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▶ ストランド セラピューティクス インコーポレイテッドの特許一覧

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-01-24
(54)【発明の名称】発現構築物およびその使用
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/24 20060101AFI20240117BHJP
   C12N 15/62 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/13 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/14 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/11 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/88 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 15/86 20060101ALI20240117BHJP
   A01K 67/027 20240101ALI20240117BHJP
   C12N 1/15 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 1/19 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 1/21 20060101ALI20240117BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20240117BHJP
   C12P 19/34 20060101ALI20240117BHJP
   C12P 21/02 20060101ALI20240117BHJP
   C07K 14/54 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 31/7105 20060101ALI20240117BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20240117BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 45/00 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 39/395 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 35/76 20150101ALI20240117BHJP
   A61K 9/51 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 47/18 20170101ALI20240117BHJP
   A61K 47/28 20060101ALI20240117BHJP
   A61K 47/10 20170101ALI20240117BHJP
   A61K 47/24 20060101ALI20240117BHJP
【FI】
C12N15/24 ZNA
C12N15/62 Z
C12N15/13
C12N15/14
C12N15/11 Z
C12N15/63 Z
C12N15/88 Z
C12N15/86 Z
A01K67/027
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12P19/34 A
C12P21/02 K
C07K14/54
A61K31/7105
A61P35/00
A61P43/00 121
A61K45/00
A61K48/00
A61K39/395 U
A61K35/76
A61K9/51
A61K47/18
A61K47/28
A61K47/10
A61K47/24
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023541286
(86)(22)【出願日】2022-01-10
(85)【翻訳文提出日】2023-09-01
(86)【国際出願番号】 US2022011841
(87)【国際公開番号】W WO2022150712
(87)【国際公開日】2022-07-14
(31)【優先権主張番号】63/135,501
(32)【優先日】2021-01-08
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】523026950
【氏名又は名称】ストランド セラピューティクス インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】北田 輔
(72)【発明者】
【氏名】ベクラフト, ジェイコブ
(72)【発明者】
【氏名】ソーウェル, ライアン
(72)【発明者】
【氏名】クラナ, ジャスプリート
(72)【発明者】
【氏名】サイモン, アンナ
(72)【発明者】
【氏名】バルベリオ, ジョセフ
(72)【発明者】
【氏名】ジャオ, ウェイユー
(72)【発明者】
【氏名】ルメール, アレクサンダー
(72)【発明者】
【氏名】シャー, アロック
【テーマコード(参考)】
4B064
4B065
4C076
4C084
4C085
4C086
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B064AF27
4B064AG03
4B064CA19
4B064CC24
4B064DA05
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA01
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA26
4B065CA44
4C076AA65
4C076BB11
4C076BB13
4C076BB15
4C076BB16
4C076BB22
4C076BB24
4C076BB25
4C076CC27
4C076DD52
4C076DD63
4C076DD70
4C076EE23
4C084AA13
4C084AA19
4C084MA02
4C084MA55
4C084MA56
4C084MA57
4C084MA58
4C084MA59
4C084MA66
4C084NA05
4C084NA14
4C084ZB26
4C084ZC75
4C085AA14
4C085BB01
4C085CC23
4C085EE03
4C085GG02
4C085GG03
4C085GG04
4C085GG05
4C085GG06
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA02
4C086MA04
4C086MA05
4C086MA55
4C086MA56
4C086MA57
4C086MA58
4C086MA59
4C086MA66
4C086NA14
4C086ZB26
4C086ZC75
4C087AA01
4C087AA02
4C087BC83
4C087CA12
4C087NA14
4C087ZB26
4H045AA10
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045BA41
4H045CA40
4H045DA02
4H045EA22
4H045EA28
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、インターロイキン(IL)-12分子をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチド、およびポリヌクレオチドを運ぶことができる送達システムに関する。本開示は、ポリヌクレオチドを作製する方法およびそれを使用する処置の方法も含む。本明細書では、IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドが提供される。本明細書ではまた、IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、前記核酸分子が、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75に示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項2】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項3】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項4】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項5】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項6】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項7】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項8】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項9】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項10】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項11】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号65、69、または74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項12】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号66、70、または75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項13】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項14】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号63に示される配列と少なくとも99%または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項15】
前記IL-12βをコードする前記核酸分子が、配列番号64に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項1に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項16】
IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、前記核酸分子が、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125に示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項17】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項18】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項19】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項20】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項21】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項22】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項23】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項24】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項25】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項26】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号115、119、または124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項27】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号116、120、または125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項28】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項29】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項30】
前記IL-12αをコードする前記核酸分子が、配列番号114に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項16に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項31】
第1の核酸分子および第2の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
前記第1の核酸分子が、IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードし、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75に示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含み;
前記第2の核酸分子が、IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードし、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125に示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項32】
前記第1の核酸分子が、配列番号51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項33】
前記第1の核酸分子が、配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項34】
前記第1の核酸分子が、配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項35】
前記第1の核酸分子が、配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項36】
前記第1の核酸分子が、配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項37】
前記第1の核酸分子が、配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項38】
前記第1の核酸分子が、配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項39】
前記第1の核酸分子が、配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項40】
前記第1の核酸分子が、配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項41】
前記第1の核酸分子が、配列番号65、69、もしくは74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号115、119、もしくは124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項42】
前記第1の核酸分子が、配列番号66、70、もしくは75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号116、120、もしくは125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項43】
前記第1の核酸分子が、配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項44】
前記第1の核酸分子が、配列番号63に示される配列と少なくとも99%もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項45】
前記第1の核酸分子が、配列番号64に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または前記第2の核酸分子が、配列番号114に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む、請求項31に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項46】
前記第1の核酸分子および前記第2の核酸分子を接続するリンカーをコードする第3の核酸分子をさらに含む、請求項31~45のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項47】
前記リンカーが、少なくとも約2、少なくとも約5、少なくとも約6、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9、少なくとも約10、少なくとも約11、少なくとも約12、少なくとも約13、少なくとも約14、少なくとも約15、少なくとも約16、少なくとも約17、少なくとも約18、少なくとも約19、または少なくとも約20アミノ酸のアミノ酸リンカーを含む、請求項46に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項48】
前記リンカーが、(GS)リンカーを含む、請求項46または47に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項49】
前記(GS)リンカーが、(Gly3Ser)nまたはS(Gly3Ser)nの式を有し、式中、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、または100からなる群より選択される正の整数である、請求項48に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項50】
前記(Gly3Ser)nリンカーが、(Gly3Ser)3または(Gly3Ser)4である、請求項49に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項51】
前記リンカーをコードする前記第3の核酸分子が、配列番号168~170のいずれか1つに示される配列を含む、請求項46~50のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項52】
半減期延長部分をコードする追加の核酸分子をさらに含む、請求項1~51のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項53】
前記半減期延長部分が、Fc、アルブミンもしくはその断片、アルブミン結合部分、PAS、HAP、トランスフェリンもしくはその断片、XTEN、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項52に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項54】
リーダー配列をコードする追加の核酸分子をさらに含む、請求項1~53のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項55】
リーダー配列をコードする前記追加の核酸分子が、配列番号26~50のいずれか1つに示される配列を含む、請求項54に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項56】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号26に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号51に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号76に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号101に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号126に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号147に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項57】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸配列が、配列番号27に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号52に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号77に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号102に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号127に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号148に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項58】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸配列が、配列番号28に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号53に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号78に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号103に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号128に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号149に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項59】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号29に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号54に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号79に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号104に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号129に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号150に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項60】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸配列が、配列番号30に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号55に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号80に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号105に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号130に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号151に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項61】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸配列が、配列番号31に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号56に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号81に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号106に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号131に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号152に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項62】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号32に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号57に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号82に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号107に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号132に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号153に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項63】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.第1の核酸分子が、配列番号33に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号58に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号83に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号108に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号133に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号154に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項64】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号34に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号59に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号84に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号109に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号134に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号155に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項65】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号37に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号62に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号87に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号112に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号137に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号158に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項66】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号38に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号63に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号88に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号113に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号138に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号159に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項67】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸配列、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.第1の核酸分子が、配列番号39に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号64に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号89に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号114に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号139に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号160に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項68】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号44に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号69に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号94に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号119に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号140に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号161に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項69】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号45に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号70に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号95に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号120に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号141に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号162に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項70】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号46に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号71に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号96に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号121に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号142に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号163に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項71】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号47に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号72に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号97に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号122に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号143に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号164に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項72】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号36に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号61に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号86に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号111に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号136に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号157に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項73】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号48に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号73に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号98に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号123に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号144に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号165に示される配列を含み;
g.前記第7の核酸分子が、配列番号168に示される配列を含み;
h.前記第8の核酸分子が、配列番号171に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項74】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号49に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号74に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号99に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号124に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号145に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号166に示される配列を含み;
g.前記第7の核酸分子が、配列番号169に示される配列を含み;
h.前記第8の核酸分子が、配列番号172に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項75】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号50に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号75に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号100に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号125に示される配列を含み;
e.前記第5の核酸分子が、配列番号146に示される配列を含み;
f.前記第6の核酸分子が、配列番号167に示される配列を含み;
g.前記第7の核酸分子が、配列番号170に示される配列を含み;
h.前記第8の核酸分子が、配列番号173に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項76】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号40に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号65に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号90に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号115に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項77】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号41に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号66に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号91に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号116に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項78】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号42に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号67に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号92に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号117に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項79】
(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、
a.前記第1の核酸分子が、配列番号43に示される配列を含み;
b.前記第2の核酸分子が、配列番号68に示される配列を含み;
c.前記第3の核酸分子が、配列番号93に示される配列を含み;
d.前記第4の核酸分子が、配列番号118に示される配列を含む、
単離されたポリヌクレオチド。
【請求項80】
5’-キャップをさらに含む、請求項1~79のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項81】
前記5’-キャップが、m 7,2’-OGpppGRNA、mGpppG、mGppppmG、m (7,3’-O)GpppG、m (7,2’-O)GppspG(D1)、m (7,2’-O)GppspG(D2)、m 7,3’-OGppp(m 2’-O)ApG、(mG-3’mppp-G;これは、3’O-Me-m7G(5’)ppp(5’)Gと等価に指定されることができる)、N7,2’-O-ジメチル-グアノシン-5’-三リン酸-5’-グアノシン、mGm-ppp-G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-G(5’)ppp(5’)G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-m3’-OG(5’)ppp(5’)G、7mG(5’)ppp(5’)N,pN2p、7mG(5’)ppp(5’)NlmpNp、7mG(5’)-ppp(5’)NlmpN2 mp、m(7)Gpppm(3)(6,6,2’)Apm(2’)Apm(2’)Cpm(2)(3,2’)Up、イノシン、N1-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、2-アジド-グアノシン、N1-メチルプソイドウリジン、m7G(5’)ppp(5’)(2’OMeA)pG、およびそれらの組合せからなる群より選択される、請求項80に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項82】
調節エレメントをさらに含む、請求項1~81のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項83】
前記調節エレメントが、少なくとも1つの翻訳エンハンサーエレメント(TEE)、翻訳開始配列、少なくとも1つのマイクロRNA結合部位またはそのシード、連結ヌクレオシドの3’テーリング領域、AUリッチエレメント(ARE)、転写後制御モジュレーター、5’UTR、3’UTR、およびそれらの組合せからなる群より選択される、請求項82に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項84】
連結ヌクレオシドの3’テーリング領域をさらに含む、請求項1~83のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項85】
連結ヌクレオシドの前記3’テーリング領域が、ポリAテール、ポリA-Gカルテット、またはステムループ配列を含む、請求項84に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項86】
少なくとも1つの改変ヌクレオシドを含む、請求項1~85のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項87】
前記少なくとも1つの改変ヌクレオシドが、6-アザ-シチジン、2-チオ-シチジン、α-チオ-シチジン、プソイド-イソ-シチジン、5-アミノアリル-ウリジン、5-ヨード-ウリジン、N1-メチル-プソイドウリジン、5,6-ジヒドロウリジン、α-チオ-ウリジン、4-チオ-ウリジン、6-アザ-ウリジン、5-ヒドロキシ-ウリジン、デオキシ-チミジン、プソイド-ウリジン、イノシン、α-チオ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、O6-メチル-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、N1-メチルアデノシン、2-アミノ-6-クロロ-プリン、N6-メチル-2-アミノ-プリン、6-クロロ-プリン、N6-メチル-アデノシン、α-チオ-アデノシン、8-アジド-アデノシン、7-デアザ-アデノシン、ピロロ-シチジン、5-メチル-シチジン、N4-アセチル-シチジン、5-メチル-ウリジン、5-ヨード-シチジン、およびそれらの組合せからなる群より選択される、請求項86に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項88】
自己複製することができる、請求項1~87のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項89】
自己増幅性レプリコンRNAである、請求項88に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項90】
前記自己増幅性レプリコンRNAが、アルファウイルスに由来する、請求項89に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項91】
前記アルファウイルスが、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはそれらの組合せを含む、請求項90に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項92】
請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項93】
(i)請求項1~92のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド、および(ii)1種または複数種の脂質を含む脂質ナノ粒子。
【請求項94】
前記1種または複数種の脂質が、カチオン性脂質またはリピドイドを含む、請求項93に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項95】
前記1種または複数種の脂質が、N1,N3,N5-トリス(3-(ジドデシルアミノ)プロピル)ベンゼン-1,3,5-トリカルボキサミド(TT3)である、請求項93または94に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項96】
1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)、コレステロール、C14-PEG2000、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項93~95のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項97】
前記C14-PEG2000が、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メトキシポリエチレングリコール-2000(DMG-PEG2000)、1,2-ジミリストイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[メトキシ(ポリエチレングリコール)-2000](DMPE-PEG2000)、またはその両方を含む、請求項96に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項98】
前記C14-PEG2000が、前記LNPに埋め込まれている、請求項97に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項99】
前記C14-PEG2000が、前記単離されたポリヌクレオチドが前記脂質ナノ粒子に封入された後に添加されている、請求項97に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項100】
約30~500nmの直径を有する、請求項93~99のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項101】
約50~400nmの直径を有する、請求項93~100のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項102】
約70~300nmの直径を有する、請求項93~101のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項103】
約100~200nmの直径を有する、請求項93~102のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項104】
約100~175nmの直径を有する、請求項93~103のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項105】
約100~160nmの直径を有する、請求項93~104のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項106】
前記脂質および前記単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)が、約1:2~約15:1の質量比を有する、請求項93~105のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項107】
前記脂質および前記単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)が、1:2、1:1.5、1:1.2、1:1.1、1:1、1.1:1、1.2:1、1.5:1、2:1、2.5:1、3:1、3.5:1、4:1、4.5:1、5:1、5.5:1、6:1、6.5:1、7:1、7.5:1、8:1、8.5:1、9:1、9.5:1、10:1、10.5:1、11:1、11.5:1、12:1、12.5:1、13:1、13.5:1、14:1、14.5:1、または15:1の質量比を有する、請求項106に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項108】
前記脂質および前記単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)が、約10:1の質量比を有する、請求項107に記載の脂質ナノ粒子。
【請求項109】
請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド、請求項92に記載のベクター、または請求項93~108のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項110】
腫瘍内、髄腔内、筋肉内、静脈内、皮下、吸入、皮内、リンパ内、眼内、腹腔内、胸膜内、脊髄内、血管内、鼻、経皮、舌下、粘膜下、経皮的、または経粘膜投与のために製剤化されている、請求項109に記載の医薬組成物。
【請求項111】
請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド、請求項92に記載のベクター、または請求項93~108のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子を含む細胞。
【請求項112】
in vitro細胞、ex vivo細胞、またはin vivo細胞である、請求項111に記載の細胞。
【請求項113】
ポリヌクレオチドを作製する方法であって、請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドを酵素的または化学的に合成することを含む、方法。
【請求項114】
IL-12タンパク質を産生する方法であって、細胞を、請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド、請求項92に記載のベクター、または請求項93~108のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子と接触させることを含む、方法。
【請求項115】
前記接触させることが、in vivoまたはex vivoで起こる、請求項114に記載の方法。
【請求項116】
疾患または障害の処置を必要とする対象において疾患または障害を処置する方法であって、請求項1~91のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチド、請求項92に記載のベクター、請求項93~108のいずれか一項に記載の脂質ナノ粒子、または請求項109もしくは110に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項117】
前記疾患または障害が、がんを含む、請求項116に記載の方法。
【請求項118】
前記がんが、黒色腫、扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がん、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、ヘパトーム、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮がん、唾液腺癌、腎臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓癌、胃がん、頭頸部がん、またはそれらの組合せを含む、請求項117に記載の方法。
【請求項119】
少なくとも1つの追加の治療剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項116~118のいずれか一項に記載の方法。
【請求項120】
前記少なくとも1つの追加の治療剤が、化学療法薬、標的化抗がん療法、腫瘍溶解薬、細胞傷害剤、免疫に基づく療法、サイトカイン、外科的処置、放射線処置、共刺激分子の活性化剤、免疫チェックポイント阻害剤、ワクチン、細胞免疫療法、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項119に記載の方法。
【請求項121】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗LAG-3抗体、抗CTLA-4抗体、抗GITR抗体、抗TIM3抗体、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項120に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願に対する相互参照
本出願は、2021年1月8日に出願された米国仮出願第63/135,501号の優先権の利益を主張し、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
EFS-WEBを介して電子的に提出された配列表への言及
本出願と共に提出されたASCIIテキストファイル中の電子的に提出された配列表(名称:4597_005PC01_SequenceListing_ST25.txt;サイズ:246,918バイト;および作成日:2022年1月9日)の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【0003】
開示の背景
NK細胞および細胞傷害性T細胞の両方を活性化するその能力に起因して、IL-12タンパク質は、1994年以後、前途有望な抗がん治療薬として研究されている。Nastala, C. L. et al., J Immunol 153: 1697-1706 (1994)を参照されたい。しかし、高い期待にもかかわらず、初期臨床研究は、満足な結果を与えなかった。Lasek W. et al., Cancer Immunol Immunother 63: 419-435, 424 (2014)。IL12の反復投与は、ほとんどの患者において、適応応答、および血液中のIL-12誘導インターフェロンガンマ(IFN-γ)レベルの進行性の減少をもたらした。同上。また、IL-12誘導抗がん活性が、IFNγの二次分泌によって主に媒介されることが認識されたが、IL-12による他のサイトカイン(例えば、TNF-α)またはケモカイン(IP-10またはMIG)と併せたIFN-γの同時誘導は、重篤な毒性を引き起こした。同上。
負のフィードバックおよび毒性に加えて、臨床背景におけるIL-12療法のわずかな有効性は、ヒトにおける強い免疫抑制環境によって引き起こされることができる。同上。IFN-γの毒性を最小化し、IL-12の有効性を改善するために、科学者らは、IL12療法に対する異なる用量および時間プロトコールなどの異なるアプローチを試みた。Sacco, S. et al., Blood 90: 4473-4479 (1997);Leonard, J. P. et al., Blood 90: 2541-2548 (1997);Coughlin, C. M. et al., Cancer Res. 57: 2460-2467 (1997);Asselin-Paturel, C. et al., Cancer 91: 113-122 (2001);およびSaudemont, A. et al., Leukemia 16: 1637-1644 (2002)を参照されたい。それにもかかわらず、これらのアプローチは、患者の生存に顕著な影響を及ぼさなかった。Kang, W. K., et al., Human Gene Therapy 12: 671-684 (2001)。そのため、IL-12を使用して腫瘍を処置するための改善された治療アプローチに対する当技術分野における必要性が存在する。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【非特許文献1】Nastala, C. L. et al., J Immunol 153: 1697-1706 (1994)
【非特許文献2】Lasek W. et al., Cancer Immunol Immunother 63: 419-435, 424 (2014)
【非特許文献3】Sacco, S. et al., Blood 90: 4473-4479 (1997)
【非特許文献4】Leonard, J. P. et al., Blood 90: 2541-2548 (1997)
【非特許文献5】Coughlin, C. M. et al., Cancer Res. 57: 2460-2467 (1997)
【非特許文献6】Asselin-Paturel, C. et al., Cancer 91: 113-122 (2001)
【非特許文献7】Saudemont, A. et al., Leukemia 16: 1637-1644 (2002)
【非特許文献8】Kang, W. K., et al., Human Gene Therapy 12: 671-684 (2001)
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0005】
本開示の簡潔な概要
本明細書では、IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドが提供される。一部の態様では、核酸分子は、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75に示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0006】
一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、記IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号65、69、または74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号66、70、または75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号63に示される配列と少なくとも99%または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12βをコードする核酸分子は、配列番号64に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0007】
本明細書ではまた、IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドが提供される。一部の態様では、核酸分子は、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125に示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0008】
一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号115、119、または124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号116、120、または125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、IL-12αをコードする核酸分子は、配列番号114に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0009】
本開示はさらに、第1の核酸分子および第2の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、第1の核酸分子が、IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードし、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75に示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含み;第2の核酸分子が、IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードし、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125に示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【0010】
一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号65、69、もしくは74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号115、119、もしくは124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号66、70、もしくは75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号116、120、もしくは125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号63に示される配列と少なくとも99%もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号64に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子が、配列番号114に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0011】
一部の態様では、本明細書に開示の単離されたポリヌクレオチドは、第1の核酸分子および第2の核酸分子を接続するリンカーをコードする第3の核酸分子をさらに含む。ある特定の態様では、リンカーは、少なくとも約2、少なくとも約5、少なくとも約6、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9、少なくとも約10、少なくとも約11、少なくとも約12、少なくとも約13、少なくとも約14、少なくとも約15、少なくとも約16、少なくとも約17、少なくとも約18、少なくとも約19、または少なくとも約20アミノ酸のアミノ酸リンカーを含む。一部の態様では、リンカーは、(GS)リンカーを含む。一部の態様では、(GS)リンカーは、(Gly3Ser)nまたはS(Gly3Ser)nの式を有し、式中、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、または100からなる群より選択される正の整数である。一部の態様では、(Gly3Ser)nリンカーは、(Gly3Ser)3または(Gly3Ser)4である。ある特定の態様では、リンカーをコードする第3の核酸分子は、配列番号168~170のいずれか1つに示される配列を含む。
【0012】
一部の態様では、本開示の単離されたポリヌクレオチドは、半減期延長部分をコードする追加の核酸分子をさらに含む。ある特定の態様では、半減期延長部分は、Fc、アルブミンもしくはその断片、アルブミン結合部分、PAS、HAP、トランスフェリンもしくはその断片、XTEN、またはそれらの任意の組合せを含む。
【0013】
一部の態様では、本明細書に記載の単離されたポリヌクレオチドは、リーダー配列をコードする追加の核酸分子をさらに含む。ある特定の態様では、リーダー配列をコードする追加の核酸分子は、配列番号26~50に示される配列のうちのいずれか1つを含む。
【0014】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号26に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号51に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号76に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号101に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号126に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号147に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0015】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号27に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号52に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号77に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号102に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号127に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号148に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0016】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号28に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号53に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号78に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号103に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号128に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号149に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0017】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号29に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号54に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号79に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号104に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号129に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号150に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0018】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号30に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号55に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号80に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号105に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号130に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号151に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0019】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号31に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号56に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号81に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号106に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号131に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号152に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0020】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号32に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号57に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号82に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号107に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号132に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号153に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0021】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号33に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号58に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号83に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号108に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号133に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号154に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0022】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号34に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号59に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号84に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号109に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号134に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号155に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0023】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号37に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号62に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号87に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号112に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号137に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号158に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0024】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号38に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号63に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号88に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号113に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号138に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号159に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0025】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号39に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号64に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号89に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号114に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号139に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号160に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0026】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号44に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号69に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号94に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号119に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号140に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号161に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0027】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号45に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号70に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号95に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号120に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号141に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号162に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0028】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号46に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号71に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号96に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号121に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号142に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号163に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0029】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号47に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号72に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号97に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号122に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号143に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号164に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0030】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、および(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号36に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号61に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号86に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号111に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号136に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号157に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0031】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号48に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号73に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号98に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号123に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号144に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号165に示される配列を含み;(g)第7の核酸分子が、配列番号168に示される配列を含み;(h)第8の核酸分子が、配列番号171に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0032】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号49に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号74に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号99に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号124に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号145に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号166に示される配列を含み;(g)第7の核酸分子が、配列番号169に示される配列を含み;(h)第8の核酸分子が、配列番号172に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0033】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子、(v)第2のリンカーをコードする第5の核酸分子、(vi)ヒト血清アルブミンをコードする第6の核酸分子、(vii)第3のリンカーをコードする第7の核酸分子、および(viii)ルミカンタンパク質をコードする第8の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号50に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号75に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号100に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号125に示される配列を含み;(e)第5の核酸分子が、配列番号146に示される配列を含み;(f)第6の核酸分子が、配列番号167に示される配列を含み;(g)第7の核酸分子が、配列番号170に示される配列を含み;(h)第8の核酸分子が、配列番号173に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0034】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号40に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号65に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号90に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号115に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0035】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号41に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号66に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号91に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号116に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0036】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号42に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号67に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号92に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号117に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0037】
本明細書では、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子、(ii)IL-12タンパク質のベータサブユニット(「IL-12β」)をコードする第2の核酸分子、(iii)第1のリンカーをコードする第3の核酸分子、および(iv)IL-12タンパク質のアルファサブユニット(「IL-12α」)をコードする第4の核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドであって、(a)第1の核酸分子が、配列番号43に示される配列を含み;(b)第2の核酸分子が、配列番号68に示される配列を含み;(c)第3の核酸分子が、配列番号93に示される配列を含み;(d)第4の核酸分子が、配列番号118に示される配列を含む、単離されたポリヌクレオチドが提供される。
【0038】
一部の態様では、本明細書に記載の単離されたポリヌクレオチドは、5’-キャップをさらに含む。ある特定の態様では、5’-キャップは、m 7,2’-OGpppGRNA、mGpppG、mGppppmG、m (7,3’-O)GpppG、m (7,2’-O)GppspG(D1)、m (7,2’-O)GppspG(D2)、m 7,3’-OGppp(m 2’-O)ApG、(mG-3’mppp-G;これは、3’O-Me-m7G(5’)ppp(5’)Gと等価に指定されることができる)、N7,2’-O-ジメチル-グアノシン-5’-三リン酸-5’-グアノシン、mGm-ppp-G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-G(5’)ppp(5’)G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-m3’-OG(5’)ppp(5’)G、7mG(5’)ppp(5’)N,pN2p、7mG(5’)ppp(5’)NlmpNp、7mG(5’)-ppp(5’)NlmpN2 mp、m(7)Gpppm(3)(6,6,2’)Apm(2’)Apm(2’)Cpm(2)(3,2’)Up、イノシン、N1-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、2-アジド-グアノシン、N1-メチルプソイドウリジン、m7G(5’)ppp(5’)(2’OMeA)pG、およびそれらの組合せからなる群より選択される。
【0039】
一部の態様では、本開示の単離されたポリヌクレオチドは、調節エレメントをさらに含む。ある特定の態様では、調節エレメントは、少なくとも1つの翻訳エンハンサーエレメント(TEE)、翻訳開始配列、少なくとも1つのマイクロRNA結合部位またはそのシード、連結ヌクレオシドの3’テーリング領域、AUリッチエレメント(ARE)、転写後制御モジュレーター、およびそれらの組合せからなる群より選択される。
【0040】
一部の態様では、本明細書に記載の単離されたポリヌクレオチドは、連結ヌクレオシドの3’テーリング領域をさらに含む。ある特定の態様では、連結ヌクレオシドの3’テーリング領域は、ポリAテール、ポリA-Gカルテット、またはステムループ配列を含む。
【0041】
一部の態様では、本開示の単離されたポリヌクレオチドは、少なくとも1つの改変ヌクレオシドを含む。ある特定の態様では、少なくとも1つの改変ヌクレオシドは、6-アザ-シチジン、2-チオ-シチジン、α-チオ-シチジン、プソイド-イソ-シチジン、5-アミノアリル-ウリジン、5-ヨード-ウリジン、N1-メチル-プソイドウリジン、5,6-ジヒドロウリジン、α-チオ-ウリジン、4-チオ-ウリジン、6-アザ-ウリジン、5-ヒドロキシ-ウリジン、デオキシ-チミジン、プソイド-ウリジン、イノシン、α-チオ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、O6-メチル-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、N1-メチルアデノシン、2-アミノ-6-クロロ-プリン、N6-メチル-2-アミノ-プリン、6-クロロ-プリン、N6-メチル-アデノシン、α-チオ-アデノシン、8-アジド-アデノシン、7-デアザ-アデノシン、ピロロ-シチジン、5-メチル-シチジン、N4-アセチル-シチジン、5-メチル-ウリジン、5-ヨード-シチジン、およびそれらの組合せからなる群より選択される。
【0042】
一部の態様では、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドは、自己複製することができる。ある特定の態様では、ポリヌクレオチドは、自己増幅性レプリコンRNAである。一部の態様では、自己増幅性レプリコンRNAは、アルファウイルスに由来する。ある特定の態様では、アルファウイルスは、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、セムリキ森林ウイルス、シンドビスウイルス、またはそれらの組合せを含む。
【0043】
本開示は、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドのいずれかを含むベクターをさらに提供する。
【0044】
本開示は、(i)本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドのいずれか、および(ii)1種または複数種の脂質を含む脂質ナノ粒子(LNP)も提供する。ある特定の態様では、1種または複数種の脂質は、カチオン性脂質を含む。一部の態様では、脂質は、イオン化可能な脂質である。一部の態様では、脂質は、リピドイド、例えば、N1,N3,N5-トリス(3-(ジドデシルアミノ)プロピル)ベンゼン-1,3,5-トリカルボキサミド(TT3)である。一部の態様では、LNPは、1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE)、コレステロール、C14-PEG2000、またはそれらの任意の組合せを含む。
【0045】
一部の態様では、本明細書に記載されるLNPは、約30~500nmの直径を有する。ある特定の態様では、LNPは、約50~400nmの直径を有する。一部の態様では、LNPは、約70~300nmの直径を有する。一部の態様では、LNPは、約100~200nmの直径を有する。一部の態様では、LNPは、約100~175nmの直径を有する。一部の態様では、LNPは、約100~160nmの直径を有する。
【0046】
一部の態様では、脂質および単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)は、約1:2~約2:1の質量比を有する。一部の態様では、脂質および単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)は、1:2、1:1.5、1:1.2、1:1.1、1:1、1.1:1、1.2:1、1.5:1、2:1、2.5:1、3:1、3.5:1、4:1、4.5:1、5:1、5.5:1、6:1、6.5:1、7:1、7.5:1、8:1、8.5:1、9:1、9.5:1、10:1、10.5:1、11:1、11.5:1、12:1、12.5:1、13:1、13.5:1、14:1、14.5:1、または15:1の質量比を有する。一部の態様では、脂質および単離されたポリヌクレオチド(例えば、改変RNA)は、約10:1の質量比を有する。
【0047】
本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチド、ベクター、またはLNPのいずれか、および薬学的に許容される担体を含む医薬組成物が本明細書に提供される。ある特定の態様では、医薬組成物は、腫瘍内、髄腔内、筋肉内、静脈内、皮下、吸入、皮内、リンパ内、眼内、腹腔内、胸膜内、脊髄内、血管内、鼻、経皮、舌下、粘膜下、経皮的、または経粘膜投与のために製剤化されている。
【0048】
本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチド、ベクター、またはLNPのいずれかを含む細胞が本明細書に提供される。一部の態様では、細胞は、in vitro細胞、ex vivo細胞、またはin vivo細胞である。
【0049】
ポリヌクレオチドを作製する方法であって、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチドのいずれかを酵素的または化学的に合成することを含む、方法が本明細書に提供される。IL-12タンパク質を産生する方法であって、細胞を、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチド、細胞、またはLNPのいずれかと接触させることを含む、方法が本明細書に提供される。ある特定の態様では、接触させることは、in vivoまたはex vivoで起こる。
【0050】
本開示は、それを必要とする対象において疾患または障害を処置する方法であって、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチド、ベクター、LNP、または医薬組成物のいずれかを対象に投与することを含む、方法をさらに提供する。ある特定の態様では、疾患または障害は、がんを含む。一部の態様では、がんは、黒色腫、扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がん、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、ヘパトーム、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮がん、唾液腺癌、腎臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓癌、胃がん、頭頸部がん、またはそれらの組合せを含む。
【0051】
一部の態様では、本明細書に開示される疾患または障害を処置する方法は、少なくとも1つの追加の治療剤を対象に投与することをさらに含む。ある特定の態様では、少なくとも1つの追加の治療剤は、化学療法薬、標的化抗がん療法、腫瘍溶解薬、細胞傷害剤、免疫に基づく療法、サイトカイン、外科的処置、放射線処置、共刺激分子の活性化剤、免疫チェックポイント阻害剤、ワクチン、細胞免疫療法、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗LAG-3抗体、抗CTLA-4抗体、抗GITR抗体、抗TIM3抗体、またはそれらの任意の組合せを含む。
【図面の簡単な説明】
【0052】
図1A-1B】図1Aおよび1Bは、以下のうちの1つの単回腫瘍内投与で処置された腫瘍保持マウスにおける腫瘍体積の比較を提供する:(i)PBS(対照;白丸);(ii)5’キャップアナログで転写と同時にキャップされたrepRNA(図1Aにおける黒丸;図1Bにおける実線);および(iii)5’キャップの酵素的付加によって転写後にキャップされたrepRNA(図1Aにおける黒四角;図1Bにおける破線)。腫瘍体積は、投与後のさまざまな時点で測定した(x軸)。図1Aは、平均腫瘍体積を示す。図1Bは、個々の動物の腫瘍体積を示す。
【0053】
図2図2は、以下のうちの1つで処置されたマウスの腫瘍におけるIL-12タンパク質発現の比較を提供する:(i)PBS(対照;左から1番目の列);(ii)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(2番目の列);(iii)キャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製された改変mRNA(非自己複製性)(3番目の列);(iv)代替進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(4番目の列);ならびに(v)代替進化ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(最後の列)。
【0054】
図3図3は、以下のうちの1つの単回腫瘍内投与で処置された腫瘍保持マウスのカプランマイヤー生存分析の比較を提供する:(i)PBS(対照;白丸);(ii)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(白三角);(iii)キャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製された改変mRNA(非自己複製性)(白四角);(iv)代替進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒丸);ならびに(v)代替進化ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒四角)。
【0055】
図4A図4Aは、FACS解析を使用して測定された、本明細書に記載される異なるRNA構築物のin vitroトランスフェクション効率の比較を提供する。図4Bは、本明細書に記載される異なるRNA構築物でトランスフェクトされた細胞の上清において検出されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する。図4Aおよび4Bの両方において、試験したRNA構築物は以下を含んでいた:(i)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒丸);(ii)A3G+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒四角);(iii)代替進化+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒三角);(iv)代替進化+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒逆三角);(v)代替+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(菱形);(vi)A3G+E1進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(白丸);(vii)A3G-E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(白四角);ならびに(viii)代替進化-E1 SGP傷末端ベクターを使用して作製されたrepRNA(白三角)。トランスフェクション効率は、異なる群において観察されたIL-12+細胞の頻度として示す。x軸は、トランスフェクション効率が評価された時のトランスフェクション後の時間を表す。
図4B図4Aは、FACS解析を使用して測定された、本明細書に記載される異なるRNA構築物のin vitroトランスフェクション効率の比較を提供する。図4Bは、本明細書に記載される異なるRNA構築物でトランスフェクトされた細胞の上清において検出されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する。図4Aおよび4Bの両方において、試験したRNA構築物は以下を含んでいた:(i)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒丸);(ii)A3G+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒四角);(iii)代替進化+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒三角);(iv)代替進化+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(黒逆三角);(v)代替+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(菱形);(vi)A3G+E1進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(白丸);(vii)A3G-E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(白四角);ならびに(viii)代替進化-E1 SGP傷末端ベクターを使用して作製されたrepRNA(白三角)。トランスフェクション効率は、異なる群において観察されたIL-12+細胞の頻度として示す。x軸は、トランスフェクション効率が評価された時のトランスフェクション後の時間を表す。
【0056】
図5図5は、FACS解析を使用して測定された、以下のRNA構築物のin vitroトランスフェクション効率の比較を提供する:(i)キャップアナログ同時転写キャッピング法および制限酵素の傷で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(丸);(ii)キャップアナログ(代替起源)法および制限酵素の傷で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(四角);(iii)キャップアナログ同時転写キャッピング法および無傷ポリA配列で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(三角);(iv)キャップアナログ(代替起源)法および無傷ポリA配列で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(逆三角)。PBSで処理された細胞を対照として使用した(菱形)。トランスフェクション効率は、異なる群において観察されたIL-12+細胞の頻度として示す。x軸は、トランスフェクション効率が評価された時のトランスフェクション後の時間を表す。
【0057】
図6A図6Aおよび6Bは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与で処置された腫瘍保持マウスの腫瘍および血清において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。図6Aは、投与24時間後の腫瘍(上部のグラフ)および血清(下部のグラフ)におけるIL-12タンパク質の濃度を示す。図6Bは、投与96時間後の腫瘍(上部のグラフ)および血清(下部のグラフ)におけるIL-12タンパク質の濃度を示す。
図6B図6Aおよび6Bは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与で処置された腫瘍保持マウスの腫瘍および血清において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。図6Aは、投与24時間後の腫瘍(上部のグラフ)および血清(下部のグラフ)におけるIL-12タンパク質の濃度を示す。図6Bは、投与96時間後の腫瘍(上部のグラフ)および血清(下部のグラフ)におけるIL-12タンパク質の濃度を示す。
【0058】
図7A図7A、7B、および7Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与24時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
図7B図7A、7B、および7Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与24時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
図7C図7A、7B、および7Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与24時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
【0059】
図8A図8A、8B、および8Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与96時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
図8B図8A、8B、および8Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与96時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
図8C図8A、8B、および8Cは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与96時間後の腫瘍保持マウスの、それぞれ、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(「IL-12」);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb」);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(「IL-12-alb-lum」)。異なるRNA構築物を、x軸に沿って示される2つの用量のうちの1つで動物に投与した。
【0060】
図9A-9B】図9Aおよび9Bは、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物の単回腫瘍内投与で処置された腫瘍保持マウスの血清において測定された、それぞれ、IL-12タンパク質およびIFN-γタンパク質の濃度の比較を提供する:(i)mIL-12単独(三角);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12(四角);ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12(丸)。RNA構築物は、以下の用量で動物に投与した:0.25μg(黒記号)または2.5μg(白記号)。x軸は、IL-12およびIFN-γの濃度が測定された時点(投与後)を提供する。
【0061】
図10図10は、実施例5に従った、融合タンパク質ヒト軽鎖リーダー-hIL12p40-GGS(GGGS)3リンカー-hIL12p35-GSGGGSリンカー-ヒト血清アルブミンをコードする1137の別個の配列についての最適性(平均_コドン_スコア)対最小のフォールディング自由エネルギー(kcal/mol)(MFE)に関するデータのグラフ表示を表す。L1、L2、L3、M1、M2、M3、H1、H2、およびH3コドン最適化構築物が示される。実施例5に記載されるように、菱形の記号は、非常に高いコドン最適性およびMFEを有する配列を表す。三角は、各アミノ酸位置で最も高い頻度で使用されたトリプレットを含有するコドン最適配列を表す。
【0062】
図11図11は、コドン最適化IL-12配列を含む異なるRNA構築物(x軸)でトランスフェクトされた細胞の上清において観察されたIL-12タンパク質の分泌の比較を提供する。示されたように、構築物A1~A4のIL-12は、任意の他の部分にコンジュゲートされていなかった。構築物B1~B4のIL-12は、アルブミンにコンジュゲートされていた。構築物C1~C3のIL-12は、アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされていた。個々の三連の測定を、三角形、四角形、八角形、または円形の点として示し、水平のバーは、三連の測定の平均を示す。X軸は使用されたバリアントを表し、Y軸はIL-12の濃度(ng/ml)を表す。
【0063】
図12A-12B】図12A、12B、および12Cは、(i)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたコドン最適化IL-12配列(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける左から1番目の丸のセット);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたコドン最適化IL-12配列(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける2番目の丸のセット);または(iii)コドン最適化IL-12配列単独(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける3番目の丸のセット)を含むRNA構築物の単回腫瘍内投与を受けた腫瘍保持マウスの腫瘍(図12A)、血清(図12B)、および脾臓(図12C)において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する。未処置動物を対照として使用した(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける最後の丸のセット)。「PDX1」、「PDX2」、および「PDX3」は、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)を有する3人の個々の患者からの腫瘍切除に由来する異種移植片を表す。PDX1およびPDX3は、一次切除されたER、PR、HER2陰性病変から確立され、PDX2は、TNBC患者の肺における転移性ER、PR、HER2陰性病変から確立された。
図12C図12A、12B、および12Cは、(i)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたコドン最適化IL-12配列(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける左から1番目の丸のセット);(ii)アルブミンにコンジュゲートされたコドン最適化IL-12配列(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける2番目の丸のセット);または(iii)コドン最適化IL-12配列単独(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける3番目の丸のセット)を含むRNA構築物の単回腫瘍内投与を受けた腫瘍保持マウスの腫瘍(図12A)、血清(図12B)、および脾臓(図12C)において観察されたIL-12タンパク質の濃度の比較を提供する。未処置動物を対照として使用した(PDX1、PDX2、およびPDX3のそれぞれにおける最後の丸のセット)。「PDX1」、「PDX2」、および「PDX3」は、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)を有する3人の個々の患者からの腫瘍切除に由来する異種移植片を表す。PDX1およびPDX3は、一次切除されたER、PR、HER2陰性病変から確立され、PDX2は、TNBC患者の肺における転移性ER、PR、HER2陰性病変から確立された。
【0064】
図13図13は、ビヒクル対照(白四角)またはIL-12をコードするrepRNA(repRNA)で処置された(合計で4用量について毎週)TNBCマウスにおける腫瘍体積の比較を提供する。repRNAを、以下の用量のうちの1つで動物に投与した:(i)5μg(黒丸)、(ii)0.5μg(黒四角)、または(iii)0.05μg(黒三角)。
【0065】
図14図14は、異なる量の改変ヌクレオシド三リン酸(modNTP):(i)0%のmodNTP(すなわち、改変repRNAなし)(黒丸);(ii)25%のmodNTP(黒四角);(iii)37.5%のmodNTP(黒三角);または(iv)50%のmodNTP(黒逆三角)を含むように改変されたrIL-12コードrepRNAで処置されたTNBCマウスにおける腫瘍体積の比較を提供する。ビヒクル対照で処置された動物を対照として使用した(白四角)。
【0066】
図15A-15B】図15Aおよび15Bは、B16-F10マウス同系がんモデルにおける、それぞれ、処置および未処置腫瘍の両方に対する本明細書に記載されるrepRNA構築物の効果を示す。実施例8にさらに記載されるように、動物の左および右脇腹に、B16-F10腫瘍細胞を皮下注射した。最適な腫瘍サイズに達したら、ビヒクル対照またはrepRNA(2.5μg)を、左脇腹に腫瘍内投与した(すなわち、処置腫瘍)。次いで、腫瘍体積を、左脇腹および右脇腹(すなわち、未処置腫瘍)の両方で評価した。
【0067】
図16図16は、再投薬後のTNBCマウスモデルにおけるルシフェラーゼ発現(生物発光シグナルとして示す)の比較を提供する。実施例9にさらに記載されるように、マウスに、2つのホタルルシフェラーゼコードrepRNA構築物(mRNA1およびmRNA2)(5μg)のうちの1つの初回用量を注射し(「用量1」)、次いで1週間後に、同じrepRNA構築物(5μg)で2回目の用量を注射した(「用量2」)。動物の一部において、それらは、抗IFNAR1抗体(10mg/kg)の毎週(合計2回の用量)の投与を追加で受けた。
【0068】
図17図17は、組換えヒトIL-12タンパク質(rhIL12)または実施例10に記載される条件培地(すなわち、IL-12コードrepRNAでトランスフェクトされたBT20細胞から収集された上清)で処置された活性化ヒトPBMCから収集された上清におけるIFN-γの濃度の比較を提供する。PBMCを、以下の濃度のうちの1つのrhIL12で処置した:100ng/mL(「3」)、10ng/mL(「4」)、1ng/mL(「5」)、0.1ng/mL(「6」)、または0.01ng/mL(「7」)。条件培地は、以下のIL-12の量のうちの1つを含有していた:1ng/mL(「1」)および10ng/mL(「2」)。未処置細胞を対照として使用した(「8」)。
【発明を実施するための形態】
【0069】
開示の詳細な説明
定義
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって通常理解されるものと同じ意味を有する。矛盾する場合、定義を含む本出願が支配する。文脈によって他に必要とされない限り、単数形の用語は、複数を含むものとし、複数形の用語は、単数を含むものとする。
【0070】
本開示全体を通して、「a」または「an」実体という用語は、その実体の1つまたは複数を指し、例えば、「ポリヌクレオチド(a polynucleotide)」は、1つまたは複数のポリヌクレオチドを表すと理解される。そのため、「a」(または「an」)、「1つまたは複数」および「少なくとも1つ」という用語は、本明細書では、互換可能に使用することができる。
【0071】
さらにまた、「および/または」は、本明細書で使用される場合、他のものの有無にかかわらず、2つの特定された特性または構成要素のそれぞれの特定の開示として取られるべきである。したがって、「および/または」という用語は、本明細書で「Aおよび/またはB」などの語句において使用される場合、「AおよびB」、「AまたはB」、「A」(単独)、および「B」(単独)を含むことが意図される。同様に、「および/または」という用語は、「A、B、および/またはC」などの語句において使用される場合、以下の態様:A、B、およびC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;AおよびC;AおよびB;BおよびC;A(単独);B(単独);ならびにC(単独)のそれぞれを包含することが意図される。
【0072】
「約」という用語は、本明細書では、およそ、大体、おおよそ、またはその範囲内を意味するために使用される。「約」という用語が数値範囲と併せて使用される場合、これは、示される数値の上および下の境界を拡張することによって、その範囲を修飾する。一般に、「約」という用語は、本明細書では、他に示されない限り、上方または下方(より高いまたはより低い)10パーセントの変動によって、述べられた値の上および下に数値を修飾するために使用される。
【0073】
数または一連の数の前の「少なくとも」という用語は、「少なくとも」という用語に隣接する数、ならびに文脈から明確な場合、論理的に含まれ得るすべてのその後の数または整数を含むことが理解される。例えば、核酸分子中のヌクレオチドの数は、整数でなければならない。例えば、「21ヌクレオチド核酸分子の少なくとも18ヌクレオチド」は、18、19、20、または21ヌクレオチドが示された性質を有することを意味する。少なくともが、一連の数または範囲の前に存在する場合、「少なくとも」が一連または範囲の数のそれぞれを修飾することができることが理解される。「少なくとも」はまた、整数に限定されない(例えば、「少なくとも5%」は、有効桁数を考慮せずに、5.0%、5.1%、5.18%を含む)。
【0074】
「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、本明細書で使用される場合、ホスホジエステル連結によって接続されたヌクレオチドの配列を意味する。ポリヌクレオチドは、本明細書では、5’から3’方向の向きで存在する。本開示のポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸(DNA)分子またはリボ核酸(RNA)分子であり得る。ヌクレオチド塩基は、本明細書では、一文字コード:アデニン(A)、グアニン(G)、チミン(T)、シトシン(C)、イノシン(I)、およびウラシル(U)によって示される。
【0075】
本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」という用語は、他に示されない限り、ペプチドおよびタンパク質の両方を包含する。
【0076】
「コード配列」または「コードする」配列という用語は、本明細書では、特定のタンパク質、例えば、IL-12などを「コードする」DNAまたはRNA領域(転写された領域)を意味するために使用される。コード配列は、プロモーターなどの適切な調節領域の制御下に置かれた場合、in vitroまたはin vivoで、ポリペプチドに転写(DNA)および翻訳(RNA)される。コード配列の境界は、5’(アミノ)末端の開始コドンおよび3’(カルボキシ)末端の翻訳停止コドンによって決定される。コード配列としては、限定されるものではないが、原核生物または真核生物由来のcDNA、原核生物または真核生物由来のゲノムDNA、および合成DNA配列を挙げることができる。転写終止配列は、コード配列に対して3’に位置し得る。
【0077】
コザックコンセンサス配列、コザックコンセンサスまたはコザック配列は、真核生物mRNAに存在する配列として公知であり、開始コドン(AUG)の3塩基上流にコンセンサス(gcc)gccRccAUGG(配列番号174)(ここで、Rは、プリン(アデニンまたはグアニン)である)を有し、これに、別の「G」が続く。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、コザックコンセンサス配列と少なくとも約95%またはそれより高い、例えば、少なくとも約99%の配列同一性を有する核酸配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、コザックコンセンサス配列を含む。
【0078】
「RNA」という用語は、本明細書では、少なくとも1つのリボヌクレオチド残基を含む分子を意味するために使用される。「リボヌクレオチド」は、β-D-リボフラノシル基の2’位にヒドロキシル基を有するヌクレオチドに関する。用語は、二本鎖RNA、一本鎖RNA、単離されたRNA、例えば、部分的にまたは完全に精製されたRNA、本質的に純粋なRNA、合成RNA、組換え的に生成されたRNA、例えば、1つまたは複数のヌクレオチドの付加、欠失、置換および/または変更によって天然に存在するRNAと異なる改変RNAを含む。「mRNA」という用語は、「メッセンジャーRNA」を意味し、DNA鋳型を使用することによって生成される「転写物」に関し、ペプチドまたはタンパク質をコードする。典型的には、mRNAは、5’-UTR、タンパク質コード領域、および3’-UTRを含む。mRNAは、細胞およびin vitroにおいて限定的な半減期のみを有する。本開示の文脈では、mRNAは、DNA鋳型からin vitro転写によって生成されることができる。in vitro転写の方法論は、当業者に公知である。例えば、市販の各種のin vitro転写キットがある。本開示の一部の態様では、RNA、好ましくは、mRNAは、5’-キャップ構造で改変されている。
【0079】
「配列同一性」という用語は、本明細書では、配列を比較することによって決定される、2つもしくはそれよりも多くのアミノ酸(ポリペプチドまたはタンパク質)配列、または2つもしくはそれよりも多くの核酸(ポリヌクレオチド)配列の間の関係を意味するために使用される。ある特定の態様では、配列同一性は、2つの所与の配列番号の全長またはその部分に基づいて算出される。その部分は、両方の配列番号の少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、もしくは100%、または任意の他の特定されたパーセンテージを意味し得る。「同一性」という用語は、場合によって、そのような配列のストリング間の一致によって決定される、アミノ酸または核酸配列間の配列関係性の程度も意味し得る。
【0080】
ある特定の態様では、同一性を決定するための方法は、試験される配列間の最大の一致を与えるように設計される。同一性および類似性を決定するための方法は、公的に入手可能なコンピュータプログラムにおいて体系化されている。
【0081】
「実質的な相同性」または「実質的な類似性」は、核酸またはその断片を指す場合、別の核酸(またはその相補鎖)による適切なヌクレオチドの挿入または欠失とともに最適に整列された場合に、配列の少なくとも約95~99%のヌクレオチド配列同一性が存在することを示すことを意味する。
【0082】
本明細書で使用される場合、例えば本明細書に開示されるポリヌクレオチドを含む組成物の「有効量」、「治療有効量」および「十分量」という用語は、ヒトを含む対象に投与された場合に、臨床結果を含む有益なまたは所望の結果を生じるのに十分な量を指し、例えば、「有効量」またはそれに対する同義語は、それが適用されている文脈に依存する。
【0083】
所与の治療剤または組成物の量は、そのような量に対応し、さまざまな要因、例えば、所与の薬剤、医薬製剤、投与の経路、疾患または障害の種類、処置される対象(例えば、年齢、性別、および/または体重)または宿主の正体などに応じて変わる。
【0084】
「半減期」という用語は、分子の活性、量または数の半分が排除されるのに必要な期間に関する。本開示の文脈では、RNAの半減期は、前記RNAの安定性について表す。疾患の「発生」または「進行」は、疾患の初期の症状発現および/または次の進行を意味する。疾患の発生は、当技術分野において周知の標準的な臨床技法を使用して、検出可能で、評価することができる。しかしながら、発生は、予測不可能であり得る進行も指す。本明細書で使用される場合、発生または進行は、症状の生物学的経過を指す。発生は、出現、再発、および開始を含む。本明細書で使用される場合、標的疾患または障害の開始または出現は、初期の開始および/または再発を含む。
【0085】
IL-12を発現するヌクレオチド
本開示は、IL-12タンパク質をコードする核酸分子を含むポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)を対象とする。本明細書に記載される場合、本明細書に開示されるポリヌクレオチドは、1つまたは複数の特性を含み、その結果、それらは、天然に存在する参照ポリヌクレオチドとは異なる(例えば、構造的におよび/または機能的に)。例えば、本開示の他の箇所にさらに記載されるように、例えば、IL-12タンパク質(例えば、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニット)をコードする核酸分子は、コドン最適化されている(すなわち、合成)。
【0086】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、翻訳可能領域、および1、2、または2つより多くの改変を含む。一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、対応する未改変核酸と比べて、核酸が導入される細胞において低減された分解を示す。
【0087】
一部の態様では、改変は、ヌクレオチドの糖部分に位置し得る。一部の態様では、改変は、ヌクレオチドのリン酸骨格に位置し得る。
【0088】
一部の態様では、例えば、タンパク質産生の正確なタイミングが所望される場合、細胞に導入される改変核酸が細胞内で分解されることが望ましい。したがって、一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、分解ドメインを含み、これは、細胞内で指示された様式で作用され得る。
【0089】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、改変5’-キャップ、半減期延長部分、または調節エレメントの少なくとも1つを含む。
【0090】
一部の態様では、改変5’-キャップは、5’-キャップ構造なしの同じRNAと比較した場合に、RNAの安定性を増加させ、RNAの翻訳効率を増加させ、RNAの翻訳を延長し、RNAの総タンパク質発現を増加させる。
【0091】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、環化またはコンカテマー化されて、翻訳適格性分子を生成して、ポリA結合タンパク質および5’末端結合タンパク質の間の相互作用を支援する。環化またはコンカテマー化のメカニズムは、少なくとも3つの異なる経路:1)化学的経路、2)酵素的経路、および3)リボザイム触媒経路を通して起こることができる。新しく形成された5’/3’連結は、分子内または分子間であることができる。
【0092】
第1の経路では、核酸の5’末端および3’末端は、一緒に接近している場合に、分子の5’末端および3’末端の間に新しい共有結合的連結を形成する化学反応性基を含有する。有機溶媒中で、合成mRNA分子の3’末端上の3’-アミノ末端ヌクレオチドが5’-NHS-エステル部分において求核攻撃を受けて、新しい5’/3’アミド結合を形成するように、5’末端は、NHS-エステル反応性基を含有することができ、3’末端は、3’-アミノ末端ヌクレオチドを含有することができる。
【0093】
第2の経路では、T4 RNAリガーゼを使用して、5’-リン酸化核酸分子を核酸の3’-ヒドロキシル基に酵素的に連結させて、新しいホスホロジエステル連結を形成することができる。反応の例では、1μgの核酸分子を、製造業者のプロトコールに従って、1~10単位のT4 RNAリガーゼ(New England Biolabs、Ipswich、Mass.)と共に37℃で1時間インキュベートする。ライゲーション反応は、並置された5’および3’領域の両方と塩基対合して、酵素的ライゲーション反応を支援することができる分割オリゴヌクレオチドの存在下で起こり得る。
【0094】
第3の経路では、cDNA鋳型の5’または3’末端のいずれかは、in vitro転写の間に、生じた核酸分子が核酸分子の5’末端を核酸分子の3’末端にライゲーションすることができる活性リボザイム配列を含有し得るように、リガーゼリボザイム配列をコードする。リガーゼリボザイムは、群Iイントロン、群Iイントロン、デルタ肝炎ウイルス、ヘアピンリボザイムに由来し得るか、またはSELEX(指数関数的富化によるリガンドの系統的進化)によって選択されることができる。リボザイムリガーゼ反応は、0~37℃の温度で1~24時間かかることができる。
【0095】
一部の態様では、複数の別個の核酸、IL-12をコードするヌクレオチド配列または一次構築物は、3’末端で改変されるヌクレオチドを使用して、3’末端を通して一緒に連結され得る。化学的コンジュゲーションを使用して、細胞への送達の化学量論を制御することができる。例えば、グリオキシル酸回路の酵素であるイソクエン酸リアーゼおよびリンゴ酸シンターゼは、1:1の比でHepG2細胞に供給されて、細胞の脂肪酸代謝を変更することができる。この比は、ある核酸または改変RNA種上の3’-アジド末端ヌクレオチド、ならびに反対側の核酸またはIL-12をコードするヌクレオチド配列種上のC5-エチニルまたはアルキニル含有ヌクレオチドを使用して、核酸または改変RNAを化学的に連結させることによって制御され得る。IL-12をコードするヌクレオチド配列は、製造業者のプロトコールに従って、ターミナルトランスフェラーゼ(New England Biolabs、Ipswich、Mass.)を使用して転写後に付加される。3’-改変ヌクレオチドの付加後、2つの核酸またはIL-12をコードするヌクレオチド配列は、水溶液中、銅の存在下または非存在下で合わされて、文献に記載されているクリックケミストリーメカニズムを介して新しい共有結合的連結を形成し得る。
【0096】
一部の態様では、2つより多くのポリヌクレオチドが、官能化リンカー分子を使用して、一緒に連結されることができる。例えば、官能化サッカライド分子は、3’-官能化mRNA分子(すなわち、3’-マレイミドエステル、3’-NHS-エステル、アルキニル)上の同族部分と反応する複数の化学反応性基(SH-、NH2-、N3など)を含有するように化学的に改変されることができる。改変サッカライド上の反応性基の数は、化学量論的な様式で制御されることができ、コンジュゲートされた核酸またはmRNAの化学量論比を直接制御することができる。
【0097】
一部の態様では、タンパク質産生をさらに増強するために、本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列、ポリヌクレオチドまたは一次構築物は、他のポリヌクレオチド、色素、挿入剤(例えば、アクリジン)、架橋剤(例えば、ソラレン、マイトマイシンC)、ポルフィリン(TPPC4、テキサフィリン、サフィリン(Sapphyrin))、多環式芳香族炭化水素(例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ(例えば、EDTA)、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、PEG(例えば、PEG-40K)、MPEG、[MPEG]2、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン(例えば、ビオチン)、輸送/吸収促進剤(例えば、アスピリン、ビタミンE、葉酸)、合成リボヌクレアーゼ、タンパク質、例えば、糖タンパク質、またはペプチド、例えば、共リガンドに対する特異的親和性を有する分子、または抗体、例えば、がん細胞、内皮細胞もしくは骨細胞などの特定された細胞型に結合する抗体、ホルモンおよびホルモン受容体、非ペプチド種、例えば、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、補助因子、または薬物にコンジュゲートされるように設計することができる。
【0098】
コンジュゲーションは、増加した安定性および/または半減期をもたらし得、細胞、組織または生物体における特異的部位にIL-12をコードするヌクレオチド配列または一次構築物を標的化するのに特に有用であり得る。
【0099】
一部の態様では、一次構築物は、目的の1つもしくは複数のポリペプチド、またはその断片をコードするように設計される。目的のポリペプチドとしては、限定されるものではないが、ポリペプチド全体、1つまたは複数の核酸によって独立してコードされることができる複数のポリペプチドまたはポリペプチドの断片、複数の核酸、前述のいずれかの核酸の断片またはバリアントを挙げることができる。本明細書で使用される場合、「目的のポリペプチド」という用語は、本開示の一次構築物においてコードされるように選択された任意のポリペプチドを指す。本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」は、ほとんどの場合にペプチド結合によって一緒に連結されたアミノ酸残基(天然または非天然)のポリマーを意味する。用語は、本明細書で使用される場合、任意のサイズ、構造または機能の、タンパク質、ポリペプチド、およびペプチドを指す。一部の例では、コードされるポリペプチドは、約50アミノ酸よりも小さく、その結果、ポリペプチドは、ペプチドと称される。ポリペプチドがペプチドである場合、これは、少なくとも約2、3、4、または少なくとも5アミノ酸残基長である。したがって、ポリペプチドとしては、遺伝子産物、天然に存在するポリペプチド、合成ポリペプチド、ホモログ、オルソログ、パラログ、断片、および他の等価物、バリアント、ならびに前述のアナログが挙げられる。ポリペプチドは、単一分子であることができ、または二量体、三量体もしくは四量体などの多分子の複合体であることができる。それらは、単一鎖、または抗体もしくはインスリンなどの多鎖ポリペプチドも含むことができ、会合または連結されていてもよい。最も一般的なジスルフィド連結は、多鎖ポリペプチドにおいて見出される。ポリペプチドという用語は、1つまたは複数のアミノ酸残基が、対応する天然に存在するアミノ酸の人工化学アナログであるアミノ酸ポリマーにも適用されることができる。
【0100】
「ポリペプチドバリアント」という用語は、ネイティブまたは参照配列とはそれらのアミノ酸配列が異なる分子を指す。アミノ酸配列バリアントは、ネイティブまたは参照配列と比較して、アミノ酸配列内のある特定の位置に置換、欠失および/または挿入を有することができる。通常は、バリアントは、ネイティブまたは参照配列と少なくとも約50%の同一性(相同性)を有し、好ましくは、それらは、ネイティブまたは参照配列と、少なくとも約80%、より好ましくは少なくとも90%同一(相同)である。
【0101】
したがって、参照配列に関して置換、挿入および/または付加、欠失、ならびに共有結合性改変を含有する目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、本開示の範囲内に含まれる。例えば、配列タグまたはアミノ酸、例えば、1つまたは複数のリシンは、本開示のペプチド配列に(例えば、N末端またはC末端で)付加されることができる。配列タグは、ペプチドの精製または局在化のために使用することができる。リシンは、ペプチドの溶解度を増加させるため、またはビオチン化を可能にするために使用することができる。あるいは、ペプチドまたはタンパク質のアミノ酸配列のカルボキシおよびアミノ末端領域に位置するアミノ酸残基は、必要に応じて欠失されて、トランケートされた配列を提供することができる。あるいは、ある特定のアミノ酸(例えば、C末端またはN末端残基)は、配列の使用に応じて、例えば、可溶性であるか、または固体担体に連結されたより大きい配列の一部としての配列の発現に応じて、欠失されることができる。
【0102】
当業者によって認識されるように、タンパク質断片、機能性タンパク質ドメイン、および相同タンパク質も、本開示の目的のポリペプチドの範囲内であるとみなされる。例えば、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、または100アミノ酸長よりも長い参照タンパク質の任意のタンパク質断片(他は同一であるが、参照ポリペプチド配列よりも少なくとも1つのアミノ酸残基だけ短いポリペプチド配列を意味する)が本明細書に提供される。別の例では、本明細書に記載される配列のいずれかと約40%、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約95%、または約100%同一である、約20、約30、約40、約50、または約100アミノ酸のストレッチを含む任意のタンパク質を、本開示に従って利用することができる。ある特定の態様では、本開示に従って利用されるポリペプチドは、本明細書に提供または言及される配列のいずれかに示されるように、2、3、4、5、6、7、8、9、10、またはそれよりも多くの変異を含む。
【0103】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、改変5’-キャップ、半減期延長部分、調節エレメント、またはそれらの組合せを含む。
【0104】
一部の態様では、改変5’-キャップは、m 7,2’-OGpppGRNA、mGpppG、mGppppmG、m (7,3’-O)GpppG、m (7,2’-O)GppspG(D1)、m (7,2’-O)GppspG(D2)、m 7,3’-OGppp(m 2’-O)ApG、(mG-3’mppp-G;これは、3’O-Me-m7G(5’)ppp(5’)Gと等価に指定されることができる)、N7,2’-O-ジメチル-グアノシン-5’-三リン酸-5’-グアノシン、mGm-ppp-G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-G(5’)ppp(5’)G、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-m3’-OG(5’)ppp(5’)G、7mG(5’)ppp(5’)N,pN2p、7mG(5’)ppp(5’)NlmpNp、7mG(5’)-ppp(5’)NlmpN2 mp、m(7)Gpppm(3)(6,6,2’)Apm(2’)Apm(2’)Cpm(2)(3,2’)Up、イノシン、N1-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、2-アジド-グアノシン、N1-メチルプソイドウリジン、m7G(5’)ppp(5’)(2’OMeA)pG、およびそれらの組合せからなる群より選択される。
【0105】
本開示は、5’キャップおよび本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列の両方を含むポリヌクレオチド(例えば、IL12Bポリペプチド、IL12Aポリペプチド、ならびに/またはIL12BおよびIL12A融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド)も含む。
【0106】
天然mRNAの5’キャップ構造は、核外輸送に関与し、mRNA安定性を増加させ、mRNAキャップ結合タンパク質(CBP)を結合し、これは、CBPのポリ(A)結合タンパク質との会合を通して細胞におけるmRNA安定性および翻訳適格性の原因となり、成熟環状mRNA種を形成する。キャップは、mRNAスプライシングの間に5’近位のイントロンの除去をさらに支援する。
【0107】
内因性mRNA分子は、5’末端キャップされ、mRNA分子の末端グアノシンキャップ残基および5’末端転写センスヌクレオチドの間に5’-ppp-5’-三リン酸連結を生成することができる。次いで、この5’-グアニル酸キャップは、メチル化されて、N7-メチル-グアニル酸残基を生成し得る。mRNAの5’末端の末端および/または前末端(anteterminal)転写ヌクレオチドのリボース糖も、必要に応じて、2’-O-メチル化されることができる。グアニル酸キャップ構造の加水分解および切断による5’-キャップ除去(decapping)は、分解のために、mRNA分子などの核酸分子を標的とすることができる。
【0108】
本開示によれば、5’末端キャップは、内因性キャップまたはキャップアナログを含むことができる。本開示によれば、5’末端キャップは、グアニンアナログを含むことができる。有用なグアニンアナログとしては、限定されるものではないが、イノシン、N1-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、および2-アジド-グアノシンが挙げられる。
【0109】
一部の態様では、5’末端キャップ構造は、CapO、Capl、ARC A、イノシン、Nl-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、2-アジドグアノシン、Cap2、Cap4、5’メチルGキャップ、またはそれらのアナログである。
【0110】
非限定的な追加のキャップとしては、参照により本明細書に組み込まれる2017年11月23日公開のWO/2017/201350に開示されている5’キャップが挙げられる。
【0111】
一部の態様では、半減期延長部分は、Fc、アルブミンもしくはその断片、アルブミン結合部分、PAS配列、HAP配列、トランスフェリンもしくはその断片、XTEN、またはそれらの任意の組合せを含む。
【0112】
一部の態様では、半減期延長部分は、Fcを含む。一部の態様では、半減期延長部分は、アルブミンまたはその断片を含む。
【0113】
一部の態様では、調節エレメントは、少なくとも1つの翻訳エンハンサーエレメント(TEE)、翻訳開始配列、少なくとも1つのマイクロRNA結合部位またはそのシード、連結ヌクレオシドの3’テーリング領域、AUリッチエレメント(ARE)、転写後制御モジュレーター、およびそれらの組合せからなる群より選択される。
【0114】
一部の態様では、調節エレメントは、ポリA領域をさらに含む。一部の態様では、本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列(例えば、IL12Bポリペプチド、IL12Aポリペプチド、ならびに/またはIL12BおよびIL12A融合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド)は、ポリAテールをさらに含む。一部の態様では、ポリAテール上の末端基は、安定化のために組み込まれることができる。他の態様では、ポリAテールは、des-3’ヒドロキシルテールを含む。RNAプロセシングの間に、アデニンヌクレオチドの長い鎖(ポリAテール)は、安定性を増加させるために、mRNA分子などのポリヌクレオチドに付加されることができる。
【0115】
転写直後に、転写物の3’末端は、切断されて、3’ヒドロキシルを遊離させることができる。次いで、ポリAポリメラーゼは、アデニンヌクレオチドの鎖をRNAに付加する。ポリアデニル化と呼ばれるプロセスは、例えば、およそ80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240または250残基長を含む、およそ80~およそ250残基長の間であり得るポリAテールを付加する。
【0116】
ポリAテールはまた、構築物が核から輸送された後に付加され得る。
【0117】
本開示によれば、ポリAテール上の末端基は、安定化のために組み込まれることができる。本開示のポリヌクレオチドは、des-3’ヒドロキシルテールを含み得る。それらは、Junjie Li, et al.(Current Biology, Vol. 15, 1501-1507, August 23, 2005、この内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)によって教示される構造部分または2’-Oメチル改変も含むことができる。さらなるポリAテールについて、参照により本明細書に組み込まれる2017年11月23日公開のWO/2017/201350も参照されたい。
【0118】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、本明細書に記載される任意の改変または改変の組合せを含む。
【0119】
末端構造改変:非翻訳領域(UTR)
遺伝子の非翻訳領域(UTR)は、転写されるが、翻訳されない。5’UTRは、転写開始部位で開始し、開始コドンまで続くが、開始コドンを含まない一方で、3’UTRは、停止コドンの直後に開始し、転写終結シグナルまで続く。核酸分子および翻訳の安定性の観点から、UTRが果たす調節的役割についての証拠が増えている。UTRの調節特性は、本開示のRNA(例えば、改変RNA)に組み込まれて、分子の安定性を増強することができる。特定の特性も組み込まれて、それらが望ましくない臓器部位に誤って指向される場合に、転写物の制御された下方調節を確実にすることができる。
【0120】
5’UTRおよび翻訳開始
天然5’UTRは、翻訳開始のために役割を果たす特性を有する。それらは、リボソームが多くの遺伝子の翻訳を開始するプロセスに関与することが一般に公知であるコザック配列のようなシグネチャーを保有する。コザック配列は、開始コドン(AUG)の3塩基上流にコンセンサスCCR(A/G)CCAUGG(ここで、Rは、プリン(アデニンまたはグアニン)である)を有し、これに、別の「G」が続く。5’UTRは、伸長因子結合に関与する二次構造を形成することも公知である。
【0121】
伸長因子結合に関与する5’UTR二次構造は、5’UTRまたは3’UTR中の他のRNA結合分子と相互作用して、遺伝子発現を調節することができる。例えば、5’UTRにおいて二次構造化エレメントに結合する伸長因子EIF4A2は、マイクロRNA媒介抑制のために必要である(その全体が参照により本明細書に組み込まれるMeijer H A et al., Science, 2013, 340, 82-85)。5’UTRにおける異なる二次構造が、隣接領域に組み込まれて、特定の組織または細胞においてmRNAを安定化するか、または選択的に不安定にする(destalized)ことができる。
【0122】
特定の標的臓器の豊富に発現した遺伝子において典型的に見出される特性を操作することによって、本開示の核酸またはmRNAの安定性およびタンパク質産生を増強することができる。例えば、アルブミン、血清アミロイドA、アポリポタンパク質A/B/E、トランスフェリン、アルファフェトプロテイン、エリスロポエチン、または第VIII因子などの肝臓で発現されるmRNAの5’UTRの導入を使用して、肝細胞系または肝臓におけるmmRNAなどの核酸分子の発現を増強することができる。同様に、その組織における発現を改善するための他の組織特異的mRNA由来の5’UTRの使用は、筋肉(MyoD、ミオシン、ミオグロビン、ミオゲニン、ヘルクリン(Herculin))に対して、内皮細胞(Tie-1、CD36)に対して、骨髄性細胞(C/EBP、AML1、G-CSF、GM-CSF、CD11b、MSR、Fr-1、i-NOS)に対して、白血球(CD45、CD18)に対して、脂肪組織(CD36、GLUT4、ACRP30、アディポネクチン)に対して、および肺上皮細胞(SP-A/B/C/D)に対して可能である。
【0123】
他の非UTR配列が、5’UTR(または3’UTR)に組み込まれることができる。例えば、イントロンまたはイントロン配列の部分は、本開示の核酸またはmRNAの隣接領域に組み込まれることができる。イントロン配列の組み込みは、タンパク質産生、およびmRNAレベルを増加させ得る。
【0124】
本開示の一部の態様では、GTX遺伝子由来のIRES配列の少なくとも1つの断片を、5’UTRに含むことができる。非限定的な例として、断片は、GTX遺伝子のIRES由来の18ヌクレオチド配列であることができる。別の非限定的な例として、GTX遺伝子のIRES配列由来の18ヌクレオチド配列断片は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドの5’UTRにおいてタンデムに反復されることができる。18ヌクレオチド配列は、5’UTRにおいて、少なくとも1回、少なくとも2回、少なくとも3回、少なくとも4回、少なくとも5回、少なくとも6回、少なくとも7回、少なくとも8回、少なくとも9回、または10回よりも多く反復されることができる。
【0125】
ヌクレオチドは、変異され、置き換えられ、および/または5’(または3’)UTRから除去されることができる。例えば、開始コドン上流の1つまたは複数のヌクレオチドが、別のヌクレオチドで置き換えられることができる。置き換えられるヌクレオチド(単数または複数)は、開始コドン上流の1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、55、60、または60ヌクレオチドよりも多くであることができる。別の例として、開始コドン上流の1つまたは複数のヌクレオチドが、UTRから除去されることができる。
【0126】
5’UTR、3’UTRおよび翻訳エンハンサーエレメント(TEE)
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列の5’UTRは、少なくとも1つの翻訳のエンハンサーポリヌクレオチド、翻訳エンハンサーエレメント、翻訳のエンハンサーエレメント(まとめて「TEE」と称する)を含む。一部の態様では、TEEは、転写プロモーターおよび開始コドンの間に位置する。一部の態様では、5’UTRに少なくとも1つのTEEを有するRNA(例えば、改変RNA)は、5’UTRにキャップを含む。一部の態様では、少なくとも1つのTEEは、キャップ依存性またはキャップ非依存性翻訳を受けるIL-12をコードするヌクレオチド配列の5’UTRに位置することができる。
【0127】
「翻訳のエンハンサーエレメント(translational enhancer element)」または「翻訳エンハンサーエレメント(translation enhancer element)」(本明細書で、まとめて「TEE」と称する)という用語は、mRNAから産生されるポリペプチドまたはタンパク質の量を増加させる配列を指す。
【0128】
一態様では、TEEは、限定されるものではないが、キャップ依存性またはキャップ非依存性翻訳などの核酸の翻訳活性を促進することができるUTR中の保存されたエレメントである。これらの配列の保存は、ヒトを含む14種にわたって、Panek et al(Nucleic Acids Research, 2013, 1-10;その全体が参照により本明細書に組み込まれる)によって以前に示されている。
【0129】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国出願第2014/0147454号に開示されるものと少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、または少なくとも約99%の同一性を有する少なくとも1つのTEEを有する。一部の態様では、RNA(例えば、改変RNA)は、そのそれぞれが、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許公開第US20090226470号、第US20070048776号、第US20130177581号および第US20110124100号、国際特許公開第WO1999024595号、WO2012009644号、WO2009075886号およびWO2007025008号、欧州特許公開第EP2610341A1号およびEP2610340A1号、米国特許第6,310,197号、米国特許第6,849,405号、米国特許第7,456,273号、米国特許第7,183,395号に記載されるTEEと少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、または少なくとも約99%の同一性を有する少なくとも1つのTEEを含む。
【0130】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列の5’UTRは、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、または60よりも多くのTEE配列を含むことができる。一部の態様では、RNA(例えば、改変RNA)の5’UTRにおけるTEE配列は、同じまたは異なるTEE配列である。一部の態様では、TEE配列は、ABABAB、もしくはAABBAABBAABB、もしくはABCABCABC、またはそれらのバリアントなどのパターンで、1回、2回、または3回よりも多く反復される。これらのパターンでは、各文字A、B、またはCは、ヌクレオチドレベルで異なるTEE配列を表す。
【0131】
一部の態様では、2つのTEE配列を分離するスペーサーは、限定されるものではないが、本明細書に記載されるmiR配列(例えば、miR結合部位およびmiRシード)などのRNA(例えば、改変RNA)の翻訳を調節する当技術分野において公知の他の配列を含む。一部の態様では、2つのTEE配列を分離するために使用される各スペーサーは、異なるmiR配列またはmiR配列の構成要素(例えば、miRシード配列)を含む。
【0132】
一部の態様では、本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列の5’UTRにおいて使用されるTEEは、限定されるものではないが、そのそれぞれが、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7,468,275号および国際特許公開第WO2001055369号に記載されるものなどのIRES配列である。
【0133】
一部の態様では、本明細書に記載されるTEEは、IL-12をコードするヌクレオチド配列の5’UTRおよび/または3’UTRに位置する。一部の態様では、3’UTRに位置するTEEは、5’UTRに位置するか、および/またはそこへの組み込みのために記載されるTEEと同じおよび/または異なる。
【0134】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列の3’UTRは、少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、少なくとも16、少なくとも17、少なくとも18、少なくとも19、少なくとも20、少なくとも21、少なくとも22、少なくとも23、少なくとも24、少なくとも25、少なくとも30、少なくとも35、少なくとも40、少なくとも45、少なくとも50、少なくとも55、または60よりも多くのTEE配列を含むことができる。一部の態様では、本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列の3’UTRにおけるTEE配列は、同じまたは異なるTEE配列である。TEE配列は、ABABAB、もしくはAABBAABBAABB、もしくはABCABCABC、またはそれらのバリアントなどのパターンで、1回、2回、または3回よりも多く反復される。これらのパターンでは、各文字A、B、またはCは、ヌクレオチドレベルで異なるTEE配列を表す。
【0135】
一部の態様では、3’UTRは、2つのTEE配列を分離するスペーサーを含む。一部の態様では、スペーサーは、15ヌクレオチドのスペーサー、および/または当技術分野において公知の他のスペーサーである。一部の態様では、3’UTRは、3’UTRにおいて、少なくとも1回、少なくとも2回、少なくとも3回、少なくとも4回、少なくとも5回、少なくとも6回、少なくとも7回、少なくとも8回および少なくとも9回、または9回よりも多く反復されるTEE配列-スペーサーモジュールを含むことができる。
【0136】
一部の態様では、2つのTEE配列を分離するスペーサーは、限定されるものではないが、本明細書に記載されるmiR配列(例えば、miR結合部位およびmiRシード)などのIL-12をコードするヌクレオチド配列の翻訳を調節する当技術分野において公知の他の配列を含む。一部の態様では、2つのTEE配列を分離するために使用される各スペーサーは、異なるmiR配列またはmiR配列の構成要素(例えば、miRシード配列)を含む。
【0137】
マイクロRNA結合部位の組み込み
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、センサー配列をさらに含む。センサー配列としては、例えば、マイクロRNA結合部位、転写因子結合部位、構造化mRNA配列および/またはモチーフ、内因性核酸結合分子の偽受容体(pseudo-receptor)として作用するように操作された人工結合部位が挙げられる。少なくとも1つのセンサー配列を含むポリヌクレオチドの非限定的な例は、米国出願第2014/0147454号に記載されており、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0138】
一部の態様では、標的細胞または組織のマイクロRNA(miRNA)プロファイリングは、細胞または組織におけるmiRNAの存在または非存在を決定するために実行される。
【0139】
マイクロRNA(またはmiRNA)は、核酸分子の3’UTRに結合し、核酸分子の安定性を低減すること、または翻訳を阻害することのいずれかによって遺伝子発現を下方調節する19~25ヌクレオチド長の非コードRNAである。一部の態様では、RNA(例えば、改変RNA)は、1つまたは複数のマイクロRNA標的配列、マイクロRNA配列、またはマイクロRNAシードを含む。そのような配列は、米国公開US2005/0261218および米国公開US2005/0059005に教示されるものなどの任意の公知のマイクロRNAに対応することができ、これらの内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。非限定的な例として、ヒトゲノムにおける公知のマイクロRNA、それらの配列およびシード配列は、米国出願第2014/0147454号に記載されており、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0140】
マイクロRNA配列は、「シード」領域、すなわち、成熟マイクロRNAの2~8位の領域の配列を含み、この配列は、miRNA標的配列に対して完全なワトソン-クリック相補性を有する。マイクロRNAシードは、成熟マイクロRNAの2~8または2~7位を含む。一部の態様では、マイクロRNAシードは、7ヌクレオチド(例えば、成熟マイクロRNAのヌクレオチド2~8)を含み、ここで、対応するmiRNA標的におけるシード相補的部位は、マイクロRNAの1位と反対側のアデニン(A)に隣接する。一部の態様では、マイクロRNAシードは、6ヌクレオチド(例えば、成熟マイクロRNAのヌクレオチド2~7)を含み、ここで、対応するmiRNA標的におけるシード相補的部位は、マイクロRNAの1位と反対側のアデニン(A)に隣接する。例えば、Grimson A, Farh K, Johnston W K, Garrett-Engele P, Lim L P, Bartel D P; Mol Cell. 2007 Jul. 6; 27(1):91-105を参照されたい。マイクロRNAシードの塩基は、標的配列と完全な相補性を有する。問題のマイクロRNAが利用可能であることを条件として、マイクロRNA標的配列を本開示の核酸またはmRNAの3’UTRに操作することによって、分解または低減された翻訳のために分子を標的化することができる。このプロセスは、核酸分子送達の際のオフターゲット効果の危険を低減する。マイクロRNA、マイクロRNA標的領域、およびそれらの発現パターンの特定、ならびに生物学における役割が報告されている(Bonauer et al., Curr Drug Targets 2010 11:943-949;Anand and Cheresh Curr Opin Hematol 2011 18:171-176;Contreras and Rao Leukemia 2012 26:404-413 (2011 Dec. 20. doi: 10.1038/leu.2011.356);Bartel Cell 2009 136:215-233;Landgraf et al, Cell, 2007 129:1401-1414;Gentner and Naldini, Tissue Antigens. 2012 80:393-403およびそれらのすべての参考文献;これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
【0141】
例えば、mRNAが肝臓に送達されることを意図しないが、そこに行き着く場合には、肝臓中で豊富なマイクロRNAであるmiR-122は、miR-122の1つまたは複数の標的部位が改変核酸、増強された改変RNAまたはリボ核酸の3’UTRに操作される場合に、目的の遺伝子の発現を阻害することができる。異なるマイクロRNAに対する1つまたは複数の結合部位の導入を操作して、改変核酸、増強された改変RNAまたはリボ核酸の長寿命、安定性、およびタンパク質翻訳をさらに減少させることができる。本明細書で使用される場合、「マイクロRNA部位」という用語は、マイクロRNA標的部位もしくはマイクロRNA認識部位、またはマイクロRNAが結合もしくは会合する任意のヌクレオチド配列を指す。「結合すること(binding)」は、従来のワトソン-クリックハイブリダイゼーションの規則に従うことができるか、またはマイクロRNA部位の、もしくはそこに隣接する標的配列とのマイクロRNAの任意の安定な会合を反映することができることが理解されるべきである。
【0142】
逆に、本開示のIL-12をコードするヌクレオチド配列の目的のために、特定の組織におけるタンパク質発現を増加させるために、それらが天然に存在するマイクロRNA結合部位を操作して配列外にする(すなわち、そこから除去する)ことができる。例えば、miR-122結合部位が除去されて、肝臓におけるタンパク質発現を改善することができる。
【0143】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、限定されるものではないが、正常なおよび/またはがん性細胞(例えば、HEP3BまたはSNU449)などの特定の細胞に細胞傷害性のまたは細胞保護的なmRNA治療薬を指向させるために、3’UTRに少なくとも1つのmiRNA結合部位を含む。
【0144】
マイクロRNAがmRNA、およびそれによってタンパク質発現を調節することが公知である組織の例としては、限定されるものではないが、肝臓(miR-122)、筋肉(miR-133、miR-206、miR-208)、内皮細胞(miR-17-92、miR-126)、骨髄性細胞(miR-142-3p、miR-142-5p、miR-16、miR-21、miR-223、miR-24、miR-27)、脂肪組織(let-7、miR-30c)、心臓(miR-1d、miR-149)、腎臓(miR-192、miR-194、miR-204)、および肺上皮細胞(let-7、miR-133、miR-126)が挙げられる。
【0145】
具体的には、マイクロRNAは、免疫細胞(造血細胞とも呼ばれる)、例えば、抗原提示細胞(APC)(例えば、樹状細胞およびマイクロファージ)、マクロファージ、単球、Bリンパ球、Tリンパ球、顆粒球(granuocyte)、ナチュラルキラー細胞などにおいて差次的に発現されることが公知である。免疫細胞特異的マイクロRNAは、免疫原性、自己免疫、感染に対する免疫応答、炎症、ならびに遺伝子治療および組織/臓器移植後の望まない免疫応答に関与する。免疫細胞特異的マイクロRNAは、造血細胞(免疫細胞)の発生、増殖、分化およびアポトーシスの多くの態様も調節する。例えば、miR-142およびmiR-146は、免疫細胞において排他的に発現され、特に骨髄樹状細胞において豊富である。外因性核酸分子に対する免疫応答が、送達された遺伝子構築物の3’UTRへmiR-142結合部位を付加することによって遮断され、組織および細胞におけるより安定な遺伝子移入を可能にしたことが当技術分野において実証された。miR-142は、抗原提示細胞における外因性mRNAを効率的に分解し、形質導入された細胞の細胞傷害性排除を抑制する(Annoni A et al., blood, 2009, 114, 5152-5161;Brown B D, et al., Nat med. 2006, 12(5), 585-591;Brown B D, et al., blood, 2007, 110(13): 4144-4152、これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
【0146】
多くのマイクロRNA発現研究が、さまざまながん細胞/組織および他の疾患におけるマイクロRNAの差次的発現をプロファイルするために、当技術分野において実行されている。一部のマイクロRNAは、ある特定のがん細胞において異常に過剰発現され、他のものは、過小発現される。例えば、マイクロRNAは、がん細胞(WO2008/154098、US2013/0059015、US2013/0042333、WO2011/157294);がん幹細胞(US2012/0053224);膵臓がんおよび疾患(US2009/0131348、US2011/0171646、US2010/0286232、米国特許第8,389,210号);喘息および炎症(米国特許第8,415,096号);前立腺がん(US2013/0053264);肝細胞癌(WO2012/151212、US2012/0329672、WO2008/054828、米国特許第8,252,538号);肺がん細胞(WO2011/076143、WO2013/033640、WO2009/070653、US2010/0323357);皮膚T細胞性リンパ腫(WO2013/011378);結腸直腸がん細胞(WO2011/0281756、WO2011/076142);がん陽性リンパ節(lympho node)(WO2009/100430、US2009/0263803);鼻咽頭癌(EP2112235);慢性閉塞性肺疾患(US2012/0264626、US2013/0053263);甲状腺がん(WO2013/066678);卵巣がん細胞(US2012/0309645、WO2011/095623);乳がん細胞(WO2008/154098、WO2007/081740、US2012/0214699)、白血病およびリンパ腫(WO2008/073915、US2009/0092974、US2012/0316081、US2012/0283310、WO2010/018563、これらのそれぞれの内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる)において差次的に発現される。
【0147】
少なくとも1つのマイクロRNA部位は、IL-12をコードするヌクレオチド配列の3’UTRに操作されることができる。一部の態様では、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、またはそれよりも多くのマイクロRNA部位が、IL-12をコードするヌクレオチド配列の3’UTRに操作されることができる。一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列に組み込まれたマイクロRNA部位は、同じまたは異なるマイクロRNA部位である。一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列に組み込まれたマイクロRNA部位は、身体の同じまたは異なる組織を標的にする。非限定的な例として、改変核酸mRNAの3’UTRにおける組織、細胞型または疾患特異的マイクロRNA結合部位の導入により、特定の細胞型(例えば、肝細胞、骨髄性細胞、内皮細胞、がん細胞など)における発現の程度を低減することができる。
【0148】
一部の態様では、マイクロRNA部位は、3’UTRの5’末端付近、3’UTRの5’末端および3’末端のほぼ中間、ならびに/または3’UTRの3’末端付近で操作される。一部の態様では、マイクロRNA部位は、3’UTRの5’末端付近、ならびに3’UTRの5’末端および3’末端のほぼ中間で操作される。一部の態様では、マイクロRNA部位は、3’UTRの3’末端付近、ならびに3’UTRの5’末端および3’末端のほぼ中間で操作される。一部の態様では、マイクロRNA部位は、3’UTRの5’末端付近、および3’UTRの3’末端付近で操作される。
【0149】
一部の態様では、改変メッセンジャーRNAは、公知のシード配列と100%の同一性を有するか、またはシード配列と100%未満の同一性を有するマイクロRNA結合領域部位を含む。シード配列は、部分的に変異されて、マイクロRNA結合親和性を減少させることができ、そのようにして、そのmRNA転写物の低減された下方モジュレーションをもたらす。本質では、標的mRNAおよびマイクロRNAシードの間の一致または不一致の程度は、タンパク質発現をモジュレートするマイクロRNAの能力をより細かく調整するレオスタットとして作用することができる。加えて、マイクロRNA結合部位の非シード領域における変異は、タンパク質発現をモジュレートするマイクロRNAの能力にも影響を及ぼすことができる。
【0150】
RNA結合タンパク質(RBP)のためのRNAモチーフ
RNA結合タンパク質(RBP)は、限定されるものではないが、RNAスプライシング、局在化、翻訳、ターンオーバー、ポリアデニル化、キャッピング、改変、排出、および局在化などの同時転写のおよび転写後の遺伝子発現の多くの態様を調節することができる。限定されるものではないが、RNA認識モチーフ(RR)およびhnRNP K相同(KH)ドメインなどのRNA結合ドメイン(RBD)は、典型的には、RBPおよびそれらのRNA標的の間の配列の会合を調節する(Ray et al. Nature 2013. 499:172-177;その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。一部の態様では、カノニカルなRBDは、短いRNA配列を結合する。一部の態様では、カノニカルなRBDは、RNA構造を認識する。
【0151】
RNA結合タンパク質ならびに関連する核酸およびタンパク質配列の非限定的な例は、米国出願第2014/0147454号に記載されており、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0152】
一部の態様では、目的のmRNAの安定性を増加させるために、HuRをコードするmRNAを、目的のmRNAと一緒に、細胞または組織に共トランスフェクトまたは共注入する。これらのタンパク質はまた、in vitroで目的のmRNAに繋留され、次いで、細胞に一緒に投与されることができる。ポリAテール結合タンパク質PABPは、真核生物翻訳開始因子eIF4Gと相互作用して、翻訳開始を刺激する。mRNA薬物と共にこれらのRBPをコードするか、および/またはこれらのタンパク質をin vitroでmRNA薬物に繋留するmRNAの共投与、ならびにタンパク質結合mRNAを細胞へ投与することは、mRNAの翻訳効率を増加させることができる。同じ概念は、mRNAの、さまざまな転写因子および促進因子をコードするmRNAとの、ならびにそれら自体のタンパク質との共投与に拡張して、RNA安定性および/または翻訳効率に影響を及ぼすことができる。
【0153】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、限定されるものではないが、RNA結合ドメイン(RBD)などの少なくとも1つのRNA結合モチーフを含む。
【0154】
一部の態様では、連結ヌクレオシドの第1の領域および/または少なくとも1つの隣接領域は、少なくとも1つのRBDを含む。一部の態様では、連結ヌクレオシドの第1の領域は、スプライシング因子に関連するRBDを含み、少なくとも1つの隣接領域は、安定性および/または翻訳因子についてのRBDを含む。
【0155】
3’UTRにおける他の調節エレメント
マイクロRNA結合部位に加えて、異なる組織および細胞においてmRNA安定性および翻訳を調節する天然mRNAの3’-UTRにおける他の調節配列を、除去するか、または改変メッセンジャーRNAに導入することができる。そのようなシス調節エレメントとしては、限定されるものではないが、シス-RNP(リボヌクレオタンパク質)/RBP(RNA結合タンパク質)調節エレメント、AUリッチエレメント(AUE)、構造化ステムループ、構成的減衰エレメント(constitutive decay element)(CDE)、GCの豊富さ、および他の構造化mRNAモチーフを挙げることができる(Parker B J et al., Genome Research, 2011, 21, 1929-1943、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。例えば、CDEは、ロキン(Roquin)タンパク質とのそれらの相互作用を通してmRNA分解を媒介する調節モチーフのクラスである。特に、CDEは、マクロファージにおけるサイトカイン産生を制限する、発生および炎症の調節因子をコードする多くのmRNAにおいて見出される(Leppek K et al., 2013, Cell, 153, 869-881、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
【0156】
一部の態様では、RNA(例えば、改変mRNA)は、栄養要求性である。本明細書で使用される場合、「栄養要求性」という用語は、タンパク質発現が実質的に防止または低減されるように、空間的または時間的キューに応答してmRNAの分解または不活性化を誘発する、促進する、または誘導する少なくとも1つの特性を含むmRNAを指す。そのような空間的または時間的キューとしては、特定の組織または臓器または細胞環境など、翻訳されるmRNAの場所が挙げられる。温度、pH、イオン強度、水分含有量などを含むキューも企図される。
【0157】
3’UTRおよびAUリッチエレメント
3’UTRは、アデノシンおよびウリジンがそれらに埋め込まれたストレッチを有することが公知である。これらのAUリッチシグネチャーは、高いターンオーバー速度を有する遺伝子において特に普及している。それらの配列の特性および機能的性質に基づいて、AUリッチエレメント(ARE)は、3つのクラスに分類されることができる(Chen et al, 1995)。クラスI AREは、Uリッチ領域内にAUUUAモチーフのいくつかの分散したコピーを含有する。C-MycおよびMyoDは、クラスI AREを含有する。クラスII AREは、2つまたはそれよりも多くの重複するUUAUUUA(U/A)(U/A)九量体を有する。この種類のAREを含有する分子としては、GM-CSFおよびTNF-aが挙げられる。クラスIII AREは、あまり十分に定義されていない。これらのUリッチ領域は、AUUUAモチーフを含有しない。c-Junおよびミオゲニンが、このクラスの2つの十分に研究された例である。AREに結合するほとんどのタンパク質は、メッセンジャーを不安定にすること公知であるが、ELAVファミリーのメンバー、最も注目すべきことに、HuRは、mRNAの安定性を増加させることが実証されている。HuRは、3つのクラスすべてのAREに結合する。HuR特異的結合部位を核酸分子の3’UTRに操作することで、HuR結合、したがって、in vivoでのメッセージの安定化をもたらす。
【0158】
3’UTRのAUリッチエレメント(ARE)の導入、除去または改変を使用して、本開示の核酸またはmRNAの安定性をモジュレートすることができる。特定の核酸またはmRNAを操作する場合、AREの1つまたは複数のコピーが導入されて、本開示の核酸またはmRNAをより不安定にし、それによって、得られるタンパク質の翻訳を抑制し、その産生を減少させることができる。同様に、AREは、特定されそして除去されるか、または変異されて、細胞内安定性を増加させ、したがって、得られるタンパク質の翻訳および産生を増加させることができる。トランスフェクション実験を、本開示の核酸またはmRNAを使用して、関連する細胞系で実行することができ、タンパク質産生を、トランスフェクション後のさまざまな時点でアッセイすることができる。例えば、細胞を、異なるARE操作分子でトランスフェクトすることができ、関連するタンパク質に対してELISAキットを使用することによって、トランスフェクションの約6時間、約12時間、約24時間、約48時間、および/または約7日後で産生されたタンパク質をアッセイすることができる。
【0159】
3’UTRおよび三重ヘリックス
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、改変核酸、増強されたIL-12をコードするヌクレオチド配列またはリボ核酸の3’末端に三重ヘリックスを含む。一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列の3’末端は、三重ヘリックスを単独で、またはポリAテールと組み合わせて含む。
【0160】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、少なくとも、第1および第2のUリッチ領域、第1および第2の領域の間の保存されたステムループ領域、ならびにAリッチ領域を含む。一部の態様では、第1および第2のUリッチ領域ならびにAリッチ領域は、会合して、核酸の3’末端に三重ヘリックスを形成する。この三重ヘリックスは、核酸を安定化させ、核酸の翻訳効率を増強し、および/または3’末端を分解から保護することができる。例示的な三重ヘリックスとしては、限定されるものではないが、転移関連の肺腺癌転写物1(MALAT1)、MEN-βおよびポリアデニル化核(PAN)RNAの三重ヘリックス配列が挙げられる(Wilusz et al., Genes & Development 2012 26:2392-2407を参照されたい;その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
【0161】
ステムループ
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ステムループ、例えば、限定されるものではないが、ヒストンステムループを含む。一部の態様では、ステムループは、限定されるものではないが、その全体が参照により本明細書に組み込まれる国際特許公開第WO2013103659号に記載される配列番号7~17などの約25または約26ヌクレオチド長であるヌクレオチド配列である。ヒストンステムループは、コード領域に対して、3’に位置することができる(例えば、コード領域の3’末端)。非限定的な例として、ステムループは、本明細書に記載される核酸の3’末端に位置することができる。
【0162】
一部の態様では、ヒストンステムループを含むIL-12をコードするヌクレオチド配列は、少なくとも1つの鎖終結ヌクレオシドの付加によって安定化されることができる。理論に拘束されることを望まないが、少なくとも1つの鎖終結ヌクレオシドの付加は、核酸の分解を遅らせることができ、したがって、核酸の半減期を増加させることができる。
【0163】
一部の態様では、鎖終結ヌクレオシドは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる国際特許公開第WO2013103659号に記載されているものである。一部の態様では、鎖終結ヌクレオシドは、3’-デオキシアデノシン(コルジセピン)、3’-デオキシウリジン、3’-デオキシシトシン、3’-デオキシグアノシン、3’-デオキシチミン、2’,3’-ジデオキシヌクレオシド、例えば、2’,3’-ジデオキシアデノシン、2’,3’-ジデオキシウリジン、2’,3’-ジデオキシシトシン、2’,3’-ジデオキシグアノシン、2’,3’-ジデオキシチミン、2’-デオキシヌクレオシド、または-O-メチルヌクレオシドである。
【0164】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ヒストンステムループ、ポリAテール配列、および/または5’キャップ構造を含む。一部の態様では、ヒストンステムループは、ポリAテール配列の前および/または後である。ヒストンステムループおよびポリAテール配列を含む核酸は、本明細書に記載される鎖終結ヌクレオシドを含むことができる。
【0165】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ヒストンステムループおよび5’キャップ構造を含む。5’キャップ構造としては、限定されるものではないが、本明細書に記載されるもの、および/または当技術分野において公知のものを挙げることができる。
【0166】
5’キャッピング
mRNAの5’キャップ構造は、核外輸送に関与し、mRNA安定性を増加させ、mRNAキャップ結合タンパク質(CBP)を結合し、これは、CBPのポリ(A)結合タンパク質との会合を通して細胞におけるmRNA安定性および翻訳適格性の原因となり、成熟環状mRNA種を形成する。キャップは、mRNAスプライシングの間に5’近位のイントロンの除去をさらに支援する。
【0167】
内因性mRNA分子は、5’末端キャップされ、mRNAの末端グアノシンキャップ残基および5’末端転写センスヌクレオチドの間に5’-ppp-5’-三リン酸連結を生成することができる。次いで、この5’-グアニル酸キャップは、メチル化されて、N7-メチル-グアニル酸残基を生成することができる。mRNAの5’末端の末端および/または前末端転写ヌクレオチドのリボース糖も、必要に応じて、2’-O-メチル化されることができる。グアニル酸キャップ構造の加水分解および切断による5’-キャップ除去は、分解のために、mRNA分子などの核酸分子を標的とすることができる。
【0168】
本開示のRNAへの改変は、キャップ除去を防止する非加水分解性キャップ構造を生成し、したがって、mRNAの半減期を増加させることができる。キャップ構造の加水分解は、5’-ppp-5’ホスホロジエステル連結の切断を必要とするので、改変ヌクレオチドが、キャッピング反応の間に使用されることができる。例えば、New England Biolabs(Ipswich、Mass.)からのワクシニアキャッピング酵素を、製造業者の指示に従って、α-チオ-グアノシンヌクレオチドと共に使用して、5’-ppp-5’キャップにおけるホスホロチオエート連結を作り出すことができる。α-メチル-ホスホネートおよびセレノ-リン酸ヌクレオチドなどの追加の改変グアノシンヌクレオチドを使用することができる。
【0169】
追加の改変としては、限定されるものではないが、糖環の2’-ヒドロキシル基におけるmRNAの5’末端および/または5’前末端ヌクレオチドのリボース糖の2’-O-メチル化(上に言及される通り)が挙げられる。複数の別個の5’-キャップ構造を使用して、mRNA分子などの核酸分子の5’-キャップを生成することができる。
【0170】
本明細書で合成キャップアナログ、化学キャップ、化学キャップアナログ、または構造的もしくは機能的キャップアナログとも称されるキャップアナログは、それらの化学構造において天然の(すなわち、内因性、野生型、または生理学的)5’-キャップとは異なるが、キャップ機能を保持している。キャップアナログは、化学的に(すなわち、非酵素的に)もしくは酵素的に合成され、および/または核酸分子に連結されることができる。
【0171】
例えば、アンチリバースキャップアナログ(ARCA)キャップは、5’-5’-三リン酸基によって連結された2つのグアニンを含有し、ここで、一方のグアニンは、N7メチル基、ならびに3’-O-メチル基(すなわち、N7,3’-O-ジメチル-グアノシン-5’-三リン酸-5’-グアノシン(m7G-3’mppp-G;これは3’O-Me-m7G(5’)ppp(5’)Gと等価に指定されることができる)を含有する。他方の未改変グアニンの3’-O原子は、キャップされた核酸分子(例えば、mRNAまたはmmRNA)の5’末端ヌクレオチドに連結される。N7-および3’-O-メチル化グアニンは、キャップされた核酸分子(例えば、mRNAまたはmmRNA)の末端部分を提供する。
【0172】
別の例示的なキャップは、mCAPであり、これは、ARCAと類似するが、グアノシン上に2’-β-メチル基を有する(すなわち、N7,2’-O-ジメチル-グアノシン-5’-三リン酸-5’-グアノシン、m7Gm-ppp-G)。
【0173】
一部の態様では、キャップは、ジヌクレオチドキャップアナログである。一部の態様では、ジヌクレオチドキャップアナログは、異なるリン酸位置で、ボラノホスフェート基またはホスホロセレノエート基で改変された、例えば、その内容が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第8,519,110号に記載されるジヌクレオチドキャップアナログである。
【0174】
一部の態様では、キャップアナログは、当技術分野において公知のおよび/または本明細書に記載されるキャップアナログのN7-(4-クロロフェノキシエチル)置換ジヌクレオチド(dicucleotide)形態である。キャップアナログのN7-(4-クロロフェノキシエチル)置換ジヌクレオチド形態の非限定的な例としては、N7-(4-クロロフェノキシエチル)-G(5’)ppp(5’)GおよびN7-(4-クロロフェノキシエチル)-m3’-OG(5’)ppp(5’)Gキャップアナログが挙げられる(例えば、Kore et al. Bioorganic & Medicinal Chemistry 2013 21:4570-4574に記載されるさまざまなキャップアナログおよびキャップアナログを合成する方法を参照されたい;この内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。一部の態様では、本開示のキャップアナログは、4-クロロ/ブロモフェノキシエチルアナログである。
【0175】
キャップアナログは、in vitro転写反応において核酸分子の同時に起こるキャッピングを可能にするが、転写物の最大約20%がキャップされないままである。この、および内因性の細胞転写機構によって産生される核酸の内因性5’-キャップ構造とのキャップアナログの構造の相違は、低減された翻訳適格性および低減された細胞安定性をもたらし得る。したがって、一部の態様では、本明細書に提供される方法(例えば、実施例1~3を参照されたい)は、本明細書に記載される産生されるIL-12を発現するヌクレオチドのキャッピング効率を増加させることができる。一部の態様では、本明細書に提供される方法により、ポリヌクレオチドの少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、約100%がキャップされる。一部の態様では、本明細書に提供される方法により、ポリヌクレオチドの少なくとも約50%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約60%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約70%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約80%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約85%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約90%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約95%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの約100%がキャップされる。一部の態様では、ポリヌクレオチドの少なくとも約80%~約100%がキャップされる。
【0176】
一部の態様では、5’-キャップまたは5’-キャップアナログを有するRNAを提供することは、前記5’-キャップまたは5’-キャップアナログの存在下でDNA鋳型のin vitro転写によって達成され、ここで、前記5’-キャップは、生成したRNA鎖に転写と同時に(co-transcriptionally)組み込まれる。
【0177】
一部の態様では、RNAは、例えば、in vitro転写によって生成されることができ、5’-キャップは、キャッピング酵素、例えば、ワクシニアウイルスのキャッピング酵素を使用して、転写後にRNAに付着されることができる。一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、より真正の5’-キャップ構造を生成するために、酵素を使用して転写後にキャップされる。本明細書で使用される場合、「より真正の」という語句は、構造的または機能的のいずれかで、内因性のまたは野生型の特性を厳密に反映させるか、または模倣する特性を指す。すなわち、「より真正の」特性は、先行技術の合成特性もしくはアナログなどと比較して、内因性の、野生型の、天然のもしくは生理学的な細胞機能および/もしくは構造のより良好な代表であるか、またはこれは、対応する内因性の、野生型の、天然のもしくは生理学的な特性よりも1つもしくは複数の点で優れている。本開示のより真正の5’キャップ構造の非限定的な例は、当技術分野において公知の合成5’キャップ構造(または野生型の、天然のもしくは生理学的な5’キャップ構造)と比較して、数ある中でも、キャップ結合タンパク質の増強された結合、増加した半減期、5’エンドヌクレアーゼに対する低減された感受性、および/または低減された5’キャップ除去を有するものである。例えば、組換えワクシニアウイルスキャッピング酵素および組換え2’-O-メチルトランスフェラーゼ酵素は、mRNAの5’末端ヌクレオチドおよびグアニンキャップヌクレオチドの間にカノニカルな5’-5’-三リン酸連結を作り出すことができ、ここで、キャップグアニンは、N7メチル化を含有し、mRNAの5’末端ヌクレオチドは、2’-O-メチルを含有する。このキャップは、例えば、当技術分野において公知の他の5’キャップアナログ構造と比較して、より高い翻訳適格性および細胞安定性、ならびに細胞炎症促進性サイトカインの低減された活性化をもたらす。キャップ構造としては、7mG(5’)ppp(5’)N,pN2p、7mG(5’)ppp(5’)NlmpNp、7mG(5’)-ppp(5’)NlmpN2 mpおよびm(7)Gpppm(3)(6,6,2’)Apm(2’)Apm(2’)Cpm(2)(3,2’)Upが挙げられる。
【0178】
一部の態様では、5’末端キャップとしては、内因性キャップまたはキャップアナログが挙げられる。一部の態様では、5’末端キャップは、グアニンアナログを含む。有用なグアニンアナログとしては、イノシン、N1-メチル-グアノシン、2’フルオロ-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、2-アミノ-グアノシン、LNA-グアノシン、および2-アジド-グアノシンが挙げられる。
【0179】
一部の態様では、5’キャップは、5’-5’三リン酸連結を含む。一部の態様では、5’キャップは、三リン酸改変を含む5’-5’三リン酸連結を含む。一部の態様では、5’キャップは、2’-Oまたは3’-O-リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の態様では、5’キャップは、改変グアノシンヌクレオチドまたは改変アデノシンヌクレオチドを含む。一部の態様では、5’キャップは、7-メチルグアニレートを含む。例示的なキャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O-mG(5’)ppSp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O-mG、およびm7,3’O-mG(5’)ppp(5’)2’O-mAが挙げられる。
【0180】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、改変5’キャップを含む。5’キャップにおける改変は、mRNAの安定性を増加させることができ、mRNAの半減期を増加させることができ、mRNA翻訳効率を増加させることができた。一部の態様では、改変5’キャップは、以下の改変の1つまたは複数を含む:キャップされたグアノシン三リン酸(GTP)の2’および/もしくは3’位の改変、糖環の酸素(炭素環を生じた)のメチレン部分(CH2)による置き換え、キャップ構造の三リン酸架橋部分での改変、または核酸塩基(G)部分での改変。
【0181】
改変されることができる5’キャップ構造としては、限定されるものではないが、米国出願第2014/0147454号およびWO2018/160540に記載されるキャップが挙げられ、これらは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0182】
IRES配列
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、配列内リボソーム進入部位(IRES)を含む。特徴的なピコルナウイルスRNAと最初に特定されたIRESは、5’キャップ構造の非存在下でタンパク質合成を開始するのに重要な役割を果たす。IRESは、単独のリボソーム結合部位として作用することができ、またはmRNAの複数のリボソーム結合部位の1つとしての役割を果たすことができる。1つよりも多くの機能的リボソーム結合部位を含有する核酸またはmRNAは、リボソーム(「多シストロン性核酸分子」)によって独立して翻訳されるいくつかのペプチドまたはポリペプチドをコードすることができる。核酸またはmRNAがIRESと共に提供される場合、必要に応じて、第2の翻訳可能領域がさらに提供される。本開示に従って使用することができるIRES配列の例としては、限定されないが、ピコルナウイルス(例えば、FMDV)、ペスチウイルス(pest virus)(CFFV)、ポリオウイルス(PV)、脳心筋炎ウイルス(ECMV)、口蹄疫ウイルス(FMDV)、C型肝炎ウイルス(HCV)、豚コレラウイルス(CSFV)、マウス白血病ウイルス(MLV)、サル免疫不全ウイルス(SIV)、またはコオロギ麻痺ウイルス(CrPV)由来のものが挙げられる。
【0183】
末端構造改変:ポリAテール
RNAプロセシングの間、アデニンヌクレオチドの長い鎖(ポリAテール)は、通常、分子の安定性を増加させるためにメッセンジャーRNA(mRNA)分子に付加される。転写直後に、転写物の3’末端は、切断されて、3’ヒドロキシルが遊離する。次いで、ポリAポリメラーゼは、アデニンヌクレオチドの鎖をRNAに付加する。ポリアデニル化と呼ばれるプロセスは、100~250残基長の間であるポリAテールを付加する。
【0184】
一部の態様では、3’テールの長さは、約30ヌクレオチド長よりも長い。一部の態様では、ポリAテールは、約35ヌクレオチド長よりも長い。一部の態様では、長さは、少なくとも約40ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約45ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約55ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約60ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約70ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約80ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約90ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約100ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約120ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約140ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約160ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約180ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約200ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約250ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約300ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約350ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約400ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約450ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約500ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約600ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約700ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約800ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約900ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1000ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1100ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1200ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1300ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1400ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1500ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1600ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1700ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1800ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約1900ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約2000ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約2500ヌクレオチドである。一部の態様では、長さは、少なくとも約3000ヌクレオチドである。
【0185】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ポリA-Gカルテットを含むように設計される。Gカルテットは、DNAおよびRNAの両方におけるGリッチ配列によって形成されることができる4つのグアニンヌクレオチドの環状水素結合アレイである。この態様では、Gカルテットは、ポリAテールの末端に組み込まれる。得られる核酸またはmRNAは、安定性、タンパク質産生、およびさまざまな時点での半減期を含む他のパラメーターについてアッセイされることができる。ポリA-Gカルテットが、120ヌクレオチドのポリAテールを単独で使用して見られるタンパク質産生の少なくとも75%と同等のタンパク質産生をもたらすことが発見された。
【0186】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ポリAテールを含み、鎖終結ヌクレオシドの付加によって安定化される。一部の態様では、ポリAテールを有するIL-12をコードするヌクレオチド配列は、5’キャップ構造をさらに含む。
【0187】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、ポリA-Gカルテットを含む。一部の態様では、ポリA-Gカルテットを有するIL-12をコードするヌクレオチド配列は、5’キャップ構造をさらに含む。
【0188】
一部の態様では、ポリAテールまたはポリA-Gカルテットを含むIL-12をコードするヌクレオチド配列は、3’-デオキシヌクレオシド、2’,3’-ジデオキシヌクレオシド 3’-O-メチルヌクレオシド、3’-O-エチルヌクレオシド、3’-アラビノシド、ならびに当技術分野において公知のおよび/または本明細書に記載される他の改変ヌクレオシドで終結するオリゴヌクレオチドの付加によって安定化される。
【0189】
改変ヌクレオシド
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、1つまたは複数の改変ヌクレオシドを含む。一部の態様では、1つまたは複数の改変ヌクレオシドは、6-アザ-シチジン、2-チオ-シチジン、α-チオ-シチジン、プソイド-イソ-シチジン、5-アミノアリル-ウリジン、5-ヨード-ウリジン、N1-メチル-プソイドウリジン、5,6-ジヒドロウリジン、α-チオ-ウリジン、4-チオ-ウリジン、6-アザ-ウリジン、5-ヒドロキシ-ウリジン、デオキシ-チミジン、プソイド-ウリジン、イノシン、α-チオ-グアノシン、8-オキソ-グアノシン、O6-メチル-グアノシン、7-デアザ-グアノシン、N1-メチルアデノシン、2-アミノ-6-クロロ-プリン、N6-メチル-2-アミノ-プリン、6-クロロ-プリン、N6-メチル-アデノシン、α-チオ-アデノシン、8-アジド-アデノシン、7-デアザ-アデノシン、ピロロ-シチジン、5-メチル-シチジン、N4-アセチル-シチジン、5-メチル-ウリジン、5-ヨード-シチジン、およびそれらの組合せを含む。
【0190】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列における1つまたは複数のウリジンは、改変ヌクレオシドによって置き換えられる。一部の態様では、ウリジンを置き換える改変ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1-メチル-プソイドウリジン(m1ψ)または5-メチル-ウリジン(m5U)である。
【0191】
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、米国出願番号2014/0147454号、国際出願WO2018160540、国際出願WO2015/196118、または国際出願WO2015/089511に記載されるIL-12をコードするヌクレオチド配列を含み、これらは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0192】
細胞傷害性ヌクレオシド
一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、1つまたは複数の細胞傷害性ヌクレオシドを含む。例えば、細胞傷害性ヌクレオシドは、IL-12をコードする二官能性ヌクレオチド配列またはmRNAなどのポリヌクレオチドに組み込まれ得る。細胞傷害性ヌクレオシド抗がん剤としては、限定されるものではないが、アデノシンアラビノシド、シタラビン、シトシンアラビノシド、5-フルオロウラシル、フルダラビン、フロクスウリジン、FTORAFUR(登録商標)(テガフールおよびウラシルの組合せ)、テガフール((RS)-5-フルオロ-1-(テトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン)、および6-メルカプトプリンが挙げられる。
【0193】
抗がん剤として、いくつかの細胞傷害性ヌクレオシドアナログが、臨床使用されているか、または臨床試験の対象になっている。そのようなアナログの例としては、限定されるものではないが、シタラビン、ゲムシタビン、トロキサシタビン、デシタビン、テザシタビン、2’-デオキシ-2’-メチリデンシチジン(DMDC)、クラドリビン、クロファラビン、5-アザシチジン、4’-チオ-アラシチジン、シクロペンテニルシトシンおよび1-(2-C-シアノ-2-デオキシ-ベータ-D-アラビノ-ペントフラノシル)-シトシンが挙げられる。そのような化合物の別の例は、リン酸フルダラビンである。これらの化合物は、全身的に投与されることができ、限定されるものではないが、増殖している正常細胞よりも腫瘍細胞に対する特異性がほとんど、または全くないなどの細胞傷害剤に典型的な副作用を有すことができる。
【0194】
細胞傷害性ヌクレオシドアナログのいくつかのプロドラッグも、当技術分野において報告されている。例としては、限定されるものではないが、N4-ベヘノイル-1-ベータ-D-アラビノフラノシルシトシン、N4-オクタデシル-1-ベータ-D-アラビノフラノシルシトシン、N4-パルミトイル-1-(2-C-シアノ-2-デオキシ-ベータ-D-アラビノ-ペントフラノシル)シトシン、およびP-4055(シタラビン5’-エライジン酸エステル)が挙げられる。一般に、これらのプロドラッグは、主に肝臓および体循環において活性薬物に変換されることができ、腫瘍組織における活性薬物の選択的放出をほとんどまたは全く示さない場合がある。例えば、5’-デオキシ-5-フルオロシチジン(最終的に5-フルオロウラシル)のプロドラッグであるカペシタビンは、肝臓および腫瘍組織の両方で代謝される。「生理学的条件下で容易に加水分解可能なラジカル」を含有する一連のカペシタビンアナログは、Fujiu et al.(米国特許第4,966,891号)によって特許請求されており、参照により本明細書に組み込まれる。Fujiuによって記載される一連のものは、5’-デオキシ-5-フルオロシチジンのN4アルキルおよびアラルキルカルバメート、ならびにこれらの化合物が通常の生理学的条件下で加水分解によって活性化されて、5’-デオキシ-5-フルオロシチジンを生じるという含意を含む。
【0195】
一連のシタラビンN4-カルバメートが、Fadl et al(その全体が参照により本明細書に組み込まれるPharmazie. 1995, 50, 382-7)によって報告されており、これらの化合物は、肝臓および血漿においてシタラビンに変換されるように設計された。その全体が参照により本明細書に組み込まれるWO2004/041203は、ゲムシタビンのプロドラッグを開示しており、このプロドラッグの一部は、N4-カルバメートである。これらの化合物は、ゲムシタビンの胃腸毒性を克服するように設計され、胃腸管からの無傷プロドラッグの吸収後、肝臓および血漿における加水分解放出によってゲムシタビンを提供するよう意図された。Nomura et al(その全体が参照により本明細書に組み込まれるBioorg Med. Chem. 2003, 11, 2453-61)は、生体内還元において、酸性条件下でさらなる加水分解を必要とする中間体を生じて、細胞傷害性ヌクレオシド化合物を生じる1-(3-C-エチニル-β-D-リボ-ペントファラノシル)シトシンのアセタール誘導体を記載している。
【0196】
化学療法薬であつことができる細胞傷害性ヌクレオチドとしては、限定されるものではないが、ピラゾロ[3,4-D]-ピリミジン、アロプリノール、アザチオプリン、カペシタビン、シトシンアラビノシド、フルオロウラシル、メルカプトプリン、6-チオグアニン、アシクロビル、ara-アデノシン、リバビリン、7-デアザ-アデノシン、7-デアザ-グアノシン、6-アザ-ウラシル、6-アザ-シチジン、チミジンリボヌクレオチド、5-ブロモデオキシウリジン、2-クロロ-プリン、およびイノシン、またはそれらの組合せも挙げられる。
【0197】
コード配列
本開示の一部の態様では、IL-12をコードするヌクレオチド配列は、インターロイキン(IL)-12分子をコードする配列を含む。一部の態様では、IL-12分子に含まれるのは、IL-12、IL-12サブユニット(例えば、IL-12ベータサブユニットまたはIL-12アルファサブユニット)、または免疫調節機能を保持する変異体IL-12分子である。
【0198】
IL-12は、免疫系に対する複数の生物学的効果を有するヘテロ二量体サイトカインである。これは、p35(アルファサブユニットとしても公知)およびp40(ベータサブユニットとしても公知)の2つのサブユニットで構成され、これらは相互作用して、活性なヘテロ二量体を産生する。IL-12 p35サブユニットは、IL-12α;IL-12A;ナチュラルキラー細胞刺激因子1;細胞傷害性リンパ球成熟因子1、p35;CLMF P35、NKSF1;CLMF;またはNFSKとしても当技術分野において公知である。IL-12 p40サブユニットは、IL-12β;IL-12B;ナチュラルキラー細胞刺激因子2;細胞傷害性リンパ球成熟因子2、p40;CLMF P40;NKSF2;CLMF2;IMD28;またはIMD29としても当技術分野において公知である。他に示されない限り、「IL-12」という用語(またはその文法上の異形)は、IL-12 p35サブユニット、IL-12 p40サブユニット、またはヘテロ二量体IL-12 p70を指し得る。
【0199】
野生型ヒトIL-12 p35タンパク質は、219アミノ酸長である。野生型ヒトIL-12 p40タンパク質は、328アミノ酸長である。野生型ヒトIL-12タンパク質のアミノ酸は、表1において下記にさらに提供する。
【0200】
一部の態様では、(例えば、本明細書に記載の核酸分子によってコードされる)IL-12タンパク質は、配列番号182と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0201】
一部の態様では、IL-12分子は、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニットを含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットは、配列番号183と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0202】
一部の態様では、IL-12βサブユニットは、配列番号184と少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるアミノ酸配列を含む。
【0203】
本明細書に記載される場合、本開示の核酸分子は、コドン最適化されている。したがって、一部の態様では、本明細書に開示されるIL-12タンパク質(例えば、IL-12 p35サブユニット、IL-12 p40サブユニット、またはヘテロ二量体IL-12 p70)をコードするヌクレオチド配列は、野生型ヌクレオチド配列(例えば、配列番号185または配列番号186)のものとは異なる。
【0204】
一部の態様では、本明細書に記載される核酸分子は、IL-12βサブユニットをコードし、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75のいずれか1つに示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。ある特定の態様では、ヌクレオチド配列は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12βサブユニット配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0205】
一部の態様では、IL-12 p40サブユニットをコードする核酸分子は、(i)配列番号51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(ii)配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(iii)配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(iv)配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(v)配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(vi)配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(vii)配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(viii)配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(ix)配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(x)配列番号65、69、または74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xi)配列番号66、70、または75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xii)配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xiii)配列番号63に示される配列と少なくとも99%または100%同一である;あるいは(xiv)配列番号64に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である、ヌクレオチド配列を含む。
【0206】
一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号51に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号52に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号53に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号54に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号55に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号56に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号57に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号58に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号59に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号65に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号66に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号67に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号68に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号69に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号70に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号71に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号72に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号73に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号74に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号75に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号62に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号63に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号64に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号60に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号61に示される配列を含む。
【0207】
一部の態様では、本明細書に記載の核酸分子は、IL-12 p35サブユニットをコードし、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125のいずれか1つに示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。ある特定の態様では、ヌクレオチド配列は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12αサブユニット配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0208】
一部の態様では、IL-12 p35サブユニットをコードする核酸分子は、(i)配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(ii)配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(iii)配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(iv)配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(v)配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(vi)配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(vii)配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(viii)配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(ix)配列番号109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(x)配列番号115、119、または124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xi)配列番号116、120、または125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xii)配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;(xiii)配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である;あるいは(xiv)配列番号114に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、または100%同一である、ヌクレオチド配列を含む。
【0209】
一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号101に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号102に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号103に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号104に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号105に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号106に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号107に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号108に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号109に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号115に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号116に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号117に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号118に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号119に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号120に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号121に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号122に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号123に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号124に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号125に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号112に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号113に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12αサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号114に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号110に示される配列を含む。一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする核酸分子は、配列番号111に示される配列を含む。
【0210】
一部の態様では、IL-12 p40サブユニットをコードする核酸分子およびIL-12 p35サブユニットをコードする核酸分子は、互いにコンジュゲートされ得る。例えば、一部の態様では、本開示は、第1の核酸および第2の核酸を含む単離されたポリヌクレオチドであって、第1の核酸が、IL-12 p40サブユニットをコードし、第2の核酸が、IL-12 p35サブユニットをコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。一部の態様では、IL-12αサブユニットおよびIL-12βサブユニットは、リンカーによって連結されている。一部の態様では、リンカーは、少なくとも約2、少なくとも約5、少なくとも約6、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9、少なくとも約10、少なくとも約11、少なくとも約12、少なくとも約13、少なくとも約14、少なくとも約15、少なくとも約16、少なくとも約17、少なくとも約18、少なくとも約19、または少なくとも約20アミノ酸のアミノ酸リンカーを含む。一部の態様では、リンカーは、(GS)リンカーを含む。一部の態様では、GSリンカーは、(Gly3Ser)nまたはS(Gly3Ser)nの式[式中、nは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、または100からなる群より選択される正の整数である]を有する。一部の態様では、(Gly3Ser)nリンカーは、(Gly3Ser)3または(Gly3Ser)4である。
【0211】
一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする第1の核酸分子は、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、または配列番号75に示される配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含み;IL-12αサブユニットをコードする第2の核酸分子は、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号110、配列番号111、配列番号112、配列番号113、配列番号114、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、配列番号124、または配列番号125に示される配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0212】
一部の態様では、IL-12βサブユニットをコードする第1の核酸分子は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12βサブユニット配列と少なくとも約75%、少なくとも約76%、少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含み;IL-12αサブユニットをコードする第2の核酸分子は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12αサブユニット配列と少なくとも約77%、少なくとも約78%、少なくとも約79%、少なくとも約80%、少なくとも約81%、少なくとも約82%、少なくとも約83%、少なくとも約84%、少なくとも約85%、少なくとも約86%、少なくとも約87%、少なくとも約88%、少なくとも約89%、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0213】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号51に示される配列と少なくとも76%、少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号101に示される配列と少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(ii)第1の核酸分子は、配列番号52に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号102に示される配列と少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(iii)第1の核酸分子は、配列番号53に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号103に示される配列と少なくとも77%、少なくとも78%、少なくとも79%、少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(iv)第1の核酸分子は、配列番号54に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号104に示される配列と少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(v)第1の核酸分子は、配列番号55に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号105に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(vi)第1の核酸分子は、配列番号56に示される配列と少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号106に示される配列と少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(vii)第1の核酸分子は、配列番号57に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号107に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(viii)第1の核酸分子は、配列番号58に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号108に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(ix)第1の核酸分子は、配列番号59に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号109に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(x)第1の核酸分子は、配列番号65、69、もしくは74に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号115、119、もしくは124に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(xi)第1の核酸分子は、配列番号66、70、もしくは75に示される配列と少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号116、120、もしくは125に示される配列と少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(xii)第1の核酸分子は、配列番号62に示される配列と少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号112に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;(xiii)第1の核酸分子は、配列番号63に示される配列と少なくとも99%もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号113に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み;あるいは(xiv)第1の核酸分子は、配列番号65に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含み、および/または第2の核酸分子は、配列番号115に示される配列と少なくとも98%、少なくとも99%、もしくは100%同一であるヌクレオチド配列を含む。
【0214】
一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号51に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号101に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号52に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号102に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号53に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号103に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号54に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号104に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号55に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号105に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号56に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号106に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号57に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号107に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号58に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号118に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号59に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号119に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号65に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号115に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号66に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号116に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号67に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号117に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号68に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号118に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号69に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号119に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号70に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号120に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号71に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号121に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号72に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号122に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号73に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号123に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号74に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号124に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号75に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号125に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号62に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号112に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号63に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号113に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号64に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号114に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号60に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号110に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、配列番号61に示される配列を含み、第2の核酸分子は、配列番号111に示される配列を含む。一部の態様では、第1の核酸分子は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12βサブユニット配列を含み、第2の核酸分子は、表1に提供される構築物のいずれかのIL-12αサブユニット配列を含む。
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【表1-4】
【表1-5】
【表1-6】
【表1-7】
【表1-8】
【表1-9】
【表1-10】
【表1-11】
【表1-12】
【表1-13】
【表1-14】
【表1-15】
【表1-16】
【表1-17】
【表1-18】
【表1-19】
【表1-20】
【表1-21】
【表1-22】
【表1-23】
【0215】
一部の態様では、本明細書に記載される単離されたポリヌクレオチド、すなわち、IL-12(例えば、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニット)をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチドは、1つまたは複数の異種部分(例えば、実験および/または治療目的の遺伝子)を含む。本明細書で使用される場合、「異種部分」という用語は、本明細書に開示される核酸分子によってコードされるIL-12タンパク質(例えば、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニット)とは異なる任意の分子(化学的または生物学的)を指す。そのような異種部分は、IL-12タンパク質に、遺伝子学的に融合され、コンジュゲートされ、および/またはそうでなければ会合し得る。例えば、一部の態様では、異種部分は、IL-12αサブユニットの3’末端に融合され得る。一部の態様では、異種部分は、リンカー(例えば、GSリンカー)を介してIL-12αサブユニットの3’末端にコンジュゲートされ得る。一部の態様では、異種部分は、IL-12βサブユニットの3’末端に融合され得る。一部の態様では、異種部分は、リンカー(例えば、GSリンカー)を介してIL-12βサブユニットの3’末端にコンジュゲートされ得る。
【0216】
一部の態様では、異種部分は、半減期延長部分を含む。「半減期延長部分」という用語は、IL-12タンパク質のコンジュゲートされていない形態または融合されていない形態などの参照化合物と比較して、IL-12タンパク質のin vivoタンパク質分解または他の活性を減少させる化学的改変を防止または緩和し、半減期を増加させ、ならびに/あるいは限定されるものではないが、吸収の速度を増加させること、毒性を低減すること、溶解性を改善すること、タンパク質凝集を低減すること、IL-12タンパク質の生物活性および/もしくは標的選択性を増加させること、製造可能性を増加させること、ならびに/またはIL-12タンパク質の免疫原性を低減することを含む他の薬物動態学的性質または生物物理学的性質を改善または変更する、直接またはリンカーを介して、必要に応じて天然でコードされないアミノ酸を介して、本開示の核酸分子によってコードされるIL-12タンパク質(例えば、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニット)に共有結合的に連結された(「コンジュゲートされた」または「融合された」)薬学的に許容される部分、ドメイン、または分子を指す。
【0217】
本開示の文脈では、「融合された」または「融合」という用語は、少なくとも2つのポリペプチド鎖(例えば、本明細書に記載される核酸分子によってコードされる)が作動可能に連結され、組換え的に発現されていることを示す。一部の態様では、2つのポリペプチド鎖は、化学合成の結果として「融合され」得る。本開示の文脈では、「コンジュゲートする」または「コンジュゲーション」という用語は、2つの分子実体(例えば、2つのポリペプチド、またはポリペプチドおよびPEGなどのポリマー)が化学的に連結されていることを表す。
【0218】
一部の態様では、半減期延長部分は、Fc領域、アルブミン、アルブミン結合ポリペプチド、脂肪酸、Pro/Ala/Ser(PAS)、グリシンリッチホモアミノ酸ポリマー(HAP)、ヒト絨毛性ゴナドトロピンのC末端ペプチド(CTP)のβサブユニット、ポリエチレングリコール(PEG)、ヒドロキシエチルデンプン(HES)、アミノ酸の長い構造不定の親水性配列(XTEN)、アルブミン結合小分子、またはそれらの組合せを含む。例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるWO2013/041730A1を参照されたい。ある特定の態様では、半減期延長部分は、アルブミン(例えば、ヒト血清アルブミン)である。
【0219】
一部の態様では、異種部分は、ルミカンを含む。ルミカンは、コラーゲンに結合し、これは、腫瘍において豊富におよび遍在的に発現される。ある特定の態様では、ルミカンをIL-12タンパク質(例えば、IL-12αサブユニットおよび/またはIL-12βサブユニット)にコンジュゲートすることで、IL-12タンパク質の腫瘍への標的化(例えば、IL-12タンパク質が体循環に進入するのを防止するおよび/または低減することによって)を改善することができ、それによって、IL-12タンパク質の毒性が低減される。使用され得るルミカンに関する追加の開示(例えば、配列)は、本開示の他の箇所に提供される。
【0220】
一部の態様では、異種部分は、サイトカイン、ケモカイン、またはIL-12以外の増殖因子をコードする。サイトカインは、当技術分野において公知であり、用語それ自体が、免疫系内のある特定の細胞によって分泌され、他の細胞に対する効果を有する小タンパク質の一般化されたグループ分けを指す。サイトカインは、細胞性免疫応答を増強することが公知であり、本明細書で使用される場合、限定されるものではないが、TNFα、IFN-γ、IFN-α、TGFβ、IL-1、IL-2、Il-4、IL-10、IL-13、IL-17、IL-18、およびケモカインを挙げることができる。ケモカインは、他の適用の中でも、感染に対する応答、免疫応答、炎症、外傷、敗血症、がん、および生殖を調べる研究のために有用である。ケモカインは、当技術分野において公知であり、近隣の応答性細胞、典型的には白血球の感染の部位への走化性を誘導するある種類のサイトカインである。ケモカインの非限定的な例としては、CCL14、CCL19、CCL20、CCL21、CCL25、CCL27、CXCL12、CXCL13、CXCL-8、CCL2、CCL3、CCL4、CCL5、CCL11、およびCXCL10が挙げられる。増殖因子は、当技術分野において公知であり、用語それ自体が、サイトカインという用語と互換可能である場合がある。本明細書で使用される場合、「増殖因子」という用語は、細胞間でシグナル伝達し、細胞の成長を刺激することができる天然に存在する物質を指す。サイトカインは、増殖因子であることができるが、ある特定の種類のサイトカインは、細胞成長に対する阻害効果も有することもでき、したがって、2つの用語を区別する。増殖因子の非限定的な例としては、アドレノメデュリン(AM)、アンジオポエチン(Ang)、自己分泌型細胞運動刺激因子、骨形成タンパク質(BMP)、毛様体神経栄養因子(CNTF)、白血病抑制因子(LIF)、インターロイキン-6(IL-6)、マクロファージコロニー刺激因子(m-CSF)、顆粒球コロニー刺激因子(G-CSF)、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)、上皮増殖因子(EFG)、エフリンA1、エフリンA2、エフリンA3、エフリンA4、エフリンA5、エフリンB1、エフリンB2、エフリンB3、エリスロポエチン(EPO)、線維芽細胞増殖因子-1(FGF1)、線維芽細胞増殖因子2(FGF2)、線維芽細胞増殖因子3(FGF3)、線維芽細胞増殖因子4(FGF4)、線維芽細胞増殖因子5(FGF5)、線維芽細胞増殖因子6(FGF6)、線維芽細胞増殖因子7(FGF7)、線維芽細胞増殖因子8(FGF8)、線維芽細胞増殖因子9(FGF9)、線維芽細胞増殖因子10(FGF10)、線維芽細胞増殖因子11(FGF11)、線維芽細胞増殖因子12(FGF12)、線維芽細胞増殖因子13(FGF13)、線維芽細胞増殖因子14(FGF14)、線維芽細胞増殖因子15(FGF15)、線維芽細胞増殖因子16(FGF16)、線維芽細胞増殖因子17(FGF17)、線維芽細胞増殖因子18(FGF18)、線維芽細胞増殖因子19(FGF19)、線維芽細胞増殖因子20(FGF20)、線維芽細胞増殖因子21(FGF21)、線維芽細胞増殖因子22(FGF22)、線維芽細胞増殖因子23(FGF23)、胎仔ウシ成長ホルモン(FBS)、グリア細胞系由来神経栄養因子(GDNF)、ニュールツリン、パーセフィン(Peresphin)、アルテミン、増殖分化因子-9(GDF9)、肝細胞増殖因子(HGF)、ヘパトーム由来増殖因子(HDGF)、インスリン、インスリン様増殖因子-1(IGF-1)、インスリン様増殖因子-2(IGF-2)、インターロイキン-1(IL-1)、IL-2、IL-3、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、ケラチノサイト増殖因子(KGF)、遊走刺激因子(MSF)、マクロファージ刺激タンパク質(MSP)、ミオスタチン(GDF-8)、ニューレグリン1(NRG1)、ニューレグリン2(NRG2)、ニューレグリン3(NRG3)、ニューレグリン4(NRG4)、脳由来神経栄養因子(BDNF)、神経成長因子(NGF)、ニューロトロフィン-3(NT-3)、ニューロトロフィン-4(NT-4)、胎盤増殖因子(TCGF)、トロンボポエチン(TPO)、トランスフォーミング増殖因子アルファ(TGF-α)、トランスフォーミング増殖因子ベータ(TGF-β)、腫瘍壊死因子-アルファ(TNF-α)、および血管内皮増殖因子(VEGF)が挙げられる。
【0221】
一部の態様では、本開示のポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、リーダー配列をコードする核酸分子をさらに含む。本明細書で使用される場合、「リーダー配列」という用語は、タンパク質の前駆体形態のアミノ末端に位置する配列を指す。リーダー配列は、成熟の間に切断される。ある特定の態様では、リーダー配列は、シグナルペプチドを含む。「シグナルペプチド」という用語は、タンパク質の分泌経路への進入を確実にするリーダー配列を指す。リーダー配列の追加の説明は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるUS2007/0141666A1に提供される。一部の態様では、本開示で使用され得るリーダー配列は、アミノ酸配列MRVPAQLLGLLLLWLPGARCA(配列番号180)を含む。一部の態様では、そのようなリーダー配列をコードする核酸分子は、配列番号26~50のいずれか1つに示される配列を含む。一部の態様では、リーダー配列をコードする核酸分子は、表1に提供される構築物のいずれかのリーダー配列をコードする配列を含む。
【0222】
上記の開示から明らかであるように、一部の態様では、本開示のポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、複数の核酸分子を含む。例えば、ある特定の態様では、ポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子;(ii)IL-12βサブユニットをコードする第2の核酸分子;(iii)リンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3の核酸分子;および(iv)IL-12αサブユニットをコードする第4の核酸分子を含む。本明細書に記載されるように、一部の態様では、そのようなポリヌクレオチド(polynucleotice)は、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性をさらに含む。例えば、一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(3)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(4)リンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(5)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、および(6)ポリ(A)テールを含む。一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)5’-UTR、(3)プロモーター、(4)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(5)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(6)リンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(7)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、(8)3’-UTR、および(9)ポリ(A)テールを含む。例示的な構築物の追加の説明を下記に提供する。
【0223】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子(すなわち、リーダー配列をコードする)は、配列番号40に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子(すなわち、IL-12βサブユニットをコードする)は、配列番号65に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子(すなわち、リンカーをコードする)は、配列番号90に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子(すなわち、IL-12αサブユニットをコードする)は、配列番号115に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号15に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号40に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号65に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号90に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号115に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、および(6)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「A1構築物」として本明細書に記載される。
【0224】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号41に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号66に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号91に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号116に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号16に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号41に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号66に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号91に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号116に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、および(6)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「A2構築物」として本明細書に記載される。
【0225】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号42に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号67に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号92に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号117に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号17に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号42に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号67に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号92に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号117に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、および(6)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「A3構築物」として本明細書に記載される。
【0226】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号43に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号68に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号93に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号118に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号18に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号43に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号68に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号93に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号118に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、および(6)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「A4構築物」として本明細書に記載される。
【0227】
一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子;(ii)IL-12βサブユニットをコードする第2の核酸分子;(iii)第1のリンカー(例えば、第1のGSリンカー)をコードする第3の核酸分子;(iv)IL-12αサブユニットをコードする第4の核酸分子;(v)第2のリンカー(例えば、第2のGSリンカー)をコードする第5の核酸分子;および(vi)半減期延長部分(例えば、ヒト血清アルブミン)をコードする第6の核酸分子を含む。本明細書に記載されるように、一部の態様では、そのようなポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性をさらに含む。例えば、一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(3)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(4)第1のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(5)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、(6)第2のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第5のヌクレオチド配列、(7)半減期延長部分(例えば、ヒト血清アルブミン)をコードする第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)5’-UTR、(3)プロモーター、(4)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(5)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(6)第1のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(7)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、(8)第2のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第5のヌクレオチド配列、(9)異種部分(例えば、アルブミン)をコードする第6のヌクレオチド配列、(10)3’-UTR、および(11)ポリ(A)テールを含む。そのような例示的な構築物の追加の説明を下記に提供する。
【0228】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子(すなわち、リーダー配列をコードする)は、配列番号26に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子(すなわち、IL-12βサブユニットをコードする)は、配列番号51に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子(すなわち、第1のリンカーをコードする)は、配列番号76に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子(すなわち、IL-12αサブユニットをコードする)は、配列番号101に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子(すなわち、第2のリンカーをコードする)は、配列番号126に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子(すなわち、半減期延長部分をコードする)は、配列番号147に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号1に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号26に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号51に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号76に示される配列(すなわち、第1のGSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号101に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号126に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号147に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「L1構築物」として本明細書に記載される。
【0229】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号27に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号52に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号77に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号102に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号127に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号148に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号2に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号27に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号52に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号77に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号102に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号127に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号148に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「L2構築物」として本明細書に記載される。
【0230】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号28に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号53に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号78に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号103に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号128に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号149に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号3に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号28に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号53に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号78に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号103に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号128に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号149に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「L3構築物」として本明細書に記載される。
【0231】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号29に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号54に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号79に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号104に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号129に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号150に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号4に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号29に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号54に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号79に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号104に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号129に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号150に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「M1構築物」として本明細書に記載される。
【0232】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号30に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号55に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号80に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号105に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号130に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号151に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号5に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号30に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号55に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号80に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号105に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号130に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号151に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「M2構築物」として本明細書に記載される。
【0233】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号31に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号56に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号81に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号106に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号131に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号152に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号6に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号31に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号56に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号81に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号106に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号131に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号152に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「M3構築物」として本明細書に記載される。
【0234】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号32に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号57に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号82に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号107に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号132に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号153に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号7に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号32に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号57に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号82に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号107に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号132に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号153に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「H1構築物」として本明細書に記載される。
【0235】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号33に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号58に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号83に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号108に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号133に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号154に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号8に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号33に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号58に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号83に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号108に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号133に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号154に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「H2構築物」として本明細書に記載される。
【0236】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号34に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号59に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号84に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号109に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号134に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号155に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号9に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号34に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号59に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号84に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号109に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号134に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号155に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「H3構築物」として本明細書に記載される。
【0237】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号37に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号62に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号87に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号112に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号137に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号158に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号12に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号37に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号62に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号87に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号112に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号137に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号158に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「vH1構築物」として本明細書に記載される。
【0238】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号38に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号63に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号88に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号113に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号138に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号159に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号13に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号38に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号63に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号88に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号113に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号138に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号159に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「vH2構築物」として本明細書に記載される。
【0239】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号39に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号64に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号89に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号114に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号139に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号160に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号14に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号39に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号64に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号89に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号114に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号139に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号160に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「vH3構築物」として本明細書に記載される。
【0240】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号44に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号69に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号94に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号119に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号140に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号161に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号19に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号44に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号69に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号94に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号119に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号140に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号161に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「B1構築物」として本明細書に記載される。
【0241】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号45に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号70に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号95に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号120に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号141に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号162に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号20に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号45に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号70に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号95に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号120に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号141に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号162に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「B2構築物」として本明細書に記載される。
【0242】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号46に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号71に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号96に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号121に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号142に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号163に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号21に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号46に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号71に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号96に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号121に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号142に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号163に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「B3構築物」として本明細書に記載される。
【0243】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号47に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号72に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号97に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号122に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号143に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号164に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号22に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号47に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号72に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号97に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号122に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号143に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号164に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「B4構築物」として本明細書に記載される。
【0244】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号35に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号60に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号85に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号110に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号135に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号156に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号10に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号35に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号60に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号85に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号110に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号135に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号156に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「CO構築物」として本明細書に記載される。
【0245】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号36に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号61に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号86に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号111に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号136に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号157に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号11に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号36に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号61に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号86に示される配列(すなわち、GSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号111に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号136に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号157に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、および(8)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「CP構築物」として本明細書に記載される。
【0246】
一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、(5’から3’に)(i)リーダー配列をコードする第1の核酸分子;(ii)IL-12βサブユニットをコードする第2の核酸分子;(iii)第1のリンカー(例えば、第1のGSリンカー)をコードする第3の核酸分子;(iv)IL-12αサブユニットをコードする第4の核酸分子;(v)第2のリンカー(例えば、第2のGSリンカー)をコードする第5の核酸分子;(vi)半減期延長部分(例えば、ヒト血清アルブミン)をコードする第6の核酸分子;(vii)第3のリンカー(例えば、第3のGSリンカー)をコードする第7の核酸分子;および(viii)ルミカンをコードする第8の核酸分子を含む。本明細書に記載されるように、一部の態様では、そのようなポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性をさらに含む。一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(3)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(4)第1のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(5)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、(6)第2のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第5のヌクレオチド配列、(7)異種部分(例えば、アルブミン)をコードする第6のヌクレオチド配列、(8)第3のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第7のヌクレオチド配列、(9)追加部分(例えば、ルミカン)をコードする第8のヌクレオチド配列、および(12)ポリ(A)テールを含む。一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ、(2)5’-UTR、(3)プロモーター、(4)リーダー配列をコードする第1のヌクレオチド配列、(5)IL-12βサブユニットをコードする第2のヌクレオチド配列、(6)第1のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第3のヌクレオチド配列、(7)IL-12αサブユニットをコードする第4のヌクレオチド配列、(8)第2のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第5のヌクレオチド配列、(9)異種部分(例えば、アルブミン)をコードする第6のヌクレオチド配列、(10)第3のリンカー(例えば、GSリンカー)をコードする第7のヌクレオチド配列、(11)追加部分(例えば、ルミカン)をコードする第8のヌクレオチド配列、(12)3’-UTR、および(13)ポリ(A)テールを含む。そのような例示的な構築物の追加の説明を下記に提供する。
【0247】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子(すなわち、リーダー配列をコードする)は、配列番号48に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子(すなわち、IL-12βサブユニットをコードする)は、配列番号73に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子(すなわち、第1のリンカーをコードする)は、配列番号98に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子(すなわち、IL-12αサブユニットをコードする)は、配列番号123に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子(すなわち、第2のリンカーをコードする)は、配列番号144に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子(すなわち、半減期延長部分をコードする)は、配列番号165に示される核酸配列を含み;(vii)第7の核酸分子(すなわち、第3のリンカーをコードする)は、配列番号168に示される配列を含み;(viii)第8の核酸分子(すなわち、ルミカンをコードする)は、配列番号171に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号23に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号48に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号73に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号98に示される配列(すなわち、第1のGSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号123に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号144に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号165に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、(8)配列番号168に示される配列(すなわち、第3のGSリンカー)を含む第7のヌクレオチド配列、(9)配列番号171に示される配列(すなわち、ルミカン)を含む第8のヌクレオチド配列、および(10)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「C1構築物」として本明細書に記載される。
【0248】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号49に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号74に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号99に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号124に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号145に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号166に示される配列を含み;(vii)第7の核酸分子は、配列番号169に示される配列を含み;(viii)第8の核酸分子は、配列番号172に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号24に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号49に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号74に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号99に示される配列(すなわち、第1のGSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号124に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号145に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号166に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、(8)配列番号169に示される配列(すなわち、第3のGSリンカー)を含む第7のヌクレオチド配列、(9)配列番号172に示される配列(すなわち、ルミカン)を含む第8のヌクレオチド配列、および(10)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「C2構築物」として本明細書に記載される。
【0249】
一部の態様では、(i)第1の核酸分子は、配列番号50に示される配列を含み;(ii)第2の核酸分子は、配列番号75に示される配列を含み;(iii)第3の核酸分子は、配列番号100に示される配列を含み;(iv)第4の核酸分子は、配列番号125に示される配列を含み;(v)第5の核酸分子は、配列番号146に示される配列を含み;(vi)第6の核酸分子は、配列番号167に示される核酸配列を含み;(vii)第7の核酸分子は、配列番号170に示される配列を含み;(viii)第8の核酸分子は、配列番号173に示される配列を含む。したがって、ある特定の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、配列番号25に示される配列を含む。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、本明細書に記載される1つまたは複数の追加の特性を含む。例えば、一部の態様では、本明細書に提供されるポリヌクレオチドは、(5’から3’に)(1)5’-キャップ(またはキャップアナログ)、(2)配列番号50に示される配列(すなわち、リーダー配列)を含む第1のヌクレオチド配列、(3)配列番号75に示される配列(すなわち、IL-12βサブユニット)を含む第2のヌクレオチド配列、(4)配列番号100に示される配列(すなわち、第1のGSリンカー)を含む第3のヌクレオチド配列、(5)配列番号125に示される配列(すなわち、IL-12αサブユニット)を含む第4のヌクレオチド配列、(6)配列番号146に示される配列(すなわち、第2のGSリンカー)を含む第5のヌクレオチド配列、(7)配列番号167に示される配列(すなわち、ヒト血清アルブミン)を含む第6のヌクレオチド配列、(8)配列番号170に示される配列(すなわち、第3のGSリンカー)を含む第7のヌクレオチド配列、(9)配列番号173に示される配列(すなわち、ルミカン)を含む第8のヌクレオチド配列、および(10)ポリ(A)テールを含む。そのようなポリヌクレオチドの例は、「C3構築物」として本明細書に記載される。
【0250】
脂質ナノ粒子および送達システム
一部の態様では、本開示は、生物学的に活性な分子(例えば、IL-12タンパク質)の細胞への送達に関する。ある特定の態様では、送達は、in vivoで(例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチドを対象に投与することにより)またはex vivoで(例えば、in vitroで本明細書に記載されるポリヌクレオチドを細胞と共に培養することにより)起こり得る。一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)の送達は、当技術分野において公知の任意の好適な送達システムを使用して行うことができる。ある特定の態様では、送達システムは、ベクターである。したがって、一部の態様では、本開示は、本開示のポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。使用され得る好適なベクターは、当技術分野において公知である。例えば、Sung et al., Biomater Res 23(8) (2019)を参照されたい。
【0251】
一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、IL-12タンパク質をコードする核酸分子を含む単離されたポリヌクレオチド)は、脂質ナノ粒子を使用して送達される。したがって、一部の態様では、本開示は、脂質ナノ粒子によって封入されたIL-12を発現するポリヌクレオチド(例えば、RNA)、その組成物、およびがんを有するか、またはがんを有すると疑われる対象を処置するためのその組成物の使用に関する。
【0252】
「脂質ナノ粒子」(LNP)は、本明細書で使用される場合、ベシクル、例えば、連続的な脂質二重層を有する球状ベシクルを指す。脂質ナノ粒子は、薬学的療法を標的化された場所に送達する方法において使用することができる。LNPの非限定的な例としては、リポソーム、双頭型両親媒性化合物(bolaamphihile)、固体脂質ナノ粒子(SLN)、ナノ構造脂質担体(NLC)、および単層膜構造(例えば、アーケオソーム(archaeosome)およびミセル)が挙げられる。
【0253】
一部の態様では、脂質ナノ粒子は、1種または複数種の脂質を含む。脂質は、本明細書で使用される場合、限定されるものではないが、脂肪酸のエステルを含む有機化合物の群を指し、一部の態様では、水に不溶性であるが、多くの有機溶媒に可溶性であることによって特徴付けられる。それらは、通常、少なくとも3つのクラスに分けられる:(1)脂肪および油ならびにワックスを含む「単純脂質」;(2)リン脂質および糖脂質を含む「複合脂質」;ならびに(3)ステロイドなどの「誘導脂質」。脂質の非限定的な例としては、トリグリセリド(例えば、トリステアリン)、ジグリセリド(例えば、ベヘン酸グリセロール(glycerol bahenate))、モノグリセリド(例えば、モノステアリン酸グリセロール)、脂肪酸(例えば、ステアリン酸)、ステロイド(例えば、コレステロール)、およびワックス(例えば、パルミチン酸セチル)が挙げられる。一部の態様では、LNP中の1種または複数種の脂質は、カチオン性脂質を含む。一部の態様では、LNP中の1種または複数種の脂質は、リピドイド、例えば、TT3を含む。したがって、一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、配列番号1~25のいずれか1つに示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含む)のいずれかは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入され得る。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号1に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号2に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号3に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号4に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号5に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号6に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号7に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号8に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号9に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号10に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号11に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号12に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号13に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号14に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号15に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号16に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号17に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号18に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号19に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号20に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号21に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号22に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号23に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号24に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。一部の態様では、ポリヌクレオチドは、配列番号25に示される配列、5’-キャップ(またはキャップアナログ)、およびポリ(A)テールを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、リピドイドナノ粒子(例えば、TT3)に封入されている。
【0254】
本開示に有用なそのような脂質としては、限定されるものではないが、N1,N3,N5-トリス(3-(ジドデシルアミノ)プロピル)ベンゼン-1,3,5-トリカルボキサミド(TT3)、N-(2,3-ジオレオイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTAP);リポフェクタミン;1,2-ジリノレイルオキシ-N,N-ジメチルアミノプロパン(DLinDMA)、1,2-ジリノレニルオキシ-N,N-ジメチルアミノプロパン(DLenDMA);ジオクタデシルジメチルアンモニウム(DODMA)、ジステアリルジメチルアンモニウム(DSDMA)、N,N-ジオレイル-N,N,-ジメチルアンモニウムクロリド(DODAC);N-(2,3-ジオレイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTMA);N-N-ジステアリル-N,N-ジメチルアンモニウムブロミド(DDAB);3-(N-(N’,N’-ジメチルアミノエタン)-カルバモイル)コレステロール(DC-Chol)およびN-(1,2-ジミリスチルオキシプロパ(dimyristyloxprop)-3-イル)-N,N-ジメチル-N-ヒドロキシエチルアンモニウムブロミド(DMRIE)が挙げられる。
【0255】
本開示の一部の態様では、脂質、例えば、リピドイドは、TT3である。TT3は、本明細書で使用される場合、さまざまな生物学的に活性な薬剤の細胞への送達のための脂質ナノ粒子を形成することができる。加えて、本開示は、負荷されていないTT3-LNPが、in vivoおよびin vitroで、がん細胞において免疫原性細胞死(ICD)を誘導することができることも実証する。免疫原性細胞死は、本明細書で記載される場合、樹状細胞(DC)の活性化および結果として生じる特異的T細胞応答の活性化を通して有効な免疫応答を誘導することができる細胞死の形態を指す。本開示の一部の態様では、免疫原性細胞死を受ける細胞は、腫瘍細胞である。免疫原性腫瘍細胞死は、有効な抗腫瘍免疫応答を誘発することができる。本開示の一部の態様では、脂質ナノ粒子は、レポーター遺伝子のみをコードするIL-12をコードするヌクレオチド配列(modRNA)を封入しているTT3-LNP(TT3-LNP-modRNA)を含む。IL-12をコードするヌクレオチド配列は、TT3-LNPと相乗的に働いて、TT3-LNP単独と比較して、腫瘍細胞においてより高いレベルのICDを誘導することができる。本開示の一部の態様では、脂質ナノ粒子は、IL-12分子をコードするmodRNAを封入しているTT3-LNPを含む。免疫調節性サイトカインであるIL-12は、局所腫瘍に対して強力な免疫応答を誘発する。TT3-LNP、modRNAおよびIL-12発現の組合せは、部位における腫瘍細胞の相乗的阻害に有効であるだけでなく、全身的な抗腫瘍免疫応答も誘発して、遠位腫瘍細胞を死滅させ、腫瘍の再発を防止する。
【0256】
本開示の一部の態様では、カチオン性脂質は、DOTAPである。DOTAPは、本明細書で使用される場合、脂質ナノ粒子を形成することもできる。DOTAPは、一過性のまたは安定な遺伝子発現のために、酵母人工染色体(YAC)を含むDNAの真核細胞への非常に効率的なトランスフェクションのために使用することができ、RNA、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、リボヌクレオタンパク質(RNP)複合体、およびタンパク質などの他の負に帯電した分子の哺乳動物細胞の研究試料への効率的な移入のためにも好適である。
【0257】
本開示の一部の態様では、カチオン性脂質は、リポフェクタミンである。リポフェクタミンは、本明細書で使用される場合、分子細胞生物学において使用される、Invitrogenによって製造および販売される一般的なトランスフェクション試薬である。これは、リポフェクションによるRNA(mRNAおよびsiRNAを含む)またはプラスミドDNAのin vitro細胞培養物へのトランスフェクション効率を増加させるために使用される。リポフェクタミンは、水性環境下でリポソームまたは脂質ナノ粒子を形成することができる脂質サブユニットを含有し、これが、トランスフェクションペイロード、例えば、modRNAを封入する。RNA含有リポソーム(それらの表面において正に帯電)は、リポソームの細胞膜との融合を媒介する中性共脂質(neutral co-lipid)に起因して、生細胞の負に帯電した形質膜と融合することができ、複製または発現のために、核酸カーゴ分子が細胞質を横断するのを可能にする。
【0258】
本開示の一部の態様では、LNPは、主に、カチオン性脂質と共に他の脂質成分から構成される。これらとしては、典型的には、限定されるものではないが、ホスファチジルコリン(PC)クラス(例えば、1,s-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン(DSPC)、および1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン(DOPE))、ステロール(例えば、コレステロール)、およびポリエチレングリコール(PEG)-脂質コンジュゲート(例えば、1,2-ジステアロイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[フォレート(ポリエチレングリコール)-2000(DSPE-PEG2000)およびC14-PEG2000)に属する他の脂質分子が挙げられる。表2は、例示的なLNP、TT3-LNPおよびDOTAP-LNPの処方を示す。
【表2】
【0259】
一部の態様では、LNPは、C14-PEG2000を含む。ある特定の態様では、C14-PEG2000は、1,2-ジミリストイル-rac-グリセロ-3-メトキシポリエチレングリコール-2000(DMG-PEG2000)、1,2-ジミリストイル-sn-グリセロ-3-ホスホエタノールアミン-N-[メトキシ(ポリエチレングリコール)-2000](DMPE-PEG2000)、またはその両方を含む。本明細書に記載されるように(例えば、実施例3を参照されたい)、一部の態様では、C14-PEG2000(または本明細書に開示される他の脂質成分)は、ポリヌクレオチドの封入の前に、LNPに埋め込まれ得る。一部の態様では、C14-PEG2000(または本明細書に開示される他の脂質成分)は、ポリヌクレオチドの封入後に、LNPに添加され得る。例えば、ある特定の態様では、IL-12タンパク質(例えば、IL-12αおよび/またはIL-12βサブユニット)をコードする核酸分子を含むポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)は、LNPに封入され、次いで、C14-PEG2000(本明細書に開示される他の脂質成分)は、例えばミセルを使用して、LNPに付着する。
【0260】
脂質ナノ粒子の粒子サイズは、薬物放出速度、生体内分布、粘膜接着、ナノ粒子の内部への水の細胞取り込みおよび緩衝液交換、ならびにタンパク質拡散に影響を及ぼし得る。本開示の一部の態様では、LNPの直径は、約30~約500nmの範囲である。本開示の一部の態様では、LNPの直径は、約30~約500nm、約50~約400nm、約70~約300nm、約100~約200nm、約100~約175nm、または約100~約160nmの範囲である。本開示の一部の態様では、LNPの直径は、100~160nmの範囲である。本開示の一部の態様では、LNPの直径は、約30nm、約40nm、約50nm、約60nm、約70nm、約80nm、約90nm、約100nm、約101nm、約102nm、約103nm、約104nm、約105nm、約106nm、約107nm、約108nm、約109nm、約110nm、約111nm、約112nm、約113nm、約114nm、約115nm、約116nm、約117nm、約118nm、約119nm、約120nm、約130nm、約140nm、約150nm、または約160nmであり得る。ある特定の態様では、脂質ナノ粒子は、約140nmの直径を有する。
【0261】
ゼータ電位は、脂質ナノ粒子表面の有効な電荷の尺度である。ゼータ電位の大きさは、粒子の安定性についての情報を提供する。本開示の一部の態様では、LNPのゼータ電位は、約3~約6mvの範囲である。本開示の一部の態様では、LNPのゼータ電位は、約3mv、約3.1mv、約3.2mv、約3.3mv、約3.4mv、約3.5mv、約3.6mv、約3.7mv、約3.8mv、約3.9mv、約4mv、約4.1mv、約4.2mv、約4.3mv、約4.4mv、約4.5mv、約4.6mv、約4.7mv、約4.8mv、約4.9mv、約5mv、約5.1mv、約5.2mv、約5.3mv、約5.4mv、約5.5mv、約5.6mv、約5.7mv、約5.8mv、約5.9mv、または約6mvであり得る。
【0262】
一部の態様では、本開示は、脂質ナノ粒子(LNP)により封入されたポリヌクレオチド(例えば、mRNA)に関する。本開示の一部の態様では、LNPの脂質およびポリヌクレオチド(例えば、mRNA)の間の質量比は、約1:2~約15:1の範囲である。一部の態様では、脂質およびポリヌクレオチド(例えば、mRNA)の間の質量比は、約1:2、約1:1.9、約1:1.8、約1:1.7、約1:1.6、約1:1.5、約1:1.4、約1:1.3、約1:1.2、約1:1.1、約1:1、約1.1:1、約1.2:1、約1.3:1、約1.4:1、約1.5:1、約1.6:1、約1.7:1、約1.8:1、約1.9:1、約2:1、約2.5:1、約3:1、約3.5:1、約4:1、約4.5:1、約5:1、約5.5:1、約6:1、約6.5:1、約7:1、約7.5:1、約8:1、約8.5:1、約9:1、約9.5:1、約10:1、約10.5:1、約11:1、約11.5:1、約12:1、約12.5:1、約13:1、約13.5:1、約14:1、約14.5:1、または約15:1であり得る。本開示の一部の態様では、脂質およびポリヌクレオチド(例えば、mRNA)の間の質量比は、約10:1である。
【0263】
医薬組成物
一部の態様では、本開示は、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、ベクターおよび/または脂質ナノ粒子を含む医薬組成物に関する。本開示の一部の態様では、医薬組成物は、薬学的に許容される担体(賦形剤)をさらに含む。「許容される」は、本明細書で使用される場合、担体が、組成物の活性成分と適合性でなければならず、処置される対象に有害であってはならないことを意味する。一部の態様では、担体は、活性成分を安定化することができる。薬学的に許容される賦形剤(担体)としては、緩衝液が挙げられ、これは、当技術分野において周知である。例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy 20th Ed. (2000) Lippincott Williams and Wilkoins, Ed. K. E. Hooverを参照されたい。
【0264】
in vivo投与のために使用される医薬組成物は、無菌でなければならない。これは、例えば、無菌濾過膜を通した濾過によって、容易に達成される。脂質ナノ粒子は、無菌アクセスポートを有する容器、例えば、皮下注射針によって穿孔可能な栓を有する静脈内溶液用バッグまたはバイアルに入れられることができる。
【0265】
本開示の一部の態様では、医薬組成物は、腫瘍内、髄腔内、筋肉内、静脈内、皮下、吸入、皮内、リンパ内、眼内、腹腔内、胸膜内、脊髄内、血管内、鼻、経皮、舌下、粘膜下、経皮的、または経粘膜投与のために製剤化することができる。本開示の一部の態様では、医薬組成物は、腫瘍内注射のために製剤化することができる。腫瘍内注射は、本明細書で使用される場合、腫瘍への直接注射を指す。少量の薬物を使用しながら、高濃度の組成物を、in situで達成することができる。免疫療法の局所送達は、著しい全身曝露およびオフターゲット毒性を防止しながら、複数の併用療法を可能にする。
【0266】
本開示の一部の態様では、医薬組成物は、筋肉内注射、静脈内注射、または皮下注射のために製剤化することができる。
【0267】
本開示の一部の態様では、医薬組成物は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態における、薬学的に許容される担体、緩衝剤、賦形剤、塩、または安定剤を含む。例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy 20th Ed. (2000) Lippincott Williams and Wilkins, Ed. K. E. Hooverを参照されたい。許容される担体および賦形剤、または安定剤は、使用される投薬量および濃度でレシピエントに非毒性であり、リン酸、クエン酸、および他の有機酸などの緩衝液;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;保存剤(オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチルもしくはベンジルアルコール;メチルもしくはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;およびm-クレゾールなど);低分子量(約10残基未満)のポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリシンなどのアミノ酸;グルコース、マンノース、もしくはデキストランを含む、単糖、二糖、および他の炭水化物;EDTAなどのキレート化剤;スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn-タンパク質錯体);ならびに/またはTWEEN(登録商標)、PLURONICS(登録商標)、もしくはポリエチレングリコール(PEG)などの非イオン性界面活性剤を含む。
【0268】
一部の態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、例えば、Epstein, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:3688 (1985);Hwang, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4030 (1980);ならびに米国特許第4,485,045号および同第4,544,545号に記載されるような当技術分野において公知の方法によって調製され得る脂質ナノ粒子を含み、これらは、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。増強された循環時間を有するリポソームは、米国特許第5,013,556号に開示されており、これは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。一部の態様では、リポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびPEG誘導体化ホスファチジルエタノールアミン(PEG-PE)を含む脂質組成物を用いる逆相蒸発法によって生成することができる。リポソームは、規定の細孔サイズのフィルターを通して押し出されて、所望の直径を有するリポソームが得られる。
【0269】
本開示の一部の態様では、医薬組成物は、持続放出形式で製剤化される。持続放出調製物の好適な例としては、脂質ナノ粒子を含有する固体疎水性ポリマーの半透過性マトリックスを含み、このマトリックスは、成形された物品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態である。持続放出マトリックスの例としては、限定されるものではないが、ポリエステル、ヒドロゲル(例えば、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール))、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号)、L-グルタミン酸および7エチル-L-グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、分解性乳酸-グリコール酸コポリマー、例えば、LUPROM DEPOT(商標)(乳酸-グリコール酸コポリマーおよび酢酸リュープロリドから構成される注射用ミクロスフェア)、イソ酪酸酢酸スクロース、ならびにポリ-D-(-)-3-ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【0270】
一部の態様では、好適な表面活性剤としては、限定されるものではないが、非イオン性剤、例えば、ポリオキシエチレンソルビタン(例えば、TWEEN(登録商標)20、40、60、80または85)および他のソルビタン(例えば、SPAN(登録商標)20、30、60、80、または85)が挙げられる。一部の態様では、表面活性剤を有する組成物は、0.05~5%の間の表面活性剤を含む。一部の態様では、組成物は、0.1および2.5%を含む。必要であれば、他の成分、例えば、マンニトールまたは他の薬学的に許容されるビヒクルを添加することができることが認識されるであろう。
【0271】
一部の態様では、医薬組成物は、経口、非経口、もしくは直腸投与、または吸入もしくは吹送による投与のための、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、顆粒剤、液剤もしくは懸濁剤、または坐剤などの単位剤形である。
【0272】
錠剤などの固形組成物を調製するために、主な活性成分は、薬学的担体、例えば、トウモロコシデンプン、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、リン酸二カルシウムまたはガムなどの従来の錠剤化成分、および他の薬学的希釈剤、例えば、水と混合して、本開示の化合物またはその非毒性の薬学的に許容される塩の均一な混合物を含有する固形予備処方組成物を形成することができる。これらの予備処方組成物を均質なものと称する場合、活性成分が、組成物全体にわたって均一に分散し、その結果、組成物が、錠剤、丸剤およびカプセル剤などの同様に有効な単位剤形に容易にさらに分割することができることを意味する。次いで、この固形予備処方組成物は、約0.1~約500mgの本開示の活性成分を含有する上に記載される種類の単位剤形にさらに分割される。新規組成物の錠剤または丸剤は、コーティングされるか、または他の方法で配合されて、延長された作用の利益を与える剤形を提供することができる。例えば、錠剤または丸剤は、内側投薬構成要素および外側投薬構成要素を含むことができ、後者は、前者の上を覆うエンベロープの形態にある。2つの構成要素は、胃における崩壊に耐える役目を果たし、内側構成要素が、十二指腸に無傷で通過するか、または放出の遅延を可能にする腸溶性層によって分離されることができる。各種の材料を、そのような腸溶性層またはコーティングのために使用することができ、そのような材料としては、いくつかのポリマー酸、ならびにポリマー酸とセラック、セチルアルコール、および酢酸セルロースなどの材料との混合物が挙げられる。
【0273】
好適な乳剤は、INTRALIPID(商標)、LIPOSYN(商標)、INFONUTROL(商標)、LIPOFUNDIN(商標)、およびLIPIPHYSAN(商標)などの市販の脂肪乳剤を使用して調製することができる。活性成分は、事前に混合された乳剤組成物に溶解させてもよく、あるいは、油(例えば、大豆油、サフラワー油、綿実油、ゴマ油、トウモロコシ油、またはアーモンド油)に溶解させて、リン脂質(例えば、卵リン脂質、大豆リン脂質、または大豆レシチン)および水と混合する際に乳剤を形成することができる。乳剤の張度を調整するために、他の成分、例えば、グリセロールまたはグルコースを添加することができることが認識されるであろう。好適な乳剤は、典型的には、最高で約20%まで、例えば、約5~約20%の間の油を含有する。脂肪乳剤は、好適なサイズを有する脂肪液滴を含むことができ、約5.5~約8.0の範囲のpHを有することができる。
【0274】
吸入または吹送のための医薬組成物は、薬学的に許容される水性もしくは有機溶媒、またはその混合物中の溶液および懸濁物、ならびに粉末を含む。液体または固形組成物は、上で示される好適な薬学的に許容される賦形剤を含有することができる。一部の態様では、組成物は、局所または全身効果のために、経口または鼻呼吸経路によって投与される。
【0275】
薬学的に許容される溶媒中の組成物は、気体の使用によって噴霧されることができる。噴霧される溶液は、噴霧デバイスから直接吸い込まれることができ、または噴霧デバイスを、フェイスマスク、テントもしくは間欠的陽圧呼吸器に取り付けることができる。溶液、懸濁物、または粉末組成物は、適切な様式で製剤を送達するデバイスから投与することができる。
【0276】
治療適用
本開示の一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、ベクター、脂質ナノ粒子、および/または医薬組成物(本明細書でまとめて「組成物」とも称される)は、疾患または障害を処置するために使用される。ある特定の態様では、疾患または障害は、がんを含む。処置され得るがんの非限定的な例は、本開示の他の箇所に提供される。
【0277】
一部の態様では、本明細書に記載される組成物のいずれかの有効量は、好適な経路、例えば、腫瘍内投与、静脈内投与(例えば、ボーラスとして、またはある期間にわたる持続注入によって)を介して、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内(intracerebospinal)、皮下、関節内、滑膜内、髄腔内、経口、吸入、または局部経路によって、それを必要とする対象に投与される。ジェット噴霧器および超音波噴霧器を含む液体製剤のための市販の噴霧器が、投与のために有用である。液体製剤は、噴霧することができ、凍結乾燥粉末は、再構成後に噴霧することができる。一部の態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、フッ化炭素製剤および定量吸入器を使用して、エアロゾル化されるか、または凍結乾燥および破砕された粉末として吸入される。一部の態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、腫瘍内注射のために製剤化される。一部の態様では、本明細書に記載される医薬組成物は、局所経路を介して対象に投与され、例えば、腫瘍部位または感染部位などの局所部位に注射される。一部の態様では、対象は、ヒトである。
【0278】
本開示から明らかであるように、一部の態様では、本明細書に記載される組成物は、単独で、または1つもしくは複数の他の活性薬剤と組み合わせてのいずれかで、治療効果を付与するための有効量で対象に投与される。一部の態様では、組成物は、がんを患っている対象に投与され、治療効果は、低減された腫瘍負荷、がん細胞の低減、増加した免疫活性、またはそれらの組合せを含む。投与された組成物(例えば、脂質ナノ粒子)が治療効果を達成したかどうかは、当技術分野において公知の任意の好適な方法(例えば、腫瘍体積および/またはT細胞活性を測定する)を使用して決定され得る。有効量は、当業者によって認識されるように、処置される特定の状態、状態の重症度、年齢、健康状態、サイズ、性別および体重を含む個々の患者のパラメーター、処置の持続期間、併用療法(もしあれば)の性質、投与の特定の経路、ならびに医療従事者の専門知識内の同様な要因に応じて変わる。
【0279】
半減期などの経験的な考慮事項は、一般に、投薬量の決定に寄与する。投与の頻度は、治療の間にわたって決定および調整され得、必ずしもそうではないが、一般に、標的疾患/障害の処置および/または抑制および/または回復および/または遅延に基づく。あるいは、本明細書に記載される組成物(例えば、脂質ナノ粒子)の持続的連続放出製剤が適切であり得る。持続放出を達成するためのさまざまな製剤およびデバイスが、当技術分野において公知である。
【0280】
本開示の一部の態様では、処置は、本明細書に開示される組成物の単回注射である。一部の態様では、単回注射は、それを必要とする対象に腫瘍内投与される。
【0281】
本開示の一部の態様では、本明細書に記載される組成物のための投薬量は、組成物(例えば、本明細書に記載される脂質ナノ粒子)の1回または複数の投与が与えられた個体において経験的に決定され得る。一部の態様では、個体は、本明細書に記載される組成物の漸増投薬量を与えられる。本明細書の組成物の有効性を評価するために、疾患/障害の指標が追跡され得る。数日またはそれよりも長くにわたる反復投与のために、状態に応じて、一部の態様では、所望の症状の抑制が起こるまで、あるいは十分な治療レベルが達成されて、標的疾患もしくは障害またはその症状が軽減されるまで、処置は持続される。
【0282】
本開示の一部の態様では、投薬頻度は、1週間ごとに約1回、2週間ごとに約1回、3週間ごとに約1回、4週間ごとに約1回、5週間ごとに約1回、6週間ごとに約1回、7週間ごとに約1回、8週間ごとに約1回、9週間ごとに約1回、もしくは10週間ごとに約1回;あるいは1か月ごと、約2か月ごと、もしくは約3か月ごと、またはそれよりも長い期間ごとに約1回である。使用される本明細書に記載される組成物(例えば、脂質ナノ粒子)の投薬レジメン(例えば、投薬量および/または投薬頻度)は、時間にわたり変えることができる。
【0283】
本開示の一部の態様では、方法は、1用量または複数回用量の本明細書に記載される組成物をそれを必要とする対象に投与することを含む。
【0284】
組成物(例えば、本明細書に記載される脂質ナノ粒子)の適切な投薬量は、特定の組成物(例えば、脂質ナノ粒子)、疾患/障害(例えば、がん)の種類および重症度、組成物(例えば、脂質ナノ粒子)が予防または治療目的のために投与されるか、以前の治療、対象の病歴および組成物(例えば、脂質ナノ粒子)への応答、ならびに主治医の裁量に依存する。一部の態様では、臨床医は、所望の結果を達成する投薬量に達するまで、本明細書に開示される組成物を投与することができる。一部の態様では、所望の結果は、腫瘍負荷の減少、がん細胞の減少、または増加した免疫活性である。1つまたは複数の本明細書に記載される組成物の投与は、例えば、レシピエントの生理学的状態、投与の目的が治療的または予防的であるか、および当業者に公知の他の要因に応じて、連続的または断続的であり得る。本明細書に記載される組成物の投与は、事前に選択された期間にわたって本質的に連続的であり得るか、または、例えば、標的疾患もしくは障害が発生する前、その間、もしくはその後のいずれかに、一連の間隔をおいた用量であり得る。
【0285】
本明細書で使用される場合、標的疾患/障害を軽減することは、疾患の発生もしくは進行を遅延させること、または疾患の重症度を低減することを含む。疾患を軽減することは、必ずしも治癒的結果を必要としない。本明細書で使用される場合、標的疾患または障害の発生を「遅延させること」は、疾患の進行を、延ばす、妨げる、減速させる、遅滞させる、安定化する、および/または遅らせることを意味する。この遅延は、処置される疾患および/または対象の病歴に応じて、さまざまな時間の長さであり得る。疾患の発生を遅延させるもしくは軽減する、または疾患の開始を遅延させる方法は、方法を使用しないときと比較した場合に、所与の時間枠において疾患の1つもしくは複数の症状を発生する確率を低減する、および/または所与の時間枠において症状の程度を低減する方法である。そのような比較は、典型的には、統計学的に有意な結果を与えるのに十分な対象の数を使用した臨床研究に基づく。
【0286】
一部の態様では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、またはそれよりも高くin vivoで腫瘍負荷またはがん細胞成長を低減するのに十分な量で、それを必要とする対象に投与される。一部の態様では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、少なくとも約30%、少なくとも約40%、少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、またはそれよりも高く免疫活性を増加させるのに有効な量で投与される。
【0287】
一部の態様では、組成物(例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチド、ベクター、脂質ナノ粒子、または医薬組成物)を対象に投与することで、対象におけるT細胞活性などの免疫活性を増強する。ある特定の態様では、免疫活性は、参照対象(例えば、組成物の投与前の対象、または組成物の投与に反応性ではなかった対応する対象)の免疫活性と比較して、少なくとも約0.5倍、少なくとも約1倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約15倍、少なくとも約20倍、少なくとも約25倍、少なくとも約50倍、またはそれよりも高く増強または増加される。
【0288】
一部の態様では、対象は、がんを有するか、がんを有すると疑われるか、またはがんについてのリスクがあるヒトである。一部の態様では、がんは、黒色腫、扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺癌、肺扁平上皮癌、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がん、膵臓がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、ヘパトーム、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜または子宮がん、唾液腺癌、腎臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓癌、胃がん、および扁平上皮細胞頭頚部がんを含むさまざまな種類の頭頸部がんからなる群より選択される。一部の態様では、がんは、黒色腫、肺がん、結腸直腸がん、腎細胞がん、尿路上皮癌、またはホジキンリンパ腫であり得る。
【0289】
標的疾患または障害を有する対象は、慣例的な健康診断、例えば、臨床検査、臓器機能検査、CTスキャン、または超音波によって特定することができる。標的疾患または障害を有すると疑われる対象は、疾患または障害の1つまたは複数の症状を示す可能性がある。疾患または障害についてのリスクがある対象は、その疾患または障害に関連するリスク因子の1つまたは複数を有する対象であり得る。疾患または障害のリスクがある対象は、慣例的な医療行為によって特定することもできる。
【0290】
一部の態様では、本明細書に記載される組成物は、少なくとも1つの追加の好適な治療剤と共投与される。一部の態様では、少なくとも1つの追加の好適な治療剤は、抗がん剤、抗ウイルス剤、抗細菌剤、または本明細書に記載される組成物(例えば、脂質ナノ粒子)の免疫刺激効果を増強および/もしくは補完する役目を果たす他の薬剤を含む。本明細書に記載される組成物と組み合わせて使用され得る追加の治療剤のさらなる例としては、化学療法薬、標的化抗がん療法、腫瘍溶解薬、細胞傷害剤、免疫に基づく療法、サイトカイン、外科的処置、放射線処置、共刺激分子の活性化剤、免疫チェックポイント阻害剤、ワクチン、細胞免疫療法、またはそれらの任意の組合せが挙げられる。一部の態様では、本明細書に記載される組成物、および少なくとも1つの追加の治療剤は、逐次的な様式で対象に投与される、すなわち、各治療剤は、異なる時間に投与される。一部の態様では、本明細書に記載される組成物、および少なくとも1つの追加の治療剤は、実質的に同時の様式で対象に投与される。
【0291】
本明細書に記載される組成物および別の抗がん剤(例えば、化学療法剤)の任意の組合せを、がんを処置するために任意の順番で使用することができることが当業者に認識されるであろう。本明細書に記載される組合せは、限定されるものではないが、腫瘍形成もしくは腫瘍成長を低減すること、がん細胞を低減すること、免疫活性を増加させること、および/またはがんに関連する少なくとも1つの症状を軽減することについての有効性、あるいは組合せの別の薬剤の副作用を緩和することについての有効性を含むいくつかの要因に基づいて選択することができる。例えば、本明細書に記載される併用療法は、組合せの各個々のメンバーに関連する副作用のいずれか、例えば、抗がん剤に関連する副作用を低減することができる。
【0292】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、化学療法、放射線療法、手術療法、免疫療法、またはそれらの組合せである。一部の態様では、化学療法剤は、カルボプラチン、シスプラチン、ドセタキセル、ゲムシタビン、nab-パクリタキセル(nab-paclitexal)、ペメトレキセド、ビノレルビン、またはそれらの組合せである。一部の態様では、放射線療法は、電離放射線、ガンマ線、中性子ビーム放射線療法、電子ビーム放射線療法、陽子療法、近接照射療法、全身放射性同位元素、放射線増感剤、またはそれらの組合せである。一部の態様では、手術療法は、根治的手術(例えば、腫瘍除去手術)、予防的手術、腹腔鏡手術、レーザー手術、またはそれらの組合せである。一部の態様では、免疫療法は、養子細胞移入、治療がんワクチン、またはそれらの組合せである。
【0293】
一部の態様では、化学療法剤は、白金剤(platinating agent)、例えば、カルボプラチン、オキサリプラチン、シスプラチン、ネダプラチン、サトラプラチン、ロバプラチン、トリプラチン、四硝酸塩、ピコプラチン、プロリンダク、アロプラチン、および他の誘導体;トポイソメラーゼI阻害剤、例えば、カンプトテシン、トポテカン、イリノテカン/SN38、ルビテカン、ベロテカン、および他の誘導体;トポイソメラーゼII阻害剤、例えば、エトポシド(VP-16)、ダウノルビシン、ドキソルビシン剤(例えば、ドキソルビシン、ドキソルビシンHCl、ドキソルビシンアナログ、またはリポソーム中のドキソルビシンおよびその塩もしくはアナログ)、ミトキサントロン、アクラルビシン、エピルビシン、イダルビシン、アムルビシン、アムサクリン、ピラルビシン、バルルビシン、ゾルビシン、テニポシド、および他の誘導体;代謝拮抗薬、例えば、葉酸ファミリー(メトトレキセート、ペメトレキセド、ラルチトレキセド、アミノプテリン、および関連物);プリンアンタゴニスト(チオグアニン、フルダラビン、クラドリビン、6-メルカプトプリン、ペントスタチン、クロファラビン、および関連物)およびピリミジンアンタゴニスト(シタラビン、フロクスウリジン、アザシチジン、テガフール、カルモフール、カペシタビン(Capacitabine)、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、5-フルオロウラシル(5FU)、および関連物);アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード(例えば、シクロホスファミド、メルファラン、クロラムブシル、メクロレタミン、イホスファミド、トロホスファミド、プレドニムスチン、ベンダムスチン、ウラムスチン、エストラムスチン、および関連物);ニトロソウレア(例えば、カルムスチン、ロムスチン、セムスチン、フォテムスチン、ニムスチン、ラニムスチン、ストレプトゾシン、および関連物);トリアゼン(例えば、ダカルバジン、アルトレタミン、テモゾロミド、および関連物);アルキルスルホネート(例えば、ブスルファン、マンノスルファン、トレオスルファン、および関連物);プロカルバジン;ミトブロニトール、およびアジリジン(例えば、カルボコン、トリアジクオン、チオテパ、トリエチレンメラミン(triethylenemalamine)、および関連物);抗生物質、例えば、ヒドロキシウレア、アントラサイクリン(例えば、ドキソルビシン剤、ダウノルビシン、エピルビシン、および他の誘導体);アントラセンジオン(例えば、ミトキサントロンおよび関連物);Streptomycesファミリー(例えば、ブレオマイシン、マイトマイシンC、アクチノマイシン、プリカマイシン);紫外光;ならびにそれらの組合せである。
【0294】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、抗体である。抗体(好ましくは、モノクローナル抗体)は、さまざまなメカニズムを通して、がん細胞に対するそれらの治療効果を達成する。それらは、アポトーシスまたはプログラム細胞死を生じさせる際に直接的な効果を有することができる。それらは、例えば、増殖因子受容体などのシグナル伝達経路の構成要素をブロックし、腫瘍細胞の増殖を効率的に阻むことができる。モノクローナル抗体を発現する細胞では、それらは、抗イディオタイプ抗体形成を引き起こすことができる。間接的な効果としては、単球およびマクロファージなどの細胞傷害を有する細胞を動員することが挙げられる。この種類の抗体媒介性細胞死滅は、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)と呼ばれる。抗体は、補体も結合し、補体依存性細胞傷害(CDC)として公知の直接的な細胞毒性をもたらす。手術法と免疫療法薬または方法を組み合わせることは、例えば、Gadri et al. 2009: Synergistic effect of dendritic cell vaccination and anti-CD20 antibody treatment in the therapy of murine lymphoma. J Immunother. 32(4): 333-40において実証されるように、成功裏のアプローチである。以下のリストは、本発明と組み合わせて使用することができる抗がん抗体および可能性がある抗体標的(括弧内)の一部の非限定的な例を提供する:アバゴボマブ(CA-125)、アブシキシマブ(CD41)、アデカツムマブ(EpCAM)、アフツズマブ(CD20)、アラシズマブペゴル(VEGFR2)、アルツモマブペンテテート(CEA)、アマツキシマブ(MORAb-009)、アナツモマブマフェナトックス(TAG-72)、アポリズマブ(HLA-DR)、アルシツモマブ(CEA)、バビツキシマブ(ホスファチジルセリン)、ベクツモマブ(CD22)、ベリムマブ(BAFF)、ベバシズマブ(VEGF-A)、ビバツズマブメルタンシン(CD44 v6)、ブリナツモマブ(CD19)、ブレンツキシマブベドチン(CD30 TNFRSF8)、カンツズマブメルタンシン(ムチンCanAg)、カンツズマブラブタンシン(MUC1)、カプロマブペンデチド(前立腺癌細胞)、カルルマブ(CNT0888)、カツマキソマブ(EpCAM、CD3)、セツキシマブ(EGFR)、シタツズマブボガトクス(EpCAM)、シズツムマブ(IGF-1受容体)、クローディキシマブ(クローディン)、クリバツズマブテトラキセタン(MUC1)、コナツムマブ(TRAIL-R2)、ダセツズマブ(CD40)、ダロツズマブ(インスリン様増殖因子I受容体)、デノスマブ(RANKL)、デツモマブ(Bリンパ腫細胞)、ドロジツマブ(DR5)、エクロメキシマブ(GD3ガングリオシド)、エドレコロマブ(EpCAM)、エロツズマブ(SLAMF7)、エナバツズマブ(PDL192)、エンシツキシマブ(NPC-1C)、エプラツズマブ(CD22)、エルツマキソマブ(HER2/neu、CD3)、エタラシズマブ(インテグリンαvβ3)、ファルレツズマブ(葉酸受容体1)、FBTA05(CD20)、フィクラツズマブ(SCH900105)、フィギツムマブ(IGF-1受容体)、フランボツマブ(糖タンパク質75)、フレソリムマブ(TGF-β)、ガリキシマブ(CD80)、ガニツマブ(IGF-I)、ゲムツズマブオゾガマイシン(CD33)、ゲボキズマブ(IL-1β)、ギレンツキシマブ(炭酸脱水酵素9(CA-IX))、グレンバツムマブベドチン(GPNMB)、イブリツモマブチウキセタン(CD20)、イクルクマブ(VEGFR-1)、イゴボマ(Igovoma)(CA-125)、インダツキシマブラブタンシン(SDC1)、インテツムマブ(CD51)、イノツズマブオゾガマイシン(CD22)、イピリムマブ(CD152)、イラツムマブ(CD30)、ラベツズマブ(CEA)、レクサツムマブ(TRAIL-R2)、リビビルマブ(B型肝炎表面抗原)、リンツズマブ(CD33)、ロルボツズマブメルタンシン(CD56)、ルカツムマブ(CD40)、ルミリキシマブ(CD23)、マパツムマブ(TRAIL-R1)、マツズマブ(EGFR)、メポリズマブ(IL-5)、ミラツズマブ(CD74)、ミツモマブ(GD3ガングリオシド)、モガムリズマブ(CCR4)、モキセツモマブパスドトクス(CD22)、ナコロマブタフェナトクス(C242抗原)、ナプツモマブエスタフェナトクス(5T4)、ナルナツマブ(RON)、ネシツムマブ(EGFR)、ニモツズマブ(EGFR)、ニボルマブ(IgG4)、オファツムマブ(CD20)、オララツマブ(PDGF-R α)、オナルツズマブ(ヒト散乱因子受容体キナーゼ(human scatter factor receptor kinase))、オポルツズマブモナトクス(EpCAM)、オレゴボマブ(CA-125)、オキセルマブ(OX-40)、パニツムマブ(EGFR)、パトリツマブ(HER3)、ペムツモマブ(Pemtumoma)(MUC1)、ペルツズマブ(Pertuzuma)(HER2/neu)、ピンツモマブ(腺癌抗原)、プリツムマブ(ビメンチン)、ラコツモマブ(N-グリコリルノイラミン酸)、ラドレツマブ(フィブロネクチンエクストラドメイン-B)、ラフィビルマブ(狂犬病ウイルス糖タンパク質)、ラムシルマブ(VEGFR2)、リロツムマブ(HGF)、リツキシマブ(CD20)、ロバツムマブ(IGF-1受容体)、サマリズマブ(CD200)、シブロツズマブ(FAP)、シルツキシマブ(IL-6)、タバルマブ(BAFF)、タカツズマブテトラキセタン(アルファ-フェトプロテイン)、タプリツモマブパプトクス(CD19)、テナツモマブ(テネイシンC)、テプロツムマブ(CD221)、チシリムマブ(CTLA-4)、ティガツズマブ(TRAIL-R2)、TNX-650(IL-13)、トシツモマブ(CD20)、トラスツズマブ(HER2/neu)、TRBS07(GD2)、トレメリムマブ(CTLA-4)、ツコツズマブセルモロイキン(EpCAM)、ウブリツキシマブ(MS4A1)、ウレルマブ(4-1BB)、ボロシキシマブ(インテグリンα5β1)、ボツムマブ(腫瘍抗原CTAA16.88)、ザルツムマブ(EGFR)、ザノリムマブ(CD4)。
【0295】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、融合タンパク質、またはそれらの組合せである。ケモカインの例としては、限定されるものではないが、CCR7ならびにそのリガンドのCCL19およびCCL21、さらにまた、CCL2、CCL3、CCL5、およびCCL16が挙げられる。他の例は、CXCR4、CXCR7およびCXCL12である。さらにまた、共刺激分子または調節分子、例えば、B7リガンド(B7.1およびB7.2)などが有用である。例えば、インターロイキン、特に(例えば、IL-1からIL17)、インターフェロン(例えば、IFNアルファ1からIFNアルファ8、IFNアルファ10、IFNアルファ13、IFNアルファ14、IFNアルファ16、IFNアルファ17、IFNアルファ21、IFNベータ1、IFNW、IFNE1およびIFNK)、造血因子、TGF(例えば、TGF-α、TGF-β、およびTGFファミリーの他のメンバー)、限定されるものではないが、41BB、41BB-L、CD137、CD137L、CTLA-4GITR、GITRL、Fas、Fas-L、TNFR1、TRAIL-R1、TRAIL-R2、p75NGF-R、DR6、LT.ベータ.R、RANK、EDAR1、XEDAR、Fn114、Troy/Trade、TAJ、TNFRII、HVEM、CD27、CD30、CD40、4-1BB、OX40、GITR、GITRL、TACI、BAFF-R、BCMA、RELT、およびCD95(Fas/APO-1)を含む受容体の腫瘍壊死因子ファミリーの最終メンバーおよびそれらのリガンド、ならびに他の共刺激分子、グルココルチコイド誘導TNFR関連タンパク質、TNF受容体関連アポトーシス媒介タンパク質(TRAMP)、ならびに細胞死受容体6(DR6)などの他のサイトカインも有用である。特に、CD40/CD40LおよびOX40/OX40Lは、T細胞の生存および増殖に対するそれらの直接的な影響を理由として、併用免疫療法のための重要な標的である。総説について、Lechner et al. 2011: Chemokines, costimulatory molecules and fusion proteins for the immunotherapy of solid tumors. Immunotherapy 3 (11), 1317-1340を参照されたい。
【0296】
一部の態様では、他の抗がん治療薬は、細菌処置である。研究者らは、酸素が不十分な腫瘍の内側を破壊するためにClostridium novyiなどの嫌気性細菌を使用している。次いで、これらは、腫瘍の酸素化された側と接触すると死滅するはずであり、それらが、身体の残りの部分に無害であろうことを意味する。別の戦略は、非毒性プロドラッグを毒性薬物に変換することができる酵素で形質転換された嫌気性細菌を使用することである。腫瘍の壊死および低酸素エリアにおける細菌の増殖により、酵素は、腫瘍中でのみ発現される。したがって、全身的に適用されたプロドラッグは、腫瘍においてのみ毒性薬物に代謝される。これは、非病原性嫌気性生物のClostridium sporogenesで有効であることが実証されている。
【0297】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、キナーゼ阻害剤である。がん細胞の成長および生存は、キナーゼ活性の調節解除と密接に連動する。正常なキナーゼ活性を修復し、したがって腫瘍成長を低減するために、幅広い範囲の阻害剤が使用されている。標的化キナーゼの群は、受容体チロシンキナーゼ、例えば、BCR-ABL、B-Raf、EGFR、HER-2/ErbB2、IGF-IR、PDGFR-α、PDGFR-β、c-Kit、Flt-4、Flt3、FGFR1、FGFR3、FGFR4、CSF1R、c-Met、RON、c-Ret、ALK、細胞質チロシンキナーゼ、例えば、c-SRC、c-YES、Abl、JAK-2、セリン/トレオニンキナーゼ、例えば、ATM、Aurora AおよびB、CDK、mTOR、PKCi、PLK、b-Raf、S6K、STK11/LKB1、ならびに脂質キナーゼ、例えば、PI3K、SK1を含む。小分子キナーゼ阻害剤は、例えば、PHA-739358、ニロチニブ、ダサチニブ、およびPD166326、NSC 743411、ラパチニブ(GW-572016)、カネルチニブ(CI-1033)、セマキシニブ(SU5416)、バタラニブ(PTK787/ZK222584)、スーテント(SU11248)、ソラフェニブ(BAY 43-9006)、ならびにレフルノミド(SU101)である。より多くの情報について、例えば、Zhang et al. 2009: Targeting cancer with small molecule kinase inhibitors. Nature Reviews Cancer 9, 28-39を参照されたい。
【0298】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、トール様受容体である。トール様受容体(TLR)ファミリーのメンバーは、自然免疫および適応免疫の間の重要なリンクであり、多くのアジュバントの効果は、TLRの活性化に依拠する。多数の確立されたがんに対するワクチンには、ワクチン応答をブーストするために、TLRに対するリガンドを組み込まれている。TLR2以外に、TLR3、TLR4、特に、TLR7およびTLR8が、受動免疫療法アプローチにおいてがん治療のために検討されている。密接に関連するTLR7およびTLR8は、免疫細胞、腫瘍細胞、および腫瘍微小環境に影響を及ぼすことによって、抗腫瘍応答に寄与し、ヌクレオシドアナログ構造によって活性化されることができる。すべてのTLRは、単独で動作する免疫療法薬またはがんワクチンアジュバントとして使用されており、本開示の製剤および方法と相乗的に組み合わされることができる。より多くの情報について、van Duin et al. 2005: Triggering TLR signaling in vaccination. Trends in Immunology, 27(1):49-55を参照されたい。
【0299】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、血管新生阻害剤である。血管新生阻害剤は、腫瘍が生存するために必要な血管の広範な成長(血管新生)を防止する。腫瘍細胞の栄養素および酸素の需要の増加に合わせて腫瘍細胞によって促進される血管新生は、例えば、異なる分子を標的化することによってブロックすることができる。本開示と組み合わされることができる血管新生媒介分子または血管新生阻害剤の非限定的な例は、可溶性VEGF(VEGFアイソフォームのVEGF121およびVEGF165、受容体のVEGFR1、VEGFR2、ならびに共受容体のニューロピリン-1およびニューロピリン-2)1およびNRP-1、アンジオポエチン2、TSP-1およびTSP-2、アンジオスタチンおよび関連分子、エンドスタチン、バソスタチン、カルレティキュリン、血小板因子-4、TIMPおよびCDAI、Meth-1およびMeth-2、IFN-α、-βおよび-γ、CXCL10、IL-4、-12および-18、プロトロンビン(クリングルドメイン-2)、アンチトロンビンIII断片、プロラクチン、VEGI、SPARC、オステオポンチン、マスピン、カンスタチン、プロリフェリン関連タンパク質、レスチン、ならびに例えば、ベバシズマブ、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、TNP-470、CM101、IFN-α、血小板因子-4、スラミン、SU5416、トロンボスポンジン、VEGFRアンタゴニスト、血管新生抑制ステロイド+ヘパリン、軟骨由来血管新生阻害因子、マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤、2-メトキシエストラジオール、テコガラン、テトラチオモリブデート、サリドマイド、トロンボスポンジン、プロラクチン(prolactina)Vβ3阻害剤、リノミド、タスキニモドのような薬物であり、総説について、Schoenfeld and Dranoff 2011: Anti-angiogenesis immunotherapy. Hum Vaccin. (9):976-81を参照されたい。
【0300】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、ウイルス系ワクチンである。利用可能なまたは開発中のいくつかのウイルス系がんワクチンがあり、これらは、本開示の製剤と一緒に併用治療アプローチにおいて使用することができる。そのようなウイルスベクターの使用の1つの利益は、免疫応答を開始するそれらの固有の能力であり、ウイルス感染の結果として起こる炎症反応は、免疫活性化に必要な危険シグナルを生じる。理想的なウイルスベクターは、抗腫瘍特異的応答をブーストすることを可能するために、安全であるべきであり、かつ抗ベクター免疫応答を導入してはならない。ワクシニアウイルス、単純ヘルペスウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルスおよびトリポックスウイルスなどの組換えウイルスは、動物腫瘍モデルにおいて使用されており、それらの有望な結果に基づいて、ヒト臨床試験が開始されている。特に重要なウイルス系ワクチンは、ウイルスの外皮由来のある特定のタンパク質を含有する小粒子のウイルス様粒子(VLP)である。ウイルス様粒子は、ウイルス由来の任意の遺伝子材料を含有せず、感染を引き起こすことができないが、それらは、それらの外皮上に腫瘍抗原を提示するように構築されることができる。VLPは、例えば、B型肝炎ウイルス、またはパルボウイルス科(例えば、アデノ随伴ウイルス)、レトロウイルス科(例えば、HIV)、およびフラビウイルス科(例えば、C型肝炎ウイルス)を含む他のウイルス科などのさまざまなウイルスに由来することができる。一般的な総説については、Sorensen and Thompsen 2007: Virus-based immunotherapy of cancer: what do we know and where are we going? APMIS 115(11):1177-93を参照されたい;がんに対するウイルス様粒子については、Buonaguro et al. 2011: Developments in virus-like particle-based vaccines for infectious diseases and cancer. Expert Rev Vaccines 10(11):1569-83;およびGuillen et al. 2010: Virus-like particles as vaccine antigens and adjuvants: application to chronic disease, cancer immunotherapy and infectious disease preventive strategies. Procedia in Vaccinology 2 (2), 128-133に総説されている。
【0301】
一部の態様では、他の抗がん治療剤は、ペプチド系標的療法である。ペプチドは、細胞表面受容体、または腫瘍の周囲の影響を受けた細胞外基質に結合することができる。これらのペプチド(例えば、RGD)に付着する放射性核種は、核種が細胞の近辺で減衰する場合に、最終的に、がん細胞を死滅させる。特に、これらの結合モチーフのオリゴマーまたはマルチマーは、これが増強された腫瘍特異性およびアビディティーをもたらすことができるので、非常に興味深いものである。非限定的な例について、Yamada 2011: Peptide-based cancer vaccine therapy for prostate cancer, bladder cancer, and malignant glioma. Nihon Rinsho 69(9): 1657-61を参照されたい。
【0302】
一部の態様では、本明細書に記載されるポリヌクレオチド(例えば、単離されたポリヌクレオチド)の治療適用は、コードされたIL-12タンパク質を産生することを含む。したがって、一部の態様では、本開示は、IL-12タンパク質を産生する方法に関する。ある特定の態様では、方法は、コードされたIL-12タンパク質を産生するために好適な条件下で、細胞を、本明細書に記載される組成物(例えば、ポリヌクレオチド、ベクター、および/または脂質ナノ粒子)のいずれかと接触させることを含む。一部の態様では、方法は、産生したIL-12タンパク質を精製することをさらに含む。一部の態様では、接触させることは、in vivoで(例えば、ポリヌクレオチド、ベクター、および/または脂質ナノ粒子を対象に投与することにより)起こる。一部の態様では、接触させることは、ex vivoで(例えば、in vitroで、ポリヌクレオチド、ベクター、および/または脂質ナノ粒子と共に細胞を培養することにより)起こる。ポリヌクレオチド、ベクター、および/または脂質ナノ粒子を含む細胞(例えば、宿主細胞)は、本明細書に包含される。使用され得る細胞の非限定的な例としては、不死化ハイブリドーマ細胞、NS/0骨髄腫細胞、293細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、HeLa細胞、ヒト羊水由来細胞(CapT細胞)、COS細胞、またはそれらの組合せが挙げられる。
【0303】
治療における使用のためのキット
本開示は、疾患もしくは障害(例えば、がん(例えば、黒色腫、肺がん、結腸直腸がん、または腎細胞がん))に対する免疫療法における使用のため、および/または疾患もしくは障害(例えば、がん)についてのリスクを処置もしくは低減するためのキットも提供する。一部の態様では、キットは、本明細書に記載される組成物を含む1つまたは複数の容器を含む。
【0304】
一部の態様では、キットは、本明細書に記載される方法のいずれかに従った使用についての指示を含む。例えば、含まれる指示は、標的疾患を処置し、その開始を遅延させ、または軽減するための本明細書に記載される医薬組成物の投与の説明を含み得る。一部の態様では、指示は、本明細書に記載される組成物を標的疾患/障害(例えば、がん)のリスクがある対象に投与する説明を含む。
【0305】
一部の態様では、指示は、投薬量の情報、投薬スケジュール、および投与の経路を含む。一部の態様では、容器は、単位用量、バルクパッケージ(例えば、複数回用量パッケージ)、または部分単位(sub-unit)用量である。一部の態様では、指示は、標識または添付文書(例えば、キットに含まれる紙シート)における書面での指示である。一部の態様では、指示は、機械可読指示(例えば、磁気または光学保存ディスクに入れられた指示)である。
【0306】
一部の態様では、標識または添付文書は、本明細書に開示される薬組成物が、本明細書に記載されるものなどのがんに関連する疾患または障害を処置する、その開始を遅延させる、および/または軽減するために使用されることを示す。指示は、本明細書に記載される方法のいずれかを実施するために提供されることができる。
【0307】
一部の態様では、本明細書に記載されるキットは、好適な包装中にある。一部の態様では、好適なパッキングは、バイアル、ボトル、ジャー、可撓性包装(例えば、密封Mylarまたはプラスチックバッグ)、またはそれらの組合せを含む。一部の態様では、包装は、吸入器、鼻投与デバイス(例えば、アトマイザー)、またはミニポンプなどの注入デバイスなどの特定のデバイスと組み合わせた使用のためのパッケージを含む。一部の態様では、キットは、無菌アクセスポートを含む(例えば、容器は、皮下注射針によって穿孔可能な栓を有する静脈内溶液用バッグまたはバイアルであり得る)。一部の態様では、容器はまた、無菌アクセスポートを有することができる(例えば、容器は、皮下注射針によって穿孔可能な栓を有する静脈内溶液用バッグまたはバイアルであり得る)。一部の態様では、少なくとも1つの活性薬剤は、本明細書に記載される組成物である。
【0308】
一部の態様では、キットは、緩衝液および説明情報などの追加の構成要素をさらに含む。一部の態様では、キットは、容器、および容器上のまたはそれに関連する標識もしくは添付文書を含む。一部の態様では、本開示は、本明細書に記載されるキットの内容物を含む製品を提供する。
【0309】
一般技法
本開示の実施は、他に指示されない限り、当技術分野の技能内である分子生物学(組換え技法を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学および免疫学の従来の技法を用いる。分子クローニング:A Laboratory Manual, second edition(Sambrook, et al., 1989) Cold Spring Harbor Press;Oligonucleotide Synthesis(M.J. Gait, ed., 1984);Methods in Molecular Biology, Humana Press;細胞生物学:A Laboratory Notebook(J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press;Animal Cell Culture(R. I. Freshney, ed. 1987);Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P. Mather and P.E. Roberts, 1998) Plenum Press;細胞および組織培養:Laboratory Procedures(A. Doyle, J.B. Giffiths, and D.G. Newell, eds., 1993-8) J. Wiley and Sons;Method of Enzymology(Academic Press, Inc.);Handbook of Experimental Immunology(D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M. Miller and M.P. Calos, eds., 1987);Current Protocols in Molecular Biology(F.M. Ausubel, et al., eds., 1987):PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis, et al., eds., 1994);Current Protocols in Immunology(J.E. Coligan et al., eds., 1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons, 1999);Immunobiology(C.A. Janeway and P. Travers, 1997);Antibodies(P. Finch, 1997);抗体:a practical approach(D. Catty, ed., IRL Press, 1988-1989);モノクローナル抗体:a practical approach(P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000);抗体の使用:a laboratory manual(E. Harlow and D. Lane, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999);The Antibodies(M. Zanette and J.D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995)。さらなる労作なしで、当業者は、上の記載に基づいて、本開示をその最大限度まで利用することができると考えられる。本明細書に引用されるすべての刊行物(本開示の上記および他の箇所に列挙されるものを含む)は、それらの全体が参照により組み込まれる。
【実施例
【0310】
(実施例1)
IL-12をコードするヌクレオチド配列の構築
本明細書に開示されるポリヌクレオチド(すなわち、IL-12タンパク質をコードする核酸分子を含む)を構築するために、以下の材料および方法を使用した。
【0311】
鋳型調製
レプリコンRNAのために、ペイロードを含有するVEEレプリコンベクターを調製した。使用したVEEレプリコンベクター骨格は、以下の改変の1つまたは複数を含んでいた:(i)「A3G」:発現を増強するTC-83 VEE骨格の5’UTRにおける変化を表す(例えば、Kulasegaran-Shylini, R., et al., Virology 287: 211-221 (2009)を参照されたい);(ii)「+E1」:VEE「E1」コード領域の3’末端が含まれていたことを示す;(iii)「-E1」:VEE「E1」コード領域の3’末端が含まれていなかったことを示す;(iv)「代替」:例えば、AddGeneカタログ番号58977;およびYoshioka, N., et al., Cell Stem Cell. 13(2):246-54 (2013)に記載されるVEEレプリコン骨格配列を表す;(v)「進化」:VEEレプリコン発現を増強するとして特定された一連の変異(例えば、Li, Y., et al., Scientific Reports 9:6932 (2019)を参照されたい)が含まれていたことを示す。
【0312】
そのようなベクターを調製する方法は、当技術分野において公知である。ベクタープラスミドは、以下の通り、I-SceIを使用してさらに線状化した。簡潔には、1μgのレプリコンプラスミドベクターを、CutSmart緩衝液中、I-SceIで、37℃で1時間処理した。次いで、酵素を、65℃で20分間、熱失活させた。異なる構成要素の濃度および体積を表3(下記)に提供する。
【0313】
実施例で使用された追加ベクターを、以下の通り調製した。代替進化-E1 SGP傷ベクターを、VEEベクターのI-SceI処理のために使用された類似の手順および条件に従うことによって、MIuIを使用して線状化した。A3G+E1(無傷末端のrepRNA)を、VEEベクターのI-SceI処理のために使用された類似の手順および条件に従うことによって、SapIを使用して消化した。
表3. ベクタープラスミドの線状化
【表3】
【0314】
改変RNA(modRNA)鋳型のために、DNAベクターを、T7プロモーター(TAA TAC GAC TCA CTA TA ATG GAC TAC GAC ATA GT;配列番号181)およびSGPを含有するフォワードプライマーならびに3’-UTR(GAA ATA TTA AAA ACA AAA TCC GAT TCG GAA AAG AA;配列番号185)のリバースプライマーと共にレプリコンプラスミドを使用して、生成した。フォワードおよびリバースプライマーについてのTは、それぞれ、68℃および64℃であった。表4および5(下記)は、PCR反応に関する追加情報を提供する。
表4. PCR設定
【表4】
表5. PCRサイクリング条件
【表5】
【0315】
PCR反応におけるプラスミドDNA(鋳型)を、DpnIによって消化した。より具体的には、初期プラスミド1μgあたり1μLのDpnIを、PCR試料に添加し、37℃で1時間インキュベートした。
【0316】
PCR(modRNA鋳型)およびI-SceI処理レプリコンDNA(repRNA鋳型)を、プレキャストゲルにおいてチェックして、複製された構築物の純度(PCR)および完全性(レプリコン鋳型)を確認した。具体的には、20ngのDNAを、1.2%のDNAゲル上にロードし、275Vで7~10分間流した。確認したら、DNAを、20μLの水で溶出させた。
【0317】
in vitro転写
上記のDNAをRNAに転写するために、HiScribe High yield T7キット(New England Biolabs)を、本明細書に記載される改変と伴って使用した。改変RNA(modRNA)合成のために、キットのUTP構成要素を、N1-メチルプソイドウリジン-5’-三リン酸で置き換えた。in vitro転写プロセスを開始するために、キットの構成要素を、氷上で解凍し、混合し、微量遠心分離機中でパルススピンした。試料を、さらなる使用まで、氷上に置いた。
【0318】
同時転写キャッピング法:キャップアナログレプリコンプラスミドおよびmodRNA鋳型を使用する産生のために、表6(下記)に示される構成要素を混合し、微量遠心分離機中でパルススピンし、次いで、400rpmで、サーモミキサーにおいて37℃で3時間、インキュベートした。1μLのアリコートを、品質管理の目的で取り出した。
表6. 同時転写キャッピングの構成要素
【表6】
【0319】
転写後酵素キャッピング法:IVT後に行った同時転写キャッピング法に加えて、転写後酵素キャッピング法を、T7プロモーター中に末端「G」を含有するベクターのために使用した。この方法は、in vitro転写後、「キャップ1」mRNAの酵素的産生を含んでいた。酵素レプリコンプラスミドを使用する産生のために、反応を、表7に示される順序で、室温でアセンブルした。
表7. 転写後酵素キャッピングの構成要素
【表7】
【0320】
DNAse処理:同時転写キャッピング法または転写後酵素キャッピング法のいずれかによるキャッピング後、Turbo DNase酵素を使用した。酵素がIVT反応において活性であったので、10×緩衝液を添加する必要はなかった。反応物を、ヌクレアーゼ不含水で50μLに希釈した。次いで、5μLの酵素(2U/μL)を、20μLのIVT反応物に添加した。次いで、混合物を、37℃で30分間インキュベートした。その後、RNAを、Monarch RNAクリーンアップキットを使用して精製した。1μLのアリコートを、品質管理の目的で取り出した。
【0321】
キャッピングおよび2’-O-メチル化:上記の転写後キャッピング法を使用して作製されたIVT mRNAの5’末端上に2’-O-メチル化を有するメチル化グアニンキャップ(キャップ1)構造を調製するために、以下の方法を使用した。最初に、キャップされていないRNAおよびヌクレアーゼ不含水を混合して、13μLの最終体積にした。次いで、混合物を、65℃で5分間加熱した。次いで、混合物を、さらに5分間、氷上に置いた。次いで、表8(下記)に提供される構成要素を、混合物に添加し、37℃で60分間インキュベートした。次に、RNAを、少量のMonarch RNAクリーンアップキットを使用して精製した。
表8. キャッピングおよび2’-O-メチル化の構成要素
【表8】
【0322】
ポリ(A)テール合成:ポリ(A)テールを改変RNAに付加するために、表9(下記)に提供される構成要素を、反応管に添加した。次いで、反応物を、37℃で30分間インキュベートした。次いで、反応を、少量のMonarchクリーンアップキットによりRNAを直接精製することによって、停止した。品質管理として、200ngのRNAを、1.2%のRNAゲル上を流して、RNAのサイズを確認した。それを行うために、RNAを、50%のホルムアルデヒド試料緩衝液で、65℃で5分間変性させ、次いで、直ぐに、少なくとも1分間氷上に置いた。次いで、変性RNAを、ゲル上にロードし、トランスイルミネーターを使用して可視化した。
【0323】
RNA精製:RNA転写物を含有するポリAを、IVT反応不純物から精製した。
【0324】
表9(下記)は、以下の実施例で産生および分析された異なるIL-12を発現するRNA構築物の概要を提供する。構築物番号1~番号9はすべて、ポリAテール後に3’末端の傷(すなわち、SGP後の制限酵素による3’末端終結)を有する。
【表9-1】
【表9-2】
【0325】
(実施例2)
mRNA組成物分析
抗腫瘍有効性におけるキャッピング方法の比較
上記の実施例1において生成された異なるRNA構築物の分析を開始するために、マウス黒色腫モデルを使用して、(i)5’キャップアナログで転写と同時にキャップされたrepRNA(すなわち、表9における構築物番号1)の抗腫瘍有効性を(ii)5’-キャップの酵素的付加によって転写後にキャップされたrepRNA(すなわち、表9における構築物番号2)の抗腫瘍有効性と比較した。簡潔には、黒色腫を、B6-F10細胞を動物に接種する(皮下投与を介して)ことによって誘導した。B16-F10細胞系を、アメリカ合衆国培養細胞系統保存機関(ATCC)から入手し、加湿インキュベーター(37℃および5%のCO2)において、10%のウシ胎仔血清、50U/mlのペニシリン-ストレプトマイシン、および2mMのL-グルタミンを補充されたDMEM中で成長させた。約80%のコンフルエンスで、細胞を、リン酸緩衝生理食塩水溶液(PBS)中で洗浄し、脱離するまで0.25%のトリプシン-EDTA中で細胞をインキュベートすることによって、組織培養フラスコから採取し、PBS中で2回洗浄し、1mlあたり200万個細胞の濃度でPBSに再懸濁させた。100万個細胞を、The Jackson Laboratoryから入手した6~8週齢の雌C57BL/6Jマウスの左後脇腹の下に皮下移植した。腫瘍保持マウスを、腫瘍が350mmの平均体積に達するまでモニターし、次いで、マウスを無作為化し、次いで、上記の構築物のいずれかを、27g注射器を使用して、腫瘍内注射によって送達した。対照動物をPBSで処置した。腫瘍サイズを、デジタルキャリパーを用いて週に3回記録し、体積を、以下の式を使用して推定した:(l×w^2)×0.5(式中、l=長さ(最大測定値)、w=長さに垂直な軸の腫瘍の最大幅の直径)。
【0326】
図1Aおよび図1Bに示されるように、構築物番号1(すなわち、キャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA)で処置された動物は、他の処置群からの動物と比較して、顕著に低減された腫瘍体積を有していた。対照群と同様に、構築物番号2(すなわち、酵素翻訳後キャッピング法を使用して作製されたrepRNA)で処置された動物は、腫瘍の成長の制御に失敗した。このデータは、キャップアナログ同時転写キャッピング法が、本明細書に記載されるIL-12を発現する自己複製性構築物の構築において、酵素翻訳後キャッピング法と比較して、はるかにより有利であったことを示唆した。
【0327】
抗腫瘍有効性におけるVEEレプリコン骨格の比較
次に、実施例1に記載された異なるVEEレプリコン骨格が、mRNA構築物の治療有効性に対する任意の効果を有していたかどうかを評価するために、上記の黒色腫マウスモデルを再び使用した。最適な腫瘍サイズに達したら、動物は、以下のうちの1つの単回腫瘍内注射を受けた:(i)PBS;(ii)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号3」);(iii)キャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製された改変mRNA(非自己複製性)(表9における「構築物番号5」);(iv)代替進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号6」);ならびに(v)代替進化ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号7」)。次いで、腫瘍におけるIL-12タンパク質の発現を、投与後3日目に評価した。処置された動物の生存も評価した。
【0328】
組織(例えば、腫瘍)中のIL-12タンパク質の定量化を、以下の通り行った。組織を、ばらばらにし(例えば、投与72時間後)、秤量し、瞬間凍結し、その後、放射性免疫沈降アッセイ緩衝液に溶解した。組織溶解物におけるIL-12タンパク質の濃度を、製造業者(BioLegend)のプロトコールに従って、マウスIL-12のp70サブユニットに対する市販のサンドイッチ酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)を使用して決定した。
【0329】
図2に示されるように、腫瘍送達部位におけるIL-12発現は、構築物番号5または構築物番号6のいずれかを受けた動物と比較して、構築物番号3(すなわち、A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA)を受けた動物においてより高かった。発現データと一致して、構築物番号3(すなわち、A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA)で処置された動物は、最も長い生存も示した(図3を参照されたい)。
【0330】
トランスフェクション効率およびIL-12分泌の比較
実施例1に記載された異なるRNA構築物をさらに分析するために、トランスフェクション効率およびIL-12分泌の両方をin vitroで評価した。簡潔には、B16.F10細胞(ウェルあたり100,000個細胞)を、トランスフェクションの1日前に24ウェルプレートに分けた。次いで、細胞を、製造業者の指示に従って、リポフェクタミンmessengerMAXを使用してトランスフェクトした。簡潔には、100ngの総RNAを、ウェルあたり1.5uLのリポフェクタミン試薬でトランスフェクトし、所望の時点(すなわち、トランスフェクションの24および48時間後)までインキュベートした。試験した特異的RNA構築物は以下を含んでいた:(i)A3G+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物3」);(ii)A3G+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号4」);(iii)代替進化+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号5」);(iv)代替進化+E1ベクターおよび酵素翻訳後キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号6」);(v)代替+E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号7」);(vi)A3G+E1進化ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号8」);(vii)A3G-E1ベクターおよびキャップアナログ同時転写キャッピングを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号9」);ならびに(viii)代替進化-E1 SGP傷末端ベクターを使用して作製されたrepRNA(表9における「構築物番号10」)。
【0331】
RNA構築物のトランスフェクション効率を評価するために、FACS解析を使用して、細胞におけるIL-12発現を測定した。簡潔には、ゴルジ輸送ブロッキングインキュベーションを、100uLのトリプシンを使用して、細胞をトリプシン処理することによって設定した。次に、ブレフェルジンAを有する完全培地を添加し、次いで、細胞を96ウェルディープウェルアッセイプレートに移した。次いで、プレートをパラフィルムで覆い、細胞を、細胞培養インキュベーターにおいて、ブレフェルジンAを有する完全培地中で4時間インキュベートした。死細胞の区別のための染色を、5,400gで細胞をスピンダウンすることによって行った。細胞を、PBS中で洗浄し、その後V底96ウェルプレートに移し、次いで、これを400×gで遠心分離した。次いで、細胞を、PBSに希釈されたZombie Live/Dead Green色素に再懸濁させ、暗所で、室温で10分間インキュベートした。次いで、細胞を、1×PBS(Ca2+およびMg2+なし)、2mMのEDTA、2%のBSA、および0.1%のアジ化ナトリウムを含むFACS緩衝液中で洗浄した。次いで、細胞を、固定緩衝液に細胞を再懸濁させることによって固定し、暗所で、室温で30分間インキュベートした。
【0332】
細胞を透過処理し、細胞質タンパク質を、以下の通り染色した。細胞を、透過処理/洗浄緩衝液中で洗浄し、800×gで遠心分離した。細胞を、細胞質抗体カクテルに再懸濁させ、暗所で、室温でインキュベートした。細胞を、透過処理/洗浄緩衝液中で洗浄し、800×gで遠心分離し、続いてFACS緩衝液での洗浄および800×gでの遠心分離を行った。次いで、試料を、細胞をFACS緩衝液に再懸濁させることによって、フローサイトメトリーのために調製した。細胞のFACS解析を、Attuneフローサイトメーターにおいて、赤色および青色レーザーを使用することによって行った。細胞デブリおよびダブレットのゲートアウト後、単一細胞を、サイトメーターの2チャネルで分析し、IL-12について陽性の細胞のパーセントを定量化するためにゲート開閉した。その後、結果をPrismにおいてプロットした。
【0333】
IL-12分泌を測定するために、ELISAアッセイを使用した。簡潔には、細胞培養物についての上清を、さまざまな異なる目的のタンパク質のために、その後のELISAに基づく分析のために収集した。各上清試料の時点について、適切なウェルからの細胞培養上清を、96ウェルディープウェルプレートに吸引し、これを、将来の使用のために-80℃で保管した。すべての所望の時点の収集後、上清試料を含有する96ウェルプレートを、500gで5分間遠心分離して、任意の残った細胞をペレット化した。遠心分離後、約350~400uLの上清を、細胞ペレットを破壊せずに、プレートから新しいディープウェルプレートに吸引した。次いで、上清を、希釈し、製造業者の指示に従って、Invitrogen ELISAキット、すなわち、InvitrogenマウスIL-12 p70非コーティングELISAキット;InvitrogenヒトIL-12 p70非コーティングELISAキットを使用して、マウスIL-12またはヒトIL-12に対するELISAアッセイにおいて試験した。ELISAアッセイデータの取得後、標準曲線を、4PL法を使用してPrismにおいて描き、濃度データを、すべての試料について内挿した。
【0334】
図4Aおよび4Bに示されるように、A3Gおよび+E1ベクター構築物は、一般に、代替、進化、-E1構築物または組合せと比較して、より良好に機能した。また、前のデータと一致して、キャップアナログ構築物は、一般に、酵素キャップ化構築物と比較して、より良好に機能した。さらにまた、A3G+E1 repRNA(構築物番号3)は、24および48時間で、IL12発現および総タンパク質分泌において、他の試験したrepRNA構築物よりも良好に機能した(それぞれ、図4Aおよび4Bを参照されたい)。
【0335】
「無傷」および「傷」3’末端終結の比較
次に、「無傷」ポリA配列で終わる3’末端を有する自己複製性mRNAのトランスフェクション効率を、制限酵素の「傷」で終わる3’末端と比較した。簡潔には、上記のようにして、以下の構築物を使用して、細胞をトランスフェクトした:(i)キャップアナログ同時転写キャッピング法および制限酵素の傷で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(表10における「構築物番号12」;丸および四角);(ii)キャップアナログ同時転写キャッピング法および無傷ポリA配列で終わる3’末端を有するA3G+E1ベクターを使用して作製されたrepRNA(表10における「構築物番号13」;三角および逆三角)。次いで、IL-12発現を、上記のようにして、FACS解析を使用して、細胞において評価した。
【0336】
図5に示されるように、無傷ポリA配列を有する3’末端終結は、in vitroで発現を改善した。
【0337】
(実施例3)
脂質ナノ粒子(LNP)製剤
本実施例では、カチオン性のリンおよびPEG脂質とコレステロールを含むLNP製剤、ならびにカチオン性のリン脂質とコレステロールを含むLNP製剤(LNP自体の部分ではなく、独立した構成要素として溶液に添加されたPEG-脂質ミセルを有する)に封入された複製性mRNAを調製および分析した。評価されたmRNAは、以下の通り、mCherry複製性mRNAを含んでいた:1.TT3-DMG(A3G+E1骨格);および2.TT3-ポストPEGミセル(A3G+E1骨格)。
【0338】
従来のTT3 LNP製剤を調製するために、以下の手順を使用した。脂質材料を、それぞれ秤量し、エタノールに溶解した。エタノール相を、下記の表10における組成物の重量比に従って、すべての脂質材料を混合することによって調製した。水相を、精製JK001 mCherry repRNAを20mMのクエン酸緩衝液(pH4.0)、300mMのNaClおよび水で希釈することによって調製し、その結果、塩の最終濃度は、10mMのクエン酸緩衝液(pH4.0、150mMのNaCl)であった。従来のTT3 LNPを、3:1(水相:エタノール相)の流速比でのTジャンクション混合を通して、LNPのエタノール相および水相を混合することによって得た。
【表10】
【0339】
ポストPEGミセルTT3 LNP製剤を調製するために、以下の手順を使用した。脂質材料を、それぞれ秤量し、エタノールに溶解した。エタノール相を、下に記載される組成物の重量比に従って、DMG-PEG-2Kを除いてすべての脂質材料(すなわち、TT3、DOPE、およびコレステロール)を混合することによって調製した(例えば、表11aを参照されたい)。水相を、精製JK001 mCherry repRNA(すなわち、mRNA)を20mMのクエン酸緩衝液(pH4.0)、300mMのNaClおよび水で希釈することによって調製し、その結果、塩の最終濃度は、10mMのクエン酸緩衝液(pH4.0、150mMのNaCl)であった。PEGミセル相を、対応する体積のDMG-PEG-2KをTBS緩衝液に添加すること、およびボルテックスを介して完全に混合することによって調製した。最後に、ポストPEGミセルTT3 LNPを、3:1(水相:エタノール相)の流速比でのTジャンクション混合を通して、LNPのエタノール相および水相を最初に混合すること、ならびにそれに続く1:1(LNP相:PEG相)の流速比でのTジャンクション混合を介して、PEGミセル相による即時インライン希釈によって得た。ポストPEGミセルTT3 LNPの最終脂質組成を表11bに記載する。
【表11a】

【表11b】
【0340】
上記のTT3 LNP製剤を、以下の通り、緩衝液交換し、凍結/解凍した。得られたTT3 LNPを、透析カセットに移し、TBS緩衝液中で2時間透析した。TBSストック溶液中の40%のスクロース(W/V)を、すべての調製したTT3 LNPに添加して、10%のスクロース中のTT3 LNPの最終溶液を作製した。LNPの最終RNA濃度を、LNPを2%のTE+Triton(登録商標)で解離させることによって測定し、Qubitアッセイを用いてさらに検出した。TT3 LNPを、50μl/管のアリコートに等分し、凍結の間-80℃に置いた。細胞をLNPで処理する前に、TT3 LNPを、室温で解凍した。
【0341】
(実施例4)
in vivoマウスIL-12バリアント分析
本実施例では、B16.F10マウス同系がんモデルにおいて、アッセイを行って、さまざまな異なるマウスIL-12バリアントを評価した。簡潔には、動物を、以下のマウスIL-12タンパク質のうちの1つをコードするRNA構築物による腫瘍内投与を介して処置した:(i)mIL-12単独;(ii)アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12;ならびに(iii)アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12。RNA構築物を、0.25μgまたは2.5μgのいずれかの用量で動物に投与した。次いで、IL-12および/またはIFN-γの濃度を、以下の組織の1つまたは複数において、投与後1日目、4日目、および/または7日目に、ELISAに基づくアッセイを使用して測定した:腫瘍、血清、脾臓、流入領域リンパ節、および非流入領域リンパ節。
【0342】
図6Aおよび6Cに示されるように、投与後1日目に、腫瘍中のIL-12タンパク質の濃度は、アルブミンおよびルミカンにコンジュゲートされたmIL-12をコードするRNA構築物で処置された動物における中程度の減少を伴って、異なる動物間で同等であった。同様の結果が、血清(図6B)、脾臓(図7A)、流入領域リンパ節(図7B)、および非流入領域リンパ節(図7C)において観察された。投与後4日目に、2.5μgのmIL-12単独をコードするRNA構築物で処置された動物は、腫瘍において、最も高いIL-12発現レベルを有していた(図6Cを参照されたい)。分析された他の組織では、IL-12発現レベルはより同等であり、アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12をコードするRNA構築物で処置された動物においてわずかに高いレベルが観察された(図6D、8A、8B、8C、および9Aを参照されたい)。IFN-γ発現レベルも、アルブミンにコンジュゲートされたmIL-12をコードするRNA構築物で処置された動物において最も高かった(図9B)。
【0343】
(実施例5)
ヒトIL-12コドン最適化
本実施例では、ヒトIL-12コドンを、以下の通り最適化した。融合タンパク質ヒト軽鎖リーダー-hIL12p40-GGS(GGGS)リンカー-hIL12p35-GSGGGSリンカー-ヒト血清アルブミンをコードする20301の多様な配列をアルゴリズム的に生成した。コドン最適性を、所与のコード配列における各コドンが標準ヒトトランスクリプトームにおいて所与のアミノ酸をコードするために使用される平均頻度として算出した。1137の代表的な配列を特定し、それらのフォールディングの最小自由エネルギー(MFE)を、ViennaRNA-2.4.14によって算出した。低、中、および高コドン最適性、ならびにMFEを有する代表的な配列(L1、L2、L3;M1、M2、M3;H1、H2、H3)を、同一の軽鎖リンカーを含有し、効率的な商業合成およびアセンブリーを可能にするように改変し、実験的に試験した。各アミノ酸について最も高い頻度で用いられたコドンを含有する配列(CO)も、このアルゴリズムによって生成した。最適な頻度のコドン対のセットを含有する別の配列(CP)を、関連アルゴリズムによって生成した。
【0344】
図10は、融合タンパク質ヒト軽鎖リーダー-hIL12p40-GGS(GGGS)3リンカー-hIL12p35-GSGGGSリンカー-ヒト血清アルブミンをコードする1137の別個の配列についての最適性(平均_コドン_スコア)対最小のフォールディング自由エネルギー(kcal/mol)(MFE)に関するデータを表す。各位置で最も高い頻度で使用されたトリプレットを含有するコドン最適(「CO」)配列を三角として示す。COに対する>90%および>90%の同一性を有する配列を、それぞれ、濃灰色および薄灰色の点として示す。低、中、および高コドン最適性、ならびにMFEを有する代表的な配列(L1、L2、L3;M1、M2、M3;H1、H2、H3)を、丸記号を使用して示す。非常に高いコドン最適性およびMFEを有する代表的な配列を、菱形として示し、実験的に試験しなかった。初期スクリーニングは、非常に構造化され、高頻度で使用されたコドンが、repRNAから高い発現を与えることを実証した。
【0345】
hIL-12(A1~A4)、hIL12-アルブミン(B1~B4)、およびhIL12-アルブミン-ルミカン(C1~C3)をコードするバリアント自己複製性mRNAのIL-12発現レベルを、ヒトTNBC細胞系において、in vitro発現アッセイで測定した。これらの構築物のそれぞれのIL-12、IL-12-alb、およびIL-12-alb-lumバージョンを試験した。ヒトTNBC BT20細胞を、TT3-LNPを介してトランスフェクトし、20時間インキュベートした後、ELISAに基づくアッセイによって、発現レベル測定を行った。
【0346】
図11は、TT3-LNPを介したBT-20細胞へのトランスフェクション20時間後のhIL-12(A1~A4)、hIL12-アルブミン(B1~B4)、およびhIL12-アルブミン-ルミカン(C1~C3)をコードするバリアント自己複製性mRNAのIL-12発現レベルに関するデータを表す。個々の三連の測定を、三角形、四角形、八角形、または円形の点として示し、水平のバーは、三連の測定の平均を示す。最良の発現構築物を、その後のTNBC PDXマウス実験において使用した。簡潔には、患者由来異種移植(PDX)実験を、以下の通り行った:PDXを、最初に、TNBC(ER、PR、HER2ネガティブ乳がん)患者から新たに外科的に切除された腫瘍から確立した。腫瘍検体を、小断片に機械的に分離し、Matrigel溶液と混合し、外套針を使用して、NOD.Cg-Prkdc-scidIl2rg-tm1Wjl/SzJ(NSG)マウスの皮膚の下に固形断片として外科的に移植した。PDX組織を、実験の開始前に、in vivoで連続的に継代した。記載される実験のために、PDX腫瘍断片を、NSGマウスに皮下に生着し、腫瘍が200~350mm3の平均サイズに達した際に無作為化した。無作為化の直後、マウスを示された薬剤で処置し、血清、脾臓、および腫瘍を24時間後に収集した。血清、脾臓溶解物、および腫瘍溶解物におけるヒトIL-12濃度を、ELISAに基づくアッセイによって決定した。
【0347】
図12A~12Cに示されるように、分析された異なる組織(腫瘍、血清、および脾臓)において、ヒトIL-12単独をコードするmRNA構築物(すなわち、アルブミンおよび/またはルミカンにコンジュゲートされていない)で処置された動物は、最も高いIL-12発現レベルを示した。そのような結果は、上記のコドン最適化戦略の有効性を実証する。
【0348】
(実施例6)
乳がんマウスモデルにおける投薬量の効果の分析
上に提供された実施例4に加えて、本明細書に提供されるIL-12構築物の抗腫瘍効果を、乳がん動物モデルにおいて評価した。簡潔には、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)を、4T1細胞を動物に接種することによって(乳房脂肪体における投与を介して)誘導した。腫瘍が最適なサイズ(約150mm)に達したら、以下のうちの1つを、動物の原発腫瘍に注射した:(i)ビヒクル対照;(ii)5ugのIL-12をコードする自己複製性mRNA(repRNA-IL12);(iii)0.5ugのIL-12をコードする自己複製性mRNA(repRNA-IL12);(iv)0.05ugのIL-12をコードする自己複製性mRNA(repRNA-IL12)。動物は、毎週のスケジュールで合計で4用量を受けた。次いで、腫瘍体積を、処置後のさまざまな時点で評価した。
【0349】
図13に示されるように、repRNA-IL12処置動物において研究の持続期間にわたって原発腫瘍成長の用量依存性阻害があり、研究が終了した時点の原発腫瘍サイズのおよそ50%の低減をもたらした。これらの結果は、本明細書に開示される自己複製性mRNA構築物(例えば、IL-12をコードする)が、高悪性度の免疫療法抵抗性乳がんを含むさまざまながんの処置に有効であることを確認する。
【0350】
(実施例7)
改変ヌクレオシド三リン酸を含むIL-12構築物の抗腫瘍効果の分析
次に、改変ヌクレオシド三リン酸(modNTP)の本明細書に記載される自己複製性mRNAへの異なる割合の組込みが、mRNA構築物の治療有効性に対して任意の効果を有していたかどうかを評価するために、上記のTNBCマウスモデル(実施例6を参照されたい)を使用した。最適な腫瘍サイズに達したら、動物は、以下のうちの1つの毎週の腫瘍内注射を受けた:(i)PBS(ビヒクル対照);(ii)0%のmodNTPを用いて作製された5ugのrepRNA;(iii)25%のmodNTPを用いて作製された5ugのrepRNA;(iv)37.5%のmodNTPを用いて作製された5ugのrepRNA;および(v)50%のmodNTPを用いて作製された5ugのrepRNA。次いで、腫瘍体積を、処置後のさまざまな時点で評価した。
【0351】
図14に示されるように、異なる改変repRNA IL-12構築物で処置された動物は、非改変repRNA構築物で処置された動物と同様に振舞った(量にかかわらず)。このデータは、modNTPの添加が、腫瘍成長を制御するrepRNA構築物の有効性に対して限定された影響を及ぼしたことを示唆する。
【0352】
(実施例8)
黒色腫のマウスモデルにおけるアブスコパル効果の分析
遠位未処置腫瘍病変の成長を阻害する全身性抗腫瘍免疫応答を誘導するIL-12をコードするrepRNA(例えば、本明細書に記載されるもの)の能力を評価するために、実施例4に記載されたマウス黒色腫モデルの改変バージョンを使用した。簡潔には、2つの別々の原発黒色腫腫瘍の形成を誘導するために、1×10個のB16-F10細胞を、動物の左後脇腹に皮下移植した一方で、同時に、2×10個のB16-F10細胞を、右後脇腹に移植した。最適な腫瘍サイズに達したら、動物は、以下の左脇腹腫瘍のみにおける単回腫瘍内注射を受けた:(i)PBS(ビヒクル対照):および(ii)2.5ugのIL-12をコードするrepRNA。腫瘍成長を、処置後のさまざまな時点で、処置(左脇腹)および未処置(右脇腹)腫瘍の両方の腫瘍体積を測定することによって評価した。
【0353】
図15Aおよび15Bに示されるように、腫瘍内に送達されたIL-12をコードするrepRNAは、処置腫瘍および未処置遠位腫瘍の両方の成長を制御することが可能であった。これらのデータは、IL-12をコードするrepRNAの局所送達が、転移性がんの有効な療法であることを示唆する。
【0354】
(実施例9)
再投薬後のペイロード発現の分析
本明細書に記載されるmRNA構築物の再ドーサビリティを評価するために、実施例6に記載されたTNBCマウスモデルを再び使用した。簡潔には、レポーター遺伝子ホタルルシフェラーゼをコードするmRNA構築物を、2用量について、週に1回、5ugの腫瘍内注射によって送達した。一部の群では、動物は、IFN-aの活性を阻害するために10mg/kgのマウス抗IFNAR1抗体(クローンMAR1-5A3)の腹腔内注射と共に、週に2回共投与された。mRNA構築物の各用量の24時間後、動物は、腹腔内注射によって150mg/kgのD-ルシフェリン(ホタルルシフェラーゼによって発光シグナルに変換される基質)を受け、腫瘍を、in vivoイメージングシステムを使用して、ライブイメージングした。相対生物発光を、基質投与の10分後に定量化した。
【0355】
図16に示されるように、ペイロード発現のいくらかの減少が、初回用量と比較して、2回目の用量の際に観察された。2回目の用量後のペイロード発現は、IFN-α受容体活性が抗体遮断によって阻害された場合にレスキューされた。これらのデータは、本明細書に記載されるmRNA構築物を繰り返し投薬することができ、再投薬の際に観察された減少したペイロード発現は、少なくとも部分的に、インターフェロン型誘導に依存し、IFN受容体の抗体遮断によって克服することができることを示唆する。
【0356】
(実施例10)
ヒトPBMCにおけるex vivo活性の分析
本明細書に提供されるIL-12構築物の活性をさらに実証するために、ヒトTNBC細胞系BT20を、IL-12をコードするrepRNAでトランスフェクトした。約24時間後、上清を収集し(「条件培地」)、IL-12レベルを、ヒトIL-12 ELISA(Invitrogen)を使用して評価した。ヒト末梢血単核細胞(PBMC)を、IRBが承認したプロトコールおよび製造業者(StemCell technologies)の推奨に従って、健康なヒトドナー由来の白血球除去製品から単離した。PBMC中のT細胞を、IL-12(10ng/mL)および抗CD3/CD28/CD2抗体カクテル(StemCell technologies)で2日間活性化した。活性化後、培地を洗浄し、細胞を条件培地(公知濃度のhIL12(1または10ng/mL)を含む)で24時間にわたって処理した。陽性対照として、PBMCを、さまざまな用量(0.01、0.1、1. 10、または100ng/mL)で、示された濃度の組換えhIL12(rhIL12)(StemCell technologies)で同じ持続期間処理した。IL-12は、PBMC内のT細胞およびNK細胞を活性化することが公知であり、これは、上清から試験することができるインターフェロン-ガンマ(IFN-g)の産生をもたらす。上清をPBMCから収集し、IFN-g ELISA(Invitrogen)に供して、そのレベルについてアッセイした。
【0357】
図17に示されるように、本明細書に記載されるrepRNA構築物は、強力なIL-12産生を誘導することが可能であり、これは次に、T細胞およびNK細胞の活性化、ならびにIFN-γのその後の産生を誘導することが可能であった。上記の結果は、本明細書に記載されるIL-12構築物の活性をさらに確認する。
【0358】
概要および要約のセクションではなく、詳細な説明のセクションは、請求項を解釈するために使用されることが意図されることが認識されるべきである。概要および要約のセクションは、本発明者によって企図されるすべてではないが1つまたは複数の本開示の例示的な態様を示すことができ、したがって、本開示および添付の特許請求の範囲を決して限定することを意図するものではない。
【0359】
本開示を、特定された機能およびその関係の実現を示す機能的ビルディングブロックの助けにより、上に記載した。これらの機能的ビルディングブロックの境界は、説明の便宜上、自由裁量で本明細書に定義されている。特定された機能およびその関係が適切に行われる限り、代替の境界を定義することができる。
【0360】
特定の態様の前述の記載は、本開示の一般的な性質を完全に明らかにするので、他の者は、当技術分野における技能内の知識を適用することによって、過度の実験なく、本開示の一般的な概念から逸脱することなく、そのような特定の態様のさまざまな適用に容易に改変および/または適合させることができる。したがって、そのような適合および改変は、本明細書に提示される教示およびガイダンスに基づいて、開示される態様の均等物の意味および範囲内であることが意図される。本明細書の表現または専門用語は、説明の目的であって限定の目的ではないことが理解されるべきであり、その結果、本明細書の専門用語または表現は、教示およびガイダンスを踏まえて当業者によって解釈されるべきである。
【0361】
本開示の幅および範囲は、上記の例示的な態様のいずれかによって限定されるべきではないが、以下の特許請求の範囲およびそれらの均等物に従ってのみ定義されるべきである。
図1A-1B】
図2
図3
図4A
図4B
図5
図6A
図6B
図7A
図7B
図7C
図8A
図8B
図8C
図9A-9B】
図10
図11
図12A-12B】
図12C
図13
図14
図15A-15B】
図16
図17
【配列表】
2024503000000001.app
【国際調査報告】