(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-05-15
(54)【発明の名称】疾患の処置のために有用なレンチウイルスベクター
(51)【国際特許分類】
C12N 15/867 20060101AFI20240508BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240508BHJP
A61K 35/12 20150101ALI20240508BHJP
A61K 35/28 20150101ALI20240508BHJP
A61P 7/00 20060101ALI20240508BHJP
A61P 37/02 20060101ALI20240508BHJP
A61P 31/00 20060101ALI20240508BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240508BHJP
A61K 31/52 20060101ALI20240508BHJP
【FI】
C12N15/867 Z
C12N5/10 ZNA
A61K35/12
A61K35/28
A61P7/00
A61P37/02
A61P31/00
A61K45/00
A61K31/52
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023566422
(86)(22)【出願日】2022-04-26
(85)【翻訳文提出日】2023-12-12
(86)【国際出願番号】 US2022026409
(87)【国際公開番号】W WO2022232191
(87)【国際公開日】2022-11-03
(32)【優先日】2021-04-26
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(32)【優先日】2021-04-26
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】523404343
【氏名又は名称】シーエスエル・ベーリング・リミテッド・ライアビリティ・カンパニー
【氏名又は名称原語表記】CSL BEHRING L.L.C.
(71)【出願人】
【識別番号】518337658
【氏名又は名称】シアトル チルドレンズ ホスピタル (ディービーエイ シアトル チルドレンズ リサーチ インスティテュート)
(71)【出願人】
【識別番号】508285606
【氏名又は名称】ザ ユナイテッド ステイツ オブ アメリカ, アズ リプレゼンテッド バイ ザ セクレタリー, デパートメント オブ ヘルス アンド ヒューマン サービシーズ
【氏名又は名称原語表記】The United States of America,as represented by the Secretary,Department of Health and Human Services
(74)【代理人】
【識別番号】100145403
【氏名又は名称】山尾 憲人
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】チェン,チャオ-グアン
(72)【発明者】
【氏名】モンテレーズ,クリスチャン
(72)【発明者】
【氏名】エシマン,フロリアン
(72)【発明者】
【氏名】ローリングズ,デイビッド ジェイ
(72)【発明者】
【氏名】カーン,イラム ファティマ
(72)【発明者】
【氏名】チェン,エスター ユー-ティン
(72)【発明者】
【氏名】マレック,ハリー
(72)【発明者】
【氏名】デラビン,スク シー
【テーマコード(参考)】
4B065
4C084
4C086
4C087
【Fターム(参考)】
4B065AA90X
4B065AB01
4B065BA02
4B065CA44
4C084AA19
4C084NA05
4C084ZA511
4C084ZB071
4C084ZB321
4C084ZC541
4C084ZC752
4C086AA01
4C086AA02
4C086CB07
4C086MA02
4C086MA04
4C086NA05
4C086ZA51
4C086ZB07
4C086ZB32
4C086ZC54
4C086ZC75
4C087AA01
4C087AA02
4C087AA03
4C087BB44
4C087BB65
4C087CA04
4C087CA12
4C087NA14
4C087ZA51
4C087ZB07
4C087ZB32
4C087ZC54
(57)【要約】
本開示は一般に、疾患または障害、例えばウィスコット-アルドリッチ症候群(WAS)または鎌状赤血球症(SCD)の処置のために有用なレンチウイルスベクターに関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーター
を含むレンチウイルスベクターであって、ここで、ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位1(SA1)を含み、該SA1が、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在し、配列番号2が、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または、該SA1が配列TTGCATCCAG
∧ACACCATCAA(配列番号60)を含み、ここで
∧がスプライス位置を表す、
レンチウイルスベクター。
【請求項2】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA1を不活性化する突然変異を含む、請求項1に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項3】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異および/または385位におけるGの突然変異である、請求項2に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項4】
384位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項3に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項5】
改変されたHS4-650インシュレーターが、配列番号3、12、21、30、39、および48のいずれか1つで示される配列を含む、請求項1から4のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項6】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位2(SA2)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA2が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在する、請求項2から5のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項7】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるAの突然変異および/または446位におけるGの突然変異である、請求項6に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項8】
445位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項7に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項9】
改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列が、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列を含む、請求項6から8のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項10】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA3が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在する、請求項2から9のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項11】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAの突然変異および/または456位におけるGの突然変異である、請求項10に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項12】
455位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項11に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項13】
改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列が、配列番号5、6、14、15、23、24、32、33、41、42、50、および51で示される配列を含む、請求項10から12のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項14】
改変されたHS4-650インシュレーターが第1の核酸配列に対して反対の配向にある、請求項1から13のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項15】
レンチウイルスベクター内で第1の核酸が順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターが逆配向にある、請求項1から14のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項16】
改変されたHS4-650インシュレーターが第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA1を不活性化する、請求項1に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項17】
第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターが、レンチウイルスベクター内で順配向にある、請求項16に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項18】
ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーター
を含むレンチウイルスベクターであって、ここで、ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位2(SA2)を含み、該SA2が、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在し、配列番号2が、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または、該SA2が配列ATCCCCCCAG
∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含み、ここで
∧がスプライス位置を表す、
レンチウイルスベクター。
【請求項19】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA2を不活性化する突然変異を含む、請求項18に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項20】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるAの突然変異および/または446位におけるGの突然変異である、請求項19に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項21】
445位における突然変異がAからTへの突然変異である、請求項20に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項22】
改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列が、配列番号7、16、25、34、43、および52のいずれか1つで示される配列を含む、請求項18から21のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項23】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位1(SA1)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA1が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在する、請求項19から22のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項24】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異および/または385位におけるGの突然変異である、請求項25に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項25】
384位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項27に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項26】
改変されたHS4-650インシュレーターが、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列を含む、請求項23から25のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項27】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA3が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在する、請求項19から26のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項28】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAの突然変異および/または456位におけるGの突然変異である、請求項27に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項29】
455位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項28に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項30】
改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列が、配列番号5、6、14、15、23、24、32、33、41、42、50、および51で示される配列を含む、請求項27から29のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項31】
改変されたHS4-650インシュレーターが、第1の核酸配列に対して反対の配向にある、請求項18から30のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項32】
レンチウイルスベクター内で第1の核酸が順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターが逆配向にある、請求項18から31のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項33】
改変されたHS4-650インシュレーターが第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA2を不活性化する、請求項18に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項34】
第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターが、レンチウイルスベクター内で順配向にある、請求項33に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項35】
ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーター
を含むレンチウイルスベクターであって、ここで、ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位3(SA3)を含み、該SA3が、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在し、配列番号2が、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または、該SA3が配列GTGTCTGCAG
∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含み、ここで
∧がスプライス位置を表す、
レンチウイルスベクター。
【請求項36】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA3を不活性化する突然変異を含む、請求項35に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項37】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAの突然変異および/または456位におけるGの突然変異である、請求項36に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項38】
455位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項37に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項39】
改変されたHS4-650インシュレーターが、配列番号9、18、27、36、45、および54のいずれか1つで示される配列を含む、請求項35から38のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項40】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位1(SA1)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA1が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在する、請求項36から39のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項41】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異および/または385位におけるGの突然変異である、請求項40に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項42】
384位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項41に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項43】
改変されたHS4-650インシュレーターが、配列番号14、23、32、41、および50のいずれか1つで示される配列を含む、請求項40から42のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項44】
改変されたHS4-650インシュレーターが、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位2(SA2)を不活性化する突然変異を含み、ここでSA2が未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在する、請求項36から43のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項45】
突然変異が、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるAの突然変異および/または446位におけるGの突然変異である、請求項44に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項46】
445位におけるAの突然変異がAからTへの突然変異である、請求項45に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項47】
改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列が、配列番号6、8、15、17、24、26、33、35、42、44、51、および53で示される配列を含む、請求項44から46のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項48】
改変されたHS4-650インシュレーターが、第1の核酸配列に対して反対の配向にある、請求項35から47のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項49】
レンチウイルスベクター内で第1の核酸が順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターが逆配向にある、請求項35から47のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項50】
改変されたHS4-650インシュレーターが第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA3を不活性化する、請求項49に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項51】
第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターが、レンチウイルスベクター内で順配向にある、請求項50に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項52】
改変されたHS4-650インシュレーターが第1の核酸配列の下流にある、請求項1から51のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項53】
ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質が、配列番号76で示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1から52のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項54】
第1の核酸配列が、配列番号73~75のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1から53のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項55】
第1の核酸配列と改変されたHS4-650インシュレーターとの間に、ウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後制御エレメント(WPRE)をさらに含む、請求項1から54のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項56】
WPREが、配列番号77~78のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む、請求項55に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項57】
配列番号57のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド3098~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む、請求項55または56に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項58】
第1のプロモーターがMNDプロモーターである、請求項1から57のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項59】
MNDプロモーターが、配列番号72のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む、請求項58に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項60】
配列番号57のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド2710~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む、請求項58または59に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項61】
HPRTの発現を阻害する核酸をコードする第2の核酸配列に作動可能に連結された第2のプロモーターをさらに含む、請求項1から60のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項62】
HPRTの発現を阻害する核酸がshRNAである、請求項61に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項63】
shRNAが、配列番号66で示されるヘアピンループ配列を含む、請求項62に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項64】
shRNAが、配列番号67~68のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を含む配列を含む、請求項62に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項65】
第2のプロモーターが、Pol IIIプロモーターまたはPol IIプロモーターを含む、請求項61から64のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項66】
Pol IIIプロモーターが7skを含む、請求項65に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項67】
7skプロモーターが、配列番号69~71のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む、請求項66に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項68】
第2のプロモーターおよび作動可能に連結された第2の核酸配列が逆配向にあり、第1のプロモーターおよび作動可能に連結された第1の核酸の上流にある、請求項61から67のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項69】
配列番号57のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド2402~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む、請求項68に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項70】
第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターの下流にポリアデニル化シグナルをさらに含む、請求項1から60のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項71】
プラスミドである、請求項1から70のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項72】
ウイルス粒子である、請求項1から70のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項73】
ウイルス粒子である、請求項61から70のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクター。
【請求項74】
請求項1から73のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクターを含む宿主細胞。
【請求項75】
請求項71または72に記載のレンチウイルスベクターによって形質導入された宿主細胞。
【請求項76】
造血幹細胞(HSC)である、請求項74または75に記載の宿主細胞。
【請求項77】
HSCが同種または自己である、請求項76に記載の宿主細胞。
【請求項78】
請求項61から70のいずれか一項に記載のレンチウイルスベクターを含む宿主細胞。
【請求項79】
請求項73に記載のレンチウイルスベクターによって形質導入された宿主細胞。
【請求項80】
HPRT欠損である、請求項79に記載の宿主細胞。
【請求項81】
造血幹細胞(HSC)である、請求項78から80のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項82】
HSCが同種または自己である、請求項81に記載の宿主細胞。
【請求項83】
請求項73から79のいずれか一項に記載の宿主細胞を対象に投与することを含む、ウィスコット-アルドリッチ症候群を有する対象を処置する方法。
【請求項84】
請求項79から82のいずれか一項に記載の宿主細胞を対象に投与すること、および
プリンアナログを対象に投与して宿主細胞の生着を増大させること
を含む、ウィスコット-アルドリッチ症候群を有する対象を処置する方法。
【請求項85】
プリンアナログが6-チオグアニン(「6TG」)、6-メルカプトプリン(「6MP」)、またはアザチオプリン(「AZA」)からなる群から選択される、請求項84に記載の方法。
【請求項86】
宿主細胞の投与に先立って対象をプリンアナログによってプレコンディショニングすることをさらに含む、請求項84または85に記載の方法。
【請求項87】
ウィスコット-アルドリッチ症候群の処置のための医薬の調製のための、請求項74から82のいずれか一項に記載の宿主細胞の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
本出願は、2021年4月26日出願の「Lentiviral vectors useful for the treatment of Wiskott Aldrich Syndrome」と題する米国仮出願第63/179,993号および2021年4月26日出願の「Lentiviral vectors useful for the treatment of Sickle Cell Disease」と題する米国仮出願第63/180,001号に対する優先権を主張するものであり、これらの内容は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【0002】
発明の分野
本開示は一般に、疾患または状態、例えばウィスコット-アルドリッチ症候群(WAS)または鎌状赤血球症(SCD)の処置のために有用なレンチウイルスベクターに関する。
【背景技術】
【0003】
ウィスコット-アルドリッチ症候群(WAS)は、反復性感染、小さな血小板、微小血小板減少症、湿疹、ならびに自己免疫の発現および腫瘍のリスクの増大を特徴とする希少なX連鎖性の原発性免疫不全(PID)障害である。ウィスコット-アルドリッチ症候群には、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質(WASP)遺伝子における突然変異が関与している。WASタンパク質をコードする遺伝子はX染色体の短腕(XP11.22-11.23)に位置し、12個のエクソンを含む約9kbであり、502個のアミノ酸をコードしている。現在までに、ミスセンス/ナンセンス、スプライシング、小さな欠失、小さな挿入、全体の欠失、および全体の挿入を含むWASPの突然変異が、ウィスコット-アルドリッチ症候群の患者で同定されている。
【0004】
ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質は、プロリンに富む造血系特異的な細胞内シグナル形質導入分子であり、造血細胞系のみで発現される。ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質は、全ての白血球で発現することが見出されているアクチン細胞骨格の重要なレギュレーターであると考えられる。これは、付着、遊走、ファゴサイトーシス、免疫シナプス形成、および受容体介在細胞性活性化プロセス(例えばB細胞およびT細胞の抗原受容体)等の多数の細胞機能のために必須の動的な細胞骨格の変化に関与していると考えられる。その結果として、ウィスコット-アルドリッチ症候群の患者においては先天性および細胞適合性の免疫の両方が冒され、これらの患者が高度に感染しやすくなっていると考えられる。
【0005】
一般に、タンパク質の発現の非存在を惹起するWAS遺伝子の突然変異は、「古典的ウィスコット-アルドリッチ症候群」をもたらす。ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質の発現の低減は、X連鎖性の血小板減少症をもたらす。機能獲得性の突然変異を活性化するウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質は、X連鎖性の好中球減少症をもたらす。WAS遺伝子産物の中の突然変異に応じて、多様な臨床疾患がある。154名のウィスコット-アルドリッチ症候群患者における1つの研究では、僅かに30%が血小板減少症、小さな血小板、湿疹、および免疫不全を伴う古典的な症状を有し、84%が血小板減少症の臨床的兆候および症状を有し、80%が湿疹を有し、20%が血液学的異常のみを有し、5%が感染の兆候のみを有していた(Sullivan (1994), J Pediatr., 125(6 Pt 1):876-85を参照)。自己免疫疾患は一般的であり、患者の40~70%までで生じる。リンパ腫、白血病、および骨髄異形成等のリンパ網の悪性疾患のリスクの顕著な増大(10~20%)があるとも考えられる。フランスの単一の病院における20年を超える経過での55名のウィスコット-アルドリッチ症候群患者についての別の総説では、患者の70%において自己免疫または炎症性の状態、最も一般的には自己免疫性溶血性貧血が見られた。
【0006】
ウィスコット-アルドリッチ症候群は、約40年前に同種造血幹細胞移植(HSCT)によって成功裡に処置された最初の病態の1つであった(Galy, Roncarolo et al. (2008), Expert Opinion on Biological Therapy, Vol. 8(2): pp. 181-190; Candotti (2018), Journal of Clinical Immunology, 33: pp. 13-27)。WASの処置のための遺伝子療法アプローチの報告も継続されており、例えばAiuti et al. (2013), Science, 341, p. 1233151; Hacein-Bey Abina, et al. (2015), JAMA, 313, pp. 1550-1563; Koldej et al. (2013), Human Gene Therapy Clinical Development, Vol 24, pp. 77-85; Wielgosz et al. (2015), Molecular Therapy: Methods & Clinical Development Vol 2, pp. 14063、およびSingh et al. (2017), Molecular Therapy: Methods & Clinical Development Vol. 4 pp. 1-16が含まれる。
【0007】
骨髄移植は依然としてこの疾患の唯一の証明された治癒法であると考えられ、転帰は、HLAが一致したドナー(患者の20%未満のみで利用可能)で処置した患者についてはほぼ良好である。造血幹細胞遺伝子療法(HSC-GT)は、一致したドナーを有しない患者についての新規な治癒可能性のある選択肢を提供する。遺伝子療法は、同種HSCTに対して可能性のあるいくつかの利点を提供する。これは理論的には全ての患者に利用可能であり、グラフト拒絶のリスクを低下させ、おそらくグラフト対宿主疾患(GvHD)に伴うリスクを避けられると考えられる。
【0008】
WASの処置のために組込み型ウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクターを用いるHSC-GTの臨床試験によって、このアプローチが治療的に有効であり得ることが示されたが、ガンマレトロウイルスベクターを用いる臨床試験における患者は、組込み事象に起因する白血病を発症した(例えばBraun et al. (2014), Sci Transl Med. 6(227):227ra33を参照)。これは、安全性プロファイルが改善されたレンチウイルスベクターを開発することに継続するニーズがあることを強調している。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0009】
レンチウイルスベクター(およびまさにその他のウイルスベクター)の中のクリプティックスプライス部位は、潜在的に非治療性の短縮された転写物およびタンパク質の産生に導く導入遺伝子RNAの選択的スプライシング、ならびに短縮されたウイルスRNAおよび潜在的に非生存性のウイルスに導くレンチウイルスゲノムRNAの選択的スプライシングをもたらし得る。さらに、レンチウイルスベクターの中のクリプティックスプライス部位は、その中にベクターゲノムが組み込まれた遺伝子からの転写物の選択的スプライシングをもたらし得る。その中にレンチウイルスベクターが組み込まれることが知られているHMGA2等の遺伝子の転写物の選択的スプライシングは、クローナルな増殖の利点を有する細胞および選択的にスプライスされた転写物を発現するこれらの細胞の増殖をもたらし得る。これは、少なくとも部分的に、完全なHMGA2転写物には存在し、通常は腫瘍サプレッサーのマイクロRNAのlet-7ファミリーに結合されて発現を負に制御するlet-7結合部位の1つまたは複数が、これらの短縮されたまたは融合した転写物の中に存在しないことによると思われる。HMGA2は発癌遺伝子とは考えられず、短縮されたまたは融合した転写物の結果の過発現に起因するクローナルな増殖は一般に良性と考えられているが、例えばWASの処置のための標的集団の場合のように患者が小児の場合には、治療用のレンチウイルスベクターの投与に起因する良性の細胞増殖に対してさえ、耐性は低い。他の遺伝疾患についても、疾患の影響を軽減し、早期から生活の質を改善するために、できるだけ早期に患者を処置することが望ましく、したがって、全ての遺伝子療法において選択的スプライシングを低減する必要がある。
【課題を解決するための手段】
【0010】
本開示は、少なくとも部分的に、ウィスコット-アルドリッチ症候群(WAS)または鎌状赤血球症(SCD)を含む疾患または状態を処置するために有用な、治療用レンチウイルスベクターの中に存在するHS4-650インシュレーターまたはHS4-400インシュレーターを含むcHS4由来インシュレーターの中のクリプティックスプライスアクセプター部位の同定に基づいている。これらのクリプティックスプライスアクセプター部位は、HS4-650インシュレーターおよびHS4-400インシュレーターの逆相補配列に(即ちネガティブまたはリバース鎖の上に)位置している。HS4-650インシュレーターについては、第1のクリプティックスプライスアクセプター部位はスプライスアクセプター部位1(SA1)と命名され、配列番号2のヌクレオチド385~386に位置している(即ち、スプライシングは385位のヌクレオチドと386位のヌクレオチドとの間で起こる)。ここで配列番号2は、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列である。第2のクリプティックスプライスアクセプター部位はスプライスアクセプター2(SA2)と命名され、配列番号2のヌクレオチド446~447に位置しており(即ち、スプライシングは446位のヌクレオチドと447位のヌクレオチドとの間で起こる)、第3のクリプティックスプライスアクセプター部位はスプライスアクセプター3(SA3)と命名され、配列番号2のヌクレオチド456~457に位置している(即ち、スプライシングは456位のヌクレオチドと457位のヌクレオチドとの間で起こる)。HS4-400インシュレーターについては、SA2は配列番号90のヌクレオチド190~191に位置しており、ここで配列番号90は、配列番号89で示される未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列である。SA3は配列番号90のヌクレオチド200~201に位置している。
【0011】
ニワトリβ-グロビン遺伝子座由来の超感受性部位4(cHS4)を含む1.2kbの断片は、バリアおよびエンハンサーブロッキング機能を有するよく特徴解析されたインシュレーターである。したがって、改変されたHS4-650または改変されたHS4-400インシュレーター等の改変されたcHS4由来インシュレーターを含むレンチウイルスベクターが本明細書で提供される。特に、SA1、SA2、およびSA3の1つまたは複数が不活性化された改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターおよびSA2とSA3の一方または両方が不活性化された改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターが本明細書で提供される。したがって、得られるレンチウイルスベクターは、造血幹細胞等の細胞の中に導入された場合に、それらに付随する選択的スプライシングのリスクが低減され得る。改変されたHS4-650インシュレーターは、「野生型」または未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA1、SA2、またはSA3を不活性化する突然変異を有し得る。あるいは、改変されたHS4-650インシュレーターは、SA1、SA2、および/またはSA3が効果的に不活性化されるような様式、例えばSA1、SA2、およびSA3がウイルスRNAおよび/または転写物(例えばWAS転写物)のポジティブまたはフォワード鎖の上にないような様式で、レンチウイルスベクター内でおよび/または導入遺伝子(例えばWAS導入遺伝子)に対して配向され得る。同様に、改変されたHS4-400インシュレーターは、野生型または未改変のHS4-400インシュレーターに対して、SA2とSA3の一方または両方が不活性化される突然変異を有し得る。あるいは、改変されたHS4-400は、SA2および/またはSA3が効果的に不活性化されるような様式、例えばSA2およびSA3がウイルスRNAおよび/または転写物(例えばグロビン転写物)のポジティブまたはフォワード鎖の上にないような様式で、レンチウイルスベクター内でおよび/または導入遺伝子(例えばグロビン導入遺伝子)に対して配向され得る。
【0012】
即ち、一態様では、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターが提供され、
ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位1(SA1)を含み、
SA1は、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在し、配列番号2は、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または
SA1は配列TTGCATCCAG∧ACACCATCAA(配列番号60)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。
【0013】
一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA1を不活性化する突然変異を含む。一例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または385位におけるGの突然変異である。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号3、12、21、30、39、および48のいずれか1つで示される配列を含む。
【0014】
一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位2(SA2)を不活性化する突然変異をさらに含み、ここでSA2は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在する。例えば、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または446位におけるGの突然変異であってよい。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列を含む。
【0015】
さらなる例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異、例えば、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または456位におけるGの突然変異も含み、ここでSA3は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在する。特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号5、6、14、15、23、24、32、33、41、42、50、および51で示される配列を含む。
【0016】
一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは第1の核酸配列に対して反対の配向にある。特定の実施形態では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0017】
代替の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA1を不活性化する。特定の例では、第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で順配向にある。
【0018】
別の態様では、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターが提供され、
ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位2(SA2)を含み、
SA2は、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在し、配列番号2は、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または
SA2は配列ATCCCCCCAG∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。
【0019】
一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA2を不活性化する突然変異、例えば配列番号2に対する番号付けで445位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または446位におけるGの突然変異を含む。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号7、16、25、34、43、および52のいずれか1つで示される配列を含む。
【0020】
改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位1(SA1)を不活性化する突然変異も含んでよく、ここでSA1は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在する。一部の例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または385位におけるGの突然変異である。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列を含む。
【0021】
改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異、配列番号2に対する番号付けで例えば455位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または456位におけるGの突然変異をさらに含んでよく、ここでSA3は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在する。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号5、6、14、15、23、24、32、33、41、42、50、および51で示される配列を含む。
【0022】
本態様の一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、第1の核酸配列に対して反対の配向にある。一例では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0023】
本態様の他の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA2を不活性化する。一例では、第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で順配向にある。
【0024】
さらなる態様では、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および
改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターが提供され、
ベクター中に存在する場合、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位3(SA3)を含み、
SA3は、未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの456~457位に存在し、配列番号2は、配列番号1で示される未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列であり、および/または
SA3は配列GTGTCTGCAG∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。
【0025】
一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA3を不活性化する突然変異を含む。一部の実施形態では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または456位におけるGの突然変異である。一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号9、18、27、36、45、および54のいずれか1つで示される配列を含む。
【0026】
改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位1(SA1)を不活性化する突然変異も含んでよく、ここでSA1は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位に存在する。一例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または385位におけるGの突然変異である。一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号14、23、32、41、および50のいずれか1つで示される配列を含む。
【0027】
改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位2(SA2)を不活性化する突然変異をさらに含んでよく、ここでSA2は未改変のHS4-650インシュレーターにおいて配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの446~447位に存在し、例えば配列番号2に対する番号付けで445位におけるAの突然変異(例えばAからTへの突然変異)および/または446位におけるGの突然変異である。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号6、8、15、17、24、26、33、35、42、44、51、および53で示される配列を含む。
【0028】
本態様の特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、第1の核酸配列に対して反対の配向にある。一部の例では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0029】
本態様の他の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは第1の核酸配列と同じ配向にあり、それによりSA3を不活性化する。一部の例では、第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で順配向にある。
【0030】
上記の態様の一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは第1の核酸配列の下流にある。さらなる実施形態では、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質は、配列番号76で示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含む。特定の例では、第1の核酸配列は、配列番号73~75のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含む。
【0031】
レンチウイルスベクターは、第1の核酸配列と改変されたHS4-650インシュレーターとの間に、ウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後制御エレメント(WPRE)、例えば配列番号77~78のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含むWPREをさらに含んでよい。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、配列番号57のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド3098~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む。
【0032】
一部の例では、第1のプロモーターはMNDプロモーター、例えば配列番号72のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも90%の配列同一性を有する配列を含むMNDプロモーターである。特定の例では、ベクターは、配列番号57のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド2710~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む。
【0033】
レンチウイルスベクターは、HPRTの発現を阻害する核酸をコードする第2の核酸配列に作動可能に連結された第2のプロモーターをさらに含んでよい。一部の例では、HPRTの発現を阻害する核酸は、shRNA、例えば配列番号66で示されるヘアピンループ配列、および/または配列番号67~68のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を含む配列を含むshRNAである。一部の例では、第2のプロモーターは、Pol IIIプロモーターまたはPol IIプロモーター、例えば7skを含むプロモーター(例えば配列番号69~71のいずれか1つで示される核酸配列またはそれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター)を含む。一部の例では、第2のプロモーターおよび作動可能に連結された第2の核酸配列は逆配向にあり、第1のプロモーターおよび作動可能に連結された第1の核酸の上流にある。一部の実施形態では、ベクターは、配列番号57のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、配列番号58のヌクレオチド2402~6009として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列からなる群から選択される配列を含む。
【0034】
レンチウイルスベクターは、第1の核酸および改変されたHS4-650インシュレーターの下流にポリアデニル化シグナルをさらに含んでよい。
【0035】
一部の例では、ベクターはプラスミドである。他の例では、ベクターはウイルス粒子である。
【0036】
本開示のレンチウイルスベクターを含む宿主細胞または本開示のレンチウイルスベクターによって形質導入された宿主細胞も提供される。一部の例では、宿主細胞は造血幹細胞(HSC)、例えば同種または自己のHSCである。
【0037】
上および本明細書に記載した宿主細胞を対象に投与することを含む、ウィスコット-アルドリッチ症候群を有する対象を処置する方法も提供される。特定の実施形態では、本方法は、宿主細胞を対象に投与し、次いで宿主細胞の生着を増大させるためにプリンアナログ(例えば6-チオグアニン(「6TG」)、6-メルカプトプリン(「6MP」)、またはアザチオプリン(「AZA」)を対象に投与することを含む。さらなる実施形態では、本方法は、宿主細胞の投与に先立って対象をプリンアナログによってプレコンディショニングすることを含む。ウィスコット-アルドリッチ症候群の処置のための医薬の調製のための本開示の宿主細胞の使用も提供される。
【0038】
以下の図面を参照し、非限定的な例としてのみ、本開示の実施形態をここに記載する。
【図面の簡単な説明】
【0039】
【
図1】
図1は、HS4-650インシュレーターの逆相補配列のアラインメントである。
【
図2】
図2は、pBRNGTR47の模式図である。
【
図3】
図3は、HS4-650インシュレーター(650 bp Ins)中のクリプティックスプライスアクセプター部位SA1、SA2、およびSA3を示すpBRNGTR47の模式図である。
【
図4】
図4は、pBRNGTR84の模式図である。
【
図5】
図5は、pBRNGTR88の模式図である。
【
図6】
図6は、pBRNGTR92の模式図である。
【
図7】
図7は、pBRNGTR120の模式図である。
【
図8】
図8は、7日目(中実バー、左)および14日目(右)にddPCRによって評価したHMGA2エクソン2-3/エクソン4-5の転写物の比を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」は対照を意味する。
【
図9】
図9は、7日目(中実バー)から26日目(ハッシュバー)までの培地中の編集された細胞の頻度を示し、KG1細胞中の改変されたインシュレーターを含むコンストラクトについての培地中の経時的な選択的細胞増殖の利点の低減または除去を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「2xSA」は、補正された2つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」または「MND-GFP」は対照を意味する。
【
図10】
図10は、5日目(中実バー、左)から26日目(ハッシュバー、右)までの培地中の編集された細胞の頻度を示し、CD34+細胞中の改変されたインシュレーターを含むコンストラクトについての培地中の経時的な選択的細胞増殖の利点の低減または除去を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」または「GFP」は対照を意味する。
【
図11】
図11は、HMGA2のエクソン1、2、および3の富化のための特製のベイト(bait)のマッピングの模式図である。
【
図12】
図12は、KG1細胞におけるHMGA2転写物およびAAV融合転写物の発現レベルを示す。(A)未処理細胞と比較した全HMGA2発現転写物の測定。(B)3xSAに対して正規化した、細胞中で発現した融合転写物のレベルの測定。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「2xSA」は、補正された2つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有する650bpのcHS4インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」または「fwd_LTRrev」は対照を意味する。
【
図13】
図13は、CD34+細胞におけるHMGA2転写物およびAAV融合転写物の発現レベルを示す。(A)未処理細胞と比較した全HMGA2発現転写物の測定。(B)3xSAに対して正規化した、細胞中で発現した融合転写物のレベルの測定。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」は対照を意味する。
【
図14】
図14は、CD34+細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたエクソン3-LVVスプライスジャンクションのパーセンテージを示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図15】
図15は、CD34+細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたHMGA2 エクソン3-エクソン4 スプライスジャンクションのパーセンテージを示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図16】
図16は、CD34+細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたHMGA2アイソフォーム1に対するLVV融合転写物の比を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図17】
図17は、KG1細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたエクソン3 LVVスプライスジャンクションのパーセンテージを示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図18】
図18は、KG1細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたHMGA2 エクソン3-エクソン4 スプライスジャンクションのパーセンテージを示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図19】
図19は、KG1細胞におけるHMGA2転写物アッセイからマッピングしたHMGA2アイソフォーム1に対するLVV融合転写物の比を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」、「AAV_のみ」、または「MND_GFP」は対照を意味する。
【
図20】
図20は、単一細胞アッセイにおけるLIMドメインオンリー2(LMO2)活性化アッセイの結果を示す。インシュレーターを含まない対照コンストラクトに対する、PPIAに対して正規化したmScarlet+細胞中のLMO2 mRNAレベル(%、y軸)。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「プロモーターなし」は、プロモーターを欠く対照コンストラクトを意味し、「インシュレーターなし」は、インシュレーターを欠く対照コンストラクトを意味する。
【
図21】
図21は、バルク細胞アッセイにおけるLMO2活性化アッセイの結果を示す。(A)バルク細胞アッセイにおけるインシュレーターを含まない対照コンストラクトに対する、PPIAに対して正規化したmScarlet+細胞のLMO2 mRNAレベル(%、y軸)。(B)(A)、即ちインシュレーターを含まない対照コンストラクトに対する、PPIAに対して正規化したmScarlet+細胞のLMO2 mRNAレベル(%、y軸)から抽出した拡張プロット。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「No-Ins」は、インシュレーターを欠く対照コンストラクトを意味する。注:独立した3つの重複実験からの平均データを表す。
【
図22】
図22は、AAVのリードとHMGA2下流エクソンリードとの比として計算した、(A)KG1細胞および(B)CD34+細胞における改変または未改変のインシュレーターを含む例示的コンストラクトにおけるAAV/HMGA2の比を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「2xSA」は、補正された2つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「モック」は対照を意味し、「(r
1)」...「(r
2)」は試料の重複数を意味する。
【
図23】
図23は、選択したWAS-LVVを形質導入したマウス系列陰性(Lin
neg)WAS KO細胞におけるWASの発現を示す。導入遺伝子の発現は、感染多重度(MOI)1~10(示しているように)で形質導入した細胞におけるMFI(y軸)として示している。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3SA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「KO」は形質導入していないWAS KO細胞を意味し、「WT」は陰性および陽性の対照としての野生型細胞(Lin
neg細胞)を意味する。
【
図24】
図24は、選択したWAS LVVを形質導入したヒトU937 WAS KO細胞におけるWASの発現を示す。導入遺伝子の発現は、MOIの多重度1~10(示しているように)で形質導入した細胞におけるMFI(y軸)として示している。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3SA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「KO」は形質導入していないWAS KO細胞を意味し、「WT」は陰性および陽性の対照としての野生型細胞(U937細胞)を意味する。
【
図25】
図25は、選択したWAS LVVをMOI 1、2、10、および20(示しているように)で形質導入したマウスLin
neg WAS KO細胞におけるベクターコピー組込み(VCN)の用量依存的増加を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3SA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「KO」は形質導入していないWAS KO細胞を意味し、「WT」は陰性および陽性の対照としての野生型細胞(Lin
neg細胞)を意味する。
【
図26】
図26は、選択したWAS LVVをMOI 1、2、10、および20(示しているように)で形質導入したヒトU937 WAS KO細胞におけるVCNの用量依存的増加を示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「3SA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味し、「KO」は形質導入していないWAS KO細胞を意味し、「WT」は陰性および陽性の対照としての野生型細胞(U937細胞)を意味する。
【
図27】
図27は、pCalH10における遺伝子およびエレメントの配置を示す。(A)pCalH10の高レベルの概観模式図。(B)pCalH10の詳細な模式図。
【
図28】
図28は、pCalH10から産生したビリオンを形質導入したHeLa細胞のサザンブロット解析の結果を示す。(A)細胞内で観察された断片の大きさを示すサザンブロット。(B)集団に対するそれぞれの断片の寄与の定量。
【
図29】
図29は、スプライスドナー部位(SD1)およびスプライスアクセプター部位2(SA2)の位置を示すpCalH10、ならびにこれらの部位における選択的スプライシングの後で産生された融合の模式図である。
【
図30】
図30は、スプライスドナー部位1(SD1)、スプライスアクセプター部位2(SA2)、およびスプライスアクセプター部位3(SA3)の位置を示すpCalH10の模式図である。
【発明を実施するための形態】
【0040】
1.定義
他に定義しない限り、本明細書で用いる全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者によって共通に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載した方法および材料と同様または等価のいかなる方法および材料も、本発明の実施または試験において用いることができるが、好ましい方法および材料が記載されている。本発明の目的のため、以下の用語を以下に定義する。
【0041】
冠詞「a」および「an」は、冠詞の文法的対象物の1つまたは2つ以上(即ち少なくとも1つ)を意味するために用いられる。例として、「エレメント」は、1つのエレメントまたは2つ以上のエレメントを意味する。
【0042】
本明細書で用いる場合、「および/または」は、関連する列挙された項目の1つまたは複数のあらゆる可能な組合せ、ならびに代替手段において示される場合の組合せの欠如(または)を意味し、これを包含する。
【0043】
用語「活性剤」および「治療剤」は、本明細書で相互交換可能に用いられ、疾患または障害の少なくとも1つの症状を防止、低減、または改善する薬剤を意味する。
【0044】
用語「同時投与」または「同時に投与すること」または「共投与すること」等は、2つ以上の薬剤を含む単一の組成物の投与、または個別の組成物としておよび/もしくは有効な結果が、全てのそのような薬剤が単一の組成物として投与される場合に得られるものと同等である十分に短い期間内に同時進行で、または同時に、または逐次的に個別の経路によって送達されるそれぞれの薬剤の投与を意味する。「同時に」は、薬剤が実質的に同時に、望ましくは同一処方の中で一緒に、投与されることを意味する。「同時進行で」は、薬剤が時間的に近接して投与され、例えば1つの薬剤が別の薬剤の前または後に約1分以内~約1日以内に投与されることを意味する。いずれの同時進行時間も有用である。しかし、同時に投与されない場合には、薬剤は約1分以内~約8時間以内、適切には約1時間~約4時間未満以内で投与される場合が多い。同時進行で投与する場合には、薬剤は適切には対象に対して同じ部位で投与される。用語「同じ部位」は正確な位置を含むが、約0.5~約15センチメートル以内、好ましくは約0.5~約5センチメートル以内であってよい。用語「個別に」は、本明細書で用いる場合、薬剤が時間間隔を置いて、例えば約1日~数週または数か月の時間間隔で投与されることを意味する。薬剤はいずれかの順序で投与してよい。用語「逐次的に」は、本明細書で用いる場合、薬剤が順に、例えば分、時間、日、または週の時間間隔(単数または複数)で投与されることを意味する。適切であれば、薬剤は規則的な繰り返しサイクルで投与してよい。
【0045】
本明細書全体を通して、文脈が他を要求しない限り、単語「含む」は、記載したステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を包含することを暗示しているが、他のいずれのステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群の排除を暗示しないことが理解されよう。即ち、用語「含む」等の使用は、列挙した要素が必要または必須であるが、他の要素は任意選択であり、存在しても存在しなくてもよいことを示している。「からなる」は、語句「からなる」の前の全てを含み、これらに限定される。即ち、語句「からなる」は、列挙した要素が必要または必須であり、他の要素は存在しなくてよいことを示している。「から本質的になる」は、その語句の前に列挙した任意の要素を含むことを意味し、列挙した要素について本開示で特定した活性または作用に介入または寄与しない他の要素に限定される。即ち、語句「から本質的になる」は、列挙した要素が必要または必須であるが、他の要素は任意選択であり、これらが列挙した要素の活性または作用に影響するか否かによって、存在しても存在しなくてもよいことを示す。
【0046】
本明細書で用いる場合、「対応するヌクレオチド」、「対応するアミノ酸残基」、または「対応する位置」は、整列させた遺伝子座で生じるヌクレオチド、アミノ酸、または位置を意味する。関連するまたは変異体のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列は、当業者には既知の任意の方法によって整列される。そのような方法は、典型的には一致を最大化し(例えば位置における同一のヌクレオチドまたはアミノ酸)、手動のアラインメント等を用いる方法および入手可能な多くのアラインメントプログラムを用いる方法(例えばBLASTN、BLASTP、ClustlW、ClustlW2、EMBOSS、LALIGN、Kalign、その他)および当業者には既知のその他が含まれる。ポリヌクレオチドの配列を整列させることによって、当業者は対応するヌクレオチドを同定することができる。例えば、配列番号2で示されるHS4-650インシュレーターを他のHS4-650インシュレーター(例えば
図1に示すような)と整列させることによって、当業者は、配列番号2で示されるインシュレーター中の種々の領域またはヌクレオチドに対応する他のインシュレーター中の領域またはヌクレオチドを同定することができる。例えば、配列番号2の384位におけるAは、配列番号11の375位におけるAの対応するヌクレオチドであるか、またはこれに対応する。別の例では、配列番号2のヌクレオチド385~386におけるSA1部位は、配列番号20のヌクレオチド375~376におけるSA1部位に対応する。即ち、ヌクレオチドまたは位置が本明細書において特定の配列(例えばHS4 650インシュレーター配列)に関して言及される場合には、適切であれば別の配列(例えば別のHS4 650インシュレーター配列)中の対応するヌクレオチドまたは位置にも言及されることが理解される。例えば、「配列番号2に対する番号付けでヌクレオチドの385~386位における」HS4-650インシュレーター中のSA1への言及は、配列番号2で示されるHS4-650インシュレーターの385~386位におけるSA1および他のHS4-650インシュレーター中のSA1を意味し、ここでSA1は、配列番号2で示されるHS4-650インシュレーターの385~386に対応する位置にある。別の例では、配列番号2に対する番号付けで384位にAの突然変異を含むHS4-650インシュレーターへの言及は、384位にAの突然変異を有する配列番号2で示されるHS4-650インシュレーターのみでなく、配列番号2の384位に対応する位置にAの突然変異を有する他のHS4-650インシュレーターも包含する。
【0047】
疾患または状態の処置の文脈における「有効量」は、その状態の症状の悪化の防止、そのような症状の抑制および/または現に存在する症状の処置のために有効な、単一用量またはシリーズの一部としての、そのような処置または予防を必要とする個体への薬剤または組成物の投与の量を意味する。有効量は、処置すべき個体の年齢、健康状態、および身体的状態、ならびに疾患の状態が明白であるか、処置すべき個体の分類上の群、組成物の処方、医学的状況の評価、およびその他の関連する因子に応じて変動する。最適の投薬スケジュールは、対象の体内の薬物の集積の測定から計算することができる。最適投薬量は個別の対象の相対的な能力に応じて変動し、一般にはインビトロ(in vitro)およびインビボ(in vivo)の動物モデルにおいて有効であることが見出されたEC50値に基づいて推測することができる。当業者であれば、最適の投薬量、投薬方法、および繰り返し回数を容易に決定することができる。量は日常の試験で決定することができる比較的広い範囲に落ち着くことが予想される。
【0048】
本明細書において相互交換可能に用いられる用語「対象」、「患者」、および「個体」は、任意の対象、特に脊椎動物対象、さらに特には哺乳動物対象(例えばヒト)を意味する。一部の実施形態では、用語「対象」は、WASを有する哺乳動物対象(例えばヒト)を意味する。他の実施形態では、用語「対象」は、SCDを有する哺乳動物対象(例えばヒト)を意味する。
【0049】
本明細書で用いる場合、用語「発現カセット」は、RNAおよび一部の実施形態では引き続いてタンパク質を発現することができるベクターの中の1つまたは複数の遺伝子配列を意味する。発現カセットは、少なくとも1つのプロモーターおよび少なくとも1つの目的の遺伝子を含む。一部の実施形態では、発現カセットは、少なくとも1つのプロモーター、少なくとも1つの目的の遺伝子、および発現のための分子(例えば導入遺伝子またはRNAi)をコードする少なくとも1つのさらなる核酸配列を含む。一部の実施形態では、発現カセットは、位置的におよび逐次的にベクター中で配向しており、それにより、カセット中の核酸をRNAに転写すること、必要であればタンパク質またはポリペプチドに翻訳すること、形質転換された細胞(例えば形質導入された幹細胞)中の活性のために必要な適切な翻訳後改変を行なうことができ、また、適切な細胞内コンパートメントを標的とすることまたは細胞外コンパートメントへの分泌によって、生物活性のための適切なコンパートメントに転座させることができる。一部の実施形態では、カセットはベクターの中に直ちに挿入できるように適合されたその3’および5’末端を有し、例えばこれはそれぞれの末端に制限エンドヌクレアーゼ部位を有している。
【0050】
本明細書で用いる場合、用語「宿主細胞」は、本開示の方法を用いて改変されるべき細胞を意味する。一部の実施形態では、宿主細胞は、その中にレンチウイルスベクターを導入することができる哺乳動物細胞である。好適な哺乳動物宿主細胞には、それだけに限らないが、ヒト細胞、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞(例えばアカゲザル細胞)、ヒト前駆細胞または幹細胞、293細胞、HeLa細胞、D17細胞、MDCK細胞、BHK細胞、およびCf2Th細胞が含まれる。ある特定の実施形態では、本開示の発現ベクターを含む宿主細胞は、造血細胞、例えば造血前駆/幹細胞(例えばCD34陽性造血前駆/幹細胞)、単球、マクロファージ、末梢血単核細胞、CD4+ Tリンパ球、CD8+ Tリンパ球、または樹状細胞である。本開示の発現ベクターが形質導入される造血細胞(例えばCD4+ Tリンパ球、CD8+ Tリンパ球、および/または単球/マクロファージ)は、同種、自己、または一致した兄弟姉妹からであってよい。造血細胞は、一部の実施形態では、CD34陽性であり、患者の骨髄または末梢血から単離することができる。単離されたCD34陽性造血細胞(および/または本明細書に記載したその他の造血細胞)には、一部の実施形態では、本明細書に記載した発現ベクターが形質導入される。
【0051】
本明細書で用いる場合、用語「造血幹細胞」または「HSC」は、造血系の全ての細胞型に分化することができる多能性細胞を意味し、それだけに限らないが顆粒球、単球、赤血球、巨核球、リンパ球、樹状細胞を含み、自己更新活性、即ち分裂して親細胞と同一の(例えば自己更新性)特徴を有する少なくとも1つの娘細胞を生成する能力を有する。
【0052】
本明細書で用いる場合、HPRTは、HPRT1遺伝子によってコードされる、プリン代謝に関与する酵素である。HPRT1はX染色体の上に位置しており、したがって男性において単一のコピーで存在する。HPRT1は、5-ホスホリボシル基を5-ホスホリボシル 1-ピロホスフェートからプリンへ転移させることによって、ヒポキサンチンのイノシンモノホスフェートへの、またグアニンのグアノシンモノホスフェートへの転換を触媒するトランスフェラーゼをコードする。酵素は、一次的には更新されたプリン合成における使用のために、分解したDNAからプリン類を回収するように機能する。
【0053】
本明細書で用いる場合、用語「レンチウイルス」は、分裂中のおよび非分裂中の細胞に感染することができるレトロウイルスの属を意味する。レンチウイルスのいくつかの例には、HIV(ヒト免疫不全ウイルス。HIV 1型およびHIV 2型を含む)、ヒト後天的免疫不全症候群(AIDS)の病原体、ヒツジで脳炎(visna)または肺炎(maedi)を引き起こすvisna-maedi、ヤギで免疫不全、関節炎、および脳炎を引き起こすヤギ関節炎-脳炎ウイルス、ウマで自己免疫性溶血性貧血および脳炎を引き起こすウマ感染性貧血ウイルス、ネコで免疫不全を引き起こすネコ免疫不全ウイルス(FIV)、ウシでリンパ節腫脹症、リンパ球増加症、およびおそらく中枢神経系の感染を引き起こすウシ免疫不全ウイルス(BIV)、ならびに類人霊長類で免疫不全および脳炎を引き起こすサル免疫不全ウイルス(SIV)が含まれる。
【0054】
本明細書で用いる場合、用語「レンチウイルスベクター」は、レンチウイルスに由来し、形質導入を介して遺伝物質を細胞中に転移させるために用いられる任意の形態の核酸を示すために用いられる。この用語は、DNAおよびRNA等のレンチウイルスベクター核酸、これらの核酸のカプセル化された形態、およびその中にウイルスベクター核酸がパッケージングされたウイルス粒子を包含する。
【0055】
本明細書で用いる場合、用語「突然変異した」は、それぞれの配列の天然の、標準の、または参照のバージョン、即ち非突然変異配列からの、ヌクレオチドまたはアミノ酸の配列等の配列における変化を意味する。
【0056】
本明細書で用いる場合、用語「作動可能に連結された」は、核酸発現制御配列(例えばプロモーター、シグナル配列、エンハンサー、または転写因子結合部位のアレイ)と第2の核酸配列との間の機能的連結を意味し、ここで発現制御配列は、適切な分子(例えば転写アクチベータータンパク質)が発現制御配列に結合した際に、第2の配列に対応する核酸の転写および/または翻訳に影響する。
【0057】
本明細書で用いる場合、用語「プロモーター」は、RNAポリメラーゼが結合するポリヌクレオチド(DNAまたはRNA)の認識部位を意味する。RNAポリメラーゼは、プロモーターに作動可能に連結されたポリヌクレオチドを開始し、転写する。一部の実施形態では、哺乳動物細胞において作動可能なプロモーターは、転写が開始される部位から約25~30塩基上流に位置するATに富む領域および/または転写の開始から約70~約80塩基上流で見出される別の配列、例えばCNCAAT領域を含み、ここでNは任意のヌクレオチドであってよい。
【0058】
本明細書で用いる場合、用語「小ヘアピンRNA」または「shRNA」は、アンチセンス領域、ループ部分、およびセンス領域を含むRNA分子を意味し、ここでセンス領域はアンチセンス領域と塩基対を形成して二重鎖ステムを形成する相補的ヌクレオチドを有する。転写後プロセシングに続いて、小ヘアピンRNAは、RNアーゼIIIファミリーのメンバーである酵素DICERによって媒介される切断事象によって小干渉RNAに変換される。本明細書で用いる場合、語句「転写後プロセシング」は、転写後に起こり、例えば酵素DICERおよび/またはDroshaによって媒介されるmRNAプロセシングを意味する。
【0059】
本明細書で用いる場合、用語「形質導入する」または「形質導入」は、トランスフェクションよりむしろ感染の手段によってウイルスまたはレトロウイルスのベクターを用いて遺伝子をデリバリーすることを意味する。例えば、レトロウイルスベクター(核酸を細胞に導入するためのベクターとして用いられる改変されたレトロウイルス)によって運搬される抗HPRT遺伝子を、感染およびプロウイルス組込みによって細胞内に形質導入することができる。即ち、「形質導入された遺伝子」は、レンチウイルスまたはベクターによる感染およびプロウイルス組込みによって細胞内に導入された遺伝子である。ウイルスベクター(例えば形質導入ベクター)は、遺伝子を「標的細胞」または宿主細胞に形質導入する。
【0060】
本明細書で用いる場合、用語「処置」、「処置すること」等は、処置を必要とする対象、即ち疾患または障害を有する対象において所望の薬理学的および/または生理学的な効果を得ることを意味する。「処置」は、疾患または障害の1つまたは複数の症状または効果(例えば結果)を改善するか防止することを意味する。「処置」、「処置する」、または「処置すること」への言及は、疾患または障害のあらゆる症状または効果を逆転または防止することを必ずしも意味しない。例えば、対象は究極的には1つまたは複数の症状または効果を被るかも知れないが、症状または効果の数および/または重症度は低減され、および/または生活の質は処置前と比較して改善される。
【0061】
本明細書に記載したそれぞれの実施形態は、特に他に述べなければ、変更すべきところは変更して、あらゆる実施形態に適用されることになる。
【0062】
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【表1-4】
【0063】
2.レンチウイルスベクター
本開示は、例えばWASまたはSCDを含む疾患または状態を処置するための遺伝子療法の適用に有用なレンチウイルスベクターを提供する。一態様では、レンチウイルスベクターは、導入遺伝子に作動可能に連結された(即ち治療用のタンパク質またはポリヌクレオチド等のタンパク質またはポリヌクレオチドをコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された)第1のプロモーターと、改変されたHS4-650インシュレーターとを含む。改変されたHS4-650インシュレーターは、インシュレーターがベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-650インシュレーター中に存在する1つまたは複数のクリプティックスプライスアクセプター部位の不活性化を含む。別の態様では、レンチウイルスベクターは、導入遺伝子に作動可能に連結された(即ち治療用のタンパク質またはポリヌクレオチド等のタンパク質またはポリヌクレオチドをコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された)第1のプロモーターと、改変されたHS4-400インシュレーターとを含む。改変されたHS4-400インシュレーターは、インシュレーターがベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-400インシュレーター中に存在する1つまたは複数のクリプティックスプライスアクセプター部位の不活性化を含む。
【0064】
したがって、本開示のレンチウイルスベクターは、本明細書に記載するように、細胞のゲノムに組み込まれた場合に、未改変のHS4-650インシュレーターまたは未改変のHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターと比較して、選択的スプライシング(例えば細胞中でレンチウイルスベクターが組み込まれた遺伝子の転写物の、レンチウイルスベクターRNAの、および/またはレンチウイルスベクターによってコードされる導入遺伝子の転写物の)の低減に関連することができる。一部の実施形態では、選択的スプライシングのレベルは、少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。
【0065】
本開示の目的のため、レンチウイルスベクターは、レンチウイルスから導出可能な少なくとも1つの成分部分を含む核酸を含むベクターである。この成分部分は、ベクターが細胞に感染し、遺伝子を発現し、または複製する生物学的機序に関与し得る。即ち、レンチウイルスベクターは、プラスミド等の核酸分子およびウイルス粒子を含む。
【0066】
レトロウイルスおよびレンチウイルスのゲノムの基本構造は5’LTRおよび3’LTR等の多くの共通の機構を共有しており、その間またはその中には、ゲノムをパッケージングすることを可能にするパッケージングシグナル、プライマー結合部位、宿主細胞のゲノムへの組込みを可能にする組込み部位、ならびにウイルス粒子のアセンブリーのために必要なポリペプチドであるパッケージング成分をコードするgag、pol、およびenv遺伝子が位置している。レンチウイルスは、例えばrevおよびrev応答エレメント(RRE)配列等のさらなる機構を有し、これらは組み込まれたプロウイルスのRNA転写物の核から感染した標的細胞の細胞質への効率的なエクスポートを可能にする。プロウイルスでは、ウイルス遺伝子は長鎖末端反復(LTR)と呼ばれる領域に両端で隣接している。LTRはプロウイルスの組込みおよび転写に関与している。LTRはエンハンサー-プロモーター配列としても働き、ウイルス遺伝子の発現を制御することができる。LTRそれ自体は、「U3」、「R」、および「U5」と呼ばれる3つのエレメントに分割できる同一の配列である。U3はRNAの3’末端に特有の配列に由来し、RはRNAの両端において繰り返される配列に由来し、U5はRNAの5’末端に特有の配列に由来する。3つのエレメントの大きさは異なるウイルスの間でかなり変動し得る。
【0067】
一実施形態では、複製に必須の1つまたは複数のタンパク質コード領域の少なくとも一部をベクターから除いてもよく、それにより、ベクターは複製欠陥型となる。標的の非分裂宿主細胞に形質導入することおよび/またはそのゲノムを宿主ゲノムの中に組み込むことができる核酸を含むベクターを生成するため、ウイルスゲノムの一部を核酸で置き換えてもよい。一実施形態では、レンチウイルスベクターは、米国特許出願第12/138,993号(参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、非組込み型ベクターである。
【0068】
レンチウイルスベクターは、目的のヌクレオチド配列を標的宿主細胞に感染させ、形質導入させ、および送達させるために必要な機能を提供するために、非必須エレメントを除去し、必須エレメントを保持するように操作されたゲノムを有してよい(例えば参照により組み込まれる米国特許第6,669,936号を参照)。一部の実施形態では、ゲノムは、パッケージング成分の存在下で標的細胞に感染することができるウイルス粒子の中にRNAゲノムをパッケージングすることを可能にする十分なレンチウイルス遺伝情報に限定されている。標的細胞の感染は、逆転写および標的細胞ゲノムへの組込みを含み得る。一部の実施形態では、ベクターは、最終の標的細胞の中で感染性のレンチウイルス粒子を産生するための独立の複製ができない。一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、機能性gag-polおよび/もしくはenv遺伝子ならびに/または複製に必須の他の遺伝子を欠いている。
【0069】
一部の例では、レンチウイルスベクターは、自己不活性化ベクターである。自己不活性化ベクターは、3’LTRのU3領域において転写エンハンサーまたはエンハンサーおよびプロモーターを欠失させることによって構築できる。ベクターの逆転写および組込みのラウンドの後、これらの変化は5’と3’のLTRの両方にコピーされ、転写不活性のプロウイルスが産生される(Yu et al. (1986), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 83:3194-98; Dougherty and Temin et al. (1987), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 84:1197-01; Hawley (1987), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 84:2406-10; Yee et al. (1994), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 91:9564-68)。しかし、そのようなベクター中のLTRに対して内部のいずれかのプロモーターはまだ転写活性であり得る。内部的に配置された遺伝子からウイルスLTR中のエンハンサーおよびプロモーターの転写に対する影響を排除するために、この戦略を採用した。そのような影響には、転写の増大(Jolly et al. (1983), Nucleic Acids Research, 11:1855-72)または転写の抑制(Emerman and Temin (1984), Cell, 39:449-67)が含まれる。この戦略は、3’LTRからゲノムDNA中への下流の転写を排除するためにも用いることができる(Herman & Coffin (1987), Science, 236:845-48)。
【0070】
宿主細胞/パッケージング細胞中でウイルスゲノムを産生するために用いられるプラスミドベクターは、宿主細胞/パッケージング細胞におけるゲノムの転写を指令するレンチウイルスゲノムに作動可能に連結された転写規制制御配列も含むことになる。これらの規制配列は、転写されたレンチウイルス配列に関連する天然の配列、即ち5’U3領域であってよく、またはこれらは別のウイルスプロモーター、例えばCMVプロモーターまたは7tetOプロモーター/オペレーター等の異種または改変されたプロモーターであってよい。一部のレンチウイルスゲノムは、効率的なウイルス産生のためにさらなる配列を必要とする。例えば、HIV系レンチウイルスベクターの場合には、revおよびRRE配列が好ましく含まれる。しかし、revおよびRREの必要性は、コドン最適化によって低減または排除されることがある(参照により組み込まれる米国特許出願第12/587,236号を参照)。rev/RRE系と同じ機能を発揮する代替の配列も知られている。例えば、rev/RRE系の機能的アナログが、メイソンファイザーサルウイルスで見出される。これは構成的輸送エレメント(CTE)として知られており、感染した細胞中の因子と相互作用すると考えられるRRE型の配列をゲノム中に含んでいる。細胞中の因子は、revアナログと考えることができる。即ち、CTEはrev/RRE系の代替として用いてよい。既知のまたは利用可能となった他の任意の機能的等価物も本開示のベクターに関連し得る。例えば、HTLV-1のRexタンパク質は、HIV-1のRevタンパク質を機能的に置き換えることができる。RevおよびRexはIRE-BPに対して同様の効果を有することも知られている。
【0071】
一部の実施形態では、発現ベクターは、レンチウイルスの5’および3’の長鎖末端反復(LTR)由来の配列を含む。一部の実施形態では、ベクターは、レンチウイルスの5’LTR由来のRおよびU5配列ならびにレンチウイルス由来の不活性化されたまたは自己不活性化性の3’LTRを含む。一部の実施形態では、LTR配列はHIV LTR配列である。
【0072】
一部の実施形態では、本明細書で意図するレンチウイルスベクターは、組込み型または非組込み型(組込み欠陥型レンチウイルスとも称される)であってよい。本明細書で用いる場合、用語「組込み欠陥型レンチウイルス」または「IDLV」は、ウイルスゲノムを宿主細胞のゲノム中に組み込む能力を欠くインテグラーゼを有するレンチウイルスを意味する。一部の適用では、組込み型レンチウイルスベクターの使用で、組込み型レンチウイルスによって誘導される挿入型突然変異生成の可能性を避けることができる。組込み欠陥型レンチウイルスベクターは、典型的にはレンチウイルスインテグラーゼ遺伝子を突然変異させるか、またはLTRの付着配列を改変することによって生成される(例えばSarkis et al. (2008), Curr. Gene. Ther., 6: 430-437を参照)。レンチウイルスインテグラーゼはHIV-1 Pol領域によってコードされており、この領域は逆転写、核インポート、およびウイルス粒子のアセンブリーを含む他の重要な活性をコードしているので、この領域を欠くことはできない。インテグラーゼタンパク質を変化させるpol中の突然変異は、2つのクラス、即ちインテグラーゼ活性のみに選択的に影響する突然変異(クラスI)、または多面的な影響を有する突然変異(クラスII)のうちの1つに分類される。インテグラーゼタンパク質のNおよびC末端ならびに触媒的コア領域にわたる突然変異は、粒子の形成および逆転写を含む多数の機能に影響するクラスIIの突然変異を生成する。クラスIの突然変異は、その影響を触媒活性、DNA結合、線状エピソームプロセシング、およびインテグラーゼのマルチマー化に限定する。最も一般的なクラスIの突然変異部位は、D64、D116、およびE152を含むインテグラーゼの触媒的コアにおける残基のトライアッドである。それぞれの突然変異は、通常の組込み型ベクターのそれより4ログまでより低い組込み頻度で組込みを効率的に阻害する一方、NILVの導入遺伝子発現を維持することが示された。組込みを阻害するための別の代替の方法は、インテグラーゼのDNA結合部位(LTR att部位)において、5’および3’のLTRの末端のそれぞれU3領域の12塩基対領域の中またはU5領域の11塩基対領域の中に突然変異を導入することである。これらの配列は、インテグラーゼ媒介末端プロセシングに続いて露出される保存された末端CAジヌクレオチドを含む。保存されたCA/TGジヌクレオチドにおける単一または二重の突然変異は、組込み頻度において3~4ログまでの低下をもたらすが、効率的なウイルス形質導入のために必要な他の全ての機能を保持している。
【0073】
2.1 導入遺伝子
導入遺伝子は、標的細胞(例えばHSC)における欠陥を補正することができる治療用発現産物(例えばタンパク質またはポリヌクレオチド)をコードする任意の遺伝子であってよい。導入遺伝子には、導入遺伝子によってコードされる完全長のポリペプチドの治療機能の一部または全部を維持するタンパク質、ポリペプチド、ドメイン、融合タンパク質、および突然変異体を発現するか、発現するように適合され得る、ゲノム配列、cDNA配列、および小さな操作された遺伝子セグメントが含まれ得る。
【0074】
特定の実施形態では、導入遺伝子は、ウィスコット-アルドリッチ症候群(WAS)タンパク質(WASP)をコードする。即ち、一部の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、WASPをコードする第1の核酸配列を含む。例示的なWASPには、配列番号76で示されるアミノ酸配列を含むWASP、および配列番号76で示されるWASPと少なくともまたは約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、98%、もしくは99%の配列同一性を有するWASPが含まれる。一部の実施形態では、WASPをコードする核酸配列は、配列番号73~75のいずれか1つで示される核酸配列と少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。他の実施形態では、導入遺伝子は、グロビン導入遺伝子、例えばγ-グロビン導入遺伝子である。
【0075】
特定の実施形態では、導入遺伝子はグロビン導入遺伝子をコードする。即ち、一部の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、グロビン導入遺伝子をコードする第1の核酸配列を含む。例示的なグロビン導入遺伝子には、配列番号103で示されるアミノ酸配列を含む導入遺伝子、および配列番号103で示されるタンパク質と少なくともまたは約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する導入遺伝子が含まれる。一部の実施形態では、グロビンタンパク質をコードする核酸配列は、配列番号101~102のいずれか1つで示される核酸配列と少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0076】
2.2 HS4-650インシュレーター
本開示の一部のレンチウイルスベクターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して1つまたは複数の不活性化または破壊されたスプライスアクセプター部位を有する改変されたHS4-650インシュレーターを含む。
【0077】
インシュレーターエレメントは、2つの重要な活性、即ちインシュレーターがエンハンサーとプロモーターとの相互作用を防止する「エンハンサーブロッキング活性」、およびインシュレーターがクロマチン凝縮によって導入遺伝子のサイレンシングを防止する「バリア活性」を有する。バリア活性は導入遺伝子の発現を効果的に増大させることができる一方、エンハンサーブロッキング活性は、ベクター中のエンハンサーが近傍で組み込まれた場合に通常では不活性な発癌遺伝子プロモーターに作用することを防止できる。
【0078】
バリア活性およびエンハンサーブロッキング機能を有する最もよく特徴解析されたインシュレーターは、ニワトリβ-グロビン遺伝子座由来の超感受性部位4(cHS4)を含む1.2kbの断片である。このインシュレーターは、導入遺伝子の発現を増大させ、望ましくないプロモーター活性を低減させる効果があるが、ウイルス力価を低減させることが示されており、それにより、臨床使用のための大スケールのウイルス産生には限界がある。HS4-コア(250bp)およびHS4-Ext(400bp)を含み、HS4-650(またはcHS4-650)と称される代替の形態である650bpのcHS4インシュレーターは、バリア機能およびエンハンサーブロッキング機能を保持しているが、1.2kbの断片と同様にはウイルス産生に影響しない(例えばArumugam et al. (2009), PLoS ONE, 4(9):e6995; Wielgosz et al. (2015), Molecular Therapy -Methods & Clinical Development, 2, 14063を参照)。HS4-Ext(400bp)を含み、HS4-400(またはcHS4 400)と称される別の代替形態である400bpのcHS4インシュレーターも、バリア機能およびエンハンサーブロッキング機能を保持しているが、1.2kbの断片と同様にはウイルス産生に影響しない。
【0079】
本明細書で決定されるように、HS4-650およびHS4-400インシュレーターを含むcHS4由来のインシュレーターは、ウイルスベクター中に存在する場合に、クリプティックスプライスアクセプター部位を含み得る。これらのスプライスアクセプター部位は、インシュレーターがレンチウイルスベクター中に逆配向で存在する場合に、配列番号1で示されるHS4-650インシュレーター中で同定され、それにより、スプライスアクセプター部位は、ベクターのポジティブ鎖の中にあった。即ち、スプライスアクセプター部位は、配列番号1の逆相補配列の中にあった。この逆相補配列は、配列番号2として示される。スプライスアクセプター部位は、スプライスアクセプター部位1(SA1)、スプライスアクセプター部位2(SA2)、およびスプライスアクセプター部位3(SA3)を含む。表2は、配列番号2で示されるHS4-650インシュレーター中のこれらのスプライス部位の配列および位置を説明する。
【0080】
【0081】
2.2.1 SA1
表2に示すように、SA1は、配列番号2の385~386位(即ちスプライシングは385位のGと386位のAとの間で起こる)および配列番号11、20、29、38、および47で示される配列を含むその他の逆相補体HS4-650インシュレーター配列の対応する位置に存在する(
図1参照)。SA1は配列TTGCATCCAG
∧ACACCATCAA(配列番号60)を含むとして定義することもでき、ここで
∧はスプライス位置を表す。
【0082】
本開示のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、不活性化されたSA1(レンチウイルスベクター中に存在する場合に未改変のHS4-650インシュレーターに対して)を含む改変されたHS4-650インシュレーターを含む。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターは、ベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-650インシュレーターに対する改変を含み、ここで改変はSA1の不活性化をもたらす。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクター中の385~386位で生じるスプライシングと比較して、385~386位で低減したスプライシングを呈する。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。一部の実施形態では、改変は、未改変のHS4-650インシュレーターに対して改変されたHS4-650インシュレーターの配列における突然変異であるか、これを含む。他の例では、改変は、ベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターの配向に対するベクター中の改変されたHS4-650インシュレーターの配向における変化である。理解されるように、改変がインシュレーターの配向における変更である場合には、未改変のHS4-650インシュレーターと比較して、改変されたHS4-650インシュレーターの配列の改変はなくてもよい。
【0083】
未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SA1を含むインシュレーター、即ちSA1におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含むインシュレーターを含む。例示的な未改変のHS4-650インシュレーターは、配列番号1、10、19、28、37、および46で示される配列(配列番号2、11、20、29、38、および47で示される逆相補配列とともに)およびこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(SA1部位がまだ存在することを前提として、例えばHS4-650インシュレーターの逆相補体が配列TTGCATCCAGACACCATCAA(配列番号60)を含むことを前提として)。一部の例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中の逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA1はポジティブ鎖の上に存在する。さらなる例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子と比較して逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA1は導入遺伝子転写物のポジティブ鎖の上に存在する。
【0084】
特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のHS4-650インシュレーター中に存在するSA1を不活性化する(または配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列の385~386位で生じるスプライシングと比較して改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列の385~386位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SA1を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異は、SA1配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSA1配列中へのヌクレオチド(例えば配列TTGCATCCAGACACCATCAA(配列番号60))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるA、385位におけるG、386位におけるA、および/または387位におけるCの突然変異(例えば欠失または置換)である。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、384位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、385位におけるGからC、GからA、もしくはGからTへの突然変異、386位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、および/または387位におけるCからG、CからT、もしくはCからAへの突然変異を含み得る。他の例では、突然変異は384位、385位、または386位の後のヌクレオチドの挿入を含む。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、2つ以上のそのような突然変異を含む。
【0085】
一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、逆相補配列中(即ち相補鎖中)において384位にAからTへの突然変異を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号3、12、21、30、39、および48のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで384位にTが存在することを前提として)。
【0086】
一部の例では、SA1を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子に対して反対の配向(即ち、第1の核酸配列に対して反対の配向)にある。特定の例では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0087】
さらなる例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中で、レンチウイルスベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターに対して反対の配向にあり、即ち改変されたHS4-650インシュレーターの配向は未改変のHS4-650インシュレーターに対して反転しており、それによりSA1が不活性化される。特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターはベクター中で順配向にある。即ち、WASPをコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターおよびベクター中で順配向にあるHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターも提供される。一部の例では、第1の核酸配列もベクター中で順配向にある。一部の例では、HS4-650インシュレーターは、配列番号1、10、19、28、37、および46のいずれか1つで示される配列、またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0088】
2.2.2 SA2
SA2は、配列番号2の446~447位(即ちスプライシングは446位のGと447位のGとの間で起こる)および配列番号11、20、29、38、および47で示される配列を含むその他の逆相補体HS4-650インシュレーター配列の対応する位置に存在する(
図1参照)。SA2は配列ATCCCCCCAG
∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含むとして定義することもでき、ここで
∧はスプライス位置を表す。
【0089】
本開示のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、不活性化されたSA2(レンチウイルスベクター中に存在する場合に未改変のHS4-650インシュレーターに対して)を含む改変されたHS4-650インシュレーターを含む。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターは、ベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-650インシュレーターに対する改変を含み、ここで改変はSA2の不活性化をもたらす。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクター中の446~447位で生じるスプライシングと比較して、446~447位で低減したスプライシングを呈する。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。一部の実施形態では、改変は、未改変のHS4-650インシュレーターに対して改変されたHS4-650インシュレーターの配列における突然変異であるか、これを含む。他の例では、改変は、ベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターの配向に対するベクター中の改変されたHS4-650インシュレーターの配向における変化である。理解されるように、改変がインシュレーターの配向における変更である場合には、未改変のHS4-650インシュレーターと比較して、改変されたHS4-650インシュレーターの配列の改変はなくてもよい。
【0090】
未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SA2を含むインシュレーター、即ちSA2におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含むインシュレーターを含む。例示的な未改変HS4-650インシュレーターは、配列番号1、10、19、28、37、および46で示される配列(配列番号2、11、20、29、38、および47で示される逆相補配列とともに)およびこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(SA2部位がまだ存在することを前提として、例えばHS4-650インシュレーターの逆相補体が配列ATCCCCCCAGGTGTCTGCAG(配列番号61)を含むことを前提として)。一部の例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中の逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA2はポジティブ鎖の上に存在する。さらなる例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子と比較して逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA2は導入遺伝子転写物のポジティブ鎖の上に存在する。
【0091】
特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のHS4-650インシュレーター中に存在するSA2を不活性化する(または配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列の446~447位で生じるスプライシングと比較して改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列の446~447位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SA2を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異は、SA2配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSA2配列中へのヌクレオチド(例えば配列ATCCCCCCAGGTGTCTGCAG(配列番号61))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるA、446位におけるG、447位におけるG、および/または448位におけるTの突然変異(例えば欠失または置換)である。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、445位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、446位におけるGからC、GからA、もしくはGからTへの突然変異、447位におけるGからC、GからT、もしくはGからAへの突然変異、および/または448位におけるTからA、TからC、もしくはTからGへの突然変異を含み得る。他の例では、突然変異は445位、446位、または447位の後のヌクレオチドの挿入を含む。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、2つ以上のそのような突然変異を含む。
【0092】
一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、逆相補配列中において445位にAからTへの突然変異を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号7、16、25、34、43、および52のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで445位にTが存在することを前提として)。
【0093】
一部の例では、SA2を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子に対して反対の配向(即ち、第1の核酸配列に対して反対の配向)にある。特定の例では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0094】
さらなる例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中で、レンチウイルスベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターに対して反対の配向にあり、即ち改変されたHS4-650インシュレーターの配向は未改変のHS4-650インシュレーターに対して反転しており、それによりSA2が不活性化される。特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターはベクター中で順配向にある。
【0095】
2.2.3 SA3
SA3は、配列番号2の456~457位(即ちスプライシングは456位のGと457位のGとの間で起こる)および配列番号11、20、29、38、および47で示される配列を含むその他の逆相補体HS4-650インシュレーター配列の対応する位置に存在する(
図1参照)。SA3は配列GTGTCTGCAG
∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含むとして定義することもでき、ここで
∧はスプライス位置を表す。
【0096】
本開示のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、不活性化されたSA3(レンチウイルスベクター中に存在する場合に未改変のHS4-650インシュレーターに対して)を含む改変されたHS4-650インシュレーターを含む。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターは、ベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-650インシュレーターに対する改変を含み、ここで改変はSA3の不活性化をもたらす。即ち、改変されたHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターを含むレンチウイルスベクター中の456~457位で生じるスプライシングと比較して、456~457位で低減したスプライシングを呈する。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。一部の実施形態では、改変は、未改変のHS4-650インシュレーターに対して改変されたHS4-650インシュレーターの配列における突然変異であるか、これを含む。他の例では、改変は、ベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターの配向に対するベクター中の改変されたHS4-650インシュレーターの配向における変化である。理解されるように、改変がインシュレーターの配向における変更である場合には、未改変のHS4-650インシュレーターと比較して、改変されたHS4-650インシュレーターの配列の改変はなくてもよい。
【0097】
未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SA3を含むインシュレーター、即ちSA3におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含むインシュレーターを含む。例示的な未改変HS4-650インシュレーターは、配列番号1、10、19、28、37、および46で示される配列(配列番号2、11、20、29、38、および47で示される逆相補配列とともに)およびこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(SA3部位がまだ存在することを前提として、例えばHS4-650インシュレーターの逆相補体が配列GTGTCTGCAGGCTCAAAGAG(配列番号62)を含むことを前提として)。一部の例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中の逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA3はポジティブ鎖の上に存在する。さらなる例では、未改変のHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子と比較して逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA3は導入遺伝子転写物のポジティブ鎖の上に存在する。
【0098】
特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のHS4-650インシュレーター中に存在するSA3を不活性化する(または配列番号2に対する番号付けで、未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補配列の456~457位で生じるスプライシングと比較して改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列の456~457位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SA3を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異は、SA3配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSA3配列中へのヌクレオチド(例えば配列GTGTCTGCAGGCTCAAAGAG(配列番号62))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるA、456位におけるG、457位におけるG、および/または458位におけるCの突然変異(例えば欠失または置換)である。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、455位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、456位におけるGからC、GからA、もしくはGからTへの突然変異、457位におけるGからC、GからT、もしくはGからAへの突然変異、および/または458位におけるCからA、CからG、もしくはCからTへの突然変異を含み得る。他の例では、突然変異は455位、456位、または457位の後のヌクレオチドの挿入を含む。一部の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、2つ以上のそのような突然変異を含む。
【0099】
一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで、逆相補配列中において455位にAからTへの突然変異を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号9、18、27、36、45、および54のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで455位にTが存在することを前提として)。
【0100】
一部の例では、SA3を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたHS4-650インシュレーターは、導入遺伝子に対して反対の配向(即ち、第1の核酸配列に対して反対の配向)にある。特定の例では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は順配向にあり、改変されたHS4-650インシュレーターは逆配向にある。
【0101】
さらなる例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、レンチウイルスベクター中で、レンチウイルスベクター中にある場合の未改変のHS4-650インシュレーターに対して反対の配向にあり、即ち改変されたHS4-650インシュレーターの配向は未改変のHS4-650インシュレーターに対して反転しており、それによりSA3が不活性化される。特定の例では、改変されたHS4-650インシュレーターはベクター中で順配向にある。
【0102】
2.2.4 組合せ突然変異
改変されたHS4-650インシュレーターは、未改変のHS4-650インシュレーターに対して、SA1、SA2、またはSA3の2つ以上を不活性化する2つ以上の突然変異を含み得る。SA1、SA2、および/またはSA3を不活性化するための上記の突然変異のいずれも、改変されたHS4-650インシュレーターにおいて組み合わせることができる。
【0103】
一例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、SA1を不活性化する突然変異およびSA2を不活性化する突然変異を含む。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において384位にAからTへの突然変異、および配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において445位にAからTへの突然変異を含み得る。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTが存在することを前提として)。
【0104】
別の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、SA1を不活性化する突然変異およびSA3を不活性化する突然変異を含む。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において384位にAからTへの突然変異および配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において455位にAからTへの突然変異を含み得る。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号5、14、23、32、41、および50のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび455位にTが存在することを前提として)。
【0105】
改変されたHS4-650インシュレーターは、SA2を不活性化する突然変異およびSA3を不活性化する突然変異を含んでもよい。例えば、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において445位にAからTへの突然変異および配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において455位にAからTへの突然変異を含み得る。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号8、17、26、35、44、および43のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで445位にTおよび455位にTが存在することを前提として)。
【0106】
別の例では、改変されたHS4-650インシュレーターは、SA1を不活性化する突然変異、SA2を不活性化する突然変異、およびSA3を不活性化する突然変異を含む。例えば、一部の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターは、配列番号2に対する番号付けで逆相補配列中において384位にAからTへの突然変異、逆相補配列中において445位にAからTへの突然変異、および逆相補配列中において455位にAからTへの突然変異を含み得る。特定の実施形態では、改変されたHS4-650インシュレーターの逆相補配列は、配列番号6、15、24、33、42、および51のいずれか1つで示される配列またはそれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTが存在することを前提として)。
【0107】
2.3 HS4-400インシュレーター
本開示のレンチウイルスベクターは、HS4-400インシュレーターを含み得る。特定の実施形態では、HS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して1つまたは複数の不活性化されたまたは破壊されたスプライスアクセプター部位を有する改変されたHS4-400インシュレーターである。例示的なHS4-400インシュレーターは、配列番号89で示される配列またはこれと少なくともまたは約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むインシュレーターである。
【0108】
本明細書で決定されるように、HS4-400インシュレーターは、ウイルスベクター中に存在する場合に、クリプティックスプライスアクセプター部位を含み得る。これらのスプライスアクセプター部位は、インシュレーターがレンチウイルスベクター中に逆配向で存在する場合に、配列番号89で示されるHS4-400インシュレーター中で同定され、それにより、スプライスアクセプター部位は、ベクター中でポジティブ鎖の中にあった。即ち、スプライスアクセプター部位は、配列番号89の逆相補配列の中にあった。この逆相補配列は、配列番号90として示される。スプライスアクセプター部位は、スプライスアクセプター部位2(SA2)およびスプライスアクセプター部位3(SA3)を含む。表3は、配列番号90で示されるHS4-400インシュレーター配列中のこれらのスプライス部位の配列および位置を説明する。
【0109】
【0110】
2.3.1 SA2
SA2は、配列番号90の190~191位(即ちスプライシングは190位のGと191位のGとの間で起こる)および他の逆相補体HS4-400インシュレーター配列の対応する位置に存在する。SA2は配列ATCCCCCCAG∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含むとして(ここで∧はスプライス位置を表す)、または配列番号90に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの相補鎖の181~200位のヌクレオチドの配列を含むとして定義することもできる。
【0111】
本開示のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、不活性化されたSA2(レンチウイルスベクター中に存在する場合に未改変のHS4-400インシュレーターに対して)を含む改変されたHS4-400インシュレーターを含む。即ち、改変されたHS4-400インシュレーターは、ベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-400インシュレーターに対する改変を含み、ここで改変はSA2の不活性化をもたらす。即ち、改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、配列番号90に対する番号付けで、未改変のHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクター中の190~191位で生じるスプライシングと比較して、190~191位で低減したスプライシングを呈する。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。一部の実施形態では、改変は、未改変のHS4-400インシュレーターに対して改変されたHS4-400インシュレーターの配列における突然変異であるか、これを含む。他の例では、改変は、ベクター中にある場合の未改変のHS4-400インシュレーターの配向に対するベクター中の改変されたHS4-400インシュレーターの配向における変化である。理解されるように、改変がインシュレーターの配向における変更である場合には、未改変のHS4-400インシュレーターと比較して、改変されたHS4-400インシュレーターの配列の改変はなくてもよい。
【0112】
未改変のHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SA2を含むインシュレーター、即ちSA2におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含むインシュレーターを含む。例示的な未改変のHS4-400インシュレーターは、配列番号89で示される配列(配列番号90で示される逆相補配列とともに)およびこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(SA2部位がまだ存在することを前提として、例えばHS4-400インシュレーターの逆相補体が配列ATCCCCCCAGGTGTCTGCAG(配列番号61)を含むことを前提として)。一部の例では、未改変のHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中の逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA2はポジティブ鎖の上に存在する。
【0113】
特定の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対する突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のHS4-400インシュレーターの中に存在するSA2を不活性化する(または配列番号90に対する番号付けで、未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列の190~191位で起こるスプライシングと比較して改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列の190~191位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SA2を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異は、SA2配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSA2配列中へのヌクレオチド(例えば配列ATCCCCCCAGGTGTCTGCAG(配列61))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号90に対する番号付けで、189位におけるA、190位におけるG、191位におけるG、および/または192位におけるTの突然変異(例えば欠失または置換)である。例えば、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号90に対する番号付けで、189位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、190位におけるGからC、GからA、もしくはGからTへの突然変異、191位におけるGからC、GからT、もしくはGからAへの突然変異、および/または192位におけるTからA、TからC、もしくはTからGへの突然変異を含み得る。他の例では、突然変異は189位、190位、または191位の後のヌクレオチドの挿入を含む。一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、2つ以上のそのような突然変異を含む。
【0114】
一例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号90に対する番号付けで、逆相補配列中の189位にAからTへの突然変異を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号93で示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号90に対する番号付けで189位にTが存在することを前提として)。
【0115】
一部の例では、SA2を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で逆配向にある。
【0116】
さらなる例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中で、レンチウイルスベクター中にある場合の未改変のHS4-400インシュレーターに対して反対の配向にあり、即ち改変されたHS4-400インシュレーターの配向は未改変のHS4-400インシュレーターに対して反転しており、それによりSA2が不活性化される。特定の例では、改変されたHS4-400インシュレーターはベクター中で順配向にある。即ち、HBBイントロン2を含む改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターおよびベクター中で順配向にあるHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターも提供される。一部の例では、第1の核酸配列はベクター中で逆配向にある。一部の例では、HS4-400インシュレーターは、配列番号90で示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0117】
2.3.2 SA3
SA3は、配列番号90の200~201位(即ちスプライシングは200位のGと201位のGとの間で起こる)およびその他の逆相補体HS4-400インシュレーター配列の対応する位置に存在する。SA3は配列GTGTCTGCAG∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含むとして(ここで∧はスプライス位置を表す)、または配列番号90に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの相補鎖の191~210位のヌクレオチドの配列を含むとして定義することもできる。
【0118】
本開示のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、不活性化されたSA3(レンチウイルスベクター中に存在する場合に未改変のHS4-400インシュレーターに対して)を含む改変されたHS4-400インシュレーターを含む。即ち、改変されたHS4-400インシュレーターは、ベクター中に存在する場合に、未改変のHS4-400インシュレーターに対する改変を含み、ここで改変はSA3の不活性化をもたらす。即ち、改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、配列番号90に対する番号付けで、未改変のHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターで200~201位で生じるスプライシングと比較して、200~201位で低減したスプライシングを呈する。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。一部の実施形態では、改変は、未改変のHS4-400インシュレーターに対して改変されたHS4-400インシュレーターの配列における突然変異であるか、これを含む。他の例では、改変は、ベクター中にある場合の未改変のHS4-400インシュレーターの配向に対するベクター中の改変されたHS4-400インシュレーターの配向における変化である。理解されるように、改変がインシュレーターの配向における変更である場合には、未改変のHS4-400インシュレーターと比較して、改変されたHS4-400インシュレーターの配列の改変はなくてもよい。
【0119】
未改変のHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SA3を含むインシュレーター、即ちSA3におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含むインシュレーターを含む。例示的な未改変HS4-400インシュレーターは、配列番号90で示される配列(配列番号89で示される逆相補配列とともに)およびこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(SA3部位がまだ存在することを前提として、例えばHS4-400インシュレーターの逆相補体が配列GTGTCTGCAGGCTCAAAGAG(配列番号62)を含むことを前提として)。一部の例では、未改変のHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中の逆配向にあるインシュレーターであり、それにより、SA3はポジティブ鎖の上に存在する。
【0120】
特定の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のHS4-400インシュレーター中に存在するSA3を不活性化する(または配列番号90に対する番号付けで、未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列の200~201位で生じるスプライシングと比較して改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列の200~201位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SA3を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異は、SA3配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSA3配列中へのヌクレオチド(例えば配列GTGTCTGCAGGCTCAAAGAG(配列番号62))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号90に対する番号付けで、199位におけるA、200位におけるG、201位におけるG、および/または202位におけるCの突然変異(例えば欠失または置換)である。例えば、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号90に対する番号付けで、199位におけるAからT、AからC、もしくはAからGへの突然変異、200位におけるGからC、GからA、もしくはGからTへの突然変異、201位におけるGからC、GからT、もしくはGからAへの突然変異、および/または202位におけるCからA、CからG、もしくはCからTへの突然変異を含み得る。他の例では、突然変異は199位、200位、または201位の後のヌクレオチドの挿入を含む。一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、2つ以上のそのような突然変異を含む。
【0121】
一例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号90に対する番号付けで、逆相補配列中において199位にAからTへの突然変異を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号95のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号90に対する番号付けで199位にAからTへの突然変異が存在することを前提として)。
【0122】
一部の例では、SA3を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で逆配向にある。
【0123】
さらなる例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中にある場合の未改変のHS4-400インシュレーターに対して反対の配向にあり、即ち改変されたHS4-400インシュレーターの配向は未改変のHS4-400インシュレーターに対して反転しており、それによりSA3が不活性化される。特定の例では、改変されたHS4-400インシュレーターはベクター中で順配向にある。
【0124】
2.3.3 組合せ突然変異
改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して、SA2とSA3の両方を不活性化する2つ以上の突然変異を含み得る。SA2またはSA3を不活性化するための上記の突然変異のいずれも、改変されたHS4-400インシュレーターにおいて組み合わせることができる。
【0125】
一例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号90に対する番号付けで、逆相補配列中において189位にAからTへの突然変異(即ち189位にTを含む)、および配列番号90に対する番号付けで、逆相補配列中において199位にAからTへの突然変異(即ち199位にTを含む)を含む。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号94で示される配列またはそれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号90に対する番号付けで189位にTおよび199位にT突然変異が存在することを前提として)。
【0126】
2.4 HPRT遺伝子の発現を阻害する成分
一部の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、HPRTの発現を阻害する薬剤をコードする核酸配列を含む。即ち一部の例では、レンチウイルスベクターは、HPRTの発現を阻害する核酸をコードする第2の核酸配列に作動可能に連結された第2のプロモーターを含む。一部の実施形態では、RNAi剤はshRNA、マイクロRNA、またはそれらのハイブリッドである。
【0127】
2.4.1 RNAi
一部の実施形態では、発現ベクターは、RNAiをコードする第2の核酸配列を含む。RNA干渉は、複雑な多重ステップの酵素プロセス、例えば配列特異的二本鎖小干渉RNA(siRNA)が関与するプロセスを通して相同転写物の分解を誘発することによる遺伝子発現の転写後サイレンシングのためのアプローチである。RNAi経路の単純化されたモデルは、それぞれにリボヌクレアーゼ酵素が関与する2つのステップに基づいている。第1ステップでは、トリガーRNA(dsRNAまたはmiRNA一次転写物)がRNアーゼII酵素DICERおよびDroshaによって短い干渉RNA(siRNA)に処理される。第2ステップでは、siRNAがエフェクター複合体であるRNA誘導サイレンシング複合体(RISC)に負荷される。siRNAはRISCアセンブリーの間に巻き戻され、一本鎖RNAがmRNA標的とハイブリダイズする。遺伝子サイレンシングは、RNアーゼH酵素Argonaute(Slicer)による標的mRNAの核酸分解の結果であると考えられる。siRNA/mRNA二重鎖がミスマッチを含んでいれば、mRNAは切断されない。むしろ、遺伝子サイレンシングは翻訳阻害の結果である。
【0128】
一部の実施形態では、RNAi剤は阻害性またはサイレンシングな核酸である。本明細書で用いる場合、「サイレンシングな核酸」は、特定の配列と相互作用して遺伝子発現を阻害することができる任意のポリヌクレオチドを意味する。サイレンシングな核酸の例には、RNA二重鎖(例えばsiRNA、shRNA)、ロックド核酸(「LNA」)、アンチセンスRNA、siRNAまたはshRNAのセンスおよび/またはアンチセンス配列をコードするDNAポリヌクレオチド、DNAザイム、またはリボザイムが含まれる。当業者であれば、遺伝子発現の阻害は列挙した特定の配列からの遺伝子発現であることを必ずしも必要とせず、例えばその特定の配列によって制御される配列からの遺伝子発現であってよいことが認識されよう。
【0129】
干渉RNAを構築する方法は当技術で既知である。例えば、干渉RNAは2つの個別のオリゴヌクレオチドからアセンブルすることができ、1つの鎖はセンス鎖であり、他の鎖はアンチセンス鎖であり、アンチセンス鎖およびセンス鎖は自己相補性である(即ち、それぞれの鎖は他の鎖におけるヌクレオチド配列と相補的であるヌクレオチド配列を含み、例えばアンチセンス鎖とセンス鎖は二重鎖または二本鎖構造を形成する)。アンチセンス鎖は、標的核酸分子またはその一部(即ち、望ましくない遺伝子)の中のヌクレオチド配列と相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス鎖は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を含む。あるいは、干渉RNAは、単一のオリゴヌクレオチドからアセンブルしてもよく、自己相補性のセンス領域およびアンチセンス領域は核酸系または非核酸系のリンカーによって連結されている。干渉RNAは、自己相補性のセンス領域およびアンチセンス領域を有する二重鎖、非対称二重鎖、ヘアピン、または非対称ヘアピン二次構造を有するポリヌクレオチドであってよく、アンチセンス領域は、個別の標的核酸分子またはその一部の中のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有する。干渉RNAは、2つ以上のループ構造ならびに自己相補性のセンス領域およびアンチセンス領域を含むステムを有する環状の一本鎖ポリヌクレオチドであってよく、アンチセンス領域は、標的核酸分子またはその一部の中のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列を含み、センス領域は、標的核酸配列またはその一部に対応するヌクレオチド配列を有し、環状ポリヌクレオチドは、インビボまたはインビトロでプロセシングされてRNA干渉を媒介することができる活性siRNA分子を生成することができる。
【0130】
一部の実施形態では、干渉RNAをコードする領域は、センス領域、アンチセンス領域、およびループ領域を有する自己相補性RNA分子をコードする。発現されれば、このようなRNA分子は、望ましくは「ヘアピン」構造を形成し、本明細書で「shRNA」と称される。一部の実施形態では、ループ領域は一般に長さ約2~約10ヌクレオチドである。他の実施形態では、ループ領域は長さ約6~約9ヌクレオチドである。一部の実施形態では、センス領域およびアンチセンス領域は、長さ約15~約30ヌクレオチドである。転写後プロセシングの後、小ヘアピンRNAは、RNアーゼIIIファミリーのメンバーである酵素DICERによって媒介される切断事象によってsiRNAに変換される。siRNAは次に、これが相同性を共有する遺伝子の発現を阻害することができる。さらなる詳細は、Brummelkamp et al. (2002), Science, 296:550-553,; Lee et al. (2002), Nature Biotechnol., 20, 500-505; Miyagishi and Taira (2002), Nature Biotechnol., 20:497-500; Paddison et al. (2002), Genes & Dev., 16:948-958; Paul (2002), Nature Biotechnol., 20, 505-508; Sui (2002), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 99(6), 5515-5520;および Yu et al. (2002), Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA 99:6047-6052に記載されている。これらの開示は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【0131】
2.4.2 shRNA
一部の実施形態では、第2の核酸配列は、HPRTを阻害するshRNAをコードする。特定の実施形態では、shRNAはsh734、例えば配列番号66で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むshRNAである。別の実施形態では、sh734は、7SK等のPol IIIプロモーターに必要な多重t終止配列を含む。即ち、一部の実施形態では、sh734は、配列番号67で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。さらなる実施形態では、sh734は単一t終止配列を含み、したがって、例えば配列番号68で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0132】
2.4.3 マイクロRNA
マイクロRNA(miR)は、その標的遺伝子の発現を転写後に制御する非コーディングRNAの群である。これらの一本鎖分子は、その標的mRNAの3’非翻訳領域(UTR)に結合する他のタンパク質とmiRNA媒介サイレンシング複合体(miRISC)複合体を形成し、それにより、細胞質中におけるそれらの翻訳を防止すると考えられる。
【0133】
一部の実施形態では、shRNA配列はマイクロRNA二次構造の中に埋め込まれている(「マイクロRNA系shRNA」)。一部の実施形態では、HPRTを標的とするshRNA核酸配列は、マイクロRNA二次構造の中に埋め込まれている。一部の実施形態では、マイクロRNA系shRNAはHPRTの中のコード配列を標的としてHPRT発現のノックダウンを達成する。これは、付随する経路飽和および細胞傷害性またはオフターゲット効果を伴わずにHPRTを標的とするshRNAの利用と等価であると考えられる。一部の実施形態では、マイクロRNA系shRNAは、デノボ(de novo)の人工マイクロRNA shRNAである。そのようなデノボのマイクロRNA系shRNAの産生は、Fang, W. & Bartel, David P. The Menu of Features that Define Primary MicroRNAs and Enable De Novo Design of MicroRNA Genes. Molecular Cell 60, 131-145に記載されている。その開示は参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【0134】
例示的なmiRNAは、国際特許公開第WO2020139796に提供されている。
【0135】
2.4.4 RNAiの代替
RNAiの組込みの代替として、一部の実施形態では、ベクターは、メッセンジャーRNA(mRNA)の部位に結合するアンチセンスオリゴヌクレオチドをコードする核酸配列を含んでよい。本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、タンパク質をコードする核酸と特異的にハイブリダイズして、タンパク質の転写または翻訳に干渉する。一部の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドはDNAを標的として、その複製および/または転写に干渉する。他の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドはプレmRNA(即ちmRNAの未成熟な一本鎖である先駆体mRNA)およびmRNAを含むRNAと特異的にハイブリダイズする。そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えばタンパク質の翻訳の部位へのRNAの転座、RNAからタンパク質への翻訳、1つまたは複数のmRNA種を得るためのRNAのスプライシング、およびRNAが関与しまたはRNAによって促進され得る触媒活性に影響することがある。そのような干渉の全体の効果は、標的タンパク質の発現を調整、低減、または阻害することになる。
【0136】
2.5 その他のエレメント
本開示のレンチウイルスベクター中に存在し得るその他のエレメントには、例えばプロモーター、オペレーター、終止シグナル、ポリアデニル化シグナル、その他が含まれる。当業者であれば、ベクター中に存在し、ベクターによってコードされる核酸の適正なプロセシング、転写、および/または翻訳のための好適なエレメントを容易に特定することができる。
【0137】
一例では、ベクターはウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後規制エレメント(WPRE)を含む。特定の実施形態では、WPREは第1の核酸配列の下流および改変されたHS4-650インシュレーターの上流にある(即ち、第1の核酸配列と改変されたHS4-650インシュレーターとの間にある)。一部の実施形態では、WPREは配列番号77で示される配列を含むWPRE mut6または配列番号78で示される配列を含むWPRE mut7であるか、または配列番号77もしくは78で示される配列と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0138】
一部の例では、プロモーターはMNDプロモーター、例えば配列番号72で示される配列、または配列番号77もしくは78で示される配列と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーターである。一実施形態では、第1のプロモーターはMNDプロモーターであり、導入遺伝子を含む第1の核酸に作動可能に連結されている。
【0139】
一部の例では、プロモーターは7SK RNAプロモーター、例えば配列番号69~71のいずれか1つで示されるプロモーター、または配列番号69~71で示される配列と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーターである。一実施形態では、第2のプロモーターは7SK RNAプロモーターであり、HPRTの発現を阻害する核酸をコードする第2の核酸に作動可能に連結されている。
【0140】
一部の例では、レンチウイルスベクターは、7tetOプロモーター/オペレーター、例えば配列番号79で示される配列または配列番号79で示される配列と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター/オペレーターを含む。
【0141】
さらなる例では、レンチウイルスベクターは、β-グロビンポリ(A)シグナル、例えば配列番号80で示される配列または配列番号80で示される配列と少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むシグナルを含む。
【0142】
2.6 ベクターの産生
本開示のレンチウイルスベクターは任意の方法を用いて産生することができ、そのような方法は当業者には周知である。一部の実施形態では、ウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質等の治療用タンパク質をコードする第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターおよび改変されたHS4-650インシュレーター(および適宜その他の任意の発現カセットまたは本明細書に記載したエレメント)が、プラスミド、例えばpTL20c、pTL20d、FG、pRRL、pCL20、pLKO.1 puro、pLKO.1、pLKO.3G、Tet-pLKO-puro、pSico、pLJM1-EGFP、FUGW、pLVTHM、pLVUT-tTR-KRAB、pLL3.7、pLB、pWPXL、pWPI、EF.CMV.RFP、pLenti CMV Puro DEST、pLenti-puro、pLOVE、pULTRA、pLJM1-EGFP、pLX301、pInducer20、pHIV-EGFP、Tet-pLKO-neo、pLV-mCherry、pCW57.1、pLionII、pSLIK-Hygro,およびpInducer10-mir-RUP-PheSからなる群から選択されるプラスミドであるレンチウイルスベクターに挿入される。他の実施形態では、第1のプロモーター、第1の核酸配列、および改変されたHS4-650インシュレーターが挿入されるレンチウイルスベクターは、AnkT9Wベクター、T9Ank2Wベクター、TNS9ベクター、レンチグロビンHPV569ベクター、レンチグロビンBB305ベクター、BG-1ベクター、BGM-1ベクター、GLOBEベクター、G-GLOBEベクター、V5ベクター、V5m3ベクター、V5m3-400ベクター、G9ベクター、およびBCL11A shmirベクターから選択される。特定の実施形態では、レンチウイルス発現ベクターはpTL20cである。
【0143】
一例では、第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターおよび改変されたHS4-650インシュレーターを有する発現カセットを、米国特許公開第20180112233号および国際特許公開第WO2020139796号に記載された方法に従って、pTL20cベクターに挿入してよい。
【0144】
一部の例では、第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターおよび適宜改変されたHS4-400インシュレーターを有する発現カセットを、米国特許公開第20180112233号および国際特許公開第WO2020139796号に記載された方法に従って、pTL20cベクターに挿入してよい。
【0145】
レンチウイルス粒子またはビリオン(または組換えレンチウイルス)は、当技術で周知の標準的な方法を用いて産生することができる。一例では、GPR、GPRG、GPRT、GPRGT、またはGPRT-Gパッキング細胞系の1つに由来する安定なプロデューサー細胞系が、ウイルスを生成するために利用される。一部の実施形態では、安定なプロデューサー細胞系は、GPRT-G細胞系に由来する。一部の実施形態では、安定なプロデューサー細胞系は、(a)抗HPRT shRNAおよびWASPをコードする核酸配列を組換えプラスミドの中にクローニングすることによってベクターを合成すること(即ち、合成されたベクターは、抗HPRT shRNAおよびWASPをコードする本明細書に記載したベクターのいずれか1つであってよい)、(b)合成されたベクターからDNA断片を生成すること、(c)(i)合成されたベクターから生成されたDNA断片、および(ii)抗生剤耐性カセットプラスミドに由来するDNA断片から、コンカタマーアレイを形成すること、(d)形成されたコンカタマーアレイをパッケージング細胞系の1つにトランスフェクトすること、および(e)安定なプロデューサー細胞系を単離することによって生成される。安定なプロデューサー細胞系を形成するさらなる方法は、米国特許公開第20180112233号に記載されている。
【0146】
2.7 例示的なベクター
本開示の例示的なレンチウイルスベクターには、その下流が5’から3’へ、中央ポリプリントラクト(cPPT)、REV応答エレメント(RRE)、sh734をコードする核酸(例えば配列番号66~68のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むsh734をコードする核酸)に作動可能に連結された7skプロモーター(例えば配列番号69~72のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター)を含む7sk-sh734発現カセット、WASPをコードする導入遺伝子(例えば配列番号73~75のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む導入遺伝子)に作動可能に連結されたMNDプロモーター(例えば配列番号72で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター)を含むWASP発現カセット、WPRE(例えば配列番号77もしくは78で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むWPRE)である5’LTR(7tetOプロモーター/オペレーター、R、およびU5(例えば
図2~
図7に模式的に示す)を含む)、およびHS4-650インシュレーター(例えば配列番号1、10、19、28、37、および46のいずれか1つで示される未改変のHS4-650インシュレーターまたはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列であって、順配向にあるHS4-650インシュレーター、または不活性化されたSA1、SA2、および/もしくはSA3を有する本明細書に記載した改変されたHS4-650インシュレーターであって、逆配向にある改変されたHS4-650インシュレーター、例えば配列番号3、12、21、30、39、および48のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで384位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、配列番号7、16、25、34、43、および52のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで445位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、配列番号9、18、27、36、45、および54のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで455位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、配列番号4、13、22、31、40、および49のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、配列番号5、14、23、32、41、および50のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび455位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、配列番号8、17、26、35、44、および43のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで445位にTおよび455位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター、または配列番号6、15、24、33、42、および51のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含み、配列が配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTを含む改変されたHS4-650インシュレーター)、U3、R、およびβ-グロビンポリ(A)シグナル(例えば配列番号31で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むシグナル)を含む3’LTRを含む核酸ベクター(例えばプラスミド)およびレンチウイルスビリオン(またはウイルス粒子)が含まれる。これらのベクター中で、典型的には7sk-sh734発現カセットは逆配向にあり、WASP発現カセットは順配向にある。
【0147】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、配列番号57のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここで配列はSA1およびSA2の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTを含む)、配列番号58のヌクレオチド3098~6009として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド3098~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここでポリヌクレオチドはSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、配列はSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTを含む)からなる群から選択される配列を含む。
【0148】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、配列番号57のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここで配列はSA1およびSA2の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTを含む)、配列番号58のヌクレオチド2710~6009として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2710~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここで配列はSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTを含む)からなる群から選択される配列を含む。
【0149】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、配列番号57のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここで配列はSA1およびSA2の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTを含む)、配列番号58のヌクレオチド2402~6009として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列、および配列番号59のヌクレオチド2402~6006として示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列(ここでポリヌクレオチドはSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、配列はSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTを含む)からなる群から選択される配列を含む。
【0150】
一実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、配列番号57もしくは82で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含み、配列はSA1およびSA2の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にTおよび445位にTを含む。
【0151】
別の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、配列番号58もしくは83で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0152】
別の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、配列番号59もしくは84で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含み、配列はSA1、SA2、およびSA3の不活性化を含み、例えば配列番号2に対する番号付けで384位にT、445位にT、および455位にTを含む。
【0153】
3.宿主細胞
本開示は、本開示のレンチウイルスベクターを含む、これにより形質転換した、またはこれを形質導入した宿主細胞も提供する。「宿主細胞」または「標的細胞」は、本開示の方法およびベクターを用いて形質転換または形質導入される細胞を意味する。一部の実施形態では、宿主細胞は、その中でベクターを発現することができる哺乳動物細胞である。好適な哺乳動物宿主細胞には、それだけに限らないが、ヒト細胞、マウス細胞、非ヒト霊長類細胞(例えばアカゲザル細胞)、ヒト前駆細胞または幹細胞、293細胞、HeLa細胞、D17細胞、MDCK細胞、BHK細胞、およびCf2Th細胞が含まれる。ある特定の実施形態では、本開示の発現ベクターを含む宿主細胞は、造血細胞、例えば造血前駆/幹細胞(例えばCD34陽性造血前駆/幹細胞)、単球、マクロファージ、末梢血単核細胞、CD4+ Tリンパ球、CD8+ Tリンパ球、または樹状細胞である。
【0154】
本開示のベクターを形質導入すべき造血幹細胞(例えばCD4+ Tリンパ球、CD8+ Tリンパ球、および/または単球/マクロファージ)は、同種、自己、または一致した兄弟姉妹由来であってよい。HSCは、一部の実施形態では、CD34陽性であり、患者の骨髄または末梢血から単離することができる。単離されたCD34陽性HSC(および/または本明細書に記載したその他の造血細胞)には、一部の実施形態では、本明細書に記載したようにベクターが形質導入される。
【0155】
一部の実施形態では、宿主細胞または形質導入された宿主細胞は、薬学的に許容される担体と組み合わされる。一部の実施形態では、宿主細胞または形質導入された宿主細胞は、PLASMA-LYTE A(例えば、静脈内投与のための無菌で発熱性物質を含まない等張溶液、1リーターのPLASMA-LYTE Aは、ナトリウム140mEq、カリウム5mEq、マグネシウム3mEq、塩化物98mEq、酢酸塩27mEq、およびグルコネート23mEqのイオン濃度を有する)とともに製剤化される。他の実施形態では、宿主細胞または形質導入された宿主細胞は、PLASMA-LYTE Aの溶液、即ち約8%~約10%のジメチルスルホキシド(DMSO)を含む溶液の中で製剤化される。一部の実施形態では、PLASMA-LYTE AおよびDMSOを含む製剤の1mLあたり約2×107未満の宿主細胞/形質導入された宿主細胞が存在する。
【0156】
一部の実施形態では、宿主細胞は、本開示のベクターによる形質導入の後、実質的にHPRT欠損になっている。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも50%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも55%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも60%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも65%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも70%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも75%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも80%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも85%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも90%低減している。一部の実施形態では、HPRT遺伝子発現のレベルは、少なくとも95%低減している。20%以下の残存HPRT遺伝子発現を有する細胞はプリンアナログ、例えば6TGに感受性があると考えられ、プリンアナログによってこれらを選択することが可能である。
【0157】
一部の実施形態では、宿主細胞の形質導入は、宿主細胞をインビトロ、エクスビボ、またはインビボで本開示の発現ベクターおよび形質導入の効率を増大させる1つまたは複数の化合物と接触させることによって増大させてよい。例えば、一部の実施形態では、形質導入の効率を増大させる1つまたは複数の化合物は、プロスタグランジンEP受容体シグナル伝達経路を刺激する化合物、即ち、1つまたは複数の化合物の非存在下におけるプロスタグランジンEP受容体の下流の細胞シグナル伝達活性と比較して、1つまたは複数の化合物と接触した細胞におけるプロスタグランジンEP受容体の下流の細胞シグナル伝達活性を増大させる1つまたは複数の化合物である。一部の実施形態では、形質導入の効率を増大させる1つまたは複数の化合物は、プロスタグランジンE2(PGE2)またはそのアナログもしくは誘導体を含むがこれらに限らないプロスタグランジンEP受容体リガンドである。他の実施形態では、形質導入の効率を増大させる1つまたは複数の化合物には、RetroNectin(組換えヒトフィブロネクチン断片の63kDの断片、Takaraから入手可能)、Lentiboost(膜シーリングポロキサマー、Sirion Biotechから入手可能)、硫酸プロタミン、シクロスポリンH、およびラパマイシンが含まれるが、これらに限定されない。
【0158】
4.医薬組成物
本開示は、本明細書で開示する1つまたは複数のベクターおよび/または非ウイルスデリバリー媒体(例えばナノカプセル)を含む、医薬組成物を含む組成物も提供する。一部の実施形態では、医薬組成物は、有効量の本明細書に記載したベクターおよび/または非ウイルスデリバリー媒体の少なくとも1つならびに薬学的に許容される担体を含む。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物は、有効量のベクターおよび薬学的に許容される担体を含む。有効量は、対象の体格、体重、年齢、健康状態、性別、民族、およびウイルス力価等の因子に基づいて当業者によって容易に決定することができる。
【0159】
語句「薬学的に許容される」または「薬理学的に許容される」は、動物またはヒトに投与した際に有害、アレルギー性、またはその他の好ましくない反応を生じない分子実体または組成物を意味する。例えば、発現ベクターは薬学的に許容される担体とともに製剤化してよい。本明細書で用いる場合、「薬学的に許容される担体」には、溶媒、緩衝剤、溶液、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、医薬の製剤化における使用のために許容される等張剤および吸収遅延剤等、例えばヒトへの投与に適した医薬が含まれる。化合物を薬学的担体とともに製剤化する方法は当技術で既知であり、例えばRemington's Pharmaceutical Science, (17th ed. Mack Publishing Company, Easton, Pa. 1985);およびGoodman & Gillman's: The Pharmacological Basis of Therapeutics (11th Edition, McGraw-Hill Professional, 2005)に記載されている。これらのそれぞれの開示は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【0160】
一部の実施形態では、医薬組成物は、投与されたサイレンシング核酸が約0.1mg/kg~約1mg/kgの範囲の濃度を達成することを可能にする任意の濃度で、本明細書に開示したベクター、ナノカプセル、または組成物のいずれかを含んでよい。一部の実施形態では、医薬組成物は、発現ベクターを重量で約0.1%~約99.9%の量で含んでよい。任意の医薬組成物の中に含ませるために好適な薬学的に許容される担体には、水、緩衝された水、食塩溶液、例えば正常食塩水もしくは平衡塩類溶液、例えばハンクスもしくはアール平衡溶液、グリシン、ヒアルロン酸、その他が含まれる。医薬組成物は、非経口投与、例えば静脈内、筋肉内、または皮下の投与のために製剤化してよい。非経口投与のための医薬組成物は、薬学的に許容される無菌の水性または非水性の溶液、分散液、懸濁液、またはエマルジョン、ならびに無菌の注射用溶液または分散液に再構成するための無菌の粉末が含まれる。好適な水性および非水性の担体、溶媒、希釈剤、または媒体の例には、水、エタノール、ポリオール類(例えばグリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、その他)、カルボキシメチルセルロースおよびその混合物、植物油(例えばオリーブ油)、注射用有機エステル類(例えばオレイン酸エチル)が含まれる。
【0161】
医薬組成物は経口投与のために製剤化してよい。経口投与のための固体投薬形態には、例えば錠剤、糖衣錠、カプセル、ピル、および顆粒が含まれ得る。そのような固体投薬形態では、組成物は少なくとも1つの薬学的に許容される担体、例えばクエン酸ナトリウムおよび/またはリン酸二カルシウム、および/またはフィラーもしくは増量剤、例えばデンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、およびケイ酸、バインダー、例えばカルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロースおよびアカシア、保湿剤、例えばグリセロール、崩壊剤、例えば寒天-寒天、炭酸カルシウム、馬鈴薯またはタピオカのデンプン、アルギン酸、ケイ酸塩、および炭酸ナトリウム、湿潤剤、例えばアセチルアルコール、グリセロールモノステアレート、吸収剤、例えばカオリンおよびベントナイトクレイ、および/または湿潤剤、例えばタルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、およびそれらの混合物を含んでよい。経口投与のための液体投薬形態は、例えば薬学的に許容されるエマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ、およびエリキシルを含んでよい。液体投薬は、不活性な希釈剤、例えば水またはその他の溶媒、可溶化剤および/または乳化剤、例えばエチルアルコール、イソプロピルアルコール、エチルカーボネート、エチルアセテート、ベンジルアルコール、ベンジルベンゾエート、プロピレングリコール、1,3-ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油類(例えば綿実油、コーン油、胚芽油、カスター油、オリーブ油、ゴマ油)、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物を含んでよい。
【0162】
医薬組成物は、そのデリバリーを促進するために浸透エンハンサーを含んでよい。浸透エンハンサーには、脂肪酸、例えばオレイン酸、ラウリン酸、カプリン酸、ミリスチン酸、パルミチン酸、ステアリン酸、リノール酸、リノレン酸、ジカプレート、リクリニエート、モノオレイン、ジラウリン、カプリル酸、アラキドン酸、グリセリル1-モノカプレート、モノ-およびジ-グリセリドおよびその生理学的に許容される塩が含まれ得る。組成物は、キレート化剤、例えばエチレンジアミン四酢酸(EDTA)、クエン酸、サリチル酸塩類(例えばサリチル酸ナトリウム、5-メトキシサリチル酸塩、ホモバニレート)をさらに含んでよい。
【0163】
医薬組成物は、本明細書で開示するベクターのいずれかをカプセル化された形態で含んでよい。例えば、ベクターはナノカプセル、例えばポリラクチド-ポリグリコリド、ポリ(オルソエステル)、およびポリ(無水物)等の1つまたは複数の生分解性ポリマーを含むナノカプセルの中にカプセル化してよい。一部の実施形態では、ベクターはポリマー性ナノカプセルの中にカプセル化される。他の実施形態では、ベクターは生分解性および/または被浸食性のポリマー性ナノカプセルの中にカプセル化される。一部の実施形態では、ポリマー性ナノカプセルは、2つの異なる陽性荷電モノマー、少なくとも1つの中性モノマー、および架橋剤からなる。一部の実施形態では、ナノカプセルは、少なくとも1つの標的部分をさらに含む。一部の実施形態では、ナノカプセルは、2~6個の標的部分を含む。一部の実施形態では、標的部分は抗体である。一部の実施形態では、標的部分はCD117、CD10、CD34、CD38、CD45、CD123、CD127、CD135、CD44、CD47、CD96、CD2、CD4、CD3、およびCD9マーカーのいずれか1つを標的とする。一部の実施形態では、標的部分はCD29、CD44、CD90、CD49a-f、CD51、CD73 (SH3)、CD105(SH2)、CD106、CD166、およびStro-1マーカーを含むヒト間充織幹細胞CDマーカーのいずれか1つを標的とする。一部の実施形態では、標的部分はCD34、CD38、CD45RA、CD90、およびCD49を含むヒト造血幹細胞CDマーカーのいずれか1つを標的とする。
【0164】
5.処置の方法
例として、WASPをコードする核酸配列を含む本明細書に記載したレンチウイルスベクターを、ウィスコット-アルドリッチ症候群を遺伝的に補正するため、またはウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病状を軽減するために、投与してよい。一部の実施形態では、ベクターを形質導入した宿主細胞の集団を、ウィスコット-アルドリッチ症候群を補正するため、またはウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病状を軽減するために、投与してよい。この方法は、全ての患者、特に一致した兄弟姉妹のドナーを有しない患者で利用可能であるので、現在利用可能な療法に対して有利であると考えられる。この方法は、生涯にわたる補正を提供する1回の処置として適用される可能性を有することもさらに考えられる。この方法は有利なことにいずれの免疫副作用もなく、仮に副作用が生じても、本明細書で注記したようにジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)を投与することによって軽減できると考えられる。有効な遺伝子療法アプローチはウィスコット-アルドリッチ症候群を処置する方法を変革し、究極的には患者の転帰を改善することがさらに考えられる。
【0165】
一部の実施形態では、本明細書に記載したベクターまたは形質導入された宿主細胞による処置は、ウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病状、例えば以下に概略を示す病状の1つまたは複数を遺伝子的に補正または軽減する。一部の実施形態では、発現ベクターまたは形質導入された宿主細胞を患者に投与することによって遺伝的に補正または軽減され得る病状には、それだけに限らないが、微小血小板減少症、湿疹、自己免疫疾患、および再発性感染が含まれる。湿疹皮疹は古典的WASの患者において一般的である。幼児では、湿疹は顔または頭皮で起こることがあり、「新生児頭部皮膚炎」に似ていることがある。これは重度のおむつかぶれの外観を有することもあり、より全身化して腕および脚を含むことがある。年長の少年では、湿疹は肘の前側または膝の後ろ付近、耳の後ろ、または手首の付近の皮膚のしわに限局していることが多い。湿疹は極めて痒いため、患者は眠っている間でさえ出血するまで自身を掻くことが多い。皮膚のバリアが破壊されるこれらの区域は細菌の侵入点となり、これが皮膚および血流の感染を惹き起こすことがある。
【0166】
血小板減少症(血小板数の減少)はウィスコット-アルドリッチ症候群の患者の一般的な特徴であると考えられる。数が減少することに加えて、血小板それ自体が小さく、機能不全となっており、正常の血小板の大きさの半分未満になっている。結果として、ウィスコット-アルドリッチ症候群の患者は外傷を有しなくても出血しやすい。一部の実施形態では、皮膚内部への出血はピンの頭の大きさの溢血点と呼ばれる青味がかった赤色の点を生じるか、またはより大きく、あざに似ていることがある。
【0167】
ウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する免疫不全は、Bリンパ球およびTリンパ球の機能を顕著に異常にすると考えられる。結果として、ウィスコット-アルドリッチ症候群の古典的形態では感染が一般的であり、全ての種類の微生物が関与する可能性がある。一部の実施形態では、これらの感染は上気道および下気道の感染、例えば耳の感染、副鼻腔の感染、および肺炎を含み得る。より重篤な感染、例えば敗血症(血流の感染または「毒血症」)、髄膜炎、および重篤なウイルス感染の頻度は低いが、起こり得る。時には、ウィスコット-アルドリッチ症候群の古典的な形態の患者は、真菌(ニューモシスチス・ジロベチ・カリニ(pneumocystis jiroveci carinii))によって惹起される肺炎を発症することがある。一部の実施形態では、皮膚は、患者が湿疹を掻いた区域でブドウ球菌(Staphylococcus)等の細菌に感染することがある。一部の実施形態では、伝染性軟属腫と呼ばれるウイルス皮膚感染もウィスコット-アルドリッチ症候群で一般に見られる。患者はワクチンに対して正常な保護的抗体応答を示さないので、ウィスコット-アルドリッチ症候群においては感染防止のためのワクチン接種は効果的でないことが多いと考えられる。
【0168】
一部の実施形態では、再発性感染には、それだけに限らないが、中耳炎、皮膚膿瘍、肺炎、全腸炎、髄膜炎、敗血症、および尿路感染症が含まれる。一部の実施形態では、再発性感染は皮膚感染である。一部の実施形態では、ウィスコット-アルドリッチ症候群と診断された患者が経験する湿疹は、治療抵抗性湿疹と分類される。
【0169】
例として、ウィスコット-アルドリッチ症候群を有する患者がしばしば経験する自己免疫疾患には、溶血性貧血、血管炎、関節炎、好中球減少症、炎症性腸疾患、およびIgA腎症、ヘノッホ-シェーンライン様紫斑病、皮膚筋炎、再発性血管浮腫、およびブドウ膜炎が含まれる。一部の実施形態では、再発性感染は、細菌、ウイルス、または真菌のいずれかの感染によって惹起され得る。一部の実施形態では、本明細書に記載したベクターまたは形質導入された宿主細胞による処置は、以下に概略を示すもののようなウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する複数の病変を遺伝的に補正または軽減する。
【0170】
本明細書に注記したように、治療用遺伝子に加えて、本開示の発現ベクターは、HPRTの発現を阻害またはノックダウンするように設計された薬剤(例えばHRPTに対するshRNA)を含み、したがって、プリンアナログ、例えば6TGの骨髄傷害性薬剤への代謝においてHPRTが果たす本質的な役割を利用するインビボの化学選択戦略を提供する。HPRT欠損は造血細胞の発達または機能を害しないので、これは移植に用いる造血細胞から除去することができる。プリンアナログによるコンディショニングおよび化学選択については本明細書でさらに論じる。
【0171】
ウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病変の処置または軽減に関して、対象の処置には、その処置を必要とする対象の特定、本開示のレンチウイルスベクターによるHSC(例えば自己HSC、同種HSC、兄弟姉妹の一致したHSC)への形質導入、および形質導入されたHSCの対象への移植または投与が含まれる。一部の実施形態では、その処置を必要とする対象は、ウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病変に罹患した対象である。
【0172】
一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与に先立つ骨髄機能廃絶コンディショニングのステップ(例えばプリンアナログ、化学療法、放射線療法、1つまたは複数の内在化免疫トキシンもしくは抗体-薬物コンジュゲートによる処置、またはそれらの任意の組合せを用いる)をさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与の後のプリンアナログ(例えば6TG)を利用するプレコンディショニングまたはインビボ化学選択のステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、副反応が生じた場合に(例えばGvHD)、ジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)を利用するネガティブ選択のステップをさらに含む。
【0173】
5.1 プリンアナログによるコンディショニングおよび化学選択
一部の実施形態では、処置の方法は、(i)HSCの移植に先立つコンディショニング、および/または(ii)インビボ化学選択のさらなるステップを含む。一方または両方のステップは、プリンアナログを利用してよい。一部の実施形態では、プリンアナログは、6-チオグアニン(「6TG」)、6-メルカプトプリン(「6MP」)、またはアザチオプリン(「AZA」)からなる群から選択される。HPRT活性が欠損しているグラフトされたウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質含有HSCは、導入されたプリンアナログの細胞傷害性効果に高度に抵抗性であると考えられる。コンディショニングと化学選択の組み合わされた戦略により、HPRTを欠くウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質含有HSCの効率的で高い生着を低い全毒性で達成することができる。得られるウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質の発現は、遺伝子改変されたHSCの増強された生着および化学選択と組み合わされて、ウィスコット-アルドリッチ症候群に付随する病変を軽減するために十分なタンパク質の産生をもたらし得ると考えられる。
【0174】
6TGは、抗がんおよび免疫抑制の活性の両方を有するプリンアナログである。チオグアニンは酵素ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HGPRTase)についてヒポキサンチンおよびグアニンと競合し、それ自体、6-チオグアニル酸(TGMP)に変換される。このヌクレオチドは、治療用用量において高い細胞内濃度に達する。TGMPはグアニンヌクレオチドの合成についていくつかの点で干渉する。これは、プリンリボヌクレオチドのためのデノボ経路に特有の第1の酵素であるグルタミン-5-ホスホリボシルピロホスフェートアミドトランスフェラーゼの偽フィードバック阻害によってデノボのプリンの生合成を阻害する。TGMPはまた、酵素IMPデヒドロゲナーゼについての競合によって、イノシン酸(IMP)のキサンチル酸(XMP)への変換を阻害する。かつてTGMPはATP:GMPホスホトランスフェラーゼ(グアニレートキナーゼ)の重要な阻害剤であると考えられていたが、最近の結果はそうでないことを示している。チオグアニル酸は、グアニンヌクレオチドを代謝する同じ酵素によって、ジ-およびトリ-ホスフェート、即ちチオグアノシンジホスフェート(TGDP)およびチオグアノシントリホスフェート(TGTP)(ならびにそれらのデオキシリボシルアナログ)にさらに変換される。
【0175】
当業者には理解されるように、本開示のベクターにHPRTの発現を阻害するように設計された薬剤、例えばHPRTをノックダウンするRNAi薬剤を包含させることを考慮して、得られる形質導入されたHSCはHPRT欠損または実質的にHPRT欠損である(例えば20%以下の残存HPRT遺伝子発現を有する)。したがって、HPRTを発現するHSC、即ちHPRT野生型細胞は、1つまたは複数の用量の6TGを投与することによって選択的に枯渇させ得る。一部の実施形態では、6TGはHPRT野生型レシピエントの骨髄機能廃絶コンディショニングのため、およびドナー細胞のインビボ化学選択プロセスのために投与してよい。したがって、この戦略は遺伝子改変された細胞のインビボにおける選択、即ちウィスコット-アルドリッチ症候群タンパク質を含有する遺伝子改変された細胞のインビボにおける選択を可能にすると考えられる。
【0176】
一部の実施形態では、ドナーからのHSCの採取に続いて、HSCには本開示によるベクターが形質導入される。得られるHSCはHPRT欠損であり、WAS遺伝子を発現する。並行して、HSCを受容する患者は、最初に骨髄機能廃絶コンディショニングステップによって処置される。コンディショニングに続いて、形質導入されたHSCが患者に移植または投与される。次いでWAS遺伝子を含むHSCを、本明細書で論じるように6TGを用いてインビボで選択してよい。
【0177】
骨髄機能廃絶コンディショニングは、高線量のコンディショニング照射、化学療法、および/またはプリンアナログ(例えば6TG)による処置を用いて達成してよい。一部の実施形態では、コンディショニングレジメンによる処置の後、約24~約96時間の間にHSCが投与される。他の実施形態では、患者はコンディショニングレジメンによる処置の後、約24~約72時間の間にHSCグラフトによって処置される。さらに他の実施形態では、患者はコンディショニングレジメンによる処置の後、約24~約48時間の間にHSCグラフトによって処置される。一部の実施形態では、HSCグラフトは、約2×106細胞/kg~約15×106細胞/kg(患者の体重)を含む。一部の実施形態では、HSCグラフトは、6×106細胞/kgより大きいことを目標として、最小で2×106細胞/kgを含む。一部の実施形態では、投与された細胞の少なくとも10%は、本明細書に記載したレンチウイルスベクターによって形質導入される。一部の実施形態では、投与された細胞の少なくとも20%は、本明細書に記載したレンチウイルスベクターによって形質導入される。一部の実施形態では、投与された細胞の少なくとも30%は、本明細書に記載したレンチウイルスベクターによって形質導入される。一部の実施形態では、投与された細胞の少なくとも40%は、本明細書に記載したレンチウイルスベクターによって形質導入される。一部の実施形態では、投与された細胞の少なくとも50%は、本明細書に記載したレンチウイルスベクターによって形質導入される。
【0178】
一部の実施形態では、導入遺伝子を含むHPRT欠損HSCは、6TG等のプリンアナログの低用量スケジュールを用いるインビボのために選択され、これは造血組織外で及ぼす有害作用が最小であると考えられる。一部の実施形態では、約0.2mg/kg/日~約0.6mg/kg/日の範囲のインビボ化学選択のための6TG等のプリンアナログの投薬量が、患者へのHSCの導入後に患者に提供される。一部の実施形態では、投薬量は約0.3mg/kg/日~約1mg/kg/日の範囲である。一部の実施形態では、投薬量は約2mg/kg/日までである。
【0179】
一部の実施形態では、用量あたり投与される6TGの量は、患者のHPRT酵素活性の決定に基づく。当業者であれば、高いレベルのHPRT酵素活性を示す用量が、少量の6TG等のプリンアナログを有する用量で提供され得ることが認識されよう。HPRTのレベルが高ければ、6TG等のプリンアナログの毒性代謝物への変換が大きくなる。したがって、同じ目的を達成するために、低い用量を投与する必要がある。
【0180】
6TGコンディショニングを策定する前にTPMTの遺伝子型および/またはTPMTの酵素活性を測定することにより、TPMT酵素活性が低いか、酵素活性がない個体を特定してよい。即ち、他の実施形態では、投与される6TGの量は、チオプリンS-メチルトランスフェラーゼ(TPMT)のレベルまたはTPMTの遺伝子型に基づく。
【0181】
一部の実施形態では、インビボ化学選択のための6TG等のプリンアナログの投薬量は、(i)毎週、(ii)1週おき、(iii)1週間の治療およびこれに続く2週、3週、または4週の休薬、(iv)2週間の治療およびこれに続く1週、2週、3週、または4週の休薬、(v)3週間の治療およびこれに続く1週、2週、3週、4週、または5週の休薬、(vi)4週間の治療およびこれに続く1週、2週、3週、4週、または5週の休薬、(vii)5週間の治療およびこれに続く1週、2週、3週、4週、または5週の休薬、および(viii)毎月からなる群から選択されるサイクルのスケジュールで1週間あたり1~3回、患者に投与される。
【0182】
一部の実施形態では、6TG等のプリンアナログの約3~約10投薬量が、1週~約4週の範囲の投与期間にわたって患者に投与される。一部の実施形態では、6TGの4または5投薬量が、14日の期間にわたって患者に投与される。
【0183】
5.2 ジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤によるネガティブ選択
さらに、HPRT欠損細胞は、プリンのデノボ合成経路において酵素ジヒドロフォレートリダクターゼ(DHFR)を阻害するジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTX)を用いることによってネガティブ選択することができる。これは、予期しない有害作用が観察された場合に遺伝子改変されたHSCを除去するための安全手順として開発された。即ち、いずれかの有害副反応が生じた場合に、患者はジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)で処置され得る。有害副反応には、例えば細胞の特定のクローンにおける挿入突然変異を示す異常な血球計数/クローナル増殖またはサイトカインストームが含まれる。
【0184】
ジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)は、テトラヒドロフォレート(THF)の合成に寄与する酵素であるジヒドロフォレートリダクターゼ(DHFR)を競合的に阻害すると考えられる。DHFRは、ジヒドロフォレートの活性テトラヒドロフォレートへの変換を触媒する。DNA合成に必要なヌクレオシドであるチミジンのデノボ合成には葉酸が必要である。またプリンおよびピリミジン塩基の生合成には葉酸塩が必須であり、したがって合成が阻害されることになる。したがって、ジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)はDNA、RNA、チミジレート類、およびタンパク質の合成を阻害する。MTXまたはMPAはDHFRを阻害することによってデノボ経路をブロックする。HPRT-/-細胞では機能的なサルベージまたはデノボの経路がなく、プリン合成がもたらされず、したがって細胞が死滅する。しかし、HPRT野生型の細胞は機能的なサルベージ経路を有しており、そのプリン合成が生じ、細胞は生存する。
【0185】
本開示に従って産生された改変HSCの感受性に鑑みて、HPRT欠損細胞を選択的に除去するためにジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)を用いてよい。一部の実施形態では、ジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤(例えばMTXまたはMPA)は、単一用量として投与される。一部の実施形態では、複数用量のジヒドロフォレートリダクターゼ阻害剤が投与される。
【0186】
一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約100mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約90mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約80mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約70mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約60mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約50mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約40mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約30mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約20mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約10mg/m2/注入の範囲である。一部の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2mg/m2/注入~約8mg/m2/注入の範囲である。他の実施形態では、投与されるMTXの量は、約2.5mg/m2/注入~約7.5mg/m2/注入の範囲である。さらに他の実施形態では、投与されるMTXの量は、約5mg/m2/注入である。さらなる実施形態では、投与されるMTXの量は、約7.5mg/m2/注入である。
【0187】
一部の実施形態では、2~6回の注入が行なわれ、注入はそれぞれ同じ投薬量または異なる投薬量(例えば増大する投薬量、減少する投薬量、その他)を含んでよい。一部の実施形態では、投与は毎週のベースで、または2か月ごとのベースで行なってよい。
【0188】
一部の実施形態では、MPAは1日あたり約500mg~約1500mgの量で投薬される。一部の実施形態では、MPAの用量は単一ボーラスで投与される。一部の実施形態では、MPAの用量は1日あたり合計約500mg~約1500mgになる複数の個別の用量に分割される。
【0189】
一部の実施形態では、MTXまたはMPAのアナログまたは誘導体を、MTXまたはMPAの代替としてよい。MTXの誘導体は米国特許第5,958,928号およびPCT公開第WO/2007/098089に記載されており、これらの開示は参照により全体として本明細書に組み込まれる。一部の実施形態では、リババリン(IMPDHの阻害剤)、VX-497(IMPDHの阻害剤)(Jain J, VX-497: a novel, selective IMPDH inhibitor and immunosuppressive agent, (2001), J Pharm Sci., 90(5):625-37)を参照)、ロメトレキソール(DDATHF、LY249543)(GARおよび/またはAICARの阻害剤)、チオフェンアナログ(LY254155)(GARおよび/またはAICARの阻害剤)、フランアナログ(LY222306)(GARおよび/またはAICARの阻害剤)(Habeck et al., A Novel Class of Monoglutamated Antifolates Exhibits Tight-binding Inhibition of Human Glycinamide Ribonucleotide Formyltransferase and Potent Activity against Solid Tumors, (1994), Cancer Research, 54, 1021-2026を参照)、DACTHF(GARおよび/またはAICARの阻害剤)(Cheng et. al. Design, synthesis, and biological evaluation of 10-methanesulfonyl-DDACTHF, 10-methanesulfonyl-5-DACTHF, and 10-methylthio-DDACTHF as potent inhibitors of GAR Tfase and the de novo purine biosynthetic pathway, (2005) Bioorg Med Chem., 13(10):3577-85を参照)、AG2034(GARおよび/またはAICARの阻害剤)(Boritzki et. al. AG2034: a novel inhibitor of glycinamide ribonucleotide formyltransferase, (1996), Invest New Drugs., 14(3):295-303を参照)、LY309887(GARおよび/またはAICARの阻害剤)((2S)-2-[[5-[2-[(6R)-2-アミノ-4-オキソ-5,6,7,8-テトラヒドロ-1H-ピリド[2,3-d]ピリミジン-6-イル]エチル]チオフェン-2-カルボニル]アミノ]ペンタンジオン酸)、アリムタ(LY231514)(GARおよびAICARの阻害剤)(Shih et. al. LY231514, a pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-based antifolate that inhibits multiple folate-requiring enzymes, (1997) Cancer Research, 57(6):1116-23を参照)、dmAMT(GARおよび/またはAICARの阻害剤)、AG2009(GARおよび/またはAICARの阻害剤)、フォロデシン(Immucillin H、BCX-1777、商品名MundesineおよびFodosine)(プリンヌクレオシドホスホリラーゼ[PNP]の阻害剤)(Kicska et. al., Immucillin H, a powerful transition-state analog inhibitor of purine nucleoside phosphorylase, selectively inhibits human T lymphocytes, (2001) Proceedings Nat'l Acad. Sci. USA, 98 (8) 4593-4598を参照)、およびイムシリン-G(プリンヌクレオシドホスホリラーゼ[PNP]の阻害剤)を含むがそれらに限定されない代替の薬剤をMTXまたはMPAの代わりに用いてもよい。
【0190】
6.組合せ療法
本開示の別の態様には、ウィスコット-アルドリッチ症候群を処置するため、抗菌、抗真菌、および/または抗ウイルス活性の医薬成分(もちろん提示される特定の感染による)が、形質導入されたHSC(上記)のその処置を必要とする患者への投与または移植の前、その間、またはその後に、投与される組合せ療法がある。一部の実施形態では、ウィスコット-アルドリッチ症候群に罹患し、重篤な血小板減少症を有する患者は、形質導入されたHSC(上記)のその処置を必要とする患者への投与または移植の前、その間、またはその後に、高用量の静脈内免疫グロブリン(2gm/kg/日)および/またはコルチコステロイド(2mg/kg/日)で処置してよい。あるいは、本開示の発現ベクターまたは形質導入された幹細胞による処置の前または後に、健常ドナーからの幹細胞の同種移植を実施してもよい。
【0191】
7.鎌状赤血球症の処置のために有用なレンチウイルスベクター
ベータサラセミアおよび鎌状赤血球症(SCD)を含むβ-ヘモグロビン症は、ヘモグロビンの機能またはレベルに影響する一般に遺伝性の障害の異種の群である。SCDおよびβ-サラセミアメジャーは、世界で毎年約40万人の新生児が罹患する最も一般的な単一遺伝子病である。臨床的兆候は典型的には胎児性ヘモグロビン(HbF)から成人β-グロビン(HbA)へのスイッチの間、生後数か月で現われ、大きな罹患率および死亡率を伴って重篤となり得る。同種骨髄移植が治癒的であるが、適切に一致したドナーを有する患者に限られる。患者自身の細胞を利用する自己遺伝子療法は魅力的な治療オプションである。
【0192】
β-サラセミアは、機能性ヘモグロビンのレベルの低減によって特徴付けられる遺伝性血液障害である。β-サラセミアはヘモグロビンサブユニットベータ(以後、「HBB遺伝子」)における突然変異によって惹起され、これは常染色体劣性の様式で遺伝すると考えられる。臨床的に輸血依存性であると定義されるβ-サラセミアメジャーは、ヘモグロビンのベータ鎖の合成の低減または非存在によって惹き起こされる。疾患の重症度は突然変異の性質に依存し、転帰は重篤な貧血から臨床的に無症状の個体の範囲で変動する。
【0193】
転写、mRNAのスプライシング/プロセシング、RNAの安定性、翻訳、およびグロビンペプチドの安定性を含む広範囲のプロセスに対する効果を介してベータグロビンのレベルに影響する数百の異なる突然変異が記載されている。低いベータグロビン含量によって、過剰のアルファグロビン鎖が赤血球前駆細胞に沈殿することが可能になっていると考えられる。アルファグロビンの凝集物が細胞膜に損傷を与え、赤血球前駆細胞の早期の死を招いていることがさらに考えられる。その結果として患者で見出される赤血球生成の有効性の低下が重篤であれば、頻回の輸血を必要とすることになる。
【0194】
鎌状赤血球貧血(SCA)は、ヘモグロビンの突然変異した鎌状形態であるヘモグロビンS(HbS)における6位のグルタミン酸のバリンによる置換えをもたらすベータグロビン遺伝子のエクソン1における単一点突然変異に起因する。ホモ接合性のヘモグロビンS(「HbSS」)に加えて、SCDをもたらし得る他の遺伝型が存在する。古典的SCAはホモ接合性HbSSとして定義されることが多いが、ホモ接合性のヘモグロビンC(「HbSC」)およびHbS/β0は本質的に同じ疾患の兆候を有する一般的な遺伝子型である。HbSは脱酸素によって重合して鎌形の赤血球(「RBC」)をもたらし、これが微小血管系を閉塞する。SCDは臨床的に程度が変化する貧血および一時的な血管閉塞クライシスによって特徴付けられ、これらが多臓器の損傷および早すぎる死をもたらす。鎌状化の他に、過剰の溶血および慢性炎症の状態が存在する。
【0195】
SCD患者は米国において1年あたり約7.5万人の入院の原因となっており、4.75億ドルの推定年間費用をもたらしている。世界的にはSCDはサラセミアに次いで2番目の罹患率の単一遺伝子性障害であり、アフリカでは毎年20万人を超える小児がこの疾患をもって誕生している。SCDについて現在利用可能な医学管理オプションには、血管閉塞クライシスの補助的管理、発作または急性の胸部症候群等のSCDの重篤な合併症の再発を回避または防止するための長期の輸血、およびヒドロキシ尿素による胎児性ヘモグロビン(HbF)の誘導が含まれる。一致した同種造血幹細胞(HSC)の移植は治癒的と考えられるが、一致した血縁ドナーの利用可能性によって制限され、重篤な合併症の可能性がある。胎児期には、ガンマグロビン遺伝子(HbFをもたらす、アルファ2ガンマ2)がベータグロビン遺伝子座によって発現される主要な遺伝子であり、ベータグロビン遺伝子発現は抑制されている。しかし誕生後には、胎児性ガンマグロビン遺伝子の発現は無視できるレベルにまで減少し、同時にベータグロビンの発現が増大する。成人期には、胎児性ガンマグロビン転写物は高度にサイレンシングされる。即ち、遺伝子発現はガンマグロビンの発現を防止または低減するように制御される。この発現の変化は、HbFの減少および対応するHbA(アルファ2ベータ2)の増加をもたらす。ガンマグロビンは抗鎌状化の特性を有していることが知られており、したがってこの遺伝子の付加が遺伝子療法のために考慮される。
【0196】
ヘモグロビン症、特にSCDは、種々の理由から遺伝子療法の主要な目的である。SCDの高い有病率、大きな罹患率および死亡率、およびその結果としての生涯にわたる苦痛緩和のための医学的ケアの高いコストから、治癒的療法が患者の転帰を大きく改善し、付随する医学的コストを顕著に低減し得ることが予想される。自己CD34+造血幹/前駆細胞(HSPC)への治療用β-グロビン遺伝子のエクスビボレンチウイルス転移によるβ-ヘモグロビン症の遺伝子療法をヒト臨床試験で評価した。骨髄機能廃絶療法に基づく自己HSC移植は、遺伝子療法後12か月を超えてβ-サラセミア患者における輸血からの独立または輸血量の低減をもたらした。
【0197】
SCDおよびその他のβ-ヘモグロビン症の処置のためのレンチウイルスベクター等のウイルスベクターを用いる遺伝子療法の臨床試験によって、このアプローチが治療的に有効であり得ることが示されたが、改善された有効性および改善された安全性プロファイルを有するベクターの開発には引き続きニーズがある。
【0198】
したがって別の態様では、SD1が不活性化された改変されたグロビン導入遺伝子を含むレンチウイルスベクターが本明細書で提供される。理解されるように、そのようなグロビン導入遺伝子は、β-グロビンに由来するイントロン2を含む。特定の実施形態では、SD1が不活性化された改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含むレンチウイルスベクターが提供される。SA2とSA3の一方または両方が不活性化された改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターも本明細書で提供される。HS4-400インシュレーターを含まないベクターも提供される。したがって、本開示のレンチウイルスベクターには、細胞、例えば造血幹細胞に導入された際に、それらに付随する選択的スプライシングのリスクが低減され得る。
【0199】
本開示のこの態様は、少なくとも部分的に、治療用レンチウイルスベクターの中に存在するγ-グロビン導入遺伝子中のイントロン2(β-グロビンに由来する)の中のクリプティックスプライスドナー部位の同定に基づいている。このクリプティックスプライスドナー部位はSDIとも称され、γ-グロビン導入遺伝子の中のβ-グロビンイントロン2中のベクターのポジティブ鎖の中にある。γ-グロビン導入遺伝子は逆配向のベクターの中に存在するので、SD1はγ-グロビン導入遺伝子の相補鎖の中、即ちγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列の中にある。SD1は配列番号122のヌクレオチド933~934(ここで配列番号122は配列番号121で示されるγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列であり、即ちスプライシングは933位のGと934位のGとの間で起こり得る)、および配列番号119のヌクレオチド150~151(ここで配列番号119は配列番号118で示されるγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列であり、即ちスプライシングは150位のGと151位のGとの間で起こり得る)に位置している。β-グロビンイントロン2に関して言及する場合、クリプティックスプライスドナー部位は配列番号88のヌクレオチド20~21に位置しており、ここで配列番号88は配列番号87で示されるβ-グロビンイントロン2の逆相補体であり、即ちスプライシングは配列番号88の20位のGと21位のGとの間で起こり得る。
【0200】
即ち、一態様では、
β-グロビンイントロン2を含む改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターを含むレンチウイルスベクターであって、
改変されたγ-グロビン導入遺伝子が未改変のγ-グロビン導入遺伝子に対する突然変異を含み、突然変異が、未改変のγ-グロビン導入遺伝子に存在するスプライスドナー部位1(SD1)を不活性化し、
SD1が配列番号122に対する番号付けでヌクレオチドの933~934位において未改変のγ-グロビン導入遺伝子に存在し、ここで配列番号122は配列番号121で示される未改変のγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列であり、
SD1が配列番号119に対する番号付けでヌクレオチドの150~151位において未改変のγ-グロビン導入遺伝子に存在し、ここで配列番号119は配列番号118で示される未改変のγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列であり、および/または
SD1が配列AAGATAAGAG∧GTATGAACAT(配列番号96)を含み、ここで∧がスプライス位置を表す、レンチウイルスベクターが提供される。
【0201】
一部の実施形態では、突然変異は配列番号122に対する番号付けで932位におけるA、933位におけるG、934位におけるG、および/または935位におけるTの突然変異である。特定の例では、突然変異は、ヌクレオチドの置換、例えば配列番号122に対する番号付けで934位におけるGからAへの突然変異である。一部の例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号91で示される配列を含む。
【0202】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、改変されたHS4-400インシュレーターをさらに含む。
【0203】
一例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、ベクター中に存在する場合、未改変のHS4-400インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位2(SA2)を含み、SA2は未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの190~191位に存在し、ここで配列番号90は配列番号89で示される未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列であり、および/またはSA2は配列ATCCCCCCAG∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して、SA2を不活性化する突然変異、例えば配列番号90に対する番号付けで189位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、190位におけるG、191位におけるG、および/または192位におけるTの突然変異を含む。一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号93で示される配列を含む。
【0204】
別の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター中に存在する場合、未改変のHS4-400インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異を含み、SA3は未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの200~201位に存在し、および/またはSA3は配列GTGTCTGCAG∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。一部の例では、突然変異は配列番号90に対する番号付けで199位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、200位におけるG、201位におけるG、および/または202位におけるCの突然変異である。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号94~95のいずれか1つで示される配列を含む。
【0205】
一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターはレンチウイルスベクター内で逆配向にある。特定の実施形態では、レンチウイルスベクター内で第1の核酸は逆配向にあり、改変されたHS4-400インシュレーターは逆配向にある。
【0206】
他の例では、改変されたHS4-400は、レンチウイルスベクター内で順配向にある。
【0207】
別の態様では、β-グロビンイントロン2を含む改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターであって、
ベクター中に存在する場合に、改変されたHS4-400インシュレーターが、未改変のHS4-400インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位2(SA2)を含み、
SA2が、未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの190~191位に存在し、配列番号90が配列番号89で示される未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列であり、および/または
SA2が配列ATCCCCCCAG∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含み、ここで∧がスプライス位置を表す、レンチウイルスベクターが提供される。
【0208】
一実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して、SA2を不活性化する突然変異、例えば配列番号90に対する番号付けで189位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、190位におけるG、191位におけるG、および/または192位におけるTの突然変異を含む。特定の例では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号93で示される配列を含む。
【0209】
さらなる実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位3(SA3)を不活性化する突然変異をさらに含み、ここでSA3は未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの200~201位に存在し、および/またはSA3は配列GTGTCTGCAG∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。一部の例では、突然変異は配列番号90に対する番号付けで199位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、200位におけるG、201位におけるG、および/または202位におけるCの突然変異である。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターの逆相補配列は、配列番号94で示される配列を含む。
【0210】
本態様の一例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で逆配向にある。別の例では、改変されたHS4-400インシュレーターはレンチウイルスベクター内で順配向にあり、それによりSA2を不活性化する。
【0211】
別の態様では、β-グロビンイントロン2を含む改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーター、および改変されたHS4-400インシュレーターを含むレンチウイルスベクターであって、
ベクター中に存在する場合に、改変されたHS4-400インシュレーターが、未改変のHS4-400インシュレーターに対して不活性化されたスプライスアクセプター部位3(SA3)を含み、
SA3が、未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの200~201位に存在し、配列番号90が配列番号89で示される未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列であり、および/または
SA3が配列GTGTCTGCAG∧GCTCAAAGAG(配列番号62)を含み、ここで∧がスプライス位置を表す、レンチウイルスベクターが提供される。
【0212】
一実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対して、SA3を不活性化する突然変異、例えば配列番号90に対する番号付けで199位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、200位におけるG、201位におけるG、および/または202位におけるCの突然変異を含む。一部の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号95で示される配列を含む。
【0213】
一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、未改変のHS4-400インシュレーターに対してスプライスアクセプター部位2(SA2)を不活性化する突然変異をさらに含み、ここでSA2は未改変のHS4-400インシュレーターにおいて配列番号90に対する番号付けでヌクレオチドの190~191位に存在し、配列番号90は配列89で示される未改変のHS4-400インシュレーターの逆相補配列であり、および/またはSA2は配列ATCCCCCCAG∧GTGTCTGCAG(配列番号61)を含み、ここで∧はスプライス位置を表す。一部の例では、突然変異は配列番号90に対する番号付けで189位におけるA(例えばAからTへの突然変異)、190位におけるG、191位におけるG、および/または192位におけるTの突然変異である。特定の実施形態では、改変されたHS4-400インシュレーターは、配列番号94で示される配列を含む。
【0214】
本態様の一部の例では、改変されたHS4-400インシュレーターは、レンチウイルスベクター内で逆配向にある。他の例では、改変されたHS4-400インシュレーターはレンチウイルスベクター内で順配向にあり、それによりSA3を不活性化する。
【0215】
一部の実施形態では、未改変のγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号85で示される配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。一例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号103で示されるアミノ酸配列またはそれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むγ-グロビンをコードする。
【0216】
一部の例では、導入遺伝子は、γ-グロビンコード配列(例えば配列番号101または102で示される)のみを含む。特定の例では、γ-グロビン導入遺伝子はエクソンおよびイントロンを含み、他の非コードエレメントに付随する。一例では、γ-グロビン導入遺伝子は、γ-グロビンエクソン1(または例えば配列番号98で示されるHBGエクソン1)、γ-グロビンエクソン2(または例えば配列番号99で示されるHBGエクソン2)、およびγ-グロビンエクソン3(または例えば配列番号100で示されるHBGエクソン3)を含む。イントロンは、γ-グロビンイントロン1(またはHBGイントロン1)、およびβ-グロビンイントロン2(HBBイントロン2、例えば配列番号87で示される短縮HBBイントロン2)を含み得る。特定の実施形態では、導入遺伝子は、配列番号118で示される配列(即ちHBGエクソン1、HBGイントロン1、HBGエクソン2、HBB短縮イントロン2、およびHBGエクソン3)、または配列番号121(即ちHBGエクソン1、HBGイントロン1、HBGエクソン2、HBB短縮イントロン2、HBGエクソン3および3’UTR/ポリAシグナル)を含む。導入遺伝子は、他の非コードエレメント、例えばβ-グロビン遺伝子座制御領域(LCR)(例えば配列番号105で示される)に付随してもよい。
【0217】
本明細書で決定されるように、β-グロビンイントロン2を含むγ-グロビン導入遺伝子は、レンチウイルスベクターの中にある場合に、クリプティックスプライスドナー部位(SD1)を有してもよい。このスプライスドナー部位は、導入遺伝子がレンチウイルスベクター中で逆配向にある場合に、配列番号118および121で示されるγ-グロビン導入遺伝子の中で同定され、それにより、SD1はベクターのポジティブ鎖の中のβ-グロビンイントロン2に中にあった。即ち、SD1は配列番号118および121の逆相補配列の中にあった。これらの逆相補配列は、配列番号120および122として示される。
【0218】
SD1は、配列番号121の933~934位(即ち、スプライシングは933位のGと934位のGとの間で起こる)および配列番号119の150~151位(即ち、スプライシングは150位のGと151位のGとの間で起こり得る)、およびβ-グロビンイントロン2を含む他のγ-グロビン導入遺伝子の対応する位置に存在する。SD1は、配列AAGATAAGAG∧GTATGAACAT(配列番号96)を含むとして(ここで∧はスプライス位置を表す)、または配列番号121に対する番号付けでβ-グロビンイントロン2を含むγ-グロビン導入遺伝子の相補鎖の924~943位におけるヌクレオチドの配列を含むとして、または配列番号119に対する番号付けでβ-グロビンイントロン2を含むγ-グロビン導入遺伝子の相補鎖の141~160位におけるヌクレオチドの配列を含むとして、定義することもできる。β-グロビンイントロン2に関して考慮する場合、SD1は、配列番号88の20~21位(即ち、スプライシングは20位のGと21位のGとの間で起こる)および他のβ-グロビンイントロン2の対応する位置に存在する。したがって、SD1は、配列番号88に対する番号付けで、β-グロビンイントロン2の相補鎖の11~30位におけるヌクレオチドの配列を含むと定義することもできる。
【0219】
即ち、一部の実施形態では、本開示のレンチウイルスベクターは、β-グロビンイントロン2を含む改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸配列に作動可能に連結された第1のプロモーターを含み、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は未改変のγ-グロビン導入遺伝子に対する突然変異を含み、突然変異はSD1を不活性化する。改変されたγ-グロビン導入遺伝子を含むレンチウイルスベクターは、細胞に形質導入された場合に、それぞれ配列番号122または119に対する番号付けで、未改変のγ-グロビン導入遺伝子を含むレンチウイルスベクターによって924~943位または150~151位で起こるスプライシングと比較して、924~943位または150~151位で低減したスプライシングを呈し得る。一部の例では、スプライシングは少なくともまたは約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、もしくは90%低減される。
【0220】
未改変のγ-グロビン導入遺伝子は、レンチウイルスベクター中に存在する場合に、活性SD1を含む導入遺伝子、即ちSD1におけるスプライシングを容易にし得る配列および配向をレンチウイルスベクター内に含む導入遺伝子を含む。例示的な未改変のγ-グロビン導入遺伝子は、γ-グロビンをコードし、配列番号118および121で示される配列(それぞれ配列番号119および122で示される逆相補配列とともに)およびそれと少なくともまたは約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む導入遺伝子を含む(SD1部位がまだ存在し、例えばγ-グロビン導入遺伝子の逆相補体が配列AAGATAAGAGGTATGAACAT(配列番号96)を含むことを前提として)。
【0221】
特定の例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、未改変のγ-グロビン導入遺伝子に対する突然変異(例えばヌクレオチドの欠失、挿入、または置換え)を含み、突然変異は未改変のγ-グロビン導入遺伝子の中に存在するSD1を不活性化する(または配列番号122に対する番号付けで、未改変のγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列の924~943位で起こるスプライシングと比較して改変されたγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列の924~943位におけるスプライシングを低減する)。突然変異は、SD1を不活性化または破壊するいずれの突然変異でもよい。一部の例では、突然変異はSD1配列中の任意のヌクレオチドの欠失もしくは置換、またはSD1配列中へのヌクレオチド(例えば配列AAGATAAGAGGTATGAACAT(配列番号96))の挿入である。特定の例では、突然変異は、配列番号122に対する番号付けで、932位におけるA、933位におけるG、934位におけるG、および/または935位におけるTの突然変異(例えば欠失もしくは置換)である(例えば配列番号119に対する番号付けで、149位におけるA、150位におけるG、151位におけるG、および/または152位におけるTの突然変異である)。例えば、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号122に対する番号付けで、932位にAからT、AからC、またはAからGの突然変異、933位にGからC、GからA、またはGからTへの突然変異、934位にGからC、934位にGからTまたはGからAへの突然変異、および/または935位にTからA、TからC、またはTからGへの突然変異(即ち、配列番号119に対する番号付けで、149位にAからT、AからC、またはAからGへの突然変異、150位にGからC、GからA、またはGからTへの突然変異、151位にGからC、GからT、またはGからAへの突然変異、および/または152位にTからA、TからC、またはTからGの突然変異)を含み得る。他の例では、突然変異は、配列番号122に対する番号付けで、932位、933位、および/または934位の後のヌクレオチドの挿入(即ち、配列番号119に対する番号付けで、149位、150位、および/または151位の後のヌクレオチドの挿入)を含む。一部の例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、そのような突然変異の2つ以上を含む。
【0222】
一例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号122に対する番号付けで、逆相補配列中において934位にGからAへの突然変異を含む(即ち、配列番号122に対する番号付けで934位にAを含む)。即ち、一部の例では、改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、配列番号119に対する番号付けで、逆相補配列中において151位にGからAへの突然変異を含む(即ち、配列番号119に対する番号付けで151位にAを含む)。特定の実施形態では、γ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列は、配列番号123で示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号122に対する番号付けで934位にAが存在することを前提として)。他の実施形態では、γ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列は、配列番号120で示される配列またはこれと少なくともまたは約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む(配列番号119に対する番号付けで151位にAが存在することを前提として)。
【0223】
一部の例では、SD1を不活性化する突然変異を有する本明細書に記載した改変されたγ-グロビン導入遺伝子は、レンチウイルスベクター内で逆配向にある。
【0224】
さらなる実施形態では、第1のプロモーターはβ-グロビンプロモーター、例えば配列番号115~117のいずれか1つで示される核酸配列またはこれと少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーターである。
【0225】
一実施形態では、第1のプロモーターはβ-グロビンプロモーターであり、γ-グロビン導入遺伝子を含む第1の核酸に作動可能に連結されている。
【0226】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターは、HPRTの発現を阻害する核酸をコードする第2の核酸配列に作動可能に連結された第2のプロモーターをさらに含む。一部の例では、HPRTの発現を阻害する核酸はshRNA、例えば配列番号66で示されるヘアピンループ配列を含むか、および/または配列番号67~68のいずれか1つで示される配列を含むか、またはこれと少なくとも95%の配列同一性を含む配列を含むshRNAである。一例では、第2のプロモーターは、Pol IIIプロモーターまたはPol IIプロモーター、例えば7skを含むプロモーター(例えば配列番号69~71のいずれか1つで示される核酸配列またはこれと少なくとも95%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター)を含む。特定の実施形態では、第2のプロモーターおよび作動可能に連結された第2の核酸配列は順配向にあり、逆配向にある第1のプロモーターおよび作動可能に連結された第1の核酸の下流にある。
【0227】
一部の例では、レンチウイルスベクターは、ベクターの3’LTRにポリアデニル化シグナルをさらに含む。ポリアデニル化シグナルは、例えば配列番号103で示される核酸配列またはこれと少なくとも95%の配列同一性を有する核酸配列を含むウサギβ-グロビンポリアデニル化シグナルであってよい。
【0228】
本開示の別の態様では、その下流が5’から3’へ、中央ポリプリントラクト(cPPT)、REV応答エレメント(RRE)(例えば配列番号106で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むエレメント)、γ-グロビン導入遺伝子(例えば不活性化されたSD1を有する本明細書に記載した改変されたγ-グロビン導入遺伝子、例えば配列番号123で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含む導入遺伝子であって、配列が配列番号122に対する番号付けで934位にAを含む導入遺伝子、または配列番号120で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含む導入遺伝子であって、配列が配列番号119に対する番号付けで151位にAを含む導入遺伝子)に作動可能に連結されたβ-グロビンプロモーター(例えば配列番号115~117のいずれか1つで示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むプロモーター)を含むγ-グロビン発現カセット、β-グロビンLCR(例えば配列番号105で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含むLCR)、sh734をコードする核酸に作動可能に連結された7skプロモーターを含む7sk-sh734発現カセットである5’LTR(7tetOプロモーター/オペレーター、R、およびU5(例えば
図27に模式的に示す)を含む)、およびHS4-400インシュレーター(例えば不活性化されたSA2および/またはSA3を有する本明細書に記載した改変されたHS4-400インシュレーター、例えば配列番号93で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含むインシュレーターであって、配列が配列番号93に対する番号付けで189位にTを含むインシュレーター、配列番号95で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含むインシュレーターであって、配列が配列番号95に対する番号付けで199位にTを含むインシュレーター、または配列番号94で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む相補鎖を含むインシュレーターであって、配列が配列番号94に対する番号付けで189位にTおよび199位にTを含むインシュレーター)、R、およびβ-グロビンポリ(A)シグナル(例えば配列番号104で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む)ポリ(A)シグナルを含む3’LTRを含む核酸ベクター(例えばプラスミド)およびレンチウイルスビリオン(またはウイルス粒子)を含むレンチウイルスベクターが提供される。一部の例では、γ-グロビン発現カセットは、その中の相補鎖が配列番号91で示される配列を含むか、またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含み、配列が配列番号86に対する番号付けで934位にAを含む発現カセットである。これらのベクター中で、典型的にはγ-グロビン発現カセットは逆配向にあり、7sk-sh734発現カセットは順配向にある。
【0229】
一部の実施形態では、レンチウイルスベクターはプラスミドである。他の実施形態では、レンチウイルスベクターはウイルス粒子である。
【0230】
一実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号91に対する番号付けでγ-グロビン発現カセットの934位にAを含むことを前提として、配列番号109で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0231】
別の実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号94に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの189位にTおよび199位にTを含むことを前提として、配列番号110で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0232】
別の実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号91に対する番号付けでγ-グロビン発現カセットの934位にAを含むことを前提として、またベクターが配列番号94に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの189位にTおよび199位にTを含むことを前提として、配列番号111で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0233】
一実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号91に対する番号付けでγ-グロビン発現カセットの934位にAを含むことを前提として、配列番号112で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0234】
別の実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号93に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの189位にTを含むことを前提として、配列番号113で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0235】
別の実施形態では、ベクターはプラスミドであり、ベクターが配列番号91に対する番号付けでγ-グロビン発現カセットの934位にAを含むことを前提として、またベクターが配列番号93に対する番号付けでHS4-400インシュレーターの189位にTを含むことを前提として、配列番号114で示される配列またはこれと少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、もしくは99%の配列同一性を有する配列を含む。
【0236】
本開示のレンチウイルスベクターを含むか、またはこれによって形質導入された宿主細胞も提供される。一部の例では、宿主細胞は造血幹細胞(HSC)(例えば同種または自己のHSC)である。例では、宿主細胞はHPRT欠損である。
【0237】
さらなる態様では、上および本明細書に記載した宿主細胞を対象に投与することを含む、鎌状赤血球症またはβ-サラセミアを有する対象を処置する方法が提供される。一実施形態では、本方法は、宿主細胞を対象に投与し、次いで宿主細胞の生着を増大するためにプリンアナログ(例えば6-チオグアニン(「6TG」)、6-メルカプトプリン(「6MP」)、またはアザチオプリン(「AZA」))を対象に投与することを含む。一部の例では、本方法は、宿主細胞の投与に先立って対象をプリンアナログによってプレコンディショニングすることをさらに含む。鎌状赤血球症またはβ-サラセミアの処置のための医薬の調製のための宿主細胞の使用も提供される。
【0238】
ガンマグロビン遺伝子をコードするベクターによるHSCの遺伝的補正は、抗鎌状化HbFの連続的(即ち永久的)な産生をもたらし、それにより対象の生涯にわたってRBCの鎌状化を防止または軽減すると考えられる。この方法は、全ての患者、特に一致する兄弟姉妹のドナーを有しない患者に適用可能であること、および生涯の補正をもたらす1回だけの処置であることなどから、現在利用可能な療法により有利であると考えられる。有利なことに、この方法には免疫系の副作用がないとも考えられる。効果的な遺伝子療法のアプローチはSCDを処置する方法を変革し、この破壊的な障害を有する患者の転帰を改善することが、さらに考えられる。
【0239】
本明細書に注記したように、γ-グロビン導入遺伝子に加えて、本開示のベクターは、HPRTの発現を阻害またはノックダウンするように設計された薬剤(例えばshRNA)を含んでよく、したがって、プリンアナログ、例えば6TGを骨髄毒性の薬剤に代謝する際にHPRTが演ずる重要な役割を利用するインビボの化学選択戦略を提供する。HPRT欠損は造血細胞の発達または機能を害しないので、これは移植に用いる造血細胞から除去することができる。プリンアナログによるコンディショニングおよび化学選択については本明細書でさらに論じる。
【0240】
鎌状赤血球貧血またはβ-サラセミアの処置に関して、対象への処置には、その処置を必要とする対象の特定、本開示のベクター(例えばレンチウイルスベクター)(即ち突然変異したヒトガンマグロビン遺伝子およびHPRTへのshRNAを含むベクター)による造血幹細胞(HSC)(例えば自己HSC)のトランスフェクション、およびトランスフェクトしたHSCの対象への移植のステップが含まれる。
【0241】
一部の実施形態では、ヘモグロビン症を処置する方法は、(i)少なくとも2つの核酸配列、即ちHPRT遺伝子へのshRNAをコードする核酸配列およびガンマグロビン遺伝子をコードする核酸配列を含むベクターをHSCに形質導入すること、および(ii)形質導入されたHSCを哺乳動物対象に投与することを含む。一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与に先立つ骨髄機能廃絶コンディショニングのステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与に続くプリンアナログ(例えば6TG)を利用するインビボ化学選択のステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、MTXまたはMTAを利用するネガティブ選択のステップをさらに含む。
【0242】
一部の実施形態では、移植後の胎児性ヘモグロビンは少なくとも20%を超え、F細胞は循環赤血球の少なくとも3分の2を構成する。F細胞あたりの胎児性ヘモグロビンは鎌状赤血球中の全ヘモグロビンの少なくとも3分の1を占め、少なくとも20%の遺伝子改変されたHSCが対象の骨髄に再定着する。一部の実施形態では、移植後の胎児性ヘモグロビンは25%、30%、35%、40%、45%、50%、またはそれ以上を超える。一部の実施形態では、移植後の胎児性ヘモグロビンは55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上を超える。一部の実施形態では、F細胞は循環赤血球の少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%またはそれ以上を構成する。一部の実施形態では、F細胞あたりの胎児性ヘモグロビンは、鎌状赤血球中の全ヘモグロビンの少なくとも3分の1を占める。一部の実施形態では、F細胞あたりの胎児性ヘモグロビンは鎌状赤血球中の全ヘモグロビンの少なくとも40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、またはそれ以上を占める。一部の実施形態では、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、またはそれより多い遺伝子改変HSCが対象の骨髄に再定着する。
【0243】
本開示の別の態様には、少なくとも2つの核酸配列、即ちHPRT遺伝子に対するRNAiをコードする核酸配列および治療用遺伝子をコードする核酸配列を含む有効量のベクターを哺乳動物対象に投与することを含む、免疫不全、遺伝性疾患、血液疾患(例えば血友病、ヘモグロビン障害)、リソソーム蓄積症、神経疾患、血管障害、またはがんを処置する方法がある。
【0244】
本開示の別の態様には、少なくとも2つの核酸配列、即ちHPRT遺伝子の発現をノックアウトまたは他の方法で減少させるRNAiをコードする核酸配列およびガンマグロビン遺伝子をコードする核酸配列を含む有効量のベクターを哺乳動物対象に投与することを含む、ヘモグロビン症を処置する方法がある。一部の実施形態では、本方法は、(i)少なくとも2つの核酸配列、即ちHPRT遺伝子に対するshRNAをコードする核酸配列およびガンマグロビン遺伝子をコードする核酸配列を含むベクター、および(ii)薬学的に許容される担体を含む有効量の医薬組成物を患者に投与することを含む。一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与に先立つ骨髄機能廃絶コンディショニングのステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、形質導入されたHSCの投与に続く6TGを利用するインビボ化学選択のステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、MTXを利用するネガティブ選択のステップをさらに含む。
【0245】
本発明を容易に理解し、実用的な効果を得るために、ここで特定の好ましい実施形態を以下の非限定的な例によって記述する。
【実施例】
【0246】
[実施例1]
WAS LVVにおけるクリプティックスプライス部位の特定
WAS cDNAを含むレンチウイルスベクターを、クリプティックスプライス部位について評価した。このレンチウイルスベクターは、配列番号55で示される配列を有するプラスミドpBRNGTR47_pTL20c_SK734rev_MND_WAS_650(またはpBRNGTR47)である。
図1から分かるように、pBRNGTR47は、MNDプロモーターの制御下のWAS cDNAを含む順配向で第1の発現カセットを含む。WAS cDNAの下流にはウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後規制エレメント(WPRE)、およびそれに続くHS4-650インシュレーター(逆配向で)およびβ-グロビンポリ(A)シグナルがある。第1の発現カセットの上流にあって逆配向にある第2の発現カセットは、7skプロモーターの制御下にshRNA 734をコードする核酸を含む。レンチウイルスDNA(ウイルス遺伝子およびLTRエレメントを含む)は、7tetOプロモーター/オペレーターの制御下にある(
図1参照)。ベクター内のこれらのエレメントのそれぞれの位置および配向を、下の表4に提供する。
【0247】
【0248】
生物情報工学のスプライス部位予測解析(Netgene2)を用いて、pBRNGTR47における可能なスプライス部位を特定した。3つの重要なスプライスアクセプター部位(スプライスアクセプター部位1(SA1)、スプライスアクセプター部位2(SA2)、スプライスアクセプター部位3(SA3))は、0.30~0.82の範囲の信頼レベルで、ベクターのポジティブ鎖の上で特定されたHS4-650インシュレーターであった(
図2参照)。HS4-650インシュレーターはpBRNGTR47の中で逆配向にあるので、スプライスアクセプター部位はHS4-650インシュレーターの逆相補配列にある。これら3つの部位は、特に異常な転写物の誘導を受けやすいと考えられた。下の表5は、SA1、SA2、およびSA3の詳細を説明する。
【0249】
【0250】
[実施例2]
不活性化されたスプライスアクセプター部位を有するベクターの生成
SA1、SA2、および/またはSA3を不活性化するために、一連の改変されたベクターを生成した。これらのベクターはスプライスアクセプター部位における突然変異またはHS4-650インシュレーターの反転を含んでおり、したがって、これは順配向でベクター中に存在し(WAS cDNAと同様)、それによりスプライスアクセプター部位配列はリバース鎖上にある。スプライスアクセプター部位を不活性化するHS4-650インシュレーター中の突然変異を含むベクターについて、下の表6に示すように、突然変異はAからTへの突然変異であった。
【0251】
【0252】
表7に、産生されたベクターをまとめる。いくつかのベクター(pBRNGTR83、pBRNGTR87、pBRNGTR91、およびpBRNGTR119)は第2の発現カセット(即ちp7sk-shRNA 734発現カセット)を欠いている。全てのベクターはWAS cDNAの下流にWPREを含むが、配列は変動し、pBRNGTR47中のWPREは野生型配列と比較して7つの突然変異(WPRE mut7)を含み、WPREを利用する新たに生成したベクターは野生型配列と比較した際に6つの突然変異(mut6)を含む(文献でWPRE mut6とも称する)。新たに生成した全てのベクターはインシュレーターの上流のU3配列にさらなる2bpも含んでいる。これはpBRNGTR47では欠失しているが、pBRNGTR83、pBRNGTR84、pBRNGTR87、pBRNGTR88、pBRNGTR91、pBRNGTR92、pBRNGTR119、およびpBRNGTR120には再導入されている。SA1およびSA2を不活性化する2つの点突然変異を有するベクターにはpBRNGTR87およびpBRNGTR88が含まれ、SA1、SA2、およびSA3を不活性化する3つの点突然変異を有するベクターにはpBRNGTR119およびpBRNGTR120が含まれる。スプライス部位を不活性化するHS4-650インシュレーターの反転を有するベクターにはpBRNGTR91およびpBRNGTR92が含まれる。
【0253】
【0254】
pBRNGTR84、pBRNGTR88、pBRNGTR92、およびpBRNGTR120の中の種々のエレメントの位置および配向を下の表8~表11に提供し、
図3~
図6に示す。
【0255】
【0256】
【0257】
【0258】
【0259】
[実施例3]
HMGA2融合転写物アッセイによる異常スプライシングの評価
HMGA2遺伝子のイントロン3の中の組込みに続くHMG2A遺伝子座の中のLVベクター融合転写物を直接評価するため、新たなHDR系遺伝子編集アッセイを開発した。LVの試験においてこのイントロンを通してLVの組込みが特定されたので、このアプローチを利用した(De Ravin et al. (2016), Science Translational Medicine, Vol. 8, pp. 335ra57)。
【0260】
簡単に述べると、HMGA2イントロン3の中の多数の部位を標的とし、細胞系において高い切断効率(NHEJ率 70~90%)を示したsgRNAを設計した。0.6kbのホモロジーアームを有する一連のAAV相同組換え修復(HDR)ドナーを設計し、産生した。それぞれのドナーは、改変されたインシュレーターを含むLVV LTR含有インシュレーターエレメントに由来するホモロジーアーム隣接配列を含んでいた。AAVドナーは、sgRNAとの共デリバリーのために用いられるように設計した。
【0261】
組換えAAVベクターストックの生成に続いて、AAVドナーおよびsgRNA(RNPとして送達する)を、ヌクレオフェクションによってKG-1細胞系または初代ヒトCD34+細胞に導入した。LTR/インシュレータードナーコンストラクトに加えて、MND.GFP.ポリアデニル化カセットを導入するように設計した同じホモロジーアームを含む対照のAAV HDRドナーを生成した。この対照は、フローサイトメトリーによって標的組込み率にアクセスする迅速な手段を提供する。この対照コンストラクトを用いて、KG-1細胞で約40%のHDR率が観察された。RNPとAAV LTRドナーの共デリバリーに続いて、編集後1週を超えて、編集した細胞から単離したゲノムDNAおよびRNAにおいてHDR率および融合転写物を測定した。
【0262】
KG-1細胞における予備実験により、HDR率が平均31%(範囲は23~37%)であるAAVドナーによる効率的な標的化が実証された。SA部位を用いる融合転写物が、cHS4エレメントによって編集した細胞で検出された。融合コンストラクトの配列がDNAシーケンシングによって確認され、最高スコアのSA部位の予測した使用と一致した。
【0263】
初期の研究は、SA1とSA2の両方の改変がこれらの部位におけるスプライシングを不活性化または除去することを示唆している。しかし、これらのコンストラクトで未改変のSA3におけるスプライシングから生じる融合転写物が観察された。融合転写物は、反転したHS4-650インシュレーターを含むコンストラクト、即ちWAS導入遺伝子に対する順配向では検出されず、配向の反転がスプライス部位を除去することを示唆している。SA1、SA2、およびSA3における突然変異の組合せを含むコンストラクトを評価した。
【0264】
ddPCRによるHMGA2エクソン2-3/エクソン4-5の転写物の比の評価により、未改変のスプライス部位を有する未改変の650bpインシュレーターを含むコンストラクト(「650」)と比較した際の、改変されたインシュレーターを含むコンストラクト(「3xSA」および「fwd」)における異常なスプライシングに由来する融合転写物が低減することが示された。
図8を参照されたい。
【0265】
さらに、経時的な培養中の編集された細胞の頻度の評価により、HMGA2融合転写物(即ち改変されたインシュレーター「fwd」および「3xSA」を含むコンストラクト)の低減が、未改変のスプライス部位を有する未改変の650bpインシュレーターを含むコンストラクト(「650」)について観察された利点と比較して、選択的細胞増殖が低減または除去された利点と相関することが示された。KG1細胞からの結果を
図9に示し、CD34+細胞からの結果を
図10に示す。
【0266】
[実施例4]
異常なスプライシングの評価のための富化によるRNA-SEQ法
試料中の全RNAのシーケンシング(RNA-Seq)は、試料中の遺伝子発現のシグナルを直接評価するための有用な次世代シーケンシング手法である。しかし、RNA-Seq試料は極めて複雑であることが多く、典型的には比較的稀な目的の転写物のシグナルを完全に解明するための深いシーケンシングが必要である。RNA-Seqに先立って複雑な試料から標的を富化するために、RNA-Seqハイブリダイゼーションキャプチャーキットを用いてよい。この目的のため、HMGA2を標的としてHMGA2 mRNA転写物を富化するために特製のRNAのベイトを設計した。
【0267】
HMGA2は、それぞれが異なるタンパク質アイソフォームの発現をもたらす5つの既知の転写物変異体を有することが認識されている。全てのアイソフォームにはエクソン1、2、および3が共通している。HMGA2のエクソン1、2、および3を標的とするベイトを有するHMGA2標的富化キットを設計した。3つのハウスキーピング遺伝子(B2M、PPIA、GAPDH)のためのベイトも、正規化のための対照として設計した(
図11)。下流のレンチウイルス配列と比較して大量の下流のHMGA2エクソンのシーケンシングおよび定量によって異常なスプライス事象の評価を可能にするため、以下のプロトコルを用いて、複雑なRNA Seq試料からHMGA2エクソン1-3を含むmRNAを富化した。
a)ハイブリダイゼーション-最初に、バーコードを付加したNGS cDNAライブラリーを熱によって変性させ、数時間の経過にわたって相補的なビオチン化RNAベイトの複合体混合物とハイブリダイズさせた。共通のアダプター部位におけるライブラリー分子のランダムなアニーリングを防止するため、アダプター特異的なブロッキングオリゴを用いた。
b)洗浄-ハイブリダイゼーションが完了した後、それぞれのベイトの上に存在するビオチンをストレプトアビジンコート磁性ビーズに結合させた。洗浄ステップにより、オフターゲットまたはハイブリダイゼーションが不十分なライブラリー分子の除去を補助する。
c)増幅-その相補的なベイトに結合した残存するライブラリー分子を熱によって変性させ、ユニバーサルライブラリープライマーを用いて増幅した。この「富化された」ライブラリーをシーケンシングし、評価した。
【0268】
KG1細胞(AAVドナーおよびRNPによる編集の35日後)およびCD34+細胞(AAVドナーおよびRNPによる編集の13日後)からの試料をそれぞれ評価した。ヒトゲノムまたはAAVコンストラクトのいずれかに対する全てのリードマッピングを抽出した。i)PPIA、ii)GAPDH、iii)B2M、iv)HMGA2またはAAV(組合せ)に対するリードマッピングを計数した。HMGA2またはAAVに対するリードマッピングを、i)AAV挿入部位の上流のHMGA2、ii)AAV挿入部位の下流のHMGA2、およびiii)AAV配列に対するリードマッピングにさらに分割した。
【0269】
AAVリードとHMGA2下流リードとの比を、改変されたインシュレーター配列を含むLVVに対するスプライシング活性の尺度として用いることができる。AAV融合転写物の発現レベルを計算し、上記の選択されたハウスキーピング遺伝子(対照)に対して正規化した。HMGA2上流リードを計算し、ハウスキーピング遺伝子に対して正規化して、全HMGA2発現転写物を評価した。
【0270】
KG1細胞では、AAVリードとHMGA2下流エクソンンリードとの比として計算して、3xSA 650bpの補正されたインシュレーターを含むコンストラクトで、AAV/HMGA2の比における5.5分の1の減少が観察された(
図22A)。CD34+細胞では、3xSA 650bpの補正されたインシュレーターを含むコンストラクトで、AAV/HMGA2の比における3.6分の1の減少が観察された(
図22B)。導入遺伝子に対して順配向(元の未改変インシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトで、AAV/HMGA2の比における同様の減少が観察された(
図22Aおよび
図22B、「fwd」)。
【0271】
図12および
図13は、それぞれKG1およびCD34+細胞におけるHMGA2転写物およびAAV融合転写物の発現レベルを示す。具体的には、
図12Aおよび
図13Aは、未処理の細胞と比較した全HMGA2発現転写物のレベルを示す。
図12Bおよび
図13Bは、3xSA改変インシュレーターコンストラクトに対して正規化した細胞中で発現した融合転写物のレベルを示す。「650」は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「2xSA」は、補正された2つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「3xSA」は、補正された3つのクリプティックスプライスアクセプター部位を有するHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「fwd」は、導入遺伝子に対して順配向(または元の未改変のインシュレーターを含む対照コンストラクトに対して逆配向)にあるHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトを意味する。「モック」または「fwd_LTRrev」は対照を意味する。KG1細胞とCD34+細胞の両方で、改変されたインシュレーターを含むコンストラクト(「3xSA」および「fwd」)は、未改変のインシュレーターを含むコンストラクト(「650」)と比較して、AAV融合転写物の発現レベルの低減を呈した。
【0272】
HMGA2エクソン3とエクソン4(主要なアイソフォーム)またはLVV配列(AAVインサート)との間の検出されたスプライシング事象を定量するため、HMGA2エクソン3配列を含むリードを抽出し、次のエクソン下流への接合を定量した。この解析は、CD34+細胞(
図14~
図16)およびKG1細胞(
図17~
図19)について実施した。両方の細胞型において、HMGA2エクソン3-LVVスプライシングのパーセンテージは、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーターを含むコンストラクトと比較して、改変されたインシュレーターを含む両方のコンストラクトで減少した(
図14および
図17)。
【0273】
[実施例5]
インシュレーター活性の評価
改変されたHS4-650インシュレーターのエンハンサーブロッキング活性を評価するため、LIMドメインオンリー2(LMO2)活性化アッセイを用いて、改変されたインシュレーターの機能を検証することができる。同様のアッセイが、Ryu et al., 2008, Blood, Vol. 111, pp. 1866および Goodman et al. 2018, Journal of Virology, Vol. 92 pp. e01639-17に記載されている。
【0274】
簡単に述べると、LMO2遺伝子のプロモーターまたは第1のイントロンの中にプロウイルスの標的組込みを有するJurkat細胞系を用いて、ベクターのコンストラクトを評価する(Ryu et al., 2008; Zhou et al., 2010)。改変されたインシュレーター配列がそのインシュレーターエンハンサーブロッキング機能を保持している場合には、未改変のインシュレーター配列の発現と同様のLMO2の発現が観察され、インシュレートされていないプロウイルスと比較したLMO2発現の明らかな低減に対応する。インシュレーター配列の改変によってインシュレーター機能が低減または破壊されている場合には、未改変のインシュレーター配列における発現より高いLMO2の発現が観察される。
【0275】
LMO2の発現およびしたがって例示的なインシュレーターのエンハンサーブロッキング活性の測定として、RT-qPCRを用いた。mScarlet-Iリポーター導入遺伝子を駆動し、LTR中に様々なインシュレーター配列を有するMNDプロモーターを含むLVVプロウイルスコンストラクトを、このアッセイのために用いた。mScarlet-Iリポーター導入遺伝子を駆動するが、インシュレーターを欠くMNDプロモーターを含むMoMLVプロウイルスおよびLVVプロウイルスのコンストラクトを、LMO2活性化の陽性対照として用いた。プロモーターを有しないか、またはEF1アルファプロモーターを有するプロウイルスコンストラクトをLMO2活性化の陰性対照として用いた。単一クローンアッセイ(
図20)およびバルク細胞アッセイ(
図21Aおよび
図21B)の両方を完了した。改変されたインシュレーターを含む例示的なコンストラクト(「fwd」および「3xSA」)は、未改変のスプライス部位を有する未改変のHS4-650インシュレーター(「650」)に対して同程度のLMO2発現を示し、改変されたインシュレーターが所望のインシュレーターエンハンサーブロッキング機能を保持していることが示された。陽性および陰性の対照には、プロモーターを欠くコンストラクト(「プロモーターなし」)およびインシュレーターを欠くコンストラクト(「インシュレーターなし」または「no-Ins」)が含まれていた。
【0276】
[実施例6]
インビトロ不死化アッセイ(IVIMアッセイ)
インビトロ不死化アッセイ(IVIMアッセイ)は、レンチウイルスベクターを用いる遺伝子療法の後のベクター媒介遺伝毒性事象を評価するために用いられる。IVIMは、造血細胞の形質転換のリスクを定量化するための単純な細胞培養モデルを用いる迅速な突然変異生成アッセイである。IVIMアッセイにより、形質導入された細胞の初期の数および限界希釈の後の強固な再播種を示す突然変異体のクローナルな特徴解析に基づいて遺伝毒性のある突然変異体の出現率を定量することができる。これにより、一般的な挿入部位(CIS)の形質転換の特徴解析も可能になる。
【0277】
IVIMアッセイは記載されている(Modlich et al. (2006), Blood, Vol. 108 pp. 2545;およびModlich et al. (2009), Molecular Therapy, Vol. 17 pp.1919-1928)。簡単に述べると、完全骨髄から系列陰性(Lin-)の骨髄細胞を単離する。前刺激したLin-骨髄細胞にスピノキュレーション(レトロネクチンをコートした懸濁培養ディッシュ)によってLVVベクターを形質導入する。2ラウンドの形質導入の後、フローサイトメトリー(FACS)のために細胞を、リアルタイムPCR解析(コピー数)のためにDNA試料を収穫する。
【0278】
形質導入の後、約2週間の大量培養として細胞を増殖させる。大量培養増殖の後、細胞を96ウェルプレートに播種する。約2週間後、陽性ウェルを計数し、再播種した細胞の頻度を計算する。選択したクローンをさらなる特徴解析のために増殖させてよい。
【0279】
[実施例7]
形質導入およびWASPの発現
例示的なレンチウイルスベクターコンストラクトからのWASの発現を、2つの異なる細胞型、即ちマウス系列陰性(Linneg)細胞および(ヒト)U937細胞で評価した。両方の細胞型におけるWAS KOおよびWT細胞をアッセイのための陽性対照として用いた。
【0280】
マウスLinneg細胞:WAS KOマウスの骨髄由来の系列陰性細胞を、Direct Lineage Cell Depletion Kit(Miltenyi)を用いる磁性ラベリングによって実施した。系列枯渇の後、形質導入条件あたり200,000個のLinnegWASp KO細胞を、形質導入エンハンサー(TE;1×LentiBoostおよび10μMのdmPGE2)を含む150μLの培地と96ウェル中で混合し、37℃、5%CO2中で1時間インキュベートした。MOI 1~10、最終体積200μL/ウェルとして様々なWASP LVを細胞に加え、37℃、5%CO2中で12~16時間インキュベートした。それぞれの形質導入は三重測定ウェルで実施した。規定したインキュベーション時間の後、細胞を培地で洗浄してウイルス上清を除去し、7日間培養した(24ウェルプレート中で)。
【0281】
U937細胞:U937は、高いレベルのWASPを発現していることが知られているプロ単球性のヒト骨髄性白血病細胞系である。WASP LVの特徴解析のため、U937 WASP KO細胞(クローン19B)を用いた。WAS KOクローンは、WASP遺伝子座のエクソン7のCRISPR/Cas9ターゲティングによって生成させた。マウスLinneg細胞と同様に、WAS KO U937細胞に種々のWAS LVを形質導入し、37℃、5%CO2中で12~16時間インキュベートした。U937細胞に用いたMOIは、0.5、1、および10である。マウスLinneg細胞と同じく、それぞれの形質導入は三重測定で実施し、細胞は形質導入後21日間、培養した(24ウェルプレートで)。
【0282】
WASタンパク質の発現は、Lin
neg細胞については形質導入の7日後、U937細胞については形質導入の21日後に解析した。簡単に述べると、細胞を収穫して、細胞内のWASタンパク質の染色を可能にするため透過性とした。WASタンパク質は、Alexa-Fluor 647で標識したWAS抗体(5A5、BD Biosciences、施設内で標識)によって染色した。形質導入していないWAS KO細胞およびWT細胞(Lin
negおよびU937細胞について)を、それぞれ陰性および陽性の対照として用い、WASの発現をメディアン蛍光強度(MFI)として表す。Lin
neg細胞については、改変されたインシュレーターを含むLVVを含む全てのLVVの中で同程度のWASP発現が観察された。U937細胞では、WASPの発現はWT対照を上回っていた(WT:KO 1~2および1~3)。これは、異常なスプライシングに対処するためのインシュレーターの改変が導入遺伝子の発現を低減または妨害しないことを示している(Lin
neg細胞について
図23、U937細胞について
図25を参照)。
【0283】
WASタンパク質発現に加えて、細胞由来の全DNAを抽出し、ベクターコピー組込み(VCN)の数をq-PCRによって解析してVCN/細胞として表す。両方の細胞型において、VCNの用量依存性の増加が観察された(Lin
neg細胞については
図24、U937細胞については
図26を参照)。
【0284】
[実施例8]
LVV改変細胞のWAS KOマウスへの移植
インビボWASレスキューをWAS KOマウスモデルで評価する。この点で、WAS KOマウスLinneg細胞を、補正したインシュレーターを有する例示的なWAS LVVにより、実施例6に記載した同じプロトコルで改変する。LV改変の後、細胞を洗浄して、プレコンディショニングした(致死的照射)WAS KOマウスに移植する(約2×106細胞/マウス±20%)。ドナーマウスおよびレシピエントマウス由来の細胞は、CD45.1またはCD45.2の同族アレルに基づいて区別可能である。WAS KOに対するWTおよびWAS KO群に対するWAS KOを、それぞれ陽性対照および陰性対照として用いる。マウス由来の末梢血を一定の間隔で採取して、種々の免疫細胞系列の生着および発達ならびにそれぞれの細胞型におけるWASPの発現をモニターする。WASPレスキューの機能を評価するため、移植したマウスの脾臓(犠牲死の際)からのT細胞を、刺激に対するその応答について解析する。
【0285】
[実施例9]
SCD LVVにおけるクリプティックスプライス部位の特定
ヒトγ-グロビン導入遺伝子を含むレンチウイルスベクターを、クリプティックスプライス部位について評価した。このレンチウイルスベクターは、配列番号109で示される配列を有するプラスミドpCalH10_TL20c_rGbGM_7SKsh734(「pCalH10」)である。
図27から分かるように、pCalH10は、ヒトγ-グロビン(HBG)エクソン(G16D点突然変異を有する)、β-グロビン(HBB)非コード配列、β-グロビンプロモーター、およびウイルス骨格中でウイルスRNA転写物に対して逆配向にクローニングされた超感受性部位(HS2、HS3、およびHS4エレメント)からなる3.2kbのβ-グロビン遺伝子座制御領域(LCR)を含むヒトγ-グロビン
G16D発現カセットを含む。β-グロビン非コード領域は、短縮HBBイントロン2を含む。ヒトγ-グロビン
G16D発現カセットの下流にあって順配向にある第2の発現カセットは、shRNA734をコードする核酸に作動可能に連結された7skプロモーター(sh734)を含む。LTR中でこの下流には逆配向のHS4-400インシュレーターがある。レンチウイルスDNAの転写は7tetOプロモーター/オペレーターによって駆動される(
図27を参照)。
【0286】
生物情報工学のスプライス部位予測解析(Netgene2)を用いて、pCalH10における可能なスプライス部位を特定した。これにより、約100個の可能なスプライス部位が明らかになり、このベクターに関連する異常なスプライシングが存在し得ることが示唆された。
【0287】
次いでpCalH10ベクターインサートの安定性を解析した。簡単に述べると、pCalH10から産生されたビリオンを、したがって上に記載し
図27に示す同じインサートをHeLa細胞に形質導入した。6日後に細胞DNAを抽出し、DNAを制限酵素消化およびサザンブロット解析に供して、形質導入していないHeLa細胞(陰性対照)およびpCalH10(陽性対照)と比較した。試験試料に対してAflIIIおよびNotI制限酵素を用いて、約6.7kbのベクターインサート配列を放出させ、MfeIおよびXbaIを用いて、pCalH10由来のプローブ断片を生成させた。
図28に示すように、約7kbの断片が主要な種として観察され(87.5%)、約4kbおよび2.5kbの断片がマイナーな種として観察された(それぞれ3%および9.5%)。
【0288】
形質導入された細胞から得られたDNAの次世代シーケンシングも実施し、集団の9.5%を占める短縮された2.5kbの断片の生成に寄与したドナーおよびアクセプターの部位を特定した。スプライスドナー部位は、γ-グロビン導入遺伝子の中の短縮されたβ-グロビンイントロン2におけるベクターのポジティブ鎖のスプライスドナー部位(SD1)であることが決定された。γ-グロビン導入遺伝子はベクター中において逆配向で存在しているので、SD1はγ-グロビン導入遺伝子の相補鎖の中、即ちγ-グロビン導入遺伝子の逆相補配列の中にある。スプライスアクセプター部位(SA2)は、HS4-400インシュレーターにおいてベクターのポジティブ鎖の上にある。HS4-400インシュレーターはpCalH10において逆配向にあるので、SA2はHS4-400インシュレーターの相補鎖の上(即ち逆相補配列の中)にある。これらの部位における異常なスプライシングは、その中でγ-グロビン発現コンストラクトの一部、即ちβ-グロビンLCRおよび7sk-sh734発現コンストラクトが欠失した短縮されたレンチウイルス断片がもたらされる(
図29)。下の表12は、SD1およびSA2、ならびに関心事であるとみなされたさらなるスプライスアクセプター部位であるSA3(
図30参照)の詳細を説明している。
【0289】
【0290】
[実施例10]
不活性化されたスプライス部位を有するベクターの生成
SD1、SA2、および/またはSA3を不活性化するために一連の改変されたベクターを生成した。これらのベクターの大部分はpCalH10に基づいており、スプライス部位の1つまたは複数の配列にこれらを不活性化する突然変異を含む。下の表13に示すように、SD1を不活性化するγ-グロビン導入遺伝子における突然変異を含むこれらのベクターのためにGからAへの突然変異、SA2および/またはSA3を不活性化するHS4-400インシュレーターにおける突然変異を含むベクターのためにAからTへの突然変異を行なった。2つのベクターにおいて、HS4-400インシュレーターを単に欠失させた。表14に、産生したベクターをまとめる。
【0291】
【0292】
【0293】
[実施例11]
インシュレーター活性の評価
改変されたHS4-400インシュレーター活性を評価するため、LIMドメインオンリー2(LMO2)活性化アッセイを用いて、改変されたインシュレーターの機能を検証してよい。同様のアッセイがRyu et al. (2008), Blood, Vol. 111, pp. 1866およびGoodman et al. (2018), Journal of Virology, Vol. 92 pp. e01639-17に記載されている。
【0294】
簡単に述べると、LMO2遺伝子のプロモーターまたは第1のイントロンの中に標的組込み部位を有するJurkat細胞系を用いて、ベクターのコンストラクトを評価する(Ryu et al. (2008); Zhou et al. (2010), Blood, Vol. 116(6), pp. 900-908)。改変されたインシュレーター配列がそのインシュレーター機能を保持している場合には、LMO2発現の低減が観察される。インシュレーター配列の改変によってインシュレーター機能が低減または破壊されている場合には、LMO2発現の低減は殆どまたは全く観察されない。
【0295】
[実施例12]
インビトロ不死化アッセイ(IVIMアッセイ)
インビトロ不死化アッセイ(IVIMアッセイ)は、レンチウイルスベクターを用いる遺伝子療法の後のベクター媒介遺伝毒性事象を評価するために用いることができる。IVIMは、造血細胞の形質転換のリスクを定量化するための単純な細胞培養モデルを用いる迅速な突然変異生成アッセイである。IVIMアッセイにより、形質導入された細胞の初期の数および限界希釈の後の強固な再播種を示す突然変異体のクローナルな特徴解析に基づいて遺伝毒性のある突然変異体の出現率を定量することができる。これにより、一般的な挿入部位(CIS)の形質転換の特徴解析も可能になる。
【0296】
IVIMアッセイは記載されている(Modlich et al. (2006), Blood, Vol. 108 pp. 2545;およびModlich et al. (2009), Molecular Therapy, Vol. 17 pp.1919-1928)。簡単に述べると、完全骨髄から系列陰性(Lin-)の骨髄細胞を単離する。前刺激したLin-骨髄細胞にスピノキュレーション(レトロネクチンをコートした懸濁培養ディッシュ)によってLVVベクターを形質導入する。2ラウンドの形質導入の後、フローサイトメトリー(FACS)のために細胞を、リアルタイムPCR解析(コピー数)のためにDNA試料を収穫する。
【0297】
形質導入の後、約2週間の大量培養として細胞を増殖させる。大量培養増殖の後、細胞を96ウェルプレートに播種する。約2週間後、陽性ウェルを計数し、再播種した細胞の頻度を計算する。選択したクローンをさらなる特徴解析のために増殖させてよい。
【0298】
配列
未改変のHS4-650インシュレーター(配列番号1)
GAGCTCACGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAAAAGCTTGATATCATGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAGGATGGGGCT
未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補体(r-c)(配列番号2)
AGCCCCATCCTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACATGATATCAAGCTTTTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTGAGCTC
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号3)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号4)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号5)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号6)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号7)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号8)
改変されたHS4-650インシュレーター(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号9)
未改変のHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(配列番号10)
ACGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAAAAGCTTTAGGCTTGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAG
逆相補体(r-c)未改変のHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(配列番号11)
CTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACAAGCCTAAAGCTTTTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGT
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号12)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号13)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号14)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号15)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号16)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号17)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.JN000001)(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号18)
未改変のHS4-650インシュレーター(US2016003218)(配列番号19)
AAGATCTGCTCACGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAAATGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAGAATATT
未改変のHS4-650インシュレーターの逆相補体(US2016003218)(配列番号20)
AATATTCTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACATTTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTGAGCAGATCTT
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号21)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号22)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号23)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号24)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号25)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号26)
改変されたHS4-650インシュレーター(US2016003218)(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号27)
未改変HS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(配列番号28)
CCTGTACGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAATGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAGGATGGGGCT
未改変HS4-650インシュレーターの逆相補体(Genbank Acc.No.MN044710.1)(配列番号29)
AGCCCCATCCTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACATTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTACAGG
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号30)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号31)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号32)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号33)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号34)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号35)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044710.1)(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号36)
未改変HS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(配列番号37)
CCTGTACGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAATGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAGGATGGGGCT
未改変HS4-650インシュレーターの逆相補体(Genbank Acc.No.MN044709)(配列番号38)
AGCCCCATCCTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACATTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTG
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号39)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号40)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号41)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号42)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号43)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号44)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.MN044709)(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号45)
未改変HS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(配列番号46)
CGGGGACAGCCCCCCCCCAAAGCCCCCAGGGATGTAATTACGTCCCTCCCCCGCTAGGGGGCAGCAGCGAGCCGCCCGGGGCTCCGCTCCGGTCCGGCGCTCCCCCCGCATCCCCGAGCCGGCAGCGTGCGGGGACAGCCCGGGCACGGGGAAGGTGGCACGGGATCGCTTTCCTCTGAACGCTTCTCGCTGCTCTTTGAGCCTGCAGACACCTGGGGGGATACGGGGAAAATGTGTCTGAGCCTGCATGTTTGATGGTGTCTGGATGCAAGCAGAAGGGGTGGAAGAGCTTGCCTGGAGAGATACAGCTGGGTCAGTAGGACTGGGACAGGCAGCTGGAGAATTGCCATGTAGATGTTCATACAATCGTCAAATCATGAAGGCTGGAAAAGCCCTCCAAGATCCCCAAGACCAACCCCAACCCACCCACCGTGCCCACTGGCCATGTCCCTCAGTGCCACATCCCCACAGTTCTTCATCACCTCCAGGGACGGTGACCCCCCCACCTCCGTGGGCAGCTGTGCCACTGCAGCACCGCTCTTTGGAGAAGGTAAATCTTGCTAAATCCAGCCCGACCCTCCCCTGGCACAACGTAAGGCCATTATCTCTCATCCAACTCCAGGACGGAGTCAGTGAGAATA
未改変HS4-650インシュレーターの逆相補体(Genbank Acc.No.KF569217)(配列番号47)
TATTCTCACTGACTCCGTCCTGGAGTTGGATGAGAGATAATGGCCTTACGTTGTGCCAGGGGAGGGTCGGGCTGGATTTAGCAAGATTTACCTTCTCCAAAGAGCGGTGCTGCAGTGGCACAGCTGCCCACGGAGGTGGGGGGGTCACCGTCCCTGGAGGTGATGAAGAACTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGACATGGCCAGTGGGCACGGTGGGTGGGTTGGGGTTGGTCTTGGGGATCTTGGAGGGCTTTTCCAGCCTTCATGATTTGACGATTGTATGAACATCTACATGGCAATTCTCCAGCTGCCTGTCCCAGTCCTACTGACCCAGCTGTATCTCTCCAGGCAAGCTCTTCCACCCCTTCTGCTTGCATCCAGACACCATCAAACATGCAGGCTCAGACACATTTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCG
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA1におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号48)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA1およびSA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号49)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA1およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号50)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA1、SA2、およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号51)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号52)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号53)
改変されたHS4-650インシュレーター(Genbank Acc.No.KF569217)(r-c)-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号54)
pBRNGTR47_pTL20c_SK734rev_MND_WAS_650(配列番号55)
ggccgcctcggccaaacagcccttgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccagtccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagctcgccatgggaggcgtggcctgggcgggactggggagtggcgagccctcagatcctgcatataagcagctgctttttgcctgtactgggtctctctggttagaccagatctgagcctgggagctctctggctaactagggaacccactgcttaagcctcaataaagcttgccttgagtgcttcaagtagtgtgtgcccgtctgttgtgtgactctggtaactagagatccctcagacccttttagtcagtgtggaaaatctctagcagtggcgcccgaacagggacttgaaagcgaaagggaaaccagaggagctctctcgacgcaggactcggcttgctgaagcgcgcacggcaagaggcgaggggcggcgactggtgagtacgccaaaaattttgactagcggaggctagaaggagagagatgggtgcgagagcgtcagtattaagcgggggagaattagatcgcgatgggaaaaaattcggttaaggccagggggaaagaaaaaatataaattaaaacatatagtatgggcaagcagggagctagaacgattcgcagttaatactggcctgttagaaacatcagaaggctgtagacaaatactgggacagctacaaccatcccttcagacaggatcagaagaacttagatcattatataatacagtagcaaccctctattgtgtgcatcaaaggatagagataaaagacaccaaggaagctttagacaagatagaggaagagcaaaacaaaagtaagaaaaaagcacagcaagcagcaggatcttcagacctggaaattccctacaatccccaaagtcaaggagtagtagaatctatgaataaagaattaaagaaaattataggacaggtaagagatcaggctgaacatcttaagacagcagtacaaatggcagtattcatccacaattttaaaagaaaaggggggattggggggtacagtgcaggggaaagaatagtagacataatagcaacagacatacaaactaaagaattacaaaaacaaattacaaaaattcaaaattttcgggtttattacagggacagcagaaatccactttggaaaggaccagcaaagctcctctggaaaggtgaaggggcagtagtaatacaagataatagtgacataaaagtagtgccaagaagaaaagcaaagatcattagggattatggaaaacagatggcaggtgatgattgtgtggcaagtagacaggatgaggattagaacatggaaaagtttagtaaaacaccataaggaggagatatgagggacaattggagaagtgaattatataaatataaagtagtaaaaattgaaccattaggagtagcacccaccaaggcaaagagaagagtggtgcagagagaaaaaagagcagtgggaataggagctttgttccttgggttcttgggagcagcaggaagcactatgggcgcagcgtcaatgacgctgacggtacaggccagacaattattgtctggtatagtgcagcagcagaacaatttgctgagggctattgaggcgcaacagcatctgttgcaactcacagtctggggcatcaagcagctccaggcaagaatcctggctgtggaaagatacctaaaggatcaacagctcctggggatttggggttgctctggaaaactcatttgcaccactgctgtgccttggaatgctagttggagtaataaatctctggaacagatttggaatcacacgacctggatggagtgggacagagaaattaacaattacacaagcttaatacactccttaattgaagaatcgcaaaaccagcaagaaaagaatgaacaagaattattggaattagataaatgggcaagtttgtggaattggtttaacataacaaattggctgtggtatataaaattattcataatgatagtaggaggcttggtaggtttaagaatagtttttgctgtactttctatagtgaatagagttaggcagggatattcaccattatcgtttcagacccacctcccaaccccgaggggaccgagctcaagcttcgaagcgatcgcacgcgtcaaaaaaggatatgcccttgactatgtcggacaaatagtcaagggcatatcctgaggtacccaggcggcgcacaagctatataaacctgaaggaaatctcaactttacacttaggtcaagttacttatcgtactagagcttcagcaggaaatttaactaaaatctaatttaaccagcatagcaaatatcatttattcccaaaatgctaaagtttgagataaacggacttgatttccggctgttttgacactatccagaatgccttgcagatgggtggggcatgctaaatactgcacgtcgatacgcgtggatccgaacagagagacagcagaatatgggccaaacaggatatctgtggtaagcagttcctgccccggctcagggccaagaacagttggaacagcagaatatgggccaaacaggatatctgtggtaagcagttcctgccccggctcagggccaagaacagatggtccccagatgcggtcccgccctcagcagtttctagagaaccatcagatgtttccagggtgccccaaggacctgaaatgaccctgtgccttatttgaactaaccaatcagttcgcttctcgcttctgttcgcgcgcttctgctccccgagctctatataagcagagctcgtttagtgaaccgtcagatcggcgcgccaattcaagcgagaagacaagggcagccgccaccatgagtgggggcccaatgggaggaaggcccgggggccgaggagcaccagcggttcagcagaacataccctccaccctcctccaggaccacgagaaccagcgactctttgagatgcttggacgaaaatgcttgacgctggccactgcagttgttcagctgtacctggcgctgccccctggagctgagcactggaccaaggagcattgtggggctgtgtgcttcgtgaaggataacccccagaagtcctacttcatccgcctttacggccttcaggctggtcggctgctctgggaacaggagctgtactcacagcttgtctactccacccccacccccttcttccacaccttcgctggagatgactgccaagcggggctgaactttgcagacgaggacgaggcccaggccttccgggcactcgtgcaggagaagatacaaaaaaggaatcagaggcaaagtggagacagacgccagctacccccaccaccaacaccagccaatgaagagagaagaggagggctcccacccctgcccctgcatccaggtggagaccaaggaggccctccagtgggtccgctctccctggggctggcgacagtggacatccagaaccctgacatcacgagttcacgataccgtgggctcccagcacctggacctagcccagctgataagaaacgctcagggaagaagaagatcagcaaagctgatattggtgcacccagtggattcaagcatgtcagccacgtggggtgggacccccagaatggatttgacgtgaacaacctcgacccagatctgcggagtctgttctccagggcaggaatcagcgaggcccagctcaccgacgccgagacctctaaacttatctacgacttcattgaggaccagggtgggctggaggctgtgcggcaggagatgaggcgccaggagccacttccgccgcccccaccgccatctcgaggagggaaccagctcccccggccccctattgtggggggtaacaagggtcgttctggtccactgccccctgtacctttggggattgccccacccccaccaacaccccggggacccccacccccaggccgagggggtcctccaccaccaccccctccagctactggacgttctggaccactgccccctccaccccctggagctggtgggccacccatgccaccaccaccgccaccaccgccaccgccgcccagctccgggaatggaccagcccctcccccactccctcctgctctggtgcctgccgggggcctggcccctggtgggggtcggggagcgcttttggatcaaatccggcagggaattcagctgaacaagacccctggggccccagagagctcagcgctgcagccaccacctcagagctcagagggactggtgggggccctgatgcacgtgatgcagaagagaagcagagccatccactcctccgacgaaggggaggaccaggctggcgatgaagatgaagatgatgaatgggatgactgataactagtaatcaacctctggattacaaaatttgtgaaagattgactggtattcttaactatgttgctccttttacgctatgtggatacgctgctttaatgcctttgtatcatgctattgcttcccgtatggctttcattttctcctccttgtataaatcctggttgctgtctctttatgaggagttgtggcccgttgtcaggcaacgtggcgtggtgtgcactgtgtttgctgacgcaacccccactggttggggcattgccaccacctgtcagctcctttccgggactttcgctttccccctccctattgccacggcggaactcatcgccgcctgccttgcccgctgctggacaggggctcggctgttgggcactgacaattccgtggtgtt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pBRNGTR120_pTL20c_SK734rev_MND_WAS_650_3xSAmut(配列番号59)
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gtcggggaaatcatcgtcctttccttggctgctcgcctgtgttgccacctggattctgcgcgggacgtccttctgctacgtcccttcggccctcaatccagcggaccttccttcccgcggcctgctgccggctctgcggcctcttccgcgtcttcgccttcgccctcagacgagtcggatctccctttgggccgcctccccgcacgtacgaccggtgcggccgcatcgatgccgtagtacctttaagaccaatgacttacaaggcagctgtagatcttagccactttttaaaagaaaaggggggactggaagggctaattcactcccaaagaagacaagatagccccatcctcactgactccgtcctggagttggatgagagataatggccttacgttgtgccaggggagggtcgggctggatttagcaagatttaccttctccaaagagcggtgctgcagtggcacagctgcccacggaggtgggggggtcaccgtccctggaggtgatgaagaactgtggggatgtggcactgagggacatggccagtgggcacggtgggtgggttggggttggtcttggggatcttggagggcttttccagccttcatgatttgacgattgtatgaacatctacatggcaattctccagctgcctgtcccagtcctactgacccagctgtatctctccaggcaagctcttccaccccttctgcttgcatcctgacaccatcaaacatgcaggctcagacacatgatatcaagctttttccccgtatcccccctggtgtctgctggctcaaagagcagcgagaagcgttcagaggaaagcgatcccgtgccaccttccccgtgcccgggctgtccccgcacgctgccggctcggggatgcggggggagcgccggaccggagcggagccccgggcggctcgctgctgccccctagcgggggagggacgtaattacatccctgggggctttgggggggggctgtccccgtgagctccccagatctgctttttgcctgtactgggtctctctggttagaccagatctgagcctgggagctctctggctaactagggaacccactgcttaagcctcaataaagcttcagctgctcgagctagcagatctttttccctctgccaaaaattatggggacatcatgaagccccttgagcatctgacttctggctaataaaggaaatttattttcattgcaatagtgtgttggaattttttgtgtctctcactcggaaggacatatgggagggcaaatcatttaaaacatcagaatgagtatttggtttagagtttggcaacatatgcccatatgctggctgccatgaacaaaggttggctataaagaggtcatcagtatatgaaacagccccctgctgtccattccttattccatagaaaagccttgacttgaggttagattttttttatattttgttttgtgttatttttttctttaacatccctaaaattttccttacatgttttactagccagatttttcctcctctcctgactactcccagtcatagctgtccctcttctcttatggagatccctcgacctgcagcccaagcttggcgtaatcatggtcatagctgtttcctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagcataaagtgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagcggatccgcatctcaattagtcagcaaccatagtcccgcccctaactccgcccatcccgcccctaactccgcccagttccgcccattctccgccccatggctgactaattttttttatttatgcagaggccgaggccgcctcggcctctgagctattccagaagtagtgaggaggcttttttggaggcctaggcttttgcaaaaagctgtcgactgcagaggcctgcatgcaagcttggcgtaatcatggtcatagctgtttcctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagcataaagtgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagctgcattaatgaatcggccaacgcgcggggagaggcggtttgcgtattgggcgctcttccgcttcctcgctcactgactcgctgcgctcggtcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcatagctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaagaacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatctcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctagatccttttaaattaaaaatgaagttttaaatcaatctaaagtatatatgagtaaacttggtctgacagttaccaatgcttaatcagtgaggcacctatctcagcgatctgtctatttcgttcatccatagttgcctgactccccgtcgtgtagataactacgatacgggagggcttaccatctggccccagtgctgcaatgataccgcgagacccacgctcaccggctccagatttatcagcaataaaccagccagccggaagggccgagcgcagaagtggtcctgcaactttatccgcctccatccagtctattaattgttgccgggaagctagagtaagtagttcgccagttaatagtttgcgcaacgttgttgccattgctacaggcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatggcttcattcagctccggttcccaacgatcaaggcgagttacatgatcccccatgttgtgcaaaaaagcggttagctccttcggtcctccgatcgttgtcagaagtaagttggccgcagtgttatcactcatggttatggcagcactgcataattctcttactgtcatgccatccgtaagatgcttttctgtgactggtgagtactcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcggcgaccgagttgctcttgcccggcgtcaatacgggataataccgcgccacatagcagaactttaaaagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggcgaaaactctcaaggatcttaccgctgttgagatccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaactgatcttcagcatcttttactttcaccagcgtttctgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgccgcaaaaaagggaataagggcgacacggaaatgttgaatactcatactcttcctttttcaatattattgaagcatttatcagggttattgtctcatgagcggatacatatttgaatgtatttagaaaaataaacaaataggggttccgcgcacatttccccgaaaagtgccacctgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggccctttcgtctcgcgcgtttcggtgatgacggtgaaaacctctgacacatgcagctcccggagacggtcacagcttgtctgtaagcggatgccgggagcagacaagcccgtcagggcgcgtcagcgggtgttggcgggtgtcggggctggcttaactatgcggcatcagagcagattgtactgagagtgcaccatatgcggtgtgaaataccgcacagatgcgtaaggagaaaataccgcatcaggcgccattcgccattcaggctgcgcaactgttgggaagggcgatcggtgcgggcctcttcgctattacgccagctggcgaaagggggatgtgctgcaaggcgattaagttgggtaacgccagggttttcccagtcacgacgttgtaaaacgacggccagtgaattc
SA1配列(配列番号60)
TTGCATCCAGACACCATCAA
SA2配列(配列番号61)
ATCCCCCCAGGTGTCTGCAG
SA3配列(配列番号62)
GTGTCTGCAGGCTCAAAGAG
不活性化SA1配列(配列番号63)
TTGCATCC
TGACACCATCAA
不活性化SA2配列(配列番号64)
ATCCCCCC
TGGTGTCTGCAG
不活性化SA3配列(配列番号65)
GTGTCTGC
TGGCTCAAAGAG
sh734(配列番号66)
AGGATATGCCCTTGACTATTTGTCCGACATAGTCAAGGGCATATCC
多重t終止配列を有するsh734(配列番号67)
AGGATATGCCCTTGACTATTTGTCCGACATAGTCAAGGGCATATCCTTTTTT
shRNA734単一t終止配列(配列番号68)
AGGATATGCCCTTGACTATTTGTCCGACATAGTCAAGGGCATATCCT
7SK RNAプロモーター(配列番号69)
ATCGACGTGCAGTATTTAGCATGCCCCACCCATCTGCAAGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGTAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTC
7SK RNAプロモーター(配列番号70)
ATCGACGTGCAGTCGGGCTACTGCCCCACCCATAGTACCGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGTAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTC
7SK RNAプロモーター(配列番号71)
CTGCAGTATTTAGCATGCCCCACCCATCTGCAAGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGCAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTC
MNDプロモーター(配列番号72)
GAACAGAGAGACAGCAGAATATGGGCCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGTTGGAACAGCAGAATATGGGCCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCCCGCCCTCAGCAGTTTCTAGAGAACCATCAGATGTTTCCAGGGTGCCCCAAGGACCTGAAATGACCCTGTGCCTTATTTGAACTAACCAATCAGTTCGCTTCTCGCTTCTGTTCGCGCGCTTCTGCTCCCCGAGCTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATC
WASWT cDNA(野生型ORF)(配列番号73)
ATGAGTGGGGGCCCAATGGGAGGAAGGCCCGGGGGCCGAGGAGCACCAGCGGTTCAGCAGAACATACCCTCCACCCTCCTCCAGGACCACGAGAACCAGCGACTCTTTGAGATGCTTGGACGAAAATGCTTGACGCTGGCCACTGCAGTTGTTCAGCTGTACCTGGCGCTGCCCCCTGGAGCTGAGCACTGGACCAAGGAGCATTGTGGGGCTGTGTGCTTCGTGAAGGATAACCCCCAGAAGTCCTACTTCATCCGCCTTTACGGCCTTCAGGCTGGTCGGCTGCTCTGGGAACAGGAGCTGTACTCACAGCTTGTCTACTCCACCCCCACCCCCTTCTTCCACACCTTCGCTGGAGATGACTGCCAAGCGGGGCTGAACTTTGCAGACGAGGACGAGGCCCAGGCCTTCCGGGCACTCGTGCAGGAGAAGATACAAAAAAGGAATCAGAGGCAAAGTGGAGACAGACGCCAGCTACCCCCACCACCAACACCAGCCAATGAAGAGAGAAGAGGAGGGCTCCCACCCCTGCCCCTGCATCCAGGTGGAGACCAAGGAGGCCCTCCAGTGGGTCCGCTCTCCCTGGGGCTGGCGACAGTGGACATCCAGAACCCTGACATCACGAGTTCACGATACCGTGGGCTCCCAGCACCTGGACCTAGCCCAGCTGATAAGAAACGCTCAGGGAAGAAGAAGATCAGCAAAGCTGATATTGGTGCACCCAGTGGATTCAAGCATGTCAGCCACGTGGGGTGGGACCCCCAGAATGGATTTGACGTGAACAACCTCGACCCAGATCTGCGGAGTCTGTTCTCCAGGGCAGGAATCAGCGAGGCCCAGCTCACCGACGCCGAGACCTCTAAACTTATCTACGACTTCATTGAGGACCAGGGTGGGCTGGAGGCTGTGCGGCAGGAGATGAGGCGCCAGGAGCCACTTCCGCCGCCCCCACCGCCATCTCGAGGAGGGAACCAGCTCCCCCGGCCCCCTATTGTGGGGGGTAACAAGGGTCGTTCTGGTCCACTGCCCCCTGTACCTTTGGGGATTGCCCCACCCCCACCAACACCCCGGGGACCCCCACCCCCAGGCCGAGGGGGTCCTCCACCACCACCCCCTCCAGCTACTGGACGTTCTGGACCACTGCCCCCTCCACCCCCTGGAGCTGGTGGGCCACCCATGCCACCACCACCGCCACCACCGCCACCGCCGCCCAGCTCCGGGAATGGACCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCCTGCTCTGGTGCCTGCCGGGGGCCTGGCCCCTGGTGGGGGTCGGGGAGCGCTTTTGGATCAAATCCGGCAGGGAATTCAGCTGAACAAGACCCCTGGGGCCCCAGAGAGCTCAGCGCTGCAGCCACCACCTCAGAGCTCAGAGGGACTGGTGGGGGCCCTGATGCACGTGATGCAGAAGAGAAGCAGAGCCATCCACTCCTCCGACGAAGGGGAGGACCAGGCTGGCGATGAAGATGAAGATGATGAATGGGATGAC
WASWT cDNA(Genbank accession no.AB590224.1)(配列番号74)
ATGAGTGGGGGCCCAATGGGAGGAAGGCCCGGGGGCCGAGGAGCACCAGCGGTTCAGCAGAACATACCCTCCACCCTCCTCCAGGACCACGAGAACCAGCGACTCTTTGAGATGCTTGGACGAAAATGCTTGACGCTGGCCACTGCAGTTGTTCAGCTGTACCTGGCGCTGCCCCCTGGAGCTGAGCACTGGACCAAGGAGCATTGTGGGGCTGTGTGCTTCGTGAAGGATAACCCCCAGAAGTCCTACTTCATCCGCCTTTACGGCCTTCAGGCTGGTCGGCTGCTCTGGGAACAGGAGCTGTACTCACAGCTTGTCTACTCCACCCCCACCCCCTTCTTCCACACCTTCGCTGGAGATGACTGCCAAGCGGGGCTGAACTTTGCAGACGAGGACGAGGCCCAGGCCTTCCGGGCCCTCGTGCAGGAGAAGATACAAAAAAGGAATCAGAGGCAAAGTGGAGACAGACGCCAGCTACCCCCACCACCAACACCAGCCAATGAAGAGAGAAGAGGAGGGCTCCCACCCCTGCCCCTGCATCCAGGTGGAGACCAAGGAGGCCCTCCAGTGGGTCCGCTCTCCCTGGGGCTGGCGACAGTGGACATCCAGAACCCTGACATCACGAGTTCACGATACCGTGGGCTCCCAGCACCTGGACCTAGCCCAGCTGATAAGAAACGCTCAGGGAAGAAGAAGATCAGCAAAGCTGATATTGGTGCACCCAGTGGATTCAAGCATGTCAGCCACGTGGGGTGGGACCCCCAGAATGGATTTGACGTGAACAACCTCGACCCAGATCTGCGGAGTCTGTTCTCCAGGGCAGGAATCAGCGAGGCCCAGCTCACCGACGCCGAGACCTCTAAACTTATCTACGACTTCATTGAGGACCAGGGTGGGCTGGAGGCTGTGCGGCAGGAGATGAGGCGCCAGGAGCCACTTCCGCCGCCCCCACCGCCATCTCGAGGAGGGAACCAGCTCCCCCGGCCCCCTATTGTGGGGGGTAACAAGGGTCGTTCTGGTCCACTGCCCCCTGTACCTTTGGGGATTGCCCCACCCCCACCAACACCCCGGGGACCCCCACCCCCAGGCCGAGGGGGCCCTCCACCACCACCCCCTCCAGCTACTGGACGTTCTGGACCACTGCCCCCTCCACCCCCTGGAGCTGGTGGGCCACCCATGCCACCACCACCGCCACCACCGCCACCGCCGCCCAGCTCCGGGAATGGACCAGCCCCTCCCCCACTCCCTCCTGCTCTGGTGCCTGCCGGGGGCCTGGCCCCTGGTGGGGGTCGGGGAGCGCTTTTGGATCAAATCCGGCAGGGAATTCAGCTGAACAAGACCCCTGGGGCCCCAGAGAGCTCAGCGCTGCAGCCACCACCTCAGAGCTCAGAGGGACTGGTGGGGGCCCTGATGCACGTGATGCAGAAGAGAAGCAGAGCCATCCACTCCTCCGACGAAGGGGAGGACCAGGCTGGCGATGAAGATGAAGATGATGAATGGGATGAC
WASWT cDNA-コドン最適化(配列番号75)
ATGTCTGGCGGACCTATGGGAGGTAGACCTGGTGGAAGAGGTGCTCCTGCCGTGCAGCAGAACATCCCTTCTACACTGCTGCAGGACCACGAGAACCAGCGGCTGTTTGAGATGCTGGGCAGAAAGTGTCTGACCCTGGCTACAGCTGTGGTGCAGCTGTATCTGGCACTTCCTCCAGGCGCCGAGCACTGGACCAAAGAACATTGTGGCGCCGTGTGCTTCGTGAAGGACAACCCTCAGAAGTCCTACTTCATCCGGCTGTACGGACTGCAGGCTGGCAGACTGCTGTGGGAGCAAGAGCTGTACTCCCAGCTGGTGTACAGCACCCCTACACCTTTCTTCCACACCTTTGCCGGCGACGATTGTCAGGCCGGACTGAACTTTGCCGACGAGGATGAAGCCCAGGCCTTCAGAGCACTGGTGCAAGAGAAGATCCAGAAGCGGAACCAGAGACAGAGCGGCGACAGAAGGCAACTGCCTCCTCCACCTACACCAGCCAACGAGGAAAGAAGAGGCGGACTGCCTCCACTGCCTCTTCATCCTGGCGGAGATCAAGGTGGACCTCCTGTGGGACCACTGTCTCTTGGACTGGCCACCGTGGACATTCAGAACCCCGATATCACCAGCAGCCGGTACAGAGGACTTCCCGCTCCTGGACCATCTCCTGCCGACAAGAAGAGATCCGGGAAGAAGAAGATCAGCAAGGCCGACATCGGAGCCCCTAGCGGCTTTAAACACGTGTCCCACGTTGGATGGGACCCACAGAACGGCTTCGACGTGAACAATCTGGACCCCGACCTGCGGAGCCTGTTTTCTAGAGCCGGAATCTCTGAGGCCCAGCTGACCGATGCCGAGACAAGCAAGCTGATCTACGACTTCATCGAGGACCAAGGCGGCCTGGAAGCCGTGCGACAAGAGATGAGAAGGCAAGAGCCTCTGCCACCACCTCCACCTCCATCTAGAGGCGGAAACCAGCTGCCTAGACCTCCTATCGTTGGCGGCAACAAGGGAAGATCTGGCCCTCTGCCTCCTGTGCCTCTGGGAATTGCTCCACCACCACCAACACCTAGAGGCCCGCCTCCACCAGGCAGAGGTGGTCCTCCGCCGCCACCTCCTCCAGCAACAGGCAGATCTGGACCACTTCCTCCTCCACCACCTGGTGCTGGTGGACCTCCAATGCCACCGCCACCGCCTCCGCCACCTCCGCCTCCAAGTTCTGGAAATGGACCTGCTCCTCCTCCTTTGCCTCCTGCTTTGGTTCCTGCTGGCGGATTGGCTCCAGGCGGAGGAAGAGGCGCACTCCTGGATCAGATCAGACAGGGCATCCAGCTGAACAAGACCCCTGGCGCTCCTGAGAGTTCTGCTCTGCAACCGCCACCACAGTCTAGCGAAGGACTTGTGGGAGCCCTGATGCACGTGATGCAGAAGAGAAGCAGAGCCATCCACAGCAGCGACGAAGGCGAAGATCAAGCTGGCGACGAAGATGAGGACGACGAGTGGGACGAT
WASP(配列番号76)
MSGGPMGGRPGGRGAPAVQQNIPSTLLQDHENQRLFEMLGRKCLTLATAVVQLYLALPPGAEHWTKEHCGAVCFVKDNPQKSYFIRLYGLQAGRLLWEQELYSQLVYSTPTPFFHTFAGDDCQAGLNFADEDEAQAFRALVQEKIQKRNQRQSGDRRQLPPPPTPANEERRGGLPPLPLHPGGDQGGPPVGPLSLGLATVDIQNPDITSSRYRGLPAPGPSPADKKRSGKKKISKADIGAPSGFKHVSHVGWDPQNGFDVNNLDPDLRSLFSRAGISEAQLTDAETSKLIYDFIEDQGGLEAVRQEMRRQEPLPPPPPPSRGGNQLPRPPIVGGNKGRSGPLPPVPLGIAPPPPTPRGPPPPGRGGPPPPPPPATGRSGPLPPPPPGAGGPPMPPPPPPPPPPPSSGNGPAPPPLPPALVPAGGLAPGGGRGALLDQIRQGIQLNKTPGAPESSALQPPPQSSEGLVGALMHVMQKRSRAIHSSDEGEDQAGDEDEDDEWDD
WPRE mut6(配列番号77)
AATCAACCTCTGGATTACAAAATTTGTGAAAGATTGACTGGTATTCTTAACTATGTTGCTCCTTTTACGCTATGTGGATACGCTGCTTTAATGCCTTTGTATCATGCTATTGCTTCCCGTATGGCTTTCATTTTCTCCTCCTTGTATAAATCCTGGTTGCTGTCTCTTTATGAGGAGTTGTGGCCCGTTGTCAGGCAACGTGGCGTGGTGTGCACTGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGTTGGGGCATTGCCACCACCTGTCAGCTCCTTTCCGGGACTTTCGCTTTCCCCCTCCCTATTGCCACGGCGGAACTCATCGCCGCCTGCCTTGCCCGCTGCTGGACAGGGGCTCGGCTGTTGGGCACTGACAATTCCGTGGTGTTGTCGGGGAAATCATCGTCCTTTCCTTGGCTGCTCGCCTGTGTTGCCACCTGGATTCTGCGCGGGACGTCCTTCTGCTACGTCCCTTCGGCCCTCAATCCAGCGGACCTTCCTTCCCGCGGCCTGCTGCCGGCTCTGCGGCCTCTTCCGCGTCTTCGCCTTCGCCCTCAGACGAGTCGGATCTCCCTTTGGGCCGCCTCCCCGCA
WPRE mut7(配列番号78)
AATCAACCTCTGGATTACAAAATTTGTGAAAGATTGACTGGTATTCTTAACTATGTTGCTCCTTTTACGCTATGTGGATACGCTGCTTTAATGCCTTTGTATCATGCTATTGCTTCCCGTATGGCTTTCATTTTCTCCTCCTTGTATAAATCCTGGTTGCTGTCTCTTTATGAGGAGTTGTGGCCCGTTGTCAGGCAACGTGGCGTGGTGTGCACTGTGTTTGCTGACGCAACCCCCACTGGTTGGGGCATTGCCACCACCTGTCAGCTCCTTTCCGGGACTTTCGCTTTCCCCCTCCCTATTGCCACGGCGGAACTCATCGCCGCCTGCCTTGCCCGCTGCTGGACAGGGGCTCGGCTGTTGGGCACTGACAATTCCGTGGTGTTGTCGGGGAAATCATCGTCCTTTCCTTGGCTGTTCGCCTGTGTTGCCACCTGGATTCTGCGCGGGACGTCCTTCTGCTACGTCCCTTCGGCCCTCAATCCAGCGGACCTTCCTTCCCGCGGCCTGCTGCCGGCTCTGCGGCCTCTTCCGCGTCTTCGCCTTCGCCCTCAGACGAGTCGGATCTCCCTTTGGGCCGCCTCCCCGCA
7tetオペレーター(配列番号79)
TTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCAGTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAA
β-グロビンポリ(A)シグナル(配列番号80)
GATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATTATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATTTATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACATATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGCAACATATGCCCATATGCTGGCTGCCATGAACAAAGGTTGGCTATAAAGAGGTCATCAGTATATGAAACAGCCCCCTGCTGTCCATTCCTTATTCCATAGAAAAGCCTTGACTTGAGGTTAGATTTTTTTTATATTTTGTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTAACATCCCTAAAATTTTCCTTACATGTTTTACTAGCCAGATTTTTCCTCCTCTCCTGACTACTCCCAGTCATAGCTGTCCCTCTTCTCTTATGGAGATC
pBRNGTR83_pTL20c_MND_WAS_650(配列番号81)
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pBRNGTR91_pTL20c_MND_WAS_650fwd(配列番号83)
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pBRNGTR119_pTL20c_MND_WAS_650_3xSAmut(配列番号84)
ggccgcctcggccaaacagcccttgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccagtccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagtttaccactccctatcagtgatagagaaaagtgaaagtcgagctcgccatgggaggcgtggcctgggcgggactggggagtggcgagccctcagatcctgcatataagcagctgctttttgcctgtactgggtctctctggttagaccagatctgagcctgggagctctctggctaactagggaacccactgcttaagcctcaataaagcttgccttgagtgcttcaagtagtgtgtgcccgtctgttgtgtgactctggtaactagagatccctcagacccttttagtcagtgtggaaaatctctagcagtggcgcccgaacagggacttgaaagcgaaagggaaaccagaggagctctctcgacgcaggactcggcttgctgaagcgcgcacggcaagaggcgaggggcggcgactggtgagtacgccaaaaattttgactagcggaggctagaaggagagagatgggtgcgagagcgtcagtattaagcgggggagaattagatcgcgatgggaaaaaattcggttaaggccagggggaaagaaaaaatataaattaaaacatatagtatgggcaagcagggagctagaacgattcgcagttaatactggcctgttagaaacatcagaaggctgtagacaaatactgggacagctacaaccatcccttcagacaggatcagaagaacttagatcattatataatacagtagcaaccctctattgtgtgcatcaaaggatagagataaaagacaccaaggaagctttagacaagatagaggaagagcaaaacaaaagtaagaaaaaagcacagcaagcagcaggatcttcagacctggaaattccctacaatccccaaagtcaaggagtagtagaatctatgaataaagaattaaagaaaattataggacaggtaagagatcaggctgaacatcttaagacagcagtacaaatggcagtattcatccacaattttaaaagaaaaggggggattggggggtacagtgcaggggaaagaatagtagacataatagcaacagacatacaaactaaagaattacaaaaacaaattacaaaaattcaaaattttcgggtttattacagggacagcagaaatccactttggaaaggaccagcaaagctcctctggaaaggtgaaggggcagtagtaatacaagataatagtgacataaaagtagtgccaagaagaaaagcaaagatcattagggattatggaaaacagatggcaggtgatgattgtgtggcaagtagacaggatgaggattagaacatggaaaagtttagtaaaacaccataaggaggagatatgagggacaattggagaagtgaattatataaatataaagtagtaaaaattgaaccattaggagtagcacccaccaaggcaaagagaagagtggtgcagagagaaaaaagagcagtgggaataggagctttgttccttgggttcttgggagcagcaggaagcactatgggcgcagcgtcaatgacgctgacggtacaggccagacaattattgtctggtatagtgcagcagcagaacaatttgctgagggctattgaggcgcaacagcatctgttgcaactcacagtctggggcatcaagcagctccaggcaagaatcctggctgtggaaagatacctaaaggatcaacagctcctggggatttggggttgctctggaaaactcatttgcaccactgctgtgccttggaatgctagttggagtaataaatctctggaacagatttggaatcacacgacctggatggagtgggacagagaaattaacaattacacaagcttaatacactccttaattgaagaatcgcaaaaccagcaagaaaagaatgaacaagaattattggaattagataaatgggcaagtttgtggaattggtttaacataacaaattggctgtggtatataaaattattcataatgatagtaggaggcttggtaggtttaagaatagtttttgctgtactttctatagtgaatagagttaggcagggatattcaccattatcgtttcagacccacctcccaaccccgaggggaccgagctcaagcttcgaagcgatcgcacgcgtggatccgaacagagagacagcagaatatgggccaaacaggatatctgtggtaagcagttcctgccccggctcagggccaagaacagttggaacagcagaatatgggccaaacaggatatctgtggtaagcagttcctgccccggctcagggccaagaacagatggtccccagatgcggtcccgccctcagcagtttctagagaaccatcagatgtttccagggtgccccaaggacctgaaatgaccctgtgccttatttgaactaaccaatcagttcgcttctcgcttctgttcgcgcgcttctgctccccgagctctatataagcagagctcgtttagtgaaccgtcagatcggcgcgccaattcaagcgagaagacaagggcagccgccaccatgagtgggggcccaatgggaggaaggcccgggggccgaggagcaccagcggttcagcagaacataccctccaccctcctccaggaccacgagaaccagcgactctttgagatgcttggacgaaaatgcttgacgctggccactgcagttgttcagctgtacctggcgctgccccctggagctgagcactggaccaaggagcattgtggggctgtgtgcttcgtgaaggataacccccagaagtcctacttcatccgcctttacggccttcaggctggtcggctgctctgggaacaggagctgtactcacagcttgtctactccacccccacccccttcttccacaccttcgctggagatgactgccaagcggggctgaactttgcagacgaggacgaggcccaggccttccgggcactcgtgcaggagaagatacaaaaaaggaatcagaggcaaagtggagacagacgccagctacccccaccaccaacaccagccaatgaagagagaagaggagggctcccacccctgcccctgcatccaggtggagaccaaggaggccctccagtgggtccgctctccctggggctggcgacagtggacatccagaaccctgacatcacgagttcacgataccgtgggctcccagcacctggacctagcccagctgataagaaacgctcagggaagaagaagatcagcaaagctgatattggtgcacccagtggattcaagcatgtcagccacgtggggtgggacccccagaatggatttgacgtgaacaacctcgacccagatctgcggagtctgttctccagggcaggaatcagcgaggcccagctcaccgacgccgagacctctaaacttatctacgacttcattgaggaccagggtgggctggaggctgtgcggcaggagatgaggcgccaggagccacttccgccgcccccaccgccatctcgaggagggaaccagctcccccggccccctattgtggggggtaacaagggtcgttctggtccactgccccctgtacctttggggattgccccacccccaccaacaccccggggacccccacccccaggccgagggggtcctccaccaccaccccctccagctactggacgttctggaccactgccccctccaccccctggagctggtgggccacccatgccaccaccaccgccaccaccgccaccgccgcccagctccgggaatggaccagcccctcccccactccctcctgctctggtgcctgccgggggcctggcccctggtgggggtcggggagcgcttttggatcaaatccggcagggaattcagctgaacaagacccctggggccccagagagctcagcgctgcagccaccacctcagagctcagagggactggtgggggccctgatgcacgtgatgcagaagagaagcagagccatccactcctccgacgaaggggaggaccaggctggcgatgaagatgaagatgatgaatgggatgactgataactagtaatcaacctctggattacaaaatttgtgaaagattgactggtattcttaactatgttgctccttttacgctatgtggatacgctgctttaatgcctttgtatcatgctattgcttcccgtatggctttcattttctcctccttgtataaatcctggttgctgtctctttatgaggagttgtggcccgttgtcaggcaacgtggcgtggtgtgcactgtgtttgctgacgcaacccccactggttggggcattgccaccacctgtcagctcctttccgggactttcgctttccccctccctattgccacggcggaactcatcgccgcctgccttgcccgctgctggacaggggctcggctgttgggcactgacaattccgtggtgttgtcggggaaatcatcgtcctttccttggctgctcgcctgtgttgccacctggattctgcgcgggacgtccttctgctacgtcccttcggccctcaatccagcggaccttccttcccgcggcctgctgccggctctgcggcctcttccgcgtcttcgccttcgccctcagacgagtcggatctccctttgggccgcctccccgcacgtacgaccggtgcggccgcatcgatgccgtagtacctttaagaccaatgacttacaaggcagctgtagatcttagccactttttaaaagaaaaggggggactggaagggctaattcactcccaaagaagacaagatagccccatcctcactgactccgtcctggagttggatgagagataatggccttacgttgtgccaggggagggtcgggctggatttagcaagatttaccttctccaaagagcggtgctgcagtggcacagctgcccacggaggtgggggggtcaccgtccctggaggtgatgaagaactgtggggatgtggcactgagggacatggccagtgggcacggtgggtgggttggggttggtcttggggatcttggagggcttttccagccttcatgatttgacgattgtatgaacatctacatggcaattctccagctgcctgtcccagtcctactgacccagctgtatctctccaggcaagctcttccaccccttctgcttgcatcctgacaccatcaaacatgcaggctcagacacatgatatcaagctttttccccgtatcccccctggtgtctgctggctcaaagagcagcgagaagcgttcagaggaaagcgatcccgtgccaccttccccgtgcccgggctgtccccgcacgctgccggctcggggatgcggggggagcgccggaccggagcggagccccgggcggctcgctgctgccccctagcgggggagggacgtaattacatccctgggggctttgggggggggctgtccccgtgagctccccagatctgctttttgcctgtactgggtctctctggttagaccagatctgagcctgggagctctctggctaactagggaacccactgcttaagcctcaataaagcttcagctgctcgagctagcagatctttttccctctgccaaaaattatggggacatcatgaagccccttgagcatctgacttctggctaataaaggaaatttattttcattgcaatagtgtgttggaattttttgtgtctctcactcggaaggacatatgggagggcaaatcatttaaaacatcagaatgagtatttggtttagagtttggcaacatatgcccatatgctggctgccatgaacaaaggttggctataaagaggtcatcagtatatgaaacagccccctgctgtccattccttattccatagaaaagccttgacttgaggttagattttttttatattttgttttgtgttatttttttctttaacatccctaaaattttccttacatgttttactagccagatttttcctcctctcctgactactcccagtcatagctgtccctcttctcttatggagatccctcgacctgcagcccaagcttggcgtaatcatggtcatagctgtttcctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagcataaagtgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagcggatccgcatctcaattagtcagcaaccatagtcccgcccctaactccgcccatcccgcccctaactccgcccagttccgcccattctccgccccatggctgactaattttttttatttatgcagaggccgaggccgcctcggcctctgagctattccagaagtagtgaggaggcttttttggaggcctaggcttttgcaaaaagctgtcgactgcagaggcctgcatgcaagcttggcgtaatcatggtcatagctgtttcctgtgtgaaattgttatccgctcacaattccacacaacatacgagccggaagcataaagtgtaaagcctggggtgcctaatgagtgagctaactcacattaattgcgttgcgctcactgcccgctttccagtcgggaaacctgtcgtgccagctgcattaatgaatcggccaacgcgcggggagaggcggtttgcgtattgggcgctcttccgcttcctcgctcactgactcgctgcgctcggtcgttcggctgcggcgagcggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcatagctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaagaacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatctcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctagatccttttaaattaaaaatgaagttttaaatcaatctaaagtatatatgagtaaacttggtctgacagttaccaatgcttaatcagtgaggcacctatctcagcgatctgtctatttcgttcatccatagttgcctgactccccgtcgtgtagataactacgatacgggagggcttaccatctggccccagtgctgcaatgataccgcgagacccacgctcaccggctccagatttatcagcaataaaccagccagccggaagggccgagcgcagaagtggtcctgcaactttatccgcctccatccagtctattaattgttgccgggaagctagagtaagtagttcgccagttaatagtttgcgcaacgttgttgccattgctacaggcatcgtggtgtcacgctcgtcgtttggtatggcttcattcagctccggttcccaacgatcaaggcgagttacatgatcccccatgttgtgcaaaaaagcggttagctccttcggtcctccgatcgttgtcagaagtaagttggccgcagtgttatcactcatggttatggcagcactgcataattctcttactgtcatgccatccgtaagatgcttttctgtgactggtgagtactcaaccaagtcattctgagaatagtgtatgcggcgaccgagttgctcttgcccggcgtcaatacgggataataccgcgccacatagcagaactttaaaagtgctcatcattggaaaacgttcttcggggcgaaaactctcaaggatcttaccgctgttgagatccagttcgatgtaacccactcgtgcacccaactgatcttcagcatcttttactttcaccagcgtttctgggtgagcaaaaacaggaaggcaaaatgccgcaaaaaagggaataagggcgacacggaaatgttgaatactcatactcttcctttttcaatattattgaagcatttatcagggttattgtctcatgagcggatacatatttgaatgtatttagaaaaataaacaaataggggttccgcgcacatttccccgaaaagtgccacctgacgtctaagaaaccattattatcatgacattaacctataaaaataggcgtatcacgaggccctttcgtctcgcgcgtttcggtgatgacggtgaaaacctctgacacatgcagctcccggagacggtcacagcttgtctgtaagcggatgccgggagcagacaagcccgtcagggcgcgtcagcgggtgttggcgggtgtcggggctggcttaactatgcggcatcagagcagattgtactgagagtgcaccatatgcggtgtgaaataccgcacagatgcgtaaggagaaaataccgcatcaggcgccattcgccattcaggctgcgcaactgttgggaagggcgatcggtgcgggcctcttcgctattacgccagctggcgaaagggggatgtgctgcaaggcgattaagttgggtaacgccagggttttcccagtcacgacgttgtaaaacgacggccagtgaattc
未改変γ-グロビン発現カセット(大文字はエクソン)(配列番号85)
gtaaatacacttgcaaaggaggatgtttttagtagcaatttgtactgatggtatggggccaagagatatatcttagagggagggctgagggtttgaagtccaactcctaagccagtgccagaagagccaaggacaggtacggctgtcatcacttagacctcaccctgtggagccacaccctagggttggccaatctactcccaggagcagggagggcaggagccagggctgggcataaaagtcagggcagagccatctattgcttacatttgcttctgacacaactgtgttcactagcaacctcaaacagacaccATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGACAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGgtaggctctggtgaccaggacaagggagggaaggaaggaccctgtgcctggcaaaagtccaggttgcttctcaggatttgtggcaccttctgactgtcaaactgttcttgtcaatctcacagGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGCAACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCATAAAGCACCTGGATGATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGgtgagtctatgggacccttgatgttttctttccccttcttttctatggttaagttcatgtcataggaaggggagaagtaacagggtacacatattgaccaaatcagggtaattttgcatttgtaattttaaaaaatgctttcttcttttaatatacttttttgtttatcttatttctaatactttccctaatctctttctttcagggcaataatgatacaatgtatcatgcctctttgcaccattctaaagaataacagtgataatttctgggttaaggcaatagcaatatttctgcatataaatatttctgcatataaattgtaactgatgtaagaggtttcatattgctaatagcagctacaatccagctaccattctgcttttattttatggttgggataaggctggattattctgagtccaagctaggcccttttgctaatcatgttcatacctcttatcttcctcccacagCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCACCGTGCTGGCCATTCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGCAGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCCAGATACCACTGAGcctcttgcccatgattcagagctttcaaggataggctttattctgcaagcaatacaaataataaatctattctgctgagagatcacacatgattttcttcagctcttttttttacatctttttaaatatatgagccacaaagggtttatattgagggaagtgtgtatgtgtatttctgcatgcctgtttgtgtttgtggtgtgtgcatgctcctcatttatttttatatgagatgtgcattttgttgagcaaataaaagcagtaaagacacttgtacacgggagttctgcaagtgggagtaaatggtgtaggagaaatccggtgggaagaaagacctctataggacaggacttctcagaaacagatgttttggaagagatgggaaaaggttcagtgaagacctgggggctggattgattgcagctgagtagcaaggatggttcttaatgaagggaaagtgttccaagctcggctagccggtgctagtctcccggaactatcactctttcacagtctgctttggaaggactgggcttagtatgaaaagttaggactgagaagaatttgaaagggggctttttgtagcttgatattcactactgtcttattaccctatcataggcccaccccaaatggaagtcccattcttcctcaggatgtttaagattagcattcaggaagagatcagaggtctgctggctcccttatcatgtcccttatggtgcttctggctccggctagcaccggtgatgatcctcgcgagctcgactctagaggatcccc
未改変γ-グロビン発現カセット-逆相補体(大文字はエクソン)(配列番号86)
ggggatcctctagagtcgagctcgcgaggatcatcaccggtgctagccggagccagaagcaccataagggacatgataagggagccagcagacctctgatctcttcctgaatgctaatcttaaacatcctgaggaagaatgggacttccatttggggtgggcctatgatagggtaataagacagtagtgaatatcaagctacaaaaagccccctttcaaattcttctcagtcctaacttttcatactaagcccagtccttccaaagcagactgtgaaagagtgatagttccgggagactagcaccggctagccgagcttggaacactttcccttcattaagaaccatccttgctactcagctgcaatcaatccagcccccaggtcttcactgaaccttttcccatctcttccaaaacatctgtttctgagaagtcctgtcctatagaggtctttcttcccaccggatttctcctacaccatttactcccacttgcagaactcccgtgtacaagtgtctttactgcttttatttgctcaacaaaatgcacatctcatataaaaataaatgaggagcatgcacacaccacaaacacaaacaggcatgcagaaatacacatacacacttccctcaatataaaccctttgtggctcatatatttaaaaagatgtaaaaaaaagagctgaagaaaatcatgtgtgatctctcagcagaatagatttattatttgtattgcttgcagaataaagcctatccttgaaagctctgaatcatgggcaagaggCTCAGTGGTATCTGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAATTCTTTGCCAAAGTGAATGGCCAGCACGGTGACCAGCACGTTGCCCAGGAGctgtgggaggaagataagaggtatgaacatgattagcaaaagggcctagcttggactcagaataatccagccttatcccaaccataaaataaaagcagaatggtagctggattgtagctgctattagcaatatgaaacctcttacatcagttacaatttatatgcagaaatatttatatgcagaaatattgctattgccttaacccagaaattatcactgttattctttagaatggtgcaaagaggcatgatacattgtatcattattgccctgaaagaaagagattagggaaagtattagaaataagataaacaaaaaagtatattaaaagaagaaagcattttttaaaattacaaatgcaaaattaccctgatttggtcaatatgtgtaccctgttacttctccccttcctatgacatgaacttaaccatagaaaagaaggggaaagaaaacatcaagggtcccatagactcacCTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCctgtgagattgacaagaacagtttgacagtcagaaggtgccacaaatcctgagaagcaacctggacttttgccaggcacagggtccttccttccctcccttgtcctggtcaccagagcctacCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCATggtgtctgtttgaggttgctagtgaacacagttgtgtcagaagcaaatgtaagcaatagatggctctgccctgacttttatgcccagccctggctcctgccctccctgctcctgggagtagattggccaaccctagggtgtggctccacagggtgaggtctaagtgatgacagccgtacctgtccttggctcttctggcactggcttaggagttggacttcaaaccctcagccctccctctaagatatatctcttggccccataccatcagtacaaattgctactaaaaacatcctcctttgcaagtgtatttac
未改変の短縮HBBイントロン3(配列番号87)
Gtgagtctatgggacccttgatgttttctttccccttcttttctatggttaagttcatgtcataggaaggggagaagtaacagggtacacatattgaccaaatcagggtaattttgcatttgtaattttaaaaaatgctttcttcttttaatatacttttttgtttatcttatttctaatactttccctaatctctttctttcagggcaataatgatacaatgtatcatgcctctttgcaccattctaaagaataacagtgataatttctgggttaaggcaatagcaatatttctgcatataaatatttctgcatataaattgtaactgatgtaagaggtttcatattgctaatagcagctacaatccagctaccattctgcttttattttatggttgggataaggctggattattctgagtccaagctaggcccttttgctaatcatgttcatacctcttatcttcctcccacag
未改変の短縮HBBイントロン3-逆相補体(配列番号88)
Ctgtgggaggaagataagaggtatgaacatgattagcaaaagggcctagcttggactcagaataatccagccttatcccaaccataaaataaaagcagaatggtagctggattgtagctgctattagcaatatgaaacctcttacatcagttacaatttatatgcagaaatatttatatgcagaaatattgctattgccttaacccagaaattatcactgttattctttagaatggtgcaaagaggcatgatacattgtatcattattgccctgaaagaaagagattagggaaagtattagaaataagataaacaaaaaagtatattaaaagaagaaagcattttttaaaattacaaatgcaaaattaccctgatttggtcaatatgtgtaccctgttacttctccccttcctatgacatgaacttaaccatagaaaagaaggggaaagaaaacatcaagggtcccatagactcac
未改変HS4-400インシュレーター(配列番号89)
Ggggagctcacggggacagcccccccccaaagcccccagggatgtaattacgtccctcccccgctagggggcagcagcgagccgcccggggctccgctccggtccggcgctccccccgcatccccgagccggcagcgtgcggggacagcccgggcacggggaaggtggcacgggatcgctttcctctgaacgcttctcgctgctctttgagcctgcagacacctggggggatacggggaaaaagctttaggctgaaagagagatttagaatgacagaatcatagaacggcctgggttgcaaaggagcacagtgctcatccagatccaaccccctgctatgtgcagggtcatcaaccagcagcccaggctgcccagagccacatccagcctggccttgaatgcctgcagggat
未改変HS4-400-逆相補体(配列番号90)
Atccctgcaggcattcaaggccaggctggatgtggctctgggcagcctgggctgctggttgatgaccctgcacatagcagggggttggatctggatgagcactgtgctcctttgcaacccaggccgttctatgattctgtcattctaaatctctctttcagcctaaagctttttccccgtatccccccaggtgtctgcaggctcaaagagcagcgagaagcgttcagaggaaagcgatcccgtgccaccttccccgtgcccgggctgtccccgcacgctgccggctcggggatgcggggggagcgccggaccggagcggagccccgggcggctcgctgctgccccctagcgggggagggacgtaattacatccctgggggctttgggggggggctgtccccgtgagctcccc
改変されたγ-グロビン導入遺伝子-逆相補体(太字および下線の突然変異)(配列番号91)
改変された短縮HBBイントロン3-逆相補体(太字および下線の突然変異)(配列番号92)
改変されたHS4-400-逆相補体-SA2におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号93)
改変されたHS4-400-逆相補体-SA2およびSA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号94)
改変されたHS4-400-逆相補体-SA3におけるAからTへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号95)
スプライスドナー部位1(SD1)(配列番号96)
AAGATAAGAGGTATGAACAT
不活性化SD1(下線の突然変異)(配列番号97)
AAGATAAGAG
ATATGAACAT
γ-グロビンエクソン1(配列番号98)
CCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCAT
γ-グロビンエクソン2(配列番号99)
CTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGC
γ-グロビンエクソン3(配列番号100)
GTGATCTCTCAGCAGAATAGATTTATTATTTGTATTGCTTGCAGAATAAAGCCTATCCTTGAAAGCTCTGAATCATGGGCAAGAGGCTCAGTGGTATCTGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAATTCTTTGCCAAAGTGAATGGCCAGCACGGTGACCAGCACGTTGCCCAGGAG
γ-グロビンコード配列(配列番号101)
CAGACACCATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGACAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGCAACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCATAAAGCACCTGGATGATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCACCGTGCTGGCCATTCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGCAGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCCAGATACCACTGAGCCTCTTGCCCATGATTCAGAGCTTTCAAGGATAGGCTTTATTCTGCAAGCAATACAAATAATAAATCTATTCTGCTGAGAGATCAC
γ-グロビンコード配列(配列番号102)
ATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGACAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGCAACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCATAAAGCACCTGGATGATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCACCGTGCTGGCCATTCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGCAGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCCAGATACCACTGA
γ-グロビンG16D(GbGMG16D)タンパク質(配列番号103)
MGHFTEEDKATITSLWDKVNVEDAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGNPKVKAHGKKVLTSLGDAIKHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVTVLAIHFGKEFTPEVQASWQKMVTAVASALSSRYH
β-グロビンポリ(A)シグナル(配列番号104)
GATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATTATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATTTATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACATATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGCAACATATGCCCATATGCTGGCTGCCATGAACAAAGGTTGGCTATAAAGAGGTCATCAGTATATGAAACAGCCCCCTGCTGTCCATTCCTTATTCCATAGAAAAGCCTTGACTTGAGGTTAGATTTTTTTTATATTTTGTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTAACATCCCTAAAATTTTCCTTACATGTTTTACTAGCCAGATTTTTCCTCCTCTCCTGACTACTCCCAGTCATAGCTGTCCCTCTTCTCTTATGGAGATC
β-グロビン遺伝子座制御領域(LCR)(配列番号105)
GTATGTGAGCATGTGTCCTCTAACAGCACAGGCCTTTTGCCACCTAGCTGTCCAGGGGTGCCTTAAAATGGCAAACAAGGTTTGTTTTCTTTTCCTGTTTTCATGCCTTCCTCTTCCATATCCTTGTTTCATATTAATACATGTGTATAGATCCTAAAAATCTATACACATGTATTAATAAAGCCTGATTCTGCCGCTTCTAGGTATAGAGGCCACCTGCAAGATAAATATTTGATTCACAATAACTAATCATTCTATGGCAATTGATAACAACAAATATATATATATATATATATATACGTATATGTGTATATATATATATATATTCAGGAAATAATATATTCTAGAATATGTCACATTCTGTCTCAGGCATCCATTTTCTTTATGATGCCGTTTGAGGTGGAGTTTTAGTCAGGTGGTCAGCTTCTCCTTTTTTTTGCCATCTGCCCTGTAAGCATCCTGCTGGGGACCCAGATAGGAGTCATCACTCTAGGCTGAGAACATCTGGGCACACACCCTAAGCCTCAGCATGACTCATCATGACTCAGCATTGCTGTGCTTGAGCCAGAAGGTTTGCTTAGAAGGTTACACAGAACCAGAAGGCGGGGGTGGGGCACTGACCCCGACAGGGGCCTGGCCAGAACTGCTCATGCTTGGACTATGGGAGGTCACTAATGGAGACACACAGAAATGTAACAGGAACTAAGGGAATTCCGGTGCCCTGCTTAGGAGCTTAATCTTTAATGAAAGCTAAGCTTTCATTAAAAAAAGTCTAACCAGCTGCATTCGACTTTGACTGCAGCAGCTGGTTAGAAGGTTCTACTGGAGGAGGGTCCCAGCCCATTGCTAAATTAACATCAGGCTCTGAGACTGGCAGTATATCTCTAACAGTGGTTGATGCTATCTTCTGGAACTTGCCTGCTACATTGAGACCACTGACCCATACATAGGAAGCCCATAGCTCTGTCCTGAACTGTTAGGCCACTGGTCCAGAGAGTGTGCATCTCCTTTGATCCTCATAATAACCCTATGAGATAGACACAATTATTACTCTTACTTTATAGATGATGATCCTGAAAACATAGGAGTCAAGGCACTTGCCCCTAGCTGGGGGTATAGGGGAGCAGTCCCATGTAGTAGTAGAATGAAAAATGCTGCTATGCTGTGCCTCCCCCACCTTTCCCATGTCTGCCCTCTACTCATGGTCTATCTCTCCTGGCTCCTGGGAGTCATGGACTCCACCCAGCACCACCAACCTGACCTAACCACCTATCTGAGCCTGCCAGCCTATAACCCATCTGGGCCCTGATAGCTGGTGGCCAGCCCTGACCCCACCCCACCCTCCCTGGAACCTCTGATAGACACATCTGGCACACCAGCTCGCAAAGTCACCGTGAGGGTCTTGTGTTTGCTGAGTCAAAATTCCTTGAAATCCAAGTCCTTAGAGACTCCTGCTCCCAAATTTACAGTCATAGACTTCTTCATGGCTGTCTCCTTTATCCACAGAATGATTCCTTTGCTTCATTGCCCCATCCATCTGATCCTCCTCATCAGTGCAGCACAGGGCCCATGAGCAGTAGCTGCAGAGTCTCACATAGGTCTGGCACTGCCTCTGACATGTCCGACCTTAGGCAAATGCTTGACTCTTCTGAGCTCGGATCCCTTGAGCTCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGACATGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGACAGCAGAGTGAAACCTTGCCTCACGAAACAGAATACAAAAACAAACAAACAAAAAACTGCTCCGCAATGCGCTTCCTTGATGCTCTACCACATAGGTCTGGGTACTTTGTACACATTATCTCATTGCTGTTCATAATTGTTAGATTAATTTTGTAATATTGATATTATTCCTAGAAAGCTGAGGCCTCAAGATGATAACTTTTATTTTCTGGACTTGTAATAGCTTTCTCTTGTATTCACCATGTTGTAACTTTCTTAGAGTAGTAACAATATAAAGTTATTGTGAGTTTTTGCAAACACAGCAAACACAACGACCCATATAGACATTGATGTGAAATTGTCTATTGTCAATTTATGGGAAAACAAGTATGTACTTTTTCTACTAAGCCATTGAAACAGGAATAACAGAACAAGATTGAAAGAATACATTTTCCGAAATTACTTGAGTATTATACAAAGACAAGCACGTGGACCTGGGAGGAGGGTTATTGTCCATGACTGGTGTGTGGAGACAAATGCAGGTTTATAATAGATGGGATGGCATCTAGCGCAATGACTTTGCCATCACTTTTAGAGAGCTCTTGGGGGCCCCAGTACACAAGAGGGGACGCAGGGTATATGTAGACATCTCATTCTTTTTCTTAGTGTGAGAATAAGAATAGCCATGACCTGAGTTTATAGACAATGAGCCCTTTTCTCTCTCCCACTCAGCAGCTATGAGATGGCTTGCCCTGCCTCTCTACTAGGCTGACTCACTCCAAGGCCCAGCAATGGGCAGGGCTCTGTCAGGGCTTTGATAGCACTATCTGCAGAGCCAGGGCCGAGAAGGGGTGGACTCCAGAGACTCTCCCTCCCATTCCCGAGCAGGGTTTGCTTATTTATGCATTTAAATGATATATTTATTTTAAAAGAAATAACAGGAGACTGCCCAGCCCTGGCTGTGACATGGAAACTATGTAGAATATTTTGGGTTCCATTTTTTTTTCCTTCTTTCAGTTAGAGGAAAAGGGGCTCACTGCACATACACTAGACAGAAAGTCAGGAGCTTTGAATCCAAGCCTGATCATTTCCATGTCATACTGAGAAAGTCCCCACCCTTCTCTGAGCCTCAGTTTCTCTTTTTATAAGTAGGAGTCTGGAGTAAATGATTTCCAATGGCTCTCATTTCAATACAAAATTTCCGTTTATTAAATGCATGAGCTTCCGTTACTCCAAGACTGAGAAGGAAATTGAACCTGAGACTCATTGACTGGCAAGATGTCCCCAGAGGCTCTCATTCAGCAATAAAATTCTCACCTTCACCCAGGCCCACTAGTGTCAGATTTGCATGC
REV応答エレメント(RRE)(配列番号106)
AGGAGGAGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAACCATTAGGAGTAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTTTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACTATGGGCGCAGCGTCAATGACGCTGACGGTACAGGCCAGACAATTATTGTCTGGTATAGTGCAGCAGCAGAACAATTTGCTGAGGGCTATTGAGGCGCAACAGCATCTGTTGCAACTCACAGTCTGGGGCATCAAGCAGCTCCAGGCAAGAATCCTGGCTGTGGAAAGATACCTAAAGGATCAACAGCTCCTGGGGATTTGGGGTTGCTCTGGAAAACTCATTTGCACCACTGCTGTGCCTTGGAATGCTAGTTGGAGTAATAAATCTCTGGAACAGATTTGGAATCACACGACCTGGATGGAGTGGGACAGAGAAATTAACAATTACACAAGCTTAATACACTCCTTAATTGAAGAATCGCAAAACCAGCAAGAAAAGAATGAACAAGAATTATTGGAATTAGATAAATGGGCAAGTTTGTGGAATTGGTTTAACATAACAAATTGGCTGTGGTATATAAAATTATTCATAATGATAGTAGGAGGCTTGGTAGGTTTAAGAATAGTTTTTGCTGTACTTTCTATAGTGAATAGAGTTAGGCAGGGATATTCACCATTATCGTTTCAGACCCACCTCCCAACCCCGAGGGGACCG
pCalH10_TL20c_rGbGM_7SKsh734(配列番号107)
GGCCGCCTCGGCCAAACAGCCCTTGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCAGTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGTTTACCACTCCCTATCAGTGATAGAGAAAAGTGAAAGTCGAGCTCGCCATGGGAGGCGTGGCCTGGGCGGGACTGGGGAGTGGCGAGCCCTCAGATCCTGCATATAAGCAGCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTGCCTTGAGTGCTTCAAGTAGTGTGTGCCCGTCTGTTGTGTGACTCTGGTAACTAGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGTGGAAAATCTCTAGCAGTGGCGCCCGAACAGGGACTTGAAAGCGAAAGGGAAACCAGAGGAGCTCTCTCGACGCAGGACTCGGCTTGCTGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACTGGTGAGTACGCCAAAAATTTTGACTAGCGGAGGCTAGAAGGAGAGAGATGGGTGCGAGAGCGTCAGTATTAAGCGGGGGAGAATTAGATCGCGATGGGAAAAAATTCGGTTAAGGCCAGGGGGAAAGAAAAAATATAAATTAAAACATATAGTATGGGCAAGCAGGGAGCTAGAACGATTCGCAGTTAATACTGGCCTGTTAGAAACATCAGAAGGCTGTAGACAAATACTGGGACAGCTACAACCATCCCTTCAGACAGGATCAGAAGAACTTAGATCATTATATAATACAGTAGCAACCCTCTATTGTGTGCATCAAAGGATAGAGATAAAAGACACCAAGGAAGCTTTAGACAAGATAGAGGAAGAGCAAAACAAAAGTAAGAAAAAAGCACAGCAAGCAGCAGGATCTTCAGACCTGGAAATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAGTAGAATCTATGAATAAAGAATTAAAGAAAATTATAGGACAGGTAAGAGATCAGGCTGAACATCTTAAGACAGCAGTACAAATGGCAGTATTCATCCACAATTTTAAAAGAAAAGGGGGGATTGGGGGGTACAGTGCAGGGGAAAGAATAGTAGACATAATAGCAACAGACATACAAACTAAAGAATTACAAAAACAAATTACAAAAATTCAAAATTTTCGGGTTTATTACAGGGACAGCAGAAATCCACTTTGGAAAGGACCAGCAAAGCTCCTCTGGAAAGGTGAAGGGGCAGTAGTAATACAAGATAATAGTGACATAAAAGTAGTGCCAAGAAGAAAAGCAAAGATCATTAGGGATTATGGAAAACAGATGGCAGGTGATGATTGTGTGGCAAGTAGACAGGATGAGGATTAGAACATGGAAAAGTTTAGTAAAACACCATAAGGAGGAGATATGAGGGACAATTGGAGAAGTGAATTATATAAATATAAAGTAGTAAAAATTGAACCATTAGGAGTAGCACCCACCAAGGCAAAGAGAAGAGTGGTGCAGAGAGAAAAAAGAGCAGTGGGAATAGGAGCTTTGTTCCTTGGGTTCTTGGGAGCAGCAGGAAGCACTATGGGCGCAGCGTCAATGACGCTGACGGTACAGGCCAGACAATTATTGTCTGGTATAGTGCAGCAGCAGAACAATTTGCTGAGGGCTATTGAGGCGCAACAGCATCTGTTGCAACTCACAGTCTGGGGCATCAAGCAGCTCCAGGCAAGAATCCTGGCTGTGGAAAGATACCTAAAGGATCAACAGCTCCTGGGGATTTGGGGTTGCTCTGGAAAACTCATTTGCACCACTGCTGTGCCTTGGAATGCTAGTTGGAGTAATAAATCTCTGGAACAGATTTGGAATCACACGACCTGGATGGAGTGGGACAGAGAAATTAACAATTACACAAGCTTAATACACTCCTTAATTGAAGAATCGCAAAACCAGCAAGAAAAGAATGAACAAGAATTATTGGAATTAGATAAATGGGCAAGTTTGTGGAATTGGTTTAACATAACAAATTGGCTGTGGTATATAAAATTATTCATAATGATAGTAGGAGGCTTGGTAGGTTTAAGAATAGTTTTTGCTGTACTTTCTATAGTGAATAGAGTTAGGCAGGGATATTCACCATTATCGTTTCAGACCCACCTCCCAACCCCGAGGGGACCGAGCTCAAGCTTCGAACGCGTGGGGATCCTCTAGAGTCGAGCTCGCGAGGATCATCACCGGTGCTAGCCGGAGCCAGAAGCACCATAAGGGACATGATAAGGGAGCCAGCAGACCTCTGATCTCTTCCTGAATGCTAATCTTAAACATCCTGAGGAAGAATGGGACTTCCATTTGGGGTGGGCCTATGATAGGGTAATAAGACAGTAGTGAATATCAAGCTACAAAAAGCCCCCTTTCAAATTCTTCTCAGTCCTAACTTTTCATACTAAGCCCAGTCCTTCCAAAGCAGACTGTGAAAGAGTGATAGTTCCGGGAGACTAGCACCGGCTAGCCGAGCTTGGAACACTTTCCCTTCATTAAGAACCATCCTTGCTACTCAGCTGCAATCAATCCAGCCCCCAGGTCTTCACTGAACCTTTTCCCATCTCTTCCAAAACATCTGTTTCTGAGAAGTCCTGTCCTATAGAGGTCTTTCTTCCCACCGGATTTCTCCTACACCATTTACTCCCACTTGCAGAACTCCCGTGTACAAGTGTCTTTACTGCTTTTATTTGCTCAACAAAATGCACATCTCATATAAAAATAAATGAGGAGCATGCACACACCACAAACACAAACAGGCATGCAGAAATACACATACACACTTCCCTCAATATAAACCCTTTGTGGCTCATATATTTAAAAAGATGTAAAAAAAAGAGCTGAAGAAAATCATGTGTGATCTCTCAGCAGAATAGATTTATTATTTGTATTGCTTGCAGAATAAAGCCTATCCTTGAAAGCTCTGAATCATGGGCAAGAGGCTCAGTGGTATCTGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAATTCTTTGCCAAAGTGAATGGCCAGCACGGTGACCAGCACGTTGCCCAGGAGCTGTGGGAGGAAGATAAGAGGTATGAACATGATTAGCAAAAGGGCCTAGCTTGGACTCAGAATAATCCAGCCTTATCCCAACCATAAAATAAAAGCAGAATGGTAGCTGGATTGTAGCTGCTATTAGCAATATGAAACCTCTTACATCAGTTACAATTTATATGCAGAAATATTTATATGCAGAAATATTGCTATTGCCTTAACCCAGAAATTATCACTGTTATTCTTTAGAATGGTGCAAAGAGGCATGATACATTGTATCATTATTGCCCTGAAAGAAAGAGATTAGGGAAAGTATTAGAAATAAGATAAACAAAAAAGTATATTAAAAGAAGAAAGCATTTTTTAAAATTACAAATGCAAAATTACCCTGATTTGGTCAATATGTGTACCCTGTTACTTCTCCCCTTCCTATGACATGAACTTAACCATAGAAAAGAAGGGGAAAGAAAACATCAAGGGTCCCATAGACTCACCTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCCTGTGAGATTGACAAGAACAGTTTGACAGTCAGAAGGTGCCACAAATCCTGAGAAGCAACCTGGACTTTTGCCAGGCACAGGGTCCTTCCTTCCCTCCCTTGTCCTGGTCACCAGAGCCTACCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCATGGTGTCTGTTTGAGGTTGCTAGTGAACACAGTTGTGTCAGAAGCAAATGTAAGCAATAGATGGCTCTGCCCTGACTTTTATGCCCAGCCCTGGCTCCTGCCCTCCCTGCTCCTGGGAGTAGATTGGCCAACCCTAGGGTGTGGCTCCACAGGGTGAGGTCTAAGTGATGACAGCCGTACCTGTCCTTGGCTCTTCTGGCACTGGCTTAGGAGTTGGACTTCAAACCCTCAGCCCTCCCTCTAAGATATATCTCTTGGCCCCATACCATCAGTACAAATTGCTACTAAAAACATCCTCCTTTGCAAGTGTATTTACGACGGTATCGATGTATGTGAGCATGTGTCCTCTAACAGCACAGGCCTTTTGCCACCTAGCTGTCCAGGGGTGCCTTAAAATGGCAAACAAGGTTTGTTTTCTTTTCCTGTTTTCATGCCTTCCTCTTCCATATCCTTGTTTCATATTAATACATGTGTATAGATCCTAAAAATCTATACACATGTATTAATAAAGCCTGATTCTGCCGCTTCTAGGTATAGAGGCCACCTGCAAGATAAATATTTGATTCACAATAACTAATCATTCTATGGCAATTGATAACAACAAATATATATATATATATATATATACGTATATGTGTATATATATATATATATTCAGGAAATAATATATTCTAGAATATGTCACATTCTGTCTCAGGCATCCATTTTCTTTATGATGCCGTTTGAGGTGGAGTTTTAGTCAGGTGGTCAGCTTCTCCTTTTTTTTGCCATCTGCCCTGTAAGCATCCTGCTGGGGACCCAGATAGGAGTCATCACTCTAGGCTGAGAACATCTGGGCACACACCCTAAGCCTCAGCATGACTCATCATGACTCAGCATTGCTGTGCTTGAGCCAGAAGGTTTGCTTAGAAGGTTACACAGAACCAGAAGGCGGGGGTGGGGCACTGACCCCGACAGGGGCCTGGCCAGAACTGCTCATGCTTGGACTATGGGAGGTCACTAATGGAGACACACAGAAATGTAACAGGAACTAAGGGAATTCCGGTGCCCTGCTTAGGAGCTTAATCTTTAATGAAAGCTAAGCTTTCATTAAAAAAAGTCTAACCAGCTGCATTCGACTTTGACTGCAGCAGCTGGTTAGAAGGTTCTACTGGAGGAGGGTCCCAGCCCATTGCTAAATTAACATCAGGCTCTGAGACTGGCAGTATATCTCTAACAGTGGTTGATGCTATCTTCTGGAACTTGCCTGCTACATTGAGACCACTGACCCATACATAGGAAGCCCATAGCTCTGTCCTGAACTGTTAGGCCACTGGTCCAGAGAGTGTGCATCTCCTTTGATCCTCATAATAACCCTATGAGATAGACACAATTATTACTCTTACTTTATAGATGATGATCCTGAAAACATAGGAGTCAAGGCACTTGCCCCTAGCTGGGGGTATAGGGGAGCAGTCCCATGTAGTAGTAGAATGAAAAATGCTGCTATGCTGTGCCTCCCCCACCTTTCCCATGTCTGCCCTCTACTCATGGTCTATCTCTCCTGGCTCCTGGGAGTCATGGACTCCACCCAGCACCACCAACCTGACCTAACCACCTATCTGAGCCTGCCAGCCTATAACCCATCTGGGCCCTGATAGCTGGTGGCCAGCCCTGACCCCACCCCACCCTCCCTGGAACCTCTGATAGACACATCTGGCACACCAGCTCGCAAAGTCACCGTGAGGGTCTTGTGTTTGCTGAGTCAAAATTCCTTGAAATCCAAGTCCTTAGAGACTCCTGCTCCCAAATTTACAGTCATAGACTTCTTCATGGCTGTCTCCTTTATCCACAGAATGATTCCTTTGCTTCATTGCCCCATCCATCTGATCCTCCTCATCAGTGCAGCACAGGGCCCATGAGCAGTAGCTGCAGAGTCTCACATAGGTCTGGCACTGCCTCTGACATGTCCGACCTTAGGCAAATGCTTGACTCTTCTGAGCTCGGATCCCTTGAGCTCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGACATGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGACAGCAGAGTGAAACCTTGCCTCACGAAACAGAATACAAAAACAAACAAACAAAAAACTGCTCCGCAATGCGCTTCCTTGATGCTCTACCACATAGGTCTGGGTACTTTGTACACATTATCTCATTGCTGTTCATAATTGTTAGATTAATTTTGTAATATTGATATTATTCCTAGAAAGCTGAGGCCTCAAGATGATAACTTTTATTTTCTGGACTTGTAATAGCTTTCTCTTGTATTCACCATGTTGTAACTTTCTTAGAGTAGTAACAATATAAAGTTATTGTGAGTTTTTGCAAACACAGCAAACACAACGACCCATATAGACATTGATGTGAAATTGTCTATTGTCAATTTATGGGAAAACAAGTATGTACTTTTTCTACTAAGCCATTGAAACAGGAATAACAGAACAAGATTGAAAGAATACATTTTCCGAAATTACTTGAGTATTATACAAAGACAAGCACGTGGACCTGGGAGGAGGGTTATTGTCCATGACTGGTGTGTGGAGACAAATGCAGGTTTATAATAGATGGGATGGCATCTAGCGCAATGACTTTGCCATCACTTTTAGAGAGCTCTTGGGGGCCCCAGTACACAAGAGGGGACGCAGGGTATATGTAGACATCTCATTCTTTTTCTTAGTGTGAGAATAAGAATAGCCATGACCTGAGTTTATAGACAATGAGCCCTTTTCTCTCTCCCACTCAGCAGCTATGAGATGGCTTGCCCTGCCTCTCTACTAGGCTGACTCACTCCAAGGCCCAGCAATGGGCAGGGCTCTGTCAGGGCTTTGATAGCACTATCTGCAGAGCCAGGGCCGAGAAGGGGTGGACTCCAGAGACTCTCCCTCCCATTCCCGAGCAGGGTTTGCTTATTTATGCATTTAAATGATATATTTATTTTAAAAGAAATAACAGGAGACTGCCCAGCCCTGGCTGTGACATGGAAACTATGTAGAATATTTTGGGTTCCATTTTTTTTTCCTTCTTTCAGTTAGAGGAAAAGGGGCTCACTGCACATACACTAGACAGAAAGTCAGGAGCTTTGAATCCAAGCCTGATCATTTCCATGTCATACTGAGAAAGTCCCCACCCTTCTCTGAGCCTCAGTTTCTCTTTTTATAAGTAGGAGTCTGGAGTAAATGATTTCCAATGGCTCTCATTTCAATACAAAATTTCCGTTTATTAAATGCATGAGCTTCCGTTACTCCAAGACTGAGAAGGAAATTGAACCTGAGACTCATTGACTGGCAAGATGTCCCCAGAGGCTCTCATTCAGCAATAAAATTCTCACCTTCACCCAGGCCCACTAGTGTCAGATTTGCATGCGTTCGCGTATCGACGTGCAGTATTTAGCATGCCCCACCCATCTGCAAGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGTAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTCAGGATATGCCCTTGACTATTTGTCCGACATAGTCAAGGGCATATCCTTTTTTGTGCGGCCGCATCGATGCCGTAGTACCTTTAAGACCAATGACTTACAAGGCAGCTGTAGATCTTAGCCACTTTTTAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTCACTCCCAAAGAAGACAAGATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGATGACCCTGCACATAGCAGGGGGTTGGATCTGGATGAGCACTGTGCTCCTTTGCAACCCAGGCCGTTCTATGATTCTGTCATTCTAAATCTCTCTTTCAGCCTAAAGCTTTTTCCCCGTATCCCCCCAGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTGAGCTCCCCAGATCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTCAGCTGCTCGAGCTAGCAGATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATTATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATTTATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACATATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGCAACATATGCCCATATGCTGGCTGCCATGAACAAAGGTTGGCTATAAAGAGGTCATCAGTATATGAAACAGCCCCCTGCTGTCCATTCCTTATTCCATAGAAAAGCCTTGACTTGAGGTTAGATTTTTTTTATATTTTGTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTAACATCCCTAAAATTTTCCTTACATGTTTTACTAGCCAGATTTTTCCTCCTCTCCTGACTACTCCCAGTCATAGCTGTCCCTCTTCTCTTATGGAGATCCCTCGACCTGCAGCCCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCGGATCCGCATCTCAATTAGTCAGCAACCATAGTCCCGCCCCTAACTCCGCCCATCCCGCCCCTAACTCCGCCCAGTTCCGCCCATTCTCCGCCCCATGGCTGACTAATTTTTTTTATTTATGCAGAGGCCGAGGCCGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGTGAGGAGGCTTTTTTGGAGGCCTAGGCTTTTGCAAAAAGCTGTCGACTGCAGAGGCCTGCATGCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCC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pCalH20_TL20d_rGbGM_7SKsh734(配列番号108)
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ATATGAACATGATTAGCAAAAGGGCCTAGCTTGGACTCAGAATAATCCAGCCTTATCCCAACCATAAAATAAAAGCAGAATGGTAGCTGGATTGTAGCTGCTATTAGCAATATGAAACCTCTTACATCAGTTACAATTTATATGCAGAAATATTTATATGCAGAAATATTGCTATTGCCTTAACCCAGAAATTATCACTGTTATTCTTTAGAATGGTGCAAAGAGGCATGATACATTGTATCATTATTGCCCTGAAAGAAAGAGATTAGGGAAAGTATTAGAAATAAGATAAACAAAAAAGTATATTAAAAGAAGAAAGCATTTTTTAAAATTACAAATGCAAAATTACCCTGATTTGGTCAATATGTGTACCCTGTTACTTCTCCCCTTCCTATGACATGAACTTAACCATAGAAAAGAAGGGGAAAGAAAACATCAAGGGTCCCATAGACTCACCTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCCTGTGAGATTGACAAGAACAGTTTGACAGTCAGAAGGTGCCACAAATCCTGAGAAGCAACCTGGACTTTTGCCAGGCACAGGGTCCTTCCTTCCCTCCCTTGTCCTGGTCACCAGAGCCTACCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCATGGTGTCTGTTTGAGGTTGCTAGTGAACACAGTTGTGTCAGAAGCAAATGTAAGCAATAGATGGCTCTGCCCTGACTTTTATGCCCAGCCCTGGCTCCTGCCCTCCCTGCTCCTGGGAGTAGATTGGCCAACCCTAGGGTGTGGCTCCACAGGGTGAGGTCTAAGTGATGACAGCCGTACCTGTCCTTGGCTCTTCTGGCACTGGCTTAGGAGTTGGACTTCAAACCCTCAGCCCTCCCTCTAAGATATATCTCTTGGCCCCATACCATCAGTACAAATTGCTACTAAAAACATCCTCCTTTGCAAGTGTATTTACGACGGTATCGATGTATGTGAGCATGTGTCCTCTAACAGCACAGGCCTTTTGCCACCTAGCTGTCCAGGGGTGCCTTAAAATGGCAAACAAGGTTTGTTTTCTTTTCCTGTTTTCATGCCTTCCTCTTCCATATCCTTGTTTCATATTAATACATGTGTATAGATCCTAAAAATCTATACACATGTATTAATAAAGCCTGATTCTGCCGCTTCTAGGTATAGAGGCCACCTGCAAGATAAATATTTGATTCACAATAACTAATCATTCTATGGCAATTGATAACAACAAATATATATATATATATATATATACGTATATGTGTATATATATATATATATTCAGGAAATAATATATTCTAGAATATGTCACATTCTGTCTCAGGCATCCATTTTCTTTATGATGCCGTTTGAGGTGGAGTTTTAGTCAGGTGGTCAGCTTCTCCTTTTTTTTGCCATCTGCCCTGTAAGCATCCTGCTGGGGACCCAGATAGGAGTCATCACTCTAGGCTGAGAACATCTGGGCACACACCCTAAGCCTCAGCATGACTCATCATGACTCAGCATTGCTGTGCTTGAGCCAGAAGGTTTGCTTAGAAGGTTACACAGAACCAGAAGGCGGGGGTGGGGCACTGACCCCGACAGGGGCCTGGCCAGAACTGCTCATGCTTGGACTATGGGAGGTCACTAATGGAGACACACAGAAATGTAACAGGAACTAAGGGAATTCCGGTGCCCTGCTTAGGAGCTTAATCTTTAATGAAAGCTAAGCTTTCATTAAAAAAAGTCTAACCAGCTGCATTCGACTTTGACTGCAGCAGCTGGTTAGAAGGTTCTACTGGAGGAGGGTCCCAGCCCATTGCTAAATTAACATCAGGCTCTGAGACTGGCAGTATATCTCTAACAGTGGTTGATGCTATCTTCTGGAACTTGCCTGCTACATTGAGACCACTGACCCATACATAGGAAGCCCATAGCTCTGTCCTGAACTGTTAGGCCACTGGTCCAGAGAGTGTGCATCTCCTTTGATCCTCATAATAACCCTATGAGATAGACACAATTATTACTCTTACTTTATAGATGATGATCCTGAAAACATAGGAGTCAAGGCACTTGCCCCTAGCTGGGGGTATAGGGGAGCAGTCCCATGTAGTAGTAGAATGAAAAATGCTGCTATGCTGTGCCTCCCCCACCTTTCCCATGTCTGCCCTCTACTCATGGTCTATCTCTCCTGGCTCCTGGGAGTCATGGACTCCACCCAGCACCACCAACCTGACCTAACCACCTATCTGAGCCTGCCAGCCTATAACCCATCTGGGCCCTGATAGCTGGTGGCCAGCCCTGACCCCACCCCACCCTCCCTGGAACCTCTGATAGACACATCTGGCACACCAGCTCGCAAAGTCACCGTGAGGGTCTTGTGTTTGCTGAGTCAAAATTCCTTGAAATCCAAGTCCTTAGAGACTCCTGCTCCCAAATTTACAGTCATAGACTTCTTCATGGCTGTCTCCTTTATCCACAGAATGATTCCTTTGCTTCATTGCCCCATCCATCTGATCCTCCTCATCAGTGCAGCACAGGGCCCATGAGCAGTAGCTGCAGAGTCTCACATAGGTCTGGCACTGCCTCTGACATGTCCGACCTTAGGCAAATGCTTGACTCTTCTGAGCTCGGATCCCTTGAGCTCAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGACATGATCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGACAGCAGAGTGAAACCTTGCCTCACGAAACAGAATACAAAAACAAACAAACAAAAAACTGCTCCGCAATGCGCTTCCTTGATGCTCTACCACATAGGTCTGGGTACTTTGTACACATTATCTCATTGCTGTTCATAATTGTTAGATTAATTTTGTAATATTGATATTATTCCTAGAAAGCTGAGGCCTCAAGATGATAACTTTTATTTTCTGGACTTGTAATAGCTTTCTCTTGTATTCACCATGTTGTAACTTTCTTAGAGTAGTAACAATATAAAGTTATTGTGAGTTTTTGCAAACACAGCAAACACAACGACCCATATAGACATTGATGTGAAATTGTCTATTGTCAATTTATGGGAAAACAAGTATGTACTTTTTCTACTAAGCCATTGAAACAGGAATAACAGAACAAGATTGAAAGAATACATTTTCCGAAATTACTTGAGTATTATACAAAGACAAGCACGTGGACCTGGGAGGAGGGTTATTGTCCATGACTGGTGTGTGGAGACAAATGCAGGTTTATAATAGATGGGATGGCATCTAGCGCAATGACTTTGCCATCACTTTTAGAGAGCTCTTGGGGGCCCCAGTACACAAGAGGGGACGCAGGGTATATGTAGACATCTCATTCTTTTTCTTAGTGTGAGAATAAGAATAGCCATGACCTGAGTTTATAGACAATGAGCCCTTTTCTCTCTCCCACTCAGCAGCTATGAGATGGCTTGCCCTGCCTCTCTACTAGGCTGACTCACTCCAAGGCCCAGCAATGGGCAGGGCTCTGTCAGGGCTTTGATAGCACTATCTGCAGAGCCAGGGCCGAGAAGGGGTGGACTCCAGAGACTCTCCCTCCCATTCCCGAGCAGGGTTTGCTTATTTATGCATTTAAATGATATATTTATTTTAAAAGAAATAACAGGAGACTGCCCAGCCCTGGCTGTGACATGGAAACTATGTAGAATATTTTGGGTTCCATTTTTTTTTCCTTCTTTCAGTTAGAGGAAAAGGGGCTCACTGCACATACACTAGACAGAAAGTCAGGAGCTTTGAATCCAAGCCTGATCATTTCCATGTCATACTGAGAAAGTCCCCACCCTTCTCTGAGCCTCAGTTTCTCTTTTTATAAGTAGGAGTCTGGAGTAAATGATTTCCAATGGCTCTCATTTCAATACAAAATTTCCGTTTATTAAATGCATGAGCTTCCGTTACTCCAAGACTGAGAAGGAAATTGAACCTGAGACTCATTGACTGGCAAGATGTCCCCAGAGGCTCTCATTCAGCAATAAAATTCTCACCTTCACCCAGGCCCACTAGTGTCAGATTTGCATGCGTTCGCGTATCGACGTGCAGTATTTAGCATGCCCCACCCATCTGCAAGGCATTCTGGATAGTGTCAAAACAGCCGGAAATCAAGTCCGTTTATCTCAAACTTTAGCATTTTGGGAATAAATGATATTTGCTATGCTGGTTAAATTAGATTTTAGTTAAATTTCCTGCTGAAGCTCTAGTACGATAAGTAACTTGACCTAAGTGTAAAGTTGAGATTTCCTTCAGGTTTATATAGCTTGTGCGCCGCCTGGGTACCTCAGGATATGCCCTTGACTATTTGTCCGACATAGTCAAGGGCATATCCTTTTTTGTGCGGCCGCATCGATGCCGTAGTACCTTTAAGACCAATGACTTACAAGGCAGCTGTAGATCTTAGCCACTTTTTAAAAGAAAAGGGGGGACTGGAAGGGCTAATTCACTCCCAAAGAAGACAAGATCCCTGCAGGCATTCAAGGCCAGGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGGCTGCTGGTTGATGACCCTGCACATAGCAGGGGGTTGGATCTGGATGAGCACTGTGCTCCTTTGCAACCCAGGCCGTTCTATGATTCTGTCATTCTAAATCTCTCTTTCAGCCTAAAGCTTTTTCCCCGTATCCCCCC
TGGTGTCTGCAGGCTCAAAGAGCAGCGAGAAGCGTTCAGAGGAAAGCGATCCCGTGCCACCTTCCCCGTGCCCGGGCTGTCCCCGCACGCTGCCGGCTCGGGGATGCGGGGGGAGCGCCGGACCGGAGCGGAGCCCCGGGCGGCTCGCTGCTGCCCCCTAGCGGGGGAGGGACGTAATTACATCCCTGGGGGCTTTGGGGGGGGGCTGTCCCCGTGAGCTCCCCAGATCTGCTTTTTGCCTGTACTGGGTCTCTCTGGTTAGACCAGATCTGAGCCTGGGAGCTCTCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCTTCAGCTGCTCGAGCTAGCAGATCTTTTTCCCTCTGCCAAAAATTATGGGGACATCATGAAGCCCCTTGAGCATCTGACTTCTGGCTAATAAAGGAAATTTATTTTCATTGCAATAGTGTGTTGGAATTTTTTGTGTCTCTCACTCGGAAGGACATATGGGAGGGCAAATCATTTAAAACATCAGAATGAGTATTTGGTTTAGAGTTTGGCAACATATGCCCATATGCTGGCTGCCATGAACAAAGGTTGGCTATAAAGAGGTCATCAGTATATGAAACAGCCCCCTGCTGTCCATTCCTTATTCCATAGAAAAGCCTTGACTTGAGGTTAGATTTTTTTTATATTTTGTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTAACATCCCTAAAATTTTCCTTACATGTTTTACTAGCCAGATTTTTCCTCCTCTCCTGACTACTCCCAGTCATAGCTGTCCCTCTTCTCTTATGGAGATCCCTCGACCTGCAGCCCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCGGATCCGCATCTCAATTAGTCAGCAACCATAGTCCCGCCCCTAACTCCGCCCATCCCGCCCCTAACTCCGCCCAGTTCCGCCCATTCTCCGCCCCATGGCTGACTAATTTTTTTTATTTATGCAGAGGCCGAGGCCGCCTCGGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGTGAGGAGGCTTTTTTGGAGGCCTAGGCTTTTGCAAAAAGCTGTCGACTGCAGAGGCCTGCATGCAAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAAC
AGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCACCTGACGTCTAAGAAACCATTATTATCATGACATTAACCTATAAAAATAGGCGTATCACGAGGCCCTTTCGTCTCGCGCGTTTCGGTGATGACGGTGAAAACCTCTGACACATGCAGCTCCCGGAGACGGTCACAGCTTGTCTGTAAGCGGATGCCGGGAGCAGACAAGCCCGTCAGGGCGCGTCAGCGGGTGTTGGCGGGTGTCGGGGCTGGCTTAACTATGCGGCATCAGAGCAGATTGTACTGAGAGTGCACCATATGCGGTGTGAAATACCGCACAGATGCGTAAGGAGAAAATACCGCATCAGGCGCCATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGCCAGCTGGCGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTC
β-グロビンプロモーター(配列番号115)
GGTGTCTGTTTGAGGTTGCTAGTGAACACAGTTGTGTCAGAAGCAAATGTAAGCAATAGATGGCTCTGCCCTGACTTTTATGCC
β-グロビンプロモーター(配列番号116)
AAGCAATAGATGGCTCTGCCCTGACTTTTATGCCCAGCCCTGGCTCCTGCCCTCCCTGCTCCTGGGAGTAGATTGGCCAACCCTAGGGTGTGGCTCCACAGGGTGAGGTCTAAGTGATGACAGCCGTACCTGTCCTTGGCTCTTCTGGCACTGGCTTAGGAGTTGGACTTCAAACCCTCAGCCCTCCCTCTAAGATATATCTCTTGGCCCCATACCATCAGTACAAATTGCTACTAAAAACATCCTCCTTTGCAAGTGTATTTAC
β-グロビンプロモーター(配列番号117)
GGTGTCTGTTTGAGGTTGCTAGTGAACACAGTTGTGTCAGAAGCAAATGTAAGCAATAGATGGCTCTGCCCTGACTTTTATGCCCAGCCCTGGCTCCTGCCCTCCCTGCTCCTGGGAGTAGATTGGCCAACCCTAGGGTGTGGCTCCACAGGGTGAGGTCTAAGTGATGACAGCCGTACCTGTCCTTGGCTCTTCTGGCACTGGCTTAGGAGTTGGACTTCAAACCCTCAGCCCTCCCTCTAAGATATATCTCTTGGCCCCATACCATCAGTACAAATTGCTACTAAAAACATCCTCCTTTGCAAGTGTATTTACGA
未改変γ-グロビン導入遺伝子(配列番号118)
ATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGACAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGgtaggctctggtgaccaggacaagggagggaaggaaggaccctgtgcctggcaaaagtccaggttgcttctcaggatttgtggcaccttctgactgtcaaactgttcttgtcaatctcacaGGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGCAACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCATAAAGCACCTGGATGATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGgtgagtctatgggacccttgatgttttctttccccttcttttctatggttaagttcatgtcataggaaggggagaagtaacagggtacacatattgaccaaatcagggtaattttgcatttgtaattttaaaaaatgctttcttcttttaatatacttttttgtttatcttatttctaatactttccctaatctctttctttcagggcaataatgatacaatgtatcatgcctctttgcaccattctaaagaataacagtgataatttctgggttaaggcaatagcaatatttctgcatataaatatttctgcatataaattgtaactgatgtaagaggtttcatattgctaatagcagctacaatccagctaccattctgcttttattttatggttgggataaggctggattattctgagtccaagctaggcccttttgctaatcatgttcatacctcttatcttcctcccacagCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCACCGTGCTGGCCATTCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGCAGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCCAGATACCACTGAG
未改変γ-グロビン導入遺伝子-逆相補体(大文字はエクソン)(配列番号119)
CTCAGTGGTATCTGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAATTCTTTGCCAAAGTGAATGGCCAGCACGGTGACCAGCACGTTGCCCAGGAGctgtgggaggaagataagaggtatgaacatgattagcaaaagggcctagcttggactcagaataatccagccttatcccaaccataaaataaaagcagaatggtagctggattgtagctgctattagcaatatgaaacctcttacatcagttacaatttatatgcagaaatatttatatgcagaaatattgctattgccttaacccagaaattatcactgttattctttagaatggtgcaaagaggcatgatacattgtatcattattgccctgaaagaaagagattagggaaagtattagaaataagataaacaaaaaagtatattaaaagaagaaagcattttttaaaattacaaatgcaaaattaccctgatttggtcaatatgtgtaccctgttacttctccccttcctatgacatgaacttaaccatagaaaagaaggggaaagaaaacatcaagggtcccatagactcacCTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCctgtgagattgacaagaacagtttgacagtcagaaggtgccacaaatcctgagaagcaacctggacttttgccaggcacagggtccttccttccctcccttgtcctggtcaccagagcctacCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCAT
未改変γ-グロビン導入遺伝子-逆相補体-SD1におけるGからAへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号120)
未改変γ-グロビン導入遺伝子+ポリAシグナル(配列番号121)
ATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGACAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGgtaggctctggtgaccaggacaagggagggaaggaaggaccctgtgcctggcaaaagtccaggttgcttctcaggatttgtggcaccttctgactgtcaaactgttcttgtcaatctcacaGGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGCAACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACATGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCATAAAGCACCTGGATGATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGgtgagtctatgggacccttgatgttttctttccccttcttttctatggttaagttcatgtcataggaaggggagaagtaacagggtacacatattgaccaaatcagggtaattttgcatttgtaattttaaaaaatgctttcttcttttaatatacttttttgtttatcttatttctaatactttccctaatctctttctttcagggcaataatgatacaatgtatcatgcctctttgcaccattctaaagaataacagtgataatttctgggttaaggcaatagcaatatttctgcatataaatatttctgcatataaattgtaactgatgtaagaggtttcatattgctaatagcagctacaatccagctaccattctgcttttattttatggttgggataaggctggattattctgagtccaagctaggcccttttgctaatcatgttcatacctcttatcttcctcccacagCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCACCGTGCTGGCCATTCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGCAGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCCAGATACCACTGAGcctcttgcccatgattcagagctttcaaggataggctttattctgcaagcaatacaaataataaatctattctgctgagagatcacacatgattttcttcagctcttttttttacatctttttaaatatatgagccacaaagggtttatattgagggaagtgtgtatgtgtatttctgcatgcctgtttgtgtttgtggtgtgtgcatgctcctcatttatttttatatgagatgtgcattttgttgagcaaataaaagcagtaaagacacttgtacacgggagttctgcaagtgggagtaaatggtgtaggagaaatccggtgggaagaaagacctctataggacaggacttctcagaaacagatgttttggaagagatgggaaaaggttcagtgaagacctgggggctggattgattgcagctgagtagcaaggatggttcttaatgaagggaaagtgttccaagctcggctagccggtgctagtctcccggaactatcactctttcacagtctgctttggaaggactgggcttagtatgaaaagttaggactgagaagaatttgaaagggggctttttgtagcttgatattcactactgtcttattaccctatcataggcccaccccaaatggaagtcccattcttcctcaggatgtttaagattagcattcaggaagagatcagaggtctgctggctcccttatcatgtcccttatggtgcttctggctccggctagcaccggtgatgatcctcgcgagctcgactctagaggatcccc
未改変γ-グロビン導入遺伝子+ポリAシグナル-逆相補体(配列番号122)
ggggatcctctagagtcgagctcgcgaggatcatcaccggtgctagccggagccagaagcaccataagggacatgataagggagccagcagacctctgatctcttcctgaatgctaatcttaaacatcctgaggaagaatgggacttccatttggggtgggcctatgatagggtaataagacagtagtgaatatcaagctacaaaaagccccctttcaaattcttctcagtcctaacttttcatactaagcccagtccttccaaagcagactgtgaaagagtgatagttccgggagactagcaccggctagccgagcttggaacactttcccttcattaagaaccatccttgctactcagctgcaatcaatccagcccccaggtcttcactgaaccttttcccatctcttccaaaacatctgtttctgagaagtcctgtcctatagaggtctttcttcccaccggatttctcctacaccatttactcccacttgcagaactcccgtgtacaagtgtctttactgcttttatttgctcaacaaaatgcacatctcatataaaaataaatgaggagcatgcacacaccacaaacacaaacaggcatgcagaaatacacatacacacttccctcaatataaaccctttgtggctcatatatttaaaaagatgtaaaaaaaagagctgaagaaaatcatgtgtgatctctcagcagaatagatttattatttgtattgcttgcagaataaagcctatccttgaaagctctgaatcatgggcaagaggCTCAGTGGTATCTGGAGGACAGGGCACTGGCCACTGCAGTCACCATCTTCTGCCAGGAAGCCTGCACCTCAGGGGTGAATTCTTTGCCAAAGTGAATGGCCAGCACGGTGACCAGCACGTTGCCCAGGAGctgtgggaggaagataagaggtatgaacatgattagcaaaagggcctagcttggactcagaataatccagccttatcccaaccataaaataaaagcagaatggtagctggattgtagctgctattagcaatatgaaacctcttacatcagttacaatttatatgcagaaatatttatatgcagaaatattgctattgccttaacccagaaattatcactgttattctttagaatggtgcaaagaggcatgatacattgtatcattattgccctgaaagaaagagattagggaaagtattagaaataagataaacaaaaaagtatattaaaagaagaaagcattttttaaaattacaaatgcaaaattaccctgatttggtcaatatgtgtaccctgttacttctccccttcctatgacatgaacttaaccatagaaaagaaggggaaagaaaacatcaagggtcccatagactcacCTTGAAGTTCTCAGGATCCACATGCAGCTTGTCACAGTGCAGTTCACTCAGCTGGGCAAAGGTGCCCTTGAGATCATCCAGGTGCTTTATGGCATCTCCCAAGGAAGTCAGCACCTTCTTGCCATGTGCCTTGACTTTGGGGTTGCCCATGATGGCAGAGGCAGAGGACAGGTTGCCAAAGCTGTCAAAGAACCTCTGGGTCCATGGGTAGACAACCAGGAGCctgtgagattgacaagaacagtttgacagtcagaaggtgccacaaatcctgagaagcaacctggacttttgccaggcacagggtccttccttccctcccttgtcctggtcaccagagcctacCTTCCCAGGGTTTCTCCTCCAGCATCTTCCACATTCACCTTGTCCCACAGGCTTGTGATAGTAGCCTTGTCCTCCTCTGTGAAATGACCCAT
未改変γ-グロビン導入遺伝子+ポリAシグナル-逆相補体-SD1におけるGからAへの突然変異(太字および下線の突然変異)(配列番号123)
【0299】
本明細書で引用したあらゆる特許、特許出願、および出版物の開示は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【0300】
本明細書におけるいずれの参考文献の引用も、これらの参考文献が本出願の「先行技術」として利用可能であることを承認すると解釈すべきではない。
【0301】
本明細書全体を通して、その目的は、本発明をいずれかの実施形態または特定の特徴の集合に限定することなく、本発明の好ましい実施形態を記述することである。したがって、当業者であれば、本開示に照らして、本発明の範囲を逸脱することなく、例示した特定の実施形態において種々の改変および変更を行なうことが可能であることを認識することになる。そのような改変および変更の全ては添付した特許請求の範囲に含まれることを意図している。
【配列表】
【国際調査報告】