(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-03-13
(54)【発明の名称】癌を治療するための方法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/27 20060101AFI20240306BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20240306BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20240306BHJP
C12Q 1/68 20180101ALI20240306BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240306BHJP
A61K 38/19 20060101ALI20240306BHJP
A61K 31/713 20060101ALI20240306BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20240306BHJP
A61P 37/04 20060101ALI20240306BHJP
A61K 35/13 20150101ALI20240306BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20240306BHJP
【ＦＩ】
C12N15/27 ZNA
C12N15/63 Z
C12N15/113 130Z
C12Q1/68
A61P35/00
A61K38/19
A61K31/713
A61K48/00
A61P37/04
A61K35/13
A61P35/02
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023554876
(86)(22)【出願日】2022-03-09
(85)【翻訳文提出日】2023-10-18
(86)【国際出願番号】 US2022019492
(87)【国際公開番号】W WO2022192357
(87)【国際公開日】2022-09-15
(31)【優先権主張番号】63/159,341
(32)【優先日】2021-03-10
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】522278176
【氏名又は名称】グラダリス，インコーポレイティド
(74)【代理人】
【識別番号】100099759
【弁理士】
【氏名又は名称】青木 篤
(74)【代理人】
【識別番号】100123582
【弁理士】
【氏名又は名称】三橋 真二
(74)【代理人】
【識別番号】100117019
【弁理士】
【氏名又は名称】渡辺 陽一
(74)【代理人】
【識別番号】100141977
【弁理士】
【氏名又は名称】中島 勝
(74)【代理人】
【識別番号】100138210
【弁理士】
【氏名又は名称】池田 達則
(74)【代理人】
【識別番号】100196977
【弁理士】
【氏名又は名称】上原 路子
(72)【発明者】
【氏名】ジョン ネムナイティス
(72)【発明者】
【氏名】アーネスト ボグナー
(72)【発明者】
【氏名】イリッサ スリヒート
(72)【発明者】
【氏名】モリー ロビンソン
(72)【発明者】
【氏名】スーザン モランド
(72)【発明者】
【氏名】ローラ ネジェドリク
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
4C086
4C087
【Ｆターム（参考）】
4B063QA19
4B063QQ02
4B063QQ42
4B063QQ52
4B063QQ53
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4C084ZB261
4C084ZB271
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4C086MA66
4C086NA05
4C086ZB26
4C086ZB27
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB63
4C087MA66
4C087NA05
4C087ZB26
4C087ZB27
(57)【要約】
癌患者における癌の応答性を予測するための方法、及び該患者における１つ以上の遺伝子の遺伝子型を同定することによって癌を治療するための方法が本明細書に開示される。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、前記癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２の遺伝子型を判定することを含み、前記癌治療が、前記癌患者に、（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、
以下の遺伝子型：（１）ＢＲＣＡ１ｗｔ、（２）ＢＲＣＡ２ｗｔ、並びに（３）ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔのうちの１つ以上の判定が、前記癌患者が前記癌治療に応答性であることを示す、
方法。
【請求項2】
ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＴＰ５３、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＭＹＣＮＯＳ、及びＭＵＴＹＨからなる群から選択される２つ以上の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、前記２つ以上の遺伝子のうちの１つがＢＲＣＡ１又はＢＲＣＡ２である、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上の判定が、前記癌患者が前記癌治療に応答性であることを示す、請求項２に記載の方法。
【請求項4】
３つの遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、前記３つの遺伝子のうちの２つがＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２である、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上の判定が、前記癌患者が前記癌治療に応答性であることを示す、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、前記癌患者由来の試料において第１の遺伝子及び第２の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、前記癌治療が、前記癌患者に、（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、
前記第１の遺伝子がＡＲＩＤ１Ａであり、前記第２の遺伝子が、ＣＴＮＮＢ１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＵＶＳＳＡからなる群から選択され、
以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上の判定が、前記癌患者が前記癌治療に応答性であることを示す、
方法。
【請求項7】
前記癌患者が相同組換え能を有すると同定される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記癌患者の前記癌治療に対する応答性を示す遺伝子型の判定後に、前記癌治療で前記癌患者を治療することを更に含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記試料が、生検試料である、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記生検試料が、腫瘍細胞の生検試料、又は循環腫瘍細胞の生検試料である、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、前記方法が、前記癌患者に、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、
ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、
を含む発現ベクターを投与することを含み、
前記癌患者が、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を含む、
方法。
【請求項12】
癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、前記方法が、前記癌患者に、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、
ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、
を含む発現ベクターを投与することを含み、
前記癌患者が、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を含む、
方法。
【請求項13】
癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、前記方法が、前記癌患者に、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、
ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、
を含む発現ベクターを投与することを含み、
前記癌患者が、以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を含み、前記癌患者が前記癌治療に応答性であることを示す、
方法。
【請求項14】
前記癌患者が相同組換え能を有すると同定される、請求項１１～１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項15】
癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、前記癌患者を遺伝子型判定して、前記癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１ｗｔ及び／又はＢＲＣＡ２ｗｔを含む遺伝子型を同定すること、
前記癌患者に、
ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、
ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、
を含む発現ベクターを投与し、それにより前記癌患者を治療すること、
を含む、方法。
【請求項16】
ステップ１）が、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を更に含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項17】
ステップ１）が、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を更に含む、請求項１５又は１６に記載の方法。
【請求項18】
癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、前記癌患者を遺伝子型判定して、前記癌患者由来の試料において以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を同定すること、
前記癌患者に、
ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、
ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、
を含む発現ベクターを投与し、それにより前記癌患者を治療すること、
を含む、方法。
【請求項19】
前記試料が、生検試料である、請求項１５～１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記生検試料が、腫瘍細胞の生検試料、又は循環腫瘍細胞の生検試料である、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記ＧＭ－ＣＳＦが、ヒトＧＭ－ＣＳＦ配列である、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記発現ベクターが、プロモーターを更に含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記プロモーターが、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）哺乳動物プロモーターである、請求項２２に記載の方法。
【請求項24】
前記発現ベクターが、ＣＭＶエンハンサー配列及びＣＭＶイントロン配列を更に含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項25】
前記発現ベクターが、第１の核酸インサートと第２の核酸インサートとの間にピコルナウイルスの２Ａリボソームスキップペプチドをコードする核酸配列を更に含む、請求項１～２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項26】
前記発現ベクターが、前記発現ベクターをトランスフェクトされた自家癌細胞内にある、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記自家癌細胞が、約１×１０６個の細胞～約５×１０７個の細胞を１回分として個体に投与される、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
前記自家癌細胞が、前記個体に月に１回投与される、請求項２６又は２７に記載の方法。
【請求項29】
前記自家癌細胞が、前記個体に１～１２ヶ月間投与される、請求項２６～２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記自家癌細胞が、前記癌患者に皮内注射によって投与される、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記第１のインサート及び前記第２のインサートが、前記プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記癌が、ＨＲＤ陰性野生型ＢＲＣＡ１／２癌である、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記癌が、充実性腫瘍癌、卵巣癌、副腎皮質癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸直腸癌、食道癌、膠芽腫、神経膠腫、肝細胞癌、頭頸部癌、腎臓癌、白血病、リンパ種、肺癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、膵臓癌、褐色細胞腫、形質細胞腫、神経芽細胞種、前立腺癌、肉腫、胃癌、子宮癌、甲状腺癌、及び血液癌からなる群から選択される、請求項１～３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
前記充実性腫瘍癌が、子宮内膜癌、胆道癌、膀胱癌、肝細胞癌、胃／食道癌、卵巣癌、黒色腫、乳癌、膵臓癌、結腸直腸癌、神経膠腫、非小細胞肺癌、前立腺癌、子宮頸癌、腎臓癌、甲状腺癌、神経内分泌癌、小細胞肺癌、肉腫、頭頸部癌、脳癌、淡明細胞型腎細胞癌、皮膚癌、内分泌腫瘍、甲状腺癌、原発不明腫瘍、及び消化管間質腫瘍からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記癌が、卵巣癌である、請求項３３に記載の方法。
【請求項36】
前記癌が、乳癌である、請求項３３に記載の方法。
【請求項37】
前記癌が、黒色腫である、請求項３３に記載の方法。
【請求項38】
前記癌が、肺癌である、請求項３３に記載の方法。
【請求項39】
前記癌が卵巣癌であり、前記方法が実質的に根絶された卵巣癌の再発を予防又は遅延させる、請求項１～３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項40】
前記実質的に根絶された卵巣癌が、ステージＩＩＩ又はステージＩＶの卵巣癌である、請求項３９に記載の方法。
【請求項41】
前記癌患者が初期療法を受けていた、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項42】
前記初期療法が、腫瘍減量手術、化学療法、又はそれらの組み合わせを含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
前記化学療法が、白金系薬剤及びタキサンを投与することを含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項44】
前記白金系薬剤がカルボプラチンを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項45】
前記タキサンが、パクリタキセルを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項46】
追加の治療剤を投与することを更に含む、請求項１～４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項47】
前記追加の治療剤が、前記個体に対する血管新生阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、及びチェックポイント阻害剤からなる群から選択されるメンバーである、請求項４６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願への相互参照
本出願は、２０２１年３月１０日に出願された米国仮特許出願第６３／１５９，３４１号の優先権を主張するものであり、あらゆる目的のためにその全体が本明細書に参照により組み込まれる。
本出願は、２０２１年３月１０日に出願された米国仮特許出願第６３／１５９，３４１号の優先権を主張するものであり、あらゆる目的のためにその全体が本明細書に参照により組み込まれる。
【背景技術】
【0002】
相同組換え（ＨＲ）経路が適切に機能している場合、ＤＮＡは効果的に修復され得、エラーがなく、ゲノム安定性を維持する。遺伝子変異、プロモーターのメチル化、又は未知の原因によってＨＲ経路が破壊されると、ＨＲ経路は機能を停止し、これによりゲノム不安定性又は相同組換え修復欠損（ＨＲＤ）につながる。ＢＲＣＡ遺伝子は、ＨＲを介したＤＮＡ修復の役割を担っており、この遺伝子の変異はＨＲＤを引き起こす可能性がある。
【発明の概要】
【0003】
一態様では、本開示は、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２の遺伝子型を判定することを含み、該癌治療が、癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、以下の遺伝子型：（１）ＢＲＣＡ１ｗｔ、（２）ＢＲＣＡ２ｗｔ、並びに（３）ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔのうちの１つ以上の判定が、該癌患者が該癌治療に応答性であることを示す、方法を特徴とする。
【0004】
この態様のいくつかの実施形態では、本方法は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＴＰ５３、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＭＹＣＮＯＳ、及びＭＵＴＹＨからなる群から選択される２つ以上の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、２つ以上の遺伝子のうちの１つはＢＲＣＡ１又はＢＲＣＡ２である。
【0005】
この態様のいくつかの実施形態では、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上の判定は、癌患者が癌治療に応答性であることを示す。
【0006】
この態様のいくつかの実施形態では、本方法は、３つの遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、３つの遺伝子のうちの２つは、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２である。いくつかの実施形態では、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上の判定は、癌患者が癌治療に応答性であることを示す。
【0007】
別の態様では、本開示は、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、癌患者由来の試料において第１の遺伝子及び第２の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、該癌治療が、癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、該第１の遺伝子がＡＲＩＤ１Ａであり、該第２の遺伝子がＣＴＮＮＢ１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＵＶＳＳＡからなる群から選択され、以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上の判定が、癌患者が癌治療に応答性であることを示す、方法を特徴とする。
【0008】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、癌患者は、相同組換え能を有すると同定される。ある特定の実施形態では、本方法は、癌患者の癌治療に対する応答性を示す遺伝子型の判定後に、癌治療で癌患者を治療することを更に含む。
【0009】
いくつかの実施形態では、試料は、生検試料である。特定の実施形態では、生検試料は、腫瘍細胞の生検試料、又は循環腫瘍細胞の生検試料である。
【0010】
別の態様では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、癌患者にａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、該癌患者が、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を含む、方法を提供する。
【0011】
別の態様では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、癌患者にａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、該癌患者が、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を含む、方法を特徴とする。
【0012】
別の態様では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、癌患者にａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、該癌患者が、以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を含み、該癌患者が該癌治療に応答性であることを示す、方法を特徴とする。
【0013】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、癌患者は、相同組換え能を有すると同定される。
【0014】
別の態様では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１ｗｔ及び／又はＢＲＣＡ２ｗｔを含む遺伝子型を同定すること、２）癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、を含む、方法を提供する。
【0015】
この態様のいくつかの実施形態では、ステップ１）は、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を更に含む。
【0016】
この態様のいくつかの実施形態では、ステップ１）は、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を更に含む。
【0017】
別の態様では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料において以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を同定すること、２）癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、を含む、方法を提供する。
【0018】
いくつかの実施形態では、試料は、生検試料、例えば、腫瘍細胞の生検試料、又は循環腫瘍細胞の生検試料である。
【0019】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、ＧＭ－ＣＳＦはヒトＧＭ－ＣＳＦ配列である。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、プロモーター、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）哺乳動物プロモーターを更に含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＣＭＶエンハンサー配列及びＣＭＶイントロン配列を更に含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、第１の核酸インサートと第２の核酸インサートとの間にピコルナウイルスの２Ａリボソームスキップペプチドをコードする核酸配列を更に含む。ある特定の実施形態では、発現ベクターは、発現ベクターをトランスフェクトされた自家癌細胞内にある。ある特定の実施形態では、自家癌細胞は、約１×１０６個の細胞～約５×１０７個の細胞を１回分として個体に投与される。特定の実施形態では、自家癌細胞は、個体に月に１回投与される。いくつかの実施形態では、自家癌細胞は、個体に１～１２ヶ月間投与される。いくつかの実施形態では、自家癌細胞は、癌患者に皮内注射によって投与される。本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、第１のインサート及び第２のインサートは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0020】
いくつかの実施形態では、癌は、ＨＲＤ陰性野生型ＢＲＣＡ１／２癌である。ある特定の実施形態では、癌は、充実性腫瘍癌、卵巣癌、副腎皮質癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸直腸癌、食道癌、膠芽腫、神経膠腫、肝細胞癌、頭頸部癌、腎臓癌、白血病、リンパ種、肺癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、膵臓癌、褐色細胞腫、形質細胞腫、神経芽細胞種、前立腺癌、肉腫、胃癌、子宮癌、甲状腺癌、及び血液癌からなる群から選択される。特定の実施形態では、充実性腫瘍癌は、子宮内膜癌、胆道癌、膀胱癌、肝細胞癌、胃／食道癌、卵巣癌、黒色腫、乳癌、膵臓癌、結腸直腸癌、神経膠腫、非小細胞肺癌、前立腺癌、子宮頸癌、腎臓癌、甲状腺癌、神経内分泌癌、小細胞肺癌、肉腫、頭頸部癌、脳癌、淡明細胞型腎細胞癌、皮膚癌、内分泌腫瘍、甲状腺癌、原発不明腫瘍、及び消化管間質腫瘍からなる群から選択される。特定の実施形態では、癌は、卵巣癌である。特定の実施形態では、癌は、乳癌である。特定の実施形態では、癌は、黒色腫である。特定の実施形態では、癌は、肺癌である。
【0021】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、癌は卵巣癌であり、該方法は実質的に根絶された卵巣癌の再発を予防又は遅延させる。ある特定の実施形態では、実質的に根絶された卵巣癌は、ステージＩＩＩ又はステージＩＶの卵巣癌である。
【0022】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、癌患者は初期療法を受けていた。ある特定の実施形態では、初期療法は、腫瘍減量手術、化学療法、又はそれらの組み合わせを含む。ある特定の実施形態では、化学療法は、白金系薬剤及びタキサンを投与することを含む。ある特定の実施形態では、白金系薬剤はカルボプラチンを含む。ある特定の実施形態では、タキサンはパクリタキセルを含む。
【0023】
本明細書に記載される方法のいくつかの実施形態では、本方法は、追加の治療剤を投与することを更に含む。ある特定の実施形態では、追加の治療剤は、個体に対する血管新生阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、及びチェックポイント阻害剤からなる群から選択されるメンバーである。
【図面の簡単な説明】
【0024】
本開示の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本開示の特徴及び利点のより良い理解は、本開示の原理が利用される例示的な実施形態について記載する以下の発明を実施するための形態、及び添付の図面を参照することによって得られるであろう。
【0025】
【図1】全ての患者の変異プロファイルの視覚的表示を示す。
【0026】
【図2】セット全体における各遺伝子の次数を表す棒グラフを示す。黒色の棒の遺伝子は、近い距離行列に含まれる遺伝子に対応する。これらの遺伝子は、ＳＴＲＩＮＧネットワークの構築においてより多くのタンパク質間相互作用を可能にする。灰色の棒は、距離行列に表されなかった遺伝子セット全体からの遺伝子である。
【0027】
【図3】距離行列を示す。この距離行列は、完全に接続されたネットワークのサブセットである２３個の遺伝子のみを含む。短い距離は、遺伝子間の高度な相互作用を示す。長い距離は、遺伝子ペア間の相互作用がより少ないことを示す。対角線は、遺伝子のそれ自体との相互作用を表し、０に等しい。
【0028】
【図4】ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔ集団の無作為化時点からのＲＦＳを示す（ＨＲ＝０．４４、ｐ＝０．０１）。
【0029】
【0030】
【図6】それぞれがｍｉＲ－３０ａループを有する２つのステムループ構造を含むｂｉ－ｓｈＲＮＡフーリン（配列番号２）であって、第１のステムループ構造は完全に相補的なガイド鎖及びパッセンジャー鎖を有する一方で、第２のステムループ構造はパッセンジャー鎖の９～１１位に３つの塩基対（ｂｐ）ミスマッチを有する、ｂｉ－ｓｈＲＮＡフーリンを示す模式図である。
【発明を実施するための形態】
【0031】
ある特定の実施形態では、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１ｗｔ及び／又はＢＲＣＡ２ｗｔを含む遺伝子型を同定すること、２）癌患者に、（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、によって癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療する方法が本明細書に開示される。他の実施形態では、本方法は、癌患者を遺伝子型判定して、以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を同定することを含む。
【0032】
特定の定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、特許請求される主題が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、特許請求される主題が属する技術分野における当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
【0033】
本明細書で使用される場合、範囲及び量は、具体的な値又は範囲に「約」を付けて表すことができる。約には正確な値も含まれる。したがって「約５μｇ」は、「約５μｇ」を意味するとともに「５μｇ」も意味する。概して、「約」という用語には、実験誤差内であると想定される量が含まれる。いくつかの実施形態では、「約」は、記載されている数又は値、その数又は値の「＋」又は「－」２０％、１０％、又は５％を指す。
【0034】
「有効量」又は「治療有効量」という用語は、本明細書で使用される場合、治療中である疾患若しくは状態の症状の１つ以上をある程度緩和するか、又は治療中である疾患若しくは状態の１つ以上の症状の発症若しくは再発を予防するのに十分な投与される薬剤又は化合物の量を指す。いくつかの実施形態では、結果は、疾患の徴候、症状、若しくは原因の低減及び／若しくは軽減、又は生物系の任意の他の所望の変化である。例えば、治療的使用での「有効量」は、過度の有害な副作用を伴わずに疾患症状を臨床的に有意に減少させるのに必要とされる発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの量である。別の例では、治療的使用での「有効量」は、過度の有害な副作用を伴わずに疾患症状の再発を予防するのに必要とされる本明細書に開示される発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの量である。任意の個々の症例における適切な「有効量」は、用量漸増試験などの技術を使用して決定することができる。「治療有効量」という用語には、例えば予防有効量が含まれる。本明細書に開示される化合物の「有効量」は、過度の有害な副作用を伴わずに、所望の効果又は治療上の改善を実現するのに有効な量である。いくつかの実施形態では、「有効量」又は「治療有効量」は、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの代謝、対象の年齢、体重、全身状態、治療中である状態、治療中である状態の重症度、及び処方医の判断が様々であるため対象毎に異なることが理解される。
【0035】
本明細書で使用される場合、「対象」、「個体」、及び「患者」という用語は互換的に使用される。これらの用語のいずれも、医療専門家（例えば医師、看護師、医師助手、病棟付き職員、ホスピス職員）の監督を必要とすると解釈されるべきではない。本明細書で使用される場合、対象は、哺乳動物（例えばヒト又は非ヒト動物）及び非哺乳動物などの任意の動物である。本明細書で提供される方法及び自家腫瘍細胞ワクチンの一実施形態では、哺乳動物はヒトである。
【0036】
本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、又は「治療」という用語、及び他の文法上の等価物は、疾患若しくは状態の１つ以上の症状を軽減、緩和、若しくは改善すること、疾患若しくは状態の１つ以上の更なる症状の出現、重症度、若しくは頻度を改善、予防、若しくは減少させること、疾患若しくは状態の１つ以上の症状の根底にある代謝的原因を改善若しくは予防すること、疾患若しくは状態を阻害すること、例えば、疾患若しくは状態の進行を停止させること、疾患若しくは状態を緩和すること、疾患若しくは状態の退行を引き起こすこと、疾患若しくは状態によって引き起こされる状態を緩和すること、疾患若しくは状態の再発を予防すること、又は疾患若しくは状態の症状を予防的及び／若しくは治療的に阻害することを含むが、これらに限定されない。非限定的な例では、予防的ベネフィットのために、本明細書に開示される発現ベクター又は自家癌細胞ワクチン組成物は、特定の疾患若しくは状態を発症するリスクがある個体、特定の疾患若しくは状態を発症する素因がある個体、又は疾患若しくは状態に以前に罹患し、その疾患若しくは状態を治療された個体に投与される。
【0037】
本明細書で使用される場合、「応答性」又は「応答」という用語は、療法に対する疾患の陽性反応又は変化、例えば癌療法に対する癌の陽性反応を指す。癌療法に対する癌の応答性は、癌の症状の出現、重症度、及び／又は頻度を評価することによって測定することができる。いくつかの実施形態では、癌療法に対する癌の応答性は、癌患者の全生存期間又は無再発生存期間によって測定することができる。
【0038】
本明細書で使用される場合、「トランスフェクション」という用語は、真核細胞への外来ＤＮＡの導入を指す。いくつかの実施形態では、トランスフェクションは、任意の好適な手段、例えば、リン酸カルシウム－ＤＮＡ共沈殿、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、ポリブレン媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポソーム融合、リポフェクション、プロトプラスト融合、レトロウイルス感染、又は遺伝子銃によって達成される。
【0039】
本明細書で使用される場合、「核酸」又は「核酸分子」という用語は、ポリヌクレオチド、例えばデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）又はリボ核酸（ＲＮＡ）、オリゴヌクレオチド、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって生成される断片、並びにライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用、及びエキソヌクレアーゼ作用のいずれかによって生成される断片を指す。いくつかの実施形態では、核酸分子は、天然に存在するヌクレオチド（例えばＤＮＡ及びＲＮＡ）、又は天然に存在するヌクレオチドの類似体（例えば天然に存在するヌクレオチドのα－鏡像異性体型）、又は両方の組み合わせであるモノマーから構成される。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、糖部分及び／又はピリミジン若しくはプリン塩基部分に改変を有する。糖修飾は、例えば、１つ以上のヒドロキシル基をハロゲン、アルキル基、アミン、及びアジド基で置換することを含み、又は糖はエーテル若しくはエステルとして官能化され得る。更に、いくつかの実施形態では、糖部分全体は、立体的及び電子的に類似した構造、例えばアザ糖及び炭素環式糖類似体で置換される。塩基部分における修飾の例としては、アルキル化プリン及びピリミジン、アシル化プリン若しくはピリミジン、又は他の周知の複素環式置換体が挙げられる。いくつかの実施形態では、核酸モノマーは、ホスホジエステル結合又はこのような結合の類似体によって連結される。ホスホジエステル結合の類似体としては、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート（phosphoroanilothioate）、ホスホロアニリデート（phosphoranilidate）、ホスホロアミデートなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、「核酸」又は「核酸分子」という用語はまた、ポリアミド骨格に結合した天然又は修飾核酸塩基を含むいわゆる「ペプチド核酸」を含む。いくつかの実施形態では、核酸は、一本鎖又は二本鎖である。
【0040】
本明細書で使用される場合、「発現ベクター」という用語は、宿主細胞において発現される遺伝子をコードする核酸分子を指す。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、転写プロモーター、遺伝子、及び転写ターミネーターを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子発現はプロモーターの制御下に置かれ、そのような遺伝子はプロモーターに「作動可能に連結されている」と言われる。いくつかの実施形態では、調節エレメント及びコアプロモーターは、調節エレメントがコアプロモーターの活性を調整する場合、作動可能に連結されている。本明細書で使用される場合、「プロモーター」という用語は、宿主酵母細胞において構造遺伝子と会合した場合、その構造遺伝子について、適切な増殖条件下で、１）転写、２）翻訳、又は３）ｍＲＮＡ安定性のうちの１つ以上を、プロモーター配列の非存在下での転写、翻訳、又はｍＲＮＡ安定性（ｍＲＮＡのより長い半減期）と比較して向上させる任意のＤＮＡ配列を指す。
【0041】
本明細書で使用される場合、「二機能性」という用語は、２つの機構的作用経路、すなわちｓｉＲＮＡの作用経路とｍｉＲＮＡの作用経路とを有するｓｈＲＮＡを指す。「従来の」ｓｈＲＮＡという用語は、ｓｉＲＮＡ作用機序によって作用するＤＮＡ転写由来ＲＮＡを指す。「ダブレット」ｓｈＲＮＡという用語は、それぞれが２つの異なる遺伝子の発現に対して、但し「従来の」ｓｉＲＮＡ様式で作用する２つのｓｈＲＮＡを指す。
【0042】
本明細書で使用される場合、「相同組換え修復欠損陽性」、「ＨＲＤ陽性」、及び「ＨＲＤ」という用語は互換的に使用され、それらはＨＲが欠損した状態を指す。逆に、「相同組換え修復欠損陰性」、「ＨＲＤ陰性」、「相同組換え能を有する」、及び「ＨＲＰ」という用語は互換的に使用され、それらはＨＲが欠損していない状態を指す。
【0043】
本明細書で使用される場合、遺伝子名の後に「ｗｔ」が続く場合、その遺伝子の遺伝子型が野生型であることを意味する。
【0044】
本明細書で使用される場合、遺伝子名の後に「ｍ」が続く場合、その遺伝子の遺伝子型が変異していることを意味する。
【0045】
癌を治療する方法
Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、ＧＭ－ＣＳＦと、フーリンに対する二機能性低分子ヘアピン型ＲＮＡ阻害剤とをコードするプラスミドをトランスフェクトされた自家腫瘍ＤＮＡ免疫療法薬である。フーリンは、ＴＧＦ－βをその活性型に切断するために必須の酵素である［１９］。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、３つの方法で癌に対する免疫系の効力を増強するように設計された：第１に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、個々の腫瘍ネオ抗原レパートリーを免疫系に導入する。第２に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、末梢及び骨髄レベルの両方での免疫活性化に重要なサイトカインであるＧＭ－ＣＳＦを介して免疫細胞の分化及び活性化を増強する。最後に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、ＴＧＦ－βを発現する癌を阻害し、それによりＴＧＦ－βの免疫抑制活性を減少させる。臨床的ベネフィットと相関するＶｉｇｉｌ（登録商標）の機能的免疫活性化は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを介して実証されている［２０、２１］。更に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、進行した充実性腫瘍患者においてＣＤ３＋／ＣＤ８＋Ｔ細胞の循環を増加させ、臨床的ベネフィットと相関してＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ解析によるＭＨＣ－ＩＩの発現活性を拡大すると考えられている［２２、２３］。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）の安全性及び有効性は、卵巣癌に加えていくつかの腫瘍タイプにおいて評価されている［２０、２１、２４～２８］。
Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、ＧＭ－ＣＳＦと、フーリンに対する二機能性低分子ヘアピン型ＲＮＡ阻害剤とをコードするプラスミドをトランスフェクトされた自家腫瘍ＤＮＡ免疫療法薬である。フーリンは、ＴＧＦ－βをその活性型に切断するために必須の酵素である［１９］。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、３つの方法で癌に対する免疫系の効力を増強するように設計された：第１に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、個々の腫瘍ネオ抗原レパートリーを免疫系に導入する。第２に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、末梢及び骨髄レベルの両方での免疫活性化に重要なサイトカインであるＧＭ－ＣＳＦを介して免疫細胞の分化及び活性化を増強する。最後に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、ＴＧＦ－βを発現する癌を阻害し、それによりＴＧＦ－βの免疫抑制活性を減少させる。臨床的ベネフィットと相関するＶｉｇｉｌ（登録商標）の機能的免疫活性化は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを介して実証されている［２０、２１］。更に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）は、進行した充実性腫瘍患者においてＣＤ３＋／ＣＤ８＋Ｔ細胞の循環を増加させ、臨床的ベネフィットと相関してＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ解析によるＭＨＣ－ＩＩの発現活性を拡大すると考えられている［２２、２３］。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）の安全性及び有効性は、卵巣癌に加えていくつかの腫瘍タイプにおいて評価されている［２０、２１、２４～２８］。
【0046】
フロントラインのステージＩＩＩ／ＩＶ卵巣癌の維持療法としてＶｉｇｉｌ（登録商標）とプラセボを比較した無作為化二重盲検プラセボ対照試験（ＶＩＴＡＬ試験）により、最近、ＢＲＣＡｗｔ腫瘍を有する患者における無再発生存期間（ＲＦＳ）及び全生存期間（ＯＳ）において無作為化時点からの臨床的ベネフィットが実証された［１９］。本発明者らは、ＢＲＣＡｗｔ、ＨＲＰ卵巣癌のインタクトなＤＮＡ修復機構がＶｉｇｉｌ（登録商標）の有効性にとって重要であり得、これはＢＲＣＡ変異体（ＢＲＣＡｍ）及び／又はＨＲＤ分子プロファイルに関与する不十分なＤＮＡ修復とは対照的に、抗癌免疫刺激に利用可能なクローン性ネオ抗原がサブクローン性ネオ抗原に対しより高度に関連している可能性があると仮定する［２９、３０］。
【0047】
本開示では、フロントラインのステージＩＩＩ／ＩＶ卵巣癌を治療するための無作為化二重盲検試験での、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）又はプラセボを投与された患者におけるゲノムバリアントデータの分子解析について説明する。本開示は、有意なゲノムバリアント、有意味なバリアントの組み合わせ、及び卵巣癌経路の交点又は「ハブ」における関連遺伝子を同定する。
【0048】
本開示は、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２の遺伝子型を判定することを含み、該癌治療が、癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、以下の遺伝子型：（１）ＢＲＣＡ１ｗｔ、（２）ＢＲＣＡ２ｗｔ、並びに（３）ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔのうちの１つ以上の判定が、該癌患者が該癌治療に応答性であることを示す、方法を提供する。
【0049】
いくつかの実施形態では、本方法は、２つの遺伝子の遺伝子型の判定を含む。第１の遺伝子がＢＲＣＡ１である場合、本方法は、ＢＲＣＡ２、ＴＰ５３、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＭＹＣＮＯＳ、及びＭＵＴＹＨからなる群から選択される第２の遺伝子の遺伝子型の判定を更に含む。
【0050】
いくつかの実施形態では、本方法は、２つの遺伝子の遺伝子型の判定を含む。第１の遺伝子がＢＲＣＡ２である場合、本方法は、ＢＲＣＡ１、ＴＰ５３、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＭＹＣＮＯＳ、及びＭＵＴＹＨからなる群から選択される第２の遺伝子の遺伝子型の判定を更に含む。
【0051】
癌患者における癌は、患者が以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を有すると判定される場合、癌治療に応答性であると予測される。
【0052】
ある特定の実施形態では、本方法は、癌患者において３つの遺伝子の遺伝子型を判定することを含む。いくつかの実施形態では、３つの遺伝子のうちの２つは、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２である。いくつかの実施形態では、癌患者における癌は、患者が以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を有すると判定される場合、癌治療に応答性であると予測され、癌患者が癌治療に応答性であることを示す。
【0053】
本開示はまた、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、癌患者由来の試料において第１の遺伝子及び第２の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、該癌治療が、癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含む、方法も提供する。
【0054】
特定の実施形態では、本開示はまた、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法であって、癌患者由来の試料において第１の遺伝子及び第２の遺伝子の遺伝子型を判定することを含み、該癌治療が、癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することを含み、該第１の遺伝子がＡＲＩＤ１Ａであり、該第２の遺伝子がＣＴＮＮＢ１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＵＶＳＳＡからなる群から選択され、以下の遺伝子型のペア：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上の判定が、癌患者が癌治療に応答性であることを示す、方法も提供する。
【0055】
癌患者は、相同組換え能を有すると同定され得る。遺伝子型の判定が、癌患者の癌治療に対する癌の応答性を示すと、該方法は、癌患者を癌治療で治療することを更に含むことができる。
【0056】
癌治療に対する癌の応答性を予測するための方法に加えて、本開示はまた、癌患者にａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与することによって、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法も提供し、該癌患者は、以下の表Ａに示される遺伝子型のセットのうちの１つ以上を含む。
【表A】
【0057】
ある特定の実施形態では、癌治療（例えば、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクター）を受ける癌患者は、遺伝子型：ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、又はＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔを有する。
【0058】
ある特定の実施形態では、癌治療（例えば、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクター）を受ける癌患者は、以下の遺伝子型のセット：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；又はＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔのうちの１つを有する。
【0059】
ある特定の実施形態では、癌治療（例えば、ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクター）を受ける癌患者は、遺伝子型ＡＲＩＤ１Ａｍを有する。いくつかの実施形態では、癌患者は、１つの遺伝子型がＡＲＩＤ１Ａｍである一対の遺伝子型を有する。いくつかの実施形態では、癌患者は、以下の遺伝子型のセット：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ；ＨＴＲ２Ｃｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ；ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ；ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ；ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ；並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つを有する。
【0060】
上記の実施形態のいずれかにおいて、本方法のある特定の実施形態では、癌患者は、相同組換え能を有すると同定される。
【0061】
本開示はまた、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料においてＢＲＣＡ１ｗｔ及び／又はＢＲＣＡ２ｗｔを含む遺伝子型を同定すること、２）癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、を含む、方法も提供する。ある特定の実施形態では、ステップ１）は、癌患者を遺伝子型判定して、表Ａに提供される遺伝子型の１つ以上のセットを同定することを含む。
【0062】
具体的には、ある特定の実施形態では、ステップ１）は、癌患者を遺伝子型判定して、以下の遺伝子型のペア：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ２ｗｔ及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を同定することを含む。具体的には、ある特定の実施形態では、ステップ１）は、癌患者を遺伝子型判定して、以下の遺伝子型の三つ組：ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＰＩＫ３ＣＡｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＮＦ１ｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＡＲＩＤ１Ａｗｔ；ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＹＣＮＯＳｗｔ；並びにＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及びＭＵＴＹＨｗｔのうちの１つ以上を同定することを含む。
【0063】
特定の実施形態では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料において以下の遺伝子型のセット：ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ１ｗｔ；ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡ２ｗｔ；又はＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、及びＢＲＣＡ２ｗｔのうちの１つ以上を同定すること、２）癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、を含む、方法を提供する。
【0064】
特定の実施形態では、本開示は、癌の治療を必要とする癌患者において癌を治療するための方法であって、１）癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料において遺伝子型ＡＲＩＤ１Ａｍ及び１つ以上の他の遺伝子の遺伝子型を同定すること、２）癌患者に（ａ）顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、（ｂ）配列番号２に記載の配列を含む第２のインサートと、を含む発現ベクターを投与し、それにより癌患者を治療すること、を含む、方法を提供する。ある特定の実施形態では、ステップ１）は、癌患者を遺伝子型判定して、癌患者由来の試料において以下の遺伝子型のセット：ＣＴＮＮＢ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＭＵＴＹＨｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＮＦ１ｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、ＰＩＫ３ＣＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍ、並びにＵＶＳＳＡｗｔ及びＡＲＩＤ１Ａｍのうちの１つ以上を同定することを含む。
【0065】
いくつかの実施形態では、１つ以上の利用可能なシークエンシング技術を使用して、癌患者において１つ以上の遺伝子の遺伝子型を判定することができる。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、サンガーシークエンシング又は次世代シークエンシングを含む。いくつかの実施形態では、次世代シークエンシングは、超並列シークエンシングを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型の判定は、個体から抽出された核酸のアレイへのハイブリダイゼーションを含む。いくつかの実施形態では、アレイはマイクロアレイである。いくつかの実施形態では、遺伝子型の判定は、個体から抽出された核酸のアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションを含む。
【0066】
本明細書に記載される方法において、いくつかの実施形態では、試料は組織試料であり得る。いくつかの実施形態では、試料は、患者由来の生検試料、例えば腫瘍細胞の生検試料、又は循環腫瘍細胞の生検試料であり得る。
【0067】
いくつかの実施形態では、個体がＨＲＤ陽性又はＨＲＤ陰性であるかどうかを特定するために、ＨＲＤスコアを決定することができる。いくつかの実施形態では、ＨＲＤスコアは、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）、テロメアアレルの不均衡（ＴＡＩ）、及び大規模な状態遷移（ＬＳＴ）についてのスコアに基づいて計算することができる。いくつかの実施形態では、ＬＯＨは、単一アレルの存在によって示される。いくつかの実施形態では、ＬＯＨは、１５Ｍｂより長いヘテロ接合性領域の染色体喪失の数として定義される。いくつかの実施形態では、ＴＡＩは、染色体の末端における１：１アレル比の不一致によって示される。いくつかの実施形態では、ＬＳＴは、異常なＤＮＡ領域と正常なＤＮＡ領域間、又は２つの異なる異常な領域間の遷移点によって示される。いくつかの実施形態では、ＬＳＴは、３Ｍｂより短い領域を除外した後の１０Ｍｂより長い領域間の切断点の数として定義される。ある特定の実施形態では、ＨＲＤスコアは、ＬＯＨ、ＴＡＩ、及びＬＳＴスコアの合計として計算される。ＨＲＤスコアを決定する方法は、当該技術分野において利用可能であり、例えばＴａｋａｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｒｅｐ．１０（１）：２７５７，２０２０，Ｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２２（１５）：３７６４－７３，２０１６、及びＭａｒｃｈｅｔｔｉ ａｎｄ ＭｃＮｅｉｓｈ，Ｃａｎｃｅｒ Ｂｒｅａｋｉｎｇ Ｎｅｗｓ ５（１）：１５－２０，２０１７に記載されている。更に、ＨＲＤスコアを決定するための商業的サービス、例えば、Ａｍｂｒｙ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｃａｒｉｓ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｃｏｕｎｓｙｌｇｅｎｅｔｉｃ、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ＧｅｎｅＤＸ、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、Ｉｎｖｉｔａｅ、Ｍｙｒｉａｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、及びＮｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓによって提供されるサービスも利用可能である。いくつかの実施形態では、遺伝子型ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、又はそれらの組み合わせを有する個体は、ＨＲＤ陰性であってもＨＲＤ陽性であってもよい。他の実施形態では、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２における変異は、ＨＲＤをもたらし得る。換言すれば、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２における変異は、ＨＲＤ陽性状態を有する個体をもたらし得る。いくつかの実施形態では、遺伝子型ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及び／又はＴＰ５３ｍ（例えばＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔ、ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＴＰ５３ｍ、並びにＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔ及びＴＰ５３ｍ）を有する個体は、ＨＲＤ陰性であってもＨＲＤ陽性であってもよい。いくつかの実施形態では、遺伝子型ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔ、及び／又はＴＰ５３ｍ（例えば、ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔ、ＢＲＣＡ１ｗｔ及びＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ２ｗｔ及びＴＰ５３ｍ、並びにＢＲＣＡ１ｗｔ及びＢＲＣＡ２ｗｔ及びＴＰ５３ｍ）を有する個体は、ＨＲＤ陰性である。特定の実施形態では、ＨＲＤ陽性状態を有すると同定された個体は、４２以上（例えば、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０以上）のＨＲＤスコアを有する。
【0068】
発現ベクター
いくつかの実施形態では、発現ベクター中の顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）は、ヒトＧＭ－ＣＳＦ配列である。いくつかの実施形態では、発現ベクターはプロモーターを更に含み、例えばプロモーターはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）哺乳動物プロモーターである。いくつかの実施形態では、哺乳動物ＣＭＶプロモーターは、ＣＭＶ最初期（ＩＥ）５’ＵＴＲエンハンサー配列及びＣＭＶ ＩＥイントロンＡを含む。更なる実施形態では、発現ベクターは、ＣＭＶエンハンサー配列及びＣＭＶイントロン配列を更に含む。
いくつかの実施形態では、発現ベクター中の顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）は、ヒトＧＭ－ＣＳＦ配列である。いくつかの実施形態では、発現ベクターはプロモーターを更に含み、例えばプロモーターはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）哺乳動物プロモーターである。いくつかの実施形態では、哺乳動物ＣＭＶプロモーターは、ＣＭＶ最初期（ＩＥ）５’ＵＴＲエンハンサー配列及びＣＭＶ ＩＥイントロンＡを含む。更なる実施形態では、発現ベクターは、ＣＭＶエンハンサー配列及びＣＭＶイントロン配列を更に含む。
【0069】
発現ベクター中の第１のインサート及び第２のインサートは、プロモーターに作動可能に連結され得る。特定の実施形態では、発現ベクターは、第１の核酸インサートと第２の核酸インサートとの間にピコルナウイルスの２Ａリボソームスキップペプチドをコードする核酸配列を更に含む。
【0070】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、少なくとも１つの二機能性ｓｈＲＮＡ（ｂｉ－ｓｈＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ｂｉ－ｓｈＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ成分を含む第１のステムループ構造と、ｍｉＲＮＡ成分を含む第２のステムループ構造とを含む。いくつかの実施形態では、二機能性ｓｈＲＮＡは、２つの機構的作用経路、すなわちｓｉＲＮＡの作用経路とｍｉＲＮＡの作用経路を有する。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される二機能性ｓｈＲＮＡは、従来のｓｈＲＮＡ、すなわちｓｉＲＮＡ作用機序によって作用するＤＮＡ転写由来ＲＮＡとも、それぞれが２つの異なる遺伝子の発現に対し、但し従来のｓｉＲＮＡ様式で作用する２つのｓｈＲＮＡを指す「ダブレットｓｈＲＮＡ」とも異なる。いくつかの実施形態では、ｂｉ－ｓｈＲＮＡは、ｓｉＲＮＡ（切断依存性）及びｍｉＲＮＡ（切断非依存性）モチーフを組み込む。
【0071】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｂｉ－ｓｈＲＮＡは、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物の１つ以上の領域にハイブリダイズすることができる。いくつかの実施形態では、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物は、配列番号１の核酸配列である。いくつかの実施形態では、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物の１つ以上の領域は、配列番号１の塩基配列３００～３１８、７３１～７４０、１９６７～１９９１、２４２５～２４４４、２８２７～２８５１、及び２８３４～２８５２から選択される。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、フーリンｍＲＮＡ転写物のコード領域、フーリンｍＲＮＡ転写物の３’ＵＴＲ領域配列、又はフーリンｍＲＮＡ転写物のコード配列及び３’ＵＴＲ配列の両方を同時に標的とする。いくつかの実施形態では、ｂｉ－ｓｈＲＮＡは配列番号２を含む。いくつかの実施形態では、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物の１つ以上の領域にハイブリダイズすることができるｂｉ－ｓｈＲＮＡは、本明細書においてｂｉ－ｓｈＲＮＡフーリンと称される。いくつかの実施形態では、ｂｉ－ｓｈＲＮＡフーリンは、それぞれがｍｉＲ－３０ａ骨格を有する２つのステムループ構造を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態では、２つのステムループ構造のうちの第１のステムループ構造は、相補的なガイド鎖及びパッセンジャー鎖を含む（図６）。いくつかの実施形態では、２つのステムループ構造のうちの第２のステムループ構造は、パッセンジャー鎖に３つのミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、３つのミスマッチは、パッセンジャー鎖の９～１１位にある。
【0072】
発現ベクターは、ａ．顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）配列をコードする核酸配列を含む第１のインサートと、ｂ．それぞれがｍｉＲ－３０ａループを有する２つのステムループ構造を含む第２のインサートであって、第１のステムループ構造は完全に相補的なガイド鎖及びパッセンジャー鎖を有する一方で、第２のステムループ構造はパッセンジャー鎖の９～１１位に３つの塩基対（ｂｐ）ミスマッチを有する、第２のインサートと、を含むことができる。ｍｉＲ－３０ａループ及びその配列の説明は当該技術分野で公知であり、例えばＲａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１７（１１）：７８０－９１，２０１０；Ｊａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０（１２）：６８３－９，２０１３；Ｒａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２４（８）：１４１２－２２，２０１６；Ｐｈａｄｋｅ ｅｔ ａｌ．，ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．３０（９）：７１５－２６，２０１１；Ｂａｒｖｅ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２３（６）：１１２３－１１３０，２０１５；Ｒａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．９４２：２５９－７８，２０１３；及びＳｅｎｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２０（３）：６７９－８６，２０１２を参照のこと。いくつかの実施形態では、ｍｉＲ－３０ａループは、ＧＵＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＵＧ（配列番号６）の配列を含む。いくつかの実施形態では、第１のステムループ構造中のガイド鎖は配列番号４の配列を含み、第１のステムループ構造中のパッセンジャー鎖は配列番号３の配列を有する。いくつかの実施形態では、第２のステムループ構造中のガイド鎖は配列番号４の配列を含み、第２のステムループ構造中のパッセンジャー鎖は配列番号５の配列を有する。
【表B-1】
【表B-2】
【0073】
いくつかの実施形態では、発現ベクタープラスミドは、配列番号７の配列と少なくとも９０％（例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）同一である配列を有することができる。ベクタープラスミドは、プロモーターに作動可能に連結された第１の核酸インサートであって、ＧＭ－ＣＳＦ ｃＤＮＡをコードする、第１のインサートと、プロモーターに作動可能に連結された第２の核酸インサートであって、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物の領域にハイブリダイズすることができ、それによってＲＮＡ干渉を介してフーリン発現を阻害する１つ以上の低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）をコードする、第２のインサートと、を含むことができる。
配列番号７
ＧＧＣＣＡＴＴＧＣＡＴＡＣＧＴＴＧＴＡＴＣＣＡＴＡＴＣＡＴＡＡＴＡＴＧＴＡＣＡＴＴＴＡＴＡＴＴＧＧＣＴＣＡＴＧＴＣＣＡＡＣＡＴＴＡＣＣＧＣＣＡＴＧＴＴＧＡＣＡＴＴＧＡＴＴＡＴＴＧＡＣＴＡＧＴＴＡＴＴＡＡＴＡＧＴＡＡＴＣＡＡＴＴＡＣＧＧＧＧＴＣＡＴＴＡＧＴＴＣＡＴＡＧＣＣＣＡＴＡＴＡＴＧＧＡＧＴＴＣＣＧＣＧＴＴＡＣＡＴＡＡＣＴＴＡＣＧＧＴＡＡＡＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＴＧＡＣＣＧＣＣＣＡＡＣＧＡＣＣＣＣＣＧＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＡＡＴＧＡＣＧＴＡＴＧＴＴＣＣＣＡＴＡＧＴＡＡＣＧＣＣＡＡＴＡＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＴＴＡＣＧＧＴＡＡＡＣＴＧＣＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＡＡＧＴＧＴＡＴＣＡＴＡＴＧＣＣＡＡＧＴＡＣＧＣＣＣＣＣＴＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＡＡＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＡＴＴＡＴＧＣＣＣＡＧＴＡＣＡＴＧＡＣＣＴＴＡＴＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＴＡＣＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＴＡＣＧＴＡＴＴＡＧＴＣＡＴＣＧＣＴＡＴＴＡＣＣＡＴＧＧＴＧＡＴＧＣＧＧＴＴＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＡＡＴＧＧＧＣＧＴＧＧＡＴＡＧＣＧＧＴＴＴＧＡＣＴＣＡＣＧＧＧＧＡＴＴＴＣＣＡＡＧＴＣＴＣＣＡＣＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＧＧＡＧＴＴＴＧＴＴＴＴＧＧＣＡＣＣＡＡＡＡＴＣＡＡＣＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＡＡＡＡＴＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＣＴＣＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＣＡＡＡＴＧＧＧＣＧＧＴＡＧＧＣＧＴＧＴＡＣＧＧＴＧＧＧＡＧＧＴＣＴＡＴＡＴＡＡＧＣＡＧＡＧＣＴＣＧＴＴＴＡＧＴＧＡＡＣＣＧＴＣＡＧＡＴＣＧＣＣＴＧＧＡＧＡＣＧＣＣＡＴＣＣＡＣＧＣＴＧＴＴＴＴＧＡＣＣＴＣＣＡＴＡＧＡＡＧＡＣＡＣＣＧＧＧＡＣＣＧＡＴＣＣＡＧＣＣＴＣＣＧＣＧＧＣＣＧＧＧＡＡＣＧＧＴＧＣＡＴＴＧＧＡＡＣＧＣＧＧＡＴＴＣＣＣＣＧＴＧＣＣＡＡＧＡＧＴＧＡＣＧＴＡＡＧＴＡＣＣＧＣＣＴＡＴＡＧＡＣＴＣＴＡＴＡＧＧＣＡＣＡＣＣＣＣＴＴＴＧＧＣＴＣＴＴＡＴＧＣＡＴＧＣＴＡＴＡＣＴＧＴＴＴＴＴＧＧＣＴＴＧＧＧＧＣＣＴＡＴＡＣＡＣＣＣＣＣＧＣＴＴＣＣＴＴＡＴＧＣＴＡＴＡＧＧＴＧＡＴＧＧＴＡＴＡＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＴＡＧＧＴＧＴＧＧＧＴＴＡＴＴＧＡＣＣＡＴＴＡＴＴＧＡＣＣＡＣＴＣＣＡＡＣＧＧＴＧＧＡＧＧＧＣＡＧＴＧＴＡＧＴＣＴＧＡＧＣＡＧＴＡＣＴＣＧＴＴＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＣＧＣＣＡＣＣＡＧＡＣＡＴＡＡＴＡＧＣＴＧＡＣＡＧＡＣＴＡＡＣＡＧＡＣＴＧＴＴＣＣＴＴＴＣＣＡＴＧＧＧＴＣＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＴＣＡＣＣＧＴＣＧＴＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＧＡＴＡＡＧＣＴＴＧＡＴＡＴＣＧＡＡＴＴＣＣＧＣＴＧＧＡＧＧＡＴＧＴＧＧＣＴＧＣＡＧＡＧＣＣＴＧＣＴＧＣＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＧＴＧＧＣＣＴＧＣＡＧＣＡＴＣＴＣＴＧＣＡＣＣＣＧＣＣＣＧＣＴＣＧＣＣＣＡＧＣＣＣＣＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＣＣＴＧＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＡＧＧＡＧＧＣＣＣＧＧＣＧＴＣＴＣＣＴＧＡＡＣＣＴＧＡＧＴＡＧＡＧＡＣＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＧＡＴＧＡＡＴＧＡＡＡＣＡＧＴＡＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＣＡＧＡＡＡＴＧＴＴＴＧＡＣＣＴＣＣＡＧＧＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＣＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＣＣＴＧＧＡＧＣＴＧＴＡＣＡＡＧＣＡＧＧＧＣＣＴＧＣＧＧＧＧＣＡＧＣＣＴＣＡＣＣＡＡＧＣＴＣＡＡＧＧＧＣＣＣＣＴＴＧＡＣＣＡＴＧＡＴＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＴＡＣＡＡＧＣＡＧＣＡＣＴＧＣＣＣＴＣＣＡＡＣＣＣＣＧＧＡＡＡＣＴＴＣＣＴＧＴＧＣＡＡＣＣＣＡＧＡＣＴＡＴＣＡＣＣＴＴＴＧＡＡＡＧＴＴＴＣＡＡＡＧＡＧＡＡＣＣＴＧＡＡＧＧＡＣＴＴＴＣＴＧＣＴＴＧＴＣＡＴＣＣＣＣＴＴＴＧＡＣＴＧＣＴＧＧＧＡＧＣＣＡＧＴＣＣＡＧＧＡＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＣＣＡＧＡＴＧＡＧＧＣＴＧＧＣＣＡＡＧＣＣＧＧＧＧＡＧＣＴＧＣＴＣＴＣＴＣＡＴＧＡＡＡＣＡＡＧＡＧＣＴＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＧＡＴＧＧＴＣＡＴＣＴＴＧＧＡＧＧＧＡＣＣＡＡＧＧＧＧＴＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＡＴＧＧＴＧＧＧＡＧＴＧＧＣＣＴＧＧＡＣＣＴＧＣＣＣＴＧＧＧＣＣＡＣＡＣＴＧＡＣＣＣＴＧＡＴＡＣＡＧＧＣＡＴＧＧＣＡＧＡＡＧＡＡＴＧＧＧＡＡＴＡＴＴＴＴＡＴＡＣＴＧＡＣＡＧＡＡＡＴＣＡＧＴＡＡＴＡＴＴＴＡＴＡＴＡＴＴＴＡＴＡＴＴＴＴＴＡＡＡＡＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＡＧＴＴＣＡＴＡＴＴＣＣＡＴＡＴＴＴＡＴＴＣＡＡＧＡＴＧＴＴＴＴＡＣＣＧＴＡＡＴＡＡＴＴＡＴＴＡＴＴＡＡＡＡＡＴＡＴＧＣＴＴＣＴＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＣＧＧＡＡＴＴＣＡＣＧＴＧＧＧＣＣＣＧＧＴＡＣＣＧＴＡＴＡＣＴＣＴＡＧＡＡＧＡＴＣＴＧＧＣＡＧＣＧＧＡＧＡＧＧＧＣＡＧＡＧＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＡＡＣＡＴＧＣＧＧＴＧＡＣＧＴＧＧＡＧＧＡＧＡＡＴＣＣＣＧＧＣＣＣＴＡＧＧＡＴＧＴＣＴＡＧＡＧＣＧＧＣＣＧＣＧＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＡＧＡＡＡＧＧＡＧＴＧＡＡＡＣＣＴＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＡＧＧＴＴＴＣＡＣＴＣＣＴＴＴＣＴＣＣＴＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＴＣＡＣＴＡＣＡＴＴＡＣＴＣＡＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＡＧＡＡＡＧＡＴＡＴＧＡＡＡＣＣＴＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＡＧＧＴＴＴＣＡＣＴＣＣＴＴＴＣＴＣＣＴＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧＡＡＧＣＴＴＡＡＴＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＴＴＡＴＴＴＴＣＡＴＴＧＧＡＴＣＣＡＧＡＴＣＴＴＴＴＴＣＣＣＴＣＴＧＣＣＡＡＡＡＡＴＴＡＴＧＧＧＧＡＣＡＴＣＡＴＧＡＡＧＣＣＣＣＴＴＧＡＧＣＡＴＣＴＧＡＣＴＴＣＴＧＧＣＴＡＡＴＡＡＡＧＧＡＡＡＴＴＴＡＴＴＴＴＣＡＴＴＧＣＡＡＴＡＧＴＧＴＧＴＴＧＧＡＡＴＴＴＴＴＴＧＴＧＴＣＴＣＴＣＡＣＴＣＧＧＡＡＧＧＡＣＡＴＡＴＧＧＧＡＧＧＧＣＡＡＡＴＣＡＴＴＴＡＡＡＡＣＡＴＣＡＧＡＡＴＧＡＧＴＡＴＴＴＧＧＴＴＴＡＧＡＧＴＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＡＴＧＣＣＣＡＴＴＣＴＴＣＣＧＣＴＴＣＣＴＣＧＣＴＣＡＣＴＧＡＣＴＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＧＧＴＣＧＴＴＣＧＧＣＴＧＣＧＧＣＧＡＧＣＧＧＴＡＴＣＡＧＣＴＣＡＣＴＣＡＡＡＧＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＧＴＴＡＴＣＣＡＣＡＧＡＡＴＣＡＧＧＧＧＡＴＡＡＣＧＣＡＧＧＡＡＡＧＡＡＣＡＴＧＴＧＡＧＣＡＡＡＡＧＧＣＣＡＧＣＡＡＡＡＧＧＣＣＡＧＧＡＡＣＣＧＴＡＡＡＡＡＧＧＣＣＧＣＧＴＴＧＣＴＧＧＣＧＴＴＴＴＴＣＣＡＴＡＧＧＣＴＣＣＧＣＣＣＣＣＣＴＧＡＣＧＡＧＣＡＴＣＡＣＡＡＡＡＡＴＣＧＡＣＧＣＴＣＡＡＧＴＣＡＧＡＧＧＴＧＧＣＧＡＡＡＣＣＣＧＡＣＡＧＧＡＣＴＡＴＡＡＡＧＡＴＡＣＣＡＧＧＣＧＴＴＴＣＣＣＣＣＴＧＧＡＡＧＣＴＣＣＣＴＣＧＴＧＣＧＣＴＣＴＣＣＴＧＴＴＣＣＧＡＣＣＣＴＧＣＣＧＣＴＴＡＣＣＧＧＡＴＡＣＣＴＧＴＣＣＧＣＣＴＴＴＣＴＣＣＣＴＴＣＧＧＧＡＡＧＣＧＴＧＧＣＧＣＴＴＴＣＴＣＡＴＡＧＣＴＣＡＣＧＣＴＧＴＡＧＧＴＡＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＴＧＴＡＧＧＴＣＧＴＴＣＧＣＴＣＣＡＡＧＣＴＧＧＧＣＴＧＴＧＴＧＣＡＣＧＡＡＣＣＣＣＣＣＧＴＴＣＡＧＣＣＣＧＡＣＣＧＣＴＧＣＧＣＣＴＴＡＴＣＣＧＧＴＡＡＣＴＡＴＣＧＴＣＴＴＧＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＧＴＡＡＧＡＣＡＣＧＡＣＴＴＡＴＣＧＣＣＡＣＴＧＧＣＡＧＣＡＧＣＣＡＣＴＧＧＴＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＣＡＧＡＧＣＧＡＧＧＴＡＴＧＴＡＧＧＣＧＧＴＧＣＴＡＣＡＧＡＧＴＴＣＴＴＧＡＡＧＴＧＧＴＧＧＣＣＴＡＡＣＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＣＴＡＧＡＡＧＡＡＣＡＧＴＡＴＴＴＧＧＴＡＴＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＣＴＧＡＡＧＣＣＡＧＴＴＡＣＣＴＴＣＧＧＡＡＡＡＡＧＡＧＴＴＧＧＴＡＧＣＴＣＴＴＧＡＴＣＣＧＧＣＡＡＡＣＡＡＡＣＣＡＣＣＧＣＴＧＧＴＡＧＣＧＧＴＧＧＴＴＴＴＴＴＴＧＴＴＴＧＣＡＡＧＣＡＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＣＧＣＡＧＡＡＡＡＡＡＡＧＧＡＴＣＴＣＡＡＧＡＡＧＡＴＣＣＴＴＴＧＡＴＣＴＴＴＴＣＴＡＣＧＧＧＧＴＣＴＧＡＣＧＣＴＣＡＧＴＧＧＡＡＣＧＡＡＡＡＣＴＣＡＣＧＴＴＡＡＧＧＧＡＴＴＴＴＧＧＴＣＡＴＧＡＧＡＴＴＡＴＣＡＡＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＣＡＣＣＴＡＧＡＴＣＣＴＴＴＴＡＡＡＴＴＡＡＡＡＡＴＧＡＡＧＴＴＴＴＡＡＡＴＣＡＡＴＣＴＡＡＡＧＴＡＴＡＴＡＴＧＡＧＴＡＡＡＣＴＴＧＧＴＣＴＧＡＣＡＧＴＴＡＣＣＡＡＴＧＣＴＴＡＡＴＣＡＧＴＧＡＧＧＣＡＣＣＴＡＴＣＴＣＡＧＣＧＡＴＣＴＧＴＣＴＡＴＴＴＣＧＴＴＣＡＴＣＣＡＴＡＧＴＴＧＣＣＴＧＡＣＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＣＧＣＴＧＡＧＧＴＣＴＧＣＣＴＣＧＴＧＡＡＧＡＡＧＧＴＧＴＴＧＣＴＧＡＣＴＣＡＴＡＣＣＡＧＧＣＣＴＧＡＡＴＣＧＣＣＣＣＡＴＣＡＴＣＣＡＧＣＣＡＧＡＡＡＧＴＧＡＧＧＧＡＧＣＣＡＣＧＧＴＴＧＡＴＧＡＧＡＧＣＴＴＴＧＴＴＧＴＡＧＧＴＧＧＡＣＣＡＧＴＴＧＧＴＧＡＴＴＴＴＧＡＡＣＴＴＴＴＧＣＴＴＴＧＣＣＡＣＧＧＡＡＣＧＧＴＣＴＧＣＧＴＴＧＴＣＧＧＧＡＡＧＡＴＧＣＧＴＧＡＴＣＴＧＡＴＣＣＴＴＣＡＡＣＴＣＡＧＣＡＡＡＡＧＴＴＣＧＡＴＴＴＡＴＴＣＡＡＣＡＡＡＧＣＣＧＣＣＧＴＣＣＣＧＴＣＡＡＧＴＣＡＧＣＧＴＡＡＴＧＣＴＣＴＧＣＣＡＧＴＧＴＴＡＣＡＡＣＣＡＡＴＴＡＡＣＣＡＡＴＴＣＴＧＡＴＴＡＧＡＡＡＡＡＣＴＣＡＴＣＧＡＧＣＡＴＣＡＡＡＴＧＡＡＡＣＴＧＣＡＡＴＴＴＡＴＴＣＡＴＡＴＣＡＧＧＡＴＴＡＴＣＡＡＴＡＣＣＡＴＡＴＴＴＴＴＧＡＡＡＡＡＧＣＣＧＴＴＴＣＴＧＴＡＡＴＧＡＡＧＧＡＧＡＡＡＡＣＴＣＡＣＣＧＡＧＧＣＡＧＴＴＣＣＡＴＡＧＧＡＴＧＧＣＡＡＧＡＴＣＣＴＧＧＴＡＴＣＧＧＴＣＴＧＣＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＣＧＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＴＡＣＡＡＣＣＴＡＴＴＡＡＴＴＴＣＣＣＣＴＣＧＴＣＡＡＡＡＡＴＡＡＧＧＴＴＡＴＣＡＡＧＴＧＡＧＡＡＡＴＣＡＣＣＡＴＧＡＧＴＧＡＣＧＡＣＴＧＡＡＴＣＣＧＧＴＧＡＧＡＡＴＧＧＣＡＡＡＡＧＣＴＴＡＴＧＣＡＴＴＴＣＴＴＴＣＣＡＧＡＣＴＴＧＴＴＣＡＡＣＡＧＧＣＣＡＧＣＣＡＴＴＡＣＧＣＴＣＧＴＣＡＴＣＡＡＡＡＴＣＡＣＴＣＧＣＡＴＣＡＡＣＣＡＡＡＣＣＧＴＴＡＴＴＣＡＴＴＣＧＴＧＡＴＴＧＣＧＣＣＴＧＡＧＣＧＡＧＡＣＧＡＡＡＴＡＣＧＣＧＡＴＣＧＣＴＧＴＴＡＡＡＡＧＧＡＣＡＡＴＴＡＣＡＡＡＣＡＧＧＡＡＴＣＧＡＡＴＧＣＡＡＣＣＧＧＣＧＣＡＧＧＡＡＣＡＣＴＧＣＣＡＧＣＧＣＡＴＣＡＡＣＡＡＴＡＴＴＴＴＣＡＣＣＴＧＡＡＴＣＡＧＧＡＴＡＴＴＣＴＴＣＴＡＡＴＡＣＣＴＧＧＡＡＴＧＣＴＧＴＴＴＴＣＣＣＧＧＧＧＡＴＣＧＣＡＧＴＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＣＡＴＧＣＡＴＣＡＴＣＡＧＧＡＧＴＡＣＧＧＡＴＡＡＡＡＴＧＣＴＴＧＡＴＧＧＴＣＧＧＡＡＧＡＧＧＣＡＴＡＡＡＴＴＣＣＧＴＣＡＧＣＣＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＧＡＣＣＡＴＣＴＣＡＴＣＴＧＴＡＡＣＡＴＣＡＴＴＧＧＣＡＡＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＧＣＣＡＴＧＴＴＴＣＡＧＡＡＡＣＡＡＣＴＣＴＧＧＣＧＣＡＴＣＧＧＧＣＴＴＣＣＣＡＴＡＣＡＡＴＣＧＡＴＡＧＡＴＴＧＴＣＧＣＡＣＣＴＧＡＴＴＧＣＣＣＧＡＣＡＴＴＡＴＣＧＣＧＡＧＣＣＣＡＴＴＴＡＴＡＣＣＣＡＴＡＴＡＡＡＴＣＡＧＣＡＴＣＣＡＴＧＴＴＧＧＡＡＴＴＴＡＡＴＣＧＣＧＧＣＣＴＣＧＡＧＣＡＡＧＡＣＧＴＴＴＣＣＣＧＴＴＧＡＡＴＡＴＧＧＣＴＣＡＴＡＡＣＡＣＣＣＣＴＴＧＴＡＴＴＡＣＴＧＴＴＴＡＴＧＴＡＡＧＣＡＧＡＣＡＧＴＴＴＴＡＴＴＧＴＴＣＡＴＧＡＴＧＡＴＡＴＡＴＴＴＴＴＡＴＣＴＴＧＴＧＣＡＡＴＧＴＡＡＣＡＴＣＡＧＡＧＡＴＴＴＴＧＡＧＡＣＡＣＡＡＣＧＴＧＧＣＴＴＴＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＡＴＴＡＴＴＧＡＡＧＣＡＴＴＴＡＴＣＡＧＧＧＴＴＡＴＴＧＴＣＴＣＡＴＧＡＧＣＧＧＡＴＡＣＡＴＡＴＴＴＧＡＡＴＧＴＡＴＴＴＡＧＡＡＡＡＡＴＡＡＡＣＡＡＡＴＡＧＧＧＧＴＴＣＣＧＣＧＣＡＣＡＴＴＴＣＣＣＣＧＡＡＡＡＧＴＧＣＣＡＣＣＴＧＡＣＧＴＣＴＡＡＧＡＡＡＣＣＡＴＴＡＴＴＡＴＣＡＴＧＡＣＡＴＴＡＡＣＣＴＡＴＡＡＡＡＡＴＡＧＧＣＧＴＡＴＣＡＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＴＣＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＴＴＴＣＧＧＴＧＡＴＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＡＣＣＴＣＴＧＡＣＡＣＡＴＧＣＡＧＣＴＣＣＣＧＧＡＧＡＣＧＧＴＣＡＣＡＧＣＴＴＧＴＣＴＧＴＡＡＧＣＧＧＡＴＧＣＣＧＧＧＡＧＣＡＧＡＣＡＡＧＣＣＣＧＴＣＡＧＧ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ＡＣＣＧＣＡＴＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＡＴＴ
配列番号７
ＧＧＣＣＡＴＴＧＣＡＴＡＣＧＴＴＧＴＡＴＣＣＡＴＡＴＣＡＴＡＡＴＡＴＧＴＡＣＡＴＴＴＡＴＡＴＴＧＧＣＴＣＡＴＧＴＣＣＡＡＣＡＴＴＡＣＣＧＣＣＡＴＧＴＴＧＡＣＡＴＴＧＡＴＴＡＴＴＧＡＣＴＡＧＴＴＡＴＴＡＡＴＡＧＴＡＡＴＣＡＡＴＴＡＣＧＧＧＧＴＣＡＴＴＡＧＴＴＣＡＴＡＧＣＣＣＡＴＡＴＡＴＧＧＡＧＴＴＣＣＧＣＧＴＴＡＣＡＴＡＡＣＴＴＡＣＧＧＴＡＡＡＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＴＧＡＣＣＧＣＣＣＡＡＣＧＡＣＣＣＣＣＧＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＡＡＴＧＡＣＧＴＡＴＧＴＴＣＣＣＡＴＡＧＴＡＡＣＧＣＣＡＡＴＡＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＧＧＴＧＧＡＧＴＡＴＴＴＡＣＧＧＴＡＡＡＣＴＧＣＣＣＡＣＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＡＡＧＴＧＴＡＴＣＡＴＡＴＧＣＣＡＡＧＴＡＣＧＣＣＣＣＣＴＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＡＡＴＧＧＣＣＣＧＣＣＴＧＧＣＡＴＴＡＴＧＣＣＣＡＧＴＡＣＡＴＧＡＣＣＴＴＡＴＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＴＡＣＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＴＡＣＧＴＡＴＴＡＧＴＣＡＴＣＧＣＴＡＴＴＡＣＣＡＴＧＧＴＧＡＴＧＣＧＧＴＴＴＴＧＧＣＡＧＴＡＣＡＴＣＡＡＴＧＧＧＣＧＴＧＧＡＴＡＧＣＧＧＴＴＴＧＡＣＴＣＡＣＧＧＧＧＡＴＴＴＣＣＡＡＧＴＣＴＣＣＡＣＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＴＣＡＡＴＧＧＧＡＧＴＴＴＧＴＴＴＴＧＧＣＡＣＣＡＡＡＡＴＣＡＡＣＧＧＧＡＣＴＴＴＣＣＡＡＡＡＴＧＴＣＧＴＡＡＣＡＡＣＴＣＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＡＣＧＣＡＡＡＴＧＧＧＣＧＧＴＡＧＧＣＧＴＧＴＡＣＧＧＴＧＧＧＡＧＧＴＣＴＡＴＡＴＡＡＧＣＡＧＡＧＣＴＣＧＴＴＴＡＧＴＧＡＡＣＣＧＴＣＡＧＡＴＣＧＣＣＴＧＧＡＧＡＣＧＣＣＡＴＣＣＡＣＧＣＴＧＴＴＴＴＧＡＣＣＴＣＣＡＴＡＧＡＡＧＡＣＡＣＣＧＧＧＡＣＣＧＡＴＣＣＡＧＣＣＴＣＣＧＣＧＧＣＣＧＧＧＡＡＣＧＧＴＧＣＡＴＴＧＧＡＡＣＧＣＧＧＡＴＴＣＣＣＣＧＴＧＣＣＡＡＧＡＧＴＧＡＣＧＴＡＡＧＴＡＣＣＧＣＣＴＡＴＡＧＡＣＴＣＴＡＴＡＧＧＣＡＣＡＣＣＣＣＴＴＴＧＧＣＴＣＴＴＡＴＧＣＡＴＧＣＴＡＴＡＣＴＧＴＴＴＴＴＧＧＣＴＴＧＧＧＧＣＣＴＡＴＡＣＡＣＣＣＣＣＧＣＴＴＣＣＴＴＡＴＧＣＴＡＴＡＧＧＴＧＡＴＧＧＴＡＴＡＧＣＴＴＡＧＣＣＴＡＴＡＧＧＴＧＴＧＧＧＴＴＡＴＴＧＡＣＣＡＴＴＡＴＴＧＡＣＣＡＣＴＣＣＡＡＣＧＧＴＧＧＡＧＧＧＣＡＧＴＧＴＡＧＴＣＴＧＡＧＣＡＧＴＡＣＴＣＧＴＴＧＣＴＧＣＣＧＣＧＣＧＣＧＣＣＡＣＣＡＧＡＣＡＴＡＡＴＡＧＣＴＧＡＣＡＧＡＣＴＡＡＣＡＧＡＣＴＧＴＴＣＣＴＴＴＣＣＡＴＧＧＧＴＣＴＴＴＴＣＴＧＣＡＧＴＣＡＣＣＧＴＣＧＴＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＧＡＴＡＡＧＣＴＴＧＡＴＡＴＣＧＡＡＴＴＣＣＧＣＴＧＧＡＧＧＡＴＧＴＧＧＣＴＧＣＡＧＡＧＣＣＴＧＣＴＧＣＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＧＴＧＧＣＣＴＧＣＡＧＣＡＴＣＴＣＴＧＣＡＣＣＣＧＣＣＣＧＣＴＣＧＣＣＣＡＧＣＣＣＣＡＧＣＡＣＧＣＡＧＣＣＣＴＧＧＧＡＧＣＡＴＧＴＧＡＡＴＧＣＣＡＴＣＣＡＧＧＡＧＧＣＣＣＧＧＣＧＴＣＴＣＣＴＧＡＡＣＣＴＧＡＧＴＡＧＡＧＡＣＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＧＡＴＧＡＡＴＧＡＡＡＣＡＧＴＡＧＡＡＧＴＣＡＴＣＴＣＡＧＡＡＡＴＧＴＴＴＧＡＣＣＴＣＣＡＧＧＡＧＣＣＧＡＣＣＴＧＣＣＴＡＣＡＧＡＣＣＣＧＣＣＴＧＧＡＧＣＴＧＴＡＣＡＡＧＣＡＧＧＧＣＣＴＧＣＧＧＧＧＣＡＧＣＣＴＣＡＣＣＡＡＧＣＴＣＡＡＧＧＧＣＣＣＣＴＴＧＡＣＣＡＴＧＡＴＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＴＡＣＡＡＧＣＡＧＣＡＣＴＧＣＣＣＴＣＣＡＡＣＣＣＣＧＧＡＡＡＣＴＴＣＣＴＧＴＧＣＡＡＣＣＣＡＧＡＣＴＡＴＣＡＣＣＴＴＴＧＡＡＡＧＴＴＴＣＡＡＡＧＡＧＡＡＣＣＴＧＡＡＧＧＡＣＴＴＴＣＴＧＣＴＴＧＴＣＡＴＣＣＣＣＴＴＴＧＡＣＴＧＣＴＧＧＧＡＧＣＣＡＧＴＣＣＡＧＧＡＧＴＧＡＧＡＣＣＧＧＣＣＡＧＡＴＧＡＧＧＣＴＧＧＣＣＡＡＧＣＣＧＧＧＧＡＧＣＴＧＣＴＣＴＣＴＣＡＴＧＡＡＡＣＡＡＧＡＧＣＴＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＧＡＴＧＧＴＣＡＴＣＴＴＧＧＡＧＧＧＡＣＣＡＡＧＧＧＧＴＧＧＧＣＣＡＣＡＧＣＣＡＴＧＧＴＧＧＧＡＧＴＧＧＣＣＴＧＧＡＣＣＴＧＣＣＣＴＧＧＧＣＣＡＣＡＣＴＧＡＣＣＣＴＧＡＴＡＣＡＧＧＣＡＴＧＧＣＡＧＡＡＧＡＡＴＧＧＧＡＡＴＡＴＴＴＴＡＴＡＣＴＧＡＣＡＧＡＡＡＴＣＡＧＴＡＡＴＡＴＴＴＡＴＡＴＡＴＴＴＡＴＡＴＴＴＴＴＡＡＡＡＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＴＴＴＡＡＧＴＴＣＡＴＡＴＴＣＣＡＴＡＴＴＴＡＴＴＣＡＡＧＡＴＧＴＴＴＴＡＣＣＧＴＡＡＴＡＡＴＴＡＴＴＡＴＴＡＡＡＡＡＴＡＴＧＣＴＴＣＴＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＣＧＧＡＡＴＴＣＡＣＧＴＧＧＧＣＣＣＧＧＴＡＣＣＧＴＡＴＡＣＴＣＴＡＧＡＡＧＡＴＣＴＧＧＣＡＧＣＧＧＡＧＡＧＧＧＣＡＧＡＧＧＡＡＧＴＣＴＴＣＴＡＡＣＡＴＧＣＧＧＴＧＡＣＧＴＧＧＡＧＧＡＧＡＡＴＣＣＣＧＧＣＣＣＴＡＧＧＡＴＧＴＣＴＡＧＡＧＣＧＧＣＣＧＣＧＧＡＴＣＣＴＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＡＧＡＡＡＧＧＡＧＴＧＡＡＡＣＣＴＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＡＧＧＴＴＴＣＡＣＴＣＣＴＴＴＣＴＣＣＴＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＴＣＡＣＴＡＣＡＴＴＡＣＴＣＡＧＣＴＧＴＴＧＡＣＡＧＴＧＡＧＣＧＣＧＧＡＧＡＡＡＧＡＴＡＴＧＡＡＡＣＣＴＴＡＧＴＧＡＡＧＣＣＡＣＡＧＡＴＧＴＡＡＧＧＴＴＴＣＡＣＴＣＣＴＴＴＣＴＣＣＴＴＧＣＣＴＡＣＴＧＣＣＴＣＧＧＡＡＧＣＴＴＡＡＴＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＴＴＡＴＴＴＴＣＡＴＴＧＧＡＴＣＣＡＧＡＴＣＴＴＴＴＴＣＣＣＴＣＴＧＣＣＡＡＡＡＡＴＴＡＴＧＧＧＧＡＣＡＴＣＡＴＧＡＡＧＣＣＣＣＴＴＧＡＧＣＡＴＣＴＧＡＣＴＴＣＴＧＧＣＴＡＡＴＡＡＡＧＧＡＡＡＴＴＴＡＴＴＴＴＣＡＴＴＧＣＡＡＴＡＧＴＧＴＧＴＴＧＧＡＡＴＴＴＴＴＴＧＴＧＴＣＴＣＴＣＡＣＴＣＧＧＡＡＧＧＡＣＡＴＡＴＧＧＧＡＧＧＧＣＡＡＡＴＣＡＴＴＴＡＡＡＡＣＡＴＣＡＧＡＡＴＧＡＧＴＡＴＴＴＧＧＴＴＴＡＧＡＧＴＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＡＴＧＣＣＣＡＴＴＣＴＴＣＣＧＣＴＴＣＣＴＣＧＣＴＣＡＣＴＧＡＣＴＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＧＧＴＣＧＴＴＣＧＧＣＴＧＣＧＧＣＧＡＧＣＧＧＴＡＴＣＡＧＣＴＣＡＣＴＣＡＡＡＧＧＣＧＧＴＡＡＴＡＣＧＧＴＴＡＴＣＣＡＣＡＧＡＡＴＣＡＧＧＧＧＡＴＡＡＣＧＣＡＧＧＡＡＡＧＡＡＣＡＴＧＴＧＡＧＣＡＡＡＡＧＧＣＣＡＧＣＡＡＡＡＧＧＣＣＡＧＧＡＡＣＣＧＴＡＡＡＡＡＧＧＣＣＧＣＧＴＴＧＣＴＧＧＣＧＴＴＴＴＴＣＣＡＴＡＧＧＣＴＣＣＧＣＣＣＣＣＣＴＧＡＣＧＡＧＣＡＴＣＡＣＡＡＡＡＡＴＣＧＡＣＧＣＴＣＡＡＧＴＣＡＧＡＧＧＴＧＧＣＧＡＡＡＣＣＣＧＡＣＡＧＧＡＣＴＡＴＡＡＡＧＡＴＡＣＣＡＧＧＣＧＴＴＴＣＣＣＣＣＴＧＧＡＡＧＣＴＣＣＣＴＣＧＴＧＣＧＣＴＣＴＣＣＴＧＴＴＣＣＧＡＣＣＣＴＧＣＣＧＣＴＴＡＣＣＧＧＡＴＡＣＣＴＧＴＣＣＧＣＣＴＴＴＣＴＣＣＣＴＴＣＧＧＧＡＡＧＣＧＴＧＧＣＧＣＴＴＴＣＴＣＡＴＡＧＣＴＣＡＣＧＣＴＧＴＡＧＧＴＡＴＣＴＣＡＧＴＴＣＧＧＴＧＴＡＧＧＴＣＧＴＴＣＧＣＴＣＣＡＡＧＣＴＧＧＧＣＴＧＴＧＴＧＣＡＣＧＡＡＣＣＣＣＣＣＧＴＴＣＡＧＣＣＣＧＡＣＣＧＣＴＧＣＧＣＣＴＴＡＴＣＣＧＧＴＡＡＣＴＡＴＣＧＴＣＴＴＧＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＧＴＡＡＧＡＣＡＣＧＡＣＴＴＡＴＣＧＣＣＡＣＴＧＧＣＡＧＣＡＧＣＣＡＣＴＧＧＴＡＡＣＡＧＧＡＴＴＡＧＣＡＧＡＧＣＧＡＧＧＴＡＴＧＴＡＧＧＣＧＧＴＧＣＴＡＣＡＧＡＧＴＴＣＴＴＧＡＡＧＴＧＧＴＧＧＣＣＴＡＡＣＴＡＣＧＧＣＴＡＣＡＣＴＡＧＡＡＧＡＡＣＡＧＴＡＴＴＴＧＧＴＡＴＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＣＴＧＡＡＧＣＣＡＧＴＴＡＣＣＴＴＣＧＧＡＡＡＡＡＧＡＧＴＴＧＧＴＡＧＣＴＣＴＴＧＡＴＣＣＧＧＣＡＡＡＣＡＡＡＣＣＡＣＣＧＣＴＧＧＴＡＧＣＧＧＴＧＧＴＴＴＴＴＴＴＧＴＴＴＧＣＡＡＧＣＡＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＣＧＣＡＧＡＡＡＡＡＡＡＧＧＡＴＣＴＣＡＡＧＡＡＧＡＴＣＣＴＴＴＧＡＴＣＴＴＴＴＣＴＡＣＧＧＧＧＴＣＴＧＡＣＧＣＴＣＡＧＴＧＧＡＡＣＧＡＡＡＡＣＴＣＡＣＧＴＴＡＡＧＧＧＡＴＴＴＴＧＧＴＣＡＴＧＡＧＡＴＴＡＴＣＡＡＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＣＡＣＣＴＡＧＡＴＣＣＴＴＴＴＡＡＡＴＴＡＡＡＡＡＴＧＡＡＧＴＴＴＴＡＡＡＴＣＡＡＴＣＴＡＡＡＧＴＡＴＡＴＡＴＧＡＧＴＡＡＡＣＴＴＧＧＴＣＴＧＡＣＡＧＴＴＡＣＣＡＡＴＧＣＴＴＡＡＴＣＡＧＴＧＡＧＧＣＡＣＣＴＡＴＣＴＣＡＧＣＧＡＴＣＴＧＴＣＴＡＴＴＴＣＧＴＴＣＡＴＣＣＡＴＡＧＴＴＧＣＣＴＧＡＣＴＣＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＧＣＧＣＴＧＡＧＧＴＣＴＧＣＣＴＣＧＴＧＡＡＧＡＡＧＧＴＧＴＴＧＣＴＧＡＣＴＣＡＴＡＣＣＡＧＧＣＣＴＧＡＡＴＣＧＣＣＣＣＡＴＣＡＴＣＣＡＧＣＣＡＧＡＡＡＧＴＧＡＧＧＧＡＧＣＣＡＣＧＧＴＴＧＡＴＧＡＧＡＧＣＴＴＴＧＴＴＧＴＡＧＧＴＧＧＡＣＣＡＧＴＴＧＧＴＧＡＴＴＴＴＧＡＡＣＴＴＴＴＧＣＴＴＴＧＣＣＡＣＧＧＡＡＣＧＧＴＣＴＧＣＧＴＴＧＴＣＧＧＧＡＡＧＡＴＧＣＧＴＧＡＴＣＴＧＡＴＣＣＴＴＣＡＡＣＴＣＡＧＣＡＡＡＡＧＴＴＣＧＡＴＴＴＡＴＴＣＡＡＣＡＡＡＧＣＣＧＣＣＧＴＣＣＣＧＴＣＡＡＧＴＣＡＧＣＧＴＡＡＴＧＣＴＣＴＧＣＣＡＧＴＧＴＴＡＣＡＡＣＣＡＡＴＴＡＡＣＣＡＡＴＴＣＴＧＡＴＴＡＧＡＡＡＡＡＣＴＣＡＴＣＧＡＧＣＡＴＣＡＡＡＴＧＡＡＡＣＴＧＣＡＡＴＴＴＡＴＴＣＡＴＡＴＣＡＧＧＡＴＴＡＴＣＡＡＴＡＣＣＡＴＡＴＴＴＴＴＧＡＡＡＡＡＧＣＣＧＴＴＴＣＴＧＴＡＡＴＧＡＡＧＧＡＧＡＡＡＡＣＴＣＡＣＣＧＡＧＧＣＡＧＴＴＣＣＡＴＡＧＧＡＴＧＧＣＡＡＧＡＴＣＣＴＧＧＴＡＴＣＧＧＴＣＴＧＣＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＣＧＴＣＣＡＡＣＡＴＣＡＡＴＡＣＡＡＣＣＴＡＴＴＡＡＴＴＴＣＣＣＣＴＣＧＴＣＡＡＡＡＡＴＡＡＧＧＴＴＡＴＣＡＡＧＴＧＡＧＡＡＡＴＣＡＣＣＡＴＧＡＧＴＧＡＣＧＡＣＴＧＡＡＴＣＣＧＧＴＧＡＧＡＡＴＧＧＣＡＡＡＡＧＣＴＴＡＴＧＣＡＴＴＴＣＴＴＴＣＣＡＧＡＣＴＴＧＴＴＣＡＡＣＡＧＧＣＣＡＧＣＣＡＴＴＡＣＧＣＴＣＧＴＣＡＴＣＡＡＡＡＴＣＡＣＴＣＧＣＡＴＣＡＡＣＣＡＡＡＣＣＧＴＴＡＴＴＣＡＴＴＣＧＴＧＡＴＴＧＣＧＣＣＴＧＡＧＣＧＡＧＡＣＧＡＡＡＴＡＣＧＣＧＡＴＣＧＣＴＧＴＴＡＡＡＡＧＧＡＣＡＡＴＴＡＣＡＡＡＣＡＧＧＡＡＴＣＧＡＡＴＧＣＡＡＣＣＧＧＣＧＣＡＧＧＡＡＣＡＣＴＧＣＣＡＧＣＧＣＡＴＣＡＡＣＡＡＴＡＴＴＴＴＣＡＣＣＴＧＡＡＴＣＡＧＧＡＴＡＴＴＣＴＴＣＴＡＡＴＡＣＣＴＧＧＡＡＴＧＣＴＧＴＴＴＴＣＣＣＧＧＧＧＡＴＣＧＣＡＧＴＧＧＴＧＡＧＴＡＡＣＣＡＴＧＣＡＴＣＡＴＣＡＧＧＡＧＴＡＣＧＧＡＴＡＡＡＡＴＧＣＴＴＧＡＴＧＧＴＣＧＧＡＡＧＡＧＧＣＡＴＡＡＡＴＴＣＣＧＴＣＡＧＣＣＡＧＴＴＴＡＧＴＣＴＧＡＣＣＡＴＣＴＣＡＴＣＴＧＴＡＡＣＡＴＣＡＴＴＧＧＣＡＡＣＧＣＴＡＣＣＴＴＴＧＣＣＡＴＧＴＴＴＣＡＧＡＡＡＣＡＡＣＴＣＴＧＧＣＧＣＡＴＣＧＧＧＣＴＴＣＣＣＡＴＡＣＡＡＴＣＧＡＴＡＧＡＴＴＧＴＣＧＣＡＣＣＴＧＡＴＴＧＣＣＣＧＡＣＡＴＴＡＴＣＧＣＧＡＧＣＣＣＡＴＴＴＡＴＡＣＣＣＡＴＡＴＡＡＡＴＣＡＧＣＡＴＣＣＡＴＧＴＴＧＧＡＡＴＴＴＡＡＴＣＧＣＧＧＣＣＴＣＧＡＧＣＡＡＧＡＣＧＴＴＴＣＣＣＧＴＴＧＡＡＴＡＴＧＧＣＴＣＡＴＡＡＣＡＣＣＣＣＴＴＧＴＡＴＴＡＣＴＧＴＴＴＡＴＧＴＡＡＧＣＡＧＡＣＡＧＴＴＴＴＡＴＴＧＴＴＣＡＴＧＡＴＧＡＴＡＴＡＴＴＴＴＴＡＴＣＴＴＧＴＧＣＡＡＴＧＴＡＡＣＡＴＣＡＧＡＧＡＴＴＴＴＧＡＧＡＣＡＣＡＡＣＧＴＧＧＣＴＴＴＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＡＴＴＡＴＴＧＡＡＧＣＡＴＴＴＡＴＣＡＧＧＧＴＴＡＴＴＧＴＣＴＣＡＴＧＡＧＣＧＧＡＴＡＣＡＴＡＴＴＴＧＡＡＴＧＴＡＴＴＴＡＧＡＡＡＡＡＴＡＡＡＣＡＡＡＴＡＧＧＧＧＴＴＣＣＧＣＧＣＡＣＡＴＴＴＣＣＣＣＧＡＡＡＡＧＴＧＣＣＡＣＣＴＧＡＣＧＴＣＴＡＡＧＡＡＡＣＣＡＴＴＡＴＴＡＴＣＡＴＧＡＣＡＴＴＡＡＣＣＴＡＴＡＡＡＡＡＴＡＧＧＣＧＴＡＴＣＡＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＴＣＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＴＴＴＣＧＧＴＧＡＴＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＡＣＣＴＣＴＧＡＣＡＣＡＴＧＣＡＧＣＴＣＣＣＧＧＡＧＡＣＧＧＴＣＡＣＡＧＣＴＴＧＴＣＴＧＴＡＡＧＣＧＧＡＴＧＣＣＧＧＧＡＧＣＡＧＡＣＡＡＧＣＣＣＧＴＣＡＧＧ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ＡＣＣＧＣＡＴＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＡＴＴ
【0074】
ＧＭ－ＣＳＦをコードする第１の核酸と、フーリンをコードするｍＲＮＡ転写物の領域にハイブリダイズすることができる少なくとも１つの二機能性低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｂｉ－ｓｈＲＮＡ）をコードする第２の核酸と、を含む発現ベクターは、ｂｉｓｈＲＮＡフーリン／ＧＭＣＳＦ発現ベクターと呼ばれる。
【0075】
癌細胞
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法で使用される発現ベクターは、自家癌細胞、例えば自家腫瘍細胞、異種移植増殖させた自家腫瘍細胞、同種腫瘍細胞、異種移植増殖させた同種腫瘍細胞、又はそれらの組み合わせ内にある。いくつかの実施形態では、自家癌細胞は、発現ベクターでトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、細胞は自家腫瘍細胞である。いくつかの実施形態では、同種腫瘍細胞は、樹立細胞株である。いくつかの実施形態では、自家腫瘍細胞は、それを必要とする個体から得られる。いくつかの実施形態では、細胞が自家腫瘍細胞である場合、組成物は自家腫瘍細胞ワクチンと呼ばれる。いくつかの実施形態では、自家腫瘍細胞ワクチンは、１×１０６個の細胞～約５×１０７個の細胞、例えば１×１０６個の細胞、２×１０６個の細胞、３×１０６個の細胞、４×１０６個の細胞、５×１０６個の細胞、６×１０６個の細胞、７×１０６個の細胞、８×１０６個の細胞、９×１０６個の細胞、１×１０７個の細胞、２×１０７個の細胞、３×１０７個の細胞、４×１０７個の細胞、又は５×１０７個の細胞を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法で使用される発現ベクターは、自家癌細胞、例えば自家腫瘍細胞、異種移植増殖させた自家腫瘍細胞、同種腫瘍細胞、異種移植増殖させた同種腫瘍細胞、又はそれらの組み合わせ内にある。いくつかの実施形態では、自家癌細胞は、発現ベクターでトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、細胞は自家腫瘍細胞である。いくつかの実施形態では、同種腫瘍細胞は、樹立細胞株である。いくつかの実施形態では、自家腫瘍細胞は、それを必要とする個体から得られる。いくつかの実施形態では、細胞が自家腫瘍細胞である場合、組成物は自家腫瘍細胞ワクチンと呼ばれる。いくつかの実施形態では、自家腫瘍細胞ワクチンは、１×１０６個の細胞～約５×１０７個の細胞、例えば１×１０６個の細胞、２×１０６個の細胞、３×１０６個の細胞、４×１０６個の細胞、５×１０６個の細胞、６×１０６個の細胞、７×１０６個の細胞、８×１０６個の細胞、９×１０６個の細胞、１×１０７個の細胞、２×１０７個の細胞、３×１０７個の細胞、４×１０７個の細胞、又は５×１０７個の細胞を含む。
【0076】
いくつかの実施形態では、細胞は個体から採取される。いくつかの実施形態では、細胞は個体の組織から採取される。いくつかの実施形態では、組織は腫瘍組織である。いくつかの実施形態では、腫瘍組織は卵巣腫瘍組織である。いくつかの実施形態では、腫瘍組織は、個体に対する生検又は細胞減少手術中に採取される。いくつかの実施形態では、腫瘍組織又は腫瘍組織由来の細胞は、滅菌容器内の抗生物質溶液中に置かれる。いくつかの実施形態では、抗生物質溶液は、ゲンタマイシン、塩化ナトリウム、又はそれらの組み合わせを含む。
【0077】
癌及び生存期間
いくつかの実施形態では、癌は、ＨＲＤ陰性野生型ＢＲＣＡ１／２癌である。いくつかの実施形態では、癌は、充実性腫瘍癌、卵巣癌、副腎皮質癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸直腸癌、食道癌、膠芽腫、神経膠腫、肝細胞癌、頭頸部癌、腎臓癌、白血病、リンパ種、肺癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、膵臓癌、褐色細胞腫、形質細胞腫、神経芽細胞種、前立腺癌、肉腫、胃癌、子宮癌、甲状腺癌、及び血液癌からなる群から選択される。充実性腫瘍癌の例としては、限定されるものではないが、子宮内膜癌、胆道癌、膀胱癌、肝細胞癌、胃／食道癌、卵巣癌、黒色腫、乳癌、膵臓癌、結腸直腸癌、神経膠腫、非小細胞肺癌、前立腺癌、子宮頸癌、腎臓癌、甲状腺癌、神経内分泌癌、小細胞肺癌、肉腫、頭頸部癌、脳癌、淡明細胞型腎細胞癌、皮膚癌、内分泌腫瘍、甲状腺癌、原発不明腫瘍、及び消化管間質腫瘍が挙げられる。
いくつかの実施形態では、癌は、ＨＲＤ陰性野生型ＢＲＣＡ１／２癌である。いくつかの実施形態では、癌は、充実性腫瘍癌、卵巣癌、副腎皮質癌、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、胆管癌、結腸直腸癌、食道癌、膠芽腫、神経膠腫、肝細胞癌、頭頸部癌、腎臓癌、白血病、リンパ種、肺癌、黒色腫、中皮腫、多発性骨髄腫、膵臓癌、褐色細胞腫、形質細胞腫、神経芽細胞種、前立腺癌、肉腫、胃癌、子宮癌、甲状腺癌、及び血液癌からなる群から選択される。充実性腫瘍癌の例としては、限定されるものではないが、子宮内膜癌、胆道癌、膀胱癌、肝細胞癌、胃／食道癌、卵巣癌、黒色腫、乳癌、膵臓癌、結腸直腸癌、神経膠腫、非小細胞肺癌、前立腺癌、子宮頸癌、腎臓癌、甲状腺癌、神経内分泌癌、小細胞肺癌、肉腫、頭頸部癌、脳癌、淡明細胞型腎細胞癌、皮膚癌、内分泌腫瘍、甲状腺癌、原発不明腫瘍、及び消化管間質腫瘍が挙げられる。
【0078】
本方法の特定の実施形態では、癌は卵巣癌である。いくつかの実施形態では、本方法は、実質的に根絶された卵巣癌の再発を予防又は遅延させることができる。実質的に根絶された卵巣癌は、ステージＩＩＩ又はステージＩＶの卵巣癌であり得る。他の実施形態では、癌は、乳癌、黒色腫、又は肺癌であり得る。いくつかの実施形態では、ステージＩＩＩの卵巣癌とは、癌が片側又は両側の卵巣に見られ、骨盤外で腹部の他の部分及び／又は近くのリンパ節に転移していることを意味する。また、肝臓の表面に転移している場合も、ステージＩＩＩの卵巣癌とみなされる。ステージＩＶの卵巣癌において、癌は、腹部を越えて、肺又は肝臓内部の組織などの身体の他の部分に転移している。肺の周りの体液中の癌細胞もステージＩＶの卵巣癌とみなされる。
【0079】
ある特定の実施形態では、卵巣癌は、ステージＩＩＩ又はステージＩＶの卵巣癌である。いくつかの実施形態では、ステージＩＩＩの卵巣癌は、ステージＩＩＩｂ又はそれ以上の進行度である。いくつかの実施形態では、卵巣癌は、高異型度漿液性卵巣癌、卵巣明細胞癌、類内膜卵巣癌、粘液性卵巣癌、又は低異型度漿液性卵巣癌である。
【0080】
本方法のいくつかの実施形態では、個体の無再発生存期間（ＲＦＳ）は、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家腫瘍細胞ワクチンを投与されていない実質的に根絶された卵巣癌を有する個体と比較して延長される。
【0081】
本明細書で使用される場合、「無再発生存期間」という用語は、癌を治療するための初期療法の投与後、癌が検出不能なままである（すなわち、癌が再発するまでの）期間を指す。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されている個体の無再発生存期間は、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されていない個体の無再発生存期間よりも５ヶ月～１１ヶ月長い。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されている個体の無再発生存期間は、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されていない個体の無再発生存期間よりも少なくとも５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、又は１１ヶ月長い。
【0082】
本明細書で使用される場合、「実質的に根絶された」という用語は、卵巣癌を治療するための初期療法の後に個体において検出可能でない卵巣癌を指す。いくつかの実施形態では、卵巣癌又はその欠如の検出は、胸部Ｘ線、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャン、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、癌抗原１２５（ＣＡ－１２５）レベルの検出、身体検査若しくは活動性癌を示唆する症状の存在、又はそれらの任意の組み合わせによる。いくつかの実施形態では、３５単位／ｍｌ以下の癌抗原１２５（ＣＡ－１２５）レベルの検出は、個体に卵巣癌が存在しないことを示す。いくつかの実施形態では、実質的に根絶された卵巣癌は、臨床的完全奏功（ｃｃＲ）を達成したと言うことができる。
【0083】
いくつかの実施形態では、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されている個体の無再発生存期間は、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されていない個体の無再発生存期間より少なくとも５ヶ月長い。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されているＢＲＣＡｗｔ個体の無再発生存期間は、腫瘍減量手術の時点から１５ヶ月超であり、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されていない個体の無再発生存期間は、腫瘍減量手術の時点から１５ヶ月未満である。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されているＢＲＣＡｗｔ個体の無再発生存期間は、発現ベクター又は発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンを投与されていない個体の無再発生存期間より少なくとも１１ヶ月長い。
【0084】
いくつかの実施形態では、個体は初期療法を受けていた。いくつかの実施形態では、初期療法の実施は、療法に対する癌の臨床的完全奏功をもたらす。いくつかの実施形態では、初期療法は、腫瘍減量、化学療法の実施、治療剤の投与、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、化学療法は、白金系薬剤、タキサン、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、白金系薬剤は、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ネダプラチン、トリプラチンテトラニトレート、フェナントリプラチン（phenanthriplatin）、ピコプラチン、サトラプラチン、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、白金系薬剤はカルボプラチンを含む。いくつかの実施形態では、タキサンは、パクリタキセル、ドセタキセル、カバジタキセル、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、タキサンは、パクリタキセルを含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、血管新生阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、チェックポイント阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、血管新生阻害剤は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤は、ソラフェニブ、スニチニブ、ベバシズマブ、パゾパニブ、アキシチニブ、カボザンチニブ、レバチニブ（levatinib）、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤はベバシズマブである。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ－４阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、卵巣癌は、化学療法又は治療剤に対して耐性又は不応性である。
【0085】
投与、製剤、及び投与量
いくつかの実施形態では、発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個又は約１×１０７個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた少なくとも１×１０６個又は少なくとも１×１０７個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約１×１０７（例えば、１×１０６、１．５×１０６、２×１０６、２．５×１０６、３×１０６、３．５×１０６、４×１０６、４．５×１０６、５×１０６、５．５×１０６、６×１０６、６．５×１０６、７×１０６、７．５×１０６、８×１０６、８．５×１０６、９×１０６、９．５×１０６、又は１×１０７）個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約２．５×１０７（例えば、１×１０６、１．５×１０６、２×１０６、２．５×１０６、３×１０６、３．５×１０６、４×１０６、４．５×１０６、５×１０６、５．５×１０６、６×１０６、６．５×１０６、７×１０６、７．５×１０６、８×１０６、８．５×１０６、９×１０６、９．５×１０６、１×１０７、１．５×１０７、２×１０７、又は２．５×１０７）個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約５×１０７（例えば、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、又は５×１０７）個の自家癌細胞を含む。
いくつかの実施形態では、発現ベクターを含有する自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個又は約１×１０７個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた少なくとも１×１０６個又は少なくとも１×１０７個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約１×１０７（例えば、１×１０６、１．５×１０６、２×１０６、２．５×１０６、３×１０６、３．５×１０６、４×１０６、４．５×１０６、５×１０６、５．５×１０６、６×１０６、６．５×１０６、７×１０６、７．５×１０６、８×１０６、８．５×１０６、９×１０６、９．５×１０６、又は１×１０７）個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約２．５×１０７（例えば、１×１０６、１．５×１０６、２×１０６、２．５×１０６、３×１０６、３．５×１０６、４×１０６、４．５×１０６、５×１０６、５．５×１０６、６×１０６、６．５×１０６、７×１０６、７．５×１０６、８×１０６、８．５×１０６、９×１０６、９．５×１０６、１×１０７、１．５×１０７、２×１０７、又は２．５×１０７）個の自家癌細胞を含む。いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、本明細書に記載のようにトランスフェクトされた約１×１０６個の細胞～約５×１０７（例えば、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、又は５×１０７）個の自家癌細胞を含む。
【0086】
いくつかの実施形態では、自家癌細胞ワクチンは、１つ以上のワクチンアジュバントを更に含む。
【0087】
いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンは、単位剤形である。「単位剤形」という用語は、本明細書で使用される場合、所定量の本明細書に記載の発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンを、他の成分（例えば、ワクチンアジュバント）と共に含有する物理的に不連続な単位を説明する。いくつかの実施形態では、所定量は多数の細胞である。
【0088】
いくつかの実施形態では、個体は、１ヶ月当たり１回分の発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンを投与される。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの１回分は、１ヶ月～１２ヶ月にわたって１ヶ月に１回、個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも１回分の発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンを投与される。いくつかの実施形態では、個体は、１２回分以下の発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンを投与される。いくつかの実施形態では、個体は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２回分の発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンを投与される。いくつかの実施形態では、１回分は、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの単位剤形である。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの１回分は、３ヶ月毎、２ヶ月毎、１ヶ月に１回、１ヶ月に２回、又は１ヶ月に３回、個体に投与される。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンは、最大１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、１２ヶ月、１８ヶ月、２４ヶ月、又は３６ヶ月にわたって個体に投与される。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンは、注射によって個体に投与される。いくつかの実施形態では、注射は皮内注射である。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの初回分は、個体が臨床的完全奏功（ｃｃＲ）を達成していることを確認した後に個体に投与される。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの初回分は、初期療法の最終治療と同じ日以降に個体に投与される。いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンの初回分は、初期療法の最終治療から８週間後以内に個体に投与される。
【0089】
組み合わせ
いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンは、追加の治療剤と共に投与される。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、治療有効用量のγＩＦＮ（ガンマインターフェロン）を含む。いくつかの実施形態では、γＩＦＮの治療有効用量は、約５０μｇ／ｍ２～約１００μｇ／ｍ２である。いくつかの実施形態では、γＩＦＮの治療有効用量は、約５０μｇ／ｍ２、約６０μｇ／ｍ２、約７０μｇ／ｍ２、約８０μｇ／ｍ２、約９０μｇ／ｍ２、又は約１００μｇ／ｍ２である。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、血管新生阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、チェックポイント阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、血管新生阻害剤は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤は、ソラフェニブ、スニチニブ、ベバシズマブ、パゾパニブ、アキシチニブ、カボザンチニブ、レバチニブ（ｌｅｖａｔｉｎｉｂ）、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤はベバシズマブである。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ－４阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、又はそれらの組み合わせを含む。
いくつかの実施形態では、発現ベクター又は自家癌細胞ワクチンは、追加の治療剤と共に投与される。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、治療有効用量のγＩＦＮ（ガンマインターフェロン）を含む。いくつかの実施形態では、γＩＦＮの治療有効用量は、約５０μｇ／ｍ２～約１００μｇ／ｍ２である。いくつかの実施形態では、γＩＦＮの治療有効用量は、約５０μｇ／ｍ２、約６０μｇ／ｍ２、約７０μｇ／ｍ２、約８０μｇ／ｍ２、約９０μｇ／ｍ２、又は約１００μｇ／ｍ２である。いくつかの実施形態では、追加の治療剤は、血管新生阻害剤、ＰＡＲＰ阻害剤、チェックポイント阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、血管新生阻害剤は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤は、ソラフェニブ、スニチニブ、ベバシズマブ、パゾパニブ、アキシチニブ、カボザンチニブ、レバチニブ（ｌｅｖａｔｉｎｉｂ）、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤はベバシズマブである。いくつかの実施形態では、ＰＡＲＰ阻害剤は、オラパリブ、ルカパリブ、ニラパリブ、タラゾパリブ、ベリパリブ、パミパリブ、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ－４阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、又はそれらの組み合わせを含む。
【実施例】
【0090】
実施例１－ゲノムバリアントデータのネットワークベース解析により、ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡ１／２ｗｔ相同組換え能を有する（ＨＲＰ）集団がＶｉｇｉｌ（登録商標）免疫療法に最も感受性があると同定される
この実験では、フロントラインのステージＩＩＩ／ＩＶ卵巣癌を治療するための無作為化二重盲検試験での、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）又はプラセボを投与されている患者におけるゲノムバリアントデータの更なる分子解析について説明する。本発明者らは、有意なゲノムバリアント、有意味なバリアントの組み合わせ、及び卵巣癌経路の交点又は「ハブ」における関連遺伝子を客観的に、かつ独立して同定することを目指した。
この実験では、フロントラインのステージＩＩＩ／ＩＶ卵巣癌を治療するための無作為化二重盲検試験での、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）又はプラセボを投与されている患者におけるゲノムバリアントデータの更なる分子解析について説明する。本発明者らは、有意なゲノムバリアント、有意味なバリアントの組み合わせ、及び卵巣癌経路の交点又は「ハブ」における関連遺伝子を客観的に、かつ独立して同定することを目指した。
【0091】
方法
データの管理及び設計
ステージＩＩＩ／ＩＶの切除可能な卵巣癌に対してＶｉｇｉｌ（登録商標）とプラセボとを比較する第ＩＩｂ相二重盲検無作為化プラセボ対照試験に参加した全ての患者について、９８１個の検証された遺伝子にわたって腫瘍がアノテーションされたＤＮＡ多型データを生成した。患者の人口統計学的情報、試験設計、及びワクチン製造については既に記載されている［３１］。Ｒｏｃｃｏｎｉらは、ＢＲＣＡｗｔ患者におけるＶｉｇｉｌ（登録商標）治療により、ＲＦＳ（ＨＲ ０．５１；ＣＩ ９０％ ０．３０～０．８８；ｐ＝０．０２）及びＯＳ（ＨＲ ０．４９；９０％ ＣＩ ０．２４～１．０ ｐ＝０．０４９）において無作為化（維持治療開始直前に実施）時点からの臨床的ベネフィットが改善したことを実証した［３１］。試験に参加した９１人の患者全員からの悪性組織のＤＮＡ試料を解析し、その結果を試験の統計計画書において予め明示した臨床エンドポイントと比較した。遺伝子バリアントは、多数のデータベースから最新の文献を検索するＯＲＢアルゴリズムに従って、良性、良性の可能性が高い、病原性の可能性が高い、病原性、又は不確かに分類した。
データの管理及び設計
ステージＩＩＩ／ＩＶの切除可能な卵巣癌に対してＶｉｇｉｌ（登録商標）とプラセボとを比較する第ＩＩｂ相二重盲検無作為化プラセボ対照試験に参加した全ての患者について、９８１個の検証された遺伝子にわたって腫瘍がアノテーションされたＤＮＡ多型データを生成した。患者の人口統計学的情報、試験設計、及びワクチン製造については既に記載されている［３１］。Ｒｏｃｃｏｎｉらは、ＢＲＣＡｗｔ患者におけるＶｉｇｉｌ（登録商標）治療により、ＲＦＳ（ＨＲ ０．５１；ＣＩ ９０％ ０．３０～０．８８；ｐ＝０．０２）及びＯＳ（ＨＲ ０．４９；９０％ ＣＩ ０．２４～１．０ ｐ＝０．０４９）において無作為化（維持治療開始直前に実施）時点からの臨床的ベネフィットが改善したことを実証した［３１］。試験に参加した９１人の患者全員からの悪性組織のＤＮＡ試料を解析し、その結果を試験の統計計画書において予め明示した臨床エンドポイントと比較した。遺伝子バリアントは、多数のデータベースから最新の文献を検索するＯＲＢアルゴリズムに従って、良性、良性の可能性が高い、病原性の可能性が高い、病原性、又は不確かに分類した。
【0092】
本発明者らは病原性又は病原性の可能性が高いと判定された遺伝子バリアントのみを考慮に入れ、これらは病原性変異と呼ばれる。試験の各患者について病原性変異遺伝子の個々の遺伝子セットを作製した。次に、個々の遺伝子セットの一意のユニオン（すなわち、個々の遺伝子セットの全てを組み合わせ、重複した遺伝子を除去した）をとることによって遺伝子セット全体を構築した。この遺伝子セット全体から、患者ｉが遺伝子ｊに病原性変異を有する場合は変異行列の要素（ｉ，ｊ）を１とし、患者ｉが遺伝子ｊに野生型である場合は０とするようなバイナリの変異行列を構築する。このようにデータをフォーマットすることにより、患者の変異状態の容易な特定が可能になる。この全患者の変異行列を視覚的に表示したものを図１に示す。変異行列により共通の変異及び遺伝子プロファイルの視覚化が可能となるが、遺伝子間の機能的関係性は探索されない。
【0093】
８３個の病原性遺伝子リストから、７７個の遺伝子を認識し、ＣｙｔｏｓｃａｐｅのＳＴＲＩＮＧアプリケーションを用いて解析して機能的相互作用を評価した。これらの病原性変異遺伝子が互いにどのように機能的に相互作用するかを解析するために、本発明者らは、ＳＴＲＩＮＧで構築したタンパク質間相互作用（ＰＰＩ）ネットワークを構築し、それを介して特性を探索した。ＳＴＲＩＮＧネットワークでは、関連性又は相互作用は、直接的相互作用（例えば物理的結合）又は間接的相互作用、例えば共通の代謝経路への共同関与を指し得る［３２］。ネットワークが構築されると、遺伝子ペア間のトポロジー距離が計算され、これによりネットワークの重要な特性を明らかにすることができる。本発明者らは更に、（ｉ）ハブ遺伝子、（ｉｉ）トポロジー距離が短い遺伝子ペア、及び（ｉｉｉ）累積Ｃスコアの高い遺伝子ペアにおいて様々な変異状態を有する患者のＲＦＳとＯＳとの関係性を探索した。最後に、本発明者らは、ＲＦＳ及びＯＳの差を調べて比較するために、腫瘍変異負荷が高い対低いで患者を層化した。
【0094】
腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の解析
全ての９８１個の検証された遺伝子にわたって生成された腫瘍がアノテーションされたＤＮＡ多型データを利用して、全ての患者のＴＭＢ（ＯＲＢ）を決定した。ＴＭＢは、腫瘍ゲノムのメガベース当たりの同義及び非同義の変異並びに挿入及び欠失（インデル）を使用して計算した。患者を高ＴＭＢ（１０以上）又は低（１０未満）ＴＭＢに分け、各患者からの臨床データとマージした。カプラン・マイヤー（ＫＭ）解析を用いて、２群間のＯＳ及びＲＦＳの差を計算した。
全ての９８１個の検証された遺伝子にわたって生成された腫瘍がアノテーションされたＤＮＡ多型データを利用して、全ての患者のＴＭＢ（ＯＲＢ）を決定した。ＴＭＢは、腫瘍ゲノムのメガベース当たりの同義及び非同義の変異並びに挿入及び欠失（インデル）を使用して計算した。患者を高ＴＭＢ（１０以上）又は低（１０未満）ＴＭＢに分け、各患者からの臨床データとマージした。カプラン・マイヤー（ＫＭ）解析を用いて、２群間のＯＳ及びＲＦＳの差を計算した。
【0095】
トポロジー距離
全遺伝子リストをＣｙｔｏｓｃａｐｅのＳＴＲＩＮＧアプリケーションに入力した［３３］。合計８３個の遺伝子から７７個がＳＴＲＩＮＧアプリケーションによって認識され、ＰＰＩネットワークを生成するために使用した。このアプリケーションは、ＳＴＲＩＮＧデータベースにアクセスし、入力遺伝子について、頂点とエッジとでそれぞれ表される遺伝子とそれらの相互作用からなるネットワークを生成する。ネットワークにおいて遺伝子は、公開された文献及びハイスループット実験データからそれらが相互作用する証拠がある場合にのみ、エッジによって接続される。ＳＴＲＩＮＧは、この情報を使用して、本発明者らがｓ（ｉ，ｊ）と表記する信頼度スコアを各相互作用又はエッジに割り当てる。個々のＳＴＲＩＮＧスコアを相互作用タイプ毎に生成し、これらのスコアを統合して各タンパク質のペア間の組み合わせ信頼度スコアｓ（ｉ，ｊ）を得る。各タンパク質間相互作用（ＰＰＩ）スコアは０から１の範囲であり、これはＳＴＲＩＮＧが、利用可能な証拠を考慮して、どの程度特定の相互作用が真であると判断する可能性があるかを示す［１］。次に、各遺伝子のペア間のエッジの重みを以下の式：ｗ（ｉ，ｊ）＝１０（１－ｓ（ｉ，ｊ））に従って計算する。
全遺伝子リストをＣｙｔｏｓｃａｐｅのＳＴＲＩＮＧアプリケーションに入力した［３３］。合計８３個の遺伝子から７７個がＳＴＲＩＮＧアプリケーションによって認識され、ＰＰＩネットワークを生成するために使用した。このアプリケーションは、ＳＴＲＩＮＧデータベースにアクセスし、入力遺伝子について、頂点とエッジとでそれぞれ表される遺伝子とそれらの相互作用からなるネットワークを生成する。ネットワークにおいて遺伝子は、公開された文献及びハイスループット実験データからそれらが相互作用する証拠がある場合にのみ、エッジによって接続される。ＳＴＲＩＮＧは、この情報を使用して、本発明者らがｓ（ｉ，ｊ）と表記する信頼度スコアを各相互作用又はエッジに割り当てる。個々のＳＴＲＩＮＧスコアを相互作用タイプ毎に生成し、これらのスコアを統合して各タンパク質のペア間の組み合わせ信頼度スコアｓ（ｉ，ｊ）を得る。各タンパク質間相互作用（ＰＰＩ）スコアは０から１の範囲であり、これはＳＴＲＩＮＧが、利用可能な証拠を考慮して、どの程度特定の相互作用が真であると判断する可能性があるかを示す［１］。次に、各遺伝子のペア間のエッジの重みを以下の式：ｗ（ｉ，ｊ）＝１０（１－ｓ（ｉ，ｊ））に従って計算する。
【0096】
本発明者らは、直感的に小さな重みが遺伝子ペア間の生物学的相互作用の強い証拠に対応するように、スコアｓ（ｉ，ｊ）を１から減算することにした。更に、この量に１０を掛けて値を所望のスケールにシフトした［３４］。次いで、ダイクストラのアルゴリズムを使用して、ｄ（ｉ，ｊ）と表記される遺伝子間の最短重み付き経路の長さを計算する。これは、遺伝子を接続する重み付きエッジを合計し、最短経路を系統的に見つけることによって行われる。この結果、図３に示される距離行列を得た。本発明者らの目的のために、３．８以下の距離、ｄ（ｉ，ｊ）≦３．８を有する遺伝子（下四分の一である）を選択した。直観的に、遺伝子ペアのトポロジー距離ｄ（ｉ，ｊ）が小さい場合、これらの遺伝子は生物学的に相互作用することを本発明者らは確信している。この距離と相互作用のレベルとの逆相関は、遺伝子変異ペアが患者の感受性及びＶｉｇｉｌ（登録商標）に対する応答の増加に寄与するかどうかを決定するために重要である。
【0097】
ハブ遺伝子についてのＳＴＲＩＮＧネットワークの解析
ＳＴＲＩＮＧデータベースは、２０００年から維持されている（例えば、Ｓｚｋｌａｒｃｚｙｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４５（Ｄａｔａｂａｓｅ ｉｓｓｕｅ）：Ｄ３６２－Ｄ３６８，２０１７を参照のこと）。ハブ遺伝子は、ネットワーク内の他の遺伝子に対して高い次数の関連性を有する遺伝子であると定義される。遺伝子又はノードの次数は、遺伝子又はノードがネットワーク内の他の遺伝子又はノードに対して有する接続の数である。本明細書では、次数が１２以上の関連性を有する遺伝子をハブ遺伝子とみなした。閾値１２では、ネットワーク内の遺伝子の平均次数に基づいて遺伝子の上位四分位を選択する。セット全体における各遺伝子の次数を示す棒グラフを図２に示す。
ＳＴＲＩＮＧデータベースは、２０００年から維持されている（例えば、Ｓｚｋｌａｒｃｚｙｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．４５（Ｄａｔａｂａｓｅ ｉｓｓｕｅ）：Ｄ３６２－Ｄ３６８，２０１７を参照のこと）。ハブ遺伝子は、ネットワーク内の他の遺伝子に対して高い次数の関連性を有する遺伝子であると定義される。遺伝子又はノードの次数は、遺伝子又はノードがネットワーク内の他の遺伝子又はノードに対して有する接続の数である。本明細書では、次数が１２以上の関連性を有する遺伝子をハブ遺伝子とみなした。閾値１２では、ネットワーク内の遺伝子の平均次数に基づいて遺伝子の上位四分位を選択する。セット全体における各遺伝子の次数を示す棒グラフを図２に示す。
【0098】
Ｃスコア
患者の変異プロファイルとＳＴＲＩＮＧネットワークという独立した概念は、Ｃスコアによって統合される。本発明者らの遺伝子セット全体における遺伝子のペア毎に共変異の確率を計算することから開始した。共変異の確率は、所与の遺伝子ペアの遺伝子の両方に変異を有する９１人の患者の総数を、両方の遺伝子が個々に変異している合計数という尺度で除したものとして定義され、次式によって得られる：
［３４］。式中、｜Ｇ（ｉ）∩Ｇ（ｊ）｜は、遺伝子ｉとｊとの両方が変異している個々の腫瘍の数を表し、ｍ（ｉ）とｍ（ｊ）とはそれぞれ遺伝子ｉとｊとの累積変異である。Ｐ（ｉ，ｊ）の範囲は０から１の間であり、Ｐ（ｉ，ｊ）＝０は遺伝子ｉとｊとが決して共変異しないことを示し、Ｐ（ｉ，ｊ）＝１は遺伝子が常に共変異することを意味する。
患者の変異プロファイルとＳＴＲＩＮＧネットワークという独立した概念は、Ｃスコアによって統合される。本発明者らの遺伝子セット全体における遺伝子のペア毎に共変異の確率を計算することから開始した。共変異の確率は、所与の遺伝子ペアの遺伝子の両方に変異を有する９１人の患者の総数を、両方の遺伝子が個々に変異している合計数という尺度で除したものとして定義され、次式によって得られる：
【数1】
【0099】
次に、共変異の確率とＳＴＲＩＮＧネットワーク内の遺伝子間のトポロジー距離とを組み合わせてＣ（ｉ，ｊ）と表記されるＣスコアを計算し、遺伝子が機能的に相互作用する可能性（「推定上の遺伝子相互作用」と呼ばれる）を定量化した［３４］。Ｃスコアは、共変異の確率をＳＴＲＩＮＧネットワークからのトポロジー距離の二乗で除することによって計算する。
【数2】
【0100】
更に、遺伝子ｉの累積ｃスコアは、ｃｕｍＣ（ｉ）＝Σｉ≠ｊＣ（ｉ，ｊ）と表記される。累積Ｃスコアが高い遺伝子は、ＳＴＲＩＮＧネットワーク内でその遺伝子に近い遺伝子と共変異する可能性がより高い。個別化されたネットワークベース共変異（ＩＮＣＭ）のＣスコアは、概念的には推定上の遺伝子相互作用の尺度、又は２つの遺伝子が相互作用すると想定できるかどうかの尺度である。Ｌｉｕらは、ＩＮＣＭを定義し、彼らの元の研究においてｃｕｍＣスコアが様々な治療に対する応答／感受性の増加に関連することを見出した［３５］。
【0101】
結果
ＴＭＢ解析
各患者のＴＭＢを、９８１個の遺伝子パネルから同義及び非同義の変異並びにインデルの組み合わせを使用して生成された変異プロファイルを使用して推定した。患者を２つの群；高ＴＭＢ（１０以上）又は低（１０未満）ＴＭＢに層化した。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）群では、３３人の患者が高ＴＭＢを有し、１４人が低ＴＭＢを有し、プラセボ群でも同様の結果が観察され、それぞれ３４人と１０人とであった。プラセボと比較してＶｉｇｉｌ（登録商標）を投与された高ＴＭＢ又は低ＴＭＢを有する患者において、無作為化時点からＲＦＳ又はＯＳに統計学的な差は観察されなかった（ＨＲ＝０．６０ ９０％ ＣＩ ０．３５～１．０１；ｐ＝０．０５２及びＨＲ＝１．０１ ９０％ ＣＩ ０．４１～２．５２；ｐ＝０．４９）（データ示さず）。高ＴＭＢは、以前に報告されたＢＲＣＡｗｔのＲＦＳとの相関の有意性を変化させなかった［２８］。ＢＲＣＡｗｔ、高ＴＭＢ患者は、無作為化時点から改善されたＲＦＳを示した（ＨＲ＝０．４３ ９０％ ＣＩ ０．２３～０．７８；ｐ＝０．００９）及びＯＳ（ＨＲ＝０．４２ ９０％ ＣＩ ０．１９～０．９３；ｐ＝０．０３２）。サンプルサイズが小さかったため、ＢＲＣＡｗｔ、低ＴＭＢ群においてＲＦＳ及びＯＳを評価することはできなかった。
ＴＭＢ解析
各患者のＴＭＢを、９８１個の遺伝子パネルから同義及び非同義の変異並びにインデルの組み合わせを使用して生成された変異プロファイルを使用して推定した。患者を２つの群；高ＴＭＢ（１０以上）又は低（１０未満）ＴＭＢに層化した。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）群では、３３人の患者が高ＴＭＢを有し、１４人が低ＴＭＢを有し、プラセボ群でも同様の結果が観察され、それぞれ３４人と１０人とであった。プラセボと比較してＶｉｇｉｌ（登録商標）を投与された高ＴＭＢ又は低ＴＭＢを有する患者において、無作為化時点からＲＦＳ又はＯＳに統計学的な差は観察されなかった（ＨＲ＝０．６０ ９０％ ＣＩ ０．３５～１．０１；ｐ＝０．０５２及びＨＲ＝１．０１ ９０％ ＣＩ ０．４１～２．５２；ｐ＝０．４９）（データ示さず）。高ＴＭＢは、以前に報告されたＢＲＣＡｗｔのＲＦＳとの相関の有意性を変化させなかった［２８］。ＢＲＣＡｗｔ、高ＴＭＢ患者は、無作為化時点から改善されたＲＦＳを示した（ＨＲ＝０．４３ ９０％ ＣＩ ０．２３～０．７８；ｐ＝０．００９）及びＯＳ（ＨＲ＝０．４２ ９０％ ＣＩ ０．１９～０．９３；ｐ＝０．０３２）。サンプルサイズが小さかったため、ＢＲＣＡｗｔ、低ＴＭＢ群においてＲＦＳ及びＯＳを評価することはできなかった。
【0102】
ネットワーク構築及び経路エンリッチメント解析
ＳＴＲＩＮＧで構築したＰＰＩネットワークを作製した。方法で述べたように、解析した９８１個の遺伝子のうち８３個が病原性と定義された。ＳＴＲＩＮＧネットワーク内の各遺伝子をＣｙｔｏｓｃａｐｅのＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓアプリケーションに入力することによって解析を行った［３３］。各遺伝子について、その遺伝子が関与する経路のリストを抽出した。次に、生成された経路のリストを以下の６つのカテゴリー：ＤＮＡ修復、染色体の組織化及び転写、翻訳及び翻訳後修飾の調節、免疫、他の癌遺伝子、未定義に層化した。「未定義」カテゴリーの遺伝子は、５つの選択された経路のいずれにも適合せず、かつ／又はＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓの既知の経路のいずれも有していなかった。ＳＴＲＩＮＧネットワーク内の各遺伝子は上記の経路の１つ又はいくつかに帰属され、経路は上記のカテゴリーによって分類された。
ＳＴＲＩＮＧで構築したＰＰＩネットワークを作製した。方法で述べたように、解析した９８１個の遺伝子のうち８３個が病原性と定義された。ＳＴＲＩＮＧネットワーク内の各遺伝子をＣｙｔｏｓｃａｐｅのＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓアプリケーションに入力することによって解析を行った［３３］。各遺伝子について、その遺伝子が関与する経路のリストを抽出した。次に、生成された経路のリストを以下の６つのカテゴリー：ＤＮＡ修復、染色体の組織化及び転写、翻訳及び翻訳後修飾の調節、免疫、他の癌遺伝子、未定義に層化した。「未定義」カテゴリーの遺伝子は、５つの選択された経路のいずれにも適合せず、かつ／又はＷｉｋｉＰａｔｈｗａｙｓの既知の経路のいずれも有していなかった。ＳＴＲＩＮＧネットワーク内の各遺伝子は上記の経路の１つ又はいくつかに帰属され、経路は上記のカテゴリーによって分類された。
【0103】
単一遺伝子解析
ハブ遺伝子。ＰＰＩネットワーク内の７７個の遺伝子のうち１０個は次数が１２超の関連性を有することが同定され、それらをハブ遺伝子とした：ＴＰ５３、ＣＴＮＮＢ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＣＡ１、ＮＦ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＲＸ、ＭＹＣＮＯＳ、ＭＵＴＹＨ（図２）。
ハブ遺伝子。ＰＰＩネットワーク内の７７個の遺伝子のうち１０個は次数が１２超の関連性を有することが同定され、それらをハブ遺伝子とした：ＴＰ５３、ＣＴＮＮＢ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＢＲＣＡ１、ＮＦ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＴＲＸ、ＭＹＣＮＯＳ、ＭＵＴＹＨ（図２）。
【0104】
ハブ遺伝子の変異状態（変異体又は野生型）と治療群とによって層化し、ＫＭ解析及びログランク検定を行って、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）がプラセボに対する優位性を示したかどうかを評価した（ｐ＝≦０．１）。無作為化時点からのＲＦＳはＶＩＴＡＬ試験の一次エンドポイントであったため、本解析の一次ベネフィットとして使用した。ＴＰ５３、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２のみが、無作為化時点からの統計的カットオフｐ＝≦０．１に達したハブ遺伝子であった。ＴＰ５３ｍ腫瘍を有する患者では、ＲＦＳ中央値は、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）で１８．６９ヶ月、プラセボで８．３５ヶ月であった（片側ｐ＝０．０９６）。ＢＲＣＡ１ｗｔ集団では、ＲＦＳは、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）では１２．７５ヶ月、プラセボでは８．３８ヶ月であった（片側ｐ＝０．１０）。ＢＲＣＡ２ｗｔ集団のＲＦＳは、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）とプラセボとについて、それぞれ１１．４７ヶ月と８．３５ヶ月とであった（片側ｐ＝０．０５）。
【0105】
遺伝子ペア解析
トポロジー距離が短い遺伝子ペア。行列における最大距離及び最小距離とは、それぞれ遺伝子ＵＳＨ２ＡとＥＰＰＫ１との間の距離１５．１９、及び遺伝子ＢＲＣＡ１とＢＲＣＡ２との間の距離０．０２である。本発明者らは更に、トポロジー距離が短い遺伝子ペアを解析した。１５．１９から０．０２を引いた範囲を４で除することによって決定された３．８をカットオフとして使用して（下位四分位を意味する）、１３９個の遺伝子ペアを得た（図３）。
トポロジー距離が短い遺伝子ペア。行列における最大距離及び最小距離とは、それぞれ遺伝子ＵＳＨ２ＡとＥＰＰＫ１との間の距離１５．１９、及び遺伝子ＢＲＣＡ１とＢＲＣＡ２との間の距離０．０２である。本発明者らは更に、トポロジー距離が短い遺伝子ペアを解析した。１５．１９から０．０２を引いた範囲を４で除することによって決定された３．８をカットオフとして使用して（下位四分位を意味する）、１３９個の遺伝子ペアを得た（図３）。
【0106】
本発明者らは、ＴＰ５３とＢＲＣＡ１との距離が０．０４であり、ＴＰ５３とＢＲＣＡ２との距離が０．０６であることを見出した。このことは、ＴＰ５３がＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２と機能的関連性を有するという強い証拠が存在することを示しており、したがってＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２の両方がＢＲＣＡとして表される共同関係とみなされ、これは他のものの先行解析と一致している。
【0107】
累積Ｃスコアが高い遺伝子ペア。距離行列（図３）における全遺伝子ペアについてＣスコアを計算し、累積ＣスコアであるｃｕｍＣが最も高いものから最も低いものまで遺伝子を順序付けたところ、ｃｕｍＣが最も高い遺伝子は順にＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、及びＴＰ５３であった。これは、共変異の観点及びトポロジー距離の観点の両方から、ネットワーク内で接続性が高いことを示している。したがって、これら３つの遺伝子の機能又は機能不全は、卵巣癌細胞内の他のタンパク質に対して、他のゲノムバリアントよりも更に広範な影響を及ぼす。このことから、ＢＲＣＡ及びＴＰ５３の野生型発現対変異体発現の影響について、より詳細な注意を払う必要がある。
【0108】
ＳＴＲＩＮＧネットワーク内のＴＰ５３とＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２との近接性並びにそれらの高い累積Ｃスコアを考慮して、本発明者らは、４つの変異状態（共変異体、変異体－野生型、野生型－変異体、共野生型）にわたって生存解析を行った。これらの組み合わせが、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）治療群の無再発生存期間に与える影響をプラセボと比較したものを表１～表３に示す。ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔ群は、ＲＦＳ中央値が１９．３５ヶ月であったのに対し、二重変異体では１１．７１ヶ月、二重野生型では１０．４８ヶ月であった。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）群とプラセボ群とを比較すると、ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔ群のＲＦＳ中央値は１９．３５ヶ月であり、７．８５ヶ月と比較された（ｐ＝０．０１、ＨＲ＝０．４４）（図４）。表４に示されるＢＲＣＡ及び本発明者らが同定したハブ遺伝子の組み合わせについて、更なる検定で統計的有意性（ｐ＜０．０５）を実証した。距離が短い他の遺伝子及び遺伝子ペアに関する結果を表５～表７に示す。
【表1】
【表2】
【表3】
【表4】
【表5】
【表6-1】
【表6-2】
【表6-3】
【表6-4】
【表7】
【0109】
相同組換え状態。ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔ集団に対する相同組換え状態の影響を判定するために、ＫＭ解析を実施した。Ｍｙｒｉａｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓによって定義された４２未満のスコアを使用してＨＲＰである患者を同定し、４２以上のスコアは患者がＨＲＤであることを示した。ＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔかつＨＲＰ群のＲＦＳは、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）患者対プラセボ患者において２１．１ヶ月対５．６ヶ月（ＨＲ＝０．２６、ｐ＝０．００１）に改善された（図５Ａ）。ＯＳもまた、ＨＲＰかつＴＰ５３ｍ－ＢＲＣＡｗｔ患者において無作為化時点から改善された。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）治療群ではＯＳに達しなかった一方、プラセボは２７．０ヶ月であった（ＨＲ＝０．３３、ｐ＝０．０２）（図５Ｂ）。
【0110】
考察
本発明者らの病原性遺伝子変異のネットワークベース解析は、最適な集団、特に、ＢＲＣＡｗｔ及びＴＰ５３変異体遺伝子シグナルを含むＨＲＰ悪性細胞プロファイルを有する患者であって、ＲＦＳ及びＯＳの優位性に関してＶｉｇｉｌ（登録商標）ベース療法から恩恵を受ける、患者を潜在的に指し示している。これらの結果は仮説を生成するに過ぎないが、Ｖｉｇｉｌによる治療のための標的集団を最適化する新規なアプローチを示唆している。このアプローチでは、ＳＴＲＩＮＧデータベースを利用して遺伝子間の機能的類似性を記述する偏りのないネットワークが構築され、それにより野生型又は変異体バリアントの潜在的影響の機構的理解がもたらされた。このアプローチは、ＤＮＡバリアントデータの潜在的な制限を回避し、包括的な分子シグナル発現経路及び臨床的ベネフィットの影響との関係性についての理解が限られている現状を考慮すると、より効果的に標的集団を同定し得る。このようなアプローチでは、悪性ネットワークの特性、例えば遺伝子間のトポロジー距離、Ｃスコア、及びハブ遺伝子をコンピュータ解析することにより、重要性の高い遺伝子を記述することができる。Ｖｉｇｉｌで治療されたＨＲＰ卵巣集団におけるこれらの解析を通じて、３つの遺伝子バリアント：ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、及びＴＰ５３が全ての解析方法にわたって突出していた。様々な癌タイプを伴う同様の方法論が他の研究者によって使用されており、臨床転帰との分子的協調が実証されている［３２、３３、３４］。
本発明者らの病原性遺伝子変異のネットワークベース解析は、最適な集団、特に、ＢＲＣＡｗｔ及びＴＰ５３変異体遺伝子シグナルを含むＨＲＰ悪性細胞プロファイルを有する患者であって、ＲＦＳ及びＯＳの優位性に関してＶｉｇｉｌ（登録商標）ベース療法から恩恵を受ける、患者を潜在的に指し示している。これらの結果は仮説を生成するに過ぎないが、Ｖｉｇｉｌによる治療のための標的集団を最適化する新規なアプローチを示唆している。このアプローチでは、ＳＴＲＩＮＧデータベースを利用して遺伝子間の機能的類似性を記述する偏りのないネットワークが構築され、それにより野生型又は変異体バリアントの潜在的影響の機構的理解がもたらされた。このアプローチは、ＤＮＡバリアントデータの潜在的な制限を回避し、包括的な分子シグナル発現経路及び臨床的ベネフィットの影響との関係性についての理解が限られている現状を考慮すると、より効果的に標的集団を同定し得る。このようなアプローチでは、悪性ネットワークの特性、例えば遺伝子間のトポロジー距離、Ｃスコア、及びハブ遺伝子をコンピュータ解析することにより、重要性の高い遺伝子を記述することができる。Ｖｉｇｉｌで治療されたＨＲＰ卵巣集団におけるこれらの解析を通じて、３つの遺伝子バリアント：ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、及びＴＰ５３が全ての解析方法にわたって突出していた。様々な癌タイプを伴う同様の方法論が他の研究者によって使用されており、臨床転帰との分子的協調が実証されている［３２、３３、３４］。
【0111】
ＳＴＲＩＮＧによって生成されたトポロジー距離と試料から導出された共変異の確率との組み合わせは、２つの遺伝子のＣスコアとして現れ、累積Ｃスコア（ｃｕｍＣスコア）は、ネットワーク内のある遺伝子の他の全ての遺伝子との相互作用を総計したものである。Ｃスコアによって同定される遺伝子ペアは、多くの場合、腫瘍形成の増加及び抗癌療法に対する感受性／耐性と相関する中心的な癌遺伝子を伴う［３５］。本発明者らの試料及び文献の両方において高度に表される遺伝子について、そのｃｕｍＣスコア値は、その分子が患者データから導出され、その分母が現在の文献から作成されるため、頑健性がある、かつニュアンスがある。本明細書では、ＴＰ５３、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２を、患者試料に存在する遺伝子の中でｃｕｍＣスコアが最も高い遺伝子として同定した。ＣｕｍＣスコアが高いということは、ＣｕｍＣスコアが感受性及び耐性と相関していることから、これらの遺伝子の特定のバリアントが薬剤応答に対応することを示唆している［３５］。実際、本発明者らは、ＴＰ５３ｍ及びＢＲＣＡｗｔがＶｉｇｉｌ（登録商標）に対するＲＦＳ及びＯＳベネフィットの向上と相関することを見出した。
【0112】
ハブ遺伝子の解析でも同様に、ＢＲＣＡ及びＴＰ５３が卵巣癌の中心的遺伝子として同定された。先行研究では、ハブ遺伝子データがＯＳの差に対して臨床的洞察を提供したことが実証された。ある先行研究では、研究試料において同定された１６個のハブ遺伝子のうち４個（ＣＣＮＢ１、ＣＥＮＰＦ、ＫＩＦ１１、及びＺＷＩＮＴ）が卵巣癌を有する患者のＯＳの短縮と関連していた［３６］。この研究の著者らは、多くの細胞経路の交点に位置するこれらのハブ遺伝子における変異が、多数の細胞機能の調節不全を引き起こすと推測している。したがって、単一のハブ遺伝子を変化させることによって、細胞の恒常性は、より大きな規模で影響を受ける可能性がある。この破壊は、腫瘍の進行、免疫阻害、及び様々な癌の特徴に関連し得、このことはハブ遺伝子と予後不良との関連を説明し得る［３７、３８］。本発明者らの論文で提示されたハブ遺伝子解析は、ＴＰ５３ｍ、ＢＲＣＡ１ｗｔ、ＢＲＣＡ２ｗｔを、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）治療患者においてＲＦＳの優位性を有する中核的なハブ遺伝子として同定しており、これは潜在的に、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）の標的集団の遺伝子ネットワークがより広範であることを示唆している。更に、このアプローチは、関連するネットワークゲノムバリアントを標的とする標的化治療薬開発における戦略的シフトを支持するものである。
【0113】
本発明者らの結果はまた、ＢＲＣＡによって影響を受けた経路はＶｉｇｉｌ（登録商標）が最適に機能するためにインタクトでなければならない一方で、ＴＰ５３によって影響を受けた経路は調節不全であり得ることを裏付けている。同様に、相同修復経路及びその関連遺伝子（ＨＲＰ遺伝子型）の統合性もまた、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）の最適な結果にとって重要であり得る。このことは、遺伝子バリアントの組み合わせによって形成される癌の恒常性が薬剤感受性又は耐性に最適な環境を作り出すことを示唆している。本発明者らの場合、機能的ＨＲ又はＢＲＣＡタンパク質及び破壊されたＴＰ５３タンパク質によって生成される経路の相互作用が、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）療法に理想的な分子状況を作り出しているという仮説を立てた。
【0114】
しかしながら、免疫チェックポイント阻害剤療法とは作用機序が異なるＶｉｇｉｌ（登録商標）免疫療法が関与するこれらの結果は、現行の理論ではＤＮＡ修復の欠損がより多くの腫瘍ネオ抗原及びより高いＴＭＢをもたらすと推測されるため、チェックポイント阻害剤ベースの免疫療法に関与する標的集団にとっては、やや直感に反するものである［３９］。高ＴＭＢに関連する腫瘍内不均一性（ＩＴＨ）は、腫瘍内の細胞間のネオエピトープのバリエーションを増加させ、より低頻度のクローン性ネオ抗原に対する統合された免疫応答を希薄化させることができる［２８、３０］。Ｖｉｇｉｌ（登録商標）の作用機序に関して、低ＩＴＨ環境において大多数の癌細胞によって提示されるクローン性ネオエピトープに対してより強固な免疫攻撃が行われる。ＴＰ５３ｍは、ＴＭＢ及び腫瘍異数性レベル（ＴＡＬ）の増加と関連しており、これらは免疫応答性に対して相反する影響を有する。ＴＭＢは、特定の免疫療法、特にチェックポイント阻害剤に対する感受性と相関する傾向がある［３９、４０］。ＴＡＬは、染色体の誤分離の程度であり、免疫療法に対する応答不良と関連する［４１、４２］。免疫原性に対するＴＰ５３の影響はまた組織依存性であり、これは組織タイプ内での差次的遺伝子発現によって決定され得る［４２～４４］。この現象は、変異体ＴＰ５３遺伝子型が、卵巣癌ＢＲＣＡｗｔ集団におけるＶｉｇｉｌ（登録商標）免疫療法に対する応答の改善と関連していることを更に説明し得る。本発明者らは、Ｖｉｇｉｌによる高ＴＭＢに対するベネフィットの独立した効果を観察しなかった。以前に報告されたＢＲＣＡｗｔ患者におけるＲＦＳ及びＯＳでのベネフィットは、高ＴＭＢによる悪影響を受けなかった［２８］。
【0115】
結論として、本発明者らは、Ｖｉｇｉｌ（登録商標）に対する耐性集団と感受性集団とを分離するためにＤＮＡ解析法の使用を支持する証拠を実証した。これらの技術は、進行したステージＩＩＩ／ＩＶの切除可能な疾患患者において維持療法として使用される場合に、遺伝子間のノーダルネットワーク関係がＶｉｇｉｌ（登録商標）に対する臨床応答にどのように影響するかを分析するための頑健なアプローチを構築するものである。これらの結果は更に、他のより感受性の高い遺伝子標的、並びにＶｉｇｉｌ（登録商標）及び他の潜在的な免疫治療薬との可能性のある更なる新規な標的化治療の組み合わせを同定するためのネットワークベース解析の新規な使用を支持している。
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３０． ＭｃＧｒａｎａｈａｎ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｏｎａｌ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ ｅｌｉｃｉｔ Ｔ ｃｅｌｌ ｉｍｍｕｎｏｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｂｌｏｃｋａｄｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１６．３５１（６２８０）：ｐ．１４６３－９．
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４１． Ｄａｖｏｌｉ，Ｔ．，ｅｔ ａｌ．，Ｔｕｍｏｒ ａｎｅｕｐｌｏｉｄｙ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ ｗｉｔｈ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｅｖａｓｉｏｎ ａｎｄ ｗｉｔｈ ｒｅｄｕｃｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１７．３５５（６３２２）．
４２． Ｌｉ，Ｌ．，Ｍ．Ｌｉ，ａｎｄ Ｘ．Ｗａｎｇ，Ｃａｎｃｅｒ ｔｙｐｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ＴＰ５３ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．ＤＮＡ Ｒｅｐａｉｒ （Ａｍｓｔ），２０２０．８８：ｐ．１０２７８５．
４３． Ａｎｄｒｙｓｉｋ，Ｚ．，ｅｔ ａｌ．，Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｃｏｒｅ ＴＰ５３ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｇｒａｍ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｔｕｍｏｒ ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｖｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ，２０１７．２７（１０）：ｐ．１６４５－１６５７．
４４． Ｋａｓｔｅｎｈｕｂｅｒ，Ｅ．Ｒ．ａｎｄ Ｓ．Ｗ．Ｌｏｗｅ，Ｐｕｔｔｉｎｇ ｐ５３ ｉｎ Ｃｏｎｔｅｘｔ．Ｃｅｌｌ，２０１７．１７０（６）：ｐ．１０６２－１０７８．
【0116】
上記に列挙された参考文献は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0117】
本開示の好ましい実施形態が本明細書に示され、説明されてきたが、そのような実施形態は単に例として提供されるものであることが当業者には明らかであろう。当業者であれば、本開示から逸脱することなく、多数の変形、変更、及び置換を想起するであろう。本明細書に記載される本開示の実施形態に対する様々な代替形態が、本開示を実施する際に使用され得ることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本開示の範囲を規定することと、これらの特許請求の範囲内の方法及び構造並びにその均等物がそれらの特許請求の範囲によって包含されることとが意図されている。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図6】
【配列表】
【国際調査報告】