特表 2024-520907 ブドウ球菌バクテリオファージ及びその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-05-27

(54)【発明の名称】ブドウ球菌バクテリオファージ及びその使用

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/11 20060101AFI20240520BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20240520BHJP

   C12Q 1/04 20060101ALI20240520BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20240520BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20240520BHJP

【ＦＩ】

C12N15/11 Z

C12N7/01 ZNA

C12Q1/04

A61K35/76

A61P17/00

A61P17/00 101

A61P31/04

A61P37/08

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023569829

(86)(22)【出願日】2022-05-12

(85)【翻訳文提出日】2023-11-30

(86)【国際出願番号】 IB2022054416

(87)【国際公開番号】W WO2022238947

(87)【国際公開日】2022-11-17

(31)【優先権主張番号】63/187,484

(32)【優先日】2021-05-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/216,002

(32)【優先日】2021-06-29

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

２．ＢＲＩＪ

(71)【出願人】

【識別番号】523373876

【氏名又は名称】バイオエムエックス・リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100118902

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 修

(74)【代理人】

【識別番号】100106208

【弁理士】

【氏名又は名称】宮前 徹

(74)【代理人】

【識別番号】100196508

【弁理士】

【氏名又は名称】松尾 淳一

(74)【代理人】

【識別番号】100163784

【弁理士】

【氏名又は名称】武田 健志

(72)【発明者】

【氏名】ゼルクバチ，リオール・モシェ

(72)【発明者】

【氏名】ブシュタブ，ヌファール

(72)【発明者】

【氏名】エルハラール，イファト

(72)【発明者】

【氏名】ニセンボイム，ジュリアン

(72)【発明者】

【氏名】リン，タマール

【テーマコード（参考）】

4B063

4B065

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B063QA18

4B063QQ06

4B063QQ10

4B063QQ13

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR75

4B063QR79

4B063QR80

4B063QS36

4B063QS38

4B063QX01

4B065AA98X

4B065AA98Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065AC20

4B065BA01

4B065CA24

4B065CA44

4B065CA46

4C087AA01

4C087AA02

4C087AA03

4C087BC83

4C087CA08

4C087CA12

4C087MA02

4C087MA52

4C087MA60

4C087MA63

4C087NA14

4C087ZA89

4C087ZB13

4C087ZB35

(57)【要約】

各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株を含む組成物であって、その単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの少なくとも１種が、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％同一のゲノム核酸配列を有する組成物が、開示される。その使用も開示される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

各々が、黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株を含む組成物であって、前記単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株のうちの少なくとも１つが、（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列、及び／又は（ｉｉ）（例えば、組み合わせ領域において）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である遺伝子を有し、かつ
任意選択で、前記単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株が、（ｉ）前記細菌に関して最長の個々のファージの変異までの時間（ＴＴＭ）を少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、若しくは８０％上回るＴＴＭ、又は（ｉｉ）前記細菌（又は前記細菌の２種以上の混合物）に関して最小の個々のファージ正規化曲線下面積よりも、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、若しくは９０％小さいＯＤ６００時間プロットについての正規化曲線下面積（ＡＵＣ）のいずれかに基づいて、相乗的重複効果を有する、組成物。

【請求項2】

前記単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの第１の株が、（組み合わせコード領域において）配列番号１に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、前記単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの第２の株が、（組み合わせコード領域において）配列番号７に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有する、請求項１に記載の組成物。

【請求項3】

単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、前記単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株のうちの第３の株が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号５に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、請求項２に記載の組成物。

【請求項4】

（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、
（ｉｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、
（ｉｉｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、及び、
（ｉｖ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、
を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項5】

組み合わせた前記単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株が、（ａ）実施例１における損傷したヒト皮膚由来の約１２０種の細菌単離物のリスト（「実施例１におけるリスト」）からの黄色ブドウ球菌の、少なくとも８０、８５、９０、９５、１００、又は１１０種の異なる株、及び／又は（ｂ）表６の黄色ブドウ球菌株のうちの１種以上、を標的化する、請求項１～４のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項6】

前記実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも１００種の異なる株、及び／又は図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも２５種の異なるＭＬＳＴが、前記少なくとも２種の異なる株の各々によって標的化される、請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項7】

各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、前記単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、組み合わせた前記単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株が、（ｉ）前記実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも１００種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）前記図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも２５種の異なるＭＬＳＴを標的化する、請求項１～６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項8】

各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、前記単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、（ｉ）前記実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも４０種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）前記図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５２種の異なるＭＬＳＴが、前記少なくとも３種の異なる株のうちの少なくとも２種によって標的化される、請求項１～７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項9】

前記単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株の少なくとも１つのバクテリオファージは、その転移因子（transposable element、ＴＥ）が不活性であるように遺伝子改変され、任意選択で、前記ＴＥは、（ａ）ＴＥのトランスポザーゼ、及び／又は（ｂ）転移に必要なＴＥの構造要素、を不活性化する突然変異（例えば、欠失）によって不活性化される、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項10】

前記転移因子は、表７に列挙されたもののうちのいずれか１つである、請求項９に記載の組成物。

【請求項11】

１０種以下の異なるバクテリオファージ株を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項12】

局所送達、直腸送達、又は経口送達による送達のために製剤化されている、請求項１～１１のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項13】

黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる組換えバクテリオファージであって、前記バクテリオファージが、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有し、前記バクテリオファージが、そのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変され、かつ／又は前記バクテリオファージは、前記バクテリオファージが遺伝子改変される前に前記バクテリオファージ内に存在していた天然のトランスポゾン配列を欠いている、組換えバクテリオファージ。

【請求項14】

前記異種配列が、治療剤又は診断剤をコードする、請求項１３に記載の組換えバクテリオファージ。

【請求項15】

前記治療剤が免疫調節剤を含む、請求項１４に記載の組換えバクテリオファージ。

【請求項16】

活性剤としての請求項１３～１５のいずれか一項に記載の組換えバクテリオファージと、医薬担体とを含む医薬組成物。

【請求項17】

局所送達、直腸送達、又は経口送達による送達のために製剤化されている、請求項１６に記載の医薬組成物。

【請求項18】

黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる単離されたバクテリオファージであって、前記バクテリオファージが、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、単離されたバクテリオファージ。

【請求項19】

黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患の治療を必要とする対象（例えば、アトピー性皮膚炎を有する対象）においてそれを治療する方法であって、前記感染を引き起こす黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる少なくとも１種の単離されたバクテリオファージ株を含む治療有効量の組成物を前記対象に投与することを含み、前記少なくとも１種のバクテリオファージ株が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有し、それによって、前記黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療する、方法。

【請求項20】

黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患（例えば、アトピー性皮膚炎）の治療を必要とする対象においてそれを治療する方法であって、請求項１～１２のいずれか一項に記載の治療有効量の組成物を前記対象に投与し、それによって前記黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療することを含む、方法。

【請求項21】

前記疾患が、アトピー性皮膚炎（Atopic Dermatitis、ＡＤ）であるか、又は前記疾患が、表皮ブドウ球菌感染に更に関連するか若しくはそれによって特徴付けられる、請求項１９又は２０に記載の方法。

【請求項22】

前記投与することが、経口投与すること又は局所投与することを含む、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項23】

前記組成物は、１０種以下の異なるバクテリオファージ株を含む、請求項１９～２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項24】

前記投与前に、前記対象にコロニー形成する少なくとも１種の黄色ブドウ球菌株を同定することを更に含む、請求項１９～２３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項25】

前記少なくとも１種のバクテリオファージ株は、そのゲノムが不活性の転移因子を含むか又は転移因子を欠くように遺伝子改変されている、請求項１９～２４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項26】

前記対象が、黄色ブドウ球菌（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）に対して有効な抗生物質でこれまでに治療されているか、又は更に治療される予定である、請求項１９～２５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項27】

前記対象を、黄色ブドウ球菌（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）に対して有効な抗生物質で治療することを更に含む、請求項１９～２５のいずれか一項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

（関連出願の参照）
本出願は、２０２１年５月１２日に出願された米国仮特許出願第６３／１８７，４８４号、及び２０２１年６月２９日に出願された同第６３／２１６，００２号の出願日の利益を主張するものであり、全ての図面及び配列表を含む上記出願のそれぞれの全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

（配列表に関する声明）
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表であって、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２２年５月１１日に作成された前述のＡＳＣＩＩコピーは、１３６９２３＿００２２０＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔという名前が付けられ、そのサイズは７９１，８９８バイトである。

【0003】

（発明の分野）
本発明は、そのいくつかの実施形態において、ブドウ球菌（Staphylococcus）属の細菌に感染することができるバクテリオファージ株に関し、より具体的には、黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus、ＳＡ）による皮膚でのコロニー形成の増加に関連することが示されたアトピー性皮膚炎（atopic dermatitis、ＡＤ）などの皮膚障害及び疾患に関連する、黄色ブドウ球菌種及び表皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermis、ＳＥ）種の細菌に感染することができるバクテリオファージ株に関する。黄色ブドウ球菌は、ケラチノサイト及び免疫細胞に影響を及ぼす病原性因子の放出を介して、アトピー性皮膚炎の病因に寄与する。アトピー性皮膚炎と皮膚細菌との間の関係は、漂白浴の使用を含む異なる抗菌処理アプローチをもたらした。現在のところ、抗菌療法としての漂白浴の使用は、一貫性のある結果を示してはいないが、それは、異なる研究において様々な濃度の漂白剤が使用されたことにおそらく起因している。マイクロバイオームを、標的化して安全に、ロバストに調節することが、より有益であり得る。

【0004】

ファージは、特定の細菌を死滅させる天然に存在するウイルスである。抗生物質とは異なり、ファージは株レベルに特異的であり、したがって、マイクロバイオームの摂動を最小限に抑えるという点で独特の利点を有する。それらは哺乳動物細胞に感染する能力を有さないので、安全であると考えられる。

【発明の概要】

【0005】

別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様又は同等の方法及び材料を、本発明の実施形態の実施又は試験において使用することができるが、例示的な方法及び／又は材料は、下記で説明される。矛盾する場合には、定義を含む本特許明細書が支配する。更に、材料、方法、及び実施例は例示に過ぎず、必ずしも限定することを意図するものではない。

【0006】

本発明の一態様によれば、各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株を含む組成物であって、その単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの少なくとも１種が、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する組成物が、提供される。

【0007】

本発明の一態様によれば、各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株を含む組成物であって、その単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの少なくとも１種が、実施例７に記載の表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子の組み合わせコード領域と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である相同性必須遺伝子の組み合わせ領域を含むゲノム核酸配列を有する組成物が、提供される。

【0008】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージであって、そのバクテリオファージが、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有する単離されたバクテリオファージが、提供される。

【0009】

本発明の一態様によれば、（例えば、組み合わせ領域において）表２に列挙されたファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一の遺伝子を含み、その選択されるバクテリオファージの必須遺伝子は、実施例７に記載されているものである、単離されたバクテリオファージが、提供される。

【0010】

本発明の一態様によれば、選択されたファージの非必須ゲノム領域は、実施例７に記載の選択されたバクテリオファージの必須遺伝子として列挙されていない全ての領域を含む。

【0011】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる組換え（非野生型）バクテリオファージが提供され、当該組換えバクテリオファージは、（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）実施例７に記載の表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である遺伝子を含むゲノム核酸配列、及び／又は（ｉｉ）（例えば、転移因子を不活性化するために）欠失又は他の方法で変異している、少なくとも２００ｂｐのその組換えバクテリオファージ非必須ゲノム領域を有する。

【0012】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌種の細菌（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）に（溶菌的に）感染することができる組換え（非野生型）バクテリオファージであって、その組換えバクテリオファージは、（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列、（ｉｉ）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一の遺伝子、及び／又は（ｉｉｉ）（例えば、転移因子を不活性化するために）欠失又は他の方法で突然変異している、少なくとも２００ｂｐのその組換えバクテリオファージ非必須ゲノム領域を有する組換えバクテリオファージが、提供される。

【0013】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる組換え（非野生型）バクテリオファージであって、その組換えバクテリオファージは、（ｉ）組み合わせコード領域において、配列番号１～７に記載の核酸配列の一つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列、（ｉｉ）（例えば、組み合わせ領域において）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である遺伝子、及び／又は（ｉｉｉ）（例えば、転移因子を不活性化するために）欠失又は他の方法で変異している少なくとも２００ｂｐのその組換えバクテリオファージ非必須ゲノム領域を有する、組換えバクテリオファージを有する組換えバクテリオファージが、提供される。

【0014】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患の治療を必要とする対象において、それを治療する方法であって、黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる少なくとも１種の単離されたバクテリオファージ株を含む治療有効量の組成物をその対象に投与することを含み、その少なくとも１種のバクテリオファージ株が、（ｉ）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列、及び／又は（ｉｉ）（例えば、組み合わせ領域において）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一の遺伝子を有し、それにより黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療する方法が、提供される。

【0015】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患の治療を必要とする対象においてそれを治療する方法であって、その対象に治療有効量の本明細書に記載の組成物を投与し、それによって黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療することを含む方法が、提供される。

【0016】

本発明の一態様によれば、黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる組換えバクテリオファージであって、そのバクテリオファージは、（ｉ）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列、及び／又は（ｉｉ）（例えば、組み合わせ領域において）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一の遺伝子であって、そのバクテリオファージが、そのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変されている組換えバクテリオファージが、提供される。

【0017】

本発明の一態様によれば、活性剤としての本明細書に記載される組換えバクテリオファージと、医薬担体と、を含む医薬組成物が提供される。

【0018】

本発明の一実施形態によれば、単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株のうちの第１の株は、配列番号１に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し（及び／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－１の必須遺伝子を含む）、及び単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株のうちの第２の株は、配列番号７に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％同一であるゲノム核酸配列を有する（かつ／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－７の必須遺伝子を含む）。

【0019】

本発明の一実施形態によれば、組成物は、単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも３種の異なる株の第３の株は、配列番号５に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％同一であるゲノム核酸配列を有する（かつ／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－５の必須遺伝子を含む）。

【0020】

本発明の一実施形態によれば、組成物は、
（ｉ）配列番号１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する（かつ／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－１の必須遺伝子を含む）バクテリオファージ、
（ｉｉ）配列番号７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する（及び／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－７の必須遺伝子を含む）バクテリオファージ、
（ｉｉｉ）配列番号５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する（かつ／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－５の必須遺伝子を含む）バクテリオファージ、及び／又は
（ｉｖ）配列番号４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する（かつ／又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－４の必須遺伝子を含む）バクテリオファージ、から選択されるバクテリオファージ又はバクテリオファージの組み合わせ（例えば、２つ、３つ、又は４つのバクテリオファージの組み合わせ）を含み、
例えば、そのバクテリオファージ又はバクテリオファージの組み合わせは、黄色ブドウ球菌の１種以上の細菌、例えばヒトに感染することができる黄色ブドウ球菌の１つ以上の株に感染して溶解することができるものである。任意選択で、組み合わせ中の少なくとも１つのバクテリオファージは、自然界に天然には存在しない、組換え又は遺伝子操作された細菌ファージである。

【0021】

ある特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）配列番号１のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－１の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、（ｉｉ）配列番号７のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－７の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、及び（ｉｉｉ）配列番号５のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－５の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、の３つのバクテリオファージの組み合わせなど、（ｉ）～（ｉｉｉ）の３つのバクテリオファージの組み合わせを含む。

【0022】

特定の実施形態では、組成物は、（ｉ）配列番号１のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－１の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、（ｉｉ）配列番号７のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－７の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、（ｉｉｉ）配列番号５のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－５の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、及び（ｉｖ）配列番号４のゲノム核酸配列又は実施例７に記載のファージＳＴＡ４８－４の必須遺伝子を有するバクテリオファージ、の４つのバクテリオファージの組み合わせなど、（ｉ）～（ｉｖ）の４つのバクテリオファージの組み合わせを含む。

【0023】

本発明の一実施形態によれば、組み合わせた単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株は、実施例１のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも６０、７２、８４、９６、又は１０８種の異なる株を標的化する。

【0024】

本発明の一実施形態によれば、組み合わせた単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株は、図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５、６、又は７種の異なるクローン複合体を標的化する。

【0025】

本発明の一実施形態によれば、組み合わせた単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株は、図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも１４、１７、２０、２３、２６、又は２９種の異なるＭＬＳＴを標的化する。

【0026】

本発明の一実施形態によれば、実施例１のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも９８、７２、７６、８０、８４、又は８８種の異なる株が、上記の少なくとも２種の異なる株の各々によって標的化される。

【0027】

本発明の一実施形態によれば、図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５、６、又は７種の異なるクローン複合体が、上記の少なくとも２種の異なる株の各々によって標的化される。

【0028】

本発明の一実施形態によれば、図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも１０、１２、１４、１７、２０、又は２３種の異なるＭＬＳＴが、上記の少なくとも２種の異なる株の各々によって標的化される。

【0029】

本発明の一実施形態によれば、組成物は、各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々は、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％同一のゲノム塩基配列を有し、かつ／又は実施例７に特定されるバクテリオファージの必須遺伝子を含み、組み合わせた単離されたバクテリオファージの上記の少なくとも３種の異なる株は、（ｉ）実施例１のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも８０、８５、９０、９５、１００、１０５、又は１１０種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも１４、１７、２０、２３、２６、又は２９種の異なるＭＬＳＴ、及び／又は（ｉｉｉ）図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５、６、又は７種の異なるクローン複合体、を標的化する。

【0030】

本発明の一実施形態によれば、組成物は、各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々は、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、かつ／又は実施例７に特定されるバクテリオファージの必須遺伝子を含み、（ｉ）実施例１のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも６５、７０、７５、又は８０種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも１０、１２、１４、１７、２０、又は２３種の異なるクローン複合体、及び／又は（ｉｉｉ）図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５、６、又は７種の異なるクローン複合体が、上記の少なくとも３種の異なる株の各々によって標的化される。

【0031】

本発明の一実施形態によれば、上記の少なくとも１つのバクテリオファージは、そのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変されている。

【0032】

本発明の一実施形態によれば、その異種配列は、治療剤又は診断剤をコードする。

【0033】

本発明の一実施形態によれば、組成物は、７種以下の異なるバクテリオファージ株を含む。

【0034】

本発明の一実施形態によれば、その異種配列は、治療剤又は診断剤をコードする。

【0035】

本発明の一実施形態によれば、治療剤は免疫調節剤を含む。

【0036】

本発明の一実施形態によれば、医薬組成物は、局所送達、経口送達、又は直腸送達用に製剤化される。

【0037】

本発明の一実施形態によれば、疾患はアトピー性皮膚炎（Atopic dermatitis、ＡＤ）である。

【0038】

本発明の一実施形態によれば、投与することは、局所投与、経口投与、又は直腸投与を含む。

【0039】

本発明の一実施形態によれば、本方法は、投与前に、対象にコロニー形成する黄色ブドウ球菌株を決定することを更に含む。

【0040】

本発明の一実施形態によれば、上記の少なくとも１つのバクテリオファージ株は、そのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変されている。

【0041】

本発明の一実施形態によれば、その異種配列は、治療剤又は診断剤をコードする。

【0042】

本発明の一実施形態によれば、治療剤は免疫調節剤を含む。

【0043】

本明細書に記載される本発明の更なる態様及び実施形態は、以下の番号付けされた段落において提供される。
１．各々が、黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株を含む組成物であって、その単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株のうちの少なくとも１種が、（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列、及び／又は（ｉｉ）（例えば、組み合わせ領域において）実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である遺伝子を有し、かつ
任意選択で、単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株が、（ｉ）細菌に関して最長の個々のファージの変異までの時間（ＴＴＭ）を少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、若しくは８０％上回るＴＴＭ、又は（ｉｉ）細菌（又は細菌の２種以上の混合物）に関して最小の個々のファージ正規化曲線下面積よりも、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、若しくは９０％小さいＯＤ６００時間プロットについての正規化曲線下面積（ＡＵＣ）のいずれかに基づいて、相乗効果を有する、組成物。
２．単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの第１の株が、（組み合わせコード領域において）配列番号１に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株のうちの第２の株が、（組み合わせコード領域において）配列番号７に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有する、段落１に記載の組成物。
３．単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージのその少なくとも３種の異なる株の第３の株が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号５に記載の核酸配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、段落２に記載の組成物。
４．
（ｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、
（ｉｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号７と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、
（ｉｉｉ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号５と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージ、及び、
（ｉｖ）（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号４と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージを含む、段落１～３のいずれか１つに記載の組成物。
５．単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株が、組み合わされて、（ａ）実施例１における損傷したヒト皮膚からの約１２０種の細菌単離物のリスト（「実施例１におけるリスト」）からの黄色ブドウ球菌の、少なくとも６０、７２、８４、９６、又は１０８種の異なる株、及び／又は（ｂ）表６の黄色ブドウ球菌株の１種以上、を標的化する、段落１～４のいずれか１つに記載の組成物。
６．実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも８０又は１００種の異なる株、及び／又は図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも２０又は２５種の異なるＭＬＳＴ、及び／又は図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５種の異なるクローン複合体が、少なくとも２種の異なる株のそれぞれによって標的化される、段落１～５のいずれか１つに記載の組成物。
７．各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株が組み合わされて、（ｉ）実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも１００種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも２５種の異なるＭＬＳＴ、及び／又は（ｉｉｉ）図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５種の異なるクローン複合体、を標的化する、段落１～６のいずれか１つに記載の組成物。
８．各々が黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株を含み、単離されたバクテリオファージの少なくとも３種の異なる株の各々が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム核酸配列を有し、（ｉ）実施例１のリスト及び表６からの黄色ブドウ球菌の少なくとも９０種の異なる株、及び／又は（ｉｉ）図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも２５種の異なるＭＬＳＴ、及び／又は（ｉｉｉ）図２のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも５種の異なるクローン複合体が、少なくとも３種の異なる株のうちの少なくとも２種によって標的化される、段落１～７のいずれか１つに記載の組成物。
９．単離されたバクテリオファージの少なくとも２種の異なる株の少なくとも１種のバクテリオファージは、（ａ）そのゲノムが異種配列を含み、かつ／又は（ｂ）その転位因子（transposable element、ＴＥ）が不活性であるように、遺伝子改変され、任意選択で、上記のＴＥは、（ａ）ＴＥのトランスポザーゼ、及び／又は（ｂ）転移に必要なＴＥの構造要素、を不活性化する突然変異（例えば、欠失）によって不活性化される、段落１～８のいずれか１つに記載の組成物。
１０．（ａ）異種配列が、治療剤又は診断剤をコードし、かつ／又は（ｂ）転移因子が表７に列挙されるいずれか１つである、段落９に記載の組成物。
１１．１０種以下、例えば７種以下の異なるバクテリオファージ株を含む、段落１～１０のいずれか１つに記載の組成物。
１２．局所送達、経口送達、直腸送達、又は吸入による送達のために製剤化されている、段落１～１１のいずれか１つに記載の組成物。
１３．黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる組換えバクテリオファージであって、バクテリオファージが、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有し、バクテリオファージが、そのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変され、かつ／又はバクテリオファージは、バクテリオファージが遺伝子改変される前にバクテリオファージ内に存在していた天然のトランスポゾン配列を欠いている、組換えバクテリオファージ。
１４．その異種配列が、治療剤又は診断剤をコードする、段落１３に記載の組換えバクテリオファージ。
１５．その治療剤が免疫調節剤を含む、段落１４に記載の組換えバクテリオファージ又は段落１０に記載の組成物。
１６．活性剤としての段落１３～１５のいずれか１つに記載の組換えバクテリオファージと、医薬担体と、を含む医薬組成物。
１７．局所送達、経口送達、直腸送達、又は吸入による送達のために製剤化されている、段落１６に記載の医薬組成物。
１８．黄色ブドウ球菌種（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）の細菌に（溶菌的に）感染することができる単離されたバクテリオファージであって、バクテリオファージが、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有する、単離されたバクテリオファージ。
１９．黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患の治療を必要とする対象（例えば、アトピー性皮膚炎を有する対象）においてそれを治療する方法であって、感染を引き起こす黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる少なくとも１種の単離されたバクテリオファージ株を含む治療有効量の組成物を、対象に投与することを含み、少なくとも１種のバクテリオファージ株が、（例えば、組み合わせコード領域において）配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一であるゲノム核酸配列を有し、それによって、黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療する、方法。
２０．黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患（例えば、アトピー性皮膚炎）の治療を必要とする対象においてそれを治療する方法であって、段落１～１２のいずれか１つに記載の治療有効量の組成物を対象に投与し、それによって黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療することを含む、方法。
２１．その疾患が、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）であるか、又はその疾患が、表皮ブドウ球菌感染に更に関連するか若しくはそれによって特徴付けられる、段落１９又は２０に記載の方法。
２２．当該投与することが、経口投与すること又は直腸投与することを含む、段落１９～２１のいずれか１つに記載の方法。
２３．当該組成物は、７種以下の異なるバクテリオファージ株を含む、段落１９～２２のいずれか１つに記載の方法。
２４．投与前に、対象にコロニー形成する黄色ブドウ球菌株を同定することを更に含む、段落１９～２３のいずれか１つに記載の方法。
２５．その少なくとも１種のバクテリオファージ株は、（ａ）そのゲノムが異種配列を含み、かつ／又は（ｂ）そのゲノムが不活性の転移因子を含むか又は転移因子を欠くように遺伝子改変されている、段落１９～２４のいずれか１つに記載の方法。
２６．その異種配列が、治療剤又は診断剤をコードする、段落２５に記載の方法。
２７．その治療剤が、免疫調節剤を含む、段落２６に記載の方法。
２８．対象が、黄色ブドウ球菌（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）に対して有効な抗生物質でこれまでに治療されているか、又は更に治療される予定である、段落１９～２７のいずれか１つに記載の方法。
２９．対象を、黄色ブドウ球菌（例えば、アトピー性皮膚炎患者に存在する黄色ブドウ球菌）に対して有効な抗生物質で治療することを更に含む、段落１９～２７のいずれか１つに記載の方法。

【0044】

本明細書中に記載される本発明の任意の１つの実施形態（実施例若しくは特許請求の範囲、又は本明細書中の番号付けされた段落のみに記載されるものを含む）は、本発明の任意の１つ以上の更なる実施形態と、このような組み合わせが不適切であるか又は明確に否定されない限り、組み合わせられ得ることが理解されるべきである。

【図面の簡単な説明】

【0045】

本発明のいくつかの実施形態は、添付の図面を参照して、単なる例として本明細書に記載される。ここで図面を詳細に具体的に参照すると、示される詳細は、例としてであり、本発明の実施形態の例示的議論の目的のためであることが強調される。この点に関して、図面を用いた説明は、本発明の実施形態がどのように実施され得るかを当業者に明らかにする。

【0046】

図面は以下の通りである。

【図1】単離されたファージ間の、（局所ＢＬＡＳＴに基づく）％配列相同性をまとめた距離行列である。

【図2】宿主細菌クローン複合体（clonal complex、ＣＣ）に従ってプロファイリングされた単離されたファージの宿主範囲を示す。少なくとも１つの細菌メンバーが対応するファージによって感染されていることが判明したＣＣインスタンスは、「＋」とマークされた。

【図3】宿主細菌多座配列タイピング（multilocus sequence typing、ＭＬＳＴ）に従ってプロファイリングされた単離されたファージの宿主範囲を示す。少なくとも１つの細菌メンバーが対応するファージによって感染されていることが判明したＭＬＳＴインスタンスは、「＋」とマークされた。

【図4】１０，０００を超える既知の配列に基づく黄色ブドウ球菌系統樹、及びアスタリスクでマークされた約１２０の単離株の出願人のアセンブリを示す。単離株は、黄色ブドウ球菌系統樹全体に分布している。

【図5A】個々のバクテリオファージ又はカクテルによる黄色ブドウ球菌株のインビトロ液体感染の増殖曲線、及び各ファージメンバーについて別々に観察されたＴＴＭと比較した、ファージ混合物の相乗的性能を示す。

【図5B】個々のバクテリオファージ又はカクテルによる黄色ブドウ球菌株のインビトロ液体感染の増殖曲線、及び各ファージメンバーについて別々に観察されたＴＴＭと比較した、ファージ混合物の相乗的性能を示す。

【図6】異なる感受性パターンを有する２つの細菌株の増殖曲線を示す。（Ａ）黄色ブドウ球菌株５２７（上の３つのチャート）は、３つ全てのファージに対して感受性である。（Ｂ）黄色ブドウ球菌株４１８（下の３つのチャート）は、ＳＴＡ４８－７に対してのみ感受性である。最も左の２つのチャートは、初期対数期における感染についてのＯＤ曲線を示し、中央の２つのチャートは、中期対数期における感染についてのＯＤ曲線を示し、最も右の２つのチャートは、定常期における感染についてのＯＤ曲線を示す。ＮＰＣ；ファージなし対照（no phage control）。

【発明を実施するための形態】

【0047】

本発明は、そのいくつかの実施形態において、ブドウ球菌属の細菌、より具体的には黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができるバクテリオファージ株に関する。

【0048】

本発明の少なくとも１つの実施形態を詳細に説明する前に、本発明は、その適用において、以下の説明に記載されるか又は実施例によって例示される詳細に必ずしも限定されないということが理解されるべきである。本発明は、他の実施形態が可能であり、又は様々な方法で実施若しくは実行することが可能である。

【0049】

本発明者らは、１種以上の黄色ブドウ球菌株に対して高い特異性を有することを特徴とする新規なバクテリオファージ株を単離した。開示されたバクテリオファージは溶解性であり、したがって、それらの細菌宿主のＤＮＡに組み込まれるいかなる能力も有さない。そのようなバクテリオファージは、必要なファージタンパク質成分を製造するために、宿主タンパク質発現機構を乗っ取った後の溶解を通じて、即時の標的細菌根絶をもたらす。

【0050】

本発明者らは、特定のファージ株を組み合わせ、単回投与で無数の黄色ブドウ球菌株を溶解することができるカクテルとしてそれらを提供しようとした。カクテルは、黄色ブドウ球菌感染に関連することが知られているアトピー性皮膚炎（Atopic dermatitis、ＡＤ）の治療のための既製の治療薬として機能することができる。更に、各個体は広範囲の黄色ブドウ球菌株によって感染され得るので、混合物は、個体レベルでアトピー性皮膚炎を処置するための高い治療効力を有することが想定される。

【0051】

本明細書に開示される組み合わせは、典型的には、標的細菌に対するそれらの阻害効果に関して相乗的（例えば、相乗的組み合わせ）である。これは、変異にかかる時間（time taken to mutation、ＴＴＭ）、すなわち、細菌が変異してファージの阻害効果を克服するのにかかる時間を測定することによって定量化することができる。２つのファージＸ及びＹが標的細菌株Ｈに感染することが知られている場合、各ファージのＴＴＭを別々に、並びにそれらの組み合わせのＴＴＭを同じ増殖条件下で測定する。組み合わせ［Ｘ，Ｙ］のＴＴＭがＸ及びＹの両方のＴＴＭよりも長い場合に、相乗的冗長性効果が現れる。

【0052】

特定の実施形態では、単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株は、ＴＴＭが測定される細菌に関して、最も長い個々のファージＴＴＭを少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、又は８０％上回る、変異までの時間（time-to-mutant、ＴＴＭ）に基づく、相乗的重複効果を有する。

【0053】

代替的又は追加的に、特定の実施形態では、単離されたバクテリオファージのうちの少なくとも２種の異なる株は、ＯＤ６００－時間プロットの正規化曲線下面積（ＡＵＣ）に基づいて、その細菌（又はその細菌の２種以上の混合物）に関する最小の個々のファージ正規化曲線下面積よりも少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％小さい相乗的重複効果を有する。

【0054】

ここで、バクテリオファージ（又はその組み合わせ）の存在下での細菌増殖を経時的にＯＤ６００としてプロットすると、各ファージ（又はその組み合わせ）について曲線下面積（area under the curve、ＡＵＣ）を計算することができる。そのようなＡＵＣは、ファージなし対照ＡＵＣに対して正規化された場合、組み合わせにおける個々のファージと比較して、ファージ組み合わせによる細菌増殖の相乗的抑制を評価するために比較することができる。

【0055】

理論に束縛されるものではないが、相乗作用は、２つのファージＸ及びＹによって使用される感染の異なる機構に由来し得る。本発明の特定の実施形態によれば、相乗的ＴＴＭ増加は、ファージ組み合わせの「少なくとも２ファージ％カバレッジ」、及び／又は「少なくとも３ファージ％カバレッジ」、及び／又は「少なくとも４ファージ％カバレッジ」、及び／又は「少なくとも５ファージ％カバレッジ」特性によって予測され得る。

【0056】

したがって、本発明の第１の態様によれば、黄色ブドウ球菌種の細菌に感染することができる単離されたバクテリオファージであって、配列番号１～７に記載の核酸配列のうちの１つと少なくとも９５％同一のゲノム核酸配列を有する、バクテリオファージが提供される。任意選択で、バクテリオファージは天然に存在せず、少なくとも１つの異種遺伝子操作変異を含む。

【0057】

本明細書で使用される場合、「バクテリオファージ」及び「ファージ」という用語は互換的に使用され、細菌に感染することができる単離されたウイルスを指す。典型的には、ファージは、１）そのゲノムを構成する核酸の性質、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖、又は二本鎖、２）その感染性の性質例えば、溶解性又は溶原性、及び３）それが感染する特定の黄色ブドウ球菌亜種（及びある場合には、その黄色ブドウ球菌亜種の特定の株）によって特徴付けられる。この態様は、「宿主範囲」として知られている。

【0058】

本明細書中で使用される場合、句「単離されたバクテリオファージ」、「単離物」又は文法上の等価物は、その天然の環境から除去された（例えばそれが典型的に感染する細菌から除去される）バクテリオファージを指す。一実施形態では、単離されたバクテリオファージは、元の臨床試料又は環境試料中に天然に存在する細胞材料及び／又は他の要素から除去される。「単離されたバクテリオファージ」という用語は、ヒト又は動物の患者から単離されたファージ（「臨床分離株」又は「臨床バリアント」）、及び環境から単離されたファージ（「環境分離株」）が含まれる。

【0059】

一実施形態では、バクテリオファージは溶菌性である。

【0060】

「溶菌性バクテリオファージ」という用語は、細菌宿主に感染し、ファージ核酸を宿主ゲノムに組み込むことなくその宿主を溶解させるバクテリオファージを指す。溶菌性バクテリオファージは、典型的には、溶原サイクルを用いて複製することができない。

【0061】

本明細書中で使用される場合、句「ファージ株」は、本明細書中に記載されるように、寄託されたファージ又は配列決定されたファージを指す。

【0062】

バクテリオファージ及びある感染した宿主細菌は、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに寄託されており、寄託番号は、本明細書の以下の表２．１及び表６に提供されている。

【0063】

「黄色ブドウ球菌」という用語は、ブドウ球菌属の細菌の種に関する。ブドウ球菌細菌は、バチルス目からのスタフィロコッカス科のグラム陽性菌である。顕微鏡下では、それらは球状（球菌）に見え、ブドウ様クラスターを形成する。ブドウ球菌属の種は、通性嫌気性生物である（好気的にも嫌気的にも増殖することができる）。「黄色ブドウ球菌」という用語は、黄色ブドウ球菌細菌として現在分類されているか、又は将来再分類される細菌を含むということが理解されよう。

【0064】

本発明のファージ株によって感染される黄色ブドウ球菌の例示的な株は、ヒト検体（例えば、皮膚、無傷のもの又は火傷及び創傷などの損傷を受けたもの）において見出される株である。

【0065】

いくつかの実施形態では、本明細書において提供されるバクテリオファージは、免疫応答及び／又は炎症応答を誘導する有害な黄色ブドウ球菌細菌を溶解することができる。

【0066】

特定の一実施形態では、本明細書に記載されるファージは、対象（例えばアトピー性皮膚炎患者）に感染する、（例えば、実施例１のリスト及び／又は表６からの）少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌株、及び／又は図２のリストからの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌のＣＣ、及び／又は図３のリストからの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌のＭＬＳＴに感染することができる。

【0067】

特定の一実施形態では、本明細書に記載されるファージは、対象（例えばアトピー性皮膚炎患者）に感染する、（例えば、実施例１のリスト及び／又は表６からの）少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌株、図２のリストからの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌のＣＣ、及び／又は対象（例えば、皮膚、無傷のもの又は火傷及び創傷などの損傷を受けたもの）に存在する、図３のリストからの黄色ブドウ球菌の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上のＭＬＳＴに感染することができる。

【0068】

特定の一実施形態では、本明細書に記載されるファージは、対象（例えばアトピー性皮膚炎患者）に感染する、（例えば、実施例１のリスト及び／又は表６からの）少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌株、及び／又は図２のリストからの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌のＣＣ、及び／又はＡＤ患者などの対象に感染する、図３のリストからの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又はそれ以上の黄色ブドウ球菌のＭＬＳＴに感染することができる。

【0069】

特定の一実施形態によれば、本明細書に記載されるファージは、特定の莢膜遺伝子座型を有する黄色ブドウ球菌の細菌株に感染することができる。

【0070】

配列番号１～７に記載のゲノム核酸を有するファージの子孫も企図され、ここで、子孫は、上記のゲノム核酸配列のうちの１つを有する親バクテリオファージが感染するのと同じ黄色ブドウ球菌の亜種に（又は株にさえも）感染し得る。そのような子孫は、親バクテリオファージのゲノムと少なくとも８５％同一、少なくとも９０％同一、少なくとも９１％同一、少なくとも９２％同一、少なくとも９３％同一、少なくとも９４％同一、少なくとも９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、又は９９％同一の配列を有するゲノムを有し得る。

【0071】

本明細書中で使用される場合、「又はバクテリオファージの子孫」という用語は、本明細書中で同定される株から生じるか又はそれに由来するバクテリオファージを指す。

【0072】

また、配列番号１～７に記載のゲノム核酸配列を有するものの機能的相同性も企図され、ここで、機能的に相同なバクテリオファージは、上記のゲノム核酸配列のうちの１つを有するバクテリオファージが感染するのと本質的に同じ黄色ブドウ球菌の亜種に（又は株にさえも）感染し得る。

【0073】

本明細書で使用される場合、「機能的相同性」又は「機能的に相同な」又は「改変体」又は文法上の等価物は、本明細書中で使用される場合、配列決定されたバクテリオファージのゲノム核酸配列とは異なるゲノム核酸配列（すなわち、少なくとも１つの変異）を有するバクテリオファージであって、配列決定されたバクテリオファージと実質的に同じ生物学的活性のアンサンブル（同じ条件下で試験した場合、＋／－１０％、２０％、４０％、５０％、６０％）を与えられ、種／株分類の公知の方法に基づいて細菌の本質的に同じ株又は亜種に感染するとして分類され得るバクテリオファージをいう。

【0074】

バクテリオファージは、細菌を溶解させるか、又はその核酸配列を細菌ゲノムに組み込む場合に、細菌に「感染」する。

【0075】

特定の一実施形態によれば、本明細書に開示されるバクテリオファージは、それらの標的細菌を溶解する。

【0076】

特定の一実施形態によれば、それらの標的細菌に感染する（「標的化する」とも称する）バクテリオファージの能力は、固体アッセイ又は液体アッセイを使用して測定される。

【0077】

いくつかの実施形態によれば、本明細書に記載されるバクテリオファージのゲノム核酸配列は、（ｉ）配列番号１、２、３、４、５、６、又は７に記載のゲノム配列、及び／又は（ｉｉ）実施例７に記載の表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子の組み合わせ領域と、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９７．１％、少なくとも約９７．２％、少なくとも約９７．３％、少なくとも約９７．４％、少なくとも約９７．５％、少なくとも約９７．６％、少なくとも約９７．７％、少なくとも約９７．８％、少なくとも約９７．９％、少なくとも約９８％、少なくとも約９８．１％、少なくとも約９８．２％、少なくとも約９８．３％、少なくとも約９８．４％、少なくとも約９８．５％、少なくとも約９８．６％、少なくとも約９８．７％、少なくとも約９８．８％、少なくとも約９８．９％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．１％、少なくとも約９９．２％、少なくとも約９９．３％、少なくとも約９９．４％、少なくとも約９９．５％、少なくとも約９９．６％、少なくとも約９９．７％、少なくとも約９９．８％、少なくとも約９９．８％、少なくとも約９９．９％、少なくとも約９９．９５％約９９．９５％、少なくとも約９９．９９％、又はそれ以上同一である。

【0078】

特に、バクテリオファージは、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７に記載の核酸配列、及び／又は（ｉｉ）実施例７に記載の表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子の組み合わせ領域と、少なくとも９５％同一（％相同）のゲノム核酸配列を有する。

【0079】

特定の実施形態によれば、バクテリオファージは、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７に記載の全長核酸配列と少なくとも９５％同一（％相同）であるゲノム核酸配列を有する。

【0080】

特定の実施形態によれば、バクテリオファージは、（例えば、組み合わせ領域において）表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一である遺伝子を含み、ここで、必須遺伝子は、実施例７において選択されたバクテリオファージについて記載されている遺伝子である。

【0081】

本明細書中で使用される場合、２つの核酸配列又はポリペプチド配列の文脈において本明細書中で使用される「パーセント相同性」、「パーセント同一性」、「配列同一性」若しくは「同一性」又は「文法上の等価物」は、整列された場合に同じである２つの配列における残基への言及を含む。配列同一性パーセントがタンパク質に関して使用される場合、同一ではない残基位置は、アミノ酸残基が類似の化学的特性、（例えば、電荷又は疎水性）を有する他のアミノ酸残基と置換され、したがって分子の機能的特性を変化させない保存的アミノ酸置換によって異なることが多いことが認識される。配列が保存的置換において異なる場合、配列同一性パーセントは、置換の保存的性質を補正するために上方に調整され得る。このような保存的置換によって異なる配列は、「配列類似性」又は「類似性」を有するとみなされる。この調整を行うための手段は、当業者に周知である。典型的には、これは、保存的置換を完全なミスマッチではなく部分的なミスマッチとしてスコア付けし、それによってパーセント配列同一性を増加させることを含む。したがって、例えば、同一のアミノ酸にスコア１が与えられ、非保存的置換にスコア０が与えられる場合、保存的置換には０～１のスコアが与えられる。保存的置換のスコアリングは、例えば、Ｈｅｎｉｋｏｆｆ Ｓ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ＪＧ．［Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｍａｔｒｉｃｅｓ ｆｒｏｍ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｌｏｃｋｓ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９９２，８９（２２）：１０９１５－９］のアルゴリズムに従って計算される。

【0082】

パーセント同一性は、例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）のＢＬＡＳＴｎソフトウェアを含む任意の相同性比較ソフトウェアを使用して、例えばデフォルトパラメータを使用することによって決定することができる。

【0083】

２つの配列間の％相同性又は同一性を決定するために使用され得る他の例示的な配列アラインメントプログラムとしては、ＦＡＳＴＡパッケージ（厳密な（ＳＳＥＡＲＣＨ、ＬＡＬＩＧＮ、ＧＧＳＥＡＲＣＨ及びＧＬＳＥＡＲＣＨ）及びヒューリスティックな（ＦＡＳＴＡ、ＦＡＳＴＸ／Ｙ、ＴＦＡＳＴＸ／Ｙ及びＦＡＳＴＳ／Ｍ／Ｆ）アルゴリズムを含む）、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（Ｎｅｅｄｌｅ、ｓｔｒｅｔｃｈｅｒ、ｗａｔｅｒ及びｍａｔｃｈｅｒ）、ＢＬＡＳＴプログラム（ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ、ＴＢＬＡＳＴＸ、ＢＬＡＳＴＰ、ＴＢＬＡＳＴＮを含むがこれらに限定されない）、ｍｅｇａｂｌａｓｔ及びＢＬＡＴが挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、配列アラインメントプログラムはＢＬＡＳＴＮである。例えば、９５％相同性は、ＢＬＡＳＴＮによって、全ての非重複アラインメントセグメント（ＢＬＡＳＴ ＨＳＰ）を組み合わせ、それらの同一マッチの数を合計し、この合計をより短い配列の長さで割ることによって決定される９５％配列同一性を指す。

【0084】

いくつかの実施形態では、配列アラインメントプログラムは、基本的な局所アラインメントプログラム例えば、ＢＬＡＳＴである。一部の実施形態では、配列アラインメントプログラムは、ペアワイズグローバルアラインメントプログラムである。いくつかの実施形態では、ペアワイズグローバルアラインメントプログラムは、タンパク質－タンパク質アラインメントのために使用される。いくつかの実施形態では、ペアワイズグローバルアラインメントプログラムはＮｅｅｄｌｅである。いくつかの実施形態では、配列アラインメントプログラムは多重アラインメントプログラムである。いくつかの実施形態では、多重アラインメントプログラムはＭＡＦＦＴである。いくつかの実施形態では、配列アラインメントプログラムは、全ゲノムアラインメントプログラムである。いくつかの実施形態では、全ゲノムアラインメントは、ＢＬＡＳＴＮを使用して実施される。いくつかの実施形態では、ＢＬＡＳＴＮは、デフォルトパラメータに対するいかなる変更もなしに利用される。

【0085】

本発明のいくつかの実施形態によれば、同一性は、全体的な同一性すなわち、本発明の核酸配列全体にわたる同一性であり、その一部にわたる同一性ではない。

【0086】

追加的又は代替的な実施形態によれば、機能的相同体は、コアゲノムのＤＮＡ保存性を検出する平均ヌクレオチド同一性（average nucleotide identity、ＡＮＩ）として決定される（Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ Ｋ ａｎｄ Ｔｉｅｄｊｅ Ｊ Ｍ，２００５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：２５６７－２５９２）。いくつかの実施形態では、機能的相同体と寄託されたバクテリオファージ（又は配列番号１、２、３、４、５、６、若しくは７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージ）との間のＡＮＩは、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．１％、少なくとも約９９．５％、少なくとも約９９．６％、少なくとも約９９．７％、少なくとも約９９．８％、少なくとも約９９．９％以上である。

【0087】

追加的又は代替的な実施形態によれば、機能的相同体は、オリゴヌクレオチド頻度に基づくテトラヌクレオチドシグネチャー頻度相関係数として決定される、機能的相同体と配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに示されるゲノムを有するバクテリオファージとの間の関連性の程度によって決定される（Ｂｏｈｌｉｎ Ｊ．ｅｔ ａｌ．２００８，ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，９：１０４）。いくつかの実施形態では、バリアントと、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージとの間のテトラヌクレオチドシグネチャー頻度相関係数は、約０．９９、０．９９９以上である。

【0088】

追加の又は代替の実施形態によれば、機能的相同体と配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージとの間の関連性の程度は、１つ又は２つ以上の制限エンドヌクレアーゼを使用するパルスフィールドゲル電気泳動（Pulsed-field gel electrophoresis、ＰＦＧＥ）によって親バクテリオファージ及びバリアントバクテリオファージのゲノムを分析した場合に得られる類似性の程度として決定される。ＰＦＧＥによって得られる類似性の程度は、Ｄｉｃｅ類似性係数によって測定することができる。いくつかの実施形態では、変異体と、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージとの間のＤｉｃｅ類似生係数は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．１％、少なくとも約９９．５％、少なくとも約９９．６％、少なくとも約９９．７％、少なくとも約９９．８％、少なくとも約９９．９％以上である。

【0089】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体と配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージとの間の関連性の程度は、反復遺伝子外パリンドロームエレメントベースのＰＣＲ（repetitive extragenic palindromic element-based PCR、ＲＥＰ－ＰＣＲ）によって得られた両方のファージの遺伝子プロファイルを比較することによって得られるピアソン相関係数によって決定される（例えば、Ｃｈｏｕ ａｎｄ Ｗａｎｇ，Ｉｎｔ Ｊ Ｆｏｏｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２００６，１１０：１３５－４８参照）。いくつかの実施形態では、ピアソン相関係数は、バリアント及び上記（例えば寄託ファージ）のＲＥＰ－ＰＣＲプロファイルを比較することによって得られるピアソン相関係数は、少なくとも約０．９９、少なくとも約０．９９９以上である（例えば、ｂｍｃｍｉｃｒｏｂｉｏｌｄｏｔｂｉｏｍｅｄｃｅｎｔｒａｌｄｏｔｃｏｍ／ａｒｔｉｃｌｅｓ／１０．１１８６／ｓ１２８６６－０２０－０１７７０－２を参照されたい。

【0090】

追加の又は代替の実施形態によれば、機能的相同体と、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージとの間の関連性の程度は、多遺伝子座配列タイピング（Multi-locus sequence typing、ＭＬＳＴ）によって得られた両方のファージの遺伝子プロファイルを比較することによって得られる連鎖距離によって定義される（例えば、Ｍａｉｄｅｎ，Ｍ．Ｃ．，１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．米国９５：３１４０－３１４５を参照されたい）。いくつかの実施形態では、機能的相同体と、配列番号：１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するファージとのＭＬＳＴによって得られる連結距離は、少なくとも約０．９９、少なくとも約０．９９９以上である。

【0091】

追加の又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージのものと少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、少なくとも約９９．１％、少なくとも約９９．５％、少なくとも約９９．６％、少なくとも約９９．７％、少なくとも約９９．８％、少なくとも約９９．９％、又はそれ以上同一である機能的に保存された遺伝子又はその断片、すなわち必須遺伝子、例えばインテグラーゼ遺伝子、ポリメラーゼ遺伝子、カプシドタンパク質アセンブリ遺伝子、ＤＮＡターミナーゼ、尾部繊維遺伝子、又はリプレッサー遺伝子を含む。

【0092】

開示されたバクテリオファージの各々について、実施例７は、それらの必須遺伝子の遺伝子名を提供する。

【0093】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、コード配列（遺伝子）順序の比較によって定義される。

【0094】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、実施例７に記載の、表２に列挙されたバクテリオファージから選択されるバクテリオファージの必須遺伝子のコード配列（遺伝子）順序の比較によって定義される。

【0095】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、非コード配列の順序の比較によって定義される。

【0096】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、コード配列及び非コード配列の順序の比較によって定義される。

【0097】

本発明のいくつかの実施形態によれば、機能的相同体の組み合わされたコード領域は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージのゲノム配列内のコード領域の元の順序を維持するが、非コード領域を含まないようなものである。ある特定の実施形態では、組み合わされたコード領域は、トランスポゾン配列、例えば、転移に必要な配列、及び／又はトランスポゾン酵素コード配列（例えば、トランスポザーゼコード配列）を含まない（除外する）。

【0098】

例えば、ゲノム配列が以下のコード領域、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇを有し、それぞれが非コード配列（例えば、調節エレメントなど）に隣接する場合、組み合わせコード領域は、Ａ＋Ｂ＋Ｃ＋Ｄ＋Ｅ＋Ｆ＋Ｇコード領域が一緒に組み合わされているが、他方でそれらのゲノムの元の順序を維持しているが、非コード配列を有していない単一の核酸配列を含む。

【0099】

本発明のいくつかの実施形態によれば、機能的相同体の組み合わされた非コード領域は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージのゲノム配列内のような非コード領域の元の順序を維持するが、元のバクテリオファージに元々存在するようなコード領域を含まないようなものである。

【0100】

本発明のいくつかの実施形態によれば、機能的相同体の組み合わされた非コード領域及びコード領域（すなわち、ゲノム）は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージのゲノム配列内のようなコード領域及び非コード領域の元の順序を維持するようなものである。

【0101】

本明細書で使用される場合、「維持する」は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに示されるゲノムを有するバクテリオファージと比較して、機能的相同体のコード領域及び／又は非コード領域のうちの少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％に関する。

【0102】

追加又は代替の実施形態によれば、機能的相同体は、遺伝子内容の比較によって定義される。

【0103】

特定の実施形態によれば、機能的相同体は、配列番号１、２、３、４、５、６、又は７のいずれか１つに記載のゲノムを有するバクテリオファージのゲノムに存在する組み合わせコード領域と、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又はそれ以上（例えば１００％）同一の組み合わせコード領域を含む。

【0104】

本明細書で使用される場合、「組み合わせコード領域」は、元のバクテリオファージのコード領域の全てを含むが、元のバクテリオファージの非コード領域を含まない核酸配列を指す。

【0105】

一実施形態では、バクテリオファージは、本明細書に開示されるバクテリオファージと最大８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列同一性を示し、以下の特徴、すなわち類似の宿主範囲、感染性の類似のタイプ（すなわち溶菌性又は溶原性）のうちの少なくとも１つを共有する。

【0106】

別の一実施形態では、バクテリオファージは、本明細書に開示されるバクテリオファージと最大８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％の配列同一性を示し、以下の特徴、類似タイプの感染性の両方を共有する。

【0107】

２つのファージゲノム間の関連性を決定するために使用され得る更なるバイオインフォマティクス方法としては、Ｎｕｃｍｅｒ及びＭｉｎｉｍａｐが挙げられ、これらは両方ともアラインメントに基づくツールであり、それぞれ情報ベースのツールであるＷｉｎ－ｚｉｐ、Ｊａｃａｒｄ距離、及びＭｉｎＨａｓｈ並びにコドン使用頻度類似性、経路類似性、及びタンパク質モチーフ類似性である。

【0108】

本明細書中で使用される場合、「宿主範囲」とは、特定のファージによる感染に感受性である細菌を指す。ファージの宿主範囲は、細菌の株、亜種、種、属、又は複数の属を含み得るが、これらに限定されない。

【0109】

ファージ分離株は、その分野で既知の方法、例えば、プラークアッセイ、液体培地アッセイ、固体培地アッセイを使用して調製され、表現型決定され得る。いくつかの実施形態では、ファージを定量及び単離するための固体培地アッセイは、プラークアッセイ（Ｓ．Ｔ．Ａｂｅｄｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００９（Ｃｌｉｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．），５０１，１６１－７４）に基づき、メッキ効率（ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｏｆ ｐｌａｔｉｎｇ、ＥＯＰ）（Ｅ．Ｋｕｔｔｅｒ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２００９（Ｃｌｉｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．），５０１，１４１－９）から、斑点試験（Ｐ．Ｈｙｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１ｓｔ ｅｄ．，Ｖｏｌ．７０，ｐｐ．２１７－４８）２０１０．Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｉｎｃ．）に基づく。いくつかの実施形態では、プラークアッセイに使用されるプレートフォーマットは、例えば、ペトリ皿から４８ウェルプレートに変更することができる。

【0110】

いくつかの実施形態では、二重層プラークアッセイを使用して、バクテリオファージ単離株を表現型決定する。例えば、４ｍＬのＢＨＩＳのスターター培養物に、プレートからの５０～１００コロニーを接種することができる。この培養物は、嫌気性環境において３７℃で１６時間インキュベートされ得る。２００μＬの体積のこの培養物を、１００μＬのファージ含有試料（又は培地のみの対照）と混合し、１５分間インキュベートすることができる。５ｍＬのＢＨＩＳトップアガー（１ｍＭ Ｃａ^２＋、Ｍｎ^２＋及びＭｇ^２＋イオンを補充した予め融解した０．４％アガーＢＨＩＳを添加してもよい）、及び混合物をＢＨＩＳ底アガープレート（１．５％アガーＢＨＩＳ）上に注いでもよい。プレートを室温でゲル化させ、次いで、プラークが同定されるまで嫌気性環境において３７℃又は３２℃（皮膚温度を模倣）で１６時間インキュベートすることができる。

【0111】

一部の実施形態では、改変されたスポットドロップアッセイを使用して、バクテリオファージ分離株を表現型決定する。例えば、４ｍＬのＢＨＩＳのスターター培養物に、プレートからの５０～１００コロニーを接種することができる。この培養物は、嫌気性環境において３７℃で１６時間インキュベートされ得る。２００μＬの体積のこの培養物を、５ｍＬのＢＨＩＳトップアガー（１ｍＭのＣａ^２＋、Ｍｎ^２＋及びＭｇ^２＋イオンを補充した予め融解した０．４％アガーＢＨＩＳを添加してもよい）と混合し、混合物をＢＨＩＳ底アガープレート（１．５％アガーＢＨＩＳ）上に注ぐことができる。プレートを室温でゲル化させ、次いで嫌気性環境において３７℃で３０分間インキュベートすることができる。この段階で、ファージを含有する又は対照として培地のみを含有する５μＬの試料をプレート上に滴下し、放置して吸収させ、次いで、計数のためにプラークが見えるようになるまで１６時間インキュベートすることができる。

【0112】

いくつかの実施形態では、逆プラークアッセイが二重層プラークアッセイの代替として使用される。この方法では、ファージをトップアガーに組み込み、トップアガーを培地プレートの半分に注ぎ、細菌でその上に線を描く。二重層プラークアッセイとは対照的に、プラークは形成されず、むしろ、感受性細菌は、感染したローン（穿孔ローン）として、又は単一コロニーとして現れ、あるいはトップアガー及びファージからなるプレートの部分のみにコロニーが全く存在しないように見えた。試験したファージを有するトップアガー上の細菌の増殖を、ファージを有さない（ファージなし対照（No Phage Control、ＮＰＣ））プレートの他方の側の同じ細菌の増殖と比較する。

【0113】

各ファージを、ＢＨＩＳ中で１０^９ＰＦＵ／ｍＬに希釈し、１０μＬを、１ｍＭイオンを含む１０ｍＬの融解トップアガーに（５６℃で）移す。穏やかに混合した後、チューブ内容物を、ＢＨＩＳプレート上に注ぐ。プレートを２０分間放置してトップアガーを固化させる。凍結細菌をアガープレート上に接種し、３７℃で一晩（１５～１６時間）インキュベートする。翌日、５～１０個のコロニーを合わせ、ＮＰＣ側から開始してファージ側とのトップアガーで終わるように、反転したプレート上で線を描く。プレートを３７℃で、一晩（１５～１６時間）インキュベートする。トップアガー側及びファージ側の細菌の増殖を、ＮＰＣ側の細菌の増殖と比較する。細菌は、ファージに対して感受性（「Ｓ」）又は耐性（「Ｒ」）に指定される。

【0114】

いくつかの実施形態では、液体培地アッセイを使用して、バクテリオファージを表現型決定する。いくつかの実施形態では、液体ベースのファージ感染アッセイは、感染の時間経過に従い、固相プラークアッセイと比較して、感染の定量的エンドポイント以上のものを提供することができる。いくつかの実施形態では、液体培地中でファージを細菌と混合し、次いで経時的に培養物の濁度を追跡することによって、異なる細菌株がファージとどのように相互作用するかの間のより微細な差異（例えば、細胞溶解時間の遅延）を識別することができる。

【0115】

いくつかの実施形態では、液体ベースのファージ感染アッセイは、細菌及びファージが一緒に混合される実験の開始から、宿主細菌がファージに対する耐性を（おそらく変異によって）発達させるまでの期間を測定するために使用される。この期間は、変異までの時間（ＴＴＭ）としても知られている。このようなＴＴＭアッセイを使用して、図５Ａ～５Ｂに示される結果を得た。

【0116】

いくつかの実施形態では、ＴＴＭは、ＯＤ読み取り値が所定の閾値（例えば、０．３のＯＤ６００）に達した場合に相乗的であると宣言される。次いで、組み合わせ（例えば、Ｘ、Ｙ）のＴＴＭが、個々のメンバーファージのより長いＴＴＭ（例えば、Ｘ単独のＴＴＭ及びＹ単独のＴＴＭ）よりも、例えば５０％長い場合、相乗的重複効果が結論付けられる。

【0117】

一実施形態では、相乗効果は、より長い個々のファージメンバーＴＴＭより１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％上回るものとして定義される。

【0118】

いくつかの実施形態では、液体培地アッセイは、９６ウェルプレートを使用し、プレートリーダーで光学密度を読み取ることによってハイスループット測定を可能にする。

【0119】

例えば、細菌株は、約１．５～２のＯＤ６００まで１６時間増殖させることができる。次いで、この培養物を、ＢＨＩＳ培地を使用して、開始光学密度、代表的には０．０３～０．０５のＯＤ６００まで希釈し得る。次いで、２００μＬの体積の培養物を、Ｎｕｎｃｌｏｎ平底９６ウェルプレートのウェルに分注することができる。１０μＬのファージ含有試料又は対照として１０μＬの培地を各ウェルに添加することができる。蒸発を制限するためにウェルを５０μＬの鉱油で覆うことができ、培養物を無菌に保つために薄い無菌の光学的に透明なポリウレタンフィルムを加えることができる。光学密度の測定は、例えば、Ｔｅｃａｎ ＥＶＯ７５ロボットに接続されたＴｅｃａｎ Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ２００プレートリーダーにおいて、２０分毎に行われ得る。測定の間に、プレートを、例えば、ＥＶＯ７５インキュベーター内で、３７℃又は３２℃で振盪しながらインキュベートしてもよい。

【0120】

いくつかの実施形態では、感染性は、固体アッセイのみにおけるプラークの存在によって決定される。いくつかの実施形態では、感染性は、液体アッセイのみにおけるプラークの存在によって決定される。いくつかの実施形態では、感染性は、液体アッセイ及び固体アッセイの両方におけるプラークの存在によって決定される。

【0121】

本明細書に記載されるバクテリオファージは、典型的には、それらの出現率、すなわち、濃度が天然に見出されるものよりも富化されている（それを超える）調製物中に存在する。

【0122】

「調製物」という用語は、バクテリオファージの出現率が天然に見出されるものよりも富化されている組成物を指す。バクテリオファージは細菌細胞に感染するので、細菌が豊富な検体又は試料（例えば下水、廃水及び糞便を含む生物学的試料などの環境試料）中に見出され得る。本発明のいくつかの実施形態によれば、調製物は、５０種未満の微生物種（例えば、細菌及び真菌）、例えば、４０種未満の細菌種、３０種未満の細菌種、２０種未満の細菌種、１０種未満の細菌種、５種未満の細菌種、４種未満の細菌種、３種未満の細菌種、２種未満の細菌種を含むか、又は細菌を完全に欠いている。

【0123】

特定の一実施形態によれば、調製物は、単一株のバクテリオファージ（又はその機能的相同体）、２種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、３種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、４種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、５種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、６種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、７種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、８種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、９種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）、又は１０種以下の異なるバクテリオファージ株（又はその機能的相同体）を含む。

【0124】

一実施形態では、調製物は、ファージ株のうちの少なくとも１つがＳＴＡ４８－１（配列番号１に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム配列を有する）である場合、複数のファージ株を含む。

【0125】

別の一実施形態では、調製物は、ファージ株のうちの少なくとも１つがＳＴＡ４８－７（配列番号７に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム配列を有する）である場合、複数のファージ株を含む。

【0126】

別の一実施形態では、調製物は、ファージ株のうちの少なくとも１つがＳＴＡ４８－５（配列番号５に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％、又は１００％）同一のゲノム配列を有する）である場合、複数のファージ株を含む。

【0127】

一実施形態では、調製物は、ファージ株のうちの少なくとも１つがＳＴＡ４８－１（配列番号１に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％又は１００％）同一のゲノム配列を有する）であり、ファージ株の他方が、ＳＴＡ４８－７（配列番号７に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％又は１００％）同一のゲノム配列を有する）である場合、少なくとも２種の異なるファージ株を含む。

【0128】

一実施形態では、調製物は、ファージ株のうちの少なくとも１つがＳＴＡ４８－１（配列番号１に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％又は１００％）同一のゲノム配列を有する）であり、ファージ株の２つ目がＳＴＡ４８－７（配列番号７に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％又は１００％）同一のゲノム配列を有する）であり、ファージ株の３つ目がＳＴＡ４８－５（配列番号５に記載の配列と少なくとも９０％（例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、９９．９％又は１００％）同一であるゲノム配列を有する）である場合、少なくとも３つの異なるファージ株を含む。

【0129】

単一組成物中のコアファージの例示的な組み合わせは、本明細書の以下の表１に提供される。

【0130】

更なる企図される組み合わせは、本明細書の以下の実施例２、実施例３及び実施例４に提供される。

【0131】

【表1】

【0132】

本発明者らによって企図される１つの例示的なカクテルは、以下のファージ、ＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－７、及びＳＴＡ４８－５、を含むもの（ＡＤＸ２）である。

【0133】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の２０％超（例えば、７０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、９０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１１０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の２０％超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。特定の実施形態では、混合集団は、実施例１及び／又は表６における黄色ブドウ球菌株のリストから選択される。

【0134】

別の一実施形態では、組み合わせは、少なくとも４０、６０、８０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、又は１０００種の異なる黄色ブドウ球菌株が標的化されるように選択される。

【0135】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の３０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の３０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0136】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の４０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の４０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0137】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の４５パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の４５パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0138】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の５０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の５０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0139】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の５５パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の５５パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0140】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の６０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の６０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0141】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の６５パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の６５パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0142】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の７０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の７０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0143】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の７５パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の７５パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0144】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の８０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の８０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0145】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の８５パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の８５パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0146】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団の細菌の異なる株の９０パーセント超（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）が標的化される（かつ溶解される）ように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の９０パーセント超が標的化され、かつ溶解されるように選択される。

【0147】

本明細書に記載の組み合わせは、重複する宿主カバレッジを有するファージを含むように選択することができる。宿主カバレッジは、細菌株分類、細菌莢膜型、細菌クローン複合体、及び／又は多遺伝子座配列タイピング（ＭＬＳＴ）に関して定義することができる。なお、（ｓａｎｇｅｒ－ｐａｔｈｏｇｅｎｓ（ｄｏｔ）ｇｉｔｈｕｂ（ｄｏｔ）ｉｏ／ａｒｉｂａ／）参照。

【0148】

一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の１０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の１０％超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0149】

別の一実施形態では、組み合わせは、少なくとも１０、２０、４０、６０、８０、１００種の特異的黄色ブドウ球菌株が、組み合わせの１種を超える（例えば、２、３、４、又は５種）のファージ株によって標的化されるように選択される。

【0150】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の１５％超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の１５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0151】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の２０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の２０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0152】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の２５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の２５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0153】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の３０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の３０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0154】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の３５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の３５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0155】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の４０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の４０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0156】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の４５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の４５パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0157】

別の一実施形態では、組み合わせは、黄色ブドウ球菌の混合集団（例えば、８０種超の異なる黄色ブドウ球菌株、１００種超の異なる黄色ブドウ球菌株、及び好ましくは１２０種超の異なる黄色ブドウ球菌株を含む）の細菌の異なる株の５０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株、又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化されるように選択される。一実施形態では、組み合わせは、ヒトに感染する黄色ブドウ球菌の全ての株の５０パーセント超が、１種を超えるファージ株（例えば、組み合わせの少なくとも２種のファージ株、組み合わせの少なくとも３種のファージ株、組み合わせの少なくとも４種のファージ株又は組み合わせの少なくとも５種のファージ株）によって標的化及び溶解されるように選択される。

【0158】

本明細書を通して、ファージが具体的に命名される場合、本発明は、それらのゲノムの配列に対して少なくとも９０％の同一性を有するファージも考慮し、ファージは類似の宿主範囲を有することが理解されるであろう。

【0159】

特定の実施形態によれば、調製物は、少なくとも約１０^６ＰＦＵ、１０^７ＰＦＵ、１０^８ＰＦＵ、１０^９ＰＦＵ、又は更に１０^１０ＰＦＵ以上の上記の（例えば、寄託された）バクテリオファージ又はその機能的相同体若しくはその子孫を含む。

【0160】

本明細書に記載されるバクテリオファージは、それらのゲノムが異種配列を含むように遺伝子改変されてもよい。

【0161】

一実施形態では、異種配列は、形質転換が成功したかどうかを示すマーカー、例えばバーコード配列として機能する。

【0162】

別の一実施形態では、異種配列は、治療剤又は診断剤（本明細書においてペイロードとも称される）をコードする。治療剤又は診断剤は、核酸（例えば、ＲＮＡサイレンシング剤）、ペプチド又はタンパク質であり得る。治療剤は、典型的には、治療される疾患に従って選択される。したがって、例えば、バクテリオファージが黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を治療するために使用される場合、治療剤は、典型的には、その疾患を治療するために有用であることが知られているものである。

【0163】

本明細書中で使用される場合、「ＲＮＡサイレンシング剤」は、標的遺伝子の発現を特異的に阻害又は「サイレンシング」することができるＲＮＡを指す。特定の実施形態では、ＲＮＡサイレンシング剤は、転写後サイレンシング機構を介してｍＲＮＡ分子の完全なプロセシング（例えば、完全な翻訳及び／又は発現）を防止することができる。ＲＮＡサイレンシング剤は、非コードＲＮＡ分子、例えば、対になった鎖を含むＲＮＡ二本鎖、並びにそのような小さな非コードＲＮＡが生成され得る前駆体ＲＮＡを含む。例示的なＲＮＡサイレンシング剤としては、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ及びｓｈＲＮＡ等のｄｓＲＮＡが挙げられる。一実施形態では、ＲＮＡサイレンシング剤は、ＲＮＡ干渉を誘導することができる。別の一実施形態では、ＲＮＡサイレンシング剤は翻訳抑制を媒介することができる。本発明の一実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング剤は、標的ＲＮＡに特異的であり、標的遺伝子に対して９９％以下の全体的相同性、例えば標的遺伝子に対して９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％未満の全体的相同性を示す遺伝子又はスプライスバリアントを交差阻害又はサイレンシングしない。

【0164】

例示的なＲＮＡサイレンシング剤としては、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ及びガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0165】

治療剤は、細菌タンパク質又はペプチド（例えば、バクテリオファージで治療される対象においてワクチンとして作用し得る小細菌ペプチド）、治療タンパク質又はペプチド（例えば、サイトカイン、例えば、ＩＬ－１５）、可溶性ペプチド又はタンパク質リガンド（例えば、ＳＴＩＮＧアゴニスト又はＴＲＡＩＬ）、毒性若しくは疾患を引き起こす抗原を認識するか、又は免疫療法において有用である抗体若しくは抗体断片（例えば、チェックポイント阻害剤）、発現された場合に治療的に有用な産物を産生する酵素（例えば、治療的に有用な細菌代謝産物若しくは他の細菌抗原を産生する細菌酵素又は代謝カセット、ＬＰＳを産生するか、又はグラム陰性菌の外膜からのＬＰＳの切断を引き起こす細菌酵素）、共通腫瘍抗原、又は発現された場合に共通腫瘍抗原、固有腫瘍抗原若しくはネオ抗原を産生する酵素、又は発現された場合に固有腫瘍抗原若しくはネオ抗原を産生する酵素であり得る。

【0166】

別の一実施形態では、治療剤は、アトピー性皮膚炎の治療において治療的である薬剤である。

【0167】

別の一実施形態によれば、治療剤は免疫調節剤である。

【0168】

免疫調節剤の例としては、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－７、ＩＬ－２１、ＧＭ－ＣＳＦを含むがこれらに限定されない免疫調節サイトカイン、並びに免疫応答を更に増強することができる任意の他のサイトカイン、抗ＣＴＬＡ４、抗ＣＤ４０、抗４１ＢＢ、抗ＯＸ４０、抗ＰＤ１及び抗ＰＤＬ１を含むがこれらに限定されない免疫調節抗体が挙げられる。

【0169】

診断剤の例としては、蛍光タンパク質又は比色反応を生じる酵素が挙げられる。検出可能シグナルを生成する例示的なタンパク質としては、緑色蛍光タンパク質（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＡＬ３３９１２）、アルカリホスファターゼ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＡＫ７３７６６）、ペルオキシダーゼ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿５６８６７４）、ヒスチジンタグ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＡＫ０９２０８）、Ｍｙｃタグ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＦ３２９４５７）、ビオチンリガーゼタグ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＰ＿５６１５８９）、橙色蛍光タンパク質（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＡＬ３３９１７）、ベータ－ガラクトシダーゼ（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＭ＿１２５７７６）、フルオレセインイソチオシアネート（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＡＦ２２６９５）、及びストレプトアビジン（Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号Ｓ１１５４０）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0170】

別の一例では、診断剤は、細菌ルシフェラーゼ遺伝子、例えば、Ｖｉｂｒｉｏ ｈａｒｖｅｙｉ、Ｖｉｂｒｉｏ ｆｉｓｃｈｅｒｉ、及びＸｅｎｏｒｈａｂｄｕｓ ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｓによってコードされるルシフェラーゼ遺伝子、ホタルルシフェラーゼ遺伝子ＦＦｌｕｘなどの産物などの発光タンパク質である。

【0171】

ファージゲノムに異種配列を挿入するための組換え方法は、当技術分野において周知である。適切なコード配列は、ファージゲノム中のいくつかの位置の１つ以上に挿入される。一実施形態において、ファージゲノムに導入される核酸挿入物は、ファージゲノム長のおよそ１０％以下である。

【0172】

ペイロードコード配列は、初期、中期又は後期発現ファージ遺伝子のいずれかの後に挿入され、既存のファージオペロン、プロモーター及びターミネーターのいずれかに依存して、ファージオペロンの一部として、又は別個のオペロンとして発現され得る。後者の場合、ファージ由来の適切なプロモーター及びターミネーターが、新たに形成されたオペロンの一部として挿入される。

【0173】

例えば、ペイロードの強い発現が必要とされる場合、ペイロードコード配列は、主カプシドタンパク質の終止コドンの後に付加され、主カプシドオペロンの一部として発現される。代替的に、それは、ファージの機能性を損傷しないファージゲノム中のどこにでも挿入することができる個々の新しく形成されたオペロンとして、主カプシドタンパク質プロモーター及びターミネーターの付加によって発現させることができる。ペイロードの低発現が所望される場合、ペイロードコード配列は、通常低発現を有するターミナーゼ遺伝子（又は他の低発現遺伝子）の後に付加され得る。更に、ペイロードレベルは、所望の強度を有するリボソーム結合部位を付加することによって調整される。

【0174】

ファージ感染性及び特異性に悪影響を及ぼすことを回避するために、ペイロードコード配列は、典型的には、既存のファージオープンリーディングフレーム内に挿入されない。これに対する例外は、ペイロードがファージ外殻の融合タンパク質として発現されることが意図される場合である。ペイロードディスプレイの後者の場合、ペイロードコード配列は、ファージコートタンパク質をコードする配列にインフレームで付加される。

【0175】

本明細書に記載されるバクテリオファージは、黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患を有する対象を治療するために使用され得る。

【0176】

黄色ブドウ球菌感染に関連する疾患としては、アトピー性皮膚炎及び感染性創傷が挙げられる。

【0177】

本明細書中で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物、好ましくは、病態に罹患している任意の年齢のヒトを含む。治療を必要とする者には、既にアトピー性皮膚炎を有する個体、並びに疾患を有するリスクがあるか、又は最終的に疾患にかかり得る者が含まれ得る。治療の必要性は、例えばアトピー性皮膚炎の発症に関連する１つ以上の危険因子の存在、アトピー性皮膚炎の存在若しくは進行、又はアトピー性皮膚炎を有する対象の治療に対する可能性のある受容性によって評価される。例えば、アトピー性皮膚炎を「治療すること」は、関連する症状を減少させること又は排除することを包含し得るが、根底にある疾患病因例えば、遺伝子不安定性遺伝子座の排除を必ずしも包含しない。

【0178】

「治療する」という用語は、病状（疾患、障害又は状態）の進行を阻害、予防又は停止すること、及び／又は病状の軽減、寛解又は退行を引き起こすことを指す。当業者は、様々な方法論及びアッセイを使用して、病態の発症を評価することができ、同様に、様々な方法論及びアッセイを使用して、病態の低減、寛解又は退行を評価することができることを理解するであろう。

【0179】

バクテリオファージは、それ自体で使用され得るか、又は医薬組成物の一部として使用され得、ここで、好適な担体又は賦形剤と混合される。

【0180】

本明細書で使用される場合、「医薬組成物」とは、本明細書中に記載される１つ以上の活性成分と、他の化学成分（例えば、生理学的に好適な担体及び賦形剤）との調製物をいう。医薬組成物の目的は、生物への化合物の投与を容易にすることである。

【0181】

本明細書において、「有効成分」という用語は、生物学的効果を担うバクテリオファージを指す。

【0182】

以下、互換的に使用され得る「生理学的に許容される担体」及び「薬学的に許容される担体」という語句は、生物に著しい刺激を引き起こさず、投与された化合物の生物学的活性及び特性を無効にしない担体又は希釈剤を指す。

【0183】

本明細書において、「賦形剤」という用語は、活性成分の投与を更に容易にするために医薬組成物に添加される不活性物質を指す。賦形剤の非限定的な例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、種々の糖及び種々のタイプのデンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、植物油及びポリエチレングリコールが挙げられる。

【0184】

薬物の製剤化及び投与のための技術は、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ」，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ，最新版に見出され得るが、これは、参照により本明細書に組み込まれる。

【0185】

好適な投与経路としては、例えば、局所、吸入（例えば吸入器又はネブライザーによる）経口、直腸、経粘膜、特に経鼻、腸又は非経口送達、例えば、筋肉内、皮下及び髄内注射、並びに髄腔内、直接脳室内、心臓内、例えば右心室若しくは左心室腔へ、総冠状動脈への注射、静脈内、腹腔内、鼻腔内又は眼内注射が挙げられる。

【0186】

あるいは、医薬組成物を全身的ではなく局所的に、例えば皮膚への局所適用によって投与してもよい。一実施形態では、バクテリオファージは、対象の腫瘍に直接投与されてもよい。

【0187】

本発明のいくつかの実施形態の医薬組成物は、当技術分野で周知のプロセスによって、例えば、従来の混合、溶解、造粒、糖衣錠作製、湿式粉砕、乳化、カプセル化、封入、噴霧乾燥、コーティング、又は凍結乾燥プロセスによって製造することができる。

【0188】

したがって、本発明のいくつかの実施形態に従って使用するための医薬組成物は、医薬的に使用することができる調製物への活性成分の加工を容易にする賦形剤及び助剤を含む１つ以上の生理学的に許容される担体を使用して、従来の様式で製剤化することができる。適切な製剤は、選択される投与経路に依存する。

【0189】

いくつかの実施形態では、組成物は、哺乳動物の皮膚、哺乳動物の眼、哺乳動物の歯、又は哺乳動物に挿入されるインプラントへの送達のために製剤化される。好ましくは、哺乳動物はヒトである。

【0190】

いくつかの実施形態では、組成物は、局所塗布用に製剤化される。いくつかの実施形態では、組成物は、ゲル、クリーム、軟膏、ローション、ペースト、溶液、マイクロエマルジョン、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯、洗顔料、石鹸、粉末、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、眼ローション、固体、若しくは湿ったスポンジワイプの形態であるか、又は固体表面に結合される。いくつかの実施形態では、組成物は、アジュバント、担体、又はビヒクルを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、可溶化剤、皮膚軟化剤、保湿剤、増粘剤、透過促進剤、キレート剤、抗酸化剤、緩衝剤、等張剤、懸濁化剤、乳化剤、安定剤、及び防腐剤から選択される１つ以上の添加剤を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、ゲル形成剤、クリーム形成剤、ワックス、油、界面活性剤、及び結合剤のうちの１つ以上を含む。

【0191】

物質、化合物、組成物、製剤、又は薬剤を対象に「投与すること」又はそれらの「投与」は、当業者に公知の様々な方法のうちの１つを使用して行うことができる。例えば、化合物又は薬剤は、皮膚、歯、眼、又は水晶体嚢及び角膜実質を含むがこれらに限定されない眼の一部に適用することによって、局所的に投与することができる。例えば、組成物は、局所投与に適した形態であってもよく、クリーム、ペースト、溶液、粉末、スプレー、エアロゾル、カプセル、点眼剤、眼軟膏、眼ローション、固体、若しくはゲルの形態であってもよく、又は固体表面に結合されていてもよい。組成物はまた、洗顔料、石鹸、塗布スティック、化粧品、又は包帯の一部を形成してもよい。投与はまた、例えば、１回、複数回、及び／又は１つ以上の長期間にわたって行うことができる。いくつかの態様では、投与は、自己投与を含む直接投与、及び製剤を処方する行為を含む間接投与の両方を含む。例えば、本明細書中で使用される場合、患者に処方物を自己投与するように指示する医師、又は別の者によって処方物を投与させる医師、及び／又は患者に処方物の処方箋を提供する医師は、患者に処方物を投与している。

【0192】

本明細書に記載される医薬組成物は、医薬的使用のための組成物への活性成分の加工を容易にする賦形剤及び助剤を含む１つ以上の生理学的に許容される担体を使用して、従来の様式で製剤化され得る。医薬組成物を製剤化する方法は、その分野で公知である（例えば、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，」Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡを参照のこと）。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、溶液、マイクロエマルジョン、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯、洗顔料、石鹸、粉末、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、眼ローション、固体、湿潤スポンジワイプ、又は固体表面に結合された組成物を製造する方法を含むがこれらに限定されない、局所投与のための適切な製剤に供される。

【0193】

本明細書に記載されるバクテリオファージは、任意の適切な局所的投薬量剤形（例えば、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、溶液、マイクロエマルジョン、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯、洗顔料、石鹸、粉末、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、眼ローション、固体、湿潤スポンジワイプ、又は固体表面に結合されてもよい）で、任意の適切なタイプの投与（例えば、即時放出、パルス状放出、遅延放出、長時間放出、又は持続的放出）のための医薬組成物に製剤化されてもよい。一部の実施形態では、バクテリオファージは、ゲル、クリーム、ペースト、軟膏、溶液、マイクロエマルジョン、ローション、液体洗浄剤、スプレー、塗布スティック、化粧品、包帯、洗顔料、石鹸、粉末、スプレー、カプセル、点眼剤、眼軟膏、眼ローション、固体、湿ったスポンジワイプとして投与するために製剤化されるか、又は固体表面に結合され得る。組成物は、毎日、毎週、又は毎月１回又は複数回投与され得る。

【0194】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、局所製剤としての使用のために、又はインプラントへの適用のために、担体粒子に共有結合され得る。いくつかの実施形態では、担体粒子は、典型的にはほぼ球状であり、２０ミクロンまで、１５ミクロンまで、１０ミクロンまでの平均直径、０．１ミクロンから、０．５ミクロンからの平均直径、又はこれらの任意の組み合わせの平均直径、例えば、０．１ミクロン～２０ミクロン又は０．５ミクロン～１０ミクロンの平均直径を有し得る。粒子は、一般に、ほぼ円形又は回転楕円体であり得る。それらは、特に身体の敏感な部分に使用するために、好ましくは滑らかである。粒径は、当技術分野で標準として認識されている方法及び装置を使用して適切に測定される。分散液中の粒子サイジングは、レーザー回折、動的光散乱（dynamic light scattering、ＤＬＳ）、ディスク遠心分離、及び光学顕微鏡法を含む様々な技術を使用して達成することができる。サイジング装置の例は、Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社（ＵＫ）によって製造され、これはレーザー回折法を用いている。いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、複数の粒子に共有結合され得る。これらは、好ましくは、比較的均質な形態であり、複数の粒子の大部分が、２０ミクロンまで、１５ミクロンまで、１０ミクロンまでの直径、０．１ミクロンから、０．５ミクロンからの直径、又はこれらの任意の組み合わせ（例えば、０．１ミクロン～２０ミクロン又は０．５ミクロン～１０ミクロン）の直径を有する。いくつかの実施形態では、ファージが共有結合した粒子の８０％以上、９０％以上又は９５％以上が、２０ミクロンまで、１５ミクロンまで、１０ミクロンまでの直径、０．１ミクロンから、０．５ミクロンからの直径、又はこれらの任意の組み合わせ、例えば、０．１ミクロン～２０ミクロン又は０．５ミクロン～１０ミクロンの直径を有する。国際公開第２０１５１１８１５０号は、バクテリオファージ製剤に使用することができる担体粒子を更に記載している。

【0195】

バクテリオファージが共有結合によって固定化される用途において使用するための粒子は、一般に、処置される動物に対して実質的に不活性である。実施例では、ナイロン粒子（ビーズ）を使用した。他の不活性な、好ましくは非毒性の生体適合性材料を使用してもよい。加えて、粒子は生分解性材料から作られてもよい。適切な材料としては、ポリメチルメタクリレート、ポリエチレン、エチレン／アクリレートコポリマー、ナイロン－１２、ポリウレタン、シリコーン樹脂、シリカ、及びナイロン１０１０が挙げられる。国際公開第２００３０９３４６２号は、粒子がそこから作製され得る更なる材料を記載している。

【0196】

バクテリオファージの粒子基質への固定化又は付着は、バクテリオファージコートタンパク質と担体基質との間に形成される共有結合によって達成され得る。バクテリオファージはまた、バクテリオファージの添加及び結合の前に基質粒子を活性化することによって、それらの頭部、尾部、又は莢膜を介して基質に固定化され得る。「活性化された／活性化する／活性化」という用語は、例えばコロナ放電によって電気的に、又は当該基材を様々な化学基と反応させる（バクテリオファージ頭部、尾部又は莢膜基などのウイルスに結合することができる表面化学物質を残す）ことによってなど、基材を活性化することを指す。国際公開第２０１５１１８１５０号、同第２００３０９３４６２号、及び同第２００７０７２０４９号は、当該基質の活性化、ファージの基質へのカップリング、及びファージの粒子への共有結合のための方法の詳細を更に記載している。

【0197】

いくつかの実施形態では、バクテリオファージは、哺乳動物の皮膚、眼、歯、又はインプラントへの送達のために製剤化される。いくつかの実施形態では、組成物は、バクテリオファージ及び薬学的又は美容的に許容される賦形剤を含み、ここで、バクテリオファージ及び賦形剤は、天然には一緒に存在しない。いくつかの実施形態では、組成物は、バクテリオファージ及び薬学的又は美容的に許容される賦形剤を含み、ここで、賦形剤は、天然に存在しない賦形剤である。いくつかの実施形態では、組成物は、薬学的又は美容的に許容されるポリマー中に封入されたバクテリオファージを含み、ここで、ポリマーは非天然ポリマーである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、ファージのより長い貯蔵寿命及び貯蔵を容易にして、再現可能な用量を確実にし、所望の作用部位又は吸着部位への有効な送達を容易にするために、カプセル化され得る。いくつかの実施形態では、組成物は、エマルジョン、軟膏、ポリマー又は脂質微粒子（マイクロスフェア及び微結晶）、ナノ粒子、ナノファイバー、マイクロファイバー、膜、薄膜構造、及び／又はリポソーム中にカプセル化され得る。天然及び合成ポリマーは、ファージのカプセル化のために使用され得る。ファージカプセル化は、種々の親水性及び疎水性ポリマー（アガロース、アルギネート、キトサン、ペクチン、乳清タンパク質、ゲル化乳タンパク質、ヒアルロン酸メタクリレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、ポリ（Ｎ－イソプロピルアクリルアミド）、ポリ（ＤＬ－ラクチド：グリコリド）、ポリエステルアミド、ポリビニルピロリドン、ポリエチレンオキシド／ポリビニルアルコール、二酢酸セルロース、及び／又はポリメチルメタクリレートが挙げられるが、これらに限定されない）を使用して行われ得る。リポソーム中にカプセル化されたファージの調製のために使用され得る材料の例としては、ホスファチジルコリン、コレステロール、Ｓｏｆｔｉｓａｎ １００（商標）、ダイズホスファチジルコリン、ＤＯＰＣ（１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン）、ＤＯＰＳ（１，２－ジオレオイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホ－Ｌ－セリン）、ＤＬＰＣ（１，２－ジラウロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホリルコリン）、コレステロールＰＥＧ６００、及び／又はコレステリルエステルが挙げられるが、これらに限定されない。局所投与のための固体－液体粒子は、固体脂質及びアジュバント（界面活性剤及び乳化剤（例えば、ステアリン酸、オレイン酸、トリパルミチン、セチルアルコール、パルミチン酸セチル、トリステアリン、トリミリスチン、及び水素化植物性脂肪（ＨＶＦ）、ベヘン酸グリセリル、モノステアリン酸グリセリル、パルミトステアリン酸グリセリル、トリパルミチン酸グリセリル、タウロコール酸ナトリウム、オクタデシルアルコール、Ｔｗｅｅｎ ８０、Ｐｏｌｏｘａｍｅｒ １８８、Ｃｏｍｐｒｉｔｏｌ（登録商標）８８８ ＡＴＯ、Ｉｍｗｉｔｏｒ（登録商標）９００、Ｐｒｅｃｉｒｏｌ（登録商標）ＡＴＯ５、カルナウバワックス及びオレイン酸イソデシル、水素化ホスファチジルコリン、コレステロール）が挙げられるが、これらに限定されない）によって生成され得る。Ｍａｌｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０１７、Ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ２０１８、及びＤａｓ ａｎｄ Ｃｈａｕｄｈｕｒｙ，２０１１は、バクテリオファージカプセル化のための更なる材料及び技術を記載している。

【0198】

いくつかの実施形態では、組成物は単一用量剤形である。単一用量剤形は、液体、ゲル又はクリーム形態であってよい。単一用量剤形は、修飾することなく患者に直接投与してもよく、又は投与前に希釈若しくは再構成してもよい。組成物の単一用量剤形は、組成物をより小さいアリコート、単一用量容器、単一用量液体形態、又は単一用量固体形態（例えば、錠剤、顆粒、ナノ粒子、ナノカプセル、マイクロカプセル、マイクロ錠剤、ペレット、又は粉末）に分割することによって調製され得る。固体形態の単一用量は、患者への投与前に、液体、典型的には滅菌水若しくは生理食塩水溶液を添加することによって、又は他の皮膚製剤成分と混合することによって再構成され得る。

【0199】

治療応答を提供するように、投与量レジメンを調整することができる。投薬は、疾患の重症度及び応答性、投与経路、処置の時間経過（数日から数ヶ月、数年）、並びに状態の改善までの時間を含むいくつかの因子に依存し得る。例えば、一個の大きな丸薬を一度に投与してもよく、数回に分割した用量を所定の期間にわたって投与してもよく、又は治療状況によって示されるように用量を減少若しくは増加させてもよい。

【0200】

いくつかの実施形態では、成分は、別々に供給されるか、又は単位剤形中に一緒に混合されて提供されるかのいずれかである。医薬組成物は、薬剤の量を示すアンプル又はサシェなどの密封容器に包装することができる。いくつかの実施形態において、１つ以上の医薬組成物は、密封容器中の乾燥滅菌凍結乾燥粉末又は無水濃縮物として供給され、対象への投与のために適切な濃度に（例えば、水又は生理食塩水で）再構成することができる。いくつかの実施形態では、予防剤若しくは治療剤又は薬学的組成物のうちの１つ以上は、密封容器中の乾燥滅菌凍結乾燥粉末として供給され、投与前に再構成される。いくつかの実施形態では、乾燥滅菌凍結乾燥粉末は、噴霧乾燥によって生成され、以下のうちの１つの混合物を含むことができる。３０～５０％デキストラン、４０～７０％スクロース、０．５～２％トリス、及び１～３％ロイシン、又は３０～５０％ヒドロキシエチルデンプン、４０～７０％スクロース、０．５～２％トリス、及び１～３％ロイシン。凍結保護剤、主に０～１０％スクロース（最適には０．５～１．０％）を、凍結乾燥剤形に含めることができる。他の適切な凍結保護剤としては、トレハロース及びラクトースが挙げられる。他の適切な増量剤としては、グリシン及びアルギニン（いずれも０～０．０５％の濃度で含まれ得る）、並びにポリソルベート－８０（最適には０．００５～０．０１％の濃度で含まれる）が挙げられる。更なる界面活性剤としては、ポリソルベート２０及びＢＲＩＪ界面活性剤が挙げられるが、これらに限定されない。

【0201】

注射のために、医薬組成物の活性成分は、水溶液、好ましくは生理学的に適合性の緩衝液（例えば、ハンクス液、リンゲル液、又は生理学的塩緩衝液）中で製剤化され得る。経粘膜投与のためには、透過すべき障壁に適した浸透剤が製剤中に使用される。そのような浸透剤はその技術分野で周知である。

【0202】

経口投与の場合、医薬組成物は、活性化合物を当技術分野で周知の薬学的に許容される担体と組み合わせることによって容易に製剤化することができる。そのような担体は、医薬組成物が、患者による経口摂取のための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁液などとして製剤化されることを可能にする。経口使用のための医学的調製物は、固体賦形剤を使用して作製され得るが、任意選択で、得られた混合物を粉砕し、所望される場合、適切な助剤を添加した後、顆粒の混合物を加工して、錠剤又は糖衣錠コアを得ることができる。適切な賦形剤は、充填剤、例えばラクトース、スクロース、マンニトール、又はソルビトールを含む糖など、セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、コメデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボメチルセルロースナトリウムなど；及び／又は生理学的に許容されるポリマー、例えばポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などである。所望であれば、崩壊剤（例えば、架橋ポリビニルピロリドン、アガー、又はアルギン酸若しくはその塩（例えば、アルギン酸ナトリウム））が添加され得る。

【0203】

糖衣錠コアには、好適なコーティングが備わっている。この目的のために、濃縮糖溶液が使用され得、これは、必要に応じて、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール、二酸化チタン、ラッカー溶液及び適切な有機溶媒又は溶媒混合物を含み得る。識別のため、又は活性化合物用量の異なる組み合わせを特徴付けるために、染料又は顔料を錠剤又は糖衣錠コーティングに添加してもよい。

【0204】

経口的に使用され得る医薬組成物としては、ゼラチンから作製されるプッシュフィットカプセル、並びにゼラチン及び可塑剤（例えば、グリセロール又はソルビトール）から作製される軟質密封カプセルが挙げられる。プッシュフィットカプセルは、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤、タルク又はステアリン酸マグネシウムなどの潤滑剤、及び任意選択で安定剤と混合した活性成分を含有してもよい。軟カプセルにおいて、活性成分は、脂肪油、液体パラフィン、又は液体ポリエチレングリコールなどの好適な液体に溶解又は懸濁され得る。更に、安定剤を添加してもよい。経口投与のための全ての製剤は、選択された投与経路に適した投与量であるべきである。

【0205】

口腔投与のために、組成物は、従来の様式で製剤化された錠剤又は薬用キャンディーの形態をとってもよい。

【0206】

鼻吸入による投与のために、本発明のいくつかの実施形態に従って使用するための活性成分は、好適な噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン又は二酸化炭素の使用を伴う加圧パックからのエアロゾルスプレー提示の形態で好適に送達される。加圧エアロゾルの場合、投薬単位は、計量された量を送達するためのバルブを提供することによって決定され得る。ディスペンサーで使用するための例えばゼラチンのカプセル及びカートリッジは、化合物とラクトース又はデンプンなどの適切な粉末基剤との粉末混合物を含有して製剤化することができる。

【0207】

本明細書に記載の医薬組成物は、例えばボーラス注射又は連続注射による非経口投与用に製剤化することができる。注射用製剤は、単位剤形、例えばアンプルで、又は複数回用量容器で、任意選択で保存剤を添加して提供することができる。組成物は、油性又は水性ビヒクル中の懸濁液、溶液又はエマルジョンであってもよく、懸濁化剤、安定化剤及び／又は分散剤などの製剤化剤を含有してもよい。

【0208】

非経口投与用の医薬組成物は、水溶性形態の活性調製物の水溶液を含む。更に、活性成分の懸濁液は、適切な油性又は水性注射懸濁液として調製することができる。好適な親油性溶媒又はビヒクルとしては、ゴマ油などの脂肪油、又はオレイン酸エチル、トリグリセリド若しくはリポソームなどの合成脂肪酸エステルが挙げられる。水性注射懸濁液は、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール又はデキストランなどの懸濁液の粘度を増加させる物質を含有してもよい。任意選択で、懸濁液はまた、好適な安定剤又は活性成分の溶解度を増加させて高濃縮溶液の調製を可能にする薬剤を含有し得る。

【0209】

代替的に、活性成分は、使用前に、適切なビヒクル例えば、滅菌された、発熱物質を含まない水性溶液で構成するための粉末形態であり得る。

【0210】

本発明のいくつかの実施形態の医薬組成物は、例えばカカオ脂又は他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を使用して、坐剤又は停留浣腸などの直腸用組成物に製剤化することもできる。

【0211】

本発明のいくつかの実施形態の文脈における使用に好適な医薬組成物は、活性成分が意図された目的を達成するのに有効な量で含有される組成物を含む。より具体的には、治療有効量は、傷害（例えば、炎症性腸疾患）の症状を予防、緩和若しくは改善するか、又は治療される対象の生存を延長するのに有効な活性成分（バクテリオファージ）の量を意味する。

【0212】

治療有効量の決定は、特に本明細書に提供される詳細な開示に照らして、十分に当業者の能力の範囲内である。

【0213】

本発明の方法において使用される任意の調製物について、治療有効量又は用量は、インビトロアッセイ及び細胞培養アッセイから最初に推定され得る。例えば、用量を動物モデルにおいて製剤化して、所望の濃度又は力価を達成することができる。このような情報は、ヒトにおいて有用な用量をより正確に決定するために使用され得る。

【0214】

いくつかの実施形態では、組成物は、約１～約１０の感染多重度（ＭＯＩ）に対応する量で１つ又は２つ以上のバクテリオファージを提供するように、それを必要とする対象に送達される。ＭＯＩは、感染部位におけるおよその細菌負荷を評価することによって、又は所定の型の疾患についての推定値を使用し、次いで所望のＭＯＩを与えるように計算された量でファージを提供することによって決定される。

【0215】

いくつかの実施形態では、ＭＯＩは、細菌１つ当たり平均して１０個のファージが吸着されている場合、細菌密度が有意に減少すると述べている「１０倍のルール」に基づいて選択することができる（Ａｂｅｄｏｎ Ｓ Ｔ，２００９，Ｆｏｏｄｂｏｒｎｅ Ｐａｔｈｏｇ Ｄｉｓ ６：８０７－８１５；ａｎｄ Ｋａｓｍａｎ Ｌ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｊ Ｖｉｒｏｌ ７６：５５５７－５５６４）。一方、より低い力価のファージ投与（例えば、１０未満のＭＯＩを使用する）は、成功する可能性が低い（Ｇｏｏｄｅ Ｄ，ｅｔ ａｌ．，２００３，Ａｐｐ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ６９：５０３２－５０３６；Ｋｕｍａｒｉ Ｓ，ｅｔ ａｌ．，２０１０，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｅｖ Ｃｔｒｉｅｓ ４：３６７－３７７）。

【0216】

他の実施形態において、ファージ（又はファージの組み合わせ）の量は、皮膚の規定サイズ領域上に存在する細菌例えば、黄色ブドウ球菌の量を少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は更に１００％減少させるように提供される。

【0217】

特定の実施形態では、本明細書に記載されるバクテリオファージは、対象におけるアトピー性皮膚炎（ＡＤ）のうちの少なくとも１つの発現を改善するために投与され、未治療の又は対照の対象におけるレベルと比較して、少なくとも約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、又はそれ以上改善する、状態又は障害の１つ以上の症状又は物理的パラメータをもたらす。いくつかの態様では、改善は、バクテリオファージの投与前及び投与後の対象における症状又は身体パラメータを比較することによって測定される。いくつかの実施形態では、測定可能な物理的パラメータは、対象の皮膚試料又は血液試料からの細菌コロニー形成単位（colony-forming unit、ＣＦＵ）数又はプラーク形成単位（plaque-forming unit、ＰＦＵ）数の減少である。

【0218】

本明細書に記載される活性成分の毒性及び治療有効性は、インビトロ、細胞培養、又は実験動物において、標準的な医薬的手順によって決定することができる。これらのインビトロ及び細胞培養アッセイ並びに動物研究から得られたデータは、ヒトにおける使用のための投薬量の範囲を製剤化する際に使用され得る。投薬量は、使用される剤形及び利用される投与経路に依存して変化し得る。正確な製剤、投与経路及び投与量は、患者の状態を考慮して個々の医師が選択することができる。（例えば、Ｆｉｎｇｌ，ｅｔ ａｌ．，１９７５，ｉｎ「Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，」Ｃｈ．１ ｐ．１を参照されたい）。

【0219】

投薬量及び間隔は、生物学的効果を誘導又は抑制するのに十分な活性成分のレベル（最小有効濃度、ｍｉｎｉｍａｌ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ、ＭＥＣ）を提供するように個々に調整され得る。ＭＥＣは各調製物について変化するが、インビトロデータから推定することができる。ＭＥＣを達成するために必要な投与量は、個々の特徴及び投与経路に依存する。検出アッセイを使用して、血漿濃度を決定することができる。

【0220】

処置される状態の重篤度及び応答性に依存して、投薬は、単回又は複数回の投与であり得、処置の過程は、数日から数週間まで、又は治癒がもたらされるまで、又は疾患状態の減少が達成されるまで続く。

【0221】

投与される組成物の量は、もちろん、処置される被験体、苦痛の重篤度、投与の様式、処方する医師の判断などに依存する。

【0222】

本発明のいくつかの実施形態の組成物は、必要に応じて、有効成分を含有する１つ以上の単位剤形を含有し得る、ＦＤＡ承認キットなどのパック又はディスペンサー装置で提供され得る。パックは、例えば、ブリスターパックなどの金属箔又はプラスチック箔を含み得る。パック又はディスペンサー装置には、投与のための説明書が添付されていてもよい。パック又はディスペンサーはまた、医薬品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定された形態で容器に付随する通知によって収容され得るが、この通知は、組成物の形態又はヒト若しくは動物への投与の機関による承認を反映する。そのような通知は、例えば、処方薬について米国食品医薬品局によって承認されたラベルのもの、又は承認された製品挿入物のものであってもよい。適合性の医薬担体中に製剤化された本発明の調製物を含む組成物はまた、上記で更に詳述されるように、調製され、適切な容器に入れられ、示された状態の治療のためにラベル付けされ得る。

【0223】

本明細書に記載される組成物は、２つ以上のファージ株を含み得る。一実施形態では、組成物は、２つのファージ株、３つのファージ株、４つのファージ株、５つのファージ株、又はそれ以上を含む。

【0224】

一実施形態では、バクテリオファージカクテルは、単一の黄色ブドウ球菌株を標的化する複数のファージを含む。

【0225】

一実施形態では、バクテリオファージカクテルは、２つ以上の黄色ブドウ球菌株を標的化する複数のファージを含む。

【0226】

ファージの特定の組み合わせの例を以下に提供する。

【0227】

本発明の医薬組成物はまた、本明細書に記載されるような、かつ／又は当技術分野で公知の、細菌感染症の治療及び／又は予防に有用な１つ以上の非ファージ治療剤及び／又は予防剤例えば、１つ以上の従来の抗生剤と組み合わせてもよい。本発明のファージ（複数可）又はファージ産物（複数可）と組み合わせて使用され得る他の治療剤及び／又は予防剤としては、抗生物質、抗炎症剤、抗ウイルス剤、抗真菌剤、又は局所麻酔剤が挙げられるが、これらに限定されない。

【0228】

本明細書に記載されるバクテリオファージと共に投与され得る標準的な又は従来の抗生物質としては、限定されないが、本明細書に記載されるバクテリオファージと共に投与され得る標準的な又は従来の抗生物質としては、限定されないが、アミカシン、ゲンタミシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、リファマイシン、ナフトマイシン、ムピロシン、ゲルダナマイシン、アンサマイトシン、カルバセフェム、イミペネム、メロペネム、エルタペネム、ファロペネム、ドリペネム、パニペネム／ベタミプロン、ビアペネム、ＰＺ－６０１、セファロスポリン、セファセリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフルール、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフタメット、セフィキシム、セフメノキシム、セフテラム、セフチブテン、セフチオフルセフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフピメ、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロメ、セフキノメ、フロモキセフ。セフトビプロール、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、アズトレオナム、ペンシリン及びペニシリン誘導体、アクチノマイシン、バシトラシン、コリスチン、ポリミキシンＢ、シノキサシン、フルメキン、ナリジクス酸、オキソリニック酸、ピロミジン酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシンロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、ガチフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、モキシフロキサシン、パズフロキサシンスパルフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガレノキサシン、ゲミフロキサシン、スチフロキサシン、トロバルフロキサシン、プルリフロキサシン、アセタゾラミド、ベンゾラミドブメタニド、セレコキシブ、クロルタリドン、クロパミド、ジクロルフェナミド、ドルゾラミド、エトキシゾラミド、フロセミド、ヒドロクロロチアジド、インダパミド、マフェンジドメフルシド、メトラゾン、プロベネシド、スルファセトアミド、スルファジメトキシン、スルファドキシン、スルファニルアミド、スルファメトキサゾール、スルファサラジン、スルチアメ、スマトリプタン、キシパミドテトラサイクリン、クロルテトラサイクリン、オキシテトラサイクリン、ドキシサイクリン、リメサイクリン、メクロサイクリン、メタサイクリン、ミノサイクリン、ロリテトラサイクリン、メチシリン、ナフシリンオキサシリン、クロキサシリン、バンコマイシン、テイコプラニン、クリンダマイシン、コトリモキサゾール、フルクロキサシリン、ジクロキサシリン、アンピシリン、アモキシシリン、及びそれらの組み合わせが挙げられる。

【0229】

標準的な抗真菌剤には、リポソーマルアンフォテリシンＢ及び非リポソーマルアンフォテリシンＢなどのアンフォテリシンＢが含まれる。

【0230】

本発明者らは更に、減少した「陰性」細菌によって残されたニッチを占有するために、「良好な」細菌を含むプロバイオティクスを対象に投与することを企図する。そのようなプロバイオティック細菌は、乳酸桿菌、サッカロマイセスブラウディ、及び／又はビフィズス菌を含み得る。

【0231】

本発明のバクテリオファージ及びバクテリオファージカクテルは、院内感染の発生を予防又は低減するために、細菌、特に黄色ブドウ球菌の増殖を制御するための抗感染性組成物において使用することができる。抗感染性組成物は、それと接触する表面上の細菌のコロニー形成又は増殖を低減又は阻害するのに使用される。本発明のバクテリオファージは、生物学的表面（例えば、皮膚及び粘膜）への適用のため、並びに非生物学的表面への適用のために製剤化される組成物に組み込まれ得る。

【0232】

生体表面上で使用するための抗感染製剤としては、ゲル、クリーム、軟膏、スプレーなどが挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、抗感染製剤は、術野、又は医療従事者及び／若しくは患者の手及び／若しくは露出した皮膚を滅菌するために使用される。

【0233】

非生物学的表面上で使用するための抗感染製剤としては、スプレー、溶液、懸濁液、溶液又は懸濁液を含浸させたワイプなどが挙げられる。特定の実施形態において、抗感染製剤は、例えば器具、調理台、及び医療機器、病院設備を含む、病院、ナーシングホーム、救急車などにおける固体表面上で使用される。好ましい実施形態では、非生物学的表面は、病院装置又は病院設備の一部の表面である。特に好ましい実施形態では、非生物学的表面は、外科用装置又は外科用設備の一部である。

【0234】

本発明はまた、細菌感染の部位における原因物質を決定するための診断方法を包含する。特定の実施形態では、細菌感染の原因因子の診断は、（ｉ）患者由来の試料、例えば、皮膚試料、腫瘍生検、糞便試料又は感染症を引き起こす細菌を培養するのに適切な他の試料を培養すること、（ｉｉ）その培養物を本発明の１つ又は２つ以上のバクテリオファージと接触させること、並びに（ｉｉｉ）その培養物の細胞増殖及び／又は溶解の証拠をモニタリングすることによって実行される。ファージの活性は種又は株特異的である傾向があるため、本発明の１つ又は２つ以上のファージに対する感受性又は感受性の欠如は、感染を引き起こす細菌の種又は株を示すことができる。

【0235】

試料は、患者から採取された組織生検若しくはスワブ、又は血液、涙、若しくは尿などの流体試料であってもよい。

【0236】

本明細書で使用される場合、「約」という用語は、ある値の＋／－１０％を指す。

【0237】

「含む（comprises）」、「含んでいる（comprising）」、「含む（includes）」、「含んでいる（including）」、「有する（having）」という用語及びそれらの活用形は、「含むがそれに限定されない」ことを意味する。

【0238】

「～からなる」という用語は、「～を含み、～に限定される」ことを意味する。

【0239】

「から本質的になる」という用語は、組成物、方法又は構造が、追加の成分、ステップ及び／又は部分を含んでもよいが、追加の成分、ステップ及び／又は部分が、特許請求される組成物、方法又は構造の基本的かつ新規な特徴を実質的に変更しない場合に限ることを意味する。

【0240】

本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他のことを指示しない限り、複数の参照を含む。例えば、「化合物」又は「少なくとも１つの化合物」という用語は、複数の化合物（それらの混合物を含む）を含み得る。

【0241】

本出願を通して、本発明の様々な実施形態は、範囲形式で提示され得る。範囲形式での記載は、単に便宜上及び簡潔さのためであり、本発明の範囲に対する柔軟性のない限定として解釈されるべきではないことが理解されるべきである。したがって、範囲の記載は、具体的に開示された全ての可能な部分範囲並びにその範囲内の個々の数値を有すると考えられるべきである。例えば、１～６などの範囲の記載は、１～３、１～４、１～５、２～４、２～６、３～６などの部分範囲、並びにその範囲内の個々の数、例えば、１、２、３、４、５、及び６を具体的に開示しているとみなされるべきである。これは、範囲の幅に関係なく適用される。

【0242】

数値範囲が本明細書で示されるときはいつでも、示された範囲内の任意の引用された数字（分数又は整数）を含むことを意味する。第１の指示数及び第２の指示数「の間の範囲／範囲」、並びに第１の指示数「から」第２の指示数「までの範囲／範囲」という句は、本明細書において互換的に使用され、第１及び第２の指示数、並びにそれらの間の全ての分数及び整数を含むことを意味する。

【0243】

本明細書で使用する「方法」という用語は、化学、薬学、生物学、生化学及び医学の実務者に公知であるか、又はこれらの者により、既知の様式、手段、技術及び手順から容易に開発されるものを含むが、これらに限定されない、所定の課題を達成するための様式、手段、技術及び手順を指す。

【0244】

特定の配列表に言及する場合、そのような言及は、例えば配列決定エラー、クローニングエラー、又は塩基置換、塩基欠失若しくは塩基付加をもたらす他の変化から生じるマイナーな配列変動を含むものとして、その相補配列に実質的に対応する配列も包含すると理解されるべきであるが、ただし、そのような変動の頻度は、５０ヌクレオチド中１未満、あるいは１００ヌクレオチド中１未満、あるいは２００ヌクレオチド中１未満、あるいは５００ヌクレオチド中１未満、あるいは１０００ヌクレオチド中１未満、あるいは５，０００ヌクレオチド中１未満、あるいは１０，０００ヌクレオチド中１未満である。

【0245】

本出願に開示される任意の配列識別番号（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ）は、そのＳＥＱ ＩＤ ＮＯがＤＮＡ配列形式又はＲＮＡ配列形式でのみ発現される場合であっても、そのＳＥＱ ＩＤ ＮＯが言及される文脈に依存して、ＤＮＡ配列又はＲＮＡ配列のいずれかを指し得ることが理解される。同様に、いくつかの配列は、記載される分子の実際のタイプに応じて、ＲＮＡ配列形式で表されるが（例えば、ウラシルについてＵを記載する）、それは、ｄｓＲＮＡを含むＲＮＡ分子の配列、又は示されるＲＮＡ配列に対応するＤＮＡ分子の配列のいずれかを指すことができる。いずれにしても、任意の置換体と共に開示される配列を有するＤＮＡ分子及びＲＮＡ分子の両方が想定される。

【0246】

明確にするために別々の実施形態の文脈で説明される本発明の特定の特徴は、単一の実施形態において組み合わせて提供されてもよいことが理解される。逆に、簡潔にするために単一の実施形態の文脈で記載されている本発明の様々な特徴は、別々に、又は任意の好適なサブコンビネーションで、又は本発明の任意の他の記載された実施形態において好適なように提供されてもよい。様々な実施形態の文脈で説明される特定の特徴は、実施形態がそれらの要素なしで動作しない場合を除き、それらの実施形態の本質的な特徴とみなされるべきではない。

【0247】

上記で説明され、以下の特許請求の範囲の項で請求される本発明の様々な実施形態及び態様は、以下の実施例において実験的な裏付けを見出す。

【実施例】

【0248】

ここで以下の実施例を参照するが、これらの実施例は、上記の説明と共に、本発明のいくつかの実施形態を非限定的に例示するものである。

【0249】

一般に、本明細書中で使用される命名法、及び本発明において利用される実験手順は、分子技術、生化学技術、微生物学的技術、及び組換えＤＮＡ技術を含む。このような技術は、文献において十分に説明されている。例えば、以下を参照：「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）、「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｒ．Ｍ．，ｅｄ．（１９９４）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，」Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ（１９８９）、Ｐｅｒｂａｌ，「Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，」Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８８）、Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ，」Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｂｏｏｋｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、Ｂｉｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ）「Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ Ｓｅｒｉｅｓ，」Ｖｏｌｓ．１－４，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９８）。また、以下の米国特許に記載の方法も参照：米国特許第４，６６６，８２８号、同第４，６８３，２０２号、同第４，８０１，５３１号、同第５，１９２，６５９号、及び同第５，２７２，０５７号。更に、以下も参照：「Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｈａｎｄｂｏｏｋ，」Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．，ｅｄ．（１９９４）、「Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ－Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ」ｂｙ Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｗｉｌｅｙ－Ｌｉｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９４），Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ、「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ－ＩＩＩ Ｃｏｌｉｇａｎ Ｊ．Ｅ．，ｅｄ．（１９９４）、Ｓｔｉｔｅｓ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ），「Ｂａｓｉｃ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ），Ａｐｐｌｅｔｏｎ ＆ Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ（１９９４）、Ｍｉｓｈｅｌｌ ａｎｄ Ｓｈｉｉｇｉ（ｅｄｓ），「Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，」Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８０）。利用可能な免疫学的検定は、特許文献及び科学文献に広く記載されており、例えば、米国特許第３，７９１，９３２号、同第３，８３９，１５３号、同第３，８５０，７５２号、同第３，８５０，５７８号、同第３，８５３，９８７号、同第３，８６７，５１７号、同第３，８７９，２６２号、同第３，９０１，６５４号、同第３，９３５，０７４号、同第３，９８４，５３３号、同第３，９９６，３４５号、同第４，０３４，０７４号、同第４，０９８，８７６号、同第４，８７９，２１９号、同第５，０１１，７７１号、及び同第５，２８１，５２１号を参照。また、以下も参照：「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」Ｇａｉｔ，Ｍ．Ｊ．，ｅｄ．（１９８４）、「Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．，ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｓ．Ｊ．，ｅｄｓ．（１９８５）、「Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ」Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．，ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ Ｓ．Ｊ．，ｅｄｓ．（１９８４）、「Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ」Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．，ｅｄ．（１９８６）、「Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ」ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）、「Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ」Ｐｅｒｂａｌ，Ｂ．，（１９８４）ａｎｄ「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」Ｖｏｌ．１－３１７，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、「ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ Ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，」Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（１９９０）、Ｍａｒｓｈａｋ ｅｔ ａｌ．，「Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ－Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｃｏｕｒｓｅ Ｍａｎｕａｌ」ＣＳＨＬ Ｐｒｅｓｓ（１９９６）。以上は全て、参照により本明細書に完全に記載されているかのように組み込まれる。他の一般的な参考文献は、本明細書を通して提供される。その中の手順は、その技術分野において周知であると考えられ、読者の便宜のために提供される。そこに含まれる全ての情報は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0250】

実施例１ ファージの単離及び特徴付け
材料及び方法
細菌標的アセンブリ、細菌配列決定、及び特徴付け：
ＡＴＣＣ、ＣＣＵＧ、ＢＥＩ、及びＩＭＨＡ細菌リポジトリから、損傷ヒト皮膚由来の以下の１２０個の細菌単離株の集合体を入手し、感染ファージの単離に使用した。ＡＴＣＣ－ＨＦＨ－３０６７６、ＡＴＣＣ－ＮＣＴＣ ９３１８、ＢＥＩ－ＨＦＨ－２９５６８、ＢＥＩ－ＭＲＳＡ１３１、ＢＥＩ－Ｓａ１２６３、ＢＥＩ－Ｓａ１３０３、ＢＥＩ－ＳＡ１９１２、ＣＣＵＧ－１０７７８、ＣＣＵＧ－１７４１７、ＣＣＵＧ－３０１８８ Ｂ、ＣＣＵＧ－３５６０３、ＣＣＵＧ－３８６０４、ＣＣＵＧ－４７２０７、ＣＣＵＧ－４９２５５、ＣＣＵＧ－５６４５０、ＣＣＵＧ－６０５７８、ＣＣＵＧ－６８１４５、ＣＣＵＧ－７４１０、ＩＨＭＡ－２１６２９８０、ＩＨＭＡ－２１６３５７９、ＩＨＭＡ－２１６３５９８、ＩＨＭＡ－２１６３６５３、ＩＨＭＡ－２１６３６８１、ＩＨＭＡ－２１６３７０３、ＩＨＭＡ－２１６３７０９、ＩＨＭＡ－２１６３７１４、ＩＨＭＡ－２１６３７１９、ＩＨＭＡ－２１６４１６８、ＩＨＭＡ－２１６４１６９、ＩＨＭＡ－２１６４１７２、ＩＨＭＡ－２１６４１７３、ＩＨＭＡ－２１６４１７４、ＩＨＭＡ－２１６４１７８、ＩＨＭＡ－２１６４１８２、ＩＨＭＡ－２１６４１８８、ＩＨＭＡ－２１６４１８９、ＩＨＭＡ－２１６４１９０、ＩＨＭＡ－２１６４１９２、ＩＨＭＡ－２１６４１９４、ＩＨＭＡ－２１６４１９５、ＩＨＭＡ－２１６４１９６、ＩＨＭＡ－２１６４１９７、ＩＨＭＡ－２１６４２０１、ＩＨＭＡ－２１６４２０４、ＩＨＭＡ－２１６４２０５、ＩＨＭＡ－２１６４２０６、ＩＨＭＡ－２２１３８６１、ＩＨＭＡ－２２１３８６９、ＩＨＭＡ－２２１３９０５、ＩＨＭＡ－２２１３９０７、ＩＨＭＡ－２２１３９１８、ＩＨＭＡ－２２１３９４８、ＩＨＭＡ－２２１３９６５、ＩＨＭＡ－２２１３９７６、ＩＨＭＡ－２２１３９８５、ＩＨＭＡ－２２１３９９３、ＩＨＭＡ－２２１４００３、ＩＨＭＡ－２２２１１０７、ＩＨＭＡ－２２２１１０８、ＩＨＭＡ－２２２１１１３、ＩＨＭＡ－２２２１１１５、ＩＨＭＡ－２２２１１１８、ＩＨＭＡ－２２２１１１９、ＩＨＭＡ－２２２１１２０、ＩＨＭＡ－２２２１１２４、ＩＨＭＡ－２２２１１２５、ＩＨＭＡ－２２２１１２７、ＩＨＭＡ－２２４４２６０、ＩＨＭＡ－２２４４２６１、ＩＨＭＡ－２２４４２６９、ＩＨＭＡ－２２４４２８９、ＩＨＭＡ－２２４４３１１、ＩＨＭＡ－２２４４３３３、ＩＨＭＡ－２２５０００８、ＩＨＭＡ－２２６２２３０、ＩＨＭＡ－２２６２２８５、ＩＨＭＡ－２２６２３３８、ＩＨＭＡ－２２６２３４２、ＩＨＭＡ－２２６２３４６、ＩＨＭＡ－２２６２３５５、ＩＨＭＡ－２２６２３６６、ＩＨＭＡ－２２６２３７３、ＩＨＭＡ－２２６２３８８、ＩＨＭＡ－２２６２３９６、ＩＨＭＡ－２２６２４０４、ＩＨＭＡ－２２６２４１０、ＩＨＭＡ－２２６２４１１、ＩＨＭＡ－２２６２４１４、ＩＨＭＡ－２２６２４１７、ＩＨＭＡ－２２６２４１８、ＩＨＭＡ－２２６２４２５、ＩＨＭＡ－２２６２４２６、ＩＨＭＡ－２２６２４２７、ＩＨＭＡ－２２８１０１７、ＩＨＭＡ－２２８１０１８、ＩＨＭＡ－２２８１０１９、ＩＨＭＡ－２２８１０２０、ＩＨＭＡ－２２８１０２１、ＩＨＭＡ－２２８１０２２、ＩＨＭＡ－２２８１０２４、ＩＨＭＡ－２２８１０２６、ＩＨＭＡ－２２８１０２７、ＩＨＭＡ－２２８１０３０、ＩＨＭＡ－２２８１０３１、ＩＨＭＡ－２３１１５２０、ＩＨＭＡ－２３１１５２５、ＩＨＭＡ－２３１１５２７、ＩＨＭＡ－２３１１５２９、ＩＨＭＡ－２３１１５３１、ＩＨＭＡ－２３１１５３５、ＩＨＭＡ－２３１１５３６、ＩＨＭＡ－２３１１５４７、ＩＨＭＡ－２３１１５４８、ＩＨＭＡ－２３１１５４９、ＩＨＭＡ－２３１１５５０、ＩＨＭＡ－２３１１５５２、ＩＨＭＡ－２３１１５５３、ＩＨＭＡ－２３１１５６８、及びＩＨＭＡ－２３１１５８８。

【0251】

単離株は、黄色ブドウ球菌系統樹全体にわたって良好に分布している（図４）。各黄色ブドウ球菌単離株を、１５０ｂｐペアエンドリードの、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｎｅｘｔｅｒａ配列決定を使用して配列決定した。Ｔｒｉｍｇａｌｏｒｅ（ｇｉｔｈｕｂ（ｄｏｔ）ｃｏｍ／ＦｅｌｉｘＫｒｕｅｇｅｒ／ＴｒｉｍＧａｌｏｒｅ）／ＴｒｉｍＧａｌｏｒｅ）及びｃｕｔａｄａｐｔ（Ｍａｒｔｉｎ，２０１１）を使用して、アダプタ除去及び品質トリミングを行った。３０未満のｐｈｒｅｄスコアを有する位置をリードから削除し、低品質ヌクレオチドを除去した後の５５ｂｐより短いリードを完全に廃棄した。ＳＰＡｄｅｓ（Ｂａｎｋｅｖｉｃｈら、２０１２）を用いてアセンブリを行った。黄色ブドウ球菌分類の検証を、ｐｕｂｍｌｓｔ（ドット）ｏｒｇ／ｏｒｇａｎｉｓｍｓ／ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓを使用して行った。結果は、アセンブリのコンティグを、ｒｅｆｓｅｑ（ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｎｃｂｉ（ｄｏｔ）ｎｌｍ（ｄｏｔ）ｎｉｈ（ｄｏｔ）ｇｏｖ／ｒｅｆｓｅｑ／）で提供される既知のブドウ球菌種のゲノムと比較することによって得られた。ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，１９９０）を用いて比較を行い、既知のブドウ球菌種間の同一性に由来する系統樹からブドウ球菌種を決定した。なお、距離測定基準はＭａｓｈである（Ｏｎｄｏｖ ｅｔ ａｌ．，２０１６）。細菌分離株のクローン複合体及びＭＬＳＴを、ｐｕｂｍｌｓｔ（ドット）ｏｒｇ／ｏｒｇａｎｉｓｍｓ／ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ－ａｕｒｅｕｓによって決定した。

【0252】

ファージ単離、増幅及びファージ力価の決定
ファージを液体ブロス又は軟アガー二重アガー重層プラークから増幅した。液体ブロスからの増幅を、５０μＬの単離ファージ試料を、ＭＯＩ ０．０１で４ｍＬの対数期宿主培養物中にＯＤ＝０．０５で希釈し、３７℃又は３２℃（皮膚温度を模倣）で一晩インキュベートすることによって実施した。表皮ブドウ球菌プラークから増幅された場合、１μＬループを使用してプラーク全体を採取し、培養物中にプラークを放出した（ＯＤ６００＝０．０５）。チューブを遠心分離し、上清を０．４５μｍフィルターで濾過し、１ｍＭの二価イオンＣａ^２＋及びＭｇ^２＋を添加した。

【0253】

ファージ力価を以下のようにドロッププラークアッセイによって決定した：４ｍＬの液体ＢＨＩＳに宿主の５～１０個のコロニーを接種し、ＯＤが２になるまで（１６時間）３７℃でインキュベートすることによって宿主培養物を調製した。１５０μＬの宿主培養液を、二価イオンＭｎ^２＋、Ｃａ^２＋及びＭｇ^２＋を含む４ｍＬの溶融トップアガー（ＢＨＩＳトップアガー：ＢＨＩＳ培地、０．４％アガロース）に添加し、ＢＨＩＳアガープレート（１．６％アガロース）上に分注した。プレートを室温で１５分間放置して固化させた後、プレートを３７℃で３０分間インキュベートした。次いで、ファージ試料の希釈物を滴下した（５μＬ）。プレートを一晩インキュベートした後、プラークを計数し（１０～５０プラーク／滴）、ファージ力価を決定した（プラーク数×２００×計数希釈の逆数＝ＰＦＵ／ｍＬ）。

【0254】

固体宿主範囲
上記セクション（「ファージ単離、増幅及びファージ力価の決定」セクション）で詳述したのと同じ様式で、固体宿主範囲を実施した。プラーク計数（１０～５０プラーク／滴）及びファージ力価／宿主の決定後、平板培養の有効性（Efficiency of Plating、ＥＯＰ）を以下のように計算した。

【0255】

【数1】

【0256】

感受性／耐性決定のために、０．１を超えるＥＯＰ（ＥＯＰ＞０．１）は、対応する細菌が各々のファージに感受性であることを意味する。％カバレッジは、試験した細菌株の数のパーセントとして感受性であることが判明した感受性細菌の数に基づいて決定した。

【0257】

液体宿主範囲：
各試験株の１０個の細菌コロニーを採取し、４ｍＬの液体ＢＨＩＳを予め充填した培養管に移した。１８０ｒｐｍ、３７℃で一晩（１５～１６時間）振盪することによって、培養物をＯＤ６００≧１．５までインキュベートした。細菌培養物を、１ｍＭ ＭＭＣイオンを補充したＢＨＩＳを使用して希釈して、０．０５の最終ＯＤ６００に到達させ、９６ウェルプレートに分注した。各ファージを１０^８ＰＦＵ／ｍｌの濃度に希釈し、等しい比率で混合してカクテルの組み合わせを得た。次いで、１０μＬの単一又はカクテルファージをウェルに添加して、最終濃度を１０^６ＰＦＵ／ウェルとした。「ファージなし対照」（ＮＰＣ）については、ＢＨＩＳを適切なウェルに添加した。鉱油を各ウェルに添加して試料の蒸発を減少させ、プレートを滅菌フィルムで覆って細菌を増殖させ、培養物を滅菌状態に保った。プレートを、振盪しながら３７℃でプレートリーダーにおいて２４時間インキュベートし、ＯＤ６００を２０分毎に測定した。アッセイのために２回の生物学的反復を行い、１ｍＭのＭＭＣイオンを補充したＢＨＩＳ培地をブランクとして使用した。

【0258】

宿主範囲決定のために、細菌株は、アッセイの終わりに突然変異体が生じても、アッセイ中にＯＤ６００値の減少が観察された場合（ＯＤ_６００＜０．１）、ファージに関して感受性であると定義された。

【0259】

宿主の総クリアランスを評価するアッセイのために、培養物を３７℃又は３２℃で２４時間又は７２時間インキュベートしたことを除いて、上記と同じ手順を使用した。最終ＯＤ６００が０．２以下（クリアランス閾値とも呼ばれる）であった場合に、クリアランスを宣言した。３７℃と３２℃との間に宿主範囲の有意差は見られなかった。試験した細菌株の数のパーセントとして感受性であることが判明した感受性細菌の数に基づいて、％カバレッジを決定した。

【0260】

結果
損傷ヒト皮膚からの黄色ブドウ球菌単離株を用いてファージを探索した。ファージを環境試料（下水道）から単離し、精製し、配列決定した。それらの分類は、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ｔａｘｏｎｏｍｙ ｏｆ Ｖｉｒｕｓｅｓ（ＩＣＴＶ）分類に基づく配列から推定した（表２）。更に、この配列を用いてファージ間の距離（配列相同性）を決定した（図１）。

【0261】

【表2】

【0262】

【表3】

【0263】

具体的には、ファージＳＴＡ４８－１は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７０で寄託されている。

【0264】

ファージＳＴＡ４８－２は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７１で寄託されている。

【0265】

ファージＳＴＡ４８－３は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７２で寄託されている。

【0266】

ファージＳＴＡ４８－４は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７３で寄託されている。

【0267】

ファージＳＴＡ４８－５は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７４で寄託されている。

【0268】

ファージＳＴＡ４８－６は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７５で寄託されている。

【0269】

ファージＳＴＡ４８－７は、２０２１年１２月６日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｆ／００１７６で寄託されている。

【0270】

単離されたファージの局所ＢＬＡＳＴに基づく相同性％を、図１に記載するように比較した。

【0271】

ファージの宿主範囲（host range、ＨＲ）を試験した。単離されたファージのＨＲ分析を、上で詳述したように、固体アッセイにおいて行った。これらの単離された黄色ブドウ球菌株のカバレッジ（％）を以下の表３にまとめる。

【0272】

【表4】

【0273】

ファージＳＴＡ４８－１及びＳＴＡ４８－７の宿主範囲も、上述の細菌標的アセンブリ（１１９個の単離株）に基づいて、液体アッセイで評価したが、上述の感度閾値に基づいて、それぞれ８７．４％及び６５．５％であることが判明した。

【0274】

４つのファージＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－５、及びＳＴＡ４８－４の組み合わせを使用して、上記の細菌標的アセンブリ（１１９個の単離株）に基づいて、上述のアッセイに従って液体中でのクリアランス性能を評価し、８７％のクリアランスが得られた。すなわち、上述のクリアランス閾値に基づいて、試験した宿主株の８７％が、ファージの組み合わせによってクリアランスされた。

【0275】

以下の表４における３つの組み合わせを、２２個の宿主株のサブグループに基づいて、液体クリアランスアッセイにおいて評価した。達成された％クリアランスを、表４に詳述する。

【0276】

【表5】

【0277】

ファージの宿主範囲もまた、感染細菌のクローン複合体に従って、プロファイリングした。結果を図２に記載する。少なくとも１つの細菌メンバーが、対応するファージによって感染されていることが判明したクローン複合体インスタンスは、「＋」とマークされた。図２に示すように、全部で７個のクローン複合体がファージに感染していることが判明した。ファージの宿主範囲はまた、ｐｕｂｍｌｓｔ（ｐｕｂｍｌｓｔ（ｄｏｔ）ｏｒｇ／）に対するコンティグをスキャンするｍｌｓｔ（ｇｉｔｈｕｂ（ｄｏｔ）ｃｏｍ／ｔｓｅｅｍａｎｎ／ｍｌｓｔ）を使用する、多座配列タイピング（ＭＬＳＴ）に従ってプロファイリングした。結果を図３に記載する。少なくとも１つの細菌メンバーが、対応するファージによって感染されていることが判明したＭＬＳＴインスタンスは、「＋」とマークされた。

【0278】

実施例２ 株によって定義される細菌カバレッジに従って選択されたファージの組み合わせ
この実施例については、特定のファージは、本明細書の上記の表２における一文字表記によって参照される。

【0279】

２つのファージの組み合わせ
２つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、（実施例１に記載されるように）黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0280】

感染した細菌株の百分率数によって分類された代替的組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化される１１９種の株のパーセント）を指す。組み合わせは、性能グレードの降順で列挙されている。

【0281】

したがって、例えば［ｂａ；８６］の場合、ＳＴＡ４８－４及びＳＴＡ４８－１は、分析された黄色ブドウ球菌の全ての株の８６％を溶解しており、２つのファージの全ての組み合わせのうち、最も高いカバレッジを提供している。

【0282】

［ｂａ；８６］［ｃｄ；８５］［ｄａ；８５］［ｄｇ；８５］［ｂｃ；８５］［ｂｇ；８４］［ａｆ；８４］［ｃｆ；８３］［ｂｄ；８３］［ａｅ；８３］［ａｇ；８３］［ｃａ；８２］［ｇｅ；８１］［ｃｅ；８１］［ｄｆ；８１］［ｄｅ；８０］［ｇｆ；８０］［ｃｇ；７９］［ｂｆ；６５］［ｆｅ；５９］［ｂｅ；５３］。

【0283】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセントが提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージの組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0284】

したがって、例えば、［ｃａ；７３］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５及びＳＴＡ４８－１が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の７３％が、これらのファージの両方によって標的化された。

【0285】

［ｃａ；７３］［ｃｇ；７０］［ａｇ；６９］［ｄａ；６７］［ｃｄ；６４］［ｄｇ；６１］［ｂａ；４４］［ｂｃ；４３］［ｂｄ；４２］［ｂｇ；４１］［ｂｅ；３９］［ａｅ；３６］［ａｆ；３６］［ｃｅ；３６］［ｃｆ；３４］［ｄｅ；３４］［ｇｆ；３４］［ｇｅ；３２］［ｄｆ；３２］［ｂｆ；２７］［ｆｅ；２２］。

【0286】

３つのファージの組み合わせ
３つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0287】

対応する「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセントを指す。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0288】

例えば、［ｂｄｇ；９２］の場合、最も高いカバレッジを提供した組み合わせ、ＳＴＡ４８－４、ＳＴＡ４８－７、及びＳＴＡ４８－６は、分析された黄色ブドウ球菌の全ての株の９２％を溶解した。

【0289】

［ｂｄｇ；９２］［ｂｃｄ；９２］［ｂｄａ；９１］［ｄｇｅ；９０］［ｂａｇ；９０］［ｃｄｆ；９０］［ｄｇｆ；８９］［ｃｄｅ；８９］［ｂｃａ；８９］［ｂａｆ；８８］［ｄａｇ；８８］［ｄａｆ；８８］［ｄａｅ；８８］［ｂｃｇ；８７］［ｃａｆ；８７］［ａｇｆ；８７］［ｃｄａ；８７］［ｂｃｆ；８６］［ｂｄｆ；８６］［ａｇｅ；８６］［ｂａｅ；８６］［ｃｄｇ；８６］［ｃａｅ；８６］［ａｆｅ；８６］［ｂｃｅ；８５］［ｃｇｆ；８５］［ｂｇｅ；８５］［ｂｇｆ；８５］［ｃｆｅ；８４］［ｃｇｅ；８４］［ｄｆｅ；８４］［ｃａｇ；８３］［ｂｄｅ；８３］［ｇｆｅ；８３］［ｂｆｅ；６６］。

【0290】

対応する「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0291】

したがって、例えば、［ｃａｇ；７８］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の７８％が、３つのファージのうちの少なくとも２つによって標的化された。

【0292】

［ｃａｇ；７８］［ｃｄａ；７７］［ｃｄｇ；７７］［ｄａｇ；７６］［ｃａｅ；７５］［ｂｃａ；７５］［ｃａｆ；７５］［ａｇｅ；７５］［ｄａｆ；７４］［ｃｇｅ；７４］［ｂａｇ；７４］［ｂｃｇ；７３］［ｂｄａ；７３］［ａｇｆ；７２］［ｃｇｆ；７２］［ｄａｅ；７１］［ｃｄｆ；６９］［ｂｃｄ；６９］［ｃｄｅ；６８］［ｄｇｆ；６８］［ｂｄｇ；６７］［ｄｇｅ；６６］［ｂｃｆ；６０］［ｂｇｆ；５９］［ｂａｆ；５９］［ｂｄｆ；５６］［ｃｆｅ；５６］［ａｆｅ；５５］［ｇｆｅ；５４］［ｄｆｅ；５３］［ｂｃｅ；５０］［ｂａｅ；５０］［ｂｄｅ；５０］［ｂｇｅ；４９］［ｂｆｅ；４６］。

【0293】

ファージ組み合わせの３つのファージによって感染される宿主細菌株のパーセントが提供される。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0294】

したがって、例えば、［ｃａｇ；６７］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の６７％が、３つのファージのうちの各々によって標的化された。

【0295】

［ｃａｇ；６７］［ｃｄａ；６４］［ｄａｇ；６０］［ｃｄｇ；５９］［ｂｃａ；４２］［ｂｃｇ；４１］［ｂｄａ；４０］［ｂａｇ；４０］［ｂｃｄ；４０］［ｂｄｇ；３８］［ｂａｅ；３５］［ｃａｅ；３５］［ｃａｆ；３４］［ｂｃｅ；３４］［ｃｇｆ；３３］［ａｇｆ；３３］［ｃｄｅ；３３］［ｄａｅ；３３］［ｃｇｅ；３２］［ｂｄｅ；３２］［ｂｇｅ；３１］［ａｇｅ；３１］［ｄａｆ；３１］［ｃｄｆ；３１］［ｄｇｅ；３１］［ｄｇｆ；３０］［ｂａｆ；２４］［ｂｄｆ；２２］［ｂｃｆ；２２］［ｂｇｆ；２１］［ｂｆｅ；２１］［ａｆｅ；１９］［ｃｆｅ；１８］［ｄｆｅ；１８］［ｇｆｅ；１７］。

【0296】

４つのファージの組み合わせ
４つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0297】

対応する「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0298】

例えば、［ｂｄａｇ；９３］の場合、最も高いカバレッジを提供した４つのファージの組み合わせ、ＳＴＡ４８－４、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６は、分析された黄色ブドウ球菌の全ての株の９３％を溶解した。

【0299】

［ｂｄａｇ；９３］［ｂｄｇｆ；９３］［ｂｃｄｆ；９３］［ｂｄａｆ；９２］［ｂｃｄｇ；９２］［ｂｄｇｅ；９２］［ｂｃｄａ；９２］［ｂｃｄｅ；９２］［ｂｄａｅ；９１］［ｂａｇｆ；９１］［ｄｇｆｅ；９１］［ｂｃａｆ；９１］［ｄａｇｆ；９１］［ｃｄａｆ；９１］［ｃｄｆｅ；９１］［ｄａｇｅ；９１］［ｃｄａｅ；９０］［ｂｃａｇ；９０］［ｂａｇｅ；９０］［ｃｄｇｅ；９０］［ｃｄｇｆ；９０］［ｄａｆｅ；９０］［ｂｃａｅ；８９］［ｃｄａｇ；８８］［ｂａｆｅ；８８］［ｃａｆｅ；８８］［ｂｃｇｆ；８８］［ａｇｆｅ；８８］［ｃａｇｆ；８７］［ｂｃｇｅ；８７］［ｂｄｆｅ；８６］［ｂｃｆｅ；８６］［ｃａｇｅ；８６］［ｂｇｆｅ；８６］［ｃｇｆｅ；８６］。

【0300】

対応する「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0301】

したがって、例えば、［ｂｄａｇ；８１］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－４、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の８１％が、４つのファージのうちの少なくとも２つによって標的化された。

【0302】

［ｂｄａｇ；８１］［ｂｃｄａ；８１］［ｃａｇｆ；８１］［ｄａｇｅ；８１］［ｄａｇｆ；８１］［ｃｄａｆ；８１］［ｃｄａｅ；８１］［ｃｄｇｆ；８０］［ｃａｇｅ；８０］［ｂｃｄｇ；８０］［ｃｄａｇ；８０］［ｂｃａｇ；８０］［ｂｃｇｅ；７９］［ｂｃｇｆ；７９］［ｂｃａｅ；７９］［ｃｄｇｅ；７９］［ｃｇｆｅ；７９］［ｂｃａｆ；７９］［ｂａｇｅ；７８］［ａｇｆｅ；７８］［ｃａｆｅ；７８］［ｂａｇｆ；７８］［ｂｄａｅ；７６］［ｂｄａｆ；７６］［ｄａｆｅ；７６］［ｃｄｆｅ；７５］［ｂｃｄｆ；７５］［ｄｇｆｅ；７４］［ｂｃｄｅ；７４］［ｂｄｇｅ；７３］［ｂｄｇｆ；７３］［ｂａｆｅ；６２］［ｂｃｆｅ；６２］［ｂｇｆｅ；６２］［ｂｄｆｅ；６０］。

【0303】

対応する「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0304】

したがって、例えば、［ｃｄａｇ；７５］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の７５％が、４つのファージのうちの少なくとも３つによって標的化された。

【0305】

［ｃｄａｇ；７５］［ｃａｇｅ；７１］［ｂｃａｇ；７０］［ｃａｇｆ；６８］［ｃｄａｆ；６７］［ｂｃｄａ；６６］［ｃｄａｅ；６５］［ｄａｇｆ；６４］［ｂｄａｇ；６４］［ｃｄｇｆ；６４］［ｃｄｇｅ；６４］［ｂｃｄｇ；６４］［ｄａｇｅ；６４］［ｂｃａｆ；５６］［ｂｄａｆ；５５］［ｂａｇｆ；５４］［ｂｃｄｆ；５３］［ｂｃｇｆ；５３］［ｃａｆｅ；５３］［ｂｄｇｆ；５３］［ｄａｆｅ；５０］［ａｇｆｅ；５０］［ｃｇｆｅ；４９］［ｃｄｆｅ；４８］［ｂｃａｅ；４７］［ｄｇｆｅ；４７］［ｂｄａｅ；４６］［ｂａｇｅ；４６］［ｂｃｄｅ；４５］［ｂｃｇｅ；４４］［ｂｃｆｅ；４４］［ｂａｆｅ；４３］［ｂｄｇｅ；４３］［ｂｄｆｅ；４２］［ｂｇｆｅ；４２］。

【0306】

ファージの組み合わせの４つのファージによって感染される宿主株のパーセントは、本明細書において以下に提供される。この特性は、本明細書において「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」と称される。したがって、例えば、［ｃｄａｇ；５７］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、及びＳＴＡ４８－６が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の５７％が、４つのファージのうちの各々によって標的化された。

【0307】

［ｃｄａｇ；５７］［ｂｃｄａ；４０］［ｂｃａｇ；４０］［ｂｄａｇ；３８］［ｂｃｄｇ；３８］［ｃｄａｅ；３３］［ｃａｇｆ；３３］［ｂｃａｅ；３３］［ｃａｇｅ；３１］［ｂｃｇｅ；３１］［ｂｃｄｅ；３１］［ｂｄａｅ；３１］［ｂａｇｅ；３１］［ｃｄｇｅ；３１］［ｃｄａｆ；３１］［ｄａｇｅ；３１］［ｃｄｇｆ；３０］［ｄａｇｆ；３０］［ｂｄｇｅ；３０］［ｂｃａｆ；２２］［ｂａｇｆ；２１］［ｂｃｇｆ；２１］［ｂｄａｆ；２０］［ｂｃｄｆ；２０］［ｂｄｇｆ；１９］［ｂａｆｅ；１９］［ｃａｆｅ；１８］［ｂｃｆｅ；１７］［ｂｄｆｅ；１７］［ｃｇｆｅ；１７］［ａｇｆｅ；１７］［ｃｄｆｅ；１７］［ｄａｆｅ；１７］［ｂｇｆｅ；１６］［ｄｇｆｅ；１６］。

【0308】

５つのファージの組み合わせ
５つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0309】

対応する「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化される１１９種の株のパーセント）を指す。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0310】

例えば、［ｂｄａｇｆ；９４］の場合、最も高いカバレッジを提供した５つのファージの組み合わせ、ＳＴＡ４８－４、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－６、及びＳＴＡ４８－２は、分析された黄色ブドウ球菌の全ての株の９４％を溶解した。

【0311】

［ｂｄａｇｆ；９４］［ｂｃｄａｆ；９４］［ｂｃｄｆｅ；９３］［ｂｄｇｆｅ；９３］［ｂｄａｇｅ；９３］［ｂｃｄａｇ；９３］［ｂｃｄｇｆ；９３］［ｂｃｄｇｅ；９２］［ｂｄａｆｅ；９２］［ｂｃｄａｅ；９２］［ｄａｇｆｅ；９２］［ｃｄａｆｅ；９２］［ｂｃａｇｆ；９１］［ｂｃａｆｅ；９１］［ｂａｇｆｅ；９１］［ｃｄａｇｆ；９１］［ｃｄａｇｅ；９１］［ｃｄｇｆｅ；９１］［ｂｃａｇｅ；９０］［ｂｃｇｆｅ；８８］［ｃａｇｆｅ；８８］。

【0312】

対応する「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0313】

したがって、例えば、［ｂｄａｇｆ；８４］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－４、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－６、及びＳＴＡ４８－２が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の８４％が、５つのファージのうちの少なくとも２つによって標的化された。

【0314】

［ｂｄａｇｆ；８４］［ｄａｇｆｅ；８４］［ｃｄｇｆｅ；８４］［ｂｄａｇｅ；８４］［ｃｄａｇｆ；８４］［ｂｃｄｇｆ；８４］［ｂｃｄｇｅ；８４］［ｂｃａｇｆ；８４］［ｂｃｄａｅ；８４］［ｂｃａｇｅ；８３］［ｃｄａｆｅ；８３］［ｂｃｄａｆ；８３］［ｂｃｄａｇ；８３］［ｃａｇｆｅ；８３］［ｃｄａｇｅ；８２］［ｂｃｇｆｅ；８１］［ｂｃａｆｅ；８０］［ｂａｇｆｅ；８０］［ｂｄａｆｅ；７８］［ｂｄｇｆｅ；７５］［ｂｃｄｆｅ；７５］。

【0315】

対応する「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0316】

したがって、例えば、［ｃｄａｇｅ；７６］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－６、及びＳＴＡ４８－３が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の７６％が、５つのファージのうちの少なくとも３つによって標的化された。

【0317】

［ｃｄａｇｅ；７６］［ｂｃｄａｇ；７６］［ｃｄａｇｆ；７５］［ｃａｇｆｅ；７３］［ｂｃａｇｅ；７３］［ｂｃａｇｆ；７２］［ｂｃｄａｆ；７１］［ｃｄａｆｅ；７０］［ｂｃｄａｅ；６９］［ｄａｇｆｅ；６９］［ｂｄａｇｅ；６９］［ｂｄａｇｆ；６９］［ｂｃｄｇｆ；６７］［ｃｄｇｆｅ；６７］［ｂｃｄｇｅ；６６］［ｂｃａｆｅ；６０］［ｂａｇｆｅ；５９］［ｂｃｄｆｅ；５９］［ｂｃｇｆｅ；５９］［ｂｄａｆｅ；５７］［ｂｄｇｆｅ；５７］。

【0318】

対応する「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」との組み合わせが、本明細書において以下に提供される。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0319】

したがって、例えば、［ｃｄａｇｆ；６３］の場合、すなわち、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－７、ＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－６、及びＳＴＡ４８－２が組み合わせて使用される場合、分析された細菌株の６３％が、５つのファージのうちの少なくとも４つによって標的化された。

【0320】

［ｃｄａｇｆ；６３］［ｃｄａｇｅ；６２］［ｂｃｄａｇ；６２］［ｂｃａｇｆ；５３］［ｂｃｄａｆ；５２］［ｂｄａｇｆ；５１］［ｂｃｄｇｆ；５１］［ｃａｇｆｅ；４８］［ｃｄａｆｅ；４７］［ｄａｇｆｅ；４６］［ｃｄｇｆｅ；４６］［ｂｃａｇｅ；４４］［ｂｃｄａｅ；４３］［ｂｃｄｇｅ；４２］［ｂｄａｇｅ；４２］［ｂｃａｆｅ；４１］［ｂｄａｆｅ；４０］［ｂａｇｆｅ；３９］［ｂｃｄｆｅ；３８］［ｂｃｇｆｅ；３８］［ｂｄｇｆｅ；３７］。

【0321】

実施例３ 細菌クローン複合体によって分類される宿主カバレッジに従って選択されたファージの組み合わせ
この実施例については、特定のファージは、本明細書の上記の表２における一文字表記によって参照される。

【0322】

２つのファージの組み合わせ
２つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のクローン複合体の細菌を溶解する単一ファージの能力によってプロファイリングされた、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0323】

以下の全ての組み合わせは、１１９の細菌株に関連するクローン複合体の１００％をカバーすることが判明した。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるクローン複合体によってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。

【0324】

［ｂｃ；１００］［ｂｄ；１００］［ｂａ；１００］［ｂｇ；１００］［ｂｆ；１００］［ｂｅ；１００］［ｃｄ；１００］［ｃａ；１００］［ｃｇ；１００］［ｃｆ；１００］［ｃｅ；１００］［ｄａ；１００］［ｄｇ；１００］［ｄｆ；１００］［ｄｅ；１００］［ａｇ；１００］［ａｆ；１００］［ａｅ；１００］［ｇｆ；１００］［ｇｅ；１００］［ｆｅ；１００］。

【0325】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0326】

［ｂｃ；１００］［ｃｇ；１００］［ｂａ；１００］［ｂｇ；１００］［ａｇ；１００］［ｃｄ；１００］［ｃａ；１００］［ｄｇ；１００］［ｄａ；１００］［ｂｄ；１００］［ｂｆ；８６］［ｂｅ；８６］［ｃｅ；８６］［ｃｆ；８６］［ｄｆ；８６］［ｄｅ；８６］［ａｆ；８６］［ａｅ；８６］［ｇｆ；８６］［ｇｅ；８６］［ｆｅ；７１］。

【0327】

３つのファージの組み合わせ
３つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のクローン複合体の細菌を溶解する単一ファージの能力によってプロファイリングされた、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0328】

以下の全ての組み合わせは、１１９の細菌株に関連するクローン複合体の１００％をカバーすることが判明した。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるクローン複合体によってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。

【0329】

［ｂｃｄ；１００］［ｂａｇ；１００］［ｂｃｇ；１００］［ｂｃｆ；１００］［ｂｃｅ；１００］［ｂｄａ；１００］［ｂｄｇ；１００］［ｂｄｆ；１００］［ｃｄｇ；１００］［ｂｃａ；１００］［ｂａｆ；１００］［ｂａｅ；１００］［ｂｇｆ；１００］［ｂｇｅ；１００］［ｂｆｅ；１００］［ｃｄａ；１００］［ｂｄｅ；１００］［ｃｄｆ；１００］［ｄａｆ；１００］［ｄａｅ；１００］［ｃａｆ；１００］［ｃａｅ；１００］［ｃｇｆ；１００］［ｃｇｅ；１００］［ｃｆｅ；１００］［ｄａｇ；１００］［ｃｄｅ；１００］［ｃａｇ；１００］［ｄｇｆ；１００］［ｄｇｅ；１００］［ｄｆｅ；１００］［ａｇｆ；１００］［ａｇｅ；１００］［ａｆｅ；１００］［ｇｆｅ；１００］。

【0330】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下の全ての組み合わせは、１００％に等しい「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」を有することが判明した。

【0331】

［ｂｃｄ；１００］［ｂａｇ；１００］［ｂｃｇ；１００］［ｂｃｆ；１００］［ｂｃｅ；１００］［ｂｄａ；１００］［ｂｄｇ；１００］［ｂｄｆ；１００］［ｃｄｇ；１００］［ｂｃａ；１００］［ｂａｆ；１００］［ｂａｅ；１００］［ｂｇｆ；１００］［ｂｇｅ；１００］［ｂｆｅ；１００］［ｃｄａ；１００］［ｂｄｅ；１００］［ｃｄｆ；１００］［ｄａｆ；１００］［ｄａｅ；１００］［ｃａｆ；１００］［ｃａｅ；１００］［ｃｇｆ；１００］［ｃｇｅ；１００］［ｃｆｅ；１００］［ｄａｇ；１００］［ｃｄｅ；１００］［ｃａｇ；１００］［ｄｇｆ；１００］［ｄｇｅ；１００］［ｄｆｅ；１００］［ａｇｆ；１００］［ａｇｅ；１００］［ａｆｅ；１００］［ｇｆｅ；１００］。

【0332】

ファージの組み合わせの３つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0333】

［ｂｃｄ；１００］［ｃｄｇ；１００］［ｃａｇ；１００］［ｂｃｇ；１００］［ｂｄａ；１００］［ｂｄｇ；１００］［ｂｃａ；１００］［ｂａｇ；１００］［ｄａｇ；１００］［ｃｄａ；１００］［ｂａｆ；８６］［ｂｄｆ；８６］［ｂａｅ；８６］［ｂｇｆ；８６］［ｂｃｅ；８６］［ｂｃｆ；８６］［ｂｇｅ；８６］［ｂｄｅ；８６］［ｃｄｆ；８６］［ｄａｆ；８６］［ａｇｅ；８６］［ａｇｆ；８６］［ｄｇｅ；８６］［ｄｇｆ；８６］［ｃｄｅ；８６］［ｄａｅ；８６］［ｃｇｅ；８６］［ｃｇｆ；８６］［ｃａｅ；８６］［ｃａｆ；８６］［ａｆｅ；７１］［ｄｆｅ；７１］［ｃｆｅ；７１］［ｂｆｅ；７１］［ｇｆｅ；７１］。

【0334】

４つのファージの組み合わせ
４つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のクローン複合体の細菌を溶解する単一ファージの能力によってプロファイリングされた、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0335】

本明細書において以下に提供される全ての組み合わせは、（それらのクローン複合体によってプロファイリングされる）組み合わせの少なくとも１つのファージによる１００％カバレッジをもたらす。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるクローン複合体によってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。

【0336】

［ｂｃｄａ；１００］［ｂｃｆｅ；１００］［ｂｃｄｆ；１００］［ｂｃｄｅ；１００］［ｂｃａｇ；１００］［ｂｃａｆ；１００］［ｂｃａｅ；１００］［ｂｃｇｆ；１００］［ｂａｇｆ；１００］［ｂｃｄｇ；１００］［ｂｄａｇ；１００］［ｂｄａｆ；１００］［ｂｄａｅ；１００］［ｂｄｇｆ；１００］［ｂｄｇｅ；１００］［ｂｄｆｅ；１００］［ｂｃｇｅ；１００］［ｂａｇｅ；１００］［ｃａｇｆ；１００］［ｃａｇｅ；１００］［ｃｄａｇ；１００］［ｃｄａｆ；１００］［ｃｄａｅ；１００］［ｃｄｇｆ；１００］［ｃｄｇｅ；１００］［ｃｄｆｅ；１００］［ｂａｆｅ；１００］［ｂｇｆｅ；１００］［ｃａｆｅ；１００］［ｃｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆ；１００］［ｄａｇｅ；１００］［ｄａｆｅ；１００］［ｄｇｆｅ；１００］［ａｇｆｅ；１００］。

【0337】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0338】

［ｂｃｄａ；１００］［ｂｃｆｅ；１００］［ｂｃｄｆ；１００］［ｂｃｄｅ；１００］［ｂｃａｇ；１００］［ｂｃａｆ；１００］［ｂｃａｅ；１００］［ｂｃｇｆ；１００］［ｂａｇｆ；１００］［ｂｃｄｇ；１００］［ｂｄａｇ；１００］［ｂｄａｆ；１００］［ｂｄａｅ；１００］［ｂｄｇｆ；１００］［ｂｄｇｅ；１００］［ｂｄｆｅ；１００］［ｂｃｇｅ；１００］［ｂａｇｅ；１００］［ｃａｇｆ；１００］［ｃａｇｅ；１００］［ｃｄａｇ；１００］［ｃｄａｆ；１００］［ｃｄａｅ；１００］［ｃｄｇｆ；１００］［ｃｄｇｅ；１００］［ｃｄｆｅ；１００］［ｂａｆｅ；１００］［ｂｇｆｅ；１００］［ｃａｆｅ；１００］［ｃｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆ；１００］［ｄａｇｅ；１００］［ｄａｆｅ；１００］［ｄｇｆｅ；１００］［ａｇｆｅ；１００］。

【0339】

ファージの組み合わせの３つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0340】

［ｂｃｄａ；１００］［ｂｃｆｅ；１００］［ｂｃｄｆ；１００］［ｂｃｄｅ；１００］［ｂｃａｇ；１００］［ｂｃａｆ；１００］［ｂｃａｅ；１００］［ｂｃｇｆ；１００］［ｂａｇｆ；１００］［ｂｃｄｇ；１００］［ｂｄａｇ；１００］［ｂｄａｆ；１００］［ｂｄａｅ；１００］［ｂｄｇｆ；１００］［ｂｄｇｅ；１００］［ｂｄｆｅ；１００］［ｂｃｇｅ；１００］［ｂａｇｅ；１００］［ｃａｇｆ；１００］［ｃａｇｅ；１００］［ｃｄａｇ；１００］［ｃｄａｆ；１００］［ｃｄａｅ；１００］［ｃｄｇｆ；１００］［ｃｄｇｅ；１００］［ｃｄｆｅ；１００］［ｂａｆｅ；１００］［ｂｇｆｅ；１００］［ｃａｆｅ；１００］［ｃｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆ；１００］［ｄａｇｅ；１００］［ｄａｆｅ；１００］［ｄｇｆｅ；１００］［ａｇｆｅ；１００］。

【0341】

ファージの組み合わせの４つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0342】

［ｂｃｄａ；１００］［ｂｄａｇ；１００］［ｂｃａｇ；１００］［ｂｃｄｇ；１００］［ｃｄａｇ；１００］［ｂｄｇｆ；８６］［ｂｄａｅ；８６］［ｂｄａｆ；８６］［ｂｄｇｅ；８６］［ｃａｇｆ；８６］［ｂｃｇｆ；８６］［ｂｃａｅ；８６］［ｂｃａｆ；８６］［ｂｃｄｅ；８６］［ｂｃｄｆ；８６］［ｂｃｇｅ；８６］［ｂａｇｆ；８６］［ｂａｇｅ；８６］［ｄａｇｅ；８６］［ｄａｇｆ；８６］［ｃｄａｆ；８６］［ｃｄａｅ；８６］［ｃｄｇｆ；８６］［ｃｄｇｅ；８６］［ｃａｇｅ；８６］［ｂｇｆｅ；７１］［ｃｄｆｅ；７１］［ｂｄｆｅ；７１］［ｂｃｆｅ；７１］［ｄｇｆｅ；７１］［ｂａｆｅ；７１］［ｃａｆｅ；７１］［ｃｇｆｅ；７１］［ｄａｆｅ；７１］［ａｇｆｅ；７１］。

【0343】

５つのファージの組み合わせ
５つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のクローン複合体の細菌を溶解する単一ファージの能力によってプロファイリングされた、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0344】

最大数の細菌株（それらのクローン複合体によってプロファイリングされる）を溶解する組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるクローン複合体によってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0345】

［ｂｃｄａｇ；１００］［ｂｃｄａｆ；１００］［ｂｃｄａｅ；１００］［ｂｃｄｇｆ；１００］［ｂｃｄｇｅ；１００］［ｂｃｄｆｅ；１００］［ｂｃａｇｆ；１００］［ｂｃａｇｅ；１００］［ｂｃａｆｅ；１００］［ｂｃｇｆｅ；１００］［ｂｄａｇｆ；１００］［ｂｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｆｅ；１００］［ｂｄｇｆｅ；１００］［ｂａｇｆｅ；１００］［ｃｄａｇｆ；１００］［ｃｄａｇｅ；１００］［ｃｄａｆｅ；１００］［ｃｄｇｆｅ；１００］［ｃａｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆｅ；１００］。

【0346】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0347】

［ｂｃｄａｇ；１００］［ｂｃｄａｆ；１００］［ｂｃｄａｅ；１００］［ｂｃｄｇｆ；１００］［ｂｃｄｇｅ；１００］［ｂｃｄｆｅ；１００］［ｂｃａｇｆ；１００］［ｂｃａｇｅ；１００］［ｂｃａｆｅ；１００］［ｂｃｇｆｅ；１００］［ｂｄａｇｆ；１００］［ｂｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｆｅ；１００］［ｂｄｇｆｅ；１００］［ｂａｇｆｅ；１００］［ｃｄａｇｆ；１００］［ｃｄａｇｅ；１００］［ｃｄａｆｅ；１００］［ｃｄｇｆｅ；１００］［ｃａｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆｅ；１００］。

【0348】

ファージの組み合わせの３つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0349】

［ｂｃｄａｇ；１００］［ｂｃｄａｆ；１００］［ｂｃｄａｅ；１００］［ｂｃｄｇｆ；１００］［ｂｃｄｇｅ；１００］［ｂｃｄｆｅ；１００］［ｂｃａｇｆ；１００］［ｂｃａｇｅ；１００］［ｂｃａｆｅ；１００］［ｂｃｇｆｅ；１００］［ｂｄａｇｆ；１００］［ｂｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｆｅ；１００］［ｂｄｇｆｅ；１００］［ｂａｇｆｅ；１００］［ｃｄａｇｆ；１００］［ｃｄａｇｅ；１００］［ｃｄａｆｅ；１００］［ｃｄｇｆｅ；１００］［ｃａｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆｅ；１００］。

【0350】

ファージの組み合わせの４つのファージによって感染されている宿主細菌株のパーセント（それらのクローン複合体によってプロファイリングされている）が以下に提供される。この特性は、「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。以下のファージの組み合わせは全て、１００％のカバレッジをもたらす。

【0351】

［ｂｃｄａｇ；１００］［ｂｃｄａｆ；１００］［ｂｃｄａｅ；１００］［ｂｃｄｇｆ；１００］［ｂｃｄｇｅ；１００］［ｂｃｄｆｅ；１００］［ｂｃａｇｆ；１００］［ｂｃａｇｅ；１００］［ｂｃａｆｅ；１００］［ｂｃｇｆｅ；１００］［ｂｄａｇｆ；１００］［ｂｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｆｅ；１００］［ｂｄｇｆｅ；１００］［ｂａｇｆｅ；１００］［ｃｄａｇｆ；１００］［ｃｄａｇｅ；１００］［ｃｄａｆｅ；１００］［ｃｄｇｆｅ；１００］［ｃａｇｆｅ；１００］［ｄａｇｆｅ；１００］。

【0352】

実施例４ 細菌ＭＬＳＴによって分類される宿主カバレッジに従って選択されたファージの組み合わせ
この例に関して、特定のファージは、本明細書の上記の表２における一文字表記によって言及される。

【0353】

２つのファージの組み合わせ
２つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のＭＬＳＴの細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、ＭＬＳＴによって分類された、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0354】

最大数の細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）を溶解する組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるＭＬＳＴによってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。組み合わせは、性能グレードの降順で列挙されている。

【0355】

［ｂｄ；９６］［ａｅ；９６］［ｄｅ；９６］［ｄａ；９６］［ｂａ；９６］［ｂｃ；９３］［ａｆ；９３］［ｄｆ；９３］［ｃｅ；９３］［ｃｄ；８９］［ａｇ；８９］［ｃａ；８９］［ｄｇ；８９］［ｃｆ；８９］［ｂｇ；８５］［ｇｅ；８５］［ｃｇ；８１］［ｇｆ；８１］［ｂｆ；６７］［ｆｅ；６７］［ｂｅ；５９］。

【0356】

ファージの組み合わせの少なくとも２つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0357】

［ｃａ；８１］［ｄａ；８１］［ｃｄ；８１］［ｃｇ；７４］［ａｇ；７４］［ｄｇ；７４］［ｂａ；４８］［ｂｄ；４８］［ｂｅ；４８］［ｂｃ；４４］［ｄｅ；４４］［ｂｇ；４４］［ａｅ；４４］［ｃｅ；４１］［ｄｆ；４１］［ａｆ；４１］［ｇｅ；４１］［ｃｆ；３７］［ｇｆ；３７］［ｂｆ；３３］［ｆｅ；３０］。

【0358】

３つのファージの組み合わせ
３つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のクローン複合体の細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、ＭＬＳＴによって分類された、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0359】

最大数の細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）を溶解する組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるＭＬＳＴによってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。組み合わせは、性能グレードの降順で列挙されている。

【0360】

［ｂｄａ；１００］［ｄａｅ；１００］［ｄｇｅ；９６］［ａｆｅ；９６］［ｂｄｇ；９６］［ｂｄｆ；９６］［ｂｄｅ；９６］［ｂａｇ；９６］［ｂａｆ；９６］［ｂａｅ；９６］［ａｇｅ；９６］［ｃｄａ；９６］［ｂｃａ；９６］［ｃｄｅ；９６］［ｄａｆ；９６］［ｄａｇ；９６］［ｃａｅ；９６］［ｄｆｅ；９６］［ｂｃｄ；９６］［ｂｃｇ；９３］［ｂｃｆ；９３］［ｂｃｅ；９３］［ｃａｆ；９３］［ｃｄｆ；９３］［ｃｆｅ；９３］［ａｇｆ；９３］［ｄｇｆ；９３］［ｃｇｅ；９３］［ｃｇｆ；８９］［ｃａｇ；８９］［ｃｄｇ；８９］［ｂｇｅ；８５］［ｂｇｆ；８５］［ｇｆｅ；８５］［ｂｆｅ；６７］。

【0361】

ファージの組み合わせの少なくとも２つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0362】

［ｂｄａ；８９］［ｄａｆ；８９］［ｄａｅ；８９］［ｂｃｄ；８５］［ｃａｅ；８５］［ｃｄｅ；８５］［ｂｃａ；８５］［ｃａｆ；８５］［ｃｄｆ；８５］［ｃｄｇ；８１］［ｄａｇ；８１］［ｃｄａ；８１］［ｃａｇ；８１］［ｂｄｇ；７８］［ａｇｆ；７８］［ｄｇｆ；７８］［ａｇｅ；７８］［ｂａｇ；７８］［ｄｇｅ；７８］［ｂｃｇ；７４］［ｃｇｅ；７４］［ｃｇｆ；７４］［ｂｄｆ；６３］［ｇｆｅ；６３］［ｂｇｆ；６３］［ｄｆｅ；６３］［ｂｃｆ；６３］［ａｆｅ；６３］［ｂａｆ；６３］［ｃｆｅ；６３］［ｂｃｅ；５９］［ｂａｅ；５９］［ｂｇｅ；５９］［ｂｄｅ；５９］［ｂｆｅ；５９］。

【0363】

ファージ組み合わせの３つのファージによって感染される宿主細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）のパーセントを以下に提供する。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0364】

［ｃｄａ；８１］［ｃｄｇ；７４］［ｃａｇ；７４］［ｄａｇ；７４］［ｂｄａ；４４］［ｂａｇ；４４］［ｂｃｄ；４４］［ｂｃｇ；４４］［ｂｃａ；４４］［ｂｄｇ；４４］［ｃｇｅ；４１］［ｄａｅ；４１］［ｂｄｅ；４１］［ａｇｅ；４１］［ｂａｅ；４１］［ｄｇｅ；４１］［ｃｄｅ；４１］［ｃａｅ；４１］［ｃａｆ；３７］［ｄａｆ；３７］［ｂｇｅ；３７］［ｄｇｆ；３７］［ａｇｆ；３７］［ｃｄｆ；３７］［ｃｇｆ；３７］［ｂｃｅ；３７］［ｂａｆ；３０］［ｂｄｆ；３０］［ｂｃｆ；２６］［ｄｆｅ；２６］［ａｆｅ；２６］［ｂｇｆ；２６］［ｂｆｅ；２６］［ｃｆｅ；２２］［ｇｆｅ；２２］。

【0365】

４つのファージの組み合わせ
４つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のＭＬＳＴの細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、ＭＬＳＴによって分類された、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0366】

最大数の細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）を溶解する組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるＭＬＳＴによってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。組み合わせは、性能グレードの降順で列挙されている。

【0367】

［ｂｃｄａ；１００］［ｄａｆｅ；１００］［ｄａｇｅ；１００］［ｃｄａｅ；１００］［ｂｄａｅ；１００］［ｂｄａｆ；１００］［ｂｄａｇ；１００］［ｂｃａｇ；９６］［ｂｃａｅ；９６］［ｂｃｄｆ；９６］［ｂｃｄｅ；９６］［ｂｄｇｅ；９６］［ｂｃａｆ；９６］［ａｇｆｅ；９６］［ｂｄｇｆ；９６］［ｂｄｆｅ；９６］［ｂａｇｆ；９６］［ｂａｇｅ；９６］［ｂａｆｅ；９６］［ｃｄｇｅ；９６］［ｃｄａｇ；９６］［ｄｇｆｅ；９６］［ｃｄｆｅ；９６］［ｃｄａｆ；９６］［ｂｃｄｇ；９６］［ｃａｇｅ；９６］［ｃａｆｅ；９６］［ｄａｇｆ；９６］［ｂｃｇｅ；９３］［ｂｃｇｆ；９３］［ｂｃｆｅ；９３］［ｃｇｆｅ；９３］［ｃｄｇｆ；９３］［ｃａｇｆ；９３］［ｂｇｆｅ；８５］。

【0368】

ファージの組み合わせの２つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0369】

［ｂｃａｅ；９３］［ｂｃｄｅ；９３］［ｂｄａｅ；９３］［ｃｄｆｅ；８９］［ｂｄａｇ；８９］［ｂｃａｆ；８９］［ｄａｇｆ；８９］［ｃａｆｅ；８９］［ｂｃｄｆ；８９］［ｂｃｄａ；８９］［ｃｄａｆ；８９］［ｂｄａｆ；８９］［ｃｄａｅ；８９］［ｄａｇｅ；８９］［ｄａｆｅ；８９］［ｂｃｇｅ；８５］［ｂｄｇｅ；８５］［ｃａｇｆ；８５］［ｂｃａｇ；８５］［ｃｄｇｆ；８５］［ｂａｇｅ；８５］［ｃａｇｅ；８５］［ｂｃｄｇ；８５］［ｃｄｇｅ；８５］［ｂａｇｆ；８１］［ｄｇｆｅ；８１］［ａｇｆｅ；８１］［ｂｄｇｆ；８１］［ｂｃｇｆ；８１］［ｃｇｆｅ；８１］［ｃｄａｇ；８１］［ｂａｆｅ；６７］［ｂｄｆｅ；６７］［ｂｃｆｅ；６７］［ｂｇｆｅ；６７］。

【0370】

ファージ組み合わせの３つのファージによって感染される宿主細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）のパーセントを以下に提供する。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0371】

［ｂｃｄａ；８１］［ｃｄａｅ；８１］［ｃｄａｇ；８１］［ｃｄａｆ；８１］［ｃｄｇｅ；７４］［ｂｄａｇ；７４］［ｃｄｇｆ；７４］［ｄａｇｆ；７４］［ｃａｇｅ；７４］［ｂｃｄｇ；７４］［ｂｃａｇ；７４］［ｃａｇｆ；７４］［ｄａｇｅ；７４］［ｂｄａｆ；６３］［ｄａｆｅ；６３］［ｂｃｄｆ；５９］［ａｇｆｅ；５９］［ｂｃａｆ；５９］［ｂｄｇｆ；５９］［ｃａｆｅ；５９］［ｂａｇｆ；５９］［ｄｇｆｅ；５９］［ｃｄｆｅ；５９］［ｃｇｆｅ；５６］［ｂｃｆｅ；５６］［ｂｄｆｅ；５６］［ｂｃｇｆ；５６］［ｂｇｆｅ；５６］［ｂａｆｅ；５６］［ｂｄａｅ；５６］［ｂｄｇｅ；５２］［ｂｃｄｅ；５２］［ｂｃａｅ；５２］［ｂａｇｅ；５２］［ｂｃｇｅ；４８］。

【0372】

ファージの組み合わせの４つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴによりプロファイリングされている）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0373】

［ｃｄａｇ；７４］［ｂｃｄａ；４４］［ｂｄａｇ；４４］［ｂｃａｇ；４４］［ｂｃｄｇ；４４］［ｄａｇｅ；４１］［ｃｄａｅ；４１］［ｃｄｇｅ；４１］［ｃａｇｅ；４１］［ｃａｇｆ；３７］［ｃｄｇｆ；３７］［ｂｃｇｅ；３７］［ｂｄｇｅ；３７］［ｂｃｄｅ；３７］［ｂｃａｅ；３７］［ｂａｇｅ；３７］［ｄａｇｆ；３７］［ｂｄａｅ；３７］［ｃｄａｆ；３７］［ｂｄｇｆ；２６］［ｂｄａｆ；２６］［ｂａｇｆ；２６］［ｂｃｄｆ；２６］［ｂｃａｆ；２６］［ｂｃｇｆ；２６］［ｄａｆｅ；２２］［ｃｇｆｅ；２２］［ｂａｆｅ；２２］［ｂｄｆｅ；２２］［ｄｇｆｅ；２２］［ａｇｆｅ；２２］［ｃｄｆｅ；２２］［ｃａｆｅ；２２］［ｂｃｆｅ；１９］［ｂｇｆｅ；１９］。

【0374】

５つのファージの組み合わせ
５つのファージの組み合わせを、固体（ＥＯＰ）アッセイによって評価される特定のＭＬＳＴの細菌を溶解する単一ファージの能力に基づいて、ＭＬＳＴによって分類された、黄色ブドウ球菌細菌の１１８種の異なる株を溶解するそれらの能力について、コンピュータシミュレーションで分析した。

【0375】

最大数の細菌株（ＭＬＳＴによって分類される）を溶解する組み合わせが、本明細書において以下に提供される。この特性は、「少なくとも１つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。各組み合わせの後の数字は、特性性能パーセント（この場合、ファージ組み合わせによって標的化されるクローン複合体によってプロファイリングされた、細菌株のパーセント）を指す。組み合わせは、性能グレードの降順で列挙されている。

【0376】

［ｂｃｄａｇ；１００］［ｃｄａｆｅ；１００］［ｃｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｆｅ；１００］［ｂｄａｇｅ；１００］［ｂｄａｇｆ；１００］［ｂｃｄａｅ；１００］［ｄａｇｆｅ；１００］［ｂｃｄａｆ；１００］［ｂａｇｆｅ；９６］［ｃａｇｆｅ；９６］［ｃｄｇｆｅ；９６］［ｂｃｄｇｆ；９６］［ｃｄａｇｆ；９６］［ｂｃａｆｅ；９６］［ｂｄｇｆｅ；９６］［ｂｃｄｇｅ；９６］［ｂｃｄｆｅ；９６］［ｂｃａｇｆ；９６］［ｂｃａｇｅ；９６］［ｂｃｇｆｅ；９３］。

【0377】

ファージの組み合わせの少なくとも２つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも２つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0378】

［ｂｃａｆｅ；９３］［ｂｃｄｆｅ；９３］［ｂｄａｆｅ；９３］［ｂｄａｇｅ；９３］［ｂｃｄａｅ；９３］［ｂｃａｇｅ；９３］［ｂｃｄｇｅ；９３］［ｃａｇｆｅ；８９］［ｃｄｇｆｅ；８９］［ｂｃｄｇｆ；８９］［ｃｄａｇｆ；８９］［ｂｃｄａｇ；８９］［ｂｃａｇｆ；８９］［ｂｃｄａｆ；８９］［ｄａｇｆｅ；８９］［ｂｄａｇｆ；８９］［ｃｄａｇｅ；８９］［ｃｄａｆｅ；８９］［ｂｄｇｆｅ；８５］［ｂａｇｆｅ；８５］［ｂｃｇｆｅ；８５］。

【0379】

ファージの組み合わせの少なくとも３つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも３つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0380】

［ｃｄａｆｅ；８９］［ｂｃｄａｅ；８９］［ｂｃｄａｆ；８９］［ｂｃｄａｇ；８１］［ｃｄａｇｆ；８１］［ｃｄａｇｅ；８１］［ｂｄａｇｅ；８１］［ｂｄａｇｆ；８１］［ｄａｇｆｅ；８１］［ｃａｇｆｅ；７８］［ｂｃａｇｅ；７８］［ｂｃａｇｆ；７８］［ｃｄｇｆｅ；７８］［ｂｃｄｇｅ；７８］［ｂｃｄｇｆ；７８］［ｂｃａｆｅ；６３］［ｂａｇｆｅ；６３］［ｂｄｇｆｅ；６３］［ｂｃｄｆｅ；６３］［ｂｄａｆｅ；６３］［ｂｃｇｆｅ；６３］。

【0381】

ファージの組み合わせの少なくとも４つのファージによって感染されている宿主細菌株（ＭＬＳＴにより分類される）のパーセントが、以下に提供される。この特性は、「少なくとも４つのファージの％カバレッジ」と呼ばれる。ファージ組み合わせは、性能グレードの降順に並べられる。

【0382】

［ｂｃｄａｇ；７４］［ｃｄａｇｅ；７４］［ｃｄａｇｆ；７４］［ｃｄａｆｅ；５６］［ｂｄａｆｅ；５６］［ｃａｇｆｅ；５６］［ｂｄａｇｆ；５６］［ｃｄｇｆｅ；５６］［ｄａｇｆｅ；５６］［ｂｃｄｇｆ；５６］［ｂｃｄａｆ；５６］［ｂｃａｇｆ；５６］［ｂｄｇｆｅ；５２］［ｂａｇｆｅ；５２］［ｂｃａｆｅ；５２］［ｂｃｄｆｅ；５２］［ｂｃｄｇｅ；４８］［ｂｃａｇｅ；４８］［ｂｃｄａｅ；４８］［ｂｄａｇｅ；４８］［ｂｃｇｆｅ；４８］。

【0383】

実施例５ ファージカクテルによって達成される、ＴＴＭの相乗的な増加
耐性変異細菌の出現が検出されるまでの時間（「time to mutant」、ＴＴＭ）に対する効果を試験するために、カクテルＡＤＸ２と、カクテルの個々のメンバーファージとを、異なる細菌株の混合物（マルチ培養物（multi-culture、ＭＣ）と呼ぶ）に対して試験した。試験した各細菌株の１０個の細菌コロニーを採取し（約１μＬループ全体）、４ｍＬの液体ＢＨＩＳを予め充填した培養チューブに移し、１８０ｒｐｍ、３７℃で約１６時間振盪することによってＯＤ６００≧１．５まで培養した。細菌培養物を、１ｍＭのＭＭＣイオンを補充したＢＨＩＳを使用して希釈して、０．０５の最終ＯＤに到達させ、９６ウェルプレートに分注した。各ファージを１０^８ＰＦＵ／ｍＬの濃度に希釈し、カクテルを作製するために、等しい比率で混合して個体と同じ総濃度を得た。次いで、単一又はカクテルファージの試料１０μＬを各ウェルに添加して、最終濃度を、１０^６ＰＦＵ／ウェルとした。「ファージなし対照」（ＮＰＣ）については、ＢＨＩＳを適切なウェルに添加した。鉱油を各ウェルに添加して試料の蒸発を減少させ、プレートを滅菌フィルムで覆って細菌を増殖させ、培養液を滅菌状態に保った。プレートを、振盪しながら３２℃でプレートリーダーにおいて１８～４５時間インキュベートし、ＯＤ６００を２０分毎に測定した。アッセイのために２回の生物学的反復を行い、１ｍＭのＭＭＣイオンを補充したＢＨＩＳ培地をブランクとして使用した。

【0384】

図５Ａ～５Ｂは、上記のように調製した等濃度の３つの細菌株の混合物に関して、各メンバーファージと比較したＡＤＸ２カクテルの効果を示す。任意の細菌耐性突然変異体の増殖を長時間にわたって排除するＡＤＸ２の能力は、少なくとも約１９時間（図５Ａ）及び５５時間（図５Ｂ）まで実証される。図５Ａ～５Ｂは、各ファージメンバーを別々に比較して、相乗的に機能するファージ混合物が耐性変異体の増殖を排除する能力を示す。

【0385】

表５は、図５Ａ～５Ｂの各グラフについて、対応するＯＤ６００読み取り値が変異細菌の増殖を示す値である０．３に達するおよその時間（単位は、時間）を示す。この表はまた、ＯＤ６００正規化曲線下面積（ＡＵＣ）、すなわちファージ／ファージカクテルによる処理を表す線のＡＵＣ６００とファージなし対照（ＮＰＣ）のＯＤ６００読み取り値を表す線のＡＵＣ６００との間の比を示す。

【0386】

【数2】

【0387】

【表6】

【0388】

実施例６ 試験したファージは、アトピー性皮膚炎患者由来の黄色ブドウ球菌細菌に対して有効である

【0389】

材料及び方法
アトピー性皮膚炎患者からの黄色ブドウ球菌の単離
アトピー皮膚炎の患者をイスラエル及び米国から募集して、皮膚試料を病変皮膚から採取する標本調査に参加させた。皮膚試料を病変皮膚の１～４つの領域から採取し、ブドウ球菌種の選択的増殖のために、ＣｈｒｏｍＡｇａｒプレート上にプレーティングした。黄色ブドウ球菌をコロニーの形態に基づいて区別し、更に、Ｍａｌｄｉ－Ｔｏｆを用いて黄色ブドウ球菌として同定した。

【0390】

ＥＯＰアッセイ
試験する各細菌株の２～３個の細菌コロニーを採取し、４ｍＬの液体ＢＨＩＳを予め充填した培養チューブに移し、１８０ｒｐｍ、３７℃で一晩振盪することによってＯＤ６００≧１．５まで培養した。４ｍＬのＢＨＩＳのみを含む１本の培養チューブを、ブランクとして使用した。

【0391】

３８０μＬの細菌培養物を、１０～１２ｍＬのトップアガーを含有するチューブ（６５℃のサーモブロックで少なくとも３０分間予熱した）に移した。次いで、最終濃度１ｍＭのＭＭＣイオンを添加し、チューブを穏やかに混合した。チューブ内容物を室温で１２ｃｍ×１２ｃｍのＢＨＩＳアガープレート上に注いだ。トップアガーを、室温で１５分間放置して固化させた。ファージの試料を、最高濃度のもの２０μＬを、１８０μＬのＢＨＩＳ中にピペッティングすることによって、１０倍で連続希釈した。クリップチップを使用して、５μＬのファージ希釈液１００－１０－７を、細菌ローン（ステップ３で調製した）上にスポットした。室温で１５分後、プレートを、目に見えるプラークが出現するまで（約１８時間）３０℃に置いた。

【0392】

ファージの力価を以下のように計算した：（ａ）適切な希釈でのプラーク数（単一プラークを計数することができる）に、２００（１０００／５μＬ）及び希釈係数を掛け、ＰＦＵ／ｍＬとして表した。（ｂ）ＥＯＰは、以下の式に従って、試験した各ＳＴＡ株で得られたＰＦＵ／ｍＬを生産宿主で得られたＰＦＵ／ｍＬで割ることによって計算した。

【0393】

【数3】

【0394】

試験したファージについて、ＥＯＰが≧０．１である細菌株を感受性であるとみなした。

【0395】

結果及び考察

【0396】

【表7】

【0397】

具体的には、株ＳＴＡ１６３は、２０２２年５月１０日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｂ／００３９３で寄託されている。

【0398】

株ＳＴＡ１７４は、２０２２年５月１０日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｂ／００３９４で寄託されている。

【0399】

株ＳＴＡ２１０は、２０２２年５月１０日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｂ／００３９５で寄託されている。

【0400】

株ＳＴＡ２３６は、２０２２年５月１０日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｂ／００３９７で寄託されている。

【0401】

株ＳＴＡ２３８は、２０２２年５月１０日に、Ｐｏｌｉｓｈ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｏｒｏｒｇａｎｉｓｍｓ（ＰＣＭ），Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｐｏｌｉｓｈ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｕｌ．Ｗｅｉｇｌａ １２，５３－１１４ Ｗｒｏｃｌａｗ，Ｐｏｌａｎｄに、受託番号Ｂ／００３９８で寄託されている。

【0402】

この研究では、アトピー性皮膚炎を有する７人の患者からの黄色ブドウ球菌の単離物を、ファージＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－５、及びＳＴＡ４８－７（ＡＤＸ２カクテルのメンバー）に対して試験した。患者は、全ての病変部にわたって単一の黄色ブドウ球菌株を有することが判明し、典型的には、２つ以上の病変が、単一の黄色ブドウ球菌株を含有していた。表６は、各ファージの感受性株を詳述する。試験した７人の患者のうち４人（５７％）において、黄色ブドウ球菌細菌は、試験した各ファージに個別的に感受性であった。試験した７人の患者のうち５人（７１％）において、黄色ブドウ球菌細菌は、このＡＤＸ２カクテルの少なくとも１つのファージに対して感受性であった。

【0403】

実施例７ ファージ溶菌サイクルのための必須遺伝子
材料及び方法
遺伝子分析
特定の実施形態によれば、ファージのゲノムは、それらの本質的な機能性（例えば、宿主細菌に感染し、それを溶解する能力）を著しく妨げることなく、より小さいゲノムを有する合成ファージを作製するために低減される。特定の実施形態によれば、そのような減少されたゲノムは、そうでなければ、元の完全なゲノムＤＮＡに加えられた場合、ファージの制限されたＤＮＡ封入能力に起因して困難であり得るＤＮＡの異種分子をより容易に収容することができる（例えば、Ｐｉｒｅｓ，Ｄ．Ｐ．，Ｍｏｎｔｅｉｒｏ，Ｒ．，Ｍｉｌ－Ｈｏｍｅｎｓ，Ｄ．ｅｔ ａｌ．Ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｐｈａｇｅｓ ｗｉｔｈ ｒｅｄｕｃｅｄ ｇｅｎｏｍｅｓ．Ｓｃｉ Ｒｅｐ １１，２１６４（２０２１）．ｄｏｉ（ｄｏｔ）ｏｒｇ／ １０．１０３８／ｓ４１５９８－０２１－８１５８０－２参照）。加えて、又は代替的に、選択されたファージの遺伝子配列は、必須遺伝子が比較的保存されているという条件で、例えば好適な産生細胞株における発現のために改変又は最適化することができる。

【0404】

特定の実施形態によれば、可能性のある必須遺伝子を見出すための以下の例示的な方法が使用される。遺伝子Ｘは、ＰＡＴＲＩＣ（ｄｏｃｓ（ｄｏｔ）ｐａｔｒｉｃｂｒｃ（ｄｏｔ）ｏｒｇ／）によって認識され、機能が割り当てられた場合に必須と定義された。更に、遺伝子の機能がＰＡＴＲＩＣによって未知であった場合（例えば、「仮想タンパク質」又は「ファージタンパク質」、以下の試験が行われた。ファージゲノムを所与として、遺伝子Ｘについて、同じ種に感染する全ての公的に利用可能なファージゲノムにおける相同体の数（ｂｌａｓｔｐを使用して３０％以上のグローバルアミノ酸類似性）をカウントする（ｎｕｍ．相同体（遺伝子Ｘ））。続いて、遺伝子Ｘを含有することが判明したゲノム中の各遺伝子についての相同体の数の平均及び標準偏差を計算し、遺伝子Ｘについてのｚスコアを以下のように計算した。

【0405】

【数4】

【0406】

－１を超えるｚスコアを有する遺伝子を必須と定義した。全ての他の遺伝子は非必須と定義された。

【0407】

以下は、各ファージの必須遺伝子のリストである。各遺伝子は、半列によって分離された以下のデータフィールドを含む角括弧によって表される：第１、遺伝子の開始座標、終了座標、及び配列表に提示されるファージゲノム配列に関連する鎖（＋は配列表に与えられる鎖である）。第２に、遺伝子の機能である。（「ＨＰ」は仮想タンパク質を示し、「ＰＰ」は未分類ファージタンパク質を示す）。

【0408】

ファージＳＴＡ４８－１の必須遺伝子：
［６７０：１１５０：－；ＨＰ］［１３０２：１９３５：－；ＨＰ］［２１１８：２８９８：－；ＨＰ］［２９９４：３９３６：－；ＨＰ］［４２００：４９０８：－；ＨＰ］［４９６２：５１６０：－；ＨＰ］［５８８５：６０８３：－；ＨＰ］［６０９９：６４８９：－；ＨＰ］［６５０９：６７９１：－；ＨＰ］［６７６８：７０３５：－；ＨＰ］［８０６３：８２７０：＋；ＨＰ］［８２８０：８４９６：＋；ＨＰ］［８７７４：９６３８：＋；ＨＰ］［９７３５：９９５１：＋；ＨＰ］［１０７５４：１０９４３：＋；ＨＰ］［１１０２３：１１５２４：＋；ＨＰ］［１１５２３：１２４４１：＋；ＨＰ］［１２４６６：１３２１３：＋；ＨＰ］［１３３１４：１３５３６：＋；ＨＰ］［１３５４９：１３７６５：＋；ＨＰ］［１３７５７：１４３９６：＋；ＨＰ］［１４４０９：１４５９８：＋；ＨＰ］［１４５９０：１４８６３：＋；ＨＰ］［１５０２７：１５２９１：＋；ＨＰ］［１５４０３：１５９０７：＋；ＨＰ］［１６６３９：１７３８３：＋；ＨＰ］［１７３８４：１８０１４：＋；ＨＰ］［１８００６：１８６３０：＋；ＨＰ］［１８６０４：１８７７８：＋；ＨＰ］［１８７９１：１９０５５：＋；ＨＰ］［１９１３３：２１１７３：＋；ＨＰ］［２１１７２：２１３３４：＋；ＨＰ］［２１３３３：２１５１９：＋；ＨＰ］［２１６３７：２２０５４：＋；ＨＰ］［２２０４０：２２３６４：＋；ＨＰ］［２２３６０：２２５０１：＋；ＨＰ］［２２５６９：２６３７６：＋；ＨＰ］［２６３９４：２６７５７：＋；ＨＰ］［２７１４３：２７９２９：＋；ＨＰ］［２７９２１：２８１４６：＋；ＨＰ］［２８２３５：２８５５９：＋；ＨＰ］［２８５７５：２９１３６：＋；ＨＰ］［２９２６２：２９８０２：＋；ＨＰ］［２９８０４：３０２１２：＋；ＨＰ］［３０２０８：３０４０３：＋；ＨＰ］［３０４０２：３０７８９：＋；ＨＰ］［３０７８５：３１１３９：＋；ＨＰ］［３１１３５：３１３７５：＋；ＨＰ］［３１３８８：３１９５５：＋；ＨＰ］［３２５９３：３２９３８：－；ＨＰ］［３３０４２：３３２６７：－；ＨＰ］［３３２８０：３３６２２：－；ＨＰ］［３３８６８：３４０１５：－；ＨＰ］［３４８６５：３５１８０：－；ＨＰ］［３５７４９：３６１５７：－；ＨＰ］［３６９６６：３７２４８：－；ＨＰ］［３９３４３：３９７４５：－；ＨＰ］［４１４２１：４１６６１：－；ＨＰ］［４１７２６：４１９１２：－；ＨＰ］［４２１４４：４２３５４：－；ＨＰ］［４２４７９：４２８８１：－；ＨＰ］［４５１５５：４５３２９：－；ＨＰ］［４５８０２：４６４８９：－；ＨＰ］［４６８８０：４７０７８：－；ＨＰ］［４８６２４：４８８３７：－；ＨＰ］［４８８６８：４９５８８：－；ＨＰ］［４９５８７：４９７９４：－；ＨＰ］［４９７９９：５０３５１：－；ＨＰ］［５０３６９：５１０２６：－；ＨＰ］［５１０４８：５１５６７：－；ＨＰ］［５１７０１：５１９４７：－；ＨＰ］［５１９４９：５２２６４：－；ＨＰ］［５２３３９：５２６２１：－；ＨＰ］［５２６３３：５２９１８：－；ＨＰ］［５２９１８：５３１８２：－；ＨＰ］［５３１９１：５３４４３：－；ＨＰ］［５３５８３：５３９８２：－；ＨＰ］［５４０１７：５４６５３：－；ＨＰ］［５４６６３：５５１０１：－；ＨＰ］［５５１６５：５５６２４：－；ＨＰ］［５５６４１：５６３７３：－；ＨＰ］［５６７４５：５７６００：－；ＨＰ］［５７５９９：５８１０６：－；ＨＰ］［５８０８６：５８８４８：－；ＨＰ］［５８８４０：５９１３１：－；ＨＰ］［５９７８７：６１０４１：－；ＨＰ］［６１０３３：６１８０４：－；ＨＰ］［６１８０３：６２０５８：－；ＨＰ］［６２１５４：６２３６７：－；ＨＰ］［６２９１７：６３５５０：－；ＨＰ］［６３６５６：６４３１６：－；ＨＰ］［６４３０２：６４６５６：－；ＨＰ］［６４６４８：６５５７５：－；ＨＰ］［６５７２２：６６６９１：－；ＨＰ］［６７０１９：６７２４４：－；ＨＰ］［６７３０６：６８４６４：－；ＨＰ］［６８５３４：６９０１７：－；ＨＰ］［６９０４１：６９６９８：－；ＨＰ］［７０６６１：７３１８７：－；ＨＰ］［７３５７５：７４１７８：－；ＨＰ］［７４３８４：７４７０５：－；ＨＰ］［７４６８８：７５０１５：－；ＨＰ］［７５０２７：７５４５０：－；リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼの大サブユニット］［７５６６３：７６３８０：－；ＨＰ］［７９７３２：８０８５１：－；ＨＰ］［８１６８２：８２１２０：－；ＨＰ］［８２４８８：８３５６５：－；ＨＰ］［８３５７８：８４１７２：－；ＨＰ］［８４１５５：８５６３４：－；ＨＰ］［８５８１０：８７０９４：－；ＨＰ］［８７５６８：８８０１２：－；ＨＰ］［８８２７２：８９３０４：－；ＨＰ］［８９３７３：９００６３：－；ＨＰ］［９０２７９：９０９９９：－；ＨＰ］［９１３２３：９１５８１：－；ＨＰ］［９１５８０：９３０２０：－；ＨＰ］［９３０１２：９４２３６：－；ＨＰ］［９４６０８：９５７３０：－；ＨＰ］［９６１４８：９６６０４：－；ＨＰ］［９６６９１：９８０５６：－；ＨＰ］［９８０６１：９８４１８：－；ＨＰ］［９８４３５：１００３４９：－；ＨＰ］［１００３３８：１００５０９：－；ＨＰ］［１００５６０：１０４０１９：－；ＨＰ］［１０４０３８：１０４５６０：－；ビリオンタンパク質３］［１０４６６３：１０７３６６：－；ＨＰ］［１０７３７６：１０８４２３：－；ＨＰ］［１０８４３７：１０９１４２：－；ＨＰ］［１０９１４１：１０９６６３：－；ＨＰ］［１０９６６２：１１０５１４：－；ＨＰ］［１１０６２５：１１３０８２：－；ＨＰ］［１１３０７２：１１３９６６：－；ＨＰ］［１１３９７１：１１６４０４：－；ＨＰ］［１１６４５５：１１７２８６：－；ＨＰ］［１１７３４４：１１８２１４：－；ＨＰ］［１１８６６９：１２１６５７：－；ＨＰ］［１２１７１６：１２２１７５：－；ＨＰ］［１２２２６６：１２２６９５：－；ＨＰ］［１２２７８３：１２３０９２：－；ＨＰ］［１２３１４８：１２３５２９：－；ＨＰ］［１２５９９２：１２６３５２：－；ビリオンタンパク質５］［１２６４１４：１２８１７５：－；推定尾鞘タンパク質］［１２８１９７：１２８４０４：－；ＨＰ］［１２８４０３：１２９２４０：－；ＨＰ］［１２９２５８：１２９８７９：－；ＨＰ］［１２９８７８：１３０７５４：－；ＨＰ］［１３１０４５：１３２２５４：－；ＨＰ］［１３２６９５：１３３４４５：－；ＨＰ］［１３３７９１：１３５１８３：－；主カプシドタンパク質］［１３６２３１：１３６９９６：－；ＨＰ］［１３７１７２：１３７８７７：－；ＨＰ］［１３８５０１：１３９４５８：－；ＨＰ］［１３９４９８：１３９７４１：－；ＨＰ］［１３９８６９：１４０１６３：－；ＨＰ］。

【0409】

ファージＳＴＡ４８－２の必須遺伝子：［１８６：３６９：＋；ＨＰ］［３６１：６６４：＋；ＨＰ］［６８１：９１８：＋；ＨＰ］［９４１：１３１０：＋；ＨＰ］［１３５８：１５３５：＋；ＨＰ］［１５３８：１７０９：＋；ＨＰ］［１７１１：２１９４：＋；ＨＰ］［２２４１：３４８９：＋；ＨＰ］［３５０３：５７８９：＋；ＨＰ］［５９０２：７３４２：－；ＨＰ］［７３１６：７７３９：－；ＨＰ］［７７４０：９５０４：－；ＨＰ］［９５５９：１００１２：－；ＨＰ］［１００２９：１１０４６：－；ＨＰ］［１１１０８：１１８７０：－；ＨＰ］［１１８７６：１３８１４：－；ＨＰ］［１３８２６：１４６０３：－；ＨＰ］［１４５７４：１５５５８：－；ＨＰ］［１５５７２：１６７８４：－；主カプシドタンパク質］［１６７９０：１６９７３：－；ＨＰ］［１６９８６：１７３６４：－；ＨＰ］。

【0410】

ファージＳＴＡ４８－３の必須遺伝子：［３００：３９６：＋；ＨＰ］［４１６：７１９：＋；ＨＰ］［７３６：９７３：＋；ＨＰ］［９９６：１３６５：＋；ＨＰ］［１４１３：１５９０：＋；ＨＰ］［１５９１：１８５８：＋；ＨＰ］［２０２３：２５０６：＋；ＨＰ］［２５５３：３８０１：＋；ＨＰ］［３８１５：６１０１：＋；ＨＰ］［６２１５：７６５５：－；ＨＰ］［７６２９：８０５２：－；ＨＰ］［８０５３：９８１７：－；ＨＰ］［９８７１：９９９７：－；ＨＰ］［１０１８５：１１２３８：－；ＨＰ］［１１２３４：１１３７５：－；ＨＰ］［１１４３７：１２１９０：－；ＨＰ］［１２２０１：１４１４５：－；ＨＰ］［１４１５８：１４９３５：－；ＨＰ］［１４９０６：１５８９０：－；ＨＰ］［１５９０４：１７１１９：－；主カプシドタンパク質］［１７１２５：１７３０８：－；ＨＰ］［１７３２１：１７７４１：－；ＨＰ］。

【0411】

ファージＳＴＡ４８－４の必須遺伝子：［３１３：４０９：＋；ＨＰ］［４２９：７３２：＋；ＨＰ］［７４９：９８６：＋；ＨＰ］［１００９：１３７８：＋；ＨＰ］［１４２６：１６０３：＋；ＨＰ］［１６０４：１８７１：＋；ＨＰ］［２０３６：２５１９：＋；ＨＰ］［２５６６：３８１４：＋；ＨＰ］［３８２８：６１１４：＋；ＨＰ］［６２２８：７６６８：－；ＨＰ］［７６４２：８０６５：－；ＨＰ］［８０６６：９８３０：－；ＨＰ］［９８８４：１０３３７：－；ＨＰ］［１０５８６：１１３３０：－；ＨＰ］［１１３９２：１２１４５：－；ＨＰ］［１２１５６：１４１００：－；ＨＰ］［１４１１３：１４８９０：－；ＨＰ］［１４８６１：１５８４５：－；ＨＰ］［１５８５９：１７０７４：－；主カプシドタンパク質］［１７０８０：１７２６３：－；ＨＰ］［１７２７６：１７６９６：－；ＨＰ］。

【0412】

ファージＳＴＡ４８－５の必須遺伝子：［１１：３２０：＋；ＨＰ］［４０８：８３７：＋；ＨＰ］［９２８：１３８７：＋；ＨＰ］［１４４６：４４３４：＋；ＨＰ］［４８８８：５７５８：＋；ＨＰ］［５８１６：６６４１：＋；ＨＰ］［６６９２：８８９１：＋；ＨＰ］［９３６７：１０５７３：＋；ＨＰ］［１１０１３：１１９０７：＋；ＨＰ］［１１８９７：１４３５４：＋；ＨＰ］［１４４６５：１５３１７：＋；ＨＰ］［１５３１６：１５８３８：＋；ＨＰ］［１５８３７：１６５４２：＋；ＨＰ］［１６５５６：１７６０３：＋；ＨＰ］［１７６１３：２０３１６：＋；ＨＰ］［２０４１９：２０９４１：＋；ビリオンタンパク質３］［２０９６０：２４４１９：＋；ＨＰ］［２４４７０：２４６４１：＋；ＨＰ］［２４６３０：２６５４４：＋；ＨＰ］［２６５５９：２６９１６：＋；ＨＰ］［２６９２１：２８２８６：＋；ＨＰ］［２８３７１：２８８２７：＋；ＨＰ］［２９２４５：３０３６７：＋；ＨＰ］［３０７３９：３１９６３：＋；ＨＰ］［３１９５５：３３３９５：＋；ＨＰ］［３３３９４：３３６５２：＋；ＨＰ］［３３９７６：３４３００：＋；ＨＰ］［３４４９５：３４６９６：＋；ＨＰ］［３４６６４：３４９１３：＋；ＨＰ］［３４９１２：３５６０２：＋；ＨＰ］［３５６７１：３６７０３：＋；ＨＰ］［３６９６３：３８８９８：＋；エキソヌクレアーゼサブユニット２］［３８８８１：３９４７５：＋；ＨＰ］［３９４８８：４０５６５：＋；ＨＰ］［４０９３３：４１３７１：＋；ＨＰ］［４２２０２：４３３２１：＋；ＨＰ］［４３３３６：４５０７０：＋；ＨＰ］［４５９００：４６８２７：＋；ＨＰ］［４６８３９：４７１６６：＋；ＨＰ］［４７１４９：４７４７０：＋；ＨＰ］［４７６７６：４８２７９：＋；ＨＰ］［４８８８３：４９１５９：＋；ＨＰ］［４９３８１：５２５９４：＋；ＨＰ］［５２６１８：５３１０１：＋；ＨＰ］［５３１７１：５４３４７：＋；ＨＰ］［５４４０９：５４６３４：＋；ＨＰ］［５４９６２：５５９３１：＋；ＨＰ］［５６０７８：５７００５：＋；ＨＰ］［５６９９７：５７３５１：＋；ＨＰ］［５７３３７：５７９９７：＋；ＨＰ］［５８１０３：５８７３６：＋；ＨＰ］［５９２８６：５９４９９：＋；ＨＰ］［５９５９５：５９８５０：＋；ＨＰ］［５９８４９：６０６２０：＋；ＨＰ］［６０６１２：６１８６６：＋；ＨＰ］［６２５２２：６２８１３：＋；ＨＰ］［６２８０５：６３５６７：＋；ＨＰ］［６３５４７：６４０５４：＋；ＨＰ］［６４０５３：６４９０８：＋；ＨＰ］［６５２８０：６６０１２：＋；ＨＰ］［６６０２９：６６４８８：＋；ＨＰ］［６６５５２：６６９９０：＋；ＨＰ］［６７０００：６７６３６：＋；ＨＰ］［６７６７１：６８０７０：＋；ＨＰ］［６８２１０：６８４６２：＋；ＨＰ］［６８４７１：６８７３５：＋；ＨＰ］［６８７３５：６９０２０：＋；ＨＰ］［６９０３２：６９３２６：＋；ＨＰ］［６９３８９：６９７０４：＋；ＨＰ］［６９７０６：６９９５２：＋；ＨＰ］［７００８６：７０５９０：＋；ＨＰ］［７０６１８：７１２７５：＋；ＨＰ］［７１２９３：７１８４５：＋；ＨＰ］［７１８５０：７２０５７：＋；ＨＰ］［７２０５６：７２７７６：＋；ＨＰ］［７２８０７：７３０２０：＋；ＨＰ］［７３０１３：７３９１０：＋；ＨＰ］［７４０１５：７４２１３：＋；ＨＰ］［７４２１２：７４６０５：＋；ＨＰ］［７４６０４：７５０８１：＋；ＨＰ］［７５１４１：７５３３６：＋；ＨＰ］［７５８４８：７６８８３：＋；ＨＰ］［７７８８４：７８２９２：＋；ＨＰ］［７８４１７：７８６２７：＋；ＨＰ］［７８８５９：７９０４５：＋；ＨＰ］［７９１１０：７９３３８：＋；ＨＰ］［７９８００：８０１５１：＋；ＨＰ］［８０２９０：８０６２９：＋；ＨＰ］［８１０８７：８１４８９：＋；ＨＰ］［８１５１４：８１８７４：＋；ＨＰ］［８３１４９：８３４５８：＋；ＨＰ］［８３５６７：８４１９１：＋；ＨＰ］［８４３１７：８４５９９：＋；ＨＰ］［８７３７５：８７６９０：＋；ＨＰ］［８７７６１：８７９９８：＋；ＨＰ］［８８０７４：８８３６５：＋；ＨＰ］［８８３８０：８８５２７：＋；ＨＰ］［８８７７０：８９１１２：＋；ＨＰ］［８９１２５：８９３３８：＋；ＨＰ］［８９４４５：８９７９０：＋；ＨＰ］［９０３４４：９０９１１：－；ＨＰ］［９０９２４：９１１６４：－；ＨＰ］［９１１６０：９１５１４：－；ＨＰ］［９１５１０：９１８９７：－；ＨＰ］［９１８９６：９２０８８：－；ＨＰ］［９２０８７：９２４９５：－；ＨＰ］［９２４９７：９３０１６：－；ＨＰ］［９３１４２：９３７０３：－；ＨＰ］［９３７１９：９４０４３：－；ＨＰ］［９４１３２：９４３５７：－；ＨＰ］［９４３４９：９５１３５：－；ＨＰ］［９５５２１：９５８８４：－；ＨＰ］［９５９０２：９９７０９：－；ＨＰ］［９９７７７：９９９１８：－；ＨＰ］［９９９１４：１００２３８：－；ＨＰ］［１００２２４：１００６４１：－；ＨＰ］［１００７５９：１００９４５：－；ＨＰ］［１００９４４：１０１１０６：－；ＨＰ］［１０１１０５：１０３１４５：－；ＨＰ］［１０３２２３：１０３４８７：－；ＨＰ］［１０３５００：１０３６７４：－；ＨＰ］［１０３６４８：１０４２７２：－；ＨＰ］［１０４２６４：１０４８９４：－；ＨＰ］［１０４８９５：１０５６３９：－；ＨＰ］［１０６３７１：１０６８７５：－；ＨＰ］［１０６９８７：１０７２５１：－；ＨＰ］［１０７４１５：１０７６８８：－；ＨＰ］［１０７６８０：１０７８６９：－；ＨＰ］［１０７８８２：１０８５２１：－；ＨＰ］［１０８５１３：１０８７２９：－；ＨＰ］［１０８７４２：１０８９６４：－；ＨＰ］［１０９０６５：１０９６３５：－；ＨＰ］［１０９８３０：１１０２５９：－；ＨＰ］［１１０７２８：１１１６４６：－；ＨＰ］［１１１６４５：１１２１４６：－；ＨＰ］［１１２２２６：１１２４１５：－；ＨＰ］［１１３２１８：１１３４３４：－；ＨＰ］［１１３５３１：１１３７６５：－；ＨＰ］［１１３７６９：１１３９９４：－；ＨＰ］［１１４２７２：１１４４８８：－；ＨＰ］［１１４４９８：１１４７０５：－；ＨＰ］［１１５７３３：１１６０００：＋；ＨＰ］［１１５９７７：１１６２５９：＋；ＨＰ］［１１６２７９：１１６６６９：＋；ＨＰ］［１１６６８５：１１６８８３：＋；ＨＰ］［１１７６０８：１１７８０６：＋；ＨＰ］［１１７８６０：１１８５６８：＋；ＨＰ］［１１８８３２：１１９７７４：＋；ＨＰ］［１１９８７０：１２０６５０：＋；ＨＰ］［１２０８３３：１２１４６６：＋；ＨＰ］［１２１６１８：１２２０９８：＋；ＨＰ］［１２３１５４：１２３４４８：＋；ＨＰ］［１２３５７６：１２３８１９：＋；ＨＰ］［１２３８５９：１２４８１６：＋；ＨＰ］［１２５３４９：１２６０５４：＋；ＨＰ］［１２６２３０：１２６９９５：＋；ＨＰ］［１２８０４３：１２９４３５：＋；主カプシドタンパク質］［１２９７８１：１３０５３１：＋；ＨＰ］［１３０７１５：１３０８３５：＋；ＨＰ］［１３１１５１：１３２０２７：＋；ＨＰ］［１３２０２６：１３２６４７：＋；ＨＰ］［１３２６６５：１３３５０２：＋；ＨＰ］［１３３５０１：１３３７０８：＋；ＨＰ］［１３３７３０：１３５４９１：＋；推定尾鞘タンパク質］［１３５５５３：１３５８９２：＋；ビリオンタンパク質５］［１３７０４０：１３７１７８：＋；ＨＰ］［１３７２８３：１３７６６４：＋；ＨＰ］

【0413】

ファージＳＴＡ４８－６の必須遺伝子：［８４２：１２５０：＋；ＨＰ］［１３７５：１５８５：＋；ＨＰ］［１８１７：２００３：＋；ＨＰ］［２０６８：２２９６：＋；ＨＰ］［２７５８：３１０９：＋；ＨＰ］［４６４９：４８５９：＋；ＨＰ］［４８６１：５１７０：＋；ＨＰ］［５２７９：５９０３：＋；ＨＰ］［６０２９：６３１１：＋；ＨＰ］［９０８７：９４０２：＋；ＨＰ］［９４７３：９７１０：＋；ＨＰ］［９７８６：１００７７：＋；ＨＰ］［１００９２：１０２３９：＋；ＨＰ］［１０４８２：１０８２４：＋；ＨＰ］［１０８３７：１１０５０：＋；ＨＰ］［１１１５７：１１５０２：＋；ＨＰ］［１１７９１：１２１６６：－；ＨＰ］［１２４５４：１３０１５：－；ＨＰ］［１３０３１：１３３５５：－；ＨＰ］［１３４４４：１３６６９：－；ＨＰ］［１３６６１：１４４４７：－；ＨＰ］［１４８３６：１５１９９：－；ＨＰ］［１５２１７：１９０２４：－；ＨＰ］［１９０９１：１９２３２：－；ＨＰ］［１９２２８：１９５５２：－；ＨＰ］［１９５３８：１９９５５：－；ＨＰ］［２００７３：２０２５９：－；ＨＰ］［２０２５８：２０４２０：－；ＨＰ］［２０４１９：２２４５９：－；ＨＰ］［２２５３７：２２８０１：－；ＨＰ］［２２８１４：２２９８８：－；ＨＰ］［２２９６２：２３５８６：－；ＨＰ］［２３５７８：２４２０８：－；ＨＰ］［２４２０９：２６００９：－；ＨＰ］［２７７０４：２７９６８：－；ＨＰ］［２８４０７：２８５９６：－；ＨＰ］［２８６０９：２９２４８：－；ＨＰ］［２９２４０：２９４５６：－；ＨＰ］［２９４６９：２９６９１：－；ＨＰ］［２９７９２：３０３６２：－；ＨＰ］［３０５５７：３０９８６：－；ＨＰ］［３１４５５：３２３７３：－；ＨＰ］［３２３７２：３２８７３：－；ＨＰ］［３２９５２：３３１４１：－；ＨＰ］［３３９４３：３４１５９：－；ＨＰ］［３４２５６：３４４９０：－；ＨＰ］［３４４９４：３４７１９：－；ＨＰ］［３４９９９：３５２１５：－；ＨＰ］［３５２２５：３５４３２：－；ＨＰ］［３６４６０：３６７２７：＋；ＨＰ］［３６７０４：３６９８６：＋；ＨＰ］［３７００６：３７３９６：＋；ＨＰ］［３７４１２：３７６１０：＋；ＨＰ］［３８３３５：３８５３３：＋；ＨＰ］［３８５８７：３９２９５：＋；ＨＰ］［３９５６０：４０４９９：＋；ＨＰ］［４０５９５：４１３７５：＋；ＨＰ］［４１５５８：４２１９１：＋；ＨＰ］［４２３４３：４２８２３：＋；ＨＰ］［４３８２５：４４１１９：＋；ＨＰ］［４４２４７：４４４９０：＋；ＨＰ］［４４５３０：４５４８７：＋；ＨＰ］［４６０２０：４６７２５：＋；ＨＰ］［４６９０１：４７６６６：＋；ＨＰ］［４８６７４：５００６６：＋；主カプシドタンパク質］［５０４１２：５１１６２：＋；ＨＰ］［５１３４６：５１４６６：＋；ＨＰ］［５１７８２：５２６５８：＋；ＨＰ］［５２６５７：５３２７８：＋；ＨＰ］［５３２９６：５４１３３：＋；ＨＰ］［５４１３２：５４３３９：＋；ＨＰ］［５４３６１：５６１２２：＋；推定尾鞘タンパク質］［５６１８４：５６５２３：＋；ビリオンタンパク質５］［５７６７１：５７８０９：＋；ＨＰ］［５７９１４：５８２９５：＋；ＨＰ］［５８３５１：５８６６０：＋；ＨＰ］［５８７４８：５９１７７：＋；ＨＰ］［５９２６８：５９７２７：＋；ＨＰ］［５９７８６：６２７７４：＋；ＨＰ］［６３２２８：６４０９８：＋；ＨＰ］［６４１５６：６４９８１：＋；ＨＰ］［６５０３２：６７４６５：＋；ＨＰ］［６７４７０：６８３６４：＋；ＨＰ］［６８３５４：７０８１１：＋；ＨＰ］［７０９２２：７１７７４：＋；ＨＰ］［７１７７３：７２２９５：＋；ＨＰ］［７２２９４：７２９９９：＋；ＨＰ］［７３０１３：７４０６０：＋；ＨＰ］［７４０７０：７６７７３：＋；ＨＰ］［７６８７６：７７３９８：＋；ビリオンタンパク質３］［７７４１７：８０８７６：＋；ＨＰ］［８０９２７：８１０９８：＋；ＨＰ］［８１０８７：８３００１：＋；ＨＰ］［８３０１６：８３３７３：＋；ＨＰ］［８３３７８：８４７４３：＋；ＨＰ］［８４８２８：８５２８４：＋；ＨＰ］［８５７０２：８６８２４：＋；ＨＰ］［８７１９６：８８４２０：＋；ＨＰ］［８８４１２：８９８５２：＋；ＨＰ］［８９８５１：９０１０９：＋；ＨＰ］［９０４３３：９０７５７：＋；ＨＰ］［９０９５２：９１１５３：＋；ＨＰ］［９１１２１：９１３７０：＋；ＨＰ］［９１３６９：９２０５９：＋；ＨＰ］［９２１２８：９３１６０：＋；ＨＰ］［９３４２０：９５３５５：＋；エキソヌクレアーゼサブユニット２］［９５３３８：９５９３２：＋；ＨＰ］［９５９４５：９７０２２：＋；ＨＰ］［９７３９０：９７８２８：＋；ＨＰ］［９８６５９：９９７７８：＋；ＨＰ］［９９７９３：１０１５２７：＋；ＨＰ］［１０２３５７：１０３２８４：＋；ＨＰ］［１０３２９６：１０３６２３：＋；ＨＰ］［１０３６０６：１０３９２７：＋；ＨＰ］［１０４１３３：１０４７３６：＋；ＨＰ］［１０５３４０：１０５６１６：＋；ＨＰ］［１０５８３８：１０９０５１：＋；ＨＰ］［１０９０７５：１０９５５８：＋；ＨＰ］［１０９６２８：１１０８０４：＋；ＨＰ］［１１０８６６：１１２１０２：＋；ＨＰ］［１１２０９４：１１２４４８：＋；ＨＰ］［１１２４３４：１１３０９４：＋；ＨＰ］［１１３２００：１１３８３３：＋；ＨＰ］［１１４３８３：１１４５９６：＋；ＨＰ］［１１４６９２：１１４９４７：＋；ＨＰ］［１１４９４６：１１５７１７：＋；ＨＰ］［１１５７０９：１１６９６３：＋；ＨＰ］［１１７６１９：１１７９１０：＋；ＨＰ］［１１７９０２：１１８６６４：＋；ＨＰ］［１１８６４４：１１９１５１：＋；ＨＰ］［１１９１５０：１２０００５：＋；ＨＰ］［１２０３７７：１２１１０９：＋；ＨＰ］［１２１１２６：１２１５８５：＋；ＨＰ］［１２１６４９：１２２０８７：＋；ＨＰ］［１２２０９７：１２２７３３：＋；ＨＰ］［１２２７６８：１２３１６７：＋；ＨＰ］［１２３３０７：１２３５５９：＋；ＨＰ］［１２３５６８：１２３８３２：＋；ＨＰ］［１２３８３２：１２４１１７：＋；ＨＰ］［１２４１２９：１２４４２３：＋；ＨＰ］［１２４４８６：１２４８０１：＋；ＨＰ］［１２４８０３：１２５０４９：＋；ＨＰ］［１２５１８３：１２５６８７：＋；ＨＰ］［１２５７１５：１２６３７２：＋；ＨＰ］［１２６３９０：１２６９４２：＋；ＨＰ］［１２６９４７：１２７１５４：＋；ＨＰ］［１２７１５３：１２７８７３：＋；ＨＰ］［１２７９０４：１２８１１７：＋；ＨＰ］［１２８１１０：１２９００７：＋；ＨＰ］［１２９１１２：１２９３１０：＋；ＨＰ］［１２９３０９：１２９７０２：＋；ＨＰ］［１２９７０１：１３０４３３：＋；ＨＰ］［１３０９０６：１３１９４１：＋；ＨＰ］

【0414】

ファージＳＴＡ４８－７の必須遺伝子：［１２５：３４４：＋；ＨＰ］［１８８９：２０７５：＋；ＨＰ］［２１５９：２６６３：＋；ＨＰ］［２６６２：４１５０：＋；ＨＰ］［４２６３：４５７２：＋；ＨＰ］［４５７１：５３６６：＋；ＨＰ］［５５６２：６２５５：＋；ＨＰ］［６３６３：６５９１：＋；ＨＰ］［６５９３：６８２４：＋；ＨＰ］［６８１３：７４５５：＋；ＨＰ］［７４７７：７６６９：＋；ＨＰ］［７６５８：７８２３：＋；ＨＰ］［８０９９：８７１４：＋；ＨＰ］［８７６５：９５０６：＋；ＨＰ］［９５７４：９７９９：＋；ＨＰ］［９７９８：１０６９５：＋；ＨＰ］［１０６８７：１１３１４：＋；ＨＰ］［１１３０６：１１８８５：＋；ＨＰ］［１２０８１：１２３４５：＋；ＨＰ］［１２４２２：１４４７１：＋；ＨＰ］［１４４７０：１４６３２：＋；ＨＰ］［１４６７５：１４８６４：＋；ＨＰ］［１４８６３：１５１７８：＋；ＨＰ］［１５１５８：１５７７９：＋；ＨＰ］［１５９１０：１６３２７：＋；ＨＰ］［１６４３０：１６６４６：＋；ＨＰ］［１６７９７：１７９１６：＋；ＨＰ］［１７９２７：１８７７３：＋；ＨＰ］［１９０５３：１９２１８：＋；ＨＰ］［１９２２０：１９７５４：＋；ＨＰ］［１９７５３：２０２９６：＋；ＨＰ］［２０３４５：２０８２８：＋；ＨＰ］［２０８６８：２１０４２：＋；ＨＰ］［２１１４０：２１５３０：＋；ＨＰ］［２１５３１：２１７７１：＋；ＨＰ］［２１７８２：２１８８７：＋；ＨＰ］［２１９４９：２２６８７：＋；ＨＰ］［２２６７６：２２８７１：＋；ＨＰ］［２２８７１：２３０９０：＋；ＨＰ］［２４５４１：２６３９２：＋；ＨＰ］［２６４８４：２７１９２：＋；ＨＰ］［２７１８８：２７５８７：＋；ＨＰ］［２７９００：２８３８９：＋；ＨＰ］［２８４００：２８９４３：＋；ＨＰ］［２８９５６：２９３８８：＋；ＨＰ］［２９３８０：２９８６６：＋；ＨＰ］［２９８６２：３００５４：＋；ＨＰ］［３００５６：３０４９１：＋；ＨＰ］［３０４９０：３０７２７：＋；ＨＰ］［３１０５９：３１２３９：－；ＨＰ］［３１３２３：３１５９３：－；ＨＰ］［３１５９２：３１７６６：－；ＨＰ］［３２４７４：３２７１１：－；ＨＰ］［３４１２０：３４５０１：－；ＨＰ］［３４６００：３４９２４：－；ＨＰ］［３５０９１：３５２５０：－；ＨＰ］［３５８５０：３６３３９：＋；ＨＰ］［３７１６２：３７４５０：－；ＨＰ］［３７６５５：３７９６４：－；ＨＰ］［３８２７３：３８６１２：＋；ＨＰ］［３８８１６：３９１６４：－；ＨＰ］［３９１７４：３９４１４：－；ＨＰ］［３９５０９：３９７６７：－；ＨＰ］［３９７７０：４００６４：－；ＨＰ］［４０１７１：４０３５７：－；ＨＰ］［４０３７２：４０６７２：－；ＨＰ］［４２７０７：４２９０２：－；ＨＰ］［４３９０９：４４２０６：－；ＨＰ］［４４２７０：４４４６８：－；ＨＰ］［４４４６９：４４８６２：－；ＨＰ］［４４８７８：４５１２４：－；ＨＰ］［４５２０２：４６６７２：－；ＨＰ］［４６６８９：４７５９８：－；ＨＰ］［４７５９４：４７９０３：－；ＨＰ］［４７９９６：４８２６０：－；ＨＰ］［４８２８７：４８４８８：－；ＨＰ］［４８５００：４８７２５：－；ＨＰ］［４９１９５：４９５１０：－；ＨＰ］［４９８７６：５０１９４：－；ＨＰ］［５０１９６：５０４６０：－；ＨＰ］［５０４７４：５０６５４：－；ＨＰ］［５１２３７：５１７６５：－；ＨＰ］［５２４０６：５２７１２：－；ＨＰ］［５２７８８：５３０５２：－；ＨＰ］［５３１６８：５３４５６：－；ＨＰ］［５３４７２：５３７６６：－；ＨＰ］［５３７６７：５４１６９：－；ＨＰ］［５４３９５：５４５７５：－；ＨＰ］［５５６８２：５６０３３：－；ＨＰ］［５６０４７：５６３５３：－；ＨＰ］［５６４２２：５６７０１：－；ＨＰ］［５６７００：５７０４８：－；ＨＰ］［５７０６０：５７４２９：－；ＨＰ］［５７４４１：５７６２４：－；ＨＰ］［５７６７１：５７９６８：－；ＨＰ］［５７９６０：５８１３７：－；ＨＰ］［５８１４８：５８３９７：－；ＨＰ］［５８４１１：５９０５６：－；ＨＰ］［５９１３６：５９３７０：－；ＨＰ］［５９３６２：５９６１４：－；ＨＰ］［５９６０３：５９７８０：－；ＨＰ］［５９８１５：６０３７３：－；ＨＰ］［６０３７７：６０６２０：－；ＨＰ］［６０７６６：６１１６５：－；ＨＰ］［６１２２６：６１９３１：－；ＨＰ］［６１９４７：６２３９１：－；ＨＰ］［６２４５５：６２９１４：－；ＨＰ］［６２９３１：６３６６３：－；ＨＰ］［６４０３４：６４８９８：－；ＨＰ］［６４８９７：６５３４４：－；ＨＰ］［６５３２１：６６０８９：－；ＨＰ］［６６０８１：６６６１８：－；ＨＰ］［６６６８１：６６９９３：－；ＨＰ］［６６９７９：６７３４８：－；ＨＰ］［６７３６１：６８６１２：－；ＨＰ］［６８６０４：６９３６０：－；ＨＰ］［６９３６３：６９６２４：－；ＨＰ］［６９７１８：６９９４６：－；ＨＰ］［６９９６０：７０４８２：－；ＨＰ］［７０４９５：７１１２８：－；ＨＰ］［７１２５４：７１９１７：－；ＨＰ］［７１９０３：７２２５７：－；ＨＰ］［７２２６０：７３５２９：－；ＨＰ］［７４９４６：７５４２９：－；ＨＰ］［７５７５７：７８９７６：－；ＨＰ］［７９０５２：７９３５８：－；ＨＰ］［７９３６７：７９９６４：－；ＨＰ］［８０１７０：８０４９１：－；ＨＰ］［８０４７４：８０８０４：－；ＨＰ］［８０８２１：８１８７１：－；リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼサブユニットβ］［８１８８４：８３９９９：－；リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼの大サブユニット］［８４０１３：８４４０６：－；ＨＰ］［８４４２２：８５０３１：－；ＨＰ］［８５０１７：８５４７０：－；ＨＰ］［８５８７２：８６９４０：－；ＨＰ］［８６９５４：８７５５１：－；ＨＰ］［８７５５０：８９４７０：－；エキソヌクレアーゼサブユニット２］［８９４６９：８９８４７：－；ＨＰ］［８９８４６：９０８７２：－；ＨＰ］［９０９５０：９２３９３：－；ＨＰ］［９２３８５：９３９９９：－；ＨＰ］［９４０１０：９５７５９：－；ＨＰ］［９５８４９：９７２２６：－；ＨＰ］［９７２３２：９７６０４：－；ＨＰ］［９７６２５：９９５４８：－；ＨＰ］［９９５４８：９９７０７：－；ＨＰ］［９９７５５：１０３２１４：－；ＨＰ］［１０３２３４：１０３７５６：－；ビリオンタンパク質３］［１０３８６６：１０６８２１：－；ＨＰ］［１０６９４６：１０７９９３：－；ＨＰ］［１０８００７：１０８７１２：－；ＨＰ］［１０８７１１：１０９２３６：－；ＨＰ］［１０９２３５：１１００２７：－；ＨＰ］［１１０１３３：１１２６８０：－；ＨＰ］［１１２６７９：１１３５６７：－；ＨＰ］［１１３５８０：１１６００７：－；ＨＰ］［１１６０８５：１２０１４１：－；ＨＰ］［１２０１９６：１２０７３３：－；ＨＰ］［１２０７７６：１２１２３５：－；ＨＰ］［１２１３６７：１２１６７９：－；ＨＰ］［１２２１２１：１２２５８０：－；ＨＰ］［１２３２８１：１２４２１７：－；ＨＰ］［１２４８８７：１２５２６８：－；ビリオンタンパク質５］［１２５３４０：１２７１０４：－；推定尾鞘タンパク質］［１２７１３０：１２７３４６：－；ＨＰ］［１２７３４７：１２８１８４：－；ＨＰ］［１２８２０２：１２８８２３：－；ＨＰ］［１２８８２２：１２９７０１：－；ＨＰ］［１２９７１４：１３０６２３：－；ＨＰ］［１３１０４４：１３２４３６：－；主カプシドタンパク質］［１３２５５１：１３３５０８：－；ＨＰ］［１３３５２６：１３４２６７：－；ＨＰ］［１３４４９４：１３５９９７：－；ＨＰ］［１３６１８９：１３６５０１：－；ＨＰ］［１３７００４：１３８１５６：－；ＨＰ］［１３８２４９：１３８７２９：－；ＨＰ］［１３８８８５：１３９７０７：－；ＨＰ］［１３９６９９：１４１５１７：－；ＨＰ］［１４１５３１：１４１８５８：－；ＨＰ］［１４１９３８：１４２２１７：－；ＨＰ］［１４２１９４：１４２４６１：－；ＨＰ］［１４３４８５：１４３６９２：＋；ＨＰ］［１４３７０４：１４３９１４：＋；ＨＰ］

【0415】

実施例８ 試験したファージは、全ての試験した増殖状態において有効である
この研究では、液体アッセイを使用して、不活性代謝細菌の代用として役立ち得る静止状態の細菌に焦点を当てて、異なる増殖期における細菌のファージ感染を評価したＣｏｎｌｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｌｅｗｉｓ，２００７）。異なる増殖期は、細菌の多様な代謝状態を表し、したがって、異なる代謝条件下でのファージ感染性を評価するために使用することができる。

【0416】

初期対数期細菌、中期対数期細菌、及び定常状態細菌に対するＡＤＸ２（ファージＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－５、ＳＴＡ４８－７）の活性を評価するために、代表的な黄色ブドウ球菌株に対して液体感染アッセイを行った。

【0417】

方法－液体感染及びＯＤ読み取り
各被験株の１０個の細菌コロニーを採取し（約１μＬループ全体）、４ｍＬの液体ＢＨＩＳを予め充填した培養チューブに移し、１８０ｒｐｍ、３７℃で約６時間振盪することによってＯＤ６００≧１．５まで培養した。４ｍＬのＢＨＩＳのみを含む１本の培養チューブを、ブランクとして使用した。４０μＬ培養物を、４ｍＬの液体ＢＨＩＳを予め充填した２つの培養チューブに希釈し、ＯＤ６００が初期対数期については０．１～０．２に、中期対数期については０．６～０．８に達するまで、３７℃で１８０ｒｐｍで振盪することによってインキュベートした。細菌培養物の残りを、定常増殖期用に、３７℃で更に約２４時間、１８０ｒｐｍで振盪することによってインキュベートした。９６ウェルプレートを、各ＳＴＡ株の複製において１ｍＭ（ＭＭＣ）イオンを補充した各細菌増殖期（初期対数期、中期対数期、及び定常期）からの１９０μＬの細菌培養物を含有するように調製した。１０μＬの以下の混合物を適切なウェルに添加した。
ａ．ファージなし対照（ＮＰＣ）：ＢＨＩＳ単独
ｂ．１０６ＰＦＵ／ウェルでの、ＢＨＩＳ中のファージ混合物

【0418】

プレートはまた、対照として培地内又はファージカクテル内の汚染を除外するために、２００μＬのＢＨＩＳ培地単独及びＢＨＩＳ単独中のファージカクテルの一対のウェルを含有した。５０μＬの鉱油を各ウェルに添加して蒸発を防止し、プレートを通気性フィルムで密封した。次いで、プレートを、Ｉｎｆｉｎｉｔｅ Ｍ２００ＰＲＯプレートリーダー（Ｔｅｃａｎ）に取り付けられたＦｒｅｅｄｏｍ Ｅｖｏロボット式液体ハンドラー（Ｔｅｃａｎ）に入れ、３２℃に加熱し、９０ｒｐｍで穏やかに回転させた。各ウェルのＯＤ６００を１００時間にわたって約２０分毎に読み取った。

【0419】

結果
ＡＤＸ２ファージカクテルは、予備的な液体宿主範囲評価において感受性であるとみなされた株について、全ての試験された増殖状態において感染性である。図６は、異なる感受性パターンを有する２つの細菌株の増殖曲線を示す：（Ａ）黄色ブドウ球菌株５２７（上の３つのチャート）は、３つ全てのファージに対して感受性である。（Ｂ）黄色ブドウ球菌株４１８（下の３つのチャート）は、ＳＴＡ４８－７に対してのみ感受性である。最も左の２つのチャートは、初期対数期における感染についてのＯＤ曲線を示し、中央の２つのチャートは、中期対数期における感染についてのＯＤ曲線を示し、最も右の２つのチャートは、定常期における感染についてのＯＤ曲線を示す。ＮＰＣ；ファージなし対照（no phage control）。

【0420】

実施例９ 転移因子の検出及び不活性化
転移因子（transposable element、ＴＥ、トランスポゾン、又はジャンピング遺伝子）は、ファージのゲノム内でのその位置を変化させることができるＤＮＡ配列であり、例えば、突然変異を作製又は逆転させて、ファージの遺伝的同一性及びゲノムサイズを変化させることによって、遺伝子変化及び不安定性の源となり得るものである。そのような不安定性は、（例えば、元の宿主範囲に関して）ファージの性能を変化させ得る。したがって、ＴＥを検出して不活性化することが好ましい。

【0421】

計算による方法を用いて、本発明のファージのゲノムをスクリーニングし、以下のトランスポゾンを検出した。

【0422】

【表8】

【0423】

^＊配列表に詳述されるファージのゲノム配列に関して。

【0424】

特定の実施形態によれば、表７に列挙されるものなどのＴＥは、ＤＮＡ塩基対の完全な切除又は一部切除によって不活性化される。例えば、単一の塩基対の最も短い切除は、トランスポザーゼ酵素遺伝子（ＴＰａｓｅ）におけるフレームシフトをもたらし、かつ／又はトランスポゾン移動性（例えば、挿入及び／又は切除）に必要な構造配列の機能を損なう可能性がある。

【0425】

あるいは、又は更に、ＴＥは、元の単一塩基対又はそれ以上の置換によって不活性化され得る。例えば、コドンシフトを引き起こすか、又はＴＰａｓｅ遺伝子に初期終止コドンを導入する変化は、翻訳されたタンパク質の不活性バージョンを導き得る。当業者は、トランスポゾンを不活性化するために、このような遺伝子操作を実施するための、その分野で公知の多数の代替的な分子生物学的方法を容易に想定し得る。

【0426】

実施例１０ 黄色ブドウ球菌による皮膚感染のインビボ及びエクスビボモデルを使用したファージの有効性の試験。
異なるモデルを使用して、ヒトの皮膚を模倣する関連条件におけるファージの有効性を評価する。例えば、再構築されたヒト表皮（Reconstructed Human Epidermis、ＲＨＥ）モデルが、この目的のために使用され得る。これは、不活性ポリカーボネートフィルター上で培養された正常なヒトケラチノサイトから再構築された、インビトロモデルである。このモデルを使用して、ファージによる処理後に細菌負荷が減少するかどうかを測定することによって、ファージの有効性を試験し、確認し得る。モデルは、異なる黄色ブドウ球菌株を用いて構築することができ、それにより、バイオフィルムの低減又は防止などの異なる表現型に対するファージの効果、増殖を遅らせることに対する有効性を研究することが可能になる。そのような研究は、異なるファージ、異なる製剤、及び様々な適用レジメンの有効性を比較するために行うことができる。

【0427】

別のモデルは、ファージの活性を妨害し得る免疫系及び潜在的経路の存在下で、生きた生物におけるファージの効力を研究することを可能にするマウスモデルである。そのようなモデルは、Ｎａｋａｔｓｕｊｉら（Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，２０２１）によって使用され、アトピー皮膚炎をモデル化するために処置されたマウスの皮膚上の黄色ブドウ球菌の減少が研究された。詳細には、黄色ブドウ球菌によって４日間コロニー形成されたＯＶＡ感作ＦＬＧｆｔ／ｆｔ Ｂａｌｂ／ｃマウスに、ＳｈＡ９（抗微生物剤）又はビヒクルを、１日２回、３日間局所適用した後のマウス皮膚について分析を行った。この研究において、彼らは、スワブによって病変背部皮膚から回収された生黄色ブドウ球菌、炎症、及び選択されたサイトカインのｍＲＮＡの相対存在量をモニターした。

【0428】

実施例１１ 表皮ブドウ球菌に対するファージ感染力の試験。
表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）は、ヒト皮膚の天然マイクロバイオーム中に見出されるブドウ球菌細菌の１つの種である。以前の研究は、これは、有害でないコロニー形成体及び病原体の両方としての表皮ブドウ球菌の二重の役割を示唆している。

【0429】

ファージＳＴＡ４８－１、ＳＴＡ４８－５、及びＳＴＡ４８－７（ＡＤＸ２カクテルのメンバー）の表皮ブドウ球菌に対する感染性を調査するために、ヒト皮膚から単離された１３種類の代表的な表皮ブドウ球菌株を、ＩＭＨＡ細菌レポシトリから入手し、ＥＯＰ分析によって評価した。以下の表８は、表皮ブドウ球菌の１３株のリストと、０．１以上のＥＯＰでのファージＳＴＡ４８－７に対する対応する感受性を示す。表皮ブドウ球菌の２つの株は、ＳＴＡ４８－７に対して感受性であることが判明した。表皮ブドウ球菌の１３株の全ては、そのＥＯＰレベルで、ＳＴＡ４８－１及びＳＴＡ４８－５に耐性であるということが判明した。

【0430】

【表9】

【0431】

本発明をその特定の実施形態に関連して説明してきたが、多くの代替、修正、及び変形が当業者には明らかであることは明白である。したがって、添付の特許請求の範囲の精神及び広い範囲内に入る全てのそのような代替形態、修正形態、及び変形形態を包含することが意図される。

【0432】

本明細書で言及される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかも各個々の刊行物、特許、又は特許出願が、参照されるときに、それが参照により本明細書に組み込まれるべきであると具体的かつ個別に言及されているかのように、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれるべきであることが、出願人（複数可）の意図である。加えて、本出願における任意の参考文献の引用又は特定は、そのような参考文献が本発明に対する先行技術として利用可能であることの承認として解釈されるべきではない。セクションの見出しが使用される限りにおいて、それらは必ずしも限定するものとして解釈されるべきではない。加えて、本出願の任意の優先権書類（複数可）は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5A】

【図5B】

【図6】

【配列表】

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【国際調査報告】