▶ アペリス・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-01-09
(54)【発明の名称】補体のゲノム編集
(51)【国際特許分類】
A61K 38/46 20060101AFI20231226BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20231226BHJP
A61P 1/16 20060101ALI20231226BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20231226BHJP
A61P 37/02 20060101ALI20231226BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20231226BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20231226BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20231226BHJP
【ＦＩ】
A61K38/46
A61K48/00
A61P1/16
A61P43/00 111
A61P43/00 105
A61P37/02
A61K31/7105
A61P43/00 121
A61K35/76
C12N5/10 ZNA
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023535518
(86)(22)【出願日】2021-12-10
(85)【翻訳文提出日】2023-08-03
(86)【国際出願番号】 US2021062896
(87)【国際公開番号】W WO2022125955
(87)【国際公開日】2022-06-16
(31)【優先権主張番号】63/124,009
(32)【優先日】2020-12-10
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】513283268
【氏名又は名称】アペリス・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド
【氏名又は名称原語表記】ＡＰＥＬＬＩＳ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ，ＩＮＣ．
(74)【代理人】
【識別番号】100145403
【弁理士】
【氏名又は名称】山尾 憲人
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】バーバー，タラ
(72)【発明者】
【氏名】デシャテレッツ，パスカル
(72)【発明者】
【氏名】シャイブラー，ルーカス
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C086
4C087
【Ｆターム（参考）】
4B065AA90X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA44
4C084AA13
4C084DC22
4C084DC29
4C084MA02
4C084NA05
4C084NA13
4C084ZA75
4C084ZB07
4C084ZB21
4C084ZC01
4C084ZC41
4C084ZC75
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA02
4C086MA04
4C086NA05
4C086NA13
4C086ZA75
4C086ZB07
4C086ZB21
4C086ZC01
4C086ZC41
4C086ZC75
4C087AA01
4C087AA02
4C087BC83
4C087CA12
4C087NA05
4C087NA13
4C087ZA75
4C087ZB07
4C087ZB21
4C087ZC01
4C087ZC41
4C087ZC75
(57)【要約】
補体タンパク質、例えばＣ３をコードする遺伝子のゲノム編集のための方法、システム、及び組成物が開示される。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象を治療する方法であって、対象の細胞に、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、
（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を投与することを含み、
前記投与する工程の後、前記細胞及び／または前記対象が、コントロールと比較して低下した（約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下した）Ｃ３タンパク質の発現及び／または活性を示す、前記方法。
【請求項2】
前記ヒトＣ３遺伝子の前記一部が、配列番号１のエクソン内のヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記ヒトＣ３遺伝子の前記一部が、配列番号１のイントロン内のヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項4】
前記ｇＲＮＡが、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項5】
前記投与する工程の後、前記ヒトＣ３遺伝子が、野生型ヒトＣ３遺伝子と比較して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において、ＣからＴへ、ＧからＡへ、ＴからＣへ、またはＡからＧへの塩基編集を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項6】
前記投与する工程の後、前記ヒトＣ３遺伝子が、野生型ヒトＣ３遺伝子と比較して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において非終止コドンから終止コドンへの塩基編集を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項7】
Ｃ３タンパク質の活性の低下が、チオエステルドメイン活性の低下を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
前記投与する工程の後、前記細胞または前記対象が変異体Ｃ３タンパク質を発現し、Ｃ３コンバターゼによる前記変異体Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度が、前記Ｃ３コンバターゼによる野生型Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度と比較して低下する（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下する）、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項9】
前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼが、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓエンドヌクレアーゼである、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼが、ニッカーゼである、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項11】
前記ニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼである、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記デアミナーゼが、アポリポタンパク質Ｂ ｍＲＮＡ編集複合体（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーのデアミナーゼに由来するデアミナーゼである、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記ＡＰＯＢＥＣファミリーのデアミナーゼが、ＡＰＯＢＥＣ１デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ２デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ａデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｂデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｄデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇデアミナーゼ、及びＡＰＯＢＥＣ３Ｈデアミナーゼからなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を投与することを含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項15】
前記塩基エディターをコードする前記ヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
前記ｇＲＮＡを含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項17】
前記塩基エディターをコードし、前記ｇＲＮＡを含む前記ヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項18】
前記塩基エディター及び前記ｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を投与することを含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項19】
前記対象が、補体媒介性疾患を有するかまたは補体媒介性疾患に罹患している、請求項１～１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項20】
細胞内のヒトＣ３遺伝子を編集する方法であって、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、
（ｉｉ）前記ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を細胞に接触させること、または対象に投与することを含み、
前記接触させる工程または投与する工程の後、前記細胞が、少なくとも１つのゲノム編集を含むヒトＣ３遺伝子を含む、前記方法。
【請求項21】
前記投与する工程の後、前記細胞及び／または前記対象が、コントロールと比較して低下した（約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下した）Ｃ３タンパク質の発現及び／または活性を示す、請求項２０に記載の方法。
【請求項22】
前記ヒトＣ３遺伝子の前記一部が、配列番号１のエクソン内のヌクレオチド配列を含む、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項23】
前記ヒトＣ３遺伝子の前記一部が、配列番号１のイントロン内のヌクレオチド配列を含む、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項24】
前記ｇＲＮＡが、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする、請求項２０～２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項25】
前記投与する工程の後、前記ヒトＣ３遺伝子が、野生型ヒトＣ３遺伝子と比較して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において、ＣからＴへ、ＧからＡへ、ＴからＣへ、またはＡからＧへの塩基編集を含む、請求項２０～２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項26】
前記投与する工程の後、前記ヒトＣ３遺伝子が、野生型ヒトＣ３遺伝子と比較して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において非終止コドンから終止コドンへの塩基編集を含む、請求項２０～２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項27】
Ｃ３タンパク質の活性の低下が、チオエステルドメイン活性の低下を含む、請求項２０～２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項28】
前記投与する工程の後、前記細胞または前記対象が変異体Ｃ３タンパク質を発現し、Ｃ３コンバターゼによる前記変異体Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度が、前記Ｃ３コンバターゼによる野生型Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度と比較して低下する（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下する）、請求項２０～２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項29】
前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼが、ヌクレアーゼ不活性Ｃａｓエンドヌクレアーゼである、請求項２０～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項30】
前記Ｃａｓエンドヌクレアーゼが、ニッカーゼである、請求項２０～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項31】
前記ニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼである、請求項３０に記載の方法。
【請求項32】
前記デアミナーゼが、アポリポタンパク質ＢのｍＲＮＡ編集複合体（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーのデアミナーゼに由来するデアミナーゼである、請求項２０～３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項33】
前記ＡＰＯＢＥＣファミリーのデアミナーゼが、ＡＰＯＢＥＣ１デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ２デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ａデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｂデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｄデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇデアミナーゼ、及びＡＰＯＢＥＣ３Ｈデアミナーゼからなる群から選択される、請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を投与することを含む、請求項２０～３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項35】
前記塩基エディターをコードする前記ヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項36】
前記ｇＲＮＡを含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項２０～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項37】
前記塩基エディターをコードし、前記ｇＲＮＡを含む前記ヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む、請求項３５または３６に記載の方法。
【請求項38】
前記塩基エディター及び前記ｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を投与することを含む、請求項２０～３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項39】
前記対象が、補体媒介性疾患を有するかまたは補体媒介性疾患に罹患している、請求項２０～３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項40】
（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を含む、組成物。
【請求項41】
前記ｇＲＮＡが、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする、請求項４０に記載の組成物。
【請求項42】
請求項４０または４１に記載の組成物を含む細胞。
【請求項43】
請求項４２に記載の細胞の子孫細胞。
【請求項44】
対象における補体活性化をコントロールと比較して低下させる（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下させる）方法であって、請求項４０または４１に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項45】
前記細胞が肝細胞である、請求項１～３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項46】
前記細胞が肝細胞である、請求項４２または４３に記載の細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年１２月１０日に出願された米国仮出願第６３／１２４，００９号の利益を主張するものであり、本明細書に参照によりその全容を援用するものである。
本出願は、２０２０年１２月１０日に出願された米国仮出願第６３／１２４，００９号の利益を主張するものであり、本明細書に参照によりその全容を援用するものである。
【背景技術】
【0002】
補体は、自然免疫と獲得免疫の両方で重要な役割を果たす、３０を超える血漿タンパク質及び細胞結合タンパク質からなるシステムである。補体系のタンパク質は、様々なタンパク質相互作用及び切断イベントによって一連の酵素カスケードで作用する。補体活性化は、抗体依存性古典経路、別経路、マンノース結合レクチン（ＭＢＬ）経路という３つの主要な経路を介して生じる。不適切なまたは過剰な補体活性化は、多くの重篤な疾患及び状態の根本的な原因または寄与因子であり、過去数十年にわたり、治療薬としての様々な補体阻害剤の探索に多大な努力が払われてきた。
【発明の概要】
【0003】
一態様では、本開示は、対象を治療する方法であって、対象に、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の部分に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を投与することを含み、投与する工程の後、細胞及び／または対象が、コントロールと比較して、Ｃ３タンパク質の発現及び／または活性の低下（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の低下）を示す、方法に関する。
【0004】
いくつかの実施形態では、ヒトＣ３遺伝子の一部は、配列番号１のエクソン内のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ヒトＣ３遺伝子の一部は、配列番号１のイントロン内のヌクレオチド配列を含む。
【0005】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置に塩基エディターをターゲティングする。いくつかの実施形態では、投与する工程の後、ヒトＣ３遺伝子は、野生型ヒトＣ３遺伝子に対して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において、ＣからＴへ、ＧからＡへ、ＴからＣへ、またはＡからＧへの塩基編集を含む。いくつかの実施形態では、投与する工程の後、ヒトＣ３遺伝子は、野生型ヒトＣ３遺伝子に対して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において非終止コドンから終止コドンへのゲノム編集を含む。
【0006】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質の活性の低下は、チオエステルドメイン活性の低下を含む。
【0007】
いくつかの実施形態では、投与する工程の後、細胞または対象は変異体Ｃ３タンパク質を発現し、Ｃ３コンバターゼによる変異体Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度は、Ｃ３コンバターゼによる野生型Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度と比較して低下する（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下する）。
【0008】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼはヌクレアーゼ不活性Ｃａｓエンドヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼはニッカーゼである。いくつかの実施形態では、ニッカーゼはＣａｓ９ニッカーゼである。
【0009】
いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、アポリポタンパク質Ｂ ｍＲＮＡ編集複合体（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーのデアミナーゼに由来するデアミナーゼである。いくつかの実施形態では、ＡＰＯＢＥＣファミリーデアミナーゼは、ＡＰＯＢＥＣ１デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ２デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ａデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｂデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｄデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇデアミナーゼ、及びＡＰＯＢＥＣ３Ｈデアミナーゼからなる群から選択される。
【0010】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0011】
いくつかの実施形態では、方法は、ｇＲＮＡを含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0012】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードし、ｇＲＮＡを含むヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0013】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディター及びｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を投与することを含む。
【0014】
いくつかの実施形態では、対象は、補体媒介性疾患を患っているか、補体媒介性疾患に罹患しているか、または補体媒介性疾患を発症するリスクがある。
【0015】
別の態様では、本開示は、細胞内のヒトＣ３遺伝子を編集する方法であって、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を細胞に接触させること、または対象に投与することを含み、
接触させる工程または投与する工程の後、細胞が、少なくとも１つのゲノム編集を含むヒトＣ３遺伝子を含む、方法に関する。
接触させる工程または投与する工程の後、細胞が、少なくとも１つのゲノム編集を含むヒトＣ３遺伝子を含む、方法に関する。
【0016】
いくつかの実施形態では、投与する工程の後、細胞及び／または対象が、コントロールと比較して低下した（約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下した）Ｃ３タンパク質の発現及び／または活性を示す。
【0017】
いくつかの実施形態では、ヒトＣ３遺伝子の一部は、配列番号１のエクソン内のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ヒトＣ３遺伝子の一部は、配列番号１のイントロン内のヌクレオチド配列を含む。
【0018】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置に塩基エディターをターゲティングする。いくつかの実施形態では、投与する工程の後、ヒトＣ３遺伝子は、野生型ヒトＣ３遺伝子に対して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において、ＣからＴへ、ＧからＡへ、ＴからＣへ、またはＡからＧへの塩基編集を含む。いくつかの実施形態では、投与する工程の後、ヒトＣ３遺伝子は、野生型ヒトＣ３遺伝子に対して、表２、３、または４に記載される１つ以上の塩基位置において非終止コドンから終止コドンへのゲノム編集を含む。
【0019】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質の活性の低下は、チオエステルドメイン活性の低下を含む。いくつかの実施形態では、投与する工程の後、細胞または対象は変異体Ｃ３タンパク質を発現し、Ｃ３コンバターゼによる変異体Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度は、Ｃ３コンバターゼによる野生型Ｃ３タンパク質の切断のレベルまたは速度と比較して低下する（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下する）。
【0020】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼはヌクレアーゼ不活性Ｃａｓエンドヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼはニッカーゼである。いくつかの実施形態では、ニッカーゼはＣａｓ９ニッカーゼである。
【0021】
いくつかの実施形態では、デアミナーゼは、アポリポタンパク質Ｂ ｍＲＮＡ編集複合体（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーのデアミナーゼに由来するデアミナーゼである。いくつかの実施形態では、ＡＰＯＢＥＣファミリーデアミナーゼは、ＡＰＯＢＥＣ１デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ２デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ａデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｂデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｄデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇデアミナーゼ、及びＡＰＯＢＥＣ３Ｈデアミナーゼからなる群から選択される。
【0022】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードするヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0023】
いくつかの実施形態では、方法は、ｇＲＮＡを含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0024】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディターをコードし、ｇＲＮＡを含むヌクレオチド配列を含むウイルスベクターを投与することを含む。
【0025】
いくつかの実施形態では、方法は、塩基エディター及びｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体を投与することを含む。
【0026】
いくつかの実施形態では、対象は、補体媒介性疾患を患っているか、補体媒介性疾患に罹患しているか、または補体媒介性疾患を発症するリスクがある。
【0027】
別の態様では、本開示は、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を含む、組成物に関する。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする。
【0028】
別の態様では、本開示は、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えば、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を含む組成物を含む細胞、またはかかる細胞の子孫に関する。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする。
【0029】
別の態様では、本開示は、対象における補体活性化をコントロールと比較して低下させる（例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％低下させる）方法であって、（ｉ）エンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ）とデアミナーゼとを含む融合タンパク質を含む塩基エディターと、（ｉｉ）ヒトＣ３遺伝子の一部に相補的なヌクレオチド配列を含むターゲティングドメインを含むｇＲＮＡ（例えばシングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ））と、を含む組成物を対象に投与することを含む、方法に関する。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表２、３、または４に記載の１つ以上の塩基位置に対して前記塩基エディターをターゲティングする。
【0030】
本明細書に記載される態様のいずれかのいくつかの実施形態では、細胞は肝細胞である。
【0031】
定義
補体成分：本明細書で使用される場合、「補体成分」または「補体タンパク質」という用語は、補体系の活性化に関与するか、または１つ以上補体媒介活性に関与する分子である。古典的補体経路の構成要素としては、例えば、Ｃ１ｑ、Ｃ１ｒ、Ｃ１ｓ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９、及び膜侵襲複合体（ＭＡＣ）とも呼ばれるＣ５ｂ－９複合体、ならびに前述のいずれかの活性断片または酵素的切断産物（例えば、Ｃ３ａ、Ｃ３ｂ、Ｃ４ａ、Ｃ４ｂ、Ｃ５ａなど）が挙げられる。代替経路の構成要素としては、例えば、因子Ｂ、Ｄ、Ｈ、及びＩ、及びプロペルジンが挙げられ、因子Ｈは経路の負の調節因子である。レクチン経路の構成要素としては、例えば、ＭＢＬ２、ＭＡＳＰ－１、及びＭＡＳＰ－２が挙げられる。補体成分としては、可溶性補体成分の細胞結合受容体も挙げられる。このような受容体としては、例えば、Ｃ５ａ受容体（Ｃ５ａＲ）、Ｃ３ａ受容体（Ｃ３ａＲ）、補体受容体１（ＣＲ１）、補体受容体２（ＣＲ２）、補体受容体３（ＣＲ３）などが挙げられる。「補体成分」という用語は、補体活性化の「トリガー」として機能する分子及び分子構造、例えば、抗原－抗体複合体、微生物または人工表面に見られる外来構造などを含むことを意図していない。
補体成分：本明細書で使用される場合、「補体成分」または「補体タンパク質」という用語は、補体系の活性化に関与するか、または１つ以上補体媒介活性に関与する分子である。古典的補体経路の構成要素としては、例えば、Ｃ１ｑ、Ｃ１ｒ、Ｃ１ｓ、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ６、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９、及び膜侵襲複合体（ＭＡＣ）とも呼ばれるＣ５ｂ－９複合体、ならびに前述のいずれかの活性断片または酵素的切断産物（例えば、Ｃ３ａ、Ｃ３ｂ、Ｃ４ａ、Ｃ４ｂ、Ｃ５ａなど）が挙げられる。代替経路の構成要素としては、例えば、因子Ｂ、Ｄ、Ｈ、及びＩ、及びプロペルジンが挙げられ、因子Ｈは経路の負の調節因子である。レクチン経路の構成要素としては、例えば、ＭＢＬ２、ＭＡＳＰ－１、及びＭＡＳＰ－２が挙げられる。補体成分としては、可溶性補体成分の細胞結合受容体も挙げられる。このような受容体としては、例えば、Ｃ５ａ受容体（Ｃ５ａＲ）、Ｃ３ａ受容体（Ｃ３ａＲ）、補体受容体１（ＣＲ１）、補体受容体２（ＣＲ２）、補体受容体３（ＣＲ３）などが挙げられる。「補体成分」という用語は、補体活性化の「トリガー」として機能する分子及び分子構造、例えば、抗原－抗体複合体、微生物または人工表面に見られる外来構造などを含むことを意図していない。
【0032】
対象：本明細書で使用される場合、「対象」または「被験者」という用語は、提供される化合物または組成物が、例えば、実験、診断、予防、及び／または治療の目的で、本発明に従って投与される任意の生物を指す。典型的な対象は、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒト、昆虫、蠕虫など）を含む。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害、及び／または状態に罹患している、及び／またはそれらに感受性がある場合がある。
【0033】
～に罹患している：疾患、障害、及び／または状態に「罹患している」個人は、疾患、障害、及び／または状態の１つ以上の症状があると診断されているか、及び／または疾患、障害、または状態の１つ以上の症状を示す。
【0034】
治療すること：本明細書で使用される場合、「治療すること」という用語は、治療を提供すること、すなわち、対象の任意のタイプの医学的管理または外科的管理を提供することを指す。治療は、疾患、障害、もしくは状態の進行を逆転、緩和、阻害、予防または低減するために、または疾患、障害、もしくは状態の１つ以上の症状または徴候を逆転、緩和、その進行を予防、その可能性を低減するために、提供され得る。「予防する」とは、少なくとも一部の個人において、少なくとも一定期間、そのような疾患、障害、状態、または症状もしくは徴候が起こらないようにすることを指す。治療することは、補体媒介性状態を示す１つ以上の症状または徴候の発症後に、例えば、状態を逆転、緩和、重症度を軽減、及び／またはその進行を阻害もしくは予防するために、及び／または状態の１つ以上の症状もしくは徴候を逆転、緩和、重症度を軽減、及び／または阻害するために、対象に薬剤を投与することを含むことができる。本開示の組成物は、補体媒介性疾患を発症している、または一般集団のメンバーと比較してそのような疾患を発症するリスクが高い対象に投与することができる。本開示の組成物は、予防的に、すなわち、症状の発症または状態の徴候の前に投与することができる。この場合、典型的には、対象は症状を発症するリスクがある。
【0035】
核酸：「核酸」という用語には、任意のヌクレオチド、その類似体、及びそれらのポリマーが含まれる。本明細書で使用する場合、「ポリヌクレオチド」という用語は、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）またはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）のいずれかの任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。これらの用語は分子の一次構造を指すため、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ、二本鎖及び一本鎖ＲＮＡが含まれる。これらの用語には、同等物として、ヌクレオチド類似体及び、例えばメチル化、保護及び／またはキャップされたヌクレオチドまたはポリヌクレオチド（ただし、これらに限定されない）などの修飾ポリヌクレオチドから作られたＲＮＡまたはＤＮＡの類似体が含まれる。この用語には、ポリまたはオリゴリボヌクレオチド（ＲＮＡ）及びポリまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基及び／または修飾核酸塩基のＮ－グリコシドまたはＣ－グリコシドから誘導されるＲＮＡまたはＤＮＡ；糖及び／または修飾糖から誘導される核酸；ならびにリン酸架橋及び／または修飾リン原子架橋（本明細書では「ヌクレオチド間結合」とも呼ばれる）から誘導される核酸が含まれる。この用語には、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋または修飾リン原子架橋の任意の組み合わせを含む核酸が含まれる。例としては、これらに限定されるものではないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、接頭辞「ポリ」は、２～約１０，０００個、２～約５０，０００個、または２～約１００，０００個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指す。いくつかの実施形態では、接頭辞「オリゴ」は、２～約２００個のヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を指す。
【0036】
ベクター：本明細書で使用する場合、「ベクター」という用語は、その核酸分子に連結された別の核酸分子を輸送することが可能な核酸分子を指す。１つの種類のベクターとして、さらなるＤＮＡセグメントをライゲートすることができる環状二本鎖ＤＮＡループのことを指す「プラスミド」がある。別の種類のベクターとして、さらなるＤＮＡセグメントをウイルスゲノムにライゲートすることができるウイルスベクターがある。特定のベクターは、ベクターが導入された宿主細胞内で自律的に複製することが可能である（例えば、細菌の複製起点を有する細菌ベクター及びエピソーム性の哺乳動物ベクターなど）。他のベクター（例えば非エピソーム性の哺乳動物ベクター）は、宿主細胞内に導入されると宿主細胞のゲノムに組み込まれることにより、宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターはベクターが機能的に連結された遺伝子の発現を誘導することができる。かかるベクターは、本明細書では「発現ベクター」と呼ばれる。
【0037】
内因性：核酸（例えば、遺伝子、タンパク質をコードするゲノム領域、プロモーター）に関連して本明細書で使用される「内因性」という用語は、その天然の場所、例えば、細胞のゲノム内にある天然の核酸またはタンパク質を指す。
【0038】
外因性：核酸、例えば発現コンストラクト、ｃＤＮＡ、インデル、及び核酸ベクターに関して本明細書で使用される「外因性」という用語は、例えば、遺伝子編集または遺伝子操作技術、例えば、ＣＲＩＳＰＲベースの編集技術を使用して細胞のゲノムに人工的に導入された核酸を指す。
【0039】
ガイドＲＮＡ：「ガイドＲＮＡ」及び「ｇＲＮＡ」という用語は、Ｃａｓ９またはＣｐｆ１などのエンドヌクレアーゼの、細胞内のゲノム配列またはエピソーム配列などの標的配列に対する特異的結合（または「ターゲティング」）を促進する任意の核酸を指す。
【0040】
変異体：本明細書で使用する場合、「変異体」または「バリアント」という用語は、参照実体との顕著な構造的同一性を示すが、参照実体と比較して１つ以上の化学部分の存在またはレベルにおいて参照実体と構造的に異なる、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、または小分子などの実体を意味する。多くの実施形態において、変異体またはバリアントは、その参照実体と機能的にも異なる。一般に、特定の物質が適切に参照物質の「バリアント」であるとみなされるかどうかは、当該参照物質との構造的同一性の程度に基づく。
【0041】
以下の表１０に示すように、本明細書に示されるヌクレオチド配列では従来のＩＵＰＡＣ表記が使用される（参照により本明細書に援用するＣｏｒｎｉｓｈ－Ｂｏｗｄｅｎ Ａ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９８５ Ｍａｙ１０；１３（９）：３０２１－３０も参照）。しかしながら、例えばｇＲＮＡターゲティングドメインにおいて、配列がＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかによってコードされるような場合では、「Ｔ」は「チミンまたはウラシル」を意味する点に留意すべきである。
表１０：ＩＵＰＡＣ核酸表記
表１０：ＩＵＰＡＣ核酸表記
【表1】
【0042】
組み換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養及び形質転換の標準的な技術が使用される（例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション）。酵素反応及び精製技術は、製造業者の仕様書に従って、または当該技術分野において一般的に行われるようにして、または本明細書に記載されるようにして行うことができる。上記の技術及び手順は一般に、当該技術分野では周知の従来の方法に従って、かつ本明細書全体を通して引用され、考察される、一般的かつより具体的な様々な参考文献に記載されるようにして行うことができる。例えば、あらゆる目的で本明細書に参照により援用する、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８９））を参照されたい。
【図面の簡単な説明】
【0043】
【図1】ペグセタコプラン（「ＡＰＬ－２」）の構造を示し、ｎが約８００～約１１００であり、ＰＥＧが約４０ｋＤであると仮定している。
【発明を実施するための形態】
【0044】
本開示は、その一部において、例えばゲノム編集によって本明細書に記載の補体タンパク質をコードする１つ以上の遺伝子を遺伝子操作するための方法、システム、及び組成物を包含する。かかる方法は、例えば、補体媒介性疾患を有する、または補体媒介性疾患のリスクのある対象を治療するために使用することができる。
【0045】
補体系
補体は、自然免疫と獲得免疫の両方で重要な役割を果たす、数多くの血漿タンパク質及び細胞結合タンパク質からなるシステムである。補体系のタンパク質は、様々なタンパク質相互作用及び切断イベントによって一連の酵素カスケードで作用する。本開示の理解を容易にするために、本発明をいかなる意味でも限定しようとするものではないが、このセクションでは補体及びその活性化経路の概要を与える。さらなる詳細については、例えば、Ｋｕｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ ｅｄ．，２００６；Ｐａｕｌ，Ｗ．Ｅ．，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；６ｔｈ ｅｄ．，２００８；及びＷａｌｐｏｒｔ ＭＪ．，Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ． Ｆｉｒｓｔ ｏｆ ｔｗｏ ｐａｒｔｓ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，３４４（１４）：１０５８－６６，２００１に見られる。
補体は、自然免疫と獲得免疫の両方で重要な役割を果たす、数多くの血漿タンパク質及び細胞結合タンパク質からなるシステムである。補体系のタンパク質は、様々なタンパク質相互作用及び切断イベントによって一連の酵素カスケードで作用する。本開示の理解を容易にするために、本発明をいかなる意味でも限定しようとするものではないが、このセクションでは補体及びその活性化経路の概要を与える。さらなる詳細については、例えば、Ｋｕｂｙ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ ｅｄ．，２００６；Ｐａｕｌ，Ｗ．Ｅ．，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ；６ｔｈ ｅｄ．，２００８；及びＷａｌｐｏｒｔ ＭＪ．，Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ． Ｆｉｒｓｔ ｏｆ ｔｗｏ ｐａｒｔｓ． Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，３４４（１４）：１０５８－６６，２００１に見られる。
【0046】
補体は、感染性病原体から体を守るのに重要な役割を果たす自然免疫系の武器である。補体系は、古典的経路、別経路、及びレクチン経路として知られる３つの主要な経路に関与する３０を超える血清及び細胞タンパク質で構成されている。古典的経路は通常、抗原とＩｇＭまたはＩｇＧ抗体の複合体がＣ１に結合することによって引き起こされる（ただし、特定の他の活性化因子も経路を開始することができる）。活性化されたＣ１は、Ｃ４とＣ２を切断して、Ｃ２ａとＣ２ｂ以外に、Ｃ４ａとＣ４ｂを生成する。Ｃ４ｂとＣ２ａとは結合してＣ３コンバターゼを形成し、規定の切断部位でＣ３を切断してＣ３ａ及びＣ３ｂを形成する（例えば、Ｋｕｌｋａｒｎｉ ｅｔ ａｌ．， Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ６０：１４４－１５７ （２０１９）を参照）。Ｃ３ｂがＣ３コンバターゼに結合すると、Ｃ５コンバターゼが生成され、Ｃ５がＣ５ａとＣ５ｂに切断される。Ｃ３ａ、Ｃ４ａ、及びＣ５ａはアナフィラトキシンであり、急性炎症反応における複数の反応を媒介する。Ｃ３ａとＣ５ａは、好中球などの免疫系細胞を誘引する走化性因子でもある。初期に用いられていた「Ｃ２ａ」及び「Ｃ２ｂ」の名称は科学文献では後に逆になっている点は理解されよう。
【0047】
別経路は、例えば微生物表面及び様々な複合多糖類によって開始され、増幅される。この経路では、低レベルで自然に発生するＣ３からＣ３（Ｈ２Ｏ）への加水分解により、Ｂ因子の結合がもたらされ、これはＤ因子によって切断され、Ｃ３をＣ３ａとＣ３ｂに切断することによって補体を活性化する液相Ｃ３コンバターゼが生成される。Ｃ３ｂは細胞表面などの標的に結合し、因子Ｂと複合体を形成する。これは、後に因子Ｄによって切断され、Ｃ３コンバターゼになる。表面に結合したＣ３コンバターゼは、さらなるＣ３分子を切断して活性化し、活性化部位にごく近接した急速なＣ３ｂ沈着をもたらし、さらなるＣ３コンバターゼを形成し、これにより、さらなるＣ３ｂが生成される。このプロセスにより、Ｃ３切断とＣ３コンバターゼ形成のサイクルが生じ、応答が大幅に増幅される。Ｃ３の切断及びＣ３ｂの別の分子のＣ３コンバターゼへの結合は、Ｃ５コンバターゼを生じさせる。この経路のＣ３コンバターゼ及びＣ５コンバターゼは、細胞分子ＣＲ１、ＤＡＦ、ＭＣＰ、ＣＤ５９、及びｆＨによって制御されている。これらのタンパク質の作用機序には、崩壊促進活性（すなわち、コンバターゼを解離する能力）、第Ｉ因子によるＣ３ｂまたはＣ４ｂの分解における補因子として機能する能力、あるいはその両方が含まれる。通常、細胞表面に補体調節タンパク質が存在すると、その上で有意な補体活性化が起こるのを防ぐ。
【0048】
両方の経路で生成されたＣ５コンバターゼは、Ｃ５を切断してＣ５ａとＣ５ｂを生成する。次に、Ｃ５ｂがＣ６、Ｃ７、及びＣ８に結合してＣ５ｂ－８を形成し、これがＣ９の重合を触媒して、終末補体複合体（ＴＣＣ）としても知られるＣ５ｂ－９膜侵襲複合体（ＭＡＣ）を形成する。ＭＡＣはそれ自体を標的細胞膜に挿入し、細胞溶解を引き起こす。細胞膜上の少量のＭＡＣは、細胞死以外のさまざまな結果をもたらし得る。ＴＣＣが膜に挿入されない場合、可溶性ｓＣ５ｂ－９（ｓＣ５ｂ－９）として血液中を循環することができる。血中のｓＣ５ｂ－９のレベルは、補体活性化の指標として機能しうる。
【0049】
レクチン補体経路は、マンノース結合レクチン（ＭＢＬ）及びＭＢＬ関連セリンプロテアーゼ（ＭＡＳＰ）の炭水化物への結合によって開始される。ＭＢ１－１遺伝子（ヒトではＬＭＡＮ－１として知られる）は、小胞体とゴルジ体の間の中間領域に局在するＩ型膜内在性タンパク質をコードしている。ＭＢＬ－２遺伝子は、血清中に見られる可溶性マンノース結合タンパク質をコードしている。ヒトのレクチン経路では、ＭＡＳＰ－１とＭＡＳＰ－２がＣ４とＣ２のタンパク質分解に関与し、上記のＣ３コンバターゼをもたらす。
【0050】
補体活性は、補体制御タンパク質（ＣＣＰ）または補体活性化（ＲＣＡ）タンパク質の調節因子と呼ばれるさまざまな哺乳動物タンパク質によって調節される（米国特許第６，８９７，２９０号）。これらのタンパク質は、リガンドの特異性と補体阻害のメカニズム（複数可）に関して異なる。それらは、コンバターゼの通常の崩壊を加速し、及び／または第Ｉ因子の補因子として機能し、Ｃ３ｂ及び／またはＣ４ｂをより小さな断片に酵素的に切断し得る。ＣＣＰは、ショートコンセンサスリピート（ＳＣＲ）、補体制御タンパク質（ＣＣＰ）モジュール、またはＳＵＳＨＩドメインとして知られる、４つのジスルフィド結合システイン（２つのジスルフィド結合）、プロリン、トリプトファン、及び多くの疎水性残基を含む保存されたモチーフを含む長さ約５０～７０アミノ酸の複数の（通常４～５６）相同モチーフの存在を特徴としている。ＣＣＰファミリーには、補体受容体１型（ＣＲ１；Ｃ３ｂ：Ｃ４ｂ受容体）、補体受容体２型（ＣＲ２）、膜補体タンパク質（ＭＣＰ；ＣＤ４６）、崩壊促進因子（ＤＡＦ）、補体因子Ｈ（ｆＨ）、及びＣ４ｂ結合タンパク質（Ｃ４ｂｐ）が含まれる。ＣＤ５９は、ＣＣＰとは構造的に無関係な膜結合型補体調節タンパク質である。補体調節タンパク質は通常、哺乳動物の細胞または組織、例えばヒト宿主で発生する可能性のある補体活性化を制限する働きをする。したがって、「自己」細胞は通常、補体の活性化がこれらの細胞で進行することで生じる有害な影響から保護される。不適切または過剰な補体活性化は、多くの重篤な疾患及び状態の根本的な原因または寄与因子である。補体調節タンパク質（複数可）の欠損または欠陥は、様々な補体媒介性疾患の病因に関与している。
【0051】
ゲノム編集システムと技術
いくつかの実施形態では、例えば、補体の発現または活性のレベルの低下を必要とする対象（例えば、補体媒介性疾患に罹患しているか、またはそのリスクがある対象）の細胞に対して遺伝子工学が行われる。いくつかの実施形態では、遺伝子工学は、ゲノム編集を用いて行われる。
いくつかの実施形態では、例えば、補体の発現または活性のレベルの低下を必要とする対象（例えば、補体媒介性疾患に罹患しているか、またはそのリスクがある対象）の細胞に対して遺伝子工学が行われる。いくつかの実施形態では、遺伝子工学は、ゲノム編集を用いて行われる。
【0052】
本明細書で使用される場合、「ゲノム編集」とは、標的遺伝子の発現を改変及び／またはノックアウトするために、生物の任意のタンパク質コードまたは非コードヌクレオチド配列を含むゲノムを改変する方法を指す。一般に、ゲノム編集法には、ゲノムの核酸、例えば標的ヌクレオチド配列を切断できるエンドヌクレアーゼの使用が含まれる。ゲノム内の一本鎖または二本鎖の切断の修復により、突然変異が導入される可能性があり、かつ／または外因性の核酸が標的部位に挿入される可能性がある。
【0053】
ゲノム編集法は当該技術分野では周知のものであり、一般に、標的核酸の切断の生成に関与するエンドヌクレアーゼの種類に基づいて分類される。これらの方法には、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターベースのヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムの使用が含まれる。
【0054】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集方法は、当技術分野で知られているＴＡＬＥＮ技術を利用する。一般に、ＴＡＬＥＮは、目的の標的ＤＮＡ分子に特異的に結合して切断できるように設計された制限酵素である。ＴＡＬＥＮには通常、ＤＮＡ切断ドメインに融合された転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ＤＮＡ結合ドメインが含まれている。ＤＮＡ結合ドメインは、１２位と１３位に可変の２アミノ酸のＲＶＤ（反復可変ジペプチドモチーフ）を有する、高度に保存された３３～３４アミノ酸配列を含むことができる。ＲＶＤモチーフは、核酸配列に対する結合特異性を決定し、当業者には周知の方法に従って操作して、所望のＤＮＡ配列に特異的に結合させることができる。一例では、ＤＮＡ切断ドメインは、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼに由来し得る。ＦｏｋＩドメインは二量体として機能し、適切な配向と間隔を有する標的ゲノム内の部位に対する固有のＤＮＡ結合ドメインを有する２つのコンストラクトを必要とする。目的の標的遺伝子（例えば、Ｃ３）内の配列に特異的なＴＡＬＥＮは、当該技術分野では周知の任意の方法を使用して構築することができる。
【0055】
目的の標的遺伝子に特異的なＴＡＬＥＮを細胞内で使用して、二本鎖切断（ＤＳＢ）を生成することができる。修復機構が非相同末端結合により切断を不適切に修復する場合、切断部位に変異を導入することができる。例えば、不適切な修復によりフレームシフト変異が生じる可能性がある。あるいは、所望の配列を有する外来ＤＮＡ分子をＴＡＬＥＮとともに細胞内に導入することもできる。外来ＤＮＡ及び染色体配列の配列に応じて、このプロセスを利用して欠陥を修正したり、目的の標的遺伝子にＤＮＡ断片を導入したり、そのような欠陥を内因性遺伝子に導入して標的遺伝子の発現を低下させることができる。
【0056】
いくつかの実施形態では、細胞は、当該技術分野では周知のジンクフィンガー（ＺＦＮ）技術を使用して遺伝子操作することができる。一般に、ジンクフィンガー媒介ゲノム編集では、通常、ＤＮＡ結合ドメイン（すなわち、ジンクフィンガー）及び切断ドメイン（すなわち、ヌクレアーゼ）を含むジンクフィンガーヌクレアーゼが使用される。ジンクフィンガー結合ドメインは、当該技術分野では周知の方法を使用して、任意の目的とする標的遺伝子（例えば、Ｃ３）を認識して結合するように操作することができ、特に、約３ヌクレオチド～約２１ヌクレオチドの長さ、または約８～約１９ヌクレオチドの長さの範囲のＤＮＡ配列を認識するように設計することができる。ジンクフィンガー結合ドメインは、一般的には、少なくとも３つのジンクフィンガー認識領域（例えば、ジンクフィンガー）を含む。ＤＮＡに配列特異的に結合し（認識部位で）、かつ結合部位またはその付近でＤＮＡを切断することができる制限エンドヌクレアーゼ（制限酵素）は、当該技術分野では周知のものであり、ゲノム編集で使用するためのＺＦＮを形成するために使用することができる。例えば、ＩＩＳ型制限ヌクレアーゼは、認識部位から除去された部位でＤＮＡを切断し、分離可能な結合及び切断ドメインを有する。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ切断ドメインは、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼに由来し得る。
【0057】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムを使用して行われるが、ＣＲＩＳＰＲ（Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ Ｓｈｏｒｔ Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ Ｒｅｐｅａｔｓ）（クラスター化された規則的に間隔を空けた短いパリンドロームリピート）－Ｃａｓシステムは、操作された非天然ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムである。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、本明細書に記載の補体タンパク質、例えばＣ３をコードするポリヌクレオチド中の標的配列とハイブリダイズすることができ、ポリヌクレオチドの切断及び修飾を可能にする。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓエンドヌクレアーゼと操作されたｃｒＲＮＡ／ｔｒａｃｒＲＮＡ（またはシングルガイドＲＮＡ）で構成される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓシステムはｃｒＲＮＡを含み、ｔｒａｃｒＲＮＡ配列を含まない。
【0058】
本明細書に記載のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、例えば、リーダー配列、トレーラー配列、もしくはイントロンなどの、遺伝子内または遺伝子に隣接したコーディング領域もしくは非コーディング領域内の目的の領域、またはコーディング領域の上流もしくは下流の非転写領域内の目的の領域に結合し、かつ／または切断することができる。本開示で使用されるガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）は、ｇＲＮＡが、ゲノム内の所定の切断部位（標的部位）へのＣａｓ酵素－ｇＲＮＡ複合体の結合を誘導するように設計することができる。切断部位は、不明配列の領域、またはＳＮＰ、ヌクレオチド挿入、ヌクレオチド欠失、再配列などを含む領域を含むフラグメントを放出するように選択することができる。
【0059】
遺伝子領域の切断は、Ｃａｓ酵素によって標的配列の位置で１本鎖または２本鎖を切断することを含み得る。いくつかの実施形態では、そのような切断によって、標的遺伝子の転写が減少し得る。いくつかの実施形態では、切断は、外因性鋳型ポリヌクレオチドとの相同組換えによって切断された標的ポリヌクレオチドを修復することをさらに含み得、修復は、標的ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドの挿入、欠失、または置換をもたらす。
【0060】
「ｇＲＮＡ」、「ガイドＲＮＡ」及び「ＣＲＩＳＰＲガイド配列」という用語は、本明細書では互換的に使用され、ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓシステムのＣａｓ ＤＮＡ結合タンパク質の特異性を決定する配列を含む核酸を指す。ｇＲＮＡは、宿主細胞のゲノム内の標的核酸配列に（部分的または完全に相補的に）ハイブリダイズする。ｇＲＮＡを設計及び構築する方法は当該技術分野では周知のものであり、本明細書に記載の標的配列に結合するｇＲＮＡを生成するように改変することができる（例えば、米国特許第８，６９７，３５９号を参照）。標的核酸にハイブリダイズするｇＲＮＡまたはその部分の長さは、約１５～約２５ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドとすることができる。いくつかの態様では、標的核酸にハイブリダイズするｇＲＮＡ配列は、約１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５ヌクレオチドの長さである。いくつかの態様では、標的核酸にハイブリダイズするｇＲＮＡ配列は、約１０～約３０または約１５～約２５ヌクレオチドの長さである。
【0061】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、標的核酸に結合する配列以外に足場配列も含む。標的核酸に相補的な配列と足場配列の両方をコードするｇＲＮＡの発現は、標的核酸への結合（ハイブリダイゼーション）と標的核酸へのエンドヌクレアーゼの動員という二重の機能を有し、これにより部位特異的なＣＲＩＳＰＲ活性が生じ得る。いくつかの実施形態では、このようなキメラｇＲＮＡはシングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）と呼ばれる。
【0062】
本明細書で使用する場合、「足場配列」はｔｒａｃｒＲＮＡとも呼ばれ、相補的ｇＲＮＡ配列に結合（ハイブリダイズ）した標的核酸にＣａｓエンドヌクレアーゼを動員する核酸配列を指す。少なくとも１つのステムループ構造を含み、エンドヌクレアーゼを動員する任意の足場配列を、本明細書に記載の遺伝子エレメント及びベクターにおいて使用することができる。例示的な足場配列は当該技術分野では周知のものであり、例えば、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１２）３３７（６０９６）：８１６－８２１、Ｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（２０１３）８：２２８１－２３０８、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０９３６９４及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／１７６７７２に記載されている。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－ＣａｓシステムはｔｒａｃｒＲＮＡ配列を含まない。
【0063】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は足場配列を含まず、足場配列は別個の転写物として発現される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、足場配列の一部に相補的であり、かつ足場配列に結合（ハイブリダイズ）してエンドヌクレアーゼを標的核酸に動員するように機能するさらなる配列をさらに含む。
【0064】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、標的核酸と少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または少なくとも１００％相補的である。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、標的核酸の３’末端（例えば、標的核酸の３’末端の最後の５、６、７、８、９、または１０ヌクレオチド）と少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または少なくとも１００％相補的である。当業者には明らかなように、ｓｇＲＮＡ配列の選択は、予測されるオンターゲット結合部位及び／またはオフターゲット結合部位の数などの要因に依存し得る。いくつかの実施形態では、ｓｇＲＮＡ配列は、潜在的なオンターゲット部位を最大化し、潜在的なオフターゲット部位を最小化するように選択される。当業者には明らかなように、ｓｇＲＮＡの配列を設計及び／または最適化するため、例えばゲノム編集の特異性及び／または精度を高めるために、様々なツールを使用することができる。一般に、候補ｓｇＲＮＡは、利用可能なウェブベースのツールのいずれかに基づいて、予測されるオンターゲット効率が高く、オフターゲット効率が低い標的領域内の配列を特定することによって設計することができる。候補ｓｇＲＮＡは、手動検査及び／または実験的スクリーニングによってさらに評価することができる。Ｗｅｂベースのツールの例としては、これらに限定されるものではないが、ＣＲＩＳＰＲ Ｓｅｅｋ、ＣＲＩＳＰＲ Ｄｅｓｉｇｎ Ｔｏｏｌ、Ｃａｓ－ＯＦＦｉｎｄｅｒ、Ｅ－ＣＲＩＳＰ、ＣｈｏｐＣｈｏｐ、ＣａｓＯＴ、ＣＲＩＳＰＲ ｄｉｒｅｃｔ、ＣＲＩＳＰＯＲ、ＢＲＥＡＫＩＮＧ－ＣＡＳ、ＣｒｉｓｐＲＧｏｌｄ、及びＣＣＴｏｐが挙げられる。例えば、Ｓａｆａｒｉ， ｅｔ ａｌ． Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｈａｒｍａ．Ｂｉｏｔｅｃｈｏｌ．（２０１７）１８（１３）を参照されたい。
【0065】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ（またはそのバリアント）またはＣｐｆ１ヌクレアーゼ（またはそのバリアント）である。Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼが標的核酸の二本鎖ＤＮＡを切断して平滑末端を生じるのに対して、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼによる切断は核酸のスタッガード末端を生じる。Ｃａｓ９ヌクレアーゼ配列及び構造は当該技術分野では周知のものである（例えば、Ｆｅｒｒｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ９８：４６５８－４６６３（２００１）；Ｄｅｌｔｃｈｅｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４７１：６０２－６０７（２０１１）；Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７：８１６－８２１（２０１２）を参照）。Ｃａｓ９オーソログは、これらに限定されるものではないがＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ及びＳ．Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓを含む様々な種で報告されている。さらなる適当なＣａｓ９ヌクレアーゼ及び配列が、本開示に基づけば当業者には明らかであり、かかるＣａｓ９ヌクレアーゼ及び配列としては、Ｃｈｙｌｉｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，（２０１３）ＲＮＡ Ｂｉｏｌｏｇｙ１０：５，７２６－７３７に開示される生物及び座位に由来するＣａｓ９配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、野生型Ｃａｓ９は、化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）由来のＣａｓ９（ＮＣＢＩ参照配列：ＮＣ＿００２７３７．２、ヌクレオチド）及びＵｎｉｐｒｏｔ参照配列：Ｑ９９ＺＷ２（アミノ酸）に相当する。いくつかの実施形態では、野生型Ｃａｓ９は、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）由来のＣａｓ９（ＮＣＢＩ参照配列：ＷＰ＿００１５７３６３４．１、アミノ酸）に相当する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍｕｌｃｅｒａｎｓ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０１５６８３．１， ＮＣ＿０１７３１７．１）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０１６７８２．１， ＮＣ＿０１６７８６．１）、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａｓｙｒｐｈｉｄｉｃｏｌａ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０２１２８４．１）、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０１７８６１．１）、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ ｔａｉｗａｎｅｎｓｅ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０２１８４６．１）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｉｎｉａｅ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０２１３１４．１）、Ｂｅｌｌｉｅｌｌａ ｂａｌｔｉｃａ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０１８０１０．１）、Ｐｓｙｃｈｒｏｆｌｅｘｕｓ ｔｏｒｑｕｉｓｌ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＣ＿０１８７２１．１）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（ＮＣＢＩ参照番号：ＹＰ＿８２０８３２．１）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｉｎｎｏｃｕａ（ＮＣＢＩ参照番号：ＮＰ＿４７２０７３．１）、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ（ＮＣＢＩ参照番号：ＹＰ＿００２３４４９００．１）またはＮｅｉｓｓｅｒｉａ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＮＣＢＩ参照番号：ＹＰ＿００２３４２１００．１）に由来するＣａｓ９を指す。
【0066】
標的核酸の３’側には、エンドヌクレアーゼと相互作用して標的核酸へのエンドヌクレアーゼ活性のターゲティングに関与し得るプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を隣接させることができる。一般に、標的核酸に隣接するＰＡＭ配列は、エンドヌクレアーゼ及びそのエンドヌクレアーゼの由来源に依存すると考えられている。例えば、化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）由来のＣａｓ９エンドヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＮＧＧである。黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）由来のＣａｓ９エンドヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＮＮＧＲＲＴである。Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓに由来するＣａｓ９エンドヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＮＮＮＮＧＡＴＴである。Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ由来のＣａｓ９エンドヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＮＮＡＧＡＡである。Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ由来のＣａｓ９エンドヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＮＡＡＡＡＣである。Ｃｐｆ１ヌクレアーゼの場合、ＰＡＭ配列はＴＴＴＮである。いくつかの実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼはＭＡＤ７（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｒｅｃｔａｌｅ由来のＣｐｆ１ヌクレアーゼとも呼ばれる）であり、ＰＡＭ配列はＹＴＴＴＮである。
【0067】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、Ｃａｓ９酵素またはそのバリアントである。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼは、化膿連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｕｊｕｎｉまたはＴｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａに由来する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞で発現させるためにコドン最適化される。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、Ｃａｓ９のホモログまたはオーソログである。
【0068】
いくつかの実施形態では、野生型または変異体Ｃａｓ酵素を使用することができる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９酵素をコードするヌクレオチド配列は、タンパク質の活性を変化させるように修飾される。変異体Ｃａｓ酵素は、標的配列を含む標的ポリヌクレオチドの一方または両方の鎖を切断する能力を欠いていてもよい。Ｃａｓ９は、ＨＮＨ及びＲｕｖＣエンドヌクレアーゼに相同な２つの独立したヌクレアーゼドメインを有しており、２つのドメインのいずれかを変異させることによって、Ｃａｓ９タンパク質は一本鎖切断を導入するニッカーゼに転換することができる（Ｃｏｎｇ， Ｌ． ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３９，８１９－８２３（２０１３））。例えば、化膿連鎖球菌由来のＣａｓ９のＲｕｖＣ Ｉ触媒ドメインにおけるアスパラギン酸からアラニンへの置換（Ｄ１０Ａ）は、Ｃａｓ９を、両鎖を切断するヌクレアーゼからニッカーゼ（一本鎖を切断）に転換する。Ｃａｓ９をニッカーゼに転換する変異の他の例としては、これらに限定されるものではないが、Ｄ１０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｎ８５４Ａ、Ｎ８６３Ａ、及びそれらの組み合わせが挙げられる。野生型Ｃａｓ９ヌクレアーゼの点変異体（Ｄ１０Ａ）である「ｎＣａｓ９」はニッカーゼ活性を有する。変異Ｄ１０Ａ及びＨ８４０Ａを有する「ｄＣａｓ９」には、エンドヌクレアーゼ活性がない。例えば、Ｄａｂｒｏｗｓｋａ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ（２０１８）１２（７５）を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９ニッカーゼは、アミノ酸位置Ｄ１０及び／またはＨ８４０に変異を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９ニッカーゼは、置換変異Ｄ１０Ａ及び／またはＨ８４０Ａを含む。
【0069】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼは、触媒的に不活性なＣａｓ９（例えば、ｄＣａｓ９）である。あるいは、またはさらに、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼを別のタンパク質またはその一部と融合させることもできる。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ９は、ＫＲＡＢドメインなどのリプレッサードメインと融合される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ９は、ＶＰ６４またはＶＰＲなどのアクチベータードメインと融合される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ９は、ヒストンデメチラーゼドメインまたはヒストンアセチルトランスフェラーゼドメインなどのエピジェネティックな調節ドメインと融合される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ９は、ＬＳＤ１もしくはｐ３００、またはそれらの一部と融合される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ９またはＣａｓ９は、Ｆｏｋ１ヌクレアーゼドメインと融合される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９またはｄＣａｓ９は、蛍光タンパク質（例えば、ＧＦＰ、ｖＲＦＰ、ｍＣｈｅｒｒｙなど）と融合される。
【0070】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、酵素の特異性を高めるように修飾される（例えば、オフターゲット効果を低減し、安定したオンターゲット切断を維持する）。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼは、特異性が高められたＣａｓ９変異体（例えば、ｅＳＰＣａｓ９）である。例えば、Ｓｌａｙｍａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１６）３５１（６２６８）：８４－８８を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、高忠実度Ｃａｓ９変異体（例えば、ＳｐＣａｓ９－ＨＦ１）である。例えば、Ｋｌｅｉｎｓｔｉｖｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２０１６）５２９：４９０－４９５を参照されたい。
【0071】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、エンドヌクレアーゼ活性の特異性を変化させる（例えば、オフターゲットの切断を減少させ、細胞内のＣａｓエンドヌクレアーゼ活性または寿命を減少させ、相同組換え修復を増加させ、かつ／または非相同末端結合を減少させる）ためにさらに修飾される。例えば、Ｋｏｍｏｒ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ （２０１７）１６８：２０－３６を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、エンドヌクレアーゼのＰＡＭ認識を変化させるように修飾される。例えば、ＣａｓエンドヌクレアーゼＳｐＣａｓ９は、ＰＡＭ配列ＮＧＧを認識するが、このエンドヌクレアーゼの１つ以上の修飾を含むＳｐＣａｓ９の緩和（ｒｅｌａｘｅｄ）バリアント（例えば、ＶＱＲ ＳｐＣａｓ９、ＥＱＲ ＳｐＣａｓ９、ＶＲＥＲ ＳｐＣａｓ９）は、ＰＡＭ配列ＮＧＡ、ＮＧＡＧ、ＮＧＣＧを認識することができる。修飾されていないＣａｓエンドヌクレアーゼと比較して、Ｃａｓエンドヌクレアーゼがより多くの潜在的なＰＡＭ配列を認識する場合、修飾されたＣａｓエンドヌクレアーゼのＰＡＭ認識は「緩和されている」（ｒｅｌａｘｅｄ）とみなされる。例えば、ＣａｓエンドヌクレアーゼＳａＣａｓ９はＰＡＭ配列ＮＮＧＲＲＴを認識するが、このエンドヌクレアーゼの１つ以上の修飾を含むＳａＣａｓ９の緩和バリアント（例えばＫＫＨ ＳａＣａｓ９）はＰＡＭ配列ＮＮＮＲＲＴを認識することができる。一例では、例えば、ＣａｓエンドヌクレアーゼＦｎＣａｓ９は、ＰＡＭ配列ＮＧＧを認識するが、このエンドヌクレアーゼの１つ以上の修飾を含むＦｎＣａｓ９の緩和変異体（例えば、ＲＨＡ ＦｎＣａｓ９）は、ＰＡＭ配列ＹＧを認識することができる。一例では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、置換変異Ｓ５４２Ｒ及びＫ６０７Ｒを含むＣｐｆ１エンドヌクレアーゼであり、ＰＡＭ配列ＴＹＣＶを認識する。一例では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、置換変異Ｓ５４２Ｒ、Ｋ６０７Ｒ、及びＮ５５２Ｒを含むＣｐｆ１エンドヌクレアーゼであり、ＰＡＭ配列ＴＡＴＶを認識する。例えば、Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１７）３５（８）：７８９－７９２を参照されたい。
【0072】
いくつかの実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼはＣｐｆ１ヌクレアーゼである。いくつかの実施形態では、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼはＰｒｏｖｅｔｅｌｌａ ｓｐｐまたはＦｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｓｐｐに由来する。いくつかの実施形態では、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞での発現のためにコドン最適化されている。
【0073】
いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは塩基エディターである。本明細書に記載されるように、「塩基エディター」という用語は、ヌクレオチド塩基を編集するタンパク質を指す。「塩基編集」とは、ある核酸塩基から別の核酸塩基への変換を指す（例えば、ＡからＧ、ＡからＣ、ＡからＴ、ＣからＴ、ＣからＧ、ＣからＡ、ＧからＡ、ＧからＣ、ＧからＴ、ＴからＡ、ＴからＣ、ＴからＧ）。塩基エディターエンドヌクレアーゼは一般に、機能ドメインに融合された、触媒的に不活性なＣａｓエンドヌクレアーゼ、または触媒活性が低下したＣａｓエンドヌクレアーゼを含む。例えば、Ｅｉｄ ｅｔ ａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．（２０１８）４７５（１１）：１９５５－１９６４；Ｒｅｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１８）１９：７７０－７８８を参照されたい。いくつかの実施形態では、触媒的に不活性なＣａｓエンドヌクレアーゼはｄＣａｓ９である。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、１つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害剤（ＵＧＩ）ドメインに融合されたｄＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、アデニン塩基エディター（ＡＢＥ）、例えばＲＮＡアデニンデアミナーゼＴａｄＡから進化したＡＢＥに融合されたｄＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、シトジンデアミナーゼ酵素（例えば、ＡＰＯＢＥＣデアミナーゼ、ｐｍＣＤＡ１、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ））に融合されたｄＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは低い活性を有し、ｎＣａｓ９である。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、１つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害剤（ＵＧＩ）ドメインに融合されたｎＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、アデニン塩基エディター（ＡＢＥ）、例えばＲＮＡアデニンデアミナーゼＴａｄＡから進化したＡＢＥに融合されたｎＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、シトジンデアミナーゼ酵素（例えば、ＡＰＯＢＥＣデアミナーゼ、ｐｍＣＤＡ１、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ））に融合されたｎＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、塩基エディターは、（ｉ）Ｃａｓ９（例えば、ｄＣａｓ９またはｎＣａｓ９）、ＣａｓＸ、ＣａｓＹ、Ｃｐｆ１、Ｃ２ｃ１、Ｃ２ｃ２、Ｃ２ｃ３、またはアルゴノートタンパク質、（ｉｉ）デアミナーゼ（例えば、アポリポタンパク質ＢのｍＲＮＡ編集複合体（ＡＰＯＢＥＣ）ファミリーのデアミナーゼからのデアミナーゼ、例えば、ＡＰＯＢＥＣ１デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ２デアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ａデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｂデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｄデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｆデアミナーゼ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇデアミナーゼ、またはＡＰＯＢＥＣ３Ｈデアミナーゼ）、及び（ｉｉｉ）ＵＧＩドメインを含む融合タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の塩基エディターは、核局在化シグナルをさらに含む。
【0074】
基本エディターの例としては、これらに限定されるものではないが、ＢＥ１、ＢＥ２、ＢＥ３、ＨＦ－ＢＥ３、ＢＥ４、ＢＥ４ｍａｘ、ＢＥ４－Ｇａｍ、ＹＥ１－ＢＥ３、ＥＥ－ＢＥ３、ＹＥ２－ＢＥ３、ＹＥＥ－ＣＥ３、ＶＱＲ－ＢＥ３、ＶＲＥＲ－ＢＥ３、ＳａＢＥ３、ＳａＢＥ４、ＳａＢＥ４－Ｇａｍ、Ｓａ（ＫＫＨ）－ＢＥ３、Ｔａｒｇｅｔ－ＡＩＤ、Ｔａｒｇｅｔ－ＡＩＤ－ＮＧ、ｘＢＥ３、ｅＡ３Ａ－ＢＥ３、ＢＥ－ＰＬＵＳ、ＴＡＭ、ＣＲＩＳＰＲ－Ｘ、ＡＢＥ７．９、ＡＢＥ７．１０、ＡＢＥ７．１０＊、ｘＡＢＥ、ＡＢＥＳａ、ＶＱＲ－ＡＢＥ、ＶＲＥＲ－ＡＢＥ、Ｓａ（ＫＫＨ）－ＡＢＥ、及びＣＲＩＳＰＲ－ＳＫＩＰが挙げられる。塩基エディターのさらなる例は、例えば、ＵＳ２０１７０１２１６９３、ＵＳ２０１８０３１２８２５、ＵＳ２０１８０３１２８２８、ＰＣＴ公開ＷＯ２０１８１６５６２９Ａ１、及びＰｏｒｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．１９：８３９－８５９（２０２０）にみることができる。
【0075】
Ｃｐｆ１の触媒的に不活性なバリアント（Ｃａｓ１２ａ）は、ｄＣａｓ１２ａと呼ばれることもある。本明細書に記載されるように、Ｃｐｆ１の触媒的に不活性なバリアントは、機能ドメインに融合されて塩基エディターを形成し得る。例えば、Ｒｅｅｓ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１８）１９：７７０－７８８を参照されたい。いくつかの実施形態では、触媒的に不活性なＣａｓエンドヌクレアーゼはｄＣａｓ９である。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、１つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害剤（ＵＧＩ）ドメインに融合されたｄＣａｓ１２ａを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、アデニン塩基エディター（ＡＢＥ）、例えばＲＮＡアデニンデアミナーゼＴａｄＡから進化したＡＢＥに融合されたｄＣａｓ１２ａを含む。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、シトジンデアミナーゼ酵素（例えば、ＡＰＯＢＥＣデアミナーゼ、ｐｍＣＤＡ１、活性化誘導性シチジンデアミナーゼ（ＡＩＤ））に融合されたｄＣａｓ１２ａを含む。あるいは、またはさらに、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、Ｃａｓ１４エンドヌクレアーゼまたはそのバリアントであってもよい。Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼと異なり、Ｃａｓ１４エンドヌクレアーゼは古細菌に由来し、サイズが小さい傾向がある（例えば、４００～７００アミノ酸）。さらに、Ｃａｓ１４エンドヌクレアーゼはＰＡＭ配列を必要としない。例えば、Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６２：８３９－８４２ （２０１８）を参照されたい。
【0076】
また、本明細書では、１つ以上の補体タンパク質（例えば、Ｃ３）をコードする１つ以上の編集された遺伝子を保有する、本明細書に記載の遺伝子操作細胞を作製する方法も提供される。いくつかの実施形態では、方法は、細胞を提供することと、ゲノム編集用のＣＲＩＳＰＲ Ｃａｓシステムの成分を細胞内に導入することと、を含む。いくつかの実施形態では、補体タンパク質（例えば、Ｃ３）をコードするヌクレオチド配列の一部にハイブリダイズするか、またはハイブリダイズすることが予測されるＣＲＩＳＰＲ－ＣａｓガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む核酸が細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、ベクターによって細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼが細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼは、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードする核酸として細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡと、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列とが、単一の核酸（例えば、同じベクター）内で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡと、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列とは、別々の核酸（例えば、異なるベクター）内で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼはタンパク質の形態で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼとｇＲＮＡはインビトロで予め形成され、リボ核タンパク質複合体として細胞に導入される。
【0077】
いくつかの実施形態では、複数のｇＲＮＡが細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、２つ以上のガイドＲＮＡが等モル量で細胞にトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、２つ以上のガイドＲＮＡは、等モルではない量で与えられる。いくつかの実施形態では、２つ以上のガイドＲＮＡは、各標的の編集が等しい頻度で起こるように最適化された量で与えられる。いくつかの実施形態では、２つ以上のガイドＲＮＡは、各標的の編集が最適な頻度で起こるように最適化された量で与えられる。
【0078】
本開示のベクターは、哺乳類発現ベクターを使用して、哺乳類細胞内で１つ以上の配列の発現を誘導することができる。哺乳類発現ベクターの例としては、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ，Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：８４０）及びｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎ，ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８７）６：１８７）が挙げられる。哺乳動物細胞で使用される場合、発現ベクターの制御機能は通常、１つ以上の調節エレメントによって与えられる。例えば、一般的に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、シミアンウイルス４０、及び本明細書に開示され、当該技術分野では周知であるその他のプロモーターに由来する。原核細胞及び真核細胞の両方に適した他の発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ ２ｎｄ ｅｄｓ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章及び第１７章を参照されたい。
【0079】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のベクターは、特定の細胞型で選択的に核酸の発現を誘導することができる（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現させる）。このような調節エレメントには、組織特異的または細胞特異的であり得るプロモーターが含まれる。プロモーターの特異性は、当該技術分野では周知の方法、例えば免疫組織化学的染色法を使用して評価することができる。
【0080】
従来のウイルス及び非ウイルスベースの遺伝子導入法を用いて、本明細書に記載のエンドヌクレアーゼ（例えば、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９）をコードする核酸を、哺乳類細胞または標的組織に導入することができる。例えば、こうした方法を使用して、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムの成分をコードする核酸を、培養細胞または宿主生物に投与することができる。非ウイルスベクター送達系としては、ＤＮＡプラスミド、ＲＮＡ（例えば、本明細書に記載のベクターの転写産物）、ネイキッド核酸、及び送達ビヒクルと複合体を形成させた核酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９をコードする核酸は、トランスフェクション（例えば、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション）によって導入される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９をコードする核酸は、ナノ粒子送達、例えば、カチオン性ナノキャリアによって導入される。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９をコードする核酸は、脂質ナノ粒子によって導入される。
【0081】
ウイルスベクター送達系は、細胞への送達後にエピソームゲノムまたは組み込まれたゲノムのいずれかを有するＤＮＡ及びＲＮＡウイルスを含む。
【0082】
ウイルスベクターは、（インビボで）対象に直接投与するか、またはウイルスベクターを用いて細胞をインビトロまたはエクスビボで操作することができ、改変された細胞を患者に投与することができる。ウイルスベクターとしては、これらに限定されるものではないが、遺伝子導入用のレトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス及び単純ヘルペスウイルスベクターが挙げられる。さらに、本開示は、レトロウイルスまたはレンチウイルスなどの宿主ゲノムに組み込むことができるベクターを提供する。ｉｎ ｖｉｖｏでは、Ｃ３を含む多くの補体タンパク質は主に肝臓で合成される。したがって、いくつかの実施形態では、肝細胞がゲノム編集の標的とされる。いくつかのウイルスベクターのクラスが、レトロウイルスベクターを含む遺伝子治療コンストラクトの肝臓を標的とした送達に適していることが示されている（例えば、Ａｘｅｌｒｏｄ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ８７：５１７３－５１７７ （１９９０）；Ｋａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．３：６４１－６４７ （１９９２）；Ｖａｎ ｄｅｎ Ｄｒｉｅｓｓｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ９６：１０３７９－１０３８４ （１９９９）；Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，ＡＳＡＩＯ Ｊ．４９：４０７－４１６ （２００３）；及びＸｕ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ １０２：６０８０－６０８５ （２００５）を参照）、レンチウイルスベクター（例えば、ＭｃＫａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｐｈａｒｍ．Ｄｅｓ．１７：２５２８－２５４１ （２０１１）；Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０９：２７９７－２８０５ （２００７）；及びＭａｔｒａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ５３：１６９６－１７０７ （２０１１）を参照）、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、Ｈｅｒｚｏｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ９１：４６００－４６０７ （１９９８）を参照）、及びアデノウイルスベクター（例えば、Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １０３：８０４－８１０ （２００４）及びＥｈｒｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ ９９：３９２３－３９３０ （２００２）を参照）。
【0083】
いくつかの実施形態では、調節配列は組織特異的な遺伝子発現能を付与する。場合によっては、組織特異的調節配列は、組織特異的な形で転写を誘導する組織特異的転写因子に結合する。そのような組織特異的調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）は当該技術分野では周知のものである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ニワトリβ－アクチンプロモーター、ｐｏｌ ＩＩプロモーター、またはｐｏｌ ＩＩＩプロモーターである。
【0084】
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは肝細胞のゲノム編集用に設計され、ウイルスベクターは肝細胞への発現を実質的に制限する１つ以上の肝臓特異的調節エレメントを含む。一般に、肝臓特異的調節エレメントは、肝臓でのみ発現することが知られている任意の遺伝子に由来し得る。ＷＯ２００９／１３０２０８では、α－アンチトリプシンとしても知られるセルピンペプチダーゼ阻害剤、クラーデＡメンバー１（ＳＥＲＰＩＮＡ１；遺伝子ＩＤ５２６５）、アポリポタンパク質Ｃ－Ｉ（ＡＰＯＣ１；遺伝子ＩＤ３４１）、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＶ（ＡＰＯＣ４；遺伝子ＩＤ３４６）、アポリポタンパク質Ｈ（ＡＰＯＨ；遺伝子ＩＤ３５０）、トランスサイレチン（ＴＴＲ；遺伝子ＩＤ７２７６）、アルブミン（ＡＬＢ；遺伝子ＩＤ２１３）、アルドラーゼＢ（ＡＬＤＯＢ；遺伝子ＩＤ２２９）、シトクロムＰ４５０、ファミリー２、サブファミリーＥ、ポリペプチド１（ＣＹＰ２Ｅ１；遺伝子ＩＤ１５７１）、フィブリノーゲンアルファ鎖（ＦＧＡ；遺伝子ＩＤ２２４３）、トランスフェリン（ＴＦ；遺伝子ＩＤ７０１８）、及びハプトグロビン関連タンパク質（ＨＰＲ；遺伝子ＩＤ３２５０）を含む、肝臓特異的に発現されるいくつかの遺伝子を特定している。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは、これらのタンパク質の１つ以上のゲノム座位に由来する肝臓特異的調節エレメントを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは、肝臓特異的プロモーターチロキシン結合グロブリン（ＴＢＧ）であり得る。あるいは、他の肝臓特異的プロモーターを使用してもよい（例えば、Ｔｈｅ Ｌｉｖｅｒ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｇｅｎｅ Ｐｒｏｍｏｔｅｒ Ｄａｔａｂａｓｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ｈｔｔｐ：／／ｒｕｌａｉ．ｃｓｈｌ．ｅｄｕ／ＬＳＰＤ／を参照、例えば、α１抗トリプシン（Ａ１ＡＴ）；ヒトアルブミン（Ｍｉｙａｔａｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７１：５１２４ ３２（１９９７））；ｈｕｍＡ１ｂ；Ｂ型肝炎ウイルスコアプロモーター（Ｓａｎｄｉｇ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．３：１００２ ９（１９９６））；またはＬＳＰ１。さらなるベクター及び調節エレメントが、例えば、Ｂａｒｕｔｅａｕ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｉｎｈｅｒｉｔ．Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓ．４０：４９７－５１７ （２０１７）に記載されている）。
【0085】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡはベクターの形態で細胞に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡと、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列とが、単一の核酸（例えば、同じベクター）で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡと、Ｃａｓエンドヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列とは、異なる核酸（例えば、異なるベクター）で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、ＲＮＡの形態で細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、例えば、ｇＲＮＡの安定性を高め、オフターゲット活性を低減し、及び／または編集効率を高めるように１つ以上の修飾を含むことができる。修飾の例としては、これらに限定されるものではないが、塩基修飾、骨格修飾、及びｇＲＮＡの長さの改変が挙げられる。例えば、Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（２０１８）９：３３１３；Ｍｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（２０１８）９：３６５１を参照されたい。さらに、核酸またはロック核酸を組み込むことで、ゲノム編集の特異性を高めることができる。例えば、Ｃｒｏｍｗｅｌｌ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（２０１８）９：１４４８；Ｓａｆａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｈａｒｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１７）１８：１３を参照されたい。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、ホスホロチオエート骨格修飾、２’－Ｏ－Ｍｅ－修飾糖（例えば、３’末端及び５’末端の一方または両方）、２’Ｆ－修飾糖、リボース糖の二環式ヌクレオチド－ｃＥｔによる置換、３’チオＰＡＣＥ （ＭＳＰ）、またはそれらの任意の組み合わせから選択される１つ以上の置換を含む。適切なｇＲＮＡ修飾は、例えば、Ｒａｈｄａｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ Ｄｅｃ．２２，２０１５ １１２ （５１） Ｅ７１１０－Ｅ７１１７；及びＨｅｎｄｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１５ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ；３３（９）：９８５－９８９に記載されている。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるｇＲＮＡは、１つ以上の２’－Ｏ－メチル－３’－ホスホロチオエートヌクレオチド、例えば、少なくとも２、３、４、５、または６個の２’－Ｏ－メチル－３’－ホスホロチオエートヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるｇＲＮＡは、３つの末端位置と５’末端に、及び／または３つの末端位置と３’末端に修飾ヌクレオチド（例えば、２’－Ｏ－メチル－３’－ホスホロチオエートヌクレオチド）を含む。
【0086】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、１つ以上の修飾塩基（例えば、２’Ｏ－メチルヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、１つ以上の修飾ウラシル塩基を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、１つ以上の修飾アデニン塩基を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、１つ以上の修飾グアニン塩基を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、１つ以上の修飾シトシン塩基を含む。
【0087】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、例えば、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、及びＯ’メチルリボースまたはデオキシリボース残基などの１つ以上の修飾ヌクレオチド間結合を含む。
【0088】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、ｇＲＮＡの３’末端及び／または５’末端に約１０ヌクレオチド～１００ヌクレオチドの延長部を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、約１０ヌクレオチド～１００ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～９０ヌクレオチド、約３０ヌクレオチド～８０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド～７０ヌクレオチド、約４０ヌクレオチド～６０ヌクレオチド、約５０ヌクレオチド～６０ヌクレオチドの延長部を含む。
【0089】
いくつかの実施形態では、ＣａｓエンドヌクレアーゼとｇＲＮＡはインビトロで予め形成され、リボ核タンパク質複合体として細胞内に導入される。Ｃａｓエンドヌクレアーゼ及びｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質複合体を導入する機構の例としては、これらに限定されるものではないが、エレクトロポレーション、カチオン性脂質、ＤＮＡナノクルー、及び細胞透過性ペプチドが挙げられる。例えば、Ｓａｆａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｈａｒｍａ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１７）１８（１３）；Ｙｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ （２０１７）１６： ３８７－３９９を参照されたい。
【0090】
小分子は、Ｃａｓエンドヌクレアーゼのゲノム編集を調節することが確認されている。Ｃａｓエンドヌクレアーゼゲノム編集を調節する可能性のある小分子の例としては、これらに限定されるものではないが、Ｌ７５５５０７、ブレフェルジンＡ、リガーゼＩＶ阻害剤ＳＣＲ７、ＶＥ－８２２、ＡＺＤ－７７６２が挙げられる。例えば、Ｈｕ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２０１６）２３： ５７－７３；Ｙｕ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ （２０１５）１６： １４２－１４７；Ｃｈｕ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１５）３３： ５４３－５４８： Ｍａｒｕｙａｍａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１５）３３： ５３８－５４２；及びＭａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ （２０１８）９：１３０３を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓエンドヌクレアーゼのゲノム編集性を高めるために細胞を１つ以上の小分子と接触させる。いくつかの実施形態では、対象に１つ以上の小分子を投与することでＣａｓエンドヌクレアーゼのゲノム編集性を高める。いくつかの実施形態では、細胞を１つ以上の小分子と接触させることで非相同末端結合を阻害し、及び／または相同組換え修復を促進する。
【0091】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のゲノム編集システム（または本明細書に記載の構成要素）は、局所的または全身的を問わず、任意の適切な様式または経路によって対象に投与することができる。全身投与様式には、経口経路及び非経口経路が含まれる。非経口経路としては、例として、静脈内、骨髄内、動脈内、筋肉内、皮内、皮下、くも膜下腔内、鼻腔内、及び腹腔内経路が挙げられる。局所投与様式としては、例として、海綿骨への骨髄内注射または骨髄腔への大腿内注射、及び門脈への注入が含まれる。
【0092】
投与は、定期的なボーラス（例えば、静脈内）として、または内部リザーバーまたは外部リザーバー（例えば、静脈内バッグまたは埋め込み型ポンプ）からの連続注入として与えることができる。各成分は、例えば、徐放性薬物送達デバイスからの連続放出によって局所的に投与することができる。
【0093】
さらに、各成分は、長期間にわたる放出を可能にするように製剤化されてもよい。放出システムは、生分解性材料のマトリックス、または組み込まれた成分を拡散によって放出する材料を含むことができる。各成分は、放出システム内に均一または不均一に分散させることができる。様々な放出システムが有用となりうるが、適切なシステムの選択は、特定の用途で必要とされる放出速度に依存する。非分解性放出システムと分解性放出システムの両方を使用できる。適当な放出システムとしては、これらに限定されるものではないが、ポリマー及びポリマーマトリックス、非ポリマーマトリックス、または無機及び有機の賦形剤ならびに希釈剤、例えば炭酸カルシウム及び糖（例えば、トレハロース）が挙げられる。放出システムは天然であっても合成であってもよい。しかしながら、合成放出システムは、一般に、より信頼性が高く、より再現性があり、より明確な放出プロファイルを与えることから好ましい。放出システムの材料は、異なる分子量を有する各成分が材料の拡散または材料の分解によって放出されるように選択することができる。
【0094】
代表的な合成生分解性ポリマーとしては、例えば、ポリ（アミノ酸）及びポリ（ペプチド）などのポリアミド；ポリ（乳酸）、ポリ（グリコール酸）、ポリ（乳酸－ｃｏ－グリコール酸）、及びポリ（カプロラクトン）などのポリエステル；ポリ（無水物）；ポリオルトエステル；ポリカーボネート；及びそれらの化学誘導体（化学基の置換、付加、例えば、アルキル、アルキレン、ヒドロキシル化、酸化、及び当業者によって日常的に行われる他の修飾）、コポリマー及びそれらの混合物が挙げられる。代表的な合成非分解性ポリマーとしては、例えば、ポリ（エチレンオキシド）、ポリ（エチレングリコール）、及びポリ（テトラメチレンオキシド）などのポリエーテル；ビニルポリマー（メチル、エチル、他のアルキル、ヒドロキシエチルメタクリレート、アクリル酸及びメタクリル酸などのポリアクリレート及びポリメタクリレート、ならびにポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルピロリドン）、及びポリ（酢酸ビニル）などの他のビニルポリマー）；ポリ（ウレタン）；セルロース及びその誘導体（例えば、アルキル、ヒドロキシアルキル、エーテル、エステル、ニトロセルロース、及び各種酢酸セルロース）；ポリシロキサン；及びそれらの任意の化学誘導体（化学基の置換、付加、例えば、アルキル、アルキレン、ヒドロキシル化、酸化、及び当業者によって日常的に行われる他の修飾）、コポリマー及びそれらの混合物が挙げられる。
【0095】
ポリ（ラクチド－ｃｏ－グリコリド）ミクロスフェアも使用できる。通常、ミクロスフェアは乳酸とグリコール酸のポリマーで構成されており、中空の球体を形成するように構造化されている。スフェアは直径約１５～３０ミクロンであり、本明細書に記載の各成分を充填することができる。
【0096】
ゲノム編集の標的
本開示には、標的遺伝子（例えば、Ｃ３）のゲノム編集に関連する組成物及び方法が含まれる。いくつかの実施形態では、標的遺伝子は、ヒトＣ３以外に、１つ以上の非ヒト種のＣ３、例えば非ヒト霊長類Ｃ３、例えばカニクイザルＣ３、または例えばグリーンモンキーである。カニクイザルＣ３遺伝子にはＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：１０２１３１４５８が割り当てられており、カニクイザルＣ３の予測されるアミノ酸配列及びヌクレオチド配列は、それぞれＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＸＰ＿００５５８７７７６．１及びＸＭ＿００５５８７７１９．２に記載されている。いくつかの実施形態では、標的遺伝子はヒトＣ３である。ヒトＣ３のアミノ酸配列及びｍＲＮＡ配列は当該技術分野では周知のものであり、一般に利用可能なデータベース、例えばＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（国立バイオテクノロジー情報センター）参照配列（ＲｅｆＳｅｑ）データベースで見つけることができ、それぞれ、参照配列アクセッション番号ＮＰ＿００００５５（アクセッションバージョン番号ＮＰ＿００００５５．２）及びＮＭ＿００００６４（アクセッションバージョン番号ＮＭ＿００００６４．４）に記載されている（この関連での「ｍＲＮＡ」とは、ゲノムＤＮＡで表されるＣ３のｍＲＮＡ配列を指すが、実際のｍＲＮＡのヌクレオチド配列はＴではなくＵを含むものとして理解される）。当業者には、前述の配列が補体Ｃ３プレプロタンパク質のものであり、切断されるために成熟タンパク質中には存在しないシグナル配列を含んでいる点は認識されよう。ヒトＣ３遺伝子にはＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：７１８が割り当てられており、ゲノムＣ３配列には参照配列アクセッション番号ＮＧ＿００９５５７（アクセッションバージョン番号ＮＧ＿００９５５７．１）を有している。ヒトＣ３遺伝子は第１９番染色体に位置しており、ヒトＣ３のゲノム配列は以下に示される（参照配列アクセッション番号ＮＧ＿００９５５７．１より）。
本開示には、標的遺伝子（例えば、Ｃ３）のゲノム編集に関連する組成物及び方法が含まれる。いくつかの実施形態では、標的遺伝子は、ヒトＣ３以外に、１つ以上の非ヒト種のＣ３、例えば非ヒト霊長類Ｃ３、例えばカニクイザルＣ３、または例えばグリーンモンキーである。カニクイザルＣ３遺伝子にはＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：１０２１３１４５８が割り当てられており、カニクイザルＣ３の予測されるアミノ酸配列及びヌクレオチド配列は、それぞれＮＣＢＩ参照配列アクセッション番号ＸＰ＿００５５８７７７６．１及びＸＭ＿００５５８７７１９．２に記載されている。いくつかの実施形態では、標的遺伝子はヒトＣ３である。ヒトＣ３のアミノ酸配列及びｍＲＮＡ配列は当該技術分野では周知のものであり、一般に利用可能なデータベース、例えばＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（国立バイオテクノロジー情報センター）参照配列（ＲｅｆＳｅｑ）データベースで見つけることができ、それぞれ、参照配列アクセッション番号ＮＰ＿００００５５（アクセッションバージョン番号ＮＰ＿００００５５．２）及びＮＭ＿００００６４（アクセッションバージョン番号ＮＭ＿００００６４．４）に記載されている（この関連での「ｍＲＮＡ」とは、ゲノムＤＮＡで表されるＣ３のｍＲＮＡ配列を指すが、実際のｍＲＮＡのヌクレオチド配列はＴではなくＵを含むものとして理解される）。当業者には、前述の配列が補体Ｃ３プレプロタンパク質のものであり、切断されるために成熟タンパク質中には存在しないシグナル配列を含んでいる点は認識されよう。ヒトＣ３遺伝子にはＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ：７１８が割り当てられており、ゲノムＣ３配列には参照配列アクセッション番号ＮＧ＿００９５５７（アクセッションバージョン番号ＮＧ＿００９５５７．１）を有している。ヒトＣ３遺伝子は第１９番染色体に位置しており、ヒトＣ３のゲノム配列は以下に示される（参照配列アクセッション番号ＮＧ＿００９５５７．１より）。
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【0097】
以下の表１に示すように、ヒトＣ３遺伝子には４１個のエクソンがある。
【表2-1】
【表2-2】
【0098】
ヒトＣ３のアミノ酸配列を以下に示す。
ＭＧＰＴＳＧＰＳＬＬＬＬＬＬＴＨＬＰＬＡＬＧＳＰＭＹＳＩＩＴＰＮＩＬＲＬＥＳＥＥＴＭＶＬＥＡＨＤＡＱＧＤＶＰＶＴＶＴＶＨＤＦＰＧＫＫＬＶＬＳＳＥＫＴＶＬＴＰＡＴＮＨＭＧＮＶＴＦＴＩＰＡＮＲＥＦＫＳＥＫＧＲＮＫＦＶＴＶＱＡＴＦＧＴＱＶＶＥＫＶＶＬＶＳＬＱＳＧＹＬＦＩＱＴＤＫＴＩＹＴＰＧＳＴＶＬＹＲＩＦＴＶＮＨＫＬＬＰＶＧＲＴＶＭＶＮＩＥＮＰＥＧＩＰＶＫＱＤＳＬＳＳＱＮＱＬＧＶＬＰＬＳＷＤＩＰＥＬＶＮＭＧＱＷＫＩＲＡＹＹＥＮＳＰＱＱＶＦＳＴＥＦＥＶＫＥＹＶＬＰＳＦＥＶＩＶＥＰＴＥＫＦＹＹＩＹＮＥＫＧＬＥＶＴＩＴＡＲＦＬＹＧＫＫＶＥＧＴＡＦＶＩＦＧＩＱＤＧＥＱＲＩＳＬＰＥＳＬＫＲＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲＫＶＬＬＤＧＶＱＮＰＲＡＥＤＬＶＧＫＳＬＹＶＳＡＴＶＩＬＨＳＧＳＤＭＶＱＡＥＲＳＧＩＰＩＶＴＳＰＹＱＩＨＦＴＫＴＰＫＹＦＫＰＧＭＰＦＤＬＭＶＦＶＴＮＰＤＧＳＰＡＹＲＶＰＶＡＶＱＧＥＤＴＶＱＳＬＴＱＧＤＧＶＡＫＬＳＩＮＴＨＰＳＱＫＰＬＳＩＴＶＲＴＫＫＱＥＬＳＥＡＥＱＡＴＲＴＭＱＡＬＰＹＳＴＶＧＮＳＮＮＹＬＨＬＳＶＬＲＴＥＬＲＰＧＥＴＬＮＶＮＦＬＬＲＭＤＲＡＨＥＡＫＩＲＹＹＴＹＬＩＭＮＫＧＲＬＬＫＡＧＲＱＶＲＥＰＧＱＤＬＶＶＬＰＬＳＩＴＴＤＦＩＰＳＦＲＬＶＡＹＹＴＬＩＧＡＳＧＱＲＥＶＶＡＤＳＶＷＶＤＶＫＤＳＣＶＧＳＬＶＶＫＳＧＱＳＥＤＲＱＰＶＰＧＱＱＭＴＬＫＩＥＧＤＨＧＡＲＶＶＬＶＡＶＤＫＧＶＦＶＬＮＫＫＮＫＬＴＱＳＫＩＷＤＶＶＥＫＡＤＩＧＣＴＰＧＳＧＫＤＹＡＧＶＦＳＤＡＧＬＴＦＴＳＳＳＧＱＱＴＡＱＲＡＥＬＱＣＰＱＰＡＡＲＲＲＲＳＶＱＬＴＥＫＲＭＤＫＶＧＫＹＰＫＥＬＲＫＣＣＥＤＧＭＲＥＮＰＭＲＦＳＣＱＲＲＴＲＦＩＳＬＧＥＡＣＫＫＶＦＬＤＣＣＮＹＩＴＥＬＲＲＱＨＡＲＡＳＨＬＧＬＡＲＳＮＬＤＥＤＩＩＡＥＥＮＩＶＳＲＳＥＦＰＥＳＷＬＷＮＶＥＤＬＫＥＰＰＫＮＧＩＳＴＫＬＭＮＩＦＬＫＤＳＩＴＴＷＥＩＬＡＶＳＭＳＤＫＫＧＩＣＶＡＤＰＦＥＶＴＶＭＱＤＦＦＩＤＬＲＬＰＹＳＶＶＲＮＥＱＶＥＩＲＡＶＬＹＮＹＲＱＮＱＥＬＫＶＲＶＥＬＬＨＮＰＡＦＣＳＬＡＴＴＫＲＲＨＱＱＴＶＴＩＰＰＫＳＳＬＳＶＰＹＶＩＶＰＬＫＴＧＬＱＥＶＥＶＫＡＡＶＹＨＨＦＩＳＤＧＶＲＫＳＬＫＶＶＰＥＧＩＲＭＮＫＴＶＡＶＲＴＬＤＰＥＲＬＧＲＥＧＶＱＫＥＤＩＰＰＡＤＬＳＤＱＶＰＤＴＥＳＥＴＲＩＬＬＱＧＴＰＶＡＱＭＴＥＤＡＶＤＡＥＲＬＫＨＬＩＶＴＰＳＧＣＧＥＱＮＭＩＧＭＴＰＴＶＩＡＶＨＹＬＤＥＴＥＱＷＥＫＦＧＬＥＫＲＱＧＡＬＥＬＩＫＫＧＹＴＱＱＬＡＦＲＱＰＳＳＡＦＡＡＦＶＫＲＡＰＳＴＷＬＴＡＹＶＶＫＶＦＳＬＡＶＮＬＩＡＩＤＳＱＶＬＣＧＡＶＫＷＬＩＬＥＫＱＫＰＤＧＶＦＱＥＤＡＰＶＩＨＱＥＭＩＧＧＬＲＮＮＮＥＫＤＭＡＬＴＡＦＶＬＩＳＬＱＥＡＫＤＩＣＥＥＱＶＮＳＬＰＧＳＩＴＫＡＧＤＦＬＥＡＮＹＭＮＬＱＲＳＹＴＶＡＩＡＧＹＡＬＡＱＭＧＲＬＫＧＰＬＬＮＫＦＬＴＴＡＫＤＫＮＲＷＥＤＰＧＫＱＬＹＮＶＥＡＴＳＹＡＬＬＡＬＬＱＬＫＤＦＤＦＶＰＰＶＶＲＷＬＮＥＱＲＹＹＧＧＧＹＧＳＴＱＡＴＦＭＶＦＱＡＬＡＱＹＱＫＤＡＰＤＨＱＥＬＮＬＤＶＳＬＱＬＰＳＲＳＳＫＩＴＨＲＩＨＷＥＳＡＳＬＬＲＳＥＥＴＫＥＮＥＧＦＴＶＴＡＥＧＫＧＱＧＴＬＳＶＶＴＭＹＨＡＫＡＫＤＱＬＴＣＮＫＦＤＬＫＶＴＩＫＰＡＰＥＴＥＫＲＰＱＤＡＫＮＴＭＩＬＥＩＣＴＲＹＲＧＤＱＤＡＴＭＳＩＬＤＩＳＭＭＴＧＦＡＰＤＴＤＤＬＫＱＬＡＮＧＶＤＲＹＩＳＫＹＥＬＤＫＡＦＳＤＲＮＴＬＩＩＹＬＤＫＶＳＨＳＥＤＤＣＬＡＦＫＶＨＱＹＦＮＶＥＬＩＱＰＧＡＶＫＶＹＡＹＹＮＬＥＥＳＣＴＲＦＹＨＰＥＫＥＤＧＫＬＮＫＬＣＲＤＥＬＣＲＣＡＥＥＮＣＦＩＱＫＳＤＤＫＶＴＬＥＥＲＬＤＫＡＣＥＰＧＶＤＹＶＹＫＴＲＬＶＫＶＱＬＳＮＤＦＤＥＹＩＭＡＩＥＱＴＩＫＳＧＳＤＥＶＱＶＧＱＱＲＴＦＩＳＰＩＫＣＲＥＡＬＫＬＥＥＫＫＨＹＬＭＷＧＬＳＳＤＦＷＧＥＫＰＮＬＳＹＩＩＧＫＤＴＷＶＥＨＷＰＥＥＤＥＣＱＤＥＥＮＱＫＱＣＱＤＬＧＡＦＴＥＳＭＶＶＦＧＣＰＮ （配列番号２）
ＭＧＰＴＳＧＰＳＬＬＬＬＬＬＴＨＬＰＬＡＬＧＳＰＭＹＳＩＩＴＰＮＩＬＲＬＥＳＥＥＴＭＶＬＥＡＨＤＡＱＧＤＶＰＶＴＶＴＶＨＤＦＰＧＫＫＬＶＬＳＳＥＫＴＶＬＴＰＡＴＮＨＭＧＮＶＴＦＴＩＰＡＮＲＥＦＫＳＥＫＧＲＮＫＦＶＴＶＱＡＴＦＧＴＱＶＶＥＫＶＶＬＶＳＬＱＳＧＹＬＦＩＱＴＤＫＴＩＹＴＰＧＳＴＶＬＹＲＩＦＴＶＮＨＫＬＬＰＶＧＲＴＶＭＶＮＩＥＮＰＥＧＩＰＶＫＱＤＳＬＳＳＱＮＱＬＧＶＬＰＬＳＷＤＩＰＥＬＶＮＭＧＱＷＫＩＲＡＹＹＥＮＳＰＱＱＶＦＳＴＥＦＥＶＫＥＹＶＬＰＳＦＥＶＩＶＥＰＴＥＫＦＹＹＩＹＮＥＫＧＬＥＶＴＩＴＡＲＦＬＹＧＫＫＶＥＧＴＡＦＶＩＦＧＩＱＤＧＥＱＲＩＳＬＰＥＳＬＫＲＩＰＩＥＤＧＳＧＥＶＶＬＳＲＫＶＬＬＤＧＶＱＮＰＲＡＥＤＬＶＧＫＳＬＹＶＳＡＴＶＩＬＨＳＧＳＤＭＶＱＡＥＲＳＧＩＰＩＶＴＳＰＹＱＩＨＦＴＫＴＰＫＹＦＫＰＧＭＰＦＤＬＭＶＦＶＴＮＰＤＧＳＰＡＹＲＶＰＶＡＶＱＧＥＤＴＶＱＳＬＴＱＧＤＧＶＡＫＬＳＩＮＴＨＰＳＱＫＰＬＳＩＴＶＲＴＫＫＱＥＬＳＥＡＥＱＡＴＲＴＭＱＡＬＰＹＳＴＶＧＮＳＮＮＹＬＨＬＳＶＬＲＴＥＬＲＰＧＥＴＬＮＶＮＦＬＬＲＭＤＲＡＨＥＡＫＩＲＹＹＴＹＬＩＭＮＫＧＲＬＬＫＡＧＲＱＶＲＥＰＧＱＤＬＶＶＬＰＬＳＩＴＴＤＦＩＰＳＦＲＬＶＡＹＹＴＬＩＧＡＳＧＱＲＥＶＶＡＤＳＶＷＶＤＶＫＤＳＣＶＧＳＬＶＶＫＳＧＱＳＥＤＲＱＰＶＰＧＱＱＭＴＬＫＩＥＧＤＨＧＡＲＶＶＬＶＡＶＤＫＧＶＦＶＬＮＫＫＮＫＬＴＱＳＫＩＷＤＶＶＥＫＡＤＩＧＣＴＰＧＳＧＫＤＹＡＧＶＦＳＤＡＧＬＴＦＴＳＳＳＧＱＱＴＡＱＲＡＥＬＱＣＰＱＰＡＡＲＲＲＲＳＶＱＬＴＥＫＲＭＤＫＶＧＫＹＰＫＥＬＲＫＣＣＥＤＧＭＲＥＮＰＭＲＦＳＣＱＲＲＴＲＦＩＳＬＧＥＡＣＫＫＶＦＬＤＣＣＮＹＩＴＥＬＲＲＱＨＡＲＡＳＨＬＧＬＡＲＳＮＬＤＥＤＩＩＡＥＥＮＩＶＳＲＳＥＦＰＥＳＷＬＷＮＶＥＤＬＫＥＰＰＫＮＧＩＳＴＫＬＭＮＩＦＬＫＤＳＩＴＴＷＥＩＬＡＶＳＭＳＤＫＫＧＩＣＶＡＤＰＦＥＶＴＶＭＱＤＦＦＩＤＬＲＬＰＹＳＶＶＲＮＥＱＶＥＩＲＡＶＬＹＮＹＲＱＮＱＥＬＫＶＲＶＥＬＬＨＮＰＡＦＣＳＬＡＴＴＫＲＲＨＱＱＴＶＴＩＰＰＫＳＳＬＳＶＰＹＶＩＶＰＬＫＴＧＬＱＥＶＥＶＫＡＡＶＹＨＨＦＩＳＤＧＶＲＫＳＬＫＶＶＰＥＧＩＲＭＮＫＴＶＡＶＲＴＬＤＰＥＲＬＧＲＥＧＶＱＫＥＤＩＰＰＡＤＬＳＤＱＶＰＤＴＥＳＥＴＲＩＬＬＱＧＴＰＶＡＱＭＴＥＤＡＶＤＡＥＲＬＫＨＬＩＶＴＰＳＧＣＧＥＱＮＭＩＧＭＴＰＴＶＩＡＶＨＹＬＤＥＴＥＱＷＥＫＦＧＬＥＫＲＱＧＡＬＥＬＩＫＫＧＹＴＱＱＬＡＦＲＱＰＳＳＡＦＡＡＦＶＫＲＡＰＳＴＷＬＴＡＹＶＶＫＶＦＳＬＡＶＮＬＩＡＩＤＳＱＶＬＣＧＡＶＫＷＬＩＬＥＫＱＫＰＤＧＶＦＱＥＤＡＰＶＩＨＱＥＭＩＧＧＬＲＮＮＮＥＫＤＭＡＬＴＡＦＶＬＩＳＬＱＥＡＫＤＩＣＥＥＱＶＮＳＬＰＧＳＩＴＫＡＧＤＦＬＥＡＮＹＭＮＬＱＲＳＹＴＶＡＩＡＧＹＡＬＡＱＭＧＲＬＫＧＰＬＬＮＫＦＬＴＴＡＫＤＫＮＲＷＥＤＰＧＫＱＬＹＮＶＥＡＴＳＹＡＬＬＡＬＬＱＬＫＤＦＤＦＶＰＰＶＶＲＷＬＮＥＱＲＹＹＧＧＧＹＧＳＴＱＡＴＦＭＶＦＱＡＬＡＱＹＱＫＤＡＰＤＨＱＥＬＮＬＤＶＳＬＱＬＰＳＲＳＳＫＩＴＨＲＩＨＷＥＳＡＳＬＬＲＳＥＥＴＫＥＮＥＧＦＴＶＴＡＥＧＫＧＱＧＴＬＳＶＶＴＭＹＨＡＫＡＫＤＱＬＴＣＮＫＦＤＬＫＶＴＩＫＰＡＰＥＴＥＫＲＰＱＤＡＫＮＴＭＩＬＥＩＣＴＲＹＲＧＤＱＤＡＴＭＳＩＬＤＩＳＭＭＴＧＦＡＰＤＴＤＤＬＫＱＬＡＮＧＶＤＲＹＩＳＫＹＥＬＤＫＡＦＳＤＲＮＴＬＩＩＹＬＤＫＶＳＨＳＥＤＤＣＬＡＦＫＶＨＱＹＦＮＶＥＬＩＱＰＧＡＶＫＶＹＡＹＹＮＬＥＥＳＣＴＲＦＹＨＰＥＫＥＤＧＫＬＮＫＬＣＲＤＥＬＣＲＣＡＥＥＮＣＦＩＱＫＳＤＤＫＶＴＬＥＥＲＬＤＫＡＣＥＰＧＶＤＹＶＹＫＴＲＬＶＫＶＱＬＳＮＤＦＤＥＹＩＭＡＩＥＱＴＩＫＳＧＳＤＥＶＱＶＧＱＱＲＴＦＩＳＰＩＫＣＲＥＡＬＫＬＥＥＫＫＨＹＬＭＷＧＬＳＳＤＦＷＧＥＫＰＮＬＳＹＩＩＧＫＤＴＷＶＥＨＷＰＥＥＤＥＣＱＤＥＥＮＱＫＱＣＱＤＬＧＡＦＴＥＳＭＶＶＦＧＣＰＮ （配列番号２）
【0099】
いくつかの実施形態では、標的核酸は、本明細書に記載の補体タンパク質をコードするポリヌクレオチド、例えば、Ｃ３をコードするポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的核酸は、ヒトＣ３ゲノム配列（例えば、配列番号１、例えば、表１に記載されるエクソン）のエクソン（またはその一部）であるか、またはこれを含む。いくつかの実施形態では、標的核酸は、ヒトＣ３ゲノム配列（配列番号１）のイントロン（またはその一部）であるか、またはこれを含む。
【0100】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、ヒトＣ３ゲノム配列（例えば、配列番号１、例えば、表１に記載されるエクソン）のエクソン（またはその一部）内、及び／またはヒトＣ３ゲノム配列（例えば、配列番号１）のイントロン（またはその一部）内の１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、及び／または挿入を含む。
【0101】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、一塩基編集を含む。いくつかの実施形態では、一塩基編集は、例えば野生型補体タンパク質（例えばＣ３）と比較して、補体タンパク質（例えばＣ３）の発現及び／または機能を低下させる。いくつかの実施形態では、一塩基編集は、例えば野生型Ｃ３タンパク質と比較して、切断型及び／または非機能性Ｃ３タンパク質をもたらす中途終止コドンをＣ３コード配列中に導入する。特定の実施形態では、中途終止コドンは、ＴＡＧ（アンバー）、ＴＧＡ（オパール）、またはＴＡＡ（オーカー）である。
【0102】
いくつかの実施形態では、中途終止コドンは、Ｃの脱アミノ化（本明細書に記載の塩基エディター及び適切なゲノム座位を標的とするｇＲＮＡを使用した）による、コーディング鎖上のＣＡＧからＴＡＧへの変化から生じる。いくつかの実施形態では、中途終止コドンは、Ｃの脱アミノ化（本明細書に記載の塩基エディター及び適切なゲノム座位を標的とするｇＲＮＡを使用した）による、コーディング鎖上のＣＧＡからＴＧＡへの変化から生じる。いくつかの実施形態では、中途終止コドンは、Ｃの脱アミノ化（本明細書に記載の塩基エディター及び適切なゲノム座位を標的とするｇＲＮＡを使用した）による、コーディング鎖上のＣＡＡからＴＡＡへの変化から生じる。標的遺伝子（例えば、Ｃ３などの補体タンパク質をコードする遺伝子）内の任意の「ＣＡＧ」、「ＣＧＡ」、及び／または、それぞれ、「ＣＡＡ」コドンは、「ＴＡＧ」、「ＴＧＡ」、または「ＴＡＡ」に編集することができる。対応する終止コドンに編集することができるヒトＣ３遺伝子内のコドンの例を表２に示す。
表２：終止コドンを導入するためのヒトＣ３遺伝子（配列番号１）に対する例示的な一塩基編集
表２：終止コドンを導入するためのヒトＣ３遺伝子（配列番号１）に対する例示的な一塩基編集
【表3-1】
【表3-2】
【表3-3】
【表3-4】
【表3-5】
【0103】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、Ｃ３コンバターゼによって切断される能力が低下しているか、かつ／または切断されない変異体Ｃ３タンパク質の発現をもたらすヒトＣ３遺伝子の編集を含む。いくつかの実施形態では、このような変異体Ｃ３タンパク質は、Ｃ３コンバターゼの競合阻害剤である（例えば、変異体Ｃ３タンパク質はＣ３コンバターゼに結合するが、Ｃ３コンバターゼによって切断されない）。このような編集は、Ｃ３の推定される切断部位内及び／またはその近傍の領域をコードする核酸を標的とすることによって行うことができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号２のアミノ酸６６２～６８１のうちの１つ以上（例えば、配列番号２のアミノ酸６６５～６７１のうちの１つ以上）をコードするコドンの１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、及び／または挿入を含む。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号２のアミノ酸６６２～６８１のうちの１つ以上（例えば、配列番号２のアミノ酸６６５～６７１のうちの１つ以上）をコードするコドンの全部または一部を欠失させる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号２のアミノ酸６６２～６８１のうちの１つ以上（例えば、配列番号２のアミノ酸６６５～６７１のうちの１つ以上）をコードするコドンの一塩基編集を含み、編集後のコドンは元のアミノ酸とは異なるアミノ酸をコードするようになる。いくつかの実施形態では、そのような一塩基編集は、本明細書に記載の塩基編集と、適切なゲノム座位を標的とするｇＲＮＡとを使用して行われる。切断部位を除去及び／または無効化するための例示的な一塩基編集を表３に記載する。
表３：切断部位を除去するためのＣ３遺伝子への例示的な一塩基編集
表３：切断部位を除去するためのＣ３遺伝子への例示的な一塩基編集
【表4】
【0104】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、チオエステルドメイン内に変異を有するＣ３タンパク質の発現をもたらすヒトＣ３遺伝子の編集を含む（例えば、Ｉｓａａｃ ｅｔ ａｌ．， ＪＢＣ ２６７：１００６２－１００６９ （１９９２）を参照）。いくつかの実施形態では、このような突然変異は、野生型Ｃ３と比較して、チオエステルドメインの機能の低下をもたらす。このような編集は、チオエステルドメイン内の領域をコードする核酸を標的とすることによって行うことができる。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号１のエクソン２４～３０のうちの１つ以上のヌクレオチドの１つ以上の欠失、置換、及び／または挿入を含む（表１を参照）。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号１のエクソン２４の１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換、及び／または挿入を含む（表１を参照）。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号２のアミノ酸１００５～１０２１のうちの１つ以上をコードするコドンの全部または一部の欠失、置換、及び／または挿入を含む。いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、配列番号２のアミノ酸１００５～１０２１のうちの１つ以上をコードするコドンの一塩基編集を含み、編集後のコドンは元のアミノ酸とは異なるアミノ酸をコードするようになる。いくつかの実施形態では、そのような一塩基編集は、本明細書に記載の塩基編集と、適切なゲノム座位を標的とするｇＲＮＡとを使用して行われる。チオエステルドメインをコードするコドンに対する例示的な一塩基編集を表４に記載する。
表４：チオエステルドメインをコードするＣ３遺伝子内の例示的な一塩基編集
表４：チオエステルドメインをコードするＣ３遺伝子内の例示的な一塩基編集
【表5】
【0105】
Ｃ３Ｓ（白人及びアジア人集団における頻度がそれぞれ０．７９及び０．９９）とＣ３Ｆという、Ｃ３の２つの主要な多型アロタイプが知られている（例えば、Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．， ＪＢＣ ２９０：２３３４－２３５０（２０１５）を参照）。Ｃ３Ｆは、ＩｇＡ腎症、全身性血管炎、部分的リポジストロフィー、膜性増殖性糸球体腎炎ＩＩ型、加齢黄斑変性などの疾患と関連している。Ｃ３Ｓが、配列番号２に示されるように１０２位にＡｒｇを含むのに対して、Ｃ３Ｆは配列番号２の１０２位に（Ａｒｇの代わりに）Ｇｌｙを含む。１０２位にＡｒｇがあることで、活性を調節する塩橋が形成される（Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ ｅｔ ａｌ．， ＪＢＣ ２９０：２３３４－２３５０（２０１５）を参照）。
【0106】
いくつかの実施形態では、ゲノム編集は、ヒトＣ３Ｓタンパク質の発現をもたらすヒトＣ３Ｆ発現遺伝子の編集を含む。このような編集は、例えば表５に示すように、配列番号２の１０２位のＧｌｙをコードするコドンを標的とすることによって行うことができる。
表５：１０２位のＧｌｙをコードするＣ３コドンに対する例示的な編集
表５：１０２位のＧｌｙをコードするＣ３コドンに対する例示的な編集
【表6】
【0107】
補体媒介性疾患及び疾病
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療（例えば、本明細書に記載のゲノム編集システム）は、臓器、組織、または細胞に対する補体媒介性傷害に罹患している、またはそのリスクがある対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、臓器、組織、または細胞に対する補体媒介性傷害に罹患している、または補体媒介性傷害のリスクがある対象に、１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子治療は、エクスビボで臓器、組織、または細胞と接触させられる。この臓器、組織、または細胞を対象に導入することができ、これが行われなければレシピエントの補体系によって引き起こされるであろう傷害から保護することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療（例えば、本明細書に記載のゲノム編集システム）は、臓器、組織、または細胞に対する補体媒介性傷害に罹患している、またはそのリスクがある対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、臓器、組織、または細胞に対する補体媒介性傷害に罹患している、または補体媒介性傷害のリスクがある対象に、１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子治療は、エクスビボで臓器、組織、または細胞と接触させられる。この臓器、組織、または細胞を対象に導入することができ、これが行われなければレシピエントの補体系によって引き起こされるであろう傷害から保護することができる。
【0108】
特定の対象とする用途には以下が含まれる：（１）発作性夜間ヘモグロビン尿症または非定型溶血性尿毒症症候群または補体媒介性ＲＢＣ溶解を特徴とするその他の疾患などの疾患を有する個人において補体媒介性傷害から赤血球（ＲＢＣ）を保護する。（２）移植された臓器、組織、細胞を補体媒介性傷害から保護する。（３）虚血／再灌流（Ｉ／Ｒ）損傷を軽減する（例えば、外傷、血管閉塞、心筋梗塞、またはＩ／Ｒ傷害が発生し得る他の状況を有する個人の）。及び（４）補体成分に曝露され得る様々な身体構造（例えば、網膜）または膜（例えば、滑膜）を、広範な異なる補体媒介性疾患のいずれかにおける補体媒介性傷害から保護する。細胞の表面または他の身体構造における補体活性化の阻害の有益な効果は、直接的な補体媒介性傷害からの細胞または構造自体の保護（例えば、細胞溶解の防止）から直接生じるものに限定されない。例えば、補体活性化を阻害することにより、アナフィラトキシンの生成及びその結果生じる好中球の流入／活性化及び他の炎症促進性事象が減少し、及び／または潜在的に有害な細胞内容物の放出が減少し、それによって遠隔の臓器系または全身にわたって有益な効果をもたらす可能性がある。
【0109】
Ａ．血球の保護
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、補体媒介性傷害から血球を保護するために使用される。血球は、血液の任意の細胞成分、例えば、赤血球（ＲＢＣ）、白血球（ＷＢＣ）、及び／または血小板であり得る。様々な疾患が、補体を介した血球への傷害に関連している。このような疾患は、例えば、個人の細胞性ＣＲＰまたは可溶性ＣＲＰの１つ以上における欠損または欠陥、例えば、（ａ）そのようなタンパク質をコードした遺伝子（複数可）の変異（複数可）、（ｂ）１つ以上のＣＲＰの生成または適切な機能に必要とされる遺伝子の変異（複数可）、及び／または（ｃ）１つ以上のＣＲＰに対する自己抗体の存在から生じ得る。補体媒介性のＲＢＣ溶解は、様々な原因（多くの場合、特発性）によって発生し得る、ＲＢＣ抗原に対する自己抗体の存在によって生じ得る。ＣＲＰをコードする遺伝子にそのような変異（複数可）を有する個人、及び／またはＣＲＰに対する、または自身のＲＢＣに対する抗体を有する個人は、補体媒介性ＲＢＣ傷害が関与する疾患のリスクが高い。ある障害に特徴的なエピソードを１つ以上経験した個人は、再発のリスクが高くなる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、補体媒介性傷害から血球を保護するために使用される。血球は、血液の任意の細胞成分、例えば、赤血球（ＲＢＣ）、白血球（ＷＢＣ）、及び／または血小板であり得る。様々な疾患が、補体を介した血球への傷害に関連している。このような疾患は、例えば、個人の細胞性ＣＲＰまたは可溶性ＣＲＰの１つ以上における欠損または欠陥、例えば、（ａ）そのようなタンパク質をコードした遺伝子（複数可）の変異（複数可）、（ｂ）１つ以上のＣＲＰの生成または適切な機能に必要とされる遺伝子の変異（複数可）、及び／または（ｃ）１つ以上のＣＲＰに対する自己抗体の存在から生じ得る。補体媒介性のＲＢＣ溶解は、様々な原因（多くの場合、特発性）によって発生し得る、ＲＢＣ抗原に対する自己抗体の存在によって生じ得る。ＣＲＰをコードする遺伝子にそのような変異（複数可）を有する個人、及び／またはＣＲＰに対する、または自身のＲＢＣに対する抗体を有する個人は、補体媒介性ＲＢＣ傷害が関与する疾患のリスクが高い。ある障害に特徴的なエピソードを１つ以上経験した個人は、再発のリスクが高くなる。
【0110】
発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）は、補体媒介性血管内溶血、ヘモグロビン尿症、骨髄不全、及び血小板増加症（血栓ができる傾向）を特徴とする後天性溶血性貧血を含む比較的まれな疾患である。ＰＮＨは、全世界で１００万人当たり１６人が罹患していると推定され、男女問わず発症し、あらゆる年齢で発症する可能性があり、しばしば若年者で発症する（Ｂｅｓｓｌｅｒ，Ｍ． ＆ Ｈｉｋｅｎ，Ｊ．，Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｅｄｕｃ Ｐｒｏｇｒａｍ，１０４－１１０（２００８）；Ｈｉｌｌｍｅｎ，Ｐ．Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｅｄｕｃ Ｐｒｏｇｒａｍ，１１６－１２３（２００８））。ＰＮＨは、急性溶血エピソードを交えた慢性の衰弱性疾患であり、高い死亡率と平均余命の短縮をもたらす。多くの患者は貧血以外に腹痛、嚥下障害、勃起不全、肺高血圧症を有し、腎不全及び血栓塞栓症の高いリスクを有する。
【0111】
ＰＮＨは１８００年代に別個の病態として初めて記載されたが、補体活性化の別経路の発見により、ＰＮＨにおける溶血の原因が明確に確立されたのはようやく１９５０年代に入ってからである（Ｐａｒｋｅｒ ＣＪ．Ｐａｒｏｘｙｓｍａｌ ｎｏｃｔｕｒｎａｌ ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ：ａｎ ｈｉｓｔｏｒｉｃａｌ ｏｖｅｒｖｉｅｗ．Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｅｄｕｃ Ｐｒｏｇｒａｍ． ９３－１０３（２００８））． ＣＤ５５及びＣＤ５９は通常、グリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカー（特定のタンパク質を細胞膜に固定する糖脂質構造）を介して細胞膜に結合されている。ＰＮＨは、ＧＰＩアンカーの合成に関与するタンパク質をコードするＰＩＧＡ遺伝子に体細胞変異を獲得した造血幹細胞（複数可）の非悪性クローン増殖の結果として発生する（Ｔａｋｅｄａ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｏｆ ｔｈｅ ＧＰＩ ａｎｃｈｏｒ ｃａｕｓｅｄ ｂｙ ａ ｓｏｍａｔｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＰＩＧ－Ａ ｇｅｎｅ ｉｎ ｐａｒｏｘｙｓｍａｌ ｎｏｃｔｕｒｎａｌ ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ．Ｃｅｌｌ．７３：７０３－７１１（１９９３））。このような幹細胞の子孫は、ＣＤ５５及びＣＤ５９などのＧＰＩアンカータンパク質が欠損している。この欠陥により、これらの細胞は補体媒介性赤血球溶解を受けやすくなる。ＧＰＩアンカータンパク質に対する抗体を使用したフローサイトメトリー分析が、しばしば診断に使用されている。この分析法は、細胞表面のＧＰＩアンカータンパク質の欠損を検出し、欠損の程度と罹患細胞の割合を決定することができる（Ｂｒｏｄｓｋｙ ＲＡ． Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ ｐａｒｏｘｙｓｍａｌ ｎｏｃｔｕｒｎａｌ ｈｅｍｏｇｌｏｂｉｎｕｒｉａ．Ｂｌｏｏｄ Ｒｅｖ．２２（２）：６５－７４ （２００８））。ＰＮＨ ＩＩＩ型のＲＢＣではＧＰＩ結合タンパク質が完全に欠損しており、補体に対して非常に感受性が高いのに対し、ＰＮＨ ＩＩ型のＲＢＣでは部分欠損しており、感受性は低い。ＦＬＡＥＲは、プロアエロリジン（ＧＰＩアンカーに結合する細菌毒素）の蛍光標識された不活性バリアントであり、ＰＮＨの診断にフローサイトメトリーと併用されつつある。ＦＬＡＥＲの顆粒球への結合の欠如は、ＰＮＨの診断に十分である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、ＰＮＨのＲＢＣをＣ３ｂの沈着から保護する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、ＰＮＨに罹患している対象における血管内及び血管外の溶血を阻害する。
【0112】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、非典型溶血性尿毒症症候群（ａＨＵＳ）に罹患している対象に投与される。ａＨＵＳは、微小血管障害性溶血性貧血、血小板減少症、及び急性腎不全を特徴とする慢性疾患であり、不適切な補体活性化によって引き起こされ、多くの場合、補体調節タンパク質をコードする遺伝子の変異が原因である（Ｗａｒｗｉｃｋｅｒ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ ５３，８３６－８４４（１９９８）；Ｋａｖａｎａｇｈ， Ｄ．＆ Ｇｏｏｄｓｈｉｐ，Ｔ．Ｐｅｄｉａｔｒ Ｎｅｐｈｒｏｌ ２５，２４３１－２４４２（２０１０）．補体Ｈ因子（ＣＦＨ）遺伝子の変異は、ａＨＵＳ患者で最も一般的な遺伝子異常であり、これらの患者の６０～７０％が発症後１年以内に死亡するか、末期腎不全に達する（Ｋａｖａｎａｇｈ ＆ Ｇｏｏｄｓｈｉｐ、前出） 第Ｉ因子、Ｂ因子、Ｃ３、Ｈ因子関連タンパク質１～５、及びトロンボモジュリンの変異も報告されている。ａＨＵＳの他の原因としては、ＣＦＨなどの補体調節タンパク質に対する自己抗体が挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、Ｉ因子、Ｂ因子、Ｃ３、Ｈ因子関連タンパク質１～５、またはトロンボモジュリンの変異を有することが確認されているか、または補体調節タンパク質、例えばＣＦＨに対する抗体を有することが確認されている対象に投与される。
【0113】
補体媒介性溶血は、ＲＢＣに結合して補体媒介性溶血を引き起こす抗体が関与する自己免疫性溶血性貧血など、他の様々な病態でも発生する。例えば、そのような溶血は、原発性慢性寒冷凝集素症ならびに薬物及び他の異物に対する特定の反応で起こり得る（Ｂｅｒｅｎｔｓｅｎ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ １２，３６１－３７０ （２００７）；Ｒｏｓｓｅ，Ｗ．Ｆ．，Ｈｉｌｌｍｅｎ，Ｐ．＆Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ａ．Ｄ．Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ａｍ Ｓｏｃ Ｈｅｍａｔｏｌ Ｅｄｕｃ Ｐｒｏｇｒａｍ，４８－６２（２００４））。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、慢性寒冷凝集素症に罹患しているかまたはそのリスクのある対象に投与される。別の実施形態において、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、溶血、肝酵素の上昇、低い血小板数の存在によって定義され、少なくとも一部の対象において補体調節タンパク質（複数可）の変異と関連しているＨＥＬＬＰ症候群に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される（Ｆａｋｈｏｕｒｉ，Ｆ．， ｅｔ ａｌ．，１１２： ４５４２－４５４５ （２００８））。
【0114】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、温式自己免疫性溶血性貧血に罹患しているかまたはそのリスクがある対象に投与される。
【0115】
他の実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、対象に輸血される血液のＲＢＣまたは他の細胞成分を保護するために使用される。特定のそのような使用例について、以下でさらに説明する。
【0116】
Ｂ．移植
移植は、外傷、病気、またはその他の症状によって損傷した臓器及び組織を置き換える手段を与える、その重要性が増している治療アプローチである。移植できる臓器には、腎臓、肝臓、肺、膵臓、心臓などがある。頻繁に移植される組織には、骨、軟骨、腱、角膜、皮膚、心臓弁、血管などがある。膵島または膵島細胞移植は、糖尿病、例えばＩ型糖尿病の治療に対する有望なアプローチである。本発明の目的上、これから移植される予定の、現在移植されている、または既に移植された臓器、組織、または細胞（または細胞集団）を「移植片」と呼ぶ場合がある。本明細書の目的上、輸血は「移植片」とみなされる。
移植は、外傷、病気、またはその他の症状によって損傷した臓器及び組織を置き換える手段を与える、その重要性が増している治療アプローチである。移植できる臓器には、腎臓、肝臓、肺、膵臓、心臓などがある。頻繁に移植される組織には、骨、軟骨、腱、角膜、皮膚、心臓弁、血管などがある。膵島または膵島細胞移植は、糖尿病、例えばＩ型糖尿病の治療に対する有望なアプローチである。本発明の目的上、これから移植される予定の、現在移植されている、または既に移植された臓器、組織、または細胞（または細胞集団）を「移植片」と呼ぶ場合がある。本明細書の目的上、輸血は「移植片」とみなされる。
【0117】
移植は、移植片に様々な傷害事象及び刺激をもたらし、移植片の機能不全及び場合によっては生着不全につながり得る。例えば、虚血再灌流（Ｉ／Ｒ）傷害は、多くの移植片（特に実質臓器）の場合、罹患率と死亡率の一般的かつ重大な原因であり、移植片生着の可能性の主要な決定要因となりえる。移植拒絶反応は、遺伝的に異なる個人間での移植に伴う主要なリスクの１つであり、移植片の不全につながり、レシピエントから移植片を除去する必要が生じるおそれがある。
【0118】
移植片は、本開示の様々な実施形態において、移植前、移植中、及び／または移植後に、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、Ｃ３発現を阻害する本明細書に記載の遺伝子治療と接触させることができる。別の実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、移植片の除去前に、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせてドナーに投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、移植片の導入中及び／または導入後にレシピエントに、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、移植された移植片に局所的に送達される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、移植片の導入前にレシピエントに投与される。いくつかの実施形態では、対象に、移植片の移植後に１つ以上のさらなる用量の遺伝子治療及び／または１つ以上のさらなる補体阻害剤が投与される。
【0119】
いくつかの実施形態では、移植片は、腎臓、肝臓、肺、膵臓、または心臓などの実質臓器であるかまたはこれらを含む。いくつかの実施形態では、移植片は、骨、軟骨、筋膜、腱、靱帯、角膜、強膜、心膜、皮膚、心臓弁、血管、羊膜、または硬膜であるかまたはこれらを含む。いくつかの実施形態では、移植片は、心肺移植片または膵臓腎臓移植片などの複数の臓器を含む。いくつかの実施形態では、移植片は、完全な臓器または組織未満を含む。例えば、移植片は、臓器または組織の一部、例えば、肝葉、血管の一部、皮弁、または心臓弁を含み得る。いくつかの実施形態では、移植片は、元の組織から単離されているが少なくとも一部の組織構造、例えば膵島を保持している単離細胞または組織断片を含む調製物を含む。いくつかの実施形態では、調製物は、結合組織を介して互いに付着していない単離細胞、例えば、末梢血及び／または臍帯血、または全血、または赤血球（ＲＢＣ）もしくは血小板などの任意の細胞含有血液製剤に由来する造血幹細胞または前駆細胞を含む。いくつかの実施形態では、移植片は、死体ドナー（例えば、「脳死後の臓器提供」（ＤＢＤ）ドナーまたは「心停止後の臓器提供」ドナー）から得られたものである。いくつかの実施形態では、特定の移植片の種類に応じて、移植片は生体ドナーから得られる。例えば、腎臓、肝臓切片、血液細胞などは、生体ドナーから不要なリスクを負うことなく、健全な医療行為に沿って多くの場合得ることができる移植片の種類である。
【0120】
いくつかの実施形態では、移植片は異種移植片である（すなわち、ドナーとレシピエントは異なる種のものである）。いくつかの実施形態では、移植片は自家移植片（すなわち、同じ個人の身体の一部から身体の別の部分への移植片）である。いくつかの実施形態では、移植片は同系移植片である（すなわち、ドナーとレシピエントが遺伝的に同じである）。ほとんどの実施形態では、移植片は同種移植片である（すなわち、ドナーとレシピエントは同じ種の遺伝的に同じではないメンバーである）。同種移植の場合、ドナーとレシピエントは遺伝的に関連している場合もあれば、そうでない場合もある（家族など）。通常、ドナーとレシピエントは、適合する血液型（少なくともＡＢＯ適合性、及び場合によりＲｈ、Ｋｅｌｌ及び／または他の血球抗原適合性）を有する。移植片及び／またはレシピエント及びドナーに対する同種抗体の存在は超急性拒絶反応（すなわち、移植片がレシピエントの血液と接触してからほぼ即座に、例えば数分以内に始まる拒絶反応）を引き起こす可能性があることから、レシピエントの血液は、そのような同種抗体についてスクリーニングされていてもよい。補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）アッセイを使用して、抗ＨＬＡ抗体について対象の血清をスクリーニングすることができる。血清を、既知のＨＬＡ表現型のリンパ球のパネルとインキュベートする。血清に標的細胞上のＨＬＡ分子に対する抗体が含まれている場合、補体媒介溶解による細胞死が生じる。選択された標的細胞のパネルを使用することで、検出された抗体に対する特異性を割り当てることができる。抗ＨＬＡ抗体の有無を決定し、場合によりそれらのＨＬＡ特異性を決定するうえで有用な他の技術として、ＥＬＩＳＡアッセイ、フローサイトメトリーアッセイ、マイクロビーズアレイ技術（例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ技術）が挙げられる。これらのアッセイを実行するための方法は周知のものであり、それらを実施するための様々なキットが市販されている。
【0121】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、補体媒介性拒絶反応を阻害する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、超急性拒絶反応を阻害する。超急性拒絶反応は、古典的経路を介したレシピエントの補体系の抗体媒介活性化と、その結果生じる移植片へのＭＡＣ沈着によって少なくとも一部が引き起こされる。超急性拒絶反応は通常、移植片と反応する既存の抗体がレシピエント体内に存在することによって起こる。移植前に適切なマッチングによって超急性拒絶反応を回避することが望ましいが、例えば時間及び／またはリソースの制約により、常にそれが可能であるとは限らない。さらに、一部のレシピエント（例えば、複数回の輸血を行った人、過去に移植を受けている人、複数回の妊娠を経験した女性）は、通常は検査対象とならない抗原に対する抗体を含む、多くの予め形成された抗体をすでに持っている可能性があるため、確実に適合する移植片を適時に入手することは困難であるか、あるいはほぼ不可能である。こうした個人では超急性拒絶反応のリスクが高くなる。
【0122】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、急性拒絶反応または生着不全を阻害する。本明細書で使用する場合、「急性拒絶反応」とは、移植後少なくとも２４時間、一般的には少なくとも数日から１週間後～移植後６ヶ月までの間に起こる拒絶反応を指す。急性抗体媒介性拒絶反応（ＡＭＲ）では、移植後の最初の数週間でドナー特異的同種抗体（ＤＳＡ）の急激な上昇をしばしば伴う。いかなる理論にも束縛されるものではないが、既存の形質細胞及び／または記憶Ｂ細胞の新たな形質細胞への転換がＤＳＡ産生の増加に関与していると考えられる。このような抗体は、補体を介した移植片への傷害を引き起こす可能性がある。いかなる理論にも束縛されるものではないが、移植片における補体活性化を阻害することで、急性生着不全のもう一つの原因である白血球（例えば、好中球）の浸潤が減少すると考えられる。
【0123】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、移植片に対する補体媒介性Ｉ／Ｒ傷害を阻害する。以下でさらに説明するように、Ｉ／Ｒ傷害は、移植された臓器にみられるように、血液供給が一時的に中断された組織の再灌流時に発生し得る。Ｉ／Ｒ傷害が軽減されることで、急性移植片機能不全の可能性またはその重症度が軽減され、急性移植片不全の可能性が低下する。
【0124】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、慢性拒絶反応及び／または慢性生着不全を阻害する。本明細書で使用される場合、「慢性拒絶反応または慢性生着不全」は、移植後少なくとも６ヶ月、例えば、移植後６ヶ月～１、２、３、４、５年またはそれ以上の期間の後、多くの場合、数ヶ月から数年にわたって良好な移植片機能が維持された後に起こる拒絶反応または不全を指す。これは移植片に対する慢性炎症及び免疫反応によって引き起こされる。本明細書の目的上、慢性拒絶には、移植組織の内部血管の線維化を指して用いられる用語である慢性同種移植片血管症が含まれ得る。免疫抑制療法により急性拒絶反応の発生率が減少するにつれて、移植片の機能不全及び生着不全の原因として慢性拒絶がより顕在化しつつある。Ｂ細胞による同種抗体の産生が慢性拒絶反応及び移植片不全の発生における重要な要素であるという証拠が増えている（Ｋｗｕｎ Ｊ． ａｎｄ Ｋｎｅｃｈｔｌｅ ＳＪ，Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，８８（８）：９５５－６１（２００９））。移植片への早期の傷害は、最終的に慢性拒絶反応につながり得る線維症などの慢性プロセスを引き起こす要因となる可能性がある。
【0125】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、移植片拒絶反応及び／または生着不全を阻害するために移植片レシピエントに投与される。
【0126】
Ｃ．虚血／再灌流傷害
虚血再灌流（Ｉ／Ｒ）傷害は、外傷後の組織損傷、ならびに心筋梗塞、脳卒中、重度の感染症、血管疾患、動脈瘤修復、心肺バイパス、移植などの一時的な血流の中断に伴うその他の状態における組織損傷の要因である。
虚血再灌流（Ｉ／Ｒ）傷害は、外傷後の組織損傷、ならびに心筋梗塞、脳卒中、重度の感染症、血管疾患、動脈瘤修復、心肺バイパス、移植などの一時的な血流の中断に伴うその他の状態における組織損傷の要因である。
【0127】
外傷の場面では、全身性低酸素血症、低血圧、打撲、コンパートメント症候群、血管損傷による局所的な血液供給の遮断により虚血が引き起こされ、代謝が活発な組織に傷害を与える。血液供給の回復は、虚血そのものよりもしばしば有害な激しい全身性炎症反応を引き起こす。虚血領域が再灌流されると、局所的に生成及び放出された因子が循環系に入って遠隔の場所に到達し、肺及び腸など、元の虚血性傷害の影響を受けなかった臓器に重大な傷害を引き起こす場合があり、単一または複数の臓器の機能不全につながる。補体活性化は再潅流後まもなく起こり、直接的及び好中球に対する化学誘引効果及び刺激効果を介した虚血後傷害の重要なメディエーターである。３つの主要な補体経路はいずれも活性化され、協調的にまたは独立して作用し、多数の臓器系に影響を及ぼすＩ／Ｒ関連有害事象に関与する。本開示のいくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、最近（例えば、その前の２、４、８、１２、２４、または４８時間以内）、外傷、例えば、全身性低酸素血症、低血圧、及び／または血液供給の局所的中断により対象をＩ／Ｒ傷害のリスクに曝す外傷を受けた対象に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、脊髄傷害、外傷性脳傷害、熱傷、及び／または出血性ショックを有する。
【0128】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、外科的処置の前、その間、またはその後に対象に投与される。このような処置の例としては、心肺バイパス術、血管形成術、心臓弁修復／置換術、動脈瘤修復、または他の血管手術が挙げられる。本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、外科的処置と重複する期間の前、その後、及び／またはその間に投与することができる。
【0129】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、ＭＩ、血栓塞栓性脳卒中、深部静脈血栓症、または肺塞栓症を有する対象に投与される。本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）（例えば、アルテプラーゼ（アクティバーゼ）、レテプラーゼ（レタバーゼ）、テネクテプラーゼ（ＴＮＫａｓｅ））、アニストレプラーゼ（エミナーゼ）、ストレプトキナーゼ（カビキナーゼ、ストレプターゼ）、またはウロキナーゼ（アボキナーゼ））などの血栓溶解剤と組み合わせて投与することができる。本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、血栓溶解剤と重複する期間の前、その後、及び／またはその間に投与することができる。
【0130】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、Ｉ／Ｒ傷害を治療するために対象に投与される。
【0131】
Ｄ．その他の補体媒介性疾患
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）、糖尿病性網膜症、緑内障、またはぶどう膜炎などの眼疾患の治療用に眼内に導入される。例えば、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、ＡＭＤに罹患しているがまたはＡＭＤのリスクがある対象を治療するために硝子体腔に（例えば、硝子体内注射により）導入するかまたは網膜下腔に（例えば、網膜下注射により）導入することができる。いくつかの実施形態では、ＡＭＤは血管新生（滲出型）ＡＭＤである。いくつかの実施形態では、ＡＭＤは、乾性ＡＭＤである。当業者には理解されるように、乾性ＡＭＤには、地理的萎縮症（ＧＡ）、中期ＡＭＤ、及び初期ＡＭＤが含まれる。いくつかの実施形態では、ＧＡを有する対象は、疾患の進行を遅らせるかまたは停止させるために治療される。例えば、いくつかの実施形態では、ＧＡを有する対象の治療は、網膜細胞死の速度を低下させる。網膜細胞死の速度の低下は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせた本明細書に記載の遺伝子治療で治療された患者におけるＧＡ病変の速度の、コントロール（例えば、シャム投与を行った患者）と比較した低下によって示すことができる。いくつかの実施形態では、対象は中期ＡＭＤを有する。いくつかの実施形態では、対象は初期ＡＭＤを有する。いくつかの実施形態では、中期または初期ＧＡを有する対象は、疾患の進行を遅らせるかまたは停止させるために治療される。例えば、いくつかの実施形態では、中期ＡＭＤを有する対象の治療は、進行型のＡＭＤ（血管新生ＡＭＤまたはＧＡ）への進行を遅らせるかまたは防止することができる。いくつかの実施形態では、中期ＡＭＤを有する対象の治療は、進行型のＡＭＤ（血管新生ＡＭＤまたはＧＡ）への進行を遅らせるかまたは防止することができる。いくつかの実施形態では、眼はＧＡ及び血管新生ＡＭＤの両方を有する。いくつかの実施形態では、眼はＧＡを有するが、滲出型ＡＭＤを有さない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば、緑内障、ブドウ膜炎（例えば、後部ブドウ膜炎）、または糖尿病性網膜症を治療するために硝子体内注射または網膜下注射によって投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば前部ブドウ膜炎を治療するために前眼房に導入される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）、糖尿病性網膜症、緑内障、またはぶどう膜炎などの眼疾患の治療用に眼内に導入される。例えば、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、ＡＭＤに罹患しているがまたはＡＭＤのリスクがある対象を治療するために硝子体腔に（例えば、硝子体内注射により）導入するかまたは網膜下腔に（例えば、網膜下注射により）導入することができる。いくつかの実施形態では、ＡＭＤは血管新生（滲出型）ＡＭＤである。いくつかの実施形態では、ＡＭＤは、乾性ＡＭＤである。当業者には理解されるように、乾性ＡＭＤには、地理的萎縮症（ＧＡ）、中期ＡＭＤ、及び初期ＡＭＤが含まれる。いくつかの実施形態では、ＧＡを有する対象は、疾患の進行を遅らせるかまたは停止させるために治療される。例えば、いくつかの実施形態では、ＧＡを有する対象の治療は、網膜細胞死の速度を低下させる。網膜細胞死の速度の低下は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせた本明細書に記載の遺伝子治療で治療された患者におけるＧＡ病変の速度の、コントロール（例えば、シャム投与を行った患者）と比較した低下によって示すことができる。いくつかの実施形態では、対象は中期ＡＭＤを有する。いくつかの実施形態では、対象は初期ＡＭＤを有する。いくつかの実施形態では、中期または初期ＧＡを有する対象は、疾患の進行を遅らせるかまたは停止させるために治療される。例えば、いくつかの実施形態では、中期ＡＭＤを有する対象の治療は、進行型のＡＭＤ（血管新生ＡＭＤまたはＧＡ）への進行を遅らせるかまたは防止することができる。いくつかの実施形態では、中期ＡＭＤを有する対象の治療は、進行型のＡＭＤ（血管新生ＡＭＤまたはＧＡ）への進行を遅らせるかまたは防止することができる。いくつかの実施形態では、眼はＧＡ及び血管新生ＡＭＤの両方を有する。いくつかの実施形態では、眼はＧＡを有するが、滲出型ＡＭＤを有さない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば、緑内障、ブドウ膜炎（例えば、後部ブドウ膜炎）、または糖尿病性網膜症を治療するために硝子体内注射または網膜下注射によって投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば前部ブドウ膜炎を治療するために前眼房に導入される。
【0132】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療を、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、自己免疫疾患、例えば、１つ以上の自己抗原に対する抗体によって少なくとも一部媒介される自己免疫疾患に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。
【0133】
本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば、関節炎（例えば、関節リウマチ）に罹患している対象の滑膜腔に導入することができる。
【0134】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療を、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、脳内出血に罹患しているまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。
【0135】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、重症筋無力症に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。
【0136】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、視神経脊髄炎（ＮＭＯ）に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。
【0137】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、腎臓、例えば腎臓の糸球体を冒す疾患またはそのリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、疾患は、膜性増殖性糸球体腎炎（ＭＰＧＮ）、例えば、ＭＰＧＮ Ｉ型、ＭＰＧＮ ＩＩ型、またはＭＰＧＮ ＩＩＩ型である。いくつかの実施形態では、疾患は、ＩｇＡ腎症（ＩｇＡＮ）である。いくつかの実施形態では、疾患は、原発性膜性腎症である。いくつかの実施形態では、疾患は、Ｃ３糸球体症である。いくつかの実施形態では、疾患は、腎臓における１つ以上の補体活性化産物、例えばＣ３ｂを含む糸球体沈着物によって特徴付けられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療は、そのような沈着物のレベルを減少させる。いくつかの実施形態では、補体媒介性腎疾患に罹患した対象は、タンパク尿（尿中の異常に高いレベルのタンパク質）及び／または異常に低い糸球体濾過量（ＧＦＲ）を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療は、タンパク尿の減少及び／またはＧＦＲの増加または安定化をもたらす。
【0138】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、神経変性疾患に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、神経障害性疼痛に罹患しているかまたは神経障害性疼痛のリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、副鼻腔炎または鼻ポリープに罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、がんに罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、敗血症に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、成人呼吸窮迫症候群に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。
【0139】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、アナフィラキシーまたは注入反応に罹患しているかまたはそのリスクのある対象を治療するために使用される。例えば、いくつかの実施形態では、対象は、アナフィラキシーまたは注入反応を引き起こす可能性のある薬物または溶媒の投与前、投与中、または投与後に治療することができる。いくつかの実施形態では、食物（例えば、ピーナッツ、貝類、または他の食物アレルゲン）、虫刺され（例えば、ミツバチ、スズメバチ）によるアナフィラキシーのリスクがあるかまたはアナフィラキシーを有する対象が、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせた本明細書に記載の遺伝子治療により治療される。
【0140】
本開示の様々な実施形態において、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、局所的または全身的に投与することができる。
【0141】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、呼吸器疾患、例えば、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、または特発性肺線維症を治療するために使用される。本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、例えば、吸入によって、例えば乾燥粉末としてまたは噴霧によって気道に投与することができ、または様々な実施形態において、例えば、静脈内、筋肉内、または皮下注射によって投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、重度の喘息、例えば、気管支拡張薬及び／または吸入コルチコステロイドによって十分に管理されない喘息を治療するために使用される。
【0142】
いくつかの態様では、補体媒介性疾患、例えば慢性補体媒介性疾患を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法が提供される。いくつかの態様では、Ｔｈ１７関連疾患を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法が提供される。
【0143】
いくつかの態様では、「慢性疾患」とは、少なくとも３ヶ月持続し、及び／または当該技術分野において慢性疾患であることが認められている疾患である。多くの実施形態において、慢性疾患は、少なくとも６ヶ月間、例えば少なくとも１年以上、例えば無期限に持続する。当業者であれば、様々な慢性疾患の少なくとも一部の症状は間欠的であり、及び／または時間の経過とともに重症度が増減し得る点は理解されよう。慢性疾患は進行性である場合があり、例えば、時間の経過とともにより重症化するかまたはより広い領域を冒す傾向がある。多くの慢性補体媒介性疾患について本明細書で検討する。慢性補体媒介性疾患は、補体活性化（例えば過剰または不適切な補体活性化）が例えば寄与因子及び／または少なくとも部分的な原因因子として関与する任意の慢性疾患であり得る。便宜上、疾患は、その疾患を有する対象において特に冒されることが多い臓器または系に基づいてしばしば分類される。多くの疾患が複数の臓器または系を冒す可能性があり、そのような分類はあらゆる意味で限定的なものではない点は理解されよう。さらに、多数の徴候（例えば、症状）が、多くの異なる疾患のいずれかを有する対象で生じ得る。本明細書で対象とする疾患に関する非限定的な情報を、例えば、Ｃｅｃｉｌ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ （例えば、第２３版）、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（例えば、第１７版）などの内科の標準的なテキスト、及び／または特定の医学分野、特に、特定の身体のシステムまたは臓器、及び／または特定の疾患を主に扱った標準的なテキストにみることができる。
【0144】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、Ｔｈ２関連疾患である。本明細書で使用される場合、Ｔｈ２関連疾患とは、体内またはその一部、例えば、少なくとも１つの組織、臓器、または構造におけるＴｈ２サブタイプのＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞（「Ｔｈ２細胞」）の過剰な数及び／または過剰なもしくは不適切な活性を特徴とする疾患である。例えば、疾患に冒された少なくとも１つの組織、臓器、または構造では、Ｔｈ１サブタイプのＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞（「Ｔｈ１細胞」）と比較してＴｈ２細胞が優勢となり得る。当該技術分野では周知であるように、Ｔｈ２細胞は通常、インターロイキン－４（ＩＬ－４）、インターロイキン－５（ＩＬ－５）、及びインターロイキン－１３（ＩＬ－１３）などの特徴的なサイトカインを分泌し、Ｔｈ１細胞は通常、インターフェロン－γ（ＩＦＮ－γ）及び腫瘍壊死因子（ＴＮＦβ）を分泌する。いくつかの実施形態では、Ｔｈ２関連疾患は、例えば少なくとも一部の少なくとも１つの組織、臓器、または構造において、例えば、ＩＦＮ－γ及び／またはＴＮＦと比較して、ＩＬ－４、ＩＬ－５、及び／またはＩＬ－１３の過剰な産生及び／または量を特徴とする。
【0145】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、Ｔｈ１７関連疾患である。いくつかの態様では、２０１２年６月２２日に出願された発明の名称が「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｔｒｅａｔｉｎｇ Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ ｗｉｔｈ Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ」であるＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０４３８４５にさらに詳細に記載されているように、補体活性化及びＴｈ１７細胞は、樹状細胞及び抗体が関与し、様々な疾患の原因となる病的な免疫学的微小環境の維持に寄与するサイクルに関与する。いかなる理論にも拘束されることを望まないが、病的な免疫学的微小環境は、一度確立されると持続し、細胞及び組織の傷害に寄与する。
【0146】
本明細書で使用される場合、Ｔｈ１７関連疾患とは、体内またはその一部、例えば、少なくとも１つの組織、臓器、または構造におけるＴｈ１７サブタイプのＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞（「Ｔｈ１７細胞」）の過剰な数及び／または過剰なもしくは不適切な活性を特徴とする疾患である。例えば、疾患に冒された少なくとも１つの組織、臓器、または構造では、Ｔｈ１及び／またはＴｈ２細胞と比較してＴｈ１７細胞が優勢となり得る。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７細胞の優勢は相対的優勢であり、例えば、Ｔｈ１細胞に対するＴｈ１７細胞の比及び／またはＴｈ２細胞に対するＴｈ１７細胞の比が、正常値と比べて大きくなっている。いくつかの実施形態では、制御性Ｔ細胞（ＣＤ４＋ＣＤ２５＋制御性Ｔ細胞、「Ｔｒｅｇ細胞」とも呼ばれる）に対するＴｈ１７細胞の比が、正常値と比較して大きくなっている。Ｔｈ１７細胞の形成及び／またはＴｈ１７細胞の活性化は、インターロイキン６（ＩＬ－６）、インターロイキン２１（ＩＬ－２１）、インターロイキン２３（ＩＬ－２３）、及び／またはインターロイキン１β（ＩＬ－１β）などの様々なサイトカインによって促進されます。Ｔｈ１７細胞の形成には、前駆Ｔ細胞、例えばナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞のＴｈ１７表現型への分化、及び機能的なＴｈ１７細胞へのそれらの成熟が含まれる。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７細胞の形成には、Ｔｈ１７細胞の発生、分裂（増殖）、生存、及び／または成熟のあらゆる側面が包含される。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７関連疾患は、ＩＬ－６、ＩＬ－２１、ＩＬ－２３、及び／またはＩＬ－１βの過剰な産生及び／または量を特徴とする。Ｔｈ１７細胞は通常、インターロイキン１７Ａ（ＩＬ－１７Ａ）、インターロイキン１７Ｆ（ＩＬ－１７Ｆ）、インターロイキン２１（ＩＬ－２１）、インターロイキン２２（ＩＬ－２２）などの特徴的なサイトカインを分泌する。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７関連疾患は、Ｔｈ１７エフェクターサイトカイン、例えば、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－２１、及び／またはＩＬ－２２の過剰な産生及び／または量を特徴とする。いくつかの実施形態では、サイトカインの過剰な産生または量は、血中で検出可能である。いくつかの実施形態では、サイトカインの過剰な産生または量は、局所的に、例えば、少なくとも１つの組織、臓器または構造で検出可能である。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７関連疾患は、Ｔｒｅｇ数の減少及び／またはＴｒｅｇ関連サイトカインの量の減少と関連する。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７疾患は、任意の慢性炎症性疾患であり、この用語は、様々な組織に対する自己永続的な免疫障害を特徴とする広範な疾患を包含し、疾患を引き起こした最初の障害（不明の場合もある）とは切り離されていると思われる。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７関連疾患は、任意の自己免疫疾患である。ほとんどではないにしても、多くの「慢性炎症性疾患」は、実際には自己免疫疾患である可能性がある。Ｔｈ１７関連疾患の例としては、乾癬及びアトピー性皮膚炎などの炎症性皮膚疾患；全身性強皮症及び硬化症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（クローン病及び潰瘍性大腸炎など）；ベーチェット病；皮膚筋炎；多発性筋炎；多発性硬化症（ＭＳ）；皮膚炎；髄膜炎；脳炎；ぶどう膜炎；変形性関節症；ループス腎炎；関節リウマチ（ＲＡ）、シェーグレン症候群、多発性硬化症、血管炎；中枢神経系（ＣＮＳ）の炎症性疾患、慢性肝炎。慢性膵炎、糸球体腎炎；サルコイドーシス；甲状腺炎、組織／臓器移植に対する病的免疫反応（例えば、移植拒絶反応）、ＣＯＰＤ、喘息、細気管支炎、過敏性肺炎、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、歯周炎、及び歯肉炎が挙げられる。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７疾患は、Ｉ型糖尿病または乾癬などの古典的に知られた自己免疫疾患である。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７関連疾患は、加齢黄斑変性症である。
【0147】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、ＩｇＥ関連疾患である。本明細書で使用される場合、「ＩｇＥ関連疾患」とは、過剰な及び／または不適切なＩｇＥの産生及び／または量、ＩｇＥ産生細胞（例えば、ＩｇＥ産生Ｂ細胞または形質細胞）の過剰なまたは不適切な活性、及び／または好酸球またはマスト細胞などのＩｇＥ応答性細胞の過剰な及び／または不適切な活性である。いくつかの実施形態では、ＩｇＥ関連疾患は、対象の血漿中及び／または局所における総ＩｇＥレベルの上昇、及び／またはいくつかの実施形態では、アレルゲン特異的ＩｇＥレベルの上昇を特徴とする。
【0148】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、例えば古典経路を介して補体を活性化し得る体内の自己抗体及び／または免疫複合体の存在を特徴とする。自己抗体は、例えば、体内の細胞または組織上の自己抗原に結合し得る。いくつかの実施形態では、自己抗体は、血管、皮膚、神経、筋肉、結合組織、心臓、腎臓、甲状腺などの抗原に結合する。いくつかの実施形態では、対象は視神経脊髄炎を有し、アクアポリン４に対する自己抗体（例えば、ＩｇＧ自己抗体）を産生する。いくつかの実施形態では、対象は類天疱瘡を有し、ヘミデスモソームの構造成分（例えば、膜貫通型コラーゲンＸＶＩＩ（ＢＰ１８０またはＢＰＡＧ２）及び／またはプラキンファミリータンパク質ＢＰ２３０（ＢＰＡＧ１））に対する自己抗体（例えば、ＩｇＧまたはＩｇＥ自己抗体）を産生する。いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、自己抗体及び／または免疫複合体によって特徴付けられない。
【0149】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、呼吸器疾患である。いくつかの実施形態では、慢性呼吸器疾患は、喘息または慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）である。いくつかの実施形態では、慢性呼吸器疾患は、肺線維症（例えば、特発性肺線維症）、放射線誘発性肺傷害、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、過敏性肺炎（アレルギー性肺胞炎としても知られる）、好酸球性肺炎、間質性肺炎、サルコイド、ウェゲナー肉芽腫症、または閉塞性細気管支炎である。いくつかの実施形態では、本開示は、慢性呼吸器疾患、例えば喘息、ＣＯＰＤ、肺線維症、放射線誘発性肺傷害、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、過敏性肺炎（アレルギー性肺胞炎としても知られる）、好酸球性肺炎、間質性肺炎、サルコイド、ウェゲナー肉芽腫症、または閉塞性細気管支炎の治療を必要とする対象を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0150】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、アレルギー性鼻炎、副鼻腔炎、または鼻ポリープ症である。いくつかの実施形態では、本開示は、アレルギー性鼻炎、鼻副鼻腔炎、または鼻ポリープ症の治療を必要とする対象を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0151】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、筋骨格系を冒す疾患である。このような疾患の例としては、炎症性関節状態（例えば、関節リウマチまたは乾癬性関節炎などの関節炎、若年性慢性関節炎、脊椎関節症、ライター症候群、痛風）が挙げられる。いくつかの実施形態では、筋骨格系疾患は、冒された身体部分（複数可）の痛み、硬直及び／または運動制限などの症状をもたらす。炎症性筋疾患としては、皮膚筋炎、多発性筋炎が挙げられ、その他の様々な疾患は、筋力低下を引き起こす原因不明の慢性筋肉炎症の疾患である。いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、重症筋無力症である。いくつかの実施形態では、本開示は、筋骨格系を冒す前述の疾患のいずれかを治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0152】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、外皮系を冒す疾患である。このような疾患の例としては、例えば、アトピー性皮膚炎、乾癬、類天疱瘡、天疱瘡、全身性エリテマトーデス、皮膚筋炎、強皮症、強皮筋炎、シェーグレン症候群、及び慢性蕁麻疹が挙げられる。いくつかの態様では、本開示は、外皮系を冒す前述の疾患のいずれかを治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0153】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、神経系、例えば、中枢神経系（ＣＮＳ）及び／または末梢神経系（ＰＮＳ）を冒す。このような疾患の例としては、例えば、多発性硬化症、他の慢性脱髄疾患（例えば、視神経脊髄炎）、筋萎縮性側索硬化症、慢性疼痛、脳卒中、アレルギー性神経炎、ハンチントン病、アルツハイマー病、及びパーキンソン病が挙げられる。いくつかの実施形態では、本開示は、神経系を冒す前述の疾患のいずれかを治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0154】
いくつかの実施形態において、補体媒介性疾患は、循環系を冒す。例えば、いくつかの実施形態では、疾患は、血管炎、または脈管炎症、例えば、血管及び／またはリンパ管炎症に関連する他の疾患である。いくつかの実施形態では、血管炎は、結節性多発性動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、巨細胞性動脈炎、チャーグ・ストラウス症候群、顕微鏡的多発血管炎、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、高安動脈炎、川崎病、またはベーチェット病である。いくつかの実施形態では、対象、例えば、血管炎の治療を必要とする対象は、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ）について陽性である。
【0155】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、消化器系を冒す。例えば、疾患は、炎症性腸疾患、例えば、クローン病または潰瘍性大腸炎であり得る。いくつかの実施形態では、本開示は、消化器系を冒す慢性補体媒介性疾患を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、疾患の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。
【0156】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、甲状腺炎（例えば、橋本甲状腺炎、バセドウ病、産後甲状腺炎）、心筋炎、肝炎（例えば、Ｃ型肝炎）、膵炎、糸球体腎炎（例えば、膜性増殖性糸球体腎炎または膜性糸球体腎炎））、または脂肪織炎である。
【0157】
いくつかの実施形態では、本開示は、慢性疼痛を有する対象を治療する方法であって、本明細書に記載の遺伝子治療を、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、慢性疼痛の治療を必要とする対象に投与することを含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は神経障害性疼痛を有する。神経障害性疼痛は、神経系の一次病変または機能不全によって開始または引き起こされる痛み、特に体性感覚系を冒す病変または疾患の直接の結果として生じる痛みとして定義されている。例えば、神経障害性疼痛は、末梢神経の小径線維及び／またはＣＮＳの脊髄視床皮質系への傷害を伴う体性感覚経路に関わる病変から生じ得る。いくつかの実施形態では、神経障害性疼痛は、自己免疫疾患（例えば、多発性硬化症）、代謝性疾患（例えば、糖尿病）、感染症（例えば、帯状疱疹またはＨＩＶなどのウイルス疾患）、血管疾患（例えば、脳卒中）、外傷（例えば、怪我、手術）、またはがんから生じる。例えば、神経障害性疼痛は、傷害の治癒後、または末梢神経終末の刺激の停止後に持続する痛み、または神経の傷害により生じる痛みであり得る。神経障害性疼痛またはそれに関連する状態の例としては、有痛性糖尿病性神経障害、帯状疱疹後神経痛（例えば、急性帯状疱疹の部位で、急性発症から３ヶ月以上経過しても持続するまたは再発する痛み）、三叉神経痛、がん関連神経障害性疼痛、化学療法関連神経障害性疼痛、ＨＩＶ関連神経障害性疼痛（例えば、ＨＩＶ神経障害による）、中枢性／脳卒中後神経障害性疼痛、腰痛に関連する神経障害、例えば、腰痛（例えば、椎間板ヘルニアによって生じ得る脊椎根圧迫、例えば、腰椎根圧迫などの神経根障害による）、脊柱管狭窄症、末梢神経障害疼痛、幻肢痛、多発性神経障害、脊髄損傷関連疼痛、脊髄症、多発性硬化症が挙げられる。本開示の特定の実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、前述の１つ以上の条件を有する対象における神経障害性疼痛を治療するための投与スケジュールに従って投与される。
【0158】
いくつかの実施形態では、慢性補体媒介性疾患は、慢性眼疾患である。いくつかの実施形態では、慢性眼疾患は、黄斑変性、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、網膜血管新生（ＲＮＶ）、眼炎症、または上記の任意の組み合わせによって特徴付けられる。黄斑変性症、ＣＮＶ、ＲＮＶ、及び／または眼炎症は、この疾患の定義及び／または診断上の特徴となり得る。これらの特徴の１つ以上を特徴とする例示的な疾患としては、これらに限定されるものではないが、黄斑変性関連症状、糖尿病性網膜症、未熟児網膜症、増殖性硝子体網膜症、ぶどう膜炎、角膜炎、結膜炎、及び強膜炎が挙げられる。黄斑変性症関連症状には、例えば、加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）が含まれる。いくつかの実施形態では、対象は滲出型ＡＭＤの治療を必要とする。いくつかの実施形態では、対象は乾性ＡＭＤの治療を必要とする。いくつかの実施形態では、対象は地理的萎縮ＡＭＤの治療を必要とする。いくつかの実施形態では、対象は眼炎症の治療を必要とする。眼炎症は、結膜（結膜炎）、角膜（角膜炎）、上強膜、強膜（強膜炎）、ブドウ膜路、網膜、血管系、及び／または視神経などの多くの眼の構造に生じ得る。眼炎症の証拠には、眼内の白血球（例、好中球、マクロファージ）などの炎症関連細胞の存在、内因性炎症メディエーター（複数可）の存在、眼痛、充血、光過敏、かすみ目、及び飛蚊症などの１つ以上の症状が含まれ得る。ブドウ膜炎は、眼のブドウ膜、例えば虹彩、毛様体、または脈絡膜を含むブドウ膜の構造のいずれかにおける炎症を指す一般用語である。ブドウ膜炎の特定の種類としては、虹彩炎、虹彩毛様体炎、毛様体炎、扁平部炎及び脈絡膜炎が挙げられる。いくつかの実施形態では、慢性眼疾患は、緑内障などの視神経傷害（例えば、視神経変性）を特徴とする眼疾患である。
【0159】
上で述べたように、いくつかの実施形態では、慢性呼吸器疾患は喘息である。喘息の危険因子、疫学、病因、診断、現在の管理などに関する情報は、例えば「Ｅｘｐｅｒｔ Ｐａｎｅｌ Ｒｅｐｏｒｔ ３： Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ａｓｔｈｍａ」（専門家パネル報告書３：喘息の診断と管理のガイドライン）に記載されている。Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｈｅａｒｔ Ｌｕｎｇ ａｎｄ Ｂｌｏｏｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．２００７．ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｈｌｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ａｓｔｈｍａ／ａｓｔｈｇｄｌｎ．ｐｄｆ． （“ＮＨＬＢＩ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ”；ｗｗｗ．ｎｈｌｂｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ａｓｔｈｍａ／ａｓｔｈｇｄｌｎ．ｈｔｍ）、Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ， Ｇｌｏｂａｌ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ２０１０ “ＧＩＮＡ Ｒｅｐｏｒｔ”）及び／またはＣｅｃｉｌ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（第２０版）、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（第１７版）及び／または呼吸器内科を主に扱った標準的テキストなどの内科学の標準的テキスト。喘息は気道の慢性炎症性疾患であり、マスト細胞、好酸球、Ｔリンパ球、マクロファージ、好中球、及び上皮細胞などの多くの細胞ならびに細胞要素が役割を担っている。喘息患者は、喘鳴、息切れ（呼吸困難または息切れとも呼ばれる）、胸の圧迫感、咳など、症状に関連した再発性エピソードを経験する。これらのエピソードは通常、広範ではあるが変化する気流閉塞を伴い、多くの場合、自然にまたは治療により可逆性である。炎症はまた、広範な刺激に対する既存の気管支過敏性の関連増加も引き起こす。気道過敏症（刺激に対する気管支収縮反応の過剰）は喘息の典型的な特徴である。一般に、気流制限は、気管支収縮と気道浮腫によって引き起こされる。一部の喘息患者では、気流制限の可逆性が不完全な場合がある。例えば、気道リモデリングにより気道狭窄が固定される可能性がある。構造変化には、基底膜の肥厚、上皮下の線維症、気道平滑筋の肥大と過形成、血管の増殖と拡張、粘液腺過形成、分泌過多などがある。
【0160】
喘息患者は、その個人の以前の状態からの変化を特徴とする事象として識別される増悪を経験する場合がある。重度の喘息の増悪は、喘息による入院や死亡などの重篤な結果を防ぐために、個人とその医師の側で緊急の措置を必要とする事象として定義できる。例えば、重篤な喘息の増悪は、喘息が通常、全身性コルチコステロイド（例えば、経口コルチコステロイド）を投与することなく良好にコントロールされている対象においてＯＣＳの使用を必要とするか、または安定した維持用量の増加を必要とする場合がある。中度の喘息の増悪は、患者にとって厄介であり、治療変更の必要性を促す事象であるが、重症ではないものとして定義することができる。これらの事象は、対象の通常の日常的な喘息変動の範囲外であることによって臨床的に識別される。
【0161】
現在の喘息の治療薬は通常、持続性喘息の管理を実現及び維持するために使用される、吸入コルチコステロイド（ＩＣＳ）、経口コルチコステロイド（ＯＣＳ）、長時間作用型気管支拡張薬（ＬＡＢＡ）、ロイコトリエン修飾薬（例えば、ロイコトリエン受容体拮抗薬またはロイコトリエン合成阻害薬、抗ＩｇＥ抗体（オマリズマブ（ゾレア（登録商標）））、クロモリン及びネドクロミルなどの長期管理薬（「管理薬」）と、急性症状や増悪の治療に使用される短時間作用型気管支拡張薬（ＳＡＢＡ）などの即効性のある薬剤の２つの大きなクラスに分類される。本発明の目的上、これらの治療は「従来の治療」と呼ばれる場合がある。増悪の治療には、管理薬療法の用量及び／または強度を増やすことも含まれ得る。例えば、ＯＣＳを一定期間使用して喘息を再び管理することができる。現在のガイドラインでは、持続性喘息の患者に対して管理薬を毎日投与するか、多くの場合で、管理薬を毎日複数回投与することが義務付けられている（ゾレアは例外で、２週間または４週間ごとに投与される）。
【0162】
対象が平均して週に２回以上症状を発症するか、及び／または通常、症状管理のために即効性の薬剤（例えば、ＳＡＢＡ）を週２回以上使用している場合、対象は一般に持続性喘息であるとみなされる。「喘息の重症度」は、関連する併存疾患が治療され、吸入技術とアドヒアランスが最適化された後、対象の喘息を管理するために必要な治療の強度に基づいて分類することができる（例えば、ＧＩＮＡ Ｒｅｐｏｒｔ；Ｔａｙｌｏｒ，ＤＲ，Ｅｕｒ Ｒｅｓｐｉｒ Ｊ ２００８；３２：５４５－５５４を参照）。治療強度の説明は、ＮＨＬＢＩ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ２００７，ＧＩＮＡ Ｒｅｐｏｒｔ、及びその前身などのガイドライン、及び／または標準的な医学テキストに記載されている段階的治療アルゴリズムで推奨される薬剤及び用量に基づいたものとすることができる。例えば、喘息は、表８に示すように、間欠性、軽度、中度、または重度に分類することができ、「治療」とは、対象の最良レベルの喘息管理を実現するのに十分な治療を指す。（軽度、中度、及び重度の喘息のカテゴリーは、一般に、間欠的な喘息ではなく持続性の喘息を意味することが理解されよう）。当業者であれば、表８は例示的なものであり、これらの薬剤すべてがすべての医療システムで利用できるわけではなく、このことは、環境によっては喘息の重症度の評価に影響し得る点は理解されよう。他の新たに開発された、または新規のアプローチが軽度／中度喘息の分類に影響を与え得る点も理解されよう。ただし、軽度の喘息は、非常に低強度の治療で良好な管理を実現できることにより定義され、重度の喘息は高強度の治療を必要とすることにより定義されるという同じ原則を依然適用することができる。さらに、またはあるいは、喘息の重症度は、治療を行っていない場合の疾患の本質的な強度に基づいて分類することもできる（例えば、ＮＨＢＬＩガイドライン２００７を参照）。評価は、現在の肺活量測定と過去２～４週間の患者の症状の記憶に基づいて行うことができる。現在の機能障害と将来的なリスクのパラメータを評価して、喘息の重症度のレベルの判定に含めることができる。いくつかの実施形態では、喘息の重症度は、それぞれ、０～４歳、５～１１歳、または１２歳以上の個人について、ＮＨＢＬＩガイドラインの図３．４（ａ）、３．４（ｂ）、３．４（ｃ）に示されるように定義される。
表８：治療に基づく喘息の分類
表８：治療に基づく喘息の分類
【表7】
【0163】
「喘息の管理」とは、治療（薬理学的か非薬理学的かを問わず）によって喘息の症状が軽減または除去された程度を指す。喘息の管理は、症状の頻度、夜間症状、スパイロメトリーパラメータなどの肺機能の客観的尺度（例えば、予測値の％ＦＥＶ１、ＦＥＶ１変動性、症状管理のためのＳＡＢＡの使用要件など）などの要因に基づいて評価することができる。現在の機能障害と将来的なリスクのパラメータを評価して、喘息の管理のレベルの判定に含めることができる。いくつかの実施形態では、喘息の管理は、それぞれ、０～４歳、５～１１歳、または１２歳以上の個人について、ＮＨＢＬＩガイドラインの図４．３（ａ）、４．３（ｂ）、または４．３（ｃ）に示されるように定義される。
【0164】
一般に、当業者によれば、喘息の重症度レベル及び／または管理の程度を判定する適切な手段を選択することができ、当業者によって妥当と考えられる任意の分類スキームを使用することができる。
【0165】
本開示のいくつかの実施形態では、持続性喘息に罹患している対象は、投薬レジメンを使用して、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて治療される。いくつかの実施形態では、対象は軽度または中度の喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は重度の喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は、従来の治療法を使用しても十分に管理されない喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は、従来の治療法を用いて治療する場合、十分に管理するためにＩＣＳの使用を必要とする喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＣＳの使用にもかかわらず、十分に管理できない喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は、従来の治療法を用いて治療する場合、良好に管理するためにＯＣＳの使用を必要とする喘息を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＯＣＳを含む高強度の従来の治療法の使用にもかかわらず、十分に管理できない喘息を有する。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の遺伝子治療は、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて、管理薬として投与されるか、または対象が従来の管理薬の使用を回避するかもしくはその用量を減らすことを可能にする。
【0166】
いくつかの実施形態では、対象は、ほとんどの喘息患者の場合に当てはまるアレルギー性喘息を有する。いくつかの実施形態では、喘息の非アレルギー性誘因（例えば、風邪、運動）が不明であるかかつ／または標準的な診断評価で特定されない場合に、喘息患者はアレルギー性喘息を有するとみなされる。いくつかの実施形態では、喘息患者は、（ｉ）患者が感受性を有する１乃至複数のアレルゲンへの曝露後に喘息症状（または喘息症状の悪化）を再現性をもって発症するか、（ｉｉ）患者が感受性を有する１乃至複数のアレルゲンに特異的なＩｇＥを示すか、（ｉｉｉ）患者が感受性を有するアレルゲンに対する皮膚プリックテストで陽性を示すか、かつ／または（ｉｖ）アレルギー性鼻炎、湿疹、または血清総ＩｇＥの上昇など、アトピーと一致する特徴（複数可）の他の症状（複数可）を示す場合に、アレルギー性喘息を有するとみなされる。特定のアレルギーの誘因は特定されない場合があるが、患者が例えば特定の環境で症状の悪化を有する場合には、疑われるかまたは推測され得る点は理解されよう。
【0167】
吸入によるアレルゲンチャレンジは、アレルギー性気道疾患の評価に広く用いられている方法である。アレルゲンを吸入すると、マスト細胞や好塩基球などのＩｇＥ受容体に結合したアレルゲン特異的ＩｇＥの架橋が起こる。続いて分泌経路が活性化され、その結果、気管支収縮及び血管透過性のメディエーターが放出される。アレルギー性喘息患者は、アレルゲンチャレンジ後に、例えば、早期喘息反応（ＥＡＲ）、遅発性喘息反応（ＬＡＲ）、気道過敏症（ＡＨＲ）、及び気道好酸球増加症など様々な症状を発現する場合があるが、これらはそれぞれ当該技術分野で知られるに検出及び定量化することができる。例えば、気道好酸球増加症は、喀痰及び／またはＢＡＬ液中の好酸球の増加として検出することができる。ＥＡＲは、即時型喘息反応（ＩＡＲ）とも呼ばれ、吸入によるアレルゲンチャレンジに対する反応であり、吸入後まもなく、通常は吸入後１０分以内に、例えばＦＥＶ１の減少として検出可能となる。ＥＡＲは通常、チャレンジ後３０分以内に最大値に達し、２～３時間（ｈ）以内に解消する。例えば、患者は、そのＦＥＶ１がベースラインＦＥＶ１と比較してこの時間枠内で、少なくとも１５％、例えば少なくとも２０％減少した場合に「陽性」ＥＡＲを示すとみなすことができる（ただし、この関連での「ベースライン」とは、チャレンジ前の状態、例えば、患者が喘息の増悪を示さず、患者が感受性を有するアレルギー刺激に曝露されていない場合の患者の通常の状態と同等の状態を指す。遅発性喘息反応（ＬＡＲ）は通常、チャレンジ後３時間～８時間の間に始まり、気道の細胞炎症、気管支血管透過性の増加、及び粘液分泌を特徴とする。ＬＡＲは通常、ＦＥＶ１の低下として検出されるが、この低下はＥＡＲに伴うものよりも程度が大きく、臨床的により重要である可能性がある。例えば、患者は、患者のＦＥＶ１が、ベースラインＦＥＶ１と比較して、関連する期間内でＦＥＶ１ に対して少なくとも１５％、例えば少なくとも２０％減少する場合に「陽性」ＬＡＲを示すとみなすことができる。気道反応遅延（ＤＡＲ）は、チャレンジ後約２６～３２時間で始まり、約３２～４８時間で最大に達し、約５６時間以内に解消し得る（Ｐｅｌｉｋａｎ， Ｚ． Ａｎｎ Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１０，１０４（５）：３９４－４０４）。
【0168】
いくつかの実施形態では、慢性呼吸器疾患は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）である。ＣＯＰＤには、治療によっても完全に不可逆ではなく、通常は進行性である気流制限を特徴とする一連の状態が含まれる。ＣＯＰＤの症状には、呼吸困難（息切れ）、運動耐容能の低下、咳、痰の生成、喘鳴、胸部圧迫感などがある。ＣＯＰＤ患者は、頻度及び期間が異なり、重大な症状に関連し得る、急性（例えば、１週間未満、多くの場合２４時間以内に発症）の症状悪化（ＣＯＰＤ増悪と呼ばれる）のエピソードを経験する場合がある。これらは、呼吸器感染症、有害粒子への曝露などの事象によって誘発される場合もあれば、未知の病因である場合もある。喫煙はＣＯＰＤの最も一般的な危険因子であり、その他の吸入曝露も疾患の発症及び進行に寄与する可能性がある。ＣＯＰＤにおける遺伝的要因の役割は、活発な研究が行われている分野である。ＣＯＰＤ患者の少数は、セリンプロテアーゼの主要な循環阻害剤であるα－１アンチトリプシンの遺伝的欠損症を有しており、この欠損症により疾患が急速に進行し得る。
【0169】
ＣＯＰＤの特徴的な病態生理学的特徴には、小気道の狭窄と構造的変化、及び肺実質（特に肺胞周囲）の破壊が含まれるが、これは多くの場合、慢性炎症によるものである。ＣＯＰＤで観察される慢性的な気流制限では通常、これらの要因が複合的に関与しており、気流制限及び症状に寄与するそれらの相対的な重要度は人によって異なる。「肺気腫」という用語は、終末細気管支の遠位にある気腔（肺胞）が拡張し、その壁が破壊されることを指す。「肺気腫」という用語は、こうした病理学的変化に関連する病状を指してしばしば臨床的に使用される点に留意されたい。ＣＯＰＤ患者の一部は慢性気管支炎を有するが、慢性気管支炎とは、臨床用語では、痰を伴う咳が、１年のうち３ヶ月間のほとんどの日にみられ、これが２年連続で続くものとして定義されている。ＣＯＰＤのリスク因子、疫学、病因、診断、及び現在の管理に関するさらなる情報は、例えば、「Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｏｎ Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ Ｐｕｌｍｏｎａｒｙ Ｄｉｓｅａｓｅ， Ｉｎｃ． （ＧＯＬＤ）社のウェブサイト（ｗｗｗ．ｇｏｌｄｃｏｐｄ．ｏｒｇ）で利用可能なＧｌｏｂａｌ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ， Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ， ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｏｂｓｔｒｕｃｔｉｖｅ Ｐｕｌｍｏｎａｒｙ Ｄｉｓｅａｓｅ」（２００９年更新）（本明細書で「ＧＯＬＤレポート」とも呼ばれる）、ＡＴＳウェブサイト（ｗｗｗ．ｔｈｏｒａｃｉｃ．ｏｒｇ／ｃｌｉｎｉｃａｌ／ｃｏｐｄ－ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ／ｃｏｐｄｄｏｃ．ｐｄｆ）で利用可能な米国胸部学会／欧州呼吸器学会ガイドライン（２００４）（本明細書では「ＡＴＣ／ＥＲＳ ＣＯＰＤガイドライン」とも呼ばれる）、ならびにＣｅｃｉｌ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ （第２０版）、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（第１７版）、及び／または呼吸器内科を主に扱った標準的なテキストで利用可能である。
【0170】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、上記に述べたＤＣ－Ｔｈ１７－Ｂ－Ａｂ－Ｃ－ＤＣサイクルを阻害（妨害、破壊）する。例えば、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与することで、補体がＤＣ細胞を刺激してＴｈ１７表現型を促進するサイクルを断ち切ることができる。その結果、Ｔｈ１７細胞の数及び／または活性が減少し、それにより、Ｔｈ１７を介したＢ細胞の刺激及びポリクローナル抗体産生の量が減少する。いくつかの実施形態では、これらの効果は、免疫学的微小環境を、より正常で病的でない状態に「リセット」することになる。ＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０４３８４５（ＷＯ／２０１２／１７８０８３）の実施例１及び米国特許出願公開第２０１４０３７１１３３号に記載されるように、補体阻害がＴｈ１７関連サイトカイン産生に対して持続的な阻害効果を有することを裏付ける証拠が、喘息の動物モデルで得られている。
【0171】
いくつかの実施形態では、ＤＣ－Ｔｈ１７－Ｂ－Ａｂ－Ｃ－ＤＣサイクルの阻害は、疾患改変効果を有する。いかなる理論にも束縛されるつもりはないが、ＤＣ－Ｔｈ１７－Ｂ－Ａｂ－Ｃ－ＤＣサイクルの阻害によって、単に疾患の症状を治療するのではなく、症状が十分に管理されている場合でも進行中の組織傷害に寄与し得る、及び／または疾患の悪化に寄与し得る基本的な病理学的メカニズムが妨げられる可能性がある。いくつかの実施形態では、ＤＣ－Ｔｈ１７－Ｂ－Ａｂ－Ｃ－ＤＣサイクルの阻害は、慢性疾患を寛解状態に移行させる。いくつかの実施形態では、寛解とは、慢性疾患を有する患者で疾患活動性が存在しないかまたは実質的に存在しない状態を指し、疾患は再発する可能性がある。いくつかの実施形態では、寛解は、継続的治療を行わない場合、または用量を減少させた場合、または投与間隔を大きくした場合に長期にわたって（例えば、少なくとも６ヶ月、例えば、６～１２ヶ月、１２～２４ヶ月、またはそれ以上）持続させることができる。いくつかの態様では、補体の阻害は、Ｔｈ１７細胞が豊富な組織の免疫学的微小環境を変化させ、これを制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）が豊富な微小境に改変することができる。そうすることで、免疫系自体が「リセット」され、寛解状態に移行する可能性がある。いくつかの実施形態では、例えば、寛解は、誘因事象が発生するまで持続し得る。誘因事象は、例えば、感染（感染病原体及び自己タンパク質の両方と反応するポリクローナル抗体の産生を引き起こし得る）、特定の環境条件への曝露（例えば、高レベルのオゾンもしくは粒子状物質などの大気汚染物質、またはタバコの煙などの煙の成分、アレルゲンなど）であり得る。遺伝的要因が関与している可能性もある。例えば、補体成分をコードする特定の遺伝子のアレルを有する個人は、補体活性のベースラインレベルが高く、補体系の反応性がより高く、及び／または内因性補体調節タンパク質活性のベースラインレベルがより低い可能性がある。いくつかの実施形態では、個人は、ＡＭＤのリスクの増加に関連する遺伝子型を有する。例えば、対象は、補体タンパク質または補体調節タンパク質、例えば、ＣＦＨ、Ｃ３、因子Ｂをコードする遺伝子にＡＭＤのリスク増加と関連している多型を有する場合がある。
【0172】
いくつかの実施形態では、免疫学的微小環境は、例えば慢性疾患の症状をまだ発症していない対象、または疾患を発症し本明細書の記載に従って治療されている対象において、時間の経過とともに病的状態に向けて徐々により分極化する可能性がある。このような移行は、確率的に（例えば、抗体レベル及び／または親和性の明らかにランダムな変動に少なくとも一部起因して）、及び／または、症状を伴う疾患の発症を誘因するのに十分な強度のものではない、蓄積された「閾値以下」の誘因事象の結果として起こる可能性がある。
【0173】
いくつかの実施形態では、比較的短期間、例えば１週間～６週間、例えば約２～４週間の、単独で、または本明細書に記載の１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わされた本明細書に記載の遺伝子治療により、長期的な効果がもたらされる可能性があることが想到される。いくつかの実施形態では、寛解は、長期間、例えば、１～３ヶ月、３～６ヶ月、６～１２ヶ月、１２～２４ヶ月、またはそれ以上にわたって達成される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される遺伝子治療は、対象に１回または２回だけ投与され、少なくとも１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月、またはそれ以上持続する効果を実現する。いくつかの実施形態では、症状が再発する前に、対象を監視及び／または予防的に治療することができる。例えば、対象を、誘因事象への曝露前または曝露後に治療することができる。いくつかの実施形態では、対象を、例えば、バイオマーカー、例えば、Ｔｈ１７細胞もしくはＴｈ１７細胞活性、または補体活性化の指標を含むバイオマーカーの増加について監視することができ、そのようなバイオマーカーのレベルの増加に応じて治療することができる。さらなる考察については、例えばＰＣＴ／ＵＳ２０１２／０４３８４５を参照されたい。
【0174】
併用療法
いくつかの態様では、本開示の方法は、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子治療は、別の補体阻害剤による治療をすでに受けている対象に投与される。いくつかの実施形態では、別の補体阻害剤が遺伝子治療を受けている対象に投与される。いくつかの実施形態では、遺伝子治療と別の補体阻害剤の両方が対象に投与される。
いくつかの態様では、本開示の方法は、本明細書に記載の遺伝子治療を単独で、または１つ以上のさらなる補体阻害剤と組み合わせて投与することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子治療は、別の補体阻害剤による治療をすでに受けている対象に投与される。いくつかの実施形態では、別の補体阻害剤が遺伝子治療を受けている対象に投与される。いくつかの実施形態では、遺伝子治療と別の補体阻害剤の両方が対象に投与される。
【0175】
いくつかの実施形態では、遺伝子治療の投与により、単独療法としての第２の補体阻害剤の投与と比較して、第２の補体阻害剤を低減された投薬レジメン（例えば、個々の用量の量を少なくする、投与頻度を減らす、投与回数を減らす、及び／または全体の曝露を減らす）で投与することが可能となる。いかなる理論にも拘束されることを望まないが、いくつかの実施形態では、第２の補体阻害剤の低減された投薬レジメンにより、これが行われない場合に生じ得る１つ以上の望ましくない副作用を回避することができる。
【0176】
いくつかの態様では、第２の補体阻害剤と組み合わせた遺伝子治療の投与は、所望の補体阻害の程度を達成するために遺伝子治療及び／または第２の補体阻害剤の低減された投薬レジメンが必要となるように、対象の血液中のＣ３の量を十分に減少させることができる。
【0177】
いくつかの実施形態では、そのような低減された用量は、単独療法としての遺伝子治療または第２の補体阻害剤の投与と比較して、より少ない量で、またはより低い濃度を使用して、またはより長い投与間隔を使用して、または上記の任意の組み合わせで投与することができる。
【0178】
任意の補体阻害剤、例えば当該技術分野では周知の補体阻害剤を、本明細書に記載の遺伝子治療と組み合わせて投与することができる。いくつかの実施形態では、補体阻害剤は、コンプスタチンまたはコンプスタチン類似体である。
【0179】
コンプスタチンは、Ｃ３に結合し、補体の活性化を阻害する環状ペプチドである。米国特許第６，３１９，８９７号は、Ｉｌｅ－［Ｃｙｓ－Ｖａｌ－Ｖａｌ－Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ｔｒｐ－Ｇｌｙ－Ｈｉｓ－Ｈｉｓ－Ａｒｇ－Ｃｙｓ］－Ｔｈｒ（配列番号１）の配列を有するペプチドが記載されており、２つのシステイン間のジスルフィド結合は括弧で示されている。「コンプスタチン」という名称は米国特許第６，３１９，８９７号では使用されていないものの、その後、科学文献及び特許文献（例えば、Ｍｏｒｉｋｉｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ．，７（３）：６１９－２７，１９９８を参照）において、米国特許第６，３１９，８９７号に開示される配列番号２と同じ配列を有するが、Ｃ末端でアミド化されているペプチドを指して用いられている点は理解されよう。「コンプスタチン」という用語は、本明細書ではそのような使用に合わせて使用されている。コンプスタチンよりも高い補体阻害活性を有するコンプスタチン類似体が開発されている。例えば、ＷＯ２００４／０２６３２８（ＰＣＴ／ＵＳ２００３／０２９６５３）、Ｍｏｒｉｋｉｓ，Ｄ．，ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｏｃ Ｔｒａｎｓ．３２（Ｐｔ １）：２８－３２，２００４、Ｍａｌｌｉｋ，Ｂ．，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２７４－２８６，２００５；Ｋａｔｒａｇａｄｄａ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，４９：４６１６－４６２２，２００６；ＷＯ２００７０６２２４９（ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４５５３９）；ＷＯ２００７０４４６６８（ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０３９３９７）、ＷＯ／２００９／０４６１９８（ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０７８５９３）；ＷＯ／２０１０／１２７３３６（ＰＣＴ／ＵＳ２０１０／０３３３４５）を参照されたい。さらなるコンプスタチン類似体は、例えば、ＷＯ２０１２／１５５１０７、ＷＯ２０１４／０７８７３１、及びＷＯ ２０１９／１６６４１１に記載されている。特定の実施形態では、コンプスタチン類似体は、ペグセタコプラン（「ＡＰＬ－２」）であり、約８００～約１１００のｎを有する図１の化合物の構造及び約４０ｋＤの平均分子量を有するＰＥＧを有する。ペグセタコプランは、ポリ（オキシ－１，２－エタンジイル）、α－ヒドロ－ω－ヒドロキシ－、Ｎ－アセチル－Ｌ－イソロイシル－Ｌ－システイン－Ｌ－バリル－１－メチル－Ｌ－トリプトフィル－Ｌ－グルタミニル－Ｌ－α－アスパルチル－Ｌ－トリプトフィルグリシル－Ｌ－アラニル－Ｌ－ヒスチジル－Ｌ－アルギニル－Ｌ－システイニル－Ｌ－トレオニル－２－［２－（２－アミノエトキシ）エトキシ］アセチル－Ｎ６－カルボキシ－Ｌ－リジンアミド環状（２－－＞１２）－（ジスルフィド）を有する１５，１５’－ジエステル；またはＯ，Ｏ’－ビス［（Ｓ２，Ｓ１２－シクロ｛Ｎアセチル－Ｌ－イソロイシル－Ｌ－システイニル－Ｌ－バリル－１－メチル－Ｌ－トリプトフィル－Ｌ－グルタミニル－Ｌ－α－アスパルチル－Ｌ－トリプトフィルグリシル－Ｌ－アラニル－Ｌ－ヒスチジル－Ｌ－アルギニル－Ｌ－システイン－Ｌ－トレオニル－２－［２－（２－アミノエトキシ）エトキシ］アセチル－Ｌ－リジンアミド｝）－Ｎ６．１５－カルボニル］ポリエチレングリコール（ｎ＝８００～１１００）とも呼ばれる。
【0180】
いくつかの実施形態では、補体阻害剤は、抗体、例えば、抗Ｃ３抗体及び／または抗Ｃ５抗体、またはそのフラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体フラグメントを使用して、Ｃ３またはＣ５の活性化を阻害することができる。断片化された抗Ｃ３または抗Ｃ５抗体は、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’（２）、Ｆｖ、または単鎖Ｆｖであり得る。いくつかの実施形態では、抗Ｃ３抗体または抗Ｃ５抗体はモノクローナルである。いくつかの実施形態では、抗Ｃ３抗体または抗Ｃ５抗体はポリクローナルである。いくつかの実施形態では、抗Ｃ３抗体または抗Ｃ５抗体は脱免疫化されている。一実施形態では、抗Ｃ３抗体または抗Ｃ５抗体は、完全ヒトモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗Ｃ５抗体はエクリズマブである。いくつかの実施形態では、補体阻害剤は、抗体、例えば、抗Ｃ３抗体及び／または抗Ｃ５抗体、またはそのフラグメントである。
【0181】
いくつかの実施形態では、補体阻害剤は、ポリペプチド阻害剤及び／または核酸アプタマーである（例えば、米国特許出願公開第２００３０１９１０８４号を参照）。例示的なポリペプチド阻害剤としては、Ｃ３またはＣ３ｂを分解する酵素が挙げられる（例えば、米国特許第６，６７６，９４３号を参照）。さらなるポリペプチド阻害剤としては、ミニ因子Ｈ（例えば、米国特許公開第２０１５０１１０７６６号を参照）、黄色ブドウ球菌由来のＥｆｂタンパク質もしくは補体阻害剤（ＳＣＩＮ）タンパク質、またはそのバリアントもしくは誘導体もしくは模倣体（例えば、米国特許出願公開第２０１４０３７１１３３号を参照）が挙げられる。
【0182】
他の様々な補体阻害剤も、本開示の様々な実施形態において使用することができる。いくつかの実施形態では、補体阻害剤は、天然に存在する哺乳動物の補体調節タンパク質、またはそのフラグメントもしくは誘導体である。例えば、補体調節タンパク質は、ＣＲ１、ＤＡＦ、ＭＣＰ、ＣＦＨ、またはＣＦＩであり得る。いくつかの実施形態では、補体調節ポリペプチドは、天然に存在する状態では通常は膜結合しているものである。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメイン及び／または細胞内ドメインの一部または全部を欠くこのようなポリペプチドのフラグメントが使用される。例えば、可溶型の補体受容体１（ｓＣＲ１）を使用することもできる。例えば、ＴＰ１０またはＴＰ２０（Ａｖａｎｔ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）として知られる化合物を使用することができる。Ｃ１阻害剤（Ｃ１－ＩＮＨ）を使用することもできる。いくつかの実施形態では、可溶性補体制御タンパク質、例えばＣＦＨが使用される。
【0183】
Ｃ１の阻害剤を使用することもできる。例えば、米国特許第６，５１５，００２号には、Ｃ１を阻害する化合物（フラニル及びチエニルアミジン、複素環式アミジン、及びグアニジン）が記載されている。米国特許第６，５１５，００２号及び同第７，１３８，５３０号には、Ｃ１を阻害する複素環式アミジンが記載されている。米国特許第米国特許第７，０４９，２８２号には、古典経路の活性化を阻害するペプチドが記載されている。ペプチドの一部は、ＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮ（配列番号７３）またはＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴ（配列番号７４）、またはこれらと有意な配列同一性及び／または立体的構造類似性を有するペプチドを含むか、またはそれらからなる。いくつかの実施形態では、これらのペプチドは、ＩｇＧまたはＩｇＭ分子の一部と同一または実質的に同一である。米国特許第米国特許第７，０４１，７９６号は、Ｃ３ｂ／Ｃ４ｂ補体受容体様分子及び補体活性化を阻害するためのその使用を開示している。米国特許第米国特許第６，９９８，４６８号は、補体活性化の抗Ｃ２／Ｃ２ａ阻害剤を開示している。米国特許第米国特許第６，６７６，９４３号は、肺炎球菌由来のヒト補体Ｃ３分解タンパク質を開示している。
【0184】
ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号を含む、本明細書において言及されるすべての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、それらの全容を参照により援用するものとする。加えて、材料、方法、及び実施例は例示にすぎず、限定であることは意図されない。別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明の所属する技術分野における当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書において記載されているものと類似または同等の方法及び物質を本発明の実施または試験において使用することができるが、好適な方法及び物質を本明細書に記載する。
【0185】
均等物
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識し、または日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記の説明に限定されることを意図するものではなく、以下の特許請求の範囲に記述されるようなものである。
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を認識し、または日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。本発明の範囲は、上記の説明に限定されることを意図するものではなく、以下の特許請求の範囲に記述されるようなものである。
【図1】
【配列表】
【国際調査報告】