特表 2024-520913 微生物共同体及びその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-05-27

(54)【発明の名称】微生物共同体及びその使用

(51)【国際特許分類】

   C12N 1/20 20060101AFI20240520BHJP

   A61K 35/747 20150101ALI20240520BHJP

   A61K 35/74 20150101ALI20240520BHJP

   A61K 35/745 20150101ALI20240520BHJP

   A61P 1/00 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 1/14 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 1/06 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 1/10 20060101ALI20240520BHJP

   A61P 1/12 20060101ALI20240520BHJP

【ＦＩ】

C12N1/20 A

A61K35/747 ZNA

A61K35/74

A61K35/745

A61P1/00

A61P1/14

A61P1/06

A61P1/04

A61P1/10

A61P1/12

C12N1/20 E

【審査請求】有

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023569874

(86)(22)【出願日】2022-05-12

(85)【翻訳文提出日】2023-12-26

(86)【国際出願番号】 IL2022050503

(87)【国際公開番号】W WO2022239012

(87)【国際公開日】2022-11-17

(31)【優先権主張番号】283124

(32)【優先日】2021-05-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】IL

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】521441216

【氏名又は名称】バイオミカ リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110000855

【氏名又は名称】弁理士法人浅村特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】クルーガー ベン シャバット、シェールリ

(72)【発明者】

【氏名】リンゲル、イェフダ

(72)【発明者】

【氏名】メシュナー、シリ

(72)【発明者】

【氏名】ハーバー、エルラン

(72)【発明者】

【氏名】エシャー、シリ

(72)【発明者】

【氏名】ティロシュ、オスナット

(72)【発明者】

【氏名】ポロンスキー、オムリ

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065AA21X

4B065AA23X

4B065AA30X

4B065AC14

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC30

4C087BC56

4C087BC59

4C087BC68

4C087BC77

4C087MA02

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA66

4C087ZA68

4C087ZA69

4C087ZA72

4C087ZA73

4C087ZC75

(57)【要約】

本発明は、２つ以上の微生物を含む微生物共同体、それを含む組成物及びキット、並びに機能性胃腸障害を治療する方法におけるその使用を提供する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

２つ以上の微生物を含む微生物共同体であって、前記２つ以上の微生物が、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る、微生物共同体。

【請求項2】

（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも８つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項3】

（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、
（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｘｉｘ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項4】

（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖の増加、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）リノール酸産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）メタン生成の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、又は（ｘｉｉｉ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る、請求項３に記載の微生物共同体。

【請求項5】

（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖の増加、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）リノール酸産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）メタン生成の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、又は（ｘｉｉｉ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも７つを有し得る、請求項１～３のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項6】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｉｘｘ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項7】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、又は（ｘｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項8】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）硝酸の亜硝酸への還元、（ｉｖ）プロゲステロン産生、（ｖ）一酸化窒素の還元、（ｖｉ）メタン生成の減少、（ｖｉｉ）少なくとも１つのイソフラボノイドの代謝、（ｖｉｉｉ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｉｘ）ビタミンＢ６産生、（ｘ）ビタミンＢ１２産生、（ｘｉ）汚染物質の解毒、又は（ｘｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項9】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）亜硝酸産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項10】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）乳酸産生、（ｉｉｉ）鉄封鎖、又は（ｉｖ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項11】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｉｖ）ビタミンＢ６産生、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項12】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）セロトニン産生、又は（ｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項13】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）メタン生成の減少、（ｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項14】

前記少なくとも１つの微生物が、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）メタン生成の減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項15】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）酪酸産生、（ｉｉ）プロピオン酸産生、（ｉｖ）メタン生成の減少、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも２つを有し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項16】

前記少なくとも１つの微生物が、セロトニンレベルを増加させ得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項17】

前記少なくとも１つの微生物が、プロゲステロンを産生し得る、請求項１に記載の微生物共同体。

【請求項18】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０によって示される少なくとも１つの配列と少なくとも８５％の配列同一性を有することを特徴とする、請求項１～１７のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項19】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８又は配列番号９によって示される少なくとも１つの配列と少なくとも８５％の配列同一性を有することを特徴とする、請求項１～１８のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項20】

前記２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８又は配列番号９によって示される少なくとも３つの配列と少なくとも８５％の配列同一性を有することを特徴とする、請求項１～１８のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項21】

前記２つ以上の微生物からの少なくとも１つの微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０、メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃ、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧ、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０、ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａ、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）Ｌ２－３２、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌ、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４、オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１、又はブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７、のうちの少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項22】

前記２つ以上の微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０、メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃ、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧ、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０、ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａ、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）Ｌ２－３２、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌ、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４、オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１、又はブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７、から選択される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項23】

前記２つ以上の微生物の少なくとも１つが、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、のうちの少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項24】

前記２つ以上の微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、から選択される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項25】

前記２つ以上の微生物の少なくとも１種が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、のうちの少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項26】

前記２つ以上の微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、から選択される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項27】

前記２つ以上の微生物の少なくとも１つが、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、のうちの少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項28】

前記２つ以上の微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、から選択される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項29】

前記２つ以上の微生物の少なくとも１つが、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、の少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項30】

前記２つ以上の微生物が、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、から選択される、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項31】

前記２つ以上の微生物の少なくとも１つが、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６のうちの少なくとも１つである、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項32】

メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項33】

ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項34】

消化管運動機能障害の治療に使用するための、請求項１～３３のいずれか一項に記載の微生物共同体。

【請求項35】

前記消化管運動機能障害が、機能性消化不良、胃腸痛の中枢媒介障害又は腸障害である、請求項３４に記載の微生物共同体。

【請求項36】

前記腸障害が、過敏性大腸症候群（ＩＢＳ）、機能性便秘、機能性下痢、機能性腹部膨満／膨満、不特定腸機能障害、オピオイド誘発性便秘、又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つである、請求項３５に記載の微生物共同体。

【請求項37】

前記腸障害が、過敏性大腸症候群（ＩＢＳ）、機能性便秘、機能性下痢、機能性腹部膨満／膨満、不特定腸機能障害、オピオイド誘発性便秘又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つであり、任意選択で、前記腸障害が、顕著な便秘を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｃ）、顕著な下痢を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｄ）、混合型排便習慣を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｍ）、未分類のＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｕ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つである、請求項３６に記載の微生物共同体。

【請求項38】

請求項１～３３のいずれか一項に記載の微生物共同体を含み、任意選択で、担体、希釈剤及び賦形剤を更に含む、医薬組成物。

【請求項39】

消化管運動機能障害の治療に使用するための、請求項３８に記載の医薬組成物。

【請求項40】

前記消化管運動機能障害が、機能性消化不良、胃腸痛の中枢媒介障害又は腸障害である、請求項３９に記載の使用のための医薬組成物。

【請求項41】

前記腸障害が、過敏性大腸症候群（ＩＢＳ）、機能性便秘、機能性下痢、機能性腹部膨満／膨満、不特定腸機能障害、オピオイド誘発性便秘又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つである、請求項４０に記載の使用のための医薬組成物。

【請求項42】

前記腸障害が、過敏性大腸症候群（ＩＢＳ）、機能性便秘、機能性下痢、機能性腹部膨満／膨満、不特定腸機能障害、オピオイド誘発性便秘又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つであり、任意選択で、前記腸障害が、顕著な便秘を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｃ）、顕著な下痢を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｄ）、混合型排便習慣を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｍ）、未分類のＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｕ）又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つである、請求項４０に記載の使用のための医薬組成物。

【請求項43】

消化管運動機能障害を治療するための医薬組成物の調製における、請求項１～３３のいずれか一項に記載の微生物共同体の使用。

【請求項44】

請求項１～３３のいずれか一項に記載の微生物共同体と、任意選択で消化管運動機能障害を治療するための説明書とを含むキット組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本開示は、微生物の共同体、それを含む組成物及びキット、並びにその使用に関する。

【背景技術】

【0002】

現在開示されている主題の背景として関連すると考えられる参考文献を以下に挙げる。
－国際公開第１８１０９４６１号
－Ｚｈｕ Ｓ，Ｌｉｕ Ｓ，Ｌｉ Ｈ，Ｚｈａｎｇ Ｚ，Ｚｈａｎｇ Ｑ，Ｃｈｅｎ Ｌ，Ｚｈａｏ Ｙ，Ｃｈｅｎ Ｙ，Ｇｕ Ｊ，Ｍｉｎ Ｌ，Ｚｈａｎｇ Ｓ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｕｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ａｎｄ Ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｉｒｒｉｔａｂｌｅ Ｂｏｗｅｌ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ．Ｆｒｏｎｔ Ｃｅｌｌ Ｉｎｆｅｃｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１９；９，３４６
－米国特許出願第２０２０／２０６２８０号
－Ｐｏｋｕｓａｅｖａ Ｋ，Ｊｏｈｎｓｏｎ Ｃ，Ｌｕｋ Ｂ，Ｕｒｉｂｅ Ｇ，Ｆｕ Ｙ，Ｏｅｚｇｕｅｎ Ｎ，Ｍａｔｓｕｎａｍｉ Ｒ．Ｋ，Ｌｕｇｏ Ｍ，Ｍａｊｏｒ Ａ，Ｍｏｒｉ－Ａｋｉｙａｍａ Ｙ，Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ Ｅ．Ｂ，Ｄａｎｎ Ｓ．Ｍ，Ｓｈｉ Ｘ．Ｚ，Ｅｎｇｌｅｒ Ｄ．Ａ，Ｓａｖｉｄｇｅ Ｔ，Ｖｅｒｓａｌｏｖｉｃ Ｊ，ＧＡＢＡ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｄｅｎｔｉｕｍ ｍｏｄｕｌａｔｅｓ ｖｉｓｃｅｒａｌ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｔｈｅ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ．Ｎｅｕｒｏｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ＆ Ｍｏｔｉｌｉｔｙ，２０１７；２９（１）：ｅ１２９０４
－国際公開第２０２０２１４８号

【0003】

本明細書における上記の参考文献の認識は、これらが現在開示されている主題の特許性に何らかの形で関連していることを意味するものとして推論されるべきではない。

【0004】

国際公開第１８１０９４６１号は、対象の微生物叢多様性を増加させ、かつ／又は微生物叢の安定を誘導する方法に使用するための、ブラウティア属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0005】

Ｚｈｕ Ｓらには、メタボロミクス及び微生物学的プロファイルの評価を通じて、ＩＢＳの潜在的機序及び新規バイオマーカーを調査することを目的とした研究が記載されている。

【0006】

米国特許出願第２０２０／２０６２８０号には、神経変性障害を治療及び予防するための細菌株を含む組成物が記載されている。

【0007】

Ｐｏｋｕｓａｅｖａ Ｋらは、共生ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）が、ＧａｄＢによるグルタミン酸の酵素脱炭酸を介してＧＡＢＡを産生すること、及びこの特異的なビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）株の毎日の経口投与が、内臓過敏のラット便秘モデルにおいて感覚ニューロン活性を調節したことを実証している。

【0008】

国際公開第２０２０２１４８号は、２つ以上の微生物を含む微生物共同体、それを含む組成物及びキット、並びにがんを治療するためのその使用を提供する。

【発明の概要】

【0009】

いくつかの態様によれば、本開示は、２つ以上の微生物を含む微生物共同体を提供し、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0010】

いくつかの他の態様によれば、本開示は、２つ以上の微生物を含む微生物共同体を提供し、当該２つ以上の微生物は、消化管運動機能障害の治療に使用するために、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0011】

いくつかの更なる態様によれば、本開示は、微生物共同体を含む組成物を提供し、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0012】

更にいくつかの他の態様によれば、本開示は、消化管運動機能障害を治療するための医薬組成物の調製における微生物共同体の使用を提供し、微生物共同体が２つ以上の微生物を含み、当該微生物共同体の２つ以上の微生物が、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0013】

更にいくつかの更なる態様によれば、本開示は、消化管運動機能障害を治療するための微生物共同体及び任意選択で使用説明書を含むキット組成物を提供し、微生物共同体が２つ以上の微生物を含み、当該微生物共同体が、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【図面の簡単な説明】

【0014】

本明細書に開示されている主題をより良く理解し、実際にそれがどのように実行され得るかを例証するために、添付の図面を参照して、非限定的な例としてのみ、実施形態をここで説明する。

【図1A】メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３による短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生を示す棒グラフであり、図１Ａ及び図１Ｂは、Ｄｅ Ｍａｎ、Ｒｏｇｏｓａ及びＳｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）培地（図１Ａ）、又は９０ｍＭ乳酸塩を補充したＭＲＳ培地（図１Ｂ）において３７℃で７時間嫌気的増殖させた後のＳＣＦＡ濃度を示し、エラーバーは、２回の独立して行われた実験の標準誤差を表し、データは平均として表す。

【図1B】メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３による短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生を示す棒グラフであり、図１Ａ及び図１Ｂは、Ｄｅ Ｍａｎ、Ｒｏｇｏｓａ及びＳｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）培地（図１Ａ）、又は９０ｍＭ乳酸塩を補充したＭＲＳ培地（図１Ｂ）において３７℃で７時間嫌気的増殖させた後のＳＣＦＡ濃度を示し、エラーバーは、２回の独立して行われた実験の標準誤差を表し、データは平均として表す。

【図1C】メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３による短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生を示す棒グラフであり、図１Ｃは、９０ｍＭの乳酸塩を補充したＭＲＳ培地において３７℃で２６時間嫌気的増殖させた後のイソ吉草酸及び吉草酸の産生を示し、データは平均として表す。

【図2】メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５によるＳＣＦＡ産生を示す棒グラフであり、ＳＣＦＡ濃度は、ＭＲＳ培地中、３７℃で３０時間嫌気的増殖させた後に測定し、データは平均として表す。

【図3】ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９による酢酸産生を示す棒グラフであり、酢酸濃度は、ＭＲＳ培地中、３７℃で２６時間嫌気的増殖させた後に測定し、データは平均として表す。

【図4】ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３による酢酸産生を示す棒グラフであり、酢酸濃度は、ＢＨＩ培地中、３７℃で９．５時間嫌気的増殖させた後に測定し、データは平均として表す。

【図5】ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６による酢酸及び酪酸の産生を示す棒グラフであり、濃度は、最大２４時間の増殖後に測定し、結果をμｇ／ｍｌで表した。

【図6】ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、及び陰性対照菌であるセトバクテリウム・ソメラエ（Cetobacterium somerae）ＡＴＣＣ ＢＡＡ－４７４によるＧＡＢＡ産生を示す棒グラフであり、ＧＡＢＡ濃度は、３７℃での７２時間の嫌気的増殖まで測定し、エラーバーは、２回の独立して行われた実験の標準誤差を表し、データは平均として表す。

【図7】ハウスキーピング遺伝子（ＨＫＧ）、ＲｅｃＡ転写終結因子ｒｈｏ（Ｒｈｏ）のレベルと比較した、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３の増殖中のリアルタイムＰＣＲを使用した３β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ（３βＨＳＤ）発現レベルの倍率変化を示すグラフであり、全ての発現レベルは、アッセイ開始時（時間０）のＲｅｃＡレベルに対して正規化されている。相対倍率変化は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３発酵の最初のサンプリング点から計算される。

【図8】ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９培養培地で処理した後のＲＩＮ１４Ｂ細胞の上清中のセロトニンレベルを示す棒グラフであり、ｙ軸は、ブラッドフォードアッセイによって定量化された試料中の総タンパク質濃度（ｕｇ／ｍｌ）当たりのナノモル（ｎｍｏｌ）のセロトニンを表し、結果は平均±ＳＥＭとして表す。

【図9】例示的な共同体のラップ拘束ストレス（ＷＲＳ）誘導性モデルの２時間の間に排泄された糞便ペレットの数に対する効果を示す棒グラフであり、結果は平均±ＳＥＭとして表す。

【図10】例示的な共同体の結腸－直腸拡張（ＣＲＤ）試験において異なる体積に膨張させたバルーンで測定された正規化された腹部収縮（ＡＣ）の数に対する効果を示すグラフであり、記録されたＡＣの数は、以前に測定されたＡＣに対して正規化され、結果は、平均±ＳＥＭとして表す（^＊二元配置ＡＮＯＶＡ（共同体１２とビヒクルの比較）でｐ＜０．０５）。

【図11】ＣＲＤ試験において０．８ｍｌまで膨張させたバルーンで測定された正規化ＡＣの数に対する例示的な共同体の効果を示す棒グラフであり、記録されたＡＣの数は、０．４ｍｌのバルーン体積で測定された以前のＡＣに対して正規化され、結果は平均±ＳＥＭとして表す（^＊スチューデントｔ検定でｐ＜０．０５）。

【発明を実施するための形態】

【0015】

腸内微生物叢は、様々な生理学的プロセスに影響を及ぼすこと、例えば、宿主の健康の維持並びに疾患の発症及び進行に影響を及ぼすことができる、胃腸管内の多数の多様な微生物を指す。

【0016】

本開示は、腸内微生物叢における微生物の個体数、微生物及び／又は宿主の代謝産物、微生物及び／又は宿主の経路、並びに界間宿主－微生物叢相互作用及び胃腸系に関連する状態の間の可能な関係及び相関に基づき、微生物叢、例えば、腸内微生物叢において検出された、又はそこから単離された、又はそこから精製された特定の微生物を、胃腸状態、特に機能的胃腸状態の予防及び治療において使用することを目的とする。

【0017】

その目的のために、本発明者らは、ハイスループットシーケンシングデータを処理するために利用される一連の計算ツールを使用し、微生物の遺伝子及び経路並びに微生物の分類群の高分解能の検出及び注釈を得た。これにより、生物の細胞プロセス（微生物など）と、例えば、腸神経系及び／又は腸－脳軸に関連する様々なヒト及び／又は微生物細胞プロセスとの間の関係の機構的理解がもたらされた。

【0018】

分析においては、いくつかの方法、例えば、特定の微生物機能（経路）の同定、及び症候群の重症度に依存して有意に異なる個体数、特に、低症候性胃腸状態を示す患者と機能性胃腸状態などの高症候性胃腸状態を示す患者との間の異なる個体数を有する特定の微生物の選択を可能にする厳密な統計的比較分析を適用した。

【0019】

低症候性胃腸状態を示す患者と高症候性胃腸状態を示す患者との間の区別は、機能性胃腸状態、特に過敏性腸症候群（ＩＢＳ）に関連する様々な症状の存在／出現を考慮することによって行った。このような症状としては、腹部不快感に関連する症状、例えば、腹部膨満、腹痛、又は通過時間に関連する異常が挙げられる。この生理学的情報は、機能的胃腸状態と診断された患者によって記入された特定の質問者及び得られたデータの分析などの、様々な手段によって得ることができる。

【0020】

微生物叢集団を変化させ、少なくとも１つの消化管運動機能障害を治療又は予防するために、本発明によってコンピュータで同定された固有かつ特定の微生物を、各微生物単独で、又は好ましくは特定の組み合わせ（本明細書では微生物共同体と呼ぶ）として、対象に投与することができることが示唆された。同定された微生物は、診断及び予後の目的のために、例えば、治療に対する対象の応答性を評価するために、かつ治療プロトコルを決定するために使用し得ることが更に示唆された。

【0021】

したがって、本開示は、微生物共同体を提供する。微生物共同体は、微生物及び／又は宿主において異なる生理学的／生物学的プロセス（経路）を集合的に調節し得る２つ以上の微生物を含む。

【0022】

驚くべきことに、低症候性の機能的胃腸状態を特徴とする患者において過剰提示された微生物は、一連の経路、とりわけ、微生物と宿主との間の界間連絡に影響を及ぼす経路、例えば、腸神経系（ＥＮＳ）及び／又は中枢神経系（ＣＮＳ）に関与する経路などの組み合わせを調節し得ることが見出された。以下の実施例に示されるように、これらの微生物は、驚くべきことに、種々の機能、とりわけ、短鎖脂肪酸の産生、ＧＡＢＡの産生、セロトニンの分泌、及びプロゲステロンの産生などを調節することが見出された。これらの微生物は、短鎖脂肪酸、とりわけ、酢酸、酪酸、プロピオン酸、吉草酸及びイソ吉草酸などを産生することが示された。

【0023】

驚くべきことに、少なくとも１つの同定された微生物の増殖培地が、宿主細胞においてセロトニン産生を誘導し得ることが示された。これは、少なくとも１つの同定された微生物によって産生される成分が増殖培地に分泌され、これが宿主におけるプロセスに影響を及ぼし得ることを示唆した。

【0024】

更に、驚くべきことに、少なくとも１つの同定された微生物が３β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ（３β－ＨＳＤ）を発現し、発現された３β－ＨＳＤの量がプロゲステロン前駆体であるプレグネノロンの存在下でより高いことが示された。これらのデータは、少なくとも１つの同定された微生物が、少なくとも３β－ＨＳＤの活性によってプロゲステロンを産生することができることを示唆した。

【0025】

更に、以下に示すように、同定された微生物を含む例示的な微生物共同体は、インビボで試験した場合に、プラスの効果を有することが示された。具体的には、実施例２Ａに示されるように、３つの例示的な微生物共同体で処置したラットは、ＷＲＳの２時間の間に排泄された糞便ペレットの数の減少を示し、加えて、腹部収縮エピソードの数は、３つの例示的な微生物共同体で処置した動物においてより少なかった。

【0026】

したがって、本開示は、いくつかの態様によれば、２つ以上の微生物を含む微生物共同体を提供し、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、以下の特徴、すなわち、（ｉ）内臓過敏を調節し得る、（ｉｉ）管腔内ガスバランスを調節し得る、（ｉｉｉ）ＥＮＳを調節し得る、（ｉｖ）脳腸軸を調節し得る、（ｖ）γ－アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）を調節し得る、（ｖｉ）消化管バリアを調節し得る、（ｖｉｉ）軽度炎症に関連する経路を調節し得る、（ｖｉｉｉ）脂肪酸産生を調節し得る、（ｉｘ）食品化合物の代謝を調節し得る、（ｘ）解毒活性を調節し得る、（ｘｉ）エンドペプチダーゼ活性を調節し得る、（ｘｉｉ）セロトニンを調節し得る、又はこれらの組み合わせ、のうちの１つ以上を有する。

【0027】

時には、本明細書において以下に記載される微生物共同体の上記の特徴並びに他の特徴は「経路」と呼ばれ、時には、経路産生物（直接的又は間接的）は「物質」と示されることに留意されたい。

【0028】

１つ以上又は少なくとも１つを有する少なくとも１つの微生物への言及は、少なくとも１つの微生物（又は１つ以上）が列挙された特性（特徴）を有し得、時には有していることを示す、少なくとも１つの微生物の特徴付けとして理解されるべきであることにも留意されたい。

【0029】

以下の文章において、微生物共同体に言及する場合、それは、本明細書に開示される医薬組成物、キット、使用及び方法にも言及するものとして理解されるべきである。したがって、微生物共同体に関して特徴を示すときはいつでも、それは、必要な変更を加えて、医薬組成物、キット、使用及び方法に関して同じ特徴を定義するものとして理解されるべきである。

【0030】

本明細書で使用される場合、微生物共同体は、少なくとも１つの細菌及び／又は古細菌を含む微生物の混合物／カクテルを指す。少なくとも１つの微生物に言及する場合、一般的な科学的分類に分類される１つの微生物種及び／又は株に言及するものとして理解されるべきである。本開示の主題である微生物は、ヒト微生物叢中に存在し、したがって、同じく以下に詳述されるような当技術分野で公知の任意の方法によって、ヒト微生物叢などの任意の微生物叢から単離及び／又は精製することができ、又は生物学的材料（例えば、糞便などの糞便材料、又は小腸及び大腸の様々な断片から単離された材料）から精製することができる。

【0031】

したがって、本明細書で使用される微生物という用語は、いくつかの実施形態によれば、単離された微生物、精製された微生物、組換え微生物又はこれらの任意の組み合わせを指す。

【0032】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、単離された微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、精製された微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は組換え微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、単離された微生物、精製された微生物又はこれらの任意の組み合わせを含む。

【0033】

本発明の組換え微生物は、その遺伝要素の意図的な導入又は欠失によって遺伝的構成が改変された微生物であることに留意されたい。組換え微生物は、元の微生物の機能（細胞プロセス）を維持することができる。

【0034】

いくつかの実施形態では、微生物は、芽胞として提供される生きた微生物、熱殺菌された微生物の非生存形態、生物の抽出物、微生物の成分、又はこれらの任意の組み合わせである。

【0035】

いくつかの実施形態では、微生物は生きている微生物である。いくつかの他の実施形態では、微生物は、芽胞として、熱殺菌された微生物の非生存形態として提供される。いくつかの更なる実施形態では、微生物は微生物の抽出物である。更にいくつかの更なる実施形態では、微生物は微生物の成分である。

【0036】

少なくとも１つの微生物、具体的には少なくとも１つの細菌への言及は、少なくとも１つの細菌の単離物、突然変異体、芽胞、酵素若しくはその抽出物及び／又は少なくとも１つの細菌の馴化培養培地（増殖培地）及び／又は少なくとも１つの細菌から分泌される化合物（成分／代謝産物）も包含する。

【0037】

同定された微生物の本発明の微生物共同体への帰属は、同定された微生物のそれぞれが有し得る複数の機能（すなわち複数の経路）並びに共同体中の微生物間の生物学的関係を考慮することによって行われた。微生物共同体中の微生物の各々は、本明細書において以下に詳述されるように、少なくとも１つのプロセス、時には少なくとも２つのプロセス、更に時には少なくとも３つ又は少なくとも４つのプロセスを調節することが可能であり得る。更に、時には、１つの微生物の代謝産物が、微生物共同体の別の微生物によって、あるいは追加の腸内共生生物によって、又は特定の腸内共生生物の増殖を防止することによって、基質として使用され得る。これは、微生物共同体による腸内コロニー形成の可能性を増加させ得、又は１つ以上の微生物の所望の活性を促進し得る。

【0038】

更に、同定された微生物の微生物共同体への帰属は、得られた共同体の複合機能を考慮することによって行われた。例えば、特定のプロセスは、微生物共同体中の単一の微生物によって、又は時には少なくとも２つの微生物、少なくとも３つの微生物、又は更に少なくとも４つの微生物によって調節され得る。微生物共同体中の少なくとも２つの微生物の組み合わせは、いくつかの基本的な重複する相補的な機構（プロセス、経路）を介して作用を達成し得ることが示唆された。

【0039】

調節されたプロセスのいくつかは、２つ以上の微生物間で重複し得るが、共同体は、広範かつ相補的な効果を得るために、ある程度の多様性を有する。

【0040】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、以下の特徴、すなわち、（ｉ）内臓過敏を調節し得る、（ｉｉ）管腔内ガスバランスを調節し得る、（ｉｉｉ）ＥＮＳを調節し得る、（ｉｖ）脳腸軸を調節し得る、（ｖ）ＧＡＢＡを調節し得る、（ｖｉ）腸バリアを調節し得る、（ｖｉｉ）軽度炎症に関連する経路を調節し得る、又は（ｖｉｉｉ）これらの組み合わせ、のうちの１つ以上を有する。

【0041】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、以下の特徴、すなわち、（ｉ）脂肪酸産生を調節し得る、（ｉｉ）食物化合物の代謝を調節し得る、（ｉｉｉ）ＧＡＢＡを調節し得る、（ｉｖ）解毒活性を調節し得る、（ｖ）エンドペプチダーゼ活性を調節し得る、又は（ｖｉ）これらの組み合わせ、のうちの１つ以上を有する。

【0042】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物は、（ｉ）内臓過敏症、（ｉｉ）管腔内ガスバランス、（ｉｉｉ）ＥＮＳ、（ｉｖ）脳腸軸、（ｖ）ＧＡＢＡレベル、（ｖｉ）腸バリア増強、（ｖｉｉ）軽度炎症、（ｖｉｉｉ）脂肪酸産生、（ｉｘ）食品化合物変換、（ｘ）解毒活性の増加、（ｘｉ）エンドペプチダーゼ活性の阻害、又は（ｘｉｉ）これらの組み合わせに関連する１つ以上の経路を調節し得る。

【0043】

調節する、調節又は調節すること、という用語は、生物学的活性を変化させる効果、すなわち、例えば、生理学的／細胞プロセス、具体的には、本明細書で特定される本発明のいずれかのプロセスの活性化／増加／活性の増強又は阻害／減少／活性の低減のいずれかをもたらす変化、修飾などを指す。

【0044】

したがって、２つ以上の微生物を含む微生物共同体は、特定のプロセス（経路）の活性化因子又は阻害因子のいずれかと見なすことができる。

【0045】

活性化因子は、少なくとも１つの生理学的／細胞プロセスを誘導するか、活性化するか、刺激するか、増加させるか、促進するか、活性化を増強するか、感作するか、又は上方制御する少なくとも１つの微生物を指す。

【0046】

少なくとも１つの微生物の活性化効果は、以下に更に記載されるような物質の産生に関連し得る。この物質は、プロセスに直接的又は間接的に関連し得る。

【0047】

阻害因子は、刺激又は活性化を阻害するか、部分的に又は完全に遮断するか、活性化を減少させるか、防止するか、遅延させるか、不活性化するか、脱感作するか、生理学的／細胞プロセスを低減するか又はダウンレギュレートする少なくとも１つの微生物を指す。

【0048】

少なくとも１つの微生物の阻害効果は、以下に更に記載されるように、物質の量（含有量）の減少に関連し得る。

【0049】

物質を産生することができる少なくとも１つの微生物に言及する場合、それは、少なくとも１つの微生物の非存在下で産生されたであろう量と比較して、（それを産生することによって）物質の量（含有量）を増加させること、又は少なくとも１つの微生物の非存在下で産生されなかったであろう物質を産生することとして理解されるべきであることに留意されたい。

【0050】

物質を減少させること／低減すること（など）ができる少なくとも１つの微生物に言及する場合、それは、少なくとも１つの微生物の非存在下で産生されるその量と比較して、物質の量（含有量）を減少させる、又は更に減少させることとして理解されるべきであることに留意されたい。

【0051】

追加的又は代替的には、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物による調節はまた、特定の経路に関与し、かつ／又は特定の産物を産生する、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物の存在の結果である増加を指す。具体的な調節については、以下で更に説明する。

【0052】

本明細書に記載されるように、本発明は、微生物において／微生物によって内因的に調節されるプロセス、及び／又は微生物共同体中の少なくとも１つの微生物において調節され（例えば、産生され）、そこから宿主に分泌されるか又は／及び改変される産物によって宿主において調節されるプロセスを包含する。本明細書で使用される生理学的プロセスは、微生物及び／又は微生物による、かつ／又は宿主における物理的及び／又は生物学的及び／又は化学的事象を包含する。

【0053】

微生物において内因的に調節されるプロセス、すなわち、微生物の内因性プロセスは全て、本明細書においては総じて「微生物成分プロセス」と表される。微生物プロセスは、少なくとも１つの特定のタイプ（種又は株）の微生物において起こり得る（内因性プロセス）。そのような微生物成分プロセスは、例えば、微生物から分泌されて宿主に影響を及ぼし得る短鎖脂肪酸などの微生物の産物を産生し、宿主反応における宿主によるその使用を含む。微生物共同体中の少なくとも１つの微生物によって産生される産物などの微生物の成分の使用によって宿主中で起こるプロセスは、本明細書では「宿主－成分プロセス」と表される。本明細書に記載されるように、宿主細胞によるセロトニン産生は、少なくとも１つの微生物の存在によって調節され得る。

【0054】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＥＮＳに関連する経路を調節し得る。ＥＮＳ（内因性神経系としても知られる）は、胃腸管の機能を支配する自律神経系（ＡＮＳ）の一部である。

【0055】

ＥＮＳは、中枢神経系（ＣＮＳ）から独立して作用し得、又はＣＮＳによって影響され得る。

【0056】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は、ＣＮＳから独立してＥＮＳを調節し得る。

【0057】

いくつかの他の実施形態によれば、微生物共同体によるＥＮＳ調節は、ＣＮＳによって影響を受ける。

【0058】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、微生物叢－腸－脳軸に関連するプロセス／経路を調節し得る。

【0059】

本明細書で使用される場合、微生物叢－腸－脳軸という表現は、シグナル伝達経路における腸内の微生物の役割を考慮した、胃腸管（ＧＩ管）とＥＮＳ及び／又はＣＮＳとの間の生化学的シグナル伝達経路を指す。

【0060】

ＥＮＳ及び／又は微生物叢－腸－脳軸の調節は、アミノ酸、とりわけ、γ－アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）などが関与する代謝／神経調節経路の調節を包含する。

【0061】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＧＡＢＡ産生を調節し得る。いくつかの実施形態では、ＧＡＢＡ調節は、微生物共同体の少なくとも１つの微生物によって媒介される。

【0062】

ＧＡＢＡは、中枢神経系（ＣＮＳ）の主要な抑制性神経伝達物質である。本開示によれば、ＧＡＢＡの調節は、微生物共同体に応答したＧＩ管におけるＧＡＢＡの量／濃度の変化を包含する。

【0063】

ＧＡＢＡの量／濃度の変化には、以下の１つ以上が含まれる。（ｉ）ＧＡＢＡレベルの増加、（ｉｉ）ＧＡＢＡ受容体の活性化の増加、（ｉｉｉ）ＧＡＢＡ産生の増加、（ｉｖ）ＧＡＢＡ分解酵素（例えば、宿主酵素）の阻害、又は（ｖ）これらの組み合わせ。

【0064】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＧＡＢＡを産生することができる少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つの微生物を含む。このような微生物による宿主腸の濃縮は、ＧＡＢＡの量の増加をもたらすことに留意すべきである。

【0065】

上記のように、ＧＡＢＡの産生は、微生物共同体の非存在下で産生されるＧＡＢＡの量と比較して増加した量をもたらし得る。したがって、いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＧＡＢＡを産生することができる少なくとも１つの微生物を含み、したがって、微生物共同体は、ＧＡＢＡの産生を増加させる。微生物共同体によって産生されるＧＡＢＡは、いくつかの実施形態によれば、宿主の腸に分泌される。

【0066】

細菌性ＧＡＢＡは、複数の経路を介して腸内で産生され得、そのうちのいくつかは関連経路であり得る。例えば、ＧＡＢＡは、種々のＧＡＢＡ前駆体、とりわけ、プトレシン又はグルタミン酸などによって産生され得る。

【0067】

したがって、本開示によれば、ＧＡＢＡの調節は、本発明の微生物共同体の少なくとも１つの微生物が、ＧＡＢＡ並びにＧＡＢＡ前駆体、その前駆体（アルギニンなど）又は補因子（ビタミンＢ６など）を産生する能力に関連している。理解されるように、ＧＡＢＡ前駆体、その前駆体又は補因子は全て、ＧＡＢＡを産生するために少なくとも１つの微生物によって使用され得る。

【0068】

したがって、いくつかの実施形態では、微生物共同体は、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）アルギニン、（ｖ）ビタミンＢ６、又は（ｖｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0069】

いくつかの他の実施形態では、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）グルタミン酸、又は（ｉｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0070】

いくつかの更なる実施形態では、微生物共同体はアルギニンを産生し得る。

【0071】

いくつかの更なる実施形態では、微生物共同体はビタミンＢ６を産生し得る。

【0072】

驚くべきことに、本開示の独自の特徴として、少なくとも１つの同定された微生物が、吉草酸又はイソ吉草酸を産生し得ることが見出された。

【0073】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の少なくとも１つ以上の微生物は、吉草酸、イソ吉草酸又はこれらの組み合わせを産生し得る。

【0074】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には少なくとも２つ以上の微生物は、吉草酸を産生し得る。

【0075】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）アルギニン、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、又は（ｖｉｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0076】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）吉草酸、（ｉｉｉ）イソ吉草酸、又は（ｉｖ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0077】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸、（ｉｉ）イソ吉草酸、又は（ｉｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0078】

細菌性ＧＡＢＡは宿主の腸細胞に分泌され、そこで宿主のＧＡＢＡ受容体に結合できることが示唆された。理論に束縛されるものではないが、本発明の微生物共同体によって産生される吉草酸又はイソ吉草酸は、ＧＡＢＡと同様に宿主腸細胞に分泌されてから、任意選択で構造の類似性に基づいて宿主のＧＡＢＡ受容体に結合し得ることが示唆された。ＧＡＢＡ、吉草酸又はイソ吉草酸は、ＧＩ管及び／又は脳において宿主のＧＡＢＡ受容体に結合し得ることに留意されたい。

【0079】

これは、ＧＩ管及び／又は脳におけるＧＡＢＡ受容体が活性化され、ひいては宿主におけるＥＮＳ及び／又はＣＮＳを調節する独特の微生物－宿主経路を示唆している。

【0080】

理論に束縛されるものではないが、微生物共同体は、ＧＡＢＡ受容体アゴニスト（例えば、ＧＡＢＡ、吉草酸、イソ吉草酸）を産生することができ、これは宿主の腸に分泌されて、症状の進行、特に機能性胃腸状態の症状に影響を及ぼし得ることが示唆された。

【0081】

微生物共同体によるＧＡＢＡの調節はまた、ＧＡＢＡ分解の阻害を包含する。微生物共同体はＧＡＢＡ分解酵素を調節し得ることが示唆された。

【0082】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物は、カプロン酸（カプロン酸塩）を調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、カプロン酸塩を産生し得る。

【0083】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）アルギニン、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）カプロン酸、又は（ｉｘ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0084】

微生物共同体は、アミノ酸から合成される神経伝達物質を含む神経伝達物質を調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セロトニンレベルを調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体はセロトニンレベルを増加させ得る。

【0085】

本明細書において以下に示されるように、少なくとも１つの微生物の培養増殖培地でインキュベートされた細胞は、細胞からのセロトニンの分泌が増加することを特徴とする。理論に束縛されるものではないが、少なくとも１つの微生物の培養増殖培地であって、代謝産物を産生し得、かつ／又はそこに分泌される微生物由来の成分を含み得る増殖培地は、その増殖培地でインキュベートされた細胞におけるプロセス、例えば、とりわけ、セロトニンの産生に影響を及ぼし得ることが示唆された。したがって、微生物共同体は、宿主細胞によるセロトニンの産生及び任意選択の分泌をもたらす微生物プロセスを調節し得ることが示唆された。

【0086】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は乳酸産生を調節し得る。したがって、微生物共同体は、乳酸塩の産生をもたらす微生物プロセスを調節し得る。本明細書に詳述されるように、乳酸塩は、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物によって産生され、宿主（おそらく宿主の腸）に分泌され得る。

【0087】

微生物共同体中の少なくとも１つの微生物によって産生される乳酸塩及び／又は酢酸塩及び／又はＧＡＢＡは、宿主に分泌され、宿主関連プロセスを調節し得ること、例えば、とりわけ、腸中のセロトニンレベルに影響を及ぼすこと、特にセロトニンレベルを増加させることが示唆された。

【0088】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、管腔内ガスバランスに関連する経路を調節し得る。

【0089】

管腔内ガスは、空気の嚥下又は胃腸系の管腔内のある量の微生物発酵ガスの蓄積を源とするものであり得、とりわけ、Ｎ_２、Ｏ_２、ＣＯ_２、Ｈ_２、ＣＨ_４、Ｈ_２Ｓ又はＣＯを含む。

【0090】

微生物共同体の一部を形成する微生物は、管腔内ガスを利用することができることが示唆された。したがって、本発明の微生物共同体で腸内微生物叢を濃縮することによって、水素ガスなどの管腔内ガスが腸内で減少する。言い換えれば、微生物共同体の一部を形成する微生物（少なくとも１つ以上）は、腸内の総ガスレベルを低下／減少させ得る。

【0091】

本発明の微生物による管腔内ガスの利用は、宿主の有益な代謝産物、とりわけ、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）などを産生し得る。追加的又は代替的に、管腔内ガスを利用する微生物で宿主腸を富化することは、有益でない（好ましくない）産生物、とりわけ、メタン及び／又はＨ_２Ｓなどの望ましくない産生を低減又は防止するように、他のガス消費微生物と競合し得る。

【0092】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、管腔内ガス消費を調節し得る。具体的には、微生物共同体は、腸内の管腔ガスの量を低下（減少）させることができる。

【0093】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、一酸化炭素消費、二酸化炭素消費又はこれらの組み合わせを調節し得る。具体的には、微生物共同体は、腸内の二酸化炭素及び一酸化炭素の量を低下させ得る。

【0094】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、水素消費を調節し得る。具体的には、微生物共同体は、腸内の水素の量を低下させ得る。

【0095】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）二酸化炭素、（ｉｉ）一酸化炭素、（ｉｉｉ）水素、又は（ｉｖ）これらの任意の組み合わせの量を低下させ得る。

【0096】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の微生物は、還元プロセスのために腸内の水素を使用する。

【0097】

微生物共同体は、様々な代謝産物の産生を介して管腔内ガスを消費する（すなわち、腸内のガスレベルを低下させる）ことができることが示唆された。

【0098】

少なくとも１つ以上の微生物が、水素ガスなどの管腔ガスを利用してＳＣＦＡを産生し、これが次に腸に分泌され得ることが示唆された。

【0099】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、任意選択で管腔内ガス消費によって、少なくとも１つのＳＣＦＡを産生し得る。

【0100】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、管腔内ガスを使用することによって、酢酸塩又はプロピオン酸塩のうちの少なくとも１つを産生し得る。

【0101】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、酢酸、プロピオン酸又はこれらの組み合わせを産生し得る。

【0102】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、酢酸を産生し得る。

【0103】

いくつかの他の実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、プロピオン酸を産生し得る。

【0104】

加えて、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、腔内水素ガスを使用することによってアンモニアを産生し得ることができることが示唆された。

【0105】

驚くべきことに、微生物共同体が窒素化合物を調節し得ることが見出された。

【0106】

本明細書で使用される場合、窒素化合物（又は窒素含有化合物）は、少なくとも１つの窒素原子を含有する分子を指す。

【0107】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、硝酸塩－亜硝酸塩還元経路を調節し得る。

【0108】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、硝酸塩が亜硝酸塩に還元されるように調節し得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、亜硝酸塩がアンモニアに還元されるように調節し得る。アンモニアは次に宿主の腸に分泌される。

【0109】

いくつかの実施形態では、水素消費の調節は、（ｉ）ＳＣＦＡの調節、（ｉｉ）硝酸塩－亜硝酸塩還元経路の調節、又は（ｉｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0110】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、（ｉ）酢酸塩の産生、（ｉｉ）プロピオン酸塩の産生、（ｉｉｉ）アンモニアの産生、（ｉｖ）亜硝酸塩の産生、又は（ｖ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0111】

本明細書に記載されるように、本発明の微生物を使用して管腔内水素ガスのレベルを減少させる（低下させる）ことは、腸における還元プロセスに通常必要とされる利用可能な水素ガスを減少させ、ひいては還元反応及びそれらの産生物を阻害する。

【0112】

このような産生物の非限定的な例としては、メタン又は硫化水素が挙げられる。

【0113】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、メタン生成を減少させ、時には阻害することを含む。

【0114】

メタン生成（バイオメタン化としても知られる）は、メタンの形成を指す。

【0115】

いくつかの実施形態では、水素消費を調節することは、腸内のメタンレベルを減少させることを含む。したがって、本開示によれば、微生物共同体はメタンレベルを低下させる。

【0116】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、硫酸塩還元を減少させることを含む。いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、硫酸塩還元を阻害することを含む。

【0117】

いくつかの実施形態では、水素消費を調節することは、腸内の硫化水素レベルを減少させることを含む。したがって、本開示によれば、微生物共同体は硫化水素レベルを低下させる。

【0118】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、腸内のガスレベル（すなわち、管腔内ガス）を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、腸内の水素ガスレベル（すなわち、管腔内ガス）を低下させることを含む。いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、腸における還元反応を阻害することを含む。

【0119】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、（ｉ）ＳＣＦＡの産生、（ｉｉ）硝酸塩－亜硝酸塩還元経路の調節、（ｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｉｖ）硫酸塩還元の阻害、又は（ｖ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0120】

いくつかの実施形態では、管腔内ガス消費を調節することは、（ｉ）酢酸塩の産生、（ｉｉ）プロピオン酸塩の産生、（ｉｉｉ）アンモニアの産生、（ｉｖ）亜硝酸塩の産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖｉ）硫化水素レベルの減少、又は（ｖｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0121】

いくつかの実施形態では、水素ガス消費を調節することは、（ｉ）酢酸塩の産生、（ｉｉ）プロピオン酸塩の産生、（ｉｉｉ）アンモニアの産生、（ｉｖ）亜硝酸塩の産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖｉ）硫化水素レベルの減少、又は（ｖｉｉ）これらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。

【0122】

いくつかの実施形態では、一酸化炭素（ＣＯ）ガス消費を調節することは、酢酸を産生することを含む。いくつかの実施形態では、二酸化炭素（ＣＯ２）ガス消費を調節することは、酢酸塩を産生することを含む。

【0123】

管腔内水素ガスを利用することによる少なくともＳＣＦＡの産生に加えて、ＳＣＦＡレベルは、様々な経路を介して調節し得る。

【0124】

したがって、微生物共同体は、少なくとも１つのＳＣＦＡを調節し得る。

【0125】

ＳＣＦＡの調節、例えば、ＳＣＦＡの産生に加えて、微生物共同体は、追加の脂肪酸、とりわけ、中鎖脂肪酸（ＭＣＦＡ）、長鎖脂肪酸（ＬＣＦＡ）又は超長鎖脂肪酸（ＶＬＣＦＡ）などを調節し得る。したがって、いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＳＣＦＡ、ＭＣＦＡ、ＬＣＦＡ、ＶＬＣＦＡ又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＳＣＦＡ、ＭＣＦＡ、ＬＣＦＡ、ＶＬＣＦＡ又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを産生し得る。

【0126】

そのような実施形態によれば、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのＳＣＦＡ、具体的には、酢酸、酪酸、プロピオン酸、吉草酸、イソ吉草酸、又はこれらの組み合わせを調節し得る。

【0127】

そのような実施形態によれば、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、酢酸、酪酸、プロピオン酸、吉草酸、イソ吉草酸又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0128】

このような実施形態によれば、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのＭＣＦＡを調節し得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、カプロン酸、カプリル酸、カプリン酸、ラウリン酸又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを産生し得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、カプロン酸塩を産生し得る。

【0129】

このような実施形態によれば、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのＬＣＦＡを調節し得る。

【0130】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのＬＣＦＡを産生し得る。

【0131】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は不飽和脂肪酸を産生し得る。

【0132】

いくつかの実施形態では、微生物共同体はリノール酸を産生し得る。

【0133】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、吉草酸塩、イソ吉草酸塩、カプロン酸塩、リノール酸又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0134】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、吉草酸塩、イソ吉草酸塩又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0135】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、酢酸塩、プロピオン酸塩又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0136】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、酢酸塩、ＧＡＢＡ又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上を産生し得る。

【0137】

拘束されるものではないが、（例示的な微生物－成分プロセスにおいて）微生物共同体によって産生される脂肪酸は、宿主経路を調節することによって宿主に有益な効果をもたらすことが示唆された。このような宿主プロセスは、例えば、疼痛に関連し得る。更に、微生物共同体によって産生される脂肪酸がペルオキシソーム増殖因子活性化受容体（ＰＰＡＲ）に結合することが示唆された。

【0138】

したがって、いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ＰＰＡＲリガンド、具体的にはＰＰＡＲγリガンドを産生し得る。

【0139】

ＰＰＡＲγリガンドの非限定的な例としては、酪酸及びプロピオン酸などの脂肪酸が挙げられる。

【0140】

微生物共同体は、食品化合物も調節し得る。本明細書で使用される食用化合物は、例えば、植物起源の食品及び／又は飲料中に見出される化合物を指す。例えば、食品化合物としてイソフラボノイドが挙げられる。

【0141】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は、少なくとも１つのイソフラボノイドを調節し得る。

【0142】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は、少なくとも１つのイソフラボノイドを代謝し得る。

【0143】

イソフラボノイドは、時にはフィトエストロゲンと呼ばれるフラボノイドフェノール化合物のクラスであり、例えば、イソフラボン、イソフラバノン、イソフラバン、又はプテロカルパンが挙げられる。

【0144】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくとも１つのイソフラボンを代謝し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ダイゼイン及びゲニステインを産生し得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのイソフラボンは、微生物共同体によって代謝されて、ダイゼイン及びゲニステインを産生する。

【0145】

理論に束縛されるものではないが、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物は、少なくとも１つのイソフラボンを代謝することができ、ゲニステイン及び／又はダイゼインなどのその産物が宿主成分を調節し得ることが示唆された。

【0146】

イソフラボン代謝産物によって調節され得る宿主成分の非限定的な例は、プロスタグランジンＥ２又は一酸化窒素などのプロスタグランジンである。

【0147】

具体的には、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物が、ＣＯＸ－２阻害因子として作用してプロスタグランジンＥ２産生を阻害するゲニステイン及び／又はダイゼインを産生することが示唆された。

【0148】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビタミンＢ１２を調節し得る。

【0149】

微生物共同体はまた、宿主の酵素に結合する微生物タンパク質の活性によって、宿主の酵素経路を調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、エンドペプチダーゼの活性を調節し得る。

【0150】

エンドペプチダーゼ（エンドプロテイナーゼとも呼ばれる）は、非末端アミノ酸（すなわち、分子内）のペプチド結合を破壊するタンパク質分解ペプチダーゼのグループである。微生物タンパク質、とりわけ、セルピンなどは、宿主のエンドペプチダーゼの活性、任意選択でセリンプロテアーゼの活性を阻害し得ることが示唆された。

【0151】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、セリンプロテアーゼを調節し得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性を減少させ得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性を阻害し得る。

【0152】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、腸粘膜バリア（腸管バリア又は消化管バリアとも表される）に関連し、特に腸粘膜の完全性及び機能性に関連する活性を調節し得る。当業者によって理解されるように、腸粘膜は、腸の適切な環境を確保し、身体と腸との間の分離をもたらし、ひいては、管腔内容物が身体へ無制御に移行することを防止する。腸粘膜バリアの機能不全は、限定するものではないが、胃腸障害などの様々な病状に関連し得る。

【0153】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、消化管バリアの活性、すなわち、機能的な消化管バリアの維持を支援する。

【0154】

消化管バリアの活性／完全性／機能性は、様々な成分及び経路に関連する。

【0155】

驚くべきことに、共生微生物、具体的には微生物共同体中の少なくとも１つの微生物が、ホルモンのレベルを調節し得ることが見出された。このようなホルモンはステロイドホルモンと表される。

【0156】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、コルチコステロイド、グルココルチコイド、ミネラルコルチコイド、性ステロイド、又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つである。

【0157】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、コルチコステロイドのうちの少なくとも１つである。

【0158】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、性ステロイドのうちの少なくとも１つである。

【0159】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、プロゲステロン、１６α－ヒドロキシプロゲステロン（１６α－ＯＨＰ）、１７α－ヒドロキシプロゲステロン（１７α－ＯＨＰ）、２０α－ジヒドロプロゲステロン（２０α－ＤＨＰ）、２０β－ジヒドロプロゲステロン（２０β－ＤＨＰ）、５α－ジヒドロプロゲステロン（５α－ＤＨＰ）、５β－ジヒドロプロゲステロン（５β－ＤＨＰ）、３β－ジヒドロプロゲステロン（３β－ＤＨＰ）、１１－デオキシコルチコステロン（ＤＯＣ）、及び５α－ジヒドロデオキシコルチコステロン（５α－ＤＨＤＯＣ）、又はこれらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つである。

【0160】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、プロゲステロン、テストステロン、１７α－ヒドロキシプロゲステロン及びアンドロステンジオンのうちの少なくとも１つである。

【0161】

いくつかの実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンは、プロゲステロン、１７α－ヒドロキシプロゲステロン、又はこれらの組み合わせである。

【0162】

いくつかの他の実施形態では、少なくとも１つのステロイドホルモンはプロゲステロンである。

【0163】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ホルモンのレベルを増加させ得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、エストロゲン及び／又はプロゲステロンのレベルを増加させ得る。いくつかの実施形態では、微生物共同体はプロゲステロンを産生し得る。

【0164】

理論に束縛されるものではないが、少なくとも１つのホルモン、とりわけ、プロゲステロンなどの産生の増加は、３β－ＨＳＤの活性によって媒介され得ることが示唆された。

【0165】

いくつかの実施形態では、消化管バリアの増強は、（ｉ）胆汁酸、（ｉｉ）ＳＣＦＡ、（ｉｉｉ）プトレシン、（ｉｖ）ホルモン、（ｖ）イソフラボノイド、（ｖｉ）ＧＡＢＡ、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つに関連する。

【0166】

いくつかの実施形態では、消化管バリアの増強は、（ｉ）胆汁酸、（ｉｉ）ＳＣＦＡ、（ｉｉｉ）プトレシン、（ｉｖ）エストロゲン、（ｖ）プロゲステロン、（ｖｉ）イソフラボノイド、（ｖｉｉ）ＧＡＢＡ、又は（ｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つに関連する。

【0167】

いくつかの実施形態では、腸バリアの増強は、（ｉ）胆汁酸、（ｉｉ）酪酸、（ｉｉｉ）酢酸、（ｉｖ）プトレシン、（ｖ）ホルモン、（ｖｉ）イソフラボノイド、（ｖｉｉ）プロピオン酸、（ｖｉｉｉ）ＧＡＢＡ、又は（ｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つに関連する。

【0168】

いくつかの実施形態では、消化管バリアの増強は、（ｉ）二次胆汁酸産生、（ｉｉ）酪酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）プトレシン産生、（ｖ）ホルモン産生、（ｖｉ）イソフラボノイド代謝、（ｖｉｉ）プロピオン酸産生、（ｖｉｉｉ）ＧＡＢＡ産生、又は（ｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つに関連する。

【0169】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、環境汚染物質の代謝を調節し得る。いくつかの実施形態では、環境汚染物質は、大気汚染、水質汚染又は食品汚染である。いくつかの実施形態では、環境汚染は、ＣＯなどの大気汚染である。いくつかの実施形態では、環境汚染はヒ素などの金属である。

【0170】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、軽度炎症に関連する経路を調節し得る。

【0171】

軽度の炎症は、血液又は組織において見出される免疫系マーカーのわずかな上昇によって示されるような、身体全体にわたる低レベルの炎症に関連する。

【0172】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、総じて低悪性度炎症に関連する様々な経路の活性を減弱／阻害／低減することができる。いくつかの実施形態では、軽度炎症の低減は、（ｉ）鉄封鎖、（ｉｉ）一酸化窒素、（ｉｉｉ）胆汁酸、（ｉｖ）環境汚染物質の解毒、（ｖ）ＳＣＦＡ、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちのいずれか１つに関連する。

【0173】

いくつかの実施形態では、軽度炎症の低減は、（ｉ）鉄封鎖、（ｉｉ）一酸化窒素の分解、（ｉｉｉ）二次胆汁酸の産生、（ｉｖ）環境汚染物質の解毒、（ｖ）ＳＣＦＡの産生、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちのいずれか１つに関連する。

【0174】

いくつかの他の実施形態では、軽度炎症の低減は、（ｉ）鉄封鎖、（ｉｉ）一酸化窒素の低減、（ｉｉｉ）二次胆汁酸の産生、（ｉｖ）環境汚染物質の解毒、（ｖ）酢酸塩の産生、（ｖｉ）酪酸塩の産生、（ｖｉｉ）プロピオン酸塩の産生、（ｖｉｉｉ）吉草酸塩の産生、又は（ｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちのいずれか１つに関連する。

【0175】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は鉄封鎖を調節し得る。鉄封鎖を調節すること、具体的には鉄封鎖を増加させることは、酸化ストレスに関連する損傷を予防するのに役立ち得ることが示唆された。

【0176】

驚くべきことに、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物が一酸化窒素のレベルを調節し得ることが見出された。少なくとも１つの微生物が一酸化窒素を分解することができることが示唆された。

【0177】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は一酸化窒素レベルを低下させ得る。

【0178】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、胆汁酸を調節し得る。

【0179】

微生物共同体への言及がなされた場合、胆汁酸を調節することは、宿主の二次胆汁酸を調節し得る微生物共同体中の少なくとも１つの微生物に関することに留意されたい。

【0180】

本開示によれば、二次胆汁酸を調節する微生物は、実際には、宿主の一次胆汁酸を二次胆汁酸に転換／変換し得る微生物である。したがって、本発明の文脈における二次胆汁酸は、微生物の活性、具体的には微生物共同体中のそれらの微生物による改変後の宿主産物、を指す。

【0181】

宿主の一次胆汁酸の二次胆汁酸への変換は、この反応が可能な任意の微生物の酵素によってなされ得る。例えば、酵素は、とりわけ、７－α－デヒドロキシラーゼを含み得る。

【0182】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、二次胆汁酸を調節する。上記のように、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物は、宿主腸内の二次胆汁酸の合成に影響を及ぼすことができ、ひいては宿主内の二次胆汁酸レベル（含量／量）を調節し得る。

【0183】

いくつかの他の実施形態によれば、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、宿主において二次胆汁酸を産生し得る。

【0184】

いくつかの実施形態では、二次胆汁酸は、デオキシコール酸（ＤＯＣ）、イソアロリトコール酸（ｉｓｏａｌｌｏＬＣＡ）又はこれらの任意の組み合わせを含む。

【0185】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、ＤＯＣを産生し得る。

【0186】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、ｉｓｏａｌｌｏＬＣＡを産生し得る。

【0187】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）を調節し得る。微生物共同体がＴｒｅｇの量／数を増加させたことが示唆された。したがって、本開示の文脈では、微生物共同体は、Ｔｒｅｇ分化が可能である。Ｔｒｅｇは、免疫系を調節し、自己抗原に対する寛容を維持し、自己免疫疾患を予防するＴ細胞の亜集団である。

【0188】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、内臓過敏症に関連する少なくとも１つの経路を調節し得る。

【0189】

内臓過敏症（内臓痛覚過敏としても知られる）は、本明細書で使用される場合、腹部感受性のより高い感覚、とりわけ、正常よりも強いレベルでの内臓器官（内臓）内の腫脹及び／又は疼痛などの存在を指す。内臓過敏症は、末梢感作、中枢感作、異常な中枢プロセシング、ストレス応答系内の遺伝的、心理的及び異常などの、腸刺激に対する高められた感受性に関連し得る。

【0190】

内臓過敏を調節することは、様々な経路、任意選択で、界間経路の結果であり得ることに留意されたい。いくつかの実施形態では、管腔内ガスを調節し、特に管腔内ガスのレベル／量を低下させることは、内臓過敏症にプラスの影響を及ぼす。

【0191】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）グルタミン酸、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６、（ｉｖ）ビタミンＢ１２、（ｖ）アルギニン、（ｖｉ）ＧＡＢＡ、（ｖｉｉ）脂肪酸、（ｖｉｉｉ）消化管バリア、（ｉｘ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘ）乳酸、（ｘｉ）鉄封鎖、（ｘｉｉ）胆汁酸、（ｘｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｖ）メタン生成、（ｘｖ）硫酸還元、（ｘｖｉ）Ｔｒｅｇ、（ｘｖｉｉ）窒素化合物、（ｘｖｉｉｉ）一酸化窒素、（ｘｉｘ）ホルモン、（ｘｘ）イソフラボノイド、（ｘｘｉ）セロトニン、又は（ｘｘｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0192】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）グルタミン酸、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６、（ｉｖ）ビタミンＢ１２、（ｖ）アルギニン、（ｖｉ）ＧＡＢＡ、（ｖｉｉ）ＳＣＦＡ、（ｖｉｉｉ）ＭＣＦＡ、（ｉｘ）ＬＣＦＡ、（ｘ）消化管バリア、（ｘｉ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｉｉ）乳酸、（ｘｉｉｉ）鉄封鎖、（ｘｉｖ）胆汁酸、（ｘｖ）汚染物質解毒、（ｘｖｉ）メタン生成、（ｘｖｉｉ）硫酸還元、（ｘｖｉｉｉ）Ｔｒｅｇ、（ｘｉｘ）アンモニア、（ｘｘ）硝酸、（ｘｘｉ）一酸化窒素、（ｘｘｉｉ）エストロゲン、（ｘｘｉｉｉ）プロゲステロン、（ｘｘｉｖ）イソフラボノイド、（ｘｘｖ）セロトニン、又は（ｘｘｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0193】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）グルタミン酸、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６、（ｉｖ）ビタミンＢ１２、（ｖ）アルギニン、（ｖｉ）ＧＡＢＡ、（ｖｉｉ）酢酸、（ｖｉｉｉ）酪酸、（ｉｘ）プロピオン酸、（ｘ）吉草酸、（ｘｉ）イソ吉草酸、（ｘｉｉ）カプロン酸、（ｘｉｉｉ）リノール酸、（ｘｉｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖ）乳酸、（ｘｖｉ）鉄封鎖、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成、（ｘｘ）硫酸還元、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ、（ｘｘｉｉ）アンモニア、（ｘｘｉｉｉ）硝酸、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素、（ｘｘｖ）エストロゲン、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニン、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0194】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、又はそれ以上を有し得る。

【0195】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0196】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも８つを有し得る。

【0197】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｖｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｉｘ）吉草酸産生、（ｘ）イソ吉草酸産生、（ｘｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｉｉ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の低下、（ｘｉｖ）乳酸産生、（ｘｖ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉ）メタン生成の低下、（ｘｖｉｉ）硫酸還元プロセスの停止、（ｘｖｉｉｉ）アンモニア産生、（ｘｉｘ）亜硝酸産生、又は（ｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0198】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）ＳＣＦＡ、（ｉｉｉ）窒素化合物、（ｉｖ）乳酸塩、（ｖ）メタン生成、（ｖｉ）硫酸還元、（ｖｉｉ）リノール酸、（ｖｉｉｉ）プロスタグランジンＥ２、（ｉｘ）ビタミンＢ１２、（ｘ）セリンプロテアーゼ活性、又は（ｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つ以上を調節し得る。

【0199】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）アルギニン、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）カプロン酸、（ｉｘ）酢酸、（ｘ）酪酸、（ｘｉ）プロピオン酸、（ｘｉｉ）アンモニア、（ｘｉｉｉ）乳酸、（ｘｉｖ）メタン生成、（ｘｖ）硫酸還元、（ｘｖｉ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖｉｉ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉｉｉ）リノール酸、（ｘｉｘ）プロスタグランジンＥ２、（ｘｘ）イソフラボノイド、（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0200】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0201】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖の増加、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）リノール酸産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）メタン生成の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、又は（ｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも５つを有し得る。

【0202】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つ、時には、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖の増加、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）リノール酸産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）メタン生成の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、又は（ｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも７つを行うことができる。

【0203】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、
２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、又は（ｘｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つ、時には少なくとも２つ、時には少なくとも３つ、少なくとも４つ、時には少なくとも５つ、時には６つを有し得る。

【0204】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｉｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）吉草酸産生、（ｉｖ）イソ吉草酸産生、（ｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｉｘ）リノール酸産生、（ｘ）酢酸産生、（ｘｉ）酪酸産生、（ｘｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｉｉ）メタン生成の減少、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）亜硝酸産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素分解、（ｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｉｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つ、時には少なくとも２つ、時には少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、時には少なくとも６つ、時には少なくとも７つを有し得る。

【0205】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素還元、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）酢酸産生、（ｖ）酪酸産生、（ｖｉ）プロピオン酸産生、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0206】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）酪酸産生、（ｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｉｖ）メタン生成の減少、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0207】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素還元、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）酪酸産生、（ｉｉｉ）プロピオン酸産生、又は（ｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0208】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、吉草酸、イソ吉草酸、又はこれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0209】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、硝酸塩を亜硝酸塩に還元することができる。

【0210】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはプロゲステロンを産生し得る。

【0211】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは一酸化窒素を還元することができる。

【0212】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、メタン生成、硫酸還元、又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを減少させ得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、メタン生成を阻害し得る。

【0213】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は、２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのイソフラボノイドを代謝し得る。

【0214】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性を減少させ得る。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、セリンプロテアーゼ活性を阻害し得る。

【0215】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはビタミンＢ６を産生し得る。

【0216】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはビタミンＢ１２を産生し得る。

【0217】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは汚染物質解毒が可能である。

【0218】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはセロトニンの分泌を誘導し得る。

【0219】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、微生物共同体は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンタンパク質分解酵素の活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質の解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）硝酸の亜硝酸への還元、（ｉｖ）プロゲステロン産生、（ｖ）一酸化窒素の還元、（ｖｉ）メタン生成の減少、（ｖｉｉ）少なくとも１つのイソフラボノイドの代謝、（ｖｉｉｉ）少なくとも１つのセリンタンパク質分解酵素の活性の減少、（ｉｘ）ビタミンＢ６産生、（ｘ）ビタミンＢ１２産生、（ｘｉ）汚染物質の解毒、又は（ｘｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの、少なくとも１つ、時には少なくとも２つ、時には少なくとも３つ、時には少なくとも４つ、又はそれ以上を有し得る。

【0220】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｖｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｉｘ）メタン生成の減少、（ｘ）硫酸還元の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、又は（ｘｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0221】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）鉄封鎖、（ｖ）カプロン酸産生、（ｖｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）酪酸産生、（ｖｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｉｘ）メタンレベルの減少、（ｘ）硫酸還元の減少、（ｘｉ）アンモニア産生、（ｘｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、又は（ｘｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0222】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）酪酸産生、（ｖ）プロピオン酸産生、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0223】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｖ）プロピオン酸産生、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0224】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｖ）プロピオン酸産生、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0225】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）酪酸産生、（ｉｉｉ）プロピオン酸産生、又は（ｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0226】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ１２産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）亜硝酸産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0227】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｉｖ）メタンレベルの減少、（ｖ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0228】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）乳酸産生、（ｉｉｉ）鉄封鎖、（ｉｖ）消化管バリア増強、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0229】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）アルギニン産生、（ｖ）吉草酸産生、（ｖｉ）イソ吉草酸産生、（ｖｉｉ）乳酸産生、（ｖｉｉｉ）鉄封鎖、（ｉｘ）消化管バリア増強、（ｘ）アンモニア産生、（ｘｉ）亜硝酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、又は（ｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0230】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｉｖ）ビタミンＢ６産生、又は（ｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0231】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉｉ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性低下、（ｉｖ）乳酸産生、（ｖ）酢酸産生、（ｖｉ）消化管バリア増強、（ｖｉｉ）セロトニン産生、又は（ｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0232】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）セロトニン産生、又は（ｉｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0233】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）酢酸産生、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0234】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）セロトニン産生、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0235】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｉｉ）酢酸産生、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0236】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｖ）プロピオン酸産生、（ｖ）メタン生成の減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0237】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｖ）プロピオン酸産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0238】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）プロピオン酸産生、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0239】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）メタン生成の減少、（ｉｉ）硫酸還元の減少、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0240】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）酢酸産生、（ｖ）メタン生成の減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、（ｖｉｉ）Ｔｒｅｇ誘導、又は（ｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0241】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）酢酸産生、（ｖ）メタンレベルの減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、（ｖｉｉ）Ｔｒｅｇ誘導、又は（ｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0242】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）メタン生成の減少、（ｖ）硫酸還元の減少、（ｖｉ）Ｔｒｅｇ誘導、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0243】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）メタンレベルの減少、（ｖ）硫酸還元の減少、（ｖｉ）Ｔｒｅｇ誘導、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0244】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）メタン生成の減少、（ｖｉ）硫酸還元の減少、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0245】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｖ）二次胆汁酸産生、（ｖ）汚染物質解毒、（ｖｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）消化管バリア増強、（ｖｉｉｉ）一酸化窒素還元、（ｉｘ）ホルモン産生、（ｘ）酢酸産生、又は（ｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0246】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｖ）二次胆汁酸産生、（ｖ）汚染物質解毒、（ｖｉ）酢酸産生、（ｖｉｉ）消化管バリア増強、（ｖｉｉｉ）一酸化窒素還元、（ｉｘ）プロゲステロン産生、（ｘ）酢酸産生、又は（ｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0247】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）酢酸産生、（ｉｉ）プロゲステロン産生、又は（ｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0248】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはプロゲステロンを産生し得る。

【0249】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｉｉｉ）汚染物質の解毒、（ｉｖ）酢酸産生、（ｖ）酪酸産生、（ｖｉ）プロピオン酸産生、（ｖｉｉ）メタン生成の減少、（ｖｉｉｉ）硫酸還元の減少、（ｉｘ）イソフラボノイド代謝、又は（ｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0250】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つはＧＡＢＡを産生し得る。

【0251】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つはイソフラボノイドを代謝し得る。

【0252】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉ）酢酸、（ｖｉｉｉ）酪酸、（ｉｘ）プロピオン酸、（ｘ）アンモニア、（ｘｉ）乳酸、（ｘｉｉ）メタン、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓ、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性低下、（ｘｖ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉ）アルギニン、（ｘｖｉｉ）カプロン酸、（ｘｖｉｉｉ）鉄封鎖、（ｘｉｘ）消化管バリア、（ｘｘ）リノール酸、（ｘｘｉ）セロトニン産生、又は（ｘｘｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0253】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）酢酸、（ｉｘ）酪酸、（ｘ）プロピオン酸、（ｘｉ）アンモニア、（ｘｉｉ）乳酸、（ｘｉｉｉ）メタン、（ｘｉｖ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性を低下させる、（ｘｖｉ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉｉ）アルギニン、（ｘｖｉｉｉ）カプロン酸、（ｘｉｘ）リノール酸、又は（ｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0254】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）ＧＡＢＡレベルの増加、（ｉｉ）プトレシンレベルの増加、（ｉｉｉ）グルタミン酸レベルの増加、（ｉｖ）吉草酸レベルの増加、（ｖ）イソ吉草酸レベルの増加、（ｖｉ）ビタミンＢ６レベルの増加、（ｖｉｉ）酢酸レベルの増加、（ｖｉｉｉ）酪酸レベルの増加、（ｉｘ）プロピオン酸レベルの増加、（ｘ）アンモニアレベルの増加、（ｘｉ）乳酸レベルの増加、（ｘｉｉ）メタンレベルの減少、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓレベルの減少、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）ビタミンＢ１２レベルの増加、（ｘｖｉ）アルギニンレベルの増加、（ｘｖｉｉ）カプロン酸レベルの増加、（ｘｖｉｉｉ）リノール酸レベルの増加、（ｘｉｘ）セロトニン産生の増加、又は（ｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0255】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）ＧＡＢＡレベルの増加、（ｉｉ）プトレシンレベルの増加、（ｉｉｉ）グルタミン酸レベルの増加、（ｉｖ）吉草酸レベルの増加、（ｖ）イソ吉草酸レベルの増加、（ｖｉ）ビタミンＢ６レベルの増加、（ｖｉｉ）酢酸レベルの増加、（ｖｉｉｉ）酪酸レベルの増加、（ｉｘ）プロピオン酸レベルの増加、（ｘ）アンモニアレベルの増加、（ｘｉ）乳酸レベルの増加、（ｘｉｉ）メタンレベルの減少、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓレベルの低減、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）ビタミンＢ１２レベルの増加、（ｘｖｉ）アルギニンレベルの増加、（ｘｖｉｉ）カプロン酸レベルの増加、（ｘｖｉｉｉ）リノール酸レベルの増加、（ｘｉｘ）セロトニン産生の増加、又は（ｘｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0256】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物は、（ｉ）ＧＡＢＡレベルの増加、（ｉｉ）吉草酸レベルの増加、（ｉｉｉ）イソ吉草酸レベルの増加、（ｉｖ）酢酸レベルの増加、（ｖ）酪酸レベルの増加、（ｖｉ）プロピオン酸レベルの増加、（ｖｉｉ）セロトニン産生の増加、又は（ｖｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0257】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）ビタミンＢ６、（ｉｉｉ）鉄封鎖、（ｉｖ）ＧＡＢＡ、（ｖ）吉草酸、（ｖｉ）イソ吉草酸、（ｖｉｉ）乳酸、（ｖｉｉｉ）カプロン酸、（ｉｘ）胆汁酸、（ｘ）汚染物質、（ｘｉ）酢酸、（ｘｉｉ）酪酸、（ｘｉｉｉ）プロピオン酸、（ｘｉｖ）アンモニア、（ｘｖ）メタン、（ｘｖｉ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖｉｉ）Ｔｒｅｇ、（ｘｖｉｉｉ）一酸化窒素、（ｘｉｘ）ホルモン、（ｘｘ）消化管バリア、（ｘｘｉ）リノール酸、（ｘｘｉｉ）ビタミンＢ１２又は（ｘｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0258】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン、（ｉｉ）ビタミンＢ６、（ｉｉｉ）ホルモン、（ｉｖ）ＧＡＢＡ、（ｖ）吉草酸、（ｖｉ）イソ吉草酸、（ｖｉｉ）乳酸、（ｖｉｉｉ）カプロン酸、（ｉｘ）胆汁酸、（ｘ）汚染物質、（ｘｉ）酢酸、（ｘｉｉ）酪酸、（ｘｉｉｉ）プロピオン酸、（ｘｉｖ）アンモニア、（ｘｖ）メタン、（ｘｖｉ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖｉｉ）Ｔｒｅｇ、（ｘｖｉｉｉ）一酸化窒素、（ｘｉｘ）リノール酸、（ｘｘ）ビタミンＢ１２又は（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0259】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉｉ）ホルモン産生、（ｉｖ）ＧＡＢＡ産生、（ｖ）吉草酸産生、（ｖｉ）イソ吉草酸産生、（ｖｉｉ）乳酸産生、（ｖｉｉｉ）カプロン酸産生、（ｉｘ）二次胆汁酸産生、（ｘ）汚染物質解毒、（ｘｉ）酢酸産生、（ｘｉｉ）酪酸産生、（ｘｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）メタンレベルの低下、（ｘｖｉ）Ｈ２Ｓレベルの低下、（ｘｖｉｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｖｉｉｉ）一酸化窒素還元、（ｘｉｘ）リノール酸レベルの増加、（ｘｘ）ビタミンＢ１２産生、又は（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0260】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｉｉ）プロゲステロン産生、（ｉｖ）ＧＡＢＡ産生、（ｖ）吉草酸産生、（ｖｉ）イソ吉草酸産生、（ｖｉｉ）乳酸産生、（ｖｉｉｉ）カプロン酸産生、（ｉｘ）二次胆汁酸産生、（ｘ）汚染物質解毒、（ｘｉ）酢酸産生、（ｘｉｉ）酪酸産生、（ｘｉｉｉ）プロピオン酸産生、（ｘｉｖ）アンモニア産生、（ｘｖ）メタンレベルの減少、（ｘｖｉ）Ｈ２Ｓレベルの減少、（ｘｖｉｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｖｉｉｉ）一酸化窒素還元、（ｘｉｘ）増加リノール酸レベル、（ｘｘ）ビタミンＢ１２産生、又は（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0261】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、当該２つ以上の微生物は、（ｉ）酢酸レベルの増加、（ｉｉ）酪酸レベルの増加、（ｉｉｉ）プロピオン酸レベルの増加、（ｉｖ）吉草酸産生、（ｖ）イソ吉草酸産生、（ｖｉ）プロゲステロン産生、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0262】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）カプロン酸、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）酢酸、（ｉｘ）酪酸、（ｘ）プロピオン酸、（ｘｉ）アンモニア、（ｘｉｉ）乳酸、（ｘｉｉｉ）メタン、（ｘｉｖ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖｉ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉｉ）アルギニン、（ｘｖｉｉｉ）鉄封鎖、（ｘｉｘ）イソフラボノイド、（ｘｘ）汚染物質、（ｘｘｉ）消化管バリア、（ｘｘｉｉ）リノール酸、又は（ｘｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0263】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）ｃａｐｒｏｔａｔｅ、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）酢酸、（ｉｘ）酪酸、（ｘ）プロピオン酸、（ｘｉ）アンモニア、（ｘｉｉ）乳酸、（ｘｉｉｉ）メタン、（ｘｉｖ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖｉ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉｉ）アルギニン、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質、（ｘｉｘ）イソフラボノイド、（ｘｘ）リノール酸、又は（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0264】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）プトレシン産生、（ｉｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｖ）吉草酸産生、（ｖ）イソ吉草酸産生、（ｖｉ）ビタミンＢ６産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）アンモニア産生、（ｘｉ）乳酸産生、（ｘｉｉ）メタンレベルの減少、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓレベルの減少、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｘｖｉ）アルギニン産生、（ｘｖｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｖｉｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｉｘ）カプロン酸産生、若しくは（ｘｘ）リノール酸レベルの増加、又は（ｘｘｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0265】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）酪酸産生、（ｖ）プロピオン酸産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0266】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）胆汁酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉ）酢酸、（ｖｉｉｉ）酪酸、（ｉｘ）プロピオン酸、（ｘ）アンモニア、（ｘｉ）乳酸、（ｘｉｉ）メタン、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓ、（ｘｉｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉ）一酸化窒素、（ｘｖｉｉ）カプロン酸、（ｘｖｉｉｉ）イソフラボノイド、（ｘｉｘ）汚染物質解毒、（ｘｘ）ホルモン、（ｘｘｉ）鉄封鎖、（ｘｘｉｉ）消化管バリア、（ｘｘｉｉｉ）リノール酸、（ｘｉｖ）セロトニン産生、又は（ｘｖ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0267】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）胆汁酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉ）酢酸、（ｖｉｉｉ）酪酸、（ｉｘ）プロピオン酸、（ｘ）アンモニア、（ｘｉ）乳酸、（ｘｉｉ）メタン、（ｘｉｉｉ）Ｈ２Ｓ、（ｘｉｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉ）一酸化窒素、（ｘｖｉｉ）カプロン酸、（ｘｖｉｉｉ）イソフラボノイド、（ｘｉｘ）汚染物質解毒、（ｘｘ）ホルモン、（ｘｘｉ）リノール酸、（ｘｘｉｉ）セロトニン産生又は（ｘｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0268】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）プトレシン産生、（ｉｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｉｖ）吉草酸産生、（ｖ）イソ吉草酸産生、（ｖｉ）ビタミンＢ６産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）アンモニア産生、（ｘｉ）乳酸産生、（ｘｉｉ）メタンレベルの減少、（ｘｖｉｉｉ）Ｈ２Ｓレベル、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素還元、（ｘｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｖｉｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｉｘ）汚染物質解毒、（ｘｘ）ホルモン産生、（ｘｘｉ）リノール酸レベルの増加、又は（ｘｘｉｉ）これらの任意の組み合わせ。

【0269】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）プトレシン産生、（ｉｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｉｖ）吉草酸産生、（ｖ）イソ吉草酸産生、（ｖｉ）ビタミンＢ６産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）アンモニア産生、（ｘｉ）乳酸産生、（ｘｉｉ）メタンレベルの減少、（ｘｖｉｉｉ）Ｈ２Ｓレベル、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼ、（ｘｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｘｖｉ）一酸化窒素還元、（ｘｖｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｖｉｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｉｘ）汚染物質解毒、（ｘｘ）プロゲステロン産生、（ｘｘｉ）リノール酸レベルの増加、（ｘｘｉｉ）セロトニン産生、又は（ｘｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0270】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｉｉ）吉草酸産生、（ｉｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｖ）酢酸産生、（ｖ）酪酸産生、（ｖｉ）プロピオン酸産生、（ｖｉｉ）セロトニン産生、（ｖｉｉｉ）プロゲステロン産生、又は（ｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0271】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ＧＡＢＡ、（ｉｉ）プトレシン、（ｉｉｉ）グルタミン酸、（ｉｖ）吉草酸、（ｖ）イソ吉草酸、（ｖｉ）カプロン酸、（ｖｉｉ）ビタミンＢ６、（ｖｉｉｉ）酢酸、（ｉｘ）酪酸、（ｘ）プロピオン酸、（ｘｉ）アンモニア、（ｘｉｉ）乳酸、（ｘｉｉｉ）メタン、（ｘｉｖ）Ｈ２Ｓ、（ｘｖ）セリンプロテアーゼ活性、（ｘｖｉ）ビタミンＢ１２、（ｘｖｉｉ）アルギニン、（ｘｖｉｉｉ）鉄封鎖、（ｘｉｘ）イソフラボノイド、（ｘｘ）汚染物質解毒、（ｘｘｉ）消化管バリア、（ｘｘｉｉ）リノール酸、（ｘｘｉｉｉ）胆汁酸、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素、（ｘｘｖ）イソフラボノイド、（ｘｘｖｉ）ホルモン、又は（ｘｘｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を調節し得る。

【0272】

いくつかの実施形態によれば、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）吉草酸産生、（ｉｉ）イソ吉草酸産生、（ｉｉｉ）酢酸産生、（ｉｖ）酪酸産生、（ｖ）プロピオン酸産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、又は（ｖｉｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0273】

いくつかの例では、微生物共同体は２つ以上の微生物を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、（ｉ）ビタミンＢ６の産生、（ｉｉ）酢酸産生、（ｉｉｉ）一酸化窒素還元（分解）、（ｉｖ）プロゲステロンの産生、（ｖ）汚染物質の解毒、又は（ｖｉ）これらの任意の組み合わせのうちの１つ以上を有し得る。

【0274】

本明細書に記載されるように、微生物共同体は、それぞれが本明細書に定義される少なくとも２つの微生物、又は本明細書に記載される微生物のそれぞれ１つの任意の組み合わせを含む。

【0275】

少なくとも２つの微生物を含む微生物共同体に言及する場合、それは、２つの異なる微生物（すなわち、異なる株）を指すものとして理解されるべきである。２つの異なる微生物は、同じ微生物属内又は微生物種内のものであり得る。

【0276】

例えば、２つ以上の微生物は、両方が１つの属に属するが、その属内の異なる種に属することもあり、あるいは同じ属、同じ種であるが異なる株に属することもある。あるいは、２つ以上の微生物は、それぞれが異なる属に属することもある。

【0277】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ディアリスター（Dialister）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、メガモナス（Megamonas）属、オシリバクター（Oscillibacter）属、ハフニア（Hafnia）属、未分類のルミノコッカス属、アセトアナエロビウム（Acetoanaerobium）属、クロストリジウム（Clostridium）属、コプロコッカス（Coprococcus）属、ロゼブリア（Roseburia）属、ミツオケラ（Mitsuokella）属、セレノモナス（Selenomonas）属、ファスコラルクトバクテリウム（Phascolarctobacterium）属、ブラウティア（Blautia）属、未分類の腸内細菌科（Enterobacteriaceae）属、バチルス属、セルロシリティカム（Cellulosilyticum）属、Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ属、フラクティラクトバチルス（Fructilactobacillus）属、アナエログロブス（Anaeroglobus）属由来の１つ以上の微生物又はこれらの組み合わせを含む。

【0278】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ディアリスター（Dialister）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、メガモナス（Megamonas）属、オシリバクター（Oscillibacter）属、ハフニア（Hafnia）属、未分類のルミノコッカス科（Ruminococcaceae）属、アセトアナエロビウム（Acetoanaerobium）属、クロストリジウム（Clostridium）属、コプロコッカス（Coprococcus）属、ロゼブリア（Roseburia）属、ミツオケラ（Mitsuokella）属、セレノモナス（Selenomonas）属、ファスコラルクトバクテリウム（Phascolarctobacterium）属、ブラウティア（Blautia）属由来の１つ以上の微生物又はこれらの組み合わせを含む。

【0279】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ディアリスター（Dialister）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、メガモナス（Megamonas）属、オシリバクター（Oscillibacter）属、ハフニア（Hafnia）属、又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0280】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0281】

いくつかの他の実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス（Lactobacillus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0282】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ディアリスター（Dialister）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0283】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属の少なくとも１つの微生物を含む。

【0284】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユーバクテリウム（Eubacterium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0285】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、オシリバクター（Oscillibacter）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0286】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ハフニア（Hafnia）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0287】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ディアリスター（Dialister）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0288】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ハフニア（Hafnia）属、Ｌａｃｏバチルス属、オシリバクター（Oscillibacter）属、メガモナス（Megamonas）属、又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0289】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ディアリスター（Dialister）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、メガモナス（Megamonas）属又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0290】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、ハフニア（Hafnia）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0291】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属、ディアリスター（Dialister）属、ラクトバチルス（Lactobacillus）属、ユーバクテリウム（Eubacterium）属、ハフニア（Hafnia）属、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属、メガモナス（Megamonas）属又はこれらの組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0292】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスフェラ（Megasphaera）属は、分類ＩＤ：９０６によって表され得る。

【0293】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ディアリスター（Dialister）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ディアリスター（Dialister）属は、分類ＩＤ：３９９４８で表され得る。

【0294】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属は、分類ＩＤ：１６７８によって表され得る。ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）属は、グラム陽性菌の属である。

【0295】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、オシリバクター（Oscillibacter）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。オシリバクター（Oscillibacter）属は、分類ＩＤ：４５９７８６によって表され得る。オシリバクター（Oscillibacter）は、グラム陰性細菌の属である。

【0296】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ハフニア（Hafnia）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ハフニア（Hafnia）属は、分類ＩＤ：５６８によって表され得る。ハフニア（Hafnia）は、グラム陰性細菌の属である。

【0297】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガモナス（Megamonas）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガモナス（Megamonas）属は、分類ＩＤ：１５８８４６によって表され得る。

【0298】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユーバクテリウム（Eubacterium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ユーバクテリウム（Eubacterium）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：１７３０によって表され得る。ユーバクテリウム（Eubacterium）は、グラム陽性細菌の属であり、堅い細胞壁を特徴とする。

【0299】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス（Lactobacillus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス（Lactobacillus）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：１５７８によって表され得る。

【0300】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、コプロコッカス（Coprococcus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。コプロコッカス（Coprococcus）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：３３０４２によって表され得る。

【0301】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、アナエログロブス（Anaeroglobus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。アナエログロブス（Anaeroglobus）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：１５６４５４によって表され得る。

【0302】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ロゼブリア（Roseburia）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ロゼブリア（Roseburia）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：８４１によって表され得る。

【0303】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セレノモナス（Selenomonas）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。セレノモナス（Selenomonas）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：９７０によって表され得る。

【0304】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ミツオケラ（Mitsuokella）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ミツオケラ（Mitsuokella）属は、分類ＩＤ（又はタクソン）：５２２２５によって表され得る。

【0305】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ファスコラルクトバクテリウム（Phascolarctobacterium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ファスコラルクトバクテリウム（Phascolarctobacterium）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：３３０２４によって表され得る。

【0306】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、アセトバクテリウム（Acetobacterium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。アセトバクテリウム（Acetobacterium）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：３３９５１によって表され得る。

【0307】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ブラウティア（Blautia）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。ブラウティア（Blautia）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：５７２５１１によって表され得る。

【0308】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、クロストリジウム（Clostridium）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。クロストリジウム（Clostridium）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：１４８５によって表され得る。

【0309】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、未分類のルミノコッカス科（Ruminococcaceae）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。未分類のルミノコッカス科（Ruminococcaceae）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：２３０５１３３によって表され得る。

【0310】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、バチルス（Bacillus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。バチルス（Bacillus）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：１３８６によって表され得る。

【0311】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セルロシリティカム（Cellulosilyticum）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。セルロシリティカム（Cellulosilyticum）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：６９８７７６によって表され得る。

【0312】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ属由来の少なくとも１つの微生物を含む。Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：３６５３４８によって表され得る。

【0313】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、フラクティラクトバチルス（Fructilactobacillus）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。フラクティラクトバチルス（Fructilactobacillus）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：２７６７８８１によって表され得る。

【0314】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）のファミリーの未分類の腸内細菌科（Enterobacteriaceae）属由来の少なくとも１つの微生物を含む。腸内細菌科（Enterobacteriaceae）ファミリーの未分類の腸内細菌科（Enterobacteriaceae）属は、分類ＩＤ（又はｔａｘｉｄ）：３６８６６によって表され得る。

【0315】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、メガスファエラ（Megasphaera）種、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ種、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）種、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）種、ルミノコッカス科細菌（Ruminococcaceae bacterium）種、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）種、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）種、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）種、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ種、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）種、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）種、ラクトバチルス・プランタルム（Lactobacillus plantarum）種、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）種、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）種、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）種、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）種、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）種、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）種、オシリバクター（Oscillibacter）種、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）種、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）種、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）種、ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種、メガスファエラ・マスシリエンシス（Megasphaera massiliensis）種、メガスファエラ（Megasphaera）ｓｔａｎｔｏｎｉｉ種、アナエログロブス・ゲミナツス（Anaeroglobus geminatus）種、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス（Megasphaera micronuciformis）種、ラクトバチルス・ムリナス（Lactobacillus murinus）種、バチルス・サークランス（Bacillus circulans）種、ディアリスター・マスシリエンシス（Dialister massiliensis）種、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Bifidobacterium pseudocatenulatum）種、セルロシリティカム・レントセルム（Cellulosilyticum lentocellum）種、セレノモナス・ルミナンティウム（Selenomonas ruminantium）亜種ラクティリティカ種、Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ種、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）バクテリウム属９＿２＿５４ ＦＡＡ種、クロストリジウム・ベイジェリンキイ（Clostridium beijerinckii）種、フラクティラクトバチルス・サンフランシセンシス（Fructilactobacillus sanfranciscensis）、亜種、又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ以上の微生物を含む。

【0316】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、オシリバクター（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、メガスファエラ（Megasphaera）種、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ種、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）種、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）種、ルミノコッカス科細菌（Ruminococcaceae bacterium）種、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）種、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）種、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）種、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ種、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）種、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）種、ラクトバチルス・プランタルム（Lactobacillus plantarum）種、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）種、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）種、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）種、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）種、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）種、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）種、オシリバクター（Oscillibacter）種、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）種、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）種、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）種、ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種、亜種、又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ以上の微生物を含む。

【0317】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）ｓｔａｎｔｏｎｉｉ種、アナエログロブス・ゲミナツス（Anaeroglobus geminatus）種、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス（Megasphaera micronuciformis）種、ラクトバチルス・ムリナス（Lactobacillus murinus）種、バチルス・サークランス（Bacillus circulans）種、ディアリスター・マスシリエンシス（Dialister massiliensis）種、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Bifidobacterium pseudocatenulatum）種、セルロシリティカム・レントセルム（Cellulosilyticum lentocellum）種、セレノモナス・ルミナンティウム（Selenomonas ruminantium）亜種ラクティリティカ種、Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ種、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）バクテリウム属９＿２＿５４ＦＡＡ種、クロストリジウム・ベイジェリンキイ（Clostridium beijerinckii）種、フラクティラクトバチルス・サンフランシセンシス（Fructilactobacillus sanfranciscensis）種、メガスファエラ・マスシリエンシス（Megasphaera massiliensis）種亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ以上の微生物を含む。

【0318】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。

【0319】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0320】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0321】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0322】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0323】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0324】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種亜種又はこれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上に属する２つ以上の微生物を含む。

【0325】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0326】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0327】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種、亜種又はこれらの任意の組み合わせから選択される種に属する少なくとも２つの微生物種を含む。

【0328】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）種は、分類ＩＤ：９０７によって表され得る。

【0329】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）種は、分類ＩＤ：１６２３によって表され得る。

【0330】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）種は、分類ＩＤ：２１８５３８で表され得る。

【0331】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）種は、分類ＩＤ：１６８９によって表され得る。

【0332】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）種は、分類ＩＤ：３９４９２によって表され得る。

【0333】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）種は、分類ＩＤ：４３７８９７によって表され得る。

【0334】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ種は、分類ＩＤ：３５１０９１によって表され得る。

【0335】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）種は、分類ＩＤ：５６９によって表され得る。

【0336】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユーバクテリウム（Eubacterium）ｌｉｍｏｓｎｉｔｒａｔｅｕｍ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）種は、分類ＩＤ：１７３６によって表され得る。

【0337】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスファエラ（Megasphaera）種は分類ＩＤ：２０２３２６０によって表され得る。

【0338】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ種は、分類ＩＤ：１６７５０３６によって表され得る。

【0339】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）種は、分類ＩＤ：３９４８８によって表され得る。

【0340】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii））種は、分類ＩＤ：１５１１によって表され得る。

【0341】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ルミノコッカス科細菌（Ruminococcaceae bacterium）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ルミノコッカス科細菌（Ruminococcaceae bacterium）種は、分類ＩＤ：１８９８２０５によって表され得る。

【0342】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）種は、分類ＩＤ：１５３４によって表され得る。

【0343】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）種は、分類ＩＤ：４１００７２によって表され得る。

【0344】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）種は、分類ＩＤ：１１６０８５によって表され得る。

【0345】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ種は、分類ＩＤ：３６０８０７によって表され得る。

【0346】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）種は、分類ＩＤ：４７７１５によって表され得る。

【0347】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）種は、分類ＩＤ：１５９８によって表され得る。

【0348】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・プランタルム（Lactobacillus plantarum）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・プランタルム（Lactobacillus plantarum）種は、分類ＩＤ：１５９０によって表され得る。

【0349】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）種は、分類ＩＤ：１６２４によって表され得る。

【0350】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）種は、分類ＩＤ：４８７１７３によって表され得る。

【0351】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）種は、分類ＩＤ：１６８０によって表され得る。

【0352】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）種は、分類ＩＤ：５２２２６によって表され得る。

【0353】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）種は、分類ＩＤ：６９８２３によって表され得る。

【0354】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）種は、分類ＩＤ：６２６９４０によって表され得る。

【0355】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）種は、分類ＩＤ：３３０２５によって表され得る。

【0356】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、オシリバクター（Oscillibacter）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。オシリバクター（Oscillibacter）種は分類ＩＤ：１９４５５９３によって表され得る。

【0357】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）種は、分類ＩＤ：５３４４２によって表され得る。

【0358】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）種は、分類ＩＤ：３３９５２によって表され得る。

【0359】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）種は、分類ＩＤ：３３０３５によって表され得る。

【0360】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種は、分類ＩＤ：５３４４３によって表され得る。

【0361】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ（Megasphaera）ｓｔａｎｔｏｎｉｉ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスファエラ（Megasphaera）ｓｔａｎｔｏｎｉｉ種は、分類ＩＤ：２１４４１７５によって表され得る。

【0362】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、アナエログロブス・ゲミナツス（Anaeroglobus geminatus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。アナエログロブス・ゲミナツス（Anaeroglobus geminatus）種は、分類ＩＤ：１５６４５６によって表され得る。

【0363】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス（Megasphaera micronuciformis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス（Megasphaera micronuciformis）種は、分類ＩＤ：１８７３２６によって表され得る。

【0364】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・ムリナス（Lactobacillus murinus）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ラクトバチルス・ムリナス（Lactobacillus murinus）種は、分類ＩＤ：１６２２によって表され得る。

【0365】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、バチルス・サークランス（Bacillus circulans）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。バチルス・サークランス（Bacillus circulans）種は、分類ＩＤ：１３９７によって表され得る。

【0366】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ディアリスター・マスシリエンシス（Dialister massiliensis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ディアリスター・マスシリエンシス（Dialister massiliensis）種は、分類ＩＤ：２１６１８２１によって表され得る。

【0367】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Bifidobacterium pseudocatenulatum）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Bifidobacterium pseudocatenulatum）種は、分類ＩＤ：２８０２６によって表され得る。

【0368】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セルロシリティカム・レントセルム（Cellulosilyticum lentocellum）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。セルロシリティカム・レントセルム（Cellulosilyticum lentocellum）種は、分類ＩＤ：２９３６０によって表され得る。

【0369】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、セレノモナス・ルミナンティウム（Selenomonas ruminantium）亜種ラクティリティカ由来の少なくとも１つの微生物を含む。セレノモナス・ルミナンティウム（Selenomonas ruminantium）亜種ラクティリティカ種は分類ＩＤ：１１４１９７によって表され得る。

【0370】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。Ｐｅｌｏｓｉｎｕｓ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ種は、分類ＩＤ：３６５３４９によって表され得る。

【0371】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、腸内細菌科バクテリウム属（Enterobacteriaceae bacterium）９＿２＿５４ＦＡＡ種由来の少なくとも１つの微生物を含む。腸内細菌科バクテリウム属（Enterobacteriaceae bacterium）９＿２＿５４ＦＡＡ種は、分類ＩＤ：４６９６１３によって表され得る。

【0372】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、クロストリジウム・ベイジェリンキイ（Clostridium beijerinckii）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。クロストリジウム・ベイジェリンキイ（Clostridium beijerinckii）種は、分類ＩＤ：１５２０によって表され得る。

【0373】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、フラクティラクトバチルス・サンフランシセンシス（Fructilactobacillus sanfranciscensis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。フラクティラクトバチルス・サンフランシセンシス（Fructilactobacillus sanfranciscensis）種は、分類ＩＤ：１６２５によって表され得る。

【0374】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・マスシリエンシス（Megasphaera massiliensis）種由来の少なくとも１つの微生物を含む。メガスファエラ・マスシリエンシス（Megasphaera massiliensis）種は、分類ＩＤ：１２３２４２８によって表され得る。

【0375】

本開示の文脈において、ヒト被験体の生物学的試料からの微生物の同定は、微生物学分野における任意の従来の方法を使用して行うことができる。例えば、限定するものではないが、ヒト被験体の生物学的試料からの細菌の同定は、１６Ｓ ｒＲＮＡ（リボソームＲＮＡ）配列決定を使用して行うことができる。単離微生物の同定は、データベースで利用可能な異なる微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に対する単離微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子間の相似解析を行うことによって行うことができる。この解析は、所与の配列とデータベース内の全ての利用可能な配列との間の類似性を調査し、調査された類似性に対するスコアの計算によって最良一致配列を得るために行われ得る。同一性解析は、任意の適切なプログラム、例えば、公開されているデータベース、例えば、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）を使用して、Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ（登録商標））によって行うことができる。

【0376】

以下に示すＧｅｎＢａｎｋ又はＲｅｆｓｅｑアクセッション番号は、微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列又は全ゲノムの配列のいずれかを提供することに留意されたい。更に、当業者は、全ゲノム配列から１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を評価することを知っているであろうことに留意すべきである。

【0377】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０によって示される少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ又はそれ以上の核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0378】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８及び配列番号９によって示される少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ又はそれ以上の核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0379】

本発明の文脈において、同一性％に言及する場合、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つからの各１つの微生物は、上記の対応する配列とは異なる配列同一性を有し得ることに留意されたい。

【0380】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８及び配列番号９によって示される少なくとも１つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0381】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４及び配列番号５によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0382】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４及び配列番号５によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0383】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び配列番号８によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0384】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５及び配列番号８によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0385】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号６、配列番号７及び配列番号８によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0386】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号６、配列番号７及び配列番号８によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0387】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0388】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0389】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、配列番号８及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0390】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、配列番号８及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0391】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号８、及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号８、及び配列番号９によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0392】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１及び配列番号２によって示される少なくとも２つの核酸配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物のうちの少なくとも２つは、配列番号１及び配列番号２によって示される少なくとも２つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0393】

いくつかの実施形態では、２つ以上の微生物の少なくとも１つは、配列番号８によって示される少なくとも１つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み、２つ以上の微生物の少なくとも１つの他の（異なる）ものは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７及び配列番号９によって示される少なくとも１つの核酸配列と、８５％～９９％、時には９０％～９９％、時には９５％～９９％、時には９６％～９９％、時には９７％～９９％、時には９８％～９９％の同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0394】

本明細書で使用される同一性（同一性％）という用語は、同一の２つ以上の核酸配列を指す。本開示の文脈において、配列同一性は、ＤＮＡからＲＮＡへの転写変化を包含し、例えば、Ｔ及びＵは同一であると見なされる。同一性は、当業者によって１６Ｓ ｒＲＮＡの可変領域と見なされる配列の領域にわたって存在し得る。いくつかの実施形態では、同一性は、可変領域の１６Ｓ ｒＲＮＡ又はその一部の長さにわたって存在する。

【0395】

２つ以上の核酸配列間の同一性％は、２つ以上の配列につき、最大一致について比較及びアラインメントしたときに求められる。本開示の文脈において、同一性％を有する本明細書に記載される配列（核酸）は、同一性が計算される元の配列と同じ機能／活性を有すると考えられる。

【0396】

閾値配列同一性は、８５％、時に８６％、時に８７％、時に８８％、時に８９％、時に９０％、時に９１％、時に９２％、時に９３％、時に９４％、時に９５％、時に９６％、時に９７％、時に９８％、時に９９％であり得、本明細書で示される同一性％の各自は、本発明の別個の実施形態を構成する。

【0397】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３を含む。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、分類ＩＤ：１４１０６６３によって表され得る。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０２７５６９．１によって提供される。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号１として示す。

【0398】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４を含む。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４は、分類ＩＤ：５２５３６２によって表され得る。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣＧＳ００００００００．２によって提供され、配列番号２として示される。

【0399】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０を含む。ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０は、分類ＩＤ：５９２０２８で表され得る。ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣＩＭ００００００００．２によって提供され、配列番号３として示される。

【0400】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９を含む。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は、分類ＩＤ：８７１５６２によって表され得る。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＥＥＱ００００００００．１によって提供される。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号４として示される。

【0401】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２を含む。ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２は、分類ＩＤ：４２８１２８によって表され得る。ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＢＣＡ００００００００．３によって提供される。ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号５として示す。

【0402】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともメガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５を含む。メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５は、分類ＩＤ：７４２８１６によって表され得る。メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０４８６２７．１によって提供される。メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号６と示す。

【0403】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともオシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６を含む。オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６は、分類ＩＤ：６９３７４６によって表され得る。オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＰ０１２０４４．１によって提供され、配列番号７として示される。

【0404】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含む。ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は、分類ＩＤ：１００２３６４によって表され得る。ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＧＣＩ００００００００．１で提供される。ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号８として示される。

【0405】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６は、分類ＩＤ：１７３６によって表され得る。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０１９９６２．１によって提供される。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号９として示される。

【0406】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０を含む。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０は、分類ＩＤ：１０６４５３５によって表され得る。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＨＥ５７６７９４．１によって提供される。メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１０として示される。

【0407】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともメガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃを含む。メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃは、分類ＩＤ：１６０３８８８によって表され得る。メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６ＣのＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＬＲＶＣ００００００００．１によって提供される。メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１１として示される。

【0408】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともメガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３を含む。メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００３３１５７７５．１で表され得る。メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０１１９４０．１によって提供される。メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１２として示される。

【0409】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３を含む。ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３は、分類ＩＤ：４１１４６９によって表され得る。ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣＥＰ００００００００．１によって提供される。ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１３として示される。

【0410】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともアセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９を含む。アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９は、分類ＩＤ：４９９１７７によって表され得る。アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＣ＿０１４６１４．１によって提供される。アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１４として示される。

【0411】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６を含む。ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００２１１９６０５．１で表され得る。ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０２０７０５．１によって提供される。ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１５として示される。

【0412】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともクロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５を含む。クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５は、分類ＩＤ：４３１９４３によって表され得る。クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０００６７３．１によって提供される。クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号１６と示す。

【0413】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともコプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８を含む。コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８は、分類ＩＤ：４７０１４６によって表され得る。コプロコッカス（Coprococcus）ＡＴＣＣ２７７５８のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＢＶＲ００００００００．１によって提供される。コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１７として示される。

【0414】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともコプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７を含む。コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７は分類ＩＤ：７１７９６２によって表され得る。コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＦＰ９２９０３８．１によって提供される。コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１８として示される。

【0415】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１を含む。ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１は、分類ＩＤ：６２２３１２によって表され得る。ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣＦＹ００００００００．１によって提供される。ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１９として示される。

【0416】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２を含む。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２は、分類ＩＤ：１０６９５３４によって表され得る。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００３０３２．１によって提供される。ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２０として示される。

【0417】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧを含む。ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧは、分類ＩＤ：５６８７０３によって表され得る。ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧのＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０３１２９０．１によって提供される。ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus））ＧＧの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２１として示される。

【0418】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０を含む。ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０は、分類ＩＤ：４９１０７７によって表され得る。ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００２８４４．１によって提供される。ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２２として示される。

【0419】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２を含む。ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００２９０６８７５．１で表され得る。ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０２５９９１．１によって提供される。ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２３として示される。

【0420】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａを含む。ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａは、分類ＩＤ：７６８７２８によって表され得る。ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａのＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＥＢＡ００００００００．１によって提供される。ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２４として示される。

【0421】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０を含む。ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０は、分類ＩＤ：７４２７４３によって表され得る。ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＤＬＴ００００００００．１によって提供される。ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を配列番号２５と示す。

【0422】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８を含む。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８は、分類ＩＤ：４７３８１９によって表され得る。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＢＩＸ００００００００．２によって提供される。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２６として示される。

【0423】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１を含む。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１は、分類ＩＤ：４０１４７３で表され得る。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００１７５０．１によって提供される。ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２７として示される。

【0424】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）・ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ Ｌ２－３２を含む。ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis））Ｌ２－３２は、分類ＩＤ：４１１４８１によって表され得る。ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）Ｌ２－３２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＡＸＤ００００００００．２により提供される。ビフィドバクテリウム（Bifidobacterium）Ｌ２－３２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２８として示される。

【0425】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌを含む。ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌは、アセンブリ番号ＧＣＦ＿０００７３７８８５．１で表され得る。ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２ＬのＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００７４４３．１によって提供される。ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌの１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２９として示される。

【0426】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４を含む。ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４は、分類ＩＤ：５００６３５によって表され得る。ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＢＷＫ００００００００．２によって提供される。ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３０と示される。

【0427】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともセレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５を含む。セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５は、分類ＩＤ：５４６２７１によって表され得る。セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００２６３７．１によって提供される。セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３１として示される。

【0428】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３を含む。ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３は、分類ＩＤ：６２６９３９によって表され得る。ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＥＶＮ００００００００．１によって提供される。ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３２として示される。

【0429】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４を含む。ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００３９４５３６５．１で表され得る。ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＰ０１９００４．１によって提供される。ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３３として示される。

【0430】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともオシリバクター（Oscillibacter）ＰＥＡ１９２種を含む。オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２は、分類ＩＤ：２１０９６８７によって表され得る。オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＰ０１８５３２．１によって提供される。オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３４として示される。

【0431】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２を含む。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿０００１５２２４５．２で表され得る。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００２２７３．２によって提供される。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３５として示される。

【0432】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともアセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０を含む。アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０は、分類ＩＤ：９３１６２６によって表され得る。アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ００２９８７．１によって提供される。アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３６として示される。

【0433】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１を含む。ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００４２１０２５５．１で表され得る。ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０３５９４５によって提供される。ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３７として示される。

【0434】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２を含む。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿９００１４２６４５．１で表され得る。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＦＲＢＰ００００００００．１によって提供される。ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３８として示される。

【0435】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１を含む。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１は、アセンブリ番号ＧＣＦ＿００１４８１７２５．１１で表され得る。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＣＰ０１１９１４．１によって提供される。ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３９として示される。

【0436】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、少なくともブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７を含む。ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７は、分類ＩＤ：４７６２７２によって表され得る。ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７のＤＮＡ配列は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＣＢＺ００００００００．１で提供される。ブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号４０として示される。

【0437】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、配列番号１によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0438】

いくつかの他の実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つは、配列番号２によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0439】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、
配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0440】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0441】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４又は配列番号５によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0442】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５又は配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0443】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号６、配列番号７又は配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0444】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0445】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号３、配列番号６、配列番号８又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0446】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号８又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0447】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１又は配列番号２によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0448】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号２５、配列番号４又は配列番号５によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0449】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２５、配列番号６又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0450】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２又は配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0451】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号２５、配列番号４、配列番号５又は配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0452】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２５、配列番号６、配列番号８又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0453】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の２つ以上の微生物の少なくとも１つ、時には少なくとも２つは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８又は配列番号９、好ましくは配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0454】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の少なくとも１つの微生物は、配列番号８によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み、微生物共同体中の少なくとも１つの他の（異なる）微生物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、又は配列番号９によって示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。

【0455】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ２５９４０、メガスファエラ（Megasphaera）種ＭＪＲ８３９６Ｃ、メガスファエラ（Megasphaera）ｈｅｘａｎｏｉｃａ ＪＣＭ３１４０３、ユウバクテリウム・ハリイ（Eubacterium hallii）ＤＳＭ３３５３、アセトアナエロビウム・スティックランディイ（Acetoanaerobium sticklandii）ＤＳＭ５１９、ルミノコッカス科細菌ＣＰＢ６、クロストリジウム・クリュイベリ（Clostridium kluyveri）ＤＳＭ５５５、コプロコッカス・コメス（Coprococcus comes）ＡＴＣＣ２７７５８、コプロコッカス・カツス（Coprococcus catus）ＧＤ／７、ロゼブリア（Roseburia）ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ ＤＳＭ１６８４１、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２７７８２、ラクトバチルス・ラムノーサス（Lactobacillus rhamnosus）ＧＧ、ラクトバチルス・ロイテリー（Lactobacillus reuteri）ＡＴＣＣ５５７３０、ラクトバチルス・プランタルム亜種プランタルム（Lactobacillus plantarum subsp.plantarum）ＬＢ１－２、ラクトバチルス・サリバリウス（Lactobacillus salivarius）ＡＣＳ－１１６－Ｖ－Ｃｏｌ５ａ、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７８、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）Ｂｄ１、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）Ｌ２－３２、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Bifidobacterium adolescentis）２２Ｌ、ミツオケラ・マルトアシダ（Mitsuokella multacida）ＤＳＭ２０５４４、セレノモナス・スピュチゲナ（Selenomonas sputigena）ＡＴＣＣ３５１８５、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナテュテンス（Phascolarctobacterium succinatutens）ＤＳＭ２２５３３、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Phascolarctobacterium faecium）ＪＣＭ３０８９４、
オシリバクター（Oscillibacter）種ＰＥＡ１９２、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＫＩＳＴ６１２、アセトバクテリウム・ウッディイ（Acetobacterium woodii）ＤＳＭ１０３０、ブラウティア・プロデュクタ（Blautia producta）ＰＭＦ１、ユウバクテリウム・カランデリ（Eubacterium callanderi）ＤＳＭ３６６２、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＳＡ１１、又はブラウティア・ヒドロゲンオートロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）ＤＳＭ１０５０７、から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ又はそれ以上の微生物を含む。

【0456】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つの微生物を含む。

【0457】

いくつかの実施形態では、微生物共同体内の少なくとも１つの微生物は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei））ＡＴＣＣ５１８７３を含み、微生物共同体内の少なくとも１つの他の（異なる）微生物は、メガファエラ・エルスデニ（メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ・ＤＳＭ１８０２６、又はユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。

【0458】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0459】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0460】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0461】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0462】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0463】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei)ＡＴＣＣ５１８７３、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも１つ、少なくとも２つの微生物を含む。

【0464】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３及びラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４から選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0465】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４から選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0466】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0467】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0468】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0469】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３又はこれらの任意の組み合わせから選択される少なくとも２つの微生物を含む。

【0470】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３を含む。

【0471】

いくつかの他の実施形態では、微生物共同体は、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４を含む。

【0472】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含む。

【0473】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、先に同定した２つの微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、先に同定した２つ又は３つの微生物の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、先に同定した、２つ、３つ又は４つの微生物の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、先に同定した、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又はそれ以上の微生物の組み合わせを含む。

【0474】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、９０６、３９９４８、１６７８、４５９７８６、５６８、１５８８４６、１７３０、１５７８、３３０４２、１５６４５４、８４１、９７０、５２２２５、３３０２４、３３９５１、５７２５１１、１４８５、２３０５１３３、１３８６、６９８７７６、３６５３４８、２７６７８８１、３６８６６、９０７、１６２３、２１８５３８、１６８９、３９４９２、４３７８９７、３５１０９１、５６９、１７３６、２０２３２６０、１６７５０３６、３９４８８、１５１１、１８９８２０５、１５３４、４１００７２、１１６０８５、３６０８０７、４７７１５、１５９８、１５９０、１６２４、４８７１７３、１６８０、５２２２６、６９８２３、６２６９４０、３３０２５、１９４５５９３、５３４４２、３３９５２、３３０３５、５３４４３、２１４４１７５、１５６４５６、１８７３２６、１６２２、１３９７、２１６１８２１、２８０２６、２９３６０、１１４１９７、３６５３４９、４６９６１３、１５２０、１６２５、１２３２４２８、１４１０６６３、５２５３６２、５９２０２８、８７１５６２、４２８１２８、７４２８１６、６９３７４６、１００２３６４、１７３６、１０６４５３５、１６０３８８８、ＧＣＦ＿００３３１５７７５．１、４１１４６９、４９９１７７、ＧＣＦ＿００２１１９６０５．１、４３１９４３、４７０１４６、７１７９６２、６２２３１２、１０６９５３４、５６８７０３、４９１０７７、ＧＣＦ＿００２９０６８７５．１、７６８７２８、７４２７４３、４７３８１９、４０１４７３、４１１４８１、ＧＣＦ＿０００７３７８８５．１、５００６３５、５４６２７１、６２６９３９、ＧＣＦ＿００３９４５３６５．１、２１０９６８７、ＧＣＦ＿０００１５２２４５．２、９３１６２６、ＧＣＦ＿００４２１０２５５．１、ＧＣＦ＿９００１４２６４５．１、ＧＣＦ＿００１４８１７２５．１１、及び４７６２７２、からなる群から選択されるＮＣＢＩ分類ＩＤ又はアセンブリ番号によって特定される属、種、株に属する少なくとも２つの単離又は精製された微生物を含む。

【0475】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体１（「Ｃｏｎｓ．＃１）と呼ぶ。

【0476】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２からなる。

【0477】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体２（「Ｃｏｎｓ．＃２）と呼ぶ。

【0478】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、オシリバクター（Oscillibacter）ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ ＤＳＭ１８０２６及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３からなる。

【0479】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。４つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体３（「Ｃｏｎｓ．３＃）と呼ぶ。

【0480】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６からなる。

【0481】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体４（「Ｃｏｎｓ．４＃）と呼ぶ。

【0482】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６からなる。

【0483】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３及びラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４を含む。２つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体５（「Ｃｏｎｓ．＃５）と呼ぶ。

【0484】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体６（「Ｃｏｎｓ．＃６）と呼ぶ。

【0485】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２からなる。

【0486】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。４つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体７（「Ｃｏｎｓ．７＃）と呼ぶ。

【0487】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６からなる。

【0488】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２を含む。６つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体８（「Ｃｏｎｓ．＃８）と呼ぶ。

【0489】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２からなる。

【0490】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体９（「Ｃｏｎｓ．９＃）と呼ぶ。

【0491】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６からなる。

【0492】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４を含む。３つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体１０（「Ｃｏｎｓ．＃１０）と呼ぶ。

【0493】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２を含む。６つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体１１（「Ｃｏｎｓ．＃１１）と呼ぶ。

【0494】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・シラエウム（Eubacterium siraeum）ＤＳＭ１５７０２からなる。

【0495】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含む。５つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体７（「Ｃｏｎｓ．１１＃）と呼ぶ。

【0496】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・サクシナティフィラス（Dialister succinatiphilus）ＹＩＴ１１８５０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６からなる。

【0497】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含む。７つの列挙された株を精製又は単離された細菌として含むこの微生物共同体は、本明細書において時には共同体１２（「Ｃｏｎｓ．＃１２）と呼ぶ。

【0498】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３からなる。

【0499】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では共同体１、共同体２、共同体３、共同体４、共同体５、共同体６、共同体７、共同体８、共同体９、共同体１０、共同体１１及び共同体１２からなる群から選択される微生物共同体が提供される。

【0500】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では、共同体１、共同体２、共同体３、共同体４、共同体５、共同体６、共同体７及び共同体１２からなる群から選択される微生物共同体が提供される。

【0501】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では、共同体１、共同体２、共同体３、共同体４及び共同体１２からなる群から選択される微生物共同体が提供される。

【0502】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では、共同体１及び共同体２から選択される微生物共同体が提供される。

【0503】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では、共同体３及び共同体４から選択される微生物共同体が提供される。

【0504】

本発明の微生物共同体の特定の実施形態として実施され得る本発明の別の態様では、共同体３、共同体４及び共同体１２から選択される微生物共同体が提供される。

【0505】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、共同体を形成する微生物を同じ又は同等の量で含む。

【0506】

いくつかの更なる実施形態では、微生物共同体は、共同体を形成する微生物のうちの少なくとも１つを異なる量で含む。

【0507】

いくつかの実施形態では、微生物共同体を形成する各微生物の１用量当たりの総数（細胞数／量／コロニー形成単位－ＣＦＵ／光学密度測定値）は、少なくとも１×１０^２、少なくとも１×１０^３、少なくとも１０^４、少なくとも１×１０^５、時には少なくとも１×１０^６、時には少なくとも１×１０^７、時には少なくとも１×１０^８である。

【0508】

いくつかの実施形態では、微生物共同体を形成する各微生物の１用量当たりの総数（細胞数／量／コロニー形成単位－ＣＦＵ／光学密度測定値）は、約１×１０^８～約５×１０^１０ＣＦＵ、約２×１０^８～約４×１０^１０、約３×１０^８～約３×１０^１０、約５×１０^８～約１×１０^１０である。

【0509】

いくつかの実施形態では、微生物共同体を形成する各微生物の総数（細胞数／量／コロニー形成単位－ＣＦＵ）は、約１×１０^３～約１×１０^１２、１×１０^５～約１×１０^１０、１×１０^８～約５×１０^１０、２×１０^８～約４×１０^１０、３×１０^８～約３×１０^１０、５×１０^８～約１×１０^１０である。

【0510】

いくつかの実施形態では、微生物共同体を形成する微生物の総数（細胞数／量／コロニー形成単位－ＣＦＵ）は、約１×１０^３～約１×１０^１２、１×１０^５～約１×１０^１０、１×１０^８～約５×１０^１０、２×１０^８～約４×１０^１０、３×１０^８～約３×１０^１０、５×１０^８～約１×１０^１０である。

【0511】

２つ以上の微生物は、任意の利用可能な供給源から得ることができる。上記で詳述したように、２つ以上の微生物は、例えば、生物学的試料を採取することによって、参照対象の微生物叢において同定され、それから精製又は単離され得る。生物学的試料は、微生物の集団が単離され得る任意の試料、例えば、糞便であり得る。更に別の実施形態では、試料は、ヒト器官又は組織の生検、具体的には腸生検であり得る。

【0512】

微生物共同体は、保管、投与などに応じて様々な形態に製剤化することができる。非限定的な形態としては、固体、乾燥形態、例えば、凍結乾燥粉末、ゲル形態、懸濁液、細胞溶解物又は抽出物が挙げられる。いくつかの実施形態では、微生物共同体は、液体培地（ＰＢＳ又は生理食塩水など）に懸濁され、懸濁液の形態で使用され得る。

【0513】

本発明の微生物共同体は、医薬製剤／組成物／懸濁液の調製において、又は治療における使用のための製剤／組成物／懸濁液の製造において使用され得る。

【0514】

したがって、本発明の製剤／組成物／懸濁液は、治療有効量の本発明の微生物共同体とは別に、本明細書に詳述される少なくとも１つの追加の成分を含み得る。

【0515】

更なる態様では、本発明は、本発明の微生物共同体を含む組成物（懸濁液又は製剤）に関する。

【0516】

本明細書に記載されるように、微生物共同体及び／又はそれを含む懸濁液／組成物は、本発明のキットを形成し得る。一般に、微生物共同体を含む本明細書に記載の組成物及び／又は懸濁液及び／又はキット並びに微生物共同体それ自体は、本発明の一部を形成する。微生物共同体について本明細書に記載の形態それ自体は、微生物共同体を含む組成物及び／又は懸濁液及び／又はキットに適用されることに留意すべきである。

【0517】

更にいくつかの更なる実施形態では、本発明の組成物は、薬学的に許容される担体、賦形剤、添加剤、希釈剤及びアジュバントのうちの少なくとも１つを任意選択で更に含んでいてもよい。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」は、ありとあらゆる溶媒、分散媒体、コーティングなどを含む。

【0518】

水性懸濁液は、懸濁液の粘度を増加させる物質、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール及び／又はデキストランなどを更に含有していてもよい。懸濁液は安定剤を含有していてもよい。

【0519】

上記で特に言及された成分に加えて、本製剤はまた、問題の製剤のタイプを考慮した当技術分野で標準的な他の薬剤を含み得ることを理解されたい。

【0520】

本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は、当技術分野で公知の医療手順に従って、以下に記載される本発明の方法によって投与及び投薬することができる。例えば、本明細書で以下に記載される本発明の方法及びキットにおいて使用される懸濁物／組成物は、当技術分野で公知の種々の投与様式、例えば、全身経路、非経口経路、腹腔内経路、経皮経路、経口経路（頬側経路又は舌下経路を含む）、直腸経路、局所経路（頬側経路又は舌下経路を含む）、膣経路、鼻腔内経路及び任意の他の適切な経路などによる投与に適合され得る。具体的な例としては、注射（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、又は皮内注射を使用する）、鼻腔内投与及び経口投与が挙げられるが、これらに限定されない。

【0521】

いくつかの実施形態では、本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は、経口投与用に製剤化され得る。

【0522】

いくつかの実施形態では、本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は、腸への送達用に製剤化され得る。いくつかの実施形態では、本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は、食品又は飲料に製剤化され得る。

【0523】

いくつかの実施形態では、本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は、担体内に含有されるように製剤化され得る。

【0524】

いくつかの実施形態では、本発明の微生物共同体及び／又はそれを含む任意の懸濁液／組成物は腸溶コーティングされている。

【0525】

本明細書に詳述され、以下の実施例に示されるように、驚くべきことに、微生物共同体が、様々な機能を調節し得る２つ以上の微生物を含むことが見出された。

【0526】

例えば、実施例１Ａに示すように、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３が吉草酸及びイソ吉草酸を産生することができることが見出された。

【0527】

いくつかの例では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は吉草酸を産生する。いくつかの例では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３はイソ吉草酸を産生する。

【0528】

更に、実施例１Ａに示すように、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、酢酸塩、プロピオン酸塩及び酪酸塩を産生し得る。

【0529】

いくつかの例では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は酢酸塩を産生する。いくつかの例では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３はプロピオン酸を産生する。いくつかの例では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は酪酸塩を産生する。

【0530】

更に、実施例１Ｂに示すように、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５は、酢酸塩及びプロピオン酸塩を産生し得る。

【0531】

いくつかの例では、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５は酢酸塩を産生する。いくつかの例では、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５はプロピオン酸を産生する。

【0532】

実施例１Ｃ及び実施例１Ｄに示すように、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は、それぞれ酢酸塩を産生し得る。

【0533】

いくつかの例では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は酢酸塩を産生する。いくつかの例では、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は酢酸塩を産生する。

【0534】

実施例１Ｅに示すように、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６は、酢酸塩及び酪酸塩を産生し得る。

【0535】

いくつかの例では、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６は酢酸塩を産生する。いくつかの例では、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６は酪酸塩を産生する。

【0536】

実施例１Ｆに示すように、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６はＧＡＢＡを産生し得る。

【0537】

いくつかの例では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９はＧＡＢＡを産生する。いくつかの例では、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６はＧＡＢＡを産生する。

【0538】

実施例１Ｉに示すように、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は、ラット膵臓由来のＲＩＮ１４Ｂクロマフィン細胞からのセロトニン分泌を誘導し得る。

【0539】

いくつかの例では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９はセロトニン産生を誘導する。いくつかの例では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９はセロトニン分泌を誘導する。

【0540】

実施例１Ｊに示されるように、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３はプロゲステロンを産生し得る。いくつかの例では、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３はプロゲステロンを産生した。

【0541】

いくつかの例では、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は一酸化窒素を分解する。

【0542】

いくつかの例では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９はＧＡＢＡを産生する。いくつかの例では、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６はＧＡＢＡを産生する。

【0543】

したがって、いくつかの態様によれば、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つに使用するための、本明細書に記載の２つ以上の微生物を含む微生物共同体が提供される。

【0544】

いくつかの実施形態では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、吉草酸レベル及び／又はイソ吉草酸レベルを調節するのに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、吉草酸の産生に使用するためのものである。いくつかの例では、微生物共同体は、イソ吉草酸塩の製造方法に使用するためにメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３を含む。

【0545】

いくつかの実施形態では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩レベルのうちの１つ以上を調節するのに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩のうちの１つ以上の産生に使用するためのものである。

【0546】

いくつかの実施形態では、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５は、酢酸塩レベル、プロピオン酸塩レベルのうちの１つ以上を調節するのに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、酢酸塩、プロピオン酸塩のうちの１つ以上の産生に使用するためのものである。

【0547】

いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３、又はこれらの任意の組み合わせの少なくとも１つは、酢酸塩レベルの調節に使用するためのものである。

【0548】

いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、
ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３又はこれらの任意の組み合わせの少なくとも１つは、酢酸塩の産生に使用するためのものである。

【0549】

いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６又はこれらの任意の組み合わせの少なくとも１つは、ＧＡＢＡレベルを調節するのに使用するためのものである。いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、又はこれらの任意の組み合わせの少なくとも１つは、ＧＡＢＡの産生に使用するためのものである。

【0550】

いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は、セロトニンレベルの調節に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は、セロトニン分泌の誘導に使用するためのものである。

【0551】

いくつかの実施形態では、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は、プロゲステロンの産生に使用するためのものである。

【0552】

上記に基づいて、本開示の微生物共同体、本開示の微生物共同体を含む組成物、及び本開示のキットは、同定された微生物並びに本開示の微生物共同体による治療を必要とする対象の治療を含む様々な目的に有用であり得ることが示唆された。具体的には、本開示の同定された微生物及び微生物共同体は、同定された微生物及び微生物共同体によって治療可能な障害、より具体的には上記のいずれかの調節によって影響を受ける障害を治療するために使用するためのものであり得る。

【0553】

いくつかの態様によれば、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖の増加、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素分解、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つによって調節される／影響を受ける障害の治療に使用するための、２つ以上の微生物を含む微生物共同体が提供される。

【0554】

いくつかの実施形態では、微生物共同体中の少なくとも２つの微生物の種類及び少なくとも２つの微生物のそれぞれの量は、治療される障害又は障害の重症度に基づいて適合され得る。例えば、治療の前に、障害及び重症度の診断によってこれらのパラメータが決定され得る。

【0555】

本明細書に記載される疾患又は障害並びに関連する考慮事項は、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素還元、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つを調節することによって影響を受ける。

【0556】

いくつかの態様によれば、（ｉ）プトレシン産生、（ｉｉ）グルタミン酸産生、（ｉｉｉ）ビタミンＢ６産生、（ｉｖ）ビタミンＢ１２産生、（ｖ）アルギニン産生、（ｖｉ）ＧＡＢＡ産生、（ｖｉｉ）酢酸産生、（ｖｉｉｉ）酪酸産生、（ｉｘ）プロピオン酸産生、（ｘ）吉草酸産生、（ｘｉ）イソ吉草酸産生、（ｘｉｉ）カプロン酸産生、（ｘｉｉｉ）リノール酸産生、（ｘｉｖ）少なくとも１つのセリンプロテアーゼの活性の減少、（ｘｖ）乳酸産生、（ｘｖｉ）鉄封鎖、（ｘｖｉｉ）二次胆汁酸産生、（ｘｖｉｉｉ）汚染物質解毒、（ｘｉｘ）メタン生成の減少、（ｘｘ）硫酸還元の減少、（ｘｘｉ）Ｔｒｅｇ誘導、（ｘｘｉｉ）アンモニア産生、（ｘｘｉｉｉ）亜硝酸産生、（ｘｘｉｖ）一酸化窒素還元、（ｘｘｖ）エストロゲン産生、（ｘｘｖｉ）プロゲステロン産生、（ｘｘｖｉｉ）イソフラボノイド代謝、（ｘｘｖｉｉｉ）セロトニンレベルの増加、又は（ｘｘｉｘ）これらの任意の組み合わせのうちの少なくとも１つを調節することによって影響を受ける疾患又は障害の治療に使用するための、本明細書に記載の微生物共同体が提供される。

【0557】

いくつかの他の実施形態によれば、本明細書に記載の微生物共同体、それを含む組成物又はそれを含むキットは、宿主対象の胃腸系、ＥＮＳ又はＣＮＳに影響を及ぼすのに有用であり得、ひいては、消化管運動機能障害と診断された対象を治療し得る。

【0558】

したがって、本発明は、消化管運動機能障害に罹患している対象の治療に使用するための、先に詳述した微生物共同体を更に提供する。

【0559】

いくつかの他の実施形態では、微生物共同体は、共同体によって治療可能であり得る障害、例えば、消化管運動機能障害を有すると診断されている対象の治療に使用するためのものである。

【0560】

したがって、本発明は、消化管運動機能障害に罹患している対象を治療する方法に使用するための、本発明の２つ以上の精製若しくは単離された微生物を含む本発明による微生物共同体、それを含む組成物又は本発明のキットを更に提供する。

【0561】

本発明の微生物共同体は、消化管運動機能障害を治療する方法に使用され得ることが示唆された。

【0562】

本明細書で使用される場合、消化管運動機能障害は、胃腸管の異なる部分に影響を及ぼし、内臓過敏及び運動障害を伴う任意の障害又は病理学的状態を指す。

【0563】

機能性胃腸障害は、いくつかの実施形態によれば、運動障害、内臓過敏、粘膜及び免疫機能の変化、腸内微生物叢の変化、ＥＮＳプロセシングの変化及び中枢神経系（ＣＮＳ）プロセシングの変化の組み合わせを有すると考えられる。消化管運動機能障害は、疼痛及び鼓脹などの関連症状を包含することに留意されたい。

【0564】

いくつかの実施形態では、消化管運動機能障害は、機能性消化不良（ＦＤ）である。機能性消化不良は、少なくとも１ヶ月間存在する、上部消化管における鼓脹、灼熱感、疼痛、又は早期膨満若しくは長期膨満、悪心、嘔吐、げっぷ、体重減少、口中の酸味のうちの１つ以上の症状に関連する。

【0565】

いくつかの実施形態では、機能性消化不良は、食後窮迫症候群（ＰＤＳ）又は上腹部疼痛症候群（ＥＰＳ）のうちの少なくとも１つである。

【0566】

いくつかの実施形態では、消化管運動機能障害は、胃腸痛の中枢介在性障害である。

【0567】

いくつかの実施形態では、胃腸痛の中枢性障害は、中枢性腹痛症候群（ＣＡＰＳ）、麻酔性腸症候群（ＮＢＳ）／オピオイド誘発性ＧＩ痛覚過敏又はこれらの組み合わせである。

【0568】

中枢性腹痛症候群（ＣＡＰＳ）は、腸パターンの変化－便秘及び／又は下痢に関連しない、長期にわたる又は反復する疼痛（再発し続ける）である腹部（腹部）疼痛の状態である。

【0569】

麻薬性腸症候群（ＮＢＳ）は、エスカレートする又は継続的なオピオイド療法の状況における腹痛の悪化を特徴とする状態である。

【0570】

いくつかの実施形態では、消化管運動機能障害は腸障害である。

【0571】

いくつかの実施形態では、腸障害は、過敏性大腸症候群（ＩＢＳ）、機能性便秘、機能性下痢、機能性腹部膨満／膨満、不特定腸機能障害、オピオイド誘発性便秘又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つである。

【0572】

いくつかの実施形態では、消化管運動機能障害はＩＢＳである。

【0573】

ＩＢＳは、腹痛並びに便通の頻度及び一貫性の変化をなどの様々な症状を特徴とする。

【0574】

いくつかの実施形態では、ＩＢＳは、顕著な便秘を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｃ）、顕著な下痢を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｄ）、混合型排便習慣を伴うＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｍ）、未分類のＩＢＳ（ＩＢＳ－Ｕ）又はこれらの組み合わせのうちの少なくとも１つである。

【0575】

ＩＢＳ関連ＧＩ機能不全の異なる状態を研究するために開発された多くのインビボモデルが存在する。これらのモデルの中で、異なる種類のストレス要因、例えば、心理的及び物理的刺激が、ＩＢＳの発症及び障害の維持において重要な役割を果たすようである。更に、無菌動物へのＩＢＳ患者の糞便移植を実施するモデルでは、内臓過敏及び異常な排便などのＩＢＳ表現型の発生を刺激することもできる。より詳細には、その文脈が参照により本明細書に組み込まれる、Ｓ．Ｗ．Ｔｓａｎｇらの「Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ，Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｍｏｄｅｌｓ ａｎｄ Ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙ Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ ｏｆ Ｉｒｒｉｔａｂｌｅ Ｂｏｗｅｌ Ｓｙｎｄｒｏｍｅ：Ｓｔｏｒｙ Ａｂｏｕｔ ｔｈｅ Ｂｒａｉｎ－Ｇｕｔ Ａｘｉｓ」。

【0576】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象においてイソ吉草酸を産生する方法に使用するためのメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３を含み、イソ吉草酸の産生は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0577】

いくつかの例では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象において酢酸を産生する方法に使用するためのハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含み、酢酸の産生は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0578】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象においてプロゲステロンを産生する方法に使用するためのハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含み、プロゲステロンの産生は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0579】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象において酸化窒素を分解／脱分極する方法に使用するためのハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含み、酸化窒素の分解／脱分極は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0580】

いくつかの例では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象においてＧＡＢＡを産生する方法に使用するためのビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９を含み、ＧＡＢＡの産生は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0581】

いくつかの例では、微生物共同体は、消化管運動機能障害、好ましくはＩＢＳに罹患している対象においてＧＡＢＡを産生する方法に使用するためのユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含み、ＧＡＢＡの産生は、対象における障害の治療、阻害、低減、又は排除をもたらす。

【0582】

いくつかの他の態様によれば、本発明は、それを必要とする対象において障害を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、それを必要とする対象において消化管運動機能障害を治療する、予防する、改善する、低減する、又はその発症を遅延させるための方法は、そのような対象に、治療有効量の本発明の微生物共同体又はそれを含む任意の組成物若しくはキットを投与することを含む。

【0583】

本発明の方法によれば、有効量の本発明の微生物共同体を投与することは、消化管運動機能障害、特に内臓過敏又はＩＢＳの１つ以上の徴候又は症状を改善する。言い換えれば、本発明の方法は、本発明の微生物共同体で治療可能であり得る障害を治療するためのものである。

【0584】

別の態様では、本発明は、それを必要とするヒト対象において、消化管運動機能障害を治療、予防、改善、軽減又はその発症を遅延させる方法であって、２つ以上の単離微生物又は精製微生物を含む微生物共同体の有効量を対象に投与する工程を含み、２つ以上の微生物のうちの少なくとも１つが以下の特徴、すなわち、（ｉ）内臓過敏を調節し得る、（ｉｉ）管腔内ガスバランスを調節し得る、（ｉｉｉ）ＥＮＳを調節し得る、（ｉｖ）脳腸軸を調節し得る、（ｖ）ＧＡＢＡを調節し得る、（ｖｉ）消化管バリアを調節し得る、（ｖｉｉ）軽度炎症に関連する経路を調節し得る、（ｖｉｉｉ）脂肪酸産生を調節し得る、（ｉｘ）食品化合物代謝を調節し得る、（ｘ）解毒活性を調節し得る、（ｘｉ）エンドペプチダーゼ活性を調節し得る、（ｘｉｉ）セロトニンを調節し得る、又は（ｘｉｉｉ）これらの任意の組み合わせを有する方法を提供する。

【0585】

いくつかの実施形態では、ＩＢＳを治療し、予防し、改善し、軽減し、又はその発症を遅延させるための本発明の方法は、治療有効量の本発明の微生物共同体を対象に投与することを含む。

【0586】

本発明の方法は、いくつかの実施形態によれば、追加の治療と共に本発明の微生物共同体を投与することを含む。

【0587】

いくつかの実施形態では、微生物共同体は、追加の治療と組み合わせて投与され得る。微生物共同体及び追加の１又は複数の治療は、同時に又は逐次的に投与され得る。

【0588】

理解されるように、追加の治療は、例えば、微生物共同体の効果を改善するために、微生物共同体と適合するように選択される。いくつかの実施形態では、追加の治療は疼痛緩和治療である。いくつかの実施形態では、追加の治療は下痢治療である。いくつかの実施形態では、追加の治療は便秘治療である。

【0589】

微生物共同体は、当技術分野において公知であり、本明細書に記載されている任意の方法によってヒト対象に投与され得る。いくつかの実施形態によれば、本発明の方法は、微生物共同体又は微生物共同体を含む組成物を経口投与によって投与することを含む。いくつかの実施形態によれば、本発明の方法は、腸への送達用に製剤化された微生物共同体又は微生物共同体を含む組成物の投与を含む。微生物共同体又は微生物共同体を含む組成物は、例えば、カプセル、錠剤、食品又は飲料などに製剤化され得る。

【0590】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、本発明の微生物共同体、それを含む組成物又はキット、及び任意選択で追加の治療を、単回１回用量として、１日１回用量又は１日複数回用量として、好ましくは１から７日毎に投与することを含み得る。このような適用は、患者の生涯に１回若しくは数回、１日に１回、２回、３回、４回、５回若しくは６回実施され得るか、又は１日１回、２日毎に１回、３日毎に１回、４日毎に１回、５日毎に１回、６日毎に１回、１週間毎に１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、又は更には１ヶ月を超える期間毎に１回実施され得ることが特に企図される。

【0591】

本発明は更に、それを必要とする対象において消化管運動機能障害、特にＩＢＳを治療するための組成物の調製における本発明の微生物共同体の使用を提供する。

【0592】

別の態様では、本発明は、それを必要とする対象において消化管運動機能障害を治療するための組成物の調製における本発明の微生物共同体を含むキットを提供する。

【0593】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のキットは、記載されるような組成物／懸濁液を、投与の準備ができている既に調製された剤形として含んでもよく、あるいは、別法として、記載される微生物共同体又は微生物共同体を含む組成物を、溶媒で再構成して液体剤形をもたらすることができる固体医薬組成物（例えば、凍結乾燥形態）として含むことができる。本発明のキットは、消化管運動機能障害、特にＩＢＳの治療においてキットを使用するための説明書を更に含んでいてもよい。

【0594】

本明細書で提供される治療方法は、微生物共同体及び／又はそれを含む組成物を治療有効量で投与することを含む。本明細書で使用される「有効量」という用語は、当業者に公知の考慮事項によって決定されるものである。その量は、本明細書に記載される障害又は状態を改善するのに十分でなければならない。投薬は、症状の重症度及び本発明の少なくとも１つの微生物に対する対象の応答性に依存する。医療従事者は、治療される対象の年齢、性別、体重及び疾患の状態を考慮して、最適な投与量、投与方法及び繰り返し率を容易に決定することができ、用量を決定する。

【0595】

本明細書で使用される場合、「治療有効量」は、臨床医又は他の有資格観察者によって認められる医学的な利点をもたらす微生物共同体及び／又はそれを含む組成物の量を意味する。

【0596】

本明細書で提供される治療方法は、治療有効量の本発明の微生物共同体の投与を含む。本明細書で使用される「有効量」という用語は、当業者に公知の考慮事項によって決定されるものである。

【0597】

本発明は、消化管運動機能障害を治療又は予防するための方法を提供する。「治療又は予防」という用語は、消化管運動機能障害又は消化管運動機能障害関連の障害などの望ましくない副作用の阻害、低減、緩和、及び軽減をなどの、対象への投与の治療的にプラスの効果の全範囲を指す。

【0598】

本明細書中で使用される場合、「疾患」、「障害」、「状態」などは、それらが対象の健康に関する場合、互換的に使用され、かかる用語のそれぞれが皆に帰する意味を有する。

【0599】

本発明は、それを必要とする対象又は患者の治療方法に関する。「患者」又は「必要とする対象」とは、上述の状態によって影響を受ける可能性があり、本明細書に記載される治療方法が望まれる任意の生物を意味する。特にヒト対象の場合、本発明の組成物の患者への投与は、自己投与及び別の人による患者への投与の両方を含むことに更に留意すべきである。

【0600】

本発明は、消化管運動機能障害を治療する方法を提供し、更に、消化管運動機能障害に関連又は関係する障害に関する。互換的に使用される「関連する（associated）」及び「関連する（related）」という用語は、本明細書において病態に言及する場合、原因を共有すること、偶然に起こるよりも高い頻度で共存すること、又は少なくとも１つの疾患、障害、状態若しくは病態が第２の疾患、障害、状態若しくは病態を引き起こすことのうちの少なくとも１つである疾患、障害、状態又は任意の病態を意味することが理解される。

【0601】

言及したように、本明細書で使用される「調節」は、阻害、減少、低下など、あるいは増加、増強などのいずれかを包含する。

【0602】

より具体的には、本明細書で言及される「阻害」「低減する」又は「減少させる」という用語は、適切な対照と比較して、約１％～９９．９％、具体的には、約１％～約５％、約５％～１０％、約１０％～１５％、約１５％～２０％、約２０％～２５％、約２５％～３０％、約３０％～３５％、約３５％～４０％、約４０％～４５％、約４５％～５０％、約５０％～５５％、約５５％～６０％、約６０％～６５％、約６５％～７０％、約７５％～８０％、約８０％～８５％、約８５％～９０％、約９０％～９５％、約９５％～９９％、又は約９９％～９９．９％のうちのいずれかの割合で、特定の経路／物質を遅延させ、抑制し又は低下させることに関する。

【0603】

あるいは、本明細書で使用される場合、「増加」又は「増強」という用語は、サイズ、量、含有量、数、又は強度が次第に大きくなる作用に関する。具体的には、適切な対照と比較した、特定の経路／内容物の１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７０％、８００％、９００％、１０００％又はそれ以上の増加に関する。

【0604】

適切な対照は、時に、微生物共同体を含まない経路／物質それぞれを指すことに留意されたい。

【0605】

本明細書で使用される場合、「約」という用語は、言及された値よりも最大１％、より具体的には５％、より具体的には１０％、より具体的には１５％、場合によっては最大２０％高く又は低く逸脱し得る値を示し、逸脱範囲は整数値を含み、適用可能な場合、非整数値も同様に連続範囲を構成する。本明細書で使用される場合、「約」という用語は、±１０％を指す。

【0606】

本発明の様々な実施形態は、範囲形式で提示される場合があることに留意されたい。範囲の記載は、具体的に開示された全ての可能な部分範囲並びにその範囲内の個々の数値を有すると見なされるべきである。例えば、１から６又は１～６といった範囲の記載は、１から３、１から４、１から５、２から４、２から６、３から６などの部分範囲、並びにその範囲内の個々の数、例えば、１、２、３、４、５、及び６を具体的に開示していると見なされるべきである。

【0607】

「少なくとも１つ」という用語は、以下のうちの１つ以上を指し、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５，２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又はそれ以上の指定された情報のうちのいずれか１つを包含することに留意されたい。例えば、少なくとも１つの微生物に言及する場合、１つ以上の微生物を指し、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上の微生物のうちのいずれか１つを包含すると理解されるべきである。

【0608】

本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲及びその均等物によってのみ限定されるため、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明する目的でのみ使用され、限定することを意図するものではないことを理解されたい。

【0609】

後続する本明細書及び実施例及び特許請求の範囲の全体において、文脈が別段に要請しない限り、「含む（comprise）」という語、並びに「含む（comprises）」及び「含む（comprising）」などの変化形は、言明された整数若しくは工程又は整数若しくは工程の群の包含を含意するが、他の任意の整数若しくは工程又は整数若しくは工程の群の除外は含意しないと理解される。

【0610】

本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈によってそうでない旨が明示されない限り、複数の指示物を含むことを留意しなければならない。

【0611】

以下の実施例は、本発明の態様を実施する際に本発明者らによって使用される技術の代表例である。これらの技術は本発明の実施のための好ましい実施形態の例示であるが、当業者は、本開示を考慮して、本発明の趣旨及び意図される範囲から逸脱することなく、多くの改変がなされ得ることを認識することが理解されるべきである。

【0612】

本発明の様々な態様に関連して本明細書で詳述される様々な実施形態及び例は、本明細書で開示される１つ以上の態様に適用可能であり得ることに留意されたい。本明細書に記載される任意の実施形態、例えば、微生物共同体の成分に関連する実施形態は、別々に、又は様々な組み合わせで適用され得ることに更に留意されたい。上記で説明され、以下の特許請求の範囲の請求項で請求される本発明の様々な実施形態及び態様は、以下の実施例において実験的な裏付けを見出す。本明細書で使用される「別の実施形態では」という語句又は実施形態に対してなされた任意の言及は、必ずしも異なる実施形態を指すものではないが、そうである場合もある。したがって、本発明の範囲から逸脱することなく、本発明の様々な実施形態を（同じ態様から、又は異なる態様から）組み合わせることができる。

【0613】

【表1-1】

【0614】

【表1-2】

【実施例】

【0615】

いくつかの非限定的な実施例
実施例１：インビトロアッセイ
実施例１Ａ：メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３によるＳＣＦＡ産生
方法：
９０ｍＭ乳酸塩を補充したｄｅ Ｍａｎ、Ｒｏｇｏｓａ及びＳｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）又はＭＲＳ培地のいずれかの増殖培地に、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３の一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種し、その後、嫌気的に３７℃で最大４８時間インキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＳＣＦＡの検出は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）分析を使用して行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0616】

結果：
図１Ａ～図１Ｃは、ＳＣＦＡ産生の結果を示す。図１Ａ及び図１Ｂは、ＭＲＳ培地（図１Ａ）又は乳酸塩を含むＭＲＳ培地（図１Ｂ）中のメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３による酢酸、プロピオン酸、酪酸及びイソ吉草酸の産生を示す。見ての通り、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、７時間のインキュベーション後に乳酸塩の非存在下でのみイソ吉草酸を産生した。図１Ｃは、乳酸塩を含むＭＲＳ培地におけるメガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３によるイソ吉草酸及び吉草酸の産生を示す。見ての通り、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３は、２６時間のインキュベーション後に測定した場合、乳酸塩を含む培地中で吉草酸及びイソ吉草酸を産生した。また見ての通り、吉草酸は、イソ吉草酸と比較してより高い濃度で産生された。

【0617】

実施例１Ｂ：メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５によるＳＣＦＡ産生
方法：
増殖培地、ＭＲＳに、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５の一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種し、その後、３７℃で最大４８時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＳＣＦＡの検出は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）分析を使用して行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0618】

結果：
図２は、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５による酢酸及びプロピオン酸産生の結果を示す。見ての通り、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５は、３０時間のインキュベーション後に酢酸及びプロピオン酸を産生した。

【0619】

実施例１Ｃ：ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９によるＳＣＦＡ産生
方法：
増殖培地（ＭＲＳ）に、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９の一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種し、その後、３７℃で最大４８時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＳＣＦＡの検出は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）分析を使用して行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0620】

結果：
図３は、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９による酢酸産生の結果を示す。見ての通り、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９は、２６時間のインキュベーション後に測定した場合、酢酸塩を産生した。

【0621】

実施例１Ｄ：ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３によるＳＣＦＡ産生
方法：
増殖培地であるブレインハートインフュージョン（ＢＨＩ）に、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３の一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種した後、３７℃で最大２４時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＳＣＦＡの検出は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）分析を使用して行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0622】

結果：
図４は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３による酢酸産生の結果を示す。見ての通り、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３は、９．５時間のインキュベーション後に測定した場合、酢酸塩を産生した。

【0623】

実施例１Ｅ：ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６によるＳＣＦＡ産生
方法：
増殖培地ＦＴＭに、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６の一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種し、その後、３７℃で最大２４時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＳＣＦＡの検出は、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）分析を使用して行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0624】

結果：
図５は、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６による酢酸及び酪酸産生の結果を示す。

【0625】

実施例１Ｆ：細菌性ＧＡＢＡ産生
微生物を、ＧＡＢＡを産生及び分泌する能力について試験した。各細菌に特異的な増殖培地に、一晩培養物（１２時間）の１％接種材料を接種し、その後、３７℃で最大７２時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）、シリンジフィルター（直径１３ｍｍ、孔径０．２２μｍ）による濾過によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＧＡＢＡの検出は、ＨＰＬＣ分析及びＧＡＢＡ ＥＬＩＳＡを使用して行った。

【0626】

方法：
ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９（１２時間）、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、及び陰性対照菌としてのセトバクテリウム・ソメラエ（Cetobacterium somerae）ＡＴＣＣＢＡＡ－４７４の一晩培養物の１％接種材料を使用して、３％グルタミン酸を補充したＭＲＳ培地、１％グルタミン酸を補充した液体チオグリコール酸培地（ＦＴＭ）、及び３０ｍＭプトレシンを補充したＢＨＩ培地にそれぞれ接種し、３７℃で最大７２時間嫌気的にインキュベートした。細胞を遠心分離（１０分、３２２０ｇ、４℃）によって除去し、濾過した培地を分析まで－８０℃で凍結保存した。分泌されたＧＡＢＡの検出は、ＨＰＬＣ分析を用いて行った。結果をμｇ／ｍｌで表した。

【0627】

結果：
図６は、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６及びセトバクテリウム・ソメラエ（Cetobacterium somerae）ＡＴＣＣＢＡＡ－４７４によるＧＡＢＡ産生の結果を示す。見ての通り、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６は、陰性対照細菌と比較して有意な量のＧＡＢＡを産生している。

【0628】

実施例１Ｇ：インビトロ腸管系
実験は、ＳＨＩＭＥ（登録商標）システムを用いて行う。簡単に説明すると、このシステムは、近位結腸及び遠位結腸の状態をシミュレートする反応容器から構成された。

【0629】

細菌共同体を全ての容器に加え、ＳＣＦＡ組成、ＧＡＢＡレベル、乳酸レベル、ガスレベル、ｐＨ、及びアンモニウムレベルなどの微生物活性パラメータについて経時的にモニタリングする。容器はまた、微生物負荷及び微生物組成についてモニタリングする。

【0630】

実施例１Ｈ：インビトロでのプロゲステロン合成
これらの実験において、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３がプロゲステロンを合成する能力を、プロゲステロン産生遺伝子３β－ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ（ＨＳＤ）の発現を定量することによって試験した。

【0631】

ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３細胞を、プロゲステロン前駆体であるプレグネノロンの存在下及び非存在下で、４８時間にわたって増殖させた。細胞を回収し、溶解し、ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの溶解及び精製を、細菌の酵素的溶解及びプロテイナーゼＫ消化のためのＲＮＡ保護プロトコルに従って行い、その後、ＲＮｅａｓｙ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号７４１０４）を使用してＲＮＡ精製を行った。このキットに明記されているように、トリチラチウム由来のプロテイナーゼＫ（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号Ｐ２３０８）をペプチド消化に使用し、ニワトリ卵白由来のリゾチーム（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号Ｌ６８７６）を使用して酵素溶解を行った。ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｄｎａｓｅ Ｓｅｔ（Ｑｉａｇｅｎ、カタログ番号７９２５４）を使用して過剰なＤＮＡを除去して、精製を完了した。純粋なＲＮＡをｃＤＮＡライブラリー調製まで－２０℃で保存した。ｃＤＮＡライブラリーを、Ｈｉｇｈ Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号４３６８８１４）を使用して構築した。リアルタイムＰＣＲは、ＰｏｗｅｒＵｐ（商標）Ｓｙｂｅｒ Ｇｒｅｅｎ（商標）ｍａｓｔｅｒｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ａ２５７４２）を用いて、ＳｔｅｐＯｎｅＰｌｕｓ（商標）リアルタイムＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，４３７６６００）で行った。ＲｅｃＡ及びＲｈｏをハウスキーピング遺伝子（ＨＫＧｓ）対照として用いた。結果は、２＾（－ΔΔＣｔ）の許容される方法に従って計算した倍率変化として表した。まず、ハウスキーピング遺伝子ＲｅｃＡから目的の遺伝子の平均Ｃｔ値を差し引くことによって、ΔＣｔを計算した。次いで、処理した試料のΔＣｔ値を、プロゲステロンの前駆体であるプレグネノロンを含まない対照試料から差し引くことによって、ΔΔＣｔを計算した。

【0632】

図７に示される結果は、ＨＳＤの酵素転写物がインキュベーション時間と共に増加し、２４時間のインキュベーション後に最大に達したことを示している。その時点で、ＨＳＤの酵素転写物は、プレグネノロンを用いないハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３発酵と比較して、プレグネノロンを用いたハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３発酵に由来する試料において約２倍高かった。

【0633】

これらの結果は、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３が潜在的にプロゲステロンを合成し得ることを示している。

【0634】

実施例１Ｉ：インビトロでのセロトニン合成
これらの実験において、ラット膵臓由来のＲＩＮ１４Ｂクロマフィン細胞（ＡＴＣＣ ＣＲＬ２０５９）からセロトニン分泌を誘導するビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９の能力を試験した。これを試験するために、細菌培養培地をＲＩＮ１４Ｂ細胞と共に１時間インキュベートした。

【0635】

ＲＩＮ１４Ｂ細胞を９６ウェルプレート上に、２００μＬの培養培地中３．５×１０＾４細胞／ウェルで播種した。細胞を、３７℃、５％ＣＯ２で１６から２４時間にわたってプレートに付着させた。

【0636】

次いで、全てのウェルの培地を廃棄し、細胞を、０．２％ＢＳＡ及び２μＭフルオキセチンを含有するハンクス平衡塩溶液（ＨＢＳＳ）で１回洗浄した（ウェルを２００μＬ溶液で満たし、直ちに廃棄することによって）。細胞を、３０μＭの陽性対照イオノマイシンを補充した２００μＬの培養培地、及びビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９の培養培地で、３７℃、５％ＣＯ２で１時間インキュベートした。
インキュベーション時間の終わりに、ＲＩＮ１４Ｂ細胞の上清を回収し、セロトニンレベルをＥＬＩＳＡ（ＥＩＡ Ｓｅｒｏｔｏｎｉｎ，Ｂｅｃｋｍａｎｃｏｕｌｔｅｒ、カタログ番号ＩＭ１７４９）によって測定した。

【0637】

図８に示される結果は、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９培養培地とＲＩＮ１４Ｂ細胞とのインキュベーションが、陽性対照イオノマイシンと共にインキュベートされたＲＩＮ１４Ｂ細胞及び細胞単独と比較して、より高いセロトニン分泌をもたらしたことを示している。

【0638】

これらの結果は、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９によって産生され、培地に分泌される酢酸及び／又はＧＡＢＡなどの化合物（代謝産物）が、ＲＩＮ１４Ｂクロマフィン細胞からのセロトニン分泌を誘導し得ることを示唆している可能性がある。

【0639】

実施例１Ｊ：インビトロでのヒスタミン合成
この実験は、肥満細胞類似体である細胞株ＲＢＬ－２Ｈ３（ＡＴＣＣ ＣＲＬ－２２５６）中の肥満細胞からのヒスタミンの放出を防止する細菌の能力を試験することを目的とする。ラット好塩基性白血病細胞ＲＢＬ－２Ｈ３を９６ウェルプレートに、培養培地２００μＬ中５×１０＾４細胞／ウェルで播種する。３７℃、５％ＣＯ２で２０から２４時間にわたって、細胞をプレートに付着させる。次いで、全てのウェルの培地を廃棄し、細胞をＰＢＳで洗浄する。その後、細胞を、細菌培養培地を補充した２００μＬの培養培地と共に、３７℃、５％ＣＯ２で１又は３時間インキュベートする。

【0640】

インキュベーション期間の終わりに、細胞を培養培地で洗浄し、モノクローナルＴＮＰ－ＩｇＥを含有する培養培地で、続いてＴＮＰ－ＢＳＡを含有する培養培地で、３７℃、５％ ＣＯ２で刺激する。ＲＢＬ－２Ｈ３の上清を回収し、ヒスタミンレベルをＥＬＩＳＡ（ＨＩＳ（ヒスタミン）ＥＬＩＳＡキット、Ｌｏｕｔｓｃｉｅｎｃｅ、カタログ番号ＥＥＬ－００３２）によって測定する。

【0641】

ヒスタミンレベルの低下を示す結果は、異なる細菌によって産生される化合物（代謝産物）が肥満細胞からのヒスタミンの放出を防止し得ることを示唆し得る。ヒト腸における肥満細胞の活性化はヒスタミン分泌をもたらし、このプロセスが結腸神経に近接している場合、それはＩＢＳに特徴付けられるような腹痛と相関する。

【0642】

実施例２：インビボ研究
実施例２Ａ：ラップ拘束応力（ＷＲＳ）モデル
ＷＲＳ誘導性ストレスを受けた齧歯類は、結腸－直腸拡張（ＣＲＤ）頻度測定において定量可能な即時型痛覚過敏を発症する。加えて、大腸活動の刺激が見られ、続いて糞便中排泄が増加する。

【0643】

この実験では、ラットモデルにおけるＷＲＳ誘導性ストレスの内臓過敏症の改善における細菌共同体投与の有効性を試験した。

【0644】

ラットに、３つの例示的な細菌共同体を、ＷＲＳ急性誘導ストレスの前に３週間にわたって週３回、強制経口投与によって投与した。共同体中の１０＾９ＣＦＵの各細菌を各径管栄養法で投与した。ＰＢＳ＋１５％グリセロールを対照ビヒクルと同様に投与した。

【0645】

３つの細菌共同体は以下の通りとした。共同体３には、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含めた。共同体４には、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９、ハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３及びユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６を含めた。共同体１２には、メガスファエラ・エルスデニイ（Megasphaera elsdenii）ＡＴＣＣ１７７５３、ディアリスター・インビサス（Dialister invisus）ＤＳＭ１５４７０、メガモナス・ファニフォーミス（Megamonas funiformis）ＹＩＴ１１８１５、ユウバクテリウム・リモサム（Eubacterium limosum）ＡＴＣＣ８４８６、ラクトバチルス・ルミニス（Lactobacillus ruminis）ＡＴＣＣ２５６４４、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Bifidobacterium dentium）ＡＴＣＣ２７６７９及びハフニア・アルベイ（Hafnia alvei）ＡＴＣＣ５１８７３を含めた。

【0646】

ＷＲＳ試験中、排泄された糞便ペレットを、異なる群の各動物について計数した。ＷＲＳ誘導後、水で満たし、圧力変換器に接続したカテーテルに取り付けた膨張バルーンを直腸に導入した。バルーンカテーテルを、その遠位先端が肛門縁から２ｃｍの状態で遠位結腸に挿入し、外科用接着テープで尾の基部に固定した。ＣＲＤ及び腹部収縮（ＡＣ）の記録を可能にするために、圧力変換器をシリンジ及び増幅器（ＴＢＭ４Ｍ、Ｗｏｒｌｄ Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）の両方に接続した。次いで、バルーンを０から１．２ｍｌまで５分毎に０．４ｍｌの間隔で徐々に膨張させた。各動物について、膨張の各段階にわたって産生されたＡＣの数を記録した。

【0647】

実験の終わりに、動物の結腸及び回腸を組織学的分析のために取り出した。

【0648】

図９に見られるように、３つ全ての細菌処置群は、ＷＲＳの２時間の間に排泄された糞便ペレットの数の減少を示した。

【0649】

異なる膨張バルーン体積の間で正規化されたＡＣの数は、ビヒクル群とは対照的に処置群において低かった（図１０）。この結果は、共同体１２が、ビヒクル群と比較したとき、異なる膨張バルーン体積の間で有意に低いＡＣを示したことを示す。更に、この効果は、共同体１２及びビヒクルによる処置を含む処置を比較した場合、０．８ｍｌのバルーン体積において有意に観察された（図１１）。

【0650】

実施例２Ｂ：母体分離（ＭＳ）モデル
このモデルにおけるストレスは、生後最初の２週間の間に１日３時間、ラットの子を母親から取り出すことによって誘導される。母体のケアは視床下部－下垂体－副腎（ＨＰＡ）軸並びに認知及び情動機能に影響を及ぼすので、ＭＳはこれらの動物の中枢神経系に安定的変化を引き起こす。このストレスを仔として経験した成体動物では、ＭＳは結腸直腸膨満に対する内臓過敏症（ＣＲＤ）を特徴とする大腸の状態の発症を促進し、この状態では結腸の肥満細胞過形成がしばしばＩＢＳの２つの典型的徴候である神経終末の近くに集中している。更に、ストレスに応答した結腸運動機能もまた、これらの動物において増強される。ＣＲＤ、総胃腸通過及び結腸運動を測定する。

【0651】

実施例２Ｃ：ＩＢＳヒト対象由来の便微生物叢を用いた内臓過敏症のラットモデル
無菌（ＧＦ）ラットを、照射された標準的なげっ歯類の食餌及び滅菌された飲料水に自由にアクセスできる陽圧滅菌アイソレータで飼育する。各ＧＦラットに、２ｍＬのヒト糞便懸濁液を胃内経管栄養法によって接種して、Ｈｕｍａｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ（ＨＭＡ）ラットを得る。

【0652】

全てのインビボモデルにおいて、行動疼痛応答、内臓感受性及び全消化管通過時間を評価する。これらのアッセイに加えて、上記の方法に従って、動物の糞便中の異なるＳＣＦＡ及びＧＡＢＡを定量する。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【配列表】

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【国際調査報告】