれか一項に記載のヌクレオチド配列、請求項21に記載のベクター、請求項22~25のいずれか一項に記載の細胞、請求項26に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、自己抗体を産生するB細胞によって引き起こされるCD19+、CD20+、若しくはCD22+腫瘍又は自己免疫疾患を治療するためのCAR T細胞に関する。特に、本発明は、白血病及びリンパ系悪性腫瘍などのCD19+、CD20+又はCD22+腫瘍を治療するための強力なCAR T細胞に関し、これは前記腫瘍の治療における安全性の向上を提供し、CAR+ B細胞白血病芽球におけるエピトープマスキングを防止し、前記CAR T細胞は、CD19-/CAR+、CD20-/CAR+又はCD22-/CAR+白血病再発の潜在的リスクを減少させることができる。さらに、本発明によるCAR T細胞は、自己抗体を産生するB細胞によって引き起こされる自己免疫疾患の治療においても、安全性の向上を提供する。
【背景技術】
【0002】
CD19に特異的なキメラ抗原受容体(CAR)を発現するように遺伝子改変された患者由来T細胞は、再発/難治性のB細胞前駆体急性リンパ芽球性白血病(Bcp-ALL)患者にとって、新規で効果的な選択肢となる1、2。実際、最近の2つの短期のFDA承認(それぞれレンチウイルス及びレトロウイルスのプラットフォームに基づくノバルティスのCD19標的CAR T細胞製品キムリア(Kymriah)(商標)及びKiteの製品イエスカルタ(Yescarta)(商標))は、この分野での急速な進歩を浮き彫りにした。CAR T細胞を投与されたCD19+悪性腫瘍患者で報告された刺激的な結果3,4を考慮すると、この治療を検討する患者の数が継続的に増加し、遺伝子組み換え製品にさらされる患者数も増加すると予想される。遺伝子操作の技術は比較的新しいため、CAR T細胞療法に関連する遅発性副作用のいくつかはまだ予測不可能であり、医学研究者、医療機関、規制当局は、遺伝子療法が可能な限り安全であることを保証するために取り組んでいる。
【0003】
B-ALLの場合、CAR T細胞療法は迅速かつ持続的な臨床反応を引き起こすが、再発、サイトカイン放出症候群(CRS)、及びオンターゲットオフ腫瘍効果などの生命を脅かす反応が普及への障壁となっている。
【0004】
初期の完全寛解率が高いにもかかわらず、再発はCAR T細胞抗白血病療法にとって克服するのが困難な段階である。早期再発である、CD19陽性(又はCD20/CD22陽性の場合も早期再発が予想される)は、CAR T細胞のインビボでの短い持続期間、又は微小環境によって誘導される阻害に関連している。時間の経過とともに、再発する患者の最大30%はCD19陰性B-ALLの進行を特徴とし、選択的エクソンスプライシング又は遺伝子欠失による抗原の喪失が生じる。この変異により、腫瘍細胞は、装甲CAR-T5に対して再び見えなくなる。
【0005】
CRSは、多数のT細胞の活性化及び炎症性サイトカインの過剰分泌を特徴とする免疫介在性疾患であり、致命的な可能性のある合併症の中でも特に内臓又は血管内皮損傷、心不全、呼吸困難を引き起こす6。
【0006】
オンターゲットオフ腫瘍は、腫瘍関連抗原を発現する正常組織に対するCAR-T細胞の反応性によるものである。したがって、オフ腫瘍ターゲッティングを減らすために、標的抗原は可能な限り特異的である必要がある。
【0007】
CAR.CD19 T細胞治療の争点では、患者におけるT細胞のオフ腫瘍作用は長期的なB細胞形成不全と関連している7。
【0008】
安全性の点として、養子移入されたT細胞を選択的に除去するためにCARコンストラクトを修飾することが、このアプローチの臨床応用を成功させるための重要なステップになりつつある。
【0009】
自殺遺伝子を組み込むことで、重篤な毒性が発生した場合の追加の安全対策が提供される。
【0010】
細胞傷害性プロドラッグ(HSV-TK)を活性化する遺伝子組換え酵素や、遺伝子組換えT細胞の抗体依存性枯渇メカニズムを媒介する表面分子(CD20、EGFR)の遺伝子組込みに基づいたスイッチがいくつか開発されている8、9。
【0011】
自殺遺伝子誘導性キャスペース9(iC9)の臨床使用も、GVHD又はCRS制御を改善するためにドナーのリンパ球が改変されたハプロ同一造血幹細胞移植を受けた患者において報告されている。AP1903薬剤の注入は、iC9二量体化の活性化を介して細胞アポトーシスを開始する10,11。
【0012】
CAR T細胞の分野では、第2世代CAR.CD19をコードするレンチウイルスベクターに基づく遺伝子操作によって得られた患者由来の製剤(DP)に白血病のクロノタイプが存在することが報告された。特に、CD19陰性、CAR.CD19発現B型白血病を再発した2人のBcp-ALL患者が報告されている。この観察は、CAR T細胞製造中に第2世代のCAR.CD19レンチウイルスで白血病B細胞を不注意に形質導入したものと解釈できる。この白血病クローンは、異種移植モデルにおいてCAR.CD19 T細胞死滅に対して耐性を示す結果となった12。基本的に、標準的なCAR.CD19 T細胞注入を受けた患者の臨床診療において、CAR.CD19を発現する白血病で再発した、患者の症例が発見された。同じCAR+白血病では、B細胞白血病に対するCAR自体のマスキング効果により、標的抗原CD19はもはや検出できなかった。
【0013】
さらなる17の輸液製品の次世代免疫グロブリン重鎖配列決定(NGIS)分析により、追加の6つの製品(35%)の白血病クロノタイプも同定された。
【0014】
インビトロ及びインビボ実験により、これらのCAR+白血病細胞クローンはCAR.CD19 T細胞12によって殺されないことが証明された。したがって、CAR T細胞へのアプローチにより、CD19-/CAR+白血病再発の潜在的なリスクが明らかになった。CAR+白血病細胞クローンが抗CAR.CD19イディオタイプCARによって制御できることが、研究により示されている13。このアプローチによれば、患者ごとにCAR-T細胞と抗CAR細胞の両方を生成する必要があり、結果的にコストが増大する。
【0015】
現在の自己免疫疾患の治療法は、主に非ステロイド性抗炎症薬、抗マラリア薬、糖質コルチコイド、及び臓器機能不全を伴う重度の症状に対する免疫抑制の使用に依存している。B細胞はこれらの疾患の病因において中心的な役割を果たしているため、多くのB細胞を対象とした免疫療法が最近、開発されている。しかしながら、これらの治療法では、血清学的に活動性の疾患を有するSLE患者のサブグループにおいて、わずかな成功しか示されていない。抗BAFF(B細胞活性化因子)剤であるベリムマブ(belimumab)は、SLEに対する最初の標的生物学的治療法であり、食品医薬品局及び欧州医薬品庁から承認を得ているが、ナイーブB細胞を部分的に枯渇させることができるのみである。対照的に、他の2つのBAFF遮断薬である、タバルマブ(tabalumab)及びブリシビモド(blisibimod)は、SLE治療に対して臨床試験で陰性の結果を示した。CD20に対する抗体であるリツキシマブ(Rituximab)は、より効率的にB細胞を枯渇させることができるが、SLE患者の奏効率は研究間で大きく異なる。リツキシマブによる治療後の病気の再発は依然として問題である。CD19、CD20及びCD22などのB細胞マーカーの発現は、B細胞分化の全ての段階を通じて高レベルに維持される。したがって、これらは、これらの患者においてより効率的で長期にわたる治療反応を達成するための良い標的であると考えられている。この理由により、抗CD19キメラ抗原受容体を発現する自己T細胞の移植が、3人のSLE患者の治療に使用されている(DOI: 10.1056/NEJMc2107725)。
【0016】
CAR T注入の恩恵を受ける患者の数が増加するにつれて、遺伝子治療アプローチの安全性レベルを高めることが必須となっている。
【0017】
したがって、上記を考慮すると、既知のCAR T細胞の欠点を克服することができる、さらなるCD19、CD20、及びCD22標的CAR T細胞を提供する必要があることは明らかである。
【発明の概要】
【0018】
この議論において、本発明の目的は、CD19、CD20、及びCD22標的CAR T細胞遺伝子治療の安全性を高めることである。
【0019】
本目的は、がん治療に関連したもののほかに、全身性エリテマトーデス(SLE)、全身性硬化症(SSc)、ANCA関連血管炎(AAV)、皮膚筋炎(DM)などを含むがそれらに限定されない、自己抗体を産生するB細胞に起因する自己免疫疾患患者にCAR T細胞を使用する場合にも関連する。
【0020】
本発明によれば、短いリンカーを含むCARは、不要なCAR+腫瘍B細胞を認識して死滅させることができるため、CARの標準コンフォメーションに対して安全性のレベルが向上した分子であることが見出された。
【0021】
本発明によれば、CAR T細胞産生が白血病細胞を豊富に含む患者由来材料(白血病芽球の45%以上が含まれる末梢血及び骨髄由来細胞)から開始された場合であっても、CAR+白血病B細胞生成の可能性が低い場合において保護を提供することができる、新しいCAR CD19、CD20又はCD22デザインが提供される。
【0022】
実験結果は、本発明のCARデザインが、望ましくないCAR+白血病細胞の潜在的な生成を認識して死滅させることができるCAR.CD19 T細胞を提供することを示している。
【0023】
特に、インビトロ研究では、長いヒンジ(LH)を有することに加えて、短いリンカー(SL)ベクターを特徴とする、本発明のCAR.CD19(iCas9CAR.CD19SL-LH)で形質導入されたCD19+白血病細胞は、標的抗原CD19の発現が減少しているがヌルではないことを示しており、インビトロ及びインビボでCAR.CD19 T細胞によって認識されるようになる。
【0024】
実験結果によると、本発明のCAR.CD19は、白血病芽球の重度の混入を特徴とする生物学的材料から産生が開始された場合であっても、インビトロ及びインビボ実験の両方でCAR+白血病細胞を制御できることを示している。
【0025】
本発明によれば、患者由来の出発材料(SM)中における高率の白血病混入が、CAR T細胞製剤(DP)に及ぼす影響も評価された。その結果、SM中に多数のCD19+細胞が存在しても、DPの形質導入レベルには影響しないこと、並びに、SMに45%以上のCD19+B白血病細胞が混入していても、最終的な回収率には影響しないことが示された。DPは、細胞蛍光定量アッセイ及び免疫グロブリン(Ig)再編成に関する分子生物学によって詳細に特徴づけられ、DP内のB細胞混入レベルが、SM内のCD19+細胞の割合と相関しないことが示された。
【0026】
したがって、B型白血病細胞が高度に濃縮された患者由来の材料の使用が、白血病細胞の顕著な混入を有するCAR T細胞産物の生成をもたらしたという証拠が提供される。
【0027】
本発明によれば、循環芽球の割合が高い患者(出発材料中に高レベルのB細胞混入の可能性を高めるために診断時又は再発時)から単離された末梢血単核球を、第二世代CAR.CD19.41bb分子を保持したγ-レトロウイルスベクターで遺伝子改変した。Ig再編成に定量的PCRを適用することにより(分子MRD)、DP内のMRDと出発材料に存在するCD19+白血病細胞の割合との間に統計的相関関係が存在しないにもかかわらず、CAR T細胞産物の50%にB細胞混入が観察された。分子アッセイの感度を下回るB細胞の検出レベルを持つCAR T細胞サンプルにおいては、EuroFlowフローサイトメトリープラットフォームは確かにかなりの割合の混入B細胞の存在を検出することができ、これらもCAR.CD19の存在について陽性に染色された。
【0028】
本発明によれば、実施例に示すように、短いリンカーを有するCAR.CD19ベクターで遺伝子改変されたB型白血病細胞株は、長いリンカーを有するCAR.CD19を発現するB型白血病細胞株で観察されたものと比較して、CD19 MFIの有意な減少を示し、CD19は依然として細胞蛍光定量アッセイで検出可能であり、CD19抗体の完全な陰性結合を示している。
【0029】
機能分析により、次の結果が確認された:本発明のCAR.CD19 T細胞は、インビトロ共培養においてCAR+白血病細胞株を排除することができた。
【0030】
最終的に、インビボモデルは上記のインビトロデータを裏付ける。
【0031】
本発明によるCAR.CD19は、コンストラクト中に自殺遺伝子誘導性カスパーゼ9(iC9)も含むことができる。
【0032】
本発明によれば、自殺遺伝子iC9とインフレームでクローニングされたバイシストロニックベクターである、iC9.CAR.CD19をコードするγ-レトロウイルスベクターが使用された。
【0033】
したがって、CAR+ B細胞白血病は、CAR.CD19 T細胞の全身注入によるか、又は自殺遺伝子誘導性カスパーゼ9(iC9)を活性化するAP1903の投与によって、インビボで制御できる可能性がある。
【0034】
事実、AP1903(Rimiducid)は不活性な低分子生体分子であり、コンストラクトのFK結合タンパク質ドメインの二量体化を誘導することにより、iC9媒介カスパーゼカスケードを活性化することができる10。T細胞を枯渇させた同種移植片を与えられ、その後iC9で形質導入したドナーT細胞を移植後注入された患者を対象に行われた極めて重要な研究では、AP1903の投与が化学的誘導二量体化を引き起こし、末梢血と中枢神経系(CNS)の両方から遺伝子改変T細胞を排除し、GVHD及びCRSの迅速な消失につながることが示された。したがって、AP1903の単回投与によるiC9の活性化は、自殺遺伝子を保持するT細胞の迅速で長期的な制御をもたらす11。
【0035】
以下の実施例で説明するように、CD19+腫瘍細胞株は、CAR+白血病クロノタイプを再現するために、iC9.CAR.CD19をコードするバイシストロニックベクターで遺伝子改変された。AP1903への曝露によるiC9の活性化により、CAR+白血病細胞を除去することができることが、インビトロ実験によって示された。特に、AP1903で処理したiC9.CAR+白血病細胞株の細胞蛍光定量分析は、培養液中に生き残っている残りの細胞が、未処理細胞と比較してCARの発現が強く低下していることを特徴としているが、依然として検出可能なCAR MFI閾値を持っていることを示している。より高感度の分子分析により、iC9の活性化は、処理後の残存細胞間の導入遺伝子検出の大幅な減少と関連しており、AP1903処理後に生存している白血病B細胞は残存する低いVCN閾値を示していることが明らかになった。
【0036】
これらのデータは、iC9発現レベルが低い細胞を温存しながら、AP1903処理がiC9+細胞の大部分を除去するのに非常に効率的であることを示す、インビトロ14,15及びインビボの証拠16の両方を確証するものであった。確かに、遺伝子組み換えT細胞の文脈では、GVHD治療のためにHSCT後にハプロアイデンティカルiC9-T細胞注入を受けた患者では、AP1903投与後にiC9-T細胞が1%残存していた。残存するiC9+ T細胞は、おそらく低レベルのT細胞活性化に関連した、顕著に鈍い導入遺伝子の発現を特徴としていた。確かに、iC9+ T細胞の除去は、AP1903の反復投与中のT細胞活性化によって増強される可能性がある16。対照的に、iC9が腫瘍細胞で発現している場合、AP1903は、大規模かつ迅速なアポトーシスを誘導することができ、インビボでの顕著な腫瘍制御をもたらす14,15。
【0037】
本発明の文脈において、iC9.CAR.CD19遺伝子をコードするレトロウイルスベクターによる白血病細胞の遺伝子改変という起こりそうもない出来事の場合には、AP1903曝露まで生き残った白血病細胞は、その表面で高いCAR発現を欠いており、その結果、WT白血病/リンパ腫細胞と同様に、CAR.CD19同種異系NK細胞とCAR.CD19 T細胞の両方によって、高効率でCD19抗原を標的化できる可能性が生じる。
【0038】
さらに、本発明の文脈において、CARデザインは、CAR.CD19 T細胞の抗白血病活性を実質的に改変することなく、CAR+白血病細胞を認識して殺すことができるCAR.CD19 T細胞の能力を調節する関連因子でもある。確かに、CAR.CD19SL/LH又はSL/SH T細胞は、インビトロ及びインビボのモデルの両方において、より従来のCAR.CD19LL/SH T細胞と同程度の顕著な抗白血病活性を発揮する。それにもかかわらず、CD19及びショートリンカーCAR.CD19が白血病B細胞株の同じ細胞膜上のCISで発現する場合、CD19はフローサイトメトリーによって依然として検出可能であるものの、後者は野生型B細胞と比較してCD19 MFIの大幅な低下を示し、抗原の不完全なCISマスキングが示唆された。
【0039】
したがって、本発明の特定の目的は、N末端からC末端まで:
a)シグナルペプチド、
b)抗CD19一本鎖抗体ドメイン、抗CD20一本鎖抗体ドメイン、又は抗CD22一本鎖抗体ドメインからなる群から選択される一本鎖抗体ドメインであって、互いにリンカーによって連結されたVL配列及びVH配列を含むか、又はそれらからなる、一本鎖抗体ドメイン、
c)ヒンジ、
d)膜貫通ドメイン、
e)共刺激性シグナル伝達ドメイン、及び
f)CD3ゼータ鎖配列
を含むか、又はそれらからなるキメラ抗原受容体であって、
前記リンカーは、例えば7個~12個又は7個~10個又は8個などの7個~14個の長さ(すなわち、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個又は14個のアミノ酸の長さ)のアミノ酸の短いフレキシブルなリンカーである。
【0040】
特定されない限り、本明細書で使用される場合、scFvは、VL可変領域及びVH可変領域をいずれの順序で有してもよく、例えば、ポリペプチドのN末端及びC末端に関して、scFvは、VL-リンカー-VHを含んでもよく、又はVH-リンカー-VLを含んでもよい。
【0041】
本発明によれば、抗CD19一本鎖抗体ドメインは、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列及びVH配列をいずれかの順序で含んでもよく、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列は、CDR1配列QDISKY(配列番号1)、CDR2配列HTS及びCDR3配列GNTLP(配列番号2)を含む一方で、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列は、CDR1配列GVSLPDYG(配列番号3)、CDR2配列IWGSETT(配列番号4)及びCDR3配列AKHYYYGGSYAMDY(配列番号5)を含み;抗CD20一本鎖抗体ドメインは、抗CD20 VL配列及びVH配列を含むことができ、抗CD20 VL配列22は、CDR1配列SSVSY(配列番号6)、CDR2配列ATS及びCDR3配列QQWTSNPPT(配列番号7)を含む一方で、抗CD20 VH配列は、CDR1配列GYTFTSYN(配列番号8)、CDR2配列IYPGNGDT(配列番号9)及びCDR3配列ARSTYYGGDWYFNV(配列番号10)を含み;抗CD22一本鎖抗体ドメインは、抗CD22 VL及びVH配列を含むことができ、抗CD22 VL配列は、CDR1配列QSLANSYGNTF(配列番号11)、CDR2配列GIS及びCDR3配列LQGTHQP(配列番号12)を含む一方で、抗CD 22 VH配列は、CDR1配列GYRFTNYWIH(配列番号13)、CDR2配列INPGNNYA(配列番号14)及びCDR3配列TRを含む。
【0042】
本発明によれば、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列は、配列
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEIT(配列番号15)
を含むか、又はそれからなることができ、
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列は、配列
EVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSS(配列番号16);
を含むか、又はそれからなることができ、
抗CD20 VL配列は、配列
QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQKPGSSPKPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIK(配列番号17)
を含むか、又はそれからなることができ、
抗CD20 VH配列は、配列
QVQLQQPGAELVKPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPGRGLEWIGAIYPGNGDTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSTYYGGDWYFNVWGAGTTVTVSA(配列番号18);
を含むか、又はそれからなることができ、
抗CD22 VL配列は、配列
DVQVTQSPSSLSASVGDRVTITCRSSQSLANSYGNTFLSWYLHKPGKAPQLLIYGISNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQGTHQPYTFGQGTKVEIK(配列番号19)
を含むか、又はそれからなることができ、
抗CD22 VH配列は、配列
EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYRFTNYWIHWVRQAPGQGLEWIGGINPGNNYATYRRKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTREGYGNYGAWFAYWGQGTLVTVSS(配列番号20)
を含むか、又はそれからなることができる。
【0043】
VL配列とVH配列を連結するリンカーは、短くフレキシブルなアミノ酸グリシンリッチな配列、例えば、(G4S)2リンカーGGGGSGGGG(配列番号35)、G4SG2リンカーGGGGSGG(配列番号37)又はG3SG4リンカーGGGSGGGG(配列番号38)、SG4SG3リンカーSGGGGSGGG(配列番号186)、(SG4)2 SリンカーSGGGGSGGGGS(配列番号187)、(SG4)2SGリンカーSGGGGSGGGGSG(配列番号188)、(SG4)2SG3リンカーSGGGGSGGGGSGGGリンカー(配列番号189)、(SG4)2 SGGGGSGGGG(配列番号190)、(SG4)2 SG2 SGGGGSGGGGSGG(配列番号191)からなるグループから選択することができ、好ましくはG3SG4リンカーである。
【0044】
特定の実施形態によれば、前記ヒンジは、以下のヒンジ:
CD8ストーク
TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号21)(ヌクレオチド番号M12828.1及びタンパク質番号AAB04637.1);
ヒンジCD28 EVMYPPPYLDNEKSNGTIIHVKGKHLCPSPLFPGPSKP(配列番号22)(ヌクレオチド番号AJ517504.1及びタンパク質番号CAD57003.1);
ヒンジCH2-CH3(UNIPROTKB:P01861)
ESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号23);
又は
ヒンジCH3(UNIPROTKB:P01861):
ESKYGPPCPSCPGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK(配列番号24)
のうちの1つ又は複数を含むか、又はそれらからなることができ、好ましくはCD8ストークを含むか、又はそれらからなることができる。
【0045】
本発明によれば、ヒンジは、第2のリンカー(又はアダプター)によって一本鎖抗体ドメインに連結することができる。
【0046】
本発明によれば、前記ヒンジは、N末端で追跡可能なマーカーと連結させることができ、前記追跡可能なマーカーは、任意選択で第2のリンカー(又はアダプター)によって、一本鎖抗体ドメインに連結され、すなわち、第2のリンカーは一本鎖抗体ドメイン及び追跡可能なマーカーを連結する。例えば、第2のリンカー(又はアダプター)は、例えばGSなどのジペプチドであり得る。
【0047】
本発明によれば、追跡可能なマーカーは、以下の群から選択できる:
ΔCD34 ELPTQGTFSNVSTNVS(配列番号25)(ヌクレオチド番号AB238231.1及びタンパク質番号BAE46748.1);又は
NGFR
KEACPTGLYTHSGECCKACNLGEGVAQPCGANQTVCEPCLDSVTFSDVVSATEPCKPCTECVGLQSMSAPCVEADDAVCRCAYGYYQDETTGRCEACRVCEAGSGLVFSCQDKQNTVCEECPDGTYSDEANHVDPCLPCTVCEDTERQLRECTRWADAECEEIPGRWITRSTPPEGSDSTAPSTQEPEAPPEQDLIASTVAGVVTTVMGSSQPVVTRGTTDN(配列番号26)(ヌクレオチド番号AK313654.1及びタンパク質番号BAG36408.1)、好ましくはΔCD34。
【0048】
本発明によれば、ヒンジCD8ストークを追跡可能なマーカーΔCD34に連結することができる。
【0049】
膜貫通ドメインは、CD28TM FWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWV(配列番号27)(ヌクレオチド番号BC112085.1及びタンパク質番号AAI12086.1)、又はCD8aTM IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号28)(ヌクレオチド番号NM_001768.6及びタンパク質番号NP_001759.3)、好ましくはCD8aTMからなる群から選ぶことができる。
【0050】
本発明によれば、共刺激性シグナル伝達ドメインは、以下からなる群から選ぶことができる:
CD28細胞質配列RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS(配列番号29)(ヌクレオチドID番号:AF222341.1及びタンパク質番号:AAF33792.1)、CD137(4-1BB)配列KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号30)(ヌクレオチド番号:U03397.1及びタンパク質番号:AAA53133.1)、OX40配列RDQRLPPDAHKPPGGGSFRTPIQEEQADAHSTLAKI(配列番号31)(ヌクレオチド番号:NM_003327.3及びタンパク質番号:NP_003318.1)、又は
以下を連結することによって得られる配列:
CD28細胞質配列(配列番号29)とCD137(4-1BB)配列(配列番号30)、
CD137(4-1BB)配列(配列番号30)とCD28細胞質配列(配列番号29)、
CD28細胞質配列(配列番号29)とOX40配列(配列番号31)、
OX40配列(配列番号31)とCD28細胞質配列(配列番号29)、
OX40配列(配列番号31)とCD137(4-1BB)配列(配列番号30)、
CD137(4-1BB)配列(配列番号30)とOX40配列(配列番号31)。
本発明によれば、CD3ゼータ鎖配列は、
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR*(配列番号32)(ヌクレオチド番号:J04132.1及びタンパク質番号:AAA60394.1)である。
【0051】
本発明によれば、キメラ抗原受容体は、膜貫通ドメインと共刺激性シグナル伝達ドメインの間のCD8cyt:LYCNHRNRRRVCKCPR(配列番号40)(ヌクレオチド番号NM_001768.6及びタンパク質番号:NP_001759.3)の細胞質部分をさらに含むことができる。
【0052】
CD8cytの細胞質部分は、ジペプチド、例えばVDなどのリンカーによって、共刺激性シグナル伝達ドメインに連結していてもよい。
【0053】
本発明によれば、シグナルペプチドは、MEFGLSWLFLVAILKGVQC(配列番号41)(ヌクレオチド番号:AB776838.1及びタンパク質番号:BAN63131.1)を含むか、又はそれからなることができる。
本発明によれば、キメラ抗原受容体は、
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSELPTQGTFSNVSTNVSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号72)
又は
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR(配列番号33)を含むか、又はそれらからなる。
【0054】
すなわち、本発明による抗CD19キメラ抗原受容体は、以下からなることができる:
シグナルペプチドMEFGLSWLFLVAILKGVQC(配列番号:41)、これはSRリンカーによって、以下と連結されている:
FMC63ハイブリドーマ由来の抗CD19一本鎖抗体ドメイン、これは、FMC63 VL配列
DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEIT(配列番号15)からなり、フレックスリンカー(短いリンカー-SL)、好ましくはG3SG4リンカーGGGSGGGG(配列番号38)によってFMC63 VH配列
EVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSS(配列番号16)、に連結されており、FMC63 VH配列は、GSリンカー(すなわち、第2のリンカー又はアダプター)によって以下に連結されている:
追跡可能なマーカーΔCD34 ELPTQGTFSNVSTNVS(配列番号25)及びCD8ストーク PAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号21)(長いヒンジ-LH:ΔCD34+CD8ストーク)又はCD8ストーク PAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD(配列番号21)(短いヒンジ-SH:CD8ストーク)、これは以下と連結されている:
CD8aTM IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT(配列番号28)、これは以下と連結される:
CD8cytの細胞質部分 LYCNHRNRRRVCKCPR(配列番号40)、これはリンカーVDによって以下と連結されている:
共刺激性シグナル伝達ドメインCD137(4-1BB)配列:KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL(配列番号30)、これはCD3ゼータ鎖RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR*(配列番号32)に結合されている。
【0055】
本発明は、上で定義したキメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列を含むか、又はそれからなるヌクレオチド配列にも関する。
特に、抗CD19 FMC63ハイブリドーマVL配列は、以下のヌクレオチド配列
GACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACA(配列番号52)
によってコードされ得、
抗CD19 FMC63ハイブリドーマVH配列は、以下のヌクレオチド配列
GAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCA(配列番号53);
によってコードされ得、
抗CD20 VL配列は、以下のヌクレオチド配列
CAGATCGTGCTGAGCCAGAGCCCCGCCATCCTGAGCGCCAGCCCCGGCGAGAAGGTGACCATGACCTGCAGGGCCAGCAGCAGCGTGAGCTACATCCACTGGTTCCAGCAGAAGCCCGGCAGCAGCCCCAAGCCCTGGATCTACGCCACCAGCAACCTGGCCAGCGGCGTGCCCGTGAGGTTCAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCAGCTACAGCCTGACCATCAGCAGGGTGGAGGCCGAGGACGCCGCCACCTACTACTGCCAGCAGTGGACCAGCAACCCCCCCACCTTCGGCGGCGGCACCAAGCTGGAGATCAAG(配列番号54)
によってコードされ得、
抗CD20 VH配列は、以下のヌクレオチド配列
CAGGTGCAGCTGCAGCAGCCCGGCGCCGAGCTGGTGAAGCCCGGCGCCAGCGTGAAGATGAGCTGCAAGGCCAGCGGCTACACCTTCACCAGCTACAACATGCACTGGGTGAAGCAGACCCCCGGCAGGGGCCTGGAGTGGATCGGCGCCATCTACCCCGGCAACGGCGACACCAGCTACAACCAGAAGTTCAAGGGCAAGGCCACCCTGACCGCCGACAAGAGCAGCAGCACCGCCTACATGCAGCTGAGCAGCCTGACCAGCGAGGACAGCGCCGTGTACTACTGCGCCAGGAGCACCTACTACGGCGGCGACTGGTACTTCAACGTGTGGGGCGCCGGCACCACCGTGACCGTGAGC(配列番号55);
によってコードされ得、
抗CD22 VL配列は、以下のヌクレオチド配列
GACGTGCAGGTGACCCAGAGCCCCAGCAGCCTGAGCGCCAGCGTGGGCGACAGGGTGACCATCACCTGCAGGAGCAGCCAGAGCCTGGCCAACAGCTACGGCAACACCTTCCTGAGCTGGTACCTGCACAAGCCCGGCAAGGCCCCCCAGCTGCTGATCTACGGCATCAGCAACAGGTTCAGCGGCGTGCCCGACAGGTTCAGCGGCAGCGGCAGCGGCACCGACTTCACCCTGACCATCAGCAGCCTGCAGCCCGAGGACTTCGCCACCTACTACTGCCTGCAGGGCACCCACCAGCCCTACACCTTCGGCCAGGGCACCAAGGTGGAGATCAAG(配列番号56)
によってコードされ得、
抗 CD22 VH 配列は、以下のヌクレオチド配列
GAGGTGCAGCTGGTGCAGAGCGGCGCCGAGGTGAAGAAGCCCGGCGCCAGCGTGAAGGTGAGCTGCAAGGCCAGCGGCTACAGGTTCACCAACTACTGGATCCACTGGGTGAGGCAGGCCCCCGGCCAGGGCCTGGAGTGGATCGGCGGCATCAACCCCGGCAACAACTACGCCACCTACAGGAGGAAGTTCCAGGGCAGGGTGACCATGACCGCCGACACCAGCACCAGCACCGTGTACATGGAGCTGAGCAGCCTGAGGAGCGAGGACACCGCCGTGTACTACTGCACCAGGGAGGGCTACGGCAACTACGGCGCCTGGTTCGCCTACTGGGGCCAGGGCACCCTGGTGACCGTGAGCAGC(配列番号57)
によってコードされ得る。
本発明によれば、抗CD19キメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列は、
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA(配列番号58)
又は
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAAA(配列番号34)
である。
【0056】
本発明によれば、ヌクレオチド配列は、2A自己切断ペプチドをコードするヌクレオチド配列によって、前記キメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列に連結された自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列をさらに含むことができる。自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列は、キメラカスパーゼ-9ポリペプチドであってもよく、又は単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼを含む。
【0057】
したがって、細胞において、ポリヌクレオチド2A自己切断ペプチドは、自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列及びキメラ抗原受容体を含むペプチドを、2つの別個のペプチド、すなわち自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列及びキメラ抗原受容体アミノ酸配列に切断する。
一実施形態によれば、ヌクレオチド配列は以下のものであり得る:
ATGCTCGAGATGCTGGAGGGAGTGCAGGTGGAGACTATTAGCCCCGGAGATGGCAGAACATTCCCCAAAAGAGGACAGACTTGCGTCGTGCATTATACTGGAATGCTGGAAGACGGCAAGAAGGTGGACAGCAGCCGGGACCGAAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGGAAGCAGGAAGTGATCCGGGGCTGGGAGGAAGGAGTCGCACAGATGTCAGTGGGACAGAGGGCCAAACTGACTATTAGCCCAGACTACGCTTATGGAGCAACCGGCCACCCCGGGATCATTCCCCCTCATGCTACACTGGTCTTCGATGTGGAGCTGCTGAAGCTGGAAAGCGGAGGAGGATCCGGAGTGGACGGGTTTGGAGATGTGGGAGCCCTGGAATCCCTGCGGGGCAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGTCTATGGAGCCTTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAGAGCGGGCTGCGGACCAGAACAGGATCCAATATTGACTGTGAAAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAGGTGAAAGGCGATCTGACCGCTAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAACTGGCTCGGCAGGACCATGGGGCACTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGAGTCACGGCTGCCAGGCTTCACATCTGCAGTTCCCTGGGGCAGTCTATGGAACTGACGGCTGTCCAGTCAGCGTGGAGAAGATCGTGAACATCTTCAACGGCACCTCTTGCCCAAGTCTGGGCGGGAAGCCCAAACTGTTCTTTATTCAGGCCTGTGGAGGCGAGCAGAAAGATCACGGCTTCGAAGTGGCTAGCACCTCCCCCGAGGACGAATCACCTGGAAGCAACCCTGAGCCAGATGCAACCCCCTTCCAGGAAGGCCTGAGGACATTTGACCAGCTGGATGCCATCTCAAGCCTGCCCACACCTTCTGACATTTTCGTCTCTTACAGTACTTTCCCTGGATTTGTGAGCTGGCGCGATCCAAAGTCAGGCAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGATATCTTTGAGCAGTGGGCCCATTCTGAAGACCTGCAGAGTCTGCTGCTGCGAGTGGCCAATGCTGTCTCTGTGAAGGGGATCTACAAACAGATGCCAGGATGCTTCAACTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACCTCCGCATCTAGGGCCCCGCGGGAAGGCCGAGGGAGCCTGCTGACATGTGGCGATGTGGAGGAAAACCCAGGACCACCATGGATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA(配列番号180)
【0058】
すなわち、この塩基配列は、iCas9CAR.CD19SL-LHとも名付けられる配列をコードしており、以下の配列を含む:
iCas9キメラタンパク質(FKBP12wt結合領域-リンカー-カスパーゼ9ポリペプチド):
FKBP12wt結合領域:
ATGCTCGAGATGCTGGAGGGAGTGCAGGTGGAGACTATTAGCCCCGGAGATGGCAGAACATTCCCCAAAAGAGGACAGACTTGCGTCGTGCATTATACTGGAATGCTGGAAGACGGCAAGAAGGTGGACAGCAGCCGGGACCGAAACAAGCCCTTCAAGTTCATGCTGGGGAAGCAGGAAGTGATCCGGGGCTGGGAGGAAGGAGTCGCACAGATGTCAGTGGGACAGAGGGCCAAACTGACTATTAGCCCAGACTACGCTTATGGAGCAACCGGCCACCCCGGGATCATTCCCCCTCATGCTACACTGGTCTTCGATGTGGAGCTGCTGAAGCTGGAA(配列番号59)(ヌクレオチド番号:BT007066.1)
接続の連結
AGCGGAGGAGGATCCGGA(配列番号60)
カスパーゼ-9ポリペプチド
GTGGACGGGTTTGGAGATGTGGGAGCCCTGGAATCCCTGCGGGGCAATGCCGATCTGGCTTACATCCTGTCTATGGAGCCTTGCGGCCACTGTCTGATCATTAACAATGTGAACTTCTGCAGAGAGAGCGGGCTGCGGACCAGAACAGGATCCAATATTGACTGTGAAAAGCTGCGGAGAAGGTTCTCTAGTCTGCACTTTATGGTCGAGGTGAAAGGCGATCTGACCGCTAAGAAAATGGTGCTGGCCCTGCTGGAACTGGCTCGGCAGGACCATGGGGCACTGGATTGCTGCGTGGTCGTGATCCTGAGTCACGGCTGCCAGGCTTCACATCTGCAGTTCCCTGGGGCAGTCTATGGAACTGACGGCTGTCCAGTCAGCGTGGAGAAGATCGTGAACATCTTCAACGGCACCTCTTGCCCAAGTCTGGGCGGGAAGCCCAAACTGTTCTTTATTCAGGCCTGTGGAGGCGAGCAGAAAGATCACGGCTTCGAAGTGGCTAGCACCTCCCCCGAGGACGAATCACCTGGAAGCAACCCTGAGCCAGATGCAACCCCCTTCCAGGAAGGCCTGAGGACATTTGACCAGCTGGATGCCATCTCAAGCCTGCCCACACCTTCTGACATTTTCGTCTCTTACAGTACTTTCCCTGGATTTGTGAGCTGGCGCGATCCAAAGTCAGGCAGCTGGTACGTGGAGACACTGGACGATATCTTTGAGCAGTGGGCCCATTCTGAAGACCTGCAGAGTCTGCTGCTGCGAGTGGCCAATGCTGTCTCTGTGAAGGGGATCTACAAACAGATGCCAGGATGCTTCAACTTTCTGAGAAAGAAACTGTTCTTTAAGACCTCC(配列番号61)(ヌクレオチド番号:AK292111.1)
接続の連結
GCATCTAGGGCCCCGCGG(配列番号62)
T2A自己切断ペプチド
GAAGGCCGAGGGAGCCTGCTGACATGTGGCGATGTGGAGGAAAACCCAGGACCA(配列番号63)(ヌクレオチド番号:AF062037.1)
接続の短いリンカー
CCATGG
シグナルペプチド
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGG(配列番号64)(ヌクレオチド番号:AB776838.1)
VL配列(FMC63)
GACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACA(配列番号52)
フレックスショートリンカー
GGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGC(配列番号65)
VH配列(FMC63)
GAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCA(配列番号53)
LH(長いヒンジ):(短いリンカー、すなわち、第2のリンカー又はアダプター)+(追跡可能なマーカー:ΔCD34細胞外+ヒンジ:CD8ストーク細胞外):
短いアダプター
GGATCC
ΔCD34細胞外
GAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGT(配列番号66)(ヌクレオチド番号AB238231.1)
CD8ストーク細胞外
CCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGAC(配列番号67)(ヌクレオチド番号:M12828.1);
CD8aTM(膜貫通型)
ATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACT(配列番号68)(ヌクレオチド番号NM_001768.6)
CD8cyt(細胞質)
CTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGG(配列番号69)(ヌクレオチド番号NM_001768)
短いリンカー(Sal I部位を含む)
GTCGAC
4-1BB
AAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTG(配列番号70)(ヌクレオチド番号:U03397.1)
CD3ゼータ(CD3Zeta)鎖
AGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA(配列番号71)(ヌクレオチド番号:J04132.1)。
【0059】
本発明によれば、iCas9CAR.CD19SL-SHは、短いヒンジ(SH):(短いアダプター)+(ヒンジ:CD8ストーク細胞外)を含むという事実を除いて、iCas9CAR.CD19SL-LHの配列からなる。
【0060】
本発明は、上で定義したヌクレオチド配列を含むベクターであって、DNAベクター、RNAベクター、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、γ-レトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクター、又は非ウイルスベクターである、ベクターにも関する。
【0061】
さらに、本発明は、上で定義したキメラ抗原受容体及び/又は上で定義したベクター若しくはプラスミドを含む、アルファ/ベータ及びガンマ/デルタT細胞などのT細胞、NK細胞、NK-T細胞などの細胞に関する。
【0062】
本発明による細胞は、キメラカスパーゼ-9ポリペプチドなどの自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列をさらに含むことができるか、又は単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSVTK配列番号42)を含む。
【0063】
自殺遺伝子誘導性アミノ酸配列はキメラカスパーゼ-9ポリペプチドであるか、又は、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSVTK配列番号42)を含むことができる。
キメラカスパーゼ-9ポリペプチドは、以下を含むか、又はそれらからなることができる:
短い5’リーダーペプチドMLEMLE(配列番号43)及び以下の配列のヒトFKBP12(V36F)の変異体を含むか、又はそれらからなるFKBP12結合領域
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号44)(ヌクレオチド番号:BT007066.1及びタンパク質番号:AAP35729.1)、これはSGGGSG(配列番号45)などのリンカーによってカスパーゼ-9ポリペプチドへ連結されている
VDGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELARQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号46)(ヌクレオチド番号:AK292111.1及びタンパク質番号:BAF84800.1)、これはASRAPR(配列番号47)リンカー(SacII酵素部位を含む)などのリンカーによって、T2A(トセアアシグナウイルス2(thosea asigna virus 2)から由来)AEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号48)(ヌクレオチド番号: AF062037.1及びタンパク質番号:YP_009665206.1)、P2A(ブタテスコウイルス-1 2A(porcine teschovirus-1 2A)由来)ATNFSLLKQAGDVEENPGP(配列番号49)(ヌクレオチド番号:AB038528.1及びタンパク質番号:BAB32828.1)、E2A(ウマ鼻炎Aウイルス由来)QCTNYALLKLAGDVESNPGP(配列番号50)(ヌクレオチド番号NC_039209.1及びタンパク質番号:「YP_009513027.1」)
又はF2A(口蹄疫ウイルス由来:VKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(配列番号51)(ヌクレオチド番号:AY593825.1及びタンパク質番号:AAT01768.1)、好ましくはT2Aからなる群から選ばれるポリヌクレオチド2A自己切断ペプチドに連結されている。
【0064】
本発明の特定の実施形態によれば、キメラカスパーゼ-9ポリペプチドは以下からなる:
-リーダーペプチドMLEMLE(配列番号43)、
- FKBP12結合領域
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKVDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE(配列番号44)、これは(配列番号45)によって以下のものに連結されている
- カスパーゼ-9ポリペプチド
VDGFGDVGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELARQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQACGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPGCFNFLRKKLFFKTS(配列番号46)、これはリンカーASRAPR(配列番号47)によって以下のものに連結されている
-AEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号48)をコードするT2A自己切断ペプチド。
【0065】
本発明によれば、細胞は、IL-7及びIL-15の両方が存在する培養条件で得ることができ、例えば、前記細胞の調製のための過程の活性化ステップ、形質導入ステップ及び/又は拡大ステップの培養条件で得ることができる。
【0066】
本発明はまた、上記で定義したヌクレオチド配列、又は上記で定義したベクター、又は上記で定義した細胞を、1つ又は複数の賦形剤及び/又はアジュバントとともに含む医薬組成物にも関する。
【0067】
さらに、本発明は、医療用途のための、上に定義したキメラ抗原受容体、上に定義したヌクレオチド配列、上に定義したベクター、上に定義した細胞、上に定義した医薬組成物に関する。
【0068】
CD19+、CD20+、又はCD22+がん、例えばB細胞リンパ腫(非ホジキンリンパ腫(NHL))、急性リンパ芽球白血病(ALL)、骨髄性白血病及び慢性リンパ性白血病(CLL)の治療に使用するための、上記で定義したキメラ抗原受容体、上記で定義したヌクレオチド配列、上記で定義したベクター、上記で定義した細胞、上記で定義した医薬組成物も、本発明の目的である。
【0069】
全身性エリテマトーデス(SLE)、全身性硬化症(SSc)、ANCA関連血管炎(AAV)、皮膚筋炎(DM)を含むがこれらに限定されない、自己抗体を生成するB細胞によって引き起こされる自己免疫疾患の治療に使用するための、上記で定義したキメラ抗原受容体、上記で定義したヌクレオチド配列、上記で定義したベクター、上記で定義した細胞、上記で定義した医薬組成物も、本発明の目的である。
次に、本発明を、特に実施例及び添付の図面を参照しながら、その好ましい実施形態に従って、例示的にではあるが、限定的にではなく説明する:
【図面の簡単な説明】
【0070】
【
図1A】診断時にBcp-ALL患者由来のPBMCから生成されたCAR.CD19 T細胞を示す図である。(A)α-CD19のscFvは、iC9自殺遺伝子、ΔCD34追跡可能なマーカー、及び4.1BB及びCD3σシグナル伝達エンドドメインの両方とインフレームでクローン化される。診断時のBcp-ALL患者のPBMCは、可溶性α-hCD3/α-hCD28 mAb及びrh-IL7/rh-IL15で活性化され、CAR.CD19γ-レトロウイルス上清で形質導入される。(B)非形質導入(NT)T細胞(陰性対照;左パネル)及びCAR.CD19遺伝子改変T細胞(右パネル)におけるΔCD34検出によるCAR発現を示す代表的なドナーのフローサイトメトリー分析を示す図である。(C)CAR T細胞の製造に使用される出発原料中の、CD19+白血病/リンパ腫細胞が45%超(n=8)又は45%と等しいか未満(n=7)であるDPにおける、生産終了時(14日目)のCAR+ T細胞の割合を示す図である。中央値の45%をカットオフとして使用した。(D)生産終了時のDP中のCAR+ T細胞の割合と、患者からの出発原料中のCD19+白血病細胞の割合との間の相関マトリックスを示す図である。(E)SM中のCD19+ B細胞が45%未満又は45%を超える患者の2つのサブグループにおける、3日目からCAR T細胞の生産終了時までの総拡大倍率を表すヒストグラムを示す図である。
【
図1B】診断時にBcp-ALL患者由来のPBMCから生成されたCAR.CD19 T細胞を示す図である。(A)α-CD19のscFvは、iC9自殺遺伝子、ΔCD34追跡可能なマーカー、及び4.1BB及びCD3σシグナル伝達エンドドメインの両方とインフレームでクローン化される。診断時のBcp-ALL患者のPBMCは、可溶性α-hCD3/α-hCD28 mAb及びrh-IL7/rh-IL15で活性化され、CAR.CD19γ-レトロウイルス上清で形質導入される。(B)非形質導入(NT)T細胞(陰性対照;左パネル)及びCAR.CD19遺伝子改変T細胞(右パネル)におけるΔCD34検出によるCAR発現を示す代表的なドナーのフローサイトメトリー分析を示す図である。(C)CAR T細胞の製造に使用される出発原料中の、CD19+白血病/リンパ腫細胞が45%超(n=8)又は45%と等しいか未満(n=7)であるDPにおける、生産終了時(14日目)のCAR+ T細胞の割合を示す図である。中央値の45%をカットオフとして使用した。(D)生産終了時のDP中のCAR+ T細胞の割合と、患者からの出発原料中のCD19+白血病細胞の割合との間の相関マトリックスを示す図である。(E)SM中のCD19+ B細胞が45%未満又は45%を超える患者の2つのサブグループにおける、3日目からCAR T細胞の生産終了時までの総拡大倍率を表すヒストグラムを示す図である。
【
図1C】診断時にBcp-ALL患者由来のPBMCから生成されたCAR.CD19 T細胞を示す図である。(A)α-CD19のscFvは、iC9自殺遺伝子、ΔCD34追跡可能なマーカー、及び4.1BB及びCD3σシグナル伝達エンドドメインの両方とインフレームでクローン化される。診断時のBcp-ALL患者のPBMCは、可溶性α-hCD3/α-hCD28 mAb及びrh-IL7/rh-IL15で活性化され、CAR.CD19γ-レトロウイルス上清で形質導入される。(B)非形質導入(NT)T細胞(陰性対照;左パネル)及びCAR.CD19遺伝子改変T細胞(右パネル)におけるΔCD34検出によるCAR発現を示す代表的なドナーのフローサイトメトリー分析を示す図である。(C)CAR T細胞の製造に使用される出発原料中の、CD19+白血病/リンパ腫細胞が45%超(n=8)又は45%と等しいか未満(n=7)であるDPにおける、生産終了時(14日目)のCAR+ T細胞の割合を示す図である。中央値の45%をカットオフとして使用した。(D)生産終了時のDP中のCAR+ T細胞の割合と、患者からの出発原料中のCD19+白血病細胞の割合との間の相関マトリックスを示す図である。(E)SM中のCD19+ B細胞が45%未満又は45%を超える患者の2つのサブグループにおける、3日目からCAR T細胞の生産終了時までの総拡大倍率を表すヒストグラムを示す図である。
【
図1D】診断時にBcp-ALL患者由来のPBMCから生成されたCAR.CD19 T細胞を示す図である。(A)α-CD19のscFvは、iC9自殺遺伝子、ΔCD34追跡可能なマーカー、及び4.1BB及びCD3σシグナル伝達エンドドメインの両方とインフレームでクローン化される。診断時のBcp-ALL患者のPBMCは、可溶性α-hCD3/α-hCD28 mAb及びrh-IL7/rh-IL15で活性化され、CAR.CD19γ-レトロウイルス上清で形質導入される。(B)非形質導入(NT)T細胞(陰性対照;左パネル)及びCAR.CD19遺伝子改変T細胞(右パネル)におけるΔCD34検出によるCAR発現を示す代表的なドナーのフローサイトメトリー分析を示す図である。(C)CAR T細胞の製造に使用される出発原料中の、CD19+白血病/リンパ腫細胞が45%超(n=8)又は45%と等しいか未満(n=7)であるDPにおける、生産終了時(14日目)のCAR+ T細胞の割合を示す図である。中央値の45%をカットオフとして使用した。(D)生産終了時のDP中のCAR+ T細胞の割合と、患者からの出発原料中のCD19+白血病細胞の割合との間の相関マトリックスを示す図である。(E)SM中のCD19+ B細胞が45%未満又は45%を超える患者の2つのサブグループにおける、3日目からCAR T細胞の生産終了時までの総拡大倍率を表すヒストグラムを示す図である。
【
図1E】診断時にBcp-ALL患者由来のPBMCから生成されたCAR.CD19 T細胞を示す図である。(A)α-CD19のscFvは、iC9自殺遺伝子、ΔCD34追跡可能なマーカー、及び4.1BB及びCD3σシグナル伝達エンドドメインの両方とインフレームでクローン化される。診断時のBcp-ALL患者のPBMCは、可溶性α-hCD3/α-hCD28 mAb及びrh-IL7/rh-IL15で活性化され、CAR.CD19γ-レトロウイルス上清で形質導入される。(B)非形質導入(NT)T細胞(陰性対照;左パネル)及びCAR.CD19遺伝子改変T細胞(右パネル)におけるΔCD34検出によるCAR発現を示す代表的なドナーのフローサイトメトリー分析を示す図である。(C)CAR T細胞の製造に使用される出発原料中の、CD19+白血病/リンパ腫細胞が45%超(n=8)又は45%と等しいか未満(n=7)であるDPにおける、生産終了時(14日目)のCAR+ T細胞の割合を示す図である。中央値の45%をカットオフとして使用した。(D)生産終了時のDP中のCAR+ T細胞の割合と、患者からの出発原料中のCD19+白血病細胞の割合との間の相関マトリックスを示す図である。(E)SM中のCD19+ B細胞が45%未満又は45%を超える患者の2つのサブグループにおける、3日目からCAR T細胞の生産終了時までの総拡大倍率を表すヒストグラムを示す図である。
【
図2A】BM患者由来のCAR T細胞の増殖及び形質導入を示す図である。(A)診断時に患者のBM単核細胞から生成された代表的なDPにおけるフローサイトメトリー分析を示す図である。上のパネルAは、NT T細胞の陰性対照サンプルにおけるCAR+ T細胞のフローサイトメトリー分析を示し、一方、下のパネルは、iC9.CAR.CD19遺伝子改変T細胞における分析を示している。(B)BM Bcp-ALL患者から生成されたDPにおけるCD19+白血病芽球及びCAR+ T細胞の割合(n=10)を示す図である。(C)生産終了時における10人のBcp-ALL患者のPB由来T細胞(白色のバー)と比較した、NT及びiC9.CAR.CD19 BM由来T細胞(黒色のバー)の拡大倍率を示す図である。データは平均値±SDとして表される。
【
図2B】BM患者由来のCAR T細胞の増殖及び形質導入を示す図である。(A)診断時に患者のBM単核細胞から生成された代表的なDPにおけるフローサイトメトリー分析を示す図である。上のパネルAは、NT T細胞の陰性対照サンプルにおけるCAR+ T細胞のフローサイトメトリー分析を示し、一方、下のパネルは、iC9.CAR.CD19遺伝子改変T細胞における分析を示している。(B)BM Bcp-ALL患者から生成されたDPにおけるCD19+白血病芽球及びCAR+ T細胞の割合(n=10)を示す図である。(C)生産終了時における10人のBcp-ALL患者のPB由来T細胞(白色のバー)と比較した、NT及びiC9.CAR.CD19 BM由来T細胞(黒色のバー)の拡大倍率を示す図である。データは平均値±SDとして表される。
【
図2C】BM患者由来のCAR T細胞の増殖及び形質導入を示す図である。(A)診断時に患者のBM単核細胞から生成された代表的なDPにおけるフローサイトメトリー分析を示す図である。上のパネルAは、NT T細胞の陰性対照サンプルにおけるCAR+ T細胞のフローサイトメトリー分析を示し、一方、下のパネルは、iC9.CAR.CD19遺伝子改変T細胞における分析を示している。(B)BM Bcp-ALL患者から生成されたDPにおけるCD19+白血病芽球及びCAR+ T細胞の割合(n=10)を示す図である。(C)生産終了時における10人のBcp-ALL患者のPB由来T細胞(白色のバー)と比較した、NT及びiC9.CAR.CD19 BM由来T細胞(黒色のバー)の拡大倍率を示す図である。データは平均値±SDとして表される。
【
図3A】白血病細胞が高度に混入した診断時の患者の原料から生成されたDPにおけるMRD分析を示す図である。(A)時間経過実験は、DPのMRD値に対する製造時間の影響を評価するようにデザインされている。T細胞は5人の異なる患者(n=5)から生成され、8、14、又は30日間培養した後に、MRD分析のために細胞を収集し、MRD分析は、表1に指定された検出限界でIg再編成に対するqPCR分析によって実行され、図中に10~4と10~5の間の負の範囲(点線の領域)として表される。(B)2つのDPのフローサイトメトリー分析:高いMRD値を持つALL#12及びMRDの検出がPCR感度を下回ったALL#14。パネルは、CARコンストラクト内のCD34エピトープを標的とする、抗CAR.CD19 FITC抗体(抗CARTCD19、Cytognos SL、Salamanca, Spain)及び抗CD34 APC(CD34QBEND10)の両方で検出された、CAR発現陽性の白血病細胞(黒い点)の存在を示す。B細胞前駆体は、フローサイトメトリーによるBcp-ALLの高感度MRD測定について以前に説明された(27~29)、EuroFlow Bcp-ALL MRDチューブによる表面マーカーの染色のためのEuroFlow標準操作手順(SOP)(www.EuroFlow.org)(26)の使用によって同定された。
【
図3B】白血病細胞が高度に混入した診断時の患者の原料から生成されたDPにおけるMRD分析を示す図である。(A)時間経過実験は、DPのMRD値に対する製造時間の影響を評価するようにデザインされている。T細胞は5人の異なる患者(n=5)から生成され、8、14、又は30日間培養した後に、MRD分析のために細胞を収集し、MRD分析は、表1に指定された検出限界でIg再編成に対するqPCR分析によって実行され、図中に10~4と10~5の間の負の範囲(点線の領域)として表される。(B)2つのDPのフローサイトメトリー分析:高いMRD値を持つALL#12及びMRDの検出がPCR感度を下回ったALL#14。パネルは、CARコンストラクト内のCD34エピトープを標的とする、抗CAR.CD19 FITC抗体(抗CARTCD19、Cytognos SL、Salamanca, Spain)及び抗CD34 APC(CD34QBEND10)の両方で検出された、CAR発現陽性の白血病細胞(黒い点)の存在を示す。B細胞前駆体は、フローサイトメトリーによるBcp-ALLの高感度MRD測定について以前に説明された(27~29)、EuroFlow Bcp-ALL MRDチューブによる表面マーカーの染色のためのEuroFlow標準操作手順(SOP)(www.EuroFlow.org)(26)の使用によって同定された。
【
図4】1人の代表的なBcp-ALL患者からの対照の非形質導入T細胞及びiC9.CAR.CD19LH T細胞のフローサイトメトリー分析を示す図である。上のパネルは、ALL#14患者の対照の非形質導入T細胞におけるCD19及びCD10 B細胞マーカーのフローサイトメトリー分析を示しており、1.5%の白血病細胞が明らかになったが、同じ患者のALL#14から製造されたiC9.CAR.CD19LH T細胞サンプルにおいては混入が大幅に減少していた(白血病細胞の0.0036%)。
【
図5】白血病細胞が高度に混入した診断時のBcp-ALL患者のBM原料から生成されたDPのMRD分析を示す図である。ALL#1及びALL#2患者の2つのBM由来DPにおけるB細胞マーカーのフローサイトメトリー分析を示す図である。パネルは、白血病細胞(黒点)の存在を示す。
【
図6A】両方が同じ細胞膜上で発現される場合、CAR.CD19の構造がCD19抗原エンゲージメントに影響を与えることを示す図である。(A)CAR.CD19LL/SH(a)、CAR.CD19LL/LH(b)、CAR.CD19SL/SH(c)及びCAR.CD19SL/LH(d)を表す模式図。(B)CAR.CD19LL/SHによって遺伝子改変されたNALM-6細胞におけるフローサイトメトリーによって検出されたCD19発現。一致したアイソタイプ染色ヒストグラム及びCAR.CD19LL/SH細胞についての特異的CD19染色ヒストグラムが示されている(矢印を参照)。(C-E)CAR.CD19LL/SH上のCD19発現のヒストグラムと比較した、CAR.CD19LL/LH(C)、CAR.CD19SL/SH(D)、及びCAR.CD19SL/LH(E)によって遺伝子改変されたNALM-6細胞におけるフローサイトメトリーによって検出されたCD19発現をヒストグラムで示す図である。
【
図6BCDF】両方が同じ細胞膜上で発現される場合、CAR.CD19の構造がCD19抗原エンゲージメントに影響を与えることを示す図である。(A)CAR.CD19LL/SH(a)、CAR.CD19LL/LH(b)、CAR.CD19SL/SH(c)及びCAR.CD19SL/LH(d)を表す模式図。(B)CAR.CD19LL/SHによって遺伝子改変されたNALM-6細胞におけるフローサイトメトリーによって検出されたCD19発現。一致したアイソタイプ染色ヒストグラム及びCAR.CD19LL/SH細胞についての特異的CD19染色ヒストグラムが示されている(矢印を参照)。(C-E)CAR.CD19LL/SH上のCD19発現のヒストグラムと比較した、CAR.CD19LL/LH(C)、CAR.CD19SL/SH(D)、及びCAR.CD19SL/LH(E)によって遺伝子改変されたNALM-6細胞におけるフローサイトメトリーによって検出されたCD19発現をヒストグラムで示す図である。
【
図7A】WT及びCAR.CD19 Bcp-ALL細胞株の両方におけるCD19 mRNA発現を示す図である。(A)WT、CAR.CD19
LH及びCAR.CD19
SH Bcp-ALL細胞株におけるCD19 mRNA発現の定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)を示す図である。Karpas細胞株は陰性対照として使用されている。mRNAレベルは、標的遺伝子対ACT-B mRNA発現の相対的な発現として示される。反応は3回繰り返して実行された。(B)白血病及びリンパ腫細胞株におけるCAR.CD19発現のMFI分析を示す図である。WT及びCAR.CD19SL/LH DAUDI(上のパネル)及びRAJI(下のパネル)におけるCAR.CD19発現レベルのMFI値。データは1つの代表的な実験を示している。(C)WT及びCAR.CD19 NALM-6細胞株の両方に対するCAR.CD19 T細胞の抗腫瘍活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。7日間のインビトロ共培養後のWT(黒色のバー)、NALM-6 CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びNALM-6 CAR.CD19 UPenn(CAR.CD19 LL/SHとも呼ばれる)白血病細胞(縞模様のバー)の割合。NALM-6 Bcp-ALL腫瘍細胞株に対して、エフェクター標的比を1:1から1:32に減少させてアッセイを実行した。実験は3回繰り返して実行された。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図7B】WT及びCAR.CD19 Bcp-ALL細胞株の両方におけるCD19 mRNA発現を示す図である。(A)WT、CAR.CD19
LH及びCAR.CD19
SH Bcp-ALL細胞株におけるCD19 mRNA発現の定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)を示す図である。Karpas細胞株は陰性対照として使用されている。mRNAレベルは、標的遺伝子対ACT-B mRNA発現の相対的な発現として示される。反応は3回繰り返して実行された。(B)白血病及びリンパ腫細胞株におけるCAR.CD19発現のMFI分析を示す図である。WT及びCAR.CD19SL/LH DAUDI(上のパネル)及びRAJI(下のパネル)におけるCAR.CD19発現レベルのMFI値。データは1つの代表的な実験を示している。(C)WT及びCAR.CD19 NALM-6細胞株の両方に対するCAR.CD19 T細胞の抗腫瘍活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。7日間のインビトロ共培養後のWT(黒色のバー)、NALM-6 CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びNALM-6 CAR.CD19 UPenn(CAR.CD19 LL/SHとも呼ばれる)白血病細胞(縞模様のバー)の割合。NALM-6 Bcp-ALL腫瘍細胞株に対して、エフェクター標的比を1:1から1:32に減少させてアッセイを実行した。実験は3回繰り返して実行された。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図7C】WT及びCAR.CD19 Bcp-ALL細胞株の両方におけるCD19 mRNA発現を示す図である。(A)WT、CAR.CD19
LH及びCAR.CD19
SH Bcp-ALL細胞株におけるCD19 mRNA発現の定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)を示す図である。Karpas細胞株は陰性対照として使用されている。mRNAレベルは、標的遺伝子対ACT-B mRNA発現の相対的な発現として示される。反応は3回繰り返して実行された。(B)白血病及びリンパ腫細胞株におけるCAR.CD19発現のMFI分析を示す図である。WT及びCAR.CD19SL/LH DAUDI(上のパネル)及びRAJI(下のパネル)におけるCAR.CD19発現レベルのMFI値。データは1つの代表的な実験を示している。(C)WT及びCAR.CD19 NALM-6細胞株の両方に対するCAR.CD19 T細胞の抗腫瘍活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。7日間のインビトロ共培養後のWT(黒色のバー)、NALM-6 CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びNALM-6 CAR.CD19 UPenn(CAR.CD19 LL/SHとも呼ばれる)白血病細胞(縞模様のバー)の割合。NALM-6 Bcp-ALL腫瘍細胞株に対して、エフェクター標的比を1:1から1:32に減少させてアッセイを実行した。実験は3回繰り返して実行された。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8A】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8B】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8C】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8D】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8E】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図8F】CAR.CD19 T細胞及びCAR.CD19陽性白血病又はリンパ腫細胞株を制御するiC9の活性を評価するための長期インビトロアッセイを示す図である。(A-B)WT(黒色のバー)及びCAR.CD19SL/LH(白色のバー)とCAR.CD19 T細胞との7日間共培養アッセイ(E:T比は培養中のCAR+ T細胞の割合としてグラフのx軸に示される)。(C)NALM-6 WT及びCAR.CD19遺伝子改変NALM-6とNT(黒色のバー)、CAR.CD19SL/LH(白色のバー)、及びCAR.CD19LL/SH(縞模様のバー)との7日間共培養アッセイ。全ての実験は3回繰り返して実行された(n=6)。データは平均±SDとして表される。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D-E)CAR.CD19 DAUDI細胞を0nM(D)及び20nM(E)AP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、フローサイトメトリーによって経時的にモニタリングされた。(F)AP1903曝露後のqRT -PCRによる腫瘍細胞におけるCAR.CD19ベクターの検出。反応は3回繰り返して実行された。黒色のヒストグラムは参照の陽性対照(0nM AP1903)を表し、白色のヒストグラムは1回の薬物曝露後の結果(20nMのAP1903)を表す。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図9A】CAR構成以外、同様のCAR.CD19 T細胞活性化プロファイルを示す図である。(A)エフェクターT細胞及びNALM-6 WT、又はCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたNALM-6との24時間の共培養後にIFN-γ産生を測定した。HDから生成された6つの異なるCAR T産物のデータが、平均±SDとして表されている。(B)刺激を受けていないCAR T細胞と、WT又はCAR.CD19改変NALM-6細胞で刺激されたCAR T細胞のオーバーレイを表すCFSE増殖分析。
【
図9B】CAR構成以外、同様のCAR.CD19 T細胞活性化プロファイルを示す図である。(A)エフェクターT細胞及びNALM-6 WT、又はCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたNALM-6との24時間の共培養後にIFN-γ産生を測定した。HDから生成された6つの異なるCAR T産物のデータが、平均±SDとして表されている。(B)刺激を受けていないCAR T細胞と、WT又はCAR.CD19改変NALM-6細胞で刺激されたCAR T細胞のオーバーレイを表すCFSE増殖分析。
【
図10A】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図10B】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図10C】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図10D】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図10E】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図10F】iC9.CAR.CD19 Bcp-ALL細胞株に対するAP1903投与の効果を示す図である。iC9.CAR.CD19(CAR.CD19LH)RAJI及びNALM-6細胞株を0nM(A-D)及び20nM(B-D)のAP1903で処理した;CAR及びCD19の発現は両方とも、FACSによって経時的にモニタリングされた。AP1903処理(20nM)により、薬物曝露後6時間からCAR+細胞が速やかに減少する。AP1903曝露後のCAR陽性率の減少は、細胞表面上のCD19抗原の段階的な検出に関連している。(E)iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞株を0nM(黒線)及び20nM AP1903(短い点線)で処理した;CAR.CD19 MFIをフローサイトメトリー分析によって、処理後0日目から15日目まで経時的にモニタリングし、対照WT NALM-6細胞株(長い点線)と比較した。(F)未処理(黒色のバー)又は20nM(白色のバー)AP1903に曝露したWT及び遺伝子改変DAUDI、RAJI及びNALM-6細胞株における導入遺伝子のベクターコピー数(VCN)を報告するグラフ。データは平均±SDとして表される。
【
図11A】iC9活性化後に免れたiC9.CAR.CD19白血病細胞及びリンパ腫細胞が、CAR.CD19 T細胞及び同種異系CAR.CD19 NK細胞によって効率的に認識され、排除され得ることを示す図である。(A)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(B)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(C)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(D)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図11B】iC9活性化後に免れたiC9.CAR.CD19白血病細胞及びリンパ腫細胞が、CAR.CD19 T細胞及び同種異系CAR.CD19 NK細胞によって効率的に認識され、排除され得ることを示す図である。(A)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(B)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(C)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(D)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図11C】iC9活性化後に免れたiC9.CAR.CD19白血病細胞及びリンパ腫細胞が、CAR.CD19 T細胞及び同種異系CAR.CD19 NK細胞によって効率的に認識され、排除され得ることを示す図である。(A)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(B)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(C)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(D)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図11D】iC9活性化後に免れたiC9.CAR.CD19白血病細胞及びリンパ腫細胞が、CAR.CD19 T細胞及び同種異系CAR.CD19 NK細胞によって効率的に認識され、排除され得ることを示す図である。(A)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(B)非形質導入T細胞又はCAR.CD19 T細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(C)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt DAUDI細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH DAUDI細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH DAUDIはAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。(D)非形質導入NK細胞又はCAR.CD19 NK細胞とwt NALM-6細胞の間で、7日間の共培養アッセイを実行し、iC9.CAR.CD19LH NALM-6細胞はAP1903にまったく曝露されず、iC9.CAR.CD19LH NALM-6はAP1903曝露後に残存し、さらに再増殖した(E:T比1:1)。**p値=<0.01、***p値=<0.001。
【
図12A】異なるCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたT細胞が、異種移植マウスモデルにおけるCAR陽性白血病のインビボ拡大を制御することを示す図である。(A)-3日目に注入されたFF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6 WT細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LH又はCAR.CD19LL/SH T細胞/マウスで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を投与された3匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(B)-3日目に注入されたCAR.CD19SL/LH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(C)-3日目に注入されたCAR.CD19LL/SH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19LL/SHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19
LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10x10
6の非形質導入(NT)又はCAR.CD19 T細胞/マウスで処理した。各処理マウスの生物発光画像。NT(黒線)又はCAR.CD19 T細胞(点線)を投与された2つのマウスコホートの生物発光値の平均と標準偏差。*p値=<0.05。(E)NALM-6 CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH NALM-6細胞を有するマウス間の16日目の腫瘍生物発光の差異を表すヒストグラム。データは、0日目と比較した16日目の2匹のマウスコホートの生物発光増加の平均±SDとして示されている。
【
図12B】異なるCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたT細胞が、異種移植マウスモデルにおけるCAR陽性白血病のインビボ拡大を制御することを示す図である。(A)-3日目に注入されたFF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6 WT細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LH又はCAR.CD19LL/SH T細胞/マウスで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を投与された3匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(B)-3日目に注入されたCAR.CD19SL/LH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(C)-3日目に注入されたCAR.CD19LL/SH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19LL/SHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19
LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10x10
6の非形質導入(NT)又はCAR.CD19 T細胞/マウスで処理した。各処理マウスの生物発光画像。NT(黒線)又はCAR.CD19 T細胞(点線)を投与された2つのマウスコホートの生物発光値の平均と標準偏差。*p値=<0.05。(E)NALM-6 CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH NALM-6細胞を有するマウス間の16日目の腫瘍生物発光の差異を表すヒストグラム。データは、0日目と比較した16日目の2匹のマウスコホートの生物発光増加の平均±SDとして示されている。
【
図12C】異なるCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたT細胞が、異種移植マウスモデルにおけるCAR陽性白血病のインビボ拡大を制御することを示す図である。(A)-3日目に注入されたFF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6 WT細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LH又はCAR.CD19LL/SH T細胞/マウスで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を投与された3匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(B)-3日目に注入されたCAR.CD19SL/LH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(C)-3日目に注入されたCAR.CD19LL/SH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19LL/SHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19
LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10x10
6の非形質導入(NT)又はCAR.CD19 T細胞/マウスで処理した。各処理マウスの生物発光画像。NT(黒線)又はCAR.CD19 T細胞(点線)を投与された2つのマウスコホートの生物発光値の平均と標準偏差。*p値=<0.05。(E)NALM-6 CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH NALM-6細胞を有するマウス間の16日目の腫瘍生物発光の差異を表すヒストグラム。データは、0日目と比較した16日目の2匹のマウスコホートの生物発光増加の平均±SDとして示されている。
【
図12D】異なるCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたT細胞が、異種移植マウスモデルにおけるCAR陽性白血病のインビボ拡大を制御することを示す図である。(A)-3日目に注入されたFF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6 WT細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LH又はCAR.CD19LL/SH T細胞/マウスで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を投与された3匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(B)-3日目に注入されたCAR.CD19SL/LH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(C)-3日目に注入されたCAR.CD19LL/SH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19LL/SHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19
LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10x10
6の非形質導入(NT)又はCAR.CD19 T細胞/マウスで処理した。各処理マウスの生物発光画像。NT(黒線)又はCAR.CD19 T細胞(点線)を投与された2つのマウスコホートの生物発光値の平均と標準偏差。*p値=<0.05。(E)NALM-6 CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH NALM-6細胞を有するマウス間の16日目の腫瘍生物発光の差異を表すヒストグラム。データは、0日目と比較した16日目の2匹のマウスコホートの生物発光増加の平均±SDとして示されている。
【
図12E】異なるCAR.CD19コンストラクトで遺伝子改変されたT細胞が、異種移植マウスモデルにおけるCAR陽性白血病のインビボ拡大を制御することを示す図である。(A)-3日目に注入されたFF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6 WT細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LH又はCAR.CD19LL/SH T細胞/マウスで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を投与された3匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(B)-3日目に注入されたCAR.CD19SL/LH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19SL/LHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19SL/LH T細胞(短点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。(C)-3日目に注入されたCAR.CD19LL/SH陽性/FF-ルシフェラーゼ陽性NALM-6細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10×106個の非形質導入(NT)又はCAR.CD19LL/SHで処理した(上のパネル)。各処理マウスの生物発光イメージング(中央パネル)。NT(黒線)又はCAR.CD19LL/SH T細胞(長点線)を受けた2匹のマウスコホートの生物発光値の平均±SD(下のパネル)。*p値=<0.05、**p値=<0.01、***p値=<0.001、****p値=<0.0001。(D)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19
LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を用いた実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、10x10
6の非形質導入(NT)又はCAR.CD19 T細胞/マウスで処理した。各処理マウスの生物発光画像。NT(黒線)又はCAR.CD19 T細胞(点線)を投与された2つのマウスコホートの生物発光値の平均と標準偏差。*p値=<0.05。(E)NALM-6 CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH NALM-6細胞を有するマウス間の16日目の腫瘍生物発光の差異を表すヒストグラム。データは、0日目と比較した16日目の2匹のマウスコホートの生物発光増加の平均±SDとして示されている。
【
図13A】iC9活性化が異種移植マウスモデルにおけるiC9.CAR陽性白血病のインビボ拡大を制御できることを示す図である。(A)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を使用した実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、0日目から28日目まで100μg/マウスのAP1903で処理した。(B)各対照未処理マウス及び各AP1903処理マウスの生物発光画像。マウスは、AP1903中止後、30日以上モニタリングされた。(C)2つのコホート、未処理マウス(黒線)又はAP1903処理マウス(点線)における各処理マウスの経時的な生物発光値。(D)未処理の白血病担持マウス(黒線)又はAP1903処理した白血病担持マウス(青線)のカプラン-マイヤー生存曲線分析。****p値=<0.00001。AP1903投与後のIVIS分析で持続的な陽性シグナルを示した唯一のマウス(#20)を、白血病細胞を特徴付けるために、陰性対照(#11)及び陽性対照(AP1903投与に曝露されていないマウス、#6)とともに35日目に犠牲にした。
【
図13B】iC9活性化が異種移植マウスモデルにおけるiC9.CAR陽性白血病のインビボ拡大を制御できることを示す図である。(A)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を使用した実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、0日目から28日目まで100μg/マウスのAP1903で処理した。(B)各対照未処理マウス及び各AP1903処理マウスの生物発光画像。マウスは、AP1903中止後、30日以上モニタリングされた。(C)2つのコホート、未処理マウス(黒線)又はAP1903処理マウス(点線)における各処理マウスの経時的な生物発光値。(D)未処理の白血病担持マウス(黒線)又はAP1903処理した白血病担持マウス(青線)のカプラン-マイヤー生存曲線分析。****p値=<0.00001。AP1903投与後のIVIS分析で持続的な陽性シグナルを示した唯一のマウス(#20)を、白血病細胞を特徴付けるために、陰性対照(#11)及び陽性対照(AP1903投与に曝露されていないマウス、#6)とともに35日目に犠牲にした。
【
図13C】iC9活性化が異種移植マウスモデルにおけるiC9.CAR陽性白血病のインビボ拡大を制御できることを示す図である。(A)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を使用した実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、0日目から28日目まで100μg/マウスのAP1903で処理した。(B)各対照未処理マウス及び各AP1903処理マウスの生物発光画像。マウスは、AP1903中止後、30日以上モニタリングされた。(C)2つのコホート、未処理マウス(黒線)又はAP1903処理マウス(点線)における各処理マウスの経時的な生物発光値。(D)未処理の白血病担持マウス(黒線)又はAP1903処理した白血病担持マウス(青線)のカプラン-マイヤー生存曲線分析。****p値=<0.00001。AP1903投与後のIVIS分析で持続的な陽性シグナルを示した唯一のマウス(#20)を、白血病細胞を特徴付けるために、陰性対照(#11)及び陽性対照(AP1903投与に曝露されていないマウス、#6)とともに35日目に犠牲にした。
【
図13D】iC9活性化が異種移植マウスモデルにおけるiC9.CAR陽性白血病のインビボ拡大を制御できることを示す図である。(A)-3日目に注入されたiC9.CAR.CD19LH陽性FF-ルシフェラーゼ陽性DAUDI細胞を使用した実験デザインの概略図。0日目に、マウスを白血病生着について評価し、0日目から28日目まで100μg/マウスのAP1903で処理した。(B)各対照未処理マウス及び各AP1903処理マウスの生物発光画像。マウスは、AP1903中止後、30日以上モニタリングされた。(C)2つのコホート、未処理マウス(黒線)又はAP1903処理マウス(点線)における各処理マウスの経時的な生物発光値。(D)未処理の白血病担持マウス(黒線)又はAP1903処理した白血病担持マウス(青線)のカプラン-マイヤー生存曲線分析。****p値=<0.00001。AP1903投与後のIVIS分析で持続的な陽性シグナルを示した唯一のマウス(#20)を、白血病細胞を特徴付けるために、陰性対照(#11)及び陽性対照(AP1903投与に曝露されていないマウス、#6)とともに35日目に犠牲にした。
【
図14】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 8アミノ酸リンカーG3SG4配列番号38に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図15】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 9アミノ酸リンカーG4SG3配列番号186に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図16】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 10アミノ酸リンカー(SG4)2配列番号190に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図17】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 11アミノ酸リンカー(SG4)2S配列番号187に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図18】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 12アミノ酸リンカー(SG4)2SG配列番号188に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図19】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 13アミノ酸リンカー(SG4)2SG2(配列番号191)に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図20】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 14アミノ酸リンカー(SG4)2 SG3配列番号189に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【
図21】CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39対CAR.CD19 15アミノ酸リンカー(SG4)3配列番号39に関するインシリコモデリングデータを示す図である。
【実施例】
【0071】
実施例1:本発明によるCARベクターデザイン及びCAR+白血病再発の場合のその安全性の研究
材料及び方法
これらの実験で使用されたヒト由来の生物学的材料は、ローマのバンビーノゲス小児病院の施設審査委員会(IRB)の定める規則に従い(OPBG;倫理委員会の承認N°969/2015 prot. N°669LB及びN°1422/2017 prot.N°810)、両親及び健康なドナーがインフォームドコンセントに署名した後にサンプリングされた。
【0072】
実験に記載されたOGMは、OGMに関する国内又は共同体の規則、特に2001年4月12日の第206番及び2003年7月8日の第224番の第6パラグラフ及び法令に基づく義務を遵守して調製された。
【0073】
細胞培養。
【0074】
CD19陽性ヒトバーキットリンパ腫細胞株Daudi、NALM-6及びRaji(American Type Culture Collection Company(ATCC))並びにCD19陰性非ホジキン大細胞リンパ腫細胞株Karpas-299(Sigma Aldrich)は、RPMI 1640(EuroClone、イタリア)、10%熱不活性化ウシ胎児血清(EuroClone、イタリア)、2mM L-グルタミン(GIBCO、米国)、25IU/mLのペニシリン、及び25mg/mLのストレプトマイシン(EuroClone、イタリア)を添加して、5%CO2を含む加湿雰囲気下、37℃で維持した。全ての細胞株は、「BMR Genomics s.r.l.」のPCR単一遺伝子座技術(Promega、PowerPlex 21 PCR)分析によって認証され、マイコプラズマ及び表面マーカーの発現について定期的にチェックされた。
【0075】
エフェクター細胞の生成及び拡大。
【0076】
健常人ドナー(HD)由来のバフィーコート(BC)、Bcp-ALL患児由来の末梢血(PB)及び骨髄(BM)を使用して、Lympholyte Cell Separation Media(Cedarlane、カナダ)を使用して未分画単核細胞を単離した。T細胞は、可溶性OKT3及び抗CD28(1μg/ml、Miltenyi、ドイツ)モノクローナル抗体(mAb)を用い、組換えヒトインターロイキン-7(IL7、10ng/ml;R&D;米国)及びインターロイキン-15(IL15、5ng/ml;R&D;米国)の組み合わせで活性化された。NK細胞は、以前に記載された方法17に従って、HDのBCから生成された。次いで、3/4日後、組換えヒトレトロネクチン(タカラバイオ株式会社;日本)でプレコーティングされた24ウェルのプレート中で、T細胞及びNK細胞にレトロウイルス上清を形質導入した。Tリンパ球は、サイトカインの存在下、TexMac完全培地(Miltenyi,ドイツ)中で増殖させ、週に2回補充した。
【0077】
CARコンストラクト。
実験を行うために4つの異なるレトロウイルスCARコンストラクトが使用された。1)CD8 ストークドメイン(短いヒンジ、SH)、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインとインフレームで、VL及びVHフラグメントが3つのGSSSS繰り返し(3xG4S、長いリンカー、LL)で表されるリンカーによって結合された、FMC63クローン由来の抗ヒトCD19-scFvを保持するCARコンストラクト(CAR.CD19 VL-3GS-VH-CD8-4.1bb.σ、すなわちLL/SH)。CAR.CD19 LL/SH ヌクレオチド(配列番号73)
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAAGCGGAGGTGGGGGCAGCGGAGGTGGGGGCAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA
CAR.CD19 LL/SH アミノ酸(配列番号74)
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITSGGGGSGGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR-
2)ヒトCD34抗原由来の16アミノ酸配列(ΔCD34、長いヒンジ、LH)、CD8 ストークドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインとインフレームで、VL及びVHフラグメントが3つのGSSSS繰り返し(3xG4S、長いリンカー、LL)で表されるリンカーによって結合された、FMC63クローン由来の抗ヒトCD19-scFvを保持するCARコンストラクト(CAR.CD19 VL-3GS-VH-CD34-CD8~4.1bb.σ、すなわちLL/LH);
CAR.CD19LL/LH ヌクレオチド配列(配列番号36):
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAAGCGGAGGTGGGGGCAGCGGAGGTGGGGGCAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGCATGCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTGCGGCCGCcCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA
CAR.CD19LL/LH アミノ酸配列(配列番号39):
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITSGGGGSGGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSACELPTQGTFSNVSTNVSAAAPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR-
3)CD8ストークドメイン(短いヒンジ、SH)、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインとインフレームで、VL及びVHフラグメントが1つのGGGSGGGG繰り返し(配列番号38)(G3SG4、短いリンカー、SL)によって表されるリンカーによって結合された、FMC63クローン由来の抗ヒトCD19-scFvを保持するCARコンストラクト(CAR.CD19 VL-1GS-VH-CD8-4.1bb.σ、すなわちSL/SH)。
CAR.CD19 SL/SHヌクレオチド配列(配列番号34):
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAAA
CAR.CD19 SL/SHアミノ酸配列(配列番号33):
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
4)ヒトCD34抗原に由来する16アミノ酸配列(ΔCD34、長いヒンジ、LH)、CD8 ストークドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインのフレームとインフレームで、VL及びVHフラグメントが1つのGGGSGGGG(配列番号38)繰り返し(G3SG4、短いリンカー、SL)によって表されるリンカーによって結合された、FMC63クローン由来の抗ヒトCD19-scFvを保持するCARコンストラクト(CAR.CD19 VL-1GS-VH-CD34-CD8-4.1bb.σ、すなわちSL/LH))。CAR.CD19SL/LH ヌクレオチド配列(配列番号58):
ATGGAGTTTGGACTTTCTTGGTTGTTTTTGGTGGCAATTCTGAAGGGTGTCCAGTGTAGCAGGGACATCCAGATGACACAGACTACATCCTCCCTGTCTGCCTCTCTGGGAGACAGAGTCACCATCAGTTGCAGGGCAAGTCAGGACATTAGTAAATATTTAAATTGGTATCAGCAGAAACCAGATGGAACTGTTAAACTCCTGATCTACCATACATCAAGATTACACTCAGGAGTCCCATCAAGGTTCAGTGGCAGTGGGTCTGGAACAGATTATTCTCTCACCATTAGCAACCTGGAGCAAGAAGATATTGCCACTTACTTTTGCCAACAGGGTAATACGCTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACTAAGTTGGAAATAACAGGCGGAGGAAGCGGAGGTGGGGGCGAGGTGAAACTGCAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCGTCACATGCACTGTCTCAGGGGTCTCATTACCCGACTATGGTGTAAGCTGGATTCGCCAGCCTCCACGAAAGGGTCTGGAGTGGCTGGGAGTAATATGGGGTAGTGAAACCACATACTATAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGACCATCATCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGATGACACAGCCATTTACTACTGTGCCAAACATTATTACTACGGTGGTAGCTATGCTATGGACTACTGGGGTCAAGGAACCTCAGTCACCGTCTCCTCAGGATCCGAACTTCCTACTCAGGGGACTTTCTCAAACGTTAGCACAAACGTAAGTCCCGCCCCAAGACCCCCCACACCTGCGCCGACCATTGCTTCTCAACCCCTGAGTTTGAGACCCGAGGCCTGCCGGCCAGCTGCCGGCGGGGCCGTGCATACAAGAGGACTCGATTTCGCTTGCGACATCTATATCTGGGCACCTCTCGCTGGCACCTGTGGAGTCCTTCTGCTCAGCCTGGTTATTACTCTGTACTGTAATCACCGGAATCGCCGCCGCGTTTGTAAGTGTCCCAGGGTCGACAAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTGAGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGCTAA
CAR.CD19SL/LHのプロテイン(PROTEIN)(配列番号72):
MEFGLSWLFLVAILKGVQCSRDIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITGGGSGGGGEVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSGSELPTQGTFSNVSTNVSPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACDIYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYCNHRNRRRVCKCPRVDKRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCELRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR*
すでに公開(5)されているCAR.CD19を保持するレンチウイルスベクターで遺伝子改変されたNALM-6は、NALM6 CAR UPenn(Ruella博士(5)によって提供されたレンチウイルスプラットフォームのCAR.CD19 LL/SH )として実験に含まれている。
【0078】
HDからのNK細胞、及びHD又はBcp-ALL患者からのT細胞は、CD8ストークドメイン、ヒトCD34抗原由来の16アミノ酸配列(ΔCD34;長いヒンジ)、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインとインフレームで、VHフラグメントとVLフラグメントが1つのGGGSGGGGで表されるリンカー(配列番号38)(G3SG4、短いリンカー)によって結合したFMC63クローンからの抗ヒトCD19-scFvを保持するレトロウイルスコンストラクトによって遺伝子改変されている(CAR.CD19 長いヒンジ、CAR.CD19LH)。レトロウイルスベクターは、上記のCARコンストラクトが自殺遺伝子誘導性カスパーゼ9(iC9)をコードする遺伝子カセットとインフレームになっているバイシストロニックコンストラクトである。iC9-CAR.CD19SL/LHレトロウイルスコンストラクトは、DAUDI、RAJI、及びNALM-6を含むB白血病細胞株を遺伝子改変するためにも使用されている。CAR+ B細胞株は、形質導入後にCAR発現についてFACSソートされた。NALM-6細胞も、CD8ストークドメイン(短いヒンジ)、CD8膜貫通ドメイン、4.1bb及びCD3σ細胞質ドメインとインフレームで、VHフラグメント及びVLフラグメントが(S3G4)3 Flexリンカー(SGGGGSGGGGSGGGG(配列番号39)、長いリンカー)で表されるリンカーによって結合された、FMC63クローン由来の抗ヒトCD19-scFvを保持するレンチウイルスコンストラクトで遺伝的に改変されている(NALM-6 CAR.CD19短いヒンジ、CAR.CD19UPenn;Ruella博士の厚意により提供されたもの)。
【0079】
自殺遺伝子の活性化。
iC9のインビトロ活性化を誘導するために、細胞を20nMのAP1903(Medchemexpress、カタログ番号HY-16046)で1回処理した。AP1903処理後のCAR+細胞の割合を、示された時点でFACSによって評価した。インビボ実験では、自殺遺伝子iC9がAP1903による活性化によるCAR+白血病拡大の制御において活性となる能力があることを証明するために、FF-ルシフェラーゼについてレトロウイルスコンストラクトで遺伝子改変した0.25x106iC9.CAR.CD19LH-DAUDI細胞をNSGマウスに注入した;
腫瘍生着をIVISイメージングシステムによってモニタリングした後、二量体化薬剤AP1903を1日目から28日目まで腹腔内投与した(100μg/マウス)。対照コホートには、ビヒクル溶液として滅菌PBSを注入した。毎週のIVIS画像解析によって、腫瘍をモニタリングした。
【0080】
表現型分析。
フローサイトメトリー分析を行って、細胞表面抗原の発現を測定した:
CD45、CD3、CD19、CD22、CD10、CD34(全てBecton Dickinson、米国から)のモノクローナル抗体を、必要に応じて異なる蛍光と組み合わせた。iC9.CAR.CD19発現は、hCD34エピトープに対するmAb(R&D System、米国からの抗CD34 QBend-10 PE)、又はCD19 CAR検出試薬(ビオチン;Miltenyi、ドイツ)を使用して検出した。BD LSRFortessa X-20サイトメーター(BD Biosciences、米国)を使用してフローサイトメトリー分析を実行し、FACSDivaソフトウェア(BD Biosciences、米国)によって分析した。CAR形質導入腫瘍細胞株のFACSソーティングは、FACSAria(BD Biosciences、米国)で実行した。
【0081】
DPは、www.EuroFlow.org18で入手可能である、表面マーカーのみを染色するためのEuroFlow標準操作手順(SOP)を使用して、抗体とCD19-FITCヒトタンパク質の11色又は16色のいずれかの組み合わせによって特徴付けられた。使用した抗体の組み合わせは両方とも、フローサイトメトリーによるB細胞急性リンパ芽球性白血病の高感度MRD測定について以前に記載されているEuroFlow BCP-ALL MRDチューブからなるバックボーンに基づいていた19~21。
【0082】
これに、トランスフェクト及び非トランスフェクトT細胞の染色並びにCD19陰性B細胞前駆体及び芽球の特異的ゲーティングのために、それぞれ抗CD3並びに抗CD22及び抗HLADR抗体の両方の試薬を加えた。最後に、トランスフェクトされた CAR.CD19 細胞を同定するために、抗CD34 Qbend10 クローン(R&D Systems、ミネソタ州ミネアポリス)及び CD19-FITC ヒトタンパク質(Cytognos SL、スペイン、サラマンカ)も試薬染色ミックスに追加した。
【0083】
全ての特定の試薬は、以下のように報告するように、表1A、B及びCに示している。
【0084】
【0085】
【0086】
【表3】
サンプル採取はサンプル調製終了後直ちに実行され、サンプルごとに>1.5×10
6細胞(範囲:1.6~7.5×10
6細胞)を、LSRFortessa X-20[Becton Dickinson Biosciences(BD),San Jose,CA]フローサイトメーター及びFACSDivaソフトウェア(BD)、又は3-laser Aurora(Cytek Biosciences,Fremont,CA)スペクトルフローサイトメーターとSpectroFloソフトウェア(Cytek)を用いて測定した。機器のセットアップ及びデータ取得については、www.euroflow.orgで入手可能な機器のセットアップ及び校正についてのEuroFlow SOPは、DOI: 10.1038/leu.2012.122に厳密に従った。データ分析にはInfinicytソフトウェア(Cytognos SL Salamanca、スペイン)を使用した。
【0087】
定量的リアルタイムPCR。
【0088】
全DNAは、製造業者に従ってQIAamp DNAミニキット(Qiagen、米国)に従って、精製された。
定量的リアルタイムPCR
細胞あたりのベクターコピー数(VCN)の平均は、プライマーエクスプレス(Primer Express)(登録商標)ソフトウェア(Applied Biosystems)を使用してレトロウイルスコンストラクト上にデザインされたTaqManプローブを使用して、リアルタイムPCRによって決定し、表2に報告した(iC9プローブ及びプライマーiC9)。
【0089】
【表4】
TaqManプライマー/プローブは、プライマーエクスプレス(登録商標)ソフトウェア(Applied Biosystems、イタリア)によって、各特異的免疫グロブリン(IG)又はT細胞受容体(TR)クローン標的に対してデザインされた。
【0090】
VCNについては、各サンプルを3回重ねて分析し、閾値サイクルの平均を使用して、陰性対照サンプルの平均値と比較してDNAコピーを定量した。相対的な遺伝子発現は、ハウスキーピング遺伝子ACT1N1(Hs_02249516 ACT1N1、ThermoFisher Scientific)を使用して計算された。qPCRは、QuantStudio 12K FlexリアルタイムPCRシステム(ThermoFisher Scientific)を使用して、実行された。DPのIG/TR PCR-MRDについては、各MRD値は対応する標準曲線から計算され、結果はハウスキーピングアルブミン遺伝子の値に対して正規化された。分析された各サンプルに適切なMRD値を割り当てるために、定量範囲(QR)及び感度範囲(SR)、陽性の値、反復の再現性が、ユーロMRDガイドラインに従って解釈された。qPCRは、7900 HT fast-リアルタイム-PCRシステム及びViiA7システム(ThermoFisher Scientific)及びTaqMan遺伝子発現マスターミックス(TaqMan Gene Expression Master Mix)(ThermoFisher Scientific)を使用して実行された。
【0091】
インビボCAR+白血病マウスモデル。
【0092】
Cg-PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)雌マウスはCharles Riverから提供され、カステルロマーノ、ローマのPlaisant動物施設で維持された。全ての手順は、国立衛生研究所(National Institutes of Health)の動物管理及び使用に関するガイドライン(動物実験倫理委員会Prot. N 088/2016-PR)に従って実行された。CAR+白血病に対するCAR T活性を試験するために、NSGマウスモデルにホタルルシフェラーゼ(FF-Luc)で遺伝子組み換えされた0.25x106のNALM-6 WT又はNALM-6 CAR.CD19SL/LH又はNALM-6 CAR.CD19LL/SH又はDAUDI CAR.CD19SL/LH細胞を静脈内移植した。+3日目に、マウスを10x106CAR.CD19 T細胞又は対照の非形質導入(NT)T細胞で処理した。D-ルシフェリン(PerkinElmer、D-ルシフェリンカリウム塩)の腹腔内投与後、腫瘍増殖をIVISイメージングシステムにより毎週モニタリングした。
【0093】
統計分析。
【0094】
特に明記しない限り、データは平均±標準偏差(SD)として要約される。スチューデントt検定(両側)を使用して、p値<0.05が有意差を示す、サンプル間の統計的有意差を決定した。マウスの生存データは、カプランマイヤー生存曲線を使用して分析され、フィッシャーの直接確率検定を使用して統計的に有意な差が測定された。貴重なサンプルは分析から除外されなかった。動物は、腫瘍移植後であるが、処理前である時に死亡した場合にのみ除外された。インビボ研究では、ランダム化も盲検化も行われなかった。しかしながら、マウスは、対照又は特異的なものを注入する前の、対照群及び処理群の腫瘍シグナルに基づいて照合された。経時的な腫瘍の増殖を比較するために、生物発光シグナル強度をブラインド方式で収集した。生物発光シグナル強度を対数変換し、2サンプルt検定を使用して比較した。サンプルサイズは、データの各群内で大きな変動がないことを考慮して推定された。できるだけ小さいサンプルサイズを使用して、結論に達するように試みられた。有意水準0.05で標準偏差2の平均の差を検出力80%で検出するためのサンプルサイズを推定した。グラフ表示及び統計分析は、GraphPad Prism 6(GraphPad Software, La Jolla,CA)を使用して実行された。
【0095】
結果
Bcp-ALLに罹患した患者のPB単核細胞からのCAR.CD19 T細胞の生成。
【0096】
PB単核細胞の未分画集団は、中央値45.05±28.12%の循環芽球を有する診断時の患者から単離された(n=10、範囲、5.5~86.4%)。
図1Aに詳述する方法に従って、第2世代iC9.CAR.CD19長いヒンジ(iC9.CAR.CD19
LH)を登録された患者のPB由来の単核細胞に形質導入した。形質導入プロセスから5日後に、T細胞産物は、55.15±16.54%の形質導入効率を示した(
図1Bは例示的な分析を示す一方で、
図1Cは、45%中央値カットオフを考慮した、出発材料中の%CD19
+細胞に基づいて2つの群に細分化された15人の白血病患者の平均を示す)。特にDPにおけるCAR形質導入レベル並びに生成されたCAR T細胞の総数の観点から、患者のサンプル中の白血病性芽球の混入が、CAR T細胞の産生に影響を与えるかどうかが評価された。製造手順の終了時のCAR T細胞の割合と、出発材料に混入しているCD19+ B細胞のレベル(
図1C及び
図1D)、並びに45%を超えるCD19
+細胞(カットオフ培地値;
図1E)を特徴とする患者の材料から開始して製造した場合に観察されたCAR T細胞収量との間に相関関係は認められなかった。白血病芽球細胞の割合が増加した患者のサンプル、並びにより未熟な段階の白血病細胞を考慮するために、診断時のBcp-ALL患者のBM吸引サンプルから開始したCAR T細胞を生成した(n=6、
図2A)が、出発材料中のCD19+細胞の平均は、73.1±17.80%(範囲、40.5~83.5%)であった。BM由来サンプルの形質導入レベルはPBサンプルよりも有意に低かったものの(
図2 A-B;それぞれ36,04±19,83%対55,15±16,54% CAR+ T細胞;p=0.03)、PB又はBMサンプルからのDP回収の総収量に関しては、差異は観察されなかった(
図2C)。
【0097】
患者由来のCAR T細胞製品の詳細な特性評価。
【0098】
各患者の診断時に観察された患者特異的Ig再編成を増幅するために、CAR T細胞DP(14日目、産生終了時)に対してリアルタイム定量的PCRを実行した。試験した14個のCAR T細胞DPのうち7個でMRD陽性が観察され、MRD中央値は6.01E-3±1.00E-2であった(表3)。
【0099】
【表5】
表3は、CAR T製造のために考慮された出発原料中のCD19+白血病細胞の割合、及び各々個人の患者の診断時において同定された2つの異なるIgマーカー(MRD#1及びMRD#2)のMRD値に関する各登録患者からのデータを示している。MRDデータは、対照の非形質導入T細胞サンプル(NT)及びCAR.CD19 T細胞サンプル(CAR)の両方について報告された。
【0100】
さらに、白血病芽球細胞の混入はまた、試験した13個の非形質導入T細胞サンプルのうち9個にも存在することが観察され(NT、表3)、形質導入プロセスとは無関係に白血病細胞が培養液中に生存することが証明された。さらに詳しくは、活性化後+8日目の非常に早い時点、CAR T製造の標準手順として+14日目、及びCAR T細胞DPの培養について同様に延長された+30日目でDPがMRDについて分析された、経時的実験が行われた(データは5人の異なる患者の生産物から得られた、n=5)。
図3Aに示すように、MRDレベルとインビトロ培養の時間経過の間には逆相関が観察され、培養時間が徐々に増加するにつれてMRDが有意に減少し(+8日目対+14日目のMRDを考慮するとp=0.02)、Day+30の最後の時点での感度を下回るレベルに達した。十分な材料が入手可能なサンプルについては、高感度EuroFlowサイトメトリープラットフォームを適用してDP分析も実行されている(Leukemia. 2012年9月;26(9):1899~1907ページ)。製造プロセスの+14日目における1つの例示的なCAR T細胞DP及びNT T細胞の対照培養物からのデータを報告する
図3Bに明らかに示されるように、適用された細胞蛍光定量分析は陽性のMRDを検出するのに十分な感度であった。CAR産物を混入したB細胞前駆体は、非常に鈍いCD19であったが(
図4)、CD10などの他のB細胞マーカーは保存されていた(
図4)。それにもかかわらず、インビトロで増殖させたNT T細胞にB細胞が混入してCD19+ CD10+を生じた割合は、CARサンプルで観察されたものよりも有意に高かった(
図4、MRD 1.5%対0.00036%)。B細胞がCAR形質導入によって特徴付けられるかどうかを検証した。
図5に示すように、PCRでMRD陽性であった2つのサンプルについて、細胞蛍光定量アッセイにより分析したところ、CAR陽性白血病細胞が検出され、CAR分子の2つの異なる染色(抗CD34はiC9.CAR.CD19
LH並びにCAR.CD19 scFvによって認識されるCD19エピトープのヒンジ領域上のエピトープを検出)に対して二重陽性を示した。BM由来のDPについてもデータが確認され、RT-qPCRにより6つのCAR T産生のうち6つでMRD陽性が示された(表4)。
【0101】
【表6】
表4は、CAR T細胞製造のための出発原料として使用される患者由来BM単核細胞におけるCD19+白血病細胞の割合、及び各患者個人における診断時に同定された2つの異なるIgマーカーについてのMRD値に関する各登録患者のデータを示している。MRDデータは、対照の非形質導入T細胞サンプル(NT)及びiC9.CAR.CD19LH T細胞サンプル(CAR)の両方について報告された。
【0102】
2つのBM由来DPについては、MRDはEuroFlowサイトメトリープラットフォームによっても確認された(
図5)。これらの場合では、アッセイの感度及び凍結サンプルの品質により、CAR陽性B細胞前駆体を検出することはできなかった。また、BM由来CAR T細胞産物では、DPに混入しているB細胞前駆体は、CD19弱/陰性であったが、B細胞に混入している非形質導入T細胞産物ではCD19の高い発現が示された。
【0103】
要約すると、製剤の特性評価を綿密に行えば、白血病CAR+ B細胞の発生がしばしば検出可能であるという証拠が提供され、今後、多くの患者が間もなくCAR T細胞で治療される予定であるため、CARコンストラクトの安全性プロファイルの改善が急務であることが強調された。
【0104】
CARリンカーの長さはエピトープマスキングに影響する
【0105】
CAR.CD19が同じ細胞膜上でCD19と共発現する場合、リンカー及びヒンジ領域のCAR.CD19のデザインがCD19マスキングに影響を与えるか否かを評価した。特に、
図6Aに要約した4つの特定の立体構造は、CARコンストラクトのどの構成立体構造がCAR+白血病細胞におけるCD19抗原マスキングに関与するかを示すと考えられた。この目的のために、4つの異なるCARコンストラクトを使用してNALM-6細胞株を遺伝的に改変した。細胞はCD19陽性をmRNAレベルで維持していたが(
図7A)、NALM-6 CAR.CD19LL/SHのCD19関連蛍光レベルのパターン(薄灰色のヒストグラム)は、対照アイソタイプ(濃い灰色のヒストグラム)と重ねることができ(
図6B)、以前に公開されたデータ(5)を確証した。次に、異なる第2世代CAR.CD19構成は、ΔCD34を含む長いヒンジが存在しているが、(以前のものと同様に)長いリンカーを特徴とするものと考えられる(CAR.CD19LL/LH)。この場合、マスキングフローサイトメトリー分析では、参照CAR.CD19LL/SHと比較して差異は示されなかった(
図6C)。次に、CAR.CD19SL/SHを保持するNALM-6におけるCD19のMFI検出を考慮して、VL領域とVH領域との間のリンカー長の寄与を評価した。
図6Dに示すように、CD19 MFIは、参照CAR.CD19LL/SHと比較して、NALM-6 CAR.CD19SL/SHにおいて高かった。最後に、本発明のCARコンストラクトで遺伝子改変されたNALM-6は、VLとVHの間の短いリンカーが、CAR T細胞の追跡可能なマーカーとしてΔCD34を含む長いヒンジと関連していると考えられる。また、LHの場合、SHは参照構造とは異なるCD19 MFIと関連している(
図6E)。同じデータは、他の2つの異なるB細胞株、DAUDI細胞及びRAJI細胞においても観察され、リンパ腫細胞がCAR.CD19SL/LHで遺伝子改変された場合、不完全なCD19マスキングが示された(
図7B)。これらの観察に基づいて、リンカーの長さが、レトロウイルスプラットフォームにおけるCAR+白血病細胞上の完全又は不完全なCD19抗原CISマスキングを駆動する要因である可能性があると推測された。これらの結果は機能分析によっても裏付けられた。確かに、DAUDI、RAJI、及びNALM-6 CAR.CD19SL/LH細胞上の非常に低いレベルのCD19発現は、特にエフェクター/標的比率が低いと、野生型細胞株と比較した場合、程度は低いものの、CAR.CD19 T細胞応答を誘発するのに十分であった(
図8A-C)。
図8Cに示すように、CAR.CD19 T細胞は、NALM-6 WTに対して完全な白血病制御を発揮し、NALM-6 CAR.CD19SL/SH及びNALM-6 CAR.CD19SL/LHに対して観察された抗白血病活性と比較して有意な差はない。注目すべきことに、CAR.CD19 T細胞は、Ruellaらによって以前の出版物(5)において適用されたNALM-6 CAR+を完全に認識できなかったが(
図7C)、NALM-6 CAR.CD19SL/SH及びNALM-6 CAR.CD19SL/LHと比較すると程度は低いものの、NALM-6 CAR.CD19LL/SHに対するCAR.CD19 T細胞のある程度の活性が観察された(
図8C)。これらの発見と一致して、SL又はLLを持ったCAR.CD19の両方で遺伝子改変されたNALM-6細胞は、CAR T細胞によってかなりの量のインターフェロン-ガンマ(IFN-g)を誘導でき(
図9A)、それらの増殖を誘導する(
図9B)ことができることも観察された。
【0106】
CAR.CD19コンストラクトの短いリンカー及び長いヒンジは、CARの機能性及び免疫原性に影響を与えなかった。
【0107】
注目すべきことに、CAR.CD19SL/LHは不完全なCD19抗原CISマスキングをもたらす一方で、T細胞で発現させると、顕著な白血病/リンパ腫制御を発揮することができた。特に、共培養アッセイを使用して、DAUDI(
図8A)、Raji(
図8B)、及びNALM-6(
図8C)細胞株に対するCAR.CD19SL/LH T細胞の細胞傷害効果を実証した。
図8A及び8Bに示すように、CAR.CD19SL/LH T細胞は、低いエフェクター/標的比で使用した場合でも、培養物から腫瘍細胞を除去することができる。NALM-6モデルについては、CAR.CD19SL/LH T細胞の抗白血病活性も、より標準的なCAR.CD19LL/SH T細胞の抗白血病活性と比較されており、細胞毒性(
図8C、NALM-6 WT)、インターフェロンガンマ(IFN-g)産生(
図9A)、又は抗原刺激後の増殖指数(
図9B)の点で実質的な差異は示されていない。この最後のアッセイは、CFSEをロードしたCAR T細胞をNALM-6 WT細胞で刺激し、CARコンストラクトに関係なく、両方のCAR.CD19 T細胞が刺激されていない細胞(濃い灰色のヒストグラム)に対して同程度のレベルの高増殖細胞(薄灰色のヒストグラム)に到達できることを観察することによって実行された。さらに、追跡可能なマーカーCD34がCAR構成に含まれているため、その免疫原性を予測するためにインシリコ解析も行われた。特に、CD34ドメインを含むCAR領域において、MHC分子によって提示されると確信を持って予測されるペプチド配列が研究されてきた。「STNVSPAPR」(配列番号181ペプチドは、CD34含有コンストラクトに対して潜在的に免疫原性であると予測される(表5、MHC分子HLA-A11:01及びHLA-A33:03によって提示される。ペプチド「GSELPTQGTF」(配列番号182)も、選択基準に合致するが、この場合、その結合コアは「ELPTQGTF」(配列番号183)であり、完全にCD34エピトープ領域の一部となっている;したがって、免疫原性が高いとは考えにくい。CD34ドメインが考慮されていないコンストラクトについては、ペプチド「SVTVSSPAPR」(配列番号184)及びその短いバージョン「VTVSSPAPR」(配列番号185)は両方とも免疫原性があり、同じ対立遺伝子HLA-A11:01及びHLA-A33:03によって提示されると予測される。これらのデータに照らし合わせると、コンストラクトにCD34ドメインを含めることは、CARの免疫原性プロファイルに実質的な影響を及ぼさなかったものと予測される。
【0108】
【表7】
自殺遺伝子iC9の活性化は、CAR+白血病細胞の拡大を制御する。
【0109】
DAUDI、RAJI、及びNALM-6 iC9.CAR+細胞を20nMのAP1903に曝露することにより、CAR+白血病細胞を迅速に除去できる可能性が実証された。確かに、自殺遺伝子iC9の非常に早期の活性化(6時間)は、CAR+白血病細胞の割合の有意な減少に対応している(DAUDI細胞については
図8D及び
図8E、RAJI細胞及びNALM6細胞については
図10)。AP1903処理iC9.CAR.CD19 DAUDI細胞の長期培養は、iC9.CAR+白血病細胞の再拡大と関連しなかった(
図8E)。特に、AP1903処理細胞におけるCAR発現のMFIは142±22(閾値;
図10E)に等しく、未処理細胞と比較して有意に劣る値であるが、DAUDI WT細胞のCAR染色(125.8±20.6、
図10E)よりは高かった。RAJI(
図10A~B)及びNALM-6(
図10C~D)細胞モデルにおいても、同じ結果が確認された。高いCAR発現MFIを有する白血病細胞の存在は、AP1903処理細胞におけるフローサイトメトリー分析では検出されなかった一方で、白血病細胞の存在は、CAR.CD19の非常に弱い(すなわち中程度の)発現と共に観察されたが、野生型細胞株と同様に、完全で再確立されたCD19抗原が検出された(
図8E、
図10B、及び
図10D)。確かに、qPCR分析により、未処理のCAR+細胞と比較すると有意に減少しているものの、AP1903曝露後の残りの細胞で導入遺伝子(TG)が検出されたことが明らかになった(
図9F)(DAUDI細胞の22.8%、RAJI細胞の18.6%、及びNALM-6細胞の0.6%で、TG陽性が観察された)。ベクターコピー数分析により、AP1903処理残存細胞は未処理のものと比較して挿入ベクター数が有意に少ないことが明らかになった(考慮された全ての細胞モデルにわたって、未処理及びAP1903処理B細胞におけるVCN閾値の平均が、それぞれ5.3±4.2及び0.1±0.1;
図10F)。AP1903曝露後にレスキューされたiC9.CAR+ B細胞においてCD19検出が完全に再確立されたため、それらがCAR.CD19 T細胞の標的となり得るかどうかが検証された。
図11に示すように、CAR.CD19 T細胞(
図11A及び
図11B)は、AP1903処理によって免れたCAR+白血病細胞を排除することができた。さらに、CAR+ B細胞再発患者から自家CAR T細胞産物を生成することは臨床的に不可能であるため、健康なドナー由来のCAR.CD19 NK細胞が、AP1903曝露後にレスキューされたiC9.CAR+ B細胞を有意に制御できることも証明されている(
図11C及び
図11D)。
【0110】
CAR+白血病のインビボ制御のための二重戦略。
【0111】
CAR.CD19 T細胞が、SL又はLLを有するCARコンストラクト以外に野生型B細胞白血病を標的とする能力は、B細胞白血病NSG異種移植モデルにおいてインビボで証明されている。特に、マウスにFF-ルシフェラーゼで遺伝子改変されたNALM-6を全身注入して、白血病負荷を経時的にインビボでモニタリングできるようにした。生物発光シグナルを測定することによって腫瘍の生着を分析し、+0日目に、CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH T細胞の両方、並びにHD由来の対照NT-T細胞でマウスを処理した(
図12A)。CAR.CD19SL/LH及びCAR.CD19LL/SH T細胞は、NALM-6のインビボでの拡大を有意に制御することができることが、生物発光分析によって明確に実証された。次に、NALM-6 CAR.CD19SL/LHがインビボ環境でもCAR T細胞によって認識されるかどうかが評価された。
図12Bに示すように、CAR.CD19SL/LH T細胞は、対照NT T細胞と比較して、CAR+ NALM-6細胞のインビボ拡大を有意に減少させることができた。同じデータは、DAUDI細胞株の悪性度の低いリンパ腫モデルでも確認された(
図12D)。このモデルにおいて、CAR.CD19SL/LH T細胞は、全ての処理マウスにおいてCAR+リンパ腫細胞を制御し、排除することができた。CAR.CD19 T細胞で処理したマウスコホートでは、実験手順の終了時(21日目)に100%の無病生存率(DFS)に達したが、NT T細胞を投与したマウスの対照コホートでは0%のDFSであった。さらに、NALM-6 CAR.CD19LL/SHに関するインビトロデータも、裏付けられている。また、インビボ設定において、CAR T細胞は、CAR.CD19SL/LHモデルで観察されたものよりも低い程度であった(
図12B及び
図12E)ものの、NALM-6 CAR.CD19LL/SHに対して、抗白血病制御を発揮することができた(
図12C)。
【0112】
最後に、自殺遺伝子iC9が、AP1903による活性化によるCAR+白血病拡大の制御において活性であることも、インビボで証明された。特に、iCas9.CAR.CD19
LHDAUDI細胞が、NSGマウスに注入された;腫瘍の生着後、二量体化薬剤AP1903を1日目~28日目まで腹腔内投与した(
図13A)。AP1903の投与によるiC9の活性化により、研究対象マウス10匹中9匹でCAR+白血病が完全に根絶された(
図13B及び
図13C)。さらに、AP1903の投与により、薬物投与中断後であっても、処理マウスの100%の生存が可能となり、63日目(実験の終点;
図13D)まで白血病の再発を示したマウスはいなかった。CID投与後のIVIS分析で陽性シグナルを示した唯一のマウスは、陰性対照(同じコホートのマウス)及び陽性対照(CID投与なしのマウス)とともに、苦しみの兆候もなく35日目に早期屠殺し、白血病細胞を特徴付けた。末梢血、脾臓、及び脛骨BM(左脇腹)にシトフルオロメトリー分析を適用したところ、CAR分子の陽性発現とともにCIDで処理されたマウスでは白血病細胞が検出されなかった。
【0113】
実施例2:8アミノ酸~14アミノ酸までの短いリンカーと長いリンカーを有する異なるCAR.CD19分子の比較
【0114】
インシリコモデルは、8から14アミノ酸にわたる短いリンカーを有するCAR.CD19分子が、15アミノ酸の長いリンカーを有する古典的なCAR.CD19と比較して異なる3D構造によって特徴付けられることを実証するために実行され、短い長さのリンカーを有するCAR.CD19は、15アミノ酸の標準リンカーを有するCAR.CD19で観察されるものに対して異なる標的のマスキングを提供する空間構成を持つという追加の証拠を提供する。
以下のリンカーは、VL配列の配列番号15とVH配列の配列番号16を連結するために使用された:
G3SG4 GGGSGGGG短いリンカー(配列番号38)
SG4SG3 SGGGGSGGG(配列番号186)、
(SG4)2 SGGGGSGGGG(配列番号190)
(SG4)2 S SGGGGSGGGGS(配列番号187)
(SG4)2 SG SGGGGSGGGGSG(配列番号188)
(SG4)2 SG2 SGGGGSGGGGSGG(配列番号191)
(SG4)2 SG3 SGGGGSGGGGSGGG(配列番号189)
(SG4)3 SGGGGSGGGGSGGGG長いリンカー(配列番号39)
このモデルでは、スーパーポーズ(Superpose)ツールを使用して、修正クォータニオンアプローチを使用したタンパク質の重ね合わせを計算した。スーパーポーズは、2つ以上の構造の重ね合わせから、配列アラインメント、構造アラインメント、PDB座標、RMSD統計、差分距離プロット、重ね合わせ構造のインタラクティブ画像を生成する。スーパーポーズウェブサーバーは、PDB形式のファイル又はPDBアクセッション番号の送信をサポートしている。このツールを使用することで、8アミノ酸から15アミノ酸までのレパートリー全体にわたる、異なる長さのリンカーを含むCAR.CD19の構造を比較した。
【0115】
8~14アミノ酸のリンカーを含む構造に対して、15アミノ酸の長いリンカーを含む標準的なCAR.CD19構造との間に有意な違いがある領域を視覚的に識別するために使用できるPNG画像として、異なる距離マトリックスが生成される。領域が明るいほど、構造はより類似している(
図14~21)。同様に、領域が暗いほど、構造はより異なる。スーパーポーズの差分距離プロットのデフォルト表示では、6つの段階的なカットオフが示される。
【0116】
0と1.5オングストローム(A)の差は白である;1.5Aと3.0Aの差は非常に明るい灰色である;3,0Aと5,0Aの差は明るい灰色である;5Aと7Aの差は灰色である;7Aと9Aの差は濃い灰色である;9Aと12Aの差は非常に濃い灰色であり、12Aを超える差は黒である。
【0117】
図14~21は、アルファ炭素及びバックボーン、並びに重い構造に関する(二乗平均平方根偏差)RMSDデータの要約した表も、示している。これらの表は、より長い15アミノ酸リンカーを有するCAR.CD19と比較して、8~14アミノ酸にわたるリンカーを有する全てのCAR.CD19構成の有意な差異を示している。これらの差異は、8~14アミノ酸からなるリンカーを有するCAR.CD19が、より長いリンカーを有するCAR.CD19とは異なるマスキング能力を有することを示唆している。原子位置の二乗平均平方根偏差、又は単なる二乗平均平方根偏差(RMSD)は、重ね合わせたタンパク質の原子(通常はバックボーン原子)間の平均距離の尺度となる。
【0118】
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