特表 2024-500837 抗原特異的Ｔ細胞を惹起するように操作された細菌

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-01-10

(54)【発明の名称】抗原特異的Ｔ細胞を惹起するように操作された細菌

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/62 20060101AFI20231227BHJP

   A61K 35/74 20150101ALI20231227BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20231227BHJP

   A61P 11/00 20060101ALI20231227BHJP

   A61P 13/00 20060101ALI20231227BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20231227BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20231227BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20231227BHJP

   C07K 19/00 20060101ALI20231227BHJP

   C07K 14/195 20060101ALI20231227BHJP

   C12N 9/52 20060101ALI20231227BHJP

【ＦＩ】

C12N15/62 Z

A61K35/74 A

A61P1/04

A61P11/00

A61P13/00

A61P17/00

A61P37/02

C12N1/21 ZNA

C07K19/00

C07K14/195

C12N9/52

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023537533

(86)(22)【出願日】2021-12-22

(85)【翻訳文提出日】2023-06-20

(86)【国際出願番号】 US2021065011

(87)【国際公開番号】W WO2022140640

(87)【国際公開日】2022-06-30

(31)【優先権主張番号】63/130,354

(32)【優先日】2020-12-23

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/130,356

(32)【優先日】2020-12-23

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/150,013

(32)【優先日】2021-02-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】520091661

【氏名又は名称】チャン ザッカーバーグ バイオハブ， インコーポレイテッド

(71)【出願人】

【識別番号】503115205

【氏名又は名称】ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー

(74)【代理人】

【識別番号】100107489

【弁理士】

【氏名又は名称】大塩 竹志

(72)【発明者】

【氏名】フィッシュバック， マイケル エー．

(72)【発明者】

【氏名】永島 一樹

(72)【発明者】

【氏名】チェン， イーイン イー．

(72)【発明者】

【氏名】ボウスベイン， ジェネット

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA01Y

4B065AA23X

4B065AA24X

4B065AA53X

4B065AA90Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA44

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC31

4C087BC54

4C087BC55

4C087BC68

4C087CA12

4C087MA13

4C087MA55

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA59

4C087ZA68

4C087ZA81

4C087ZA89

4C087ZB07

4H045AA10

4H045AA20

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA41

4H045CA11

4H045CA41

4H045DA86

4H045EA20

4H045FA74

(57)【要約】

非天然抗原を発現するかまたは非天然抗原で表面標識されている改変された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌、および改変された微生物を使用して非天然抗原に対する抗原特異的免疫応答を誘導する方法が、提供される。改変された微生物は、それを必要とする対象における自己免疫疾患を処置するために、異種抗原に対する調節性Ｔ細胞免疫応答を誘導するために使用することができ、またはそれを必要とする対象における感染性疾患または増殖性疾患を処置するために、異種抗原に対するエフェクターＴ細胞免疫応答を誘導するために使用することができる。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

融合タンパク質を発現するように操作された、生きている組換え共生細菌であって、前記融合タンパク質が、
（ａ）非天然天然タンパク質またはペプチドと、
（ｂ）（ｉ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、もしくはソルターゼ由来シグナル配列ペプチド、および／もしくは抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分、または（ｉｉ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、もしくはソルターゼ由来シグナル配列ペプチドと
を含み、
宿主への前記細菌の投与が、前記細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、および前記非天然タンパク質またはペプチドに対する前記宿主による適応免疫応答の生成をもたらす、生きている組換え共生細菌。

【請求項2】

前記非天然タンパク質またはペプチドが、
（ｉ）がん；
（ｉｉ）自己免疫障害；および
（ｉｉｉ）前記宿主の粘膜境界部で生じるまたは前記粘膜境界部に別様に関連している感染
からなる群から選択される宿主疾患または状態に関連している、請求項１に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項3】

前記シグナル配列ペプチドが、
（ｉ）前記細菌の細胞壁への発現された融合タンパク質の繋留を指向するか、または
（ｉｉ）発現後に前記細菌からの前記融合タンパク質の分泌を指向する、
請求項１または２に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項4】

前記ｔａｔシグナル配列ペプチドが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓのｆｅｐＢに由来する配列を含み、前記ｓｅｃシグナル配列ペプチドが、予測ｓｅｃ分泌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する配列を含み、または前記ソルターゼ由来シグナル配列ペプチドが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのプロテインＡに由来する１つもしくは複数の配列を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項5】

前記シグナル配列ペプチドが、前記非天然タンパク質またはペプチドのＮ末端側に融合されており、前記融合タンパク質が、前記非天然タンパク質またはペプチドのＣ末端側に細胞壁貫通ペプチドドメインを含む、請求項３または４に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項6】

前記ＡＰＣ標的化部分が、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣＩＩ標的化部分を含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項7】

前記天然宿主ニッチが、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項8】

前記適応免疫応答が、投与部位および／または前記天然宿主ニッチから遠位の適応免疫応答である、請求項１から７のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項9】

前記遠位の適応免疫応答が、前記投与部位および／または前記天然宿主ニッチの器官でない器官における免疫応答を含み、必要に応じて、前記投与部位および／または前記天然宿主ニッチが、皮膚を含む、請求項８に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項10】

前記遠位の適応免疫応答が抗腫瘍応答を含み、必要に応じて、前記抗腫瘍応答が転移を標的とする、請求項８に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項11】

前記天然宿主ニッチの前記コロニー形成が、持続的または一時的である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項12】

前記天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１８０日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である、請求項１１に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項13】

前記持続的コロニー形成が、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、前記抗原が、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる、請求項１１または１２に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項14】

前記天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間、３．５日～６０日間、または７日～２８日間のコロニー形成である、請求項１１に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項15】

前記融合タンパク質が、天然細菌タンパク質またはその一部のＮ末端またはＣ末端に融合した前記非天然タンパク質またはペプチドを含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項16】

高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている、請求項１から１５のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項17】

（ｉ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、およびＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓからなる群から選択されるグラム陽性細菌であり、必要に応じて、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７であるか；または
（ｉｉ）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ Ｍｕｃｏｓａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＭｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓからなる群から選択されるグラム陰性細菌である、
請求項１から１６のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌。

【請求項18】

対象における疾患または状態を処置する方法であって、異種抗原を発現するように操作された、生きている組換え共生細菌を、対象に投与するステップを含み、前記発現された異種抗原が、前記対象における前記疾患または状態を処置するための抗原特異的免疫応答を誘導する、方法。

【請求項19】

対象における疾患または状態を処置する方法であって、請求項１から１７のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌を対象に投与するステップを含み、前記非天然タンパク質またはペプチドに対する前記適応免疫応答によって前記対象における前記疾患または状態が処置される、方法。

【請求項20】

前記投与が、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である、請求項１８または１９に記載の方法。

【請求項21】

１つまたは複数の追加の薬剤を共投与するステップをさらに含み、必要に応じて、前記１つまたは複数の追加の薬剤が、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤を含む、請求項１８から２０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項22】

請求項１から１７のいずれかに記載の生きている組換え共生細菌を含む医薬組成物。

【請求項23】

（ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第１の非天然タンパク質またはペプチドと、
（ｂ）ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第２の非天然タンパク質またはペプチドと
を発現するように操作されている、生きている組換え共生細菌であって、
宿主への前記細菌の投与が、前記細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす、生きている組換え共生細菌。

【請求項24】

（ａ）第１の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、前記第１の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第１の生きている組換え共生細菌と、
（ｂ）第２の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、前記第２の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第２の生きている組換え共生細菌と
を含む組成物であって、
宿主への前記組成物の投与が、前記第１の生きている組換え共生細菌および前記第２の生きている組換え共生細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす、組成物。

【請求項25】

前記第１の非天然タンパク質またはペプチド、および前記第２の非天然タンパク質またはペプチドが、各々、共通抗原または異なる抗原に由来し、必要に応じて、前記第１の非天然タンパク質またはペプチド、および前記第２の非天然タンパク質またはペプチドが、前記共通抗原に由来する場合に、前記第１の非天然タンパク質またはペプチド、および前記第２の非天然タンパク質またはペプチドが、異なるアミノ酸配列を含む、請求項２３に記載の生きている組換え共生細菌または請求項２４に記載の組成物。

【請求項26】

前記第１の非天然タンパク質またはペプチドが、発現後に前記第１の生きている組換え共生細菌からの前記非天然タンパク質またはペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含み、および／または前記第２の非天然タンパク質またはペプチドが、発現後に前記第２の生きている組換え共生細菌の細胞壁への前記第２の非天然タンパク質またはペプチドの共有結合を指向する第２のシグナル配列ペプチドを含む、請求項２３もしくは２５に記載の生きている組換え共生細菌または請求項２４もしくは２５に記載の組成物。

【請求項27】

宿主における疾患または状態を処置する方法であって、請求項２３、２５もしくは２６のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌、または請求項２４から２６のいずれか一項に記載の組成物を、前記宿主に投与するステップを含み、惹起されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答によって前記宿主における前記疾患または状態が処置される、方法。

【請求項28】

（ａ）細胞表面繋留部分と非天然タンパク質またはペプチドとを含む融合タンパク質と、（ｂ）細菌と、（ｃ）前記細菌の細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への前記細胞表面繋留部分の共有結合を触媒でき、それによって細菌表面に前記融合タンパク質を呈示できるタンパク質またはそれをコードする遺伝子とを含む細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項29】

（ａ）細胞表面繋留部分と非天然タンパク質またはペプチドとを含む融合タンパク質と（ｂ）細菌とを含む細菌表面ディスプレイシステムであって、前記融合タンパク質が、前記細胞表面繋留部分によって細胞壁タンパク質または外膜タンパク質に共有結合されており、前記共有結合が、前記細菌の前記細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への前記細胞表面繋留部分の結合を触媒できるタンパク質により触媒された、細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項30】

前記細胞表面繋留部分が、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）モチーフを含み、前記共有結合を触媒できる前記タンパク質が、ＳｒｔＡタンパク質である、請求項２８または２９に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項31】

前記ＳｒｔＡモチーフおよび／または前記ＳｒｔＡタンパク質が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来し、必要に応じて、前記ＳｒｔＡモチーフが、アミノ酸配列ＬＰＸＴＧを含む、請求項３０に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項32】

前記融合タンパク質が、増殖性障害、自己免疫障害、および感染からなる群から選択される宿主疾患または状態に関連している抗原タンパク質またはペプチドを含む、請求項２８から３１のいずれか一項に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項33】

宿主への前記細菌の投与が、前記非天然タンパク質またはペプチドに対するＴ細胞応答を惹起する前記細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす、請求項２８から３２のいずれか一項に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項34】

前記融合タンパク質が、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、前記ＡＰＣ標的化部分が、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む、請求項２８から３３のいずれか一項に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項35】

前記細菌が、
（ｉ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、およびＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓからなる群から選択されるグラム陽性細菌であり、必要に応じて、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７であるか；または
（ｉｉ）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ Ｍｕｃｏｓａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＭｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓからなる群から選択されるグラム陰性細菌である、
請求項２８から３４のいずれか一項に記載の細菌表面ディスプレイシステム。

【請求項36】

請求項２８から３５のいずれか一項に記載の細菌表面ディスプレイシステムと賦形剤とを含む医薬組成物。

【請求項37】

高複雑度の規定された微生物群落をさらに含む、請求項３６に記載の医薬組成物。

【請求項38】

宿主における疾患または状態を処置する方法であって、請求項２８から３５に記載の細菌表面ディスプレイシステム、または請求項３６もしくは３７に記載の医薬組成物を、前記宿主に投与するステップを含み、前記投与が、前記細菌による前記宿主における天然宿主ニッチのコロニー形成、抗原提示細胞による前記細菌または前記非天然タンパク質もしくはペプチドの内在化、前記非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原の前記抗原提示細胞によるＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩ複合体内における提示、および前記抗原に対するＴ細胞応答の生成をもたらし、前記Ｔ細胞応答によって前記宿主における前記疾患または状態が処置される、方法。

【請求項39】

前記天然宿主ニッチの前記コロニー形成が、持続的または一時的である、請求項３８に記載の方法。

【請求項40】

前記天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間、３．５日～６０日間、または７日～２８日間のコロニー形成である、請求項３９に記載の方法。

【請求項41】

前記天然宿主ニッチが、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される、請求項３９に記載の方法。

【請求項42】

前記宿主が対象である、請求項１から１７のいずれか一項に記載の生きている組換え共生細菌、請求項２２、２４から２６のいずれか一項に記載の組成物、または請求項２７、もしくは３８から４１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項43】

前記対象がヒトである、請求項４２に記載の生きている組換え共生細菌、または請求項１８から２１、もしくは３８から４２のいずれか一項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本願は、２０２０年１２月２３日に出願した米国特許仮出願第６３／１３０，３５４号、２０２０年１２月２３日に出願した米国特許仮出願第６３／１３０，３５６号、および２０２１年２月１６日に出願した米国特許仮出願第６３／１５０，０１３号の利益および優先権を主張するものであり、前記仮出願の開示は、それらの全体があらゆる目的でこれにより参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

米国連邦政府による資金提供を受けた研究開発のもとでなされた発明の権利に関する記載
本発明は、米国政府による資金提供を受けて米国国立衛生研究所（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ）（ＮＩＨ）により付与された補助金番号ＤＫ１１３５９８のもとでなされたものである。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。

【0003】

配列表
本願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出した配列表を含み、この配列表は、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。２０２１年１２月２２日に作成した前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＦＢＩ－００５ＷＯ＿ＳＬ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名であり、サイズが５６，７２６バイトである。

【0004】

発明の分野
本発明は、一般に、改変された細菌、およびそのような細菌を、対象における疾患または状態の処置のために、抗原特異的適応免疫応答を惹起するために使用する方法に関する。

【背景技術】

【0005】

発明の背景
共生微生物叢は、主として、バリア部位、例えば、胃腸管、気道、尿生殖路および皮膚に生息し、そこでそれらは、自然および適応免疫系を機能的に調整する。これらの微小生物に対する免疫寛容がこれらの部位の各々において確立されるはずである。胃腸管における単層線毛円柱上皮は、厚い粘液層により覆われており、この粘液層は、管腔の細菌からの空間的分離を助長し、そしてまた微小生物抗原の免疫原性を、生息する樹状細胞に寛容原性シグナルを送達することにより低下させる。自然リンパ系細胞は、ＭＨＣ－ＩＩ依存性メカニズムによって共生体特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を制限し、インターロイキン－２２を産生し、このインターロイキン－２２がさらに微生物の解剖学的隔離を促進する。特殊化した腸生息ＣＤ１０３＋ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞もまた、炎症誘発性ＣＤ４＋サブセットより調節性Ｔ（Ｔ_ｒｅｇ）細胞の誘導を選好することによって腸管恒常性の維持に重要な役割を果たす（Scharschmidt T.C. et al., Immunity 2015, November 17; 43(5): 1011-1021を参照されたい）。興味深いことに、皮膚などの他の微生物ニッチでは、ある特定の共生微小生物（例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）が真皮樹状細胞との相互作用によってＣＤ８＋エフェクターＴ細胞応答を選択的に誘導することが実証されている（Naik S. et al., Nature 2015, 520:104-108を参照されたい）。

【0006】

Ｔ_ｒｅｇ細胞は、末梢組織内での、特に、それらが安定的に生息するバリア部位での、免疫恒常性の確立および維持に大きな役割を果たす。腸管粘膜固有層において、Ｔ_ｒｅｇ細胞は、自己寛容を維持するばかりでなく、共生生物に対する寛容の媒介にも極めて重要な役割を果たす。腸生息Ｔ_ｒｅｇ細胞の大部分が共生抗原を認識し、胸腺由来Ｔ_ｒｅｇ細胞は、腸管微小生物に対する寛容を支持する。加えて、ある特定の細菌種は、粘膜固有層においてＴ_ｒｅｇ細胞を拡大する（同上）。

【0007】

Ｔ_ｒｅｇは、Ｔヘルパー（Ｔ_Ｈ）細胞のサブセットであり、ナイーブＣＤ４細胞と同じ系列に由来すると考えられている。Ｔ_ｒｅｇは、自己抗原に対する寛容の維持、および自己免疫疾患の予防に関与する。Ｔ_ｒｅｇはまた、エフェクターＴ細胞（Ｔ_ｅｆｆ）の誘導および増殖を抑制する。Ｔ_ｒｅｇは、阻害性サイトカイン、例えば、ＴＧＦ－β、ＩＬ－３５、およびＩＬ－１０を産生する。Ｔ_ｒｅｇは、転写因子Ｆｏｘｐ３を発現する。ヒトでは、Ｔ_ｒｅｇ細胞の大多数がＭＨＣ－ＩＩ拘束性ＣＤ４＋細胞であるが、ＦｏｘＰ３＋、ＭＨＣ－Ｉ拘束性、ＣＤ８＋細胞である少数集団がある。Ｔ_ｒｅｇを、胸腺において発生する「天然」ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ_ｒｅｇ細胞（ｎＴ_ｒｅｇ）、および末梢に生じる「誘導性」調節性細胞（ｉＴ_ｒｅｇ）というサブセットに分けることもできる。ｉＴ_ｒｅｇもＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋でもあり、ｉＴ_ｒｅｇは、末梢（すなわち、胸腺以外）における成熟ＣＤ４＋Ｔ細胞から発生する。ｉＴ_ｒｅｇはまた、ＲＯＲγｔとＦｏｘｐ３の両方を発現することができる（Sefik E., et al., “Individual intestinal symbionts induce a distinct population of RORgamma(+) regulatory T cells,” Science 2015;349:993-997を参照されたい）。樹状細胞により産生されたＴＧＦ－βおよびレチノイン酸がナイーブＴ細胞をＴ_ｒｅｇに分化するように刺激することができること、および消化管内のナイーブＴ細胞が抗原刺激後にＴ_ｒｅｇに分化することは、研究により示されている。ＴＧＦ－βを添加することにより、培養でｉＴ_ｒｅｇを誘導することもできる。
Ｔ_ｒｅｇとは対照的に、Ｔエフェクター（Ｔ_ｅｆｆ）細胞は、一般に、異なるクラスの病原体に対処するように特殊化されている一連の膜結合および分泌タンパク質の発現または放出によって抗原特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）活性化時に炎症誘発性応答を刺激する。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、Ｔ_Ｈ１細胞、およびＴ_Ｈ２細胞という、Ｔ_ｅｆｆ細胞の３つのクラスがある。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、細胞表面のＭＨＣ－Ｉ分子のコンテキストで提示される細胞内病原体（例えば、ウイルス）のペプチド断片を呈示する標的細胞を認識し、死滅させる。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、感染した標的細胞の膜と融合する溶解性顆粒の中にあらかじめ形成された細胞毒素を蓄えている。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、Ｆａｓ発現標的細胞においてアポトーシスを誘導するＦａｓリガンドを、さらに発現する。Ｔ_Ｈ１およびＴ_Ｈ２細胞は両方とも、ＣＤ４を発現し、細胞内小胞の中で分解されてＭＨＣ－ＩＩ分子のコンテキストで細胞表面に提示されるペプチド断片を認識する。Ｔ_Ｈ１細胞は、マクロファージおよびＢ細胞をはじめとするいくつかの他の免疫細胞を活性化することができ、それによって、細胞内微生物のより効率的な破壊およびクリアランスを促進することができる。Ｔ_Ｈ２細胞は、Ｂ細胞の分化を刺激し、抗体の産生および液性免疫応答の他のエフェクター分子の産生を促進する。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0008】

【非特許文献1】Scharschmidt T.C. et al., Immunity 2015, November 17; 43(5): 1011-1021

【非特許文献2】Naik S. et al., Nature 2015, 520:104-108

【非特許文献3】Sefik E., et al., “Individual intestinal symbionts induce a distinct population of RORgamma(+) regulatory T cells,” Science 2015;349:993-997

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0009】

発明の概要
本開示は、特定抗原に対する免疫応答を促進するための非天然タンパク質またはペプチドを発現する組換え細菌の組成物およびその使用方法に関する。

【0010】

生きている組換え共生細菌を含む組成物であって、細菌が、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、またはソルターゼ由来シグナル配列ペプチドとを含む融合タンパク質を発現するように操作されており、非天然タンパク質またはペプチドが、宿主疾患または状態と関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始し、その適応免疫応答がＴ細胞応答である、組成物が、本明細書で提供される。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0011】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0012】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0013】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、ブチレート産生菌ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ菌２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ菌ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ菌ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0014】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0015】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0016】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0017】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0018】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0019】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0020】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0021】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、この場合のＶＨＨ抗体結合ドメインは、配列

【化1】

を含む。

【0022】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0023】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0024】

生きている組換え共生細菌を含む組成物であって、細菌が、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、組成物も、本明細書で提供される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主疾患または状態に関連しており、この場合、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主は、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始する。一部の態様では、この場合の適応免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0025】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0026】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0027】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0028】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0029】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0030】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0031】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0032】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0033】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0034】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0035】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0036】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0037】

生きている組換え共生細菌を含む組成物であって、細菌が、非天然タンパク質またはペプチドを含む融合タンパク質を発現するように操作されており、非天然タンパク質またはペプチドが、宿主疾患または状態に関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始し、共生細菌が、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ ＡＴＣＣ ８４８６からなる群から選択される、組成物も、本明細書で提供される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、適応免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0038】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0039】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0040】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0041】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0042】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0043】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0044】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0045】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0046】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0047】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0048】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、この場合のＶＨＨ抗体結合ドメインは、配列

【化2】

を含む。

【0049】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0050】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0051】

生きている組換え共生細菌を含む組成物であって、細菌が、（ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第１の非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第２の非天然タンパク質またはペプチドとを発現するように操作されている、組成物も、本明細書で提供される。一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、各々、共通抗原に由来する。一部の態様では、共通抗原に由来する、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、異なるアミノ酸配列を含む。一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、各々、異なる抗原に由来する。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0052】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0053】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0054】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0055】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0056】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0057】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0058】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0059】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0060】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0061】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0062】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、この場合のＶＨＨ抗体結合ドメインは、配列

【化3】

を含む。

【0063】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0064】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0065】

（ａ）第１の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、その第１の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第１の組換え共生細菌と、（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、その第２の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第２の組換え共生細菌とを含む組成物も、本明細書で提供される。一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、各々、共通抗原に由来する。一部の態様では、共通抗原に由来する、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、異なるアミノ酸配列を含む。一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、各々、異なる抗原に由来する。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0066】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0067】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0068】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0069】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0070】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0071】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0072】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0073】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0074】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0075】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0076】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、この場合のＶＨＨ抗体結合ドメインは、配列番号３３または配列番号３４の配列を含む。

【0077】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0078】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0079】

生きている組換え共生細菌を含む組成物であって、細菌が、非天然タンパク質またはペプチドを含む融合タンパク質を発現するように操作されており、非天然タンパク質またはペプチドが、感染に関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始する、組成物も、本明細書で提供される。一部の態様では、適応免疫応答は、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0080】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、宿主タンパク質またはペプチドである。

【0081】

一部の態様では、細菌は、グラム陰性細菌である。一部の態様では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される。

【0082】

一部の態様では、細菌は、グラム陽性細菌である。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される。一部の態様では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である。

【0083】

一部の態様では、細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される。一部の態様では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される。

【0084】

一部の態様では、この場合の投与は、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0085】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、感染に関連している。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、感染は、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ２ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される。

【0086】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、自己免疫障害に関連している。

【0087】

一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、増殖性障害に関連している。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する。

【0088】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。一部の態様では、この場合のネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される。

【0089】

一部の態様では、融合タンパク質は、シグナル配列ペプチドをさらに含む。一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、分泌を指向するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する。

【0090】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、この場合のＶＨＨ抗体結合ドメインは、配列番号３３または配列番号３４の配列を含む。

【0091】

一部の態様では、細菌は、タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている。一部の態様では、タンパク質またはペプチドは、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている。一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0092】

一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0093】

上記の生きている組換え共生細菌のいずれかを操作するために使用されるポリヌクレオチドを含む組成物も、本明細書で提供される。

【0094】

非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原を呈示する抗原提示細胞の生成を施行するための方法であって、対象に上記の組換え共生細菌のいずれかを投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、抗原提示細胞による細菌または非天然タンパク質もしくはペプチドの内在化、および抗原提示細胞による抗原の提示をもたらす、方法も、本明細書で提供される。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0095】

一部の態様では、投与は、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす。一部の態様では、この場合の天然免疫系パートナー細胞は、抗原提示細胞である。一部の態様では、抗原提示細胞は、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。一部の態様では、提示は、ＭＨＣ ＩＩ複合体内における提示である。一部の態様では、提示は、ＭＨＣ Ｉ複合体内における提示である。

【0096】

一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与される。一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0097】

一部の態様では、方法は、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第１の抗原ペプチドを発現するように操作された第１の組換え共生細菌を投与するステップであって、第１の抗原ペプチドが、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップ、および（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第２の抗原ペプチドを発現するように操作された第２の組換え共生細菌を投与するステップであって、第２の抗原ペプチドが、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップを含む。一部の態様では、第１の抗原ペプチドは、発現後に細菌からの第１の抗原ペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、第２の抗原ペプチド、発現後に細菌の細胞壁への第１の抗原ペプチドの共有結合を指向するシグナル配列ペプチド。

【0098】

対象においてＴ細胞応答を生成するための方法であって、上記の組換え共生細菌のいずれかを対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答である、方法も、本明細書で提供される。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0099】

一部の態様では、投与は、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、経路は、経腸経路である。

【0100】

一部の態様では、Ｔ細胞応答は、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答、またはＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答およびＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を含む。一部の態様では、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答は、Ｔ_Ｈ１応答、Ｔ_Ｈ２応答、Ｔ_Ｈ１７応答、またはこれらの組合せである。一部の態様では、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答は、Ｔ_Ｈ１応答である。一部の態様では、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答は、Ｔ_Ｈ２応答である。一部の態様では、Ｔ細胞応答は、Ｔ_ｒｅｇ応答を含む。

【0101】

一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与される。一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0102】

一部の態様では、方法は、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第１の抗原ペプチドを発現するように操作された第１の組換え共生細菌を投与するステップであって、第１の抗原ペプチドが、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップ、および（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第２の抗原ペプチドを発現するように操作された第２の組換え共生細菌を投与するステップであって、第２の抗原ペプチドが、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップを含む。一部の態様では、第１の抗原ペプチドは、発現後に細菌からの第１の抗原ペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、第２の抗原ペプチド、発現後に細菌の細胞壁への第１の抗原ペプチドの共有結合を指向するシグナル配列ペプチド。

【0103】

対象における疾患または状態を処置する方法であって、上記の組換え共生細菌のいずれかを対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答であり、そのＴ細胞応答によって対象における疾患または状態が処置される、方法も、本明細書で提供される。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも１８０日間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、３．５日～６０日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、コロニー形成は、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される。

【0104】

一部の態様では、疾患または状態は、感染、増殖性障害、または自己免疫障害である。一部の態様では、感染は、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される。一部の態様では、増殖性障害は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、子宮頸がん、肛門がんおよび上咽頭がんから選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫である。

【0105】

一部の態様では、投与は、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。一部の態様では、経路は、局所経路である。一部の態様では、細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである。

【0106】

一部の態様では、疾患は、がんである。一部の態様では、がんは、黒色腫である。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、メラノサイト特異的抗原および精巣がん抗原からなる群から選択され、必要に応じて、この場合のメラノサイト特異的抗原は、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択され、必要に応じて、この場合の精巣がん抗原は、ＮＹ－ＥＳＯおよびＭＡＧＥ－Ａからなる群から選択される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原を含み、この場合のネオ抗原は、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる。

【0107】

一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与される。一部の態様では、宿主は、哺乳動物である。一部の態様では、哺乳動物は、ヒトである。

【0108】

一部の態様では、方法は、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第１の抗原ペプチドを発現するように操作された第１の組換え共生細菌を投与するステップであって、第１の抗原ペプチドが、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップ、および（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第２の抗原ペプチドを発現するように操作された第２の組換え共生細菌を投与するステップであって、第２の抗原ペプチドが、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップを含む。一部の態様では、第１の抗原ペプチドは、発現後に細菌からの第１の抗原ペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含む。一部の態様では、第２の抗原ペプチド、発現後に細菌の細胞壁への第１の抗原ペプチドの共有結合を指向するシグナル配列ペプチド。

【0109】

一部の態様では、方法は、１つまたは複数の追加の薬剤を共投与するステップをさらに含む。一部の態様では、１つまたは複数の追加の薬剤は、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤を含む。

【0110】

一部の態様では、遠位の適応免疫応答が生成される。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、投与部位から遠位の適応免疫応答である。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、天然宿主ニッチから遠位の適応免疫応答である。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、投与部位および／または天然宿主ニッチの器官でない器官における免疫応答を含む。一部の態様では、投与部位および／または天然宿主ニッチは、皮膚を含む。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、抗腫瘍応答を含む。一部の態様では、抗腫瘍応答は、転移を標的とする。

【0111】

一部の態様では、融合タンパク質を発現するように操作された、生きている組換え共生細菌であって、融合タンパク質が、（ａ）非天然タンパク質またはペプチドと、（ｂ）（ｉ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、もしくはソルターゼ由来シグナル配列ペプチド、および／もしくは抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分、または（ｉｉ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、もしくはソルターゼ由来シグナル配列ペプチドとを含み、宿主への細菌の投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、および非天然タンパク質またはペプチドに対する宿主による適応免疫応答の生成をもたらす、生きている組換え共生細菌が、本明細書で提供される。

【0112】

一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドは、（ｉ）がん；（ｉｉ）自己免疫障害；および（ｉｉｉ）宿主の粘膜境界部で生じるまたは粘膜境界部に別様に関連している感染からなる群から選択される宿主疾患または状態に関連している。

【0113】

一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、（ｉ）細菌の細胞壁への発現された融合タンパク質の繋留を指向するか、または（ｉｉ）発現後に細胞からの融合タンパク質の分泌を指向する。

【0114】

一部の態様では、ｔａｔシグナル配列ペプチドは、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓのｆｅｐＢに由来する配列を含み、ｓｅｃシグナル配列ペプチドは、予測ｓｅｃ分泌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する配列を含み、またはソルターゼ由来シグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのプロテインＡに由来する１つもしくは複数の配列を含む。

【0115】

一部の態様では、シグナル配列ペプチドは、非天然タンパク質またはペプチドのＮ末端側に融合されており、融合タンパク質は、非天然タンパク質またはペプチドのＣ末端側に細胞壁貫通ペプチドドメインを含む。

【0116】

一部の態様では、ＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣＩＩ標的化部分を含む。

【0117】

一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。

【0118】

一部の態様では、適応免疫応答は、投与部位および／または天然宿主ニッチから遠位の適応免疫応答である。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、投与部位および／または天然宿主ニッチの器官でない器官における免疫応答を含み、必要に応じて、この場合の投与部位および／または天然宿主ニッチは、皮膚を含む。一部の態様では、遠位の適応免疫応答は、抗腫瘍応答を含み、必要に応じて、この場合の抗腫瘍応答は、転移を標的とする。

【0119】

一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１８０日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である。一部の態様では、持続的コロニー形成は、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、この場合、抗原は、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間、３．５日～６０日間、または７日～２８日間のコロニー形成である。

【0120】

一部の態様では、融合タンパク質は、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合された非天然タンパク質またはペプチドを含む。

【0121】

一部の態様では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている。

【0122】

一部の態様では、生きている組換え共生細菌は、（ｉ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ． ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ． ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ． Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ． ３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ． ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、およびＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓからなる群から選択されるグラム陽性細菌であり、必要に応じて、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７であるか；または（ｉｉ）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ Ｍｕｃｏｓａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＭｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓからなる群から選択されるグラム陰性細菌である。

【0123】

一部の態様では、対象における疾患または状態を処置する方法であって、異種抗原を発現するように操作された、生きている組換え共生細菌を、対象に投与するステップを含み、発現された異種抗原が、対象における疾患または状態を処置するための抗原特異的免疫応答を誘導する、方法が、本明細書で提供される。一部の態様では、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答によって対象の疾患または状態が処置される。一部の態様では、投与は、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である。

【0124】

一部の態様では、方法は、１つまたは複数の追加の薬剤を共投与するステップをさらに含み、必要に応じて、この場合の１つまたは複数の追加の薬剤は、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤を含む。

【0125】

一部の態様では、細菌は、（ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第１の非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第２の非天然タンパク質またはペプチドとを発現するように操作されており、この場合、宿主への細菌の投与は、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす。

【0126】

一部の態様では、（ａ）第１の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、その第１の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第１の生きている組換え共生細菌と、（ｂ）第２の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、その第２の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第２の生きている組換え共生細菌とを含む組成物であって、宿主への組成物の投与が、第１の生きている組換え共生細菌および第２の生きている組換え共生細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす、組成物も、本明細書で提供される。

【0127】

一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、各々、共通抗原または異なる抗原に由来し、必要に応じて、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドが、共通抗原に由来する場合に、第１の非天然タンパク質またはペプチド、および第２の非天然タンパク質またはペプチドは、異なるアミノ酸配列を含む。一部の態様では、第１の非天然タンパク質またはペプチドは、発現後に第１の生きている組換え共生細菌からの非天然タンパク質またはペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含み、および／または第２の非天然タンパク質またはペプチドは、発現後に第２の生きている組換え共生細菌の細胞壁への第２の非天然タンパク質またはペプチドの共有結合を指向する第２のシグナル配列ペプチドを含む。

【0128】

一部の態様では、宿主における疾患または状態を処置する方法であって、本発明の生きている組換え共生細菌または組成物を、宿主に投与するステップを含み、惹起されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答によって宿主における疾患または状態が処置される、方法が、本明細書で提供される。

【0129】

一部の態様では、（ａ）細胞表面繋留部分と非天然タンパク質またはペプチドとを含む融合タンパク質と、（ｂ）細菌と、（ｃ）細菌の細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への細胞表面繋留部分の共有結合を触媒でき、それによって細菌表面に融合タンパク質を呈示できるタンパク質またはそれをコードする遺伝子とを含む細菌表面ディスプレイシステムが、本明細書で提供される。

【0130】

一部の態様では、（ａ）細胞表面繋留部分と非天然タンパク質またはペプチドとを含む融合タンパク質と（ｂ）細菌とを含む細菌表面ディスプレイシステムであって、融合タンパク質が、細胞表面繋留部分によって細胞壁タンパク質または外膜タンパク質に共有結合されており、共有結合が、細菌の細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への細胞表面繋留部分の結合を触媒できるタンパク質により触媒された、細菌表面ディスプレイシステムが、本明細書で提供される。

【0131】

一部の態様では、細胞表面繋留部分は、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）モチーフを含み、共有結合を触媒できるタンパク質は、ＳｒｔＡタンパク質である。一部の態様では、ＳｒｔＡモチーフおよび／またはＳｒｔＡタンパク質は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来し、必要に応じて、この場合のＳｒｔＡモチーフは、アミノ酸配列ＬＰＸＴＧを含む。

【0132】

一部の態様では、融合タンパク質は、増殖性障害、自己免疫障害、および感染からなる群から選択される宿主疾患または状態に関連している抗原タンパク質またはペプチドを含む。

【0133】

一部の態様では、宿主への細菌の投与は、非天然タンパク質またはペプチドに対するＴ細胞応答を惹起する細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成をもたらす。

【0134】

一部の態様では、融合タンパク質は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、この場合のＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む。

【0135】

一部の態様では、細菌は、（ｉ）Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、およびＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓからなる群から選択されるグラム陽性細菌であり、必要に応じて、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７であるか；または（ｉｉ）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ Ｍｕｃｏｓａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、およびＭｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓからなる群から選択されるグラム陰性細菌である。

【0136】

一部の態様では、本発明の細菌表面ディスプレイシステムと賦形剤とを含む医薬組成物が、本明細書で提供される。一部の態様では、医薬組成物は、高複雑度の規定された微生物群落をさらに含む。

【0137】

一部の態様では、宿主における疾患または状態を処置する方法であって、本発明の細菌表面ディスプレイシステムまたは医薬組成物を宿主に投与するステップを含み、投与が、細菌による宿主における天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、抗原提示細胞による細菌または非天然タンパク質もしくはペプチドの内在化、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原の抗原提示細胞によるＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩ複合体内における提示、および抗原に対するＴ細胞応答の生成をもたらし、そのＴ細胞応答によって宿主における疾患または状態が処置される、方法が、本明細書で提供される。一部の態様では、天然宿主ニッチにおけるコロニー形成は、持続的または一時的である。一部の態様では、天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、この場合のコロニー形成は、１日～６０日間、３．５日～６０日間、または７日～２８日間のコロニー形成である。一部の態様では、天然宿主ニッチは、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される。

【0138】

一部の態様では、宿主は、対象である。一部の態様では、対象は、ヒトである。

【図面の簡単な説明】

【0139】

【図1】図１は、本開示の組換え細菌株により発現される外因性抗原に対する調節性Ｔ細胞応答を生成するための例示的な方法を示す図である。

【0140】

【図2】図２は、オボアルブミン（ＯＶＡ）ペプチドを発現するように操作されたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎによるＯＶＡ抗原ペプチドの発現を実証するウエスタンブロット解析の画像である。

【0141】

【図3】図３Ａおよび図３Ｂは、ＤＣおよびＯＶＡ＋Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（図３Ｂ）またはＷＴ Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（陰性対照；図３Ａ）で刺激した、４時間、Ｂ１６－ＦＬＴ３Ｌと共培養した、ＯＴＩＩトランスジェニックマウスの脾臓からのＯＶＡ特異的Ｔ細胞における、Ｎｕｒ７７発現のフローサイトメトリー分析を示すドットプロットである。

【0142】

【図4】図４Ａ、図４Ｂ、および図４Ｃは、Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（図４Ａ）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ（図４Ｂ）、およびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ（図４Ｃ）によるミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）融合構築物の発現を実証するウエスタンブロット解析の画像である。

【0143】

【図5】図５Ａおよび図５Ｂは、抗原提示細胞（ＡＰＣ；脾臓樹状細胞）、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）特異的Ｔ細胞、および生きているもしくはオートクレーブ処理された野生型Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、または異なるＭＯＧ３５－５５ペプチド構築物を発現するように操作された様々な組換えＢ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ株を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養物における、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化（それぞれ、ＣＤ４＋Ｔ細胞の％ＣＤ６９＋、およびＣＤ４＋Ｔ細胞の％ＣＴＶ－ＣＤ４４＋）のフローサイトメトリーデータを示す棒グラフである。

【0144】

【図6】図６は、野生型ＭＯＧを発現するＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓおよびＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物（ＢＶＦ＿ＷＴ）またはＭＯＧ融合構築物を発現するＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓおよびＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物（ＢＶＦ＿ＭＯＧ）をＥＡＥの誘導（０日目）の２週間前に投与したノトバイオートマウスの実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）スコアを示すグラフである。

【0145】

【図7】図７Ａ、図７Ｂおよび図７Ｃは、野生型Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓおよびＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物（ＢＶＦ＿ＷＴ）またはＭＯＧ３５－５５融合構築物を発現するように操作された組換えＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓおよびＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物（ＢＶＦ＿ＭＯＧ）をＥＡＥの誘導（０日目）の２週間前に投与したマウスにおける、７日目のＣＤ４＋Ｔ細胞集団のフローサイトメトリーデータ（ＣＤ４＋Ｔ細胞の％Ｆｏｘｐ３＋Ｈｅｌｉｏｓ－（図７Ａ）、ＣＤ４＋Ｔ細胞の％ＩＬ１７＋（図７Ｂ）、およびＣＤ４＋Ｔ細胞の％ＩＦＮγ＋（図７Ｃ））を示す棒グラフである。

【0146】

【図8】図８Ａおよび図８Ｂは、ＡＰＣ、ＯＴ－ＩまたはＯＴ－ＩＩトランスジェニックマウスから単離されたオボアルブミン（ＯＶＡ）特異的Ｔ細胞、および異なるＯＶＡペプチド構築物を発現するように操作された様々な組換えＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養物における、Ｔ細胞活性化の指標としてのＣＤ８＋Ｔ細胞の％Ｎｕｒ７７＋（図８Ａ）およびＣＤ４＋Ｔ細胞の％Ｎｕｒ７７＋（図８Ｂ）のフローサイトメトリーデータを示す棒グラフである。ＰＢＳ＝リン酸緩衝食塩水（陰性対照）；ＰＭＡ／Ｉｏｎｏ＝酢酸ミリスチン酸ホルボール／イオノマイシン（陽性対照）。

【0147】

【図9】図９は、ＡＰＣ、８ｒｅｓｔトランスジェニックマウスから単離されたＰＭＥＬ抗原特異的Ｔ細胞、および異なるＰＭＥＬ抗原構築物を発現するように操作された組換えＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株を含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養物における、Ｔ細胞活性化の指標としてのＣＤ８＋Ｔ細胞の％Ｎｕｒ７７＋のフローサイトメトリーデータを示す棒グラフである。ＰＢＳ＝リン酸緩衝食塩水（陰性対照）；ＰＭＡ／Ｉｏｎｏ＝酢酸ミリスチン酸ホルボール／イオノマイシン（陽性対照）。

【0148】

【図10】図１０Ａは、ＯＶＡ＋／－ルシフェラーゼを発現するように操作された組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを、黒色腫細胞の皮下または腹腔内注射の２週間前（「腫瘍前」）または１週間後（「腫瘍後」）のどちらかに局所的に付着させたマウスにおける、ＯＶＡ＋Ｂ１６Ｆ０黒色腫腫瘍重量を示すグラフである。図１０Ｂは、野生型Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ ｅｐｉ対照）、またはＯＶＡを発現するように操作された組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ ｅｐｉ ＯＶＡ）を、ＯＶＡ＋Ｂ１６Ｆ０黒色腫腫瘍の腹腔内注射の１日～３日後に局所的に付着させたマウスにおける、ＯＶＡ＋Ｂ１６Ｆ０黒色腫腫瘍の腫瘍放射輝度を経時的に示すグラフである。図１０Ｃは、野生型Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ ｅｐｉ対照）、またはＯＶＡを発現するように操作された組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ ｅｐｉ ＯＶＡ）の局所的付着の１３日後の図１０Ｂのマウスにおける腫瘍放射輝度を示すグラフである。

【0149】

【図11-1】図１１Ａ、図１１Ｂ、図１１Ｃおよび図１１Ｄは、細菌において発現されるように操作された抗原融合構築物を示す図およびデータである。図１１Ａおよび図１１Ｂは、細菌への形質導入後に発現される抗原の局在を制御する、ｔａｔ発現系およびソルターゼ発現系の略図をそれぞれ示す。図１１Ｃは、細胞質、細胞壁、または分泌に方向付けられた局在を伴う、ＯＶＡ抗原またはペプチド断片ＯＴ１、ＯＴ２もしくはＯＴ３ｐｅｐ（ＯＶＡ３ｐｅｐ）の発現のための、様々な構築物の略図を示す。図１１Ｄは、Ｓ．ｅｐｉ－ｓＯＶＡ（分泌ＯＶＡ）またはＳ．ｅｐｉ－ｃＯＶＡ（細胞質内ＯＶＡ）の細胞ペレットまたは一晩液体培養上清から抽出されたタンパク質のウエスタンブロット解析を示す。

【図11-2】同上。

【図11-3】同上。

【0150】

【図12】図１２Ａおよび図１２Ｂは、ｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養実験における、Ｔ細胞の活性化のマーカーであるＮｕｒ７７発現の、フローサイトメトリー分析を示すグラフである。図１２Ａは、脾臓樹状細胞、およびＯＶＡ融合タンパク質もしくはペプチドを発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、または対照ペプチドを発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの存在下で培養した、ＯＴ－Ｉ刺激抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の％Ｎｕｒ７７＋細胞を示すグラフである。図１２Ｂは、脾臓樹状細胞、およびＯＶＡ融合タンパク質もしくはペプチドを発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、または対照ペプチドを発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの存在下で培養した、ＯＴ－ＩＩ刺激抗原特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞の％Ｎｕｒ７７＋細胞を示すグラフである。

【0151】

【図13】図１３Ａは、ＯＶＡ抗原または対照を発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを、ＯＶＡ陽性Ｂ１６Ｆ１０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、接種したマウスにおいて、２１～２３日腫瘍を成長させた後の腫瘍体積を示す棒グラフであり、図１３Ｂは、その腫瘍重量を示す棒グラフである。

【0152】

【図14-1】図１４Ａは、分泌ＯＶＡ（ｓＯＶＡｔａｔ）、壁結合ＯＴ１（ｗＯＶＡｐｅｐ）、生きている細菌における両方の抗原構築物（ＯＶＡ）、または熱殺菌された細菌における両方の抗原構築物（ＨＫ ＯＶＡ）を発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを、ＯＶＡ陽性Ｂ１６Ｆ１０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、接種したマウスにおける、腫瘍重量を示す棒グラフである。両方の生きている細菌株を接種したマウスのある特定の群を、抗ＣＤ８抗体（ＯＶＡ＋ａＣＤ８）または抗Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）抗体（ＯＶＡ＋ａＴＣＲｂ）でさらに処置した。

【図14-2】図１４Ｂおよび図１４Ｃは、ＯＶＡを発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡ）を局所的に付着させ、Ｂ１６－Ｆ０－ＯＶＡ腫瘍を皮下注射したマウスにおける、脾臓ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞の数をそれぞれ示すグラフである。対照群は、抗ＣＤ８中和抗体（Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡ＋抗ＣＤ８）、または抗ＴＣＲβ中和抗体（Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡ＋抗ＴＣＲｂ）でさらに処置した。

【0153】

【図15-1】図１５Ａ、図１５Ｂ、図１５Ｃ、図１５Ｄ、図１５Ｅ、図１５Ｆ、図１５Ｇおよび図１５Ｈは、ＯＶＡ抗原の組合せを発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ．ｅｐｉ／ＯＶＡコンボ）または対照抗原（Ｓ．ｅｐｉ対照）を、ＯＶＡ陽性Ｂ１６－Ｆ０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、接種したマウスの、流入領域リンパ節におけるＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセンテージを示す棒グラフである。図１５Ａ、図１５Ｂ、および図１５Ｃは、ＣＤ８＋Ｔ細胞（図１５Ａ）、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図１５Ｂ）、および四量体＋ＣＤ８＋Ｔ細胞（図１５Ｃ）の総パーセンテージについてのフローサイトメトリー分析を示すグラフである。図１５Ｄおよび図１５Ｅは、ＣＤ４＋Ｔ細胞（図１５Ｄ）およびＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（図１５Ｅ）の総パーセンテージについてのフローサイトメトリー分析を示すグラフである。図１５Ｆは、ＯＶＡの異なるバージョン（野生型ＯＶＡ（ＯＶＡ）；壁貫通ＯＶＡ（ｗＯＶＡ）；壁貫通ＯＶＡ断片ＯＴ１および分泌ＯＶＡ断片ＯＴ２（ｗＯＴ１＋ｓＯＴ２）；または壁貫通ＯＶＡ断片ＯＴ２および分泌ＯＶＡ断片ＯＴ１（ｗＯＴ２＋ｓＯＴ１））を発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓのコロニーを形成させたマウスからの２１～２２日目の皮下Ｂ１６－Ｆ０－ＯＶＡ腫瘍重量を示すグラフである。図１５Ｇおよび図１５Ｈは、Ｂ１６－Ｆ０ ＯＶＡ腫瘍細胞を皮下異種移植し、野生型ＯＶＡ、壁貫通ＯＶＡ断片ＯＴ１（ｗＯＴ１）もしくは壁貫通ＯＶＡ断片ＯＴ２（ｗＯＴ２）を発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓのコロニーを形成させたマウスからの腫瘍流入領域鼠径部リンパ節における、ＩＦＮγ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＩＦＮγ＋ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージについてのフローサイトメトリー分析をそれぞれ示すグラフである。

【図15-2】同上。

【0154】

【図16】図１６Ａ、図１６Ｂ、図１６Ｃおよび図１６Ｄは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化のための戦略を示す図である。図１６Ａは、ＡＰＣ標的化部分に結合された抗原を使用するＴ細胞活性化を示す図である。図１６Ｂ、図１６Ｃおよび図１６Ｄは、抗原に効果的に結合することができる、従来の抗体（図１６Ｂ）、重鎖のみの抗体（図１６Ｃ）、およびナノボディ／可変重鎖ホモ二量体（ＶＨＨ）断片（図１６Ｄ）を含む、機能的抗原断片を示す図である。

【0155】

【図17】図１７Ａおよび図１７Ｂは、Ｔ細胞応答を誘導するために組換え細菌においてインフルエンザＡウイルス（ＩＡＶ）抗原を提示するように設計された融合タンパク質の模式図である。図１７Ａは、ＩＡＶ核タンパク質ペプチド断片ＮＰ_{３６６－３７４}に対するＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導するように設計された２つの構築物についての設計を示し、下の構築物は、ＡＰＣ上のＣＤ１１ｂを標的とするＶＨＨ断片を含有する。図１７Ｂは、ＩＡＶ ＮＰ_{３６６－３７４}またはＩＡＶノイラミニダーゼ断片ＮＡ_{１７７－１９３}のどちらかに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘導するための４つの構築物についての設計を示し、下の２つの構築物は、ＡＰＣ上のＭＨＣ－ＩＩを標的とするＶＨＨ断片を含有する。

【0156】

【図18】図１８Ａおよび図１８Ｂは、オボアルブミン構築物の組合せ（ＯＶＡコンボ）を発現するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを接種したマウスにおける、接種後それぞれ３週間および５週間の時点での、血清抗ＯＶＡ免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）を示すグラフである。

【0157】

【図19】図１９は、Ｂ細胞応答を誘導するために組換え細菌において３つのＩＡＶ抗原（（Ｍ２ｅ）_４、ＨＡ２_{７６－１３０}、またはＨＡ２_{１２－６３}）のうちの１つを提示するように設計された６つの構築物を示す模式図であり、下の３つの構築物は、ＡＰＣ上のＭＨＣ－ＩＩを標的とするＶＨＨ断片を含有する。

【0158】

【図20】図２０は、マウスにおいて組換え共生細菌を使用してＩＡＶに対する免疫化を試験するための実験ワークフローの説明図である。ＩＡＶ抗原を発現するように操作された組換え共生細菌をマウスに接種し、ＩＡＶに感染させ、次いで、感染、生存率、および感染の症状について分析した。

【0159】

【図21-1】図２１Ａは、転移性黒色腫に対する免疫化を試験するための実験ワークフローの説明図である。腫瘍注射の７日前に開始して、マウスに、ＯＶＡ抗原を発現するように操作された、生きているＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株のコロニーを局所的に形成させた。０日目に、Ｂ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ黒色腫細胞（ルシフェラーゼを構成的に発現する）を、成長中の培養物から新たに調製し、尾静脈に静脈内注射した。生きているマウスにおける腫瘍負荷量を、腹腔内ルシフェリン注射、続いてのＩＶＩＳ Ｌｕｍｉｎａ Ｉｍａｇｅｒでの生体発光イメージングにより、１～２回／週、モニターした。マウスを２２日目に屠殺した。図２１Ｂは、ネオ抗原発現構築物、およびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ内でのそれらの予測細胞内局在の模式図である。壁結合および分泌足場は、ｗＯＴ１およびｓＯＴ１のものと同一である。ネオ抗原コード配列は、壁結合構築物（ｗＢ１６Ａｇ）についてはＯｂｓｌ１（Ｔ１７６４Ｍ）を中心とする、または分泌構築物（ｓＢ１６Ａｇ）についてはＩｎｔｓ１１（Ｄ３１４Ｎ）を中心とする、２７－ａａペプチドをコードする。図２１Ｃは、図２１Ａに従って処置したマウスにおける腫瘍放射輝度／生体発光を定量化する折れ線グラフであり、ドットは、腫瘍注射後の各時点における平均測定値を示す。図２１Ｄは、図２１Ａに従って処置したマウスにおける腫瘍注射後１５日目の腫瘍放射輝度／生体発光を定量化する棒グラフであり、各ドットは、個々のマウス各々についての測定値を表す。図２１Ｅは、操作された共生細菌により誘導される抗腫瘍応答のモデルを示す図である。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの抗原発現株は、皮膚にコロニーを形成し、抗原提示細胞を、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激するように誘導し、その結果、これらの細胞が腫瘍に輸送されて腫瘍成長を制限する。

【図21-2】同上。

【図21-3】同上。

【0160】

【図22】図２２は、野生型Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ．ｅｐｉ－対照）、野生型オボアルブミンを発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡ）、またはネオ抗原を発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ（Ｓ．ｅｐｉ－ｎｅｏＡｇ）を、静脈内腫瘍注射後４日目（左側のパネル）または１５日目（右側のパネル）に局所的に付着させたマウスにおける、転移性腫瘍の生体発光についての一連の代表画像である。

【0161】

【図23】図２３Ａ、図２３Ｂおよび図２３Ｃは、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用して細菌上に融合タンパク質を固定する細菌表面ディスプレイシステムを示す図である。図２３Ａは、扱いやすい共生生物における抗原の異種発現、および扱いにくい生物におけるＳｒｔＡを利用する表面ディスプレイシステムを示す図である。図２３Ｂは、ＳｒｔＡが非天然タンパク質を細胞壁（例えば、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）上に固定するメカニズムを示す図である。図２３Ｃは、発現されるとＳｒｔＡ表面ディスプレイシステムを使用して細菌細胞壁に固定され得る、様々な構築物の設計を示す図である。

【0162】

【図24-1】図２４Ａ、図２４Ｂ、図２４Ｃおよび図２４Ｄは、操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株の定着腫瘍に対する有効性を示す。図２４Ａは、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐの局所的付着による皮下Ｂ１６－Ｆ０－ＯＶＡ黒色腫の処置を示す。左側のグラフは、盲検化ノギス測定値（ｎ＝１０／群、両側性腫瘍）を示す。右側のグラフは、同じ実験からの２１日目の腫瘍重量を示す。図２４Ｂは、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐの局所的付着による転移性Ｂ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ黒色腫の処置を示す。左側のグラフは、生体発光イメージングにより定量化したときの腫瘍負荷量を示す。右側のグラフは、２０日目の脾臓におけるＯＴ－Ｉ特異的Ｔ細胞の頻度をＨ２－Ｋｂ－ＳＩＩＮＦＥＫＬ四量体染色により示す。細胞を、生きているＣＤ９０．２＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８β＋細胞にゲーティングした。図２４Ｃは、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐを事前に付着させた後の免疫チェックポイント遮断による皮下Ｂ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ黒色腫の処置を示す。左側のグラフは、盲検化ノギス測定値（マウスｎ＝８、両側性腫瘍）を示す。上の右側のグラフは、この実験からの生存曲線を示す。下の右側のグラフは、片側性腫瘍を最初に注射し、その腫瘍を再投与し（反対側の側腹部）、いずれの追加の処置も施さなかった、１４／１６匹のレスポンダーを示す。グラフは、再投与した左側腹部の腫瘍のノギス測定値を描示する。図２４Ｄは、免疫チェックポイント遮断および局所的Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐによる、定着Ｂ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ黒色腫の処置を示す。盲検化ノギス測定値（マウスｎ＝１６、両側性腫瘍、２回の実験結果をプールした）。図２４Ａ、図２４Ｂ、図２４Ｃおよび図２４Ｄにおける棒グラフについて：マン－ホイットニーＵ検定を使用してＰ値を生成した。図２４Ａ、図２４Ｂ、図２４Ｃおよび図２４Ｄにおける腫瘍成長経時変化について：二元配置ＡＮＯＶＡと多重比較検定を使用した。

【図24-2】同上。

【発明を実施するための形態】

【0163】

詳細な説明
１．定義
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての専門および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されている意味を有する。

【0164】

用語「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」は、本明細書で使用される場合、文脈が適切である場合を除いて、「１つまたは複数」を意味し、複数形の語を含む。

【0165】

本明細書で使用される場合、用語「共生（の）」は、２つまたはそれより多くの生物間の関係を意味する。ある特定の実施形態では、共生（の）は、一方が一般に何らかの利益を得るがもう一方が一般に無傷である、異なる種の２つまたはそれより多くの生物間の関係を指す。ある特定の実施形態では、共生（の）は、一方の生物がもう一方の生物から利益を得る、異なる種の２つまたはそれより多くの生物間の関係を指す。ある特定の実施形態では、共生（の）は、第１の生物が第２の生物から利益を得、第２の生物が無傷である、異なる種の２つまたはそれより多くの生物間の関係を指す。ある特定の実施形態では、共生（の）は、２つまたはそれより多くの生物間の相利共生的関係を指す。ある特定の実施形態では、共生（の）は、第１の生物が第２の生物から利益を得、第２の生物が無傷である、２つまたはそれより多くの生物間の相利共生的関係を指す。ある特定の実施形態では、共生微小生物は、宿主腸内マイクロバイオーム、宿主皮膚マイクロバイオーム、宿主粘膜マイクロバイオーム、または他の宿主ニッチマイクロバイオームの非病原性メンバーとして通常は存在するものであり得る。

【0166】

本明細書で使用される場合、用語「細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）」は、単数形と複数形、例えば細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（単数の細菌細胞）と細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（複数）、の両方、ならびにその遺伝子改変された（組換え）細菌細胞、細菌および細菌株を含む。

【0167】

本明細書で使用される場合、用語「共生細菌」および「共生微小生物」は、本明細書では同義で使用され、動物宿主または動物細胞と共生している細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（単数もしくは複数）、細菌細胞または細菌株を指す。ある特定の実施形態では、共生細菌は、脊椎動物宿主または脊椎動物細胞と共生している細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（単数もしくは複数）、細菌細胞または細菌株を指す。ある特定の実施形態では、共生細菌は、哺乳動物宿主または哺乳動物細胞と共生している細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（単数もしくは複数）、細菌細胞または細菌株を指す。ある特定の実施形態では、共生細菌は、ヒト宿主と共生している細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（単数もしくは複数）、細菌細胞または細菌株を指す。ある特定の実施形態では、共生細菌は、ヒト細胞と共生している細菌（ｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）（単数もしくは複数）、細菌細胞または細菌株を指す。ある特定の実施形態では、共生細菌は、宿主の免疫系に作用する。ある特定の実施形態では、当業者によって理解されているように、大部分の共生細菌は、典型的に相利共生的であるが、共生株は、病原性になることがあり、またはある特定の条件下で病変、例えば、宿主免疫不全、微生物性腸内毒素症もしくは腸管バリア障害を引き起こすことがある。ある特定の実施形態では、例えば、共生細菌は、宿主腸内マイクロバイオーム、宿主皮膚マイクロバイオーム、宿主粘膜マイクロバイオーム、または他の宿主ニッチマイクロバイオームの非病原性メンバーとして存在する。

【0168】

本明細書で使用される場合、用語「コロニー形成」、「コロニーを形成した」、または「コロニーを形成する」は、宿主のニッチにおける微小生物、例えば生きている組換え共生細菌、の占有を指す。ある特定の実施形態では、コロニー形成は、持続的であることがあり、例えば、６０日を超えて続くことがあり、または一時的であることがあり、例えば、１～６０日の間、続くことがある。

【0169】

本明細書で使用される場合、用語「異種（の）」または「非天然」は、細胞または生物によって通常はまたは天然に産生も発現もされない分子（例えば、ペプチドまたはタンパク質）を指す。

【0170】

用語「抗原」は、免疫応答を惹起できる分子（例えば、ペプチドもしくはタンパク質）またはその免疫学的に活性な断片を指す。ペプチド抗原は、典型的に、ＡＰＣにより免疫細胞、例えばＴリンパ球（Ｔ細胞とも呼ばれる）に提示される。

【0171】

用語「異種抗原」は、またはタンパク質もしくはペプチドに関して「非天然抗原」は、細胞または生物により通常は発現されないペプチド、タンパク質または抗原を指す。ある特定の実施形態では、用語は、Ｔ細胞受容体に結合し、免疫応答を誘導する、抗原またはそれらの断片を含む。ある特定の実施形態では、例えば、タンパク質またはペプチド抗原は、ＡＰＣにより消化されて短いペプチドになり、これらのペプチドが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＭＨＣ－ＩＩ分子のコンテキストでＡＰＣの細部表面に発現される。ある特定の実施形態では、抗原という用語は、ＡＰＣにより提示され、Ｔ細胞受容体により認識されるペプチドを含む。ある特定の実施形態では、異種抗原または非天然抗原は、宿主由来抗原であることもあり、または非宿主由来抗原であることもある。

【0172】

用語「融合ペプチド」および「融合タンパク質」は、本明細書では同義で使用され、配列に同じアミノ酸鎖で表される２つまたはそれより多くのタンパク質またはペプチドを含む組換えタンパク質を指す。ある特定の実施形態では、２つまたはそれより多くのタンパク質またはペプチド核酸コード配列は、ベクターまたは発現プラスミドの単一のオープンリーディングフレームにおいて連続的に発現され得る。したがって、ある特定の実施形態では、結果として生じるペプチドまたはタンパク質は、目的の２つまたはそれより多くのタンパク質がＮまたはＣ末端での末端間融合によって接続されている、単一のアミノ酸鎖を含む。

【0173】

宿主における微生物ニッチに関して、用語「天然」は、共生微生物または宿主免疫細胞が通常の非病原性条件下で天然に存在する、宿主内または宿主上の環境を指す。

【0174】

微生物、例えば細菌、により発現されるタンパク質に関して、用語「天然」は、自然界の野生型微生物に通常発現され、存在する、タンパク質またはその一部分を指す。

【0175】

用語「有効量」、または「治療有効量」は、処置を必要とする対象に投与されたときに医学的状態または疾患の１つもしくは複数の症状を予防、軽減または消失させるのに十分な組成物の量を指す。

【0176】

本明細書で使用される場合、用語「作動可能に連結された」は、コード領域配列の転写が、連結された調節配列によって正または負に調節される、１つまたは複数の核酸配列間の、例えば、調節またはプロモーター配列とコード領域配列との間の、機能的連結を指す。

【0177】

本明細書で使用される場合、「抗原特異的」は、所与の抗原に特異的である、宿主において生成される免疫応答を指す。この用語は、目的の抗原に高い親和性で結合できる抗体により認識される抗原に対する応答、およびＭＨＣ分子と目的の抗原の分解産物である短いペプチドとを含む複合体を認識し、それに結合する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）による抗原に対する応答を含む。ある特定の実施形態では、細菌抗原は、典型的にプロセシングされてペプチドになり、これらのペプチドがＡＰＣの表面のＭＨＣ－ＩＩ分子に結合し、それらがＴ細胞のＴＣＲによって認識される。

【0178】

本明細書で使用される場合、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」は、Ｔ細胞などのリンパ球による認識のために抗原をプロセシングし提示することにより対象における細胞免疫応答を媒介する免疫細胞を指す。ＡＰＣは、それらの表面にＭＨＣと複合体化された抗原を呈示し、これは、多くの場合、「抗原提示」と呼ばれる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、抗原をヘルパーＴ細胞（ＣＤ４＋Ｔ細胞）に提示することができ、プロフェッショナルＡＰＣと呼ばれ得る。プロフェッショナルＡＰＣの例としては、樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞およびＢ細胞が挙げられる。

【0179】

用語「調節性Ｔ細胞」または「Ｔ_ｒｅｇ」は、免疫系をモジュレートし、自己抗原に対する寛容を維持し、自己免疫疾患を防止する、Ｔ細胞の亜集団を指す。Ｔ_ｒｅｇは、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞の活性化、増殖およびサイトカイン産生を抑制し、Ｂ細胞および樹状細胞も抑制する。２つの型のＴ_ｒｅｇ細胞がある。「天然」Ｔ_ｒｅｇは、胸腺において産生され、その一方で胸腺以外の（末梢の）ナイーブＴ細胞から分化されるＴ_ｒｅｇは、「適応」Ｔ_ｒｅｇと呼ばれる。ある特定の実施形態では、自然Ｔ_ｒｅｇは、ＣＤ４ Ｔ細胞受容体およびＣＤ２５（ＩＬ－２受容体の成分）、ならびに転写因子ＦＯＸＰ３を発現する。ある特定の実施形態では、Ｔ_ｒｅｇは、免疫応答を抑制する分子、例えば、ＴＧＦ－ベータ、ＩＬ－１０およびアデノシンも、産生することができる。ある特定の実施形態では、適応Ｔ_ｒｅｇは、ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ、Ｆｏｘｐ３、およびＣＤ２５を発現する（“Human CD4+ CD25hi Foxp3+ regulatory T cells are derived by rapid turnover of memory populations in vivo,” Vukmanovic-Stejic M, et al., J Clin Invest. 2006 Sep;116(9):2423-33を参照されたい）。

【0180】

本明細書で使用される場合、用語「Ｔエフェクター」、「エフェクターＴ」、または「Ｔ_ｅｆｆ」は、細胞活性化時に、炎症誘発性免疫応答を惹起するように免疫系をモジュレートする膜および分泌タンパク質の産生により媒介されてエフェクター機能を発揮する、Ｔ細胞の亜集団を指す。ある特定の実施形態では、Ｔ_ｅｆｆ細胞は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞であるＴ_Ｈ１細胞、Ｔ_Ｈ２細胞およびＴ_Ｈ１７細胞を含む。

【0181】

本明細書で使用される場合、用語「操作された」、「組換え（の）」、および「改変された」は、同義で使用され、自然界に現存しない生物、微生物、細胞または細菌を指す。ある特定の実施形態では、操作された細菌は、操作された共生細菌（本明細書では「操作された共生体（単数）」または「操作された共生体（複数）」とも呼ばれる）である。

【0182】

本明細書で使用される場合、「自己免疫疾患」は、身体の内在性器官、組織および／または細胞を攻撃する免疫系に関連しているまたはそれによって引き起こされる疾患または病的状態を指す。

【0183】

本明細書で使用される場合、「自己免疫抗原」は、内在性器官、組織または細胞に対する免疫応答を誘発する、内在性器官、組織または細胞により発現される抗原を指す。

【0184】

本明細書で使用される場合、「動物」は、動物または動物細胞を指す。ある特定の実施形態では、動物は、哺乳動物（例えば、ネズミ科動物、サル、ウマ科動物、ウシ亜科動物、ブタ、イヌ科動物、ネコ科動物など）である。ある特定の実施形態では、動物は、ヒトである。ある特定の実施形態では、動物は、組換え共生微小生物で処置されることになるまたは処置された生物である。ある特定の実施形態では、共生微小生物は、操作された細菌または表面標識細菌である。

【0185】

本明細書で使用される場合、「宿主」は、共生微生物がその内部または上にコロニーを形成する非微生物系生物を指す。ある特定の実施形態では、「宿主」は、共生細菌がその内部または上にコロニーを形成する非微生物系生物を指す。ある特定の実施形態では、宿主は、動物である。ある特定の実施形態では、宿主は、哺乳動物である。ある特定の実施形態では、宿主は、ヒトである。

【0186】

本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、同義で使用され、ヒト、飼育動物および家畜、ならびに動物園、競技用またはペット動物、例えば、イヌ、ウマ、ネコ、雌ウシなどを含む、哺乳動物として分類される任意の動物を指す。ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、改変された微生物が投与される生物を指す。ある特定の実施形態では、投与される改変された微生物は、本発明の生きている組換え共生細菌である。ある特定の実施形態では、対象は、自己免疫または増殖性疾患、障害または状態を有する。

【0187】

本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される担体」は、標準的な医薬担体のいずれか、例えば、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）溶液、水、エマルジョン（例えば、油／水型または水／油型エマルジョンなど）、および様々なタイプの湿潤剤を指す。組成物は、安定剤および保存薬も含み得る。担体、安定剤、およびアジュバントの例については、例えば、Martin, Remington’s Pharmaceutical Sciences, 15th Ed. Mack Publ. Co., Easton, PA [1975]を参照されたい。

【0188】

本明細書で使用される場合、「医薬製剤」および「医薬組成物」は、同義で使用され、その中に含有されている活性成分の生物活性が有効であることを可能にするような形態であり、かつ製剤が投与されることになる対象にとって許容できないほど毒性である追加の成分を含有しない調製物を指す。

【0189】

本明細書で使用される場合、「一部の実施形態」、「ある特定の実施形態」、および「別の態様」は、同義で使用され、異なる意味および／または範囲を有さない。

【0190】

２．操作された微生物
異種（例えば、非天然）抗原を発現するように操作された改変された微生物、および対象において異種（例えば、非天然）抗原に対する免疫応答を誘導する方法が、本明細書に記載される。一部の実施形態では、改変された微生物は、ヒトにコロニーを形成するまたは共生している、生きている微生物、例えば、細菌、古細菌または真菌を含む。一部の実施形態では、生きている改変された微生物は、異種抗原を発現するように操作された、生きている操作された細菌（単数）、生きている操作された細菌（複数）または生きている操作された細菌株である。一態様では、操作された細菌は、対象において抗原特異的免疫応答を誘導できる非天然タンパク質またはペプチド（例えば、抗原）を発現する共生細菌である。共生細菌に対する自然および適応免疫応答とは異なり、本開示は、非天然タンパク質またはペプチド（例えば、抗原）、例えば哺乳動物抗原、を発現する操作された細菌株を提供する。一部の実施形態では、非天然抗原は、共生細菌に非天然だが宿主に天然であるタンパク質またはペプチドである。一部の実施形態では、非天然抗原は、共生細菌と宿主の両方に非天然であるタンパク質またはペプチドである。改変された細菌は、宿主に共生している細菌に由来するため、対象に投与されたとき病原性であると予想されない。

【0191】

一部の実施形態では、操作された微生物、または操作された微生物を含む医薬組成物は、天然宿主ニッチに投与される。例えば、宿主腸ニッチに天然な共生細菌に由来する、生きている組換え共生細菌が、コロニー形成のために同じ宿主腸ニッチに投与される。別の例では、宿主皮膚ニッチに天然な共生細菌に由来する、操作された細菌が、コロニー形成のために同じ宿主皮膚ニッチに投与される。

【0192】

一部の実施形態では、操作された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌は、対象に投与されたとき、天然宿主ニッチに持続的にコロニーを形成する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え共生細菌は、天然宿主ニッチに６０日より長きにわたって、１１２日より長きにわたって、１７８日より長きにわたって、１年より長きにわたって、２年より長きにわたって、または５年より長きにわたって存続する。説明に役立つ非限定的な例として、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、マウスの皮膚に付着後少なくとも１８０日間コロニーを形成することができる。

【0193】

一部の実施形態では、操作された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌は、対象に投与されたとき、天然宿主ニッチに一時的にコロニーを形成する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え共生細菌は、天然宿主ニッチに、１～６０日の間、２～６０日の間、１０～６０日の間、２０～６０日の間、４０～６０日の間、１～４０日の間、２～４０日の間、１０～４０日の間、２０～４０日の間、１～２０日の間、２～２０日の間、１０～２０日の間、１～１０日の間、または２～１０日の間、一時的にコロニーを形成する。一部の実施形態では、改変された微生物は、対象における天然宿主ニッチに一時的にコロニーを形成し、次いで、宿主内の異なるニッチに遊走する。

【0194】

一部の実施形態では、微生物、例えば生きている共生細菌、の組換え改変は、対象に投与されたときに微生物がその天然宿主ニッチにコロニーを形成する能力に影響を与えない。例えば、一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドを発現させるための生きている共生細菌の組換え改変は、共生細菌の天然生理機能に大きな影響を与えず、したがって、宿主とのおよび／またはその天然宿主ニッチに存在する他の微生物フローラとのその天然相乗的相互作用に関与する共生細菌の能力を維持し、その天然宿主ニッチへの共生細菌のコロニー形成を助長する。

【0195】

本明細書に記載の操作された細菌は、異種抗原またはその免疫学的に活性な断片に特異的に結合するＴ細胞受容体を発現するＴ細胞の生成または拡大をもたらす、非天然タンパク質またはペプチド（例えば、非天然抗原）に対する抗原特異的応答の誘導に有用である。したがって、操作された細菌を使用して、操作された細菌のまたは操作された細菌を含む医薬組成物の治療有効量を対象に投与することにより対象における疾患または状態を処置することができる。投与後、対象の免疫系は、細菌により発現される異種抗原に結合する抗原特異的Ｔ細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種タンパク質またはペプチドに対応する自己抗原または他の抗原に対する宿主の免疫応答を低減する抗原特異的調節性Ｔ細胞（Ｔ_ｒｅｇ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、非天然タンパク質またはペプチド、例えば、腫瘍関連抗原、ネオ抗原、または感染性疾患に関連している抗原、に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔ細胞（Ｔ_ｅｆｆ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答を、例えば、細胞免疫を促進すること（例えば、抗原特異的ＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞応答を促す免疫環境を促進すること）によって、モジュレートする、抗原特異的Ｔ_Ｈ１細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答を、例えば、液性免疫を促進すること（例えば、抗原特異的Ｂ細胞応答および抗体の産生を促す免疫環境を促進すること）によって、モジュレートする、抗原特異的Ｔ_Ｈ２細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫応答は、発現された異種抗原に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔヘルパー１７細胞（Ｔ_Ｈ１７）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔ濾胞性ヘルパー細胞（Ｔ_ＦＨ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答（例えば、液性免疫応答）をモジュレートする抗原特異的Ｂ細胞を産生することにより応答する。

【0196】

一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌の投与部位に局在され得る。一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌の投与部位に限定され得る。一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌の投与部位より遠位の抗原特異的免疫応答であり得る。一部の実施形態では、抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌の投与部位に局在した免疫応答とその投与部位に対して遠位の免疫応答の両方を含み得る。

【0197】

一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチ（例えば、皮膚などの特定の器官）に局在され得る。一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチに限定され得る。一部の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌により誘導される抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチより遠位の抗原特異的免疫応答（例えば、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成されない、対象における器官または部位での抗原特異的免疫応答）であり得る。例えば、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチにおける免疫細胞の刺激、続いて、免疫細胞の別の部位（例えば、別の器官）への遊走を含み得る。非限定的な、説明に役立つ例として、皮膚にコロニーを形成する操作された共生体または他の操作された細菌は、皮膚以外の器官においてそれらのエフェクター機能を行う免疫細胞（例えば、抗原特的Ｔ細胞）をもたらす抗原特異的免疫応答を誘導することができる。ある特定の実施形態では、皮膚以外の器官は、肺、乳房、前立腺、結腸、膀胱、子宮、腎臓、肝臓、膵臓、甲状腺、または卵巣である。一部の実施形態では、抗原特異的免疫応答は、天然宿主ニッチに局在した免疫応答と天然宿主ニッチに対して遠位の免疫応答の両方を含み得る。ある特定の実施形態では、抗原特異的免疫応答は、転移、例えば、他の器官に転移した皮膚黒色腫を標的とする。

【0198】

一部の実施形態では、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌の投与部位に対して遠位である。一部の実施形態では、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体または他の操作された細菌によりコロニーが形成された宿主ニッチに対して遠位である。一部の実施形態では、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体もしくは他の操作された細菌の投与部位とおよび／または操作された共生体もしくは他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチと同じ器官における抗原特異的免疫応答である。ある特定の実施形態では、操作された共生体または他の操作された細菌は、皮膚の１エリアに適用され、および／またはそこにコロニーを形成し、黒色腫皮膚転移などの皮膚の別の部分における免疫応答を生じさせる。一部の実施形態では、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体もしくは他の操作された細菌の投与部位とはおよび／または操作された共生体もしくは他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチとは異なる器官における抗原特異的免疫応答である。ある特定の実施形態では、操作された共生体もしくは他の操作された細菌は、皮膚に適用され、および／または皮膚にコロニーを形成し、他の器官に転移した黒色腫などの、皮膚以外の器官における免疫応答を生じさせる。一部の実施形態では、遠位の抗原特異的免疫応答は、操作された共生体もしくは他の操作された細菌の投与部位および／または操作された共生体もしくは他の操作された細菌によりコロニーが形成された天然宿主ニッチと同じ器官および異なる器官の両方における抗原特異的免疫応答である。ある特定の実施形態では、操作された共生体もしくは他の操作された細菌は、皮膚に適用され、および／または皮膚にコロニーを形成し、皮膚における免疫応答と、皮膚以外の器官における免疫応答の両方、例えば、皮膚黒色腫を標的とする免疫応答と、他の器官に転移した黒色腫を標的とする免疫応答の両方を生じさせる。

【0199】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物（例えば、細菌、古細菌、および真菌）および方法は、対象に投与されたときに異種抗原に対して特異的な免疫応答を生成するという利点を提供する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物は、キメラ抗原受容体Ｔ細胞（ＣＡＲ－Ｔ細胞）などの、抗原特異的免疫細胞を生成するための現行のアプローチに勝る利点を提供する。これらの抗原特異的免疫細胞は、産生するのが困難であり、産生費用が高く、耐久性に疑問があり、患者に投与されたとき、オフターゲット効果、例えば、サイトカイン放出症候群、神経毒性、および真核細胞のＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集方法により引き起こされる染色体変化のため、潜在的に安全でない。対照的に、改変された微生物（すなわち、操作された共生微生物および他の操作された微生物）は、強力な長期にわたる免疫応答を誘発するのに有用であり、オフターゲット効果なしで、または最小限のオフターゲット効果で、対象の生涯にわたって投与することができる。ある特定の実施形態では、生きている改変された微生物（すなわち、操作された共生微生物および他の操作された微生物）は、対象に長期間にわたって投与するのに望ましくない弱毒化された病原性共生および非共生微生物、例えば弱毒化されたＬｉｓｔｅｒｉａ、に勝る利点を提供する。弱毒化された病原性非共生細菌の投与は、弱毒化された細菌が病原型に戻る可能性に起因して、特に長期間にわたって、対象にリスクをもたらす。対照的に、生きている共生および非共生、非病原性細菌は、非病原型で潜在的に長期間にわたって宿主対象にコロニーを形成することができ、したがって継続的な刺激を提供し、その結果、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団をもたらすことができ、これは、Ｔ細胞応答が短期間であり得るので重要である。ある特定の実施形態では、組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、対象の皮膚に持続的に（例えば、付着後、少なくとも１８０日間）コロニーを形成することができ、抗原および／または刺激の継続的な供給源を提供することができる。

【0200】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞、脾臓樹状細胞、ＣＤ８＋樹状細胞、ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、濾胞性樹状細胞、単球性細胞、マクロファージ、骨髄由来マクロファージ、クッパー細胞、Ｂ細胞、ランゲルハンス細胞、自然リンパ系細胞、ミクログリア、または腸管上皮細胞により、飲み込まれる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣにより飲み込まれた後、改変された微生物は、溶解され、異種抗原は、消化され、免疫細胞に提示される。一部の実施形態では、異種抗原は、タンパク質またはペプチドであり、プロセシングされてより小さいペプチド断片になり、これらのペプチド断片がＭＨＣ分子に結合し、免疫細胞への提示のためにＡＰＣの表面に呈示される。一部の実施形態では、免疫細胞は、ナイーブＴ細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、抗原を経験したＴ細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞である。抗原特異的免疫応答をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで惹起することができる。一部の実施形態では、改変された微生物は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_ｒｅｇ応答を誘導する。一部の実施形態では、改変された微生物（例えば、組換え共生細菌または他の操作された細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_ｅｆｆ応答を誘導する。一部の実施形態では、改変された微生物（例えば、組換え共生細菌または他の操作された細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、改変された微生物（例えば、組換え共生細菌または他の操作された細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_Ｈ１応答を誘導する。一部の実施形態では、改変された微生物（例えば、組換え共生細菌または他の操作された細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_Ｈ２応答を誘導する。

【0201】

３．細菌表面ディスプレイシステム
ある特定の生物、例えば、グラム陽性細菌Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓｉをはじめとする細菌（例えば、共生細菌）は、強力な免疫調節能力を有するが、既存の遺伝子工学ツールの欠如およびこれらの細菌の遺伝子操作に対する耐性に起因して、これまで研究することが難しかった。ソルターゼ酵素は、グラム陽性細菌間に遍在しており、細菌細胞壁へのタンパク質の固定を媒介する。ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓにおいて発現されるペプチド転移酵素であり、アミノ酸配列ＬＰＸＴＧを有するＳｒｔＡモチーフとＮ末端グリシンとの間の共有結合性連結を触媒する。

【0202】

（ａ）細胞表面繋留部分を含む融合タンパク質と、（ｂ）細菌と、（ｃ）細菌の細胞壁への細胞表面繋留部分の共有結合を触媒でき、それによって細菌表面に融合タンパク質を呈示できるタンパク質またはそれをコードする遺伝子とを含む細菌表面ディスプレイシステムが、本明細書で提供される。一部の実施形態では、細胞壁繋留部分は、ＳｒｔＡモチーフを含み、共有結合を触媒できるタンパク質は、ＳｒｔＡタンパク質である。例えば、一部の実施形態では、ＳｒｔＡは、共生細菌の外面にＮ末端グリシン残基を発現する表面タンパク質への融合タンパク質の共有結合性連結を触媒する。

【0203】

一部の実施形態では、細菌は、共生細菌である。一部の実施形態では、細菌は、グラム陽性共生細菌であり、ＳｒｔＡは、Ｎ末端グリシン残基を発現する細胞壁タンパク質への融合タンパク質の共有結合性連結を触媒する。他の実施形態では、細菌は、グラム陰性細菌であり、ＳｒｔＡは、Ｎ末端グリシン残基を発現する外膜タンパク質への融合タンパク質の共有結合性連結を触媒する。

【0204】

一部の実施形態では、細胞壁または外膜タンパク質は、２～２０のＮ末端グリシン残基を含む。例えば、細胞壁または外膜融合タンパク質は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０のＮ末端グリシン残基を含む。

【0205】

一部の実施形態では、融合タンパク質は、細菌に非天然であるタンパク質またはペプチドを含む。例えば、一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、非天然抗原タンパク質またはペプチドを含む。一部の実施形態では、タンパク質またはペプチドは、宿主疾患または状態、例えば、感染、増殖性障害、または自己免疫障害に関連している。ある特定の実施形態では、タンパク質またはペプチドは、宿主の適応免疫応答、例えばＴ細胞応答、を惹起する。

【0206】

一部の実施形態では、融合タンパク質は、特殊化細胞の分子標識または標的化を助長する非天然タンパク質またはペプチドを含む。例えば、一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６１の配列を含む、ＧＦＰに対するナノボディ（ＶＨＨ）を含む。他の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＡＰＣを標的とするＶＨＨドメイン（例えば、配列番号３４の配列を含む抗ＣＤ１１ｂ ＶＨＨ、または配列番号３３の配列を含む抗ＭＨＣ－ＩＩ ＶＨＨ）を含む。

【0207】

一部の実施形態では、融合タンパク質は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで組換え発現され、ＳｒｔＡの存在下で細菌と接触させられる。他の実施形態では、融合タンパク質は、組換え発現され、第２の細菌により分泌される。一部の実施形態では、ＳｒｔＡは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで組換え発現され、融合タンパク質の存在下で細菌と接触させられる。他の実施形態では、ＳｒｔＡは、組換え発現され、第２の細菌により分泌される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、発現され、分泌され、ＳｒｔＡは、同じ細菌により発現される。ある特定の実施形態では、融合タンパク質は、発現され、分泌され、ＳｒｔＡは、同じ第２の細菌により発現され、第１の細菌の表面への融合タンパク質の連結を触媒する。

【0208】

一部の実施形態では、融合タンパク質が表面に呈示されている細菌（本明細書では「表面標識細菌」とも呼ばれる）は、ヒトにコロニーを形成し、または共生している、生きている微生物、例えば、細菌、古細菌および真菌を含む。一部の実施形態では、表面標識細菌は、生きている操作された細菌であるか、または異種抗原を呈示する生きている操作された細菌である。一部の実施形態では、生きている表面標識細菌は、異種抗原を発現するように操作された、生きている操作された細菌または生きている操作された細菌株である。一態様では、操作された細菌は、対象において抗原特異的免疫応答を誘導できる非天然タンパク質またはペプチド（例えば、抗原）を発現する共生細菌である。共生細菌に対する自然および適応免疫応答とは異なり、本開示は、非天然タンパク質もしくはペプチド（例えば、抗原）を呈示することができる表面標識細菌、または非天然タンパク質もしくはペプチド（例えば、抗原）、例えば哺乳動物抗原、を発現するように操作され得る表面標識細菌を、提供する。一部の実施形態では、非天然抗原は、表面標識細菌、例えば表面標識共生細菌、に非天然だが宿主に天然である、タンパク質またはペプチドである。一部の実施形態では、非天然抗原は、共生細菌と宿主の両方に非天然である、タンパク質またはペプチドである。表面標識細菌は、宿主に共生している細菌に由来し得るため、対象に投与されたとき病原性であると予想されない。

【0209】

一部の実施形態では、表面標識細菌、または表面標識細菌を含む医薬組成物は、天然宿主ニッチに投与される。例えば、宿主腸ニッチに天然な共生細菌に由来する生きている組換え共生細菌が、コロニー形成のために同じ宿主腸ニッチに投与される。別の例では、宿主皮膚ニッチに天然な共生細菌に由来する表面標識細菌が、コロニー形成のために同じ宿主皮膚ニッチに投与される。

【0210】

一部の実施形態では、表面標識細菌、例えば、生きている組換え共生細菌は、対象に投与されたとき、天然宿主ニッチに持続的にコロニーを形成する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え共生細菌は、天然宿主ニッチに６０日より長きにわたって、１１２日より長きにわたって、１７８日より長きにわたって、１年より長きにわたって、２年より長きにわたって、または５年より長きにわたって存続する。

【0211】

一部の実施形態では、表面標識細菌、例えば、生きている組換え共生細菌は、対象に投与されたとき、天然宿主ニッチに一時的にコロニーを形成する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え共生細菌は、天然宿主ニッチに、１～６０日の間、２～６０日の間、１０～６０日の間、２０～６０日の間、４０～６０日の間、１～４０日の間、２～４０日の間、１０～４０日の間、２０～４０日の間、１～２０日の間、２～２０日の間、１０～２０日の間、１～１０日の間、または２～１０日の間、一時的にコロニーを形成する。一部の実施形態では、表面標識細菌は、対象における天然宿主ニッチに一時的にコロニーを形成し、次いで、宿主内の異なるニッチに遊走する。

【0212】

一部の実施形態では、微生物、例えば生きている共生細菌、の組換え改変は、対象に投与されたときに微生物がその天然宿主ニッチにコロニーを形成する能力に影響を与えない。例えば、一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドを発現させるための生きている共生細菌の組換え改変は、共生細菌の天然生理機能に大きな影響を与えず、したがって、宿主とのおよび／またはその天然宿主ニッチに存在する他の微生物フローラとのその天然相乗的相互作用に関与する共生細菌の能力を維持し、その天然宿主ニッチへの共生細菌のコロニー形成を助長する。

【0213】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の表面標識細菌は、異種抗原またはその免疫学的に活性な断片に特異的に結合するＴ細胞受容体を発現するＴ細胞の生成または拡大をもたらす、非天然タンパク質またはペプチド（例えば、非天然抗原）に対する抗原特異的応答の誘導に有用である。したがって、表面標識細菌を使用して、表面標識細菌のまたは表面標識細菌を含む組成物の治療有効量を対象に投与することにより対象における疾患または状態を処置することができる。投与後、対象の免疫系は、細菌により発現される異種抗原に結合する抗原特異的Ｔ細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種タンパク質またはペプチドに対応する自己抗原または他の抗原に対する宿主の免疫応答を低減する抗原特異的調節性Ｔ細胞（Ｔ_ｒｅｇ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された非天然タンパク質またはペプチド、例えば、腫瘍関連抗原、ネオ抗原、または感染性疾患に関連している抗原、に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔエフェクター細胞（Ｔ_ｅｆｆ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答を、例えば、細胞免疫を促進すること（例えば、抗原特異的ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を促す免疫環境を促進すること）によって、モジュレートする、抗原特異的Ｔ_Ｈ１細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答を、例えば、液性免疫を促進すること（例えば、抗原特異的Ｂ細胞応答および抗体の産生を促す免疫環境を促進すること）によって、モジュレートする、抗原特異的Ｔ_Ｈ２細胞を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔヘルパー１７細胞（Ｔ_Ｈ１７）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答をモジュレートする抗原特異的Ｔ濾胞性ヘルパー細胞（Ｔ_ＦＨ）を産生することにより応答する。一部の実施形態では、免疫系は、発現された異種抗原に対する免疫応答（例えば、液性免疫応答）をモジュレートする抗原特異的Ｂ細胞を産生することにより応答する。

【0214】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の表面標識細菌および方法は、対象に投与されたときに異種抗原に対して特異的な免疫応答を生成するという利点を提供する。本開示は、キメラ抗原受容体Ｔ細胞（ＣＡＲ－Ｔ細胞）などの、抗原特異的免疫細胞を生成するための現行のアプローチに勝る利点も提供する。これらの抗原特異的免疫細胞は、産生するのが困難であり、産生費用が高く、耐久性に疑問があり、患者に投与されたとき、サイトカイン放出症候群および神経毒性などのオフターゲット効果のため潜在的に安全でない。対照的に、共生微生物は、強力な長期にわたる免疫応答を誘発するのに有用であり得、オフターゲット効果なしで、または最小限のオフターゲット効果で、対象の生涯にわたって投与することができる。したがって、生きている共生微生物は、対象に長期間にわたって投与するのに望ましくない弱毒化された病原性非共生微生物、例えば弱毒化されたＬｉｓｔｅｒｉａ、に勝る利点を提供する。弱毒化された病原性非共生細菌の投与は、弱毒化された細菌の病原型に戻る可能性に起因して、特に長期間にわたって、対象にリスクをもたらす。対照的に、生きている共生細菌は、非病原型で潜在的に長期間にわたって宿主対象にコロニーを形成することができ、したがって継続的な刺激を提供し、その結果、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団をもたらすことができ、これは、Ｔ細胞応答が短期間であり得るので重要である。

【0215】

一部の実施形態では、表面標識細菌は、ＡＰＣ、例えば、樹状細胞、脾臓樹状細胞、ＣＤ８＋樹状細胞、ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、濾胞性樹状細胞、単球性細胞、マクロファージ、骨髄由来マクロファージ、クッパー細胞、Ｂ細胞、ランゲルハンス細胞、自然リンパ系細胞、ミクログリア、または腸管上皮細胞により、飲み込まれる。ＡＰＣにより飲み込まれた後、表面標識細菌は、溶解され、異種抗原は、消化され、免疫細胞に提示される。一部の実施形態では、異種抗原は、タンパク質またはペプチドであり、プロセシングされてより小さいペプチド断片になり、これらのペプチド断片がＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩ）に結合し、免疫細胞への提示のためにＡＰＣの表面に呈示される。一部の実施形態では、免疫細胞は、ナイーブＴ細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、抗原を経験したＴ細胞である。一部の実施形態では、免疫細胞は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞である。抗原特異的免疫応答をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで惹起することができる。一部の実施形態では、表面標識細菌は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_ｒｅｇ応答を誘導する。一部の実施形態では、表面標識細菌（例えば、組換え共生細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_ｅｆｆ応答を誘導する。一部の実施形態では、表面標識細菌（例えば、組換え共生細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、表面標識細菌（例えば、組換え共生細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_Ｈ１応答を誘導する。一部の実施形態では、表面標識細菌（例えば、組換え共生細菌）は、ＡＰＣにより飲み込まれ、プロセシングされ、提示されて、異種抗原に対するＴ_Ｈ２応答を誘導する。

【0216】

４．細菌株
一部の実施形態では、改変された微生物は、生きている組換え細菌または細菌株である。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、共生細菌または細菌株に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、哺乳動物における共生細菌または細菌株に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌または細菌株は、ヒトにおける共生細菌または細菌株に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌または細菌株は、ヒトニッチ、例えば、胃腸管、気道、尿生殖路、および／または皮膚において天然な、共生細菌または細菌株に由来する。

【0217】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、哺乳動物の消化管に天然である共生細菌に由来する。生きている組換え細菌は、グラム陰性細菌またはグラム陽性細菌であり得る。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、またはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐｐ．に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、またはＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓに由来する。

【0218】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、哺乳動物の皮膚に天然である共生細菌に由来する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、またはＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓに由来する。例えば、一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７に由来する。

【0219】

グラム陰性細菌
一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、グラム陰性である、共生細菌または他の細菌に由来する。例えば、一部の実施形態では、グラム陰性細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、またはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．である。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、またはＨ．ｈｅｐａｔｉｃｕｓである。

【0220】

グラム陽性細菌
一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、グラム陽性である、共生細菌または他の細菌に由来する。例えば、一部の実施形態では、グラム陽性細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．である。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである。

【0221】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、哺乳動物宿主においてＴ_ｒｅｇ応答を誘導することが公知である共生細菌に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｆｌａｖｉｎｏｆｒａｃｔｏｒ ｓｐｐ．、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｓｐｐ．、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｓｐｐ．、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｓｐｐ．、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ ｓｐｐ．、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｐ．、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ｓｐｐ．、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、またはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｏｒ Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐｐ．に由来する。

【0222】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ａｃｅｎｉｔｏｂａｃｔｅｒ ｌｗｏｆｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ ｐｌａｕｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ ｃｏｍｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｒａｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．Ｄ５、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｃａｃｃａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｌｗｏｆｆｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｏｖａｔｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｉｆｉｄｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｆｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、またはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｈｉｓｔｉｃｏｌａに由来する。

【0223】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｉｎｅｒｅａｌ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ Ｍｕｃｏｓａ：、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｖｅｉｌｌｏｎａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、またはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍに由来する。一部の実施形態では、共生細菌は、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、または８４８６を有する細菌に由来する。本発明に有用な共生細菌は、表１に示される。

【表1-1】

【表1-2】

【0224】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、哺乳動物宿主においてＴ_ｅｆｆ応答を誘導することが公知である、共生細菌または他の細菌に由来する。一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｐｐ．、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｒｕｎｉｍｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｓｐｐ．、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐｐ．、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｓｐｐ．、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｓｐｐ．、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｓｐｐ．、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．に由来する。

【0225】

一部の実施形態では、生きている組換え細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｘｙｌａｎｉｐｈｉｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｏｒｅｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ ＪＣＭ ５８２８、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｓｐ．４＿３＿５４Ａ２ＦＡＡ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｄｏｒｅｉ ５＿１＿３６／Ｄ４ ｓｕｐｅｒｃｏｎｔ２．３、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３に由来する。

【0226】

非天然タンパク質またはペプチドを発現または呈示するように操作され得る追加の共生および非共生細菌株が表２に収載される。

【表2-1】

【表2-2】

【0227】

５．非天然タンパク質およびペプチド
一部の実施形態では、改変された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌は、その微生物において天然に発現されない非天然タンパク質またはペプチド（例えば、異種抗原）を発現または呈示するように操作される。例えば、一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、通常、非細菌宿主に現存する、存在する、または非細菌宿主により発現される。一部の実施形態では、非細菌宿主は、改変された微生物が由来する共生細菌の天然宿主である動物である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、通常、共生細菌に現存する、存在する、または共生細菌により発現される。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、脊椎動物または哺乳動物に現存する抗原である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、哺乳動物抗原、例えば、マウスまたはヒト抗原である。
一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、タンパク質またはその抗原断片である。少なくとも１つの抗原ペプチドのサイズは、これらに限定されないが、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０、約１００、約１１０、約１２０またはこれを超えるアミノ酸残基、およびそれらから導出可能な任意の範囲であり得る。特定の実施形態では、抗原ペプチド分子は、５０アミノ酸に等しいかまたはそれ未満である。

【0228】

一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能な１つまたは複数のＴ細胞エピトープ（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作された非天然タンパク質またはペプチド）を含み、典型的には長さ１５残基またはそれ未満であり、通常は約８～約１１残基の間、特に、９または１０残基からなる。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＭＨＣ－ＩＩにより提示可能な１つまたは複数のエピトープ（例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作された非天然タンパク質またはペプチド）を含み、典型的には６～３０残基（両端の値を含む）である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＭＨＣ－Ｉおよび／またはＭＨＣ－ＩＩにより提示可能な１つまたは複数のＴ細胞エピトープへの抗原プロセシングを受け得る。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲおよびＨＬＡ－ＤＰのいずれか１つなどの、１つまたは複数の別個のＨＬＡ対立遺伝子上に提示され得る、抗原プロセシング可能なエピトープまたは抗原を含む。

【0229】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＭＨＣ分子により提示可能な１つもしくは複数のＴ細胞エピトープと抗体応答を惹起できる１つもしくは複数のＢ細胞エピトープとを含む単一の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、その単一の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、同じ抗原タンパク質に由来し得る。Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、別個の抗原タンパク質に由来し得る。

【0230】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＭＨＣ分子により提示可能な２つもしくはそれより多くのＴ細胞エピトープを含む単一の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、その単一の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。例えば、単一の非天然タンパク質またはペプチドは、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能なＴ細胞エピトープ、およびＭＨＣ－ＩＩにより提示可能なＴ細胞エピトープを含み得る。一部の実施形態では、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能なＴ細胞エピトープ、およびＭＨＣ－ＩＩにより提示可能なＴ細胞エピトープは、各々、同じ抗原タンパク質、例えば、天然に存在する抗原に由来する単一の連続するアミノ酸配列（例えば、完全長タンパク質もしくはタンパク質ドメイン）、またはエピトープをコードするアミノ酸配列の非天然ペプチド融合体（例えば、コンカテマー）に由来する。一部の実施形態では、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能なＴ細胞エピトープ、およびＭＨＣ－ＩＩにより提示可能なＴ細胞エピトープは、各々、別個の抗原タンパク質、例えば、第１のタンパク質からのエピトープをコードするアミノ酸配列と第２のタンパク質からのエピトープをコードするアミノ酸配列との非天然ペプチド融合体（例えば、コンカテマー）に由来する。ある特定の実施形態では、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能なＴ細胞エピトープ、およびＭＨＣ－ＩＩにより提示可能なＴ細胞エピトープは、単一の非天然タンパク質またはペプチドによりコードされる。

【0231】

一部の実施形態では、操作された微生物は、２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。一部の実施形態では、操作された微生物は、２つまたはそれより多くの非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、２つまたはそれより多くの非天然タンパク質の各々は、独立して、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能なＴ細胞エピトープ、ＭＨＣ－ＩＩにより提示可能なＴ細胞エピトープ、Ｂ細胞エピトープ、またはこれらの組合せを含む。

【0232】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＭＨＣ分子により提示可能な１つもしくは複数のＴ細胞エピトープを含む少なくとも１つの第１の非天然タンパク質もしくはペプチドと抗体応答を惹起できる１つもしくは複数のＢ細胞エピトープを含む少なくとも１つの第２の非天然タンパク質もしくはペプチドとを含む２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、その２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、同じ抗原タンパク質に由来し得る。Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、別個の抗原タンパク質に由来し得る。

【0233】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能な１つもしくは複数のＴ細胞エピトープを含む少なくとも１つの第１の非天然タンパク質もしくはペプチドとＭＨＣ－ＩＩにより提示可能な１つもしくは複数のＴ細胞エピトープを含む少なくとも１つの第２の非天然タンパク質もしくはペプチドとを含む２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、その２つもしくはそれより多くの非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。ＭＨＣ－Ｉ Ｔ細胞エピトープおよびＭＨＣ－ＩＩ Ｔ細胞エピトープは、同じ抗原タンパク質に由来し得る。ＭＨＣ－Ｉ Ｔ細胞エピトープおよびＭＨＣ－ＩＩ Ｔ細胞エピトープは、別個の抗原タンパク質に由来し得る。

【0234】

一部の実施形態では、２つまたはそれより多くの操作された微生物は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されていることがあり、または２つもしくはそれより多くの表面標識細菌は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。

【0235】

一部の実施形態では、ＭＨＣ分子により提示可能な１つもしくは複数のＴ細胞エピトープを含む第１の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作された少なくとも１つの第１の操作された微生物、またはその第１の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する第１の表面標識細菌、および抗体応答を惹起できる１つもしくは複数のＢ細胞エピトープを含む第２の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作された少なくとも１つの第２の操作された微生物、またはその第２の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する第２の表面標識細菌を含めて、２つもしくはそれより多くの操作された微生物は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されていることがあり、または２つもしくはそれより多くの表面標識細菌は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。ある特定の実施形態では、別個の操作された微生物または表面標識細菌により発現されるＴ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、同じ抗原タンパク質に由来し得る。ある特定の実施形態では、別個の操作された微生物または表面標識細菌により発現されるＴ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープは、別個の抗原タンパク質に由来し得る。

【0236】

一部の実施形態では、ＭＨＣ－Ｉにより提示可能な１つまたは複数のＴ細胞エピトープを含む第１の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作された少なくとも１つの第１の操作された微生物、およびＭＨＣ－ＩＩにより提示可能な１つまたは複数のＴ細胞エピトープを含む第２の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作された少なくとも１つの第２の微生物を含めて、２つもしくはそれより多くの操作された微生物は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されていることがあり、または２つもしくはそれより多くの表面標識細菌は、１つもしくは複数の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。ある特定の実施形態では、別個の操作された微生物または表面標識細菌により発現されるＭＨＣ－Ｉ Ｔ細胞エピトープおよびＭＨＣ－ＩＩ Ｔ細胞エピトープは、同じ抗原タンパク質に由来し得る。ある特定の実施形態では、別個の操作された微生物または表面標識細菌により発現されるＭＨＣ－Ｉ Ｔ細胞エピトープおよびＭＨＣ－ＩＩ Ｔ細胞エピトープは、別個の抗原タンパク質に由来し得る。

【0237】

一部の実施形態では、改変された微生物は、改変された微生物が発現するように操作されているまたは表面標識細菌が呈示する非天然タンパク質またはペプチドに対する調節性Ｔ細胞応答を、宿主において誘導できる。一部の実施形態では、改変された微生物は、改変された微生物が発現するように操作されているまたは表面標識細菌が呈示する非天然タンパク質またはペプチドに対する調節性Ｔ細胞応答を宿主において誘導できる、生きている組換え共生細菌である。ある特定の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原が、ナイーブＴ細胞に対して抗原提示細胞の表面に提示されると、ナイーブＴ細胞は、Ｔ_ｒｅｇ細胞に分化することになる。当技術分野において公知であるように、Ｔ_ｒｅｇ細胞への分化は、ＴＧＦ－βをはじめとするサイトカインの存在などの、適切な条件下で誘導され得る。特定のメカニズムに拘束されることを意図するものではないが、改変された微生物は、ナイーブＴ細胞のＴ_ｒｅｇ細胞への分化に有利であるＡＰＣによるサイトカインの産生を誘導し得る。ある特定の実施形態では、改変された微生物は、ナイーブＴ細胞のＴ_ｒｅｇ細胞への分化に有利であるＡＰＣによるサイトカインの産生を誘導し得る、生きている組換え共生細菌である。一部の実施形態では、改変された微生物は、異種抗原に対するＴ_ｒｅｇ応答を誘導するが、Ｔ細胞の他のサブセット、例えばＣＤ８＋またはＴ_Ｈ１７ Ｔ細胞、により媒介される免疫応答を惹起しない。一部の実施形態では、改変された微生物は、異種抗原に対するＴ_ｒｅｇ応答を誘導するが、Ｔ細胞の他のサブセット、例えばＣＤ８＋またはＴ_Ｈ１７ Ｔ細胞、により媒介される免疫応答を惹起しない、生きている組換え共生細菌である。一部の実施形態では、改変された微生物は、異種抗原に対するＴ_Ｈ２応答を誘導する。一部の実施形態では、改変された微生物は、異種抗原に対するＴ_Ｈ２応答を誘導する、生きている組換え共生細菌である。

【0238】

一部の実施形態では、改変された微生物は、微生物がＡＰＣにより飲み込まれ、抗原またはその抗原断片がＨＬＡ分子のコンテキストでＴ細胞に提示されたとき、免疫応答を誘発するのに十分であるレベルで異種抗原を発現する。一部の実施形態では、改変された微生物は、微生物がＡＰＣにより飲み込まれ、抗原またはその抗原断片がＨＬＡ分子のコンテキストでＴ細胞に提示されたとき、免疫応答を誘発するのに十分であるレベルで異種抗原を発現することができる、生きている組換え共生細菌である。細菌におけるタンパク質発現レベルを最適化するための方法は、Rosano G., et al. “Recombinant protein expression in Escherichia coli: advances and challenges,” Front Microbiol. 2014; 5: 172 (Published online 2014 Apr 17)に記載されている。

【0239】

一部の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原は、非天然アミノ酸を含む。「非天然アミノ酸」は、２０の通常のアミノ酸のうちの１つでないアミノ酸であって、天然にコードされているアミノ酸（これらに限定されないが、２０の通常のアミノ酸を含む）の改変により天然に存在するがそれら自体が翻訳複合体により成長ポリペプチド鎖に組み込まれないアミノ酸を含むがこれらに限定されないアミノ酸を指す。天然にコードされていない天然に存在するアミノ酸の非限定的な例としては、これらに限定されないが、Ｎ－アセチルグルコサミニル－Ｌ－セリン、Ｎ－アセチルグルコサミニル－Ｌ－トレオニン、およびＯ－ホスホチロシンが挙げられる。加えて、用語「非天然アミノ酸」は、これらに限定されないが、天然に存在しないアミノ酸であって、合成により得ることができるかまたは非天然アミノ酸の改変により得ることができるアミノ酸を含む。

【0240】

ある特定の実施形態では、改変された微生物による非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原の発現を、抗原ＲＮＡまたはタンパク質の発現を検出するアッセイ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ、ノーザン解析、マイクロアレイ、またはウエスタンブロットを使用して検出することができる。ある特定の実施形態では、生きている組換え共生細菌である改変された微生物による非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原の発現を、抗原ＲＮＡまたはタンパク質の発現を検出するアッセイ、例えば、ＲＴ－ＰＣＲ、ノーザン解析、マイクロアレイ、またはウエスタンブロットを使用して検出することができる。

【0241】

一部の実施形態では、本明細書に記載の非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原は、共生細菌または細菌株により発現される内因性タンパク質または内因性タンパク質の機能的断片に連結される。一部の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチド、または異種抗原もしくはその抗原断片を内因性共生細菌タンパク質またはその機能的断片に連結させて融合タンパク質を形成することができ、その融合タンパク質が、生きている組換え共生細菌により発現される。一部の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチド、または異種抗原もしくはその抗原断片は、内因性共生細菌タンパク質またはその機能的断片のＮ末端に融合される。一部の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチド、または異種抗原もしくはその抗原断片は、内因性共生細菌タンパク質またはその機能的断片のＣ末端に融合される。一部の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチド、または異種抗原もしくはその抗原断片を、内因性共生細菌タンパク質またはその機能的部分に、アミノ酸リンカーにより連結させることができる。一部の実施形態では、アミノ酸リンカーは、配列ＧＧを含む。

【0242】

一部の実施形態では、異種抗原またはその抗原断片は、シアリダーゼ、エンドヌクレアーゼ、分泌エンドグリコシダーゼ、抗シグマ因子、チオールペルオキシダーゼ、仮想タンパク質ＢＴ＿２６２１、仮想タンパク質ＢＴ＿３２２３、ペプチダーゼ、Ｉｃｃファミリーホスホヒドロラーゼ、エキソ－ポリ－アルファ－Ｄ－ガラクツロノシダーゼ、仮想タンパク質ＢＴ＿４４２８、またはその機能的断片に連結される。

【0243】

自己免疫抗原
一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、自己免疫抗原である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質、インスリン、クロモグラニンＡ、ハイブリッドインスリンペプチド、プロテオリピドタンパク質、ミエリン塩基性タンパク質、ビリン、上皮細胞接着分子、コラーゲンアルファ－１、アグリカンコアタンパク質、６０ｋＤａシェペロニン２、ビメンチン、アルファ－エノラーゼ、フィブリノゲンアルファ鎖、フィブリノゲンベータ鎖、キチナーゼ３様タンパク質、６０ｋＤａミトコンドリア熱ショックタンパク質、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１６、甲状腺ペルオキシダーゼ、サイロトロピン受容体、サイログロブリン、グルテン、ＴＳＨＲタンパク質、グルタミン酸デカルボキシラーゼ２、受容体型チロシン－タンパク質ホスファターゼ様Ｎ、グルコース－６－ホスファターゼ２、インスリンアイソフォーム２、亜鉛輸送体８、グルタミン酸デカルボキシラーゼ１、ＧＡＤ６５、ＵｎｉＰｒｏｔ：Ａ２ＲＧＭ０、インテグリンアルファ－Ｉｉｂ、インテグリンベータ－３、ＥＢＶ ＤＮＡポリメラーゼ触媒サブユニット、２’３’－環状ヌクレオチド３’ホスホジエステラーゼ、ミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質、核内低分子リボ核タンパク質、Ｕ１核内低分子リボ核タンパク質、ヒストンＨ２Ｂ、ヒストンＨ２Ａ、ヒストンＨ３．２、ベータ－２－糖タンパク質、ヒストンＨ４、６０Ｓリボソームタンパク質Ｌ７、ＴＮＦ－アルファ、ミエロペルオキシダーゼ、Ｃｂｉｒ１、ＭＳ４Ａ１２、ＤＮＡトポイソメラーゼ、ＣＹＰ２Ｄ６、Ｏ－ホスホセリル－ｔＲＮＡセレントランスフェラーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体、スペクトリンアルファ鎖、ステロイド２１－ヒドロキシラーゼ、アセチルコリン受容体、ＭＭＰ－１６、ケラチン関連タンパク質、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン４、ミエロブラスチン、Ｕ１核内低分子リボ核タンパク質７０ｋＤａ、血液型Ｒｈ（Ｄ）、血液型Ｒｈ（ＣＥ）、ミエリンＰ２タンパク質、末梢ミエリンタンパク質２２、ミエリンタンパク質Ｐ０、Ｓ－アレスチン、コラーゲンアルファ－１、凝固第ＶＩＩＩ因子、コラーゲンアルファ－３（ＩＶ）、デスモグレイン－３、デスモグレイン－１、インスリン－２、主要ＤＮＡ結合タンパク質、チロシナーゼ、５，６－ジヒドロキシインドール－２－カルボン酸オキシダーゼ、ＨＬＡ－Ａ２、アクアポリン－４、ミエリンプロテオリピドタンパク質、ＡＢＣ輸送体、ＨＬＡ Ｉ Ｂ－２７アルファ鎖、ＨＬＡ Ｉ Ｂ－７アルファ鎖、レチノール結合タンパク質３、またはこれらの抗原断片である。

【0244】

一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、自己免疫疾患に関連している抗原である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、多発性硬化症、乾癬、セリアック病、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、グレーブス病、橋本自己免疫性甲状腺炎、白斑、リウマチ熱、悪性貧血／萎縮性胃炎、円形脱毛症、免疫性血小板減少性紫斑病、側頭動脈炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、強皮症、抗リン脂質症候群、自己免疫性肝炎１型、原発性胆汁性肝硬変、シェーグレン症候群、アジソン病、疱疹状皮膚炎、川崎病、交感性眼炎、ＨＬＡ－Ｂ２７関連急性前部ぶどう膜炎、原発性硬化性胆管炎、円板エリテマトーデス、結節性多発動脈炎、クレスト症候群、重力筋無力症、多発性筋炎／皮膚筋炎、スチル病、自己免疫性肝炎２型、ウェゲナー肉芽腫症、混合性結合組織病、顕微鏡的多発血管炎、多腺性自己免疫性症候群、フェルティー症候群、自己免疫性溶血性貧血、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、ギラン－バレー症候群、ベーチェット病、自己免疫性好中球減少症、水疱性類天疱瘡、本態性混合型クリオグロブリン血症、線状限局性強皮症、多腺性自己免疫性症候群１（ＡＰＥＣＥＤ）、後天性血友病Ａ、バッテン病／神経セロイドリポフスチン症、自己免疫性膵炎、橋本脳症、グッドパスチャー病、尋常性天疱瘡、自己免疫性散在性脳脊髄炎、再発性多発軟骨炎、高安動脈炎、チャーグ－ストラウス症候群、後天性表皮水疱症、瘢痕性類天疱瘡、落葉状天疱瘡、自己免疫性副甲状腺機能低下症、自己免疫性下垂体炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性精巣炎、多腺性自己免疫性症候群、コーガン症候群、嗜眠性脳炎（encephalitis lethartica）、持久性流規制紅斑、エバンス症候群、Ｘ連鎖免疫調節異常多発性内分泌障害腸症（ＩＰＥＸ）、アイザック症候群／後天性神経性筋強直症、ミラー・フィッシャー症候群、モルヴァン症候群、ＰＡＮＤＡＳ、ＰＯＥＭＳ症候群、ラスムッセン脳炎、全身硬直症候群、フォークト－小柳－原田症候群、視神経脊髄炎、移植片対宿主病、食道性脳炎、または自己免疫性ぶどう膜炎に関連している。

【0245】

一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、多発性硬化症（ＭＳ）に関連しているミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質またはその抗原断片である。一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、Ｉ型糖尿病（例えば、インスリン）に関連している膵臓抗原またはその抗原断片である。

【0246】

一部の実施形態では、異種抗原は、がんなどの増殖性障害に関連している抗原またはその抗原断片である。一部の実施形態では、異種抗原は、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、または精巣がんに関連している。一部の実施形態では、異種抗原は、メラノサイト特異的抗原、例えば、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２、またはＭＡＲＴ－１である。一部の実施形態では、異種抗原は、精巣がん抗原、例えば、ＮＹ－ＥＳＯまたはＭＡＧＥ－Ａである。一部の実施形態では、異種抗原は、ネオ抗原である。一部の実施形態では、異種抗原は、ネオ抗原でない。

【0247】

一部の実施形態では、異種抗原は、共生細菌によっても宿主によっても自然に発現されないタンパク質またはその抗原ペプチド断片である。一部の実施形態では、異種抗原は、宿主におけるセリアック病に関連しているグルテンまたはその抗原断片である。

【0248】

ネオ抗原
一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、ネオ抗原タンパク質またはそのペプチド断片である。ネオ抗原は、がん細胞により特異的に発現され、正常な健康な細胞により発現されない、変異ペプチド抗原である。がん性細胞は、単一のネオ抗原を発現することもあり、または複数のネオ抗原を発現することもある。様々ながんによく見られ、かなりの数の患者により発現されるネオ抗原もあり、稀であり、ほんの少数の患者によってしか発現されないネオ抗原もある。Ｔ細胞は、ネオ抗原を、それらががん細胞のＭＨＣ上にまたはＡＰＣにより呈示されたとき、認識することができる。ネオ抗原レパートリー、同定、およびがん免疫療法におけるそれらの役割についての説明は、これによりその全体が参照により本明細書に組み込まれる、“Neoantigens in cancer immunotherapy.” TN Schumacher et al., Science, 2015:Vol. 348, Issue 6230, pp. 69-74, DOI: 10.1126/science.aaa4971において提供されている。

【0249】

一部の実施形態では、ネオ抗原は、増殖性障害に関連している。一部の実施形態では、増殖性障害は、がんである。一部の実施形態では、ネオ抗原は、黒色腫、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、神経膠芽腫、前立腺、肺、乳房（乳腺）、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎、黒色腫、白血病、リンパ腫、中皮腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、および精巣がんからなる群から選択されるがんに関連している。

【0250】

一部の実施形態では、ネオ抗原は、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるようなネオ抗原からなる群から選択される。

【0251】

Ｉｎｔｓ１１およびＫｉｆ１８ｂｐネオ抗原は、Castle et al., “Exploiting the Mutanome for Tumor Vaccination” Cancer Res. 2012; 72(5):1081-1091に記載されており、Ｔ３肉腫ネオ抗原は、Alspach et al., “MHC-II neoantigens shape tumour immunity and response to immunotherapy” Nature. 2019; 574:696-701に記載されており、Ｔｒａｍｐ－Ｃ２ネオ抗原は、Fasso et al., “SPAS-1 (stimulator of prostatic adenocarcinoma-specific T cells)/SH3GLB2: A prostate tumor antigen identified by CTLA-4 blockade” PNAS. 2008; 105(9):3509-3514に記載さており、これらの参考文献の各々は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0252】

抗腫瘍応答を刺激するワクチン組成物の活性医薬品成分として役立ち得るネオ抗原および腫瘍関連ペプチドは、米国特許第９，１１５，４０２号に記載されており、この参考特許文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。ある特定の実施形態では、個々のがん対象からのがん細胞におけるネオ抗原または腫瘍関連抗原を構成する利用可能な突然変異を先ず同定することにより、ネオ抗原を選択することができる。ある特定の実施形態では、同定したら、ネオ抗原またはその免疫原性断片を、本明細書に記載の生きている組換え共生細菌に発現させて、がん対象においてまたはがん対象に導入することができるＨＬＡ適合ドナーＴ細胞において、がん細胞を認識し死滅させるために適応Ｔ細胞応答を惹起することができる。

【0253】

感染性疾患抗原
一部の実施形態では、少なくとも１つの非天然タンパク質またはペプチドは、感染性疾患を引き起こす生物に関連している抗原である。ある特定の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、宿主に感染して宿主において疾患を引き起こす任意の感染性ウイルス、細菌、真菌または寄生虫を含む。一部の実施形態では、宿主は、哺乳動物である。一部の実施形態では、宿主は、ヒトである。一部の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、ウイルスである。一部の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、細菌である。一部の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、真菌である。一部の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、寄生虫である。

【0254】

一部の実施形態では、感染性疾患を引き起こす生物は、インフルエンザウイルスＡ型、インフルエンザウイルスＢ型、インフルエンザウイルスＣ型、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ－１、ＨＳＶ－２）、レトロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ－１、ＨＩＶ－２）、ヒトアデノウイルス（ｈＡｄＶ）、パラインフルエンザウイルス（ＰＩＶ）、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、ライノウイルス、コロナウイルス、ＳＡＲＳ－コロナウイルス、ＣＯＶＩＤ－１９、麻疹ウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、風疹ウイルス、ポリオウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、デングウイルス、フラビウイルス、エボラウイルス、エプスタイン－バーウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ウエストナイルウイルス、狂犬病ウイルス、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ａ群Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ細菌（連鎖球菌性咽頭炎を引き起こす細菌）、Ｌｉｓｔｅｒｉａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍｏｓｉｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｕｍ、Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ ｇｏｎｄｉｉ、Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ、およびＬｅｉｓｈｍａｎｉａからなる群から選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つの非天然タンパク質またはペプチドは、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ １２－６３、ＨＡ２ステム－ＨＡ ７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、およびｇＢ糖タンパク質４９８－５０５である。

【0255】

一部の実施形態では、非天然タンパク質またはペプチドは、表３に収載されているようなアミノ酸配列を含む。

【表3】

【0256】

ＡＰＣ標的化部分
一部の実施形態では、操作された微生物、または表面標識細菌、例えば、生きている組換え共生細菌は、ＡＰＣ標的化部分を含む非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、またはその非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分を含む非天然タンパク質またはペプチドはまた、１つまたは複数の抗原配列を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分と１つまたは複数の抗原配列の両方を含む非天然タンパク質またはペプチドはまた、細胞外空間に分泌されるように操作され得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分と１つまたは複数の抗原配列の両方を含む非天然タンパク質またはペプチドはまた、操作された微生物または表面標識細菌の細胞壁に繋留されるように操作され得る。ある特定の実施形態では、分泌および細胞壁繋留は、本明細書における「シグナル配列ペプチド」と題する節でさらに説明される。

【0257】

一部の実施形態では、操作された微生物は、ＡＰＣ標的化部分を含む第１の非天然タンパク質もしくはペプチドと１つもしくは複数の抗原配列を含む第２の別個の非天然タンパク質もしくはペプチドとを発現するように操作されており、または表面標識細菌は、その第１の非天然タンパク質もしくはペプチド、およびその第２の非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。

【0258】

ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、これらに限定されないが、抗体またはその抗原結合性断片、例えば、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、単一特異性のものもしくは互いに連結された複数の特異性のどちらかとしての単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）（例えば、ラクダ科動物抗体ドメイン）、または完全長一本鎖抗体（例えば、重鎖と軽鎖が柔軟なリンカーにより連結されている完全長ＩｇＧ）を含む。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、発現可能な抗原結合性断片であって、抗原結合性断片が同種抗原に結合できるような適切な翻訳後プロセシングが可能な抗原結合性断片であり得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、単一ドメイン抗体（例えば、ラクダ科動物抗体）またはその抗原結合性断片である。ＡＰＣ標的化部分は、単一ドメイン抗体（ＶＨＨ、「ナノボディ」とも呼ばれる）の可変ドメインであり得る。

【0259】

ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、配列番号３３のＶＨＨ配列を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、配列番号３４のＶＨＨ配列を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＶＨＨ配列・配列番号３３のＣＤＲの各々を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＶＨＨ配列・配列番号３４のＣＤＲの各々を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＶＨＨ配列・配列番号３３のＣＤＲ３を含み得る。ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、配列番号３４のＶＨＨ配列のＣＤＲ３を含み得る。

【0260】

ある特定の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＡＰＣに付随する任意の同種リガンド、例えば、樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、Ｂ細胞、腸管上皮細胞、および自然リンパ系細胞、脾臓樹状細胞、ＣＤ８＋樹状細胞、ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、濾胞性樹状細胞、単球性細胞、マクロファージ、骨髄由来マクロファージまたはクッパー細胞に付随する任意の細胞マーカー、に結合する（それらを「標的とする」）ことができる。一部の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１０３＋ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞に付随する任意の細胞マーカーを標的とする。一部の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＣＸ３ＣＲ１＋腸管マクロファージに付随する任意の細胞マーカーを標的とする。一部の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂを標的とする。一部の実施形態では、ＡＰＣ標的化部分は、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ－ＩＩ標的化部分を標的とする。

【0261】

シグナル配列ペプチド
一部の実施形態では、操作された微生物、または表面標識細菌、例えば、生きている組換え共生細菌は、シグナル配列ペプチドを含む非天然タンパク質もしくはペプチドを発現するように操作されており、またはその非天然タンパク質もしくはペプチドを呈示する。

【0262】

一部の実施形態では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する。ある特定の実施形態では、シグナル配列ペプチドは、ソルターゼ由来シグナル配列ペプチドを含み得る。繋留を指向するシグナル配列ペプチドは、操作された微生物または表面標識細菌の内在性遺伝子に由来し得る。ある特定の実施形態では、繋留を指向するシグナル配列ペプチドは、操作された微生物または表面標識細菌とは異種の配列、例えば、パラログであり得る。ある特定の実施形態では、操作された微生物または表面標識細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓであり得、シグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来し得る。ある特定の実施形態では、繋留を指向するシグナル配列ペプチドは、ソルターゼの基質であるタンパク質（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのプロテインＡ）に由来するシグナル配列ペプチドであり得る。

【0263】

一般に、細胞壁に繋留されることになるタンパク質は、典型的に細胞壁貫通ペプチドドメインを含む。細胞壁貫通ペプチドドメインは、操作された微生物または表面標識細菌の内在性遺伝子に由来し得る。細胞壁貫通ペプチドドメインは、操作された微生物または表面標識細菌とは異種の配列、例えば、パラログであり得る。ある特定の実施形態では、操作された微生物または表面標識細菌は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓであり得、細胞壁貫通ペプチドドメインは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来し得る。ある特定の実施形態では、細胞壁貫通ペプチドドメインは、ソルターゼの基質であるタンパク質（例えば、Ｓ．ａｕｒｅｕｓのプロテインＡ）に由来し得る。

【0264】

ある特定の実施形態では、細胞壁に繋留されることになるタンパク質の一般的構成は、非天然タンパク質またはペプチドのＮ末端に位置する、繋留を指向するシグナル配列ペプチドと、非天然タンパク質またはペプチドのＣ末端に位置する、細胞壁貫通ペプチドドメインとを含み得る。

【0265】

一部の実施形態では、シグナル配列ペプチドは、発現後に細菌からの融合タンパク質の分泌（すなわち、細胞外空間への分泌）を指向する。ある特定の実施形態では、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、これらに限定されないが、ツインアルギニン透過（ｔａｔ）シグナル配列ペプチドまたは一般分泌（ｓｅｃ）シグナル配列ペプチドを含む。ある特定の実施形態では、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、ｔａｔシグナル配列ペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、操作された微生物または表面標識細菌の内在性遺伝子に由来し得る。ある特定の実施形態では、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、操作された微生物または表面標識細菌とは異種の配列、例えば、パラログであり得る。ある特定の実施形態では、操作された微生物は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓであり得、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来し得る（例えば、ｆｅｐＢからのシグナル配列ペプチドであり得る）。ある特定の実施形態では、分泌を促進するシグナル配列ペプチドは、ｓｅｃシグナル配列ペプチドであり得る。ある特定の実施形態では、シグナル配列ペプチドは、予測シグナル配列ペプチド、例えば、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来するシグナル配列ペプチドを含む。

【0266】

６．核酸
一部の実施形態では、改変された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌は、非天然タンパク質もしくはペプチド、または異種抗原もしくはその抗原断片を発現させるために使用される、非天然核酸または異種核酸を含む。一部の実施形態では、異種核酸は、異種タンパク質またはその抗原断片を産生するように翻訳されるＲＮＡである。一部の実施形態では、異種核酸は、異種タンパク質またはその抗原断片をコードするＤＮＡ（すなわち、異種タンパク質またはその抗原断片を産生するように翻訳されるｍＲＮＡに転写され得るＤＮＡ）である。

【0267】

ある特定の実施形態では、異種核酸は、典型的に、調節配列およびコード領域配列を含む。一部の実施形態では、調節配列は、コード領域配列に作動可能に連結されており、したがって、調節配列は、コード領域配列の発現（例えば、転写または翻訳）を制御する。ある特定の実施形態では、調節配列は、転写因子などの調節タンパク質に結合し、作動可能に連結された配列の転写速度に影響を与える、配列エレメント、例えば、プロモーターおよびエンハンサーを含み得る。ある特定の実施形態では、調節配列は、コード領域配列の上流（５’）もしくは下流（３’）または両方に位置し得る。

【0268】

一部の実施形態では、コード領域配列は、哺乳動物における免疫応答の惹起に有用である異種タンパク質をコードする。当業者には公知であるように、ＭＨＣ－ＩＩに強力に結合し、Ｔ細胞応答を惹起する、エピトープコード配列を予測するために、様々なオンラインサービスを使用することができる（例えば、Reynisson et al. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions of MHC antigen presentation by concurrent motif deconvolution and integration of MS MHC eluted ligand data. Nucleic Acids Res. 2020; 48(W1):W449-454.を参照されたい）。ある特定の実施形態では、核酸は、転写および翻訳されたときに異種タンパク質を特定の細胞位置または区画に輸送するためのシグナルを提供する配列（例えば、細胞内の、分泌された、または膜に結合している配列）も含み得る。

【0269】

一部の実施形態では、異種核酸は、コード領域配列のＲＮＡへの転写を上方調節または下方調節する調節配列を含む発現ベクターである。一部の実施形態では、改変された微生物は、ＲＮＡをタンパク質に翻訳するための必要成分、例えば、アミノ酸およびｔＲＮＡを含み得る。一部の実施形態では、改変された微生物は、ＲＮＡをタンパク質に翻訳するための必要成分、例えばアミノ酸およびｔＲＮＡ、を含む、生きている組換え共生細菌である。ある特定の実施形態では、発現ベクターは、生きている組換え共生細菌内の任意の位置における異種抗原の発現を指向する調節エレメントを含有し得る。ある特定の実施形態では、発現ベクターは、細胞質中の（すなわち、可溶性であり、封入体の中にない）、ペリプラズム中の、細胞表面タンパク質に融合された、または細菌により分泌された、異種抗原の発現を指向する調節エレメントを含有し得る。細菌における組換えタンパク質の発現のための核酸ベクターは、当業者に周知である。一部の実施形態では、発現ベクターは、ｐＮＢＵ２－ｂｌａ－ｅｒｍＧｂ、ｐＮＢＵ２－ｂｌａ－ｔｅｔＱｂ、またはｐＥｘｃｈａｎｇｅ－ｔｄｋである（例えば、Wang J. et al. (2000). J Bacteriol. 182. 3559-71；pMM668, Addgene；Mimee M. et al. (2015) Cell Syst. 1(1):62-71；およびKoropatkin N. et al. 2008. Structure. 16(7): 1105-1115を参照されたい）。

【0270】

一部の実施形態では、発現ベクターは、Whitaker et al., “Tunable Expression Tools Enable Single-Cell Strain Distinction in the Gut Microbiome,” Cell 169, 538-546, April 20, 2017に記載されているような、抗原エピトープコード領域を細菌ゲノムに組み込むために使用される、ｐＷＷ３８３７ベクター（Ｇｅｎｂａｎｋ＃ＫＹ７７６５３２）である。

【0271】

一部の実施形態では、異種核酸は、細菌のゲノムに安定的に組み込まれる。一部の実施形態では、異種核酸は、細菌内にプラスミドとして維持される。一部の実施形態では、異種核酸は、エピソームプラスミドである。

【0272】

一部の実施形態では、異種核酸は、表４に収載されているようなエピトープコード領域配列を含む。

【表4】

【0273】

一部の実施形態では、異種核酸は、非天然ヌクレオチド、または天然ヌクレオチドの類似体を含む。ヌクレオチドアナログまたは非天然ヌクレオチドは、塩基、糖またはリン酸部分に対する任意のタイプの改変を含有するヌクレオチドを含む。改変は、化学的改変を含み得る。ある特定の実施形態では、改変は、主鎖、糖成分またはヌクレオチド塩基の３’ＯＨまたは５’ＯＨ基の改変であり得る。ある特定の実施形態では、改変は、天然に存在しないリンカー分子の付加、および／または鎖間もしくは鎖内架橋を含み得る。ある特定の実施形態では、改変された核酸は、３’ＯＨもしくは５’ＯＨ基、主鎖、糖成分、またはヌクレオチド塩基の１つもしくは複数についての修飾、および／または天然に存在しないリンカー分子の付加を含む。ある特定の実施形態では、改変された骨格は、ホスホジエステル骨格以外の骨格を含む。一態様では、改変された糖は、デオキシリボース以外の糖（改変ＤＮＡの場合）、またはリボース以外の糖（改変ＲＮＡの場合）を含む。ある特定の実施形態では、改変された塩基は、アデニン、グアニン、シトシンもしくはチミン以外の塩基（改変ＤＮＡの場合）、またはアデニン、グアニン、シトシンもしくはウラシル以外の塩基（改変ＲＮＡの場合）を含む。

【0274】

７．生きている組換え共生細菌を産生する方法
ある特定の実施形態では、参照により本明細書に組み込まれる、Green, M.R. and Sambrook, J., eds., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 4^th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2012)、およびAusubel, F. M., et al. Current Protocols in Molecular Biology (Supplement 99), John Wiley & Sons, New York (2012)に記載されているような一般的な分子生物学法を使用して、共生細菌を、非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原もしくはその抗原断片を発現するように操作することができ、またはそれらを呈示するように表面標識することができる。

【0275】

ある特定の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原もしくはその抗原断片を発現する、生きている組換え共生細菌株を産生するために、抗原エピトープコード配列を発現ベクターにクローニングすることができる。ある特定の実施形態では、代表的な発現ベクターは、ｐＷＷ３８３７ベクター（Ｇｅｎｂａｎｋ＃ＫＹ７７６５３２）である（Whitaker et al., “Tunable Expression Tools Enable Single-Cell Strain Distinction in the Gut Microbiome,” Cell 169, 538-546, April 20, 2017を参照されたい）。ある特定の実施形態では、抗原エピトープコード配列をギブソンアセンブリーなどの公知の方法により発現ベクターにクローニングすることができる。ある特定の実施形態では、次いで発現ベクターを好適な細菌ドナー株、例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ Ｓ１７ラムダｐｉｒドナー株に電気穿孔法で導入することができる。ある特定の実施形態では、Ｅ．ｃｏｌｉドナー株を、コンジュゲーションのために一晩、レシピエントである生きている共生細菌と共培養し、陽性コロニーを発現ベクターの組込みについてスクリーニングすることができる。

【0276】

ある特定の実施形態では、非天然タンパク質もしくはペプチドまたは異種抗原の発現を、抗原をコードするＲＮＡの発現の検出を含む様々なアッセイにより、決定することができる。ある特定の実施形態では、アッセイは、ノーザン解析、ＲＴ－ＰＣＲ、またはタンパク質発現検出である。ある特定の実施形態では、タンパク質発現検出は、ウエスタン解析である。

【0277】

８．医薬組成物
一部の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物と薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が、本開示で提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載の生きている組換え共生細菌である改変された微生物と薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物が、本開示で提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象によって摂取されたまたは別様に対象に投与されたときに本明細書に記載の改変された微生物により発現される異種抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の改変された微生物により発現される異種抗原に対する抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を誘導する。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の改変された微生物により発現される異種抗原に対する抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を誘導する。

【0278】

一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導する非天然または異種抗原をコードする非天然または異種核酸を含む、改変された微生物を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を誘導する異種抗原をコードする異種核酸を含む、改変された微生物を含む。一部の実施形態では、異種抗原は、細菌細胞表面に繋留され得る。一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を誘導する異種抗原をコードする異種核酸を含む、改変された微生物を含む。一部の実施形態では、異種抗原は、細菌細胞表面に繋留され得る。

【0279】

一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導する非天然または異種抗原をコードする非天然または異種核酸を含む、生きている組換え共生細菌を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を誘導する異種抗原をコードする異種核酸を含む、改変された共生細菌を含む。一部の実施形態では、異種抗原は、細菌細胞表面に繋留され得る。一部の実施形態では、医薬組成物は、組成物が対象に投与されたときに抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を誘導する異種抗原をコードする異種核酸を含む、改変された共生細菌を含む。一部の実施形態では、異種抗原は、細菌細胞表面に繋留され得る。

【0280】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含み得る。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される賦形剤の例としては、限定ではないが、滅菌溶液、例えば、水、食塩水、およびリン酸緩衝溶液が挙げられる。ある特定の実施形態では、医薬品賦形剤の追加の例は、Handbook of Pharmaceutical Excipients, 8^th Edition, Authors/Editor: Sheskey, Paul J.; Cook, Walter G.; Cable, Colin G., Pharmaceutical Press (ISBN: 978-0-857-11271-2)に記載されている。使用される賦形剤のタイプが対象への投与経路に依存することは理解されるであろう。

【0281】

一部の実施形態では、医薬組成物は、哺乳動物の消化管に天然である共生細菌に由来する改変された細菌を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．またはＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．から選択される、生きている組換え共生細菌を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、組換えＢ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉまたはＨ．ｈｅｐａｔｉｃｕｓを含む。

【0282】

一部の実施形態では、医薬組成物は、哺乳動物の皮膚に天然である共生細菌に由来する改変された細菌を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐｐ．を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを含む。

【0283】

ある特定の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物を、異種抗原に対する抗原特異的免疫応答を誘導する好適な経路、例えば、経口、経鼻、皮下、皮膚、皮内、筋肉内、粘膜または直腸経路によって、対象に投与することができる。

【0284】

一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、改変された微生物に、その改変された微生物が由来した微生物が元々生息していたであろう対象におけるニッチにコロニーを形成させるために、好適な経路によって対象に投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、改変された微生物に、宿主の胃腸管にコロニーを形成させるために、対象に経口投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、改変された微生物に、宿主の皮膚にコロニーを形成させるために、対象に局所投与される。

【0285】

一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、改変された微生物が、その改変された微生物が由来した微生物が元々生息していたであろう対象におけるニッチにコロニーを形成する生きている組換え共生細菌となることを可能にするために、好適な経路によって対象に投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、対象の胃腸管に天然な共生細菌に由来する生きている組換え細菌である改変された微生物に、宿主の胃腸管にコロニーを形成させるために、対象に経口投与される。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、対象の皮膚に天然な共生細菌に由来する生きている組換え細菌である改変された微生物に、宿主の皮膚にコロニーを形成させるために、対象に局所投与される。

【0286】

一部の実施形態では、医薬組成物は、本明細書に記載の改変された微生物が放出される前に胃経由で小腸に移行することを可能にする材料、例えば、遅延放出性腸溶コーティングを含む。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、本明細書に記載の改変された微生物を含有する腸溶性カプセルを含む。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、胃の酸性ｐＨなどの酸性ｐＨで安定しているが小腸のｐＨ（ｐＨ７～９）などのアルカリ性ｐＨで容易に分解または溶解する、ポリマーを含む。

【0287】

一部の実施形態では、医薬組成物は、組換え共生細菌である改変された微生物が放出される前に胃経由で小腸に移行することを可能にする材料、例えば、遅延放出性腸溶コーティングを含む。一部の実施形態では、本明細書で開示される医薬組成物は、本明細書に記載の生きている組換え共生細菌である改変された微生物を含有する腸溶性カプセルを含む。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、胃の酸性ｐＨなどの酸性ｐＨで安定しているが小腸のｐＨ（ｐＨ７～９）などのアルカリ性ｐＨで容易に分解または溶解する、ポリマーを含む。

【0288】

一部の実施形態では、医薬組成物は、対象における疾患または病的状態の処置に有用である追加の薬剤をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、追加の薬剤の例としては、対象における疾患または病的状態の処置に有用である小分子薬または抗体が挙げられる。

【0289】

９．適応Ｔ細胞応答を誘導する細菌を含む合成細菌群落
ある特定の実施形態では、本開示に従って産生される改変された微生物（例えば、これに限定されないが、生きている組換え共生細菌を含む）は、抗原特異的Ｔ細胞免疫応答を誘導するために対象に投与され得る。ある特定の実施形態では、細菌の投与は、一般に、単一の細菌細胞の投与を指すのではなく、複数の細菌細胞、典型的には、所望の特性（すなわち、異種抗原またはその抗原断片の発現）を有する細菌細胞のクローン集団、の投与を包含すると認識されることになる。

【0290】

「高複雑度の規定された微生物群落」は、本明細書で使用される場合、各微生物株が分子的に規定されている複数の異なる微生物（例えば、複数の異なる細菌株）の物理的組合せを指す。

【0291】

両方とも発明の名称が「高複雑度合成細菌群落（High Complexity Synthetic Gut Bacterial Communities）」であり、各々の内容が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１８年１１月２１日に出願された米国特許仮出願第６２／７７０，７０６号、および２０２０年５月２８日にＷＯ２０２０１０６９９９Ａ１として公開された関連国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６２６８９には、ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏバックフィル法を使用して産生された、規定された安定な微生物群落、すなわち「バックフィル群落」、およびそのような群落を作製するための方法が記載されている。ある特定の実施形態では、これらの微生物群落は、目的の少なくとも１つまたは複数の微生物細胞を含み、哺乳動物の（例えば、ヒトの）腸、例えば、ヒトマイクロバイオームを含有する腸に生着したとき、微生物生態系が恒常性を維持している、したがって、目的の少なくとも１つまたは複数の微生物細胞が群落からなくならず、腸内での競合する微小生物の成長により押しのけられず、腸内で成長して他の微小生物を押しのけない、という意味で、安定している。集団内の株の組合せが不安定であった場合、集団は、予測できない形で変化する可能性があり、それによって群落の代謝表現型が変化する可能性がある。

【0292】

米国特許仮出願第６２／７７０，７０６号、および関連国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６２６８９には、所望の代謝表現型を有する群落の生成、スクリーニングおよび生着が記載されている。ある特定の実施形態では、代謝表現型は、１つまたは複数の第１の化合物を１つまたは複数の第２の化合物に変換する微生物株または微生物群落の能力であり得る。ある特定の実施形態では、第１の化合物は、微小生物または群落によって第２の化合物に酵素的に転換され、代謝表現型は、第２の化合物の量の増加である。

【0293】

一部の実施形態では、例えば、これに限定されないが、生きている組換え共生細菌を含む、本明細書に記載の改変された微生物を、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与することができる。一部の実施形態では、細菌は、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて宿主に投与され、高複雑度の規定された微生物群落は、宿主におけるＴ_Ｈ２、Ｔ_ｒｅｇおよび／またはＴ_Ｈ１７応答を促進する。一部の実施形態では、例えば、これに限定されないが、生きている組換え共生細菌を含む、本明細書に記載の改変された微生物を、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６２６８９で開示されているような高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与することができる。ある特定の実施形態では、高複雑度の規定された微生物群落の所望の表現型は、異種抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導するのに十分な量で異種抗原またはその抗原断片を発現する、本明細書で開示の生きている組換え共生細菌の能力である。ある特定の実施形態では、改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む高複雑度の規定された微生物群落は、組換え細菌が由来した共生微生物が元々生息していただろう対象におけるニッチにおけるコロニー形成を可能にするために、対象に投与され、その結果として、生きている組換え共生細菌により発現される異種抗原またはその抗原断片に対する抗原特異的Ｔ細胞応答が誘導されることになる。一部の実施形態では、本明細書に記載の生きている組換え共生細菌を含む高複雑度の規定された微生物群落は、群落が生着する対象において抗原特異的調節性Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、本明細書に記載の生きている組換え共生細菌を含む高複雑度の規定された微生物群落は、群落が生着する対象において抗原特異的Ｔエフェクター細胞応答を誘導する。

【0294】

異種抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導できる高複雑度の規定された微生物群落を、代謝表現型が抗原特異的Ｔ細胞応答を惹起する能力であるという変更を加えて、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０６２６８９に記載されているように産生できることは、当業者には理解されるであろう。そこで開示されているように、培養またはｉｎ ｖｉｖｏバックフィル群落を、所望の抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導する能力についてアッセイした。そこで開示されているある特定の実施形態では、所望の抗原特異的Ｔ細胞応答は、代謝表現型の一種と見なされ得る。

【0295】

代謝表現型についてのアッセイは、当技術分野において公知であり、本開示に記載されており、これに限定されないが、本開示の「Ｔ細胞応答を検出するための方法」と題する節に記載されているアッセイを含む。

【0296】

１０．抗原特異的Ｔ細胞またはＢ細胞応答を誘導する方法
別の態様では、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、により発現または呈示される、非天然タンパク質、ペプチド、抗原またはその抗原断片に対する抗原特異的Ｔ細胞またはＢ細胞応答を誘導するための方法が提供される。ある特定の実施形態では、方法をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで行うことができる。

【0297】

Ｔ細胞
一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、Ｔ_Ｈ１、Ｔ_Ｈ２、Ｔ_Ｈ１７、Ｔ_ｒｅｇ、ＣＤ８^＋、またはＴ濾胞性ヘルパー（Ｔ_ＦＨ）応答である。一部の実施形態では、生きている組換え共生細菌は、宿主におけるＴ_Ｈ１ Ｔ細胞の分化を制限する。一部の実施形態では、細菌は、宿主におけるＴ_Ｈ１ Ｔ細胞の分化を制限するように天然宿主ニッチをモジュレートする。一部の実施形態では、細菌は、宿主におけるＴ_Ｈ２ Ｔ細胞の分化を促進する。一部の実施形態では、細菌は、宿主におけるＴ_Ｈ２ Ｔ細胞の分化を促進するように天然宿主ニッチをモジュレートする。

【0298】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の改変された細菌の投与後のＴ細胞応答は、サイトカインおよび／もしくはケモカイン発現、または細胞死滅を含み得る。一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、サイトカインおよび／またはケモカイン応答を含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、サイトカインおよび／またはケモカインの分泌増加を含む。サイトカインおよび／またはケモカインの分泌増加は、これらに限定されないが、改変されていない細菌の投与と比較したサイトカインおよび／もしくはケモカインを分泌するＴ細胞の数の増加、改変されていない細菌の投与と比較した分泌されるサイトカインおよび／もしくはケモカインの量もしくは体積の増加、改変されていない細菌の投与と比較したＴ細胞によるサイトカインおよび／もしくはケモカインの分泌増進、または改変されていない細菌の投与と比較したサイトカインおよび／もしくはケモカインの分泌の誘導を含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、Ｔ_Ｈ２応答を含む。

【0299】

一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、細胞傷害性Ｔ細胞応答を含む。細胞傷害性Ｔ細胞応答増加は、これらに限定されないが、改変されていない細菌の投与と比較した細胞傷害性Ｔ細胞の数の増加、改変されていない細菌の投与と比較した細胞傷害性Ｔ細胞の活性化の増加、改変されていない細菌の投与と比較した細胞傷害性Ｔ細胞の活性化の増強、または改変されていない細菌の投与と比較した細胞傷害性Ｔ細胞活性化の誘導を含む。

【0300】

一部の実施形態では、Ｔ細胞応答は、Ｔ_Ｈ１応答を含まない。ある特定の実施形態では、Ｔ_Ｈ１応答の制限、抑制または低減は、これらに限定されないが、改変されていない細菌の投与と比較したＴ_Ｈ１ Ｔ細胞または活性化Ｔ_Ｈ１ Ｔ細胞の数の低減または減少を含む。

【0301】

調節性Ｔ細胞（Ｔ_ｒｅｇ）は、複数の細胞型に対する多能性抗炎症効果を有する。特に、それらは、自然および適応免疫細胞の活性化を制御する。抗原特異的方法で作用するＴ_ｒｅｇは、例えば、エフェクターＴ細胞が、侵入してくる病原体に対する攻撃の開始に成功した後に、または自己抗原に対する反応性を抑制し、それによって自己免疫疾患を防止するために、エフェクターＴ細胞の活性化および機能を低下させる。

【0302】

Ｔ_ｒｅｇ細胞は、末梢組織内での、特に、それらが安定的に生息するバリア部位での、免疫恒常性の確立および維持に大きな役割を果たす。腸管粘膜固有層において、Ｔ_ｒｅｇ細胞は、自己寛容を維持するばかりでなく、共生生物に対する寛容の媒介にも極めて重要な役割を果たす。腸生息Ｔ_ｒｅｇ細胞の大部分が共生抗原を認識し、胸腺由来Ｔ_ｒｅｇ細胞は、腸管微小生物に対する寛容を支持する。加えて、ある特定の細菌種は、粘膜固有層においてＴ_ｒｅｇ細胞を拡大する。

【0303】

Ｔ_ｒｅｇは、Ｔヘルパー（Ｔ_Ｈ）細胞のサブセットであり、ナイーブＣＤ４＋細胞と同じ系列に由来すると考えられている。Ｔ_ｒｅｇは、自己抗原に対する寛容の維持、および自己免疫疾患の予防に関与する。Ｔ_ｒｅｇはまた、エフェクターＴ細胞（Ｔ_ｅｆｆ）の誘導および増殖を抑制する。Ｔ_ｒｅｇは、阻害性サイトカイン、例えば、ＴＧＦ－β、ＩＬ－３５、およびＩＬ－１０を産生する。Ｔ_ｒｅｇは、転写因子Ｆｏｘｐ３を発現する。ヒトでは、Ｔ_ｒｅｇ細胞の大多数がＭＨＣ－ＩＩ拘束性ＣＤ４＋細胞であるが、ＦｏｘＰ３＋、ＭＨＣ－Ｉ拘束性、ＣＤ８＋細胞である少数集団がある。Ｔ_ｒｅｇはまた、胸腺において発生する「天然」ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ_ｒｅｇ細胞（ｎＴ_ｒｅｇ）、および末梢に生じる「誘導性」調節性細胞（ｉＴ_ｒｅｇ）というサブセットに分けることができる。天然に存在するＴ_ｒｅｇは、末梢において自己反応性免疫応答を抑制する。ｉＴ_ｒｅｇはＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋でもあり、ｉＴ_ｒｅｇは、無害な抗原に対する寛容を確保するために通常のＣＤ４＋Ｔ細胞からの末梢（すなわち、胸腺以外）における成熟ＣＤ４＋Ｔ細胞から発生し、例えば、食物および腸内フローラに由来するものを含む。Ｔ_ｒｅｇ細胞の両方のサブセットは、高レベルのＣＤ２５および転写因子Ｆｏｘｐ３の発現を特徴とする。Ｔ_ｒｅｇは、自己反応性エフェクターＴ細胞の抗原特異的拡大および／または活性化を阻害すると考えられ、ＴＧＦ－ベータもしくはＩＬ－１０をはじめとする抑制性サイトカインを分泌すると考えられる。ｉＴ_ｒｅｇはまた、ＲＯＲγｔとＦｏｘｐ３の両方を発現することができる。樹状細胞により産生されたＴＧＦ－βおよびレチノイン酸は、ナイーブＴ細胞をＴ_ｒｅｇに分化するように刺激することができること、および消化管内のナイーブＴ細胞は、抗原刺激後にＴ_ｒｅｇに分化することが、研究により示されている。ＴＧＦ－βを添加することにより、培養でｉＴ_ｒｅｇを誘導することもできる。

【0304】

Ｔエフェクター（Ｔ_ｅｆｆ）細胞は、一般に、異なるクラスの病原体に対処するように特殊化されている一連の膜結合および分泌タンパク質の発現または放出によって抗原特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）活性化時に炎症誘発性応答を刺激する。Ｔ_ｅｆｆ細胞は、通常、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞およびＴヘルパー細胞に分けられる。Ｔヘルパー細胞は、さらにＴ_Ｈ１細胞、Ｔ_Ｈ２細胞、およびＴ_Ｈ１７細胞に分類され得る。

【0305】

ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、細胞表面のＭＨＣ－Ｉ分子のコンテキストで提示される細胞内病原体（例えば、ウイルス）のペプチド断片を呈示する標的細胞を認識し、死滅させる。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、感染した標的細胞の膜と融合する溶解性顆粒の中にあらかじめ形成された細胞毒素を蓄えている。ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞は、Ｆａｓ発現標的細胞においてアポトーシスを誘導するＦａｓリガンドを、さらに発現する。

【0306】

Ｔヘルパー（Ｔ_Ｈ）細胞は、Ｂ細胞の増殖およびＢ細胞応答を調節するように機能するＣＤ４＋細胞の１クラスである。Ｔ_Ｈ細胞は、液性免疫および免疫病原性に重要な役割を果たす。ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞は、Ｔ_Ｈ１細胞またはＴ_Ｈ２細胞のどちらかに分化する。Ｔ_Ｈ１およびＴ_Ｈ２細胞は両方とも、ＣＤ４を発現し、細胞内小胞の中でプロセシングされてＭＨＣ－ＩＩ分子のコンテキストで細胞表面に提示されるペプチド断片を認識する。Ｔ_Ｈ１細胞は、マクロファージおよびＢ細胞をはじめとするいくつかの他の免疫細胞を直接または間接的に活性化することができ、それによって、細胞内微生物のより効率的な破壊およびクリアランスを促進することができる。Ｔ_Ｈ１細胞は、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞の活性化につながる経路にも関与し得る。Ｔ_Ｈ２細胞は、Ｂ細胞の分化を刺激し、抗体の産生および液性免疫応答の他のエフェクター分子の産生を促進する。Ｔ_Ｈ細胞は、抗原刺激およびサイトカイン環境に依存してＴ_Ｈ１またはＴ_Ｈ２ Ｔ細胞に分化し得る。ＩＬ－１２の存在下で抗原によって最初に活性化されるＴヘルパー細胞は、主としてＴ_Ｈ１細胞になるが、ＩＬ－４の存在下で活性化されるＴヘルパー細胞は、主としてＴ_Ｈ２細胞になる。前駆Ｔヘルパー細胞は、Ｔ_Ｈ１経路またはＴ_Ｈ２経路のどちらかを示すサイトカインを合成する能力を持つようになる前に細胞分裂を必要とし得る。Ｔ_Ｈ１およびＴ_Ｈ２細胞表現型は、初期活性化シグナル伝達経路では、特に、ＴＣＲ関連タンパク質チロシンキナーゼの役割が異なる点で、互いに異なる。ＴＣＲおよびその下流のタンパク質チロシンキナーゼ、例えば、Ｆｙｎ、ｐ５６（Ｉｃｋ）、およびＺＡＰ－７０は、Ｔ_Ｈ１およびＴ_Ｈ２細胞の発生および分化に関与する。

【0307】

Ｔ_Ｈ１７細胞は、ＩＬ－１７を発現する炎症誘発性Ｔ_Ｈ細胞のサブセットである。Ｔ_Ｈ１７細胞は、Ｔ_Ｈ１およびＴ_Ｈ２細胞とは発生的に異なる。Ｔ_Ｈ細胞のＴ_Ｈ１７細胞への分化を誘導するシグナル伝達経路は、Ｔ_ｒｅｇ分化を阻害する。

【0308】

Ｔ濾胞性ヘルパー細胞（Ｔ_ＦＨ）は、ＣＤ４＋細胞のサブセットである。Ｔ_ＦＨ細胞は、同種Ｂ細胞による胚中心（ＧＣ）反応の形成および維持の助長に、ならびに液性免疫応答の発生に、不可欠である。これらの細胞は、それらをケモカインＣＸＣＬ１３１の勾配によってＢ細胞卵胞に方向付けるケモカイン受容体ＣＸＣＲ５の発現により定義される。Ｔ_ＦＨ細胞は、転写因子Ｂｃｌ６（これは、Ｂｌｉｍｐ－１／Ｐｒｄｍ１を抑圧する）および高レベルの共刺激受容体ＩＣＯＳも発現し、このＢｃｌ６およびＩＣＯＳは、両方とも、それらの分化および維持に極めて重要である。加えて、Ｔ_ＦＨ細胞は、ＧＣ形成、アイソタイプスイッチングおよび形質細胞形成に役立つ、大量のＩＬ－２１を分泌する。ヒトおよびマウスでは、機能的に類似したＴ_ＦＨ細胞を二次リンパ器官において見いだすことができる。ＣＸＣＲ５＋Ｔ_ＦＨ細胞は、末梢血にも存在し、自己抗体を有する個体に高レベルで見られる。

【0309】

Ｂ細胞
一部の実施形態では、抗原特異的応答は、Ｂ細胞応答である。Ｂ細胞応答は、抗体の分泌を含み得る。一部の実施形態では、Ｂ細胞応答は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ産生形質細胞応答である。

【0310】

ある特定の実施形態では、本明細書に記載の改変された細菌の投与後のＢ細胞応答は、Ｂ細胞による抗体産生の増加である。一部の実施形態では、Ｂ細胞応答は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ産生形質細胞応答を含む。一部の実施形態では、Ｂ細胞応答は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ産生メモリーＢ細胞応答を含む。一部の実施形態では、Ｂ細胞応答は、形質細胞および／またはメモリーＢ細胞によるＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ抗体の産生増加を含む。ある特定の実施形態では、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ抗体の分泌増加は、これらに限定されないが、改変されていない細菌の投与と比較したＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭもしくはＩｇＥ抗体を分泌するＢ細胞の数の増加、改変されていない細菌の投与と比較した分泌されるＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭもしくはＩｇＥ抗体の量もしくは体積の増加、改変されていない細菌の投与と比較した形質細胞もしくはメモリーＢ細胞によるＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭもしくはＩｇＥ抗体の分泌増進、および／または改変されていない細菌の投与と比較した形質細胞もしくはメモリーＢ細胞によるＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭもしくはＩｇＥ抗体の分泌の誘導を含む。

【0311】

Ｂ細胞は、適応免疫系の液性免疫成分の一部であり、抗体を分泌する。Ｂ細胞はまた、ＡＰＣとして作用することができ、サイトカインを分泌することができる。未熟Ｂ細胞は、骨髄から、二次リンパ器官、例えば、脾臓およびリンパ節に進む。Ｂ細胞は、二次リンパ器官においてＢ細胞受容体（ＢＣＲ）を介して抗原に結合すると活性化される。形質芽細胞、形質細胞、リンパ形質細胞様細胞、メモリーＢ細胞、濾胞性（ＦＯ）Ｂ細胞、辺縁帯（ＭＺ）Ｂ細胞、Ｂ１ Ｂ細胞、および調節性Ｂ細胞をはじめとする、複数のタイプのＢ細胞がある。ＦＯ Ｂ細胞は、Ｔ細胞依存性活性化を優先的に受ける。ＭＺ Ｂ細胞は、Ｔ細胞依存性活性化とＴ細胞非依存性活性化の両方を受け得る。活性化されると、Ｂ細胞は、２ステップの分化プロセスを辿り、結果として、短寿命の形質芽細胞ならびに長寿命の形質細胞およびメモリーＢ細胞が生じる。形質細胞は、特定の抗原を認識する抗体を分泌する長寿命の非増殖細胞である。メモリーＢ細胞は、抗原への再暴露後または再感染後により強力な、より迅速な抗体応答をもたらすように機能する、休眠Ｂ細胞である。Ｔ_ＦＨ細胞は、メモリーＢ細胞の活性化および分化に関与する。Ｂ細胞分化、メモリーＢ細胞、およびＢ細胞による抗体分泌は、一般に、“Dynamics of B cells in germinal centres,” Nilushi S. et al., doi:10.1038/nri3804, Nature Reviews Immunology, 15, 137-148 (2015)；“Memory B cells,” Tomohiro Kurosaki, Kohei Kometani & Wataru Ise, doi:10.1038/nri3802, Nature Reviews Immunology, 15, 149-159 (2015)；および“The generation of antibody-secreting plasma cells,” Stephen L. Nutt, Philip D. Hodgkin, David M. Tarlinton & Lynn M. Corcoran, doi:10.1038/nri3795, Nature Reviews Immunology, 15, 160-171 (2015)に記載されている。

【0312】

例示的なＢ細胞表面マーカーとしては、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０（ＭＳ４Ａ１）、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ５３、ＣＤ７２、ＣＤ７３、ＣＤ７４、ＣＤｗ７５、ＣＤｗ７６、ＣＤ７７、ＣＤｗ７８、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ８１、ＣＤ８２、ＣＤ８３、ＣＤｗ８４、ＣＤ８５およびＣＤ８６白血球表面マーカー（説明については、The Leukocyte Antigen Facts Book, 2^nd Edition. 1997, ed. Barclay et al. Academic Press, Harcourt Brace & Co., New Yorkを参照されたい）が挙げられる。他のＢ細胞表面マーカーとしては、ＲＰ１０５、ＦｃＲＨ２、Ｂ細胞ＣＲ２、ＣＣＲ６、Ｐ２Ｘ５、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＣＸＣＲ５、ＦＣＥＲ２、ＢＲ３、Ｂｔｉｇ、ＮＡＧ１４、ＳＬＧＣ１６２７０、ＦｃＲＨ１、ＩＲＴＡ２、ＡＴＷＤ５７８、ＦｃＲＨ３、ＩＲＴＡ１、ＦｃＲＨ６、ＢＣＭＡ、および２３９２８７が挙げられる。

【0313】

一部の実施形態では、Ｂ細胞応答は、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭまたはＩｇＥ産生形質細胞応答である。

【0314】

抗原提示細胞
一部の実施形態では、目的の非天然タンパク質またはペプチドを発現または呈示する改変された微生物は、ＡＰＣと接触し、ＡＰＣは改変された微生物を貪食して異種抗原またはその抗原断片をＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩ分子上への提示のためにプロセシングする。一部の実施形態では、改変された微生物は、目的の非天然タンパク質またはペプチドを発現または呈示する、生きている組換え共生細菌であって、ＡＰＣと接触し、ＡＰＣは組換え細菌を貪食してＭＨＣ－ＩまたはＭＨＣ－ＩＩ分子上への提示のために異種抗原またはその抗原断片をプロセシングする。ある特定の実施形態では、ＡＰＣの例としては、樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、Ｂ細胞、腸管上皮細胞、および自然リンパ系細胞、脾臓樹状細胞、ＣＤ８＋樹状細胞、ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、濾胞性樹状細胞、単球性細胞、マクロファージ、骨髄由来マクロファージ、およびクッパー細胞が挙げられる。一部の実施形態では、ＡＰＣは、樹状細胞、脾臓樹状細胞、ＣＤ８＋樹状細胞、ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞、形質細胞様樹状細胞、濾胞性樹状細胞、単球性細胞、マクロファージ、骨髄由来マクロファージ、クッパー細胞、Ｂ細胞、ランゲルハンス細胞、自然リンパ系細胞、ミクログリア細胞、または腸管上皮細胞である。一部の実施形態では、ＡＰＣは、樹状細胞、例えば、ＣＤ１０３＋ＣＤ１１ｂ＋樹状細胞である。一部の実施形態では、ＡＰＣは、腸管マクロファージ、例えば、ＣＸ３ＣＲ１＋腸管マクロファージである。

【0315】

一部の実施形態では、プロセシングされた異種抗原をＭＨＣ分子との複合体でその細胞表面に呈示するＡＰＣは、次いで、ナイーブＴ細胞などのＴ細胞と接触する。一部の実施形態では、ナイーブＴ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）へのプロセシングされた異種抗原／ＭＨＣ複合体の結合は、ＴＣＲの活性化、およびナイーブＴ細胞のＴ_ｒｅｇへの分化をもたらす。一部の実施形態では、ナイーブＴ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）へのプロセシングされた異種抗原／ＭＨＣ複合体の結合は、ナイーブＴ細胞のエフェクターＴ細胞（Ｔ_ｅｆｆ）への分化をもたらす。

【0316】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞応答の誘導を、好適なアッセイ、例えば、特異的Ｔ細胞亜集団についての細胞表面マーカー発現分析を使用して（例えば、フローサイトメトリー分析により）、検出することができる。ある特定の実施形態では、Ｔ_ｒｅｇおよびＴ_Ｈ２細胞を検出するための好適なアッセイは、本明細書に記載されており、または当業者に公知である。

【0317】

抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導するｉｎ ｖｉｔｒｏ法における、ある特定の実施形態では、目的の異種抗原を発現または呈示する改変された微生物は、好適な培地において、ＡＰＣによる細菌の貪食、異種抗原のプロセシング、およびプロセシングされた抗原の細胞表面への呈示を可能にする条件下で、ＡＰＣとともに培養される。抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導するｉｎ ｖｉｔｒｏ法における、ある特定の実施形態では、目的の異種抗原を発現または呈示する生きている組換え共生細菌は、好適な培地において、ＡＰＣによる細菌の貪食、異種抗原のプロセシング、およびプロセシングされた抗原の細胞表面への呈示を可能にする条件下で、ＡＰＣとともに培養される。ある特定の実施形態では、ナイーブＴ細胞を、ＡＰＣおよび細菌のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養物に添加することができ、ＡＰＣを細菌から単離し、ナイーブＴ細胞とともに培養することができる。ある特定の実施形態では、培地は、Ｔ細胞の生存および所与のＴ細胞サブセットへの分化を促進する、増殖因子およびサイトカインを含有し得る。一部の実施形態では、培地は、Ｔ_ｒｅｇ細胞の分化を促進する因子、例えば、ＴＧＦ－βを含有する。一部の実施形態では、培地は、Ｔ_ｅｆｆ細胞の分化を促進する因子、例えば、ＩＬ－１２、ＩＬ－２およびＩＦＮγを含有する。

【0318】

一部の実施形態では、Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、対象の腸または脾臓から単離された初代Ｔ細胞である。一部の実施形態では、単離されたＴ細胞は、完全に分化したＴ_ｒｅｇを含む。一部の実施形態では、単離したての初代Ｔ細胞が、増殖因子もサイトカインも有さない基礎培地（すなわち、ダルベッコ変性イーグル培地＋５％ウシ胎孔血清）で培養される。

【0319】

抗原特異的Ｔ細胞応答を誘導する別の実施形態では、方法は、ｉｎ ｖｉｖｏ法である。一部の実施形態では、目的の異種抗原を発現または呈示する改変された微生物を含む医薬組成物が、対象に投与される。一部の実施形態では、目的の異種抗原を発現または呈示する生きている組換え共生細菌である改変された微生物を含む医薬組成物が、対象に投与される。医薬組成物は、本明細書でさらに説明される任意の好適な経路により投与され得る。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象の天然胃腸管ニッチへの組換え細菌の送達のために、対象により摂取される。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象の上皮ニッチへの組換え細菌の送達のために局所投与される。ある特定の実施形態では、改変された微生物を含む医薬組成物が投与されると、改変された微生物は、対象におけるＡＰＣにより貪食され、プロセシングされ、対象におけるナイーブＴ細胞に提示され、それにより抗原特異的Ｔ細胞応答が誘導される。ある特定の実施形態では、生きている組換え共生細菌を含む医薬組成物が投与されると、生きている組換え共生細菌は、対象におけるＡＰＣにより貪食され、プロセシングされ、対象におけるナイーブＴ細胞に提示され、それにより抗原特異的Ｔ細胞応答が誘導される。一部の実施形態では、医薬組成物の投与は、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を惹起する。一部の実施形態では、医薬組成物の投与は、Ｔ_ｅｆｆ応答を惹起する。

【0320】

一部の実施形態では、Ｔ_ｒｅｇへの分化は、ＡＰＣにより飲み込まれた細菌のタイプによる影響を受ける。一部の実施形態では、異種抗原は、異種抗原が発現される細菌株に依存して異なるＴ細胞集団の分化を誘導し得る。一部の実施形態では、哺乳物の腸ニッチに共生している細菌株に由来する生きている組換え共生細菌は、その組換え細菌により発現される異種抗原に対して特異的なＴ_ｒｅｇ応答を誘導し得るが、同じ異種抗原が、哺乳動物の皮膚ニッチに共生している細菌株に由来する生きている組換え共生細菌において発現されたときは、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ_ｅｆｆ応答の生成を誘導する。

【0321】

一部の実施形態では、細菌は、ＩＬ－１０、ＩＬ－１７Ａ、ＩＦＮγ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１３、ＩＬ－２１またはＩＬ－２２のうちの少なくとも１つについての発現増加を含むサイトカイン応答を誘導する。一部の実施形態では、細菌は、ＩＬ－１０、ＩＬ－１７Ａ、ＩＦＮγ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１３、ＩＬ－２１またはＩＬ－２２のうちの少なくとも２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたはそれより多くについての発現増加を含むサイトカイン応答を誘導する。

【0322】

１１．Ｔ細胞またはＢ細胞応答を検出するための方法
ある特定の実施形態では、異種抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞またはＢ細胞応答を、当技術分野において公知の様々な技術により検出することができる。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞またはＢ細胞応答は、本明細書で開示される生きている組換え共生細菌またはそれを含む医薬組成物を投与した対象からリンパ球を単離すること、およびリンパ球を抗原特異的Ｔ細胞またはＢ細胞の存在についてｅｘ ｖｉｖｏでアッセイすることにより、検出することができる。ヒト対象から単離された抗原特異的Ｔ細胞を検出するための方法は、例えば、“Manual of Molecular and Clinical Laboratory Immunology, 7^th Edition,” Editors: B. Detrick, R. G. Hamilton, and J. D. Folds, 2006, e-ISBN: 9781555815905に記載されている。ヒト対象から単離された抗原特異的Ｂ細胞を検出するための方法は、例えば、“Techniques to Study Antigen-Specific B Cell Responses,” Jim Boonyaratanakornkit and Justin J. Taylor, Front. Immunol., 24 July 2019, doi.org/10.3389/fimmu.2019.01694に記載されている。

【0323】

ある特定の実施形態では、抗原に対するＴ細胞応答を検出するための方法は、フローサイトメトリー、サイトカインアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）およびＴＣＲシークエンシングを含む。フローサイトメトリーは、ナイーブＴ細胞の活性化Ｔ細胞への分化前および後に細胞表面および／または細胞内マーカーの発現を検出するために使用され得る。ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するために、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＦＯＸＰ３およびＣＤ１２７に結合する抗体で細胞を標識し、ＣＤ３＋、ＣＤ４＋、ＣＤ２５ｈｉ、ＦＯＸＰ３＋、およびＣＤ１２７ｌｏである細胞にゲーティングすることができる。ある特定の実施形態では、活性化Ｔ細胞は、多くの場合、ＣＤ２５を上方調節し、Ｆｏｘｐ３は、エフェクター（非抑制性）Ｔ細胞系列により発現されるため、別のゲーティング戦略は、Ｆｏｘｐ３を含めず、ＣＤ３＋、ＣＤ４＋、ＣＤ２５ｈｉおよびＣＤ１２７ｌｏ細胞である細胞を選別する戦略である。ある特定の実施形態では、次いで、選別された細胞集団を、Ｔ_ｒｅｇ特性について、例えば、サイトカイン分析および／または非Ｔ_ｒｅｇ Ｔ細胞（例えば、ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＣＤ２５－、ＣＤ１２７ｈｉ）との抑制共培養アッセイにより、アッセイすることができる。ある特定の実施形態では、誘導性Ｔ_ｒｅｇも、ＲＯＲγｔとＦｏｘｐ３の両方の発現について分析することにより検出することができる（Xu M. et al., “c-Maf-dependent regulatory T cells mediate immunological tolerance to a gut pathobiont,” Nature. 2018 Feb 15; 554(7692): 373-377を参照されたい）。

【0324】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ細胞を検出するための他のアッセイは、抑制アッセイを含む。ある特定の実施形態では、レスポンダーＣＤ４＋Ｔ細胞がポリクローナルに刺激され、異なる推定的Ｔ_ｒｅｇ細胞比で共培養され、培養物が、レスポンダーＴ細胞のＤＮＡ合成をモニターするために^３Ｈ－チミジンで処理される。ある特定の実施形態では、Ｔ_ｒｅｇ細胞を、共培養アッセイでＩＬ－２およびＩＦＮ－γの産生を測定することにより、検出することもできる。これらのサイトカインのレベルは、レスポンダーＴ細胞のＴ_ｒｅｇ抑制により低下されるからである。ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するための別のアッセイは、レスポンダーＴ細胞におけるＩＬ－２およびＩＦＮ－γ ｍＲＮＡの発現またはＣＤ６９およびＣＤ１５４表面タンパク質発現を検出するアッセイであり、この場合、レスポンダーＴ細胞と推定的Ｔ_ｒｅｇ細胞の共培養から５～７時間以内に抑制を検出することができる。参照により本明細書に組み込まれる、McMurchy et al., “Suppression assays with human T regulatory cells: A technical guide,” Eur. J. Immunol. 2012. 42: 27-34を参照されたい。

【0325】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するための追加のアッセイは、Miragaia et al., “Single-Cell Transcriptomics of Regulatory T Cells Reveals Trajectories of Tissue Adaptation,” Immunity 50, 493-504, February 19, 2019に記載されているような単一細胞ｍＲＮＡの配列分析、およびBhairavabhotla et al., Transcriptome Profiling of Human FoxP3+ Regulatory T Cells,” Human Immunology, Volume 77, Issue 2, February 2016, Pages 201-213に記載されているようなトランスクリプトームプロファイリングを含む。ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するための別のアッセイは、Rossetti et al., “TCR repertoire sequencing identifies synovial T_reg cell clonotypes in the bloodstream during active inflammation in human arthritis,” Ann Rheum Dis 2017;76:435-441 (doi:10.1136/annrheumdis-2015-208992)に記載されているような、Ｔ_ｒｅｇ細胞のＴＣＲのシークエンシングを含む。

【0326】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するための別のアッセイは、Baron U. et al., “DNA demethylation in the human FOXP3 locus discriminates regulatory T cells from activated FOXP3(+) conventional T cells,” Eur J Immunol 2007;37:2378-89 (doi:10.1002/eji.200737594)に記載されているような、Ｔ細胞におけるＦｏｘＰ３座のＤＮＡメチル化の検出を含む。

【0327】

一部の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｒｅｇ応答を検出するためのアッセイは、ＡＰＣ、異種抗原（または異種抗原発現または呈示細菌）およびＴ細胞共培養系を使用する。ある特定の実施形態では、好適な期間の共培養（例えば、約１、２、３、４または５時間の共培養）後、Ｎｕｒ７７の発現が、抗原特異的ＴＣＲ活性化を検出するためにモニターされる。

【0328】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を検出するために、特定のＴ細胞系列に特有であるＴ細胞マーカーに結合する抗体で細胞を標識することができ、異なるＴ細胞サブセット集団の割合を、当業者に公知の技術を使用して分析することができる（例えば、Syrbe, et al. (1999) Springer Semin Immunopathol 21, 263-285；Luckheeram RV et al.(2012). Clin Dev Immunol. 2012;2012:925135；およびMahnke YD et al. (2013) Cytometry A 83(5):439-440を参照されたい）。一部の実施形態では、ＣＤ３、ＣＤ８、ＣＣＲ７、ＩＦＮγ、Ｔ－ｂｅｔ、ＣＸＣＲ３、ＣＣＲ５、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＧＡＴＡ３、ＳＴＡＴ６、ＣＣＲ４、ＣＣＲ８、ＩＬ－１７、ＲＯＲγＴ、またはＣＣＲ６に結合する１つまたは複数の抗体で細胞を標識することができる。さらなる例では、ＣＤ８＋Ｔ細胞を同定するために、ＣＤ３、ＣＤ８およびＣＣＲ７に結合する抗体で細胞を標識し、ＣＤ３＋、ＣＤ８＋およびＣＣＲ７－である細胞にゲーティングすることができる。

【0329】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を検出するためのアッセイは、当業者に周知である。一部の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ応答を検出するためのアッセイは、ＡＰＣ、異種抗原（または異種抗原発現または呈示細菌）およびＴ細胞共培養系を使用する。好適な期間の共培養（例えば、約１、２、３、４または５時間の共培養）後、Ｎｕｒ７７の発現が、抗原特異的ＴＣＲ活性化を検出するためにモニターされる（例えば、Ashouri JF and Weiss A (2017) J Immunol. 198 (2) 657-668を参照されたい）。

【0330】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ_ｅｆｆ細胞を検出するための他のアッセイは、増殖アッセイを含む。ある特定の実施形態では、レスポンダーＣＤ８＋Ｔ細胞がポリクローナルに刺激され、異なる推定的Ｔ_ｅｆｆ細胞比で共培養され、培養物が、レスポンダーＴ細胞のＤＮＡ合成をモニターするために^３Ｈ－チミジンで処理される。ある特定の実施形態では、共培養アッセイでサイトカイン（例えば、ＩＦＮ－γ）の産生を測定すること、ならびにパーフォリンおよびグランザイムの産生を測定することにより、Ｔ_ｅｆｆ細胞を検出することもできる。

【0331】

ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｂ細胞応答を検出するためのアッセイは、当業者に周知である。ある特定の実施形態では、そのようなアッセイは、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＰＯＴ、ＲＮＡ－ｓｅｑ、ＤＮＡバーコーディング、限界希釈、およびマスサイトメトリーを含む。ある特定の実施形態では、抗原に対するＢ細胞応答を検出するための方法は、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＰＯＴおよびＢＣＲシークエンシングを含む。フローサイトメトリーは、細胞表面Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）および他のＢ細胞表面マーカーの発現を検出するために使用され得る。

【0332】

１２．処置方法
本明細書の組換え細菌または表面標識細菌を含む医薬組成物で、対象における疾患、障害または状態を予防または処置する方法も、提供される。一部の実施形態では、対象における疾患、障害または状態は、対象における自己免疫疾患、障害または状態である。一部の実施形態では、対象における疾患、障害または状態は、感染性疾患である。一部の実施形態では、対象における疾患、障害または状態は、がんまたは増殖性障害である。一部の実施形態では、本明細書に記載の組換え細菌または表面標識細菌を含む、細菌または医薬組成物の投与は、Ｔ細胞またはＢ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、本明細書に記載の組換え細菌または表面標識細菌を含む、細菌または医薬組成物の投与は、Ｔ_ｅｆｆ Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、本明細書に記載の組換え細菌または表面標識細菌を含む、細菌または医薬組成物の投与は、Ｔ_ｒｅｇ Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、本明細書に記載の組換え細菌または表面標識細菌を含む、細菌または医薬組成物の投与は、Ｔ_Ｈ２ Ｔ細胞応答を誘導する。一部の実施形態では、本明細書に記載の組換え細菌または表面標識細菌を含む、細菌または医薬組成物の投与は、免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、免疫応答は、宿主におけるＴ_Ｈ２ Ｔ細胞の分化を促進する。一部の実施形態では、免疫応答は、宿主におけるＴ_Ｈ１ Ｔ細胞の分化を制限する。

【0333】

一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌細胞または株、を含む医薬組成物の治療有効量を対象に投与するステップを含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物を、対象において有害反応を誘発しない任意の好適な経路により、対象に投与することができる。ある特定の実施形態では、医薬組成物を、経口、経鼻、経膣、直腸、局所、皮下、皮内または筋肉内経路により投与することができる。一部の実施形態では、医薬組成物は、対象により経口摂取されるか、対象に局所投与されるか、対象により吸入されるか、または対象に注射される。一部の実施形態では、医薬組成物は、医薬品が放出される前に胃経由で小腸に移行することを可能にする遅延放出性腸溶コーティングなどの材料に入れて投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、改変された微生物、例えば本明細書に記載の生きている組換え共生細菌、を含有する腸溶性カプセルを含む。

【0334】

一部の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む医薬組成物は、自己免疫疾患の予防または処置に使用される。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される改変された微生物により処置され得る自己免疫疾患の例としては、多発性硬化症、乾癬、セリアック病、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、グレーブス病、橋本自己免疫性甲状腺炎、白斑、リウマチ熱、悪性貧血／萎縮性胃炎、円形脱毛症、免疫性血小板減少性紫斑病、側頭動脈炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、強皮症、抗リン脂質症候群、自己免疫性肝炎１型、原発性胆汁性肝硬変、シェーグレン症候群、アジソン病、疱疹状皮膚炎、川崎病、交感性眼炎、ＨＬＡ－Ｂ２７関連急性前部ぶどう膜炎、原発性硬化性胆管炎、円板エリテマトーデス、結節性多発動脈炎、クレスト症候群、重症筋無力症、多発性筋炎／皮膚筋炎、スチル病、自己免疫性肝炎２型、ウェゲナー肉芽腫症、混合性結合組織病、顕微鏡的多発血管炎、多腺性自己免疫性症候群、フェルティー症候群、自己免疫性溶血性貧血、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、ギラン－バレー症候群、ベーチェット病、自己免疫性好中球減少症、水疱性類天疱瘡、本態性混合型クリオグロブリン血症、線状限局性強皮症、多腺性自己免疫性症候群１（ＡＰＥＣＥＤ）、後天性血友病Ａ、バッテン病／神経セロイドリポフスチン症、自己免疫性膵炎、橋本脳症、グッドパスチャー病、尋常性天疱瘡、自己免疫性散在性脳脊髄炎、再発性多発軟骨炎、高安動脈炎、チャーグ－ストラウス症候群、後天性表皮水疱症、瘢痕性類天疱瘡、落葉状天疱瘡、自己免疫性副甲状腺機能低下症、自己免疫性下垂体炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性精巣炎、多腺性自己免疫性症候群、コーガン症候群、嗜眠性脳炎、持久性流規制紅斑、エバンス症候群、Ｘ連鎖免疫調節異常多発性内分泌障害腸症（ＩＰＥＸ）、アイザック症候群／後天性神経性筋強直症、ミラー・フィッシャー症候群、モルヴァン症候群、ＰＡＮＤＡＳ、ＰＯＥＭＳ症候群、ラスムッセン脳炎、全身硬直症候群、フォークト－小柳－原田症候群、視神経脊髄炎、移植片対宿主病、食道性脳炎、および自己免疫性ぶどう膜炎が挙げられる。

【0335】

一部の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む医薬組成物は、増殖性障害の予防または処置に使用される。一部の実施形態では、増殖性障害は、がんである。一部の実施形態では、がんは、黒色腫、腎臓、肝胆道、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、膵臓、結腸、膀胱、神経膠芽腫、前立腺、肺、乳房（乳腺）、卵巣、胃、腎臓、膀胱、食道、腎、黒色腫、白血病、リンパ腫、中皮腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、または精巣がんである。

【0336】

一部の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む医薬組成物は、増殖性疾患の予防または処置に使用される。ある特定の実施形態では、増殖性疾患の例としては、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、および精巣がんが挙げられる。

【0337】

一部の実施形態では、医薬組成物は、個々のがん対象からのがん細胞において同定されたネオ抗原もしくは腫瘍関連抗原を発現するように操作された、またはこれらの抗原を呈示するように表面標識された、本明細書に記載の改変された微生物、例えば、生きている組換え共生細菌を含む。ある特定の実施形態では、同定されたネオ抗原もしくは腫瘍関連抗原を発現するように操作された、またはこれらの抗原を呈示するように表面標識された、生きている組換え共生細菌を、がん対象における適応Ｔ細胞応答を惹起するために医薬製剤で投与することができ、またはＨＬＡ適合ドナーＴ細胞とともにｅｘ ｖｉｖｏで培養することができ、それをその後、がん細胞を認識し、死滅させるためにがん対象に導入することができる。

【0338】

任意の好適な動物モデルを使用して、本明細書に記載の方法を試験することができる。一部の実施形態では、動物モデルは、マウスモデル、または非ヒト霊長類モデルである。

【0339】

一部の実施形態では、本明細書に記載の改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む医薬組成物は、増殖性疾患の予防または処置に使用される。ある特定の実施形態では、増殖性疾患の例としては、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、および精巣がんが挙げられる。

【0340】

任意の好適な動物モデルを使用して、本明細書に記載の方法を試験することができる。一部の実施形態では、動物モデルは、マウスモデル、または非ヒト霊長類モデルである。

【0341】

一部の実施形態では、組換え共生細菌は、１つまたは複数の追加の薬剤と共投与される。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の追加の薬剤の治療有効量を共投与することができる。ある特定の実施形態では、共投与は、一般に、各薬剤が同じ期間にそれらの薬理効果を発揮できるように２つまたはそれより多くの薬剤（例えば、組換え共生細菌および第２の薬剤）を投与することを指し、そのような共投与は、２つまたはそれより多くの薬剤の同時並行投与、同時期に行われる投与、または連続投与のいずれかにより達成され得る。ある特定の実施形態では、共投与され得る薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤、化学療法剤、および／または細胞ベースの治療薬を含む。ある特定の実施形態では、説明に役立つ免疫チェックポイント阻害剤としては、これらに限定されないが、トレメリムマブ（ＣＴＬＡ－４遮断抗体）、抗ＯＸ４０、ＰＤ－Ｌ１モノクローナル抗体（抗Ｂ７－Ｈ１；ＭＥＤＩ４７３６）、イピリムマブ、ＭＫ－３４７５（ＰＤ－１遮断薬）、ニボルマブ（Nivolumamb）（抗ＰＤ１抗体）、ＣＴ－０１１（抗ＰＤ１抗体）、ＢＹ５５モノクローナル抗体、ＡＭＰ２２４（抗ＰＤＬ１抗体）、ＢＭＳ－９３６５５９（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＰＬＤＬ３２８０Ａ（抗ＰＤＬ１抗体）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（抗ＰＤＬ１抗体）およびＹｅｒｖｏｙ／イピリムマブ（抗ＣＴＬＡ－４チェックポイント阻害剤）が挙げられる。ある特定の実施形態では、説明に役立つ化学療法剤としては、これらに限定されないが、アルキル化剤、例えば、シクロホスファミド、メクロレタミン、クロラムブシル、メルファラン、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ニトロソウレア、テモゾロミド（経口ダカルバジン）；アントラサイクリン系薬剤、例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、およびバルルビシン；細胞骨格破壊剤、例えば、パクリタキセル、ｎａｂ－パクリタキセル、ドセタキセル、アブラキサン、およびタキソテール；エポチロン；ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、例えば、ボリノスタットおよびロミデプシン；トポイソメラーゼＩの阻害剤、例えば、イリノテカンおよびトポテカン、トポイソメラーゼＩＩの阻害剤、例えば、エトポシド、テニポシドおよびタフルポシド；キナーゼ阻害剤、例えば、ボルテゾミブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、イマチニブ、ベムラフェニブおよびビスモデギブ；ヌクレオチドアナログおよび前駆体アナログ、例えば、アザシチジン、アザチオプリン、カペシタビン；ペプチド抗生物質、例えば、ブレオマイシンおよびアクチノマイシン；白金系薬剤、例えば、カルボプラチン、シスプラチンおよびオキサリプラチン；レチノイド、例えば、トレチノインおよびアリトレチノイン；ならびにビンカアルカロイドおよび誘導体、例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシンおよびビノレルビンが挙げられる。ある特定の実施形態では、細胞ベースの治療薬は、これらに限定されないが、キメラ抗原受容体を発現するように操作された免疫細胞（例えば、ＣＡＲ－Ｔおよび／もしくはＣＡＲ－ＮＫ治療薬）または外因性Ｔ細胞受容体を発現するように操作された免疫細胞を含む。

【0342】

１３．細菌株を含むキット
別の態様では、改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含むキットが提供される。ある特定の実施形態では、キットは、本明細書に記載の異種抗原を発現する、生きている組換え共生細菌を含み得る。一部の実施形態では、異種抗原は、共生細菌の非細菌宿主に通常存在する抗原である。ある特定の実施形態では、異種抗原は、脊椎動物もしくは哺乳動物により発現されるまたはそれに存在する抗原であり得る。

【0343】

一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載の医薬組成物を含む。ある特定の実施形態では、キットは、異種抗原を発現する改変された微生物、例えば生きている組換え共生細菌、を含む医薬組成物を含み得る。一部の実施形態では、医薬組成物は、異種抗原に対する調節性Ｔ細胞応答を誘導できる。一部の実施形態では、医薬組成物は、異種抗原に対するエフェクターＴ細胞応答を誘導できる。

【0344】

一部の実施形態では、キットは、医薬組成物を対象に投与するための使用説明書も含み得る。ある特定の実施形態では、キットは、医薬組成物の投与に役立つ医薬品賦形剤を含み得る。

【0345】

一部の実施形態では、キットは、対象における疾患または病的状態の処置に有用である追加の薬剤も含み得る。ある特定の実施形態では、追加の薬剤の例としては、対象における疾患または病的状態の処置に有用である小分子薬または抗体が挙げられる。

【0346】

さらなる非限定的な実施形態
本開示の追加の非限定的な実施形態が以下の態様で説明される：
１．（ａ）非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）ｔａｔシグナル配列ペプチド、ｓｅｃシグナル配列ペプチド、またはソルターゼ由来シグナル配列ペプチドとを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、生きている組換え共生細菌であって、非天然タンパク質またはペプチドが、宿主疾患または状態と関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始し、その適応免疫応答がＴ細胞応答である、生きている組換え共生細菌。
２．（ａ）非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、生きている組換え細菌。
３．非天然タンパク質またはペプチドが、宿主疾患または状態に関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始する、態様２の組換え共生細菌。
４．適応免疫応答が、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である、態様３の組換え共生細菌。
５．非天然タンパク質またはペプチドを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、生きている組換え共生細菌であって、非天然タンパク質またはペプチドが、宿主疾患または状態に関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始し、共生細菌が、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ ＡＴＣＣ ８４８６からなる群から選択される、生きている組換え共生細菌。
６．ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される、態様５の組換え共生細菌。
７．Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される、態様５の組換え共生細菌。
８．ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される、態様７の組換え共生細菌。
９．適応免疫応答が、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である、態様５～８のいずれか１つの組換え共生細菌。
１０．（ａ）ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第１の非天然タンパク質またはペプチドと（ｂ）ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている第２の非天然タンパク質またはペプチドとを発現するように操作されている、生きている組換え共生細菌。
１１．（ａ）第１の非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、その第１の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第１の組換え共生細菌と（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを発現するように操作されており、第２の非天然タンパク質またはペプチドがＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、第２の組換え共生細菌とを含む組成物。
１２．第１の非天然タンパク質またはペプチドおよび第２の非天然タンパク質またはペプチドが、各々、共通抗原に由来する、態様１０の組換え共生細菌または態様１１の組成物。
１３．共通抗原に由来する、第１の非天然タンパク質またはペプチドおよび第２の非天然タンパク質またはペプチドが、異なるアミノ酸配列を含む、態様１２の組成物。
１４．第１の非天然タンパク質またはペプチドおよび第２の非天然タンパク質またはペプチドが、各々、異なる抗原に由来する、態様１０の組換え共生細菌または態様１１の組成物。
１５．非天然タンパク質またはペプチドを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、生きている組換え共生細菌であって、非天然タンパク質またはペプチドが、感染に関連しており、細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始する、生きている組換え共生細菌。
１６．適応免疫応答が、Ｔ細胞応答またはＢ細胞応答である、態様１５の組換え共生細菌。
１７．適応免疫応答が、投与部位から遠位の適応免疫応答である、態様１～１６のいずれか１つの組換え共生細菌。
１８．適応免疫応答が、天然宿主ニッチから遠位の適応免疫応答である、態様１～１７のいずれか１つの組換え共生細菌。
１９．遠位の適応免疫応答が、投与部位および／または天然宿主ニッチの器官でない器官における免疫応答を含む、態様１７または１８の組換え共生細菌。
２０．投与部位および／または天然宿主ニッチが、皮膚を含む、態様１７～１９のいずれか１つの組換え共生細菌。
２１．遠位の適応免疫応答が、抗腫瘍応答を含む、態様１７～２０のいずれか１つの組換え共生細菌。
２２．抗腫瘍応答が、転移を標的とする、態様２１の組換え共生細菌。
２３．天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が、持続的または一時的である、態様１～２２のいずれか１つの組換え共生細菌。
２４．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である、態様１～２３のいずれか１つの組換え共生細菌。
２５．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも１８０日間のコロニー形成である、態様１～２３のいずれか１つの組換え共生細菌。
２６．持続的コロニー形成が、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、抗原が、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる、態様２４または２５の組換え共生細菌。
２７．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間のコロニー形成である、態様１～２３のいずれか１つの組換え共生細菌。
２８．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、３．５日～６０日間のコロニー形成である、態様１～２３のいずれか１つの組換え共生細菌。
２９．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、７日～２８日間のコロニー形成である、態様２７または２８の組換え共生細菌。
３０．コロニー形成が、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される、態様１～２９のいずれか１つの組換え共生細菌。
３１．投与が、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす、態様１～３０のいずれか１つの組換え共生細菌。
３２．天然免疫系パートナー細胞が、抗原提示細胞である、態様３１の組換え共生細菌。
３３．抗原提示細胞が、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される、態様３２の組換え共生細菌。
３４．天然宿主ニッチが、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される、態様１～３３のいずれか１つの組換え共生細菌。
３５．非天然タンパク質またはペプチドが、宿主タンパク質またはペプチドである、態様１～３４のいずれか１つの組換え共生細菌。
３６．グラム陰性細菌である、態様１～３５のいずれか１つの組換え共生細菌。
３７．グラム陰性細菌が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｈｅｐａｔｉｃｕｓおよびＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｓｐ．からなる群から選択される、態様３６の組換え共生細菌。
３８．グラム陽性細菌である、態様１～３５のいずれか１つの組換え共生細菌。
３９．グラム陽性細菌が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３からなる群から選択される、態様３８の組換え共生細菌。
４０．グラム陽性細菌が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される、態様３９の組換え共生細菌。
４１．Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される、態様４０の組換え共生細菌。
４２．Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である、態様４１の組換え共生細菌。
４３．Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される、態様１～４または１０～３５のいずれか１つの組換え共生細菌。
４４．ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される、態様４３の組換え共生細菌。
４５．Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される、態様４３の組換え共生細菌。
４６．ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される、態様４５の組換え共生細菌。
４７．投与が、局所経路、経腸経路、および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である、態様１～４６のいずれか１つの組換え共生細菌。
４８．経路が、局所経路である、態様４７の組換え共生細菌。
４９．経路が、経腸経路である、態様４７の組換え共生細菌。
５０．タンパク質またはペプチドが、感染に関連している、態様１～１４または２３～４９のいずれか１つの組換え共生細菌。
５１．感染が、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、または真菌感染からなる群から選択される、態様５０の組換え共生細菌。
５２．感染が、宿主の粘膜境界部で生じるか、または粘膜境界部に別様に関連している、態様５０または５１の組換え共生細菌。
５３．非天然タンパク質またはペプチドが、感染に関連しているウイルス、寄生虫、細菌または真菌に由来する、態様５０～５２のいずれか１つの組換え共生細菌。
５４．非天然タンパク質またはペプチドが、インフルエンザ、ＨＳＶ、ＨＩＶ、またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する、態様５３の組換え共生細菌。
５５．非天然タンパク質またはペプチドが、ＮＰ３６６－３７４、ＮＰ３０６－３２２、ＮＡ１７７－１９３、Ｍ２エクトドメイン、ＨＡ２ステム－ＨＡ ２１２－６４、ＨＡ２ステム－ＨＡ ２７６－１３０、ｇＢ糖タンパク質、ｇｄ糖タンパク質、ｇＢ糖タンパク質４９８－５０５、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２スパイクタンパク質、ＨＩＶ－ｇｐ１２０、ＨＩＶ－ｇｐ４１、ＨＩＶ Ｖ１Ｖ２突端部、ＨＩＶ Ｖ３ループ、ＨＩＶ ＣＤ４結合部位、ｇｐ１２０／ｇｐ４１境界領域、ｇｐ１２０サイレント面、およびＨＩＶ膜貫通部位近傍（ＭＰＥＲ）からなる群から選択される、態様５４の組換え共生細菌。
５６．タンパク質またはペプチドが、自己免疫障害に関連している、態様１～４９のいずれか１つの組換え共生細菌。
５７．タンパク質またはペプチドが、増殖性障害に関連している、態様１～４９のいずれか１つの組換え共生細菌。
５８．増殖性障害が、がんである、態様５７の組換え共生細菌。
５９．がんが、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、肉腫、および前立腺がんから選択される、態様５８の組換え共生細菌。
６０．がんが、黒色腫である、態様５８の組換え共生細菌。
６１．非天然タンパク質またはペプチドが、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択されるメラノサイト特異的抗原に由来する、態様６０の組換え共生細菌。
６２．非天然タンパク質またはペプチドが、ネオ抗原を含み、ネオ抗原が、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる、態様５７～６０のいずれか１つの組換え共生細菌。
６３．ネオ抗原が、Ｉｎｔｓ１１、Ｋｉｆ１８ｂｐ、Ｔ３肉腫ネオ抗原、およびＴＲＡＭＰＣ２前立腺がん細胞系により発現されるネオ抗原からなる群から選択される、態様６２の組換え共生細菌。
６４．融合タンパク質が、シグナル配列ペプチドをさらに含む、態様２～６３のいずれか１つの組換え共生細菌。
６５．シグナル配列ペプチドが、発現後に細菌の細胞壁への融合タンパク質の繋留を指向する、態様１～６４のいずれか１つの組換え共生細菌。
６６．繋留を指向するシグナル配列ペプチドが、ソルターゼ由来シグナル配列ペプチドを含み、必要に応じて、ソルターゼ由来シグナル配列ペプチドが、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓのプロテインＡに由来する１つまたは複数の配列を含む、態様６５の組換え共生細菌。
６７．繋留を指向するシグナル配列ペプチドが、非天然タンパク質またはペプチドのＮ末端側にあり、融合タンパク質が、非天然タンパク質またはペプチドのＣ末端側に細胞壁貫通ペプチドドメインを含む、態様６５または６６の組換え共生細菌。
６８．シグナル配列ペプチドが、発現後に細菌からの融合タンパク質の分泌を指向する、態様１～６４のいずれか１つの組換え共生細菌。
６９．分泌を指向するシグナル配列ペプチドが、ｔａｔシグナル配列ペプチドを含む、態様６８の組換え共生細菌。
７０．ｔａｔシグナル配列ペプチドが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドを含む、態様６９の組換え共生細菌。
７１．Ｓ．ａｕｒｅｕｓ由来シグナル配列ペプチドが、ｆｅｐＢに由来する、態様７０の組換え共生細菌。
７２．分泌を指向するシグナル配列ペプチドが、ｓｅｃシグナル配列ペプチドを含む、態様６８の組換え共生細菌。
７３．ｓｅｃシグナル配列ペプチドが、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドを含む、態様７２の組換え共生細菌。
７４．Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ由来シグナル配列ペプチドが、予測ｓｅｃ分泌Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓタンパク質（遺伝子座ＨＭＰＲＥＦ９９９３＿０６６６８）に由来する、態様７３の組換え共生細菌。
７５．融合タンパク質が、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、ＡＰＣ標的化部分が、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む、態様１または５～７４のいずれか１つの組換え共生細菌。
７６．ＡＰＣ標的化部分が、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、ＶＨＨ抗体結合ドメインが、配列番号３３または配列番号３４の配列を含む、態様７５の組換え共生細菌。
７７．タンパク質またはペプチドと天然細菌タンパク質またはその一部分とを含む融合タンパク質を発現するように操作されている、態様１～７６のいずれか１つの組換え共生細菌。
７８．タンパク質またはペプチドが、天然細菌タンパク質またはその一部分のＮ末端またはＣ末端に融合されている、態様７７の組換え共生細菌。
７９．高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与するために製剤化されている、態様１～７８のいずれか１つの組換え共生細菌。
８０．宿主が、哺乳動物である、態様１～７９のいずれか１つの組換え共生細菌。
８１．哺乳動物が、ヒトである、態様８０の組換え共生細菌。
８２．態様１～８１のいずれか１つの組換え共生細菌を操作するために使用されるポリヌクレオチド。
８３．非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原を呈示する抗原提示細胞を生成するための方法であって、態様１～８１のいずれか１つの組換え共生細菌を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、抗原提示細胞による細菌または非天然タンパク質もしくはペプチドの内在化、および抗原提示細胞による抗原の提示をもたらす、方法。
８４．天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が、持続的または一時的である、態様８３の方法。
８５．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である、態様８４の方法。
８６．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも１８０日間のコロニー形成である、態様８４の方法。
８７．持続的コロニー形成が、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、抗原が、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる、態様８５または８６の方法。
８８．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間のコロニー形成である、態様８４の方法。
８９．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、３．５日～６０日間のコロニー形成である、態様８４の方法。
９０．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、７日～２８日間のコロニー形成である、態様８８または８９の方法。
９１．コロニー形成が、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される、態様８３～９０いずれか１つの方法。
９２．投与が、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす、態様８３～９１のいずれか１つの方法。
９３．天然免疫系パートナー細胞が、抗原提示細胞である、態様９２の方法。
９４．抗原提示細胞が、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される、態様９３の方法。
９５．天然宿主ニッチが、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される、態様８３～９４のいずれか１つの方法。
９６．提示が、ＭＨＣ ＩＩ複合体内における提示である、態様８３～９５のいずれか１つの方法。
９７．提示が、ＭＨＣ Ｉ複合体内における提示である、態様８３～９５のいずれか１つの方法。
９８．対象においてＴ細胞応答を生成するための方法であって、態様１～８１のいずれか１つの組換え共生細菌を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答である、方法。
９９．天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が、持続的または一時的である、態様９８の方法。
１００．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である、態様９９の方法。
１０１．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも１８０日間のコロニー形成である、態様９９の方法。
１０２．持続的コロニー形成が、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、抗原が、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる、態様１００または１０１の方法。
１０３．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間のコロニー形成である、態様９９の方法。
１０４．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、３．５日～６０日間のコロニー形成である、態様９９の方法。
１０５．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、７日～２８日間のコロニー形成である、態様１０３または１０４の方法。
１０６．コロニー形成が、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される、態様９８～１０５いずれか１つの方法。
１０７．投与が、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である、態様９８～１０６のいずれか１つの方法。
１０８．経路が、局所経路である、態様１０７の方法。
１０９．経路が、経腸経路である、態様１０７の方法。
１１０．Ｔ細胞応答が、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答、またはＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答およびＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を含む、態様９８～１０９のいずれか１つの方法。
１１１．ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答が、Ｔ_Ｈ１応答、Ｔ_Ｈ２応答、Ｔ_Ｈ１７応答、またはこれらの組合せである、請求項１１０に記載の方法。
１１２．ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答が、Ｔ_Ｈ１応答である、請求項１１０に記載の方法。
１１３．ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞応答が、Ｔ_Ｈ２応答である、請求項１１０に記載の方法。
１１４．Ｔ細胞応答が、Ｔ_ｒｅｇ応答を含む、態様９８～１０９のいずれか１つの方法。
１１５．対象における疾患または状態を処置する方法であって、態様１～８１のいずれか１つの組換え共生細菌を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答であり、そのＴ細胞応答によって対象における疾患または状態が処置される、方法。
１１６．天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が、持続的または一時的である、態様１１５の方法。
１１７．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも６０日間、少なくとも１１２日間、少なくとも１７８日間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、または少なくとも５年間のコロニー形成である、態様１１６の方法。
１１８．天然宿主ニッチに持続的にコロニーが形成され、コロニー形成が、少なくとも１８０日間のコロニー形成である、態様１１６の方法。
１１９．持続的コロニー形成が、持続的抗原源を提供し、必要に応じて、抗原が、抗原特異的Ｔ細胞集団を刺激し、持続的な抗原特異的Ｔ細胞集団を生じさせる、態様１１７または１１８の方法。
１２０．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間のコロニー形成である、態様１１６の方法。
１２１．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、３．５日～６０日間のコロニー形成である、態様１１６の方法。
１２２．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、７日～２８日間のコロニー形成である、態様１２０または１２１の方法。
１２３．コロニー形成が、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される、態様１１５～１２２いずれか１つの方法。
１２４．疾患または状態が、感染、増殖性障害、または自己免疫障害である、態様１１５～１２３の態様いずれか１つの方法。
１２５．感染が、ウイルス感染、寄生虫感染、細菌感染、および真菌感染からなる群から選択される、態様１２４の方法。
１２６．増殖性障害が、がんである、態様１２４の方法。
１２７．がんが、黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、精巣がん、子宮頸がん、肛門がんおよび上咽頭がんから選択される、態様１２６の方法。
１２８．がんが、黒色腫である、態様１２７に記載の方法。
１２９．投与が、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である、態様１１５～１２８のいずれか１つの方法。
１３０．経路が、局所経路である、態様１２９の方法。
１３１．細菌が、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、態様１３０の方法。
１３２．疾患が、がんである、態様１３１の方法。
１３３．がんが、黒色腫である、態様１３２の方法。
１３４．非天然タンパク質またはペプチドが、メラノサイト特異的抗原および精巣がん抗原からなる群から選択され、必要に応じて、メラノサイト特異的抗原が、ＰＭＥＬ、ＴＲＰ２およびＭＡＲＴ－１からなる群から選択され、必要に応じて、精巣がん抗原が、ＮＹ－ＥＳＯおよびＭＡＧＥ－Ａからなる群から選択される、態様１３１または１３２の方法。
１３５．非天然タンパク質またはペプチドが、ネオ抗原を含み、ネオ抗原が、少なくとも１つの突然変異を含み、この突然変異によって、非天然タンパク質またはペプチドを、宿主の野生型遺伝子によりコードされるタンパク質またはペプチドと明確に区別できる、態様１３１または１３２の方法。
１３６．細菌が、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与される、態様８３～１３５のいずれか１つの方法。
１３７．宿主が、哺乳動物である、態様８３～１３６のいずれか１つの方法。
１３８．哺乳動物が、ヒトである、態様１３７の方法。
１３９．（ａ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第１の抗原ペプチドを発現するように操作された第１の組換え共生細菌を投与するステップであって、第１の抗原ペプチドが、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップ、および（ｂ）非天然タンパク質またはペプチドを含む第２の抗原ペプチドを発現するように操作された第２の組換え共生細菌を投与するステップであって、第２の抗原ペプチドが、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞応答を惹起するように操作されている、ステップを含む、態様８３～１３８のいずれか１つの方法。
１４０．第１の抗原ペプチドが、発現後に細菌からの第１の抗原ペプチドの分泌を指向するシグナル配列ペプチドを含む、態様１３９の方法。
１４１．第２の抗原ペプチドが、発現後に細菌の細胞壁への第２の抗原ペプチドの共有結合を指向するシグナル配列ペプチドを含む、態様１４０の方法。
１４２．１または複数の追加の薬剤を共投与するステップをさらに含む、態様８３～１４１のいずれか１つの方法。
１４３．１つまたは複数の追加の薬剤が、１つまたは複数のチェックポイント阻害剤を含む、態様１４２の方法。
１４４．遠位の適応免疫応答が生成される、態様８３～１４３のいずれか１つの方法。
１４５．遠位の適応免疫応答が、投与部位から遠位の適応免疫応答である、態様１４４の方法。
１４６．遠位の適応免疫応答が、天然宿主ニッチから遠位の適応免疫応答である、態様１４４または１４５の方法。
１４７．遠位の適応免疫応答が、投与部位および／または天然宿主ニッチの器官でない器官における免疫応答を含む、態様１４５または１４６の方法。
１４８．投与部位および／または天然宿主ニッチが、皮膚を含む、態様１４５～１４７のいずれか１つの方法。
１４９．遠位の適応免疫応答が、抗腫瘍応答を含む、態様１４４～１４８のいずれか１つの方法。
１５０．抗腫瘍応答が、転移を標的とする、態様１４９の方法。
１５１．（ａ）細胞表面繋留部分を含む融合タンパク質と、（ｂ）細菌と、（ｃ）細菌の細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への細胞表面繋留部分の共有結合を触媒でき、それによって細菌表面に融合タンパク質を呈示できるタンパク質またはそれをコードする遺伝子とを含む細菌表面ディスプレイシステム。
１５２．（ａ）細胞表面繋留部分を含む融合タンパク質と（ｂ）細菌とを含む細菌表面ディスプレイシステムであって、融合タンパク質が、細胞表面繋留部分によって細胞壁タンパク質または外膜タンパク質に共有結合されており、共有結合が、細菌の細胞壁タンパク質または外膜タンパク質への細胞表面繋留部分の結合を触媒できるタンパク質により触媒された、細菌表面ディスプレイシステム。
１５３．細胞表面繋留部分が、ソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）モチーフを含み、共有結合を触媒できるタンパク質が、ＳｒｔＡタンパク質である、態様１５１または１５２の細菌表面ディスプレイシステム。
１５４．ＳｒｔＡモチーフが、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来する、態様１５３の細菌ディスプレイシステム。
１５５．ＳｒｔＡモチーフが、アミノ酸配列ＬＰＸＴＧを含む、態様１５３または１５４の細菌表面ディスプレイシステム。
１５６．ＳｒｔＡタンパク質が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに由来する、態様１５３～１５５のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１５７．融合タンパク質が、抗原タンパク質を含む、態様１５１～１５６のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１５８．抗原タンパク質が、宿主疾患または状態に関連しているタンパク質またはペプチドを含む、態様１５７の細菌表面ディスプレイシステム。
１５９．タンパク質またはペプチドが、感染、増殖性障害、または自己免疫障害に関連している、態様１５７または１５８の細菌表面ディスプレイシステム。
１６０．細菌を宿主に投与し、その結果として細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が生じると、宿主が、非天然タンパク質またはペプチドに対する適応免疫応答を開始し、その適応免疫応答が、Ｔ細胞応答である、態様１５７～１５９のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１６１．細菌が、共生体である、態様１５１～１６０のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１６２．細菌が、グラム陽性細菌である、態様１５１～１６１のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１６３．グラム陽性細菌が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｖ２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｌｔｅａｅ ９０Ｂ３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｆ．ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｋ１０、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ ＷＡＬ－１４６７３、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｈａｔｈｅｗａｙｉ １２４８９９３１、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｏｂｅｕｍ Ａ２－１６２、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＡＧＲ２１５４、Ｂｕｔｙｒａｔｅ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＳＳＣ／２、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．ＡＳＦ３５６、Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．Ｄ６ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．３＿１＿３１ ｃｏｎｔ１．１、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ２１＿３、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｂｒｏｍｉｉ Ｌ２－６３、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＡＳＦ５００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｎｉｍａｌｉｓ ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ ＡＴＣＣ ２７６７３、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＵＣＣ２００３．からなる群から選択される、態様１６２の細菌表面ディスプレイシステム。
１６４．グラム陽性細菌が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．からなる群から選択される、態様１６３の細菌表面ディスプレイシステム。
１６５．細菌が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐｐ．からなる群から選択される、態様１６４の細菌表面ディスプレイシステム。
１６６．細菌が、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ ＮＩＨＬＭ０８７である、態様１６５の細菌表面ディスプレイシステム。
１６７．共生細菌が、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｃｏｌｅｎｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｄｕｍ、Ｄｏｌｏｓｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｐｉｇｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｒｏｔｈｉａ ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｕｃｏｓａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｅｎｓｅｎｉｉ Ｇａｓｓｅｒ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｈａｍｎｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ ＡＴＣＣ １５７００、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｐａｒｖｕｌａ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｉｖｉａ、Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ ｍｕｌｉｅｒｉｓ、Ｍａｇｅｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｂｕｃｃａｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ ＪＣＭ６５１５、およびＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｍｏｓｕｍからなる群から選択される、態様１５１～１６１のいずれか１つの細菌抗原ディスプレイシステム。
１６８．共生細菌が、ＡＴＣＣ受託番号３５６９２、４９７２５、４９７２６、４９３６８、７００９７５、７００５４０、５１４８８、１０７００、２５５６４、５１２７７、１１８２７、２５５７７、４９７５３、５１５２４、２９３２８、２５２３８、２５２４０、１９９７６、５１９０７、１１１１６、２５２９６、１９６１５、１２３４４、ＢＡＡ－６１１、１３８１３、１０５５８、２３９７０、１４６８５、１９６９６、３３８２０、２５２５８、１９９９２、５５１９５、４３５６、３３２００、７４６９、３９３、７９９５Ｄ－５、２３２７２、１１７４１、１５７００、１５６９７、１０７９０、１７７４５、１４０１８、ＢＡＡ－５５、２９３０３、３５２４３、ＢＡＡ－２１２０、３５３１０、１９４３４、１９４３５、２９１４９、および８４８６を有する細菌からなる群から選択される、態様１６７の細菌表面ディスプレイシステム。
１６９．共生細菌が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｇｏｒｄｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｉｎｅｒｓ、Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｇｎａｖｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｒｅｖｅ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍからなる群から選択される、態様１６７の細菌表面ディスプレイシステム。
１７０．共生細菌が、ＡＴＣＣ受託番号３９３、１９４３５、３５１０５、３３８２０、５５１９５、６９１９、１３８１３、２３９７０、１５７００、および１５７０７を有する細菌、ならびに受託番号ＪＣＭ６５１５を有する細菌からなる群から選択される、態様１６９の細菌表面ディスプレイシステム。
１７１．融合タンパク質が、抗原提示細胞（ＡＰＣ）標的化部分をさらに含み、必要に応じて、ＡＰＣ標的化部分が、ＣＤ１１ｂまたはＭＨＣ ＩＩ標的化部分を含む、態様１５１～１７０のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１７２．ＡＰＣ標的化部分が、ナノボディ（ＶＨＨ）抗体結合ドメインを含み、必要に応じて、ＶＨＨ抗体結合ドメインが、配列番号３３または配列番号３４の配列を含む、態様１７１の細菌表面ディスプレイシステム。
１７３．宿主が、哺乳動物である、態様１５１～１７２のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステム。
１７４．宿主が、ヒトである、態様１７３の細菌表面ディスプレイシステム。
１７５．態様１５１～１７４のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステムと賦形剤とを含む医薬組成物。
１７６．高複雑度の規定された微生物群落を含む、態様１７５の医薬組成物。
１７７．非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原を呈示する抗原提示細胞を生成するための方法であって、態様１５１～１７４のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステムまたは態様１７５もしくは１７６の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、抗原提示細胞による細菌または非天然タンパク質もしくはペプチドの内在化、および抗原提示細胞による抗原の提示をもたらす、方法。
１７８．対象においてＴ細胞応答を生成するための方法であって、態様１５１～１７４のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステムまたは態様１７５もしくは１７６の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答である、方法。
１７９．対象における疾患または状態を処置する方法であって、態様１５１～１７４のいずれか１つの細菌表面ディスプレイシステムまたは態様１７５もしくは１７６の医薬組成物を対象に投与するステップを含み、投与が、細菌による天然宿主ニッチにおけるコロニー形成、およびＴ細胞応答の生成をもたらし、Ｔ細胞応答が、非天然タンパク質またはペプチドに由来する抗原に対するＴ細胞応答であり、そのＴ細胞応答によって対象における疾患または状態が処置される、方法。
１８０．天然宿主ニッチにおけるコロニー形成が、持続的または一時的である、態様１７７～１７９のいずれか１つの方法。
１８１．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、１日～６０日間のコロニー形成である、態様１８０の方法。
１８２．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、３．５日～６０日間のコロニー形成である、態様１８１の方法。
１８３．天然宿主ニッチに一時的にコロニーが形成され、コロニー形成が、７日～２８日間のコロニー形成である、態様１８１または１８２の方法。
１８４．コロニー形成が、宿主への投与後、１日、３．５日、７日、１４日、２８日または６０日後に宿主から得られた試料を用いて行われるポリメラーゼ連鎖反応またはコロニー形成アッセイにより決定される、態様１７７～１８３いずれか１つの方法。
１８５．投与が、細菌と天然免疫系パートナー細胞の相互作用をもたらす、態様１７７～１８４のいずれか１つの方法。
１８６．天然免疫系パートナー細胞が、抗原提示細胞である、態様１８５の方法。
１８７．抗原提示細胞が、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、および腸管上皮細胞からなる群から選択される、態様１８６の方法。
１８８．天然宿主ニッチが、胃腸管、気道、尿生殖路、および皮膚からなる群から選択される、態様１７７～１８７のいずれか１つの方法。
１８９．提示が、ＭＨＣ－ＩＩ複合体内における提示である、態様１７７～１８８のいずれか１つの方法。
１９０．提示が、ＭＨＣ－Ｉ複合体内における提示である、態様１７７～１８８のいずれか１つの方法。
１９１．細菌表面ディスプレイシステムが、高複雑度の規定された微生物群落と組み合わせて投与される、態様１７７～１９０のいずれか１つの方法。
１９２．投与が、局所経路、経腸経路、非経口経路および吸入経路からなる群から選択される経路による投与である、態様１７７～１９１のいずれか１つの方法。

【実施例】

【0347】

今、一般的に説明している本開示は、以下の実施例を参照することによってより容易に理解されるであろう。以下の実施例は、単に、本開示のある特定の態様および実施形態の説明を目的として含めるものであり、いかなる点においても本開示の範囲を限定することを意図したものではない。

【0348】

（実施例１）
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ株におけるＯＶＡの発現
抗原エピトープコード配列を、ｐＷＷ３８３７ベクター（Ｇｅｎｂａｎｋ＃ＫＹ７７６５３２）（Whitaker et al., “Tunable Expression Tools Enable Single-Cell Strain Distinction in the Gut Microbiome,” Cell 169, 538-546, April 20, 2017を参照されたい）に、ギブソンアセンブリーによりクローニングした。ベクターをＥ．ｃｏｌｉ Ｓ１７ラムダｐｉｒドナー株に電気穿孔法で導入した。Ｅ．ｃｏｌｉドナー株を、一晩、コンジュゲーションのためにＢＨＩ血液平板上でレシピエント細菌と共培養した。バイオマスを掻き取り、ＢＨＩ血液＋ｅｒｍ／ｇｅｎｔ平板上に播種した。陽性コロニーをコロニーＰＣＲによりスクリーニングした。

【0349】

図２に示されているように、ウエスタンブロット法のデータは、ＯＶＡエピトープを発現するように操作されたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（「ＯＶＡ」）が検出可能なレベルのＯＶＡを示したことを実証するが、その一方で野生型Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（「ＷＴ」；陰性対照）は、シグナルを全く示さない。

【0350】

（実施例２）
組換えＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ株によるＯＶＡ特異的Ｔ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏでの導入
ＯＴＩＩトランスジェニックマウスの脾臓から単離したＯＶＡ特異的Ｔ細胞を、４時間、Ｂ１６－ＦＬＴ３Ｌ刺激ＤＣおよびＯＶＡ^＋Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（図３Ｂ）またはＷＴ Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（図３Ａ）と共培養した。図３Ｂに示されているように、ＯＶＡ^＋Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎとともに培養したＯＴＩＩ Ｔ細胞は、Ｎｕｒ７７（特異性を増加させるために２つの異なるＮｕｒ７７抗体を使用した）の発現を上方調節した。

【0351】

（実施例３）
組換えＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ株におけるＭＯＧ融合ペプチドの発現
実施例１で説明したものと類似の方法を使用して、ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質（ＭＯＧ）３５－５５ペプチド配列をｐＷＷ３８３７ベクターにクローニングし、Ｅ．ｃｏｌｉドナー株に電気穿孔法で導入し、共生レシピエント株とコンジュゲートした。

【0352】

共生細菌株および発現構築物を表５にまとめる。

【表5】

【0353】

図４に示されているように、抗ＦＬＡＧ抗体を使用するウエスタンブロット法のデータは、ＦＬＡＧタグ付きＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現するように操作されたＢ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（図４Ａ）（ＢＴ＿ＭＯＧ＃１およびＢＴ＿ＭＯＧ＃５、それぞれレーン１および５）、ＦＬＡＧタグ付きＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現するように操作されたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｖｕｌｇａｔｕｓ（図４Ｂ）（ＢＶ＿ＭＯＧ＃１およびＢＴ＿ＭＯＧ＃５、それぞれ、レーン１および５）、およびＦＬＡＧタグ付きＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現するように操作されたＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ（図４Ｃ）（ＢＦ＿ＭＯＧ＃１、レーン１）全てが、検出可能なレベルのＭＯＧペプチドを示したが、その一方で、野生型Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、およびＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ（それぞれ、図４Ａ；ＷＴ、図４Ｂ；ＷＴ、および図示なし）が、いずれのシグナルも示さなかったことを実証する。

【0354】

（実施例４）
組換えＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ株によるＭＯＧ特異的Ｔ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏでの導入
脾臓樹状細胞（ＤＣ）を拡大するために、ＣＤ４５．１ Ｃ５７ＢＬ／６（Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、血統＃００２０１４）マウスの側腹部に、Ｆｌｔ３Ｌを過剰発現している５×１０^６のＢ１６黒色腫細胞を、皮下注射した。１１日目に、脾臓を回収し、脾臓解離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して消化し、ＣＤ１１ｃマイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して脾臓ＤＣを精製した。

【0355】

細菌抗原を調製するために、ＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する生きている組換えＢ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（実施例３で説明した方法に類似した方法により調製したもの）を、完全Ｔ細胞培地（ＤＭＥＭ、１０％ＦＢＳ、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、５０μＭの２－ＭＥ）で洗浄し、その培地に再懸濁させた。熱殺菌を６５℃で１５分間行い、細菌の生存率の低下を培養により確認した。オートクレーブ処理された抗原を、細菌懸濁液の１２１℃で４５分間の１５ｐｓｉでのオートクレーブ処理により調製した。ＣＤ４＋Ｔ細胞単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して、２Ｄ２ ＴＣＲ－Ｔｇマウス（Ｔｈｅ Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、血統＃００６９１２）の脾臓および末梢リンパ節からＭＯＧ特異的Ｔ細胞を単離し、精製した。

【0356】

ＡＰＣ－Ｔ細胞共培養物を調製するために、生きている、熱殺菌された、またはオートクレーブ処理された細菌を、全タンパク質のｍｌあたり１０～５０または４０μｇの感染多重度（ＭＯＩ）で、２×１０^５の脾臓ＤＣに、４時間、３７℃でパルスした。２×１０^５のＭＯＧ特異的２Ｄ２ ＣＤ４ Ｔ細胞をＡＰＣに添加した。共培養後２日目に、細胞を回収し、ＣＤ４５．１、ＣＤ４５．２、ＴＣＲｂ、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＣＤ４４、ＣＤ６９の蛍光色素コンジュゲート抗体（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃもしくはＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、および／またはｃｅｌｌ ｔｒａｃｅバイオレット（ＣＴＶ）で染色し、フローサイトメトリー（Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴ）により評定した。Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ Ａｑｕａ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、生細胞を除外した。ＦｌｏｗＪｏ ｖ１０を使用して、データ解析を行った。

【0357】

図５Ａおよび５Ｂに示されているように、ＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ株（Ｌ１２４、ＤＲ１８．２、およびＤＲ１）は、野生型Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ（ｗｔ）より、ＣＤ４＋Ｔ細胞の高度な抗原特異的誘導を誘導した。

【0358】

（実施例５）
組換えＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ株によるＭＯＧ特異的Ｔ細胞のｉｎ ｖｉｖｏでの導入
実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）モデルを多発性硬化症（ＭＳ）のマウスモデルとして使用した。無菌８～１０週齢Ｃ５７ＢＬ／６マウスまたはＣ５７ＢＬ／６－Ｔｇ（Ｔｃｒａ２Ｄ２、Ｔｃｒｂ２Ｄ２）１Ｋｕｃｈ／Ｊマウスに、ＭＯＧ３５－５５ペプチド発現細菌（ＢＶＦ－ＭＯＧ＝ＭＯＧ３５－５５を発現するＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓとＭＯＧ３５－５５を発現するＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物）または陰性対照としての野生型共生細菌（ＢＶＦ－ＷＴ＝野生型Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓと野生型Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物）を１日目に経口接種した。野生型および組換え細菌株は、前に実施例３で説明したように得た。１４日目に、２００μＬの完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）で乳化した２００μｇのＭＯＧ３５－５５を含有するＨｏｏｋｅ Ｋｉｔ（商標）ＭＯＧ３５－５５／ＣＦＡエマルジョン（ＥＫ－２１１０、Ｈｏｏｋｅ Ｌａｂｓ、Ｓｔ Ｌａｗｒｅｎｃｅ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いて、これらのマウスを皮下免疫した。１４日目の、ＭＯＧ３５－５５／ＣＦＡ免疫化の２時間後に、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）中の２００ｎｇの百日咳毒素（ＰＴＸ）を各マウスの腹腔内腔に注射した。１５日目に、ＰＢＳ中の２００ｎｇの百日咳毒素（ＰＴＸ）を腹腔内注射した。ＥＡＥスコアおよび体重を１５日目から３４日目まで毎日評定して、疾患の重症度およびステージを評価した。この実験からの苦痛を和らげるために、スコアが３．５に達した場合、マウスを安楽死させた。スコア０は、運動機能の明らかな変化なしを意味する。スコア０．５は、尾の遠位の麻痺であり、スコア１は、完全な尾麻痺であり、スコア１．５は、一方または両方の後肢の軽度不全麻痺であり、スコア２は、後肢の重度不全麻痺であり、スコア２．５は、一方の後肢の完全麻痺であり、スコア３は、両方の後肢の完全麻痺であり、スコア３．５は、後肢の完全麻痺および一方の前肢の不全麻痺である。スコア≧３．５に達したマウスを安楽死させた。

【0359】

３５日目に、マウスを安楽死させ、脊髄試料を組織学的分析用に調製し、鼠径部リンパ節を収集し、ＰＢＳで洗浄し、溶解して細胞浮遊液を得、ＦｏｘＰ３染色緩衝剤セット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用して固定し、ＢＤ－ＬＳＲＩＩ装置でのフローサイトメトリー分析のために様々な蛍光標識抗体で染色した。

【0360】

図６に示されているように、ＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓとＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＭＯＧ）は、野生型Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓと野生型Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＷＴ）と比較して、有意に低下したＥＡＥスコアを有した。^＊ｐ≦０．０５、^＊＊ｐ≦０．０１。結果は、３回の独立した実験からの結果である。

【0361】

図７Ａに示されているように、ＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓとＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＭＯＧ）は、野生型Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓと野生型Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＷＴ）と比較して、リンパ節ＦｏｘＰ３＋Ｈｅｌｉｏｓ－ＣＤ４＋Ｔ細胞の数が増加した。ＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｖｕｌｇａｔｕｓとＭＯＧ３５－５５ペプチドを発現する組換えＢ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＭＯＧ）はまた、野生型Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓと野生型Ｂ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの混合物を投与したマウス（ＢＶＦ－ＷＴ）と比較して、より少ないＩＬ１７＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（図７Ｂ）およびＩＦＮ－γ＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（図７Ｃ）を示した。

【0362】

（実施例６）
組換えＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ株によるＯＶＡ特異的Ｔ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏでの導入
構成的プロモーター（Swoboda et al., ACS Chem Biol. 2009において発表されたｐＬＩ５０－Ｐｐｅｎ）を有するＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ／Ｅ．ｃｏｌｉシャトルベクターを、Ｓ．ａｕｒｅｕｓおよびＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓにおいて強力な構成的翻訳を促進する（Malone et al., J Microbiol Methods 2009.）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓデルタ溶血素（ｈｌｄ）遺伝子からのリボソーム結合部位に融合させた。一部の場合には、公開されている戦略（Johnston et al., PNAS 2019）を使用して、ｐＬＩ５０ｍｉｎｉと表されるミニサークルプラスミドになるようにｐＬＩ５０－Ｐｐｅｎを改変した。

【0363】

Chun et al. J Exp Med 2001に記載されているｉｎ ｓｉｌｉｃｏ予測法を使用して、（ｉ）完全長タンパク質、（ｉｉ）ＯＶＡからのＭＨＣ－Ｉ結合抗原の１×リピート（アミノ酸配列ＳＩＩＮＦＥＫＬを有する；「１×」）、（ｉｉｉ）ＳＩＩＮＦＥＫＬの３×リピート（「３×」）、または（ｉｖ）ＯＶＡからの３つの予測Ｈ２－Ｍ３結合ペプチドのコンカテマー（「３ｐｅｐ」）という、４つの形態のＯＶＡ抗原を設計した。

【0364】

次に、細胞壁呈示抗原のためのＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株を産生した。これらの株では、ＯＶＡ、１×、３×、または３ｐｅｐを、Ｎ末端シグナルペプチドおよびＣ末端細胞壁貫通領域という、Ｓ．ａｕｒｅｕｓプロテインＡの２つのドメイン間でスプライシングし、その結果、ｗＯＶＡ、ｗＯＶＡ１×、ｗＯＶＡ３×、およびｗＯＶＡ３ｐｅｐを得た。

【0365】

ＰｅｐｂｏｙマウスにＢ１６－黒色腫産生Ｆｌｔ３Ｌを腹腔内注射して、全樹状細胞産生を刺激した。約１０～１３日後、脾臓樹状細胞をＣＤ１１ｃ磁気ビーズで単離した。これらの樹状細胞を、熱殺菌された細菌とともに、２．５時間、３７℃でインキュベートした。トランスジェニックマウス（ＯＴ－ＩまたはＯＴ－ＩＩ）の脾臓から単離した細胞を、ｐａｎ－Ｔ細胞単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で単離した。樹状細胞／細菌インキュベーション後、目的のＴ細胞を樹状細胞共培養物に１０：１のまたはそれより高い樹状細胞対Ｔ細胞比で添加し、３７℃でさらに３．５時間、共培養した。共培養後、フローサイトメトリー分析のための細胞表面マーカー、細胞内転写因子および細胞内Ｎｕｒ７７発現についての固定および染色のために、細胞を収集した。Ｎｕｒ７７発現を、共培養中のＴ細胞の抗原特異的ＴＣＲ結合および活性化についてのマーカーとして使用した。

【0366】

図８Ａに示されているように、細胞壁にＯＶＡ融合タンパク質を発現する組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株（４９２、５４０および５６９株）は、共培養物中のＮｕｒ７７発現ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を増加させた。対照的に、図８Ｂに示されているように、４９２、５４０および５６９株は、Ｎｕｒ７７発現ＣＤ４＋Ｔ細胞の割合を増加させなかった。

【0367】

（実施例７）
組換えＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ株によるＰＭＥＬ特異的Ｔ細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏでの導入
メラノサイト特異的抗原であるＰＭＥＬを細菌細胞壁に呈示するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株を、前に実施例６で説明したのと類似の方法により産生した。

【0368】

ｉｎ ｖｉｔｒｏ混合細菌／ＡＰＣ／Ｔ細胞反応を、前に実施例６で説明したように、しかし、ＯＶＡ発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株の代わりにＰＭＥＬ発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株を使用して、およびＯＴ－ＩまたはＯＴ－ＩＩ Ｔ細胞の代わりに８ｒｅｓｔ ＣＤ８ Ｔ細胞を使用して、行った。

【0369】

ＯＶＡ発現組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株と同様に、図９に示されているように、ＰＭＥＬ発現組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株は、共培養物中のＮｕｒ７７発現ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を増加させた。

【0370】

（実施例８）
ＯＶＡ発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓによるＯＶＡ＋黒色腫のｉｎ ｖｉｖｏ誘導腫瘍致死
８週齢～１２週齢の間のＣ５７ＢＬ／６雌マウスを、全てのｉｎ ｖｉｖｏ黒色腫実験に使用した。１～３×１０^５の黒色腫細胞を、黒色腫進行の局所または転移モデルに皮下注射または腹腔内注射した。黒色腫細胞は、ＯＶＡを発現するＢ１６Ｆ１０細胞系、ＯＶＡおよびルシフェラーゼを発現するＢ１６Ｆ１０細胞系、またはＡＴＣＣ Ｂ１６Ｆ０－ルシフェラーゼおよびＢ１６Ｆ１０－ルシフェラーゼ細胞系のいずれかであった。腫瘍抗原発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓをマウスに局所投与する１週間前までに、または局所投与した２週間後に、黒色腫の注射を行った。ルシフェラーゼ発現Ｂ１６黒色腫を注射したマウスについては、滅菌ＰＢＳ中の１５０ｍｇ／ｋｇのＤ－ルシフェリンをマウスに注射し、続いて、ＩＶＩＳ ＬｕｍｉｎａまたはＬａｇｏイメージャーを使用してイソフルラン麻酔下でイメージングすることにより、ｉｎ ｖｉｖｏイメージングを行った。

【0371】

図１０に示されているように、腫瘍注射前と腫瘍注射後の両方のＯＶＡ発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの局所投与が、野生型対照Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓで処置したマウスと比較してマウスにおける腫瘍重量の有意な低減をもたらした（図１０Ａ）。^＊ｐ≦０．０５。同様に、ルシフェラーゼ発現黒色腫細胞の腫瘍注射の１～３日後のＯＶＡ発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの局所投与は、野生型対照Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓで処置したマウスと比較して腫瘍放射輝度／発光の有意な低減をもたらした（図１０Ｂおよび図１０Ｃ）。

【0372】

（実施例９）
組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを使用する型特異的Ｔ細胞活性化のｉｎ ｖｉｔｒｏ誘導
ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞培養モデルを使用して、腫瘍抗原を含有する融合タンパク質を発現する組換え細菌を接種したマウスにおいて抗原特異的免疫の誘導を試験した。図１１Ａおよび図１１Ｂは、特定の細菌細胞内局在を有する腫瘍抗原を含有する融合タンパク質を発現させるために使用した構築物設計を示す模式図である。抗原断片がｔａｔ担体に挿入される、ｔａｔ発現系は、ｔａｔ担体ペプチドと融合した抗原の分泌をもたらす（図１１Ａ）。抗原断片がソルターゼシグナルペプチドおよび細胞壁貫通ペプチドに融合される、細胞壁固定発現系は、細菌細胞壁に標的化されている抗原をもたらす（図１１Ｂ）。図１１Ｃは、ＯＶＡ抗原を発現するための特異的構築物の設計を説明する模式図を示す。大部分の基本構築物（ｃＯＶＡ）は、細胞質内のＯＶＡ局在をもたらす。ＯＶＡまたは断片ＯＴ１、ＯＴ２もしくはＯＴ３ｐｅｐへの、Ｎ末端ソルターゼシグナル配列およびＣ末端壁貫通領域の付加は、発現される抗原の、細菌細胞の外面への固定をもたらす。対照的に、Ｎ末端ｓｅｃまたはｔａｔシグナル配列の付加は、発現される抗原の分泌をもたらす。ペプチド断片には、Ｃ末端担体タンパク質を付加させて、抗原分泌を促進する。完全長ＯＶＡ構築物の産生をウエスタンブロットにより評定した（図１１Ｄ）。注目すべきことに、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは、十分に報告されているＳｅｃ分泌系を有し、識別可能なＴａｔ分泌系を有さないが、Ｔａｔシグナルペプチドは、ＯＶＡの効率的産生および分泌を助長した。

【0373】

マウス脾臓樹状細胞に、対照または抗原含有構築物を発現する組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを接種した。図１２は、Ｔ細胞活性化のマーカーであるＮｕｒ７７の発現により測定したときの培養ＣＤ８＋Ｔ細胞（図１２Ａ）およびＣＤ４＋Ｔ細胞（図１２Ｂ）の活性化を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞の公知活性化因子であるＯＴ－Ｉは、ＣＤ８＋Ｔ細胞においてＮｕｒ７７のロバストな誘導を引き起こし、ＣＤ４＋Ｔ細胞の活性化因子であるＯＴ－ＩＩは、同様に、ＣＤ４＋Ｔ細胞のロバストな活性化を誘導した。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＯＴ－ＩＩによって強力に活性化されず、ＣＤ４＋Ｔ細胞もＯＴ－Ｉによって強力に活性化されなかった。これは、特定の抗原へのＴ細胞型の特異的応答を示す。

【0374】

（実施例１０）
マウスにおける組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓでの抗腫瘍免疫のｉｎ ｖｉｖｏ活性化
皮下異種移植モデルを使用して、ＯＶＡ陽性腫瘍細胞に対する抗腫瘍免疫を誘導する組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの能力を試験した。ＯＶＡ陽性Ｂ１６Ｆ１０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、マウスに、ＯＶＡ抗原構築物または対照で操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを接種した。図１３は、対照と比較してＯＶＡ発現細菌を接種したマウスにおける腫瘍体積および重量の有意な低減を実証する、異種移植の２１～２３日後の腫瘍体積（図１３Ａ）および重量（図１３Ｂ）の分析を示す。

【0375】

Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓにおける特異的構築物の発現を使用して、抗原特異的抗腫瘍免疫におけるＴ細胞型の相対的寄与を評定した。ＯＶＡ陽性Ｂ１６Ｆ０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、マウスに、分泌ＯＶＡ（ｓＯＶＡｔａｔ）、壁結合ＯＴ１（ｗＯＶＡｐｅｐ）、生きているｓＯＶＡｔａｔおよびｗＯＶＡｐｅｐ両方（ＯＶＡ）、または熱殺菌されたｓＯＶＡｔａｔおよびｗＯＶＡｐｅｐ両方（ＨＫ ＯＶＡ）を発現する細菌を接種した。生きているｓＯＶＡｔａｔおよびｗＯＶＡｐｅｐ細菌株両方（ＯＶＡ）を接種したマウスの群を、ＣＤ８＋Ｔ細胞（ＯＶＡ＋ａＣＤ８）またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）（ＯＶＡ＋ａＴＣＲｂ）のどちらかを標的とする抗体で処置した。図１４Ａは、腫瘍重量の有意な低減が、生きているｓＯＶＡｔａｔおよびｗＯＶＡｐｅｐ細菌株両方で処置したマウスにのみ見られたことを示す。腫瘍重量のこの低減は、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＴＣＲ標的化抗体での併用処置により防止された。これは、ＣＤ８＋Ｔ細胞とＣＤ４＋Ｔ細胞の両方の誘導が抗腫瘍免疫に必要であることを示す。熱殺菌された細菌での処置は、腫瘍重量の有意な低減をもたらさなかった。これは、操作された細菌が、単に抗原およびアジュバントの供給源ではなかったこと、しかし、細菌生存率が、および可能性として持続的抗原曝露が、一般に免疫刺激応答には必要であったことを示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞または全てのＴＣＲβ＋細胞の抗体媒介枯渇（図１４Ｂおよび図１４Ｃ）は抗腫瘍効果を消失させ、これはＳ．ｅｐｉ－ＯＶＡ誘導応答にＣＤ８＋およびＣＤ４＋Ｔ細胞が果たす役割と整合していた（図１４Ａ、図１４Ｂおよび図１４Ｃ）。

【0376】

腫瘍流入領域リンパ節内のＴ細胞の分析によって、組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを局所的に接種したマウスにおけるＣＤ８＋Ｔ細胞とＣＤ４＋Ｔ細胞の両方の抗原特異的活性化の指標が得られる。ＯＶＡ陽性Ｂ１６－Ｆ０黒色腫細胞の皮下異種移植前に１週間、マウスに、ＯＶＡ抗原構築物または対照を発現するように操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを接種した。図１５Ｂおよび図１５Ｅに示されているように、活性化ＩＦＮγ発現ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセンテージは、腫瘍流入領域リンパ節においてＳ．ｅｐｉ－ＯＶＡによるコロニー形成後にそれぞれ増加したが、Ｓ．ｅｐｉ－対照では増加しなかった。図１５Ｃに示されているように、Ｈ２－Ｋｂ／ＳＩＩＮＦＥＫＬ四量体染色ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージもまた、腫瘍流入領域リンパ節においてＳ．ｅｐｉ－ＯＶＡによるコロニー形成後に増加したが、Ｓ．ｅｐｉ－対照では増加しなかった。図１５Ａおよび図１５Ｄに示されているように、ＣＤ８＋Ｔ細胞の総パーセンテージも、ＣＤ４＋Ｔ細胞の総パーセンテージも、Ｓ．ｅｐｉ－対照と比較してＳ．ｅｐｉ ＯＶＡを接種したマウスの流入領域リンパ節において、それぞれ有意に増加しなかった。これは、Ｔ細胞活性化が、免疫応答の一般的な活性化とは対照的に抗原特異的であったことを示す。これらの結果は、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡが生理的コロニー形成条件下で抗腫瘍免疫応答を惹起したことを示す。さらに、ＯＶＡ発現細菌は、活性化した抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞を誘導し、これらの細胞が腫瘍部位に遊走した。

【0377】

抗腫瘍効果のための局在および抗原要件をさらに評定した。Ｂ１６－ＯＶＡ腫瘍細胞を右側腹部に皮下注射する前に、マウスに、ＯＶＡの異なるバージョンを保有するＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株のコロニーを形成した。Ｓ．ｅｐｉ－ｗＯＴ１のみがＣＤ８＋Ｔ細胞抗原を発現するので、Ｓ．ｅｐｉ－ｗＯＶＡ（すなわち、完全長ＯＶＡタンパク質）を用いてマウスにコロニーを形成して、ＣＤ８＋およびＣＤ４＋抗原が壁に呈示された構築物が応答を惹起し得るかどうかを判定した。しかし、図１５Ｆに示されているように、Ｓ．ｅｐｉ－ｗＯＶＡは、対照と比較して抗腫瘍効果を示さなかった。対照的に、Ｓ．ｅｐｉ－ｗＯＴ１とＳ．ｅｐｉ－ｓＯＴ２の組合せを用いたコロニー形成は、腫瘍重量を減少させ（図１５Ｆ）、ＩＦＮγ発現ＣＤ８＋Ｔ細胞を増加させた（データの図示なし）。これは、抗腫瘍有効性が、一般に、壁結合ＣＤ８＋Ｔ細胞抗原と分泌ＣＤ４＋Ｔ細胞抗原の両方を必要としたことを示唆する。Ｓ．ｅｐｉ－ｗＯＴ２およびＳ．ｅｐｉ－ｓＯＴ１を用いてマウスにコロニーを形成することにより、局在と抗原ペプチド同一性を不適正に組み合わせた場合、腫瘍流入領域リンパ節において、腫瘍重量（図１５Ｆ）のいかなる低減も、ＩＦＮγ発現ＣＤ４＋Ｔ細胞（図１５Ｇ）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（図１５Ｈ）のパーセンテージのいかなる増加も、観察されなかった。したがって、これらのｉｎ ｖｉｖｏデータは、壁結合ＣＤ８＋エピトープと分泌ＣＤ４＋エピトープの両方が最適な抗腫瘍活性に一般に必要とされる、細菌の抗原細胞内局在が重要であるモデルと整合した。これらの結果は、抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞が両方とも一般にＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ誘導抗腫瘍応答に必要とされることも示唆している。

【0378】

（実施例１０）
組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓでの抗原提示細胞の標的化による抗ウイルス免疫のロバストな活性化
抗原提示細胞（ＡＰＣ）の標的化を使用して、特定の免疫細胞型のロバストな活性化を促進することができる。図１６Ａ（Lopez-Requena, 2012から抜粋した図）は、免疫細胞の特異的活性化を促進するためのＡＰＣ抗原の標的化を示す。ＡＰＣ上のＣＤ１１ｂの標的化は、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化を増強し、ＡＰＣ上のＭＨＣ－ＩＩの標的化は、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＢ細胞の活性化を増強する。図１６Ｂ（Lopez-Requena, 2012から抜粋した図）は、特定の抗原を標的とするために融合タンパク質において使用され得る、ナノボディ（ＶＨＨ）を含む、機能的抗体断片を示す。図１７Ａは、インフルエンザＡウイルス（ＩＡＶ）ＮＰ_{３６６－３７４}に対するＣＤ８＋Ｔ細胞特異的応答を誘導するように設計した構築物の模式図を示す。両方の構築物設計は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を促進するためのＩＡＶエピトープと、発現を評定するためのＨＡタグと、細胞壁への融合タンパク質の局在を誘導するためのまたは分泌を誘導するための担体とを含む。下の構築物は、ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化をさらに促進するためにＡＰＣを標的とするＣＤ１１ｂ標的化ＶＨＨ断片も含有する。これらの構築物をＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓなどの細菌に発現させ、対象に接種して、抗ＩＡＶ ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を促進することができる。図１７Ｂは、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を誘導するための構築物の概略設計を示す。これらの構築物は、同様に、担体およびＨＡタグを含み、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を促進するための２つのＩＡＶ抗原断片のうちの１つ（ＮＰ_{３６６－３７４}またはＮＡ_{１７７－１９３}）も含む。これらの構築物のうちの２つは、ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化を増加させるためにＡＰＣを標的とするＭＨＣ－ＩＩ標的化ＶＨＨ断片も含有する。

【0379】

Ｔ細胞応答に加えて、Ｂ細胞も、異種抗原断片を発現するように操作された組換え細菌により活性化され得る。図１８は、オボアルブミン構築物を発現する組換えＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを接種したマウスが、接種後３週間（図１８Ａ）および５週間（図１８Ｂ）の時点で血清におけるオボアルブミン標的化ＩｇＧ抗体の低レベル誘導を有することを示す。図１９は、組換え細菌における異種抗原の発現がＩＡＶに対するＢ細胞応答を惹起する、構築物の設計の模式図を示す。全ての構築物は、Ｂ細胞刺激エピトープ（（Ｍ２ｅ）_４、ＨＡ２_{７６－１３０}、またはＨＡ２_{１２－６３}）とともに、担体およびＨＡタグを含有する。これらの構築物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞によるＢ細胞の活性化を促進するためにＣＤ４＋Ｔ細胞エピトープも含有する。これらの構築物の半分は、Ｂ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞活性化を刺激するためにＡＰＣを標的とするＭＨＣ－ＩＩ標的化ＶＨＨ断片も含有する。

【0380】

マウスモデルを利用して、ＩＡＶ抗原とＡＰＣ標的化ＶＨＨ断片とを含有する融合タンパク質を発現する組換え細菌での抗ＩＡＶ免疫の活性化を実証することができる。図２０は、マウスモデルを使用して抗ＩＡＶ免疫応答を促進する点での組換え細菌の効果を試験する実験のワークフロー図を示す。図１７Ａ、図１７Ｂまたは図１９に示されている構築物を含む、組換え細菌の１つまたは複数の株、例えば、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓまたは任意の他の好適な株を、野生型ＳＰＦマウスに接種することができる。およそ１４～３５日後、接種したマウスをＩＡＶに鼻腔内感染させることができる。所定の終点で、生存率；体重；体温；Ｎｕｒ７７発現、ＩＦＮγ発現もしくは任意の他の好適な尺度に基づくＴ細胞活性化；または抗体力価もしくは任意の他の好適な尺度に基づくＢ細胞活性化などの、尺度を使用して、抗ＩＡＶ免疫応答を誘導する組換え細菌の能力を評定することができる。

【0381】

（実施例１１）
操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ株は転移性黒色腫モデルにおいて有効性を示す
上記実施例では、腫瘍細胞をマウスの側腹部に皮下注射した。頭部への局所的適用によりマウスにコロニーを形成したが、マウスの毛づくろい行動は、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを皮膚にわたって広く分散させる可能性があり、それによって、抗腫瘍免疫応答の誘導のために組換え細菌と腫瘍がすぐそばにある必要があるのかどうかという問いが生じた。この問いに取り組むために、Ｂ１６黒色腫の十分に特徴付けられた（およびより高悪性度の）バリアントであるＢ１６－Ｆ１０に由来する細胞系を使用して、転移性黒色腫モデルにおいて、実験を行った。そのワークフローを図２１Ａに概略的に示す。ルシフェラーゼを構成的に発現するＢ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ細胞を皮下注射ではなく静脈内注射し、その結果として肺に転移が生じた。静脈内腫瘍細胞注射の７日前のＳ．ｅｐｉ－ＯＶＡの局所的付着は、腫瘍進行を大幅に緩徐化させた（図２１Ｃ、図２１Ｄおよび図２２）。これにより、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡの抗腫瘍効果が皮膚および皮下組織に限定されないことが実証された。これらのデータは、異種抗原発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの抗腫瘍効果が、一般に、感染も、腫瘍への近接も必要としないこと、すなわち、異種抗原発現Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓが、天然宿主ニッチに対して遠位の抗腫瘍応答を刺激できたこと、および腫瘍転移を首尾よく標的とすることを示す。

【0382】

次に、現実世界での応用にあたってモデル抗原に付随する潜在的な問題、すなわち、ＡＰＣにおけるそれらの効率的なプロセシング、および同系腫瘍細胞系における高度な発現、について解決するために、腫瘍に天然に存在するネオ抗原含有ペプチドの組換え細菌による発現を評定した。Ｂ１６－Ｆ１０黒色腫細胞に天然に存在する、およびｍＲＮＡワクチンとして製剤化されたときに抗腫瘍応答を駆動すると以前に報告されている（S. Kreiter et al., Mutant MHC class II epitopes drive therapeutic immune responses to cancer. Nature. 520, 692-696 (2015).）、２つのネオ抗原含有ペプチドを発現するように、Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを操作した（図２１Ｂ）。Ｏｂｓｌ１（Ｔ１７６４Ｍ）からのネオ抗原ペプチドは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を優先的に刺激するため、変異ネオ抗原残基を中心とする２７－ａａペプチドを、実施例９で説明した壁結合足場にスプライシングし、それによってＳ．ｅｐｉ－ｗＢ１６Ａｇ株を得た（図２１Ｂ、下のパネル）。別のネオ抗原ペプチドであるＩｎｔｓ１１（Ｄ３１４Ｎ）は、主としてＣＤ４＋Ｔ細胞を刺激するため、ネオ抗原突然変異を保有する２７－ａａペプチドを、実施例９で説明したＴａｔ媒介分泌の足場にスプライシングし、その結果、Ｓ．ｅｐｉ－ｓＢ１６Ａｇ株を生成した（図２１Ｂ、上のパネル）。Ｓ．ｅｐｉ－ｗＢ１６ＡｇとＳ．ｅｐｉ－ｓＢ１６Ａｇの混合物（「Ｓ．ｅｐｉ－ｎｅｏＡｇ」と呼ぶ）を用いてマウスにコロニーを形成し、次いで、７日後にＢ１６－Ｆ１０－ＯＶＡ－ｌｕｃ細胞を静脈内注射した。腫瘍サイズを低減することができなかったＳ．ｅｐｉ－対照とは対照的に、Ｓ．ｅｐｉ－ｎｅｏＡｇは、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡに匹敵するレベルで腫瘍成長を制限した（図２１Ｃ、図２１Ｄ、および図２２）。Ｓ．ｅｐｉ－ｎｅｏＡｇによりコロニーが形成されたマウスは、自己免疫のいずれの症状も示さなかった。これは、操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓによって誘導されたＴ細胞が、健康な組織よりも腫瘍細胞に対して選択的であるモデルであって、ネオ抗原を含む潜在的に広範な宿主抗原に対してこれらのＴ細胞を方向付けることができるモデルと整合する。

【0383】

（実施例１２）
ソルターゼＡを使用する扱いにくい生物への組換えタンパク質の固定
グラム陽性細菌Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓをはじめとする、ある特定の共生微生物は、免疫応答を強力にモジュレートするが、既存の遺伝子操作ツールの欠如に起因して、これまで研究することが難しかった。この目的を達成するために、図２３Ａに示されている、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓペプチド転移酵素であるソルターゼＡ（ＳｒｔＡ）を使用する系を利用して、細菌の細胞壁に融合タンパク質を固定することができる。図２３Ｂは、ＳｒｔＡ上のシステイン残基が融合タンパク質上のＣ末端ＬＰＸＴＧモチーフと反応する系を示す。細胞壁上のアミン基は、求核アシル置換によって、融合タンパク質をＳｒｔＡに連結しているチオエーテル結合と反応する。この結果として、細菌の細胞壁への融合タンパク質の共有結合性連結が生じる。図２３Ｃは、抗原断片（例えば、ＯＴＩ、ＯＴＩＩ、またはＣＴＲ）、発現タグ（例えば、ＨＡ）、およびＳｒｔＡと反応できるＣ末端ＬＰＸＴＧモチーフを含有する構築物設計の模式図を示す。これらの構築物は、ＡＰＣを標的とするためのＮ末端ＶＨＨ領域（例えば、α－ＣＤ１１ｂ ＶＨＨ、α－ＭＨＣ－ＩＩ ＶＨＨ）も含有し得る。

【0384】

（実施例１３）
操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓは定着腫瘍に対して有効である
腫瘍注射後の操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓによるマウスにおけるコロニー形成（一次処置のモデル）が治療応答を生じさせるかどうかを試験するために、実験を行った。先ず、マウスにＢ１６－Ｆ０－ＯＶＡ細胞を皮下注射し、次いで、腫瘍細胞注射の翌日に開始して、４回、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐに対してＳ．ｅｐｉ－対照によってコロニーを形成した。腫瘍細胞負荷量の有意な低減が観察された（図２４Ａ）。静脈内腫瘍細胞注射の３日後にコロニー形成を開始する、転移性黒色腫モデルにおいてＢ１６－Ｆ１０－ＯＶＡを使用する第２の実験では、腫瘍負荷量の低減は、さらにいっそう顕著であり、ＯＶＡ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞誘導の増加を伴った（図２４Ｂ）。Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ誘導Ｔ細胞の測定可能な増加に少なくとも７日かかると仮定すると、「処置モデル」（腫瘍細胞注射後）に観察された活性は、操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓが、高悪性度腫瘍が定着した後でさえ有効であることを実証した。

【0385】

Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ誘導腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の分析中に、大部分のＴＩＬがＰＤ－１＋であるという１つの観察結果が目を引いた。これは、ＴＩＬが部分的にまたは完全に使い果たされた可能性と整合する。チェックポイント阻害剤である抗ＰＤ－１および抗ＣＴＬＡ－４を使用して、共投与した場合、これらの細胞が、より強力な抗腫瘍活性を発揮すると推論して、マウスに、予防的モデルでコロニーを形成し、２用量の抗ＰＤ－１／抗ＣＴＬＡ－４混合物を腫瘍細胞注射後５日目および９日目に与えた。抗ＰＤ－１と抗ＣＴＬＡ－４とＳ．ｅｐｉ－対照の組合せは腫瘍成長を制御することができず、これはＢ１６－Ｆ１０黒色腫の高悪性度の性質と整合していた。しかし、Ｓ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐを用いてコロニーを形成したとき、１５／１６の両側性腫瘍（７／８匹のマウスにおいて）が拒絶されるという著しい応答が観察され、したがって、大きな生存利益につながった（図２４Ｃ）。別の実験では、腫瘍細胞を右側腹部に注射した。１４／１６匹のマウスが、完全レスポンダーであり、３１日後、左側腹部へのＢ１６－Ｆ１０細胞の注射によってその１４匹のマウスに再投与した。１４／１４匹は、左側腹部における腫瘍成長の形跡を示さず、９／１４匹は、右側腹部において腫瘍を依然として検出できなかった。これらのデータは、チェックポイント遮断が、操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓの抗腫瘍効果を増強すること、およびこのアプローチが腫瘍に対する免疫記憶を生じさせることを示す。

【0386】

操作されたＳ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓとチェックポイント阻害剤の組合せを、そのような組合せが一次処置のモデルにおいて増強された応答を生じさせることができるかどうかを判定するために試験した。Ｂ１６－Ｆ１０－ＯＶＡの皮下注射の５日後、Ｓ．ｅｐｉ－対照またはＳ．ｅｐｉ－ＯＶＡｐｅｐを用いてマウスにコロニーを形成し、同時に抗ＰＤ１と抗ＣＴＬＡ－４の組合せを投与した（図２４Ｄ）。腫瘍負荷量の低減が顕著であり、１２／１４の腫瘍の拒絶があった（両側性腫瘍を有する５／７匹のマウスにおいて）。これらのデータは、腫瘍発現共生体とチェックポイント遮断を組み合わせることが、実行可能な治療戦略になり得ることを示す。

【0387】

参照による組込み
本明細書で言及する特許文献および科学論文の各々についての全開示は、あらゆる目的で参照により本明細書に組み込まれる。

【0388】

均等物
本発明を、趣旨またはその本質的特徴を逸脱することなく、他の特定の形態で実施することができる。それ故、上述の実施形態を、あらゆる点で、本明細書に記載の本発明を制限するものではなく説明に役立つものと見なされたい。したがって、本発明の範囲は、上述の説明ではなく添付の特許請求の範囲により示され、請求項の均等性の意味および範囲内に入る全ての変更は、その請求項に包含されるように意図されている。

【図1】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11-1】

【図11-2】

【図11-3】

【図12】

【図13】

【図14-1】

【図14-2】

【図15-1】

【図15-2】

【図16】

【図17】

【図18】

【図19】

【図20】

【図21-1】

【図21-2】

【図21-3】

【図22】

【図23】

【図24-1】

【図24-2】

【配列表】

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【国際調査報告】