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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-03-01
(54)【発明の名称】抗PD-L1抗体及びその使用
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/13 20060101AFI20240222BHJP
   C12P 21/08 20060101ALI20240222BHJP
   A61K 39/395 20060101ALI20240222BHJP
   A61P 37/04 20060101ALI20240222BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20240222BHJP
   A61K 31/7088 20060101ALI20240222BHJP
   A61K 35/76 20150101ALI20240222BHJP
   A61K 35/12 20150101ALI20240222BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20240222BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20240222BHJP
   C07K 16/30 20060101ALI20240222BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20240222BHJP
   C12N 1/15 20060101ALI20240222BHJP
   C12N 1/19 20060101ALI20240222BHJP
   C12N 1/21 20060101ALI20240222BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20240222BHJP
【FI】
C12N15/13
C12P21/08 ZNA
A61K39/395 D
A61K39/395 N
A61P37/04
A61P43/00 107
A61K31/7088
A61K35/76
A61K35/12
A61P35/00
A61K48/00
C07K16/30
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023548265
(86)(22)【出願日】2022-02-09
(85)【翻訳文提出日】2023-10-02
(86)【国際出願番号】 CN2022075599
(87)【国際公開番号】W WO2022171108
(87)【国際公開日】2022-08-18
(31)【優先権主張番号】202110183554.X
(32)【優先日】2021-02-10
(33)【優先権主張国・地域又は機関】CN
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521155852
【氏名又は名称】シャンハイ ジェミンケア ファーマシューティカル カンパニー,リミティド
(71)【出願人】
【識別番号】521155863
【氏名又は名称】チアンシー ジェミンケア グループ カンパニー、リミテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100099759
【弁理士】
【氏名又は名称】青木 篤
(74)【代理人】
【識別番号】100123582
【弁理士】
【氏名又は名称】三橋 真二
(74)【代理人】
【識別番号】100117019
【弁理士】
【氏名又は名称】渡辺 陽一
(74)【代理人】
【識別番号】100141977
【弁理士】
【氏名又は名称】中島 勝
(74)【代理人】
【識別番号】100138210
【弁理士】
【氏名又は名称】池田 達則
(74)【代理人】
【識別番号】100170852
【弁理士】
【氏名又は名称】白樫 依子
(72)【発明者】
【氏名】ワン ツォンター
(72)【発明者】
【氏名】ソン チエンチウ
(72)【発明者】
【氏名】リウ シアオウー
(72)【発明者】
【氏名】ツァオ シアオタン
(72)【発明者】
【氏名】トン スーチュン
(72)【発明者】
【氏名】パン チョンツォン
(72)【発明者】
【氏名】ワン シュエピン
【テーマコード(参考)】
4B064
4B065
4C084
4C085
4C086
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B064AG27
4B064DA03
4B064DA14
4B065AA87X
4B065AA87Y
4B065AB04
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA25
4B065CA44
4C084AA13
4C084NA14
4C084ZB09
4C084ZB22
4C084ZB26
4C085AA13
4C085AA14
4C085DD62
4C085EE01
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZB09
4C086ZB22
4C086ZB26
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB65
4C087CA12
4C087CA20
4C087NA14
4C087ZB09
4C087ZB22
4C087ZB26
4H045AA11
4H045AA50
4H045CA40
4H045DA76
4H045EA51
(57)【要約】
本出願は単離された抗原結合タンパク質を提供し、これは、PD-L1タンパク質に結合し、PD-1タンパク質とPD-L1タンパク質の結合をブロックし、及び/又は免疫細胞を刺激してサイトカインを分泌させることができる。本出願はまた、薬剤の製造における単離された抗原結合タンパク質の使用を提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下の特性の1つ以上を有する単離された抗原結合タンパク質:
(1)霊長類由来のPD-L1タンパク質に1×109M以下のKD値で結合することができる、
(2)PD-L1タンパク質のPD-1タンパク質への結合をブロックすることができる、及び
(3)免疫細胞におけるサイトカインの分泌を刺激することができる。
【請求項2】
前記霊長類がヒト及び/又はサルを含む、請求項1に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項3】
前記抗体又はその抗原結合断片を含む、請求項1又は2に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項4】
前記抗原結合断片が、Fab、Fab’、F(ab)2、Fv断片、F(ab')2、scFv、di-scFv、VHH、及び/又はdAbを含む、請求項3に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項5】
前記抗体が、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、及び完全ヒト抗体からなる群から選択される、請求項3~4のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項6】
請求項1~5のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質であって、ここで、前記単離された抗原結合タンパク質が、PD-L1タンパク質への結合に関して参照抗体と競合し、前記参照抗体が、重鎖可変領域VHと軽鎖可変領域VLとを含み、前記参照抗体のVHがHCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含み、前記参照抗体のVLがLCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含み、前記参照抗体のHCDR1が配列番号1に記載のアミノ酸配列を含み、前記参照抗体のHCDR2が配列番号2に記載のアミノ酸配列を含み、前記参照抗体のHCDR3が配列番号3に記載のアミノ酸配列を含み、前記参照抗体のLCDR1が配列番号4に記載のアミノ酸配列を含み、前記参照抗体のLCDR2が配列番号5に記載のアミノ酸配列を含み、及び前記参照抗体のLCDR3が配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む、上記タンパク質。
【請求項7】
前記単離された抗原結合タンパク質がHCDR3を含み、前記HCDR3が配列番号3に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~6のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項8】
前記単離された抗原結合タンパク質がHCDR2を含み、前記HCDR2が配列番号2に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~7のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項9】
前記単離された抗原結合タンパク質がHCDR1を含み、前記HCDR1が配列番号1に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項10】
HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質であって、ここで前記HCDR1が配列番号1に記載のアミノ酸配列を含み、前記HCDR2が配列番号2に記載のアミノ酸配列を含み、及び前記HCDR3が配列番号3に記載のアミノ酸配列を含む、上記タンパク質。
【請求項11】
重鎖可変領域VHを含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質であって、ここで前記VHがフレームワーク領域H-FR1を含み、及び前記H-FR1のC末端が前記HCDR1のN末端に直接的又は間接的に連結され、及び前記H-FR1が配列番号50に記載のアミノ酸配列を含む、上記タンパク質。
【請求項12】
前記H-FR1が配列番号7又は配列番号8のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項11に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項13】
前記VHがフレームワーク領域H-FR2を含み、前記H-FR2が前記HCDR1と前記HCDR2との間に位置し、及び前記H-FR2が配列番号51に記載のアミノ酸配列を含む、請求項11~12のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項14】
前記H-FR2が配列番号9~11のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項13に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項15】
前記VHがフレームワーク領域H-FR3を含み、前記H-FR3が前記HCDR2と前記HCDR3との間に位置し、及び前記H-FR3が配列番号52に記載のアミノ酸配列を含む、請求項11~14のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項16】
前記H-FR3が、配列番号12~17のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項15に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項17】
前記VHがフレームワーク領域H-FR4を含み、前記H-FR4のN末端が前記HCDR3のC末端に連結され、及び前記H-FR4が配列番号53に記載のアミノ酸配列を含む、請求項11~16のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項18】
前記H-FR4が配列番号18又は19に記載のアミノ酸配列を含む、請求項17に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項19】
H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を含む、請求項1~18のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質であって、ここで、前記H-FR1が配列番号7又は8に記載のアミノ酸配列を含み、前記H-FR2が配列番号9~11のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、前記H-FR3が配列番号12~17のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、及び前記H-FR4が配列番号18又は19に記載のアミノ酸配列を含む、上記タンパク質。
【請求項20】
H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を含み、並びに前記H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4が以下のアミノ酸配列の群のいずれか1つから選択される、請求項1~19のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質:
(1)H-FR1:配列番号7、H-FR2:配列番号9、H-FR3:配列番号12、及びH-FR4:配列番号18;
(2)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号13、及びH-FR4:配列番号19;
(3)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号11、H-FR3:配列番号14、及びH-FR4:配列番号18;
(4)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号15、及びH-FR4:配列番号19;
(5)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号16、及びH-FR4:配列番号19;及び
(6)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号11、H-FR3:配列番号17、及びH-FR4:配列番号19。
【請求項21】
前記単離された抗原結合タンパク質が、重鎖可変領域VHを含み、前記VHが配列番号54に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~20のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項22】
前記VHが、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項21に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項23】
前記単離された抗原結合タンパク質が重鎖定常領域を含み、及び前記重鎖定常領域がヒトIgG定常領域に由来する、請求項1~22のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項24】
前記重鎖定常領域がヒトIgG1定常領域に由来し、及び前記ヒトIgG1定常領域が配列番号41に記載のアミノ酸配列を含む、請求項23に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項25】
前記単離された抗原結合タンパク質が抗体重鎖HCを含み、及び前記HCが請求項42~46のいずれか1項に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~24のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項26】
前記単離された抗原結合タンパク質がLCDR3を含み、及び前記LCDR3が配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~25のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項27】
前記単離された抗原結合タンパク質がLCDR2を含み、前記LCDR2が配列番号5に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~26のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項28】
前記単離された抗原結合タンパク質がLCDR1を含み、前記LCDR1が配列番号4に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~27のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項29】
LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含み、ここで、前記LCDR1が配列番号4に記載のアミノ酸配列を含み、前記LCDR2が配列番号5に記載のアミノ酸配列を含み、及び前記LCDR3が配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~28のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項30】
軽鎖可変領域VLを含み、ここで、前記VLがフレームワーク領域L-FR1を含み、前記L-FR1のC末端が直接的又は間接的に前記LCDR1のN末端に連結されており、及び前記L-FR1が配列番号55に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~29のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項31】
前記L-FR1が配列番号26又は27に記載のアミノ酸配列を含む、請求項30に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項32】
前記VLがフレームワーク領域L-FR2を含み、前記L-FR2がLCDR1とLCDR2との間に位置し、及び前記L-FR2が配列番号56に記載のアミノ酸配列を含む、請求項30~31のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項33】
前記L-FR2が配列番号28又は29に記載のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項34】
前記VLがフレームワーク領域L-FR3を含み、前記L-FR3がLCDR2とLCDR3との間に位置し、及び前記L-FR3が配列番号57に記載のアミノ配列を含む、請求項30~33のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項35】
前記L-FR3が配列番号30~33のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項34に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項36】
前記VLがフレームワーク領域L-FR4を含み、前記L-FR4のN末端が前記LCDR3のC末端に連結されており、及び前記L-FR4が配列番号58に記載のアミノ酸配列を含む、請求項30~34のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項37】
前記L-FR4が配列番号34又は35に記載のアミノ酸配列を含む、請求項36に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項38】
L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を含み、ここで、前記L-FR1が配列番号26又は27に記載のアミノ酸配列を含み、前記L-FR2が配列番号28又は29に記載のアミノ酸配列を含み、前記L-FR3が配列番号30~33のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、及び前記L-FR4が配列番号34又は35に記載のアミノ酸配列を含む。請求項1~37のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項39】
L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を含み、並びに前記L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4が、以下のアミノ酸配列の群のいずれか1つから選択される、請求項1~38のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質:
(1)L-FR1:配列番号26、L-FR2:配列番号28、L-FR3:配列番号30、及びL-FR4:配列番号34;
(2)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号31、及びL-FR4:配列番号35;
(3)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号32、及びL-FR4:配列番号35;及び
(4)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号33、及びL-FR4:配列番号35。
【請求項40】
前記単離された抗原結合タンパク質が軽鎖可変領域VLを含み、及び前記VLが配列番号59に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~39のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項41】
前記VLが、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~40のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項42】
前記単離された抗原結合タンパク質が抗体の軽鎖定常領域軽を含み、及び前記抗体軽鎖定常領域が配列番号40に記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~41のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項43】
前記単離された抗原結合タンパク質が抗体軽鎖LCを含み、及び前記LCが、配列番号47~49のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項1~42のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項44】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質を含むポリペプチド。
【請求項45】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質又は請求項44に記載のポリペプチドを含む免疫結合体。
【請求項46】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質をコードする単離された核酸分子。
【請求項47】
請求項46に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項48】
請求項46に記載の核酸分子又は請求項47に記載のベクターを含む細胞。
【請求項49】
請求項48に記載の細胞を、請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質を発現できる条件下で培養することを含む、請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質を調製する方法。
【請求項50】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、及び/又は請求項48に記載の細胞、及び任意選択的に医薬的に許容し得る担体を含む医薬組成物。
【請求項51】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物の使用であって、前記医薬は腫瘍を予防、軽減、及び/又は治療するためである、上記使用。
【請求項52】
前記腫瘍が、PD-1又はPD-L1の高発現を有する腫瘍を含む、請求項51に記載の使用。
【請求項53】
前記腫瘍が固形腫瘍を含む、請求項51~52のいずれか1項に記載の使用。
【請求項54】
前記腫瘍が、乳癌、肺癌、胃癌、及び尿路上皮癌を含む、請求項51~53のいずれか1項に記載の使用。
【請求項55】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質を、必要とする対象に投与することを含む、腫瘍を予防、軽減、又は治療するための方法。
【請求項56】
PD-1又はPD-L1の高発現を有する腫瘍、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物を含む、請求項55に記載の方法。
【請求項57】
前記腫瘍が固形腫瘍を含む、請求項55~56のいずれか1項に記載の方法。
【請求項58】
前記腫瘍が、乳癌、肺癌、胃癌、及び尿路上皮癌を含む、請求項55~57のいずれか1項に記載の方法。
【請求項59】
腫瘍の予防、軽減、又は治療に使用するための、請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項60】
前記腫瘍がPD-1又はPD-L1の高発現を伴う腫瘍を含む、請求項59に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物。
【請求項61】
前記腫瘍が固形腫瘍を含む、請求項59~60のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項62】
前記腫瘍が、乳癌、肺癌、胃癌、及び尿路上皮癌を含む、請求項59~61のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質。
【請求項63】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物を投与することを含む、PD-1タンパク質のPD-L1タンパク質への結合を阻害する方法。
【請求項64】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物を投与することを含む、免疫細胞におけるサイトカインの分泌を刺激する方法。
【請求項65】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、及び/又は請求項44に記載のポリペプチドを投与することを含む、PD-L1タンパク質の存在及び/又は含有量を検出するための方法。
【請求項66】
請求項1~43のいずれか1項に記載の単離された抗原結合タンパク質、請求項44に記載のポリペプチド、請求項45に記載の免疫結合体、請求項46に記載の核酸分子、請求項47に記載のベクター、請求項48に記載の細胞、及び/又は請求項50に記載の医薬組成物を含むキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
発明の分野
本出願は生物医学の分野、特に抗PD-L1抗体及び薬剤の製造におけるその使用に関する。
【背景技術】
【0002】
発明の背景
悪性腫瘍は現在、世界中で人間の健康を深刻に脅かしている疾患であり、人間の死を引き起こす主要な種類の疾患である。中国では人口の高齢化に伴い、癌の発生率が増加して、有効な治療薬の開発が急務となっており、その中でも、近年免疫チェックポイント薬の開発が研究の中心となっている。
【0003】
PD-1又はPD-L1免疫療法のメカニズムは、PD-1又はPD-L1に対する特異的モノクローナル抗体を設計し、PD-1及びPD-L1の認識を防ぎ、T細胞の正常な機能を回復させ、こうして、細胞が腫瘍細胞を効果的に死滅させることができるようにすることである。現在、デュルバルマブ(Durvalumab)やアテゾリズマブ(Atezolizumab)のように、このシグナル伝達経路に対して多くの治療用抗体が開発されている。しかし、治療中には、反応率が低く、薬剤耐性が生じやすいなどの現象が広く存在する。従って、安定した構造、優れた治療効果を有し、大規模な工業的生産に適した抗腫瘍PD-L1抗体が緊急に必要とされている。
【発明の概要】
【0004】
本出願は、以下の特性の1つ又はそれ以上を有する単離された抗原結合タンパク質を提供する:(1)霊長類由来のPD-L1タンパク質に1×109M以下のKD値で結合することができる;(2)PD-L1タンパク質のPD-1タンパク質への結合をブロックすることができる;及び(3)免疫細胞におけるサイトカインの分泌を刺激することができる。
【0005】
いくつかの実施態様において、霊長類はヒト及び/又はサルを含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、抗体又はその抗原結合断片を含む。
いくつかの実施態様において、抗原結合断片は、Fab、Fab’、F(ab)2、Fv断片、F(ab')2、scFv、di-scFv、VHH、及び/又はdAbを含む。
いくつかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、及び完全ヒト抗体からなる群から選択される。
【0006】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、PD-L1タンパク質への結合に関して参照抗体と競合し、ここで参照抗体は重鎖可変領域VH及び軽鎖可変領域VLを含み、参照抗体のVHは、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含み、参照抗体のVLは、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含み、参照抗体のHCDR1は、配列番号1に記載のアミノ酸配列を含み、参照抗体のHCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含み、参照抗体のHCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含み、参照抗体のLCDR1は配列番号4に記載のアミノ酸配列を含み、参照抗体のLCDR2は配列番号5に記載のアミノ酸配列を含み、及び参照抗体のLCDR3は配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む。
【0007】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はHCDR3を含み、及びHCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はHCDR2を含み、及びHCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はHCDR1を含み、及びHCDR1は配列番号1に記載のアミノ酸配列を含む。
【0008】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含み、ここでHCDR1は配列番号1に記載のアミノ酸配列を含み、HCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含み、及びHCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含む。
【0009】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は重鎖可変領域VHを含み、ここでVHはフレームワーク領域H-FR1を含み、及びH-FR1のC末端は、直接的又は間接的にHCDR1のN末端に連結され、及びH-FR1は、配列番号50に記載のアミノ酸配列を含む。
【0010】
いくつかの実施態様において、H-FR1は、配列番号7又は8の任意の1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0011】
いくつかの実施態様において、VHはフレームワーク領域H-FR2を含み、H-FR2はHCDR1とHCDR2との間に位置し、及びH-FR2は配列番号51に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、H-FR2は、配列番号9~11の任意の1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0012】
いくつかの実施態様において、VHはフレームワーク領域H-FR3を含み、H-FR3はHCDR2とHCDR3との間に位置し、及びH-FR3は配列番号52に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、H-FR3は、配列番号12~17の任意の1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0013】
いくつかの実施態様において、VHはフレームワーク領域H-FR4を含み、H-FR4のN末端はHCDR3のC末端に連結され、及びH-FR4は配列番号53に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、H-FR4は、配列番号18又は19に記載のアミノ酸配列を含む。
【0014】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を含み、ここでH-FR1は、配列番号7又は8に記載のアミノ酸配列を含み、H-FR2は配列番号9~11のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、H-FR3は配列番号12~17のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、及びH-FR4は、配列番号18又は19に記載のアミノ酸配列を含む。
【0015】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、H-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4を含み、そしてH-FR1、H-FR2、H-FR3、及びH-FR4は、以下のアミノ酸配列の群のいずれか1つから選択される:
(1)H-FR1:配列番号7、H-FR2:配列番号9、H-FR3:配列番号12、及びH-FR4:配列番号18;
(2)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号13、及びH-FR4:配列番号19;
(3)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号11、H-FR3:配列番号14、及びH-FR4:配列番号18;
(4)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号15、及びH-FR4:配列番号19;
(5)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号10、H-FR3:配列番号16、及びH-FR4:配列番号19;及び
(6)H-FR1:配列番号8、H-FR2:配列番号11、H-FR3:配列番号17、及びH-FR4:配列番号19。
【0016】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は重鎖可変領域VHを含み、及びVHは配列番号54に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、VHは、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は重鎖定常領域を含み、及び重鎖定常領域はヒトIgG定常領域に由来する。
いくつかの実施態様において、重鎖定常領域はヒトIgG1定常領域に由来し、及びヒトIgG1定常領域は配列番号41に記載のアミノ酸配列を含む。
【0017】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は抗体重鎖HCを含み、及びHCは配列番号42~46のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0018】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はLCDR3を含み、及びLCDR3は配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はLCDR2を含み、及びLCDR2は配列番号5に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質はLCDR1を含み、及びLCDR1は配列番号4に記載のアミノ酸配列を含む。
【0019】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含み、ここでLCDR1は、配列番号4に記載のアミノ酸配列を含み、LCDR2は、配列番号5に記載のアミノ酸配列を含み、及びLCDR3は配列番号6に記載のアミノ酸配列を含む。
【0020】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は軽鎖可変領域VLを含み、ここでVLはフレームワーク領域L-FR1を含み、L-FR1のC末端は、直接的又は間接的にL-CDR1のN末端に連結され、及びL-FR1は配列番号55に記載のアミノ酸配列を含む。
【0021】
いくつかの実施態様において、L-FR1は、配列番号26又は27に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、VLはフレームワーク領域L-FR2を含み、L-FR2はLCDR1とLCDR2との間に位置し、及びL-FR2は配列番号56に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、L-FR2は、配列番号28又は29に記載のアミノ酸配列を含む。
【0022】
いくつかの実施態様において、VLはフレームワーク領域L-FR3を含み、L-FR3はLCDR2とLCDR3の間に位置し、L-FR3は配列番号57に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、L-FR3は、配列番号30~33のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0023】
いくつかの実施態様において、VLはフレームワーク領域L-FR4を含み、L-FR4のN末端はLCDR3のC末端に連結され、及びL-FR4は配列番号58に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、L-FR4は、配列番号34又は35に記載のアミノ酸配列を含む。
【0024】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を含み、ここで、L-FR1は、配列番号26又は27に記載のアミノ酸配列を含み、L-FR2は配列番号28又は29に記載のアミノ酸配列を含み、L-FR3は配列番号30~33のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含み、及びL-FR4は配列番号34又は35に記載のアミノ酸配列を含む。
【0025】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は、L-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4を含み、及びL-FR1、L-FR2、L-FR3、及びL-FR4は、以下のアミノ酸配列の群のいずれか1つから選択される:
(1)L-FR1:配列番号26、L-FR2:配列番号28、L-FR3:配列番号30、及びL-FR4:配列番号34;
(2)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号31、及びL-FR4:配列番号35;
(3)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号32、及びL-FR4:配列番号35;及び
(4)L-FR1:配列番号27、L-FR2:配列番号29、L-FR3:配列番号33、及びL-FR4:配列番号35。
【0026】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は軽鎖可変領域VLを含み、VLは配列番号59に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、VLは、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0027】
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は抗体軽鎖定常領域を含み、及び抗体軽鎖定常領域は配列番号40に記載のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施態様において、単離された抗原結合タンパク質は抗体軽鎖LCを含み、及びLCは配列番号47~49のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む。
【0028】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質を含むポリペプチドを提供する。
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質又はポリペプチドを含む免疫結合体(immunoconjugate)を提供する。
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質をコードする単離された核酸分子を提供する。
別の態様において、本出願は、核酸分子を含むベクターを提供する。
別の態様において、本出願は、核酸分子又はベクターを含む細胞を提供する。
【0029】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質を発現できる条件下で細胞を培養することを含む、単離された抗原結合タンパク質を調製する方法を提供する。
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質、核酸分子、ベクター及び/又は細胞、及び任意選択的に医薬的に許容し得る担体を含む医薬組成物を提供する。
【0030】
別の態様において、本出願は、腫瘍を予防、軽減、及び/又は治療するための薬剤の製造における、単離された抗原結合タンパク質、核酸分子、ベクター、細胞、及び/又は医薬組成物の使用を提供する。
【0031】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを必要とする対象に投与することを含む、腫瘍を予防、軽減、又は治療する方法を提供する。
別の態様において、本出願は、腫瘍の予防、軽減、又は治療に使用するための、単離された抗原結合タンパク質を提供する。
【0032】
いくつかの実施態様において、腫瘍は、PD-1又はPD-L1の高発現を伴う腫瘍を含む。
いくつかの実施態様において、腫瘍は固形腫瘍を含む。
いくつかの実施態様において、腫瘍は、乳癌、肺癌、胃癌、及び尿路上皮癌を含む。
【0033】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、PD-1タンパク質のPD-L1タンパク質への結合を阻害する方法を提供する。
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、免疫細胞におけるサイトカインの分泌を刺激する方法を提供する。
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、PD-L1タンパク質の存在及び/又は含有量を検出する方法を提供する。
【0034】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質、ポリペプチド、免疫結合体、核酸分子、ベクター、細胞、及び/又は医薬組成物を含むキットを提供する。
【0035】
本発明の他の態様及び利点は、以下の詳細な説明から当業者には容易に明らかになるであろう。以下の詳細な説明では、本発明の例示的な実施態様のみが示され、説明される。当業者には理解されるように、本出願の内容により、当業者は、本出願が関連する本出願の精神及び範囲から逸脱することなく、開示された特定の実施態様を修正することができる。従って、本出願の図面及び明細書の記載は例示にすぎず、限定的なものではない。
【図面の簡単な説明】
【0036】
本出願が関連する本出願の特定の特徴は、添付の特許請求の範囲に示されている。本出願が関連する本出願の特徴及び利点は、以下に詳細に説明される例示的な実施態様及び図面を参照することによって、よりよく理解されるであろう。添付図面の簡単な説明は次のとおりである。
図1図1は、本出願に記載される抗原結合タンパク質がHEK293細胞上のヒトPD-L1タンパク質に結合することを示す。
図2図2は、本出願に記載される抗原結合タンパク質がCHOK1細胞上のサルPD-L1タンパク質に結合することを示す。
図3図3は、本出願に記載される抗原結合タンパク質が、ヒトPD-1とHEK293細胞上のヒトPD-L1タンパク質との結合をブロックすることを示す。
図4図4は、本出願に記載される抗原結合タンパク質が、ヒトPD-1とCHOK1細胞上のサルPD-L1タンパク質との結合をブロックすることを示す。
図5図5は、本出願に記載される抗原結合タンパク質が、免疫細胞を刺激してサイトカインIL-2を分泌させることを示す。
【発明を実施するための形態】
【0037】
発明の詳細な説明
以下、具体例を挙げて本出願の実施態様を説明するが、当業者であれば本明細書の開示から本出願の他の利点や効果を容易に理解することができる。
【0038】
用語の定義
本出願において、「PD-1」という用語は一般に、プログラムされた死1受容体を指し、これはまた、「プログラムされた死1」、「CD279」、「分化クラスター279」、「PD1」、「PDCD1」、又は「CD297」とも呼ばれている。PD-1タンパク質は通常、細胞外IgVドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内尾部から構成される。PD-1は通常、T細胞、B細胞、ナチュラルキラーT細胞、活性化単球、及び樹状細胞(DC)で発現される。PD-1は、そのリガンドPD-L1及びPD-L2に結合することができる。「PD-1」という用語は、霊長類(例えば、ヒト又はサル)及びげっ歯類(例えば、マウス又はラット)などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物に由来する任意の天然PD-1又は修飾PD-1を包含する。この用語には、「全長」、未プロセシングPD-1、及び細胞内でのプロセシングによって生成されるあらゆる形態のPD-1が含まれる。PD-1は、膜貫通タンパク質又は可溶性タンパク質として存在することができる。「PD-1」は、完全なPD-1及びその断片、並びにPD-1の機能性変種、アイソフォーム、相同体、誘導体、及び類似体、並びにPD-1と少なくとも1つの共通エピトープを有する類似体を含む。PD-1配列は当技術分野で知られている。例えば、例示的な全長ヒトPD-1タンパク質配列は、NCBI受託番号NP_005009.2で見つけることができ、例示的な全長カニクイザルPD-1タンパク質配列は、NCBI受託番号NP_001271065又はUniprot受託番号B0LAJ3で見つけることができる。
【0039】
本出願において、「PD-L1」という用語は一般に、プログラム細胞死リガンド1タンパク質を指す。PD-L1はまた、分化クラスター274(CD274)又はB7相同体1(B7-H1)とも呼ばれ、(ヒト)CD274遺伝子によってコードされるタンパク質である。PD-L1は、プログラムされた死1(PD-1)などのその受容体に結合することができる。PD-L1とPD-1の複合体形成は、T細胞の増殖を阻害し、サイトカインIL-2及びIFN-γを産生することにより、免疫抑制の役割を果たす。「PD-L1」という用語は、霊長類(例えば、ヒト又はサル)及びげっ歯類(例えば、マウス又はラット)などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物に由来する任意の天然のPD-L1又は修飾されたPD-1を包含する。この用語には、「全長」の未プロセシングPD-L1、及び細胞内でのプロセシングによって生成されるあらゆる形態のPD-L1が含まれる。PD-L1は、膜貫通タンパク質又は可溶性タンパク質として存在することができる。この用語には、スプライス変種又はアレレ変種などの、PD-L1の天然に存在する変種も含まれる。PD-L1の基本構造は、細胞外Ig様VドメインとIg様C2ドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質ドメインの4つのドメインで構成される。PD-L1配列は当技術分野で知られている。例えば、ヒトPD-L1遺伝子(ゲノムDNA配列を含む)に関する情報は、NCBIGeneIDNo.29126で確認することができる。例示的な全長ヒトPD-L1タンパク質のアミノ酸配列は、NCBI受託番号NP_054862又はUniProt受託番号Q9NZQ7で見つけることができる。
【0040】
本出願において、「抗原結合タンパク質」という用語は一般に、抗原に結合する部分と、任意選択的に足場又は骨格部分とを含むタンパク質を指し、ここで、前記足場又は骨格部分は、抗原に結合する部分が、抗原結合タンパク質が抗原に結合するのを促進するコンフォメーションをとることを可能にする。抗原結合タンパク質は典型的には、抗体軽鎖可変領域(VL)、抗体重鎖可変領域(VH)、又はこれらの両方、及びこれらの機能的断片を含むことができる。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗原結合タンパク質の例には、必要な抗原結合活性を示す限り、特に限定されるものではないが、抗体、抗原結合断片、免疫結合体、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、抗体断片、抗体誘導体、抗体類似体、又は融合タンパク質などが含まれる。
【0041】
本出願において、「抗体」という用語は一般に、特定のタンパク質又はペプチド又はこれらの断片に対して反応性のある免疫グロブリンを指す。抗体は、特に限定されるものではないが、IgG、IgA、IgM、IgD、及びIgEを含む任意のクラスからの抗体、及び任意のサブクラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4)の抗体であり得る。抗体は、例えばIgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4から選択される重鎖定常領域を含むことができる。抗体はまた、例えばカッパ(κ)又はラムダ(λ)から選択される軽鎖を含むことができる。本出願の抗体は、任意の種に由来し得る。
【0042】
本出願において、「抗原結合断片」という用語は一般に、抗原と相互作用し、抗体に抗原に対する特異性及び親和性を与えるアミノ酸残基を含む抗体分子の一部を指す。抗原結合断片の例には、特に限定されるものではないが、Fab、Fab’、F(ab)2、Fv断片、F(ab')2、scFv、di-scFv、及び/又はdAbが含まれ得る。本出願において、「Fab」という用語は一般に、重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインとを含む断片を指し、さらに軽鎖の定常ドメインと重鎖の第1定常ドメイン(CH1)も含む。;「Fab'」という用語は一般に、少量の残基(抗体ヒンジ領域からの1つ以上のシステインを含む)を重鎖のCH1ドメインのカルボキシル末端に付加することによって、Fabとは異なる断片を指す。「F(ab')2」という用語は一般に、Fab'の二量体を指し、これはヒンジ領域上のジスルフィド架橋によって結合された2つのFab断片の抗体断片を含む。「Fv」という用語は一般に、完全な抗原認識部位と結合部位とを含む最小の抗体断片を指す。いくつかの実施態様において、断片は、密接に非共有結合した重鎖可変領域と軽鎖可変領域を有する二量体から構成され得る。「dsFv」という用語は一般に、単一の軽鎖可変領域と単一の重鎖可変領域との結合がジスルフィド結合である、ジスルフィド安定化されたFv断片を指す。「dAb断片」という用語は一般に、VHドメインから構成される抗体断片を指す。本出願において、「scFv」という用語は一般に、柔軟なペプチドリンカーを介して抗体の重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインの共有結合及び対合によって形成される一価の分子を指し、このようなscFv分子は、一般構造:NH2-VL-リンカー-VH-COOH、又はNH2-VH-リンカー-VL-COOHを含むことができる。
【0043】
本出願において、用語「可変領域」又は「可変ドメイン」は一般に、抗原への抗体の結合に関与する抗体重鎖又は軽鎖のドメインを指す。本出願において、用語「可変」は一般に、抗体の可変ドメインの配列の一部が大きく変化し、それらの特異的抗原に対する様々な特異抗体の結合及び特異性を生成することを意味する。可変性は抗体の可変領域全体に不均一に分布している。これは主に軽鎖可変領域と重鎖可変領域の3つのセグメントに存在し、これらのセグメントは、相補性決定領域(CDR)又は高可変領域(HVR)と呼ばれ、それぞれLCDR1、LCDR2、LCDR3、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3である。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク領域(FR)と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、それぞれ4つのFR領域(H-FR1、H-FR2、H-FR3、H-FR4、L-FR1、L-FR2、L-FR3、L-FR4)を含み、これらのほとんどはβ折り畳み構造を有し、3つのCDR構造ループ領域によって接続されている。各鎖のCDRはFR領域を通じて互いに近接しており、他の鎖のCDRとともに抗体の抗原結合部位を形成する。
【0044】
この分野では、抗体の可変領域又は抗体のCDRは、Kabatの番号付けスキームや配列の可変性に基づく定義規則(例えば、 Kabat et al., protein sequence in immunology, 5th Edition, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland (1991) を参照) 、構造ループ領域の位置に基づくChothia番号付けスキーム及び定義規則(A1- Lazikani et al., J Mol Biol 273:927-48,1997を参照)、efranc et al. による生殖系列V遺伝子のアミノ酸配列アライメントに基づくIMGT番号付けスキーム、及び Honneger の番号付けスキーム (AHo's)、Martin番号付けスキーム、Gelfand番号付けスキームなどのさまざまな方法で番号付けできる。例えば、Mathieu Dondelinger et al., Understanding the Significance and Implications of Antibody Numbering and Antigen-Binding Surface/Residue Definition, Front. Immunol., 16 October 2018を参照されたい。
【0045】
本出願において、「モノクローナル抗体」という用語は一般に、基本的に均質な抗体の群から得られる抗体を指し、すなわち、その群を構成する各抗体は、微量に存在する可能性がある天然の突然変異及び/又は翻訳後修飾(例えば、異性化、アミド化)を除いて同一である。モノクローナル抗体は単一の抗原部位に対する特異性が高い。
【0046】
本出願において、「キメラ抗体」という用語は一般に、可変領域が1つの種に由来し、定常領域が別の種に由来する抗体を指す。一般に、可変領域はげっ歯類などの実験動物の抗体(「親抗体」)に由来し、定常領域はヒト抗体に由来するため、得られるキメラ抗体は、親(例えば、マウス由来)抗体と比較して、ヒト個体において有害免疫応答を引き起こしにくい。
【0047】
本出願において、「ヒト化抗体」という用語は一般に、非ヒト抗体(例えば、マウス抗体)のCDR領域以外のアミノ酸の一部又は全部が、ヒト免疫グロブリン由来の対応するアミノ酸で置換された抗体を指す。CDR領域のアミノ酸の付加、欠失、挿入、置換、又は修飾は、それらが特定の抗原に結合する能力を依然として保持している限り、許容される。ヒト化抗体は、任意選択的に、ヒト免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含むことができる。ヒト化抗体は、元の抗体と同様の抗原特異性を保持している。非ヒト(例えば、マウス)抗体の「ヒト化」形態は、少なくとも非ヒト免疫グロブリンの配列に由来するキメラ抗体を含むことができる。場合によっては、ヒト免疫グロブリン(受容体抗体)のCDR領域の残基は、望ましい特性、親和性、及び/又は能力を有する非ヒト種(ドナー抗体)(例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類)のCDR領域の残基で置き換えることができる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのFR領域の残基は、対応する非ヒト残基に置き換えることができる。さらにヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体には存在しないアミノ酸修飾を含むことができる。
【0048】
本出願において、「完全ヒト抗体」という用語一般に、全ての部分(抗体の可変領域及び定常領域を含む)がヒト起源の遺伝子によってコードされている抗体を指す。この分野で完全ヒト抗体を得る方法には、ファージ表示技術、トランスジェニックマウス技術、リボゾーム表示技術、及びRNA-ポリペプチド技術が含まれ得る。
【0049】
本出願において、「結合する」、「特異的に結合する」、又は「に特異的な」という用語は一般に、測定可能かつ再現可能な相互作用、例えば生物学的分子を含む分子の不均一な集団の存在下で、標的の存在を決定することができる抗原と抗体との結合を指す。例えば、抗体はその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合し、この結合には抗原結合ドメインとエピトープの間にある程度の相補性を必要とする。例えば、標的(エピトープでもよい)に特異的に結合する抗体は、他の標的への抗体の結合よりも高い親和性、結合親和性、並びにより容易及び/又はより長い持続時間、でこの標的に結合する抗体である。抗体が、ランダムな無関係なエピトープに結合するよりも、その抗原結合ドメインを介してエピトープに結合する可能性が高い場合、抗体は抗原に「特異的に結合する」と呼ばれる。
【0050】
本出願において、「KD」及び「KD」という用語は互換的に使用することができ、通常は平衡解離定数を指し、「KD」は解離速度定数(kdis、「解離速度(koff)」又は「kd」としても知られている)と結合速度定数(kon、「結合速度(kon)」又は「ka」としても知られている)と比率である。結合速度定数(kon)、解離速度定数(kdis)、及び平衡解離定数(KD)は、抗原に対する抗原結合タンパク質(例えば、抗体)の結合親和性を表すために使用することができる。結合速度定数及び解離速度定数を決定するための方法は当技術分野でよく知られており、特に限定されるものではないが、生物層干渉法(BLI)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、平衡透析、表面プラズモン共鳴(SPR)、蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)、共同免疫沈降(Co-IP)、及びプロテインチップテクノロジーが含まれる。異なる条件(例えば、塩濃度やpH)で測定すると、特異的なタンパク質-タンパク質相互作用の測定された親和性が異なる場合がある。
【0051】
本出願において、「霊長類」という用語は通常サル及び類人猿種、例えばマカク属(Macaca)のサル(例えば、カニクイザル(Macaca fascicularis)及び/又はアカゲザル(Macaca mulatta))及びヒヒ(Papio ursinus)などのサル種、並びにマーモセット(マーモセット属(Callithrix)の種)、リスザル(リスザル属(Saimiri)の種)、及びシシザル(tamarin)(サグイヌス属(Saguimus)の種)、及びチンパンジー(Pan troglodytes)などの類人猿を指し、及びホモサピエンスも含まれる。
【0052】
本出願において、「ポリペプチド」又は「タンパク質」という用語は互換的に使用され、一般にアミノ酸残基のポリマーを指す。この用語は、1つ又はそれ以上のアミノ酸残基が、対応する天然アミノ酸の類似体又は模倣物であるアミノ酸ポリマー、並びに天然アミノ酸ポリマーにも適用される。この用語はまた、例えば、糖残基を付加して糖タンパク質を形成するか、又はリン酸化の修飾による、修飾されたアミノ酸ポリマーも含むことができる。ポリペプチド及びタンパク質は、天然に存在する細胞と非組換え細胞、又は遺伝子操作された細胞若しくは組換え細胞によって産生することができ、天然タンパク質のアミノ酸配列を有する分子、又は天然配列の1つ又はそれ以上のアミノ酸の欠失、付加、及び/又は置換を有する分子を含むことができる。「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、特に、本出願に記載される抗原結合タンパク質の配列の1つ又はそれ以上のアミノ酸の欠失、付加、及び/又は置換を含む。
【0053】
本出願において、「相同体」という用語は一般に、野生型アミノ酸配列及び野生型ヌクレオチド配列と一定の相同性を有するアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を指す。「相同性」という用語は、配列の「同一性」と同等である場合がある。相同配列は、対象配列と少なくとも80%、85%、90%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、又は99.9%同一であり得るアミノ酸配列を含むことができる。典型的には、相同体は対象アミノ酸配列と同じ活性部位などを含むであろう。相同性は、類似性(すなわち、類似の化学的性質/機能を有するアミノ酸残基)の観点から考慮することもできるし、又は配列同一性の観点から表現することもできる。本出願において、上記アミノ酸配列又はヌクレオチド配列の上記配列番号のいずれかにおいて同一性パーセントを有する配列とは、上記配列番号の全長にわたって同一性パーセントを有する配列をいう。
【0054】
本出願において、「単離された」という用語は一般に、通常はそれらの自然環境に付随又は相互作用する成分を実質的に含まない生物学的材料(例えば、ウイルス、核酸、又はタンパク質)を指す。単離された生物学的材料は、任意選択的に、その自然環境では見出されない追加の材料(例えば、核酸又はタンパク質)を含む。本出願において、タンパク質に関して「単離」とは、通常、その分子が自然に存在することが認められる生物全体から単離及び分離されているか、又は基本的に同種の生体高分子が存在しないことを意味する。核酸分子が言及される場合、それは、自然に結合する配列から完全又は部分的に分離されているか、又はその核酸がそれに結合する異種配列を有するか、又はその核酸が染色体から分離されている。
【0055】
本出願において、「免疫結合体」という用語は一般に、抗原結合タンパク質と他の活性剤との結合によって形成される物質を指し、これは、化学療法剤、毒素、免疫療法剤、イメージングプローブ、又は蛍光プローブなどの小分子活性剤であってもよい。
【0056】
本出願において、「核酸」分子という用語は一般に、自然環境から単離されたか人工合成されたヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、もしくはリボヌクレオチド、又はその類似体の任意の長さの単離された形態を指す。
【0057】
本出願において、「ベクター」という用語は一般に、挿入された核酸分子を宿主細胞中に及び/又は宿主細胞間で移入する、適切な宿主内で自己複製できる核酸分子を指す。ベクターは、主にDNA又はRNAを細胞に挿入するために使用されるベクター、主にDNA又はRNAを複製するために使用されるベクター、及び主にDNA又はRNAの転写及び/又は翻訳の発現に使用されるベクターを含むことができる。ベクターには、上記の機能を複数有するベクターも含まれる。ベクターは、適切な宿主細胞に導入されたときに、ポリペプチドに転写及び翻訳され得るポリヌクレオチドであり得る。一般にベクターは、ベクターを含む適切な宿主細胞を培養することによって所望の発現産物を産生することができる。
【0058】
本出願において、「細胞」という用語は一般に、本出願に記載される核酸分子を含むプラスミドもしくはベクターを含むことができるか若しくは既に含んでいるか、又は本出願に記載される抗原結合タンパク質を発現することができる、個々の細胞、細胞株、又は細胞培養物を指す。細胞は、単一の宿主細胞の子孫を含むことができる。自然の突然変異、予期せぬ突然変異、又は意図的な突然変異のため、子孫細胞は形態又はゲノムにおいて元の親細胞と全く同じではない可能性があるが、これらは本出願に記載される抗体又はその抗原結合断片を発現することができる。細胞は、本出願に記載されるベクターを使用してインビトロで細胞をトランスフェクトすることによって得ることができる。細胞は、原核細胞(例えば、大腸菌)又は真核細胞(例えば、酵母細胞、例えばCOS細胞、チャイナハムスター卵巣(CHO)細胞、HeLa細胞、HEK293細胞、COS-1細胞、NS0細胞、又は骨髄腫細胞)であり得る。場合によっては、細胞は哺乳類細胞であってもよい。例えば、哺乳類細胞はCHO-K1細胞であってもよい。
【0059】
本出願において、「医薬組成物」という用語は一般に、有効成分の生物学的活性が効果的であることを可能にする形態で存在し、かつ組成物が投与される対象に対して許容できない毒性を有する追加の成分を含まない調製物製剤を指す。
【0060】
本出願において、「治療」という用語は一般に、治療される個体の自然な経過を変えたいという願望を指し、予防及び治療を達成するための又は臨床病変の過程における臨床介入であり得る。望ましい治療効果には、特に限定されるものではないが、疾患の発生又は再発の予防、症状の緩和、疾患の直接的又は間接的な病理学的結果の弱体化、転移の予防、疾患の進行速度の低下、疾患状態の改善又は軽減、及び予後の軽減又は改善が含まれる。場合によっては、本出願の抗原結合タンパク質(例えば、抗PD-L1抗体)は、疾患の発症を遅らせたり、疾患の進行を遅らせたりするために使用することができる。
【0061】
本出願において、「投与」という用語は一般に、ある用量の化合物(例えば、抗癌治療薬)又は医薬組成物(例えば、抗癌治療薬を含む医薬組成物)を対象(例えば、患者)に投与する方法を指す。投与は、非経口、肺内、及び鼻腔内投与、並びに(局所治療に必要な場合)病巣内投与を含む任意の適切な手段によって実施することができる。非経口注入には、例えば、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。
【0062】
本出願において、「腫瘍」という用語は一般に、すべての新生物細胞(悪性又は良性)並びにすべての前癌性及び癌性の細胞及び組織の成長及び増殖を指す。本出願において腫瘍は、細胞及び組織においてPD-1又はPD-L1の高発現を伴う腫瘍であり得る。腫瘍は、固形腫瘍及び/又は非固形腫瘍(例えば、血腫、リンパ腫)を含むことができる。
【0063】
本出願において、「の間」という用語は一般に、アミノ酸断片のC末端が第1のアミノ酸断片のN末端に直接的又は間接的に連結されており、そのN末端が第2のアミノ酸断片のN末端に直接的又は間接的に連結されていることを意味する。例えば軽鎖では、L-FR2のN末端がLCDR1のC末端に直接的又は間接的に連結され、L-FR2のC末端がLCDR2のN-末端に直接的又は間接的に連結されている。別の例として、L-FR3のN末端がLCDR2のC末端に直接的又は間接的に連結され、L-FR3のC末端がLCDR3のN末端に直接的又は間接的に連結されている。例えば重鎖では、H-FR2のN末端がHCDR1のC末端に直接的又は間接的に連結され、H-FR2のC末端がHCDR2のN-末端に直接的又は間接的に連結されている。別の例として、H-FR3のN末端がHCDR2のC末端に直接的又は間接的に連結され、H-FR3のC末端がHCDR3のN末端に直接的又は間接的に連結されている。本出願において、「第1のアミノ酸断片」及び「第2のアミノ酸断片」は、同一のアミノ酸断片であってもよいし、異なるアミノ酸断片であってもよい。
【0064】
本出願において、「含む(includes)/含む(include)」という用語は一般に、含む(comprising)、包んで(inclusive)、又は包含する(encompassing)を指す。場合によっては、これは「である」及び「からなる」という意味も表す。
【0065】
本出願において、「約」という用語は一般に、特定された値の上又は下に0.5%~10%の範囲の変化、例えば、特定された値の上又は下に0.5%、1%、1.5%、2%、2.5%、3%、3.5%、4%、4.5%、5%、5.5%、6%、6.5%、7%、7.5%、8%、8.5%、9%、9.5%、又は10%の範囲の変化である。
[発明を実施するための形態]
【0066】
本出願の詳細な説明
抗原結合タンパク質
1つの態様において、本出願は、霊長類(例えば、ヒト又はサル)由来のPD-L1に1×10-9M以下のKD値で結合することができる単離された抗原結合タンパク質を提供する。霊長類PD-L1抗原結合タンパク質のPD-L1に対する結合親和性は、当技術分野で知られている任意の方法によって測定することができる。場合によっては、結合親和性は、表面プラズモン共鳴(SPR)、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、結合抗原沈降法、平衡透析法、及び生体層干渉(BLI)によって測定することができる。場合によっては、PD-L1に対するPD-L1抗原結合タンパク質の結合親和性及びKD値は、生体層干渉(BLI)によって測定することができる。例えば、ForteBio Octet分子相互作用分析装置を使用して、抗原と抗体間の結合動力学を分析することができる。
【0067】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、霊長類由来のPD-L1に1×10-9M以下のKD値で結合することができる。例えばKD値は、ヒト由来のPD-L1に対して、約1×10-9M以下、約9×10-10M以下、約8×10-10M以下、約7×10-10M以下、約6×10-10M以下、約5×10-10M以下、約4×10-10M以下、約3×10-10M以下、約2×10-10M以下、及び約1×10-10M以下の結合であり得、例えば、FortieBio Octet分子相互作用分析装置を使用して検出される。
【0068】
別の場合では、本出願に記載されるPD-L1抗原結合タンパク質のPD-L1に対する結合活性は、フローサイトメトリー又は酵素結合免疫吸着測定法によって検出することができる。
【0069】
例えばFACS検査では、ヒトPD-L1を安定に発現する宿主細胞(例えば、HEK293細胞)が使用され、PD-L1に結合するPD-L1抗原結合タンパク質のEC50値は、約0.0001μg/mL~約100μg/mL、例えば約0.001μg/mL~約10μg/mL、約0.001μg/mL~約5μg/mL、約0.001μg/mL~約1μg/mL、約0.01μg/mL~約0.5μg/mL、約0.01μg/mL~約0.1μg/mL、又は約0.01μg/mL~約0.05μg/mLである。
【0070】
例えばFACS検査では、サルPD-L1を安定に発現する宿主細胞(例えば、CHOK1細胞)が使用され、PD-L1に結合するPD-L1抗原結合タンパク質のEC50値は、約0.0001μg/mL~約100μg/mL、例えば約0.001μg/mL~約10μg/mL、約0.001μg/mL~約5μg/mL、約0.01μg/mL~約1μg/mL、約0.02μg/mL~約0.5μg/mL、及び約0.03μg/mL~約0.1μg/mLである。
【0071】
別の態様において、本出願に記載される抗原結合タンパク質は、PD-1のPD-L1への結合をブロックすることができる。場合によっては、抗原結合タンパク質によるPD-1のPD-L1への結合のブロックは、フローサイトメーターFACS又は酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)によって測定することができる。
【0072】
例えば、ヒトPD-L1を安定に発現する宿主細胞(例えば、HEK293細胞)は、まず低下する量の非標識抗原結合タンパク質とともにインキュベートされ、次にビオチン標識PD-1タンパク質とともにインキュベートされる。次に、細胞はFACSを使用して分析され、抗原結合タンパク質がPD-1とPD-L1の結合をブロックすることを確認された。例えば、約0.001μg/mL~約10μg/mL、約0.001μg/mL~約5μg/mL、約0.01μg/mL~約1μg/mL、約0.02μg/mL~約0.5μg/mL、及び約0.02μg/mL~約0.1μg/mL。
【0073】
例えば、サルPD-L1を安定に発現する宿主細胞(例えば、CHOK1細胞)は、まず低下する量の非標識抗原結合タンパク質とともにインキュベートされ、次にビオチン標識PD-1タンパク質とともにインキュベートされる。次に、細胞はFACSを使用して分析され、抗原結合タンパク質がPD-1とPD-L1の結合をブロックすることを確認された。例えば、約0.001μg/mL~約10μg/mL、約0.001μg/mL~約5μg/mL、約0.01μg/mL~約1μg/mL、及び約0.1μg/mL~約0.7μg/mL。
【0074】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、重鎖可変領域VHからのCDR3を含むことができ、VHは、配列番号54に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0075】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR3を含むことができ、HCDR3は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。例えば、単離された抗原結合タンパク質はHCDR3を含むことができ、及びHCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0076】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、重鎖可変領域VHからのCDR2を含むことができ、VHは、配列番号54に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0077】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR2を含むことができ、HCDR2は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができる。例えば、単離された結合タンパク質はHCDR2を含むことができ、HCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0078】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、重鎖可変領域VHからのCDR1を含むことができ、VHは配列番号54に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0079】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1を含むことができ、HCDR1は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができる。例えば、単離された抗原結合タンパク質はHCDR1を含むことができ、HCDR1は配列番号1に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0080】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むことができ、HCDR1は、配列番号54に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、HCDR2は、配列番号54に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そしてHCDR3は、配列番号54に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0081】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むことができ、HCDR1は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、HCDR2は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そしてHCDR3は、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0082】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号20に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号20に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号20に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0083】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号21に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号21に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号21に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0084】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号22に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号22に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号22に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0085】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号23に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号23に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号23に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0086】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号24に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号24に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号24に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0087】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号25に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR1を含むことができ、配列番号25に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR2を含むことができ、そして配列番号25に記載のアミノ酸配列を有するVHのCDR3を含むことができる。
【0088】
例えば、本出願に記載される単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1、HCDR2、及びHCDR3を含むことができ、HCDR1は配列番号1に記載のアミノ酸配列を含むことができ、HCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてHCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0089】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はH-FR1を含むことができ、H-FR1は配列番号50に記載されたアミノ酸配列:EVQLVESGGGLVQPGX16SLX19LSCX23AS(配列番号50)を含むことができ、ここで、X16はG又はRであり、X19はK又はRであり、X23はA又はVである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0090】
場合によっては、配列番号7に記載のアミノ酸配列と比較して、H-FR1は、X16、X19、及び/又はX23におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0091】
例えば、H-FR1は、配列番号7又は8に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0092】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はH-FR2を含むことができ、H-FR2は、配列番号51に記載されたアミノ酸配列:WMX3WX5RQAPGKGLEWVASI(配列番号51)を含むことができ、ここで、X3はS又はTであり、及びX5はI又はVである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0093】
場合によっては、配列番号9に記載のアミノ酸配列と比較して、H-FR2は、X3及び/又はX5におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0094】
例えば、H-FR2は、配列番号9~11のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0095】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はH-FR3を含むことができ、H-FR3は配列番号52に記載のアミノ酸配列:
【化1】
を含むことができ、ここで、X4はA、P、又はVであり、X17はD又はNであり、X18はA又はSであり、X20はN又はSであり、X21はS又はTであり、X31はA又はSであり、X36はT又はVである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0096】
場合によっては、配列番号12に記載のアミノ酸配列と比較して、H-FR3は、X4、X17、X18、X20、X21、X31、及び/又はX36におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0097】
例えば、H-FR3は、配列番号12~17のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0098】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はH-FR4を含むことができ、H-FR4は配列番号53に記載のアミノ酸配列:WGQGX56VTVSS(配列番号53)を含むことができ、ここで、X5はT又はVであり、X6はL又はMである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0099】
場合によっては、配列番号18に記載のアミノ酸配列と比較して、H-FR4は、X6及び/又はX5に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0100】
例えば、H-FR4は、配列番号18又は19に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0101】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、重鎖可変領域VHを含むことができ、VHは、配列番号54に記載のアミノ酸配列:
【化2】
を含むことができ、ここで、X16はG又はRであり、X19はK又はRであり、X23はA又はVであり、X35はS又はTであり、X37はI又はVであり、X61はA、P、又はVであり、X74はD又はNであり、X75はA又はSであり、X77はN又はSであり、X78はS又はTであり、X88はA又はSであり、X93はT又はVであり、X112はT又はVであり、X113はL又はMである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0102】
場合によっては、配列番号20に記載のアミノ酸配列と比較して、VHは、X16、X19、X23、X35、X37、X61、X74、X75、X77、X78、X88、X93、X112、及び/又はX113におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0103】
例えば、VHは、配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0104】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、軽鎖可変領域VLからのCDR3を含むことができ、VLは、配列番号59に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0105】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はLCDR3を含むことができ、LCDR3は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。例えば、単離された抗原結合タンパク質はLCDR3を含むことができ、LCDR3は、配列番号6に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0106】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、軽鎖可変領域VLからのCDR2を含むことができ、VLは、配列番号59に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0107】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、LCDR2を含むことができ、LCDR2は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができる。例えば、単離された抗原結合タンパク質はLCDR2を含むことができ、LCDR2は配列番号5に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0108】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、軽鎖可変領域VLからのCDR1を含むことができ、VLは、配列番号59に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0109】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はLCDR1を含むことができ、LCDR1は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができる。例えば、単離された抗原結合タンパク質はLCDR1を含むことができ、LCDR1は配列番号4に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0110】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むことができ、LCDR1は、配列番号59に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、LCDR2は、配列番号59に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、LCDR3は、配列番号59に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0111】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むことができ、LCDR1は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、LCDR2は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、そしてLCDR3は、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0112】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号36に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、配列番号36に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、そして配列番号36に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0113】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号37に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、配列番号37に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、そして配列番号37に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0114】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号38に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、配列番号38に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、そして配列番号38に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0115】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、配列番号39に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR1を含むことができ、配列番号39に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR2を含むことができ、そして配列番号38に記載のアミノ酸配列を有するVLのCDR3を含むことができる。
【0116】
例えば、本出願に記載される単離された抗原結合タンパク質は、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むことができ、LCDR1は配列番号4に記載のアミノ酸配列を含むことができ、LCDR2は配列番号5に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてLCDR3は、配列番号6に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0117】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はL-FR1を含むことができ、L-FR1は、配列番号55:DIQMTQSPX9SLSASX15GDX18VTITC(配列番号55)に記載のアミノ酸配列を含むことができ、ここで、X9はP又はSであり、X15はL又はVであり、及びX18はQ又はRである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0118】
場合によっては、配列番号26に記載のアミノ酸配列と比較して、L-FR1は、X9、X15、及び/又はX18におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0119】
例えば、L-FR1は、配列番号26又は27に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0120】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はL-FR2を含むことができる、L-FR2は、配列番号56:WYQQKPGKAPX11QLIR(配列番号56)に記載のアミノ酸配列を含むことができ、ここで、X11はK又はRである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0121】
場合によっては、配列番号28に記載のアミノ酸配列と比較して、H-FR2は、X11におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0122】
例えば、L-FR2は、配列番号28又は29に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0123】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はL-FR3を含むことができる、L-FR3は、配列番号57:
【化3】
に記載のアミノ酸配列を含むことができ、ここで、X2はT又はVであり、X15はF又はYであり、X16はS又はT、X18はS又はTであり、X21はN又はSであり、X22はL又はVであり、X23はE又はQであり、X24はP又はSであり、X29はS又はTである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0124】
場合によっては、配列番号30に記載のアミノ酸配列と比較して、L-FR3は、X2、X15、X16、X18、X21、X22、X23、X24、及び/又はX29におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0125】
例えば、L-FR3は、配列番号30~33のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0126】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質はL-FR4を含むことができ、L-FR4は、配列番号58:FGX3GTKLEX9K(配列番号58)に記載のアミノ酸配列を含むことができ、ここで、X3はA又はQであり、及びX9はI又はLである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0127】
場合によっては、配列番号34に記載のアミノ酸配列と比較して、L-FR4は、X3及び/又はX9におけるアミノ酸置換からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0128】
例えば、L-FR4は、配列番号34又は35に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0129】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、軽鎖可変領域VLを含むことができ、VLは、配列番号59:
【化4】
に記載のアミノ酸配列を含むことができ、ここで、X9はP又はSであり、X15はL又はVであり、X18はQ又はRであり、X45はK又はRであり、X58はT又はVであり、X71はF又はYであり、X72はS又はTであり、X74はT又はSであり、X77はN又はSであり、X78はL又はVであり、X79はE又はQであり、X80はP又はSであり、X85はS又はTであり、X100はA又はQであり、X106はL又はIである。例えば、それはChothia規則に従って分割することができる。
【0130】
場合によっては、配列番号36に記載のアミノ酸配列と比較して、VLは、X9、X15、X18、X45、X58、X71、X72、X74、X77、X78、X79、X80、X85、X100、及び/又はX106からなる群から選択される位置に少なくともアミノ酸置換を含むことができる。
【0131】
例えば、VLは、配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0132】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、及びLCDR3を含むことができ、HCDR1は配列番号1に記載のアミノ酸配列を含むことができ、HCDR2は配列番号2に記載のアミノ酸配列を含むことができる。HCDR3は配列番号3に記載のアミノ酸配列を含むことができ、LCDR1は配列番号4に記載のアミノ酸配列を含むことができ、LCDR2は配列番号5に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてLCDR3は配列番号6に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0133】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号54に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号59に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0134】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号20~25のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号36~39のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0135】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号20に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号36に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0136】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号21に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号37に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0137】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号22に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号38に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0138】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号23に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号37に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0139】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号24に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号37に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0140】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、VH及びVLを含むことができ、VHは配列番号25に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そしてVLは配列番号39に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0141】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は、IgGに由来し得る重鎖定常領域を含むことができる。例えば、重鎖定常領域はヒトIgGに由来し得る。重鎖定常領域は、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4に由来し得る。例えば、重鎖定常領域はヒトIgG1に由来し得る。天然のヒトIgG1と比較して、重鎖定常領域はアミノ酸変異している可能性がある。例えば、重鎖定常領域は、IgG1に対してN297Aアミノ酸点突然変異を行うことによって得られる配列であってもよい。例えば、重鎖定常領域は、配列番号41に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0142】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は重鎖を含むことができ、重鎖は配列番号42~46のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0143】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は軽鎖定常領域を含むことができ、軽鎖定常領域は軽鎖λ及び軽鎖κに由来してもよい。例えば、軽鎖定常領域は、配列番号40に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0144】
本出願において、単離された抗原結合タンパク質は軽鎖を含むことができ、軽鎖は配列番号47~49のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0145】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖は配列番号42に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そして軽鎖は配列番号47に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0146】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖は配列番号43に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そして軽鎖は配列番号48に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0147】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖は配列番号44に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そして軽鎖は配列番号47に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0148】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖は配列番号45に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そして軽鎖は配列番号47に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0149】
例えば、単離された抗原結合タンパク質は、重鎖及び軽鎖を含むことができ、重鎖は配列番号46に記載のアミノ酸配列を含むことができ、そして軽鎖は配列番号49に記載のアミノ酸配列を含むことができる。
【0150】
本出願において、抗原結合タンパク質の各重鎖又は軽鎖のアミノ酸配列の一部は、特定の種の又は特定のカテゴリーに属する抗体における対応するアミノ酸配列と相同である。例えば、軽鎖及び重鎖の可変領域及び定常部分は両方とも、ある動物種(例えば、ヒト)の抗体の可変領域及び定常領域に由来する。本出願において、相同体は、タンパク質及び/又はポリペプチド(例えば、PD-L1タンパク質に特異的に結合する抗体又はその断片)のアミノ酸配列と、少なくとも約85%(例えば、少なくとも約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、約96%、約97%、約98%、約99%以上)の同一性を有するタンパク質及び/又はポリペプチドであり得る。
【0151】
本出願において、相同性は一般に、2つ以上の配列間の類似性、類似点、又は関連を指す。配列相同性のパーセントを決定するためのアライメントは、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、又はMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して、当技術分野で知られている様々な方法で実現することができる。当業者は、比較される全長配列内又は標的配列領域内で最大のアライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメント配列の適切なパラメーターを決定することができる。相同性はまた、FASTA及びBLASTの方法によっても決定することができる。FASTAアルゴリズムの説明についてはW.R.Pearson and D.J.Lipman, "Improved Tools for Biological Sequence Comparison", Proc. Natl. Acad. Sci., 85:2444-2448, 1988; 及び D.J.Lipman and W.R.Pearson, " Rapid and sensitive protein similarity searches", Science, 227:1435-1441, 1989を参照されたい。BLASTアルゴリズムの説明は、S. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers and D. Lipman, "Basic Local Alignment Search Tool", Journal of Molecular Biology, 215:403-410, 1990中に見いだすことができる。
【0152】
試験方法
本出願に記載されるPD-1抗原結合タンパク質の物理的/化学的特性及び/又は生物学的活性は、当技術分野で知られている様々なアッセイによって同定、スクリーニング、又は特性解析することができる。
【0153】
1つの態様において、例えば、本出願の抗原結合タンパク質の抗原結合活性は、酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)、ウェスタンブロット(例えば、タンパク質ブロット)、フローサイトメトリー(例えば、FACS)、免疫組織化学、免疫蛍光法などの公知の方法によって試験することができる
【0154】
核酸、ベクター、宿主細胞及び調製方法
別の態様において、本出願はまた、1つ又はそれ以上の単離された核酸分子を提供する。1つ以上の核酸分子は、本出願に記載される抗原結合タンパク質をコードすることができる。例えば、1つ以上の核酸分子中の各核酸分子は、完全な抗原結合タンパク質をコードしてもよく、又はその一部(例えば、HCDR1~3、LCDR1~3、VL、VH、軽鎖又は重鎖の1つ又はそれ以上)をコードしてもよい。
【0155】
本出願に記載される核酸分子は単離されていてもよい。例えば、それは以下の方法によって生成又は合成され得る:(i)インビトロ増幅、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅、(ii)クローニング及び組換え、(iii)精製、例えば酵素消化及びゲル電気泳動による分画、又は(iv)合成、例えば化学合成。いくつかの実施態様において、単離される核酸は、組換えDNA技術によって調製される核酸分子である。
【0156】
本出願において、抗体及びその抗原結合断片をコードする核酸は、特に限定されるものではないが、制限断片操作、又は合成オリゴヌクレオチドを使用する重複伸長PCRを含む当技術分野で公知の様々な方法によって調製することができる。
【0157】
別の態様において、本出願は、本出願に記載される1つ又はそれ以上の核酸分子を含む1つ又はそれ以上のベクターを提供する。各ベクターは、1つ又はそれ以上の核酸分子を含むことができる。さらに、ベクターは、他の遺伝子、例えば適切な宿主細胞内及び適切な条件下でベクターの選択を可能にするマーカー遺伝子も含むことができる。さらに、ベクターは、コード領域が適切な宿主内で正確に発現されることを可能にする発現制御要素を含むことができる。例えば、ベクターは発現ベクターである。
【0158】
別の態様において、本出願は宿主細胞を提供し、宿主細胞は本出願に記載される1つ又はそれ以上の核酸分子及び/又は1つ又はそれ以上のベクターを含むことができる。いくつかの実施態様において、各又はすべての宿主細胞は、本出願に記載される1つ又はそれ以上の核酸分子又はベクターを含むことができる。いくつかの実施態様において、各又はすべての宿主細胞は、本出願に記載される複数(例えば、2つ以上)又は多数(例えば、2種類以上)の核酸分子又はベクターを含むことができる。
【0159】
別の態様において、本出願は、抗体又はその抗原結合断片を調製する方法を提供する。この方法は、本出願に記載される宿主細胞を、抗体又はその抗原結合断片が発現されるような条件下で培養することを含むことができる。例えば、適切な培地、適切な温度及び培養時間などを使用するこれらの方法は、当業者に知られている。
【0160】
医薬組成物、方法、及び使用
別の態様において、本出願は医薬組成物を提供する。医薬組成物は、本出願に記載の抗原結合タンパク質、ポリペプチド、核酸分子、ベクター、宿主細胞、及び任意選択的に医薬的に許容し得る担体を含むことができる。医薬的に許容し得る補助剤は、採用される用量及び濃度ではレシピエントに対して毒性がなく、本出願における医薬組成物は、相補的な活性を有し、通常は互いに悪影響を及ぼさない活性化合物である複数の活性化合物を含むこともできる。このような医薬品の形態及び有効量は、例えば、製剤中に存在するアンタゴニストの量及び形態、及び対象の臨床パラメーターに依存する。
【0161】
医薬組成物は、腫瘍増殖を阻害するために使用することができる。例えば、本出願の医薬組成物は、疾患の発症又は進行を阻害又は遅延させ、腫瘍サイズを縮小し(基本的に腫瘍を除去することさえできる)、及び/又は疾患状態を緩和及び/又は安定化させることができる。
【0162】
本出願の医薬組成物は、予防的及び/又は治療的に有効な量の抗体、その抗原結合断片を含むことができる。予防的及び/又は治療的有効量は、疾患又は障害を有するか又は発症するリスクがあるか対象において、疾患又は障害及び/又はその任意の合併症を予防及び/又は治療(少なくとも部分的に治療)するのに必要な用量である。
【0163】
別の態様において、本出願は、薬剤の製造における抗原結合タンパク質及び/又は融合タンパク質の使用を提供する。この薬剤は、癌の治療、腫瘍増殖の阻害、及び/又は腫瘍細胞増殖の阻害に使用するためのものである。いくつかの実施態様において、腫瘍又は癌は、PD-L1の異常な発現を伴う腫瘍又は癌である。本出願において、腫瘍には、PD-1又はPD-L1の高発現を有する腫瘍が含まれ得る。本出願において、腫瘍には、PD-L1の高発現を有する腫瘍が含まれ得る。本出願において、腫瘍には固形腫瘍が含まれ得る。本出願において、腫瘍には、乳癌、肺癌、胃癌、及び尿路上皮癌が含まれ得る。
【0164】
別の態様において、本出願は、本出願に記載の抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、PD-L1のPD-1への結合を阻害する方法を提供する。例えば、この方法はエクスビボでもインビトロでもよい。例えばこの方法は、非治療目的の方法であってもよい。場合によっては本方法は、抗原結合タンパク質及び/又はPD-1がPD-L1に結合することを可能にする条件下で、生物学的試料に本出願に記載の抗原結合タンパク質及び/又はPD-1を接触させること、抗原結合タンパク質とPD-L1との間で複合体が形成されるかどうかを検出すること、及びPD-1とPD-L1との間で複合体が形成されているかどうかを検出することを含む。
【0165】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、免疫細胞におけるサイトカインの分泌を刺激する方法を提供する。サイトカインはIL-2であってもよい。免疫細胞はリンパ球であってもよい。例えば、Tリンパ球。例えば、この方法はエクスビボでもインビトロでもよい。例えば、この方法は、非治療目的の方法であってもよい。
【0166】
別の態様において、本出願は、単離された抗原結合タンパク質及び/又はポリペプチドを投与することを含む、PD-L1タンパク質の存在及び/又は含有量を検出する方法を提供する。例えば、この方法はエクスビボでもインビトロでもよい。例えば、この方法は、非治療目的の方法であってもよい。
【0167】
本出願はまた、腫瘍又は癌に罹患している対象を診断するための方法における抗原結合タンパク質の使用を提供し、この方法は、試料に本出願の抗原結合タンパク質を接触させて、対象から得られた試料中のPD-L1の存在又は発現レベルを測定し、結合した抗体の存在を検出することを含む。
【0168】
別の態様において、本出願は、本出願に記載される核酸分子又は抗原結合タンパク質を含むことができるキメラ抗原受容体(CAR)を提供する。
【0169】
別の態様において、本出願は、抗原結合断片を含むことができる抗体薬物結合体を提供する。
【0170】
別の態様において、本出願は、抗原結合タンパク質、キメラ抗原受容体、遺伝子改変細胞、本出願に記載される抗体薬物結合体、及び/又は本出願に記載される医薬組成物を含むことができるキットを提供する。それは、単一の共通の容器内に、抗原結合タンパク質、キメラ抗原受容体、本出願に記載される遺伝子改変細胞、及び/又は本出願に記載される抗体薬物結合体を含むことができ、また任意選択的に、1つ又はそれ以上の治療薬と組み合わせ、及び任意選択的に医薬組成物中に一緒に配合される。
【0171】
別の態様において、本出願は、抗原結合タンパク質又はその医薬組成物を投与するために使用することができる薬物送達デバイスを提供する。
【0172】
いかなる理論にも束縛されるものではないが、以下の実施例は本発明の様々な実施態様を説明するためだけのものであり、本発明の範囲を限定するために使用されるものではない。
【実施例
【0173】
実施例1.マウス抗ヒトPD-L1モノクローナル抗体の調製
ヒトPD-L1/B7-H1タンパク質、Fc Tag(Acro Biosystem PD1-H5258)、及びPADREを用いて乳化した後、6~8週齢の雌SDラットに50μgのヒトPD-L1/B7-H1タンパク質、Fc Tag/ラット、25μgのPADRE/ラットを腹腔内注射した。その後、2~3週間の間隔で追加免疫を実施した。ラットを合計3回免疫し、最後の免疫から2週間後にラットの尾血を採取し、血清中の抗ヒトPDL1抗体の力価を測定した。急性免疫衝動のためにフロイントアジュバントを含まない50μgのタンパク質をラットに腹腔内注射した後、ラットの脾臓細胞を採取し、3日目に骨髄腫(Sp2/0)細胞と融合させた。
【0174】
HEK293-PD-L1細胞に特異的に結合し、同時にHEK293-hPD-L1細胞への受容体PD-1の結合をブロックできるクローンを、フローサイトメーターにより融合プレートからスクリーニングし、限界希釈法によりサブクローニングを行い、最終的に特異的な抗体を分泌できるモノクローナルがスクリーニングされた。モノクローナル抗体は、その後の同定のために無血清培地での小規模生産及び精製によって得られ、前記その後の同定には、HEK293-PD-L1に対する抗体の結合能力、PD-1とHEK293-hPD-L1細胞の結合をブロックする機能の検出、及び最終的に候補抗ヒトPD-L1モノクローナル抗体50G2-3を得ることによって得るための混合リンパ球実験が含まれた。モノクローナル抗体配列決定によって得られたマウスハイブリドーマクローン50G2-3の可変領域の配列は以下のとおりである:
>50G2-3軽鎖可変領域配列
【化5】
>50G2-3重鎖可変領域配列
【化6】
【表1】
【0175】
実施例2.モノクローナル抗体のヒト化
最も相同的なヒト生殖系列抗体(データソース:IMGT)をヒト化設計フレームワーク(軽鎖のフレームワークはIGKV1-33*01、IGKJ2*01に基づき、重鎖のフレームワークはIGHV3-7*01、IGHJ4*01に基づいた)として選択し、抗体の軽鎖及び重鎖の可変領域はChothia[Chothia & Lesk, 1987]によって番号付けされ、抗体のCDR領域は、CDRL1(L24~L34))、CDRL2(L50~L56)、CDRL3(L89~L97)、CDRH1(H26~H32)、CDRH2(H52~H56)、及びCDRH3(H95~H97)として定義され、並びに抗体の軽鎖及び重鎖可変領域のアミノ酸のヒト化変異は、可変領域の配列アライメントと構造情報に従って実行された。発現ベクターを設計し、遺伝子を合成し、組換え抗体を哺乳動物細胞で発現させて精製し、ヒト化抗体とキメラ抗体の活性及び物理化学的性質の違いを比較し、及び1~2回のヒト化最適化を実施した。
【0176】
生殖系列抗体の配列情報:
・ IGKV1-33*01
【化7】
・ IGKJ2*01
YTFGQGTKLEIK (配列番号61)
・ IGHV3-7*01
【化8】
・ IGHJ4*01
YFDYWGQGTLVTVSS (配列番号63)
【0177】
軽鎖と重鎖の以下の最適化された設計は、上記の生殖系抗体(Germanline antibody)の配列に基づいてフレームワークCDRとして移植されたヒト化配列であった(1910G2HzL0及び1910G2HzH0は、キメラ抗体の軽及び重鎖であり、及び1910G2HzL2、1910G2HzH2、1910G2HzL3、1910G2HzH3、1910G2HzL4、1910G2HzH4、1910G2HzL7、1910G2HzH7、1910G2HzL9、及び1910G2HzH9は、ヒト化抗体の軽鎖及び重鎖である)。
【0178】
・ 1910G2HzL0軽鎖可変領域配列
【化9】
・ 1910G2HzL2軽鎖可変領域配列
【化10】
・ 1910G2HzL3軽鎖可変領域配列
【化11】
・ 1910G2HzL4軽鎖可変領域配列
1910G2HzL2(配列番号37)と同じ
・ 1910G2HzL7軽鎖可変領域配列
1910G2HzL2(配列番号37)と同じ
・ 1910G2HzL9軽鎖可変領域配列
【化12】
【0179】
・ 1910G2HzH0重鎖可変領域配列
【化13】
・ 1910G2HzH2重鎖可変領域配列
【化14】
・ 1910G2HzH3重鎖可変領域配列
【化15】
・ 1910G2HzH4重鎖可変領域配列
【化16】
・ 1910G2HzH7重鎖可変領域配列
【化17】
・ 1910G2HzH9重鎖可変領域配列
【化18】
【0180】
上記抗体の軽鎖及び重鎖を組み合わせて、抗原結合タンパク質1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9が得られる。
【0181】
実施例3.本出願の抗原結合タンパク質の速度論的パラメーターの決定
(1)ヒト化抗体1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9のヒトPD-L1(Acro、カタログ番号:H5229)に対する親和性を、Octet RED96e(Fortebio)によって決定し、抗原及び抗体の両方を1×PBST(1×PBS:Sangon,B548117-0500;0.02%ツイーン20:Sigma-Alorich,P1379)で希釈し、使用する抗原濃度は100nM、及び使用する抗体濃度は50nMとした。
【0182】
(2)機械での試料の検出(Octet Data Acquisition11.1.0.11):まず、試料を200μL/ウェルのシステムで96ウェルプレート(Greiner bio-one、655209)に加えた。次に、ソフトウェアパラメータを設定し、プレート温度を30℃に設定し、標準動的信号を収集する周波数を5.0Hzに設定した。次に、AHCセンサー(Fortebio、カタログ番号:18-0015)を1×PBSTで事前に10分間湿らせた後、試料を装置で検出した。各サイクルには次の工程が含まれる:1)緩衝液に60秒間に浸漬;2)抗原が非特異的にセンサーに結合するかどうかの検出;3)pH1.7の10mMグリシン溶液の再生;4)緩衝液に60秒間浸漬;5)抗体をセンサー上に20秒間固定化;6)センサーを緩衝液に180秒間浸漬;7)抗原を抗体に180秒間結合;8)抗原を抗体から10分間解離;9)センサーを再生。
【0183】
(3)データ解析
1:1の比率の抗原-抗体の結合速度(Ka)と解離速度(Kd)をFortebioのData Analysis 11.0 ソフトウェアを用いて測定し、これらに基づいて抗体の平衡解離定数(KD)を算出した。結果は以下の表に示されているとおりであり、ヒト化抗体1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9のヒトPD-L1に対する親和性がアテゾリズマブ(Atezolimumab)と同等であり、さらにはKD値がより低いことを示している。これらは、本出願の抗原結合タンパク質がより高い結合親和性を有することを示した。
【表2】
【0184】
実施例4.細胞表面上の抗原PD-L1に対する本出願の抗原結合タンパク質の結合活性
CHOK1-cynoPD-L1又はHEK293-hPD-L1を各96ウェルプレートに5E6細胞とともに収集し、300gで5分間遠心分離し、予冷したFACS緩衝液に再懸濁し、3799U字型プレート上に100μL/ウェルずつ均等に広げ、室温で15分間ブロックした。ヒト化抗体を取り、初期濃度3.33μg/mLで開始して、次に3倍希釈して12の勾配を確立した。ブロックし、2000rpmで5分間遠心分離した後、上清を除去した。希釈した抗体を100μL/ウェルずつ加えて、混合液を均一に混合し、4℃で1時間インキュベートした。混合物を2000rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、残渣をFACS緩衝液で1~2回洗浄した。二次抗体ヤギ-抗ヒト488、1:1000を100μL/ウェルで添加し、4℃で1時間インキュベートした後、2000rpmで5分間遠心分離し、上清を除去し、残渣をFACS緩衝液で1~2回洗浄し、その後、FACS緩衝液を30μl/ウェルで添加して、細胞を再懸濁し、装置で検出した。
【0185】
図1は、本出願に記載される抗原結合タンパク質がHEK293細胞上のヒトPD-L1タンパク質に結合することを示した。図2は、本出願に記載される抗原結合タンパク質がCHOK1細胞上のサルPD-L1タンパク質に結合することを示した。結果は図1及び図2に示すとおりであり、本出願抗原結合タンパク質1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9の、細胞表面上の抗原PD-L1に対する結合活性が、アテゾリズマブと同等か又はそれ以上であった。本出願の抗原結合タンパク質のPD-L1に対する結合活性が優れていることが示された。
【0186】
実施例5.本出願の抗原結合タンパク質は細胞表面上の抗原PD-L1のPD-1への結合活性をブロックする
HEK293-hPD-L1又はCHOK1-cynoPD-L1を各96ウェルプレート内の5E6細胞によって収集し、300gで5分間遠心分離し、予冷したFACS緩衝液で再懸濁し、3799U字型プレート上に100μLずつ均等に広げ、室温で15分間ブロックした。ヒト化抗体を取り、初期濃度10μg/mLで開始して、次に3倍に希釈して12の勾配を得た。0.224mg/mLのビオチン-PD-1-mFcを2μg/mLで調製した。ブロッし、2000rpmで5分間遠心分離した後、上清を除去した。希釈した抗体を50μL/ウェルで加え、混合液を均一に混合した後、2μg/mLのビオチン-PD-1-mFcを50μL/ウェル添加し、均一に混合して、4℃で1時間インキュベートした。2000rpmで5分間遠心分離した後、上清を除去し、残渣をFACS緩衝液で1~2回洗浄した。二次抗体SA488,1:1000を100μL/ウェルで添加し、4℃で1時間インキュベートし、2000rpmで5分間遠心分離し、上清を除去した。残渣をFACS緩衝液で1~2回洗浄し、その後、FACS緩衝液を30μl/ウェルで添加して、細胞を再懸濁し、装置で検出した。図3は、本出願に記載される抗原結合タンパク質が、HEK293細胞上のヒトPD-L1タンパク質へのPD-1の結合をブロックしたことを示した。図4は、本出願に記載される抗原結合タンパク質が、CHOK1細胞上のサルPD-L1タンパク質へのPD-1の結合をブロックすることを示した。結果は図3及び図4に示すとおりであり、本出願の抗原結合タンパク質1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9の、細胞表面上の抗原PD-L1のPD-1への結合をブロックする活性は、アテゾリズマブと同等であった。本出願の抗原結合タンパク質が、PD-1に対するPD-L1の結合をブロックする活性が優れていることが示された。
【0187】
実施例6.混合リンパ球反応:サイトカインIL-2の分泌
ヒト樹状DC細胞を細胞培養培地(1640+2%FBS)で蘇生させ、DC細胞の密度を1×105~1×107細胞/mLに調整し、その後マイトマイシンCを最終濃度50μg/mlで添加し、37℃、暗所で30分間処理し、その後10mLの培地を加えて処理を終了させた。混合物を400gで10分間遠心分離し、その後10mLの培地で洗浄した。抗PD1抗体の勾配希釈:抗体の最大最終濃度は2.5μg/mL(調製濃度は10μg/mL)、勾配希釈は10倍(5濃度点+1つの0濃度)であり、その後調製した抗PD1抗体50μLを対応する細胞培養プレート(Corning、カタログ番号:3599)に添加した。ヒト末梢血リンパ球PBMC及びマイトマイシンCで処理したDC細胞を収集し、DC細胞の密度を2×105細胞/mLに調整し、次に細胞を50μL/ウェルで培養プレートに添加し、すなわち、ウェル当たりのDC細胞の数は1×104細胞/ウェルであった。PBMC細胞の密度を2×106細胞/mLに調整し、次に細胞を100μL/ウェルで培養プレートに添加し、すなわち、ウェルあたりのPBMC細胞の数は2×105細胞/ウェルであった。細胞培養プレートを、5%二酸化炭素、37℃の細胞インキュベーター内に5日間入れた。5日後、300gで5分間遠心分離して上清を収集し、IL-2の含有量をヒトIL-2 ELISAキット(BD、カタログ番号:550611)を用いて検出した。検出方法はキットの説明書に従って厳密に実行され、データはGraphPad Prismソフトウェアで処理された。結果は図5に示すとおりであり、本出願の全ての抗原結合タンパク質1910G2HzL2H2、1910G2HzL3H3、1910G2HzL4H4、1910G2HzL7H7、及び1910G2HzL9H9が、アテゾリズマブよりも優れた効果で、リンパ球を刺激してサイトカインを分泌させ得ることを示した。本出願の抗原結合タンパク質が、免疫細胞を刺激してサイトカインを分泌させる高い能力を有することが示された。
【0188】
前述の詳細な説明は、説明及び例として提供されたものであり、添付の特許請求の範囲を限定することを意図したものではない。本発明で列挙した実施態様の多くの変形は当業者には明らかであり、これらは添付の特許請求の範囲及びその均等物の範囲内にある。
図1
図2
図3
図4
図5
【配列表】
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【国際調査報告】