特表 2024-515646 ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを認識する結合性タンパク質、及びその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-04-10

(54)【発明の名称】ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを認識する結合性タンパク質、及びその使用

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/12 20060101AFI20240403BHJP

   C07K 7/06 20060101ALI20240403BHJP

   C07K 7/08 20060101ALI20240403BHJP

   C07K 14/74 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20240403BHJP

   C12Q 1/04 20060101ALI20240403BHJP

   C07K 14/725 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 39/00 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 39/385 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 47/62 20170101ALI20240403BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20240403BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20240403BHJP

   A61P 37/04 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 39/39 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20240403BHJP

   A61K 35/17 20150101ALI20240403BHJP

   A61K 47/68 20170101ALI20240403BHJP

   G01N 33/574 20060101ALI20240403BHJP

   G01N 33/53 20060101ALI20240403BHJP

   C07K 14/47 20060101ALI20240403BHJP

   C07K 14/82 20060101ALI20240403BHJP

   C12N 5/0783 20100101ALI20240403BHJP

   C07K 16/32 20060101ALN20240403BHJP

   C12P 21/08 20060101ALN20240403BHJP

【ＦＩ】

C12N15/12

C07K7/06 ZNA

C07K7/08

C07K14/74

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

C12Q1/04

C07K14/725

A61K39/00 H

A61K39/385

A61K47/62

A61P35/00

A61P43/00 105

A61P37/04

A61P43/00 121

A61K45/00

A61P43/00 107

A61K39/39

A61K39/395 T

A61K35/17

A61K47/68

G01N33/574 A

G01N33/53 Y

C07K14/47

C07K14/82

C12N5/0783

C07K16/32

C12P21/08

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023563176

(86)(22)【出願日】2022-04-14

(85)【翻訳文提出日】2023-11-28

(86)【国際出願番号】 US2022024728

(87)【国際公開番号】W WO2022221479

(87)【国際公開日】2022-10-20

(31)【優先権主張番号】63/174,808

(32)【優先日】2021-04-14

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/329,523

(32)【優先日】2022-04-11

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】523165950

【氏名又は名称】ティースキャン セラピューティクス インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】ＴＳＣＡＮ ＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ， ＩＮＣ．

(71)【出願人】

【識別番号】510086752

【氏名又は名称】アカデミッシュ ザイケンホイス ライデン

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】フェレッティ， アンドリュー ピー．

(72)【発明者】

【氏名】ワン， イーファン

(72)【発明者】

【氏名】マックビース， ギャビン

(72)【発明者】

【氏名】シュー， チーカイ

【テーマコード（参考）】

4B063

4B064

4B065

4C076

4C084

4C085

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA14

4B063QA18

4B063QQ08

4B063QQ79

4B063QQ96

4B063QR48

4B063QR66

4B063QS05

4B063QS32

4B063QS33

4B063QS36

4B063QS38

4B063QX02

4B064AG27

4B064CA10

4B064CA19

4B064CC03

4B064CC06

4B064CC12

4B064CC24

4B064DA05

4B064DA14

4B065AA91Y

4B065AA93X

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065BA21

4B065BB25

4B065BB37

4B065BC03

4B065BC07

4B065BC11

4B065CA24

4B065CA25

4B065CA44

4B065CA46

4C076AA95

4C076CC07

4C076CC27

4C076CC41

4C076EE59

4C084AA19

4C084NA05

4C084ZB021

4C084ZB091

4C084ZB211

4C084ZB221

4C084ZB261

4C084ZC751

4C085AA06

4C085AA14

4C085AA38

4C085BB01

4C085BB12

4C085BB50

4C085CC03

4C085CC21

4C085EE01

4C085EE03

4C085EE06

4C085FF24

4C087AA01

4C087AA02

4C087AA03

4C087BB37

4C087CA04

4C087CA16

4C087MA02

4C087NA05

4C087NA13

4C087ZB02

4C087ZB09

4C087ZB21

4C087ZB22

4C087ZB26

4C087ZC75

4H045AA10

4H045AA11

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA15

4H045BA16

4H045BA17

4H045BA18

4H045BA41

4H045BA70

4H045CA40

4H045DA50

4H045DA76

4H045DA86

4H045EA20

4H045EA50

4H045FA74

(57)【要約】

本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを認識する結合性タンパク質、及びその使用である。
【選択図】図２Ａ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを含む、免疫原性ペプチド。

【請求項2】

表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープからなる、免疫原性ペプチド。

【請求項3】

前記免疫原性ペプチドがＭＡＧＥＣ２タンパク質に由来し、任意選択的に、前記免疫原性ペプチドの長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５アミノ酸である、請求項１または請求項２に記載の免疫原性ペプチド。

【請求項4】

前記免疫原性ペプチドが、対象においてＭＡＧＥＣ２及び／またはＭＡＧＥＣ２発現細胞に対する免疫応答を誘発することができ、
任意選択的に、前記免疫応答が、
ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／または
ｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される、
請求項１～３のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチド。

【請求項5】

少なくとも１種の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドを含む、免疫原性組成物。

【請求項6】

アジュバントをさらに含む、請求項５に記載の免疫原性組成物。

【請求項7】

前記免疫原性組成物が、前記対象においてＭＡＧＥＣ２及び／またはＭＡＧＥＣ２発現細胞に対する免疫応答を誘発することができ、
任意選択的に、前記免疫応答が、
ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／または
ｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される、
請求項５または請求項６に記載の免疫原性組成物。

【請求項8】

表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープ、及びＭＨＣ分子を含む、組成物。

【請求項9】

前記ＭＨＣ分子がＭＨＣ多量体であり、任意選択的に、前記ＭＨＣ多量体が四量体である、請求項８に記載の組成物。

【請求項10】

前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、請求項８または請求項９に記載の組成物。

【請求項11】

前記ＭＨＣ分子が、
ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７
からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、前記ＨＬＡアレルが、
ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレル
からなる群から選択される、請求項９～１０のいずれか１項に記載の組成物。

【請求項12】

ＭＨＣ分子との関連において請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドを含む、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項13】

前記ＭＨＣ分子がＭＨＣ多量体であり、任意選択的に、前記ＭＨＣ多量体が四量体である、請求項１２に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項14】

前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、請求項１２または請求項１３に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項15】

前記ＭＨＣ分子が、
ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７
からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、前記ＨＬＡアレルが、
ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレル
からなる群から選択される、請求項１２～１４のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項16】

前記ペプチドエピトープと前記ＭＨＣ分子とが共有結合で連結されている、及び／または前記ＭＨＣ分子の前記アルファ鎖とベータ鎖とが共有結合で連結されている、請求項１２～１５のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項17】

前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体が検出可能標識を含み、任意選択的に、前記検出可能標識が蛍光団である、請求項１２～１６のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体。

【請求項18】

請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、及びアジュバントを含む、免疫原性組成物。

【請求項19】

請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドをコードする単離核酸、またはその相補体。

【請求項20】

請求項１９に記載の単離核酸を含む、ベクター。

【請求項21】

ａ）請求項１９に記載の単離核酸を含む、
ｂ）請求項２０に記載のベクターを含む、及び／または
ｃ）１種以上の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドを産生する、及び／または前記細胞表面に１種以上の請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体を提示する、
細胞であって、任意選択的に、前記細胞が遺伝子操作されている、前記細胞。

【請求項22】

装置またはキットであって、
ａ）１種以上の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチド、及び／または
ｂ）１種以上の請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体
を含み、
任意選択的に、結合性タンパク質に対するａ）及び／またはｂ）の結合を検出する試薬を含み、
任意選択的に、前記結合性タンパク質が、
抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
である、
前記装置またはキット。

【請求項23】

安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合するＴ細胞を検出する方法であって、
ａ）前記Ｔ細胞を含むサンプルを請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体と接触させること；及び
ｂ）前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に対するＴ細胞の結合を検出し、任意選択的にさらに、前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する安定ＭＨＣ－ペプチド特異的Ｔ細胞の百分率を決定すること
を含み、
任意選択的に、前記サンプルが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む、
前記方法。

【請求項24】

前記Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項２３に記載の方法。

【請求項25】

前記検出及び／または決定することが、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて行われる、請求項２２～２４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項26】

前記サンプルが、
１種以上のＭＡＧＥＣ２タンパク質またはその断片と接触している、または接触した疑いがあるＴ細胞
を含む、請求項２２～２５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項27】

Ｔ細胞がＭＡＧＥＣ２に曝露されたかどうかを判定する方法であって、
ａ）前記Ｔ細胞を含む細胞集団を請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドまたは請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体とインキュベートすること；及び
ｂ）反応性の存在またはレベルを検出すること
を含み、
対照レベルと比較したときの反応性の存在またはより高いレベルは、前記Ｔ細胞がＭＡＧＥＣ２に曝露されたことを示し、
任意選択的に、前記Ｔ細胞を含む前記細胞集団は対象から得られる、
前記方法。

【請求項28】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している対象の臨床転帰を予測する方法であって、
ａ）前記対象から得られたＴ細胞と、１種以上の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドまたは１種以上の請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及び
ｂ）前記反応性の存在またはレベルを対照からのものと比較すること
を含み、
前記対照は、良好な臨床転帰を有する対象から得られ、
前記対照と比較したときの前記対象サンプルにおける前記反応性の存在またはより高いレベルは、前記対象が良好な臨床転帰を有することを示す、
前記方法。

【請求項29】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の有効性を評価する方法であって、
ａ）前記療法の少なくとも一部を対象に提供する前に前記対象から得られた第１サンプルにおいて、前記対象から得られたＴ細胞と、１種以上の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドまたは１種以上の請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及び
ｂ）前記１種以上の請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチドまたは前記１種以上の請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体と、前記対象への前記療法の提供の後に前記対象から得られた第２サンプルの中に存在する前記対象から得られたＴ細胞との間での反応性の存在またはレベルを判定すること
を含み、
前記第１サンプルと比較したときの前記第２サンプルにおける前記反応性の存在またはより高いレベルは、前記対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を治療する上で前記療法が有効であることのしるしである、
前記方法。

【請求項30】

前記反応性のレベルが、
ａ）結合の存在、及び／または
ｂ）Ｔ細胞活性化及び／またはエフェクター機能
によって示され、任意選択的に、前記Ｔ細胞活性化または前記エフェクター機能がＴ細胞増殖、殺滅またはサイトカイン放出である、請求項２７～２９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項31】

後続の時点でステップａ）及びｂ）を繰り返すことをさらに含み、
任意選択的に、第１の時点と前記後続の時点との間で前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を改善するための治療を受けたことがある、
請求項２７～３０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項32】

前記Ｔ細胞結合、活性化及び／またはエフェクター機能が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて検出される、請求項２７～３１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項33】

前記対照レベルが基準数である、請求項２７～３２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項34】

前記対照レベルが、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を有さない対象のレベルである、請求項２７～３３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項35】

対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法であって、治療的有効量の請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項36】

表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、
ａ）細胞の表面上のＭＨＣ分子との関連において表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを提示している前記細胞を提供すること；
ｂ）前記細胞上の前記ＭＨＣ分子との関連において前記ペプチドエピトープに対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及び
ｃ）前記ＭＨＣ分子との関連において前記ペプチドエピトープに結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定すること
を含む、前記方法。

【請求項37】

前記ステップａ）が、
前記細胞の前記表面上の前記ＭＨＣ分子を、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープと接触させること
を含む、請求項３６に記載の方法。

【請求項38】

前記ステップａ）が、
前記ペプチドエピトープをコードする異種配列を含むベクターを使用して、表１に列挙されるペプチド配列から選択される前記ペプチドエピトープを前記細胞に発現させること
を含む、請求項３６に記載の方法。

【請求項39】

表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、
ａ）表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを単独で、あるいはＭＨＣ分子との関連において含む、単独の、あるいは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体中に含まれた状態のペプチドエピトープを提供すること；
ｂ）前記ペプチドまたは前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及び
ｃ）前記ペプチドエピトープまたは前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定すること
を含み、
任意選択的に、前記ＭＨＣまたは前記ＭＨＣ－ペプチド複合体が、請求項８～１７のいずれか１項に記載されているものである、
前記方法。

【請求項40】

前記複数種の候補ペプチド結合性分子が、
抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
を含む、請求項３９に記載の方法。

【請求項41】

前記複数種の候補ペプチド結合性分子が、少なくとも２、５、１０、１００、１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９種またはそれよりも多くの異なる候補ペプチド結合性分子を含む、請求項３９または請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

前記複数種の候補ペプチド結合性分子が、対象もしくは対象の集団からのサンプルから得られた１種以上の候補ペプチド結合性分子を含む；または
前記複数種の候補ペプチド結合性分子が、対象からのサンプルから得られた親足場ペプチド結合性分子における変異を含む１種以上の候補ペプチド結合性分子を含む、
請求項３９～４１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項43】

前記対象または対象の集団が、
ａ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患していない、及び／またはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害から回復している、あるいは
ｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している、
請求項４２に記載の方法。

【請求項44】

前記対象または対象の集団は、請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物を投与されたことがある、請求項４２または請求項４３に記載の方法。

【請求項45】

前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、前記哺乳動物が、ヒト、霊長類または齧歯動物である、請求項４２～４４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項46】

前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、ＨＬＡ遺伝子導入マウス、及び／またはヒトＴＣＲ遺伝子導入マウスである、請求項４２～４５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項47】

前記サンプルが、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋メモリーＴ細胞を含む、請求項４２～４６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項48】

請求項３９～４７のいずれか１項に従って同定された前記ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片であって、任意選択的に、
抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
である、前記ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片。

【請求項49】

対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する方法であって、
ｉ）表１に列挙される配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ｉｉ）請求項３９～４８のいずれか１項に記載の方法に従って同定される、及び／またはｉｉｉ）ＭＨＣ分子との関連において表１に列挙される配列から選択されるペプチドエピトープを含む安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片
を発現する遺伝子操作型Ｔ細胞を治療的有効量で前記対象に投与することを含み、任意選択的に、前記ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片が、
抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
であり、任意選択的に、前記ＭＨＣまたは前記ＭＨＣ－ペプチド複合体が、請求項８～１７のいずれか１項に記載のものである、前記方法。

【請求項50】

前記Ｔ細胞が、
ａ）前記対象、
ｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害に罹患していないドナー、または
ｃ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害から回復したドナー
から単離される、請求項４９に記載の方法。

【請求項51】

対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する方法であって、
抗原特異的Ｔ細胞を前記対象に輸血すること
を含み、前記抗原特異的Ｔ細胞が、
ａ）前記対象からの免疫細胞を請求項１～２２のいずれか１項に記載の組成物で刺激すること；及び
ｂ）前記抗原特異的Ｔ細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで増殖させること
によって生成され、任意選択的に、
ｉ）前記免疫細胞を刺激する前に前記対象から前記免疫細胞を単離する、及び／または
ｉｉ）前記免疫細胞が、ＰＢＭＣ、Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、中枢メモリーＴ細胞及び／またはエフェクターメモリーＴ細胞を含む、
前記方法。

【請求項52】

前記ペプチドエピトープ、前記免疫原性ペプチド、前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、前記Ｔ細胞受容体及び／または前記免疫細胞の間での少なくとも１種の免疫複合体の形成に適した条件の下で及び時間にわたって薬剤を接触させておく、請求項５１に記載の方法。

【請求項53】

前記ペプチドエピトープ、前記免疫原性ペプチド、前記安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、及び／または前記Ｔ細胞受容体が細胞によって発現され、前記細胞が１つ以上のステップの間に増殖及び／または単離される、請求項５１または請求項５２に記載の方法。

【請求項54】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害ががんまたはその再発であり、任意選択的に、前記がんが、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される、請求項２３～５３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項55】

前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、前記哺乳動物が、ヒト、霊長類または齧歯動物である、請求項２３～５４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項56】

請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチド配列を含むポリペプチド、請求項１～４のいずれか１項に記載の免疫原性ペプチド、及び／または請求項１２～１７のいずれか１項に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、結合性タンパク質であって、任意選択的に、
抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
である、前記結合性タンパク質。

【請求項57】

ａ）表２に列挙されるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項58】

ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項59】

ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項60】

ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項61】

ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項62】

ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／または
ｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列
を含み、
前記結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、
任意選択的に、その結合親和性が約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する、
請求項５６に記載の結合性タンパク質。

【請求項63】

１）前記ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_αドメイン、及び／またはＴＣＲアルファ鎖が、表２に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及びＴＲＡＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及び／またはＴＲＡＣ遺伝子あるいはその断片にコードされる、及び／または
２）前記ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_βドメイン、及び／またはＴＣＲベータ鎖が、表２に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及び／またはＴＲＢＣ遺伝子あるいはその断片にコードされる、及び／または
３）前記結合性タンパク質の各ＣＤＲが、表２に列挙される同種の基準ＣＤＲ配列と比較して最大５個の、アミノ酸置換、挿入、欠失またはそれらの組合せを有する、
請求項５６～６２のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項64】

前記結合性タンパク質がキメラ型、ヒト化型またはヒト型である、請求項５６～６３のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項65】

前記結合性タンパク質が、
膜貫通ドメイン、及び
細胞内にあるエフェクタードメイン
を有する結合性ドメインを含む、請求項５６～６４のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項66】

前記ＴＣＲアルファ鎖と前記ＴＣＲベータ鎖とが共有結合で連結されており、任意選択的に、前記ＴＣＲアルファ鎖と前記ＴＣＲベータ鎖とが、リンカーペプチドを介して共有結合で連結されている、請求項５６～６５のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項67】

前記ＴＣＲアルファ鎖及び／または前記ＴＣＲベータ鎖が部分構造に共有結合で連結されており、任意選択的に、共有結合で連結された前記部分構造が親和性タグまたは標識を含む、請求項５６～６６のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項68】

前記親和性タグが、ＣＤ３４濃縮タグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合性タンパク質（ＣＢＰ）、プロテインＣタグ、Ｍｙｃタグ、Ｈａｌｏタグ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、ビオチンタグ及びＶ５タグからなる群から選択される、及び／または
前記標識が蛍光タンパク質である、
請求項６７に記載の結合性タンパク質。

【請求項69】

共有結合で連結された前記部分構造が、炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または抗体もしくはその抗原結合性断片からなる群から選択される、請求項５６～６８のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項70】

前記結合性タンパク質が、細胞表面上にある前記ｐＭＨＣ複合体に結合する、請求項５６～６９のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項71】

前記ＭＨＣまたは前記ＭＨＣ－ペプチド複合体が、請求項８～１７のいずれか１項に記載のものである、請求項５６～７０のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項72】

前記ＭＡＧＥＣ２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に対する前記結合性タンパク質の結合が免疫応答を誘発し、任意選択的に、前記免疫応答が、
ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／または
ｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される、
請求項５６～７１のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項73】

前記結合性タンパク質が、前記ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、約１×１０^－４Ｍ以下、約５×１０^－５Ｍ以下、約１×１０^－５Ｍ以下、約５×１０^－６Ｍ以下、約１×１０^－６Ｍ以下、約５×１０^－７Ｍ以下、約１×１０^－７Ｍ以下、約５×１０^－８Ｍ以下、約１×１０^－８Ｍ以下、約５×１０^－９Ｍ以下、約１×１０^－９Ｍ以下、約５×１０^－１０Ｍ以下、約１×１０^－１０Ｍ以下、約５×１０^－１１Ｍ以下、約１×１０^－１１Ｍ以下、約５×１０^－１２Ｍ以下、または約１×１０^－１２Ｍ以下のＫ_ｄで特異的及び／または選択的に結合することができる、請求項５６～７２のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項74】

既知のＴ細胞受容体と比較して前記結合性タンパク質は、前記ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対する結合親和性がより高く、任意選択的に、前記結合親和性がより高いことは、少なくとも１．０５倍高いことである、請求項５６～７３のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項75】

既知のＴ細胞受容体と比較して前記結合性タンパク質は、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときにＴ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅をより強く誘導し、任意選択的に、前記誘導が少なくとも１．０５倍強い、請求項５６～７４のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項76】

前記細胞傷害的殺滅が標的がん細胞である、請求項７５に記載の結合性タンパク質。

【請求項77】

前記がんが、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される、請求項７６に記載の結合性タンパク質。

【請求項78】

前記結合性タンパク質が、ＡＬＫＤＶＥＥＲＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＬＬＦＧＬＡＬＩＥＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＳＥＳＩＫＫＫＶＬ／ＨＬＡ－Ｂ^＊４４、及びＡＳＳＴＬＹＬＶＦ／ＨＬＡ－Ｂ^＊５７からなる群から選択されるペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合しない、請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質。

【請求項79】

表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖及びベータ鎖配列からなる群から選択される、ＴＣＲアルファ鎖及び／またはベータ鎖。

【請求項80】

単離核酸分子であって、
ｉ）ストリンジェントな条件の下で、表２に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸の相補体とハイブリダイズするもの、
ｉｉ）表２に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸との少なくとも約８０％の相同性を有する配列、及び／または
ｉｉｉ）ｉｉ）表２に列挙されるものをコードする核酸との少なくとも約８０％の相同性を有する配列
であり、任意選択的に、
１）表２に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及びＴＲＡＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及び／またはＴＲＡＣ遺伝子あるいはその断片、及び／または
２）表２に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及び／またはＴＲＢＣ遺伝子あるいはその断片
を含む、前記単離核酸分子。

【請求項81】

前記核酸が、宿主細胞における発現のためにコドン最適化されている、請求項８０に記載の単離核酸。

【請求項82】

ベクターであって、請求項８０または請求項８１に記載の単離核酸を含み、任意選択的に、
ｉ）前記ベクターが、クローニングベクター、発現ベクターもしくはウイルスベクターである、及び／または
ｉｉ）前記ベクターが、表３に列挙されるベクター配列を含む、
前記ベクター。

【請求項83】

前記ベクターが、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列をさらに含む、請求項８２に記載のベクター。

【請求項84】

前記ＣＤ８αまたはＣＤ８βをコードする核酸配列が、タグをコードする核酸に機能的に連結されている、請求項８３に記載のベクター。

【請求項85】

前記タグをコードする核酸は、ＣＤ８αまたはＣＤ８βのＮ末端に前記タグが融合されるような、前記ＣＤ８αまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流側にある、請求項８３または請求項８４の記載のベクター。

【請求項86】

前記タグがＣＤ３４濃縮タグである、請求項８４または請求項８５に記載のベクター。

【請求項87】

請求項８０または請求項８１に記載の単離核酸、ならびに前記ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列が、内部リボソーム進入部位と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と相互連結されている、請求項８３～８６のいずれか１項に記載のベクター。

【請求項88】

前記自己切断ペプチドが、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２ＡまたはＴ２Ａである、請求項８７に記載のベクター。

【請求項89】

請求項８０または請求項８１に記載の単離核酸を含む、宿主細胞であって、
請求項８２～８８のいずれか１項に記載のベクターを含み、及び／または
請求項５６～７８のいずれか１項に記載の前記結合性タンパク質を発現し、
任意選択的に、前記細胞が遺伝子操作されている、
前記宿主細胞。

【請求項90】

前記宿主細胞が、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、または両者の染色体遺伝子ノックアウトを含む、請求項８９に記載の宿主細胞。

【請求項91】

前記宿主細胞が、
α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１マイクログロブリン遺伝子、β２マイクログロブリン遺伝子及びそれらの組合せ
から選択されるＨＬＡ遺伝子のノックアウトを含む、請求項８９または請求項９０に記載の宿主細胞。

【請求項92】

前記宿主細胞が、
ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子及びそれらの組合せ
から選択されるＴＣＲ遺伝子のノックアウトを含む、請求項８９～９１のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項93】

前記宿主細胞がＣＤ８α及び／またはＣＤ８βを発現し、任意選択的に、前記ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βがＣＤ３４濃縮タグに融合されている、請求項８９～９２のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項94】

前記ＣＤ３４濃縮タグを用いて前記宿主細胞が濃縮される、請求項９３に記載の宿主細胞。

【請求項95】

前記宿主細胞が、造血始原細胞、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、臍帯血細胞または免疫細胞である、請求項８９～９４のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項96】

前記免疫細胞が、Ｔ細胞、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞、細胞傷害性リンパ球始原細胞、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８二重陰性Ｔ細胞、ガンマデルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞またはそれらの組合せである、請求項９５に記載の宿主細胞。

【請求項97】

前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ細胞、中枢メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞またはそれらの組合せである、請求項８９～９６のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項98】

前記Ｔ細胞が、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞である、請求項８９～９７のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項99】

前記Ｔ細胞は、内因性ＴＣＲを発現しない、またはその表面発現がより少ない、請求項８９～９８のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項100】

前記宿主細胞が、ＭＨＣ分子との関連において、ＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞と接触したときに、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる、請求項８９～９９のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項101】

前記宿主細胞が、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで前記標的細胞と接触する、請求項１００に記載の宿主細胞。

【請求項102】

前記サイトカインが、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２及び／またはＩＦＮ－γである、請求項１００または請求項１０１に記載の宿主細胞。

【請求項103】

前記細胞傷害性分子がパーフォリン及び／またはグランザイムであり、任意選択的に、前記細胞傷害性分子がグランザイムＢである、請求項８９～１０２のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項104】

前記宿主細胞が、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときに、より高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる、請求項８９～１０３のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項105】

前記宿主細胞が、少なくとも１．０５倍高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる、請求項１０４に記載の宿主細胞。

【請求項106】

前記宿主細胞が、ＭＨＣ分子との関連において、前記ＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞を殺滅することができる、請求項８９～１０３のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項107】

前記殺滅が殺滅アッセイによって判定される、請求項１０６に記載の宿主細胞。

【請求項108】

前記殺滅アッセイにおいて前記宿主細胞と前記標的細胞との比が２０：１～１：４である、請求項１０６または請求項１０７に記載の宿主細胞。

【請求項109】

前記標的細胞が、１μｇ／ｍＬ～５０ｐｇ／ｍＬのＭＡＧＥＣ２ペプチドをパルス導入された標的細胞であり、任意選択的に、前記標的細胞が、前記ＭＡＧＥＣ２ペプチドに整合したＭＨＣに関して単アレル性の細胞である、請求項１０６～１０８のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項110】

前記宿主細胞が、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときに、より多い数の標的細胞を殺滅することができ、任意選択的に、前記細胞殺滅が少なくとも１．０５倍高い、請求項１０６～１０９のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項111】

前記標的細胞が細胞株または初代細胞であり、任意選択的に、前記標的細胞が、ＨＥＫ２９３由来細胞株、がん細胞株、初代がん細胞、形質転換細胞株及び不死化細胞株からなる群から選択される、請求項８９～１１０のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項112】

前記ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドが、請求項１～４のいずれか１項に記載のものである、及び／または
前記ＭＨＣもしくは前記ＭＨＣ－ペプチド複合体が、請求項８～１７のいずれか１項に記載のものである、
請求項８９～１１１のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項113】

前記宿主細胞が、
ＡＬＫＤＶＥＥＲＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＬＬＦＧＬＡＬＩＥＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＳＥＳＩＫＫＫＶＬ／ＨＬＡ－Ｂ^＊４４、及びＡＳＳＴＬＹＬＶＦ／ＨＬＡ－Ｂ^＊５７
からなる群から選択されるペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞と接触したときに、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出または細胞傷害的殺滅を誘導しない、請求項８９～１１２のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項114】

前記宿主細胞が、
ＭＡＧＥＣ２抗原を発現しない、
請求項５６～７８のいずれか１項に記載の結合性タンパク質によって認識されない、
血清型ＨＬＡ－Ｂ^＊０７のものでない、
ＨＬＡ－Ｂ^＊０７アレルを発現しない、
血清型ＨＬＡ－Ａ^＊２４のものでない、及び／または
ＨＬＡ－Ａ^＊２４アレルを発現しない、
請求項８９～１１３のいずれか１項に記載の宿主細胞。

【請求項115】

請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞の、集団。

【請求項116】

ａ）請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、
ｂ）請求項８０もしくは請求項８１に記載の単離核酸、
ｃ）請求項８２～８８のいずれか１項に記載のベクター、
ｄ）請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、及び／または
ｅ）請求項１１５に記載の宿主細胞の集団、ならびに
担体
を含む、組成物。

【請求項117】

装置またはキットであって、
ａ）請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、
ｂ）請求項８０もしくは請求項８１に記載の単離核酸、
ｃ）請求項８２～８８のいずれか１項に記載のベクター、
ｄ）請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、及び／または
ｅ）請求項１１５に記載の宿主細胞の集団
を含み、
任意選択的に、ｐＭＨＣ複合体に対するａ）、ｄ）及び／またはｅ）の結合を検出する試薬を含む、
前記装置またはキット。

【請求項118】

請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質を生産する方法であって、
（ｉ）請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換された、形質転換済み宿主細胞を、前記結合性タンパク質の発現が可能になるのに適した条件の下で培養するステップ；及び
（ｉｉ）前記発現した前記結合性タンパク質を回収するステップ
を含む、前記方法。

【請求項119】

請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質を発現する宿主細胞を生産する方法であって、
（ｉ）請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸を、前記宿主細胞に導入するステップ；及び
（ｉｉ）前記形質転換済み宿主細胞を、前記結合性タンパク質の発現が可能になるのに適した条件の下で、培養するステップ
を含む、前記方法。

【請求項120】

ＭＡＧＥＣ２抗原の、及び／またはＭＡＧＥＣ２を発現している細胞の、存在または非存在を検出する方法であって、
任意選択的に前記細胞が過剰増殖性細胞であり、
前記方法は、
少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、
少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または
請求項１１５に記載の宿主細胞の集団
を使用することによってサンプル中の前記ＭＡＧＥＣ２抗原の存在または非存在を検出することを含み、
前記ＭＡＧＥＣ２抗原の検出は、ＭＡＧＥＣ２抗原の、及び／またはＭＡＧＥＣ２を発現している細胞の存在を示す、
前記方法。

【請求項121】

前記少なくとも１種の結合性タンパク質、または前記少なくとも１種の宿主細胞が、ＭＨＣ分子との関連において前記ＭＡＧＥＣ２ペプチドと複合体を形成し、前記複合体が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）の方式で、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）の方式で、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）の方式で、免疫化学的に、ウェスタンブロットの方式で、または細胞内フローアッセイの方式で検出される、請求項１２０に記載の方法。

【請求項122】

対象からサンプルを得ることをさらに含む、請求項１２０または請求項１２１に記載の方法。

【請求項123】

対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のレベルを検出する方法であって、
ａ）前記対象から得られたサンプルを、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または請求項１１５に記載の宿主細胞の集団と接触させること；及び
ｂ）反応性のレベルを検出すること
を含み、
対照レベルと比較したときの前記反応性の存在またはより高いレベルは、前記対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害のレベルを示す、
前記方法。

【請求項124】

前記対照レベルが基準数である、請求項１２３に記載の方法。

【請求項125】

前記対照レベルが、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を有さない対象からのレベルである、請求項１２３または請求項１２４に記載の方法。

【請求項126】

対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の進行を追跡評価する方法であって、
ａ）対象サンプルにおいて、前記対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または請求項１１５に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを検出すること；
ｂ）後続の時点でステップａ）を繰り返すこと；ならびに
ｃ）ステップａ）及びｂ）で検出された、ＭＡＧＥＣ２の、またはＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞のレベルを比較して、前記対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害の前記進行を追跡評価すること
を含み、
ステップｂ）で検出されたＭＡＧＥＣ２レベルまたはＭＡＧＥＣ２を発現している前記関心とする細胞の、ステップａ）と比較したときの非存在または減少は、前記対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害の進行の抑制を示し、
ステップｂ）で検出されたＭＡＧＥＣ２レベルまたはＭＡＧＥＣ２を発現している前記関心とする細胞の、ステップａ）と比較したときの存在または増加は、前記対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害の進行を示す、
前記方法。

【請求項127】

第１の時点と前記後続の時点との間で前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を治療するための治療を受けたことがある、請求項１２６に記載の方法。

【請求項128】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している対象の臨床転帰を予測する方法であって、
ａ）前記対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または請求項１１５に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及び
ｂ）前記反応性の存在またはレベルを対照からのものと比較すること
を含み、
前記対照は、良好な臨床転帰を有する対象から得られ、
前記対照と比較したときの前記対象サンプルにおける前記反応性の非存在または低下したレベルは、前記対象が良好な臨床転帰を有することを示す、
前記方法。

【請求項129】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の有効性を評価する方法であって、
ａ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害に対する前記療法の少なくとも一部を対象に提供する前に前記対象から得られた第１サンプルにおいて、前記対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または請求項１１５に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及び
ｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害に対する前記療法の提供の後に前記対象から得られた第２サンプルにおいて、前記対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または請求項１１５に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定すること
を含み、
前記第１サンプルと比較したときの前記第２サンプルにおける前記反応性の非存在または低下したレベルは、前記対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を治療する上で前記療法が有効であることのしるしであり、
前記第１サンプルと比較したときの前記第２サンプルにおける前記反応性の存在または上昇したレベルは、前記対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害を治療する上で前記療法が有効でないことのしるしである、
前記方法。

【請求項130】

前記反応性のレベルが、
ａ）結合の存在、及び／または
ｂ）Ｔ細胞活性化及び／またはエフェクター機能
によって示され、
任意選択的に、前記Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能が、Ｔ細胞増殖、殺滅またはサイトカイン放出である、
請求項１２０～１２９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項131】

前記Ｔ細胞結合、活性化及び／またはエフェクター機能が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて検出される、請求項１２０～１３０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項132】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法であって、
ＭＡＧＥＣ２を発現している標的細胞を、少なくとも１種の請求項５６～７７のいずれか１項に記載の結合性タンパク質を発現している細胞を含む治療的有効量の組成物と接触させること
を含み、任意選択的に、前記組成物が対象に投与される、前記方法。

【請求項133】

前記細胞が、同種異系細胞、同系細胞または自家細胞である、請求項４９～５５及び請求項１３２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項134】

前記細胞が、
請求項８９～１１４のいずれか１項に記載の宿主細胞、または
請求項１１５に記載の宿主細胞の集団
である、請求項４９～５５、請求項１３２及び請求項１３３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項135】

前記標的細胞が、ＭＡＧＥＣ２を発現しているがん細胞である、請求項４９～５５及び請求項１３２～１３４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項136】

前記組成物が、薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項４９～５５及び請求項１３２～１３５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項137】

前記対象において前記組成物が、ＭＡＧＥＣ２を発現している前記標的細胞に対する免疫応答を誘導する、請求項４９～５５及び請求項１３２～１３６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項138】

前記対象において前記組成物が、ＭＡＧＥＣ２を発現している前記標的細胞に対する抗原特異的Ｔ細胞免疫応答を誘導する、請求項４９～５５及び請求項１３２～１３７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項139】

前記抗原特異的Ｔ細胞免疫応答が、ＣＤ４^＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答の少なくとも１つを含む、請求項４９～５５及び請求項１３２～１３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項140】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害に対する少なくとも１つの付加的治療を施与することをさらに含み、
任意選択的に、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害に対する前記少なくとも１つの付加的治療が前記組成物と同時にまたは連続して施与される、
請求項４９～５５及び請求項１３２～１３９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項141】

ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする前記障害ががんまたはその再発であり、任意選択的に、前記がんが、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される、請求項１３２～１４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項142】

前記対象が、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、前記哺乳動物が、ヒト、霊長類または齧歯動物である、請求項１３２～１４１のいずれか１項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年４月１４日に出願された米国仮出願第６３／１７４，８０８号、及び２０２２年４月１１日に出願された米国仮出願第６３／３２９，５２３号の利益を主張するものであり、参照により上記出願の各々の内容の全体を本明細書に援用する。

【背景技術】

【0002】

操作型Ｔ細胞を使用する養子細胞移入（ＡＣＴ）は、特定タイプの液性腫瘍の治療において大いなる有効性を実証し、固形腫瘍を治療するのに有望である。Ｔ細胞受容体操作型Ｔ細胞（ＴＣＲ－Ｔ）はがん細胞に存在する抗原を認識する外来ＴＣＲを発現しているＴ細胞である。ＴＣＲ－抗原相互作用は、ＴＣＲ－Ｔ細胞にがん細胞を殺滅させる標的指向機構の中核的構成要素である。ＴＣＲ－Ｔ療法の幅広い検査及び採用における難題の１つは、多様な患者及び症状に適用できるＴＣＲ－抗原対がないことである。臨床試験においていくつかのＴＣＲ及び抗原が探索されたとはいえ、探究されたほとんどの抗原は１種のＨＬＡアレル、すなわちＨＬＡ－Ａ^＊０２：０１に限られ、このことが、療法に対して適格となる患者の数を制限しており、しかもがん細胞がＨＬＡ－Ａ^＊０２：０１アレルを変異させることで潜在的抵抗性を発達させることを可能にしてもいる。

【0003】

加えて、ＭＨＣによって提示されるエピトープの予測を通例必要とする新規ＴＣＲ－抗原対の発見は困難であるため、探究された抗原の数は限られている。他方、そのようなエピトープは、免疫原性でない場合があり、それによって反応性ＴＣＲの同定を困難にしており、またはエピトープはがん細胞によるプロセシング及び生理学的提示をされない場合がある。したがって、抗原の発現を特徴とする障害に関係する診断、予後予測、治療、及び薬剤のスクリーニングのための有用な試薬を開発するためには、幅広く適用可能である種々のＨＬＡアレルとの関連においてＴＣＲ－抗原対を同定することが当技術分野において大いに必要とされている。

【発明の概要】

【0004】

本発明は、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を有する対象（例えば、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌または膀胱尿路上皮癌に罹患している対象）から同定されたＴＣＲクローン型の抗原を発見するために用いられた不偏的な機能選抜法に基づくＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド及びそのようなＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを認識する結合性タンパク質の発見に、少なくとも部分的に基づいている。同定されたＴＣＲは、種々のＨＬＡアレル（例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２、及びＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２）との関連において、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、例えば、表１に列挙されるものを認識した。ＭＡＧＥＣ２は、がん及び精巣組織には選択的に発現するが正常な体細胞組織には発現せず、このことによってそれがＡＣＴの理想的な標的になることが、本明細書において実証された。ＭＡＧＥＣ２結合性タンパク質（例えば、本明細書に記載のＴＣＲ）がＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドに結合する、及びＭＡＧＥＣ２を発現している細胞（例えばがん細胞）を殺滅する免疫応答を誘発する能力は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のための適切な診断、予後予測、治療、及び薬剤のスクリーニングの方法を含めた多岐にわたる用途におけるそのような結合性タンパク質の有用性を明らかにしている。

【0005】

一態様では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを含む、免疫原性ペプチドが提供される。

【0006】

別の態様では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープからなる、免疫原性ペプチドが提供される。

【0007】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、免疫原性ペプチドはＭＡＧＥＣ２タンパク質に由来し、任意選択的に、免疫原性ペプチドの長さは８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４または２５アミノ酸である。別の実施形態では、免疫原性ペプチドは、対象においてＭＡＧＥＣ２及び／またはＭＡＧＥＣ２発現細胞に対する免疫応答を誘発することができ、任意選択的に、免疫応答は、ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／またはｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される。

【0008】

さらに別の態様では、少なくとも１種の本明細書に記載の免疫原性ペプチドを含む、免疫原性組成物が提供される。

【0009】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、免疫原性組成物は、アジュバントをさらに含む。別の実施形態では、免疫原性組成物は、対象においてＭＡＧＥＣ２及び／またはＭＡＧＥＣ２発現細胞に対する免疫応答を誘発することができ、任意選択的に、免疫応答は、ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／またはｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される。

【0010】

さらに別の態様では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープ、及びＭＨＣ分子を含む、組成物が提供される。

【0011】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣ多量体であり、任意選択的に、ＭＨＣ多量体は四量体である。別の実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。さらに別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。

【0012】

別の態様では、ＭＨＣ分子との関連において本明細書に記載の免疫原性ペプチドを含む、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体が提供される。

【0013】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣ多量体であり、任意選択的に、ＭＨＣ多量体は四量体である。別の実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。さらに別の実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。さらに別の実施形態では、ペプチドエピトープとＭＨＣ分子とが共有結合で連結されている、及び／またはＭＨＣ分子のアルファ鎖とベータ鎖とが共有結合で連結されている。別の実施形態では、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体は検出可能標識を含み、任意選択的に、検出可能標識は蛍光団である。

【0014】

さらに別の態様では、本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、及びアジュバントを含む、免疫原性組成物が提供される。

【0015】

さらに別の態様では、本明細書に記載の免疫原性ペプチドをコードする単離核酸、またはその相補体が提供される。

【0016】

別の態様では、本明細書に記載の単離核酸を含む、ベクターが提供される。

【0017】

さらに別の態様では、ａ）本明細書に記載の単離核酸を含む、ｂ）本明細書に記載のベクターを含む、及び／またはｃ）１種以上の本明細書に記載の免疫原性ペプチドを産生する、及び／または細胞表面に１種以上の本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体を提示する、
細胞であって、任意選択的に、細胞が遺伝子操作されている、当該細胞が提供される。

【0018】

さらに別の態様では、装置またはキットであって、ａ）１種以上の本明細書に記載の免疫原性ペプチド、及び／またはｂ）１種以上の本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体を含み、任意選択的に、結合性タンパク質に対するａ）及び／またはｂ）の結合を検出する試薬を含み、任意選択的に、結合性タンパク質が、抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質である、上記装置またはキットが提供される。

【0019】

別の態様では、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合するＴ細胞を検出する方法であって、ａ）Ｔ細胞を含むサンプルを本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体と接触させること；及びｂ）安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に対するＴ細胞の結合を検出し、任意選択的にさらに、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する安定ＭＨＣ－ペプチド特異的Ｔ細胞の百分率を決定することを含み、任意選択的に、サンプルが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む、当該方法が提供される。

【0020】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞である。別の実施形態では、検出及び／または決定することは、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて行われる。さらに別の実施形態では、サンプルは、１種以上のＭＡＧＥＣ２タンパク質またはその断片と接触している、または接触した疑いがあるＴ細胞を含む。

【0021】

さらに別の態様では、Ｔ細胞がＭＡＧＥＣ２に曝露されたかどうかを判定する方法であって、ａ）Ｔ細胞を含む細胞集団を本明細書に記載の免疫原性ペプチドまたは本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体とインキュベートすること；及びｂ）反応性の存在またはレベルを検出することを含み、対照レベルと比較したときの反応性の存在またはより高いレベルは、Ｔ細胞がＭＡＧＥＣ２に曝露されたことを示し、任意選択的に、Ｔ細胞を含む細胞集団は対象から得られる、当該方法が提供される。

【0022】

さらに別の態様では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している対象の臨床転帰を予測する方法であって、ａ）対象から得られたＴ細胞と、１種以上の本明細書に記載の免疫原性ペプチドまたは１種以上の本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及びｂ）反応性の存在またはレベルを対照からのものと比較することを含み、対照は、良好な臨床転帰を有する対象から得られ、対照と比較したときの対象サンプルにおける反応性の存在またはより高いレベルは、対象が良好な臨床転帰を有することを示す、当該方法が提供される。

【0023】

別の態様では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の有効性を評価する方法であって、ａ）療法の少なくとも一部を対象に提供する前に対象から得られた第１サンプルにおいて、対象から得られたＴ細胞と、１種以上の本明細書に記載の免疫原性ペプチドまたは１種以上の本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及びｂ）１種以上の本明細書に記載の免疫原性ペプチドまたは１種以上の本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体と、対象への療法の提供の後に対象から得られた第２サンプルの中に存在する対象から得られたＴ細胞との間での反応性の存在またはレベルを判定することを含み、第１サンプルと比較したときの第２サンプルにおける反応性の存在またはより高いレベルは、対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する上で療法が有効であることのしるしである、当該方法が提供される。

【0024】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、反応性のレベルは、ａ）結合の存在、及び／またはｂ）Ｔ細胞活性化及び／またはエフェクター機能によって示され、任意選択的に、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能はＴ細胞増殖、殺滅またはサイトカイン放出である。別の実施形態では、方法は、後続の時点でステップａ）及びｂ）を繰り返すことをさらに含み、任意選択的に、第１の時点と後続の時点との間で対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を改善するための治療を受けたことがある。さらに別の実施形態では、Ｔ細胞結合、活性化及び／またはエフェクター機能は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて検出される。さらに別の実施形態では、対照レベルは基準数である。別の実施形態では、対照レベルは、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有さない対象のレベルである。

【0025】

さらに別の態様では、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法であって、治療的有効量の本明細書に記載の組成物を対象に投与することを含む、当該方法。

【0026】

さらに別の態様では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、ａ）細胞の表面上のＭＨＣ分子との関連において表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを提示している細胞を提供すること；ｂ）細胞上のＭＨＣ分子との関連においてペプチドエピトープに対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及びｃ）ＭＨＣ分子との関連においてペプチドエピトープに結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定することを含む、当該方法が提供される。

【0027】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、ステップａ）は、細胞の表面上のＭＨＣ分子を、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープと接触させることを含む。別の実施形態では、ステップａ）は、ペプチドエピトープをコードする異種配列を含むベクターを使用して、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを細胞に発現させることを含む。

【0028】

別の態様では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、ａ）表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを単独で、あるいはＭＨＣ分子との関連において含む、単独の、あるいは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体中に含まれた状態のペプチドエピトープを提供すること；ｂ）ペプチドまたは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及びｃ）ペプチドエピトープまたは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定することを含み、任意選択的に、ＭＨＣまたはＭＨＣ－ペプチド複合体が、本明細書に記載されているものである、当該方法が提供される。

【0029】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、複数種の候補ペプチド結合性分子は、抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質を含む。別の実施形態では、複数種の候補ペプチド結合性分子は、少なくとも２、５、１０、１００、１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９種またはそれよりも多くの異なる候補ペプチド結合性分子を含む。さらに別の実施形態では、複数種の候補ペプチド結合性分子は、対象もしくは対象の集団からのサンプルから得られた１種以上の候補ペプチド結合性分子を含む；または複数種の候補ペプチド結合性分子は、対象からのサンプルから得られた親足場ペプチド結合性分子における変異を含む１種以上の候補ペプチド結合性分子を含む。さらに別の実施形態では、対象または対象の集団は、ａ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患していない、及び／またはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害から回復している、あるいはｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している。別の実施形態では、対象または対象の集団は、本明細書に記載の組成物を投与されたことがある。さらに別の実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、哺乳動物は、ヒト、霊長類または齧歯動物である。さらに別の実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、ＨＬＡ遺伝子導入マウス、及び／またはヒトＴＣＲ遺伝子導入マウスである。別の実施形態では、サンプルは、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋メモリーＴ細胞を含む。

【0030】

さらに別の態様では、本明細書に記載の方法に従って同定されたペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片であって、任意選択的に、抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質である、当該ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片が提供される。

【0031】

さらに別の態様では、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する方法であって、ｉ）表１に列挙される配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ｉｉ）本明細書に記載の方法に従って同定される、及び／またはｉｉｉ）ＭＨＣ分子との関連において表１に列挙される配列から選択されるペプチドエピトープを含む安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を発現する遺伝子操作型Ｔ細胞を治療的有効量で対象に投与することを含み、任意選択的に、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片が、抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質であり、任意選択的に、ＭＨＣまたはＭＨＣ－ペプチド複合体が、本明細書に記載のものである、当該方法が提供される。

【0032】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、Ｔ細胞は、ａ）対象、ｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患していないドナー、またはｃ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害から回復したドナーから単離される。

【0033】

別の態様では、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する方法であって、抗原特異的Ｔ細胞を対象に輸血することを含み、抗原特異的Ｔ細胞が、ａ）対象からの免疫細胞を本明細書に記載の組成物で刺激すること；及びｂ）抗原特異的Ｔ細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで増殖させることによって生成され、任意選択的に、ｉ）免疫細胞を刺激する前に対象から免疫細胞を単離する、及び／またはｉｉ）免疫細胞が、ＰＢＭＣ、Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、中枢メモリーＴ細胞及び／またはエフェクターメモリーＴ細胞を含む、当該方法が提供される。

【0034】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、ペプチドエピトープ、免疫原性ペプチド、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、Ｔ細胞受容体及び／または免疫細胞の間での少なくとも１種の免疫複合体の形成に適した条件の下で及び時間にわたって薬剤を接触させておく。別の実施形態では、ペプチドエピトープ、免疫原性ペプチド、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、及び／またはＴ細胞受容体は細胞によって発現され、細胞は１つ以上のステップの間に増殖及び／または単離される。さらに別の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害はがんまたはその再発であり、任意選択的にがんは、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される。さらに別の実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、哺乳動物は、ヒト、霊長類または齧歯動物である。

【0035】

さらに別の態様では、本明細書に記載の免疫原性ペプチド配列を含むポリペプチド、本明細書に記載の免疫原性ペプチド、及び／または本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、結合性タンパク質であって、任意選択的に、抗体、抗体の抗原結合性断片、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質
である、当該結合性タンパク質が提供される。

【0036】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）アルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。別の実施形態では、結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列との少なくとも約８０％の同一性を有するＴＣＲベータ鎖配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。さらに別の実施形態では、提供される結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。別の実施形態では、提供される結合性タンパク質は、ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列を含み、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができ、任意選択的に、その結合親和性は約５×１０^－４Ｍ以下のＫ_ｄを有する。別の実施形態では、１）ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_αドメイン、及び／またはＴＣＲアルファ鎖は、表２に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及びＴＲＡＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及び／またはＴＲＡＣ遺伝子あるいはその断片にコードされる、及び／または２）ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_βドメイン、及び／またはＴＣＲベータ鎖は、表２に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及び／またはＴＲＢＣ遺伝子あるいはその断片にコードされる、及び／または３）結合性タンパク質の各ＣＤＲは、表２に列挙される同族基準ＣＤＲ配列と比較して最大５個の、アミノ酸置換、挿入、欠失またはそれらの組合せを有する。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質はキメラ型、ヒト化型またはヒト型である。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質は、膜貫通ドメイン、及び細胞内にあるエフェクタードメインを有する結合性ドメインを含む。別の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖とが共有結合で連結されており、任意選択的に、ＴＣＲアルファ鎖とＴＣＲベータ鎖とが、リンカーペプチドを介して共有結合で連結されている。さらに別の実施形態では、ＴＣＲアルファ鎖及び／またはＴＣＲベータ鎖は部分構造に共有結合で連結されており、任意選択的に、共有結合で連結された部分構造は親和性タグまたは標識を含む。さらに別の実施形態では、親和性タグは、ＣＤ３４濃縮タグ、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合性タンパク質（ＣＢＰ）、プロテインＣタグ、Ｍｙｃタグ、Ｈａｌｏタグ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇタグ、Ｈｉｓタグ、ビオチンタグ及びＶ５タグからなる群から選択される、及び／または標識は蛍光タンパク質である。別の実施形態では、共有結合で連結された部分構造は、炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または抗体もしくはその抗原結合性断片からなる群から選択される。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質は、細胞表面上にあるｐＭＨＣ複合体に結合する。さらに別の実施形態では、ＭＨＣまたはＭＨＣ－ペプチド複合体は、本明細書に記載のものである。別の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に対する結合性タンパク質の結合は免疫応答を誘発し、任意選択的に、免疫応答は、ｉ）Ｔ細胞応答及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答である、及び／またはｉｉ）Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅からなる群から選択される。さらに別の実施形態では、結合性タンパク質は、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、約１×１０^－４Ｍ以下、約５×１０^－５Ｍ以下、約１×１０^－５Ｍ以下、約５×１０^－６Ｍ以下、約１×１０^－６Ｍ以下、約５×１０^－７Ｍ以下、約１×１０^－７Ｍ以下、約５×１０^－８Ｍ以下、約１×１０^－８Ｍ以下、約５×１０^－９Ｍ以下、約１×１０^－９Ｍ以下、約５×１０^－１０Ｍ以下、約１×１０^－１０Ｍ以下、約５×１０^－１１Ｍ以下、約１×１０^－１１Ｍ以下、約５×１０^－１２Ｍ以下、または約１×１０^－１２Ｍ以下のＫ_ｄで特異的及び／または選択的に結合することができる。さらに別の実施形態では、既知のＴ細胞受容体と比較して結合性タンパク質は、ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対する結合親和性がより高く、任意選択的に、結合親和性がより高いことは、少なくとも１．０５倍高いことである。別の実施形態では、既知のＴ細胞受容体と比較して結合性タンパク質は、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときにＴ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅をより強く誘導し、任意選択的に、誘導は少なくとも１．０５倍強い。本明細書で使用される場合、変化倍率に対する言及は、いくつかの実施形態では、関心とする任意の基準様式との比較、例えば、異なる結合性タンパク質との比較；異なる免疫細胞での、異なるレベルでの、本明細書に記載の他の薬剤との組合せでの、同じ結合性タンパク質の発現のような、異なる文脈の下での同じ結合性タンパク質との比較；及び同様の比較を行ったときのものであり得る。さらに別の実施形態では、細胞傷害的殺滅は標的がん細胞の細胞傷害的殺滅である。さらに別の実施形態ではがんは、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される。別の実施形態では、結合性タンパク質は、ＡＬＫＤＶＥＥＲＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＬＬＦＧＬＡＬＩＥＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＳＥＳＩＫＫＫＶＬ／ＨＬＡ－Ｂ^＊４４、及びＡＳＳＴＬＹＬＶＦ／ＨＬＡ－Ｂ^＊５７からなる群から選択されるペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合しない。

【0037】

さらに別の態様では、表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖及びベータ鎖配列からなる群から選択される、ＴＣＲアルファ鎖及び／またはベータ鎖が提供される。

【0038】

別の態様では、単離核酸分子であって、ｉ）ストリンジェントな条件の下で、表２に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸の相補体とハイブリダイズするもの、ｉｉ）表２に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸との少なくとも約８０％の相同性を有する配列、及び／またはｉｉｉ）ｉｉ）表２に列挙されるものをコードする核酸との少なくとも約８０％の相同性を有する配列であり、任意選択的に、１）表２に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及びＴＲＡＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及び／またはＴＲＡＣ遺伝子あるいはその断片、及び／または２）表２に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及び／またはＴＲＢＣ遺伝子あるいはその断片を含む、当該単離核酸分子が提供される。

【0039】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、核酸は、宿主細胞における発現のためにコドン最適化されている。

【0040】

さらに別の態様では、ベクターであって、本明細書に記載の単離核酸を含み、任意選択的に、ｉ）ベクターが、クローニングベクター、発現ベクターもしくはウイルスベクターである、及び／またはｉｉ）ベクターが、表３に列挙されるベクター配列を含む、当該ベクターが提供される。

【0041】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、ベクターは、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列をさらに含む。別の実施形態では、ＣＤ８αまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグをコードする核酸に機能的に連結されている。さらに別の実施形態では、タグをコードする核酸は、ＣＤ８αまたはＣＤ８βのＮ末端にタグが融合されるような、ＣＤ８αまたはＣＤ８βをコードする核酸配列の５’上流側にある。さらに別の実施形態では、タグはＣＤ３４濃縮タグである。別の実施形態では、本明細書に記載の単離核酸、ならびにＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、内部リボソーム進入部位と、または自己切断ペプチドをコードする核酸配列と相互連結されている。さらに別の実施形態では、自己切断ペプチドは、Ｐ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２ＡまたはＴ２Ａである。

【0042】

さらに別の態様では、本明細書に記載の単離核酸を含む、宿主細胞であって、本明細書に記載のベクターを含み、及び／または本明細書に記載の結合性タンパク質を発現し、任意選択的に、細胞が遺伝子操作されている、当該宿主細胞が提供される。

【0043】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、宿主細胞は、ＴＣＲ遺伝子の、ＨＬＡ遺伝子の、または両者の染色体遺伝子ノックアウトを含む。別の実施形態では、宿主細胞は、α１マクログロブリン遺伝子、α２マクログロブリン遺伝子、α３マクログロブリン遺伝子、β１マイクログロブリン遺伝子、β２マイクログロブリン遺伝子及びそれらの組合せから選択されるＨＬＡ遺伝子のノックアウトを含む。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、ＴＣＲα可変領域遺伝子、ＴＣＲβ可変領域遺伝子、ＴＣＲ定常領域遺伝子及びそれらの組合せから選択されるＴＣＲ遺伝子のノックアウトを含む。さらに別の実施形態では、宿主細胞はＣＤ８α及び／またはＣＤ８βを発現し、任意選択的に、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βはＣＤ３４濃縮タグに融合されている。別の実施形態では、ＣＤ３４濃縮タグを用いて宿主細胞が濃縮される。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、造血始原細胞、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、臍帯血細胞または免疫細胞である。さらに別の実施形態では、免疫細胞は、Ｔ細胞、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞、細胞傷害性リンパ球始原細胞、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８二重陰性Ｔ細胞、ガンマデルタ（γδ）Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ－Ｔ細胞、樹状細胞またはそれらの組合せである。さらに別の実施形態では、Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞、中枢メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞またはそれらの組合せである。別の実施形態では、Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞、またはＴ細胞株の細胞である。さらに別の実施形態では、Ｔ細胞は、内因性ＴＣＲを発現しない、またはその表面発現がより少ない。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＨＣ分子との関連において、ＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞と接触したときに、サイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。別の実施形態では、宿主細胞は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏで標的細胞と接触する。さらに別の実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２及び／またはＩＦＮ－γである。さらに別の実施形態では、細胞傷害性分子はパーフォリン及び／またはグランザイムであり、任意選択的に、細胞傷害性分子はグランザイムＢである。別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときに、より高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、少なくとも１．０５倍高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＨＣ分子との関連において、ＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞を殺滅することができる。別の実施形態では、殺滅は、殺滅アッセイによって判定される。さらに別の実施形態では、殺滅アッセイにおいて宿主細胞と標的細胞との比は２０：１～１：４である。さらに別の実施形態では、標的細胞は、１μｇ／ｍＬ～５０ｐｇ／ｍＬのＭＡＧＥＣ２ペプチドをパルス導入された標的細胞であり、任意選択的に、標的細胞は、ＭＡＧＥＣ２ペプチドに整合したＭＨＣに関して単アレル性の細胞である。別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触したときに、より多い数の標的細胞を殺滅することができ、任意選択的に、細胞殺滅は少なくとも１．０５倍高い。さらに別の実施形態では、標的細胞は細胞株または初代細胞であり、任意選択的に、標的細胞は、ＨＥＫ２９３由来細胞株、がん細胞株、初代がん細胞、形質転換細胞株及び不死化細胞株からなる群から選択される。さらに別の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドは、本明細書に記載のものである、及び／またはＭＨＣもしくはＭＨＣ－ペプチド複合体は、本明細書に記載のものである。別の実施形態では、宿主細胞は、ＡＬＫＤＶＥＥＲＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＬＬＦＧＬＡＬＩＥＶ／ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＳＥＳＩＫＫＫＶＬ／ＨＬＡ－Ｂ^＊４４、及びＡＳＳＴＬＹＬＶＦ／ＨＬＡ－Ｂ^＊５７からなる群から選択されるペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞と接触したときに、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出または細胞傷害的殺滅を誘導しない。さらに別の実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２抗原を発現しない、本明細書に記載の結合性タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ｂ^＊０７のものでない、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７アレルを発現しない、血清型ＨＬＡ－Ａ^＊２４のものでない、及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４アレルを発現しない。

【0044】

別の態様では、本明細書に記載の宿主細胞の、集団が提供される。

【0045】

さらに別の態様では、ａ）本明細書に記載の結合性タンパク質、ｂ）本明細書に記載の単離核酸、ｃ）本明細書に記載のベクター、ｄ）本明細書に記載の宿主細胞、及び／またはｅ）本明細書に記載の宿主細胞の集団、ならびに担体を含む、組成物が提供される。

【0046】

さらに別の態様では、装置またはキットであって、ａ）本明細書に記載の結合性タンパク質、ｂ）本明細書に記載の単離核酸、ｃ）本明細書に記載のベクター、ｄ）本明細書に記載の宿主細胞、及び／またはｅ）本明細書に記載の宿主細胞の集団を含み、任意選択的に、ｐＭＨＣ複合体に対するａ）、ｄ）及び／またはｅ）の結合を検出する試薬を含む、当該装置またはキットが提供される。

【0047】

別の態様では、本明細書に記載の結合性タンパク質を生産する方法であって、（ｉ）本明細書に記載の結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換された、形質転換済み宿主細胞を、上記結合性タンパク質の発現が可能になるのに適した条件の下で培養するステップ；及び（ｉｉ）発現した結合性タンパク質を回収するステップを含む、当該方法が提供される。

【0048】

さらに別の態様では、本明細書に記載の結合性タンパク質を発現する宿主細胞を生産する方法であって、（ｉ）本明細書に記載の結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸を、宿主細胞に導入するステップ；及び（ｉｉ）その形質転換済み宿主細胞を、上記結合性タンパク質の発現が可能になるのに適した条件の下で、培養するステップを含む、当該方法が提供される。

【0049】

さらに別の態様では、ＭＡＧＥＣ２抗原の、及び／またはＭＡＧＥＣ２を発現している細胞の、存在または非存在を検出する方法であって、任意選択的に細胞が過剰増殖性細胞であり、方法は、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団を使用することによってサンプル中の上記ＭＡＧＥＣ２抗原の存在または非存在を検出することを含み、ＭＡＧＥＣ２抗原の検出は、ＭＡＧＥＣ２抗原の、及び／またはＭＡＧＥＣ２を発現している細胞の存在を示す、当該方法が提供される。

【0050】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、少なくとも１種の結合性タンパク質、または前記少なくとも１種の宿主細胞は、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２ペプチドと複合体を形成し、複合体は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）の方式で、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）の方式で、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）の方式で、免疫化学的に、ウェスタンブロットの方式で、または細胞内フローアッセイの方式で検出される。別の実施形態では、方法は、対象からサンプルを得ることをさらに含む。

【0051】

別の態様では、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のレベルを検出する方法であって、ａ）対象から得られたサンプルを、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団と接触させること；及びｂ）反応性のレベルを検出することを含み、対照レベルと比較したときの反応性の存在またはより高いレベルは、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のレベルを示す、当該方法が提供される。

【0052】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、対照レベルは基準数である。別の実施形態では、対照レベルは、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有さない対象からのレベルである。

【0053】

さらに別の態様では、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の進行を追跡評価する方法であって、ａ）対象サンプルにおいて、対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを検出すること；ｂ）後続の時点でステップａ）を繰り返すこと；ならびにｃ）ステップａ）及びｂ）で検出された、ＭＡＧＥＣ２の、またはＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞のレベルを比較して、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の進行を追跡評価することを含み、ステップｂ）で検出されたＭＡＧＥＣ２レベルまたはＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞の、ステップａ）と比較したときの非存在または減少は、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の進行の抑制を示し、ステップｂ）で検出されたＭＡＧＥＣ２レベルまたはＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞の、ステップａ）と比較したときの存在または増加は、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の進行を示す、当該方法が提供される。

【0054】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、第１の時点と後続の時点との間で対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療するための治療を受けたことがある。

【0055】

さらに別の態様では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している対象の臨床転帰を予測する方法であって、ａ）対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及びｂ）反応性の存在またはレベルを対照からのものと比較することを含み、対照は、良好な臨床転帰を有する対象から得られ、対照と比較したときの対象サンプルにおける反応性の非存在または低下したレベルは、対象が良好な臨床転帰を有することを示す、当該方法が提供される。

【0056】

別の態様では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の有効性を評価する方法であって、ａ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の少なくとも一部を対象に提供する前に対象から得られた第１サンプルにおいて、対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定すること；及びｂ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法の提供の後に対象から得られた第２サンプルにおいて、対象から得られたサンプルと、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質、少なくとも１種の本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団との間での反応性の存在またはレベルを判定することを含み、第１サンプルと比較したときの第２サンプルにおける反応性の非存在または低下したレベルは、対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する上で療法が有効であることのしるしであり、第１サンプルと比較したときの第２サンプルにおける反応性の存在または上昇したレベルは、対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する上で療法が有効でないことのしるしである、当該方法が提供される。

【0057】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、反応性のレベルは、ａ）結合の存在、及び／またはｂ）Ｔ細胞活性化及び／またはエフェクター機能によって示され、任意選択的に、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能は、Ｔ細胞増殖、殺滅またはサイトカイン放出である。別の実施形態では、Ｔ細胞結合、活性化及び／またはエフェクター機能は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を用いて、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）を用いて、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）を用いて、免疫化学的に、ウェスタンブロットを用いて、または細胞内フローアッセイを用いて検出される。

【0058】

さらに別の態様では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法であって、ＭＡＧＥＣ２を発現している標的細胞を、少なくとも１種の本明細書に記載の結合性タンパク質を発現している細胞を含む治療的有効量の組成物と接触させることを含み、任意選択的に、組成物が対象に投与される、当該方法が提供される。

【0059】

本発明に包含される任意の態様に適用され得る及び／または本明細書に記載の他の任意の実施形態と組み合わされ得る幾多の実施形態が、さらに提供される。例えば、一実施形態では、細胞は、同種異系細胞、同系細胞または自家細胞である。別の実施形態では、細胞は、本明細書に記載の宿主細胞、または本明細書に記載の宿主細胞の集団である。さらに別の実施形態では、標的細胞は、ＭＡＧＥＣ２を発現しているがん細胞である。さらに別の実施形態では、細胞組成物は、薬学的に許容される担体をさらに含む。別の実施形態では、対象において細胞組成物は、ＭＡＧＥＣ２を発現している標的細胞に対する免疫応答を誘導する。さらに別の実施形態では、対象において細胞組成物は、ＭＡＧＥＣ２を発現している標的細胞に対する抗原特異的Ｔ細胞免疫応答を誘導する。さらに別の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞免疫応答は、ＣＤ４^＋ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）応答及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答の少なくとも１つを含む。別の実施形態では、方法は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する少なくとも１つの付加的治療を施与することをさらに含み、任意選択的に、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する少なくとも１つの付加的治療は組成物と同時にまたは連続して施与される。さらに別の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害はがんまたはその再発であり、任意選択的にがんは、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌からなる群から選択される。さらに別の実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の動物モデル、及び／または哺乳動物であり、任意選択的に、哺乳動物は、ヒト、霊長類または齧歯動物である。

【図面の簡単な説明】

【0060】

【図1A】図１Ａ及び図１Ｂは、幅広い腫瘍タイプ及び正常組織のパネルにおける（図１Ａ）、ならびに腫瘍タイプの代表的な組にわたって腫瘍関連バイオマーカーＭＡＧＥＡ４及びＮＹ－ＥＳＯ－１と比較したときの（図１Ｂ）、ＭＡＧＥＣ２の核酸遺伝子発現を示す。

【図1B】図１Ａ及び図１Ｂは、幅広い腫瘍タイプ及び正常組織のパネルにおける（図１Ａ）、ならびに腫瘍タイプの代表的な組にわたって腫瘍関連バイオマーカーＭＡＧＥＡ４及びＮＹ－ＥＳＯ－１と比較したときの（図１Ｂ）、ＭＡＧＥＣ２の核酸遺伝子発現を示す。

【図2A】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複するペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化マーカーＣＤ１３７及びＣＤ６９を使用して、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図２Ａは、グランザイム活性化蛍光レポーター及び１，６７０種のがん精巣抗原にわたって６０ｍｅｒペプチドの重複ライブラリーを発現しているＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔ細胞と共培養されたＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの結果を示す。重複ペプチド配列が同一であり濃縮倍率＞４であるタイルは、根底をなす共通遺伝子に対応しているドットで強調表示されている。

【図2B】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複するペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化マーカーＣＤ１３７及びＣＤ６９を使用して、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図２Ｂは、スクリーニングデータで同定されたＭＡＧＥＣ２ペプチドの代表的な配列を示す。重複配列（実線四角）をＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２予測結合性について解析して、配列ＲＡＲＥＦＭＥＬＬ（「ＲＡＲ」ペプチドと呼ぶ、点線四角）を有する上位予測結合剤を同定した。

【図2C】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複するペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化マーカーＣＤ１３７及びＣＤ６９を使用して、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図２Ｃは、スクリーニングデータで上位２位以内の濃縮された遺伝子について同定されたＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２結合性ペプチドに対するＴＣＲ形質導入Ｔ細胞プールの反応性を示す。

【図3】Ａ及びＢは、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールからのＭＡＧＥＣ２反応性ＴＣＲの同定を示す。標的細胞にＭＡＧＥＣ２からのペプチド（ＲＡＲ）をパルス導入し、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールと共培養した。選別されたＣＤ１３７／ＣＤ６９二重陽性細胞からの外来ＴＣＲを配列決定することによって反応性ＴＣＲを同定した。Ａは、投入物ライブラリー上でのＲＡＲ－及びＳＰＱ－パルス導入細胞に対して反応性である選別されたＴＣＲの濃縮倍率の差を示す。Ｂは、示されたＴＣＲを発現している細胞の、選別された細胞に占める割合を示す（赤紫色：ＴＣＲ８－３、紫色：ＴＣＲ４－１、水色：ＴＣＲ１１－２）。

【図4A】ＲＡＲペプチドをパルス導入された細胞をＴＣＲ８－３が認識及び殺滅することを示す。図４Ａは、ＲＡＲペプチドの段階希釈液をパルス導入され、かつＴＣＲ８－３で形質導入されたＴ細胞と共培養された、野生型ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の結果を示す。ＴＣＲの反応性はＩＦＮγ放出によって測定された。

【図4B】ＲＡＲペプチドをパルス導入された細胞をＴＣＲ８－３が認識及び殺滅することを示す。図４Ｂは、示された濃度のＲＡＲペプチドをパルス導入され、かつＴＣＲ８－３で形質導入されたＴ細胞と共培養された、グランザイム活性化蛍光レポーターを発現しているＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の結果を示す。

【図5A】ＭＡＧＥＣ２を発現するメラノーマ細胞をＴＣＲ８－３が認識することを示す。図５Ａは、示されたメラノーマ細胞株におけるＭＡＧＥＣ２タンパク質レベルを例示しているウェスタンブロットを示す。

【図5B】ＭＡＧＥＣ２を発現するメラノーマ細胞をＴＣＲ８－３が認識することを示す。図５Ｂは、ＧＡＰＤＨに対して相対的なＭＡＧＥＣ２のタンパク質レベルの定量を示す。

【図5C】ＭＡＧＥＣ２を発現するメラノーマ細胞をＴＣＲ８－３が認識することを示す。図５Ｃは、ＭＡＧＥＣ２タンパク質レベルと公開データベース（ＴＲＯＮ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅ ｐｏｒｔａｌ）からのＭＡＧＥＣ２ ｍＲＮＡ発現データとの対応関係を示す。

【図5D】ＭＡＧＥＣ２を発現するメラノーマ細胞をＴＣＲ８－３が認識することを示す。図５Ｄは、ＩＦＮγ放出によって測定された、メラノーマ細胞株に対する８－３ＴＣＲの反応性を示す。

【図5E】ＭＡＧＥＣ２を発現するメラノーマ細胞をＴＣＲ８－３が認識することを示す。図５Ｅは、８－３ＴＣＲの反応性がＭＡＧＥＣ２発現に対応していることを示す。

【図6】ＴＣＲ８－３がＭＡＧＥＣ２発現メラノーマ細胞株を殺滅することを示す。示された細胞株をＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで形質導入し、ＴＣＲ８－３と共培養したか（赤紫色）、ＭＨＣ不整合対照ＴＣＲと共培養したか（青色）、あるいはＴ細胞なしで培養した（黄色）。Ｔ細胞はアッセイの最初に２：１のＥ：Ｔ比で添加された。赤色蛍光をＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）装置で経時的に測定し、時間点０に対して正規化された赤色物体総計数として表示した。

【図7A】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複ペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化誘導マーカー（ＡＩＭ）、ＣＤ１３７及びＣＤ６９（すなわち、ＡＩＭ二重陽性細胞の百分率；アッセイのさらなる詳細については図２を参照）を用いてＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図７Ａは、グランザイム活性化蛍光レポーター及び１，６７０種のがん精巣抗原にわたって６０ｍｅｒペプチドの重複ライブラリーを発現しているＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔ細胞と共培養されたＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの結果を示す。重複ペプチド配列が同一であり濃縮倍率＞４であるタイルは、根底をなす共通遺伝子に対応しているドットで強調表示されている。

【図7B】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複ペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化誘導マーカー（ＡＩＭ）、ＣＤ１３７及びＣＤ６９（すなわち、ＡＩＭ二重陽性細胞の百分率；アッセイのさらなる詳細については図２を参照）を用いてＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図７Ｂは、スクリーニングデータで同定されたＭＡＧＥＣ２ペプチドの代表的な配列を示す。重複配列をＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２予測結合性について解析して、上位予測結合剤配列を同定した。

【図7C】ＭＡＧＥＣ２抗原性ペプチドの同定を示す。ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２との予測される結合性について、ＭＡＧＥＣ２からの重複ペプチド配列を見極めた。上位の予測ＭＨＣ結合性ペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２発現ＨＥＫ２９３Ｔ細胞へのパルス導入のために使用した。活性化誘導マーカー（ＡＩＭ）、ＣＤ１３７及びＣＤ６９（すなわち、ＡＩＭ二重陽性細胞の百分率；アッセイのさらなる詳細については図２を参照）を用いてＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールの反応性を測定した。図７Ｃは、配列ＶＧＰＤＨＦＣＶＦ（「ＶＧＰ」ペプチドと呼ぶ）を有するペプチドを含めたスクリーニングデータで同定されたペプチドについて同定されたＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２結合性ペプチドに対するＴＣＲ形質導入Ｔ細胞プールの反応性を示す（表１Ｂも参照されたい）。

【図8】Ａ～Ｃは、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールからのＭＡＧＥＣ２反応性ＴＣＲの同定を示す。標的細胞にＭＡＧＥＣ２からのペプチド（ＶＧＰ）をパルス導入し、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールと共培養した。選別されたＣＤ１３７／ＣＤ６９二重陽性細胞からの外来ＴＣＲを配列決定することによって反応性ＴＣＲを同定した。Ａは、投入物ライブラリー上でのＶＧＯパルス導入細胞及び非パルス導入細胞に対して反応する選別されたＴＣＲの濃縮倍率の差を示す。Ｂは、示されたＴＣＲを発現している細胞の、選別された細胞に占める割合を示す。Ｃは、活性化誘導マーカー（ＡＩＭ）、ＣＤ１３７及びＣＤ６９（すなわち、ＡＩＭ二重陽性細胞の百分率；アッセイのさらなる詳細については図２を参照）を用いて測定された、ＴＣＲ４－５８形質導入Ｔ細胞の反応性を示す。

【図9】Ａは、ＶＧＰペプチドをパルス導入された細胞をＴＣＲ４－５８が認識及び殺滅することを示す。Ａは、ＶＧＰペプチドの段階希釈液をパルス導入され、かつＴＣＲ４－５８で形質導入されたＴ細胞と共培養された、野生型ＨＥＫ２９３Ｔ細胞の結果を示す。ＴＣＲの反応性はＩＦＰ＋レポーターに基づく細胞殺滅によって測定された。Ｂは、ＴＣＲ４－５８ ＭＡＧＥＣ２発現細胞株、例えばメラノーマ細胞株の結果を示す。示された細胞株をＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄで形質導入し、ＴＣＲ４－５８（赤紫色）と共培養したか、非形質導入対照Ｔ細胞（紫色）と共培養したか、あるいはＴ細胞なしで培養した（青色）。Ｔ細胞はアッセイの最初に４：１のＥ：Ｔ比で添加された。赤色蛍光をＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）装置で経時的に測定し、時間点０に対して正規化された赤色物体総計数として表示した。

【0061】

バーヒストグラム、曲線、または凡例と関連付いた他のデータを示している任意の図において、各表示で左から右へと提示されているバー、曲線または他のデータは、そのまま順番に凡例の上から下または左から右へと示された四角に対応している。

【発明を実施するための形態】

【0062】

本発明は、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド（例えば、表１に列挙される配列を含むまたはそれからなるもの）の発見、ＭＡＧＥＣ２抗原を認識する結合性タンパク質（例えば、表２に列挙される配列を有するもの）、及びその使用に少なくとも部分的に基づいている。最初の関心とするＴ細胞のプールによって認識される厳密なＴ細胞標的をマッピングするために体系的な包括的調査を行った。

【0063】

かくして、本発明は、一部において、治療上重要なＭＡＧＥＣ２タンパク質の同定されたエピトープ（免疫優勢ペプチド）、及び関係する組成物（例えば、免疫優勢ペプチド、ワクチン及び類似するもの）、免疫原性ペプチドを単独でまたはＭＨＣ分子とともに含む組成物、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を診断する、その予後予測を行う及びそれに対する免疫応答を追跡評価する方法、ならびにＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法に関する。本発明はまた、一部において、同定された結合性タンパク質（例えばＴＣＲ）、結合性タンパク質（例えばＴＣＲ）を発現している宿主細胞、結合性タンパク質（例えばＴＣＲ）と結合性タンパク質（例えばＴＣＲ）を発現している宿主細胞とを含む組成物、ＭＡＧＥＣ２を発現している細胞を診断する、その予後予測を行う及びそれに対するＴ細胞応答を追跡評価する方法、ならびにＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療する方法にも関する。

【0064】

Ｉ．定義
便宜のために、本明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲において使用されるある特定の用語を、本明細書にまとめる。

【0065】

冠詞「ａ」及び「ａｎ」を、本冠詞の文法的な目的物の１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために、本明細書で使用する。例として、「要素」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。

【0066】

用語「投与する」は、対象に医薬品または医薬組成物を提供することを意味し、限定はされないが医療専門家による投与及び自己投与を含む。これには、当業者に知られている様々な方法及び送達システムのいずれかを用いて、治療剤を含む組成物を対象に、物理的に導入することが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合性タンパク質のための投与経路としては、例えば注射または輸注による、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、脊髄または他の非経口投与経路が挙げられる。本明細書で使用される用語「非経口投与」は、通常は注射による、経腸及び局所投与以外の投与様式を意味し、これには、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、リンパ管内、病巣内、関節包内、眼窩内、心臓内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄腔内、硬膜外及び胸骨内への注射及び輸注、ならびにｉｎ ｖｉｖｏ電気穿孔が含まれるが、これらに限定されない。あるいは、本明細書に記載される結合性タンパク質を、非経口でない経路、例えば、局所、表皮または粘膜投与経路によって、例えば、鼻腔内、経口的、膣、直腸、舌下または局所に投与することがある。また、投与を例えば、１回、複数回、及び／または１つ以上の延長期間にわたって、実施することもある。

【0067】

本明細書で使用される場合、用語「抗原」は、任意の天然免疫原性物質または合成免疫原性物質、例えば、タンパク質、ペプチド、またはハプテンを指す。抗原は、防御的または治療的な免疫応答先となることが望まれるＭＡＧＥＣ２抗原またはその断片であってよい。「エピトープ」とは、天然物質または合成物質によって結合される抗原の一部分である。

【0068】

本明細書で使用される場合、用語「アジュバント」は、抗原の投与の前に、それと一緒に、またはその後に投与されたときに、抗原単独の投与と比較して抗原に対する免疫応答の質及び／または強度を加速させる、延長する及び／または増強する、物質を指す。アジュバントは、ワクチン接種によって誘導される免疫応答の大きさ及び持続時間を増加させることができる。

【0069】

本明細書で使用される場合、用語「抗体」は、全抗体及び任意の抗原結合性断片（すなわち、「抗原結合性部分」）、またはその一本鎖を含む。「抗体」は、一実施形態では、ジスルフィド結合によって相互に連結された少なくとも２本の重（Ｈ）鎖及び２本の軽（Ｌ）鎖、またはその抗原結合部位を含む糖タンパク質を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶ_Ｈと略記する）及び重鎖定常領域から構成される。ある特定の天然に存在する抗体では、重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３から構成される。ある特定の天然に存在する抗体では、各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶ_Ｌと略記される）及び軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメイン、ＣＬで構成される。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌ領域を、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ぶより保存された領域によって相互離隔された相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ぶ超可変性の領域に、さらに細分することがある。各Ｖ_Ｈ及び各Ｖ_Ｌは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲから構成され、アミノ末端からカルボキシ末端まで、以下の順序で並んでいる：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合性ドメインを含む。抗体の定常領域は、宿主組織または因子［例えば、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）、及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）］に対する免疫グロブリンの結合を媒介することがある。

【0070】

用語「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」は、プロフェッショナル抗原提示細胞（例えば、Ｂリンパ球、単球、樹状細胞、ランゲルハンス細胞）、ならびに他の抗原提示細胞（例えば、ケラチノサイト、内皮細胞、アストロサイト、線維芽細胞、及びオリゴデンドロサイト）を含む。

【0071】

本明細書で使用される場合、結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ）の「抗原結合性部分」という用語は、抗原（例えば、ＭＡＧＥＣ２抗原）に（例えば、特異的に、及び／または選択的に）結合する能力を保持している、ＴＣＲの１つ以上の部分を指す。そのような部分は、例えば、約８～約１５００アミノ酸の長さ、好適には約８～約７４５アミノ酸の長さ、好適には約８～約３００アミノ酸の長さ、例えば約８～約２００アミノ酸の長さ、または約１０アミノ酸から約５０アミノ酸もしくは１００アミノ酸の長さまでである。ＴＣＲの抗原結合機能は、完全長ＴＣＲの断片によって行われ得ることが示されている。ＴＣＲの「抗原結合性部分」という用語に包含される結合部分の例としては、（ｉ）ＴＣＲのＶ_α及びＶ_βドメインからなるＦｖ断片、（ｉｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、または（ｉｉｉ）合成リンカーによって任意選択的に連結され得る２つ以上の単離されたＣＤＲの組合せが挙げられる。さらに、Ｖ_α及びＶ_βは別々の遺伝子にコードされているが、組換え方法を用いて、Ｖ_α及びＶ_β領域が対合して一価の分子（一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）として知られる）を形成している単一のタンパク質鎖としてＶ_α及びＶ_βが作られることを可能にする合成リンカーによって、Ｖ_α及びＶ_βを連結することがある。そのような一本鎖ＴＣＲがＴＣＲの「抗原結合性部分」という用語に包含されることも意図される。当業者に知られている従来の技術を用いてこれらのＴＣＲ断片を得ることができ、断片は、完全な結合性タンパク質と同じ様式で、有用なものがスクリーニングされる。抗原結合性部分は、組換えＤＮＡ技術によって、または完全免疫グロブリンを酵素的にもしくは化学的に切断することによって、生産され得る。

【0072】

用語「相補性決定領域」及び「ＣＤＲ」は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、ある特定の結合性タンパク質の中の、抗原特異性及び／または結合親和性を付与する不連続なアミノ酸の配列、例えばＴＣＲ可変領域を指すことが当技術分野では知られている。ＴＣＲにおいては、一般的に、各α鎖可変領域の中の３つのＣＤＲ（αＣＤＲｌ、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３）、及び各β鎖可変領域の中の３つのＣＤＲ（βＣＤＲｌ、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３）が存在する。ＣＤＲ３は、プロセシングを受けた抗原を認識することを担う主要なＣＤＲであると考えられている。ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は、主に、ＭＨＣと相互作用する。

【0073】

用語「体液」は、身体から排泄または分泌される流体、ならびに身体からは通常排泄されない、または分泌されない流体（例えば、羊水、房水、胆汁、血液及び血漿、脳脊髄流体、耳垢（ｃｅｒｕｍｅｎ ａｎｄ ｅａｒｗａｘ）、カウパー液または尿道球腺液、乳糜、糜粥、糞便、スキーン腺液、間質液、細胞内流体、リンパ液、経血、母乳、粘液、胸膜液、膿、唾液、皮脂、精液、血清、汗、滑液、涙、尿、膣液、硝子体液、嘔吐物）を指す。いくつかの実施形態では、体液は免疫細胞を含み、任意選択的に、免疫細胞は、細胞傷害性リンパ球、例えば、細胞傷害性Ｔ細胞、及び／またはＮＫ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞などである。

【0074】

用語「コード領域」は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域を指す一方、用語「非コード領域」は、アミノ酸に翻訳されないヌクレオチド配列の領域（例えば、５’及び３’非翻訳領域）を指す。

【0075】

用語「相補的」は、２本の核酸鎖の領域間の、または同じ核酸鎖の２つの領域間の、配列相補性に関する広範な概念を指す。第１の核酸領域のアデニン残基は、第１の領域に対して逆平行である第２の核酸領域の残基との特異的な水素結合（「塩基対合」）を、その残基がチミンまたはウラシルである場合に形成することができることが知られている。同様に、第１の核酸鎖のシトシン残基は、第１の領域に対して逆平行である第２の核酸領域の残基との特異的な水素結合（「塩基対合」）を、その残基がグアニンである場合に形成することができることが知られている。核酸の第１の領域が、同じまたは異なる核酸の第２の領域に対して相補的となるのは、その２つの領域が逆平行に配置していて、第１の領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基が第２の領域の残基と塩基対合することができる場合である。いくつかの実施形態では、第１の領域は第１の部分を含み、第２の領域は第２の部分を含み、この条件で第１の部分及び第２の部分が逆平行に配置している場合、第１の部分のヌクレオチド残基の少なくとも約５０％、他の実施形態では少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば少なくとも約８０％～１００％は、第２の部分のヌクレオチド残基と塩基対合することができる。いくつかの実施形態では、第１の部分のすべてのヌクレオチド残基は、第２の部分内のヌクレオチド残基と塩基対合することができる。

【0076】

本明細書で使用される場合、活性化した免疫細胞に関して、用語「共刺激する」は、共刺激分子が、増殖またはエフェクター機能を誘導する第２の非賦活的な受容体媒介シグナル（「共刺激シグナル」）を提供できることを含む。例えば、共刺激シグナルは、例えばＴ細胞受容体媒介シグナルを受け取ったＴ細胞において、サイトカイン分泌をもたらすことがある。細胞受容体媒介シグナルを例えば賦活性受容体を介して受け取った免疫細胞を、本明細書では「活性化免疫細胞」と呼ぶ。

【0077】

「ＣＤ３」は、６本の鎖の多タンパク質複合体として、当技術分野で既知である（Ａｂｂａｓ ａｎｄ Ｌｉｃｈｔｍａｎ，Ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（９^ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）（２０１８）、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ）（９^ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）（２０１６）を参照のこと）。哺乳動物では、複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２本のＣＤ３ε鎖、及びＣＤ３ζ鎖のホモ二量体を含む。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖は、単一の免疫グロブリンドメインを含む免疫グロブリンスーパーファミリーの、関連する細胞表面タンパク質である。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖の膜貫通領域は負に荷電しているが、この特徴により、これらの鎖が、Ｔ細胞受容体鎖の正に荷電した領域または残基と会合することが可能になると考えられている。ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、及びＣＤ３ε鎖の細胞内尾部は各々、免疫受容体チロシン依存性活性化モチーフまたはＩＴＡＭ、として知られる単一の保存されたモチーフを含有し、一方、各ＣＤ３ζ鎖は３つのＩＴＡＭを有する。理論に拘束されることを望むものではないが、ＩＴＡＭは、ＴＣＲ複合体のシグナル伝達能力にとって重要であると考えられる。本発明に従って使用されるＣＤ３は、ヒト、マウス、ラットまたは他の哺乳動物を含めた様々な動物種に由来し得る。

【0078】

本明細書で使用される場合、「ＴＣＲ複合体の構成要素」は、ＴＣＲ鎖（すなわち、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγまたはＴＣＲδ）、ＣＤ３鎖（すなわち、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３εまたはＣＤ３ζ）、または２本以上のＴＣＲ鎖もしくはＣＤ３鎖によって形成される複合体（例えば、ＴＣＲαとＴＣＲβとの複合体、ＴＣＲγとＴＣＲδとの複合体、ＣＤ３εとＣＤ３δとの複合体、ＣＤ３γとＣＤ３εとの複合体、またはＴＣＲαとＴＣＲβとＣＤ３γとＣＤ３δと２本のＣＤ３ε鎖とのサブＴＣＲ複合体）を指す。

【0079】

「キメラ抗原受容体」または「ＣＡＲ」という用語は、天然には存在しない様式で、または宿主細胞中に天然には存在しない様式で互いに連結された２つ以上のアミノ酸配列を含有するように操作された融合タンパク質であって、細胞の表面上に存在する場合に受容体として機能することができる、当該融合タンパク質を指す。本発明に包含されるＣＡＲは、膜貫通ドメイン及び１つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、共刺激ドメイン（複数可）を任意選択的に含むエフェクタードメイン）に連結された、抗原結合性ドメインを含む（つまり、免疫グロブリンまたは免疫グロブリン様分子、例えば、ＭＡＧＥＣ２抗原に特異的なＴＣＲ、一本鎖ＴＣＲ由来結合性タンパク質、抗体に由来するｓｃＦｖ、ＮＫ細胞からのキラー免疫受容体に由来するかまたはそれから得られた抗原結合性ドメインなどから得られた、またはそれに由来する）細胞外部分を、含む（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．３：３８８を参照、また、Ｈａｒｒｉｓ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ（２０１６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．３７：２２０、Ｓｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６３：１１６３も参照）。

【0080】

本明細書で使用される場合、用語「細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答」は、細胞傷害性Ｔ細胞によって誘導される免疫応答を指す。ＣＴＬ応答は主にＣＤ８^＋Ｔ細胞によって媒介される。

【0081】

用語「から本質的になる」は、「含む」と等しくはなく、請求項の指定の材料もしくはステップ、または特許請求される主題の基本的特徴に実質的に影響を及ぼさない材料もしくはステップを指す。例えば、タンパク質のドメイン、領域もしくはモジュール（例えば、結合性ドメイン、ヒンジ領域、リンカーモジュール）、または（１つ以上のドメイン、領域またはモジュールを有し得る）タンパク質が特定のアミノ酸配列「から本質的になる」のは、ドメインの、領域の、モジュールの、またはタンパク質のアミノ酸配列が、組み合わさってドメインの、領域の、モジュールの、またはタンパク質の長さの最大２０％（例えば、最大１５％、１０％、８％、６％、５％、４％、３％、２％または１％で）を占める伸長、欠失、変異またはそれらの組合せ（例えば、アミノ末端もしくはカルボキシ末端にある、またはドメイン間にあるアミノ酸）を含んでおり、ドメイン（複数可）の、領域（複数可）の、モジュール（複数可）の、またはタンパク質の活性（例えば、結合性タンパク質の標的結合親和性）に実質的に影響しない場合である（つまり、活性の低下が５０％を超えない、例えば、４０％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％または１％以下）。

【0082】

用語「対象のための好適な治療レジメンを決定すること」は、本発明に係る解析の結果に基づいて、または本質的に基づいて、または少なくとも部分的に基づいて開始、修正及び／または終了される対象のための治療レジメン（すなわち、対象におけるウイルス感染症を予防及び／または治療するために用いられる単一の療法または様々な療法の組合せ）を決定することを意味する、と解釈される。一例は、再発のリスクを減らすことを目的として術後にアジュバント療法を開始することであり、別の例は、特定の化学療法の用量を変更することであろう。決定は、本発明に係る解析の結果に加えて、治療するべき対象の個人的な特徴に基づくことがある。ほとんどの場合、対象に適した治療レジメンの実際の決定は担当医または医師によって行われることになる。

【0083】

本明細書で使用される場合、「造血始原細胞（ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ ｃｅｌｌ）」は、造血幹細胞または胎児組織に由来するものであり得、成熟細胞種（例えば、免疫系細胞）にさらに分化することができる、細胞である。例示的な造血始原細胞としては、ＣＤ２４^Ｌｏ Ｌｉｎ－ＣＤ１１７^＋表現型を有するもの、または胸腺において見出されるもの（始原胸腺細胞と呼ばれる）が挙げられる。

【0084】

本明細書で使用される「相同」は、同じ核酸鎖の２つの領域間の、または２本の異なった核酸鎖の領域間の、ヌクレオチド配列の類似性を指す。両方の領域のヌクレオチド残基位置が同じヌクレオチド残基によって占められる場合、その領域はその位置で相同である。各領域の少なくとも１つのヌクレオチド残基位置が同じ残基によって占められている場合、第１の領域は第２の領域に対して相同である。２つの領域間の相同性は、同じヌクレオチド残基によって占められている２つの領域のヌクレオチド残基位置の割合として表される。例えば、ヌクレオチド配列５’－ＡＴＴＧＣＣ－３’を有する領域とヌクレオチド配列５’－ＴＡＴＧＧＣ－３’を有する領域とは、５０％の相同性を共有する。いくつかの実施形態では、第１の領域は第１の部分を含み、第２の領域は第２の部分を含み、この条件で、部分の各々の核酸残基位置の少なくとも約５０％、他の実施形態では少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば少なくとも約８０％～１００％は、同じヌクレオチド残基によって占められる。いくつかの実施形態では、部位の各々のすべてのヌクレオチド残基位置は、同じヌクレオチド残基によって占められる。

【0085】

用語「免疫応答」は、Ｔ細胞性及び／またはＢ細胞性免疫応答を含む。例示的な免疫応答としては、Ｔ細胞応答、例えば、サイトカイン産生及び細胞傷害性が挙げられる。加えて、免疫応答という用語は、Ｔ細胞活性化によって間接的にもたらされる免疫応答、例えば、抗体産生（体液性応答）、及びサイトカイン応答性細胞（例えば、マクロファージ）の活性化が挙げられる。

【0086】

免疫応答または免疫系を刺激する能力が増加することは、Ｔ細胞共刺激受容体のアゴニスト活性が高まること、及び／または阻害受容体のアンタゴニスト活性が高まることから生じることがある。免疫応答または免疫系を刺激する能力が増加することは、免疫応答を測定するアッセイ、例えば、サイトカインまたはケモカイン放出、細胞溶解活性（標的細胞について直接的に、またはＣＤ１０７ａもしくはグランザイムを検出することを介して間接的に測定される）及び増殖の変化を測定するアッセイにおけるＥＣ_５０の増加倍率または活性の最大レベルによって、反映されることがある。免疫応答または免疫系の活性を刺激する能力は、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、２００％、２５０％、３００％、３５０％、４００％、５００％、またはそれを超えて、高まることがある。

【0087】

用語「免疫療法剤」は、宿主の免疫系を刺激して対象におけるウイルス感染に対する免疫応答を生じさせることができる任意の分子、ペプチド、抗体または他の薬剤を含み得る。様々な免疫療法剤が、本明細書に記載される組成物及び方法において有用である。

【0088】

用語「免疫細胞」は、骨髄中の造血幹細胞から発生する免疫系の任意の細胞を指すが、この造血幹細胞は、２つの主要な系統：骨髄性始原細胞（これは、骨髄細胞、例えば、単球、マクロファージ、樹状細胞、巨核球及び顆粒球を生まれさせる）、及びリンパ系始原細胞（これは、リンパ系細胞、例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を生まれさせる）を生まれさせるものである。例示的な免疫系細胞としては、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、ＣＤ４ ＣＤ８二重陰性Ｔ細胞、ｇｄ Ｔ細胞、調節性Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、及び樹状細胞が挙げられる。マクロファージ及び樹状細胞は、「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」と呼ばれることがあり、これらは、ペプチドと複合体を形成したＡＰＣの表面上の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）受容体がＴ細胞の表面上のＴＣＲと相互作用する場合にＴ細胞を活性化することができる特殊化した細胞である。

【0089】

「単離されたタンパク質」は、細胞から単離された場合もしくは組換えＤＮＡ技術によって生産された場合では、他のタンパク質、細胞物質、分離培地及び培養培地を実質的に含まない、または化学的に合成された場合では、化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない、タンパク質を指す。「単離された」もしくは「精製された」タンパク質、またはその生物学的に活性な部分は、結合性タンパク質、抗体、ポリペプチド、ペプチドもしくは融合タンパク質の由来源である細胞もしくは組織源からの細胞物質もしくは他の混入タンパク質を実質的に含まないか、または化学的に合成された場合では、化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という言葉は、タンパク質を単離するまたは組換えにより生産する細胞の、細胞構成要素から、タンパク質を分離する、という、バイオマーカーポリペプチドまたはその断片の調製を含む。一実施形態では、「細胞物質を実質的に含まない」という言葉は、（乾燥重量で）約３０％未満の非バイオマーカータンパク質（本明細書では「混入タンパク質」とも呼ぶ）、もしくはいくつかの実施形態では約２５％、２０％、１５％、１０％、５％、１％、もしくはそれ未満、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば約１％未満～５％の非バイオマーカータンパク質を有するバイオマーカータンパク質またはその断片の調製を含む。結合性タンパク質、抗体、ポリペプチド、ペプチドもしくは融合タンパク質、またはそれらの断片、例えば、生物学的に活性なそれらの断片が組換えにより生産される場合、それは、培養培地を実質的に含まないものであり得、つまり、培養培地はタンパク質調製物の体積の約２０％、１５％、１０％、５％、１％、もしくはそれ未満、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば約１％未満～５％を占め得る。

【0090】

本明細書で使用される場合、用語「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子にコードされる抗体のクラス（例えば、ＩｇＭ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ｃなど）を指す。

【0091】

本明細書で使用される場合、用語「Ｋ_Ｄ」は、特定の結合性タンパク質－抗原相互作用の解離平衡定数を指すことが意図される。本発明に包含される結合性タンパク質の結合親和性は、標準的な結合性タンパク質－標的結合アッセイ、例えば、競合アッセイ、飽和アッセイ、または標準的なイムノアッセイ、例えばＥＬＩＳＡもしくはＲＩＡによって測定または決定され得る。相対的により低いＫｄ値は、相対的により高い結合親和性を示す（例えば、約５×１０^－４Ｍ（５００ｕＭ）以下のＫｄ値は、１×１０^－４Ｍ（１００ｕＭ）のＫｄ値を含み、１００ｕＭのＫｄは、５００ｕＭのＫｄと比較して相対的により高い結合親和性を示す）。

【0092】

「キット」は、少なくとも１種の試薬（例えば、本発明に包含されるマーカーの発現を検出するため及び／またはそれに影響を及ぼすためのプローブまたは小分子）を含む任意の製造物（例えば、パッケージ、または容器）である。キットは、本発明に包含される方法を実施するためのユニットとして宣伝、配布または販売され得る。キットは、本発明に包含される方法において有用な組成物を発現させるのに必要な１種以上の試薬を含み得る。いくつかの実施形態では、キットは、参照標準（例えば、細胞増殖、分裂、遊走、生存またはアポトーシスを制御しているシグナル伝達経路に影響を及ぼさない、またはそれを調節しないタンパク質をコードする核酸）をさらに含み得る。当業者は多くのそのような対照タンパク質を想定することができ、これには、例えば、限定はされないが、一般的な分子タグ（例えば、緑色蛍光タンパク質及びベータガラクトシダーゼ）、ＧｅｎｅＯｎｔｏｌｏｇｙ基準によれば細胞増殖、分裂、遊走、生存もしくはアポトーシスを包含する経路のいずれにも分類されないタンパク質、または遍在性ハウスキーピングタンパク質）が含まれる。キット中の試薬を、個々の容器に入れて、または２種以上の試薬の混合物を単一の容器に入れて、提供することがある。さらに、キット内の組成物の使用について記載する説明資料が含まれることがある。

【0093】

本明細書で使用される場合、用語「連結された」は、２つ以上の分子の会合を指す。その結合は、共有結合によるものであっても非共有結合によるものであってもよい。結合はまた、遺伝学的なもの（すなわち、組換え的に融合したもの）であってもよい。そのような結合は、当技術分野で認識されている多種多様な技術、例えば化学的結合体化及び組換えタンパク質生産を用いて得られ得る。

【0094】

「リンカー」は、いくつかの実施形態では、２つのタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ドメイン、領域またはモチーフを連結させるアミノ酸配列を指し得、得られるポリペプチドが標的分子に対する特異的な結合親和性を保持するように（例えば、ｓｃＴＣＲ）、またはシグナル伝達活性を保持するように（例えば、ＴＣＲ複合体）、２つのサブ結合性ドメインの相互作用に適合するスペーサー機能を提供し得る。いくつかの実施形態では、リンカーは、例えば約２～約３５個のアミノ酸、または約４～約２０個のアミノ酸、または約８～約１５個のアミノ酸、または約１５～約２５個のアミノ酸から構成される。

【0095】

「ＭＡＧＥＣ２」という用語は、がん／精巣抗原１０（ＣＴ１０）、肝細胞癌抗原５８７（ＨＣＡ５８７）及びメラノーマ抗原、ファミリーＥ、１、がん／精巣特異的（ＭＡＧＥＥ１）としても知られる、ヒト染色体Ｘｑ２６～ｑ２７上でクラスター化しているメラノーマ抗原遺伝子ファミリーの特定のメンバーを指す（Ｇｕｒｅ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ８５：７２６－７３２、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｌａｂ Ｉｎｖｅｓｔ．８３：１１８５－１１９２、Ｍａ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １０９：６９８－７０２、Ｇｏｄｅｌａｉｎｅ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５６：７５３－７５９、Ｒｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ １２４：３５２－３５７、Ｄｏｙｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ３９：９３－９７４、ｖｏｎ Ｂｏｅｈｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６，ｅ２１３６６、Ｗｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ．１０２：１４５５－１４６１、ｄｅ Ｃａｒｖａｌｈｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６２：１９１－１９５、Ｂｈａｔｉａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．１３３：７５９－７６７）、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｔｒｅａｔ．１４５：２３－３２、及びＫｕｎｅｒｔ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９７：２５４１－２５５２）。ＭＡＧＥＣ２は、例えばＥ３：基質複合体においてＵｂ１結合体化酵素（Ｅ２）を動員する及び／または安定化させることによって、ＲＩＮＧ型亜鉛フィンガー含有Ｅ３ユビキチン－タンパク質リガーゼのユビキチンリガーゼ活性を増強するものと考えられている。ＭＡＧＥＣ２は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのＴＲＩＭ２８のユビキチンリガーゼ活性を増強し、Ｕｂ１結合体化酵素ＵＢＥ２Ｈの存在下でｐ５３／ＴＰ５３ユビキチン化を刺激してｐ５３／ＴＰ５３分解を招く。ＭＡＧＥＣ２は、精巣を除いて正常組織には発現せず、メラノーマ、頭頸部癌、肺癌、子宮頸癌、前立腺癌、多発性骨髄腫、肝細胞癌、浸潤性乳癌及び膀胱尿路上皮癌などの様々な組織学的タイプの腫瘍に発現する。

【0096】

「ＭＡＧＥＣ２」という用語は、その断片、多様体（例えば、アレル性多様体）及び誘導体を含むことが意図される。代表的なヒトＭＡＧＥＣ２ ｃＤＮＡ及びヒトＭＡＧＥＣ２タンパク質配列は、当技術分野でよく知られており、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）から公的に入手できる（例えば、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｅ／５１４３８を参照）。例えば、ヒトＭＡＧＥＣ２（ＮＰ＿０５７３３３．１）は、転写物（ＮＭ＿０１６２４９．４）にコードされる。ヒト以外の生物のＭＡＧＥＣ２オーソログの核酸及びポリペプチド配列はよく知られており、例えば、チンパンジーＭＡＧＥＣ２（ＮＭ＿００１３０２４２８．１、ＮＰ＿００１２８９３５７．１、ＸＭ＿０１６９４２６５３．１、及びＸＰ＿０１６７９８１４２．１）及びアカゲザルＭＡＧＥＣ２（ＮＭ＿００１２６５８２５．１、ＮＰ＿００１２５２７５４．１、ＸＭ＿０２８８４１６９３．１、及びＸＰ＿０２８６９７５２６．１）が挙げられる。ＭＡＧＥＣ２配列の代表的な配列は以下の表３にも提示されている。

【0097】

ＭＡＧＥＣ２タンパク質を検出するのに適する抗ＭＡＧＥＣ２抗体は当技術分野でよく知られており、例えば、抗体ＴＡ３１５４７６及びＴＡ３４２７６９（ＯｒｉＧｅｎｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、抗体ｏｒｂ３５３１８１及びｏｒｂ１２５９４４（Ｂｉｏｒｂｙｔ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ）、抗体Ａ０５３３５及びＡＯ５３３５－１（Ｂｏｓｔｅｒ Ｂｉｏ，Ｐｌｅａｓａｎｔｏｎ，ＣＡ）、ならびに抗体ＡＢＩＮ２７８８２５１及びＡＢＩＮ２７０６５０２（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ－ｏｎｌｉｎｅ，Ｌｉｍｅｒｉｃｋ，ＰＡ）が挙げられる。加えて、ＭＡＧＥＣ２発現を検出するための試薬はよく知られている。さらには、様々な会社の商用製品リストの中に、ＭＡＧＥＣ２発現を調節するための複数種のｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ＣＲＩＳＰＲ構築物、例えば、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）クローンＳＣ０７２０８及びＲＮ２１１５５５（ＯｒｉＧｅｎｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、ならびにＣＲＩＳＰＲノックアウトＧＡ１０９８０５及びＫＮ４０３０６４（ＯｒｉＧｅｎｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）を見つけることができる。当該用語がさらに、ＭＡＧＥＣ２分子に関して本明細書に記載される特徴の任意の組合せを指すために使用されることがあることに留意されたい。例えば、配列組成、同一性百分率、配列長、ドメイン構造、機能活性などの任意の組合せを用いて、本発明に包含されるＭＡＧＥＣ２分子が表されることがある。

【0098】

用語「ＭＡＧＥＣ２抗原」または「ＭＡＧＥＣ２ペプチド抗原」または「ＭＡＧＥＣ２含有ペプチド抗原」または「ＭＡＧＥＣ２エピトープ」または「ＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープ」または「ＭＡＧＥＣ２ペプチド」は、ＭＡＧＥＣ２の、天然に産生した、または合成によって生産された免疫原性部分を指す。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２抗原タンパク質は、長さが約７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５アミノ酸、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば８～１５アミノ酸にわたり得る。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２抗原タンパク質はＭＨＣ（例えばＨＬＡ）分子と複合体を形成することができ、その結果、ＭＡＧＥＣ２ペプチド：ＭＨＣ（例えばＨＬＡ）複合体を認識する本開示の結合性タンパク質がそのような複合体に（例えば特異的及び／または選択的に）結合することができる。代表的なＭＡＧＥＣ２ペプチド抗原配列を表１に示す。

【0099】

「主要組織適合性複合体」（ＭＨＣ）という用語は、ペプチド抗原を細胞表面に送達する糖タンパク質を指す。ＭＨＣクラスＩ分子は、膜を貫通するａ鎖（３つのａドメインを有する）及び非共有結合的に会合したｂ２マイクログロブリンを有するヘテロ二量体である。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、２つの膜貫通糖タンパク質、ａ及びｂから構成され、両方とも膜を貫通する。それぞれの鎖には２つのドメインがある。ＭＨＣクラスＩ分子は、細胞質ゾルに由来するペプチドを細胞表面に送達し、その細胞表面で、ペプチド抗原－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体は、ＣＤ８^＋Ｔ細胞によって認識される。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、小胞系に由来するペプチドを細胞表面に送達し、その細胞表面で、それらは、ＣＤ４^＋Ｔ細胞によって認識される。ヒトＭＨＣは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と呼ばれる。

【0100】

用語「予防する」、「予防すること」、「予防」、「予防的処置」などは、疾患、障害または症状を有さないがそれを発症するリスクがある、またはそれを発症しやすい対象において、疾患、障害または症状を発症する可能性を低下させることを指す。

【0101】

用語「予後予測」は、ウイルス感染症の可能性のある経過及び結果、または疾患からの回復の可能性に関する予測を含む。いくつかの実施形態では、統計学的アルゴリズムを使用することで、個体におけるウイルス感染の予後予測を行う。例えば、予後予測は、手術、ウイルス感染症の臨床的なサブタイプの発症、１種以上の臨床的な因子の発生、またはその疾患からの回復であることがある。

【0102】

本明細書で使用される場合、アミノ酸配列間の「同一性パーセント」は、「相同性パーセント」と同義であり、これは、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３－５８７７によって改変を受けた、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：２２６４－２２６８のアルゴリズムを用いて決定され得る。この記載されたアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０の、ＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラムの中に組み込まれている。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２を用いて行い、本明細書に記載されるポリヌクレオチドに相同なヌクレオチド配列を得る。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３を用いて行い、基準ポリペプチドに相同なアミノ酸配列を得る。比較のためのギャップ入りアラインメントを得るためには、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２に記載されているように、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを利用する。ＢＬＡＳＴ及びＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ及びＮＢＬＡＳＴ）の既定パラメータを使用してもよい。

【0103】

語句「薬学的に許容される担体」は、身体のある臓器または部分から身体の別の臓器または部分に対象化合物を運搬または輸送することに関与する、薬学的に許容される物質、組成物またはビヒクル、例えば、液状または固形の充填剤、希釈剤、賦形剤または溶媒封入物質を意味する。

【0104】

用語「比」は、２つの数字（例えば、スコア、和など）の間の関係性を指す。比は特定の順序（例えば、ａ対ｂ、またはａ：ｂ）で表されることがあるが、当業者であれば、数字の間の根本的な関係性は、比に基づく傾向の見え方及び相関関係が逆転し得るとはいえども根底にある関係性の重要性を失わずに任意の順序で表され得ることを、認識するであろう。

【0105】

用語「組換え宿主細胞」（または、単に「宿主細胞」）は、細胞中に天然に存在しない核酸を含む細胞、例えば、組換え発現ベクターを導入した細胞を指す。本発明に係る細胞は、特定の対象細胞だけでなくそのような細胞の子孫も包含することを意味することが意図されていることは、理解されるべきである。変異または環境の影響のいずれかによってある特定の改変が後の世代において起こることがあるので、そのような子孫は、実際には、その親細胞と同一ではないかもしれないが、依然として本発明に係る細胞の用語の範囲内に含まれる。

【0106】

用語「がん応答」、「免疫療法に対する応答」、または「Ｔ細胞媒介性細胞傷害の調節剤／免疫療法の併用療法に対する応答」は、がん薬剤、例えば、Ｔ細胞媒介性細胞傷害の調節剤、及び免疫療法に対する過剰増殖性障害（例えばがん）の任意の応答に関し、好ましくは、ネオアジュバントまたはアジュバント療法を開始した後の腫瘍重量及び／または体積の変化に関する。用語「ネオアジュバント療法」は、一次治療の前に与えられる治療を指す。ネオアジュバント療法の例としては、化学療法、放射線療法、及びホルモン療法を挙げることができる。過剰増殖性障害の応答を、例えば、有効性について、またはネオアジュバントもしくはアジュバントの状況において、評価することがあるが、その場合、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波または触診によって測定して、全身性に介入を行った後の腫瘍のサイズを初期のサイズ及び寸法と比較することがある。応答はまた、生検または外科的切除の後の腫瘍のキャリパー測定または病理学的検査によって評価されることもある。応答を、腫瘍体積における百分率変化のような定量的様式で、または「病理学的完全奏功」（ｐＣＲ）、「臨床的完全寛解」（ｃＣＲ）、「臨床的部分寛解」（ｃＰＲ）、「臨床的安定疾患」（ｃＳＤ）、「臨床的進行疾患」（ｃＰＤ）、もしくは他の定性的基準のような定性的様式で、記録することがある。過剰増殖性障害応答の評価を、ネオアジュバント療法またはアジュバント療法の開始後早期に、例えば、数時間後、数日後、数週間後、または好ましくは数ヶ月後に、行うことがある。応答評価のための典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了時、あるいは残存腫瘍細胞及び／または腫瘍床を外科的に切除した時である。これは、典型的には、ネオアジュバント療法の開始の３ヶ月後である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される治療的処置の臨床的な有効性を、臨床的有用率（ＣＢＲ）を測定することによって、決定することがある。臨床的有用率は、療法終了から少なくとも６ヶ月の時点で、完全寛解（ＣＲ）にある患者の百分率、部分寛解（ＰＲ）にある患者の数、及び安定疾患（ＳＤ）を有する患者の数の合計を決定することによって測定される。この定式を簡潔に表すと、６ヶ月を超えてＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤである。いくつかの実施形態では、特定のがん治療レジメンのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％である、またはそれを超える。がん療法に対する応答を評価するためのさらなる判断基準は、「生存期間」に関するものであり、これには以下のすべてが含まれる：全生存期間としても知られる、死亡までの生存期間（ここで、死亡は、原因に無関係であるか腫瘍に関係するかのどちらかであり得る）；「無再発生存期間」（ここで、再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（ここで、病という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。上記生存期間の長さは、定義された開始点（例えば、診断時または治療開始時）及び終了点（例えば、死亡、再発または転移）を基準として計算され得る。さらに、治療の有効性の判断基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の期間内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張されることがある。例えば、適切な閾値を決定するために、特定のがん治療レジメンを対象の集団に施与してその転帰を、任意のがん治療を施与する前に決定されたバイオマーカー測定結果と相関させてもよい。転帰の測定結果は、ネオアジュバント環境で与えられた療法に対する病理学的応答であり得る。あるいは、転帰の測定結果、例えば、全生存期間及び無病生存期間を、バイオマーカー測定値が分かっているがん療法後の対象について、ある期間にわたって追跡評価してもよい。ある特定の実施形態では、投与する用量は、がん治療剤について当技術分野で知られている標準的な用量である。対象を追跡評価する期間は様々であり得る。例えば、対象は、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５または６０ヶ月間にわたって追跡評価され得る。がん療法の転帰と相関するバイオマーカー測定の閾値は、当技術分野でよく知られている方法、例えば、実施例の節に記載されている方法を用いて決定され得る。

【0107】

示されるように、これらの用語はまた、例えば、再発までの時間（これは、最初の事象としての二次原発がん、もしくは再発の証拠を伴わない死亡によって打ち切られる、最初の再発までの期間である）の増加によって反映されるような、または全生存期間（これは、治療から任意の原因による死亡までの期間である）の増加によって反映されるような、改善された予後を指すこともある。応答すること、または応答があることは、刺激に曝露されたときに、達成される有益なエンドポイントが存在することを意味する。あるいは、刺激への曝露によってネガティブなまたは有害な症候が最小化する、緩和される、または減弱する。腫瘍または対象が好ましい応答を示す可能性を評価することが、腫瘍または対象が好ましい応答を示さない（つまり、応答の欠如を示す、または非応答性である）可能性を評価することと同等であることは、理解されよう。

【0108】

用語「抵抗性」は、がん療法に対するがんサンプルまたは哺乳動物の、後天的なまたは自然の抵抗性（つまり、治療的処置に対して不応答性であること、または治療的処置への応答が減少している、もしくは限定的であること）を指し、例えば、治療的処置への応答が、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％またはそれよりも大きく減少すること、例えば、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍またはそれよりも大きく減少すること、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲で減少することを指す。応答の減少は、抵抗性が獲得される前の同じがんサンプルもしくは哺乳動物と比較することによって、または治療的処置に対して抵抗性を有さないことが知られている種々のがんサンプルもしくは哺乳動物と比較することによって、測定され得る。化学療法に対する典型的な後天的抵抗性は「多剤耐性」と呼ばれる。多剤耐性は、Ｐ糖タンパク質によって媒介されることがある、もしくは他の機序によって媒介されることがある、または哺乳動物が多剤耐性微生物もしくは微生物の組合せに感染した場合に生じることがある。治療的処置に対する抵抗性を決定することは、当技術分野において慣行されており、当業者である臨床医の技術の範囲内であり、例えば、本明細書に「感受性化すること（ｓｅｎｓｉｔｉｚｉｎｇ）」として記載されるような細胞増殖アッセイ及び細胞死アッセイによって測定することがある。いくつかの実施形態において、用語「抵抗性を逆転させる」とは、一次がん療法（例えば、化学療法または放射線療法）単独では腫瘍体積を非処置の腫瘍の腫瘍体積に比べて統計的有意に減少させることができない状況において一次がん療法（例えば、化学療法または放射線療法）と併せて第２の薬剤を使用することによって、腫瘍体積を非処置の腫瘍の腫瘍体積に比べて統計的有意なレベル（例えば、ｐ＜０．０５）で有意に減少させることができることを意味する。これは、通常、未処置の腫瘍が対数的に成長している時に行われる腫瘍体積測定に適用される。

【0109】

少なくとも１種のバイオマーカーの、非存在もしくは存在、またはレベルを検出または決定するために使用される用語「サンプル」は、典型的には、脳組織、脳脊髄液、全血、血漿、血清、唾液、尿、糞便（ｓｔｏｏｌ）（例えば、糞便（ｆｅｃｅｓ））、涙、及び他の任意の身体の流体（例えば、「体液」の定義のもとで上述されるもの）、または組織サンプル（例えば、生検材料）、例えば、皮膚、結腸サンプル、または外科的切除組織である。いくつかの実施形態では、本発明に包含される方法は、サンプル中の少なくとも１種のマーカーの非存在もしくは存在、またはレベルを検出または決定する前に個体からサンプルを得るステップをさらに含む。

【0110】

用語「感受性化する」は、関連するがんをがん療法（例えば、抗免疫チェックポイント、化学療法、及び／または放射線療法）によってより効果的に治療することを可能にする方法でがん細胞または腫瘍細胞を変化させることを意味する。いくつかの実施形態では、正常な細胞は、療法によって正常な細胞が過度に傷つく程には影響を受けない。治療的処置に対する感受性の増加または感受性の減少は、本出願において以下に記載される特定の治療及び方法のための当技術分野で知られている方法に従って測定され、これには、例えば、限定はされないが、細胞増殖アッセイ（Ｔａｎｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ．（１９８２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４２：２１５９－２１６４）、及び細胞死アッセイ（Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．９４：１６１－１７３、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｃａｎｃｅｒ Ｔｒｅａｔ Ｒｅｐ．６９：６１５－６３２、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ：Ｋａｓｐｅｒｓ Ｇ Ｊ Ｌ，Ｐｉｅｔｅｒｓ Ｒ，Ｔｗｅｎｔｙｍａｎ Ｐ Ｒ，Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ Ｌ Ｍ，Ｖｅｅｒｍａｎ Ａ Ｊ Ｐ，ｅｄｓ．Ｄｒｕｇ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ Ｌｅｕｋｅｍｉａ ａｎｄ Ｌｙｍｐｈｏｍａ．Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ，Ｐ Ａ：Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９３：４１５－４３２、Ｗｅｉｓｅｎｔｈａｌ（１９９４）Ｃｏｎｔｒｉｂ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．Ｏｂｓｔｅｔ．１９：８２－９０）が含まれる。感受性または抵抗性はまた、動物において、ある期間（例えば、ヒトについては６ヶ月間、マウスについては４～６週間）にわたって腫瘍サイズの減少を測定することによっても測定され得る。組成物または方法が治療的処置への応答を感受性化するのは、そのような組成物または方法の非存在下での治療感受性または抵抗性と比較して治療感受性の増加または抵抗性の減少が、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％になる、またはそれよりも大きくなる、例えば、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１５倍、２０倍になる、もしくはそれより大きくなる、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲になる場合である。治療的処置に対する感受性または抵抗性の決定は、当技術分野において慣行されており、当業者である臨床医の技術の範囲内である。がん療法の有効性を高めるための、本明細書に記載される任意の方法が、過剰増殖性の細胞またはその他のがん性細胞（例えば、抵抗性細胞）をがん療法に対して感受性化するための方法に等しく適用され得ることは、理解されたい。

【0111】

用語「小分子」は、当技術分野の用語であり、分子量約１０００未満の分子、または分子量約５００未満の分子を含む。一実施形態では、小分子は、ペプチド結合だけで構成されているわけではない。別の実施形態では、小分子は、オリゴマーではない。活性をスクリーニングすることがある例示的な小分子化合物としては、限定されるものではないが、ペプチド、ペプチドミメティック、核酸、炭水化物、有機小分子（例えば、ポリケチド）（Ｃａｎｅ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８２：６３－６８）、及び天然物抽出ライブラリーが挙げられる。別の実施形態では、化合物は、小分子有機非ペプチド化合物である。さらなる実施形態では、小分子は、生合成産物ではない。

【0112】

用語「特異的結合」は、結合性タンパク質が所定の抗原に結合することを指す。典型的には、結合性タンパク質は、結合アッセイ、例えば、関心とする抗原を分析物として使用し、結合性タンパク質をリガンドとして使用するＢＩＡｃｏｒｅ（商標）アッセイ装置での表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術によって測定した場合、およそ約５×１０^－４Ｍ以下、約１×１０^－４Ｍ以下、約５×１０^－５Ｍ以下、約１×１０^－５Ｍ以下、約５×１０^－６Ｍ以下、約１×１０^－６Ｍ以下、約５×１０^－７Ｍ以下、約１×１０^－７Ｍ以下、約５×１０^－８Ｍ以下、約１×１０^－８Ｍ以下、約５×１０^－９Ｍ以下、約１×１０^－９Ｍ以下、約５×１０^－１０Ｍ以下、約１×１０^－１０Ｍ以下、約５×１０^－１１Ｍ以下、約１×１０^－１１Ｍ以下、約５×１０^－１２Ｍ以下、約１×１０^－１２Ｍ以下の、もしくはさらにより小さい、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲の、例えば約１～５０マイクロモーラー、１～１００マイクロモーラー、０．１～５００マイクロモーラーなどの親和性（Ｋ_Ｄ）で結合する。いくつかの実施形態では、所定の抗原に対して結合性タンパク質は、所定の抗原以外の、または密接に関連する抗原以外の非特異抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に対する結合におけるその親和性に比べて少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、６．０、７．０、８．０、９．０もしくは１０．０倍の、またはそれを上回る親和性で結合する。本明細書では、語句「抗原を認識する結合性タンパク質」及び「抗原に特異的な結合性タンパク質」を、用語「抗原に特異的に結合する結合性タンパク質」と互換的に使用する。選択的な結合は、結合性タンパク質が、ある抗原の結合を別の抗原の結合から区別できること、例えば、特定のファミリーメンバーまたは抗原標的の結合を、関連するファミリーメンバーまたは抗原標的の結合から区別できることを指す相対的な用語である。例えば、実施例の節で提供される解析データは、本明細書に記載される結合性タンパク質がＭＡＧＥＣ２免疫原性エピトープに特異的に結合し、及び／または多くの関連するエピトープ（例えば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性エピトープ及び密接に関連する配列）に選択的に結合し、それによって、そのような標的とヒトゲノムで利用できる他の大多数の考えられるエピトープとが区別されることを、実証している。

【0113】

用語「対象」は、任意の健常な動物、哺乳動物もしくはヒト、またはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している任意の動物、哺乳動物もしくはヒトを指す。用語「対象」は「患者」と互換できる。

【0114】

用語「生存期間」は、以下のすべてを含む：全生存期間としても知られる、死亡までの生存期間（ここで、死亡は、原因に無関係であるか腫瘍に関係するかのどちらかであり得る）；「無再発生存期間」（ここで、再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（ここで、疾患という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。上記生存期間の長さは、定義された開始点（例えば、診断時または治療開始時）及び終了点（例えば、死亡、再発または転移）を基準として計算され得る。さらに、治療の有効性の判断基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の期間内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張されることがある。

【0115】

用語「相乗効果」は、がん薬剤／療法単独での別個の効果の合計よりも大きい、２種以上の薬剤（例えば、本明細書に記載されるＭＡＧＥＣ２関連薬剤、及びＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療するための別の療法）の併用効果を指す。

【0116】

本明細書で使用される場合、用語「Ｔ細胞媒介性応答」は、Ｔ細胞、例えば、エフェクターＴ細胞（例えば、ＣＤ８^＋細胞）及びヘルパーＴ細胞（例えば、ＣＤ４^＋細胞）によって媒介される応答を指す。Ｔ細胞媒介性応答としては、例えば、Ｔ細胞の細胞傷害及び増殖が挙げられる。

【0117】

「転写されたポリヌクレオチド」または「ヌクレオチド転写物」は、バイオマーカー核酸の転写によって、ならびに、もしあれば、ＲＮＡ転写物の正常な転写後プロセシング（例えば、スプライシング）によって、及びＲＮＡ転写物の逆転写によって作られる成熟ｍＲＮＡの全部または一部と相補的または相同的であるポリヌクレオチド（例えば、ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはそのようなＲＮＡのもしくはｃＤＮＡの類縁体）である。

【0118】

「Ｔ細胞」は、胸腺において成熟する、及びＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を産生する、免疫系細胞である。Ｔ細胞は、ナイーブ（抗原に曝露されていない；Ｔ_ＣＭと比較してＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ１２７及びＣＤ４５ＲＡの発現が増加している、ならびにＣＤ４５ＲＯの発現が減少している）、メモリーＴ細胞（Ｔ_Ｍ）（抗原経験済み、及び長く生存している）、ならびにエフェクター細胞（抗原経験済み、細胞傷害性）であり得る。Ｔ_Ｍは、中枢メモリーＴ細胞（Ｔ_ＣＭ、ナイーブＴ細胞と比較してＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ１２７、ＣＤ４５ＲＯ及びＣＤ９５の発現が増加している、ならびにＣＤ５４ＲＡの発現が減少している）、ならびにエフェクターメモリーＴ細胞（Ｔ_ＥＭ、ナイーブＴ細胞またはＴ_ＣＭと比較してＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ４５ＲＡの発現が減少している、及びＣＤ１２７の発現が増加している）のサブセットにさらに分けることができる。エフェクターＴ細胞（Ｔ_Ｅ）は、Ｔ_ＣＭと比較してＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８の発現が減少している、ならびにグランザイム及びパーフォリンについて陽性である、抗原経験済みのＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球を指す。他の例示的なＴ細胞としては、調節性Ｔ細胞、例えばＣＤ４^＋ ＣＤ２５^＋（Ｆｏｘｐ３^＋）調節性Ｔ細胞、及びＴｒｅｇ１７細胞、ならびにＴｒ１、Ｔｈ３、ＣＤ８^＋ ＣＤ２８、及びＱａ－１拘束性Ｔ細胞が挙げられる。

【0119】

従来のＴ細胞（ＴｃｏｎｖまたはＴｅｆｆとしても知られる）は、エフェクター機能（例えば、サイトカイン分泌、細胞傷害活性、抗自己認識など）を有し、１種以上のＴ細胞受容体が発現することによって、免疫応答を増大させる。ＴｃｏｎまたはＴｅｆｆは、一般に、Ｔｒｅｇではない任意のＴ細胞集団として定義され、例えば、ナイーブＴ細胞、活性化Ｔ細胞、メモリーＴ細胞、休止Ｔｃｏｎ、または例えばＴｈ１系統にもしくはＴｈ２系統に向かって分化したＴｃｏｎが挙げられる。いくつかの実施形態では、Ｔｅｆｆは、非Ｔｒｅｇ Ｔ細胞のサブセットである。いくつかの実施形態では、Ｔｅｆｆは、ＣＤ４＋ Ｔｅｆｆ、またはＣＤ８＋ Ｔｅｆｆ、例えばＣＤ４＋ヘルパーＴリンパ球（例えば、Ｔｈ０、Ｔｈ１、Ｔｆｈ、またはＴｈ１７）、及びＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球である。本出願でさらに記載されるように、細胞傷害性Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球である。「ナイーブＴｃｏｎ」は、骨髄で分化し、胸腺における中枢選択の正及び負のプロセスを首尾よく経たが、抗原への曝露による活性化がまだなされていない、ＣＤ４^＋Ｔ細胞である。ナイーブＴｃｏｎは、一般に、Ｌ－セレクチン（ＣＤ６２Ｌ）の表面発現、ＣＤ２５、ＣＤ４４またはＣＤ６９などの活性化マーカーが存在しないこと、及びＣＤ４５ＲＯなどのメモリーマーカーが存在しないことを特徴とする。したがって、ナイーブＴｃｏｎは、静止しており非分裂性であると考えられ、ホメオスタシス生存のためにインターロイキン－７（ＩＬ－７）及びインターロイキン－１５（ＩＬ－１５）を必要とする（少なくとも、ＷＯ２０１０／１０１８７０を参照）。そのような細胞の存在及び活性は、免疫応答を抑制することとの関連において、望ましくない。Ｔｒｅｇとは異なり、Ｔｃｏｎは、アネルギー性ではなく、抗原に基づくＴ細胞受容体活性化に応答して増殖することがある（Ｌｅｃｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｐｈｉｌｏｓ．Ｔｒａｎｓ．Ｒ．Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄ．Ｂｉｏｌ．Ｓｃｉ．３５６：６２５－６３７）。

【0120】

「Ｔエフェクター」（「Ｔ_ｅｆｆ」または「Ｔ_Ｅ」）細胞は、サイトカインを分泌して他の免疫細胞を活性化する及び他の免疫細胞に指令を送る、細胞溶解活性を有するＴ細胞（例えば、ＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞）及びＴヘルパー（Ｔｈ）細胞を指すが、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ細胞）を含まない。

【0121】

「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」は、ＭＨＣ受容体に結合した抗原ペプチドに（例えば、例えば、特異的に、及び／または選択的に）結合することができる免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバー（可変結合性ドメイン、定常ドメイン、膜貫通領域、及び短い細胞質側尾部を有する；例えば、Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．Ｐｕｂｌ．４：３３を参照）を指す。ＴＣＲは、細胞の表面上に、または可溶形態で見出すことができ、一般的に、アルファ鎖及びベータ鎖（それぞれ、ＴＣＲα及びＴＣＲβとしても知られる）を、またはγ鎖及びδ鎖（それぞれ、ＴＣＲγ及びＴＣＲδとしても知られる）を有するヘテロ二量体から構成される。免疫グロブリン（例えば、抗体）のように、ＴＣＲ鎖（例えば、α鎖及びβ鎖）の細胞外部分は、２つの免疫グロブリンドメインを含有する：Ｎ－末端にある可変ドメイン（例えば、α鎖可変ドメインまたはＶ_α、及びβ鎖可変ドメインまたはＶ_β；典型的には、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいたアミノ酸１～１１６（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（１９９１）“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｌｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，ＵＳ Ｄｅｐｔ．Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，５^ｔｈ ｅｄ．）、ならびにＣ末端にあり細胞膜に近接している１つの定常ドメイン（例えば、α鎖定常ドメインまたはＣ_α、典型的には、Ｋａｂａｔに基づいたアミノ酸１１７～ら２５９、β鎖定常ドメインまたはＣ_β、典型的には、Ｋａｂａｔに基づいたアミノ酸１１７～２９５）。免疫グロブリンとまた同様に、可変ドメインは、フレームワーク領域（「ＦＲ」）によって分離された相補性決定領域（「ＣＤＲ」、超可変領域または「ＨＶＲ」とも呼ばれる）を含有する（例えば、Ｆｏｒｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ Ｓｃｉ．ＵＳ．Ａ．８７：９１３８、Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＥＭＢＯ Ｊ．７：３７４５、Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２７：５５を参照）。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、Ｔ細胞（またはＴリンパ球）の表面上に見出され、ＣＤ３複合体と会合する。本発明に包含されるＴＣＲの供給源は、様々な動物種、例えば、ヒト、マウス、ラット、ウサギ、または他の哺乳動物に由来することがある。

【0122】

用語「Ｔ細胞受容体」または「ＴＣＲ」は、完全なＴＣＲ、及びその抗原結合性部分または抗原結合性断片を包含すると理解されるべきである。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、完全なまたは完全長のＴＣＲ、例えば、αβ型のＴＣＲまたはγδ型のＴＣＲである。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、完全長ＴＣＲよりも短いが、ＭＨＣ分子中に結合した特定のペプチド、例えばＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する、抗原結合性部分である。場合によっては、ＴＣＲの抗原結合性部分または断片は、完全長のまたは完全なＴＣＲの構造ドメインの一部分しか含まないが、完全長のＴＣＲが結合するペプチドエピトープ（例えば、ＭＨＣ－ペプチド複合体）に依然として結合することができる。場合によっては、抗原結合性部分は、特定のＭＨＣ－ペプチド複合体への結合のための結合部位を形成するのに十分な、ＴＣＲの可変ドメイン、例えば、ＴＣＲの可変α鎖及び可変β鎖を含有する。一般的に、ＴＣＲの可変鎖は、ペプチド、ＭＨＣ及び／またはＭＨＣ－ペプチド複合体の認識に関与する相補性決定領域（ＣＤＲ）を含有する。

【0123】

命名法は、国際免疫遺伝学情報システム（ＩＭＧＴ）によって確立されている（Ｓｃａｖｉｎｅｒ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ（２０００）Ｅｘｐ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ．１７：８３－９６ ａｎｄ ９７－１０６、Ｆｏｌｃｈ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ（２０００）Ｅｘｐ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ，１７：１０７－１１４、Ｔ Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｆａｃｔｓｂｏｏｋ”，（２００１）ＬｅＦｒａｎｃ ａｎｄ ＬｅＦｒａｎｃ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，ＩＳＢＮ ０－１２－４４１３５２－８も参照されたい）。ＩＭＧＴは、ＴＣＲを記載するために使用される固有の配列を提供し、本出願で記載される配列は、本出願で提供されるそのような固有の配列に基づいて同定され得る。ＴＣＲ配列は、ｉｍｇｔ．ｏｒｇのＩＭＧＴデータベースで公的に入手できる。

【0124】

上記のように、天然のアルファ／ベータヘテロ二量体ＴＣＲは、アルファ鎖及びベータ鎖を有する。概して、それぞれの鎖は、可変領域、連結領域及び定常領域を含み、ベータ鎖は通常、可変領域と連結領域との間の短い多様性領域も含むが、この多様性領域は、しばしば、連結領域の一部とみなされる。各可変領域は、フレームワーク配列中に埋め込まれた３つの超可変ＣＤＲ（相補性決定領域）を含む。ＣＤＲ３は、抗原認識の主な媒介因子であることがよく知られている。いくつかのタイプのアルファ鎖可変（Ｖα）領域、及びいくつかのタイプのベータ鎖可変（Ｖβ）領域があり、これらは、それらのフレームワーク、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列によって、ならびに部分的に画定されたＣＤＲ３配列によって区別される。ＩＭＧＴ命名法においてＶαタイプは、固有のＴＲＡＶ番号によって呼称される。例えば、「ＴＲＡＶ４」は、固有のフレームワーク、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列、ならびに様々なＴＣＲにわたって保存されているアミノ酸配列によって部分的に画定されるがＴＣＲごとに異なるアミノ酸配列も含んでいるＣＤＲ３を有するＴＣＲ Ｖα領域を定義している。同様に、「ＴＲＢＶ２」は、固有のフレームワーク、ならびにＣＤＲ１及びＣＤＲ２配列を有するが、部分的に画定されたＣＤＲ３配列のみを有する、ＴＣＲ Ｖβ領域を定義している。アルファ遺伝子座内、及びベータ遺伝子座内には、それぞれ５４種のアルファ可変遺伝子（そのうち４４種が機能的である）及び６７種のベータ可変遺伝子（そのうち４２種が機能的である）が存在することが知られている。

【0125】

同様に、ＴＣＲの連結領域は、固有のＩＭＧＴ ＴＲＡＪ及びＴＲＢＪ命名法によって定義され、定常領域は、ＩＭＧＴ ＴＲＡＣ及びＴＲＢＣ命名法によって定義される。ＩＭＧＴ命名法においてベータ鎖の多様性領域は、略語ＴＲＢＤと呼ばれる、記載したように、繋がり合ったＴＲＢＤ／ＴＲＢＪ領域は、しばしば、総合して連結領域とみなされる。

【0126】

ＴＣＲアルファ及びベータ鎖をコードする遺伝子プールは、異なる染色体上に位置し、別個のＶ、（Ｄ）、Ｊ及びＣ遺伝子セグメントを含み、これらは、Ｔ細胞発達中に再構成によってまとめられる。これは、５４種のＴＣＲアルファ可変遺伝子と６１種のアルファＪ遺伝子との間、または６７種のベータ可変遺伝子と２種のベータＤ遺伝子と１３種のベータＪ遺伝子との間で起こる多数の潜在的な組換え事象のために、Ｔ細胞アルファ及びベータ鎖に対して非常に高度な多様性をもたらす。組換えプロセスは厳密ではなく、ＣＤＲ３領域内にさらなる多様性を導入する。各々のアルファ及びベータ可変遺伝子はまた、ＩＭＧＴ命名法においてそれぞれＴＲＡＶｘｘ＊０１及び＊０２、またはＴＲＢＶｘ－ｘ＊０１及び＊０２と命名されるアレル性多様体を含むこともあり、それゆえに、多様性の量がさらに増加する。同様に、ＴＲＢＪ配列のいくつかは、２種の既知の多様性を有する。（なお、「＊」修飾子がないことは、関連する配列について、１種のアレルのみが知られていることを意味する）。組換え及び胸腺での選択から生じるヒトＴＣＲの天然のレパートリーは、ＣＤＲ３多様性から決定されるおよそ１０^６種の固有のベータ鎖配列を含むと推定されており（Ａｒｓｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８６：９５８－９６１）、さらに高くなることすらあり得る（Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｂｌｏｏｄ １１４：４０９９－４１０７）。各ベータ鎖は、少なくとも２５種の異なるアルファ鎖と対合すると推定され、それゆえに、更なる多様性が生じる（Ａｒｓｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８６：９５８－９６１）。

【0127】

したがって、用語「ＴＣＲアルファ可変ドメイン」は、ＴＲＡＶ及びＴＲＡＪ領域が繋がり合ったもの；ＴＲＡＶ領域のみ；またはＴＲＡＶ及び一部のＴＲＡＪ領域を指し、用語ＴＣＲアルファ定常ドメインは、細胞外ＴＲＡＣ領域、またはＣ末端が切り取られたもしくは完全長のＴＲＡＣ配列を指す。同様に、用語「ＴＣＲベータ可変ドメイン」は、ＴＲＢＶ及びＴＲＢＤ／ＴＲＢＪ領域が繋がり合ったもの；ＴＲＢＶ及びＴＲＢＤ領域のみ；ＴＲＢＶ及びＴＲＢＪ領域のみ；またはＴＲＢＶならびに一部のＴＲＢＤ及び／もしくはＴＲＢＪ領域を指し、用語ＴＣＲベータ定常ドメインは、細胞外ＴＲＢＣ領域、またはＣ末端が切り取られたもしくは完全長のＴＲＢＣ配列を指す。これらのＴＣＲアルファ可変ドメイン及びＴＣＲベータ可変ドメインの命名法は、ガンマ／デルタＴＣＲについて、それぞれＴＣＲガンマ鎖及びＴＣＲデルタ鎖の可変ドメインに同様に適用される。当業者は、例えば、公的に利用可能なＩＭＧＴデータベースを介して、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣの遺伝子配列を得ることができる。

【0128】

用語「ＴＣＲ複合体」は、ＣＤ３とＴＣＲとの会合によって形成される複合体を指す。例えば、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２本のＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲα鎖及びＴＣＲβ鎖から構成されることがある。あるいは、ＴＣＲ複合体は、ＣＤ３γ鎖、ＣＤ３δ鎖、２本のＣＤ３ε鎖、ＣＤ３ζ鎖のホモ二量体、ＴＣＲγ鎖及びＴＣＲδ鎖から構成されることがある。

【0129】

用語「治療効果」は、薬理学的に活性な物質によって引き起こされる、動物、特に哺乳動物、より具体的にはヒトにおける局所的または全身的な効果を指す。それゆえに、その用語は、疾患の診断、治癒、軽減、治療または予防の際に、または動物もしくはヒトにおける望ましい身体的もしくは精神的な発達及び状態を向上させることに使用することを意図した任意の物質を意味する。

【0130】

用語「治療的有効量」及び「有効量」は、任意の治療に適用されることができる合理的な利益／リスク比で動物の中の細胞の少なくともサブ集団において何らかの所望の効果（例えば、所望の局所的または全身的な治療効果）をもたらす物質の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療的有効量は、物質の治療指数、溶解性、薬物動態、半減期などに依存する。対象化合物の毒性及び治療的有効性は、例えばＬＤ_５０及びＥＤ_５０を決定するための、細胞培養または実験動物における標準的な薬学的方法によって決定され得る。いくつかの実施形態では、大きな治療指数を示す組成物を使用する。いくつかの実施形態では、ＬＤ_５０（致死用量）を、測定することがあり、例えば、薬剤について、薬剤を投与しない場合と比較して少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、減少することがある。同様に、ＥＤ_５０（すなわち、症候の最大半量の阻害を達成する濃度）を測定することがあり、例えば、薬剤について、薬剤を投与しない場合と比較して少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、増加することがある。また、同様に、ＩＣ_５０を測定することがあり、例えば、薬剤について、薬剤を投与しない場合と比較して少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、またはそれを超えて、増加することがある。いくつかの実施形態では、アッセイにおけるＴ細胞免疫応答は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％も、増加することがある。別の実施形態では、ウイルス負荷における少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％もの減少を達成することがある。

【0131】

用語「治療する」は、関心とする症状（例えば、疾患または障害）の、治療的な管理または改善を指す。治療は、限定されるものではないが、薬剤または組成物（例えば、医薬組成物）を対象に投与することを含み得る。治療は、典型的には、対象に有益な様式で疾患（この用語は、任意の疾患、障害、症候群、または療法を正当化するもしくは潜在的に正当化する望ましくない症状を示すために使用される）の経過を変えるために行われる。治療の効果には、疾患または疾患の１つ以上の症候もしくは兆候を逆転させること、それを軽減すること、その重症度を低減すること、その発症を遅延させること、それを治癒させること、その進行を阻害すること、及び／またはその発生もしくは再発の可能性を低減することが含まれ得る。治療の望ましい効果としては、限定されるものではないが、疾患の発症または再発の予防、症候の緩和、疾患の任意の直接的なまたは間接的な病態結果の減少、転移の予防、疾患進行の速度の減少、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善が挙げられる。治療剤を、疾患を有する、または一般集団のメンバーと比較して疾患を発症するリスクが高い対象に投与することがある。いくつかの実施形態では、治療剤を、疾患を有していたがもはや疾患の証拠を示さない対象に投与することがある。薬剤を、例えば明らかな疾患の再発する可能性を低減するために、投与することがある。治療剤を、予防的に、すなわち、疾患の任意の症候または兆候を発症する前に、投与することがある。「予防的処置」は、例えば、疾患が発生する可能性を減らすために、または疾患が発生した場合の疾患の重症度を減らすために、疾患を発症していないかまたは疾患の証拠を示さない対象に内科的及び／または外科的な治療を提供することを指す。対象は、疾患を発症するリスクがある（例えば、一般集団と比較してリスクが高い）として、または疾患を発症する可能性を増大させるリスク因子を有するとして同定されていることがある。

【0132】

用語「不応答性」は、治療に対するがん細胞の不応性（ｒｅｆｒａｃｔｉｖｉｔｙ）、または刺激（例えば、活性化受容体またはサイトカインを介する刺激）に対する治療用細胞（例えば、免疫細胞）の不応性を含む。不応答性は、例えば、免疫抑制剤への曝露、または高用量の抗原への曝露のために、生じることがある。本明細書で使用される場合、用語「アネルギー」または「寛容性」は、受容体媒介性刺激の活性化に対する不応性を含む。そのような不応性は、概して抗原特異的であり、寛容化抗原への曝露が止んだ後も持続する。例えば、Ｔ細胞におけるアネルギーは（不応答性とは対照的に）、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）産生の欠如を特徴とする。Ｔ細胞アネルギーは、Ｔ細胞が抗原に曝露され、かつ第２のシグナル（共刺激シグナル）の非存在下で第１のシグナル（Ｔ細胞受容体またはＣＤ３媒介シグナル）を受ける場合に、起こる。これらの条件下では、同じ抗原に細胞が再曝露されると（たとえ共刺激ポリペプチドの存在下で再曝露が起こったとしても）、サイトカインを産生することができず、それゆえ、増殖することができない。しかしながら、アネルギー性Ｔ細胞は、サイトカイン（例えば、ＩＬ－２）と培養した場合、増殖することがある。例えば、Ｔ細胞アネルギーはまた、ＥＬＩＳＡによって、または指標細胞株を使用する増殖アッセイによって測定した場合、Ｔリンパ球によるＩＬ－２産生の欠如によって観察され得る。あるいは、レポーター遺伝子構築物を使用してもよい。例えば、アネルギー性Ｔ細胞は、５’ ＩＬ－２遺伝子エンハンサーの制御下で異種プロモーターによって、またはエンハンサー内に見出され得るＡＰ１配列の多量体によって誘導されるＩＬ－２遺伝子転写を、開始することができない（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１１３４）。

【0133】

用語「ワクチン」は、関心とする抗原に対する免疫応答を誘発する医薬組成物を指す。ワクチンはまた、対象に防御的免疫性を付与し得る。

【0134】

用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、免疫グロブリンスーパーファミリー結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ）が抗原に結合することに関与する、免疫グロブリンスーパーファミリー結合性タンパク質のドメイン（例えば、ＴＣＲα鎖またはβ鎖（または、γδＴＣＲのγ鎖及びδ鎖］）を指す。天然ＴＣＲのα鎖及びβ鎖の可変ドメイン（それぞれ、Ｖ_α及びＶ_β）は、一般に、類似した構造を有し、各々のドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）及び３つのＣＤＲを含む。Ｖ_αドメインは、２つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント及び連結遺伝子セグメント（Ｖ－Ｊ）にコードされ；Ｖ_βドメインは、３つの別々のＤＮＡセグメント、可変遺伝子セグメント、多様性遺伝子セグメント及び連結遺伝子セグメント（Ｖ－Ｄ－Ｊ）にコードされる。単一のＶ_αまたはＶ_βドメインは、抗原結合特異性を付与するのに十分であり得る。さらに、特定の抗原に結合するＴＣＲを、抗原に結合するＴＣＲに由来するＶ_αまたはＶ_βドメインを使用して単離し、それぞれ、相補的なＶ_αまたはＶ_βドメインのライブラリーをスクリーニングすることがある。

【0135】

用語「ベクター」は、それに連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。いくつかの実施形態では、ベクターは、エピソーム、すなわち、染色体外での複製が可能な核酸である。いくつかの実施形態では、ベクターは、それに連結されている核酸を、自律的に複製することが、及び／または発現することが、可能なベクターである。ベクターに機能的に連結されている遺伝子の発現を導くことができるベクターを、本明細書では「発現ベクター」と呼ぶ。概して、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしば、「プラスミド」の形態であり、これは一般に、ベクターの形態では染色体に結合しない環状二本鎖ＤＮＡループを指す。本明細書では、プラスミドはベクターの最も一般的に使用される形態であるので、「プラスミド」及び「ベクター」を互換的に使用する。しかし、当業者によって理解されるように、本発明は、同等の機能を果たすような、後に当技術分野で既知になる他の形態の発現ベクターを含むことが意図されている。

【0136】

特定のタンパク質のアミノ酸配列と、タンパク質をコードすることができるヌクレオチド配列との間には、遺伝コード（以下に示す）によって規定されるように、既知の明確な対応関係がある。同様に、特定の核酸のヌクレオチド配列と、その核酸にコードされるアミノ酸配列との間には、遺伝コードによって規定されるように、既知の明確な対応関係がある。

【表4】

【0137】

遺伝コードの重要なかつ周知の特徴はその冗長性であり、それによって、タンパク質を作るために使用されるアミノ酸の大部分について、１つよりも多いコードヌクレオチド３つ組が使用され得る（上記に例示される）。したがって、異なる複数のヌクレオチド配列が、所与のアミノ酸配列をコードし得る。そのようなヌクレオチド配列は、すべての生物において同じアミノ酸配列の産生をもたらすので、機能的に等価であるとみなされる（但し、ある特定の生物は、いくつかの配列を他の生物よりも効率的に翻訳することができる）。さらに、時折、プリンまたはピリミジンのメチル化多様体が、所与のヌクレオチド配列中に見出されることがある。そのようなメチル化は、トリヌクレオチドコドンとその対応するアミノ酸との間のコード関係に影響を及ぼすことはない。

【0138】

上記を考慮して、バイオマーカー核酸（またはその任意の一部）をコードするＤＮＡまたはＲＮＡのヌクレオチド配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡをアミノ酸配列に翻訳するための遺伝コードを使用して、ポリペプチドアミノ酸配列を得るために使用され得る。同様に、ポリペプチドアミノ酸配列については、ポリペプチドをコードし得る対応するヌクレオチド配列を遺伝コードから推測することができる（これは、その冗長性ゆえに、任意の所与のアミノ酸配列について複数の核酸配列を提示するであろう）。したがって、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に関する本明細書における記載及び／または開示には、ヌクレオチド配列にコードされるアミノ酸配列の記載及び／または開示も含まれる、と考えるべきである。同様に、本明細書におけるポリペプチドアミノ酸配列の記載及び／または開示には、アミノ酸配列をコードすることができるすべての考えられるヌクレオチド配列の記載及び／または開示も含まれる、と考えるべきである。

【0139】

ＩＩ．ペプチド
ある特定の態様では、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、それをコードする核酸、及び／またはそれを発現している細胞の投与に関係する、ＭＡＧＥＣ２またはＭＡＧＥＣ２を発現している細胞に対する免疫応答の誘導によるＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害の治療及び／または予防のための方法及び組成物である。

【0140】

ある特定の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドは、表１、例えば表１Ａ及び表１Ｂに列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを含む（例えば、それからなる）。本明細書に記載のペプチドエピトープは、特定のＨＬＡアルファ鎖アレルを有する特定のＨＬＡ分子などのＭＨＣ分子と組み合わされ得る。例えば、表１Ａのペプチドは、実施例の節にさらに記載されているとおり、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルによってコードされるような、アルファ鎖がＨＬＡ－Ｂ^＊０７血清型を有しているＭＨＣと会合した状態で、同定された。同様に、表１Ｂのペプチドは、実施例の節にさらに記載されているとおり、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレルによってコードされるような、アルファ鎖がＨＬＡ－Ａ^＊２４血清型を有しているＭＨＣと会合した状態で、同定された。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドはＭＨＣ分子と組み合わされ得、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドは、ヒトＭＡＧＥＣ２タンパク質、及び／または表３に示されるＭＡＧＥＣ２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを単独で、またはアジュバントと組み合わせて投与する。

【0141】

ある特定の態様では、本明細書に提供されるのは、１種以上の本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、及びアジュバントを含む、組成物である。

【0142】

【表1】

【0143】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチド、及び／またはＭＡＧＥＣ２ポリペプチドをコードする核酸である。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドは、ＭＡＧＥＣ２特異的免疫応答を誘発するのに十分な長さのアミノ酸配列を含むポリペプチドである。ある特定の実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドは、アミノ酸配列に対応しないアミノ酸も含む（例えば、ＭＡＧＥＣ２アミノ酸配列と、非ＭＡＧＥＣ２タンパク質またはポリペプチドに対応するアミノ酸配列とを含む融合タンパク質）。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドは、ＭＡＧＥＣ２タンパク質またはその断片に対応するアミノ酸配列のみを含む。

【0144】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドは、表３に示されるようなＭＡＧＥＣ２タンパク質アミノ酸配列の少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４ ４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３７３個の、もしくはそれよりも多い、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲（例えば、７～２５個、８～２２個、９～２２個など）の連続するアミノ酸を含む、それから本質的になる、またはそれからなるアミノ酸配列を、有する。いくつかの実施形態では、連続するアミノ酸は、表３に示されるＭＡＧＥＣ２のアミノ酸配列と同一である。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドは、表１、例えば表１Ａ及び表１Ｂに列挙されるＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープからなる群から選択される１種以上のペプチドエピトープを含む、それから本質的になる、またはそれからなる。

【0145】

当業者にはよく知られているように、かなりの配列類似性を有するポリペプチドは、宿主動物において同一または非常に類似する免疫応答を生じさせることができる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはその断片の誘導体、等価体、多様体、断片または変異体も、本明細書に提供される方法及び組成物に適することがある。

【0146】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドの変化形態または誘導体が本明細書に提供される。改変されたポリペプチドは、例えば保存的置換によって改変されたアミノ酸配列を有し得るが、依然として、非改変タンパク質抗原と反応する免疫応答を誘発し、機能性等価体とみなされる。本明細書で使用される場合、用語「保存的置換」は、アミノ酸残基の、別の生物学的に類似する残基による置換を意味する。タンパク質の機能に実質的に影響を与えることなく、同じ保存的な群の中のアミノ酸同士が典型的に互いの代わりに用いられ得ることは、当技術分野でよく知られている。ある特定の実施形態によれば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドのリガンド結合性ドメインの誘導体、等価体、多様体または変異体は、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはその断片の配列と少なくとも８５％相同なポリペプチドである。いくつかの実施形態では、相同性は、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％である、またはそれを上回る。

【0147】

本発明に包含される免疫原性ペプチドは、ＭＡＧＥＣ２タンパク質に由来するペプチドエピトープ、例えば、表１、例えば表１Ａ及び表１Ｂに列挙されるものを含み得る。いくつかの実施形態では、免疫原性ペプチドは長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５アミノ酸である。いくつかの実施形態では、ペプチドアミノ酸配列は改変されており、これには、保存的または非保存的変異が含まれ得る。ペプチドは、最大１、２、３、４個の、またはそれよりも多い変異を含み得る。いくつかの実施形態では、ペプチドは、少なくとも１、２、３、４個の、またはそれよりも多い変異を含み得る。

【0148】

いくつかの実施形態では、ペプチドを化学修飾することがある。例えば、ペプチド特性、例えば、検出可能性、安定性、生体内分布、薬物動態、半減期、表面電荷、疎水性、結合体化部位、ｐＨ、機能などを改変するようにペプチドを変異させることができる。Ｎ－メチル化は、本開示のペプチドに起こり得るメチル化の一例である。いくつかの実施形態では、遊離アミンに対するメチル化、例えば、ホルムアルデヒド及びシアノ水素化ホウ素ナトリウムによる還元的メチル化によって、ペプチドを修飾することがある。

【0149】

化学修飾は、ポリマー、ポリエーテル、ポリエチレングリコール、バイオポリマー、双性イオン性ポリマー、ポリアミノ酸、脂肪酸、デンドリマー、Ｆｃ領域、単純飽和炭素鎖、例えばパルミテートもしくはミリストレート、またはアルブミンを含み得る。Ｆｃ領域によるペプチドの化学修飾は、融合Ｆｃ－ペプチドであり得る。ポリアミノ酸には、例えば、反復する単一アミノ酸を有するポリアミノ酸配列（例えばポリグリシン）、及びパターンに従うものであってもなくてもよい混合ポリアミノ酸配列を有するポリアミノ酸配列、または上記の任意の組合せが含まれ得る。いくつかの実施形態では、本開示に包含されるペプチドは、改変によってペプチドの安定性及び／または半減期が増大するように改変され得る。いくつかの実施形態では、例えばＮ末端、Ｃ末端または内部アミノ酸に対して、疎水性部分構造を結合させることを用いて、本開示に包含されるペプチドの半減期を延ばすことができる。他の実施形態では、ペプチドは翻訳後修飾（例えば、メチル化及び／またはアミド化）を含み得るが、これは、例えば血清半減期に対して、影響を及ぼすことができる。いくつかの実施形態では、（例えば、ミリストイル化及び／またはパルミチル化による）単純な炭素鎖を融合タンパク質またはペプチドに結合体化させることができる。いくつかの実施形態では、単純な炭素鎖は融合タンパク質またはペプチドを、非結合体化材料から簡単に分離できるものにし得る。例えば、融合タンパク質またはペプチドを非結合体化材料から分離するために用いられ得る方法としては、限定はされないが、溶媒抽出及び逆相クロマトグラフィーが挙げられる。親油性部分構造は、血清アルブミンに対する可逆的結合によって半減期を延ばすことができる。結合体化される部分構造は、血清アルブミンに対する可逆的結合によってペプチドの半減期を延ばす親油性部分構造であり得る。いくつかの実施形態では、親油性部分構造は、コレステロール、またはコレステロール誘導体、例えば、コレステン、コレスタン、コレスタジエン及びオキシステロールであり得る。いくつかの実施形態では、ペプチドをミリスチン酸（テトラデカン酸）またはその誘導体に結合体化させることがある。他の実施形態では、ペプチドを半減期改変剤とカップリング（例えば結合体化）させることがある。半減期改変剤の例としては、限定はされないが、ポリマー、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヒドロキシエチル澱粉、ポリビニルアルコール、水溶性ポリマー、双性イオン性水溶性ポリマー、水溶性ポリ（アミノ酸）、プロリン、アラニン及びセリンの水溶性ポリマー、グリシン、グルタミン酸及びセリンを含有する水溶性ポリマー、Ｆｃ領域、脂肪酸、パルミチン酸、またはアルブミンに結合する分子が挙げられる。いくつかの実施形態では、別の分子に対する結合体化または融合を容易にするために、及び結合体化または融合されたそのような分子からのペプチドの切断を容易にするために、スペーサーまたはリンカー、例えば、スペーサーまたはリンカーとしての役割を果たす１、２、３、４個の、またはそれよりも多いアミノ酸残基をペプチドにカップリングさせることがある。いくつかの実施形態では、例えばペプチドの特性を改変できるまたはそれに変化をもたらすことができる、他の部分構造に、融合タンパク質またはペプチドを結合体化させることがある。

【0150】

ペプチドは、いくつかの実施形態では、部分構造に共有結合で連結されていることがある。いくつかの実施形態では、共有結合で連結された部分構造は、親和性タグまたは標識を含む。親和性タグは、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、カルモジュリン結合性タンパク質（ＣＢＰ）、プロテインＣタグ、Ｍｙｃタグ、Ｈａｌｏタグ、ＨＡタグ、Ｆｌａｇ（登録商標）タグ、Ｈｉｓタグ、ビオチンタグ及びＶ５タグからなる群から選択され得る。標識は蛍光タンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、共有結合で連結された部分構造は、炎症性薬剤、抗炎症性薬剤、サイトカイン、毒素、細胞傷害性分子、放射性同位体、または抗体、例えば一本鎖Ｆｖからなる群から選択される。

【0151】

ペプチドを、撮像、研究、治療薬、セラノスティクス、医薬品、化学療法、キレーション療法、指向的薬物送達及び放射線療法で使用される薬剤に結合体化させることがある。いくつかの実施形態では、ペプチドを、検出可能薬剤、例えば、蛍光団、近赤外色素、造影剤、ナノ粒子、金属含有ナノ粒子、金属キレート、Ｘ腺造影剤、ＰＥＴ用薬剤、金属、放射性同位体、色素、放射性核種キレート剤、または撮像に使用され得る別の好適な材料に、結合体化または融合させることがある。いくつかの実施形態では、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個の、またはそれよりも多い検出可能部分構造をペプチドに連結させることがある。放射性同位体の非限定的な例としては、アルファ放射体、ベータ放射体、陽電子放射体及びガンマ放射体が挙げられる。いくつかの実施形態では、金属または放射性同位体は、アクチニウム、アメリシウム、ビスマス、カドミウム、セシウム、コバルト、ユーロピウム、ガドリニウム、イリジウム、鉛、ルテチウム、マンガン、パラジウム、ポロニウム、ラジウム、ルテニウム、サマリウム、ストロンチウム、テクネチウム、タリウム及びイットリウムからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、金属は、アクチニウム、ビスマス、鉛、ラジウム、ストロンチウム、サマリウムまたはイットリウムである。いくつかの実施形態では、放射性同位体は、アクチニウム－２２５、または鉛－２１２である。いくつかの実施形態では、近赤外色素は、生体の組織及び流体によって簡単に消光するものではない。いくつかの実施形態では、蛍光団は、６５０ｎｍ～４０００ｎｍの波長の電磁放射線を放出する蛍光薬剤であり、そのような放射を用いてそのような薬剤が検出される。結合体化用分子として使用され得る蛍光色素の非限定的な例としては、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）－６８０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）－７５０、ＶｉｖｏＴａｇ（登録商標）－７５０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）－８００、ＩＲＤｙｅ（登録商標）－８００、ＶｉｖｏＴａｇ（登録商標）－６８０、Ｃｙ５．５、ＺＱ８００、またはインドシアニングリーン（ＩＣＧ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、近赤外色素は、しばしば、シアニン色素（例えば、Ｃｙ７、Ｃｙ５．５、及びＣｙ５）を含む。本開示において結合体化用分子として使用するための蛍光色素のさらなる非限定的な例としては、アクラジンオレンジまたはイエロー（ａｃｒａｄｉｎｅ ｏｒａｎｇｅ ｏｒ ｙｅｌｌｏｗ）、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒｓ（登録商標）（例えば、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）７９０、７５０、７００、６８０、６６０及び６４７）及びそれらの任意の誘導体、７－アクチノマイシンＤ、８－アニリノナフタレン－１－スルホン酸、ＡＴＴＯ色素及びその任意の誘導体、オーラミン－ローダミン染色剤及びその任意の誘導体、ベンスアントロン（ｂｅｎｓａｎｔｒｈｏｎｅ）、ビマン、９－１０－ビス（フェニルエチニル）アントラセン、５，１２－ビス（フェニルエチニル）ナスタセン（５，１２－ｂｉｓ（ｐｈｅｎｙｌｅｔｈｙｎｙｌ）ｎａｔｈｔｈａｃｅｎｅ）、ビスベンズイミド、ブレインボウ、カルセイン、カルボディフルオレセイン（ｃａｒｂｏｄｙｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）及びその任意の誘導体、１－クロロ－９，１０－ビス（フェニルエチニル）アントラセン及びその任意の誘導体、ＤＡＰＩ、ＤｉＯＣ６、ＤｙＬｉｇｈｔ Ｆｌｕｏｒｓ及びその任意の誘導体、エピコッコノン（ｅｐｉｃｏｃｃｏｎｏｎｅ）、臭化エチジウム、ＦｌＡｓＨ－ＥＤＴ２、Ｆｌｕｏ色素及びその任意の誘導体、ＦｌｕｏＰｒｏｂｅ及びその任意の誘導体、フルオレセイン及びその任意の誘導体、Ｆｕｒａ及びその任意の誘導体、ＧｅｌＧｒｅｅｎ及びその任意の誘導体、ＧｅｌＲｅｄ及びその任意の誘導体、蛍光タンパク質及びその任意の誘導体、ｍアイソフォームタンパク質及びその任意の誘導体、例えばｍＣｈｅｒｒｙなど、ヘタメチン色素（ｈｅｔａｍｅｔｈｉｎｅ ｄｙｅ）及びその任意の誘導体、ヘキスト染色剤、イミノクマリン、インディアンイエロー、ｉｎｄｏ－１及びその任意の誘導体、ラウルダン、ルシファーイエロー及びその任意の誘導体、ルシフェリン及びその任意の誘導体、ルシフェラーゼ及びその任意の誘導体、メルコシアニン及びその任意の誘導体、ナイル色素及びその任意の誘導体、ペリレン、フロキシン、フィコ色素及びその任意の誘導体、ヨウ化プロピウム、ピラニン、ローダミン及びその任意の誘導体、リボグリーン、ＲｏＧＦＰ、ルブレン、スチルベン及びその任意の誘導体、スルホローダミン及びその任意の誘導体、ＳＹＢＲ（商標）及びその任意の誘導体、シナプトフルオリン、テトラフェニルブタジエン、トリス四ナトリウム（ｔｅｔｒａｓｏｄｉｕｍ ｔｒｉｓ）、テキサスレッド、チタンイエロー、ＴＳＱ、ウンベリフェロン、ビオラントロン、黄色蛍光タンパク質及びＹＯＹＯ－１が挙げられる。他の好適な蛍光色素としては、限定されるものではないが、フルオレセイン及びフルオレセイン色素（例えば、フルオレセインイソチオシアニンまたはＦＩＴＣ、ナフトフルオレセイン、４’，５’－ジクロロ－２’，７’－ジメトキシフルオレセイン、６－カルボキシフルオレセインまたはＦＡＭなど）、カルボシアニン、メロシアニン、スチリル系色素、オキソノール色素、フィコエリスリン、エリスロシン、エオシン、ローダミン色素（例えば、カルボキシテトラメチルローダミンまたはＴＡＭＲＡ、カルボキシルローダミン６Ｇ、カルボキシ－Ｘ－ローダミン（ＲＯＸ）、リサミンローダミンＢ、ローダミン６Ｇ、ローダミングリーン、ローダミンレッド、テトラメチルローダミン（ＴＭＲ）など）、クマリン及びクマリン色素（例えば、メトキシクマリン、ジアルキルアミノクマリン、ヒドロキシクマリン、アミノメチルクマリン（ＡＭＣＡ）など）、オレゴングリーン（登録商標）色素（例えば、オレゴングリーン（登録商標）４８８、オレゴングリーン（登録商標）５００、オレゴングリーン（登録商標）５１４など）、テキサスレッド、テキサスレッド－Ｘ、スペクトラムレッド、スペクトラムグリーン、シアニン色素（例えば、ＣＹ－３、Ｃｙ－５、ＣＹ－３．５、ＣＹ－５．５など）、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）色素（例えば、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）３５０、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）４８８、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）５３２、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）５４６、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）５６８、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）５９４、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）６３３、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）６６０、ＡＬＥＸＡ ＦＬＵＯＲ（登録商標）６８０など）、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）色素（例えば、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＦＬ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）Ｒ６Ｇ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＴＭＲ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＴＲ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５３０／５５０、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５５８／５６８、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５６４／５７０、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５７６／５８９、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５８１／５９１、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）６３０／６５０、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）６５０／６６５など）、ＩＲＤ色素（例えば、ＩＲＤ４０、ＩＲＤ７００、ＩＲＤ８００など）などが挙げられる。さらなる好適な検出可能な薬剤は、ＰＣＴ／ＵＳ１４／５６１７７に記載されている。放射性同位体の非限定的な例としては、アルファ放射体、ベータ放射体、陽電子放射体、及びガンマ放射体が挙げられる。いくつかの実施形態では、金属または放射性同位体は、アクチニウム、アメリシウム、ビスマス、カドミウム、セシウム、コバルト、ユーロピウム、ガドリニウム、イリジウム、鉛、ルテチウム、マンガン、パラジウム、ポロニウム、ラジウム、ルテニウム、サマリウム、ストロンチウム、テクネチウム、タリウム及びイットリウムからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、金属は、アクチニウム、ビスマス、鉛、ラジウム、ストロンチウム、サマリウムまたはイットリウムである。いくつかの実施形態では、放射性同位体は、アクチニウム－２２５、または鉛－２１２である。

【0152】

ペプチドを放射線増感剤または光増感剤に結合体化させることがある。放射線増感剤としては、限定されるものではないが、ＡＢＴ－２６３、ＡＢＴ－１９９、ＷＥＨＩ－５３９、パクリタキセル、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、ゲムシタビン、エタニダゾール、ミソニダゾール、チラパザミン、及び核酸塩基誘導体（例えば、ハロゲン化プリンまたはピリミジン、例えば５－フルオロデオキシウリジン）が挙げられる。光増感剤の例としては、限定されるものではないが、照射した場合に熱を生成する蛍光分子またはビーズ、ナノ粒子、ポルフィリン類及びポルフィリン誘導体類（例えば、クロリン類、バクテリオクロリン類、イソバクテリオクロリン類、フタロシアニン類、及びナフタロシアニン類）、メタロポルフィリン類、メタロフタロシアニン類、アンゲリシン類、カルコゲンアピリリウム色素（ｃｈａｌｃｏｇｅｎａｐｙｒｒｉｌｌｉｕｍ ｄｙｅｓ）、クロロフィル類、クマリン類、フラビン類及び関連化合物、例えばアロキサジン及びリボフラビン、フラーレン類、フェオホルビド類、ピロフェオホルビド類、シアニン類（例えば、メロシアニン５４０）、フェオフィチン類、サフィリン類、テキサフィリン類、プルプリン類、ポルフィセン類、フェノチアジニウム類、メチレンブルー誘導体、ナフタルイミド類、ナイルブルー誘導体、キノン類、ペリレンキノン類（例えば、ヒペリシン類、ヒポクレリン類、及びセルコスポリン類）、ソラレン類、キノン類、レチノイド類、ローダミン類、チオフェン類、ベルジン類、キサンテン色素（例えば、エオシン類、エリスロシン類、ローズベンガル類）、ポルフィリン類の二量体及びオリゴマー体、ならびにプロドラッグ、例えば５－アミノレブリン酸が挙げられる。有利なことに、この手法によって、治療剤（例えば、薬物）及び電磁気的なエネルギー（例えば、放射線または光）の両方を同時に使用して、関心とする細胞（例えば、免疫細胞）を非常に特異的に標的化することが可能になる。いくつかの実施形態では、ペプチドを、例えば、直接的にまたはリンカーを介して、薬剤と融合させる、または共有結合的にもしくは非共有結合的にそれに連結させる。

【0153】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質を化学修飾することがある。例えば、ペプチド特性、例えば、検出可能性、安定性、生体内分布、薬物動態、半減期、表面電荷、疎水性、結合体化部位、ｐＨ、機能などを改変するように結合性タンパク質を変異させてもよい。Ｎ－メチル化は、本発明に包含される結合性タンパク質に起こり得るメチル化の一例である。いくつかの実施形態では、遊離アミンに対するメチル化、例えば、ホルムアルデヒド及びシアノ水素化ホウ素ナトリウムによる還元的メチル化によって、結合性タンパク質を修飾することがある。

【0154】

化学修飾は、ポリマー、ポリエーテル、ポリエチレングリコール、バイオポリマー、双性イオン性ポリマー、ポリアミノ酸、脂肪酸、デンドリマー、Ｆｃ領域、単純飽和炭素鎖、例えばパルミテートもしくはミリストレート、またはアルブミンを含み得る。Ｆｃ領域による結合性タンパク質の化学修飾は、融合Ｆｃ－ペプチドであり得る。ポリアミノ酸には、例えば、反復する単一アミノ酸を有するポリアミノ酸配列（例えばポリグリシン）、及びパターンに従うものであってもなくてもよい混合ポリアミノ酸配列を有するポリアミノ酸配列、または上記の任意の組合せが含まれ得る。

【0155】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質を改変することがある。いくつかの実施形態では、改変は、親結合性タンパク質との実質的または有意な配列同一性を有し、親結合性タンパク質の１つ以上の生物物理学的及び／または生物学的な活性を維持する（例えば、ｐＭＨＣ結合特異性を維持する）機能性多様体を生成する。いくつかの実施形態では、変異は、保存的なアミノ酸置換である。

【0156】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質は、１つ以上の天然アミノ酸の代わりに、合成アミノ酸を含むことがある。そのような合成アミノ酸は、当技術分野において周知であり、例えば、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、ａ－アミノｎ－デカン酸、ホモセリン、Ｓ－アセチルアミノメチル－システイン、トランス－３－及びトランス－４－ヒドロキシプロリン、４－アミノフェニルアラニン、４－ニトロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、４－カルボキシフェニルアラニン、β－フェニルセリン β－ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、ａ－ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン－２－カルボン酸、１，２，３，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’－ベンジル－Ｎ’－メチル－リジン、Ν’，Ν’－ジベンジル－リジン、６－ヒドロキシリジン、オルニチン、ａ－アミノシクロペンタンカルボン酸、ｏｃ－アミノシクロヘキサンカルボン酸、ａ－アミノシクロヘプタンカルボン酸、ａ－（２－アミノ－２－ノルボルナン）－カルボン酸、α，γ－ジアミノ酪酸、β－ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びｏｃ－ｔｅｒｔ－ブチルグリシンが挙げられる。

【0157】

本発明に包含される結合性タンパク質は、グリコシル化、アミド化、カルボキシル化、リン酸化、エステル化、Ｎ－アシル化、環化（例えば、ジスルフィド架橋を介して）、もしくは酸付加塩への変換、及び／または任意選択的に二量体化もしくはポリマー化、もしくは結合体化を受けていることがある。

【0158】

いくつかの実施形態では、例えばＮ末端、Ｃ末端または内部アミノ酸に対して、疎水性部分構造を結合させることを用いて、本発明に包含されるペプチドの半減期を延ばすことがある。他の実施形態では、結合性タンパク質は翻訳後修飾（例えば、メチル化及び／またはアミド化）を含み得るが、これは、例えば血清半減期に対して、影響を及ぼすことができる。いくつかの実施形態では、（例えば、ミリストイル化及び／またはパルミチル化による）単純な炭素鎖を結合性タンパク質に結合体化させることがある。いくつかの実施形態では、単純な炭素鎖は結合性タンパク質を、非結合体化材料から簡単に分離できるものにし得る。例えば、結合性タンパク質を非結合体化材料から分離するために用いられ得る方法としては、限定はされないが、溶媒抽出及び逆相クロマトグラフィーが挙げられる。親油性部分構造は、血清アルブミンに対する可逆的結合によって半減期を延ばすことができる。結合体化される部分構造は、血清アルブミンに対する可逆的結合によってペプチドの半減期を延ばす親油性部分構造であり得る。いくつかの実施形態では、親油性部分構造は、コレステロール、またはコレステロール誘導体、例えば、コレステン、コレスタン、コレスタジエン及びオキシステロールであり得る。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質をミリスチン酸（テトラデカン酸）またはその誘導体に結合体化させることがある。他の実施形態では、結合性タンパク質を半減期改変剤とカップリング（例えば結合体化）させることがある。半減期改変剤の例としては、限定はされないが、ポリマー、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヒドロキシエチル澱粉、ポリビニルアルコール、水溶性ポリマー、双性イオン性水溶性ポリマー、水溶性ポリ（アミノ酸）、プロリン、アラニン及びセリンの水溶性ポリマー、グリシン、グルタミン酸及びセリンを含有する水溶性ポリマー、Ｆｃ領域、脂肪酸、パルミチン酸、またはアルブミンに結合する分子が挙げられる。いくつかの実施形態では、別の分子に対する結合体化または融合を容易にするために、及び結合体化または融合されたそのような分子からのペプチドの切断を容易にするために、スペーサーまたはリンカー、例えば、スペーサーまたはリンカーとしての役割を果たす１、２、３、４個の、またはそれよりも多いアミノ酸残基を結合性タンパク質にカップリングさせることがある。いくつかの実施形態では、例えば結合性タンパク質の特性を改変できるまたはそれに変化をもたらすことができる、他の部分構造に、結合性タンパク質を結合体化させることができる。

【0159】

ペプチドなどのタンパク質は、組換え的にまたは合成的に、例えば、固相ペプチド合成または液相ペプチド合成によって、生産され得る。タンパク質合成は、既知の合成方法によって、例えば、フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）化学反応を用いて、またはブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）化学反応によって、実施され得る。タンパク質断片同士を酵素的または合成的に繋ぎ合わせることができる。

【0160】

本発明に包含される態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載されるタンパク質を生産する方法であって、（ｉ）本明細書に記載される結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸によって形質転換された形質転換済み宿主細胞を、上記結合性タンパク質の発現を可能にするのに適した条件下で培養するステップ；及び（ｉｉ）発現した結合性タンパク質を回収するステップを含む、当該方法である。

【0161】

組換え的に生産された結合性タンパク質を単離及び精製するために有用な方法は、例えば、結合性タンパク質を培養培地中に分泌する好適な宿主細胞／ベクターシステムから上清を得、次いで市販のフィルターを使用して培地を濃縮することを含み得る。濃縮した後、その濃縮物は、単一の好適な精製マトリックスまたは一連の好適なマトリックス、例えば、親和性マトリックスまたはイオン交換樹脂に塗布され得る。１つ以上の逆相ＨＰＬＣステップを利用して、組換えポリペプチドをさらに精製することがある。これらの精製方法は、免疫原をその自然環境から単離する場合にも採用され得る。本明細書に記載される結合性タンパク質の１種以上を大規模生産するための方法としてはバッチ細胞培養が挙げられるが、これは、適切な培養条件を維持するようにモニタリング及び制御される。結合性タンパク質の精製は、本明細書に記載され当技術分野で既知である方法に従って実施され得る。

【0162】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはその断片をコードする核酸、例えば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードするＤＮＡ分子である。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはその断片をコードするオープンリーディングフレームを含む発現ベクターを、含む。いくつかの実施形態では、核酸は、オープンリーディングフレームの発現のために必要となる調節エレメントを含む。そのようなエレメントには、例えば、プロモーター、開始コドン、終止コドン、及びポリアデニル化シグナルが含まれ得る。加えて、エンハンサーが含まれることがある。これらのエレメントは、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはその断片をコードする配列に機能的に連結され得る。タンパク質、例えばペプチドを発現させるのに有用となる代表的なベクター、プロモーター、調節エレメントなどについては以下にさらに記載される。

【0163】

ＩＩＩ．ＭＨＣ－ペプチド複合体
ある特定の態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、及びＭＨＣ分子を含む、組成物である。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドは、ＭＨＣ分子と安定した複合体を形成する。

【0164】

ＭＨＣタンパク質を、薬剤、例えば、検出部分構造、放射線増感剤、光増感剤などに結合体化させることがある、及び／またはペプチドに関して上述されるように化学修飾することがある。

【0165】

本開示に包含される組成物及び方法において提供及び使用されるＭＨＣタンパク質は、当技術分野で知られている任意の好適なＭＨＣ分子であり得る。一般に、それらは、式（α－β－Ｐ）_ｎを有し、式中、ｎは、少なくとも２、例えば２～１０、例えば４である。αは、クラスＩまたはクラスＩＩＭＨＣタンパク質のα鎖である。βは、本明細書でクラスＩＩ ＭＨＣタンパク質のβ鎖またはＭＨＣクラスＩタンパク質のβ_２マイクログロブリンとして規定されるβ鎖である。Ｐはペプチド抗原である。

【0166】

いくつかの実施形態では、ＭＨＣタンパク質は、ＭＨＣクラスＩ複合体、例えばＨＬＡ Ｉ複合体である。

【0167】

ＭＨＣタンパク質は、任意の哺乳動物または鳥類の属種、例えば、霊長類属種、特にヒト；マウス、ラット及びハムスターを含めた齧歯動物；ウサギ；ウマ；ウシ；イヌ；ネコなどからのものであり得る。例えば、ＭＨＣタンパク質は、ヒトＨＬＡタンパク質またはマウスＨ－２タンパク質に由来し得る。ＨＬＡタンパク質としては、クラスＩＩサブユニットＨＬＡ－ＤＰα、ＨＬＡ－ＤＰβ、ＨＬＡ－ＤＱα、ＨＬＡ－ＤＱβ、ＨＬＡ－ＤＲα、及びＨＬＡ－ＤＲβ、ならびにクラスＩタンパク質ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ならびにβ２－マイクログロブリンが挙げられる。Ｈ－２タンパク質としては、クラスＩサブユニットＨ－２Ｋ、Ｈ－２Ｄ、Ｈ－２Ｌ、ならびにクラスＩＩサブユニットＩ－Ａα、Ｉ－Ａβ、Ｉ－Ｅα、及びＩ－Ｅβ、ならびにβ２－マイクログロブリンが挙げられる。いくつかの代表的なＭＨＣタンパク質の配列は、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２，ｐｐ７２４－８１５の中に見つかり得る。本発明に使用するのに適するＭＨＣタンパク質サブユニットは、通常、膜に結合しているタンパク質の、可溶性形態であるが、これは、当技術分野で知られているとおりに、例えば、膜貫通ドメイン及び細胞質側ドメインの欠失によって、調製されるものである。

【0168】

クラスＩタンパク質の場合、可溶性形態は、α１、α２及びα３ドメインを含み得る。可溶性クラスＩＩサブユニットは、αサブユニットのためのα１及びα２ドメイン、ならびにβサブユニットのためのβ１及びβ２ドメインを含み得る。

【0169】

α及びβサブユニットを別々に生産し、ｉｎ ｖｉｔｒｏで会合させて、安定したヘテロ２本鎖複合体を形成させることがあり、または両方のサブユニットを単一の細胞に発現させることがある。ＭＨＣサブユニットを生産する方法は当技術分野で既知である。

【0170】

ある特定の実施形態では、ＭＨＣ－ペプチド複合体は、表１（例えば、表１Ａ及び表１Ｂ）から選択されるペプチドエピトープ、及びＭＨＣを含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ－ペプチド複合体は、表１Ａから選択されるペプチドエピトープと、アルファ鎖がＨＬＡ－Ｂ^＊０７血清型を有しているＭＨＣ、例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルによってコードされるＭＨＣとを含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ－ペプチド複合体は、表１Ｂから選択されるペプチドエピトープと、アルファ鎖がＨＬＡ－Ａ^＊２４血清型を有しているＭＨＣ、例えば、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレルによってコードされるＭＨＣとを含む。

【0171】

ＭＨＣ－ペプチド複合体を調製するために、サブユニットを抗原性ペプチドと組み合わせ、ｉｎ ｖｉｔｒｏで折りたたませて、鎖内ジスルフィド結合性ドメインとの安定したヘテロ二量体複合体を形成させることがある。ペプチドを、最初の折りたたみ反応に含ませることがあり、または後のステップで空のヘテロ二量体に付加させることがある。本発明に包含される組成物及び方法において、これは、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはその断片である。サブユニット及びペプチドの折りたたみ及び会合を可能にする条件は、当技術分野で既知である。一例として、おおよその等モル量の可溶化α及びβサブユニットを尿素の溶液に入れて混合することがある。尿素を含んでいない緩衝溶液による希釈または透析によって、再折りたたみが開始される。ペプチドをｐＨ約５～５．５で約１～３日間にわたって空のクラスＩＩヘテロ二量体の中に導入し、続いて中和、濃縮及び緩衝液交換を行うことがある。但し、特定の折りたたみ条件が本発明の実践のために必須であるというわけではない。

【0172】

単量体型複合体（α－β－Ｐ）（本明細書において、単量体）を、例えばＭＨＣ四量体のために、多量体化させることがある。結果として得られる多量体は、長期間にわたって安定している。好ましくは、多量体は、当技術分野で知られているように（例えば、米国特許第５，６３５，３６３号に記載されているように）、αまたはβサブユニット上の特定の結合部位を介して単量体を多価実体に結合させることによって、形成され得る。また、単量体形態あるいは多量体形態にあるＭＨＣタンパク質を、ビーズまたは他の任意の支持体に結合体化させることもある。

【0173】

多量体複合体は、免疫染色または他の当技術分野で知られている方法に使用した場合に直接検出できるように標識付けされることがあり、または当業者で知られているように複合体に特異的及び／または選択的に結合する（例えば、ＭＨＣタンパク質サブユニットに結合する）二次標識免疫試薬と一緒に使用されることがある。例えば、検出可能標識は、蛍光団、例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィコエリスリン（ＰＥ）、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、ブリリアントバイオレット（商標）４２１、ブリリアントＵＶ（商標）３９５、ブリリアントバイオレット（商標）４８０、ブリリアントバイオレット（商標）４２１（ＢＶ４２１）、ブリリアントブルー（商標）５１５、ＡＰＣ－Ｒ７００、またはＡＰＣ－Ｆｉｒｅ７５０であり得る。いくつかの実施形態では、多量体型複合体を、別の部分構造に特異的及び／または選択的に結合することができる部分構造によって標識付けする。例えば、標識は、ビオチン、ストレプトアビジン、オリゴヌクレオチドまたはリガンドであり得る。他の関心とする標識には、蛍光色素、色素、酵素、化学発光物質、粒子、放射性同位体、または他の直接的もしくは間接的に検出できる薬剤が含まれ得る。

【0174】

いくつかの実施形態では、細胞表面上のＭＨＣ分子との関連において免疫原性ペプチドを提示している細胞は、細胞内に、組換えまたは異種抗原をコードする核酸を含むベクター（例えば、ウイルスベクター）で細胞をトランスフェクトまたは形質導入することによって、作り出される。いくつかの実施形態では、１種以上のペプチド抗原、例えば、場合によっては、発現する異種タンパク質の１種以上のペプチド抗原が、細胞によって発現され、プロセシングされ、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子との関連において細胞の表面上に提示される条件の下で、ベクターを細胞に導入する。

【0175】

一般に、ベクターに接触させる細胞は、ＭＨＣを発現する細胞、すなわち、ＭＨＣ発現細胞である。細胞は、細胞表面上にＭＨＣを正常に発現するもの、細胞表面上でＭＨＣを発現する及び／またはその発現を上方制御するように誘導されるもの、あるいは細胞表面上にＭＨＣ分子を発現するように操作されているものであり得る。いくつかの実施形態では、ＭＨＣは、場合によってポリペプチドのペプチド抗原、例えば細胞機構によってプロセシングされたペプチド抗原と複合体化することができる、多形性ペプチド結合部位、または結合溝を含有する。場合によっては、ＭＨＣ分子は、Ｔ細胞上のＴＣＲによって、または他のペプチド結合性分子によって認識されることができる立体配座での抗原の提示のために、細胞表面上に、例えば、ペプチドとの複合体として、つまりＭＨＣ－ペプチド複合体として、提示または発現されることがある。

【0176】

いくつかの実施形態では、細胞は有核細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は抗原提示細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、マクロファージ、樹状細胞、Ｂ細胞、内皮細胞または線維芽細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、内皮細胞、例えば、内皮細胞株または初代内皮細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、線維芽細胞、例えば、線維芽細胞株または初代線維芽細胞である。

【0177】

いくつかの実施形態では、細胞は、人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）である。典型的には、ａＡＰＣは、天然ＡＰＣの特徴、例えば、ＭＨＣ分子の発現、刺激及び共刺激分子（複数可）、Ｆｃ受容体、接着分子（複数可）、及び／またはサイトカイン（例えばＩＬ－２）を産生または分泌する能力を含む。通常、ａＡＰＣは、上記の１つ以上の発現を欠く細胞株であり、ＭＨＣ分子、低親和性Ｆｃ受容体（ＣＤ３２）、高親和性Ｆｃ受容体（ＣＤ６４）、共刺激シグナル（例えば、ＣＤ７、Ｂ７－１（ＣＤ８０）、Ｂ７－２（ＣＤ８６）、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、４－１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、ＩＣＯＳ－Ｌ、ＩＣＡＭ、ＣＤ３０Ｌ、ＣＤ４０、ＣＤ７０、ＣＤ８３、ＨＬＡ－Ｇ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＨＶＥＭ、リンホトキシンベータ受容体、ＩＬＴ３、ＩＬＴ４、３／ＴＲ６、もしくはＢ７－Ｈ３のリガンド；またはＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、ＬＦＡ－１、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、Ｔｏｌｌリガンド受容体、もしくはＣＤ８３のリガンドに特異的に結合する抗体）のうち１つ以上、細胞接着分子（例えば、ＩＣＡＭ－１、またはＬＦＡ－３）、及び／またはサイトカイン（例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、インターフェロンアルファ（ＩＦＮ．ａｌｐｈａ．）、インターフェロンベータ（ＩＦＮ．ｂｅｔａ．）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ．ｇａｍｍａ．）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ．ａｌｐｈａ．）、腫瘍壊死因子ベータ（ＴＮＦ．ｂｅｔａ．）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、及び顆粒球コロニー刺激因子（ＧＣＳＦ））のうちで欠けているエレメントの１つ以上の導入によって（例えば、トランスフェクションまたは形質導入によって）生成される。場合によっては、ａＡＰＣは、通常はＭＨＣ分子を発現しないが、ＭＨＣ分子を発現するように操作されることがあり、または場合によっては、サイトカインによる刺激などによってＭＨＣ分子を発現するように、誘導される、もしくは誘導されることがある。場合によっては、ａＡＰＣに刺激リガンドを投入することもあり、この刺激リガンドとしては、例えば、抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ２８抗体または抗ＣＤ２抗体が挙げられる。ａＡＰＣを作り出すための骨格として使用されることがある例示的な細胞株は、Ｋ５６２細胞株、または線維芽細胞株である。様々なａＡＰＣが当技術分野で知られており、例えば、米国特許第８，７２２，４００号、公開出願第ＵＳ２０１４／０２１２４４６号、Ｂｕｔｌｅｒ ａｎｄ Ｈｉｒａｎｏ（２０１４）Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．２５７：１０．１１１１／ｉｍｒ．１２１２９、Ｓｕｈｏｓｈｋｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１５：９８１－９８８）を参照されたい。

【0178】

細胞によって発現される特定のＭＨＣまたはアレルを決定または同定することは、十分に当業者の技量の範囲内のことである。いくつかの実施形態では、細胞をベクターと接触させる前に、特定のＭＨＣ分子の発現を、例えば特定のＭＨＣ分子に対して特異的である抗体を使用することによって、評価または確認することがある。ＭＨＣ分子に対する抗体は、例えば以下に記載される任意の抗体のように、当技術分野で既知である。

【0179】

いくつかの実施形態では、細胞は、所望のＭＨＣ拘束のＭＨＣアレルを発現するように選択され得る。いくつかの実施形態では、細胞、例えば細胞株のＭＨＣ型判定については、当技術分野でよく知られている。いくつかの実施形態では、細胞、例えば対象から得られた初代細胞の、ＭＨＣ型判定は、当技術分野でよく知られている手順を用いて、例えば、分子ハプロタイプアッセイ（ＢｉｏＴｅｓｔ ＡＢＣ ＳＳＰｔｒａｙ，ＢｉｏＴｅｓｔ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ．，Ｄｅｎｖｉｌｌｅ，Ｎ．Ｊ．、ＳｅＣｏｒｅ Ｋｉｔｓ，Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ Ｉｓｌａｎｄ，Ｎ．Ｙ．）を用いて組織型判定を実施することによって、決定され得る。場合によっては、例えば配列に基づく型判定（ＳＢＴ）（Ａｄａｍｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．，２：３０、Ｓｍｉｔｈ（２０１２）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．，８８２：６７－８６）を用いることによって、ＨＬＡ遺伝型を判定する細胞の標準的な型判定を実施することは、十分に当業者の技量の範囲内のことである。場合によっては、細胞、例えば線維芽細胞のＨＬＡ型判定は既知である。例えば、ヒト胎児肺線維芽細胞株ＭＲＣ－５は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、Ａ２９、Ｂ１３、Ｂ４４ Ｃｗ７（Ｃ^＊０７０２）であり、ヒト包皮線維芽細胞株Ｈｓ６８は、ＨＬＡ－Ａ１、Ａ２９、Ｂ８、Ｂ４４、Ｃｗ７、Ｃｗ１６であり、ＷＩ－３８細胞株は、Ａ^＊６８０１、Ｂ^＊０８０１である（Ｓｏｌａｃｈｅ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，１６３：５５１２－５５１８、Ａｍｅｒｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰｌｏＳ Ｐａｔｈｏｇ．９：ｅ１００３３８３）。ヒトトランスフェクタント線維芽細胞株Ｍ１ＤＲ１／Ｉｉ／ＤＭは、ＨＬＡ－ＤＲ及びＨＬＡ－ＤＭを発現する（Ｋａｒａｋｉｋｅｓ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＦＡＳＥＢ Ｊ．，２６：４８８６－９６）。

【0180】

いくつかの実施形態では、ベクターを接触させるまたは導入する細胞は、ＭＨＣ分子を発現するように操作またはトランスフェクトされた細胞である。いくつかの実施形態では、細胞株は、親細胞株を遺伝子改変することによって調製され得る。いくつかの実施形態では、細胞は、通常であれば特定のＭＨＣ分子が欠損しているが、そのような特定のＭＨＣ分子を発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、組換えＤＮＡ技術を用いて細胞を遺伝子操作する。

【0181】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体は、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合するＴ細胞を検出するために使用される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体は、例えば蛍光標識が付けられたＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的及び／または選択的に結合するＴ細胞（例えばＣＤ８＋Ｔ細胞）の量及び／または百分率を検出することによって、対象におけるＴ細胞応答を追跡評価するために使用される。ＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的なＴ細胞を検出するためのＭＨＣ－ペプチド複合体（例えば、ＭＨＣ－ペプチド四量体）を生成、標識付け及び使用する方法は、当技術分野でよく知られている。さらなる説明は、例えば、米国特許第７，７７６，５６２号、米国特許第８，２６８，９６４号及び米国特許公開第２０１９／００８５０４８号の中に見つけることができる。

【0182】

ＩＶ．免疫原性組成物
いくつかの態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド及び／またはＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードする核酸、ならびにアジュバントを含む、医薬組成物（例えば、ワクチン組成物）である。いくつかの態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含む安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、及びアジュバントを含む、医薬組成物（例えば、ワクチン組成物）である。いくつかの実施形態では、組成物は、複数（例えば２つ以上）のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたは核酸の組合せ、及びアジュバントを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含む複数（例えば２つ以上）の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体の組合せ、及びアジュバントを含む。いくつかの実施形態では、上記組成物はさらに、薬学的に許容される担体を含む。

【0183】

本明細書に開示される医薬組成物は、固体または液体の形態、例えば、以下のために適した形態での投与のために特別に製剤化され得る：（１）経口投与、例えば、ドレンチ剤（水性または非水性の液剤または懸濁剤）、錠剤、例えば、頬側、舌下及び全身吸収を目的としたもの、大丸薬、散剤、顆粒剤、舌に塗布するためのペースト剤；または（２）非経口投与、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または硬膜外注射によるもの、例えば、無菌の液剤もしくは懸濁剤、または持続放出性製剤。

【0184】

これらの製剤または組成物を調製する方法としては、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド及び／または核酸を、アジュバント、担体、及び任意選択的に１つ以上の補助成分と会合させるステップを含む。一般に、製剤は、本明細書に記載の薬剤を、液体担体もしくは微粉砕された固体担体、またはその両方と一様かつ緻密に会合させ、その後、必要に応じて生成物を成型することによって、調製される。

【0185】

非経口投与に適する医薬組成物は、アジュバントと組み合わせた本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド及び／または核酸、ならびに１つ以上の薬学的に許容される無菌等張化水性もしくは非水性溶液、分散体、懸濁液またはエマルジョン、あるいは使用直前に無菌注射溶液または分散体に再構成され得る無菌粉末を含み、これは、糖、アルコール、酸化防止剤、緩衝剤、静菌剤、製剤を意図したレシピエントの血液と等張にする溶質、または懸濁化もしくは増粘剤を含有し得る。

【0186】

医薬組成物に採用され得る好適な水性及び非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）及びその好適な混合物、植物油、例えばオリーブ油、ならびに注射用有機エステル、例えばオレイン酸エチルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用、分散体の場合に必要とされる粒径の維持、及び界面活性剤の使用によって、維持され得る。

【0187】

選択される投与経路にかかわらず、好適な水和形態で使用されることがある本明細書に提供される薬剤、及び／または本明細書に開示される医薬組成物は、当業者に知られている慣例的方法によって、薬学的に許容される剤形に製剤化される。

【0188】

いくつかの実施形態では、記載される医薬組成物は、対象に投与されると、ＭＡＧＥＣ２に感染した細胞に対する免疫応答を誘発することができる。そのような医薬組成物は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の予防的及び／または治療的処置のためのワクチン組成物として有用であり得る。

【0189】

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、生理学的に許容されるアジュバントをさらに含む。いくつかの実施形態では、採用されるアジュバントは、医薬組成物の免疫原性の向上をもたらす。そのようなさらなる免疫応答刺激化合物またはアジュバントは、（ｉ）ペプチド及び任意選択の乳化剤を上記に規定される油系アジュバントで再構成した後に本発明に係る医薬組成物と混合され得る、（ｉｉ）上記に規定される本発明の再構成組成物の一部となり得る、（ｉｉｉ）再構成されることになるペプチド（複数可）に物理的に連結され得る、または（ｉｖ）治療されることになる対象、哺乳動物またはヒトに別個に投与され得る。アジュバントは、抗原の遅延放出をもたらすものであり得（例えば、アジュバントはリポソームであり得る）、またはそれは、それ自体で免疫原性であり、それによって抗原（すなわち、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド中に存在する抗原）と相乗的に機能するアジュバントであり得る。例えば、アジュバントは既知のアジュバントであってもよいし、または抗原取り込みを促進する、免疫系細胞を投与部位へ動員する、または応答性リンパ系細胞の免疫賦活を促進する他の物質であってもよい。アジュバントとしては、限定されるものではないが、免疫調節分子（例えば、サイトカイン）、油及び水のエマルジョン、水酸化アルミニウム、グルカン、デキストラン硫酸、酸化鉄、アルギン酸ナトリウム、バクト－アジュバント、合成ポリマー、例えば、ポリアミノ酸、及びアミノ酸のコポリマー、サポニン、パラフィンオイル、ならびにムラミルジペプチドが挙げられる。いくつかの実施形態では、アジュバントは、アジュバント６５、α－ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β－グルカンペプチド、ＣｐＧ ＤＮＡ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＧＰＩ－０１００、ＩＦＡ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１７、リピドＡ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタナイド（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ）、Ｎ－アセチル－ムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、キルＡ（ｑｕｉｌ Ａ）、トレハロースジミコラート、またはザイモサンである。

【0190】

いくつかの実施形態では、アジュバントは、免疫調節分子である。例えば、免疫調節分子は、免疫学的応答を増強するように設計された、組換えタンパク質サイトカイン、ケモカインもしくは免疫刺激剤、またはサイトカイン、ケモカインもしくは免疫刺激剤をコードする核酸であることがある。

【0191】

免疫調節性サイトカインの例としては、インターフェロン（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ及びＩＦＮγ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７及びＩＬ－２０）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦα及びＴＮＦβ）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＬＴ－３リガンド、ｇＩｐ１０、ＴＣＡ－３、ＭＣＰ－１、ＭＩＦ、ＭＩＰ－１．アルファ、ＭＩＰ－１β、ランテス（Ｒａｎｔｅｓ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、及び顆粒球－マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ならびに上記のいずれか機能性断片が挙げられる。

【0192】

いくつかの実施形態では、ケモカイン受容体に、つまり、ＣＸＣ、ＣＣ、ＣまたはＣＸ３Ｃケモカイン受容体に結合する免疫調節性ケモカインもまた、本明細書に提供される組成物に含まれることがある。ケモカインの例としては、限定されるものではないが、Ｍｉｐ１α、Ｍｉｐ－１β、Ｍｉｐ－３α（Ｌａｒｃ）、Ｍｉｐ－３β、ランテス（Ｒａｎｔｅｓ）、Ｈｃｃ－１、Ｍｐｉｆ－１、Ｍｐｉｆ－２、Ｍｃｐ－１、Ｍｃｐ－２、Ｍｃｐ－３、Ｍｃｐ－４、Ｍｃｐ－５、エオタキシン（Ｅｏｔａｘｉｎ）、タルク（Ｔａｒｃ）、Ｅｌｃ、Ｉ３０９、ＩＬ－８、Ｇｃｐ－２ Ｇｒｏ－α、Ｇｒｏ－β、Ｇｒｏ－γ、Ｎａｐ－２、Ｅｎａ－７８、Ｇｃｐ－２、Ｉｐ－１０、Ｍｉｇ、Ｉ－Ｔａｃ、Ｓｄｆ－１、及びＢｃａ－１（Ｂｌｃ）、ならびに上記のいずれかの機能性断片が挙げられる。

【0193】

いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸、例えば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードするオープンリーディングフレームを含む発現ベクターを含む。

【0194】

細胞（例えば、宿主細胞、抗原提示細胞（ＡＰＣ）、例えば、樹状細胞、マクロファージなど）によって取り込まれた場合、ＤＮＡ分子は、染色体外分子として細胞中に存在することがある、及び／または染色体中に組み込まれることがある。ＤＮＡを、別々の遺伝物質のままであり得るプラスミドの形態で、細胞の中に導入することがある。あるいは、染色体に組み込まれ得る線状ＤＮＡを、細胞の中に導入することがある。任意選択的に、ＤＮＡを細胞の中に導入する場合、染色体の中にＤＮＡが組み込まれることを促進する試薬を添加してもよい。

【0195】

Ｖ．結合性タンパク質
いくつかの態様では、本明細書に記載のペプチドに結合する結合部分構造、及び／または本明細書に記載の安定ＭＨＣ－ペプチド複合体が提供される。例えば、ペプチド及び／または安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的及び／または選択的に、例えば約１０^－４Ｍ以下（例えば、約１０^－４、１０^－５、１０^－６、１０^－７、約１０^－８、約１０^－９、約１０^１０、約１０^－１１、約１０^－１２、約１０^－１３、約１０^－１４など）のＫ_ｄで結合する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、抗体及び類似するもののような、結合性タンパク質が提供される。

【0196】

本発明に包含される態様では、本明細書に提供されるのは、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に（例えば、特異的及び／または選択的に）結合する、結合性タンパク質である。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質は、約５×１０^－４Ｍ以下、約１×１０^－４Ｍ以下、約５×１０^－５Ｍ以下、約１×１０^－５Ｍ以下、約５×１０^－６Ｍ以下、約１×１０^－６Ｍ以下、約５×１０^－７Ｍ以下、約１×１０^－７Ｍ以下、約５×１０^－８Ｍ以下、約１×１０^－８Ｍ以下、約５×１０^－９Ｍ以下、約１×１０^－９Ｍ以下、約５×１０^－１０Ｍ以下、約１×１０^－１０Ｍ以下、約５×１０^－１１Ｍ以下、約１×１０^－１１Ｍ以下、約５×１０^－１２Ｍ以下、約１×１０^－１２Ｍ以下、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば、約１～５０マイクロモーラー、１～１００マイクロモーラー、０．１～５００マイクロモーラーなどのＫ_ｄでＭＡＧＥＣ２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に（例えば、特異的及び／または選択的に）結合することができる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ血清型はＨＬＡ－Ｂ^＊０７である、及び／またはＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡアレルはＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ血清型はＨＬＡ－Ａ^＊２４である、及び／またはＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６及びＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレルからなる群から選択される。特定の実施形態では、ＨＬＡアレルはＨＬＡ－Ａ^＊２４０２である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、遺伝子操作、単離及び／または精製されている。

【0197】

いくつかの実施形態では、既知のＴ細胞受容体（例えば、ｖａｎ Ｋｕｎｅｒｔ ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９７：２５４１－２５５２からのＴＣＲ、または本明細書に記載される他のもの）と比較して結合性タンパク質は、より高い結合親和性でＭＡＧＥＣ２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に結合する。例えば、既知のＴ細胞受容体と比較して結合性タンパク質は、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、５０００倍、１００００倍、５００００倍、１０００００倍、５０００００倍、１００００００倍、もしくはそれ以上高い、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲でより高い、例えば、１．２倍～２倍高い、ＭＡＧＥＣ２ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）に対する結合親和性を有し得る。

【0198】

いくつかの実施形態では、既知のＴ細胞受容体と比較して結合性タンパク質は、ＭＡＧＥＣ２の発現が一定以下である標的細胞と接触した場合、より強いＴ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅を誘導する（例えば、様々なレベルでＭＡＧＥＣ２を発現している代表的な細胞株については実施例の節を参照）。例えば、本明細書に記載される任意の態様のいくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２レベルは、１００万あたりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）として表されることができ、例えば、転写物１００万個あたり約１，０００個の転写物（約１，０００ＴＰＭ）、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ及び１ＴＰＭ、もしくはそれ以下、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば、約１，０００ＴＰＭ以下～約７３ＴＰＭ以下）であり得る。本明細書にさらに記載されるように、ＴＰＭは、よく知られている技術、例えばＲＮＡ－Ｓｅｑに従って測定され、遺伝子発現ＴＰＭデータは、様々な細胞株、組織型などについて、当技術分野でよく知られている（例えば、ワールドワイドウェブ上でｐｏｒｔａｌｓ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇにあるｔｈｅ Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ（ＣＣＬＥ）を参照）。いくつかの実施形態では、既知のＴ細胞受容体と比較して結合性タンパク質は、ＭＡＧＥＣ２のヘテロ接合型発現を有する標的細胞と接触した場合、Ｔ細胞増殖、サイトカイン放出及び／または細胞傷害的殺滅を少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍、もしくはそれを超えて、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲で、例えば、１．２倍～２倍増大させる。

【0199】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２の発現を、ＲＮＡ－シーケンシング（ＲＮＡ－ｓｅｑ）を用いて検出する。ＲＮＡ－ｓｅｑは、一般に、以下のステップを含む：遺伝物質を含有するサンプルを得るステップ、得られたサンプルから全ＲＮＡを単離するステップ、全ＲＮＡから増幅済みｃＤＮＡライブラリーを調製するステップ、増幅済みｃＤＮＡライブラリーを配列決定するステップ、及び増幅済みｃＤＮＡを解析及びプロファイリングして様々な転写物の発現レベルを評価するステップ。サンプルは、細胞の集団、組織サンプル、生検サンプル、細胞培養物、または単一の細胞であることがある。当技術分野で知られている任意の方法を用いて生物学的サンプルから全ＲＮＡを単離することができる。ある特定の実施形態では、全ＲＮＡを血漿から抽出する。血漿ＲＮＡの抽出は、Ｅｎｄｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， “Ｔｈｅ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ Ｃｏｒｔｉｃｏｔｒｏｐｉｎ－Ｒｅｌｅａｓｉｎｇ Ｈｏｍｅｒ ｍＲＮＡ ｉｎ Ｍａｔｅｒｉａｌ Ｐｌａｓｍａ Ｉｓ Ｉｎｃｌｉｎｅｄ ｉｎ Ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ，”Ｃｌｉｎｒに記載されている。そこに記載されているように、遠心分離ステップ後に回収した血漿を、Ｔｒｉｚｏｌ ＬＳ試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びクロロホルムと混合する。その混合物を遠心分離し、その水層を新しいチューブに移す。この水層にエタノールを加える。次いで、その混合物を、ＲＮｅａｓｙミニカラム（Ｑｉａｇｅｎ）に入れ、製造業者の推奨に従って処理する。

【0200】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、全ＲＮＡから増幅済みｃＤＮＡを調製するステップを含む。例えば、ｃＤＮＡを調製し、単離したＲＮＡサンプルを希釈せずに無作為に増幅する、または単離したＲＮＡの中に遺伝物質を含む混合物を個々の反応サンプルの中に分散させる。ある特定の実施形態では、サンプル中のトランスクリプトームの３’末端から全体にわたって増幅を無作為に開始させて、ｍＲＮＡ及び非ポリアデニル化転写物の両方を増幅する。このようにして、二本鎖ｃＤＮＡ増幅産物は、次世代シーケンシングプラットフォームのためのシーケンシングライブラリーを生成するために最適化される。本発明に包含される方法によるｃＤＮＡの増幅に適したキットとしては、例えば、Ｏｖａｔｉｏｎ（登録商標）ＲＮＡ－Ｓｅｑシステムが挙げられる。

【0201】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、増幅済みｃＤＮＡを配列決定するステップを含む。任意の既知のシーケンシング方法を用いて、増幅済みｃＤＮＡ混合物を配列決定することができ、例えば、単一分子シーケンシング法が挙げられる。ある特定の実施形態では、増幅済みｃＤＮＡを、全トランスクリプトームショットガンシーケンシングによって配列決定する。全トランスクリプトームショットガンシーケンシングは、様々な次世代シーケンシングプラットフォーム、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒプラットフォーム、ＡＢＩ ＳＯＬｉＤ（商標）シーケンシングプラットフォーム、またはＬｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅの４５４シーケンシングプラットフォームを使用して行われ得る。

【0202】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＲＮＡ－ｓｅｑは、ｃＤＮＡに対して、デジタル計数、及び解析を行うことをさらに含む。増幅済みサンプル中の各転写物についての増幅済み配列の数は、配列読取り（増幅済み鎖１本あたり１回の読取り）によって定量することができる。いくつかの実施形態では、１００万あたりの転写物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ（ＴＰＭ））を用いて特定の転写物の発現レベルを定量する。ＴＰＭは、Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｔｈｅｏｒｙ ｉｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ １３１：２８１－２８５に示されるように計算され得、参照によりその内容の全体が本明細書に援用される。

【0203】

ある特定の実施形態では、結合性タンパク質は、特定のＨＬＡアルファ鎖アレルを有する特定のＨＬＡ分子などのＭＨＣ分子との複合体の状態にあるＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを認識する。例えば、表２Ａに列挙される結合性タンパク質は、実施例の節にさらに記載されるように、アルファ鎖がＨＬＡ－Ｂ^＊０７血清型を有しているＭＨＣ、例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルによってコードされるＭＨＣと会合した状態にあるＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドの結合剤として同定された。同様に、表２Ｂに列挙される結合性タンパク質は、実施例の節にさらに記載されるように、アルファ鎖がＨＬＡ－Ａ^＊２４血清型を有しているＭＨＣ、例えば、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレルによってコードされるＭＨＣと会合した状態にあるＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドの結合剤として同定された。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質はＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドとＭＨＣ分子との複合体を認識し、ＭＨＣ分子は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１、ＨＬＡ－Ａ^＊２４、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７からなる群から選択されるＨＬＡ血清型であるＭＨＣアルファ鎖を含み、任意選択的に、ＨＬＡアレルは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１６、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１７、ＨＬＡ－Ａ^＊０２１９、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２２４、ＨＬＡ－Ａ^＊０２３０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２４２、ＨＬＡ－Ａ^＊０２５３、ＨＬＡ－Ａ^＊０２６０、ＨＬＡ－Ａ^＊０２７４アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０５、ＨＬＡ－Ａ^＊０３０７、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊０１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊０１１６アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０１、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０２、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０３、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０４、ＨＬＡ－Ａ^＊１１０５、ＨＬＡ－Ａ^＊１１１９アレル、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０３、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４０８、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１４、ＨＬＡ－Ａ^＊２４１７、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２０、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２２、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２５、ＨＬＡ－Ａ^＊２４２６、ＨＬＡ－Ａ^＊２４５８アレル、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５、及びＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドは、ヒトＭＡＧＥＣ２タンパク質、及び／または表３に示されるＭＡＧＥＣ２タンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、１種以上のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを単独で、またはアジュバントと組み合わせて投与する。

【0204】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、もしくはそれを上回る同一性を有するＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、もしくはそれを上回る同一性を有するＴＣＲベータ鎖配列。

【0205】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖配列。

【0206】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、もしくはそれを上回るの同一性を有するＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、もしくはそれを上回る同一性を有するＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列。

【0207】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、以下を含む（例えば、以下を含む、以下から本質的になる、または以下からなる）：ａ）表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖可変（Ｖ_α）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列；及び／またはｂ）表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖可変（Ｖ_β）ドメイン配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列。

【0208】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列からなる群から選択されるＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性を有する少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ、例えば、ＣＤＲ３単独、またはＣＤＲ１及びＣＤＲ２との組合せ）のＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。ＣＤＲ３は、プロセシングを受けた抗原を認識することを担う主要なＣＤＲであると考えられており、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は主にＭＨＣと相互作用し、それゆえ、いくつかの実施形態では、表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖由来のＣＤＲ３単独及び／またはＴＣＲベータ鎖由来のＣＤＲ３単独を含む結合性タンパク質であって、各々のＣＤＲ３が、この段落に列挙されるような配列相同性を有する、当該結合性タンパク質が提供される。

【0209】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質はまた、表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖相補性決定領域（ＣＤＲ）配列からなる群から選択されるＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性を有する少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ、例えば、ＣＤＲ３単独、またはＣＤＲ１及びＣＤＲ２との組合せ）のＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ配列を含むこともある（例えば、それを含むこともある、それから本質的になることもある、またはそれからなることもある）。上記のように、ＣＤＲ３は、プロセシングを受けた抗原を認識することを担う主要なＣＤＲであると考えられており、ＣＤＲ１及びＣＤＲ２は主にＭＨＣと相互作用し、それゆえ、いくつかの実施形態では、表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖由来のＣＤＲ３単独及び／またはＴＣＲアルファ鎖由来のＣＤＲ３単独を含む結合性タンパク質であって、各々のＣＤＲ３が、この段落に列挙されるような配列相同性を有する、当該結合性タンパク質が提供される。

【0210】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む（例えば、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ）のそれを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0211】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質はまた、表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含むこともある（例えば、少なくとも１つ（１つ、２つまたは３つ）のそれを含むこともある、それから本質的になることもある、またはそれからなることもある）。

【0212】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、表２に列挙されるＴＣＲアルファ鎖定常領域（Ｃ_α）配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性を有するＴＣＲ Ｃ_α配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0213】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質はまた、表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖定常領域（Ｃ_β）配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性を有するＴＣＲ Ｃ_β配列を含むこともある（例えば、それを含むこともある、それから本質的になることもある、またはそれからなることもある）。

【0214】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、表２に列挙される、ＴＣＲアルファ鎖定常領域（Ｃ_α）配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｃ_α配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0215】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質はまた、表２に列挙されるＴＣＲベータ鎖定常領域（Ｃ_β）配列からなる群から選択されるＴＣＲ Ｃ_β配列を含むこともある（例えば、それを含むこともある、それから本質的になることもある、またはそれからなることもある）。

【0216】

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表2-4】

【表2-5】

【表2-6】

【表2-7】

【表2-8】

【表2-9】

【表2-10】

【表2-11】

【表2-12】

【表2-13】

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【0217】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される結合性タンパク質は、キメラ型、ヒト化型、ヒト型、霊長類型または齧歯動物型（例えば、ラット型またはマウス型）である定常領域を含む。例えば、ヒト可変領域はマウス定常領域でキメラ化されていることがあり、またはマウス可変領域はヒト定常領域及び／またはヒトフレームワーク領域でヒト化されていることがある。いくつかの実施形態では、機能性を改変するように定常領域を変異させることがある（例えば、天然に存在しないシステイン置換をＴＣＲアルファ及びベータ鎖の中の対向残基位置に導入して、ＴＣＲアルファ及びベータ鎖間の親和性を向上させるのに有用なジスルフィド結合をもたらすこと）。同様に、機能性を改変するように（例えば、疎水性アミノ酸による残基の天然に存在しない置換を導入することによって疎水性を向上させるように）定常領域の膜貫通ドメインに変異を作ることがある。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質の各ＣＤＲは、基準ＣＤＲ配列と比較して最大５つのアミノ酸置換、挿入、欠失またはそれらの組合せを有する。いくつかの実施形態では、細胞表面発現を増大させる変異を定常領域に作ることがある。

【0218】

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される結合性タンパク質は、操作されたタンパク質足場、抗体またはその抗原結合性断片、ＴＣＲ模倣抗体などであり得る。そのような結合部分は、慣例的な免疫学的方法、例えば、宿主を免疫すること、抗体産生細胞及び／またはその抗体を得ること、ならびにモノクローナル抗体の生産に有用なハイブリドーマを作り出すことを用いて本明細書に記載のペプチド及び／またはＭＨＣ－ペプチド複合体に対して設計及び／または作製され得る（例えば、Ｗａｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２４：１７７－１８３、Ｇｅｂａｕｅｒ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ（２００９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．１３：２４５－２５５、Ｓｋｅｒｒａ ｅｔ ａｌ．（２００８）ＦＥＢＳ Ｊ．２７５：２６７７－２６８３、Ｎｙｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）ＦＥＢＳ Ｊ．２７５：２６６８－２６７６、Ｄａｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｅｘｐ．Ｒｅｖ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１４：ｅ６、Ｓｅｒｇｅｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１７：４２６２－４２７２、ＰＣＴ公開第ＷＯ２００７／１４３１０４号、同第ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９号及び同第ＷＯ８６／０１５３３号、米国特許第４，８１６，５６７、Ｂｅｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４０：１０４１－１０４３、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８４：３４３９－３４４３、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１－３５２６、Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：２１４－２１８、Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４７：９９９－１００５、Ｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１４：４４６－４４９、Ｓｈａｗ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．８０：１５５３－１５５９）、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：１２０２－１２０７、Ｏｉ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４：２１４、米国特許第５，２２５，５３９号、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５５２－５２５、Ｖｅｒｈｏｅｙａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４、及びＢｅｉｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３－４０６０。所望により、慣例的手順、例えば、プロテインＡ－セファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、親和性クロマトグラフィー、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈降、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、レクチンクロマトグラフィー、及び高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）などを用いて結合部分を単離または精製することがある（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，ｏｒ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ，Ｎ．Ｙ．）。

【0219】

用語「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ）」及び「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」は、広義には、天然に存在する形態の抗体（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＥ）、ならびに組換え抗体、例えば、一本鎖抗体、キメラ及びヒト化抗体、及び多重特異性抗体、ならびに上記のすべての断片及び誘導体を包含し、当該断片及び誘導体は、少なくとも抗原性結合部位を有する。抗体誘導体は、抗体に結合体化されたタンパク質または化学部分を含み得る。

【0220】

加えて、イントラボディは、抗体の特徴を有するが、関心とする細胞内標的に結合すべく及び／またはそれを阻害すべく細胞内で発現されることができる、よく知られた抗原結合性分子である（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５：５９５－６０１）。細胞内部分に指向するように（例えばそれを阻害するように）抗体を適合させる方法は当技術分野でよく知られており、例えば、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）の使用、超安定性のための免疫グロブリンＶＬドメインの改変、還元性細胞内環境に耐えさせるような抗体の改変、細胞内安定性を向上させる及び／または細胞内局在化を調節する融合タンパク質の作出などが挙げられる。細胞内抗体を、例えば予防目的及び／または治療目的のために（例えば、遺伝子療法として）、多細胞生物の１つ以上の細胞、組織または器官に導入する及び発現させることもできる（少なくとも、ＰＣＴ公開第ＷＯ０８／０２００７９号、同第ＷＯ９４／０２６１０号、同第ＷＯ９５／２２６１８号及び同第ＷＯ０３／０１４９６０、米国特許第７，００４，９４０、Ｃａｔｔａｎｅｏ ａｎｄ Ｂｉｏｃｃａ（１９９７）Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｌａｎｄｅｓ ａｎｄ Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ ｐｕｂｌｓ．）、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ（２００４）Ｍｅｔｈｏｄｓ ３４：１６３－１７０、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １７：２４４５－２４５６、Ａｕｆ ｄｅｒ Ｍａｕｒ ｅｔ ａｌ．（２００１）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５０８：４０７－４１２、Ｓｈａｋｉ－Ｌｏｅｗｅｎｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．３０３：１９－３９を参照）。

【0221】

本明細書で使用される用語「抗体」はまた、抗体の「抗原結合性部分」（または単に「抗体部分」）も含む。用語「抗原結合性部分」は、本明細書で使用される場合、抗原（例えば、本明細書に記載のペプチド及び／またはＭＨＣ－ペプチド複合体）に特異的及び／または選択的に結合する能力を保持している抗体の１つ以上の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、完全長抗体の断片によって行われ得ることが示されている。抗体の「抗原結合性部分」という用語に包含される結合性断片の例としては、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１ドメインからなる一価断片である、Ｆａｂ断片；（ｉｉ）ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片である、Ｆ（ａｂ’）_２断片；（ｉｉｉ）ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の単一のアームのＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるものである、ｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４－５４６）；ならびに（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）が挙げられる。さらには、Ｆｖ断片の２つのドメインであるＶＬ及びＶＨは別個の遺伝子にコードされているが、組換え法を用いて、ＶＬ及びＶＨ領域が対になって一価ポリペプチドを形成した一本のタンパク質鎖（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる；例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３－４２６、及びＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９－５８８３、及びＯｓｂｏｕｒｎ ｅｔ ａｌ．１９９８，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １６： ７７８を参照）としてそれらが作られることを可能にする合成リンカーによって、それらを繋ぎ合わせることができる。そのような一本鎖抗体も、抗体の「抗原結合性部分」という用語に包含されることが意図される。完全なＩｇＧポリペプチドまたは他のアイソタイプをコードする発現ベクターを作り出すために、特定のｓｃＦｖの任意のＶＨ及びＶＬ配列をヒト免疫グロブリン定常領域ｃＤＮＡまたはゲノム配列に連結させることができる。また、タンパク質化学か組換えＤＮＡ技術かのいずれかを用いてＦａｂ、Ｆｖ、または免疫グロブリンの他の断片を作り出すことにも、ＶＨ及びＶＬを使用することができる。他の形態の一本鎖抗体、例えばダイアボディも包含される。ダイアボディとは、単一ポリペプチド鎖上にＶＨ及びＶＬドメインが発現しているが、同一鎖上の２つのドメイン間で対形成するには短過ぎるリンカーを用いており、それによってドメインを別の鎖の相補ドメインと対形成するように仕向けて２つの抗原結合性部位を生み出す、二価の二重特異性抗体である（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４－６４４８、Ｐｏｌｊａｋ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２：１１２１－１１２３を参照）。

【0222】

さらには、抗体またはその抗原結合性部分は、抗体または抗体部分と１つ以上の他のタンパク質またはペプチドとの共有結合的または非共有結合的な会合によって形成されたより大きな免疫粘着ポリペプチドの一部分であってもよい。そのような免疫粘着ポリペプチドの例としては、ストレプトアビジンコア領域を使用して四量体型ｓｃＦｖポリペプチドを作ること（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｈｕｍａｎ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ ６：９３－１０１）、ならびにシステイン残基、タンパク質サブユニットペプチド及びＣ末端側ポリヒスチジンタグを使用して二価のビオチン化ｓｃＦｖポリペプチドを作ること（Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１：１０４７－１０５８）が挙げられる。抗体部分、例えばＦａｂ及びＦ（ａｂ’）_２断片は、慣例的な技術、例えばそれぞれ全抗体のパパインまたはペプシン消化を用いて、全抗体から調製され得る。さらには、抗体、抗体部分及び免疫粘着ポリペプチドは、本明細書に記載されているような標準的な組換えＤＮＡ技術を用いて得ることができる。

【0223】

抗体は、ポリクローナル型もしくはモノクローナル型、異種、同種異系もしくは同系、またはそれらの改変形態（例えば、ヒト化型、キメラ型など）であり得る。抗体はまた、完全にヒト型であることもある。好ましくは、本発明の抗体は、本明細書に記載のペプチド及び／またはＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的及び／または選択的に、あるいは実質的に特異的及び／または選択的に結合する。用語「モノクローナル抗体」及び「モノクローナル抗体組成物」は、本明細書で使用される場合、抗原の特定のエピトープとの免疫反応をすることができる抗原結合性部位を１種類のみ含有する抗体ポリペプチドの集団を指す一方、用語「ポリクローナル抗体」及び「ポリクローナル抗体組成物」は、特定の抗原と相互作用することができる抗原結合性部位を複数種類含有する抗体ポリペプチドの集団を指す。モノクローナル抗体組成物は、典型的には、それと免疫反応をする特定の抗原に対する単一の結合親和性を呈する。

【0224】

本明細書に記載される他の結合部分と同様に、抗体は「ヒト化される」こともあるが、これは、ヒト細胞によって作られる抗体とより密接に類似するように改変された可変及び定常領域を有する非ヒト細胞によって作られた抗体を含めることが意図されている。例えば、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列にみられるアミノ酸を組み込むように非ヒト抗体アミノ酸配列を改変することが挙げられる。本発明のヒト化抗体は、ヒト生殖系細胞免疫グロブリン配列にコードされていないアミノ酸残基を、例えばＣＤＲの中に、含むことがある（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏ／ｅｘ ｖｉｖｏでの無作為的または部位特異的な変異誘発によって、またはｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞変異によって導入された変異）。用語「ヒト化抗体」はまた、本明細書で使用される場合、別の哺乳動物種の生殖細胞系に由来するＣＤＲ配列抗体をヒトフレームワーク配列に接合した抗体も含む。

【0225】

いくつかの実施形態では、本明細書に開示される結合性タンパク質は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される結合性タンパク質は２本のポリペプチド鎖を含むことがあり、これらは各々、ＴＣＲアルファ鎖のＣＤＲ３及びＴＣＲベータ鎖のＣＤＲ３を含んだ、またはＴＣＲアルファ鎖及びＴＣＲベータ鎖の両方のＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含んだ可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質は一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含み、これは、ＴＣＲ Ｖ_α及びＴＣＲ Ｖ_βドメインを両方とも含むがＴＣＲ定常ドメインを１つだけ（Ｃ_αまたはＣ_β）含む。用語「キメラ抗原受容体」（ＣＡＲ）は、天然には存在しない様式で、または宿主細胞中に天然には存在しない様式で互いに連結された２つ以上の天然に存在するアミノ酸配列を含有するように操作された融合タンパク質であって、細胞の表面上に存在する場合に受容体として機能することができる、当該融合タンパク質を指す。本発明に包含されるＣＡＲには、膜貫通ドメイン及び１つ以上の細胞内シグナル伝達ドメイン（任意選択的に、共刺激ドメイン（複数可）を含有する）に連結された、抗原結合性ドメイン（すなわち、免疫グロブリンもしくは免疫グロブリン様分子から、例えば抗体もしくはＴＣＲから、またはＮＫ細胞由来のキラー免疫受容体に由来するかもしくはそれから得られた抗原結合性ドメインから得られた、またはそれに由来する抗原結合性ドメイン）を含む細胞外部分が含まれ得る（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．３：３８８、Ｈａｒｒｉｓ ａｎｄ Ｋｒａｎｚ（２０１６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃｉ．３７：２２０、及びＳｔｏｎｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．６３：１１６３を参照）。

【0226】

いくつかの実施形態では、１）ＴＣＲアルファ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_αドメイン及び／またはＴＣＲアルファ鎖は、表２に列挙されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及びＴＲＡＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ及び／またはＴＲＡＣ遺伝子、もしくはそれらの断片にコードされる、及び／または２）ＴＣＲベータ鎖ＣＤＲ、ＴＣＲ Ｖ_βドメイン及び／またはＴＣＲベータ鎖は、表２に列挙されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及びＴＲＢＣ遺伝子の群から選択されるＴＲＢＶ、ＴＲＢＪ及び／またはＴＲＢＣ遺伝子、もしくはそれらの断片にコードされる、及び／または３）結合性タンパク質の各ＣＤＲは、表２に列挙される同種の基準ＣＤＲ配列と比較して最大５個のアミノ酸置換、挿入、欠失もしくはそれらの組合せを有する。

【0227】

いくつかの実施形態では、本出願に開示される結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は、キメラ型（例えば、１つよりも多いドナーまたは種からのアミノ酸残基またはモチーフを含む）、ヒト化型（例えば、ヒトにおける免疫原性のリスクを低減するように改変または置換された非ヒト生物からの残基を含む）、またはヒト型である。

【0228】

操作された結合性タンパク質、例えば、ＴＣＲ、ＣＡＲ及びそれらの抗原結合性断片を生産する方法は、当技術分野において周知である（例えば、Ｂｏｗｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．５：３０００、米国特許第６，４１０，３１９号、米国特許第７，４４６，１９１号、米国特許公開第２０１０／０６５８１８号、米国特許第８，８２２，６４７号、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０３１６８７号、米国特許第７，５１４，５３７号、及びＢｒｅｎｔｊｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．７３：５４２６）。

【0229】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合性タンパク質は、細胞表面上に発現するＴＣＲまたはその抗原結合性断片であり、ここで、その細胞表面上に発現するＴＣＲは、内因性ＴＣＲと比較して、ＣＤ３タンパク質とより効率的に会合することができる。本発明に包含される結合性タンパク質、例えばＴＣＲは、Ｔ細胞のような細胞の表面上に発現した場合、内因性の結合性タンパク質、例えば内因性ＴＣＲと比較して細胞上での表面発現がより強くなる場合もある。いくつかの実施形態において、本明細書に提供されるのは、ＣＡＲの結合性ドメインが抗原特異的なＴＣＲ結合性ドメインを含んでいる、ＣＡＲである（例えば、Ｗａｌｓｅｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ７：１０７１３を参照）。

【0230】

さらに提供されるのは、出発結合性タンパク質から変化した特性を有し得る改変型結合性タンパク質を遺伝子工学的に作るための出発材料として、本明細書に開示されるＶ_α及び／またはＶ_β配列の１つ以上を有する結合性タンパク質を使用し、周知の方法に従って調製され得る、改変型結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはＣＡＲ）である。結合性タンパク質を、片方または両方の可変領域（すなわち、Ｖ_α及び／またはＶ_β）の中、例えば１つ以上のＣＤＲ領域の中、及び／または１つ以上のフレームワーク領域の中の１つ以上の残基を改変することによって操作することがある。さらに、またはあるいは、結合性タンパク質を、定常領域（複数可）の中の残基を改変することによって操作することがある。

【0231】

別のタイプの可変領域改変は、Ｖ_α及び／またはＶ_βのＣＤＲ１、ＣＤＲ２及び／またはＣＤＲ３領域の中のアミノ酸残基を変異させて、それによって、関心とする結合性タンパク質の１つ以上の結合特性（例えば、親和性）を改善することである。部位特異的変異誘発導入、またはＰＣＲ媒介変異誘発を実施して変異（複数可）を導入することがあり、タンパク質結合性、または他の関心とする機能的特性に対する影響は、本明細書に記載される及び実施例に提供されるようなｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏアッセイにおいて評価され得る。いくつかの実施形態では、（上述のような）保存的改変を導入することがある。変異は、アミノ酸置換、付加または欠失であり得る。いくつかの実施形態では、変異は、置換である。さらに、典型的には、ＣＤＲ領域内の１、２、３、４または５個以下の残基を改変する。

【0232】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはＣＡＲ）は、天然に存在するＴＣＲと比較して、１つ以上のアミノ酸置換、欠失、または付加を有することがある。いくつかの実施形態では、結合性タンパク質の各ＣＤＲは、表２に列挙される同種の基準ＣＤＲ配列と比較して最大５個のアミノ酸置換、挿入、欠失またはそれらの組合せを有する。アミノ酸の保存的置換は、周知であり、天然に存在することがあり、または結合性タンパク質を組換えにより生産する場合に導入されることがある。アミノ酸置換、欠失及び付加は、当技術分野で知られている変異誘発法を用いてタンパク質に導入され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ）。オリゴヌクレオチド－部位特異的（または、セグメント特異的）変異導入手順を採用して所望の置換、欠失または挿入に従って改変された特定のコドンを有する改変型ポリヌクレオチドをもたらすことがある。あるいは、ランダム変異誘発技術または飽和変異誘発技術、例えば、アラニン走査変異導入、エラープローンポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、及びオリゴヌクレオチド特異的変異誘発を用いて免疫原ポリペプチド多様体を調製することがある（例えば、上記Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．を参照）。

【0233】

当業者に知られている様々な判断基準によって、ペプチド中またはポリペプチド中の特定の位置で置換されるアミノ酸が保存的であるか（または類似しているか）否かが示される。例えば、類似アミノ酸置換または保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が、類似する側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、置換である。類似するアミノ酸は、以下のカテゴリーに含まれ得る：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）；酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）；非荷電の極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン）；非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）；ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン）。プロリンは、分類がより難しいと考えられるものであるが、脂肪族側鎖を有するアミノ酸（例えば、ロイシン、バリン、イソロイシン、及びアラニン）と特性が共通する。いくつかの実施形態では、グルタミンでグルタミン酸を置換すること、またはアスパラギンでアスパラギン酸を置換することは、グルタミン及びアスパラギンがそれぞれグルタミン酸及びアスパラギン酸のアミド誘導体である点で、類似の置換と考えることができる。当技術分野で理解されるように、２つのポリペプチド間の「類似性」は、ポリペプチドのアミノ酸配列及びそれに対する保存されたアミノ酸置換体を第２のポリペプチドの配列と比較することによって（例えば、ＧＥＮＥＷＯＲＫＳ（商標）、Ａｌｉｇｎ、ＢＬＡＳＴアルゴリズム、または本明細書に記載される及び当技術分野で実施される他のアルゴリズムを使用して）決定される。

【0234】

いくつかの実施形態では、コードされた結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはＣＡＲ）は、「シグナルペプチド」（リーダー配列、リーダーペプチド、または輸送ペプチドとしても知られる）を含むことがある。シグナルペプチドは、新たに合成されたポリペプチドを、細胞の内部または外部の適切な位置に指向する。シグナルペプチドは、局在化もしくは分泌の過程で、または局在化もしくは分泌が完了した時点でポリペプチドから除去され得る。シグナルペプチドを有するポリペプチドは、本明細書では「プレタンパク質」と呼ばれ、及びシグナルペプチドが除去されたポリペプチドは、本明細書では「成熟」タンパク質またはポリペプチドと呼ばれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはＣＡＲ）は、成熟Ｖ_αドメイン、成熟Ｖ_βドメイン、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、またはＣＡＲ）は、成熟ＴＣＲ β鎖、成熟ＴＣＲ α鎖、またはその両方を含む。

【0235】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質は、以下を含む融合タンパク質である：（ａ）ＴＣＲまたはその抗原結合性断片を含む細胞外構成要素；（ｂ）エフェクタードメインまたはその機能性部分を含む細胞内構成要素；及び（ｃ）細胞外構成要素と細胞内構成要素とを連結している膜貫通ドメイン。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に、（例えば、特異的及び／または選択的に）結合することができる。

【0236】

本明細書で使用する場合、「エフェクタードメイン」または「免疫エフェクタードメイン」は、適切なシグナルを受け取ったときに、細胞における免疫応答を直接的または間接的に促進することができる融合タンパク質または受容体の、細胞内の部分またはドメインである。いくつかの実施形態では、エフェクタードメインは、結合したとき（例えば、ＣＤ３ζ）、または免疫細胞タンパク質もしくはその部分または免疫細胞タンパク質複合体が標的分子に直接的に結合して免疫細胞においてエフェクタードメインからのシグナル伝達を誘発するときに、シグナルを受け取る、免疫細胞タンパク質もしくはその部分または免疫細胞タンパク質複合体に由来する。

【0237】

エフェクタードメインは、それが、１つ以上のシグナル伝達ドメインまたはモチーフ、例えば細胞内チロシン依存性活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、例えば、共刺激分子中にみられるモチーフを含有する場合、細胞応答を直接的に促進し得る。理論に拘束されることを望むものではないが、ＩＴＡＭは、Ｔ細胞受容体による、またはＴ細胞エフェクタードメインを含む融合タンパク質によるリガンド係合の後のＴ細胞活性化のために役立つと考えられる。いくつかの実施形態では、細胞内構成要素またはその機能的部位は、ＩＴＡＭを含む。例示的な免疫エフェクタードメインとしては、限定されるものではないが、ＣＤ３ε、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ２５、ＣＤ７９Ａ、ＣＤ７９Ｂ、ＣＡＲＤ１１、ＤＡＰ１０、ＦｃＲα、ＦｃＲβ、ＦｃＲγ、Ｆｙｎ、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、Ｌｃｋ、ＬＡＧ３、ＬＡＴ、ＬＲＰ、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＯＴＣＨ３、ＮＯＴＣＨ４、Ｗｎｔ、ＲＯＲ２、Ｒｙｋ、ＳＬＡＭＦ１、Ｓｌｐ７６、ｐＴα、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＲＩＭ、Ｚａｐ７０、ＰＴＣＨ２またはこれらの任意の組合せに由来する免疫エフェクタードメインが挙げられる。いくつかの実施形態では、エフェクタードメインは、リンパ球受容体シグナル伝達ドメイン（例えば、ＣＤ３ζ、またはその機能性部分もしくは多様体）を含む。

【0238】

さらなる実施形態では、融合タンパク質の細胞内構成要素は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＣＤ２、ＣＤ５、ＩＣＡＭ－１（ＣＤ５４）、ＬＦＡ－１（ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８）、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＧＩＴＲ、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＢＡＦＦ－Ｒ、ＨＶＥＭ、ＬＩＧＨＴ、ＭＫＧ２Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０、ＣＤ１６０、Ｂ７－Ｈ３、ＣＤ８３と（例えば、特異的及び／または選択的に）結合するリガンド、もしくはそれらの機能性多様体、またはそれらの任意の組合せから選択される共刺激ドメインまたはそれらの機能性部分を含む。いくつかの実施形態では、細胞内構成要素は、ＣＤ２８共刺激ドメインまたはその機能性部分もしくは多様体（これらは、任意選択的に、天然ＣＤ２８タンパク質の位置１８６～１８７にＬＬ－ＧＧ変異を含むことがある（例えば、Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｌｏｏｄ ７０２：４３２０）、４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能性部分もしくは多様体、あるいはその両方を含む。

【0239】

いくつかの実施形態では、エフェクタードメインは、ＣＤ３εエンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＣＤ２７エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＣＤ２８エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、４－１ＢＢエンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＯＸ４０エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＣＤ２エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＣＤ５エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＩＣＡＭ－１エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＬＦＡ－１エンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。さらなる実施形態では、エフェクタードメインは、ＩＣＯＳエンドドメインもしくはその機能性（例えば、シグナル伝達）部分、またはその機能性多様体を含む。

【0240】

本発明に包含される、細胞外構成要素及び細胞内構成要素は、膜貫通ドメインによって連結されている。「膜貫通ドメイン」は、本明細書で使用される場合、細胞膜の中に挿入されることが可能な、または細胞膜を貫通することが可能な、膜貫通タンパク質の一部分である。膜貫通ドメインは、細胞膜中で熱力学的に安定しており一般的に長さが約１５アミノ酸から約３０アミノ酸までの範囲である三次元構造を有する。膜貫通ドメインの構造は、アルファヘリックス、ベータバレル、ベータシート、ベータヘリックス、またはそれらの任意の組合せを含み得る。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、既知の膜貫通タンパク質（例えば、ＣＤ４膜貫通ドメイン、ＣＤ８膜貫通ドメイン、ＣＤ２７膜貫通ドメイン、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、またはそれらの任意の組合せ）を含む、またはそれに由来する。

【0241】

いくつかの実施形態では、融合タンパク質の細胞外構成要素は、結合性ドメインと膜貫通ドメインとの間に配置されたリンカーをさらに含む。結合性ドメインと膜貫通ドメインとを連結させている融合タンパク質の構成要素に言及するとき、「リンカー」は、本明細書で使用される場合、リンカーによって連結された２つの領域、ドメイン、モチーフ、断片またはモジュールの間での立体配座運動のための柔軟性及び余地を提供できる約２個のアミノ酸～約５００個のアミノ酸を有するアミノ酸配列であり得る。例えば、本発明に包含されるリンカーは、融合タンパク質を発現している宿主細胞の表面から離れた位置に結合性ドメインを配置して、宿主細胞と標的細胞との間の適切な接触、抗原結合、及び活性化を可能にすることができる（Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ６：４１２－４１９）。選択した標的分子、選択した結合エピトープ、または抗原結合性ドメインの捕捉性（ｓｅｉｚｅ）及び親和性に基づいて抗原認識を最大化するようにリンカー長を変化させてもよい（例えば、Ｇｕｅｓｔ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２８：２０３－１１、及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０３１６８７号参照）。例示的なリンカーとしては、Ｇｌｙ_ｘＳｅｒ_ｙの１～約１０回の繰り返しを有する、グリシン－セリンアミノ酸鎖を有するリンカーが挙げられ、式中、ｘ及びｙは、それぞれ独立して、０～１０の整数であり、但し、ｘ及びｙが両方とも０ではない（例えば、（Ｇｌｙ_４Ｓｅｒ）_２、（Ｇｌｙ_３Ｓｅｒ）_２、Ｇｌｙ_２Ｓｅｒ、またはそれらの組合せ、例えば、（（Ｇｌｙ_３Ｓｅｒ）_２Ｇｌｙ_２Ｓｅｒ））。

【0242】

結合性タンパク質を、薬剤、例えば、検出部分、放射線増感剤、光増感剤などに結合体化させることがある、及び／またはペプチドに関して上述されるように化学修飾することがある。

【0243】

本明細書に開示される実施形態のいずれかにおいて、コードされる結合性タンパク質は、ＭＨＣ分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ分子）との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体に結合することができる。

【0244】

結合親和性を評価するための、及び／または結合性分子が特定のリガンド（例えば、ペプチド抗原－ＭＨＣ複合体）に（例えば、特異的及び／または選択的に）結合するかどうかを判定するための、様々なアッセイが周知である。標的、例えば、標的ポリペプチドのＴ細胞ペプチドエピトープに対する結合性タンパク質の結合親和性を、例えば当技術分野で周知の任意の複数の結合アッセイを用いることによって、決定することは、当業者のレベルの範囲内である。例えば、いくつかの実施形態では、Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）装置を使用して、２タンパク質間の複合体の結合定数を決定することがある。複合体の解離定数（Ｋ_Ｄ）は、緩衝液がチップ上を通過するときの時間に関する屈折率の経時変化を計測監視することによって決定され得る。あるタンパク質が別のタンパク質に結合することを測定するための他の好適なアッセイとしては、例えば、イムノアッセイ、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及びラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、または蛍光、ＵＶ吸収、円偏光二色性もしくは核磁気共鳴（ＮＭＲ）によってタンパク質の分光学的もしくは光学的特性の変化を計測監視することによる結合性の測定が挙げられる。他の例示的なアッセイとしては、限定されるものではないが、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、分析的超遠心分離、分光法及び表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（商標））解析（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９４９）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５１：６６０、Ｗｉｌｓｏｎ（２００２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：２５６０、ならびに米国特許第５，２８３，１７３号及び同第５，４６８，６１４号を参照）、フローサイトメトリー、配列決定、及び発現した核酸を検出するための他の方法が挙げられる。１つの例では、標的に対する見かけの親和性は、種々の濃度の四量体に対する結合性を評価することによって、例えば、標識付けした多量体、例えばＭＨＣ－抗原四量体等を使用するフローサイトメトリーによって、測定される。１つの代表的な例では、結合性タンパク質の見かけのＫ_Ｄを、ある濃度範囲の標識付き四量体の２倍希釈液を使用して測定し、その後、非線形回帰による結合曲線の決定を行うが、見かけのＫ_Ｄは、最大半量の結合を生じさせるリガンドの濃度として決定される。

【0245】

ＶＩ．核酸及びベクター
本発明に包含される態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のタンパク質、例えばＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド及びその断片、ＭＨＣ分子、結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、ＣＡＲなど）などをコードする核酸分子である。

【0246】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、ストリンジェントな条件の下で、表１～３に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性を例えば全長にわたって有する配列の相補体にハイブリダイズする。

【0247】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、ストリンジェントな条件の下で、表１～３に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードする核酸の相補体にハイブリダイズする。

【0248】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、表１～３に列挙されるポリペプチド配列からなる群から選択されるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0249】

いくつかの実施形態では、核酸配列は、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードする。

【0250】

いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示される少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、または３つ）のＴＣＲ α鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示されるＴＣＲ Ｖ_αドメイン配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ Ｖ_αドメインをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示されるＴＣＲ α鎖配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ α鎖をコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0251】

いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示される少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、または３つ）のＴＣＲ β鎖ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示されるＴＣＲ Ｖ_βドメイン配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ Ｖ_βドメインをコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。いくつかの実施形態では、核酸は、表２に示されるＴＣＲ β鎖配列との少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、またはそれを上回る同一性であるアミノ酸配列を有するＴＣＲ β鎖をコードするヌクレオチド配列を含む（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。

【0252】

用語「核酸」は、「ポリヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチド」、及び「核酸分子」を含み、一般に、ＤＮＡまたはＲＮＡのポリマーを意味するが、これは、一本鎖または二本鎖、合成されたもの、または天然の供給源から得られたもの（例えば、単離及び／または精製されたもの）であることもあるし、天然の、非天然の、または改変されたヌクレオチドを含有することもあるし、天然の、非天然の、または改変されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロアミデート結合またはホスホロチオエート結合等を、未改変オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間にみられるホスホジエステルの代わりに含有することもある。一実施形態では、核酸は、相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を含む。

【0253】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される核酸は、組換え型である。本明細書で使用される場合、用語「組換え」は、（ｉ）生細胞中で複製し得る核酸分子に天然もしくは合成の核酸セグメントを繋げることによって生細胞外で構築された分子、または（ｉｉ）上記（ｉ）に記載される分子の複製の結果として得られる分子を指す。本明細書における目的において、複製は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏ複製であり得る。

【0254】

核酸を、当技術分野で知られている手順を用いて、化学合成及び／または酵素的なライゲーション反応に基づいて構築することができる。例えば、上記Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．を参照されたい。例えば、天然に存在するヌクレオチドを使用して、またはその分子の生物学的安定性を増加させるようにもしくはハイブリダイゼーション時に形成される二重鎖の物理的安定性を向上させるように設計された様々に改変されたヌクレオチド（例えば、ホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチド）を使用して、核酸を化学的に合成することがある。核酸を生成するために使用することがある改変型ヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ－Ｄ－ガラクトシルキューオシン、イノシン、Ｎ^６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ^６－置換アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、ベータ－Ｄ－マンノシルキューオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオ－Ｎ^６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、シュードウラシル、キューオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、及び２，６－ジアミノプリンが挙げられる。あるいは、本発明に包含される核酸の１種以上を、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃｏｒａｌｖｉｌｌｅ、ＩＡ）などの会社から購入することができる。

【0255】

一実施形態では、核酸は、コドン最適化されたヌクレオチド配列を含む。特定の理論または機構に束縛されるものではないが、ヌクレオチド配列のコドン最適化は、ｍＲＮＡ転写物の翻訳効率を向上させると考えられる。ヌクレオチド配列のコドン最適化は、天然のコドンを、同じアミノ酸をコードするが細胞内でより容易に利用できるｔＲＮＡによって翻訳されることができてそれゆえに翻訳効率が増加する別のコドンに置換することを含み得る。ヌクレオチド配列の最適化はまた、翻訳を妨害するであろうｍＲＮＡの二次構造を減少させてそれゆえに翻訳効率が増加することもある。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるヌクレオチド配列は、宿主細胞（例えば、Ｔ細胞などの免疫細胞）における発現のためにコドン最適化がなされる。

【0256】

本発明はまた、本明細書に記載の核酸のいずれかのヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列、またはストリンジェントな条件の下で本明細書に記載の核酸のいずれかのヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸も提供する。

【0257】

ストリンジェントな条件の下でハイブリダイズするヌクレオチド配列は、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることがある。「高ストリンジェンシー条件」とは、ヌクレオチド配列が標的配列（本明細書に記載される核酸のいずれかのヌクレオチド配列）に対して、非特異的なハイブリダイゼーションの場合に比べてより強い検出可能な量で特異的及び／または選択的にハイブリダイズすることを意味する。高ストリンジェンシー条件としては、厳密な相補配列を有するポリヌクレオチドまたは散在するほんの僅かなミスマッチを含有するポリヌクレオチドを、当該ヌクレオチド配列と一致する僅かな小領域（例えば、３～１０塩基）を偶然有するランダム配列と区別するであろう条件が挙げられる。そのような小さな相補領域は１４～１７塩基以上の完全長相補体よりも容易に融解するので、高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーションは、それらを容易に区別できるものにする。比較的高いストリンジェンシーの条件は、例えば、約５０～７０℃の温度で約０．０２～０．１ＭのＮａＣｌまたは同等のものによって提供されるような、低塩の及び／または高温の条件を含むであろう。そのような高ストリンジェンシー条件は、ヌクレオチド配列と鋳型または標的鎖との間のミスマッチを、あったとしてもほとんど許容しないので、本発明のＴＣＲのいずれかの発現を検出することに特に適している。ホルムアミドの添加量を増やすことによって条件がよりストリンジェントになり得ることは、広く認識されている。

【0258】

本発明はまた、本明細書に記載される核酸のいずれかと少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて同一であるヌクレオチド配列を含む核酸も提供する。

【0259】

典型的には、上記核酸は、好適なベクター、例えば、プラスミド、コスミド、エピソーム、人工染色体、ファージまたはウイルスベクターの中に含ませることがあるＤＮＡまたはＲＮＡ分子である。

【0260】

用語「ベクター」、「クローニングベクター」及び「発現ベクター」は、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列（例えば、外来遺伝子）を宿主細胞の中に導入し、その結果として宿主を形質転換し、導入配列の発現（例えば、転写及び翻訳）を促進することができる、運搬媒体を意味する。したがって、本発明に包含されるさらなる目的は、本発明に包含される核酸を含むベクターに関する。

【0261】

そのようなベクターは、対象に投与されたときに上記のポリペプチドの発現をもたらすためまたは導くための調節エレメント、例えば、プロモーター、エンハンサー、ターミネーターなどを含み得る。動物細胞の発現ベクターに用いられるプロモーター及びエンハンサーの例としては、ＳＶ４０の初期プロモーター及びエンハンサー（Ｍｉｚｕｋａｍｉ Ｔ．ｅｔ ａｌ．１９８７）、モロニーマウス白血病ウイルスのＬＴＲプロモーター及びエンハンサー（Ｋｕｗａｎａ Ｙ ｅｔ ａｌ．１９８７）、免疫グロブリンＨ鎖のプロモーター（Ｍａｓｏｎ Ｊ Ｏ ｅｔ ａｌ．１９８５）及びエンハンサー（Ｇｉｌｌｉｅｓ Ｓ Ｄ ｅｔ ａｌ．１９８３）などが挙げられる。

【0262】

動物細胞のための任意の発現ベクターを使用することができる。好適なベクターの例としては、ｐＡＧＥ１０７（Ｍｉｙａｊｉ Ｈ ｅｔ ａｌ．１９９０）、ｐＡＧＥ１０３（Ｍｉｚｕｋａｍｉ Ｔ ｅｔ ａｌ．１９８７）、ｐＨＳＧ２７４（Ｂｒａｄｙ Ｇ ｅｔ ａｌ．１９８４）、ｐＫＣＲ（Ｏ’Ｈａｒｅ Ｋ ｅｔ ａｌ．１９８１）、ｐＳＧ１ ベータ ｄ２－４－（Ｍｉｙａｊｉ Ｈ ｅｔ ａｌ．１９９０）などが挙げられる。プラスミドの他の代表的な例としては、複製起点を含む複製プラスミド、または組込み型プラスミド、例えば、ｐＵＣ、ｐｃＤＮＡ、ｐＢＲなどが挙げられる。ウイルスベクターの代表的な例としては、アデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、ヘルペスウイルス及びＡＡＶのベクターが挙げられる。そのような組換えウイルスは、当技術分野で知られている技術によって、例えば、パッケージング細胞をトランスフェクトすることによって、またはヘルパープラスミドもしくはウイルスによる一過的トランスフェクションによって生産され得る。ウイルスパッケージング細胞の典型的な例としては、ＰＡ３１７細胞、ＰｓｉＣＲＩＰ細胞、ＧＰｅｎｖ－ポジティブ細胞、２９３細胞などが挙げられる。そのような複製能欠損型の組換えウイルスを生産するための詳細なプロトコルは当技術分野でよく知られており、例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ９５／１４７８５、ＰＣＴ公開ＷＯ９６／２２３７８、米国特許第５，８８２，８７７号、米国特許第６，０１３，５１６号、米国特許第４，８６１，７１９号、米国特許第５，２７８，０５６号及びＰＣＴ公開ＷＯ９４／１９４７８の中に見つけることができる。

【0263】

いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載の結合性タンパク質もしくはポリペプチド、またはその断片をコードするオープンリーディングフレームを含む、発現ベクターを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、オープンリーディングフレームの発現に必要とされる調節エレメントを含む。そのようなエレメントには、例えば、プロモーター、開始コドン、終止コドン、及びポリアデニル化シグナルが含まれ得る。さらには、エンハンサーが含まれ得る。これらのエレメントは、結合性タンパク質、ポリペプチドまたはその断片をコードする配列に機能的に連結され得る。

【0264】

いくつかの実施形態では、ベクターは、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＣＤ８αまたはＣＤ８βをコードする核酸配列は、タグ（例えば、ＣＤ３４濃縮タグ）をコードする核酸に機能的に連結される。特定の実施形態では、ＣＤ８α及び／またはＣＤ８βをコードする核酸配列は、内部リボソーム進入部位、またはＰ２Ａ、Ｅ２Ａ、Ｆ２ＡもしくはＴ２Ａなどの自己切断ペプチドをコードする核酸配列に相互連結される。

【0265】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される発現ベクターは、表１～３に示される核酸のいずれかと少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超えて同一であるヌクレオチド配列を含む。

【0266】

上に記載されるように、プロモーターの代表的な例としては、限定されるものではないが、サルウイルス４０（ＳＶ４０）、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、例えばＨＩＶの長鎖末端反復配列（ＬＴＲ）プロモーター、モロニーウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、例えばＣＭＶ即時早期プロモーター、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）からのプロモーター、ならびにヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン及びヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子からのプロモーターが挙げられる。好適なポリアデニル化シグナルの例としては、限定されるものではないが、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル及びＬＴＲポリアデニル化シグナルが挙げられる。

【0267】

発現に必要な調節エレメントに加えて、他のエレメントを核酸分子の中に含ませることもある。そのような付加的なエレメントとしては、エンハンサーが挙げられる。エンハンサーとしては、本明細書に記載されるプロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、エンハンサー／プロモーターとしては、例えば、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、ならびにウイルスエンハンサー、例えば、ＣＭＶ、ＲＳＶ及びＥＢＶからのものが挙げられる。

【0268】

いくつかの実施形態では、核酸は、以下にさらに記載される担体または送達ベクターに機能的に組み込まれ得る。有用な送達ベクターとしては、限定されるものではないが、生分解性マイクロカプセル、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）またはリポソーム、及び遺伝子操作型の弱毒化された生きた担体、例えばウイルスまたは細菌が挙げられる。

【0269】

いくつかの実施形態では、ベクターは、ウイルスベクター、例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ワクシニアウイルス、バキュロウイルス、鶏痘、ＡＶポックス、改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）、及び他の組換えウイルスである。例えば、レンチウイルスベクターを使用してＴ細胞に感染させることがある。

【0270】

いくつかの実施形態では、組換え発現ベクターは、適切な宿主細胞、例えば、Ｔ細胞または抗原提示細胞、すなわちその細胞表面にペプチド／ＭＨＣ複合体を提示しており（例えば、樹状細胞）ＣＤ８を欠く細胞に、ポリヌクレオチドを送達することができる。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、造血始原細胞またはヒト免疫系細胞である。例えば、免疫系細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、ＣＤ４／ＣＤ８二重陰性Ｔ細胞、ｇｄ Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せであり得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞が宿主であり、Ｔ細胞は、ナイーブ、中枢メモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、またはそれらの任意の組合せであり得る。したがって、組換え発現ベクターには、リンパ系組織特異的な転写調節エレメント（ＴＲＥ）、例えば、Ｂリンパ球に、Ｔリンパ球にまたは樹状細胞に特異的なＴＲＥも含まれ得る。リンパ系組織特異的なＴＲＥは、当技術分野において既知である（例えば、Ｔｈｏｍｐｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．７２：１０４３、 Ｔｏｄｄ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．７７７：１６６３、及びＰｅｎｉｘ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．７７５：１４８３を参照）。

【0271】

いくつかの実施形態では、組換え発現ベクターは、ＴＣＲ α鎖、ＴＣＲ β鎖及び／またはリンカーペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。例えば、いくつかの実施形態では、組換え発現ベクターは、結合性タンパク質の完全長ＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータ鎖をそれらの間のリンカーとともにコードするヌクレオチド配列を含み、ベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、アルファ鎖をコードするヌクレオチド配列の５’側に位置する。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、完全長ＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータ鎖を、それらの間に位置するリンカーとともにコードし、ＴＣＲベータ鎖をコードするヌクレオチド配列は、ＴＣＲアルファ鎖をコードするヌクレオチド配列の３’側に位置する。いくつかの実施形態では、完全長ＴＣＲアルファ及び／またはＴＣＲベータ鎖をそれらの断片に置き換える。

【0272】

以下にさらに記載されるように、本発明に包含される別の態様は、本発明による核酸及び／またはベクターによってトランスフェクトされた、感染した、または形質転換された細胞に関する。宿主細胞には、ベクター、または核酸及び／またはタンパク質の組込みを受け入れ得る任意の個々の細胞または細胞培養物、ならびに任意の子孫細胞が含まれ得る。当該用語はまた、遺伝的にまたは表現型的に、同じであるかまたは異なっているかにかかわらず、宿主細胞の子孫も包含する。好適な宿主細胞はベクターによって決まり得、好適な宿主細胞としては、哺乳動物細胞、動物細胞、ヒト細胞、サル細胞、昆虫細胞、酵母細胞、及び細菌細胞を挙げることができる。これらの細胞は、ウイルスベクターの使用、リン酸カルシウム沈殿、ＤＥＡＥ－デキストラン、電気穿孔、マイクロインジェクションまたは他の方法を介した形質転換によってベクターまたは他の物質を取り込むように誘導され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｌ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｄ ｅｄ．（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）を参照）。用語「形質転換」は、宿主細胞への「外来」（すなわち、外因性または細胞外）遺伝子、ＤＮＡまたはＲＮＡ配列の導入を意味し、その結果、宿主細胞は、導入された遺伝子または配列を発現して所望の物質、典型的には、導入された遺伝子または配列にコードされるタンパク質または酵素を産生することになる。導入されたＤＮＡまたはＲＮＡを受け取り、発現する宿主細胞は、「形質転換され」ている。

【0273】

本発明に包含される核酸は、好適な発現システムにおいて、本発明に包含される組換えポリペプチドを生産するために使用されることがある。用語「発現システム」は、例えばベクターによって運ばれ宿主細胞に導入された外来ＤＮＡがコードするタンパク質の発現ための、好適な条件下にある宿主細胞及び適合性ベクターを意味する。

【0274】

よくある発現システムとしては、Ｅ．ｃｏｌｉ宿主細胞及びプラスミドベクター、昆虫宿主細胞及びＢａｃｕｌｏｖｉｒｕｓベクター、ならびに哺乳動物宿主細胞及びベクターが挙げられる。宿主細胞の他の例としては、限定されるものではないが、原核細胞（例えば、細菌）及び真核細胞（例えば、酵母細胞、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞など）が挙げられる。具体的な例としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、ＫｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓまたはＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ酵母、哺乳動物細胞株（例えば、Ｖｅｒｏ細胞、ＣＨＯ細胞、３Ｔ３細胞、ＣＯＳ細胞など）、ならびに初代または樹立された哺乳動物細胞培養物（例えば、リンパ芽球、線維芽細胞、胚性細胞、上皮細胞、神経細胞、脂肪細胞などから産生される）が挙げられる。例としてはまた、マウスＳＰ２／０－Ａｇ１４細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ１５８１）、マウスＰ３Ｘ６３－Ａｇ８．６５３細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ１５８０）、ジヒドロ葉酸還元酵素遺伝子（以下、「ＤＨＦＲ遺伝子」という）を欠損しているＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ Ｇ ｅｔ ａｌ．（１９８０））、ラットＹＢ２／３ＨＬ．Ｐ２．Ｇ１１．１６Ａｇ．２０細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６６２、以下、「ＹＢ２／０細胞」という）なども挙げられる。いくつかの実施形態では、ＹＢ２／０細胞で発現した場合にキメラまたはヒト化結合性タンパク質のＡＤＣＣ活性が増強されるので、このＹＢ２／０細胞を使用する。

【0275】

本発明はまた、結合性タンパク質、ペプチド及びその断片を発現している組換え宿主細胞を生産する方法であって、（ｉ）上記のような組換え核酸またはベクターをコンピテント宿主細胞の中にｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで導入すること、（ｉｉ）得られた組換え宿主細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｅｘ ｖｉｖｏで培養すること、ならびに（ｉｉｉ）任意選択的に、上記結合性タンパク質、ペプチド及びそれらの断片を発現する細胞を選択することからなるステップを含む、上記方法も包含する。そのような組換え宿主細胞は、本発明に包含される診断方法、予後予測方法及び／または治療方法に使用され得る。

【0276】

別の態様では、上記のとおり、本発明は、選択的ハイブリダイゼーション条件下で本明細書に開示されるポリヌクレオチドにハイブリダイズする単離核酸を提供する。したがって、この実施形態のポリヌクレオチドは、そのようなポリヌクレオチドを含む核酸を単離、検出及び／または定量するために使用され得る。例えば、本発明に包含されるポリヌクレオチドは、保管ライブラリー中の部分的クローンまたは完全長クローンを同定、単離または増幅するために使用され得る。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ヒトまたは哺乳動物の核酸ライブラリーから単離された、あるいはそれに由来するｃＤＮＡに対して相補的な、ゲノム配列またはｃＤＮＡ配列である。いくつかの実施形態では、ｃＤＮＡライブラリーは、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の、もしくはそれを上回る、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば少なくとも約８０％～１００％の、完全長の配列を含む。ｃＤＮＡライブラリーを正規化して、稀な配列が表されるのを強めることがある。低ストリンジェンシーまたは中ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、専らというわけではないが典型的に、相補配列に対する低い配列同一性を有する配列の場合に採用される。中ストリンジェンシーな及び高ストリンジェンシーの条件は、同一性がより高い配列の場合に任意選択的に採用され得る。低ストリンジェンシーの条件は、約７０％の配列同一性を有する配列の選択的ハイブリダイゼーションを可能にし、オーソロガス配列またはパラロガス配列を同定するために使用されることがある。任意選択的に、本発明に包含されるポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるポリヌクレオチドにコードされる結合性タンパク質の少なくとも一部をコードすることになる。本発明に包含されるポリヌクレオチドは、本発明に包含される結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドに対する選択的ハイブリダイゼーションのために採用され得る核酸配列を包含する（例えば、上記Ａｕｓｕｂｅｌ、及び上記Ｃｏｌｌｉｇａｎを参照）。

【0277】

ＶＩＩ．操作型細胞
本発明に包含される態様において、本明細書に提供されるのは、本明細書に記載のタンパク質、例えば、本明細書に記載されるＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体、ＭＡＧＥＣ２結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、ＣＡＲ、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質）などを発現する宿主細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、本明細書に記載される核酸またはベクターを含む。

【0278】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質をコードするポリヌクレオチドは、養子移入療法に使用される宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）を形質転換、トランスフェクトまたは形質導入するために使用される。核酸シーケンシング及び特定のＴＣＲシーケンシングにおける進歩についての記載があり（例えば、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｂｌｏｏｄ １１４：４０９９、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌａｔ．Ｍｅｄ．２：４７ｒａ６４、Ｒｏｂｉｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｉｍｍ．Ｍｅｔｈ．、及びＷａｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．２１：７９０）、これらは、本発明に包含される実施形態を実施する過程で用いられることがある。同様に、所望の核酸でＴ細胞をトランスフェクトまたは形質導入する方法は当技術分野でよく知られており（例えば、米国特許出願公開第２００４／００８７０２５号）、所望の抗原特異性を有するＴ細胞を使用する養子移入手順も同様に知られている（例えば、Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｈｕｍ．Ｇｅｎ．２０：１２４０、Ｄｏｓｓｅｔｔ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．７７：７４２、Ｔｉｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｂｌｏｏｄ ７７２：２２６１、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．１８：１１２、Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｂｌｏｏｄ ７０９：２３３１、米国特許公開第２０１１／０２４３９７２号、米国公開第２０１１／０１８９１４１号、及びＬｅｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５：２４３）。

【0279】

任意の好適な免疫細胞、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫ－Ｔ細胞は、本発明に包含される異種ポリヌクレオチドを含むように改変され得る。いくつかの実施形態では、細胞は、初代細胞、または細胞株の細胞であり得る。いくつかの実施形態では、改変型免疫細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞、またはその両方を含む。本明細書における目的において、Ｔ細胞は、任意のＴ細胞、例えば、培養Ｔ細胞、例えば、初代Ｔ細胞、もしくは培養Ｔ細胞株由来の細胞、例えば、Ｊｕｒｋａｔ、ＳｕｐＴ１など、または哺乳動物から得られるＴ細胞であってよい。哺乳動物から得る場合、Ｔ細胞は、多数の供給源、例えば、限定されるものではないが、血液、骨髄、リンパ節、胸腺、または他の組織もしくは流体から得られ得る。また、Ｔ細胞を濃縮または精製することもある。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ヒトＴ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ヒトから単離したＴ細胞である。Ｔ細胞は、任意のタイプのＴ細胞であってよく、任意の発達段階のものであってよく、例えば、限定されるものではないが、細胞傷害性リンパ球、細胞傷害性リンパ球前駆細胞、細胞傷害性リンパ球始原細胞、細胞傷害性リンパ球幹細胞、ＣＤ４^＋／ＣＤ８^＋二重陽性Ｔ細胞、ＣＤ４^＋ヘルパーＴ細胞、例えば、Ｔｈ１及びＴｈ２細胞、ＣＤ４^＋Ｔ細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、メモリーＴ細胞（例えば、セントラルメモリーＴ細胞及びエフェクターメモリーＴ細胞、ナイーブＴ細胞などが挙げられる。

【0280】

細胞（例えば、Ｔ細胞）にトランスフェクトもしくは形質導入するために、または本明細書に記載される方法によって包含されるヌクレオチド配列もしくは組成物を投与するために、任意の適切な方法が用いられ得る。ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達するための方法としては、例えば、カチオン性ポリマー、脂質様分子、及びある特定の市販品、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏ－ｊｅｔＰＥＩ（登録商標）の使用が挙げられる。他の方法としては、ｅｘ ｖｉｖｏ形質導入、注入、電気穿孔、ＤＥＡＥ－デキストラン、超音波処理負荷、リポソーム媒介性トランスフェクション、受容体媒介形質導入、微粒子銃、トランスポゾン媒介移入などが挙げられる。宿主細胞をトランスフェクトまたは形質導入するさらなる方法は、本出願においてさらに詳しく記載されるベクターを採用する。

【0281】

本明細書に記載される改変型免疫細胞は、Ｔ細胞の結合、活性化または誘導の判定を含めて、また、抗原特異的なＴ細胞応答の判定も含めて、Ｔ細胞活性を評価するための方法論を用いて、機能的特性評価がなされ得る。例としては、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞サイトカイン放出、抗原特異的Ｔ細胞刺激、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞刺激、ＣＴＬ活性（例えば、予め負荷した標的細胞からの^５１Ｃｒ放出を検出することによる）、Ｔ細胞表現型マーカー発現の変化、及びＴ細胞機能の他の尺度の判定が挙げられる。

【0282】

これら及び同様のアッセイを実施するための手順は、例えば、Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌ：Ｈｉｅ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｓｏｕｒｃｅｂｏｏｋ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９９８）、及びＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｗｅｉｒ，（１９８６）Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ、Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｇｉｉ（ｅｄｓ．）（１９７９）Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ、Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｒｅｅｄ（１９９８）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８１：１３０９、ならびにその中で引用される参考文献の中に見つかり得る。

【0283】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質、例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合性部分に対する見かけの親和性は、種々の濃度のＭＨＣ多量体に対する結合性を評価することによって測定され得る。「ＭＨＣ－ペプチド多量体染色」とは、抗原特異的Ｔ細胞を検出するために用いられるアッセイを指し、これは、いくつかの実施形態では、少なくとも１つの抗原（例えば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド）と同種の（例えば、同一の、または関係する）アミノ酸配列を有する同一のペプチドを各々が含んでいるＭＨＣ分子の四量体に注目しており、複合体は、同族抗原を認識する結合性タンパク質、例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合性部分に結合することができる。各ＭＨＣ分子はビオチン分子でタグ付けされることがある。ビオチン化ＭＨＣ／ペプチドは、ストレプトアビジン（これは、蛍光標識されていることがある）の付加によって多量体化（例えば、四量体化）されることがある。

【0284】

多量体は、蛍光標識によってフローサイトメトリーで検出され得る。いくつかの実施形態では、本発明に包含される、親和性が増強した結合性タンパク質、例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合性部分は、ｐＭＨＣ多量体アッセイを用いて検出または選択される。いくつかの例では、結合性タンパク質、例えばＴＣＲまたはその抗原結合性部分の見かけのＫ_Ｄを、ある濃度範囲の標識付き四量体の２倍希釈液を使用して測定し、その後、非線形回帰による結合曲線の決定を行うが、見かけのＫ_Ｄは、最大半量の結合を生じさせるリガンドの濃度として決定される。

【0285】

サイトカインのレベルは、本明細書に記載される方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＳＰＯＴ、細胞内サイトカイン染色及びフローサイトメトリー、ならびにそれらの組合せ（例えば、細胞内サイトカイン染色及びフローサイトメトリー）を用いて決定され得る。

【0286】

免疫応答の抗原特異的な誘発または刺激から生じる免疫細胞増殖及びクローン増殖は、リンパ球、例えば、末梢血細胞またはリンパ節由来の細胞のサンプルの中の循環リンパ球を単離すること、その細胞を抗原で刺激すること、ならびにサイトカイン産生、細胞増殖及び／または細胞生存性を測定することによって、例えば、トリチウム化チミジンの取り込みまたは非放射性アッセイによって、例えば、ＭＴＴアッセイなどによって、判定され得る。Ｔｈ１免疫応答とＴｈ２免疫応答との間のバランスに対する本明細書に記載の免疫原の影響は、例えば、Ｔｈ１サイトカイン、例えば、ＩＦＮ－ｇ、ＩＬ－１２、ＩＬ－２及びＴＮＦ－ｂ、ならびに２型サイトカイン、例えば、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－９、ＩＬ－１０及びＩＬ－１３のレベルを決定することによって調べることができる。

【0287】

本発明に包含される宿主細胞は、本明細書に記載の結合性タンパク質をコードする単一のポリヌクレオチドを含むことがあり、または結合性タンパク質は、１つよりも多いポリヌクレオチドにコードされることがある。言い換えれば、結合性タンパク質の構成要素または部分は、２つ以上のポリヌクレオチドにコードされることがあり、これらのポリヌクレオチドは、単一の核酸分子上に含有されていてもよく、または２つ以上の核酸分子の上に含有されていてもよい。

【0288】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質の２つ以上の構成要素または部分をコードするポリヌクレオチドは、単一のオープンリーディングフレームの中で機能的に関連付けられた２つ以上のコード配列を含む。有益なことに、そのような配置によって、所望の遺伝子産物の連係の取れた発現、例えば、ＴＣＲのアルファ鎖及びベータ鎖の同時発現を可能にすることができ、その結果それらは約１：１の比で産生される。いくつかの実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質の２つ以上の代替遺伝子産物、例えば、ＴＣＲ（例えば、アルファ鎖及びベータ鎖）またはＣＡＲは、別々の分子として発現し、翻訳後に会合する。さらなる実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質の２つ以上の代替遺伝子産物は、切断可能または除去可能なセグメントによって分離された部分を有する単一のペプチドとして発現する。例えば、単一のポリヌクレオチドまたはベクターにコードされる分離可能なポリペプチドを発現させるのに有用な自己切断ペプチドは、当技術分野において既知であり、例えば、ブタテッショウウイルス－１ ２ Ａ（Ｐ２Ａ）ペプチド、ゾセアアシグナウイルス２Ａ（Ｔ２Ａ）ペプチド、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）２Ａ（Ｅ２Ａ）ペプチド、及び口蹄疫ｖｉｍｓ ２Ａ（Ｆ２Ａ）ペプチドが挙げられる。

【0289】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される結合性タンパク質は、１つ以上の接合アミノ酸を含む。「接合アミノ酸」または「接合アミノ酸残基」とは、ポリペプチドの２つの隣接するモチーフ、領域またはドメインの間、例えば、結合性ドメインと隣接する定常ドメインとの間、またはＴＣＲ鎖と隣接する自己切断ペプチドとの間にある１個以上（例えば、２～約１０個）のアミノ酸残基を指す。接合アミノ酸は、融合タンパク質をコードする構築物の設計の結果として得られるもの（例えば、融合タンパク質をコードする核酸分子を構築する過程で制限酵素部位の使用の結果として得られるアミノ酸残基）、または例えば本発明に包含されるコードされた結合性タンパク質の１つ以上のドメインに隣接する自己切断ペプチド（例えば、自己切断によって１つ以上の結合アミノ酸をａ鎖、ＴＣＲβ鎖またはその両方の中に残す、ＴＣＲａ鎖とＴＣＲβ鎖との間に配置されたＰ２Ａペプチド）の切断の結果として得られるものであり得る。

【0290】

本発明に包含される操作型免疫細胞は、例えばＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の治療薬として投与され得る。いくつかの状況では、細胞性の免疫療法に関連する活性を低減または停止させることが望ましいことがある。このため、いくつかの実施形態では、本発明に包含される操作型免疫細胞は、所望の場合にそのような細胞の活性を選択的に調節する（例えば、低下させるまたは除去する）ために同種の薬物または他の化合物を使用して標的化されることができる結合性タンパク質及び補助タンパク質、例えば安全スイッチタンパク質をコードする、異種ポリヌクレオチドを含む。これ関して使用される安全スイッチタンパク質としては、例えば、細胞外Ｎ末端側リガンド結合性ドメイン及び細胞内受容体チロシンキナーゼ活性を欠くが天然アミノ酸配列、Ｉ型膜貫通細胞表面局在化、及び医薬品グレード抗ＥＧＦＲモノクローナル抗体に対する立体配座的に完全な結合性エピトープを保持している切断型ＥＧＦ受容体ポリペプチド（ｈｕＥＧＦＲｔ）、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ）ｔＥＧＦ受容体（ｔＥＧＦｒ；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｂｌｏｏｄ １１８：１２５５－１２６３）、カスパーゼポリペプチド（例えば、ｉＣａｓｐ９；Ｓｔｒａａｔｈｏｆ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｌｏｏｄ １０５：４２４７－４２５４、Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６５：１６７３－１６８３、Ｚｈｏｕ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎｅｒ（２０１６）Ｈｅｍａｔｏｌ．ｐｉｉ：Ｓ０３０１－４７２Ｘ：３０５１３－３０５１６）、ＲＱＲ８（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｌｏｏｄ １２４：１２７７－１２８７）、及びヒトｃ－ｍｙｃタンパク質タグ（Ｋｉｅｂａｃｋ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０５：６２３－６２８）が挙げられる。

【0291】

治療用細胞に有用な他の補助的構成要素は、細胞を同定、選別、単離、濃縮または追跡することを可能にするタグまたは選択マーカー（例えば、ＣＤ３４濃縮タグ）を含む。例えば、所望の特質（例えば、抗原特異的ＴＣＲ、及び安全スイッチタンパク質）を有するマーカー付き免疫細胞をサンプル中のマーカーなしの細胞から選別し、所望の純度の治療用製品の中への含有のためにより効率的に活性化及び増殖させることができる。

【0292】

本明細書で使用する場合、用語「選択マーカー」は、細胞に同定可能な変化を与えて、選択マーカーを含むポリヌクレオチドで形質導入された免疫細胞の検出及び正の選択を可能にする核酸構築物を含む。例えば、ＲＱＲは、ＣＤ２０の細胞外大ループ及びＣＤ３４の２つの最小限の結合部位を含む選択マーカーである。いくつかの実施形態では、ＲＱＲをコードするポリヌクレオチドは、ＣＤ３４の１６アミノ酸の最小エピトープをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態、例えば、本明細書の実施例に提供されるある特定の実施形態では、ＣＤ３４の最小エピトープはＣＤ８ストークドメイン（Ｑ８）のアミノ末端側の位置に組み込まれている。さらなる実施形態では、ＣＤ３４の最小結合性部位配列を、ＣＤ２０の標的エピトープと組み合わせて、Ｔ細胞のための小型マーカー／自殺遺伝子（ＲＱＲ８）を形成することがある（Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．２０１４）。この構築物によって、例えば、磁気ビーズに結合したＣＤ３４特異抗体（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使って、当該構築物を発現している免疫細胞を選択することが可能になり、臨床的に承認済みの医薬品抗体であるリツキシマブを利用して、導入遺伝子を発現している操作型Ｔ細胞を選択的に除くことが可能になる（例えば、Ｐｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｂｌｏｏｄ １２４：１２７７－１２８７、米国特許公開第２０１５－００９３４０１号、及び米国特許公開第２０１８－００５１０８９号）。

【0293】

さらなる例示的な選択マーカーとしては、Ｔ細胞上で通常発現しないいくつかの切断型Ｉ型膜貫通タンパク質：切断型低親和性神経増殖因子、切断型ＣＤ１９、及び切断型ＣＤ３４が挙げられる（例えば、Ｄｉ Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６５：１６７３－１６８３、Ｍａｖｉｌｉｏ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｂｌｏｏｄ ８３：１９８８－１９９７、及びＦｅｈｓｅ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．７：４４８－４５６）。ＣＤ１９及びＣＤ３４の特に魅力的な特徴は、臨床グレードの選別のためにこれらのマーカーを標的とすることができる既成のＭｉｌｔｅｎｙｉ ＣｌｉｎｉＭＡＣｓ（商標）選択システムが利用可能であることである。しかしながら、ＣＤ１９及びＣＤ３４は比較的大きな表面タンパク質であり、ベクターのパッケージング能、及び組み込みベクターの転写効率を損なう可能性がある。細胞外、非シグナル伝達ドメインまたは様々なタンパク質（例えば、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＬＮＧＦＲなど）を含有する表面マーカーを採用することもある。任意の選択マーカーが採用され得、適正製造規範において許容可能であるはずである。いくつかの実施形態では、選択マーカーは、関心とする遺伝子産物をコードするポリヌクレオチド（例えば、本発明に包含される結合性タンパク質、例えば、ＴＣＲもしくはＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片など）と一緒に発現する。選択マーカーのさらなる例としては、例えば、レポーター、例えば、ＧＦＰ、ＥＧＦＰ、β－ｇａｌまたはクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）などが挙げられる。いくつかの実施形態では、選択マーカー、例えばＣＤ３４などが細胞によって発現され、ＣＤ３４は、本明細書に記載される方法に使用するための関心とする形質導入された細胞を（例えば、免疫磁気選択によって）選択、濃縮または単離するために用いられ得る。本明細書で使用する場合、ＣＤ３４マーカーは、抗ＣＤ３４抗体、または、例えば、ＣＤ３４に結合するｓｃＦｖ、ＴＣＲもしくは他の抗原認識部分と区別される。

【0294】

いくつかの実施形態では、選択マーカーは、ＲＱＲポリペプチド、切断型低親和性神経増殖因子（ｔＮＧＦＲ）、切断型ＣＤ１９（ｔＣＤ１９）、切断型ＣＤ３４（ｔＣＤ３４）、またはそれらの任意の組合せを含む。

【0295】

背景として、ＣＤ４^＋Ｔ細胞を免疫療法細胞製品に含ませることにより、抗原によって誘導されるＩＬ－２分泌をもたらすことができ、移入された細胞傷害性ＣＤ８^＋Ｔ細胞の持続性及び機能を増強することができる（例えば、Ｋｅｎｎｅｄｙ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２２２：１２９、及びＮａｋａｎｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ（２００９）５２：５１０）。いくつかの実施形態では、ＣＤ４^＋Ｔ細胞におけるクラスＩ拘束性ＴＣＲは、クラスＩ ＨＬＡペプチド複合体に対するＴＣＲの感度を高めるためにＣＤ８共受容体の移入を必要とすることがある。ＣＤ４共受容体は、ＣＤ８とは構造が異なっており、事実上、ＣＤ８共受容体の代わりに用いることができない（例えば、Ｓｔｏｎｅ ＆ Ｋｒａｎｚ（２０１３）Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：２４４、及びＣｏｌｅ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７３７：１３９）。それゆえに、本発明に包含される組成物及び方法に使用するための別の補助的タンパク質は、ＣＤ８共受容体またはその構成要素を含む。本発明に包含される結合性タンパク質をコードする異種ポリヌクレオチドを含む操作型免疫細胞は、いくつかの実施形態では、ＣＤ８共受容体タンパク質またはそのベータ鎖もしくはアルファ鎖構成要素をコードする異種ポリヌクレオチドをさらに含むことがある。

【0296】

宿主細胞は、結合性タンパク質、安全スイッチタンパク質、選択マーカー及びＣＤ８共受容体タンパク質をコードする単一のポリヌクレオチドを、含有するように効率的に形質導入され得、それを効率的に発現し得る。

【0297】

一実施形態では、本発明に包含される宿主細胞は、改変型Ｔ細胞が共刺激分子を発現するような、共刺激分子をコードする核酸をさらに含む。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、ＣＤ３、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ１２７、４－１ＢＢ、４－１ＢＢＬ、ＰＤ１及びＰＤ１Ｌから選択される。

【0298】

前述の実施形態のいずれかでは、本明細書に記載の結合性タンパク質を発現する宿主細胞は、汎用免疫細胞であることがある。「汎用免疫細胞」は、ＰＤ－ｌ、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ分子、ＴＣＲ分子またはそれらの任意の組合せから選択されるポリペプチド産物をコードする１つ以上の内因性遺伝子の発現を低減または排除するように改変された免疫細胞を含む。理論に拘束されることを望むものではないが、特定の内因的に発現した免疫細胞タンパク質は、改変型免疫細胞の免疫活性を下方制御することがあり（例えば、ＰＤ－ｌ、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ）、または本発明に包含される異種発現した結合性タンパク質の結合活性を妨害することがある（例えば、非ＭＡＧＥＣ２抗原に結合して、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドなどのＭＡＧＥＣ２抗原を発現する標的細胞に対する改変型免疫細胞の結合を妨害する、内因性ＴＣＲ。さらには、ドナー免疫細胞上に発現した内因性タンパク質（例えば、免疫細胞タンパク質、例えば、ＨＬＡアレル）が同種異系宿主によって異物として認識されることがあり、これは、同種異系宿主による改変型ドナー免疫細胞の排除または抑制を招くことがある。

【0299】

したがって、そのような内因性遺伝子またはタンパク質の発現または活性を減少させるまたはなくすことにより、自家または同種異系宿主環境における改変型免疫細胞の活性、寛容性または持続性を改善することができ、及び細胞を（例えば、ＨＬＡタイプにかかわらず任意のレシピエントに）汎用的に投与することが可能になる。いくつかの実施形態では、本発明に係る細胞は、移植を可能にするように遺伝学的に同一または十分に同一であり免疫学的に適合するという意味において、同系である。いくつかの実施形態では、汎用免疫細胞は、ドナー細胞（例えば、同種異系）または自家細胞である。いくつかの実施形態では、本発明に包含される改変型免疫細胞（例えば、汎用免疫細胞）は、ＰＤ－ｌ、ＬＡＧ－３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ構成要素（例えば、α１マクログロブリン、α２マクログロブリン、α３マクログロブリン、β１マイクログロブリンまたはβ２マイクログロブリンをコードする遺伝子）、またはＴＣＲ構成要素（例えば、ＴＣＲ可変領域またはＴＣＲ定常領域をコードする遺伝子）をコードする遺伝子の１つ以上の染色体遺伝子ノックアウトを含む（例えば、Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｌ ａｌ．（２０１６）Ｎａｔｕｒｅ Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．６：２１７５７、Ｔｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｌｏｏｄ １７９：５６９７、及びＴｏｒｉｋａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｂｌｏｏｄ ７２２：１３４１を参照されたく、これらはまた、本発明によれば有用である、代表的な例示的な遺伝子編集技術、組成物及び養子細胞療法も提供している）。

【0300】

本明細書で使用する場合、用語「染色体遺伝子ノックアウト」とは、機能的に活性な内因性ポリペプチド産物の宿主細胞による産生を防止する（例えば、減少させる、遅延させる、抑制する、または消失させる）、遺伝子改変、または宿主細胞に導入された阻害剤を指す。染色体遺伝子ノックアウトをもたらす改変としては、例えば、ナンセンス変異（早期終止コドンの形成を含む）、ミスセンス変異、遺伝子欠失及び鎖切断の導入、ならびに宿主細胞における内因的遺伝子発現を阻害する阻害性核酸分子の異種発現を挙げることができる。

【0301】

いくつかの実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトまたは遺伝子ノックインは、宿主細胞の染色体編集によって作られ得る。染色体編集は、例えば、エンドヌクレアーゼを用いて行われ得る。本明細書で使用する場合、「エンドヌクレアーゼ」とは、ポリヌクレオチド鎖内のホスホジエステル結合の切断を触媒することができる酵素を指す。いくつかの実施形態では、エンドヌクレアーゼは、標的遺伝子を切断し、それによって、標的遺伝子を不活性化または「ノックアウト」することができる。エンドヌクレアーゼは、天然、組換え、遺伝子改変または融合エンドヌクレアーゼであり得る。エンドヌクレアーゼによって生じる核酸鎖切断は一般に、相同組換えまたは非相同末端結合（ＮＨＥＪ）という別個な機構を介して修復される。相同組換えの過程で、ドナー核酸分子は、ドナーの遺伝子「ノックイン」のため、標的遺伝子「ノックアウト」のため、及び任意選択的に、ドナー遺伝子ノックインまたは標的遺伝子ノックアウト事象を介して標的遺伝子を不活性化するために使用され得る。ＮＨＥＪは、切断部位でのＤＮＡ配列の変化（例えば、少なくとも１つのヌクレオチドの置換、欠失または付加）をしばしば生じさせるエラープローンな修復プロセスである。ＮＨＥＪは、標的遺伝子を「ノックアウト」するために用いられ得る。エンドヌクレアーゼの例としては、亜鉛フィンガーヌクレアーゼ、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、ｍｅｇａＴＡＬが挙げられる。

【0302】

本明細書で使用する場合、「亜鉛フィンガーヌクレアーゼ」（ＺＦＮ）とは、非特異的ＤＮＡ切断ドメイン、例えばＦｏｋ１エンドヌクレアーゼに融合した亜鉛フィンガーＤＮＡ結合性ドメインを含む融合タンパク質を指す。約３０アミノ酸の各亜鉛フィンガーモチーフは約３塩基対のＤＮＡに結合し、ある特定の残基のアミノ酸は三重配列特異性を改変するように変化していることがある（例えば、Ｄｅｓｊａｒｌａｉｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９０：２２５６－２２６０、及びＷｏｌｆｅ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５５：１９１７－１９３４）。複数の亜鉛フィンガーモチーフをタンデムに連結して所望のＤＮＡ配列、例えば約９～約１８塩基対の範囲の長さを有する領域に対する結合特異性を作り出してもよい。背景として、ＺＦＮは、ゲノム中に部位特異的なＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）の形成を触媒することによってゲノム編集を媒介し、ゲノムと相同な隣接配列を含む導入遺伝子のＤＳＢ部位における指向的組込みは、相同組換え修復によって促進される。あるいは、ＺＦＮによって生成されるＤＳＢは、切断部位におけるヌクレオチドの挿入または欠失を生じさせるエラープローンな細胞修復経路である非相同末端結合（ＮＨＥＪ）による修復を介して、標的遺伝子のノックアウトをもたらし得る。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、ＺＦＮ分子を用いて作られた挿入、欠失、変異またはそれらの組合せを含む。

【0303】

本明細書で使用する場合、「転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）は、ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合性ドメイン及びＤＮＡ切断ドメイン、例えば、Ｆｏｋ１エンドヌクレアーゼを含む融合タンパク質を指す。「ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合性ドメイン」または「ＴＡＬＥ」は、１つ以上のＴＡＬＥ反復ドメイン／単位から構成され、その各々は一般に、多様な１２番目及び１３番目のアミノ酸を有する高度に保存された３３～３５アミノ酸配列を有する。ＴＡＬＥ反復ドメインは、ＴＡＬＥが標的ＤＮＡ配列に結合することに関与する。多様なアミノ酸残基は、反復可変二残基（ＲＶＤ）と呼ばれるが、特異的なヌクレオチド認識と相関する。これらのＴＡＬＥのＤＮＡ認識のための天然（カノニカル）コードは決定がなされており、ＴＡＬＥの位置１２及び位置１３にあるＨＤ（ヒスチン－アスパラギン酸）配列がシトシン（Ｃ）に対するＴＡＬＥの結合をもたらし、ＮＧ（アスパラギン－グリシン）がＴヌクレオチドに結合し、ＮＩ（アスパラギン－イソロイシン）がＡに結合し、ＮＮ（アスパラギン－アスパラギン）がＧまたはＡヌクレオチドに結合し、ＮＧ（アスパラギン－グリシン）がＴヌクレオチドに結合する、といった具合である。非カノニカル（非定型）ＲＶＤも当技術分野でよく知られている（例えば米国特許公開第２０１１／０３０１０７３号、参照によりその非定型ＲＶＤのすべてを本出願に援用する）。ＴＡＬＥＮは、Ｔ細胞のゲノム中に部位特異的な二本鎖切断（ＤＳＢ）を導き入れるために使用され得る。非相同末端結合（ＮＨＥＪ）は、アニーリングするための配列重複がほとんどまたは全くない二本鎖切断部の両側のＤＮＡをライゲートし、それによって、遺伝子発現をノックアウトするエラーを導入する。あるいは、相同組換え修復は、導入遺伝子中に相同隣接配列が存在するのであれば、導入遺伝子をＤＳＢ部位に導入し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異またはそれらの組合せを含み、ＴＡＬＥＮ分子を用いて作られる。

【0304】

本明細書で使用する場合、「規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列／Ｃａｓ」（ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）ヌクレアーゼシステムとは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）依存性Ｃａｓヌクレアーゼを使用して、ゲノム内の標的部位（プロトスペーサーとして知られる）を塩基対合相補性によって認識し、次いで、相補標的配列の３’のすぐ後に短い保存されたプロトスペーサー関連モチーフ（ＰＡＭ）が続いている場合にＤＮＡを切断する、システムを指す。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓヌクレアーゼの配列及び構造に基づいて３つのタイプ（すなわち、タイプＩ、タイプＩＩ、及びタイプＩＩＩ）に分類される。タイプＩ及びタイプＩＩＩにおいてｃｒＲＮＡ依存的監視複合体は複数のＣａｓサブユニットを必要とする。タイプＩＩシステムは、最も研究されているものであるが、少なくとも３つの構成要素を含む：ＲＮＡ依存性Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、ｃｒＲＮＡ、及びトランス作用性ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）。ｔｒａｃｒＲＮＡは、二本鎖形成領域を含む。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは二重鎖を形成し、これは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと相互作用すること、及びｃｒＲＮＡ上のスペーサーとＰＡＭの上流にある標的ＤＮＡ上のプロトスペーサーとの間でのワトソンクリック塩基対合によって標的ＤＮＡ上の特定部位へＣａｓ９／ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を導くことができる。Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ｃｒＲＮＡスペーサーによって画定される領域内で、二本鎖切断部を切断する。ＮＨＥＪによる修復の結果、挿入及び／または欠失が生じ、これが標的遺伝子座の発現を妨害する。あるいは、相同隣接配列を有する導入遺伝子が、相同組換え修復を介して、ＤＳＢの部位に導入されることがある。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡを操作して一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡまたはｇＲＮＡ）にすることがある（例えば、Ｊｉｎｅｋ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３３７：８１６－８２１）。さらに、標的部位と相補的であるガイドＲＮＡの領域を、所望の配列を標的とするように改変またはプログラムすることがある（Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＰＬＯＳ Ｏｎｅ ９：ｅｌ００４４８、米国特許公開第ＵＳ２０１４／００６８７９７号、米国特許公開第ＵＳ２０１４／０１８６８４３号、米国特許第８，６９７，３５９号、及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１５／０７１４７４号）。いくつかの実施形態では、遺伝子ノックアウトは、挿入、欠失、変異、またはそれらの組合せを含み、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼシステムを用いて作られる。

【0305】

例示的なｇＲＮＡ配列、及び免疫細胞タンパク質をコードする内因性遺伝子をノックアウトするためにｇＲＮＡ配列を使用する例示的な方法としては、Ｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２３：２２５５－２２６６に記載されるものが挙げられるが、これには、代表的な例示的ｇＲＮＡ、ＣＡＳ９ＤＮＡ、ベクター及び遺伝子ノックアウト技術が提供されている。

【0306】

本明細書で使用する場合、「メガヌクレアーゼ」は、「ホーミングエンドヌクレアーゼ」とも呼ばれるが、大きな認識部位（約１２～約４０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列）を特徴とするエンドデオキシリボヌクレアーゼを指す。メガヌクレアーゼは、配列及び構造モチーフに基づいて５つのファミリーに分けられ得る：ＬＡＧＬＩＤＡＤＧ、ＧＩＹ－ＹＩＧ、ＨＮＨ、Ｈｉｓ－Ｃｙｓボックス、及びＰＤ－（Ｄ／Ｅ）ＸＫ。例示的なメガヌクレアーゼとしては、Ｉ－Ｓｃｅｌ、Ｉ－Ｃｅｕｌ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＲＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅｌＶ、Ｉ－Ｃｓｍｌ、Ｉ－Ｐａｎｌ、Ｉ－Ｓｃｅｌｌ、Ｉ－Ｐｐｏｌ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－Ｃｒｅｌ、Ｉ－Ｔｅｖｌ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ、及びＩ－ＴｅｖＩＩＩが挙げられ、それらの認識配列は既知である（例えば、米国特許第５，４２０，０３２号及び同第６，８３３，２５２号、Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３７９－３３８８、Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｇｅｎｅ ５２：１１５－１１８、Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：１１２５－１１２７、Ｊａｓｉｎ（１９９６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７２：２２４－２２８、Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：１６３－１８０、ならびにＡｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８０：３４５－３５３）。

【0307】

いくつかの実施形態では、天然に存在するメガヌクレアーゼを使用して、関心とする標的、例えば、免疫チェックポイント、ＨＬＡ－コード遺伝子またはＴＣＲ構成要素コード遺伝子の部位特異的なゲノム改変を促進することがある。

【0308】

他の実施形態では、標的遺伝子に対する新規な結合特異性を有する操作型メガヌクレアーゼを、部位特異的なゲノム改変に使用する（例えば、Ｐｏｒｔｅｕｓ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：９６７－７３、Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４２：３１－４１、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３７：２９５２－２９６２、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ ７０：８９５－９０５、Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔｕｒｅ ４４１：６５６－６５９、Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．７：４９－６６、ならびに米国特許公開第ＵＳ２００７／０１１７１２８号、同第ＵＳ２００６／０２０６９４９号、同第ＵＳ２００６／０１５３８２６、同第ＵＳ２００６／００７８５５２及び同第ＵＳ２００４／０００２０９２を参照）。さらなる実施形態では、ｍｅｇａＴＡＬとして知られる融合タンパク質を作るようにＴＡＬＥＮのモジュラーＤＮＡ結合性ドメインで改変されたホーミングエンドヌクレアーゼを使用して、染色体遺伝子ノックアウトを生成する。ｍｅｇａＴＡＬは、１つ以上の標的遺伝子をノックアウトするためだけでなく、関心とするポリペプチドをコードする外来ドナー鋳型と併用される場合に異種または外来ポリヌクレオチドを導入（ノックイン）するためにも、利用され得る。

【0309】

いくつかの実施形態では、染色体遺伝子ノックアウトは、ＭＡＧＥＣ２抗原に（例えば、特異的及び／または選択的に）結合する抗原特異的な受容体をコードする異種ポリヌクレオチドを含む宿主細胞（例えば、免疫細胞）に導入された阻害性核酸分子を含み、当該阻害性核酸分子は標的特異的な阻害剤をコードし、コードされた標的特異的な阻害剤は、宿主免疫細胞における内因性遺伝子（すなわち、ＰＤ－１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、ＣＴＬＡ４、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ構成要素もしくはＴＣＲ構成要素、またはそれらの任意の組合せ）の発現を阻害する。

【0310】

染色体遺伝子ノックアウトは、そのノックアウト手順をまたは薬剤を使用した後に宿主免疫細胞のＤＮＡ配列決定を行うことによって、直接的に確認され得る。

【0311】

染色体遺伝子ノックアウトはまた、ノックアウト後の遺伝子発現の非存在（例えば、遺伝子にコードされるｍＲＮＡまたはポリペプチド産物の非存在）からも推測され得る。

【0312】

いくつかの実施形態では、本発明に包含される宿主細胞は、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞の５０％以上を、特異的及び／または選択的に殺滅することができる。

【0313】

いくつかの実施形態では、改変型免疫細胞は、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）複合体を含む標的細胞と接触した場合にサイトカインを産生することができる。

【0314】

いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＦＮ－γまたはＩＬ２を含む。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦ－αを含む。

【0315】

いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２の発現が転写物１００万個あたり約１，０００個の転写物（約１，０００ＴＰＭ）、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ及び１ＴＰＭ、もしくはそれ未満、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば、約１，０００ＴＰＭ以下～約３５ＴＰＭ以下）のレベルである標的細胞と接触した場合に、より高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。いくつかの実施形態では、低いＭＡＧＥＣ２発現レベルは「ヘテロ接合型発現」と呼ばれ、これは、約１ＴＰＭ～約３５ＴＰＭ、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば１～３２ＴＰＭを意味する。例えば、宿主細胞は、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍高い、もしくはそれを超えてより高い、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲でより高い、例えば１．２倍～２倍高いレベルのサイトカインまたは細胞傷害性分子を産生することができる。

【0316】

いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２を発現している標的細胞（例えば、ＭＡＧＥＣ２を発現している過剰増殖性細胞）を特異的及び／または選択的に殺滅することができる。ある特定の実施形態では、標的細胞は、ＭＨＣ分子（例えば適合するＭＨＣ分子）との関連においてＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを発現する。

【0317】

いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２抗原を発現しない、本明細書に記載の結合性タンパク質によって認識されない、血清型ＨＬＡ－Ｂ^＊０７でない、及び／またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７アレル、例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０２、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０４、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０５、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７０９、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１０、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７１５またはＨＬＡ－Ｂ^＊０７２１アレルを発現しない。例えば、患者は、ＭＡＧＥＣ２陰性であるかまたは本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを提示するＭＨＣが陰性（例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２陰性及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２陰性）である健常ドナーからの宿主細胞を受けることがあり、さらに言えば、選択及び／または操作された自家細胞さえ受けることがある。そのドナーから単離された細胞を移植材料の供給源として使用することがある。詳しくは、上記ドナーから単離されたＴ細胞は、例えば本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２結合性タンパク質を発現することによって、ＭＡＧＥＣ２を認識するように遺伝子操作され得る。ドナー細胞は、患者に細胞集団を生着させるために使用されることがあり（例えば、免疫系を再構成するために使用される造血幹細胞）、宿主細胞は、非常に特異的な抗腫瘍作用を誘発することを目的として患者の中に輸注されることがある。操作型ドナーＴ細胞は、患者のＭＡＧＥＣ２陽性を認識及び排除してそれによって、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の再発を防止し、完全な治癒を促進するように、設計され得る。移植される細胞はドナーに由来し、それゆえに、ＭＡＧＥＣ２陰性、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを提示するＭＨＣについての血清型陰性（例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７血清型陰性、及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２血清型陰性）、及び／または本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを提示するＭＨＣについての陰性（例えば、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２陰性、及び／またはＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２陰性）のいずれかであるため、本明細書に記載の操作型細胞は、最小限に抑えられた有害副作用を有し得る。患者に適合するそのような宿主細胞及び治療方法は、以下にさらに記載される治療方法に従って用いられ得る。

【0318】

いくつかの実施形態では、殺滅を殺滅アッセイによって判定する。いくつかの実施形態では、殺滅アッセイは、宿主細胞と標的細胞とを２０：１～０．６２５：１、例えば、１５：１～１．２５：１、１０：１～１．５：１、８：１～３：１、６：１～５：１、２０：１～５：１、１０：１～２．５：１などの比で共培養することによって行われる。いくつかの実施形態では、標的細胞に１μｇ／ｍＬ～５０ｐｇ／ｍＬのＭＡＧＥＣ２ペプチド、例えば、１ｕｇ／ｍＬ～１０ｎｇ／ｍＬ、５００ｎｇ／ｍＬ～０．５ｎｇ／ｍＬ、１０ｎｇ／ｍＬ～１０ｐｇ／ｍＬ、２５０ｎｇ／ｍＬ～１ｎｇ／ｍＬ、５０ｎｇ／ｍＬ～５ｎｇ／ｍＬ、２０ｎｇ／ｍＬ～１０ｎｇ／ｍＬなどのＭＡＧＥＣ２ペプチドをパルス導入する。

【0319】

いくつかの実施形態では、宿主細胞は、ＭＡＧＥＣ２のレベルが転写物１００万個あたり約１，０００個の転写物（約１，０００ＴＰＭ）、９５０ＴＰＭ、９００ＴＰＭ、８５０ＴＰＭ、８００ＴＰＭ、７５０ＴＰＭ、７００ＴＰＭ、６５０ＴＰＭ、６００ＴＰＭ、５５０ＴＰＭ、５００ＴＰＭ、４５０ＴＰＭ、４００ＴＰＭ、３５０ＴＰＭ、３００ＴＰＭ、２５０ＴＰＭ、２００ＴＰＭ、１５０ＴＰＭ、１００ＴＰＭ、９５ＴＰＭ、９０ＴＰＭ、８５ＴＰＭ、８０ＴＰＭ、７５ＴＰＭ、７０ＴＰＭ、６５ＴＰＭ、６０ＴＰＭ、５５ＴＰＭ、５０ＴＰＭ、４５ＴＰＭ、４０ＴＰＭ、３５ＴＰＭ、３４ＴＰＭ、３３ＴＰＭ、３２ＴＰＭ、３１ＴＰＭ、３０ＴＰＭ、２９ＴＰＭ、２８ＴＰＭ、２７ＴＰＭ、２６ＴＰＭ、２５ＴＰＭ、２４ＴＰＭ、２３ＴＰＭ、２２ＴＰＭ、２１ＴＰＭ、２０ＴＰＭ、１９ＴＰＭ、１８ＴＰＭ、１７ＴＰＭ、１６ＴＰＭ、１５ＴＰＭ、１４ＴＰＭ、１３ＴＰＭ、１２ＴＰＭ、１１ＴＰＭ、１０ＴＰＭ、９ＴＰＭ、８ＴＰＭ、７ＴＰＭ、６ＴＰＭ、５ＴＰＭ、４ＴＰＭ、３ＴＰＭ、２ＴＰＭ及び１ＴＰＭ、もしくはそれ未満、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲、例えば、約１，０００ＴＰＭ以下～約７３ＴＰＭ以下）である標的細胞と接触した場合に、より多い数の標的細胞を殺滅することができる。例えば、宿主細胞は、少なくとも１．２倍、１．５倍、１．８倍、２．０倍、２．２倍、２．５倍、２．８倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２５倍、３０倍、３５倍、４０倍、４５倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、１０００倍多い、もしくはそれを超えてより多い、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲でより多い、例えば１．２倍～２倍多い数の標的細胞を殺滅することができ得る。

【0320】

本発明は、さらに、本明細書に記載される少なくとも１つの宿主細胞を含む細胞の集団を提供する。細胞の集団は、記載される組換え発現ベクターのいずれかを含む宿主細胞を含むことに加えて、組換え発現ベクターをいずれも含まない少なくとも１つの他の細胞、例えば宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）、またはＴ細胞以外の細胞、例えば、Ｂ細胞、マクロファージ、好中球、赤血球、肝細胞、内皮細胞、上皮細胞、筋肉細胞、脳細胞などを含む、不均一集団であってもよい。あるいは、細胞の集団は、組換え発現ベクターを含む（例えば、本質的にそれからなる）宿主細胞を主として含む実質的に均一な集団であってもよい。集団はまた、集団のすべての細胞が組換え発現ベクターを含むといった具合に、集団のすべての細胞が、組換え発現ベクターを含む単一宿主細胞のクローンとなっている、細胞のクローン集団であってもよい。本発明に包含される一実施形態では、細胞の集団は、本明細書に記載される組換え発現ベクターを含む宿主細胞を含むクローン集団である。

【0321】

本発明に包含される一実施形態では、集団中の細胞の数を急速に増大させることがある。Ｔ細胞の数の増大は、当技術分野でよく知られている複数の方法のいずれかによって達成され得る（例えば、米国特許第８，０３４，３３４号及び同第８，３８３，０９９号、米国特許公開第２０１２／０２４４１３３号、Ｄｕｄｌｅｙ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２６：３３２－２４２、ならびにＲｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １２８：１８９－２０１）。例えば、Ｔ細胞の数を増大させることは、Ｔ細胞をＯＫＴ３抗体、ＩＬ－２及びフィーダーＰＢＭＣ（例えば、放射線照射済み同種異系ＰＢＭＣ）と培養することによって行われ得る。

【0322】

ＶＩＩＩ．医薬組成物
本発明に包含される別の態様では、本明細書に記載の組成物（例えば、結合性タンパク質、核酸、細胞など）及び薬学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤を含む医薬組成物が本明細書に提供される。

【0323】

用語「薬学的に許容される」は、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激性、アレルギー反応または他の問題もしくは合併症を伴わずに合理的な利益／リスク比に相応してヒト及び動物の組織との接触に使用するのに適した薬剤、材料、組成物及び／または剤形を指す。

【0324】

本発明に包含される薬剤及び他の組成物は、固体または液体の形態、例えば、様々な投与経路に適した形態、例えば、（１）経口投与に適した形態、例えば、ドレンチ剤（水性または非水性の液剤または懸濁剤）、錠剤、大丸薬、散剤、顆粒剤、ペースト剤；（２）例えば無菌液剤もしくは懸濁剤のような、非経口投与、例えば、皮下、筋肉内もしくは静脈内注射による投与に適した形態；（３）例えば皮膚に塗布されるクリーム剤、膏剤もしくはスプレー剤のような、局所投与に適した形態；（４）例えば膣坐剤、クリーム剤もしくは泡剤のような、膣内投与もしくは直腸内投与に適した形態；または（５）例えば化合物を含有する水性エアゾール剤、リポソーム製剤もしくは固体粒子のような、エアゾール剤での投与のために、特別に製剤化され得る。本明細書に記載される薬剤または組成物のための任意の適切な形態因子、例えば、限定されるものではないが、錠剤、カプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル剤、座剤及び浣腸剤が企図される。

【0325】

本発明に包含される医薬組成物は、別個な剤形、例えば、カプセル剤、予包剤もしくは錠剤、または液剤もしくはエアゾールスプレー剤であって、各々が所定量の活性成分を粉末として、あるいは顆粒中、液体中、または水性もしくは非水性液体で作った懸濁液の中、水中油型エマルジョン中、油中水型液体エマルジョン中、再構成用粉末中、経口摂取用粉末中、ボトル内（例えば、ボトルに入った粉末または液体）、口内溶解性フィルム中、口内錠中、ペースト剤中、チューブ内、ガム剤中及びパック剤中に含有する、当該別個な剤形として提示されることがある。そのような剤形は、薬学の方法のいずれかによって調製され得る。

【0326】

好適な賦形剤としては、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロールまたは類似するもの、及びそれらの組合せが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される宿主細胞、結合性タンパク質または融合タンパク質を含む組成物は、好適な注入媒体をさらに含む。好適な注入媒体は任意の等張媒体製剤であってよく、典型的には通常の生理食塩水、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ（商標）－Ｒ（Ａｂｂｏｔｔ）またはＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ（商標）Ａ（Ｂａｘｔｅｒ）、５％デキストロース水、乳酸リンゲル液を利用することができる。注入媒体に、ヒト血清アルブミンまたは他のヒト血清成分を補充することがある。有効量の宿主細胞または組成物を含む単位用量もまた企図される。

【0327】

また、本明細書に提供されるのは、有効量の宿主細胞、または宿主細胞を含む有効量の組成物を含む、単位用量である。本明細書に記載されるように、宿主細胞には、免疫細胞、Ｔ細胞（ＣＤ４^＋Ｔ細胞及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞）、細胞傷害性リンパ球（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞及び／またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞）などが含まれる。例えば、いくつかの実施形態では、単位用量は、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％）、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％または少なくとも約９５％の操作型細胞を単独で含んでいるかまたは他の細胞と組み合わせて含んでいる、例えば他の細胞を少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％）、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％もしくは少なくとも約９５％含んでいる、組成物を含む。いくつかの実施形態では、望ましくない細胞は、低減された量で存在するかまたは実質的に存在せず、例えば、組成物中の細胞の集団の約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、約５％未満または約１％未満である。

【0328】

組成物中または単位用量中の細胞の量は、少なくとも１つの細胞（例えば、少なくとも１つの改変型ＣＤ８^＋Ｔ細胞、改変型ＣＤ４^＋Ｔ細胞、及び／またはＮＫ細胞）であり、またはより典型的には、１０^２細胞より多く、例えば、最大１０^６、最大１０^７、最大１０^８細胞、最大１０^９細胞、または１０^１０細胞より多い。いくつかの実施形態では、細胞を、約１０６～約１０^１０細胞／ｍ^２の範囲、例えば、約１０^５～約１０^９細胞／ｍ^２の範囲で投与する。細胞の数は、組成物の意図される最終用途、ならびにその中に含まれる細胞の種類によって決まることになる。例えば、特定の抗原に対して特異的な結合性タンパク質を含有するように改変された細胞は、そのような細胞を少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％またはそれよりも多く含有する細胞集団を含むことになる。本明細書に提供される用途において、細胞は概して１リットル以下、５００ｍｌ以下、２５０ｍｌ以下または１００ｍｌ以下の体積である。実施形態において、所望の細胞の密度は、典型的には１０^４細胞／ｍｌを上回り、一般的には１０^７細胞／ｍｌを上回り、一般的には１０^８細胞／ｍｌ以上である。細胞は、単回の輸注として、またはある範囲の時間にわたる複数回の輸注で、投与され得る。臨床上重要な数の免疫細胞を、累積で１０^６、１０^７、１０^８、１０^９、１０^１０または１０^１１細胞以上になる複数回の輸注に分配することがある。いくつかの実施形態では、操作型免疫細胞の単位用量を、同種異系ドナーからの造血幹細胞と一緒に（例えば、同時に、または同時進行で）共投与することがある。

【0329】

医薬組成物は、治療するべき（または、予防するべき）疾患にまたは症状に適した、医療分野の当業者によって決定される様式で、投与され得る。組成物の適切な用量、ならびにその投与の好適な継続期間及び頻度は、患者の健康状態、患者のサイズ（すなわち、体重（ｗｅｉｇｈｔ）、体重（ｍａｓｓ）、または体表面積）、患者の症状のタイプ及び重症度、活性成分の特定の形態、ならびに投与方法などの因子によって決定されることになる。一般的に、適切な用量レジメン及び治療レジメンは、（例えば、より頻繁な完全寛解もしくは部分寛解、またはより長い無病生存期間及び／または全生存期間、または症候重症度の低下などの臨床転帰の改善を含めて本明細書に記載されるような）治療的利益及び／または予防的利益を提供するのに十分な量で組成物（複数可）を提供する。

【0330】

医薬組成物の有効量は、必要とされる投薬量で及び期間にわたって、本明細書に記載される所望の臨床結果または有益な治療をもたらすのに十分な量を指す。有効量は、１回以上の投与で送達され得る。投与が、疾患または疾患状態を有することが既に知られているまたは確認されている対象に対して行われる場合、「治療的有効量」という用語は治療に関して使用されることがあり、他方、「予防的有効量」は、疾患または疾患状態（例えば、再発）を発症しやすいかまたは発症するリスクがある対象に予防過程として有効量を投与することを表すために使用される。

【0331】

本明細書に記載される医薬組成物を、単位用量または複数回用量の容器（例えば、密封アンプルまたはバイアル）に入れて提供することがある。そのような容器を、患者に輸注する時まで製剤の安定性を維持するために凍結させることがある。いくつかの実施形態では、単位用量は、本明細書に記載の宿主細胞を約１０^７細胞／ｍ^２～約１０^１１細胞／ｍ^２の用量で含む。本明細書に記載の特定の組成物を様々な治療レジメンで使用するための好適な投薬レジメン及び治療レジメン（例えば、非経口のまたは静脈内の投与または製剤）の開発。

【0332】

対象組成物を非経口的に投与する場合、組成物は、無菌の水性または油性の溶液または懸濁液も含むことがある。非経口的に許容される好適な非毒性希釈剤または溶媒としては、水、リンゲル液、等張塩溶液、水と混合された１，３－ブタンジオール、エタノール、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコールが挙げられる。水性の溶液または懸濁液は、１種以上の緩衝剤，例えば、酢酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、ホウ酸ナトリウムまたは酒石酸ナトリウムをさらに含むことがある。当然、任意の投薬単位製剤を調製する際に使用される任意の材料は、薬学的に純粋であるべきであり、採用される量で実質的に非毒性であるべきである。さらには、活性化合物を持続放出性配合物及び製剤の中に組み込むことがある。単位剤形は、本明細書で使用される場合、治療するべき対象のための単位投薬量として適した物理的に別個の単位を指し；各単位は、適切な医薬担体と関連して所望の効果を生じさせるように計算された所定量の操作型免疫細胞または活性化合物を含有し得る。

【0333】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載され、ペプチドに関して代表的に例示がなされた免疫原性組成物について上に記載される医薬組成物は、対象に投与される場合、ＭＡＧＥＣ２を発現する関心とする細胞に対する免疫応答を誘発することができる。そのような医薬組成物は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の予防的及び／または治療的処置のためのワクチンとして有用であり得る。

【0334】

ＩＸ．使用及び方法
本明細書に記載の組成物は、様々な診断用途、予後予測用途、及び治療用途に使用され得る。本出願に記載される任意の方法、例えば、診断方法、予後予測方法、治療方法またはそれらの組み合わせにおいて、方法のすべてのステップは、単一の行為者によって、あるいは１人よりも多い行為者によって実施され得る。例えば、治療的処置を提供する行為者が直接的に診断を行うことがある。あるいは、治療剤を提供する者が、診断アッセイを実施することを要請することがある。診断医及び／または治療介入医は、診断アッセイ結果を解釈して治療戦略を決定することがある。同様に、そのような代替プロセスを他のアッセイ、例えば予後予測アッセイに適用することがある。

【0335】

本発明に包含されるいくつかの使用及び方法では、対象または対象サンプルが利用される。いくつかの実施形態では、対象は、動物である。動物は、いずれの性別の動物であってもよく、発生発達の任意の段階にあってもよい。いくつかの実施形態では、動物は、脊椎動物、例えば哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象は、非ヒト哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象は、家庭動物、例えば、イヌ、ネコ、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジまたはヤギである。いくつかの実施形態では、対象は、伴侶動物、例えば、イヌまたはネコである。いくつかの実施形態では、対象は、家畜動物、例えば、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジまたはヤギである。いくつかの実施形態では、対象は、動物園の動物である。いくつかの実施形態では、対象は、研究用動物、例えば、齧歯動物（例えば、マウスまたはラット）、イヌ、ブタまたは非ヒト霊長類である。いくつかの実施形態では、動物は、遺伝子組換え動物である。いくつかの実施形態では、動物は、遺伝子導入動物（例えば、遺伝子導入マウス及び遺伝子導入ブタ）である。いくつかの実施形態では、対象は、魚類または爬虫類である。

【0336】

いくつかの実施形態では、対象は、齧歯動物、例えば、マウスである。いくつかのそのような実施形態では、マウスは、遺伝子導入マウス、例えば、ヒトＭＨＣ（すなわち、ＨＬＡ）分子、例えばＨＬＡ－Ｂ７２を発現しているマウスである（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ａｄｖ．Ｈｅｍａｔｏｌ．２０１２：４０４０８１）。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトＴＣＲを発現している遺伝子導入マウスである、または抗原陰性マウスである（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１６：１０２９－１０３４、及びＯｂｅｎａｕｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３３：４０２－４０７）。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトＨＬＡ分子及びヒトＴＣＲを発現している遺伝子導入マウスである。いくつかの実施形態では、例えば対象が遺伝子導入ＨＬＡマウスである場合、同定されるＴＣＲは、例えばキメラ型またはヒト化型となるように、改変されている。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ足場を、例えば既知の結合性タンパク質ヒト化方法のように、改変する。

【0337】

いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害、例えば、がんの動物モデルである。例えば、動物モデルは、ヒト由来がんに関する同所性異種移植動物モデルであることがある。

【0338】

いくつかの実施形態では、対象は、ヒト、例えば、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有するヒトである。

【0339】

本出願に記載される方法を用いて、それを必要とする対象を治療することがある。本明細書で使用する場合、「それを必要とする対象」は、ＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害を有する対象、ＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害の再発を有する対象、及び／またはＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害を起こしやすい対象を含む。

【0340】

本発明に包含される方法のいくつかの実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のための治療、例えば、化学療法、放射線療法、標的療法、及び／または免疫療法を受けたことがない。いくつかの実施形態では、対象は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のための治療、例えば、化学療法、放射線療法、標的療法、及び／または免疫療法を受けたことがある。

【0341】

いくつかの実施形態では、対象は、がん性組織または前がん性組織を除去するための外科手術を受けたことがある。いくつかの実施形態では、がん性組織は除去されておらず、例えば、がん性組織は、身体の手術不可能な領域に、例えば生命に不可欠な組織に、または外科手技が患者に害を及ぼすかなりのリスクを引き起こすであろう領域に位置していることがある。

【0342】

いくつかの実施形態では、対象またはその細胞は、関連性のある療法に対して抵抗性であり例えば、標準治療療法、免疫チェックポイントイン阻害剤療法などに対して抵抗性である。例えば、本発明に包含される１種以上のバイオマーカーを調節することは、免疫チェックポイント阻害剤療法に対する抵抗性を克服することがある。

【0343】

いくつかの実施形態では、対象は、本出願に記載される組成物及び方法による調節を必要としており、例えば、ＭＡＧＥＣ２発現の、望ましくない非存在、存在または異常を有すると同定されている。

【0344】

ａ．診断方法
本発明に包含される態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２抗原、ＭＡＧＥＣ２抗原－ＭＨＣ複合体、ＭＡＧＥＣ２が発現してる関心とする細胞、及び／またはＭＡＧＥＣ２に曝露された細胞の、存在または非存在を検出するための診断方法であって、本明細書に記載される少なくとも１種の結合性タンパク質または少なくとも１種の宿主細胞を使用することによってサンプル中の上記ＭＡＧＥＣ２抗原の存在をまたは非存在を検出することを含む、当該診断方法である。いくつかの実施形態では、方法は、サンプルを（例えば、対象から）得ることをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の結合性タンパク質または少なくとも１種の宿主細胞は、ＭＨＣ分子との関連においてＭＡＧＥＣ２ペプチドエピトープとの複合体を形成し、複合体は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）の形態で、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）の形態で、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）の形態で、免疫化学的に、ウェスタンブロットの形態で、または細胞内フローアッセイの形態で検出される。

【0345】

本発明に包含される態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるＭＡＧＥＣ２のレベル、またはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を検出するための診断方法であって、ａ）対象から得られたサンプルを少なくとも１つの薬剤（例えば、本明細書に記載されるＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド－ＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）、結合性タンパク質、宿主細胞、または宿主細胞の集団）と接触させること；及びｂ）反応性のレベルを検出することを含み、反応性のレベルが対照レベルに比べてより高いことが、対象におけるＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のレベルを示す、当該診断方法である。

【0346】

いくつかの実施形態では、反応性のレベルは、Ｔ細胞活性化またはエフェクター機能、例えば、限定されるものではないが、Ｔ細胞増殖、殺滅またはサイトカイン放出によって示される。対照レベルは、基準数、またはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する曝露を有さない健常対象のレベルであり得る。

【0347】

本明細書に記載される薬剤に対する免疫応答の存在及びレベルを決定するために、生物学的サンプルを対象から得ることがある。本明細書で使用される「生物学的サンプル」は、（血清または血漿を調製する元となる）血液サンプル、生検検体、体液（例えば、血液、単離されたＰＢＭＣ、単離されたＴ細胞、肺洗浄液、腹水、粘膜洗浄液、滑液など）、骨髄、リンパ節、組織の外植片、臓器培養物、または対象もしくは生物学的供給源からの任意の他の組織もしくは細胞調製物であり得る。生物学的サンプルを、何らかの医薬組成物を受ける前の対象から得ることもあり、その生物学的サンプルは、ベースラインデータを確立するための対照として有用である。

【0348】

抗原特異的なＴ細胞応答は、典型的には、本明細書に記載されるＴ細胞機能パラメータ（例えば、増殖、サイトカイン放出、ＣＴＬ活性、変化した細胞表面マーカー表現型など）に従って認められたＴ細胞応答を比較することによって判定され、当該比較は、適切な状況にある同族抗原（例えば、免疫適合性抗原提示細胞によって提示されているときの、Ｔ細胞の初回刺激または活性化のために使用された抗原）に曝露されているＴ細胞と、その代わりとして構造的に別個または無関係な対照抗原に曝露されている同じ供給集団由来のＴ細胞との間でなされ得る。対照抗原に対する応答と比較して同族抗原に対する応答が、統計的有意性を伴ってより大きいことは、抗原特異性を意味する。

【0349】

免疫応答のレベル、例えば細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）のレベルは、本明細書に記載されており当技術分野で慣例的に実施されている複数の免疫学的方法のいずれか１つによって決定され得る。例えば、ＣＴＬ免疫応答のレベルは、例えばＴ細胞によって発現される、本明細書に記載の結合性タンパク質のいずれか１種の投与の前または後に決定され得る。ＣＴＬ活性を決定するための細胞傷害アッセイは、当技術分野で慣例的に実施されているいくつかの技術及び方法のいずれか１つを用いて実施され得る（例えば、Ｈｅｎｋａｒｔ ｅｌ ａｌ．，“Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ－Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ”ｉｎ Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｐａｕｌ（ｅｄ．）（２００３ Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ），ｐａｇｅｓ １１２７－５０、及びそこに引用されている参考文献）。

【0350】

本発明は、部分的には、生物学的サンプルが、関心とする成果、例えば、関心とする標的の発現、例えばＭＡＧＥＣ２の発現に関連しているかどうかを正確に分類するための方法、体系及び規則を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、統計学的アルゴリズム及び／または経験的データを用いてサンプル（例えば、対象由来）を、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法に応答しているまたは応答していないことに関連付いているまたはそのリスクがあるものとして分類するのに有用である。

【0351】

ＭＡＧＥＣ２の量または活性を検出するための例示的な方法、したがって、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に対する療法にサンプルが応答する可能性があるかまたは応答する可能性が低いかを分類するのに有用な例示的な方法は、生物学的サンプルを、生物学的サンプル中のＭＡＧＥＣ２の量または活性を検出することができる薬剤、例えば本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたは結合剤と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、方法は、生物学的サンプルを例えば試験対象から得ることをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１種の薬剤を使用するが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種のまたはそれよりも多くのそのような薬剤を組み合わせて（例えば、サンドイッチＥＬＩＳＡにおいて）または連続して使用してもよい。ある特定の例では、統計学的アルゴリズムは、単一の統計学的学習分類子システムである。例えば、単一の統計学的学習分類子システムは、予測値または確率値、及びバイオマーカーの存在またはレベルに基づいてサンプルを分類するために用いられ得る。単一の統計学的学習分類子システムを用いることで、典型的には、少なくとも約７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の感度、特異性、陽性予測値、陰性予測値及び／または全精度によってサンプルが分類される。

【0352】

他の好適な統計学的アルゴリズムは、当業者によく知られている。例えば、統計学的学習分類子システムとしては、複雑なデータセット（例えば、関心とするマーカーのパネル）に適応すること及びそのようなデータセットに基づいて決定を行うことができる機械学習アルゴリズム技術が挙げられる。いくつかの実施形態では、単一の統計学的学習分類子システム、例えば、分類ツリー（例えば、ランダムフォレスト）を使用する。他の実施形態では、２、３、４、５、６、７、８、９、１０種またはそれよりも多くの統計学的学習分類子システムの組合せを、好ましくはタンデムに、使用する。統計学的学習分類子システムの例としては、限定されるものではないが、帰納的学習（例えば、決定／分類ツリー、例えば、ランダムフォレスト、分類及び回帰ツリー（Ｃ＆ＲＴ）、ブーストツリーなど）、確率的で近似的に正しい（Ｐｒｏｂａｂｌｙ Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ Ｃｏｒｒｅｃｔ）（ＰＡＣ）学習、コネクショニスト学習（例えば、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）、ニューロファジーネットワーク（ＮＦＮ）、ネットワーク構造、パーセプトロン、例えば多層パーセプトロン、多層フィードフォワードネットワーク、ニューラルネットワークの応用、確信ネットワークにおけるベイズ学習など）、強化学習（例えば、既知の環境における受動的学習、例えば、ナイーブ学習、適応型動的学習、及び時間的差分学習、未知の環境における受動的学習、未知の環境における能動的学習、行動価値関数学習、強化学習の応用など）、ならびに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミングを用いるものが挙げられる。他の統計学的学習分類子システムとしては、サポートベクトルマシン（例えば、カーネル法（Ｋｅｒｎｅｌ ｍｅｔｈｏｄ））、多変量適応的回帰スプライン（ＭＡＲＳ）、レーベンバーグ・マーカートアルゴリズム、ガウス・ニュートンアルゴリズム、ガウシアンの混合、勾配降下アルゴリズム、及び学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）が挙げられる。ある特定の実施形態では、本発明に包含される方法は、サンプル分類結果を臨床医、例えば腫瘍学医に送信することをさらに含む。

【0353】

いくつかの実施形態では、対象を診断した後、その診断に基づいて、治療的有効量の規定された治療を個体に施与する。

【0354】

いくつかの実施形態では、方法は、対照生物学的サンプル（例えば、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を有しない対象、寛解状態にある対象、障害が療法に対して感受性である対象、障害が進行している対象または他の関心とする対象からの、生物学的サンプル）を得ることをさらに含む。

【0355】

本出願に記載される解析方法のいくつかの実施形態では、（例えば、対象由来のサンプルにおける）ＭＡＧＥＣ２の発現を、所定の対照（基準）サンプルと比較する。対象からのサンプルは、典型的には、罹患組織、例えばがん細胞またはがん組織からのものである。対照サンプルは、同じ対象または別の対象からのものであり得る。対照サンプルは、典型的には、正常な非疾患サンプルである。しかしながら、いくつかの実施形態、例えば、病期判定のためまたは治療の有効性を評価するための実施形態では、対照サンプルは、罹患組織からのものであり得る。対照サンプルは、いくつかの異なる対象からのサンプルの組合せであり得る。いくつかの実施形態では、対象からのＭＡＧＥＣ２発現測定結果（複数可）を、所定のレベルと比較する。この所定のレベルは、典型的には、正常サンプルから得られる。本明細書に記載されるように、「所定の」という表現は、単なる例示ではあるが、治療のために選択され得る対象を評価するため、がんに対する応答を評価するため及び／または併用がん療法に対する応答を評価するために用いられ得る。所定のバイオマーカー量及び／または活性の測定結果（複数可）は、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を有するまたは有さない患者の集団において決定され得る。所定のバイオマーカー量及び／または活性の測定結果（複数可）は、どの患者にも等しく適用可能である単一の数であることがあり、または所定のバイオマーカー量及び／または活性の測定結果（複数可）は、患者の特定の部分集団に応じて変化することがある。対象の年齢、体重、身長及び他の因子は、個体の所定のバイオマーカー量及び／または活性の測定結果（複数可）に影響を与えることがある。さらに、所定のバイオマーカー量及び／または活性を各対象について個々に決定することがある。一実施形態では、本明細書に記載の方法において決定及び／または比較される量は、絶対的測定結果に基づく。

【0356】

別の実施形態では、本出願に記載される方法において決定及び／または比較される量は、相対的測定結果、例えば比率（例えば、治療後と比較したときの治療前のバイオマーカーコピー数、レベル及び／または活性、スパイクされたまたは人為的な対照と比較したときのそのようなバイオマーカー測定結果、ハウスキーピング遺伝子の発現と比較したときのそのようなバイオマーカー測定結果など）に基づく。例えば、相対的解析は、治療後バイオマーカー測定結果と比較したときの治療前バイオマーカー測定結果の比率に基づくことがある。治療前バイオマーカー測定は、療法を開始する前の任意の時間に行われ得る。治療後バイオマーカー測定は、療法を開始した後の任意の時間に行われ得る。いくつかの実施形態では、治療後バイオマーカー測定を、療法の開始の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０週間後またはそれよりも後に、及び継続的な追跡評価のために無期限に向かってよりいっそう後まで、行う。治療は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療するための療法を単独で、または他の薬剤、例えば、化学療法もしくは免疫チェックポイント阻害剤のような抗がん剤と組み合わせて含むことがある。

【0357】

所定のＭＡＧＥＣ２発現は、任意の適切な基準であってよい。例えば、所定のＭＡＧＥＣ２発現を、対象選択物に対する評価がなされようとしている同じ対象または異なる対象から得てもよい。一実施形態では、所定のバイオマーカー量及び／または活性の測定結果（複数可）を同じ患者の以前の評価から得ることがある。そのようにして、患者の選択の進行を経時的に追跡してもよい。さらには、対象がヒトである場合、対照を、別のヒトまたは複数名のヒト、例えば選択されたヒトの群の評価から得ることがある。そのようにして、選択物の評価がなされようとしているヒトの選択の程度を、他の好適なヒト、例えば、関心とするヒトと似通った状況にある他のヒト、例えば、類似するもしくは同じ症状（複数可）に罹患している及び／または同一の民族に属する他のヒトと比較してもよい。

【0358】

本発明に包含されるいくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２発現の所定のレベルからの変化は、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．５、２．０、２．５、３．０、３．５、４．０、４．５もしくは５．０倍である、またはそれを上回る、または端点を含めてそれらの間にある任意の範囲である。そのようなカットオフ値を、測定結果が相対的変化に基づく場合、例えば治療後バイオマーカー測定結果と比較したときの治療前バイオマーカー測定結果の比率に基づく場合に等しく適用する。

【0359】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２発現は、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチドまたはその抗原を検出または定量すること、例えば本明細書に記載の組成物を使用することによって、検出及び／または定量され得る。ポリペプチドは、当業者によく知られている複数の手段のいずれか、例えば、免疫拡散、免疫電気泳動、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ、ウェスタンブロッティング、結合剤－リガンドアッセイ、免疫組織化学的技術、凝集、補体アッセイ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）、超拡散クロマトグラフィーなどによって検出及び定量され得る（例えば、Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｓｉｔｅｓ ａｎｄ Ｔｅｒｒ，ｅｄｓ．，Ａｐｐｌｅｔｏｎ ａｎｄ Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，Ｃｏｎｎ．ｐｐ２１７－２６２，１９９１）。

【0360】

ｂ．治療方法
本発明に包含される一態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を予防及び／または治療するための、及び／またはＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞、例えば過剰増殖性細胞に対する免疫応答を誘導するための、方法である。いくつかの実施形態では、方法は、治療的有効量の本明細書に記載の組成物、例えば免疫原性組成物、少なくとも１種の結合性タンパク質を発現している細胞などを対象に投与することを含む。本発明に包含される方法はまた、対象における多種多様ながん、例えば本明細書に記載されるがんのがん療法に対する応答性を判定するためにも用いられ得る。

【0361】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害は、がんである。用語「がん」または「腫瘍」または「過剰増殖性」は、がんを引き起こす細胞に典型的な特質、例えば、制御されない増殖、死亡率、侵襲のまたは転移の可能性、急速な成長、及びある特定の特徴的な形態学的特徴をもっている細胞存在を指す。いくつかの実施形態では、そのような細胞は、免疫チェックポイントタンパク質、例えば、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２及び／またはＣＴＬＡ－４の発現及び活性に起因してそのような特質を部分的にまたはすべて呈する。

【0362】

がん細胞は、腫瘍の形態にあることが多いが、そのような細胞は、動物の中に単独で存在することがあり、または例えば白血病のような血液癌の場合のように非腫瘍形成性がん細胞であることがある。本明細書で使用される場合、用語「がん」は、前悪性及び悪性がんを含む。がんとしては、限定されるものではないが、様々ながん、癌腫、例えば、膀胱（加速された転移性膀胱癌を含む）、乳房、結腸（大腸癌を含む）、腎臓、肝臓、肺（小細胞及び非小細胞肺癌、ならびに肺腺癌を含む）、卵巣、前立腺、精巣、泌尿生殖器、リンパ系、直腸、喉頭、膵臓（外分泌系膵癌を含む）、食道、胃、胆嚢、子宮頸部、甲状腺及び皮膚（扁平上皮細胞癌を含む）の癌腫；リンパ系統の造血器腫瘍、例えば、白血病、急性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、有毛細胞リンパ腫、組織球性リンパ腫及びバーキットリンパ腫；骨髄系統の造血器腫瘍、例えば、急性及び慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、骨髄性白血病及び前骨髄球性白血病；中枢及び末梢神経系の腫瘍、例えば、星細胞腫、神経芽腫、神経膠腫及びシュワン細胞腫；間葉系由来の腫瘍、例えば、線維肉腫、横紋筋肉腫及び骨肉腫；他の腫瘍、例えば、メラノーマ、色素性乾皮症、ケラトアカンソーマ、精上皮腫、甲状腺濾胞癌及び奇形癌；メラノーマ、切除不可能なステージＩＩＩまたはＩＶの悪性メラノーマ、扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、神経膠腫、消化器癌、腎臓癌、卵巣癌、肺癌、大腸癌、子宮内膜癌、腎臓癌、前立腺癌、甲状腺癌、神経芽腫、膵臓癌、多形膠芽腫、子宮頸癌、胃癌（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱癌、肝細胞腫、乳癌、結腸癌、頭頸部癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、胚細胞腫瘍、骨癌、骨腫瘍、成人骨悪性線維性組織球腫、小児骨悪性線維性組織球腫、肉腫、小児肉腫、副鼻腔ナチュラルキラー、新生物、形質細胞新生物；骨髄異形成症候群；神経芽腫；精巣胚細胞腫瘍、眼内メラノーマ、骨髄異形成症候群；骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、滑膜肉腫、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、フィラデルフィア染色体陽性急性リンパ芽球性白血病（Ｐｈ＋ ＡＬＬ）、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、肥満細胞症、及び肥満細胞症に関連する症候、ならびにそれらの任意の転移が挙げられる。加えて、障害としては、色素性蕁麻疹、肥満細胞症、例えば、びまん性皮膚肥満細胞症、ヒトにおける単発性肥満細胞腫、及びイヌ肥満細胞腫、ならびに水疱性、紅皮症型及び毛細血管拡張性肥満細胞症のようないくつかの稀な亜型、肥満細胞症に骨髄増殖性もしくは骨髄異形成症候群、または急性白血病などの関連する血液学的障害を伴ったもの、肥満細胞症に関連する骨髄増殖性障害、肥満細胞性白血病が、他のがんに加えて挙げられる。他のがんもまた障害の範囲に含まれ、限定されるものではないが、以下のものが挙げられる：癌腫、例えば、膀胱の癌腫、尿路上皮癌、乳房、結腸、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、胃、子宮頸部、甲状腺、精巣の癌腫、特に睾丸精上皮腫、及び皮膚の癌腫；例えば、扁平上皮細胞癌；消化管間質腫瘍（「ＧＩＳＴ」）；リンパ系等の造血器腫瘍、例えば、白血病、急性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、有毛細胞リンパ腫及びバーキットリンパ腫；骨髄系統の造血器腫瘍、例えば、急性及び慢性骨髄性白血病、ならびに前骨髄球性白血病；間葉系由来の腫瘍、例えば、線維肉腫及び横紋筋肉腫；他の腫瘍、例えば、メラノーマ、精上皮腫、奇形癌；神経芽腫及び神経膠腫；中枢及び末梢神経系の腫瘍、例えば、星細胞腫、神経芽腫、神経膠腫及びシュワン細胞腫；間葉系由来の腫瘍、例えば、線維肉腫、横紋筋肉腫及び骨肉腫；ならびに他の腫瘍、例えば、メラノーマ、色素性乾皮症、ケラトアカンソーマ、精上皮腫、甲状腺濾胞癌、奇形癌、化学療法不応性非精上皮腫性胚細胞腫瘍、及びカポジ肉腫、ならびにそれらの任意の転移が挙げられる。本発明に包含される方法に適用できるがんの種類の他の非限定的な例としては、ヒト肉腫及び癌腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、脈管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝細胞癌、胆管癌、絨毛癌、精上皮腫、胎芽性癌、ウィルムス腫瘍、骨癌、脳腫瘍、肺癌（肺腺癌を含む）、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経種、貧突起神経膠腫、髄膜腫、メラノーマ、神経芽腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ球性白血病及び急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄球性、骨髄単球性、単球性及び赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄性（顆粒球性）白血病及び慢性リンパ球性白血病）；ならびに真性多血症、リンパ腫（ホジキン病及び非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症及び重鎖病が挙げられる。いくつかの実施形態では、がんは、性質が上皮性であり、限定されるものではないが、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、結腸癌、婦人科癌、腎臓癌、喉頭癌、肺癌、口腔癌、頭頸部癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌または皮膚癌を含む。いくつかの実施形態では、上皮癌は、非小細胞肺癌、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（例えば、漿液性卵巣癌）または乳癌である。上皮癌は、漿液性、類内膜性、粘液性、明細胞性、ブレンナー型または未分化型を含むがこれらに限定されない他の様々な観点で特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、がんは、（進行性）非小細胞肺癌、メラノーマ、頭頸部扁平上皮細胞癌、（進行性）尿路上皮膀胱癌、（進行性）腎臓癌（ＲＣＣ）、高頻度マイクロサテライト不安定性癌、古典的ホジキンリンパ腫、（進行性）胃癌、（進行性）子宮頸癌、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、（進行性）肝細胞癌、浸潤性乳癌、膀胱尿路上皮癌、及び（進行性）メルケル細胞癌からなる群から選択される。

【0363】

さらに、本明細書に記載される組成物は、所望の活性をさらに調節するために併用療法において投与されることもある。さらなる薬剤としては、限定されるものではないが、化学療法剤、ホルモン、抗血管新生薬、放射性標識化合物、あるいは外科手術、凍結療法及び／または放射線療法に伴うものが挙げられる。前述の治療方法を、他の形態の従来の療法（例えば、当業者によく知られている、がんのための標準治療）と併せて、従来の療法の前または従来の療法の後のいずれかと連続して施与することがある。例えば、これらの調節剤を、治療的有効用量の化学療法剤とともに投与することがある。別の実施形態では、これらの調節剤を化学療法と併せて投与して、化学療法剤の活性及び有効性を増強する。Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ（ＰＤＲ）は、様々ながんの治療に使用されている化学療法剤の投薬量を開示する。治療的に有効であるこれらの上記化学療法薬の投薬レジメン及び投薬量は、治療する特定のメラノーマ、その疾患の程度、及び当業者である医師に馴染みのある他の要因によって決まるものであり、医師によって決定され得る。

【0364】

本明細書に記載される１つ以上の組成物を使用する療法は、単独で、もしくはがん療法などの他の療法と組み合わせて、ＭＡＧＥＣ２発現細胞と接触させるために用いられ得る、及び／または所望の対象、例えば、療法に対する応答者である可能性が示されている対象に施与され得る。別の実施形態では、そのような療法は、（例えば、本明細書に記載される診断方法または予後予測方法に従って評価して）対象が療法に対する応答者でない可能性が示された時点で回避されることがあり、代替治療レジメン、例えば、標的がん療法、及び／または非標的がん療法が推奨及び／または施与されることがある。

【0365】

用語「標的療法」とは、選択された生体分子と選択的に相互作用する薬剤を投与してそれによってがんを治療することを指す。例えば、免疫チェックポイント阻害剤を阻害することに関する標的療法は、本発明に包含される方法と併用する上で有用である。

【0366】

用語「免疫療法（ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ）」または「免疫療法（ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｉｅｓ）」とは、一般に、免疫応答を有益な様式で調節するための任意の方策を指し、疾患に罹患しているかまたはその再発に見舞われるもしくは再発を被るリスクがある対象を、免疫応答を誘導、増強、抑制あるいは改変することを含む方法によって治療すること、ならびにがんなどの疾患と戦うために対象の免疫系の特定の部分を用いる任意の治療を包含する。対象自身の免疫系は、その目的のための１種以上の薬剤の投与を伴ってまたは伴わずに刺激（または抑制）される。免疫応答を誘発または増幅するように設計された免疫療法を、「活性化免疫療法」と呼ぶ。免疫応答を低減または抑制するように設計された免疫療法を、「抑制化免疫療法」と呼ぶ。いくつかの実施形態では、免疫療法は、関心とする細胞、例えばがん細胞に対して特異的である。いくつかの実施形態では、免疫療法は、「非指向的」であり得、これは、免疫系細胞と選択的には相互作用しないが免疫系機能を調節する薬剤を、投与することを指す。非指向的療法の代表的な例としては、限定されるものではないが、化学療法、遺伝子治療、及び放射線療法が挙げられる。

【0367】

免疫療法のいくつかの形態は、例えばがんワクチン及び／または感受性化済み抗原提示細胞の使用を含み得る指向的療法である。例えば、腫瘍溶解性ウイルスは、がん細胞に感染してがん細胞を溶解する一方で正常な細胞を傷付けずに残すことができ、結果としてがん治療において潜在的に有益なものとなっている、ウイルスである。腫瘍溶解性ウイルスが複製すると、腫瘍細胞の破壊が促進されるとともに、腫瘍部位で用量増幅がもたらされる。それらはまた、抗がん遺伝子のベクターとしても働き、それら遺伝子が腫瘍部位に特異的に送達されることを可能にする。免疫療法は、宿主を短期に保護するための受動免疫性を伴うことがあり、これは、がん抗原または疾患抗原に指向される予め形成された抗体を投与すること（例えば、任意選択的に化学療法剤または毒素に連結された、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体を投与すること）によって達成される。免疫療法は、がん細胞株の細胞傷害性リンパ球認識エピトープを使用することに焦点を当てることもある。あるいは、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチドなどを使用して、腫瘍またはがんの開始、進行及び／または病態に関連する生体分子を選択的に調節することがある。同様に、免疫療法は、細胞療法の形態をとることがある。例えば、養子細胞免疫療法は、患者のがんに対する天然の、または遺伝子操作された応答性を有する免疫細胞、例えばＴ細胞を生成してその後にこれをがん患者に戻すことを用いる免疫療法の一種である。多数の活性化した腫瘍特異Ｔ細胞を注射すると、がんの完全で持続的な退縮が誘導され得る。

【0368】

免疫療法は、宿主を短期に保護するための受動免疫性を伴うことがあり、これは、がん抗原または疾患抗原に指向される予め形成された抗体を投与すること（例えば、任意選択的に化学療法剤または毒素に連結された、腫瘍抗原に対するモノクローナル抗体を投与すること）によって達成される。免疫療法は、がん細胞株の細胞傷害性リンパ球認識エピトープを使用することに焦点を当てることもある。あるいは、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ＲＮＡ干渉分子、三重らせんポリヌクレオチドなどを使用して、腫瘍またはがんの開始、進行及び／または病態に関連する生体分子を選択的に調節することがある。

【0369】

いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫刺激分子のアゴニスト；免疫抑制分子のアンタゴニスト；ケモカインのアンタゴニスト；Ｔ細胞活性化を刺激するサイトカインのアゴニスト；Ｔ細胞活性化を阻害するサイトカインに拮抗するもしくはそれを阻害する薬剤；及び／またはＢ７ファミリーの膜結合性タンパク質に結合する薬剤である。いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫抑制分子のアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、サイトカイン、ケモカイン及び成長因子に対する薬剤、例えば、腫瘍関連サイトカイン、ケモカイン、成長因子、及び他の可溶性因子、例えば、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β及びＶＥＧＦの抑制的作用を中和する中和抗体であることがある。

【0370】

いくつかの実施形態では、免疫療法は、１種以上の免疫チェックポイントの阻害剤を含む。用語「免疫チェックポイント」とは、抗がん免疫応答を調節すること、例えば抗腫瘍免疫応答を下方調節または阻害することによって、免疫応答を微調整する、ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞表面上の分子の群を指す。免疫チェックポイントタンパク質は当技術分野でよく知られており、限定されるものではないが、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、ＰＤ－Ｌ１、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ－Ｌ２、ＣＤ２００Ｒ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＲＬＧ－１、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３（ＣＤ２２３）、ＩＤＯ、ＧＩＴＲ、４－ＩＢＢ、ＯＸ－４０、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰａｌｐｈａ（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ブチロフィリン、及びＡ２ａＲが挙げられる（例えば、ＷＯ２０１２／１７７６２４を参照）。当該用語は、生物学的活性タンパク質断片、及び完全長の免疫チェックポイントタンパク質をコードする核酸をさらに包含する。

【0371】

いくつかの免疫チェックポイントは、免疫系の機能（例えば、免疫応答）を阻害、下方制御または抑制する分子（例えば、タンパク質）を包含する「免疫抑制性免疫チェックポイント」である。例えば、ＣＤ２７４またはＢ７－Ｈ１としても知られる、ＰＤ－Ｌ１（プログラム死－リガンド１）は、Ｔ細胞の増殖を低減して免疫系を抑制する抑制性シグナルを伝達するタンパク質である。ＣＤ１５２としても知られるＣＴＬＡ－４（細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４）は、免疫応答を下方制御する免疫チェックポイント（「オフ」スイッチ）として働く、抗原提示細胞の表面上のタンパク質受容体である。ＨＡＶＣＲ２としても知られるＴＩＭ－３（Ｔ細胞免疫グロブリン・ムチンドメイン含有３）は、マクロファージ活性化を調節する免疫チェックポイントとして働く細胞表面タンパク質である。ＶＩＳＴＡ（Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子）は、Ｔ細胞エフェクター機能を阻害する及び末梢性免疫寛容を維持する免疫チェックポイントとして機能する、タイプＩ膜貫通タンパク質である。ＬＡＧ－３（リンパ球活性化遺伝子３）は、Ｔ細胞の増殖、活性化及び恒常性を負に調節する免疫チェックポイント受容体である。ＢＴＬＡ（Ｂ及びＴリンパ球減弱化因子）は、腫瘍壊死ファミリー受容体（ＴＮＦ－Ｒ）との相互作用を介してＴ細胞阻害を呈するタンパク質である。ＫＩＲ（キラー細胞免疫グロブリン様受容体）は、ＮＫ細胞の細胞傷害活性を抑制する、ＮＫ細胞上及び少数のＴ細胞上に発現するタンパク質のファミリーである。いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫抑制性酵素に対して特異的である薬剤であり得、例えば、アルギナーゼ（ＡＲＧ）の活性、ならびにＴ細胞及びＮＫ細胞を抑制する免疫チェックポイントタンパク質であるインドールアミン２，３－ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）の活性を遮断し得る阻害剤であり得るが、これらは、免疫抑制性の腫瘍微小環境においてアミノ酸であるアルギニン及びトリプトファンの異化を変化させるものである。阻害剤には、ＡＲＧ発現Ｍ２マクロファージを標的とするＮ－ヒドロキシ－Ｌ－Ａｒｇ（ＮＯＨＡ）、ＡＲＧ及び一酸化窒素合成酵素（ＮＯＳ）を同時に遮断するニトロアスピリンまたはシルデナフィル（Ｖｉａｇｒａ（登録商標））、ならびにＩＤＯ阻害剤、例えば１－メチル－トリプトファンが含まれ得るが、これらに限定されない。当該用語は、生物学的活性タンパク質断片、ならびに完全長の免疫チェックポイントタンパク質及びその生物学的活性タンパク質断片をコードする核酸を、さらに包含する。いくつかの実施形態では、当該用語は、本明細書に提供される相同性についての記載に従う任意の断片をさらに包含する。

【0372】

対照的に、他の免疫チェックポイントは、免疫系の機能（例えば、免疫応答）を活性化させる、刺激するまたは促進する分子（例えば、タンパク質）を包含する「免疫刺激性」である。いくつかの実施形態では、免疫刺激分子は、ＣＤ２８、ＣＤ８０（Ｂ７．１）、ＣＤ８６（Ｂ７．２）、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）、４－１ＢＢＬ（ＣＤ１３７Ｌ）、ＣＤ２７、ＣＤ７０、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ１２２、ＣＤ２２６、ＣＤ３０、ＣＤ３０Ｌ，ＯＸ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ、ＧＩＴＲ及びそのリガンドＧＩＴＲＬ、ＬＩＧＨＴ、ＬＴβＲ、ＬＴαβ、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＩＣＯＳＬ（Ｂ７－Ｈ２）、ならびにＮＫＧ２Ｄである。ＣＤ４０（分化抗原群４０）は、抗原提示細胞上に見出される、それらの活性化に必要な共刺激タンパク質である。ＯＸ４０は、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー４（ＴＮＦＲＳＦ４）またはＣＤ１３４としても知られるが、Ｔ細胞死を防ぐことによって、及び続いてサイトカイン産生を増加させることによって、活性化後の免疫応答の維持に関与する。ＣＤ１３７は、活性化Ｔ細胞を共刺激して増殖及びＴ細胞生存を増強する，腫瘍壊死因子受容体（ＴＮＦ－Ｒ）ファミリーのメンバー（ｍｇｅｍｂｅｒ）である。ＣＤ１２２は、インターロイキン－２受容体（ＩＬ－２）タンパク質のサブユニットであり、これは、未成熟Ｔ細胞が調節性、エフェクターまたはメモリーＴ細胞へと分化することを促進する。ＣＤ２７は、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーのメンバーであり、共刺激免疫チェックポイント分子として働く。ＣＤ２８（分化抗原群２８）は、Ｔ細胞の活性化及び生存に必要とされる共刺激シグナルを提供する、Ｔ細胞上で発現するタンパク質である。ＧＩＴＲ（グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質）は、ＴＮＦＲＳＦ１８及びＡＩＴＲとしても知られるが、調節性Ｔ細胞によって維持される優勢な免疫学的自己寛容において重要な役割を果たすタンパク質である。ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞共刺激因子）は、ＣＤ２７８としても知られるが、活性化Ｔ細胞上に発現し、Ｔ細胞シグナル伝達及び免疫応答において役割を果たす、ＣＤ２８スーパーファミリー共刺激分子である。

【0373】

免疫チェックポイント及びそれらの配列は当技術分野においてよく知られており、代表的な実施形態を以下にさらに記載する。免疫チェックポイントは、一般に、抑制性受容体と天然の結合パートナー（例えば、リガンド）との対に関係する。例えば、ＰＤ－１ポリペプチドは、例えば水溶性の単量体形態で存在する場合、抑制性シグナルを免疫細胞に伝達してそれによって免疫細胞エフェクター機能を阻害することができる、または免疫細胞の共刺激を（例えば、競合的阻害によって）促進することができる、抑制性受容体である。好ましいＰＤ－１ファミリーのメンバーは、ＰＤ－１と配列同一性を共有しており、１種以上のＢ７ファミリーメンバー、例えば、Ｂ７－１、Ｂ７－２、ＰＤ－１リガンド、及び／または抗原提示細胞上の他のポリペプチドに結合する。用語「ＰＤ－１活性」は、ＰＤ－１ポリペプチドが、例えば抗原提示細胞上の天然ＰＤ－１リガンドと係合することによって、活性化免疫細胞における抑制性シグナルを調節する能力を含む。免疫細胞における抑制性シグナルの調節は、免疫細胞の増殖の調節、及び／または免疫細胞によるサイトカイン分泌の調節をもたらす。したがって、用語「ＰＤ－１活性」は、ＰＤ－１ポリペプチドがその天然リガンド（複数可）に結合する能力、免疫細胞抑制性シグナルを調節する能力、及び免疫応答を調節する能力を含む。用語「ＰＤ－１リガンド」は、ＰＤ－１受容体の結合パートナーを指し、ＰＤ－Ｌ１（Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９２：１０２７－１０３４）及びＰＤ－Ｌ２（Ｌａｔｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：２６１）の両方を含む。用語「ＰＤ－１リガンド活性」は、ＰＤ－１リガンドポリペプチドがその天然の受容体（複数可）（例えば、ＰＤ－１またはＢ７－１）に結合する能力、免疫細胞抑制性シグナルを調節する能力、及び免疫応答を調節する能力を含む。

【0374】

本明細書で使用する場合、用語「免疫チェックポイント療法」とは、免疫抑制性免疫チェックポイントを阻害する薬剤の使用、例えば、それらの核酸及び／またはタンパク質を阻害することを指す。１種以上のそのような免疫チェックポイントの阻害は、抑制性シグナル伝達を遮断あるいは中和して、それによって、がんをより有効に治療するべく免疫応答を上方制御し得る。免疫チェックポイントを阻害するのに有用な例示的な薬剤としては、免疫チェックポイントタンパク質またはその断片に結合し得る及び／またはそれを不活性化させ得るまたは阻害し得る抗体、小分子、ペプチド、ペプチドミメティック、天然リガンド、及び天然リガンドの誘導体；ならびに免疫チェックポイント核酸またはその断片の発現及び／または活性を下方制御し得るＲＮＡ干渉、アンチセンス、核酸アプタマーなどが挙げられる。免疫応答を上方制御するための例示的な薬剤としては、タンパク質とその天然の受容体（複数可）との間の相互作用を遮断する、１種以上の免疫チェックポイントタンパク質に対する抗体；１種以上の免疫チェックポイントタンパク質の非活性化形態（例えば、ドミナントネガティブポリペプチド）；１種以上の免疫チェックポイントタンパク質とその天然の受容体（複数可）との間の相互作用を遮断する小分子またはペプチド；融合タンパク質（例えば、抗体または免疫グロブリンのＦｃ部分に融合した、免疫チェックポイント抑制タンパク質の細胞外部分）であって、その天然の受容体に結合する、当該融合タンパク質；免疫チェックポイント核酸の転写または翻訳を阻止する核酸分子；ならびに類似するものが挙げられる。そのような薬剤は、１種以上の免疫チェックポイントとその天然の受容体（例えば、抗体）との間の相互作用を直接的に遮断して、抑制性シグナル伝達を阻止し得、免疫応答を上方制御し得る。あるいは、薬剤は、１種以上の免疫チェックポイントタンパク質とその天然の受容体（複数可）との間の相互作用を間接的に遮断して、抑制性シグナル伝達を阻止し得、免疫応答を上方制御し得る。例えば、可溶型の免疫チェックポイントタンパク質リガンド、例えば安定化された細胞外ドメインは、その受容体に結合して、適切なリガンドに結合する受容体の実効濃度を間接的に低下させ得る。一実施形態では、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体及び／または抗ＰＤ－Ｌ２抗体を単独で、または組み合わせて使用して免疫チェックポイントを阻害する。ＰＤ－１経路を遮断するために使用される治療剤としては、アンタゴニスト抗体及び可溶性ＰＤ－Ｌ１リガンドが挙げられる。ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１／２抑制性経路に対するアンタゴニスト薬剤には、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１／２に対するアンタゴニスト抗体（例えば、米国特許第８，００８，４４９号に開示されている１７Ｄ８、２Ｄ３、４Ｈ１、５Ｃ４（別名ニボルマブまたはＢＭＳ－９３６５５８）、４Ａ１１、７Ｄ３及び５Ｆ４；ＡＭＰ－２２４、ピジリズマブ（ＣＴ－０１１）、ペムブロリズマブ、ならびに米国特許第８，７７９，１０５号、同第８，５５２，１５４号、同第８，２１７，１４９号、同第８，１６８，７５７号、同第８，００８，４４９号、同第７，４８８，８０２号、同第７，９４３，７４３号、同第７，６３５，７５７号及び同第６，８０８，７１０号に開示される抗体が含まれ得るが、これらに限定されない。同様に、さらなる代表的なチェックポイント阻害剤は、限定されるものではないが、抑制性調節因子ＣＴＬＡ－４（抗細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４ 抗細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４）に対する抗体、例えばイピリムマブ、トレメリムマブ（完全ヒト化型）、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＴＬＡ－４アドネクチン、抗ＣＴＬＡ－４ドメイン抗体、一本鎖抗ＣＴＬＡ－４抗体断片、重鎖抗ＣＴＬＡ－４断片、軽鎖抗ＣＴＬＡ－４断片、ならびに他の抗体、例えば、米国特許第８，７４８，８１５号、同第８，５２９，９０２号、同第８，３１８，９１６号、同第８，０１７，１１４号、同第７，７４４，８７５号、同第７，６０５，２３８号、同第７，４６５，４４６号、同第７，１０９，００３号、同第７，１３２，２８１号、同第６，９８４，７２０号、同第６，６８２，７３６号、同第６，２０７，１５６号及び同第５，９７７，３１８に、及び欧州特許第１２１２４２２号、米国特許公開第２００２／００３９５８１号及び同第２００２／０８６０１４号に、及びＨｕｒｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９５：１００６７－１００７１に開示されている抗体であり得る。

【0375】

ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２及びＣＴＬＡ－４に関して例示される免疫チェックポイント活性、リガンド、遮断などについての代表的な定義は、他の免疫チェックポイント全般に適用される。

【0376】

用語「非標的療法」とは、選択された生体分子と選択的に相互作用をしないがそれでもがんを治療する薬剤を、投与することを指す。非標的療法の代表的な例としては、限定されるものではないが、化学療法、遺伝子治療、及び放射線療法が挙げられる。

【0377】

一実施形態では、化学療法を用いる。化学療法は、化学療法剤を投与することを含む。そのような化学療法剤は、限定されるものではないが、以下の化合物の群の中から選択されるものであり得る：白金化合物、細胞傷害性抗生物質、代謝拮抗剤、抗有糸分裂剤、アルキル化剤、ヒ素化合物、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤、タキサン類、ヌクレオシド類縁体、植物アルカロイド、及び毒素；ならびにそれらの合成誘導体。例示的な薬剤としては、限定されるものではないが、アルキル化剤：ナイトロジェンマスタード類（例えば、シクロホスファミド、イホスファミド、トロホスファミド、クロラムブシル、エストラムスチン、及びメルファラン）、ニトロソウレア類（例えば、カルムスチン（ＢＣＮＵ）及びロムスチン（ＣＣＮＵ））、アルキルスルホン酸エステル（例えば、ブスルファン及びトレオスルファン）、トリアゼン類（例えば、ダカルバジン、テモゾロミド）、シスプラチン、トレオスルファン、及びトロホスファミド；植物アルカロイド類：ビンブラスチン、パクリタキセル、ドセタキソール；ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤：テニポシド、クリスナトール、及びマイトマイシン；葉酸拮抗薬：メトトレキサート、ミコフェノール酸、及びヒドロキシウレア；ピリミジン類縁体：５－フルオロウラシル、ドキシフルリジン、及びシトシンアラビノシド；プリン類縁体：メルカプトプリン及びチオグアニン；ＤＮＡ代謝拮抗薬：２’－デオキシ－５－フルオロウリジン、アフィジコリングリシネート、及びピラゾロイミダゾール；及び抗有糸分裂剤：ハリコンドリン、コルヒチン、ならびにリゾキシンが挙げられる。同様に、さらなる例示的な薬剤としては、白金含有化合物（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン）、ビンカアルカロイド類（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、及びビノレルビン）、タキソイド類（例えば、パクリタキセル、またはパクリタキセル等価体、例えば、ナノ粒子アルブミン結合パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ）、ドコサヘキサエン酸結合パクリタキセル（ＤＨＡ－パクリタキセル、タキソプレキシン）、ポリグルタメート酸結合パクリタキセル（ＰＧ－パクリタキセル、パクリタキセルポリグルメックス、ＣＴ－２１０３、ＸＹＯＴＡＸ）、腫瘍活性化プロドラッグ（ＴＡＰ）ＡＮＧ１００５（パクリタキセル３分子と結合したＡｎｇｉｏｐｅｐ－２）、パクリタキセル－ＥＣ－１（ｅｒｂＢ２認識ペプチドＥＣ－１に結合したパクリタキセル）、及びグルコース結合体化パクリタキセル、例えば、２’－パクリタキセルメチル２－グルコピラノシルサクシネート；ドセタキセル、タキソール）、エピポドフィリン（例えば、エトポシド、エトポシドホスフェート、テニポシド、トポテカン、９－アミノカンプトテシン、カンプトイリノテカン、イリノテカン、クリスナトール、マイトマイシンＣ）、代謝拮抗薬、ＤＨＦＲ阻害剤（例えば、メトトレキサート、ジクロロメトトレキサート、トリメトレキサート、エダトレキサート）、ＩＭＰデヒドロゲナーゼ阻害剤（例えば、ミコフェノール酸、チアゾフリン、リバビリン、及びＥＩＣＡＲ）、リボヌクレオチド還元酵素阻害剤（ｒｉｂｏｎｕｃｌｏｔｉｄｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ）（例えば、ヒドロキシウレア、及びデフェロキサミン）、ウラシル類縁体（例えば、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、フロクスウリジン、ドキシフルリジン、ラルチトレキセド、テガフール－ウラシル、カペシタビン）、シトシン類縁体（例えば、シタラビン（ａｒａ Ｃ）、シトシンアラビノシド、及びフルダラビン）、プリン類縁体（例えば、メルカプトプリン及びチオグアニン）、ビタミンＤ３類縁体（例えば、ＥＢ１０８９、ＣＢ１０９３、及びＫＨ１０６０）、イソプレニル化阻害剤（例えば、ロバスタチン）、ドーパミン作動性神経毒（例えば、１－メチル－４－フェニルピリジニウムイオン）、細胞周期阻害剤（例えば、スタウロスポリン）、アクチノマイシン（例えば、アクチノマイシンＤ、ダクチノマイシン）、ブレオマイシン（例えば、ブレオマイシンＡ２、ブレオマイシンＢ２、ペプロマイシン）、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ペグ化リポソームドキソルビシン、イダルビシン、エピルビシン、ピラルビシン、ゾルビシン、ミトキサントロン）、ＭＤＲ阻害剤（例えば、ベラパミル）、Ｃａ^２＋ ＡＴＰａｓｅ阻害剤（例えば、タプシガルギン）、イマチニブ、サリドマイド、レナリドマイド、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、アキシチニブ（ＡＧ０１３７３６）、ボスチニブ（ＳＫＩ－６０６）、セディラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ（商標）、ＡＺＤ２１７１）、ダサチニブ（ＳＰＲＹＣＥＬ（商標登録）、ＢＭＳ－３５４８２５）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標）、ＣＧＰ５７１４８Ｂ、ＳＴＩ－５７１）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＴＹＶＥＲＢ（登録商標）、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、ネラチニブ（ＨＫＩ－２７２）、ニロチニブ（ＴＡＳＩＧＮＡ（登録商標））、セマキサニブ（セマキシニブ、ＳＵ５４１６）、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、ＳＵ１１２４８）、トセラニブ（ＰＡＬＬＡＤＩＡ（登録商標））、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（登録商標）、ＺＤ６４７４）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７、ＰＴＫ／ＺＫ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標））、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、ラニビズマブ（Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標））、ニロチニブ（ＴＡＳＩＧＮＡ（登録商標））、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標））、エベロリムス（ＡＦＩＮＩＴＯＲ（登録商標））、アレムツズマブ（ＣＡＭＰＡＴＨ（登録商標））、ゲムツズマブ オゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標））、テムシロリムス（ＴＯＲＩＳＥＬ（登録商標））、ＥＮＭＤ－２０７６、ＰＣＩ－３２７６５、ＡＣ２２０、ドビチニブ乳酸塩（ＴＫＩ２５８、ＣＨＩＲ－２５８）、ＢＩＢＷ ２９９２（ＴＯＶＯＫ（商標））、ＳＧＸ５２３、ＰＦ－０４２１７９０３、ＰＦ－０２３４１０６６、ＰＦ－２９９８０４、ＢＭＳ－７７７６０７、ＡＢＴ－８６９、ＭＰ４７０、ＢＩＢＦ１１２０（ＶＡＲＧＡＴＥＦ（登録商標））、ＡＰ２４５３４、ＪＮＪ－２６４８３３２７、ＭＧＣＤ２６５、ＤＣＣ－２０３６、ＢＭＳ－６９０１５４、ＣＥＰ－１１９８１、チボザニブ（ＡＶ－９５１）、ＯＳＩ－９３０、ＭＭ－１２１、ＸＬ－１８４、ＸＬ－６４７、及び／またはＸＬ２２８）、プロテアソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ（ベルケイド（ＶＥＬＣＡＤＥ）（登録商標））、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、ラパマイシン、テムシロリムス（ＣＣＩ－７７９）、エベロリムス（ＲＡＤ－００１）、リダホロリムス、ＡＰ２３５７３（Ａｒｉａｄ）、ＡＺＤ８０５５（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＢＥＺ２３５（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＢＧＴ２２６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＸＬ７６５（Ｓａｎｏｆｉ Ａｖｅｎｔｉｓ）、ＰＦ－４６９１５０２（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＧＤＣ０９８０（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＳＦ１１２６（Ｓｅｍａｆｏｅ）、及びＯＳＩ－０２７（ＯＳＩ））、オブリメルセン、ゲムシタビン、カルミノマイシン、ロイコボリン、ペメトレキセド、シクロホスファミド、ダカルバジン、プロカルビジン、プレドニゾロン、デキサメタゾン、カンパテシン、プリカマイシン、アスパラギナーゼ、アミノプテリン、メトプテリン、ポルフィロマイシン、メルファラン、ロイロシジン、ロイロシン、クロラムブシル、トラベクテジン、プロカルバジン、ディスコデルモライド、カルミノマイシン、アミノプテリン、ならびにヘキサメチルメラミンが挙げられる。１種以上の化学療法剤を含む組成物（例えば、ＦＬＡＧ、ＣＨＯＰ）を使用することもある。ＦＬＡＧは、フルダラビン、シトシンアラビノシド（Ａｒａ－Ｃ）及びＧ－ＣＳＦを含む。ＣＨＯＰは、シクロホスファミド、ビンクリスチン、ドキソルビシン、及びプレドニゾンを含む。別の実施形態では、ＰＡＲＰ（例えば、ＰＡＲＰ－１及び／またはＰＡＲＰ－２）阻害剤を使用するが、そのような阻害剤は当技術分野でよく知られている（例えば、オラパリブ、ＡＢＴ－８８８、ＢＳＩ－２０１、ＢＧＰ－１５（Ｎ－Ｇｅｎｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．）、ＩＮＯ－１００１（Ｉｎｏｔｅｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．）、ＰＪ３４（Ｓｏｒｉａｎｏ ｅｔ ａｌ．，２００１、Ｐａｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００２ｂ）、３－アミノベンズアミド（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、４－アミノ－１，８－ナフタルイミド、（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、６（５Ｈ）－フェナントリジノン（Ｔｒｅｖｉｇｅｎ）、ベンズアミド（米国特許再発行第３６，３９７号）；及びＮＵ１０２５（Ｂｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．））。作用機序は、概して、ＰＡＲＰ阻害剤がＰＡＲＰに結合してその活性を低下させることができることに関係している。ＰＡＲＰは、ベータ－ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤ＋）からニコチンアミド及びポリ－ＡＤＰ－リボース（ＰＡＲ）への変換を触媒する。ポリ（ＡＤＰ－リボース）及びＰＡＲＰの両方は、転写、細胞増殖、ゲノム安定性及び発がんの調節に関連付いている（Ｂｏｕｃｈａｒｄ ｅｔ．ａｌ．（２００３）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔｏｌ．３１：４４６－４５４）、Ｈｅｒｃｅｇ（２００１）Ｍｕｔ．Ｒｅｓ．４７７：９７－１１０）。ポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ１（ＰＡＲＰ１）は、ＤＮＡ一本鎖切断（ＳＳＢ）の修復において重要な分子である（ｄｅ Ｍｕｒｃｉａ Ｊ．ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９４：７３０３－７３０７、Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．７：５１７－５２８、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．１１：２３４７－２３５８）。ＰＡＲＰ１機能の抑制によってＳＳＢ修復をノックアウトすると、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）が誘導され、これは、相同組換えＤＳＢ修復に欠陥があるがん細胞においては、合成致死性を引き起こすことがある（Ｂｒｙａｎｔ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１３－９１７、Ｆａｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔｕｒｅ ４３４：９１７－９２１）。化学療法剤の上記例は、例示的なものであり、限定することを意図するものではない。

【0378】

別の実施形態では、放射線療法を用いる。放射線療法に用いられる放射線は、電離放射線であり得る。放射線療法はまた、ガンマ線、Ｘ線、または陽子線であってもよい。放射線療法の例としては、限定されるものではないが、体外照射療法、放射性同位体（Ｉ－１２５、パラジウム、イリジウム）の組織内移植、ストロンチウム－８９などの放射性同位体、胸部放射線療法、腹腔内Ｐ－３２放射線療法、及び／または全腹部及び全骨盤放射線療法が挙げられる。放射線療法の概略については、Ｈｅｌｌｍａｎ，Ｃｈａｐｔｅｒ １６：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ：Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｔｈｅｒａｐｙ，６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１，ＤｅＶｉｔａ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａを参照されたい。放射線療法は、体外照射放射線または遠隔療法として施与されることがあり、放射線は、遠隔の発生源から向けられて来る。放射線治療はまた、体内療法または近接照射療法として施与されることもあり、放射線発生源は、がん細胞または腫瘤に近接して、体内に配置される。また、ヘマトポルフィリン及びその誘導体、ベルトポルフィン（Ｖｅｒｔｏｐｏｒｆｉｎ）（ＢＰＤ－ＭＡ）、フタロシアニン、光増感剤Ｐｃ４、デメトキシ－ヒポクレリンＡ；及び２ＢＡ－２－ＤＭＨＡなどの光増感剤の投与を含む光線力学療法の利用も包含される。

【0379】

別の実施形態では、ホルモン療法が用いられる。ホルモン療法的治療は、例えば、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト（例えば、フルタミド、ビカルタミド、タモキシフェン、ラロキシフェン、ロイプロリド酢酸塩（ＬＵＰＲＯＮ）、ＬＨ－ＲＨアンタゴニスト）、ホルモンの生合成及びプロセシングの阻害剤、ならびにステロイド（例えば、デキサメタゾン、レチノイド、デルトイド、ベタメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、プレドニゾン、デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、ミネラルコルチコイド、エストロゲン、テストステロン、プロゲスチン）、ビタミンＡ誘導体（例えば、全トランス型レチノイン酸（ＡＴＲＡ）；ビタミンＤ３類縁体；抗ゲスターゲン（例えば、ミフェプリストン、オナプリストン）、または抗アンドロゲン（例えば、酢酸シプロテロン）を含み得る。

【0380】

別の実施形態では、体組織を高温（最高１０６°Ｆ）に曝露する処置である温熱処置を用いる。熱は、細胞を傷付けること、または細胞からその生存に必要な物質を奪うことによって、腫瘍を縮小するのに役立ち得る。温熱療法は、体外及び体内加温装置を使用する局所、局部及び全身の温熱処置であり得る。温熱処置は、ほぼ常に、他の形態の療法（例えば、放射線療法、化学療法及び生物学的療法）の有効性を向上させようとしてそれらとともに用いられる。局所温熱処置は、非常に小さな領域、例えば腫瘍に印加される熱を指す。領域は、体外にある装置から腫瘍に狙いを定めた高周波によって体外から加温され得る。体内加温を成し遂げるためには、加温ワイヤ、または温水で満たされた中空チューブ；埋込型マイクロ波アンテナ；及びラジオ波電極を含めたいくつかの種類の無菌プローブの１つが使用され得る。局部温熱処置では、臓器または四肢を加温する。加温すべき領域の上に、磁石、及び高エネルギーを生成する装置が配置される。灌流と呼ばれる別の手法では、患者の血液の一部を取り出し、加温し、その後、体内から加温されるべき領域の中へ圧送（灌流）する。全身加温は、身体の全体にわたって広がった転移がんを処置するために用いられる。それは、温水ブランケット、温ワックス、（電気毛布の中にあるような）誘導コイル、または（大型インキュベータのような）加温チャンバを使用することによって成し遂げられ得る。温熱処置は、放射線副作用または合併症の著しい増加を何ら引き起こさない。但し、皮膚に直接印加される熱は、処置された患者の約半数において、不快感、さらに言えば局所の著しい疼痛を引き起こすことがある。それはまた、水疱を引き起こすこともあるが、これは一般に速やかに治癒するものである。

【0381】

さらに別の実施形態では、光線力学療法（ＰＤＴ、光照射療法、光線療法または光化学療法とも呼ばれる）をいくつかのタイプのがんの治療のために用いる。それは、単細胞生物を特定のタイプの光に曝露した場合に、光増感剤として知られるある特定の化学物質が単細胞生物を殺滅することがある、という発見に基づいている。ＰＤＴは、光増感剤と組み合わせた固定周波数のレーザー光の使用によって、がん細胞を破壊する。ＰＤＴでは、光増感剤は血流中に注入され、体全体の細胞によって吸収される。当該薬剤は、正常細胞と比較してより長い時間にわたってがん細胞にとどまる。処置されたがん細胞がレーザー光に曝露されると、光増感剤が光を吸収し、処置されたがん細胞を破壊する活性型の酸素を生成する。光増感剤の大部分が健常な細胞から去ってしまったが、未だがん細胞内には存在している時に、光曝露が起こるよう、光曝露の頃合いを慎重に見計らわねばならない。ＰＤＴに用いるレーザー光を光ファイバー（非常に細いガラスストランド）によって指向することがある。光ファイバーをがんの近くに配置して適切な量の光を送達する。光ファイバーを、肺癌の治療のために気管支鏡によって肺内に、または食道癌の治療のために内視鏡によって食道内に、指向することがある。ＰＤＴの利点は、それによって引き起こされる健常組織への損傷が最小限に抑えられることである。しかしながら、現在利用されているレーザー光は約３センチメートルよりも長く（１と８分の１インチよりも少し長く）組織を貫通することができないため、ＰＤＴは主に、皮膚上もしくは皮膚直下、または体内臓器の内壁上の腫瘍を治療するために用いられる。光線力学療法は、処置後６週間以上にわたって皮膚及び眼を光に対して敏感にする。患者は、直射日光及び室内の明るい光を少なくとも６週間にわたって避けるように助言される。患者が外出しなければならない場合には、サングラスを含めた防護服を着用する必要がある。ＰＤＴの他の一時的な副作用は、特定の領域の処置に関係するものであり、これには、咳、嚥下困難、腹痛、及び呼吸時痛または息切れが含まれ得る。１９９５年１２月にＵ．Ｓ．Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）は、ポルフィマーナトリウムまたはＰｈｏｔｏｆｒｉｎ（登録商標）と呼ばれる光増感剤を、閉塞を引き起こしている食道癌の症候を緩和するため及びレーザー単独では満足に治療されることができない食道癌のために承認した。１９９８年１月にＦＤＡは、ポルフィマーナトリウムを、肺癌のための通常の治療が適さない患者における早期非小細胞肺癌の治療のために承認した。国立がん研究所及び他の機関は、膀胱、脳、喉頭及び口腔のがんを含めたいくつかのタイプのがんに対する光線力学療法の利用を評価するための臨床試験（研究試験）を支持している。

【0382】

さらに別の実施形態では、レーザー療法を用いて高強度の光を利用して、がん細胞を破壊する。この技術は、とりわけ他の治療ではがんが治癒し得ない場合に、がんの症候、例えば出血または閉塞を緩和するために用いられることが多い。それはまた、腫瘍を縮小または破壊することによってがんを治療するためにも用いられ得る。用語「レーザー」は、放射線の刺激放射による光線増幅を表す。通常の光、例えば電球からの光は、多くの波長を有し、あらゆる方向に広がる。他方、レーザー光は、特定の波長を有し、細い光線に集束されている。このタイプの高強度の光は、大きなエネルギーを内包する。レーザーは非常に強力であり、鉄鋼を切断するためまたはダイヤモンドを成形するために用いられることがある。レーザーはまた、非常に精密な外科手技、例えば、眼内の損傷した網膜の修復、または（外科用メスに代わる）組織の切断のために用いられることもある。いくつかの異なる種類のレーザーが存在しているが、３種類のみが医学において広く用いられている。二酸化炭素（ＣＯ_２）レーザー－－このタイプのレーザーは、皮膚の表面から薄い層を、より深い層の貫通を伴わずに、除去することができる。この技術は、皮膚内に深く広がっていない腫瘍の治療、及びある特定の前がん状態において、特に有用である。ＣＯ_２レーザーは、従来の外科用メスによる外科手術に代わって皮膚を切断することもできる。レーザーは、このようにして皮膚癌を除去するために用いられる。ネオジムイットリウム－アルミニウム－ガーネット（Ｎｄ：ＹＡＧ）レーザー－－このレーザーからの光は、他のタイプのレーザーからの光よりも深く組織を貫通することができ、それは血液を素早く凝固させることができる。それは、光ファイバーによって、身体のより到達しがたい部分へ運ばれることができる。このタイプのレーザーは、時には、咽喉癌を治療するために用いられる。アルゴンレーザー－－このレーザーは、組織の表層のみを通過することができ、それゆえ、皮膚学及び眼の外科手術において有用である。それはまた、光線力学療法（ＰＤＴ）として知られる手順において腫瘍を治療するために感光性色素とともに用いられもする。レーザーは、標準的な外科手術器具に勝るいくつかの利点を有する：レーザーは外科用メスよりも正確である。切開部付近の組織は、周囲の皮膚または他の組織との接触がほとんどないので保護される。レーザーによって生成した熱は外科手術部位を滅菌し、かくして、感染症のリスクが低減される。レーザーの精度がより小さな切開部を可能にするので、必要な手術時間がより少なくなり得る。治癒時間が短縮されることが多い；レーザー熱が血管を封止するので出血、腫脹または瘢痕化が少ない。レーザー外科手術はあまり複雑でないことがある。例えば、光ファイバーによってレーザー光は、大きな切開部を作ることなく身体の一部に指向され得る。外来患者基準でより多くの手順がなされ得る。レーザーは、がんを治療するために２つの方法で使用され得る：腫瘍を熱で縮小もしくは破壊すること、またはがん細胞を破壊する化学物質－－光増感剤として知られる－－を活性化させること。ＰＤＴにおいて、光増感剤はがん細胞内に保持され、光によって刺激されて、がん細胞を殺滅する反応をもたらし得る。ＣＯ_２及びＮｄ：ＹＡＧレーザーは、腫瘍を縮小または破壊するために用いられる。それらは、膀胱などの身体のある特定の領域を医師が見ることを可能にするチューブである内視鏡とともに、用いられ得る。いくらかのレーザーからの光は、光ファイバーが取り付けられた柔軟な内視鏡を通って送られ得る。これは、外科手術による以外には到達できなかった身体の一部を医師が見てそこで作業することを可能にし、したがって、非常に精密にレーザー光線の狙いを定めることを可能にする。また、レーザーを低出力顕微鏡とともに用いることもあり、これによって医者は処置部位の明瞭な視野が得られる。他の装置とともに用いればレーザーシステムは直径わずか２００ミクロンの切断領域を生成し得る－－これは非常に細い糸の幅よりも小さい。レーザーは、多くのタイプのがんを治療するために用いられる。レーザー外科手術は、ある特定のステージの声門（声帯）、子宮頸部、皮膚、肺、膣、外陰及び陰茎癌のための標準的治療である。がんを破壊するためのその利用に加えて、レーザー外科手術はまた、がんによって引き起こされる症候を緩和するのを助けるためにも用いられる（緩和ケア）。例えば、レーザーは、患者の気管（のど笛）を塞いでいる腫瘍を縮小または破壊して呼吸を容易にするために用いられることがある。またそれは、時として、大腸及び肛門癌において緩和のためにも用いられる。レーザー誘導組織内温熱療法（ＬＩＴＴ）は、レーザー療法における最近の進展の１つである。ＬＩＴＴは、温熱処理と呼ばれるがん治療と同じ概念を用いており；その熱は、細胞を傷付けること、または細胞からその生存に必要な物質を奪うことによって、腫瘍を縮小するのに役立ち得る。この治療では、レーザーを体内の間質領域（臓器間にある領域）に指向する。レーザー光はその後、腫瘍の温度を上昇させ、これによってがん細胞が傷付く、または破壊される。

【0383】

一態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２を発現する細胞に対する免疫応答を、対象において誘発する方法である。いくつかの実施形態では、方法は、本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含み、医薬組成物は、対象に投与されると、ＭＡＧＥＣ２を発現する細胞に対する免疫応答を誘発する。

【0384】

いくつかの実施形態では、免疫応答は細胞媒介免疫応答を含み得る。細胞性免疫応答は、Ｔ細胞が関与する応答であり、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで測定される得る。例えば、一般的な細胞性免疫応答は、医薬組成物の投与後の好適な時間に対象からサンプリングされた細胞（例えば、末梢血リンパ球（ＰＢＬ））におけるＴ細胞増殖活性として測定され得る。適切な期間にわたって、例えばＰＢＭＣを、刺激剤とともにインキュベーションした後、［^３Ｈ］チミジン取り込みを測定することがある。増殖しているＴ細胞のサブセットを、フローサイトメトリーを用いて決定することがある。

【0385】

本発明に包含される別の態様では、本明細書に提供される方法は、上記のようにヒト及び非ヒト哺乳動物の両方に投与することを含む。獣医学的用途も企図される。いくつかの実施形態では、対象は、免疫応答が誘発され得る任意の生命体であり得る。

【0386】

いくつかの実施形態では、医薬組成物を、適切な任意の時点で投与することができる。例えば、投与することは、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有する対象の治療の前または間に実施され得、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を臨床的に検出できなくなった後に継続され得る。投与することはまた、再発の徴候を示している対象において継続されることもある。

【0387】

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、治療的にまたは予防的に有効な量で、投与され得る。医薬組成物を対象に投与することは、既知の手順を用いて、ならびに所望の効果をもたらすのに十分な投薬量で及び期間にわたって、行われ得る。

【0388】

いくつかの実施形態では、医薬組成物は、対象に、任意の好適な部位で投与され得る。投与は、当技術分野で一般的に知られている方法を用いて成し遂げられ得る。細胞を含めて薬剤は、直接注射によって、または当技術分野で用いられる任意の他の方法、例えば、限定されるものではないが、血管内、脳内、非経口、腹腔内、静脈内、硬膜外、脊髄腔内、胸骨内、関節内、滑膜内、くも膜下腔内、動脈内、心臓内または筋肉内投与によって、所望の部位に導入され得る。例えば、関心とする対象に、様々な経路によって移植された細胞を生着させることがある。そのような経路としては、限定されるものではないが、静脈内投与、皮下投与、特定の組織への投与（例えば、病巣への移植）、大腿骨骨髄腔内への注射、脾臓内への注射、胎児肝臓の腎被膜下への投与が挙げられる。ある特定の実施形態では、本発明に包含されるがんワクチンを対象に腫瘍内または皮下注射することがある。細胞は、１回の輸注で、または所望の効果を生じさせるのに十分な規定の期間をかけた連続的な輸注によって、投与され得る。移植、生着評価、及び移植された細胞のマーカー表現型解析のための、例示的な方法は、当技術分野でよく知られている（例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃｕｒｒ．Ｐｒｏｔｏｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．８１：１５．２１．１－１５．２１．２１、Ｉｔｏ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｂｌｏｏｄ １００：３１７５－３１８２、Ｔｒａｇｇｉａｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０４：１０４－１０７、Ｉｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ（２００５）１０６：１５６５－１５７３、Ｓｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１７４：６４７７－６４８９、及びＨｏｌｙｏａｋｅ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔｏｌ．２７：１４１８－１４２７を参照）。

【0389】

いくつかの実施形態では、用量は、それが免疫応答を誘発するものであろうと、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害及び／またはそれに関連する症候の予防的または治療的処置をもたらすものであろうと、所望の応答をもたらすのに有効な量で及び期間にわたって投与され得る。

【0390】

医薬組成物は、他の療法、例えば、対象における免疫応答も誘発する療法の後に、その前に、またはそれと同時進行で、投与され得る。例えば、対象は、他の形態の免疫調節剤によって予めまたは同時に治療されてもよく、そのような他の療法は、本明細書に記載される組成物の免疫原性を妨害しないような方法で提供されることがある。

【0391】

投与は介護者（例えば、医師、獣医師）によって適切に適時選択がなされ得、対象の臨床症状、投与の目的、及び／またはさらに企図もしくは投与されている他の療法によって決まり得る。いくつかの実施形態では、初回用量を投与して、免疫学的及び／または臨床的応答について対象の追跡評価を行うことがある。免疫学的追跡評価の好適な手段は、患者の末梢血リンパ球（ＰＢＬ）を応答体として、及び本明細書に記載される免疫原性ペプチドまたはペプチド－ＭＨＣ複合体を刺激剤として使用することを含む。また、免疫学的応答を投与部位での遅延性の炎症反応によって測定することもある。必要に応じて、初回用量に続く１回以上の用量を、所望の効果が得られるまで、典型的には月１回、半月に１回、または週１回、投与することがある。その後、必要に応じて、特に、免疫学的または臨床的な利益が弱まってきていると思われる場合に、さらなる追加免疫用量または維持用量を投与することがある。

【0392】

概して、適切な投薬レジメン及び治療レジメンは、利益を提供するのに十分な量の活性分子または細胞を提供する。そのような応答は、非治療対象と比較したときの治療された対象における改善された臨床転帰（例えば、より頻繁な寛解、完全なもしくは部分的な、またはより長い無病生存期間）を確立することによって、追跡評価され得る。ウイルスタンパク質に対する既存の免疫応答の増大は、一般に、改善された臨床転帰と相関する。そのような免疫応答は一般に、標準的な増殖、細胞傷害またはサイトカインアッセイを用いて評価され得るが、これらは慣例的なものである。

【0393】

予防的使用の場合、用量は、疾患にもしくは障害に関連する疾患の予防、その発症の遅延、またはその重症度の低減のために十分なものであるべきである。本明細書に記載される方法に従って投与される免疫原性組成物の予防的利益は、前臨床（ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、及びｉｎ ｖｉｖｏ動物研究を含む）及び臨床研究を実施すること、ならびにそこから得られたデータを適切な統計学的、生物学的及び臨床的な方法及び技術によって解析することによって、見極められ得、これらはどれも当業者によって容易に実施され得る。

【0394】

本明細書で使用する場合、組成物の投与は、送達の経路または様式にかかわらず、それを対象に送達することを指す。投与は、連続的または断続的に、及び非経口的に行われ得る。投与は、識別された症状、疾患もしくは疾患状態を有すると既に確認済みである対象を治療するために、またはそのような症状、疾患もしくは疾患状態に罹患しやすいもしくはそれの発症リスクがある対象を治療するために行われ得る。補助療法との共投与は、複数種の薬剤を任意の順序及び任意の投薬スケジュールで同時及び／または連続的に送達すること（例えば、操作型免疫細胞と１種以上のサイトカイン；免疫抑制療法、例えば、カルシニューリン阻害剤、コルチコステロイド、微小管阻害剤、低用量のミコフェノール酸プロドラッグまたはそれらの任意の組合せ）を含み得る。

【0395】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される宿主細胞（例えば、操作型免疫細胞）の複数回の用量を対象に投与するが、これらは約２週間～約４週間の投与間隔で投与され得る。

【0396】

本発明に包含される治療方法または予防方法を治療コースの一部または治療レジメンの一部として対象に処方することがあるが、それは、本開示の単位用量、細胞または組成物の投与の前または後に付加的な治療を含むものであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、宿主細胞（例えば、操作型免疫細胞）の単位用量を受けている対象は、造血細胞移植（ＨＣＴ；例えば、骨髄破壊的ＨＣＴ及び非骨髄破壊的ＨＣＴ）を受けているか、または以前に受けたことがある。前述の実施形態のいずれかでは、ＨＣＴにおいて使用される造血細胞は、ＭＨＣ、抗原及び結合性タンパク質から選択されるポリペプチド産物をコードする１つ以上の内在遺伝子の発現を低減させるまたは除去するように（例えば、本明細書に記載される方法による染色体遺伝子ノックアウトによって）改変された「汎用ドナー」細胞であることがある。

【0397】

いくつかの実施形態では、細胞移植を実施するための技術及びレジメンは当技術分野において既知であり、任意の好適なドナー細胞、例えば、臍帯血、骨髄または末梢血に由来する細胞、造血幹細胞、動員された幹細胞、または羊水由来の細胞の移植を含み得る。したがって、いくつかの実施形態では、本発明に包含される宿主細胞（例えば、操作型免疫細胞）を、幹細胞療法と一緒に、またはその直後に投与することがある。

【0398】

本発明に包含される方法は、いくつかの実施形態では、併用療法において、疾患または障害（例えば、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害）を治療するための１種以上の付加的な薬剤を投与することを、さらに含むことがある。例えば、いくつかの実施形態では、併用療法は、本発明に包含される宿主細胞または結合性タンパク質を抗ウイルス薬剤と一緒に（同時発生的に、同時に、または連続して）投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用療法は、本発明に包含される宿主細胞または結合性タンパク質をロピナビル／リトナビル、クロロキン、リバビリン、ステロイド薬、ヒドロキシクロロキン及び／またはインターフェロンαと一緒に投与することを含む。いくつかの実施形態では、併用療法は、本発明に包含される宿主細胞、組成物、または宿主細胞の単位用量を、二次的な療法、例えば、外科手術、抗体、ワクチンまたはそれらの任意の組合せと一緒に投与することを含む。

【0399】

ｃ．スクリーニング方法
本発明に包含される別の態様は、スクリーニングアッセイを包含する。

【0400】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたはｐＭＨＣに結合する薬剤を選択する方法が提供される。例えば、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、ａ）細胞の表面上のＭＨＣ分子との関連において表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを提示している細胞を提供すること；ｂ）細胞上のＭＨＣ分子との関連においてペプチドエピトープに対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及びｃ）ＭＨＣ分子との関連においてペプチドエピトープに結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定することを含む、当該方法が提供される。

【0401】

いくつかの実施形態では、表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープに結合する、ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法であって、ａ）表１に列挙されるペプチド配列から選択されるペプチドエピトープを単独で、あるいはＭＨＣ分子との関連において含む、単独の、あるいは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体中に含まれた状態のペプチドエピトープを、提供すること；ｂ）ペプチドまたは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に対する複数種の候補ペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片の結合性を決定すること；及びｃ）ペプチドエピトープまたは安定ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する１種以上のペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定することを含み、任意選択的に、ＭＨＣまたはＭＨＣ－ペプチド複合体が、本明細書に記載されているものである、当該方法が提供される。

【0402】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるのは、表１から選択されるペプチドエピトープに結合するペプチド結合性分子またはその抗原結合性断片を同定する方法である。

【0403】

いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子（例えば、ＭＨＣ－ペプチド結合性分子）は、ＭＨＣ分子（ＭＨＣ－ペプチド複合体）との関連において例えば細胞の表面上で提示または呈示されたペプチドエピトープに（例えば、特異的及び／または選択的に）結合する能力をもっている分子またはその一部である。例示的なペプチド結合性分子としては、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合する特異的な能力を呈する、Ｔ細胞受容体もしくは抗体、またはその抗原結合性部分、例えばその一本鎖免疫グロブリン可変領域（例えば、ｓｃＴＣＲ、ｓｃＦｖ）が挙げられる。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子は、ＴＣＲまたはその抗原結合性断片である。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子は、抗体、例えば、ＴＣＲ様抗体またはその抗原結合性断片である。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子は、抗体またはその抗原結合性断片を含有する、ＴＣＲ様ＣＡＲ、例えば、ＴＣＲ様抗体、例えば、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合するように操作されているものである。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子は天然の供給源に由来し得、またはそれは、部分的にもしくは全体的に合成もしくは組換えによって生成したものであり得る。

【0404】

いくつかの実施形態では、ペプチドエピトープに結合する結合性分子は、１種以上の候補ペプチド結合性分子、例えば、１種以上の候補ＴＣＲ分子、抗体またはその抗原結合性断片を、ＭＨＣ－ペプチド複合体と接触させること、及び１種以上の候補結合性分子の各々がＭＨＣ－ペプチド複合体に（例えば、特異的及び／または選択的に）結合するかどうかを評価することによって同定され得る。方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏで行われ得る。スクリーニングのための方法は、当技術分野でよく知られており、例えば、米国特許公開第２０２０／０１０２５５３号に記載されている。

【0405】

いくつかの実施形態では、方法は、複数種のまたはライブラリーの結合性分子、例えば、複数種のまたはライブラリーのＴＣＲまたは抗体を、ＭＨＣ拘束性エピトープと接触させること、及びそのようなエピトープに特異的及び／または選択的に結合する分子を同定または選択することを含む。いくつかの実施形態では、複数種の異なる結合性分子、例えば複数種の異なるＴＣＲまたは複数種の異なる抗体を含有する、ライブラリーまたは集合を、ＭＨＣ拘束性エピトープに対する結合についてスクリーニングまたは評価することがある。いくつかの実施形態、例えば、ＭＨＣ拘束性ペプチドに特異的及び／または選択的に結合する結合性タンパク質を選択するための実施形態では、ハイブリドーマ法を採用することがある。

【0406】

いくつかの実施形態では、スクリーニング法であって、複数種の候補結合性分子、例えば候補結合性分子のライブラリーまたは集合をペプチド結合性分子の個々を同時あるいは連続的にペプチド結合性分子と接触させる、当該スクリーニング法を採用することがある。特定のＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的及び／または選択的に結合するライブラリーメンバーが同定または選択され得る。いくつかの実施形態では、候補結合性分子のライブラリーまたは集合は、少なくとも２、５、１０、１００、１０^３、１０^４、１０^５、１０^６、１０^７、１０^８、１０^９種またはそれよりも多くの異なるペプチド結合性分子を含有し得る。

【0407】

いくつかの実施形態では、方法は、１種よりも多くのＭＨＣハプロタイプまたは１種よりも多くのＭＨＣアレルに対する結合性を呈するペプチド結合性分子、例えばＴＣＲまたは抗体を同定するために、採用されることがある。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子、例えばＴＣＲまたは抗体は、複数種のＭＨＣクラスＩハプロタイプまたはアレルとの関連において提示されたペプチドエピトープを特異的及び／または選択的に結合する、またはそれを認識する。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子、例えばＴＣＲまたは抗体は、複数種のＭＨＣクラスＩＩハプロタイプまたはアレルとの関連において提示されたペプチドエピトープを特異的及び／または選択的に結合する、またはそれを認識する。

【0408】

結合親和性を評価するため及び／または結合性分子が特定のリガンド（例えば、ＭＨＣ－ペプチド複合体）に特異的及び／または選択的に結合するかどうかを判定するための様々なアッセイが知られている。標的ポリペプチドのＴ細胞エピトープに対するＴＣＲの結合親和性を、例えば当技術分野でよく知られている複数の結合アッセイのいずれかを用いることによって決定することは、当業者の水準の範囲内である。例えば、いくつかの実施形態では、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）装置を使用して２つのタンパク質の間での複合体の結合定数を決定することがある。複合体の解離定数（Ｋ_Ｄ）は、緩衝液がチップ上を流れるときの時間に対する屈折率の変化を計測監視することによって決定され得る。あるタンパク質の別のタンパク質に対する結合性を測定するのに適する他のアッセイとしては、例えば、免疫アッセイ、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）及び放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、または蛍光、ＵＶ吸収、円二色性もしくは核磁気共鳴（ＮＭＲ）によるタンパク質の分光特性または光学特性の変化を計測監視することによる結合性の決定が挙げられる。他の例示的なアッセイとしては、限定されるものではないが、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、分析的超遠心分離、分光法及び表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））分析（例えば、Ｓｃａｔｃｈａｒｄ ｅｔ ａｌ．（１９４９）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５１：６６０、Ｗｉｌｓｏｎ（２００２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９５：２１０３、Ｗｏｌｆｆ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５３：２５６０、ならびに米国特許第５，２８３，１７３号、同第５，４６８，６１４号、またはその均等物を参照）、フローサイトメトリー、配列決定、及び発現した核酸を検出するための他の方法が挙げられる。１つの例では、ＴＣＲに対する見かけの親和性は、種々の濃度の四量体に対する結合性を評価することによって、例えば、標識付けした四量体を使用するフローサイトメトリーによって、測定される。１つの例では、ＴＣＲの見かけのＫ_Ｄを、ある濃度範囲の標識付き四量体の２倍希釈液を使用して測定し、その後、非線形回帰による結合曲線の決定を行うが、見かけのＫ_Ｄは、最大半量の結合を生じさせるリガンドの濃度として決定される。

【0409】

いくつかの実施形態では、方法は、結合性分子であって、複合体中に特定のペプチドが存在している場合にのみ結合し、特定のペプチドが存在しない場合または重複もしくは関係がない別のペプチドが存在している場合には結合しない、当該結合性分子を同定するために用いられることがある。いくつかの実施形態では、結合性分子は、結合したペプチドの非存在下ではＭＨＣに実質的に結合しない、及び／またはＭＨＣの非存在下ではペプチドに実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、結合性分子は、少なくとも部分的に特異的である。いくつかの実施形態では、例示的な同定された結合性分子は、特定のペプチドが存在している場合に、及び特定のペプチドに比べて１つまたは２つの置換を有する関連ペプチドが存在する場合にも、ＭＨＣ－ペプチド複合体に結合し得る。

【0410】

いくつかの実施形態では、同定された抗体、例えばＴＣＲ様抗体は、ＭＨＣ－ペプチド複合体に特異的及び／または選択的に結合する非ＴＣＲ抗体を含有するキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を生産または生成するために使用されることがある。

【0411】

いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子、例えば、ＴＣＲもしくはＴＣＲ様抗体、またはＴＣＲ様ＣＡＲを同定する方法は、ペプチド結合性分子を発現または含有している細胞を操作するために用いられることがある。いくつかの実施形態では、細胞または操作型細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４＋またはＣＤ８＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、ペプチド結合性分子は、ＭＨＣクラスＩペプチド複合体、ＭＨＣクラスＩＩペプチド複合体及び／またはＭＨＣ－Ｅペプチド複合体を認識する。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩとの関連においてペプチドを特異的及び／または選択的に認識するペプチド結合性分子、例えばＴＣＲまたは抗体またはＣＡＲは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を操作するために使用されることがある。いくつかの実施形態において、さらに提供されるのは、ＭＨＣクラスＩとの関連において提示されたペプチドの認識のためのＴＣＲ、抗体またはＣＡＲを発現または含有している操作型ＣＤ８＋Ｔ細胞の組成物である。そのような実施形態のいずれかでは、細胞は、養子細胞療法の方法において使用され得る。

【0412】

いくつかの実施形態では、対象から単離された、ＰＢＭＣ中、脾臓中または他のリンパ系臓器中に存在する細胞を含めたＴ細胞からのＶα及びＶβのレパートリーの増幅によって、ＴＣＲライブラリーを生成することがある。場合によっては、腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）からＴ細胞を増幅することがある。いくつかの実施形態では、ＴＣＲライブラリーをＣＤ４＋またはＣＤ８＋細胞から生成することがある。いくつかの実施形態では、正常な健常対象のＴ細胞供給源、すなわち正常なＴＣＲライブラリーからＴＣＲを増幅することがある。いくつかの実施形態では、罹患対象のＴ細胞供給源、すなわち罹患ＴＣＲライブラリーからＴＣＲを増幅することがある。いくつかの実施形態では、例えば、ヒトから得られたサンプル、例えばＴ細胞におけるＲＴ－ＰＣＲによって、縮重プライマーを使用してＶα及びＶＰの遺伝子レパートリーを増幅する。いくつかの実施形態では、ｓｃＴｖライブラリーは、増幅された生成物がクローニングされているナイーブＶα及びＶβライブラリーから組み立てられることがある、またはリンカーによって分離されるように組み立てられることがある。対象及び細胞の供給源によっては、ライブラリーはＨＬＡアレル特異的であり得る。

【0413】

あるいは、いくつかの実施形態では、親ＴＣＲ分子または足場ＴＣＲ分子の変異誘発または多様化によってＴＣＲライブラリーを生成することがある。例えば、いくつかの態様では、対象、例えばヒトまたは他の哺乳動物、例えば齧歯動物を、ペプチド、例えば本発明の方法によって同定されたペプチドでワクチン接種することがある。いくつかの実施形態では、サンプル、例えば、血液リンパ球を含有するサンプルを、対象から得ることがある。いくつかの例では、結合性分子、例えばＴＣＲを、サンプルから、例えばサンプル中に含有されるＴ細胞から増幅することがある。いくつかの実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を例えばスクリーニングによって選択してペプチドに対するＣＴＬ活性を評価することがある。いくつかの態様では、ＴＣＲ、例えば、抗原特異的Ｔ細胞上に存在するＴＣＲは、例えば抗原に対する結合活性、例えば特定の親和性またはアビディティーによって、選択され得る。いくつかの態様では、ＴＣＲは、例えば変異誘発によって、例えばαまたはβ鎖の変異誘発によって、指向的進化に供される。いくつかの態様では、ＴＣＲのＣＤＲの中の特定の残基が改変されている。いくつかの実施形態では、選択されたＴＣＲを親和性成熟によって改変することがある。いくつかの態様では、選択されたＴＣＲは、抗原に対する親足場ＴＣＲとして使用され得る。

【0414】

いくつかの実施形態では、対象は、ヒト、例えば、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有するヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、齧歯動物、例えば、マウスである。いくつかのそのような実施形態では、マウスは、遺伝子導入マウス、例えば、ヒトＭＨＣ（すなわち、ＨＬＡ）分子、例えば、ＨＬＡ－Ａ２を発現しているマウスである（例えば、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ａｄｖ．Ｈｅｍａｔｏｌ．２０１２：４０４０８１）。

【0415】

いくつかの実施形態では、対象は、ヒトＴＣＲを発現している遺伝子導入マウスである、または抗原陰性マウスである（例えば、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１６１０２９－１０３４、Ｏｂｅｎａｕｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３３：４０２－４０７）。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトＨＬＡ分子及びヒトＴＣＲを発現している遺伝子導入マウスである。

【0416】

いくつかの実施形態、例えば、対象が遺伝子導入ＨＬＡマウスである実施形態では、同定されたＴＣＲは、例えばキメラ型またはヒト化型となるように、改変される。いくつかの態様では、ＴＣＲ足場を、例えば既知の抗体ヒト化方法のように、改変する。

【0417】

いくつかの実施形態では、そのような足場分子を使用してＴＣＲのライブラリーを生成する。

【0418】

例えば、いくつかの実施形態では、ライブラリーは、親ＴＣＲ分子または足場ＴＣＲ分子と比較して改変または操作されているＴＣＲまたはその抗原結合性部分を含む。いくつかの実施形態では、改変された特性を有する、例えば特定のＭＨＣ－ペプチド複合体に対するより高い親和性を有するＴＣＲを生成するために、指向的進化法を用いることがある。いくつかの実施形態では、ディスプレイ手法は、既知の親ＴＣＲまたは基準ＴＣＲを操作または改変することを伴う。例えば、場合によっては、ＣＤＲの１つ以上の残基が変異している変異ＴＣＲを生産するための鋳型として野生型ＴＣＲを使用することがあり、所望の改変された特性、例えば所望の標的抗原に対するより高い親和性を有する変異体が選択される。いくつかの実施形態では、指向的進化は、酵母ディスプレイ（Ｈｏｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４：５５－６２、Ｈｏｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９７：５３８７－５３９２）、ファージディスプレイ（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３：３４９－３５４）またはＴ細胞ディスプレイ（Ｃｈｅｒｖｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ３３９：１７５－１８４）を含むがこれらに限定されないディスプレイ法によって成し遂げられる。

【0419】

いくつかの実施形態では、ライブラリーは可溶性であり得る。いくつかの実施形態では、ライブラリーは、ＴＣＲがファージもしくは細胞の表面上に呈示されているかまたは粒子もしくは分子、例えば、細胞、リボソームもしくは核酸、例えばＲＮＡもしくはＤＮＡに結合されている、ディスプレイライブラリーである。正常及び疾患ＴＣＲライブラリーまたは多様化ライブラリーを含めて、ＴＣＲライブラリーは典型的には、任意の形態で、例えば、ヘテロ二量体として、または一本鎖形態として生成され得る。いくつかの実施形態では、ＴＣＲの１つ以上のメンバーは二本鎖ヘテロ二量体であり得る。いくつかの実施形態では、Ｖα及びＶβ鎖の対合は、ジスルフィド結合の導入によって促進され得る。いくつかの実施形態では、ＴＣＲライブラリーのメンバーは、ＴＣＲ一本鎖（ｓｃＴｖまたはＳｃＴＣＲ）であり得るが、これは、場合によっては、リンカーによって分離されたＶα及びＶβ鎖を含むものであり得る。さらには、場合によっては、ライブラリーからのＴＣＲのスクリーニング及び選択によって、選択されたメンバーは、任意の形態で、例えば、完全長ＴＣＲヘテロ二量体もしくは一本鎖形態で、またはその抗原結合性断片として、生成され得る。

【0420】

ＭＨＣ分子との関連においてペプチドに結合する分子を同定する他の方法は、米国特許出願第２０２０／０１８２８８４号にも記載されている。

【0421】

より一般的には、本発明は、ＭＡＧＥＣ２またはその抗原に結合するまたはその活性を調節する薬剤、例えば試験タンパク質をスクリーニングするための、アッセイを包含する。そのような薬剤としては、限定はされないが、抗体、タンパク質、融合タンパク質、小分子、及び核酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫応答を調節する薬剤を同定する方法は、候補薬剤がＭＡＧＥＣ２活性を調節してさらには関心とする免疫応答、例えば、調節されたサイトカインＴ細胞活性化及び／または活性、がん細胞の免疫チェックポイント療法に対する感受性などを調節する能力を、判定することを伴う。

【0422】

いくつかの実施形態では、アッセイは、無細胞または細胞アッセイであって、標的を試験薬剤と接触させること、ならびに試験薬剤が標的の量及び／または活性を調節する（例えば、上方制御するまたは下方制御する）能力を、例えば以下に記載される直接的または間接的パラメータの測定によって判定することを含む、当該無細胞または細胞アッセイである。

【0423】

いくつかの実施形態では、アッセイは、細胞アッセイ、例えば、（ａ）関心とする細胞を試験薬剤と接触させること、ならびに試験薬剤が標的の量及び／または活性、例えば結合特性を調節する能力を判定することを含む、細胞アッセイである。ポリペプチドが互いに結合または相互作用する能力を判定することは、例えば、直接的な結合を測定することによって、または免疫細胞の活性化もしくは機能のパラメータを測定することによって、実施され得る。

【0424】

別の実施形態では、アッセイは、細胞アッセイであって、がん細胞などの細胞を免疫細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）及び試験薬剤と接触させること、ならびに試験薬剤が標的の量及び／または活性、及び／または調節された免疫応答を調節する能力を、例えば以下に記載される直接的または間接的パラメータの測定によって判定することを含む、当該細胞アッセイである。

【0425】

上記及び本明細書に記載される方法は、本明細書に記載される１種以上のバイオマーカーの量及び／または活性を調節することが既に知られている１種以上の薬剤を試験するように、及び／または所望の表現型、例えば、調節された免疫応答、免疫チェックポイント遮断に対する感受性などの読み値に対する薬剤の効果を確認するように、調整されることもできる。

【0426】

直接的結合アッセイでは、バイオマーカータンパク質（またはその各々の標的ポリペプチドまたは分子）を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせることがあり、その結果、複合体中の標識付きタンパク質または分子を検出することによって結合性が判定され得る。例えば、標的は、^１２５Ｉ、^３５Ｓ、^１４Ｃまたは^３Ｈで直接的あるいは間接的に標識付けされ得、放射性同位体は放射線放出の直接計数によってまたはシンチレーション計数によって検出され得る。あるいは、標的は、酵素的に、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼまたはルシフェラーゼで標識付けされ得、酵素標識は、適切な基質から生成物への変換の判定によって検出され得る。標的と基質との間の相互作用を判定することも、標準的な結合アッセイまたは酵素的分析アッセイを用いて成し遂げられ得る。上記アッセイ方法の１つ以上の実施形態では、ポリペプチドまたは分子を固定化して片方または両方のタンパク質または分子の非複合体化形態からの複合体の分離を容易にすること、及びアッセイの自動化を検討することが望ましいことがある。

【0427】

標的に対する試験薬剤の結合は、反応物を収容するのに適した任意の容器の中で成し遂げられ得る。そのような容器の非限定的な例としては、マイクロタイタープレート、試験管及びマイクロ遠心分離管が挙げられる。また、本発明に包含される抗体の固定化形態は、多孔質、微多孔質（約１ミクロン未満の平均細孔径を有する）またはマクロ多孔質（約１０ミクロンよりも大きい平均細孔径を有する）材料、例えば、膜、セルロース、ニトロセルロースもしくはグラスファイバー；ビーズ、例えば、アガロース製もしくはポリアクリルアミド製もしくはラテックス製のビーズ；または皿、プレートもしくはウェル、例えばポリスチレン製のものの表面といったような固相に結合した抗体も含み得る。

【0428】

例えば、直接的結合アッセイでは、ポリペプチドを放射性同位体または酵素標識と結合させることがあり、その結果、ポリペプチド相互作用及び／または活性、例えば結合事象は、複合体中の標識付きタンパク質を検出することによって判定され得る。例えば、ポリペプチドは、^１２５Ｉ、^３５Ｓ、^１４Ｃまたは^３Ｈで直接的あるいは間接的に標識付けされ得、放射性同位体は放射線放出の直接計数によってまたはシンチレーション計数によって検出され得る。あるいは、ポリペプチドは、酵素的に、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼまたはルシフェラーゼで標識付けされ得、酵素標識は、適切な基質から生成物への変換の判定によって検出され得る。

【0429】

相互作用物質のいずれかに標識付けすることなく、薬剤が関心とするパラメータを調節する能力を判定することも、本発明の範囲に含まれる。例えば、マイクロフィジオメーターを使用して、ポリペプチドの標識を追跡することなくポリペプチド間の相互作用を検出することができる（ＭｃＣｏｎｎｅｌｌ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５７：１９０６－１９１２）。本明細書で使用される場合、「マイクロフィジオメーター」（例えば、Ｃｙｔｏｓｅｎｓｏｒ（登録商標））は、細胞がその環境を酸性化する速度を、光アドレス電位差センサ（ＬＡＰＳ）を用いて測定する、分析機器である。この酸性化速度の変化は、化合物と受容体との間の相互作用の指標として用いられ得る。

【0430】

いくつかの実施形態では、試験薬剤（例えば、抗体、融合タンパク質、ペプチド、または小分子）が所与の一組のポリペプチドの間での相互作用を調節する能力を判定することは、ポリペプチドの組の１つ以上のメンバーの活性を判定することによって行われ得る。例えば、タンパク質及び／または１つ以上の結合パートナーの活性は、細胞セカンドメッセンジャー（例えば、細胞内シグナル伝達）の誘導を検出すること、適切な基質の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出マーカー、例えばクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼをコードする核酸に機能的に連結された標的応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、またはタンパク質及び／または１つ以上の結合パートナーによって調節される細胞応答を検出することによって、判定され得る。試験薬剤が上記ポリペプチドに結合するまたはそれと相互作用する能力を判定することは、例えば、化合物が免疫細胞の共刺激もしくは抑制を調節する能力を、増殖アッセイで測定することによって、または上記ポリペプチドがその一部を認識する抗体に対して結合する能力を、妨害することによって、成し遂げられ得る。

【0431】

標的の量及び／または活性、例えば１種以上の結合パートナーとの相互作用を調節する薬剤は、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイに当該薬剤を添加した場合に当該薬剤が免疫細胞増殖及び／またはエフェクター機能を阻害できること、あるいはアネルギー、クローン欠失及び／または疲弊を誘導できることによって、同定され得る。例えば、細胞を、活性化受容体を介してシグナル伝達を刺激する薬剤の存在下で培養することがある。薬剤の存在下での細胞増殖またはエフェクター機能（例えば、抗体産生、サイトカイン産生、ファゴサイトーシス）を測るための細胞活性化に関する多くの認められる読取情報が採用され得る。試験薬剤がこの活性化を遮断する能力は、薬剤が測定されようとしている増殖またはエフェクター機能に減弱を起こさせる能力を、当技術分野で知られている技術を用いて測定することによって、容易に測定され得る。

【0432】

例えば、本発明に包含される薬剤を、Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９２：１０２７、及びＬａｔｃｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２：２６１に記載されるようにＴ細胞アッセイにおいて共刺激を抑制または増強する能力について試験してもよい。ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ヒトＰＢＭＣから単離され、活性化抗ＣＤ３抗体によって刺激され得る。Ｔ細胞の増殖は^３Ｈチミジン取り込みによって測定され得る。アッセイは、アッセイにおけるＣＤ２８共刺激を伴ってまたは伴わずに実施され得る。Ｊｕｒｋａｔ Ｔ細胞及びＰＢＭＣ由来のＰＨＡ芽球を用いて同様のアッセイを実施してもよい。

【0433】

あるいは、１種以上のバイオマーカーの調節に応答して免疫細胞によって産生されるまたは免疫細胞での産生が増強もしくは阻害されるサイトカインの細胞性産生を調節する能力について、本発明に包含される薬剤を試験してもよい。関心とする免疫細胞によって放出される指標サイトカインは、ＥＬＩＳＡによって、またはサイトカインを遮断する抗体が、サイトカインによって誘導される免疫細胞増殖もしくは実施例の節に記載されるような他の細胞種の増殖を阻害できることによって、同定され得る。ｉｎ ｖｉｔｒｏ免疫細胞共刺激アッセイもまた、１種以上のバイオマーカーの調節によって調節され得るサイトカインを同定するための方法に用いられ得る。例えば、共刺激時に誘導される特定の活性、例えば免疫細胞増殖を既知のサイトカインに対する遮断抗体の添加によって阻害することができない場合、活性は未知のサイトカインの作用から生じている可能性がある。共刺激後、このサイトカインは従来の方法によって培地から精製され得、その活性は、それが免疫細胞増殖を誘導する能力によって測定され得る。寛容性の誘導において役割を果たし得るサイトカインを同定するためには、上記のｉｎ ｖｉｔｒｏ Ｔ細胞共刺激アッセイが用いられ得る。この場合、Ｔ細胞は一次活性化シグナルを与えられ、選択されたサイトカインと接触されるであろうが、共刺激シグナルは与えられないであろう。免疫細胞を洗って一旦置いた後、細胞は一次活性化シグナル及び共刺激シグナルの両方で再攻撃されるであろう。免疫細胞が応答しない（例えば、増殖しない、またはサイトカインを産生しない）場合、それらは寛容化されており、サイトカインが寛容性の誘導を阻止しなかったことになる。他方、免疫細胞が応答する場合、寛容性の誘導がサイトカインによって阻止されたことになる。寛容性の誘導を阻止することができるこれらのサイトカインは、Ｂリンパ球抗原を遮断する試薬と併せて、移植レシピエントまたは自己免疫疾患を有する対象においてより効率的に寛容性を誘導する手段としてｉｎ ｖｉｖｏでの遮断の標的となり得る。

【0434】

いくつかの実施形態では、本発明に包含されるアッセイは、バイオマーカー及び／または１種以上の結合パートナーの間での相互作用を調節する薬剤をスクリーニングするための無細胞アッセイであって、ポリペプチド、及び１種以上の天然の結合パートナー、またはそれらの生物学的活性部分を、試験薬剤と接触させること、ならびに試験化合物がポリペプチドと１種以上の天然の結合パートナーまたはそれらの生物学的活性部分との間での相互作用を調節する能力を判定することを含む、当該無細胞アッセイである。試験化合物の結合は、上記のように、直接的あるいは間接的に判定され得る。一実施形態では、アッセイは、ポリペプチドまたはその生物学的活性部分をその結合パートナーと接触させてアッセイ混合物を形成すること、アッセイ混合物を試験化合物と接触させること、及び試験薬剤がアッセイ混合物中のポリペプチドと相互作用する能力を判定することを含み、ここで、試験薬剤がポリペプチドと相互作用する能力を判定することは、試験薬剤が結合パートナーと比較してポリペプチドまたはその生物学的活性部分に優先的に結合する能力を判定することを含む。

【0435】

いくつかの実施形態では、細胞アッセイまたは無細胞アッセイのいずれにおいても、試験薬剤をさらにアッセイして、ポリペプチドと１種以上の結合パートナーとの間の、他の結合パートナーとの、結合及び／または相互作用の活性に試験薬剤が影響を及ぼすかどうかを判定することがある。他の有用な結合解析方法としては、リアルタイム生体分子相互作用解析（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＩＡ））の利用が挙げられる（Ｓｊｏｌａｎｄｅｒ ａｎｄ Ｕｒｂａｎｉｃｚｋｙ（１９９１）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．６３：２３３８－２３４５、及びＳｚａｂｏ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．５：６９９－７０５）。本明細書で使用する場合、「ＢＩＡ」は、どの相互作用物質も標識付けすることなく、生体特異的な相互作用をリアルタイムで研究するための技術である（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標））。表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の光学現象における変化を、生物学的ポリペプチド間のリアルタイムな反応の指標として用いることがある。関心とするポリペプチドを、Ｂｉａｃｏｒｅ（登録商標）チップ上に固定化し、多数の薬剤（遮断抗体、融合タンパク質、ペプチド、または小分子）を、関心とするポリペプチドへの結合について試験することがある。ＢＩＡ技術を用いる例は、Ｆｉｔｚ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １５：６１３に記載されている。

【0436】

本発明に包含される無細胞アッセイは、可溶型及び／または膜結合型の両方のタンパク質の使用に適している。膜結合型タンパク質を使用する無細胞アッセイでは、膜結合型のタンパク質が溶液中に維持されるように可溶化薬剤を利用することが望ましいことがある。そのような可溶化薬剤の例としては、非イオン性界面活性剤、例えば、ｎ－オクチルグルコシド、ｎ－ドデシルグルコシド、ｎ－ドデシルマルトシド、オクタノイル－Ｎ－メチルグルカミド、デカノイル－Ｎ－メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ－１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）_ｎ、３－［（３－コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］－１－プロパンスルホン酸塩（ＣＨＡＰＳ）、３－［（３－コラミドプロピル）ジメチルアンモニオ］－２－ヒドロキシ－１－プロパンスルホン酸塩（ＣＨＡＰＳＯ）、またはＮ－ドデシル＝Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アンモニオ－１－プロパンスルホン酸塩が挙げられる。

【0437】

上記のアッセイ方法の１つ以上の実施形態では、いずれかのポリペプチドを固定化してタンパク質の一方または両方について非複合体化形態からの複合体化形態の分離を容易にすること、及びアッセイの自動化を許容することが望ましいことがある。試験化合物のポリペプチドへの結合は、その反応物を収容するのに適した任意の容器中で行うことがある。そのような容器の例としては、マイクロタイタープレート、試験管、及びマイクロ遠心分離管が挙げられる。一実施形態では、タンパク質の一方または両方がマトリクスに結合することを可能にするドメインを加える融合タンパク質が提供されることがある。例えば、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼをベースとしたポリペプチド融合タンパク質、またはグルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ／標的融合タンパク質を、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着させることがあり、その後、これらを試験化合物と合わせ、混合物を、複合体形成をもたらす条件（例えば、塩及びｐＨについて生理学的な条件）の下でインキュベートする。インキュベーションを行った後、ビーズまたはマイクロタイタープレートのウェルを洗浄していかなる未結合成分も除去し、ビーズの場合にはマトリックスに固定化し、複合体の判定を、例えば上記のように、直接的または間接的に行う。あるいは、複合体をマトリックスから解離させ、標準的な技術を用いてポリペプチドの結合または活性のレベルを決定してもよい。

【0438】

本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイによって同定される新規薬剤に関する。したがって、本明細書に記載されるように同定した薬剤を、適切なモデルシステムにおいてさらに使用することは、本発明の範囲内である。例えば、本明細書に記載されるように同定した薬剤をモデルシステムで使用して、そのような薬剤による治療に関する、有効性、毒性または副作用を判定することがある。あるいは、本明細書に記載されるように同定した薬剤をモデル系において使用してそのような薬剤の作用機序を決定することがある。さらに、本発明は、本明細書に記載される治療のための、上記スクリーニングアッセイによって同定した新規薬剤の使用に関する。

【0439】

ｄ．予測医療
本発明はまた、診断アッセイ、予後予測アッセイ、及び臨床試験のモニタリングを予後予測（予測）目的のために用いてそれによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。したがって、本発明に包含される１つの態様は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、または組織）との関連において、ＭＡＧＥＣ２の存在、非存在、量及び／または活性レベル、あるいはＭＡＧＥＣ２に対する反応性を判定（例えば検出）してそれによって、ＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害に元の状態であろうと再発であろうと罹患している個体に療法が奏効する可能性が高いかどうかを判定するための診断アッセイを、包含する。そのようなアッセイを、予後予測目的または予測目的のために用い、それによって、ＭＡＧＥＣ２の発現を特徴とする障害の発症前にまたは再発後に個体を予防的に処置することがある。

【0440】

本明細書に記載される診断方法はさらに、ＭＡＧＥＣ２の発現またはＭＡＧＥＣ２の発現の欠損に関連する障害を有する、または発症するリスクがある、対象を同定するために利用され得る。本明細書で使用する場合、用語「異常である」は、正常レベルからのＭＡＧＥＣ２の上方制御または下方制御を含む。異常な発現または活性としては、発現または活性の増加または減少、ならびに正常な発達上の発現様式または発現の細胞内での発現様式に従わない発現または活性が挙げられる。例えば、異常なレベルには、バイオマーカー遺伝子もしくは調節配列における変異、またはその染色体遺伝子の増幅が、関心とするバイオマーカーの上方制御または下方制御を引き起こす場合が含まれることが意図される。本明細書で使用する場合、用語「望ましくない」は、免疫細胞活性などの生物学的応答に関与する望ましくない現象を含む。

【0441】

本明細書に記載されるアッセイ、例えば、先行診断アッセイまたは事後アッセイを利用して、ＭＡＧＥＣ２の誤調節に関連する障害を有するまたはその発症のリスクがある対象を同定することがある。したがって、本発明は、異常な、または望ましくないＭＡＧＥＣ２調節に関連する障害を同定する方法であって、試験サンプルが対象から得られ、ＭＡＧＥＣ２発現が検出され、ＭＡＧＥＣ２発現の存在が、異常な、または望ましくないＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を有するまたはその発症のリスクがある対象の診断となる、当該方法を提供する。本明細書で使用する場合、「試験サンプル」とは、関心とする対象から得られる生物学的サンプルを指す。例えば、試験サンプルは、生体液（例えば、脳脊髄液または血清）、細胞サンプル、または組織、例えば、腫瘍微小環境、腫瘍周囲領域及び／または腫瘍内領域の組織病理学的スライドであることがある。

【0442】

さらに、本明細書に記載される予後予測アッセイは、異常な、または望ましくないＭＡＧＥＣ２発現に関連するそのような障害を治療するために本明細書に記載される薬剤を対象に投与してよいかどうかを判定するために用いられ得る。例えば、そのような方法は、対象が１つの薬剤または薬剤の組合せによって効果的に治療され得るかどうかを判定するために用いられ得る。したがって、本発明は、異常な、または望ましくないＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を治療するために本明細書に記載される１種以上の薬剤で対象が効果的に治療され得るかどうかを判定する方法を提供する。

【0443】

本明細書に記載される方法は、例えば、本明細書に記載される少なくとも１種の抗体試薬を含む予め包装された診断用キットを利用することによって実施され得、このキットは、例えば関心とするバイオマーカーが関与する疾患または疾病の症候または家族歴を呈している患者を診断する臨床環境において便利に使用され得るものである。

【0444】

さらに、関心とするバイオマーカーが発現される任意の細胞種または組織を、本明細書に記載される予後予測アッセイにおいて利用することがある。

【0445】

ｅ．臨床試験中の作用の追跡評価
ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の療法（例えば、化合物、薬物、ワクチン、細胞療法など）が免疫応答、例えばＴ細胞反応性（例えば、結合の存在及び／またはＴ細胞活性化及び／またはエフェクター機能）に及ぼす影響を追跡評価することは、基礎的な候補ＭＡＧＥＣ２抗原結合性分子スクリーニングのみならず臨床試験においても適用され得る。例えば、免疫応答（例えば、Ｔ細胞免疫応答）を増大させるための本明細書に記載される免疫原性ペプチド、ｐＭＨＣ、操作型細胞、結合性タンパク質及び関連組成物の、ＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞、例えば過剰増殖性細胞に対する有効性は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患した対象の臨床試験において、追跡評価され得る。そのような臨床試験では、結合の存在及び／またはＴ細胞活性化及び／またはエフェクター機能（例えば、Ｔ細胞増殖、殺滅及び／またはサイトカイン放出）を、特定の細胞、組織または系の表現型の「読み値」またはマーカーとして用いることがある。同様に、ＭＡＧＥＣ２を発現している関心とする細胞、例えば過剰増殖性細胞に対する免疫応答を増大させるための本明細書に記載の結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片、ＣＡＲ、またはＴＣＲとエフェクタードメインとを含む融合タンパク質）を発現するように操作されたＴ細胞による養子Ｔ細胞療法（ａｄａｐｔｉｖｅ Ｔ ｃｅｌｌ ｔｈｅｒａｐｙ）の有効性は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を有する対象の臨床試験において追跡評価され得る。そのような臨床試験では、結合の存在及び／またはＴ細胞活性化及び／またはエフェクター機能（例えば、Ｔ細胞増殖、殺滅及び／またはサイトカイン放出）を、特定の細胞、組織または系の表現型の「読み値」またはマーカーとして用いることがある。

【0446】

いくつかの実施形態では、本発明は、療法（例えば、化合物、薬物、ワクチン、細胞療法など）の処置の有効性を追跡評価する方法であって、ａ）ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害のための療法の少なくとも一部を対象に提供する前に対象から得られた第１サンプルにおいて、対象から得られたサンプルと１種以上の結合性タンパク質または関連組成物との間の反応性の非存在、存在またはレベルを判定するステップ、及びｂ）１種以上の結合性タンパク質または関連組成物と、療法の一部の提供の後に対象から得られた第２サンプルの中に存在する、対象から得られたサンプルとの間での反応性の非存在、存在またはレベルを判定するステップを含み、第２サンプルと比較したときの第１サンプルにおける反応性の存在またはより高いレベルは、対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する上で療法が有効であることのしるしであり、第２サンプルと比較したときの第１サンプルにおける反応性の非存在またはより低いレベルは、対象においてＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療する上で療法が有効でないことのしるしである、当該方法を提供する。

【0447】

いくつかの実施形態では、本発明は、薬剤（例えば、本明細書に記載される抗体、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチドミメティック、ポリペプチド、ペプチド、核酸、小分子、またはスクリーニングアッセイによって同定された他の薬物候補）による対象の治療の有効性を追跡評価する方法であって、（ｉ）薬剤の投与の前に対象から投与前サンプルを得るステップ；（ｉｉ）投与前サンプルにおいてＭＡＧＥＣ２発現を検出するステップ；（ｉｉｉ）１つ以上の投与後サンプルを対象から得るステップ；（ｉｖ）投与後サンプルにおいてＭＡＧＥＣ２発現を検出するステップ；（ｖ）投与前サンプルにおけるＭＡＧＥＣ２発現を投与後サンプルにおけるＭＡＧＥＣ２発現と比較するステップ；及び（ｖｉ）それに応じて対象への薬剤の投与を改変するステップを含む、当該方法を提供する。例えば免疫組織化学（ＩＨＣ）による、バイオマーカーポリペプチド分析を用いて、療法、例えば免疫療法を受けることになる患者を選択することもある。

【0448】

加えて、本明細書に記載の予後予測方法は、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害を治療するための治療剤を対象に投与してよいかどうかを判定するために用いられることがある。

【0449】

ｆ．臨床的有効性
臨床的有効性を、当技術分野で知られている任意の方法によって、測定することができる。例えば、療法に対する応答は、療法に対する、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害、例えば腫瘍の任意の応答に関し、好ましくは、例えばネオアジュバント化学療法をまたはアジュバント化学療法を開始した後の、がん細胞数、腫瘍質量及び／または腫瘍体積の変化に関する。腫瘍応答性はネオアジュバント化学療法またはアジュバント化学療法において評価され得、この場合、ＣＴ、ＰＥＴ、マンモグラム、超音波または触診によって測定したときの全身的な介入の後の腫瘍のサイズが最初のサイズ及び寸法と比較され得、腫瘍の細胞充実性が組織学的に推定され得る、及び治療開始前に採取した腫瘍生検材料の細胞充実性と比較され得る。応答はまたは、生検後または外科的切除後の腫瘍をキャリパーで測定するまたは病理学的検査をすることによっても評価され得る。応答は、定量的な様式、例えば、腫瘍の体積もしくは細胞充実性の変化率で、または半定量的な評定システム、例えば、残存がん量（Ｓｙｍｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．２５：４４１４－４４２２）もしくはＭｉｌｌｅｒ－Ｐａｙｎｅスコア（Ｏｇｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｒｅａｓｔ（Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈ， Ｓｃｏｔｌａｎｄ）１２：３２０－３２７）を「病理学的完全奏効」（ｐＣＲ）、「臨床的完全寛解」（ｃＣＲ）、「臨床的部分寛解」（ｃＰＲ）、「臨床的安定疾患」（ｃＳＤ）、「臨床的進行性疾患」（ｃＰＤ）もしくは他の定性的基準のような定性的様式で用いることによって、記録され得る。腫瘍応答の評価は、ネオアジュバント療法またはアジュバント療法の開始後の早期段階で（例えば、数時間後、数日後、数週間後、または好ましくは数ヶ月後に）実施され得る。応答評価のための典型的なエンドポイントは、ネオアジュバント化学療法の終了時、または残存腫瘍細胞及び／または腫瘍床の外科的切除時である。

【0450】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療的処置の臨床的有効性は、臨床的有用率（ＣＢＲ）を測定することによって判定され得る。臨床的有用率は、治療終了から少なくとも６ヶ月の時点で、完全寛解（ＣＲ）にある患者の百分率、部分寛解（ＰＲ）にある患者の数、及び安定疾患（ＳＤ）を有する患者の数の合計を決定することによって測定される。この定式を簡潔に表すと、６ヶ月を超えてＣＢＲ＝ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤである。いくつかの実施形態では、表１に列挙されるバイオマーカーの特定の調節薬による治療レジメンのＣＢＲは、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％である、またはそれを超える。

【0451】

がん療法に対する応答を評価するためのさらなる判断基準は、「生存期間」に関するものであり、これには以下のすべてが含まれる：全生存期間としても知られる、死亡までの生存期間（ここで、死亡は、原因に無関係であるか腫瘍に関係するかのどちらかであり得る）；「無再発生存期間」（ここで、再発という用語は、局所再発及び遠隔再発の両方を含むものとする）；無転移生存期間；無病生存期間（ここで、病という用語は、がん及びそれに関連する疾患を含むものとする）。上記生存期間の長さは、定義された開始点（例えば、診断時または治療開始時）及び終了点（例えば、死亡、再発または転移）を基準として計算され得る。さらに、治療の有効性の判断基準は、化学療法に対する応答、生存の確率、所与の期間内での転移の確率、及び腫瘍再発の確率を含むように拡張されることがある。

【0452】

例えば、適切な閾値を決定するために、特定の関心とする薬剤を対象の集団に投与してその転帰を、任意の療法を施与する前に決定されたバイオマーカー測定結果と相関させてもよい。転帰の測定結果は、ネオアジュバント環境で与えられた療法に対する病理学的応答であり得る。あるいは、転帰の測定量、例えば、全生存期間及び無病生存期間を、ＭＡＧＥＣ２発現値が分かっている療法後の対象について、ある期間にわたって追跡評価してもよい。ある特定の実施形態では、同じ用量の薬剤を各対象に投与する。対象を追跡評価する期間は様々であり得る。例えば、対象は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０ヶ月間またはそれよりも長い間にわたって追跡評価され得る。療法の転帰と相関するＭＡＧＥＣ２測定の閾値は、よく知られた方法、例えば、実施例の節に記載されている方法を用いて決定され得る。

【0453】

Ｘ．細胞療法
本発明に包含される別の態様では、方法は養子細胞療法を含み、それによって、ＭＨＣ拘束性エピトープを標的とする提供された分子を発現している遺伝子改変細胞（例えば、結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）またはその抗原結合性断片を発現している細胞）を、対象に投与する。そのような投与によって、抗原指向的な様式で免疫細胞の活性化（例えば、Ｔ細胞の活性化）が促進され得、その結果、ＭＡＧＥＣ２を発現する関心とする細胞、例えば過剰増殖性細胞は破壊の標的となる。

【0454】

したがって、提供される方法及び使用は、養子細胞療法のための方法及び使用を含む。いくつかの実施形態では、方法は、細胞、または細胞を含有する組成物を対象、組織または細胞に、例えば、疾患、症状または障害を有する、そのリスクがある、またはそれを有する疑いがある対象、組織または細胞に投与することを含む。いくつかの実施形態では、治療するべき特定の疾患または症状を有する対象に細胞、集団及び組成物を（例えば、養子細胞療法を介して、例えば養子Ｔ細胞療法によって）投与する。いくつかの実施形態では、対象、例えば、疾患または症状を有するまたはそのリスクがある対象に細胞または組成物を投与する。いくつかの実施形態では、方法は、それによって、疾患または症状の１つ以上の症状を治療する、例えば、改善する。

【0455】

養子細胞療法のための細胞を投与するための方法は、既知であり、養子細胞療法のための細胞を投与するための方法を提供する方法及び組成物に関連して用いられ得る（例えば、米国特許出願公開第２００３／０１７０２３８号、米国特許第４，６９０，９１５号、Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ（２０１１）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．８：５７７－５８５、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１：９２８－９３３、Ｔｓｕｋａｈａｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．４３８：８４－８９、及びＤａｖｉｌａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８：ｅ６１３３８））。

【0456】

いくつかの実施形態では、細胞療法（例えば、養子細胞療法、例えば、養子Ｔ細胞療法）を自家移植によって実施することがあり、この自家移植では、細胞は、細胞療法を受けようとする対象から、またはそのような対象に由来するサンプルから単離される及び／または別様に調製される。したがって、いくつかの実施形態では、細胞は、治療を必要とする対象（例えば、患者）に由来し、細胞は、単離及び処理の後、同じ対象に投与される。

【0457】

いくつかの実施形態では、細胞療法（例えば、養子細胞療法、例えば、養子Ｔ細胞療法）を同種異系移植によって実施することがあり、この同種異系移植では、細胞は、細胞療法を受けようとするまたは最終的に受ける対象以外の対象（例えば、第１の対象）から単離される及び／または別様に調製される。そのような実施形態では、その後に細胞を同じ種の別の対象（例えば、第２の対象）に投与する。いくつかの実施形態では、第１及び第２の対象は、遺伝的に同一である（同系）。いくつかの実施形態では、第１及び第２の対象は、遺伝的に類似している。いくつかの実施形態では、第２の対象は、第１の対象と同じＨＬＡクラスまたはスーパータイプを発現する。

【0458】

いくつかの実施形態では、細胞、細胞集団または組成物が投与される対象は、ヒトなどの霊長類である。いくつかの実施形態では、霊長類は、サルまたは類人猿である。対象は、雄性または雌性であり得、任意の好適な年齢、例えば、乳児期、若年期、青年期、成人期及び高齢期の対象であり得る。いくつかの実施形態では、対象は、齧歯動物などの非霊長類哺乳動物である。いくつかの実施例では、患者または対象は、疾患のための、養子細胞療法のための、及び／またはサイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）などの毒性転帰を評価するための、有効な動物モデルである。

【0459】

結合性分子、例えば、ＴＣＲ、ＴＣＲの抗原結合性断片（例えば、ｓｃＴＣＲ）、及びＴＣＲを含有するキメラ受容体（例えば、ＣＡＲ）、ならびに上記を発現している細胞は、任意の好適な手段によって、例えば、注射、例えば、静脈内注射もしくは皮下注射、眼内注射、眼球周囲注射、網膜下注射、硝子体内注射、経中隔注射、強膜下注射、脈絡膜内注射、前房内注射、結膜下注射（ｓｕｂｃｏｎｊｅｃｔｖａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、結膜下注射（ｓｕｂｃｏｎｊｕｎｔｉｖａｌ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、テノン叢下注射（ｓｕｂ－Ｔｅｎｏｎ’ｓ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、球後注射（ｒｅｔｒｏｂｕｌｂａｒ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、球周囲注射（ｐｅｒｉｂｕｌｂａｒ ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）、または、後強膜近傍送達（ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｊｕｘｔａｓｃｌｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ）によって、投与され得る。いくつかの実施形態では、それらは、非経口、肺内、及び鼻腔内への投与、ならびに局所治療のために所望であれば病巣内投与によって、投与される。非経口投与としては、筋肉内投与、静脈内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または皮下投与が挙げられる。投薬及び投与は、その投与が、短期であるか、または長期にわたるかによって部分的に決まり得る。様々な投薬スケジュールには、様々な時点にわたる単回または複数回投与、ボーラス投与、及びパルス輸注が含まれるが、これらに限定されない。

【0460】

疾患の予防または治療を目的として、結合性分子のまたは細胞の適切な投薬量は、治療するべき疾患の種類、結合性分子の種類、疾患の重症度及び経過、結合性分子を予防目的または治療目的のどちらのために投与するのか、過去の治療、患者の臨床歴及び結合性分子に対する応答、ならびに担当医の裁量によって決まり得る。組成物及び分子、ならびに細胞は、いくつかの実施形態では、一度に、または一連の治療にわたって患者に投与するのが好適である。

【0461】

いくつかの実施形態では、細胞を、対象の体重１キログラムあたり０．１×１０^６、０．２×１０^６、０．３×１０^６、０．４×１０^６、０．５×１０^６、０．６×１０^６、０．７×１０^６、０．８×１０^６、０．９×１０^６、１．０×１０^６、５．０×１０^６、１．０×１０^７、５．０×１０^７、１．０×１０^８、５．０×１０^８個もしくはそれよりも多い、またはそれらの間にある任意の範囲もしくは任意の値の細胞個数で投与することがある。移植する細胞個数を、所与の期間における生着の所望のレベルに基づいて、調整することがある。一般的に、１×１０^５～約１×１０^９細胞／ｋｇ体重、約１×１０^６～約１×１０^８ 細胞／ｋｇ体重、または約１×１０^７細胞／ｋｇ体重の、もしくはそれよりも多くの細胞を、必要に応じて、移植することがある。いくつかの実施形態では、平均的なサイズのマウスに対して、合計で少なくとも約０．１×１０^６、０．５×１０^６、１．０×１０^６、２．０×１０^６、３．０×１０^６、４．０×１０^６、または５．０×１０^６個の細胞の移植が効果的である。例えば、いくつかの実施形態では、細胞、または細胞のサブタイプの個々の集団を、約１００万～約１０００億細胞の範囲で、及び／または体重１キログラムあたりの細胞の量で例えば、１００万～約５００億細胞（例えば、約５００万細胞、約２５００万細胞、約５億細胞、約１０億細胞、約５０億細胞、約２００億細胞、約３００億細胞、約４００億細胞、または前述の値のいずれか２つによって画定される範囲）、例えば、約１０００万～約１０００億細胞（例えば、約２０００万細胞、約３０００万細胞、約４０００万細胞、約６０００万細胞、約７０００万細胞、約８０００万細胞、約９０００万細胞、約１００億細胞、約２５０億細胞、約５００億細胞、約７５０億細胞、約９００億細胞、または上記値の任意の２つによって画定される範囲）、及び場合によっては約１億細胞～約５００億細胞（例えば、約１．２億細胞、約２．５億細胞、約３．５億細胞、約４．５億細胞、約６．５億細胞、約８億細胞、約９億細胞、約３０億細胞、約３００億細胞、約４５０億細胞）もしくはこれらの範囲の間にある任意の値、及び／または体重１キログラムあたりで、対象に、投与することがある。投薬量は、疾患もしくは障害、及び／または患者に特有の属性、及び／または他の治療に応じて、変化することがある。

【0462】

移植した細胞の生着は、様々な方法のいずれかによって、例えば、限定されるものではないが、腫瘍体積、サイトカインレベル、投与の時間、移植後の１つ以上の時点で対象から得られた関心とする細胞のフローサイトメトリー分析などによって、評価され得る。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８日間待機する時間ベースの分析は、腫瘍採取のための時間を知らせることがある。任意のそのような測定指標は、抗がん免疫療法に対する応答に変数が及ぼす影響を見極めるために、よく知られているパラメータに従って調整され得る変数である。さらに、移植される細胞は、サイトカイン、細胞外マトリックス、細胞培養支持体などの他の薬剤と共移植されてもよい。

【0463】

細胞はまた、他の抗がん剤の前に、それと同時発生的に、またはその後に、投与され得る。

【0464】

例えば、細胞療法及び幹細胞の養子細胞移入、がんワクチン及び細胞療法などのように、２つ以上の細胞種を組み合わせて投与することがある。例えば、養子細胞免疫療法を、本発明に包含される細胞療法と組み合わせることがある。いくつかの実施形態では、細胞剤を単独で、または付加的な細胞剤、例えば、養子Ｔ細胞療法（ＡＣＴ）のような免疫療法と組み合わせて、使用することがある。例えば、ＣＤ１９を認識するように遺伝子操作したＴ細胞は、濾胞性Ｂ細胞リンパ腫を治療するために使用される。ＡＣＴのための免疫細胞は、樹状細胞、ＣＤ８^＋Ｔ細胞及びＣＤ４^＋Ｔ細胞などのＴ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ＮＫ Ｔ細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、リンホカイン活性化キラー（ＬＡＫ）細胞、メモリーＴ細胞、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ヘルパーＴ細胞、サイトカイン誘導キラー（ＣＩＫ）細胞、及びそれらの任意の組合せであり得る。限定されるものではないが、例えば、放射線照射された、自己のまたは同種異系の腫瘍細胞、腫瘍溶解物またはアポトーシス腫瘍細胞、抗原提示細胞に基づく免疫療法、樹状細胞に基づく免疫療法、養子Ｔ細胞移入、養子ＣＡＲ Ｔ細胞療法、自家免疫強化療法（ＡＩＥＴ）、がんワクチン及び／または抗原提示細胞などの、養子細胞に基づく免疫療法のモダリティが良く知られている。そのような細胞免疫療法をさらに改変して、１種以上の遺伝子産物を発現させて免疫応答、例えば、ＧＭ－ＣＳＦのようなサイトカインの発現をさらに調節することがある、及び／または腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）抗原、例えば、Ｍａｇｅ－１、ｇｐ－１００などを発現させることがある。本発明に包含される薬剤、例えば、がん細胞の、本発明に包含される別の薬剤または他の組成物に対する割合は、互いに１：１（例えば、等量の２薬剤、３薬剤、４薬剤など）であり得るが、任意の所望の量に調節され得る（例えば、１：１、１．１：１、１．２：１、１．３：１、１．４：１、１．５：１、２：１、２．５：１、３：１、３．５：１、４：１、４．５：１、５：１、５．５：１、６：１、６．５：１、７：１、７．５：１、８：１、８．５：１、９：１、９．５：１、１０：１、またはより大きい）。

【0465】

いくつかの実施形態では、例えば、対象がヒトである場合、用量は、全部で約１×１０^８未満の、結合性タンパク質（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）発現細胞、Ｔ細胞、または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、例えば、約１×１０^６～１×１０^８の範囲のそのような細胞、例えば、２×１０^６、５×１０^６、１×１０^７、５×１０^７、もしくは１×１０^８もしくは全部の、または上記値のいずれか２つの間の範囲のそのような細胞を含む。

【0466】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される細胞または関連組成物、例えば、核酸、宿主細胞、医薬製剤を併用治療の一部として、別の治療的介入、例えば、別の抗体または操作型細胞または受容体または薬剤、例えば細胞傷害性薬剤または治療剤に関して例えば同時にまたは任意の順序で逐次的に、投与することがある。

【0467】

いくつかの実施形態では、細胞または関連組成物を、１種以上の付加的治療剤と共に、または別の治療的介入と結合させて、同時にあるいは任意の順序で逐次的に共投与することがある。いくつかの状況では、細胞または関連組成物は、その細胞集団が１種以上の付加的治療剤の効果を増強するように、またはその逆も同様であるように、十分に近い時点で、別の療法と共投与される。いくつかの実施形態では、細胞または関連組成物を、１種以上の付加的治療剤の前に、投与する。いくつかの実施形態では、細胞または関連組成物を、１種以上の付加的治療剤の後に、投与する。

【0468】

いくつかの実施形態では、細胞または関連組成物を対象（例えば、ヒト）に投与した時点で、細胞の生物学的活性または関連組成物の生物学的活性を多くの既知の方法のいずれかによって測定する。評価するパラメータとしては、ｉｎ ｖｉｖｏでの、例えば撮像による、またはｉｎ ｖｉｔｒｏ／ｅｘ ｖｉｖｏでの、例えばＥＬＩＳＡもしくはフローサイトメトリーによる、操作型Ｔ細胞もしくは天然Ｔ細胞の、または他の免疫細胞の、抗原に対する特異的な結合が挙げられる。いくつかの実施形態では、細胞が標的細胞を破壊する能力（細胞傷害性）を、当技術分野で知られている任意の好適なアッセイまたは方法を用いて測定することがある（例えば、Ｋｏｃｈｅｎｄｅｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３２： ６８９－７０２、及びＨｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．２８５：２５－４０）。いくつかの実施形態では、細胞の生物学的活性を、ある特定のサイトカイン、例えば、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＩＬ－２及びＴＮＦアルファの発現及び／または分泌をアッセイすることによって測定することもある。いくつかの実施形態では、生物学的活性を、臨床転帰、例えば、ウイルス量（ｂｕｒｄｅｎ）または負荷（ｌｏａｄ）の低減等を評価することによって、測定する。

【0469】

いくつかの実施形態では、細胞を、それらの治療的有効性または予防的有効性が増大するように、任意の複数の方法で改変する。例えば、集団が発現する結合性タンパク質（例えば、操作型ＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を標的指向部分構造に直接的に、あるいはリンカーを介して間接的に結合体化させることがある。標的指向性部分構造への化合物の結合体化の実施については当技術分野でよく知られている（例えば、Ｗａｄｗａ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ｊ．Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ３：１１１、及び米国特許第５，０８７，６１６）。

【0470】

免疫細胞、例えば、細胞傷害性リンパ球を、任意の好適な供給源、例えば、末梢血、脾臓、及びリンパ節から得ることがある。免疫細胞は、粗調製物として、または部分的に精製されたもしくは実質的に精製された調製物として使用され得るが、これは、標準的な技術、例えば、限定されるものではないが、抗体を使用する免疫磁気的またはフローサイトメトリー技術を必要とする方法によって得られ得る。

【0471】

ある特定の態様では、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチド、またはそのようなＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードする核酸は、ＭＡＧＥＣ２で初回刺激された抗原提示細胞を及び／またはこれらの抗原提示細胞によって生成されたＭＡＧＥＣ２特異リンパ球を提供するための、組成物及び方法において使用され得る。いくつかの実施形態では、そのような抗原提示細胞及び／またはリンパ球は、ＭＡＧＥＣ２発現に関連する障害の治療及び／または予防において使用される。

【0472】

いくつかの態様において、本明細書に提供されるのは、少なくとも１種のＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドが抗原提示細胞によって提示されるのに十分な条件の下で抗原提示細胞を、単独のまたはアジュバントと組み合わせた本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドまたは少なくとも１種のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドをコードする核酸とｉｎ ｖｉｔｒｏで接触させることによって、ＭＡＧＥＣ２で初回刺激された抗原提示細胞を作る方法である。

【0473】

いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチド、またはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸を、単独で、またはアジュバントと組み合わせて、抗原提示細胞を含む均一な、実質的に均一な、または不均一な組成物と接触させることがある。例えば、組成物は、限定されるものではないが、全血、鮮血またはその画分、例えば、限定されるものではないが、末梢血単核球、全血のバッフィーコート画分、パック詰めされた赤血球、照射済み血液、樹状細胞、単球、マクロファージ、好中球、リンパ球、ナチュラルキラー細胞及びナチュラルキラーＴ細胞を含み得る。任意選択的に、抗原提示細胞の前駆体を使用する場合、前駆体を抗原提示細胞に分化させるのに十分な好適な培養条件の下で前駆体を培養することがある。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞（またはその前駆体）を、単球、マクロファージ、骨髄系統の細胞、Ｂ細胞、樹状細胞またはランゲルハンス細胞から選択する。

【0474】

単独で、またはアジュバントと組み合わせて抗原提示細胞との接触状態に置かれることになるＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸の量は、当業者によって慣例的実験で決定され得る。一般的には、Ｔ細胞を調節するためのプロセシングされた形態の抗原を細胞が提示するのに十分な時間にわたって、抗原提示細胞を、単独のまたはアジュバントと組み合わせたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸と接触させる。一実施形態では、単独のまたはアジュバントと組み合わせたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸の存在下で、抗原提示細胞を、約１週間未満、例示的には約１分間～約４８時間、約２分間～約３６時間、約３分間～約２４時間、約４分間～約１２時間、約６分間～約８時間、約８分間～約６時間、約１０分間～約５時間、約１５分間～約４時間、約２０分間～約３時間、約３０分間～約２時間、約４０分間～約１時間にわたってインキュベートする。抗原提示細胞が抗原をプロセシング及び提示するのに必要な、単独のまたはアジュバントと組み合わせたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸の時間及び量は、例えば、接触の後に洗い流し期間、及び読出し系への、例えば抗原反応性Ｔ細胞への曝露が続く、パルスチェイス法を用いて、決定され得る。

【0475】

ある特定の実施形態では、抗原を抗原提示細胞の内在プロセシング経路に送達するための任意の好適な方法が用いられ得る。そのような方法としては、限定されるものではないが、ｐＨ感受性リポソーム、アジュバントに対する抗原の結合、アポトーシス細胞送達、樹状細胞上への細胞のパルス添加、樹状細胞株のＭＨＣクラスＩプロセシング経路への抗原を含む組換えキメラウイルス様粒子（ＶＬＰ）の送達を伴う方法が挙げられる。

【0476】

一実施形態では、可溶化されたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドを、抗原提示細胞とインキュベートする。いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩ経路への送達のために抗原提示細胞の細胞質ゾル中への抗原の移入を増強すべく、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドを細胞溶解毒素に結合させることがある。例示的な細胞溶解毒素としては、サポニン化合物、例えば、サポニン含有免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ５）、膜孔形成毒素（例えば、アルファ毒素）、及びグラム陽性細菌の天然の細胞溶解毒素、例えば、リステリオリシンＯ（ＬＬＯ）、ストレプトリシンＯ（ＳＬＯ）及びパーフリンゴリシンＯ（ＰＦＯ）が挙げられる。

【0477】

いくつかの実施形態では、抗原提示細胞、例えば樹状細胞及びマクロファージは、当技術分野で知られている方法に従って単離され得、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸を抗原提示細胞に導入するために当技術分野で知られている方法によってポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。トランスフェクション試薬及び方法は当技術分野において既知であり、市販されている。例えば、ＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードするＲＮＡは、好適な培地の中に入った状態で提供され得、抗原提示細胞との接触の前に脂質（例えばカチオン性脂質）と組み合わされ得る。そのような脂質の非限定的な例としては、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（商標）及びＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）が挙げられる。結果として得られたポリヌクレオチド－脂質複合体は、その後、抗原提示細胞と接触され得る。あるいは、電気穿孔またはリン酸カルシウムトランスフェクションなどの技術を用いてポリヌクレオチドを抗原提示細胞内に導入してもよい。ポリヌクレオチドを負荷された抗原提示細胞は、その後、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏでＴリンパ球（例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球）増殖を刺激するために使用され得る。一実施形態では、ｅｘ ｖｉｖｏで増殖させたＴリンパ球を、養子免疫療法の方法において対象に投与する。

【0478】

ある特定の態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２免疫原性エピトープが抗原提示細胞によって提示されるのに十分な条件の下で、単独のまたはアジュバントと組み合わせたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸とｉｎ ｖｉｔｒｏで接触した、抗原提示細胞を含む、組成物である。

【0479】

いくつかの態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２タンパク質に特異的なリンパ球を調製する方法である。方法は、ＭＡＧＥＣ２ウイルスに感染した細胞に対する免疫応答を誘発することができるＭＡＧＥＣ２タンパク質特異リンパ球を産生させるのに十分な条件の下で、リンパ球を上記抗原提示細胞と接触させることを含む。したがって、抗原提示細胞は、ＭＡＧＥＣ２ウイルスに感染した細胞に対する免疫応答を誘発するためのＴリンパ球及びＢリンパ球を含めたリンパ球を提供するためにも使用され得る。

【0480】

いくつかの実施形態では、抗原提示細胞によって提示されたＭＡＧＥＣ２免疫原性エピトープに対してＴリンパ球を初回刺激するために、一定期間（例えば、少なくとも約２４時間）にわたってＴリンパ球の調製物を上記抗原提示細胞と接触させる。

【0481】

いくつかの実施形態では、抗原提示細胞の集団を、単独のまたはアジュバントと組み合わせたＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドまたはＭＡＧＥＣ２免疫原性ポリペプチドをコードする核酸と一緒に末梢血Ｔリンパ球の異種集団と共培養することがある。細胞は、ＭＡＧＥＣ２ポリペプチド中に含まれているＭＡＧＥＣ２エピトープが抗原提示細胞によって提示されるのに十分な、及びＭＡＧＥＣ２ウイルスに感染した細胞に応答するＴリンパ球の集団を抗原提示細胞が初回刺激するのに十分な、期間にわたって及び条件の下で、共培養され得る。ある特定の実施形態において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２ウイルスに感染した細胞に応答するように初回刺激されたＴリンパ球及びＢリンパ球である。

【0482】

Ｔリンパ球は、任意の好適な供給源、例えば、末梢血、脾臓及びリンパ節から得られ得る。Ｔリンパ球は、粗調製物として、または部分的に精製されたもしくは実質的に精製された調製物として使用されることがあるが、これらは、抗体を使用する免疫磁気技術またはフローサイトメトリー技術を伴う方法を含むがこれらに限定されない標準的な技術によって、得られ得る。

【0483】

ある特定の態様において、本明細書に提供されるのは、上記の抗原提示細胞またはリンパ球、ならびに薬学的に許容される担体及び／または希釈剤を含む、組成物（例えば、医薬組成物）である。いくつかの実施形態では、組成物は、上記のようなアジュバントをさらに含む。

【0484】

ある特定の態様では、上にさらに記載されているように、ＭＡＧＥＣ２ウイルスに感染した細胞に対する免疫応答を誘発する方法であって、免疫応答を誘発するのに十分な有効量の上記抗原提示細胞またはリンパ球を対象に投与することを含む、当該方法が、本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるのはＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療または予防する方法であって、有効量の上記抗原提示細胞またはリンパ球を対象に投与することを含む、当該方法である。一実施形態では、抗原提示細胞またはリンパ球を全身に、好ましくは注射によって投与する。あるいは、全身ではなく局所に、例えば組織への直接注射によって、好ましくはデポ製剤または持続放出性製剤として、投与してもよい。

【0485】

ある特定の実施形態では、抗原で初回刺激された本明細書に記載の抗原提示細胞、及びこれらの抗原提示細胞によって生成した抗原特異的Ｔリンパ球を、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の予防的または治療的処置のための免疫調節組成物の中の活性化合物として使用することがある。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２で初回刺激された本明細書に記載の抗原提示細胞を、対象への養子移入のためのＣＤ８^＋Ｔリンパ球、ＣＤ４^＋Ｔリンパ球及び／またはＢリンパ球を生成するために使用することがある。したがって、例えばＭＡＧＥＣ２特異リンパ球は、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害に罹患している対象における治療目的のために養子移入され得る。

【0486】

ある特定の実施形態では、免疫応答を誘発するために、特に、ＭＡＧＥＣ２を発現している細胞に対する免疫応答を誘発するために、本明細書に記載の抗原提示細胞及び／またはリンパ球は、それら自体が、または組み合わせて、対象に投与されることがある。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞及び／またはリンパ球は、対象に由来し得る（例えば、自家細胞）、またはＭＨＣが対象と一致するもしくは一致しない異なる対象に由来し得る（例えば、同種異系）。

【0487】

抗原提示細胞及びリンパ球の単回または複数回の投与は、介護者（例えば、医師）によって選択された細胞数及び治療で行われ得る。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞及び／またはリンパ球は、薬学的に許容される担体の中に含まれた状態で投与される。好適な担体は、細胞を成長させた成長培地、または任意の好適な緩衝培地、例えば、リン酸緩衝生理食塩水であり得る。細胞は、単独で、または他の療法と一緒に補助療法として、投与され得る。

【0488】

本発明に包含される別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２を発現する細胞に対する免疫応答を誘発するための方法であって、免疫応答を誘発するのに十分な有効量で、結合性タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現する本明細書に記載される細胞を、対象に投与することを含む、当該方法である。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるのは、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害を治療または予防する方法であって、結合性タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現する本明細書に記載される細胞の有効量を、対象に投与することを含む、当該方法である。一実施形態では、細胞を、例えば、注射等によって、全身的に投与する。あるいは、全身的ではなく局所的に、組織の中への直接的な注射によって、例えばデポ製剤または徐放性製剤として、投与することがある。

【0489】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質（例えば、操作したＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現する本明細書に記載される細胞を、ＭＡＧＥＣ２発現を特徴とする障害の予防的処置または治療的処置のための免疫調節組成物の中の活性化合物として使用することがある。いくつかの実施形態では、ＭＡＧＥＣ２で初回刺激した抗原提示細胞は、結合性タンパク質（例えば、操作型ＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現している本明細書に記載の細胞を対象に養子移入することにさらに使用するための、リンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、ＣＤ４^＋Ｔリンパ球、及び／またはＢリンパ球）を生成するために、使用され得る。

【0490】

いくつかの実施形態では、結合性タンパク質（例えば、操作型ＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現する本明細書に記載される細胞は、単独で、あるいはリンパ球と組み合わせて、免疫応答を誘発するために、特に、ＭＡＧＥＣ２を発現している細胞に対する免疫応答を誘発するために対象に投与され得る。

【0491】

上記のように、結合性タンパク質（例えば、操作型ＴＣＲ、ＣＡＲ、またはそれらの抗原結合性断片）を発現している本明細書に記載される細胞の単回投与または複数回投与は、単独で、あるいはリンパ球と組み合わせて、医療提供者（例えば、医師）によって選択されることになる細胞数及び治療で実施され得る。同様に、細胞は、単独で、あるいはリンパ球と組み合わせて、薬学的に許容される担体の中に入った状態で投与されることがある。好適な担体は、細胞を成長させた成長培地、またはリン酸緩衝生理食塩水などの任意の好適な緩衝培地であり得る。細胞は、単独で、または他の治療薬と併用した補助療法として、投与され得る。

【0492】

ＸＩ．キット及び装置
本発明はまた、キット及び装置も包含する。例えば、キットまたは装置は、結合性タンパク質、結合性タンパク質をコードする配列を含む核酸またはベクター、核酸もしくはベクターを含んでいる及び／または本明細書に記載される結合性タンパク質を発現している宿主細胞、安定ＭＨＣ－ペプチド複合体、アジュバント、検出試薬、ならびにそれらの組合せを、好適な容器に包装されて、含み得、さらに、そのような試薬を使用するための説明書を含み得る。キットはまた、他の構成要素、例えば、別の容器で包装された投与器具を含むこともある。キットを、本発明に包含される方法を実施するための単位として宣伝、配布または販売することがある。

【0493】

本開示を以下の実施例によってさらに説明するが、これらは限定として解釈されるべきでない。

【実施例】

【0494】

実施例１：実施例２のための材料及び方法
ａ．免疫原性エピトープの同定
（ｉ）ＴＣＲプールの発見及び設計
対になったＴＣＲアルファ及びＴＣＲベータ配列を、Ｃｈｒｏｍｉｕｍ（商標）単細胞Ｖ（Ｄ）Ｊ試薬キット（ｖ１）（１０Ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）についての製造業者の指示に従ってＴＩＬ療法産物の単細胞シーケンシング（１０Ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）によって得た。個々の対になった配列を、マウスＴＲＢＣ及びＴＲＡＣ領域を発現している単一の構築物にクローニングして、Ｐ２Ａによって分離されたヒト－マウスＴＣＲを作出した。ＴＣＲ構築物をＬｅｎｔｉ－Ｘ（商標）細胞（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ ＵＳＡ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）でパッケージングした。手短に述べると、ＴＣＲ構築物をパッケージングプラスミド（ｐＲＥＶ／ｐＴＡＴ／ｐＶＳＶＧ／ｐＧＡＧＰＯＬ）と混合し、製造業者のプロトコールに従ってｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）（Ｐｏｌｙｐｌｕｓ、Ｉｌｌｋｉｒｃｈ，Ｆｒａｎｃｅ）試薬とインキュベートした。２４時間後、培養物をＯｐｔｉ－Ｐｒｏ（商標）ＳＦＭ培地（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）で洗浄した。ウイルス上清をトランスフェクションの４８時間後に採集し、Ｖｉｖａｓｐｉｎ（登録商標）２０遠心濃縮器（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ，Ｂｏｈｅｍｉａ，ＮＹ）を使用して所望の体積になるまで濃縮した（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ，Ｂｏｈｅｍｉａ，ＮＹ）。レンチウイルス力価は、ＴＣＲ^－／－Ｊｕｒｋａｔ細胞株を使用してＧＦＰまたはＴＣＲα／β発現によって決定された。ウイルス力価を定量するために、形質導入の４８～７２時間後にフローサイトメトリー分析によってＧＦＰ発現を評価した。ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）フローサイトメータ（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用してサンプルを分析した。力価は、ＧＦＰが発現している細胞の百分率として、式：ＴＵ／ｍｌ＝ＧＦＰ^＋の％×（形質導入に使用された細胞の数）×（希釈倍率）×１０００を用いてＴＵ／ｍｌとして算出された。

【0495】

（ｉｉ）Ｔ細胞操作
ＣＤ８＋Ｔ細胞（Ｔ細胞）は、ｌｅｕｋｏｐａｋｓから、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＭｕｌｔｉＭＡＣＳ（商標）Ｃｅｌｌ２４ Ｓｅｐａｒａｔｏｒ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）及びＳｔｒａｉｇｈｔＦｒｏｍ（登録商標）Ｌｅｕｋｏｐａｋ（登録商標）ヒトＣＤ８マイクロビーズキットを製造業者の指示に従って使用して単離された（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ、カタログ＃１３０－１１７－０１９）。９０％を上回る純度を有する単離されたＣＤ８ Ｔ細胞をＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳ１０（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ＃０７９３０、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）の中に１０×１０^６細胞／ｍＬで再懸濁させ、後の実験のために－１７０Ｃで保存した。

【0496】

まずＣＤ８ Ｔ細胞を解凍し、１０％の熱不活化ウシ胎仔血清ＨＩ－ＦＢＳ）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、カタログ＃Ａ３８４０００２）、１Ｘのペニシリン－ストレプトマイシン（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、カタログ＃１５１４０１２２）、５０ＩＵ／ｍＬの組換えヒトＩＬ－２（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ、カタログ＃２００－０２）、５ｎｇ／ｕＬの組換えヒトＩＬ－７（Ｒ＆Ｄ、カタログ＃２０７－ＩＬ）、及び５ｎｇ／ｕＬの組換えヒトＩＬ－１５（Ｒ＆Ｄ、カタログ＃２４７－ＩＬＢ）が補充されたＲＰＭＩ－１６４０培地（ＡＴＣＣ、カタログ＃３０－２００１）の中に再懸濁させ、５％ＣＯ_２の下で一晩、３７℃で静置した。翌日、細胞をＩｍｍｕｎｏＣｕｌｔ（商標）ヒトＣＤ３／ＣＤ２８ Ｔ細胞活性化因子（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ＃１０９７１）で１６時間にわたって活性化させ、その後、レンチウイルス中に１×１０^８～１×１０^９Ｕ／ｍＬでパッケージングされた個々のＴＣＲによって形質導入した。７２時間後、残存ウイルスを洗い流し、細胞をプールして、ＴＣＲが形質導入されたＴ細胞のライブラリーを作出した。外因性マウス－ヒトＴＣＲを発現している細胞をビオチン標識抗マウスＴＣＲ抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、カタログ＃１０９２０４）で標識付けし、抗ビオチン結合体化マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ、カタログ＃１３０－０９０４８５）を製造業者の指示に従って使用して単離した。単離された細胞を７日間にわたって増殖させ、ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳ１０（ＳｔｅｍＣｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ＃０７９３０、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）の中に再懸濁させ、冷凍した。

【0497】

（ｉｉｉ）ペプチドライブラリーの設計
がん精巣抗原（ＣＴＡ）ペプチドライブラリーを生成するために、１，６００種のがん精巣抗原のコード領域にまたがるアミノ酸配列を、２０アミノ酸ずつ重複する６６ｍｅｒのアミノ酸タイルに分割した。タイルはシリコンチップ（Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）上で合成され、レンチウイルス発現ベクターにクローニングされた。同様に、ヒトゲノムの全タンパク質にまたがるヒトゲノムコード配列にわたって９０ｍｅｒのアミノ酸タイルでタイル分けすることによってヒトゲノムペプチドライブラリーを生成した。

【0498】

（ｉｖ）ライブラリーのウイルスパッケージング及び力価決定
ペプチドライブラリー発現レポーター細胞を生成するために、まずペプチドライブラリー構築物を、Ｌｅｎｔｉ－Ｘ（商標）細胞（Ｔａｋａｒａ Ｂｉｏ ＵＳＡ，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）を使用してパッケージングした。手短に述べると、Ｌｅｎｔｉ－Ｘ（商標）細胞を７５％のコンフルエンシーでＣｅｌｌＢＩＮＤ（登録商標）ポリスチレンＣｅｌｌＳＴＡＣＫ（登録商標）５層チャンバ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）の中に配置し、ｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）トランスフェクション試薬（Ｐｏｌｙｐｌｕｓ，Ｉｌｌｋｉｒｃｈ，Ｆｒａｎｃｅ）を使用してトランスフェクトした。ペプチドライブラリーをパッケージングプラスミド（ｐＲＥＶ／ｐＴＡＴ／ｐＶＳＶＧ／ｐＧＡＧＰＯＬ）と混合し、製造業者のプロトコールに従ってｊｅｔＰＲＩＭＥ（登録商標）試薬とインキュベートした。Ｏｐｔｉ－Ｐｒｏ（商標）ＳＦＭ培地（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）をトランスフェクションの２４時間後に添加した。ウイルス上清をトランスフェクションの４８時間後に採集し、Ｖｉｖａｆｌｏｗ（登録商標）５０カセット（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ，Ｂｏｈｅｍｉａ，ＮＹ）を使用して濃縮した。レンチウイルス力価は、ウイルス上清の段階希釈液を使用してＬｅｎｔｉ－Ｘ（商標）細胞を使用して、ピューロマイシンコロニー形成によって決定された。ウイルス力価を定量するために、形質導入の４８時間後にピューロマイシン抵抗性コロニーを選択した。ピューロマイシン抵抗性コロニーを、クリスタルバイオレット染色によって可視化し、計数した。力価は、コロニー形成単位として、式：ＴＵ／ｍｌ＝ピューロマイシン抵抗性コロニー数×希釈倍率×１０００を用いてＴＵ／ｍｌとして算出された。

【0499】

グランザイム活性化蛍光レポーターを発現しているＭＨＣ－ｎｕｌｌ ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２単アレル性レポーター細胞、ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２単アレル性レポーター細胞などのように、本明細書に記載のＭＡＧＥＣ２免疫原性ペプチドを提示するＭＨＣを発現するように操作した。６×１０^７個（ＣＴＡライブラリーの場合）または２．４×１０^８個（ゲノム全体にわたるライブラリーの場合）の単アレル性レポーター細胞を、Ｆａｌｃｏｎ（登録商標）８７５ｃｍ^２ Ｒｅｃｔａｎｇｕｌａｒ Ｓｔｒａｉｇｈｔ Ｎｅｃｋ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｍｕｌｔｉ－Ｆｌａｓｋ（Ｃｏｒｎｉｎｇ）内に播種し、ペプチドライブラリーがパッケージングされたレンチウイルスで、ＭＯＩを５として形質導入した。陽性対照として、スパイクしたＴＣＲによって認識されることが分かっている、上記ヒトゲノムライブラリーからの単一の９０ｍｅｒのアミノ酸タイルを発現している細胞を、細胞のプールに１：４０，０００の比で添加した。

【0500】

（ｖ）グランザイムによって殺滅される細胞の共培養及び濃縮
２．５×１０^７個の形質導入済みＣＤ８＋Ｔ細胞を解凍し、０．１ｍｇ／ｍＬの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）及び５０Ｕ／ｍＬのＩＬ－２（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）が補充された培地の中に含まれている照射済みＰＭＢＣフィーダー細胞によって、１：２０のＴ細胞：ＰＢＭＣ比で再刺激した。７日後、Ｔ細胞を、ペプチドライブラリーで形質導入されたレポーター細胞に、１：１のＥ：Ｔ比で添加し、４時間インキュベートした。トリプシン処理によってすべての細胞を回収し、アネキシンＶ結合体化マイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で製造業者の指示に従って染色し、ａｕｔｏＭＡＣＳ（登録商標）Ｐｒｏ分離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）を使用して分離した。蛍光グランザイムレポーターが陽性である細胞を、ＭｏＦｌｏ（登録商標）Ａｓｔｒｉｏｓ（商標）細胞選別装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して選別し、後の分析のためにＤＮＡ／ＲＮＡ Ｓｈｉｅｌｄ（商標）（Ｚｙｍｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）の中に保存した。

【0501】

（ｖｉ）次世代シーケンシング（ＮＧＳ）及びデータ解析
ゲノムＤＮＡを、ＧｅｎｅＪＥＴ（商標）ゲノムＤＮＡ精製キット（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を使用して抽出し、２回のＰＣＲ増幅を用いるＮＧＳシーケンシングのために調合した。手短に述べると、１回目のＰＣＲではペプチドカセットを増幅し、２回目は配列決定用アダプター及びサンプルインデックスを添加し、その後、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑ（商標）装置（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して配列決定した。投入ライブラリー中のペプチド割合に対する、１ペプチドごとのマッピングされた読取結果の割合、及び濃縮倍率を、計算した。８回の技術的反復の幾何平均を計算し、２つよりも多い同一配列における４倍を上回る濃縮を、後の解析に適するとみなした。

【0502】

ｂ．ＴＣＲの発見
（ｉ）ペプチド予測及び標的検証
４倍を上回るスコアを有する重複ペプチド配列を用いて、ＮｅｔＭＨＣ４．０（ワールドワイドウェブ上でｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋにおいて利用可能）によってＭＨＣ結合性を予測し、上位に予測されたＭＨＣ結合性ペプチドを合成した（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）。単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔレポーター細胞に１ｕＭの各ペプチド候補を１時間にわたってパルス導入し、その後、ＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールと１：１のＥ：Ｔ比で共培養した。２４時間後、培養物をＶ字底９６ウェルプレートへ移し、２，０００ｒｐｍで２分間にわたって遠心分離し、Ｅｌｌａ ３^ｒｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ＩＦＮγカートリッジ（ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ）を製造業者の指示に従って使用して上清をＩＦＮγについて検査した。

【0503】

（ｉｉ）対応するＴＣＲの同定
対応するＴＣＲをＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールから同定するために、ＭＨＣ単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にペプチドを１時間にわたってパルス導入し、Ｔ細胞のプールと１：１のＥ：Ｔ比で１６～２４時間にわたって共培養した。Ｔ細胞を混合し、ピペット操作によって回収し、製造業者の指示に従ってＣＤ１３７マイクロビーズキット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で標識付けした。手短に述べると、Ｔ細胞をまず、ＰＥ標識抗ＣＤ１３７及びＡＦ６４７標識抗ＣＤ６９（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）で染色し、洗浄し、その後、抗ＰＥマイクロビーズで標識付けした。標識付けされた細胞を、ａｕｔｏＭＡＣＳ（登録商標）Ｐｒｏ分離装置（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）で濃縮し、グランザイム（ｇｒａｎｙｍｅ）レポーターが陽性である細胞をＭｏＦｌｏ（登録商標）Ａｓｔｒｉｏｓ（商標）細胞選別装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）で選別した。選別された細胞からゲノムＤＮＡを抽出し、ＴＣＲ発現カセットをＰＣＲ増幅して次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の準備をした。

【0504】

ｃ．ＴＣＲ特性評価
（ｉ）Ｔ細胞認識アッセイ
ＴＣＲによる同定ペプチドの認識の特徴を明らかにするために、野生型ＨＥＫ２９３細胞にペプチドの段階希釈液をパルス導入し、関心とするＴＣＲで形質導入されたＴ細胞と共培養した。２４時間後、培養物をピペット操作によって混合し、２，０００ｒｐｍで２分間にわたって遠心分離した。上清を回収し、ヒトＩＦＮγ ３ｒｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｉｎｇｌｅ－ｐｌｅｘアッセイ（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｉｍｐｌｅ）を製造業者の指示に従って用いてＩＦＮγ分泌を測定した。あるいは、グランザイム活性化蛍光レポーターを発現している単アレル性ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にペプチドの段階希釈液をパルス導入し、関心とする個々のＴＣＲで形質導入されたＴ細胞と共培養した。４時間後、培養物をピペット操作によって採集し、レポーターの蛍光を、ＣｙｔｏＦＬＥＸ（商標）Ｓ装置（Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して検出した。

【0505】

メラノーマ細胞株に対する反応性を検出するために、野生型メラノーマ細胞株を９６ウェル平底プレートに６×１０^４細胞で播種し、５％ＣＯ_２中で１６時間にわたって３７℃で静置した。翌日、Ｔ細胞を解凍し、完全ＲＰＭＩ－１６４０培地で洗浄し、１：１のエフェクター対標的比でウェルに加えた。共培養物を１６時間にわたってインキュベートした。その後、細胞をピペット操作によって採集し、Ｖ字底９６ウェルプレートへ移し、２，０００ｒｐｍで２分間にわたって遠心分離した。ヒトＩＦＮγ ３ｒｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｉｎｇｌｅ－ｐｌｅｘアッセイ（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｉｍｐｌｅ）を用いるＩＦＮγ測定のために上清を回収した。フローサイトメトリー分析（Ｃｙｔｏｆｌｅｘ Ｓ（商標）装置、Ｂｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ）のために、細胞ペレットをＦＡＣＳ用緩衝液（ＰＢＳ、０．５％のＢＳＡ、２ｍＭのＥＤＴＡ）で洗浄し、ＰＥ結合体化抗ＣＤ１３７（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）、ＡＦ６４７結合体化抗ＣＤ６９（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）及びＢＶ４２１結合体化抗ＣＤ８（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を含めた活性化誘導マーカーのために染色した。

【0506】

（ｉｉ）がん細胞培養及びＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄ形質導入
メラノーマ株はＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から購入し、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞は、最初はＴａｋａｒａ Ｂｉｏ（Ｓｈｉｇａ，Ｊａｐａｎ）から提供された。すべての培地に１０％のＦＢＳ及び１％のペニシリンを補充し、５％ＣＯ_２中、３７℃でインキュベートした。Ａ１０１Ｄ、Ａ２０５８、ＨＴ１４４及びＨＥＫ２９３Ｔ細胞を完全ＤＭＥＭ中で維持した。ＳＫ－ＭＥＬ－５については完全ＥＭＥＭ中で培養した一方、ＨＭＣＢは、１０ｍＭのＨＥＰＥＳを含む完全ＥＭＥＭを必要とした。未形質導入がん細胞をＴ細胞認識アッセイに備えて維持し、各細胞株の１０^６個の細胞にＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）Ｒｅｄレンチウイルス試薬（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ，Ｇｏｔｔｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を導入した。１．５ｕｇ／ｍＬのピューロマイシンを使用して陽性標識細胞を７２時間かけて選択した。

【0507】

（ｉｉｉ）Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）細胞傷害性アッセイ
Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＮｕｃＬｉｇｈｔ（商標）分析のために選択されたメラノーマ細胞を９６ウェル平底プレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｆｌｉｎｔｓｈｉｒｅ，ＵＫ）の中に１０^４細胞で播種し、但し、ＨＭＣＢ細胞については５×１０^３細胞で播種した。同じ日にＴ細胞を解凍し、完全ＲＰＭＩ－１６４０で洗浄し、５０Ｕ／ｍＬのＩＬ－２（ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ）、５ｎｇ／ｍＬのＩＬ－７、及び５ｎｇ／ｍＬのＩＬ－１５（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を含んだ培地の中で一晩静置した。すべての細胞を５％ＣＯ_２中で１６時間にわたって３７℃で静置した。Ｔ細胞の２倍段階希釈を、最高Ｅ：Ｔを４：１とし、最低を１：２としたエフェクター対標的比で行った。２回の技術的反復からの全ウェル１つあたり１枚の画像を７２時間の経過時間にわたって２時間ごとに撮影した。撮像には４×の対物レンズを利用し、データはＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）Ｂａｓｉｃソフトウェアを使用して解析した。赤色チャンネル取得時間は４００ｍｓであり、そのバックグラウンドを、トップハットセグメンテーションを有効にすることによって差し引いた。ソフトウェアが空間的に密接している細胞を１つの物体ではなく複数の物体として認識できるように、エッジ分割を、その設定が存在していない場合に適用した。

【0508】

図７～９に示されるデータは、上に記載されているものと類似する材料、方法及び実験に従って生成された。

【0509】

実施例２：ＭＡＧＥＣ２免疫原性エピトープ及びそれに対する結合性タンパク質の同定
メラノーマを有する自家患者を治療するために用いられた養子細胞療法産物から得られたＴＣＲのプールから、ＭＨＣ分子によって提示される免疫原性ペプチドを認識するＴＣＲを速やかに同定することを可能にする高処理量抗原発見プラットフォームを開発し、認識された免疫原性ペプチドを同定するためにこれを適用した（実施例１参照）。発現ががんのような特定の疾患に関連付いており、精巣以外の組織には通常は発現していない（図１）遺伝子であるＭＡＧＥＣ２の、抗原性ペプチドは、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２によって提示された状態で認識されているものとして同定された（図２Ａ）。検索された配列ライブラリーの重複タイルが共有している共通配列、及び生命情報科学解析によって、免疫原性ＭＡＧＥＣ２ペプチド配列の同定が可能になった（図２Ｂ；「ＲＡＲ」と命名される代表的免疫原性ペプチドの検証については図２Ｃも参照されたい）。その後、ＲＡＲ代表的免疫原性ペプチドを使用してＴＣＲ形質導入Ｔ細胞のプールのスクリーニングを行い、ＴＣＲ８－３などのヒットが同定された（図３のＡ及びＢ）。代表的なＴＣＲ８－３は、ＲＡＲペプチド－ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２（ｐＭＨＣ）複合体を発現している細胞を殺滅することがペプチドパルス細胞傷害性アッセイにおいて実証された（図４Ａ及び図４Ｂ）。代表的なＴＣＲ８－３はさらに、ＭＡＧＥＣ２を発現するがん細胞、例えば、ＭＡＧＥＣ２を様々なレベルで発現しているメラノーマ細胞を殺滅することが実証された（図５Ａ～５Ｅ及び図６）。同様の実験を実施して、ＨＬＡ－Ａ^＊２４血清型、例えばＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２によって提示されるさらなる免疫原性ＭＡＧＥＣ２ペプチド配列、及びそのようなペプチド－ＨＬＡ複合体を認識するＴＣＲを同定した（図７～９参照）。

【0510】

かくして、ＭＨＣ分子との関連において生理学的に重要なＴＣＲ－抗原対が同定された。

【0511】

参照による取り込み
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許及び特許出願は、あたかも各個の刊行物、特許または特許出願が、参照により援用されることを具体的かつ個別に示されたかのように、参照によりその全体が本明細書に援用される。相反する場合には、本明細書中の任意の定義を含めて本出願が優先される。

【0512】

公開データベース中の登録事項と相関する受託番号を参照する任意のポリヌクレオチド配列及びポリペプチド配列、例えば、ワールドワイドウェブ上でｔｉｇｒ．ｏｒｇにあるＴｈｅ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＴＩＧＲ）、及び／またはワールドワイドウェブ上でｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖにあるアメリカ国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）によって維持されている配列もまた、参照によりその全体が援用される。

【0513】

均等物及び範囲
本発明に包含される１つ以上の実施形態の詳細は、上記の本明細書の中で示されている。代表的な、例示的な材料及び方法について説明してきたが、本明細書に記載されているものと類似するまたは等価な任意の材料及び方法を、本発明に包含される実施形態の実施または試験において使用してもよい。本発明に関連する他の特徴、目的及び利点は、本明細書から明らかである。別段の規定がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。相反する場合には、上記に提供される本明細書が優先される。

【0514】

当業者は、慣例的な実験しか用いずに、本明細書に記載される本発明によって包含される特定の実施形態に対する多くの均等物を認識するであろう、またはそれらを確認できるであろう。本発明に包含される範囲は、本明細書に提供されている記載に限定されることを意図しておらず、そのような均等物を添付の特許請求の範囲に包含することを意図している。

【0515】

用語「含む」は非限定型であることが意図されており、追加の要素またはステップの包含を許容するが必要としないことにも、留意されたい。用語「含む」を本明細書で使用する場合、用語「からなる」も包含され、開示される。

【0516】

範囲が与えられている場合、端点が含まれる。さらに、特に示されていない限り、または文脈から及び当業者の理解から特に明白でない限り、範囲として表される値は、本発明に包含される種々の実施形態の中で記された範囲内の任意の特定の値または部分範囲を、別段の指示が文脈から明らかでない限り範囲の下限の単位の１０分の１まで想定し得ることを理解されたい。

【0517】

さらに、先行技術の範囲に入っている、本発明に包含される任意の特定の実施形態は、いずれの１つ以上の特許請求の範囲からも明示的に除外され得ることが理解されるべきである。そのような実施形態は、当業者に既知であるとみなされるので、それらは、除外が本明細書において明確に記載されていないとしても、除外され得る。本発明に包含される組成物の任意の特定の実施形態（例えば、任意の抗生物質、治療薬または活性成分；任意の製造方法；任意の使用方法；など）は、先行技術の有無に関係なく、任意の理由で、任意の１つ以上の特許請求の範囲から除外されることがある。

【0518】

使用されている語が限定ではなく説明のための語であること、及び本発明に包含される真の範囲及び趣旨から逸脱することなくそのより広い態様において添付の特許請求の範囲の範囲内で変更が行われ得ることは、理解されたい。

【0519】

本発明は、いくつかの記載された実施形態に関して、ある程度の長さで、及びある程度の具体性をもって記載されているが、任意のそのような具体性もしくは実施形態または任意の特定の実施形態に限定されることは意図しておらず、先行技術を考慮してそのような特許請求の範囲の可能な最も広い解釈を提供するように、及びそれゆえに本発明に包含される意図された範囲を効果的に包含するように、添付の特許請求の範囲を参照して解釈されるべきである。

【図1A】

【図1B】

【図2A】

【図2B】

【図2C】

【図3】

【図4A】

【図4B】

【図5A】

【図5B】

【図5C】

【図5D】

【図5E】

【図6】

【図7A】

【図7B】

【図7C】

【図8】

【図9】

【配列表】

2024515646000001.app

【国際調査報告】