特表 2024-520940 産生細菌細胞及び産生方法におけるその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-05-27

(54)【発明の名称】産生細菌細胞及び産生方法におけるその使用

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/33 20060101AFI20240520BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20240520BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20240520BHJP

   C12P 21/02 20060101ALI20240520BHJP

   C07K 14/005 20060101ALI20240520BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20240520BHJP

【ＦＩ】

C12N15/33

C12N1/21 ZNA

C12N7/01

C12P21/02 C

C07K14/005

C12N15/63 Z

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023570252

(86)(22)【出願日】2022-05-12

(85)【翻訳文提出日】2024-01-12

(86)【国際出願番号】 EP2022062983

(87)【国際公開番号】W WO2022238552

(87)【国際公開日】2022-11-17

(31)【優先権主張番号】63/187,531

(32)【優先日】2021-05-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/187,532

(32)【優先日】2021-05-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】519283484

【氏名又は名称】エリゴ・バイオサイエンス

(74)【代理人】

【識別番号】100108453

【弁理士】

【氏名又は名称】村山 靖彦

(74)【代理人】

【識別番号】100110364

【弁理士】

【氏名又は名称】実広 信哉

(74)【代理人】

【識別番号】100133400

【弁理士】

【氏名又は名称】阿部 達彦

(72)【発明者】

【氏名】ヘスス・フェルナンデス・ロドリゲス

(72)【発明者】

【氏名】アントワーヌ・ドゥクリュル

(72)【発明者】

【氏名】アイメリク・ルヴォー

(72)【発明者】

【氏名】イネス・カナダス・ブラスコ

(72)【発明者】

【氏名】オレリー・マチュー

(72)【発明者】

【氏名】ティボー・カーリエ

【テーマコード（参考）】

4B064

4B065

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B064AG01

4B064CA02

4B064CA19

4B064CC24

4B064DA13

4B065AA01X

4B065AA26X

4B065AA98X

4B065AA98Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065AC20

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA46

4H045AA10

4H045AA20

4H045AA30

4H045BA10

4H045CA01

4H045EA50

4H045FA74

(57)【要約】

本発明は、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含み、前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子が、第1のタイプのバクテリオファージに由来し、前記産生細菌細胞中での前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が少なくとも1つの誘導機構により制御され、前記産生細菌細胞が、前記第1のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞に関する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含み、前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子が、第1のタイプのバクテリオファージに由来し、
前記産生細菌細胞中での前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が少なくとも1つの誘導機構により制御され、
前記産生細菌細胞が、前記第1のタイプのバクテリオファージが由来とする且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞。

【請求項2】

前記ファージ粒子又はファージ由来送達媒体中にパッケージングされるペイロードを更に含む、請求項1に記載の産生細菌細胞。

【請求項3】

前記ペイロードが、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するパッケージング部位を含む核酸ペイロードである、請求項2に記載の産生細菌細胞。

【請求項4】

前記ペイロードが、標的化された細菌細胞中に送達される、請求項2又は3に記載の産生細菌細胞。

【請求項5】

前記ペイロードが、前記標的化された細菌細胞中で安定的に維持される、請求項4に記載の産生細菌細胞。

【請求項6】

前記ペイロードが、前記標的化された細菌細胞中で複製しない、請求項4に記載の産生細菌細胞。

【請求項7】

前記ペイロードが、対象とする配列を含む、請求項4から6のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項8】

対象とする前記配列が、前記標的化された細菌細胞においてのみ効果を生じる、請求項7に記載の産生細菌細胞。

【請求項9】

前記標的化された細菌細胞が、前記産生細菌細胞とは異なる種又は株からのものである、請求項8に記載の産生細菌細胞。

【請求項10】

同じ誘導機構が、前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現を制御する、請求項1から9のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項11】

前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つの発現及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が、異なる誘導機構により制御される、請求項1から9のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項12】

少なくとも1つの誘導機構が、全ての前記ファージ構造遺伝子の発現を制御する、請求項1から11のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項13】

少なくとも1つの誘導機構が、全ての前記ファージDNAパッケージング遺伝子の発現を制御する、請求項1から12のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項14】

前記少なくとも1つの誘導機構が、前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つのコピー数を更に制御する、請求項1から13のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項15】

前記少なくとも1つの誘導機構が、前記産生細菌細胞中の前記ペイロードのコピー数を更に制御する、請求項2から14のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項16】

別の誘導機構が、前記産生細菌細胞中の前記ペイロードのコピー数を制御する、請求項2から14のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項17】

前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子が、少なくとも1つのプラスミド、染色体、及び/又はヘルパーファージ中に含まれる、請求項1から16のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項18】

前記産生細菌細胞が、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を更に含み、
前記第2のタイプのバクテリオファージが、前記第1のタイプのバクテリオファージが由来とする且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とする且つ/又は標的化する、請求項1から17のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項19】

前記第2のタイプのバクテリオファージが由来とする且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株と同じ細菌種又は株からのものである、請求項18に記載の産生細菌細胞。

【請求項20】

前記産生細菌細胞がE.コリ細菌細胞である、請求項1から19のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項21】

前記産生細菌細胞がP.フロイデンライヒ細菌細胞である、請求項1から19のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項22】

前記第1のタイプのバクテリオファージが由来とする且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株がC.アクネスである、請求項21に記載の産生細菌細胞。

【請求項23】

ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する方法であって、
(a)請求項1から22のいずれか一項に記載の産生細菌細胞を用意する工程、並びに
(b)前記産生細菌細胞において、前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つの発現、並びに前記少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び前記少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子により発現された産物のアセンブリーを誘導し、それにより、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する工程
を含む、方法。

【請求項24】

ハイブリッドヘルパーファージシステムであって、
(i)第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子、
(i')前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージ構造遺伝子、並びに
(ii)ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含み、
前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)が、ただ１つの核酸分子中又は別々の核酸分子中に含まれ、
前記第1のタイプのバクテリオファージが、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージシステムが、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するいかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、ハイブリッドヘルパーファージシステム。

【請求項25】

前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)が細菌染色体中に含まれる、請求項24に記載のハイブリッドヘルパーファージシステム。

【請求項26】

前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)が別々のプラスミド中に含まれる、請求項24に記載のハイブリッドヘルパーファージシステム。

【請求項27】

前記ハイブリッドヘルパーファージシステムが、
(i)第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子及び少なくとも1つのファージ構造遺伝子、並びに
(ii)ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含むハイブリッドヘルパーファージからなり、
前記第1のタイプのバクテリオファージが、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージが、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するいかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、請求項24に記載のハイブリッドヘルパーファージシステム。

【請求項28】

テイロシン及び/又はピオシンを産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子を安定的に含み、
前記産生細菌細胞中での前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が少なくとも1つの誘導機構により制御され、
前記産生細菌細胞が、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来するテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞。

【請求項29】

前記テイロシン及び/又はピオシンが、標的化された細菌細胞を溶解することを意図される、請求項28に記載の産生細菌細胞。

【請求項30】

前記標的化された細菌細胞が、前記産生細菌細胞とは異なる種又は株からのものである、請求項29に記載の産生細菌細胞。

【請求項31】

少なくとも1つの誘導機構が、全ての前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子の発現を制御する、請求項28から30のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項32】

前記少なくとも1つの誘導機構が、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つのコピー数を更に制御する、請求項28から31のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項33】

前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が、少なくとも1つのプラスミド、染色体、及び/又はヘルパーファージ中に含まれる、請求項28から32のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項34】

前記産生細菌細胞が、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を更に含み、
前記バクテリオファージが、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とする且つ/又は標的化する、請求項28から33のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項35】

前記産生細菌細胞が、前記バクテリオファージが由来とする且つ/又は前記バクテリオファージが標的化する細菌種又は株と同じ細菌種又は株からのものである、請求項34に記載の産生細菌細胞。

【請求項36】

前記産生細菌細胞がE.コリ細菌細胞である、請求項28から35のいずれか一項に記載の産生細菌細胞。

【請求項37】

テイロシン及び/又はピオシンを産生する方法であって、
(a)請求項28から36のいずれか一項に記載の産生細菌細胞を用意する工程、並びに
(b)前記産生細菌細胞において、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つの発現、並びに前記少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子により発現された産物のアセンブリーを誘導し、それにより、テイロシン及び/又はピオシンを産生する工程
を含む、方法。

【請求項38】

ハイブリッド産生システムであって、
(i')テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子、並びに
(ii)ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/若しくはファージ調節に関与する、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子、又はテイロシン及び/若しくはピオシン調節に関与する少なくとも1つの遺伝子であって、前記テイロシン及び/若しくはピオシン構造遺伝子が由来するものとは異なるテイロシン及び/若しくはピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する、テイロシン及び/若しくはピオシン調節に関与する前記遺伝子
を含み、
前記遺伝子(i')及び(ii)が、ただ１つの核酸分子中又は別々の核酸分子中に含まれ、
前記バクテリオファージが、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパー産生システムが、前記バクテリオファージに由来するいかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、ハイブリッド産生システム。

【請求項39】

前記遺伝子(i')及び(ii)が細菌染色体中に含まれる、請求項38に記載のハイブリッド産生システム。

【請求項40】

前記遺伝子(i')及び(ii)が別々のプラスミド中に含まれる、請求項38に記載のハイブリッド産生システム。

【請求項41】

前記ハイブリッド産生システムが、
(i')テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子、並びに
(ii)ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含むハイブリッドヘルパーファージからなり、
前記バクテリオファージが、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージが、前記バクテリオファージに由来するいかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、請求項38に記載のハイブリッド産生システム。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、ファージ粒子を産生するための細菌細胞及びそのような細菌細胞を使用する方法に関する。

【背景技術】

【0002】

殆どの現行のファージ又はファージ由来送達媒体産生方法は、前記ファージの天然宿主である細菌種又は株の、産生細胞としての使用を含意する。そのような方法は、そのような細菌細胞が病原性である場合に、例えばそれらが毒素を産生する場合に、危険であることが判明しうる。更に、多くの細菌種は、例えばそれらの増殖条件を理由として、又はそれらの細菌のための効率的な遺伝学的ツールがないことを理由として、容易に操ることができない。多くの場合に、同じ細菌株は、望ましくない粒子の産生若しくは望ましくない組換え事象等を生じさせうるいくつかのプロファージを含有するので、あるプロファージのみを含有する細菌株を同定すること、並びに/又は、例えば、所与の種若しくは株においてプロファージ/ファージを誘導及び/若しくは安定的に維持することもまた困難でありうる。

【0003】

そのため、任意のファージ又はファージ由来粒子の安全な、より容易な且つ効率的な産生を可能にする方法が必要とされている。

【0004】

本発明はこの必要性を満たす。

【0005】

本発明者らは、ファージは、その最終アウトプットがより多くのファージ粒子の生成である、多かれ少なかれ大きい遺伝子回路として見ることができると考えた。これを行うために、ファージが溶菌性、溶原性又は慢性(例えば繊維状ファージ、例えばM13)であるかどうかに関係なく、本発明者らは、それらのゲノムにおいてコードされる情報は、それが行う機能に依存して大まかにカテゴライズされうると考えた:
- (溶原ファージのための)挿入/切除の目的のための遺伝子。
- DNA複製、RNA転写等の目的のための遺伝子。実際に、例えば、一部の溶菌性ファージはそれら自身のRNA又はDNAポリメラーゼをコードする。一部の遺伝子は、宿主のRNAポリメラーゼを、ターミネーターを越えて機能できるように改変し、一部の他の遺伝子は、それがプラスミド又は直鎖状プラスミド形態において存在する場合にプロファージ配列の隔離に関与する。
- 新たに合成されたファージゲノムの、新たに合成されたファージカプシドへのパッケージングの目的のための遺伝子:ターミナーゼ及びアクセサリータンパク質、リガーゼ等。
- DNA用のタンパク質カプシドを構築する目的のための構造遺伝子:厳密に構造用の遺伝子、例えばカプシド遺伝子、テープメジャー、ファイバー、ベースプレート等以外に、多くの他の遺伝子が、構成要素(シャペロン、プロテアーゼ)の他に、スカフォールドとしてであれ、又は細胞に注入されるパイロットタンパク質(例えば、ファージN4のRNAポリメラーゼ若しくは他のファージにおける一部のマイナーパイロットタンパク質)としてであれ、カプシドの内側にパッケージングされうるタンパク質をアセンブルするために必要とされる。
- 宿主の抗ファージ機構からの防御、溶菌サイクルを完了するための宿主のエレメントの分解/改変、超排除機構又は宿主のために有利な遺伝子に関する遺伝子。

【0006】

DNAパッケージング及び構造遺伝子カテゴリーは深く繋がっており、その理由は、パッケージング機構は、プレアセンブルされたカプシドヘッド及びこれらのヘッド中にパッケージングされるDNAを認識し、DNAパッケージングを開始及び終了させるからである。

【0007】

本発明者らは、上記に定義される全てのモジュールを抽出及び区別することにより、1つのファージからの全ての切除/挿入、複製及び調節エレメントを含有し、且つ別のファージのためのパッケージング/構造エレメントをコードするシステムが構築されうるという仮説を立てたが、その理由は、本発明者らにより考慮されたように、それらは独立した遺伝子モジュールとして見られうるからである。

【0008】

独立した遺伝子モジュールとしてそれらを扱うことはまた、遺伝子発現がファージエレメントにより緊密に調節される野生型ファージとは対照的に、ファージに由来しなくてもよいマスター調節エレメント(例えば、誘導性リプレッサー)の制御下で産生されるファージの所望される構造及び/又は調節エレメントのみを含有するシステムの構築を可能としうる。例えば、ファージの構造オペロン及びDNAパッケージング機構のみが、純粋な成熟したファージ送達粒子(ファージ又はパッケージングされたファージミド)を生成するために必要な全てのエレメントの産生を誘発する、小分子又は物理的/化学的シグナル(LacI、AraC、PhlF、ラムダcI等)に応答するリプレッサーの制御下に置かれうる。この「縮小」(trimmed down)バージョンのファージゲノムは、細菌産生株中で安定的に維持されうる。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0009】

【特許文献1】国際公開第2014124226号

【特許文献2】米国特許出願公開第2015/0064138号

【特許文献3】国際公開第2018/236548号

【特許文献4】国際公開第2017/141173号

【特許文献5】国際公開第2020181180号

【特許文献6】国際公開第2020181202号

【特許文献7】国際公開第2020181193号

【特許文献8】国際公開第2020181178号

【特許文献9】国際公開第2020181195号

【特許文献10】米国特許出願公開第2015/0166980号

【特許文献11】米国特許第10,113,163号

【特許文献12】米国特許出願公開第2022/135986号

【特許文献13】米国特許出願公開第2022/135987号

【特許文献14】米国特許第4,920,048号明細書

【特許文献15】米国特許第5,691,185号

【特許文献16】米国特許第6,291,245号

【特許文献17】米国特許第6,413,768号

【特許文献18】米国特許第6,752,994号

【特許文献19】米国特許出願公開第20050186666号

【特許文献20】国際公開第1994017201号

【非特許文献】

【0010】

【非特許文献1】Wannierら、「Recombineering and MAGE.」、Nat Rev Methods Primers 1、7 (2021)

【非特許文献2】Ioannidiら、「Drag-and-drop genome insertion without DNA cleavage with CRISPR-directed integrases.」、Biorxiv 2021.11.01.466786 (2021) doi:10.1101/2021.11.01.466786

【非特許文献3】Maら、Trends Microbiol 29、565～568頁(2021)

【非特許文献4】Ravinら、(1999) Molecular Microbiology 34(5):980～994頁

【非特許文献5】Krupovicら、Arch Virol. 2016 Jan;161(1):233～47頁

【非特許文献6】Kanhere及びBansal (BMC Bioinformatics 2005、6:1)

【非特許文献7】Mutalik VKら(Nature Methods、2013、10: 354～360頁)

【非特許文献8】BioFABウェブサイト(http://biofab.synberc.org/data)

【非特許文献9】Anderson collection (http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Anderson)

【非特許文献10】Stantonら、(2014) Nat. Chem. Biol. 10:99～105頁

【非特許文献11】Chen YJら(2013、Nature Methods、10: 659～664頁)

【非特許文献12】Cambray Gら(Nucl Acids Res、2013、41(9): 5139～5148頁)

【非特許文献13】Costaら、Nat Rev Microbiol. 2015 Jun;13(6):343～59頁

【非特許文献14】Anneら、Curr Top Microbiol Immunol. 2017;404:267～308頁

【非特許文献15】Voら、Nat Biotechnol. 2021 Apr;39(4):480～489頁

【非特許文献16】Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11: 95、2013

【非特許文献17】Jinekら、Science. 2012 Aug 17;337(6096):816～21頁

【非特許文献18】Fonfaraら、Nucleic Acids Res. 2014 Feb;42(4):2577～90頁

【非特許文献19】Kooninら、Curr Opin Microbiol. 2017 Jun;37:67～78頁

【非特許文献20】Abudayyehら、Nature. 2017 Oct 12;550(7675):280～284頁

【非特許文献21】Yanら、Mol Cell. 2018 Apr 19;70(2):327～339頁、e5

【非特許文献22】Tomidaら、mBio. 2013 Apr 30;4(3):e00003-13

【非特許文献23】Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD https://card.mcmaster.ca/)

【非特許文献24】Henkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010 ; 100: 1～29頁)

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【発明の概要】

【0011】

発明の概要
本発明は、純粋なラムダパッケージ化ファージミドを生成するためのシステムをコードするエシェリキア・コリ(Escherichia coli)産生株の構造オペロンを、異なる種(例えばクレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae))を由来とするプロファージの構造オペロンと交換することにより、正確なパッケージングシグナル(クレブシエラ・ニューモニエファージ用のcos部位)を含有するプラスミドを補充された場合に純粋な異種ファージミド粒子のアセンブリー及びパッケージングを駆動することが可能であるという本発明者らによる予想外の発見から生じたものである。本発明者らは、そのため、ファージミドは、K.ニューモニエプロファージに構造的に基づいて産生されうるが、エシェリキア・コリ産生株中のラムダプロファージ機構により溶原性状態に調節及び維持されうることを本明細書に示した。

【0012】

本発明者らはまた、P.フロイデンライヒ(P. freudenreichii)プロファージの構造オペロンはC.アクネス(C. acnes)株のファージの構造オペロンと交換されうることを示した。このアプローチを用いて、本発明者らは、P.フロイデンライヒプロファージの構造オペロンをC.アクネス株のファージの構造オペロンと交換することにより、純粋なC.アクネスファージミドのアセンブリー及びパッケージングを駆動することが可能であることを示した。

【0013】

このアプローチは、病原性であることが既知である、且つ/又は操ることが困難である、且つ/又は、何らかの理由のためにファージ粒子及び/若しくはファージ由来送達媒体の産生において使用することが非効率的である細菌細胞を標的化する、ファージ粒子及び/又はファージ由来送達媒体のより容易な且つ/又はより安全な生成のための新規の手段となる。

【0014】

本発明は、そのため、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含み、前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子が、第1のタイプのバクテリオファージに由来し、
前記産生細菌細胞中での前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が少なくとも1つの誘導機構により制御され、
前記産生細菌細胞が、前記第1のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞に関する。

【0015】

本発明はまた、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する方法であって、
(a)本発明の産生細菌細胞を用意する工程、並びに
(b)前記産生細菌細胞において、前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つの発現、並びに前記少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び前記少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子により発現された産物のアセンブリーを誘導し、それにより、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する工程
を含む、方法に関する。

【0016】

本発明の別の目的は、ハイブリッドヘルパーファージシステムであって、
(i)第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子、
(i')前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージ構造遺伝子、並びに
(ii)ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含み、
前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)が、ただ１つの核酸分子中又は別々の核酸分子中に含まれ、
前記第1のタイプのバクテリオファージが、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージシステムが、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するいかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、ハイブリッドヘルパーファージシステムに関する。

【発明を実施するための形態】

【0017】

発明の詳細な説明
産生細菌細胞
本発明は、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含み、
前記産生細菌細胞中での前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が誘導機構により制御され、
前記産生細菌細胞が、前記第1のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞に関する。

【0018】

本明細書において使用される場合、用語「ファージ粒子」は、機能的な又は非機能的な(例えば非複製性及び/又は複製性)ビリオンを指す。

【0019】

本明細書において使用される場合、用語「ファージ由来送達媒体」は、細菌中へのペイロードの移入を可能とし、且つバクテリオファージに由来する任意の手段を指す。本発明の文脈において、用語「ファージ由来送達媒体」は、いかなるペイロードも含まないが、細菌細胞を標的化することができるバクテリオファージ由来粒子を更に包含する。

【0020】

ファージ由来送達媒体は、バクテリオファージ由来スカフォールドを指すことができ、天然の、進化させた又は操作されたバクテリオファージから得られうる。

【0021】

細菌細胞
本発明の産生細菌細胞は、任意の細菌種又は株、特に以下においてセクション「標的化される細菌」の下で定義されるものであってもよく、但し、前記細菌種又は株は、前記第1のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる。

【0022】

しかしながら、産生細菌細胞は好ましくは非病原性細菌細胞である。いっそう好ましくは、産生細菌細胞は、容易に操ることができる細菌細胞である。

【0023】

「容易に操られる」により、細菌細胞は、周知の技術を使用して培養及び/又は改変されうることが本明細書において意味される。

【0024】

特定の好ましい実施形態において、前記産生細菌細胞はE.コリ細菌細胞である。代替的に、前記産生細菌細胞は、バクテロイデス(Bacteroides)細菌細胞、より詳細にはバクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)細菌細胞、P.フロイデンライヒ細菌細胞、フソバクテリウム(Fusobacterium)細菌細胞、又はストレプトコッカス(Streptococcus)細菌細胞であってもよい。特定の実施形態において、前記産生細菌細胞はP.フロイデンライヒ細菌細胞である。

【0025】

本発明の産生細菌細胞は、当業者に周知の任意の技術により、特に、当技術分野において周知の任意の技術により、第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子を細菌細胞に導入することにより、得られうる。

【0026】

本発明の産生細菌細胞は、例えばCRISPR、TALEN、メガヌクレアーゼ及び/若しくはZnフィンガー技術を使用する、相同組換え若しくは例えばMAGEを含むリコンビニアリング(Wannierら、「Recombineering and MAGE.」、Nat Rev Methods Primers 1、7 (2021))により、又はファージインテグラーゼ、PASTE(Ioannidiら、「Drag-and-drop genome insertion without DNA cleavage with CRISPR-directed integrases.」、Biorxiv 2021.11.01.466786 (2021) doi:10.1101/2021.11.01.466786)若しくはトランスポゾン関連CRISPR-Casシステム(Maら、Trends Microbiol 29、565～568頁(2021))を用いる部位特異的組換えを使用することにより、典型的には得られうる。

【0027】

ファージDNAパッケージング遺伝子及びファージ構造遺伝子
本発明の産生細菌細胞は、第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含む。

【0028】

「安定的に含む」(stably comprise)又は「安定的に含む」(stably comprising)により、産生細菌細胞が、その染色体に組み込まれているか、又は、典型的には選択(例えば、栄養、栄養要求性、若しくは薬物耐性マーカーを用いる)を通じて、細胞中に維持されるエピソーム上にある前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子を保持することが本明細書において意味される。産生細菌細胞により安定的に含まれる各々の遺伝子は、独立して、プラスミド上、ヘルパーファージ上にありうるか、又は産生細菌細胞染色体に組み込まれる。

【0029】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも2、3、4つ、又は全てのファージ構造遺伝子、及び前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含む。

【0030】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つのファージ構造遺伝子、及び前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも2つ又は全てのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含む。

【0031】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも2、3、4つ、又は全てのファージ構造遺伝子、及び前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも2つ又は全てのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含む。

【0032】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する全てのファージ構造遺伝子、及び前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する全てのファージDNAパッケージング遺伝子を安定的に含む。

【0033】

「ファージ構造遺伝子」により、バクテリオファージタンパク質カプシドの構築に関与するバクテリオファージからの遺伝子が本明細書において意味される。ファージ構造遺伝子は、ファージ構造エレメントをコードする遺伝子;ファージ構造エレメントのアセンブリーに関与するファージタンパク質をコードする遺伝子;及びスカフォールドとして又は標的化された細菌細胞に注入されるパイロットタンパク質としてカプシドの内側にパッケージングされるファージタンパク質をコードする遺伝子を含む。

【0034】

ファージ構造エレメントは当業者に周知であり、それらが由来するバクテリオファージのタイプに依存する。ファージ構造エレメントは、タンパク質でありうるが、RNAでもあることもできる(例えば、バチルス・スブチリス(Bacillus subtilis)からのphi29のような一部のファージは、RNAから作られる構造スカフォールドをコードする)。ファージ構造エレメントは、カプシドタンパク質、テープメジャータンパク質、ファイバー、ベースプレートタンパク質、テイルシースタンパク質、ウィスカータンパク質、デコレーションタンパク質等を典型的には含む。

【0035】

構造エレメントのアセンブリーに関与するファージタンパク質は当業者に周知であり、それらが由来するバクテリオファージのタイプに、及び任意選択的に他のファージ構造遺伝子によりコードされる構造エレメントに依存する。構造エレメントのアセンブリーに関与するファージタンパク質は、ファージシャペロンタンパク質及びファージプロテアーゼを典型的には含む。

【0036】

スカフォールドとして又は標的宿主細胞に注入されるパイロットタンパク質としてカプシドの内側にパッケージングされるファージタンパク質は当業者に周知であり、それらが由来するバクテリオファージのタイプに依存する。そのようなファージタンパク質の例は、ファージN4からのRNAポリメラーゼ又はマイナーパイロットタンパク質である。

【0037】

当業者により理解されるように、本発明の産生細菌細胞中の特定のファージ構造遺伝子の存在は、前記ファージ構造遺伝子が由来するバクテリオファージに依存する。

【0038】

「ファージDNAパッケージング遺伝子」により、バクテリオファージカプシド中へのバクテリオファージゲノムのパッケージングに関与するバクテリオファージからの遺伝子が本明細書において意味される。ファージDNAパッケージング遺伝子は当業者に周知であり、ファージターミナーゼをコードする遺伝子、ファージアクセサリータンパク質をコードする遺伝子、ファージリガーゼをコードする遺伝子、DNAパッケージングに関与するファージエキソヌクレアーゼをコードする遺伝子及びDNAパッケージングに関与するファージエンドヌクレアーゼをコードする遺伝子を含む。

【0039】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する少なくとも1つの遺伝子を更に安定的に含む。

【0040】

「ファージ調節に関与する遺伝子」により、宿主とのファージの相互作用に関与するファージ遺伝子が本明細書において意味される。ファージ調節に関与する遺伝子の例は、マスターリプレッサーをコードするファージ遺伝子、アンチターミネーションタンパク質をコードするファージ遺伝子、超排除機構に関与するファージ遺伝子、宿主の抗ファージ機構からの防御に関与するファージ遺伝子、例えば溶菌サイクルを完了するための、宿主のエレメントの分解及び/又は改変に関与するファージ遺伝子、並びに宿主のために有利なファージ遺伝子を含む。

【0041】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する宿主の抗ファージ機構からの防御に関与するファージ遺伝子を安定的に含む。

【0042】

特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子、並びに任意選択的に前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する前記遺伝子は、少なくとも1つのプラスミド、染色体及び/又はヘルパーファージ中に含まれる。特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子、並びに任意選択的に前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する前記遺伝子は、少なくとも2つの別々の核酸分子、特に少なくとも2つのプラスミド、染色体、ヘルパーファージ又はこれらの組合せ中に含まれる。

【0043】

特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子、並びに任意選択的に前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する前記遺伝子は、以下において定義されているハイブリッドヘルパーファージシステム中に含まれる。

【0044】

特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子、並びに任意選択的に前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する前記遺伝子はヘルパーファージ中に含まれる。

【0045】

誘導機構
本発明の文脈において、前記産生細菌細胞中での、上記のセクション「ファージDNAパッケージング遺伝子、及びファージ構造遺伝子」において定義されている、前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現は、少なくとも1つの誘導機構により制御される。

【0046】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞中での前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ、特に少なくとも2つ、少なくとも3つ、又は全ての前記ファージ構造遺伝子の発現は、少なくとも1つの誘導機構により、特に1つの誘導機構により制御される。

【0047】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞中での前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つ、特に少なくとも2つ、少なくとも3つ、又は全ての前記ファージDNAパッケージング遺伝子の発現は、少なくとも1つの誘導機構により、特に1つの誘導機構により制御される。

【0048】

特定の実施形態において、同じ誘導機構が、前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現を制御する。

【0049】

代替的な実施形態において、前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つの発現及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現は、異なる誘導機構により制御される。

【0050】

「誘導機構」により、所与のトリガーに応答して、それらが制御する遺伝子の発現を誘導することができる、前記産生細菌細胞中に含まれる、特に安定的に含まれる、遺伝子又は遺伝子の群によりコードされる機構が本明細書において意味される。

【0051】

特定の実施形態において、前記誘導機構は、前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つのコピー数を更に制御する。換言すれば、特定の実施形態において、前記誘導機構は、前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つの複製、特に前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び/又は前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つを有する核酸分子の複製を更に制御する。

【0052】

特定の実施形態において、前記誘導機構は、前記ファージ構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つにより発現された産物のアセンブリーを更に制御する。

【0053】

そのような誘導機構の例は以下を含む:
- 小分子(例えば糖、クオラムセンシング分子、気体、合成分子、ペプチド、アミノ酸、代謝物等)、物理的シグナル(温度、圧力等)、化学的シグナル(容量オスモル濃度、pH等)、生物学的シグナル(細胞密度、DNA損傷等)に応答するタンパク質リプレッサー又はアクティベーターベース誘導システム;これらのシステムは、二次的タンパク質、例えば直交性RNAポリメラーゼ又はシグマ因子により活性化されてもよい。
- プロモーターからの転写を活性化させるか又は抑止するためのタンパク質分解システム。
- RNAベース誘導システム、例えば上記されるシグナルに応答するアプタマー、例えばRNAi、CRISPRi、トーホールドシステム、リボスイッチ等。
- ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を含む1つ又は複数の核酸。

【0054】

特定の実施形態において、前記誘導機構は、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を含む。

【0055】

したがって、特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を更に含む。

【0056】

ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する遺伝子
「ファージ切除/挿入に関与する遺伝子」により、細菌細胞のゲノム若しくはエピソームからの、プロファージとして存在する、ファージの切除、及び/又は、細菌細胞のゲノム若しくはエピソーム中への、プロファージとしての、ファージの挿入に関与する溶原性ファージからの遺伝子が本明細書において意味される。

【0057】

「ファージDNA複製に関与する遺伝子」により、ファージDNAの複製の機構に関与する、溶原性又は溶菌性ファージからの遺伝子が本明細書において意味される。ファージDNA複製に関与する遺伝子の例は、DNAポリメラーゼをコードする遺伝子及びそれがプラスミド又は直鎖状プラスミド形態において存在する場合にプロファージ配列の隔離に関与する遺伝子を含む。

【0058】

「ファージ調節に関与する遺伝子」により、宿主とのファージの相互作用に関与するファージ遺伝子が本明細書において意味される。ファージ調節に関与する遺伝子の例は、マスターリプレッサーをコードするファージ遺伝子、アンチターミネーションタンパク質をコードするファージ遺伝子、超排除機構に関与するファージ遺伝子、宿主の抗ファージ機構からの防御に関与するファージ遺伝子、例えば溶菌サイクルを完了するための、宿主のエレメントの分解及び/又は改変に関与するファージ遺伝子、並びに宿主のために有利なファージ遺伝子を含む。

【0059】

本発明の文脈において、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する前記遺伝子は、上記に定義されている、DNAパッケージング遺伝子でも構造遺伝子でもない。

【0060】

好ましい実施形態において、本発明の産生細菌細胞は、第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージ切除/挿入に関与する少なくとも1つの遺伝子、好ましくは全ての遺伝子;第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージDNA複製に関与する少なくとも1つの遺伝子、好ましくは全ての遺伝子;及び/又は第2のバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する少なくとも1つの遺伝子、好ましくは全ての遺伝子を含む。

【0061】

本発明の文脈において、前記産生細菌細胞は、ファージ切除/挿入及び/又はファージDNA複製に関与する第1のタイプのバクテリオファージに由来する遺伝子を含まない。

【0062】

特定の実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する前記遺伝子は、少なくとも1つのプラスミド、染色体及び/又はヘルパーファージ中に含まれる。特定の実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する前記遺伝子は、少なくとも2つの別々の核酸分子、特に少なくとも2つのプラスミド、染色体、ヘルパーファージ又はこれらの組合せ中に含まれる。

【0063】

特定の実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する前記遺伝子は、以下において定義されているハイブリッドヘルパーファージシステム中に含まれる。

【0064】

特定の実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来するファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する前記遺伝子は、ヘルパーファージシステム中に、より詳細には、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子、並びに任意選択的に前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するファージ調節に関与する前記遺伝子と同じヘルパーファージシステム上に含まれる。

【0065】

本発明の文脈において、前記第2のタイプのバクテリオファージは、前記第1のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第1のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とする且つ/又は標的化する。

【0066】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株と同じ細菌種又は株からのものである。

【0067】

より詳細な実施形態において、前記産生細菌細胞はE.コリ細菌細胞である。別の特定の実施形態において、前記産生細菌細胞はP.フロイデンライヒ細菌細胞である。

【0068】

他のエレメント
特定の実施形態において、本発明の産生細菌細胞は、ファージRNA転写に関与する少なくとも1つの遺伝子を更に含む。

【0069】

「ファージRNA転写に関与する遺伝子」により、ファージRNAの転写の機構に関与する、溶原又は溶菌性ファージからの遺伝子が意味される。そのような遺伝子の例は、ファージRNAポリメラーゼをコードする遺伝子、及び、典型的にはターミネーターを越えて機能することができるように、宿主のRNAポリメラーゼを改変するタンパク質をコードするファージ遺伝子を含む。

【0070】

バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子
「バクテリオファージに由来する遺伝子」により、遺伝子の配列がバクテリオファージから得られることが本明細書において意味され、前記配列は、バクテリオファージ中に最初に存在する配列と比較して、任意選択的に改変、再コード化及び/又は最適化されている。例えば、前記配列は、コドン交換若しくは最適化のため(例えば、カッパプロファージの一部のタンパク質は、E.コリにより認識され、好ましくはTAA若しくはTGAに変化している、アンバーTAG停止コドンを含有する)、又は組換えを予防するために再コード化されていてもよい。

【0071】

バクテリオファージは、宿主生合成機構の一部又は全てを利用することにより細菌の内側で倍加する偏性細胞内寄生生物である。バクテリオファージは、細菌の内側で、そのゲノムが細菌染色体に組み込まれているプロファージとして、又はそのゲノムが染色体外プラスミドの部分であるファージプラスミドとして見出されうる(そのようなファージプラスミドは、例えば、Ravinら、(1999) Molecular Microbiology 34(5):980～994頁に開示されている)。ファージプラスミドの形態でありうるバクテリオファージの例は、ファージP1、N15、SSU5、P7、D6、pMCR-1-P3、IEBH、phiGILI6c、Bam35c、pBClin15、VP882、KS-14、P88、pLP39、F116、D3、phiSG1を含む。ファージゲノムは様々なサイズ及び形状(例えば、直鎖状又は環状)である。殆どのファージは、直径24～200nmのサイズの範囲内である。ファージは、核酸(即ち、ゲノム)及びタンパク質を含有し、脂質膜によりエンベロープ被覆されていてもよい。ファージに依存して、核酸ゲノムはDNA又はRNAのいずれかでありえ、環状又は直鎖状のいずれかの形態で存在することができる。ファージゲノムのサイズは、ファージに依存して変動する。最も単純なファージは、わずか数千ヌクレオチドのサイズのゲノムを有し、より複雑なファージは、それらのゲノム中に100,000個より多くのヌクレオチド、及び希少な事例において1,000,000個より多くのヌクレオチドを含有しうる。ファージ粒子中のタンパク質の個々のタイプの数及び量は、ファージに依存して変動する。

【0072】

特定の実施形態において、第1のタイプのバクテリオファージは、Krupovicら(Krupovicら、Arch Virol. 2016 Jan;161(1):233～47頁)の生物分類学に基づいて、以下からなるカウドウイルス(Caudovirales)目から選択される:
- ミオウイルス(Myoviridae)科(例えば、限定はされないが、Cp220ウイルス属、Cp8ウイルス属、Ea214ウイルス属、Felixo1ウイルス属、Moogleウイルス属、Suspウイルス属、Hp1ウイルス属、P2ウイルス属、Kayウイルス属、P100ウイルス属、Silviaウイルス属、Spo1ウイルス属、Tsarbombaウイルス属、Twortウイルス属、Cc31ウイルス属、Jd18ウイルス属、Js98ウイルス属、Kp15ウイルス属、Moonウイルス属、Rb49ウイルス属、Rb69ウイルス属、S16ウイルス属、Schizot4ウイルス属、Sp18ウイルス属、T4ウイルス属、Cr3ウイルス属、Se1ウイルス属、V5ウイルス属、Abouoウイルス属、Agateウイルス属、Agrican357ウイルス属、Ap22ウイルス属、Arv1ウイルス属、B4ウイルス属、Bastilleウイルス属、Bc431ウイルス属、Bcep78ウイルス属、Bcepmuウイルス属、Biquartaウイルス属、Bxz1ウイルス属、Cd119ウイルス属、Cp51ウイルス属、Cvm10ウイルス属、Eah2ウイルス属、Elウイルス属、Hapunaウイルス属、Jimmerウイルス属、Kpp10ウイルス属、M12ウイルス属、Machinaウイルス属、Marthaウイルス属、Msw3ウイルス属、Muウイルス属、Myohaloウイルス属、Nit1ウイルス属、P1ウイルス属、Pakpunaウイルス属、Pbunaウイルス属、Phikzウイルス属、Rheph4ウイルス属、Rsl2ウイルス属、Rslunaウイルス属、Secunda5ウイルス属、Sep1ウイルス属、Spn3ウイルス属、Svunaウイルス属、Tg1ウイルス属、Vhmlウイルス属及びWphウイルス属)
- ポドウイルス(Podoviridae)科(例えば、限定はされないが、Fri1ウイルス属、Kp32ウイルス属、Kp34ウイルス属、Phikmvウイルス属、Pradoウイルス属、Sp6ウイルス属、T7ウイルス属、Cp1ウイルス属、P68ウイルス属、Phi29ウイルス属、Nona33ウイルス属、Pocjウイルス属、Tl2011ウイルス属、Bcep22ウイルス属、Bpp1ウイルス属、Cba41ウイルス属、Dfl12ウイルス属、Ea92ウイルス属、Epsilon15ウイルス属、F116ウイルス属、G7cウイルス属、Jwalphaウイルス属、Kf1ウイルス属、Kpp25ウイルス属、Lit1ウイルス属、Luz24ウイルス属、Luz7ウイルス属、N4ウイルス属、Nonanaウイルス属、P22ウイルス属、Pageウイルス属、Phieco32ウイルス属、Prtbウイルス属、Sp58ウイルス属、Una961ウイルス属及びVp5ウイルス属)
- シホウイルス(Siphoviridae)科(例えば、限定はされないが、Camウイルス属、Likaウイルス属、R4ウイルス属、Acadianウイルス属、Cooperウイルス属、Pg1ウイルス属、Pipefishウイルス属、Rosebushウイルス属、Brujitaウイルス属、Che9cウイルス属、Hawkeyeウイルス属、Plotウイルス属、Jerseyウイルス属、K1gウイルス属、Sp31ウイルス属、Lmd1ウイルス属、Una4ウイルス属、Bongoウイルス属、Reyウイルス属、Buttersウイルス属、Charlieウイルス属、Rediウイルス属、Baxterウイルス属、Nymphadoraウイルス属、Bignuzウイルス属、Fishburneウイルス属、Phayonceウイルス属、Kp36ウイルス属、Rogue1ウイルス属、Rtpウイルス属、T1ウイルス属、Tlsウイルス属、Ab18ウイルス属、Amigoウイルス属、Anatoleウイルス属、Andromedaウイルス属、Attisウイルス属、Barnyardウイルス属、Bernal13ウイルス属、Biseptimaウイルス属、Bronウイルス属、C2ウイルス属、C5ウイルス属、Cba181ウイルス属、Cbastウイルス属、Ceciウイルス属、Che8ウイルス属、Chiウイルス属、Cjw1ウイルス属、Corndogウイルス属、Cronusウイルス属、D3112ウイルス属、D3ウイルス属、Decurroウイルス属、Demosthenesウイルス属、Doucetteウイルス属、E125ウイルス属、Eiauウイルス属、Ff47ウイルス属、Gaiaウイルス属、Gilesウイルス属、Gordonウイルス属、Gordtnkウイルス属、Harrisonウイルス属、Hk578ウイルス属、Hk97ウイルス属、Jenstウイルス属、Jwxウイルス属、Kellezioウイルス属、Korraウイルス属、L5ウイルス属、Lambdaウイルス属、Laroyeウイルス属、Liefieウイルス属、Marvinウイルス属、Mudcatウイルス属、N15ウイルス属、Nonagウイルス属、Np1ウイルス属、Omegaウイルス属、P12002ウイルス属、P12024ウイルス属、P23ウイルス属、P70ウイルス属、Pa6ウイルス属、Pamx74ウイルス属、Patienceウイルス属、Pbi1ウイルス属、Pepy6ウイルス属、Pfr1ウイルス属、Phic31ウイルス属、Phicbkウイルス属、Phietaウイルス属、Phifelウイルス属、Phijl1ウイルス属、Pis4aウイルス属、Psaウイルス属、Psimunaウイルス属、Rdjlウイルス属、Rer2ウイルス属、Sap6ウイルス属、Send513ウイルス属、Septima3ウイルス属、Seuratウイルス属、Sextaecウイルス属、Sfi11ウイルス属、Sfi21dt1ウイルス属、Sitaraウイルス属、Sk1ウイルス属、Slashウイルス属、Smoothieウイルス属、Soupsウイルス属、Spbetaウイルス属、Ssp2ウイルス属、T5ウイルス属、Tankウイルス属、Tin2ウイルス属、Titanウイルス属、Tm4ウイルス属、Tp21ウイルス属、Tp84ウイルス属、Triaウイルス属、Trigintaduoウイルス属、Vegasウイルス属、Vendettaウイルス属、Wbetaウイルス属、Wildcatウイルス属、Wizardウイルス属、Woesウイルス属、Xp10ウイルス属、Ydn12ウイルス属及びYuaウイルス属)
- アッカーマンウイルス(Ackermannviridae)科(例えば、限定はされないが、Ag3ウイルス属、Limestoneウイルス属、Cba120ウイルス属及びVi1ウイルス属)

【0073】

特定の実施形態において、第1のタイプのバクテリオファージは、カウドウイルス目の部分ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、テクチウイルス(Tectiviridae)科(例えばアルファテクチウイルス属、ベータテクチウイルス属)、コルチコウイルス(Corticoviridae)科(例えばコルチコウイルス属)、イノウイルス(Inoviridae)科(例えばFibroウイルス属、Habeniウイルス属、イノウイルス属、Lineaウイルス属、Plectroウイルス属、Saetiウイルス属、Vespertilioウイルス属)、シストウイルス(Cystoviridae)科(例えばシストウイルス属)、レビウイルス(Leviviridae)科(例えばAlloレビウイルス属、レビウイルス属)、ミクロウイルス(Microviridae)科(例えばAlpha3ミクロウイルス属、G4ミクロウイルス属、Phix174ミクロウイルス属、Bdelloミクロウイルス属、Chlamydiaミクロウイルス属、Spiroミクロウイルス属)及びプラズマウイルス(PLasmaviridae)科(例えばプラズマウイルス属)からのものである。

【0074】

特定の実施形態において、第1のタイプのバクテリオファージは、標的化古細菌であり、カウドウイルス目の部分ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、アンプラウイルス科(Ampullaviridae)、フセロウイルス科(FuselloViridae)、グロブロウイルス科(Globuloviridae)、グッタウイルス科(Guttaviridae)、リポスリクスウイルス科(Lipothrixviridae)、プレオリポウイルス科(Pleolipoviridae)、ルディウイルス科(Rudiviridae)、サルテルプロウイルス(Salterprovirus)及びビカウダウイルス科(Bicaudaviridae)からのものである。

【0075】

特定の実施形態において、第2のタイプのバクテリオファージは、上記に定義されるバクテリオファージから選択され、但し、前記第2のタイプのバクテリオファージは、前記第1のタイプのバクテリオファージとは異なる。

【0076】

特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージは第1の細菌種又は株を由来とし、且つ前記第2のタイプのバクテリオファージは第2の細菌種又は株を由来とし、前記第1及び第2の細菌種又は株は異なる。

【0077】

「特定の細菌種又は株を由来とするバクテリオファージ」により、特定の細菌種若しくは株を特異的に標的化するバクテリオファージ及び/又は特定の細菌種若しくは株を宿主とするバクテリオファージが本明細書において意味される。

【0078】

細菌属及びそれらの公知の宿主特異的細菌ウイルスの非網羅的なリストを以下の段落に提示する。同義語及び表記揺れは、括弧内に指し示す。同音異義語は、それらが生じる度に繰り返される(例えば、D、D、d)。名前の無いファージは、「NN」により指し示され、横にそれらの属及びそれらの番号を括弧内に与えている。

【0079】

アクチノミセス(Actinomyces)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8及び1281。

【0080】

アエロモナス(Aeromonas)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(syn= 44R)、(syn= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5及びPM6。

【0081】

バチルス(Bacillus)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、FSi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(syn= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MPlO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(syn=ΦSPP1)、SPβ、STI、STi、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、type A、type B、type C、type D、type E、Tφ3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l、φmed-2、φT、φμ-4、φ3T、φ75、φlO5、(syn=φlO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-バチルス(13)、alel、ARl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(syn= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP124、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、gamma、GEl、GF-2、GSi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、ISi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SPlO、SP-15、SP50、(syn= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、type V、type VI、V、Vx、β22、φe、φNR2、φ25、φ63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(B.メガテリウム(B. megaterium))、4(B.スフェリカス(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、φl5、φ29、1-97、837/IV、mi-バチルス(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BSlOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、type F、type G、type IV、HN-BacMus(3)、BLE、(syn=θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27及びBam35。以下のバチルス特異的ファージは欠失している:DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No.IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、SPa、type 1及びμ。

【0082】

バクテロイデス属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:crAss-ファージ、ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、φAl、φBrOl、φBrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-バクテロイデス(3)、Bf42、Bf71、HN-ブデロビブリオ(1)及びBF-41。

【0083】

ボルデテラ(Bordetella)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:134及びNN-ボルデテラ(3)。

【0084】

ボレリア(Borrelia)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:NN-ボレリア(1)及びNN-ボレリア(2)。

【0085】

ブルセラ(Brucella)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:A422、Bk、(syn= Berkeley)、BM29、FOi、(syn= FOl)、(syn= FQl)、D、FP2、(syn= FP2)、(syn= FD2)、Fz、(syn= Fz75/13)、(syn= Firenze 75/13)、(syn= Fi)、Fi、(syn= Fl)、Fim、(syn= FIm)、(syn= Fim)、FiU、(syn= FlU)、(syn= FiU)、F2、(syn= F2)、F3、(syn= F3)、F4、(syn= F4)、F5、(syn= F5)、F6、F7、(syn= F7)、F25、(syn= F25)、(syn=￡25)、F25U、(syn= F25u)、(syn= F25U)、(syn= F25V)、F44、(syn- F44)、F45、(syn= F45)、F48、(syn= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(syn= M85)、P、(syn= D)、S708、R、Tb、(syn= TB)、(syn= Tbilisi)、W、(syn= Wb)、(syn= Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(syn= 10)、(syn= F8)、(syn= F8)、12m、24/11、(syn= 24)、(syn= F9)、(syn= F9)、45/111、(syn= 45)、75、84、212/XV、(syn= 212)、(syn= Fi0)、(syn= FlO)、371/XXIX、(syn= 371)、(syn= Fn)、(syn= Fl l)及び513。

【0086】

バークホルデリア(Burkholderia)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:CP75、NN-バークホルデリア(1)及び42。

【0087】

カンピロバクター(Campylobacter)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:C type、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-カンピロバクター(2)、Vfi-6、(syn= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(syn= Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(syn= V-45)及びNN-カンピロバクター(1)。

【0088】

クラミジア(Chlamydia)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:Chpl。

【0089】

クロストリジウム(Clostridium)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(syn= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(syn= ID)、(syn= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(syn= Naltox+)、PA135Oe、Pfo、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X＼ 2D3(syn= 2Dt0X+)、3C、(syn= 3Ctox+)、4C、(syn= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-クロストリジウム(61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X;Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-クロストリジウム(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5及びNN-クロストリジウム(8)。

【0090】

コリネバクテリウム(Corynebacterium)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:CGKl(欠失)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(syn= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(syn= Ktox")、L、L、(syn= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(syn=βtox+)、βhv64、βvir、γ、(syn=γtoχ-)、γl9、δ、(syn=δ'ox+)、p、(syn= ptoχ-)、Φ9、φ984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498及び5848。

【0091】

エンテロコッカス(Enterococcus)属の細菌は、以下のファージにより感染される:DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-エンテロコッカス(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235及び341。

【0092】

エリシペロスリクス(Erysipelothrix)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:NN-エリシペロスリクス(1)。

【0093】

エシェリキア(Escherichia)属の細菌は、以下のファージにより感染されうる:BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(syn= mu)、(syn= MuI)、(syn= Mu-I)、(syn= MU-I)、(syn= MuI)、(syn=μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(欠失)、Sl、Wφ、φK13、φR73(欠失)、φl、φ2、φ7、φ92、ψ(欠失)、7 A、8φ、9φ、15(欠失)、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(syn= Dd-Vi)、(syn= DDVI)、(syn= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I(syn= OXl)、(syn= HF)、Ox-2(syn= 0x2)、(syn= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(syn= 0X5)、Ox-6、(syn= 66F)、(syn=φ66t)、(syn=φ66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、(syn= TuII*)、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、(syn= ganuTia)、(syn=γ)、(syn= PC)、(syn= P.C.)、(syn= T-2)、(syn= T2)、(syn= P4)、T4、(syn= T-4)、(syn= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(syn= Ac3)、3A、3T+、(syn= 3)、(syn= Ml)、5φ、(syn=φ5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no.A、no.E、no.3、no.9、N4、sd、(syn= Sd)、(syn= SD)、(syn= Sa)3(syn= sd)、(syn= SD)、(syn= CD)、T3、(syn= T-3)、(syn= T3)、T7、(syn= T-7)、(syn= T7)、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、(syn=φW)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(syn=ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(syn=α)、(syn= P28)、(syn= T-I)、(syn= Tx)、T3C、T5、(syn= T-5)、(syn= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(syn= lambda)、(syn=Φλ)、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、(syn=χi)、(syn=φχ)、(syn=φχi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J、933H、O157タイピングファージ1～16、JES-2013、121Q、172-1、1720a-02、ADB-2、AKFV33、av-05、bV_EcoS_AHP42、bV_EcoS_AHP24、bC_EcoS_AHS24、bV_EcoS_AKS96、CBA120。

【0094】

フソバクテリウム属の細菌は、以下のファージにより感染される:NN-フソバクテリウム(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527及びfv8501。

【0095】

ヘモフィルス(Haemophilus)属の細菌は、以下のファージにより感染される:HPl、S2及びN3。

【0096】

ヘリコバクター(Helicobacter)属の細菌は、以下のファージにより感染される:HPl及び^^-ヘリコバクター(1)。

【0097】

クレブシエラ(Klebsiella)属の細菌は、以下のファージにより感染される:AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(syn= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(syn= KIl)、Kl2、(syn= K12)、Kl3、(syn= K13)、(syn= Kl 70/11)、Kl4、(syn= K14)、Kl5、(syn= K15)、Kl6、(syn= K16)、Kl7、(syn= K17)、Kl8、(syn= K18)、Kl19、(syn= K19)、Kl27、(syn= K127)、Kl31、(syn= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(syn= K12B)、Kl25、(syn= K125)、Kl42B、(syn= K142)、(syn= K142B)、Kl181B、(syn= KIl 81)、(syn= K1181B)、Kl765/!、(syn= K1765/1)、Kl842B、(syn= K1832B)、Kl937B、(syn= K1937B)、Ll、φ28、7、231、483、490、632及び864/100。

【0098】

レプトスピラ(Leptospira)属の細菌は、以下のファージにより感染される:LEl、LE3、LE4及び～NN-レプトスピラ(1)。

【0099】

リステリア(Listeria)属の細菌は、以下のファージにより感染される:A511、01761、4211、4286、(syn= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、φMLUP5、(syn= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716及びNN-リステリア(15)。

【0100】

モルガネラ(Morganella)属の細菌は、以下のファージにより感染される:47。

【0101】

マイコバクテリウム(Mycobacterium)属の細菌は、以下のファージにより感染される:13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(syn= GS4E)、GS7、(syn= GS-7)、(syn= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(syn=ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(syn= phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、φ630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(syn= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、Polonus I、Roy、Rl、(syn= Rl-Myb)、(syn= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D及びNN-マイコバクテリウム(1)。

【0102】

ナイセリア(Neisseria)属の細菌は、以下のファージにより感染される:Group I、group II及びNPl。

【0103】

ノカルジア(Nocardia)属の細菌は、以下のファージにより感染される:MNP8、NJ-L、NS-8、N5及びTtiN-ノカルジア。

【0104】

プロテウス(Proteus)属の細菌は、以下のファージにより感染される:Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、φm、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、φχ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8及び24/2514。

【0105】

プロビデンシア(Providencia)属の細菌は、以下のファージにより感染される:PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402及び9213/921 Ia。

【0106】

シュードモナス(Pseudomonas)属の細菌は、以下のファージにより感染される:PfI、(syn= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-シュードモナス(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(syn= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、φBE、φCTX、φC17、φKZ、(syn=ΦKZ)、φ-LT、Φmu78、φNZ、φPLS-1、φST-1、φW-14、φ-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、HN-シュードモナス(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、φBS、ΦKf77、φ-MC、ΦmnF82、φPLS27、φPLS743、φS-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-シュードモナス(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、φC5、φCl l、φCl l-1、φC13、φC15、φMO、φX、φO4、φl l、φ240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、HN-シュードモナス(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、φO3、φO6及び1214。

【0107】

リケッチア(Rickettsia)属の細菌は、以下のファージにより感染される:NN-リケッチア。

【0108】

サルモネラ(Salmonella)属の細菌は、以下のファージにより感染される:b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(syn= 0-1)、(syn= O1)、(syn= O-I)、(syn= 7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(syn= ViI)、9、imサルモネラ(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(syn= P22)、(syn= PLT22)、(syn= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(syn=φl[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、φl、1、2、3a、3al、1010、Ym-サルモネラ(1)、N-4、SasL6及び27。

【0109】

セラチア(Serratia)属の細菌は、以下のファージにより感染される:A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、φCWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359及びSMBl。

【0110】

シゲラ(Shigella)属の細菌は、以下のファージにより感染される:Fsa、(syn= a)、FSD2d、(syn= D2d)、(syn= W2d)、FSD2E、(syn= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(syn= HIV)、SHvi、(syn= HVI)、SHVvm、(syn= HVIII)、SKγ66、(syn= gamma 66)、(syn= yββ)、(syn=γ66b)、SKm、(syn= SIIIb)5(syn= UI)、SKw、(syn= Siva)、(syn= IV)、SIC(商標)、(syn= SIVA.)、(syn= IVA)、SKvi、(syn= KVI)、(syn= Svi)、(syn= VI)、SKvm、(syn= Svm)、(syn= VIII)、SKVΠIA、(syn= SvmA)、(syn= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(syn= D2c)、(syn= D20)、φl、φIVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(syn= FS7)、(syn= K29)、FlO、(syn= FSlO)、(syn= K31)、I1、(syn= alfa)、(syn= FSa)、(syn= Kl 8)、(syn= α)、I2、(syn= a)、(syn= K19)、SG33、(syn= G35)、(syn= SO-35/G)、SG35、(syn= SO-55/G)、SG3201、(syn= SO-3201/G)、SHn、(syn= HII)、SHv、(syn= SHV)、SHx、SHX、SKn、(syn= K2)、(syn= KII)、(syn= Sn)、(syn= SsII)、(syn= II)、SKrv、(syn= Sm)、(syn= SsIV)、(syn= IV)、SK1Va、(syn= Swab)、(syn= SsIVa)、(syn= IVa)、SKV、(syn= K4)、(syn= KV)、(syn= SV)、(syn= SsV)、(syn= V)、SKx、(syn= K9)、(syn= KX)、(syn= SX)、(syn= SsX)、(syn= X)、STV、(syn= T35)、(syn= 35-50-R)、STvm、(syn= T8345)、(syn= 8345-SO-S-R)、W1、(syn= D8)、(syn= FSD8)、W2a、(syn= D2A)、(syn= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(syn= Fl)、SF6、(syn= F6)、SG42、(syn= SO-42/G)、SG3203、(syn= SO-3203/G)、SKF12、(syn= SsF12)、(syn= F12)、(syn= F12)、STn、(syn= 1881-SO-R)、γ66、(syn= gamma 66a)、(syn= Ssγ66)、φ2、BIl、DDVII、(syn= DD7)、FSD2b、(syn= W2B)、FS2、(syn= F2)、(syn= F2)、FS4、(syn= F4)、(syn= F4)、FS5、(syn= F5)、(syn= F5)、FS9、(syn= F9)、(syn= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(syn= SO-36/G)、(syn= G36)、SG3204、(syn= SO-3204/G)、SG3244、(syn= SO-3244/G)、SHi、(syn= HI)、SHvπ、(syn= HVII)、SHK、(syn= HIX)、SHx1、SHxπ、(syn= HXn)、SKI、KI、(syn= S1)、(syn= SsI)、SKVII、(syn= KVII)、(syn= Svπ)、(syn= SsVII)、SKIX、(syn= KIX)、(syn= S1x)、(syn= SsIX)、SKXII、(syn= KXII)、(syn= Sxn)、(syn= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、φ3、φ5、φ7、φ8、φ9、φlO、φl l、φl3、φl4、φl8、SHm、(syn= Hπi)、SHχi、(syn= HXt)及びSKxI、(syn= KXI)、(syn= Sχi)、(syn= SsXI)、(syn= XI)。

【0111】

スタフィロコッカス(Staphylococcus)属の細菌は、以下のファージにより感染される:A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(syn= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、φ812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(syn=stcl)、STC2、(syn=stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、φB5-2、φD、ω、11、(syn= φl l)、(syn= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(syn= P42D)、44A、48、51、52、52A、(syn= P52A)、52B、53、55、69、71、(syn= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、φRE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A5 47C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460及びmS-スタフィロコッカス(1)。

【0112】

ストレプトコッカス属の細菌は、以下のファージにより感染される:EJ-I、NN-ストレプトコッカス(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(syn= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、φO1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(syn= SFiI l)、(syn= φSFill)、(syn= ΦSfil l)、(syn= φSfil l)、sfil9、(syn= SFil9)、(syn= φSFil9)、(syn= φSfil9)、Sfi21、(syn= SFi21)、(syn= φSFi21)、(syn= φSfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(syn= φS3)、s265、Φ17、φ42、Φ57、φ80、φ81、φ82、φ83、φ84、φ85、φ86、φ87、φ88、φ89、φ90、φ91、φ92、φ93、φ94、φ95、φ96、φ97、φ98、φ99、φlOO、φlOl、φlO2、φ227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、337/ST17及びmストレプトコッカス(34)。

【0113】

トレポネーマ(Treponema)属の細菌は、以下のファージにより感染される:NN-トレポネーマ(1)。

【0114】

ビブリオ(Vibrio)属の細菌は、以下のファージにより感染される:CTXΦ、fs、(syn= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、kappa、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(syn= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(syn= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、φVP143、φVP253、Φ16、φl38、1-II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(syn= group II)、(syn==φ2)、V、VIII、～m-ビブリオ(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、S、T、φ92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I(syn= group I)、III(syn= group III)、VI、(syn= A-Saratov)、VII、IX、X、HN-ビブリオ(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(syn=φl49)、IV、(syn= group IV)、NN-ビブリオ(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B及びHN-ビブリオ(7)。

【0115】

エルシニア(Yersinia)属の細菌は、以下のファージにより感染される:H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas 303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、φYerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176及びYer2AT。

【0116】

特定の実施形態において、第1のタイプのバクテリオファージは、上記に列記されるバクテリオファージからなる群から選択され、第2のタイプのバクテリオファージは、上記に列記されるバクテリオファージからなる群から選択され、前記第2のタイプのバクテリオファージは、第1のタイプのバクテリオファージとは異なるタイプのバクテリオファージである。

【0117】

特定の実施形態において、第1及び/又は第2のタイプのバクテリオファージは、サルモネラウイルスSKML39、シゲラウイルスAG3、ディッケヤウイルスLimestone、ディッケヤウイルスRC2014、エシェリキアウイルスCBA120、エシェリキアウイルスPhaxI、サルモネラウイルス38、サルモネラウイルスDet7、サルモネラウイルスGG32、サルモネラウイルスPM10、サルモネラウイルスSFP10、サルモネラウイルスSH19、サルモネラウイルスSJ3、エシェリキアウイルスECML4、サルモネラウイルスMarshall、サルモネラウイルスMaynard、サルモネラウイルスSJ2、サルモネラウイルスSTML131、サルモネラウイルスViI、エルウィニアウイルスEa2809、クレブシエラウイルス0507KN21、セラチアウイルスIME250、セラチアウイルスMAM1、カンピロバクターウイルスCP21、カンピロバクターウイルスCP220、カンピロバクターウイルスCPt10、カンピロバクターウイルスIBB35、カンピロバクターウイルスCP81、カンピロバクターウイルスCP30A、カンピロバクターウイルスCPX、カンピロバクターウイルスNCTC12673、エルウィニアウイルスEa214、エルウィニアウイルスM7、エシェリキアウイルスAYO145A、エシェリキアウイルスEC6、エシェリキアウイルスHY02、エシェリキアウイルスJH2、エシェリキアウイルスTP1、エシェリキアウイルスVpaE1、エシェリキアウイルスwV8、サルモネラウイルスFelixO1、サルモネラウイルスHB2014、サルモネラウイルスMushroom、サルモネラウイルスUAB87、シトロバクターウイルスMoogle、シトロバクターウイルスMordin、エシェリキアウイルスSUSP1、エシェリキアウイルスSUSP2、アエロモナスウイルスphiO18P、ヘモフィルスウイルスHP1、ヘモフィルスウイルスHP2、パスツレラウイルスF108、ビブリオウイルスK139、ビブリオウイルスKappa、バークホルデリアウイルスphi52237、バークホルデリアウイルスphiE122、バークホルデリアウイルスphiE202、エシェリキアウイルス186、エシェリキアウイルスP4、エシェリキアウイルスP2、エシェリキアウイルスWphi、マンヘミアウイルスPHL101、シュードモナスウイルスphiCTX、ラルストニアウイルスRSA1、サルモネラウイルスFels2、サルモネラウイルスPsP3、サルモネラウイルスSopEphi、エルシニアウイルスL413C、スタフィロコッカスウイルスG1、スタフィロコッカスウイルスG15、スタフィロコッカスウイルスJD7、スタフィロコッカスウイルスK、スタフィロコッカスウイルスMCE2014、スタフィロコッカスウイルスP108、スタフィロコッカスウイルスRodi、スタフィロコッカスウイルスS253、スタフィロコッカスウイルスS25-4、スタフィロコッカスウイルスSA12、リステリアウイルスA511、リステリアウイルスP100、スタフィロコッカスウイルスRemus、スタフィロコッカスウイルスSA11、スタフィロコッカスウイルスStau2、バチルスウイルスCamphawk、バチルスウイルスSPO1、バチルスウイルスBCP78、バチルスウイルスTsarBomba、スタフィロコッカスウイルスTwort、エンテロコッカスウイルスphiEC24C、ラクトバチルスウイルスLb338-1、ラクトバチルスウイルスLP65、エンテロバクターウイルスPG7、エシェリキアウイルスCC31、クレブシエラウイルスJD18、クレブシエラウイルスPKO111、エシェリキアウイルスBp7、エシェリキアウイルスIME08、エシェリキアウイルスJS10、エシェリキアウイルスJS98、エシェリキアウイルスQL01、エシェリキアウイルスVR5、エンテロバクターウイルスEap3、クレブシエラウイルスKP15、クレブシエラウイルスKP27、クレブシエラウイルスMatisse、クレブシエラウイルスMiro、シトロバクターウイルスMerlin、シトロバクターウイルスMoon、エシェリキアウイルスJSE、エシェリキアウイルスphi1、エシェリキアウイルスRB49、エシェリキアウイルスHX01、エシェリキアウイルスJS09、エシェリキアウイルスRB69、シゲラウイルスUTAM、サルモネラウイルスS16、サルモネラウイルスSTML198、ビブリオウイルスKVP40、ビブリオウイルスnt1、ビブリオウイルスValKK3、エシェリキアウイルスVR7、エシェリキアウイルスVR20、エシェリキアウイルスVR25、エシェリキアウイルスVR26、シゲラウイルスSP18、エシェリキアウイルスAR1、エシェリキアウイルスC40、エシェリキアウイルスE112、エシェリキアウイルスECML134、エシェリキアウイルスHY01、エシェリキアウイルスIme09、エシェリキアウイルスRB3、エシェリキアウイルスRB14、エシェリキアウイルスT4、シゲラウイルスPss1、シゲラウイルスShfl2、エルシニアウイルスD1、エルシニアウイルスPST、アシネトバクターウイルス133、アエロモナスウイルス65、アエロモナスウイルスAeh1、エシェリキアウイルスRB16、エシェリキアウイルスRB32、エシェリキアウイルスRB43、シュードモナスウイルス42、クロノバクターウイルスCR3、クロノバクターウイルスCR8、クロノバクターウイルスCR9、クロノバクターウイルスPBES02、ペクトバクテリウムウイルスphiTE、クロノバクターウイルスGAP31、エシェリキアウイルス4MG、サルモネラウイルスSE1、サルモネラウイルスSSE121、エシェリキアウイルスFFH2、エシェリキアウイルスFV3、エシェリキアウイルスJES2013、エシェリキアウイルスV5、ブレビバチルスウイルスAbouo、ブレビバチルスウイルスDavies、バチルスウイルスAgate、バチルスウイルスBobb、バチルスウイルスBp8pC、エルウィニアウイルスDeimos、エルウィニアウイルスEa35-70、エルウィニアウイルスRAY、エルウィニアウイルスSimmy50、エルウィニアウイルスSpecialG、アシネトバクターウイルスAB1、アシネトバクターウイルスAB2、アシネトバクターウイルスAbC62、アシネトバクターウイルスAP22、アルスロバクターウイルスArV1、アルスロバクターウイルスTrina、バチルスウイルスAvesoBmore、バチルスウイルスB4、バチルスウイルスBigbertha、バチルスウイルスRiley、バチルスウイルスSpock、バチルスウイルスTroll、バチルスウイルスBastille、バチルスウイルスCAM003、バチルスウイルスBc431、バチルスウイルスBcp1、バチルスウイルスBCP82、バチルスウイルスBM15、バチルスウイルスDeepblue、バチルスウイルスJBP901、バークホルデリアウイルスBcep1、バークホルデリアウイルスBcep43、バークホルデリアウイルスBcep781、バークホルデリアウイルスBcepNY3、キサントモナスウイルスOP2、バークホルデリアウイルスBcepMu、バークホルデリアウイルスphiE255、アエロモナスウイルス44RR2、マイコバクテリウムウイルスAlice、マイコバクテリウムウイルスBxz1、マイコバクテリウムウイルスDandelion、マイコバクテリウムウイルスHyRo、マイコバクテリウムウイルスI3、マイコバクテリウムウイルスNappy、マイコバクテリウムウイルスSebata、クロストリジウムウイルスphiC2、クロストリジウムウイルスphiCD27、クロストリジウムウイルスphiCD119、バチルスウイルスCP51、バチルスウイルスJL、バチルスウイルスShanette、エシェリキアウイルスCVM10、エシェリキアウイルスep3、エルウィニアウイルスAsesino、エルウィニアウイルスEaH2、シュードモナスウイルスEL、ハロモナスウイルスHAP1、ビブリオウイルスVP882、ブレビバチルスウイルスJimmer、ブレビバチルスウイルスOsiris、シュードモナスウイルスAb03、シュードモナスウイルスKPP10、シュードモナスウイルスPAKP3、シノリゾビウムウイルスM7、シノリゾビウムウイルスM12、シノリゾビウムウイルスN3、エルウィニアウイルスMachina、アルスロバクターウイルスBrent、アルスロバクターウイルスJawnski、アルスロバクターウイルスMartha、アルスロバクターウイルスSonny、エドワージエラウイルスMSW3、エドワージエラウイルスPEi21、エシェリキアウイルスMu、シゲラウイルスSfMu、ハロバクテリウムウイルスphiH、バチルスウイルスGrass、バチルスウイルスNIT1、バチルスウイルスSPG24、アエロモナスウイルス43、エシェリキアウイルスP1、シュードモナスウイルスCAb1、シュードモナスウイルスCAb02、シュードモナスウイルスJG004、シュードモナスウイルスPAKP1、シュードモナスウイルスPAKP4、シュードモナスウイルスPaP1、バークホルデリアウイルスBcepF1、シュードモナスウイルス141、シュードモナスウイルスAb28、シュードモナスウイルスDL60、シュードモナスウイルスDL68、シュードモナスウイルスF8、シュードモナスウイルスJG024、シュードモナスウイルスKPP12、シュードモナスウイルスLBL3、シュードモナスウイルスLMA2、シュードモナスウイルスPB1、シュードモナスウイルスSN、シュードモナスウイルスPA7、シュードモナスウイルスphiKZ、リゾビウムウイルスRHEph4、ラルストニアウイルスRSF1、ラルストニアウイルスRSL2、ラルストニアウイルスRSL1、アエロモナスウイルス25、アエロモナスウイルス31、アエロモナスウイルスAes12、アエロモナスウイルスAes508、アエロモナスウイルスAS4、ステノトロホモナスウイルスIME13、スタフィロコッカスウイルスIPLAC1C、スタフィロコッカスウイルスSEP1、サルモネラウイルスSPN3US、バチルスウイルス1、ゲオバチルスウイルスGBSV1、エルシニアウイルスR1RT、エルシニアウイルスTG1、バチルスウイルスG、バチルスウイルスPBS1、ミクロシスティスウイルスMa-LMM01、ビブリオウイルスMAR、ビブリオウイルスVHML、ビブリオウイルスVP585、バチルスウイルスBPS13、バチルスウイルスHakuna、バチルスウイルスMegatron、バチルスウイルスWPh、アシネトバクターウイルスAB3、アシネトバクターウイルスAbp1、アシネトバクターウイルスFri1、アシネトバクターウイルスIME200、アシネトバクターウイルスPD6A3、アシネトバクターウイルスPDAB9、アシネトバクターウイルスphiAB1、エシェリキアウイルスK30、クレブシエラウイルスK5、クレブシエラウイルスK11、クレブシエラウイルスKp1、クレブシエラウイルスKP32、クレブシエラウイルスKpV289、クレブシエラウイルスF19、クレブシエラウイルスK244、クレブシエラウイルスKp2、クレブシエラウイルスKP34、クレブシエラウイルスKpV41、クレブシエラウイルスKpV71、クレブシエラウイルスKpV475、クレブシエラウイルスSU503、クレブシエラウイルスSU552A、パンテアウイルスLimelight、パンテアウイルスLimezero、シュードモナスウイルスLKA1、シュードモナスウイルスphiKMV、キサントモナスウイルスf20、キサントモナスウイルスf30、キシレラウイルスPrado、エルウィニアウイルスEra103、エシェリキアウイルスK5、エシェリキアウイルスK1-5、エシェリキアウイルスK1E、サルモネラウイルスSP6、エシェリキアウイルスT7、クライベラウイルスKvp1、シュードモナスウイルスgh1、プロクロロコッカスウイルスPSSP7、シネココッカスウイルスP60、シネココッカスウイルスSyn5、ストレプトコッカスウイルスCp1、ストレプトコッカスウイルスCp7、スタフィロコッカスウイルス44AHJD、ストレプトコッカスウイルスC1、バチルスウイルスB103、バチルスウイルスGA1、バチルスウイルスphi29、クルチアウイルス6、アクチノミセスウイルスAv1、マイコプラズマウイルスP1、エシェリキアウイルス24B、エシェリキアウイルス933W、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルスPA28、エシェリキアウイルスStx2 II、シゲラウイルス7502Stx、シゲラウイルスPOCJ13、エシェリキアウイルス191、エシェリキアウイルスPA2、エシェリキアウイルスTL2011、シゲラウイルスVASD、バークホルデリアウイルスBcep22、バークホルデリアウイルスBcepil02、バークホルデリアウイルスBcepmigl、バークホルデリアウイルスDC1、ボルデテラウイルスBPP1、バークホルデリアウイルスBcepC6B、セルノファーガウイルスCba41、セルノファーガウイルスCba172、ディノロセオバクターウイルスDFL12、エルウィニアウイルスEa9-2、エルウィニアウイルスFrozen、エシェリキアウイルスphiV10、サルモネラウイルスEpsilon15、サルモネラウイルスSPN1S、シュードモナスウイルスF116、シュードモナスウイルスH66、エシェリキアウイルスAPEC5、エシェリキアウイルスAPEC7、エシェリキアウイルスBp4、エシェリキアウイルスEC1UPM、エシェリキアウイルスECBP1、エシェリキアウイルスG7C、エシェリキアウイルスIME11、シゲラウイルスSb1、アクロモバクターウイルスAxp3、アクロモバクターウイルスJWAlpha、エドワージエラウイルスKF1、シュードモナスウイルスKPP25、シュードモナスウイルスR18、シュードモ
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イルスM6、シュードモナスウイルスMP1412、シュードモナスウイルスPAE1、シュードモナスウイルスYua、シュードアルテロモナスウイルスPM2、シュードモナスウイルスphi6、シュードモナスウイルスphi8、シュードモナスウイルスphi12、シュードモナスウイルスphi13、シュードモナスウイルスphi2954、シュードモナスウイルスphiNN、シュードモナスウイルスphiYY、ビブリオウイルスfs1、ビブリオウイルスVGJ、ラルストニアウイルスRS603、ラルストニアウイルスRSM1、ラルストニアウイルスRSM3、エシェリキアウイルスM13、エシェリキアウイルスI22、サルモネラウイルスIKe、アコレプラズマウイルスL51、ビブリオウイルスfs2、ビブリオウイルスVFJ、エシェリキアウイルスIf1、プロピオニバクテリウムウイルスB5、シュードモナスウイルスPf1、シュードモナスウイルスPf3、ラルストニアウイルスPE226、ラルストニアウイルスRSS1、スピロプラズマウイルスSVTS2、ステノトロホモナスウイルスPSH1、ステノトロホモナスウイルスSMA6、ステノトロホモナスウイルスSMA7、ステノトロホモナスウイルスSMA9、ビブリオウイルスCTXphi、ビブリオウイルスKSF1、ビブリオウイルスVCY、ビブリオウイルスVf33、ビブリオウイルスVfO3K6、キサントモナスウイルスCf1c、スピロプラズマウイルスC74、スピロプラズマウイルスR8A2B、スピロプラズマウイルスSkV1CR23x、エシェリキアウイルスFI、エシェリキアウイルスQbeta、エシェリキアウイルスBZ13、エシェリキアウイルスMS2、エシェリキアウイルスalpha3、エシェリキアウイルスID21、エシェリキアウイルスID32、エシェリキアウイルスID62、エシェリキアウイルスNC28、エシェリキアウイルスNC29、エシェリキアウイルスNC35、エシェリキアウイルスphiK、エシェリキアウイルスSt1、エシェリキアウイルスWA45、エシェリキアウイルスG4、エシェリキアウイルスID52、エシェリキアウイルスTalmos、エシェリキアウイルスphiX174、ブデロビブリオウイルスMAC1、ブデロビブリオウイルスMH2K、クラミジアウイルスChp1、クラミジアウイルスChp2、クラミジアウイルスCPAR39、クラミジアウイルスCPG1、スピロプラズマウイルスSpV4、アコレプラズマウイルスL2、シュードモナスウイルスPR4、シュードモナスウイルスPRD1、バチルスウイルスAP50、バチルスウイルスBam35、バチルスウイルスGIL16、バチルスウイルスWip1、エシェリキアウイルスphi80、エシェリキアウイルスRB42、エシェリキアウイルスT2、エシェリキアウイルスT3、エシェリキアウイルスT6、エシェリキアウイルスVT2-Sa、エシェリキアウイルスVT1-Sakai、エシェリキアウイルスVT2-Sakai、エシェリキアウイルスCP-933V、エシェリキアウイルスP27、エシェリキアウイルスStx2phi-I、エシェリキアウイルスStx1phi、エシェリキアウイルスStx2phi-II、エシェリキアウイルスCP-1639、エシェリキアウイルスBP-4795、エシェリキアウイルス86、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルス2851、エシェリキアウイルス1717、エシェリキアウイルスYYZ-2008、エシェリキアウイルスEC026_P06、エシェリキアウイルスECO103_P15、エシェリキアウイルスECO103_P12、エシェリキアウイルスECO111_P16、エシェリキアウイルスECO111_P11、エシェリキアウイルスVT2phi_272、エシェリキアウイルスTL-2011c、エシェリキアウイルスP13374、エシェリキアウイルスSp5からなる群において選択され;第1のバクテリオファージは第2のバクテリオファージとは異なる。

【0118】

1つの実施形態において、第1のバクテリオファージは、BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、Wφ、φK13、φl、φ2、φ7、φ92、7 A、8φ、9φ、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、TuIP-24、TuII^*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5φ、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933Hからなる群において選択される。

【0119】

特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージはプロファージである。

【0120】

別の特定の実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージは、溶原バクテリオファージ、繊維状ファージ、又は偽溶原性ファージである。

【0121】

「溶原バクテリオファージ」(temperate bacteriophage)又は「溶原性バクテリオファージ」(lysogenic bacteriophage)により、細菌又は古細菌に感染し、株のゲノム中に且つ/又はエピソームとして安定的に維持可能であり、それらの溶原性状態において、ビリオンを産生することなく、細胞と共に複製するバクテリオファージが本明細書において意味される。上記に列記されるバクテリオファージ中のいずれのバクテリオファージが溶原ファージであるのかは当業者に周知である。

【0122】

「繊維状ファージ」により、長タンパク質カプシドシリンダーにより包まれた一本鎖DNAゲノムを有することにより特徴付けられるバクテリオファージが本明細書において意味される。典型的には、繊維状ファージにより感染された細菌は、ファージのライフサイクル及び複製の間に溶菌されず、むしろ増殖速度の低減を経験する。上記に列記されるバクテリオファージ中のいずれのバクテリオファージが繊維状ファージであるのかは当業者に周知である。

【0123】

「偽溶原性ファージ」により、(溶菌発生におけるような)ファージゲノムの倍加を伴わず、ウイルスゲノムの分解なしに進行し、そのため引き続いてのウイルス発生の再開を可能とする、(溶原化におけるような)細胞株における細胞周期及び安定な維持と同調した複製を伴わない、宿主細胞中で発生が止まったステージにあるバクテリオファージが本明細書において意味される。

【0124】

好ましい実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージはK.ニューモニエプロファージである。別の好ましい実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージはC.アクネスバクテリオファージである。

【0125】

好ましい実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージはラムダバクテリオファージである。別の好ましい実施形態において、前記第2のタイプのバクテリオファージはP.フロイデンライヒバクテリオファージである。

【0126】

好ましい実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージはK.ニューモニエプロファージであり、且つ前記第2のタイプのバクテリオファージはラムダバクテリオファージである。別の好ましい実施形態において、前記第1のタイプのバクテリオファージはC.アクネスバクテリオファージであり、且つ前記第2のタイプのバクテリオファージはP.フロイデンライヒバクテリオファージである。

【0127】

追加の細菌遺伝子
当業者に周知のように、一部のファージは、それらの構造エレメントのフォールディング及び/若しくはアセンブリーのために、並びに/又はそれらのDNAの適正なパッケージングのために、それらの細菌宿主により産生される産物を使用する。

【0128】

したがって、特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、ファージ構造エレメントのフォールディング及び/若しくはアセンブリーに関与する、且つ/又はDNAパッケージングに関与する、第1のタイプのバクテリオファージの由来となる細菌種又は株に由来する、少なくとも1つの細菌遺伝子を更に含む。

【0129】

当業者により理解されるように、ファージ構造エレメントのフォールディング及び/又はアセンブリーに関与する細菌遺伝子は、前記ファージ構造エレメントが得られる特定のバクテリオファージに依存する。それらは、シャペロンをコードする細菌遺伝子を典型的には含む。

【0130】

同様に、ファージDNAパッケージングに関与する細菌遺伝子は、ファージDNAパッケージング遺伝子が得られる特定のバクテリオファージに依存する。そのような細菌遺伝子の例は、IHFタンパク質をコードする遺伝子を含む。

【0131】

ペイロード
特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記ファージ粒子又はファージ由来送達媒体中にパッケージングされるペイロードを更に含む。

【0132】

本明細書において使用される場合、用語「ペイロード」は、送達媒体を用いて細菌中に移入される任意の核酸配列(DNA及び/若しくはRNA)若しくはアミノ酸配列、又は両方の組合せ(例えば、限定はされないが、ペプチド核酸若しくはペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート)を指す。特定の実施形態において、ペイロードは、核酸ペイロード、より詳細にはDNA及び/又はRNAペイロード、いっそう詳細にはDNAペイロードである。

【0133】

用語「ペイロード」はまた、プラスミド、ベクター又はカーゴを指すことがある。

【0134】

ペイロードは、天然の、進化させた又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドでありうる。ペイロードはまた、天然の、進化させた又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドから部分的にのみ構成されうる。

【0135】

本明細書において使用される場合、用語「ファージミド」又は「ファスミド」は同等であり、バクテリオファージゲノムの少なくとも1つの配列を含む組換えDNAベクターを指し、そしてまた、カプシド中のパッケージングを可能にすることができ、好ましくは、子孫を産生することができず、より詳細には、プラスミド及びバクテリオファージゲノムの両方に由来するベクターである。本開示のファージミドは、ファージパッケージング部位並びに任意選択的に複製起点(ori)、特に細菌及び/又はファージ複製起点を含む。1つの実施形態において、ファージミドは、複製起点を含まず、そのため、細菌に注入されるとそれ自体では複製することができない。代替的に、ファージミドは、プラスミド複製起点、特に細菌及び/又はファージ複製起点を含む。

【0136】

特定の実施形態において、前記ペイロードは、パッケージングされたファージミドの形態でパッケージングされる。

【0137】

本明細書において使用される場合、用語「パッケージングされたファージミド」は、バクテリオファージスカフォールド、ファージ由来送達粒子又はカプシド中に被包されたファージミドを指す。特に、それは、バクテリオファージゲノムを欠いているバクテリオファージスカフォールド、ファージ送達粒子又はカプシドを指す。パッケージングされたファージミドは、当業者に周知の、ヘルパーファージ戦略を用いて産生されてもよい。ヘルパーファージは、本発明によるファージミドが被包されるために不可欠である構造的及び機能的タンパク質をコードする全ての遺伝子を典型的には含む。

【0138】

特定の実施形態において、前記ペイロードは、以下において定義されている、標的化された細菌細胞中に送達される。

【0139】

より詳細な実施形態において、前記ペイロードは、前記標的化された細菌細胞中で安定的に維持される。代替的な実施形態において、前記ペイロードは、前記標的化された細菌細胞中で複製しない。

【0140】

プロモーターの制御下にある対象とする配列
特定の実施形態において、ペイロードは、特にプロモーターの制御下にある、対象とする配列を含む。

【0141】

当業者に公知であるように、プロモーターは、RNAポリメラーゼに対するその親和性に従って強い又は弱いとして分類されうる。プロモーターの強度は、転写の開始がそのプロモーターにおいて高い又は低い頻度で起こるかどうかに依存しうる。異なる強度を有する異なるプロモーターが本発明において使用されてもよく、遺伝子/タンパク質発現の異なるレベルに繋がりうる(例えば、弱いプロモーターを起点とするmRNAから開始される発現のレベルは、強いプロモーターから開始される発現のレベルよりも低い)。

【0142】

プロモーター配列は、様々な細菌種により発現される多数の公知の細菌遺伝子から選択されてもよいことが当業者により理解される。また、原核プロモーター予測の方法が存在し、それは、Kanhere及びBansal (BMC Bioinformatics 2005、6:1)に記載されるようにDNA安定性分析に基づきうる。本発明の文脈において使用されるペイロードに関するプロモーターの選択はそのため、標的化するべき細菌に基づいて為されうる。

【0143】

一部の実施形態において、対象とする核酸は、組換え又は異種プロモーターの制御下に配置されてもよく、組換え又は異種プロモーターは、天然の環境において対象とする核酸と通常は関連付けられていないプロモーターを指す。

【0144】

本発明による使用のための細菌プロモーターの例は、限定はされないが、正に調節されるE.コリプロモーター、例えば正に調節されるσ70プロモーター(例えば、誘導性pBad/araCプロモーター、Luxカセット右プロモーター、改変型ラムダPrmプロモーター、plac Or2-62(正)、追加のREN部位を有するpBad/AraC、pBad、P(Las)TetO、P(Las)CIO、P(Rhl)、Pu、FecA、pRE、cadC、hns、pLas、pLux)、「s」プロモーター(例えば、Pdps)、σ 32プロモーター(例えば、熱ショック)及びσ 54プロモーター(例えば、glnAp2);負に調節されるE.コリプロモーター、例えば負に調節されるσ 70プロモーター(例えば、プロモーター(PRM+)、改変型ラムダPrmプロモーター、TetR - TetR-4C P(Las)TetO、P(Las)CIO、P(Lac)IQ、RecA_DlexO_DLac01、dapAp、FecA、Pspac-hy、pel、plux-cl、plux-lac、CinR、CinL、グルコース制御型、改変型Pr、改変型Prm+、FecA、Pcya、rec A(SOS)、Rec A(SOS)、EmrR_調節型、Betl_調節型、pLac_lux、pTet_Lac、pLac/Mnt、pTet/Mnt、LsrA/cI、pLux/cI、Lacl、LacIQ、pLacIQl、pLas/cI、pLas/Lux、pLux/Las、LexA結合性部位を有するpRecA、リバースBBa_R0011、pLacI/ara-1、pLacIq、rrnB PI、cadC、hns、PfhuA、pBad/araC、nhaA、OmpF、RcnR)、σSプロモーター(例えば、選択的なシグマ因子σ 38を有するLutz-Bujard LacO)、σ32プロモーター(例えば、選択的なシグマ因子σ 32を有するLutz-Bujard LacO)、σ54プロモーター(例えば、glnAp2);負に調節されるB.スブチリスプロモーター、例えば抑制性B.スブチリスσAプロモーター(例えば、グラム陽性IPTG誘導性、Xyl、hyper-spank)、σプロモーター、及び、Mutalik VKら(Nature Methods、2013、10: 354～360頁;特に補足データを参照)の他にBioFABウェブサイト(http://biofab.synberc.org/data)において開示されるBioFABプロモーターを含む。他の誘導性微小生物プロモーター及び/又は細菌プロモーターが本発明に従って使用されてもよい。本開示による使用のための誘導性プロモーターは、1つ又は複数の生理学的条件、例えばpH、温度、放射線、浸透圧、食塩水勾配、細胞表面結合、及び1つ又は複数の外因性又は内因性誘導剤の濃度における変化により誘導(又は抑制)されてもよい。外因性誘導因子又は誘導剤は、限定はされないが、アミノ酸及びアミノ酸アナログ、糖及び多糖、核酸、タンパク質転写アクティベーター及びリプレッサー、サイトカイン、毒素、石油ベース化合物、金属含有化合物、塩、イオン、酵素基質アナログ、ホルモン又はこれらの組合せを含んでもよい。

【0145】

本発明による使用のための特に好ましい細菌プロモーターは、σ70により調節される構成的プロモーター、例えばAnderson collection (http://parts.igem.org/Promoters/Catalog/Anderson)のプロモーター:BBa_J23100、BBa_J23101、BBa_J23102、BBa_J23103、BBa_J23104、BBa_J23105、BBa_J23106、BBa_J23107、BBa_J23108、BBa_J23109、BBa_J23110、BBa_J23111、BBa_J23112、BBa_J23113、BBa_J23114、BBa_J23115、BBa_J23116、BBa_J23117、BBa_J23118、及びBBa_J23119から選択されてもよい。

【0146】

他の好ましい細菌プロモーターは、特にTetR、IcaR(A)、AmtR、BetI、SrpR、Orf2、BM3R1、ButR、PhlF、PsrA、HlyIIR、AmeR、LmrA、QacR、ScbR、McbR、LitR、HapR、SmcR、TarA及びこれらのバリアントを含む、Stantonら、(2014) Nat. Chem. Biol. 10:99～105頁(参照により本明細書に組み込まれる)において開示されるプロモーターである。特定の実施形態において、前記プロモーターは、SrpR及び/若しくはPhlF、又はこれらのバリアントである。

【0147】

本発明の一部の実施形態において、プロモーターは、「エンハンサー」と組み合わせて使用されてもよく、又はそうでなくてもよく、エンハンサーは、プロモーターの下流の核酸配列の転写活性化に関与するシス作用性調節配列を指す。エンハンサーは、プロモーターの前又は後の任意の機能的な位置において位置してもよい。

【0148】

一部の実施形態において、ペイロードは、ターミネーター配列、又はターミネーターを含んでもよい。「ターミネーター」は、本明細書において使用される場合、転写の停止を引き起こす核酸配列である。ターミネーターは一方向性又は二方向性であってもよい。それは、RNAポリメラーゼによるRNA転写物の特有の終結に関与するDNA配列からなる。ターミネーター配列は、上流プロモーターによる下流核酸配列の転写活性化を予防する。そのため、ある特定の実施形態において、RNA転写物の産生を終了させるターミネーターが想定される。ターミネーターは、in vivoで望ましい遺伝子/タンパク質発現レベルを達成するために必要でありうる。

【0149】

最も一般的に使用されるタイプのターミネーターはフォワードターミネーターである。通常は転写される対象とする核酸の下流に置かれた場合に、フォワード転写ターミネーターは転写の中断を引き起こす。一部の実施形態において、二方向性転写ターミネーターが提供され、これは、通常、フォワード鎖及びリバース鎖の両方において転写の終結を引き起こす。一部の実施形態において、リバース転写ターミネーターが提供され、これは、通常、リバース鎖のみにおいて転写を終結させる。原核システムにおいて、ターミネーターは、通常、2つのカテゴリー:(1)rho非依存性ターミネーター及び(2)rho依存性ターミネーターに入る。rho非依存性ターミネーターは、G-C塩基対に富んだステムループを形成するパリンドローム配列、続いてウラシル塩基のストリングから一般に構成される。

【0150】

本発明による使用のためのターミネーターは、本明細書に記載されるか又は当業者に公知の任意の転写のターミネーターを含む。ターミネーターの例は、限定はされないが、遺伝子の終結配列、例えば、ウシ成長ホルモンターミネーター等、並びにウイルス終結配列、例えば、細菌システムにおいて見出されるTOターミネーター、TEターミネーター、ラムダTl及びT1T2ターミネーターを含む。一部の実施形態において、終結シグナルは、転写も翻訳もされえない配列、例えば配列切断の結果としてもたらされるものであってもよい。

【0151】

本発明による使用のためのターミネーターはまた、Chen YJら(2013、Nature Methods、10: 659～664頁)において開示されるターミネーター、及びCambray Gら(Nucl Acids Res、2013、41(9): 5139～5148頁)において開示されるBioFABターミネーターを含む。

【0152】

1つの実施形態において、対象とする配列は、標的化された細菌に送達されるプログラマブルヌクレアーゼ回路である。このプログラマブルヌクレアーゼ回路は、対象とする標的遺伝子(例えば、ヒトに対して有害な遺伝子)を含有する細菌のin vivoでの配列特異的な排除を媒介することが可能でありうる。本開示の一部の実施形態は、ストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)のType II CRISPR-Cas(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-associated)システムの操作型バリアントに関する。使用されうる他のプログラマブルヌクレアーゼは、他のCRISPR-Casシステム、操作型TALEN(Transcription Activator-Like Effector Nuclease)バリアント、操作型ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然型、進化型又は操作型メガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼバリアント、及びプログラマブルヌクレアーゼの任意の組合せ又はハイブリッドを含む。そのため、本明細書において提供される操作された自律的に分配される回路は、対象とする遺伝子、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子又は調節遺伝子等をコードするDNAを選択的に切断するために使用されてもよい(国際公開第2014124226号及び米国特許出願公開第2015/0064138号を参照)。

【0153】

好ましくはプログラマブルな、対象とする他の配列が、標的化された細菌に送達されるようにペイロードに付加されうる。好ましくは、ペイロードに付加された対象とする配列は、標的化された細菌の細胞死に繋がる。例えば、ペイロードに付加された対象とする核酸配列は、標的化された細菌に影響するホリン、エンドリシン、制限酵素又は毒素をコードしてもよい。

【0154】

代替的に、ペイロードに付加された対象とする配列は、標的化された細菌の死に繋がらない。例えば、対象とする配列は、発光又は蛍光シグナルに繋がるレポーター遺伝子をコードしてもよい。代替的に、対象とする配列は、有用な機能、例えば、標的化された細菌の代謝、その環境の組成の改変又は宿主対象への影響を達成するタンパク質及び酵素を含んでもよい。より具体的には、対象とする配列は、宿主対象の免疫応答を誘発する抗原でありうる。特有の抗原は、標的細胞の溶解の誘導後に環境中に放出され得るか、又は標的細胞により分泌されうる。(Costaら、Nat Rev Microbiol. 2015 Jun;13(6):343～59頁; Anneら、Curr Top Microbiol Immunol. 2017;404:267～308頁)

【0155】

特定の実施形態において、対象とする核酸配列は、Casヌクレアーゼ、Cas9ヌクレアーゼ、ガイドRNA、シングルガイドRNA(sgRNA)、CRISPR座位、酵素、例えばヌクレアーゼ又はキナーゼ、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、トランスポザーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質を発現する遺伝子、抗生物質又は一般に薬物に対する耐性を発現する遺伝子、毒性タンパク質又は毒性因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質若しくは病原性因子、細菌分泌タンパク質若しくはトランスポーター、細菌ポア又はそれらの任意の組合せを発現する遺伝子からなる群から選択される。これらのタンパク質はまた、追加の特色を含めるために、例えば、非限定的な例として、機能(例えばdCas9)の追加又は除去、通常は分泌されないタンパク質への分泌シグナルの付加、ループ中の外因性ペプチドの付加を行うために、改変又は操作されうる。

【0156】

特定の実施形態において、対象とする核酸配列は、典型的にはVoら、Nat Biotechnol. 2021 Apr;39(4):480～489頁において開示されるような、ガイドRNAに補助される標的化(INTEGRATE)システムをコードし、前記INTEGRATEシステムは、例えばType I-F V.コレラ(V. cholerae)CRISPR-トランスポゾン又はType V-K S.ホフマニー(S. hofmanii)CRISPR-トランスポゾンを含む。特定の実施形態において、対象とする前記核酸配列は、crRNAをコードする核酸、TniQカスケード、cas8、cas7及びcas6タンパク質をコードする核酸、tnsA、tnsB及びtnsCタンパク質をコードする核酸を含み、且つドナーDNAを更に含み、前記ドナーDNAは、標的化された細菌のゲノムに付加される対象とするタンパク質をコードする。特定の実施形態において、TniQカスケード、cas8、cas7及びcas6タンパク質をコードする前記核酸、並びにtnsA、tnsB及びtnsCタンパク質をコードする前記核酸は、単一のポリシストロン性核酸の形態である。別の特定の実施形態において、対象とする前記核酸配列は、ガイドRNAをコードする核酸、cas12kタンパク質、tnsB及びtnsCタンパク質並びにTniQカスケードをコードする核酸を含み、且つドナーDNAを更に含み、前記ドナーDNAは、標的化された細菌のゲノムに付加される対象とするタンパク質をコードする。

【0157】

特定の実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、バクテリオシンをコードする対象とする配列を含み、バクテリオシンは、他の細菌を殺傷するか又はその増殖を阻害するために細菌により産生されるタンパク質性毒素でありうる。バクテリオシンは、産生株、共通の耐性機構、及び殺傷の機序を含む、いくつかの方法でカテゴライズされる。そのようなバクテリオシンは、グラム陰性細菌からのもの(例えばミクロシン、コリシン様バクテリオシン及びテイロシン(tailocin))並びにグラム陽性細菌からのもの(例えばクラスI、クラスII、クラスIII又はクラスIVバクテリオシン)が記載されている。

【0158】

1つの実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、ミクロシン、コリシン様バクテリオシン、テイロシン、クラスI、クラスII、クラスIII及びクラスIVバクテリオシンからなる群において選択される毒素をコードする対象とする配列を更に含む。回路はまた、毒素を細胞外空間に分泌するために必要とされるトランスポーターをコードしてもよい。

【0159】

特定の実施形態において、対応する免疫ポリペプチド(即ち抗毒素)が、ペイロード産生及びカプシド形成の目的のために細菌細胞を保護するために使用されてもよいが(Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11: 95、2013による総説を参照)、医薬組成物中及び本発明の文脈において使用されるペイロードが送達される標的化された細菌中には存在しない。

【0160】

特定の実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、CRISPR-Casシステムをコードする対象とする配列を含む。

【0161】

CRISPRシステムは、2つの別個のエレメント、即ちi)エンドヌクレアーゼ、この場合、CRISPR関連ヌクレアーゼ(Cas又は「CRISPR関連タンパク質」)及びii)ガイドRNAを含有する。CRISPRシステムのタイプに依存して、ガイドRNAは、CRISPR細菌RNA(crRNA)とtracrRNA(トランス活性化crRNA)との組合せからなるキメラRNAの形態であってもよい(Jinekら、Science. 2012 Aug 17;337(6096):816～21頁)。ガイドRNAは、Casタンパク質のガイドとして役立つ「スペーシング配列」に対応するcrRNAの標的化特異性、及びtracrRNAのコンホメーション特性を単一の転写物中で組み合わせている。ガイドRNA及びCasタンパク質が細胞中で同時に発現される場合、標的ゲノム配列は、永久的に妨害(並びに、位置に依存して、標的化された配列及び周囲の配列の消失並びに/若しくは細胞死の惹起)されうるか、又は改変されうる。改変は、修復マトリックスによりガイドされてもよい。

【0162】

CRISPRシステムは、ヌクレアーゼの作用の機序に依存して2つの主なクラスを含む:
- クラス1は、マルチサブユニットエフェクター複合体から構成され、タイプI、III及びIVを含む;
- クラス2は、Cas9ヌクレアーゼのように、単一ユニットエフェクターモジュールから構成され、タイプII(II-A、II-B、II-C、II-Cバリアント)、V(V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)及びVI(VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)を含む。

【0163】

本発明による対象とする配列は、Casタンパク質をコードする核酸配列を含んでもよい。様々なCRISPR酵素が、本発明の文脈において使用されるペイロードにおける対象とする配列としての使用のために利用可能である。一部の実施形態において、CRISPR酵素は、タイプII CRISPR酵素、タイプII-A又はタイプII-B CRISPR酵素である。別の実施形態において、CRISPR酵素はタイプI CRISPR酵素又はタイプIII CRISPR酵素である。一部の実施形態において、CRISPR酵素はDNA切断を触媒する。一部の他の実施形態において、CRISPR酵素はRNA切断を触媒する。1つの実施形態において、CRISPR酵素は、ガイドRNA又はシングルガイドRNA(sgRNA)に連結していてもよい。ある特定の実施形態において、ガイドRNA又はsgRNAは、抗生物質耐性遺伝子、病原性タンパク質又は因子遺伝子、毒素タンパク質又は因子遺伝子、細菌受容体遺伝子、膜タンパク質遺伝子、構造タンパク質遺伝子、分泌タンパク質遺伝子、一般に薬物に対する耐性を発現する遺伝子及び宿主対象に対して有害な効果を引き起こす遺伝子からなる群から選択される遺伝子を標的化する。

【0164】

対象とする配列は、単独で又はペイロードによりコードされるCasタンパク質及び/若しくはガイドRNAと組み合わせて、標的化された細菌にとって内因性のCasタンパク質をガイドするためのガイドRNA又はsgRNAをコードする核酸配列を含んでもよい。

【0165】

マルチサブユニットエフェクターの部分としての又は単一ユニットエフェクターとしてのCasタンパク質の非限定的な例は、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(Csn1及びCsx12としても公知である)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm1、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、Mad4、Mad7、Cms1、これらのホモログ、これらのオルソログ、これらのバリアント、又はこれらの改変バージョンを含む。一部の実施形態において、CRISPR酵素は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)部位において標的核酸の両方の鎖を切断する。

【0166】

特定の実施形態において、CRISPR酵素は、任意のCas9タンパク質、例えば任意の天然に存在する細菌Cas9の他に、その任意のバリアント、ホモログ又はオルソログである。

【0167】

「Cas9」により、タンパク質Cas9(Csn1若しくはCsx12とも呼ばれる)又はその機能的なタンパク質、ペプチド若しくはポリペプチド断片、即ち、ガイドRNAと相互作用する能力を有し、且つ標的ゲノムのDNAの二本鎖切断を行うことを可能とする酵素活性(ヌクレアーゼ)を発揮する能力を有するものが意味される。「Cas9」は、そのため、改変されたタンパク質、例えば、タンパク質の予め定義された機能のために必須でないタンパク質のドメイン、特に、gRNAとの相互作用のために必要でないドメインを除去するために切断されたものを表すことができる。

【0168】

本発明の文脈において使用されるようなCas9(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas9タンパク質から得られうる(Fonfaraら、Nucleic Acids Res. 2014 Feb;42(4):2577～90頁; Kooninら、Curr Opin Microbiol. 2017 Jun;37:67～78頁)。本発明において有用なCas9タンパク質の例は、ストレプトコッカス・ピオゲネス(SpCas9)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、スタフィロコッカス・アウレウス(Streptococcus aureus)(SaCas9)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)(CjCas9)、フランシセラ・ノビサイダ(Francisella novicida)(FnCas9)及びナイセリア・メニンギチジス(Neisseria meningitidis)(NmCas9)のCas9タンパク質を含むが、これらに限定されない。

【0169】

本発明の文脈において使用されるようなCpf1(Cas12a)(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCpf1(Cas12a)タンパク質から得られうる(Kooninら、Curr Opin Microbiol. 2017 Jun;37:67～78頁)。本発明において有用なCpf1(Cas12a)タンパク質の例は、アシダミノコッカス属菌(Acidaminococcus sp)、ラクノスピラ・バクテリウム(Lachnospiraceae bacterium)及びフランシセラ・ノビサイダのCpf1(Cas12a)タンパク質を含むが、これらに限定されない。

【0170】

本発明の文脈において使用されるようなCas13a(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13a(C2c2)タンパク質から得られうる(Abudayyehら、Nature. 2017 Oct 12;550(7675):280～284頁)。本発明において有用なCas13a(C2c2)タンパク質の例は、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)のCas13a(C2c2)タンパク質(LwaCas13a)を含むが、これに限定されない。

【0171】

本発明の文脈において使用されるようなCas13d(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13dタンパク質から得られうる(Yanら、Mol Cell. 2018 Apr 19;70(2):327～339頁、e5)。本発明において有用なCas13dタンパク質の例は、ユーバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)及びルミノコッカス属菌(Ruminococcus sp.)のCas13dタンパク質を含むが、これらに限定されない。

【0172】

本発明の文脈において使用されるようなMad4(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、国際出願国際公開第2018/236548号において開示されている。

【0173】

本発明の文脈において使用されるようなMad7(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、国際出願国際公開第2018/236548号において開示されている。

【0174】

本発明の文脈において使用されるようなCms1(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、国際特許出願国際公開第2017/141173号において開示されている。

【0175】

特定の実施形態において、対象とする核酸配列は、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子又はタンパク質遺伝子、毒素因子又はタンパク質遺伝子、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質を発現する遺伝子、一般に薬物に対する耐性を発現する遺伝子及び宿主対象に対して有害な効果を引き起こす遺伝子からなる群から選択される遺伝子の遺伝子発現の低減又は不活性化のためのCRISPR/Cas9システムである。

【0176】

1つの実施形態において、CRISPRシステムは、病原性因子を標的化及び不活性化するために使用される。病原性因子は、宿主対象に為される損傷の程度を増加させることにより宿主対象-病原体相互作用を変更する病原体により産生される任意の物質でありうる。病原性因子は、例えば、細胞接着又は宿主対象におけるニッチの定着において、宿主対象の免疫応答を逃れるため、宿主対象の細胞への侵入及び宿主対象の細胞からの放出を促すため、宿主対象から栄養を得るため、又は宿主対象における他の生理学的プロセスを阻害するためを含む、多くの仕方で病原体により使用される。病原性因子は、酵素、エンドトキシン、接着因子、運動性因子、補体逃避に関与する因子、スカベンジング因子及びバイオフィルム形成を促進する因子を含むことができる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、E.コリ病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、EHEC-HlyA、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)及びStx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、stx2k、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、usp ompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH、T1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌システム)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、シゲラ・ディセンテリエ(Shigella dysenteriae)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、stx1及びstx2でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、エルシニア・ペスティス(Yersinia pestis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、yscF(プラスミド媒介(pCDl)T3SS外部ニードルサブユニット)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、フランシセラ・ツラレンシス(Francisella tularensis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、fslAでありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、バチルス・アントラシス(Bacillus anthracis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、pag(炭疽菌毒素、細胞結合性保護抗原)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、ビブリオ・コレラ(Vibrio cholera)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ctxA及びctxB(コレラ毒素)、tcpA(毒素共調節線毛(toxin co-regulated pilus))、並びにtoxT(マスター病原性調節因子)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、シュードモナス・エルギノーサ(Pseudomonas aeruginosa)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ピオベルジン(例えば、シグマ因子pvdS、生合成遺伝子pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、トランスポーター遺伝子pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、シデロフォアピオケリン(例えば、pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF及びpchG)、並びに毒素(例えば、exoU、exoS及びexoT)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、クレブシエラ・ニューモニエ病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、fimA(粘着性、タイプI綿毛主要サブユニット)、及びcps(莢膜多糖)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、アシネトバクター・バウマンニイ(Acinetobacter baumannii)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ptk(カプセル重合)及びepsA(アセンブリー)でありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、サルモネラ・エンテリカ(Salmonella enterica)Typhi病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、MIA(侵入、SPI-1調節因子)、ssrB(SPI-2調節因子)、並びに胆汁耐性と関連付けられるもの、例えば排出ポンプ遺伝子acrA、acrB及びtolCでありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、FadA及びTIGITでありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、bftでありうる。例えば、そのような標的化される病原性因子遺伝子は、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)ポルフィリン遺伝子、CAMP因子(CAMP1、CAMP2、CAMP3、CAMP4)、ヒアルロン酸リアーゼ(HYL-IB/II、HYL-IA)、リパーゼ(GehA、GehB)、溶血素、シアリダーゼ、エンドグリコセラミダーゼ、エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ、デルマタン硫酸アドヘシン(DsA1、DsA2)、プロリン-スレオニンリピート(PTR)、又は、Tomidaら、mBio. 2013 Apr 30;4(3):e00003-13に記載されるような座瘡関連ゲノム座位1、2、3(プラスミド)、4、例えば密着接着(tight adhesion)座位(tad)上に含まれる任意の病原性因子、ストレプトリシンS関連遺伝子(sag)、非リボソームペプチドシンテターゼ(NRPS)でありうる。

【0177】

別の実施形態において、CRISPR/Casシステムは、抗生物質耐性遺伝子、例えば、限定はされないが、GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2')、AAC(3)、AAC(6')、ANT(2'')、ANT(3'')、ANT(4')、ANT(6)、ANT(9)、APH(2'')、APH(3'')、APH(3')、APH(4)、APH(6)、APH(7'')、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXA β-ラクタマーゼ、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)及びmec(mecI、mecR1)オペロン、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、クロラムフェニコールホスホトランスフェラーゼ、エタンブトール耐性アラビノシルトランスフェラーゼ(EmbB)、MupA、MupB、膜内在性タンパク質MprF、Cfr 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、リファンピンADP-リボシルトランスフェラーゼ(Arr)、リファンピングリコシルトランスフェラーゼ、リファンピンモノオキシゲナーゼ、リファンピンホスホトランスフェラーゼ、DnaA、RbpA、RNAポリメラーゼのリファンピン耐性ベータ-サブユニット(RpoB)、Erm 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、ストレプトグラミンVgbリアーゼ、Vatアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロンアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロン耐性DNAトポイソメラーゼ、フルオロキノロン耐性GyrA、GyrB、ParC、キノロン耐性タンパク質(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、リンコサミドヌクレオチジルトランスフェラーゼ(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、マクロライドホスホトランスフェラーゼ(MPH)、MefA、MefE、Mel、ストレプトスリシンアセチルトランスフェラーゼ(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、スルホンアミド耐性FolP、テトラサイクリン不活性化酵素TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TolC、MsbA、MsrA、VgaB、EmrD、EmrAB-TolC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrR、又はComprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD https://card.mcmaster.ca/)に記載される任意の抗生物質耐性遺伝子を標的化及び不活性化するために使用される。

【0178】

別の実施形態において、CRISPR/Casシステムは、細菌毒素遺伝子を標的化及び不活性化するために使用される。細菌毒素は、エキソトキシン又はエンドトキシンのいずれかとして分類されうる。エキソトキシンは生成されて活発に分泌され;エンドトキシンは細菌の部分のままとなる。細菌毒素に対する応答は、重度の炎症を伴うことがあり、また敗血症に繋がることがある。そのような毒素は、例えば、ボツリヌス神経毒、破傷風毒素、ブドウ球菌毒素、ジフテリア毒素、炭疽菌毒素、アルファ毒素、百日咳毒素、志賀毒素、熱安定性エンテロトキシン(E.コリST)、コリバクチン、BFT(B.フラギリス毒素)又はHenkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010 ; 100: 1～29頁)に記載される任意の毒素でありうる。

【0179】

特定の実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、塩基編集システムをコードする対象とする配列を含む。

【0180】

塩基編集(BE)は、DNA又はRNA分子上の特異的なヌクレオチド塩基対を別のヌクレオチド塩基対により置換する能力を指す。最近まで、in vivoでDNA上の特異的な置換を行う唯一の方法は、鋳型DNAの組換えを使用して、対象とする座位を用いる特異的な塩基対変化をもたらすことであった。塩基編集技術は、完全に異なる戦略に依拠する。DNAの交換は為されず、代わりに酵素反応によりヌクレオチドを別のヌクレオチドに変換して、dsDNAのレベルでのミスマッチに繋がり、それが次に細胞機構により矯正される。

【0181】

一部の実施形態において、塩基編集システムは、以下の酵素及びシステムのうちの1つ又は複数を含む:

【0182】

A)Rees, H. A. & Liu, D. R. Nat Rev Genet 19、770～788頁(2018)に記載されている、シトシン塩基エディター(CBE)及びアデノシン塩基エディター(ABE)。

【0183】

現在までに、7種類のDNA塩基エディターが記載されている:
- C:GをT:Aへと変換するシトシン塩基エディター(CBE)(Komor, Aら、Nature 533:420～4頁(2016))
- A:TをG:Cへと変換するアデニン塩基エディター(ABE)(Gaudelli, N. M.ら、Nature 551(7681) 464～471頁(2017))
- C:GをG:Cへと変換するシトシングアニン塩基エディター(CGBE)(Chen, Lら、「Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA.」、Biorxiv (2020); Kurt, Iら、「CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells.」、Nature Biotechnology (2020))
- C:GをA:Tへと変換するシトシンアデニン塩基エディター(CABE)(Zhao, Dら、「New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells.」、Nature Biotechnology (2020))
- A:TをC:Gへと変換するアデニンシトシン塩基エディター(ACBE)(国際公開第2020181180号)
- A:TをT:Aへと変換するアデニンチミン塩基エディター(ATBE)(国際公開第2020181202号)
- T:AをA:Tへと変換するチミンアデニン塩基エディター(TABE)(国際公開第2020181193号;国際公開第2020181178号;国際公開第2020181195号)

【0184】

塩基エディターは塩基修飾酵素が異なる。CBEはssDNAシチジンデアミナーゼに依拠し、これには以下がある:APOBEC1、rAPOBEC1、APOBEC1変異体又は進化したバージョン(evoAPOBEC1)、及びAPOBECホモログ(APOBEC3A(eA3A)、Anc689)、シチジンデアミナーゼ1(CDA1)、evoCDA1、FERNY、evoFERNY。

【0185】

ABEは、タンデム融合物TadA-TadA*のデオキシアデノシンデアミナーゼ活性に依拠し、TadA*は、ssDNA上のアデノシンをイノシンへと変換することができるE.コリtRNAアデノシンデアミナーゼ酵素であるTadAの進化したバージョンである。TadA*はTadA-8a～e及びTadA-7.10を含む。

【0186】

塩基修飾酵素以外に、編集の有効性、精度、及びモジュール性を増加させるために塩基エディターに行った改変が存在する:
- 塩基編集を復帰させる塩基除去修復機構を予防するための、1つ又は2つのウラシルDNAグリコシラーゼ阻害剤ドメイン(UGI)の付加
- 細胞中の非相同末端結合機構(NHEJ)を阻害することにより挿入-欠失率を減少させるミュー-GAMの付加
- 編集されていない鎖上にニックを作出することにより、その修復及び結果的に編集された塩基の固定を助長する、ニッカーゼ活性Cas9(nCas9 D10A)の使用。
- 例えば、異なる生物、異なるPAMモチーフを有する変異体、又は異なる忠実度若しくは異なるファミリーからの多様なCasタンパク質の使用(例えばCas12a)。

【0187】

DNAベースエディタータンパク質の非限定的な例は、BE1、BE2、BE3、BE4、BE4-GAM、HF-BE3、Sniper-BE3、Target-AID、Target-AID-NG、ABE、EE-BE3、YE1-BE3、YE2-BE3、YEE-BE3、BE-PLUS、SaBE3、SaBE4、SaBE4-GAM、Sa(KKH)-BE3、VQR-BE3、VRER-BE3、EQR-BE3、xBE3、Cas12a-BE、Ea3A-BE3、A3A-BE3、TAM、CRISPR-X、ABE7.9、ABE7.10、ABE7.10*、xABE、ABESa、VQR-ABE、VRER-ABE、Sa(KKH)-ABE、ABE8e、SpRY-ABE、SpRY-CBE、SpG-CBE4、SpG-ABE、SpRY-CBE4、SpCas9-NG-ABE、SpCas9-NG-CBE4、enAsBE1.1、enAsBE1.2、enAsBE1.3、enAsBE1.4、AsBE1.1、AsBE1.4、CRISPR-Abest、CRISPR-Cbest、eA3A-BE3、AncBE4を含む。

【0188】

シトシングアニン塩基エディター(CGBE)は、以下と融合されたニッカーゼCRISPRからなる:
- シトシンデアミナーゼ(rAPOBEC)及び塩基除去修復タンパク質(例えばrXRCC1)(Chen, Lら、「Precise and programmable C:G to G:C base editing in genomic DNA.」、Biorxiv (2020); Chenら、Nature Communications 12:1384 (2021))
- ラットAPOBEC1バリアント(R33A)タンパク質及びE.コリ由来ウラシルDNA N-グリコシラーゼ(eUNG)(Kurt, Iら、「CRISPR C-to-G base editors for inducing targeted DNA transversions in human cells.」、Nature Biotechnology (2020))

【0189】

シトシンアデニン塩基エディター(CABE)は、Cas9ニッカーゼ、シチジンデアミナーゼ(例えばAID)、及びウラシル-DNAグリコシラーゼ(Ung)からなる(Zhao, Dら、「New base editors change C to A in bacteria and C to G in mammalian cells.」、Nature Biotechnology (2020))。

【0190】

ACBEは、核酸プログラマブルDNA結合タンパク質及びアデニンオキシダーゼを含む(国際公開第2020181180号)。

【0191】

ATBEは、Cas9ニッカーゼ及び1つ若しくは複数のアデノシンデアミナーゼ又はオキシダーゼドメインからなる(国際公開第2020181202号)。

【0192】

TABEは、Cas9ニッカーゼ及びアデノシンメチルトランスフェラーゼ、チミンアルキルトランスフェラーゼ、又はアデノシンデアミナーゼドメインからなる(国際公開第2020181193号;国際公開第2020181178号;国際公開第2020181195号)。

【0193】

塩基エディター分子はまた、Casタンパク質と融合された上記に列記されるエディター酵素のうちの2つ又はより多くからなることができる(例えばABEとCBEとの組合せ)。これらの生体分子は二重塩基エディターと命名され、2つの異なる塩基の編集を可能にする(Grunewald, Jら、「A dual-deaminase CRISPR base editor enables concurrent adenine and cytosine editing」、Nature Biotechnology (2020); Li, Cら、「Targeted, random mutagenesis of plant genes with dual cytosine and adenine base editors」、Nature Biotechnology (2020))。

【0194】

特定の実施形態において、塩基編集システムは、上記に定義されているシトシン塩基エディター(CBE)及び/又はアデノシン塩基エディター(ABE)を含む。

【0195】

B)Anzalone, A. V.ら、Nature 576、149～157頁(2019)に記載されているプライムエディター(PE)は、プライム編集RNA(pegRNA;逆転写のための鋳型領域を含むガイドRNA)と組み合わせて使用される逆転写酵素と融合されたnCas9からなる。

【0196】

プライム編集は、挿入、欠失(インデル)、及び12個の塩基間塩基変換の導入を可能とする。プライム編集は、Casニッカーゼバリアントと融合された逆転写酵素(RT)の、プライム編集ガイドRNA(pegRNA)によりもたらされたRNA配列をCasタンパク質により生成されたニック部位でDNAへと変換する能力に依拠する。その後、このプロセスから生成されたDNAフラップは、標的化されたDNA配列中に含まれるか又は含まれない。

【0197】

プライム編集システムは以下を含む:
- Casニッカーゼバリアント、例えば、逆転写酵素ドメイン、例えばM-MLV RT又はその変異体バージョン(M-MLV RT(D200N)、M-MLV RT(D200N/L603W)、M-MLV RT(D200N/L603W/T330P/T306K/W313F)と融合されたCas9-H840A
- プライム編集ガイドRNA(pegRNA)

【0198】

編集を助長するために、プライム編集システムは、sgRNAを編集された鎖とアニーリングするが元々の鎖とアニーリングしないように設計することにより、理想的には編集された鎖フラップの分解後にのみ、Casニッカーゼ活性を編集されていないDNA鎖に向けて標的化する追加のsgRNAの発現を含むことができる。

【0199】

プライム編集システムの非限定的な例は、PE1、PE1-M1、PE1-M2、PE1-M3、PE1-M6、PE1-M15、PE1-M3inv、PE2、PE3、PE3bを含む。

【0200】

相同性Yを介したCas9レトロンprecISeパラレル編集(Cas9 Retron precISe Parallel Editing via homologY、「CRISPEY」)、sgRNAと融合され、Cas9及び少なくとも逆転写酵素を含むレトロンタンパク質と一緒に発現されるレトロンRNA(Sharon, E.ら、Cell 175、544-557.e16 (2018))。

【0201】

SCRIBE戦略:一本鎖アニーリングタンパク質(SSAP)としても公知の、一本鎖DNAの組換えを促進するリコンビナーゼと組み合わせて発現されるレトロンシステム(Farzadfard, F. & Lu, T. K. Science 346、1256272 (2014))。そのようなリコンビナーゼは、ファージリコンビナーゼ、例えばラムダレッド、recET、Sak、Sak4、及びWannier, T. M.ら、「Improved bacterial recombineering by parallelized protein discovery.」、Biorxiv 2020.01.14.906594 (2020) doi:10.1101/2020.01.14.906594に記載されている新たに記載されたSSAPを含むがこれらに限定されない。

【0202】

Karberg, M.ら、Nat Biotechnol 19、1162～7頁(2001)に記載されており、多くの細菌種において適応されている、グループIIイントロンに基づくターゲットロンシステム。

【0203】

他のレトロンベース遺伝子標的化アプローチは、Simon, A. J.、Ellington, A. D. & Finkelstein, I. J. Nucleic Acids Res 47、11007～11019頁(2019)に記載されている。

【0204】

C)CRISPR/Cas。様々な実施形態において、対象とする配列は、Cas9(例えば、Cas9ニッカーゼ)ドメイン及びデアミナーゼドメインを含む融合タンパク質をコードする。一部の実施形態において、例えば米国特許出願公開第2015/0166980号において開示されるように、融合タンパク質は、Cas9及びシトシンデアミナーゼ酵素、例えばAPOBEC酵素、又はアデノシンデアミナーゼ酵素、例えばADAT酵素を含む。1つの実施形態において、デアミナーゼはACF1/ASEデアミナーゼである。

【0205】

様々な実施形態において、APOBECデアミナーゼは、APOBEC1デアミナーゼ、APOBEC2デアミナーゼ、APOBEC3Aデアミナーゼ、APOBEC3Bデアミナーゼ、APOBEC3Cデアミナーゼ、APOBEC3Dデアミナーゼ、APOBEC3Fデアミナーゼ、APOBEC3Gデアミナーゼ、及びAPOBEC3Hデアミナーゼからなる群から選択される。様々な実施形態において、融合タンパク質は、Cas9ドメイン、シトシンデアミナーゼドメイン、及びウラシルグリコシラーゼ阻害剤(UGI)ドメインを含む。

【0206】

1つの実施形態において、例えば米国特許第10,113,163号に開示されるように、デアミナーゼは、DNA中のアデノシンを脱アミノ化するアデノシンデアミナーゼである。一部の実施形態において、例えば米国特許第10,113,163号に開示されるように、融合タンパク質は、塩基修復の阻害剤、例えばヌクレアーゼデッドイノシン特異的ヌクレアーゼ(dISN)を更に含む。様々な実施形態において、例えばAnzaloneらに記載されるように、対象とする核酸は、標的部位の指定及び所望される編集のコーディングの両方を行うプライム編集ガイドRNA(pegRNA)を用いてプログラミングされた、操作された逆転写酵素と融合された、触媒的に損なわれたCas9エンドヌクレアーゼを含む融合タンパク質をコードする。

【0207】

一部の実施形態において、他のプログラマブルヌクレアーゼが使用されうる。これらは、操作型TALEN(転写アクティベーター様エフェクターヌクレアーゼ)及びバリアント、操作型ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然型、進化型又は操作型メガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼバリアント、及びプログラマブルヌクレアーゼの任意の組合せ又はハイブリッドを含む。そのため、本明細書において提供されるプログラマブルヌクレアーゼは、対象とするDNA配列又は遺伝子、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子又は調節遺伝子等をコードするDNAを選択的に改変するために使用されてもよい(国際公開第2014124226号及び米国特許出願公開第2015/0064138号を参照)。

【0208】

1つの実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、転写又は翻訳に関与する1つ又はいくつかのヌクレオチドを編集することにより遺伝子の発現を不活性化するために使用される。より具体的には、塩基編集システム又は塩基エディターは、プロモーター、RBS、開始コドンの1つ又はいくつかのヌクレオチドを標的化している。

【0209】

1つの実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、未成熟停止コドンを導入するために使用される。

【0210】

1つの実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、1つ又はいくつかの希少コドンを導入するために使用される。

【0211】

別の実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、転写又は翻訳に関与する1つ又はいくつかのヌクレオチドを編集することにより遺伝子の発現をモジュレートするために使用される。より具体的には、塩基編集システム又は塩基エディターは、遺伝子発現の増加又は減少に繋がるプロモーター、RBS、開始コドンの1つ又はいくつかのヌクレオチドを標的化している。

【0212】

別の実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、遺伝子又は経路の活性における不活性化、減少又は増加に繋がる変異を復帰させるために使用される。

【0213】

別の実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、病原性の増加に繋がる変異を復帰させるために使用される。

【0214】

1つの実施形態において、塩基編集システム又は塩基エディターは、遺伝子の調節に関与する1つ又はいくつかのヌクレオチド、例えばオペレーター配列、転写因子結合部位、リボスイッチ、RNAse認識部位、プロテアーゼ切断部位、メチル化部位、翻訳後修飾部位(リン酸化、グリコシル化、アセチル化、pup化(pupylation)等)のヌクレオチドを編集することにより遺伝子の調節を改変するために使用される。

【0215】

一部の実施形態において、対象とする配列はRNA塩基編集システムをコードする。RNA塩基編集はDNA塩基編集と同じ原理に基づき、RNA塩基の、別のRNA塩基への変換を触媒する酵素は、その変換を局所的に行うために標的塩基に近付けられなければならない。1つの実施形態において、RNA編集のために使用される酵素は、dsRNA構造中のアデノシンをイノシンへと変換するADARファミリーからのアデノシンデアミナーゼである。いくつかの将来性のある研究は、dsRNAについてのこの特異性を使用し、局所的RNA塩基編集をプログラミングするためにADARデアミナーゼドメイン(ADAR_DD)をアンチセンスオリゴと融合させた。より最近では、一部のCRISPR-CasシステムのRNA分子と結合する能力は、RNA編集へと再度目的がもたされている。ADAR2デアミナーゼドメイン(REPAIRv1にはADAR2_DD-E488Q、REPAIRv2にはADAR2_DD-E488Q-T375G)の過剰活性化変異体と融合された触媒的にデッドなCas13b酵素(dPspCas13b)を使用して、Coxらは、以前のRNA編集戦略と比較して特異性及び効率を向上させた(Cox, D. B. T.ら、Science 358、1019～1027頁(2017))。

【0216】

RNAベースエディタータンパク質の非限定的な例はREPAIRv1及びREPAIRv2を含む。

【0217】

1つの実施形態において、RNA塩基エディターは、翻訳に関与する1つ又はいくつかのヌクレオチドを編集することにより遺伝子の発現を不活性化するために使用される。より具体的には、塩基エディターは、5'UTR、RBS、開始コドンの1つ又はいくつかのヌクレオチドを標的化している。

【0218】

1つの実施形態において、RNA塩基エディターは、未成熟停止コドンを導入するために使用される。

【0219】

1つの実施形態において、RNA塩基エディターは、1つ又はいくつかの希少コドンを導入するために使用される。

【0220】

別の実施形態において、RNA塩基エディターは、翻訳に関与する1つ又はいくつかのヌクレオチドを編集することにより遺伝子の発現をモジュレートするために使用される。より具体的には、塩基エディターは、遺伝子発現の増加又は減少に繋がる5'UTR、RBS、開始コドンの1つ又はいくつかのヌクレオチドを標的化している。

【0221】

別の実施形態において、RNA塩基エディターは、遺伝子又は経路の活性における不活性化又は減少に繋がる変異を復帰させるために使用される。

【0222】

別の実施形態において、塩基エディターは、病原性の増加に繋がる変異を復帰させるために使用される。

【0223】

好ましい実施形態において、対象とする前記配列は、前記標的化された細菌細胞においてのみ効果を生じる。より好ましくは、対象とする前記配列は、前記標的化された細菌細胞においてのみ発現される。

【0224】

複製起点
特定の実施形態において、前記ペイロードのコピー数は、前記産生細菌細胞において、上記に定義される前記少なくとも1つの誘導機構により制御される。代替的な実施形態において、別の誘導機構は、前記産生細菌細胞における前記ペイロードのコピー数を制御する。

【0225】

当技術分野において公知の複製起点は、種特異的プラスミドDNA(例えばCoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、及びp15a等)から、細菌ウイルス(例えばφX174、M13、F1及びP4)から、並びに細菌染色体複製起点(例えばoriC)から同定されたものである。

【0226】

1つの実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、標的化された細菌において機能的な細菌複製起点を含む。

【0227】

代替的に、本発明の文脈において使用されるペイロードは、いかなる機能的な細菌複製起点も含まないか、又は標的化された細菌において不活性である複製起点を含有する。そのような実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは、ファージ粒子又はファージ由来送達粒子により細菌に導入されると、それ自体では複製できない。

【0228】

1つの実施形態において、パッケージングされるペイロード上の複製起点は、標的化された細菌において不活性であり、即ち、この複製起点は、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体により標的化された細菌において機能的でなく、そのため、望ましくないプラスミド複製が予防される。

【0229】

1つの実施形態において、ペイロードは、本発明の産生細菌細胞において機能的な細菌複製起点を含む。

【0230】

細菌特異的複製起点
プラスミド複製は、宿主細菌酵素、並びにプラスミド制御されるシス及びトランス決定因子に依存する。例えば、一部のプラスミドは、ほぼ全てのグラム陰性細菌において認識されて、各々の宿主細菌において複製開始及び調節の間に正確に作用する決定因子を有する。他のプラスミドは一部の細菌においてのみこの能力を有する(Kues, U及びStahl, U 1989 Microbiol Rev 53:491～516頁)。

【0231】

プラスミドは、3つの一般的機序、即ち、シータタイプ、鎖置換、及び複製起点において開始するローリング・サークル(Del Solarら、1998 Microbio and Molec Biol. Rev 62:434～464頁により総説される)、により複製される。これらの複製起点は、プラスミド及び/又は宿主にコードされているタンパク質の相互作用のために要求される部位を含有する。

【0232】

本発明の文脈において使用されるペイロード上で使用される複製起点は、中等度のコピー数、例えばpBR322(15～20コピー/細胞)若しくはR6Kプラスミド(15～20コピー/細胞)からのColE1であってもよく、又は高いコピー数、例えばpUC oris(500～700コピー/細胞)、pGEM oris(300～400コピー/細胞)、pTZ oris(>1000コピー/細胞)若しくはpBluescript oris(300～500コピー/細胞)であってもよい。

【0233】

1つの実施形態において、細菌複製起点は、ColE1、pMB1及びバリアント(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158及びpUB113からなる群において選択される。

【0234】

より好ましくは、細菌複製起点は、ColE1、pMB1及びバリアント(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10からなる群において選択されるE.コリ複製起点である。

【0235】

より好ましくは、細菌複製起点は、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158及びpUB113からなる群において選択される。

【0236】

よりいっそう好ましくは、細菌複製起点はColE1及びp15aである。

【0237】

1つの実施形態において、細菌複製起点は、プロピオニバクテリウム(Propionibacterium)及びキューティバクテリウム(Cutibacterium)、より具体的にはプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ及びキューティバクテリウム・アクネスにおいて機能的であり、pLME108、pLME106、p545、pRGO1、pZGX01、pPG01、pYS1、FRJS12-3、FRJS25-1、pIMPLE-HL096PA1、A_15_1_R1からなる群から選択される。特定の実施形態において、細菌複製起点は、米国特許出願公開第2022/135986号及び米国特許出願公開第2022/135987号に開示される細菌複製起点から選択される。

【0238】

ファージ複製起点
本発明の文脈において使用されるペイロードは、完全なファージゲノムの補完と共に、異なるカプシド中への後の被包のためにペイロードの複製を開始させることができるファージ複製起点を含んでもよい。

【0239】

ファージ複製起点はまた、任意のファージ粒子をパッケージングする必要性なしに細菌複製起点として作用するように操作されうる。

【0240】

本発明の文脈において使用されるペイロード中に含まれるファージ複製起点は、ファージ中に見出される任意の複製起点でありうる。

【0241】

好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、Lambda、P2、186、Lambda様、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、phi80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、phiX174、R17、PRD1 Pl様、P2様、P22、P22様、N15及びN15様バクテリオファージの野生型又は非野生型配列でありうる。

【0242】

より好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、及びLambdaのファージ複製起点からなる群において選択される。

【0243】

特定の実施形態において、ファージ複製起点はP4複製起点である。

【0244】

特定の実施形態において、ファージ複製起点は、プロピオニバクテリウムファージ:BW様ファージ、例えばDoucette、B22、E6、G4;BV様ファージ、例えばAnatole、E1、B3;BX様ファージ、例えばPFR1及びPFR2;繊維状B5ファージ;BU様ファージ(キューティバクテリウム・アクネスファージ)からのものである。特定の実施形態において、ファージ複製起点は、米国特許出願公開第2022/135986号及び米国特許出願公開第2022/135987号に開示されるファージ複製起点から選択される。

【0245】

条件的複製起点
特定の実施形態において、ペイロードは、標的化された細菌において不活性であるが産生細菌細胞において活性である条件的複製起点を含む。

【0246】

本発明の文脈において、「条件的複製起点」は、その機能性が特有の分子の存在により制御されうる複製起点を指す。

【0247】

特定の実施形態において、条件的複製起点は、その複製が1つ又は複数の所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せの存在に依存する複製起点である。

【0248】

特定の実施形態において、前記複製起点を伴う複製は、前記複製を活性化させるプロセス、例えば転写に更に依存してもよい。

【0249】

本発明の文脈において、前記条件的複製起点は、標的化された細菌における前記所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せの非存在を理由として前記標的化された細菌において不活性である。

【0250】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、前記産生細菌細胞が、前記所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せを発現することを理由として前記産生細菌細胞において活性である。特定の実施形態において、前記タンパク質、ペプチド、RNA核酸、分子又はこれらの任意の組合せは、前記産生細菌細胞においてトランスで発現される。

【0251】

「トランスで」により、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せが、複製起点を含む核酸分子と同じ核酸分子上にコードされていないことが本明細書において意味される。特定の実施形態において、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せは、染色体上又はベクター、特にプラスミド上にコードされている。特定の実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを含む。代替的な実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを欠いている。

【0252】

標的化された細菌における前記所与のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子又はこれらの任意の組合せの非存在を理由として前記条件的複製起点は前記標的化された細菌において不活性であるので、前記条件的複製起点は、標的化されるべき特有の細菌に依存して選択されてもよい。

【0253】

本明細書に開示される条件的複製起点は、以下の特徴:それらの複製起点中に反復配列、又はイテロン(iteron)を含有すること、及びそれらに特異的である前記複製起点と相互作用する少なくとも1つのタンパク質(即ちRep、タンパク質O、タンパク質P、pri)をコードすること、を好ましくは共有するプラスミド、バクテリオファージ又はPICIを起源としてもよい。

【0254】

例として、以下のプラスミド及びバクテリオファージ:RK2、R1、pSC101、F、Rts1、RSF1010、P1、P4、ラムダ、phi82、phi80の条件的複製システムが言及されうる。

【0255】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、R6Kλ DNA複製起点及びその派生物、IncPα oriV複製起点及びその派生物、誘導性プロモーター下となるように改変されたColE1複製起点、並びにファージ誘導性染色体アイランド(PICI)からの複製起点及びその派生物からなる群から選択される。

【0256】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、宿主対象のマイクロバイオームの細菌の50%未満、又は40%未満、30%未満、20%未満、10%未満又は5%未満において存在する複製起点である。

【0257】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、宿主対象のマイクロバイオームの細菌の、特に宿主対象のマイクロバイオームの50%より多く、より詳細には60%より多く、70%より多く、80%より多く、90%より多く又は95%より多くとなる細菌の、複製起点の配列に対して80%未満の同一性、特に70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、5%未満又は1%未満の同一性の配列を含むか又はからなる。

【0258】

本明細書において使用される場合、用語「ファージ誘導性染色体アイランド」又は「PICI」は、保存された遺伝子編成を有する移動性遺伝子エレメントを指し、PICIマスターリプレッサーを含む、多岐にわたる調節遺伝子のペアをコードする。典型的には、グラム陽性細菌において、rprの左にあり同じ方向に転写されるPICIは、インテグラーゼ(int)遺伝子を含む遺伝子の小さいセットをコードしており、rprの右にあり反対方向に転写されるPICIは、切除機能(xis)、並びにこれらの遺伝子の隣に、場合により融合されているプライマーゼホモログ(pri)及び任意選択的に複製開始因子(rep)からなる複製モジュール、続いて複製起点(ori)をコードしており、また、PICIは、同じ方向に転写される、ファージ干渉に関与する遺伝子、及び任意選択的に、ターミナーゼ小サブユニットホモログ(terS)をコードする。

【0259】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、ファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する複製起点である。

【0260】

特定の条件的複製起点は実際にPICIに由来している。

【0261】

特にプライマーゼ-ヘリカーゼ及びPICIからの複製起点に基づいて、新規の条件的複製ベクターを誘導することが可能であることが示された。これらの起点は標的株において相対的に希少な場合があり、より有利には、プライマーゼ-oriペアは各々のPICIについて独特である場合があり、望ましくない組換え又はペイロード拡大事象の可能性を有意に低下させる。それらを更に改変して、標的細菌防御システムを迂回するために組換えの機会を更に制限して制限部位を除去することができる。

【0262】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、Fillol-Salomら、(2018) The ISME Journal 12:2114～2128頁に開示される、エシェリキア・コリ株CFT073のPICIからの複製起点に由来する。

【0263】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、典型的には配列番号1の、エシェリキア・コリ株CFT073のPICIからのプライマーゼoriである。

【0264】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号2)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDからなる群から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15又は少なくとも16個の制限部位を欠いている、エシェリキア・コリ株CFT073のPICIからのプライマーゼoriである。

【0265】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、制限部位GAAABCCを欠いている、エシェリキア・コリ株CFT073のPICIからのプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件的複製起点は配列番号3のものである。

【0266】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、制限部位GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号2)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDを欠いているエシェリキア・コリ株CFT073のPICIからのプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件的複製起点は配列番号4のものである。

【0267】

前記複製起点がファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する特定の実施形態において、前記産生細菌細胞が、repタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼ、特に配列番号5のプライマーゼ-ヘリカーゼ、典型的には配列番号6を含むか又はからなる核酸によりコードされるものを発現することを理由として、前記条件的複製起点は前記産生細菌細胞において活性である。

【0268】

これらの特有の条件的複製起点はラムダに基づくパッケージングと特に適合性であり、マイクロバイオータ関連の応用のために要求される十分に高い力価(>10¹⁰/mL)に繋がることが実証された。

【0269】

好ましくは、前記産生細菌細胞は、前記ペイロードを安定的に含み、且つ前記ペイロードを複製することができる。

【0270】

特定の実施形態において、前記ペイロードの条件的複製起点が、その複製が所与のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はこれらの任意の組合せの存在に依存する複製起点である場合、前記ドナー細菌細胞は、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はこれらの任意の組合せを発現する。好ましくは、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はこれらの任意の組合せは、上記に定義されるように、トランスで発現される。

【0271】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子又はこれらの任意の組合せをコードする核酸を安定的に含む。

【0272】

特定の実施形態において、前記複製起点がファージ誘導性染色体アイランド(PICI)に由来する場合、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼ、特に配列番号5のプライマーゼ-ヘリカーゼを発現することを理由として、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞において活性である。

【0273】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記repタンパク質、特に前記プライマーゼ-ヘリカーゼをコードする核酸を安定的に含み、前記核酸は、配列番号6を典型的には含むか又はからなる。

【0274】

パッケージング部位
特定の実施形態において、前記ペイロードは、前記第1のタイプのバクテリオファージに由来するパッケージング部位を含む核酸ペイロードである。

【0275】

「パッケージング部位」により、ビリオン中へのゲノムのパッケージングのために要求されるファージゲノム上のDNA配列が本明細書において意味される。宿主特異的バクテリオファージ(及びそれらのパッケージング部位)は、SPP1(SPP1 pac部位)、P1(P1 pac部位)、T1(T1 pac部位)、T7(T7コンカテマージャンクション)、ラムダ(cos部位)、mu(mu pac部位)、P22(P22 pac部位)、φ8(φ8 pac部位)、Sf6(Sf6 pac部位)、149(149 pac部位)、及びA1122(A1122-コンカテマージャンクション)を含むがこれらに限定されない。殆どのバクテリオファージについて、パッケージング部位はpac部位と称される。一部の場合において、パッケージング部位はコンカテマージャンクション(例えばT7コンカテマージャンクション)として参照される。あらゆる場合において、パッケージング部位は、バクテリオファージゲノム中でそれに隣接して天然に存在する配列から実質的に単離されている。

【0276】

一部のバクテリオファージについて、パッケージング部位は未知でありうる。これらの場合において、pac部位は、機能的なバクテリオファージpac部位を含有するプラスミドがパッケージングされるという特性の利点を利用することにより決定されうる。例えば、バクテリオファージλのパッケージングのために必要なDNA配列は、λファージゲノムDNAの小さい制限断片をプラスミドに組み込むことにより決定された(Hohn 1983 PNAS USA 80:7456～7460頁)。in vivoパッケージング株への導入後に、パッケージング/形質導入の効率が定量的に評価された。類似した戦略を使用して、多数のバクテリオファージのためのpac部位が決定されている:λ(Miwa 1982 Gene 20:267～279頁);Mu(Croenenら、1985 Virology 144:520～522頁);f1、fd、M13、及びIkeを含む糸状バクテリオファージ(Russelら、1989 J Virol 1989 63:3284～3295頁);P22(Petriら、1990 Gene 88:47～55頁; Wuら、2002 Molec Microbiol 45:1631～1646頁);T7(Chungら、1990 J Mol Biol 216:927～938頁)、並びにT3(Hashimotoら、1992 Virology 187:788～795頁)。

【0277】

特定の実施形態において、前記パッケージング部位は、米国特許出願公開第2022/135986号及び米国特許出願公開第2022/135987号(参照により本明細書に組み込まれる)に開示される通りである。

【0278】

ペイロードの他の構成要素
本発明の文脈において使用されるペイロードは好ましくは抗生物質耐性マーカーを欠いている。

【0279】

抗生物質耐性遺伝子は当技術分野において周知であり、アンピシリン耐性(Amp)、クロラムフェニコール耐性(Cm)、テトラサイクリン耐性(Tet)、カナマイシン耐性(Kan)、ハイグロマイシン耐性(Qiyg又はhph遺伝子)、及びゼオシン耐性(Zeo)を含むがこれらに限定されない。

【0280】

特定の実施形態において、本発明の文脈において使用されるペイロードは栄養要求性マーカーを含む。細菌における栄養要求性マーカーは、例えば、米国特許第4,920,048号、米国特許第5,691,185号、米国特許第6,291,245号、米国特許第6,413,768号、及び米国特許第6,752,994号;米国特許出願公開第20050186666号; Struhlら、(1976) PNAS USA 73; 1471～1475頁; MacCormickら、(1995) FEMS Microbiol. Lett. 127:105～109頁; Dickelyら、(1995) Mol. Microbiol. 15:839～847頁; Sorensenら、(2000) Appl. Environ. Microbiol 66:1253～1258頁;及びFiedler & Skerra (2001) Gene 274: 111 118において以前に記載されており、DapA及びThyAを典型的には含む。特定の実施形態において、前記栄養要求性マーカーはThyAである。

【0281】

特定の実施形態において、前記ペイロードは、前記標的化された細菌細胞により頻繁にコードされる制限酵素により認識されるいかなる制限部位も含まない。別の特定の実施形態において、前記ペイロードは、前記標的化された細菌細胞又は標的化された細菌細胞の集団若しくは群により頻繁にコードされる制限酵素により認識される40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2又は1個以下の制限部位を含む。

【0282】

本明細書において使用される場合、用語「制限部位」及び「制限酵素部位」は同等であり、制限酵素により認識される特有のヌクレオチドの配列を含有する核酸上の位置を指す。特に、核酸は、制限酵素により結合及び切断される特有の配列を含む。制限部位は、一般に、4～8塩基対の長さのパリンドローム配列である。より精密には、制限部位は、制限酵素により結合及び切断されるような特定の配列及び修飾状態を指す。特に、それは、制限酵素により結合及び切断されるような特定の非修飾配列を指す。特に、配列は、メチル化、ヒドロキシメチル化及びグルコシル-ヒドロキシメチル化をされていない。この文脈において、制限酵素は、タイプI、II又はIIIのものである。代替的に、それは、制限酵素により結合及び切断されるような特定の修飾された配列を指すことがあり、例えばメチル化、ヒドロキシメチル化及びグルコシル-ヒドロキシメチル化されたDNAである。この文脈において、制限酵素はタイプIVのものである。

【0283】

本明細書において使用される場合、制限部位及び制限酵素に関する「～により認識される」は、制限部位は制限酵素により切断されることを意味する。

【0284】

制限部位配列において、Nは、ヌクレオチドはA、C、G又はTでありうることを意味し;Bは、ヌクレオチドはC、G又はTでありうることを意味し;Yは、ヌクレオチドはC又はTでありうることを意味し;Wは、ヌクレオチドはA又はTでありうることを意味し;Rは、ヌクレオチドはA又はGでありうることを意味し;Dは、A、G又はTを意味する。

【0285】

本明細書において使用される場合、用語「制限酵素」及び「制限エンドヌクレアーゼ」は同等であり、制限部位において又はその近くで核酸を切断する酵素を指す。制限酵素は4つのタイプ(タイプI～タイプIV)に一般的に分類される。REBASEデータベースは、所与の細菌がそれが発現する制限酵素に従って認識することができる制限部位を列記することを可能とする。

【0286】

対象とする細菌の群において「頻繁な」又は「頻繁に」により、群の細菌のうちの少なくとも10、20、30、40、50、60、70、75、80、85、90、95又は99%が制限酵素をコードすることが意味される。

【0287】

本発明によるペイロードは100個以下の制限部位を好ましくは含む。好ましい実施形態において、本発明によるペイロードは10個以下の制限部位を含む。最も好ましい実施形態において、本発明によるペイロードはいかなる制限部位も含まない。

【0288】

標的化される細菌
本発明のファージ粒子又はファージ由来送達粒子により標的化される細菌は、哺乳動物生物、植物、又は環境中に存在する任意の細菌でありうる。それは、マイクロバイオータ又はマイクロバイオームの任意の共生生物の、共生の、又は病原性の細菌でありうる。

【0289】

マイクロバイオームは、様々な内因性細菌種を含んでもよく、それらのいずれも、本開示に従って標的化されうる。一部の実施形態において、標的化される内在性細菌細胞の属及び/又は種は、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている第1のタイプのバクテリオファージに依存してもよい。例えば、一部のバクテリオファージは、細菌の特有の宿主種に対してトロピズムを呈するか、又はそれを優先的に標的化する。他のバクテリオファージは、そのようなトロピズムを呈さず、内因性細菌細胞の多数の異なる属及び/又は種を標的化するために使用されうる。

【0290】

細菌細胞の例は、これらに限定されるわけではないが、以下の属の細菌:エルシニア属菌(Yersinia spp.)、エシェリキア属菌(Escherichia spp.)、クレブシエラ属菌(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属菌(Acinetobacter spp.)、ボルデテラ属菌(Bordetella spp.)、ネイセリア属菌(Neisseria spp.)、アエロモナス属菌(Aeromonas spp.)、フランシセラ属菌(Francisella spp.)、コリネバクテリウム属菌(Corynebacterium spp.)、シトロバクター属菌(Citrobacter spp.)、クラミジア属菌(Chlamydia spp.)、ヘモフィルス属菌(Hemophilus spp.)、ブルセラ属菌(Brucella spp.)、マイコバクテリウム属菌(Mycobacterium spp.)、レジオネラ属菌(Legionella spp.)、ロドコッカス属菌(Rhodococcus spp.)、シュードモナス属菌(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属菌(Helicobacter spp.)、ビブリオ属菌(Vibrio spp.)、バシラス属菌(Bacillus spp.)、エリジペロスリックス属菌(Erysipelothrix spp.)、サルモネラ属菌(Salmonella spp.)、ストレプトマイセス属菌(Streptomyces spp.)、ストレプトコッカス属菌(Streptococcus spp.)、スタフィロコッカス属菌(Staphylococcus spp.)、バクテロイデス属菌(Bacteroides spp.)、プレボテラ属菌(Prevotella spp.)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、ビフィドバクテリウム属菌(Bifidobacterium spp.)、クロストリジウム属菌、ブレヴィオバクテリウム属菌(Brevibacterium spp.)、ラクトコッカス属菌(Lactococcus spp.)、ロイコノストック属菌(Leuconostoc spp.)、アクチノバシラス属菌(Actinobacillus spp.)、セレノモナス属菌(Selnomonas spp.)、シゲラ属菌(Shigella spp.)、ザイモモナス属菌(Zymonas spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp.)、トレポネーマ属菌(Treponema spp.)、ロイコノストック属菌、コリネバクテリウム属菌(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス属菌(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属菌(Enterobacter spp.)、ピロコッカス属菌(Pyrococcus spp.)、セラチア属菌(Serratia spp.)、モルガネラ属菌(Morganella spp.)、パルビモナス属菌(Parvimonas spp.)、フソバクテリウム属菌(Fusobacterium spp.)、アクチノマイセス属菌(Actinomyces spp.)、ポルフィロモナス属菌(Porphyromonas spp.)、ミクロコッカス属菌(Micrococcus spp.)、バルトネラ属菌(Bartonella spp.)、ボレリア属菌(Borrelia spp.)、ブルセラ属菌(Brucelia spp.)、カンピロバクター属菌(Campylobacter spp.)、クラミドフィラ属菌(Chlamydophilia spp.)、キューティバクテリウム属菌(Cutibacterium spp.)、プロピオニバクテリウム属(Propionibacterium spp.)、ガードネレラ属菌(Gardnerella spp.)、エールリキア属菌(Ehrlichia spp.)、ヘモフィルス属菌(Haemophilus spp.)、レプトスピラ属菌(Leptospira spp.)、リステリア属菌(Listeria spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp.)、ノカルディア属菌(Nocardia spp.)、リケッチア属菌(Rickettsia spp.)、ウレアプラズマ属菌(Ureaplasma spp.)、ラクトバチルス属菌(Lactobacillus spp.)、フェカリバクテリウム属菌(Faecalibacterium spp.)、ルミノコッカス属菌(Ruminococcus spp.)及びこれらの混合物からの細胞を含む。

【0291】

そのため、ファージ粒子、ファージ送達粒子及び/又はファージは、前述の細菌属のうちの任意の1つ又は複数からの細菌細胞を標的化(例えば特異的に標的化)して、特に本発明によるペイロードを特異的に送達しうる。

【0292】

好ましくは、標的化される細菌は、エルシニア属菌、エシェリキア属菌、クレブシエラ属菌、アシネトバクター属菌、シュードモナス属菌、ヘリコバクター属菌、ビブリオ属菌、サルモネラ属菌、ストレプトコッカス属菌、スタフィロコッカス属菌、バクテロイデス属菌、クロストリジウム属菌、シゲラ属菌、エンテロコッカス属菌、エンテロバクター属菌、リステリア属菌、キューティバクテリウム属菌、プロピオニバクテリウム属菌、フソバクテリウム属菌、ポルフィロモナス属菌、及びガードネレラ属菌からなる群から選択されうる。

【0293】

一部の実施形態において、標的化される細菌は嫌気性細菌細胞である(例えば増殖のために酸素を要求しない細胞)。嫌気性細菌細胞は、通性嫌気性細胞、例えば、これらに限定されるわけではないが、エシェリキア・コリ、シェワネラ・オネイデンシ(Shewanella oneidensi)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、及びリステリア属を含む。嫌気性細菌細胞はまた、偏性嫌気性細胞、例えば、バクテロイデス属、クロストリジウム属、キューティバクテリウム属、プロピオニバクテリウム属、フソバクテリウム属、及びポルフィロモナス属の種を含む。ヒトにおいて、嫌気性細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される。そのため、一部の特定の実施形態において、標的化される細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される細菌である。ハイブリッドヘルパーファージを調製するために使用されるバクテリオファージ、並びにファージ粒子、ファージ送達媒体及び/又はファージは、プラスミドを特異的に送達するために、当業者に公知のそれらの特定のスペクトルに従って、嫌気性細菌細胞を標的化しうる(例えば、特異的に標的化しうる)。

【0294】

一部の実施形態において、標的化される細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、バクテロイデス・シータイオタオミクロン、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ディスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、クロストリジウム・レプツム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、バチルス・スブチリス、クロストリジウム・ブチリカム(Clostridium butyricum)、ブレヴィオバクテリウム・ラクトファーメンタム(Brevibacterium lactofermentum)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、ロイコノストック・ラクティス(Leuconostoc lactis)、アクチノバシラス・アクチノミセテムコミタンス(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、シアノバクテリア属(Cyanobacteria)、エシェリキア・コリ、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、セレノモナス・ルミナンチウム(Selnomonas ruminatium)、シゲラ・ソンネイ(Shigella sonnei)、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、マイコプラズマ・マイコイデス(Mycoplasma mycoides)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、バチルス・スリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、ロイコノストック・オエノス(Leuconostoc oenos)、コリネバクテリウム・キセロシス(Corynebacterium xerosis)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・カゼイ(Lactobacillus casei)、ラクトバチルス・アシドフィラス(Lactobacillus acidophilus)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、バチルス・コアグランス(Bacillus coagulans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、バチルス・ポピラエ(Bacillus popillae)、シネコシスティス株PCC6803(Synechocystis strain PCC6803)、バチルス・リクファシエンス(Bacillus liquefaciens)、ピロコッカス・アビシイ(Pyrococcus abyssi)、セレノモナス・ノミナンチウム(Selenomonas nominantium)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)、ラクトバシルス・ペントサス(Lactobacillus pentosus)、バクテロイデス・フラギリス、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ストレプトミセス・ファエクロモゲネス(Streptomyces phaechromogenes)、ストレプトミセス・ガナエニス(Streptomyces ghanaenis)、クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)、エンテロバクター・クロアカエ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、セラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、サイトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ(Propionibacterium freudenreichii)、シュードモナス・エルギノーサ、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、プレボテラ・インターメディア(Prevotella intermedia)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、プレボテラ・ニグレセンス(Prevotella nigrescens)、アクチノマイセス・イスラエリイ(Actinomyces israelii)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、バチルス・メガテリウム(Bacillus megaterium)、アエロモナス・ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、アエロモナス・キャビエ(Aeromonas caviae)、バチルス・アントラシス、バルトネラ・ヘンセラ(Bartonella henselae)、バルトネラ・キンターナ(Bartonella Quintana)、ボルデテラ・ペルトゥシス(Bordetella pertussis)、ボレリア・ブルグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、ボレリア・ガリニイ(Borrelia garinii)、ボレリア・アフゼリイ(Borrelia afzelii)、ボレリア・レクルレンチス(Borrelia recurrentis)、ブルセラ・アボルタス(Brucella abortus)、ブルセラ・カニス(Brucella canis)、ブルセラ・メリテンシス(Brucella melitensis)、ブルセラ・スイス(Brucella suis)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・フィタス(Campylobacter fetus)、クラミジア・ニューモニア(Chlamydia pneumoniae)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・シッタシ(Chlamydophila psittaci)、クロストリジウム・ボツリヌム(Clostridium botulinum)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、クロストリジウム・ペルフリンゲンス(Clostridium perfringens)、クロストリジウム・テタニ(Clostridium tetani)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、キューティバクテリウム・アクネス(以前のプロピオバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes))、エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)、エーリキア・チャフェエンシス(Ehrlichia chaffeensis)、エンテロコッカス・フェシウム(Enterococcus faecium)、フランシセラ・ツラレンシス、ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenza)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、レプトスピラ・インテロガンス(Leptospira interrogans)、レプトスピラ・サンタロサイ(Leptospira santarosai)、レプトスピラ・ウェイリイ(Leptospira weilii)、レプトスピラ・ノグチイ(Leptospira noguchii)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、マイコバクテリウム・レプラエ(Mycobacterium leprae)、マイコバクテリウム・ツベルクロシス(Mycobacterium tuberculosis)、マイコバクテリウム・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)、マイコプラズマ・ニューモニア(Mycoplasma pneumonia)、ナイセリア・ゴノロエア(Neisseria gonorrhoeae)、ナイセリア・メニンギチジス、ノカルジア・アステロイドス(Nocardia asteroids)、リケッチア・リケッチア(Rickettsia rickettsia)、サルモネラ・エンテリチジス(Salmonella enteritidis)、サルモネラ・チフィ(Salmonella typhi)、サルモネラ・パラチフィ(Salmonella paratyphi)、サルモネラ・チフィムリウム(Salmonella typhimurium)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexnerii)、シゲラ・ディセンテリエ、スタフィロコッカス・サプロフィチカス(Staphylococcus saprophyticus)、ストレプトコッカス・ニューモニエ(Streptococcus pneumoniae)、ストレプトコッカス・ピオゲネス、ガードネレラ・バジナリス、ストレプトコッカス・ビリダンス(Streptococcus viridans)、トレポネーマ・パリダム(Treponema pallidum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、ビブリオ・コレラ、ビブリオ・パラヘモリチカス(Vibrio parahaemolyticus)、エルシニア・ペスティス、エルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitica)、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)、アクチノバクター・バウマンニイ(Actinobacter baumanii)、シュードモナス・エルギノーサ、及びこれらの混合物であり、好ましくは、対象とする細菌は、エシェリキア・コリ、エンテロコッカス・フェシウム、スタフィロコッカス・アウレウス、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマンニイ、シュードモナス・エルギノーサ、エンテロバクター・クロアカエ、及びエンテロバクター・アエロゲネス、並びにこれらの混合物からなる群から選択される。

【0295】

一部の実施形態において、標的化される細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アナエロツルンカス属(Anaerotruncus)、アセタナエロバクテリウム属(Acetanaerobacterium)、アセチトマクルム属(Acetitomaculum)、アセチビブリオ属(Acetivibrio)、アネロコッカス属(Anaerococcus)、アネロフィルム属(Anaerofilum)、アネロシヌス属(Anaerosinus)、アネロスチペス属(Anaerostipes)、アネロボラックス属(Anaerovorax)、ブチリビブリオ属(Butyrivibrio)、クロストリジウム属(Clostridium)、カプラコッカス属(Capracoccus)、デハロバクター属(Dehalobacter)、ジアリスター属(Dialister)、ドレア属(Dorea)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、エタノリゲネンス(Ethanoligenens)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、フソバクテリウム属(Fusobacterium)、グラシリバクター属(Gracilibacter)、グゲンヘイメラ属(Guggenheimella)、ヘスペリア属(Hespellia)、ラクノバクテリウム属(Lachnobacterium)、ラクノスピラ属(Lachnospira)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ロイコノストック属(Leuconostoc)、メガモナス属(Megamonas)、モリエラ属(Moryella)、ミツオケラ属(Mitsuokella)、オリバクテリウム属(Oribacterium)、オキソバクター属(Oxobacter)、パピリバクター属(Papillibacter)、プロプリオンスピラ属(Proprionispira)、シュードブチリビブリオ属(Pseudobutyrivibrio)、シュードラミバクター属(Pseudoramibacter)、ロセブリア属(Roseburia)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、サルシナ属(Sarcina)、セイノネラ属(Seinonella)、シュトレウォルチア属(Shuttleworthia)、スプロバクター属(Sporobacter)、スプロバクテリウム属(Sporobacterium)、ストレプトコッカス属(Streptococcus)、スブドリグラヌルム属(Subdoligranulum)、シントロフォコッカス属(Syntrophococcus)、サーモバシルス属(Thermobacillus)、ツリバクター属(Turibacter)、ウェイセラ属(Weisella)、クロストリジウム属、バクテロイデス属(Bacteroides)、ルミノコッカス属、フェカリバクテリウム属、トレポネーマ属、ファスコラークトバクテリウム属(Phascolarctobacterium)、メガスファエラ属(Megasphaera)、フェカリバクテリウム属、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium)、ラクトバチルス属、ステレラ属(Sutterella)、及び/又はプレボテラ属(Prevotella)である。

【0296】

他の実施形態において、標的化される細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アクロモバクター・キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans)、アシダミノコッカス・フェルメンタンス(Acidaminococcus fermentans)、アシダミノコッカス・インテスティニー(Acidaminococcus intestini)、アシダミノコッカス属、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・ジュニイ(Acinetobacter junii)、アシネトバクター・ルヴォフィイ(Acinetobacter lwoffii)、アクチノバシラス・カプスラツス(Actinobacillus capsulatus)、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ(Actinomyces neuii)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・ラディンガエ(Actinomyces radingae)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(Adlercreutzia equolifaciens)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス(Aggregatibacter actinomycetemcomitans)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(Akkermansia muciniphila)、アリアガリボランス・マリナス(Aliagarivorans marinus)、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アリスティペス・インディスティンクタス(Alistipes indistinctus)、アリスティペス・イノプス(Alistipes inops)、アリスティペス・オンデルドンキイ(Alistipes onderdonkii)、アリスティペス・ピュトレディニス(Alistipes putredinis)、アリスティペス・セネガレンシス(Alistipes senegalensis)、アリスティペス・シャーヒイ(Alistipes shahii)、アリスティペス・チモネンシス(Alistipes timonensis)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、アナエロバクター・ポリエンドスポラス(Anaerobacter polyendosporus)、アナエロバキュラム・ヒドロジェニフォーマンス(Anaerobaculum hydrogeniformans)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコッカス・セネガレンシス(Anaerococcus senegalensis)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(Anaerofustis stercorihominis)、アナエロスティペス・カカエ(Anaerostipes caccae)、アナエロスティペス・ハドラス(Anaerostipes hadrus)、アナエロツルンカス・コリホミニス(Anaerotruncus colihominis)、アネウリニバチルス・アネウリニリティカス(Aneurinibacillus aneurinilyticus)、バチルス・リケニフォルミス(Bacillus licheniformis)、バチルス・マシリオアノレシウス(Bacillus massilioanorexius)、バチルス・マシリオセネガレンシス(Bacillus massiliosenegalensis)、バチルス・シンプレックス(Bacillus simplex)、バチルス・スミシー(Bacillus smithii)、バチルス・スブチリス、バチルス・スリンギエンシス、バチルス・チモネンシス(Bacillus timonensis)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・アシジファシエンス(Bacteroides acidifaciens)、バクテロイデス・カカエ(Bacteroides caccae)、バクテロイデス・カピロサス(Bacteroides capillosus)、バクテロイデス・セルロシリチカス(Bacteroides cellulosilyticus)、バクテロイデス・クラルス(Bacteroides clarus)、バクテロイデス・コプロコーラ(Bacteroides coprocola)、バクテロイデス・コプロフィラス(Bacteroides coprophilus)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・エガーシイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・ファインゴールディイ(Bacteroides finegoldii)、バクテロイデス・フラクサス(Bacteroides fluxus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ガリナルム(Bacteroides gallinarum)、バクテロイデス・インテスティナーリス(Bacteroides intestinalis)、バクテロイデス・ノルディイ(Bacteroides nordii)、バクテロイデス・オレイシプレヌス(Bacteroides oleiciplenus)、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・ペクチノフィルス(Bacteroides pectinophilus)、バクテロイデス・プレビウス(Bacteroides plebeius)、バクテロイデス・サラニトロニス(Bacteroides salanitronis)、バクテロイデス・セイリヤーシアエ(Bacteroides salyersiae)、バクテロイデス属、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・シータイオタオミクロン、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス、バクテロイデス・キシラニソルベンス、バクテロイデス・ペクチノフィラスATCC(Bacteroides pectinophilus ATCC)、バルネシエラ・インテスティニホミニス(Barnesiella intestinihominis)、ババリコッカス・セイロリ(Bavariicoccus seileri)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム(Bifidobacterium angulatum)、ビフィドバクテリウム・アニマーリス(Bifidobacterium animalis)、ビフィドバクテリウム・ビフィダム(Bifidobacterium bifidum)、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve)、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム(Bifidobacterium catenulatum)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(Bifidobacterium gallicum)、ビフィオバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、ビフィドバクテリウム・スターコリス(Bifidobacterium stercoris)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)、ブラウティア・ファエシス(Blautia faecis)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、ブラウティア・ルティ(Blautia luti)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、ブラキモナス・シロノミー(Brachymonas chironomi)、ブレビバクテリウム・セネガレンス(Brevibacterium senegalense)、ブライアンテラ・フォーマテキシゲンス(Bryantella formatexigens)、酪酸産生菌(butyrate-producing bacterium)、ブチリシコッカス・プリカエコルム(Butyricicoccus pullicaecorum)、ブチリシモナス・ビローサ(Butyricimonas virosa)、ブチリビブリオ・クロッソツス(Butyrivibrio crossotus)、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス(Butyrivibrio fibrisolvens)、カルジコプロバクター・フェカリス(Caldicoprobacter faecalis)、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・ウプサリエンシス(Campylobacter upsaliensis)、カテニバクテリウム・ミツオカイ(Catenibacterium mitsuokai)、セデセア・ダヴィスアエ(Cedecea davisae)、セルロモナス・マスシリエンシス(Cellulomonas massiliensis)、セトバクテリウム・ソメラエ(Cetobacterium somerae)、サイトロバクター・ブラアキイ(Citrobacter braakii)、サイトロバクター・フレウンディイ、サイトロバクター・パステウリイ(Citrobacter pasteurii)、シトロバクター属(Citrobacter sp.)、サイトロバクター・ヤンガエ(Citrobacter youngae)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、クロストリジアーレス・バクテリウム(Clostridiales bacterium)、クロストリディオイデス・ディフィシル(Clostridioides difficile)、クロストリジウム・アスパラギホルメ(Clostridium asparagiforme)、クロストリジウム・バートレティイ(Clostridium bartlettii)、クロストリジウム・ボリビエンシス(Clostridium boliviensis)、クロストリジウム・ボルテアエ(Clostridium bolteae)、クロストリジウム・ハセワイ(Clostridium hathewayi)、クロストリジウム・ヒラノニス(Clostridium hiranoni)、クロストリジウム・ハイレモンアエ(Clostridium hylemonae)、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・メチルベントーサム(Clostridium methylpentosum)、クロストリジウム・ネキシレ(Clostridium nexile)、クロストリジウムオルビシンデンス(Clostridium orbiscindens)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、クロストリジウム・シンデンス(Clostridium scindens)、クロストリジウム属(Clostridium sp.)、クロストリジウム属、クロストリジウム・スパイロフォルメ(Clostridium spiroforme)、クロストリジウム・スポロゲネス(Clostridium sporogenes)、クロストリジウム・シンビオサム(Clostridium symbiosum)、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コリンゼラ・インテスティナリス(Collinsella intestinalis)、コリンゼラ・スターコリス(Collinsella stercoris)、コリンゼラ・タナカエイ(Collinsella tanakaei)、コプロバチルス・カテニフォルミス(Coprobacillus cateniformis)、コプロバクター・ファスティディオスス(Coprobacter fastidiosus)、コプロコッカス・カツス(Coprococcus catus)、コプロコッカス・コメス(Coprococcus comes)、コプロコッカス・ユウタクタス(Coprococcus eutactus)、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・シュードジフセリチクム(Corynebacterium pseudodiphtheriticum)、キューティバクテリウム・アクネス、デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス(Desulfitobacterium hafniense)、デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス(Desulfovibrio fairfieldensis)、デスルホビブリオ・ピゲル(Desulfovibrio piger)、ディアリスター・サクシナティフィラス(Dialister succinatiphilus)、ディエルマ・ファスティディオーサ(Dielma fastidiosa)、ドレア・フォルミシゲネランス(Dorea formicigenerans)、ドレア・ロンギカテナ(Dorea longicatena)、ディスゴノモナス・カプノサイトファゴイデス(Dysgonomonas capnocytophagoides)、ディスゴノモナス・ガデイ(Dysgonomonas gadei)、ディスゴノモナス・モッシイ(Dysgonomonas mossii)、エドワードシエラ・タルダ(Edwardsiella tarda)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)、アイゼンベルギエラ・タイ(Eisenbergiella tayi)、エノーマ・マスシリエンシス(Enorma massiliensis)、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロバクター・アスブリアエ(Enterobacter asburiae)、エンテロバクター・カンセロゲナス(Enterobacter cancerogenus)、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロバクター・マスシリエンシス(Enterobacter massiliensis)、エンテロコッカス・カセリフラブス(Enterococcus casseliflavus)、エンテロコッカス・デューランス(Enterococcus durans)、エンテロコッカス・フェカーリス、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・フラベセンス(Enterococcus flavescens)、エンテロコッカス・ガリナルム(Enterococcus gallinarum)、エンテロコッカス属(Enterococcus sp.)、エンテロビブリオ・ニグリカンス(Enterovibrio nigricans)、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム(Erysipelatoclostridium ramosum)、エシェリキア・コリ、エシェリキア属(Escherichia sp.)、ユーバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium biforme)、ユーバクテリウム・ドリクム(Eubacterium dolichum)、ユーバクテリウム・ハリイ(Eubacterium hallii)、ユーバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、ユーバクテリウム・ラムルス(Eubacterium ramulus)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・ベントリオサム(Eubacterium ventriosum)、エキシグオバクテリウム・マリナム(Exiguobacterium marinum)、エキシグオバクテリウム・ウンデ(Exiguobacterium undae)、フィーカリバクテリウムcf(Faecalibacterium cf)、フィーカ
リバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)、フェカリタレア・シリンドロイデス(Faecalitalea cylindroides)、フェリモナス・バレアリカ(Ferrimonas balearica)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、フラボバクテリウム・デジョネンス(Flavobacterium daejeonense)、フラボニフラクター・プラウティイ(Flavonifractor plautii)、フシカテニバクター・サッカリボランス(Fusicatenibacter saccharivorans)、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス(Fusobacterium gonidiaformans)、フソバクテリウム・モルティフェラム(Fusobacterium mortiferum)、フソバクテリウム・ネクロフォーラム(Fusobacterium necrophorum)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム(Fusobacterium periodonticum)、フソバクテリウム属(Fusobacterium sp.)、フソバクテリウム・ウルセランス(Fusobacterium ulcerans)、フソバクテリウム・バリウム(Fusobacterium varium)、ガリバクテリウム・アナティス(Gallibacterium anatis)、ゲンミゲル・フォルミシリス(Gemmiger formicilis)、ゴードニバクター・パメラエアエ(Gordonibacter pamelaeae)、ハフニア・アルベイ(Hafnia alvei)、ヘリコバクター・ビリス(Helicobacter bilis)、ヘリコバクター・ビリス、ヘリコバクター・カナデンシス(Helicobacter canadensis)、ヘリコバクター・カニス(Helicobacter canis)、ヘリコバクター・シナエディ(Helicobacter cinaedi)、ヘリコバクター・マカカエ(Helicobacter macacae)、ヘリコバクター・パメテンシス(Helicobacter pametensis)、ヘリコバクター・プロラム(Helicobacter pullorum)、ヘリコバクター・ピロリ、ヘリコバクター・ローデンティウム(Helicobacter rodentium)、ヘリコバクター・ウィンガメンシス(Helicobacter winghamensis)、ハーバスピリラム・マスシリエンス(Herbaspirillum massiliense)、ホルデマネラ・ビフォルミス(Holdemanella biformis)、ホールディマニア・フディフォルミス(Holdemania fdiformis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、ホールディマニア・マスシリエンシス(Holdemania massiliensis)、ホールディマニア・フィリフォルミス、フンガテラ・ハセワイ(Hungatella hathewayi)、インテスティニバクター・バルトレッティ(Intestinibacter bartlettii)、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス(Intestinimonas butyriciproducens)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、クレブシエラ・ニューモニエ、カルシア・マスシリエンシス(Kurthia massiliensis)、ラクノスピラ・ペクチノスチザ(Lachnospira pectinoschiza)、ラクトバチルス・アシドフィラス、ラクトバチルス・アミロリティカス(Lactobacillus amylolyticus)、ラクトバチルス・アニマーリス(Lactobacillus animalis)、ラクトバチルス・アントリ(actobacillus antri)、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)、ラクトバチルス・ブフネリ(Lactobacillus buchneri)、ラクトバチルス・カゼイ、ラクトバチルス・カルバータス(Lactobacillus curvatus)、ラクトバチルス・デルブレッキイ(Lactobacillus delbrueckii)、ラクトバチルス・ファーメンタム(Lactobacillus fermentum)、ラクトバチルス・ガッセリ(Lactobacillus gasseri)、ラクトバチルス・ヘルベティカス(Lactobacillus helveticus)、ラクトバチルス・ヒルガルディー、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトバチルス・インテスティナーリス(Lactobacillus intestinalis)、ラクトバチルス・ジョンソニー(Lactobacillus johnsonii)、ラクトバチルス・ムリヌス(Lactobacillus murinus)、ラクトバチルス・パラカゼイ(Lactobacillus paracasei)、ラクトバチルス・プランタラム、ラクトバチルス・ロイテリ(Lactobacillus reuteri)、ラクトバチルス・ラムノーサス、ラクトバチルス・ルミニス(Lactobacillus ruminis)、ラクトバチルス・サケイ(Lactobacillus sakei)、ラクトバチルス・サリバリウス(Lactobacillus salivarius)、ラクトバチルス・アルチュネンシス(Lactobacillus ultunensis)、ラクトバチルス・バギナリス(Lactobacillus vaginalis)、ラクチプランチバチルスプランタルム亜種(Lactobacillus plantarum subsp.)、ロイコノストック・メセンテロイデス(Leuconostoc mesenteroides)、ロイコノストック・シュードメセンテロイデス(Leuconostoc pseudomesenteroides)、リステリア・グレイ(Listeria grayi)、リステリア・ノキュア(Listeria innocua)、マンヘイミア・グラニュロマティス(Mannheimia granulomatis)、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス(Marvinbryantia formatexigens)、メガモナス・ファニフォーミス(Megamonas funiformis)、メガモナス・ハイパーメガーレ(Megamonas hypermegale)、メタノブレビバクター・スミジイ(Methanobrevibacter smithii)、メタノブレビバクター・スミジイFl(Methanobrevibacter smithiiFl)、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、ミツオケラ・ジャラルディニイ(Mitsuokella jalaludinii)、ミツオケラ・マルトアシダ(Mitsuokella multacida)、モリキューテス・バクテリウム(Mollicutes bacterium)、ムリモナス・インテスティニ(Murimonas intestini)、ナイセリア・マカカエ(Neisseria macacae)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース(Nitriliruptor alkaliphilus)、オセアノバチルス・マスシリエンシス(Oceanobacillus massiliensis)、オドリバクター・ラネウス(Odoribacter laneus)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、オルニソバクテリウム・ライノトラケアレ(Ornithobacterium rhinotracheale)、オキサロバクター・フォルミゲネス(Oxalobacter formigenes)、パエニバチルス・バレンゴルトジ(Paenibacillus barengoltzii)、パエニバチルス・キチノリティカス(Paenibacillus chitinolyticus)、パエニバチルス・ロータス(Paenibacillus lautus)、パエニバチルス・モトブエンシス(Paenibacillus motobuensis)、パエニバチルス・セネガレンシス(Paenibacillus senegalensis)、パエニスポロサルシナ・クィスキリアラム(Paenisporosarcina quisquiliarum)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ(Parabacteroides goldsteinii)、パラバクテロイデス・ゴルドニイ(Parabacteroides gordonii)、パラバクテロイデス・ジョンソニイ(Parabacteroides johnsonii)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)、パラプレボテーラ・キシラニフィラ(Paraprevotella xylaniphila)、パラステレラ・エクスクレメンティホミニス(Parasutterella excrementihominis)、パルビモナス・ミクラ、ペディオコッカス・アシディラクティシ(Pediococcus acidilactici)、ペプトクロストリジウム・ディフィシル(Peptoclostridium difficile)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィラス・オベシ(Peptoniphilus obesi)、ペプトニフィラス・セネガレンシス(Peptoniphilus senegalensis)、ペプトニフィラス・チモネンシス(Peptoniphilus timonensis)、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス(Phascolarctobacterium succinatutens)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ(Porphyromonas asaccharolytica)、ポルフィロモナス・ウエノニス(Porphyromonas uenonis)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテーラ・デンターリス(Prevotella dentalis)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテーラ・マルチサッカリボラックス(Prevotella multisaccharivorax)、プレボテーラ・オラリス(Prevotella oralis)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテーラ・スターコレア(Prevotella stercorea)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、プロピオニバクテリウム・アビダム(Propionibacterium avidum)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ペンネリATCC(Proteus penneri ATCC)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、プロビデンシア・スチュアーティイ(Providencia stuartii)、シュードフラボニフラクター・カピローサス(Pseudoflavonifractor capillosus)、シュードモナス・エルギノーサ、シュードモナス・ルテオラ(Pseudomonas luteola)、ラルストニア・ピッケティ(Ralstonia pickettii)、ラインハイメラ・ペルルシダ(Rheinheimera perlucida)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、リエメレラ・コロンビーナ(Riemerella columbina)、ロンボウトシア・リツセブレンシス(Romboutsia lituseburensis)、ロゼブリア・フェシス(Roseburia faecis)、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)、ロゼブリア・イヌリニボランス(Roseburia inulinivorans)、ルミノコッカス・ビサーキュランス(Ruminococcus bicirculans)、ルミノコッカス・ブローミイ(Ruminococcus bromii)、ルミノコッカス・カリダス(Ruminococcus callidus)、ルミノコッカス・チャンパネレンシス(Ruminococcus champanellensis)、ルミノコッカス・ファエシス(Ruminococcus faecis)、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルミノコッカス・ラクタリス(Ruminococcus lactaris)、ルミノコッカス・オベウム(Ruminococcus obeum)、ルミノコッカス属、ルミノコッカス属、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、サルシナ・ベントリクリ(Sarcina ventriculi)、セリモナス・インテスティナーリス(Sellimonas intestinalis)、セネガレマッシリア・アナエロビア(Senegalimassilia anaerobia)、シゲラ・ソンネイ、スラッキア・ピリフォルミス(Slackia piriformis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・レンタス(Staphylococcus lentus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・シュードインターメディウス(Staphylococcus pseudintermedius)、スタフィロコッカス・キシローサス(Staphylococcus xylosus)、ステノトロホモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・アンギノーサス(Streptococcus anginosus)、ストレプトコッカス・アウストラリス(Streptococcus australis)、ストレプトコッカス・カバリイ(Streptococcus caballi)、ストレプトコッカス・カストレウス(Streptococcus castoreus)、ストレプトコッカス・ジデルフィス(Streptococcus didelphis)、ストレプトコッカス・エクイナス(Streptococcus equinus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・ヘンリイ(Streptococcus henryi)、ストレプトコッカス・ハイオバギナリス(Streptococcus hyovaginalis)、ストレプトコッカス・インファンタリウス(Streptococcus infantarius)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・ルテチエンシス(Streptococcus lutetiensis)、ストレプトコッカス・メリオニス(Streptococcus merionis)、ストレプトコッカス・ミチス(Streptococcus mitis)、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・オビス(Streptococcus ovis)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(Streptococcus parasanguinis)、ストレプトコッカス・プルレクストルム(Streptococcus plurextorum)、ストレプトコッカス・ポルシ(Streptococcus porci)、ストレプトコッカス・ピオゲネス、ストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius
)、ストレプトコッカス・ソブリナス(Streptococcus sobrinus)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)、ストレプトコッカス・ソラルテンシス(Streptococcus thoraltensis)、ストレプトマイセス・アルブス(Streptomyces albus)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(Subdoligranulum variabile)、サクシナティモナス・ヒッペイ(Succinatimonas hippei)、ステレラ・パルビルブラ(Sutterella parvirubra)、ステレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)、テリスポロバクター・グリコリカス(Terrisporobacter glycolicus)、テリスポロバクター・マヨムベイ(Terrisporobacter mayombei)、タラソバチルス・デボランス(Thalassobacillus devorans)、ティモネラ・セネガレンシス(Timonella senegalensis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、未知の属、未知の属、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ベイロネラ・アティピカ(Veillonella atypica)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)、ベイヨネラ・パルブラ(Veillonella parvula)、ビブリオ・シンシナティエンシス(Vibrio cincinnatiensis)、バルジバチルス・サレキシゲンス(Virgibacillus salexigens)、及び/又はワイセラ・パラメセンテロイデス(Weissella paramesenteroides)である。

【0297】

他の実施形態において、標的化される細菌細胞は、皮膚マイクロバイオータにおいて一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、アセトバクター・ファリナリス(Acetobacter farinalis)、アセトバクター・マロルム(Acetobacter malorum)、アセトバクター・オルガネンシス(Acetobacter orleanensis)、アセトバクター・シセラエ(Acetobacter sicerae)、アクロモバクター・アンキシファー(Achromobacter anxifer)、アクロモバクター・デニトリフィカンス(Achromobacter denitrificans)、アクロモバクター・マープラテンシス(Achromobacter marplatensis)、アクロモバクター・スパニウス(Achromobacter spanius)、アクロモバクター・キシロソキシダンス亜種キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans)、アシドボラクス・コンジャシ(Acidovorax konjaci)、アシドボラクス・ラディシス(Acidovorax radicis)、アシネトバクター・ジョンソニイ(Acinetobacter johnsonii)、アクチノマヅラ・シトレア(Actinomadura citrea)、アクチノマヅラ・コエルレア(Actinomadura coerulea)、アクチノマヅラ・フィブローサ(Actinomadura fibrosa)、アクチノマヅラ・フルベセンス(Actinomadura fulvescens)、アクチノマヅラ・ジアオヘエンシス(Actinomadura jiaoheensis)、アクチノマヅラ・ルテオフルオレッセンス(Actinomadura luteofluorescens)、アクチノマヅラ・メキシカーナ(Actinomadura mexicana)、アクチノマヅラ・ニトリチゲネス(Actinomadura nitritigenes)、アクチノマヅラ・ベルコソスポラ(Actinomadura verrucosospora)、アクチノマヅラ・ユマエンシス(Actinomadura yumaensis)、アクチノマイセス・オドントリチカス、アクチノマイストスポラ・アティピカ(Actinomycetospora atypica)、アクチノマイストスポラ・コルチシコラ(Actinomycetospora corticicola)、アクチノマイストスポラ・リゾフィラ(Actinomycetospora rhizophila)、アクチノマイストスポラ・リシリエンシス(Actinomycetospora rishiriensis)、アエロモナス・アウストラリエンシス(Aeromonas australiensis)、アエロモナス・ベスチアルム(Aeromonas bestiarum)、アエロモナス・ビバルビウム(Aeromonas bivalvium)、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、アエロモナス・オイクレノフィラ(Aeromonas eucrenophila)、アエロモナス・ヒドロフィラ亜種ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila)、アエロモナス・ピスキコラ(Aeromonas piscicola)、アエロモナス・ポポフィイ(Aeromonas popoffii)、アエロモナス・リーブリー(Aeromonas rivuli)、アエロモナス・サルモニシダ亜種ペクチノリティカ(Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica.)、アエロモナス・サルモニシダ亜種スミシア(Aeromonas salmonicida subsp. smithia)、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アミノバクター・アガノエンシス(Aminobacter aganoensis)、アミノバクター・シセロンエイ(Aminobacter ciceronei)、アミノバクター・リサレンシス(Aminobacter lissarensis)、アミノバクター・ニイガタエンシス(Aminobacter niigataensis)、アンサイロバクター・ポリモーフス(Ancylobacter polymorphus)、アノキシバチルス・フラビサーマス亜種ユンナネンシス(Anoxybacillus flavithermus subsp. yunnanensis)、アクアミクロビウム・アエロラータム(Aquamicrobium aerolatum)、アーキアンギウム・ゲファイラ(Archangium gephyra)、アーキアンギウム・ゲファイラ、アーキアンギウム・ミヌス(Archangium minus)、アーキアンギウム・ビオラセウム(Archangium violaceum)、アルスロバクター・ビスコサス(Arthrobacter viscosus)、バチルス・アントラシス、バチルス・アウストラリマリス(Bacillus australimaris)、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バシラス・ミコイデス(Bacillus mycoides)、バチルス・シュードマイコイデス(Bacillus pseudomycoides)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・サフェンシス(Bacillus safensis)、バチルス・バリスモルティス(Bacillus vallismortis)、ボセア・チオオキシダンス(Bosea thiooxidans)、ブラジリゾビウム・フアングフアイハイエンセ(Bradyrhizobium huanghuaihaiense)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ブレブンジモナス・アウランティアカ(Brevundimonas aurantiaca)、ブレブンジモナス・インターメディア(Brevundimonas intermedia)、バークホルデリア・アスパラチ(Burkholderia aspalathi)、バークホルデリア・チョイカ(Burkholderia choica)、バークホルデリア・コルドベンシス(Burkholderia cordobensis)、バークホルデリア・ディフューザ(Burkholderia diffusa)、バークホルデリア・インサルサ(Burkholderia insulsa)、バークホルデリア・リンコシアエ(Burkholderia rhynchosiae)、バークホルデリア・テレストリス(Burkholderia terrestris)、バークホルデリア・ウーデイス(Burkholderiaudeis)、ブティアウクセラ・ガビニアエ(Buttiauxella gaviniae)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、キチノファーガ・ディンフエンシス(Chitinophaga dinghuensis)、クリセオバクテリウム・グレウム(Chryseobacterium gleum)、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・ジェジュエンス(Chryseobacterium jejuense)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・セディミニス(Chryseobacterium sediminis)、クリセオバクテリウム・トルクタエ(Chryseobacterium tructae)、クリセオバクテリウム・ウレイリティカム(Chryseobacterium ureilyticum)、クリセオバクテリウム・ベトナメンセ(Chryseobacterium vietnamense)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・スンドスバレンス(Corynebacterium sundsvallense)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、キュープリアビダス・ナントンゲンシス(Cupriavidus nantongensis)、キュープリアビダス・ネカター(Cupriavidus necator)、キュープリアビダス・パンパエ(Cupriavidus pampae)、キュープリアビダス・イェオンケオネンシス(Cupriavidus yeoncheonensis)、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス(Curtobacterium flaccumfaciens)、デヴォシア・エピデルミディヒルディニス(Devosia epidermidihirudinis)、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、デヴォシア・リボフラビナ、ダイアフォロバクター・オリザエ(Diaphorobacter oryzae)、ディエジア・サイクラルカリフィラ(Dietzia psychralcaliphila)、エンシフェル・アダエレンス(Ensifer adhaerens)、エンシフェル・アメリカヌス(Ensifer americanus)、エンテロコッカス・マロドラタス(Enterococcus malodoratus)、エンテロコッカス・シュードアビウム(Enterococcus pseudoavium)、エンテロコッカス・ビーキエンシス(Enterococcus viikkiensis)、エンテロコッカス・シャンファンゲンシス(Enterococcus xiangfangensis)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、フラボバクテリウム・アラウカナナム(Flavobacterium araucananum)、フラボバクテリウム・フリギディマリス(Flavobacterium frigidimaris)、グルコノバクター・フラチューリ(Gluconobacter frateurii)、グルコノバクター・タイランディカス(Gluconobacter thailandicus)、ゴルドニア・アルカニボランス(Gordonia alkanivorans)、ハロモナス・アクアマリナ(Halomonas aquamarina)、ハロモナス・アキシアレンシス(Halomonas axialensis)、ハロモナス・メリディアーナ(Halomonas meridiana)、ハロモナス・オリヴァリア(Halomonas olivaria)、ハロモナス・ソングネネンシス(Halomonas songnenensis)、ハロモナス・バリアビリス(Halomonas variabilis)、ハーバスピリラム・クロロフェノリカム(Herbaspirillum chlorophenolicum)、ハーバスピリラム・フリシンゲンス(Herbaspirillum frisingense)、ハーバスピリラム・ヒルトナー(Herbaspirillum hiltneri)、ハーバスピリラム・フティエンス亜種プテイ(Herbaspirillum huttiense subsp. putei)、ハーバスピリラム・ルシタナム(Herbaspirillum lusitanum)、ヘルミニイモナス・フォンティコーラ(Herminiimonas fonticola)、ハイドロゲノファーガ・インターメディア(Hydrogenophaga intermedia)、ハイドロゲノファーガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、クレブシエラ・オキシトカ、コサコニア・サッカリ(Kosakonia sacchari)、ラクトバチルス・デルブルエッキー亜種ブルガリクス(Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus)、ラクトバチルス・モデスティサリトレランス(Lactobacillus modestisalitolerans)、ラクトバチルス・プランタラム亜種アルゲントラテンシス(Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis)、ラクトバチルス・シャンファンゲンシス(Lactobacillus xiangfangensis)、レチェバリエリア・ロセリニアエ(Lechevalieria roselyniae)、レンツィア・アルビーダ(Lentzea albida)、レンツィア・カリフォルニエンシス(Lentzea californiensis)、ロイコノストック・カーノサム(Leuconostoc carnosum)、ロイコノストック・シトレウム(Leuconostoc citreum)、ロイコノストック・ゲリダム亜種ガシコミタータム(Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum)、ロイコノストック・メセンテロイデス亜種スイオニカム(Leuconostoc mesenteroides subsp. suionicum)、ルテイモナス・アエスツアリイ(Luteimonas aestuarii)、リソバクター・アンティビオティカス(Lysobacter antibioticus)、リソバクター・コーリエンシス(Lysobacter koreensis)、リソバクター・オリザエ(Lysobacter oryzae)、マグネトスピリラム・モスコヴィエンセ(Magnetospirillum moscoviense)、マリノモナス・アルカラジイ(Marinomonas alcarazii)、マリノモナス・プリモリエンシス(Marinomonas primoryensis)、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・・ジェジュエンシス(Massilia jejuensis)、マシリア・キョンギエンシス(Massilia kyonggiensis)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、メソリゾビウム・アカシアエ(Mesorhizobium acaciae)、メソリゾビウム・キングシェンギ(Mesorhizobium qingshengii)、メソリゾビウム・ショネンセ(Mesorhizobium shonense)、メチロバクテリウム・ハプロクラジイ(Methylobacterium haplocladii)、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチロバクテリウム・ザトマニイ(Methylobacterium zatmanii)、ミクロバクテリウム・オキシダンス(Microbacterium oxydans)、ミクロモノスポラ・カイヤプメンシス(Micromonospora chaiyaphumensis)、ミクロモノスポラ・カルセア(Micromonospora chalcea)、ミクロモノスポラ・シトレア(Micromonospora citrea)、ミクロモノスポラ・コクセンシス(Micromonospora coxensis)、ミクロモノスポラ・エキノフュスカ(Micromonospora echinofusca)、ミクロモノスポラ・ハロフィティカ(Micromonospora halophytica)、ミクロモノスポラ・カングレイパケンシス(Micromonospora kangleipakensis)、ミクロモノスポラ・マリティマ(Micromonospora maritima)、ミクロモノスポラ・ニガー(Micromonospora nigra)、ミクロモノスポラ・パープレオクロモゲネス(Micromonospora purpureochromogenes)、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ(Micromonospora rhizosphaerae)、ミクロモノスポラ・サエリセセンシス(Micromonospora saelicesensis)、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、ミクロヴィルガ・ザンビエンシス(Microvirga zambiensis)、マ
イコバクテリウム・アルベイ(Mycobacterium alvei)、マイコバクテリウム・アビウム亜種シルバティカム(Mycobacterium avium subsp. silvaticum)、マイコバクテリウム・コロンビェンス(Mycobacterium colombiense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス(Mycobacterium conceptionense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・ファルシノゲネス(Mycobacterium farcinogenes)、マイコバクテリウム・ホルツイツム亜種フォルトゥイタム(Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum)、マイコバクテリウム・グッディイ(Mycobacterium goodii)、マイコバクテリウム・インスブリクム(Mycobacterium insubricum)、マイコバクテリウム・ラトゼレンセ(Mycobacterium llatzerense)、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ニューオルレアンセンス(Mycobacterium neworleansense)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、マイコバクテリウム・ペレグリヌム(Mycobacterium peregrinum)、マイコバクテリウム・サオパウレンセ(Mycobacterium saopaulense)、マイコバクテリウム・セプティカム(Mycobacterium septicum)、マイコバクテリウム・セテンス(Mycobacterium setense)、マイコバクテリウム・スメグマティス(Mycobacterium smegmatis)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ノカルディア・リジャンゲンシス(Nocardia lijiangensis)、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、ノボスフィンゴビウム・バルカイミイ(Novosphingobium barchaimii)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム(Novosphingobium lindaniclasticum)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、ノボスフィンゴビウム・マツレンセ(Novosphingobium mathurense)、オクロバクトラム・シュードグリグノネンス(Ochrobactrum pseudogrignonense)、オキサリチバクテリウム・ソルルビス(Oxalicibacterium solurbis)、パラバークホルデリア・グラセリ(Paraburkholderia glathei)、パラバークホルデリア・ヒュミ(Paraburkholderia humi)、パラバークホルデリア・フェナジニウム(Paraburkholderia phenazinium)、パラバークホルデリア・フィトフィルマンス(Paraburkholderia phytofirmans)、パラバークホルデリア・ソルデイディコーラ(Paraburkholderia sordidicola)、パラバークホルデリア・テリコーラ(Paraburkholderia terricola)、パラバークホルデリア・ゼノボランス(Paraburkholderia xenovorans)、パラコッカス・ラエビグルコシボランス(Paracoccus laeviglucosivorans)、パツリバクター・ギンセンギテラエ(Patulibacter ginsengiterrae)、ポリモーフォスポラ・ルブラ(Polymorphospora rubra)、ポルフィロバクター・コリンビ(Porphyrobacter colymbi)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロテウス・ブルガリス(Proteus vulgaris)、プロビデンシア・ラスティジアニイ、シュードアルテロモナス・アガリボランス(Pseudoalteromonas agarivorans)、シュードアルテロモナス・アトランティカ(Pseudoalteromonas atlantica)、シュードアルテロモナス・パラゴルジコーラ(Pseudoalteromonas paragorgicola)、シュードモナス・アスプレニイ(Pseudomonas asplenii)、シュードモナス・アスエンシス(Pseudomonas asuensis)、シュードモナス・ベンゼニボランス(Pseudomonas benzenivorans)、シュードモナス・カンナビナ(Pseudomonas cannabina)、シュードモナス・シシコーラ(Pseudomonas cissicola)、シュードモナス・コンゲランス(Pseudomonas congelans)、シュードモナス・コスタンチニイ(Pseudomonas costantinii)、シュードモナス・フィクセレクタエ(Pseudomonas ficuserectae)、シュードモナス・フレデリクスベーゲンシス(Pseudomonas frederiksbergensis)、シュードモナス・グラミニス(Pseudomonas graminis)、シュードモナス・ジェッセニイ(Pseudomonas jessenii)、シュードモナス・コレンシス(Pseudomonas koreensis)、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・クンミンゲンシス(Pseudomonas kunmingensis)、シュードモナス・マルギナリス(Pseudomonas marginalis)、シュードモナス・ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス・パナシス(Pseudomonas panacis)、シュードモナス・プレコグロシシダ(Pseudomonas plecoglossicida)、シュードモナス・ポアエ(Pseudomonas poae)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)、シュードモナス・レイネケイ(Pseudomonas reinekei)、シュードモナス・リゾスファエラエ(Pseudomonas rhizosphaerae)、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス(Pseudomonas seleniipraecipitans)、シュードモナス・ウムソンゲンシス(Pseudomonas umsongensis)、シュードモナス・ザオドンゲンシス(Pseudomonas zhaodongensis)、シュードノカルディア・アラニニフィラ(Pseudonocardia alaniniphila)、シュードノカルディア・アンモニオキシダンス(Pseudonocardia ammonioxydans)、シュードノカルディア・オートトロフィカ(Pseudonocardia autotrophica)、シュードノカルディア・コンジュエンシス(Pseudonocardia kongjuensis)、シュードノカルディア・ユンナネンシス(Pseudonocardia yunnanensis)、シュードルロドフェラクス・ソリ(Pseudorhodoferax soli)、シュードキサントモナス・デジョネンシス(Pseudoxanthomonas daejeonensis)、シュードキサントモナス・インディカ(Pseudoxanthomonas indica)、シュードキサントモナス・カオシュンゲンシス(Pseudoxanthomonas kaohsiungensis)、サイクロバクター・アクアティカス(Psychrobacter aquaticus)、サイクロバクター・アークティカス(Psychrobacter arcticus)、サイクロバクター・セレー(Psychrobacter celer)、サイクロバクター・マリンコーラ(Psychrobacter marincola)、サイクロバクター・ニビマリス(Psychrobacter nivimaris)、サイクロバクター・オホーツケンシス(Psychrobacter okhotskensis)、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・ピスカトリイ(Psychrobacter piscatorii)、サイクロバクター・プルモニス(Psychrobacter pulmonis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・ジャポニカ(Rheinheimera japonica)、レインヘイメラ・ムエンゼンベルゲンシス(Rheinheimera muenzenbergensis)、レインヘイメラ・ソリ(Rheinheimera soli)、レインヘイメラ・タングスハネンシス(Rheinheimera tangshanensis)、レインヘイメラ・テキサセンシス、レインヘイメラ・チラピアエ(Rheinheimera tilapiae)、リゾビウム・アラミ(Rhizobium alamii)、リゾビウム・アジベンセ(Rhizobium azibense)、リゾビウム・ビナエ(Rhizobium binae)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・エンドフィティカム(Rhizobium endophyticum)、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)、リゾビウム・ファバエ(Rhizobium fabae)、リゾビウム・フレイレイ(Rhizobium freirei)、リゾビウム・ガリカム(Rhizobium gallicum)、リゾビウム・ロエセンス(Rhizobium loessense)、リゾビウム・ソフォリラディシス(Rhizobium sophoriradicis)、リゾビウム・タイバイシャネンセ(Rhizobium taibaishanense)、リゾビウム・バリス(Rhizobium vallis)、リゾビウム・ビグネ(Rhizobium vignae)、リゾビウム・ビグネ、リゾビウム・ヤンリンゲンス(Rhizobium yanglingense)、ロドコッカス・バイコヌレンシス(Rhodococcus baikonurensis)、ロドコッカス・エンクレンシス(Rhodococcus enclensis)、ロドフェラクス・サイデンバチェンシス(Rhodoferax saidenbachensis)、リケッチア・カナデンシス(Rickettsia canadensis)、リケッチア・ヘイロンジャンゲンシス(Rickettsia heilongjiangensis)、リケッチア・ホネイ(Rickettsia honei)、リケッチア・ラオウルチイ(Rickettsia raoultii)、ロゼアテレス・アクアティリス(Roseateles aquatilis)、ロゼアテレス・アクアティリス、サルモネラ・エンテリカ亜種サラメ(Salmonella enterica subsp. salamae)、セラチア・フィカリア(Serratia ficaria)、セラチア・ミオティス(Serratia myotis)、セラチア・ウェスペルティオニス(Serratia vespertilionis)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シェワネラ・デコロラティオニス(Shewanella decolorationis)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、スフィンゴビウム・バデリ(Sphingobium baderi)、スフィンゴビウム・バルタイイ(Sphingobium barthaii)、スフィンゴビウム・クロロフェノリカム(Sphingobium chlorophenolicum)、スフィンゴビウム・キュプリレシステンス(Sphingobium cupriresistens)、スフィンゴビウム・チェチェンセ(Sphingobium czechense)、スフィンゴビウム・フリギニス(Sphingobium fuliginis)、スフィンゴビウム・インディカム(Sphingobium indicum)、スフィンゴビウム・インディカム、スフィンゴビウム・ジャポニカム(Sphingobium japonicum)、スフィンゴビウム・ラクトステンス(Sphingobium lactosutens)、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナス・シュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴピキシス・チレンシス(Sphingopyxis chilensis)、スフィンゴピキシス・フリベルゲンシス(Sphingopyxis fribergensis)、スフィンゴピキシス・グラニュリー(Sphingopyxis granuli)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スフィンゴピキシス・ウィトフラリエンシス(Sphingopyxis witflariensis)、スタフィロコッカス・アグネティス(Staphylococcus agnetis)、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウス(Staphylococcus aureus subsp. aureus)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス、スタフィロコッカス・サプロフィティカス亜種ボビス(Staphylococcus saprophyticus subsp. bovis)、スタフィロコッカス・シウリ亜種カーナティカス(Staphylococcus sciuri subsp. carnaticus)、ストレプトマイセス・カエルレウス(Streptomyces caeruleatus)、ストレプトマイセス・カナリウス(Streptomyces canarius)、ストレプトマイセス・カポアムス(Streptomyces capoamus)、ストレプトマイセス・シスカウカシカス(Streptomyces ciscaucasicus)、ストレプトミセス・グリセオルビジノサス(Streptomyces griseorubiginosus)、ストレプトマイセス・オリバセオビリディス(Streptomyces olivaceoviridis)、ストレプトマイセス・パナシラディシス(Streptomyces panaciradicis)、ストレプトマイセス・ファエオパープレウス(Streptomyces phaeopurpureus)、ストレプトマイセス・シュードベネズエラエ(Streptomyces pseudovenezuelae)、ストレプトマイセス・レジストマイシフィカス(Streptomyces resistomycificus)、チアンウェイタニア・セディミニス(Tianweitania sediminis)、ツカムレラ・パウロメタボラ(Tsukamurella paurometabola)、バリオボラックス・グァングキシエンシス(Variovorax guangxiensis)、ボゲセラ・アルカリフィラ(Vogesella alkaliphila)、キサントモナス・アルボリコーラ(Xanthomonas arboricola)、キサントモナス・アクソノポディス(Xanthomonas axonopodis)、キサントモナス・カッサバエ(Xanthomonas cassavae)、キサントモナス・ククルビタエ(Xanthomonas cucurbitae)、キサントモナス・サイナラエ(Xanthomonas cynarae)、キサントモナス・オイベシカトリア(Xanthomonas euvesicatoria)、キサントモナス・フラガリエ(Xanthomonas fragariae)、キサントモナス・ガルドネリー(Xanthomonas gardneri)、キサントモナス・パーフォランス(Xanthomonas perforans)、キサントモナス・ピシ(Xanthomonas pisi)、キサントモナス・ポプリ(Xanthomonas populi)、キサントモナス・バシコーラ(Xanthomonas
vasicola)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、エルシニア・ヌルミイ(Yersinia nurmii)、アビトロフィア・デフェクティバ(Abiotrophia defectiva)、アシドセラ・アミノリティカ(Acidocella aminolytica)、アシネトバクター・グアングドンゲンシス(Acinetobacter guangdongensis)、アシネトバクター・パルブス(Acinetobacter parvus)、アシネトバクター・レイディオレジステンス(Acinetobacter radioresistens)、アシネトバクター・ソリ(Acinetobacter soli)、アシネトバクター・バリアビリス(Acinetobacter variabilis)、アクチノマイセス・カーディフェンシス(Actinomyces cardiffensis)、アクチノマイセス・デンターリス(Actinomyces dentalis)、アクチノマイセス・ユーロパエウス(Actinomyces europaeus)、アクチノマイセス・ゲレンセリアエ(Actinomyces gerencseriae)、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ(Actinomyces graevenitzii)、アクチノマイセス・ハリオウティス(Actinomyces haliotis)、アクチノマイセス・ジョンソニイ(Actinomyces johnsonii)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、アクチノマイセス・メイエリー(Actinomyces meyeri)、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ、アクチノマイセス・ノウイイ亜種アニトラツス(Actinomyces neuii subsp. anitratus)、アクチノマイセス・オドントリチカス、アクチノマイセス・オリス(Actinomyces oris)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)、アクチノマイストスポラ・コルチシコラ、アクチノティグナム・サッアリイ(Actinotignum schaalii)、アエロコッカス・クリステンセニイ(Aerococcus christensenii)、アエロコッカス・ウリナエ(Aerococcus urinae)、アエロミクロビウム・フラバム(Aeromicrobium flavum)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ、アエロミクロビウム・タムレンセ(Aeromicrobium tamlense)、アエロモナス・シャルマナ(Aeromonas sharmana)、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(Aggregatibacter aphrophilus)、アグリゲイティバクター・セグニス(Aggregatibacter segnis)、アグロコッカス・バルドリ(Agrococcus baldri)、アルビバクター・メチロボランス(Albibacter methylovorans)、アルカリゲネス・フェカリス亜種フェーカリス(Alcaligenes faecalis subsp. faecalis)、アルゴリファガス・ラトコウスキ(Algoriphagus ratkowskyi)、アルカリバクテリウム・オリバポブリチカス(Alkalibacterium olivapovliticus)、アルカリバクテリウム・ペラギウム(Alkalibacterium pelagium)、アルカリバクテリウム・ペラギウム、アロプレボテラ・ラバ(Alloprevotella rava)、アルソバクター・メタリデュランス(Alsobacter metallidurans)、アマリコッカス・カプリセンシス、アマリコッカス・ベロネンシス、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス、アナエロコッカス・ラクトリティカス(Anaerococcus lactolyticus)、アナエロコッカス・ムルドチイ(Anaerococcus murdochii)、アナエロコッカス・オクタビウス(Anaerococcus octavius)、アナエロコッカス・プレボティイ、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)、アクアバクテリウム・シトラティフィルム(Aquabacterium citratiphilum)、アクアバクテリウム・オレイ(Aquabacterium olei)、アクアバクテリウム・オレイ、アクアバクテリウム・パーブム(Aquabacterium parvum)、アクインコラ・テルチアリカルボニス(Aquincola tertiaricarbonis)、アクロバクター・ベネルピス(Arcobacter venerupis)、アルセニシコッカス・ボリデンシス(Arsenicicoccus bolidensis)、アルスロバクター・ルシカス(Arthrobacter russicus)、アスティカカウリス・エクスセントリカス(Asticcacaulis excentricus)、アトポビウム・デルタエ(Atopobium deltae)、アトポビウム・パルブルム(Atopobium parvulum)、アトポビウム・リマエ(Atopobium rimae)、アトポビウム・バギナエ(Atopobium vaginae)、オーレイモナス・アルタミレンシス(Aureimonas altamirensis)、オーレイモナス・ルビギニス(Aureimonas rubiginis)、アゾスピラ・オリザエ(Azospira oryzae)、アゾスピリラム・オリゼー(Azospirillum oryzae)、バチルス・シルクランス(Bacillus circulans)、バチルス・ドレンテンシス、バチルス・ファスティディオスス(Bacillus fastidiosus)、バチルス・レヘンシス(Bacillus lehensis)、バチルス・オオセミニシミニス(Bacillus oceanisediminis)、バチルス・リゾスファエラエ(Bacillus rhizosphaerae)、バクテリオボラックス・ストルピイ(Bacteriovorax stolpii)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・オバータス、バクテロイデス・スターコリス、バクテロイデス・ユニフォルミス、バクテロイデス・ブルガタス、ブデロビブリオ・バクテリオヴォルス(Bdellovibrio bacteriovorus)、ブデロビブリオ・エクソボラス(Bdellovibrio exovorus)、ベルナピア・モアベンシス(Belnapia moabensis)、ベルナピア・ソリ(Belnapia soli)、ブラウティア・ハンセニ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・ウェクスレレ、ボセア・ラチリ(Bosea lathyri)、ブラキバクテリウム・フレスコニス(Brachybacterium fresconis)、ブラキバクテリウム・ムリス(Brachybacterium muris)、ブレビバクテリウム・アンモニイリティカム(Brevibacterium ammoniilyticum)、ブレビバクテリウム・カセイ(Brevibacterium casei)、ブレビバクテリウムエピデルミディス(Brevibacterium epidermidis)、ブレビバクテリウム・イオディナム(Brevibacterium iodinum)、ブレビバクテリウム・ルテオルム(Brevibacterium luteolum)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレビバクテリウム・ピティオカンパエ(Brevibacterium pityocampae)、ブレビバクテリウム・サングイニス(Brevibacterium sanguinis)、ブレブンディモナス・アルビギルバ(Brevundimonas albigilva)、ブレブンディモナス・ディミヌタ(Brevundimonas diminuta)、ブレバンディモナス・バンカンニーティ(Brevundimonas vancanneytii)、カエニモナス・テラエ、カリディフォンティバクター・インディカス(Calidifontibacter indicus)、カンピロバクター・コンサイサス、カンピロバクター・グラシリス(Campylobacter gracilis)、カンピロバクター・ホミニス(Campylobacter hominis)、カンピロバクター・レクタス(Campylobacter rectus)、カンピロバクター・ショウアエ(Campylobacter showae)、カンピロバクター・ウレオリティカス(Campylobacter ureolyticus)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス、キャプノサイトファガ・リードベッテリ(Capnocytophaga leadbetteri)、キャプノサイトファガ・オクラセア(Capnocytophaga ochracea)、キャプノサイトファガ・スプチゲナ(Capnocytophaga sputigena)、カーディオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、カルディオバクテリウム・バルバリューム(Cardiobacterium valvarum)、カーノバクテリウム・ディバーゲンス(Carnobacterium divergens)、ケトネラ・モルビ(Catonella morbi)、カウロバクター・ヘンリシイ(Caulobacter henricii)、カビセラ・サブテラニア(Cavicella subterranea)、セルロモナス・キシラニリティカ(Cellulomonas xylanilytica)、セルビブリオ・ブルガリス(Cellvibrio vulgaris)、キチニモナス・タイワネンシス(Chitinimonas taiwanensis)、クリセオバクテリウム・アラキディス(Chryseobacterium arachidis)、クリセオバクテリウム・デケオンゲンス(Chryseobacterium daecheongense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス(Chryseobacterium formosense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス、クリセオバクテリウム・インドロゲネス(Chryseobacterium indologenes)、クリセオバクテリウム・ピスシウム、クリセオバクテリウム・リグイ(Chryseobacterium rigui)、クリセオバクテリウム・ソラニ(Chryseobacterium solani)、クリセオバクテリウム・タクリマカネンセ(Chryseobacterium taklimakanense)、クリセオバクテリウム・ウレイリティカム、クリセオバクテリウム・ウレイリティカム、クリセオバクテリウム・ジアエ(Chryseobacterium zeae)、クリセオミクロビウム・オウレアム(Chryseomicrobium aureum)、クロアシバクテリウム・ハリオティス(Cloacibacterium haliotis)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス(Cloacibacterium normanense)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、コリンゼラ・アエロファシエンス、コマモナス・デニトリフィカンス(Comamonas denitrificans)、コマモナス・トリゲナ(Comamonas terrigena)、コリネバクテリウム・アクコレンス、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス、コリネバクテリウム・アミコラツム、コリネバクテリウム・アウリムコスム(Corynebacterium aurimucosum)、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・コイレアエ(Corynebacterium coyleae)、コリネバクテリウム・デューラム(Corynebacterium durum)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(Corynebacterium freiburgense)、コリネバクテリウム・グラウカム(Corynebacterium glaucum)、コリネバクテリウム・グリシニフィラム(Corynebacterium glyciniphilum)、コリネバクテリウム・イミタンス(Corynebacterium imitans)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム(Corynebacterium jeikeium)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ(Corynebacterium kroppenstedtii)、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム(Corynebacterium lipophiloflavum)、コリネバクテリウム・マシリエンゼ(Corynebacterium massiliense)、コリネバクテリウム・マスティタイデス(Corynebacterium mastitidis)、コリネバクテリウム・マトルコティイ(Corynebacterium matruchotii)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム、コリネバクテリウム・ムシファシエンス(Corynebacterium mucifaciens)、コリネバクテリウム・ムステラエ(Corynebacterium mustelae)、コリネバクテリウム・ミセトイデス(Corynebacterium mycetoides)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、コリネバクテリウム・シミュランス(Corynebacterium simulans)、コリネバクテリウム・シングラレ(Corynebacterium singulare)、コリネバクテリウム・スプュティ(Corynebacterium sputi)、コリネバクテリウム・スイコルディス(Corynebacterium suicordis)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス(Conynebacterium ureicelerivorans)、コリネバクテリウム・バリアビレ(Corynebacterium variabile)、コウチオプラネス・カエルレウス亜種カエルレウス(Couchioplanes caeruleus subsp. caeruleus)、キュープリアビダス・メタリデュランス、カートバクテリウム・ヘルバルム(Curtobacterium herbarum)、デクロロモナス・アギタタ(Dechloromonas agitata)、デイノコッカス・アクチノスクレラス(Deinococcus actinosclerus)、デイノコッカス・アンタルクチカス(Deinococcus antarcticus)、デイノコッカス・カエニー(Deinococcus caeni)、デイノコッカス・フィカス(Deinococcus ficus)、デイノコッカス・ゲオサーマリス(Deinococcus geothermalis)、デイノコッカス・ラジオデュランス(Deinococcus radiodurans)、デイノコッカス・ブルムクイエンシス(Deinococcus wulumuqiensis)、デイノコッカス・シンジャンゲンシス(Deinococcus xinjiangensis)、デルマバクター・ホミニス、デルマバクター・バギナリス(Dermabacter vaginalis)、ダーマコッカス・ニシノミヤエンシス(Dermacoccus nishinomiyaensis)、デセムジア・インセルタ(Desemzia incerta)、デセルティバクター・ロセウス(Desertibacter roseus)、ディアリスター・インビサス(Dialister invisus)、ディアリスター・ミクラエロフィルス(Dialister micraerophilus)、ディアリス
ター・プロピオニシファシエンス(Dialister propionicifaciens)、ディエジア・オーランチアカ(Dietzia aurantiaca)、ディエジア・セルシディフィリ(Dietzia cercidiphylli)、ディエジア・ティモレンシス(Dietzia timorensis)、ディエジア・ティモレンシス、ドクドネラ・コーリエンシス(Dokdonella koreensis)、ドクドネラ・コーリエンシス、ドロシグラヌルム・ピグルム(Dolosigranulum pigrum)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)、エリザベトキンギア・ミリコーラ(Elizabethkingia miricola)、エルステラ・リトラリス(Elstera litoralis)、エンペドバクター・ブレビス(Empedobacter brevis)、エンハイドロバクター・アエロサックス(Enhydrobacter aerosaccus)、エンテロバクター・シャンファンゲンシス(Enterobacter xiangfangensis)、エンテロコッカス・アクイマリヌス(Enterococcus aquimarinus)、エンテロコッカス・フェカーリス、エンテロコッカス・オリバエ(Enterococcus olivae)、エルウィニア・ラポンティシ、ユーバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、ユーバクテリウム・インフィルマム(Eubacterium infirmum)、ユーバクテリウム・レクタレ、ユーバクテリウム・サフェヌム(Eubacterium saphenum)、ユーバクテリウム・サルシ(Eubacterium sulci)、エキシグオバクテリウム・メキシカナム(Exiguobacterium mexicanum)、ファクラミア・タバシナサリス(Facklamia tabacinasalis)、ファルシロドバクター・ハロトレランス、フィネゴルディア・マグナ、フラボバクテリウム・キュティヒルディニス(Flavobacterium cutihirudinis)、フラボバクテリウム・リンダニトレランス(Flavobacterium lindanitolerans)、フラボバクテリウム・レジステンス(Flavobacterium resistens)、フリードマンニエラ・カプスラタ(Friedmanniella capsulata)、フゾバクテリウム・ヌクレタム亜種ポリモーフム(Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum)、ゲメラ・ヘモリザンス(Gemella haemolysans)、ゲメラ・モルビロルム(Gemella morbillorum)、ゲメラ・パラティカニス(Gemella palaticanis)、ゲメラ・サングイニス(Gemella sanguinis)、ゲンモバクター・アクアティカス(Gemmobacter aquaticus)、ゲンモバクター・カエニー(Gemmobacter caeni)、ゴルドニア・ジンフアエンシス(Gordonia jinhuaensis)、ゴルドニア・クロッペンステッティイ(Gordonia kroppenstedtii)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス(Gordonia polyisoprenivorans)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス、グラニュリカテラ・アディアセンス(Granulicatella adiacens)、グラニュリカテラ・エレガンス(Granulicatella elegans)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・スプトルム(Haemophilus sputorum)、ハロモナス・サルフィダエリス(Halomonas sulfidaeris)、ヘルペトシフォン・オーランティアカス(Herpetosiphon aurantiacus)、ハイドロカルボニファーガ・エフューサ(Hydrocarboniphaga effusa)、イディオマリナ・マリス(Idiomarina maris)、ジャニバクター・アノフェリス(Janibacter anophelis)、ジャニバクター・ホイレイ(Janibacter hoylei)、ジャニバクター・インディカス(Janibacter indicus)、ジャニバクター・リモーサス(Janibacter limosus)、ジャニバクター・メロニス(Janibacter melonis)、ジェオトガリコッカス・ハロフィルス(Jeotgalicoccus halophilus)、ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、カイスティア・ゲウムホネンシス(Kaistia geumhonensis)、キンゲラ・デニトリフィカンス(Kingella denitrificans)、キンゲラ・オラリス(Kingella oralis)、クレブシエラ・オキシトカ、ノエリア・アエロラータ(Knoellia aerolata)、クノエリア・ロシパカチ(Knoellia locipacati)、コクリア・アトリナエ(Kocuria atrinae)、コクリア・カルニフィラ(Kocuria carniphila)、コクリア・クリスティナエ(Kocuria kristinae)、コクリア・パルストリス(Kocuria palustris)、コクリア・ツルファネンシス(Kocuria turfanensis)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム(Lachnoanaerobaculum saburreum)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム、ラクトバチルス・クリスパータス(Lactobacillus crispatus)、ラクトバチルス・イナース、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス(Lactococcus lactis subsp. lactis)、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ピスシウム(Lactococcus piscium)、ラピリコッカス・ジェジュエンシス(Lapillicoccus jejuensis)、ロートロピア・ミラビリス(Lautropia mirabilis)、レジオネラ・ベリアデンシス(Legionella beliardensis)、レプトトリキア・ブカリス(Leptotrichia buccalis)、レプトトリキア・グッドフェローイイ(Leptotrichia goodfellowii)、レプトトリキア・ホフスタディイ(Leptotrichia hofstadii)、レプトトリキア・ホンコンエンシス(Leptotrichia hongkongensis)、レプトトリキア・シャーイイ(Leptotrichia shahii)、レプトトリキア・トレビサニイ(Leptotrichia trevisanii)、レプトトリキア・ウェイディイ、ルテイモナス・テリコーラ(Luteimonas terricola)、リジニバチルス・フシフォルミス(Lysinibacillus fusiformis)、リソバクター・スポンギイコラ(Lysobacter spongiicola)、リソバクター・シンジャンゲンシス(Lysobacter xinjiangensis)、マクロコッカス・カセオリティカス(Macrococcus caseolyticus)、マルモリコーラ・ポチェオネンシス(Marmoricola pocheonensis)、マルモリコーラ・スコリアエ(Marmoricola scoriae)、マシリア・アルカリトレランス(Massilia alkalitolerans)、マシリア・アルカリトレランス、マシリア・オーレア、マシリア・プリカータ(Massilia plicata)、マシリア・チモナエ、メガモナス・ルペレンシス(Megamonas rupellensis)、メイオサーマス・シルバヌス(Meiothermus silvanus)、メチロバクテリウム・タングクエンス(Methylobacterium dankookense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス(Methylobacterium goesingense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・イスビリエンス(Methylobacterium isbiliense)、メチロバクテリウム・ジェトガリ(Methylobacterium jeotgali)、メチロバクテリウム・オキサリディス(Methylobacterium oxalidis)、メチロバクテリウム・プラタニ、メチロバクテリウム・シュードサシコラ、メチルオーバーティリス・ユニバーサリ(Methyloversatilis universalis)、ミクロバクテリウム・フォリオーラム(Microbacterium foliorum)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ(Microbacterium hydrothermale)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ、ミクロバクテリウム・ラクチクム(Microbacterium lacticum)、ミクロバクテリウム・ラクチクム、ミクロバクテリウム・レバニフォルマンス(Microbacterium laevaniformans)、ミクロバクテリウム・パルディコーラ(Microbacterium paludicola)、ミクロバクテリウム・ペトロレアリウム(Microbacterium petrolearium)、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ(Microbacterium phyllosphaerae)、ミクロバクテリウム・レジステンス(Microbacterium resistens)、ミクロコッカス・アンタルクティカス(Micrococcus antarcticus)、ミクロコッカス・コーニイ(Micrococcus cohnii)、ミクロコッカス・フラブス(Micrococcus flavus)、ミクロコッカス・ライレ(Micrococcus lylae)、ミクロコッカス・テレウス(Micrococcus terreus)、ミクロルナタス・アウランティアクス(Microlunatus aurantiacus)、ミクロプルイナ・グライコゲニカ(Micropruina glycogenica)、ミクロヴィルガ・エリラタ(Microvirga aerilata)、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・サブテラネア、ミクロヴィルガ・ビグネ(Microvirga vignae)、ミクロヴィルガ・ザンビエンシス、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス、モギバクテリウム・チミダム(Mogibacterium timidum)、モラクセラ・アトランテ(Moraxella atlantae)、モラクセラ・カタラリス(Moraxella catarrhalis)、モルガネラ・モルガニ亜種モルガニ(Morganella morganii subsp. morganii)、モルガネラ・サイクロトレランス(Morganella psychrotolerans)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、マイコバクテリウム・アジアティカム(Mycobacterium asiaticum)、マイコバクテリウム・チュブエンス(Mycobacterium chubuense)、マイコバクテリウム・クロシナム(Mycobacterium crocinum)、マイコバクテリウム・ガディウム(Mycobacterium gadium)、マイコバクテリウム・ホルサティカム(Mycobacterium holsaticum)、マイコバクテリウム・イラニカム(Mycobacterium iranicum)、マイコバクテリウム・ロンゴバルダム(Mycobacterium longobardum)、マイコバクテリウム・ネオオーラム、マイコバクテリウム・ネオオーラム、マイコバクテリウム・オブエンス、ネガティビコッカス・サクシニシボランス(Negativicoccus succinicivorans)、ネイセリア・バシリフォルミス(Neisseria bacilliformis)、ネイセリア・オラリス(Neisseria oralis)、ナイセリア・シッカ(Neisseria sicca)、ナイセリア・サブフラバ、ネステレンコニア・ラクセコエンシス(Nesterenkonia lacusekhoensis)、ネステレンコニア・リゾスファエラエ(Nesterenkonia rhizosphaerae)、ネヴスキア・ペルセフォニカ(Nevskia persephonica)、ネヴスキア・ラモーザ(Nevskia ramosa)、ニアベラ・ヤンシャネンシス(Niabella yanshanensis)、ニベイバクテリウム・ウモリス(Niveibacterium umoris)、ノカルディア・ニワエ(Nocardia niwae)、ノカルディア・タイランディカ、ノカルディオイデス・アガリフィラス(Nocardioides agariphilus)、ノカルディオイデス・ディルタス(Nocardioides dilutus)、ノカルディオイデス・カンファエンシス(Nocardioides ganghwensis)、ノカルディオイデス・フワスネンシス(Nocardioides hwasunensis)、ノカルディオイデス・ナンハイエンシス(Nocardioides nanhaiensis)、ノカルディオイデス・セディミニス(Nocardioides sediminis)、ノソコミイコッカス・アンプラエ(Nosocomiicoccus ampullae)、ノビヘルバスピリラム・マルタエ(Noviherbaspirillum malthae)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、ノボスフィンゴビウム・ローザ(Novosphingobium rosa)、オクロバクトラム・リゾスファエラエ(Ochrobactrum rhizosphaerae)、オルセネラ・ウリ(Olsenella uli)、オルニチニミクロビウム・ムラレ(Ornithinimicrobium murale)、オルニチニミクロビウム・ティアンジネンセ(Ornithinimicrobium tianjinense)、オリゾバクター・テラエ(Oryzobacter terrae)、オットウィア・ベイジンゲンシス(Ottowia beijingensis)、パエナルカリゲネス・スウォネンシス(Paenalcaligenes suwonensis)、パエニバチルス・アガリデボランス(Paenibacillus agaridevorans)、パエニバシラス・フェニシス(Paenibacillus phoenicis)、パエニバチルス・キシラネクセデンス(Paenibacillus xylanexedens)、パルディバクテリウム・ヨングネウペンセ(Paludibacterium yongneupense)、パントエア・シプリペディイ(Pantoea cypripedii)、パラバクテロイデス・ディスタソニス、パラバークホルデリア・アンドロポゴニス(Paraburkholderia andropogonis)、パラコッカス・アルカリフィルス(Paracoccus alcaliphilus)、パラコッカス・アングスタエ(Paracoccus angustae)、パラコッカス・コクリイ(Paracoccus kocurii)、パラコッカス・ラエビグルコシボランス、パラコッカス・セディミニス(Paracoccus sediminis)、パラコッカス・スファエロフィサエ(Paracoccus sphaerophysae)、パラコッカス・イーイ(Paracoccus yeei)、パルビモナス・ミクラ、パルビテリバクター・ムルティフラゲラタス(Parviterribacter multiflagellatus)、パツリバクター・ギンセンギテラエ、ペドバクター・アクアティリス(Pedobacter aquatilis)、ペドバクター・ギンセンギソリ(Pedobacter ginsengisoli)、ペドバクター・キシキシイソリ(Pedobacter xixiisoli)、ペプトコッカス・ニガー(Peptococcus niger)、ペプトニフィルス・コクシイ(Peptoniphilus coxii)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ(Peptoniphilus gorbachii)、ペプトニフィラス・ハレイ、ペプトニフィ
ルス・コエノエネニエ(Peptoniphilus koenoeneniae)、ペプトニフィルス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス(Peptostreptococcus anaerobius)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス(Peptostreptococcus stomatis)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(Phascolarctobacterium faecium)、フェニロバクテリウム・ハエマトフィルム(Phenylobacterium haematophilum)、フェニロバクテリウム・クンシャネンセ(Phenylobacterium kunshanense)、プルラリバクター・ジェルゴビエ(Pluralibacter gergoviae)、ポリモルフォバクター・ムルティマニファー(Polymorphobacter multimanifer)、ポルフィロモナス・ベノニス(Porphyromonas bennonis)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス、ポルフィロモナス・ジンジバリス、ポルフィロモナス・ジンジビカニス(Porphyromonas gingivicanis)、ポルフィロモナス・パステリ(Porphyromonas pasteri)、ポルフィロモナス・ポゴネ(Porphyromonas pogonae)、ポルフィロモナス・ソメラエ(Porphyromonas somerae)、ポバリバクター・ウバラム(Povalibacter uvarum)、プレボテラ・アウランティアカ(Prevotella aurantiaca)、プレボテーラ・バーロニアエ、プレボテーラ・ビビア、プレボテラ・ブッカエ(Prevotella buccae)、プレボテラ・ブッカリス(Prevotella buccalis)、プレボテーラ・コプリ、プレボテラ・コーポリス(Prevotella corporis)、プレボテラ・デンティコーラ(Prevotella denticola)、プレボテラ・エノエカ(Prevotella enoeca)、プレボテラ・ヒスチコラ(Prevotella histicola)、プレボテラ・インターメディア、プレボテーラ・ジェジュニ、プレボテーラ・ジェジュニ、プレボテラ・マクロサ(Prevotella maculosa)、プレボテラ・メラニノゲニカ、プレボテラ・メラニノゲニカ、プレボテーラ・ミカンス、プレボテラ・マルチフォルミス(Prevotella multiformis)、プレボテラ・ナンセイエンシス(Prevotella nanceiensis)、プレボテラ・ニグレセンス、プレボテラ・オリス(Prevotella oris)、プレボテラ・オウロラム(Prevotella oulorum)、プレボテラ・パレンス(Prevotella pallens)、プレボテラ・プレウリチディス(Prevotella pleuritidis)、プレボテラ・サッカロリティカ(Prevotella saccharolytica)、プレボテラ・サリバーエ、プレボテラ・シャーヒイ(Prevotella shahii)、プレボテラ・ティモネンシス(Prevotella timonensis)、プレボテーラ・ベロラリス、プロピオニバクテリウム・アシディファシエンス(Propionibacterium acidifaciens)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス(Propionibacterium acnes subsp. acnes)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(Propionibacterium granulosum)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、プロピオニスピラ・アルクアタ(Propionispira arcuata)、シュードキネオコッカス・ルシタヌス(Pseudokineococcus lusitanus)、シュードモナス・エルギノーサ、シュードモナス・チェングドゥエンシス(Pseudomonas chengduensis)、シュードノカルディア・ベンゼニボランス(Pseudonocardia benzenivorans)、シュードロドプラネス・シヌスペルシチ(Pseudorhodoplanes sinuspersici)、サイクロバクター・サングイニス(Psychrobacter sanguinis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス、レインヘイメラ・アクイマリス(Rheinheimera aquimaris)、リゾビウム・アルベイ(Rhizobium alvei)、リゾビウム・デージョネンス、リゾビウム・ラリームーレイ(Rhizobium larrymoorei)、リゾビウム・リゾリザエ(Rhizobium rhizoryzae)、リゾビウム・ソリ(Rhizobium soli)、リゾビウム・タイバイシャネンセ、リゾビウム・ビグネ、ロダノバクター・グリシニス(Rhodanobacter glycinis)、ロドバクター・ヴェルドカンピイ(Rhodobacter veldkampii)、ロドコッカス・エンクレンシス、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドコッカス・ファシアンス、ロドバリウス・リポサイクリカス(Rhodovarius lipocyclicus)、リビコラ・ピングツンゲンシス(Rivicola pingtungensis)、ロゼブリア・イヌリニボランス、ローゼンベルギエラ・ネクタレア(Rosenbergiella nectarea)、ロゼオモナス・エリラタ(Roseomonas aerilata)、ロゼオモナス・アクアティカ(Roseomonas aquatica)、ロゼオモナス・ミュコーサ(Roseomonas mucosa)、ロゼオモナス・ロゼア(Roseomonas rosea)、ロゼオモナス・ビナセア(Roseomonas vinacea)、ロティア・アエリア(Rothia aeria)、ロティア・アマラエ(Rothia amarae)、ロティア・デントカリオーサ(Rothia dentocariosa)、ロティア・エンドフィティカ(Rothia endophytica)、ロティア・ムシラギノーサ(Rothia mucilaginosa)、ロティア・ナシムリウム(Rothia nasimurium)、ルベリミクロビウム・メソフィラム(Rubellimicrobium mesophilum)、ルベリミクロビウム・ロセウム(Rubellimicrobium roseum)、ルブロバクター・ブラカレンシス(Rubrobacter bracarensis)、ルデア・セルロシリティカ(Rudaea cellulosilytica)、ルミノコッカス・グナバス、ルネラ・ジアエ(Runella zeae)、サッカロポリスポラ・レクティビルグラ(Saccharopolyspora rectivirgula)、サリニコッカス・キングダオネンシス(Salinicoccus qingdaonensis)、スカルドビア・ウィッグシエ(Scardovia wiggsiae)、セディミニバクテリウム・ギンセンギソリ(Sediminibacterium ginsengisoli)、セレノモナス・アルテミディス(Selenomonas artemidis)、セレノモナス・インフェリクス(Selenomonas infelix)、セレノモナス・ノキシア(Selenomonas noxia)、セレノモナス・スプチゲナ(Selenomonas sputigena)、シェワネラ・アスツアリ、シャトレワーシア・サテレス(Shuttleworthia satelles)、シモンシエラ・ムエレリ(Simonsiella muelleri)、スカーマネラ・アエロラータ(Skermanella aerolata)、スケルマネラ・スティビイレシステンス(Skermanella stibiiresistens)、スラッキア・エキシグア(Slackia exigua)、スマラグジコッカス・ニイガテンシス(Smaragdicoccus niigatensis)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)、ソリルブロバクター・ソリ(Solirubrobacter soli)、スフィンゴバクテリウム・カエニー(Sphingobacterium caeni)、スフィンゴバクテリウム・デージョネンス(Sphingobacterium daejeonense)、スフィンゴバクテリウム・ホタネンセ(Sphingobacterium hotanense)、スフィンゴバクテリウム・キョンギエンセ(Sphingobacterium kyonggiense)、スフィンゴバクテリウム・マルチボラム(Sphingobacterium multivorum)、スフィンゴバクテリウム・ネマトキダ(Sphingobacterium nematocida)、スフィンゴバクテリウム・スピリチボラム(Sphingobacterium spiritivorum)、スフィンゴビウム・アミエンス、スフィンゴビウム・インディカム、スフィンゴビウム・ラクトステンス、スフィンゴビウム・サブテラネウム(Sphingobium subterraneum)、スフィンゴモナス・アバチ(Sphingomonas abaci)、スフィンゴモナス・アエスツアリイ(Sphingomonas aestuarii)、スフィンゴモナス・カナデンシス(Sphingomonas canadensis)、スフィンゴモナス・デチャンゲンシス(Sphingomonas daechungensis)、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス、スフィンゴモナス・エキノイデス(Sphingomonas echinoides)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ(Sphingomonas fonticola)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ、スフィンゴモナス・フォモセンシス(Sphingomonas formosensis)、スフィンゴモナス・ゲイ(Sphingomonas gei)、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス(Sphingomonas hankookensis)、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス、スフィンゴモナス・コレエンシス(Sphingomonas koreensis)、スフィンゴモナス・キエオンギエンシス(Sphingomonas kyeonggiensis)、スフィンゴモナス・ラテラリエ(Sphingomonas laterariae)、スフィンゴモナス・ムコシッシマ(Sphingomonas mucosissima)、スフィンゴモナス・オリゴフェノリカ(Sphingomonas oligophenolica)、スフィンゴモナス・シュードサンギニス、スフィンゴモナス・セディミニコラ(Sphingomonas sediminicola)、スフィンゴモナス・ヤンティンゲンシス(Sphingomonas yantingensis)、スフィンゴモナス・ユンナネンシス(Sphingomonas yunnanensis)、スフィンゴピキシス・インディカ、スピロソーマ・リグイ(Spirosoma rigui)、スポラセティゲニウム・メソフィラム(Sporacetigenium mesophilum)、スポロサイトファガ・ミクソコッコイデス(Sporocytophaga myxococcoides)、スタフィロコッカス・アウリクラーリス(Staphylococcus auricularis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・ホミニス亜種ノボビオセプティカス、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス、スタフィロコッカス・ペテンコフェリ(Staphylococcus pettenkoferi)、ステノトロフォモナス・コーリエンシス(Stenotrophomonas koreensis)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ(Stenotrophomonas rhizophila)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ、ストレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・カニス(Streptococcus canis)、ストレプトコッカス・クリスタタス(Streptococcus cristatus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ、ストレプトコッカス・インファンティス、ストレプトコッカス・インターメジウス(Streptococcus intermedius)、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカス・オリゴフェルメンタンス(Streptococcus oligofermentans)、ストレプトコッカス・オラーリス、ストレプトコッカス・サンギイニス(Streptococcus sanguinis)、ストレプトマイセス・イコニエンシス(Streptomyces iconiensis)、ストレプトマイセス・ヤングリネンシス(Streptomyces yanglinensis)、タブリジコラ・アクアティカ(Tabrizicola aquatica)、タヒバクター・カエニー(Tahibacter caeni)、タネレラ・フォーサイシア(Tannerella forsythia)、テピディセラ・キサビエリ(Tepidicella xavieri)、テピディモナス・フォンティカルディ(Tepidimonas fonticaldi)、テラコッカス・ルテウス(Terracoccus luteus)、テサラコッカス・フラベッセンス(Tessaracoccus flavescens)、サーマス・サーモフィルス(Thermus thermophilus)、チアンウェイタニア・セディミニス(Tianweitania sediminis)、チアンウェイタニア・セディミニス、トレポネーマ・アミロボラム(Treponema amylovorum)、トレポネーマ・デンティコラ、トレポネーマ・レシチノリティカム(Treponema lecithinolyticum)、トレポネーマ・メディウム(Treponema medium)、ツリセラ・オタイティディス(Turicella otitidis)、ツリシバクター・サングイニス、ウンジバクテリウム・オリゴカルボニフィルム(Undibacterium oligocarboniphilum)、ウンディバクテリウム・スクイララム(Undibacterium squillarum)、バゴコッカス・サルモニナラム(Vagococcus salmoninarum)、バリバキュラム・カンブリエンス、ビブリオ・メチニコフィイ(Vibrio metschnikovii)、キサントバクター・ターゲッティディス(Xanthobacter tagetidis)、キセノフィルス・アエロラータス、キセノフィラス・アルセニシレシステンス(Xenophilus arseniciresistens)、イメラ・ルテア(Yimella lutea)、ジマーマンネラ・アルバ(Zimmermannella alba)、ジマーマンネラ・ビフィダ(Zimmermannella bifida)及び/又はズーグロレア・カエニー(Zoogloea caeni)である。

【0298】

他の実施形態において、標的化される細菌細胞は、腟マイクロバイオータにおいて一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、アシネトバクター・アンティビラリス(Acinetobacter antiviralis)、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・カルコアセチカス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ジョンソニイ、アクチノバクラム・マッシリエンス(Actinobaculum massiliense)、アクチノバクラム・サッアリイ(Actinobaculum schaalii)、アクチノマイセス・ユーロパエウス、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ、アクチノマイセス・イスラエリイ、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ、アクチノマイセス・ノウイイ、アクチノマイセス・オドントリチカス、アクチノマイセス・ツリセンシス、アクチノマイセス・ウロゲニタリス(Actinomyces urogenitalis)、アクチノマイセス・ビスコーサス(Actinomyces viscosus)、アエロコッカス・クリステンセニイ、アエロコッカス・ウリナ、アエロコッカス・ビリダンス(Aerococcus viridans)、アエロモナス・エンシェレイア、アエロモナス・サルモニシダ(Aeromonas salmonicida)、アフィピア・マスシリエンシス(Afipia massiliensis)、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)、アルゴリファガス・アクアティリス(Algoriphagus aquatilis)、アリイビブリオ・ウォダニス(Aliivibrio wodanis)、アリスティペス・ファインゴールディイ、アロイオコッカス・オタイティス(Alloiococcus otitis)、アロプレボテラ・タネレ(Alloprevotella tannerae)、アロスカルドビア・オムニコレンス、アルテリスロバクター・エポキシディボランス(Altererythrobacter epoxidivorans)、アンモニフィラス・オクサラティカス(Ammoniphilus oxalaticus)、アムニバクテリウム・キョンギエンセ(Amnibacterium kyonggiense)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス、アナエロコッカス・ラクトリティカス、アナエロコッカス・ムルドチイ、アナエロコッカス・オベシエンシス(Anaerococcus obesiensis)、アナエロコッカス・プレボティイ、アナエロコッカス・テトラデイウス(Anaerococcus tetradius)、アナエロコツカス・バギナリス、アナエログロブス・ゲミナツス(Anaeroglobus geminatus)、アノキシバチルス・プスキノエンシス(Anoxybacillus pushchinoensis)、アクアバクテリウム・パーブム、アルカノバクテリウム・フォカエ(Arcanobacterium phocae)、アルスロバクター・アウレッセンス(Arthrobacter aurescens)、アスティカカウリス・エクスセントリカス、アトポビウム・ミヌタム(Atopobium minutum)、アトポビウム・パルブルム、アトポビウム・リマエ、アトポビウム・バギナエ、アビバクテリウム・ガリナルム(Avibacterium gallinarum)、バチルス・アシディコーラ(Bacillus acidicola)、バチルス・アトロファエウス(Bacillus atrophaeus)、バチルス・セレウス、バチルス・シビー(Bacillus cibi)、バチルス・コアウイレンシス(Bacillus coahuilensis)、バチルス・ガエモケンシス(Bacillus gaemokensis)、バチルス・メタノリカス(Bacillus methanolicus)、バチルス・オレロニウス(Bacillus oleronius)、バチルス・プミルス、バチルス・シャクレトニイ(Bacillus shackletonii)、バチルス・スポロサーモデュランス(Bacillus sporothermodurans)、バチルス・スブチリス、バチルス・ワコーエンシス(Bacillus wakoensis)、バチルス・ウェイヘンステファネンシス(Bacillus weihenstephanensis)、バクテロイデス・バルネシエ(Bacteroides barnesiae)、バクテロイデス・コアグランス、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシス、バクテロイデス・フォルシサス(Bacteroides forsythus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ノルディイ、バクテロイデス・オバータス、バクテロイデス・セイリヤーシアエ、バクテロイデス・スターコリス、バクテロイデス・ユニフォルミス、バクテロイデス・ブルガタス、バクテロイデス・キシラニソルベンス、バクテロイデス・ズウグレオフォルマンス(Bacteroides zoogleoformans)、バルネシエラ・ビスセリコラ(Barnesiella viscericola)、バルガバエア・セセムベンシス(Bhargavaea cecembensis)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・デンティウム、ビフィドバクテリウム・ロンガム亜種インファンティス(Bifidobacterium logum subsp. infantis)、ビフィオバクテリアム・ロンガム、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ(Bifidobacterium scardovii)、ビロフィラ・ワーズワーシア、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・プロダクタ、ブラキバクテリウム・フェシウム(Brachybacterium faecium)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム、ブレビバクテリウム・マクブレルネリ(Brevibacterium mcbrellneri)、ブレビバクテリウム・オタイティディス(Brevibacterium otitidis)、ブレビバクテリウム・パウシボランス、ブレイディア・エクストルクタ(Bulleidia extructa)、バークホルデリア・フンゴルム(Burkholderia fungorum)、バークホルデリア・フェノリルプティクス(Burkholderia phenoliruptix)、カルディセルロシルプター・サッカロリティカス(Caldicellulosiruptor saccharolyticus)、カルディモナス・タイワンエンシス(Caldimonas taiwanensis)、カンピロバクター・グラシリス、カンピロバクター・ホミニス、カンピロバクター・スプトルム(Campylobacter sputorum)、カンピロバクター・ウレオリティカス、キャプノサイトファガ・オクラセア、カーディオバクテリウム・ホミニス、ケトネラ・モルビ、クラミジア・トラコマチス、クラミドフィラ・アボルタス(Chlamydophila abortus)、コンドロマイセス・ロブスタス(Chondromyces robustus)、クリセオバクテリウム・アクアチクム(Chryseobacterium aquaticum)、サイトロバクター・ヤンガエ、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロストリジウム・カヴェンディシイ(Clostridium cavendishii)、クロストリジウム・コリカニス(Clostridium colicanis)、クロストリジウム・ジェジュエンス(Clostridium jejuense)、クロストリジウム・ペルフリンゲンス、クロストリジウム・ラモーサム、クロストリジウム・ソルデリイ(Clostridium sordellii)、クロストリジウム・ビリデ(Clostridium viride)、コマモナス・トリゲナ、コリネバクテリウム・アクコレンス、コリネバクテリウム・アペンディシス(Corynebacterium appendicis)、コリネバクテリウム・コイレアエ、コリネバクテリウム・グルクロノリカム(Corynebacterium glucuronolyticum)、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム、コリネバクテリウム・ミヌティシマム、コリネバクテリウム・ムシファシエンス、コリネバクテリウム・ヌルキ(Corynebacterium nuruki)、コリネバクテリウム・シュードジェニタリウム(Corynebacterium pseudogenitalium)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス、コリネバクテリウム・シングラレ、コリネバクテリウム・ストリアタム(Corynebacterium striatum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム、コリネバクテリウム・キセロシス、クライオバクテリウム・サイクロフィルム(Cryobacterium psychrophilum)、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス、キューティバクテリウム・アクネス、キューティバクテリウム・アビダム(Cutibacterium avidum)、サイトファーガ・キシラノリティカ(Cytophaga xylanolytica)、デイノコッカス・ラジオフィルス(Deinococcus radiophilus)、デルフチア・ツルハテンシス(Delftia tsuruhatensis)、デスルホビブリオ・デスルフリカンス(Desulfovibrio desulfuricans)、ディアリスター・インビサス、ディアリスター・ミクラエロフィルス、ディアリスター・ニューモシンテス(Dialister pneumosintes)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディケヤー・クリサンセミー(Dickeya chrysanthemi)、ドレア・ロンギカテナ、エガセラ・レンタ、エガシア・カテナフォルミス(Eggerthia catenaformis)、エイケネラ・コルロデンス、エンハイドロバクター・アエロサックス、エンテロバクター・アスブリアエ、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロコッカス・アビウム(Enterococcus avium)、エンテロコッカス・デューランス、エンテロコッカス・フェカーリス、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・ヒラエ(Enterococcus hirae)、エルウィニア・パーシシナ(Erwinia persicina)、エルウィニア・ラポンティシ、エルウィニア・トレタナ(Erwinia toletana)、エシェリキア・ファグソニイ(Escherichia fergusonii)、ユーバクテリウム・ブラキー(Eubacterium brachy)、ユーバクテリウム・エリゲンス、ユーバクテリウム・ノダタム(Eubacterium nodatum)、ユーバクテリウム・レクタレ、ユーバクテリウム・サフェヌム、ユーバクテリウム・シラエウム、ユーバクテリウム・サルシ、ユーバクテリウム・ユリイ(Eubacterium yurii)、エキシグオバクテリウム・アセチリカム(Exiguobacterium acetylicum)、ファクラミア・イグナバ(Facklamia ignava)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、フィリファクター・アロキス(Filifactor alocis)、フィネゴルディア・マグナ、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム、ガードネレラ・バジナリス、ゲメラ・アサッカロリティカ(Gemella asaccharolytica)、ゲメラ・バーゲリ(Gemella bergeri)、ゲメラ・ヘモリザンス、ゲメラ・サングイニス、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス(Geobacillus stearothermophilus)、ゲオバチルス・サーモカテニュラタス(Geobacillus thermocatenulatus)、ゲオバチルス・サーモグルコシダシウス(Geobacillus thermoglucosidasius)、ゲオバクター・ガービシアエ(Geobacter grbiciae)、グラニュリカテラ・エレガンス、ヘモフィラス・デュクレイー(Haemophilus ducreyi)、ヘモフィラス・ヘモリティカス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリチカス(Haemophilus parahaemolyticus)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ、ハフニア・アルベイ、ハロモナス・メリディアーナ、ハロモナス・フォセアエ(Halomonas phoceae)、ハロモナス・ベヌスタ(Halomonas venusta)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(Herbaspirillum seropedicae)、ヤンシノバクテリウム・リビダム(Janthinobacterium lividum)、ジョンケテラ・アントロピ、クレブシエラ・グラニュロマティス(Klebsiella granulomatis)、クレブシエラ・オキシトカ、クレブシエラ・ニューモニエ、ラクトバチルス・アシドフィラス、ラクトバチルス・アミロボラス(Lactobacillus amylovorus)、ラクトバチルス・ブレビス、ラクトバチルス・コレオホミニス(Lactobacillus coleohominis)、ラクトバチルス・クリスパータス、ラクトバチルス・カルバータス、ラクトバチルス・デルブレッキイ、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・ガッセリ、ラクトバチルス・ヘルベティカス、ラクトバチルス・イナース、ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、ラクトバチルス・ジョンソニー、ラクトバチルス・カリゼンシス(Lactobacillus kalixensis)、ラクトバチラス・ケフィラノファシエンス(Lactobacillus kefiranofaciens)、ラクトバチルス・キムチカス(Lactobacillus kimchicus)、ラクトバチルス・キタサトニス(Lactobacillus kitasatonis)、ラクトバチルス・ムコーサエ(Lactobacillus mucosae)、ラクトバチルス・パニス(Lactobacillus panis)、ラクトバチルス・パラカゼイ、ラクトバチルス・プランタラム、ラクトバチルス・ポンティス(Lactobacillus pontis)、ラクトバチルス・ロイテリ、ラクトバチルス・ラムノーサス、ラクトバチルス・サリバリウス、ラクトバチルス・アルチュネンシス、ラクトバチルス・バギナリス、ラクトコッカス・ラ
クティス、レプトトリキア・ブカリス、ロイコノストック・カーノサム、ロイコノストック・シトレウム、ロイコノストックガルリカム(Leuconostoc garlicum)、ロイコノストック・ラクティス、ロイコノストック・メセンテロイデス、リシニモナス・クリベンシス(Lysinimonas kribbensis)、マゲエイバチルス・インドリカス(Mageeibacillus indolicus)、マリバクター・オリエンタリス(Maribacter orientalis)、マリノモナス・プロテア(Marinomonas protea)、マリノスピリラム・インスラレ(Marinospirillum insulare)、マシリア・チモナエ、メガスファエラ・エルスデニ(Megasphaera elsdenii)、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス(Megasphaera micronuciformis)、メソリゾビウム・アモルファエ(Mesorhizobium amorphae)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス(Methylobacterium radiotolerans)、メチロテネラ・ベルサリティス(Methylotenera versatilis)、ミクロバクテリウム・ハロフィルム(Microbacterium halophilum)、ミクロコッカス・ルテウス、ミクロテリコラ・ビリダリイ(Microterricola viridarii)、モビルンカス・クルティシイ(Mobiluncus curtisii)、モビルンカス・ムリエリス(Mobiluncus mulieris)、モギバクテリウム・チミダム、モーレラ・グリセリニ(Moorella glycerini)、モラクセラ・オスレンシス(Moraxella osloensis)、モルガネラ・モルガニイ、モリエラ・インドリゲネス(Moryella indoligenes)、ムルドシエラ・アサカロリティカ、マイコプラズマ・アルビ(Mycoplasma alvi)、マイコプラズマ・ゲルタリウム(Mycoplasma genitalium)、マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、マイコプラズマ・ムリス(Mycoplasma muris)、マイコプラズマ・サリバリウム(Mycoplasma salivarium)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス、ナイセリア・フラバ(Neisseria flava)、ナイセリア・ゴノロエア、ナイセリア・ムコーサ(Neisseria mucosa)、ナイセリア・サブフラバ、ネヴスキア・ラモーザ、ネヴスキア・ソリ(Nevskia soli)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース、オドリバクター・スプランクニカス、オリゲラ・ウレスラリス(Oligella urethralis)、オルセネラ・ウリ、パエニバチルス・アミロリティカス(Paenibacillus amylolyticus)、パエニバチルス・ヒュミカス(Paenibacillus humicus)、パエニバチルス・パブリ(Paenibacillus pabuli)、パエニバチルス・パサデネンシス(Paenibacillus pasadenensis)、パエニバチルス・ピニ(Paenibacillus pini)、パエニバチルス・バリダス(Paenibacillus validus)、パントエア・アグロメランス(Pantoea agglomerans)、パラバクテロイデス・メルダエ、パラバークホルデリア・カリオフィリィ(Paraburkholderia caryophylli)、パラコッカス・イーイ、パラストレプトマイセス・アブセサス(Parastreptomyces abscessus)、パルビモナス・ミクラ、ペクトバクテリウム・ベータバスキュロラム(Pectobacterium betavasculorum)、ペクトバクテリウム・カロトボラム(Pectobacterium carotovorum)、ペディオコッカス・アシディラクティシ、ペディオコッカス・エタノリデュランス(Pediococcus ethanolidurans)、ペドバクター・アルビオニス(Pedobacter alluvionis)、ペドバクター・ワンジュエンス(Pedobacter wanjuense)、ペロモナス・アクアティカ(Pelomonas aquatica)、ペプトコッカス・ニガー、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス(Peptoniphilus asaccharolyticus)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ、ペプトニフィラス・ハレイ、ペプトニフィラス・インドリカス(Peptoniphilus indolicus)、ペプトニフィルス・ラクリマリス、ペプトニフィラス・マスシリエンシス(Peptoniphilus massiliensis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス、ペプトストレプトコッカス・マッシリアーエ(Peptostreptococcus massiliae)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス、フォトバクテリウム・アングスツム(Photobacterium angustum)、フォトバクテリウム・フリギディフィルム(Photobacterium frigidiphilum)、フォトバクテリウム・ホスホレウム(Photobacterium phosphoreum)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ、ポルフィロモナス・ベノニス、ポルフィロモナス・カトニアエ(Porphyromonas catoniae)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス、ポルフィロモナス・ジンジバリス、ポルフィロモナス・ソメラエ、ポルフィロモナス・ウエノニス、プレボテラ・アムニー(Prevotella amnii)、プレボテーラ・バーロニアエ、プレボテラ・バーゲンシス(Prevotella bergensis)、プレボテーラ・ビビア、プレボテラ・ブッカエ、プレボテラ・ブッカリス、プレボテラ・コロランス(Prevotella colorans)、プレボテーラ・コプリ、プレボテラ・コーポリス、プレボテーラ・デンターリス、プレボテラ・デンティコーラ、プレボテラ・ディシエンス(Prevotella disiens)、プレボテラ・インターメディア、プレボテラ・ロエッシェイイ(Prevotella loescheii)、プレボテラ・マルシイ(Prevotella marshii)、プレボテラ・メラニノゲニカ、プレボテーラ・ミカンス、プレボテラ・ニグレセンス、プレボテラ・オリス、プレボテラ・プレウリチディス、プレボテラ・ルミニコラ(Prevotella ruminicola)、プレボテラ・シャーヒイ、プレボテーラ・スターコレア、プレボテラ・ティモネンシス、プレボテーラ・ベロラリス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、プロテウス・ミラビリス、シュードモナス・アビエタニフィラ(Pseudomonas abietaniphila)、シュードモナス・エルギノーサ、シュードモナス・アミグダリ(Pseudomonas amygdali)、シュードモナス・アゾトフォルマンス(Pseudomonas azotoformans)、シュードモナス・クロロラフィス(Pseudomonas chlororaphis)、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス(Pseudomonas cuatrocienegasensis)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・フルバ(Pseudomonas fulva)、シュードモナス・ルテア(Pseudomonas lutea)、シュードモナス・ムシドレンス、シュードモナス・オレオボランス(Pseudomonas oleovorans)、シュードモナス・オリエンタリス(Pseudomonas orientalis)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス、シュードモナス・サイクロフィラ(Pseudomonas psychrophila)、シュードモナス・プチダ、シュードモナス・シンキサンサ(Pseudomonas synxantha)、シュードモナス・シリンゲ(Pseudomonas syringae)、シュードモナス・トラーシイ(Pseudomonas tolaasii)、シュードプロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Pseudopropionibacterium propionicum)、ラーネラ・アクアティリス(Rahnella aquatilis)、ラルストニア・ピッケティ、ラルストニア・ソラナセアルム(Ralstonia solanacearum)、ラオウルテラ・プランティコーラ(Raoultella planticola)、リゾバクター・ダウシー(Rhizobacter dauci)、リゾビウム・エトリ、ロドコッカス・ファシアンス、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、ロゼブリア・インテスティナーリス、ロゼブリア・イヌリニボランス、ロティア・ムシラギノーサ、ルミノコッカス・ブローミイ、ルミノコッカス・グナバス、ルミノコッカス・トルキース、サングイバクター・ケディイエイ(Sanguibacter keddieii)、セディミニバクテリウム・サルモネウム(Sediminibacterium salmoneum)、セレノモナス・ボビス(Selenomonas bovis)、セラチア・フォンティコーラ(Serratia fonticola)、セラチア・リクファシエンス(Serratia liquefaciens)、セラチア・マルセッセンス、シェワネラ・アルガエ(Shewanella algae)、シェワネラ・アマゾネンシス(Shewanella amazonensis)、シゲラ・ボイディイ(Shigella boydii)、シゲラ・ソンネイ、スラッキア・エキシグア、スネアチア・アムニイ(Sneathia amnii)、スネアチア・サングイネゲンス、サロバクテリウム・ムーレイ(Solobacterium moorei)、ソランジウム・セルローサム(Sorangium Cellulosum)、スフィンゴビウム・アミエンス、スフィンゴビウム・ジャポニカム、スフィンゴビウム・ヤノイクヤエ(Sphingobium yanoikuyae)、スフィンゴモナス・ウィッティチイ(Sphingomonas wittichii)、スポロザルチナ・アクイマリナ(Sporosarcina aquimarina)、スタフィロコッカス・アウレウス、スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス(Staphylococcus capitis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス、スタフィロコッカス・サプロフィチカス、タフィロコッカス・シュライフェリ(Staphylococcus schleiferi)、スタフィロコッカス・シミアエ(Staphylococcus simiae)、スタフィロコッカス・シミュランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ワーネリ(Staphylococcus warneri)、ステノトロホモナス・マルトフィリア、ステノキシバクター・アセティボランス(Stenoxybacter acetivorans)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・アンギノーサス、ストレプトコッカス・アウストラリス、ストレプトコッカス・エクイナス、ストレプトコッカス・ガロリティカス(Streptococcus gallolyticus)、ストレプトコッカス・インファンティス、ストレプトコッカス・インターメジウス、ストレプトコッカス・ルテチエンシス、ストレプトコッカス・マリマンマリウム(Streptococcus marimammalium)、ストレプトコッカス・ミチス、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカス・オラーリス、ストレプトコッカス・パラサングイニス、ストレプトコッカス・フォカエ(Streptococcus phocae)、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ(Streptococcus pseudopneumoniae)、ストレプトコッカス・サリバリウス、ストレプトコッカス・サンギイニス、ストレプトコッカス・サーモフィルス、ステレラ・ワズワースエンシス、タネレラ・フォーサイシア、テラハエモフィラス・アロマティシボランス(Terrahaemophilus aromaticivorans)、トレポネーマ・デンティコラ、トレポネーマ・マルトフィラム(Treponema maltophilum)、トレポネーマ・パルバム(Treponema parvum)、トレポネーマ・ヴァンサン(Treponema vincentii)、トルエペレラ・ベルナルディアエ(Trueperella bernardiae)、ツリセラ・オタイティディス、ウレアプラズマ・パルハム(Ureaplasma parvum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム、バリバキュラム・カンブリエンス、バリオボラックス・パラドクサス(Variovorax paradoxus)、ベイロネラ・アティピカ、ベイロネラ・ディスパー、ベイロネラ・モンペリエレンシス(Veillonella montpellierensis)、ベイヨネラ・パルブラ、バルジバチルス・プローミイ(Virgibacillus proomii)、バルジバチルス・アレノシ(Viridibacillus arenosi)、バルジバチルス・アルビ(Viridibacillus arvi)、ワイセラ・シバリア(Weissella cibaria)、ワイセラ・ソリ(Weissella soli)、ザントモナス・カンペストリス(Xanthomonas campestris)、キサントモナス・ベシカトーリア(Xanthomonas vesicatoria)、ゾベリア・ラミナリアエ(Zobellia laminariae)及び/又はズーグロア・ラミジェラ(Zoogloea ramigera)である。

【0299】

1つの実施形態において、標的化される細菌はエシェリキア・コリである。

【0300】

1つの実施形態において、標的化される細菌は、キューティバクテリウム・アクネス、より具体的には、系統群IA1又はRT4、RT5、RT8、RT9、RT10若しくはクローナルコンプレックス(CC)CC1、CC3、CC4、より具体的にはST1、ST3、ST4からの座瘡関連キューティバクテリウム・アクネスである。

【0301】

そのため、本明細書に開示される第1のタイプのバクテリオファージ、及び従って、本発明のファージ粒子又はファージ由来送達粒子は、特にペイロードを特異的に送達するために、細菌の上述の属及び/又は種のうちの任意の1つ又は複数からの細菌細胞を標的化しうる(例えば特異的に標的化しうる)。

【0302】

1つの実施形態において、標的化される細菌は、病原性細菌である。標的化される細菌は、毒性細菌でありうる。

【0303】

標的化される細菌は、好ましくは、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)エシェリキア・コリ、ESBLクレブシエラ・ニューモニエ、バンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)、メチシリン耐性スタフィロコッカス・アウレウス(MRSA)、多剤耐性(MDR)アシネトバクター・バウマンニイ、MDRエンテロバクター属菌、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、抗菌耐性細菌でありうる。好ましくは、標的化される細菌は、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)エシェリキア・コリ株類からなる群から選択されうる。

【0304】

代替的に、標的化される細菌は、所与の種のマイクロバイオームの細菌、好ましくは、ヒトマイクロバイオータの細菌でありうる。

【0305】

特定の実施形態において、前記標的化される細菌細胞は、産生細菌細胞とは異なる種又は株からのものである。

【0306】

ハイブリッドヘルパーファージシステム及びハイブリッドヘルパーファージ
本発明はまた、ハイブリッドヘルパーファージシステムであって、
(i)上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、第1のタイプのバクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子、
(i')前記第1のタイプのバクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、少なくとも1つのファージ構造遺伝子、並びに
(ii)上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含み、
前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)が、ただ１つの核酸分子中又は別々の核酸分子中に含まれ、
前記第1のタイプのバクテリオファージが、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージシステムが、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、いかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、ハイブリッドヘルパーファージシステムに関する。

【0307】

本発明の文脈において、用語「ハイブリッドヘルパーファージシステム」は、前記システムを含む産生細菌細胞によるファージ粒子及び/又はファージ由来送達媒体の産生を可能にする、上記に定義される遺伝子(i)、(i')及び(ii)を含む、少なくとも1つの核酸分子、好ましくは少なくとも2つの別々の核酸分子の群が意味され、システムが少なくとも2つの別々の核酸分子を含む場合、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、前記少なくとも2つの別々の核酸分子上に分配されている。

【0308】

本明細書において使用される場合、用語「核酸」は、一本鎖若しくは二本鎖でありうるか、又は一本鎖配列及び二本鎖配列の両方の部分を含有する、共有結合的に連結されて一緒になった少なくとも2つのヌクレオチドの配列を指す。本発明の核酸は、天然に存在するもの、組換え又は合成でありうる。核酸は、環状配列若しくは直鎖状配列の形態又は両方の形態の組合せでありうる。核酸は、ゲノム若しくはcDNAの両方である、DNA、若しくはRNA又は両方の組合せでありうる。核酸は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの任意の組合せ、並びに、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン及びイソグアニンを含む、塩基の任意の組合せを含有してもよい。本発明において使用されうる修飾された塩基の他の例は、Weigeleら、Chem Rev. 2016 Oct 26;116(20):12655～12687頁において詳述されている。用語「核酸」はまた、限定はされないが、ホスホルアミド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、O-メチルホスホロアミダイト連結並びに/又はデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド核酸を含む、他の骨格を含有してもよい任意の核酸アナログを包含する。核酸の上記の特色の任意の組合せもまた、本発明により包含される。

【0309】

特定の実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、細菌染色体中、特に産生細菌細胞染色体中に含まれる。より詳細な実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、細菌染色体中の同じ領域中に含まれる。代替的な実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、細菌染色体中の別個の領域中に含まれる。

【0310】

代替的な実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、別々のプラスミド中に含まれる。別の特定の実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は全て、同じプラスミド中に含まれる。

【0311】

別の特定の実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、各々独立して、細菌染色体中又はプラスミド中に含まれる。

【0312】

より詳細な実施形態において、前記遺伝子(i)、(i')及び(ii)は、ハイブリッドヘルパーファージ中に含まれる。

【0313】

したがって、特定の実施形態において、前記ハイブリッドヘルパーファージシステムは、
(i)上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、第1のタイプのバクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子及び少なくとも1つのファージ構造遺伝子、並びに
(ii)上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含む、ハイブリッドヘルパーファージからなり、
前記第1のタイプのバクテリオファージは、前記第2のタイプのバクテリオファージの由来となる且つ/又は前記第2のタイプのバクテリオファージが標的化する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージは、前記第2のタイプのバクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、いかなるファージ構造遺伝子も含まない。

【0314】

「ヘルパーファージ」により、ファージミドベクターを使用する場合に粒子形成のための全ての必要な遺伝子産物を提供する操作されたファージが本明細書において意味される。ヘルパーファージは、典型的には、欠陥性の複製起点又はパッケージングシグナルを有し、それゆえ、自己パッケージングにおいて非効率的である。

【0315】

「ハイブリッドヘルパーファージ」により、少なくとも2つの異なるタイプのバクテリオファージに由来するエレメントから構成される操作されたヘルパーファージが本明細書において意味される。

【0316】

特定の実施形態において、本発明のハイブリッドヘルパーファージは、産生細菌細胞のゲノム中にプロファージとして組み込まれる。

【0317】

産生方法
本発明は更に、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する方法であって、
(a)本発明の産生細菌細胞を用意する工程、並びに
(b)前記産生細菌細胞において、前記の前記ファージ構造遺伝子のうちの少なくとも1つ及び前記ファージDNAパッケージング遺伝子のうちの少なくとも1つの発現、並びに前記少なくとも1つのファージ構造遺伝子及び前記少なくとも1つのファージDNAパッケージング遺伝子により発現された産物のアセンブリーを誘導し、それにより、ファージ粒子又はファージ由来送達媒体を産生する工程
を含む、方法に関する。

【0318】

誘導する工程(b)は、当業者に周知の任意の技術により実行されうる。特に、当業者により理解されるように、前記誘導する工程は、前記産生細菌細胞における、前記ファージ構造遺伝子及びファージDNAパッケージング遺伝子のうちの前記少なくとも1つの発現を制御する特定の誘導機構に依存する。

【0319】

より詳細には、前記誘導機構が、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、第2のタイプのバクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を含む場合、前記誘導する工程は、前記配列が由来するバクテリオファージに依存することが当業者により理解されるであろう。典型的には、前記誘導する工程は、熱的誘導(このシグナル又は操作されたリプレッサー、例えばラムダcIにより天然に誘発されるファージについて)、小分子誘導剤(ファージに依存する)、SOS応答を誘発する任意のシグナル(例えばミトマイシンの添加)等でありうる。

【0320】

テイロシン及び/又はピオシンの産生
上記に開示されるアプローチはまた、テイロシン及び/又はピオシンの産生に応用可能であり、操ることが可能な産生細胞におけるそのようなバクテリオシンの安全且つ効率的な産生を可能にする。

【0321】

本発明はまた、そのため、テイロシン及び/又はピオシンを産生するための産生細菌細胞であって、前記産生細菌細胞が、テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子を安定的に含み、
前記産生細菌細胞中での前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの少なくとも1つの発現が少なくとも1つの誘導機構により制御され、
前記産生細菌細胞が、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来するテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株からのものである、産生細菌細胞に関する。

【0322】

「テイロシン」により、バクテリオファージテイルに似たマルチサブユニットバクテリオシンが本明細書において意味される。2つのクラスのテイロシン粒子があり、それは柔軟な非収縮性F-テイロシン及び剛直な収縮性R-テイロシンであり、これらは、それぞれシホウイルス科(Siphoviridae)及びミオウイルス科(Myoviridae)ファージテイルに似ており、且つこれらに進化的に関連する。テイロシンの例は、F-タイプ及びR-タイプピオシン、カロトボリシン、ゼノラブディシン(xenorhabdicin)、及びマルトシン(maltocin)を典型的には含む。

【0323】

「ピオシン」により、シュードモナス・エルギノーサにより形成されるバクテリオシンが本明細書において意味される。それらは、自然発生的に産生されうるか、又はある特定の化学物質、例えばミトマイシンCにより誘導されうる。3つの異なるタイプのピオシン:R-タイプ、S-タイプ、及びF-タイプが同定されている(Nakayamaら、(2000) Mol. Microbiol. 38:213～231頁)。それらは、形態及び殺傷のモードにより異なる。それらの殺菌活性は株特異的である。R-タイプピオシンは、バクテリオファージの非柔軟性且つ収縮性のテイルに似ており、上記に開示されるテイロシンに属し、且つ5つの群:R1、R2、R3、R4、及びR5に更に分類される。F-タイプピオシンもまたファージテイルに似ており、遠位フィラメントを有する、柔軟であるが非収縮性のロッド様構造であり、そしてまた上記に開示されるテイロシンに属する。それらは、構造及び血清学的特性において類似しているが、受容体特異性において異なる。F-タイプピオシンの3つのサブタイプ:F1、F2、及びF3が報告されている。特定の実施形態において、前記ピオシンはR-タイプ又はF-タイプピオシンである。

【0324】

「テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子」により、テイロシン及び/又はピオシンの構築に関与するテイロシン及び/又はピオシン産生細菌からの遺伝子が本明細書において意味される。テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子は、上記に開示されている、前記テイロシン及び/又はピオシンのサブユニット及び/又は構成要素をコードする遺伝子、並びにテイロシン及び/又はピオシンサブユニット及び/又は構成要素のアセンブリーに関与する細菌タンパク質をコードする遺伝子を含む。

【0325】

特定の実施形態において、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子は、上記に定義されているピオシン構造遺伝子である。その実施形態において、前記ピオシン構造遺伝子が由来するテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する前記細菌種又は株は、好ましくはシュードモナス・エルギノーサ細菌である。

【0326】

特定の実施形態において、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子は、上記に定義されているテイロシン構造遺伝子である。その実施形態において、前記テイロシン構造遺伝子が由来するテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する前記細菌種又は株は、前記テイロシン構造遺伝子を天然に含有する、且つ好ましくはテイロシンを産生する、上記のセクション「標的化される細菌」において定義される細菌から好ましくは選択される。

【0327】

特定の実施形態において、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子は、少なくとも1つのプラスミド、染色体、及び/又はヘルパーファージ中に含まれる。

【0328】

本発明の文脈において、前記誘導機構は、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義される通りである。

【0329】

より詳細には、一実施形態において、少なくとも1つの誘導機構は、全ての前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子の発現を制御する。

【0330】

特定の実施形態において、前記少なくとも1つの誘導機構は、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つのコピー数を更に制御する。

【0331】

特定の実施形態において、前記少なくとも1つの誘導機構は、テイロシン及び/又はピオシン調節に関与する少なくとも1つの遺伝子を含み、テイロシン及び/又はピオシン調節に関与する前記遺伝子は、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来するものとは異なるテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する。

【0332】

したがって、特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、テイロシン及び/又はピオシン調節に関与する少なくとも1つの遺伝子を更に含み、テイロシン及び/又はピオシン調節に関与する前記遺伝子は、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来するものとは異なるテイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する。

【0333】

「テイロシン及び/又はピオシン調節に関与する遺伝子」により、天然テイロシン及び/又はピオシン産生細菌細胞においてテイロシン及び/又はピオシンの誘導及び/又は発現を制御する調節エレメントをコードする遺伝子が本明細書において意味される。

【0334】

代替的に、前記少なくとも1つの誘導機構は、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を含み、前記バクテリオファージは、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とする且つ/又は標的化する。

【0335】

したがって、特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子を更に含み、前記バクテリオファージは、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とする且つ/又は標的化する。

【0336】

特定の実施形態において、前記テイロシン及び/又はピオシンは、上記のセクション「標的化される細菌細胞」において定義されている、標的化された細菌細胞を溶解することが意図される。

【0337】

特定の実施形態において、前記標的化された細菌細胞は、産生細菌細胞とは異なる種又は株からのものである。

【0338】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞は、前記バクテリオファージの由来となる且つ/又は前記バクテリオファージが標的化する細菌種又は株と同じ細菌種又は株からのものである。

【0339】

特定の実施形態において、前記産生細菌細胞はE.コリ細菌細胞である。

【0340】

本発明は更に、テイロシン及び/又はピオシンを産生する方法であって、
(a)上記に定義されるテイロシン及び/又はピオシン産生細菌細胞を用意する工程、並びに
(b)前記産生細菌細胞において、上記に定義されている、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子のうちの前記少なくとも1つの発現、並びに前記少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子により発現された産物のアセンブリーを、上記のセクション「産生方法」において定義されるように、誘導し、それにより、テイロシン及び/又はピオシンを産生する工程
を含む、方法に関する。

【0341】

本発明はまた、ハイブリッド産生システムであって、
(i')上記に定義されている、テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する、上記に定義されている、少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子、並びに
(ii)上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/若しくはファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子;又はテイロシン及び/若しくはピオシン調節に関与する少なくとも1つの遺伝子であって、前記テイロシン及び/若しくはピオシン構造遺伝子が由来するものとは異なるテイロシン及び/若しくはピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する、テイロシン及び/若しくはピオシン調節に関与する前記遺伝子
を含み、
前記遺伝子(i')及び(ii)が、上記のセクション「ハイブリッドヘルパーファージシステム及びハイブリッドヘルパーファージ」において定義されている、ただ１つの核酸分子中又は別々の核酸分子中に含まれ、
前記バクテリオファージが、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッド産生システムが、前記バクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、いかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない、ハイブリッド産生システムに関する。

【0342】

「ハイブリッド産生システム」により、前記システムを含む産生細菌細胞によるテイロシン及び/又はピオシンの産生を可能にする、上記に定義される遺伝子(i')及び(ii)を含む、少なくとも1つの核酸分子、好ましくは少なくとも2つの別々の核酸分子の群が本明細書において意味され、システムが少なくとも2つの別々の核酸分子を含む場合、前記遺伝子(i')及び(ii)は、前記少なくとも2つの別々の核酸分子上に分配されている。

【0343】

特定の実施形態において、前記遺伝子(i')及び(ii)は細菌染色体中に含まれる。

【0344】

代替的な実施形態において、前記遺伝子(i')及び(ii)は別々のプラスミド中に含まれる。

【0345】

更に代替的な実施形態において、前記ハイブリッド産生システムは、
(i')テイロシン及び/又はピオシン遺伝子を含有する細菌種又は株に由来する、上記に定義されている、少なくとも1つのテイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子、並びに
(ii)上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、ファージ切除/挿入、ファージDNA複製、及び/又はファージ調節に関与する、上記のセクション「バクテリオファージ及びバクテリオファージに由来する遺伝子」において定義されている、バクテリオファージに由来する少なくとも1つの遺伝子
を含む、ハイブリッドヘルパーファージからなり、
前記バクテリオファージは、前記テイロシン及び/又はピオシン構造遺伝子が由来する細菌種又は株とは異なる細菌種又は株を由来とし且つ/又は標的化し、
前記ハイブリッドヘルパーファージは、前記バクテリオファージに由来する、上記のセクション「産生細菌細胞」において定義されている、いかなる発現されるファージ構造遺伝子も含まない。

【0346】

他に定義されなければ、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般的に理解されるものと同じ意味を有する。

【0347】

本明細書において使用される場合、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈が他に明確に規定しなければ、複数の言及対象を含むことが留意されなければならない。そのため、例えば、「細胞」(a cell)への言及は、複数のそのような細胞(例えば、そのような細胞の集団)を含む。同様に、「核酸」(a nucleic acid)への言及は、1つ又は複数のそのような核酸を含む。

【0348】

本発明がその特有の実施形態と組み合わせて記載されたが、多くの代替、修飾及び変形形態は当業者に明らかである。よって、全てのそのような代替、修飾及び変形形態は添付の請求項の精神及び広い範囲内に入ることが意図される。

【0349】

本明細書において言及される全ての刊行物、特許及び特許出願は、そのような個々の刊行物、特許又は特許出願が参照により本明細書に組み込まれることを特に及び個々に指し示された場合と同じ程度まで、参照により全体が本明細書に組み込まれる。追加的に、本出願における任意の参考文献の参照又は同定は、そのような参考文献が本発明の先行技術として利用可能であることの承認として解釈されるべきではない。セクションの見出しが使用される場合、それらは必然的に限定的であるとして解釈されるべきではない。

【0350】

以下の実施例は、本発明の様々な実施形態の実例を示す目的のために与えられ、いかなるようにも本発明を限定することは意味されない。

【0351】

【表1-1】

【0352】

【表1-2】

【図面の簡単な説明】

【0353】

【図1】ラムダゲノムの編成(ラムダパッケージ化ファージミドバリアント)。構造オペロンを赤線で印をしている他に、後期構造オペロンの転写を可能とするアンチターミネーションタンパク質Qについても印をしている。図はRajagopalaら、BMC Microbiol 11、213 (2011)から採録した。

【図2】クレブシエラ・ニューモニエプロファージゲノムの編成(プロファージバリアント)。構造及び調節オペロンに赤線で印をしており、一部の構造エレメントを標識している。

【図3】ラムダ-K.ニューモニエプロファージハイブリッド。K.ニューモニエプロファージからの完全な構造オペロン(赤線で印をしている)がラムダ後期構造オペロンの場所を占有している。全ての他の機能を調節するラムダプロファージの残り部分はインタクトである。

【図4】ペイロードpTESTを有するカッパパッケージ化ファージミドのタイトレーション。上から下及び左から右へ、MG1656-OmpCO157、MG1655、MG-Kpne OmpC G1、Kpne F3、MG-Kpne OmpC 7、MG-Kpne OmpC G2、MG-Kpne OmpC G16、MG-Kpne OmpC G15、MG-Kpne OmpC G18。ヒットは観察されなかった。

【図5】ペイロードpTESTを有するクレブシエラ・ニューモニエ収集物に関するカッパパッケージ化ファージミドのタイトレーション。上パネル:バックグラウンドCm耐性を調べるためにPBSのみで処理され、クロラムフェニコール上にプレーティングされたKpne収集物(左はKpneプレート1;右はKpneプレート2)。下パネル:カッパ+ pTESTからの溶解液で処理されたKpne収集物。ヒットは観察されなかった。

【図6】HNHタンパク質の存在下におけるペイロードpTEST又はpTEST-2を有するカッパパッケージ化ファージミドのタイトレーション。上パネル、トランスでのpTEST + HNH。下パネル、トランスでのpTEST-2 + HNH。上から下及び左から右へ、Kpne F3、MG1656-OmpCO157、MG1655、MG-Kpne OmpC G7、MG-Kpne OmpC G2、MG-Kpne OmpC G1、MG-Kpne OmpC G18、MG-Kpne OmpC G16、MG-Kpne OmpC G15。

【図7】クレブシエラ・ニューモニエ収集物に関するHNHタンパク質の存在下におけるペイロードpTEST又はpTEST-2を有するカッパパッケージ化ファージミドのタイトレーション。上パネル:左)PBS;中央)トランスでのpTEST + HNH;右)トランスでのpTEST-2 + HNHで処理されたKpne収集物1。下パネル、左)PBS;中央)トランスでのpTEST + HNH;右)トランスでのpTEST-2 + HNHで処理されたKpne収集物2。

【図8】Kpne収集物に関するパッケージングされたファージミドのタイトレーション。上パネル:左、PBS;右、トランスでのpTEST-3 + HNH-オペロンで処理されたクレブシエラ・ニューモニエ収集物1。下パネル、左、PBS;右、トランスでのpTEST-3 + HNH-オペロンで処理されたクレブシエラ・ニューモニエ収集物2。

【図9】PCRを用いたP.フロイデンライヒファージの同定。ORF3及びORF5に関するPCRを全てのファージ懸濁液に対して行った。プラーク1～3からのBW4は、orf3及びorf5の両方について予想されたサイズにおいてバンドを与えた。ラダーはGeneRuler 1kb plusである。

【図10】溶原菌Pf0s14253の重感染に対する免疫。左パネル:4つの異なるBW様ファージ懸濁液のスポットを有するPf0s2841のトップアガー。右パネル:4つの異なるBW様ファージ懸濁液のスポットを有するPf0s14253のトップアガー。

【図11】ミトマイシンC処理後のBW4ファージの高い誘導。左パネル:ミトマイシンC(MMC)誘導なしのPf0s14253からの培養上清のスポットを有するPf0s2841のトップアガー(ND:非希釈から希釈10^-3まで)。右パネル:0.5μg/mlミトマイシンC誘導ありのPf0s14253からの培養上清のスポットを有するPf0s2841のトップアガー(ND:非希釈から希釈10^-7まで)。

【図12】BW4及びPAC7バクテリオファージのゲノム編成。BW4及びPAC7ゲノム編成は、パッケージング、ヘッド、テイル及び溶菌モジュールを含有する両方の推定上の構造オペロン(矢印により表される)と類似している。

【図13】キメラBW4-PAC7プロファージの構築。pAN514自殺プラスミドでのBW4プロファージを含有する株Pf1s22499の形質転換。クロラムフェニコール上の選択を使用して、左相同アーム(LHA)及び右相同アーム(RHA)におけるダブルクロスオーバーについて選択した。得られたプロファージは、第1のBW4 gp1、続いてPAC7のgp1～gp14を有する構造オペロン、及びクロラムフェニコール選択カセット(CmR)の後にBW4構造遺伝子の残り(gp15～gp25)を含有するキメラである。

【図14】コスミドpAN594のプラスミドマップ。

【図15】PAC7ファージ由来粒子のタイトレーション。左パネル:エリスロマイシン上にプレーティングされたPf1s22904からのタイトレーション。右パネル:エリスロマイシン上にプレーティングされたいかなるコスミドも有しない株Pf1s22903の対照懸濁液からのタイトレーション。

【図16】PCRによるPf1s22904産生のファージ由来粒子タイトレーションから画線された8つのコロニーについての確認。上パネル:ファージ由来タイトレーションアッセイから画線された8つのコロニーに関するSLTS PCR(Scholz 2014)。予想されるサイズは612bpである。下パネル:8つのコロニーに関するpAN594特異的PCR。予想されるサイズは769bpである。ラダーはgeneruler 1kb plusである。

【実施例】

【0354】

(実施例1)
ラムダの構造オペロンの、異なる種からのファージの構造オペロンとの交換
本発明者らは、ファージは、その最終アウトプットがより多くのファージ粒子の生成である、多かれ少なかれ大きい遺伝子回路として見ることができると考えた。これを行うために、ファージが溶菌性、溶原性又は慢性(例えば繊維状ファージ、例えばM13)であるかどうかに関係なく、それらのゲノムにおいてコードされる情報は、それが行う機能に依存して大まかにカテゴライズされうる:
- (溶原ファージのための)挿入/切除の目的のための遺伝子。
- DNA複製、RNA転写等の目的のための遺伝子。例えば、一部の溶菌性ファージはそれら自身のRNA又はDNAポリメラーゼをコードする。一部の遺伝子は、宿主のRNAポリメラーゼを、ターミネーターを越えて機能できるように改変し、一部の他の遺伝子は、それがプラスミド又は直鎖状プラスミド形態において存在する場合にプロファージ配列の隔離に関与する。
- 宿主の抗ファージ機構からの防御、溶菌サイクルを完了するための宿主のエレメントの分解/改変、超排除機構又は宿主のために有利な遺伝子に関する遺伝子。
- DNAパッケージングの目的のための遺伝子:ターミナーゼ及びアクセサリータンパク質、リガーゼ等。
- DNA用のタンパク質カプシドを構築する目的のための構造遺伝子:厳密に構造用の遺伝子、例えばカプシド遺伝子、テープメジャー、ファイバー、ベースプレート等以外に、多くの他の遺伝子が、構成要素(シャペロン、プロテアーゼ)の他に、スカフォールドとしてであれ、又は細胞に注入されるパイロットタンパク質(例えば、ファージN4のRNAポリメラーゼ若しくは他のファージにおける一部のマイナーパイロットタンパク質)としてであれ、カプシドの内側にパッケージングされうるタンパク質をアセンブルするために必要とされる。

【0355】

最後の2つのカテゴリー(DNAパッケージング及び構造遺伝子)は深く繋がっており、その理由は、パッケージング機構は、プレアセンブルされたヘッド及びパッケージングされるDNAを認識し、DNAパッケージングを開始及び終了させるからである。

【0356】

本発明者らは、上記に定義される全てのモジュールを抽出及び区別することにより、1つのファージからの全ての切除/挿入、複製及び調節エレメントを含有し、且つ別のファージからのパッケージング/構造エレメントをコードするシステムが原理的に構築されうるという仮説を立てたが、その理由は、原理的に、それらは独立した遺伝子モジュールとして見られうるからである。

【0357】

本実施例において、DNAパッケージングのために必要とされるタンパク質及び成熟ビリオンをアセンブルするために必要とされる構造タンパク質のための「構造エレメント」が言及される。

【0358】

そのようなシステムは、以下の理由により、様々なアプローチのために非常に有利でありうる:
- 容易に増幅も誘導もされないファージからの構造モジュールが別のファージ(即ち、未知の誘導因子を有するプロファージ;PICI/SaPIシステムを有する株において見出されるプロファージ;宿主が知られていないファージ等)に移入されうる;
- 実験室研究/大スケール産生のためにより適する/より安全な種を使用して、構造遺伝子が別の種を由来とするような粒子を産生しうる;
- 純粋なファージミド産生株が、異なるファージのカプシドの産生を駆動するよく特徴付けられたファージ(例えば、ラムダ)の調節エレメント等を使用して構築されうる。

【0359】

これが、本研究において開発されたアプローチである。純粋なラムダファージミドを生成するためのシステムをコードする産生株を使用して、その構造オペロンは、異なる種(クレブシエラ・ニューモニエ)を由来とするプロファージの構造オペロンと交換されている(小ターミナーゼからSTF遺伝子まで、約23kb)。図表は、クレブシエラ・ニューモニエハイブリッドバリアントのために為された変更を示す(図1～3)。

【0360】

このシステムにおいて、熱不安定バージョンのプロファージラムダは、プロファージを切除し、環状化された切除されたゲノムを複製し、且つ、アンチターミネーションタンパク質Qの存在を含む、長い後期オペロンの発現を駆動するために必要とされる全ての調節エレメントを含有する。これは、正確なパッケージングシグナル(クレブシエラ・ニューモニエファージ用のcos部位)を含有するプラスミドを補充された場合に、他のファージに完全に基づいて純粋なファージミド粒子のアセンブリー及びパッケージングを駆動するはずである。

【0361】

クレブシエラ・ニューモニエプロファージの分析
Kpne株LMR_3612(s17699)をPHASTを用いて分析してプロファージ領域を抽出した。それらのうちの1つは、HK97に対するある程度の類似性を有する予測されるラムダ様プロファージを含有する。このプロファージはカッパと呼ばれる。留意されることとして、類似したクレブシエラ・オキシトカプロファージが文献において記載されており、phiKO2と命名されている(Casjensら、J Bacteriol. 2004 Mar;186(6):1818～32頁)。構造オペロンは、ターミナーゼ、構造遺伝子(カプシド、テイル、ファイバー等)、アセンブリープロテアーゼ及びシャペロンをコードする連続的な領域にわたることが見出された。この領域は約30kbの長さである(配列番号7)。

【0362】

ハイブリッドの構築
cos部位を有しないラムダプロファージを含有する産生株(s1965)から開始して、ラムダレッドリコンビニアリングシステムを使用してラムダプロファージ構造オペロンをカッパのものと交換した。留意されることとして、一部のコドンは、E.コリにより効率的に認識されるように再コード化した。

【0363】

産生及びタイトレーション
完全に交換された構造オペロンを含有する産生された株をカッパとした。次に、このファージミドによりパッケージングされるために好適なペイロードを構築した。これを行うために、カッパターミナーゼにより認識されるcosシグナルをコードするための候補である、カッパプロファージの小ターミナーゼ遺伝子のすぐ上流の350bpの長さの配列(配列番号8)を、クロラムフェニコールマーカー及びsfGFP遺伝子を含有するペイロード中に挿入した。このペイロードをpTEST(p1866、配列番号9)とした。留意されることとして、クレブシエラ・ニューモニエREBASEデータベース中に見出されるいくつかの制限部位を可能な場合に除去した。p1866プラスミドを有する株カッパをLB +クロラムフェニコール中で終夜増殖させ、翌日に以下のプロトコールに従って産生を行った。

【0364】

終夜培養物を、クロラムフェニコールを補充したLB + 5mM CaCl₂の最終体積において1:6で希釈し、振盪と共に30℃で30分間増殖させた。その後に、42℃で45分の長さの熱ショックを行った。最後に、培養物を振盪と共に37℃で3時間増殖させた。この期間の後に、細胞を遠心分離により回収し、3mLのB-PERタンパク質抽出試薬を使用して溶解させ、600mgの界面活性剤除去バイオビーズを加え、穏やかな振盪と共に室温で1時間のインキュベーションを行った。その後に、溶解液を10,000gで10分間遠心分離し、上清を0.2ミクロンのポアサイズの膜を通して濾過した。

【0365】

異なるSTタイプに属するクレブシエラ・ニューモニエ株の2つの収集物(全部で192個の株)を使用して、ファージミド粒子が産生されるかどうかを検証した。クレブシエラ・ニューモニエ株の終夜培養物をLB + CaCl₂中に1:100で希釈し、37℃で2時間増殖させ、1:20で希釈した後に形質導入を行った。10μLのファージミド溶解液を90μLのクレブシエラ・ニューモニエ希釈液の各々に加え、37℃で30分間インキュベートした。最後に、10μLの各々の形質導入物を、クロラムフェニコールを補充したLB寒天上にプレーティングし、37℃で終夜インキュベートした。追加的に、トランスで6つの異なるクレブシエラ・ニューモニエOmpCバリアントを有するクレブシエラ・ニューモニエ株F3(s19091)、MG1655(s003)、MG1656-OmpCO157(s14269)及びMG1656-dOmpC-dLamBを使用して産生の力価を検証した。

【0366】

この第1のアッセイにおいて、192個のクレブシエラ・ニューモニエ株においても、タイトレーションのために使用された他の9個の株のいずれにおいても、ヒットは全く観察されなかった(図4～5)。

【0367】

これらの結果の後に、カッパプロファージのより詳細な分析を行って、何らかの構造又はパッケージングエレメントが欠損しているかどうかを調べた。このプロファージはHK97と同じファミリーに属するようであるので、任意の欠失したエレメントを見出すために文献検索を実行し、HK97(及び一般に、ラムダではない多くの他のファージ)は、ターミナーゼ複合体によるcos部位切断の処理能力を補助するHNHヌクレアーゼドメインを含有する小さいタンパク質を必要とすることが同定された(Moodleyら、Protein Sci. (2012) 21(6):809～818頁及びKalaら、Proceedings of the National Academy of Sciences Apr 2014、111 (16) 6022～6027頁)。ターミナーゼ遺伝子(及び推定上のcos部位)のすぐ上流のカッパプロファージ領域の分析は、HNHタンパク質、未知の機能を有するいくつかの他の小さいORF及び推定上のcos部位のすぐ上流のZnフィンガードメイン含有タンパク質を含有するオペロンの存在を明らかにした。

【0368】

HNHタンパク質は産生株中で欠失したエレメントであるという仮説を試験するために、このORF(配列番号10及び配列番号11)を誘導性リプレッサーPhlFの制御下のプラスミド(p1869、配列番号12)中にクローニングし、産生を補完するために使用した。追加的に、pTEST中に存在するcos部位が完全でない場合に備えて、ターミナーゼの上流のより大きい領域(配列番号13)を含有する第2のペイロードを構築した。この第2のプラスミドをpTEST-2(p1867、配列番号14)とした。

【0369】

ファージミドを初期実験と同様に産生したが、HNHタンパク質の発現を誘導するために培養が42℃にシフトしたときにDAPGを産生に加えた。収集物のスクリーニングを上記のように行った。

【0370】

HNHタンパク質の存在下で、ファージミドは容易に産生されることを結果は示した(図6)。この場合、単一のMG1655又はクレブシエラ・ニューモニエF3株におけるタイトレーションは、ファージミドはクレブシエラに特異的であること、及びE.コリを全く認識しないことを明らかにした。これは、産生されているファージミドはカッパに構造的に基づくが、ラムダプロファージにより溶原性状態に調節及び維持されることの証明である。

【0371】

同様に、両方のKpne収集物においてタイトレーションされた場合、今回は多くのヒットが観察された(図7)。

【0372】

2つの観察がこの実験から為されうる:
- 両方ともトランスでHNHタンパク質を有するpTEST又はpTEST-2ペイロードを用いて産生された場合に力価は異なる(概算値はpTESTについて5×10⁵TU/mL及びpTEST-2について5×10⁶TU/mL)。
- 低い力価であっても、クレブシエラ・ニューモニエ収集物におけるスポットは密であり、送達効率は高いに違いないことを指し示す。

【0373】

試験されたペイロードについての力価における差異に関して、両方の産生の間の唯一の変化は、pTEST-2中に存在する推定上のcos部位はpTESTよりも長い;また、pTEST-2は、予測される2つのZnフィンガー(配列番号15及び配列番号16)を有する小さいORF(より長いcos領域の部分である)をコードすることである。このタンパク質がパッケージングに関与する場合、長さそれ自体を理由とするのではなく、そのことが、力価が、pTESTを含有する溶解液よりもpTEST-2を含有する溶解液においてより高い理由でありうる。この理由のため、短いcos部位(その領域において任意のタンパク質をコードするのを回避するため)(配列番号17)をコードするペイロードが使用された第3のシステムを構築し、これをpTEST-3(p1868、配列番号18)とした。トランスで推定上のパッケージングタンパク質を補完するために、HNHタンパク質(配列番号10及び配列番号11)並びに推定上のZnフィンガー含有タンパク質(配列番号15及び配列番号16)をコードするいわゆる「HNH-オペロン」プラスミドを構築した(p1872、配列番号19)。産生は上記と同じように行った。

【0374】

この第3の場合において、pTEST-2についてと類似した挙動が観察され、Kpne収集物における多くのヒットがあり、ファージミドの成功裏の産生及び約5×10⁶TU/mLの力価が確認された(図8)。力価は、クレブシエラ・ニューモニエプレート上の密なスポットを分析し、且つそれらの株を使用して溶解液をタイトレーションすることにより得られた。これらの結果は、最小のcos部位はpTEST及びpTEST-2よりも短い領域においてコードされること、並びにHNH-オペロン機構は必要であり、パッケージング反応を向上させることを示す。

【0375】

これらの結果は、E.コリ産生株はクレブシエラ特異的な純粋なファージミド粒子を産生できることを示す。特異性は、単一の構造エレメント、例えばテイルファイバーの追加のみを由来とするのではない。産生されるファージミドの完全なタンパク質組成はK.ニューモニエ起源であり、他の種のためのファージミド粒子は、産生株としてE.コリを使用してアセンブルされうることが証明される。

【0376】

(実施例2)
キューティバクテリウム・アクネスファージ由来粒子の産生
キューティバクテリウム・アクネスは、皮膚の最も蔓延した且つ豊富に存在する種の1つであり(Kashafら、Nat Microbiol 7、169～179頁(2022))、皮膚においてそれは毛包脂腺系(PSU)に生着する。角質層上とは異なり、PSU中に存在する細菌は、生細胞、特に角化細胞、脂腺細胞及び異なる免疫細胞により取り囲まれる(Kabashimaら、Nat Rev Immunol 19、19～30頁(2019))。C.アクネスとこれらの細胞との間の緊密な接触は、有益な又は有害な相互作用に繋がりうる(Bruggemannら、Front Microbiol 12、673845 (2021))。C.アクネスを遺伝子改変できることは、米国特許出願公開第2022/135986号及び米国特許出願公開第2022/135987号において開示された本出願人の新たなツールの前には非常に困難であった。これらの特許出願において、本発明者らは、産生株としてC.アクネスを使用するC.アクネスファージ由来粒子の産生を初めて記載した。

【0377】

本実施例において、本発明者らは、P.フロイデンライヒ株を使用して、P.フロイデンライヒプロファージからの構造遺伝子をC.アクネスファージの構造遺伝子と交換することによりC.アクネスファージ由来粒子を産生した。

【0378】

結果
BW4ファージの単離
P.フロイデンライヒ及び関連付けられるバクテリオファージは、一部の乳製品中に存在することが公知である(Gautierら、(1995) Lait 75:427～434頁; Gautierら、(1995) Appl. Environ. Microbiol. 61:2572～2576頁; Chengら、(2018) BMC Microbiology 18:19)。本発明者らは、したがって、チーズ試料中のプロピオニバクテリウムファージ又はP.フロイデンライヒ溶原菌の両方の存在についてスクリーニングした。

【0379】

異なるタイプのチーズ試料を粉砕し、強化クロストリジア培地(Reinforced Clostridial Medium)中に再懸濁し、30℃の嫌気性条件において2日間インキュベートした。インキュベーション後に、培養物の希釈を、プロピオニバクテリウムについて選択的な培地であるリチウムグリセロールブロス(国際公開第1994017201号)中で行い、30℃で6日間インキュベートした。RCM +ミトマイシンC中での最終希釈液を30℃で1日間インキュベートして、潜在的なプロファージを誘導した。誘導された培養物を濾過(0.2μm)し、異なる指示株上にスポット添加した。試料の1つは、P.フロイデンライヒ株Pf0s2841のトップアガー上の濁ったプラーク形成に繋がった。3つの個々のプラークを2回の連続的な摘取り及びPf0s2841上の画線により単離し、増幅をPf0s2841のトップアガー上で行った。3つの異なるプラークについて、増幅は約10¹⁰PFU/mLのファージ懸濁液に繋がった。

【0380】

溶原dsDNA P.フロイデンライヒファージの2つのクラスター(BW及びBV)が以前に同定されている(Chengら、(2018) BMC Microbiology 18:19)。DoucetteファージからのBWゲノム(KX620751)に関して設計されたPCRを使用して2つの異なる断片が抽出された:
- AD1334(配列番号20)/AD1335(配列番号21)を有するORF3
- AD1336(配列番号22)/AD1337(配列番号23)を有するORF5。
本発明者らは、単離されたファージをBW様として分類することができた(図9)。ORF5のシークエンシングは、全てのファージはほぼ確実に同一であり、したがって、BW4と命名された同じBW様ファージを由来とすることを明らかにした。

【0381】

BW4ファージを有するPf0s2841溶原菌の単離
本発明者らは次に、プロファージとしてBW4ファージを有するP.フロイデンライヒ溶原菌を単離した。そのために、BW4ファージ懸濁液を株Pf0s2841上にスポット添加し、3日間インキュベートした。濁ったプラークを摘み取り、再懸濁し、画線した。5日後に、単一のコロニーを得、いくつかのコロニーを画線し、2回目及び3回目のインキュベーションを行い、ファージ遺伝子の存在を、付着末端(AD1322(配列番号24)/AD1323(配列番号25))にわたる、DNAse処理後のPCRにより、各々の画線においてチェックして、ファージが存在するがファージ粒子は存在しないことを確実にした。

【0382】

第3の画線後に、コロニーをトップアガーとして増殖させ、非希釈のBW様ファージ懸濁液のスポットを推定上の溶原菌株(Pf0s14253)上及び祖先株(Pf0s2841)上にスポット添加した。インキュベーション後に、BW13及びBW14スポットについての両方の株についてクリアランスが観察された一方、BW4スポットの場合にはPf0s2841についてのみクリアランスが観察された(図10)。これは、株Pf0s14253はBW4ファージ重感染に対して免疫性であり、BW4プロファージを有することを指し示す。BW14及びBW13についての免疫の非存在は、これらのファージは恐らく異なる免疫リプレッサーを有することを指し示す。

【0383】

BW4プロファージの誘導
ファージ由来粒子用の産生株としてBW4溶原菌株を使用するために、本発明者らは最初に、溶菌サイクルの誘導で高濃度のBW4ファージを産生する能力を試験する必要があった。それを行うために、Pf0s14253を、プロファージを誘導することが公知の抗生物質であるミトマイシンC(MMC)の非存在下又は存在下で増殖させ、培養上清を指示株Pf0s2841におけるBW4ファージ粒子の存在についてタイトレーションした。多くの量のBW4ファージ粒子が、ミトマイシンCを補充された条件において観察され(図11)、ミトマイシンCなしの条件についての3.0×10³PFU/μLに対して7.4×10⁷PFU/μLであった。これは、そのような条件下でのBW4プロファージについての溶菌及び溶原サイクルの間の高いダイナミックレンジを指し示し、ファージ由来粒子の産生のためのBW4の潜在能力が確認された。

【0384】

BW4ファージのシークエンシング及びアノテーション
C.アクネスファージ由来粒子の産生に向けてBW4プロファージを操作するために、BW4ファージをシークエンシングした。DNA単離(Promega Wizard DNA Clean-Up System)、続いてIlluminaシークエンシングをBW4ファージ懸濁液に対して行った。Spadesを使用して未加工リードを単一のコンティグにアセンブルし、末端をサンガーシークエンシングにより訂正した(配列番号26)。Phasterを使用してアノテーションを行い、他のBW様ファージとの相同性に基づいて手動で精選した(Chengら、(2018) BMC Microbiology 18:19)。

【0385】

Chengら、(2018) BMC Microbiology 18:19に記載されるように、BW様ファージは、転写の順序で、パッケージング、ヘッド、テイル、及び溶菌モジュールを有する異なる機能モジュールにおいて編成された大きい推定上の構造オペロン(溶菌オペロンとも呼ばれる)を有する他の溶原ファージの典型的なゲノム構造を有する。驚くべきことに、二機能性プライマーゼ及びポリメラーゼタンパク質に類似したドメインを含有するため、推定上のオペロンの第1の遺伝子(gp1)は、HHpredに基づいてDNA複製に関するようである。BW4ファージゲノムの他の部分は、プロファージ組込み/切除、DNA複製、DNA組換え、溶菌/溶原サイクルの調節及び他のアクセサリータンパク質のために必要な遺伝子を含有する。このモジュール構造は、BW4ファージカプシドの産生及びファージゲノムのパッケージングのために必要な遺伝子をC.アクネスファージゲノムからのそれらの同等物と交換する可能性を裏付ける。

【0386】

C.アクネスPAC7ファージの単離
C.アクネスファージを健常ボランティアの皮膚から単離した。簡潔に述べれば、パッチ(Biore社)を鼻に適用して面皰を抽出し、それをRCM中に再懸濁し、MRS上にプレーティングし、37℃の嫌気性条件中でインキュベートした。プレートの一部について、C.アクネスの密な菌叢中にプラークを観察することができた。DPBS(ダルベッコリン酸緩衝食塩水)をプレートに注いで潜在的なファージを再懸濁し、濾過して細菌を除去した。このファージ懸濁液をプレート上に画線し、株Ca0s2345のトップアガーを加えた。プレートを2日間インキュベートし、プラークを3回の連続的な摘取り、画線及びトップアガープレーティングにより再単離した。最後にプラークを、Ca0s2345株を有するトップアガー上で増幅し、得られたファージ懸濁液をPEG沈殿させた。Ca0s2345においてタイトレーションされた場合に高い力価(>10⁶PFU/μL)のファージ懸濁液が得られた。

【0387】

PAC7ファージのシークエンシング及びアノテーション
DNA単離(Promega Wizard DNA Clean-Up System)、続いてIlluminaシークエンシングをPAC7ファージ懸濁液に対して行った。Spadesを使用して未加工リードを単一のコンティグにアセンブルし、末端をサンガーシークエンシングにより訂正した(配列番号27)。Phasterを使用してアノテーションを行い、他のC.アクネスファージとの相同性に基づいて手動で精選した(Marinelliら、(2012) mBio 3:e00279-12)。P.フロイデンライヒBW4ファージと類似して、パッケージング、ヘッド及びテイルアセンブリー並びに細胞溶解用のモジュールを含む構造オペロンが同定された(図12)。HNHエンドヌクレアーゼがファージの最後の遺伝子(gp45)として同定された。そのようなエンドヌクレアーゼは、効率的なパッケージングのために必須であることが既に示されている(Quiles-Puchaltら、(2014) Proc Nat. Acad. Sci. 111:6016～6021頁)。

【0388】

キメラBW4-PAC7プロファージを有する溶原菌株の構築
含まれる小ターミナーゼgp2からテープメジャータンパク質gp16までの、BW4プロファージの構造オペロン中の遺伝子をgp1からgp14までの構造PAC7遺伝子により置き換えた(図13)。これは、E.コリDH10B中にクローニングされたP.フロイデンライヒ自殺ベクターであるプラスミドpAN514(配列番号28)を使用する相同組換えにより行った。ベクターでの形質転換後に、クロラムフェニコール上の選択により二重クロスオーバー事象をP.フロイデンライヒ(Pf1s22499)において選択した。キメラBW4-PAC7構造オペロンの完全性が、キメラ構造オペロン全体のPCR及びサンガーシークエンシングにより大域的に確認された。

【0389】

キメラBW4-PAC7プロファージを有する溶原菌株からのPAC7由来粒子の産生及びタイトレーション
P.フロイデンライヒBW4-PAC7キメラ溶原菌からのC.アクネスファージ由来粒子を産生するために、PAC7ファージのパッケージングシグナル(配列番号29)、PAC7テイルモジュールの5つの遺伝子(gp15～gp19)及びgp45エンドヌクレアーゼを発現するオペロン(配列番号30)並びにP.フロイデンライヒ及びC.アクネスにおいて機能的な複製起点を含有するpAN594コスミド(図14)(米国特許出願公開第2022/135986号及び米国特許出願公開第2022/135987号において開示されている)でPf1s22903を形質転換した。形質転換体を画線し、プロファージの存在について選択するためのクロラムフェニコール(1μg/mL)及びpAN594の存在について選択するためのエリスロマイシン(2.5μg/mL)の両方の存在下で増殖させた。約0.4のOD_600nmにおいて、培養物に0.5μg/mlのミトマイシンCを補充し、30℃の嫌気性条件中で終夜増殖させた。インキュベーション後に、細胞を遠心分離により収集し、ビーズビーティング(0.1mmのガラスビーズを用いて30Hzで2×20分)により溶解させ、上清を濾過し、ファージ由来粒子の存在をC.アクネスCa0s2258においてタイトレーションした。

【0390】

1μL当たり最大で約10²の潜在的な形質転換体が得られた(図15)。8個のコロニーをBrain Heart Infusion(BHI)エリスロマイシン(5μg/mL)上に画線し、PCRを使用してC.アクネス及びpAN594を有する形質転換体が確認された(図16)。

【0391】

本発明者らは、そのため、キューティバクテリウム・アクネス中にDNAを送達することができるC.アクネスファージ由来粒子が、P.フロイデンライヒプロファージの構造遺伝子をキューティバクテリウム・アクネスファージの構造遺伝子と交換することにより産生されうることを初めて実証した。

【0392】

材料及び方法:
使用及び生成された株

【0393】

【表2】

【0394】

培養条件
P.フロイデンライヒ株の全てのインキュベーションは30℃の嫌気性条件中で行った(Thermo Scientific(商標)社Sachet Oxoid(商標) AnaeroGen)。

【0395】

C.アクネス株の全てのインキュベーションは37℃の嫌気性チャンバー中で行った。

【0396】

株Pf1s22499の構築
BW4プロファージからのパッケージングシグナルの欠失は、E.コリ中にクローニングされ、次にPf0s14253株への形質転換を行ったpAN241 P.フロイデンライヒベクターを使用する相同組換え及び組換え体のCRISPR-Cas選択により行った。pAN241ベクターは、相同組換え用の鋳型(配列番号31)及びBW4プロファージのcosを標的化するcrRNAを有するFnCpf1転写カセットを含有する。

【0397】

P.フロイデンライヒのための形質転換プロトコール
P.フロイデンライヒの形質転換は、SLB(乳酸ナトリウムブロス)培地をBHIに置き換えて、Brede, D. A.ら、Appl Environ Microb 71、8077～8084頁(2005)から適合させた。

【0398】

ファージ由来粒子のタイトレーション
株Ca0s2258をBHI寒天プレート上に画線した。プレート上に密な増殖が得られたら、液体培養物をBHI中に入れた。終夜のインキュベーション後に、濁った培養物をBHI中で10倍に濃縮した。90μlの細胞を、Pf1s22904又は陰性対照としてのPf1s22903から産生された10μLのファージ由来粒子の純粋な、1/10に希釈された及び1/100に希釈された溶液と混合した。試料を室温で2時間インキュベートし、次にBHI中の1/10の段階希釈を行い、試料を37℃の嫌気性条件において2hインキュベートした後に、BHI + 5μg/mLエリスロマイシン上に4μLをスポット添加した。プレートを37℃の嫌気性条件において7日間インキュベートした。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【配列表】

2024520940000001.app

【国際調査報告】