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特表2023-553588骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）のバイオマーカー及びその使用方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-12-25
(54)【発明の名称】骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）のバイオマーカー及びその使用方法
(51)【国際特許分類】
A61K 31/496 20060101AFI20231218BHJP
A61P 7/00 20060101ALI20231218BHJP
C12Q 1/6851 20180101ALN20231218BHJP
C12Q 1/686 20180101ALN20231218BHJP
C12N 15/09 20060101ALN20231218BHJP
【ＦＩ】
A61K31/496
A61P7/00 ZNA
C12Q1/6851
C12Q1/686 Z
C12N15/09 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023526527
(86)(22)【出願日】2021-11-03
(85)【翻訳文提出日】2023-06-26
(86)【国際出願番号】 US2021057839
(87)【国際公開番号】W WO2022098712
(87)【国際公開日】2022-05-12
(31)【優先権主張番号】63/109,730
(32)【優先日】2020-11-04
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/260,837
(32)【優先日】2021-09-01
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】506137147
【氏名又は名称】エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】100088155
【弁理士】
【氏名又は名称】長谷川 芳樹
(74)【代理人】
【識別番号】100128381
【弁理士】
【氏名又は名称】清水 義憲
(74)【代理人】
【識別番号】100126653
【弁理士】
【氏名又は名称】木元 克輔
(72)【発明者】
【氏名】グアルベルト， アントニオ
(72)【発明者】
【氏名】ショルツ， キャサリン
(72)【発明者】
【氏名】シャオ， ジャンジュン
【テーマコード（参考）】
4B063
4C086
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA19
4B063QQ02
4B063QQ08
4B063QQ52
4B063QR08
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS36
4B063QS38
4C086AA01
4C086AA02
4C086BC50
4C086MA01
4C086MA04
4C086MA52
4C086NA05
4C086ZA51
(57)【要約】
本開示は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）における輸血依存の治療に関する。本開示は、新規のバイオマーカーを使用して、輸血依存の治療を必要とするＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法に関する。本開示はまた、スプライシングモジュレーターによる治療に適したＭＤＳ患者を特定する方法、及び／又はＭＤＳ患者における治療効果を予測又はモニタリングする方法に関する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、少なくとも患者におけるＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）を決定することを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比に基づいて、治療有効量のスプライシングモジュレーター（例えば、化合物１）を投与することを含む。治療的使用及び治療用組成物もまた開示される。
【選択図】なし
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を有する患者の輸血依存を治療する方法であって、高いＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法。
【請求項2】
骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を有する患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）前記輸血依存性ＭＤＳ患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するするステップ、及び
（ｂ）前記患者に治療有効量の化合物１を投与するステップ
を含む方法。
【請求項3】
化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）前記患者が高ＴＭＥＭ１４ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び
（ｂ）前記患者を化合物１による治療に適していると特定するステップ
を含む方法。
【請求項4】
輸血依存性ＭＤＳ患者における治療効果をモニタリングする方法であって、（ａ）前記患者が高ＴＭＥＭ１４ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、
（ｂ）前記患者に治療有効量の化合物１を投与するステップ、及び
（ｃ）投与後の前記患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含み、前記投与後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の低下が治療の有効性を示す方法。
【請求項5】
前記ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がステップ（ｃ）後も高いままであり、前記患者に追加用量の化合物１を投与するステップをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がもはや上昇しなくなるまで、前記患者に追加用量の化合物１を投与するステップをさらに含む、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項7】
高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、前記患者から生体試料を得るステップ、及び前記試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記生体試料は血液試料又は骨髄試料を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
前記血液試料は末梢血又は血漿を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
前記骨髄試料は骨髄穿刺液又は骨髄生検を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項11】
前記ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、前記患者又は前記患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項12】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項13】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディングを含む、請求項１１又は１２に記載の方法。
【請求項14】
高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、例えば核酸バーコーディングによる測定で、約０．１、約０．２、約０．５、約１、約２、約４、約１０、約１５、約２０又は約３０を超える比である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項15】
高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約４を超える比である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項16】
前記患者は高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップをさらに含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
前記患者は高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップをさらに含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項18】
前記患者は高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比及び高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップをさらに含む、請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記ＭＤＳは、多系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳ、又は分類不能型ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）である、請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間１リスク以下のＭＤＳである、請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項21】
前記ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間２リスク以上のＭＤＳである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＭＬＤである、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢである、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項24】
前記ＭＤＳ－ＥＢは、ＭＤＳ－ＥＢ１又はＭＤＳ－ＥＢ２である、請求項２３に記載の方法。
【請求項25】
前記ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢ２である、請求項２３又は２４に記載の方法。
【請求項26】
前記患者又は前記患者からの生体試料は、ＲＮＡスプライシングに関連する１つ又は複数の遺伝子に変異を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記患者又は前記患者からの生体試料は、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１、及びＺＲＳＲ２から選択される１つ又は複数の遺伝子に変異を含む、請求項１～２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項28】
前記患者又は前記患者からの生体試料は、ＳＦ３Ｂ１に変異を含む、請求項１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項29】
前記ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位又はＶ７０１位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
前記ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位又はＲ６２５位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる、請求項２８又は２９に記載の方法。
【請求項31】
前記ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか、又はそれからなる、請求項２８～３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記ＳＦ３Ｂ１における変異は、Ｋ７００Ｅ及び／又はＲ６２５Ｃを含む、請求項２８～３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記患者又は前記患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を含む、請求項１～３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
化合物１は、化合物１は、前記患者に経口投与される、請求項１、２及び４～３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項35】
化合物１は、前記患者に１日１回投与される、請求項１、２及び４～３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項36】
化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日１回、前記患者に投与される、請求項３５に記載の方法。
【請求項37】
化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日１回、前記患者に投与される、請求項３５に記載の方法。
【請求項38】
化合物１は、連続投与スケジュールで１日１回、前記患者に投与される、請求項３５に記載の方法。
【請求項39】
化合物１は、１日１回、１回以上の２８日サイクルにわたって前記患者に投与される、請求項３５～３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項40】
前記化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｇ～約２０ｍｇである、請求項３５～３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項41】
前記化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｍｇ、約３．５ｍｇ、約５ｍｇ、約７ｍｇ、約１０ｍｇ、約１２ｍｇ、約１４、又は約２０ｍｇである、請求項３５～４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項42】
化合物１は、前記患者に１日２回投与される、請求項１、２及び４～３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項43】
化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日２回、前記患者に投与される、請求項４２に記載の方法。
【請求項44】
化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日２回、前記患者に投与される、請求項４２に記載の方法。
【請求項45】
化合物１は、連続投与スケジュールで１日２回、前記患者に投与される、請求項４２に記載の方法。
【請求項46】
化合物１は、１日２回、１回以上の２８日サイクルにわたって前記患者に投与される、請求項４２～４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項47】
前記化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で合計約２ｍｇ～約２０ｍｇである、請求項４２～４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項48】
前記化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、又は約２０ｍｇである、請求項４２～４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項49】
１回目の用量は約１０ｍｇであり、２回目の用量は約５ｍｇである、請求項４７又は４８に記載の方法。
【請求項50】
１回目の用量は約５ｍｇであり、２回目の用量は約１０ｍｇである、請求項４７又は４８に記載の方法。
【請求項51】
１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約５ｍｇである、請求項４７又は４８に記載の方法。
【請求項52】
１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約７．５ｍｇである、請求項４７又は４８に記載の方法。
【請求項53】
１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである、請求項４７又は４８に記載の方法。
【請求項54】
化合物１による治療は、前記患者の輸血依存を軽減又は排除する、請求項１～５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項55】
化合物１による治療は、前記患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、又は約６０％減少させる、請求項１～５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項56】
化合物１による治療は、前記患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約３０％減少させる、請求項１～５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項57】
化合物１による治療は、前記患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約６０％減少させる、請求項１～５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項58】
前記患者は少なくとも５６連続日の期間、輸血を受けず、前記期間は治療開始後の任意の時間に始まる、請求項１～５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項59】
前記輸血は、赤血球（ＲＢＣ）及び／又は血小板の輸血を含む、請求項１～５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項60】
前記輸血は、ＲＢＣ輸血を含む、請求項１～５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項61】
化合物１による治療は、前記患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、増加させる、請求項１～６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項62】
化合物１による治療は、前記患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、又は約４０％増加させる、請求項１～６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項63】
ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法。
【請求項64】
ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）前記輸血依存性ＭＤＳ患者が高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び
（ｂ）前記患者に治療有効量の化合物１を投与するステップ
を含む方法。
【請求項65】
化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）前記患者が高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び
（ｂ）前記患者を化合物１による治療に適していると特定するステップ
を含む方法。
【請求項66】
高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、前記患者から生体試料を得るステップ、及び前記試料中のＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む、請求項６３～６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項67】
前記ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比は、前記患者又は前記患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される、請求項６３～６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項68】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項69】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディングを含む、請求項６７又は６８に記載の方法。
【請求項70】
ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法。
【請求項71】
ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）前記輸血依存性ＭＤＳ患者が高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び
（ｂ）前記患者に治療有効量の化合物１を投与するステップ
を含む方法。
【請求項72】
化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）前記患者が高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び
（ｂ）前記患者を化合物１による治療に適していると特定するステップ
を含む方法。
【請求項73】
高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、前記患者から生体試料を得るステップ、及び前記試料中のＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む、請求項７０～７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項74】
前記ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比は、前記患者又は前記患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される、請求項７０～７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項75】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む、請求項７４に記載の方法。
【請求項76】
ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディングを含む、請求項７４又は７５に記載の方法。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０２１年１０月２７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、１５６４７＿００１６－００３０４＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズは２１，９９４バイトである。
【0002】
本出願は、２０２０年１１月４日に出願された米国仮特許出願第６３／１０９，７３０号、及び２０２１年９月１日に出願された米国仮特許出願第６３／２６０，８３７号の利益及び優先権を主張するものであり、これら両方の内容はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0003】
本開示は、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）における輸血依存の治療に関する。本開示は、いくつかの実施形態において、新規のバイオマーカーを使用して、輸血依存の治療を必要とするＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法を提供する。本開示はまた、いくつかの実施形態において、スプライシングモジュレーター（例えば、化合物１）による治療に適したＭＤＳ患者を特定する方法、及び／又はＭＤＳ患者における治療効果を予測若しくはモニタリングする方法を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、患者におけるＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）を決定するステップを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比に基づいて、治療有効量のスプライシングモジュレーター（例えば、化合物１）を投与するステップを含む。治療的使用及び治療用組成物もまた提供される。
【背景技術】
【0004】
骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）は癌に関連し、骨髄中の異常な造血細胞によって引き起こされる血液学的病態の集合である。これらの異常な造血細胞は、早期に死滅するか又は破壊される不完全な血液細胞を形成し、細胞不足をもたらす。最も一般的には、ＭＤＳは赤血球の不足をもたらすが、他の種類の血液細胞が影響を受ける可能性もある。
【0005】
ＭＤＳ患者はしばしば重度の貧血を発症し、頻繁な輸血を必要とし、これは、臨床的、健康に関連する生活の質、及び経済的影響をもたらし得る（Ｂａｌｄｕｃｃｉ，Ｃａｎｃｅｒ．２００６；１０６：２０８７－２０９４；Ａｌｍｅｉｄａ ｅｔ ａｌ．Ｌｅｕｋ Ｒｅｓ．２０１７；５２：５０－５７）。鉄毒性に関連する合併症に加えて、同種免疫、アレルギー反応、及び輸血感染症も起こし得る（Ｓａｎｚ ｅｔ ａｌ．Ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ．２０１３；５３：７１０－７１５；Ｋｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ Ｔｒａｎｓｆｕｓ．２０１４；１２：１０３－１０６；Ｋｏｕｔｓａｖｌｉｓ，Ａｎｅｍｉａ．２０１６；２０１６：８４９４７３８；Ｓｉｎｇｈａｌ ｅｔ ａｌ．Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ．２０１７；１０２：２０２１－２０２９）。輸血への依存はまた、生存に悪影響を及ぼし、身体的、機能的、及び社会的幸福に影響を及ぼし得る（Ｈａｒｎａｎ ｅｔ ａｌ．Ａｃｔａ Ｈａｅｍａｔｏｌ．２０１６；１３６：２３－４２；Ｌｕｃｉｏｎｉ ｅｔ ａｌ．Ａｍ Ｊ Ｂｌｏｏｄ Ｒｅｓ．２０１３；３：２４６－２５９；Ｓｔａｕｄｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｌｅｕｋｅｍｉａ．２０１８；３２：１３８０－１３９２；Ｓｚｅｎｄｅ ｅｔ ａｌ．Ｈｅａｌｔｈ Ｑｕａｌ Ｌｉｆｅ Ｏｕｔｃｏｍｅｓ．２００９；７：８１）。例えば、慢性的な輸血は患者にとって時間がかかる可能性があり、また患者及びその家族に心理社会的な負担をもたらす可能性がある（Ｂａｌｄｕｃｃｉ，Ｃａｎｃｅｒ．２００６；１０６：２０８７－２０９４）。これらの臨床的及び健康に関連する生活の質の負担に加えて、輸血依存患者はまた、経済的負担をもたらし得る。輸血への長期依存は、特に輸血を高頻度で必要とする患者にとって、医療費の増加につながる（ＤｅＺｅｒｎ ｅｔ ａｌ．Ｌｅｕｋ Ｌｙｍｐｈｏｍａ．２０１７；５８：２６４９－２６５６）。
【0006】
現在、米国では、ＭＤＳ関連の適応症のために、エリスロポエチン刺激剤として知られる非経口的に投与される組換えエリスロポエチン薬；ヌクレオシドアナログＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤（低メチル化剤）アザシチジン及びデシタビン；形質転換成長因子βスーパーファミリーリガンドに結合する組換え融合タンパク質であるラスパテルセプト；及び経口投与される免疫調節剤レナリドミドを含む、多くの薬物療法が承認されている。これらの薬物療法は血液学的改善を誘導することができるが、治癒的ではなく、また、治療中に発生する血球減少症や他の有害事象にも関連する。したがって、ＭＤＳに対する治療法の改善、特に輸血依存を低減し、望ましくない毒性を最小限に抑えることができる治療法の改善が依然として必要とされている。
【0007】
蓄積された証拠は、様々なヒト疾患が、異なるエクソンの挿入／切除、イントロン保持、又は潜在的スプライス部位の使用をもたらし得るＲＮＡスプライシングにおける調節不全と関連するステップを示している（Ｓｃｏｔｔｉ ａｎｄ Ｓｗａｎｓｏｎ（２０１６）Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇｅｎｅｔ．１７（１）：１９－３２；Ｓｅｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２３（１）：２８２－９６）。いくつかの研究は、癌細胞のスプライシングプロファイル、並びにスプライシング因子自体の変化を実証している（Ａｇｒａｗａｌ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ．４８：６７－７４）。全体的にみれば、これらの事象は、腫瘍形成又は治療に対する抵抗性の一因となり得る機能的変化を説明している（Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｎｌｅｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．２０１３；３（１１）：１２２８－１２３７；Ｓｉｅｇｆｒｉｅｄ ａｎｄ Ｋａｒｎｉ，（２０１８）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ．４８：１６－２１）。
【0008】
ＳＦ３Ｂ１、Ｕ２ＡＦ１、及びＳＲＳＦ２などのスプライシング因子遺伝子における体細胞変異は、ＭＤＳ患者の約５０％に影響を及ぼし、多様な代替的で且つ異常なｍＲＮＡスプライシング変化をもたらしている。変異したＳＦ３Ｂ１は、典型的にはミトコンドリアにおけるヘム生合成及び鉄蓄積の欠陥を特徴とする、ＭＤＳにおける環状鉄芽球表現型と関連している。ＴＭＥＭ１４Ｃ、ＡＢＣＢ７、及びＰＰＯＸなどのヘム生合成及び鉄代謝に関与する遺伝子の異常なスプライシングも、ＭＤＳ患者、特にＳＦ３Ｂ１変異を有する患者において観察されている（Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９：３６４９）。ＡＢＣＢ７及びＰＰＯＸの異常なスプライシング及び下方制御はＳＦ３Ｂ１変異細胞及び患者において報告されており、赤血球生成不全の一因であり得る（例えば、Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９：３６４９の例えば図７ｅ－ｇ；Ｄａｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ．２０１５；１３：１０３３－１０４５の例えば図６Ｄ；Ｎｉｋｐｏｕｒ ｅｔ ａｌ．Ｂｒ Ｊ Ｈａｅｍａｔｏｌ．２０１０；１４９（６）：８４４－８５４の例えば図１を参照）．さらに、スプライシング因子遺伝子における変異が、ＭＤＳ及び他の骨髄性悪性腫瘍の起源における開始事象の１つであることが報告されている（Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１２；３６６（１２）：１０９０－１０９８；Ｙｏｓｈｉｄａ ａｎｄ Ｏｇａｗａ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ Ｒｅｖ ＲＮＡ．２０１４；５（４）：４４５－４５９）。
【0009】
特定の小分子は、イントロン保持及び／又はエクソンスキッピングを促進することによって、悪性細胞におけるＲＮＡスプライシングを調節することができる（Ｔｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．８：１５５２２）。化合物１は、ＳＦ３ｂ複合体に結合し、代替的スプライシング変化を誘導する小分子である（Ｆｉｎｃｉ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．２０１８；３２（３－４）：３０９－３２０；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．２０１６；２２（６）：６７２－６７８）。化合物１は、Ｕ２ＡＦ１、ＳＲＳＦ２、及びＳＦ３Ｂ１変異細胞を含むヒト急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）細胞株のパネルにおいて増殖阻害活性を示し、化合物１の経口投与は、変異ＳＦ３Ｂ１を発現する白血病の異種移植モデルにおいてインビボ抗腫瘍活性を誘導する（Ｓｅｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｍｅｄ．２０１８；２４（４）：４９７－５０４）。化合物１はまた、ヒトの骨髄性癌の治療において評価されているが、患者間で一貫性のない結果を示している（ＮＣＴ０２８４１５４０；Ｓｔｅｅｎｓｍａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ（２０１９）１３４（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ １）：６７３）。
【0010】
したがって、化合物１などのスプライシングモジュレーターを用いた治療の改善、並びに、そのような治療に応答するか又はそのような治療から利益を得る可能性が最も高い患者を特定する方法が必要とされている。治療中に輸血非依存性へと発展する可能性が高いＭＤＳ患者を選択するためのバイオマーカーに基づく戦略が特に望ましい。そのような戦略は治療レジメンに情報を与え、治療効果を高め、且つ／又はＭＤＳ患者の生活の質を改善することができるであろう。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0011】
本開示は、化合物１などのスプライシングモジュレーターが骨髄性癌における抗腫瘍反応に関していくらか一貫性のない結果を示している（ＮＣＴ０２８４１５４０；Ｓｔｅｅｎｓｍａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ（２０１９）１３４（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ１）：６７３）ものの、その化合物は、赤血球生成に関与する遺伝子であるミトコンドリアポルフィリントランスポーターＴＭＥＭ１４Ｃの異常にスプライシングされた転写物を高い比率で発現するＭＤＳ患者の赤血球輸血依存性を減少させるのに驚くほど有効であるという驚くべき発見に、少なくとも部分的に基づいている。ＴＭＥＭ１４Ｃの治療前における発現の上昇は、化合物１で治療されたＭＤＳ患者の輸血非依存性と関連している。化合物１は、ＭＤＳ患者におけるＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害し得る。理論に束縛されるものではないが、化合物１での治療後に輸血非依存性を示すＭＤＳ患者、特にＳＦ３Ｂ１変異を有するＭＤＳ患者は、化合物１での治療前に高レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ異常転写物を有し、治療中に一過性の下方制御を示す可能性があると思われる。
【0012】
ＳＦ３Ｂ１変異タンパク質は、ＺＤＨＨＣ１６、ＳＬＴＭ、ＳＮＵＲＦ、ＺＮＦ５６１、ＴＡＫ１、ＺＮＦ４１０、及び血液細胞の合成及び代謝に関与する他の遺伝子を含む多くの遺伝子に影響を及ぼすが、これらの遺伝子は一般に、輸血非依存性とは相関しない。対照的に、本開示は、特定のＭＤＳ患者におけるＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングの調節が、化合物１などのスプライシングモジュレーターによる治療後に、これらの患者の輸血非依存性に対する感受性を特異的に高めるという驚くべき発見に焦点を当てる。特に、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）の治療前の上昇は、化合物１による治療中に輸血非依存性を達成する可能性があるＭＤＳ患者を特定するのに有用であり得る。そのような患者はまた、ＴＭＥＭ１４Ｃの発現が低レベル（例えば、健康な対象よりも低いレベル）であり得る。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇を、単独で、又は低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現と組み合わせて、バイオマーカーとして使用して、患者が化合物１での治療に応答する又はそのような治療から利益を得る可能性があるかどうかを予測又は決定する。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）における比を超えるＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比である。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲをベースとした方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、対照における比を超える比である。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、約４、例えば、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、４．０、４．１、４．２、４．３、４．４、又は４．５を超える比である。
【0013】
いくつかの実施形態では、本開示は、例えば、化合物１を投与することによって、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する患者を選択するバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、治療する患者を特定するために、単独で、又は１つ若しくは複数のさらなるバイオマーカーと組み合わせて評価され得る。例えば、ＡＢＣＢ７及び／又はＰＰＯＸを含む、ヘム生合成及び鉄代謝に関与する他の遺伝子の異常なスプライシングは、同様に、化合物１などのスプライシングモジュレーターによる治療後に、特定のＭＤＳ患者の輸血非依存性に対する感受性を高め得る。
【0014】
鉄エクスポーターＡＢＣＢ７の下方制御は、環状鉄芽球を有するＭＤＳ患者において観察されるミトコンドリア鉄蓄積の増加に関連している（Ｍａｉｏ ｅｔ ａｌ．Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ ２０１９；１０４：１７５６－１７６７）。実験モデルにおけるＡＢＣＢ７発現の喪失はまた、ヘム生合成不全、ミトコンドリアの鉄過剰、及び赤血球前駆細胞のアポトーシスを引き起こすことが示されている（Ｍａｉｏ ｅｔ ａｌ．Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ２０１９；１０４：１７５６‐１７６７）。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７の異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比）の治療前の上昇は、例えば、単独で、又はＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇などの別のバイオマーカーと組み合わせて使用された場合、化合物１による治療中に輸血非依存性を達成する可能性があるＭＤＳ患者を特定するために有用であり得る。同様に、ＰＰＯＸは、ポルフィリンのミトコンドリア輸送を促進し得る（Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９：３６４９）。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比）の治療前の上昇は、例えば、単独で、又はＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇などの別のバイオマーカーと組み合わせて使用された場合、化合物１による治療中に輸血非依存性を達成する可能性があるＭＤＳ患者を特定するために有用であり得る。
【0015】
いくつかの実施形態では、スプライシングモジュレーターは、本明細書で「化合物１」と呼ばれる、式Ｉを有するプラジエノライドピリジン化合物又はその薬学的に許容される塩である：
（（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートとしても知られる）。
【化1】
（（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートとしても知られる）。
【0016】
いくつかの実施形態において、本開示は、新規のバイオマーカーを使用して、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法を提供する。本開示はまた、いくつかの実施形態において、スプライシングモジュレーター（例えば、化合物１）による治療に適したＭＤＳ患者を特定する方法、及び／又はＭＤＳ患者における治療効果を予測若しくはモニタリングする方法を提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、患者におけるＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）を決定するステップを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比に基づいて、治療有効量のスプライシングモジュレーター（例えば、化合物１）を投与するステップを含む。治療的使用及び治療用組成物もまた開示される。
【0017】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性のＭＤＳ患者が、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び（ｂ）その患者を化合物１による治療に適していると特定するステップを含む方法を提供する。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を示す。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0018】
いくつかの実施形態において、本開示は、輸血依存性ＭＤＳ患者における治療効果をモニタリングする方法であって、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与するステップ、及び（ｃ）投与後の患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含み、投与後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の低下が治療の有効性を示す方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がステップ（ｃ）後も高いままであり、方法は、患者に追加用量の化合物１を投与するステップをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がもはや上昇しなくなるまで、患者に追加用量の化合物１を投与するステップをさらに含む。本明細書に開示される方法のいくつかの実施形態においては、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を示す。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0019】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、及び試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。ＴＭＥＭ１４Ｃの例示的なカノニカル配列は、ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＴＧＣＡＧＧＣＣＴＧＧＧＧＴＡＧＴＣＴ（配列番号１）（遺伝子：ＴＭＥＭ１４Ｃ；ジャンクション：ｃｈｒ６：１０７２３４７４－１０７２４８０２）である。ＴＭＥＭ１４Ｃの例示的な異常配列は、ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＣＴＴＧＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＡＧ（配列番号２）（遺伝子：ＴＭＥＭ１４Ｃ；ジャンクション；ｃｈｒ６：１０７２３４７４－１０７２４７８８）である。さらなる異常なＴＭＥＭ１４Ｃ配列は、Ｄａｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ．２０１５；１３：１０３３－１０４５、例えば、表Ｓ５）に記載されており、この文献は、そのような配列の開示のために参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料又は骨髄試料を含む。いくつかの実施形態では、血液試料は末梢血又は血漿を含む。いくつかの実施形態では、骨髄試料は骨髄穿刺液又は骨髄生検を含む。いくつかの実施形態では、生体試料が尿試料を含む。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、患者又は患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディングを含む。
【0020】
いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を超える比である。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、本明細書に記載の例示的な方法のいずれか（例えば、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲをベースとした方法、核酸バーコーディングなど）などの核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、対照における比を超える比である。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、例えば、リアルタイム逆転写ＰＣＲ又は核酸バーコーディングなどのＲＮＡ発現定量法による測定で、約１、約２、約４、約１０、約１５、約２０、又は約３０を超える比である。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約４を超える比である。
【0021】
いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７の異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比）の治療前の上昇は、化合物１による治療中に輸血非依存性を達成する可能性があるＭＤＳ患者を特定するのに有用であり得る。
【0022】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性のＭＤＳ患者が、高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）患者が高ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び（ｂ）その患者を化合物１による治療に適していると特定するステップを含む方法を提供する。
【0023】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、及びその試料中のＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比は、患者又は患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）における比を超えるＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比である。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲベースの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、対照における比を超える比である。
【0024】
いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比）の治療前の上昇は、化合物１による治療中に輸血非依存性を達成する可能性があるＭＤＳ患者を特定するのに有用であり得る。
【0025】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性のＭＤＳ患者が、高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定するステップ、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）患者が高ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者を化合物１による治療に適していると特定するステップを含む方法を提供する。
【0026】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、及びその試料中のＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比は、患者又は患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）における比を超えるＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比である。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲをベースとした方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、対照における比を超える比である。
【0027】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、例えば、患者からの生体試料において、２つ以上のＡＪ／ＣＪ比、例えば、２つ、３つ、又はそれ以上のＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。
【0028】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比及びＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、並びにその試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比及びＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。
【0029】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比及びＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、並びにその試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比及びＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。
【0030】
いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比及びＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、高ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップは、患者から生体試料を得るステップ、並びにその試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、ＡＢＣＢ７ ＡＪ／ＣＪ比及びＰＰＯＸ ＡＪ／ＣＪ比を決定するステップを含む。
【0031】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、多系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳ、又は分類不能型ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間－１リスク以下のＭＤＳである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間－２リスク以下のＭＤＳである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＭＬＤである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢは、ＭＤＳ－ＥＢ１又はＭＤＳ－ＥＢ２である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢ２である。
【0032】
いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、ＲＮＡスプライシングに関連する１つ又は複数の遺伝子に変異を含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１及びＺＲＳＲ２から選択される１つ又は複数の遺伝子に変異を含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、ＳＦ３Ｂ１に変異を含む。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位又はＶ７０１位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位又はＲ６２５位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、Ｋ７００位の変異はＫ７００Ｅであり、且つ／又はＲ６２５位の変異はＲ６２５Ｃである。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、Ｋ７００Ｅ及び／又はＲ６２５Ｃを含む。
【0033】
いくつかの実施形態では、化合物１は、患者に経口投与される。
【0034】
いくつかの実施形態では、化合物１は、患者に１日１回投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、有害事象又は薬物関連毒性（例えば、発疹、好中球減少症、血小板減少症）が観察されるまで、連続投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、治療休暇が、例えば、有害事象又は薬物関連毒性事象が観察された後に、１日１回の投薬スケジュールに組み込まれる。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日１回の連続投与の少なくとも約５日後（例えば、約５日後、約７日後、約１４日後、約２１日後、又はそれ以上）に組み込まれる。いくつかの実施形態では、化合物１は、１日１回、１回以上の２８日サイクルにわたって患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｍｇ～約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｍｇ、約３．５ｍｇ、約５ｍｇ、約７ｍｇ、約１０ｍｇ、約１２ｍｇ、約１４、又は約２０ｍｇである。
【0035】
いくつかの実施形態では、化合物１は、患者に１日２回投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、有害事象又は薬物関連毒性が観察されるまで、連続投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日２回の投与スケジュールに組み込まれる。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日２回の連続投与の少なくとも約５日後（例えば、約５日後、約７日後、約１４日後、約２１日後、又はそれ以上）に組み込まれる。いくつかの実施形態では、化合物１は、１日２回、１回以上の２８日サイクルにわたって患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で合計約２ｍｇ～約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、又は約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目及び２回目の用量は、それぞれ独立して、約２ｍｇ～約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目及び２回目の用量は、それぞれ独立して、約５ｍｇ～約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約２ｍｇ～約５ｍｇであり、２回目の用量は約７ｍｇ～約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約７ｍｇ～約１０ｍｇであり、２回目の用量は約２ｍｇ～約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約１０ｍｇであり、２回目の用量は約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約５ｍｇであり、２回目の用量は約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約７．５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである。
【0036】
いくつかの実施形態では、患者に投与される化合物１の用量は、時間と共に減少する。例えば、治療の開始時に、化合物１は１日２回、約１０ｍｇの用量で投与され得る。すなわち、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量と２回目の用量との間の間隔は約８～約１６時間、例えば、約１０時間～約１４時間（例えば、約１０時間、約１１時間、約１２時間、約１３時間、約１４時間）である。次いで、この毎日の投与は、例えば、有害事象又は薬物関連毒性事象が観察された後、１回以上減少され得る。いくつかの実施形態では、１回目の用量減少は、約５ｍｇの１回目の用量及び約１０ｍｇの２回目の用量を含むか、又はその逆である。いくつかの実施形態では、２回目又はその後の用量減少は、それぞれ約５ｍｇの１回目の用量及び２回目の用量を含む。
【0037】
いくつかの実施形態では、化合物１による治療が患者の輸血依存を軽減又は排除する。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、又は約６０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約３０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約６０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１で観察される輸血の回数又は頻度の減少は、別の治療で観察される減少よりも大きい。いくつかの実施形態では、化合物１で観察される輸血と輸血の間の期間は、別の治療で観察される輸血と輸血の間の期間よりも長い。例示的な別の治療としては、レナリドミド（例えば、Ｌｉｓｔ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２００６；３５５（１４）：１４５６－１４６５）、Ｆｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｂｌｏｏｄ．２０１１；１１８（１４）：３７６５－３７７６）を参照）及びラスパテルセプト（例えば、Ｆｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０２０；３８２（２）：１４０－１５１）を参照）が挙げられる。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、少なくとも５６連続日（８週間）の期間にわたって測定され、この期間は治療開始後の任意の時間に始まる。いくつかの実施形態では、患者は少なくとも５６連続日（８週間）の期間、輸血を受けず、この期間は治療開始後の任意の時間に始まる。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間の少なくとも８週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間の少なくとも１２週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の４８週間の間の少なくとも１２週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間の少なくとも１６週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の４８週間の間の少なくとも１６週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血は、赤血球（ＲＢＣ）輸血、血小板輸血、又はその両方を含む。いくつかの実施形態では、輸血は、ＲＢＣ輸血を含む。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、増加させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、又は約４０％増加させる。
【図面の簡単な説明】
【0038】
【図1A】図１Ａ～１Ｃは、ベースライン時の疾患サブタイプ及びスプライソソームミスセンス変異ごとの、登録患者及び彼らの治療期間のスイマープロットを示す：低リスク骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）又は慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）（図１Ａ）、高リスクＭＤＳ又はＣＭＭＬ（図１Ｂ）、及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（図１Ｃ）。色は、登録患者の用量レベルを示す。＊、ＣＭＭＬ患者。略語：ＱＤ、１日１回。
【図1B】図１Ａ～１Ｃは、ベースライン時の疾患サブタイプ及びスプライソソームミスセンス変異ごとの、登録患者及び彼らの治療期間のスイマープロットを示す：低リスク骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）又は慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）（図１Ａ）、高リスクＭＤＳ又はＣＭＭＬ（図１Ｂ）、及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（図１Ｃ）。色は、登録患者の用量レベルを示す。＊、ＣＭＭＬ患者。略語：ＱＤ、１日１回。
【図1C】図１Ａ～１Ｃは、ベースライン時の疾患サブタイプ及びスプライソソームミスセンス変異ごとの、登録患者及び彼らの治療期間のスイマープロットを示す：低リスク骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）又は慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）（図１Ａ）、高リスクＭＤＳ又はＣＭＭＬ（図１Ｂ）、及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（図１Ｃ）。色は、登録患者の用量レベルを示す。＊、ＣＭＭＬ患者。略語：ＱＤ、１日１回。
【図3A】図３Ａ～３Ｃは、化合物１で治療されたＭＤＳ患者の、治療前のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ及び赤血球輸血非依存性（ＲＢＣ ＴＩ）を示す。図３Ａは、腫瘍適応別の研究における治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪとＲＢＣ ＴＩとの関係を示すボックスプロットを示す。ＡＭＬ、ＭＤＳ又はＣＭＭＬの診断結果を示す。図３Ｂは、利用可能な治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪデータを有するＭＤＳ患者の受信者動作曲線（ＲＯＣ）分析及びランク付けを示す。図３Ｃは、高い治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪを示したＭＤＳ患者の化合物１治療後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を示す。
【図3B】図３Ａ～３Ｃは、化合物１で治療されたＭＤＳ患者の、治療前のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ及び赤血球輸血非依存性（ＲＢＣ ＴＩ）を示す。図３Ａは、腫瘍適応別の研究における治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪとＲＢＣ ＴＩとの関係を示すボックスプロットを示す。ＡＭＬ、ＭＤＳ又はＣＭＭＬの診断結果を示す。図３Ｂは、利用可能な治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪデータを有するＭＤＳ患者の受信者動作曲線（ＲＯＣ）分析及びランク付けを示す。図３Ｃは、高い治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪを示したＭＤＳ患者の化合物１治療後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を示す。
【図3C】図３Ａ～３Ｃは、化合物１で治療されたＭＤＳ患者の、治療前のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ及び赤血球輸血非依存性（ＲＢＣ ＴＩ）を示す。図３Ａは、腫瘍適応別の研究における治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪとＲＢＣ ＴＩとの関係を示すボックスプロットを示す。ＡＭＬ、ＭＤＳ又はＣＭＭＬの診断結果を示す。図３Ｂは、利用可能な治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪデータを有するＭＤＳ患者の受信者動作曲線（ＲＯＣ）分析及びランク付けを示す。図３Ｃは、高い治療前ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪを示したＭＤＳ患者の化合物１治療後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を示す。
【図4】図４は、例示的な試験デザイン（ＮＣＴ０２８４１５４０）を示す。＊、適格患者は、クレアチニン≦１．７ｍｇ／ｄＬ又は計算クレアチンクリアランス（ＣｒＣｌ）≧５０ｍＬ／分、直接ビリルビン 正常上限（ＵＬＮ）の≦１．５倍、アラニンアミノトランスフェラーゼ及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ／ＡＬＴ）ＵＬＮの≦３．０倍、アルブミン≧２．５ｍｇ／ｄＬ；ビタミンＡ 正常、及び視力矯正 ２０／４０（白内障による場合を除く）と定義される十分な視力及び臓器機能を有していた。略語：ＡＬＴ、アラニンアミノトランスフェラーゼ；ＡＭＬ、急性骨髄性白血病；ＡＳＴ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ；ＣＭＭＬ、慢性骨髄単球性白血病；ＣｒＣｌ、クレアチニンクリアランス；ＭＤＳ、骨髄異形成症候群；ＵＬＮ、正常上限。
【図6】図６は、残存試料におけるＲＴ－ｑＰＣＲ遺伝子発現を示す。ボックスプロットは、患者サブセットについてのＲＴ－ｑＰＣＲによる遺伝子発現を示す。クラスカル・ウォリス検定を用いて群間の差を測定した。ＲＢＣ ＴＩ「あり」対「なし」のｐ値は、サイクル１の１日目及びサイクル１の４日目におけるＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比で、それぞれ０．０５５及び０．０２５ではあった。略語：ＲＴ－ｑＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ。
【発明を実施するための形態】
【0039】
以下の詳細な説明及び実施例は、本開示の特定の実施形態を示す。当業者は、本開示の範囲に包含される本開示の多くの変形及び修正があることを認識するであろう。したがって、特定の実施形態の説明が本開示の範囲を限定すると見なされるべきではない。
【0040】
本開示がより容易に理解され得るように、特定の用語は、詳細な説明全体を通して定義される。本明細書において特に定義されない限り、本開示に関連して使用される全ての科学用語及び技術用語は、当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。
【0041】
公開及び未公開の特許出願、登録された特許、並びに参考文献を含むがこれらに限定されない、本明細書中に引用される全ての文献は、参照により本明細書に組み込まれ、本明細書の一部を構成する。引用文献が本明細書の開示と矛盾する限り、本明細書が優先するものとする。
【0042】
本明細書で使用される場合、単語の単数形はまた、文脈が明らかに別段の指示をしない限り、複数形を含み、例として、用語「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、単数又は複数であると理解される。例として、「１つの要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つ又は複数の要素を意味する。「又は」という用語は、特定の文脈がそうでないことを示さない限り、「及び／又は」を意味するものとする。
【0043】
「化合物１」という用語は、本明細書で使用される場合、式Ｉの化合物及びその薬学的に許容される塩から選択される少なくとも１つの実体を指す。さらに、特に明記しない限り、「化合物１」は、化合物のエナンチオマー、ジアステレオマー、及び／又は幾何学的（又は立体配座）形態のうちの１つ以上、例えば、各不斉中心についてのＲ及びＳ立体配置、（Ｚ）及び（Ｅ）二重結合異性体、並びに（Ｚ）及び（Ｅ）立体配座異性体であり得る。特に明記しない限り、互変異性形態と共存する本明細書に示される化合物は、本開示の範囲内である。さらに、特に明記しない限り、本明細書に示される構造はまた、１つ以上の同位元素的に富化された原子の存在という点でのみ異なる化合物を含むことが意図されている。例えば、重水素若しくはトリチウムによる水素の置換、又は１３Ｃ若しくは１４Ｃ富化炭素による炭素の置換以外は示された構造を有する化合物は、本開示の範囲内である。そのような化合物は例えば、生物学的アッセイにおける分析ツール又はプローブとして有用であり得る。特に明記しない限り、化合物１の投与又は使用には、例えば、所望の投与経路のために製剤化された任意の好適なビヒクル又は賦形剤と組み合わせたその投与又は使用が含まれる。
【0044】
式Ｉは、以下によって
且つ／又は化学名（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートによって表され得る。
【化2】
且つ／又は化学名（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートによって表され得る。
【0045】
「薬学的に許容される」という用語は、動物、とりわけヒトにおける使用のために、連邦若しくは州政府の規制当局に承認されているか若しくは承認可能である、又は米国薬局方若しくは他の一般に認められている薬局方に列挙されていることを意味する。
【0046】
「薬学的に許容される塩」は、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、且つ望ましくない毒物学的影響を与えない塩である。そのような塩の例は、（ａ）無機酸、例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、硝酸などと形成される酸付加塩；及び有機酸、例えば、酢酸、シュウ酸、酒石酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、グルコン酸、クエン酸、リンゴ酸、アスコルビン酸、安息香酸、タンニン酸、パルミチン酸、アルギン酸、ポリグルタミン酸、ナフタレンスルホン酸、メタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、ナフタレンジスルホン酸、ポリガラクツロン酸などと形成される塩；並びに（ｂ）塩素、臭素、及びヨウ素などの元素アニオンから形成される塩である。例えば、Ｈａｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｍｍｅｎｔａｒｙ：Ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ Ａｃｃｅｐｔａｂｌｅ Ａｎｉｏｎｓ ａｎｄ Ｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｄａｔａｂａｓｅ”，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、ｖｏｌ．９４，ｎｏ．１０（２００５）、及びＢｅｒｇｅ ｅｔ ａｌ．“Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ”，Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ｖｏｌ．６６，ｎｏ．１（１９７７）を参照されたい。これらの文献は参照により本明細書に組み込まれる。
【0047】
例えば、化合物１の「治療有効量」は、具体的に記載した目的を実行するのに、例えば、患者への投与後に治療効果をもたらすのに十分な量である。ＭＤＳの場合、化合物１の治療有効量は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を低下させ、患者への輸血の回数若しくは頻度を低下させ、患者の骨髄鉄芽球の数を増加させ、ＭＤＳの１つ又は複数の症状を軽減し、且つ／又は他のいくつかの治療効果の兆候を提供し得る。「予防有効量」は、所望の予防結果を達成するために、例えば、輸血に依存する患者のリスクを予防又は低減するために必要な投与量及び期間で有効な量を指す。典型的には、予防用量は疾患の前又は初期段階の患者において使用されるので、予防有効量は治療有効量未満である。
【0048】
本明細書で使用される場合、「治療する」又は「治療」又は「治療的」（及び文法的に関連する用語）は、輸血依存の低減又は排除、生存期間の延長、死亡率の低下、及び／又は別の治療方法からもたらされる副作用の軽減など、疾患の結果の何らかの改善を指す。疾患又はその症状若しくは結果の完全な根絶は、治療行為に包含されるが、必須ではない。例えば、ＭＤＳ患者における輸血依存の治療には、患者への輸血の回数及び／又は頻度を低減することを含まれるが、輸血の必要性を排除することは要求されない。治療はまた、患者、例えば、輸血依存性ＭＤＳ患者への化合物１の投与を指し得る。治療は、疾患、疾患の１つ若しくは複数の症状若しくは結果、又は疾患に対する素因、例えば、ＭＤＳ又はＭＤＳに関連する輸血依存を、予防し、治癒させ（ｃｕｒｅ）、治癒させ（ｈｅａｌ）、緩和し（ａｌｌｅｖｉａｔｅ）、軽減し（ｒｅｌｉｅｖｅ）、改変し（ａｌｔｅｒ）、改善し（ｒｅｍｅｄｙ）、改善し（ａｍｅｌｉｏｒａｔｅ）、緩和し（ｐａｌｌｉａｔｅ）、改善し（ｉｍｐｒｏｖｅ）、又は作用することであり得る。いくつかの実施形態では、治療は、輸血に対する患者の依存を低減又は排除する。
【0049】
「対象」及び「患者」という用語は、本明細書において互換的に使用され、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類などを含むがこれらに限定されない任意の哺乳動物などの任意の動物を指す。いくつかの実施形態では、対象又は患者は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象又は患者はヒトである。
【0050】
本明細書で使用される場合、患者が治療から生物学的に、医学的に、及び／又は生活の質において利益を得るなら、そのような患者はそのような治療に「適している」又は「必要としている」。いくつかの実施形態では、化合物１による治療に適している患者は、特定のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、患者が化合物１による治療に応答するか又はそれから利益を受ける可能性があるかどうかを予測又は決定するバイオマーカーとして使用される。いくつかの実施形態では、患者は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、例えば、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）の比を超える比を有する。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲをベースとした方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングを使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、対照における比を超える比である。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の上昇は、核酸バーコーディングによる測定で、約４を超える比である。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0051】
「スプライスバリアント」という用語は、本明細書で使用される場合、遺伝子内の２つのエクソン配列間のジャンクション、又はイントロン－エクソン境界を超えるジャンクションに跨る核酸配列を指し、ここで、ジャンクションは選択的にスプライシングされ得る。選択的スプライシングには、選択的３’スプライス部位選択（「３’ｓｓ」）、選択的５’スプライス部位選択（「５’ｓｓ」）、差次的エクソンインクルージョン、エクソンスキッピング、及びイントロンリテンションが含まれる。
【0052】
所与のゲノム位置に関連する特定のスプライスバリアントは、野生型又は「カノニカル」スプライスバリアントと称され得る。野生型スプライス変異体は、ヒト集団において最も頻繁に見出されるバリアントである。ＲＮＡ転写物として発現するこれらのスプライスバリアントは、「カノニカルジャンクション」又は「ＣＪ」転写物と称され得る。ＴＭＥＭ１４Ｃの例示的なカノニカル配列は、ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＴＧＣＡＧＧＣＣＴＧＧＧＧＴＡＧＴＣＴ（配列番号１）（遺伝子：ＴＭＥＭ１４Ｃ；ジャンクション：ｃｈｒ６：１０７２３４７４－１０７２４８０２）である。カノニカルスプライス部位の例も本明細書において提供される。例えば、配列番号５（ＴＭＥＭ１４Ｃ）及び配列番号６（ＡＢＣＢ７）に示される「ＡＧ」カノニカル３’スプライス部位を参照されたい。カノニカルスプライス部位のさらなる非限定的な例は、Ｄｏｌａｔｓｈａｄ ｅｔ ａｌ．（Ｌｅｕｋｅｍｉａ．２０１６；３０：２３２２－２３３１、例えば、捕捉図２）に記載されており、この文献は、そのような部位の開示のために参照により本明細書に組み込まれる。
【0053】
追加のスプライスバリアントは、「異常」スプライスバリアントと称され得、カノニカルスプライスバリアントとは異なる。ＲＮＡ転写物として発現するこれらのスプライスバリアントは、「異常ジャンクション」又は「ＡＪ」転写物と称され得る。ＴＭＥＭ１４Ｃの例示的な異常配列は、ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＣＴＴＧＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＡＧ（配列番号２）（遺伝子：ＴＭＥＭ１４Ｃ；ジャンクション；ｃｈｒ６：１０７２３４７４－１０７２４７８８）である。異常スプライス部位の例も本明細書において提供される。例えば、配列番号５（ＴＭＥＭ１４Ｃ）及び配列番号６（ＡＢＣＢ７）に示される「ＡＧ」潜在的３’スプライス部位を参照されたい。異常スプライス部位のさらなる非限定的な例は、Ｄｏｌａｔｓｈａｄ ｅｔ ａｌ．（Ｌｅｕｋｅｍｉａ．２０１６；３０：２３２２－２３３１、例えば、捕捉図２）に記載されており、この文献は、そのような部位の開示のために参照により本明細書に組み込まれる。
【0054】
「ＡＪ／ＣＪ比」という用語は、特定の遺伝子又は遺伝子座（例えば、ＴＭＥＭ１４Ｃ）の異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物との比を指す。「ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比」という用語は、例えば、患者又は患者からの試料における、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物との比を指す。核酸を検出し定量するための例示的な方法には、核酸バーコーディング、ナノ粒子プローブ、インサイチューハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、及びＰＣＲをベースとした方法、例えば、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、患者又は患者からの試料（例えば、血液試料、骨髄試料、及び／又は尿試料）中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はＲＴ－ＰＣＲを含む。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングを使用して決定される。
【0055】
用語「高（い）」は、患者又は患者からの試料におけるＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を記載するために使用される場合、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比が、例えば、核酸バーコーディングによる測定で、約０．１を超える（例えば、約０．１、約０．２、約０．５、約１、約２、約４、約１０、約１５、約２０、約３０、又はそれ以上を超える）ことを意味する。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定（例えば、米国特許第８，５１９，１１５号明細書；米国特許第７，９１９，２３７号明細書；及びＫｕｌｋａｒｎｉ（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１；９４：２５Ｂ．１０．１－２５Ｂ．１０．１７）に記載されるような、例えば、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）アッセイ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用）で、約４を超える比である。
【0056】
「低（い）」という用語は、患者又は患者からの試料におけるＴＭＥＭ１４Ｃ発現を記載するために使用される場合、そのレベルが健康な対象におけるレベルよりも低いことを意味する。
【0057】
用語「ＡＢＣＢ７」は、本明細書で使用される場合、ＡＴＰ結合カセットサブファミリーＢメンバー７、膜関連タンパク質、及びＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）トランスポーターのスーパーファミリーのメンバーをコードする遺伝子を示す。ＡＢＣＢ７配列の例としては、ＡＢＣＢ７、転写バリアント１（ＵＣＳＣ：ｕｃ００４ｅｂｚ．４；ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００４２９９．６）；ＡＢＣＢ７、転写バリアント２（ＵＣＳＣ：ｕｃ００４ｅｃａ．４；ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１２７１６９６．３）；ＡＢＣＢ７、転写バリアント３（ＵＣＳＣ：ｕｃ０１０ｎｌｔ．４；ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１２７１６９７．３）；ＡＢＣＢ７、転写バリアント４（ＵＣＳＣ：ｕｃ０１１ｍｑｎ．３；ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１２７１６９８．３）；及びＡＢＣＢ７、転写バリアント５（ＵＣＳＣ：ｕｃ０１０ｎｌｓ．４；ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１２７１６９９．３）が挙げられるが、これらに限定されない。ＡＢＣＢ７の例示的なプライマー配列としては、例えば、フォワードプライマーＡＡＴＧＡＡＣＡＡＡＧＣＡＧＡＴＡＡＴＧＡＴＧＣＡＧＧ（配列番号７）及びＴＣＣＣＴＧＡＣＴＧＧＣＧＡＧＣＡＣＣＡＴＴＡ（配列番号８）が挙げられる。例えば、Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９（１）：３６４９、例えば、補足表５を参照されたい。この文献は、そのようなプライマー配列の開示のために参照により本明細書に組み込まれる。そのようなプライマーは、ＡＢＣＢ７発現を検出するために使用され得る。プライマーはまた、当業者によってＡＢＣＢ７のスプライスバリアントを検出するように設計され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプライマーは、患者又は患者からの試料におけるＡＢＣＢ７発現（例えば、総ＡＢＣＢ７発現）を検出するために使用される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７発現は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＡＢＣＢ７発現は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲベースの方法を使用して測定される。
【0058】
用語「ＰＰＯＸ」は、本明細書で使用される場合、プロトポルフィリノーゲンＩＸの６電子酸化を触媒してプロトポルフィリンＩＸを形成する、ヘム生合成の最後から２番目の酵素をコードする遺伝子を示す。ＰＰＯＸ配列の例としては、にはＰＰＯＸ、転写バリアント１（ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿０００３０９．５）；ＰＰＯＸ、転写バリアント２（ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１１２２７６４．３）；ＰＰＯＸ、転写バリアント３（ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１３５０１２８．２）；ＰＰＯＸ、転写バリアント４（ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１３５０１２９．２）；及びＰＰＯＸ、転写バリアント５（ＲｅｆＳｅｑ：ＮＭ＿００１３５０１３０．２）が挙げられるが、これらに限定されない。ＰＰＯＸの例示的なプライマー配列としては、例えば、フォワードプライマーＧＧＣＣＣＴＡＡＴＧＧＴＧＣＴＡＴＣＴＴＴＧ（配列番号９）及びリバースプライマーＣＴＴＣＴＧＡＡＴＣＣＡＡＧＣＣＡＡＧＣＴＣ（配列番号１０）が挙げられる。例えば、Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９（１）：３６４９、例えば、補足表５を参照されたい。この文献は、そのようなプライマー配列の開示のために参照により本明細書に組み込まれる。そのようなプライマーは、ＰＰＯＸ発現を検出するために使用され得る。プライマーはまた、当業者によってＰＰＯＸのスプライスバリアントを検出するように設計され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプライマーは、患者又は患者からの試料におけるＰＰＯＸ発現（例えば、総ＰＰＯＸ発現）を検出するために使用される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ発現は、核酸を検出し定量するための１つ又は複数の方法、例えば、本明細書に記載の例示的な方法のいずれかの方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、ＰＰＯＸ発現は、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などのＰＣＲベースの方法を使用して測定される。
【0059】
用語「ＳＦ３Ｂ１」は、本明細書で使用される場合、スプライシング因子３ｂタンパク質複合体のサブユニット１をコードする遺伝子を示す。スプライシング因子３ｂは、Ｕ２核内低分子リボヌクレオタンパク質複合体（Ｕ２ ｓｎＲＮＰ）の成分であり、分岐点部位を含む領域でｍＲＮＡ前駆体に結合し、３’スプライス部位（３’ｓｓ）でのスプライソソームの早期認識及び安定化に関与する。
いくつかの実施形態において、野生型ヒトＳＦ３Ｂ１タンパク質は配列番号３（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿０３６５６５、バージョンＮＰ＿０３６５６５．２）（Ｂｏｎｎａｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ２０１２；１１：８４７－８５９）に記載される通りであるか、又はコード核酸配列は配列番号４（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１２４３３、バージョンＮＭ＿０１２４３３．４）に記載される通りである。
いくつかの実施形態において、野生型ヒトＳＦ３Ｂ１タンパク質は配列番号３（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿０３６５６５、バージョンＮＰ＿０３６５６５．２）（Ｂｏｎｎａｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ２０１２；１１：８４７－８５９）に記載される通りであるか、又はコード核酸配列は配列番号４（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０１２４３３、バージョンＮＭ＿０１２４３３．４）に記載される通りである。
【0060】
いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１変異は、配列番号３に記載のヒト野生型ＳＦ３Ｂ１タンパク質のアミノ酸配列、又は配列番号４に記載のコード核酸配列とは異なるＳＦ３Ｂ１配列として、タンパク質又は核酸レベルで決定される。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＳＦ３Ｂ１変異は、点変異（例えば、ミスセンス変異又はナンセンス変異）、挿入、及び／又は欠失を含む。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＳＦ３Ｂ１変異は、体細胞変異を含む。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＳＦ３Ｂ１変異は、ヘテロ接合変異又はホモ接合変異を含む。例示的なＳＦ３Ｂ１変異としては、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位、又はＶ７０１位の１つ又は複数における変異が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位又はＲ６２５位の１つ又は複数の変異を含むか又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、Ｋ７００位における変異はＫ７００Ｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ６２５位における変異は、Ｒ６２５Ｃである。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、Ｋ７００Ｅ及び／又はＲ６２５Ｃを含む。
【0061】
スプライソソームタンパク質における変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１、及び／又はＺＲＳＲ２における１つ又は複数の変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１における１つ又は複数の変異）の検出は、当該技術分野で知られる任意の方法を使用して、タンパク質又は核酸レベルで決定することができる。
核酸又はそのコードされたタンパク質の検出、定量、及び配列決定を行うための様々な方法があり、それぞれが、本明細書に開示される実施形態における変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１変異）の検出に適合され得る。例示的な方法としては、インサイチューハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）を含むＰＣＲをベースとした方法、全エクソームシーケンシング、一塩基多型分析、ディープシーケンシング、標的遺伝子シーケンシング、又はこれらの任意の組み合わせなどの核酸を定量するためのアッセイが挙げられる。いくつかの実施形態では、前述の手法及び手順は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ（２０００））に記載されている方法に従って行われる。
核酸又はそのコードされたタンパク質の検出、定量、及び配列決定を行うための様々な方法があり、それぞれが、本明細書に開示される実施形態における変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１変異）の検出に適合され得る。例示的な方法としては、インサイチューハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）を含むＰＣＲをベースとした方法、全エクソームシーケンシング、一塩基多型分析、ディープシーケンシング、標的遺伝子シーケンシング、又はこれらの任意の組み合わせなどの核酸を定量するためのアッセイが挙げられる。いくつかの実施形態では、前述の手法及び手順は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ（２０００））に記載されている方法に従って行われる。
【0062】
「骨髄異形成症候群」又は「ＭＤＳ」という用語は、本明細書で使用される場合、形成不良の血液細胞又は適切に機能しない血液細胞によって引き起こされる血液障害を指す。ＭＤＳは、効果のない血液細胞生成、進行性の血球減少、急性白血病又は形態障害を伴う細胞骨髄への進行のリスク、及び成熟（骨髄造血不全）のうちの１つ又は複数を特徴とし得る。ＭＤＳにしばしば関連する症状としては、以下に限定されないが、貧血、血小板減少症、好中球減少症、血球減少症、二血球減少症（２つの欠損細胞型）、及び汎血球減少症（３つの欠損細胞型）が挙げられる。
【0063】
「ＭＤＳ患者」という用語は、本明細書で使用される場合、世界保健機関（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ）（ＷＨＯ）２００８分類（Ｖａｒｄｉｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ２００９；１１４（５）：９３７－９５１に概説されている）によりＭＤＳと診断された患者を指す。いくつかの実施形態では、診断は、身体検査及び／又は１つ以上の診断テストを使用して行われるか又は確認される。ＭＤＳを診断するために使用される例示的なテストは、本明細書に記載されており、血液検査、末梢（循環）血液スメア、骨髄穿刺及び生検、分子検査、細胞遺伝学的（染色体）分析、並びに免疫表現型検査が挙げられる。ＭＤＳ患者は、輸血依存性又は輸血非依存性であり得る。
【0064】
ＭＤＳは、関与する血液細胞のタイプ（例えば、赤血球、白血球、血小板）に基づいてサブタイプに分けることができる。ＭＤＳのサブタイプ、例えば、ＷＨＯ２００８分類によるサブタイプは、本明細書に記載され、以下を含む：単一系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、多系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳ、及び分類不能型ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）。
【0065】
単一系統に異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）は、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＵＤ）、不応性貧血（ＲＡ）、不応性好中球減少症（ＲＮ）、及び／若しくは不応性血小板減少症（ＲＴ）を含み、且つ／又はそれと呼ばれ得る。ＭＤＳ－ＳＬＤは、典型的には、１つの血液細胞型（例えば、赤血球、白血球、血小板）が少数で、且つ顕微鏡下で異常に見えることを伴う。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＳＬＤの血液所見には、一血球減少症又は二血球減少症、及びないか又は稀な芽球（＜１％）の１つ以上が含まれる。二血球減少症が時折観察されることがあるが、汎血球減少症の症例は一般にＭＤＳ－Ｕに分類される。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＳＬＤの骨髄所見には、以下の１つ以上が含まれる：単一血球系統の異形成、罹患系統の細胞の≧１０％が異形成である、＜５％の芽球、及び環状鉄芽球は赤血球前駆体の＜１５％である。
【0066】
多系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）は、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＭＤ）を含み、且つ／又はそれと呼ばれ得る。ＭＤＳ－ＭＬＤは、典型的には、２つ又は３つの血液細胞型が異常であることを伴う。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＭＬＤの血液所見には、以下の１つ以上が含まれる：血球減少症、ないか又は稀な芽球（＜１％）、アウエル小体なし、及び＜１×１０９個／リットルの単球。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＭＬＤの骨髄所見には、以下の１つ以上が含まれる：２つ以上の骨髄系統（例えば、好中球及び／又は赤血球の前駆体及び／又は巨核球）の≧１０％の細胞の異形成、＜５％の芽球、アウエル小体なし、及び＜１５％の環状鉄芽球。
【0067】
環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）は、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ＲＡＲＳ）を含み、且つ／又はそれと呼ばれ得る。ＭＤＳ－ＲＳは、典型的には、少数の１つ以上の血液細胞型を伴う。ＭＤＳ－ＲＳの特徴は、骨髄中に存在する赤血球が環鉄芽球と呼ばれる過剰な鉄の環をしばしば含むことである。一般に、鉄芽球の少なくとも１５％は環状鉄芽球である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＲＳの血液所見には、以下の１つ以上が含まれる：貧血及び芽球なし。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＲＳの骨髄所見には、以下の１つ以上が含まれる：赤血球異形成のみ、及びの赤血球前駆体の≧１５％が環状鉄芽球である。
【0068】
芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）は、少なくとも２つのタイプを有する。１型（ＭＤＳ－ＥＢ１）及び２型（ＭＤＳ－ＥＢ２）の両方において、３種類の血液細胞、すなわち赤血球、白血球、又は、血小板は、いずれも少数で、且つ顕微鏡下で異常に見えることがある。非常に未熟な血液細胞（芽球）は、血液及び骨髄中にしばしば見出される。
【0069】
ＭＤＳ－ＥＢ１は、芽球増加を伴う不応性貧血－１（ＲＡＥＢ－１）を含み、且つ／又はそれと称され得る。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ１の血液所見には、以下の１つ以上が含まれる：血球減少症、＜５％の芽球、アウエル小体なし、及び＜１×１０９個／リットルの単球うちの１つ又は複数を含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ１の骨髄所見には、以下の１つ以上が含まれる：単一血球系統又は多血球系統の異形成、５～９％の芽球、及びアウエル小体なし。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ１において、芽球は骨髄中の細胞の５～９％、又は血液中の細胞の２～４％を構成する。いくつかの実施形態では、骨髄芽球の割合が＜５％であるが、血液中に２～４％の骨髄芽球が存在する場合、ＭＤＳはＭＤＳ－ＥＢ１として分類され；しかし、骨髄芽球の割合が＜５％未満であって、血液中に１％の骨髄芽球が存在する場合、ＭＤＳはＭＤＳ－Ｕとして分類される。
【0070】
ＭＤＳ－ＥＢ２は、芽球増加を伴う不応性貧血－２（ＲＡＥＢ－２）を含み、且つ／又はそれと称され得る。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ２の血液所見には、以下の１つ以上が含まれる：血球減少症、５～１９％の芽球、アウエル小体、及び＜１×１０９個／リットルの単球。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ２の骨髄所見には、以下の１つ以上が含まれる：単一血球系統又は多血球系統の異形成、１０～１９％の芽球、及びアウエル小体。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢ２において、芽球は骨髄中の細胞の１０～１９％、及び／又は血液中の細胞の５～１９％を構成する。血液中にアウエル小体を含み、血液中の骨髄芽球が５％未満、骨髄中の骨髄芽球が１０％未満である症例は、一般に、ＭＤＳ－ＥＢ２として分類される。
【0071】
単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳは、典型的には、少数の赤血球、及びそれらのＤＮＡに特定の変異（例えば、ｄｅｌ（５ｑ３１－３３）細胞遺伝学的異常）を有する細胞を伴う。いくつかの実施形態では、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳの血液所見に、以下の１つ以上が含まれる：貧血、通常は正常又は増加した血小板数、及びないか又は稀な芽球（＜１％）。いくつかの実施形態では、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳの血液所見に、以下の１つ以上が含まれる：核が欠落した巨核球の増加、＜５％の芽球、単独ｄｅｌ（５ｑ）細胞遺伝学的異常、及びアウエル小体なし。
【0072】
分類不能型ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）は、典型的には、３つのタイプの成熟血液細胞のうちの１つの数の減少を伴い、且つ白血球又は血小板が顕微鏡下で異常に見える。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－Ｕの血液所見に、以下の１つ以上が含まれる：血球減少症及び≦１％の芽球。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－Ｕの骨髄所見に、以下の１つ以上が含まれる：１つ以上の骨髄細胞株＜５％芽球における細胞の１０％未満における明らかな異形成。
【0073】
ＭＤＳ患者に一般的に使用される臨床予後判定ツールは、国際予後判定システム（ＩＰＳＳ）である（Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．１９９７；８９：２０７９－２０８８）である。このシステムでは、３つの基準、すなわち、骨髄芽球の割合、末梢血血球減少症の数、及び細胞遺伝学的リスクの分類に基づいてポイントをスコア化する。合計ポイントスコアに基づいて、患者は、転帰が有意に異なる次の４つのリスクカテゴリーのうちの１つに割り当てられる：低リスク（ＬＲ）、中間－１（ＩＮＴ－１）、中間－２（ＩＮＴ－２）、及び高リスク（ＨＲ）。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者がＩＰＳＳ基準により評価及び／又は分類される。
【0074】
改定国際予後判定システム（ＩＰＳＳ－Ｒ）は、ＭＤＳ患者のリスク層別化及び予後判定のための別の例示的な基準である（Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２０１２；１２０（１２）：２４５４－２４６５）。ＩＰＳＳ－Ｒは臨床的特徴に基づいて患者を区別し、それらを５つの定義されたリスク群：非常に低い、低い、中間、高い、及び非常に高い、に分類する。ＩＰＳＳ－Ｒは、骨髄芽球の割合、細胞遺伝学、ヘモグロビンレベル、好中球絶対数（ＡＮＣ）、及び血小板数に基づいて疾患をスコア化する。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者がＩＰＳＳ基準により評価及び／又は分類される。
【0075】
患者が、ＩＰＳＳ基準により中間－２リスク以上のＭＤＳとして、又はＩＰＳＳ－Ｒ基準により高リスク若しくは非常に高リスクのＭＤＳとして分類される場合、患者は「高リスクＭＤＳ」を有すると称され得る。いくつかの実施形態では、高リスクのＭＤＳ患者は、約５％以上のバリアントアレル頻度でＳＦ３Ｂ１変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１ミスセンス変異）を有する。いくつかの実施形態では、高リスクのＭＤＳ患者は、低メチル化剤（ＨＭＡ）に対して不耐性である。いくつかの実施形態では、高リスクのＭＤＳ患者は、ＨＭＡの開始後に疾患状態が進行及び／又は悪化する。いくつかの実施形態では、高リスクのＭＤＳ患者は、デシタビンの約４治療サイクル及び／又はアザシチジンの約６治療サイクルに反応しない。
【0076】
患者が、ＩＰＳＳ基準により中間－１リスク以下のＭＤＳとして、又はＩＰＳＳ－Ｒ基準により中間リスク、低リスク若しくは非常に低リスクのＭＤＳとして分類される場合、患者は「低リスクＭＤＳ」を有すると称され得る。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、約５％以上のバリアントアレル頻度でＳＦ３Ｂ１変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１ミスセンス変異）を有する。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、約５００個／μＬ（０．５×１０９個／Ｌ）以上の絶対好中球数（ＡＮＣ）を有する。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、血小板数が約５０，０００個／μＬ（５０×１０９個／Ｌ）未満である。
【0077】
いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、赤血球（ＲＢＣ）及び／又は血小板に対し輸血依存性である。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、国際ワーキンググループ（ＩＷＧ）２００６のＭＤＳ応答基準によれば、ＲＢＣ輸血依存性である（Ｃｈｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２００６；１０８：４１９－４２５）。いくつかの実施形態では、ＲＢＣ輸血依存性である低リスクＭＤＳ患者は、化合物１の初回投与前、ヘモグロビン（Ｈｂ）が＜９ｇ／ｄＬの場合、その８週間以内に少なくとも４ＵのＲＢＣを輸血されている。いくつかの実施形態では、ＲＢＣ輸血依存性である低リスク患者は、赤血球生成刺激剤（ＥＳＡ）による治療に失敗（一次耐性又は応答後の再発）し、且つ／又は血清エリスロポエチン（ＥＰＯ）レベルが＞５００Ｕ／Ｌである。
【0078】
「輸血依存」又は「輸血依存性」という用語は、本明細書で使用される場合、特定の期間（例えば、約５６連続日（約８週間））に患者が１回以上の輸血（例えば、赤血球（ＲＢＣ）、血小板、又はその両方）を継続的に必要とするような赤血球の生成が減少したときに通常生じる重度の貧血の状態を指す。患者が少なくとも５６連続日の期間内に１回以上の輸血を必要とする場合、その患者は輸血依存性であるとみなされ得る。いくつかの実施形態では、患者は、化合物１による治療の前に輸血依存性である。いくつかの実施形態では、患者は、赤血球（ＲＢＣ）、血小板、又はその両方に対して輸血依存性である。いくつかの実施形態では、患者はＲＢＣに対して輸血依存性である。いくつかの実施形態では、輸血依存性患者は、化合物１による治療の初回投与前に、ヘモグロビン（Ｈｂ）が＜９ｇ／ｄＬ未満の５６連続日（８週間）の間に少なくとも４ＵのＲＢＣを輸血されている。いくつかの実施形態では、輸血依存性患者は、赤血球生成刺激剤（ＥＳＡ）による治療に失敗している。いくつかの実施形態では、輸血依存性患者は、＞５００Ｕ／Ｌの血清エリスロポエチンレベルを有する。いくつかの実施形態では、輸血依存性患者は、約５６連続日（約８週間）の間、輸血を受けない状態で、５０×１０９個／Ｌを超える血小板数を有する。
【0079】
「輸血非依存」又は「輸血非依存性」という用語は、本明細書で使用される場合、特定の期間（例えば、約５６連続日（約８週間））に患者が輸血の回数若しくは頻度を減少させるか、又は輸血をもはや必要としない状態を指す。患者が化合物１による治療の間、少なくとも５６連続日の任意の期間（例えば、１日目～５６日目、２日目～５７日目、３日目～５８日目など）、輸血を必要としないか、又は輸血を受けない場合、その患者は輸血非依存性とみなされ得る。いくつかの実施形態では、患者は、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１２週間、少なくとも１４週間、少なくとも１６週間、又はそれ以上、輸血非依存性である。いくつかの実施形態では、患者は、赤血球（ＲＢＣ）、血小板、又はその両方に対して輸血非依存性である。いくつかの実施形態では、患者はＲＢＣに対して輸血非依存性である。
【0080】
いくつかの実施形態では、輸血非依存性は、例えば、ＮＣＴ０００６５１５６と同様に定義及び／又は評価される。ＮＣＴ０００６５１５６（「欠失（Ｄｅｌ）（５ｑ）細胞遺伝学的異常と関連する骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）におけるレナリドマイドの安全性／有効性」）においては、輸血非依存性は、患者に輸血が行われず、患者のヘモグロビン濃度が１デシリットル当たり少なくとも１ｇ上昇する少なくとも５６連続日の期間として定義され、やや有効は、輸血の回数がベースライン時の要求と比較して少なくとも５０％低下として定義され、輸血をもはや必要としない患者のヘモグロビン濃度の上昇は、治療前の５６日間（８週間）の最大ヘモグロビン濃度と最小輸血前値との間の差として計算された。
【0081】
治療方法及び使用
いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するための方法及び新規のバイオマーカーの使用を提供する。より具体的には、いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）と比較して高レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ異常ジャンクション転写物（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ）を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するためのバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するための薬剤の製造におけるバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するためのバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。いくつかの実施形態では、治療するステップは、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するための方法及び新規のバイオマーカーの使用を提供する。より具体的には、いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）と比較して高レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ異常ジャンクション転写物（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ）を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するためのバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するための薬剤の製造におけるバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するためのバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。いくつかの実施形態では、治療するステップは、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有する輸血依存性ＭＤＳ患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0082】
いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性のＭＤＳ患者が、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者における輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性ＭＤＳ患者が、対照（例えば、ＭＤＳを有さない対照対象）と比較して高レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ異常ジャンクション転写物（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ）を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療する方法であって、（ａ）輸血依存性のＭＤＳ患者を、その患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定することによって治療対象として選択すること、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者における輸血依存を治療するためのバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者における輸血依存を治療するための薬剤の製造におけるバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、ＭＤＳ患者の輸血依存を治療するためのバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。いくつかの実施形態では、治療するステップは、（ａ）輸血依存性ＭＤＳ患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与することを含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0083】
いくつかの実施形態において、本開示はまた、化合物１による治療に適したＭＤＳ患者を特定する方法、及び／又はＭＤＳ患者における治療効果を予測又はモニタリングする方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定する方法であって、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者を化合物１による治療に適していると特定することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定するためのバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定するための組成物の製造におけるバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、化合物１による治療に適した輸血依存性ＭＤＳ患者を特定するためのバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。いくつかの実施形態では、特定するステップは、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、及び（ｂ）その患者を化合物１による治療に適していると特定することを含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0084】
いくつかの実施形態において、本開示は、輸血依存性ＭＤＳ患者における治療効果をモニタリングする方法であって、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること、（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与すること、及び（ｃ）投与後の患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定することを含み、投与後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の低下が治療の有効性を示す方法を提供する。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がステップ（ｃ）後も高いままであり、方法は、患者に追加用量の化合物１を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がもはや上昇しなくなるまで、患者に追加用量の化合物１を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態において、本開示は、輸血依存性ＭＤＳ患者における治療有効性をモニタリングするためのバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、輸血依存性ＭＤＳ患者における治療有効性をモニタリングするための組成物の製造におけるバイオマーカーとしてのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の使用を提供する。いくつかの実施形態において、本開示は、輸血依存性ＭＤＳ患者における治療有効性をモニタリングするためのバイオマーカーとして使用するためのＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を提供する。いくつかの実施形態では、モニタリングするステップは、（ａ）患者が高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有することを決定すること；（ｂ）その患者に治療有効量の化合物１を投与すること；及び（ｃ）投与後の患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定することを含み、投与後のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比の低下が治療の有効性を示す。いくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がステップ（ｃ）後も高いままであり、モニタリングするステップは、患者に追加用量の化合物１を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、モニタリングするステップは、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比がもはや上昇しなくなるまで、患者に追加用量の化合物１を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現を有する。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。
【0085】
本明細書に開示される方法及び使用のいくつかの実施形態においては、ＭＤＳ患者は、ＷＨＯ２００８分類（Ｖａｒｄｉｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ ２００９；１１４（５）：９３７－９５１に概説されている）によりＭＤＳと診断された患者である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、多系統に異形成を有するＭＤＳ（ＭＤＳ－ＭＬＤ）、単一系統に異形成を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＳＬＤ）、環状鉄芽球を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＲＳ）、芽球増加を伴うＭＤＳ（ＭＤＳ－ＥＢ）、単独５番染色体長腕欠失を伴うＭＤＳ、又は分類不能型ＭＤＳ（ＭＤＳ－Ｕ）である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間１リスク以下のＭＤＳである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、国際予後判定システムによる中間－２リスク以上のＭＤＳである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＭＬＤである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳ－ＥＢは、ＭＤＳ－ＥＢ１又はＭＤＳ－ＥＢ２である。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、ＭＤＳ－ＥＢ２である。
【0086】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、低リスクＭＤＳ、すなわちＩＰＳＳ基準による中間１リスク以下である。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、約５％以上のバリアントアレル頻度でＳＦ３Ｂ１変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１ミスセンス変異）を有する。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、約５００個／μＬ（０．５×１０９個／Ｌ）以上の絶対好中球数（ＡＮＣ）を有する。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、血小板数が約５０，０００個／μＬ（５０×１０９個／Ｌ）未満である。
【0087】
いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、赤血球（ＲＢＣ）及び／又は血小板に対し輸血依存性である。いくつかの実施形態では、低リスクのＭＤＳ患者は、ＩＷＧ２００６のＭＤＳ応答基準によれば、ＲＢＣ輸血依存性である（Ｃｈｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２００６；１０８：４１９－４２５）。いくつかの実施形態では、ＲＢＣ輸血依存性である低リスクＭＤＳ患者は、化合物１の初回投与前の約６～約１０週間以内（例えば、約８週間以内）に、少なくとも約４ＵのＲＢＣ（例えば、４Ｕ、６Ｕ、８Ｕ、１０Ｕ、又はそれ以上のＲＢＣ）を輸血されている。いくつかの実施形態では、少なくとも約４ＵのＲＢＣは、約９ｇ／ｄＬ未満（例えば、９ｇ／ｄＬ、８ｇ／ｄＬ、７ｇ／ｄＬ、６ｇ／ｄＬ、又はそれ以下）のヘモグロビン（Ｈｂ）に対するものである。いくつかの実施形態では、ＲＢＣ輸血依存性である低リスクＭＤＳ患者は、化合物１の初回投与前、ヘモグロビン（Ｈｂ）が＜９ｇ／ｄＬの場合、その８週間以内に少なくとも４ＵのＲＢＣを輸血されている。いくつかの実施形態では、ＲＢＣ輸血依存性である低リスク患者は、赤血球生成刺激剤（ＥＳＡ）に失敗（一次耐性又は応答後の再発）し、且つ／又は血清エリスロポエチン（ＥＰＯ）レベルが＞５００Ｕ／Ｌである。
【0088】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳの診断は、身体検査及び／又は１つ以上の診断テストを使用して行われるか又は確認される。ＭＤＳを診断するために使用される例示的なテストとしては、血液検査、末梢（循環）血液スメア、骨髄穿刺及び生検、分子検査、細胞遺伝学的（染色体）分析、並びに免疫表現型検査が挙げられる。
【0089】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、血液検査を単独で、又は１つ以上の追加の診断検査と組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。全血球計算（ＣＢＣ）は、赤血球、白血球、及び血小板の数を測定することができる。血液検査は、低レベルのビタミンＢ１２、葉酸、銅、及び甲状腺疾患などのＭＤＳに似た症状を引き起こす可能性のある他の病態を除外するために行われることもある。
【0090】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、末梢（循環）血液スメア検査を単独で、又は１つ以上の追加の診断検査と組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。いくつかの実施形態では、一滴の血液をスライド上に置き、薄膜に塗抹し、検査のために顕微鏡下に置き、異なる細胞型の数及び／又は割合を計数する。顕微鏡下の細胞の外観（すなわち、細胞形態）もまた、細胞が健康な細胞と異なるかどうか、又はどのように異なるかを特定するために観察され得る。
【0091】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、骨髄穿刺及び／又は生検を単独で、又は１つ以上の追加の診断検査と組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。これらの２つの手順は類似しており、骨髄を検査するために同時に行われることが多い。骨髄は、固体部分と液体部分の両方を有する。骨髄穿刺は、針で液体試料を採取する。骨髄生検は、針を用いて少量の固形組織を採取する方法である。いくつかの実施形態では、その後、試料を分析して、赤血球、白血球、血小板、及び／又は芽球の割合を決定する。一般に、骨髄組織の外観が、血球数及び染色体分析と共に、ＭＤＳの診断を確認するために使用され得る。
【0092】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、分子検査を単独で、又は１つ以上の追加の診断検査と組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。ＭＤＳに特有の特定の遺伝子、タンパク質、及び／又は他の因子を特定するために、臨床検査（例えば、骨髄試料について）が実施され得る。
【0093】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、細胞遺伝学的（染色体）分析を単独で、又は１つ以上の追加の診断検査と組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。血液及び／又は骨髄中の細胞の染色体は、ＭＤＳを特定し、ＭＤＳを他の血液障害と区別するのに役立つ特定の異常を示し得る。
【0094】
いくつかの実施形態では、ＭＤＳ患者は、免疫表現型検査を単独で、又は１つ以上の追加の診断テストと組み合わせて使用して、ＭＤＳと診断されている。免疫表現型検査は、細胞の表面の特定のタイプのタンパク質である抗原の検査である。免疫表現型検査は、ＭＤＳのタイプを特定するのに役立ち得る。
【0095】
本明細書に開示される方法及び使用の様々な実施形態において、ＭＤＳと診断されたＭＤＳ患者は、スプライソソームタンパク質における１つ又は複数の変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１、及び／又はＺＲＳＲ２における１つ又は複数の変異（例えば、ＳＦ３Ｂ１における１つ又は複数の変異）の有無をさらに評価される。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、ＲＮＡスプライシングに関連する１つ又は複数の遺伝子に変異を含む。いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１、及びＺＲＳＲ２から選択される１つ又は複数の遺伝子に変異を含む。
【0096】
いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料（例えば、血液試料、骨髄試料、及び／又は尿試料）は、ＳＦ３Ｂ１に変異を含む。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位又はＶ７０１位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位又はＲ６２５位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、Ｋ７００位における変異はＫ７００Ｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ６２５位における変異は、Ｒ６２５Ｃである。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１におけるＫ７００Ｅ、Ｒ６２５Ｃ、及び／又は少なくとも１つのさらなる変異（例えば、少なくとも１つの他のＨＥＡＴドメイン変異）を含むか、又はそれからなる。
【0097】
いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料（例えば、血液試料、骨髄試料、及び／又は尿試料）は、ＳＲＳＦ２に変異を含む。いくつかの実施形態では、ＳＲＳＦ２における変異は、ＳＲＳＦ２におけるＰ９５Ｈ、Ｐ９５Ｌ、Ｐ９５＿Ｒ１０２ｄｅｌ、及び／又は少なくとも１つのさらなる変異を含むか、又はそれからなる。
【0098】
いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料（例えば、血液試料、骨髄試料、及び／又は尿試料）は、Ｕ２ＡＦ１に変異を含む。いくつかの実施形態において、Ｕ２ＡＦ１における変異は、Ｕ２ＡＦ１におけるＱ１５７Ｐ、Ｓ３４Ｆ、及び／又は少なくとも１つのさらなる変異（例えば、少なくとも１つの他のホットスポット変異）を含むか、又はそれからなる。
【0099】
いくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料（例えば、血液試料、骨髄試料、及び／又は尿試料）は、ＺＲＳＲ２に変異を含む。いくつかの実施形態において、ＺＲＳＲ２における変異は、ＺＲＳＲ２における少なくとも１つのトランケート型又はナンセンス変異を含むか、又はそれからなる。
【0100】
スプライソソームタンパク質（例えば、上記で特定されたもの）における変異を検出するための例示的な方法は、本明細書に記載されている。
【0101】
本明細書に開示される方法及び使用の様々な実施形態において、ＭＤＳ患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比（例えば、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）を決定するステップには、患者から生体試料を得ること、及びその試料中のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を決定することが含まれる。いくつかの実施形態では、生体試料は、血液試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、骨髄試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料が尿試料を含む。
【0102】
試料は、様々な生体源から得ることができる。例示的な生体試料としては、血液又は血液画分、血漿、唾液、血清、痰、尿、脳脊髄液、１つ又は複数の細胞、細胞培養物、細胞株、細胞抽出物、器官、小器官、組織試料、組織生検、皮膚試料、骨髄試料、糞便試料などが挙げられるが、これらに限定されない。血液試料は、全血、部分的に精製された血液、及び／又は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）若しくは血漿などの全血若しくは部分的に精製された血液の画分であり得る。骨髄試料は、骨髄穿刺液及び／又は骨髄生検であり得る。試料は、患者から直接得られてもよく、生体液又は組織試料に由来する培養細胞などの患者から得られた細胞に由来してもよい。試料はまた、凍結保存試料などの保管試料であってもよい。
【0103】
生体試料は、本明細書に開示される方法又は使用のいずれにおいても使用され得る。いくつかの実施形態では、生体試料は、ＭＤＳを有するか、又はＭＤＳを有することが疑われる患者、例えば、ＭＤＳと診断され、且つＳＦ３Ｂ１変異を有することが確認された患者から得られる。いくつかの実施形態では、生体試料は血液試料又は骨髄試料を含む。いくつかの実施形態では、血液試料は末梢血又は血漿を含む。いくつかの実施形態では、骨髄試料は骨髄穿刺液又は骨髄生検を含む。いくつかの実施形態では、生体試料が尿試料を含む。
【0104】
本明細書に開示される方法及び使用のいくつかの実施形態では、患者又は患者からの生体試料は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、すなわち、例えば核酸バーコーディングによる測定で、約０．１を超える（例えば、約０．１、約０．２、約０．５、約１、約２、約４、約１０、約１５、約２０又は約３０を超える）を超えるＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を含む。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９又はそれ以上を超える。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約１、２、３、４、５、６、７、８、９又はそれ以上を超える。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又はそれ以上を超える。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約２０、２５、３０、３５又はそれ以上（例えば、約４０、４５、５０又はそれ以上）を超える。いくつかの実施形態では、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、核酸バーコーディングによる測定で、約４を超える比である。
【0105】
スプライスバリアントの検出
本明細書に記載の方法及び使用の特定の実施形態は、スプライスバリアントの検出及び／又は定量化を含む。核酸を検出及び定量するための様々な方法があり、それぞれが、記載される実施形態におけるスプライスバリアントの検出に適合し得る。例示的な方法としては、核酸バーコーディング、ナノ粒子プローブ、インサイチューハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、及びＰＣＲをベースとした方法、例えば、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などの核酸を定量するためのアッセイが含まれる。
本明細書に記載の方法及び使用の特定の実施形態は、スプライスバリアントの検出及び／又は定量化を含む。核酸を検出及び定量するための様々な方法があり、それぞれが、記載される実施形態におけるスプライスバリアントの検出に適合し得る。例示的な方法としては、核酸バーコーディング、ナノ粒子プローブ、インサイチューハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、及びＰＣＲをベースとした方法、例えば、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）などの核酸を定量するためのアッセイが含まれる。
【0106】
本明細書に開示される方法及び使用のいくつかの実施形態では、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比は、患者又は患者からの生体試料中のＲＮＡ転写物を測定することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディング及び／又はＲＴ－ＰＣＲを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ転写物を測定するステップは、核酸バーコーディングを含む。
【0107】
ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）アッセイ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）などのバーコーディング技術を利用する核酸アッセイは、例えば、米国特許第８，５１９，１１５号明細書；米国特許第７，９１９，２３７号明細書；及びＫｕｌｋａｒｎｉ（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１；９４：２５Ｂ．１０．１－２５Ｂ．１０．１７）に記載されていように実施することができる。例示的なアッセイでは、目的の特定のスプライスバリアントなどの目的の特定のヌクレオチド配列を検出するために、一対のプローブが使用される。プローブ対は、標的配列に特異的な約３５～５０塩基長の配列をそれぞれ含む捕捉プローブ及びレポータープローブから構成される。捕捉プローブは、デジタル検出のために標的ｍＲＮＡの表面付着のための分子ハンドルを提供するビオチンなどのアフィニティ標識をその３’末端に含み、レポータープローブは、ハイブリダイズしたｍＲＮＡ標的配列の分子バーコードを提供する特有のカラーコードをその５’末端に含む。捕捉及びレポータープローブ対を溶液中で標的ｍＲＮＡにハイブリダイズさせ、過剰なプローブを除去した後、標的ｍＲＮＡ－プローブ複合体をｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）カートリッジ中に固定化する。デジタル分析器は、特定のｍＲＮＡスプライスバリアント配列に対応するカラーコードを検出するために、カートリッジの表面の直接画像を取得する。特定のスプライスバリアントについて色分けされたバーコードが検出される回数は、ｍＲＮＡライブラリー中の特定のスプライスバリアントのレベルを反映する。スプライスバリアントの検出のために、捕捉プローブ又はレポータープローブは、所与のスプライスバリアントのエクソン－エクソン又はイントロン－エクソンジャンクションに及んでもよい。他の実施形態では、捕捉プローブ及びレポータープローブの標的配列の一方又は両方が、エクソン－エクソンジャンクションにおける２つのエクソンの末端配列、又はイントロン－エクソンジャンクションにおけるイントロン及びエクソンの末端配列に対応し、一方のプローブはエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションに伸長するが、ジャンクションには及ばず、他方のプローブはジャンクションの反対側で始まり、それぞれのエクソン又はイントロンに伸長する配列に結合する。
【0108】
例示的なＰＣＲをベースとした方法においては、特定のスプライスバリアントは、スプライスバリアントを含む配列を特異的に増幅することによって検出され得る。例えば、本方法は、スプライスバリアントの第１の部分にハイブリダイズするように特別に設計された第１のプライマーを使用することができ、ここで、スプライスバリアントは、選択的スプライシングが起こるエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションに及ぶ配列である。本方法は、遺伝子中の別の配列、例えば上流又は下流に位置する配列に対応する第１のプライマーのＰＣＲ伸長産物のセグメントにハイブリダイズする第２の対向プライマーをさらに使用してもよい。ＰＣＲ検出方法は、定量的（又はリアルタイム）ＰＣＲであり得る。定量的ＰＣＲのいくつかの実施形態では、増幅されたＰＣＲ産物が核酸プローブを使用して検出され、プローブは１つ又は複数の検出可能な標識を含み得る。特定の定量的ＰＣＲ法においては、目的のスプライスバリアントの量は、スプライスバリアントのレベルを検出し、適切な内部対照と比較することによって決定される。
【0109】
ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）（Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）などのインサイチューハイブリダイゼーションアッセイを使用してスプライスバリアントを検出するための例示的な方法には、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（Ｊ Ｍｏｌ Ｄｉａｇｎ．２０１２；１４（１）：２２－２９）に記載されている方法が挙げられる。ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）アッセイを使用して、所与のスプライスバリアントを標的とする１対のプローブを設計し、これらのプローブを固定した透過性細胞中の標的ＲＮＡにハイブリダイズさせることによって、スプライスバリアントを検出することができる。標的プローブは、標的配列にハイブリダイズすると、前増幅核酸のための結合部位を作り出す対としてハイブリダイズするように設計される。前増幅核酸は、次に、増幅核酸のための複数の結合部位を有し、これは、次に、発色性又は蛍光性分子を有する標識プローブのための複数の結合部位を含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）標的プローブの１つは、所与のスプライスバリアントのエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションに及ぶ。他の実施形態では、標的プローブの標的配列は、エクソン－エクソンジャンクションにおける２つのエクソンの末端配列、又はイントロン－エクソンジャンクションにおけるイントロン及びエクソンの末端配列に対応し、標的プローブ対の一方のプローブはエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションに伸長するが、ジャンクションには及ばず、他方のプローブはジャンクションの反対側で始まり、それぞれのエクソン又はイントロンに伸長する配列に結合する。
【0110】
ＳｍａｒｔＦｌａｒｅ（商標）（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）などのナノ粒子プローブを使用してスプライスバリアントを検出するための例示的な方法としては、Ｓｅｆｅｒｏｓ ｅｔ ａｌ．（Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ．２００７；１２９（５０）：１５４７７－１５４７９）及びＰｒｉｇｏｄｉｃｈ ｅｔ ａｌ．（Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．２０１２；８４（４）：２０６２－２０６６）に記載されている方法が挙げられる。ＳｍａｒｔＦｌａｒｅ（商標）検出プローブを使用して、（１）検出する特定のスプライスバリアントにそれぞれ相補的であり、（２）それぞれ相補的なフルオロフォア標識レポーター核酸にハイブリダイズするヌクレオチド認識配列を含む１つ以上の核酸で修飾された金ナノ粒子を生成することによって、スプライスバリアントを検出することができる。細胞によりプローブが取り込まれると、標的スプライスバリアント配列は１つ以上のヌクレオチド認識配列にハイブリダイズし、フルオロフォア標識レポーター核酸を置換し得る。フルオロフォア標識レポーター核酸は、金ナノ粒子表面に近接するためにフルオロフォアが消光された後、金ナノ粒子から遊離し、ナノ粒子の消光効果がなくなったときにフルオロフォアが検出され得る。いくつかの実施形態では、プローブ中のヌクレオチド認識配列は、所与のスプライスバリアントのエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションに及ぶ配列を認識する。いくつかの実施形態では、プローブ中のヌクレオチド認識配列は、スプライスバリアントのエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションの一方の側のみにある配列、例えば、ジャンクションで終結する配列及びジャンクションから１つ以上離れたヌクレオチドで終結する配列を認識する。
【0111】
核酸シーケンシングを用いてスプライスバリアントを検出するための例示的な方法としては、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．２０１２；２２：８０６－８２１）；及びｖａｎ Ｄｉｊｋ ｅｔ ａｌ．（Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．２０１４；３０（９）：４１８－４２６）に記載されているＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）技術などのハイスループットシーケンシングを使用して、スプライスバリアントを検出することができる。例えば、本方法は、ＲＮＡ－Ｓｅｑに利用可能な市販のシーケンシングプラットフォーム、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、ＳＯＬＩＤ、Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ、及びＲｏｃｈｅ４５４を使用することができる。いくつかの実施形態では、シーケンシング方法には、パイロシーケンシングが含まれ得る。例えば、試料をシーケンシング酵素及びプライマーと混合し、一度に１つの非標識ヌクレオチドの流れに曝露して、相補的ＤＮＡ鎖の合成を可能にすることができる。ヌクレオチドが組み込まれると、ピロリン酸塩が放出され、発光もたらされ、これがリアルタイムでモニターされる。いくつかの実施形態では、シーケンシング方法には、半導体シーケンシングが含まれ得る。例えば、ピロリン酸の代わりにプロトンがヌクレオチド取り込み中に放出され、イオンセンサによってリアルタイムで検出され得る。いくつかの実施形態では、この方法には、可逆的ターミネーターを用いたシーケンシングが含まれ得る。例えば、合成試薬には、プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、及び４つの異なる標識が付された可逆的ターミネーターヌクレオチドが含まれ得る。その色によって同定されるヌクレオチドが取り込まれた後、塩基上の３’ターミネーター及びフルオロフォアが除去され、サイクルが繰り返される。いくつかの実施形態では、この方法には、ライゲーションによるシーケンシングが含まれ得る。例えば、シーケンシングプライマーはアダプターにハイブリダイズされ得、プライマーの５’末端が隣接配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドへのライゲーションに利用可能である。塩基４及び５が４つのカラー標識のうちの１つによってコードされる八量体の混合物は、プライマーへのライゲーションに競合し得る。カラー検出後、ライゲーションされた八量体を５位と６位との間で切断して標識を除去し、このサイクルがされ得る。これによって、第１ラウンドにおいて、プロセスが位置４、５、９、１０、１４、１５などにおける塩基の可能なアイデンティティを決定することができる。シーケンシングプライマー中の最初の塩基に達するまで、より短いシーケンシングプライマーを用いて１塩基ずつオフセットしてこのプロセスを繰り返して、位置３、４、８、９、１３、１４などを決定することができる。
【0112】
ジャンクションの両側のヌクレオチド配列を特定することによって遺伝子中の所与のエクソン－エクソンジャンクション又はイントロン－エクソンジャンクションのスプライスバリアントも区別する他の核酸検出及び分析方法を利用して、スプライスバリアントを検出又は定量することができる。例えば、エクソン－エクソンジャンクションのスプライスバリアントは、一方のエクソンに結合するプライマーが隣接するエクソンの配列に従ってジャンクションの他方の側のエクソンに伸長するプライマー伸長法によって検出することができる。例えば、ＭｃＣｕｌｌｏｕｇｈ ｅｔ ａｌ．（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５；３３（１１）：ｅ９９）；及びＭｉｌａｎｉ ｅｔ ａｌ．（Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．２００６；５２：２０２－２１１）を参照されたい。大規模なバリアントの検出は、例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００３；３０２：２１４１－２１４４）；及びＭｏｄｒｅｋ ｅｔ ａｌ．（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２００１；２９：２８５０－２８５９）に記載されているように、エクソン－エクソンジャンクションプローブ又はイントロン－エクソンジャンクションプローブを担持する発現マイクロアレイを用いて行うことができる。
【0113】
様々な実施形態は、ＴＭＥＭ１４Ｃのスプライスバリアントを検出するための試薬を含む。一例では、試薬に、ＴＭＥＭ１４Ｃの１つ又は複数の異常スプライスバリアント又はカノニカルスプライスバリアントの量を測定するように設計されたＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）プローブが含まれる。バーコーディング（例えば、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標））、ナノ粒子プローブ（例えば、ＳｍａｒｔＦｌａｒｅ（商標））、インサイチューハイブリダイゼーション（例えば、ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標））、マイクロアレイ、核酸シーケンシング、及びＰＣＲをベースとしたアッセイなどの核酸定量アッセイ用のプローブは、上記のように設計され得る。
【0114】
これらの例示的な方法において、又は核酸検出のための他の方法において、異常スプライスバリアントは、プローブ、プライマー、又は異常スプライスバリアント中に存在するが、標準スプライスバリアント中には存在しない核酸配列を特異的に認識する他の試薬を使用して同定され得る。他の実施形態では、異常スプライスバリアントは、異常スプライスバリアントが生じるジャンクションの文脈において、異常スプライスバリアントに特異的な配列を検出することによって同定される、すなわち、カノニカルスプライスバリアントにおけるスプライスジャンクションの両側に存在する配列が、その特有の配列の両側に隣接する。
このような場合、プローブ、プライマー、又はその標的配列を特異的に認識する他の検出試薬の部分は、異常配列の長さ、又は異常配列若しくはその一部に対応する長さを有し得る。他の実施形態では、プローブ、プライマー、又はその標的配列を特異的に認識する他の検出試薬の部分は、異常配列の長さに、スプライスジャンクションで異常配列に隣接する配列の一方又は両方から選択された数のヌクレオチドの長さを加えた長さに対応する長さを有し得る。一般に、プローブ又はプライマーは、非特異的結合を低減するのに十分な長さで設計されるべきである。異常な又はカノニカルなスプライスバリアントを検出するプローブ、プライマー及び他の試薬は、核酸の検出のための様々な方法の技術的特徴及び形式に従って設計され得る。
このような場合、プローブ、プライマー、又はその標的配列を特異的に認識する他の検出試薬の部分は、異常配列の長さ、又は異常配列若しくはその一部に対応する長さを有し得る。他の実施形態では、プローブ、プライマー、又はその標的配列を特異的に認識する他の検出試薬の部分は、異常配列の長さに、スプライスジャンクションで異常配列に隣接する配列の一方又は両方から選択された数のヌクレオチドの長さを加えた長さに対応する長さを有し得る。一般に、プローブ又はプライマーは、非特異的結合を低減するのに十分な長さで設計されるべきである。異常な又はカノニカルなスプライスバリアントを検出するプローブ、プライマー及び他の試薬は、核酸の検出のための様々な方法の技術的特徴及び形式に従って設計され得る。
【0115】
治療用化合物
本開示の様々な実施形態において、開示される方法及び使用において使用される治療用化合物は、スプライシングモジュレーター、例えば、化合物１、又は同じ患者集団（例えば、輸血依存性ＭＤＳ患者）の治療で特定された代替薬剤である。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、スプライシングモジュレーター、又はＴＧＦβ１モジュレーターなどの代替薬剤である。輸血依存性ＭＤＳ患者において評価されている例示的なＴＧＦβ１モジュレーターは、ラスパテルセプトである。ＴＧＦβスーパーファミリーリガンドに結合する組換え融合タンパク質であるラスパテルセプトは、例えば、Ｆｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０２０；３８２（２）：１４０－１５１）に記載されており、この文献は参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の様々な実施形態において、開示される方法及び使用において使用される治療用化合物は、スプライシングモジュレーター、例えば、化合物１、又は同じ患者集団（例えば、輸血依存性ＭＤＳ患者）の治療で特定された代替薬剤である。いくつかの実施形態では、治療用化合物は、スプライシングモジュレーター、又はＴＧＦβ１モジュレーターなどの代替薬剤である。輸血依存性ＭＤＳ患者において評価されている例示的なＴＧＦβ１モジュレーターは、ラスパテルセプトである。ＴＧＦβスーパーファミリーリガンドに結合する組換え融合タンパク質であるラスパテルセプトは、例えば、Ｆｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０２０；３８２（２）：１４０－１５１）に記載されており、この文献は参照により本明細書に組み込まれる。
【0116】
様々な実施形態において、治療用化合物は、スプライシングモジュレーターである。いくつかの実施形態において、スプライシングモジュレーターは、ＳＦ３ｂスプライソソーム複合体のモジュレーターである。このようなモジュレーターは、天然化合物であっても合成化合物であってもよい。スプライシングモジュレーター及びそのようなモジュレーターのカテゴリーの非限定的な例としては、プラジエノリド（例えば、プラジエノリドＢ又はプラジエノリドＤ）、プラジエノリド誘導体（例えば、プラジエノリドＢ又はプラジエノリドＤ誘導体）、ヘルボキシジエン、ヘルボキシジエン誘導体、スプリセオスタチン、スプリセオスタチン誘導体、スデマイシン、又はスデマイシン誘導体が挙げられる。本明細書で使用される場合、スプライシングモジュレーターなどに言及する場合の「誘導体」及び「類似体」という用語は、元の化合物と実質的に同じであるか、類似しているか、又は増強された生物学的機能又は活性を保持するが、化学的又は生物学的構造は変化している任意のそのような化合物を意味する。
【0117】
様々な実施形態において、スプライシングモジュレーターは、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターを含む。様々なＳＦ３Ｂ１調節化合物が当該技術分野において知られており、本明細書に記載の方法及び使用において使用することができる。例示的なＳＦ３Ｂ１モジュレーターとしては、化合物１、プラジエノリド（例えば、プラジエノリドＢ、プラジエノリドＤ）、プラジエノリド誘導体（例えば、Ｅ７１０７（国際公開第２００３／０９９８１３号パンフレットの化合物４５））、アリールプラジエノリド、アリールプラジエノリド誘導体、ヘルボキシジエン、及びヘルボキシジエン誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。ＳＦ３Ｂ１調節化合物の非限定的な例は、米国特許第９，４８１，６６９Ｂ２号明細書、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６２５２５号明細書（国際公開第２０１７／０８７６６７号パンフレット）、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２６３１３号明細書（国際公開第２０１９／１９９６６７号パンフレット）、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２６９９２号明細書（国際公開第２０１９／２００１００号パンフレット）、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６６０２９号明細書（国際公開第２０２０／１２３８３６号パンフレット）、及び国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３５０１５号明細書（国際公開第２０１９／２３２４４９号パンフレット）に開示されており、これらの文献は全て、そのような化合物を開示及び／又は合成するために、参照により本明細書に組み込まれる。
【0118】
いくつかの実施形態では、スプライシングモジュレーター、例えば、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、本明細書に記載されるか、又は参照により組み込まれる、例示的なＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。例えば、様々な実施形態において、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、化合物１である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、プラジエノリドＢ、プラジエノリドＤ、又はＥ７１０７である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、米国特許第９，４８１，６６９Ｂ２号明細書に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６２５２５号明細書（国際公開第２０１７／０８７６６７号パンフレット）に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２６３１３号明細書（国際公開第２０１９／１９９６６７号パンフレット）に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０２６９９２号明細書（国際公開第２０１９／２００１００号パンフレット）に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６６０２９号明細書（国際公開第２０２０／１２３８３６号パンフレット）に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。他の実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３５０１５号明細書（国際公開第２０１９／２３２４４９号パンフレット）に開示されているＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上である。この段落で引用される全ての特許及び刊行物は、その全体が特に、そこに開示されているスプライシングモジュレーター（例えば、ＳＦ３Ｂ１モジュレーター）について、参照により組み込まれる。
【0119】
いくつかの実施形態では、スプライシングモジュレーター及び／又はＳＦ３Ｂ１モジュレーター（例えば、本明細書に記載されるか、又は参照により組み込まれる例示的なＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上）は、ＳＦ３Ｂ１を調節及び／又は阻害する。いくつかの実施形態では、スプライシングモジュレーター及び／又はＳＦ３Ｂ１モジュレーター（例えば、本明細書に記載されるか、又は参照により組み込まれる例示的なＳＦ３Ｂ１調節化合物のいずれか１つ以上）は、ＳＦ３Ｂ１阻害剤である。
【0120】
いくつかの実施形態では、スプライシングモジュレーター及び／又はＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、プラジエノリド又はプラジエノリド誘導体である。本明細書で使用される場合、「プラジエノリド誘導体」は、プラジエノリドとして知られる天然産物のファミリーのメンバーに構造的に関連し、出発化合物の１つ以上の生物学的機能を保持する化合物を指す。プラジエノリドは、強力な細胞傷害性があり、細胞周期のＧ１期及びＧ２／Ｍ期において細胞周期の停止をもたらす（例えば、Ｂｏｎｎａｌ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓ．２０１２；１１：８４７－８５９）として、細菌ストレプトマイセス・プラテンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｐｌａｔｅｎｓｉｓ）において最初に同定された（Ｍｉｚｕｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｎｔｉｂｉｏｔ．２００４；５７：１８８－１９６）。７種の天然に存在するプラジエノリド、プラジエノリドＡ～Ｇがある（Ｍｉｚｕｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｎｔｉｂｉｏｔ．２００４；５７：１８８－１９６；Ｓａｋａｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｎｔｉｂｉｏｔ．２００４；５７：１８０－１８７）．これらの化合物の１種、プラジエノリドＢは、ＳＦ３ｂスプライソソームを標的として、スプライシングを阻害し、遺伝子発現パターンを変化させる（Ｋｏｔａｋｅ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００７；３：５７０－５７５）。特定のプラジエノリドＢ誘導体は、国際公開第２００２／０６０８９０号パンフレット、国際公開第２００４／０１１４５９号パンフレット、国際公開第２００４／０１１６６１号パンフレット、国際公開第２００４／０５０８９０号パンフレット、国際公開第２００５／０５２１５２号パンフレット、国際公開第２００６／００９２７６号パンフレット、及び国際公開第２００８／１２６９１８号パンフレットに記載されており、これらの文献はそれぞれ、参照により本明細書に組み込まれる。
【0121】
米国特許第７，８８４，１２８号明細書及び同第７，８１６，４０１号明細書は、プラジエノリドＢ及びＤを合成する例示的な方法を記載しており、そのような方法についてそれぞれ参照により本明細書に組み込まれる。プラジエノリドＢ及びＤはまた、Ｋａｎａｄａ ｅｔ ａｌ．（Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ Ｉｎｔ Ｅｄ．２００７；４６：４３５０－４３５５）に記載された例示的な方法を用いて合成することができる。Ｋａｎａｄａ ｅｔ ａｌ．及び国際公開第２００３／０９９８１３号パンフレットには、プラジエノリドＤ（国際公開第２００３／０９９８１３号パンフレットの１１１０７Ｄ）から、Ｅ７１０７（国際公開第２００３／０９９８１３号パンフレットの化合物４５）を合成する例示的な方法が記載されている。対応する米国特許番号は、Ｋｏｔａｋｅらによる第７，５５０，５０３号である。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは、プラジエノリドＢ、プラジエノリドＤ、又はＥ７１０７である。いくつかの実施形態において、ＳＦ３Ｂ１モジュレーターは化合物１である。
【0122】
様々な実施形態において、スプライシングモジュレーター及び／又はＳＦ３Ｂ１モジュレーターは化合物１、すなわち、式Ｉの化合物及び薬学的に許容されるその塩から選択される少なくとも１つの実体である。式Ｉは、以下
及び／又は化学名（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートによって表され得る。化合物１の合成は、米国特許第９，４８１，６６９Ｂ２号明細書、及び国際公開第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６２５２５号明細書（国際公開第２０１７／０８７６６７号パンフレット）に記載されており、これらの文献は全て参照により本明細書に組み込まれる。
【化3】
及び／又は化学名（２Ｓ，３Ｓ，４Ｅ，６Ｓ，７Ｒ，１０Ｒ）－７，１０－ジヒドロキシ－３，７－ジメチル－１２－オキソ－２－［（２Ｅ，４Ｅ，６Ｒ）－６－（ピリジン－２－イル）ヘプタ－２，４－ジエン－２－イル］オキサシクロドデカ－４－エン－６－イル－４－メチルピペラジン－１－カルボキシレートによって表され得る。化合物１の合成は、米国特許第９，４８１，６６９Ｂ２号明細書、及び国際公開第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６２５２５号明細書（国際公開第２０１７／０８７６６７号パンフレット）に記載されており、これらの文献は全て参照により本明細書に組み込まれる。
【0123】
治療レジメン
本開示の様々な実施形態は、化合物１の投与を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法及び使用は、治療有効量の化合物１を患者に投与することを含む。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。いくつかの実施形態では、患者は、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）が高い輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有し、スプライソソームタンパク質に１つ又は複数の変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１に１つ又は複数の変異を有する輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者がＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比が高く、ＴＭＥＭ１４Ｃ発現レベルが低い輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現、及びスプライソソームタンパク質における１つ又は複数の変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１における１つ又は複数の変異を有する輸血依存性ＭＤＳ患者である。例示的なＳＦ３Ｂ１変異としては、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位、又はＶ７０１位の１つ又は複数における変異が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位、又はＲ６２５位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、Ｋ７００位における変異はＫ７００Ｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ６２５位における変異は、Ｒ６２５Ｃである。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、Ｋ７００Ｅ及び／又はＲ６２５Ｃを含む。ＳＦ３Ｂ１変異のさらなる非限定的な例は、米国特許第１０，８８９，８６６Ｂ２号明細書、及び国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０４９４９０号明細書（国際公開第２０１７／０４０５２６号パンフレット）に開示されており、これらの各文献はそのような変異について参照により本明細書に組み込まれる。
本開示の様々な実施形態は、化合物１の投与を含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法及び使用は、治療有効量の化合物１を患者に投与することを含む。いくつかの実施形態では、化合物１は、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ異常スプライシングを低減又は阻害する。いくつかの実施形態では、患者は、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常ジャンクション転写物とカノニカルジャンクション転写物の比（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比）が高い輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を有し、スプライソソームタンパク質に１つ又は複数の変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１に１つ又は複数の変異を有する輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者がＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比が高く、ＴＭＥＭ１４Ｃ発現レベルが低い輸血依存性ＭＤＳ患者である。いくつかの実施形態では、患者は、高ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比、低レベルのＴＭＥＭ１４Ｃ発現、及びスプライソソームタンパク質における１つ又は複数の変異、例えば、ＳＦ３Ｂ１における１つ又は複数の変異を有する輸血依存性ＭＤＳ患者である。例示的なＳＦ３Ｂ１変異としては、ＳＦ３Ｂ１のＥ６２２位、Ｈ６６２位、Ｋ６６６位、Ｋ７００位、Ｒ６２５位、又はＶ７０１位の１つ又は複数における変異が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＨ６６２位、Ｋ７００位、又はＲ６２５位の１つ又は複数に変異を含むか、又はその変異からなる。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、ＳＦ３Ｂ１のＫ７００位に変異を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、Ｋ７００位における変異はＫ７００Ｅである。いくつかの実施形態では、Ｒ６２５位における変異は、Ｒ６２５Ｃである。いくつかの実施形態では、ＳＦ３Ｂ１における変異は、Ｋ７００Ｅ及び／又はＲ６２５Ｃを含む。ＳＦ３Ｂ１変異のさらなる非限定的な例は、米国特許第１０，８８９，８６６Ｂ２号明細書、及び国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０４９４９０号明細書（国際公開第２０１７／０４０５２６号パンフレット）に開示されており、これらの各文献はそのような変異について参照により本明細書に組み込まれる。
【0124】
当業者は、任意の特定の患者のための特定の投与量及び治療レジメンが、使用される特定の化合物の活性、年齢、体重、全身の健康、性別、食事、投与時間、排泄速度、薬物の組み合わせ、治療する医師の判断、及び治療する特定の疾患の重症度を含む、様々な因子に依存することを理解するであろう。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の方法及び使用において使用される化合物１は、最初は臨床応答に応じて適切な用量で投与され得、用量は必要に応じて調整され得る。一般に、化合物１の適切な用量は、治療効果を生じるのに有効な最も低い用量である化合物の量であり得る。そのような有効用量は一般に、上記の因子に依存する。
【0125】
いくつかの実施形態では、化合物１は、経口剤形に製剤化され、患者に経口投与される。経口剤形は、例えば、生理学的に許容される賦形剤（例えば、薬学的に許容される賦形剤）との混合物中に活性剤を含有する、錠剤、カプセル剤、溶液若しくは懸濁液、粉末、又は液体若しくは固体結晶の形態であり得る。これらの賦形剤は、例えば、不活性希釈剤又は充填剤（例えば、スクロース、ソルビトール、糖、マンニトール、微結晶セルロース、ジャガイモデンプンなどのデンプン、炭酸カルシウム、塩化ナトリウム、乳糖、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、又はリン酸ナトリウム）；造粒剤及び崩壊剤（例えば、微結晶セルロース、ジャガイモデンプンなどのデンプン、クロスカルメロースナトリウム、アルギン酸塩、又はアルギン酸）；結合剤（例えば、スクロース、グルコース、ソルビトール、アカシア、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、ゼラチン、デンプン、アルファ化デンプン、微結晶セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ポリビニルピロリドン、又はポリエチレングリコール）；並びに滑沢剤、流動促進剤、及び抗癒着剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、水添植物油、又はタルク）であり得る。他の生理学的に許容される賦形剤（例えば、薬学的に許容される賦形剤）は、着色剤、香味剤、可塑剤、湿潤剤、緩衝剤などであり得る。
【0126】
いくつかの実施形態では、化合物１は、カプセルとして製剤化される。いくつかの実施形態では、カプセルは、化合物１及び少なくとも１種の薬学的に許容される賦形剤を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤は、半合成の不活性粘弾性ポリマーであるヒドロキシプロピルメチルセルロース（ヒプロメロースとしても知られる）を含む。いくつかの実施形態では、化合物１は、不透明なヒプロメロースシェルカプセルとして製剤化される。いくつかの実施形態では、カプセルはサイズ０又はサイズ２である。いくつかの実施形態では、カプセルはサイズ２であり、０．５ｍｇの化合物１を含有する。いくつかの実施形態では、カプセルはサイズ０であり、１ｍｇ又は５ｍｇの化合物１を含有する。いくつかの実施形態では、カプセルの色はオレンジ（例えば、スウェーデンオレンジ）である。いくつかの実施形態では、カプセルは患者によって丸ごと飲み込まれる。
【0127】
いくつかの実施形態では、化合物１は空腹時の患者に投与される。すなわち、患者は化合物１の投与の２時間前も１時間後も食物を一切摂取しない。いくつかの実施形態では、化合物１は、各治療日のほぼ同じ時間に患者に投与される。
【0128】
いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで患者に投与される。「連続投与スケジュール」という用語は、本明細書で使用される場合、投与レジメンが治療期間中中断することなく連続的に繰り返されることを意味する。いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで１日１回又は１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、少なくとも３連続日、５連続日、少なくとも７連続日、少なくとも９連続日、少なくとも１４連続日、少なくとも２１連続日、少なくとも２８連続日、又はそれ以上の間、患者に連続的に（例えば、１日１回又は１日２回のレジメンで）投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、１回以上の治療サイクルの間、患者に連続的に（例えば、１日１回又は１日２回のレジメンで）投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、少なくとも１、２、３、４、５、６、又はそれ以上の治療サイクルの間、患者に連続的に投与される。いくつかの実施形態では、１治療サイクルは２８日である。
【0129】
連続投与スケジュールは、治療（すなわち、「投与」）期間と非治療（すなわち、「休薬」）期間の両方を有する間欠的投与スケジュールとは異なる。非治療期間は連続投与で観察され得る薬物関連毒性（例えば、発疹、好中球減少症、血小板減少症）のリスクを低減するのに役立ち得る。治療サイクル間の非治療期間は、「治療休憩」又は「治療休暇」と呼ばれることもあるいくつかの実施形態では、治療期間は、少なくとも３日間、少なくとも５日間、少なくとも７日間、少なくとも９日間、少なくとも１４日間、少なくとも２１日間、少なくとも２８日間、又はそれ以上であり得る。いくつかの実施形態では、治療期間は、少なくとも３日間、少なくとも５日間、少なくとも７日間、少なくとも９日間、少なくとも１４日間、少なくとも２１日間、少なくとも２８日間、又はそれ以上であり得る。いくつかの実施形態では、間欠的投与スケジュールは、治療期間と非治療期間とを交互に行う。
【0130】
いくつかの実施形態では、化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで、患者に（例えば、１日１回又は１日２回のレジメンで）投与される。いくつかの実施形態では、この１４日間のスケジュールが２８日間の１治療サイクルを完了するために１回繰り返される。いくつかの実施形態では、化合物１は、１回以上の治療サイクルの間、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、少なくとも１、２、３、４、５、６、又はそれ以上の治療サイクルの間、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで患者に投与される。いくつかの実施形態では、１治療サイクルは２８日である。
【0131】
いくつかの実施形態では、化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで、患者に（例えば、１日１回又は１日２回のレジメンで）投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、１回以上の治療サイクルの間、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、少なくとも１、２、３、４、５、６、又はそれ以上の治療サイクルの間、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで患者に投与される。いくつかの実施形態では、１治療サイクルは２８日である。
【0132】
いくつかの実施形態では、化合物１は、患者に１日１回投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、有害事象又は薬物関連毒性が観察されるまで、連続投与スケジュールで１日１回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日１回の投与スケジュールに組み込まれる。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日１回の連続投与の少なくとも約５日後（例えば、約５日後、約７日後、約１４日後、約２１日後、又はそれ以上）に組み込まれる。いくつかの実施形態では、化合物１は、１日１回（例えば、連続的に又は間欠的に）、１回以上の２８日サイクルにわたって患者に投与される。
【0133】
いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｍｇ～約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に単回用量で約２ｍｇ、約３．５ｍｇ、約５ｍｇ、約７ｍｇ、約１０ｍｇ、約１２ｍｇ、約１４、又は約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、約１４又は２０ｍｇ未満の用量（例えば、５ｍｇ、１０ｍｇ、又は１日１回約２ｍｇ程度の低用量）は、より高い用量と比較して、薬物関連毒性（例えば、徐脈及びＱＴｃの延長などの心血管イベント）のリスクを低減する。
【0134】
いくつかの実施形態では、化合物１は、患者に１日２回投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、５日間投与／９日間休薬の投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、２１日間投与／７日間休薬の投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、連続投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、化合物１は、有害事象又は薬物関連毒性が観察されるまで、連続投与スケジュールで１日２回、患者に投与される。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日２回の投与スケジュールに組み込まれる。いくつかの実施形態では、治療休暇は、１日２回の連続投与の少なくとも約５日後（例えば、約５日後、約７日後、約１４日後、約２１日後、又はそれ以上）に組み込まれる。いくつかの実施形態では、化合物１は、１日２回（例えば、連続的に又は間欠的に）、１回以上の２８日サイクルにわたって患者に投与される。
【0135】
いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で合計約２ｍｇ～約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、化合物１の治療有効量は、投与日に２分割用量で約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、又は約２０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約１０ｍｇであり、２回目の用量は約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約５ｍｇであり、２回目の用量は約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約７．５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである。いくつかの実施形態において、１回目の用量と２回目の用量との間の間隔は少なくとも約８時間（例えば、約８時間、約１０時間、約１２時間）である。
【0136】
いくつかの実施形態では、１日２回のレジメン（例えば、１用量当たり約１０ｍｇを２用量）で患者に投与される化合物１は、１日１回のレジメン（例えば、約４０ｍｇを１用量）でのより高い用量と比較して、薬物関連毒性のリスクを低減する。いくつかの実施形態では、１日２回のレジメンで患者に投与される化合物１は、１日１回のレジメンでのより高い用量と比較して、薬物関連毒性のリスクを低減するが、同様か又はより高いバイオマーカー調節を達成する。例えば、１日２回のレジメンで患者に投与される化合物１は、１日１回のレジメンでのより高い用量と比較して、薬物関連毒性のリスクを最小限に抑えながら、患者のＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比を最大約１０時間低減し得る。１日２回投与のいくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量がそれぞれ約５ｍｇ～約１０ｍｇ又はそれ以上である。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約１０ｍｇであり、２回目の用量は約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量は約５ｍｇであり、２回目の用量は約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約７．５ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである。いくつかの実施形態において、１回目の用量と２回目の用量との間の間隔は少なくとも約８時間（例えば、約８時間、約１０時間、約１２時間）である。
【0137】
患者に投与される化合物１の用量は、経時的に減少させることができる。例えば、治療の開始時に、化合物１は１日２回、約１０ｍｇの用量で投与され得る。すなわち、１回目の用量及び２回目の用量は、それぞれ約１０ｍｇである。いくつかの実施形態では、１回目の用量と２回目の用量との間の間隔は約１０～約１４時間（例えば、約１０時間、約１１時間、約１２時間、約１３時間、約１４時間）である。この１日の投与量は、その後、１回以上減らすことができる。いくつかの実施形態では、１回目の用量減少は、約５ｍｇの１回目の用量及び約１０ｍｇの２回目の用量、又はその逆を含む。いくつかの実施形態では、２回目又はその後の用量減少は、それぞれ約５ｍｇの１回目の用量及び２回目の用量を含む。
【0138】
いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者の輸血依存を軽減又は排除する。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、又は約６０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約３０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者への輸血の回数又は頻度を、治療前の回数又は頻度と比較して、少なくとも約６０％減少させる。いくつかの実施形態では、化合物１で観察される輸血の回数又は頻度の減少は、別の治療（例えば、Ｌｉｓｔ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２００６；３５５（１４）：１４５６－１４６５）、Ｆｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｂｌｏｏｄ．２０１１；１１８（１４）：３７６５－３７７６）、又はＦｅｎａｕｘ ｅｔ ａｌ．（Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０２０；３８２（２）：１４０－１５１）に記載される治療）で観察される減少より大きい。いくつかの実施形態では、化合物１で観察される輸血と輸血の間の期間は、別の治療で観察される輸血と輸血の間の期間よりも長い。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、少なくとも５６連続日（８週間）の期間にわたって測定され、この期間は治療開始後の任意の時間に始まる。いくつかの実施形態では、患者は少なくとも５６連続日（８週間）の期間、輸血を受けず、この期間は治療開始後の任意の時間に始まる。いくつかの実施形態では、患者は、少なくとも８週間、少なくとも９週間、少なくとも１０週間、少なくとも１２週間、少なくとも１４週間、少なくとも１６週間、又はそれ以上の期間、輸血を受けず、この期間は治療開始後の任意の時間に始まる。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間に少なくとも８週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間の少なくとも１２週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の４８週間の間の少なくとも１２週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の２４週間の間の少なくとも１６週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血の回数又は頻度の減少は、治療の最初の４８週間の間の少なくとも１６週又はそれ以上の期間にわたって測定される。いくつかの実施形態では、輸血は、赤血球（ＲＢＣ）輸血、血小板輸血、又はその両方を含む。いくつかの実施形態では、輸血は、ＲＢＣ輸血を含む。
【0139】
いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、増加させる。いくつかの実施形態では、化合物１による治療は、患者の骨髄鉄芽球の量を、治療前の量と比較して、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、又は約４０％増加させる。
【実施例】
【0140】
以下の実施例は、本開示の例示的な実施形態を提供する。当業者は、本開示の精神又は範囲を変更することなく実施され得る多数の修正及び変形を認識するであろう。そのような修正及び変更は、本開示の範囲内に包含される。提供される実施例は、決して本開示を限定するものではない。
【0141】
実施例１．化合物１で治療されたＭＤＳ患者のバイオマーカー定義サブセットにおける輸血非依存性の評価
ＳＦ３Ｂ１に結合し、ｍＲＮＡ前駆体スプライシングを調節する小分子である化合物１を、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有する成人患者（スプライシング因子変異を有する患者及び野生型タンパク質を有する患者を含む）において試験した（ＮＣＴ０２８４１５４０；Ｓｔｅｅｎｓｍａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ（２０１９）１３４（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ １）：６７３）。８４人の患者のうち、４２人がＭＤＳ、４人がＣＭＭＬ、及び３８人がＡＭＬであった。用量漸増コホートは、２つの１日１回の投与レジメン：スケジュールＩ（５日間投与／９日間休薬）及びスケジュールＩＩ（２１日間投与／７日間休薬）を試験した。投与量はスケジュールＩでは１～４０ｍｇ（ｎ＝６５）、スケジュールＩＩでは７～２０ｍｇ（ｎ＝１９人の患者）の範囲であり、２５人の患者（３０％）が≧１８０日間の治療を受けた。
ＳＦ３Ｂ１に結合し、ｍＲＮＡ前駆体スプライシングを調節する小分子である化合物１を、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）、又は急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を有する成人患者（スプライシング因子変異を有する患者及び野生型タンパク質を有する患者を含む）において試験した（ＮＣＴ０２８４１５４０；Ｓｔｅｅｎｓｍａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ（２０１９）１３４（Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ １）：６７３）。８４人の患者のうち、４２人がＭＤＳ、４人がＣＭＭＬ、及び３８人がＡＭＬであった。用量漸増コホートは、２つの１日１回の投与レジメン：スケジュールＩ（５日間投与／９日間休薬）及びスケジュールＩＩ（２１日間投与／７日間休薬）を試験した。投与量はスケジュールＩでは１～４０ｍｇ（ｎ＝６５）、スケジュールＩＩでは７～２０ｍｇ（ｎ＝１９人の患者）の範囲であり、２５人の患者（３０％）が≧１８０日間の治療を受けた。
【0142】
患者及び方法
試験デザイン
患者を、修正フィボナッチ数列スキーム（Ｓｔｏｒｅｒ Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ．１９８９；４５（３）：９２５－９３７）に基づく漸増を伴う、従来の３＋３用量漸増フェーズ１デザインを用いて登録した。用量漸増は、登録された３～６人のうちの２人以上の患者が用量制限毒性（ＤＬＴ）を経験する用量レベルまで継続した。６人中１人以下の患者がＤＬＴを経験した最高用量を最大耐量（ＭＴＤ）と定義した。ＤＬＴは以下のいずれかと定義した：グレード３以上の治験薬関連非血液学的毒性（１週間以内にグレード１以下に回復したグレード３の悪心、嘔吐、倦怠感又は下痢を除く）；試験実施計画書に規定された用量の少なくとも７０％を投与することができない；又は投与中止から２１日以上経過した時点で持続性白血病又は芽球増加のない、グレード４の血球減少の持続を伴う骨髄抑制の延長。ＤＬＴは、米国国立癌研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（ＮＣＩ）有害事象共通毒性規準（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０３を用いて最初の２８日間に評価した。
試験デザイン
患者を、修正フィボナッチ数列スキーム（Ｓｔｏｒｅｒ Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃｓ．１９８９；４５（３）：９２５－９３７）に基づく漸増を伴う、従来の３＋３用量漸増フェーズ１デザインを用いて登録した。用量漸増は、登録された３～６人のうちの２人以上の患者が用量制限毒性（ＤＬＴ）を経験する用量レベルまで継続した。６人中１人以下の患者がＤＬＴを経験した最高用量を最大耐量（ＭＴＤ）と定義した。ＤＬＴは以下のいずれかと定義した：グレード３以上の治験薬関連非血液学的毒性（１週間以内にグレード１以下に回復したグレード３の悪心、嘔吐、倦怠感又は下痢を除く）；試験実施計画書に規定された用量の少なくとも７０％を投与することができない；又は投与中止から２１日以上経過した時点で持続性白血病又は芽球増加のない、グレード４の血球減少の持続を伴う骨髄抑制の延長。ＤＬＴは、米国国立癌研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（ＮＣＩ）有害事象共通毒性規準（ＣＴＣＡＥ）バージョン４．０３を用いて最初の２８日間に評価した。
【0143】
測定された主要評価項目には、ＤＬＴの発生、治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ）の種類及び頻度、並びに重篤な有害事象（ＳＡＥ）が含まれた。副次評価項目には、薬物の薬物動態（ＰＫ）及び予備的な抗腫瘍活性、例えば、全奏効率（ＯＲＲ）、輸血の必要性に対する薬物療法の効果、及び全生存期間（ＯＳ）が含まれた。バイオマーカー分析及び薬物薬力学（ＰＤ）を探索的評価項目として含めた。５日間投与９日間休薬のスケジュール（スケジュールＩ）における１日当たり１ｍｇの開始用量は、非ヒト霊長類の経験に基づいた；そのモデル系におけるＤＬＴは、胃腸障害苦痛及び大腸炎であった。さらに、２１日間の治療及び治療なしの７日間休止の第２のスケジュール（スケジュールＩＩ）を探索した。試験実施計画書は、当初、間欠的に投与された場合の化合物１の活性を示唆する前臨床データに基づいて、スケジュールＩを評価するように設計された。しかし、限られた臨床活性がスケジュールＩで観察された場合、スプライソソーム調節の延長がより高い臨床活性をもたらすかどうかを試験するために、スケジュールＩＩを導入した。各治療サイクルは、２８日間の長さであった。患者は、疾患の進行又は許容できない毒性の発現まで治療を継続することができた。患者内用量の漸増はサイクル４で、その後に登録された他の患者において安全であることが実証された用量レベルまで許容されたが、患者は当初の投薬スケジュールを維持しなければならなかった。
【0144】
選択基準
適格基準は疾患に特異的であり、表１に要約する。さらに、患者は、１８歳以上、米国東海岸がん臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ）（ＥＣＯＧ）のパフォーマンスステータス０～２、並びに、クレアチニン≦１．７ｍｇ／ｄＬ又は計算クレアチニンクリアランス（Ｃｏｃｋｒｏｆｔ－Ｇａｕｌｔ式）≧５０ｍＬ／分、直接ビリルビン≦正常上限（ＵＬＮ）の１．５倍、アラニンアミノトランスフェラーゼ及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ≦３．０×ＵＬＮ、及びアルブミン≧２．５ｍｇ／ｄＬとして定義される適切な臓器機能を有する必要があった。ＭＤＳ患者はさらに、国際予後判定システム（ＩＰＳＳ）を使用して、ＩＰＳＳ低リスク及び中間－１リスクの患者をまとめて含む「低リスク」と、「高リスク」のＩＰＳＳ中間－２リスク及び高リスクのカテゴリーで特徴付けられた（Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．１９９７；８９：２０７９－２０８８）。患者は、適格であるためにスプライシング変異を有することを要求されなかった。
適格基準は疾患に特異的であり、表１に要約する。さらに、患者は、１８歳以上、米国東海岸がん臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ）（ＥＣＯＧ）のパフォーマンスステータス０～２、並びに、クレアチニン≦１．７ｍｇ／ｄＬ又は計算クレアチニンクリアランス（Ｃｏｃｋｒｏｆｔ－Ｇａｕｌｔ式）≧５０ｍＬ／分、直接ビリルビン≦正常上限（ＵＬＮ）の１．５倍、アラニンアミノトランスフェラーゼ及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ≦３．０×ＵＬＮ、及びアルブミン≧２．５ｍｇ／ｄＬとして定義される適切な臓器機能を有する必要があった。ＭＤＳ患者はさらに、国際予後判定システム（ＩＰＳＳ）を使用して、ＩＰＳＳ低リスク及び中間－１リスクの患者をまとめて含む「低リスク」と、「高リスク」のＩＰＳＳ中間－２リスク及び高リスクのカテゴリーで特徴付けられた（Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．１９９７；８９：２０７９－２０８８）。患者は、適格であるためにスプライシング変異を有することを要求されなかった。
【0145】
【表1】
【0146】
眼の安全性
化合物１と化学的に類似したプラジエノリド誘導体（Ｅ７１０７）の以前の第１相試験において治療された対象において、視力喪失が観察され（Ｆｏｌｃｏ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．２０１１；２５（５）：４４０－４４４；Ｈｏｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｖｅｓｔ Ｎｅｗ Ｄｒｕｇｓ．２０１４；３２（３）：４３６－４４４）、またマイナースプライシング因子ＰＲＰＦ８及び他の関連スプライシング因子の生殖細胞変異が網膜色素変性症に関連している（Ｇｒａｉｎｇｅｒ ａｎｄ Ｂｅｇｇｓ，ＲＮＡ．２００５；１１（５）：５３３－５５７）ことから、詳細な眼科学的安全計画を実施した。適格基準に、正常なビタミンＡレベル及び白内障が存在しない限り２０／４０に矯正された視力を含めた。眼科学的評価（眼底検査画像及び視覚誘発電位を含む）を、試験スクリーニング中及び試験期間を通して定期的に実施した。
化合物１と化学的に類似したプラジエノリド誘導体（Ｅ７１０７）の以前の第１相試験において治療された対象において、視力喪失が観察され（Ｆｏｌｃｏ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．２０１１；２５（５）：４４０－４４４；Ｈｏｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｉｎｖｅｓｔ Ｎｅｗ Ｄｒｕｇｓ．２０１４；３２（３）：４３６－４４４）、またマイナースプライシング因子ＰＲＰＦ８及び他の関連スプライシング因子の生殖細胞変異が網膜色素変性症に関連している（Ｇｒａｉｎｇｅｒ ａｎｄ Ｂｅｇｇｓ，ＲＮＡ．２００５；１１（５）：５３３－５５７）ことから、詳細な眼科学的安全計画を実施した。適格基準に、正常なビタミンＡレベル及び白内障が存在しない限り２０／４０に矯正された視力を含めた。眼科学的評価（眼底検査画像及び視覚誘発電位を含む）を、試験スクリーニング中及び試験期間を通して定期的に実施した。
【0147】
応答評価
臨床応答を、２００６年国際ワーキンググループ（ＩＷＧ）のＭＤＳ応答基準（Ｃｈｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２００６；１０８：４１９－４２５）、ＡＭＬのＩＷＧ２００３基準、並びに２０１５年国際コンソーシアム提案による骨髄異形成／骨髄増殖性腫瘍（ＭＤＳ／ＭＰＮ）及びＣＭＭＬの統一応答基準（Ｓａｖｏｎａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２０１５；１２５（１２）：１８５７－１８６５）により評価した末梢血採取、骨髄穿刺、骨髄生検、骨髄細胞遺伝学、及びフローサイトメトリーによる細胞組成を、スクリーニング時、並びにサイクル１、２、及び４の後に行った。サイクル４以降は、末梢血球数の変化に基づいて臨床的に必要とされる場合、又は完全奏効若しくは進行を確立するために必要に応じて、骨髄穿刺を実施した。疾患評価のために、独立した中央の確定及び解釈を実施した。
臨床応答を、２００６年国際ワーキンググループ（ＩＷＧ）のＭＤＳ応答基準（Ｃｈｅｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２００６；１０８：４１９－４２５）、ＡＭＬのＩＷＧ２００３基準、並びに２０１５年国際コンソーシアム提案による骨髄異形成／骨髄増殖性腫瘍（ＭＤＳ／ＭＰＮ）及びＣＭＭＬの統一応答基準（Ｓａｖｏｎａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ．２０１５；１２５（１２）：１８５７－１８６５）により評価した末梢血採取、骨髄穿刺、骨髄生検、骨髄細胞遺伝学、及びフローサイトメトリーによる細胞組成を、スクリーニング時、並びにサイクル１、２、及び４の後に行った。サイクル４以降は、末梢血球数の変化に基づいて臨床的に必要とされる場合、又は完全奏効若しくは進行を確立するために必要に応じて、骨髄穿刺を実施した。疾患評価のために、独立した中央の確定及び解釈を実施した。
【0148】
薬物動態、薬力学及びバイオマーカーの解析
ＰＫ分析のための血漿試料を、サイクル１の１日目及び４日目（投与前と、投与の０．５、１、２、４、６、８、１０及び２４時間後）、並びにサイクル１の１５日目の投与前と投与の４時間後に収集した。ＰＫ分析は、Ｐｈｏｅｎｉｘ（登録商標）ＷｉｎＮｏｎｌｉｎを用いて行った。薬力学及びバイオマーカーの分析のために、全患者においてサイクル１の１日目（投与前と、投与の１、２、４、１０及び２４時間後）に末梢血試料をＰＡＸｇｅｎ（登録商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡチューブ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）に採取した。Ｍａｘｗｅｌｌ（登録商標）ｓｉｍｐｌｙＲＮＡ Ｂｌｏｏｄキット（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）を用いてＲＮＡを抽出した。標的結合（すなわち、スプライシング調節）を、カスタマイズしたＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現パネル（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓｅａｔｔｌｅ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いて、投与後の時点での代表的なｍＲＮＡ前駆体と成熟ｍＲＮＡの相対発現、又は異常転写物とカノニカル転写物の相対発現を投与前との比較で評価することによって測定した。スプライシング変異分析のために、末梢血をＰＡＸｇｅｎｅ（登録商標）Ｂｌｏｏｄ ＤＮＡチューブ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）に採取した。ベースラインのスプライシング変異を、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｃ．（Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ、ＮＪ）によって中央で決定されたＦｏｃｕｓ：Ｍｙｅｌｏｉｄ（商標）次世代シーケンシング（ＮＧＳ）パネルを用いて同定した。前処理試料のバイオマーカー分析を、一元配置分散分析ＡＮＯＶＡ及びＭｅｄＣａｌｃ（登録商標）ソフトウェアを用いて行った。受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を、Ｈａｎｌｅｙ及びＭｃＮｅｉｌ（Ｒａｄｉｏｌｏｇｙ．１９８２；１４３（１）：２９－３６；Ｚｗｅｉｇ ａｎｄ Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ．１９９３；３９（４）：５６１－５７７も参照）によって記載された方法に従って実施した。
ＰＫ分析のための血漿試料を、サイクル１の１日目及び４日目（投与前と、投与の０．５、１、２、４、６、８、１０及び２４時間後）、並びにサイクル１の１５日目の投与前と投与の４時間後に収集した。ＰＫ分析は、Ｐｈｏｅｎｉｘ（登録商標）ＷｉｎＮｏｎｌｉｎを用いて行った。薬力学及びバイオマーカーの分析のために、全患者においてサイクル１の１日目（投与前と、投与の１、２、４、１０及び２４時間後）に末梢血試料をＰＡＸｇｅｎ（登録商標）Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡチューブ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）に採取した。Ｍａｘｗｅｌｌ（登録商標）ｓｉｍｐｌｙＲＮＡ Ｂｌｏｏｄキット（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ）を用いてＲＮＡを抽出した。標的結合（すなわち、スプライシング調節）を、カスタマイズしたＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒ遺伝子発現パネル（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓｅａｔｔｌｅ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ）を用いて、投与後の時点での代表的なｍＲＮＡ前駆体と成熟ｍＲＮＡの相対発現、又は異常転写物とカノニカル転写物の相対発現を投与前との比較で評価することによって測定した。スプライシング変異分析のために、末梢血をＰＡＸｇｅｎｅ（登録商標）Ｂｌｏｏｄ ＤＮＡチューブ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）に採取した。ベースラインのスプライシング変異を、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｉｎｃ．（Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ、ＮＪ）によって中央で決定されたＦｏｃｕｓ：Ｍｙｅｌｏｉｄ（商標）次世代シーケンシング（ＮＧＳ）パネルを用いて同定した。前処理試料のバイオマーカー分析を、一元配置分散分析ＡＮＯＶＡ及びＭｅｄＣａｌｃ（登録商標）ソフトウェアを用いて行った。受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を、Ｈａｎｌｅｙ及びＭｃＮｅｉｌ（Ｒａｄｉｏｌｏｇｙ．１９８２；１４３（１）：２９－３６；Ｚｗｅｉｇ ａｎｄ Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ．１９９３；３９（４）：５６１－５７７も参照）によって記載された方法に従って実施した。
【0149】
結果
登録患者
２０１６年１０月から２０１８年１２月の間に、米国及び欧州の２６の参加施設に計８４人の患者が登録された。登録患者のうち、６５人がスケジュールＩで、１９人がスケジュールＩＩで治療された。スケジュールＩＩの患者数が少なかったことは、スケジュールＩの７つの用量レベルが、臨床応答が観察されずに生じた後に、試験実施計画の改正としてこのスケジュールを後に追加したことを反映している。登録患者のベースライン特性を表２に要約する。登録患者のうち、３８人がＡＭＬ、４人がＣＭＭＬ、２０人がＩＰＳＳ高リスクＭＤＳ、２１人が低リスクＭＤＳであった。正常核型は２３人のＭＤＳ患者で観察され、染色体８トリソミー、７ｑ欠失、２０ｑ欠失及び５ｑ欠失は、それぞれ５人、４人、４人及び２人の患者で観察された。９人の患者に他の染色体異常が認められ、２人の患者に複雑な（３以上の異常）核型が認められた。１人のＭＤＳ患者については、核型決定が失敗したため、ＩＰＳＳを計算できなかった。骨髄異形成関連変化を伴うＡＭＬは、最も一般的なＡＭＬ診断であり（Ｎ＝２０）、芽球増加を伴う不応性貧血はＭＤＳであった（Ｎ＝２１）。ＣＭＭＬ１／ＣＭＭＬ２の診断は特定されなかった。以前のレジメンの数の中央値及び範囲は、ＡＭＬ患者、ＣＭＭＬ患者、及びＭＤＳ患者でそれぞれ２（１～９）、２（２～５）、及び２（１～４）であった。試験参加前の８週間に、合計６２人の患者が赤血球輸血依存性であると報告された。
登録患者
２０１６年１０月から２０１８年１２月の間に、米国及び欧州の２６の参加施設に計８４人の患者が登録された。登録患者のうち、６５人がスケジュールＩで、１９人がスケジュールＩＩで治療された。スケジュールＩＩの患者数が少なかったことは、スケジュールＩの７つの用量レベルが、臨床応答が観察されずに生じた後に、試験実施計画の改正としてこのスケジュールを後に追加したことを反映している。登録患者のベースライン特性を表２に要約する。登録患者のうち、３８人がＡＭＬ、４人がＣＭＭＬ、２０人がＩＰＳＳ高リスクＭＤＳ、２１人が低リスクＭＤＳであった。正常核型は２３人のＭＤＳ患者で観察され、染色体８トリソミー、７ｑ欠失、２０ｑ欠失及び５ｑ欠失は、それぞれ５人、４人、４人及び２人の患者で観察された。９人の患者に他の染色体異常が認められ、２人の患者に複雑な（３以上の異常）核型が認められた。１人のＭＤＳ患者については、核型決定が失敗したため、ＩＰＳＳを計算できなかった。骨髄異形成関連変化を伴うＡＭＬは、最も一般的なＡＭＬ診断であり（Ｎ＝２０）、芽球増加を伴う不応性貧血はＭＤＳであった（Ｎ＝２１）。ＣＭＭＬ１／ＣＭＭＬ２の診断は特定されなかった。以前のレジメンの数の中央値及び範囲は、ＡＭＬ患者、ＣＭＭＬ患者、及びＭＤＳ患者でそれぞれ２（１～９）、２（２～５）、及び２（１～４）であった。試験参加前の８週間に、合計６２人の患者が赤血球輸血依存性であると報告された。
【0150】
投与された用量レベルは、スケジュールＩで１～４０ｍｇの範囲、スケジュールＩＩで７～２０ｍｇの範囲であった。ＳＦ３Ｂ１変異低リスクＭＤＳの患者が７ｍｇの用量レベル（スケジュールＩ、５日間投与／９日間休薬スケジュール）での試験治療の最初の週の間に汎血球減少症及び骨髄形成不全を発症した後、低リスクＭＤＳ患者の登録が中断された。その後、ＡＭＬ、高リスクＭＤＳ、及びＣＭＭＬ患者のみが、試験の用量漸増部分に登録された。登録された患者のうち、８８％が、目的のスプライシング変異を有した（表２及び３）。
【0151】
【表2】
【0152】
【表3】
【0153】
薬物動態
予備的なＰＫ分析は、化合物１が迅速に吸収され、血漿曝露量が用量に比例して増加することを示した（図２）。非コンパートメント分析による主要なＰＫパラメータを表４に列挙する。両方のスケジュールで、同様の１サイクル当たりの最大累積投与量を評価した（スケジュールＩでは２８日サイクル当たり４００ｍｇ、スケジュールＩＩでは２８日サイクル当たり４２０ｍｇ）。化合物１の血漿ＰＫに対する共変量（体重及び性別を含む）の潜在的効果は、２つのスケジュールの各用量レベルに登録された患者の数が少なかったために評価しなかった。しかしながら、ＰＫパラメータの全体的な変動は、明らかな外れ値はなく、中程度であり、癌患者で通常観察される範囲内であった（表４）。クリアランス／バイオアベイラビリティに関する個体間変動を推定した予備集団ＰＫモデルは約３４％であり、潜在的な共変量効果があったとしてもそれはおそらく意味がないか、又は現在利用可能なデータでは意味のある共変量効果を特定するのに十分ではない可能性があることを示唆している。
予備的なＰＫ分析は、化合物１が迅速に吸収され、血漿曝露量が用量に比例して増加することを示した（図２）。非コンパートメント分析による主要なＰＫパラメータを表４に列挙する。両方のスケジュールで、同様の１サイクル当たりの最大累積投与量を評価した（スケジュールＩでは２８日サイクル当たり４００ｍｇ、スケジュールＩＩでは２８日サイクル当たり４２０ｍｇ）。化合物１の血漿ＰＫに対する共変量（体重及び性別を含む）の潜在的効果は、２つのスケジュールの各用量レベルに登録された患者の数が少なかったために評価しなかった。しかしながら、ＰＫパラメータの全体的な変動は、明らかな外れ値はなく、中程度であり、癌患者で通常観察される範囲内であった（表４）。クリアランス／バイオアベイラビリティに関する個体間変動を推定した予備集団ＰＫモデルは約３４％であり、潜在的な共変量効果があったとしてもそれはおそらく意味がないか、又は現在利用可能なデータでは意味のある共変量効果を特定するのに十分ではない可能性があることを示唆している。
【0154】
スケジュールＩ（試験した用量は１ｍｇ～４０ｍｇの範囲）では、治療に関連したＴＥＡＥ（全グレード）の発現率に明らかな用量依存性は認められなかった。これらの事象の発現率は、１用量レベル当たり、投与された被験者の４３％～１００％の範囲であった。併せた最も低い用量レベル（１、２、３．５及び５ｍｇ、Ｎ＝２５）では、被験者の７６％が治療関連ＴＥＡＥを報告した。試験した最も高い用量レベル（４０ｍｇ、Ｎ＝６）では、被験者の８３％が治療関連のＴＥＡＥを報告した。グレード３以上の治療関連ＴＥＡＥは、≧２ｍｇの用量で治療された対象において報告され、４０ｍｇで治療された６人の対象のうち３人がグレード３のＡＥを報告した。スケジュールＩＩ（７ｍｇ～２０ｍｇ）では、試験した最低用量レベルで治療した被験者の２０％に、また試験した最高用量レベルで治療した被験者の１００％に、治療関連のＡＥ（全グレード）が観察され、このことは２１日間投与／７日間休薬スケジュールでＡＥに用量依存性傾向があることを示唆している。グレード３以上の治療関連のＴＥＡＥは、スケジュールＩＩの用量レベル≧１２ｍｇで報告され、２０ｍｇで治療された４人の被験者のうち３人がグレード３のＡＥを報告した。
【0155】
登録された被験者の７３％が男性であったにもかかわらず、治療に関連したＡＥにおいて明らかな性差が観察されなかったため、化合物Ｉの忍容性に関する潜在的な性差の評価は限定的であり得る。治験薬との因果関係が否定できない治療に関連したＡＥ（全グレード）を報告した６３人の被験者のうち、４５人（７１％）が男性であり、グレード３の治療に関連したＡＥを報告した１２人の被験者のうち、９人（７５％）が男性であった。
【0156】
【表4】
【0157】
実施例２．化合物１で治療されたＭＤＳ患者のバイオマーカー定義サブセットにおける輸血非依存性のさらなる分析
実施例１に記載の試験からのデータのさらなる分析は、この実施例に記載されるように、以下のことを示した。
実施例１に記載の試験からのデータのさらなる分析は、この実施例に記載されるように、以下のことを示した。
【0158】
さらなる分析－登録患者
試験参加前の８週間に、合計６２人の患者が赤血球輸血依存性であると報告された。
試験参加前の８週間に、合計６２人の患者が赤血球輸血依存性であると報告された。
【0159】
さらなる分析－有害事象及び用量制限毒性
スケジュールＩで治療された患者における最も一般的な治療関連の、治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ、治験責任医師による判断、頻度≧１０％）は、下痢（４２％）、悪心（２８％）、倦怠感（１７％）及び嘔吐（１４％）であった（表５）。スケジュールＩＩで治療された患者における最も一般的な治療関連ＴＥＡＥは、下痢（４２％）、嘔吐（２１％）、ＱＴｃＦ（Ｆｒｉｄｅｒｉｃｉａ法）延長（１６％）、悪心（１６％）、味覚異常（１１％）、倦怠感（１１％）、及び低リン酸血症（１１％）であった（表５）。表６は、最も一般的なグレード３及び４の事象をまとめたものである。グレード３の眼球浮腫の１事象が報告されたが、視力の低下はなかった。
スケジュールＩで治療された患者における最も一般的な治療関連の、治療下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ、治験責任医師による判断、頻度≧１０％）は、下痢（４２％）、悪心（２８％）、倦怠感（１７％）及び嘔吐（１４％）であった（表５）。スケジュールＩＩで治療された患者における最も一般的な治療関連ＴＥＡＥは、下痢（４２％）、嘔吐（２１％）、ＱＴｃＦ（Ｆｒｉｄｅｒｉｃｉａ法）延長（１６％）、悪心（１６％）、味覚異常（１１％）、倦怠感（１１％）、及び低リン酸血症（１１％）であった（表５）。表６は、最も一般的なグレード３及び４の事象をまとめたものである。グレード３の眼球浮腫の１事象が報告されたが、視力の低下はなかった。
【0160】
全体として、６人の患者がＤＬＴとして特徴付けられるＡＥを経験した。スケジュールＩでは、低リスクＭＤＳ及びＳＦ３Ｂ１変異を有する１人の患者が７ｍｇ用量レベルで骨髄形成不全を発症し、４０ｍｇ用量レベルで６人の患者のうち２人が治験責任医師によって、＞５００ミリ秒のＱＴｃＦ延長を有すると評価された。スケジュールＩＩでは、１４ｍｇ用量レベルで治療された５人の患者のうち１人がグレード３の洞性徐脈を経験し、２０ｍｇ用量レベルで治療された４人の患者のうち２人がＤＬＴを経験し、一方にグレード３のＱＴｃ延長があり、他方にグレード３の悪心があり、これは速やかに回復しなかった。これらの結果に基づいて、スケジュールＩの４０ｍｇ及びスケジュールＩＩの２０ｍｇはＤＬＴ閾値を超えているようであり、当初、ＭＴＤをスケジュールＩで３０ｍｇ（２８日サイクルで累積用量３００ｍｇの化合物Ｉ）及びスケジュールＩＩで１４ｍｇ（２８日サイクルで２９４ｍｇの化合物Ｉ）として定義し、さらなる用量漸増を中止した。その後、化合物Ｉによる心血管作用の可能性をより理解するために、患者ＥＣＧのアドホックの独立した心臓学的審査を行った。この独立した審査により、スケジュールＩでは４０ｍｇ、スケジュールＩＩでは２０ｍｇでＤＬＴとして報告されたＱＴｃ延長事象の２例は確認できず、４０ｍｇでの追加事象は併用薬に関連する可能性があると報告された。その結果、最大耐量（ＭＴＤ）はスケジュールＩでもスケジュールＩＩでも正式に確認されなかったが、データの全体性を考慮して、推奨される化合物１のＱＤ用量は、スケジュールＩで１日当たり３０ｍｇ、スケジュールＩＩで１日当たり１４ｍｇと定義された。
【0161】
【表5】
【0162】
【表6】
【0163】
さらなる分析－治療期間
患者は、１２～１１６２日間治療を続けた。２７人の患者（３２％）が１８０日を超える治療時間、１８％は１年を超える治療時間、及び２％は２年を超える治療時間を有した（図１Ａ～１Ｃ）。低リスクＭＤＳの治療期間中央値は３２．２週、高リスクＭＤＳ／ＣＭＭＬの治療期間中央値は１３．０週、ＡＭＬの治療期間中央値は８．０週であり、各疾患の自然経過を反映していた。
患者は、１２～１１６２日間治療を続けた。２７人の患者（３２％）が１８０日を超える治療時間、１８％は１年を超える治療時間、及び２％は２年を超える治療時間を有した（図１Ａ～１Ｃ）。低リスクＭＤＳの治療期間中央値は３２．２週、高リスクＭＤＳ／ＣＭＭＬの治療期間中央値は１３．０週、ＡＭＬの治療期間中央値は８．０週であり、各疾患の自然経過を反映していた。
【0164】
さらなる分析－臨床応答
２００６ ＩＷＧ基準を満たす完全奏効又は部分奏効は観察されなかった。ＭＤＳ／ＭＰＮ基準に基づいて、ＣＭＭＬの診断を受けた４人の被験者において、１人の完全な細胞遺伝学的寛解及び１人の臨床的利益（血小板応答）が報告された。残りの２人のＣＭＭＬ被験者では、応答は観察されなかった。さらに、２０２０年４月現在、ＩＷＧ基準２９（表７）により試験参加時に輸血依存性であった患者６２人中の９人（１５％）において、１～６回の５６日を超えるＲＢＣ輸血なしの期間が報告されている。これらの患者はいずれも、ベースライン時のヘモグロビンが９．１ｇ／ｄＬであった１人を除いて、赤血球の血液学的改善の応答についてＩＷＧ基準を満たした。全員がスケジュールＩ内に化合物１を受けた。９人の患者のうち８人は、試験の１～２４週目に開始された最初のＲＢＣ ＴＩを有した。ＲＢＣ ＴＩの９例のうち、１例はＣＭＭＬ被験者（２５％）で、８例はＭＤＳ被験者（１９％）で観察された。ＣＭＭＬ患者はまた、２１週間の血小板輸血非依存期間を経験した。９人の患者のうち４人は、７ｍｇ用量でＲＢＣ ＴＩを経験した。ＲＢＣ ＴＩの期間中央値は１３週間であった。ＲＢＣ ＴＩが生ずるまでの期間の中央値は１５週間であった。さらに２人の患者（ＡＭＬ １人、ＭＤＳ １人）が５６日を超えるＲＢＣ ＴＩ期間を経験したが、試験参加前の輸血依存は確認できなかった。ＲＢＣ ＴＩを伴わない２２週間の血小板輸血非依存の１例が、スケジュールＩＩの７ｍｇ用量を受けた高リスクＭＤＳ患者でも観察された。
２００６ ＩＷＧ基準を満たす完全奏効又は部分奏効は観察されなかった。ＭＤＳ／ＭＰＮ基準に基づいて、ＣＭＭＬの診断を受けた４人の被験者において、１人の完全な細胞遺伝学的寛解及び１人の臨床的利益（血小板応答）が報告された。残りの２人のＣＭＭＬ被験者では、応答は観察されなかった。さらに、２０２０年４月現在、ＩＷＧ基準２９（表７）により試験参加時に輸血依存性であった患者６２人中の９人（１５％）において、１～６回の５６日を超えるＲＢＣ輸血なしの期間が報告されている。これらの患者はいずれも、ベースライン時のヘモグロビンが９．１ｇ／ｄＬであった１人を除いて、赤血球の血液学的改善の応答についてＩＷＧ基準を満たした。全員がスケジュールＩ内に化合物１を受けた。９人の患者のうち８人は、試験の１～２４週目に開始された最初のＲＢＣ ＴＩを有した。ＲＢＣ ＴＩの９例のうち、１例はＣＭＭＬ被験者（２５％）で、８例はＭＤＳ被験者（１９％）で観察された。ＣＭＭＬ患者はまた、２１週間の血小板輸血非依存期間を経験した。９人の患者のうち４人は、７ｍｇ用量でＲＢＣ ＴＩを経験した。ＲＢＣ ＴＩの期間中央値は１３週間であった。ＲＢＣ ＴＩが生ずるまでの期間の中央値は１５週間であった。さらに２人の患者（ＡＭＬ １人、ＭＤＳ １人）が５６日を超えるＲＢＣ ＴＩ期間を経験したが、試験参加前の輸血依存は確認できなかった。ＲＢＣ ＴＩを伴わない２２週間の血小板輸血非依存の１例が、スケジュールＩＩの７ｍｇ用量を受けた高リスクＭＤＳ患者でも観察された。
【0165】
【表7】
【0166】
【表8】
【0167】
さらなる分析－バイオマーカー
スプライソソームタンパク質（ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１及びＺＲＳＲ２）に関する変異データを、複製試料の２つのＮＧＳパネルを用いて、ＰＢＭＣから生成した（図１Ａ～Ｃ）。ＳＦ３Ｂ１変異は、ＭＤＳ患者（４１人の患者中１５のミスセンス変異、３６．６％）、特に低リスクＭＤＳ患者（５７％）において最も一般的な変異であった（図４）。ＳＦ３Ｂ１変異はまた、ＡＭＬ患者３８人中５人（１３％）で観察され、ＣＭＭＬ患者４人では観察されなかった。ミスセンスＳＦ３Ｂ１変異を有する患者のサブセットについての患者特性の一覧を表８に示す。ＲＢＣ ＴＩ事象を経験した全ての患者におけるクローン性変化を決定するための試験治療におけるＰＢＭＣのサンプリングは不十分であった。試験参加時にミスセンスＳＦ３Ｂ１変異を有する２０人の患者のうち、５人（２５％）がＲＢＣ ＴＩ事象を経験した。ＲＢＣ ＴＩ期間を有する患者のうちの３人は、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ＲＡＲＳ）、１人は芽球増加を伴う不応性貧血、１人は血小板増加を伴うＲＡＲＳと診断された。ＳＦ３Ｂ１変異を有しＡＭＬと診断された４人の患者では、ＲＢＣ ＴＩ期間は観察されなかった。
スプライソソームタンパク質（ＳＦ３Ｂ１、ＳＲＳＦ２、Ｕ２ＡＦ１及びＺＲＳＲ２）に関する変異データを、複製試料の２つのＮＧＳパネルを用いて、ＰＢＭＣから生成した（図１Ａ～Ｃ）。ＳＦ３Ｂ１変異は、ＭＤＳ患者（４１人の患者中１５のミスセンス変異、３６．６％）、特に低リスクＭＤＳ患者（５７％）において最も一般的な変異であった（図４）。ＳＦ３Ｂ１変異はまた、ＡＭＬ患者３８人中５人（１３％）で観察され、ＣＭＭＬ患者４人では観察されなかった。ミスセンスＳＦ３Ｂ１変異を有する患者のサブセットについての患者特性の一覧を表８に示す。ＲＢＣ ＴＩ事象を経験した全ての患者におけるクローン性変化を決定するための試験治療におけるＰＢＭＣのサンプリングは不十分であった。試験参加時にミスセンスＳＦ３Ｂ１変異を有する２０人の患者のうち、５人（２５％）がＲＢＣ ＴＩ事象を経験した。ＲＢＣ ＴＩ期間を有する患者のうちの３人は、環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ＲＡＲＳ）、１人は芽球増加を伴う不応性貧血、１人は血小板増加を伴うＲＡＲＳと診断された。ＳＦ３Ｂ１変異を有しＡＭＬと診断された４人の患者では、ＲＢＣ ＴＩ期間は観察されなかった。
【0168】
化合物Ｉ治療におけるＲＢＣ ＴＩ期間はまた、ＳＦ３Ｂ１変異のない患者において観察され（図７）、このことは、野生型ＳＦ３Ｂ１蛋白質によるスプライシングの調節がまた一部の患者におけるこの薬剤の作用機序に役割を果たしており、さらなる研究に値することを示唆している。興味深いことに、ＳＦ３Ｂ１変異を有する患者は、ＳＦ３Ｂ１野生型状態を有する患者よりも低用量でＲＢＣ ＴＩを経験したようであった（図７）。
【0169】
ＡＢＣＢ７発現（治療前）とＳＦ３Ｂ１変異状態との間の関係は、ＲＴ－ＰＣＲにより測定されるように、ＳＦ３Ｂ１変異を有する患者でＡＢＣＢ７発現が低いことを示唆した（図８Ａ）。さらに、ＡＢＣＢ７発現（治療前）と、化合物１による治療中又は治療の追跡中のＲＢＣ ＴＩの発生率との関係は、ＡＢＣＢ７発現が低い患者では高いＲＢＣ ＴＩの発生率が高いことを示唆した（図８Ｂ）。
【0170】
ＳＦ３Ｂ１の変異は、ミトコンドリアにおけるヘム生合成及び鉄蓄積の欠陥を特徴とする、環状鉄芽球表現型と関連している。ヘム生合成及び鉄代謝に関与する３つの遺伝子、ＡＢＣＢ７、ＰＰＯＸ及びＴＭＥＭ１４Ｃが、ＳＦ３Ｂ１が変異したＭＤＳ患者において反復的に異常にスプライシングされる（Ｓｈｉｏｚａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．２０１８；９：３６４９）。ＰＰＯＸは、ＴＭＥＭ１４Ｃと協働してポルフィリンのミトコンドリア輸送を促進する。ＡＢＣＢ７又はＰＰＯＸの調節は化合物Ｉによって誘導されるＲＢＣ ＴＩに寄与する可能性があり、今後の研究で調ベる必要がある。
【0171】
【表9】
【0172】
薬力学的評価のためのＰＢＭＣ試料を、ＭＤＳ患者からの２６の治療前試料を含む、８４人の患者のうちの５９人から採取し、遺伝子発現データをＮａｎｏＳｔｒｉｎｇプローブを用いて生成した。合計６１個のスプライシングマーカーを調べた（表９）。投与後のスプライシングマーカーの一般的な調節を観察した（図５）。５６日を超えるＲＢＣ ＴＩを経験した７人の患者は、利用可能な遺伝子発現データを有していた。ＴＭＥＭ１４Ｃをコードする遺伝子の治療前の異常スプライシングジャンクション（ＡＪ）転写物の増加及び治療前のカノニカルスプライシングジャンクション（ＣＪ）転写物の減少の傾向が、ＲＢＣ ＴＩを経験したＭＤＳ患者において観察された（図３Ａ）。ＲＯＣ曲線分析は、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪの治療前比がＭＤＳ患者の化合物Ｉ治療におけるＲＢＣ ＴＩの発生を予測することを示した。関連基準＞４．０１に対する最適Ｙｏｕｄｅｎ指数Ｊ＝０．７３３であり、感度８３．３％及び特異性９０％であった。７人のＭＤＳ患者（ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ＞４．０１、図３Ｂ）のうち５人が化合物ＩによるＲＢＣ ＴＩ事象を経験した（７１％）。ＳＦ３Ｂ１変異は、彼らのうちの１人を除き検出された（図３Ｂ）。化合物Ｉの投与によるＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪ／ＣＪ比のダウンレギュレーションもまた、ＲＢＣ ＴＩを経験した患者において観察された（２～１０時間で最下点を示した）（図３Ｃ）。これらの知見の潜在的関連性のために、ＴＭＥＭ１４Ｃの異常転写物及びカノニカル転写物の定量化を、ＲＴ－ｑＰＣＲを使用して、残りの試験試料で繰り返した（Ｎ＝２０、ＲＢＣ ＴＩを経験した４人の患者を含む）。追加の時点もこれらの実験に含めた（サイクル１の４日目）。ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪの治療前発現は、化合物Ｉによる治療でＲＢＣ ＴＩを経験した患者からのサイクル１の１日目のＰＢＭＣ試料において高かった（図６）。同様に、ＴＭＥＭ１４Ｃ ＡＪの治療前発現は、これらの患者からのサイクル１の４日目の試料においても高かった（図６）。
【0173】
選択された配列：
【0174】
ＴＭＥＭ１４Ｃのカノニカル配列（配列番号１）
ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＴＧＣＡＧＧＣＣＴＧＧＧＧＴＡＧＴＣＴ
ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＴＧＣＡＧＧＣＣＴＧＧＧＧＴＡＧＴＣＴ
【0175】
ＴＭＥＭ１４Ｃの異常配列（配列番号２）
ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＣＴＴＧＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＡＧ
ＣＣＧＧＧＧＣＣＴＴＣＧＴＧＡＧＡＣＣＧＣＴＴＧＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＧＴＧＣＡＧ
【0176】
ヒトＳＦ３Ｂ１－アミノ酸配列（配列番号３）
【化4】
【0177】
ヒトＳＦ３Ｂ１－核酸配列（配列番号４）
【化5】
【化6】
【化7】
【0178】
ＴＭＥＭ１４Ｃ－カノニカル及び異常スプライシング部位（配列番号５）
【化8】
【0179】
ＡＢＣＢ７－カノニカル及び異常スプライシング部位（配列番号６）
【化9】
【0180】
ＡＢＣＢ７－フォワードプライマー配列（配列番号７）
ＡＡＴＧＡＡＣＡＡＡＧＣＡＧＡＴＡＡＴＧＡＴＧＣＡＧＧ
ＡＡＴＧＡＡＣＡＡＡＧＣＡＧＡＴＡＡＴＧＡＴＧＣＡＧＧ
【0181】
ＡＢＣＢ７－リバースプライマー配列（配列番号８）
ＴＣＣＣＴＧＡＣＴＧＧＣＧＡＧＣＡＣＣＡＴＴＡ
ＴＣＣＣＴＧＡＣＴＧＧＣＧＡＧＣＡＣＣＡＴＴＡ
【0182】
ＰＰＯＸ－フォワードプライマー配列（配列番号９）
ＧＧＣＣＣＴＡＡＴＧＧＴＧＣＴＡＴＣＴＴＴＧ
ＧＧＣＣＣＴＡＡＴＧＧＴＧＣＴＡＴＣＴＴＴＧ
【0183】
ＰＰＯＸ－リバースプライマー配列（配列番号１０）
ＣＴＴＣＴＧＡＡＴＣＣＡＡＧＣＣＡＡＧＣＴＣ
ＣＴＴＣＴＧＡＡＴＣＣＡＡＧＣＣＡＡＧＣＴＣ
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【配列表】
【国際調査報告】