特表 2024-511498 切断性エンドヌクレアーゼによる発癌性変異のターゲティング

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-03-13

(54)【発明の名称】切断性エンドヌクレアーゼによる発癌性変異のターゲティング

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/09 20060101AFI20240306BHJP

   C12N 15/55 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 15/12 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 9/16 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 15/11 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 15/62 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 5/09 20100101ALI20240306BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20240306BHJP

   C12N 15/31 20060101ALI20240306BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20240306BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20240306BHJP

   A61K 38/46 20060101ALI20240306BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20240306BHJP

   A61K 31/711 20060101ALI20240306BHJP

   A61K 9/51 20060101ALI20240306BHJP

【ＦＩ】

C12N15/09 100

C12N15/55

C12N15/12

C12N9/16 Z

C12N15/11 Z

C12N15/62 Z

C12N15/63 Z

C12N5/09

C12N5/10

C12N15/31

A61P35/00

A61P43/00 111

A61K38/46

A61K48/00

A61P43/00 105

A61P43/00 121

A61K31/711

A61K9/51

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023559091

(86)(22)【出願日】2022-03-25

(85)【翻訳文提出日】2023-11-27

(86)【国際出願番号】 IB2022000155

(87)【国際公開番号】W WO2022200858

(87)【国際公開日】2022-09-29

(31)【優先権主張番号】63/166,763

(32)【優先日】2021-03-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】521479471

【氏名又は名称】スペシフィック バイオロジクス インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100118902

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 修

(74)【代理人】

【識別番号】100106208

【弁理士】

【氏名又は名称】宮前 徹

(74)【代理人】

【識別番号】100196508

【弁理士】

【氏名又は名称】松尾 淳一

(74)【代理人】

【識別番号】100122644

【弁理士】

【氏名又は名称】寺地 拓己

(72)【発明者】

【氏名】ステッド，ブレント・イー

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C086

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01Y

4B065AA23Y

4B065AA50Y

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AB01

4B065BA02

4B065CA23

4B065CA31

4B065CA44

4C076AA65

4C076CC29

4C084AA02

4C084AA13

4C084BA01

4C084BA02

4C084BA08

4C084BA22

4C084CA53

4C084DC22

4C084MA02

4C084MA38

4C084NA05

4C084NA14

4C084ZB211

4C084ZB212

4C084ZB261

4C084ZB262

4C084ZC411

4C084ZC412

4C086AA01

4C086EA16

4C086MA02

4C086MA04

4C086NA05

4C086NA14

4C086ZB21

4C086ZB26

4C086ZC75

(57)【要約】

発癌遺伝子のターゲティングのための、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメイン及びＣａｓドメインを含むキメラヌクレアーゼを用いる組成物及び方法が本明細書において提供される。
【選択図】 図１

【特許請求の範囲】

【請求項1】

キメラヌクレアーゼを含む組成物であって、キメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメイン、及びガイドＲＮＡを含み、ガイドＲＮＡは、ＥＧＦＲのエクソン１９における欠失ではない発癌性変異を標的とする核酸配列を含む、前記組成物。

【請求項2】

キメラヌクレアーゼを含む組成物であって、キメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメイン、及びガイドＲＮＡを含み、ガイドＲＮＡは発癌性変異を標的とする核酸配列を含み、発癌性変異は（ｉ）１以上のヌクレオチドの挿入、又は（ｉｉ）１０以下のヌクレオチドの置換若しくは欠失である、前記組成物。

【請求項3】

発癌性変異が単一ヌクレオチド多型である、請求項１又は２に記載の組成物。

【請求項4】

発癌性変異を含む配列が、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異又はそれらの組合せから選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項5】

発癌性変異を含む配列が、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるか、又はそれらの組合せである、請求項１～３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項6】

発癌性変異が、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異又はＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項7】

発癌性変異が、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異に対応する変異を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項8】

ガイドＲＮＡが、配列番号４５、１３０、若しくは１４１に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６に記載されるヌクレオチド配列を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項9】

ガイドＲＮＡが、配列番号４５、１３０、１４１のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項10】

発癌性変異が、ＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む、請求項１～９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項11】

ガイドＲＮＡが配列番号６８３に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４に記載されるヌクレオチド配列を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項12】

ガイドＲＮＡが、配列番号６８３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項13】

発癌性変異が、Ｍｕｃ４、ＰＩＫ３ＣＡ、ＫＲＡＳのいずれか１つから選択される遺伝子の発癌性変異又はそれらの組合せである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項14】

発癌性変異がＭｕｃ４の変異を含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項15】

Ｍｕｃ４の変異が、エクソン２のインフレーム欠失又はエクソン３のインフレーム欠失である、請求項１４に記載の組成物。

【請求項16】

Ｍｕｃ４の変異が、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２位、Ｐ１６８０位、Ｔ１７１１位、Ｖ１７２１位，Ｐ１８２６位、Ａ１８３０位、Ｓ３５６０位、Ａ１８３３位、Ｄ２２５３位、Ｖ２２８１位、Ｐ３０８８位、Ｔ３１１９位、Ｔ３１８３位、Ｖ３８１７位、Ａ３９０２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項１４又は１５に記載の組成物。

【請求項17】

Ｍｕｃ４の変異が、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２Ｌ、Ｐ１６８０Ｓ、Ｔ１７１１Ｉ、Ｖ１７２１Ａ、Ｐ１８２６Ｈ、Ａ１８３０Ｔ、Ｓ３５６０Ｓ、Ａ１８３３Ｖ、Ｄ２２５３Ｈ、Ｖ２２８１ＡＭ、Ｐ３０８８Ｌ、Ｔ３１１９Ｔ、Ｔ３１８３Ｍ、Ｖ３８１７Ａ，Ａ３９０２Ｖのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項18】

ガイドＲＮＡが、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５に記載されるヌクレオチド配列を含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項19】

ガイドＲＮＡが、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項20】

発癌性変異がＰＩＫ３ＣＡの変異を含む、請求項１～１９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項21】

ＰＩＫ３ＣＡの変異が、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７位、Ｅ５４２位、Ｅ５４５位、Ｎ３４５位、Ｃ１６３６位、Ｇ１６２４位、Ｇ１６３３位，Ａ３１４０位、Ｃ３０７５位、Ａ１６３４位、Ａ１１７３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項２０に記載の組成物。

【請求項22】

ＰＩＫ３ＣＡの変異が、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｃ１６３６Ａ、Ｇ１６２４Ａ、Ｇ１６３３Ａ、Ａ３１４０Ｔ、Ａ３１４０Ｇ、Ｃ３０７５Ｔ、Ａ１６３４Ｃ、Ａ１１７３Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される、請求項２０又は２１に記載の組成物。

【請求項23】

ガイドＲＮＡが、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０に記載されるヌクレオチド配列を含む、請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項24】

ガイドＲＮＡが、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む、請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項25】

発癌性変異がＫＲＡＳの変異を含む、請求項１～２４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項26】

ＫＲＡＳの変異が、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９位、Ｄ１１９位、Ｄ３３位、Ｇ２１位、Ｇ１２位、Ｇ１３位、Ｑ６１位、Ａ１４６位、Ｋ１１７位のいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項２５に記載の組成物。

【請求項27】

ＫＲＡＳの変異が、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９Ｔ、Ａ５９Ｅ、Ａ５９Ｔ、Ｄ１１９Ｎ、Ｄ３３Ｅ、Ｇ２１Ｃ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｒ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｖ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ａ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１１７Ｎ、Ｋ１１７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される、請求項２５又は２６に記載の組成物。

【請求項28】

ガイドＲＮＡが、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７に記載されるヌクレオチド配列を含む、請求項１～２７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項29】

ガイドＲＮＡが、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％，９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む、請求項１～２７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項30】

ガイドＲＮＡが、非天然のヌクレオシド間リンケージ、核酸模倣体、改変された糖部分、又は改変された核酸塩基のうちの１以上を含む、請求項１～２９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項31】

非天然のヌクレオシド間リンケージが、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート、アミノアルキルホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、又はボラノホスフェートのうちの１以上を含む、請求項３０に記載の組成物。

【請求項32】

核酸模倣体が、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、又はロック核酸（ＬＮＡ）のうちの１以上を含む、請求項３０又は３１に記載の組成物。

【請求項33】

改変された糖部分が、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－Ｏ－メチル、又は２’－フルオロのうちの１以上を含む、請求項３０～３２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項34】

改変された核酸塩基が、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－ハロウラシル、５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、５－ハロ、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆアデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザアデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、若しくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、又は５－プロピニルシトシンのうちの１以上を含む、請求項３０～３３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項35】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン及びＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインに作動可能に連結されたリンカーをさらに含む、請求項１～３４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項36】

リンカーが、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項３５に記載の組成物。

【請求項37】

リンカーが、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、ＶＩ１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項３５又は３６に記載の組成物。

【請求項38】

リンカーが、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項39】

リンカーが、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４と少なくとも８５％、９０％、９５％，９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項３５に記載の組成物。

【請求項40】

リンカーが、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、Ｖ１１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項３５又は３９に記載の組成物。

【請求項41】

リンカーが、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項３５、３９、又は４０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項42】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインである、請求項１～４１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項43】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインのうちのいずれか１つ又はそれらの組合せである、請求項４２に記載の組成物。

【請求項44】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項45】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１０に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２～４４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項46】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９７位、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２～４５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項47】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２～４６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項48】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２～４４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項49】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９位７、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２～４４又は４８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項50】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２～４４、４８、又は４９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項51】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０Ｅ変異に対応する変異を含む、請求項４２～５０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項52】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項53】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１１に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は５２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項54】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６位０、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５２、又は５３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項55】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、又は５２～５４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項56】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は５２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項57】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５２、又は５６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項58】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５ＳＩ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５２、５６、又は５７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項59】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項60】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１２に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は５９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項61】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５９、又は６０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項62】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、又は５９～６１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項63】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は５９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項64】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５９、又は６３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項65】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、５９、６３、又は６４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項66】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項67】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１３に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は６６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項68】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、６６、又は６７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項69】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、６６～６８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項70】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は６６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項71】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、６６、又は７０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項72】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインが、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、６６、７０、又は７１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項73】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項74】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１４に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は７３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項75】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５位８、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、７３、又は７４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項76】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、又は７３～７５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項77】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は７３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項78】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、７３、又は７７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項79】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインが、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、７３、７７、又は７８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項80】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項81】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１５に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は８０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項82】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８０、又は８１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項83】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４ｚ２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、又は８０～８２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項84】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は８０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項85】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８０、又は８４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項86】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインが、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８０、８４、又は８５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項87】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインである、請求項４２又は４３に記載の組成物。

【請求項88】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１６に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は８７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項89】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８７、又は８８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項90】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８７～８９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項91】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、配列番号７１６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項４２、４３、又は８７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項92】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８７、又は９１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項93】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインが、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項４２、４３、８７、９１、又は９２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項94】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ１２ドメインである、請求項１～４１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項95】

ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインが、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓＸドメインである、請求項１～４１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項96】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、配列番号７００と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１～９５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項97】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｔ１１、Ｖ１６、Ｎ１４、Ｅ２５、Ｋ２６、Ｒ２７、Ｅ３６、Ｋ３７、Ｇ３８、Ｃ３９、Ｓ４１、Ｌ４５、Ｆ４９、Ｉ６０、及びＥ８１に対応する位置のいずれか１つにおける変異又はそれらの組合せを含む、請求項１～９６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項98】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｔ１１Ｖ、Ｖ１６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉに対応するいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項１～９７のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項99】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む、請求項１～９８のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項100】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、配列番号７００に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項１～９５のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項101】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｔ１１位、Ｖ１６位、Ｎ１４位、Ｅ２５位、Ｋ２６位、Ｒ２７位、Ｅ３６位、Ｋ３７位、Ｇ３８位、Ｃ３９位、Ｓ４１位、Ｌ４５位、Ｆ４９位、Ｉ６０位、及びＥ８１位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む、請求項１～９５又は１００のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項102】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｔ１１Ｖ、ＶＩ６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む、請求項１～９５、１００、又は１０１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項103】

Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインが、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む、請求項１～９５又は１００～１０２のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項104】

キメラヌクレアーゼが核局在化シグナルをさらに含む、請求項１～１０３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項105】

核局在化シグナルが、ＳＶ４０核局在化シグナルを含む、請求項１０４に記載の組成物。

【請求項106】

核局在化シグナルがヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む、請求項１０４又は１０５に記載の組成物。

【請求項107】

ドナー核酸をさらに含む、請求項１～１０６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項108】

ドナー核酸が、発癌性変異を含む遺伝子の非発癌性機能を回復させる、請求項１０７に記載の組成物。

【請求項109】

ドナー核酸が、発癌性変異の非発癌性バージョンを含む、請求項１０７又は１０８に記載の組成物。

【請求項110】

ドナー核酸がＤＮＡである、請求項１０７～１０９のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項111】

ドナー核酸が、平滑末端及び少なくとも２ヌクレオチドの３’突出末端を含む、請求項１０７～１１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項112】

ドナー核酸が、発癌性変異の非発癌性バージョンに隣接する５’及び３’の相同性を含む、請求項１０９～１１１のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項113】

ドナー核酸を含まない、請求項１～１０６のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項114】

薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む、請求項１～１１３のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項115】

脂質ナノ粒子中にカプセル化されている、請求項１～１１４のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項116】

脂質ナノ粒子が、カチオン性又は中性の脂質を含む、請求項１１５に記載の組成物。

【請求項117】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載のキメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡをコードする核酸又は複数の核酸。

【請求項118】

キメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡが、真核生物のプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、又はそれらの組合せに作動可能に連結されている、請求項１１７に記載の核酸又は複数の核酸。

【請求項119】

プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、又はアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである、請求項１１７又は１１８に記載の核酸又は複数の核酸。

【請求項120】

ドナー核酸部分をさらに含む、請求項１１７～１１９のいずれか１項に記載の核酸又は複数の核酸。

【請求項121】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異を標的とする方法。

【請求項122】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１２１に記載の方法。

【請求項123】

細胞内の発癌性変異を標的とするための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の細胞への使用。

【請求項124】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１２３に記載の使用。

【請求項125】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内のゲノムを編集する方法。

【請求項126】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１２５に記載の方法。

【請求項127】

細胞内のゲノムを編集するための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【請求項128】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１２７に記載の方法。

【請求項129】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させる方法。

【請求項130】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１２９に記載の方法。

【請求項131】

細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させるための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【請求項132】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１３１に記載の使用。

【請求項133】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊する方法。

【請求項134】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１３３に記載の方法。

【請求項135】

細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊するための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【請求項136】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１３５に記載の使用。

【請求項137】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換する方法。

【請求項138】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１３７に記載の方法。

【請求項139】

細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換するための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【請求項140】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１３９に記載の使用。

【請求項141】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の非発癌性機能を回復させる方法。

【請求項142】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１４１に記載の方法。

【請求項143】

細胞内の非発癌性機能を回復させるための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【請求項144】

細胞が、がんに罹患した個体の細胞である、請求項１４３に記載の使用。

【請求項145】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物を、がんを有する個体に投与し、それにより、個体のがんを処置することを含む、個体のがんを処置する方法。

【請求項146】

個体のがんの処置のための、請求項１～１１６のいずれか１項に記載の組成物の使用。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

相互参照
[1]本出願は、２０２１年３月２６日に出願した米国仮特許出願第６３／１６６，７６３号の恩恵を主張する。該出願は、その全体が本明細書に援用される。

【背景技術】

【0002】

[2]がんは、世界的に死亡の主な原因である。２０１８年には世界で１８１０万人の新患及び９５０万人のがん関連死があった。２０４０年までに、１年あたりの新規がん症例の数は２９５０万人、がん関連死の数は１６４０万人に増加すると予想されている。がん原遺伝子は、がんを惹起する可能性がある遺伝子である。いったん変異すれば、がん原遺伝子は発癌遺伝子になる。腫瘍細胞においては、がん原遺伝子はしばしば変異し、又は高いレベルで発現し、がんの特徴である制御不能の細胞増殖に寄与することがある。現在の療法の多くは発癌遺伝子から発現される変異したタンパク質を標的としているが、発癌遺伝子それ自体を標的とする治療法はない。したがって、発癌遺伝子を破壊する新たな技術を開発することは重要である。

【発明の概要】

【0003】

[3]Ｉ－ＴｅｖＩドメイン（１）、Ｃａｓドメイン、及びキメラヌクレアーゼを発癌遺伝子変異に標的化させるガイドＲＮＡを含むキメラヌクレアーゼが本明細書に記載される。そのようなキメラヌクレアーゼは、有利なことに発癌遺伝子の非発癌性機能を回復させる細胞のゲノムの正確なターゲティング及び編集を可能にする。Ｃａｓ酵素単独の使用と比較して、Ｉ－ＴｅｖＩドメインを含めることによって、がん細胞内の発癌遺伝子配列のより正確な編集及び置換が可能になる。

【0004】

[4]１つの態様では、本開示はキメラヌクレアーゼを含む組成物を提供し、キメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメイン、及びガイドＲＮＡを含み、ガイドＲＮＡは、ＥＧＦＲのエクソン１９における欠失ではない発癌性変異を標的とする核酸配列を含む。

【0005】

[5]一部の実施形態では、発癌性変異は単一ヌクレオチド多型である。一部の実施形態では、発癌性変異を含む配列は、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、発癌性変異を含む配列は、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるか、又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異又はＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、若しくは１４１に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、１４１のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは配列番号６８３に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６８３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、Ｍｕｃ４、ＰＩＫ３ＣＡ、ＫＲＡＳのいずれかから選択される遺伝子の発癌性変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、発癌性変異はＭｕｃ４の変異を含む。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異は、エクソン２のインフレーム欠失又はエクソン３のインフレーム欠失である。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異は、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２位、Ｐ１６８０位、Ｔ１７１１位、Ｖ１７２１位，Ｐ１８２６位、Ａ１８３０位、Ｓ３５６０位、Ａ１８３３位、Ｄ２２５３位、Ｖ２２８１位、Ｐ３０８８位、Ｔ３１１９位、Ｔ３１８３位、Ｖ３８１７位、Ａ３９０２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異は、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２Ｌ、Ｐ１６８０Ｓ、Ｔ１７１１Ｉ、Ｖ１７２１Ａ、Ｐ１８２６Ｈ、Ａ１８３０Ｔ、Ｓ３５６０Ｓ、Ａ１８３３Ｖ、Ｄ２２５３Ｈ、Ｖ２２８１ＡＭ、Ｐ３０８８Ｌ、Ｔ３１１９Ｔ、Ｔ３１８３Ｍ、Ｖ３８１７Ａ、Ａ３９０２Ｖのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発癌性変異はＰＩＫ３ＣＡの変異を含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡの変異は、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７位、Ｅ５４２位、Ｅ５４５位、Ｎ３４５位、Ｃ１６３６位、Ｇ１６２４位、Ｇ１６３３位、Ａ３１４０位、Ｃ３０７５位、Ａ１６３４位、Ａ１１７３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡの変異は、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｃ１６３６Ａ、Ｇ１６２４Ａ、Ｇ１６３３Ａ、Ａ３１４０Ｔ、Ａ３１４０Ｇ、Ｃ３０７５Ｔ、Ａ１６３４Ｃ、Ａ１１７３Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発癌性変異はＫＲＡＳの変異を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳの変異は、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９位、Ｄ１１９位、Ｄ３３位、Ｇ２１位、Ｇ１２位、Ｇ１３位、Ｑ６１位、Ａ１４６位、Ｋ１１７位のいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳの変異は、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９Ｔ、Ａ５９Ｅ、Ａ５９Ｔ、Ｄ１１９Ｎ、Ｄ３３Ｅ、Ｇ２１Ｃ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｒ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｖ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ａ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１１７Ｎ、Ｋ１１７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％，９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、非天然のヌクレオシド間リンケージ、核酸模倣体、改変された糖部分、又は改変された核酸塩基のうちの１以上を含む。一部の実施形態では、非天然のヌクレオシド間リンケージは、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート、アミノアルキルホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、又はボラノホスフェートのうちの１以上を含む。一部の実施形態では、核酸模倣体は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、又はロック核酸（ＬＮＡ）のうちの１以上を含む。一部の実施形態では、改変された糖部分は、２’－０－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－０－メチル、又は２’－フルオロのうちの１以上を含む。一部の実施形態では、改変された核酸塩基は、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－ハロウラシル、５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、５－ハロ、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆアデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザアデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、若しくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、又は５－プロピニルシトシンのうちの１以上を含む。一部の実施形態では、組成物は、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン及びＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインに作動可能に連結されたリンカーをさらに含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、ＶＩ１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４と少なくとも８５％、９０％、９５％，９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、Ｖ１１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0006】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインのいずれか１つ又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０に記載されるアミノ酸配列を含む。

【0007】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９７位、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0008】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９７位、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ変異に対応する変異を含む。

【0009】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0010】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0011】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0012】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0013】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0014】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0015】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0016】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0017】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0018】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0019】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0020】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0021】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ１２ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓＸドメインである。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１、Ｖ１６、Ｎ１４、Ｅ２５、Ｋ２６、Ｒ２７、Ｅ３６、Ｋ３７、Ｇ３８、Ｃ３９、Ｓ４１、Ｌ４５、Ｆ４９、Ｉ６０、及びＥ８１に対応する位置のいずれか１つにおける変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１Ｖ、Ｖ１６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉに対応するいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１位、Ｖ１６位、Ｎ１４位、Ｅ２５位、Ｋ２６位、Ｒ２７位、Ｅ３６位、Ｋ３７位、Ｇ３８位、Ｃ３９位、Ｓ４１位、Ｌ４５位、Ｆ４９位、Ｉ６０位、及びＥ８１位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１Ｖ、ＶＩ６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは核局在化シグナルをさらに含む。一部の実施形態では、核局在化シグナルはＳＶ４０核局在化シグナルを含む。一部の実施形態では、核局在化シグナルはヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。一部の実施形態では、組成物はドナー核酸をさらに含む。一部の実施形態では、ドナー核酸は、発癌性変異を含む遺伝子の非発癌性機能を回復させる。一部の実施形態では、ドナー核酸は、発癌性変異の非発癌性バージョンを含む。一部の実施形態では、ドナー核酸はＤＮＡである。一部の実施形態では、ドナー核酸は平滑末端及び少なくとも２ヌクレオチドの３’突出末端を含む。一部の実施形態では、ドナー核酸は、発癌性変異の非発癌性バージョンに隣接する５’及び３’の相同性を含む。一部の実施形態では、組成物はドナー核酸を含まない。一部の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は脂質ナノ粒子中にカプセル化されている。一部の実施形態では、脂質ナノ粒子はカチオン性又は中性の脂質を含む。

【0022】

[6]別の態様では、本開示は、本開示のキメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡをコードする核酸又は複数の核酸を提供する。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡは、真核生物のプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、又はそれらの組合せに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、又はアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。一部の実施形態では、核酸又は複数の核酸は、ドナー核酸部分をさらに含む。

【0023】

[7]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異を標的とする方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0024】

[8]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異を標的とするための、本開示の組成物の細胞への使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0025】

[9]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内のゲノムを編集する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0026】

[10]別の態様では、本開示は細胞内のゲノムを編集するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。
[11]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させる方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0027】

[12]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させるための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0028】

[13]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0029】

[14]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0030】

[15]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0031】

[16]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0032】

[17]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の非発癌性機能を回復させる方法を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0033】

[18]別の態様では、本開示は、細胞内の非発癌性機能を回復させるための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞は、がんに罹患した個体の細胞である。

【0034】

[19]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を、がんを有する個体に投与し、それにより、個体のがんを処置することを含む、個体のがんを処置する方法を提供する。
[20]別の態様では、本開示は、個体のがんを処置するための、本開示の組成物の使用を提供する。

【0035】

[21]別の態様では、本開示は、キメラヌクレアーゼを含む組成物を提供し、キメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメイン、及びガイドＲＮＡを含み、ガイドＲＮＡは発癌性変異を標的とする核酸配列を含み、発癌性変異は（ｉ）１以上のヌクレオチドの挿入、又は（ｉｉ）１０以下のヌクレオチドの置換若しくは欠失である。

【0036】

[22]一部の実施形態では、発癌性変異は単一ヌクレオチド多型である。一部の実施形態では、発癌性変異を含む配列は、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、発癌性変異を含む配列は、配列番号１～６８３のいずれか１つに記載される変異又はそれらの組合せと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一である。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異又はＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、又は１４１に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、１４１のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６８３に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６８３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0037】

一部の実施形態では、発癌性変異は、Ｍｕｃ４、ＰＩＫ３ＣＡ、ＫＲＡＳのいずれか１つから選択される遺伝子の発癌性変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、発癌性変異は、Ｍｕｃ４変異を含む。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異はエクソン２のインフレーム欠失又はエクソン３のインフレーム欠失である。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異は、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２位、Ｐ１６８０位、Ｔ１７１１位、Ｖ１７２１位、Ｐ１８２６位、Ａ１８３０位、Ｓ３５６０位、Ａ１８３３位、Ｄ２２５３位、Ｖ２２８１位、Ｐ３０８８位、Ｔ３１１９位、Ｔ３１８３位、Ｖ３８１７位、Ａ３９０２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異は、ヒトＭｕｃ４タンパク質のＰ１５４２Ｌ、Ｐ１６８０Ｓ、Ｔ１７１１Ｉ、Ｖ１７２１Ａ、Ｐ１８２６Ｈ、Ａ１８３０Ｔ、Ｓ３５６０Ｓ、Ａ１８３３Ｖ、Ｄ２２５３Ｈ、Ｖ２２８１ＡＭ、Ｐ３０８８Ｌ、Ｔ３１１９Ｔ，Ｔ３１８３Ｍ、Ｖ３８１７Ａ、Ａ３９０２Ｖのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一である標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0038】

一部の実施形態では、発癌性変異はＰＩＫ３ＣＡ変異を含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７位、Ｅ５４２位、Ｅ５４５位、Ｎ３４５位、Ｃ１６３６位、Ｇ１６２４位、Ｇ１６３３位、Ａ３１４０位、Ｃ３０７５位、Ａ１６３４位、Ａ１１７３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、ヒトＰＩＫ３Ａタンパク質のＨ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｃ１６３６Ａ、Ｇ１６２４Ａ、Ｇ１６３３Ａ、Ａ３１４０Ｔ、Ａ３１４０Ｇ、Ｃ３０７５Ｔ、Ａ１６３４Ｃ、Ａ１１７３Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0039】

一部の実施形態では、発癌性変異は、ＫＲＡＳ変異を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９位、Ｄ１１９位、Ｄ３３位、Ｇ２１位、Ｇ１２位、Ｇ１３位、Ｑ６１位、Ａ１４６位、Ｋ１１７位のいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、ヒトＫＲＡＳタンパク質のＡ５９Ｔ、Ａ５９Ｅ、Ａ５９Ｔ、Ｄ１１９Ｎ、Ｄ３３Ｅ、Ｇ２１Ｃ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｒ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｖ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ａ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１１７Ｎ、Ｋ１１７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％，９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0040】

一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、非天然ヌクレオシド間リンケージ、核酸模倣体、改変された糖部分、又は改変された核酸塩基のうちの１以上を含む。一部の実施形態では、非天然のヌクレオシド間リンケージは、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート、アミノアルキルホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、又はボラノホスフェートのうちの１以上を含む。一部の実施形態では、核酸模倣体は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、又はロック核酸（ＬＮＡ）のうちの１以上を含む。一部の実施形態では、改変された糖部分は、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－Ｏ－メチル、又は２’－フルオロのうちの１以上を含む。一部の実施形態では、改変された核酸塩基は、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－ハロウラシル、５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、５－ハロ、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆアデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザアデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、又は０－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、又は５－プロピニルシトシンの１つ又は複数を含む。

【0041】

一部の実施形態では、組成物は、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメイン及びＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインに作動可能に連結されたリンカーをさらに含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、Ｖ１１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４と少なくとも８５％、９０％、９５％，９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５位、Ｓ１０１位、Ａ１１９位、Ｋ１２０位、Ｋ１３５位、Ｐ１２６位、Ｄ１２７位、Ｎ１４０位、Ｔ１４７位、Ｑ１５８位、Ａ１６１位、Ｖ１１７位、Ｓ１６５位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0042】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメイン、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインのいずれか１つ、又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９７位、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0043】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位、Ｔ２６７位、Ｌ３２５位、Ｖ３２７位、Ｄ３３３位、Ａ３３６位、Ｉ３４１位、Ｅ３４５位、Ｄ３４８位、Ｋ３５２位、Ｓ３６０位、Ｔ３６８位、Ｎ３６９位、Ｎ３７１位、Ｓ３７２位、Ｅ３７３位、Ｋ３８６位、Ｎ３９３位、Ｈ４０８位、Ｎ４１０位、Ｉ４１４位、Ａ４１５位、Ｔ４３８位、Ｙ４６７位、Ｎ４７１位、Ｄ４８５位、Ｍ４８９位、Ｅ５０６位、Ｒ４０９位、Ｔ５１０位、Ｎ５１５位、Ｙ５１８位、Ａ５３９位、Ｆ５５０位、Ｎ５５１位、Ｓ５９６位、Ｔ６０２位、Ａ６１１位、Ｉ６１７位、Ｔ６２０位、Ｇ６５４位、Ｎ６６７位、Ｒ６８５位、Ｋ６９５位、Ｉ７０６位、Ｋ７２２位、Ａ７２３位、Ｋ７２４位、Ｍ７３１位、Ｆ７３２位、Ｋ７３５位、Ｓ７３９位、Ｐ７４１位、Ｅ７４２位、Ｅ７４６位、Ｑ７４７位、Ｉ７５４位、Ｔ７５５位、Ｈ７５７位、Ｋ７６０位、Ｈ７６１位、Ｐ７７８位、Ｅ７８１位、Ｉ７８３位、Ｎ７８４位、Ｄ７８５位、Ｔ７８６Ｌ位、Ｌ７８７位、Ｙ７８８位、Ｋ７９２位、Ｄ７９４位、Ｔ７９８位、Ｌ７９９位、Ｖ８０１位、Ｎ８０３位、Ｌ８０４位、Ｎ８０５位、Ｇ８０６位、Ｄ８１３位、Ｋ８１４位、Ｌ８１８位、Ｉ８１９位、Ｓ８２２位、Ｅ８２４位、Ｌ８４１位、Ｇ８４７位、Ｄ８４８位、Ｙ８５７位、Ｖ８７５位、Ｉ８７６位、Ｎ８８４位、Ａ８８８位、Ｌ８９０位、Ｄ８９４位、Ｄ８９５位、Ｐ８９７位、Ｖ９０３位、Ｇ９２０位、Ｆ９２４位、Ｎ９２９位、Ｅ９３６位、Ｎ９３７位、Ｖ９４１位、Ｎ９４２位、Ｓ９４３位、Ｃ９４５位、Ｅ９４７位、Ｋ９５１位、Ｌ９５２位、Ｓ９５６位、Ｎ９５７位、Ｑ９５８位、Ａ９５９位、Ｎ９７４位、Ｇ９７５位、Ｖ９８３位、Ｎ９８４位、Ｎ９８５位、Ｄ９８６位、Ｉ９９１位、Ｖ９９３位、Ｍ９９５位、Ｉ９９６位、Ｔ９９９位、Ｙ１０００位、Ｒ１００１位、Ｅ１００２位、Ｌ１００４位、Ｅ１００５位、Ｎ１００６位、Ｍ１００７位、Ｄ１００９位、Ｋ１０１０位、Ｒ１０１１位、Ｐ１０１２位、Ｐ１０１３位、Ｉ１０１５位、Ｉ１０１６位、Ａ１０２０位、Ｓ１０２１位、Ｑ１０２４位、Ｋ１０２７位、Ｅ１０３９位、Ｈ１０４５位、Ｉ０１４８位、Ｋ１０５０位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ変異に対応する変異を含む。
一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0044】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0045】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0046】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0047】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0048】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0049】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0050】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0051】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0052】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0053】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0054】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。

【0055】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ１２ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓＸドメインである。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１、Ｖ１６、Ｎ１４、Ｅ２５、Ｋ２６、Ｒ２７、Ｅ３６、Ｋ３７、Ｇ３８、Ｃ３９、Ｓ４１、Ｌ４５、Ｆ４９、Ｉ６０、及びＥ８１に対応する位置のいずれか１つにおける変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１Ｖ、Ｖ１６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉに対応するいずれか１つから選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００に記載されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１位、Ｖ１６位、Ｎ１４位、Ｅ２５位、Ｋ２６位、Ｒ２７位、Ｅ３６位、Ｋ３７位、Ｇ３８位、Ｃ３９位、Ｓ４１位、Ｌ４５位、Ｆ４９位、Ｉ６０位、及びＥ８１位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１Ｖ、Ｖ１６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉのいずれか１つに対応する変異から選択される変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴＥＶＩヌクレアーゼドメインは、Ｋ２６Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは核局在化シグナルをさらに含む。一部の実施形態では、核局在化シグナルはＳＶ４０核局在化シグナルを含む。一部の実施形態では、核局在化シグナルはヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。一部の実施形態では、組成物はドナー核酸をさらに含む。一部の実施形態では、ドナー核酸は、発癌性変異を含む遺伝子の非発癌性機能を回復させる。一部の実施形態では、ドナー核酸は発癌性変異の非発癌性バージョンを含む。一部の実施形態では、ドナー核酸はＤＮＡである。一部の実施形態では、ドナー核酸は平滑末端及び少なくとも２ヌクレオチドの３’突出末端を含む。一部の実施形態では、ドナー核酸は発癌性変異の非発癌性バージョンに隣接する５’及び３’の相同性を含む。一部の実施形態では、組成物はドナー核酸を含まない。一部の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む。一部の実施形態では、組成物は脂質ナノ粒子中にカプセル化されている。一部の実施形態では、脂質ナノ粒子はカチオン性又は中性の脂質を含む。

【0056】

[23]別の態様では、本開示は、本開示のキメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡをコードする核酸又は複数の核酸を提供する。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡは、真核生物のプロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化部位、又はそれらの組合せに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、核酸は、プラスミド、レンチウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、又はアデノウイルスベクターから選択される発現ベクターである。一部の実施形態では、核酸又は複数の核酸は、ドナー核酸部分をさらに含む。

【0057】

[24]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異を標的とする方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0058】

[25]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異を標的とするための、本開示の組成物の細胞への使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0059】

[26]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内のゲノムを編集する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0060】

[27]別の態様では、本開示は細胞内のゲノムを編集するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。
[28]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させる方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0061】

[29]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を欠失させるための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0062】

[30]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0063】

[31]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0064】

[32]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換する方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0065】

[33]別の態様では、本開示は、細胞内の発癌性変異の少なくとも一部を置換するための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0066】

[34]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を細胞に接触させることを含む、細胞内の非発癌性機能を回復させる方法を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。

【0067】

[35]別の態様では、本開示は、細胞内の非発癌性機能を回復させるための、本開示の組成物の使用を提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。
[36]別の態様では、本開示は、本開示の組成物を、がんを有する個体に投与し、それにより、個体のがんを処置することを含む、個体のがんを処置する方法を提供する。

【0068】

[37]別の態様では、本開示は、個体のがんを処置するための、本開示の組成物の使用を提供する。
[38]本開示のさらなる態様及び利点は、以下の詳細な説明から当業者には容易に明らかになる。ここでは、本開示の説明的実施形態のみが示され、記載されている。理解されるように、本開示には他の異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、全て本開示から逸脱することなく、種々の明らかな観点において改変することができる。
したがって、図面及び記述は本来、説明的であり、制限的とみなすべきではない。

【0069】

援用
[39]本明細書で述べる全ての刊行物、特許、及び特許出願は、それぞれ個別の刊行物、特許、又は特許出願が具体的かつ個別に援用されると指示されていると同程度に、本明細書に援用される。援用される刊行物及び特許又は特許出願が本明細書に含まれる開示と相反する程度において、本明細書が、そのような相反するいずれの材料をも破棄し、及び／又はそれらに優先することを意図している。

【0070】

[40]本開示の新規な特徴は、特に添付した特許請求の範囲によって説明される。本開示の特徴及び／又は利点のより良い理解は、本開示の原理を利用した具体的な実施形態を説明する以下の詳細な説明及び添付した図面を参照することによって得られる。

【図面の簡単な説明】

【0071】

【図1A】[41]図１Ａは、キメラヌクレアーゼ構造内のＩ－ＴｅｖＩドメイン（１）、リンカードメイン（２）、及びＣａｓドメイン（３）の概略表現である。

【図1B】[42]図１Ｂは、ランダムインデルを生成する可能性がある誤りがちな非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路によって修復される単一切断を生じる、既存の遺伝子エディターによって行なわれるステップを図示したフローチャートである。

【図1C】[43]図１Ｃは、キメラヌクレアーゼがそのＩ－ＴｅｖＩドメイン及びＣａｓドメインを用いて２つの部位でどのようにＤＮＡを切断し、細胞内で長さが定義された欠失を生じるかに関するステップを図示したフローチャートである。定義された長さの欠失は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインとＣａｓドメインとの間の距離に基づいて予測することができる。

【図2】[44]図２Ａは、野生型及び変異体の標的部位の対を含むデータセットが公知の疾患惹起性変異のデータベースから生成されるアルゴリズムのワークフローを示す。[45]図２Ｂは、野生型Ｍｕｃ４遺伝子からの試料アウトプットデータを含む。[46]図２Ｃは、変異体Ｍｕｃ４遺伝子からの試料アウトプットデータを含む。太字の列は、Ｍｕｃ４遺伝子配列の野生型及び変異体のコピーの両方で見出される。図２Ｃの残りのセルは、Ｍｕｃ４遺伝子における想定されるアレル特異的なＴｅｖＳａＣａｓ９標的を構成する。

【図3】[47]図３Ａは、大きな挿入（明るい灰色）にわたる発癌遺伝子（太線）中のＴｅｖＳａＣａｓ９の標的部位を示すダイヤグラムである。[48]図３Ｂは、Ｍｕｃ４遺伝子の野生型（ＷＴ）及び変異体（ＭＵＴ）のコピーのｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイからのＴｅｖＳａＣａｓ９の切断産物を示すアガロースゲル電気泳動の結果である。示されるように、配列番号１６８５のガイドＲＮＡによってターゲティングされるＴｅｖＳａＣａｓ９はＭＵＴ基質を成功裡に切断したが、ＷＴ Ｍｕｃ４は切断されなかった。

【図4】[49]図４Ａは特に、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ標的部位の説明図である。変異の位置はアステリスク（「＊」）で示している。[50]図４Ｂは、ＥＧＦＲ遺伝子の野生型（ＷＴ）及び変異体（ＭＵＴ）のコピーのｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイからのＴｅｖＳａＣａｓ９の切断産物を示すアガロースゲル電気泳動の結果である。示されるように、配列番号１６８６のガイドＲＮＡによってターゲティングされるＴｅｖＳａＣａｓ９は、ＷＴ ＥＧＦＲ基質よりも優先的にＭＵＴ ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ基質を切断した。[51]図４Ｃは、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒを標的とするＴｅｖＳａＣａｓ９リボ核タンパク質複合体によって、変異体ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒを含むＣＬＲ－５９０８細胞株及び野生型ＥＧＦＲを含むＮｕＬｉ－１細胞株を処理した生存率アッセイの結果である。示されるように、ＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒを標的とするＴｅｖＳａＣａｓ９はＣＲＬ－５９０８細胞株の生存率を低減させるが、ＮｕＬｉ－１細胞株の生存率は低減せず、細胞におけるＴｅｖＳａＣａｓ９のアレル特異的な活性を実証している。

【図5】[52]図５は、ＴｅｖＣａｓを多重ガイドＲＮＡと複合体化し、細胞にエレクトロポレーションして、発癌遺伝子をコードする遺伝子を破壊し、改変されたバージョンの発癌遺伝子をコードする配列を挿入して、それにより野生型の機能を回復させる機序のダイヤグラムを示す。

【発明を実施するための形態】

【0072】

[53]本発明の種々の実施形態を本明細書で示し、記載したが、そのような実施形態は例としてのみ提供されていることは当業者には明らかである。本発明から逸脱することなく、数多くの変形、変更、及び置換が当業者には生じ得る。本明細書に記載した本発明の実施形態に種々の代替が採用し得ることを理解されたい。本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が他を明確に指示しない限り、複数の参照を含む。本明細書における「又は」へのいかなる言及も、他に述べない限り「及び／又は」を包含することを意図している。

【0073】

[54]他に定義しない限り、本明細書で使用される技術、表記、及びその他の科学的専門用語の全ての用語は、本開示が関連する当業者によって共通に理解される意味を有することを意図している。一部の場合には、明確にするため、及び／又はすぐに参照できるように、共通に理解される意味を有する用語を本明細書で定義している。即ち、本明細書にそのような定義を含めることは、当該技術において一般に理解されている定義と実質的に異なる定義を表すと解釈すべきではない。

【0074】

[55]本明細書及びそれに続く特許請求の範囲の枠組みの中で、他に指示した場合を除いて、量、分量、パーセンテージ等を表す全ての数には、全ての場合において用語「約」が先行すると理解されたい。本明細書で使用される場合、用語「約」は、±５％と定義される。また、数的実体の全ての範囲は、これ以降具体的に示す数値に加えて、最大及び最小の数値のあらゆる可能な組合せ並びにその間の全ての可能な中間範囲を含む。

【0075】

[56]本明細書で使用される用語「及び／又は」は、一方又は他方又は両方を有する可能性として定義している。例えば、「Ａ及び／又はＢ」は、Ａのみ、又はＢのみ、又はＡとＢの組合せを有するシナリオを提供する。請求項がＡ及び／又はＢ及び／又はＣと読める場合には、組成物は成分としてＡのみを含み、Ｂのみを含み、Ｃのみを含み、Ａ及びＢを含みＣを含まず、Ｂ及びＣを含みＡを含まず、Ａ及びＣを含みＢを含まず、又はＡ、Ｂ、及びＣの３つ全てを含む可能性がある。

【0076】

[57]便利のために、本明細書、実施例、及び添付した特許請求の範囲で採用したある種の用語を、ここにまとめる。これらの定義は本開示に照らして読むべきであり、当業者には理解されるべきである。他に定義しない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、当業者によって共通に理解される同じ意味を有する。

【0077】

[58]冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書において冠詞の文法的対象の１つ又は２つ以上（例えば少なくとも１つ）を意味するために使用される。本明細書で使用される用語「及び／又は」は、一方又は他方又は両方を有する可能性として定義している。例えば、「Ａ及び／又はＢ」は、Ａのみ、又はＢのみ、又はＡとＢの組合せを有するシナリオを提供する。請求項がＡ及び／又はＢ及び／又はＣと読める場合には、組成物は成分としてＡのみを含み、Ｂのみを含み、Ｃのみを含み、Ａ及びＢを含みＣを含まず、Ｂ及びＣを含みＡを含まず、Ａ及びＣを含みＢを含まず、又はＡ、Ｂ、及びＣの３つ全てを含む可能性がある。

【0078】

[59]用語「ドナーＤＮＡ」は、本明細書で使用される場合、全体として又は部分的に、元の標的ＤＮＡ配列と異なり、発癌遺伝子の中に導入されて発癌遺伝子に対して野生型又は非発癌性の機能を回復させることができるＤＮＡを意味する。

【0079】

[60]用語「可撓性リンカー」は、本明細書で使用される場合、ＲＮＡ誘導型Ｃａｓヌクレアーゼドメインが標的ＤＮＡ配列に結合した場合に、そのアミノ酸リンカードメインがＩ－ＴｅｖＩドメインの可動性を保証して、細胞の生理的条件（典型的にはｐＨ 約７．２、温度約３７℃、［Ｋ^＋］約１４０ｍＭ、［Ｎａ^＋］約５～１５ｍＭ、［Ｃｌ^－］約４ｍＭ、［Ｃａ^＋＋］約０．０００１ｍＭ］）下でその標的配列の認識、結合、及び切断を可能にする状況を意味する。アミノ酸リンカーの長さは、Ｃａｓ標的部位とＩ－ＴｅｖＩ標的部位との間にいくつのヌクレオチドが好ましいかに影響し得る。リンカー中のある種のアミノ酸も、ＴｅｖＣａｓが標的とするＤＮＡ配列と特異的に接触することがある。これらのリンカー－ＤＮＡの接触は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインの可撓性に影響することがある。リンカードメイン中のアミノ酸の置換は、ＤＮＡと接触するリンカードメインの能力に影響することがある。

【0080】

[61]用語「含む」は、本明細書で使用される場合、「含むがそれに限定されない」を意味するために使用される。「含む」と「含むがそれに限定されない」は相互交換可能に使用される。

【0081】

[62]主題の方法によって処置される用語「患者」、「個体」、「対象」、又は「宿主」は、ヒト又は非ヒト動物を意味し得る。非ヒト動物には、コンパニオン動物（例えばネコ、イヌ）、及び消費のために飼育される動物（即ち食用動物）、例えばウシ、ブタ、及びニワトリが含まれる。

【0082】

[63]用語「薬学的に許容される担体」は、１つの臓器又は身体の部分から別の臓器又は身体の部分への任意の主題組成物又はその成分の担持又は輸送に関与する、薬学的に許容される材料、組成物、又はビヒクル、例えば液体又は固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、又はカプセル化材料を意味する。それぞれの担体は、主題組成物及びその成分と適合し、患者に傷害を与えないという意味で「許容」できる。薬学的に許容される担体として使用できる材料のいくつかの例には、（１）糖類、例えばデキストロース、ラクトース、グルコース、及びスクロース、（２）デンプン類、例えばコーンスターチ及びポテトスターチ、（３）セルロース及びその誘導体、例えば微結晶セルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、及びセルロースアセテート、（４）グリコール類、例えばプロピレングリコール、（５）ポリオール類、例えばグリセリン、ソルビトール、マンニトール、及びポリエチレングリコール、（６）エステル類、例えばエチルオレエート、グリセリルベヘネート、及びエチルラウレート、（７）緩衝剤、例えば一塩基及び二塩基のホスフェート、トリス／ボレート／ＥＤＴＡ及びトリス／アセテート／ＥＤＴＡ、（８）発熱性物質を含まない水、（９）等張食塩水、（１０）リンゲル液、（１１）エチルアルコール、（１２）リン酸塩緩衝液、（１３）ポリソルベート、（１４）ポリホスフェート、及び（１５）医薬製剤に採用されるその他の非毒性適合性物質が含まれる。開示した賦形剤は、２つ以上の機能を提供し得る。例えば、可溶化剤は懸濁補助剤、乳化剤、保存剤等でもあり得る。

【0083】

[64]ある特定の好ましい実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は、結晶性バルキング賦形剤である。本明細書で使用される用語「結晶性バルキング賦形剤」又は「結晶性バルキング剤」は、凍結乾燥されたケークにバルク及び構造を提供する賦形剤を意味する。これらの結晶性バルキング剤は不活性であり、タンパク質又は核酸と反応しない。さらに、結晶性バルキング剤は、凍結乾燥の条件下で結晶化することができる。好適な結晶性バルキング剤の例には、親水性賦形剤、例えば水溶性ポリマー、糖類、例えばマンニトール、ソルビトール、キシリトール、グルシトール、ヅシトール、イノシチオール、アラビニトール、アラビトール、ガラクチトール、イディトール、アリトール、マルチトール、フルクトース、ソルボース、グルコース、キシロース、トレハロース、アロース、デキストロース、アルトロース、ラクトース、グルコース、フルクトース、グロース、イドース、ガラクトース、タロース、リボース、アラビノース、キシロース、リキソース、スクロース、マルトース、ラクトース、ラクツロース、フコース、ラムノース、メレジトース、マルトトリオース、ラフィノース、アルトリトール、それらの光学活性形（Ｄ－又はＬ－形）、ならびに対応するラセメート、鉱物及び有機鉱物の無機塩、例えばカルシウム塩、例えば乳酸塩、グルコン酸塩、グリセリルリン酸塩、クエン酸塩、一塩基又は二塩基のリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、及び酒石酸塩、並びにアルミニウム及びマグネシウムの同じ塩、炭水化物、例えば従来の単糖及び二糖、並びに対応する多価アルコール類、タンパク質、例えばアルブミン、アミノ酸、例えばグリシン、乳化可能な脂肪及びポリビニルピロリドンが含まれる。結晶性バルキング剤は、グリシン、マンニトール、デキストラン、デキストロース、ラクトース、スクロース、ポリビニルピロリドン、トレハロース、グルコースのいずれか１つ又はそれらの組合せから選択してよい。特に有用なバルキング剤には、デキストランが含まれる。

【0084】

[65]用語「薬学的に許容される塩」は、本明細書で使用される場合、本技術で認識され、比較的非毒性の化合物の無機及び有機の酸の付加塩、又は無機若しくは有機の塩基の付加塩を意味し、例えば本発明の組成物に含まれるものを含む。薬学的に許容される塩のいくつかの例には、（１）塩化カルシウム、（２）塩化ナトリウム、（３）クエン酸ナトリウム、（４）水酸化ナトリウム、（５）リン酸ナトリウム、（６）エチレンジアミン四酢酸ナトリウム、（７）塩化カリウム、（８）リン酸カリウム、及び（９）医薬製剤に採用されるその他の非毒性適合性物質が含まれる。

【0085】

[66]用語「置換」は、本明細書で使用される場合、配列中のアミノ酸の異なるアミノ酸による置換を意味する。本明細書で使用される場合、簡略表現Ｘ１０Ｙは、配列の１０番目の位置にあるアミノ酸Ｘの代わりにアミノ酸Ｙを「置換する」ことを示す。例として、Ｗ２６Ｃは、アミノ酸トリプトファン２６（Ｔｒｐ、Ｗ）がシステイン（Ｃｙｓ）に変更されたことを示す。同様に、表記ＡＡ^Ｘは、ＡＡがＸ位にあるアミノ酸を置き換えたアミノ酸であることを示す。例として、Ｌｙｓ^２６は、配列中の２６番目のアミノ酸のリシンによる置換を表す。いずれの簡略表現の使用も相互交換可能である。さらに、アミノ酸の１文字又は３文字の略号の使用も、相互交換可能である。

【0086】

[67]用語「治療剤」は、本明細書で使用される場合、対象において局所的又は全身的に作用する、生物学的、生理学的、又は薬理学的に活性な物質である任意の化学的又は生化学的部分を意味する。「薬物」とも称される治療剤の例は、周知の参考文献、例えばＭｅｒｃｋ Ｉｎｄｅｘ、ｔｈｅ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ’ｓ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ、及びＴｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓに記載されており、これらには、限定するものではないが、医薬、ビタミン、ミネラルサプリメント、疾患又は病気の処置、防止、診断、治療、又は軽減のために使用される物質、身体の構造又は機能に影響する物質、又は生理学的環境に置かれた後で生物学的に活性又はより活性になるプロドラッグが含まれる。

【0087】

[68]用語「ハイブリダイゼーション」は、本明細書で使用される場合、一般に、適切な又はある種のｉｎ ｖｉｔｒｏ及び／又はｉｎ ｖｉｖｏの温度、ｐＨ、及び／又は溶液イオン強度の条件下で、第２の核酸分子に非共有で結合する（例えばワトソン－クリック塩基対及び／又はＧ／Ｕ塩基対を形成する）、アニールする、及び／又はハイブリダイズする、第１の核酸分子の処理力及び／又は能力を意味し及び／又は含む。一般に、標準的なワトソン－クリック塩基対形成には、アデニン（Ａ）とチミジン（Ｔ）の対形成、アデニン（Ａ）とウラシル（Ｕ）の対形成、及びグアニン（Ｇ）とシトシン（Ｃ）の対形成が含まれる。一部の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、相補配列（例えば完全相補、実質的相補、又は部分的相補）を含む少なくとも２つの核酸を含む。ある特定の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、完全相補配列を含む少なくとも２つの核酸を含む。ある特定の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、実質的相補配列（例えば約７５％超、約８０％超、約８５％超、約９０％超、又は約９５％超の相補性）を含む少なくとも２つの核酸を含む。ある特定の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、部分的相補配列（例えば約４０％超、約５０％超、約６０％超、又は約７０％超の相補性）を含む少なくとも２つの核酸を含む。ある特定の実施形態では、部分的相補配列は、完全又は実質的な相補配列の１以上の領域を含む。ある特定の実施形態では、部分的相補配列は、全体の相補性が低い（例えば全相補性が約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、又は約２０％未満）としても、完全又は実質的な相補配列の１以上の領域を含む。２つの核酸の間のハイブリダイゼーションに適した条件は、当該技術で周知の変数である核酸の長さ及び相補性の程度に依存する。例えば、２つのヌクレオチド配列の間の相補性の程度が大きければ、これらの配列を有する核酸のハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）の値は高くなる。相補性のストレッチが短い（例えば、３５以下、３０以下、２５以下、２２以下、２０以下、又は１８以下のヌクレオチドにわたる相補性）核酸の間のハイブリダイゼーションについては、ミスマッチの位置が重要になる（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、上掲、１１．７～１１．８頁参照）。

【0088】

[69]用語「相補的」又は「相補性」は、本明細書で使用される場合、一般に、ある種の条件下で、標的ポリヌクレオチドの同定する領域と選択的にアニールすることができるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを意味する。本明細書で使用される場合、実質的に相補的という用語及び文法的等価用語は、ある種の条件下で、標的ポリヌクレオチドの同定する領域と特異的にアニールすることができるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを意味することを意図している。アニーリングは、２本鎖、３本鎖、又はその他の高次構造の形成をもたらす、１つの核酸と別の核酸とのヌクレオチド塩基対形成相互作用を意味する。１次的相互作用は、典型的にはワトソン－クリック及びホーグスティーン型の水素結合によるヌクレオチド塩基特異的であり、例えばＡ：Ｔ、Ａ：Ｕ、及びＧ：Ｃである。ある特定の実施形態では、塩基スタッキング及び疎水性相互作用も、２本鎖の安定性に寄与し得る。ポリヌクレオチドが標的核酸の相補的又は実質的に相補的な領域とアニールする条件は、当該技術で周知であり、例えばＮｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｈａｍｅｓ及びＨｉｇｇｉｎｓ編、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９８５）、ならびにＷｅｔｍｕｒ及びＤａｖｉｄｓｏｎ，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３１：３４９頁（１９６８）に記載されている。アニーリング条件は特定の用途に依存し、必要以上の実験なしに当業者によって日常的に決定することができる。ハイブリダイゼーションは一般に、２つの１本鎖ポリヌクレオチドが非共有的に結合して、安定な２本鎖ポリヌクレオチドを形成するプロセスを意味する。

【0089】

[70]温度及び溶液の塩濃度は一般にハイブリダイゼーションを容易にする因子として認識されており、相補性領域の長さ及び相補性の程度等の因子に従い、必要に応じて調整してよい。ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件は周知であり、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｉ，Ｆｒｉｔｓｃｈ，Ｅ：Ｆ．及びＭａｎｉａｔｉｓ，Ｔ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ－第２版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ（１９８９）、特にその第１１章及び表１１．１；ならびにＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．及びＲｕｓｓｅｌｌ，Ｗ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第３版、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ（２００１）に例示されている。温度及びイオン強度の条件は、ハイブリダイゼーションの厳密性を決定する。一部の実施形態では、ハイブリダイゼーションは生理的温度（例えば３７℃）及び塩濃度（例えば０．１５モル又は溶液中０．９％の塩）で測定される。

【0090】

[71]用語「処置する」は、本明細書で使用される場合、状態、疾患、障害、その他の改善をもたらす任意の効果、例えば低下させること、低減させること、調節すること、又は除去することを含む。本明細書で使用される場合、「処置する」は、予防的処置及び治療的処置の両方を含み得る。

【0091】

[72]本明細書で使用される「緩衝剤」は、薬学的に許容され、本発明の組成物を所望のｐＨ範囲内に維持することができる任意の酸又は塩の組合せである。開示した組成物中の緩衝剤は、ｐＨを約２～約８．５、約５．０～約８．０、約６．０～約７．５、約６．５～約７．５の範囲内、又は約６．５に維持する。好適な緩衝剤には、上記のｐＨ範囲を維持することができる任意の薬学的に許容される緩衝剤、例えば酢酸塩、酒石酸リン酸塩、又はクエン酸塩緩衝剤が含まれる。１つの実施形態では、緩衝剤はリン酸塩緩衝剤である。別の実施形態では、緩衝剤は酢酸塩緩衝剤である。１つの実施形態では、緩衝剤はリン酸水素二ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、及びリン酸一塩基カリウムである。

【0092】

[73]開示した組成物中で、緩衝剤の濃度は、典型的には約０．１ｍＭ～約１０００ｍＭ、約０．２ｍＭ～約２００ｍＭ、約０．５ｍＭ～約５０ｍＭ、約１ｍＭ～約１０ｍＭの範囲内、又は約６．０ｍＭである。

【0093】

[74]本明細書で使用される場合、安定剤は、キメラヌクレアーゼの化学的、生物学的安定性を維持する組成物である。安定剤の例には、糖、好ましくは単糖又は二糖、例えばグルコース、トレハロース、ラフィノース又はスクロースを含むポリオール、糖アルコール、例えばマンニトール、ソルビトール、又はイノシトール、多価アルコール、例えばグリセリン又はプロピレングリコール、又はそれらの混合物、及びアルブミンが含まれる。

【0094】

[75]薬学的に許容される塩は、対象、例えばヒトへの投与に適した塩である。本発明のキメラヌクレアーゼは、好適な有機又は無機の塩基と反応して塩基付加塩を形成することができる、十分に酸性の１以上のプロトンを有し得る。塩基付加塩には、無機塩基、例えばアンモニウム又はアルカリ若しくはアルカリ土類金属の水酸化物、炭酸塩、重炭酸塩、その他、及び有機塩基、例えばアルコキシド、アルキルアミド、アルキル及びアリールアミン、その他から誘導される塩が含まれる。したがって、本発明の塩の調製において有用なそのような塩基には、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、炭酸カリウム、その他が含まれる。十分に塩基性の基、例えばアミンを有する本発明のキメラヌクレアーゼは、有機又は無機の酸と反応して、酸付加塩を形成することができる。塩基性基を有する化合物から酸付加塩を形成するために一般に採用される酸としては、無機酸、例えば塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硫酸、リン酸、その他、及び有機酸、例えばｐ－トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸、シュウ酸、ｐ－ブロモフェニルスルホン酸、炭酸、コハク酸、クエン酸、安息香酸、酢酸、その他がある。そのような塩の例には、硫酸塩、ピロ硫酸塩、重硫酸塩、亜硫酸塩、重亜硫酸塩、リン酸塩、一水素リン酸塩、二水素リン酸塩、メタリン酸塩、ピロリン酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、酢酸塩、プロピオン酸塩、デカン酸塩、カプリル酸塩、アクリル酸塩、ギ酸塩、イソ酪酸塩、カプロン酸塩、ヘプタン酸塩、プロピオル酸塩、シュウ酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、スベリン酸塩、セバシン酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、ブチン－１，４－ジオエート、ヘキシン－１，６－ジオエート、安息香酸塩、クロロ安息香酸塩、メチル安息香酸塩、ジニトロ安息香酸塩、ヒドロキシ安息香酸塩、メトキシ安息香酸塩、フタル酸塩、スルホン酸塩、キシレンスルホン酸塩、フェニル酢酸塩、フェニルプロピオン酸塩、フェニル酪酸塩、クエン酸塩、乳酸塩、γヒドロキシ酪酸塩、グリコール酸塩、酒石酸塩、メタンスルホン酸塩、プロパンスルホン酸塩、ナフタレン－１－スルホン酸塩、ナフタレン－２－スルホン酸塩、マンデル酸塩、その他が含まれる。

【0095】

[76]本明細書で使用される場合、「細胞」は一般に、生物学的細胞を意味し得る。細胞は生きている生命体の基本的な構造的、機能的、及び／又は生物学的な単位であり得る。細胞は、１つ以上の細胞を有する任意の生命体に起源し得る。いくつかの非限定的な例には、原核細胞、真核細胞、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生命体の細胞、プロトゾア細胞、植物由来の細胞、動物細胞、無脊椎動物（例えばミバエ、刺胞動物、棘皮動物、線虫、その他）由来の細胞、脊椎動物（例えば魚類、両生類、爬虫類、鳥類、哺乳類）由来の細胞、哺乳動物（例えばブタ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、げっ歯類、ラット、マウス、非ヒト霊長類、ヒト、その他）由来の細胞、その他が含まれる。細胞は天然の生命体由来でない場合もある（例えば細胞は合成で作製されてもよく、ときには人工細胞と称される）。ある特定の実施形態では、細胞はヒト細胞を意味する。

【0096】

[77]用語「タンパク質」及び「ポリペプチド」は、共有結合（例えばアミド結合）によって結合して３次元コンフォメーションを取ることができる２つ以上のアミノ酸のポリマーを意味するために相互交換可能に使用することができる。一部の実施形態では、タンパク質又はポリペプチドは、共有結合（例えばアミド結合）によって結合した少なくとも１０アミノ酸、１５アミノ酸、２０アミノ酸、３０アミノ酸、又は５０アミノ酸を含む。一部の実施形態では、タンパク質は少なくとも２つのアミド結合を含む。一部の実施形態では、タンパク質は多数のアミド結合を含む。一部の実施形態では、タンパク質は酵素、酵素前駆体タンパク質、制御性タンパク質、構造性タンパク質、受容体、核酸結合タンパク質、バイオマーカー、特定の結合対のメンバー（例えばリガンド又はアプタマー）、又は抗体を含む。一部の実施形態では、タンパク質は完全長のタンパク質（例えばある種の生物学的機能を有する完全に処理されたタンパク質）であり得る。一部の実施形態では、タンパク質は完全長のタンパク質のバリアント又は断片であり得る。例えば、一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質ドメインは、天然に存在するＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９タンパク質と比較して、Ｈ８４０Ａアミノ酸置換を含む。タンパク質又は酵素のバリアント、例えばバリアント逆転写酵素は、参照タンパク質のアミノ酸配列と約６０％同一、約７０％同一、約８０％同一、約９０％同一、約９５％同一、約９６％同一、約９７％同一、約９８％同一、約９９％同一、約９９．５％同一、又は約９９．９％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。

【0097】

[78]一部の実施形態では、タンパク質は完全長の野生型タンパク質の機能性バリアント又は機能性断片を含む。「機能性断片」又は「機能性部分」は、本明細書で使用される場合、参照タンパク質の全アミノ酸配列未満を包含する一方、機能、例えば触媒又は結合の機能の１つ以上を保持している、参照タンパク質（例えば野生型タンパク質）の任意の部分を意味する。例えば、Ｃａｓ又はＩ－ＴｅｖＩタンパク質の機能性断片は、野生型のＣａｓ又はＩ－ＴｅｖＩタンパク質の全アミノ酸配列未満を包含し得るが、ポリヌクレオチド配列の切断を触媒する能力を保持している。参照タンパク質が多数の機能性ドメインの融合である場合には、その機能性断片は、機能性ドメインの少なくとも１つの機能の１つ以上を保持し得る。例えば、Ｃａｓの機能性断片は、野生型Ｃａｓの全アミノ酸配列未満を包含し得るが、そのＤＮＡ結合能力を保持しており、そのヌクレアーゼ活性を部分的又は完全に欠いている。ある特定の実施形態では、機能性断片は、本明細書に記載したタンパク質、ポリペプチド、又はドメインのＮ末端又はＣ末端からの１以上の欠失を含む。ある特定の実施形態では、機能性断片は、本明細書に記載したタンパク質、ポリペプチド、又はドメインのＮ末端又はＣ末端からの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、又は２５個のアミノ酸の欠失を含む。

【0098】

[79]「機能性バリアント」又は「機能性変異体」は、本明細書で使用される場合、参照タンパク質のアミノ酸配列への１以上の変更を包含する一方、機能、例えば触媒又は結合の機能の１以上を保持している、参照タンパク質（例えば野生型タンパク質）の任意のバリアント又は変異体を意味する。一部の実施形態では、アミノ酸配列への１以上の変更は、アミノ酸の置換、挿入、若しくは欠失、又はそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列への１以上の変更は、アミノ酸の置換を含む。例えば、Ｃａｓ又はＩ－ＴｅｖＩタンパク質の機能性バリアントは、野生型のＣａｓ又はＩ－ＴｅｖＩタンパク質のアミノ酸配列と比較して、１以上のアミノ酸の置換を含み得るが、ポリヌクレオチド配列の切断を触媒する能力を保持している。参照タンパク質が多数の機能性ドメインの融合である場合には、その機能性バリアントは、機能性ドメインの少なくとも１つの機能の１つ以上を保持し得る。例えば、一部の実施形態では、Ｃａｓ９の機能性断片は、野生型Ｃａｓ９のアミノ酸配列と比較して、ヌクレアーゼドメインにおける１以上のアミノ酸の置換、例えばＨ８４０Ａアミノ酸置換を含み得るが、ＤＮＡ結合活性を保持しており、ヌクレアーゼ活性を部分的又は完全に欠いている。

【0099】

[80]本明細書で使用される用語「相同の」、「相同性」、又は「相同性％」は、アミノ酸と対応する参照アミノ酸配列、又はポリヌクレオチド配列と対応する参照ポリヌクレオチド配列との間の配列同一性の程度を意味する。「相同性」は、類似しているポリマー配列、例えばポリペプチド又はＤＮＡの配列を意味し得る。相同性は、例えば少なくとも約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％，９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有する核酸配列を意味し得る。他の実施形態では、核酸配列の「相同配列」は、参照核酸配列に対して９３％、９５％、又は９８％の配列同一性を示し得る。例えば、「ゲノム領域への相同性の領域」は、ゲノム中の所与のゲノム領域に対して同様の配列を有するＤＮＡの領域であり得る。相同性の領域は、ゲノム領域へのスペーサー、プライマー結合部位、又はプロトスペーサー配列の結合を促進するために十分な任意の長さであり得る。例えば、相同性の領域は、相同性の領域が対応するゲノム領域と結合するために十分な相同性を有するように、少なくとも５、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６，１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、又はそれ以上の長さの塩基を含み得る。

【0100】

[81]本明細書で相互交換可能に使用される用語「同一性」又は「相同性」は、最適の比較目的のために配列を整列することによって決定され得る、２つ以上のヌクレオチド又はアミノ酸の配列の間の「同一性」、「相同性」、又は「相同性％」の計算のためであってよい（例えば、第１の配列の配列の中にギャップを導入することができる）。次いで、対応する位置におけるヌクレオチドを比較してよく、２つの配列の間の同一性％は、それらの配列によって共有される同一の位置の数の関数としてよい（即ち、同一性％＝同一位置の数／位置の全数×１００）。例えば、第１の配列の中の位置を、第２の配列の中の対応する位置と同じヌクレオチドによって占有してよく、そうすればそれらの分子はその位置において同一である。２つの配列の間の相同性％は、２つの配列の最適の整列のために導入することが必要なギャップの数及びそれぞれのギャップの長さを考慮して、それらの配列によって共有される同一の位置の数の関数であってよい。一部の実施形態では、比較目的のために整列される配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも約３０％、４０％，５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９５％であってよい。ＢＬＡＳＴ（登録商標）検索によって、２つの配列の間の相同性を判定してよい。２つの配列は、遺伝子、ヌクレオチド配列、タンパク質配列、ペプチド配列、アミノ酸配列、又はそれらの断片であってよい。２つの配列の実際の比較は、周知の方法、例えば数学的アルゴリズムを用いて達成することができる。そのような数学的アルゴリズムの非限定的な例は、Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．及びＡｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０－５８７３～５８７７頁（１９９３）に記載されている。そのようなアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２５：３３８９～３４０２頁（１９９７）に記載されているように、ＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）に組み込んでよい。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合には、それぞれのプログラム（例えばＮＢＬＡＳＴ）の関連する任意のパラメーターを使用することができる。例えば、配列比較のためのパラメーターを、スコア＝１００、ワード長＝１２と設定してよく、又は変動させてもよい（例えばＷ＝５又はＷ＝２０）。その他の例には、Ｍｙｅｒｓ及びＭｉｌｌｅｒのアルゴリズム、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）、ＡＤＶＡＮＣＥ、ＡＤＡＭ、ＢＬＡＴ、ならびにＦＡＳＴＡが含まれる。別の実施形態では、２つのアミノ酸配列の間の同一性％は、例えばＧＣＧソフトウェアパッケージ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）のＧＡＰプログラムを用いて達成することができる。

【0101】

[82]２つの核酸配列又は２つのポリペプチド配列の文脈において配列の相同性又は同一性のパーセンテージを特定する場合には、相同性又は同一性のパーセンテージは一般に、最大の対応のために比較し整列させる際の、それらの長さの部分にわたる２つ以上の配列の整列を意味する。比較される配列における位置が同じ塩基又はアミノ酸によって占有され得る場合には、それらの分子はその位置において相同であり得る。他に述べない限り、配列の相同性又は同一性は、核酸、ポリペプチド、又はそれらの部分の特定した長さにわたって評価される。一部の実施形態では、相同性又は同一性は、その長さの機能性部分又は特定した部分にわたって評価される。

【0102】

[83]配列相同性の評価のための配列の整列は、当該技術で公知のアルゴリズム、例えばＡｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３～４１０頁、１９９０に記載されているＢａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）アルゴリズムによって実行することができる。ＢＬＡＳＴ解析を実施するための公衆利用可能なインターネットインターフェースは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通してアクセス可能である。さらなる公知のアルゴリズムには、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，「Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ Ｂｉｏｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２頁，１９８１；Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，「Ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｍｅｔｈｏｄ ａｐｐｌｉｃａｂｌｅ ｔｏ ｔｈｅ ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｉｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｔｗｏ ｐｒｏｔｅｉｎｓ」，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３頁，１９７０；Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ、「Ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ」，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４頁，１９８８で刊行されたものが含まれ、又はこれらの若しくは同様のアルゴリズムの自動化された実行による。ほぼ同等のサイズの同様の配列を整列させるために、グローバルアラインメントプログラムを使用することもできる。グローバルアラインメントプログラムの例には、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（Ｒｉｃｅ Ｐら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．，２０００；１６：２７６～２７７頁）の一部であるＮＥＥＤＬＥ（ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／で利用可能）、及びＦＡＳＴＡパッケージ（Ｐｅａｒｓｏｎ Ｗ及びＬｉｐｍａｎ Ｄ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５：２４４４～２４４８頁）の一部であるＧＧＳＥＡＲＣＨプログラム（ｈｔｔｐｓ：／／ｆａｓｔａ．ｂｉｏｃｈ．ｖｉｒｇｉｎｉａ．ｅｄｕ／ｆａｓｔａ＿ｗｗｗ２／）が含まれる。これらのプログラムのいずれも、２つの配列の全長に沿ってそれらの最適の整列（ギャップを含む）を発見するために使用されるＮｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムに基づいている。配列解析の詳細な考察は、Ａｕｓｕｂｅｌら（「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ Ｉｎｃ，１９９４－１９９８，１５章、１９９８）のユニット１９．３に見出すことができる。

【0103】

[84]当業者であれば、アミノ酸（又はヌクレオチド）の位置は整列に基づいて相同配列中で決定することができ、例えば参照Ｃａｓ９配列中の「Ｈ８４０」は、Ｈ８３９又はＣａｓ９ホモログ中の別の位置に対応し得ることが理解される。

【0104】

[85]用語「ポリヌクレオチド」又は「核酸分子」は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、それらのハイブリダイゼーション、又はＲＮＡ－ＤＮＡキメラ分子を含む任意のポリマー形態のヌクレオチドであってよい。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、又はミクロＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは２本鎖、例えば遺伝子中の２本鎖ＤＮＡである。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは１本鎖又は実質的に１本鎖、例えば１本鎖のＤＮＡ又はｍＲＮＡである。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは細胞を含まない核酸分子である。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは血液中で循環する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは細胞の核酸分子である。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは血液中で循環する細胞内の細胞核酸分子である。

【0105】

[86]ポリヌクレオチドは任意の３次元構造を有し得る。以下はポリヌクレオチドの非限定的な例である。遺伝子又は遺伝子断片（例えばプローブ、プライマー、ＥＳＴ、又はＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、遺伝子間ＤＮＡ（限定するものではないが、異質染色質のＤＮＡを含む）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソーマルＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分枝ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離されたＤＮＡ、単離されたＲＮＡ、ｓｇＲＮＡ、ガイドＲＮＡ、核酸プローブ、プライマー、ｓｎＲＮＡ、長い非コーディングＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ誘導小ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、又は小ｒＤＮＡ誘導ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）。

【0106】

[87]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、又はそれらのアナログを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、改変されたヌクレオチド、例えばメチル化されたヌクレオチド及びヌクレオチドアナログを含む。存在する場合には、ヌクレオチド構造への改変は、ポリヌクレオチドのアセンブリーの前又は後に実施してよい。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、重合の後で、例えば標識成分とのコンジュゲーションによってさらに改変してよい。

【0107】

[88]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、４つのヌクレオチド塩基、即ちアデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、及びポリヌクレオチドがＲＮＡの場合にはチミンの代わりにウラシル（Ｕ）の特定の配列からなる。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、１以上の他のヌクレオチド塩基、例えばイノシン（Ｉ）を含んでもよく、これは翻訳機構によってグアニン（Ｇ）と読まれる。

【0108】

[89]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは改変することができる。本明細書で使用される場合、用語「改変された」又は「改変」は、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ、及びＵヌクレオチドに関する化学的改変を意味する。一部の実施形態では、改変は、ポリヌクレオチドを構成するヌクレオシドのヌクレオシド塩基及び／又は糖の部分においてであってよい。一部の実施形態では、改変はヌクレオシド間リンケージ（例えばホスフェート骨格）においてであってよい。一部の実施形態では、改変された核酸分子には、多重改変が含まれる。一部の実施形態では、改変された核酸分子には、単一改変が含まれる。

【0109】

[90]本明細書で使用される用語「変異」は、タンパク質のアミノ酸配列又はポリヌクレオチドの核酸配列における変更及び／又は変化を意味する。そのような変更及び／又は変化は、参照アミノ酸又は参照核酸の配列と比較した、アミノ酸配列の場合には１以上のアミノ酸、及び／又は核酸配列の場合にはヌクレオチドの、置換、挿入、欠失、及び／又は切り詰めを含み得る。一部の実施形態では、参照配列は野生型配列である。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドの核酸配列における変異は、ポリペプチドのアミノ酸配列における変異をコードする。一部の実施形態では、ポリペプチドのアミノ酸配列における変異又はポリヌクレオチドの核酸配列における変異は、疾患状態に付随する変異である。

【0110】

[91]用語「対象」又は「個体」は相互交換可能に使用してよい。本明細書で使用されるその文法的等価用語は、ヒト又は非ヒトを意味し得る。個体は哺乳動物であってよい。ヒト個体は男性又は女性であってよい。ヒト個体は任意の年齢であってよい。個体はヒト胚であってよい。ヒト個体は、新生児、幼児、小児、青年、又は成人であってよい。ヒト個体は遺伝的疾患又は障害のための処置を必要とするものであってよい。一部の実施形態では、個体は進行性がんに罹患しているか、それに罹患しやすいか、又はそのリスクにある。

【0111】

[92]用語「発癌遺伝子」は、変異、破壊、又は過発現に際して制御できない細胞分裂を生じ、腫瘍又はがんの形成をもたらし得る遺伝子を意味する。変異の前の発癌遺伝子はがん原遺伝子として知られている。「発癌性変異」は、がん原遺伝子の発癌遺伝子への変換をもたらす任意の変異である。発癌遺伝子は、その遺伝子の機能を野生型又は非病原性状態に編集して復帰させることによって回復される非発癌性機能を有し得る。そのような編集は、野生型のヌクレオチド配列若しくはアミノ酸配列、又は野生型とは異なるが野生型若しくは非病原性の機能を回復する配列（アミノ酸又はヌクレオチド）を回復し得る。

【0112】

[93]本開示の実施形態の特定の実施形態を論じたが、上の記述は説明的であって制限的ではない。本明細書を概観することによって、本発明の多くの変形が当業者には明らかになる。本発明の全体の範囲は、特許請求の範囲及びその均等物の全体の範囲、ならびに明細書及びそのような変形を参照することによって決定すべきである。

【0113】

[94]用語「キメラヌクレアーゼ」は、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメイン及びＣａｓヌクレアーゼドメインを含む融合タンパク質を意味する。一部の場合には、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインとＣａｓヌクレアーゼドメインは作動可能に連結されている。キメラヌクレアーゼの標的遺伝子は、２つの相補的鎖、即ち「コーディング鎖」と称される第１の鎖と、「非コーディング鎖」と称される第２の鎖を有する２本鎖ＤＮＡ分子を含み得る。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、標的鎖の上の特定の配列に相補的な又は実質的に相補的なガイドＲＮＡ配列を使用する。一部の場合には、ガイドＲＮＡは標的鎖上の特定の配列とハイブリダイズするか、実質的にハイブリダイズする。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡ配列は、検索標的配列において標的鎖とアニールする。

【0114】

[95]他に指示しない限り、本明細書及び特許請求の範囲において使用される成分、反応条件、その他の量を表す全ての数は、全ての場合において用語「約」によって修飾されると理解されたい。したがって、別段の指定がない限り、本明細書及び添付した特許請求の範囲に記載される数値パラメーターは、本発明によって得られるように探索される所望の特性に応じて変動し得る近似値である。

【0115】

[96]本開示は、キメラヌクレアーゼ及びキメラヌクレアーゼによって発癌遺伝子を標的とする方法を記載している。例えば、キメラヌクレアーゼが２つの部位において切断するならば、これは正確な長さのＤＮＡ（例えば、Ｉ－ＴｅｖＩドメイン及びＣａｓドメインによって標的とされる部位に応じて約３０～３８塩基）を切り出す。即ち、標的部位は、細胞内で遺伝子をフレームからノックアウトする正確な長さの欠失を生成するように遺伝子中で選択することができる。記載したヌクレアーゼの一実施形態では、ヌクレアーゼは標的発癌遺伝子を標的として切断する。

【0116】

[97]本開示は、ゲノムの位置においてヌクレオチド配列を標的とし、これに接触し、これを編集し、これをサイレンシングし、これを破壊し、これを回復させ、これを挿入し、これを改変し、これを欠失させ、又はこれを置換するために細胞集団を遺伝子操作する記載されたヌクレアーゼを使用する方法を記載している。本開示は、キメラヌクレアーゼとガイドＲＮＡの複合体を形成すること及びキメラヌクレアーゼとガイドＲＮＡの複合体を細胞に投与することを記載している。この投与は、エレクトロポレーション又は脂質媒介性トランスフェクション（例えばカチオン性脂質）のうちの１つ以上の方法を使用して行なってよい。あるいは、ガイドＲＮＡ及び／又はキメラヌクレアーゼをコードする核酸又は複数の核酸を、エレクトロポレーション、ウイルス形質導入、及び／又は脂質媒介性トランスフェクションから選択される方法を使用して、細胞内に移入することができる。ゲノムを変更するためにゲノム配列が付加される実施形態では、ドナーＤＮＡを投与して挿入又は変更に影響させてもよい。ドナーＤＮＡは、直線化ＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、又はウイルスベクターとして好適に提供することができる。

【0117】

[98]本明細書に記載した方法は、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメイン及びＣａｓヌクレアーゼドメインを含むキメラヌクレアーゼを使用して、細胞又は個体の発癌遺伝子を標的とする。図５Ａに示すように、精製されたキメラヌクレアーゼ（１）は、多重ガイドＲＮＡ（２）と混合され複合体化されて、リボ核タンパク質複合体（３）を形成することができる。キメラヌクレアーゼによって標的とされる部位の１以上に相補的な末端を含む外因性ドナーＤＮＡをコードするドナーＤＮＡ（４）も、リボ核タンパク質複合体（３）と混合することができる。図５Ｂに示すように、ゲノムＤＮＡ（７）から発現される発癌遺伝子をコードする細胞（５）の集団を、リボ核タンパク質複合体（３）とドナーＤＮＡ（４）の混合物に曝露することができる。電気パルス（８）を混合物に印加して、細胞膜（９）を透過性にすることができる（図５Ｃ）。図５Ｄに示すように、リボ核タンパク質複合体（３）とドナーＤＮＡ（４）は、透過性にされた細胞膜を通して細胞内に進入することができる。リボ核タンパク質複合体（３）は、１以上の核局在化配列（「ＮＬＳ」）を通して核（１０）に標的化することができる。図５Ｅに示すように、リボ核タンパク質複合体（３）は、ゲノムＤＮＡ（７）の上のその標的部位に結合することができる。図５Ｆに示すように、リボ核タンパク質複合体（３）は、ゲノムＤＮＡ（７）を切断し、定義された長さの欠失（１２）を創成することができ、又は適合するドナーＤＮＡ（１３）が存在する場合には、ドナーＤＮＡ（１３）を切断された部位に挿入することができる。欠失したゲノムＤＮＡ（７）の領域は、発癌遺伝子（６）をコードする遺伝子を破壊し、ドナーＤＮＡ（１３）は、改変されたバージョンの発癌遺伝子をコードして、それにより、野生型の機能を回復させる。

【0118】

[99]さらに、本開示は、（ａ）細胞をｅｘ ｖｉｖｏでヌクレアーゼに曝露すること、（ｂ）細胞集団に１０００～２５００Ｖの電流を印加して膜を透過性にし、特許請求するヌクレアーゼの細胞内への通過を可能にすることを含む、遺伝子をフレーム外にノックアウトするための、ヒト細胞のゲノム中のＤＮＡ配列の全部又は一部の標的化された遺伝子破壊（例えば挿入、編集、欠失、改変、又は置換）の方法に係るものである。１０００～１５００Ｖ、１５０１～１７００Ｖ、１７０１～１９００Ｖ、１９０１～２１００Ｖ、又は２１０１～２５００Ｖの他の範囲の電流を印加してもよい。ヌクレアーゼは、リポフェクション若しくはポリマー系トランスフェクションを用いて、又はアデノ随伴ウイルス若しくはレンチウイルス等のウイルスベクターを用いて、細胞に送達してもよい。ヌクレアーゼはさらに、リボ核タンパク質複合体、ヌクレアーゼをコードするＤＮＡ、又はヌクレアーゼをコードするメッセンジャーＲＮＡとして、送達してもよい。真核細胞においては、本開示のキメラヌクレアーゼは、１以上の核局在化配列（「ＮＬＳ」）を通して細胞の核を標的とすることができる。細胞内の発癌遺伝子のノックアウトの生成を応用するため、ヌクレアーゼの混合物を適用して、細胞集団中の１つ以上の発癌遺伝子を標的とすることができる。キメラヌクレアーゼを正確なゲノム位置に標的とさせる特定のガイドＲＮＡを、核酸によってコードされるヌクレアーゼ又はメッセンジャーＲＮＡとともに含めてよい。ゲノム位置へのＤＮＡの置換え、修復、又は挿入を標的とする適用のため、ドナー核酸を、線状２本鎖核酸によって、プラスミド又はウイルスベクターによって、単離され精製された核酸として含めてもよい。ドナー核酸は、ヌクレアーゼ及びガイドＲＮＡとともに、若しくは個別の製剤中で個別に送達してよく、又はヌクレアーゼとガイドＲＮＡの送達と比較して異なる方法によって送達してもよい。ドナー核酸の存在下では、細胞は、非相同末端結合による指向されたライゲーションによって、標的ゲノムＤＮＡ中の２つの切断された部位の間に、ドナー核酸配列を（全体として又は部分的に）挿入することができる。

【0119】

[100]本開示は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインとＣａｓドメインの様々な組合せを含むキメラヌクレアーゼに係るものである。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼはリンカードメインをさらに含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼはガイドＲＮＡをさらに含む。

【0120】

[101]発癌遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）Ｉ－ＴｅｖＩドメイン及びＣａｓドメイン、ならびに（ｂ）ガイドＲＮＡを含み得る。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号１～６８３のいずれか１つから選択される配列の少なくとも一部とハイブリダイズするか、若しくはこれと十分に相補的であるＲＮＡ配列、又はその組合せを含むか、又は配列番号１００１～１６８６に記載されるヌクレオチド配列若しくはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、又は７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＰＩ３ＫＣＡを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、又は２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＭＵＣ－４を標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、又は６８２のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号４５、１３０、１４１、又は６８３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むガイドＲＮＡを含む。

【0121】

[102]発癌遺伝子を標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）Ｉ－ＴｅｖＩドメイン及びＣａｓドメイン、ならびに（ｂ）ガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号１００１～１６８６のいずれか１つから選択される配列と少なくとも約９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するか、又はこれと同一であるＲＮＡ配列又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、１０７７のいずれか１つから選択される配列と少なくとも約９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するか、又はこれと同一であるＲＮＡ配列又はそれらの組合せを含むガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＰＩ３ＫＣＡを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、１２１０のいずれか１つから選択される配列と少なくとも約９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するか、又はこれと同一であるＲＮＡ配列又はそれらの組合せを含むガイドＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＭＵＣ－４を標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２のいずれか１つから選択される配列と少なくとも約９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するか、又はこれと同一であるＲＮＡ配列又はそれらの組合せを含むガイドＲＮＡを含む。ＥＧＦＲを標的とするキメラヌクレアーゼは、（ａ）上記のキメラヌクレアーゼ、及び（ｂ）配列番号１６８３、１６８４のいずれか１つから選択される配列と少なくとも約９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％の同一性を有するか、又はこれと同一であるＲＮＡ配列又はそれらの組合せを含むガイドＲＮＡを含む。

【0122】

[103]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、多数の遺伝子を同時に編集して、細胞集団内で多数の発癌遺伝子ノックアウトを生成するために使用される。例えば、多数のキメラヌクレアーゼを使用して、個体の様々な発癌遺伝子を標的とさせることができる。一部の実施形態では、少なくとも１つのキメラヌクレアーゼを使用して、発癌性変異を標的とさせることができる。一部の実施形態では、少なくとも２つのキメラヌクレアーゼを使用して、発癌性変異を標的とさせることができる。一部の実施形態では、少なくとも３つのキメラヌクレアーゼを使用して、発癌性変異を標的とさせることができる。一部の実施形態では、少なくとも４つのキメラヌクレアーゼを使用して、発癌性変異を標的とさせることができる。一部の実施形態では、少なくとも５つのキメラヌクレアーゼを使用して、発癌性変異を標的とさせることができる。特に、組成物は、キメラヌクレアーゼとの等モル比で配列番号１００１～１６８６によるガイドＲＮＡの混合物と組み合わせた、先行するパラグラフで上に論じたキメラヌクレアーゼの混合物を指向している。別の実施形態では、組成物は、キメラヌクレアーゼとの等モル比で配列番号１００１～１６８６によるガイドＲＮＡの混合物と組み合わせた、先行するパラグラフで上に論じたキメラヌクレアーゼの混合物に係るものである。

【0123】

[104]一部の実施形態では、他のキメラヌクレアーゼの組成物は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインとＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼドメインの様々な組合せを含む。特に、組成物は、配列番号７３０～７３６、７４０～７５５、又は７５６のキメラヌクレアーゼに係るものであり、キメラヌクレアーゼは野生型Ｉ－ＴｅｖＩドメイン又はそのバリアント、及び野生型Ｃａｓドメイン又はそのバリアントを含む。

【0124】

[105]本明細書に記載したキメラヌクレアーゼは、２つの異なるヌクレアーゼから形成することができる。キメラヌクレアーゼは、本明細書に記載したｅｘ ｖｉｖｏ遺伝子編集用途及びｉｎ ｖｉｖｏの用途に有用である。

【0125】

キメラヌクレアーゼ
[106]本開示のキメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴｅｖＩドメイン及びＣａｓドメインの異なる組合せを含んでよい。一部の実施形態では、ＣａｓドメインはＣａｓ９ドメインであってよい。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ、又はＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１から誘導される。

【0126】

[107]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼはリンカードメインをさらに含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼはガイドＲＮＡをさらに含み、ガイドＲＮＡは発癌性変異を標的とする。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは発癌性変異を標的とするために使用することができる。一部の実施形態では、発癌性変異は単一ポリヌクレオチド多型又はＳＮＰである。一部の実施形態では、発癌性変異は１以上のヌクレオチドの挿入である。一部の実施形態では、発癌性変異は１０以下のヌクレオチドの置換又は欠失である。一部の実施形態では、発癌性変異は１０、９、８、７、６、５、４、３、２、又は１個のヌクレオチドの欠失を含む。一部の実施形態では、発癌性変異は、配列番号１～６２８のいずれか１つに記載される配列と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるか、それらの組合せである。一部の実施形態では、発癌性変異はＡＢＬ１、ＡＦＦ４／ＭＬＬＴ１１、ＡＫＴ２、ＡＬＫ、ＡＬＫ／ＮＰＭ、ＲＵＮＸ１（ＡＭＬ１）、ＲＵＮＸ１／ＭＴＧ８（ＥＴＯ）、ＡＸＬ、ＢＣＬ－２、ＢＣＬ－３、ＢＣＬ－６、ＢＣＲ／ＡＢＬ、ＭＹＣ（ｃ－ＭＹＣ）、ＭＣＦ２（ＤＢＬ）、ＤＥＫ／ＮＵＰ２１４、ＴＣＦ３／ＰＢＸ１、ＥＧＦＲ、ＭＬＬＴ１１、ＥＲＧ／ＦＵＳ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ１、ＥＷＳＲ１／ＦＬＩ１、ＣＳＦ１Ｒ、ＦＯＳ、ＦＥＳ、ＧＬＩ１、ＧＮＡＳ（ＧＳＰ）、ＨＥＲ２／ｎｅｕ、ＴＬＸ１、ＦＧＦ４、ＩＬ３、ＦＧＦ３（ＩＮＴ－２）、ＪＵＮ、ＫＩＴ、ＦＧＦ４（ＫＳ３）、Ｋ－ＳＡＭ、ＡＫＡＰ１３、ＬＣＫ、ＬＭＯ１、ＬＭＯ２、ＭＹＣＬ、ＬＹＬ１、ＮＦＫＢ２、ＮＦＫＢ２／Ｃα１、ＭＡＳ１、ＭＤＭ２、ＭＬＬＴ１１、ＭＯＳ、ＭＵＣ４、ＲＵＮＸ１Ｔ１、ＭＹＢ、ＭＹＨ１１／ＣＢＦＢ、ＮＥＵ、ＭＹＣＮ、ＭＣＦ２Ｌ（ＯＳＴ）、ＰＡＸ－５、ＰＢＸ１／Ｅ２Ａ、ＰＩＭ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＣＣＮＤ１、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ／ＰＭＬ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＲＥＬ／ＮＲＧ、ＲＥＴ、ＲＨＯＭ１、ＲＨＯＭ２、ＲＯＳ１、ＳＫＩ、ＳＩＳ（別名ＰＤＧＦＢ）、ＳＥＴ／ＣＡＮ、ＳＲＣ、ＴＡＬ１、ＴＡＬ２、ＮＯＴＣＨ１（ＴＡＮ１）、ＴＩＡＭ１、ＴＳＣ２、又はＮＴＲＫ１の少なくとも１つで生じる。一部の実施形態では、発癌性変異はＭｕｃ４、ＰＩＫ３ＣＡ、ＥＧＦＲ、又はＫＲＡＳの少なくとも１つで生じる。

【0127】

[108]一部の実施形態では、発癌性変異はＥＧＦＲ（例えばＵｎｉＰｒｏｔ寄託番号Ｐ００５３３）で生じる。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異はＥＧＦＲのエクソン１９における欠失ではない。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異はＰ３Ｌ、Ｓ４Ａ、Ｇ５Ａ、Ｔ６Ａ、Ａ７Ｐ、Ａ７Ｄ、Ｌ８５８Ｒ、Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ、Ｇ８Ｒ、Ａ１０Ｇ、Ａ１３Ｖ、Ａ１６Ｓ、Ｌ１８Ｆ、Ｐ２０Ｌ、Ｐ２０Ｑ、Ａ２１Ｓ、Ａ２１Ｔ、Ａ２４Ｔ、Ｋ２９Ｔ、Ｔ３４Ｍ、Ｔ３９Ｍ、Ｄ４６Ｅ、Ｒ５３Ｋ、Ｅ５９Ｋ、Ｅ６Ｋ、Ｑ１８Ｒ、Ｑ７１Ｒ、Ｔ２８Ａ、Ｔ８１Ａ、Ｑ８３Ｅ、Ｑ３０Ｅ、Ｅ３１Ｑ、Ｅ８４Ｑ、Ｅ８４Ｄ、Ｅ３１Ｄ、Ａ３３Ｖ、Ａ８６Ｖ、Ｌ３７Ｆ、Ｌ９０Ｆ、Ｎ４１Ｓ、Ｎ９４Ｓ、Ｖ４３Ｍ、Ｖ９６Ｍ、Ｒ９８Ｑ、Ｒ４５Ｑ、Ｑ５２Ｈ、Ｑ１０５Ｈ、Ｒ１０８Ｇ、Ｒ５５Ｇ、Ｒ１０８Ｋ、Ｒ５５Ｋ、Ｇ１０９Ａ、Ｇ５６Ａ、Ｍ１１１Ｔ、Ｍ５８Ｔのいずれか１つに対応する少なくとも１つの変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、発癌性変異はＬ８５８Ｒに対応するＥＧＦＲ中の変異を含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異は、Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶに対応する変異である。

【0128】

[109]一部の実施形態では、発癌性変異はＭｕｃ４（例えばＵｎｉＰｒｏｔ寄託番号Ｑ９９１０２）で生じる。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異はエクソン２のインフレーム欠失又はエクソン３のインフレーム欠失である。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異は、Ｐ１５４２位、Ｐ１６８０位、Ｔ１７１１位、Ｖ１７２１位、Ｐ１８２６位、Ａ１８３０位、Ｓ３５６０位、Ａ１８３３位、Ｄ２２５３位、Ｖ２２８１位、Ｐ３０８８位、Ｔ３１１９位、Ｔ３１８３位、Ｖ３８１７位、Ａ３９０２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４変異は、Ｐ１５４２Ｌ、Ｐ１６８０Ｓ、Ｔ１７１１Ｉ、Ｖ１７２１Ａ、Ｐ１８２６Ｈ、Ａ１８３０Ｔ、Ｓ３５６０Ｓ、Ａ１８３３Ｖ、Ｄ２２５３Ｈ、Ｖ２２８１ＡＭ、Ｐ３０８８Ｌ、Ｔ３１１９Ｔ、Ｔ３１８３Ｍ、Ｖ３８１７Ａ、Ａ３９０２Ｖに対応する変異又はそれらの組合せから選択される。

【0129】

[110]一部の実施形態では、発癌性変異はＫＲＡＳ（例えばＵｎｉＰｒｏｔ寄託番号Ｐ０１１１６）で生じる。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、Ａ５９位、Ｄ１１９位、Ｄ３３位、Ｇ２１位、Ｇ１２位、Ｇ１３位、Ｑ６１位、Ａ１４６位、Ｋ１１７位のいずれか１つに対応する変異、又はそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ変異は、Ａ５９Ｔ、Ａ５９Ｅ、Ａ５９Ｔ、Ｄ１１９Ｎ、Ｄ３３Ｅ、Ｇ２１Ｃ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｒ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｖ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ａ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１１７Ｎ、Ｋ１１７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せである。

【0130】

[111]一部の実施形態では、発癌性変異はＰＩＫ３ＣＡ（例えばＵｎｉＰｒｏｔ寄託番号Ｐ４２３３６）で生じる。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、Ｈ１０４７位、Ｅ５４２位、Ｅ５４５位、Ｎ３４５位、Ｃ１６３６位、Ｇ１６２４位、Ｇ１６３３位、Ａ３１４０位、Ｃ３０７５位、Ａ１６３４位、Ａ１１７３位に対応する変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｃ１６３６Ａ、Ｇ１６２４Ａ、Ｇ１６３３Ａ、Ａ３１４０Ｔ、Ａ３１４０Ｇ、Ｃ３０７５Ｔ、Ａ１６３４Ｃ、Ａ１１７３Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せである。

【0131】

[112]本開示は、キメラヌクレアーゼ及びキメラヌクレアーゼを使用して発癌性変異を標的とする方法を記載している。現行の単一切断エンドヌクレアーゼによる切断は標的部位に適合性のＤＮＡ末端を残すことがあるが（図１Ｂ）、キメラヌクレアーゼによる切断は、Ｃａｓ部位に平滑末端、Ｉ－ＴｅｖＩ部位に３’突出を残すことができる（図１Ｃ）。キメラヌクレアーゼが２つの部位で切断する場合には、これは正確な長さのＤＮＡ（例えば、Ｉ－ＴｅｖＩ及びＳａＣａｓ９が標的とする部位に応じて約３０～４０塩基）を切り出す。本明細書に記載した方法は、ゲノムから少なくとも約３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は多くとも約４０ヌクレオチドの正確な欠失を生成し得る。本明細書に記載したキメラヌクレアーゼは、ゲノムから少なくとも約３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、又は多くとも約４０ヌクレオチドの正確な欠失を生成し得る。即ち、細胞又は生命体の中で発癌遺伝子をフレームからノックアウトする正確な長さの欠失を生成するために遺伝子中で標的部位を選択することができる。一部の実施形態では、本開示のキメラヌクレアーゼは、結合して切断するために標的部位の中で４つのエレメント、即ち１）Ｉ－ＴｅｖＩ部位、２）約１４～１９ヌクレオチドのスペーサー配列、３）約１９～２１ヌクレオチドのプロトスペーサー配列、及び４）プロトスペーサー近接モチーフ（ＰＡＭ）を必要とし、ここでＮは任意のヌクレオチド、ＲはヌクレオチドＡ又はＧ、ＫはヌクレオチドＴ又はＧである。例示的なＩ－ＴｅｖＩモチーフ及びＰＡＭを、それぞれ表１及び表２に示す。キメラヌクレアーゼの特有の標的部位の要求を前提として、標的部位は、発癌性変異がこれらのエレメントの１つを変化させて、その変異を優先的又は選択的に標的とするところで選択することができる。一実施形態では、記載したキメラヌクレアーゼは、発癌遺伝子において正確な長さの欠失を生成するが、野生型遺伝子においては生成しない。

【0132】

[113]表１は、様々なＩ－ＴｅｖＩバリアントを記載している。Ｉ－ＴｅｖＩに対する異なる変異は、結合部位の特異性を変化させ、コンセンサス配列を変化させ得る。

【0133】

発癌性変異
[114]記載したもの以外の発癌性変異も、キメラヌクレアーゼのアレル特異的な標的となり得る。その他のアレル特異的な発癌性変異は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインの結合部位における変化、Ｉ－ＴｅｖＩ部位とＣａｓ部位との間のスペーサーＤＮＡ配列における変化、Ｃａｓプロトスペーサー配列における変化、又はＣａｓプロトスペーサー隣接モチーフ配列における変化の結果として、標的とすることができる。

【0134】

上皮成長因子－ ＥＧＦＲ
[115]一部の実施形態では、発癌性変異はＥＧＦＲで生じる。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異はＥＧＦＲのエクソン１９における欠失ではない。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異は、Ｌ８５８Ｒに対応する変異である。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、若しくは１４１に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号４５、１３０、若しくは１４１のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０４５、１１３０、１１４１、若しくは１６８６のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲにおける発癌性変異は、Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶに対応する変異である。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６８３に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６８３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６８３若しくは１６８４のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0135】

ムチン４－ Ｍｕｃ４
[116]ムチン４（Ｍｕｃ４）は、ヒトにおいてＭＵＣ４遺伝子によってコードされるムチンタンパク質である。他のムチン類と同様に、ＭＵＣ－４は高分子量の糖タンパク質である。ＭＵＣ－４は、膜に固定され、実際のタンパク質では５５０～９３０ｋＤａ、グリコシル化されれば４，６５０ｋＤａまでの分子量の範囲であり得るヒトムチンファミリーに属している。ＭＵＣ４は、ＡＳＧＰ、ＨＳＡ２７６３５９、ＭＵＣ－４、又はムチン４とも称し得る。

【0136】

[117]ＭＵＣ４は、細胞の外側２μｍまでに達し得るＯ－糖タンパク質である。ＭＵＣ４ムチンは、高度にグリコシル化された大きな細胞外αサブユニット及び細胞膜に固定され、細胞質ゾル中に延在するβサブユニットから成っている。βサブユニットは発癌遺伝子と考えられ、がんにおけるその役割は、特にシグナル伝達経路における関与により、特にＥｒｂＢ２（Ｈｅｒ２）とともに認識が深まっている。

【0137】

[118]ＭＵＣ４の２つのサブユニットは、２５個のエクソンからなる単一の遺伝子から、マウス遺伝子の構造と同一のエクソン／イントロン構造をもって、転写される。市販のｍＲＮＡ又はがん細胞株から抽出された全ＲＮＡを使用して、ＭＵＣ４について２４個を超えるスプライスバリアントが見出されている。

【0138】

[119]ＭＵＣ－４は、アポトーシスを抑制し、結果として腫瘍細胞の増殖を増大させることによって、がんの進行に役割を果たしていると考えられる。分子的機序は、ＭＵＣ－４のＥＲＢＢ２受容体との複合体によると考えられ、これが下流のシグナル伝達を変化させ、ＣＤＫＮ１Ｂを下方制御する。ＭＵＣ－４のβサブユニットは、ＥｒｂＢ２のリン酸化を惹起するリガンドとして働くようであるが、ＭＡＰＫ又はＡＫＴ経路を活性化しない。ＭＵＣ－４はＨＥＲ２シグナル伝達にも影響し、その安定化をもたらし得る。ムチンとして、ＭＵＣ－４はまた、細胞の接着特性を変化させる。過発現した場合には、ムチンの無秩序化（disorganization）は他の細胞並びに細胞外マトリックスへの接着を低減させ、がん細胞の遊走及び転移を促進し得る。

【0139】

[120]本開示のキメラヌクレアーゼは、発癌性変異を標的とすることができる。例えばＭｕｃ－４。一部の実施形態では、発癌性変異はＭｕｃ４で生じる。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異はエクソン２のインフレーム欠失又はエクソン３のインフレーム欠失である。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異は、Ｐ１５４２位、Ｐ１６８０位、Ｔ１７１１位、Ｖ１７２１位、Ｐ１８２６位、Ａ１８３０位、Ｓ３５６０位、Ａ１８３３位、Ｄ２２５３位、Ｖ２２８１位、Ｐ３０８８位、Ｔ３１１９位、Ｔ３１８３位、Ｖ３８１７位、Ａ３９０２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、Ｍｕｃ４の変異は、Ｐ１５４２Ｌ、Ｐ１６８０Ｓ、Ｔ１７１１Ｉ、Ｖ１７２１Ａ、Ｐ１８２６Ｈ、Ａ１８３０Ｔ、Ｓ３５６０Ｓ、Ａ１８３３Ｖ、Ｄ２２５３Ｈ、Ｖ２２８１ＡＭ、Ｐ３０８８Ｌ、Ｔ３１１９Ｔ、Ｔ３１８３Ｍ、Ｖ３８１７Ａ、Ａ３９０２Ｖに対応する変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号６７６、６７７、６７８、６７９、若しくは６８２のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１６７６、１６７７、１６７８、１６７９、１６８２、若しくは１６８５のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0140】

Ｋ－Ｒａｓ－ ＫＲＡＳ
[121]Ｋ－Ｒａｓは、ＲＡＳ／ＭＡＰＫ経路の一部である。ＫＲＡＳは、ＫＲＡＳ、Ｃ－Ｋ－ＲＡＳ、ＣＦＣ２、Ｋ－ＲＡＳ２Ａ、Ｋ－ＲＡＳ２Ｂ、Ｋ－ＲＡＳ４Ａ、Ｋ－ＲＡＳ４Ｂ、ＫＩ－ＲＡＳ、ＫＲＡＳ１、ＫＲＡＳ２、ＮＳ、ＮＳ３、ＲＡＬＤ、ＲＡＳＫ２、Ｋ－ｒａｓ、ＫＲＡＳがん原遺伝子、ＧＴＰａｓｅ、ｃ－Ｋｉ－ｒａｓ２、ＯＥＳ、ｃ－Ｋｉ－ｒａｓ、Ｋ－Ｒａｓ ２、’Ｃ－Ｋ－ＲＡＳ、Ｋ－Ｒａｓ、カーステンラット肉腫ウイルス、又はカーステンラット肉腫ウイルスとしても知られている。このタンパク質は、シグナルを細胞の外側から細胞の核に伝達する。これらのシグナルは、増殖し、分裂（増殖）又は成熟し、特殊化した機能を持つ（分化する）ように細胞に指令する。これは最初にカーステンラット肉腫ウイルスにおけるウイルス発癌遺伝子として同定されたので、ＫＲＡＳと称されている。同定された発癌遺伝子は細胞ゲノムから誘導されたので、ＫＲＡＳは、細胞ゲノム内で見出された場合にはがん原遺伝子と称される。

【0141】

[122]ＫＲＡＳは分子オン／オフスイッチとして作用する。これがいったんアロステリックに活性化されれば、これは増殖因子の伝播のために必要なタンパク質、ならびにｃ－Ｒａｆ及びＰＩ３－キナーゼ等のその他の細胞シグナル伝達受容体を動員し活性化する。ＫＲＡＳはＧＬＵＴ１グルコーストランスポーターを上方制御し、それにより、がん細胞におけるワーブルグ効果に寄与する。ＫＲＡＳはＧＴＰにその活性状態で結合する。これはまた、ヌクレオチドの末端ホスフェートを切断し、これをＧＤＰに変換する内在的酵素活性を有する。ＧＴＰのＧＤＰへの変換に際して、ＫＲＡＳは不活化される。変換の速度は通常遅いが、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質（ＧＡＰ）クラスのアクセサリータンパク質、例えばＲａｓＧＡＰによって劇的に増大させることができる。これに続いて、ＫＲＡＳはグアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）クラスのタンパク質（例えばＳＯＳ１）に結合することができ、これが結合したヌクレオチド（ＧＤＰ）の放出を強制する。続いて、ＫＲＡＳは細胞質ゾル中に存在するＧＴＰに結合し、ＧＥＦがｒａｓ－ＧＴＰから放出される。

【0142】

[123]一部の実施形態では、発癌性変異はＫＲＡＳで生じる。一部の実施形態では、ＫＲＡＳの変異は、Ａ５９位、Ｄ１１９位、Ｄ３３位、Ｇ２１位、Ｇ１２位、Ｇ１３位、Ｑ６１位、Ａ１４６位、Ｋ１１７位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳの変異は、Ａ５９Ｔ、Ａ５９Ｅ、Ａ５９Ｔ、Ｄ１１９Ｎ、Ｄ３３Ｅ、Ｇ２１Ｃ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｖ、Ｇ１３Ｒ、Ｑ６１Ｒ、Ｑ６１Ｖ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ａ、Ｑ６１Ｐ、Ｑ６１Ｅ、Ａ１４６Ｔ、Ａ１４６Ｖ、Ｋ１１７Ｎ、Ｋ１１７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号３７、４２、５１、５２、６２、６３、若しくは７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１０３７、１０４２、１０５１、１０５２、１０６２、１０６３、若しくは１０７７のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0143】

ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ触媒サブユニット－ ＰＩＫ３ＣＡ
[124]ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ触媒サブユニット－（ＰＩＫ３ＣＡ）は、乳がんにおいて最も一般的に変異する遺伝子の１つであり、いくつかのがんの型において重要であることが見出されている。ＰＩ３Ｋ経路の重要な部分であるＰＩＫ３ＣＡは、発癌遺伝子として長い間記述されており、変異を活性化させる２つの主なホットスポット、即ちらせんドメインの５４２／５４５領域及びキナーゼドメインの１０４７領域を有している。

【0144】

[125]ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ（ホスファチジルイノシトール３－キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）とも称される）は、８５ｋＤａの制御サブユニット及び１１０ｋＤａの触媒サブユニット（ＰＩＫ３ＣＡ）で構成される。この遺伝子によってコードされるタンパク質は触媒サブユニットを表し、これはＡＴＰを用いてホスファチジルイノシトール類（ＰｔｄＩｎｓ）、即ちＰｔｄＩｎｓ４Ｐ及びＰｔｄＩｎｓ（４，５）Ｐ２をリン酸化する。ＰＩＫ３ＣＡは、ＣＬＯＶＥ、ＣＷＳ５、ＭＣＡＰ、ＭＣＭ、ＭＣＭＴＣ、ＰＩ３Ｋ、ｐ１１０－α、ＰＩ３Ｋ－α、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットα、ＣＬＡＰＯ、ＣＣＭ４とも称され得る。

【0145】

[126]一部の実施形態では、発癌性変異はＰＩＫ３ＣＡで生じる。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡの変異は、Ｈ１０４７位、Ｅ５４２位、Ｅ５４５位、Ｎ３４５位、Ｃ１６３６位、Ｇ１６２４位、Ｇ１６３３位、Ａ３１４０位、Ｃ３０７５位、Ａ１６３４位、Ａ１１７３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡの変異は、Ｈ１０４７Ｒ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ５４２Ｋ、Ｅ５４５Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｃ１６３６Ａ、Ｇ１６２４Ａ、Ｇ１６３３Ａ、Ａ３１４０Ｔ、Ａ３１４０Ｇ、Ｃ３０７５Ｔ、Ａ１６３４Ｃ、Ａ１１７３Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せである。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０に記載される標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズするか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０に記載されるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、配列番号５、６、７、８、３３、２０２、２０４、２０９、若しくは２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一の標的核酸配列とハイブリダイズする核酸配列を含むか、又は配列番号１００５、１００６、１００７、１００８、１０３３、１２０２、１２０４、１２０９、若しくは１２１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のヌクレオチド配列を含む。

【0146】

Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼ
[127]本開示のキメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインを含み得る。改変されていない完全長のＩ－ＴｅｖＩタンパク質は、配列番号７０２による配列を含む。
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮ（配列番号７０２）

【0147】

[128]配列番号７００、７０２、又は７０４によって提供される配列は、タンパク質の安定性を増大させ、Ｎ末端の分解を防止する２位におけるグリシンの挿入を除いて、Ｉ－ＴｅｖＩの野生型バージョンである。本明細書で言及する特定の置換に関しては、番号付けはグリシン安定化を欠くタンパク質の野生型バージョンに対応している。即ち、Ｉ－ＴｅｖＩの安定化されたバージョンにおいては、配列番号７００、７０２、又は７０４の位置２７におけるリシンは、２位にグリシンを有しない野生型位置に対応するＫ２６と称される。Ｉ－ＴｅｖＩのヌクレアーゼ活性にほとんど影響しないことが知られているＩ－ＴｅｖＩドメインへのいくつかのＩ－ＴｅｖＩ置換がある。Ｉ－ＴｅｖＩのヌクレアーゼ活性は、Ｉ－ＴｅｖＩドメインを含むキメラヌクレアーゼと、公知のＩ－ＴｅｖＩ標的を含む線状ＤＮＡとを混合し、切断反応の産物をアガロースゲル上で展開することによって、評価することができる。Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼが活性であれば、予測されたサイズの産物が存在することになる。

【0148】

[129]本開示のキメラヌクレアーゼは、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインを有し得る。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、ＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａファージＴ４から誘導される。Ｉ－ＴｅｖＩドメインは、以下の配列によるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａファージＴ４の９３アミノ酸のＩ－ＴｅｖＩドメインを含み得る。
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡ（配列番号７００）

【0149】

[130]一部の実施形態では、例示的なＩ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインを配列番号７００に示す。一部の実施形態では、変異は配列番号７００のいずれか１つに対応し得る。
[131]一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００、７０２、又は７０４と比較して、少なくとも１つの変異を含み得る。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１、Ｖ１６、Ｎ１４、Ｅ２５、Ｋ２６、Ｒ２７、Ｅ３６、Ｋ３７、Ｇ３８、Ｃ３９、Ｓ４１、Ｌ４５、Ｆ４９、Ｉ６０、Ｅ８１のいずれか１つから選択される位置のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、Ｔ１１Ｖ、Ｖ１６Ｉ、Ｎ１４Ｇ、Ｅ２５Ｄ、Ｋ２６Ｒ、Ｒ２７Ａ、Ｅ３６Ｓ、Ｋ３７Ｎ、Ｇ３８Ｎ、Ｃ３９Ｖ、Ｓ４１Ｈ、Ｌ４５Ｆ、Ｆ４９Ｙ、Ｉ６０Ｖ、Ｅ８１Ｉのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、野生型配列と比較して、少なくともＫ２６Ｒの変異を含む。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００、７０２、又は７０４と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0150】

[132]Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインの他のバージョンは、Ｉ－ＴｅｖＩドメインによって標的とされる部位又はＩ－ＴｅｖＩドメインの活性を変化させる様々な変異の組合せ、例えばＫ２６及び／又はＣ３９のようなＩ－ＴｅｖＩによって認識される配列を変化させる変異を含む可能性がある。ヌクレアーゼの他のバージョンは、Ｉ－ＴｅｖＩドメインを他のＧＩＹ－ＹＩＧヌクレアーゼドメイン、例えばＩ－ＢｍｏＩ、Ｅｃｏ２９ｋＩ、その他で置換する可能性がある。Ｉ－ＴｅｖＩのいくつかのバージョンは、大腸菌で発現されたときにプロセシングの結果として、Ｍｅｔ１を含まない。

【0151】

[133]改変されていない完全長のＩ－ＴｅｖＩヌクレアーゼは、１～９３位を含むヌクレアーゼドメイン及び９４～１６９位を含むリンカードメインを含む。変異の位置は、改変されていない完全長のＩ－ＴｅｖＩヌクレアーゼによる位置、又は配列番号７００、７０２、若しくは７０４に対応する。

【0152】

[134]表１は、例示的な野生型Ｉ－ＴｅｖＩ及びそのバリアントのリストをまとめている。さらに、この表は、様々なＩ－ＴｅｖＩタンパク質によって用いられる様々な切断モチーフを注記している。

【0153】

【表1-1】

【0154】

【表1-2】

【0155】

リンカードメイン
[135]本開示のキメラヌクレアーゼは、リンカードメインをさらに含んでよい。リンカーは、少なくとも約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、又は１００アミノ酸を含む可撓性のアミノ酸リンカーを含んでよい。リンカーは、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、又は１００以下のアミノ酸を含む可撓性アミノ酸リンカーを含んでよい。一部の実施形態では、リンカードメインは構造化されていなくてもよく、Ｇｌｙ－Ｓｅｒリンカーを含んでもよい。長いリンカーは一般に、標的部位における１４～１９塩基対のＩ－ＴｅｖＩのスペーシング要求を緩和することができる一方、短いリンカーは一般にこれを制限する。有用なリンカーには、それだけに限らないが、例えば（ＧＳ）_ｎ（配列番号９００）、（ＧＳＧＧＳ）_ｎ（配列番号９０１）、（ＧＧＧＧＳ）_ｎ（配列番号９０２）、及び（ＧＧＧＳ）_ｎ（配列番号９０３）を含むグリシン－セリンポリマー（ここでｎは少なくとも１の整数である）、グリシン－アラニンポリマー、アラニン－セリンポリマー、及びその他の可撓性リンカーが含まれる。抗体断片又は１本鎖可変断片を連結するための例示的なリンカーには、ＡＡＥＰＫＳＳ（配列番号９０４）、ＡＡＥＰＫＳＳＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰ（配列番号９０４）、ＧＧＧＧ（配列番号９０５）、又はＧＧＧＧＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰ（配列番号９０６）が含まれ得る。あるいは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、又はポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールのコポリマーを含むがこれらに限らない種々の非タンパク質性のポリマーも、リンカーとしての用途があり、即ちリンカーとしての用途がある。一部の実施形態では、Ｉ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、リンカードメインによってＣａｓドメインと結合される。リンカードメインはＩ－ＴｅｖＩリンカー（配列番号７０１のアミノ酸９３～１６９）を含んでよい。一部の実施形態では、リンカーは、
ＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳ（配列番号７０３）
として記載されるアミノ酸配列を含む。

【0156】

[136]一部の実施形態では、例示的なリンカーは配列番号７０２又は７０４で示される。一部の実施形態では、変異は配列番号７０２又は７０４のいずれか１つに対応し得る。
[137]一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５、Ｓ１０１、Ａ１１９、Ｋ１２０、Ｋ１３５、Ｐ１２６、Ｄ１２７、Ｎ１４０、Ｔ１４７、Ｑ１５８、Ａ１６１、Ｖ１１７、Ｓ１６５のいずれか１つから選択される位置に対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｔ９５Ｓ、Ｓ１０１Ｙ、Ａ１１９Ｄ、Ｋ１２０Ｎ、Ｋ１３５Ｎ、Ｋ１３５Ｒ、Ｐ１２６Ｓ、Ｄ１２７Ｋ、Ｎ１４０Ｓ、Ｔ１４７Ｉ、Ｑ１５８Ｒ、Ａ１６１Ｖ、Ｖ１１７Ｆ、Ｓ１６５Ｇのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号７０１、７０２、７０３、又は７０４と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｋ１３５Ｒ及び／又はＮ１４０Ｓに対応する変異を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｖ１１７Ｆに対応する変異を含む。一部の実施形態では、リンカーは、Ｖ１１７Ｆ、Ｋ１３５Ｒ、及び／又はＮ１４０Ｓに対応する変異を含む。

【0157】

Ｃａｓタンパク質ドメイン
[138]ＣＲＩＳＰＲシステムは一般に２つの成分、即ちガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ又はｓｇＲＮＡ）及びＣＲＩＳＰＲ関連エンドヌクレアーゼ（Ｃａｓタンパク質）を含む。天然には、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）システムは、侵入する核酸のサイレンシングをガイドするＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を用いることによって、ウイルス及びプラスミドに対する適応免疫を細菌及び古細菌に提供する。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓは、外来の核酸の配列特異的な検出及びサイレンシングのために小さなＲＮＡ分子に依拠する、ＲＮＡにより媒介される適応防衛（adaptive defense）システムである。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、オペロンの中に組織化されたｃａｓ遺伝子と、ゲノム標的配列（スペーサーと称する）からなるＣＲＩＳＰＲアレイからなっている。

【0158】

[139]ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは一般に、標的ポリヌクレオチド（例えばＨＳＶゲノムＤＮＡ等のテンプレート核酸）の領域に相補的又は実質的に相補的なヌクレオチド配列を含むガイドＲＮＡ配列及びヌクレアーゼ活性を有するタンパク質を含む酵素システムを意味し、これを含み得る。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムには、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム、ＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム、及びそれらの派生物が含まれ得る。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、天然に生じるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムから誘導される操作された及び／又はプログラムされたヌクレアーゼシステムを含む。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、操作された及び／又は変異したＣａｓタンパク質を含み得る。ある特定の実施形態では、ヌクレアーゼは一般に、核酸のヌクレオチドサブユニットの間のホスホジエステル結合を切断することができる酵素を意味する。一部の実施形態では、エンドヌクレアーゼは一般に、ポリヌクレオチド鎖の中のホスホジエステル結合を切断することができる。

【0159】

[140]一部の実施形態では、本明細書で用いるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、Ｉ型、ＩＩ型、又はＩＩＩ型のシステムであってよい。好適なＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質の非限定的な例には、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（又はＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃａｓ１２、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、ＣａｓＸ、ＣａｓΦ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（又はＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（又はＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（又はＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（又はＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣａｓＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｚ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６が含まれる。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質又はエンドヌクレアーゼはＣａｓ９である。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質又はエンドヌクレアーゼはＣａｓ１２である。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質又はエンドヌクレアーゼはＣａｓＸである。

【0160】

[141]一部の実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ｎｏｃａｒｄｉｏｐｓｉｓ ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｐｒｉｓｔｉｎａｅｓｐｉｒａｌｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｖｉｒｉｄｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｖｉｒｉｄｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ ｒｏｓｅｕｍ、Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｉｄｏｃａｌｄａｒｉｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｓｅｕｄｏｍｙｃｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｅｌｅｎｉｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｂｉｒｉｃｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｍｉｃｒｏｓｃｉｌｌａ ｍａｒｉｎａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｏｌａｒｏｍｏｎａｓ ｎａｐｈｔｈａｌｅｎｉｖｏｒａｎｓ、Ｐｏｌａｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．、Ｃｒｏｃｏｓｐｈａｅｒａ ｗａｔｓｏｎｉｉ、Ｃｙａｎｏｔｈｅｃｅ ｓｐ．、Ｍｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ ｓｐ．、Ａｃｅｔｏｈａｌｏｂｉｕｍ ａｒａｂａｔｉｃｕｍ、Ａｍｍｏｎｉｆｅｘ ｄｅｇｅｎｓｉｉ、Ｃａｌｄｉｃｅｌｕｌｏｓｉｒｕｐｔｏｒ ｂｅｃｓｃｉｉ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ ｄｅｓｕｌｆｏｒｕｄｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｆｉｎｅ ｇｏｌｄｉａ ｍａｇｎａ、Ｎａｔｒａｎａｅｒｏｂｉｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｔｈｅｒｍｏｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｌｄｕｓ、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｒｏｏｘｉｄａｎｓ、Ａｌｌｏｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ ｖｉｎｏｓｕｍ、Ｍａｒｉｎｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ ｗａｔｓｏｎｉ、Ｐｓｅｕｄｏａｌｔｅｒｏｍｏｎａｓ ｈａｌｏｐｌａｎｋｔｉｓ、Ｋｔｅｄｏｎｏｂａｃｔｅｒ ｒａｃｅｍｉｆｅｒ、Ｍｅｔｈａｎｏｈａｌｏｂｉｕｍ ｅｖｅｓｔｉｇａｔｕｍ、Ａｎａｂａｅｎａ ｖａｒｉａｂｉｌｉｓ、Ｎｏｄｕｌａｒｉａ ｓｐｕｍｉｇｅｎａ、Ｎｏｓｔｏｃ ｓｐ．、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ ｍａｘｉｍａ、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ ｐｌａｔｅｎｓｉｓ、Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ ｓｐ．、Ｌｙｎｇｂｙａ ｓｐ．、Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓ ｃｈｔｈｏｎｏｐｌａｓｔｅｓ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉａ ｓｐ．、Ｐｅｔｒｏｔｏｇａ ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｐｈｏ ａｆｒｉｃａｎｕｓ、又はＡｃａｒｙｏｃｈｌｏｒｉｓ ｍａｒｉｎａ由来又はこれらから誘導されてよい。

【0161】

[142]一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質は、野生型ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質、改変されたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質であってよい。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質は、核酸の結合親和性及び／又は特異性を増大するように、酵素活性を変化させるように、及び／又はタンパク質の別の特性を変化させるように、改変することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質のヌクレアーゼ（即ちＤＮアーゼ、ＲＮアーゼ）ドメインを、改変し、欠失させ、又は不活化することができる。あるいは一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質の機能に必須でないドメインを除去するために、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質を切り詰めてもよい。一部の実施形態では、Ｃａｓタンパク質のエフェクタードメインの活性を最適化するために、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質を切り詰め、又は改変してもよい。

【0162】

[143]一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質は、野生型Ｃａｓタンパク質又はその断片から誘導することができる。ある特定の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ様タンパク質は、改変されたＣａｓ９タンパク質である。例えば、Ｃａｓ９タンパク質のアミノ酸配列は、野生型又は別のＣａｓタンパク質に対して、タンパク質の１以上の特性（例えばヌクレアーゼ活性、親和性、安定性、その他）を変化させるために改変することができる。あるいは、一部の実施形態では、改変されたＣａｓ９タンパク質が野生型Ｃａｓ９タンパク質より小さくなるように、ＲＮＡ誘導型の切断に関与しないＣａｓ９タンパク質のドメインをタンパク質から除去してもよい。

【0163】

[144]本開示のキメラヌクレアーゼはＣａｓドメインを含んでよい。一部の実施形態では、ＣａｓドメインはＣａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＣａｓドメインはＣａｓ１２ドメインである。

【0164】

[145]一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインは細菌生命体、例えばＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ、又はＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１から誘導される。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＳｔａｐｈｙｌｏｃｕｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓから誘導される（ＳａＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓから誘導される（ｓｐＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓから誘導される（ＮｍＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉから誘導される（ＣｊＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓから誘導される（ＳｐＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍから誘導される（ＣｃＣａｓ９）。一部の実施形態では、Ｃａｓ９ドメインはＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１から誘導される（ＧｔＣａｓ９）。

【0165】

[146]一部の実施形態では、例示的なＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインを、配列番号７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、又は７１６に示す。一部の実施形態では、変異又はアミノ酸置換は、配列番号７１０、７１１、７１２、７１３、７１４、７１５、又は７１６のいずれか１つに対応し得る。

【0166】

[147]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるアミノ酸配列を含むか、又はこれと同一である。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０、Ｈ５５７、Ｎ５８０、Ｈ８４０、Ｄ１１３５、Ｒ１３３５、Ｔ１３３７、Ｔ２６７、Ｌ３２５、Ｖ３２７、Ｄ３３３、Ａ３３６、Ｉ３４１、Ｅ３４５、Ｄ３４８、Ｋ３５２、Ｓ３６０、Ｔ３６８、Ｎ３６９、Ｎ３７１、Ｓ３７２、Ｅ３７３、Ｋ３８６、Ｎ３９３、Ｈ４０８、Ｎ４１０、Ｉ４１４、Ａ４１５、Ｔ４３８、Ｙ４６７、Ｎ４７１、Ｄ４８５、Ｍ４８９、Ｅ５０６、Ｒ４０９、Ｔ５１０、Ｎ５１５、Ｙ５１８、Ａ５３９、Ｆ５５０、Ｎ５５１、Ｓ５９６、Ｔ６０２、Ａ６１１、Ｉ６１７、Ｔ６２０、Ｇ６５４、Ｎ６６７、Ｒ６８５、Ｋ６９５、Ｉ７０６、Ｋ７２２、Ａ７２３、Ｋ７２４、Ｍ７３１、Ｆ７３２、Ｋ７３５、Ｓ７３９、Ｐ７４１、Ｅ７４２、Ｅ７４６、Ｑ７４７、Ｉ７５４、Ｔ７５５、Ｈ７５７、Ｋ７６０、Ｈ７６１、Ｐ７７８、Ｅ７８１、Ｉ７８３、Ｎ７８４、Ｄ７８５、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７、Ｙ７８８、Ｋ７９２、Ｄ７９４、Ｔ７９８、Ｌ７９９、Ｖ８０１、Ｎ８０３、Ｌ８０４、Ｎ８０５、Ｇ８０６、Ｄ８１３、Ｋ８１４、Ｌ８１８、Ｉ８１９、Ｓ８２２、Ｅ８２４、Ｌ８４１、Ｇ８４７、Ｄ８４８、Ｙ８５７、Ｖ８７５、Ｉ８７６、Ｎ８８４、Ａ８８８、Ｌ８９０、Ｄ８９４、Ｄ８９５、Ｐ８９７、Ｖ９０３、Ｇ９２０、Ｆ９２４、Ｎ９２９、Ｅ９３６、Ｎ９３７、Ｖ９４１、Ｎ９４２、Ｓ９４３、Ｃ９４５、Ｅ９４７、Ｋ９５１、Ｌ９５２、Ｓ９５６、Ｎ９５７、Ｑ９５８、Ａ９５９、Ｎ９７４、Ｇ９７５、Ｖ９８３、Ｎ９８４、Ｎ９８５、Ｄ９８６、Ｉ９９１、Ｖ９９３、Ｍ９９５、Ｉ９９６、Ｔ９９９、Ｙ１０００、Ｒ１００１、Ｅ１００２、Ｌ１００４、Ｅ１００５、Ｎ１００６、Ｍ１００７、Ｄ１００９、Ｋ１０１０、Ｒ１０１１、Ｐ１０１２、Ｐ１０１３、Ｉ１０１５、Ｉ１０１６、Ａ１０２０、Ｓ１０２１、Ｑ１０２４、Ｋ１０２７、Ｅ１０３９、Ｈ１０４５、Ｉ０１４８、Ｋ１０５０のいずれか１つから選択される位置に対応する変異若しくはアミノ酸置換又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、Ｔ２６７Ａ、Ｌ３２５Ｆ、Ｖ３２７Ｉ、Ｄ３３３Ｇ、Ａ３３６Ｓ、Ｉ３４１Ｌ、Ｅ３４５Ｄ、Ｄ３４８Ｎ、Ｋ３５２Ｅ、Ｓ３６０Ａ、Ｔ３６８Ａ、Ｎ３６９Ｅ、Ｎ３７１Ｅ、Ｓ３７２Ｐ、Ｅ３７３Ｋ、Ｋ３８６Ｔ、Ｎ３９３Ｒ、Ｈ４０８Ｎ、Ｎ４１０Ｓ、Ｉ４１４Ｍ、Ａ４１５Ｔ、Ｔ４３８Ｓ、Ｙ４６７Ｆ、Ｎ４７１Ｋ、Ｄ４８５Ｅ、Ｍ４８９Ｆ、Ｅ５０６Ｋ、Ｒ４０９Ｋ、Ｔ５１０Ｅ、Ｎ５１５Ｋ、Ｙ５１８Ｆ、Ａ５３９Ｐ、Ｆ５５０Ｙ、Ｎ５５１Ｈ、Ｓ５９６Ａ、Ｔ６０２Ｉ、Ａ６１１Ｓ、Ｉ６１７Ｖ、Ｔ６２０Ｋ、Ｇ６５４Ｅ、Ｎ６６７Ｄ、Ｒ６８５Ｋ、Ｋ６９５Ｑ、Ｉ７０６Ｖ、Ｋ７２２Ｔ、Ａ７２３Ｔ、Ｋ７２４Ｎ、Ｍ７３１Ｔ、Ｆ７３２Ｖ、Ｋ７３５Ｑ、Ｓ７３９Ｎ、Ｐ７４１Ｌ、Ｅ７４２Ｇ、Ｅ７４６Ｄ、Ｑ７４７Ｄ、Ｉ７５４Ｄ、Ｔ７５５Ｉ、Ｈ７５７Ｒ、Ｋ７６０Ｑ、Ｈ７６１Ｓ、Ｐ７７８Ｉ、Ｅ７８１Ｋ、Ｉ７８３Ｖ、Ｎ７８４Ｄ、Ｄ７８５Ｅ、Ｔ７８６Ｌ、Ｌ７８７Ｖ、Ｙ７８８Ｈ、Ｋ７９２Ｅ、Ｄ７９４Ｔ、Ｔ７９８Ｒ、Ｌ７９９Ｉ、Ｖ８０１Ｉ、Ｎ８０３Ｓ、Ｌ８０４Ｉ、Ｎ８０５Ｋ、Ｇ８０６Ｎ、Ｄ８１３Ｇ、Ｋ８１４Ｅ、Ｌ８１８Ｉ、Ｉ８１９Ｆ、Ｓ８２２Ｐ、Ｅ８２４Ｇ、Ｌ８４１Ｔ、Ｇ８４７Ｓ、Ｄ８４８Ｎ、Ｙ８５７Ｈ、Ｖ８７５Ｉ、Ｉ８７６Ｖ、Ｎ８８４Ｋ、Ａ８８８Ｖ、Ｌ８９０Ｒ、Ｄ８９４Ｇ、Ｄ８９５Ｈ、Ｐ８９７Ｌ、Ｖ９０３Ｉ、Ｇ９２０Ｄ、Ｆ９２４Ｌ、Ｎ９２９Ｙ、Ｅ９３６Ｄ、Ｎ９３７Ｇ、Ｖ９４１Ｉ、Ｎ９４２Ｄ、Ｓ９４３Ｌ、Ｃ９４５Ａ、Ｅ９４７Ｋ、Ｋ９５１Ｒ、Ｌ９５２Ｑ、Ｓ９５６Ｎ、Ｎ９５７Ｅ、Ｑ９５８Ｋ、Ａ９５９Ｓ、Ｎ９７４Ｄ、Ｇ９７５Ｋ、Ｖ９８３Ａ、Ｎ９８４Ｓ、Ｎ９８５Ｄ、Ｄ９８６Ｇ、Ｉ９９１Ｖ、Ｖ９９３Ｌ、Ｍ９９５Ｆ、Ｉ９９６Ｖ、Ｔ９９９Ｎ、Ｙ１０００Ｋ、Ｒ１００１Ｅ、Ｅ１００２Ｄ、Ｌ１００４Ｉ、Ｅ１００５Ｋ、Ｎ１００６Ｍ、Ｍ１００７Ｎ、Ｄ１００９Ｌ、Ｋ１０１０Ｓ、Ｒ１０１１Ｔ、Ｐ１０１２Ｓ、Ｐ１０１３Ｆ、Ｉ１０１５Ｌ、Ｉ１０１６Ｒ、Ａ１０２０Ｇ、Ｓ１０２１Ｋ、Ｑ１０２４Ｋ、Ｋ１０２７Ｓ、Ｅ１０３９Ｋ、Ｈ１０４５Ｋ、Ｉ０１４８Ｍ、Ｋ１０５０Ｍのいずれか１つ以上に対応する変異若しくは置換又はそれらの組合せを含む。ある特定の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ置換に対応する変異又は置換を含む。ある特定の実施形態では、改変されたＩ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは配列番号７００を含み、リンカーは配列番号７０１又は７０３のいずれか１つを含み、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０～７１５又は７１６のいずれか１つを含む。ある特定の実施形態では、改変されたＩ－ＴｅｖＩヌクレアーゼドメインは、配列番号７００のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるアミノ酸配列を含むか、又はこれと同一であり、リンカードメインは配列番号７０１又は７０３のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一であるアミノ酸配列を含むか、又はこれと同一であり、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０～７１５又は７１６のいずれか１つと少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。

【0167】

[148]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１０と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼは、配列番号７１０と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｈ５５７位、Ｎ５８０位、Ｈ８４０位、Ｄ１１３５位、Ｒ１３３５位、Ｔ１３３７位に対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ａ、Ｄ１０Ｅ、Ｈ５５７Ａ、Ｎ５８０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９ドメイン（ｓａＣａｓ９）は、Ｄ１０Ｅ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ｅ及び／又はＮ５８０Ａ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ａ及び／又はＮ５８０Ａ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、及び／又はＴ１３３７Ｒ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、Ｔ１３３７Ｒ、及び／又はＨ８４０Ａ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ｅ及び／又はＨ５５７Ａ変異に対応する変異を含む。一部の実施形態では、ｓａＣａｓ９は、Ｄ１０Ｅ、Ｈ８４０Ａ、Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ１３３５Ｑ、及び／又はＴ１３３７Ｒ変異に対応する変異を含む。

【0168】

[149]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１に記載されるアミノ酸配列を含む。

【0169】

[150]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０位、Ｓ２９位、Ｆ３２位、Ｄ３９位、Ｒ４０位、Ｈ４１位、Ｓ４２位、Ｉ４８位、Ｃ８０位、Ｓ８７位、Ｋ１１２位、Ｈ１１３位、Ｋ１３２位、Ｋ１４１位、Ｄ１４７位、Ｌ１５８位、Ｅ１７１位、Ｐ１７６位、Ｉ１８６位、Ｖ１８９位、Ｑ１９０位、Ｑ１９４位、Ｎ１９９位、Ｉ２０１位、Ｎ２０２位、Ａ２０３位、Ｓ２０４位、Ｒ２０５位、Ａ２１０位、Ｑ２２８位、Ｌ２２９位、Ｇ２３１位、Ｓ２４５位、Ｔ２４９位、Ｓ２５４位、Ｄ２６１位、Ｔ２７０位、Ｎ２９５位、Ｔ３００位、Ｄ３０４位、Ｖ３０８位、Ｎ３０９位、Ｉ３１２位、Ｔ３３３位、Ａ３３７位、Ｅ３４５位、Ｆ３５２位、Ｑ３５４位、Ｓ３５５位、Ｋ３５６位、Ｇ３６６位、Ａ３６７位、Ｅ３９６位、Ｌ３９８位、Ｉ４１４位、Ｄ４２８位、Ｆ４２９位、Ｄ４３５位、Ｋ４６８位、Ｓ４６９位、Ｅ４７０位、Ｔ４７２位、Ｅ４８０位、Ａ４８６位、Ｓ４９０位、Ｆ４９８位、Ｋ５００位、Ｎ５０１位、Ｎ５０４位、Ｋ５２８位、Ｖ５３０位、Ｅ５３２位、Ｇ５３３位、Ａ５３８位、Ｔ５５５位、Ｋ５７０位、Ｆ５７５位、Ｄ６０５位、Ｅ６１１位、Ｒ６２９位、Ｅ６３４位、Ｔ６３８位、Ｒ６５５位、Ｒ６６４位、Ｒ６７１位、Ｋ７０５位、Ｅ７０６位、Ｑ７０９位、Ｋ７１０位、Ｓ７１４位、Ｇ７１１５位、Ｇ７１７位、Ｈ７２１位、Ｈ７２３位、Ａ７２５位、Ｎ７２６位、Ｖ７４３位、Ｌ７４７位、Ｖ７４８位、Ｋ７７２位、Ｋ７７５位、Ｎ７７６位、Ｉ７８８位、Ｇ７９２位、Ｋ７９７位、Ｙ７９９位、Ｔ８０４位、Ｎ８０８位、Ｌ８１１位、Ｒ８２０位、Ｎ８３１位、Ｒ８３２位、Ｖ８４２位、Ｌ８４７位、Ｎ８６９位、Ｅ８７４位、Ｎ８８１位、Ｑ８８５位、Ｎ８８８位、Ｔ８９３位、Ｌ９１１位、Ｙ９４５位、Ｄ９４６位、Ｌ９４９位、Ｅ９５２位、Ａ１０２３位、Ｙ１０３６位、Ｇ１０６７位、Ｇ１０７７位、Ｒ１０７８位、Ｎ１０９３位、Ｒ１１１４位、Ｎ１１１５位、Ｄ１１１７位、Ａ１１２１位、Ｄ１１２５位、Ｐ１１２８位、Ｋ１１２９位、Ｖ１１４６位、Ｓ１１５４位、Ｓ１１５９位、Ｌ１１６４位、Ｓ１１７２位、Ｎ１１７７位、Ｐ１１７８位、Ｉ１１７９位、Ｄ１１８０位、Ｋ１２１１位、Ｍ１２１３位、Ｇ１２１８位、Ｎ１２３４位、Ｅ１２４３位、Ｋ１２４４位、Ｅ１２５３位、Ｅ１２６０位、Ｋ１２６３位、Ｈ１２６４位、Ｅ１２７１位、Ｑ１２７２位、Ｅ１２７５位、Ｖ１２９０位、Ｌ１２９１位、Ｓ１２９２位、Ａ１２９３位、Ｎ１２９５位、Ｈ１２９７位、Ｒ１２９８位、Ｄ１２９９位、Ｋ１３００位、Ｒ１３０３位、Ｅ１３０７位、Ｎ１３０８位、Ｉ１３０９位、Ｉ１３１０位、Ｈ１３１１位、Ｌ１３１２位、Ｌ１３１５位、Ｔ１３１６位、Ｎ１３１７位、Ｙ１３２６位、Ｄ１３２８位、Ｖ１３４２位、Ａ１３４５位、Ｉ１３６０位、Ｓ１３６３位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１０Ｅ、Ｄ１０Ａ、Ｓ２９Ｔ、Ｆ３２Ｍ、Ｄ３９Ｎ、Ｒ４０Ｋ、Ｈ４１Ｑ、Ｓ４２Ｔ、Ｉ４８Ｌ、Ｃ８０Ｒ、Ｓ８７Ａ、Ｋ１１２Ｄ、Ｈ１１３Ｎ、Ｋ１３２Ｎ、Ｋ１４１Ｅ、Ｄ１４７Ｅ、Ｌ１５８Ｖ、Ｅ１７１Ｑ、Ｐ１７６Ｓ、Ｉ１８６Ｋ、Ｖ１８９Ｌ、Ｑ１９０Ｈ、Ｑ１９４Ｅ、Ｎ１９９Ｒ、Ｉ２０１Ｌ、Ｎ２０２Ｅ、Ａ２０３Ｅ、Ｓ２０４Ｉ、Ｒ２０５Ｋ、Ａ２１０Ｇ、Ｑ２２８Ａ、Ｌ２２９Ｆ、Ｇ２３１Ｎ、Ｓ２４５Ａ、Ｔ２４９Ｍ、Ｓ２５４Ａ、Ｄ２６１Ｎ、Ｔ２７０Ｓ、Ｎ２９５Ｋ、Ｔ３００Ｉ、Ｄ３０４Ｇ、Ｖ３０８Ａ、Ｎ３０９Ｄ、Ｉ３１２Ｖ、Ｔ３３３Ａ、Ａ３３７Ｖ、Ｅ３４５Ｋ、Ｆ３５２Ｓ、Ｑ３５４Ｋ、Ｓ３５５Ｔ、Ｋ３５６Ｔ、Ｇ３６６Ｋ、Ａ３６７Ｔ、Ｅ３９６Ｄ、Ｌ３９８Ｆ、Ｉ４１４Ｖ、Ｄ４２８Ａ、Ｆ４２９Ｙ、Ｄ４３５Ｅ、Ｋ４６８Ｑ、Ｓ４６９Ｒ、Ｅ４７０Ｎ、Ｔ４７２Ａ、Ｅ４８０Ｄ、Ａ４８６Ｔ、Ｓ４９０Ｌ、Ｆ４９８Ｖ、Ｋ５００Ｅ、Ｎ５０１Ｈ、Ｎ５０４Ｔ、Ｋ５２８Ｒ、Ｖ５３０Ｉ、Ｅ５３２Ｄ、Ｇ５３３Ｅ、Ａ５３８Ｅ、Ｔ５５５Ａ、Ｋ５７０Ｑ、Ｆ５７５Ｃ、Ｄ６０５Ｅ、Ｅ６１１Ｄ、Ｒ６２９Ｋ、Ｅ６３４Ｋ、Ｔ６３８Ｋ、Ｒ６５５Ｈ、Ｒ６６４Ｋ、Ｒ６７１Ｋ、Ｋ７０５Ｖ、Ｅ７０６Ｄ、Ｑ７０９Ｋ、Ｋ７１０Ａ、Ｓ７１４Ｆ、Ｇ７１１５Ｅ、Ｇ７１７Ｋ、Ｈ７２１Ｋ、Ｈ７２３Ｑ、Ａ７２５Ｓ、Ｎ７２６Ａ、Ｖ７４３Ｉ、Ｌ７４７Ｉ、Ｖ７４８Ｉ、Ｋ７７２Ｑ、Ｋ７７５Ｒ、Ｎ７７６Ｒ、Ｉ７８８Ｍ、Ｇ７９２Ｒ、Ｋ７９７Ｅ、Ｙ７９９Ｈ、Ｔ８０４Ａ、Ｎ８０８Ｄ、Ｌ８１１Ｒ、Ｒ８２０Ｋ、Ｎ８３１Ｄ、Ｒ８３２Ｈ、Ｖ８４２Ｉ、Ｌ８４７Ｉ、Ｎ８６９Ｄ、Ｅ８７４Ａ、Ｎ８８１Ｓ、Ｑ８８５Ｒ、Ｎ８８８Ｋ、Ｔ８９３Ｓ、Ｌ９１１Ａ、Ｙ９４５Ｈ、Ｄ９４６Ｇ、Ｌ９４９Ｐ、Ｅ９５２Ａ、Ａ１０２３Ｇ、Ｙ１０３６Ｒ、Ｇ１０６７Ｅ、Ｇ１０７７Ｅ、Ｒ１０７８Ｋ、Ｎ１０９３Ｔ、Ｒ１１１４Ｇ、Ｎ１１１５Ｅ、Ｄ１１１７Ａ、Ａ１１２１Ｐ、Ｄ１１２５Ｇ、Ｐ１１２８Ｔ、Ｋ１１２９Ｔ、Ｖ１１４６Ｉ、Ｓ１１５４Ｔ、Ｓ１１５９Ｐ、Ｌ１１６４Ｖ、Ｓ１１７２Ｎ、Ｎ１１７７Ｄ、Ｐ１１７８Ｓ、Ｉ１１７９Ｖ、Ｄ１１８０Ｓ、Ｋ１２１１Ｒ、Ｍ１２１３Ｌ、Ｇ１２１８Ｔ、Ｎ１２３４Ｈ、Ｅ１２４３Ｄ、Ｋ１２４４Ｔ、Ｅ１２５３Ｋ、Ｅ１２６０Ｄ、Ｋ１２６３Ｑ、Ｈ１２６４Ｙ、Ｅ１２７１Ｄ、Ｑ１２７２Ｗ、Ｅ１２７５Ｈ、Ｖ１２９０Ｌ、Ｌ１２９１Ｒ、Ｓ１２９２Ａ、Ａ１２９３Ｔ、Ｎ１２９５Ｅ、Ｈ１２９７Ｎ、Ｒ１２９８Ｔ、Ｄ１２９９Ｈ、Ｋ１３００Ｌ、Ｒ１３０３Ｓ、Ｅ１３０７Ｄ、Ｎ１３０８Ｓ、Ｉ１３０９Ｍ、Ｉ１３１０Ｌ、Ｈ１３１１Ｎ、Ｌ１３１２Ａ、Ｌ１３１５Ｆ、Ｔ１３１６Ｓ、Ｎ１３１７Ｒ、Ｙ１３２６Ｆ、Ｄ１３２８Ｎ、Ｖ１３４２Ｉ、Ａ１３４５Ｓ、Ｉ１３６０Ｌ、Ｓ１３６３Ｎのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１１と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0170】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２に記載されるアミノ酸配列を含む。その他のＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９は、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／において寄託番号Ｃ９Ｘ１Ｇ５、Ａ１ＩＱ６８、Ｅ０ＮＢ２３、Ａ９Ｍ１Ｋ５、又はＣ６Ｓ５９３で見出すことができる。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９位、Ｄ１６位、Ｄ３０位、Ｅ３１位、Ａ９４位、Ｉ１０３位、Ｐ１２４位、Ｎ１６４位、Ｉ２１３位、Ｇ２２９位、Ｔ２４１位、Ｓ３７６位、Ｅ３９３位、Ｇ４５４位、Ｋ４７１位、Ｇ４９０位、Ｄ６６０位、Ｃ６６５位、Ｋ７６４位、Ｔ７７０位、Ｐ８０３位、Ａ８４１位、Ｈ８４２位、Ｋ８４３位、Ｄ８４４位、Ｌ８４６位、Ｒ８４７位、Ｋ８５４位、Ｈ８５５位、Ｎ８５６位、Ｋ８５８位、Ｋ８６２位、Ｗ８６５位、Ｅ８６８位、Ｉ８６９位、Ａ８７２位、Ｄ８７３位、Ｎ８７６位、Ｙ８８０位、Ｇ８８３位、Ｉ８８６位、Ｅ８８７位、Ｅ８９０位、Ｒ８９５位、Ａ８９８位、Ｙ８９９位、Ｇ９００位、Ｇ９０１位、Ｎ９０２位、Ａ９０３位、Ｋ９０４位、Ｑ９０５位、Ｄ９０８位、Ｎ９１２位、Ｋ９１７位、Ｇ９１９位、Ｌ９２１位、Ｖ９２７位、Ｋ９２９位、Ｔ９３０位、Ｅ９３２位、Ｓ９３３位、Ｌ９３６位、Ｌ９３７位、Ｎ９３８位、Ｋ９３９位、Ｋ９４０位、Ｙ９４３位、Ｔ９４４位、Ｇ９４９位、Ｄ９５０位、Ｃ９５８位、Ｋ９６５位、Ｎ９６６位、Ｑ９６７位、Ｆ９６９位、Ａ９７５位、Ｅ９８０位、Ｎ９８１位、Ｉ９８６位、Ｄ９８７位、Ｃ９８８位、Ｋ９８９位、Ｇ９９０位、Ｙ９９１位、Ｒ９９２位、Ｉ９９３位、Ｄ９９４位、Ｙ９９７位、Ｔ９９８位、Ｃ１０００位、Ｓ１００２位、Ｈ１００４位、Ｋ１００５位、Ｙ１００６位、Ａ１０１０位、Ｆ１０１１位、Ｑ１０１２位、Ｋ１０１３位、Ｄ１０１４位、Ｅ１０１５位、Ｋ１０１８位、Ｖ１０１９位、Ｅ１０２０位、Ｆ１０２１位、Ａ１０２２位、Ｙ１０２４位、Ｉ１０２５位、Ｎ１０２６位、Ｃ１０２７位、Ｄ１０２８位、Ｓ１０２９位、Ｓ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３３位、Ｆ１０３４位、Ｙ１０３５位、Ｌ１０３６位、Ａ１０３７位、Ｗ１０３８位、Ｋ１０４１位、Ｇ１０４２位、Ｋ１０４４位、Ｅ１０４５位、Ｑ１０４６位、Ｑ１０４７位、Ｆ１０４８位、Ｒ１０４９位、Ｉ１０５０位、Ｓ１０５１位、Ｔ１０５２位、Ｑ１０５３位、Ｎ１０５４位、Ｌ１０５５位、Ｖ１０５６位、Ｌ１０５７位、Ｉ１０５８位、Ｙ１０６１位、Ｖ１０６３位、Ｎ１０６４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｉ９Ｍ、Ｄ１６Ｅ、Ｄ３０Ｅ、Ｅ３１Ｋ、Ａ９４Ｄ、Ｉ１０３Ｖ、Ｐ１２４Ｃ、Ｎ１６４Ｄ、Ｉ２１３Ｎ、Ｇ２２９Ｄ、Ｔ２４１Ａ、Ｓ３７６Ｔ、Ｅ３９３Ｋ、Ｇ４５４Ｃ、Ｋ４７１Ｅ、Ｇ４９０Ｃ、Ｄ６６０Ｅ、Ｃ６６５Ｒ、Ｋ７６４Ｅ、Ｔ７７０Ａ、Ｐ８０３Ｓ、Ａ８４１Ｑ、Ｈ８４２Ｇ、Ｋ８４３Ｈ、Ｄ８４４Ｅ、Ｌ８４６Ｖ、Ｒ８４７Ｋ、Ｋ８５４Ｒ、Ｈ８５５Ｌ、Ｎ８５６Ｄ、Ｋ８５８Ｇ、Ｋ８６２Ｌ、Ｗ８６５Ｐ、Ｅ８６８Ｑ、Ｉ８６９Ｌ、Ａ８７２Ｋ、Ｄ８７３Ｇ、Ｎ８７６Ｋ、Ｙ８８０Ｒ、Ｇ８８３Ｅ、Ｉ８８６Ｐ、Ｅ８８７Ｋ、Ｅ８９０Ｅ、Ｒ８９５Ｑ、Ａ８９８Ｔ、Ｙ８９９Ｈ、Ｇ９００Ｋ、Ｇ９０１Ｄ、Ｎ９０２Ｄ、Ａ９０３Ｐ、Ｋ９０４Ｔ、Ｑ９０５Ｋ、Ｄ９０８Ａ、Ｎ９１２Ｅ、Ｋ９１７Ｙ、Ｇ９１９Ｔ、Ｌ９２１Ｑ、Ｖ９２７Ｉ、Ｋ９２９Ｑ、Ｔ９３０Ｖ、Ｅ９３２Ｋ、Ｓ９３３Ｔ、Ｌ９３６Ｗ、Ｌ９３７Ｖ、Ｎ９３８Ｒ、Ｋ９３９Ｎ、Ｋ９４０Ｈ、Ｙ９４３Ｎ、Ｔ９４４Ｇ、Ｇ９４９Ａ、Ｄ９５０Ｔ、Ｃ９５８Ｅ、Ｋ９６５Ｇ、Ｎ９６６Ｇ、Ｑ９６７Ｋ、Ｆ９６９Ｙ、Ａ９７５Ｓ、Ｅ９８０Ｋ、Ｎ９８１Ｇ、Ｉ９８６Ｒ、Ｄ９８７Ａ、Ｃ９８８Ｖ、Ｋ９８９Ｖ、Ｇ９９０Ａ、Ｙ９９１Ｆ、Ｒ９９２Ｋ、Ｉ９９３Ｄ、Ｄ９９４Ｅ、Ｙ９９７Ｆ、Ｔ９９８Ｅ、Ｃ１０００Ｒ、Ｓ１００２Ｉ、Ｈ１００４Ｙ、Ｋ１００５Ａ、Ｙ１００６Ｎ、Ａ１０１０Ｋ、Ｆ１０１１Ｌ、Ｑ１０１２Ｔ、Ｋ１０１３Ａ、Ｄ１０１４Ｋ、Ｅ１０１５Ｋ、Ｋ１０１８Ｎ、Ｖ１０１９Ｅ、Ｅ１０２０Ｆ、Ｆ１０２１Ｌ、Ａ１０２２Ｇ、Ｙ１０２４Ｆ、Ｉ１０２５Ｖ、Ｎ１０２６Ｓ、Ｃ１０２７Ｌ、Ｄ１０２８Ｎ、Ｓ１０２９Ｒ、Ｓ１０３０Ａ、Ｎ１０３１Ｔ、Ｒ１０３３Ａ、Ｆ１０３４Ｉ、Ｙ１０３５Ｄ、Ｌ１０３６Ｉ、Ａ１０３７Ｒ、Ｗ１０３８Ｔ、Ｋ１０４１Ｔ、Ｇ１０４２Ｄ、Ｋ１０４４Ｔ、Ｅ１０４５Ｋ、Ｑ１０４６Ｇ、Ｑ１０４７Ｅ、Ｆ１０４８Ｑ、Ｒ１０４９Ｓ、Ｉ１０５０Ｖ、Ｓ１０５１Ｇ、Ｔ１０５２Ｖ、Ｑ１０５３Ｋ、Ｎ１０５４Ｔ、Ｌ１０５５Ａ、Ｖ１０５６Ｌ、Ｌ１０５７Ｓ、Ｉ１０５８Ｆ、Ｙ１０６１Ｎ、Ｖ１０６３Ｉ、Ｎ１０６４Ｄのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１２と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0171】

[151]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３に記載されるアミノ酸配列を含む。その他のＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９は、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／において寄託番号Ｑ０Ｐ８９７、Ａ７Ｈ５Ｐ１、Ａ０Ａ２Ｕ０ＱＲ８１、Ａ０Ａ５Ｙ４ＶＬＨ１、又はＡ０Ａ３８１ＣＲＭ８で見出すことができる。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５位、Ａ６位、Ｄ８位、Ｉ９位、Ｓ１２位、Ｓ１３位、Ｆ１８位、Ｓ１９位、Ｌ２４位、Ｋ２５位、Ｉ３１位、Ｔ４０位、Ｅ４２位、Ｌ５０位、Ｌ５８位、Ａ５９位、Ｒ６１位、Ｌ５８位、Ｌ６５位、Ｈ６７位、Ｎ７４位、Ｋ７７位、Ｌ９８位、Ｉ９９位、Ｐ１０１位、Ｎ１１０位、Ｌ１１３位、Ａ１１９位、Ａ１２６位、Ｒ１２８位、Ｉ１３４位、Ｋ１４０位、Ａ１４４位、Ｋ１４７位、Ｑ１５１位、Ｌ１５６位、Ｖ１８４位、Ｓ１９０位、Ｆ１９９位、Ｄ２０２位、Ｇ２０３位、Ｒ２１２位、Ｆ２１４位、Ｋ２２１位、Ｅ２２３位、Ｙ２３２位、Ａ２３５位、Ｖ２４３位、Ｓ２４７位、Ｄ２５１位、Ｐ２５６位、Ｌ２６１位、Ｔ２６９位、Ｎ２７６位、Ｎ２７７位、Ｌ２８５位、Ｔ２８７位、Ｌ２９１位、Ｋ３００位、Ｔ３０５位、Ｑ３０８位、Ｌ３１２位、Ｇ３１４位、Ｙ３３５位、Ｋ３３６位、Ｉ３３９位、Ｈ３４５位、Ｄ３５１位、Ｎ３５３位、Ｅ３５４位、Ｉ３６２位、Ｋ３７０位、Ｄ３８３位、Ｓ３８４位、Ｋ３９１位、Ｉ３９６位、Ｌ４０３位、Ｔ４０５位、Ｋ４１３位、Ｎ４１９位、Ｌ４２１位、Ｄ４３０位、Ｋ４３２位、Ａ４３７位、Ｌ４５３位、Ｋ４５７位、Ｖ４６２位、Ａ４６５位、Ｋ４７２位、Ｎ４７７位、Ａ４９２位、Ｅ４９５位、Ｌ５２５位、Ｋ５２６位、Ｌ５２７位、Ｋ５３１位、Ｅ５３２位、Ｅ５４２位、Ｑ５５０位、Ｅ５５６位、Ｈ５５９位、Ｙ５６１位、Ｓ５６４位、Ｍ５７２位、Ｖ５７７位、Ｑ５８１位、Ｎ５８７位、Ｎ５９６位、Ｋ６００位、Ｑ６０２位、Ｋ６０３位、Ｑ６１６位、Ｋ６１７位、Ｎ６２３位、Ｙ６２４位、Ｋ６３３位、Ｄ６３４位、Ｙ６４２位、Ｎ６４９位、Ｄ６５６位、Ｌ６６０位、Ｄ６６２位、Ｋ６６７位、Ｖ６７７位、Ｅ６８０位、Ｋ６８２位、Ｌ６８６位、Ｈ６９２位、Ｔ６９３位、Ｖ７１２位、Ｉ７１４位、Ｖ７２２位、Ｋ７２３位、Ｓ７３６位、Ｌ７３９位、Ｋ７４２位、Ｌ７４７位、Ｎ７５１位、Ｆ７５６位、Ｒ７６３位、Ｑ７６４位、Ｅ７７２位、Ｋ７７７位、Ａ７８６位、Ｅ７９０位、Ｆ７９２位、Ｑ８００位、Ｓ８０１位、Ｇ８０４位、Ｌ８１２位、Ｅ８１３位、Ｖ８３３位、Ｉ８３５位、Ｔ８４１位、Ｙ８４５位、Ａ８５５位、Ｌ８５６位、Ａ８６３位、Ｖ８６４位、Ｄ８７９位、Ｅ８８３位、Ｄ９００位、Ｑ９０２位、Ｋ９２７位、Ｆ９２８位、Ｖ９７１位、Ｔ９７２位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、Ｌ５Ｉ、Ａ６Ｇ、Ｄ８Ｎ、Ｄ８Ｅ、Ｉ９Ｌ、Ｓ１２Ａ、Ｓ１３Ｎ、Ｆ１８Ｌ、Ｓ１９Ｒ、Ｌ２４Ｉ、Ｋ２５Ｉ、Ｉ３１Ｖ、Ｔ４０Ｎ、Ｅ４２Ｎ、Ｌ５０Ｅ、Ｌ５８Ｖ、Ａ５９Ｋ、Ｒ６１Ｋ、Ｌ５８Ｖ、Ｌ６５Ｍ、Ｈ６７Ａ、Ｎ７４Ｋ、Ｋ７７Ｎ、Ｌ９８Ｔ、Ｉ９９Ｑ、Ｐ１０１Ｉ、Ｎ１１０Ｓ、Ｌ１１３Ｉ、Ａ１１９Ｓ、Ａ１２６Ｖ、Ｒ１２８Ｈ、Ｉ１３４Ｓ、Ｋ１４０Ｎ、Ａ１４４Ｔ、Ｋ１４７Ｅ、Ｑ１５１Ｋ、Ｌ１５６Ｍ、Ｖ１８４Ｉ、Ｓ１９０Ｄ、Ｆ１９９Ｌ、Ｄ２０２Ｑ、Ｇ２０３Ｅ、Ｒ２１２Ｋ、Ｆ２１４Ｌ、Ｋ２２１Ｋ、Ｅ２２３Ｋ、Ｙ２３２Ｆ、Ａ２３５Ｐ、Ｖ２４３Ｉ、Ｓ２４７Ｉ、Ｄ２５１Ｎ、Ｐ２５６Ａ、Ｌ２６１Ｓ、Ｔ２６９Ｇ、Ｎ２７６Ｋ、Ｎ２７７Ｓ、Ｌ２８５Ｖ、Ｔ２８７Ｅ、Ｌ２９１Ｉ、Ｋ３００Ｄ、Ｔ３０５Ｓ、Ｑ３０８Ｋ、Ｌ３１２Ｉ、Ｇ３１４Ｎ、Ｙ３３５Ｌ、Ｋ３３６Ｎ、Ｉ３３９Ｋ、Ｈ３４５Ｔ、Ｄ３５１Ｉ、Ｎ３５３Ｄ、Ｅ３５４Ｓ、Ｉ３６２Ｔ、Ｋ３７０Ｅ、Ｄ３８３Ｅ、Ｓ３８４Ｋ、Ｋ３９１Ｎ、Ｉ３９６Ｌ、Ｌ４０３Ｑ、Ｔ４０５Ｉ、Ｋ４１３Ｒ、Ｎ４１９Ｅ、Ｌ４２１Ｃ、Ｄ４３０Ｅ、Ｋ４３２Ｓ、Ａ４３７Ｌ、Ｌ４５３Ｉ、Ｋ４５７Ｃ、Ｖ４６２Ｌ、Ａ４６５Ｄ、Ｋ４７２Ｓ、Ｎ４７７Ｈ、Ａ４９２Ｋ、Ｅ４９５Ｉ、Ｌ５２５Ｑ、Ｋ５２６Ｉ、Ｌ５２７Ｖ、Ｋ５３１Ｅ、Ｅ５３２Ｄ、Ｅ５４２Ｌ、Ｑ５５０Ｄ、Ｅ５５６Ｖ、Ｈ５５９Ｙ、Ｙ５６１Ｒ、Ｓ５６４Ｎ、Ｍ５７２Ｓ、Ｖ５７７Ｔ、Ｑ５８１Ｌ、Ｎ５８７Ｇ、Ｎ５９６Ｅ、Ｋ６００Ｌ、Ｑ６０２Ａ、Ｋ６０３Ｅ、Ｑ６１６Ｒ、Ｋ６１７Ｆ、Ｎ６２３Ｆ、Ｙ６２４Ｆ、Ｋ６３３Ｔ、Ｄ６３４Ｅ、Ｙ６４２Ｗ、Ｎ６４９Ｓ、Ｄ６５６Ｓ、Ｌ６６０Ｉ、Ｄ６６２Ｅ、Ｋ６６７Ａ、Ｖ６７７Ｑ、Ｅ６８０Ｖ、Ｋ６８２Ｓ、Ｌ６８６Ｉ、Ｈ６９２Ｎ、Ｔ６９３Ｆ、Ｖ７１２Ｉ、Ｉ７１４Ｖ、Ｖ７２２Ｉ、Ｋ７２３Ｆ、Ｓ７３６Ｋ、Ｌ７３９Ｆ、Ｋ７４２Ｎ、Ｌ７４７Ｓ、Ｎ７５１Ｌ、Ｆ７５６Ｌ、Ｒ７６３Ｋ、Ｑ７６４Ｅ、Ｅ７７２Ｎ、Ｋ７７７Ｈ、Ａ７８６Ｔ、Ｅ７９０Ｌ、Ｆ７９２Ｐ、Ｑ８００Ｎ、Ｓ８０１Ｔ、Ｇ８０４Ｄ、Ｌ８１２Ｖ、Ｅ８１３Ｋ、Ｖ８３３Ｓ、Ｉ８３５Ｌ、Ｔ８４１Ｋ、Ｙ８４５Ｈ、Ａ８５５Ｓ、Ｌ８５６Ｔ、Ａ８６３Ｔ、Ｖ８６４Ｐ、Ｄ８７９Ｎ、Ｅ８８３Ｎ、Ｄ９００Ｇ、Ｑ９０２Ｋ、Ｋ９２７Ｎ、Ｆ９２８Ｙ、Ｖ９７１Ｌ、Ｔ９７２Ｓのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１３と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0172】

[152]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４に記載されるアミノ酸配列を含む。その他のＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９は、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／において寄託番号Ｆ５Ｘ２７５で見出すことができる。

【0173】

[153]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１位、Ｅ８５位、Ａ８８位、Ｔ９２位、Ｅ９６位、Ｙ１００位、Ｔ１０９位、Ｄ１１０位、Ｄ１１３位、Ｅ１１５位、Ｒ１１６位、Ｄ１２５位、Ｉ１２７位、Ｋ１２８位、Ｅ１３２位、Ｓ１４７位、Ｉ１８５位、Ａ１８７位、Ｋ２２８位、Ｙ２２９位、Ｔ２３２位、Ｍ２５５位、Ｓ２７１位、Ｎ２７３位、Ａ２９４位、Ａ３２７位、Ｅ３５５位、Ｋ３５７位、Ｎ３７９位、Ｔ３８０位、Ｓ３８２位、Ａ３８５位、Ｄ４３９位、Ｒ４４０位、Ｓ４６４位、Ｈ４６９位、Ｙ５１９位、Ｉ５２８位、Ｎ５６９位、Ｉ５８１位、Ａ６０７位、Ｋ６３２位、Ｄ６３３位、Ｈ６３５位、Ｅ６３６位、Ａ６４７位、Ｄ６４８位、Ｔ７０３位、Ｐ７０５位、Ｋ７１２位、Ｓ７１３位、Ａ７２４位、Ｖ７５０位、Ｄ８８２位、Ｓ９５１位、Ｄ９７７位、Ｅ９７９位、Ｓ１０１４位、Ｈ１０２７位、Ｉ１０３０位、Ｅ１０８１位、Ｄ１０８２位、Ｄ１０８６位、Ｋ１０８８位、Ｓ１０８９位、Ｎ１０９０位、Ｒ１０９２位、Ｔ１０９３位、Ｉ１０９４位、Ｃ１０９５位、Ａ１１３８位、Ｙ１１３９位、Ｄ１１４１位、Ｔ１１４２位、Ｆ１１５８位、Ａ１１６８位、Ｅ１１９０位、Ｅ１１９８位、Ｈ１２０２位、Ｉ１２０４位、Ｒ１２０５位、Ｉ１２１０位、Ｋ１２２４位、Ｓ１２３２位、Ｍ１２４０位、Ｖ１２４１位、Ｉ１２４２位、Ｐ１２４３位、Ｇ１４２４位、Ｋ１２４８位、Ｑ１２５４位、Ｎ１２５７位、Ｓ１２５８位、Ｔ１２６２位、Ｋ１２６３位、Ｙ１２６４位、Ｄ１２６６位、Ａ１２７０位、Ｋ１２７７位、Ｄ１２８４位、Ｌ１２８８位、Ｖ１３０２位、Ｎ１３１６位、Ｔ１３４６位、Ｉ１３７４位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ１１Ｅ、Ｄ１１Ａ、Ｅ８５Ｄ、Ａ８８Ｔ、Ｔ９２Ａ、Ｅ９６Ｄ、Ｙ１００Ｑ、Ｔ１０９Ｄ、Ｄ１１０Ｎ、Ｄ１１３Ｎ、Ｅ１１５Ｄ、Ｒ１１６Ｓ、Ｄ１２５Ｅ、Ｉ１２７Ｄ、Ｋ１２８Ａ、Ｅ１３２Ｋ、Ｓ１４７Ｔ、Ｉ１８５Ｌ、Ａ１８７Ｔ、Ｋ２２８Ｎ、Ｙ２２９Ｎ、Ｔ２３２Ｋ、Ｍ２５５Ｔ、Ｓ２７１Ｔ、Ｎ２７３Ｅ、Ａ２９４Ｓ、Ａ３２７Ｖ、Ｅ３５５Ｋ、Ｋ３５７Ｑ、Ｎ３７９Ｇ、Ｔ３８０Ｉ、Ｓ３８２Ｔ、Ａ３８５Ｎ、Ｄ４３９Ｅ、Ｒ４４０Ｅ、Ｓ４６４Ａ、Ｈ４６９Ｒ、Ｙ５１９Ｆ、Ｉ５２８Ｖ、Ｎ５６９Ｄ、Ｉ５８１Ｖ、Ａ６０７Ｓ、Ｋ６３２Ｒ、Ｄ６３３Ｅ、Ｈ６３５Ｑ、Ｅ６３６Ｑ、Ａ６４７Ｋ、Ｄ６４８Ｑ、Ｔ７０３Ａ、Ｐ７０５Ｓ、Ｋ７１２Ｅ、Ｓ７１３Ａ、Ａ７２４Ｔ、Ｖ７５０Ｉ、Ｄ８８２Ｇ、Ｓ９５１Ｒ、Ｄ９７７Ｅ、Ｅ９７９Ｋ、Ｓ１０１４Ｐ、Ｈ１０２７Ｒ、Ｉ１０３０Ｖ、Ｅ１０８１Ｇ、Ｄ１０８２Ｅ、Ｄ１０８６Ｎ、Ｋ１０８８Ｒ、Ｓ１０８９Ｔ、Ｎ１０９０Ｄ、Ｒ１０９２Ｅ、Ｔ１０９３Ｋ、Ｉ１０９４Ｖ、Ｃ１０９５Ｒ、Ａ１１３８Ｖ、Ｙ１１３９Ｌ、Ｄ１１４１Ｅ、Ｔ１１４２Ｐ、Ｆ１１５８Ｌ、Ａ１１６８Ｔ、Ｅ１１９０Ｋ、Ｅ１１９８Ｋ、Ｈ１２０２Ｑ、Ｉ１２０４Ｖ、Ｒ１２０５Ｑ、Ｉ１２１０Ｍ、Ｋ１２２４Ｒ、Ｓ１２３２Ｔ、Ｍ１２４０Ｉ、Ｖ１２４１Ｍ、Ｉ１２４２Ｌ、Ｐ１２４３Ｓ、Ｇ１４２４Ａ、Ｋ１２４８Ａ、Ｑ１２５４Ｈ、Ｎ１２５７Ｇ、Ｓ１２５８Ｎ、Ｔ１２６２Ａ、Ｋ１２６３Ｅ、Ｙ１２６４Ｈ、Ｄ１２６６Ｋ、Ａ１２７０Ｅ、Ｋ１２７７Ｅ、Ｄ１２８４Ｎ、Ｌ１２８８Ｖ、Ｖ１３０２Ａ、Ｎ１３１６Ｄ、Ｔ１３４６Ｎ、Ｉ１３７４Ｌのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１４と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0174】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５に記載されるアミノ酸配列を含む。その他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９は、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／において寄託番号Ｂ８Ｉ０８５で見出すことができる。

【0175】

[154]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４位、Ｄ１０位、Ｖ９位、Ｄ２０位、Ｋ２１位、Ｉ２７位、Ｃ３３位、Ｋ３６位、Ａ４７位、Ａ４９位、Ｓ６４位、Ｑ６５位、Ｅ１０２位、Ｌ１０３位、Ｔ１２２位、Ｉ１２４位、Ｋ１３１位、Ｄ１３７位、Ｒ１６３位、Ｇ１６６位、Ｉ１６９位、Ｆ１７０位、Ｖ１８３位、Ｄ１８４位、Ｉ１８７位、Ｅ１９３位、Ｋ２００位、Ｋ２０８位、Ｌ２０９位、Ｄ２２１位、Ｎ２２４位、Ｅ２２７位、Ｆ２２８位、Ｓ２３４位、Ｖ２４２位、Ｋ２４４位、Ｌ２５２位、Ｔ２５６位、Ｃ２５８位、Ｓ２６１位、Ｖ４１３位、Ｍ４１５位、Ｋ４１６位、Ｒ４１７位、Ｋ４２４位、Ｙ４２６位、Ｋ４２７位、Ｓ４２９位、Ｄ４３０位、Ａ４６８位、Ｔ４７０位、Ａ４７２位、Ａ４７８位、Ｑ４８１位、Ｋ４８２位、Ｌ４８５位、Ａ４９７位、Ｌ５３５位、Ｗ５４０位、Ｒ５４１位、Ｅ５４４位、Ｇ５５４位、Ｐ５５６位、Ｉ５７０位、Ｙ５７４位、Ｍ５８０位、Ｙ５８４位、Ｍ５８５位、Ｔ５９２位、Ｄ５９３位、Ｖ６０６位、Ｗ６０７位、Ｉ６４７位、Ｎ６５０位、Ｓ６９３位、Ｌ６９７位、Ｅ７０２位、Ｓ７０４位、Ａ７１３位、Ｖ７１４位、Ｉ７１５位、Ｄ７７６位、Ｌ８４７位、Ｇ８５０位、Ｇ８５３位、Ａ８５４位、Ｒ８６０位、Ｉ９００位、Ｈ９０４位、Ｍ９０５位、Ｉ９０６位、Ｅ９２１位、Ｑ９２３位、Ｓ９２９位、Ｔ９３０位、Ｈ９３１位、Ｑ９３９位、Ｎ９９４位、Ｉ９９７位、Ｎ１０００位、Ｋ１００１位、Ｓ１００２位、Ｉ１００３位、Ｋ１００５位、Ｐ１００８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、Ｔ４Ｓ、Ｄ１０Ｅ、Ｖ９Ｉ、Ｄ２０Ｎ、Ｋ２１Ｅ、Ｉ２７Ｅ、Ｃ３３Ｉ、Ｋ３６Ｖ、Ａ４７Ｓ、Ａ４９Ｐ、Ｓ６４Ｒ、Ｑ６５Ｈ、Ｅ１０２Ｌ、Ｌ１０３Ｖ、Ｔ１２２Ｖ、Ｉ１２４Ｆ、Ｋ１３１Ｑ、Ｄ１３７Ｅ、Ｒ１６３Ｑ、Ｇ１６６Ｓ、Ｉ１６９Ｌ、Ｆ１７０Ｌ、Ｖ１８３Ｇ、Ｄ１８４Ｇ、Ｉ１８７Ｔ、Ｅ１９３Ｓ、Ｋ２００Ｑ、Ｋ２０８Ａ、Ｌ２０９Ｙ、Ｄ２２１Ｋ、Ｎ２２４Ｑ、Ｅ２２７Ｓ、Ｆ２２８Ｓ、Ｓ２３４Ｔ、Ｖ２４２Ｉ、Ｋ２４４Ｎ、Ｌ２５２Ｋ、Ｔ２５６Ｋ、Ｃ２５８Ｔ、Ｓ２６１Ｆ、Ｖ４１３Ｋ、Ｍ４１５Ｌ、Ｋ４１６Ｒ、Ｒ４１７Ｎ、Ｋ４２４Ｑ、Ｙ４２６Ｉ、Ｋ４２７Ｐ、Ｓ４２９Ｈ、Ｄ４３０Ｑ、Ａ４６８Ｓ、Ｔ４７０Ｓ、Ａ４７２Ｖ、Ａ４７８Ｇ、Ｑ４８１Ｋ、Ｋ４８２Ｒ、Ｌ４８５Ｓ、Ａ４９７Ｍ、Ｌ５３５Ｈ、Ｗ５４０Ｙ、Ｒ５４１Ｋ、Ｅ５４４Ｑ、Ｇ５５４Ｆ、Ｐ５５６Ｓ、Ｉ５７０Ｖ、Ｙ５７４Ｉ、Ｍ５８０Ｆ、Ｙ５８４Ｎ、Ｍ５８５Ｎ、Ｔ５９２Ａ、Ｄ５９３Ａ、Ｖ６０６Ｗ、Ｗ６０７Ｆ、Ｉ６４７Ｒ、Ｎ６５０Ｈ、Ｓ６９３Ｋ、Ｌ６９７Ｆ、Ｅ７０２Ｑ、Ｓ７０４Ｎ、Ａ７１３Ｖ、Ｖ７１４Ｉ、Ｉ７１５Ｖ、Ｄ７７６Ｅ、Ｌ８４７Ａ、Ｇ８５０Ｐ、Ｇ８５３Ａ、Ａ８５４Ｐ、Ｒ８６０Ｋ、Ｉ９００Ｖ、Ｈ９０４Ｄ、Ｍ９０５Ｖ、Ｉ９０６Ｌ、Ｅ９２１Ｙ、Ｑ９２３Ｅ、Ｓ９２９Ｄ、Ｔ９３０Ｅ、Ｈ９３１Ｙ、Ｑ９３９Ｐ、Ｎ９９４Ｑ、Ｉ９９７Ｐ、Ｎ１０００Ｒ、Ｋ１００１Ｍ、Ｓ１００２Ｎ、Ｉ１００３Ｋ、Ｋ１００５Ｈ、Ｐ１００８Ｋのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１５と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0176】

一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＣａｓ９ドメインは、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインである。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６に記載されるアミノ酸配列を含む。その他のＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９は、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／において寄託番号Ａ０Ａ１Ｗ６ＶＭＱ３で見出すことができる。

【0177】

[155]一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２位、Ｄ８位、Ｉ１４位、Ｄ３５位、Ｋ４１位、Ｆ７４位、Ｖ７５位、Ｋ９１位、Ｉ１１７位、Ｒ１２８位、Ｔ１３６位、Ｑ１５１位、Ｓ１５２位、Ｓ１５６位、Ａ１６１位、Ｖ１６４位、Ｓ１７１位、Ｅ１７８位、Ｄ１７９位、Ｖ１８５位、Ｒ１９２位、Ｋ１９５位、Ａ１９９位、Ｙ２０４位、Ｉ２０７位、Ｖ２０８位、Ａ２１２位、Ｈ２１５位、Ｓ２１９位、Ｆ２２７位、Ｔ２６０位、Ｖ２６１位、Ｖ２７１位、Ｇ２７４位、Ｉ２７６位、Ａ２７８位、Ｌ２７９位、Ｄ２８２位、Ｉ２８７位、Ｋ２８９位、Ｈ２９３位、Ｆ２９９位、Ｖ３０２位、Ｎ３０７位、Ｒ３１３位、Ｌ３１７位、Ｌ３１８位、Ｖ３３１位、Ｇ３３７位、Ｋ３４１位、Ｓ３４８位、Ａ３５４位、Ａ３５５位、Ｋ３５６位、Ｒ３５９位、Ｍ３７２位、Ｔ３７７位、Ｒ３８０位、Ｅ３９５位、Ｄ３９９位、Ｅ４０４位、Ｓ４１６位、Ｔ４４１位、Ｒ４４５位、Ｎ４６４位、Ｅ５０４位、Ｓ５０８位、Ｍ５１５位、Ｑ５１６位、Ｅ５２０位、Ｇ５２１位、Ｖ５３４位、Ｌ５４５位、Ｋ５５９位、Ｔ５７８位、Ｋ６０３位、Ｔ６１２位、Ｌ６１９位、Ｓ６２１位、Ｎ６５６位、Ｎ６６０位、Ｌ６７３位、Ｄ６８５位、Ｉ６９９位、Ｎ７０８位、Ｎ７１７位、Ｒ７３７位、Ｖ７３８位、Ｓ７５２位、Ｄ７５６位、Ｑ７７１位、Ｎ７７７位、Ｎ７９２位、Ｅ７９３位、Ｉ８１１位、Ｉ８２４位、Ｋ８３９位、Ｑ８４５位、Ｋ８４８位、Ｔ８４９位、Ｌ８９５位、Ｉ９０２位、Ｔ９０８位、Ｖ９２９位、Ｉ９４３位、Ｉ９４６位、Ｍ９４８位、Ｆ９９０位、Ｔ９９５位、Ｖ１０００位、Ｑ１０１４位、Ｄ１０１７位、Ｓ１０１９位、Ｎ１０２０位、Ｇ１０２１位、Ｓ１０２４位、Ｎ１０３０位、Ｎ１０３１位、Ｒ１０３５位、Ｓ１０３６位、Ｉ１０３７位、Ｖ１０６７位、Ｓ１０７１位、Ａ１０７５位、Ｉ１０７９位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ８位、Ｄ１７９位、Ｄ２８２位、Ｄ３９９位、Ｄ６８５位、Ｄ７５６位、Ｄ１０７１位のいずれか１つに対応する変異を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｋ２Ｒ、Ｄ８Ｅ、Ｄ８Ａ、Ｉ１４Ｖ、Ｄ３５Ｅ、Ｋ４１Ｑ、Ｆ７４Ｖ、Ｖ７５Ｉ、Ｋ９１Ｅ、Ｉ１１７Ｖ、Ｒ１２８Ｋ、Ｔ１３６Ｓ、Ｑ１５１Ｒ、Ｓ１５２Ａ、Ｓ１５６Ｇ、Ａ１６１Ｇ、Ｖ１６４Ｉ、Ｓ１７１Ａ、Ｅ１７８Ｇ、Ｄ１７９Ｅ、Ｖ１８５Ｉ、Ｒ１９２Ｈ、Ｋ１９５Ｒ、Ａ１９９Ｓ、Ｙ２０４Ｆ、Ｉ２０７Ｍ、Ｖ２０８Ｓ、Ａ２１２Ｋ、Ｈ２１５Ｎ、Ｓ２１９Ｔ、Ｆ２２７Ｖ、Ｔ２６０Ｉ、Ｖ２６１Ａ、Ｖ２７１Ｉ、Ｇ２７４Ｓ、Ｉ２７６Ａ、Ａ２７８Ｇ、Ｌ２７９Ｐ、Ｄ２８２Ｅ、Ｉ２８７Ｌ、Ｋ２８９Ｅ、Ｈ２９３Ｑ、Ｆ２９９Ｙ、Ｖ３０２Ｉ、Ｎ３０７Ｒ、Ｒ３１３Ｙ、Ｌ３１７Ｉ、Ｌ３１８Ｖ、Ｖ３３１Ｉ、Ｇ３３７Ｄ、Ｋ３４１Ｑ、Ｓ３４８Ｋ、Ａ３５４Ｋ、Ａ３５５Ｓ、Ｋ３５６Ｓ、Ｒ３５９Ｌ、Ｍ３７２Ｌ、Ｔ３７７Ａ、Ｒ３８０Ｈ、Ｅ３９５Ｐ、Ｄ３９９Ｎ、Ｅ４０４Ｎ、Ｓ４１６Ｔ、Ｔ４４１Ｓ、Ｒ４４５Ｋ、Ｎ４６４Ｔ、Ｅ５０４Ｄ、Ｓ５０８Ｔ、Ｍ５１５Ｔ、Ｑ５１６Ｋ、Ｅ５２０Ｄ、Ｇ５２１Ｅ、Ｖ５３４Ｍ、Ｌ５４５Ｈ、Ｋ５５９Ｒ、Ｔ５７８Ｖ、Ｋ６０３Ｒ、Ｔ６１２Ｉ、Ｌ６１９Ｖ、Ｓ６２１Ｔ、Ｎ６５６Ｍ、Ｎ６６０Ｓ、Ｌ６７３Ｆ、Ｄ６８５Ｅ、Ｉ６９９Ｖ、Ｎ７０８Ｅ、Ｎ７１７Ｄ、Ｒ７３７Ｋ、Ｖ７３８Ｉ、Ｓ７５２Ａ、Ｄ７５６Ｅ、Ｑ７７１Ｒ、Ｎ７７７Ｈ、Ｎ７９２Ｄ、Ｅ７９３Ｑ、Ｉ８１１Ｖ、Ｉ８２４Ｖ、Ｋ８３９Ｔ、Ｑ８４５Ｋ、Ｋ８４８Ａ、Ｔ８４９Ｓ、Ｌ８９５Ｐ、Ｉ９０２Ｖ、Ｔ９０８Ｋ、Ｖ９２９Ｖ、Ｉ９４３Ｖ、Ｉ９４６Ｍ、Ｍ９４８Ｉ、Ｆ９９０Ｌ、Ｔ９９５Ｉ、Ｖ１０００Ｇ、Ｑ１０１４Ｋ、Ｄ１０１７Ｈ、Ｓ１０１９Ｇ、Ｎ１０２０Ｔ、Ｇ１０２１Ａ、Ｓ１０２４Ｅ、Ｎ１０３０Ｃ、Ｎ１０３１Ｓ、Ｒ１０３５Ｓ、Ｓ１０３６Ｇ、Ｉ１０３７Ｖ、Ｖ１０６７Ｌ、Ｓ１０７１Ａ、Ａ１０７５Ｔ、Ｉ１０７９Ｖのいずれか１つに対応する変異又はそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、Ｄ８Ｅ、Ｄ１７９Ｅ、Ｄ２８２Ｅ、Ｄ３９９Ｎ、Ｄ６８５Ｅ、Ｄ７５６Ｅ、Ｄ１０７１Ｈのいずれか１つに対応する変異を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ Ｔ１ Ｃａｓ９ドメインは、配列番号７１６と８５～９０％、９０～９５％、９５～９７％、９７～９８％、又は９８～９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0178】

【表2】

【0179】

[156]一部の実施形態では、ＣａｓドメインはＣａｓＸドメインである。一部の実施形態では、ＣａｓＸドメインはＰｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ細菌から誘導される。一部の実施形態では、ＣａｓＸドメインはＤｅｌｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ由来である。一部の実施形態では、ＣａｓＸドメインは、配列番号７２１と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含むか、又はこれと同一である。一部の実施形態では、ＣａｓＸドメインは、Ｒ１１位、Ｒ１２位、Ｖ１４位、Ｋ１５位、Ｓ１７位、Ｎ１８位、Ａ２２位、Ｇ２３位、Ｔ２５位、Ｐ３８位、Ｋ４１位、Ｅ４２位、Ｎ４６位、Ｌ４７位、Ｎ５３位、Ｉ５４位、Ｐ５７位、Ｔ６１位、Ｓ６２位、Ｒ６３位、Ａ６４位、Ｅ７５位、Ｈ８２位、Ｑ８９位、Ｐ１０４位、Ｎ１０６位、Ｉ１１３位、Ｎ１９９位、Ｓ１２４位、Ｓ１２５位、Ｃ１３３位、Ｙ１３７位、Ｎ１４５位、Ｄ１４６位、Ｈ１５１位、Ｓ１６１位、Ｒ１６５位、Ｎ１７７位、Ｌ１８０位、Ｒ２０２位、Ｎ２０５位、Ｇ２１５位、Ｃ２１９位、Ｖ２３６位、Ｔ２４１位、Ｌ２４８位、Ｉ２５４位、Ｓ２６９位、Ｉ２９０位、Ｅ２９１位、Ｖ２９７位、Ｑ２９９位、Ｉ３１４位、Ｅ３１８位、Ｑ３２３位、Ｌ３３３位、Ｅ３５９位、Ｄ３６０位、Ｋ３６２位、Ｑ３６６位、Ｎ３６７位、Ｌ３６８位、Ａ３６９位、Ｇ３７０位、Ｙ３７１位、Ｈ４０４位、Ｈ４０９位、Ｇ４１０位、Ｅ４１１位、Ｙ４１７位、Ｖ４２８位、Ｅ４２９位、Ｓ４３２位、Ｋ４３３位、Ｌ４３７位、Ｓ４４３位、Ａ４５１位、Ｉ４６４位、Ａ４７０位、Ｉ５０２位、Ｌ５０３位、Ｉ５３１位、Ｇ５３７位、Ｌ５４０位、Ｎ５５３位、Ｉ５５９位、Ｓ５６３位、Ｖ５７１位、Ｎ５７９位、Ｈ５８９位、Ｓ６０７位、Ｌ６０８位、Ｌ６２０位、Ｒ６２３位、Ｒ６２４位、Ｌ６４４位、Ｓ６４６位、Ｍ６５２位、Ｉ６５７位、Ｒ６７９位、Ｌ６８４位、Ｎ６８６位、Ｈ６８９位、Ｓ６９６位、Ｔ７０２位、Ｔ７３７位、Ｌ７４２位、Ｙ７４４位、Ｑ７４８位、Ｍ７５１位、Ｉ７５３位、Ａ７７１位、Ｒ７７７位、Ｐ７９２位、Ｓ８１８位、Ｒ８２３位、Ｖ８２４位、Ｅ８２６位、Ｋ８２７位、Ａ８３２位、Ｔ８３３位、Ｍ８３６位、Ｉ８３９位、Ｇ８４１位、Ｖ８４６位、Ｎ８６０位、Ｖ８６２位、Ｄ８６４位、Ｖ８６７位、Ｖ８７７位、Ｓ８８３位、Ｓ８８９位、Ｇ８９０位、Ｓ８９４位、Ｋ９０８位、Ｎ９１３位、Ｆ９１６位、Ｔ９１８位、Ｒ９３６位、Ｑ９３８位、Ｙ９４０位、Ｋ９４２位、Ｓ９６３位、Ｒ９６６位、Ｋ９６７位、Ｋ９６８位のいずれか１つに対応する変異又はそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、ＣａｓＸドメインは、Ｒ１１Ｋ、Ｒ１２Ｋ、Ｖ１４Ｓ、Ｋ１５Ａ、Ｓ１７Ｎ、Ｎ１８Ａ、Ａ２２Ｖ、Ｇ２３Ｓ、Ｔ２５Ｓ、Ｐ３８Ｄ、Ｋ４１Ｋ、Ｅ４２Ｋ、Ｎ４６Ｋ、Ｌ４７Ｒ、Ｎ５３Ｖ、Ｉ５４Ｍ、Ｐ５７Ｖ、Ｔ６１Ｎ、Ｓ６２Ａ、Ｒ６３Ａ、Ａ６４Ｎ、Ｅ７５Ｋ、Ｈ８２Ｑ、Ｑ８９Ｋ、Ｐ１０４Ｓ、Ｎ１０６Ｋ、Ｉ１１３Ｋ、Ｎ１９９Ｋ、Ｓ１２４Ｔ、Ｓ１２５Ａ、Ｃ１３３Ｇ、Ｙ１３７Ｆ、Ｎ１４５Ｓ、Ｄ１４６Ｅ、Ｈ１５１Ｙ、Ｓ１６１Ａ、Ｒ１６５Ｋ、Ｎ１７７Ｓ、Ｌ１８０Ａ、Ｒ２０２Ｋ、Ｎ２０５Ｔ、Ｇ２１５Ａ、Ｃ２１９Ｙ、Ｖ２３６Ｉ、Ｔ２４１Ｓ、Ｌ２４８Ｉ、Ｉ２５４Ｖ、Ｓ２６９Ｇ、Ｉ２９０Ｖ、Ｅ２９１Ｄ、Ｖ２９７Ｉ、Ｑ２９９Ｒ、Ｉ３１４Ｌ、Ｅ３１８Ｄ、Ｑ３２３Ｌ、Ｌ３３３Ｖ、Ｅ３５９Ｄ、Ｄ３６０Ｍ、Ｋ３６２Ｒ、Ｑ３６６Ｓ、Ｎ３６７Ｇ、Ｌ３６８Ｖ、Ａ３６９Ｔ、Ｇ３７０Ａ、Ｙ３７１Ｅ、Ｈ４０４Ｙ、Ｈ４０９Ｙ、Ｇ４１０Ａ、Ｅ４１１Ｇ、Ｙ４１７Ｆ、Ｖ４２８Ｉ、Ｅ４２９Ａ、Ｓ４３２Ｔ、Ｋ４３３Ｓ、Ｌ４３７Ｒ、Ｓ４４３Ａ、Ａ４５１Ｖ、Ｉ４６４Ｌ、Ａ４７０Ｍ、Ｉ５０２Ｖ、Ｌ５０３Ｖ、Ｉ５３１Ｌ、Ｇ５３７Ｋ、Ｌ５４０Ｉ、Ｎ５５３Ｓ、Ｉ５５９Ｌ、Ｓ５６３Ｇ、Ｖ５７１Ｌ、Ｎ５７９Ｑ、Ｈ５８９Ｔ、Ｓ６０７Ｌ、Ｌ６０８Ｉ、Ｌ６２０Ｉ、Ｒ６２３Ｋ、Ｒ６２４Ｋ、Ｌ６４４Ｖ、Ｓ６４６Ｐ、Ｍ６５２Ｖ、Ｉ６５７Ｖ、Ｒ６７９Ｅ、Ｌ６８４Ｓ、Ｎ６８６Ｇ、Ｈ６８９Ｄ、Ｓ６９６Ｇ、Ｔ７０２Ａ、Ｔ７３７Ｓ、Ｌ７４２Ｆ、Ｙ７４４Ｈ、Ｑ７４８Ｈ、Ｍ７５１Ｖ、Ｉ７５３Ｖ、Ａ７７１Ｔ、Ｒ７７７Ｋ、Ｐ７９２Ｔ、Ｓ８１８Ｔ、Ｒ８２３Ｇ、Ｖ８２４Ｍ、Ｅ８２６Ｖ、Ｋ８２７Ｒ、Ａ８３２Ｓ、Ｔ８３３Ｄ、Ｍ８３６Ａ、Ｉ８３９Ｌ、Ｇ８４１Ｎ、Ｖ８４６Ａ、Ｎ８６０Ｔ、Ｖ８６２Ｅ、Ｄ８６４Ｅ、Ｖ８６７Ａ、Ｖ８７７Ｇ、Ｓ８８３Ｋ、Ｓ８８９Ｒ、Ｇ８９０Ｄ、Ｓ８９４Ｆ、Ｋ９０８Ｑ、Ｎ９１３Ｄ、Ｆ９１６Ｈ、Ｔ９１８Ｖ、Ｒ９３６Ｎ、Ｑ９３８Ｎ、Ｙ９４０Ｆ、Ｋ９４２Ｓ、Ｓ９６３Ａ、Ｒ９６６Ｋ、Ｋ９６７Ｒ、Ｋ９６８Ｒのいずれか１以上に対応する変異若しくは置換又はそれらの組合せを含む。

【0180】

[157]一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ドメインは、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種ＢＶ３Ｌ６由来である。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ドメインは、配列番号７２０と少なくとも約８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、若しくは９９％同一のアミノ酸配列を含むか、又はこれと同一である。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ドメインは、Ｔ１位、Ｑ２位、Ｅ４位、Ｇ５位、Ｎ８位、Ｌ９位、Ｋ２８位、Ｈ２９位、Ｉ３０位、Ｑ３１位、Ｅ３２位、Ｑ３３位、Ｆ３５位、Ｉ３６位、Ｅ３７位、Ｅ３８位、Ａ４１位、Ｎ４３位、Ｄ４４位、Ｈ４５位、Ｅ４８位、Ｉ５２位、Ｒ５５位、Ｔ５９位、Ｙ６０位、Ａ６１位、Ｄ６２位、Ｑ６３位、Ｃ６４位、Ｑ６６位、Ｌ６７位、Ｑ６９位、Ｌ７０位、Ｎ７４位、Ｓ７６位、Ａ７７位、Ｄ８０位、Ｓ８１位、Ｙ８２位、Ｅ８５位、Ｅ８８位、Ｔ９０位、Ｒ９１位、Ｎ９２位、Ａ９３位、Ｉ９５位、Ｅ９７位、Ａ９９位、Ｔ１００位、Ｙ１０１位、Ｎ１０３位、Ａ１０４位、Ｈ１０６位、Ｄ１０７位、Ｉ１１０位、Ｒ１１２位、Ｔ１１３位、Ｄ１１４位、Ｒ１５９位、Ｓ１６９位、Ｓ１８５位、Ａ１８７位、Ｉ１９２位、Ｄ１９５位、Ｋ２０１位、Ｔ２１２位、Ｒ２１８位、Ｎ２２３位、Ｉ２２８位、Ｓ２３３位、Ｉ２３６位、Ｅ２３７位、Ｖ２３９位、Ｆ２４２位、Ｑ２４９位、Ｙ２５７位、Ｖ２７９位、Ｉ２８４位、Ｆ３０５位、Ｎ３１３位、Ｓ３２４位、Ｉ３２９位、Ｓ３３１位、Ｔ３３７位、Ｌ３３８位、Ｌ３４５位、Ｅ３４９位、Ｓ３５７位、Ｉ３５８位、Ｎ３８６位、Ｉ３９３位、Ｌ３９６位、Ｉ４００位、Ｓ４０３位、Ｖ４０８位、Ｑ４０９位、Ｇ４２７位、Ｋ４２８位、Ｑ４３６位、Ｌ４４２位、Ｓ４６８位、Ｑ４６９位、Ｓ４７２位、Ｌ４７３位、Ｌ４７９位、Ｅ４８７位、Ｓ４８８位、Ａ４９７位、Ｌ５１０位、Ａ５１６位、Ｋ５２２位、Ｑ５３５位、Ｍ５３６位、Ｓ５４１位、Ｖ５４５位、Ｋ５４９位、Ｎ５５０位、Ｇ５５２位、Ｖ５５７位、Ｎ５５９位、Ｓ５８６位、Ｙ５９６位、Ａ６０１位、Ｉ６０４位、Ａ６１３位、Ｓ６２８位、Ｅ６３７位、Ａ６５７位、Ｋ６６０位、Ｇ６６３位、Ｑ６６５位、Ｃ６７３位、Ｌ６８３位、Ｌ６９７位、Ａ７１１位、Ｌ７１７位、Ｑ７２３位、Ａ７３３位、Ｅ７３５位、Ｙ７４０位、Ｋ７５１位、Ｋ７５６位、Ｇ７６６位、Ｉ７７８位、Ｒ７９３位、Ｌ８４４位、Ｉ８５８位、Ｓ８６５位、Ｉ８７４位、Ｈ８９８位、Ｉ９０３位、Ｉ９１６位、Ｌ９３１位、Ｋ９４１位、Ｎ９４５位、Ｖ９５１位、Ｓ９５８位、Ｖ９５９位、Ｄ９６５位、Ｉ９３８位、Ｈ９８４位、Ａ１００９位、Ｃ１０２４位、Ｇ１０３７位、Ｔ１０４９位、Ｇ１０５５位、Ｔ１０５６位、Ｙ１０６８位、Ｌ１０７５位、Ｖ１０８３位、Ｋ１０８５位、Ｌ１０９７位、Ｈ１１０４位、Ｄ１１０６位、Ｄ１１１１位、Ｌ１１２２位、Ａ１１３４位、Ｖ１１３８位、Ｄ１１４７位、Ｖ１１６０位、Ｐ１１６１位、Ｒ１１７１位、Ｒ１１７３位、Ｙ１１７６位、Ｎ１２０５位、Ｄ１２０７位、Ｓ１２２０位、Ｖ１２２１位、Ａ１２３０位、Ｎ１２３７位、Ｌ１２４３位、Ｍ１２５９位、Ｑ１２７４位、Ｇ１２９１位、Ｑ１２９５位、Ａ１２９９位、又はＬ１３０４位のいずれか１つに対応する変異を含む。一部の実施形態では、Ｃａｓ１２ドメインは、Ｔ１Ｓ、Ｑ２Ｎ、Ｅ４Ｓ、Ｇ５Ｅ、Ｎ８Ｈ、Ｌ９Ｋ、Ｋ２８Ｅ、Ｈ２９Ｎ、Ｉ３０Ｌ、Ｑ３１Ｔ、Ｅ３２Ａ、Ｑ３３Ｙ、Ｆ３５Ｍ、Ｉ３６Ｖ、Ｅ３７Ｎ、Ｅ３８Ｄ、Ａ４１Ｌ、Ｎ４３Ｓ、Ｄ４４Ｅ、Ｈ４５Ｎ、Ｅ４８Ｋ、Ｉ５２Ｖ、Ｒ５５Ｋ、Ｔ５９Ｙ、Ｙ６０Ｆ、Ａ６１Ｉ、Ｄ６２Ｅ、Ｑ６３Ｅ、Ｃ６４Ｔ、Ｑ６６Ｋ、Ｌ６７Ｈ、Ｑ６９Ａ、Ｌ７０Ｉ、Ｎ７４Ｐ、Ｓ７６Ｙ、Ａ７７Ｋ、Ｄ８０Ｔ、Ｓ８１Ａ、Ｙ８２Ｆ、Ｅ８５Ｄ、Ｅ８８Ｌ、Ｔ９０Ｎ、Ｒ９１Ｎ、Ｎ９２Ｔ、Ａ９３Ｎ、Ｉ９５Ｒ、Ｅ９７Ｉ、Ａ９９Ｄ、Ｔ１００Ｎ、Ｙ１０１Ｃ、Ｎ１０３Ｋ、Ａ１０４Ｓ、Ｈ１０６Ａ、Ｄ１０７Ｇ、Ｉ１１０Ｅ、Ｒ１１２Ｋ、Ｔ１１３Ｖ、Ｄ１１４Ｐ、Ｒ１５９Ｋ、Ｓ１６９Ｖ、Ｓ１８５Ａ、Ａ１８７Ｓ、Ｉ１９２Ｌ、Ｄ１９５Ｅ、Ｋ２０１Ｉ、Ｔ２１２Ｋ、Ｒ２１８Ｎ、Ｎ２２３Ｔ、Ｉ２２８Ｔ、Ｓ２３３Ｇ、Ｉ２３６Ｌ、Ｅ２３７Ｄ、Ｖ２３９Ｉ、Ｆ２４２Ｖ、Ｑ２４９Ｃ、Ｙ２５７Ｆ、Ｖ２７９Ｔ、Ｉ２８４Ｖ、Ｆ３０５Ｙ、Ｎ３１３Ｓ、Ｓ３２４Ｎ、Ｉ３２９Ｌ、Ｓ３３１Ａ、Ｔ３３７Ｅ、Ｌ３３８Ｋ、Ｌ３４５Ｉ、Ｅ３４９Ｑ、Ｓ３５７Ｌ、Ｉ３５８Ａ、Ｎ３８６Ｄ、Ｉ３９３Ｖ、Ｌ３９６Ａ、Ｉ４００Ｌ、Ｓ４０３Ｎ、Ｖ４０８Ｉ、Ｑ４０９Ｅ、Ｇ４２７Ｄ、Ｋ４２８Ｄ、Ｑ４３６Ａ、Ｌ４４２Ｉ、Ｓ４６８Ｖ、Ｑ４６９Ｌ、Ｓ４７２Ａ、Ｌ４７３Ｖ、Ｌ４７９Ｔ、Ｅ４８７Ｄ、Ｓ４８８Ｄ、Ａ４９７Ｖ、Ｌ５１０Ｉ、Ａ５１６Ｖ、Ｋ５２２Ｑ、Ｑ５３５Ｓ、Ｍ５３６Ｎ、Ｓ５４１Ｄ、Ｖ５４５Ｅ、Ｋ５４９Ｑ、Ｎ５５０Ｑ、Ｇ５５２Ｃ、Ｖ５５７Ｅ、Ｎ５５９Ｅ、Ｓ５８６Ｎ、Ｙ５９６Ｑ、Ａ６０１Ｓ、Ｉ６０４Ｌ、Ａ６１３Ｄ、Ｓ６２８Ｎ、Ｅ６３７Ｔ、Ａ６５７Ｄ、Ｋ６６０Ｒ、Ｇ６６３Ｎ、Ｑ６６５Ｋ、Ｃ６７３Ｈ、Ｌ６８３Ｖ、Ｌ６９７Ｖ、Ａ７１１Ｇ、Ｌ７１７Ｆ、Ｑ７２３Ｅ、Ａ７３３Ｌ、Ｅ７３５Ｄ、Ｙ７４０Ｆ、Ｋ７５１Ｅ、Ｋ７５６Ａ、Ｇ７６６Ａ、Ｉ７７８Ｖ、Ｒ７９３Ｐ、Ｌ８４４Ｆ、Ｉ８５８Ｖ、Ｓ８６５Ｔ、Ｉ８７４Ｌ、Ｈ８９８Ｎ、Ｉ９０３Ｖ、Ｉ９１６Ａ、Ｌ９３１Ｆ、Ｋ９４１Ｎ、Ｎ９４５Ｑ、Ｖ９５１Ｉ、Ｓ９５８Ｔ、Ｖ９５９Ａ、Ｄ９６５Ｅ、Ｉ９３８Ｖ、Ｈ９８４Ｑ、Ａ１００９Ｓ、Ｃ１０２４Ｙ、Ｇ１０３７Ｓ、Ｔ１０４９Ｅ、Ｇ１０５５Ｒ、Ｔ１０５６Ｎ、Ｙ１０６８Ｆ、Ｌ１０７５Ａ、Ｖ１０８３Ｒ、Ｋ１０８５Ｇ、Ｌ１０９７Ｉ、Ｈ１１０４Ｋ、Ｄ１１０６Ｎ、Ｄ１１１１Ｎ、Ｌ１１２２Ｋ、Ａ１１３４Ｄ、Ｖ１１３８Ｉ、Ｄ１１４７Ａ、Ｖ１１６０Ｅ、Ｐ１１６１Ｆ、Ｒ１１７１Ｑ、Ｒ１１７３Ｅ、Ｙ１１７６Ｌ、Ｎ１２０５Ｔ、Ｄ１２０７Ｎ、Ｓ１２２０Ｌ、Ｖ１２２１Ｔ、Ａ１２３０Ｅ、Ｎ１２３７Ｓ、Ｌ１２４３Ｉ、Ｍ１２５９Ｋ、Ｑ１２７４Ｌ、Ｇ１２９１Ａ、Ｑ１２９５Ｎ、Ａ１２９９Ｎ、又はＬ１３０４Ｋのいずれか１以上に対応する変異又は置換を含む。

【0181】

[158]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、天然に存在しないＣａｓドメインを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、他のクラス１又はクラス２のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ３、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓｃａｄｅ、又はＣａｓ１３ｄ由来のＣａｓドメインを含み得る。

【0182】

核局在化シグナル
[159]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、１以上の核局在化配列（ＮＬＳ）をさらに含む。一部の実施形態では、ＮＬＳはタンパク質の細胞核への転座の促進を助ける。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは１以上のＮＬＳを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、１以上のＮＬＳに融合又は連結されている。

【0183】

[160]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも１つのＮＬＳを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも２つのＮＬＳを含む。少なくとも２つのＮＬＳを含む実施形態では、ＮＬＳは同じＮＬＳであってよく、又は異なるＮＬＳであってもよい。

【0184】

[161]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも１つの核局在化配列（ＮＬＳ）をさらに含んでよい。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、１つのＮＬＳをさらに含んでよい。一部の場合には、キメラヌクレアーゼは２つのＮＬＳをさらに含んでよい。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは３つのＮＬＳをさらに含んでよい。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも４つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも５つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも６つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも７つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも８つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは少なくとも９つのＮＬＳをさらに含むことができる。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは１０個を超えないＮＬＳをさらに含むことができる。

【0185】

[162]さらに、ＮＬＳは、キメラヌクレアーゼの一部として発現させることができる。一部の実施形態では、ＮＬＳはタンパク質のアミノ酸配列の中のほぼどこにでも位置させることができ、一般には３つ以上又は４つ以上のアミノ酸の短い配列を含む。ＮＬＳ融合の位置はＮ末端、Ｃ末端でよく、又はキメラヌクレアーゼ若しくはその成分の配列の中のどこに位置してもよい（例えば、キメラヌクレアーゼのＩ－ＴｅｖＩドメインとＣａｓドメインとの間、Ｉ－ＴｅｖＩドメインとリンカードメインとの間、Ｃａｓドメインポリメラーゼとリンカードメインとの間、又はキメラヌクレアーゼのＮ末端若しくはＣ末端に挿入される）。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、Ｎ末端にＮＬＳを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、Ｃ末端にＮＬＳを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、Ｎ末端とＣ末端の両方に少なくとも１つのＮＬＳを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、Ｎ末端及び／又はＣ末端に２つのＮＬＳを含む。

【0186】

[163]本技術で公知の任意のＮＬＳも本明細書で意図されている。ＮＬＳは自然に存在する任意のＮＬＳであってよく、又は自然に存在しない任意のＮＬＳ（例えば、野生型ＮＬＳに対して１以上の変異を有するＮＬＳ）であってよい。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼの１以上のＮＬＳは、２部分ＮＬＳを含む。一部の実施形態では、核局在化シグナル（ＮＬＳ）は主として塩基性である。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼの１以上のＮＬＳは、リシン及びアルギニン残基に富む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼの１以上のＮＬＳは、プロリン残基を含む。一部の実施形態では、核局在化シグナル（ＮＬＳ）は、配列ＭＤＳＬＬＭＮＲＲＫＦＬＹＱＦＫＮＶＲＷＡＫＧＲＲＥＴＹＬＣ（配列番号７４２）、ＫＲＴＡＤＧＳＥＦＥＳＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号７４３）、ＫＲＴＡＤＧＳＥＦＥＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号７４４）、ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号７４５）、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号７４６）、又はＮＱＳＳＮＦＧＰＭＫＧＧＮＦＧＧＲＳＳＧＰＹＧＧＧＧＱＹＦＡＫＰＲＮＱＧＧＹ（配列番号７４７）を含む。

【0187】

[164]一部の実施形態では、ＮＬＳは単一部分のＮＬＳである。例えば、一部の実施形態では、ＮＬＳはＳＶ４０ラージＴ抗原ＮＬＳ ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号７４０）である。一部の実施形態では、ＮＬＳは２部分ＮＬＳである。一部の実施形態では、２部分ＮＬＳは、変動する数のアミノ酸を含むスペーサー配列によって分離された２つの塩基性ドメインを含む。一部の実施形態では、ＮＬＳは２部分ＮＬＳである。一部の実施形態では、２部分ＮＬＳは、さまざまな数のアミノ酸を含むスペーサー配列によって分離された２つの塩基性ドメインからなる。一部の実施形態では、スペーサーアミノ酸配列は配列ＫＲＸＸＸＸＸＸＸＸＸＸＫＫＫＬ（ゼノパスヌクレオプラスミンＮＬＳ）（配列番号７４８）を含み、ここでＸは任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、ＮＬＳはヌクレオプラスミンＮＬＳ配列ＫＲＰＡＡＴＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号７４１）を含む。一部の実施形態では、ＮＬＳは、ｈｎＲＮＰ Ａｌタンパク質のＭ９、インフルエンザウイルス核タンパク質ＮＬＳ、及び酵母Ｇａｌ４タンパク質ＮＬＳ等の非カノニカル配列である。一部の実施形態では、ＮＬＳは、ｈｎＲＮＰ Ａｌタンパク質のＭ９、インフルエンザウイルス核タンパク質ＮＬＳ、及び酵母Ｇａｌ４タンパク質ＮＬＳ等の非カノニカル配列である。

【0188】

[165]ある特定の実施形態では、前記キメラヌクレアーゼは核局在化シグナルを含む。ある特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号７４０（ＰＫＫＫＲＫＶ）のアミノ酸配列を含むＳＶ４０核局在化シグナルを含む。ある特定の実施形態では、核局在化シグナルは、配列番号７４１（ＫＲＰＡＡＴＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ）のアミノ酸配列を含むヌクレオプラスミン核局在化シグナルを含む。
[166]ＮＬＳ配列の非限定的な例を以下の表３に提供する。

【0189】

【表3】

【0190】

ドナーポリヌクレオチド
[167]本開示のキメラヌクレアーゼは、ドナー核酸配列とともに使用又は投与してよい。核酸配列は、キメラヌクレアーゼによって切除された配列を置換するためのテンプレートとして使用することができる配列である。一部の実施形態では、ドナー核酸は、発癌性変異を含む遺伝子の非発癌性機能を回復させる（例えば野生型の機能を回復させる）。一部の実施形態では、ドナー核酸はＤＮＡである。

【0191】

[168]本明細書に記載した方法及び手法は、細胞集団の中の発癌遺伝子を有する細胞の遺伝的改変のために有用である。ドナー核酸は、相同組換えによる組込みのために構成してよい。相同組換えによる組込みのためのそのようなドナーＤＮＡは、第１の隣接相同性領域、目的の外因性ポリヌクレオチド配列、及び第２の隣接相同性領域を含み得る。あるいは、外因性ドナーＤＮＡを、非相同末端結合を利用し、単一の２本鎖切断又は２重の２本鎖切断におけるゲノムの位置への組込みによってゲノムの位置に挿入してよい。

【0192】

[169]キメラヌクレアーゼ（例えばＴｅｖＳａＣａｓ９）が２本鎖ＤＮＡを切断する場合には、Ｃａｓ（例えばＣａｓ９）は平滑末端を残し、Ｉ－ＴｅｖＩは３’突出を残し得る。供給されたドナーＤＮＡは、平滑末端と、キメラヌクレアーゼ（ＴｅｖＣａｓ９）によって切断された部位において創成された３’突出に結合するように構成された１ヌクレオチドの３’突出とを含み得る。一部の実施形態では、ドナー核酸は平滑末端及び３’突出を含む。一部の実施形態では、３’突出は、長さが少なくとも１、２、３、４、又は５ヌクレオチドである。ヌクレオチド突出の長さは、２ヌクレオチドでない突出を生成するＣａｓドメインの使用に適応するように変更してよいことが理解されよう。

【0193】

[170]一部の実施形態では、ドナーＤＮＡは、発癌遺伝子等の遺伝子の部位に挿入することを意図したＤＮＡ配列を含む。ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡは、ヌクレアーゼによって切断された同じ長さの２本鎖ＤＮＡを含み、またキメラヌクレアーゼによって切断されたＤＮＡ末端と相補的なＤＮＡ末端を含む。ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡは、リン酸化されるＤＮＡの５’末端を含む。ある特定の実施形態では、ドナーＤＮＡは、Ｉ－ＴｅｖＩ標的部位及びＣａｓ標的部位を含む環状２本鎖ＤＮＡを含み、２本鎖ＤＮＡから切断された産生物は、キメラヌクレアーゼによって切断された産生物の末端に相補的な末端を含む。

【0194】

[171]ドナー核酸は、遺伝子に挿入されるＤＮＡ配列のいずれかの末端に隣接する相同性アームを含み得る。一部の実施形態では、相同性アームは、挿入されるＤＮＡ配列の両方の末端に隣接する５’及び３’の相同性アームを含む。一部の実施形態では、５’及び３’の相同性アームは、長さが同一又は異なっている。

【0195】

[172]２本鎖ドナー核酸は、ビオチン等の様々な５’末端化学改変を含んでよい。ドナーＤＮＡの他のバージョンには、２’－フルオロ、２’－アミノ、及び２’－Ｏ－メチルを含むがこれらに限定されない、リボースの２’位への安定性改変が含まれ得る。一部の実施形態では、ドナー核酸は、反転ｄＴ又はビオチン等の３’末端改変を含み得る。ドナー核酸のその他のバージョンには、リボース糖の２’－Ｏ及び４’－Ｃ原子がメチレン架橋によって結合されたロック核酸（ＬＮＡ）が含まれ得る。２本鎖ドナー核酸のその他のバージョンには、キメラヌクレアーゼによる切断によってゲノム標的中のＤＮＡ末端と相補的なＤＮＡ末端が創成されるキメラヌクレアーゼ標的部位を含む環状プラスミドＤＮＡが含まれ得る。２本鎖ドナー核酸は、合成又は増幅された線状２本鎖ＤＮＡを含み得る。ある特定の実施形態では、ドナー核酸は、アデノ随伴ウイルス又はレンチウイルス等のウイルスベクターを用いて供給される。

【0196】

ガイドＲＮＡ
[173]本開示のキメラヌクレアーゼは、ガイドＲＮＡをさらに含んでよい。ガイドＲＮＡは発癌遺伝子中のＤＮＡの同じ領域を標的とするが、集団中の遺伝子多型の原因となる異なる配列を含むことがある。ガイドＲＮＡのその他のバージョンは、異なる発癌遺伝子を標的とすることがある。他のバージョンは、同じ遺伝子中の多数の配列を標的とするガイドＲＮＡの混合物を含むことがある。ガイドＲＮＡは、活性（例えば標的結合及びヌクレアーゼ結合）のために必要な全てのエレメントを含む単一の鎖を含んでよい。あるいは、ガイドＲＮＡは、２つ以上の核酸の間の塩基対形成によって単一の部分を形成する２つ以上の非共有で結合した核酸を含んでよい。

【0197】

[174]ｇＲＮＡは一般にスカフォールドによって支持され、スカフォールドは、天然の生物学的種にわたって実質的に同一又は高度に保存された（例えば、標的特異性を付与しない）配列を含むｇＲＮＡ又はｃｒＲＮＡ分子の部分を意味する。スカフォールドは、ｃｒＲＮＡセグメントの５’末端又はその付近のポリヌクレオチド標的ガイド配列以外のｔｒａｃｒＲＮＡセグメント及びｃｒＲＮＡセグメントの部分を含み、天然のｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡ中に保存されていない配列を含む非天然の部分を何ら含まない。一部の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）：トランス活性化ｃＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）２本鎖を含む。一部の実施形態では、ｇＲＮＡは、ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡの間の天然の２本鎖を模倣するステムループを含む。一部の実施形態では、ステムループは、天然に存在しない配列を含むヌクレオチド配列を含む。例えば、一部の実施形態では、組成物は、ｃｒＲＮＡ、ステム、及びｔｒａｃｒＲＮＡを含む合成又はキメラのガイドＲＮＡを含む。

【0198】

[175]一般に、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）も、Ｃａｓヌクレアーゼの酵素活性を媒介する重要な配列エレメントである。ＰＡＭ配列又はエレメントも、Ｃａｓヌクレアーゼの重要な標的成分である約２～６塩基対のＤＮＡ配列を意味し、これを含む。ＰＡＭ配列は、ある特定の場合には、Ｃａｓ／ｓｇＲＮＡがＲループを形成して、そのガイドＲＮＡとゲノムとのワトソン－クリック対形成を通して特定のＤＮＡを調べるために必要なＤＮＡ配列をさらに含む。ある特定の場合には、ＰＡＭの特異性はＣａｓタンパク質（例えばＣａｓのＰＡＭ認識ドメイン）のＤＮＡ結合特異性の関数であってよく、プロトスペーサー隣接モチーフ認識ドメインは、ＤＮＡ標的ＰＡＭ配列への結合部位を含むＣａｓアミノ酸配列を意味する。

【0199】

[176]典型的には、ＰＡＭ配列はいずれかの鎖の上にあり、Ｃａｓ９切断部位の５’から３’の方向の下流にある。カノニカルなＰＡＭ配列（即ちＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓのＣａｓ９ヌクレアーゼ、又はＳｐＣａｓ９に付随するＰＡＭ配列）は、５’－ＮＧＧ－３’（配列番号７６０）であり、ここで「Ｎ」は２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が後に続く任意の核酸塩基である。異なるＣａｓ９ヌクレアーゼ又は異なる生命体由来の等価のタンパク質には、異なるＰＡＭ配列が付随し得る。さらに、任意の所与のＣａｓ９ヌクレアーゼ、例えばＳｐＣａｓ９を、ヌクレアーゼのＰＡＭ特異性を変化させるように改変して、それにより、ヌクレアーゼが代替のＰＡＭ配列を認識するようにしてもよい。Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓから誘導されるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステム（ｓｐＣａｓ９）においては、プロトスペーサー領域ＤＮＡは典型的には５’－ＮＧＧ（配列番号７６１）又はＮＡＧ（配列番号７６２）プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）の直前に先行している。その他のＣａｓ９オルソログは異なるＰＡＭ特異性を有し得る。例えば、Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ由来のＣａｓ９（ｓｔＣａｓ９）は、ＣＲＩＳＰＲ１については５’－ＮＮＡＧＡＡ（配列番号７６３）、ＣＲＩＳＰＲ３については５’－ＮＧＧＮＧ（配列番号７６４）を必要とし、Ｎｅｉｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｇｉｄｉｔｉｓ（ｎｍＣａｓ９）は５’－ＮＮＮＮＧＡＴＴ（配列番号７６５）を必要とする。Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ亜種ａｕｒｅｕｓ由来のＣａｓ９（ｓａＣａｓ９）は、５’－ＮＮＧＲＲＴ（配列番号７６６）（Ｒ＝Ａ又はＧ）を必要とする。一部の実施形態では、異なる細菌種由来のＣａｓ９酵素（即ちＣａｓ９オルソログ）は、変動するＰＡＭ特異性を有し得る。例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ由来のＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）は、ＮＧＲＲＴ（配列番号７６７）又はＮＧＲＲＮ（配列番号７６８）を認識する。さらに、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｓ由来のＣａｓ９（ＮｍＣａｓ）は、ＮＮＮＮＧＡＴＴ（配列番号７６９）を認識する。別の例では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｉｓ由来のＣａｓ９（ＳｔＣａｓ９）は、ＮＮＡＧＡＡＷ（配列番号７７０）を認識する。さらに別の例では、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｄｅｎｔｉｃｏｌａ由来のＣａｓ９（ＴｄＣａｓ）は、ＮＡＡＡＡＣ（配列番号７７１）を認識する。これらの例は限定的であることを意図しない。非ＳｐＣａｓ９が様々なＰＡＭ配列に結合し、それにより、所望の標的切断部位に好適なＳｐＣａｓ９ ＰＡＭ配列が存在しない場合に、これらが有用になることがさらに認識されよう。さらに、非ＳｐＣａｓ９は、これらをＳｐＣａｓ９よりも有用にする他の特徴を有し得る。

【0200】

[177]一部の実施形態では、ｇＲＮＡスペーサー配列は、約１５ヌクレオチド～約２８ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｇＲＮＡは少なくとも約１５ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｇＲＮＡスペーサー配列は多くとも約２８ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｇＲＮＡスペーサー配列は、約１５ヌクレオチド～約１６ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約１７ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約１８ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約１９ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２０ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約１５ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約１７ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約１８ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約１９ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２０ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約１８ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約１９ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２０ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約１９ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２０ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２０ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２１ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド～約２２ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド～約２３ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約２３ヌクレオチド～約２４ヌクレオチド、約２３ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約２３ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、約２４ヌクレオチド～約２５ヌクレオチド、約２４ヌクレオチド～約２８ヌクレオチド、又は約２５ヌクレオチド～約２８ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ｇＲＮＡスペーサー配列は、約１５ヌクレオチド、約１６ヌクレオチド、約１７ヌクレオチド、約１８ヌクレオチド、約１９ヌクレオチド、約２０ヌクレオチド、約２１ヌクレオチド、約２２ヌクレオチド、約２３ヌクレオチド、約２４ヌクレオチド、約２５ヌクレオチド、又は約２８ヌクレオチドを含む。

【0201】

[178]一部の実施形態では、ガイドＲＮＡは、安定性のために、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、若しくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、及び５－プロピニルシトシンを含むがこれらに限らない様々な核酸塩基を含む。ガイドＲＮＡの他のバージョンには、架橋された核酸又はロック核酸等の他の核酸が含まれ得る。

【0202】

[179]本明細書に記載したガイドＲＮＡは、非天然のヌクレオシド間リンケージ、核酸模倣体、改変された糖部分、及び改変された核酸塩基のうちの１以上をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、非天然のヌクレオシド間リンケージは、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、非ホスホジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミデート、アミノアルキルホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェート、及びボラノホスフェートのうちの１以上を含む。ある特定の実施形態では、核酸模倣体は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、又はロック核酸（ＬＮＡ）のうちの１以上を含む。ある特定の実施形態では、改変された糖部分は、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－Ｏ－メチル、及び２’－フルオロのうちの１以上を含む。ある特定の実施形態では、改変された核酸塩基は、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－ハロウラシル、５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、５－ハロ、５－ブロモ、５－トリフルオロメチル、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザアデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、若しくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、及び５－プロピニルシトシンのうちの１以上を含む。本開示の例示的なガイドＲＮＡは、表４に見出すことができる。

【0203】

キメラヌクレアーゼの産生
[180]本明細書に記載したキメラヌクレアーゼは、ＷＯ２０２０／２２５７１９Ａ１に記載されているような大腸菌発現系を用いることを含む多くの方法によって産生してよい。あるいは、キメラヌクレアーゼは、標的細胞内でのヌクレアーゼの発現及び産生を指令する１以上の遺伝子ベクターを供給することによって、改変すべき標的細胞に産生させてもよい。さらに、ベクターは、キメラヌクレアーゼに特定のゲノム領域を標的とさせるガイドＲＮＡの発現を指令する配列を提供し得る。
[181]本明細書に記載した遺伝子操作された細胞を産生するための例示的な方法を、以下に記載する。

【0204】

[182]細胞の集団を、Ｔフラスコ中で７０～９０％コンフルエントまで増殖させる。遠心によって細胞を収穫し、緩衝剤Ｔ（インビトロジェン、米国カリフォルニア州カールズバッド）中、１．０×１０^７細胞／ｍｌ（実用的な範囲は０．２～２×１０^７細胞／ｍｌ）で再懸濁させる。Ｎｅｏｎ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（サーモフィッシャーサイエンティフィック、米国マサチューセッツ州ウォルサム）を用い、２０００Ｖ（実用的な範囲は１１００～２５００）、２０ミリ秒（実用的な範囲は１０～３０ミリ秒）、及び１パルス（実用的な範囲は１～４）にて、細胞を配列番号７５０～７５６から選択されるキメラヌクレアーゼを含む本明細書に記載したキメラヌクレアーゼとともにエレクトロポレーションし、トリス（ヒドロキシメチル）アミノメタン又はリン酸塩緩衝食塩液中で製剤化する。細胞を、０．３ｇ／Ｌのグルタミン及び２ｇ／Ｌのグルコース（シグマアルドリッチ、英国アーヴィン）、１０％のウシ胎児血清（シグマアルドリッチ、カナダ国オンタリオ州オークビル）、２ｍＭのＬ－グルタミン、並びに１００単位のペニシリン及び０．１ｍｇ／ｍＬのストレプトマイシン（シグマアルドリッチ、米国ミズーリ州セントルイス）を含むＲＰＭＩ１６４０中に、２４時間で回収する。死細胞は、Ｄｅａｄ Ｃｅｌｌ Ｒｅｍｏｖａｌ Ｋｉｔ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、米国マサチューセッツ州サマービル）を用いて除去する。ノックアウト効率は、標的遺伝子をポリメラーゼ連鎖反応によって増幅し、標的アンプリコンシーケンス（ＧＥＮＥＷＩＺ、米国ニュージャージー州サウスプレインフィールド）によって編集された細胞の割合を測定することによって決定する。アンプリコンシーケンスは、特定のゲノム領域における遺伝子の変化の解析を可能にするターゲティング次世代シーケンシングの方法である。この方法では、アンプリコンと呼ばれるＤＮＡの配列を創成するためにＰＣＲを用いる。様々な試料に由来するアンプリコンを多重化する（インデックス化又はプールするとも称する）ことができ、これには、試料が特定できるよう試料にバーコード（インデックス）を付加することが含まれる。多重化の前に、アンプリコンシーケンスに用いる個別の試料を、アダプターを付加してＰＣＲ増幅によって標的領域を富化することによって、ライブラリーの中に形質転換しなければならない。アダプターによって、インデックスを付されたアンプリコンの形成が可能になり、アンプリコンがシーケンシングのためのフローセルに付着することが可能になる。アンプリコンシーケンスは、典型的には細胞の集団におけるバリアントの検出に用いられる。

【0205】

[183]細胞にヌクレアーゼを送達するために他の方法、例えば脂質ナノ粒子、ポリマー、ウイルスベクター、又は細胞浸透ペプチドを用いてもよい。キメラヌクレアーゼ又はガイドＲＮＡは、１本鎖又は２本鎖の形態で、ＤＮＡ又はＲＮＡとして、個別に又は組み合わせて送達してよい。さらに、キメラヌクレアーゼは、以下のエレメント、即ち５’キャップ、５’非翻訳領域、コーディング配列、３’非翻訳領域、及びポリアデニン（ポリＡ）テイルのうちの１以上を含むＲＮＡとして送達してよい。ＲＮＡは、安定性のために、５－メチルシトシン、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、プソイドウラシル、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６、若しくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル、及び５－プロピニルシトシンを含むがこれらに限らない様々な核酸塩基を含んでよい。

【0206】

[184]別の実施形態では、キメラヌクレアーゼは、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、トランスポゾンベクター、及びアデノ随伴ウイルスベクターを含むがこれらに限らない統合ベクターとして送達してよい。キメラヌクレアーゼは、Ｎｕｃｌｅｏｆｅｃｔｏｒ（商標）（ロンザ、スイス国バーゼル）、ＭａｘＣｙｔｅ（メリーランド州ゲイサーズバーグ）、又はＣｌｉｎｉＭＡＣＳ（登録商標）（ドイツ国ベルギッシュグラートバハ）を含むがこれらに限らない他のエレクトロポレーションシステムによって送達してよい。

【0207】

[185]キメラヌクレアーゼは、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤のうちの１以上を含む医薬組成物にさらに含まれてよい。用語「薬学的に許容される賦形剤」は、本明細書で使用される場合、本発明の医薬組成物の活性成分（例えば本発明の化合物）と適合し（好ましくはこれを安定化することができ）、処置すべき個体に有害でない担体及びビヒクルを意味する。例えば、本発明の化合物と特定の、可溶性がより高い複合体を形成する可溶化剤は、化合物の送達のための薬学的賦形剤として利用することができる。好適な担体及びビヒクルは、当業者には公知である。本明細書で使用される用語「賦形剤」は、そのような担体、アジュバント、希釈剤、溶媒、又はその他の不活性な添加物の全てを包含する。医薬製剤は、当該技術で一般に用いられる不活性な希釈剤、例えば水又はその他の溶媒、可溶化剤及び乳化剤、例えばエチルアルコール、イソプロピルアルコール、エチルカーボネート、エチルアセテート、ベンジルアルコール、ベンジルベンゾエート、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコール、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、及びソルビタンの脂肪酸エステル、シクロデキストリン、アルブミン、ヒアルロン酸、キトサン、並びにそれらの混合物を含んでよい。ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を、溶解性、安定性、半減期の望ましい特性、及びその他の薬学的に有利な特性を得るために用いてよい。安定化成分の代表的な例には、ポリソルベート８０、Ｌ－アルギニン、ポリビニルピロリドン、トレハロース、及びこれらの組合せが含まれる。採用できる他の賦形剤、例えば溶液結合剤又は抗酸化剤には、限定されるものではないが、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム（二塩基性）、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、ポビドン、プレゼラチン化デンプン、プロピルパラベン、レチニルパルミテート、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、デンプングリコレートナトリウム、ソルビトール、デンプン（トウモロコシ）、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンＡ、ビタミンＥ（αトコフェロール）、ビタミンＣ、及びキシリトールが含まれる。

【0208】

[186]本開示のガイドＲＮＡは標的配列とハイブリダイズする。一部の実施形態では、標的配列は発癌性変異である。一部の実施形態では、発癌性変異は、ＫＲＡＳ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＥＧＦＲ、Ｍｕｃ４のいずれか１つ、又はそれらの組合せから選択される。

【0209】

発癌性変異を標的とする方法
[187]一部の実施形態では、細胞内の発癌性変異を標的とする方法が本明細書で提供され、本方法は、本開示のキメラヌクレアーゼを細胞に接触させることを含む。一部の実施形態では、発癌性変異を標的とする方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、本方法は、疾患又は障害を有する個体に本開示のキメラヌクレアーゼ組成物を投与し、それにより疾患又は障害を処置することを含む。一部の実施形態では、疾患又は障害はがんである。

【0210】

[188]一部の実施形態では、本方法は、がんを有する個体に本開示のキメラヌクレアーゼ組成物を投与し、それによりがんを処置することを含む。本方法は、治療有効量のキメラヌクレアーゼ組成物又は本明細書に記載したキメラヌクレアーゼ組成物を含む医薬組成物を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼ組成物の投与は、１以上の意図したヌクレオチド編集物の、個体又は細胞内の標的遺伝子への組込みをもたらす。一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼの投与は、１以上の発癌性変異、例えば個体又は細胞内の発癌遺伝子に関連する点変異、挿入、又は欠失の補正をもたらす。

【0211】

[189]本開示は、細胞内の発癌性変異を標的とする方法を提供する。本開示は、個体の発癌性変異を標的とする方法も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する。

【0212】

[190]本開示は、細胞内の発癌性変異を標的とするためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、細胞内のゲノムを編集する方法を提供する。本開示は、個体のゲノムを編集する方法も提供する。本開示は、個体の発癌性変異を標的とするためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。一部の実施形態では、個体は転移を誘起し得る処置を受けている。一部の実施形態では、処置は手術、放射線処置、及び化学療法を含む。一部の実施形態では、個体はヒトである。一部の実施形態では、がんは癌腫又は肉腫である。一部の実施形態では、癌腫は乳がん、肺がん、結腸がん、又は前立腺がんを含む。一部の実施形態では、肉腫は骨肉腫又は軟組織肉腫を含む。一部の実施形態では、がんは膠芽腫である。

【0213】

[191]本開示は、細胞内のゲノムを編集するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、個体のゲノムを編集するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0214】

[192]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部を欠失させる方法を提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部を欠失させる方法も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0215】

[193]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部を欠失させるためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部を欠失させるためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0216】

[194]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊する方法を提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊する方法も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0217】

[195]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部をサイレンシング又は破壊するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0218】

[196]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部を置換する方法を提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部を置換する方法も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0219】

[197]本開示は、細胞内の発癌遺伝子の少なくとも一部を置換するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、個体の発癌遺伝子の少なくとも一部を置換するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0220】

[198]本開示は、細胞内の非発癌性機能を回復する方法を提供する。本開示は、個体の非発癌性機能を回復する方法も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0221】

[199]本開示は、細胞内の非発癌性機能を回復するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。本開示は、個体の非発癌性機能を回復するためのキメラヌクレアーゼ組成物の使用も提供する。一部の実施形態では、細胞はがんに罹患した個体の細胞である。一部の実施形態では、個体はがんを有する個体である。

【0222】

[200]本開示のキメラヌクレアーゼは、病的な血管形成（例えば、がん、例えば乳がん、卵巣がん、腎がん、結腸直腸がん、肝がん、ガストリックがん、及び肺がん、肥満、黄斑変性、糖尿病性網膜症、乾癬、リウマチ性関節炎、細胞性免疫、及び酒さ）を伴う障害を有する個体（例えばヒト）を処置するために製剤化してよい。

【0223】

[201]一部の実施形態では、キメラヌクレアーゼによって処置されるがんは、前立腺がん、肝がん、結腸直腸がん、卵巣がん、内膜がん、乳がん、トリプルネガティブ乳がん、膵がん、胃（ガストリック）がん、子宮頸がん、頭頚部がん、甲状腺がん、精巣がん、尿路上皮がん、肺がん（小細胞がん、非小細胞がん）、肉腫（軟組織肉腫及び骨肉腫）、黒色腫、非黒色腫皮膚がん（扁平及び基底細胞癌）、膠芽腫、腎がん、リンパ腫（ＮＨＬ又はＨＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、Ｔ細胞急性リンパ芽性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫、精巣生殖細胞腫瘍、中皮腫、食道がん、メルケル細胞がん、ＭＳＩ－高がん、ＫＲＡＳ変異体腫瘍、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫、及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）のいずれか１つから選択される。本方法の一部の実施形態では、がんは、トリプルネガティブ乳がん、胃（ガストリック）がん、肺がん（小細胞肺、非小細胞肺）、メルケル細胞がん、ＭＳＩ－高がん、ＫＲＡＳ変異体腫瘍、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）のがんのいずれか１つ、又はそれらの組合せから選択される。本方法の一部の実施形態では、がんは、トリプルネガティブ乳がん、胃（ガストリック）がん、肺がん（小細胞肺、非小細胞肺）、メルケル細胞がん、ＭＳＩ－高がんのがんから成る群、又はそれらの組合せから選択される。ある特定の実施形態では、がんは、ＢＲＡＦ変異（例えばＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ変異）、ＢＲＡＦ野生型、ＫＲＡＳ野生型、又は活性のＫＲＡＳ変異を含む。がんは早期、中期、又は後期であってよい。

【0224】

[202]一部の実施形態では、本明細書で提供する方法は、有効量のキメラヌクレアーゼ組成物を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、本方法は、有効量の本明細書に記載したキメラヌクレアーゼ組成物、例えば、キメラヌクレアーゼ成分をコードするポリヌクレオチド、ベクター、又は構築物、ＬＮＰ、及び／又はキメラヌクレアーゼ成分を含むポリペプチドを個体に投与することを含む。キメラヌクレアーゼ組成物は、個体の発癌遺伝子を標的とするように投与することができる。そのような処置を必要とする個体の特定は、個体又は健康管理の専門家の判定によってよく、主観的（例えば意見）又は客観的（例えば検査又は診断法によって測定可能）であってよい。

【0225】

[203]一部の実施形態では、本方法は、本明細書で提供するキメラヌクレアーゼ組成物を直接、個体に投与することを含む。本明細書に記載したキメラヌクレアーゼ組成物は、本明細書に記載した任意の形態、例えばＬＮＰ、ＲＮＰ、ポリヌクレオチドベクター、例えばウイルスベクター、又はｍＲＮＡとして送達することができる。キメラヌクレアーゼ組成物は、本明細書に記載した又は個体に直接投与するための本技術で公知の薬学的に許容される任意の担体とともに製剤化することができる。キメラヌクレアーゼ組成物又はその医薬組成物の成分は、同時に又は逐次的に個体に投与してよい。例えば、一部の実施形態では、本方法は、キメラヌクレアーゼを含むキメラヌクレアーゼ組成物又はその医薬組成物を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、本方法は、キメラヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチド又はベクターをドナー核酸とともに個体に投与することを含む。

【0226】

[204]キメラヌクレアーゼを個体に投与する好適な経路には、限定するものではないが、局所、皮下、経皮、皮内、病巣内、関節内、腹腔内、嚢内、経筋肉、歯肉内、歯内、蝸牛内、経鼓膜、臓器内、硬膜外、髄腔内、筋肉内、静脈内、血管内、骨内、眼周囲、腫瘍内、脳内、及び脳室内の投与が含まれる。一部の実施形態では、記載した組成物は、腹腔内、静脈内、又は直接注射若しくは直接注入によって投与される。一部の実施形態では、本明細書に記載した組成物は、注射によって、カテーテルの手段によって、坐剤の手段によって、又はインプラントの手段によって、個体に投与される。

【0227】

[205]一部の実施形態では、本方法は、本明細書に記載したキメラヌクレアーゼ組成物によって編集した細胞を個体に投与することを含む。
[206]投与される特定の用量は、それぞれの個体について一様な用量であってよい。あるいは、個体の用量を、個体の近似的な体重に応じて調節してもよい。適切な投薬量を決定する他の因子には、処置又は防止すべき疾患又は状態、疾患の重症度、投与の経路、並びに患者の年齢、性別、及び医学的状態が含まれ得る。

【0228】

[207]キメラヌクレアーゼ組成物の成分が逐次的に投与される実施形態では、逐次的投与の間の時間は、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも６時間、少なくとも１２時間、少なくとも２４時間、少なくとも３６時間、少なくとも４８時間、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも７日、少なくとも１０日、又は少なくとも１４日であってよい。

【0229】

[208]一部の実施形態では、処置の進行をモニターする方法が提供される。一部の実施形態では、本方法は、診断マーカー、例えばがん原遺伝子の変異の補正のレベルを決定することを含む。

【実施例】

【0230】

実施例１： 疾患を惹起する変異のデータセットの生成
[209]コンピューターアルゴリズムを用いてキメラヌクレアーゼの推定されるアレル特異的な標的を特定するために変異体遺伝子の大きなデータセットを体系的に検索する方法を利用する研究が、本明細書で提供される。Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼの精度を増大させるため、ガイドＲＮＡの設計を最適化し、ヌクレアーゼの可能な標的部位を予測するコンピューターアルゴリズムが開発された。このアルゴリズムには、編集結果をより良く予測するために標的部位の熱力学的特性を決定する機械学習モデルが組み込まれていた。これらのアルゴリズムのいずれも、キメラヌクレアーゼのアレル特異的な標的を特定しなかった。

【0231】

[210]本開示は、疾患を惹起する変異のデータベース、例えばＮＣＢＩデータベース、がんゲノムアトラスデータベースからの変異体アレル及び非変異体アレルの厳選されたデータセットを最初に生成することによって、アレル特異的な標的を体系的に特定する方法を提供する。ここでは、特製のパイソンスクリプトを用いて、疾患を惹起する変異のゲノム中の位置をデータセットから引き出し、ＧＲＣｈ３８．ｐ１３ヒトゲノムについてのクエリーとして用いた。変異の周囲の５０個のヌクレオチドをコールし、表フォーマットにプリントして、変異の位置を配列中で注記付けした。結果は配列の対、即ち１つは野生型配列、第２は注記付けした変異とした。データセット中の引き続く変異についてプロセスを繰り返した。

【0232】

予測アルゴリズムを用いるアレル特異的な標的の特定
[211]本方法を、アレル特異的なキメラヌクレアーゼ部位を予測するためにコンピューターによって用いた。具体的には、図２Ａに示すように、インプットとして上記のように生成したペアワイズの変異体と野生型の配列を用いる特別にコードされたパイソンスクリプトを創成した。ユーザーは、Ｉ－ＴｅｖＩ部位、リンカー、及びＣａｓ９部位の結合及び切断の選好性について位置によって重み付けられたマトリックスに付随するキメラヌクレアーゼパラメーターの組から選択する。次いでアルゴリズムは、データセットから野生型と変異体の配列の対をインプットし、キメラヌクレアーゼ部位を特定してスコア付けする。変異体配列で見出され、野生型配列と比較された部位、及び変異体配列に限定された部位、又はアレル特異的である部位を、表の中の線にプリントする。次いでスクリプトは、対になった全ての配列が比較されるまで、データセット中の野生型と変異体の配列の次の組に進む。アウトプットは、ヌクレアーゼが変異体配列を標的とするが野生型を標的としない予測されたキメラヌクレアーゼ部位の表からなる。

【0233】

[212]予測的アルゴリズムの開発により、可能な治療用遺伝子編集のためのアレル特異的なキメラヌクレアーゼ標的の体系的な特定が可能になり、従来の手作業によるプロセスが置き換えられる。本実施例では、配列番号１～６８２の６８２個の可能なＴｅｖＳａＣａｓ９が、Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｄａｔａ Ｃｏｍｍｏｎｓ（ＧＤＣ）Ｄａｔａ Ｐｏｒｔａｌ中の上位１０００個の最も高頻度でがんを惹起する変異から特定された。ここで単一のヌクレオチド多型、欠失、又は挿入が、発癌性変異である。これらの変異体のそれぞれが、がんの処置としての治療用遺伝子編集の標的となり得る。そのような挿入変異体が、ムチン－４（Ｍｕｃ４）遺伝子の大きなインフレーム挿入変異におけるアレル特異的なキメラヌクレアーゼ部位を含むことがコンピューターによって予測された（図２Ｂ及び図２Ｃ）。

【0234】

[213]図２Ｂの生成のため、変異部位の上流及び下流の５０塩基を含む野生型（ＷＴ）及び変異体（ＭＵＴ）の配列の対をＧＲＣｈ３８．ｐ１３ヒトゲノム配列からコールし、選択したキメラヌクレアーゼパラメーター、例えば好ましいＩ－ＴｅｖＩドメイン、リンカー、及びＣａｓ９ドメインとともに、アルゴリズム中にインプットする。配列の選好性は、ｉｎ ｖｉｔｒｏデータからの天然の選好性に対するそれぞれのドメインの公知の結合及び切断の選好性の、位置によって重み付けられたマトリックスと一致する。アルゴリズムは、変異体配列には存在するが、野生型配列には存在しないキメラヌクレアーゼ部位を特定し、見出されたそれぞれの部位は、位置によって重み付けられたマトリックススコアとともに表の中の線にアウトプットされる。全ての部位が所与の配列の対について特定されれば、アルゴリズムは、インプットされたデータセットの中の全ての対が解析されるまで、変異体と野生型の配列の次の対へとサイクルを進める。

【0235】

実施例２： 挿入発癌遺伝子を選択的に標的とするキメラヌクレアーゼの活性
[215]本研究では、命名されたムチン－４（Ｍｕｃ４）遺伝子、即ちｃｈｒ３：ｇ．１９５７８１０３１＿１９５７８１０３２ｉｎｓＡＣＣＧＧＴＧＧＡＴＧＣＣＧＡＧＧＡＡＧＣＧＴＣＧＧＴＧＡＣＡＧＧＡＡＧＡＧＧＧＧＴＧＧＴＧＴＣＡＣＣＴＧＴＧＧＡＴＡＣＴＧＡＧＧＡＡＡＡＧＣＴＧＧＴＧＡＣＡＧＧＡＡＧＡＧＧＧＧＴＧＧＣＧＴＧＡＣＣＴＧＴＧＧＡＴＡＣＴＧＡＧＧＡＡＧＴＧＴＣＧＧＴＧＡＣＡＧＧＡＡＧＡＧＴＣＧＴＧＧＴＧＴＣ（配列番号７８０）変異における大きなインフレームの発癌遺伝子の挿入を標的とするように、キメラヌクレアーゼを設計した。ムチン－４は、種々のがん、特に結腸がんに関与していると考えられる。フレーム外欠失を生じるキメラヌクレアーゼを用いてＭｕｃ４における挿入変異を選択的に破壊することにより、患者に治療の恩恵を提供することができる。図３Ａに示すように、ＴｅｖＳａＣａｓ９キメラヌクレアーゼに挿入変異を標的とさせるが、野生型Ｍｕｃ４を標的とさせない配列番号１６８５のガイドＲＮＡを用いて、キメラヌクレアーゼにＭｕｃ４を標的とさせた。ＴｅｖＳａＣａｓ９キメラヌクレアーゼは、大腸菌から精製し、配列番号１６８５のガイドＲＮＡと複合体化した。複合体を、１つの反応にＭｕｃ４挿入変異を含み、第２の反応に野生型Ｍｕｃ４配列を含むｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイで、ＤＮＡ基質と混合した。図３Ｂは、アガロースゲル電気泳動を用いて可視化したｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイの結果を示す。これは、Ｍｕｃ４の挿入にプログラムされたＴｅｖＳａＣａｓ９が発癌遺伝子変異配列を優先的に切断する（切断された産物の存在）が、野生型Ｍｕｃ４配列を切断しない（切断産物がない）ことを実証している。

【0236】

実施例３： がん細胞を選択的に除去するキメラヌクレアーゼの活性
[216]本発明の別の態様では、Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒの発癌遺伝子活性化変異を標的として、がん細胞を選択的に除去するように、キメラヌクレアーゼを設計する。Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）で腫瘍形成及び悪性腫瘍を惹起することが知られている。活性化変異を標的として除去することにより、がんを有する患者を処置するための治療の恩恵を提供することができる。図４Ａに示すように、配列番号１６８６のガイドＲＮＡを用いて、キメラヌクレアーゼにＥｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異を標的とさせる。Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異は、Ｅｇｆｒ遺伝子のガイドＲＮＡ結合部位に位置している。ＴｅｖＳａＣａｓ９の活性にはガイドＲＮＡの正確な結合が必要なので、変異体Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ遺伝子は、記載したヌクレアーゼを用いて野生型Ｅｇｆｒ遺伝子から区別することができる。ＴｅｖＳａＣａｓ９キメラヌクレアーゼは、大腸菌から精製し、配列番号１６８６のガイドＲＮＡと複合体化する。Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異を含む細胞から増幅したｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイ及びＥｇｆｒについて野生型である細胞からの別の反応において、複合体をＤＮＡ基質と混合する。図４Ｂは、アガロースゲル電気泳動を用いて可視化した経時的なｉｎ ｖｉｔｒｏ切断アッセイの結果を示す。Ｅｇｆｒ Ｌ８５８ＲにプログラムされたＴｅｖＳａＣａｓ９は、野生型Ｅｇｆｒ基質に対して優先的にＥｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異を切断する。記載したキメラヌクレアーゼは、がん細胞を選択的に除去する。ＣＲＬ－５９０８細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、米国ヴァージニア州マナッサス）は、Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ活性化変異を含む不死化された肺上皮細胞株である。対照の肺上皮細胞株ＮｕＬｉ－１は、Ｅｇｆｒ Ｌ８５８アミノ酸については野生型である。図４Ｃは、配列番号１６８６のガイドＲＮＡによってＥｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ変異を標的とされたＴｅｖＳａＣａｓ９（「ＴｅｖＳａＣａｓ９－ＥＧＦＲＬ８５８Ｒ」）によってリポフェクションされたＣＲＬ－５９０８細胞が、模擬処理された細胞と比較して、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｂｌｕｅ生存率色素（プロメガ、米国ウィスコンシン州マディソン）によって測定して低減した生存率を有していることを実証している。ＮｕＬｉ－１細胞の生存率は、同じＴｅｖＳａＣａｓ９－ＥＧＦＲＬ８５８Ｒ複合体によっても、ガイドＲＮＡなしにＴｅｖＳａＣａｓ９（「ＴｅｖＳａＣａｓ９」）で処理したＮｕＬｉ－１細胞又はＣＲＬ－５９０８細胞でも、低減しなかった。併せて、これらのデータは、変異を特異的に標的とするキメラヌクレアーゼによる、Ｅｇｆｒ Ｌ８５８Ｒ活性化変異を含むヒト細胞における細胞生存率のアレル特異的な低減を実証している。
部位の特定

【0237】

[217]部位を特定するための本方法の他の実施形態には、アレル特異的な標的を特定するアルゴリズムをコードするパイソン以外のコーディング言語の使用が含まれる。さらなる実施形態では、キメラヌクレアーゼパラメーターには、Ｉ－ＴｅｖＩ及び／又はＣａｓ９ドメインのオルソログの結合及び切断の選好性が含まれ得る。

【0238】

[218]表４は、ヌクレオチドの欠失がドライバー変異である発癌性変異における一組の推定されるＴｅｖＳａＣａｓ９部位の予測的アルゴリズムからのアウトプットを示す。表４において標的部位として開示した配列（配列番号１～６８３）のいずれも、本明細書に記載したキメラヌクレアーゼ及び方法を用いて標的とすることができる。これらの標的部位を標的とするために用いることができる例示的なガイド鎖も開示する（配列番号１００１～１６８６）。

【0239】

[219]本発明の好ましい実施形態を本明細書に示し、記載したが、そのような実施形態は例としての目的のみで提供していることは当業者には明白であろう。今や当業者には本発明から逸脱することなく数多くの変形、変更、及び置換が生じるであろう。本発明の実施にあたって、本明細書に記載した本発明の実施形態に対する種々の選択肢が採用できることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義すること、及びこれらの特許請求の範囲及びその均等物の範囲内の方法及び構造がそれによって包含されることが意図されている。

【0240】

【表4-1】

【0241】

【表4-2】

【0242】

【表4-3】

【0243】

【表4-4】

【0244】

【表4-5】

【0245】

【表4-6】

【0246】

【表4-7】

【0247】

【表4-8】

【0248】

【表4-9】

【0249】

【表4-10】

【0250】

【表4-11】

【0251】

【表4-12】

【0252】

【表4-13】

【0253】

【表4-14】

【0254】

【表4-15】

【0255】

【表4-16】

【0256】

【表4-17】

【0257】

【表4-18】

【0258】

【表4-19】

【0259】

【表4-20】

【0260】

【表4-21】

【0261】

【表4-22】

【0262】

【表4-23】

【0263】

【表4-24】

【0264】

【表4-25】

【0265】

【表4-26】

【0266】

【表4-27】

【0267】

【表4-28】

【0268】

【表4-29】

【0269】

【表4-30】

【0270】

【表4-31】

【0271】

【表4-32】

【0272】

【表4-33】

【0273】

【表4-34】

【0274】

【表4-35】

【0275】

【表4-36】

【0276】

【表4-37】

【0277】

【表4-38】

【0278】

【表4-39】

【0279】

【表4-40】

【0280】

【表4-41】

【0281】

【表4-42】

【0282】

【表4-43】

【0283】

【表4-44】

【0284】

【表4-45】

【0285】

【表4-46】

【0286】

【表4-47】

【0287】

【表4-48】

【0288】

【表4-49】

【0289】

【表4-50】

【0290】

【表4-51】

【0291】

【表4-52】

【0292】

【表4-53】

【0293】

【表4-54】

【0294】

【表4-55】

【0295】

【表4-56】

【0296】

【表4-57】

【0297】

【表4-58】

【0298】

【表4-59】

【0299】

配列番号６８３（ＥＧＦＲ Ｖ７６９＿Ｄ７７０ｉｎｓＡＳＶ標的配列）
ＣｃａｃｇｃｔｇｇｃＣＡＣＧＣＴＧＧＣＣＡＴＣＡＣＧＴＡＧＧＣＴＴＣＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧＧＡＧＡＧＧ
配列番号１６８３（ＥＧＦＲガイドＲＮＡ配列）
ＣＧＴＡＧＧＣＴＴＣＣＴＧＧＡＧＧＧＡＧＧ
配列番号１６８４（ＥＧＦＲガイドＲＮＡ配列）
ＴＣＡＣＧＴＡＧＧＣＴＴＣＣＴＧＧＡＧＧＧ
配列番号１６８５（Ｍｕｃ４ガイドＲＮＡ配列）
ＧＡＡＧＡＧＴＣＧＴＧＧＴＧＴＣＡＣＣＧ
配列番号１６８６（ＥＧＦＲ Ｌ８５８ＲガイドＲＮＡ配列）
ＧＡＴＴＴＴＧＧＧＣｇＧＧＣＣＡＡＡＣＴＧ

【0300】

配列番号７００
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩ ＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡ
長さ：９３
型：アミノ酸
特徴：Ｉ－ＴＥＶＩドメイン

【0301】

配列番号７０１
ＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮ
長さ：７７
型：アミノ酸
特徴：リンカードメイン

【0302】

配列番号７０２［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン及びリンカードメイン］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮ

【0303】

配列番号７０３
ＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳ
長さ：８３
型：アミノ酸
特徴：ＧＧＳＧＧＳを有するリンカードメイン

【0304】

配列番号７０４［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン及びＧＧＳＧＧＳを有するリンカードメイン］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳ

【0305】

配列番号７１０
ＭＫＲＮＹＩＬＧＬＤＩＧＩＴＳＶＧＹＧＩＩＤＹＥＴＲＤＶＩＤＡＧＶＲＬＦＫＥＡＮＶＥＮＮＥＧＲＲＳＫＲＧＡＲＲＬＫＲＲＲＲＨＲＩＱＲＶＫＫＬＬＦＤＹＮＬＬＴＤＨＳＥＬＳＧＩＮＰＹＥＡＲＶＫＧＬＳＱＫＬＳＥＥＥＦＳＡＡＬＬＨＬＡＫＲＲＧＶＨＮＶＮＥＶＥＥＤＴＧＮＥＬＳＴＫＥＱＩＳＲＮＳＫＡＬＥＥＫＹＶＡＥＬＱＬＥＲＬＫＫＤＧＥＶＲＧＳＩＮＲＦＫＴＳＤＹＶＫＥＡＫＱＬＬＫＶＱＫＡＹＨＱＬＤＱＳＦＩＤＴＹＩＤＬＬＥＴＲＲＴＹＹＥＧＰＧＥＧＳＰＦＧＷＫＤＩＫＥＷＹＥＭＬＭＧＨＣＴＹＦＰＥＥＬＲＳＶＫＹＡＹＮＡＤＬＹＮＡＬＮＤＬＮＮＬＶＩＴＲＤＥＮＥＫＬＥＹＹＥＫＦＱＩＩＥＮＶＦＫＱＫＫＫＰＴＬＫＱＩＡＫＥＩＬＶＮＥＥＤＩＫＧＹＲＶＴＳＴＧＫＰＥＦＴＮＬＫＶＹＨＤＩＫＤＩＴＡＲＫＥＩＩＥＮＡＥＬＬＤＱＩＡＫＩＬＴＩＹＱＳＳＥＤＩＱＥＥＬＴＮＬＮＳＥＬＴＱＥＥＩＥＱＩＳＮＬＫＧＹＴＧＴＨＮＬＳＬＫＡＩＮＬＩＬＤＥＬＷＨＴＮＤＮＱＩＡＩＦＮＲＬＫＬＶＰＫＫＶＤＬＳＱＱＫＥＩＰＴＴＬＶＤＤＦＩＬＳＰＶＶＫＲＳＦＩＱＳＩＫＶＩＮＡＩＩＫＫＹＧＬＰＮＤＩＩＩＥＬＡＲＥＫＮＳＫＤＡＱＫＭＩＮＥＭＱＫＲＮＲＱＴＮＥＲＩＥＥＩＩＲＴＴＧＫＥＮＡＫＹＬＩＥＫＩＫＬＨＤＭＱＥＧＫＣＬＹＳＬＥＡＩＰＬＥＤＬＬＮＮＰＦＮＹＥＶＤＨＩＩＰＲＳＶＳＦＤＮＳＦＮＮＫＶＬＶＫＱＥＥＮＳＫＫＧＮＲＴＰＦＱＹＬＳＳＳＤＳＫＩＳＹＥＴＦＫＫＨＩＬＮＬＡＫＧＫＧＲＩＳＫＴＫＫＥＹＬＬＥＥＲＤＩＮＲＦＳＶＱＫＤＦＩＮＲＮＬＶＤＴＲＹＡＴＲＧＬＭＮＬＬＲＳＹＦＲＶＮＮＬＤＶＫＶＫＳＩＮＧＧＦＴＳＦＬＲＲＫＷＫＦＫＫＥＲＮＫＧＹＫＨＨＡＥＤＡＬＩＩＡＮＡＤＦＩＦＫＥＷＫＫＬＤＫＡＫＫＶＭＥＮＱＭＦＥＥＫＱＡＥＳＭＰＥＩＥＴＥＱＥＹＫＥＩＦＩＴＰＨＱＩＫＨＩＫＤＦＫＤＹＫＹＳＨＲＶＤＫＫＰＮＲＥＬＩＮＤＴＬＹＳＴＲＫＤＤＫＧＮＴＬＩＶＮＮＬＮＧＬＹＤＫＤＮＤＫＬＫＫＬＩＮＫＳＰＥＫＬＬＭＹＨＨＤＰＱＴＹＱＫＬＫＬＩＭＥＱＹＧＤＥＫＮＰＬＹＫＹＹＥＥＴＧＮＹＬＴＫＹＳＫＫＤＮＧＰＶＩＫＫＩＫＹＹＧＮＫＬＮＡＨＬＤＩＴＤＤＹＰＮＳＲＮＫＶＶＫＬＳＬＫＰＹＲＦＤＶＹＬＤＮＧＶＹＫＦＶＴＶＫＮＬＤＶＩＫＫＥＮＹＹＥＶＮＳＫＣＹＥＥＡＫＫＬＫＫＩＳＮＱＡＥＦＩＡＳＦＹＮＮＤＬＩＫＩＮＧＥＬＹＲＶＩＧＶＮＮＤＬＬＮＲＩＥＶＮＭＩＤＩＴＹＲＥＹＬＥＮＭＮＤＫＲＰＰＲＩＩＫＴＩＡＳＫＴＱＳＩＫＫＹＳＴＤＩＬＧＮＬＹＥＶＫＳＫＫＨＰＱＩＩＫＫＧ
長さ：１，０５３
型：アミノ酸
特徴：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９

【0306】

配列番号７１１
ＭＤＫＫＹＳＩＧＬＤＩＧＴＮＳＶＧＷＡＶＩＴＤＥＹＫＶＰＳＫＫＦＫＶＬＧＮＴＤＲＨＳＩＫＫＮＬＩＧＡＬＬＦＤＳＧＥＴＡＥＡＴＲＬＫＲＴＡＲＲＲＹＴＲＲＫＮＲＩＣＹＬＱＥＩＦＳＮＥＭＡＫＶＤＤＳＦＦＨＲＬＥＥＳＦＬＶＥＥＤＫＫＨＥＲＨＰＩＦＧＮＩＶＤＥＶＡＹＨＥＫＹＰＴＩＹＨＬＲＫＫＬＶＤＳＴＤＫＡＤＬＲＬＩＹＬＡＬＡＨＭＩＫＦＲＧＨＦＬＩＥＧＤＬＮＰＤＮＳＤＶＤＫＬＦＩＱＬＶＱＴＹＮＱＬＦＥＥＮＰＩＮＡＳＧＶＤＡＫＡＩＬＳＡＲＬＳＫＳＲＲＬＥＮＬＩＡＱＬＰＧＥＫＫＮＧＬＦＧＮＬＩＡＬＳＬＧＬＴＰＮＦＫＳＮＦＤＬＡＥＤＡＫＬＱＬＳＫＤＴＹＤＤＤＬＤＮＬＬＡＱＩＧＤＱＹＡＤＬＦＬＡＡＫＮＬＳＤＡＩＬＬＳＤＩＬＲＶＮＴＥＩＴＫＡＰＬＳＡＳＭＩＫＲＹＤＥＨＨＱＤＬＴＬＬＫＡＬＶＲＱＱＬＰＥＫＹＫＥＩＦＦＤＱＳＫＮＧＹＡ
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長さ：１，３６８
型：アミノ酸
特徴：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９

【0307】

配列番号７１２
ＭＡＡＦＫＰＮＰＩＮＹＩＬＧＬＤＩＧＩＡＳＶＧＷＡＭＶＥＩＤＥＥＥＮＰＩＲＬＩＤＬＧＶＲＶＦＥＲＡＥＶＰＫＴＧＤＳＬＡＭＡＲＲＬＡＲＳＶＲＲＬＴＲＲＲＡＨＲＬＬＲＡＲＲＬＬＫＲＥＧＶＬＱＡＡＤＦＤＥＮＧＬＩＫＳＬＰＮＴＰＷＱＬＲＡＡＡＬＤＲＫＬＴＰＬＥＷＳＡＶＬＬＨＬＩＫＨＲＧＹＬＳＱＲＫＮＥＧＥＴＡＤＫＥＬＧＡＬＬＫＧＶＡＮＮＡＨＡＬＱＴＧＤＦＲＴＰＡＥＬＡＬＮＫＦＥＫＥＳＧＨＩＲＮＱＲＧＤＹＳＨＴＦＳＲＫＤＬＱＡＥＬＩＬＬＦＥＫＱＫＥＦＧＮＰＨＶＳＧＧＬＫＥＧＩＥＴＬＬＭＴＱＲＰＡＬＳＧＤＡＶＱＫＭＬＧＨＣＴＦＥＰＡＥＰＫＡＡＫＮＴＹＴＡＥＲＦＩＷＬＴＫＬＮＮＬＲＩＬＥＱＧＳＥＲＰＬＴＤＴＥＲＡＴＬＭＤＥＰＹＲＫＳＫＬＴＹＡＱＡＲＫＬＬＧＬＥＤＴＡＦＦＫＧＬＲＹＧＫＤＮＡＥＡＳＴＬＭＥＭＫＡＹＨＡＩＳＲＡＬＥＫＥＧＬＫＤＫＫＳＰＬＮＬＳＳＥＬＱＤＥＩＧＴＡＦＳＬＦＫＴＤＥＤＩＴＧＲＬＫＤＲＶＱＰＥＩＬＥＡＬＬＫＨＩＳＦＤＫＦＶＱＩＳＬＫＡＬＲＲＩＶＰＬＭＥＱＧＫＲＹＤＥＡＣＡＥＩＹＧＤＨＹＧＫＫＮＴＥＥＫＩＹＬＰＰＩＰＡＤＫＩＲＮＰＶＶＬＲＡＬＳＱＡＲＫＶＩＮＧＶＶＲＲＹＧＳＰＡＲＩＨＩＥＴＡＲＥＶＧＫＳＦＫＤＲＫＥＩＥＫＲＱＥＥＮＲＫＤＲＥＫＡＡＡＫＦＲＥＹＦＰＮＦＶＧＥＰＫＳＫＤＩＬＫＬＲＬＹＥＱＱＨＧＫＣＬＹＳＧＫＥＩＮＬＶＲＬＮＥＫＧＹＶＥＩＤＨＡＬＰＦＳＲＴＷＤＤＳＦＮＮＫＶＬＶＬＧＳＥＮＱＮＫＧＮＱＴＰＹＥＹＦＮＧＫＤＮＳＲＥＷＱＥＦＫＡＲＶＥＴＳＲＦＰＲＳＫＫＱＲＩＬＬＱＫＦＤＥＤＧＦＫＥＣＮＬＮＤＴＲＹＶＮＲＦＬＣＱＦＶＡＤＨＩＬＬＴＧＫＧＫＲＲＶＦＡＳＮＧＱＩＴＮＬＬＲＧＦＷＧＬＲＫＶＲＡＥＮＤＲＨＨＡＬＤＡＶＶＶＡＣＳＴＶＡＭＱＱＫＩＴＲＦＶＲＹＫＥＭＮＡＦＤＧＫＴＩＤＫＥＴＧＫＶＬＨＱＫＴＨＦＰＱＰＷＥＦＦＡＱＥＶＭＩＲＶＦＧＫＰＤＧＫＰＥＦＥＥＡＤＴＰＥＫＬＲＴＬＬＡＥＫＬＳＳＲＰＥＡＶＨＥＹＶＴＰＬＦＶＳＲＡＰＮＲＫＭＳＧＡＨＫＤＴＬＲＳＡＫＲＦＶＫＨＮＥＫＩＳＶＫＲＶＷＬＴＥＩＫＬＡＤＬＥＮＭＶＮＹＫＮＧＲＥＩＥＬＹＥＡＬＫＡＲＬＥＡＹＧＧＮＡＫＱＡＦＤＰＫＤＮＰＦＹＫＫＧＧＱＬＶＫＡＶＲＶＥＫＴＱＥＳＧＶＬＬＮＫＫＮＡＹＴＩＡＤＮＧＤＭＶＲＶＤＶＦＣＫＶＤＫＫＧＫＮＱＹＦＩＶＰＩＹＡＷＱＶＡＥＮＩＬＰＤＩＤＣＫＧＹＲＩＤＤＳＹＴＦＣＦＳＬＨＫＹＤＬＩＡＦＱＫＤＥＫＳＫＶＥＦＡＹＹＩＮＣＤＳＳＮＧＲＦＹＬＡＷＨＤＫＧＳＫＥＱＱＦＲＩＳＴＱＮＬＶＬＩＱＫＹＱＶＮＥＬＧＫＥＩＲＰＣＲＬＫＫＲＰＰＶＲ
長さ：１０８２
型：アミノ酸
特徴：Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９

【0308】

配列番号７１３
ＭＡＲＩＬＡＦＤＩＧＩＳＳＩＧＷＡＦＳＥＮＤＥＬＫＤＣＧＶＲＩＦＴＫＡＥＮＰＫＴＧＥＳＬＡＬＰＲＲＬＡＲＳＡＲＫＲＬＡＲＲＫＡＲＬＮＨＬＫＨＬＩＡＮＥＦＫＬＮＹＥＤＹＱＳＦＤＥＳＬＡＫＡＹＫＧＳＬＩＳＰＹＥＬＲＦＲＡＬＮＥＬＬＳＫＱＤＦＡＲＶＩＬＨＩＡＫＲＲＧＹＤＤＩＫＮＳＤＤＫＥＫＧＡＩＬＫＡＩＫＱＮＥＥＫＬＡＮＹＱＳＶＧＥＹＬＹＫＥＹＦＱＫＦＫＥＮＳＫＥＦＴＮＶＲＮＫＫＥＳＹＥＲＣＩＡＱＳＦＬＫＤＧＬＫＬＩＦＫＫＱＲＥＦＧＦＳＦＳＫＫＦＥＥＥＶＬＳＶＡＦＹＫＲＡＬＫＤＦＳＨＬＶＧＮＣＳＦＦＴＤＥＫＲＡＰＫＮＳＰＬＡＦＭＦＶＡＬＴＲＩＩＮＬＬＮＮＬＫＮＴＥＧＩＬＹＴＫＤＤＬＮＴＬＬＮＥＶＬＫＮＧＴＬＴＹＫＱＴＫＫＬＬＧＬＳＤＤＹＥＦＫＲＥＫＧＴＹＦＩＥＦＫＫＹＫＥＦＩＫＡＬＧＥＨＮＬＳＱＤＤＬＮＥＩＡＫＤＩＴＬＩＫＤＥＩＫＬＫＫＡＬＡＫＹＤＬＮＱＮＱＩＤＳＬＳＫＬＥＦＫＤＨＬＮＩＳＦＫＡＬＫＬＩＴＰＬＭＬＥＧＫＫＹＤＥＡＣＮＥＬＮＬＫＶＡＩＮＥＤＫＫＤＦＬＰＡＦＮＥＴＹＹＫＤＥＶＴＮＰＶＶＬＲＡＩＫＥＹＲＫＶＬＮＡＬＬＫＫＹＧＫＶＨＫＩＮＩＥＬＡＲＥＶＧＫＮＨＳＱＲＡＫＩＥＫＥＱＮＥＮＹＫＡＫＫＤＡＥＬＥＣＥＫＬＧＬＫＩＮＳＫＮＩＬＫＬＲＬＦＫＥＱＫＥＦＣＡＹＳＧＥＫＩＫＩＳＤＬＱＤＥＫＭＬＥＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＦＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＦＴＫＱＮＱＥＫＬＮＫＴＰＦＥＡＦＧＮＤＳＡＫＷＱＫＩＥＶＬＡＫＮＬＰＴＫＫＱＫＲＩＬＤＫＮＹＫＤＫＥＱＫＤＦＫＤＲＮＬＮＤＴＲＹＩＡＲＬＶＬＮＹＴＫＤＹＬＤＦＬＰＬＳＤＤＥＮＴＫＬＮＤＴＱＫＧＳＫＶＨＶＥＡＫＳＧＭＬＴＳＡＬＲＨＴＷＧＦＳＴＫＤＲＮＮＨＬＨＨＡＩＤＡＶＩＩＡＹＡＮＮＳＩＶＫＡＦＳＤＦＫＫＥＱＥＳＮＳＡＥＬＹＡＫＫＩＳＥＬＤＹＫＮＫＲＫＦＦＥＰＦＳＧＦＲＱＫＶＬＤＫＩＤＥＩＦＶＳＫＰＥＲＫＫＰＳＧＡＬＨＥＥＴＦＲＫＥＥＥＦＹＱＳＹＧＧＫＥＧＶＬＫＡＬＥＬＧＫＩＲＫＶＮＧＫＩＶＫＮＧＤＭＦＲＶＤＩＦＫＨＫＫＴＮＫＦＹＡＶＰＩＹＴＭＤＦＡＬＫＶＬＰＮＫＡＶＡＲＳＫＫＧＥＩＫＤＷＩＬＭＤＥＮＹＥＦＣＦＳＬＹＫＤＳＬＩＬＩＱＴＫＤＭＱＥＰＥＦＶＹＹＮＡＦＴＳＳＴＶＳＬＩＶＳＫＨＤＮＫＦＥＴＬＳＫＮＱＫＩＬＦＫＮＡＮＥＫＥＶＩＡＫＳＩＧＩＱＮＬＫＶＦＥＫＹＩＶＳＡＬＧＥＶＴＫＡＥＦＲＱＲＥＤＦＫＫ
長さ：９８４
型：アミノ酸
特徴：Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９

【0309】

配列番号７１４
ＭＴＫＫＮＹＳＩＧＬＤＩＧＴＮＳＶＧＷＡＶＩＴＤＤＹＫＶＰＡＫＫＭＫＶＬＧＮＴＤＫＫＹＩＫＫＮＬＬＧＡＬＬＦＤＳＧＥＴＡＥＡＴＲＬＫＲＴＡＲＲＲＹＴＲＲＫＮＲＬＲＹＬＱＥＩＦＡＥＥＭＴＫＶＤＥＳＦＦＹＲＬＤＥＳＦＬＴＴＤＥＫＤＦＥＲＨＰＩＦＧＮＫＡＤＥＩＫＹＨＱＥＦＰＴＩＹＨＬＲＫＨＬＡＤＳＳＥＫＡＤＬＲＬＶＹＬＡＬＡＨＭＩＫＦＲＧＨＦＬＩＥＧＥＬＮＡＥＮＴＤＶＱＫＩＦＡＤＦＶＧＶＹＤＲＴＦＤＤＳＨＬＳＥＩＴＶＤＡＡＳＩＬＴＥＫＩＳＫＳＲＲＬＥＮＬＩＫＹＹＰＴＥＫＫＮＴＬＦＧＮＬＩＡＬＡＬＧＬＱＰＮＦＫＭＮＦＫＬＳＥＤＡＫＬＱＦＳＫＤＳＹＮＥＤＬＥＥＬＬＧＫＩＧＤＤＹＡＤＬＦＴＳＡＫＮＬＹＤＡＩＬＬＳＧＩＬＴＶＤＤＮＳＴＫＡＰＬＳＡＳＭＩＫＲＹＡＥＨＨＥＤＬＥＫＬＫＥＦＩＫＡＮＫＳＥＬＹＨＤＩＦＫＤＥＴＫＮＧＹＡＧＹＩＥＮＧＶＫＱＤＥＦＹＫＹＬＫＮＴＬＳＫＩＡＧＳＤＹＦＬＤＫＩＥＲＥＤＦＬＲＫＱＲＴＦＤＮＧＳＩＰＨＱＩＨＬＱＥＭＨＡＩＬＲＲＱＧＤＹＹＰＦＬＫＥＮＱＤＲＩＥＫＩＬＴＦＲＩＰＹＹＶＧＰＬＡＲＫＤＳＲＦＳＷＡＥＹＨＳＤＥＫＩＴＰＷＮＦＤＫＶＩＤＫＥＫＳＡＥＫＦＩＴＲＭＴＬＮＤＬＹＬＰＥＥＫＶＬＰＫＨＳＨＶＹＥＴＹＡＶＹＮＥＬＴＫＩＫＹＶＮＥＱＧＫＤＳＦＦＤＳＮＭＫＱＥＩＦＤＨＶＦＫＥＮＲＫＶＴＫＥＫＬＬＮＹＬＮＫＥＦＰＥＹＲＩＫＤＬＩＧＬＤＫＥＮＫＳＦＮＡＳＬＧＴＹＨＤＬＫＫＩＬＤＫＡＦＬＤＤＫＶＮＥＥＶＩＥＤＩＩＫＴＬＴＬＦＥＤＫＤＭＩＨＥＲＬＱＫＹＳＤＩＦＴＡＤＱＬＫＫＬＥＲＲＨＹＴＧＷＧＲＬＳＹＫＬＩＮＧＩＲＮＫＥＮＮＫＴＩＬＤＹＬＩＤＤＧＳＡＮＲＮＦＭＱＬＩＮＤＤＴＬＰＦＫＱＩＩＱＫＳＱＶＶＧＤＶＤＤＩＥＡＶＶＨＤＬＰＧＳＰＡＩＫＫＧＩＬＱＳＶＫＩＶＤＥＬＶＫＶＭＧＤＮＰＤＮＩＶＩＥＭＡＲＥＮＱＴＴＮＲＧＲＳＱＳＱＱＲＬＫＫＬＱＮＳＬＫＥＬＧＳＮＩＬＮＥＥＫＰＳＹＩＥＤＫＶＥＮＳＨＬＱＮＤＱＬＦＬＹＹＩＱＮＧＫＤＭＹＴＧＤＥＬＤＩＤＨＬＳＤＹＤＩＤＨＩＩＰＱＡＦＩＫＤＤＳＩＤＮＲＶＬＴＳＳＡＫＮＲＧＫＳＤＤＶＰＳＬＤＩＶＲＡＲＫＡＥＷＶＲＬＹＫＳＧＬＩＳＫＲＫＦＤＮＬＴＫＡＥＲＧＧＬＴＥＡＤＫＡＧＦＩＫＲＱＬＶＥＴＲＱＩＴＫＨＶＡＱＩＬＤＡＲＦＮＴＥＳＤＥＮＤＫＶＩＲＤＶＫＶＩＴＬＫＳＮＬＶＳＱＦＲＫＤＦＥＦＹＫＶＲＥＩＮＤＹＨＨＡＨＤＡＹＬＮＡＶＶＧＴＡＬＬＫＫＹＰＫＬＡＳＥＦＶＹＧＥＹＫＫＹＤＶＨＫＬＩＡＫＳＳＤＤＨＳＥＭＧＫＡＴＡＫＹＦＦＹＳＮＬＭＮＦＦＫＲＶＩＲＹＳＮＧＫＶＩＶＲＰＶＶＥＹＳＫＤＴＥＤＩＡＷＤＫＫＳＮＦＲＴＩＣＫＶＬＳＹＰＱＶＮＩＶＫＫＶＥＴＱＴＧＧＦＳＫＥＳＩＬＰＫＧＤＳＤＫＬＩＰＲＫＴＫＫＡＹＷＤＴＫＫＹＧＧＦＤＳＰＴＶＡＹＳＶＦＶＶＡＤＶＥＫＧＫＡＫＫＬＫＴＶＫＥＬＶＧＩＳＩＭＥＲＳＦＦＥＥＮＰＶＥＦＬＥＮＫＧＹＨＮＩＲＥＤＫＬＩＫＬＰＫＹＳＬＦＥＦＥＧＧＫＲＲＬＬＡＳＡＳＥＬＱＫＧＮＥＭＶＩＰＧＨＬＶＫＬＬＹＨＡＱＲＩＮＳＦＮＳＴＫＹＬＤＹＶＳＡＨＫＫＥＦＥＫＶＬＳＣＶＥＤＦＡＮＬＹＶＤＶＥＫＮＬＳＫＩＲＡＶＡＤＳＭＤＮＦＳＩＥＥＩＳＮＳＦＩＮＬＬＴＬＴＡＬＧＡＰＡＤＦＮＦＬＧＥＫＩＰＲＫＲＹＴＳＴＫＥＣＬＮＡＴＬＩＨＱＳＩＴＧＬＹＥＴＲＩＤＬＳＫＩＧＥＥ
長さ：１３７７
型：アミノ酸
特徴：Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９

【0310】

配列番号７１５
ＭＫＹＴＬＧＬＤＶＧＩＡＳＶＧＷＡＶＩＤＫＤＮＮＫＩＩＤＬＧＶＲＣＦＤＫＡＥＥＳＫＴＧＥＳＬＡＴＡＲＲＩＡＲＧＭＲＲＲＩＳＲＲＳＱＲＬＲＬＶＫＫＬＦＶＱＹＥＩＩＫＤＳＳＥＦＮＲＩＦＤＴＳＲＤＧＷＫＤＰＷＥＬＲＹＮＡＬＳＲＩＬＫＰＹＥＬＶＱＶＬＴＨＩＴＫＲＲＧＦＫＳＮＲＫＥＤＬＳＴＴＫＥＧＶＶＩＴＳＩＫＮＮＳＥＭＬＲＴＫＮＹＲＴＩＧＥＭＩＦＭＥＴＰＥＮＳＮＫＲＮＫＶＤＥＹＩＨＴＩＡＲＥＤＬＬＮＥＩＫＹＩＦＳＩＱＲＫＬＧＳＰＦＶＴＥＫＬＥＨＤＦＬＮＩＷＥＦＱＲＰＦＡＳＧＤＳＩＬＳＫＶＧＫＣＴＬＬＫＥＥＬＲＡＰＴＳＣＹＴＳＥＹＦＧＬＬＱＳＩＮＮＬＶＬＶＥＤＮＮＴＬＴＬＮＮＤＱＲＡＫＩＩＥＹＡＨＦＫＮＥＩＫＹＳＥＩＲＫＬＬＤＩＥＰＥＩＬＦＫＡＨＮＬＴＨＫＮＰＳＧＮＮＥＳＫＫＦＹＥＭＫＳＹＨＫＬＫＳＴＬＰＴＤＩＷＧＫＬＨＳＮＫＥＳＬＤＮＬＦＹＣＬＴＶＹＫＮＤＮＥＩＫＤＹＬＱＡＮＮＬＤＹＬＩＥＹＩＡＫＬＰＴＦＮＫＦＫＨＬＳＬＶＡＭＫＲＩＩＰＦＭＥＫＧＹＫＹＳＤＡＣＮＭＡＥＬＤＦＴＧＳＳＫＬＥＫＣＮＫＬＴＶＥＰＩＩＥＮＶＴＮＰＶＶＩＲＡＬＴＱＡＲＫＶＩＮＡＩＩＱＫＹＧＬＰＹＭＶＮＩＥＬＡＲＥＡＧＭＴＲＱＤＲＤＮＬＫＫＥＨＥＮＮＲＫＡＲＥＫＩＳＤＬＩＲＱＮＧＲＶＡＳＧＬＤＩＬＫＷＲＬＷＥＤＱＧＧＲＣＡＹＳＧＫＰＩＰＶＣＤＬＬＮＤＳＬＴＱＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＭＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＬＴＤＥＮＱＮＫＲＳＹＴＰＹＥＶＷＧＳＴＥＫＷＥＤＦＥＡＲＩＹＳＭＨＬＰＱＳＫＥＫＲＬＬＮＲＮＦＩＴＫＤＬＤＳＦＩＳＲＮＬＮＤＴＲＹＩＳＲＦＬＫＮＹＩＥＳＹＬＱＦＳＮＤＳＰＫＳＣＶＶＣＶＮＧＱＣＴＡＱＬＲＳＲＷＧＬＮＫＮＲＥＥＳＤＬＨＨＡＬＤＡＡＶＩＡＣＡＤＲＫＩＩＫＥＩＴＮＹＹＮＥＲＥＮＨＮＹＫＶＫＹＰＬＰＷＨＳＦＲＱＤＬＭＥＴＬＡＧＶＦＩＳＲＡＰＲＲＫＩＴＧＰＡＨＤＥＴＩＲＳＰＫＨＦＮＫＧＬＴＳＶＫＩＰＬＴＴＶＴＬＥＫＬＥＴＭＶＫＮＴＫＧＧＩＳＤＫＡＶＹＮＶＬＫＮＲＬＩＥＨＮＮＫＰＬＫＡＦＡＥＫＩＹＫＰＬＫＮＧＴＮＧＡＩＩＲＳＩＲＶＥＴＰＳＹＴＧＶＦＲＮＥＧＫＧＩＳＤＮＳＬＭＶＲＶＤＶＦＫＫＫＤＫＹＹＬＶＰＩＹＶＡＨＭＩＫＫＥＬＰＳＫＡＩＶＰＬＫＰＥＳＱＷＥＬＩＤＳＴＨＥＦＬＦＳＬＹＱＮＤＹＬＶＩＫＴＫＫＧＩＴＥＧＹＹＲＳＣＨＲＧＴＧＳＬＳＬＭＰＨＦＡＮＮＫＮＶＫＩＤＩＧＶＲＴＡＩＳＩＥＫＹＮＶＤＩＬＧＮＫＳＩＶＫＧＥＰＲＲＧＭＥＫＹＮＳＦＫＳＮ
長さ：１０２１
型：アミノ酸
特徴：Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９

【0311】

配列番号７１６
ＭＫＹＫＩＧＬＤＩＧＩＴＳＩＧＷＡＶＩＮＬＤＩＰＲＩＥＤＬＧＶＲＩＦＤＲＡＥＮＰＫＴＧＥＳＬＡＬＰＲＲＬＡＲＳＡＲＲＲＬＲＲＲＫＨＲＬＥＲＩＲＲＬＦＶＲＥＧＩＬＴＫＥＥＬＮＫＬＦＥＫＫＨＥＩＤＶＷＱＬＲＶＥＡＬＤＲＫＬＮＮＤＥＬＡＲＩＬＬＨＬＡＫＲＲＧＦＲＳＮＲＫＳＥＲＴＮＫＥＮＳＴＭＬＫＨＩＥＥＮＱＳＩＬＳＳＹＲＴＶＡＥＭＶＶＫＤＰＫＦＳＬＨＫＲＮＫＥＤＮＹＴＮＴＶＡＲＤＤＬＥＲＥＩＫＬＩＦＡＫＱＲＥＹＧＮＩＶＣＴＥＡＦＥＨＥＹＩＳＩＷＡＳＱＲＰＦＡＳＫＤＤＩＥＫＫＶＧＦＣＴＦＥＰＫＥＫＲＡＰＫＡＴＹＴＦＱＳＦＴＶＷＥＨＩＮＫＬＲＬＶＳＰＧＧＩＲＡＬＴＤＤＥＲＲＬＩＹＫＱＡＦＨＫＮＫＩＴＦＨＤＶＲＴＬＬＮＬＰＤＤＴＲＦＫＧＬＬＹＤＲＮＴＴＬＫＥＮＥＫＶＲＦＬＥＬＧＡＹＨＫＩＲＫＡＩＤＳＶＹＧＫＧＡＡＫＳＦＲＰＩＤＦＤＴＦＧＹＡＬＴＭＦＫＤＤＴＤＩＲＳＹＬＲＮＥＹＥＱＮＧＫＲＭＥＮＬＡＤＫＶＹＤＥＥＬＩＥＥＬＬＮＬＳＦＳＫＦＧＨＬＳＬＫＡＬＲＮＩＬＰＹＭＥＱＧＥＶＹＳＴＡＣＥＲＡＧＹＴＦＴＧＰＫＫＫＱＫＴＶＬＬＰＮＩＰＰＩＡＮＰＶＶＭＲＡＬＴＱＡＲＫＶＶＮＡＩＩＫＫＹＧＳＰＶＳＩＨＩＥＬＡＲＥＬＳＱＳＦＤＥＲＲＫＭＱＫＥＱＥＧＮＲＫＫＮＥＴＡＩＲＱＬＶＥＹＧＬＴＬＮＰＴＧＬＤＩＶＫＦＫＬＷＳＥＱＮＧＫＣＡＹＳＬＱＰＩＥＩＥＲＬＬＥＰＧＹＴＥＶＤＨＶＩＰＹＳＲＳＬＤＤＳＹＴＮＫＶＬＶＬＴＫＥＮＲＥＫＧＮＲＴＰＡＥＹＬＧＬＧＳＥＲＷＱＱＦＥＴＦＶＬＴＮＫＱＦＳＫＫＫＲＤＲＬＬＲＬＨＹＤＥＮＥＥＮＥＦＫＮＲＮＬＮＤＴＲＹＩＳＲＦＬＡＮＦＩＲＥＨＬＫＦＡＤＳＤＤＫＱＫＶＹＴＶＮＧＲＩＴＡＨＬＲＳＲＷＮＦＮＫＮＲＥＥＳＮＬＨＨＡＶＤＡＡＩＶＡＣＴＴＰＳＤＩＡＲＶＴＡＦＹＱＲＲＥＱＮＫＥＬＳＫＫＴＤＰＱＦＰＱＰＷＰＨＦＡＤＥＬＱＡＲＬＳＫＮＰＫＥＳＩＫＡＬＮＬＧＮＹＤＮＥＫＬＥＳＬＱＰＶＦＶＳＲＭＰＫＲＳＩＴＧＡＡＨＱＥＴＬＲＲＹＩＧＩＤＥＲＳＧＫＩＱＴＶＶＫＫＫＬＳＥＩＱＬＤＫＴＧＨＦＰＭＹＧＫＥＳＤＰＲＴＹＥＡＩＲＱＲＬＬＥＨＮＮＤＰＫＫＡＦＱＥＰＬＹＫＰＫＫＮＧＥＬＧＰＩＩＲＴＩＫＩＩＤＴＴＮＱＶＩＰＬＮＤＧＫＴＶＡＹＮＳＮＩＶＲＶＤＶＦＥＫＤＧＫＹＹＣＶＰＩＹＴＩＤＭＭＫＧＩＬＰＮＫＡＩＥＰＮＫＰＹＳＥＷＫＥＭＴＥＤＹＴＦＲＦＳＬＹＰＮＤＬＩＲＩＥＦＰＲＥＫＴＩＫＴＡＶＧＥＥＩＫＩＫＤＬＦＡＹＹＱＴＩＤＳＳＮＧＧＬＳＬＶＳＨＤＮＮＦＳＬＲＳＩＧＳＲＴＬＫＲＦＥＫＹＱＶＤＶＬＧＮＩＹＫＶＲＧＥＫＲＶＧＶＡＳＳＳＨＳＫＡＧＥＴＩＲＰＬ
長さ：１０８２
型：アミノ酸
特徴：Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓＴ１ Ｃａｓ９

【0312】

配列番号７２０［Ｃａｓ１２ａ］
ＴＱＦＥＧＦＴＮＬＹＱＶＳＫＴＬＲＦＥＬＩＰＱＧＫＴＬＫＨＩＱＥＱＧＦＩＥＥＤＫＡＲＮＤＨＹＫＥＬＫＰＩＩＤＲＩＹＫＴＹＡＤＱＣＬＱＬＶＱＬＤＷＥＮＬＳＡＡＩＤＳＹＲＫＥＫＴＥＥＴＲＮＡＬＩＥＥＱＡＴＹＲＮＡＩＨＤＹＦＩＧＲＴＤＮＬＴＤＡＩＮＫＲＨＡＥＩＹＫＧＬＦＫＡＥＬＦＮＧＫＶＬＫＱＬＧＴＶＴＴＴＥＨＥＮＡＬＬＲＳＦＤＫＦＴＴＹＦＳＧＦＹＥＮＲＫＮＶＦＳＡＥＤＩＳＴＡＩＰＨＲＩＶＱＤＮＦＰＫＦＫＥＮＣＨＩＦＴＲＬＩＴＡＶＰＳＬＲＥＨＦＥＮＶＫＫＡＩＧＩＦＶＳＴＳＩＥＥＶＦＳＦＰＦＹＮＱＬＬＴＱＴＱＩＤＬＹＮＱＬＬＧＧＩＳＲＥＡＧＴＥＫＩＫＧＬＮＥＶＬＮＬＡＩＱＫＮＤＥＴＡＨＩＩＡＳＬＰＨＲＦＩＰＬＦＫＱＩＬＳＤＲＮＴＬＳＦＩＬＥＥＦＫＳＤＥＥＶＩＱＳＦＣＫＹＫＴＬＬＲＮＥＮＶＬＥＴＡＥＡＬＦＮＥＬＮＳＩＤＬＴＨＩＦＩＳＨＫＫＬＥＴＩＳＳＡＬＣＤＨＷＤＴＬＲＮＡＬＹＥＲＲＩＳＥＬＴＧＫＩＴＫＳＡＫＥＫＶＱＲＳＬＫＨＥＤＩＮＬＱＥＩＩＳＡＡＧＫＥＬＳＥＡＦＫＱＫＴＳＥＩＬＳＨＡＨＡＡＬＤＱＰＬＰＴＴＬＫＫＱＥＥＫＥＩＬＫＳＱＬＤＳＬＬＧＬＹＨＬＬＤＷＦＡＶＤＥＳＮＥＶＤＰＥＦＳＡＲＬＴＧＩＫＬＥＭＥＰＳＬＳＦＹＮＫＡＲＮＹＡＴＫＫＰＹＳＶＥＫＦＫＬＮＦＱＭＰＴＬＡＳＧＷＤＶＮＫＥＫＮＮＧＡＩＬＦＶＫＮＧＬＹＹＬＧＩＭＰＫＱＫＧＲＹＫＡＬＳＦＥＰＴＥＫＴＳＥＧＦＤＫＭＹＹＤＹＦＰＤＡＡＫＭＩＰＫＣＳＴＱＬＫＡＶＴＡＨＦＱＴＨＴＴＰＩＬＬＳＮＮＦＩＥＰＬＥＩＴＫＥＩＹＤＬＮＮＰＥＫＥＰＫＫＦＱＴＡＹＡＫＫＴＧＤＱＫＧＹＲＥＡＬＣＫＷＩＤＦＴＲＤＦＬＳＫＹＴＫＴＴＳＩＤＬＳＳＬＲＰＳＳＱＹＫＤＬＧＥＹＹＡＥＬＮＰＬＬＹＨＩＳＦＱＲＩＡＥＫＥＩＭＤＡＶＥＴＧＫＬＹＬＦＱＩＹＮＫＤＦＡＫＧＨＨＧＫＰＮＬＨＴＬＹＷＴＧＬＦＳＰＥＮＬＡＫＴＳＩＫＬＮＧＱＡＥＬＦＹＲＰＫＳＲＭＫＲＭＡＨＲＬＧＥＫＭＬＮＫＫＬＫＤＱＫＴＰＩＰＤＴＬＹＱＥＬＹＤＹＶＮＨＲＬＳＨＤＬＳＤＥＡＲＡＬＬＰＮＶＩＴＫＥＶＳＨＥＩＩＫＤＲＲＦＴＳＤＫＦＦＦＨＶＰＩＴＬＮＹＱＡＡＮＳＰＳＫＦＮＱＲＶＮＡＹＬＫＥＨＰＥＴＰＩＩＧＩＤＲＧＥＲＮＬＩＹＩＴＶＩＤＳＴＧＫＩＬＥＱＲＳＬＮＴＩＱＱＦＤＹＱＫＫＬＤＮＲＥＫＥＲＶＡＡＲＱＡＷＳＶＶＧＴＩＫＤＬＫＱＧＹＬＳＱＶＩＨＥＩＶＤＬＭＩＨＹＱＡＶＶＶＬＥＮＬＮＦＧＦＫＳＫＲＴＧＩＡＥＫＡＶＹＱＱＦＥＫＭＬＩＤＫＬＮＣＬＶＬＫＤＹＰＡＥＫＶＧＧＶＬＮＰＹＱＬＴＤＱＦＴＳＦＡＫＭＧＴＱＳＧＦＬＦＹＶＰＡＰＹＴＳＫＩＤＰＬＴＧＦＶＤＰＦＶＷＫＴＩＫＮＨＥＳＲＫＨＦＬＥＧＦＤＦＬＨＹＤＶＫＴＧＤＦＩＬＨＦＫＭＮＲＮＬＳＦＱＲＧＬＰＧＦＭＰＡＷＤＩＶＦＥＫＮＥＴＱＦＤＡＫＧＴＰＦＩＡＧＫＲＩＶＰＶＩＥＮＨＲＦＴＧＲＹＲＤＬＹＰＡＮＥＬＩＡＬＬＥＥＫＧＩＶＦＲＤＧＳＮＩＬＰＫＬＬＥＮＤＤＳＨＡＩＤＴＭＶＡＬＩＲＳＶＬＱＭＲＮＳＮＡＡＴＧＥＤＹＩＮＳＰＶＲＤＬＮＧＶＣＦＤＳＲＦＱＮＰＥＷＰＭＤＡＤＡＮＧＡＹＨＩＡＬＫＧＱＬＬＬＮＨＬＫＥＳＫＤＬＫＬＱＮＧＩＳＮＱＤＷＬＡＹＩＱＥＬＲＮ

【0313】

配列番号７２１［ＣａｓＸ］
ＱＥＩＫＲＩＮＫＩＲＲＲＬＶＫＤＳＮＴＫＫＡＧＫＴＧＰＭＫＴＬＬＶＲＶＭＴＰＤＬＲＥＲＬＥＮＬＲＫＫＰＥＮＩＰＱＰＩＳＮＴＳＲＡＮＬＮＫＬＬＴＤＹＴＥＭＫＫＡＩＬＨＶＹＷＥＥＦＱＫＤＰＶＧＬＭＳＲＶＡＱＰＡＰＫＮＩＤＱＲＫＬＩＰＶＫＤＧＮＥＲＬＴＳＳＧＦＡＣＳＱＣＣＱＰＬＹＶＹＫＬＥＱＶＮＤＫＧＫＰＨＴＮＹＦＧＲＣＮＶＳＥＨＥＲＬＩＬＬＳＰＨＫＰＥＡＮＤＥＬＶＴＹＳＬＧＫＦＧＱＲＡＬＤＦＹＳＩＨＶＴＲＥＳＮＨＰＶＫＰＬＥＱＩＧＧＮＳＣＡＳＧＰＶＧＫＡＬＳＤＡＣＭＧＡＶＡＳＦＬＴＫＹＱＤＩＩＬＥＨＱＫＶＩＫＫＮＥＫＲＬＡＮＬＫＤＩＡＳＡＮＧＬＡＦＰＫＩＴＬＰＰＱＰＨＴＫＥＧＩＥＡＹＮＮＶＶＡＱＩＶＩＷＶＮＬＮＬＷＱＫＬＫＩＧＲＤＥＡＫＰＬＱＲＬＫＧＦＰＳＦＰＬＶＥＲＱＡＮＥＶＤＷＷＤＭＶＣＮＶＫＫＬＩＮＥＫＫＥＤＧＫＶＦＷＱＮＬＡＧＹＫＲＱＥＡＬＬＰＹＬＳＳＥＥＤＲＫＫＧＫＫＦＡＲＹＱＦＧＤＬＬＬＨＬＥＫＫＨＧＥＤＷＧＫＶＹＤＥＡＷＥＲＩＤＫＫＶＥＧＬＳＫＨＩＫＬＥＥＥＲＲＳＥＤＡＱＳＫＡＡＬＴＤＷＬＲＡＫＡＳＦＶＩＥＧＬＫＥＡＤＫＤＥＦＣＲＣＥＬＫＬＱＫＷＹＧＤＬＲＧＫＰＦＡＩＥＡＥＮＳＩＬＤＩＳＧＦＳＫＱＹＮＣＡＦＩＷＱＫＤＧＶＫＫＬＮＬＹＬＩＩＮＹＦＫＧＧＫＬＲＦＫＫＩＫＰＥＡＦＥＡＮＲＦＹＴＶＩＮＫＫＳＧＥＩＶＰＭＥＶＮＦＮＦＤＤＰＮＬＩＩＬＰＬＡＦＧＫＲＱＧＲＥＦＩＷＮＤＬＬＳＬＥＴＧＳＬＫＬＡＮＧＲＶＩＥＫＴＬＹＮＲＲＴＲＱＤＥＰＡＬＦＶＡＬＴＦＥＲＲＥＶＬＤＳＳＮＩＫＰＭＮＬＩＧＩＤＲＧＥＮＩＰＡＶＩＡＬＴＤＰＥＧＣＰＬＳＲＦＫＤＳＬＧＮＰＴＨＩＬＲＩＧＥＳＹＫＥＫＱＲＴＩＱＡＡＫＥＶＥＱＲＲＡＧＧＹＳＲＫＹＡＳＫＡＫＮＬＡＤＤＭＶＲＮＴＡＲＤＬＬＹＹＡＶＴＱＤＡＭＬＩＦＥＮＬＳＲＧＦＧＲＱＧＫＲＴＦＭＡＥＲＱＹＴＲＭＥＤＷＬＴＡＫＬＡＹＥＧＬＰＳＫＴＹＬＳＫＴＬＡＱＹＴＳＫＴＣＳＮＣＧＦＴＩＴＳＡＤＹＤＲＶＬＥＫＬＫＫＴＡＴＧＷＭＴＴＩＮＧＫＥＬＫＶＥＧＱＩＴＹＹＮＲＹＫＲＱＮＶＶＫＤＬＳＶＥＬＤＲＬＳＥＥＳＶＮＮＤＩＳＳＷＴＫＧＲＳＧＥＡＬＳＬＬＫＫＲＦＳＨＲＰＶＱＥＫＦＶＣＬＮＣＧＦＥＴＨＡＤＥＱＡＡＬＮＩＡＲＳＷＬＦＬＲＳＱＥＹＫＫＹＱＴＮＫＴＴＧＮＴＤＫＲＡＦＶＥＴＷＱＳＦＹＲＫＫＬＫＥＶＷＫＰＡＶ

【0314】

配列番号７３０［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＭＫＲＮＹＩＬＧＬＤＩＧＩＴＳＶＧＹＧＩＩＤＹＥＴＲＤＶＩＤＡＧＶＲＬＦＫＥＡＮＶＥＮＮＥＧＲＲＳＫＲＧＡＲＲＬＫＲＲＲＲＨＲＩＱＲＶＫＫＬＬＦＤＹＮＬＬＴＤＨＳＥＬＳＧＩＮＰＹＥＡＲＶＫＧＬＳＱＫＬＳＥＥＥＦＳＡＡＬＬＨＬＡＫＲＲＧＶＨＮＶＮＥＶＥＥＤＴＧＮＥＬＳＴＫＥＱＩＳＲＮＳＫＡＬＥＥＫＹＶＡＥＬＱＬＥＲＬＫＫＤＧＥＶＲＧＳＩＮＲＦＫＴＳＤＹＶＫＥＡＫＱＬＬＫＶＱＫＡＹＨＱＬＤＱＳＦＩＤＴＹＩＤＬＬＥＴＲＲＴＹＹＥＧＰＧＥＧＳＰＦＧＷＫＤＩＫＥＷＹＥＭＬＭＧＨＣＴＹＦＰＥＥＬＲＳＶＫＹＡＹＮＡＤＬＹＮＡＬＮＤＬＮＮＬＶＩＴＲＤＥＮＥＫＬＥＹＹＥＫＦＱＩＩＥＮＶＦＫＱＫＫＫＰＴＬＫＱＩＡＫＥＩＬＶＮＥＥＤＩＫＧＹＲＶＴＳＴＧＫＰＥＦＴＮＬＫＶＹＨＤＩＫＤＩＴＡＲＫＥＩＩＥＮＡＥＬＬＤＱＩＡＫＩＬＴＩＹＱＳＳＥＤＩＱＥＥＬＴＮＬＮＳＥＬＴＱＥＥＩＥＱＩＳＮＬＫＧＹＴＧＴＨＮＬＳＬＫＡＩＮＬＩＬＤＥＬＷＨＴＮＤＮＱＩＡＩＦＮＲＬＫＬＶＰＫＫＶＤＬＳＱＱＫＥＩＰＴＴＬＶＤＤＦＩＬＳＰＶＶＫＲＳＦＩＱＳＩＫＶＩＮＡＩＩＫＫＹＧＬＰＮＤＩＩＩＥＬＡＲＥＫＮＳＫＤＡＱＫＭＩＮＥＭＱＫＲＮＲＱＴＮＥＲＩＥＥＩＩＲＴＴＧＫＥＮＡＫＹＬＩＥＫＩＫＬＨＤＭＱＥＧＫＣＬＹＳＬＥＡＩＰＬＥＤＬＬＮＮＰＦＮＹＥＶＤＨＩＩＰＲＳＶＳＦＤＮＳＦＮＮＫＶＬＶＫＱＥＥＮＳＫＫＧＮＲＴＰＦＱＹＬＳＳＳＤＳＫＩＳＹＥＴＦＫＫＨＩＬＮＬＡＫＧＫＧＲＩＳＫＴＫＫＥＹＬＬＥＥＲＤＩＮＲＦＳＶＱＫＤＦＩＮＲＮＬＶＤＴＲＹＡＴＲＧＬＭＮＬＬＲＳＹＦＲＶＮＮＬＤＶＫＶＫＳＩＮＧＧＦＴＳＦＬＲＲＫＷＫＦＫＫＥＲＮＫＧＹＫＨＨＡＥＤＡＬＩＩＡＮＡＤＦＩＦＫＥＷＫＫＬＤＫＡＫＫＶＭＥＮＱＭＦＥＥＫＱＡＥＳＭＰＥＩＥＴＥＱＥＹＫＥＩＦＩＴＰＨＱＩＫＨＩＫＤＦＫＤＹＫＹＳＨＲＶＤＫＫＰＮＲＥＬＩＮＤＴＬＹＳＴＲＫＤＤＫＧＮＴＬＩＶＮＮＬＮＧＬＹＤＫＤＮＤＫＬＫＫＬＩＮＫＳＰＥＫＬＬＭＹＨＨＤＰＱＴＹＱＫＬＫＬＩＭＥＱＹＧＤＥＫＮＰＬＹＫＹＹＥＥＴＧＮＹＬＴＫＹＳＫＫＤＮＧＰＶＩＫＫＩＫＹＹＧＮＫＬＮＡＨＬＤＩＴＤＤＹＰＮＳＲＮＫＶＶＫＬＳＬＫＰＹＲＦＤＶＹＬＤＮＧＶＹＫＦＶＴＶＫＮＬＤＶＩＫＫＥＮＹＹＥＶＮＳＫＣＹＥＥＡＫＫＬＫＫＩＳＮＱＡＥＦＩＡＳＦＹＮＮＤＬＩＫＩＮＧＥＬＹＲＶＩＧＶＮＮＤＬＬＮＲＩＥＶＮＭＩＤＩＴＹＲＥＹＬＥＮＭＮＤＫＲＰＰＲＩＩＫＴＩＡＳＫＴＱＳＩＫＫＹＳＴＤＩＬＧＮＬＹＥＶＫＳＫＫＨＰＱＩＩＫＫＧ

【0315】

配列番号７５０［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを有するリンカードメイン、及びＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＫＲＮＹＩＬＧＬＤＩＧＩＴＳＶＧＹＧＩＩＤＹＥＴＲＤＶＩＤＡＧＶＲＬＦＫＥＡＮＶＥＮＮＥＧＲＲＳＫＲＧＡＲＲＬＫＲＲＲＲＨＲＩＱＲＶＫＫＬＬＦＤＹＮＬＬＴＤＨＳＥＬＳＧＩＮＰＹＥＡＲＶＫＧＬＳＱＫＬＳＥＥＥＦＳＡＡＬＬＨＬＡＫＲＲＧＶＨＮＶＮＥＶＥＥＤＴＧＮＥＬＳＴＫＥＱＩＳＲＮＳＫＡＬＥＥＫＹＶＡＥＬＱＬＥＲＬＫＫＤＧＥＶＲＧＳＩＮＲＦＫＴＳＤＹＶＫＥＡＫＱＬＬＫＶＱＫＡＹＨＱＬＤＱＳＦＩＤＴＹＩＤＬＬＥＴＲＲＴＹＹＥＧＰＧＥＧＳＰＦＧＷＫＤＩＫＥＷＹＥＭＬＭＧＨＣＴＹＦＰＥＥＬＲＳＶＫＹＡＹＮＡＤＬＹＮＡＬＮＤＬＮＮＬＶＩＴＲＤＥＮＥＫＬＥＹＹＥＫＦＱＩＩＥＮＶＦＫＱＫＫＫＰＴＬＫＱＩＡＫＥＩＬＶＮＥＥＤＩＫＧＹＲＶＴＳＴＧＫＰＥＦＴＮＬＫＶＹＨＤＩＫＤＩＴＡＲＫＥＩＩＥＮＡＥＬＬＤＱＩＡＫＩＬＴＩＹＱＳＳＥＤＩＱＥＥＬＴＮＬＮＳＥＬＴＱＥＥＩＥＱＩＳＮＬＫＧＹＴＧＴＨＮＬＳＬＫＡＩＮＬＩＬＤＥＬＷＨＴＮＤＮＱＩＡＩＦＮＲＬＫＬＶＰＫＫＶＤＬＳＱＱＫＥＩＰＴＴＬＶＤＤＦＩＬＳＰＶＶＫＲＳＦＩＱＳＩＫＶＩＮＡＩＩＫＫＹＧＬＰＮＤＩＩＩＥＬＡＲＥＫＮＳＫＤＡＱＫＭＩＮＥＭＱＫＲＮＲＱＴＮＥＲＩＥＥＩＩＲＴＴＧＫＥＮＡＫＹＬＩＥＫＩＫＬＨＤＭＱＥＧＫＣＬＹＳＬＥＡＩＰＬＥＤＬＬＮＮＰＦＮＹＥＶＤＨＩＩＰＲＳＶＳＦＤＮＳＦＮＮＫＶＬＶＫＱＥＥＮＳＫＫＧＮＲＴＰＦＱＹＬＳＳＳＤＳＫＩＳＹＥＴＦＫＫＨＩＬＮＬＡＫＧＫＧＲＩＳＫＴＫＫＥＹＬＬＥＥＲＤＩＮＲＦＳＶＱＫＤＦＩＮＲＮＬＶＤＴＲＹＡＴＲＧＬＭＮＬＬＲＳＹＦＲＶＮＮＬＤＶＫＶＫＳＩＮＧＧＦＴＳＦＬＲＲＫＷＫＦＫＫＥＲＮＫＧＹＫＨＨＡＥＤＡＬＩＩＡＮＡＤＦＩＦＫＥＷＫＫＬＤＫＡＫＫＶＭＥＮＱＭＦＥＥＫＱＡＥＳＭＰＥＩＥＴＥＱＥＹＫＥＩＦＩＴＰＨＱＩＫＨＩＫＤＦＫＤＹＫＹＳＨＲＶＤＫＫＰＮＲＥＬＩＮＤＴＬＹＳＴＲＫＤＤＫＧＮＴＬＩＶＮＮＬＮＧＬＹＤＫＤＮＤＫＬＫＫＬＩＮＫＳＰＥＫＬＬＭＹＨＨＤＰＱＴＹＱＫＬＫＬＩＭＥＱＹＧＤＥＫＮＰＬＹＫＹＹＥＥＴＧＮＹＬＴＫＹＳＫＫＤＮＧＰＶＩＫＫＩＫＹＹＧＮＫＬＮＡＨＬＤＩＴＤＤＹＰＮＳＲＮＫＶＶＫＬＳＬＫＰＹＲＦＤＶＹＬＤＮＧＶＹＫＦＶＴＶＫＮＬＤＶＩＫＫＥＮＹＹＥＶＮＳＫＣＹＥＥＡＫＫＬＫＫＩＳＮＱＡＥＦＩＡＳＦＹＮＮＤＬＩＫＩＮＧＥＬＹＲＶＩＧＶＮＮＤＬＬＮＲＩＥＶＮＭＩＤＩＴＹＲＥＹＬＥＮＭＮＤＫＲＰＰＲＩＩＫＴＩＡＳＫＴＱＳＩＫＫＹＳＴＤＩＬＧＮＬＹＥＶＫＳＫＫＨＰＱＩＩＫＫＧ

【0316】

配列番号７３１［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＭＤＫＫＹＳＩＧＬＤＩＧＴＮＳＶＧＷＡＶＩＴＤＥＹＫＶＰＳＫＫＦＫＶＬＧＮＴＤＲＨＳＩＫＫＮＬＩＧＡＬＬＦＤＳＧＥＴＡＥＡＴＲＬＫＲＴＡＲＲＲＹＴＲＲＫＮＲＩＣＹＬＱＥＩＦＳＮＥＭＡＫＶＤＤＳＦＦＨＲＬＥＥＳＦＬＶＥＥＤＫＫＨＥＲＨＰＩＦＧＮＩＶＤＥＶＡＹＨＥＫＹＰＴＩＹＨＬＲＫＫＬＶＤＳＴＤＫＡＤＬＲＬＩＹＬＡＬＡＨＭＩＫＦＲＧＨＦＬＩＥＧＤＬＮＰＤＮＳＤＶＤＫＬＦＩＱＬＶＱＴＹＮＱＬＦＥＥＮＰＩＮＡＳＧＶＤＡＫＡＩＬＳＡＲＬＳＫＳＲＲＬＥＮＬＩＡＱＬＰＧＥＫＫＮＧＬＦＧＮＬＩＡＬＳＬＧＬＴＰＮＦＫＳＮＦＤＬＡＥＤＡＫＬＱＬＳＫＤＴＹＤＤＤＬＤＮＬＬＡＱＩＧＤＱＹＡＤＬＦＬＡＡＫＮＬＳＤＡＩＬＬＳＤＩＬＲＶＮＴＥＩＴＫＡＰＬＳＡＳＭＩＫＲＹＤＥＨＨＱＤＬＴＬＬＫＡＬＶＲＱＱＬＰＥＫＹＫＥＩＦＦＤＱＳＫＮＧＹＡＧＹＩＤＧＧＡＳＱＥＥＦＹＫＦＩＫＰＩＬＥＫＭＤＧＴＥＥＬＬＶＫＬＮＲＥＤＬＬＲＫＱＲＴＦＤＮＧＳＩＰＨＱＩＨＬＧＥＬＨＡＩＬＲＲＱＥＤＦＹＰＦＬＫＤＮＲＥＫＩＥＫＩＬＴＦＲＩＰＹＹＶＧＰＬＡＲＧＮＳＲＦＡＷＭＴＲＫＳＥＥＴＩＴＰＷＮＦＥＥＶＶＤＫＧＡＳＡＱＳＦＩＥＲＭＴＮＦＤＫＮＬＰＮＥＫＶＬＰＫＨＳＬＬＹＥＹＦＴＶＹＮＥＬＴＫＶＫＹＶＴＥＧＭＲＫＰＡＦＬＳＧＥＱＫＫＡＩＶＤＬＬＦＫＴＮＲＫＶＴＶＫＱＬＫＥＤＹＦＫＫＩＥＣＦＤＳＶＥＩＳＧＶＥＤＲＦＮＡＳＬＧＴＹＨＤＬＬＫＩＩＫＤＫＤＦＬＤＮＥＥＮＥＤＩＬＥＤＩＶＬＴＬＴＬＦＥＤＲＥＭＩＥＥＲＬＫＴＹＡＨＬＦＤＤＫＶＭＫＱＬＫＲＲＲＹＴＧＷＧＲＬＳＲＫＬＩＮＧＩＲＤＫＱＳＧＫＴＩＬＤＦＬＫＳＤＧＦＡＮＲＮＦＭＱＬＩＨＤＤＳＬＴＦＫＥＤＩＱＫＡＱＶＳＧＱＧＤＳＬＨＥＨＩＡＮＬＡＧＳＰＡＩＫＫＧＩＬＱＴＶＫＶＶＤＥＬＶＫＶＭＧＲＨＫＰＥＮＩＶＩＥＭＡＲＥＮＱＴＴＱＫＧＱＫＮＳＲＥＲＭＫＲＩＥＥＧＩＫＥＬＧＳＱＩＬＫＥＨＰＶＥＮＴＱＬＱＮＥＫＬＹＬＹＹＬＱＮＧＲＤＭＹＶＤＱＥＬＤＩＮＲＬＳＤＹＤＶＤＨＩＶＰＱＳＦＬＫＤＤＳＩＤＮＫＶＬＴＲＳＤＫＮＲＧＫＳＤＮＶＰＳＥＥＶＶＫＫＭＫＮＹＷＲＱＬＬＮＡＫＬＩＴＱＲＫＦＤＮＬＴＫＡＥＲＧＧＬＳＥＬＤＫＡＧＦＩＫＲＱＬＶＥＴＲＱＩＴＫＨＶＡＱＩＬＤＳＲＭＮＴＫＹＤＥＮＤＫＬＩＲＥＶＫＶＩＴＬＫＳＫＬＶＳＤＦＲＫＤＦＱＦＹＫＶＲＥＩＮＮＹＨＨＡＨＤＡＹＬＮＡＶＶＧＴＡＬＩＫＫＹＰＫＬＥＳＥＦＶＹＧＤＹＫＶＹＤＶＲＫＭＩＡＫＳＥＱＥＩＧＫＡＴＡＫＹＦＦＹＳＮＩＭＮＦＦＫＴＥＩＴＬＡＮＧＥＩＲＫＲＰＬＩＥＴＮＧＥＴＧＥＩＶＷＤＫＧＲＤＦＡＴＶＲＫＶＬＳＭＰＱＶＮＩＶＫＫＴＥＶＱＴＧＧＦＳＫＥＳＩＬＰＫＲＮＳＤＫＬＩＡＲＫＫＤＷＤＰＫＫＹＧＧＦＤＳＰＴＶＡＹＳＶＬＶＶＡＫＶＥＫＧＫＳＫＫＬＫＳＶＫＥＬＬＧＩＴＩＭＥＲＳＳＦＥＫＮＰＩＤＦＬＥＡＫＧＹＫＥＶＫＫＤＬＩＩＫＬＰＫＹＳＬＦＥＬＥＮＧＲＫＲＭＬＡＳＡＧＥＬＱＫＧＮＥＬＡＬＰＳＫＹＶＮＦＬＹＬＡＳＨＹＥＫＬＫＧＳＰＥＤＮＥＱＫＱＬＦＶＥＱＨＫＨＹＬＤＥＩＩＥＱＩＳＥＦＳＫＲＶＩＬＡＤＡＮＬＤＫＶＬＳＡＹＮＫＨＲＤＫＰＩＲＥＱＡＥＮＩＩＨＬＦＴＬＴＮＬＧＡＰＡＡＦＫＹＦＤＴＴＩＤＲＫＲＹＴＳＴＫＥＶＬＤＡＴＬＩＨＱＳＩＴＧＬＹＥＴＲＩＤＬＳＱＬＧＧＤ

【0317】

配列番号７５１［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ Ｃａｓ９］
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【0318】

配列番号７３２［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９］
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【0319】

配列番号７５２［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＡＡＦＫＰＮＰＩＮＹＩＬＧＬＤＩＧＩＡＳＶＧＷＡＭＶＥＩＤＥＥＥＮＰＩＲＬＩＤＬＧＶＲＶＦＥＲＡＥＶＰＫＴＧＤＳＬＡＭＡＲＲＬＡＲＳＶＲＲＬＴＲＲＲＡＨＲＬＬＲＡＲＲＬＬＫＲＥＧＶＬＱＡＡＤＦＤＥＮＧＬＩＫＳＬＰＮＴＰＷＱＬＲＡＡＡＬＤＲＫＬＴＰＬＥＷＳＡＶＬＬＨＬＩＫＨＲＧＹＬＳＱＲＫＮＥＧＥＴＡＤＫＥＬＧＡＬＬＫＧＶＡＮＮＡＨＡＬＱＴＧＤＦＲＴＰＡＥＬＡＬＮＫＦＥＫＥＳＧＨＩＲＮＱＲＧＤＹＳＨＴＦＳＲＫＤＬＱＡＥＬＩＬＬＦＥＫＱＫＥＦＧＮＰＨＶＳＧＧＬＫＥＧＩＥＴＬＬＭＴＱＲＰＡＬＳＧＤＡＶＱＫＭＬＧＨＣＴＦＥＰＡＥＰＫＡＡＫＮＴＹＴＡＥＲＦＩＷＬＴＫＬＮＮＬＲＩＬＥＱＧＳＥＲＰＬＴＤＴＥＲＡＴＬＭＤＥＰＹＲＫＳＫＬＴＹＡＱＡＲＫＬＬＧＬＥＤＴＡＦＦＫＧＬＲＹＧＫＤＮＡＥＡＳＴＬＭＥＭＫＡＹＨＡＩＳＲＡＬＥＫＥＧＬＫＤＫＫＳＰＬＮＬＳＳＥＬＱＤＥＩＧＴＡＦＳＬＦＫＴＤＥＤＩＴＧＲＬＫＤＲＶＱＰＥＩＬＥＡＬＬＫＨＩＳＦＤＫＦＶＱＩＳＬＫＡＬＲＲＩＶＰＬＭＥＱＧＫＲＹＤＥＡＣＡＥＩＹＧＤＨＹＧＫＫＮＴＥＥＫＩＹＬＰＰＩＰＡＤＫＩＲＮＰＶＶＬＲＡＬＳＱＡＲＫＶＩＮＧＶＶＲＲＹＧＳＰＡＲＩＨＩＥＴＡＲＥＶＧＫＳＦＫＤＲＫＥＩＥＫＲＱＥＥＮＲＫＤＲＥＫＡＡＡＫＦＲＥＹＦＰＮＦＶＧＥＰＫＳＫＤＩＬＫＬＲＬＹＥＱＱＨＧＫＣＬＹＳＧＫＥＩＮＬＶＲＬＮＥＫＧＹＶＥＩＤＨＡＬＰＦＳＲＴＷＤＤＳＦＮＮＫＶＬＶＬＧＳＥＮＱＮＫＧＮＱＴＰＹＥＹＦＮＧＫＤＮＳＲＥＷＱＥＦＫＡＲＶＥＴＳＲＦＰＲＳＫＫＱＲＩＬＬＱＫＦＤＥＤＧＦＫＥＣＮＬＮＤＴＲＹＶＮＲＦＬＣＱＦＶＡＤＨＩＬＬＴＧＫＧＫＲＲＶＦＡＳＮＧＱＩＴＮＬＬＲＧＦＷＧＬＲＫＶＲＡＥＮＤＲＨＨＡＬＤＡＶＶＶＡＣＳＴＶＡＭＱＱＫＩＴＲＦＶＲＹＫＥＭＮＡＦＤＧＫＴＩＤＫＥＴＧＫＶＬＨＱＫＴＨＦＰＱＰＷＥＦＦＡＱＥＶＭＩＲＶＦＧＫＰＤＧＫＰＥＦＥＥＡＤＴＰＥＫＬＲＴＬＬＡＥＫＬＳＳＲＰＥＡＶＨＥＹＶＴＰＬＦＶＳＲＡＰＮＲＫＭＳＧＡＨＫＤＴＬＲＳＡＫＲＦＶＫＨＮＥＫＩＳＶＫＲＶＷＬＴＥＩＫＬＡＤＬＥＮＭＶＮＹＫＮＧＲＥＩＥＬＹＥＡＬＫＡＲＬＥＡＹＧＧＮＡＫＱＡＦＤＰＫＤＮＰＦＹＫＫＧＧＱＬＶＫＡＶＲＶＥＫＴＱＥＳＧＶＬＬＮＫＫＮＡＹＴＩＡＤＮＧＤＭＶＲＶＤＶＦＣＫＶＤＫＫＧＫＮＱＹＦＩＶＰＩＹＡＷＱＶＡＥＮＩＬＰＤＩＤＣＫＧＹＲＩＤＤＳＹＴＦＣＦＳＬＨＫＹＤＬＩＡＦＱＫＤＥＫＳＫＶＥＦＡＹＹＩＮＣＤＳＳＮＧＲＦＹＬＡＷＨＤＫＧＳＫＥＱＱＦＲＩＳＴＱＮＬＶＬＩＱＫＹＱＶＮＥＬＧＫＥＩＲＰＣＲＬＫＫＲＰＰＶＲ

【0320】

配列番号７３３［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＭＡＲＩＬＡＦＤＩＧＩＳＳＩＧＷＡＦＳＥＮＤＥＬＫＤＣＧＶＲＩＦＴＫＡＥＮＰＫＴＧＥＳＬＡＬＰＲＲＬＡＲＳＡＲＫＲＬＡＲＲＫＡＲＬＮＨＬＫＨＬＩＡＮＥＦＫＬＮＹＥＤＹＱＳＦＤＥＳＬＡＫＡＹＫＧＳＬＩＳＰＹＥＬＲＦＲＡＬＮＥＬＬＳＫＱＤＦＡＲＶＩＬＨＩＡＫＲＲＧＹＤＤＩＫＮＳＤＤＫＥＫＧＡＩＬＫＡＩＫＱＮＥＥＫＬＡＮＹＱＳＶＧＥＹＬＹＫＥＹＦＱＫＦＫＥＮＳＫＥＦＴＮＶＲＮＫＫＥＳＹＥＲＣＩＡＱＳＦＬＫＤＧＬＫＬＩＦＫＫＱＲＥＦＧＦＳＦＳＫＫＦＥＥＥＶＬＳＶＡＦＹＫＲＡＬＫＤＦＳＨＬＶＧＮＣＳＦＦＴＤＥＫＲＡＰＫＮＳＰＬＡＦＭＦＶＡＬＴＲＩＩＮＬＬＮＮＬＫＮＴＥＧＩＬＹＴＫＤＤＬＮＴＬＬＮＥＶＬＫＮＧＴＬＴＹＫＱＴＫＫＬＬＧＬＳＤＤＹＥＦＫＲＥＫＧＴＹＦＩＥＦＫＫＹＫＥＦＩＫＡＬＧＥＨＮＬＳＱＤＤＬＮＥＩＡＫＤＩＴＬＩＫＤＥＩＫＬＫＫＡＬＡＫＹＤＬＮＱＮＱＩＤＳＬＳＫＬＥＦＫＤＨＬＮＩＳＦＫＡＬＫＬＩＴＰＬＭＬＥＧＫＫＹＤＥＡＣＮＥＬＮＬＫＶＡＩＮＥＤＫＫＤＦＬＰＡＦＮＥＴＹＹＫＤＥＶＴＮＰＶＶＬＲＡＩＫＥＹＲＫＶＬＮＡＬＬＫＫＹＧＫＶＨＫＩＮＩＥＬＡＲＥＶＧＫＮＨＳＱＲＡＫＩＥＫＥＱＮＥＮＹＫＡＫＫＤＡＥＬＥＣＥＫＬＧＬＫＩＮＳＫＮＩＬＫＬＲＬＦＫＥＱＫＥＦＣＡＹＳＧＥＫＩＫＩＳＤＬＱＤＥＫＭＬＥＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＦＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＦＴＫＱＮＱＥＫＬＮＫＴＰＦＥＡＦＧＮＤＳＡＫＷＱＫＩＥＶＬＡＫＮＬＰＴＫＫＱＫＲＩＬＤＫＮＹＫＤＫＥＱＫＤＦＫＤＲＮＬＮＤＴＲＹＩＡＲＬＶＬＮＹＴＫＤＹＬＤＦＬＰＬＳＤＤＥＮＴＫＬＮＤＴＱＫＧＳＫＶＨＶＥＡＫＳＧＭＬＴＳＡＬＲＨＴＷＧＦＳＴＫＤＲＮＮＨＬＨＨＡＩＤＡＶＩＩＡＹＡＮＮＳＩＶＫＡＦＳＤＦＫＫＥＱＥＳＮＳＡＥＬＹＡＫＫＩＳＥＬＤＹＫＮＫＲＫＦＦＥＰＦＳＧＦＲＱＫＶＬＤＫＩＤＥＩＦＶＳＫＰＥＲＫＫＰＳＧＡＬＨＥＥＴＦＲＫＥＥＥＦＹＱＳＹＧＧＫＥＧＶＬＫＡＬＥＬＧＫＩＲＫＶＮＧＫＩＶＫＮＧＤＭＦＲＶＤＩＦＫＨＫＫＴＮＫＦＹＡＶＰＩＹＴＭＤＦＡＬＫＶＬＰＮＫＡＶＡＲＳＫＫＧＥＩＫＤＷＩＬＭＤＥＮＹＥＦＣＦＳＬＹＫＤＳＬＩＬＩＱＴＫＤＭＱＥＰＥＦＶＹＹＮＡＦＴＳＳＴＶＳＬＩＶＳＫＨＤＮＫＦＥＴＬＳＫＮＱＫＩＬＦＫＮＡＮＥＫＥＶＩＡＫＳＩＧＩＱＮＬＫＶＦＥＫＹＩＶＳＡＬＧＥＶＴＫＡＥＦＲＱＲＥＤＦＫＫ

【0321】

配列番号７５３［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＡＲＩＬＡＦＤＩＧＩＳＳＩＧＷＡＦＳＥＮＤＥＬＫＤＣＧＶＲＩＦＴＫＡＥＮＰＫＴＧＥＳＬＡＬＰＲＲＬＡＲＳＡＲＫＲＬＡＲＲＫＡＲＬＮＨＬＫＨＬＩＡＮＥＦＫＬＮＹＥＤＹＱＳＦＤＥＳＬＡＫＡＹＫＧＳＬＩＳＰＹＥＬＲＦＲＡＬＮＥＬＬＳＫＱＤＦＡＲＶＩＬＨＩＡＫＲＲＧＹＤＤＩＫＮＳＤＤＫＥＫＧＡＩＬＫＡＩＫＱＮＥＥＫＬＡＮＹＱＳＶＧＥＹＬＹＫＥＹＦＱＫＦＫＥＮＳＫＥＦＴＮＶＲＮＫＫＥＳＹＥＲＣＩＡＱＳＦＬＫＤＧＬＫＬＩＦＫＫＱＲＥＦＧＦＳＦＳＫＫＦＥＥＥＶＬＳＶＡＦＹＫＲＡＬＫＤＦＳＨＬＶＧＮＣＳＦＦＴＤＥＫＲＡＰＫＮＳＰＬＡＦＭＦＶＡＬＴＲＩＩＮＬＬＮＮＬＫＮＴＥＧＩＬＹＴＫＤＤＬＮＴＬＬＮＥＶＬＫＮＧＴＬＴＹＫＱＴＫＫＬＬＧＬＳＤＤＹＥＦＫＲＥＫＧＴＹＦＩＥＦＫＫＹＫＥＦＩＫＡＬＧＥＨＮＬＳＱＤＤＬＮＥＩＡＫＤＩＴＬＩＫＤＥＩＫＬＫＫＡＬＡＫＹＤＬＮＱＮＱＩＤＳＬＳＫＬＥＦＫＤＨＬＮＩＳＦＫＡＬＫＬＩＴＰＬＭＬＥＧＫＫＹＤＥＡＣＮＥＬＮＬＫＶＡＩＮＥＤＫＫＤＦＬＰＡＦＮＥＴＹＹＫＤＥＶＴＮＰＶＶＬＲＡＩＫＥＹＲＫＶＬＮＡＬＬＫＫＹＧＫＶＨＫＩＮＩＥＬＡＲＥＶＧＫＮＨＳＱＲＡＫＩＥＫＥＱＮＥＮＹＫＡＫＫＤＡＥＬＥＣＥＫＬＧＬＫＩＮＳＫＮＩＬＫＬＲＬＦＫＥＱＫＥＦＣＡＹＳＧＥＫＩＫＩＳＤＬＱＤＥＫＭＬＥＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＦＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＦＴＫＱＮＱＥＫＬＮＫＴＰＦＥＡＦＧＮＤＳＡＫＷＱＫＩＥＶＬＡＫＮＬＰＴＫＫＱＫＲＩＬＤＫＮＹＫＤＫＥＱＫＤＦＫＤＲＮＬＮＤＴＲＹＩＡＲＬＶＬＮＹＴＫＤＹＬＤＦＬＰＬＳＤＤＥＮＴＫＬＮＤＴＱＫＧＳＫＶＨＶＥＡＫＳＧＭＬＴＳＡＬＲＨＴＷＧＦＳＴＫＤＲＮＮＨＬＨＨＡＩＤＡＶＩＩＡＹＡＮＮＳＩＶＫＡＦＳＤＦＫＫＥＱＥＳＮＳＡＥＬＹＡＫＫＩＳＥＬＤＹＫＮＫＲＫＦＦＥＰＦＳＧＦＲＱＫＶＬＤＫＩＤＥＩＦＶＳＫＰＥＲＫＫＰＳＧＡＬＨＥＥＴＦＲＫＥＥＥＦＹＱＳＹＧＧＫＥＧＶＬＫＡＬＥＬＧＫＩＲＫＶＮＧＫＩＶＫＮＧＤＭＦＲＶＤＩＦＫＨＫＫＴＮＫＦＹＡＶＰＩＹＴＭＤＦＡＬＫＶＬＰＮＫＡＶＡＲＳＫＫＧＥＩＫＤＷＩＬＭＤＥＮＹＥＦＣＦＳＬＹＫＤＳＬＩＬＩＱＴＫＤＭＱＥＰＥＦＶＹＹＮＡＦＴＳＳＴＶＳＬＩＶＳＫＨＤＮＫＦＥＴＬＳＫＮＱＫＩＬＦＫＮＡＮＥＫＥＶＩＡＫＳＩＧＩＱＮＬＫＶＦＥＫＹＩＶＳＡＬＧＥＶＴＫＡＥＦＲＱＲＥＤＦＫＫ

【0322】

配列番号７３４［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９］
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【0323】

配列番号７５４［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＴＫＫＮＹＳＩＧＬＤＩＧＴＮＳＶＧＷＡＶＩＴＤＤＹＫＶＰＡＫＫＭＫＶＬＧＮＴＤＫＫＹＩＫＫＮＬＬＧＡＬＬＦＤＳＧＥＴＡＥＡＴＲＬＫＲＴＡＲＲＲＹＴＲＲＫＮＲＬＲＹＬＱＥＩＦＡＥＥＭＴＫＶＤＥＳＦＦＹＲＬＤＥＳＦＬＴＴＤＥＫＤＦＥＲＨＰＩＦＧＮＫＡＤＥＩＫＹＨＱＥＦＰＴＩＹＨＬＲＫＨＬＡＤＳＳＥＫＡＤＬＲＬＶＹＬＡＬＡＨＭＩＫＦＲＧＨＦＬＩＥＧＥＬＮＡＥＮＴＤＶＱＫＩＦＡＤＦＶＧＶＹＤＲＴＦＤＤＳＨＬＳＥＩＴＶＤＡＡＳＩＬＴＥＫＩＳＫＳＲＲＬＥＮＬＩＫＹＹＰＴＥＫＫＮＴＬＦＧＮＬＩＡＬＡＬＧＬＱＰＮＦＫＭＮＦＫＬＳＥＤＡＫＬＱＦＳＫＤＳＹＮＥＤＬＥＥＬＬＧＫＩＧＤＤＹＡＤＬＦＴＳＡＫＮＬＹＤＡＩＬＬＳＧＩＬＴＶＤＤＮＳＴＫＡＰＬＳＡＳＭＩＫＲＹＡＥＨＨＥＤＬＥＫＬＫＥＦＩＫＡＮＫＳＥＬＹＨＤＩＦＫＤＥＴＫＮＧＹＡＧＹＩＥＮＧＶＫＱＤＥＦＹＫＹＬＫＮＴＬＳＫＩＡＧＳＤＹＦＬＤＫＩＥＲＥＤＦＬＲＫＱＲＴＦＤＮＧＳＩＰＨＱＩＨＬＱＥＭＨＡＩＬＲＲＱＧＤＹＹＰＦＬＫＥＮＱＤＲＩＥＫＩＬＴＦＲＩＰＹＹＶＧＰＬＡＲＫＤＳＲＦＳＷＡＥＹＨＳＤＥＫＩＴＰＷＮＦＤＫＶＩＤＫＥＫＳＡＥＫＦＩＴＲＭＴＬＮＤＬＹＬＰＥＥＫＶＬＰＫＨＳＨＶＹＥＴＹＡＶＹＮＥＬＴＫＩＫＹＶＮＥＱＧＫＤＳＦＦＤＳＮＭＫＱＥＩＦＤＨＶＦＫＥＮＲＫＶＴＫＥＫＬＬＮＹＬＮＫＥＦＰＥＹＲＩＫＤＬＩＧＬＤＫＥＮＫＳＦＮＡＳＬＧＴＹＨＤＬＫＫＩＬＤＫＡＦＬＤＤＫＶＮＥＥＶＩＥＤＩＩＫＴＬＴＬＦＥＤＫＤＭＩＨＥＲＬＱＫＹＳＤＩＦＴＡＤＱＬＫＫＬＥＲＲＨＹＴＧＷＧＲＬＳＹＫＬＩＮＧＩＲＮＫＥＮＮＫＴＩＬＤＹＬＩＤＤＧＳＡＮＲＮＦＭＱＬＩＮＤＤＴＬＰＦＫＱＩＩＱＫＳＱＶＶＧＤＶＤＤＩＥＡＶＶＨＤＬＰＧＳＰＡＩＫＫＧＩＬＱＳＶＫＩＶＤＥＬＶＫＶＭＧＤＮＰＤＮＩＶＩＥＭＡＲＥＮＱＴＴＮＲＧＲＳＱＳＱＱＲＬＫＫＬＱＮＳＬＫＥＬＧＳＮＩＬＮＥＥＫＰＳＹＩＥＤＫＶＥＮＳＨＬＱＮＤＱＬＦＬＹＹＩＱＮＧＫＤＭＹＴＧＤＥＬＤＩＤＨＬＳＤＹＤＩＤＨＩＩＰＱＡＦＩＫＤＤＳＩＤＮＲＶＬＴＳＳＡＫＮＲＧＫＳＤＤＶＰＳＬＤＩＶＲＡＲＫＡＥＷＶＲＬＹＫＳＧＬＩＳＫＲＫＦＤＮＬＴＫＡＥＲＧＧＬＴＥＡＤＫＡＧＦＩＫＲＱＬＶＥＴＲＱＩＴＫＨＶＡＱＩＬＤＡＲＦＮＴＥＳＤＥＮＤＫＶＩＲＤＶＫＶＩＴＬＫＳＮＬＶＳＱＦＲＫＤＦＥＦＹＫＶＲＥＩＮＤＹＨＨＡＨＤＡＹＬＮＡＶＶＧＴＡＬＬＫＫＹＰＫＬＡＳＥＦＶＹＧＥＹＫＫＹＤＶＨＫＬＩＡＫＳＳＤＤＨＳＥＭＧＫＡＴＡＫＹＦＦＹＳＮＬＭＮＦＦＫＲＶＩＲＹＳＮＧＫＶＩＶＲＰＶＶＥＹＳＫＤＴＥＤＩＡＷＤＫＫＳＮＦＲＴＩＣＫＶＬＳＹＰＱＶＮＩＶＫＫＶＥＴＱＴＧＧＦＳＫＥＳＩＬＰＫＧＤＳＤＫＬＩＰＲＫＴＫＫＡＹＷＤＴＫＫＹＧＧＦＤＳＰＴＶＡＹＳＶＦＶＶＡＤＶＥＫＧＫＡＫＫＬＫＴＶＫＥＬＶＧＩＳＩＭＥＲＳＦＦＥＥＮＰＶＥＦＬＥＮＫＧＹＨＮＩＲＥＤＫＬＩＫＬＰＫＹＳＬＦＥＦＥＧＧＫＲＲＬＬＡＳＡＳＥＬＱＫＧＮＥＭＶＩＰＧＨＬＶＫＬＬＹＨＡＱＲＩＮＳＦＮＳＴＫＹＬＤＹＶＳＡＨＫＫＥＦＥＫＶＬＳＣＶＥＤＦＡＮＬＹＶＤＶＥＫＮＬＳＫＩＲＡＶＡＤＳＭＤＮＦＳＩＥＥＩＳＮＳＦＩＮＬＬＴＬＴＡＬＧＡＰＡＤＦＮＦＬＧＥＫＩＰＲＫＲＹＴＳＴＫＥＣＬＮＡＴＬＩＨＱＳＩＴＧＬＹＥＴＲＩＤＬＳＫＩＧＥＥ

【0324】

配列番号７３５［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＭＫＹＴＬＧＬＤＶＧＩＡＳＶＧＷＡＶＩＤＫＤＮＮＫＩＩＤＬＧＶＲＣＦＤＫＡＥＥＳＫＴＧＥＳＬＡＴＡＲＲＩＡＲＧＭＲＲＲＩＳＲＲＳＱＲＬＲＬＶＫＫＬＦＶＱＹＥＩＩＫＤＳＳＥＦＮＲＩＦＤＴＳＲＤＧＷＫＤＰＷＥＬＲＹＮＡＬＳＲＩＬＫＰＹＥＬＶＱＶＬＴＨＩＴＫＲＲＧＦＫＳＮＲＫＥＤＬＳＴＴＫＥＧＶＶＩＴＳＩＫＮＮＳＥＭＬＲＴＫＮＹＲＴＩＧＥＭＩＦＭＥＴＰＥＮＳＮＫＲＮＫＶＤＥＹＩＨＴＩＡＲＥＤＬＬＮＥＩＫＹＩＦＳＩＱＲＫＬＧＳＰＦＶＴＥＫＬＥＨＤＦＬＮＩＷＥＦＱＲＰＦＡＳＧＤＳＩＬＳＫＶＧＫＣＴＬＬＫＥＥＬＲＡＰＴＳＣＹＴＳＥＹＦＧＬＬＱＳＩＮＮＬＶＬＶＥＤＮＮＴＬＴＬＮＮＤＱＲＡＫＩＩＥＹＡＨＦＫＮＥＩＫＹＳＥＩＲＫＬＬＤＩＥＰＥＩＬＦＫＡＨＮＬＴＨＫＮＰＳＧＮＮＥＳＫＫＦＹＥＭＫＳＹＨＫＬＫＳＴＬＰＴＤＩＷＧＫＬＨＳＮＫＥＳＬＤＮＬＦＹＣＬＴＶＹＫＮＤＮＥＩＫＤＹＬＱＡＮＮＬＤＹＬＩＥＹＩＡＫＬＰＴＦＮＫＦＫＨＬＳＬＶＡＭＫＲＩＩＰＦＭＥＫＧＹＫＹＳＤＡＣＮＭＡＥＬＤＦＴＧＳＳＫＬＥＫＣＮＫＬＴＶＥＰＩＩＥＮＶＴＮＰＶＶＩＲＡＬＴＱＡＲＫＶＩＮＡＩＩＱＫＹＧＬＰＹＭＶＮＩＥＬＡＲＥＡＧＭＴＲＱＤＲＤＮＬＫＫＥＨＥＮＮＲＫＡＲＥＫＩＳＤＬＩＲＱＮＧＲＶＡＳＧＬＤＩＬＫＷＲＬＷＥＤＱＧＧＲＣＡＹＳＧＫＰＩＰＶＣＤＬＬＮＤＳＬＴＱＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＭＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＬＴＤＥＮＱＮＫＲＳＹＴＰＹＥＶＷＧＳＴＥＫＷＥＤＦＥＡＲＩＹＳＭＨＬＰＱＳＫＥＫＲＬＬＮＲＮＦＩＴＫＤＬＤＳＦＩＳＲＮＬＮＤＴＲＹＩＳＲＦＬＫＮＹＩＥＳＹＬＱＦＳＮＤＳＰＫＳＣＶＶＣＶＮＧＱＣＴＡＱＬＲＳＲＷＧＬＮＫＮＲＥＥＳＤＬＨＨＡＬＤＡＡＶＩＡＣＡＤＲＫＩＩＫＥＩＴＮＹＹＮＥＲＥＮＨＮＹＫＶＫＹＰＬＰＷＨＳＦＲＱＤＬＭＥＴＬＡＧＶＦＩＳＲＡＰＲＲＫＩＴＧＰＡＨＤＥＴＩＲＳＰＫＨＦＮＫＧＬＴＳＶＫＩＰＬＴＴＶＴＬＥＫＬＥＴＭＶＫＮＴＫＧＧＩＳＤＫＡＶＹＮＶＬＫＮＲＬＩＥＨＮＮＫＰＬＫＡＦＡＥＫＩＹＫＰＬＫＮＧＴＮＧＡＩＩＲＳＩＲＶＥＴＰＳＹＴＧＶＦＲＮＥＧＫＧＩＳＤＮＳＬＭＶＲＶＤＶＦＫＫＫＤＫＹＹＬＶＰＩＹＶＡＨＭＩＫＫＥＬＰＳＫＡＩＶＰＬＫＰＥＳＱＷＥＬＩＤＳＴＨＥＦＬＦＳＬＹＱＮＤＹＬＶＩＫＴＫＫＧＩＴＥＧＹＹＲＳＣＨＲＧＴＧＳＬＳＬＭＰＨＦＡＮＮＫＮＶＫＩＤＩＧＶＲＴＡＩＳＩＥＫＹＮＶＤＩＬＧＮＫＳＩＶＫＧＥＰＲＲＧＭＥＫＹＮＳＦＫＳＮ

【0325】

配列番号７５５［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｍ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＫＹＴＬＧＬＤＶＧＩＡＳＶＧＷＡＶＩＤＫＤＮＮＫＩＩＤＬＧＶＲＣＦＤＫＡＥＥＳＫＴＧＥＳＬＡＴＡＲＲＩＡＲＧＭＲＲＲＩＳＲＲＳＱＲＬＲＬＶＫＫＬＦＶＱＹＥＩＩＫＤＳＳＥＦＮＲＩＦＤＴＳＲＤＧＷＫＤＰＷＥＬＲＹＮＡＬＳＲＩＬＫＰＹＥＬＶＱＶＬＴＨＩＴＫＲＲＧＦＫＳＮＲＫＥＤＬＳＴＴＫＥＧＶＶＩＴＳＩＫＮＮＳＥＭＬＲＴＫＮＹＲＴＩＧＥＭＩＦＭＥＴＰＥＮＳＮＫＲＮＫＶＤＥＹＩＨＴＩＡＲＥＤＬＬＮＥＩＫＹＩＦＳＩＱＲＫＬＧＳＰＦＶＴＥＫＬＥＨＤＦＬＮＩＷＥＦＱＲＰＦＡＳＧＤＳＩＬＳＫＶＧＫＣＴＬＬＫＥＥＬＲＡＰＴＳＣＹＴＳＥＹＦＧＬＬＱＳＩＮＮＬＶＬＶＥＤＮＮＴＬＴＬＮＮＤＱＲＡＫＩＩＥＹＡＨＦＫＮＥＩＫＹＳＥＩＲＫＬＬＤＩＥＰＥＩＬＦＫＡＨＮＬＴＨＫＮＰＳＧＮＮＥＳＫＫＦＹＥＭＫＳＹＨＫＬＫＳＴＬＰＴＤＩＷＧＫＬＨＳＮＫＥＳＬＤＮＬＦＹＣＬＴＶＹＫＮＤＮＥＩＫＤＹＬＱＡＮＮＬＤＹＬＩＥＹＩＡＫＬＰＴＦＮＫＦＫＨＬＳＬＶＡＭＫＲＩＩＰＦＭＥＫＧＹＫＹＳＤＡＣＮＭＡＥＬＤＦＴＧＳＳＫＬＥＫＣＮＫＬＴＶＥＰＩＩＥＮＶＴＮＰＶＶＩＲＡＬＴＱＡＲＫＶＩＮＡＩＩＱＫＹＧＬＰＹＭＶＮＩＥＬＡＲＥＡＧＭＴＲＱＤＲＤＮＬＫＫＥＨＥＮＮＲＫＡＲＥＫＩＳＤＬＩＲＱＮＧＲＶＡＳＧＬＤＩＬＫＷＲＬＷＥＤＱＧＧＲＣＡＹＳＧＫＰＩＰＶＣＤＬＬＮＤＳＬＴＱＩＤＨＩＹＰＹＳＲＳＭＤＤＳＹＭＮＫＶＬＶＬＴＤＥＮＱＮＫＲＳＹＴＰＹＥＶＷＧＳＴＥＫＷＥＤＦＥＡＲＩＹＳＭＨＬＰＱＳＫＥＫＲＬＬＮＲＮＦＩＴＫＤＬＤＳＦＩＳＲＮＬＮＤＴＲＹＩＳＲＦＬＫＮＹＩＥＳＹＬＱＦＳＮＤＳＰＫＳＣＶＶＣＶＮＧＱＣＴＡＱＬＲＳＲＷＧＬＮＫＮＲＥＥＳＤＬＨＨＡＬＤＡＡＶＩＡＣＡＤＲＫＩＩＫＥＩＴＮＹＹＮＥＲＥＮＨＮＹＫＶＫＹＰＬＰＷＨＳＦＲＱＤＬＭＥＴＬＡＧＶＦＩＳＲＡＰＲＲＫＩＴＧＰＡＨＤＥＴＩＲＳＰＫＨＦＮＫＧＬＴＳＶＫＩＰＬＴＴＶＴＬＥＫＬＥＴＭＶＫＮＴＫＧＧＩＳＤＫＡＶＹＮＶＬＫＮＲＬＩＥＨＮＮＫＰＬＫＡＦＡＥＫＩＹＫＰＬＫＮＧＴＮＧＡＩＩＲＳＩＲＶＥＴＰＳＹＴＧＶＦＲＮＥＧＫＧＩＳＤＮＳＬＭＶＲＶＤＶＦＫＫＫＤＫＹＹＬＶＰＩＹＶＡＨＭＩＫＫＥＬＰＳＫＡＩＶＰＬＫＰＥＳＱＷＥＬＩＤＳＴＨＥＦＬＦＳＬＹＱＮＤＹＬＶＩＫＴＫＫＧＩＴＥＧＹＹＲＳＣＨＲＧＴＧＳＬＳＬＭＰＨＦＡＮＮＫＮＶＫＩＤＩＧＶＲＴＡＩＳＩＥＫＹＮＶＤＩＬＧＮＫＳＩＶＫＧＥＰＲＲＧＭＥＫＹＮＳＦＫＳＮ

【0326】

配列番号７３６［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、リンカードメイン、及びＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓＴ１ Ｃａｓ９］
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【0327】

配列番号７５６［Ｉ－ＴＥＶＩ ＷＴヌクレアーゼドメイン、ＧＧＳＧＧＳを含むリンカードメイン、及びＧｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓＴ１ Ｃａｓ９］
ＭＧＫＳＧＩＹＱＩＫＮＴＬＮＮＫＶＹＶＧＳＡＫＤＦＥＫＲＷＫＲＨＦＫＤＬＥＫＧＣＨＳＳＩＫＬＱＲＳＦＮＫＨＧＮＶＦＥＣＳＩＬＥＥＩＰＹＥＫＤＬＩＩＥＲＥＮＦＷＩＫＥＬＮＳＫＩＮＧＹＮＩＡＤＡＴＦＧＤＴＣＳＴＨＰＬＫＥＥＩＩＫＫＲＳＥＴＶＫＡＫＭＬＫＬＧＰＤＧＲＫＡＬＹＳＫＰＧＳＫＮＧＲＷＮＰＥＴＨＫＦＣＫＣＧＶＲＩＱＴＳＡＹＴＣＳＫＣＲＮＧＧＳＧＧＳＭＫＹＫＩＧＬＤＩＧＩＴＳＩＧＷＡＶＩＮＬＤＩＰＲＩＥＤＬＧＶＲＩＦＤＲＡＥＮＰＫＴＧＥＳＬＡＬＰＲＲＬＡＲＳＡＲＲＲＬＲＲＲＫＨＲＬＥＲＩＲＲＬＦＶＲＥＧＩＬＴＫＥＥＬＮＫＬＦＥＫＫＨＥＩＤＶＷＱＬＲＶＥＡＬＤＲＫＬＮＮＤＥＬＡＲＩＬＬＨＬＡＫＲＲＧＦＲＳＮＲＫＳＥＲＴＮＫＥＮＳＴＭＬＫＨＩＥＥＮＱＳＩＬＳＳＹＲＴＶＡＥＭＶＶＫＤＰＫＦＳＬＨＫＲＮＫＥＤＮＹＴＮＴＶＡＲＤＤＬＥＲＥＩＫＬＩＦＡＫＱＲＥＹＧＮＩＶＣＴＥＡＦＥＨＥＹＩＳＩＷＡＳＱＲＰＦＡＳＫＤＤＩＥＫＫＶＧＦＣＴＦＥＰＫＥＫＲＡＰＫＡＴＹＴＦＱＳＦＴＶＷＥＨＩＮＫＬＲＬＶＳＰＧＧＩＲＡＬＴＤＤＥＲＲＬＩＹＫＱＡＦＨＫＮＫＩＴＦＨＤＶＲＴＬＬＮＬＰＤＤＴＲＦＫＧＬＬＹＤＲＮＴＴＬＫＥＮＥＫＶＲＦＬＥＬＧＡＹＨＫＩＲＫＡＩＤＳＶＹＧＫＧＡＡＫＳＦＲＰＩＤＦＤＴＦＧＹＡＬＴＭＦＫＤＤＴＤＩＲＳＹＬＲＮＥＹＥＱＮＧＫＲＭＥＮＬＡＤＫＶＹＤＥＥＬＩＥＥＬＬＮＬＳＦＳＫＦＧＨＬＳＬＫＡＬＲＮＩＬＰＹＭＥＱＧＥＶＹＳＴＡＣＥＲＡＧＹＴＦＴＧＰＫＫＫＱＫＴＶＬＬＰＮＩＰＰＩＡＮＰＶＶＭＲＡＬＴＱＡＲＫＶＶＮＡＩＩＫＫＹＧＳＰＶＳＩＨＩＥＬＡＲＥＬＳＱＳＦＤＥＲＲＫＭＱＫＥＱＥＧＮＲＫＫＮＥＴＡＩＲＱＬＶＥＹＧＬＴＬＮＰＴＧＬＤＩＶＫＦＫＬＷＳＥＱＮＧＫＣＡＹＳＬＱＰＩＥＩＥＲＬＬＥＰＧＹＴＥＶＤＨＶＩＰＹＳＲＳＬＤＤＳＹＴＮＫＶＬＶＬＴＫＥＮＲＥＫＧＮＲＴＰＡＥＹＬＧＬＧＳＥＲＷＱＱＦＥＴＦＶＬＴＮＫＱＦＳＫＫＫＲＤＲＬＬＲＬＨＹＤＥＮＥＥＮＥＦＫＮＲＮＬＮＤＴＲＹＩＳＲＦＬＡＮＦＩＲＥＨＬＫＦＡＤＳＤＤＫＱＫＶＹＴＶＮＧＲＩＴＡＨＬＲＳＲＷＮＦＮＫＮＲＥＥＳＮＬＨＨＡＶＤＡＡＩＶＡＣＴＴＰＳＤＩＡＲＶＴＡＦＹＱＲＲＥＱＮＫＥＬＳＫＫＴＤＰＱＦＰＱＰＷＰＨＦＡＤＥＬＱＡＲＬＳＫＮＰＫＥＳＩＫＡＬＮＬＧＮＹＤＮＥＫＬＥＳＬＱＰＶＦＶＳＲＭＰＫＲＳＩＴＧＡＡＨＱＥＴＬＲＲＹＩＧＩＤＥＲＳＧＫＩＱＴＶＶＫＫＫＬＳＥＩＱＬＤＫＴＧＨＦＰＭＹＧＫＥＳＤＰＲＴＹＥＡＩＲＱＲＬＬＥＨＮＮＤＰＫＫＡＦＱＥＰＬＹＫＰＫＫＮＧＥＬＧＰＩＩＲＴＩＫＩＩＤＴＴＮＱＶＩＰＬＮＤＧＫＴＶＡＹＮＳＮＩＶＲＶＤＶＦＥＫＤＧＫＹＹＣＶＰＩＹＴＩＤＭＭＫＧＩＬＰＮＫＡＩＥＰＮＫＰＹＳＥＷＫＥＭＴＥＤＹＴＦＲＦＳＬＹＰＮＤＬＩＲＩＥＦＰＲＥＫＴＩＫＴＡＶＧＥＥＩＫＩＫＤＬＦＡＹＹＱＴＩＤＳＳＮＧＧＬＳＬＶＳＨＤＮＮＦＳＬＲＳＩＧＳＲＴＬＫＲＦＥＫＹＱＶＤＶＬＧＮＩＹＫＶＲＧＥＫＲＶＧＶＡＳＳＳＨＳＫＡＧＥＴＩＲＰＬ

【0328】

配列番号７４０［ＳＶ４０核局在化配列］
ＰＫＫＫＲＫＶ
配列番号７４１［ヌクレオプラスミン核局在化配列］
ＫＲＰＡＡＴＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【国際調査報告】