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特表2024-518817ヒト細胞における標的ＲＮＡ配列の置換のための高効率トランススプライシング
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-05-07
(54)【発明の名称】ヒト細胞における標的ＲＮＡ配列の置換のための高効率トランススプライシング
(51)【国際特許分類】
C12N 15/113 20100101AFI20240425BHJP
C12N 15/864 20060101ALI20240425BHJP
C12N 15/867 20060101ALI20240425BHJP
C12N 15/861 20060101ALI20240425BHJP
C12N 15/87 20060101ALI20240425BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20240425BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20240425BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20240425BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240425BHJP
C12N 15/88 20060101ALI20240425BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 31/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 9/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 21/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 3/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 29/00 20060101ALI20240425BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240425BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20240425BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20240425BHJP
【ＦＩ】
C12N15/113 Z ZNA
C12N15/864 100Z
C12N15/867 Z
C12N15/861 Z
C12N15/87 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12N15/88 Z
A61P35/00
A61P31/00
A61P9/00
A61P25/00
A61P21/00
A61P3/00
A61P29/00
A61P43/00 105
A61K48/00
A61K31/7088
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023563303
(86)(22)【出願日】2022-03-14
(85)【翻訳文提出日】2023-12-07
(86)【国際出願番号】 US2022020151
(87)【国際公開番号】W WO2022220968
(87)【国際公開日】2022-10-20
(31)【優先権主張番号】63/175,223
(32)【優先日】2021-04-15
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】523389442
【氏名又は名称】タシト・セラピューティクス・インコーポレーテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(74)【代理人】
【識別番号】100143823
【弁理士】
【氏名又は名称】市川 英彦
(72)【発明者】
【氏名】ネルズ，デヴィッド・アレン
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C086
【Ｆターム（参考）】
4B065AA01X
4B065AA57X
4B065AA72X
4B065AA87X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA44
4C084AA13
4C084NA14
4C084ZA011
4C084ZA012
4C084ZA361
4C084ZA362
4C084ZA941
4C084ZA942
4C084ZB111
4C084ZB112
4C084ZB211
4C084ZB212
4C084ZB261
4C084ZB262
4C084ZB311
4C084ZB312
4C084ZC211
4C084ZC212
4C086AA01
4C086AA02
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZA01
4C086ZA36
4C086ZA94
4C086ZB11
4C086ZB21
4C086ZB26
4C086ZB31
4C086ZC21
(57)【要約】
（ａ）治療配列をコードする１つ以上の置換ドメインであって、作動するように以下に連結されるものと（ｂ）置換ドメインのＲＮＡスプライシングを促進する１つ以上のイントロンドメインであってトランススプライシングエンハンサー配列を含むものと、（ｃ）標的ＲＮＡ分子への結合を促進する１つ以上のアンチセンスドメインとを備えるトランススプライシング核酸を含む組成物であって、ＲＮＡトランススプライシング反応が、置換ドメインの標的ＲＮＡへの非常に効率的な挿入を促進する、トランススプライシング核酸を含む組成物を開示する。本開示の組成物を作製する方法及び使用する方法も提供され、これらには、患者又は対象の疾患又は障害の治療に使用され得る本開示の組成物が含まれるが、これらに限定されない。本開示の例示的な疾患又は障害には、遺伝的及びエピジェネティックな疾患又は障害が含まれる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
（ａ）治療配列をコードする１つ以上の置換ドメインであって、作動するように以下に連結されるものと；（ｂ）前記置換ドメインのＲＮＡスプライシングを促進する１つ以上のイントロンドメインであってトランススプライシングエンハンサー配列を含むものと；
（ｃ）標的ＲＮＡ分子への結合を促進する１つ以上のアンチセンスドメインと、
を備えるトランススプライシング核酸を含む組成物。
【請求項2】
前記トランススプライシングエンハンサー配列が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、請求項１に記載の組成物。
【請求項3】
前記トランススプライシングエンハンサー配列が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、請求項１に記載の組成物。
【請求項4】
前記トランススプライシングエンハンサー配列が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、請求項１に記載の組成物。
【請求項5】
前記イントロンドメインスプライシングエンハンサーが、トランススプライシング効率を更に増加させるＲＮＡモチーフに隣接している、請求項１～４に記載の組成物。
【請求項6】
前記イントロンドメインスプライシングエンハンサー配列が、前記トランススプライシング核酸の３’スプライス部位から３００塩基未満である、請求項１～４のいずれかに記載の組成物。
【請求項7】
前記トランススプライシングエンハンサー配列が、前記トランススプライシング核酸の５’スプライス部位から３００塩基未満である、請求項１～４に記載の組成物。
【請求項8】
前記イントロンドメインスプライシングが、２つ以上のトランススプライシングエンハンサー配列を含む、請求項１～６に記載の組成物。
【請求項9】
前記トランススプライシング効率を改善する３’非翻訳領域を更に含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項10】
前記トランススプライシング効率を改善する５’非翻訳領域を更に含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項11】
前記置換配列が、遺伝子発現増強エレメントを含む、請求項１～４に記載の組成物。
【請求項12】
前記翻訳増強エレメントが、ウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＶ）転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）、ＭＡＬＡＴ１由来のトリプレックス、Ｂ型肝炎ウイルスのＰＲＥ（ＨＰＲＥ）、及び鉄反応エレメントからなる群に由来するか、又はそれから単離される配列を含む、請求項１１記載の組成物。
【請求項13】
前記トランススプライシング核酸分子と前記標的ＲＮＡ分子との間の相互作用を強化し、トランススプライシング効率を増加させるＲＮＡ結合タンパク質を更に含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項14】
前記トランススプライシング核酸が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、核酸アナログ、化学修飾核酸、又は２つ以上の核酸若しくは核酸アナログから構成されるキメラである、請求項１～４に記載の組成物。
【請求項15】
前記核酸分子が、異種プロモーターを更に含む、請求項１～４に記載の組成物。
【請求項16】
請求項１～４に記載の組成物を含む、ベクター。
【請求項17】
前記ベクターが、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、ナノ粒子、ミセル、リポソーム、リポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックス、及びデンドリマーからなる群から選択される、請求項１６記載のベクター。
【請求項18】
請求項１６に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項19】
疾患を治療する方法であって、請求項１～４に記載のトランススプライシング核酸分子を含む治療有効量の治療薬を必要とする患者に投与することを含む、方法。
【請求項20】
対象における遺伝的欠陥を修復するための方法であって、請求項１～４に記載のトランススプライシング核酸分子を前記対象に投与することを含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、概して、遺伝子治療、分子生物学、並びにＲＮＡ分子の配列組成を変化させるための組成物及び方法に関する。
【背景技術】
【0002】
疾患を引き起こすＲＮＡ配列を置換するための、当技術分野における長年の、しかし満たされていない必要性が存在する。本開示は、ヒト細胞におけるＲＮＡ分子中の特定のＲＮＡ配列を高効率で置換するための組成物及び方法を提供する。具体的には、本開示は、ヒト遺伝子治療に関連して疾患を治療するためにトランススプライシング効率を高める配列を保有するＲＮＡトランススプライシング分子を使用して、標的ＲＮＡ内の選択されたＲＮＡ配列を置換するための組成物及び方法を提供する。
【0003】
ヒト遺伝子疾患の効果的な処置は、ヒト細胞における欠陥遺伝子配列の効率的な置換を必要とする。ＲＮＡトランススプライシングは、ヒト遺伝子治療薬として提案されているが、効率が低いために臨床試験で成功していない。本開示は、この長年にわたるが満たされていない必要性に対処することができるＲＮＡトランススプライシング分子の改善を記載する。
【発明の概要】
【0004】
本開示は、いくつかの実施形態において、（ａ）１つ以上トランススプライシングエンハンサー配列を含むトランススプライシングを促進する少なくとも１つのドメイン（「イントロンドメイン」）と、（ｂ）ヒト細胞中に存在するプレｍＲＮＡに相補的な配列（「標的ＲＮＡ」）を含むか、又はそれからなる少なくとも１つの結合ドメイン（「アンチセンスドメイン」）と、（ｃ）トランススプライシングを介して標的ＲＮＡに挿入されるコードドメイン（「置換ドメイン」）を含むトランススプライシングＲＮＡ分子を含む組成物を提供する。トランススプライシングエンハンサー配列はスプライシング効率を高め、その結果、トランススプライシングＲＮＡ分子は標的ＲＮＡ内の配列を置換ドメインと高効率で交換することができる。他の実施形態では、本開示は、トランススプライシングＲＮＡ分子をコードする核酸配列を含む組成物を提供する。
【0005】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は５’－Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６－３’を含み、Ｘ１はウラシル（Ｕ）又はグアニン（Ｇ）であり、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）又はグアニン（Ｇ）であり、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）であり、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）又はグアニン（Ｇ）であり、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）又はグアニン（Ｇ）であり、Ｘ６は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）又はグアニン（Ｇ）である。
【0006】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６を含み、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される。
【0007】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６を含み、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される。
【0008】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は、置換ドメインに直接隣接している。
【0009】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は、１ヌクレオチド、２ヌクレオチド、３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１６ヌクレオチド、１７ヌクレオチド、１８ヌクレオチド、１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２６ヌクレオチド、２７ヌクレオチド、２８ヌクレオチド、２９ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、３１ヌクレオチド、３１ヌクレオチド、３２ヌクレオチド、３３ヌクレオチド、３４ヌクレオチド、３５ヌクレオチド、３６ヌクレオチド、３７ヌクレオチド、３８ヌクレオチド、３９ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、４１ヌクレオチド、４２ヌクレオチド、４３ヌクレオチド、４４ヌクレオチド、４５ヌクレオチド、４６ヌクレオチド、４７ヌクレオチド、４８ヌクレオチド、４９ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、５５ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、６５ヌクレオチド、７０ヌクレオチド、７５ヌクレオチド、８０ヌクレオチド、８５ヌクレオチド、９０ヌクレオチド、９５ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１１０ヌクレオチド、１２０ヌクレオチド、１３０ヌクレオチド、１４０ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、１６０ヌクレオチド、１７０ヌクレオチド、１８０ヌクレオチド、１９０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド超、又は置換ドメインの最初のヌクレオチドから５’方向に離れた間の任意の数のヌクレオチドである。
【0010】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングエンハンサー配列は、１ヌクレオチド、２ヌクレオチド、３ヌクレオチド、４ヌクレオチド、５ヌクレオチド、６ヌクレオチド、７ヌクレオチド、８ヌクレオチド、９ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、１１ヌクレオチド、１２ヌクレオチド、１３ヌクレオチド、１４ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１６ヌクレオチド、１７ヌクレオチド、１８ヌクレオチド、１９ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、２１ヌクレオチド、２２ヌクレオチド、２３ヌクレオチド、２４ヌクレオチド、２５ヌクレオチド、２６ヌクレオチド、２７ヌクレオチド、２８ヌクレオチド、２９ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、３１ヌクレオチド、３１ヌクレオチド、３２ヌクレオチド、３３ヌクレオチド、３４ヌクレオチド、３５ヌクレオチド、３６ヌクレオチド、３７ヌクレオチド、３８ヌクレオチド、３９ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、４１ヌクレオチド、４２ヌクレオチド、４３ヌクレオチド、４４ヌクレオチド、４５ヌクレオチド、４６ヌクレオチド、４７ヌクレオチド、４８ヌクレオチド、４９ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、５５ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、６５ヌクレオチド、７０ヌクレオチド、７５ヌクレオチド、８０ヌクレオチド、８５ヌクレオチド、９０ヌクレオチド、９５ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１１０ヌクレオチド、１２０ヌクレオチド、１３０ヌクレオチド、１４０ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、１６０ヌクレオチド、１７０ヌクレオチド、１８０ヌクレオチド、１９０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、３００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド超、又は置換ドメインの最後のヌクレオチドから３’方向に離れた間の任意の数のヌクレオチドである。
【0011】
いくつかの実施形態において、イントロンドメインは、１個のトランススプライシングエンハンサー配列を含む。いくつかの実施形態において、イントロンドメインは、２つ以上のトランススプライシングエンハンサー配列を含む。いくつかの実施形態において、イントロンドメインは、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、３０、４０、５０、７５、１００、２００、３００又はそれ以上のトランススプライシングエンハンサー配列を含む。
【0012】
いくつかの実施形態において、アンチセンスドメインは、疾患を引き起こす突然変異を時折保有する標的ＲＮＡをコードする遺伝子（角括弧内に対応するアクセッション番号及び丸括弧内に対応する疾患）に相補的であり、以下からなる群から選択される：ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ［ＥＮＳＧ０００００２４０５０５］（分類不能型免疫不全症（ｃｏｍｍｏｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｉｍｍｕｎｅ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ））；ＡＤＡ、ＣＥＣＲ１［ＥＮＳＧ０００００１９６８３９，ＥＮＳＧ００００００９３０７２］（アデノシンデアミナーゼ欠損症）；ＩＬ２ＲＧ［ＥＮＳＧ０００００１４７１６８］（Ｘ連鎖重症複合免疫不全症）；ＨＢＢ［ＥＮＳＧ０００００２４４７３４］（β－サラセミア）；ＨＢＡ１，ＨＢＡ２［ＥＮＳＧ０００００２０６１７２，ＥＮＳＧ０００００１８８５３６］（α－サラセミア）；Ｕ２ＡＦ１［ＥＮＳＧ０００００１６０２０１］（（骨髄異形成症候群）；ＳＯＤ１，ＴＡＲＤＢＰ，ＦＵＳ，ＭＡＴＲ３，ＳＯＤ１，Ｃ９ＯＲＦ７２［ＥＮＳＧ０００００１４２１６８，ＥＮＳＧ０００００１２０９４８，ＥＮＳＧ００００００８９２８０，ＥＮＳＧ００００００１５４７９，ＥＮＳＧ０００００１４２１６８，ＥＮＳＧ０００００１４７８９４］（Ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）；（筋萎縮性側索硬化症）；ＭＡＰＴ，ＰＧＲＮ［ＥＮＳＧ０００００１８６８６８，ＥＮＳＧ００００００３０５８２］（パーキンソニズムを伴う前頭側頭型認知症）；ＣＤＨ２３，ＭＹＯ７Ａ，ＵＳＨ２Ａ［ＥＮＳＧ０００００１０７７３６，ＥＮＳＧ０００００１３７４７４，ＥＮＳＧ００００００４２７８１］（アッシャー症候群）；ＧＡＬＣ［ＥＮＳＧ００００００５４９８３］（クラッベ病）；ＳＭＰＤ１，ＮＰＣ１，ＮＰＣ２［ＥＮＳＧ０００００１６６３１１，ＥＮＳＧ０００００１４１４５８，ＥＮＳＧ０００００１１９６５５］（ニーマン・ピック病）；ＰＲＮＰ［ＥＮＳＧ０００００１７１８６７］（プリオン病）；ＳＣＮ１Ａ［ＥＮＳＧ０００００１４４２８５］（ドラベ症候群）；ＰＩＮＫ１，ＡＴＰＧＡＰ２［ＥＮＳＧ０００００１５８８２８］（早期発症パーキンソン病）；ＡＴＸＮ１，ＡＴＸＮ２，ＡＴＸＮ３，ＰＬＥＫＨＧ４，ＳＰＴＢＮ２，ＣＡＣＮＡ１Ａ，ＡＴＸＮ７，ＴＴＢＫ２，ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ，ＫＣＮＣ３，ＰＲＫＣＧ，ＩＴＰＲ１，ＴＢＰ，ＫＣＮＤ１，ＦＧＦ１４［ＥＮＳＧ０００００１２４７８８，ＥＮＳＧ０００００２０４８４２，ＥＮＳＧ００００００６６４２７，ＥＮＳＧ０００００１９６１５５，ＥＮＳＧ０００００１７３８９８，ＥＮＳＧ０００００１４１８３７，ＥＮＳＧ０００００１６３６３５，ＥＮＳＧ０００００１２８８８１，ＥＮＳＧ０００００１５６４７５，ＥＮＳＧ０００００１３１３９８，ＥＮＳＧ０００００１２６５８３，ＥＮＳＧ０００００１５０９９５，ＥＮＳＧ０００００１１２５９２，ＥＮＳＧ０００００１０２０５７，ＥＮＳＧ０００００１０２４６６］（脊髄小脳失調症）；ＳＣＮ１Ａ，ＳＣＮ２Ａ，ＣＡＣＮＡ１Ａ，ＧＲＩＮ２Ｂ，ＧＲＩＮ２Ａ，ＭＥＣＰ２，ＦＯＸＧ１，ＳＬＣ６Ａ１，ＰＲＲＴ２，ＰＴＥＮ，ＫＣＮＱ２，ＫＣＮＱ３，ＳＴＡＲＤ７，ＣＬＲＮ１［ＥＮＳＧ０００００１４４２８５，ＥＮＳＧ０００００１３６５３１，ＥＮＳＧ０００００１４１８３７，ＥＮＳＧ０００００２７３０７９，ＥＮＳＧ０００００１８３４５４，ＥＮＳＧ０００００１６９０５７，ＥＮＳＧ０００００１７６１６５，ＥＮＳＧ０００００１５７１０３，ＥＮＳＧ０００００１６７３７１，ＥＮＳＧ０００００１７１８６２，ＥＮＳＧ００００００７５０４３，ＥＮＳＧ０００００１８４１５６，ＥＮＳＧ００００００８４０９０，ＥＮＳＧ０００００１６３６４６］（遺伝性てんかん障害）；ＡＴＭ［ＥＮＳＧ０００００１４９３１１］（毛細血管拡張性運動失調症）；ＧＬＢ１［ＥＮＳＧ０００００１７０２６６］（ＧＭ１ガングリオシド症）；ＧＢＡ［ＥＮＳＧ０００００１７７６２８］（ゴーシェ病）；ＧＭ２Ａ［ＥＮＳＧ０００００１９６７４３］（ＧＭ２ガングリオシド症）；ＵＢＥ３Ａ［ＥＮＳＧ０００００１１４０６２］（アンジェルマン症候群）；ＳＬＣ２Ａ１［ＥＮＳＧ０００００１１７３９４］（グルコース輸送体欠損１型）；ＬＡＭＰ２［ＥＮＳＧ０００００００５８９３］（ダノン病）；ＧＬＡ［ＥＮＳＧ０００００１０２３９３］（ファブリー病）；ＰＫＤ１，ＰＫＤ２［ＥＮＳＧ０００００００８７１０，ＥＮＳＧ０００００１１８７６２］（常染色体優性多発性嚢胞腎）；ＧＡＡ［ＥＮＳＧ０００００１７１２９８］（ポンペ病）；ＰＣＳＫ９，ＬＤＬＲ，ＡＰＯＢ，ＡＰＯＥ［ＥＮＳＧ０００００１６９１７４，ＥＮＳＧ０００００１３０１６４，ＥＮＳＧ００００００８４６７４，ＥＮＳＧ０００００１３０２０３］（家族性高コレステロール血症）；ＭＹＯＣ，ＯＰＴＮ，ＴＢＫ１，ＷＤＲ３６，ＣＹＰＩＢ１［ＥＮＳＧ００００００３４９７１，ＥＮＳＧ０００００１２３２４０，ＥＮＳＧ０００００１８３７３５，ＥＮＳＧ０００００１３４９８７，ＥＮＳＧ０００００１３８０６１］（開放隅角緑内障）；ＩＤＵＡ［ＥＮＳＧ０００００１２７４１５］（ハーラー症候群又はムコ多糖症１）；ＩＤＳ［ＥＮＳＧ００００００１０４０４］（ハンター症候群又はムコ多糖症２）；ＣＬＮ３［ＥＮＳＧ０００００１８８６０３］（バッテン病）；ＤＭＤ［ＥＮＳＧ０００００１９８９４７］（デュシェンヌ型筋ジストロフィー）；ＬＭＮＡ［ＥＮＳＧ０００００１６０７８９］（肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型）；ＤＹＳＦ［ＥＮＳＧ０００００１３５６３６］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｂ型）；ＳＧＣＡ［ＥＮＳＧ０００００１０８８２３］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型）；ＳＧＣＢ［ＥＮＳＧ０００００１６３０６９］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｅ型）；ＳＧＣＧ［ＥＮＳＧ０００００１０２６８３］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型）；ＳＧＣＤ［ＥＮＳＧ０００００１７０６２４］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｆ型）；ＤＵＸ４［ＥＮＳＧ０００００２６０５９６］（顔面肩甲上腕筋ジストロフィー）；Ｆ９［ＥＮＳＧ０００００１０１９８１］（血友病Ｂ）；Ｆ８［ＥＮＳＧ０００００１８５０１０］（血友病Ａ）；ＵＳＨＡ２Ａ，ＲＰＧＲ，ＲＰ２，ＲＨＯ，ＰＲＰＦ３１，ＵＳＨ１Ｆ，ＰＲＰＦ３，ＰＲＰＦ６［ＥＮＳＧ０００００１５６３１３，ＥＮＳＧ０００００１０２２１８，ＥＮＳＧ０００００１６３９１４，ＥＮＳＧ０００００１０５６１８，ＥＮＳＧ０００００１５０２７５，ＥＮＳＧ０００００１１７３６０，ＥＮＳＧ０００００１０１１６１］（網膜色素変性症）；ＣＦＴＲ［ＥＮＳＧ０００００００１６２６］（嚢胞性線維症）；ＧＪＢ２，ＧＪＢ６，ＳＴＲＣ，ＤＦＮＡ１，ＷＦＳ１［ＥＮＳＧ０００００１６５４７４，ＥＮＳＧ０００００１２１７４２，ＥＮＳＧ０００００２４２８６６，ＥＮＳＧ０００００１３１５０４，ＥＮＳＧ０００００１０９５０１］（常染色体優性聴覚障害）；ＰＯＵ３Ｆ３［ＥＮＳＧ０００００１９８９１４］（非症候性難聴）。
【0013】
いくつかの実施形態において、置換ドメインは、標的ＲＮＡに由来するか、又はそれから単離される単離される。
【0014】
いくつかの実施形態において、イントロンドメインは、疾患を引き起こす突然変異を有するＲＮＡ結合タンパク質によって優先的に標的とされる結合部位を保有する。いくつかの実施形態において、これらの変異ＲＮＡ結合タンパク質及びイントロンドメインの解離定数は、非変異ＲＮＡ結合タンパク質及びイントロンドメインの解離定数よりも低い。
【0015】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングＲＮＡは、５’非翻訳領域を更に含む。いくつかの実施形態において、５’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の安定性を増加させる。いくつかの実施形態において、５’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の安定性を低下させる。いくつかの実施形態において、５’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の局在化を変化させる。いくつかの実施形態において、５’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸のプロセシングを変化させる。
【0016】
いくつかの実施形態において、トランススプライシングＲＮＡは、３’非翻訳領域を更に含む。いくつかの実施形態において、３’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の安定性を増加させる。いくつかの実施形態において、３’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の安定性を低下させる。いくつかの実施形態において、３’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸の局在化を変化させる。いくつかの実施形態において、３’非翻訳領域は、トランススプライシング核酸のプロセシングを変化させる。
【0017】
いくつかの実施形態において、置換ドメインは、ヒト遺伝子に由来するか、又はそれから単離される配列からなる。本開示の組成物のいくつかの実施形態において、置換ドメインを含む配列は、ヒト遺伝子と少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９５％、９７％、９９％又はその間の任意のパーセンテージの同一性を有する。いくつかの実施形態において、置換ドメインは、ヒト遺伝子に由来するか、又はそれから単離される配列と１００％の同一性を有する。いくつかの実施形態において、置換ドメインは、２ヌクレオチド、５ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、７０ヌクレオチド、８０ヌクレオチド、９０ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１１０ヌクレオチド、１２０ヌクレオチド、１３０ヌクレオチド、１４０ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、１６０ヌクレオチド、１７０ヌクレオチド、１８０ヌクレオチド、１９０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２１０ヌクレオチド、２２０ヌクレオチド、２３０ヌクレオチド、２４０ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、２６０ヌクレオチド、２７０ヌクレオチド、２７０ヌクレオチド超、又はその間の任意の数のヌクレオチドを含むか、又はそれらからなる。
【0018】
本開示の組成物のいくつかの実施形態において、アンチセンスドメインを含む配列は、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８７％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はその間の任意のパーセンテージの標的ＲＮＡ配列に対する相補性を有する。いくつかの実施形態において、アンチセンスドメインは、標的ＲＮＡ配列に対して１００％の相補性を有する。いくつかの実施形態において、アンチセンスドメインは、標的ＲＮＡ配列に相補的な２０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、７０ヌクレオチド、８０ヌクレオチド、９０ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、１１０ヌクレオチド、１２０ヌクレオチド、１３０ヌクレオチド、１４０ヌクレオチド、１５０ヌクレオチド、１６０ヌクレオチド、１７０ヌクレオチド、１８０ヌクレオチド、１９０ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、２１０ヌクレオチド、２２０ヌクレオチド、２３０ヌクレオチド、２４０ヌクレオチド、２５０ヌクレオチド、２６０ヌクレオチド、２７０ヌクレオチド、２７０ヌクレオチド超、又はその間の任意の数のヌクレオチドを含むか、又はそれらからなる。
【0019】
本開示の組成物のいくつかの実施形態において、トランススプライシングＲＮＡをコードする配列は、真核細胞においてトランススプライシングＲＮＡを発現することができるプロモーターをコードする配列を更に含む。
【0020】
本開示の組成物のいくつかの実施形態において、真核細胞は、動物細胞である。いくつかの実施形態において、動物細胞は、哺乳動物細胞である。いくつかの実施形態において、動物細胞は、ヒト細胞である。
【0021】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示のベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、レトロウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、レンチウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、複製不能である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、単離されているか、又は組換えである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、自己相補的である。
【0022】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、血清型ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１又はＡＡＶ１２のＡＡＶから単離されるか、又はそれに由来する逆方向末端反復配列又はキャプシド配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、複製不能である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、単離されているか、又は組換え（ｒＡＡＶ）である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは自己相補的（ｓｃＡＡＶ）である。
【0023】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示のベクターは、非ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、ナノ粒子、ミセル、リポソーム又はリポプレックス、ポリマーソーム（ｐｏｌｙｍｅｒｓｏｍｅ）、ポリプレックス、エキソソーム又はデンドリマーを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態において、ベクターは、発現ベクター又は組換え発現系である。本明細書で使用される場合、「組換え発現系」という用語は、組換えによって形成された特定の遺伝物質の発現のための遺伝子コンストラクトを指す。
【0024】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される発現ベクター、ウイルスベクター又は非ウイルスベクターは、限定されないが、発現制御エレメントを含む。本明細書で使用される場合、「発現制御エレメント」は、遺伝子などのコード配列の発現を調節する任意の配列を指す。例示的な発現制御エレメントには、プロモーター、エンハンサー、マイクロＲＮＡ、転写後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル配列、５’又は３’非翻訳領域、及びイントロンが含まれるが、これらに限定されない。
【0025】
発現制御エレメントは、例えば、構成的、誘導性、抑制性又は組織特異的であり得る。「プロモーター」は、転写の開始及び速度が制御されるポリヌクレオチド配列の領域である制御配列である。プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼ及び他の転写因子などの調節タンパク質及び分子が結合し得る遺伝要素を含み得る。いくつかの実施形態において、プロモーターによる発現制御は、組織特異的である。非限定的な例示的プロモーターとしては、ＣＭＶ、ＣＢＡ、ＣＡＧ、Ｃｂｈ、ＥＦ－１ａ、ＰＧＫ、ＵＢＣ、ＧＵＳＢ、ＵＣＯＥ、ｈＡＡＴ、ＴＢＧ、Ｄｅｓｍｉｎ、ＭＣＫ、Ｃ５－１２、ＮＳＥ、Ｓｙｎａｐｓｉｎ、ＰＤＧＦ、ＭｅｃＰ２、ＣａＭＫＩＩ、ｍＧｌｕＲ２、ＮＦＬ、ＮＦＨ、ｎβ２、ＰＰＥ、ＥＮＫ、ＥＡＡＴ２、ＧＦＡＰ、ＭＢＰ、Ｈ１及びＵ６プロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態において、プロモーターは、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）の発現を駆動することができるプロモーターから単離されるか、又はそれに由来する配列である。いくつかの実施形態において、プロモーターは、アラニンｔＲＮＡプロモーター、アルギニンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギンｔＲＮＡプロモーター、アスパラギン酸ｔＲＮＡプロモーター、システインｔＲＮＡプロモーター、グルタミンｔＲＮＡプロモーター、グルタミン酸ｔＲＮＡプロモーター、グリシンｔＲＮＡプロモーター、ヒスチジンｔＲＮＡプロモーター、イソロイシンｔＲＮＡプロモーター、ロイシンｔＲＮＡプロモーター、リジンｔＲＮＡプロモーター、メチオニンｔＲＮＡプロモーター、フェニルアラニンｔＲＮＡプロモーター、プロリンｔＲＮＡプロモーター、セリンｔＲＮＡプロモーター、トレオニンｔＲＮＡプロモーター、トリプトファンｔＲＮＡプロモーター、チロシンｔＲＮＡプロモーター、又はバリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるか、又はそれに由来する。いくつかの実施形態において、プロモーターは、バリンｔＲＮＡプロモーターから単離されるか、又はそれに由来する。
【0026】
「エンハンサー」は、転写の可能性又は頻度を増加させるためにタンパク質を活性化することによって結合され得るＤＮＡの領域である。非限定的な例示的なエンハンサー及び転写後調節エレメントには、ＣＭＶエンハンサー及びＷＰＲＥが含まれる。
【0027】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される発現ベクター、ウイルスベクター又は非ウイルスベクターは、限定されないが、「マルチシストロニック」又は「ポリシストロニック」又は「バイシストロニック」又は「トリシストロニック」コンストラクトの構成のためのＩＲＥＳ又は２Ａペプチド部位などのベクターエレメント、すなわち、２つ又は３つ又は複数のコード領域又はエクソンを有するものを含み、したがって、単一のコンストラクトからの２つ以上のタンパク質をｍＲＮＡから発現する能力を有する。マルチシストロニックベクターは、同じｍＲＮＡから２つ以上の別個のタンパク質を同時に発現する。マルチシストロニック配置を構築するために最も広く使用されている２つの戦略は、ＩＲＥＳ又は２Ａ自己切断部位の使用によるものである。「ＩＲＥＳ」は、ポリシストロン性ベクターコンストラクト内で使用されるウイルス、原核生物又は真核生物起源の内部リボソーム進入部位又はその一部を指す。いくつかの実施形態において、ＩＲＥＳは、キャップ非依存的な様式で翻訳開始を可能にするＲＮＡエレメントである。「自己切断ペプチド」又は「自己切断ペプチドをコードする配列」又は「２Ａ自己切断部位」という用語は、リボソームスキッピングを促進し、したがって単一のプロモーターから２つのポリペプチドを生成するための部位を組み込むためにベクターコンストラクト内で使用される連結配列を指し、そのような自己切断ペプチドには、限定されないが、Ｔ２Ａ及びＰ２Ａペプチド又は自己切断ペプチドをコードする配列が含まれる。
【0028】
いくつかの実施形態において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、又はレンチウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルス／レトロウイルスキメラベクター、単純ヘルペスウイルスＩ若しくはＩＩベクター、パルボウイルスベクター、細網内皮症ウイルスベクター、ポリオウイルスベクター、パピローマウイルスベクター、ワクシニアウイルスベクター、又は２つ以上のウイルスベクターの好ましい態様を組み込んだ任意のハイブリッドベクター若しくはキメラベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結された１つ以上の発現制御エレメントを更に含む。いくつかの実施形態において、ベクターは１つ以上の選択マーカーを更に含む。いくつかの実施形態において、ＡＡＶベクターは低い毒性を有する。いくつかの実施形態において、ＡＡＶベクターは宿主ゲノムに組み込まれず、それによって挿入突然変異誘発を引き起こす可能性が低い。いくつかの実施形態において、ＡＡＶベクターは、３ｋｂ～４．７５ｋｂの全ポリヌクレオチドの範囲をコードすることができる。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物、システム、方法及びキットのいずれかで使用され得る例示的なＡＡＶベクターには、ＡＡＶ１ベクター、改変ＡＡＶ１ベクター、ＡＡＶ２ベクター、改変ＡＡＶ２ベクター、ＡＡＶ３ベクター、改変ＡＡＶ３ベクター、ＡＡＶ４ベクター、改変ＡＡＶ４ベクター、ＡＡＶ５ベクター、改変ＡＡＶ５ベクター、ＡＡＶ６ベクター、改変ＡＡＶ６ベクター、ＡＡＶ７ベクター、改変ＡＡＶ７ベクター、ＡＡＶ８ベクター、ＡＡＶ９ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ１０ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ１０ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ３２／３３ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ３２／３３ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ４３ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ４３ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ７４ベクター、改変ＡＡＶ．ｒｈ７４ベクター、ＡＡＶ．ｒｈ６４Ｒ１ベクター、及び改変ＡＡＶ．ｒｈ６４Ｒ１ベクター、並びにそれらの任意の組み合わせ又は等価物が含まれ得る。いくつかの実施形態において、レンチウイルスベクターは、インテグラーゼコンピテント（ｉｎｔｅｇｒａｓｅ－ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ）レンチウイルスベクター（ＩＣＬＶ）である。いくつかの実施形態において、レンチウイルスベクターは、導入遺伝子プラスミドベクター、並びに関連プラスミド（例えば、パッケージングプラスミド、ｒｅｖ発現プラスミド、エンベローププラスミド）と併せた導入遺伝子プラスミドベクター、並びにウイルス又はウイルス様侵入機構を介して外因性核酸を細胞に導入することができるレンチウイルス系粒子を指すことができる。レンチウイルスベクターは当技術分野で周知である（例えば、Ｔｒｏｎｏ Ｄ．（２００２）Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ ｖｅｃｔｏｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｓｐｒｉｎｇ－Ｖｅｒｌａｇ Ｂｅｒｌｉｎ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ ａｎｄ Ｄｕｒａｎｄ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｖｉｒｕｓｅｓ ３（２）：１３２－１５９ ｄｏｉ：１０．３３９０／ｖ３０２０１３２を参照）。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される組成物、システム、方法及びキットのいずれかにおいて使用され得る例示的なレンチウイルスベクターには、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１ベクター、改変ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１ベクター、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）２ベクター、改変ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）２ベクター、スーティーマンガベイサル免疫不全ウイルス（ｓｏｏｔｙ ｍａｎｇａｂｅｙ ｓｉｍｉａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＳＩＶＳＭ）ベクター、改変スーティーマンガベイサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＳＭ）ベクター、アフリカミドリザルサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＡＧＭ）ベクター、改変アフリカミドリザルサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶＡＧＭ）ベクター、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）ベクター、改変ウマ感染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）ベクター、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）ベクター、改変ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）ベクター、ビスナ／マエディウイルス（ＶＮＶ／ＶＭＶ）ベクター、改変ビスナ／マエディウイルス（ＶＮＶ／ＶＭＶ）ベクター、ヤギ関節炎・脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）ベクター、改変ヤギ関節炎・脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）ベクター、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、又は改変ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）が含まれ得る。
【0029】
いくつかの実施形態において、トランススプライシング核酸は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドであり、及び／又は核酸アナログ、化学修飾核酸、又は２つ以上の核酸若しくは核酸アナログから構成されるキメラの少なくとも１つを含む。本明細書で使用される場合、「核酸アナログ」という用語は、ＤＮＡ又はＲＮＡ中に存在する標準的なプリン又はピリミジン塩基と構造的類似性を有する化合物を指す。核酸アナログは、ＤＮＡ又はＲＮＡ中に天然に存在するプリン又はピリミジン塩基と比較して、修飾された糖及び／又は修飾核酸塩基を含み得る。いくつかの実施形態において、核酸アナログは、２’－デオキシリボヌクレオシド、２’－リボヌクレオシド、２’－デオキシリボヌクレオチド又は２’－リボヌクレオチドであり、核酸塩基は修飾塩基（例えば、キサンチン、ウリジン、オキサニン（オキサノシン）、７－メチルグアノシン、ジヒドロウリジン、５－メチルシチジン、Ｃ３スペーサー、５－メチルｄＣ、５－ヒドロキシブチル－２’－デオキシウリジン（５－ｈｙｄｒｏｘｙｂｕｔｙｎｌ－２’－ｄｅｏｘｙｕｒｉｄｉｎｅ）、５－ニトロインドール、５－メチルイソデオキシシトシン、イソデオキシグアノシン、デオキシウリジン（ｄｅｏｘｙｕｒａｄｉｎｅ）、イソデオキシシチジン、他の０－１プリンアナログ、Ｎ－６－ヒドロキシアミノプリン、ネブラリン、７－デアザヒポキサンチン、他の７－デアザプリン、及び２－メチルプリンなど）を含む。いくつかの実施形態において、核酸アナログは、イノシン、７－デアザ－２’－デオキシイノシン、２’－アザ－２’－デオキシイノシン、ＰＮＡ－イノシン、モルホリノ－イノシン、ＬＮＡ－イノシン、ホスホルアミダートイノシン、２’－Ｏ－メトキシエチル－イノシン、及び２’－ＯＭｅ－イノシンからなる群から選択され得る。他の実施形態において、核酸アナログは、核酸模倣物（例えば、人工核酸及び異種核酸（ＸＮＡ）など）である。
【図面の簡単な説明】
【0030】
【図1A】図１は、本発明によって対処される満たされていない必要性を示し、本発明の概略図を提供する。図１Ａは、変異（「欠陥」）ＤＮＡ配列が、疾患に直接寄与するＲＮＡ（「ＲＮＡ病原性」）に転写されるか、又は疾患を引き起こすタンパク質（「病原性タンパク質の翻訳」）に翻訳されるヒト遺伝子疾患の概念を示す。
【0031】
【図2A】図２は、本開示に記載されるトランススプライシングＲＮＡの３つの実施形態を示す。図２Ａは、２つのアンチセンスドメイン、１つの置換ドメイン、２つのイントロンドメイン及びイントロンドメイン内の少なくとも２つのトランススプライシングエンハンサー配列を保有する二重トランススプライシング分子を記載する。この設計は、置換された配列の周囲の隣接する５’及び３’配列を維持しながら、標的ＲＮＡ内の内部配列の置換を促進する。
【0032】
【図3A】図３は、ＧＦＰタンパク質の産生を介した内部トランススプライシングの状況におけるトランススプライシングエンハンサー配列の重要性を明らかにするために設計された実験を示す。図３Ａは、ＧＦＰのＮ末端部分及びＣ末端部分（「Ｎ－ＧＦＰ」及び「Ｃ－ＧＦＰ」）を保有するが、蛍光に必要な内部ＧＦＰ配列を欠くスプリットＧＦＰレポーターの設計を示す。レポーターにおいて、この内部配列は、イントロンに隣接する終止コドンを有する短いエクソンによって置き換えられる。内部配列（「ｉｎｔ－ＧＦＰ」）は、２つのイントロン配列及び２つのアンチセンス配列に隣接するＲＮＡトランススプライシング分子内の置換配列である。
【0033】
【図4A】図４は、５’末端トランススプライシングの状況におけるトランススプライシングエンハンサー配列の重要性を明らかにするように設計された実験を示す。図４Ａは、ＧＦＰのＣ末端部分（「Ｃ－ＧＦＰ」）を保有するが、蛍光に必要なＮ末端ＧＦＰ配列を欠くスプリットＧＦＰレポーターの設計を示す。レポーターにおいて、このＮ末端ＧＦＰ配列は、イントロンに隣接する終止コドンを有する短いエクソンによって置き換えられる。Ｎ末端配列（「Ｎ－ＧＦＰ」）は、１つのイントロン配列及び１つのアンチセンス配列に隣接するＲＮＡトランススプライシング分子内の置換配列である。
【0034】
【図5A】図５は、３’末端トランススプライシングの状況におけるトランススプライシングエンハンサー配列の重要性を明らかにするように設計された実験を示す。図５Ａは、ＧＦＰのＮ末端部分（「Ｎ－ＧＦＰ」）を保有するが、蛍光に必要なＣ末端ＧＦＰ配列を欠くスプリットＧＦＰレポーターの設計を示す。レポーターにおいて、このＣ末端ＧＦＰ配列は、イントロンに隣接する終止コドンを有する短いエクソンによって置き換えられる。Ｃ末端配列（「Ｃ－ＧＦＰ」）は、１つのイントロン配列及び１つのアンチセンス配列に隣接するＲＮＡトランススプライシング分子内の置換配列である。
【0035】
【0036】
【図7A】図７は、ルシフェラーゼタンパク質の産生を介した遺伝子発現の増加を目的とした３’末端トランススプライシングの状況においてトランススプライシングエンハンサー配列の重要性を明らかにするように設計された実験を示す。図７Ａは、ウミシイタケルシフェラーゼ対照（「Ｒ．ルシフェラーゼ」）及びホタルルシフェラーゼ（「Ｆ．ルシフェラーゼ」）レポーター分子を保有するルシフェラーゼレポーターの設計を例示する。レポーター分子は、ヒトＭＢＮＬ１遺伝子由来のエクソン９、イントロン９、及びエクソン１０を保有する。エクソン１０は、ＭＢＮＬ１遺伝子発現に影響を及ぼす調節エレメントを含有する。トランススプライシングＲＮＡは、３’トランススプライシングプロセスにおいてイントロン９を標的とし、エクソン１０を翻訳エンハンサーで置き換える。このようにして、トランススプライシングの成功は、ウミシイタケルシフェラーゼと比較してホタルルシフェラーゼの産生を増加させる。
【発明を実施するための形態】
【0037】
本開示は、ＲＮＡ分子と選択的に結合してトランススプライシング反応を効率よく促進するＲＮＡ分子を提供する。本開示は、トランススプライシングＲＮＡ分子を含むか、又はそれをコードするベクター、組成物及び細胞を提供する。本開示は、疾患又は障害を治療するために本開示のトランススプライシングＲＮＡ分子、ベクター、組成物及び細胞を使用する方法を提供する。
【0038】
一態様において、本発明は、３種類のドメインを含むトランススプライシングＲＮＡ分子である（図２）。３つのドメインタイプのうちの１つは、トランススプライシング反応を介して標的ＲＮＡ分子に挿入される置換ドメインである。第２のドメインタイプは、標的ＲＮＡに相補的なアンチセンスドメインである。第３のドメインタイプは、トランススプライシングＲＮＡ分子と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシング反応を促進するイントロンドメインである。イントロンドメインは、トランススプライシング反応を促進するイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）を更に含む。特異的トランススプライシングエンハンサー配列とイントロンドメインとのこの新規な組み合わせは、疾患に対処するためにヒト細胞における疾患を引き起こすＲＮＡ配列を十分に置き換える様式でＲＮＡトランススプライシングを促進する。本開示は、疾患を引き起こすＲＮＡ分子を特異的に標的とし、これらのＲＮＡ分子内の疾患を引き起こすＲＮＡ配列を高効率で置換するための組成物及び方法を提供する。トランススプライシングＲＮＡ分子の実施形態は、疾患を引き起こす配列の置換又は標的ＲＮＡへの操作された配列の挿入を含む様々な状況での有用性を示す。操作された配列は、標的ＲＮＡの翻訳又は安定性を変化させて、タンパク質産生又は標的ＲＮＡレベルを増加又は減少させることができる。本開示は、トランススプライシングＲＮＡを含むか、又はそれをコードするベクター、組成物及び細胞、並びにトランススプライシングＲＮＡ組成物を使用する方法を提供する。
【0039】
一態様において、本発明は、生細胞内の特定のＲＮＡ分子内の任意の配列の置換を可能にするＲＮＡ技術である。この技術は、ＲＮＡトランススプライシングに基づいて、ヒト細胞中に天然に存在するスプライソソームを利用して、このトランススプライシングプロセスの触媒活性を提供する。典型的には、ＲＮＡスプライシングは、エクソンが連結され、イントロンが未成熟メッセンジャーＲＮＡ分子（プレ－ｍＲＮＡ）から除去されて成熟メッセンジャーＲＮＡ分子（ｍＲＮＡ）を形成するＲＮＡ分子内で起こる。このプロセスは、シススプライシングと呼ばれる。ＲＮＡトランススプライシングは、スプライソソームが別個のＲＮＡ分子に由来するエクソンを連結するプロセスである。このプロセスはヒト細胞ではほとんど起こらず、ＲＮＡトランススプライシングを促進する最先端のシステムは低レベルで活性である。本発明は、ＲＮＡトランススプライシングの効率を高める組成物を含む。これらの改良されたＲＮＡトランススプライシング組成物は、ヒト疾患に対処するために標的ＲＮＡ分子内の変異配列を置換するために使用することができる。任意のＲＮＡ配列の置換は、そのうちのいくつかが関連する実証として検討されている無数の特定の用途を有する一般的な能力である。ＲＮＡトランススプライシングは、改変されたＲＮＡ安定性又は改変されたＲＮＡ翻訳などの新しい活性を標的ＲＮＡに付与するために、操作された配列を標的ＲＮＡに挿入することができる。この特徴は、標的ＲＮＡによるタンパク質の産生を増加させるために使用することができる。最も広い意味で、このＲＮＡトランススプライシング技術は、標的ＲＮＡのコード領域と非コード領域の両方に任意の変化を与えることができる。
【0040】
参考文献には、シススプライシングの状況におけるスプライシング促進配列の活性が記載されている。しかしながら、１）トランススプライシング増強配列の同一性、及び２）シススプライシングエンハンサーもトランススプライシングを増強するかどうかについてはほとんど知られていない。分子内（シススプライシング）反応ではなく分子間（トランススプライシング）反応の反応速度が大きく異なる可能性が高いため、本発明者は、トランススプライシングの状況で機能するであろうスプライシングエンハンサーの別個の群に想到した。これは、シススプライシングにおけるスプライシングエンハンサーの活性がトランススプライシングにおける活性を必ずしも予測しないことを示す実験によって確認された。本明細書で使用される場合、トランススプライシングを促進するこれらの配列は、「トランススプライシングエンハンサー配列」と呼ばれる。
【0041】
本明細書に開示されるイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）を含む組成物は、トランススプライシングを効率的に促進する任意の配列を含む。例示的なトランススプライシングエンハンサー配列には、限定されないが、ＴＴＡＣＧＧ、ＴＡＡＣＧＧ、ＧＧＧＴＴＴ、ＧＴＴＴＴＧ、ＧＧＴＴＴＴ、ＧＧＴＴＴＧ、ＧＧＴＴＧＧ、ＧＴＴＡＧＧ、ＴＧＧＴＴＧ、ＧＧＧＴＡＧ、ＧＧＴＡＧＧ、ＧＧＴＡＧＴ、ＧＴＡＧＴＴ、ＧＴＴＧＧＴ、ＧＴＧＧＴＴ、ＧＧＴＧＧＴ、ＴＧＧＴＧＧ、ＴＴＧＧＴＧ、ＧＴＡＡＧＧ、ＴＡＡＧＧＧ、ＴＴＡＧＧＧ、ＴＡＧＧＧＧ、ＴＴＧＧＧＧ、ＧＴＴＧＧＧ、ＧＴＡＧＧＧ、ＴＡＴＴＧＧ、ＴＧＴＴＧＧ、ＴＡＴＧＧＧ、ＴＴＴＧＧＧ、ＴＧＴＧＧＧ、ＴＴＧＴＧＧ、ＧＡＧＴＧＴ、ＧＡＧＧＴＡ、ＧＧＡＧＧＴ、ＴＧＧＧＡＧ、ＧＧＧＧＴＧ、ＧＧＧＧＧＡ、ＧＧＧＧＧＴ、ＧＧＧＧＴＡ、ＧＧＧＡＧＧ、ＧＧＧＴＧＧ、ＧＧＡＧＧＧ、ＧＧＴＧＧＧ、ＧＡＧＧＧＧ、ＧＴＧＧＧＧ、ＧＡＧＴＧＧ、ＧＴＡＴＧＧ、ＧＧＴＡＴＴ、ＧＴＡＴＴＴ、ＧＴＡＴＴＧ、ＡＧＴＴＴＡ、ＡＧＧＴＴＡ、ＧＴＡＡＣＧ、ＡＧＧＴＡＡ、ＧＧＴＡＡＧ、ＴＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＴＴ、ＡＧＧＴＴＧ、ＡＧＧＴＡＧ、ＡＴＴＴＧＧ、ＡＧＴＴＧＧ、ＴＣＴＧＧＧ、ＡＧＡＧＴＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＴＧＴＧ、ＡＧＡＧＧＴ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＧＧＴＧ、ＡＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＧＴ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＴＡＴＧ、ＡＧＧＴＡＴ、ＧＴＡＴＴＣ、ＧＧＴＡＡＣが含まれる。いくつかの実施形態において、上記の例示的なトランススプライシングエンハンサー配列では、チミジン塩基のいずれも、チミジン塩基の一部又はチミジン塩基の全部がウラシルで置換され得て、その結果、例示的なトランススプライシングエンハンサー配列には、限定されないが、ＵＵＡＣＧＧ、ＵＡＡＣＧＧ、ＧＧＧＵＵＵ、ＧＵＵＵＵＧ、ＧＧＵＵＵＵ、ＧＧＵＵＵＧ、ＧＧＵＵＧＧ、ＧＵＵＡＧＧ、ＵＧＧＵＵＧ、ＧＧＧＵＡＧ、ＧＧＵＡＧＧ、ＧＧＵＡＧＵ、ＧＵＡＧＵＵ、ＧＵＵＧＧＵ、ＧＵＧＧＵＵ、ＧＧＵＧＧＵ、ＵＧＧＵＧＧ、ＵＵＧＧＵＧ、ＧＵＡＡＧＧ、ＵＡＡＧＧＧ、ＵＵＡＧＧＧ、ＵＡＧＧＧＧ、ＵＵＧＧＧＧ、ＧＵＵＧＧＧ、ＧＵＡＧＧＧ、ＵＡＵＵＧＧ、ＵＧＵＵＧＧ、ＵＡＵＧＧＧ、ＵＵＵＧＧＧ、ＵＧＵＧＧＧ、ＵＵＧＵＧＧ、ＧＡＧＵＧＵ、ＧＡＧＧＵＡ、ＧＧＡＧＧＵ、ＵＧＧＧＡＧ、ＧＧＧＧＵＧ、ＧＧＧＧＧＡ、ＧＧＧＧＧＵ、ＧＧＧＧＵＡ、ＧＧＧＡＧＧ、ＧＧＧＵＧＧ、ＧＧＡＧＧＧ、ＧＧＵＧＧＧ、ＧＡＧＧＧＧ、ＧＵＧＧＧＧ、ＧＡＧＵＧＧ、ＧＵＡＵＧＧ、ＧＧＵＡＵＵ、ＧＵＡＵＵＵ、ＧＵＡＵＵＧ、ＡＧＵＵＵＡ、ＡＧＧＵＵＡ、ＧＵＡＡＣＧ、ＡＧＧＵＡＡ、ＧＧＵＡＡＧ、ＵＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＵＵ、ＡＧＧＵＵＧ、ＡＧＧＵＡＧ、ＡＵＵＵＧＧ、ＡＧＵＵＧＧ、ＵＣＵＧＧＧ、ＡＧＡＧＵＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＵＧＵＧ、ＡＧＡＧＧＵ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＧＧＵＧ、ＡＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＧＵ、ＡＧＵＧＧＧ、ＡＧＵＡＵＧ、ＡＧＧＵＡＵ、ＧＵＡＵＵＣ、ＧＧＵＡＡＣが含まれる。
【0042】
特定のイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）を含めることを含む本開示のＲＮＡトランススプライシング技術は、複数のＲＮＡ標的に対して高い効率でＲＮＡトランススプライシングを示す最初のものである。非常に効率的なＲＮＡトランススプライシングは、以前のＲＮＡトランススプライシング系に比べて３つの主な利点を有する。第１に、この改善された効率は、劣性遺伝性障害を治療するために突然変異遺伝子の活性を再構成するのに十分なレベルで欠陥ＲＮＡ配列を置き換えることができる。実際、多くの劣性遺伝子障害の処置は、１００％が標的ＲＮＡ内の配列の完全な置換である少なくとも３０％の効率を必要とする。第２に、この改善された効率は、優性遺伝性障害を治療するのに十分なレベルで欠陥ＲＮＡ配列を置き換えることができる。単一の変異対立遺伝子が疾患を引き起こすのに十分であるため、このクラスの多くの疾患は、変異配列が典型的には毒性を引き起こすので、変異配列の非常に効率的な置換を必要とする。その結果、更に高い効率が必要とされる（７０％＋）。最後に、複数の標的ＲＮＡを修飾する本発明者らのＲＮＡトランススプライシング技術の広範な能力は、この技術の最初の広く適用可能で効率的なバージョンを実証する。これは非常に一般的な能力であり、本開示は、配列を複数の標的ＲＮＡで効率的に置換することができるＲＮＡトランススプライシングシステムの実証を提供する。
【0043】
本ＲＮＡトランススプライシング技術を形成するためにイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）を含めることは、標的ＲＮＡ内の非コード配列の変更を更に可能にする一般的な能力である。標的ＲＮＡの５’又は３’非翻訳領域を高効率で置き換えることによって、本発明は、翻訳又はターンオーバーなどのＲＮＡ挙動の変化を可能にする。これらの効果の正味の結果は、標的ＲＮＡからのタンパク質の産生の増加、又はＲＮＡレベルの変化に関連する他の下流効果である。
イントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）の同定
イントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）の同定
【0044】
ＲＮＡのシススプライシングに影響を及ぼすＲＮＡ配列が知られている（Ｗａｎｇ，Ｍａ ｅｔ ａｌ．２０１２）。しかしながら、ＲＮＡトランススプライシングに関連してこれらの既知のスプライシングエンハンサーの活性を評価した研究はない。本発明者は、最初に、５０個のスプライシング増強配列が、モデルＲＮＡトランススプライシング分子内の置換配列の上流及び下流に配置された場合にＲＮＡトランススプライシングの効率を高めることができるかどうかを体系的に評価した。これらの変異体トランススプライシング分子は、ＲＮＡトランススプライシング分子の活性が成功した後にのみ蛍光を発するスプリットＧＦＰレポーターアッセイを標的とする（図３～図５）。このアッセイは定性的であり、完全に定量的ではないが、細胞生物学のエンドユーザが転写物の存在、非存在、又は一般的な規模に関する科学的疑問に答えることを試みるときによく使用するものであることから有用である。したがって、ＧＦＰトランススプライシングレポーターは、ＲＮＡトランススプライシング技術の研究において広く使用されている。公開された系（Ｋｏｌｌｅｒ，Ｗａｌｌｙ ｅｔ ａｌ．２０１１）と同様のＧＦＰレポーターを使用して、トランススプライシング反応の効率に対する異なるトランススプライシングエンハンサー配列の相対的影響を比較した。
【0045】
図３～図５は、トランススプライシング活性アッセイにおいて使用されるプラスミドの概略図を含む。一過性にトランスフェクトされたレポーター及びトランススプライシング分子又はレンチウイルスにパッケージングされた系のいずれかを用いて実験を行った。本発明者は、シススプライシングの状況で機能するいくつかの公知のスプライシング増強配列（Ｗａｎｇ，Ｍａ ｅｔ ａｌ．２０１２）がトランススプライシングを増強しないことを観察した。本発明者は更に、トランススプライシングの状況においてシススプライシング機能を増強してもしなくてもよい他の配列を観察した。本明細書で使用される場合、これらのトランススプライシング特異的エンハンサーは、「トランススプライシングエンハンサー配列」と呼ばれる。
特定の標的ＲＮＡの翻訳を増加させるためのイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）の使用
特定の標的ＲＮＡの翻訳を増加させるためのイントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）の使用
【0046】
ＲＮＡ内の特定の変異配列を非変異配列で置き換えることに加えて、標的ｍＲＮＡ分子に対する別の有用な操作は、ｍＲＮＡによって産生されるタンパク質を増加させることである。特定のｍＲＮＡからのタンパク質産生が不十分であるというこの問題に対処するための多くの試みがなされてきたが、各アプローチには大きな欠点がある。実際、停止コドンのリードスルーを促進することによって翻訳を増加させる小分子薬物は、非標的ｍＲＮＡ上のリードスルーの促進のために広範なオフターゲットを被るＫｅｅｌｉｎｇ，Ｘｕｅ ｅｔ ａｌ．２０１４）。更に、未熟終止コドンは、不十分なタンパク質レベルの多くの原因のうちの１つにすぎない。未熟終止コドンを遮断するように操作されたｔＲＮＡは、この同じ基本的な問題に悩まされている（国際公開第２０１８／１６１０３２号）。対照的に、ＲＮＡトランススプライシング系は、タンパク質産生を増加させるために、任意の標的ｍＲＮＡの配列を翻訳増幅配列で置き換えることができる。本発明者は、イントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）によって媒介される効率的なＲＮＡトランススプライシングが、特定のｍＲＮＡからのタンパク質産生の増大を標的として促進する手段の長年にわたるが満たされていない必要性に対処することができると考えた。
【0047】
筋緊張性ジストロフィーは、スプライシング因子ＭＢＮＬ１に結合する反復「ＣＵＧ」経路を保有するＲＮＡによって引き起こされる。その典型的な標的から離れたＭＢＮＬ１の滴定は、ＲＮＡ選択的スプライシングの広範な機能不全を引き起こし、患者における疾患のほとんどの発現の原因である。本発明者は、効率的なＲＮＡトランススプライシング手法でＭＢＮＬ１タンパク質産生を増加させることが、選択的スプライシング調節におけるその典型的な活性を再構成するのに十分なＭＢＮＬ１タンパク質の産生を介してこの疾患に対処することができると考えた（図６）。
【0048】
トランススプライシングエンハンサー配列を含むＲＮＡトランススプライシング系が特定のｍＲＮＡからのタンパク質産生を増加させる能力を評価するために、本発明者は、様々なシススプライシングエンハンサー配列及びウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＶ）転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）保有するＲＮＡトランススプライシング系を作製した（図７）。本発明者はまた、ホタルルシフェラーゼコード配列と、ＭＢＮＬ１の最後の２つのエクソン及び介在イントロンとを含有するレポーターを作出した（図７）。このアッセイは定性的であり、完全に定量的ではないが、細胞生物学のエンドユーザが転写物の存在、非存在、又は一般的な規模に関する科学的疑問に答えることを試みるときによく使用するものであることから有用である。実際、このレポーターは、モデルｍＲＮＡからの安定性及びタンパク質産生を評価するために典型的に使用されるｐＭＩＲ－ＧＬＯルシフェラーゼベクターに基づく。
【0049】
一過性にトランスフェクトされたレポーター及びトランススプライシング分子又はレンチウイルスにパッケージングされた系のいずれかを用いて実験を行った。本発明者は、シススプライシングの状況で機能するいくつかの公知のスプライシング増強配列（Ｗａｎｇ，Ｍａ ｅｔ ａｌ．２０１２）がトランススプライシングを増強しないことを観察した。本発明者はまた、トランススプライシングの状況においてシススプライシング機能を増強してもしなくてもよい他の配列を観察した。本明細書で使用される場合、これらのトランススプライシング特異的エンハンサーは、「トランススプライシングエンハンサー配列」と呼ばれる。これらの結果は、トランススプライシングエンハンサー配列の使用が、特定のｍＲＮＡからのタンパク質産生の有意な増加を促進し得ることを示している。
置換ドメイン
置換ドメイン
【0050】
本明細書に開示される置換ドメインを含む組成物は、ＲＮＡ配列の置換又は挿入が有効な治療法となり得る任意の戦略を含む。例示的な置換ドメインとしては、限定されないが、以下の遺伝子（角括弧内に遺伝子アクセッションＩＤ及び丸括弧内に関連疾患）等に由来するか、又はそれから単離される配列が挙げられる：ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ［ＥＮＳＧ０００００２４０５０５］（分類不能型免疫不全症（ｃｏｍｍｏｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｉｍｍｕｎｅ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ））；ＡＤＡ、ＣＥＣＲ１［ＥＮＳＧ０００００１９６８３９，ＥＮＳＧ００００００９３０７２］（アデノシンデアミナーゼ欠損症）；ＩＬ２ＲＧ［ＥＮＳＧ０００００１４７１６８］（Ｘ連鎖重症複合免疫不全症）；ＨＢＢ［ＥＮＳＧ０００００２４４７３４］（β－サラセミア）；ＨＢＡ１，ＨＢＡ２［ＥＮＳＧ０００００２０６１７２，ＥＮＳＧ０００００１８８５３６］（α－サラセミア）；Ｕ２ＡＦ１［ＥＮＳＧ０００００１６０２０１］（（骨髄異形成症候群）；ＳＯＤ１，ＴＡＲＤＢＰ，ＦＵＳ，ＭＡＴＲ３，ＳＯＤ１，Ｃ９ＯＲＦ７２［ＥＮＳＧ０００００１４２１６８，ＥＮＳＧ０００００１２０９４８，ＥＮＳＧ００００００８９２８０，ＥＮＳＧ００００００１５４７９，ＥＮＳＧ０００００１４２１６８，ＥＮＳＧ０００００１４７８９４］（Ａｍｙｏｔｒｏｐｈｉｃ ｌａｔｅｒａｌ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）；（筋萎縮性側索硬化症）；ＭＡＰＴ，ＰＧＲＮ［ＥＮＳＧ０００００１８６８６８，ＥＮＳＧ００００００３０５８２］（パーキンソニズムを伴う前頭側頭型認知症）；ＣＤＨ２３，ＭＹＯ７Ａ，ＵＳＨ２Ａ［ＥＮＳＧ０００００１０７７３６，ＥＮＳＧ０００００１３７４７４，ＥＮＳＧ００００００４２７８１］（アッシャー症候群）；ＧＡＬＣ［ＥＮＳＧ００００００５４９８３］（クラッベ病）；ＳＭＰＤ１，ＮＰＣ１，ＮＰＣ２［ＥＮＳＧ０００００１６６３１１，ＥＮＳＧ０００００１４１４５８，ＥＮＳＧ０００００１１９６５５］（ニーマン・ピック病）；ＰＲＮＰ［ＥＮＳＧ０００００１７１８６７］（プリオン病）；ＳＣＮ１Ａ［ＥＮＳＧ０００００１４４２８５］（ドラベ症候群）；ＰＩＮＫ１，ＡＴＰＧＡＰ２［ＥＮＳＧ０００００１５８８２８］（早期発症パーキンソン病）；ＡＴＸＮ１，ＡＴＸＮ２，ＡＴＸＮ３，ＰＬＥＫＨＧ４，ＳＰＴＢＮ２，ＣＡＣＮＡ１Ａ，ＡＴＸＮ７，ＴＴＢＫ２，ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ，ＫＣＮＣ３，ＰＲＫＣＧ，ＩＴＰＲ１，ＴＢＰ，ＫＣＮＤ１，ＦＧＦ１４［ＥＮＳＧ０００００１２４７８８，ＥＮＳＧ０００００２０４８４２，ＥＮＳＧ００００００６６４２７，ＥＮＳＧ０００００１９６１５５，ＥＮＳＧ０００００１７３８９８，ＥＮＳＧ０００００１４１８３７，ＥＮＳＧ０００００１６３６３５，ＥＮＳＧ０００００１２８８８１，ＥＮＳＧ０００００１５６４７５，ＥＮＳＧ０００００１３１３９８，ＥＮＳＧ０００００１２６５８３，ＥＮＳＧ０００００１５０９９５，ＥＮＳＧ０００００１１２５９２，ＥＮＳＧ０００００１０２０５７，ＥＮＳＧ０００００１０２４６６］（脊髄小脳失調症）；ＳＣＮ１Ａ，ＳＣＮ２Ａ，ＣＡＣＮＡ１Ａ，ＧＲＩＮ２Ｂ，ＧＲＩＮ２Ａ，ＭＥＣＰ２，ＦＯＸＧ１，ＳＬＣ６Ａ１，ＰＲＲＴ２，ＰＴＥＮ，ＫＣＮＱ２，ＫＣＮＱ３，ＳＴＡＲＤ７，ＣＬＲＮ１［ＥＮＳＧ０００００１４４２８５，ＥＮＳＧ０００００１３６５３１，ＥＮＳＧ０００００１４１８３７，ＥＮＳＧ０００００２７３０７９，ＥＮＳＧ０００００１８３４５４，ＥＮＳＧ０００００１６９０５７，ＥＮＳＧ０００００１７６１６５，ＥＮＳＧ０００００１５７１０３，ＥＮＳＧ０００００１６７３７１，ＥＮＳＧ０００００１７１８６２，ＥＮＳＧ００００００７５０４３，ＥＮＳＧ０００００１８４１５６，ＥＮＳＧ００００００８４０９０，ＥＮＳＧ０００００１６３６４６］遺伝性てんかん障害）；ＡＴＭ［ＥＮＳＧ０００００１４９３１１］（毛細血管拡張性運動失調症）；ＧＬＢ１［ＥＮＳＧ０００００１７０２６６］（ＧＭ１ガングリオシド症）；ＧＢＡ［ＥＮＳＧ０００００１７７６２８］（ゴーシェ病）；ＧＭ２Ａ［ＥＮＳＧ０００００１９６７４３］（ＧＭ２ガングリオシド症）；ＵＢＥ３Ａ［ＥＮＳＧ０００００１１４０６２］（アンジェルマン症候群）；ＳＬＣ２Ａ１［ＥＮＳＧ０００００１１７３９４］（グルコース輸送体欠損１型）；ＬＡＭＰ２［ＥＮＳＧ０００００００５８９３］（ダノン病）；ＧＬＡ［ＥＮＳＧ０００００１０２３９３］（ファブリー病）；ＰＫＤ１，ＰＫＤ２［ＥＮＳＧ０００００００８７１０，ＥＮＳＧ０００００１１８７６２］（常染色体優性多発性嚢胞腎）；ＧＡＡ［ＥＮＳＧ０００００１７１２９８］（ポンペ病）；ＰＣＳＫ９，ＬＤＬＲ，ＡＰＯＢ，ＡＰＯＥ［ＥＮＳＧ０００００１６９１７４，ＥＮＳＧ０００００１３０１６４，ＥＮＳＧ００００００８４６７４，ＥＮＳＧ０００００１３０２０３］（家族性高コレステロール血症）；ＭＹＯＣ，ＯＰＴＮ，ＴＢＫ１，ＷＤＲ３６，ＣＹＰＩＢ１［ＥＮＳＧ００００００３４９７１，ＥＮＳＧ０００００１２３２４０，ＥＮＳＧ０００００１８３７３５，ＥＮＳＧ０００００１３４９８７，ＥＮＳＧ０００００１３８０６１］（開放隅角緑内障）；ＩＤＵＡ［ＥＮＳＧ０００００１２７４１５］（ハーラー症候群又はムコ多糖症１）；ＩＤＳ［ＥＮＳＧ００００００１０４０４］（ハンター症候群又はムコ多糖症２）；ＣＬＮ３［ＥＮＳＧ０００００１８８６０３］（バッテン病）；ＤＭＤ［ＥＮＳＧ０００００１９８９４７］（デュシェンヌ型筋ジストロフィー）；ＬＭＮＡ［ＥＮＳＧ０００００１６０７８９］（肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型）；ＤＹＳＦ［ＥＮＳＧ０００００１３５６３６］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｂ型）；ＳＧＣＡ［ＥＮＳＧ０００００１０８８２３］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型）；ＳＧＣＢ［ＥＮＳＧ０００００１６３０６９］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｅ型）；ＳＧＣＧ［ＥＮＳＧ０００００１０２６８３］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型）；ＳＧＣＤ［ＥＮＳＧ０００００１７０６２４］（肢帯型筋ジストロフィー２Ｆ型）；ＤＵＸ４［ＥＮＳＧ０００００２６０５９６］（顔面肩甲上腕筋ジストロフィー）；Ｆ９［ＥＮＳＧ０００００１０１９８１］（血友病Ｂ）；Ｆ８［ＥＮＳＧ０００００１８５０１０］（血友病Ａ）；ＵＳＨＡ２Ａ，ＲＰＧＲ，ＲＰ２，ＲＨＯ，ＰＲＰＦ３１，ＵＳＨ１Ｆ，ＰＲＰＦ３，ＰＲＰＦ６［ＥＮＳＧ０００００１５６３１３，ＥＮＳＧ０００００１０２２１８，ＥＮＳＧ０００００１６３９１４，ＥＮＳＧ０００００１０５６１８，ＥＮＳＧ０００００１５０２７５，ＥＮＳＧ０００００１１７３６０，ＥＮＳＧ０００００１０１１６１］（網膜色素変性症）；ＣＦＴＲ［ＥＮＳＧ０００００００１６２６］（嚢胞性線維症）；ＧＪＢ２，ＧＪＢ６，ＳＴＲＣ，ＤＦＮＡ１，ＷＦＳ１［ＥＮＳＧ０００００１６５４７４，ＥＮＳＧ０００００１２１７４２，ＥＮＳＧ０００００２４２８６６，ＥＮＳＧ０００００１３１５０４，ＥＮＳＧ０００００１０９５０１］（常染色体優性聴覚障害）；ＰＯＵ３Ｆ３［ＥＮＳＧ０００００１９８９１４］（非症候性難聴）。
【0051】
いくつかの実施形態において、置換ドメインは、コドン最適化されている。
【0052】
ヒト遺伝子に由来する配列に加えて、置換ドメインは、標的ＲＮＡの安定性、翻訳、プロセシング、又は局在化を変化させるために、他の生物に由来する配列を含むことができる。非ヒト供給源に由来する例示的な置換ドメインとしては、限定されないが、タンパク質産生を増加させる配列、例えば、ウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＶ）転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）、ＭＡＬＡＴ１由来のトリプレックス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＰＲＥ）のＰＲＥ、及びＣＡＧＹＣＸ（Ｙ＝Ｕ又はＡ；Ｘ＝Ｕ、Ｃ、又はＡ）の形態の鉄反応レメントに由来するか、又はそれから単離されるものが挙げられる。
アンチセンスドメイン
アンチセンスドメイン
【0053】
本開示の組成物のいくつかの実施形態において、病原性ＲＮＡ分子は、標的ＲＮＡである。いくつかの実施形態において、標的ＲＮＡは、本開示のトランススプライシングＲＮＡのアンチセンスドメインに相補的な標的配列を含む。
【0054】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、標的配列は、５～５００ヌクレオチドを含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態において、標的配列は、５０ヌクレオチド～２５０ヌクレオチドを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態において、標的配列は、５ヌクレオチド～５０ヌクレオチドを含むか、又はそれらからなる。
【0055】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、標的配列は、標的ＲＮＡの単一の連続ストレッチ内に含まれる。いくつかの実施形態において、標的配列は、標的ＲＮＡの単一の連続ストレッチ間に拡散していない１つ以上のヌクレオチドから構成され得る。
【0056】
本開示のいくつかの実施形態において、本開示のアンチセンスドメインは、標的配列に結合する。本開示のいくつかの実施形態において、本開示のアンチセンスドメインは、標的ＲＮＡに結合する。
【0057】
本開示のいくつかの実施形態において、アンチセンスドメインは、成功したトランススプライシングが標的ＲＮＡ中のマイクロオープンリーディングフレームの除去を引き起こすように選択される。このようにして、トランススプライシングシステムは、マイクロオープンリーディングフレームを除去し、標的ＲＮＡからのタンパク質の産生を増加させる。
ベクター
ベクター
【0058】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、ベクターは、本開示のトランススプライシング核酸を含むか、又はそれをコードする。いくつかの実施形態において、ベクターは、本開示の少なくとも１つのトランススプライシング核酸を含むか、又はそれをコードする。いくつかの実施形態において、ベクターは、本開示の１つ以上のトランススプライシング核酸を含むか、又はそれをコードする。いくつかの実施形態において、ベクターは、本開示の２つ又はそれを超えるトランススプライシング核酸を含むか、又はそれをコードする。
【0059】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示のベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、レトロウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、レンチウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノウイルスから単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、複製不能である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、単離されているか、又は組換えである。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、自己相補的である。
【0060】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）から単離されるか、又はそれに由来する配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、血清型ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１又はＡＡＶ１２のＡＡＶから単離されるか、又はそれに由来する逆方向末端反復配列又はキャプシド配列を含む。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、複製不能である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、単離されているか、又は組換え（ｒＡＡＶ）である。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは自己相補的（ｓｃＡＡＶ）である。
【0061】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示のベクターは、非ウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、ナノ粒子、ミセル、リポソーム又はリポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックス、又はデンドリマーを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態において、ベクターは、発現ベクター又は組換え発現系である。本明細書で使用される場合、「組換え発現系」という用語は、組換えによって形成された特定の遺伝物質の発現のための遺伝子コンストラクトを指す。
【0062】
いくつかの実施形態において、リポソーム、リポプレックス、又はナノ粒子は、非カチオン性脂質、ＰＥＧ複合脂質、ステロール、又はそれらの任意の組み合わせを更に含むことができる。
【0063】
いくつかの実施形態において、リポソーム、リポプレックス又はナノ粒子は、非カチオン性脂質を更に含み、非イオン性脂質は、ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－ホスホエタノールアミン、ジステアロイルホスファチジルコリン（ＤＳＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジパルミトイルホスファチジルコリン（ＤＰＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール（ＤＰＰＧ）、ジオレオイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン（ＰＯＰＣ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＰＯＰＥ）、ジオレオイル－ホスファチジルエタノールアミン４－（Ｎ－マレイミドメチル）－シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＤＯＰＥ－ｍａｌ）、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＰＰＥ）、ジミリストイルホスホエタノールアミン（ＤＭＰＥ）、ジステアロイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＳＰＥ）、モノメチル－ホスファチジルエタノールアミン（１６－Ｏ－モノメチルＰＥなど）、ジメチル－ホスファチジルエタノールアミン（例えば、１６－Ｏ－ジメチルＰＥ）、１８－１－トランスＰＥ、１－ステアロイル－２－オレオイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＳＯＰＥ）、水素添加大豆ホスファチジルコリン（ＨＳＰＣ）、卵ホスファチジルコリン（ＥＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルセリン（ＤＯＰＳ）、スフィンゴミエリン（ＳＭ）、ジミリストイルホスファチジルコリン（ＤＭＰＣ）、ジミリストイルホスファチジルグリセロール（ＤＭＰＧ）、ジステアロイルホスファチジルグリセロール（ＤＳＰＧ）、ジエルコイルホスファチジルコリン（ＤＥＰＣ）、パルミトイルオレオイルホスファチジルグリセロール（ＰＯＰＧ）、ジエライドイル－ホスファチジルエタノールアミン（ＤＥＰＥ）、レシチン、ホスファチジルエタノールアミン、リゾレシチン、リゾホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、スフィンゴミエリン、卵スフィンゴミエリン（ＥＳＭ）、セファリン、カルジオリピン、ホスファチジン酸、セレブロシド、リン酸ジセチル、リゾホスファチジルコリン、ジリノレオイルホスファチジルコリンからなる群から選択され、非カチオン性脂質は、例えば国際公開第２０１７／０９９８２３号又は米国特許出願公開第２０１８／００２８６６４号に記載される。
【0064】
いくつかの実施形態において、リポソーム、リポプレックス又はナノ粒子は、共役脂質を更に含み、共役脂質は、複合脂質は、ＰＥＧ－ジアシルグリセロール（ＤＡＧ）（ｌ－（モノメトキシ－ポリエチレングリコール）－２，３－ジミリストイルグリセロール（ＰＥＧ－ＤＭＧ）等）、ＰＥＧ－ジアルキルオキシプロピル（ＤＡＡ）、ＰＥＧ－リン脂質、ＰＥＧ－セラミド（Ｃｅｒ）、ペグ化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ－ＰＥ）、ＰＥＧコハク酸ジアシルグリセロール（ＰＥＧ－ＤＡＧ）（４－０－（２’，３’－ジ（テトラデカノイルオキシ）プロピル－ｌ－０－（ｗ－メトキシ（ポリエトキシ）エチル）ブタンジオエート（ＰＥＧ－Ｓ－ＤＭＧ）など）、ＰＥＧジアルコキシプロピルカルバム、Ｎ－（カルボニル－メトキシポリエチレングリコール２０００）－１、２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミンナトリウム塩からなる群から選択される。
【0065】
いくつかの実施形態において、リポソーム、リポプレックス、又はナノ粒子は、コレステロール又はコレステロール誘導体を更に含む。
【0066】
いくつかの実施形態において、リポソーム、リポプレックス、又はナノ粒子は、イオン化可能な脂質、非カチオン性脂質、粒子の凝集を阻害する複合脂質、及びステロールを更に含む。イオン化可能な脂質、非カチオン性脂質、粒子の凝集を阻害する複合脂質、及びステロールの量は、独立して変えることができる。いくつかの実施形態において、脂質ナノ粒子は、粒子に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％～約９０ｍｏｌ％の量のイオン化可能な脂質、粒子に存在する全脂質の約５ｍｏｌ％～約３０ｍｏｌ％の量の非カチオン性脂質、粒子に存在する全脂質の約０．５ｍｏｌ％～約２０ｍｏｌ％の量の粒子の凝集を阻害する複合脂質、及び粒子に存在する全脂質の約２０ｍｏｌ％～約５０ｍｏｌ％の量のステロールを含む。
【0067】
全脂質対ＤＮＡベクターの比は、所望に応じて変えることができる。例えば、全脂質対ＤＮＡベクター（質量又は重量）比は、約１０：１～約３０：１であり得る。
【0068】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本明細書で提供される発現ベクター、ウイルスベクター又は非ウイルスベクターは、限定されないが、発現制御エレメントを含む。本明細書で使用される場合、「発現制御エレメント」は、遺伝子などのコード配列の発現を調節する任意の配列を指す。例示的な発現制御エレメントには、プロモーター、エンハンサー、マイクロＲＮＡ、転写後調節エレメント、ポリアデニル化シグナル配列、及びイントロンが含まれるが、これらに限定されない。発現制御エレメントは、例えば、構成的、誘導性、抑制性又は組織特異的であり得る。「プロモーター」は、転写の開始及び速度が制御されるポリヌクレオチド配列の領域である制御配列である。プロモーターは、ＲＮＡポリメラーゼ及び他の転写因子などの調節タンパク質及び分子が結合し得る遺伝要素を含み得る。いくつかの実施形態において、プロモーターによる発現制御は、組織特異的である。非限定的な例示的プロモーターとしては、ＣＭＶ、ＣＢＡ、ＣＡＧ、Ｃｂｈ、ＥＦ－１ａ、ＰＧＫ、ＵＢＣ、ＧＵＳＢ、ＵＣＯＥ、ｈＡＡＴ、ＴＢＧ、Ｄｅｓｍｉｎ、ＭＣＫ、Ｃ５－１２、ＮＳＥ、Ｓｙｎａｐｓｉｎ、ＰＤＧＦ、ＭｅｃＰ２、ＣａＭＫＩＩ、ｍＧｌｕＲ２、ＮＦＬ、ＮＦＨ、ｎβ２、ＰＰＥ、ＥＮＫ、ＥＡＡＴ２、ＧＦＡＰ、ＭＢＰ、及びＵ６プロモーターが挙げられる。「エンハンサー」は、転写の可能性又は頻度を増加させるためにタンパク質を活性化することによって結合され得るＤＮＡの領域である。非限定的な例示的なエンハンサー及び転写後調節エレメントには、ＣＭＶエンハンサー及びＷＰＲＥが含まれる。
核酸
核酸
【0069】
本明細書に記載の遺伝子導入及び発現技術に使用するための、本明細書に開示のトランススプライシング核酸をコードする核酸配列も本明細書で提供される。本明細書で提供される配列は、発現産物、並びに同じ生物学的特性を有するタンパク質を産生する実質的に同一の配列を提供するために使用できることが常に明示的に述べられているわけではないが、理解されるべきである。これらの「生物学的に等価な」又は「生物学的に活性な」又は「等価な」ポリペプチドは、本明細書に記載の等価なポリヌクレオチドによってコードされる。それらは、デフォルト条件下で実行される配列同一性方法を使用して比較した場合、参照核酸配列と少なくとも６０％、又は代替では少なくとも６５％、又は代替では少なくとも７０％、又は代替では少なくとも７５％、又は代替では少なくとも８０％、又は代替では少なくとも８５％、又は代替では少なくとも９０％、又は代替では少なくとも９５％、又は代替では少なくとも９８％同一の核酸配列を有し得る。特定の配列が、特定の実施形態の例として提供される。更に、等価なポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下で参照ポリヌクレオチド又はその相補体にハイブリダイズするものである。
【0070】
本明細書に開示される核酸配列（例えば、ポリヌクレオチド配列）は、コドン最適化され得て、これは当技術分野で周知の技術である。コドン最適化とは、異なる細胞が特定のコドンの使用頻度が異なるという事実を指す。このコドンバイアスは、細胞型における特定のｔＲＮＡの相対的存在量におけるバイアスに対応する。対応するｔＲＮＡの相対的存在量と一致するように配列中のコドンを変化させることによって、発現を増加させることが可能である。対応するｔＲＮＡが特定の細胞型において稀であることが知られているコドンを意図的に選択することによって発現を減少させることも可能である。コドン使用頻度表は、哺乳動物細胞及び様々な他の生物について当技術分野で公知である。遺伝暗号に基づいて、様々な置換ドメインをコードする核酸配列を生成することができる。いくつかの実施形態において、そのような配列は、開示された方法が（例えば哺乳動物細胞、例えばヒト細胞などにおいて）実施される置換ドメインを含有するトランススプライシングＲＮＡを発現するために使用される宿主細胞などの宿主細胞又は標的細胞における発現のために最適化される。特定の種のコドン優先度及びコドン使用頻度表を使用して、その特定の種のコドン使用頻度優先度を利用する置換ドメイン（例えば、対応する野生型タンパク質に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有するタンパク質をコードするもの）をコードする単離された核酸分子を操作することができる。例えば、本明細書に開示される置換ドメインは、目的の特定の生物によって優先的に使用されるコドンを有するように設計することができる。一例では、置換ドメイン核酸配列は、ヒト細胞における発現のために最適化され、例えば、その対応する野生型又は起源核酸配列と少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有するものである。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの置換ドメイン（ベクターの一部であり得る）をコードする単離されたトランススプライシング核酸分子は、真核細胞における発現のためにコドン最適化された少なくとも１つの置換ドメインコード配列、又はヒト細胞における発現のためにコドン最適化された少なくとも１つの置換ドメインコード配列を含む。一実施形態において、そのようなコドン最適化置換ドメインコード配列は、その対応する野生型又は起源配列と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有する。別の実施形態において、真核細胞のコドン最適化された核酸配列は、その対応する野生型又は起源タンパク質と少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％の配列同一性を有する置換ドメインをコードする。別の実施形態では、配列が異なるが同じ置換ドメインタンパク質配列をコードする核酸など、機能的に等価な核酸を含有する様々なクローンを日常的に生成することができる。コード配列におけるサイレント変異は、遺伝暗号の縮重（すなわち、冗長性）に起因し、それによって２つ以上のコドンが同じアミノ酸残基をコードすることができる。したがって、例えば、ロイシンは、ＣＴＴ、ＣＴＣ、ＣＴＡ、ＣＴＧ、ＴＴＡ又はＴＴＧによってコードされ得て、セリンは、ＴＣＴ、ＴＣＣ、ＴＣＡ、ＴＣＧ、ＡＧＴ又はＡＧＣによってコードされ得て、アスパラギンはＡＡＴ又はＡＡＣによってコードされ得て、アスパラギン酸は、ＧＡＴ又はＧＡＣによってコードされ得て、システインは、ＴＧＴ又はＴＧＣによってコードされ得て、アラニンは、ＧＣＴ、ＧＣＣ、ＧＣＡ又はＧＣＧによってコードされ得て、グルタミンは、ＣＡＡ又はＣＡＧによってコードされ得て、チロシンは、ＴＡＴ又はＴＡＣによってコードされ得て、イソロイシンは、ＡＴＴ、ＡＴＣ、又はＡＴＡによってコードされ得る。標準的な遺伝暗号を示す表は、様々な情報源に見出すことができる（例えば、Ｓｔｒｙｅｒ，１９８８，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，３．ｓｕｐ．ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．５ Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，ＮＹを参照）。
【0071】
「ハイブリダイゼーション」は、１つ以上のポリヌクレオチドが反応して、ヌクレオチド残基の塩基間の水素結合を介して安定化される複合体を形成する反応を指す。水素結合は、ワトソン－クリック塩基対合、フーグステイン結合、又は任意の他の配列特異的な様式で起こり得る。複合体は、二重鎖構造を形成する２本の鎖、多重鎖複合体を形成する３本以上の鎖、単一の自己ハイブリダイズ鎖、又はこれらの任意の組み合わせを含み得る。ハイブリダイゼーション反応は、ＰＣ反応の開始又はリボザイムによるポリヌクレオチドの酵素的切断などのより広範なプロセスにおける工程を構成し得る。
【0072】
ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例としては、約２５℃～約３７℃のインキュベーション温度；約６×ＳＳＣ～約１０×ＳＳＣのハイブリダイゼーション緩衝液濃度；約０％～約２５％のホルムアミド濃度；約４×ＳＳＣ～約８×ＳＳＣの洗浄溶液が挙げられる。中程度のハイブリダイゼーション条件の例としては、約４０℃～約５０℃のインキュベーション温度；約９×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの緩衝液濃度；約３０％～約５０％のホルムアミド濃度；約５×ＳＳＣ～約２×ＳＳＣの洗浄溶液が挙げられる。高ストリンジェンシー条件の例としては、約５５℃～約６８℃のインキュベーション温度；約１×ＳＳＣ～約０．１×ＳＳＣの緩衝液濃度が挙げられる。
【0073】
「相同性」又は「同一性」又は「類似性」は、２つのペプチド間又は２つの核酸分子間の配列類似性を指す。相同性は、比較の目的でアラインメントされ得る各配列中の位置を比較することによって決定することができる。比較される配列中の位置が同じ塩基又はアミノ酸によって占められる場合、分子はその位置で相同である。配列間の相同性の程度は、配列によって共有される一致する位置又は相同位置の数の関数である。「無関係な」又は「非相同な」配列は、本発明の配列の１つと４０％未満の同一性、又は２５％未満の同一性を共有する。
使用方法
使用方法
【0074】
本開示は、ＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0075】
本開示は、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0076】
本開示は、１５％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0077】
本開示は、２０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0078】
本開示は、３０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0079】
本開示は、４０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0080】
本開示は、５０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0081】
本開示は、６０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0082】
本開示は、７０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0083】
本開示は、８０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0084】
本開示は、９０％以上の効率でＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0085】
本開示は、ＲＮＡ分子の非翻訳領域の配列を改変する方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で組成物とＲＮＡ分子とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0086】
本開示は、ＷＰＲＥ又は同様の活性を有する配列の挿入によってＲＮＡの発現を増加させる方法であって、１つ以上のトランススプライシングＲＮＡ（又はその一部）のＲＮＡ分子への結合及びトランススプライシングに適した条件下で、組成物及びＲＮＡ分子を接触させる工程を含む方法を提供する。
【0087】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0088】
本開示は、標的ＲＮＡの組成物を２０％を超える効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0089】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を２０％又は約２０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0090】
本開示は、標的ＲＮＡの組成物を６０％又は約６０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0091】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を６０％又は約６０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0092】
本開示は、標的ＲＮＡの組成物を７０％又は約７０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0093】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を７０％又は約７０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0094】
本開示は、標的ＲＮＡの組成物を８０％又は約８０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0095】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を８０％又は約８０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0096】
本開示は、標的ＲＮＡの組成物を９０％又は約９０％の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0097】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を約９０％又はそれ以上の効率（１００％が標的ＲＮＡ内の選択された配列の完全な置換を構成する）で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。
【0098】
本開示は、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む、標的ＲＮＡの組成物を高効率で改変する方法を提供する。いくつかの実施形態において、細胞は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｓｉｔｕである。いくつかの実施形態において、組成物は、本開示のトランススプライシングＲＮＡ分子を含むか、又はそれをコードするベクターを含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、ＡＡＶである。
【0099】
本開示は、標的ＲＮＡによってコードされるタンパク質の組成物を高効率で改変する方法であって、組成物と標的ＲＮＡとの間のトランススプライシングに適した条件下で、組成物と標的ＲＮＡを含む細胞とを接触させる工程を含む方法を提供する。いくつかの実施形態において、細胞は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｓｉｔｕである。いくつかの実施形態において、組成物は、本開示のトランススプライシングＲＮＡ分子を含むか、又はそれをコードするベクターを含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、ＡＡＶである。
【0100】
本開示は、治療有効量の本開示の組成物を対象に投与する工程を含む、疾患又は障害を治療する方法を提供する。
【0101】
本開示は、疾患又は障害を治療する方法であって、治療有効量の本開示の組成物を対象に投与する工程を含み、組成物が、本開示のトランススプライシングＲＮＡ分子を含むか、又はそれをコードするベクターを含み、組成物が、本開示のＲＮＡ分子又はＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の発現レベルを改変する方法を提供する。
【0102】
本開示は、疾患又は障害を治療する方法であって、治療有効量の本開示の組成物を対象に投与する工程を含み、組成物が、本開示のトランススプライシングＲＮＡ分子を含むか、又はそれをコードするベクターを含み、組成物が、ＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質の活性を改変する方法を提供する。
【0103】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、遺伝性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、遺伝性の疾患又は障害は、単一遺伝子の疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子の疾患又は障害は、常染色体優性疾患又は障害、常染色体劣性疾患又は障害、Ｘ染色体連鎖（Ｘ連鎖）疾患又は障害、Ｘ連鎖優性疾患又は障害、Ｘ連鎖劣性疾患又は障害、Ｙ連鎖疾患又は障害、又はミトコンドリア疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子疾患又は障害は、限定されないが、分類不能型免疫不全症（ｃｏｍｍｏｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｉｍｍｕｎｅ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ）、アデノシンデアミナーゼ欠損症、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、ベータサラセミア、アルファサラセミア、骨髄異形成症候群、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソニズムを伴う前頭側頭型認知症、アッシャー症候群、クラッベ病、ニーマン・ピック病、プリオン病、ドラベ症候群、早期発症パーキンソン病、脊髄小脳失調症、遺伝性てんかん障害、毛細血管拡張性運動失調症、ＧＭ１ガングリオシド症、ゴーシェ病、ＧＭ２ガングリオシド症、アンジェルマン症候群、グルコース輸送体欠損症１型、ダノン病、ファブリー病、常染色体優性多発性嚢胞腎、ポンペ病、家族性高コレステロール血症、開放隅角緑内障、ハーラー症候群又はムコ多糖症１、ハンター症候群又はムコ多糖症２、バッテン病、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型、肢帯型筋ジストロフィー２Ｂ型、肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型、肢帯型筋ジストロフィー２Ｅ型、肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型、肢帯型筋ジストロフィー２Ｆ型、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー、血友病Ｂ、血友病Ａ、網膜色素変性症、嚢胞性線維症、常染色体優性聴覚障害、及び非症候性難聴である。いくつかの実施形態において、遺伝性の疾患又は障害は、複数遺伝子の疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、遺伝性の疾患又は障害は、複数遺伝子の疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子の疾患又は障害は、ハンチントン病、神経線維腫症１型、神経線維腫症２型、マルファン症候群、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌、遺伝性多発性エキソトーシス、フォンウィルブランド病、及び急性間欠性ポルフィリン症を含むがこれらに限定されない常染色体優性疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子の疾患又は障害は、アルビニズム、中鎖アシル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ欠損症、嚢胞性線維症、鎌状赤血球症、テイ・サックス病、ニーマン・ピック病、脊髄性筋萎縮症、及びローベルト症候群を含むがこれらに限定されない常染色体劣性疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子の疾患又は障害は、限定されないが、筋ジストロフィー、デュシェンヌ筋ジストロフィー、血友病、副腎白質ジストロフィー（ＡＬＤ）、レット症候群及び血友病Ａを含むＸ連鎖疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、単一遺伝子の疾患又は障害は、限定されないが、レーバー遺伝性視神経症を含むミトコンドリア障害である。
【0104】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、免疫の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、免疫疾患又は障害は、限定されないが、Ｂ細胞欠乏症、Ｔ細胞欠乏症、好中球減少症、無脾症、補体欠乏症、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）及び医学的介入による免疫不全（医学的療法の意図された又は有害作用としての免疫抑制）を含む免疫不全疾患又は障害である。いくつかの実施形態において、免疫疾患又は免疫障害は、自己免疫疾患又は自己免疫障害であり、限定されないが、アカラシア、アジソン病、成人スチル病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、アミロイドーシス、抗ＧＢＭ／抗ＴＢＭ腎炎、抗リン脂質症候群、自己免疫性血管浮腫、自己免疫性自律神経障害、自己免疫性脳脊髄炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、自己免疫性心筋炎、自己免疫性卵巣炎、自己免疫性精巣炎、自己免疫性膵炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性蕁麻疹、軸索及び神経ニューロパチー（ＡＭＡＮ）、バロー病、ベーチェット病、良性粘膜類天疱瘡、水疱性類天疱瘡、キャッスルマン病（ＣＤ）、セリアック病、シャーガス病、慢性炎症性脱髄性多発神経障害（ＣＩＤＰ）、慢性再発性多巣性骨髄炎（ＣＲＭＯ）、チャーグ・ストラウス症候群（ＣＳＳ）又は好酸球性肉芽腫症（ＥＧＰＡ）、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、寒冷凝集素症、先天性心ブロック、コクサッキー心筋炎、ＣＲＥＳＴ症候群、クローン病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、デビック病（視神経脊髄炎）、円板状狼瘡、ドレスラー症候群、子宮内膜症、好酸球性食道炎（ＥｏＥ）、好酸球性筋膜炎、結節性紅斑、本態性混合クリオグロブリン血症、エバンス症候群、線維筋痛症、線維化肺胞炎、巨細胞性動脈炎（側頭動脈炎）、巨細胞性心筋炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、多発血管炎性肉芽腫症、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病（ＨＳＰ）、妊娠性ヘルペス又は妊娠性類天疱瘡（ＰＧ）、化膿性汗腺炎（ＨＳ）（反対型ざ瘡）、低ガンマグロブリン血症、ＩｇＡ腎症、ＩｇＧ４関連硬化性疾患、免疫性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、封入体筋炎（ＩＢＭ）、間質性膀胱炎（ＩＣ）、若年性関節炎、若年性糖尿病（１型糖尿病）、若年性筋炎（ＪＭ）、川崎病、ランベルト・イートン症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、ざ瘡性結膜炎、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、狼瘡、慢性ライム病、メニエル病、顕微鏡的多発血管炎（ＭＰＡ）、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ）、モーレン潰瘍、ムッカ・ハーベルマン病、多巣性運動ニューロパチー（ＭＭＮ）又はＭＭＮＣＢ、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、ナルコレプシー、新生児狼瘡、視神経脊髄炎、好中球減少症、眼部瘢痕性類天疱瘡、視神経炎、回帰性リウマチ（ＰＲ）、ＰＡＮＤＡＳ、傍腫瘍性小脳変性症（ＰＣＤ）、発作性夜間血色素尿症（ＰＮＨ）、パリー・ロンベルク症候群、扁平部炎（末梢ブドウ膜炎）、パルソネージ・ターナー症候群、天疱瘡、末梢神経障害、静脈周囲脳脊髄炎、悪性貧血（ＰＡ）、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発動脈炎、Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型多腺性症候群リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、プロゲステロン皮膚炎、乾癬、乾癬性関節炎、赤芽球癆（ＰＲＣＡ）、壊疽性膿皮症、レイノー現象、反応性関節炎、反射性交感神経性ジストロフィー、再発性多発性軟骨炎、下肢静止不能症候群（ＲＬＳ）、後腹膜線維症、リウマチ熱、関節リウマチ、サルコイドーシス、シュミット症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、精子及び精巣の自己免疫、全身硬直症候群（ＳＰＳ）、亜急性細菌性心内膜炎（ＳＢＥ）、スザック症候群、交感神経性眼炎（ＳＯ）、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、トロサ・ハント症候群（ＴＨＳ）、横断性脊髄炎、１型糖尿病、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、未分化結合組織病（ＵＣＴＤ）、ブドウ膜炎、血管炎、白斑、フォークト・小柳・原田病、又はウェゲナー肉芽腫症を含む。
【0105】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、炎症性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0106】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、代謝性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0107】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、変性又は進行性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、変性又は進行性の疾患又は障害には、限定されないが、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、ハンチントン病、アルツハイマー病、及び老化が含まれる。
【0108】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、感染性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0109】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、小児又は発達の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0110】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、心血管の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0111】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、増殖性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、増殖性疾患又は増殖性障害は癌である。いくつかの実施形態において、癌には、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、ＡＩＤＳ関連リンパ腫（リンパ腫）、原発性ＣＮＳリンパ腫（リンパ腫）、肛門癌、虫垂癌、消化管カルチノイド腫瘍、星状細胞腫、非定型奇形腫様／ラブドイド腫瘍、中枢神経系（脳腫瘍）、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、ユーイング肉腫、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、脳腫瘍、乳癌、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、癌腫、心（心臓）腫瘍、胚性腫瘍、胚細胞性腫瘍、原発性ＣＮＳリンパ腫、子宮頸癌、胆管細胞癌、脊索腫、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄増殖性腫瘍、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、非浸潤性乳管癌、胚性腫瘍、子宮内膜癌（子宮癌）、上衣腫、食道癌、感覚神経芽腫（Ｅｓｔｈｅｓｉｏｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）（頭頸部癌）、ユーイング肉腫（骨癌）、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、眼癌、小児眼内黒色腫、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、卵管癌、骨の線維性組織球腫、悪性及び骨肉腫、胆嚢癌、胃（Ｇａｓｔｒｉｃ）（胃（Ｓｔｏｍａｃｈ））癌、胃腸カルチノイド腫瘍、胃腸間質腫瘍（ＧＩＳＴ）（軟部組織肉腫）、小児胃腸間質腫瘍、胚細胞腫瘍、小児頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、卵巣胚細胞腫瘍、精巣癌、妊娠性絨毛性疾患、毛様細胞白血病、頭頸部癌、心臓腫瘍、肝細胞（肝臓）癌、組織球増殖症、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌（頭頸部癌）、眼内黒色腫、膵島細胞腫瘍、膵神経内分泌腫瘍、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、腎臓（腎細胞）癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌（頭頸部癌）、白血病、口唇癌及び口腔癌（頭頸部癌）、肝臓癌、肺癌（非小細胞及び小細胞）、小児肺癌、リンパ腫、男性乳癌、骨及び骨肉腫の悪性線維性組織球腫、黒色腫、メルケル細胞癌（皮膚癌）、中皮腫、原発不明転移性扁平上皮性頸部癌（頭頸部癌）、ＮＵＴ遺伝子変化を伴う正中線癌（Ｍｉｄｌｉｎｅ Ｔｒａｃｔ Ｃａｒｃｉｎｏｍａ Ｗｉｔｈ ＮＵＴ Ｇｅｎｅ Ｃｈａｎｇｅｓ）、口腔癌（Ｍｏｕｔｈ Ｃａｎｃｅｒ）（頭頸部癌）、多発性内分泌腫瘍症候群、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫（リンパ腫）、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性腫瘍、鼻腔癌及び副鼻腔癌（頭頸部癌）、鼻咽頭癌（頭頸部癌）、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、口腔癌（Ｏｒａｌ Ｃａｎｃｅｒ）、口唇癌及び口腔癌並びに口腔咽頭癌、骨肉腫及び骨の悪性線維性組織球腫、卵巣癌、膵癌、膵神経内分泌腫瘍（膵島細胞腫瘍）、乳頭腫症、傍神経節腫、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌（頭頸部癌）、褐色細胞腫、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、妊娠及び乳癌、原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性腹膜癌、前立腺癌、直腸癌、再発性癌、腎細胞（腎臓）癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、小児（軟部組織肉腫）、唾液腺癌（頭頸部癌）、肉腫、小児横紋筋肉腫（軟部組織肉腫）、小児血管腫瘍（軟部組織肉腫）、ユーイング肉腫（骨癌）、カポジ肉腫（軟部組織肉腫）、骨肉腫（骨癌）、子宮肉腫、セザリー症候群、リンパ腫、皮膚癌、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、皮膚扁平上皮癌、扁平上皮性頸部癌、胃（Ｓｔｏｍａｃｈ）（胃（Ｇａｓｔｒｉｃ））癌、Ｔ細胞リンパ腫、精巣癌、咽頭癌（Ｔｈｒｏａｔ Ｃａｎｃｅｒ）（頭頸部癌）、鼻咽頭癌、口腔咽頭癌、下咽頭癌、胸腺腫及び胸腺癌、甲状腺癌、腎盂及び尿管の移行細胞癌、腎細胞癌、尿道癌、子宮肉腫、膣癌、血管腫瘍（軟部組織肉腫）、外陰癌、ウィルムス腫瘍及び他の小児腎腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。
【0112】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の疾患又は障害には、増殖性の疾患又は障害が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、増殖性疾患又は増殖性障害は癌である。いくつかの実施形態において、癌は、ＤＮＡの欠失又は転座のために２つの遺伝子に由来する配列を有するキメラＲＮＡを産生する遺伝子融合の存在を含む。遺伝子融合対には、ＭＡＮ２Ａ１とＦＥＲ、ＤＮＡＪＢ１とＰＲＫＡＣＡ、ＢＣＲ－ＡＢＬ１、ＴＭＰＲＳＳ２とＥＲＧ、ＥＷＳＲ１とＦＬＩ１、ＰＭＬとＲＡＲＡ、ＥＭＬ４とＡＬＫ、ＫＩＡＡ１５４９とＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６とＲＥＴ、ＳＳ１８とＳＳＸ１、ＲＵＮＸ１とＲＵＮＸ１Ｔ１、ＰＡＸ３とＦＯＸＯ１、ＮＣＯＡ４とＲＥＴ、ＥＴＶ６とＲＵＮＸ１、ＦＵＳとＤＤＩＴ３、ＳＳ１８とＳＳＸ２、ＮＰＭ１とＡＬＫ、ＫＭＴ２ＡとＡＦＦ１、ＴＣＦ３とＰＢＸ１、ＳＴＩＬとＴＡＬ１、ＣＯＬ１Ａ１とＰＤＧＦＢ、ＣＲＴＣ１とＭＡＭＬ２、ＮＡＢ２とＳＴＡＴ６、ＥＷＳＲ１とＡＴＦ１、ＥＴＶ６とＮＴＲＫ３、ＥＷＳＲ１とＥＲＧ、ＥＷＳＲ１とＷＴ１、ＤＮＡＪＢ１とＰＲＫＡＣＡ、ＰＡＸ７とＦＯＸＯ１、ＦＵＳとＣＲＥＢ３Ｌ２、ＣＢＦＡ２Ｔ３とＧＬＩＳ２、ＰＡＸ８とＰＰＡＲＧ、ＫＭＴ２ＡとＭＬＬＴ１、ＥＷＳＲ１とＮＲ４Ａ３、ＫＭＴ２ＡとＭＬＬＴ３、ＡＳＰＳＣＲ１とＴＦＥ３、ＨＭＧＡ２とＬＰＰ、ＪＡＺＦ１とＳＵＺ１２、ＫＩＦ５ＢとＲＥＴ、ＦＵＳとＥＲＧ、ＳＬＣ４５Ａ３とＥＲＧ、ＮＵＰ２１４とＡＢＬ１、ＳＥＴとＮＵＰ２１４、ＣＤ７４とＲＯＳ１、ＥＴＶ６とＡＢＬ１、ＴＰＭ３とＮＴＲＫ１、ＰＲＫＡＲ１ＡとＲＥＴ、ＥＷＳＲ１とＣＲＥＢ１、ＫＭＴ２ＡとＡＦＤＮ、ＥＷＳＲ１とＤＤＩＴ３、ＣＬＴＣとＡＬＫ、ＥＴＶ６とＰＤＧＦＲＢ、ＴＰＭ３とＡＬＫ、ＫＭＴ２ＡとＭＬＬＴ１０、ＴＭＰＲＳＳ２とＥＴＶ１、ＢＲＤ４とＮＵＴＭ１、ＮＵＰ９８とＫＤＭ５Ａ、ＲＡＮＢＰ２とＡＬＫ、ＣＴＮＮＢ１とＰＬＡＧ１、ＫＭＴ２ＡとＥＬＬ、ＴＡＦ１５とＮＲ４Ａ３、ＦＧＦＲ３とＴＡＣＣ３、ＰＣＭ１とＪＡＫ２、ＹＷＨＡＥとＮＵＴＭ２Ｂ、ＳＴＲＮとＡＬＫ、ＣＲＴＣ３とＭＡＭＬ２、ＣＤＨ１１とＵＳＰ６、ＣＤＫＮ２ＤとＷＤＦＹ２、ＣＩＣとＤＵＸ４、ＳＬＣ３４Ａ２とＲＯＳ１、ＡＴＩＣとＡＬＫ、ＣＤ７４とＮＲＧ１、ＭＹＢとＮＦＩＢ、ＰＲＣＣとＴＦＥ３、ＫＩＦ５ＢとＡＬＫ、ＴＭＰＲＳＳ２とＥＴＶ４、ＫＭＴ２ＡとＳＥＰＴ９、ＥＷＳＲ１とＰＯＵ５Ｆ１、ＦＧＦＲ１とＰＬＡＧ１、ＭＮ１とＥＴＶ６、ＴＢＬ１ＸＲ１とＴＰ６３、ＫＭＴ２ＡとＥＰＳ１５、ＳＬＣ４５Ａ３とＥＬＫ４、ＤＨＨとＲＨＥＢＬ１、ＨＥＹ１とＮＣＯＡ２、ＥＺＲとＲＯＳ１、ＧＯＰＣとＲＯＳ１、ＨＭＧＡ２とＷＩＦ１、ＫＭＴ２ＡとＣＲＥＢＢＰ、ＳＳ１８とＳＳＸ４Ｂ、ＦＡＭ１３１ＢとＢＲＡＦ、ＥＷＳＲ１とＦＥＶ、ＥＷＳＲ１とＰＢＸ１、ＴＰＭ４とＡＬＫ、ＳＮＤ１とＢＲＡＦ、ＡＣＴＢとＧＬＩ１、ＫＭＴ２ＡとＫＮＬ１、ＫＭＴ２ＡとＳＥＰＴ６、ＳＤＣ４とＲＯＳ１、ＴＦＧとＡＬＫ、ＨＮＲＮＰＡ２Ｂ１とＥＴＶ１、ＰＴＰＲＫとＲＳＰＯ３、ＪＡＺＦ１とＰＨＦ１、ＨＭＧＡ２とＲＡＤ５１Ｂ、ＫＭＴ２ＡとＭＬＬＴ１１、ＴＰＲとＮＴＲＫ１、ＡＫＡＰ９とＢＲＡＦ、ＦＵＳとＣＲＥＢ３Ｌ１、ＥＴＶ６とＪＡＫ２、ＨＭＧＡ２とＮＦＩＢ、ＫＭＴ２ＡとＡＦＦ３、ＣＨＣＨＤ７とＰＬＡＧ１、ＶＴＩ１ＡとＴＣＦ７Ｌ２、ＬＩＦＲとＰＬＡＧ１、ＥＷＳＲ１とＥＴＶ１、ＳＲＧＡＰ３とＲＡＦ１、ＫＭＴ２ＡとＡＦＦ４、ＭＥＡＦ６とＰＨＦ１、ＰＡＸ３とＮＣＯＡ１、ＨＡＳ２とＰＬＡＧ１、ＥＷＳＲ１とＮＦＡＴＣ２、ＨＩＰ１とＡＬＫ、ＧＯＬＧＡ５とＲＥＴ、ＢＣＲとＪＡＫ２、ＥＷＳＲ１とＥＴＶ４、ＤＣＴＮ１とＡＬＫ、ＭＢＴＤ１とＣＸｏｒｆ６７、ＮＤＲＧ１とＥＲＧ、ＣＡＲＳとＡＬＫ、ＳＦＰＱとＴＦＥ３、ＫＭＴ２ＡとＡＲＨＧＡＰ２６、ＫＭＴ２ＡとＥＰ３００、ＫＭＴ２ＡとＴＥＴ１、ＰＡＸ５とＪＡＫ２、ＰＰＦＩＢＰ１とＡＬＫ、ＹＷＨＡＥとＮＵＴＭ２Ａ、ＬＲＩＧ３とＲＯＳ１、ＴＦＧとＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３とＲＯＳ１、ＳＬＣ４５Ａ３とＥＴＶ１、ＥＲＣ１とＲＥＴ、ＳＥＣ１６ＡとＮＯＴＣＨ１、ＫＴＮ１とＲＥＴ、ＳＥＣ３１ＡとＪＡＫ２、ＴＣＥＡ１とＰＬＡＧ１、ＱＫＩとＮＴＲＫ２、ＲＮＦ１３０とＢＲＡＦ、ＥＩＦ３ＥとＲＳＰＯ２、ＥＷＳＲ１とＺＮＦ４４４、ＬＭＮＡとＮＴＲＫ１、ＰＰＦＩＢＰ１とＲＯＳ１、ＰＷＷＰ２ＡとＲＯＳ１、ＥＷＳＲ１とＹＹ１、ＦＵＳとＡＴＦ１、ＰＡＸ３とＮＣＯＡ２、ＺＣ３Ｈ７ＢとＢＣＯＲ、ＢＲＤ３とＮＵＴＭ１、ＣＡＮＴ１とＥＴＶ４、ＣＩＣとＦＯＸＯ４、ＣＯＬ１Ａ１とＵＳＰ６、ＥＷＳＲ１とＺＮＦ３８４、ＫＭＴ２ＡとＡＢＩ１、ＫＭＴ２ＡとＡＣＴＮ４、ＫＭＴ２ＡとＣＥＰ１７０Ｂ、ＫＭＴ２ＡとＦＯＸＯ３、ＫＭＴ２ＡとＧＡＳ７、ＫＭＴ２ＡとＭＬＬＴ６、ＫＭＴ２ＡとＳＥＰＴ２、ＫＭＴ２ＡとＳＥＰＴ５、ＭＳＮとＡＬＫ、ＶＣＬとＡＬＫ、ＥＺＲとＥＲＢＢ４、ＲＥＬＣＨとＲＥＴ、ＳＬＣ３Ａ２とＮＲＧ１、ＴＲＩＭ２４とＢＲＡＦ、ＫＬＣ１とＡＬＫ、ＡＲＩＤ１ＡとＭＡＳＴ２、ＧＰＢＰ１Ｌ１とＭＡＳＴ２、ＮＦＩＸとＭＡＳＴ１、ＮＯＴＣＨ１とＧＡＢＢＲ２、ＴＡＤＡ２ＡとＭＡＳＴ１、ＺＮＦ７００とＭＡＳＴ１、ＴＲＩＭ２４とＲＥＴ、ＴＲＩＭ３３とＲＥＴ、ＳＳＢＰ２とＪＡＫ２、ＫＭＴ２ＡとＥＥＦＳＥＣ、ＣＬＣＮ６とＢＲＡＦ、ＧＮＡＩ１とＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１とＢＲＡＦ、ＮＡＣＣ２とＮＴＲＫ２、ＦＧＦＲ１とＴＡＣＣ１、ＴＲＩＭ２７とＲＥＴ、ＨＭＧＡ２とＦＨＩＴ、ＨＯＯＫ３とＲＥＴ、ＰＣＭ１とＲＥＴ、ＣＥＰ８９とＢＲＡＦ、ＣＬＩＰ１とＲＯＳ１、ＥＲＣ１とＲＯＳ１、ＨＬＡとＡとＲＯＳ１、ＬＳＭ１４ＡとＢＲＡＦ、ＭＹＯ５ＡとＲＯＳ１、ＳＨＴＮ１とＲＯＳ１、ＴＰ５３とＮＴＲＫ１、ＴＰＭ３とＲＯＳ１、ＺＣＣＨＣ８とＲＯＳ１、ＦＧＦＲ３とＢＡＩＡＰ２Ｌ１、ＫＬＫ２とＥＴＶ１、ＡＣＳＬ３とＥＴＶ１、ＮＵＰ１０７とＬＧＲ５、ＨＭＧＡ２とＣＣＮＢ１ＩＰ１、ＨＭＧＡ２とＣＯＸ６Ｃ、ＧＡＴＭとＢＲＡＦ、ＨＡＣＬ１とＲＡＦ１、ＨＥＲＰＵＤ１とＢＲＡＦ、ＺＳＣＡＮ３０とＢＲＡＦ、ＳＬＣ４５Ａ３とＢＲＡＦ、ＨＭＧＡ２とＬＨＦＰＬ６、ＣＯＬ１Ａ２とＰＬＡＧ１、ＥＳＲＰ１とＲＡＦ１、ＩＲＦ２ＢＰ２とＣＤＸ１、ＴＦＧとＮＲ４Ａ３、ＣＬＴＣとＴＦＥ３、ＥＷＳＲ１とＭＹＢ、ＮＯＮＯとＴＦＥ３、ＦＣＨＳＤ１とＢＲＡＦ、ＨＭＧＡ２とＥＢＦ１、ＡＣＢＤ６とＲＲＰ１５、ＡＧＰＡＴ５とＭＣＰＨ１、ＡＧＴＲＡＰとＢＲＡＦ、ＡＲＦＩＰ１とＦＨＤＣ１、ＡＴＧ４ＣとＦＢＸＯ３８、ＢＢＳ９とＰＫＤ１Ｌ１、ＣＥＮＰＫとＫＭＴ２Ａ、ＣＮＢＰとＵＳＰ６、ＤＤＸ５とＥＴＶ４、ＥＩＦ３ＫとＣＹＰ３９Ａ１、ＥＰＣ１とＰＨＦ１、ＥＲＯ１ＡとＦＥＲＭＴ２、ＥＴＶ６とＩＴＰＲ２、ＥＷＳＲ１とＮＦＡＴＣ１、ＥＷＳＲ１とＰＡＴＺ１、ＥＷＳＲ１とＳＭＡＲＣＡ５、ＥＷＳＲ１とＳＰ３、ＦＢＸＬ１８とＲＮＦ２１６、ＦＧＦＲ１とＺＮＦ７０３、ＦＮ１とＡＬＫ、ＦＵＳとＦＥＶ、ＧＭＤＳとＰＤＥ８Ｂ、ＨＭＧＡ２とＡＬＤＨ２、ＩＬ６ＲとＡＴＰ８Ｂ２、ＩＮＴＳ４とＧＡＢ２、ＪＰＴ１とＵＳＨ１Ｇ、ＫＬＫ２とＥＴＶ４、ＫＭＴ２ＡとＡＢＩ２、ＫＭＴ２ＡとＡＲＨＧＥＦ１２、ＫＭＴ２ＡとＢＴＢＤ１８、ＫＭＴ２ＡとＣＡＳＰ８ＡＰ２、ＫＭＴ２ＡとＣＢＬ、ＫＭＴ２ＡとＣＩＰ２Ａ、ＫＭＴ２ＡとＣＴ４５Ａ２、ＫＭＴ２ＡとＤＡＢ２ＩＰ、ＫＭＴ２ＡとＦＯＸＯ４、ＫＭＴ２ＡとＦＲＹＬ、ＫＭＴ２ＡとＧＭＰＳ、ＫＭＴ２ＡとＧＰＨＮ、ＫＭＴ２ＡとＬＡＳＰ１、ＫＭＴ２ＡとＬＰＰ、ＫＭＴ２ＡとＭＡＰＲＥ１、ＫＭＴ２ＡとＭＹＯ１Ｆ、ＫＭＴ２ＡとＮＣＫＩＰＳＤ、ＫＭＴ２ＡとＮＲＩＰ３、ＫＭＴ２ＡとＰＤＳ５Ａ、ＫＭＴ２ＡとＰＩＣＡＬＭ、ＫＭＴ２ＡとＰＲＲＣ１、ＫＭＴ２ＡとＳＡＲＮＰ、ＫＭＴ２ＡとＳＨ３ＧＬ１、ＫＭＴ２ＡとＳＯＲＢＳ２、ＫＭＴ２ＡとＴＯＰ３Ａ、ＫＭＴ２ＡとＺＦＹＶＥ１９、ＭＢＯＡＴ２とＰＲＫＣＥ、ＭＩＡ２とＧＥＭＩＮ２、ＮＦ１とＡＳＩＣ２、ＮＦＩＡとＥＨＦ、ＮＴＮ１とＡＣＬＹ、ＯＭＤとＵＳＰ６、ＰＬＡ２Ｒ１とＲＢＭＳ１、ＰＬＸＮＤ１とＴＭＣＣ１、ＲＡＦ１とＤＡＺＬ、ＲＢＭ１４とＰＡＣＳ１、ＲＧＳ２２とＳＹＣＰ１、ＳＥＣ３１ＡとＡＬＫ、ＳＥＰＴ８とＡＦＦ４、ＳＬＣ２２Ａ１とＣＵＴＡ、ＳＬＣ２６Ａ６とＰＲＫＡＲ２Ａ、ＳＬＣ４５Ａ３とＥＴＶ５、ＳＱＳＴＭ１とＡＬＫ、ＳＳ１８Ｌ１とＳＳＸ１、ＳＳＨ２とＳＵＺ１２、ＳＵＳＤ１とＰＴＢＰ３、ＴＣＦ１２とＮＲ４Ａ３、ＴＥＣＴＡとＴＢＣＥＬ、ＴＨＲＡＰ３とＵＳＰ６、ＴＭＰＲＳＳ２とＥＴＶ５、ＴＰＲとＡＬＫ、ＵＢＥ２Ｌ３とＫＲＡＳ、ＷＤＣＰとＡＬＫ、ＳＳ１８とＵＳＰ６が含まれるが、これらに限定されない。
【0113】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は、疾患又は障害と診断されている。いくつかの実施形態において、本開示の対象は、疾患又は障害の少なくとも１つの徴候又は症状を呈する。いくつかの実施形態において、対象は、疾患又は障害を発症するリスクを予測するバイオマーカーを有する。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは遺伝子変異である。
【0114】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は女性である。本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は男性である。いくつかの実施形態において、本開示の対象は、２本のＸＸ又はＸＹ染色体を有する。いくつかの実施形態において、本開示の対象は、２本のＸＸ又はＸＹ染色体と、Ｘ又はＹのいずれかである第３の染色体とを有する。
【0115】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は、新生児、乳児、小児、成人、高齢者（ｓｅｎｉｏｒ ａｄｕｌｔ）、又は老人（ｅｌｄｅｒｌｙ ａｄｕｌｔ）である。本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０又は３１日齢である。本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２月齢である。本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００歳、又はその間の任意の年齢若しくは部分年齢である。
【0116】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象は哺乳動物である。いくつかの実施形態において、本開示の対象は非ヒト哺乳動物である。
【0117】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の対象はヒトである。
【0118】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、治療有効量は、本開示の組成物の単回用量を含む。いくつかの実施形態において、治療有効量は、本開示の組成物の少なくとも１回の用量を含む治療有効量を含む。いくつかの実施形態において、治療有効量は、本開示の組成物の１回以上の用量を含む治療有効量を含む。
【0119】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害の徴候又は症状を排除する。いくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害の徴候又は症状の重症度を低下させる。
【0120】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害を排除する。
【0121】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害の発症を予防する。いくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害の発症を遅延させる。いくつかの実施形態において、治療有効量は、疾患又は障害の徴候又は症状の重症度を低下させる。いくつかの実施形態において、治療有効量は、対象の予後を改善する。
【0122】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の組成物は、対象に全身投与される。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、静脈内経路によって対象に投与される。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、注射又は注入によって対象に投与される。
【0123】
本開示の方法のいくつかの実施形態において、本開示の組成物は、対象に局所投与される。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、骨内、眼内、脳脊髄内又は脊髄内経路によって対象に投与される。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、中枢神経系の脳脊髄液に直接投与される。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、眼の組織又は体液に直接投与され、眼構造の外側にバイオアベイラビリティを有さない。いくつかの実施形態において、本開示の組成物は、注射又は注入によって対象に投与される。
【0124】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるトランススプライシングＲＮＡを含む組成物は、医薬組成物として製剤化される。簡潔には、本明細書に開示される使用のための医薬組成物は、１つ以上の薬学的又は生理学的に許容され得る担体、希釈剤又は賦形剤と組み合わせて、免疫直交であってもよいＡＡＶに含まれてもよい（１又は複数の）融合タンパク質又は（１又は複数の）融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含み得る。そのような組成物は、中性緩衝食塩水、リン酸緩衝食塩水等の緩衝液；グルコース、マンノース、スクロース又はデキストラン、マンニトール等の炭水化物；タンパク質；グリシン等のポリペプチド又はアミノ酸；酸化防止剤；ＥＤＴＡ又はグルタチオン等のキレート剤；アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）；防腐剤を含み得る。本開示の組成物は、経口、静脈内、局所、経腸、眼内、及び／又は非経口投与のために製剤化され得る。特定の実施形態において、本開示の組成物は、静脈内投与のために製剤化される。
例示的な実施形態
例示的な実施形態
【0125】
実施形態１：トランススプライシング核酸を含む組成物であって、（ａ）治療配列をコードする１つ以上の置換ドメインであって、（ｂ）（１又は複数の）イントロントランススプライシング増強配列を含む、前記置換ドメインのＲＮＡスプライシングを促進する１つ以上のイントロンドメインと、（ｃ）標的ＲＮＡ分子への結合を促進する１つ以上のアンチセンスドメインとに作動可能に連結された１つ以上の置換ドメインを含む、トランススプライシング核酸を含む組成物。
【0126】
実施形態２：前記イントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）が、ＴＴＡＣＧＧ、ＴＡＡＣＧＧ、ＧＧＧＴＴＴ、ＧＴＴＴＴＧ、ＧＧＴＴＴＴ、ＧＧＴＴＴＧ、ＧＧＴＴＧＧ、ＧＴＴＡＧＧ、ＴＧＧＴＴＧ、ＧＧＧＴＡＧ、ＧＧＴＡＧＧ、ＧＧＴＡＧＴ、ＧＴＡＧＴＴ、ＧＴＴＧＧＴ、ＧＴＧＧＴＴ、ＧＧＴＧＧＴ、ＴＧＧＴＧＧ、ＴＴＧＧＴＧ、ＧＴＡＡＧＧ、ＴＡＡＧＧＧ、ＴＴＡＧＧＧ、ＴＡＧＧＧＧ、ＴＴＧＧＧＧ、ＧＴＴＧＧＧ、ＧＴＡＧＧＧ、ＴＡＴＴＧＧ、ＴＧＴＴＧＧ、ＴＡＴＧＧＧ、ＴＴＴＧＧＧ、ＴＧＴＧＧＧ、ＴＴＧＴＧＧ、ＧＡＧＴＧＴ、ＧＡＧＧＴＡ、ＧＧＡＧＧＴ、ＴＧＧＧＡＧ、ＧＧＧＧＴＧ、ＧＧＧＧＧＡ、ＧＧＧＧＧＴ、ＧＧＧＧＴＡ、ＧＧＧＡＧＧ、ＧＧＧＴＧＧ、ＧＧＡＧＧＧ、ＧＧＴＧＧＧ、ＧＡＧＧＧＧ、ＧＴＧＧＧＧ、ＧＡＧＴＧＧ、ＧＴＡＴＧＧ、ＧＧＴＡＴＴ、ＧＴＡＴＴＴ、ＧＴＡＴＴＧ、ＡＧＴＴＴＡ、ＡＧＧＴＴＡ、ＧＴＡＡＣＧ、ＡＧＧＴＡＡ、ＧＧＴＡＡＧ、ＴＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＴＴ、ＡＧＧＴＴＧ、ＡＧＧＴＡＧ、ＡＴＴＴＧＧ、ＡＧＴＴＧＧ、ＴＣＴＧＧＧ、ＡＧＡＧＴＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＴＧＴＧ、ＡＧＡＧＧＴ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＧＧＴＧ、ＡＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＧＴ、ＡＧＴＧＧＧ、ＡＧＴＡＴＧ、ＡＧＧＴＡＴ、ＧＴＡＴＴＣ、ＧＧＴＡＡＣからなる配列の群に由来するか、又はそれから単離される、実施形態１に記載の組成物。いくつかの実施形態において、上記の例示的なトランススプライシングエンハンサー配列では、チミジン塩基のいずれも、チミジン塩基の一部又はチミジン塩基の全部がウラシルで置換され得て、その結果、例示的なトランススプライシングエンハンサー配列には、限定されないが、ＵＵＡＣＧＧ、ＵＡＡＣＧＧ、ＧＧＧＵＵＵ、ＧＵＵＵＵＧ、ＧＧＵＵＵＵ、ＧＧＵＵＵＧ、ＧＧＵＵＧＧ、ＧＵＵＡＧＧ、ＵＧＧＵＵＧ、ＧＧＧＵＡＧ、ＧＧＵＡＧＧ、ＧＧＵＡＧＵ、ＧＵＡＧＵＵ、ＧＵＵＧＧＵ、ＧＵＧＧＵＵ、ＧＧＵＧＧＵ、ＵＧＧＵＧＧ、ＵＵＧＧＵＧ、ＧＵＡＡＧＧ、ＵＡＡＧＧＧ、ＵＵＡＧＧＧ、ＵＡＧＧＧＧ、ＵＵＧＧＧＧ、ＧＵＵＧＧＧ、ＧＵＡＧＧＧ、ＵＡＵＵＧＧ、ＵＧＵＵＧＧ、ＵＡＵＧＧＧ、ＵＵＵＧＧＧ、ＵＧＵＧＧＧ、ＵＵＧＵＧＧ、ＧＡＧＵＧＵ、ＧＡＧＧＵＡ、ＧＧＡＧＧＵ、ＵＧＧＧＡＧ、ＧＧＧＧＵＧ、ＧＧＧＧＧＡ、ＧＧＧＧＧＵ、ＧＧＧＧＵＡ、ＧＧＧＡＧＧ、ＧＧＧＵＧＧ、ＧＧＡＧＧＧ、ＧＧＵＧＧＧ、ＧＡＧＧＧＧ、ＧＵＧＧＧＧ、ＧＡＧＵＧＧ、ＧＵＡＵＧＧ、ＧＧＵＡＵＵ、ＧＵＡＵＵＵ、ＧＵＡＵＵＧ、ＡＧＵＵＵＡ、ＡＧＧＵＵＡ、ＧＵＡＡＣＧ、ＡＧＧＵＡＡ、ＧＧＵＡＡＧ、ＵＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＵＵ、ＡＧＧＵＵＧ、ＡＧＧＵＡＧ、ＡＵＵＵＧＧ、ＡＧＵＵＧＧ、ＵＣＵＧＧＧ、ＡＧＡＧＵＧ、ＡＧＡＧＧＧ、ＡＧＵＧＵＧ、ＡＧＡＧＧＵ、ＡＧＧＧＡＧ、ＡＧＧＧＵＧ、ＡＧＧＧＧＧ、ＡＧＧＧＧＵ、ＡＧＵＧＧＧ、ＡＧＵＡＵＧ、ＡＧＧＵＡＵ、ＧＵＡＵＵＣ、ＧＧＵＡＡＣが含まれる。
【0127】
実施形態３：前記イントロントランススプライシング増強配列（トランススプライシングエンハンサー配列）が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、実施形態１に記載の組成物。
【0128】
実施形態４：前記トランススプライシングエンハンサー配列が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）、及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、実施形態１に記載の組成物。
【0129】
実施形態５：前記トランススプライシングエンハンサー配列が、式Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（式中、Ｘ１は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ２は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ３は、アデニン（Ａ）、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ４は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ５は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択され、Ｘ６は、ウラシル（Ｕ）及びグアニン（Ｇ）を含む群から選択される）を有する少なくとも１つのＲＮＡモチーフを含むＲＮＡ核酸塩基の鎖からなる、実施形態１に記載の組成物。
【0130】
実施形態６：前記置換ドメインが、ＧＬＢ１（ＧＭ１神経膠症）；ＧＢＡ（ゴーシェ病）；ＧＭ２Ａ（ＧＭ２ガングリオシド症）；ＰＣＳＫ９、ＬＤＬＲ、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ（家族性高コレステロール血症）；ＧＡＡ（ポンペ病）；ＭＹＯＣ、ＯＰＴＮ、ＴＢＫ１、ＷＤＲ３６、ＣＹＰＩＢ１（開放隅角緑内障）；ＩＤＳ（ハンター症候群又はムコ多糖症２）；ＩＤＵＡ（ハーラー症候群又はムコ多糖症１）；ＣＬＮ３（バッテン病）；Ｆ９（血友病Ｂ）；Ｆ８（血友病Ａ）、ＬＡＭＰ２（ダノン病）；ＧＬＡ（ファブリー病）；ＳＬＣ２Ａ１（グルコース輸送体欠損１型）；ＵＢＥ３Ａ（アンジェルマン症候群、）；ＭＹＯＣ、ＯＰＴＮ、ＴＢＫ１、ＷＤＲ３６、ＣＹＰＩＢ１（開放隅角緑内障）；ＩＤＵＡ（ハーラー症候群又はムコ多糖症１）；ＩＤＳ（ハンター症候群又はムコ多糖症２）；ＣＬＮ３（バッテン病）；ＬＭＮＡ（肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型）；ＤＭＤ（デュシェンヌ型筋ジストロフィー）；ＤＹＳＦ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｂ型）；ＳＧＣＢ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｅ型）；ＳＧＣＧ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型）；ＳＧＣＡ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型）；ＳＧＣＤ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｆ型）；ＤＵＸ４、Ｄ４Ｚ４（顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー）；ＵＳＨＡ２Ａ，ＲＰＧＲ，ＲＰ２，ＲＨＯ，ＰＲＰＦ３１，ＵＳＨ１Ｆ，ＰＲＰＦ３，ＰＲＰＦ６（網膜色素変性症）からなる群から選択されるヒト遺伝子に由来するか、又はそれから単離される実施形態１～５に記載の組成物。
【0131】
実施形態７：前記置換ドメインが、ウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＶ）転写後調節エレメント（ＷＰＲＥ）、ＭＡＬＡＴ１由来のトリプレックス、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＰＲＥ）のＰＲＥ及び鉄反応エレメントからなる群から選択される発現増強配列に由来するか、又はそれから単離される、実施形態１～５に記載の組成物。
【0132】
実施形態８：アンチセンスドメインが、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ（分類不能型免疫不全症（ｃｏｍｍｏｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｉｍｍｕｎｅ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ））、ＡＤＡ、ＣＥＣＲ１（アデノシンデアミナーゼ欠損症）、ＩＬ２ＲＧ（Ｘ連鎖重症複合免疫不全症）、ＨＢＢ（ベータサラセミア）、ＨＢＡ１、ＨＢＡ２（アルファサラセミア）、Ｕ２ＡＦ１（骨髄異形成症候群）、ＳＯＤ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＦＵＳ、ＭＡＴＲ３、ＳＯＤ１、Ｃ９ＯＲＦ７２（筋萎縮性側索硬化症）、ＭＡＰＴ、ＰＧＲＮ（パーキンソニズムを伴う前頭側頭型認知症）、ＣＤＨ２３、ＭＹＯ７Ａ、ＵＳＨ２Ａ（アッシャー症候群）、ＧＡＬＣ（クラッベ病）、ＳＭＰＤ１、ＮＰＣ１、ＮＰＣ２（ニーマン・ピック病）、ＰＲＮＰ（プリオン病）、ＳＣＮ１Ａ（ドラベ症候群）、ＰＩＮＫ１、ＡＴＰＧＡＰ２（早期発症パーキンソン病）、ＡＴＸＮ１、ＡＴＸＮ２、ＡＴＸＮ３、ＰＬＥＫＨＧ４、ＳＰＴＢＮ２、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＡＴＸＮ７、ＴＴＢＫ２、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ、ＫＣＮＣ３、ＰＲＫＣＧ、ＩＴＲＰ１、ＴＢＰ、ＫＣＮＤ１、ＦＧＦ１４（脊髄小脳失調症）、ＳＣＮ１Ａ、ＳＣＮ２Ａ、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＧＲＩＮ２Ｂ、ＧＲＩＮ２Ａ、ＭＥＣＰ２、ＦＯＸＧ１、ＳＬＣ６Ａ１、ＰＲＲＴ２、ＰＴＥＮ、ＫＣＮＱ２、ＫＣＮＱ３、ＳＴＡＲＤ７、ＣＬＲＮ１（遺伝性てんかん障害）、ＡＴＭ（毛細血管拡張性運動失調症）、ＧＬＢ１（ＧＭ１ガングリオシド症）、ＧＢＡ（ゴーシェ病）、ＧＭ２Ａ（ＧＭ２ガングリオシド症）、ＵＢＥ３Ａ（アンジェルマン症候群）、ＳＬＣ２Ａ１（グルコーストランスポーター欠損１型）、ＬＡＭＰ２（ダノン病）、ＧＬＡ（ファブリー病）、ＰＫＤ１、ＰＫＤ２（常染色体優性多発性嚢胞腎）、ＧＡＡ（ポンペ病）、ＰＣＳＫ９、ＬＤＬＲ、ＡＰＯＢ、ＡＰＯＥ（家族性高コレステロール血症）、ＭＹＯＣ、ＯＰＴＮ、ＴＢＫ１、ＷＤＲ３６、ＣＹＰＩＢ１（開放隅角緑内障）、ＩＤＵＡ（ハーラー症候群又はムコ多糖症１）、ＩＤＳ（ハンター症候群又はムコ多糖症２）、ＣＬＮ３（バッテン病）、ＤＭＤ（デュシェンヌ型筋ジストロフィー）、ＬＭＮＡ（肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型）、ＤＹＳＦ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｂ型）、ＳＧＣＡ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型）、ＳＧＣＢ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｅ型）、ＳＧＣＧ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型）、ＳＧＣＤ（肢帯型筋ジストロフィー２Ｆ型）、ＤＵＸ４、Ｄ４Ｚ４（顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー）、Ｆ９（血友病Ｂ）、Ｆ８（血友病Ａ）、ＵＳＨＡ２Ａ、ＲＰＧＲ、ＲＰ２、ＲＨＯ、ＰＲＰＦ３１、ＵＳＨ１Ｆ、ＰＲＰＦ３、ＰＲＰＦ６（網膜色素変性症）、ＣＦＴＲ（嚢胞性線維症）、ＧＪＢ２、ＧＪＢ６、ＳＴＲＣ、ＤＦＮＡ１、ＤＦＮＡ１４（常染色体優性聴覚障害）、ＰＯＵ３Ｆ３（非症候性難聴）からなる群から選択されるヒト遺伝子に由来するか、又はそれから単離される単離される実施形態１～５に記載の組成物。
【0133】
実施形態９：前記トランススプライシングＲＮＡが、トランススプライシング核酸の局在化、プロセシング又は輸送を変化させる非翻訳領域を含む、実施形態１～５のいずれか１つに記載の組成物。
【0134】
実施形態１０：前記トランススプライシング核酸を含む前記配列が、前記トランススプライシング効率を増加させるＲＮＡ結合タンパク質によって結合される配列を含む、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
【0135】
実施形態１１：前記トランススプライシング核酸が、ＲＮＡ、ＤＮＡ、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、核酸アナログ、化学修飾核酸、又は２つ以上の核酸若しくは核酸アナログから構成されるキメラである、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
【0136】
実施形態１２：前記トランススプライシング核酸分子が異種プロモーターを更に含む、実施形態１～１のいずれか１つに記載の組成物。
【0137】
実施形態１３：前記プロモーターが、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）の発現を駆動することができるプロモーターから単離されるか、又はそれに由来する、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
細胞及び組織
細胞及び組織
【0138】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の細胞は、真核細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、哺乳動物細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、ウシ、マウス、ネコ、ウマ、ブタ、イヌ、サル、又はヒトの細胞である。いくつかの実施形態において、細胞は、非ヒト霊長類細胞などの非ヒト哺乳動物細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、体細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は。生殖細胞系細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の生殖細胞系細胞は、ヒト細胞ではない。
【0139】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の細胞は、幹細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、胚性幹細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の胚性幹細胞は、ヒト細胞ではない。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、多能性幹細胞又は多能性幹細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、成体幹細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）である。いくつかの実施形態において、本開示の細胞は、造血幹細胞（ＨＳＣ）である。
【0140】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の免疫細胞は、リンパ球である。いくつかの実施形態において、本開示の免疫細胞は、Ｔリンパ球（本明細書ではＴ細胞とも呼ばれる）である。本開示の例示的なＴ細胞には、ナイーブＴ細胞、エフェクターＴ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及びガンマデルタＴ細胞が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、本開示の免疫細胞は、Ｂリンパ球である。いくつかの実施形態において、本開示の免疫細胞は、ナチュラルキラー細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の免疫細胞は、抗原提示細胞である。
【0141】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の筋肉細胞は、筋芽細胞又は筋細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の筋肉細胞は、心筋細胞、骨格筋細胞又は平滑筋細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の筋肉細胞は、横紋細胞（ｓｔｒｉａｔｅｄ ｃｅｌｌ）である。
【0142】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の体細胞は、上皮細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の上皮細胞は、扁平上皮、立方細胞上皮、円柱細胞上皮、層状細胞上皮、偽層状円柱細胞上皮、又は移行細胞上皮を形成する。いくつかの実施形態において、本開示の上皮細胞は、松果体、胸腺、下垂体、甲状腺、副腎、アポクリン腺、ホロクリン腺、メロクリン腺、漿液腺、粘液腺及び皮脂腺を含むが、これらに限定されない腺を形成する。いくつかの実施形態において、本開示の上皮細胞は、肺、脾臓、胃、膵臓、膀胱、腸、腎臓、胆嚢、肝臓、喉頭又は咽頭を含むが、これらに限定されない臓器の外面に接触する。いくつかの実施形態において、本開示の上皮細胞は、血管又は静脈の外面に接触する。
【0143】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の脳細胞は、ニューロン細胞である。いくつかの実施形態において、本開示のニューロン細胞は、中枢神経系のニューロンである。いくつかの実施形態において、本開示のニューロン細胞は、脳又は脊髄のニューロンである。いくつかの実施形態において、本開示のニューロン細胞は、脳神経又は視神経のニューロンである。いくつかの実施形態において、本開示のニューロン細胞は、末梢神経系のニューロンである。いくつかの実施形態において、本開示のニューロン細胞は、神経膠細胞又はグリア細胞である。いくつかの実施形態において、本開示のグリアは、限定されるものではないが、乏突起膠細胞、星状膠細胞、上衣細胞及びミクログリアを含む中枢神経系のグリア細胞である。いくつかの実施形態において、本開示のグリアは、シュワン細胞及びサテライト細胞を含むがこれらに限定されない末梢神経系のグリア細胞である。
【0144】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の肝臓細胞は、肝細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の肝臓細胞は、肝星細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の肝臓細胞は、クッパー細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の肝臓細胞は、類洞内皮細胞である。
【0145】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は、光受容体である。いくつかの実施形態において、本開示の光受容体細胞は、桿体である。いくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は、錐体である。いくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は、双極細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は、神経節細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は、水平細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の網膜細胞は。アマクリン細胞である。
【0146】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の心臓細胞は、心筋細胞である。いくつかの実施形態において、本開示の心臓細胞は、心臓ペースメーカー細胞である。
【0147】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の体細胞は、初代細胞である。
【0148】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の体細胞は、培養細胞である。
【0149】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の体細胞は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｓｉｔｕである。
【0150】
本開示の組成物及び方法のいくつかの実施形態において、本開示の体細胞は、自己又は同種である。
参照による組み込み
参照による組み込み
【0151】
相互参照又は関連する特許又は出願を含む、本明細書で引用される全ての文書は、明示的に除外されるか、又は他の方法で限定されない限り、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。任意の文献の引用は、それが本明細書に開示又は具体化された任意の発明に関して先行技術であること、又はそれが単独で、又は任意の他の１若しくは複数の参考文献と組み合わせて、任意のそのような発明を教示、示唆、若しくは開示することを認めるものではない。更に、本文書における用語の任意の意味又は定義が、参照により組み込まれる文書における同じ用語の任意の意味又は定義と矛盾する限りにおいて、本文書においてその用語に割り当てられた意味又は定義が優先されるものとする。
他の実施形態
他の実施形態
【0152】
本開示の特定の実施形態を図示及び説明してきたが、本開示の趣旨及び範囲から逸脱することなく、様々な他の変更及び修正を行うことができる。添付の特許請求の範囲は、本開示の範囲内にある全てのそのような変更及び修正を含む。
参考文献
Ｋｅｅｌｉｎｇ，Ｋ．Ｍ．，Ｘ．Ｘｕｅ，Ｇ．Ｇｕｎｎ ａｎｄ Ｄ．Ｍ．Ｂｅｄｗｅｌｌ（２０１４）．“Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｔｏｐ ｃｏｄｏｎ ｒｅａｄｔｈｒｏｕｇｈ．”Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ １５：３７１－３９４．
Ｋｏｌｌｅｒ，Ｕ．，Ｖ．Ｗａｌｌｙ，Ｌ．Ｇ．Ｍｉｔｃｈｅｌｌ，Ａ．Ｋｌａｕｓｅｇｇｅｒ，Ｅ．Ｍ．Ｍｕｒａｕｅｒ，Ｅ．Ｍａｙｒ，Ｃ．Ｇｒｕｂｅｒ，Ｓ．Ｈａｉｎｚｌ，Ｈ．Ｈｉｎｔｎｅｒ ａｎｄ Ｊ．Ｗ．Ｂａｕｅｒ（２０１１）．“Ａ ｎｏｖｅｌ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｓｙｓｔｅｍ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｅｘｏｎ ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ．”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３９（１６）：ｅ１０８．
Ｗａｎｇ，Ｙ．，Ｍ．Ｍａ，Ｘ．Ｘｉａｏ ａｎｄ Ｚ．Ｗａｎｇ（２０１２）．“Ｉｎｔｒｏｎｉｃ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｅｎｈａｎｃｅｒｓ，ｃｏｇｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｆａｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｃｏｎｔｅｘｔ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｒｕｌｅｓ．”Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９（１０）：１０４４－１０５２．
参考文献
Ｋｅｅｌｉｎｇ，Ｋ．Ｍ．，Ｘ．Ｘｕｅ，Ｇ．Ｇｕｎｎ ａｎｄ Ｄ．Ｍ．Ｂｅｄｗｅｌｌ（２０１４）．“Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｔｏｐ ｃｏｄｏｎ ｒｅａｄｔｈｒｏｕｇｈ．”Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ １５：３７１－３９４．
Ｋｏｌｌｅｒ，Ｕ．，Ｖ．Ｗａｌｌｙ，Ｌ．Ｇ．Ｍｉｔｃｈｅｌｌ，Ａ．Ｋｌａｕｓｅｇｇｅｒ，Ｅ．Ｍ．Ｍｕｒａｕｅｒ，Ｅ．Ｍａｙｒ，Ｃ．Ｇｒｕｂｅｒ，Ｓ．Ｈａｉｎｚｌ，Ｈ．Ｈｉｎｔｎｅｒ ａｎｄ Ｊ．Ｗ．Ｂａｕｅｒ（２０１１）．“Ａ ｎｏｖｅｌ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｓｙｓｔｅｍ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｅｘｏｎ ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ．”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３９（１６）：ｅ１０８．
Ｗａｎｇ，Ｙ．，Ｍ．Ｍａ，Ｘ．Ｘｉａｏ ａｎｄ Ｚ．Ｗａｎｇ（２０１２）．“Ｉｎｔｒｏｎｉｃ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｅｎｈａｎｃｅｒｓ，ｃｏｇｎａｔｅ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｆａｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｃｏｎｔｅｘｔ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｒｕｌｅｓ．”Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９（１０）：１０４４－１０５２．
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図3D】
【図4A】
【図4B】
【図4C】
【図4D】
【図5A】
【図5B】
【図5C】
【図5D】
【図6A】
【図6B】
【図7A】
【図7B】
【図7C】
【図7D】
【国際調査報告】