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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-01-12
(54)【発明の名称】腫瘍マーカー及びその使用
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20240104BHJP
C12Q 1/6827 20180101ALI20240104BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20240104BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240104BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240104BHJP
C12N 15/11 20060101ALN20240104BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6886 Z
C12Q1/6827 Z
C12Q1/6869 Z
A61K45/00
A61P35/00
C12N15/11 Z ZNA
【審査請求】有
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023540629
(86)(22)【出願日】2021-10-29
(85)【翻訳文提出日】2023-06-30
(86)【国際出願番号】 CN2021127464
(87)【国際公開番号】W WO2022142677
(87)【国際公開日】2022-07-07
(31)【優先権主張番号】202011608940.0
(32)【優先日】2020-12-30
(33)【優先権主張国・地域又は機関】CN
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521036193
【氏名又は名称】上▲海▼奕▲譜▼生物科技有限公司
(74)【代理人】
【識別番号】100108453
【弁理士】
【氏名又は名称】村山 靖彦
(74)【代理人】
【識別番号】100110364
【弁理士】
【氏名又は名称】実広 信哉
(74)【代理人】
【識別番号】100133400
【弁理士】
【氏名又は名称】阿部 達彦
(72)【発明者】
【氏名】董 世▲華▼
(72)【発明者】
【氏名】李 振▲艶▼
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA13
4B063QA17
4B063QA19
4B063QQ02
4B063QQ42
4B063QR08
4B063QR42
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS33
4B063QS34
4B063QX01
4C084AA17
4C084NA14
4C084ZB26
(57)【要約】
本発明は、ヒトゲノム１番染色体、２番染色体、３番染色体、５番染色体、７番染色体、８番染色体、１０番染色体、１１番染色体及び２１番染色体に位置し、且つメチル化修飾が発生可能なＣｐＧサイトを一つ又は複数含む腫瘍マーカー、及びその使用を提供する；本発明は、腫瘍患者において有意な高メチル化状態を示すＤＮＡエピジェネティック修飾関連腫瘍マーカーを提供する。腫瘍マーカーは、腫瘍の臨床補助的スクリーニング、診断及び予後や、診断試薬及びキットの設計などに適用できる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ヒトゲノム１番染色体、２番染色体、３番染色体、５番染色体、７番染色体、８番染色体、１０番染色体、１１番染色体及び２１番染色体に位置し、且つメチル化修飾が発生可能なＣｐＧサイトを一つ又は複数含む腫瘍マーカー。
【請求項2】
前記腫瘍マーカーは、ヒトゲノムＨｇ１９を参照として、ｃｈｒ２：１０５４５９１３５－１０５４５９１９０、ｃｈｒ１０：１２４９０２３９２－１２４９０２４５５、ｃｈｒ３：１５７８１２３３１－１５７８１２４９８、ｃｈｒ２１：３８３７８２７５－３８３７８５３９、ｃｈｒ８：９７１７０３５３－９７１７０４０４、ｃｈｒ５：１３４８８０３６２－１３４８８０４５５、ｃｈｒ１０：９４８３５１１９－９４８３５２５２、ｃｈｒ１１：３１８２６５５７－３１８２６９６３、ｃｈｒ３：１４７１１４０３２－１４７１１４１０８、ｃｈｒ１０：５０８１９２２７－５０８１９５８９、ｃｈｒ２：６６８０９２５５－６６８０９２８１、ｃｈｒ７：９７３６１３９３－９７３６１４６１、ｃｈｒ８：７０９８４２００－７０９８４２９４、ｃｈｒ１：６５１５３４１－６５１５４０９領域に位置する一つ又は複数を含むことを特徴とする、請求項１に記載の腫瘍マーカー。
【請求項3】
前記メチル化修飾は、５－ホルミル化修飾、５－ヒドロキシメチル化修飾、５－メチル化修飾又は５－カルボキシル化修飾を含むことを特徴とする、請求項１に記載の腫瘍マーカー。
【請求項4】
前記ｃｈｒ２：１０５４５９１３５－１０５４５９１９０領域は、ａ）配列番号１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：１２４９０２３９２－１２４９０２４５５領域は、
ａ）配列番号２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ３：１５７８１２３３１－１５７８１２４９８領域は、
ａ）配列番号３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ２１：３８３７８２７５－３８３７８５３９領域は、
ａ）配列番号４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ８：９７１７０３５３－９７１７０４０４領域は、
ａ）配列番号５に示される塩基配列；
ｂ）配列番号５に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号５と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ５：１３４８８０３６２－１３４８８０４５５領域は、
ａ）配列番号６に示される塩基配列；
ｂ）配列番号６に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号６と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：９４８３５１１９－９４８３５２５２領域は、
ａ）配列番号７に示される塩基配列；
ｂ）配列番号７に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号７と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ１１：３１８２６５５７－３１８２６９６３領域は、
ａ）配列番号８に示される塩基配列；
ｂ）配列番号８に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号８と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ３：１４７１１４０３２－１４７１１４１０８領域は、
ａ）配列番号９に示される塩基配列；
ｂ）配列番号９に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号９と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：５０８１９２２７－５０８１９５８９領域は、
ａ）配列番号１０に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１０に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１０と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ２：６６８０９２５５－６６８０９２８１領域は、
ａ）配列番号１１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ７：９７３６１３９３－９７３６１４６１領域は、
ａ）配列番号１２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ８：７０９８４２００－７０９８４２９４領域は、
ａ）配列番号１３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる；
及び／又は、前記ｃｈｒ１：６５１５３４１－６５１５４０９領域は、
ａ）配列番号１４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる
ことを特徴とする、請求項３に記載の腫瘍マーカー。
【請求項5】
腫瘍のスクリーニング、予後、診断試薬及び薬物標的における請求項１～４のいずれかに記載の腫瘍マーカーの使用。
【請求項6】
前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化状況を検出することを含むことを特徴とする、請求項５に記載の使用。
【請求項7】
前記腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌、乳癌を含むことを特徴とする、請求項５に記載の使用。
【請求項8】
前記腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含むことを特徴とする、請求項７に記載の使用。
【請求項9】
腫瘍増殖を抑制する薬物であって、請求項１～４のいずれかに記載の腫瘍マーカーの阻害剤を含むことを特徴とする、薬物。
【請求項10】
前記阻害剤はメチル化阻害剤であることを特徴とする、請求項９に記載の薬物。
【請求項11】
さらに薬学的に許容される担体を含むことを特徴とする、請求項９に記載の薬物。
【請求項12】
下記の工程を含むことを特徴とする、腫瘍マーカーの検出方法：Ｓ１、検出しようとする組織試料を取得する；
Ｓ２、検出しようとする組織試料ＤＮＡを抽出し、試料のメチル化値を取得する；
Ｓ３、請求項１～４のいずれかに記載の腫瘍マーカー配列領域内の各ＣｐＧサイトのメチル化状況、或いは領域全体の平均メチル化状況を算出する。
【請求項13】
工程Ｓ２で試料のメチル化値を取得する方法は、シーケンス、プローブ、抗体、質量分析などを含むことを特徴とする、請求項１０に記載の方法。
【請求項14】
請求項１～４のいずれかに記載の腫瘍マーカーを特異的に検出するプライマー又はプローブを含むことを特徴とする、腫瘍マーカー検出キット。
【請求項15】
前記腫瘍マーカーを特異的に検出することは、前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化を特異的に検出することを含むことを特徴とする、請求項１４に記載の腫瘍マーカー検出キット。
【請求項16】
前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化は、５－ホルミル化、５－ヒドロキシメチル化、５－メチル化又は５－カルボキシル化を含むことを特徴とする、請求項１５に記載の腫瘍マーカー検出キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
技術分野
本発明は生物技術分野に関し、特に腫瘍マーカー及びその使用に関する。
本発明は生物技術分野に関し、特に腫瘍マーカー及びその使用に関する。
【背景技術】
【0002】
背景技術
腫瘍の発生・進行は、外部環境、遺伝的変異やエピジェネティックな変化などの複数の要因の相互作用を含む複雑で多面的・多要因的な動的過程である。外部環境の要因は、物理的、化学的、生物学的などの発癌性要因や、不健康な生活習慣などを含む；遺伝的変異は、遺伝子変異、コピー数の変化、染色体のミスマッチなどを含む；エピジェネティックな変化は主に、ＤＮＡメチル化、ヒストン修飾、ノンコーディングＲＮＡなどの変化要因を含む。腫瘍の発生・進行過程では、上記の要因が相乗的に連携して、一連の癌抑制遺伝子の不活性化と癌遺伝子の活性化を引き起こし、ひいては腫瘍を発生させる。タイムリーな発見と診断は、腫瘍の治療にとって非常に重要である。
腫瘍の発生・進行は、外部環境、遺伝的変異やエピジェネティックな変化などの複数の要因の相互作用を含む複雑で多面的・多要因的な動的過程である。外部環境の要因は、物理的、化学的、生物学的などの発癌性要因や、不健康な生活習慣などを含む；遺伝的変異は、遺伝子変異、コピー数の変化、染色体のミスマッチなどを含む；エピジェネティックな変化は主に、ＤＮＡメチル化、ヒストン修飾、ノンコーディングＲＮＡなどの変化要因を含む。腫瘍の発生・進行過程では、上記の要因が相乗的に連携して、一連の癌抑制遺伝子の不活性化と癌遺伝子の活性化を引き起こし、ひいては腫瘍を発生させる。タイムリーな発見と診断は、腫瘍の治療にとって非常に重要である。
【0003】
腫瘍に対する理解の深まりと科学技術の進歩に伴い、新規な腫瘍マーカーは多く発見され、臨床診断に利用されている。１９８０年以前、腫瘍マーカーは主に、ホルモンや酵素、タンパク質などの細胞分泌物であり、例えば、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）やアルファフェトプロテイン（ＡＦＰ）などは、胃癌や肝癌などのさまざまな腫瘍のマーカーとすることができる。これらの腫瘍マーカーは現在でも臨床で使用されているが、その感度と精度は、現在の臨床ニーズをもはや満たせなくなる。現在、例えば腫瘍抑制因子ｐ５３の変異、ＢＲＣＡ遺伝子の変異、結腸・直腸癌におけるマイクロサテライト不安定性などの、変異に基づくマーカーも増えてきたが、これらのマーカーは早期腫瘍の発見・診断にあまり有効ではない。ＤＮＡメチル化に基づくマーカーを用いることで、腫瘍をその進行の早期に診断することができる。
【0004】
エピジェノミクス（Ｅｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓ）とは、遺伝子のＤＮＡ配列に変化がない場合に、遺伝子機能が遺伝的に変化し、ひいては表現型の変化に繋がることを研究する学科である。エピジェノミクスは主に、ＤＮＡメチル化（ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ）、ヒストン修飾（ｈｉｓｔｏｎｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）、ｍｉｃｒｏＲＮＡレベルの変化などの生化学的過程を含む。ＤＮＡメチル化は、深く研究されたエピジェノミクスのメカニズムであり、診断や治療などを含む腫瘍の臨床実践における応用が有望視されている。ＤＮＡメチル化とは、生体内で、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＤＮＡ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ、ＤＭＴ）の触媒作用で、Ｓ－アデノシルメチオニン（ＳＡＭ）をメチル基供与体として、メチル基を特定の塩基に転移させることを意味する。哺乳類では、ＤＮＡメチル化は主に５’－ＣｐＧ－３’のＣで発生し、５－メチルシトシン（５ｍＣ）が生成される。
【0005】
正常細胞では、一部のＣｐＧが高度にメチル化されて転写沈黙の状態にあるが、腫瘍細胞では、これらのＣｐＧが広範囲に脱メチル化され、反復配列の転写、トランスポゾンの活性化を引き起こし、ゲノムの高い不安定性と癌遺伝子の転写の増強に繋がる。また、正常細胞で元々低メチル化状態にあるＣｐＧアイランドは腫瘍細胞で高メチル化されることにより、ＤＮＡ修復遺伝子、細胞周期制御遺伝子、抗アポトーシス遺伝子などを含む遺伝子の転写不活性化を引き起こす。特定のサイトのメチル化状態は、ゲノムＤＮＡを重亜硫酸塩で処理した後、ＰＣＲやシーケンスなどの手段によって効果的に判明することができる。上記の技術を利用すれば、これらの異常なＤＮＡメチル化状態を腫瘍発生のの早期に検出することができる。
【0006】
ヒトゲノムの全配列は既に解明されているが、ゲノム配列は非常に複雑であり、どの遺伝子若しくはどのセグメントが病気と密接に関係しているかはまだ判明されていない。また、腫瘍自体が複雑であるため、感度と特異性を兼ね備えた腫瘍マーカーを見つけることはより困難になる。本発明において、発明者らは、大量のデータを使用し、より最適化された方法と組み合わせることで、より正確な腫瘍マーカーを見つけ、腫瘍の診断のためにより多くの手段を提供した。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0007】
発明の内容
本発明は、従来技術の欠陥を克服し、腫瘍患者において有意な高メチル化状態を示すＤＮＡエピジェネティック修飾関連腫瘍マーカーを提供する。
本発明は、従来技術の欠陥を克服し、腫瘍患者において有意な高メチル化状態を示すＤＮＡエピジェネティック修飾関連腫瘍マーカーを提供する。
【0008】
本発明の第一の態様は、ヒトゲノム１番染色体、２番染色体、３番染色体、５番染色体、７番染色体、８番染色体、１０番染色体、１１番染色体及び２１番染色体に位置し、且つメチル化修飾が発生可能なＣｐＧサイトを一つ又は複数含む腫瘍マーカーを提供する。
【0009】
好ましくは、前記メチル化修飾は、５－ホルミル化修飾、５－ヒドロキシメチル化修飾、５－メチル化修飾又は５－カルボキシル化修飾を含む。
【0010】
好ましくは、前記腫瘍マーカーは、ヒトゲノムＨｇ１９のｃｈｒ２：１０５４５９１３５－１０５４５９１９０、ｃｈｒ１０：１２４９０２３９２－１２４９０２４５５、ｃｈｒ３：１５７８１２３３１－１５７８１２４９８、ｃｈｒ２１：３８３７８２７５－３８３７８５３９、ｃｈｒ８：９７１７０３５３－９７１７０４０４、ｃｈｒ５：１３４８８０３６２－１３４８８０４５５、ｃｈｒ１０：９４８３５１１９－９４８３５２５２、ｃｈｒ１１：３１８２６５５７－３１８２６９６３、ｃｈｒ３：１４７１１４０３２－１４７１１４１０８、ｃｈｒ１０：５０８１９２２７－５０８１９５８９、ｃｈｒ２：６６８０９２５５－６６８０９２８１、ｃｈｒ７：９７３６１３９３－９７３６１４６１、ｃｈｒ８：７０９８４２００－７０９８４２９４、ｃｈｒ１：６５１５３４１－６５１５４０９領域（座標は０から起算する）に位置する一つ又は複数を含む。
【0011】
好ましくは、前記ｃｈｒ２：１０５４５９１３５－１０５４５９１９０領域は、
ａ）配列番号１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0012】
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：１２４９０２３９２－１２４９０２４５５領域は、
ａ）配列番号２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0013】
及び／又は、前記ｃｈｒ３：１５７８１２３３１－１５７８１２４９８領域は、
ａ）配列番号３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0014】
及び／又は、前記ｃｈｒ２１：３８３７８２７５－３８３７８５３９領域は、
ａ）配列番号４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0015】
及び／又は、前記ｃｈｒ８：９７１７０３５３－９７１７０４０４領域は、
ａ）配列番号５に示される塩基配列；
ｂ）配列番号５に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号５と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号５に示される塩基配列；
ｂ）配列番号５に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号５と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0016】
及び／又は、前記ｃｈｒ５：１３４８８０３６２－１３４８８０４５５領域は、
ａ）配列番号６に示される塩基配列；
ｂ）配列番号６に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号６と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号６に示される塩基配列；
ｂ）配列番号６に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号６と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0017】
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：９４８３５１１９－９４８３５２５２領域は、
ａ）配列番号７に示される塩基配列；
ｂ）配列番号７に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号７と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号７に示される塩基配列；
ｂ）配列番号７に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号７と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0018】
及び／又は、前記ｃｈｒ１１：３１８２６５５７－３１８２６９６３領域は、
ａ）配列番号８に示される塩基配列；
ｂ）配列番号８に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号８と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号８に示される塩基配列；
ｂ）配列番号８に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号８と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0019】
及び／又は、前記ｃｈｒ３：１４７１１４０３２－１４７１１４１０８領域は、
ａ）配列番号９に示される塩基配列；
ｂ）配列番号９に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号９と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号９に示される塩基配列；
ｂ）配列番号９に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号９と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0020】
及び／又は、前記ｃｈｒ１０：５０８１９２２７－５０８１９５８９領域は、
ａ）配列番号１０に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１０に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１０と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１０に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１０に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１０と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0021】
及び／又は、前記ｃｈｒ２：６６８０９２５５－６６８０９２８１領域は、
ａ）配列番号１１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１１に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１１に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１１と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0022】
及び／又は、前記ｃｈｒ７：９７３６１３９３－９７３６１４６１領域は、
ａ）配列番号１２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１２に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１２に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１２と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0023】
及び／又は、前記ｃｈｒ８：７０９８４２００－７０９８４２９４領域は、
ａ）配列番号１３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１３に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１３に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１３と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0024】
及び／又は、前記ｃｈｒ１：６５１５３４１－６５１５４０９領域は、
ａ）配列番号１４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
ａ）配列番号１４に示される塩基配列；
ｂ）配列番号１４に示される塩基配列の相補配列；
ｃ）配列番号１４と少なくとも７０％の相同性を有するヌクレオチド配列又はそのヌクレオチド配列の相補配列
からなる群から選ばれる。
【0025】
上記配列は下表１に示し、それらの逆相補配列は表２に示す。ここで、太字で斜体のフォントはＣｐＧサイトを示し、強調記号の下にある数字は当該検出サイトの番号を示す。
【0026】
【表1-1】
【0027】
【表1-2】
【0028】
【表1-3】
【0029】
【表2-1】
【0030】
【表2-2】
【0031】
【表2-3】
【0032】
本発明の第二の態様は、腫瘍のスクリーニング、予後、診断試薬及び薬物標的における本発明にかかる腫瘍マーカーの使用を提供する。
【0033】
好ましくは、前記しようは、前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化状況を検出することを含む；さらに好ましくは、前記ＣｐＧサイトは表１及び表２に示す。
【0034】
好ましくは、前記腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌、乳癌を含む；さらに好ましくは、前記腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0035】
好ましくは、配列番号１又は配列番号１５をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む；さらに好ましくは、配列番号１又は配列番号１５をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肺腺癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0036】
好ましくは、配列番号２又は配列番号１６をマーカーとする腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0037】
好ましくは、配列番号３又は配列番号１７をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0038】
好ましくは、配列番号４又は配列番号１８をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む；さらに好ましくは、配列番号４又は配列番号１８をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0039】
好ましくは、配列番号５又は配列番号１９をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む；さらに好ましくは、配列番号５又は配列番号１９をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0040】
好ましくは、配列番号６又は配列番号２０をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む；さらに好ましくは、配列番号６又は配列番号２０をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0041】
好ましくは、配列番号７又は配列番号２１をマーカーとする腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0042】
好ましくは、配列番号８又は配列番号２２をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む；さらに好ましくは、配列番号８又は配列番号２２をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0043】
好ましくは、配列番号９又は配列番号２３をマーカーとする腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0044】
好ましくは、配列番号１０又は配列番号２４をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0045】
好ましくは、配列番号１１又は配列番号２５をマーカーとする腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0046】
好ましくは、配列番号１２又は配列番号２６をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0047】
好ましくは、配列番号１３又は配列番号２７をマーカーとする腫瘍は、膀胱癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸癌、食道癌、膠芽腫、頭頸部扁平上皮癌、淡明細胞型腎細胞癌、乳頭状腎細胞癌、肝癌、肺腺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫、前立腺癌、肉腫、黒色腫、胃腺癌、甲状腺癌、胸腺癌、子宮内膜癌を含む。
【0048】
好ましくは、配列番号１４又は配列番号２８をマーカーとする腫瘍は、乳癌、子宮頸癌、食管癌、頭頸部癌、肺癌、膵臓癌を含む。
【0049】
本発明の第三の態様は、腫瘍増殖を抑制する薬物であって、本発明にかかる腫瘍マーカーの阻害剤を含む薬物を提供する。
【0050】
好ましくは、前記阻害剤はメチル化阻害剤である；さらに好ましくは、前記阻害剤は、表１と表２における一つ又は複数のＣｐＧサイトのメチル化を阻害する阻害剤である。
【0051】
好ましくは、前記薬物はさらに薬学的に許容される担体を含む。
【0052】
本発明の第四の態様は、下記の工程を含む腫瘍マーカーの検出方法を提供する。
Ｓ１、検出しようとする組織試料を取得する；
Ｓ２、検出しようとする組織試料ＤＮＡを抽出し、試料のメチル化値を取得する；
Ｓ３、前記腫瘍マーカー配列領域内の各ＣｐＧサイトのメチル化状況、或いは領域全体の平均メチル化状況を算出する。
Ｓ１、検出しようとする組織試料を取得する；
Ｓ２、検出しようとする組織試料ＤＮＡを抽出し、試料のメチル化値を取得する；
Ｓ３、前記腫瘍マーカー配列領域内の各ＣｐＧサイトのメチル化状況、或いは領域全体の平均メチル化状況を算出する。
【0053】
好ましくは、工程Ｓ２で試料のメチル化値を取得する方法は、シーケンス、プローブ、抗体、質量分析などを含む。
【0054】
本発明の第五の態様は、本発明にかかる腫瘍マーカーを特異的に検出するプライマー又はプローブを含む腫瘍マーカー検出キットを提供する。
【0055】
前記腫瘍マーカーを特異的に検出することは、前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化を特異的に検出することを含む。
【0056】
好ましくは、前記腫瘍マーカーのＣｐＧサイトのメチル化は、５－ホルミル化、５－ヒドロキシメチル化、５－メチル化又は５－カルボキシル化を含む。
【0057】
本発明は、従来技術に比べて、腫瘍患者において有意な高メチル化状態を示すＤＮＡエピジェネティック修飾関連腫瘍マーカーを提供するという利点を有する。前記腫瘍マーカーは、腫瘍の臨床補助的スクリーニング、診断及び予後や、診断試薬及びキットの設計などに適用できる。
【図面の簡単な説明】
【0058】
【実施例】
【0059】
具体的な実施形態
以下、図面及び実施例に基づいて本発明の具体的な実施形態をさらに説明する。以下の実施例は、本発明の技術的方案をより明確に説明するためのものだけであり、本発明の保護範囲はそれらにより限定されるものではない。以下の実施例で具体的な条件が示されていない実験方法は、本分野における通常の方法や条件、或いは商品の取扱明細書に従って選択される。
以下、図面及び実施例に基づいて本発明の具体的な実施形態をさらに説明する。以下の実施例は、本発明の技術的方案をより明確に説明するためのものだけであり、本発明の保護範囲はそれらにより限定されるものではない。以下の実施例で具体的な条件が示されていない実験方法は、本分野における通常の方法や条件、或いは商品の取扱明細書に従って選択される。
【0060】
実施例１ メチル化レベルの検出
【0061】
ＲＲＢＳ（Ｒｅｄｕｃｅｄ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）やＷＧＢＳ（Ｗｈｏｌｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）などのメチル化検出方法を採用し、主要な工程は下記の通りであった：
１．１、試料の取得：腫瘍細胞株を選択し、或いは臨床から癌組織と傍癌正常組織を取得した。
１．２、ＤＮＡ抽出キットを用いて試料のＤＮＡを抽出した。
１．３、抽出されたＤＮＡに全ゲノムシーケンスを行った。
１．４、シーケンスの後、配列を標的配列にアラインメントし、標的配列領域内の各ＣｐＧサイトのメチル化状況を算出した。標的配列中のシーケンスされたＣｐＧサイトの平均メチル化値を算出し、当該試料におけるこの標的配列の平均メチル化値とした。
１．１、試料の取得：腫瘍細胞株を選択し、或いは臨床から癌組織と傍癌正常組織を取得した。
１．２、ＤＮＡ抽出キットを用いて試料のＤＮＡを抽出した。
１．３、抽出されたＤＮＡに全ゲノムシーケンスを行った。
１．４、シーケンスの後、配列を標的配列にアラインメントし、標的配列領域内の各ＣｐＧサイトのメチル化状況を算出した。標的配列中のシーケンスされたＣｐＧサイトの平均メチル化値を算出し、当該試料におけるこの標的配列の平均メチル化値とした。
【0062】
実施例２ ＴＣＧＡデータベース中のメチル化チップデータによる配列番号１～配列番号１４の標的配列の検証
【0063】
２．１、標的配列及びデータベース
配列番号１～配列番号１４の標的配列は表１に示す。
配列番号１～配列番号１４の標的配列は表１に示す。
【0064】
ＴＣＧＡデータベースを用い、ＴＣＧＡデータベースから、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）を含む２０種類以上の腫瘍タイプの癌組織及びそれらの傍癌正常組織のＤＮＡメチル化チップデータを収集した。
【0065】
２．２、各標的配列に含まれるプローブ数を取得し、結果は表３に示す；
【表3】
【0066】
２．３、実施例１の方法に従い、この標的配列内の全てのプローブの、全ての癌試料、正常組織試料における平均メチル化値を算出した。結果は図１～図９に示す。サンプルの命名は、癌の英語名称＿Ｃ又はＮ（数字）であり、ただし、Ｃは腫瘍組織を表し、Ｎは正常組織を現し、数字は試料量を表す。
【0067】
図１は配列番号１の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号１の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という１７種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。
【0068】
図２は配列番号３の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号３の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という２０種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。
【0069】
図３は配列番号４の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号４の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という１９種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。配列番号4の標的配列は、褐色細胞腫と傍神経節腫（PCPG）における平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値と殆ど差異がない。
【0070】
図４は配列番号５の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号５の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という１９種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。配列番号５の標的配列は、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）における平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より低い。
【0071】
図５は配列番号６の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号６の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という１８種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。配列番号６の標的配列は、膠芽腫（ＧＢＭ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）における平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より低い。
【0072】
図６は配列番号８の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号８の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という１９種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。配列番号８の標的配列は、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）における平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より低い。
【0073】
図７は配列番号１０の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号１０の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という２０種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。
【0074】
図８は配列番号１２の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号１２の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という２０種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。
【0075】
図９は配列番号１３の標的配列のＴＣＧＡデータベースにおける平均メチル化値であり、それから分かるように、配列番号１３の標的配列は、膀胱癌（ＢＬＣＡ）、子宮頸癌（ＣＥＳＣ）、胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌（ＣＯＡＤＲＥＡＤ）、食道癌（ＥＳＣＡ）、膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、淡明細胞型腎細胞癌（ＫＩＲＣ）、乳頭状腎細胞癌（ＫＩＲＰ）、肝癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＮＧ）、膵臓癌（ＰＡＡＤ）、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌（ＰＲＡＤ）、肉腫（ＳＡＲＣ）、黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、胸腺癌（ＴＨＹＭ）、子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）という２０種類の癌において、平均メチル化値が正常試料の平均メチル化値より著しく高い。
【0076】
それらから分かるように、上記の腫瘍タイプの大多数において、配列番号１、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１３の標的配列は、腫瘍試料における平均メチル化値が正常組織における平均メチル化値より高い。
【0077】
実施例３ 配列番号１～配列番号１４の標的配列の腫瘍細胞株におけるメチル化レベル
【0078】
胆管癌、乳癌、結直腸癌、胆嚢癌、腎臓癌、白血病、肝癌、肺癌、膵臓癌、前立腺癌及び胃癌という１１種類の腫瘍細胞株試料をそれぞれ収集した。実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、１４つの標的配列の各試料における平均メチル化値を取得した。結果は図１０に示す。図中、白色は未検出又は標準以下のシーケンス品質を示し、色が濃いほど、平均メチル化値が高いことを示す。それから分かるように、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号８、配列番号９、配列番号１２及び配列番号１３の標的配列のメチル化状況は、１１種類の腫瘍細胞株のいずれでも検出することができ、且つ１１種類の腫瘍細胞株のいずれにおいても平均メチル化値が高い。配列番号６、配列番号７、配列番号１０、配列番号１１及び配列番号１４の標的配列のメチル化状況は、一部の腫瘍細胞株でしか検出されない。
【0079】
実施例４ 臨床検査における配列番号１の標的配列の使用
【0080】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織３例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0081】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１の標的配列の、これらの２６つの腫瘍組織と２６つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１１に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、６種類の腫瘍において、配列番号１の標的配列の腫瘍試料における平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織より高い。試料における配列番号１の標的配列の平均メチル化値に基づき、腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0082】
実施例５ 臨床検査における配列番号２の標的配列の使用
【0083】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織３例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0084】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号２の標的配列の、これらの２５つの腫瘍組織と２６つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１２に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、６種類の腫瘍において、配列番号２の標的配列の腫瘍試料における平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織より高い。試料における配列番号２の標的配列の平均メチル化値に基づき、腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0085】
実施例６ 臨床検査における配列番号３の標的配列の使用
【0086】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織５例、傍癌正常組織４例）、頭頸部癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織４例、傍癌正常組織２例）及び膵臓癌（癌組織２例、傍癌正常組織２例）であった。
【0087】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号３の標的配列の、これらの２６つの腫瘍組織と２３つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１３に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、５種類の腫瘍において、配列番号３の標的配列の腫瘍試料における平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織より高い；食管癌において、殆どの腫瘍試料における平均メチル化値は傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。試料における配列番号３の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0088】
実施例７ 臨床検査における配列番号４の標的配列の使用
【0089】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織４例、傍癌正常組織４例）、子宮頸癌（癌組織５例、傍癌正常組織２例）、食管癌（癌組織５例、傍癌正常組織４例）、頭頸部癌（癌組織２例、傍癌正常組織４例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0090】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号４の標的配列の、これらの２６つの腫瘍組織と２４つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１４に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、頭頸部癌試料及び食管癌試料において、配列番号４の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。食管癌試料、子宮頸癌試料及び肺癌試料において、配列番号４の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号４の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0091】
実施例８ 臨床検査における配列番号５の標的配列の使用
【0092】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織３例、傍癌正常組織４例）、食管癌（癌組織４例、傍癌正常組織３例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織２例、傍癌正常組織２例）及び膵臓癌（癌組織３例、傍癌正常組織２例）であった。
【0093】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号５の標的配列の、これらの２１つの腫瘍組織と２１つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１５に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、肺癌試料において、配列番号４の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。食管癌、頭頸部癌及び肺癌試料において、配列番号５の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号５の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0094】
実施例９ 臨床検査における配列番号６の標的配列の使用
【0095】
試料：５種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織２例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織３例、傍癌正常組織１例）及び膵臓癌（癌組織２例、傍癌正常組織１例）であった。
【0096】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号６の標的配列の、これらの１７つの腫瘍組織と１３つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１６に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅの合計５つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：食管癌試料及びその対照、Ｃ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｄ：肺癌試料及びその対照、Ｅ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、５種類の腫瘍において、配列番号６の標的配列の腫瘍試料における平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織より高い。試料における配列番号６の標的配列の平均メチル化値に基づき、腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0097】
実施例１０ 臨床検査における配列番号７の標的配列の使用
【0098】
試料：５種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織４例）、子宮頸癌（癌組織２例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織２例、傍癌正常組織２例）、肺癌（癌組織３例、傍癌正常組織３例）及び膵臓癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）であった。
【0099】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号７の標的配列の、これらの１６つの腫瘍組織と１５つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１７に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅの合計５つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｄ：肺癌試料及びその対照、Ｅ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、５種類の腫瘍において、配列番号７の標的配列の腫瘍試料における平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織より高い。試料における配列番号７の標的配列の平均メチル化値に基づき、腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0100】
実施例１１ 臨床検査における配列番号８の標的配列の使用
【0101】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）であった。
【0102】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号８の標的配列の、これらの２６つの腫瘍組織と３０つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１８に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、肺癌、頭頸部癌及び膵臓癌試料において、配列番号８の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。食管癌試料において、配列番号８の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号８の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0103】
実施例１２ 臨床検査における配列番号９の標的配列の使用
【0104】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織５例、傍癌正常組織４例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織４例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織４例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0105】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号９の標的配列の、これらの２８つの腫瘍組織と２７つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図１９に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、肺癌、頭頸部癌及び膵臓癌試料において、配列番号９の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。食管癌試料において、配列番号９の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号９の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0106】
実施例１３ 臨床検査における配列番号１０の標的配列の使用
【0107】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織４例、傍癌正常組織３例）、食管癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織４例、傍癌正常組織３例）及び膵臓癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）であった。
【0108】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１０の標的配列の、これらの２５つの腫瘍組織と２６つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図２０に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、肺癌、頭頸部癌及び膵臓癌試料において、配列番号１０の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。食管癌試料において、配列番号１０の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号１０の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0109】
実施例１４ 臨床検査における配列番号１１の標的配列の使用
【0110】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織２例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織１例、傍癌正常組織３例）、頭頸部癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織４例、傍癌正常組織４例）及び膵臓癌（癌組織３例、傍癌正常組織３例）であった。
【0111】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１１の標的配列の、これらの２０つの腫瘍組織と２５つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図２１に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、肺癌、食管癌及び膵臓癌試料において、配列番号１１の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。頭頸部癌試料において、配列番号１１の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号１１の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0112】
実施例１５ 臨床検査における配列番号１２の標的配列の使用
【0113】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織３例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織４例、傍癌正常組織３例）、頭頸部癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0114】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１２の標的配列の、これらの２７つの腫瘍組織と２８つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図２２に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、頭頸部癌、食管癌及び膵臓癌試料において、配列番号１２の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。肺癌試料において、配列番号１２の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号１２の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0115】
実施例１６ 臨床検査における配列番号１３の標的配列の使用
【0116】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織１例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織２例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）及び膵臓癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）であった。
【0117】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１３の標的配列の、これらの２２つの腫瘍組織と２６つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図２３に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、頭頸部癌、食管癌及び膵臓癌試料において、配列番号１３の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。肺癌試料において、配列番号１３の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号１３の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0118】
実施例１７ 臨床検査における配列番号１４の標的配列の使用
【0119】
試料：６種類の腫瘍組織及びそれらの傍癌正常組織試料で、それぞれ、乳癌（癌組織５例、傍癌正常組織５例）、子宮頸癌（癌組織３例、傍癌正常組織５例）、食管癌（癌組織３例、傍癌正常組織１例）、頭頸部癌（癌組織４例、傍癌正常組織５例）、肺癌（癌組織３例、傍癌正常組織３例）及び膵臓癌（癌組織２例、傍癌正常組織２例）であった。
【0120】
実施例１の方法に従い、ＲＲＢＳメチル化シーケンス技術により、配列番号１４の標的配列の、これらの２０つの腫瘍組織と２１つの傍癌正常組織における平均メチル化値をそれぞれ取得した。結果は図２４に示す。図中、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆの合計６つのグラフセットが含まれる。１つのグラフセットには２枚のグラフが含まれ、左のグラフは、腫瘍試料と癌正常試料（対照）における標的配列のメチル化平均値の分布の箱ひげ図であり、本グラフから腫瘍試料と正常試料における標的配列のメチル化の差異が明らかになる；右のグラフは、検出されたＲＯＣ曲線図であり、本グラフから差異結果の特異性が明らかになる。ただし、Ａ：乳癌試料及びその対照、Ｂ：子宮頸癌試料及びその対照、Ｃ：食管癌試料及びその対照、Ｄ：頭頸部癌試料及びその対照、Ｅ：肺癌試料及びその対照、Ｆ：膵臓癌試料及びその対照。それから分かるように、乳癌試料、子宮頸癌試料、頭頸部癌、食管癌及び肺癌試料において、配列番号１４の標的配列の平均メチル化値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値より高い。膵臓癌試料において、配列番号１４の標的配列の平均メチル化値は殆ど傍癌正常組織における平均メチル化値より高く、且つそれらの平均メチル化値の平均値はいずれも傍癌正常組織における平均メチル化値の平均値より高い。試料における配列番号１４の標的配列の平均メチル化値に基づき、大部分の腫瘍試料と癌正常組織を正確に区別つけることができる。
【0121】
以上で本発明の具体的な実施例について詳細に説明したが、これらはあくまで例示であり、本発明は上述した具体的な実施例に限定されるものではない。当業者にとって、本発明と均等なあらゆる変更及び置換もまた、本発明の範囲内にある。従って、本発明の精神及び範囲を逸脱しない範囲で行われる均等な変形及び変更は、全て本発明の範囲内に包含されるものとする。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【配列表】
【国際調査報告】