▶ ダイアメディカ ユーエスエー インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-02-02
(54)【発明の名称】疾患を処置するためのウリナスタチンポリペプチド
(51)【国際特許分類】
A61K 38/57 20060101AFI20240126BHJP
A61P 11/00 20060101ALI20240126BHJP
A61P 19/04 20060101ALI20240126BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20240126BHJP
A61P 31/16 20060101ALI20240126BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240126BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240126BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20240126BHJP
A61K 31/713 20060101ALI20240126BHJP
A61P 17/00 20060101ALI20240126BHJP
A61P 17/02 20060101ALI20240126BHJP
A61P 37/02 20060101ALI20240126BHJP
A61P 21/04 20060101ALI20240126BHJP
A61P 7/06 20060101ALI20240126BHJP
A61P 27/02 20060101ALI20240126BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20240126BHJP
A61P 13/12 20060101ALI20240126BHJP
A61K 9/72 20060101ALI20240126BHJP
A61K 9/12 20060101ALI20240126BHJP
C07K 14/81 20060101ALN20240126BHJP
C12N 15/113 20100101ALN20240126BHJP
C07K 16/00 20060101ALN20240126BHJP
C07K 19/00 20060101ALN20240126BHJP
C12Q 1/37 20060101ALN20240126BHJP
【ＦＩ】
A61K38/57
A61P11/00 ZNA
A61P19/04
A61P31/14
A61P31/16
A61K45/00
A61P43/00 121
A61K31/7105
A61K31/713
A61P17/00
A61P17/02
A61P37/02
A61P21/04
A61P7/06
A61P27/02
A61P25/00
A61P13/12
A61K9/72
A61K9/12
A61P43/00 111
C07K14/81
C12N15/113 Z
C07K16/00
C07K19/00
C12Q1/37
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023546004
(86)(22)【出願日】2022-01-27
(85)【翻訳文提出日】2023-09-21
(86)【国際出願番号】 US2022014095
(87)【国際公開番号】W WO2022165031
(87)【国際公開日】2022-08-04
(31)【優先権主張番号】63/143,403
(32)【優先日】2021-01-29
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】522350483
【氏名又は名称】ダイアメディカ ユーエスエー インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】ポールズ， リック
(72)【発明者】
【氏名】ワンベク， デイビッド
(72)【発明者】
【氏名】ギルマン， シドニー
【テーマコード（参考）】
4B063
4C076
4C084
4C086
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B063QA05
4B063QA18
4B063QA19
4B063QQ03
4B063QQ36
4C076AA25
4C076AA26
4C076AA93
4C076BB01
4C076BB13
4C076BB16
4C076BB27
4C076CC01
4C076CC07
4C076CC09
4C076CC10
4C076CC14
4C076CC15
4C076CC17
4C076CC18
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4C084BA21
4C084BA23
4C084CA39
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4H045AA30
4H045BA41
4H045CA40
4H045DA50
4H045DA56
4H045EA20
(57)【要約】
上昇した好中球エラスターゼ（ＮＥ）と関連する疾患（ＮＥ関連の肺および皮膚の疾患を含む）を処置するためのウリナスタチンポリペプチドを含む方法および組成物が提供される。前記ウリナスタチンポリペプチドは、組換えウリナスタチンポリペプチドまたは尿由来ウリナスタチンポリペプチドであり得る。前記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２を含む、からなる、またはから本質的になり得、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含み得る。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患を処置すること、前記疾患の症状を改善すること、または前記疾患の進行を阻害することを、それを必要とする被験体において行う方法であって、前記方法は、前記被験体に、ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を投与することを包含する方法。
【請求項2】
前記ＮＥ関連疾患は、肺疾患を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記肺疾患は、α－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症（その合併症を含む）、嚢胞性線維症、肺炎、急性肺傷害（ＡＬＩ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、気管支拡張症、および必要に応じてコロナウイルス（例えば、Ｃｏｖｉｄ－１９）またはインフルエンザ感染と関連するウイルス誘導性肺傷害（それらの組み合わせを含む）のうちの１またはこれより多くのものから選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項4】
前記ＮＥ関連疾患は、α－１ アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症（その合併症を含む）である、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項5】
前記被験体は、血清Ａ１ＡＴの低減されたレベル、必要に応じて、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％もしくは約８０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約６０％もしくは約６０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約４０％もしくは約４０％未満、またはＡ１ＡＴの正常血清レベルの約１０～１５％を有する、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記被験体は、必要に応じて、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択されるＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を有する、請求項４または５に記載の方法。
【請求項7】
前記被験体は、欠損症Ａ１ＡＴアレルおよびヌルＡ１ＡＴアレルから選択されるＡ１ＡＴ遺伝子型を有する、請求項４～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
前記Ａ１ＡＴ欠損症アレルは、Ｅ３４２Ｋアレル（Ｚアレル）またはＥ２６４Ｖアレル（Ｓアレル）である、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
（ａ）前記被験体において血清Ａ１ＡＴレベルおよび／またはＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を決定すること；ならびに（ｂ）前記被験体がＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型および／または正常と比較してＡ１ＡＴレベルの低減された血清レベルを有する場合、前記薬学的組成物を前記被験体に投与すること、
を包含する、請求項４～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
前記Ａ１ＡＴ表現型／遺伝子型は、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択される；前記Ａ１ＡＴ遺伝子型は、欠損症Ａ１ＡＴアレルもしくはヌルＡ１ＡＴアレルを含む；ならびに／または前記血清Ａ１ＡＴレベルは、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％、または約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％未満である、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
前記Ａ１ＡＴ欠損症アレルは、Ｅ３４２Ｋアレル（Ｚアレル）またはＥ２６４Ｖアレル（Ｓアレル）である、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記Ａ１ＡＴ－欠損症の合併症は、喘息、気管支拡張症、肝硬変、ＣＯＰＤ、呼吸不全、および血管炎のうちの１またはこれより多くのものを含む、請求項３～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記被験体は、息切れ（必要に応じて労作時および後に安静時）、喘鳴、喀痰生成、または再発性の呼吸器感染のうちのいずれか１つまたはこれより多くのものを有する、請求項２～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項14】
前記ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を、Ａ１ＡＴ－欠損症を処置するためのさらなる治療剤、必要に応じて、疾患関連Ａ１ＡＴ変異体に対して指向されるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）薬剤、Ａ１ＡＴ増強療法、気管支拡張剤、吸入ステロイド、抗生剤、または抗ウイルス剤と組み合わせて投与することを包含する、請求項４～１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項15】
前記ＮＥ関連疾患は、嚢胞性線維症であり、前記被験体は、ｃｙｓｔｉｃ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ（ＣＦＴＲ）遺伝子において変異を有する、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項16】
前記ＮＥ関連疾患は、皮膚または粘膜の疾患を含み、必要に応じてここで前記皮膚または粘膜の疾患は、ベーチェット病、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、および川崎病である、請求項１に記載の方法。
【請求項17】
前記ＮＥ関連疾患は、自己免疫疾患であり、必要に応じて、重症筋無力症、温式自己免疫性溶血性貧血、甲状腺眼症、特発性血小板減少性紫斑病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、視神経脊髄炎、ギラン・バレー症候群、およびＰＬＡ２Ｒ＋膜性腎症から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
前記被験体は、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルまたは活性を有する、請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項19】
（ａ）前記被験体に由来するサンプル中でＮＥレベルまたは活性を決定すること；および（ｂ）前記サンプルが、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルまたは活性を有する場合、前記薬学的組成物を前記被験体に投与すること、
を包含する、請求項１～１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項20】
前記サンプルは、喀痰サンプル（必要に応じて、下気道の粘液を含む）、血液もしくは血清サンプル、または皮膚もしくは粘膜サンプルである、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記喀痰サンプルは、気道好中球を含み、前記方法は、前記サンプル中の表面結合ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する、請求項２０に記載の方法。
【請求項22】
前記方法は、前記サンプル中の遊離ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項23】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、組換えウリナスタチンポリペプチドまたは尿由来ウリナスタチンポリペプチドである、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項24】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２を含む、からなる、またはから本質的になり、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含む（ＤＭ３００）、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項25】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、表Ｕ１から選択されるアミノ酸配列、または少なくとも１つのウリナスタチン活性を有するその活性改変体もしくはフラグメントを含む、からなる、またはから本質的になる、請求項１～２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項26】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、（ａ）配列番号１、もしくはＯ結合型グリコシル化および少なくとも１つのウリナスタチン活性に対する少なくとも１つの改変を有する配列番号１の改変体；
（ｂ）少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、配列番号１もしくは（ａ）のフラグメント；または
（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一であり、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、（ａ）もしくは（ｂ）の改変体、
を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２５に記載の方法。
【請求項27】
（ａ）は、配列番号１の残基８～１１のＯ結合型グリコシル化部位において置換もしくは欠失、必要に応じて配列番号１の残基Ｓ１０において置換もしくは欠失、必要に応じてＳ１０Ａ置換を含むか、あるいは（ｂ）は、配列番号１もしくは２の約２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、１２５個、もしくは１３０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
（ｂ）は、配列番号１または２の、約２０～１３０個、２０～１２０個、２０～１１０個、２０～１００個、２０～９０個、２０～８０個、２０～７０個、２０～６０個、２０～５０個、２０～４０個、２０～３０個、３０～１３０個、３０～１２０個、３０～１１０個、３０～１００個、３０～９０個、３０～８０個、３０～７０個、３０～６０個、３０～５０個、３０～４０個、４０～１３０個、４０～１２０個、４０～１１０個、４０～１００個、４０～９０個、４０～８０個、４０～７０個、４０～６０個、４０～５０個、５０～１３０個、５０～１２０個、５０～１１０個、５０～１００個、５０～９０個、５０～８０個、５０～７０個、５０～６０個、６０～１３０個、６０～１２０個、６０～１１０個、６０～１００個、６０～９０個、６０～８０個、６０～７０個、７０～１３０個、７０～１２０個、７０～１１０個、７０～１００個、７０～９０個、７０～８０個、８０～１３０個、８０～１２０個、８０～１１０個、８０～１００個、８０～９０個、９０～１３０個、９０～１２０個、９０～１１０個、９０～１００個、１００～１３０個、１００～１２０個、または１００～１１０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項29】
（ｂ）は、配列番号１または２のドメイン１を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２４～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項30】
（ｂ）は、配列番号１または２のドメイン２を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２４～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項31】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２（ＵＴＩΔＣＳ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％同一であり、配列番号２の位置Ｓ１０において置換を、必要に応じてＳ１０Ａ置換を保持するアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項２４～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項32】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを有し、前記残基は、配列番号１または２によって定義される、請求項２４～３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項33】
前記ウリナスタチンポリペプチドは、ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドを形成するために、Ｆｃ領域に融合され、ここで前記ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドは、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、請求項１～３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項34】
前記Ｆｃ領域は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ免疫グロブリン重鎖のＣＨ２領域、ＣＨ３領域、ＣＨ４領域、および／またはヒンジ領域を含む、からなる、またはから本質的になる、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記Ｆｃ領域は、表Ｆ１のヒトＦｃ領域アミノ酸配列（その改変体、フラグメント、ホモログ、オルソログ、パラログ、および組み合わせを含む）のうちの１またはこれより多くのものを含む、からなる、またはから本質的になる、請求項３３または３４に記載の方法。
【請求項36】
前記ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドは、野生型Ｆｃ領域と比較して、少なくとも１つの変化したエフェクター機能および／または薬物動態（ＰＫ）特性を有する改変されたＦｃ領域を含む、請求項３３～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項37】
前記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、プロテアーゼインヒビター活性、必要に応じて、好中球エラスターゼ（ＮＥ）インヒビター活性またはトリプシンインヒビター活性、および必要に応じて抗炎症活性を含む、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項38】
前記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、トリプシンインヒビター活性であり、前記ウリナスタチンポリペプチドは、約もしくは少なくとも約１０００～３０００ Ｕ／ｍｇ、または約もしくは少なくとも約１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、もしくは３０００ Ｕ／ｍｇのトリプシンインヒビターとしての比活性を有し、ここで１ユニット（Ｕ）は、２μｇ トリプシンの活性を５０％程度阻害するウリナスタチンポリペプチドの量である、請求項３７に記載の方法。
【請求項39】
前記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、ＮＥインヒビター活性であり、ここで前記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイにおいて約１０μｇ／ｍｌもしくはより低い値のＩＣ５０、必要に応じて約１０μｇ／ｍｌ、９μｇ／ｍｌ、８μｇ／ｍｌ、７μｇ／ｍｌ、６μｇ／ｍｌ、５μｇ／ｍｌ、４μｇ／ｍｌ、３μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、もしくは１μｇ／ｍｌまたはこれより低い値（その間の全ての範囲および整数を含む）のＩＣ５０、必要に応じて約１～１０μｇ／ｍｌ、１～９μｇ／ｍｌ、１～８μｇ／ｍｌ、１～７μｇ／ｍｌ、１～６μｇ／ｍｌ、１～５μｇ／ｍｌ、１～４μｇ／ｍｌ、１～３μｇ／ｍｌ、１～２μｇ／ｍｌ、２～１０μｇ／ｍｌ、２～９μｇ／ｍｌ、２～８μｇ／ｍｌ、２～７μｇ／ｍｌ、２～６μｇ／ｍｌ、２～５μｇ／ｍｌ、２～４μｇ／ｍｌ、２～３μｇ／ｍｌ、３～１０μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～７μｇ／ｍｌ、３～６μｇ／ｍｌ、３～５μｇ／ｍｌ、３～４ １０μｇ／ｍｌのＩＣ５０を有する；あるいは
ここで前記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイにおいて、約１００ｎＭもしくはこれより低い値のＩＣ５０、必要に応じて約１００ｎＭ、９０ｎＭ、８０ｎＭ、７０ｎＭ、６０ｎＭ、５０ｎＭ、４０ｎＭ、３０ｎＭ、２０ｎＭ、もしくは１０ｎＭまたはこれより低い値（その間の全ての範囲および整数を含む）のＩＣ５０、必要に応じて、約１０～１００ｎＭ、１０～９０ｎＭ、１０～８０ｎＭ、１０～７０ｎＭ、１０～６０ｎＭ、１０～５０ｎＭ、１０～４０ｎＭ、１０～３０ｎＭ、１０～２０ｎＭ、２０～１００ｎＭ、２０～９０ｎＭ、２０～８０ｎＭ、２０～７０ｎＭ、２０～６０ｎＭ、２０～５０ｎＭ、２０～４０ｎＭ、２０～３０ｎＭ、３０～１００ｎＭ、３０～９０ｎＭ、３０～８０ｎＭ、３０～７０ｎＭ、３０～６０ｎＭ、３０～５０ｎＭ、３０～４０ｎＭ、４０～１００ｎＭ、４０～９０ｎＭ、４０～８０ｎＭ、４０～７０ｎＭ、４０～６０ｎＭ、もしくは４０～５０ｎＭのＩＣ５０を有する、
請求項３７または３８に記載の方法。
【請求項40】
前記薬学的組成物は、タンパク質ベースまたは重量－重量ベースで少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の純度を有し、実質的に凝集がなく、必要に応じて約１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、または５％未満が凝集しており、前記組成物は、実質的にエンドトキシンを含まない、請求項１～３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項41】
前記薬学的組成物は、約１ ＥＵ エンドトキシン／ｍｇ タンパク質未満、約１００ｎｇ 宿主細胞タンパク質／ｍｇ タンパク質未満、約１０ ｐｇ 宿主細胞ＤＮＡ／ｍｇ タンパク質未満、および／またはＳＥＣ－ＨＰＬＣによって約９５％を超える単一ピーク純度を有する、請求項１～４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項42】
前記薬学的組成物を、静脈内（ＩＶ）投与、皮下（ＳＣ）投与、吸入による投与、局所投与、または経口投与によって前記被験体に投与することを包含する、請求項１～４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項43】
前記薬学的組成物を、吸入による投与によって、必要に応じて、ネブライザ、計量式吸入器、または乾燥散剤吸入器で肺疾患を有する前記被験体に投与することを包含する、請求項４２に記載の方法。
【請求項44】
局所投与または経口投与によって、必要に応じて、洗口液として、前記薬学的組成物を、皮膚または粘膜の疾患を有する前記被験体に投与することを包含する、請求項４２に記載の方法。
【請求項45】
前記薬学的組成物は、約５０，０００ Ｕ／ｋｇ～約１，０００，０００ Ｕ／ｋｇ（その間の全ての整数および範囲を含む）の投与量において、前記ウリナスタチンポリペプチドを含む、請求項１～４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項46】
前記薬学的組成物の投与は、コントロールまたは参照と比較して、必要に応じて、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、前記被験体におけるＮＥレベルまたは活性を、必要に応じて約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、低減する、請求項１～４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項47】
前記薬学的組成物の投与は、前記それを必要とする被験体の平均余命を、必要に応じて約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数、または少なくとも約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数程度増大させる、請求項１～４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項48】
前記被験体は、肺疾患を有し、前記薬学的組成物の投与は、必要に応じて約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、前記被験体における呼吸機能を改善する、請求項１～４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項49】
前記改善された呼吸機能は、増大した呼気時間、増大した吸気時間、減少した最大呼気流、減少した最大級気流、減少した分時換気量（ＲＭＶ）、および減少した呼吸数のうちの１またはこれより多くのものから選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項50】
前記被験体は、皮膚または粘膜の疾患を有し、前記薬学的組成物の投与は、必要に応じて約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、前記被験体において皮膚または粘膜の病変または潰瘍を低減する、請求項１～４９のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願への相互参照
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）項の下で、２０２１年１月２９日出願の米国仮出願第６３／１４３，４０３号（これはその全体において本明細書に参考として援用される）に基づく優先権を主張する。
本出願は、米国特許法第１１９条（ｅ）項の下で、２０２１年１月２９日出願の米国仮出願第６３／１４３，４０３号（これはその全体において本明細書に参考として援用される）に基づく優先権を主張する。
【0002】
配列表に関する陳述
本出願と関連付けられた配列表は、紙による写しの代わりに、テキストフォーマットで提供され、本明細書に参考として援用される。上記配列表を含むテキストファイルの名称は、ＤＩＡＭ＿０４１＿０１ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。そのテキストファイルは、約２９ＫＢであり、作成日は２０２２年１月２４日であり、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
本出願と関連付けられた配列表は、紙による写しの代わりに、テキストフォーマットで提供され、本明細書に参考として援用される。上記配列表を含むテキストファイルの名称は、ＤＩＡＭ＿０４１＿０１ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。そのテキストファイルは、約２９ＫＢであり、作成日は２０２２年１月２４日であり、ＥＦＳ－Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
【0003】
背景
技術分野
本開示の実施形態は、上昇した好中球エラスターゼ（ＮＥ）と関連する疾患（ＮＥ関連の肺および皮膚の疾患を含む）を処置するためのウリナスタチンポリペプチドを含む方法および組成物を含む。
技術分野
本開示の実施形態は、上昇した好中球エラスターゼ（ＮＥ）と関連する疾患（ＮＥ関連の肺および皮膚の疾患を含む）を処置するためのウリナスタチンポリペプチドを含む方法および組成物を含む。
【背景技術】
【0004】
関連技術の説明
ウリナスタチン（別名、尿中トリプシンインヒビター）は、トリプシン、キモトリプシン、ラクテート（ｌａｃｔａｔｅ）、リパーゼ、ヒアルロニダーゼ、および種々の膵臓酵素の活性を阻害するヒト尿に由来する糖タンパク質プロテイナーゼインヒビターである。
ウリナスタチン（別名、尿中トリプシンインヒビター）は、トリプシン、キモトリプシン、ラクテート（ｌａｃｔａｔｅ）、リパーゼ、ヒアルロニダーゼ、および種々の膵臓酵素の活性を阻害するヒト尿に由来する糖タンパク質プロテイナーゼインヒビターである。
【0005】
高度に精製したウリナスタチンは、急性膵炎、慢性膵炎、スティーブンス・ジョンソン症候群、熱傷、敗血性ショック、中毒性表皮壊死症（ＴＥＮ）、および他の疾患の処置のために臨床的に使用されている。しかし、多量のウリナスタチンが必要とされる。なぜならそれは、そのプロテアーゼの活性部位と不可逆的に反応する強力なプロテアーゼインヒビターであるセルピンであり、従って、代表的には、その標的と１：１の化学量論において消費されるからである。この特性は、全身投与後に達成される比較的低いインビボ曝露と組み合わされると、天然のウリナスタチンタンパク質からの治療剤の生成にあたって難題が生じる。
【0006】
好中球エラスターゼ（ＮＥ）は、炎症中に好中球およびマクロファージによって分泌されるセリンプロテイナーゼである。好中球エラスターゼおよび類似のプロテアーゼの過剰な活性は、組織損傷を引き起こし、肺炎、呼吸窮迫、および急性肺傷害のような多くの肺の状態（Ｐｏｌｖｅｒｉｎｏら， Ｃｈｅｓｔ． １５２（２）：２４９－２６２， ２０１７）、ならびに類天疱瘡のような皮膚の状態（Ｌｉｕら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ． １０５（１）：１１３－１２３， ２０００）においてリモデリングプロセスを変化させることが報告されている。
ウリナスタチンポリペプチドの組換え生成および／または治療上の有用性に関連する改善された特性を有するウリナスタチンポリペプチドが、ならびにウリナスタチンポリペプチドの臨床上の有用性を他の疾患に拡げることがまた、当該分野で必要である。
ウリナスタチンポリペプチドの組換え生成および／または治療上の有用性に関連する改善された特性を有するウリナスタチンポリペプチドが、ならびにウリナスタチンポリペプチドの臨床上の有用性を他の疾患に拡げることがまた、当該分野で必要である。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0007】
【非特許文献1】Ｐｏｌｖｅｒｉｎｏら， Ｃｈｅｓｔ． １５２（２）：２４９－２６２， ２０１７
【非特許文献2】Ｌｉｕら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ． １０５（１）：１１３－１２３， ２０００
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0008】
簡潔な要旨
本開示の実施形態は、好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患を処置すること、上記疾患の症状を改善すること、または上記疾患の進行を阻害することを、それを必要とする被験体において行う方法であって、上記方法は、上記被験体に、ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を投与することを包含する方法を含む。
本開示の実施形態は、好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患を処置すること、上記疾患の症状を改善すること、または上記疾患の進行を阻害することを、それを必要とする被験体において行う方法であって、上記方法は、上記被験体に、ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を投与することを包含する方法を含む。
【0009】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、肺疾患を含む。いくつかの実施形態において、上記肺疾患は、α－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症（その合併症を含む）、嚢胞性線維症、肺炎、急性肺傷害（ＡＬＩ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、気管支拡張症、および必要に応じてコロナウイルス（例えば、Ｃｏｖｉｄ－１９）またはインフルエンザ感染と関連するウイルス誘導性肺傷害（それらの組み合わせを含む）のうちの１またはこれより多くのものから選択される。いくつかの実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、α－１ アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症（その合併症を含む）である。
【0010】
ある特定の実施形態において、上記被験体は、血清Ａ１ＡＴの低減されたレベル、必要に応じて、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％もしくは約８０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約６０％もしくは約６０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約４０％もしくは約４０％未満、またはＡ１ＡＴの正常血清レベルの約１０～１５％を有する。
【0011】
いくつかの実施形態において、上記被験体は、必要に応じて、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択されるＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を有する。ある特定の実施形態において、上記被験体は、欠損症Ａ１ＡＴアレルおよびヌルＡ１ＡＴアレルから選択されるＡ１ＡＴ遺伝子型を有する。特定の実施形態において、上記Ａ１ＡＴ欠損症アレルは、Ｅ３４２Ｋアレル（Ｚアレル）またはＥ２６４Ｖアレル（Ｓアレル）である。
【0012】
いくつかの実施形態は、
（ａ）上記被験体において血清Ａ１ＡＴレベルおよび／またはＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を決定する工程；ならびに
（ｂ）上記被験体がＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型および／または正常と比較してＡ１ＡＴレベルの低減された血清レベルを有する場合、上記薬学的組成物を上記被験体に投与する工程、
を包含する。
（ａ）上記被験体において血清Ａ１ＡＴレベルおよび／またはＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を決定する工程；ならびに
（ｂ）上記被験体がＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型および／または正常と比較してＡ１ＡＴレベルの低減された血清レベルを有する場合、上記薬学的組成物を上記被験体に投与する工程、
を包含する。
【0013】
ある特定の実施形態において、上記Ａ１ＡＴ表現型／遺伝子型は、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択される；上記Ａ１ＡＴ遺伝子型は、欠損症Ａ１ＡＴアレルもしくはヌルＡ１ＡＴアレルを含む；ならびに／または上記血清Ａ１ＡＴレベルは、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％、または約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％未満である。いくつかの実施形態において、上記Ａ１ＡＴ欠損症アレルは、Ｅ３４２Ｋアレル（Ｚアレル）またはＥ２６４Ｖアレル（Ｓアレル）である。
【0014】
ある特定の実施形態において、上記Ａ１ＡＴ－欠損症の合併症は、喘息、気管支拡張症、肝硬変、ＣＯＰＤ、呼吸不全、および血管炎のうちの１またはこれより多くのものを含む。ある特定の実施形態において、上記被験体は、息切れ（必要に応じて労作時および後に安静時）、喘鳴、喀痰生成、または再発性の呼吸器感染のうちのいずれか１つまたはこれより多くのものを有する。
【0015】
特定の実施形態は、上記ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を、Ａ１ＡＴ－欠損症を処置するためのさらなる治療剤、必要に応じて、疾患関連Ａ１ＡＴ変異体に対して指向されるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）薬剤、Ａ１ＡＴ増強療法、気管支拡張剤、吸入ステロイド、抗生剤、または抗ウイルス剤と組み合わせて投与することを包含する。
【0016】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、嚢胞性線維症であり、上記被験体は、ｃｙｓｔｉｃ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ（ＣＦＴＲ）遺伝子において変異を有する。いくつかの実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、皮膚または粘膜の疾患を含む。特定の実施形態において、上記皮膚または粘膜の疾患は、ベーチェット病、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、および川崎病である。
【0017】
いくつかの実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、自己免疫疾患であり、例えば、重症筋無力症、温式自己免疫性溶血性貧血、甲状腺眼症、特発性血小板減少性紫斑病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、視神経脊髄炎、ギラン・バレー症候群、およびＰＬＡ２Ｒ＋膜性腎症から選択される自己免疫疾患である。
【0018】
ある特定の実施形態において、上記被験体は、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルまたは活性を有する。
【0019】
いくつかの実施形態は、
（ａ）上記被験体に由来するサンプル中でＮＥレベルまたは活性を決定する工程；および
（ｂ）上記サンプルが、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルまたは活性を有する場合、上記薬学的組成物を上記被験体に投与する工程、
を包含する。
（ａ）上記被験体に由来するサンプル中でＮＥレベルまたは活性を決定する工程；および
（ｂ）上記サンプルが、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルまたは活性を有する場合、上記薬学的組成物を上記被験体に投与する工程、
を包含する。
【0020】
いくつかの実施形態において、上記サンプルは、喀痰サンプル（必要に応じて、下気道の粘液を含む）、血液もしくは血清サンプル、または皮膚もしくは粘膜サンプルである。いくつかの実施形態において、上記喀痰サンプルは、気道好中球を含み、上記方法は、上記サンプル中の表面結合ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する。いくつかの実施形態において、上記方法は、上記サンプル中の遊離ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する。
【0021】
いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、組換えウリナスタチンポリペプチドまたは尿由来ウリナスタチンポリペプチドである。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２を含む、からなる、またはから本質的になり、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含む。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、表Ｕ１から選択されるアミノ酸配列、または少なくとも１つのウリナスタチン活性を有するその活性改変体もしくはフラグメントを含む、からなる、またはから本質的になる。
【0022】
いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、
（ａ）配列番号１、もしくはＯ結合型グリコシル化および少なくとも１つのウリナスタチン活性に対する少なくとも１つの改変を有する配列番号１の改変体；
（ｂ）少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、配列番号１もしくは（ａ）のフラグメント；または
（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一であり、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、（ａ）もしくは（ｂ）の改変体、
を含む、からなる、またはから本質的になる。
（ａ）配列番号１、もしくはＯ結合型グリコシル化および少なくとも１つのウリナスタチン活性に対する少なくとも１つの改変を有する配列番号１の改変体；
（ｂ）少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、配列番号１もしくは（ａ）のフラグメント；または
（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一であり、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、（ａ）もしくは（ｂ）の改変体、
を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0023】
いくつかの実施形態において、（ａ）は、配列番号１の残基８～１１のＯ結合型グリコシル化部位において置換もしくは欠失、必要に応じて配列番号１の残基Ｓ１０において置換もしくは欠失、必要に応じてＳ１０Ａ置換を含むか、あるいは（ｂ）は、配列番号１もしくは２の約２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、１２５個、もしくは１３０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0024】
いくつかの実施形態において、（ｂ）は、配列番号１もしくは２の、約２０～１３０個、２０～１２０個、２０～１１０個、２０～１００個、２０～９０個、２０～８０個、２０～７０個、２０～６０個、２０～５０個、２０～４０個、２０～３０個、３０～１３０個、３０～１２０個、３０～１１０個、３０～１００個、３０～９０個、３０～８０個、３０～７０個、３０～６０個、３０～５０個、３０～４０個、４０～１３０個、４０～１２０個、４０～１１０個、４０～１００個、４０～９０個、４０～８０個、４０～７０個、４０～６０個、４０～５０個、５０～１３０個、５０～１２０個、５０～１１０個、５０～１００個、５０～９０個、５０～８０個、５０～７０個、５０～６０個、６０～１３０個、６０～１２０個、６０～１１０個、６０～１００個、６０～９０個、６０～８０個、６０～７０個、７０～１３０個、７０～１２０個、７０～１１０個、７０～１００個、７０～９０個、７０～８０個、８０～１３０個、８０～１２０個、８０～１１０個、８０～１００個、８０～９０個、９０～１３０個、９０～１２０個、９０～１１０個、９０～１００個、１００～１３０個、１００～１２０個、もしくは１００～１１０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0025】
いくつかの実施形態において、（ｂ）は、配列番号１または２のドメイン１を含む、からなる、またはから本質的になる。いくつかの実施形態において、（ｂ）は、配列番号１または２のドメイン２を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0026】
いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２（ＵＴＩΔＣＳ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％同一であり、配列番号２の位置Ｓ１０において置換を、必要に応じてＳ１０Ａ置換を保持するアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを有し、上記残基は、配列番号１または２によって定義される。
【0027】
いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドを形成するために、Ｆｃ領域に融合され、ここで上記ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドは、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する。いくつかの実施形態において、上記Ｆｃ領域は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ免疫グロブリン重鎖のＣＨ２領域、ＣＨ３領域、ＣＨ４領域、および／またはヒンジ領域を含む、からなる、またはから本質的になる。いくつかの実施形態において、上記Ｆｃ領域は、表Ｆ１のヒトＦｃ領域アミノ酸配列（その改変体、フラグメント、ホモログ、オルソログ、パラログ、および組み合わせを含む）のうちの１またはこれより多くのものを含む、からなる、またはから本質的になる。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドは、野生型Ｆｃ領域と比較して、少なくとも１つの変化したエフェクター機能および／または薬物動態（ＰＫ）特性を有する改変されたＦｃ領域を含む。
【0028】
いくつかの実施形態において、上記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、プロテアーゼインヒビター活性、必要に応じて、好中球エラスターゼ（ＮＥ）インヒビター活性またはトリプシンインヒビター活性、および必要に応じて抗炎症活性を含む。いくつかの実施形態において、上記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、トリプシンインヒビター活性であり、上記ウリナスタチンポリペプチドは、約もしくは少なくとも約１０００～３０００ Ｕ／ｍｇ、または約もしくは少なくとも約１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、もしくは３０００ Ｕ／ｍｇのトリプシンインヒビターとしての比活性を有し、ここで１ユニット（Ｕ）は、２μｇ トリプシンの活性を５０％程度阻害するウリナスタチンポリペプチドの量である。いくつかの実施形態において、上記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、ＮＥインヒビター活性であり、上記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイにおいて約１０μｇ／ｍｌもしくはより低い値のＩＣ５０、必要に応じて約１０μｇ／ｍｌ、９μｇ／ｍｌ、８μｇ／ｍｌ、７μｇ／ｍｌ、６μｇ／ｍｌ、５μｇ／ｍｌ、４μｇ／ｍｌ、３μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、もしくは１μｇ／ｍｌまたはこれより低い値（その間の全ての範囲および整数を含む）のＩＣ５０、必要に応じて約１～１０μｇ／ｍｌ、１～９μｇ／ｍｌ、１～８μｇ／ｍｌ、１～７μｇ／ｍｌ、１～６μｇ／ｍｌ、１～５μｇ／ｍｌ、１～４μｇ／ｍｌ、１～３μｇ／ｍｌ、１～２μｇ／ｍｌ、２～１０μｇ／ｍｌ、２～９μｇ／ｍｌ、２～８μｇ／ｍｌ、２～７μｇ／ｍｌ、２～６μｇ／ｍｌ、２～５μｇ／ｍｌ、２～４μｇ／ｍｌ、２～３μｇ／ｍｌ、３～１０μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～７μｇ／ｍｌ、３～６μｇ／ｍｌ、３～５μｇ／ｍｌ、３～４ １０μｇ／ｍｌのＩＣ５０を有する。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイにおいて、約１００ｎＭもしくはこれより低い値のＩＣ５０、必要に応じて約１００ｎＭ、９０ｎＭ、８０ｎＭ、７０ｎＭ、６０ｎＭ、５０ｎＭ、４０ｎＭ、３０ｎＭ、２０ｎＭ、もしくは１０ｎＭまたはこれより低い値（その間の全ての範囲および整数を含む）のＩＣ５０、必要に応じて、約１０～１００ｎＭ、１０～９０ｎＭ、１０～８０ｎＭ、１０～７０ｎＭ、１０～６０ｎＭ、１０～５０ｎＭ、１０～４０ｎＭ、１０～３０ｎＭ、１０～２０ｎＭ、２０～１００ｎＭ、２０～９０ｎＭ、２０～８０ｎＭ、２０～７０ｎＭ、２０～６０ｎＭ、２０～５０ｎＭ、２０～４０ｎＭ、２０～３０ｎＭ、３０～１００ｎＭ、３０～９０ｎＭ、３０～８０ｎＭ、３０～７０ｎＭ、３０～６０ｎＭ、３０～５０ｎＭ、３０～４０ｎＭ、４０～１００ｎＭ、４０～９０ｎＭ、４０～８０ｎＭ、４０～７０ｎＭ、４０～６０ｎＭ、もしくは４０～５０ｎＭのＩＣ５０を有する。
【0029】
いくつかの実施形態において、上記薬学的組成物は、タンパク質ベースまたは重量－重量ベースで少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の純度を有し、実質的に凝集がなく、必要に応じて約１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、または５％未満が凝集しており、上記組成物は、実質的にエンドトキシンを含まない。いくつかの実施形態において、上記薬学的組成物は、約１ ＥＵ エンドトキシン／ｍｇ タンパク質未満、約１００ｎｇ 宿主細胞タンパク質／ｍｇ タンパク質未満、約１０ ｐｇ 宿主細胞ＤＮＡ／ｍｇ タンパク質未満、および／またはＳＥＣ－ＨＰＬＣによって約９５％を超える単一ピーク純度を有する。
【0030】
ある特定の実施形態は、上記薬学的組成物を、静脈内（ＩＶ）投与、皮下（ＳＣ）投与、吸入による投与、局所投与、または経口投与によって上記被験体に投与することを包含する。ある特定の実施形態は、上記薬学的組成物を、吸入による投与によって、必要に応じて、ネブライザ、計量式吸入器、または乾燥散剤吸入器で肺疾患を有する上記被験体に投与することを包含する。ある特定の実施形態は、局所投与または経口投与によって、必要に応じて、洗口液として、上記薬学的組成物を、皮膚または粘膜の疾患を有する上記被験体に投与することを包含する。
【0031】
いくつかの実施形態において、上記薬学的組成物は、約５０，０００ Ｕ／ｋｇ～約１，０００，０００ Ｕ／ｋｇ（その間の全ての整数および範囲を含む）の投与量において、上記ウリナスタチンポリペプチドを含む。
【0032】
いくつかの実施形態において、上記薬学的組成物の投与は、コントロールまたは参照と比較して、必要に応じて、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、上記被験体におけるＮＥレベルまたは活性を、必要に応じて約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、低減する。いくつかの実施形態において、上記薬学的組成物の投与は、上記それを必要とする被験体の平均余命を、必要に応じて約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数、または少なくとも約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数程度増大させる。
【0033】
いくつかの実施形態において、上記被験体は、肺疾患を有し、上記薬学的組成物の投与は、必要に応じて約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、上記被験体における呼吸機能を改善する。いくつかの実施形態において、上記改善された呼吸機能は、増大した呼気時間、増大した吸気時間、減少した最大呼気流、減少した最大級気流、減少した分時換気量（ＲＭＶ）、および減少した呼吸数のうちの１またはこれより多くのものから選択される。
【0034】
いくつかの実施形態において、上記被験体は、皮膚または粘膜の疾患を有し、上記薬学的組成物の投与は、必要に応じて約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、上記被験体において皮膚または粘膜の病変または潰瘍を低減する。
【図面の簡単な説明】
【0035】
【発明を実施するための形態】
【0036】
詳細な説明
別段定義されなければ、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で記載されるものに類似のまたは等価な任意の方法、材料、組成物、試薬、細胞は、本開示の主題の実施または試験において使用され得るが、好ましい方法および材料が記載される。本明細書において引用される全ての刊行物および参考文献（特許および特許出願が挙げられるが、これらに限定されない）は、各個々の刊行物および参考文献が、十分に示されているとして本明細書に参考として援用されることが具体的にかつ個々に示されるかのように、それらの全体において本明細書に参考として援用される。本出願が優先権を主張する任意の特許出願はまた、刊行物および参考文献に関して上記で記載される様式で、その全体において本明細書に参考として援用される。
別段定義されなければ、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で記載されるものに類似のまたは等価な任意の方法、材料、組成物、試薬、細胞は、本開示の主題の実施または試験において使用され得るが、好ましい方法および材料が記載される。本明細書において引用される全ての刊行物および参考文献（特許および特許出願が挙げられるが、これらに限定されない）は、各個々の刊行物および参考文献が、十分に示されているとして本明細書に参考として援用されることが具体的にかつ個々に示されるかのように、それらの全体において本明細書に参考として援用される。本出願が優先権を主張する任意の特許出願はまた、刊行物および参考文献に関して上記で記載される様式で、その全体において本明細書に参考として援用される。
【0037】
本開示の実施は、具体的に反対に示されなければ、当該分野の技術範囲内のウイルス学、免疫学、微生物学、分子生物学および組換えＤＮＡ技術の従来の方法を使用し、そのうちの多くは、例証目的で以下に記載される。このような技術は、文献中で十分に説明されている。例えば、以下を参照のこと： Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｒ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， Ｎ．Ｙ． （２００９）； Ａｕｓｕｂｅｌら， Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， 第３版， Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， １９９５； Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （第３版， ２００１）； Ｍａｎｉａｔｉｓら Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （１９８２）； ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｖｏｌ． Ｉ ＆ ＩＩ （Ｄ． Ｇｌｏｖｅｒ，編）； Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ （Ｎ． Ｇａｉｔ，編， １９８４）； Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ，編， １９８５）； Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ （Ｂ． Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ． Ｈｉｇｇｉｎｓ，編， １９８４）； Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ （Ｒ． Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，編， １９８６）； Ｐｅｒｂａｌ， Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ （１９８４）および他の同様の文献。
【0038】
標準的な技術は、組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、ならびに組織培養および形質転換（例えば、エレクトロポレーション、リポフェクション）のために使用され得る。酵素反応および精製技術は、製造業者の仕様書に従って、または当該分野で一般に達成されるとおりに、または本明細書で記載されるように行われ得る。これらのおよび関連する技術および手順は一般に、当該分野で周知の従来の方法に従って、ならびに本明細書全体を通じて引用および考察される種々の一般的およびより詳細な参考文献に記載されるように行われ得る。具体的な定義が提供されなければ、本明細書で記載される分子生物学、分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学および創薬化学と関連して利用される命名法、ならびにそれらの実験手順および技術は、当該分野で周知のものであり、一般に使用される。標準的な技術は、組換え技術、分子生物学、微生物学、化学合成、化学分析、薬学的調製、製剤化、および送達、ならびに患者の処置のために使用され得る。
【0039】
本開示の目的のために、以下の用語が以下で定義される。
【0040】
冠詞「ａ（１つの、ある）」および「ａｎ（１つの、ある）」は、その冠詞の文法上の対象の１つ、または１より多くのもの（すなわち、少なくとも１）に言及するために本明細書で使用される。例示によれば、「１つの要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または１より多くの要素を意味する。
【0041】
「約（ａｂｏｕｔ）」は、参照の量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さに対して、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％または１％程度変動する、量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
【0042】
本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸（ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ）」は、天然に存在するおよび天然に存在しないアミノ酸、ならびにアミノ酸アナログおよび摸倣物の両方を意味することが意図される。天然に存在するアミノ酸は、タンパク質生合成中に利用される２０種の（Ｌ）－アミノ酸、ならびに例えば、４－ヒドロキシプロリン、ヒドロキシリジン、デスモシン、イソデスモシン、ホモシステイン、シトルリンおよびオルニチンのような他のものを含む。天然に存在しないアミノ酸は、例えば、（Ｄ）－アミノ酸、ノルロイシン、ノルバリン、ｐ－フルオロフェニルアラニン、エチオニンなどを含み、これらは、当業者に公知である。アミノ酸アナログは、天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸の改変された形態を含む。このような改変は、例えば、アミノ酸上の化学基および部分の置換もしくは置き換え、またはアミノ酸の誘導体化によるものを含み得る。アミノ酸摸倣物は、例えば、参照アミノ酸に特徴的な電荷および電荷の配置（ｃｈａｒｇｅ ｓｐａｃｉｎｇ）のような機能的に類似の特性を示す有機構造体を含む。例えば、アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）を模倣する有機構造体は、類似の分子空間に位置し、天然に存在するＡｒｇアミノ酸の側鎖のｅ－アミノ基と同程度の移動性を有する正電荷部分を有する。摸倣物はまた、アミノ酸のまたはアミノ酸官能基の最適な配置および電荷相互作用を維持するように拘束された構造体を含む。当業者は、どのような構造体が機能的に等価なアミノ酸アナログおよびアミノ酸摸倣物を構成するかを知っているかまたは決定し得る。
【0043】
「生体適合性（ｂｉｏｃｏｍｐａｔｉｂｌｅ）」とは、生物学的機能に概して有害でなく、許容できない毒性（アレルゲン状態および疾患状態を含む）のいかなる程度をも生じない、物質または化合物に言及する。
【0044】
「コード配列（ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、遺伝子のポリペプチド生成物のコードに寄与する任意の核酸配列を意味する。対照的に、用語「非コード配列（ｎｏｎ－ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」とは、遺伝子のポリペプチド生成物のコードに直接的には寄与しない任意の核酸配列に言及する。
【0045】
本開示全体を通じて、文脈が別段要求しなければ、文言「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」および「含む、包含する（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、述べられる工程もしくは要素、または工程もしくは要素の群の包含を意味するが、任意の他の工程もしくは要素、または工程もしくは要素の群の排除を意味しないことが理解される。
【0046】
「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」は、語句「からなる」に続くもの全てを含み、それに限定されることを意味する。従って、語句「からなる」は、その列挙された要素が要求されるかまたは必須であること、および他の要素は存在してはならないことを示す。「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、その語句の後に列挙される任意の要素を含むが、その列挙される要素に関する開示において特定される活性または作用に干渉も寄与もしない他の要素に限られることを意味する。従って、語句「から本質的になる」は、その列挙される要素が要求されるかまたは必須であるが、他の要素は選択肢であり、その列挙される要素の活性または作用に本質的に影響を及ぼすか否かに依存して、存在してもよいかまたは存在してはならないことを示す。
【0047】
用語「エンドトキシンを含まない（ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ ｆｒｅｅ）」または「実質的にエンドトキシンを含まない（ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ ｅｎｄｏｔｏｘｉｎ ｆｒｅｅ）」とは、一般に、せいぜいで微量（例えば、被験体に対して臨床上有害な生理学的効果を有しない量）のエンドトキシン、および好ましくは検出不能な量のエンドトキシンを含む、組成物、溶媒、および／または容器に関する。エンドトキシンは、ある特定の微生物（例えば、細菌、代表的には、グラム陰性細菌）と関連する毒素であるが、エンドトキシンは、グラム陽性細菌（例えば、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）にも見出され得る。大部分の広く認められるエンドトキシンは、種々のグラム陰性細菌の外膜において見出され、これらの細菌が疾患を引き起こす能力において中心的な病原的特徴を表す、リポポリサッカリド（ＬＰＳ）またはリポ－オリゴ－サッカリド（ＬＯＳ）である。ヒトにおいて少量のエンドトキシンは、有害な生理学的効果の中でもとりわけ、発熱、血圧の低下、ならびに炎症および凝固の活性化を生じ得る。
【0048】
従って、薬学的生成においてしばしば、薬物製品および／または薬物容器から大部分のまたは全ての微量のエンドトキシンを除去することは望ましい。なぜなら少量であっても、ヒトにおいて有害な効果を引き起こし得るからである。発熱物質除去オーブン（ｄｅｐｙｒｏｇｅｎａｔｉｏｎ ｏｖｅｎ）は、大部分のエンドトキシンを分解するために３００℃を超える温度が代表的には要求されることから、この目的のために使用され得る。例えば、シリンジまたはバイアルのような主なパッケージング材料に基づくと、２５０℃のガラス温度および３０分間の保持時間の組み合わせはしばしば、エンドトキシンレベルにおいて３対数低減を達成するために十分である。本明細書で記載され、当該分野で公知であるように、例えば、クロマトグラフィーおよび濾過方法を含め、エンドトキシンを除去する他の方法が企図される。
【0049】
エンドトキシンは、当該分野で公知の慣用的技術を試用して検出され得る。例えば、Ｌｉｍｕｌｕｓ Ａｍｏｅｂｏｃｙｔｅ Ｌｙｓａｔｅアッセイ（これは、カブトガニの血液を利用する）は、エンドトキシンの存在を検出するための非常に高感度なアッセイである。この試験において、非常に低レベルのＬＰＳは、この反応を増幅する強力な酵素カスケードに起因して、カブトガニ溶解物の検出可能な凝固を引き起こし得る。エンドトキシンはまた、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって定量され得る。実質的にエンドトキシンを含まないために、エンドトキシンレベルは、約０．００１ＥＵ／ｍｇ未満、０．００５ＥＵ／ｍｇ未満、０．０１ＥＵ／ｍｇ未満、０．０２ＥＵ／ｍｇ未満、０．０３ＥＵ／ｍｇ未満、０．０４ＥＵ／ｍｇ未満、０．０５ＥＵ／ｍｇ未満、０．０６ＥＵ／ｍｇ未満、０．０８ＥＵ／ｍｇ未満、０．０９ＥＵ／ｍｇ未満、０．１ＥＵ／ｍｇ未満、０．５ＥＵ／ｍｇ未満、１．０ＥＵ／ｍｇ未満、１．５ＥＵ／ｍｇ未満、２ＥＵ／ｍｇ未満、２．５ＥＵ／ｍｇ未満、３ＥＵ／ｍｇ未満、４ＥＵ／ｍｇ未満、５ＥＵ／ｍｇ未満、６ＥＵ／ｍｇ未満、７ＥＵ／ｍｇ未満、８ＥＵ／ｍｇ未満、９ＥＵ／ｍｇ未満、または１０ＥＵ／ｍｇ未満の活性化合物であり得る。代表的には、１ｎｇ リポポリサッカリド（ＬＰＳ）は、約１～１０ＥＵに相当する。
【0050】
ポリペプチドの「半減期（ｈａｌｆ－ｌｉｆｅ）」は、ポリペプチドがその薬理学的、生理学的、または他の活性の半分を失うのにかかる時間を、生物の血清もしくは組織への投与時のそのような活性と比較して、または任意の他の定義された時点と比較して言及し得る。「半減期」はまた、ポリペプチドの量または濃度が、生物の血清もしくは組織へと投与された出発量の半分程度低減されるためにかかる時間を、生物の血清または組織への投与時でのそのような量もしくは濃度と比較して、または任意の他の定義された時点と比較して言及し得る。半減期は、血清および／または任意の１もしくはこれより多くの選択された組織において測定され得る。
【0051】
用語「調節する（ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ）」および「変化させる（ａｌｔｅｒｉｎｇ）」は、代表的には、コントロールと比較して統計的に有意なまたは生理学的に有意な量または程度において、「増大させる（ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ）」、「増強する（ｅｎｈａｎｃｉｎｇ）」または「刺激する（ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ）、ならびに「減少させる（ｄｅｃｒｅａｓｉｎｇ）または「低減する（ｒｅｄｕｃｉｎｇ）」ことを含む。「増大した（ｉｎｃｒｅａｓｅｄ）、「刺激された（ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ）」または「増強された（ｅｎｈａｎｃｅｄ）」量は、代表的には、「統計的に有意な」量であり、組成物なし（例えば、薬剤なし）またはコントロール組成物で生成される量の１．１倍、１．２倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１５倍、２０倍、３０倍またはより大きな倍数（例えば、５００倍、１０００倍）（その間の全ての整数および範囲、例えば、１．５、１．６、１．７、１．８などを含む）である増大を含み得る。「減少された（ｄｅｃｒｅａｓｅｄ）」または「低減された（ｒｅｄｕｃｅｄ）」量は、代表的には、「統計的に有意な」量であり、組成物なし（例えば、薬剤なし）またはコントロール組成物で生成される量の１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（その間の全ての整数および範囲を含む）の減少を含み得る。比較および「統計的に有意な」量の例は、本明細書に記載される。
【0052】
用語「ポリペプチド（ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）」「タンパク質（ｐｒｏｔｅｉｎ）および「ペプチド（ｐｅｐｔｉｄｅ）」は、交換可能に使用され、いかなる特定の長さにも限定されないアミノ酸のポリマーを意味する。用語「酵素（ｅｎｚｙｍｅ）」は、ポリペプチドまたはタンパク質触媒を含み、ウリナスタチンに関しては、タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドと交換可能に使用される。上記用語は、ミリストイル化、硫酸化、グリコシル化、リン酸化およびシグナル配列の付加または欠失のような改変を含む。用語「ポリペプチド」または「タンパク質」は、アミノ酸の１またはこれより多くの鎖であって、ここで各鎖は、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸を含み、上記ポリペプチドまたはタンパク質は、ペプチド結合によって一緒に非共有結合により、および／または共有結合により結合され、天然のタンパク質、すなわち、天然に存在し、具体的には組換えでない細胞、または遺伝的に操作されたもしくは組換えの細胞によって生成されるタンパク質の配列を有する複数の鎖を含むことができ、天然のタンパク質のアミノ酸配列を有する分子、または天然の配列のうちの１またはこれより多くのアミノ酸の欠失、付加、および／または置換を有する分子を含むものを意味する。用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、具体的には、本明細書で記載されるウリナスタチンタンパク質、あるいはウリナスタチンタンパク質のうちの１もしくはこれより多くのアミノ酸の欠失、付加、および／または置換を有する配列を包含する。ある特定の実施形態において、上記ポリペプチドは、「組換え（ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ）」ポリペプチドであり、これは、１またはこれより多くの組換えＤＮＡ分子を含む組換え細胞によって生成され、代表的には、異種ポリヌクレオチド配列または細胞において他に見出されないポリヌクレオチド配列の組み合わせから作製されるものである。
【0053】
本明細書で言及される用語「単離された（ｉｓｏｌａｔｅｄ）」ポリペプチドまたはタンパク質は、本タンパク質が、（１）代表的にはそれが天然において一緒に見出される少なくともいくつかの他のタンパク質を含まない、（２）同じ供給源に由来する、例えば、同じ種に由来する他のタンパク質を本質的に含まない、（３）異なる種に由来する細胞によって発現される、（４）それが天然において会合されるポリヌクレオチド、脂質、炭水化物、もしくは他の物質のうちの少なくとも約５０％から分離されている、（５）その「単離された」タンパク質が天然において会合されるタンパク質の一部と（共有結合的または非共有結合的相互作用によって）会合していない、（６）それが天然において会合されていないポリペプチドと作動可能に（共有結合的または非共有結合的相互作用によって）会合している、または（７）天然において存在しないことを意味する。このような単離されたタンパク質は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡまたは他のＲＮＡによってコードされ得るか、合成起源のものであり得るか、またはこれらの任意の組み合わせのものであり得る。ある特定の実施形態において、単離されたタンパク質は、 その天然の環境において見出され、その使用（治療的、診断的、予防的、研究または他）に干渉するタンパク質またはポリペプチドまたは他の夾雑物質を実質的に含まない。
【0054】
ある特定の実施形態において、組成物中の任意の所定の薬剤（例えば、ウリナスタチンポリペプチド）の「純度（ｐｕｒｉｔｙ）」は、具体的に定義され得る。例えば、ある特定の組成物は、例えば、高速液体クラマトグラフィー（ＨＰＬＣ）（化合物を分離、特定および定量するために生化学および分析化学において頻繁に使用されるカラムクロマトグラフィーの周知の形態）によって測定される場合、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％純粋（例えば、タンパク質ベースで）（その間の全ての小数および範囲を含む）である薬剤を含み得る。
【0055】
用語「参照配列（ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」とは、一般に、核酸コード配列、またはアミノ酸配列であって、その配列に対して別の配列が比較されるものに言及する。本明細書で記載される全てのポリペプチドおよびポリヌクレオチド配列は、参照配列（名称によって記載されるものならびに表および配列表に記載されるものを含む）として含まれる。
【0056】
用語「配列同一性（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」、または例えば、「と５０％同一の配列（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ５０％ ｉｄｅｎｔｉｃａｌ ｔｏ）」を含む、は、本明細書で使用される場合、比較ウインドウにわたって、ヌクレオチドごとのベースで、またはアミノ酸ごとのベースで配列が同一である程度に言及する。従って、「配列同一性のパーセンテージ（ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」は、比較ウインドウにわたって２つの最適に整列させた配列を比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、ＣｙｓおよびＭｅｔ）が両方の配列に存在してマッチした位置の数を得るその位置の数を決定し、マッチした位置の数を上記比較ウインドウにおける位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算し、その結果に１００を乗算して配列同一性のパーセンテージを得ることによって計算され得る。比較ウインドウを整列させるための配列の最適なアラインメントは、アルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｌｅａｓｅ ７．０、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ， ５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ Ｍａｄｉｓｏｎ， Ｗｉｓ．， ＵＳＡにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）のコンピューター化された実行によって、または選択された種々の方法のうちのいずれかによって生成される最良のアラインメント（すなわち、比較ウインドウにわたって最高のパーセンテージの相同性を生じる）の精査によって、行われ得る。参照はまた、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：３３８９， １９９７によって開示されるように、プログラムのＢＬＡＳＴファミリーに対して行われ得る。
【0057】
用語「溶解度（ｓｏｌｕｂｉｌｉｔｙ）」とは、液体溶媒中に溶解し、均質な溶液を形成するために、本明細書で提供される薬剤（例えば、ウリナスタチンポリペプチド）の特性に言及する。溶解度は、代表的には、濃度（溶媒の単位容積あたりの溶質の質量（溶媒１ｋｇあたりの溶質のｇ、ｇ／ｄＬ（１００ｍＬ）、ｍｇ／ｍｌなど）のいずれかによる）、モル濃度、重要モル濃度、モル分率または濃度の他の類似の記載として表される。溶媒の量あたりに溶解し得る溶質の最大平衡量は、特定された条件（温度、圧力、ｐＨ、および溶媒の性質を含む）下でのその溶媒中でのその溶質の溶解度である。ある特定の実施形態において、溶解度は、生理学的ｐＨ、または他のｐＨにおいて（例えば、ｐＨ ５．０、ｐＨ ６．０、ｐＨ ７．０、ｐＨ ７．４、ｐＨ ７．６、ｐＨ ７．８、またはｐＨ ８．０（例えば、約ｐＨ ５～８））において測定される。ある特定の実施形態において、溶解度は、水または生理学的緩衝液（例えば、ＰＢＳまたはＮａＣｌ（ＮａＰありまたはなし））中で測定される。具体的実施形態において、溶解度は、比較的低いｐＨ（例えば、ｐＨ ６．０）および比較的高い塩（例えば、５００ｍＭ ＮａＣｌおよび１０ｍＭ ＮａＰ）において測定される。ある特定の実施形態において、溶解度は、血液または血清のような生物学的流体（溶媒）中で測定される。ある特定の実施形態において、温度は、約室温（例えば、約２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃）または約体温（３７℃）であり得る。ある特定の実施形態において、薬剤は、室温または３７℃において、少なくとも約０．１ｍｇ／ｍｌ、０．２ｍｇ／ｍｌ、０．３ｍｇ／ｍｌ、０．４ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、０．６ｍｇ／ｍｌ、０．７ｍｇ／ｍｌ、０．８ｍｇ／ｍｌ、０．９ｍｇ／ｍｌ、１ｍｇ／ｍｌ、２ｍｇ／ｍｌ、３ｍｇ／ｍｌ、４ｍｇ／ｍｌ、５ｍｇ／ｍｌ、６ｍｇ／ｍｌ、７ｍｇ／ｍｌ、８ｍｇ／ｍｌ、９ｍｇ／ｍｌ、１０ｍｇ／ｍｌ、１１ｍｇ／ｍｌ、１２ｍｇ／ｍｌ、１３ｍｇ／ｍｌ、１４ｍｇ／ｍｌ、１５ｍｇ／ｍｌ、１６ｍｇ／ｍｌ、１７ｍｇ／ｍｌ、１８ｍｇ／ｍｌ、１９ｍｇ／ｍｌ、２０ｍｇ／ｍｌ、２５ｍｇ／ｍｌ、３０ｍｇ／ｍｌ、４０ｍｇ／ｍｌ、５０ｍｇ／ｍｌ、６０ｍｇ／ｍｌ、７０ｍｇ／ｍｌ、８０ｍｇ／ｍｌ、９０ｍｇ／ｍｌまたは１００ｍｇ／ｍｌの溶解度を有する。
【0058】
「被験体（ｓｕｂｊｅｃｔ）」または「それを必要とする被験体（ｓｕｂｊｅｃｔ ｉｎ ｎｅｅｄ ｔｈｅｒｅｏｆ）」または「患者（ｐａｔｉｅｎｔ）または「それを必要とする患者（ｐａｔｉｅｎｔ ｉｎ ｎｅｅｄ ｔｈｅｒｅｏｆ）は、ヒト被験体のような哺乳動物被験体を含む。
【0059】
「実質的に（ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ）」または「本質的に（ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」とは、ある所定の量のほぼ完全にまたは完全に、例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはこれより大きい、を意味する。
【0060】
「統計的に有意な（ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ）」によって、その結果が偶然に起こった可能性が低かったことを意味する。統計的有意性は、当該分野で公知の任意の方法によって決定され得る。有意性の一般に使用される尺度としては、ｐ値が挙げられ、これは、帰無仮説が真であるとした場合に、観察される事象が起こる頻度または確率である。その得られたｐ値が有意水準より小さい場合、その帰無仮説は棄却される。単純な場合には、その有意水準は、０．０５またはこれより小さいｐ値において定義される。
【0061】
「治療的応答（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）」とは、１またはこれより多くの治療剤の投与に基づく症状の改善（持続しようとそうでなかろうと）に言及する。
【0062】
本明細書で使用される場合、被験体（例えば、ヒトのような哺乳動物）または細胞の「処置、処理（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、その個体または細胞の自然経過を変化させようとする試みにおいて使用される任意のタイプの介入である。処置としては、薬学的組成物の投与が挙げられるが、これに限定されず、予防的に、または病的事象の開始もしくは病因因子との接触に引き続いてのいずれかに行われてもよい。「予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）」処置もまた含まれ、これは、処置されている疾患もしくは状態の進行の速度を低減すること、その疾患もしくは状態の開始を遅らせること、またはその開始の重篤度を低減することに関し得る。「処置」または「予防（ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）は、完全な根絶、治癒、あるいは上記疾患もしくは状態、またはその関連症状の防止を必ずしも示さない。
【0063】
用語「野生型（ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ）」とは、ある集団において最も頻繁に観察され、従って、その遺伝子の「正常（ｎｏｒｍａｌ）」または「野生型」形態と任意に設計される（designed）遺伝子または遺伝子生成物（例えば、ポリペプチド）に言及する
【0064】
本明細書中の各実施形態は、別段明示的に述べられなければ、あらゆる他の実施形態に必要な変更を加えて適用されるべきである。
【0065】
本開示の実施形態は、好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患を処置する、その症状を改善する。またはその進行を阻害することを必要とする被検体において好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患を処置する、その症状を改善する。またはその進行を阻害する方法であって、上記方法は、上記被験体に、ウリナスタチンポリペプチドを含む薬学的組成物を投与することを包含する方法に関する。好中球エラスターゼ（ＮＥ； ＵｎｉＰｒｏｔ： Ｐ０８２４６））は、活性化された好中球から放出されると、好中球リソソーム（アズール顆粒）内のタンパク質および細胞外マトリクス（ＥＣＭ）タンパク質を加水分解するセリンプロテアーゼである。それは、機序の中でもとりわけ、ＥＣＭのＩＶ型コラーゲンおよびエラスチンの加水分解によって変性および炎症性疾患において役割を果たすことが示されている。従って、「ＮＥ関連疾患（ＮＥ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｄｉｓｅａｓｅ）」は、参照標準または健常コントロールと比較して、好中球エラスターゼの異常なまたは上昇した発現または活性と関連する疾患または状態を含む。ヒト好中球エラスターゼは、第１９染色体上のＥＬＡＮＥ遺伝子によってコードされる。
【0066】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、肺疾患（例えば、Ｓａｎｄｈａｕｓ ａｎｄ Ｔｕｒｉｎｏ， ＣＯＰＤ． １０ Ｓｕｐｐｌ １：６０－３， ２０１３；およびＰｏｌｖｅｒｉｎｏら， Ｃｈｅｓｔ． １５２（２）：２４９－２６２， ２０１７を参照のこと）を含む。ＮＥ関連肺疾患の例としては、α－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症およびその合併症、嚢胞性線維症、肺炎、急性肺傷害（ＡＬＩ）、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、気管支拡張症、およびウイルス誘導性肺傷害が挙げられる。具体的実施形態において、上記ウイルス誘導性肺傷害は、コロナウイルス感染、例えば、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ２感染と関連するＣＯＶＩＤ－１９と関連する。いくつかの実施形態において、上記ウイルス誘導性肺傷害は、インフルエンザウイルス感染と関連する。
【0067】
具体的実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、α－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症、またはＡ１ＡＤ（肺疾患もしくは肝疾患においてしばしば生じる遺伝的障害）である。Ａ１ＡＤは、ＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子（これは、セルピンスーパーファミリーに属するプロテアーゼインヒビターであるＡ１ＡＴタンパク質をコードする）における変異によって引き起こされる。Ａ１ＡＴは、肝臓において生成され、その機能のうちの１つは、結合組織を破壊し得る酵素である好中球エラスターゼから肺を防御することである。
【0068】
Ａ１ＡＴの正常な血液または血清レベルは、分析方法に依存して変動するが、代表的には、およそ１．０～２．７ｇ／ｌもしくは約１．２６～２．２６ｇ／Ｌ（ＳＩ Ｕｎｉｔｓ）または約１２６～２２６ｍｇ／ｄＬ（従来の単位）である。ＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子における変異は、血液または血清Ａ１ＡＴの低減されたレベルをもたらす。従って、ある特定の実施形態において、被験体は、血液または血清Ａ１ＡＴの低減されたレベル、例えば、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％もしくは約８０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約６０％もしくは約６０％未満、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約４０％もしくは約４０％未満、またはＡ１ＡＴの正常血清レベルの約１０～１５％もしくは約１０～１５％未満を有する。
【0069】
ある特定の実施形態において、上記被験体は、Ａ１ＡＴ表現型／遺伝子型、例えば、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択されるＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を有する。いくつかの実施形態において、上記被験体は、ＰｉＭＳ表現型／遺伝子型およびＡ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％もしくは約８０％未満を有する。いくつかの実施形態において、上記被験体は、ＰｉＳＳ表現型／遺伝子型およびＡ１ＡＴの正常血清レベルの約６０％もしくは約６０％未満を有する。いくつかの実施形態において、上記被験体は、ＰｉＭＺ表現型／遺伝子型およびＡ１ＡＴの正常血清レベルの約６０％もしくは約６０％未満を有する。ある特定の実施形態において、上記被験体は、ＰｉＳＺ表現型／遺伝子型およびＡ１ＡＴの正常血清レベルの約４０％もしくは約４０％未満を有する。特定の実施形態において、上記被験体は、ＰｉＺＺ表現型／遺伝子型およびＡ１ＡＴの正常血清レベルの約１０～１５％もしくは約１０～１５％未満を有する。いくつかの実施形態において、上記被験体は、欠損症Ａ１ＡＴアレルおよびヌルＡ１ＡＴアレル（例えば、Ａ１ＡＴ ＲＮＡ転写物を生じないＲＮＡヌル、またはＡ１ＡＴタンパク質を生じないタンパク質ヌル）から選択されるＡ１ＡＴ遺伝子型を有する。多くの欠損症Ａ１ＡＴアレルは、当該分野で公知であり、その主な例としては、Ｅ３４２Ｋアレル（またはＺアレル）およびＥ２６４Ｖアレル（またはＳアレル）が挙げられる。
【0070】
ある特定の実施形態において、上記被験体は、Ａ１ＡＴ欠損症または他のＮＥ関連肺疾患の１もしくはこれより多くの合併症および／または症状を有する。Ａ１ＡＴ欠損症の合併症の例としては、喘息、気管支拡張症、肝硬変、ＣＯＰＤ、呼吸不全、および血管炎が挙げられる。Ａ１ＡＴ欠損症または他の肺疾患の例示的症状としては、息切れ（例えば、労作時および後に安静時）、喘鳴、喀痰生成、および再発性の呼吸器感染が挙げられる。
【0071】
ある特定の実施形態は、上記被験体において血清Ａ１ＡＴレベルおよび／またはＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を決定すること、ならびに上記被験体がＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型および／または正常と比較して低減された血清レベルのＡ１ＡＴレベルを有する場合に、薬学的組成物（ウリナスタチンポリペプチドを含む）を上記被験体に投与することを包含する。血清Ａ１ＡＴレベルおよび／またはＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を決定する方法は、当該分野で公知であり（例えば、Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ ａｎｄ Ｓａｎｄｈａｕｓ， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ． ３６０（２６）：２７４９－５７， ２００９を参照のこと）、タンパク質電気泳動アッセイ、比濁分析アッセイまたは免疫比濁アッセイ、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、および放射免疫拡散法が挙げられる。ある特定の実施形態は、上記被験体が、ＰｉＭＳ、ＰｉＳＳ、ＰｉＭＺ、ＰｉＳＺ、およびＰｉＺＺから選択されるＡ１ＡＴ表現型／遺伝子型を有することが決定される場合に；上記被験体が、欠損症Ａ１ＡＴアレル（例えば、Ｚアレル、Ｓアレル）もしくはヌルＡ１ＡＴアレルを有することが決定される場合に；ならびに／または上記被験体が、Ａ１ＡＴの正常血清レベルの約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％、または約８０％、６０％、４０％、２０％、１５％、もしくは１０％未満である血清Ａ１ＡＴレベルを有することが決定される場合に、上記薬学的組成物を投与することを包含する。
【0072】
特定の実施形態は、Ａ１ＡＴ欠損症を処置するための併用療法を含む。例えば、ある特定の実施形態は、上記ウリナスタチンポリペプチドをＡ１ＡＴ－欠損症を処置するためのさらなる治療剤（例えば、疾患関連Ａ１ＡＴ変異体（例えば、ＡＲＯ－ＡＴＴ）に対して指向されるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）薬剤、Ａ１ＡＴ増強療法、気管支拡張剤、吸入ステロイド、抗生剤、または抗ウイルス剤）と組み合わせて含む薬学的組成物を投与することを包含する。
【0073】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連肺疾患は、嚢胞性線維症（ｃｙｓｔｉｃ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｃｏｎｄｕｃｔａｎｃｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ（ＣＦＴＲ）遺伝子における変異と関連する常染色体劣性遺伝性障害）である。好中球エラスターゼは、嚢胞性線維症の肺疾患の重篤度に関する重要なリスク因子である（例えば、Ｄｉｔｔｒｉｃｈら， Ｅｕｒ Ｒｅｓｐｉｒ Ｊ． ５１（３）：１７０１９１０， ２０１８を参照のこと）。従って、ある特定の実施形態において、上記被験体は、嚢胞性線維症およびＣＦＴＲ遺伝子において変異を有する。
【0074】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、皮膚または粘膜の疾患（例えば、Ｌｉｕら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ． １０５（１）：１１３－１２３， ２０００を参照のこと）を含む。皮膚または粘膜の疾患の例としては、ベーチェット病、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、および川崎病が挙げられる。
【0075】
ある特定の実施形態において、上記ＮＥ関連疾患は、自己免疫疾患を含む。自己免疫疾患の例としては、重症筋無力症、温式自己免疫性溶血性貧血、甲状腺眼症、特発性血小板減少性紫斑病、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、視神経脊髄炎、ギラン・バレー症候群、およびＰＬＡ２Ｒ＋膜性腎症が挙げられる。
【0076】
ある特定の実施形態において、上記被験体は、参照標準または健常コントロールと比較して、増大した好中球エラスターゼ（ＮＥ）レベルおよび／または活性を有する。いくつかの実施形態において、上記被験体は、血液／血清中の増大したＮＥレベル、喀痰中の増大したＮＥレベル、および／または皮膚もしくは粘膜中の増大したＮＥレベルを有する。例えば、いくつかの実施形態において、上記被験体におけるＮＥレベルは、参照標準または健常コントロールと比較して、約１０％、２０％，３０％，４０％，５０％，６０％，７０％，８０％，９０％，１００％，２００％，３００％，４００％，５００％，６００％，７００％，８００％，９００％，１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％，３０％，４０％，５０％，６０％，７０％，８０％，９０％，１００％，２００％，３００％，４００％，５００％，６００％，７００％，８００％，９００％，１０００％もしくはこれより大きい程度、増大される。ある特定の実施形態は、上記被験体に由来するサンプル中でＮＥレベルおよび／または活性を決定すること、ならびに上記サンプルが、参照標準または健常コントロールと比較して増大したＮＥレベルおよび／または活性を有する場合、上記薬学的組成物（上記ウリナスタチンポリペプチドを含む）を上記被験体に投与することを包含する。いくつかの実施形態において、上記サンプルは、喀痰サンプル（例えば、下気道の粘液を含む）、血液もしくは血清サンプル、または皮膚もしくは粘膜サンプルである。具体的実施形態において、上記喀痰サンプルは、気道好中球を含み、上記方法は、上記サンプル中の表面結合ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する、特定の実施形態において、上記方法は、上記サンプル中の遊離ＮＥのレベルまたは活性を決定することを包含する。ＮＥレベルおよび／または活性を決定するための方法は、当該分野で公知である（例えば、Ｓｈｏｅｍａｒｋら， Ｅｕｒ Ｒｅｓｐｉｒ Ｊ． ５３（６）：１９００３０３， ２０１９を参照のこと）。
【0077】
本明細書で提供される方法は、「ウリナスタチンポリペプチド（ｕｌｉｎａｓｔａｔｉｎ ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ）」を含む薬学的組成物を投与することを包含する。「ウリナスタチン」（尿中トリプシンインヒビター（ＵＴＩ）、ＨＩ－３０、ＡＳＰＩ、またはビクニンともいわれる）は、ＳＤＳポリペプチドゲル電気泳動によって約３０ｋＤａの分子量を有する酸性糖タンパク質である。野生型ヒトウリナスタチンは、ヒト尿および血液中で見出され、２つのＫｕｎｉｔｚタイプドメインを含む多価Ｋｕｎｉｔｚタイプセリンプロテアーゼインヒビターである。それは、全長タンパク質として発現され、ウリナスタチンの成熟形態または活性形態へとプロセシングされる。ある特定の実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、組換えウリナスタチンポリペプチドまたは尿由来ウリナスタチンポリペプチドである。具体的実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、ウリナスタチンの成熟形態、またはその改変体もしくはフラグメントもしくはドメインである。
【0078】
成熟ウリナスタチンおよびそのドメインの例示的なポリペプチド配列は、表Ｕ１中に提供される。
【表U1】
【0079】
したがって、いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、表Ｕ１から選択されるアミノ酸配列、または少なくとも１つのウリナスタチン活性を有するその活性改変体もしくはフラグメントを含む、からなる、またはから本質的になる。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、
（ａ）配列番号１、もしくはＯ結合型グリコシル化および少なくとも１つのウリナスタチン活性に対する少なくとも１つの改変を有する配列番号１の改変体；
（ｂ）少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、配列番号１もしくは（ａ）のフラグメント；または
（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一であり、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、（ａ）もしくは（ｂ）の改変体、
を含む、からなる、またはから本質的になる。
（ａ）配列番号１、もしくはＯ結合型グリコシル化および少なくとも１つのウリナスタチン活性に対する少なくとも１つの改変を有する配列番号１の改変体；
（ｂ）少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、配列番号１もしくは（ａ）のフラグメント；または
（ｃ）（ａ）もしくは（ｂ）と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一であり、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する、（ａ）もしくは（ｂ）の改変体、
を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0080】
ある特定のウリナスタチンポリペプチドは、改変されたＯ結合型グリコシル化部位を有する。ここで、セリン１０は、十分に保存されたＧｌｕ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ（配列番号５） Ｏ結合型グリコシル化部位において結合されたコンドロイチン硫酸（ＣＳ）鎖を有する。上記ＣＳ鎖は、１２～１８個のジサッカリド反復（ＧｌｃＵＡ １，３－ＧａｌＮａｃ１，４－）および従来の結合領域（ＧｌｃＵＡ １－３Ｇａｌ １－３Ｇａｌ １－ ４Ｘｙｌ １）－Ｏ－Ｓｅｒを伴い、比較的短い（Ｍｗｔ 約８０００）。ＧａｌＮＡｃのうちの約３０％（通常は、結合領域の近くにあるもの）は、Ｃ－４ヒドロキシル基において硫酸化される。炎症中に合成されるＣＳ鎖は、より短く、硫酸化が減少している。従って、場合によっては、ウリナスタチンポリペプチドは、Ｏ結合型グリコシル化部位におけるグリコシル化を低減する、配列番号１のＧｌｕ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ（配列番号５）残基のうちの１またはこれより多くのものにおいて少なくとも１個の置換および／または欠失を含む。具体的実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１の位置Ｓ１０において置換もしくは欠失を、例えば、Ｓ１０Ａ置換（配列番号２を参照のこと）または他の保存的置換を含む。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１の残基８～１１のＯ結合型グリコシル化部位において置換もしくは欠失を、必要に応じて配列番号１の残基Ｓ１０において置換もしくは欠失を、必要に応じてＳ１０Ａ置換を含むか、あるいは（ｂ）配列番号１もしくは２の約２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、１２５個、もしくは１３０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0081】
場合によっては、ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１または２の約２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１０５個、１１０個、１１５個、１２０個、１２５個、または１３０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる。場合によっては、ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１または２の、約２０～１３０個、２０～１２０個、２０～１１０個、２０～１００個、２０～９０個、２０～８０個、２０～７０個、２０～６０個、２０～５０個、２０～４０個、２０～３０個、３０～１３０個、３０～１２０個、３０～１１０個、３０～１００個、３０～９０個、３０～８０個、３０～７０個、３０～６０個、３０～５０個、３０～４０個、４０～１３０個、４０～１２０個、４０～１１０個、４０～１００個、４０～９０個、４０～８０個、４０～７０個、４０～６０個、４０～５０個、５０～１３０個、５０～１２０個、５０～１１０個、５０～１００個、５０～９０個、５０～８０個、５０～７０個、５０～６０個、６０～１３０個、６０～１２０個、６０～１１０個、６０～１００個、６０～９０個、６０～８０個、６０～７０個、７０～１３０個、７０～１２０個、７０～１１０個、７０～１００個、７０～９０個、７０～８０個、８０～１３０個、８０～１２０個、８０～１１０個、８０～１００個、８０～９０個、９０～１３０個、９０～１２０個、９０～１１０個、９０～１００個、１００～１３０個、１００～１２０個、または１００～１１０個連続したアミノ酸を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0082】
いくつかの実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１もしくは２のドメイン１、またはその活性な改変体を含む、からなる、またはから本質的になる。ある特定の実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号１もしくは２のドメイン２、またはその活性な改変体を含む、からなる、またはから本質的になる。
【0083】
ある特定の実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび／または残基Ｔ１７において非天然のＯ結合型グリカンを有し、上記残基は、配列番号１もしくは２によって定義される。
【0084】
いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２と少なくとも８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９、もしくは１００％同一であり、配列番号２の位置Ｓ１０において置換を、必要に応じてＳ１０Ａ置換を保持するアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になる。具体的実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２を含む、からなる、またはから本質的になり、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび／または残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含む。
【0085】
ある特定の実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドを形成するために、Ｆｃ領域に融合され、上記ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチドは、少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する。ある特定の実施形態において、Ｆｃ領域は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、またはＩｇＭ免疫グロブリン重鎖のＣＨ２領域、ＣＨ３領域、ＣＨ４領域、および／またはヒンジ領域を含む、からなる、またはから本質的になる。場合によっては、上記Ｆｃ領域は、ヒトＦｃ領域である。いくつかの実施形態において、Ｆｃ領域は、ヒトにおいて高いエフェクター機能を有する（例えば、ＩｇＧ１ Ｆｃ領域またはＩｇＧ３ Ｆｃ領域）。いくつかの実施形態において、Ｆｃ領域は、ヒトにおいて低いエフェクター機能を有する（例えば、ＩｇＧ２ Ｆｃ領域またはＩｇＧ４ Ｆｃ領域）。
【0086】
例示的な野生型ヒトＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、およびＩｇＭ免疫グロブリンのＣＨ２、ＣＨ３、ＣＨ４、およびヒンジ領域のアミノ酸は、以下の表Ｆ１に示される。
【表F1-1】
【表F1-2】
【表F1-3】
【0087】
従って、いくつかの実施形態において、ウリナスタチン－Ｆｃ融合ポリペプチド中のＦｃ領域は、表Ｆ１のヒトＦｃ領域アミノ酸配列（その改変体、フラグメント、ホモログ、オルソログ、パラログ、および組み合わせを含む）のうちの１またはこれより多くのものを含む、からなる、またはから本質的になる。ある特定の例示的実施形態は、約２０～５０個、２０～１００個、２０～１５０個、２０～２００個、２０～２５０個、２０～３００個、２０～４００個、５０～１００個、５０～１５０個、５０～２００個、５０～２５０個、５０～３００個、５０～４００個、１００～１５０個、１００～２００個、１００～２５０個、１００～３００個、１００～３５０個、１００～４００個、２００～２５０個、２００～３００個、２００～３５０個、または２００～４００個のアミノ酸の長さのサイズの範囲に及ぶＦｃ領域を含み、必要に応じて、表Ｆ１の配列のうちのいずれか１またはこれより多くのものを含む、からなる、またはから本質的になる。ある特定の実施形態は、約５０個まで、６０個まで、７０個まで、８０個まで、９０個まで、１００個まで、１１０個まで、１２０個まで、１３０個まで、１４０個まで、１５０個まで、１６０個まで、１７０個まで、１８０個まで、１９０個まで、２００個まで、２１０個まで、２２０個まで、２３０個まで、２４０個まで、２５０個まで、３００個まで、３５０個まで、４００個までまたはこれより多くのアミノ酸のＦｃ領域を含み、必要に応じて、表Ｆ１のアミノ酸配列のうちのいずれか１またはこれより多くのものを含む、からなる、またはから本質的になる。
【0088】
ある特定のウリナスタチンＦｃ融合ポリペプチドは、改変されたＦｃ領域（野生型Ｆｃ領域と比較して変化した特性または生物学的活性を有するＦｃ領域を含む）を含む。特定の実施形態において、改変されたＦｃ領域は、野生型Ｆｃ領域と比較して特徴的な少なくとも１つの変化したエフェクター機能および／または薬物動態（ＰＫ）を有する。従って、ある特定の実施形態において、融合ポリペプチドは、変化した機能的特製（例えば、低減もしくは増強されたＣＤＣ、ＡＤＣＣ、もしくはＡＤＣＰ活性、特定のＦｃγＲに対して低減もしくは増強された結合親和性、または増大した血清半減期）を有する改変されたＦｃ領域を有する。具体的実施形態は、相当する野生型Ｆｃ領域と比較して、ＦｃＲ（例えば、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩａ、ＦｃγＲＩＩｂ、ＦｃγＲＩＩｃ、ＦｃγＲＩＩＩａ、ＦｃγＲＩＩＩｂ、および／またはＦｃＲｎ）に対する変化した（例えば、増大した、減少した）結合；薬物動態特性（例えば、安定性もしくは半減期、バイオアベイラビリティー、組織分布、分布容積、濃度、消失速度定数、消失速度、曲線下面積（ＡＵＣ）、クリアランス、Ｃｍａｘ、ｔｍａｘ、Ｃｍｉｎ、および／または変動）；免疫原性；補体結合もしくは活性化；および／またはＣＤＣ／ＡＤＣＣ／ＡＤＣＰ関連活性を有する改変されたＦｃ領域を含む。ヒトおよび／またはマウス起源の改変されたＦｃ領域が含まれる。
【0089】
ある特定の実施形態において、ペプチドリンカー配列は、ウリナスタチンポリペプチドおよびＦｃ領域を、各ポリペプチドがその所望の二次構造および三次構造へと折りたたまれることを確実にするためにならびに／または所望であれば、ウリナスタチンポリペプチドからシグナルペプチドの切断を促進するために十分な距離だけ分離するために使用され得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該分野で周知の標準的技術を使用して、融合ポリペプチドへと組み込まれ得る。
【0090】
ある特定のペプチドリンカー配列は、以下の例示的要因に基づいて選択され得る：（１）それらが可撓性の伸長されたコンホメーションを採用できること；（２）それらが第１のおよび第２のポリペプチド上の機能的エピトープと相互作用し得る二次構造を採用できないこと；（３）それらの生理学的安定性；ならびに（４）ポリペプチドの機能的エピトープ、もしくは他の特徴と反応し得る疎水性もしくは荷電された残基がないこと。例えば、Ｇｅｏｒｇｅ ａｎｄ Ｈｅｒｉｎｇａ， Ｊ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ． １５：８７１－８７９， ２００２を参照のこと。
【0091】
リンカー配列は、概して１～約２００個のアミノ酸の長さであり得る。特定のリンカーは、約１～２００個のアミノ酸、１～１５０個のアミノ酸、１～１００個のアミノ酸、１～９０個のアミノ酸、１～８０個のアミノ酸、１～７０個のアミノ酸、１～６０個のアミノ酸、１～５０個のアミノ酸、１～４０個のアミノ酸、１～３０個のアミノ酸、１～２０個のアミノ酸、１～１０個のアミノ酸、１～５個のアミノ酸、１～４個のアミノ酸、１～３個のアミノ酸、または約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個もしくはこれより多くのアミノ酸の全体的なアミノ酸長を有し得る。
【0092】
ある特定の実施形態において、ウリナスタチンポリペプチド（改変体、フラグメント、および融合ポリペプチドを含む）は、少なくとも１つのウリナスタチン活性（プロテアーゼインヒビター活性および抗炎症活性を含む）を有する。いくつかの実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、約もしくは少なくとも約１０００～３０００ Ｕ／ｍｇ、または約もしくは少なくとも約１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、もしくは３０００ Ｕ／ｍｇの比活性を有し、ここで１ユニット（Ｕ）は、２μｇ トリプシンの活性を５０％程度阻害するウリナスタチンポリペプチドの量である。いくつかの実施形態において、上記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、好中球エラスターゼ（ＮＥ）インヒビター活性を有する。ある特定の実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイ（実施例１を参照のこと）において約１０μｇ／ｍｌもしくは約１０μｇ／ｍｌ未満、例えば、約１０μｇ／ｍｌ、９μｇ／ｍｌ、８μｇ／ｍｌ、７μｇ／ｍｌ、６μｇ／ｍｌ、５μｇ／ｍｌ、４μｇ／ｍｌ、３μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、もしくは１μｇ／ｍｌまたはより低い値（その間の全ての範囲および整数（例えば、約１～１０μｇ／ｍｌ、１～９μｇ／ｍｌ、１～８μｇ／ｍｌ、１～７μｇ／ｍｌ、１～６μｇ／ｍｌ、１～５μｇ／ｍｌ、１～４μｇ／ｍｌ、１～３μｇ／ｍｌ、１～２μｇ／ｍｌ、２～１０μｇ／ｍｌ、２～９μｇ／ｍｌ、２～８μｇ／ｍｌ、２～７μｇ／ｍｌ、２～６μｇ／ｍｌ、２～５μｇ／ｍｌ、２～４μｇ／ｍｌ、２～３μｇ／ｍｌ、３～１０μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～９μｇ／ｍｌ、３～７μｇ／ｍｌ、３～６μｇ／ｍｌ、３～５μｇ／ｍｌ、３～４ １０μｇ／ｍｌ）を含む）のＩＣ５０を有する。いくつかの実施形態において、上記ウリナスタチンポリペプチドは、好中球エラスターゼ活性のインビトロアッセイにおいて、約１００ｎＭもしくはこれより低い値のＩＣ５０、必要に応じて約１００ｎＭ、９０ｎＭ、８０ｎＭ、７０ｎＭ、６０ｎＭ、５０ｎＭ、４０ｎＭ、３０ｎＭ、２０ｎＭ、もしくは１０ｎＭまたはこれより低い値（その間の全ての範囲および整数を含む）のＩＣ５０、必要に応じて、約１０～１００ｎＭ、１０～９０ｎＭ、１０～８０ｎＭ、１０～７０ｎＭ、１０～６０ｎＭ、１０～５０ｎＭ、１０～４０ｎＭ、１０～３０ｎＭ、１０～２０ｎＭ、２０～１００ｎＭ、２０～９０ｎＭ、２０～８０ｎＭ、２０～７０ｎＭ、２０～６０ｎＭ、２０～５０ｎＭ、２０～４０ｎＭ、２０～３０ｎＭ、３０～１００ｎＭ、３０～９０ｎＭ、３０～８０ｎＭ、３０～７０ｎＭ、３０～６０ｎＭ、３０～５０ｎＭ、３０～４０ｎＭ、４０～１００ｎＭ、４０～９０ｎＭ、４０～８０ｎＭ、４０～７０ｎＭ、４０～６０ｎＭ、もしくは４０～５０ｎＭのＩＣ５０を有する。ある特定の実施形態において、上記少なくとも１つのウリナスタチン活性は、生理学的条件の（例えば、温度、塩分、および／またはｐＨの）下で測定または特徴づけられる。
【0093】
上記で注記されるように、ある特定の実施形態は、本明細書で記載されるウリナスタチンポリペプチドまたは融合ポリペプチドの「改変体（ｖａｒｉａｎｔ）」を含む。「改変体」配列とは、１またはこれより多くの置換、欠失（例えば、短縮）、付加、および／または挿入によって参照配列とは異なるポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列に言及する。従って、ある特定の改変体は、本明細書で記載される参照配列のフラグメントを含む。改変体ポリペプチドは、生物学的に活性である、すなわち、それらは、参照ポリペプチドの酵素活性または結合活性を継続して有する。このような改変体は、例えば、遺伝的多型および／またはヒトの操作から生じ得る。
【0094】
場合によっては、改変体は、１またはこれより多くの「保存的（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ）変化または置換を含む。「保存的置換（ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ）」は、１つのアミノ酸が、類似の特性を有する他のアミノ酸の代わりに使用されることであり、その結果、ペプチド化学の当業者は、上記ポリペプチドの二次構造およびヒドロパシー性質が実質的に変化しないと予測する。上記のように、改変は、本開示のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの構造において行われ得、望ましい特性を有する改変体または誘導体ポリペプチドをコードする機能的分子をなお獲得し得る。ポリペプチドのアミノ酸配列を変化させて、本明細書で記載されるポリペプチドの等価な、またはさらに改善された改変体または部分を作製することが望ましい場合、当業者は、代表的には、そのコードするＤＮＡ配列のコドンのうちの１またはこれより多くのものを変化させる。
【0095】
例えば、ある特定のアミノ酸は、例えば、抗体の抗原結合領域または基質分子上の結合部位のような構造との相互作用的結合能力の明らかな喪失なしに、タンパク質構造において他のアミノ酸の代わりに使用され得る。タンパク質の生物学的な機能的活性を定義するものは、そのタンパク質の相互作用的能力および性質であることから、ある特定のアミノ酸配列置換は、タンパク質配列、および当然のことながら、その根底のＤＮＡコード配列において行われ得、にも拘わらず、同様の特性を有するタンパク質を獲得し得る。従って、種々の変更が、本開示の組成物のペプチド配列、または上記ペプチドをコードする相当するＤＮＡ配列において、それらの有用性を明らかに喪失することなしに行われ得ることが企図される。
【0096】
このような変更を行うにあたって、アミノ酸のヒドロパシー指数が考慮され得る。タンパク質に相互作用的な生物学的機能を付与することにおけるアミノ酸ヒドロパシー指数の重要性は、当該分野で概して理解されている（Ｋｙｔｅ ＆ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ， １９８２（本明細書に参考として援用される））。アミノ酸の相対的ヒドロパシー特徴は、得られるタンパク質の二次構造（これは、次に、そのタンパク質と、他の分子（例えば、酵素、基質、レセプター、ＤＮＡ、抗体、抗原など）との相互作用を定義する）に寄与することが許容されている。各アミノ酸は、その疎水性および電荷特性に基づいて、ヒドロパシー指数が割り当てられている（Ｋｙｔｅ ＆ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ， １９８２）。これらの値は、以下である： イソロイシン（＋４．５）； バリン（＋４．２）； ロイシン（＋３．８）； フェニルアラニン（＋２．８）； システイン（＋２．５）； メチオニン（＋１．９）； アラニン（＋１．８）； グリシン（－０．４）； スレオニン（－０．７）； セリン（－０．８）； トリプトファン（－０．９）； チロシン（－１．３）； プロリン（－１．６）； ヒスチジン（－３．２）； グルタミン酸（－３．５）； グルタミン（－３．５）； アスパラギン酸（－３．５）； アスパラギン（－３．５）； リジン（－３．９）；およびアルギニン（－４．５）。ある特定のアミノ酸が、類似のヒドロパシー指数もしくはスコアを有する他のアミノ酸によって置換され得、類似の生物学的活性を有するタンパク質をなお生じ得る、すなわち、生物学的機能的に等価なタンパク質をなお獲得し得ることは、当該分野で公知である。このような変更を行うにあたって、ヒドロパシー指数が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、±１以内であるものが特に好ましく、±０．５以内であるものがさらにより特に好ましい。
【0097】
類似のアミノ酸の置換が親水性に基づいて効果的に行われ得ることはまた、当該分野で理解される。米国特許第４，５５４，１０１号（具体的に、その全体において本明細書に参考として援用される）は、タンパク質の最大の局所的な平均親水性が、その隣接するアミノ酸の親水性によって左右される場合、そのタンパク質の生物学的特性と相関することを述べている。米国特許第４，５５４，１０１号において詳述されるように、以下の親水性値が、アミノ酸残基に割り当てられている： アルギニン（＋３．０）； リジン（＋３．０）； アスパラギン酸（＋３．０±１）； グルタミン酸（＋３．０±１）； セリン（＋０．３）； アスパラギン（＋０．２）； グルタミン（＋０．２）； グリシン（０）； スレオニン（－０．４）； プロリン（－０．５±１）； アラニン（－０．５）； ヒスチジン（－０．５）； システイン（－１．０）； メチオニン（－１．３）； バリン（－１．５）； ロイシン（－１．８）； イソロイシン（－１．８）； チロシン（－２．３）； フェニルアラニン（－２．５）； トリプトファン（－３．４）。アミノ酸が、類似の親水性値を有する別のアミノ酸で置換され得、生物学的に等価な、および特に、免疫学的に等価なタンパク質をなお獲得し得ることは、理解される。このような変更において、親水性値が±２以内であるアミノ酸の置換が好ましく、±１以内であるものが特に好ましく、±０．５以内であるものがさらにより特に好ましい。
【0098】
上記で概説されるように、アミノ酸置換は一般に、それ故に、アミノ酸側鎖の置換基の相対的類似性、例えば、それらの疎水性、親水性、電荷、サイズなどに基づく。種々の前述の特性を考慮に入れる例示的な置換は、当業者に周知であり、以下を含む： アルギニンおよびリジン； グルタミン酸およびアスパラギン酸； セリンおよびスレオニン； グルタミンおよびアスパラギン；ならびにバリン、ロイシンおよびイソロイシン。
【0099】
アミノ酸置換は、その残基の極性、電荷、溶解度、疎水性、親水性および／または両親媒性の性質における類似性に基づいてさらに行われ得る。例えば、負に荷電したアミノ酸は、アスパラギン酸およびグルタミン酸を含む；正に荷電したアミノ酸は、リジンおよびアルギニンを含む；類似の親水性値を有する荷電していない極性ヘッド基を有するアミノ酸は、ロイシン、イソロイシンおよびバリン； グリシンおよびアラニン； アスパラギンおよびグルタミン； ならびにセリン、スレオニン、フェニルアラニンおよびチロシンを含む。保存的な変更を表し得るアミノ酸の他の群としては、以下が挙げられる： （１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ； （２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ； （３）ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ； （４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓ。
【0100】
改変体は、同様にまたは代わりに、非保存的な変更を含み得る。いくつかの実施形態において、改変体ポリペプチドは、約１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個のアミノ酸、または約１０個未満、９個未満、８個未満、７個未満、６個未満、５個未満、４個未満、３個未満、２個未満のアミノ酸、またはさらには１個のアミノ酸の置換、欠失または付加によって、天然の配列または参照配列とは異なる。改変体は、同様に（または代わりに）、例えば、ポリペプチドの免疫原性、二次構造、酵素活性、および／またはヒドロパシー性質に対して最小限の影響を有し得るアミノ酸の欠失または付加によって改変され得る。
【0101】
ある特定の実施形態において、ポリペプチド配列は、約、少なくとも約、または最大で、約５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、もしくは１４０個、１５０個、１６０個、１７０個、１８０個、１９０個、２００個、２１０個、２２０個、２３０個、２４０個、２５０個、２６０個、２７０個、２８０個、２９０個、３００個、３１０個、３２０個、３３０個、３４０個、３５０個、３６０個、３７０個、３８０個、３９０個、４００個、４１０個、４２０個、４３０個、４４０個、４５０個、４６０個、４７０個、４８０個、４９０個、５００個、５１０個、５２０個、５３０個、５４０個、５５０個、５６０個、５７０個、５８０個、５９０個、６００個、６１０個、６２０個、６３０個、６４０個、６５０個、６６０個、６７０個、６８０個、６９０個、７００個、７１０個、７２０個、７３０個、７４０個、７５０個、７６０個、７７０個、７８０個、７９０個、８００個、８００個、８１０個、８２０個、８３０個、８４０個、８５０個、８６０個、８７０個、８８０個、８９０個、９００個、９００個、９１０個、９２０個、９３０個、９４０個、９５０個、９６０個、９７０個、９８０個、９９０個、１０００個またはこれより多くの連続したアミノ酸の長さ（その間の全ての整数を含み、参照配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）の全てまたは一部を含み得る）である。
【0102】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド配列は、約５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、１４０個、１５０個、１６０個、１７０個、１８０個、１９０個、２００個、２１０個、２２０個、２３０個、２４０個、２５０個、２６０個、２７０個、２８０個、２９０個、３００個、３１０個、３２０個、３３０個、３４０個、３５０個、３６０個、３７０個、３８０個、３９０個、４００個、４１０個、４２０個、４３０個、４４０個、４５０個、４６０個、４７０個、４８０個、４９０個、５００個、５１０個、５２０個、５３０個、５４０個、５５０個、５６０個、５７０個、５８０個、５９０個、６００個、６１０個、６２０個、６３０個、６４０個、６５０個、６６０個、６７０個、６８０個、６９０個、７００個、７１０個、７２０個、７３０個、７４０個、７５０個、７６０個、７７０個、７８０個、７９０個、８００個、８００個、８１０個、８２０個、８３０個、８４０個、８５０個、８６０個、８７０個、８８０個、８９０個、９００個、９００個、９１０個、９２０個、９３０個、９４０個、９５０個、９６０個、９７０個、９８０個、９９０個、１０００個、または約５個以下、６個以下、７個以下、８個以下、９個以下、１０個以下、１１個以下、１２個以下、１３個以下、１４個以下、１５個以下、１６個以下、１７個以下、１８個以下、１９個以下、２０個以下、２１個以下、２２個以下、２３個以下、２４個以下、２５個以下、２６個以下、２７個以下、２８個以下、２９個以下、３０個以下、３１個以下、３２個以下、３３個個以下、３４個個以下、３５個個以下、３６個以下、３７個以下、３８個以下、３９個以下、４０以下、４１個以下、４２個以下、４３個以下、４４個以下、４５個以下、４６個以下、４７個以下、４８個以下、４９個以下、５０個以下、５５個以下、６０個以下、６５個以下、７０個以下、７５個以下、８０個以下、８５個以下、９０個以下、９５個以下、１００個以下、１１０個以下、１２０個以下、１３０個以下、１４０個以下、１５０個以下、１６０個以下、１７０個以下、１８０個以下、１９０個以下、２００個以下、２１０個以下、２２０個以下、２３０個以下、２４０個以下、２５０個以下、２６０個以下、２７０個以下、２８０個以下、２９０個以下、３００個以下、３１０個以下、３２０個以下、３３０個以下、３４０個以下、３５０個以下、３６０個以下、３７０個以下、３８０個以下、３９０個以下、４００個以下、４１０個以下、４２０個以下、４３０個以下、４４０個以下、４５０個以下、４６０個以下、４７０個以下、４８０個以下、４９０個以下、５００個以下、５１０個以下、５２０個以下、５３０個以下、５４０個以下、５５０個以下、５６０個以下、５７０個以下、５８０個以下、５９０個以下、６００個以下、６１０個以下、６２０個以下、６３０個以下、６４０個以下、６５０個以下、６６０個以下、６７０個以下、６８０個以下、６９０個以下、７００個以下、７１０個以下、７２０個以下、７３０個以下、７４０個以下、７５０個以下、７６０個以下、７７０個以下、７８０個以下、７９０個以下、８００個以下、８００個以下、８１０個以下、８２０個以下、８３０個以下、８４０個以下、８５０個以下、８６０個以下、８７０個以下、８８０個以下、８９０個以下、９００個以下、９００個以下、９１０個以下、９２０個以下、９３０個以下、９４０個以下、９５０個以下、９６０個以下、９７０個以下、９８０個以下、９９０個以下、１０００個以下、またはこれより多くの連続したアミノ酸（その間の全ての整数を含み、参照配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）の全てまたは一部を含み得る）からなる。
【0103】
ある特定の実施形態において、ポリペプチド配列は、約１０～１０００個、１０～９００個、１０～８００個、１０～７００個、１０～６００個、１０～５００個、１０～４００個、１０～３００個、１０～２００個、１０～１００個、１０～５０個、１０～４０個、１０～３０個、１０～２０個、２０～１０００個、２０～９００個、２０～８００個、２０～７００個、２０～６００個、２０～５００個、２０～４００個、２０～３００個、２０～２００個、２０～１００個、２０～５０個、２０～４０個、２０～３０個、５０～１０００個、５０～９００個、５０～８００個、５０～７００個、５０～６００個、５０～５００個、５０～４００個、５０～３００個、５０～２００個、５０～１００個、１００～１０００個、１００～９００個、１００～８００個、１００～７００個、１００～６００個、１００～５００個、１００～４００個、１００～３００個、１００～２００個、２００～１０００個、２００～９００個、２００～８００個、２００～７００個、２００～６００個、２００～５００個、２００～４００個、または２００～３００個連続したアミノ酸（その間の全ての整数を含み、参照配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）の全てまたは一部を含む）である。ある特定の実施形態において、任意の参照ポリペプチドのＣ末端またはＮ末端領域は、短縮されたポリペプチドが、参照ポリペプチド（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）の結合特性および／または活性を保持する限りにおいて約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、もしくは１００個またはこれより多くのアミノ酸、あるいは約１０～５０個、２０～５０個、５０～１００個もしくはこれより多くのアミノ酸（その間の全ての整数および範囲を含む（例えば、１０１個、１０２個、１０３個、１０４個、１０５個）程度短縮され得る。代表的には、生物学的に活性なフラグメントは、上記フラグメントが由来する生物学的に活性な参照ポリペプチドの活性の約１％、約５％、約１０％、約２５％、または約５０％以上を有する。
【0104】
一般に、改変体は、参照ポリペプチド配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）と少なくとも約３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％ 類似性または配列同一性または配列相同性を示す。さらに、約１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、もしくは１００個のアミノ酸（その間の全ての整数および範囲を含む）の付加（例えば、Ｃ末端付加、Ｎ末端付加、両方）、欠失、短縮、挿入、または置換（例えば、保存的置換）によって天然配列または親配列とは異なるが、親または参照ポリペプチド配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）の特性または活性を保持する配列が企図される。
【0105】
いくつかの実施形態において、改変体ポリペプチドは、少なくとも１個程度、しかし５０個未満、４０個未満、３０個未満、２０個未満、１５個未満、１０個未満、８個未満、６個未満、５個未満、４個未満、３個未満または２個未満のアミノ酸残基程度、参照配列とは異なる。ある特定の実施形態において、改変体ポリペプチドは、少なくとも１％程度、しかしその残基のうちの２０％、１５％、１０％もしくは５％程度、参照配列とは異なる（この比較がアラインメントを要する場合、上記配列は、最大類似性のために整列されるべきである。欠失もしくは挿入、またはミスマッチからの「ループ（ｌｏｏｐｅｄ）」アウト配列は、差異と見做される）。
【0106】
配列間の配列類似性または配列同一性（これらの用語は、本明細書で交換可能に使用される）の計算は、以下のように行われる。２つのアミノ酸配列のまたは２つの核酸配列のパーセント同一性を決定するために、配列は、最適な比較目的のために整列される（例えば、ギャップは、最適なアラインメントのために、第１のおよび第２のアミノ酸配列または核酸配列のうちの一方または両方において導入され得、相同でない配列は、比較目的のために無視され得る）。ある特定の実施形態において、比較目的で整列される参照配列の長さは、その参照配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、６０％、およびさらにより好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。相当するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドは、次いで、比較される。第１の配列における位置が、第２の配列における相当する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占有される場合、その分子は、その位置において同一である。
【0107】
２つの配列間のパーセント同一性は、ギャップの数、および各ギャップの長さ（これは、その２つの配列の最適なアラインメントにために導入される必要がある）を考慮に入れて、それら配列が共有する同一の位置の数の関数である。
【0108】
配列の比較および２つの配列間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成され得る。好ましい実施形態において、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ４８： ４４４－４５３， １９７０）アルゴリズムを使用して決定され、このアルゴリズムは、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、ならびにギャップ重み１６、１４、１２、１０、８、６、または４および長さ重み１、２、３、４、５、または６を使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージの中のＧＡＰプログラムに組み込まれている。さらに別の好ましい実施形態において、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクス、ならびにギャップ重み４０、５０、６０、７０、または８０および長さ重み１、２、３、４、５、または６を使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージの中のＧＡＰプログラムを使用して決定される。パラメーターの特に好ましいセット（および別段特定されなければ、使用されるべきセット）は、ギャップペナルティー１２、ギャップ伸長ペナルティー４、およびフレームシフトギャップペナルティー５でのＢｌｏｓｓｕｍ ６２スコアリングマトリクスである。
【0109】
２つのアミノ酸配列またはヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＰＡＭ１２０重み残基表、ギャップ長さペナルティー１２およびギャップペナルティー４を使用して、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）の中に組み込まれているＥ．Ｍｅｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ．Ｍｉｌｌｅｒ（Ｃａｂｉｏｓ． ４：１１－１７， １９８９）のアルゴリズムを使用して決定され得る。
【0110】
本明細書で記載される配列は、公のデータベースに対する検索を行って、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連配列を特定するために、「クエリ配列」として使用され得る。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ， ２１５： ４０３－１０）のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して行われ得る。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本明細書で記載される核酸分子に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で行われ得る。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本明細書で記載されるタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で行われ得る。比較目的でギャップ付きのアラインメントを得るために、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５： ３３８９－３４０２， １９９７）において記載されるように利用され得る。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターが使用され得る。
【0111】
いくつかの実施形態において、上記で注記されるように、ポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドは、ＢＬＡＳＴアラインメントツールを使用して評価され得る。局所的アラインメントは単純に、配列セグメントの対（配列の各々からの一方が、比較される）からなる。Ｓｍｉｔｈ－ＷａｔｅｒｍａｎまたはＳｅｌｌｅｒｓアルゴリズムの改変は、スコアが伸長またはトリミングによって改善され得ない全てのセグメント対（高スコアセグメント対（ＨＳＰｓ）といわれる）を見出す。ＢＬＡＳＴアラインメントの結果は、ＢＬＡＳＴスコアが偶然のみから予測され得る可能性を示す統計的尺度を含む。
【0112】
生のスコア、Ｓは、ギャップおよび各整列された配列と関連する置換の数から計算され、ここで類似性スコアが高いほど、より有意なアラインメントが示される。置換スコアは、ルックアップテーブルによって与えられる（ＰＡＭ、ＢＬＯＳＵＭを参照のこと）。
【0113】
ギャップスコアは、代表的には、Ｇ、ギャップオープニングペナルティーおよびＬ、ギャップ伸長ペナルティーの合計として計算される。長さｎのギャップに関しては、そのギャップコストは、Ｇ＋Ｌｎである。ギャップコスト、ＧおよびＬの選択は、経験的であるが、Ｇの高値（１０～１５）、例えば、１１、およびＬの低値（１～２）、例えば、１を選択することは、慣例的である。
【0114】
ビットスコア、Ｓ’は、生のアラインメントスコアＳから導出され、ここでは使用されるスコア付けシステムの統計的特性が考慮されている。ビットスコアは、上記スコア付けシステムに関して正規化され、従って、それらは、異なる検索からのアラインメントスコアを比較するために使用され得る。用語「ビットスコア（ｂｉｔ ｓｃｏｒｅ）」および「類似性スコア（ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｓｃｏｒｅ）」は、交換可能に使用される。上記ビットスコアは、アラインメントがどの程度よいかの表示を示し；スコアが高いほど、アラインメントはよい。
【0115】
Ｅ値、または期待値は、類似のスコアを有する配列が偶然にデータベースに起こる可能性を記載する。それは、偶然にデータベース検索において起こると予測されるＳに等しいかまたはこれより良好なスコアを有する異なるアラインメントの数の推測である。Ｅ値が小さいほど、アラインメントはより有意である。例えば、ｅ－１１７のＥ値を有するアラインメントは、類似のスコアを有する配列が、単に偶然に起こる可能性が非常に低いことを意味する。さらに、アミノ酸のランダムな対を整列させるための予測スコアは、負であることが必要とされ、そうでなければ、長いアラインメントは、整列されたセグメントが関連するか否かとは無関係に、高いスコアを有する傾向にある。さらに、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、適切な置換マトリクス、ヌクレオチドまたはアミノ酸を使用し、ギャップがあるアラインメントに関しては、ギャップ作成および伸長ペナルティーを使用する。例えば、ポリペプチド配列のＢＬＡＳＴアラインメントおよび比較は、代表的には、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリクス、ギャップ存在ペナルティー１１およびギャップ伸長ペナルティー１を使用して行われる。
【0116】
いくつかの実施形態において、配列類似性スコアは、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリクス、ギャップ存在ペナルティー１１およびギャップ伸長ペナルティー１を使用して行ったＢＬＡＳＴ分析から報告される。
【0117】
特定の実施形態において、本明細書で提供される配列同一性／類似性スコアは、以下のパラメーターを使用するＧＡＰ Ｖｅｒｓｉｏｎ １０（ＧＣＧ， Ａｃｃｅｌｒｙｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆ．）を使用して得られる値に言及する： ＧＡＰ重み５０および長さ重み３、ならびにｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコア付けマトリクスを使用するヌクレオチド配列に関する％同一性および％類似性； ＧＡＰ重み８および長さ重み２、ならびにＢＬＯＳＵＭ６２スコア付けマトリクスを使用するアミノ酸配列に関する％同一性および％類似性（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ， ＰＮＡＳ ＵＳＡ． ８９：１０９１５－１０９１９， １９９２）。ＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ． ４８：４４３－４５３， １９７０）を使用して、マッチの数を最大化しかつギャップの数を最小化する２つの完全な配列のアラインメントを見出す。
【0118】
特定の実施形態において、上記改変体ポリペプチドは、少なくとも約５０、６０、７０、８０、９０、１００、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００、８１０、８２０、８３０、８４０、８５０、８６０、８７０、８８０、８９０、９００、９１０、９２０、９３０、９４０、９５０、９６０、９７０、９８０、９９０、１０００、またはこれより高い（その間の全ての整数および範囲を含む）ＢＬＡＳＴビットスコアまたは配列類似性スコアを生じるように、参照ポリペプチド配列（例えば、表Ｕ１、配列表を参照のこと）と最適に整列され得るアミノ酸配列を含む。ここでＢＬＡＳＴアラインメントは、ＢＬＯＳＵＭ６２マトリクス、ギャップ存在ペナルティー１１、およびギャップ伸長ペナルティー１を使用した。
【0119】
上記で注記されるように、参照ポリペプチドは、アミノ酸置換、欠失、短縮、付加、および挿入を含む種々の方法で変更され得る。このような操作の方法は、当該分野で概して公知である。例えば、参照ポリペプチドのアミノ酸配列改変体は、ＤＮＡにおける変異によって調製され得る。変異誘発およびヌクレオチド配列変更のための方法は、当該分野で周知である。例えば、Ｋｕｎｋｅｌ（ＰＮＡＳ ＵＳＡ． ８２： ４８８－４９２， １９８５）； Ｋｕｎｋｅｌら（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ． １５４： ３６７－３８２， １９８７）、米国特許第４，８７３，１９２号、Ｗａｔｓｏｎ， Ｊ． Ｄ．ら（「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ」， 第４版， Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， Ｃａｌｉｆ．， １９８７）およびそれらの中で引用される参考文献を参照のこと。目的のタンパク質の生物学的活性に影響を及ぼさない適切なアミノ酸置換に関するガイダンスは、Ｄａｙｈｏｆｆら（１９７８） Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ （Ｎａｔｌ． Ｂｉｏｍｅｄ． Ｒｅｓ． Ｆｏｕｎｄ．， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ， Ｄ．Ｃ．）のモデルにおいて見出され得る。
【0120】
このような改変によって作製されるコンビナトリアルライブラリーの遺伝子生成物をスクリーニングし、選択された特性を有する遺伝子生成物に関してｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための方法は、当該分野で公知である。このような方法は、参照ポリペプチドのコンビナトリアル変異誘発によって生成される遺伝子ライブラリーの迅速スクリーニングのために適応可能である。１つの例として、ライブラリーにおいて機能的変異体の頻度を増強する技術である再帰的アンサンブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ ｅｎｓｅｍｂｌｅ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）は、ポリペプチド改変体を特定するためにスクリーニングアッセイと組み合わせて使用され得る（Ａｒｋｉｎ ａｎｄ Ｙｏｕｒｖａｎ， ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８９： ７８１１－７８１５， １９９２； Ｄｅｌｇｒａｖｅら， Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ． ６： ３２７－３３１， １９９３）。
【0121】
インビボでの使用に関して、本明細書で記載されるウリナスタチンポリペプチドおよび融合ポリペプチドは、薬学的組成物または治療用組成物の一部として代表的には製剤化される。ある特定の実施形態は、従って、本明細書で記載されるウリナスタチンポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む組成物（例えば、治療用組成物または薬学的組成物）を使用する。「キャリア（ｃａｒｒｉｅｒ））」とは、使用される投与量および濃度において上記キャリアに曝されている細胞または哺乳動物に対して非毒性である、例えば、薬学的にまたは生理学的に受容可能なキャリア、賦形剤、または安定化剤を含み得る。しばしば、上記生理学的に受容可能なキャリアは、水性のｐＨ緩衝化溶液である。生理学的に受容可能なキャリアの例としては、以下が挙げられる： リン酸、クエン酸、および他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸を含む抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン）；親水性ポリマー（例えば、ポリビニルピロリドン）；アミノ酸（例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリジン）；モノサッカリド、ジサッカリド、および他の炭水化物（グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）；糖アルコール（例えば、マンニトールまたはソルビトール）；塩形成対イオン（例えば、ナトリウム）；ならびに／または非イオン性界面活性剤（例えば、ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮＴＭ） ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、およびポロキサマー（ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ）など）。
【0122】
上記組成物は、薬学分野で周知の方法論によって調製され得る。例えば、組成物は、ウリナスタチンポリペプチド（本明細書で記載されるとおり）および必要に応じて緩衝液もしくは賦形剤のうちの１またはこれより多くのものを含む組成物と、必要に応じて、溶液を形成するための滅菌蒸留水とを合わせることによって、調製され得る。ある特定の組成物は、生理食塩水溶液（例えば、０．９％ 通常生理食塩水）またはデキストロース（例えば、約１～１０％ デキストロース、または１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％ デキストロース）を含む。界面活性剤は、均質な溶液または懸濁物の形成を容易にするために添加され得る。界面活性剤は、水性送達系において上記ポリペプチドの溶解または均質な懸濁物を容易にするために、組成物中にウリナスタチンポリペプチドと共有結合的に相互作用する化合物である。
【0123】
薬学的キャリアは、液体、半液体、または固体であり得る。非経口、皮内、皮下または局所適用のために使用される溶液または懸濁物は、例えば、滅菌希釈剤（例えば、水）、生理食塩水溶液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水； ＰＢＳ）、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；抗微生物剤（例えば、ベンジルアルコールおよびメチルパラベン）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸および亜硫酸水素ナトリウム）およびキレート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ））；緩衝液（例えば、アセテート、シトレートおよびホスフェート）を含み得る。静脈内に（例えば、ＩＶ注入によって）投与される場合、適切なキャリアとしては、生理食塩水またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）、ならびに濃化剤および可溶化剤（例えば、グルコース、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールおよびこれらの混合物）を含む溶液を含む。
【0124】
具体的な組成物は、（ｉ）Ｏ結合型グリコシル化部位においてグリコシル化を低減する、残基Ｇｌｕ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ（配列番号５）において改変されたＯ結合型グリコシル化部位、（ｉｉ）残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカン、および（ｉｉｉ）残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含む、Ｔ１７－Ｏ結合型グリカンを有する成熟ウリナスタチンポリペプチド（上記残基は、本明細書で記載されるように、配列番号１または２によって定義される）、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。成熟ウリナスタチンポリペプチド、およびその活性な改変体およびフラグメントのさらなる例は、本明細書に記載される（例えば、表Ｕ１および関連する開示を参照のこと）。
【0125】
ある特定の組成物は、ウリナスタチン糖化型（ｇｌｙｃｏｆｏｒｍ）の混合物を含む。例えば、ある特定の組成物は、（ａ）Ｔ１７－Ｏ結合型グリカンを含む第１の成熟ウリナスタチンポリペプチド（本明細書で記載されるとおり）、および（ｂ）残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンを含み、かつ残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含まない第２の成熟ウリナスタチンポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、上記第２の成熟ウリナスタチンポリペプチドは、残基Ｇｌｕ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ（配列番号５）において改変されたＯ結合型グリコシル化部位（本明細書で記載されるとおり）、例えば、Ｏ結合型グリコシル化部位においてグリコシル化を低減するＳ１０Ａ置換を有する。いくつかの実施形態において、上記（ｂ）の第２の成熟ウリナスタチンポリペプチドは、配列番号２または４と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、からなる、またはから本質的になり、上記改変されたＯ結合型グリコシル化部位（例えば、上記Ｓ１０Ａ置換）および残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンを含むかまたは保持し、残基Ｔ１７においてＯ結合型グリカンを含まず、かつ少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する。いくつかの実施形態において、（ａ）：（ｂ）の成熟ウリナスタチンポリペプチドは、約２０：１～約１：２０の範囲に及ぶ比、必要に応じて 約２０：１、１５：１、１０：１、９：１、８：１、７：１、６：１、５：１、４：１、３：１、２：１、１：１、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、１：８、１：９、１：１０、１：１５、または１：２０において、上記組成物中に存在する。
【0126】
ある特定の組成物は、タンパク質ベースまたは重量ベースで実質的に純粋である。例えば、上記のように、ある特定の組成物は、タンパク質ベースまたは重量－重量ベースで少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、または９９％の純度を有し、実質的に凝集物を含まず、例えば、約１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、または５％未満が凝集されている。ある特定の組成物は、本明細書で記載されるように、実質的にエンドトキシンを含まない。具体的実施形態において、上記組成物は、純度の以下の決定のうちの１またはこれより多くのものを有する： 約１ ＥＵ エンドトキシン／ｍｇ タンパク質未満、約１００ｎｇ 宿主細胞タンパク質／ｍｇ タンパク質未満、約１０ｐｇ 宿主細胞ＤＮＡ／ｍｇ タンパク質未満、および／または実質的に凝集物を含まない。
【0127】
ある特定の組成物は、薬学的に受容可能なｐＨにある。例えば、ある特定の実施形態において、上記薬学的に受容可能なｐＨは、約５．０～約８．０（±０．０１～±０．１）、または約５．０、５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６、５．７、５．８、５．９、６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、７．０、７．１、７．２、７．３、７．４、７．５、７．６、７．７、７．８、７．９、または８．０（±０．０１～±０．１）（その間の全ての整数および範囲を含む）である。
【0128】
ある特定の実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、ヒト血液の生理学的ｐＨに近いｐＨにおいて少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する。従って、いくつかの実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、約４～約１０．８、または約６～約８、または約６．５～約７．５のｐＨにおいて少なくとも１つのウリナスタチン活性を有する。ある特定の実施形態において、ウリナスタチンポリペプチドは、約ｐＨ７．４において有効なウリナスタチン活性を有する。
【0129】
投与は、種々の異なる経路によって達成され得る。投与様式は、処置または防止されるべき状態の性質に依存する。例えば、組成物は、経口的に、鼻内に、腹腔内に、非経口的に、静脈内に、リンパ内に（ｉｎｔｒａｌｙｍｐｈａｔｉｃａｌｌｙ）、腫瘍内に、筋肉内に、間質に、腸内に、動脈内に、皮下に、眼内に、滑液嚢内に、経上皮的に、および／または経皮的に投与され得る。特定の実施形態は、静脈内（ＩＶ）、皮下（ＳＣ）、吸入、局所、または経口投与によるものを含む。
【0130】
特定の実施形態は、上記薬学的組成物を、吸入投与によって肺疾患を有する上記被験体に投与することを含む。例えば、ある特定の実施形態は、ネブライザ、計量式吸入器、または乾燥散剤吸入器での投与を含む。
【0131】
具体的実施形態は、上記薬学的組成物を、皮膚または粘膜の疾患を有する上記被験体に、局所投与または経口投与によって、例えば、洗口液として投与することを包含する。局所投与に関しては、上記キャリアは、溶液、エマルジョン、軟膏剤、またはゲル基剤を含み得る。上記基剤は、例えば、以下のうちの１種またはこれより多くのものを含み得る： ワセリン、ラノリン、ポリエチレングリコール、蜜蝋、ミネラルオイル、希釈剤（例えば、水およびアルコール）、ならびに乳化剤および安定化剤。濃化剤は、局所投与のための治療用組成物または薬学的組成物中に存在し得る。経皮的投与が意図される場合、上記組成物は、経皮的パッチまたはイオントフォレシスデバイスを含み得る。
【0132】
正確な投与量および処置の継続期間は、処置されている疾患の関数であり、公知の試験プロトコールを経験的に使用して、または上記組成物を当該分野で公知のモデルシステムにおいて試験し、そこから外挿することによって、決定され得る。対照臨床試験がまた、行われ得る。投与量はまた、緩和されるべき状態の重篤度に伴って変動し得る。薬学的組成物は、一般的に製剤化され、所望されない副作用を最小限にしながら、治療上有用な効果を発揮するために投与される。上記組成物は、一度に投与されてもよいし、多くのより小さな用量へと分割して、時間間隔を空けて投与されることになってもよい。任意の特定の被験体に関して、具体的な投与レジメンが、個々のニーズに従って経時的に調節され得る。
【0133】
いくつかの実施形態において、投与量は、１日に約１回から２週間または３週間ごとに約１回まで、投与され得る。例えば、ある特定の実施形態において、投与量は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、もしくは７日ごとに約１回、または約１週間ごとに１回、または１週間ごとに約２回、もしくは１週間ごとに約３回、または２週間もしくは３週間ごとに約１回、投与される。
【0134】
ある特定の実施形態は、約１×１０４ Ｕ～約１×１０５Ｕ～約１００×１０５ Ｕ、または約１×１０４ Ｕ、２×１０４ Ｕ、３×１０４ Ｕ、４×１０４ Ｕ、５×１０４ Ｕ、６×１０４ Ｕ、７×１０４ Ｕ、８×１０４ Ｕ、９×１０４ Ｕ、１×１０５Ｕ、２×１０５Ｕ、３×１０５Ｕ、４×１０５Ｕ、５×１０５Ｕ、６×１０５Ｕ、７×１０５Ｕ、８×１０５Ｕ、９×１０５Ｕ、１０×１０５Ｕ、１１×１０５Ｕ、１２×１０５Ｕ、１５×１０５Ｕ、２０×１０５Ｕ、３０×１０５Ｕ、４０×１０５Ｕ、５０×１０５Ｕ、６０×１０５Ｕ、７０×１０５Ｕ、８０×１０５Ｕ、または１００×１０５Ｕ（その間の全ての範囲および整数を含む）の投与量（例えば、１日投与量）において、ウリナスタチンポリペプチドを投与することを包含する。ある特定の実施形態は、約５０，０００ Ｕ／ｋｇ～約１，０００，０００ Ｕ／ｋｇ（その間の全ての整数および範囲を含む）の投与量（例えば、１日投与量）（例えば、約５０，０００Ｕ／ｋｇ、５５，０００Ｕ／ｋｇ、６０，０００Ｕ／ｋｇ、６５，０００Ｕ／ｋｇ、７０，０００Ｕ／ｋｇ、７５，０００Ｕ／ｋｇ、８０，０００Ｕ／ｋｇ、８５，０００Ｕ／ｋｇ、９０，０００Ｕ／ｋｇ、９５，０００Ｕ／ｋｇ、１００，０００Ｕ／ｋｇ、１１５，０００Ｕ／ｋｇ、１２０，０００Ｕ／ｋｇ、１２５，０００Ｕ／ｋｇ、１３０，０００Ｕ／ｋｇ、１３５，０００Ｕ／ｋｇ、１４０，０００Ｕ／ｋｇ、１４５，０００Ｕ／ｋｇ、１５０，０００Ｕ／ｋｇ、１５５，０００Ｕ／ｋｇ、１６０，０００Ｕ／ｋｇ、１６５，０００Ｕ／ｋｇ、１７０，０００Ｕ／ｋｇ、１７５，０００Ｕ／ｋｇ、１８０，０００Ｕ／ｋｇ、１８５，０００Ｕ／ｋｇ、１９０，０００Ｕ／ｋｇ、１９５，０００Ｕ／ｋｇ、２００，０００Ｕ／ｋｇ、２００，０００Ｕ／ｋｇ、２１５，０００Ｕ／ｋｇ、２２０，０００Ｕ／ｋｇ、２２５，０００Ｕ／ｋｇ、２３０，０００Ｕ／ｋｇ、２３５，０００Ｕ／ｋｇ、２４０，０００Ｕ／ｋｇ、２４５，０００Ｕ／ｋｇ、２５０，０００Ｕ／ｋｇ、２５５，０００Ｕ／ｋｇ、２６０，０００Ｕ／ｋｇ、２６５，０００Ｕ／ｋｇ、２７０，０００Ｕ／ｋｇ、２７５，０００Ｕ／ｋｇ、２８０，０００Ｕ／ｋｇ、２８５，０００Ｕ／ｋｇ、２９０，０００Ｕ／ｋｇ、２９５，０００Ｕ／ｋｇ、３００，０００Ｕ／ｋｇ、３００，０００Ｕ／ｋｇ、３１５，０００Ｕ／ｋｇ、３２０，０００Ｕ／ｋｇ、３２５，０００Ｕ／ｋｇ、３３０，０００Ｕ／ｋｇ、３３５，０００Ｕ／ｋｇ、３４０，０００Ｕ／ｋｇ、３４５，０００Ｕ／ｋｇ、３５０，０００Ｕ／ｋｇ、３５５，０００Ｕ／ｋｇ、３６０，０００Ｕ／ｋｇ、３６５，０００Ｕ／ｋｇ、３７０，０００Ｕ／ｋｇ、３７５，０００Ｕ／ｋｇ、３８０，０００Ｕ／ｋｇ、３８５，０００Ｕ／ｋｇ、３９０，０００Ｕ／ｋｇ、３９５，０００Ｕ／ｋｇ、４００，０００Ｕ／ｋｇ、４００，０００Ｕ／ｋｇ、４１５，０００Ｕ／ｋｇ、４２０，０００Ｕ／ｋｇ、４２５，０００Ｕ／ｋｇ、４３０，０００Ｕ／ｋｇ、４３５，０００Ｕ／ｋｇ、４４０，０００Ｕ／ｋｇ、４４５，０００Ｕ／ｋｇ、４５０，０００Ｕ／ｋｇ、４５５，０００Ｕ／ｋｇ、４６０，０００Ｕ／ｋｇ、４６５，０００Ｕ／ｋｇ、４７０，０００Ｕ／ｋｇ、４７５，０００Ｕ／ｋｇ、４８０，０００Ｕ／ｋｇ、４８５，０００Ｕ／ｋｇ、４９０，０００Ｕ／ｋｇ、４９５，０００Ｕ／ｋｇ、５００，０００Ｕ／ｋｇ、５００，０００Ｕ／ｋｇ、５１５，０００Ｕ／ｋｇ、５２０，０００Ｕ／ｋｇ、５２５，０００Ｕ／ｋｇ、５３０，０００Ｕ／ｋｇ、５３５，０００Ｕ／ｋｇ、５４０，０００Ｕ／ｋｇ、５４５，０００Ｕ／ｋｇ、５５０，０００Ｕ／ｋｇ、５５５，０００Ｕ／ｋｇ、５６０，０００Ｕ／ｋｇ、５６５，０００Ｕ／ｋｇ、５７０，０００Ｕ／ｋｇ、５７５，０００Ｕ／ｋｇ、５８０，０００Ｕ／ｋｇ、５８５，０００Ｕ／ｋｇ、５９０，０００Ｕ／ｋｇ、５９５，０００Ｕ／ｋｇ、６００，０００Ｕ／ｋｇ、６００，０００Ｕ／ｋｇ、６１５，０００Ｕ／ｋｇ、６２０，０００Ｕ／ｋｇ、６２５，０００Ｕ／ｋｇ、６３０，０００Ｕ／ｋｇ、６３５，０００Ｕ／ｋｇ、６４０，０００Ｕ／ｋｇ、６４５，０００Ｕ／ｋｇ、６５０，０００Ｕ／ｋｇ、６５５，０００Ｕ／ｋｇ、６６０，０００Ｕ／ｋｇ、６６５，０００Ｕ／ｋｇ、６７０，０００Ｕ／ｋｇ、６７５，０００Ｕ／ｋｇ、６８０，０００Ｕ／ｋｇ、６８５，０００Ｕ／ｋｇ、６９０，０００Ｕ／ｋｇ、６９５，０００Ｕ／ｋｇ、７００，０００Ｕ／ｋｇ、７００，０００Ｕ／ｋｇ、７１５，０００Ｕ／ｋｇ、７２０，０００Ｕ／ｋｇ、７２５，０００Ｕ／ｋｇ、７３０，０００Ｕ／ｋｇ、７３５，０００Ｕ／ｋｇ、７４０，０００Ｕ／ｋｇ、７４５，０００Ｕ／ｋｇ、７５０，０００Ｕ／ｋｇ、７５５，０００Ｕ／ｋｇ、７６０，０００Ｕ／ｋｇ、７６５，０００Ｕ／ｋｇ、７７０，０００Ｕ／ｋｇ、７７５，０００Ｕ／ｋｇ、７８０，０００Ｕ／ｋｇ、７８５，０００Ｕ／ｋｇ、７９０，０００Ｕ／ｋｇ、７９５，０００Ｕ／ｋｇ、８００，０００Ｕ／ｋｇ、８００，０００Ｕ／ｋｇ、８１５，０００Ｕ／ｋｇ、８２０，０００Ｕ／ｋｇ、８２５，０００Ｕ／ｋｇ、８３０，０００Ｕ／ｋｇ、８３５，０００Ｕ／ｋｇ、８４０，０００Ｕ／ｋｇ、８４５，０００Ｕ／ｋｇ、８５０，０００Ｕ／ｋｇ、８５５，０００Ｕ／ｋｇ、８６０，０００Ｕ／ｋｇ、８６５，０００Ｕ／ｋｇ、８７０，０００Ｕ／ｋｇ、８７５，０００Ｕ／ｋｇ、８８０，０００Ｕ／ｋｇ、８８５，０００Ｕ／ｋｇ、８９０，０００Ｕ／ｋｇ、８９５，０００Ｕ／ｋｇ、９００，０００Ｕ／ｋｇ、９００，０００Ｕ／ｋｇ、９１５，０００Ｕ／ｋｇ、９２０，０００Ｕ／ｋｇ、９２５，０００Ｕ／ｋｇ、９３０，０００Ｕ／ｋｇ、９３５，０００Ｕ／ｋｇ、９４０，０００Ｕ／ｋｇ、９４５，０００Ｕ／ｋｇ、９５０，０００Ｕ／ｋｇ、９５５，０００Ｕ／ｋｇ、９６０，０００Ｕ／ｋｇ、９６５，０００Ｕ／ｋｇ、９７０，０００Ｕ／ｋｇ、９７５，０００Ｕ／ｋｇ、９８０，０００Ｕ／ｋｇ、９８５，０００Ｕ／ｋｇ、９９０，０００Ｕ／ｋｇ、９９５，０００Ｕ／ｋｇ、または１，０００，０００Ｕ／ｋｇもしくはそれより多くの投与量）において、ウリナスタチンポリペプチドを投与することを包含する。ある特定の場合において、処置は、少ない投与量で開始され、この投与量は、その環境下で最適な効果が達成されるまで、少しずつ増大され得る。
【0135】
いくつかの実施形態において、本明細書で記載される組成物の治療上有効な量または治療的投与量は、被験体においてＮＥレベルもしくは活性を低減するおよび／または疾患の１もしくはこれより多くの臨床特性を改善するために有効である量である。例えば、いくつかの実施形態において、薬学的組成物の投与は、コントロールまたは参照と比較して、例えば、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、上記被験体におけるＮＥレベルまたは活性を、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、低減する。
【0136】
ある特定の実施形態において、薬学的組成物の投与は、上記それを必要とする被験体の平均余命を、例えば、約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数、または少なくとも約１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５１年、５２年、５３年、５４年、５５年、５６年、５７年、５８年、５９年、６０年もしくはより長い年数程度増大させる。
【0137】
いくつかの実施形態において、上記被験体は、肺疾患を有し、上記薬学的組成物の投与は、例えば、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、上記被験体における呼吸機能を改善する。いくつかの場合において、上記改善された呼吸機能は、増大した呼気時間、増大した吸気時間、減少した最大呼気流、減少した最大級気流、減少した分時換気量（ＲＭＶ）、および減少した呼吸数のうちの１またはこれより多くのものから選択される。特定の実施形態において、上記被験体は、皮膚または粘膜の疾患を有し、上記薬学的組成物の投与は、例えば約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、もしくは２４ヶ月またはこれより長い期間にわたって測定される場合、コントロールまたは参照と比較して、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きいか、または少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％もしくはこれより大きい程度、上記被験体において皮膚または粘膜の病変または潰瘍を低減する。このような症状を測定するための方法およびアッセイは、当該分野で公知である。
【0138】
本明細書で引用される全ての刊行物、特許出願、および発行された特許は、各個々の刊行物、特許出願、または発行された特許が具体的にかつ個々に参考として援用されることが示されるかのように、本明細書に参考として援用される。
【0139】
前述の発明は、理解を明瞭にする目的で、例証および例示によって、幾分詳細に記載されてきたが、ある特定の変更および改変が、添付の特許請求の範囲の趣旨または範囲から逸脱することなく、その添付の特許請求の範囲に対して行われ得ることは、本発明の教示に鑑みて、当業者に容易に明らかになる。以下の実施例は、例証によって提供されるのであって、限定によって提供されるのではない。当業者は、本質的に類似の結果得るために変更または改変され得る種々の重要でないパラメーターを容易に認識する。
【実施例】
【0140】
実施例１
好中球エラスターゼの阻害
ウリナスタチンが好中球エラスターゼ（ＮＥ）を阻害する能力を試験するためにインビトロ試験を行った。この実験における組換えウリナスタチンポリペプチド（ＤＭ３００）は、ＵＴＩΔＣＳ改変体（配列番号２）であり、これは、米国仮特許出願第６３／１０８，７３３号および同第６３／０２１，９３８号（本明細書に参考として援用される）において記載される方法に従う組換え調製後に、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７において非天然のＯ結合型グリカンを有する。
好中球エラスターゼの阻害
ウリナスタチンが好中球エラスターゼ（ＮＥ）を阻害する能力を試験するためにインビトロ試験を行った。この実験における組換えウリナスタチンポリペプチド（ＤＭ３００）は、ＵＴＩΔＣＳ改変体（配列番号２）であり、これは、米国仮特許出願第６３／１０８，７３３号および同第６３／０２１，９３８号（本明細書に参考として援用される）において記載される方法に従う組換え調製後に、残基Ｎ４５においてＮ結合型グリカンおよび残基Ｔ１７において非天然のＯ結合型グリカンを有する。
【0141】
組換えウリナスタチン（ＤＭ３００）を、化合物濃度につき三連で測定して、ＤＭ３００の８種の濃度において好中球エラスターゼの阻害に関して試験した。好中球エラスターゼ活性を、Ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ Ｅｌａｓｔａｓｅ Ｃｏｌｏｒｉｍｅｔｒｉｃ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ａｓｓａｙ（Ｅｎｚｏ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、製造業者のプロトコールに従って測定した。６５μｌのアッセイ緩衝液を、９６ウェルの透明な半分の領域のプレートの必要数のウェルに配置し、３７℃で平衡化した。アッセイ緩衝液中で希釈した２０μｌの５×濃度のＤＭ３００を添加し、続いて、１０μｌの希釈した好中球エラスターゼを添加することによって、１００μｇ／ｍＬ、３１．６μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ、３．１６μｇ／ｍＬ、１μｇ／ｍＬ、０．３１６μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．０３１６μｇ／ｍＬ、または０μｇ／ｍＬ ＤＭ３００の最終反応濃度になるようにインヒビターを添加した。１００μＭ エラスタチナール（ｅｌａｓｔａｔｉｎａｌ）をまた、コントロールとして含めた。３７℃において１５分後、５μｌの希釈した基質を添加し、そのプレートを、３７℃へと平衡化したＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｍ５ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒで読み取った。データの直線部分を選択し、その得られたデータを、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ Ｖ．８．２．１を使用して分析した。
【0142】
【0143】
試験した条件下では、ＤＭ３００のＩＣ５０は、約３．１５３μｇ／ｍｌまたは約４３．７９ｎＭであった（およそ１７．２ｋＤａタンパク質に関して１Ｄａ＝１ｇ／ｍｏｌと推測する）。組換えウリナスタチン（例えば、ＤＭ３００）は、従って、好中球エラスターゼ活性のインヒビターとして、例えば、好中球エラスターゼ（ＮＥ）関連疾患（例えば、α－１アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）欠損症）の処置において潜在的な治療上の有用性を有する。
【図1】
【配列表】
【国際調査報告】