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特表2024-500447アルツハイマー病及び他の神経障害の診断方法

書誌要約請求の範囲詳細な説明課題実施例実施するための形態図面の説明

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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-01-09

(54)【発明の名称】アルツハイマー病及び他の神経障害の診断方法

(51)【国際特許分類】

G01N 33/53 20060101AFI20231226BHJP

G01N 33/542 20060101ALI20231226BHJP

C12Q 1/6851 20180101ALI20231226BHJP

C12Q 1/686 20180101ALI20231226BHJP

C12Q 1/28 20060101ALI20231226BHJP

C12Q 1/25 20060101ALI20231226BHJP

C12N 15/09 20060101ALN20231226BHJP

C12N 15/115 20100101ALN20231226BHJP

C12M 1/34 20060101ALN20231226BHJP

C12M 1/00 20060101ALN20231226BHJP

【ＦＩ】

G01N33/53 D

G01N33/542 A

C12Q1/6851 Z

C12Q1/686 Z

C12Q1/28

C12Q1/25

C12N15/09 Z

C12N15/115 Z

C12M1/34 F

C12M1/34 Z

C12M1/34 E

C12M1/00 A

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023537635

(86)(22)【出願日】2021-12-16

(85)【翻訳文提出日】2023-08-14

(86)【国際出願番号】 US2021063843

(87)【国際公開番号】W WO2022133107

(87)【国際公開日】2022-06-23

(31)【優先権主張番号】63/126,411

(32)【優先日】2020-12-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

(71)【出願人】

【識別番号】523229090

【氏名又は名称】コグネクストダイアグノスティックスエルエルシー

【氏名又は名称原語表記】ＣＯＧＮＥＸＴＤＩＡＧＮＯＳＴＩＣＳＬＬＣ

(71)【出願人】

【識別番号】398076227

【氏名又は名称】ザ・ジョンズ・ホプキンス・ユニバーシティー

(74)【代理人】

【識別番号】100105957

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田誠

(74)【代理人】

【識別番号】100068755

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田博宣

(74)【代理人】

【識別番号】100142907

【弁理士】

【氏名又は名称】本田淳

(74)【代理人】

【識別番号】100152489

【弁理士】

【氏名又は名称】中村美樹

(72)【発明者】

【氏名】ウォーリー、ポールエフ．

(72)【発明者】

【氏名】シャオ、メイファン

(72)【発明者】

【氏名】シュー、デシェン

【テーマコード（参考）】

4B029

4B063

【Ｆターム（参考）】

4B029AA07

4B029AA23

4B029BB16

4B029BB17

4B029BB20

4B029CC03

4B029FA12

4B063QA01

4B063QA05

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ03

4B063QQ22

4B063QQ28

4B063QQ40

4B063QQ42

4B063QQ79

4B063QR02

4B063QR20

4B063QR32

4B063QR48

4B063QR62

4B063QR72

4B063QS25

4B063QS32

4B063QS33

4B063QS34

4B063QS36

4B063QX02

(57)【要約】

本明細書では、対象の血液、脳脊髄液または他の体液試料から神経細胞ペントラキシンなどの２つ以上のシナプスタンパク質を含む複合体を検出できる近接ベースの検出アッセイを用いて、アルツハイマー病などの神経障害を有する前記対象を診断する方法を開示する。また、前述のアッセイを使用して、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクのある対象を評価及び監視する方法も開示される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、神経細胞ペントラキシン２（ＮＰＴＸ２）、神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）及び神経細胞ペントラキシン受容体（ＮＰＴＸＲ）からなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量の増加により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項2】

【請求項3】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、前記接触により、前記第３の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質、前記第４の親和性リガンド及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉ）前記第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第４の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖｉｉｉ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｉｘ）前記第１の複合体の量を前記第３の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率の減少により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項4】

【請求項5】

【請求項6】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させることであって、前記第４の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、前記接触により、前記第４の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第５の複合体を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、前記第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第５の複合体、前記第５の親和性リガンド及び前記第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、前記第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉｉ）前記第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｉｘ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｘ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第４の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｘｉ）前記第１の複合体の量を前記第４の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率の減少により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項7】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量の増加により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項8】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量の減少により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項9】

対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、
（ｉｉｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｖ）前記対象の前記血液試料中の前記第２の複合体の量を決定することと、
（ｖ）前記第１の複合体の量を前記第２の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率の減少により、前記対象が前記神経障害を有するか、または前記神経障害を発症するリスクがあると同定される、前記方法。

【請求項10】

【請求項11】

【請求項12】

【請求項13】

治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して増加する場合、前記対象は前記治療薬による治療のために選択される、前記方法。

【請求項14】

【請求項15】

治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、前記接触により、前記第３の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質、前記第４の親和性リガンド及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉ）前記第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第４の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖｉｉｉ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｉｘ）前記第１の複合体の量を前記第３の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率が参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して減少する場合、前記対象は前記治療薬による治療のために選択される、前記方法。

【請求項16】

【請求項17】

【請求項18】

治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させることであって、前記第４の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、前記接触により、前記第４の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第５の複合体を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、前記第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第５の複合体、前記第５の親和性リガンド及び前記第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、前記第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉｉ）前記第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｉｘ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｘ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第４の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｘｉ）前記第１の複合体の量を前記第４の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率が参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して減少する場合、前記対象は前記治療薬による治療のために選択される、前記方法。

【請求項19】

【請求項20】

【請求項21】

【請求項22】

【請求項23】

【請求項24】

【請求項25】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して増加する場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力がないと判断され、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が、前記参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して変化していないか、または減少している場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力があると判断される、前記方法。

【請求項26】

【請求項27】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、前記接触により、前記第３の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質、前記第４の親和性リガンド及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉ）前記第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第４の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖｉｉｉ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｉｘ）前記第１の複合体の量を前記第３の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して減少する場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力がないと判断され、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率が、前記参照血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加している場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力があると判断される、前記方法。

【請求項28】

【請求項29】

【請求項30】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させることであって、前記第４の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、前記接触により、前記第４の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第５の複合体を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、前記第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第５の複合体、前記第５の親和性リガンド及び前記第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、前記第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉｉ）前記第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｉｘ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｘ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第４の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｘｉ）前記第１の複合体の量を前記第４の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して減少する場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力がないと判断され、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率が、前記参照血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加している場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力があると判断される、前記方法。

【請求項31】

【請求項32】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して減少する場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力がないと判断され、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が、前記参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して変化していないか、または増加している場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力があると判断される、前記方法。

【請求項33】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、
（ｉｉｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｖ）前記対象の前記血液試料中の前記第２の複合体の量を決定することと、
（ｖ）前記第１の複合体の量を前記第２の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して減少する場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力がないと判断され、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または減少している場合、前記対象は、前記神経障害に対して回復力があると判断される、前記方法。

【請求項34】

【請求項35】

【請求項36】

【請求項37】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量が参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して変化していないか、または減少する場合、前記薬剤は、前記対象において治療効果があると判定される、前記方法。

【請求項38】

【請求項39】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、前記接触により、前記第３の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質、前記第４の親和性リガンド及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｖ）前記第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第４の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖｉｉｉ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｉｘ）前記第１の複合体の量を前記第３の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率が参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加する場合、前記薬剤は、前記対象において治療効果があると判定される、前記方法。

【請求項40】

【請求項41】

【請求項42】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させることであって、前記第４の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、前記接触により、前記第４の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第５の複合体を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、前記第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第５の複合体、前記第５の親和性リガンド及び前記第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、前記第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉｉ）前記第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｉｘ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｘ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第４の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｘｉ）前記第１の複合体の量を前記第４の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率が参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加する場合、前記薬剤は、前記対象において治療効果があると判定される、前記方法。

【請求項43】

【請求項44】

【請求項45】

【請求項46】

【請求項47】

【請求項48】

【請求項49】

神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象の学習及び記憶を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量の増加は、前記対象の学習及び記憶の低下を示す、前記方法。

【請求項50】

【請求項51】

神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象の学習及び記憶を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、前記接触により、前記第３の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質、前記第４の親和性リガンド及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉ）前記第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第４の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖｉｉｉ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｉｘ）前記第１の複合体の量を前記第３の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第３の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第２の複合体に対する比率の減少は、前記対象の学習及び記憶の低下を示す、前記方法。

【請求項52】

【請求項53】

【請求項54】

神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象の学習及び記憶を評価する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第１の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記第１の近接信号を検出することであって、前記第１の近接信号は前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｖｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させることであって、前記第４の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、前記接触により、前記第４の親和性リガンド、前記第３のシナプスタンパク質及び前記第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、前記第３及び前記第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｖｉｉ）前記第５の複合体を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、前記第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第５の複合体、前記第５の親和性リガンド及び前記第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、前記第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｖｉｉｉ）前記第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成することであって、前記第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第５の複合体を接触させることと、
（ｉｘ）前記第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は第２の近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｘ）前記血液試料中の前記第２の近接信号を検出することであって、前記第２の近接信号は前記血液試料中の前記第４の複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、
（ｘｉ）前記第１の複合体の量を前記第４の複合体の量で割ることにより、前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率を定量化することと、を含み、
参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較した、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の前記第４の複合体に対する比率の減少は、前記対象の学習及び記憶の低下を示す、前記方法。

【請求項55】

【請求項56】

【請求項57】

【請求項58】

【請求項59】

【請求項60】

【請求項61】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含む、前記方法。

【請求項62】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質、前記第２の親和性リガンド及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、前記第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｉｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含む、前記方法。

【請求項63】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記シナプスタンパク質複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含む、前記方法。

【請求項64】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させることであって、前記第１の親和性リガンドは表面上に固定化され、前記第１のシナプスタンパク質は第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、前記接触により、前記第１の親和性リガンド、前記第１のシナプスタンパク質及び前記第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記第２の複合体を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、前記第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させることであって、前記接触により、前記第２の複合体、前記第２の親和性リガンド及び前記第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、前記第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ前記第３の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合する、前記第２の複合体を接触させることと、
（ｉｉｉ）前記第３の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成することであって、前記ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、前記第３の複合体を接触させることと、
（ｉｖ）前記ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行することであって、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、前記増幅は近接信号を生成する、前記増幅を実行することと、
（ｖ）前記血液試料中の前記近接信号を検出することであって、前記近接信号は前記血液試料中の前記シナプスタンパク質複合体の量を示す、前記近接信号を検出することと、を含む、前記方法。

【請求項65】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、を含み、
前記第１の複合体の量は、前記対象の血液試料中の前記シナプスタンパク質複合体の量を示す、前記方法。

【請求項66】

神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含むシナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法であって、前記方法は、
（ｉ）前記対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させることであって、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、前記第１及び前記第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、前記血液試料を接触させることと、
（ｉｉ）前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を決定することと、を含み、
前記第１の複合体の量は、前記対象の血液試料中の前記シナプスタンパク質複合体の量を示す、前記方法。

【請求項67】

【請求項68】

【請求項69】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、及び前記第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであるか、または前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、及び前記第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２である、請求項１、４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７、４０、４３、４６、４９、５２、５５、５８、６１、６３、６５または６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項70】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、及び前記第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであるか、または前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、及び前記第２のシナプスタンパク質がＮＰＴＸ１である、請求項１、４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７、４０、４３、４６、４９、５２、５５、５８、６１、６３、６５または６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項71】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、及び前記第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であるか、または前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、及び前記第２のシナプスタンパク質がＮＰＴＸ２である、請求項１、４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７、４０、４３、４６、４９、５２、５５、５８、６１、６３、６５または６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項72】

前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、及び前記第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであるか、または前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、及び前記第４のシナプスタンパク質がＮＰＴＸ２である、請求項３、６、９、１２、１５、１８、２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７または６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項73】

前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、及び前記第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであるか、または前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、及び前記第４のシナプスタンパク質がＮＰＴＸ１である、請求項３、６、９、１２、１５、１８、２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７または６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項74】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、及び前記第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であるか、または前記第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、及び前記第４のシナプスタンパク質がＮＰＴＸ２である、請求項３、６、９、１２、１５、１８、２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５、４８、５１、５４、５７または６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項75】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、前記第２のシナプスタンパク質はグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧｌｕＡ４）である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２または３４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項76】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、前記第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ４である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、３５、３６、３８、３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５３、５４、５６、５７、５９、６０、６２、６４、６６または６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項77】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、前記第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ４である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、３５、３６、３８、３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５３、５４、５６、５７、５９、６０、６２、６４、６６または６８、３０、３２または３４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項78】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、前記第２のシナプスタンパク質はグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット１（ＧｌｕＡ１）である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、３５、３６、３８、３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５３、５４、５６、５７、５９、６０、６２、６４、６６または６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項79】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、前記第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ１である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、３５、３６、３８、３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５３、５４、５６、５７、５９、６０、６２、６４、６６または６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項80】

前記第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、前記第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ１である、請求項２、３、５、６、８、９、１１、１２、１４、１５、１７、１８、２０、２１、２３、２４、２６、２７、２９、３０、３２、３３、３５、３６、３８、３９、４１、４２、４４、４５、４７、４８、５０、５１、５３、５４、５６、５７、５９、６０、６２、６４、６６または６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項81】

前記方法は、前記血液試料を、前記第１のシナプスタンパク質に特異的な固定化された親和性リガンドと接触させることを更に含む、請求項１～３、７～９、１３～１５、１９～２１、２５～２７、３１～３３、３７～３９、４３～４５、４９～５１、５５～５７、６１、６２、６５または６６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項82】

前記方法は、前記血液試料を、前記第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化された親和性リガンドと接触させることを更に含む、請求項３、９、１５、２１、２７、３３、３９、４５、５１または５７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項83】

前記第１の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、前記第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む、請求項７～９、１９～２１、３１～３３、４３～４５、５５～５７、６５または６６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項84】

前記第２の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、前記第３の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む、請求項１０～１２、２２～２４、３４～３６、４６～４８、５８～６０、６７または６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項85】

前記第１及び前記第２の近接検出器は、前記第１のシナプスタンパク質が前記第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合に、第１の近接信号を生成し、前記第１の近接信号は、前記対象の前記血液試料中の前記第１の複合体の量を示す、請求項８３または請求項８４に記載の方法。

【請求項86】

前記第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、前記第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む、請求項３、９、１２、１５、２１、２４、３３、３６、４５、４８、５７または６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項87】

前記第３及び前記第４の近接検出器は、前記第３のシナプスタンパク質が前記第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合に、第２の近接信号を生成し、前記第２の近接信号は、前記対象の前記血液試料中の前記第３の複合体の量を示す、請求項８６に記載の方法。

【請求項88】

前記第１、前記第２、前記第３及び／または前記第４の近接検出器は、オリゴヌクレオチド、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）発色団または生物発光共鳴エネルギー移動（ＢＲＥＴ）発色団、生体分子蛍光相補（ＢｉＦＣ）タンパク質またはその断片、及び反応性ビオチン種を生成できる酵素からなる群から選択される、請求項８３～８７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項89】

前記第１、前記第２、前記第３及び／または前記第４の近接検出器はオリゴヌクレオチドである、請求項８８に記載の方法。

【請求項90】

前記第１及び前記第３の近接検出器は、オリゴヌクレオチドプラス鎖を含み、前記第２及び前記第４の近接検出器は、オリゴヌクレオチドマイナス鎖を含む、請求項８９に記載の方法。

【請求項91】

前記オリゴヌクレオチドプラス鎖及び前記オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、コネクターオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするように構成される、請求項９０に記載の方法。

【請求項92】

前記オリゴヌクレオチドプラス鎖は順方向プライマーにハイブリダイズするように構成され、前記オリゴヌクレオチドマイナス鎖は逆方向プライマーにハイブリダイズするように構成される、請求項９０または請求項９１に記載の方法。

【請求項93】

前記第１、前記第２、前記第３及び／または前記第４の近接検出器は、ＦＲＥＴまたはＢＲＥＴ発色団である、請求項８８に記載の方法。

【請求項94】

前記ＦＲＥＴまたは前記ＢＲＥＴ発色団は、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）－黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）対及びルシフェラーゼ－ＹＦＰからなる群から選択される一対の蛍光タンパク質を含む、請求項９３に記載の方法。

【請求項95】

前記一対の蛍光タンパク質中の前記タンパク質のそれぞれは、独立して、別個の近接検出器に融合または結合される、請求項９４に記載の方法。

【請求項96】

前記第１、前記第２、前記第３及び前記第４の近接検出器は、反応性ビオチン種を生成できる酵素を含む、請求項８８に記載の方法。

【請求項97】

反応性ビオチン種を生成できる前記酵素は、Ｅ．ｃｏｌｉビオチンリガーゼ、Ａ．ａｅｏｌｉｃｕｓビオチンリガーゼ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓビオチンリガーゼ、及びアスコルビン酸ペルオキシダーゼからなる群から選択される、請求項９６に記載の方法。

【請求項98】

反応性ビオチン種を生成できる前記酵素は、前記酵素の２つの相補的な半分を含み、前記２つの相補的な半分のそれぞれは、独立して、別個の近接検出器に融合または結合される、請求項９６または請求項９７に記載の方法。

【請求項99】

前記第１及び前記第２及び／または前記第３及び前記第４の近接検出器は、それぞれ独立して、二分子ＢｉＦＣタンパク質の相補的な半分である、請求項８８に記載の方法。

【請求項100】

前記ＢｉＦＣタンパク質は、高感度緑色蛍光タンパク質（ＥＧＦＰ）、ＹＦＰ、高感度ＣＦＰ（ＥＣＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、高感度青色蛍光タンパク質（ＥＢＦＰ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＨｏｎｅｙｄｅｗ、ｍＢａｎａｎａ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ２、ｍＰｌｕｍ、ｄｓＲｅｄ、またはルシフェラーゼである、請求項９９に記載の方法。

【請求項101】

前記第１、前記第２、前記第３、前記第４、前記第５及び／または前記第６の親和性リガンドのそれぞれは、抗体もしくはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチド、またはアプタマーを含む、請求項１～１００のいずれか一項に記載の方法。

【請求項102】

前記第１、前記第２、前記第３、前記第４、前記第５及び／または前記第６の親和性リガンドは、抗体またはその抗原結合断片である、請求項１０１に記載の方法。

【請求項103】

前記第１、前記第２、前記第３、前記第４、前記第５及び／または前記第６の親和性リガンドは、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドである、請求項１０１に記載の方法。

【請求項104】

前記一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドはヘビ毒毒素である、請求項１０３に記載の方法。

【請求項105】

前記ヘビ毒毒素はタイポキシンである、請求項１０４に記載の方法。

【請求項106】

前記第１、前記第２、前記第３、前記第４、前記第５及び／または前記第６の親和性リガンドはアプタマーである、請求項１０１に記載の方法。

【請求項107】

前記神経障害は、神経変性障害、神経発達障害、及び精神神経障害からなる群から選択される、請求項１～１０６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項108】

前記神経変性障害は、加齢性認知機能低下、アルツハイマー病（ＡＤ）、ダウン症候群、正常圧水頭症、アルツハイマー病関連認知症（ＡＤＲＤ）、パーキンソン病、ハンチントン病、運動ニューロン疾患、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、フリードライヒ運動失調症、プリオン病、またはリソソーム蓄積障害である、請求項１０７に記載の方法。

【請求項109】

前記ＡＤは孤発性ＡＤまたは家族性ＡＤである、請求項１０８に記載の方法。

【請求項110】

前記ＡＤＲＤは、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、血管性認知障害及び認知症、または混合病因認知症である、請求項１０８に記載の方法。

【請求項111】

前記神経発達障害は、知的障害、Ｘ連鎖知的障害、学習障害、自閉症スペクトラム症、発達性運動障害、チック症、脳性麻痺、コミュニケーション及び言語障害、脆弱Ｘ症候群、ダウン症候群、注意欠陥多動障害、または神経毒物質による神経発達障害である、請求項１０７に記載の方法。

【請求項112】

前記精神神経障害は、大うつ病、双極性障害、強迫性障害、摂食障害、または統合失調症である、請求項１０７に記載の方法。

【請求項113】

前記血液試料は、血清試料または血漿試料である、請求項１～１１２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項114】

前記近接距離閾値は、４０ｎｍ、３５ｎｍ、２５ｎｍ、２０ｎｍ、１５ｎｍ、１０ｎｍ、５ｎｍまたは１ｎｍ以下である、請求項１～１１３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項115】

前記第１、前記第２、前記第３及び／または前記第４のシナプスタンパク質のうちの１つ以上は、前記対象の前記試料のエキソソームから単離される、請求項１～１１４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項116】

前記増幅は、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を使用して行われる、請求項１～１１５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項117】

前記対象はヒトである、請求項１～１１６のいずれか一項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０２１年１１月２９日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、「５１５５６－００２ＷＯ２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿１１＿２９＿２１＿ＳＴ２５」という名称であり、サイズは１，３５４バイトである。

【0002】

連邦政府支援の研究に関する声明文
本発明は、国立衛生研究所により付与されたＲ３５ＮＳ０９７９６６の下、政府の支援を受けて行われた。政府は、本発明において特定の権利を有する。

【0003】

本開示は、アルツハイマー病及び他の神経障害を診断するための方法に関する。

【背景技術】

【0004】

神経変性は、アルツハイマー病（ＡＤ）などの進行性認知症に関連する多くの疾患で観察される、病態生理学的プロセスである。このプロセスの重要な特徴は、脳組織の全体的な破壊と、とりわけ、それに伴う認知機能の低下、言語障害及び記憶喪失を含むあらゆる認知及び行動の欠陥とを引き起こす、神経変性及び神経細胞死である。

【0005】

ＡＤは、高齢者の認知症症例の大部分の原因となる遅発性神経変性疾患である。ＡＤ患者は、短期及び長期記憶の潜行性喪失、注意欠陥、言語特有の問題、見当識障害、衝動制御、引きこもり、快感消失、及び他の症状を含む症状によって特徴付けられる進行性の認知機能低下を患っている。ＡＤの目立った神経病理学的特徴は、アミロイドβプラークの細胞外凝集体と、過剰リン酸化した微小管関連タウタンパク質からなる神経原線維変化である。これらの凝集体の蓄積は、大脳皮質の前頭葉、側頭葉及び頭頂葉、ならびに前脳基底部コリン作動系及び脳幹内の青斑核などの皮質下構造を含む、多くの脳領域における神経細胞の喪失及び萎縮と関連している。これらの目立った診断上の特徴は、疾病負荷を強く示すものではあるが、多くの場合、症状の発症後しばらく経ってから、または死後に発見される。したがって、対象を、ＡＤ及び他の神経障害を有するか、または発症するリスクがあると診断する改良された方法の必要性が存在する。

【発明の概要】

【0006】

第１の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、神経細胞ペントラキシン２（ＮＰＴＸ２）、神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）及び神経細胞ペントラキシン受容体（ＮＰＴＸＲ）からなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、対象の血液試料中の第１の複合体の量の増加により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定される。

【0007】

【0008】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、接触により第３の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質、第４の親和性リガンド及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉ）第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第４の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖｉｉｉ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第３の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｉｘ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率の減少により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0009】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、対象の血液試料中の第１の複合体の量の増加により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0010】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、対象の血液試料中の第１の複合体の量の減少により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0011】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を決定する工程と、（ｉｉｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｖ）対象の血液試料中の第２の複合体の量を測定する工程と、（ｖ）第１の複合体の量を第２の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第２の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率の減少により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定される。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み（例えば、それに結合し）、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。

【0012】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、対象の血液試料中の第１の複合体の量が、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して増加している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。

【0013】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、対象の血液試料中の第１の複合体の量が、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して減少している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。

【0014】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、接触により第３の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質、第４の親和性リガンド及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉ）第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第４の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖｉｉｉ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第３の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｉｘ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が減少している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0015】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が増加している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0016】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が増加している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0017】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を決定する工程と、（ｉｉｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｖ）対象の血液試料中の第２の複合体の量を測定する工程と、（ｖ）第１の複合体の量を第２の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第２の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率が減少している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。いくつかの実施形態では、第１の親和性は第１の近接検出器を含み、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0018】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が増加している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化していないか、または減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。

【0019】

【0020】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、接触により第３の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質、第４の親和性リガンド及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉ）第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第４の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖｉｉｉ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第３の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｉｘ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が変化していないか、または増加している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0021】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が増加している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化していないか、または減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0022】

【0023】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を決定する工程と、（ｉｉｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｖ）対象の血液試料中の第２の複合体の量を測定する工程と、（ｖ）第１の複合体の量を第２の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第２の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率が減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率が変化していないか、または減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0024】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化してしないか、または減少している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。

【0025】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化してしないか、または増加している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。

【0026】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、接触により第３の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質、第４の親和性リガンド及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｖ）第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第４の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖｉｉｉ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第３の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｉｘ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が変化していないか、または増加している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0027】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化していないか、または減少している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0028】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量が変化していないか、または増加している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0029】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を決定する工程と、（ｉｉｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｖ）対象の血液試料中の第２の複合体の量を測定する工程と、（ｖ）第１の複合体の量を第２の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第２の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率が変化していないか、または増加している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると決定される。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。

【0030】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量の増加は、対象の学習及び記憶の低下を示す。

【0031】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量の減少は、対象の学習及び記憶の低下を示す。

【0032】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第３の複合体中にあり、接触により第３の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質、第４の親和性リガンド及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第４の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉ）第４の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第４の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖｉｉｉ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第３の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｉｘ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率の減少は、対象の学習及び記憶の低下を示す。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。

【0033】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量の増加は、対象の学習及び記憶の低下を示す。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0034】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の量の減少は、対象の学習及び記憶の低下を示す。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0035】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を決定する工程と、（ｉｉｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第３及び第４のシナプスタンパク質は第２の複合体中にあり、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｖ）対象の血液試料中の第２の複合体の量を測定する工程と、（ｖ）第１の複合体の量を第２の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第２の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第２の複合体に対する比率の減少は、対象の学習及び記憶の低下を示す。いくつかの実施形態では、方法は、血液試料を、第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化した親和性リガンドと接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第４の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。

【0036】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む、シナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含む。

【0037】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む、シナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中にあり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質、第２の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質であり、第１の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｉｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含む。

【0038】

【0039】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む、シナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、接触させる工程であって、第１及び第２のシナプスタンパク質は第１の複合体中に存在し、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、を含み、第１の複合体の量は、対象の血液試料中のシナプスタンパク質複合体の量を示す。いくつかの実施形態では、第１の親和性リガンドは第１の近接検出器に結合し、第２の親和性リガンドは第２の近接検出器に結合する。

【0040】

前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、方法は、血液試料を第１のシナプスタンパク質に特異的な固定化された親和性リガンドと接触させ、それによって、リガンドを表面（例えば、プレート、樹脂、粒子（例えば、ビーズ）などの固体支持体）に捕捉することを更に含む。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、方法は、血液試料を第３のシナプスタンパク質に特異的な固定化された親和性リガンドと接触させ、それによって、リガンドを表面に捕捉することを更に含む。

【0041】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）に結合し、かつ第３の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド（例えば、スプリントオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号３）及びリガーゼ酵素（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ）と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号４）及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号５）とハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の量と比較した、対象の血液試料中の第１の複合体の量の増加により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定される。

【0042】

【0043】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させることと、（ｉｖ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、接触により第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第５の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第５の複合体、第５の親和性リガンド及び第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第５の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉｉ）第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第５の複合体を接触させる工程と、（ｉｘ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｘ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第４の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｘｉ）第１の複合体の量を第４の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第４の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率の減少により、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定する。

【0044】

【0045】

【0046】

【0047】

【0048】

【0049】

別の態様では、本開示は、治療薬による治療のために、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象を選択する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、接触により、第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第５の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第５の複合体、第５の親和性リガンド及び第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第５の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉｉ）第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第５の複合体を接触させる工程と、（ｉｘ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｘ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第４の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｘｉ）第１の複合体の量を第４の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第４の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して減少している場合、対象は、治療薬による治療のために選択される。

【0050】

【0051】

【0052】

【0053】

【0054】

【0055】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、接触により、第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第５の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第５の複合体、第５の親和性リガンド及び第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第５の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉｉ）第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第５の複合体を接触させる工程と、（ｉｘ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｘ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第４の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｘｉ）第１の複合体の量を第４の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第４の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。

【0056】

【0057】

【0058】

別の態様では、本開示は、対象を神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程と、（ｉｉｉ）対象の血液試料中の第１の複合体の量を測定する工程と、（ｉｖ）対象から得た血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質タンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第３の複合体の一部であり、接触により、第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第４の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖ）第４の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程と、（ｖｉ）対象の血液試料中の第３の複合体の量を測定する工程と、（ｖｉｉ）第１の複合体の量を第３の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第３の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力がないと判断され、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して、対象の血液試料中の第１の複合体の第３の複合体に対する比率が変化していないか、または減少している場合、対象は、神経障害に対する回復力があると判断される。

【0059】

【0060】

【0061】

別の態様では、本開示は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における薬剤の治療効果を判定する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第１のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、接触により、第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第５の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第５の複合体、第５の親和性リガンド及び第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第５の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉｉ）第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第５の複合体を接触させる工程と、（ｉｘ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｘ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第４の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｘｉ）第１の複合体の量を第４の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第４の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率が、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較して変化していないか、または増加している場合、薬剤は、対象に治療上有効であると判断される。

【0062】

【0063】

【0064】

【0065】

【0066】

【0067】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドは第１のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を第１の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第１のＬＰＭＯＳは、第１の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第１の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）第１のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第１の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の第１の近接信号を検出する工程であって、第１の近接信号は、血液試料中の第１の複合体の量を示す、近接信号を検出する工程と、（ｖｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第３のシナプスタンパク質に特異的な第４の親和性リガンドと接触させる工程であって、第４の親和性リガンドは表面に固定化され、第３のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第４のシナプスタンパク質との第４の複合体の一部であり、接触により、第４の親和性リガンド、第３のシナプスタンパク質及び第４のシナプスタンパク質を含む第５の複合体が生成され、第３及び第４のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｖｉｉ）第５の複合体を、第３のシナプスタンパク質に特異的な第５の親和性リガンドと、第４のシナプスタンパク質に特異的な第６の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第５の複合体、第５の親和性リガンド及び第６の親和性リガンドを含む第６の複合体が生成され、第５の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第６の親和性リガンドは第２のオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第５の複合体を接触させる工程と、（ｖｉｉｉ）第５の複合体を第２の一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、第２のＬＰＭＯＳを生成する工程であって、第２のＬＰＭＯＳは、第２の順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び第２の逆方向プライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることができる、第５の複合体を接触させる工程と、（ｉｘ）第２のＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は第２の近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｘ）血液試料中の第２の近接信号を検出する工程であって、第２の近接信号は、血液試料中の第４の複合体の量を示す、第２の近接信号を検出する工程と、（ｘｉ）第１の複合体の量を第４の複合体の量で割ることにより、第１の複合体の第４の複合体に対する比率を定量化する工程と、を含み、参照血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率と比較した、対象の血液試料中の第１の複合体の第４の複合体に対する比率の減少は、対象の学習及び記憶の低下を示す。

【0068】

【0069】

【0070】

【0071】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む、シナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第２のシナプスタンパク質との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含む。

【0072】

別の態様では、本開示は、神経疾患もしくは障害を有するか、または神経疾患もしくは障害を発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む、シナプスタンパク質複合体の量を定量化する方法を提供し、前記方法は、（ｉ）対象から得られた血液試料を、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲからなる群から選択される第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドと接触させる工程であって、第１の親和性リガンドは表面に固定化され、第１のシナプスタンパク質は、第２のシナプスタンパク質（例えば、表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）との第１の複合体の一部であり、接触により、第１の親和性リガンド、第１のシナプスタンパク質及び第２のシナプスタンパク質を含む第２の複合体が生成され、第１及び第２のシナプスタンパク質は異なるタンパク質である、血液試料を接触させる工程と、（ｉｉ）第２の複合体を、第１のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドと、第２のシナプスタンパク質に特異的な第３の親和性リガンドと、接触させる工程であって、接触により、第２の複合体、第２の親和性リガンド及び第３の親和性リガンドを含む第３の複合体が生成され、第２の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドプラス鎖に結合し、かつ第３の親和性リガンドはオリゴヌクレオチドマイナス鎖に結合している、第２の複合体を接触させる工程と、（ｉｉｉ）第３の複合体を一本鎖コネクターオリゴヌクレオチド及びリガーゼ酵素と接触させ、それによって、ＬＰＭＯＳを生成する工程であって、ＬＰＭＯＳは、順方向プライマーオリゴヌクレオチド及び逆方向プライマーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズすることができる、第３の複合体を接触させる工程と、（ｉｖ）ＬＰＭＯＳ上で増幅を実行する工程であって、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合、増幅は近接信号を生成する、増幅を実行する工程と、（ｖ）血液試料中の近接信号を検出する工程であって、近接信号は、血液試料中のシナプスタンパク質の量を示す、近接信号を検出する工程と、を含む。

【0073】

【0074】

【0075】

前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、または第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、または第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、または第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、かつ第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、または第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、かつ第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、かつ第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、または第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、かつ第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸである。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、かつ第２のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、または第３のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、かつ第４のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２である。

【0076】

前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、第２のシナプスタンパク質は、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧｌｕＡ４）である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ４である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ４である。前述の態様のいずれか１つのいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ２であり、第２のシナプスタンパク質は、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット１（ＧｌｕＡ１）である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸ１であり、第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ１である。前述の態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第１のシナプスタンパク質はＮＰＴＸＲであり、第２のシナプスタンパク質はＧｌｕＡ１である。

【0077】

前述の態様及び実施形態のいくつかの実施形態では、第２の親和性リガンドは第１の近接検出器を含み、第３の親和性リガンドは第２の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第１及び第２の近接検出器は、第１のシナプスタンパク質が第２のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合に、第１の近接信号を生成し、第１の近接信号は、対象の血液試料中の第１の複合体の量を示す。いくつかの実施形態では、第５の親和性リガンドは第３の近接検出器を含み、第３の親和性リガンドは第４の近接検出器を含む。いくつかの実施形態では、第３及び第４の近接検出器は、第３のシナプスタンパク質が第４のシナプスタンパク質に対して近接距離閾値内にある場合に、第２の近接信号を生成し、第２の近接信号は、対象の血液試料中の第３の複合体の量を示す。

【0078】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１、第２、第３及び／または第４の近接検出器は、オリゴヌクレオチド、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）発色団または生物発光共鳴エネルギー移動（ＢＲＥＴ）発色団、生体分子蛍光相補（ＢｉＦＣ）タンパク質またはその断片、及び反応性ビオチン種を生成できる酵素からなる群から選択される。

【0079】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１、第２、第３及び／または第４の近接検出器は、オリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、第１及び第３の近接検出器は、オリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）を含み、第２及び第４の近接検出器は、オリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖及びマイナス鎖は、コネクターオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号３）にハイブリダイズするように構成される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、順方向プライマー（例えば、配列番号４）にハイブリダイズするように構成され、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、逆方向プライマー（例えば、配列番号５）にハイブリダイズするように構成される。

【0080】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１、第２、第３及び／または第４の近接検出器は、ＦＲＥＴまたはＢＲＥＴ発色団である。いくつかの実施形態では、ＦＲＥＴまたはＢＲＥＴ発色団は、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）－黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）対及びルシフェラーゼ－ＹＦＰからなる群から選択される一対の蛍光タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、一対の蛍光タンパク質中のタンパク質のそれぞれは、独立して、別個の近接検出器に融合または結合される。

【0081】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１、第２、第３及び第４の近接検出器は、反応性ビオチン種を生成できる酵素を含む。いくつかの実施形態では、反応性ビオチン種を生成できる酵素は、Ｅ．ｃｏｌｉビオチンリガーゼ、Ａ．ａｅｏｌｉｃｕｓビオチンリガーゼ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓビオチンリガーゼ、及びアスコルビン酸ペルオキシダーゼからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、反応性ビオチン種を生成できる酵素は、酵素の２つの相補的な半分を含み、２つの相補的な半分のそれぞれは、独立して、別個の近接検出器に融合または結合される。

【0082】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１及び第２及び／または第３及び第４の近接検出器は、それぞれ独立して、二分子ＢｉＦＣタンパク質の相補的な半分である。いくつかの実施形態では、ＢｉＦＣタンパク質は、高感度緑色蛍光タンパク質（ＥＧＦＰ）、ＹＦＰ、高感度ＣＦＰ（ＥＣＦＰ）、赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）、高感度青色蛍光タンパク質（ＥＢＦＰ）、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＨｏｎｅｙｄｅｗ、ｍＢａｎａｎａ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ２、ｍＰｌｕｍ、ｄｓＲｅｄ、またはルシフェラーゼ（例えば、ウミシイタケルシフェラーゼ、ホタルルシフェラーゼ、コメツキムシルシフェラーゼ、カイアシルシフェラーゼ、細菌ルシフェラーゼ、または渦鞭毛藻ルシフェラーゼ）である。

【0083】

前述の態様及び実施形態のいくつかの実施形態では、第１、第２、第３、第４、第５及び／または第６の親和性リガンドのそれぞれは、抗体もしくはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチド、またはアプタマー（例えば、核酸アプタマー）を含む。いくつかの実施形態では、第１、第２、第３、第４、第５及び／または第６の親和性リガンドは、抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、第１、第２、第３、第４、第５及び／または第６の親和性リガンドは、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドである。いくつかの実施形態では、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドはヘビ毒毒素である。いくつかの実施形態では、ヘビ毒毒素はタイポキシンである。いくつかの実施形態では、第１、第２、第３、第４、第５及び／または第６の親和性リガンドはアプタマーである。

【0084】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、神経障害は、神経変性障害、神経発達障害、及び精神神経障害からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、神経変性障害は、加齢性認知機能低下、アルツハイマー病（ＡＤ、例えば、遅発性（孤発性）または家族性ＡＤ）、ダウン症候群、正常圧水頭症、アルツハイマー病関連認知症（ＡＤＲＤ）、パーキンソン病、ハンチントン病、運動ニューロン疾患、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、フリードライヒ運動失調症、プリオン病、またはリソソーム蓄積障害である。いくつかの実施形態では、ＡＤは、孤発性ＡＤまたは家族性ＡＤである。いくつかの実施形態では、ＡＤＲＤは、前頭側頭型認知症、レビー小体型認知症、血管性認知障害及び認知症、または混合病因認知症である。いくつかの実施形態では、神経発達障害は、知的障害、Ｘ連鎖知的障害、学習障害、自閉症スペクトラム症、発達性運動障害、チック症、脳性麻痺、コミュニケーション及び言語障害、脆弱Ｘ症候群、ダウン症候群、注意欠陥多動障害、または神経毒物質による神経発達障害である。いくつかの実施形態では、精神神経障害は、大うつ病、双極性障害、強迫性障害、摂食障害、または統合失調症である。

【0085】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、血液試料は、血清試料または血漿試料である。
前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、近接距離閾値は、４０ｎｍ、３５ｎｍ、２５ｎｍ、２０ｎｍ、１５ｎｍ、１０ｎｍ、５ｎｍまたは１ｎｍ以下である。

【0086】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、第１、第２、第３及び／または第４のシナプスタンパク質のうちの１つ以上は、対象の試料のエキソソームから単離される。

【0087】

前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、増幅は、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を使用して実行される。
前述の態様及び実施形態のいずれかのいくつかの実施形態では、対象はヒトである。

【図面の簡単な説明】

【0088】

【図1】本開示の例示的な近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ）の概略図を示す。対象（例えば、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象）からの血液試料（例えば、血液、血清または血漿）を、抗神経細胞ペントラキシン２（ＮＰＴＸ２）及び神経細胞ペントラキシン受容体（ＮＰＴＸＲ）を含むシナプスタンパク質複合体を捕捉するために、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器）上に固定化された第１のＮＰＴＸ２抗体と反応容器（例えば、プレート）内で接触させる。固定化された抗ＮＰＴＸ２抗体は、反応容器の表面上のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体を捕捉する。オリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）の５’末端に結合した第２の抗ＮＰＴＸ２抗体、及びオリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）の３’末端に結合した抗ＰＴＸＲ抗体を、反応混合物に添加する。オリゴヌクレオチドプラス鎖の３’末端またはその近く、及びオリゴヌクレオチドマイナス鎖の５’末端またはその近くに結合することができるコネクター（例えば、スプリント）オリゴヌクレオチド（配列番号３）を含むライゲーション混合物、ならびにリガーゼ（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ）を、次に反応容器に添加する。プラス鎖とマイナス鎖の間が物理的に十分に近接していると、コネクターオリゴヌクレオチドはプラス鎖及びマイナス鎖の両方にハイブリダイズし、プラス鎖の３’末端とマイナス鎖の５’末端の黒い矢印で示した連結部位でのライゲーションを容易にするように両方を十分に近づける。続いて、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）は、連結部位の上流の順方向プライマー（例えば、配列番号４）とライゲーション部位の下流の逆方向プライマー（配列番号５）をアニールすることにより定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ－ＰＣＲ）を用いて増幅される。増幅されたＬＰＭＯＳを定量化し、対象の血液試料中の標的シナプスタンパク質、この場合はＮＰＴＸ２とＮＰＴＸＲの複合体のレベルを評価する。

【図2】ＥＬＩＳＡにより測定された脳脊髄液（ＣＳＦ）由来のＮＰＴＸ２レベルと、本開示のＰＬＡ法により独立して測定されたＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルとの散布図を示す。ピアソン相関分析は、ＰＬＡ測定値がＥＬＩＳＡ測定値と強い相関があることを示している（ｎ＝１２）。

【図3A】リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）＋１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）で連続希釈した血漿中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の散布図を示す。実線は、希釈曲線に対して実行された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図3B】ＮＰＴＸ２除去血漿で連続希釈した血漿中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の散布図を示す。実線は、希釈曲線に対して実行された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図4】臨床的に診断されたアルツハイマー病（ＡＤ）患者及び対応する健康な対照（Ｃｔｒｌ）からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された、定量化されたＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲは、ＡＤ群で上昇する傾向があった（対照：ｎ＝３４、ＡＤ：ｎ＝３３、ｐ＝０．１０９、両側ｔ検定）。平均値±平均値の標準誤差（ＳＥＭ）は、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図5A】ヒト血漿試料中のＮＰＴＸ２及びグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧｌｕＡ４）タンパク質の複合体の存在をアッセイするＰＬＡ実験から得られた希釈プロットを示す。この場合、抗ＮＰＴＸ２抗体を固体支持体上に固定化し、オリゴヌクレオチド結合抗ＮＰＴＸ２抗体及びＧｌｕＡ４抗体を使用した。血漿試料を、ＰＢＳまたはＮＰＴＸ２除去血漿で２倍に連続希釈した。実線は、希釈曲線に対して適用された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図5B】ヒト血漿試料中のＮＰＴＸ２及びグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧｌｕＡ４）タンパク質の複合体の存在をアッセイするＰＬＡ実験から得られた希釈プロットを示す。この場合、抗ＮＰＴＸ２抗体を固体支持体上に固定化し、オリゴヌクレオチド結合抗ＮＰＴＸ２抗体及びＧｌｕＡ４抗体を使用した。血漿試料を、ＰＢＳまたはＮＰＴＸ２除去血漿で２倍に連続希釈した。実線は、希釈曲線に対して適用された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図6A】臨床的に診断されたＡＤ患者及び健康な対照（Ｃｔｒｌ）からの血漿試料のＰＬＡによって測定された、シナプスタンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ２－ＧＬｕＡ４複合体のレベルを検出するためにＰＬＡアッセイを実施したが、対照患者とＡＤ患者との間に有意差は示されなかった。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図6B】臨床的に診断されたＡＤ患者及び健康な対照（Ｃｔｒｌ）からの血漿試料のＰＬＡによって測定された、シナプスタンパク質複合体の散布図を示す。試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルによって正規化すると、ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルは、対照患者と比較してＡＤ患者において有意に減少する（対照：ｎ＝３４、ＡＤ：ｎ＝３３、ｐ＝０．０３９、両側ｔ検定）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図7A】ヒト血漿試料中の神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の存在をアッセイするＰＬＡ実験から得られた希釈プロットを示す。血漿試料をＰＢＳ中で２倍に連続希釈した。実線は、希釈曲線に対して適用された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図7B】ヒト血漿試料中の神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の存在をアッセイするＰＬＡ実験から得られた希釈プロットを示す。血漿試料をＮＰＴＸ１除去血漿中で２倍に連続希釈した。実線は、希釈曲線に対して適用された４パラメーターのロジスティック回帰を表す。

【図8A】臨床的に診断されたＡＤ患者及び対応する健康な対照患者からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲならびにＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４タンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲレベルはＡＤ群で上昇する傾向があった（対照：ｎ＝３４、ＡＤ：ｎ＝３３）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図8B】臨床的に診断されたＡＤ患者及び対応する健康な対照患者からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲならびにＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４タンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体に対するＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４複合体のレベルの比率を取ると、ＡＤ群は、対照群と比較して比率の低下を示す傾向があった（対照：ｎ＝３４、ＡＤ：ｎ＝３３、ｐ＝０．１５４、両側ｔ検定）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図9】臨床的に診断されたＡＤ患者及び対照からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４タンパク質複合体の散布図を示す（対照：ｎ＝５０、ＡＤ：ｎ＝４０、ｐ＝０．６９、両側ｔ検定）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図10】臨床的に診断されたＡＤ患者及び対照からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルは、ＡＤ群で有意に上昇した（対照：ｎ＝５０、ＡＤ：ｎ＝４０、ｐ＝０．０１５、両側ｔ検定）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図11】臨床的に診断されたＡＤ患者及び対照からの血漿試料中のＰＬＡによって測定された定量化されたＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４ならびにＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲタンパク質複合体の散布図を示す。ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体（図１０）に対するＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４複合体（図９）のレベルの比率を取ると、ＡＤ群は、対照群と比較して比率の有意な減少を示した（対照：ｎ＝５０、ＡＤ：ｎ＝４０、ｐ＝０．０１０、両側ｔ検定）。平均値±ＳＥＭは、データ点の上に実線として重ねて表示される。

【図12】前述の図を概略的にまとめたものを示す。ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ及びＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体は、臨床的に診断されたＡＤ患者でレベルの上昇を示す傾向があるのに対し、ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４複合体、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲもしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体の比率は、臨床的に診断されたＡＤ患者で低下する傾向がある。これらの発見は、本開示のＰＬＡ法を使用してヒト血液中で試料ペントラキシンタンパク質が検出可能であること、及びＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率が対照患者とＡＤ患者の間を統計的に区別できることを実証している。

【発明を実施するための形態】

【0089】

定義
便宜上、明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲で使用されるいくつかの用語ならびに語句の意味を以下に示す。特に明記しない限り、または文脈から暗黙的に示されている場合を除き、以下の用語及び語句には、以下に示す意味が含まれる。定義は、特定の実施形態の説明を助けるために提供されるものであり、特許請求される技術を限定することを意図するものではない。別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術及び科学用語は、本技術が属する当業者により一般に理解されるものと同じ意味を有する。当技術分野における用語の使用と本明細書で提供されるその定義との間に明らかな矛盾がある場合、本明細書で提供される定義が優先するものとする。

【0090】

本明細書で使用する場合、「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」は、特に明記しない限り、「少なくとも１つ」または「１つ以上」を意味する。更に、文脈上明らかに別段に示されている場合を除き、「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」という単数形には、複数の言及物が含まれる。

【0091】

本明細書で使用する場合、「アスコルビン酸ペルオキシダーゼ」及び「ＡＰＸ」という用語は、様々な生物学的基質の過酸化物依存性酸化を触媒するヘム含有ペルオキシダーゼのファミリーに属するタンパク質を指す。ＡＰＸは、基質分子（例えば、タンパク質または核酸）をビオチンで標識するために、近接標識アッセイ（例えば、本明細書に開示される近接標識アッセイなど）で使用され得る。ＡＰＸは、活性部位から拡散して近接するタンパク質を標識する反応性ビオチン誘導体を生成することによってビオチン化を実行する。したがって、本明細書で使用する場合、ＡＰＸは、物理的に近接したタンパク質をビオチンで標識することによってタンパク質の検出を容易にする近接検出分子を指し得、続いて、それは、生化学的方法（すなわち、ストレプトアビジンに基づく検出、例えば、ストレプトアビジン親和性マトリックス）を使用して検出され得る。

【0092】

本明細書で使用する場合、「アルツハイマー病」及び「ＡＤ」とは、認知機能低下、短期及び長期記憶の潜行性喪失、注意欠陥、言語特有の問題、見当識障害、衝動制御、引きこもり、快感消失、及び他の症状として現れる遅発性神経変性障害を指す。ＡＤ患者の脳組織は、アミロイドβタンパク質の細胞外凝集体と、過剰リン酸化した微小管関連タウタンパク質の神経原線維変化などの神経病理学的特徴を示す。これらの凝集体の蓄積は、大脳皮質の前頭葉、側頭葉及び頭頂葉、ならびに前脳基底部コリン作動系及び脳幹内の青斑核などの皮質下構造を含む、多くの脳領域における神経細胞の喪失ならびに萎縮と関連している。

【0093】

本明細書で使用する場合、「アルツハイマー病関連認知症」及び「ＡＤＲＤ」という用語は、一般に、顕著な症状として認知症を特徴とする関連する神経学的疾患（例えば、神経変性障害）を指す。ＡＤＲＤの非限定的な例には、前頭側頭型変性症、レビー小体型認知症、血管性認知障害及び認知症、ならびに混合病因認知症が含まれる。

【0094】

本明細書で使用する場合、「抗体」という用語は、特定の抗原に特異的に結合するか、または免疫学的に反応性である分子を指し、少なくとも重鎖の可変ドメインを含み、通常は少なくとも免疫グロブリンの重鎖及び軽鎖の可変ドメインを含む。抗体及びその抗原結合断片、変異体または誘導体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、多重特異性抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、霊長類化抗体、またはキメラ抗体、ヘテロ複合抗体（例えば、二重、三重及び四重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ及びテトラボディ）、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、エピトープ結合断片、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’及びＦ（ａｂ’）_２、Ｆｄ、Ｆｖｓ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ｒＩｇＧ、一本鎖抗体、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｖ_ＬまたはＶ_Ｈドメインのいずれかを含む断片、Ｆａｂ発現ライブラリーによって生成される断片、ならびに抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体が挙げられるが、これらに限定されない。本発明の抗体分子は、免疫グロブリン分子の任意の種類（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）、またはサブクラスのものであり得る。更に、特に明記しない限り、「モノクローナル抗体」（ｍＡｂ）という用語は、標的タンパク質に特異的に結合できる完全型分子及び抗体断片（例えば、Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）_２断片など）の両方を含むことを意味する。Ｆａｂ及びＦ（ａｂ’）_２断片には、完全型抗体のＦｃ断片が欠如している。

【0095】

本明細書で使用する場合、「抗原結合断片」という用語は、標的抗原に特異的に結合する能力を保持する免疫グロブリンの１つ以上の断片を指す。免疫グロブリンの抗原結合機能は、完全長抗体の断片によって行われ得る。抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、ｓｃＦｖ、ＳＭＩＰ、ダイアボディ、トリアボディ、アフィボディ、ナノボディ、アプタマー、またはドメイン抗体であり得る。抗体の「抗原結合断片」という用語に包含される結合断片の例には、（ｉ）Ｆａｂ断片、Ｖ_Ｌ、Ｖ_Ｈ、Ｃ_Ｌ及びＣ_Ｈ１ドメインからなる一価の断片、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）_２断片、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結される２つのＦａｂ断片を含む二価の断片、（ｉｉｉ）Ｖ_Ｈ及びＣ_Ｈ１ドメインからなるＦｄ断片、（ｉｖ）抗体の単一アームのＶ_Ｌ及びＶ_ＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインを含むｄＡｂ（Ｗａｒｄｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３４１：５４４－５４６，１９８９）、（ｖｉ）Ｖ_ＨドメインからなるｄＡｂ断片、（ｖｉｉ）Ｖ_ＨまたはＶ_ＬドメインからなるｄＡｂ、（ｖｉｉｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、ならびに（ｉｘ）合成リンカーによって任意選択で接合され得る２つ以上の単離されたＣＤＲの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。更に、Ｆｖ断片の２つのドメインＶ_Ｌ及びＶ_Ｈは、別個の遺伝子によってコードされるが、それらは、組換え法を使用して、それらが単一のタンパク質鎖として作製されることを可能にするリンカーによって接合することができ、そのＶ_Ｌ及びＶ_Ｈ領域は対となって、一価の分子（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる）を形成する。これらの抗体断片は、当業者に公知の従来の技術を使用して得ることができ、断片は、完全型抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングされ得る。抗原結合断片は、組換えＤＮＡ技術、完全型免疫グロブリンの酵素的もしくは化学的切断によって、または特定の場合には当技術分野で公知の化学ペプチド合成手順によって生成することができる。

【0096】

本明細書で使用する場合、「アプタマー」という用語は、特定の三次元立体構造をとり得、タンパク質などの特定の分子に結合してその生物学的活性を調節することができる合成非コード化ポリヌクレオチドを指す。アプタマーは通常、オリゴヌクレオチドの短鎖からなる。本明細書に記載されるように、アプタマーは、タンパク質またはタンパク質複合体の検出及び定量化を容易にするために、タンパク質またはタンパク質複合体に結合するためのリガンドとして使用され得る。前記アプタマーは、本明細書に開示される１つ以上の近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチド、ＦＲＥＴ／ＢＲＥＴ蛍光団、またはＡＰＸ／ＢｉｏＩＤ）に更に結合され得る。

【0097】

本明細書で使用する場合、「生物発光共鳴エネルギー移動」及び「ＢＲＥＴ」という用語は、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ、以下を参照）と同様の方法を指し、ただし、検出可能なシグナルを発するために外部からの照明を必要としない生物発光発色団の使用を除く。

【0098】

本明細書で使用する場合、「ＢｉｒＡビオチン－タンパク質リガーゼ」という用語は、物理的近接性に基づいてタンパク質を無差別にビオチン化することによってタンパク質間相互作用のスクリーニングを容易にするＢｉｏＩＤ法の一部として一般的に使用されるタンパク質を指す。ＢｉｒＡリガーゼまたはその機能的断片は、対象の生体分子（例えば、タンパク質または核酸）に融合または結合され得、その後、対象の試料（例えば、血液試料）と接触され得る。完全型リガーゼに物理的に近接するタンパク質はビオチン部分で標識されており、続いて、標準的な検出プロトコル（例えば、ストレプトアビジンに基づく検出）を使用して検出され得る。

【0099】

本明細書で使用する場合、「血液試料」という用語は、対象から単離された標本（例えば、血液または血液成分（例えば、血清または血漿））を指す。
本明細書で使用する場合かつ特に明記しない限り、「相補的」という用語は、第２のヌクレオチドまたはヌクレオシド配列に対して第１のヌクレオチドまたはヌクレオシド配列を記述するために使用される場合、第１のヌクレオチドまたはヌクレオシド配列を含むオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドが、当業者には理解されるように、特定の条件下で、第２のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドとハイブリダイズし、二重鎖構造を形成する能力を指す。生物体内で遭遇し得る生理学的に関連した状態が適用され得る。当業者であれば、ハイブリダイズしたヌクレオチドまたはヌクレオシドの最終的な用途に応じて、２つの配列の相補性の試験に最も適した条件のセットを決定することができるであろう。

【0100】

本明細書で使用する場合、「複合体」という用語は、２つ以上のポリペプチドの群を指し、タンパク質の四次構造の形態を構成する。複合体中のタンパク質は一般に、非共有結合性のタンパク質間相互作用によって結合されており、複合体化タンパク質の協調した活性を必要とする生物学的機能に関与し得る。タンパク質複合体の種類には、１つ以上の追加のタンパク質と複合体を形成することによってタンパク質の構造の安定性を高めることができる偏性複合体が含まれ得る。非偏性タンパク質複合体には、熱力学的安定性を向上させるために追加のタンパク質を必要としないほどフォールディングが十分に安定しているタンパク質が含まれる。タンパク質複合体は時間的に一過性であり得るか、または長い半減期を有し得る。例えば、偏性タンパク質複合体は、非偏性複合体と比較して、より長い半減期を有し得る。

【0101】

本明細書で使用する場合、「コネクターオリゴヌクレオチド」及び「スプリントオリゴヌクレオチド」という用語は、相補的な塩基対形成によって１つ以上の核酸分子（例えば、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド）にハイブリダイズすることができる短い核酸配列を指す。コネクターオリゴヌクレオチドは、例えば、２つのオリゴヌクレオチド鎖（例えば、プラス鎖及びマイナス鎖）のライゲーション（例えば、リガーゼによる）及びその後の連結オリゴヌクレオチド生成物の増幅を容易にするために、２つのオリゴヌクレオチド鎖（例えば、プラス鎖及びマイナス鎖）を十分に物理的に近接させ得る。

【0102】

本明細書で使用する場合、「接触する」という用語は、２つ以上の生物学的試料及び／または分子（例えば、対象の血液試料、及び例えば抗体などの親和性リガンド）を、物理的な相互作用を容易に行うことができるように十分に物理的に近接させることを指す。接触は、任意の可能な手段で行うことができる。例えば、血液試料を抗体と接触させることには、血液試料をｉｎｖｉｔｒｏで抗体と接触させることが含まれる。接触は、直接的または間接的に行われてもよい。したがって、例えば、抗体は、本方法を実施する個人によって血液試料と物理的に接触させられてもよいし、あるいは、抗体は、その後血液試料と接触することを可能にする、または接触させる状況に置かれてもよい。ｉｎｖｉｔｒｏでの血液試料の接触は、例えば、血液試料を抗体とインキュベートすることによって行うことができる。

【0103】

本明細書で使用する場合、「エキソソーム」という用語は、真核細胞のエンドソームによって産生され、典型的には直径約３０～１５０ｎｍの膜テザー細胞外小胞を指す。エキソソームは、細胞表面と融合してエキソソームとして放出される多胞体の管腔内小胞から生成される。エキソソームは、一般に、元の細胞のマーカーを保持し、細胞の老廃物の管理、及び近くの細胞への積荷（タンパク質及び／またはＲＮＡなど）の輸送に関与している。

【0104】

本明細書で使用する場合、「蛍光共鳴エネルギー移動」（フェルスター共鳴エネルギー移動としても知られる）及び「ＦＲＥＴ」という用語は、２つの感光性分子（発色団）間のエネルギー移動を促進することによって検出可能な光信号を生成する方法を指す。ＦＲＥＴの基本原理は、非放射性双極子結合を介して、励起電子状態にあるドナー発色団からアクセプター発色団へのエネルギーの移動である。ＦＲＥＴ信号の強度を使用し、２つの発蛍光団または前記発蛍光団に結合したリガンドの物理的近接性を確認することができる。

【0105】

本明細書で使用する場合、「フルオロフォア」という用語は、同じまたは異なる波長の光で励起する際、特定の波長の光を放射する蛍光剤（例えば、化合物またはタンパク質）を指す。開示された方法によれば、蛍光団（例えば、ＦＲＥＴまたは生体分子蛍光相補（ＢｉＦＣ）蛍光団）は、複合体中の２つ以上のタンパク質間の物理的近接性を合図する近接検出器として機能し得る。

【0106】

本明細書で使用する場合、「グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット１」及び「ＧｌｕＡ１」（ＧｌｕＲ１としても知られる）という用語は、ＧＲＩＡ１遺伝子によってコードされ、シナプス後神経細胞膜に局在する、α－アミノ－３－ヒドロキシ－５－メチル－４－イソオキサゾールプロピオン酸（ＡＭＰＡ）受容体のサブユニットを指す。ＧｌｕＡ１サブユニットは、通常、ＡＭＰＡ受容体内に二量体として存在し、シナプス後密度の成分と相互作用し得る。ＧｌｕＡ１は、４つのリン酸化部位のうちの１つ以上でのリン酸化によるＡＭＰＡ受容体の局在化、コンダクタンス、及び開確率の制御に重要である。ＧｌｕＡ１はまた、シナプス可塑性も媒介し、そのため、学習及び記憶にとって重要であり得る。ＧｌｕＡ１は、興奮性神経細胞または抑制性神経細胞で発現し得るが、パルブアルブミン陽性（ＰＶ＋）介在神経細胞の興奮を媒介すること、したがって神経細胞の抑制の制御とその後の神経細胞集合体を介した活動の伝達において特に重要であると考えられている。

【0107】

本明細書で使用する場合、「グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４」及び「ＧｌｕＡ４」（ＧｌｕＲＡ－Ｄ２とも称される）という用語は、ＧＲＩＡ４遺伝子によってコードされ、シナプス後神経細胞膜に局在する、ＡＭＰＡ受容体のサブユニットを指す。ＧｌｕＡ１と同様に、ＧｌｕＡ４ＡＭＰＡ受容体サブユニットは二量体として存在し、シナプス後密度の成分と相互作用し得る。チャネル動態の増加は、通常、ＧｌｕＡ４サブユニットがＡＭＰＡ受容体に取り込まれることで生じ、それによって、シナプス興奮のタイミングと持続時間におけるこの受容体の重要な役割が確立される。ＮＰＴＸ２／ＮＰＴＸＲタンパク質が欠失したマウスでは、特にＰＶ＋介在神経細胞におけるＧｌｕＡ４発現が減少し、その後、神経細胞ネットワーク活動が変化することが示されている。

【0108】

本明細書で使用する場合、「増加する」及び「減少する」という用語は、参照と比較して、それぞれ、より多いかまたはより少ない量の機能、発現または活性の計量をもたらす調節を指す。例えば、本明細書に記載の方法において、血液試料を親和性リガンド（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチド、またはアプタマー）と接触させた後、本明細書に記載される計量のマーカー（例えば、近接信号）の量は、対照参照試料に対して、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％もしくは９８％以上増加または減少し得る。一般に、計量はリガンドとの接触後に測定される。

【0109】

本明細書で使用する場合、「親和性リガンド」という用語は、例えば、シナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）に非共有結合することができるタンパク質（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、抗体またはその抗原結合断片）または核酸（例えば、アプタマー）などの生体分子を指す。

【0110】

本明細書で使用する場合、「連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖」及び「ＬＰＭＯＳ」という用語は、それぞれ共通のコネクターオリゴヌクレオチドにハイブリダイズされる、オリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）とオリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）の連結（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼなどのリガーゼによる）から得られるポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド産物を指す。

【0111】

本明細書で使用する場合、「学習及び記憶」という語句は、スキルまたは知識の獲得、及び獲得したスキルまたは知識の表現（例えば、それぞれ、新しい単語を言うことを学ぶこと及び新しい単語を発声すること）を含む認知能力を指す。「学習及び記憶」とは、１）新しいスキルまたは知識を獲得する（つまり、学習）、２）学習したスキルまたは知識（つまり、記憶）の処理、保存及び想起、という２つの独立したプロセスを指し、これは、時間尺度（一般に、学習は、記憶を思い出したり学習したスキルを実行したりするよりも遅く、労力がかかる）及び神経生物学的根拠によって異なり得る。神経障害（例えば、本明細書に記載の神経変性障害、神経発達障害または精神神経障害）と診断された患者は、健康な参照患者または患者集団と比較して、損なわれた学習及び記憶を有している可能性がある。

【0112】

本明細書で使用する場合、「神経細胞ペントラキシン１」及び「ＮＰＴＸ１」という用語は、神経系でのみ発現される、ＮＰＴＸ１遺伝子によってコードされるタンパク質を指す。ＮＰＴＸ１遺伝子は、環状多量体構造を特徴とする保存タンパク質のファミリーに属する。ＮＰＴＸ１は、シナプス前細胞または隣接するグリアへのシナプス残骸の再取り込みに関与する分泌糖タンパク質である。

【0113】

本明細書で使用する場合、「神経細胞ペントラキシン２」及び「ＮＰＴＸ２」という用語は、神経系、肝臓、腎臓及び精巣で発現される、ＮＰＴＸ２前初期遺伝子によってコードされるタンパク質を指す。ＮＰＴＸ２遺伝子は、環状多量体構造を特徴とする保存タンパク質のファミリーに属する。ＮＰＴＸ２は、カルシウム依存的にリガンドに結合できるカルシウム依存性レクチンである。個々のＮＰＴＸ２ユニットは、環状五量体構造を形成できる。シナプス後神経細胞ＡＭＰＡ受容体は、興奮性シナプスでＮＰＴＸ２と結合することが示されている。ＮＰＴＸ２はまた、ＧｌｕＡ１、ＧｌｕＡ２及びＧｌｕＡ３を含む様々なＡＭＰＡ受容体サブユニットのクラスター化にも関与していることが示されており、興奮性シナプスの発達、成熟及び安定化に関与しているとみなされている。前初期遺伝子として、ＮＰＴＸ２の発現はシナプス活動によって上方制御されており、ＣＮＳ内でのシナプスの興奮と抑制のバランスを取る上で特に重要であり得る。

【0114】

本明細書で使用する場合、「神経細胞ペントラキシン受容体」及び「ＮＰＴＸＲ」という用語は、神経細胞ペントラキシンタンパク質、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸ２の受容体として機能する、ＮＰＴＸＲ遺伝子によってコードされる膜貫通タンパク質を指す。ＮＰＴＸＲは、ペントラキシンドメインを介してＧｌｕＡ１及びＧｌｕＡ４タンパク質と相互作用することが知られており、その除去は、興奮性シナプス後特殊化の減少と関連している。

【0115】

本明細書で使用する場合、数学的量に関して「正規化する」という用語は、数値量（例えば、第１のタンパク質または第１のタンパク質複合体の量）を別の数値量（例えば、第２のタンパク質または第２のタンパク質複合体の量）で割り、２つの数値間の比率を生成する方法を指す。

【0116】

本明細書で使用する場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、２つ以上の共有結合したヌクレオシドを含む分子として、当業者によって一般に理解されるように定義される。このような共有結合したヌクレオシドはまた、核酸分子またはオリゴマーと称される得る。オリゴヌクレオチドは、通常、固相化学合成とそれに続く精製によって研究室で製造される。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオシドの核酸塩基部分の配列または順序を指す。本発明のオリゴヌクレオチドは人造であってもよく、化学合成され、典型的には精製または単離される。「オリゴヌクレオチド」という用語は、短いポリヌクレオチド（例えば、１００個以下のヌクレオシドが結合したもの）を指し得る。

【0117】

オリゴヌクレオチドは、本明細書に開示される１つ以上のシナプスタンパク質の検出を可能にする任意の長さであり得、長さ約１０～５０塩基対、例えば、長さ約１５～５０塩基対または長さ約１８～５０塩基対、例えば、長さ約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０塩基対、例えば、長さ約１５～３０、１５～２９、１５～２８、１５～２７、１５～２６、１５～２５、１５～２４、１５～２３、１５～２２、１５～２１、１５～２０、１５～１９、１５～１８、１５～１７、１８～３０、１８～２９、１８～２８、１８～２７、１８～２６、１８～２５、１８～２４、１８～２３、１８～２２、１８～２１、１８～２０、１９～３０、１９～２９、１９～２８、１９～２７、１９～２６、１９～２５、１９～２４、１９～２３、１９～２２、１９～２１、１９～２０、２０～３０、２０～２９、２０～２８、２０～２７、２０～２６、２０～２５、２０～２４、２０～２３、２０～２２、２０～２１、２１～３０、２１～２９、２１～２８、２１～２７、２１～２６、２１～２５、２１～２４、２１～２３または２１～２２塩基対の範囲であり得る。上に列挙される範囲及び長さに対して中間の範囲及び長さもまた、本発明の一部であるように想到される。

【0118】

本明細書で使用する場合、「オリゴヌクレオチドマイナス鎖」という用語は、その３’末端がリガンド（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、抗体、その抗原結合断片またはアプタマー）に結合している短い（例えば、長さ約６０ヌクレオチド）オリゴヌクレオチドを指す。抗体またはその抗原結合断片などのタンパク質に結合する場合、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、タンパク質のカルボキシ末端とのペプチド結合の形成を促進するために、その３’末端のアミノ基を特徴とし得る。マイナス鎖の５’末端は、５’一リン酸部分と、相補的な塩基対形成によってコネクターオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、一般に６と１５ヌクレオチドの間のコネクターオリゴヌクレオチド結合領域と、を含む。

【0119】

本明細書で使用する場合、「オリゴヌクレオチドプラス鎖」という用語は、その５’末端がリガンド（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、抗体、その抗原結合断片またはアプタマー）に結合している短い（例えば、長さ約６０ヌクレオチド）オリゴヌクレオチドを指す。抗体またはその抗原結合断片などのタンパク質に結合する場合、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、タンパク質のカルボキシ末端とのペプチド結合の形成を促進するために、その５’末端のアミノ基を特徴とし得る。プラス鎖の３’末端は、－ＯＨ基と、相補的な塩基対形成によってコネクターオリゴヌクレオチドにハイブリダイズできる、一般に６と１５ヌクレオチドの間のコネクターオリゴヌクレオチド結合領域と、を含む。

【0120】

参照ポリヌクレオチド配列または参照一本鎖ポリペプチド配列に対する「配列同一性割合（％）」とは、必要であれば、配列をアラインメントし、ギャップを導入して、最大の配列同一性の割合を達成した後、参照ポリヌクレオチド配列または参照一本鎖ポリペプチド配列内の核酸またはアミノ酸と同一である候補配列内の核酸またはアミノ酸の割合と定義される。核酸またはアミノ酸配列同一性割合を測定する目的のアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、またはＭｅｇａｌｉｇｎソフトウェアなどの、一般に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して、当業者の能力の範囲内の様々な方法で達成することができる。当業者は、比較されている配列の完全長にわたる最大のアライメントを得るために必要とされる任意のアルゴリズムを含む、配列をアライメントするために適切なパラメーターを決定することができる。例えば、配列同一性割合値は、配列比較コンピュータプログラムＢＬＡＳＴを使用して生成することができる。実例として、所与の核酸またはアミノ酸配列Ａの、所与の核酸またはアミノ酸配列Ｂに対する配列同一性割合（これはあるいは、所与の核酸またはアミノ酸配列Ｂに、より、または対して特定の配列同一性割合を有する、所与の核酸またはアミノ酸配列Ａと呼ぶことができる。）は、以下のとおりの計算される：
１００×（分数Ｘ／Ｙ）
［式中、Ｘは、ＡとＢとのプログラムのアラインメントにおいて、配列アラインメントプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ）によって同一の一致としてスコアリングされたヌクレオチドまたはアミノ酸の数であり、Ｙは、Ｂの核酸の総数である。］。核酸またはアミノ酸配列Ａの長さが核酸またはアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡの配列同一性割合は、Ａに対するＢの配列同一性割合と等しくないと考えられる。

【0121】

本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」という用語は、本発明に記載されるすべてのペプチドを包含するものと解釈され、そのサイズにかかわらず、本質的にアミノ酸からなり、それが由来する未修飾のポリペプチの交差反応性と同程度のレベルの交差反応性を維持する任意のポリマーを指す。「タンパク質」は比較的大きなポリペプチドに関して使用されることが多く、「ペプチド」は小さなポリペプチドに関して使用されることが多いが、当技術分野におけるこれらの用語の使用は重複しており、様々である。したがって、本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」という用語は、特に明記しない限り、ペプチド及びポリペプチドを互換可能に指す。更に、「ポリペプチド」という用語は、その任意の誘導体を包含することを意味する。誘導体とは、天然または元のポリペプチドの修飾または改変された形態を指す。本明細書で使用する場合、誘導体は、それが由来する未修飾ポリペプチドの交差反応性と同程度のレベルの交差反応性を有するであろう。このような修飾には、これらに限定されないが、アミノ酸の置換、修飾、付加または欠失；脂質化、グリコシル化またはリン酸化のパターンの変化；ポリペプチドのアミノ酸残基に存在する遊離アミノ、カルボキシルまたはヒドロキシル側基の他の有機及び無機分子との反応；ならびに他の修飾が含まれ、そのいずれも一次、二次または三次構造の変化を引き起こす可能性がある。

【0122】

本明細書で使用する場合、「近接検出器」という用語は、対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質の物理的近接を検出するために使用され得る分子（例えば、核酸またはタンパク質）を指す。近接検出器は、親和性リガンド分子（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、アプタマー、または抗体もしくはその抗原結合断片）に結合または融合することができ、それぞれが異なる親和性リガンドに結合している２つの近接検出器が、２つの近接検出器間の直接的または間接的な（例えば、中間分子（複数可）を介した）物理的接触を可能にするように十分に接近している場合、近接信号を生成することができる。例えば、オリゴヌクレオチドである２つの近接検出器（例えば、プラス鎖（例えば、配列番号１）及びマイナス鎖（例えば、配列番号２））は、それぞれ、独立して、２つの別個の抗体に結合され得、抗体の一部は、独立して、異なるシナプスタンパク質に結合する。プラス鎖とマイナス鎖の両方にハイブリダイズできるコネクターオリゴヌクレオチドが存在し、２つのシナプスタンパク質間に十分な物理的近接性がある場合、近接検出器オリゴヌクレオチドは、コネクターオリゴヌクレオチドにハイブリダイズし、プラス鎖及びマイナス鎖のそれぞれとコネクター鎖の間に二重鎖を形成できる。コネクターとのハイブリダイゼーションの際、リガーゼ酵素（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ）を使用してプラス鎖とマイナス鎖を連結し、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）を生成することができる。ＬＰＭＯＳの形成に続いて、プライマーオリゴヌクレオチドは、プラス鎖とマイナス鎖のコネクター結合領域の下流と上流の領域にそれぞれアニーリングされ、ｑＲＴ－ＰＣＲが実行され、ＬＰＭＯＳ産物が増幅される。増幅産物の強度は、オリゴヌクレオチド結合リガンドで結合した２つのシナプスタンパク質間の物理的近接性（例えば、近接信号）の直接の代用である。

【0123】

本明細書で使用する場合、「近接距離閾値」という用語は、２つのシナプスタンパク質間の物理的なタンパク質間相互作用の検出を可能にするために必要な２つのシナプスタンパク質間の最小距離を指す。本開示によれば、近接距離閾値は、４０ｎｍ以下（例えば、３５ｎｍ、３０ｎｍ、２５ｎｍ、２０ｎｍ、１５ｎｍ、１０ｎｍ、５ｎｍ、４ｎｍ、３ｎｍ、２ｎｍ、１ｎｍ以下）であってもよい。

【0124】

本明細書で使用する場合、「近接信号」という用語は、本明細書に開示されるアッセイで検出できる信号を指す。一般に、近接信号は、対象（例えば、ヒト）から得た対象中の複合体（例えば、血液、血清または血漿などの血液試料）中に存在する２つ以上のシナプスタンパク質間の物理的近接性の代用である。このような近接信号は、２つの近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチドベースの近接検出器、ＦＲＥＴ／ＢＲＥＴベースの近接検出器、ＢｉＦＣベースの近接検出器、またはＡＰＸ／ＢｉｒＡベースの近接検出器）が、２つの近接検知器間の直接的または間接的な物理的相互作用を可能にするように、互いに十分な物理的近接距離（例えば、近接距離閾値以内）内にある場合に生成される。

【0125】

本明細書で使用する場合、「量（quantity）」または「量（amount）」という用語は、タンパク質（例えば、シナプスタンパク質）またはタンパク質の複合体のレベルを指す。タンパク質またはタンパク質の複合体の「減少した量」または「増加した量」とは、参照と比較して、タンパク質または複合体レベルの減少または増加を意味する（例えば、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約１００％、約１５０％、約２００％、約３００％、約４００％、約５００％、もしくはそれ以上の減少または増加；参照と比較して、約１０％を超える、約１５％、約２０％、約５０％、約７５％、約１００％、または約２００％の減少または増加；約０．０１倍未満、約０．０２倍、約０．１倍、約０．３倍、約０．５倍、約０．８倍、またはそれ以下の減少または増加；約１．２倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．８倍、約２．０倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．５倍、約５．０倍、約１０倍、約１５倍、約２０倍、約３０倍、約４０倍、約５０倍、約１００倍、約１０００倍、またはそれ以上を超える増加）。タンパク質のレベルは、質量／容量（例えば、ｇ／ｄＬ、ｍｇ／ｍＬ、μｇ／ｍＬ、ｎｇ／ｍＬなど）または試料中の総タンパク質に対するパーセンテージで表すことができる。

【0126】

本明細書で使用する場合、「参照血液試料」という用語は、神経障害（例えば、神経変性障害、神経発達障害または精神神経障害）を有していない、またはそれを有するもしくは発症している疑いがない、参照対象または対象集団から得られた血液試料（例えば、血液、血清または血漿）を指す。

【0127】

本明細書で使用する場合、「回復力」という用語は、神経障害（例えば、ＡＤなどの神経変性障害）の症状を示さずに老後まで生きるが、死後に、ＣＮＳに高負荷の病態（例えば、アミロイドβ斑及び高リン酸化タウタンパク質のもつれ）を有することが判明した対象における現象を指す。回復力のある対象は、同様の負荷を有するアルツハイマー病患者に特徴的な認知機能の低下を示さない。

【0128】

本明細書中で使用する場合、「対象」及び「患者」という用語は、動物（例えば、ヒトなどの哺乳動物）を指す。本明細書に記載の方法に従って診断される対象は、神経障害を有すると同定された対象、またはこの病態を発症するリスクを有する対象であり得る。神経障害の非限定的な例には、神経変性疾患（例えば、ＡＤ（例えば、孤発性または家族性ＡＤ）、ダウン症候群、加齢性認知機能低下、パーキンソン病、ハンチントン病、前頭側頭葉変性症、運動ニューロン疾患、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、フリードライヒ運動失調症、既往症、及びリソソーム蓄積障害）、神経発達障害（例えば、知的障害（例えば、Ｘ連鎖知的障害）、学習障害、自閉症スペクトラム症、発達性運動障害、チック症、脳性麻痺、コミュニケーション及び言語障害、脆弱Ｘ症候群、ダウン症候群、注意欠陥多動（ＡＤＨＤ）障害、または神経毒物質による神経発達障害）、及び精神神経障害（例えば、大うつ病、双極性障害、強迫性障害、摂食障害及び統合失調症）が含まれる。診断は、本開示の方法を使用して及び／または当技術分野で公知の任意の方法もしくは技術によって実施してもよい。当業者であれば、本開示の方法に従ってスクリーニングされた対象が、標準的な検査を受けている可能性があるか、または検査を受けていないが障害に関連する１つ以上のリスク因子の存在に起因するリスクを有する対象として同定されている可能性があることを理解するであろう。

【0129】

本明細書で使用する場合、「シナプスタンパク質」という用語は、神経細胞シナプスに局在し、とりわけ、足場、神経伝達及び可塑性などのシナプス機能に関与し得るタンパク質を指す。シナプスタンパク質には、シナプス前タンパク質及びシナプス後タンパク質が含まれ得る。シナプス後タンパク質の非限定的な例には、神経細胞ペントラキシン（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲ）、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つが含まれる。

【0130】

本明細書で使用する場合、「血管性認知障害及び認知症」ならびに「ＶＣＩＤ」という用語は、脳に栄養を供給する血管の損傷に起因する高齢者における一般的な形態の認知症を指す。ＶＣＩＤは、１回以上の脳卒中後に発生し得る。ＶＣＩＤの症状はＡＤの症状に似ており、同時に発生する可能性がある。

【0131】

本発明の他の特徴及び利点は、以下の発明を実施するための形態、図面及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。
対象から得られた血液試料（例えば、血液、血漿または血清）に対して近接ベースのタンパク質検出アッセイ（例えば、近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ））を実施することによって、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）が神経疾患（例えば、神経変性疾患、神経発達疾患または神経精神疾患）を有するか、または発症するリスクがあると診断する方法が、特徴である。このような方法は、タンパク質複合体中の２つ以上のシナプスタンパク質の存在を検出するのに適しており、複合体中の１つ以上のシナプスタンパク質の発現レベルは、健康な対照対象または対象集団と比較して、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクのある対象において増加または減少し得る。

【0132】

開示された方法は、対象を神経疾患状態を有するかもしくは発症するリスクがあると診断するため、治療薬による治療のために神経疾患を有するかもしくは発症するリスクがあると同定された対象を選択するため、神経障害を有するかもしくは発症するリスクがあると同定された対象の回復力を評価するため、神経障害を有するかもしくは発症するリスクがあると同定された対象における治療薬の治療効果を判定するため、または神経障害を有するかもしくは発症するリスクがあると同定された対象における学習及び記憶を評価するために使用され得る。更に、開示された方法は、神経障害を有するか、または発症するリスクがあると同定された対象の血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質を含む複合体の存在を検出するために使用され得る。

【0133】

本開示は、部分的に、特定のシナプスタンパク質、すなわち神経細胞ペントラキシン（例えば、神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）、神経細胞ペントラキシン２（ＮＰＴＸ２）及び神経細胞ペントラキシン受容体（ＮＰＴＸＲ））を、開示されたアッセイを用いて検出及び定量することにより、神経疾患（すなわち、アルツハイマー病（ＡＤ））を有する患者間の前記シナプスタンパク質の発現レベルの違いを確実に同定することができ、それによってＡＤ患者の診断及び予後が容易になるという、本発明者らの発見に基づく。開示された方法は、一般に、神経変性障害、神経発達障害、及び精神神経障害を含む広範囲の神経障害を診断するのに適している。

【0134】

シナプスタンパク質
本明細書に開示される方法は、対象が神経障害（例えば、神経変性障害、神経発達障害または精神神経障害）を有するか、または発症するリスクがあると診断する目的のために、対象（例えば、ヒト）から得られた血液試料（例えば、血液、血清または血漿）中のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）のレベルを検出するための強力なアプローチを提供する。いくつかの実施形態では、検出されるシナプスタンパク質には、神経細胞ペントラキシン（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１及び／またはＮＰＴＸ１）、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つが含まれる。血液中のシナプスタンパク質の循環レベルは低いため、個々のシナプスタンパク質の検出は、通常、信号対ノイズ比の低さによって妨げられる。本開示は、一部のシナプスタンパク質が他のシナプスタンパク質と一時的または慢性的な複合体を形成して存在するという現象を活用し、したがって、近接ベースの検出アッセイによる２つ以上のシナプスタンパク質のタンデム検出を使用する弱い信号の増幅を可能にする。

【0135】

神経細胞ペントラキシンタンパク質
神経細胞ペントラキシンタンパク質は、中枢神経系（ＣＮＳ）で唯一ではないにしても顕著な発現を示す、進化的に保存されたタンパク質ファミリーのメンバーである。ペントラキシンはファミリーとして、環状多量体構造及び「ペントラキシン」シグネチャー配列（Ｈｉｓ－Ｘ－Ｃｙｓ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｙ－Ｔｒｐ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｙ、ｘは任意のアミノ酸）を特徴とする。神経細胞による発現ペントラキシンには、ＮＰＴＸ１（ＵｎｉＰｒｏｔＩＤ：Ｑ１５８１８）、ＮＰＴＸ２（ＵｎｉＰｒｏｔＩＤ：Ｐ４７９７２）及びＮＰＴＸＲ（ＵｎｉＰｒｏｔＩＤ：Ｏ９５５０２）が含まれ、それぞれは、互いに様々な程度の相同性を示す。ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸ２は分泌型糖タンパク質であるが、ＮＰＴＸＲは、分泌型神経細胞ペントラキシンの受容体として機能する膜貫通タンパク質である。機能的には、ＮＰＴＸ１は、シナプス前再取り込み機構を介してシナプス残骸の除去に関与していることが示されている。活動依存性神経細胞ペントラキシンとしても知られるＮＰＴＸ２は、持続した神経細胞活動の後に発現が増加する前初期遺伝子である。ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲとは異なり、ＮＰＴＸ２の発現はＣＮＳに限定されず、膵臓、肝臓、腎臓及び精巣でも見出され得る。シナプスの機能と発達におけるＮＰＴＸ２の役割は、神経細胞における主要な興奮性シナプス後イオンチャネル型受容体の１つであり、シナプスの活動、発達、維持及び可塑性の調節において重要な役割を果たす、α－アミノ－３－ヒドロキシ－５－メチルイソオキサゾール－４－プロピオン酸（ＡＭＰＡ）受容体との既知の相互作用により確立されている。特に、ＮＰＴＸ２は、ＡＭＰＡ受容体媒介シナプス形成と、ＧｌｕＡ１、ＧｌｕＡ２及びＧｌｕＡ３を含むＡＭＰＡ受容体サブユニットタンパク質のクラスター化に関連しており、それによって、シナプス成熟におけるその役割が実証されている。ＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲはまた、神経細胞培養物中でＧｌｕＡ４サブユニットと共局在することも判明しており、これらのペントラキシンがＧｌｕＡ４をシナプスに動員する役割を果たし得ることが示唆される。

【0136】

ＮＰＴＸ２発現の変異とその後のＡＭＰＡ受容体機能の変化は、神経変性疾患の動物モデルと関連している。例えば、アミロイドーシスを患うＮＰＴＸ２ノックアウトラットは、特にパルブアルブミン陽性（ＰＶ＋）介在神経細胞上でＧｌｕＲ４発現の減少を示し（Ｘｉａｏｅｔａｌ．，Ｅｌｉｆｅ６：ｅ２３７９８，２０１７）、ＧｌｕＡ４発現の低下、神経細胞ネットワーク活動の破壊、及び興奮性神経細胞の増加につながる。ＮＰＴＸ２及びＧｌｕＡ４レベルの低下はまた、ヒトＡＤ患者の死後皮質組織でも示されており、脳脊髄液（ＣＳＦ）中のＮＰＴＸ２レベルはＡＤ対象で低下しており、認知機能及び海馬体積の両方に相関している。したがって、これらの研究は、ＣＮＳのＰＶ＋介在神経細胞上のＡＭＰＡ受容体サブユニットのＮＰＴＸ２媒介減少に起因する神経細胞抑制の減少が、ＡＤ患者の認知機能の変化の原因となる可能性があることを示唆している。興味深いことに、診断されたＡＤ患者と同等のＡＤプラーク負荷を示すと死後判定されたが、ＡＤで観察される急速な認知機能低下を示さないヒト対象（「回復力のある」対象としても知られる）は、症候性ＡＤ患者ではみられるＮＰＴＸ２の減少がみられなかった。

【0137】

したがって、ＮＰＴＸ２発現レベルを、とりわけ、ＡＤなどの神経障害の診断及び予後のための予測バイオマーカーとして利用することができる。更に、ＮＰＴＸ２レベルは、回復力のある患者を同定し、症候性患者の治療戦略を選択するための有用な代用として機能し得る。残念なことに、ＣＮＳにおけるタンパク質の発現を測定する従来の方法は侵襲性が高く、一般に、対象からの脳組織生検または脳脊髄液（ＣＳＦ）の試料が必要である。このような方法には、組織試料中のタンパク質または核酸を測定するための周知のプロトコルが含まれるが、発現レベルの低いタンパク質を検出することも困難である可能性がある。したがって、脳組織またはＣＳＦ生検よりも侵襲性の低い方法で得られた試料、例えば、対象からの血液試料などに対して実行できる、神経疾患で発現が変化しているシナプスタンパク質（例えば、神経細胞ペントラキシン及び関連タンパク質）を検出するための堅牢なアッセイの必要性が存在する。

【0138】

他の実施形態では、検出されるシナプスタンパク質は、表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つである。

【0139】

【表1-1】

【0140】

【表1-2】

【0141】

【表1-3】

【0142】

【表1-4】

【0143】

【表1-5】

【0144】

【表1-6】

【0145】

【表1-7】

【0146】

【表1-8】

【0147】

【表1-9】

【0148】

いくつかの実施形態では、対象の血液試料は、異なる種類の１つ以上の神経細胞ペントラキシンタンパク質と複合体を形成した（例えば、ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲまたはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ）１つ以上の神経細胞ペントラキシンタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１またはＮＰＴＸＲ）を含む。いくつかの実施形態では、対象の血液試料は、表１に列挙される１つ以上のシナプスタンパク質と複合体を形成した１つ以上の神経細胞ペントラキシンタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、神経細胞ペントラキシンタンパク質は、ＧｌｕＡ１と複合体を形成している（例えば、ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ１、ＮＰＴＸ１－ＧｌｕＡ１またはＮＰＴＸＲ－ＧｌｕＡ１）。いくつかの実施形態では、神経細胞ペントラキシンタンパク質は、ＧｌｕＡ４と複合体を形成している（例えば、ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４、ＮＰＴＸ１－ＧｌｕＡ４またはＮＰＴＸＲ－ＧｌｕＡ４）。いくつかの実施形態では、シナプスタンパク質の複合体は、少なくとも２つ（例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０またはそれ以上）のシナプスタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つは神経細胞ペントラキシンである。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つはＮＰＴＸ２である。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つはＮＰＴＸ１である。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つはＮＰＴＸＲである。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つは、ＡＭＰＡ受容体サブユニットである。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つはＧｌｕＡ１である。いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の少なくとも１つはＧｌｕＡ４である。いくつかの実施形態では、ＡＭＰＡ受容体サブユニットタンパク質（例えば、ＧｌｕＡ１またはＧｌｕＡ２）は、抑制性ＣＮＳニューロン（例えば、パルブアルブミン陽性介在ニューロン）の興奮性シナプスに固有のものである。

【0149】

いくつかの実施形態では、対象の血液試料中のシナプスタンパク質は、血液試料中のエキソソームに由来する。
アッセイ
本明細書では、神経障害（例えば、神経変性障害、神経発達障害または精神神経障害）を有するか、または発症するリスクがあると診断された対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）の血液試料（例えば、血液、血清または血漿）からの、神経細胞ペントラキシン（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２及び／またはＮＰＴＸＲ）または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つなどの１つ以上のシナプスタンパク質のレベルを測定ならびに定量化するための方法が提供される。開示された方法は、対象から試料を得るための比較的非侵襲的なプロセス（すなわち、静脈切開による）を必要とし、通常、血液中に低レベルで検出されるシナプスタンパク質の定量化に使用できるため、ＣＮＳにおけるタンパク質レベルをアッセイする従来の方法よりも利点がある。一般に、開示されたアッセイは、対象の血液試料中のタンパク質複合体中の２つ以上のシナプスタンパク質の近接検出に基づいている。個々のシナプスタンパク質の検出は血液中の前記シナプスタンパク質のレベルが低いことによって妨げられるため、複合体中の少なくとも２つのシナプスタンパク質の検出は、個々のシナプスタンパク質の検出と比較して有利である。更に、開示されたアッセイは、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクのある対象と健康な個人として、対照を確実に層別化するのに特に有利である。本方法は、１つ以上の追加のシナプスタンパク質との複合体として一時的または慢性的に存在するシナプスタンパク質を検出することができる。

【0150】

近接ライゲーションアッセイ
対象から得られた血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質の存在を検出するための本明細書に開示される第１の近接ベースの方法は、試料中の２つ以上のタンパク質間の物理的に近接したタンパク質間相互作用を検出できるスクリーニングアッセイである、近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ）に基づく方法である。ＰＬＡの背後にある基本原理は、２つの親和性リガンド（例えば、抗体またはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドまたはアプタマー）が、それぞれ独立して、固有の合成オリゴヌクレオチド（近接検出器）に結合されることである。従来のＰＬＡ法は、一般に、リガンド結合近接検出器オリゴヌクレオチドにハイブリダイズし、ライゲーション（例えば、リガーゼ酵素による）によって環状オリゴヌクレオチドに変換される、配列一致オリゴヌクレオチド（例えば、バックボーンオリゴヌクレオチド及びスプリントオリゴヌクレオチド）の使用を組み込んでいる。続いて、ローリングサークル増幅を使用し、リガンド結合オリゴヌクレオチドを増幅する。本開示は、標的シナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２もしくはＮＰＴＸＲまたは表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）に特異的な第１の親和性リガンド（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、抗体もしくはその抗原結合断片、またはアプタマー）が、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）上に固定化されているか、または溶液（例えば、ＰＬＡ反応混合物）中で浮遊しているかのいずれかである、改変ＰＬＡ法を提供する。第１の親和性リガンドが表面に固定化されている前者のタイプのＰＬＡは一般に固相ＰＬＡと称される、後者は均質ＰＬＡと称される。均質ＰＬＡの利点は、標的タンパク質を固定化するために固体支持体が必要ないことである。いくつかの実施形態では、ＰＬＡは固相ＰＬＡである。いくつかの実施形態では、ＰＬＡは均質ＰＬＡである。対象から得られ、１つ以上のシナプスタンパク質を含む血液試料（例えば、血液、血清または血漿）を、第１の親和性リガンド（例えば、固定化または浮遊親和性リガンド）と接触させる。続いて、近接検出器オリゴヌクレオチドに結合し、標的シナプスタンパク質及び標的シナプスタンパク質と複合体を形成した別のシナプスタンパク質に特異的な２つの異なる親和性リガンドは、反応混合物に添加される。次いで、結合オリゴヌクレオチドのそれぞれの領域と相補的な配列を有するコネクターオリゴヌクレオチドを、リガーゼ酵素（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ）と共に添加し、リガンド結合オリゴヌクレオチドを連結する。続いて、リガンド結合オリゴヌクレオチドのそれぞれに特異的なプライマーは、アニーリングされ、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ－ＰＣＲ）が実行され、連結されたリガンド結合オリゴヌクレオチドが増幅される。このアッセイの中心的な要件は、リガンド結合オリゴヌクレオチドとコネクターオリゴヌクレオチド間の物理的相互作用を可能にするために、２つのオリゴヌクレオチド結合親和性リガンドが試料内で十分に近接していることである。したがって、増幅された信号の強度は、２つの親和性リガンドの物理的近接性、したがって、それらが結合するタンパク質の物理的近接性と（例えば、線形、超線形、乗算的または指数関数的に）相関する。特定の標的タンパク質のレベルを独立して測定する従来のアッセイよりも、開示されたＰＬＡアッセイを使用することの利点は、ＰＬＡ法により、体液（例えば、血液のＣＳＦ）及び脳組織内に存在する天然タンパク質複合体の検出が可能になることである。したがって、ＰＬＡアッセイは、単に標的タンパク質の発現だけでなく、他のタンパク質と連携した標的タンパク質の機能の評価を提供する。

【0151】

対象から得られた血液試料中の２つ以上のシナプスタンパク質の存在を検出するために本開示によって想到される別の近接ベースの方法は、近接検出器として蛍光分子（例えば、蛍光タンパク質などの発色団）を使用する。蛍光近接検出器の非限定的な例には、ＦＲＥＴ、ＢＲＥＴ及びＢｉＦＣタンパク質が含まれる。このような方法の背後にある基本原理は、タンパク質対の２つの蛍光タンパク質もしくは発光タンパク質、または蛍光タンパク質の２つの相補的な半分が十分近い場合、近接信号（例えば、タンパク質複合体中の２つの物理的に近接したタンパク質の存在を示す信号）を生成することである。このような蛍光もしくは発光タンパク質、またはそれらの相補的断片は、前記シナプスタンパク質の検出を容易にするために、日常的な方法を使用してシナプスタンパク質に特異的な親和性リガンドに融合または結合され得る。

【0152】

したがって、本開示は、標的シナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）に特異的な第１の親和性リガンド（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチド、またはアプタマー）を、表面に固定化するか、または溶液（例えば、ＰＬＡ反応混合物）中に浮遊させる、近接ベースの蛍光検出方法を提供する。対象から得られ、２つ以上のシナプスタンパク質を含む血液試料（例えば、血液、血清または血漿）を、第１の親和性リガンド（例えば、固定化または浮遊親和性リガンド）と接触させる。続いて、それぞれ近接検出器オリゴヌクレオチドに結合され、標的シナプスタンパク質に特異的な、２つの異なる親和性リガンド（例えば、抗体もしくはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、またはアプタマー）は反応混合物に添加される。ＦＲＥＴまたはＢＲＥＴベースの検出の場合、親和性リガンドのそれぞれは、本明細書に記載の蛍光タンパク質対の単一メンバーに融合または結合される。ＢｉＦＣベースの検出では、２つの親和性リガンドのそれぞれは、ＢｉＦＣタンパク質の相補的な半分に融合または結合される。従来の蛍光イメージング法は、２つの蛍光タンパク質（ＦＲＥＴまたはＢＲＥＴ）または蛍光タンパク質の相補的な半分（ＢｉＦＣ）間の近接した配置によって生成される近接信号を検出するために実行される。蛍光または発光シグナルの強度は、２つの親和性リガンドの物理的近接性、したがって、それらが結合するシナプスタンパク質の物理的近接性と（例えば、線形、超線形、乗算的または指数関数的に）相関する。

【0153】

開示された方法での使用に適した更に別の近接ベースの検出アッセイは、例えば、アスコルビン酸ペルオキシダーゼ（ＡＰＸ）及びＢｉｒＡビオチンタンパク質リガーゼ（ＢｉｒＡ）などのビオチン化が可能な酵素を使用する、反応性ビオチン種の近接ライゲーションに基づく。このアプローチは、シナプスタンパク質に十分に物理的に近接した位置内のビオチン化酵素が、従来の方法（例えば、ストレプトアビジンベースの検出方法、例えば、ストレプトアビジン親和性マトリックスなど）を使用して検出できるビオチン部分でタンパク質を標識するという原理に基づいている。したがって、ビオチン化酵素またはその機能的断片は、シナプスタンパク質に特異的な親和性リガンド（例えば、一本鎖ポリペプチド、オリゴペプチド、抗体もしくはその抗原結合断片、またはアプタマー）に結合または融合され得る。２つの親和性リガンドとそれらに対応するシナプスタンパク質が十分に近い場合（例えば、近接距離閾値以内）、ビオチン化酵素は、シナプスタンパク質をビオチン化することにより近接検出器として機能する。続いて、ビオチン部分は、例えば、ストレプトアビジン親和性マトリックスを使用して検出され、２つ以上のシナプスタンパク質が複合体中で相互作用していることを示す検出可能な近接信号を生成する。

【0154】

親和性リガンド
開示された方法での使用に適した親和性リガンドには、シナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）の１つ以上の結合部位に結合するリガンドが含まれる。抗体またはその抗原結合断片、一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチド、またはアプタマーを含む、シナプスタンパク質に結合する任意のリガンドを本明細書に記載の方法で使用することができる。いくつかの実施形態では、親和性リガンドは、抗体またはその抗原結合断片である。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、シナプスタンパク質に特異的である（すなわち、それに優先的に結合する）。いくつかの実施形態では、親和性リガンドは、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドである。いくつかの実施形態では、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、シナプスタンパク質に特異的である。いくつかの実施形態では、親和性リガンドは、アプタマー（例えば、核酸アプタマー）である。いくつかの実施形態では、アプタマーは、シナプスタンパク質に特異的である。いくつかの実施形態では、親和性リガンド（例えば、第１の親和性リガンド）は、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）上に固定化される。いくつかの実施形態では、親和性リガンド（例えば、第１の親和性リガンド）は、表面上に固定化されない（例えば、親和性リガンドは、例えば、ＰＬＡ反応混合物のような溶液中で浮遊している）。

【0155】

ｉ．抗体
本開示は、対象（例えば、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると診断された対象）の血液試料から得られるシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）に優先的に結合する、親和性リガンドとしての抗体またはその抗原結合断片の使用を想到する。シナプスタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片は、特定のシナプスタンパク質以外のいかなるタンパク質にも特異的に結合しない抗体またはその抗原結合断片である（例えば、標的シナプスタンパク質特異的抗体またはその抗原結合フラグメントと非標的シナプスタンパク質との相互作用により、バックグラウンドと区別できない信号が得られる）。いくつかの実施形態では、抗体またはその抗原結合断片は、本明細書に開示される近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチド、ＦＲＥＴもしくはＢＲＥＴタンパク質、ＢｉＦＣタンパク質もしくはその機能的断片、またはビオチン化できるタンパク質もしくはその機能的断片）に結合または融合される。

【0156】

抗体は、ヒトのシナプスタンパク質に対して、または別の動物（例えば、非ヒト霊長類、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ネコ、イヌ、ラット、マウス、ウサギ、モルモット、または標的シナプスタンパク質を発現する他の任意の非ヒト哺乳動物）由来のシナプスタンパク質に対して産生され得る。標的シナプスタンパク質に特異的に結合する抗体は、ヒトシナプスタンパク質のみに結合することができるか、またはヒト及び他の哺乳動物由来のシナプスタンパク質に結合することができることもある。抗体は、シナプスタンパク質による動物（例えば、ウサギ、モルモット、ラット、マウス、ヒツジ、ロバ、ヤギ、ハムスター、またはニワトリ）の免疫化によって産生され得る。

【0157】

更に、開示された方法での使用に適した抗体またはその抗原結合断片は、とりわけ、モノクローナル抗体またはその抗原結合断片、ポリクローナル抗体またはその抗原結合断片、ヒト化抗体またはその抗原結合断片、霊長類化抗体またはその抗原結合断片、二重特異性抗体またはその抗原結合断片、多重特異性抗体またはその抗原結合断片、二重可変免疫グロブリンドメイン、一価抗体またはその抗原結合断片、キメラ抗体またはその抗原結合断片、単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ、トリアボディ、ナノボディ、抗体様タンパク質足場、ドメイン抗体、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）_２分子及びタンデムｓｃＦｖ（ｔａＦｖ）などの様々な形態で使用され得る。

【0158】

本明細書に記載される抗体またはその抗原結合断片には、１００ｎＭ未満（例えば、９５ｎＭ、９０ｎＭ、８５ｎＭ、８０ｎＭ、７５ｎＭ、７０ｎＭ、６５ｎＭ、６０ｎＭ、５５ｎＭ、５０ｎＭ、４５ｎＭ、４０ｎＭ、３５ｎＭ、３０ｎＭ、２５ｎＭ、２０ｎＭ、１５ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、４ｎＭ、３ｎＭ、２ｎＭまたは１ｎＭ）のＫ_Ｄ値でシナプスタンパク質に特異的に結合するものが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合断片は、１ｎＭ未満（例えば、９９０ｐＭ、９８０ｐＭ、９７０ｐＭ、９６０ｐＭ、９５０ｐＭ、９４０ｐＭ、９３０ｐＭ、９２０ｐＭ、９１０ｐＭ、９００ｐＭ、８９０ｐＭ、８８０ｐＭ、８７０ｐＭ、８６０ｐＭ、８５０ｐＭ、８４０ｐＭ、８３０ｐＭ、８２０ｐＭ、８１０ｐＭ、８００ｐＭ、７９０ｐＭ、７８０ｐＭ、７７０ｐＭ、７６０ｐＭ、７５０ｐＭ、７４０ｐＭ、７３０ｐＭ、７２０ｐＭ、７１０ｐＭ、７００ｐＭ、６９０ｐＭ、６８０ｐＭ、６７０ｐＭ、６６０ｐＭ、６５０ｐＭ、６４０ｐＭ、６３０ｐＭ、６２０ｐＭ、６１０ｐＭ、６００ｐＭ、５９０ｐＭ、５８０ｐＭ、５７０ｐＭ、５６０ｐＭ、５５０ｐＭ、５４０ｐＭ、５３０ｐＭ、５２０ｐＭ、５１０ｐＭ、５００ｐＭ、４９０ｐＭ、４８０ｐＭ、４７０ｐＭ、４６０ｐＭ、４５０ｐＭ、４４０ｐＭ、４３０ｐＭ、４２０ｐＭ、４１０ｐＭ、４００ｐＭ、３９０ｐＭ、３８０ｐＭ、３７０ｐＭ、３６０ｐＭ、３５０ｐＭ、３４０ｐＭ、３３０ｐＭ、３２０ｐＭ、３１０ｐＭ、３００ｐＭ、２９０ｐＭ、２８０ｐＭ、２７０ｐＭ、２６０ｐＭ、２５０ｐＭ、２４０ｐＭ、２３０ｐＭ、２２０ｐＭ、２１０ｐＭ、２００ｐＭ、１９０ｐＭ、１８０ｐＭ、１７０ｐＭ、１６０ｐＭ、１５０ｐＭ、１４０ｐＭ、１３０ｐＭ、１２０ｐＭ、１１０ｐＭ、１００ｐＭ、９０ｐＭ、８０ｐＭ、７０ｐＭ、６０ｐＭ、５０ｐＭ、４０ｐＭ、３０ｐＭ、２０ｐＭ、１０ｐＭ、５ｐＭまたは１ｐＭ）のＫ_Ｄ値でシナプスタンパク質に特異的に結合する。

【0159】

シナプスタンパク質特異的抗体もしくはその抗原結合断片のＫ_ＤまたはＥＣ_５０を決定するために使用できる実験の例には、例えば、とりわけ、表面プラズモン共鳴、等温滴定熱量測定、蛍光偏光測定、ＥＬＩＳＡベースアッセイ、遺伝子発現アッセイ、タンパク質発現アッセイが含まれる。ＥＬＩＳＡは、通常、最小限の濃度の抗体を必要とするアッセイであるため、抗体活性を分析するのに特に有用な方法である。典型的なＥＬＩＳＡアッセイで分析される一般的な信号は発光であり、これは、通常、一次抗体に特異的に結合する二次抗体に結合したペルオキシダーゼの活性の結果である。本明細書に記載の抗体及びその抗原結合断片は、シナプスタンパク質及びその中のエピトープに結合することができる。本明細書に記載される抗体及びその抗原結合断片は、更に、天然タンパク質における上記のエピトープの立体構造をシミュレートする方法で様々な残基を構造的に事前に組織化する、シナプスタンパク質に由来する単離されたペプチドに結合し得る。直接ＥＬＩＳＡ実験では、この結合は、例えば、ＨＲＰ基質（例えば、２，２’－アジノ－ジ－３－エチルベンズチアゾリンスルホネート）とＨＲＰ結合二次抗体へ結合した抗原抗体複合体とのインキュベーションの際に生じる、発光を分析することによって定量化することができる。

【0160】

本明細書に記載の方法を哺乳動物対象（例えば、ヒト）に実施する前に、例えば、シナプスタンパク質複合体のシナプスタンパク質の検出を容易にするために、抗体またはその断片を第２の分子（例えば、近接検出器）に結合させることが望ましい場合がある。抗体及びその断片は、当技術分野で周知の様々な確立された結合戦略のいずれかを使用して、抗体の軽鎖もしくは重鎖のＮ末端またはＣ末端のいずれかで他の分子に結合させることができる。抗体またはその断片を別の分子に共有結合させるために使用できる反応性官能基の対の例としては、チオール対、カルボン酸とアミノ基、ケトンとアミノ基、アルデヒドとアミノ基、チオールとα，β－不飽和部分（マレイミドまたはデヒドロアラニンなど）、チオールとα－ハロアミド、カルボン酸とヒドラジド、アルデヒドとヒドラジド及びケトンとヒドラジドが挙げられるが、これらに限定されない。

【0161】

本明細書に開示される抗体またはその抗原結合断片は、記載されているように、化学結合によって別の分子に直接共有結合することができる。あるいは、抗体またはその抗原結合断片を含む融合タンパク質は、細胞（例えば、真核細胞または原核細胞）から組換え的に発現させることができる。これは、例えば、融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを細胞の核ゲノムに組み込むことによって（例えば、本明細書に記載の技術または当技術分野で公知の技術を使用して）達成することができる。任意選択で、本明細書に記載の抗体及びその断片は、抗体とリンカーとの間に共有結合を形成することによって第２の分子に結合され得る。次いで、このリンカーを別の分子に結合させることができるか、またはリンカーを、抗体またはその断片にライゲーションする前に別の分子に結合させることができる。コンジュゲートの形成に使用できるリンカーの例には、天然に存在するアミノ酸または非天然に存在するアミノ酸を含むものなどのポリペプチドリンカーが含まれる。いくつかの実施形態では、これらの残基は天然のタンパク質には存在せず、したがって内在性プロテアーゼによる分解に対してより耐性があるため、リンカーにＤ－アミノ酸を含めることが望ましい場合がある。ポリペプチドリンカーを含む融合タンパク質は、従来の化学合成技術を使用して、または細胞（例えば、原核細胞または真核細胞）内での融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドの組換え発現によって作製することができる。リンカーは、当技術分野で周知の様々な戦略を使用して調製でき、リンカーの反応性成分に応じて、酵素的加水分解、光分解、酸性条件下での加水分解、塩基性条件下での加水分解、酸化、ジスルフィド還元、求核切断、または有機金属切断（Ｌｅｒｉｃｈｅｅｔａｌ．，ＢｉｏｏｒｇＭｅｄＣｈｅｍ２０：５７１－５８２，２０１２）によって切断できる。

【0162】

いくつかの実施形態では、抗体または抗原結合断片は、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）上に固定化される。いくつかの実施形態では、抗体または抗原結合断片は表面に固定化されていない（例えば、抗体またはその抗原結合断片は溶液中で浮遊している）。

【0163】

ｉｉ．ポリペプチド
本明細書に開示される方法によれば、構造化された（例えば、二次構造または三次構造を有する）または非構造化（すなわち、直鎖状）の一本鎖ポリペプチドもしくはオリゴペプチドを、タンパク質複合体中の２つ以上のシナプスタンパク質を検出するためのシナプスタンパク質に特異的に結合する親和性リガンドとして使用することができる。本開示の文脈内において、ポリペプチドまたはオリゴペプチド親和性リガンドは、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０個またはそれ以上）のシナプスタンパク質のアミノ酸残基に対するものであり得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、例えば、アミド結合、チオエーテル結合、炭素－炭素結合またはジスルフィド架橋によって互いに共有結合した１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６またはそれ以上）のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、組換えタンパク質である。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、ｉｎｓｉｔｕでシナプスタンパク質に結合するタンパク質の部分または断片を含む。いくつかの実施形態では、シナプスタンパク質に結合するタンパク質の部分または断片は、例えば、とりわけ、親和性、溶解度、半減期及び安定性などの望ましい特性を達成するために修飾（例えば、変異）され得る。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、シナプスタンパク質に対して望ましい親和性を有する操作された合成アミノ酸ポリマーである。いくつかの実施形態では、一本鎖ポリペプチドまたはオリゴペプチドはヘビ毒毒素である。いくつかの実施形態では、ヘビ毒毒素はタイポキシンである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチド親和性リガンドは、本明細書に開示される近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチド、ＦＲＥＴタンパク質、またはビオチン化可能なタンパク質）に結合または融合される。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）上に固定化される。いくつかの実施形態では、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは、表面に固定化されていない（例えば、ポリペプチドまたはオリゴペプチドは溶液中で浮遊している）。

【0164】

ｉｉｉ．アプタマー
本開示はまた、タンパク質複合体中の２つ以上のシナプスタンパク質の検出のためにシナプスタンパク質に特異的に結合する親和性リガンドとして使用するためのアプタマー（例えば、一本鎖または二本鎖のＤＮＡ、ＲＮＡまたはＸＮＡアプタマーなどの核酸アプタマー）を想到する。アプタマーは、非共有結合相互作用（例えば、静電相互作用または疎水性相互作用）によって標的タンパク質に優先的に結合するオリゴヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡまたはＸＮＡ）またはペプチド分子である。いくつかの実施形態では、アプタマー親和性リガンドは、シナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）に特異的である。

【0165】

核酸アプタマーは、周知の方法を使用して合成することができ、これには、例えば、最終配列を制御するための合成反応の各段階でのヌクレオチドの導入が含まれ得る。特定の修飾されたアプタマーは、記載されている任意の方法、デバイス及びキットで使用できる。修飾塩基を含むヌクレオチドを含むアプタマーは、例えば、改善された半減期、ヌクレアーゼ耐性及び熱安定性など、天然に存在するヌクレオチド（すなわち、未修飾ヌクレオチド）のみを含む標準的なアプタマーとは異なるいくつかの特性を有する。修飾ヌクレオチドは、塩基配列の所望の位置に合成プロセス中に導入することができる。他の官能基は、ヌクレオチドの既知の化学修飾を使用して、所望により導入することができる。

【0166】

ペプチドアプタマーも、開示された方法と組み合わせて使用され得る。ペプチドアプタマーは、一般に、標的分子に特異的に結合するように設計された、小さく、秩序のある、可溶性の、操作されたタンパク質である。ペプチドアプタマーの一般的な構造には、タンパク質の足場に結合した可変アミノ酸配列の１つ以上のペプチドループが含まれる。

【0167】

いくつかの実施形態では、アプタマー親和性リガンドは、本明細書に開示される近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチド、ＦＲＥＴタンパク質、またはビオチン化可能なタンパク質）に含まれる（に結合または融合される）。オリゴヌクレオチド近接検出器と組み合わされた核酸アプタマーの場合、アプタマーは、オリゴヌクレオチド近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチドプラス鎖またはマイナス鎖）がアプタマー配列の一部となるように、オリゴヌクレオチドのアプタマー配列への結合を必要とせずに合成され得る。いくつかの実施形態では、アプタマーは、表面（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）上に固定化される。いくつかの実施形態では、アプタマーは、表面上に固定化されていない（例えば、アプタマーは溶液中で浮遊している）。

【0168】

近接検出器
開示された方法は、部分的に、感度がタンパク質複合体中のシナプスタンパク質の物理的近接性に依存する近接ベースの検出アッセイ（例えば、本明細書に記載の近接ライゲーションアッセイ）を使用した、対象の血液試料中の複合体シナプスタンパク質の検出に基づいている。このような近接検出は、本明細書に開示される親和性リガンドに近接検出器を結合させることによって支援され得、その結果、２つ以上の近接検出器結合親和性リガンドが十分に隣接している場合、近接検出器は物理的に相互作用し、タンパク質複合体中の標的シナプスタンパク質の量に大きさが比例する（例えば、線形、超線形、乗算または指数関数的に比例する）近接信号を生成することができる。したがって、本開示は、本明細書に開示される方法と併せて使用され得る複数の近接検出器を提供する。

【0169】

ｉ．オリゴヌクレオチド
いくつかの実施形態では、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質の近接検出は、近接検出器として一本鎖オリゴヌクレオチドを使用する。オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の改変ＰＬＡプロトコルに従って使用することができる。具体的には、オリゴヌクレオチドベースの近接検出器は、第１のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１またはＮＰＴＸＲ）に特異的な親和性リガンド（例えば非固定化親和性リガンド）に結合したオリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）と、第１のタンパク質との複合体中に存在する第２のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１もしくはＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ、ただし、第２のシナプスタンパク質は、第１のシナプスタンパク質とは異なる種類である）に特異的な異なる親和性リガンドに結合したオリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）と、を含み得る。オリゴヌクレオチドプラス鎖はその５’末端でその対応する親和性リガンドに結合し得るが、オリゴヌクレオチドマイナス鎖はその３’末端でその対応する親和性リガンドに結合し得る。プラス鎖及びマイナス鎖は、本明細書に記載のｑＲＴ－ＰＣＲ反応において使用され得る順方向プライマー（例えば、配列番号４）及び逆方向プライマー（例えば、配列番号５）の結合部位を含み得る。プラス鎖とマイナス鎖の間の物理的近接性を検出するために、コネクターオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号３などのスプリントオリゴヌクレオチド）を使用し、プラス鎖の３’末端及びマイナス鎖の５’末端にまたはその近くにハイブリダイズし、プラス鎖とマイナス鎖を緊密に並置する二重鎖構造を生成することができる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、コネクターオリゴヌクレオチドに相補的塩基対形成（例えば、完全または部分的相補性）によってハイブリダイズすることができる、その３’末端にまたはその近くに６と１５個の間のヌクレオチド（例えば、３’末端から２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１または０ヌクレオチド）を有する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、コネクターオリゴヌクレオチドに相補的塩基対形成（例えば、完全または部分的相補性）をハイブリダイズすることができる、その５’末端にまたはその近くに６と１５個の間のヌクレオチド（例えば、５’末端から２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１または０ヌクレオチド）を有する。コネクトオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションによって並置されたプラス鎖とマイナス鎖は、２つの隣接するヌクレオチド間のホスホジエステル結合の形成を触媒するリガーゼ酵素（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ、Ｅ．ｃｏｌｉＤＮＡリガーゼ、または哺乳動物ＤＮＡリガーゼ）を使用して連結できる。このようなプラス及びマイナスのオリゴヌクレオチド鎖の連結により、連結プラスマイナスオリゴヌクレオチド鎖（ＬＰＭＯＳ）が生成され、その後、公知の核酸増幅方法（例えば、ｑＲＴ－ＰＣＲ）を使用して増幅され得る。したがって、ＬＰＭＯＳアンプリコンからの増幅された信号の大きさは、第１及び第２のシナプスタンパク質を含むタンパク質複合体の量を示す。いくつかの実施形態では、ＬＰＭＯＳアンプリコンは、６０～１００（例えば、６５～９５、７０～９０または７５～８５）ヌクレオチドの長さを有する。

【0170】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、配列番号１の核酸配列を有するか、または配列番号１の核酸配列に対して少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上）の配列同一性を有するその変異体である。

【0171】

５’ＣＧＣＡＴＣＧＣＣＣＴＴＧＧＡＣＴＡＣＧＡＣＴＧＡＣＧＡＡＣＣＧＣＴＴＴＧＣＣＴＧＡＣＴＧＡＴＣＧＣＴＡＡＡＴＣＧＴＧ３’
（配列番号１）
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖の５’末端はアミノ基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖には、ＤＮＡまたはＲＮＡが含まれる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、３０～１００（例えば、３５～９５、４０～９０、４５～８５、５０～８０、５５～７５または６０～７０）のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドプラス鎖は、順方向プライマーにハイブリダイズすることができる。いくつかの実施形態では、順方向プライマーは、配列番号４（５’ＣＡＴＣＧＣＣＣＴＴＧＧＡＣＴＡＣＧＡ３’）の核酸配列を有するか、または配列番号４の核酸配列に対して少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上）の配列同一性を有するその変異体である。

【0172】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、配列番号２の核酸配列を有するか、または配列番号２の核酸配列に対して少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上）の配列同一性を有するその変異体である。

【0173】

５’ＴＣＧＴＧＴＣＴＡＡＡＧＴＣＣＧＴＴＡＣＣＴＴＧＡＴＴＣＣＣＣＴＡＡＣＣＣＴＣＴＴＧＡＡＡＡＡＴＴＣＧＧＣＡＴＣＧＧＴＧＡ３’
（配列番号２）。

【0174】

いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖の３’末端はアミノ基を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖の５’末端は、５’一リン酸部分を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖には、ＤＮＡまたはＲＮＡが含まれる。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、３０～１００（例えば、３５～９５、４０～９０、４５～８５、５０～８０、５５～７５または６０～７０）のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドマイナス鎖は、逆方向プライマーにハイブリダイズすることができる。いくつかの実施形態では、逆方向プライマーは、配列番号５（５’ＧＧＧＡＡＴＣＡＡＧＧＴＡＡＣＧＧＡＣＴＴＴＡＧ３’）の核酸配列を有するか、または配列番号５の核酸配列に対して少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上）の配列同一性を有するその変異体である。

【0175】

いくつかの実施形態では、コネクターオリゴヌクレオチドは、配列番号３の核酸配列を有するか、または配列番号３の核酸配列に対して少なくとも７０％（例えば、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上）の配列同一性を有するその変異体である。

【0176】

５’ＴＡＣＴＴＡＧＡＣＡＣＧＡＣＡＣＧＡＴＴＴＡＧＴＴＴ３’
（配列番号３）
いくつかの実施形態では、コネクターオリゴヌクレオチドには、ＤＮＡまたはＲＮＡが含まれる。いくつかの実施形態では、コネクターオリゴヌクレオチドは、１０～３０（例えば、１２～２８、１４～２６、１６～２４または１８～２２）のヌクレオチドまたはヌクレオシドを含む。

【0177】

ｉｉ．蛍光共鳴エネルギー移動
本開示はまた、タンパク質複合体中の２つ以上のシナプスタンパク質の存在を検出するための近接検出器として使用するための、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ、フェルスター共鳴エネルギー移動としても知られる）分子（例えば、タンパク質）の使用も想到する。ＦＲＥＴ技術の基礎となる基本原理は、非放射性双極子結合による２つの感光性分子（発色団）、ドナー発色団とアクセプター発色団の間のエネルギーの移動である。このエネルギー移動の効率はドナー発色団とアクセプター発色団間の物理的距離の６乗に反比例するため、ＦＲＥＴ法は、発色団間の距離を高感度で測定するのに特に適している。エネルギーの移動は、励起された（アクセプター）発色団が仮想的な（つまり、検出不可能な）光子を放出し、それがドナー発色団によって瞬時に吸収されるときに始まる。その有利な特性を考慮すると、ＦＲＥＴ技術は、例えば、タンパク質複合体中のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されるシナプスタンパク質のいずれか１つ）間の物理的相互作用など、タンパク質間相互作用を評価するのに有用である。ＦＲＥＴ蛍光信号は、通例の蛍光イメージング法に適している。多くの周知の発色団は、ＦＲＥＴで使用するために開発されている。ＦＲＥＴ近接検出器としての使用に適した発色団の非限定的な例には、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）－黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）対、または任意の他の緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）誘導体が含まれる。これらのタンパク質は、例えば、本明細書に記載の方法などの周知の方法を使用して、タンパク質親和性リガンドに融合させることができるか、または本開示の核酸親和性リガンドに結合させることができる。

【0178】

生物発光共鳴エネルギー移動（ＢＲＥＴ）と呼ばれるＦＲＥＴの変形も、開示された方法で使用するための近接検出器として使用され得る。ＦＲＥＴと比較したＢＲＥＴの利点は、蛍光移動を開始するために外部照明を必要としないため、信号対雑音比が向上し、光退色が軽減されることである。ＢＲＥＴは、Ｒ．ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓルシフェラーゼもしくはＯ．ｇｒａｃｉｌｉｒｏｓｔｒｉｓルシフェラーゼ、またはその変異体などの生物発光タンパク質の使用に依存している。

【0179】

ｉｉｉ．二分子蛍光相補
本開示によれば、生体分子蛍光相補（ＢｉＦＣ）も、本明細書に記載の近接検出方法に使用することができる。ＢｉＦＣは、蛍光レポータータンパク質の相補的断片（例えば、高感度ＧＦＰ、高感度ＣＦＰ、ＹＦＰ、ＲＦＰ、高感度ＢＦＰ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＨｏｎｅｙｄｅｗ、ｍＢａｎａｎａ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＧｒａｐｅ２、ｍＰｌｕｍまたはｄｓＲｅｄ）を（例えば、タンパク質複合体において）相互作用すると考えられる２つの標的タンパク質に融合することによる蛍光信号の生成を前提としている。２つの標的タンパク質間の物理的相互作用または近接により、相補的な蛍光タンパク質断片の相互作用が可能になり、それによってタンパク質が本来の構造に戻り、蛍光信号が生成される。したがって、蛍光レポーターの一方の相補的断片は、第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンドに融合され得、他方の断片は、第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドに融合され得、ここで、２つのシナプスタンパク質は、タンパク質複合体中で互いに相互作用すると考えられている。したがって、蛍光レポータータンパク質の各半分は、その相補的な半分に十分に近づくと、複合体中の２つのシナプスタンパク質間の相互作用を示す近接信号を生成する近接検出器として機能する。ＦＲＥＴと同様に、標準的な蛍光イメージング法を使用して、ＢｉＦＣ基質タンパク質によって生成される蛍光信号を検出できる。

【0180】

ｉｖ．ビオチンリガーゼまたはアスコルビン酸ペルオキシダーゼ
更に、開示された方法は、ビオチンベースの近接検出法、例えば、アスコルビン酸ペルオキシダーゼ（ＡＰＸ）またはｂｉｒＡビオチンタンパク質リガーゼ（ＢｉｒＡ）などのビオチン化タンパク質を使用する方法を使用し得る。ＡＰＸは、様々な分子の酸化を触媒するヘム含有ペルオキシダーゼである。ＡＰＸはビオチンを酸化し、活性部位から拡散し、近くのタンパク質をチロシン、トリプトファン、システイン及びヒスチジン残基で無差別にビオチン化する、反応性ビオチン種を生成することができる。ＡＰＸ酵素によるビオチン化を使用してタンパク質間相互作用を評価する確立された方法は、ＡＰＥＸ（エンドウＡＰＸ）及びＡＰＥＸ２（大豆ＡＰＸ）技術である。ＡＰＥＸ（及びＡＰＥＸ２）は、数分の時間規模で起こる高速のビオチン化を特徴としており、それによって、標識分子の効率的な検出が容易になる。ＡＰＥＸ技術に類似した近接ビオチン化法には、Ｅ．ｃｏｌｉＢｉｒＡ酵素を使用するＢｉｏＩＤ、ＴｕｒｂｏＩＤ及びＭｉｎｉＴｕｒｂｏ法、Ａ．ａｅｏｌｉｃｕｓビオチンリガーゼを使用するＢｉｏＩＤ２、ならびにＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓビオチンリガーゼを使用するＢＡＳＵを含む。

【0181】

本開示の文脈において、ＡＰＸ酵素または他の前述のビオチン化酵素のいずれか１つは、第１のシナプスタンパク質もしくは第２のシナプスタンパク質、またはその両方に特異的な親和性リガンドに融合または結合され得る。２つのシナプスタンパク質間に十分な物理的近接性があると、ＡＰＸ酵素は、反応性ビオチン部分を第１及び／または第２のシナプスタンパク質に移動させ、それによって、通例の方法（例えば、ストレプトアビジンベースの検出方法、例えば、ストレプトアビジン親和性マトリックス）を使用して検出され得る近接信号を生成する。あるいは、ＡＰＸ酵素または他の前述のビオチン化酵素のいずれか１つを２つの相補的断片に分離することができ、それぞれを、第１のシナプスタンパク質に特異的な第１の親和性リガンド及び第２のシナプスタンパク質に特異的な第２の親和性リガンドタンパク質にそれぞれ融合または結合させることができる。２つのシナプスタンパク質が、ビオチン化酵素の２つの相補的な半分が結合できるほど十分に接近している場合、酵素は機能的になり、それによって、シナプスタンパク質の一方または両方をビオチン化する反応性ビオチン種の生成が可能になる。したがって、移動されたビオチン部分は、通例の方法を使用して検出できる近接信号として機能する。ビオチン化の量は、第１のシナプスタンパク質と第２のシナプスタンパク質との間の物理的距離に比例（例えば、線形的、超線形的、乗算的または指数関数的）し得る。

【0182】

試料
開示された方法は、対象（例えば、神経障害を発症するリスクのあるヒトなどのヒト）からの試料を使用して実施することができる。特に、試料は、対象（例えば、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると診断されたヒト対象）から得られた血液試料（例えば、血液、血清または血漿）である。アッセイで使用される試料の量は、実行されるアッセイの種類及び使用される支持体（例えば、固体支持体、例えば、プレート、樹脂、粒子、容器、膜またはビーズ）に応じて変化する。使用される試料の量は、約１μＬ～約５００μＬ（例えば、マルチウェルプレートを使用するアッセイの場合、約５０μＬ～約２００μＬ）であり得る。いくつかの実施形態では、試料の量は５０μＬである。試料は、アッセイで使用する前に、結合剤または検出剤への結合を妨げない緩衝液（例えば、水、ＰＢＳ、またはアッセイ方法で使用される緩衝液）で希釈することができ、１：２、１：３、１：４、１：５、１：１０、１：１５、１：２０、１：１００またはそれ以上に希釈できる。

【0183】

シナプスタンパク質の定量化
対象（例えば、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定されたヒト対象などのヒト）から得られた血液試料中のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）の量は、例えば、本明細書に開示される検出方法などの通例の検出方法に従って定量化され得る。本明細書に記載されるように、シナプスタンパク質の量は、開示された近接ベースのアッセイを使用して、第２のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されたシナプスタンパク質のうちのいずれか１つ、ただし、第１及び第２のシナプスタンパク質が異なる種類であることを条件とする）との複合体中の第１のシナプスタンパク質の量を測定することにより、確認され得る。本明細書に開示される核酸ベースの近接検出器の場合、１つ以上のシナプスタンパク質の定量化は、従来の核酸増幅及び検出方法（例えば、とりわけ、ｑＲＴ－ＰＣＲなどのＰＣＲ、マイクロアレイ及び配列決定）を使用して実行され得る。

【0184】

いくつかの実施形態では、１つ以上のシナプスタンパク質の量は、ｑＲＴ－ＰＣＲを使用して定量化される。ｑＲＴ－ＰＣＲでは、一般的に、少なくとも１つのプライマー、多くの場合、２つのプライマー（例えば、順方向プライマーと逆方向プライマー）が使用される。本開示と併せて使用するのに有用なプライマーには、オリゴヌクレオチド配列内またはオリゴヌクレオチド配列に隣接する核酸合成の開始点として作用することができる、オリゴヌクレオチドプライマーが含まれる。プライマーは、従来の方法（例えば、合成）を使用して生成され得る。このようなプライマーは、通常、増幅効率を向上させるために一本鎖で作製される。プライマーは、ＤＮＡプライマーであってもＲＮＡプライマーであってもよい。一般に、ｑＲＴ－ＰＣＲ実行の結果は、試料の蛍光強度がバックグラウンドの強度と交差する点であるサイクル閾値（Ｃ（Ｔ））値の形式で表される。Ｃ（Ｔ）値が低いほど、形成された増幅産物の数が多いことを反映する。ｑＲＴ－ＰＣＲは、相対定量または絶対定量を使用して量を測定するために使用できる。絶対定量により、検量線と比較することで標的核酸分子の正確な量を測定できる。相対定量は、内部参照遺伝子に依存し、標的核酸の発現の倍率差を定量化する。相対定量では、測定された量は内部参照遺伝子と相対的である。対象の血液試料中のシナプスタンパク質の量の測定はまた、複数のｑＲＴ－ＰＣＲ実行の平均を取ることによっても実行され得る。

【0185】

タンパク質（例えば、ＦＲＥＴ、ＢＲＥＴまたはＢｉＦＣタンパク質）によって発せられる蛍光または発光信号の検出による対象の血液試料中のシナプスタンパク質の定量化が必要な場合、従来の蛍光イメージング技術（例：全反射蛍光顕微鏡法、ライトシート蛍光顕微鏡法、蛍光寿命イメージング顕微鏡法、または蛍光共焦点レーザー走査顕微鏡法）を、試料中のシナプスタンパク質（複数可）の量を定量化するために使用することができる。蛍光信号の様々なパラメーター（例えば、振幅、継続時間、減衰時定数または波形）を使用し、試料中の１つ以上のシナプスタンパク質の量を分析することができる。

【0186】

対象の血液試料中の１つ以上のシナプスタンパク質の定量化は、近接検出器（例えば、本明細書に記載の近接検出器）が反応性ビオチン種を生成できる酵素である場合にも実施され得る。このような場合、シナプスタンパク質（複数可）に付着したビオチン部分が検出の基質となる。従来の技術を使用して、試料中のビオチン化シナプスタンパク質を検出することができる。例えば、ストレプトアビジンとの強い結合により、タンパク質上のビオチン部分の存在は、ストレプトアビジンベースの検出アッセイ（例えば、ストレプトアビジン親和性マトリックス）を使用して検出され得る。ビオチン化シナプスタンパク質の正体が先験的にわかっている場合、シナプスタンパク質に特異的な抗体またはその抗原結合断片による同時標識を使用し、ビオチン化タンパク質の正体を確認することができる。

【0187】

神経障害
本開示は、対象における神経変性障害、神経発達障害または精神神経障害を含む様々な神経障害の診断及び予後のための方法を想到する。

【0188】

神経変性障害
神経変性は、遅発性（孤発性）または家族性ＡＤ及びアルツハイマー病関連認知症（ＡＤＲＤ、例えば、前頭側頭変性症（ＦＴＤ）、レビー小体型認知症（ＬＢＤ）、血管性認知障害及び認知症（ＶＣＩＤ）ならびに混合病因認知症（ＭＥＤ））、パーキンソン病（ＰＤ）、ハンチントン病（ＨＤ）、リソソーム蓄積障害（例えば、神経セロイドリポフスチン症）、ならびにプリオン病など、進行性認知症に関連する多くの疾患で観察される病態生理学的プロセスである。このプロセスの重要な特徴は、脳組織の全体的な破壊と、とりわけ、認知機能の低下、言語障害及び運動障害を含む、それに伴う様々な行動上の欠陥を引き起こす、神経変性ならびに神経細胞死である。本開示は、本明細書に記載される１つ以上の神経変性障害に罹患している対象のための診断及び予後方法を特徴とする。

【0189】

ｉ．アルツハイマー病
ＡＤは、大脳皮質の前頭葉、側頭葉及び頭頂葉、ならびに前脳基底部コリン作動系及び脳幹内の青斑核などの皮質下構造における進行性神経細胞喪失を特徴とする神経変性疾患である。ＡＤの臨床症状は、短期及び長期の記憶、空間ナビゲーション、言語の流暢さ、衝動制御、快感消失及び引きこもりを含む、多くの認知機能の進行性の低下である。ＡＤ患者の脳における神経萎縮は、細胞外及び細胞内のタンパク質封入の蓄積と関連している。不溶性アミロイド－β（Ａβ）タンパク質の凝集体は細胞外空間で多く見られるが、過剰リン酸化タウタンパク質の神経原線維変化（ＮＦＴ）は通常、罹患した神経細胞の細胞内区画で見られる。これらの神経病理は、ＡＤの病因において重要であると考えられている。

【0190】

これまでの研究は、神経細胞ペントラキシンタンパク質をＡＤの病因に関連付けている（Ｘｉａｏｅｔａｌ．，Ｅｌｉｆｅ６：ｅ２３７９８，２０１７）。特に、Ｘｉａｏらは、アミロイドーシスを患うＮＰＴＸ２欠損ラットでは、特にＣＮＳのパルブアルブミン陽性（ＰＶ＋）介在ニューロン上でＧｌｕＲ４ＡＭＰＡ受容体サブユニット発現の減少を示すことを発見した。この研究ではまた、ＡＤ患者の死後試料におけるＮＰＴＸ２レベルの低下、ならびに脳脊髄液（ＣＳＦ）中のＮＰＴＸ２レベルとＡＤ患者の認知能力及び海馬体積との間の有意な相関関係も実証された。ＰＶ＋介在神経細胞は変性に対して特に感受性が高く、ＡＤ患者の脳では最大６０％減少することが実証されている（Ｃｈａｐｍａｎｅｔａｌ．，ＦｒｏｎｔＣｅｌｌＮｅｕｒｏｓｃｉ１３：５７５，２０１９）。

【0191】

ｉｉ．認知症を伴うまたは伴わないパーキンソン病
ＰＤは運動に影響を及ぼす進行性疾患であり、ＡＤに次いで２番目に多い神経変性疾患として認識されている。ＰＤの一般的な症状には、静止時振戦、固縮及び動作緩慢が含まれ、うつ、便秘、痛み、睡眠障害、泌尿器系の問題、認知機能低下及び嗅覚障害などの非運動症状もこの障害に関連することが増えている。ＰＤの重要な特徴は、黒質緻密部におけるドーパミン作動性神経細胞の死滅であり、そのため、ＰＤの現在の治療法のほとんどはドーパミンを増やすことに重点を置いている。ＰＤの別の周知の神経病理学的特徴は、影響を受けた脳領域にα－シヌクレインを含むレビー小体が存在することであり、これがこの疾患に寄与していると考えられている。

【0192】

ＰＤは、遺伝的危険因子と環境的危険因子の組み合わせによって生じると考えられている。すべてのＰＤ症例の原因となる単一の遺伝子は存在せず、大多数の症例は孤発的であり、直接遺伝するものではないように思われる。パーキン、ＰＴＥＮ誘導性推定キナーゼ１（ＰＩＮＫ１）、ロイシンリッチリピートキナーゼ２（ＬＲＲＫ２）、及びパーキンソン病関連デグリカーゼ（ＤＪ－１）をコードする遺伝子の変異が、ＰＤに関連していることが判明しているが、それらは、症例総数のごく一部にすぎない。一部の農薬及び除草剤への職業的曝露も、ＰＤの危険因子として提唱されている。

【0193】

これまでの研究では、孤発性ＰＤ、特に、黒質の皮質神経細胞及びグリア細胞のレビー小体においてヒトＮＰＴＸ２ｍＲＮＡの上方制御が実証されており、ＰＤで観察される神経変性へのＮＰＴＸ２の潜在的な関与が示唆されている（Ｃｈａｐｍａｎｅｔａｌ．，ＦｒｏｎｔＣｅｌｌＮｅｕｒｏｓｃｉ１３：５７５，２０１９）。更に、認知症及びレビー小体病（ＤＬＢ）患者の脳脊髄液（ＣＳＦ）では、ＮＰＴＸ２レベルが低下する（ｖａｎＳｔｅｅｎｏｖｅｔｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎ．１５：３６，２０２０）。

【0194】

ｉｉｉ．前頭側頭変性症
ＦＴＤは、大脳皮質の前頭葉及び側頭葉における進行性神経変性を特徴とする臨床症候群である。ＦＴＤの症状は複雑かつ不均一であり、１）行動及び性格の変化、感情鈍麻、引きこもり、固執性行動、注意欠陥、脱抑制、及び前頭葉の明白な変性によって特徴付けられる、行動変異型前頭側頭型認知症（ＢＶＦＴＤ）と、２）流暢性失語症、単語、物体及び概念の意味性知識の進行性喪失、ならびに前部側頭葉の明白な変性によって特徴付けられる意味性認知症（ＳＤ）と、を含む、臨床的に異なる３つの変異型のうちの１つとして現れ得る。更に、ＦＴＤのＳＤ変異体は、感情の平板化、社会性欠失、固執性行動及び脱抑制、または３）発話における運動障害、言語表現の低下、及びペリシルビ皮質の明白な変性によって特徴付けられる進行性非流暢性失語症を示す。ＦＴＤ患者の脳における神経細胞の喪失は、次の３つの異なる神経病理：１）タウ陽性神経細胞及びグリア封入の存在、２）ユビキチン（ｕｂ）陽性及びＴＡＲＤＮＡ結合タンパク質４３（ＴＤＰ４３）陽性だが、タウ陰性の封入、または３）ｕｂ及び融合肉腫（ＦＵＳ）陽性だが、タウ及びＴＤＰ－４３陰性の封入、のうちの１つと関連している。これらの神経病理は、ＦＴＤの病因において重要であると考えられている。

【0195】

ＦＴＤ患者のほぼ半数には、認知症、ＡＬＳまたはＰＤを患う一親等家族がおり、この病気の原因と強い遺伝的関連が示唆されている。染色体１７ｑ２１の多数の変異が、ＦＴＤの発現に関連している。

【0196】

以前の研究では、症候性ＨＤ変異保因者ではＣＳＦのＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸ２及びＮＰＴＸＲのレベルが低いことが実証されている（ｖａｎｄｅｒＥｎｄｅｅｔａｌ．，ＪＮｅｕｒｏｌＮｅｕｒｏｓｕｒｇＰｓｙｃｈｉａｔｒｙ９１：６１２－２１，２０２０）。注目すべきことに、ＣＳＦ中のＮＰＴＸ２レベルは、疾患重症度の臨床測定値及び複数の脳領域の灰白質体積と相関し、音韻言語流暢性の低下及び認知症の臨床測定値の低下を予測した。

【0197】

ｉｖ．ハンチントン病
ＨＤは、常染色体優性の神経性アミロイド形成性疾患です。１００，０００人あたり５～１０人が、この常染色体疾患に罹患している。しかし、米国での有病率ははるかに高く、２０万人未満の米国人のうち５０％がＨＤを発症するリスクがあることが研究で示されており、特に米国では３万人の患者が登録されているのに対し、全世界で登録されている患者はわずか１０万人にすぎない。

【0198】

ＨＤは、ハンチンチン（ＨＴＴ）遺伝子、特に染色体４に位置するＨＴＴ遺伝子のエキソン１におけるトリヌクレオチドＣＡＧ反復増殖によって生じ（ＭａｃＤｏｎａｌｄｅｔａｌ．，Ｃｅｌｌ７２，（１９９３），９７１－９８３）、それは、ＨＴＴタンパク質のポリグルタミン（ｐｏｌｙＱ）ストレッチに変換される。ＨＤは、ｐｏｌｙＱトラクトの長さが３５～４０グルタミン残基を超えると発生し、反復長と発症年齢の間には強い逆相関がある。このｐｏｌｙＱストレッチは、ＣＮＳの神経細胞及びグリア細胞におけるＨＴＴのミスフォールディングならびに凝集を引き起こす。加齢に伴い、ＨＴＴ凝集体の蓄積により、線条体ＧＡＢＡ作動性神経細胞及び皮質錐体神経細胞の変性が引き起こされる。ＨＤの症状には、不随意運動、運動調整の欠如、うつ、ならびに、例えば、記憶喪失及び／または認知症などの認知機能の低下が含まれる。

【0199】

神経発達障害
神経発達障害は、神経系の典型的な発達の障害によって特徴付けられる一連の状態であり、これらに限定されないが、学習、記憶、感情制御、衝動制御、コミュニケーション欠陥、及び運動欠陥を含む、神経分岐及び脳機能の障害を引き起こす。神経発達障害は、遺伝的障害、社会的剥奪、代謝疾患、免疫障害、感染症、栄養的要因、物理的外傷、または毒性もしくは環境的要因によって引き起こされる神経系の異常な発達に起因する可能性がある。開示された方法を用いたスクリーニングに適し得る神経発達障害の非限定的な例としては、知的障害、学習障害（例えば、失読症または計算障害）、自閉症スペクトラム症（例えば、自閉症またはアスペルガー症候群）、運動障害（例えば、発達性協調運動症または常同運動症）、チック障害（例えば、トゥレット症候群）、外傷性脳損傷（例えば、先天性損傷）、コミュニケーション及び言語障害、遺伝性疾患（例えば、脆弱Ｘ症候群、ダウン症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、低ゴナドトロピン性性腺機能低下症候群）、及び神経毒性物質による障害（例えば、胎児性アルコールスペクトラム障害、水銀による水俣病、鉛、クロム及び白金などの重金属による行動障害、炭化水素、ＰＢＤＥ、ＰＣＢ、薬物、または違法薬物）が挙げられる。したがって、本開示は、とりわけ、前述の神経発達障害のうちの１つ以上を患う対象のための診断及び予後方法を特徴とする。

【0200】

精神神経障害
精神神経障害は、異常感情、認知及び／または行動を特徴とする、様々な状態の群である。多くの場合、これらの障害は大脳皮質への器質的損傷の結果として生じるが、ＣＮＳの大脳外領域も影響を受ける可能性がある。精神神経障害は、通常、これらに限定されないが、不安、神経質、感情鈍麻、気分障害、幻覚、妄想、行動及び性格の変化、せん妄、ならびに認知症を含む、様々な精神症状を示す。開示された方法を用いたスクリーニングに適した精神神経障害の非限定的な例としては、大うつ病、双極性障害、強迫性障害、摂食障害、及び統合失調症が挙げられる。

【0201】

診断及び予後の方法
診断及び予後
本明細書に記載される近接ベースの検出アッセイは、対象（例えば、ヒト）に、神経障害（例えば、神経変性障害、神経発達障害、または精神神経障害）の存在を示す診断または予後、医学的処置の有り無しでの臨床転帰、治療薬に対する反応性、神経障害に対する患者の回復力、または対象の特定の認知領域（例えば、学習及び記憶）内の症状の重症度を提供するために使用することができる。特に、開示された方法は、対象からの血液試料（例えば、血液、血清または血漿）中の１つ以上のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲまたは表１に列挙されているシナプスタンパク質のいずれか１つ）の検出に基づいて、神経障害を有するか、もしくは有すると疑われる対象に診断または予後を提供するために使用され得る。診断または予後の方法は、前駆の対象、または神経障害を有するかもしくは神経障害を発症するリスクのある症候性の対象において実施することができる。危険因子には、とりわけ、遺伝子変異、環境因子（例えば、神経毒への曝露）、感染症、外傷、年齢、性別、民族、体重、社会経済的地位、食事、個人のライフスタイル、または既往症が含まれ得る。

【0202】

本明細書に記載のアッセイは、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクのある対象の血液試料中の１つ以上のシナプスタンパク質のレベルを測定するために使用することができる。血液試料から測定された複合体シナプスタンパク質（複数可）のレベルを使用し、対象からの血液試料中の前記レベルを参照血液試料と比較することによって、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあるかを判定することができる。参照血液試料は、同様の年齢、性別、地理的位置、ライフスタイルなどの１人以上の健康な対象からのものであり得る。例えば、血液試料中の別のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されているシナプスタンパク質のいずれか１つ、ただし、２つのシナプスタンパク質が異なる種類であることを条件とする）と複合体を形成している神経細胞ペントラキシン（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、またはＮＰＴＸＲ）のレベルは、血液試料が採取された対象の疾患状態を示し得る。特に、参照血液試料と比較して、神経障害を有するか、または神経障害を有する疑いのある対象の血液試料中のＮＰＴＸ２及びＮＰＴＸＲの両方を含むタンパク質複合体のレベルの増加は、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあるとの陽性診断を示す可能性がある。別の例では、参照血液試料と比較して、神経障害を有するか、または神経障害を有する疑いのある対象の血液試料中のＮＰＴＸ１及びＮＰＴＸＲの両方を含むタンパク質複合体のレベルの増加は、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあるとの陽性診断を示す可能性がある。別の例では、参照血液試料と比較して、神経障害を有するか、または神経障害を有する疑いのある対象の血液試料中のＮＰＴＸ２及びＧｌｕＡ４の両方を含むタンパク質複合体のレベルの減少は、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあるとの陽性診断を示す可能性がある。更に、対象の血液試料中で測定されたシナプスタンパク質レベルの比率は、疾患の状態を示す可能性がある。例えば、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４シナプスタンパク質複合体のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲシナプスタンパク質複合体に対する比率の減少は、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあることを示している可能性がある。同様に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４シナプスタンパク質複合体のＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲシナプスタンパク質複合体に対する比率の減少は、対象が神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあることを示している可能性がある。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の減少は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の低下であり得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の増加は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれ以上の低下であり得る。

【0203】

本明細書に開示されるアッセイは、例えば、ＤｉａｇｎｏｓｔｉｃａｎｄＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＭａｎｕａｌｏｆＭｅｎｔａｌＤｉｓｏｒｄｅｒｓ，ＦｉｆｔｈＥｄｉｔｉｏｎａｎｄｔｈｅＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＣｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＤｉｓｅａｓｅｓ，１１^ｔｈＲｅｖｉｓｉｏｎに記載されている方法など、神経障害を診断する他の従来の方法と組み合わせた診断方法として使用することができる。

【0204】

例えば、対象における神経障害の診断は、対象における認知障害の程度を評価するための神経心理学的検査によって導かれる場合がある。対象の認知機能は、これらに限定されないが、複雑性注意、実行機能、学習及び記憶、言語、知覚運動機能、ならびに社会的認知を含む、１つ以上の認知領域にわたるパフォーマンスを評価する認知検査を実行することによって評価され得る。対象の認知機能を、対象の年齢、病歴、教育、社会経済的状態及びライフスタイルに適した標準値（例えば、一般集団などの参照集団）と比較して、対象の神経障害に関する診断を決定することができる。認知検査の非限定的な例には、Ｅｉｇｈｔ－ｉｔｅｍＩｎｆｏｒｍａｎｔＩｎｔｅｒｖｉｅｗｔｏＤｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｅＡｇｉｎｇａｎｄＤｅｍｅｎｔｉａ（ＡＤ８）、ＡｎｎｕａｌＷｅｌｌｎｅｓｓＶｉｓｉｔ（ＡＷＶ）、ＧｅｎｅｒａｌＰｒａｃｔｉｔｉｏｎｅｒＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔｏｆＣｏｇｎｉｔｉｏｎ（ＧＰＣＯＧ）、ＨｅａｌｔｈＲｉｓｋＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔ（ＨＲＡ）、ＭｅｍｏｒｙＩｍｐａｉｒｍｅｎｔＳｃｒｅｅｎ（ＭＩＳ）、ＭｉｎｉＭｅｎｔａｌＳｔａｔｕｓＥｘａｍ（ＭＭＳＥ）、ＭｏｎｔｒｅａｌＣｏｇｎｉｔｉｖｅＡｓｓｅｓｓｍｅｎｔ（ＭｏＣＡ）、Ｓｔ．ＬｏｕｉｓＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＭｅｎｔａｌＳｔａｔｕｓＥｘａｍ（ＳＬＵＭＳ）及びＳｈｏｒｔＩｎｆｏｒｍａｎｔＱｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅｏｎＣｏｇｎｉｔｉｖｅＤｅｃｌｉｎｅｉｎｔｈｅＥｌｄｅｒｌｙ（ＳｈｏｒｔＩＱＣＯＤＥ）が挙げられる。あるいはまたは加えて、Ｆ１８－フルオロデオキシグルコースＰＥＴスキャンまたはＭＲＩスキャンの使用を使用し、神経障害（例えば、神経変性障害）を有する対象における神経変性の存在を判定することができる。

【0205】

更に、対象は、目的となる特定の神経障害に特異的なバイオマーカーの存在について検査されてもよい。例えば、対象の前脳におけるＡβ斑または過剰リン酸化タウタンパク質のＮＦＴの存在、対象におけるＡＰＰ、ＰＳＥＮ１、ＰＳＥＮ２及び／またはＴＲＥＭ２遺伝子の変異ならびにＡＰＯＥのε４対立遺伝子の変異体の存在など対象がＡＤを有することを示すバイオマーカーの存在について、対象は検査され得る。

【0206】

対象の認知機能は、これらに限定されないが、学習及び記憶、複雑性注意、実行機能、言語、知覚運動機能、ならびに社会的認知を含む、１つ以上の認知領域にわたるパフォーマンスを評価する認知検査を実行することによって評価され得る。対象の認知機能を、対象の年齢、病歴、教育、社会経済的状態及びライフスタイルに適した標準値（例えば、一般集団などの参照集団）と比較して、対象の神経障害に関する診断を決定するまたは確認することができる。

【0207】

疾患重症度
本明細書に記載の方法は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における疾患の重症度を評価するために使用することもできる。例えば、神経障害を有するか、または神経障害を有する疑いのある対象の血液試料において、参照血液試料と比較して、ＮＰＴＸ２とＮＰＴＸＲ、またはＮＰＴＸ１とＮＰＴＸＲの両方を含むタンパク質複合体のレベルが増加している対象は、対象における疾患の重症度が正常よりも高い（例えば、参照患者または患者集団に対して）ことを示し得る。別の例では、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２とＧｌｕＡ４の両方を含むタンパク質複合体のレベルの低下、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４シナプスタンパク質複合体のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体に対する比率の低下は、対象における疾患の重症度が正常よりも高いことを示し得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の減少は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の低下であり得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の増加は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれ以上の低下であり得る。神経障害の重症度が評価されると、対応する治療コースが推奨され得る。例えば、高い疾患重症度を有すると同定された対象には、正常または低い疾患重症度を有すると同定された対象よりも、より頻繁及び／またはより積極的な治療レジメンが投与され得る。したがって、ここで開示されるアッセイは、潜在的に衰弱させるか、または生命を脅かす状態を検出し、適切な治療反応の必要性を評価するために使用することができる。

【0208】

監視
本明細書に記載の神経障害を有するか、または発症するリスクのある対象は、本明細書に開示の方法を使用して監視することができる。監視は、現在の疾患状態が、開示された方法を使用して決定されたか、当技術分野で周知の方法を使用して決定されたかにかかわらず、疾患症状の悪化の可能性を示す対象にとって適切なアプローチであり得る。あるいは、監視は、開示された方法または当技術分野で周知の方法を使用して神経障害を有すると診断されたが、評価時には無症候性である対象において実施され得る。監視は、開示された方法を使用して、一定の間隔（例えば、年に１回、年に２回、３か月に１回、月に１回、隔月に１回または週に１回）で実行され、シナプスタンパク質のレベルまたはそれらの比率が安定しているか、または変動しているかを決定することができる。対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの低下は、疾患状態の改善を示している可能性がある。更に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の増加は、疾患状態の改善を示し得る。逆に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの増加は、疾患状態の悪化を示している可能性がある。同様に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の低下は、疾患状態の悪化を示し得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の減少は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の低下であり得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の増加は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれ以上の低下であり得る。

【0209】

治療効果
開示された方法は、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると同定された対象における治療薬の治療効果を評価または予測するために使用することもできる。例えば、対象の血液試料中の本明細書に開示されるシナプスタンパク質のレベルは、治療の開始前または後に測定することができ、その後、治療中に継続的に測定することができる（例えば、１日１回、週１回、隔週、月に１回、隔月、３か月に１回、または年に２回）。治療過程中の対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの低下は、改善を示し、治療の有効性を実証し得る。更に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の増加はまた、治療効果を示し得る。逆に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの増加は、治療効果の欠如を示している可能性がある。同様に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の低下は、治療効果の欠如を示し得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の低下は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の低下であり得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の増加は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれ以上の低下であり得る。

【0210】

回復力
神経変性疾患の文脈において、回復力とは、生涯を通じて無症状だった一部の対象が、神経変性疾患の負担を示す神経病理学的特徴を示すことが死後に判明する可能性がある現象を指す。例えば、ＡＤに対して回復力のある患者は、生涯を通じて認知機能低下の症状を示さないが、死後、アミロイドβプラーク及び／または過剰リン酸化タウタンパク質変化の高い負荷を有していることが判明する。このような場合、対象が神経変性疾患の症状を発症するか（すなわち、対象は回復力がない）か否か（例えば、対象は回復力がある）を判定するために、例えば、家族性神経変性疾患の病歴を有する対象、または神経変性疾患を誘発する可能性のある環境毒素に曝露された対象などの対象からの血液試料に対して開示のアッセイを実施することが有利であり得る。したがって、本明細書に記載のアッセイは、対象から得た血液試料（例えば、血液、血清または血漿）中の１つ以上のシナプスタンパク質（例えば、ＮＰＴＸ２、ＮＰＴＸ１、ＮＰＴＸＲ、または表１に列挙されたシナプスタンパク質のいずれか１つ）のレベルを測定することによって、神経障害（例えば、神経変性障害）を有する対象の回復力を評価するために使用できる。

【0211】

例えば、治療過程中の対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの低下は、対象が神経障害に対して回復力があることを示し得る。更に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の増加はまた、回復力を示し得る。逆に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体及び／またはＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ複合体のレベルの増加は、対象が神経障害に対して回復力がないことを示している可能性がある。同様に、対象の血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４のレベル、またはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの比率、もしくはＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４対ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの比率の低下はまた、神経障害に対する回復力の欠如を示し得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の低下は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれ以上の低下であり得る。シナプスタンパク質（または、シナプスタンパク質複合体）のレベル、またはシナプスタンパク質複合体の比率の増加は、参照血液試料中のシナプスタンパク質のレベルまたはシナプスタンパク質複合体の比率と比較して、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、４５０％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％またはそれ以上の低下であり得る。

【0212】

キット
本開示はまた、対象（例えば、神経障害を有するか、または神経障害を発症するリスクがあると診断されたヒト対象などのヒト対象）からの血液試料中のシナプスタンパク質のレベルを測定する際に使用するためのキットを特徴とする。キットは、以下：支持体（例えば、プレート（例えば、マルチウェルプレート））；支持体に固定化されたリガンド（例えば、本明細書に開示されるシナプスタンパク質に特異的な抗体）；それぞれが、それに結合した近接検出器（例えば、オリゴヌクレオチドプラス鎖（例えば、配列番号１）及びオリゴヌクレオチドマイナス鎖（例えば、配列番号２）、コネクターオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号３）ならびにＤＮＡリガーゼ酵素（例えば、Ｔ４ＤＮＡリガーゼ）を有する、２つ以上の非固定化リガンド（例えば、本明細書中に開示される２つ以上のシナプスタンパク質に特異的な抗体）；定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応アッセイのための試薬（例えば、プライマー及び緩衝液）；ならびに検出アッセイを実行するための説明書、のうちの１つ以上を含み得る。

【実施例】

【0213】

以下の実施例は、本明細書に記載する組成物及び方法をどのように使用し、製造し、評価し得るかについての説明を当業者に提供するために提示し、純粋に本開示を例示することを意図するものであり、発明者らが自身の開示とみなすものの範囲を限定することを意図しない。

【0214】

実施例１：ヒト脳脊髄液中の神経細胞ペントラキシン２及び神経細胞ペントラキシン受容体を含むシナプスタンパク質複合体を検出するための近接ライゲーションアッセイの使用
近接ライゲーションアッセイ（ＰＬＡ）をヒト脳脊髄液（ＣＳＦ）試料に対して実行し、このアッセイを使用して、ＣＳＦ中のシナプスタンパク質複合体を検出できるかどうかを確認した。図１は、本開示のＰＬＡアッセイを要約する概略図を示す。最初の工程として、ＥＬＩＳＡプレートをウサギ抗ＮＰＴＸ２抗体（５μｇ／ｍＬ）でコーティングした。続いて、反応混合物を０．１ｍｇ／ｍＬのサケ精子ＤＮＡでブロックし、室温で１時間インキュベートした。５０μＬのＣＳＦ試料をプレートに添加し、４℃で一晩インキュベートした。反応混合物を、０．１％Ｔｗｅｅｎ界面活性剤（ＴＢＳＴ）含有トリス緩衝生理食塩水で洗浄し、５０μＬのＰＬＡプローブ（０．１ｍｇ／ｍＬのサケ精子ＤＮＡ及び１％のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含むＴＢＳ中の、ウサギ抗ＮＰＴＸ２抗体と結合したオリゴヌクレオチドプラス鎖（配列番号１）１μｇ／ｍＬ及びヒツジ抗ＮＰＴＸＲ抗体と結合したオリゴヌクレオチドマイナス鎖（配列番号２）１μｇ／ｍＬ）を、反応混合物に添加し、１時間インキュベートした。ＴＢＳＴで洗浄した後、１μＬのＴ４ＤＮＡリガーゼ、２０μＭの濃度の０．５μＬのコネクター（スプリント）オリゴヌクレオチド（配列番号３）、５μＬの１０×Ｔ４リガーゼ緩衝液及び４３．５μＬの水を含む５０μＬのライゲーション反応混合物を、反応プレートに加え、１時間インキュベートした。リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で洗浄した後、５０μＬのジチオスレイトール（ＤＴＴ、２０ｍＭ）を反応混合物に添加し、１時間インキュベートした。続いて、放出されたライゲーション産物をエッペンドルフ管に回収し、順方向プライマー（配列番号４）及び逆方向プライマー（配列番号５）を使用して、３８４ウェルプレート内のライゲーション産物に対して定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を実施した。

【0215】

ヒトＣＳＦ中のＮＰＴＸ２レベルは、上記のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲＰＬＡ手順を使用して測定され、ＥＬＩＳＡを使用してヒトＣＳＦ試料に対して実行されたＮＰＴＸ２の定量と比較した。ピアソン相関分析は、ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲのＰＬＡ測定値とＮＰＴＸ２のＥＬＩＳＡ測定値との間の強い相関を実証した（図２、ｎ＝１２、ピアソン相関係数ｒ＝０．９６８）。

【0216】

実施例２：ヒト血液中の神経細胞ペントラキシン２及び神経細胞ペントラキシン受容体を含むシナプスタンパク質複合体を検出するための近接ライゲーションアッセイの使用
ＰＬＡをヒト血液試料に対して実行し、このアッセイを使用して、血液中のシナプスタンパク質複合体を検出できるかどうかを確認した。上記の実施例１に記載のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲＰＬＡアッセイを、５０μＬのヒト血漿試料に対して実施した。血漿試料を、ＰＢＳ及び１％ＢＳＡまたはＮＰＴＸ２除去血漿で２倍に連続希釈した。続いて、ＰＢＳで希釈した血漿試料（図３Ａ）及びＮＰＴＸ２除去血漿で希釈した血漿試料（図３Ｂ）について希釈曲線を作成した。

【0217】

続いて、臨床的に診断されたアルツハイマー病（ＡＤ）患者（ｎ＝３３）及び対応する健康な対照（Ｃｔｒｌ、ｎ＝３４）から採取した５０μＬの血漿試料に対して、上記のＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸ４ＰＬＡアッセイを実施した。ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲは、ＡＤ群において上昇する傾向があったが（図４）、統計的有意性は得られなかった（ｐ＝０．１０９、両側ｔ検定）。

【0218】

実施例３：ヒト血液中の神経細胞ペントラキシン２及びグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４を含むシナプスタンパク質複合体を検出するための近接ライゲーションアッセイの使用
上記のＰＬＡアッセイをヒト血漿試料に対して実行し、血液中のＮＰＴＸ２及びグルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４（ＧｌｕＡ４）を含むシナプスタンパク質複合体の存在（ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４）を測定した。ＰＬＡアッセイは、ヒツジ抗ＮＰＴＸＲ抗体に結合した１μｇ／ｍＬのオリゴヌクレオチドマイナス鎖（配列番号２）を使用する代わりに、ウサギ抗ＧｌｕＡ４抗体に結合した１μｇ／ｍＬのオリゴヌクレオチドマイナス鎖を使用したことを除き、上記と同様に実施した。希釈曲線は、ＰＢＳ（図５Ａ）またはＮＰＴＸ２除去血漿（図５Ｂ）で連続希釈したヒト血漿試料について生成した。

【0219】

続いて、臨床的に診断されたＡＤ患者（ｎ＝３３）及び対応する健康な対照（Ｃｔｒｌ、ｎ＝３４）から採取した５０μＬの血漿試料に対して、上記のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４ＰＬＡアッセイを実施した。ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４の血漿レベルは、対照患者とＡＤ患者との間で有意差を示さなかった（図６Ａ）。しかし、血漿ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルのＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルに対する比率は、対照患者と比較してＡＤ患者において有意な減少を示した（図６Ｂ、ｐ＝０．０３９、両側ｔ検定）。これらの発見は、ヒト血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルのＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルに対する比率を使用し、ＡＤ患者を健康な対照患者から層別化できることを示している。

【0220】

実施例４：ヒト血液中の神経細胞ペントラキシン１及び神経細胞ペントラキシン受容体を含むシナプスタンパク質複合体を検出するための近接ライゲーションアッセイの使用
上記のＰＬＡアッセイをヒト血漿試料に対して実行し、血液中の神経細胞ペントラキシン１（ＮＰＴＸ１）及びＮＰＴＸＲを含むシナプスタンパク質複合体（ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲ）の存在を測定した。ＰＬＡアッセイは、固定化抗体がウサギ抗ＮＰＴＸ１抗体であり、ヒツジ抗ＮＰＴＸＲ抗体に結合した１μｇ／ｍＬのオリゴヌクレオチドマイナス鎖（配列番号２）を使用したことを除いて、上記と同様に実施した。希釈曲線は、ＰＢＳ（図７Ａ）またはＮＰＴＸ２除去血漿（図７Ｂ）で連続希釈したヒト血漿試料について生成した。

【0221】

続いて、臨床的に診断されたＡＤ患者（ｎ＝３３）及び対応する健康な対照（Ｃｔｒｌ、ｎ＝３４）から採取した５０μＬの血漿試料に対して、上記のＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲＰＬＡアッセイを実施した。ＮＰＴＸ１－ＮＰＴＸＲの血漿レベルは、対照患者とＡＤ患者との間で有意差を示さなかった（図８Ａ）。しかし、血漿ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルのＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルに対する比率は、対照患者と比較してＡＤ患者において減少する傾向を示した（図８Ｂ、ｐ＝０．１５４、両側ｔ検定）。

【0222】

結論
結論として、上記の実施例は、開示されたＰＬＡ法を使用してヒト血液中で神経細胞ペントラキシンが検出可能であることを実証している。特に価値があるのは、血中ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４複合体とＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲ複合体との比率を使用し、ＡＤ患者を健康な対照患者から区別することができ（図１２）、それによって、開示された方法を、例えば、とりわけ、ＡＤなどの神経障害の診断または予後ツールとして使用する道を提供するという発見である。

【0223】

実施例５：ヒト血液中の神経細胞ペントラキシン２、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＡＭＰＡ型サブユニット４及び神経細胞ペントラキシン受容体を含むシナプスタンパク質複合体を検出するための近接ライゲーションアッセイの使用
臨床的に診断されたＡＤ患者のより大規模な試料では、上記のＰＬＡアッセイをヒト血漿試料に対して実行し、血液中のＮＰＴＸ２及びＧｌｕＡ４を含むシナプスタンパク質複合体（ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４）の存在を測定した。ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４ＰＬＡアッセイは、ウサギ抗ＧｌｕＡ４抗体に結合した１μｇ／ｍＬのオリゴヌクレオチドマイナス鎖を使用して実行された。更に、上記のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４ＰＬＡアッセイを、臨床的に診断されたＡＤ患者及び対応する健康な対照の同じ集団から得た５０μＬの血漿試料に対して更に実行した。

【0224】

このより大きな対象集団では、ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４の血漿レベルは、対照患者とＡＤ患者との間で有意差を示さなかった（図９）。しかし、ＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲの血漿レベルは、対照患者とＡＤ患者の間で有意な差を示した（図１０）。そのうえ、血漿ＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルのＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルに対する比率は、対照患者と比較してＡＤ患者において有意な減少を示した（図１１、ｐ＝０．０１０、両側ｔ検定）。これらの発見は、ヒト血液試料中のＮＰＴＸ２－ＧｌｕＡ４レベルのＮＰＴＸ２－ＮＰＴＸＲレベルに対する比率を使用し、ＡＤ患者を健康な対照患者から層別化できることを更に例証する。

【0225】

他の実施形態
記載される開示の様々な改変及び変更は、本開示の範囲及び趣旨から逸脱することなく、当業者には明らかとなるであろう。本開示を特定の実施形態に関連して記載したが、特許請求される本開示は、そのような特定の実施形態に必要以上に限定されるべきではないことを理解すべきである。実際に、当業者には明らかである本開示を実施するために記載する様式の様々な改変は、本開示の範囲内であることが意図される。

【0226】

他の実施形態は、特許請求の範囲に見出される。

【図1】