特表 2024-502611 相同組換え修復欠損を判定する方法及びそのキット

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-01-22

(54)【発明の名称】相同組換え修復欠損を判定する方法及びそのキット

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/68 20180101AFI20240115BHJP

   C12Q 1/6827 20180101ALI20240115BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20240115BHJP

   C12Q 1/6876 20180101ALI20240115BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20240115BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 31/704 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 31/502 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 31/454 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 31/55 20060101ALI20240115BHJP

   A61K 31/5025 20060101ALI20240115BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/68

C12Q1/6827 Z

C12Q1/6869 Z

C12Q1/6876 Z

A61P35/00

A61P43/00

A61K45/00

A61K31/704

A61K31/502

A61K31/454

A61K31/55

A61K31/5025

【審査請求】有

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023541639

(86)(22)【出願日】2021-08-13

(85)【翻訳文提出日】2023-09-07

(86)【国際出願番号】 US2021046034

(87)【国際公開番号】W WO2022150063

(87)【国際公開日】2022-07-14

(31)【優先権主張番号】63/135,622

(32)【優先日】2021-01-10

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】520178700

【氏名又は名称】エーシーティー ジェノミックス （アイピー） リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110001519

【氏名又は名称】弁理士法人太陽国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】ワン、ウォエイ－フー

(72)【発明者】

【氏名】イェー、ヤー－チー

(72)【発明者】

【氏名】チェン、イン－チャー

(72)【発明者】

【氏名】チェン、シュー－チェン

(72)【発明者】

【氏名】チェン、チエン－フン

(72)【発明者】

【氏名】チェン、コアン－イン

(72)【発明者】

【氏名】タン、ウェン－ハオ

【テーマコード（参考）】

4B063

4C084

4C086

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ02

4B063QQ03

4B063QQ08

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR55

4B063QR62

4B063QR72

4B063QR77

4B063QS36

4B063QX01

4C084AA17

4C084NA14

4C084ZB261

4C084ZB262

4C084ZC202

4C084ZC511

4C086AA01

4C086AA02

4C086BC37

4C086BC42

4C086BC50

4C086CB11

4C086EA10

4C086GA07

4C086GA12

4C086GA16

4C086MA01

4C086MA04

4C086ZB26

4C086ZC41

(57)【要約】

本開示は、対象の相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）状態を評価するための方法、システム、及びキットを提供する。本開示はさらに、ヒト対象のＨＲＤ状態に基づいて治療を特定するための方法、システム、及びキットを提供する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

（１）対象から得た試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；
（２）前記配列決定結果に基づいて、ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）ＳＮＰ遺伝子座の数及び非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数を特定すること；
（３）ＬＯＨスコアを計算すること、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である；
（４）前記ＬＯＨスコアに基づいて、相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）状態を特定すること
を含む、対象における相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）状態を評価するための方法。

【請求項2】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座の数が、１０００以上、１５００以上、２０００以上、２５００以上、３０００以上、３５００以上、４０００以上、４５００以上、５０００以上、５５００以上、６０００以上、６５００以上、７０００以上、７５００以上、８０００以上、８５００以上、９０００以上、９５００以上、１００００以上、２００００以上、３００００以上、４００００以上、５００００以上、６００００以上、７００００以上、８００００以上、９００００以上、１０００００以上、１１００００以上、１２００００以上、１３００００以上、１４００００以上、１５００００以上、１６００００以上、１７００００以上、１８００００以上、１９００００以上、２０００００以上、２１００００以上、２２００００以上、２３００００以上、２４００００以上、２５００００以上、２６００００以上、２７００００以上、２８００００以上、２９００００以上、又は３０００００以上である、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座の数が、２５００～２５００００である、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座の数が、３０００～６００００である、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座の数が、６０００～１１０００である、請求項１に記載の方法。

【請求項6】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座が、２対以上の染色体に存在する、請求項１に記載の方法。

【請求項7】

前記複数のＳＮＰ遺伝子座が、２２対の染色体に存在する、請求項１に記載の方法。

【請求項8】

前記インターバルの平均の長さが、０．０１～３Ｍｂ、０．０２～２Ｍｂ、０．０３～１Ｍｂ、０．０６～１Ｍｂ、０．１～１Ｍｂ、０．０６～０．６Ｍｂ、０．１～０．５Ｍｂ、又は０．２～０．４Ｍｂである、請求項１に記載の方法。

【請求項9】

ステップ（３）が、不均衡な染色体腕を排除することによって前記ＬＯＨスコアを調整することをさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

前記ＬＯＨスコアが、不均衡ではない染色体腕における前記非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対する不均衡ではない染色体腕におけるＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

前記不均衡な染色体腕が、染色体腕における前記非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の所定の割合によって特徴付けられ、前記所定の割合が、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９８％以上、又は１００％である、請求項９に記載の方法。

【請求項12】

前記所定の割合が、前記試料の腫瘍純度に基づいてさらに調整される、請求項１１に記載の方法。

【請求項13】

前記腫瘍純度が、３０％～９５％である、請求項１２に記載の方法。

【請求項14】

前記腫瘍純度が、３０％～７０％である、請求項１２に記載の方法。

【請求項15】

前記ＨＲＤ状態が、陽性又は陰性として特定される、請求項１に記載の方法。

【請求項16】

前記ＨＲＤ状態を特定するための前記ＬＯＨスコアのカットオフ値が、０．３、０．３５、０．４、０．４５、０．５、０．５５、又は０．６である、請求項１に記載の方法。

【請求項17】

（１）対象から得た試料の、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること、
（２）前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること、及び
（３）前記判定結果に基づいてＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価する方法。

【請求項18】

前記遺伝子が変化を有する場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記遺伝子がいずれも変化を有しない場合、前記ＨＲＤ状態が陰性である、請求項１７に記載の方法。

【請求項20】

前記変化が、生殖細胞変化又は体細胞変化である、請求項１７に記載の方法。

【請求項21】

前記変化が、一塩基変異（ＳＮＶ）、挿入、欠失、増幅、遺伝子融合、及び再編成からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。

【請求項22】

前記変化が、ＳＮＶ、小規模な挿入及び欠失（ＩＮＤＥＬ）、大規模ゲノム再編成（ＬＧＲ）、及びコピー数多型（ＣＮＶ）からなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。

【請求項23】

（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料中の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）前記試料の、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること；
（１ｂ）前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること

（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、前記試料のＨＲＤスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること；
（２ｂ）染色体異常のＨＲＤスコアを計算すること

（３）ステップ（１ｂ）、ステップ（２ｂ）、又はその両方の結果に基づいてＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価する方法。

【請求項24】

（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料中の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）ＨＲＲ関連遺伝子を配列決定すること；及び
（１ｂ）前記ＨＲＲ関連遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、前記試料のＬＯＨスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；及び
（２ｂ）非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合を計算すること
（３）ステップ（１ｂ）、ステップ（２ｂ）、又はその両方の結果に基づいて、ＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価する方法。

【請求項25】

ステップ（１）の前記遺伝子が変化を有する場合、又はステップ（２）の前記スコアがカットオフ値を超える場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項２３又は請求項２４に記載の方法。

【請求項26】

前記対象の前記ＨＲＤ状態に基づいて、治療を特定するステップをさらに含む、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項27】

治療有効量の前記治療を前記対象に行うステップをさらに含む、請求項２６に記載の方法。

【請求項28】

前記治療が、ＤＮＡ傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼＩ阻害剤、放射線、ＰＡＲＰ阻害剤、及びこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。

【請求項29】

前記ＰＡＲＰ阻害剤が、オラパリブ、ニラパリブ、ルカパリブ、及びタラゾパリブからなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。

【請求項30】

試料のＨＲＤ状態を評価するための前記方法が、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）コンピューティングプラットフォーム上で実施される、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項31】

前記試料が、ＮＧＳアッセイによって配列決定される、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項32】

前記試料が、細胞株、生検、一次組織（primary tissue）、凍結組織、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、液体生検、血液、血清、血漿、バフィーコート、体液、内臓液（visceral fluid）、腹水、穿刺、脳脊髄液、唾液、尿、涙、精液、膣液、吸引液、洗浄液、口腔スワブ（buccal swab）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、ＤＮＡ、ＲＮＡ、核酸、精製核酸、精製ＤＮＡ、又は精製ＲＮＡに由来する、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項33】

前記対象が、ヒトである、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項34】

前記対象が、がん患者である、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項35】

前記試料の腫瘍純度が、５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、３５％以上、４０％以上、４５％以上、５０％以上、５５％以上、６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、又は１００％である、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項36】

前記ＨＲＤ状態を電子記憶媒体又はディスプレイに出力するステップをさらに含む、請求項１、請求項１７、請求項２３、又は請求項２４に記載の方法。

【請求項37】

ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（４）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステム。
（１）対象から得た試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、
（２）前記配列決定の結果に基づいて、ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）ＳＮＰ遺伝子座の数及び非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数を特定すること、
（３）ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）スコアを計算すること、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、及び
（４）前記ＬＯＨスコアに基づいて、前記ＨＲＤ状態を特定すること。

【請求項38】

ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステム。
（１）対象から得た試料のＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること、
（２）前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること、及び
（３）前記判定結果に基づいてＨＲＤ状態を特定すること。

【請求項39】

ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステム。
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料中の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）前記試料の、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること；及び、
（１ｂ）前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、前記試料のＨＲＤスコアを計算すること、
（２ａ）前記ヒト試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること；及び
（２ｂ）染色体異常の前記ＨＲＤスコアを計算すること、及び
（３）ステップ（１ｂ）、ステップ（２ｂ）、又はその両方の結果に基づいて、ＨＲＤ状態を特定すること。

【請求項40】

ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステム
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）前記試料のＨＲＲ関連遺伝子を配列決定すること；及び
（１ｂ）前記ＨＲＲ関連遺伝子が変化を有するかどうかを判定すること、
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、前記試料のＬＯＨスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；及び
（２ｂ）非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合を計算すること、及び
（３）ステップ（１ｂ）、ステップ（２ｂ）、又はその両方の結果に基づいて、前記ＨＲＤ状態を特定すること。

【請求項41】

前記対象の前記ＨＲＤ状態に基づいて、治療を特定するステップをさらに含む、請求項３７～請求項４０に記載のシステム。

【請求項42】

治療有効量の治療を前記対象に行うステップをさらに含む、請求項４１に記載のシステム。

【請求項43】

試薬であって、
複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするオリゴヌクレオチドのセットを含み、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、試薬、並びに
コンピュータプログラムであって、
ＬＯＨスコアを計算するための命令、ここで、前記ＬＯＨスコアは非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するためのキット。

【請求項44】

試薬であって、
対象から得た試料の、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドのセットを含む、試薬、並びに
コンピュータプログラムであって、
前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定するための命令、及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するためのキット。

【請求項45】

試薬であって、
複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするためのオリゴヌクレオチドのセット、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；及び
ＨＲＲ関連遺伝子を標的化するためのオリゴヌクレオチドのセット
を含む、試薬、並びに
コンピュータプログラムであって、
ＬＯＨスコアを計算するための命令、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、
前記ＨＲＲ関連遺伝子が変化を有するかどうかを判定するための命令、及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するためのキット。

【請求項46】

試薬であって、
対象から得た試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするためのオリゴヌクレオチドのセット；及び
ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を標的とするためのオリゴヌクレオチドのセット
を含む、試薬、並びに
コンピュータプログラムであって、
染色体異常のＨＲＤスコアを計算するための命令；
前記遺伝子が変化を有するかどうかを判定するための命令；及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するためのキット。

【請求項47】

前記ＬＯＨスコアがカットオフ値を超える場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項４３に記載のキット。

【請求項48】

前記遺伝子が変化を有する場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項４４に記載のキット。

【請求項49】

前記ＬＯＨスコアがカットオフ値を超える場合、又は前記ＨＲＲ関連遺伝子が変化を有する場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項４５に記載のキット。

【請求項50】

前記ＨＲＤスコアがカットオフ値を超える場合、又は前記遺伝子が変化を有する場合、前記ＨＲＤ状態が陽性である、請求項４６に記載のキット。

【請求項51】

前記コンピュータプログラムが、前記対象の前記ＨＲＤ状態に基づいて、治療を特定するための命令をさらに含む、請求項４３～請求項４６に記載のキット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年１月１０日に出願された米国仮出願第６３／１３５，６２２号の優先権を主張し、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

【0002】

本開示は、相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）状態を評価するための方法及びキットに関する。

【背景技術】

【0003】

ポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）経路及び相同組換え修復（ＨＲＲ）経路は、ＤＮＡ損傷修復に関与する。ＰＡＲＰの阻害は、未修復のＤＮＡ一本鎖切断（ＳＳＢ）及び失速した複製フォークの蓄積を生じる可能性があり、複製フォークの崩壊及び二本鎖ＤＮＡ切断（ＤＳＢ）の生成がもたらされ、これらは正常細胞においてＨＲＲ経路によって修復される。ＨＲＲが欠乏している場合、ＰＡＲＰ阻害の存在下で合成致死が起こる。近年、相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）患者を治療するための抗がん薬としてＰＡＲＰ阻害剤が開発されている。

【0004】

ＰＡＲＰ阻害剤治療のためには、治療から最も利益を得る患者を特定するために、ＰＡＲＰ阻害剤治療の開始前にバイオマーカ試験（すなわち、ＢＲＣＡ１／２突然変異状態）が主に必要とされる。これまでのところ、ＰＡＲＰ阻害剤治療のための２つのコンパニオン診断試験、Ｍｙｒｉａｄ ｍｙＣｈｏｉｃｅ及びＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＦｏｃｕｓのみがＦＤＡによって承認されている。患者のＨＲＤ状態を判定するために、より多くのコンパニオン診断アッセイを開発する必要性が依然として存在する。

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0005】

一般的な一態様では、本開示は、
（１）対象から得た試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間のインターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、
（２）配列決定結果に基づいて、ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）ＳＮＰ遺伝子座の数及び非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数を特定すること、
（３）ＬＯＨスコアを計算すること、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、及び
（４）ＬＯＨスコアによってＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象における相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）状態を評価するための方法に関する。

【0006】

いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座の数は、１０００遺伝子座以上、１５００遺伝子座以上、２０００遺伝子座以上、２５００遺伝子座以上、３０００遺伝子座以上、３５００遺伝子座以上、４０００遺伝子座以上、４５００遺伝子座以上、５０００遺伝子座以上、５５００遺伝子座以上、６０００遺伝子座以上、６５００遺伝子座以上、７０００遺伝子座以上、７５００遺伝子座以上、８０００遺伝子座以上、８５００遺伝子座以上、９０００遺伝子座以上、９５００遺伝子座以上、１００００遺伝子座以上、２００００遺伝子座以上、３００００遺伝子座以上、４００００遺伝子座以上、５００００遺伝子座以上、６００００遺伝子座以上、７００００遺伝子座以上、８００００遺伝子座以上、９００００遺伝子座以上、１０００００遺伝子座以上、１１００００遺伝子座以上、１２００００遺伝子座以上、１３００００遺伝子座以上、１４００００遺伝子座以上、１５００００遺伝子座以上、１６００００遺伝子座以上、１７００００遺伝子座以上、１８００００遺伝子座以上、１９００００遺伝子座以上、２０００００遺伝子座以上、２１００００遺伝子座以上、２２００００遺伝子座以上、２３００００遺伝子座以上、２４００００遺伝子座以上、２５００００遺伝子座以上、２６００００遺伝子座以上、２７００００遺伝子座以上、２８００００遺伝子座以上、２９００００遺伝子座以上、又は３０００００遺伝子座以上である。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座の数は、１０００～２６００００、２０００～２０００００、３０００～１０００００、３０００～６００００、６０００～１１０００、７０００～１００００、又は７５００～９５００である。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座は、１対以上、２対以上、３対以上、４対以上、５対以上、６対以上、７対以上、８対以上、９対以上、１０対以上、１１対以上、１２対以上、１３対以上、１４対以上、１５対以上、１６対以上、１７対以上、１８対以上、１９対以上、２０対以上、２１対以上、又は２２対のヒト染色体に存在する。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座は、常染色体に存在する。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座は、ヒト染色体腕の１ｐ、２ｐ、３ｐ、４ｐ、５ｐ、６ｐ、７ｐ、８ｐ、９ｐ、１０ｐ、１１ｐ、１２ｐ、１６ｐ、１７ｐ、１８ｐ、１９ｐ、２０ｐ、２１ｐ、２２ｐ、１ｑ、２ｑ、３ｑ、４ｑ、５ｑ、６ｑ、７ｑ、８ｑ、９ｑ、１０ｑ、１１ｑ、１２ｑ、１３ｑ、１４ｑ、１５ｑ、１６ｑ、１７ｑ、１８ｑ、１９ｑ、２０ｑ、２１ｑ、及び／又は２２ｑに存在する。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座間のインターバルのうちの５０％以上、５５％以上、６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、又は１００％が、０．０１～３Ｍｂ、０．０２～２Ｍｂ、０．０３～１Ｍｂ、０．０６～１Ｍｂ、０．１～１Ｍｂ、０．１～０．５Ｍｂ、又は０．０６～０．６Ｍｂの長さである。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ遺伝子座間のインターバルの平均の長さは、０．０１～３Ｍｂ、０．０２～２Ｍｂ、０．０３～１Ｍｂ、０．０６～１Ｍｂ、０．１～１Ｍｂ、０．０６～０．６Ｍｂ、０．１～０．５Ｍｂ、又は０．２～０．４Ｍｂである。

【0007】

いくつかの実施形態では、染色体異常は、ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）である。いくつかの実施形態では、ＨＲＤスコアは、ＬＯＨスコアである。いくつかの実施形態では、ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対する染色体異常を有する非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である。いくつかの実施形態では、ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である。いくつかの実施形態では、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座は、ヘテロ接合性ＳＮＰ遺伝子座及びヘテロ接合性ＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座を含む。いくつかの実施形態では、ヘテロ接合性ＳＮＰ遺伝子座は、ＳＮＰ遺伝子座から特定される。

【0008】

いくつかの実施形態では、ＬＯＨスコアは、不均衡な染色体腕を排除することによって調整される。いくつかの実施形態では、ＬＯＨスコアは、不均衡ではない染色体腕における非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対する不均衡ではない染色体腕におけるＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である。いくつかの実施形態では、不均衡な染色体腕は、染色体腕における非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の所定の割合によって特徴付けられ、ここで、所定の割合は、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、又は１００％である。

【0009】

いくつかの実施形態では、不均衡な染色体腕を特徴付けるためのＬＯＨを有する非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の割合は、試料の腫瘍純度の値に基づいて調整される。いくつかの実施形態では、不均衡な染色体腕を特定するためのＬＯＨを有する非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の割合は、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９８％以上、又は１００％である。いくつかの実施形態では、腫瘍純度の値は、３０％～９５％又は３０％～７０％である。いくつかの実施形態では、腫瘍純度の値は、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％である。

【0010】

いくつかの実施形態では、ＨＲＤ状態は、陽性又は陰性として特定される。いくつかの実施形態では、ＨＲＤ状態を特定するためのＬＯＨスコアのカットオフ値は、０．３、０．３５、０．４、０．４５、０．５、０．５５、又は０．６である。

【0011】

一般的な一態様では、本開示は、
（１）対象から得た試料のＳＮＰ遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、
（２）非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合を計算すること、及び
（３）ＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するための方法に関する。

【0012】

一般的な一態様では、本発明は、
（１）対象から得た試料の少なくとも１つのＨＲＲ関連遺伝子を配列決定すること、
（２）前記ＨＲＲ関連遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（３）前記対象のＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するための方法に関する。

【0013】

いくつかの実施形態では、ＨＲＤ状態は、遺伝子の少なくとも１つが変化を有する場合、陽性として特定される。いくつかの実施形態では、遺伝子がいずれも変化を有しない場合、ＨＲＤ状態は、陰性として特定される。

【0014】

いくつかの実施形態では、変化は、一塩基変異（ＳＮＶ）、挿入、欠失、増幅、遺伝子融合、及び再編成からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、変化は、ＳＮＶ、小規模な挿入及び欠失（ＩＮＤＥＬ）、大規模ゲノム再編成（ＬＧＲ）、及びコピー数多型（ＣＮＶ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、変化は、生殖細胞変化又は体細胞変化である。

【0015】

一般的な一態様では、本発明は、
（１）ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＲＡＤ５４Ｌ、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること、
（２）ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること
を含む、対象のＨＲＤ状態を評価するための方法に関する。

【0016】

いくつかの実施形態では、本方法は、対象のＨＲＤ状態に基づいて治療を特定するステップ、及び／又は治療有効量の治療を対象に行うステップをさらに含む。

【0017】

いくつかの実施形態では、治療は、これらに限定されないが、ＤＮＡ傷害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼＩ阻害剤、放射線、及び／又はＰＡＲＰ阻害剤、又はこれらの任意の組合せを含む、薬物を投与することを含む。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、これらに限定されないが、オラパリブ、ニラパリブ、ルカパリブ、及びタラゾパリブを含む。

【0018】

いくつかの実施形態では、試料のＨＲＤ状態を評価するための方法は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）コンピューティングプラットフォーム上で実施される。いくつかの実施形態では、試料は、ＮＧＳアッセイによって配列決定される。いくつかの実施形態では、ＮＧＳアッセイで使用されるＮＧＳシステムとしては、これらに限定されないが、Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．製のＭｉＳｅｑシーケンサー、ＨｉＳｅｑシーケンサー、ＭｉｎｉＳｅｑシーケンサー、ｉＳｅｑシーケンサー、ＮｅｘｔＳｅｑシーケンサー、及びＮｏｖａＳｅｑシーケンサー、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．製のＩｏｎ Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｍａｃｈｉｎｅ（ＰＧＭ）、Ｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｎ、Ｉｏｎ Ｓ５シリーズ及びＩｏｎ ＧｅｎｅＳｔｕｄｉｏ Ｓ５シリーズ、ＢＧＩ製のＢＧｌｓｅｑシリーズ、ＤＮＢｓｅｑシリーズ、及びＭＧＩｓｅｑシリーズ、並びにＯｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ製のＭｉｎｌＯＮ／ＰｒｏｍｅｔｈｌＯＮシーケンサーが挙げられる。

【0019】

いくつかの実施形態では、配列決定リードは、元の試料から増幅された核酸、又はベイトによって捕捉された核酸から産生される。いくつかの実施形態では、配列決定リードは、アダプター配列の付加を必要とするシーケンサーから産生される。いくつかの実施形態では、配列決定リードは、これらに限定されないが、ハイブリッド捕捉、プライマー伸長標的濃縮、分子反転プローブベースの方法、又は多重標的特異的ＰＣＲを含む方法から産生される。

【0020】

いくつかの実施形態では、試料は、細胞株、生検、一次組織（primary tissue）、凍結組織、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）、液体生検、血液、血清、血漿、バフィーコート、体液、内臓液（visceral fluid）、腹水、穿刺、脳脊髄液、唾液、尿、涙、精液、膣液、吸引液、洗浄液、口腔スワブ（buccal swab）、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、ＤＮＡ、核酸、精製核酸、又は精製ＤＮＡに由来する。

【0021】

いくつかの実施形態では、試料は、ヒト対象に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、臨床試料である。いくつかの実施形態では、試料は、疾患患者に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、がん、固形腫瘍、又は血液系腫瘍を有する患者に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、卵巣がん、前立腺がん、乳がん、又は膵臓がんを有する患者に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、脳がん、乳がん、結腸がん、内分泌腺がん、食道がん、女性生殖器がん、頭頸部がん、肝胆道系がん、腎臓がん、肺がん、間葉系細胞新生物、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、膵臓外分泌腫瘍、又は泌尿器系がんを有する患者に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、妊婦、小児、青年、高齢者又は成人に由来する。いくつかの実施形態では、試料は、研究試料である。

【0022】

いくつかの実施形態では、本方法は、ＨＲＤ状態を電子記憶媒体又はディスプレイに出力するステップをさらに含む。

【0023】

一般的な一態様では、本開示は、以下の（１）～（３）を含む、ＮＧＳコンピューティングプラットフォーム上で実施される対象のＨＲＤ状態を評価する方法を開示する。
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺伝子、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること；
（１ｂ）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、試料のＨＲＤスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること；
（２ｂ）染色体異常のＨＲＤスコアを計算すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0024】

一般的な一態様では、本発明は、以下の（１）～（３）を含む、ＮＧＳコンピューティングプラットフォーム上で実施される対象のＨＲＤ状態を評価する方法に関する。
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、対象から得た試料中の複数の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）少なくとも１つのＨＲＲ関連遺伝子を配列決定すること；
（１ｂ）前記ＨＲＲ関連遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、試料におけるＬＯＨスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；
（２ｂ）非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合を計算すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0025】

いくつかの実施形態では、ＨＲＤ状態は、遺伝子の少なくとも１つが変化を有する場合、又はスコア（すなわち、ＬＯＨスコア又はＨＲＤスコア）がカットオフ値を超える場合のいずれかで、陽性として特定される。

【0026】

別の一般的な態様では、本発明は、ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステムに関する。
（１）試料の複数の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、
（２）ヘテロ接合性喪失（ＬＯＨ）スコアを計算すること、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である、及び
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0027】

別の一般的な態様では、本発明は、ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステムに関する。
（１）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺遺伝子、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること、
（２）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0028】

別の一般的な態様では、本発明は、ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）～（３）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステムに関する。
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、試料中の複数の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺遺伝子、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を配列決定すること；
（１ｂ）ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、試料中のＨＲＤスコアを計算すること、
（２ａ）前記試料中の一塩基多型（ＳＮＰ）遺伝子座を配列決定すること；
（２ｂ）染色体異常のＨＲＤスコアを計算すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0029】

別の一般的な態様では、本発明は、ＨＲＤ状態の特性を判定するための命令を格納するデータ記憶デバイス、及び前記命令を実行して、以下の（１）及び（２）を含む方法を遂行するように構成されたプロセッサを含む、ＨＲＤ状態を評価するためのシステムに関する。
（１）以下の（１ａ）及び（１ｂ）を含む、試料中の複数の遺伝子の変化をアッセイすること、
（１ａ）少なくとも１つのＨＲＲ関連遺伝子を配列決定すること；及び
（１ｂ）前記ＨＲＲ関連遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定すること、
（２）以下の（２ａ）及び（２ｂ）を含む、試料のＬＯＨスコアを計算すること、
（２ａ）試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を配列決定すること、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；
（２ｂ）非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合を計算すること、
（３）ＨＲＤ状態を特定すること。

【0030】

別の一般的な態様では、本発明は、以下の（１）～（３）を含む、試料のＨＲＤ状態を評価するためのキットに関する。
（１）複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするオリゴヌクレオチドのセット、
（２）複数のＨＲＲ関連遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドのセット、及び
（３）ＨＲＤ状態を判定するための方法を実行するための命令を含むコンピュータプログラム。

【0031】

別の一般的な態様では、本発明は、以下の（１）及び（２）を含む、試料のＨＲＤ状態を評価するためのキットに関する。
（１）試薬であって、
複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするオリゴヌクレオチドのセットを含み、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである、試薬、
（２）コンピュータプログラムであって、
ＬＯＨスコアを計算するための命令、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である；及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム。

【0032】

別の一般的な態様では、本発明は、以下の（１）及び（２）を含む、試料のＨＲＤ状態を評価するためのキットに関する。
（１）試薬であって、
ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺伝子、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドのセットを含む、試薬、
（２）コンピュータプログラムであって、
ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定する命令；及び
ＨＲＤ状態を特定する命令
を含む、コンピュータプログラム。

【0033】

別の一般的な態様では、本発明は、以下の（１）及び（２）を含む、試料のＨＲＤ状態を評価するためのキットに関する。
（１）試薬であって、
複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするオリゴヌクレオチドのセット、ここで、各隣接する２つのＳＮＰ遺伝子座間にインターバルが存在し、かつ前記インターバルのうちの５０％以上が０．０１～１Ｍｂの長さである；及び、
少なくとも１つのＨＲＲ関連遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドのセット
を含む、試薬、
（２）コンピュータプログラムであって、
ＬＯＨスコアを計算するための命令、ここで、前記ＬＯＨスコアは、非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合である；及び
ＨＲＤ状態を特定すること；
ＨＲＲ関連遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定する命令；及び
ＨＲＤ状態を特定するための命令
を含む、コンピュータプログラム。

【0034】

別の一般的な態様では、本発明は、以下の（１）及び（２）を含む、試料のＨＲＤ状態を評価するためのキットに関する。
（１）試薬であって、
試料の複数のＳＮＰ遺伝子座を標的とするオリゴヌクレオチドのセット；及び
ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺伝子、又はこれらの任意の組合せを含む遺伝子を標的とするオリゴヌクレオチドのセット
を含む、試薬、
（２）コンピュータプログラムであって、
染色体異常のＨＲＤスコアを計算する命令；
ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子のうちのいずれかが変化を有するかどうかを判定する命令；及び、
ＨＲＤ状態を特定する命令
を含む、コンピュータプログラム。

【0035】

いくつかの実施形態では、コンピュータプログラムは、対象のＨＲＤ状態に基づいて、治療を特定するための命令をさらに含む。

【図面の簡単な説明】

【0036】

【図1A】腫瘍試料ＧＳＭ９５６５２３の異なる数のＳＮＰ遺伝子座における異なるアルゴリズムのＬＯＨスコアの安定性を示す。

【図1B】腫瘍試料ＧＳＭ９５６５２７の異なる数のＳＮＰ遺伝子座における異なるアルゴリズムのＬＯＨスコアの安定性を示す。

【図1C】正常試料ＧＳＭ９５６５８２の異なる数のＳＮＰ遺伝子座における異なるアルゴリズムのＬＯＨスコアの安定性を示す。

【図1D】正常試料ＧＳＭ９５６５９７の異なる数のＳＮＰ遺伝子座における異なるアルゴリズムのＬＯＨスコアの安定性を示す。

【図2A】異なる数のＳＮＰ遺伝子座で式１を用いた、異なる腫瘍群及び正常試料群のＬＯＨスコアを示す。

【図2B】異なる数のＳＮＰ遺伝子座で式２を用いた、異なる腫瘍群及び正常試料群のＬＯＨスコアを示す。

【図3】染色体腕の不均衡因子を考慮した又は無視した、異なる腫瘍純度レベルでのＬＯＨスコアを示す。

【図4】ＳＮＰ遺伝子座間のインターバルの長さをプロットしたグラフである。

【図5】異なる群のＬＯＨ分布をプロットしたグラフである。

【発明を実施するための形態】

【0037】

他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で使用される場合、「ある～（ａ）」、「ある～（ａｎ）」、及び「前記～（ｔｈｅ）」という単数形は、文脈上他に明確に指示されない限り、複数の指示対象を含む。

【0038】

本明細書で使用される場合、「ＨＲＲ関連遺伝子」とは、ＨＲＲ遺伝子、又はその制御因子若しくは修飾因子を指す。ＨＲＲ関連遺伝子の変化はＨＲＤの存在を引き起こし得る。いくつかの実施形態では、ＨＲＲ関連遺伝子は、ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＡＢＬ１遺伝子、ＢＡＰ１遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＬＭ遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＥＲＣＣ１遺伝子、ＥＲＣＣ３遺伝子、ＥＲＣＣ４遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＣ遺伝子、ＦＡＮＣＤ２遺伝子、ＦＡＮＣＥ遺伝子、ＦＡＮＣＦ遺伝子、ＦＡＮＣＧ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＬＩＧ３遺伝子、ＭＲＥ１１遺伝子、ＭＳＨ２遺伝子、ＭＳＨ６遺伝子、ＭＬＨ１遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＰＡＲＰ１遺伝子、ＰＯＬＢ遺伝子、ＲＡＤ５０遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、ＲＡＤ５２遺伝子、ＲＡＤ５４Ｌ遺伝子、ＵＢＥ２Ａ遺伝子、ＸＲＣＣ２遺伝子、ＤＮＭＴ３Ａ遺伝子、ＩＤＨ１遺伝子、ＩＤＨ２遺伝子、ＳＴＡＧ２遺伝子、及びＴＰ５３遺伝子からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＨＲＲ関連遺伝子は、ＢＲＣＡ１遺伝子、ＢＲＣＡ２遺伝子、ＡＲＩＤ１Ａ遺伝子、ＡＴＭ遺伝子、ＡＴＲ遺伝子、ＡＴＲＸ遺伝子、ＢＡＲＤ１遺伝子、ＢＲＩＰ１遺伝子、ＣＤＫ１２遺伝子、ＣＨＥＫ１遺伝子、ＣＨＥＫ２遺伝子、ＦＡＮＣＡ遺伝子、ＦＡＮＣＬ遺伝子、ＦＡＮＣＭ遺伝子、ＨＤＡＣ２遺伝子、ＮＢＮ遺伝子、ＰＡＬＢ２遺伝子、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ遺伝子、ＰＴＥＮ遺伝子、ＲＡＤ５１遺伝子、ＲＡＤ５１Ｂ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｃ遺伝子、ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子、及びＲＡＤ５４Ｌ遺伝子からなる群から選択される。

【0039】

本明細書で使用される場合、「カットオフ値」とは、その値が生物学的試料についての２つ以上の分類状態の間で処理するために使用される、数値又は他の表現を指す。本発明のいくつかの実施形態では、カットオフ値は、陽性のＨＲＤ状態又は陰性のＨＲＤ状態を区別するために使用される。ＨＲＤスコアがカットオフ値を超える場合、ＨＲＤ状態は陽性と判定されるか、又は、ＨＲＤスコアがカットオフ値未満である場合、ＨＲＤ状態は陰性と判定される。

【0040】

本明細書で使用される場合、「不均衡な染色体腕」とは、染色体腕のコピー数の喪失又は増加を意味する。いくつかの実施形態では、不均衡な染色体腕とは、ＬＯＨを伴う非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座のうちの７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、又は１００％を有する染色体腕を指す。

【0041】

本明細書で使用される場合、「腫瘍純度」とは、腫瘍試料中のがん細胞の割合である。腫瘍純度は、ＮＧＳアプローチでアッセイされるような分子及びゲノムの特徴の正確な評価に影響を及ぼす。本開示のいくつかの実施形態では、試料は、５％以上、１０％以上、１５％以上、２０％以上、２５％以上、３０％以上、３５％以上、４０％以上、４５％以上、５０％以上、５５％以上、６０％以上、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、又は１００％の腫瘍純度を有する。

【0042】

本明細書で使用される場合、「深度」とは、位置あたりの配列決定リードの数を指す。「平均深度」は、配列決定領域全体にわたるリードの平均数を指す。通常、平均深度はＮＧＳアッセイの性能に影響を及ぼす。平均深度が高いほど、バリアントの変異頻度の変動性が低くなる。本開示のいくつかの実施形態では、配列決定領域全体にわたる試料の平均深度は、２００倍以上、３００倍以上、４００倍以上、５００倍以上、６００倍以上、７００倍以上、８００倍以上、９００倍以上、１０００倍以上、２０００倍以上、３０００倍以上、４０００倍以上、５０００倍以上、６０００倍以上、８０００倍以上、１００００倍以上、又は２００００倍以上である。

【0043】

本明細書で使用される場合、「カバレッジ」とは、所与の遺伝子座における深度を指す。「標的塩基のカバレッジ」とは、所定の値を上回る深度で配列決定される配列決定領域の割合を指す。標的塩基のカバレッジは、それが評価される深度を指定する必要がある。いくつかの実施形態では、１００倍の標的塩基のカバレッジは、８５％である。すなわち、標的配列決定塩基の８５％が、少なくとも１００倍の配列決定リード深度によってカバーされている。いくつかの実施形態では、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１２５倍、１５０倍、１７５倍、２００倍、３００倍、４００倍、５００倍、７５０倍、１０００倍での標的塩基のカバレッジは、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、又は９５％を超える。

【0044】

本明細書で使用される場合、「対象」又は「ヒト対象」とは、正式に診断された疾患を有する者、正式に認識された疾患を有しない者、医学的注意を受けている者、疾患を発症するリスクがある者などを指す。

【0045】

本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療」、及び「治療すること」には、対象が疾患又は他の危険因子を発症するリスクを低下させる治療的処置、予防的治療、及び適用が含まれる。治療は、疾患の完全な治癒を必要とせず、症状又は基礎危険因子を軽減する実施形態を包含する。

【0046】

本明細書で使用される場合、「治療有効量」とは、所望の生物学的効果又は臨床的効果を誘発するのに必要とされる治療活性分子の量を意味する。本開示の好ましい実施形態では、「治療有効量」とは、ＨＲＤ陽性のがん患者を治療するのに必要とされる薬物の量である。

【0047】

本開示は、以下の実施例によってさらに説明されるが、これらの実施例は限定の目的ではなく実証の目的で提供される。

【実施例】

【0048】

実施例１：ＬＯＨスコアリングのためのアルゴリズムの安定性試験
この試験は異なるアルゴリズムに由来するＬＯＨスコアの安定性を評価するために設計された。

【0049】

インシリコのダウンサンプリングを、ＧＥＯ番号：ＧＳＥ３９１３０によりＧＥＯで公開されたＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ Ｈｕｍａｎ Ｍａｐｐｉｎｇ ２５０Ｋ Ｎｓｐｌアレイデータ（Ｗａｎｇ、Ｂｉｒｋｂａｋら、２０１２年）からランダムに選択された２６０Ｋ、１５０Ｋ、１００Ｋ、５０Ｋ、４０Ｋ、３０Ｋ、２０Ｋ、１０Ｋ、９Ｋ、８Ｋ、７Ｋ、６Ｋ、５Ｋ、４Ｋ、３Ｋ、２Ｋ、及び１ＫのＳＮＰ遺伝子座に適用した。本発明者らは、まず、このアレイデータ中の各ＳＮＰ遺伝子座に染色体腕情報を割り当て、ホモ接合、ヘテロ接合、及びヘテロ接合性喪失ＳＮＰ遺伝子座について対立遺伝子頻度範囲を定義した。染色体腕レベルでの層別化サンプリングによってインシリコのダウンサンプリングを遂行し、指定された数のＳＮＰを得た。本発明者らは、ダウンサンプリングしたセットにおける各染色体腕のＳＮＰ遺伝子座の数が元のデータセットに比例することを確実にするために、各染色体腕のＳＮＰ遺伝子座を独立してサンプリングした。異なる数の各ＳＮＰ遺伝子座における異なるアルゴリズムのＬＯＨスコアの変動を評価するために、１００のブートストラップ試料サイズを生成した。式１は、ＬＯＨ ＳＮＰの数を考慮し、非ホモ接合性ＳＮＰの数に対するヘテロ接合性喪失ＳＮＰの数の割合によってＬＯＨスコアを計算した。対照的に、式２は、ＬＯＨ ＳＮＰの全長を考慮し、ゲノムサイズに対するヘテロ接合性喪失ＳＮＰ領域の全長の割合によってＬＯＨスコアを判定した。分析はＲ（バージョン４．０．０）を用いて遂行した。

【0050】

【数1】

【0051】

【数2】

【0052】

図１Ａ～図１Ｄは、２つの異なるアルゴリズムを用いた、２種類の腫瘍試料（ＧＳＭ９５６５２３及びＧＳＭ９５６５２７）、及び２種類の正常試料（ＧＳＭ９５６５８２及びＧＳＭ９５６５９７）のＬＯＨスコアリング結果を示す。式１を用いた計算結果は、式２から導出されるＬＯＨスコアがＳＮＰ遺伝子座の数が少ないほど低くなる場合に、異なる数のＳＮＰ遺伝子座で安定したＬＯＨスコアの中央値を示す。

【0053】

実施例２：ＬＯＨスコアリングアルゴリズムの検証
この試験では、異なる数のＳＮＰ遺伝子座で腫瘍群と正常群との間に有意な差を有するＬＯＨスコアを推定するアルゴリズムを選択する。

【0054】

試験で使用した全ての試料をこの試験で分析した（Ｗａｎｇ、Ｂｉｒｋｂａｋら、２０１２年）。ＢＲＣＡ２ ＬＯＨを有する腫瘍試料は高ゲノム不安定性群（ＧＩ－Ｈ）にクラスタ化され、対照的に、低不安定性群（ＧＩ－Ｌ）はＢＲＣＡ２ ＬＯＨを有しない腫瘍試料であった。ＢＲＣＡ２ ＬＯＨを有する細胞はゲノム不安定性を示し、かつＤＮＡ傷害剤に対して高い感受性を示したので、この試験におけるＧＩ－Ｈ群は薬物感受性群を潜在的に表す可能性があり、ＧＩ－Ｌ群は薬物耐性群を潜在的に表す可能性がある。ＧＩ－Ｈ群、ＧＩ－Ｌ群、及び正常群には、それぞれ、１２、１１、及び１８の試料があった。２６０Ｋ、５０Ｋ、１０Ｋ、７Ｋ、５Ｋ、３Ｋ、２Ｋ、及び１ＫのＳＮＰ遺伝子座の数で、各試料のＬＯＨスコアを実施例１に記載の式１及び式２により推定した。ウィルコクソンの符号順位検定を適用して、ＧＩ－Ｈ、ＧＩ－Ｌ及び正常試料の間のＬＯＨスコアのｐ値を推定した。

【0055】

本発明者らは、ＳＮＰ遺伝子座の全ての異なる数（ｐ値＜０．０５）で式１を用いて、２つの腫瘍群であるＧＩ－ＨとＧＩ－Ｌとの間にＬＯＨスコアの有意な差を見出した。しかしながら、Ｓ式２を用いることにより、ＮＰ遺伝子座の数が７Ｋ以上である場合にのみ、ＬＯＨスコアが２つの腫瘍群間で有意に異なる。

【0056】

実施例３：染色体腕の不均衡因子を考慮するか又は考慮しない、異なる腫瘍純度レベルの試料のＬＯＨスコアリング
この試験は、ＬＯＨスコアを計算する場合の染色体腕不均衡の影響を評価するためのものである。

【0057】

コピー数が変化したがん細胞株試料（ＮＣＬ－Ｈ１３９５）を、その一致した正常試料と混合して、異なる腫瘍純度レベルを模倣した。実験手順は、ＤＮＡ抽出、ライブラリ構築、及びＮＧＳ配列決定を含み、これらは実施例５に従う。混合試料のＬＯＨスコアを、異なる腫瘍純度レベルで３つの異なるアルゴリズムによって推定した。第１のアルゴリズムは、染色体腕の不均衡の影響を考慮せずにＬＯＨスコアを計算した（式１）。第２のアルゴリズム及び第３のアルゴリズムは、不均衡な染色体腕上に位置するＳＮＰを除外する、染色体腕の不均衡因子を考慮した（式３）。不均衡な染色体腕は、ある染色体腕における非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の数に対するＬＯＨ ＳＮＰ遺伝子座の数の割合によって特徴付けられる。この例の割合は８５％である。第３のアルゴリズムは、異なる腫瘍純度レベルに基づいて不均衡な染色体腕を特徴付けるために、ＬＯＨを有する非ホモ接合性ＳＮＰ遺伝子座の割合をさらに調整した。

【0058】

【数3】

【0059】

図３は、異なる腫瘍純度レベルで３つの異なるアルゴリズムを用いたＬＯＨスコアリング結果を示す。第１のアルゴリズムによって計算されたＬＯＨスコアは、腫瘍純度の増加と共に急激に増加している。対照的に、第２のアルゴリズム及び第３のアルゴリズムによって計算されたＬＯＨスコアは、腫瘍純度が３０％を超える場合に安定である。

【0060】

【表1】

【0061】

実施例４：がん試料のＨＲＤ状態の判定
ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、及びＲＡＤ５４Ｌを含むパネルＡのコード領域、並びにヒトゲノムにわたる約９０００のＳＮＰ遺伝子座を標的とする、アンプリコンに基づくＮＧＳパネルを設計した。ＳＮＰ遺伝子座間のインターバルの平均の長さは約０．３Ｍｂであった（図４）。

【0062】

がん患者のＦＦＰＥ試料及びＰＢＭＣを収集し、ＮＧＳパネルを用いてアッセイした。ゲノムＤＮＡを、ＲｅｃｏｖｅｒＡｌｌ（商標）Ｔｏｔａｌ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて抽出した。ＣｌｅａｎＰｌｅｘ ＮＧＳパネル（Ｐａｒａｇｏｎ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、ＵＳＡ）のユーザガイドに従って、ＮＧＳライブラリを構築した。簡潔には、上記で設計した領域を標的とするプライマーを用いて、６０ｎｇのＤＮＡをマルチプレックスＰＣＲ反応によって増幅した。磁気ビーズを用いた精製、ＣＰ消化、及び二次精製の後、第２のＰＣＲ反応を、ユーザガイドに従ってＩｌｌｕｍｉｎａ用のｉ５インデックスプライマー及びｉ７インデックスプライマーを用いて行った。追加の精製後、試料をキャピラリー電気泳動（ＦｒａｇｍｅｎｔＡｎａｌｙｚｅｒ、ＡＡＴＩ）した。ライブラリー品質管理（ＱＣ）を通過した試料を、製造者のシステムガイド並びにＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑ Ｓｙｓｔｅｍ Ｄｅｎａｔｕｒｅ及びＤｉｌｕｔｅ Ｆｉｂｒａｒｉｅｓ Ｇｕｉｄｅに従って、ＮｅｘｔＳｅｑ５５０（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、ＵＳＡ）での配列決定のために組み合わせる。

【0063】

シーケンサーによって産生された生リードを、ＢＷＡ（バージョン０．７．１７）を用いてｈｇｌ９参照ゲノムにマッピングした。Ｐｉｓｃｅｓ（バージョン５．２．５．２０）を用いてＳＮＶ及びＩＮＤＥＬを特定した。ＶＥＰ（Ｖａｒｉａｎｔ Ｅｆｆｅｃｔ Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ）（バージョン８８）を使用して、Ｃｌｉｎｖａｒ（バージョン２０１８０７２９）及びＧｅｎｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎデータベースｒ２．１．１からのデータベースを用いて全てのバリアントに注釈を付けた。パネル中の各標的塩基及び標的アンプリコンでの深度を計算するために、Ｂｅｄｔｏｏｌｓ及びＳａｍｔｏｏｌｓによってカバレッジ分析を行った。

【0064】

試料ＱＣを遂行して、各試料の平均配列決定深度が１０００倍に達したことを確認した。

【0065】

ＬＧＲ及びＣＮＶを判定するために、全ての検出可能なアンプリコンの最低１パーセンタイル及び最高０．５パーセンタイルのリード数を有するアンプリコン、及び０．３５以上の変動係数を有するアンプリコンを除去した。残りのアンプリコンを正規化して、プール設計バイアスを補正した。ＯＮＣＯＣＮＶ（Ｂｏｅｖａら（２０１４年）によるアンプリコンの配列決定データにおけるコピー数異常を計算するために確立された方法）を全アンプリコン数、アンプリコンＧＣ含有量、アンプリコン長、及び技術関連バイアスの正規化に適用し、続いて、試料を遺伝子認識モデルでセグメント化した。各遺伝子及びエクソンの観察されたコピー数をＯＮＣＯＣＮＶを用いて計算した。Ａｂｅｒｒａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｔｕｍｏｕｒ Ｅｘｏｍｅ（ＡＤＴＥｘ）ソフトウェア（Ａｍａｒａｓｉｎｇｈｅら、２０１４年）を使用して、各ＦＦＰＥ試料の腫瘍純度を計算した。ＦＦＰＥ試料中の腫瘍純度を調整することによって、各遺伝子の調整コピー数を計算した。

【0066】

ＳＮＰを、それらのバリアント対立遺伝子頻度に従ってＬＯＨ又はヘテロ接合性として判定した。試料のＬＯＨスコアは、式３に従ってＬＯＨ状態を有するＳＮＰの割合を取ることによって計算される。

【0067】

染色体腕の不均衡が検出された場合、染色体腕上の全てのＳＮＰを分析から除外する。ここで、染色体腕の不均衡は、染色体腕全体に対するコピー数の増加又は喪失のいずれかとして検出される。

【0068】

試験した試料のＬＯＨスコアを表２に列挙する。

【0069】

【表2】

【0070】

実施例５：異なる遺伝子型群における試料のＬＯＨ分布
この試験は、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＡＴＲＸ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＩＰ１、ＣＤＫ１２、ＣＨＥＫ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＬ、ＦＡＮＣＭ、ＨＤＡＣ２、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＡＤ５１Ｄ、及びＲＡＤ５４Ｌを含むパネルＡの異なる遺伝子型を有する試料のＬＯＨスコア分布を評価するように設計された。

【0071】

実施例４のアッセイによって、合計９２種類の卵巣がん試料及び４種類の正常試料を配列決定し、各試料のＬＯＨスコアを式３によって計算した。パネルＡの遺伝子に病原性突然変異又は推定病原性突然変異を有する試料を、パネルＡ遺伝子（有害）へと群分けした。対照的に、パネルＡの全ての遺伝子に病原性突然変異又は推定病原性変異を有しない他の試料を、パネルＡ遺伝子（ＷＴ）と見なした。各群の試料ＬＯＨスコアの分布を図５に示す。

【0072】

異なる群における試料のＬＯＨスコアの分布は、パネルＡ遺伝子（有害）の群が他の群よりも高いＬＯＨスコアを有することを示す。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図1D】

【図2A】

【図2B】

【図3】

【図4】

【図5】

【国際調査報告】