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▶ ハミングバード ダイアグノスティクス ゲーエムベーハーの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-05-28
(54)【発明の名称】がん治療に対する応答を予測するＭＩＲＮＡ
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6869 20180101AFI20240521BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20240521BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240521BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240521BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20240521BHJP
A61P 11/00 20060101ALI20240521BHJP
A61K 45/06 20060101ALI20240521BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240521BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6869 Z ZNA
C12N15/113 Z
A61P35/00
A61P43/00 121
A61P35/02
A61P11/00
A61K45/06
A61K39/395 N
A61K39/395 T
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023572035
(86)(22)【出願日】2022-04-13
(85)【翻訳文提出日】2024-01-19
(86)【国際出願番号】 EP2022059970
(87)【国際公開番号】W WO2022242967
(87)【国際公開日】2022-11-24
(31)【優先権主張番号】21174970.0
(32)【優先日】2021-05-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(31)【優先権主張番号】21196432.5
(32)【優先日】2021-09-13
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＰＹＴＨＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】523123307
【氏名又は名称】ハミングバード ダイアグノスティクス ゲーエムベーハー
【氏名又は名称原語表記】Ｈｕｍｍｉｎｇｂｉｒｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ ＧｍｂＨ
(74)【代理人】
【識別番号】110001999
【氏名又は名称】弁理士法人はなぶさ特許商標事務所
(72)【発明者】
【氏名】ラジャクマール，ティモシー
(72)【発明者】
【氏名】スタインクラウス，ブルーノ
(72)【発明者】
【氏名】イェン，ジュリア
(72)【発明者】
【氏名】ホロス，ラスチスラフ
(72)【発明者】
【氏名】ズィコゼック，トビアス
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
4C085
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ03
4B063QQ52
4B063QR08
4B063QR32
4B063QR35
4B063QR42
4B063QR62
4B063QS10
4B063QS25
4B063QX01
4C084AA20
4C084MA02
4C084MA52
4C084MA66
4C084NA05
4C084NA14
4C084ZA591
4C084ZA592
4C084ZB072
4C084ZB261
4C084ZB262
4C084ZB271
4C084ZB272
4C084ZC751
4C085AA13
4C085AA14
4C085BB11
4C085CC23
4C085EE03
4C085GG01
4C085GG02
4C085GG08
(57)【要約】
本発明は、がんに罹患している患者の応答を予測する方法に関する。さらに、本発明は、がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法に関する。さらに、本発明は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する方法に関する。さらに、本発明は、免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受けるがんに罹患している患者を選択する方法に関する。さらに、本発明は、これらの方法を実施するためのキットに関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する方法であって、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
方法
【請求項2】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、（ｉ）配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、及び／又は
（ｉｉ）配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、
から選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、応答予測に関連するか、又は相関する、請求項１又は請求項２に記載の方法。
【請求項4】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡの参照レベルと比較される、請求項１乃至請求項３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
前記参照レベルが、前記がん治療に非応答であるがんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、前記患者が前記がん治療に応答することを示すか、又は該参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、前記患者が前記がん治療に応答することを示す、
請求項５に記載の方法。
【請求項7】
前記参照レベルが、前記がん治療に応答するがんに罹患した被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである、請求項４乃至請求項６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記参照レベルより高い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示すか、又は前記参照レベルより低い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉ
ＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示す、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、経験的に決定されたカットオフスコアと比較される、請求項１乃至請求項８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記カットオフスコアが、１種以上の複数のｍｉＲＮＡの加重和によって、好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和によって、決定される、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
前記カットオフスコアにより、前記患者を、がん治療に応答する患者として、又はがん治療に応答しない患者として分類することが可能になる、請求項９又は請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記がん治療が、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択されるか、又はこれらの組み合わせである、請求項１乃至請求項１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項13】
前記がん治療が免疫療法である、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記免疫療法が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
前記がんが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである、請求項１乃至１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
前記がんが免疫療法の対象となる、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
前記免疫療法の対象であるがんが、免疫チェックポイント阻害に感受性である、請求項１７に記載の方法。
【請求項19】
前記免疫チェックポイント阻害が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項１８に記載の方法。
【請求項20】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１乃至請求項２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項23】
がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法であって、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
方法。
【請求項24】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、（ｉ）配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、及び／又は
（ｉｉ）配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群
から選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項２３に記載の方法。
【請求項25】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが生命予後に関連するか、又は相関する、請求項２３又は請求項２４に記載の方法。
【請求項26】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡの参照レベルと比較される、請求項２３乃至請求項２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記参照レベルが、既知の不良な生命予後を有するがんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
請求項２７に記載の方法であって、前記参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、患者が良好な生命予後を有することを示すか、又は
前記参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、患者が良好な生命予後を有することを示す、
請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
前記参照レベルが、既知の良好な生命予後を有するがんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される、前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである、請求項２６乃至請求項２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
請求項２９に記載の方法であって、前記参照レベルより高い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有していることを示すか、又は
前記参照レベルよりも低い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有することを示す、
請求項２９に記載の方法。
【請求項31】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、経験的に決定されたカットオフスコアと比較される、請求項２３乃至請求項３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記カットオフスコアが、１種以上のｍｉＲＮＡの加重和によって、好ましくは配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和によって決定される、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記カットオフスコアにより、良好な又は不良な生命予後を有するとして患者を分類することが可能になる、請求項３１又は請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記良好な生命予後は、一定の期間生存する可能性／確率が高いことと関連しているか、又は前記不良な生命予後は、一定の期間生存する可能性／確率が低いことと関連している、請求項２７乃至請求項３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項35】
前記良好な予後を有する患者は、５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、さらに一層より好ましくは９０％を超える、又は最も好ましくは９５％を超える、一定の期間生存する可能性／確率を有する、請求項３４に記載の方法。
【請求項36】
前記低予後を有する患者は、５０％以下、好ましくは４０％未満、より好ましくは３０％未満、さらにより好ましくは２０％未満、さらに一層より好ましくは１０％未満、最も好ましくは５％未満の一定の期間生存する可能性／確率を有する、請求項３４に記載の方法。
【請求項37】
前記一定の期間が、３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、又は１０年の期間である、請求項３４乃至請求項３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項38】
前記患者が、がん治療が施される予定である、施されている、又は施された患者である、請求項２３乃至請求項３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記がん治療が、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである、請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
前記がん治療が免疫療法である、請求項３９に記載の方法。
【請求項41】
前記免疫療法が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
前記がんが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである、請求項２３乃至請求項４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
前記がんが免疫療法の対象である、請求項４３に記載の方法。
【請求項45】
前記免疫療法の対象であるがんが免疫チェックポイント阻害に感受性である、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
前記免疫チェックポイント阻害が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項48】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項２３乃至請求項４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項49】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項50】
患者のがん治療における副作用を予測する方法であって、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
方法。
【請求項51】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、（ｉ）配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、及び／又は
（ｉｉ）配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群
から選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がん治療中に副作用が起こる確率と関連する、請求項５０又は５１に記載の方法。
【請求項53】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、経験的に決定されたカットオフスコアと比較される、請求項５０乃至請求項５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項54】
前記カットオフスコアが、１種以上のｍｉＲＮＡの加重和によって、好ましくは配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和によって決定される、請求項５３に記載の方法。
【請求項55】
前記カットオフスコアにより、前記患者を、副作用を患わない患者として、又は副作用を患う患者として分類することが可能になる、請求項５３又は請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
前記副作用が免疫関連有害事象である、請求項５０乃至請求項５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項57】
前記副作用、好ましくは免疫関連有害事象が、内分泌障害、皮膚炎、大腸炎、リウマチ性多発筋症（ＰＭＲ）、下垂体炎、筋炎、甲状腺炎、肺炎、多発性関節炎、肝炎、漿膜炎、甲状腺機能低下症、関節炎、サイノビアリタイド（ｓｙｎｏｖｉａｌｉｔｉｄｅｓ）、及び乾癬からなる群から選択される、請求項５０乃至請求項５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項58】
前記がん治療が、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである、請求項５０乃至請求項５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項59】
前記がん治療が免疫療法である、請求項５８に記載の方法。
【請求項60】
前記免疫療法が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項５９に記載の方法。
【請求項61】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項62】
がんに罹患している患者をモニタリングする方法であって、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、又はそれらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
方法。
【請求項63】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、（ｉ）配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、及び／又は
（ｉｉ）配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそられに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群
から選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項６２に記載の方法。
【請求項64】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡの参照レベルと比較される、請求項６２又は６３に記載の方法。
【請求項65】
前記参照レベルが、がんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである、請求項６４に記載の方法。
【請求項66】
前記決定が、第１の時点におけるがんに罹患している患者の血液サンプル中、及びその後の時点における少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定し、異なる時点で決定された前記レベルを比較することを含む、請求項６２乃至６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項67】
前記患者が、前記がん治療を受けている、受けた、又は受けていた、請求項６２乃至請求項６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項68】
前記がんが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである、請求項６２乃至請求項６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項69】
前記がんが、免疫療法の対象である、請求項６８に記載の方法。
【請求項70】
前記免疫療法の対象であるがんが、免疫チェックポイント阻害に感受性である、請求項６９に記載の方法。
【請求項71】
前記免疫チェックポイント阻害が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項７０に記載の方法。
【請求項72】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項７１に記載の方法。
【請求項73】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項６２乃至請求項７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項74】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される、請求項７３に記載の方法。
【請求項75】
前記血液サンプルが、全血又は血液画分である、請求項１乃至請求項７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項76】
前記血液画分が、血球画分及び血漿又は血清からなる群から選択される、請求項７５に記載の方法。
【請求項77】
前記血球画分が、白血球の画分である、請求項７６に記載の方法。
【請求項78】
前記白血球が、骨髄細胞及び／又はリンパ球である、請求項７７に記載の方法。
【請求項79】
前記骨髄細胞が、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである、請求項７８に記載の方法。
【請求項80】
前記レベルが、配列決定、好ましくは次世代配列決定、核酸ハイブリダイゼーション、核酸増幅、ポリメラーゼ伸長、質量分析法、又はそれらの任意の組み合わせによって決定される、請求項１乃至請求項７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項81】
前記レベルが発現レベルである、請求項１乃至請求項８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項82】
がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する方法であって、（ｉ）請求項１乃至請求項２２もしくは請求項７５乃至請求項８１のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、該患者をがん治療に応答する患者として特定する工程、請求項２３乃至請求項４９もしくは請求項７５乃至請求項８１のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、該患者を良好な生命予後を有する患者として特定する工程、又は請求項５０乃至請求項６１もしくは請求項７５乃至請求項８１のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、該患者をがん治療における副作用に患わない患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）該患者を（前記）がん治療に割り当てる工程
を含む、方法
【請求項83】
前記がん治療が、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである、請求項８２に記載の方法。
【請求項84】
前記がん治療が免疫療法である、請求項８３に記載の方法。
【請求項85】
前記免疫療法が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項８４に記載の方法。
【請求項86】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項８５に記載の方法。
【請求項87】
がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用であって、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
使用。
【請求項88】
がんに罹患している患者に生命予後を提供するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用であって、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
使用。
【請求項89】
患者のがん治療における副作用を予測するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用であって、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそ
れらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
使用。
【請求項90】
がんに罹患している患者をモニタリングするための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用であって、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
使用。
【請求項91】
がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用であって、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、
使用
【請求項92】
前記がんが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである、請求項８７乃至請求項９１のいずれか一項に記載の使用。
【請求項93】
前記がんが免疫療法の対象である、請求項９２に記載の使用。
【請求項94】
前記免疫療法の対象であるがんが、免疫チェックポイント阻害に感受性である、請求項９３に記載の使用。
【請求項95】
前記免疫チェックポイント阻害が、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う、請求項９４に記載の使用。
【請求項96】
前記少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される、請求項９５に記載の使用。
【請求項97】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項８７乃至請求項９６のいずれか一項に記載の使用。
【請求項98】
前記がんが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される、請求項９７に記載の使用。
【請求項99】
がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するため、がんに罹患している患者に生命予後を提供するため、患者のがん治療における副作用を予測するため、がんに罹患している患者をモニタリングするため、又はがんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのキットであって、前記キットは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含む、
キット。
【請求項100】
前記キットが、（ｉ）配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、及び／又は
（ｉｉ）配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群、
から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含む、請求項９９に記載のキット。
【請求項101】
前記キットが請求項１乃至請求項８６のいずれか一項に記載の方法を実施する方法についての説明書をさらに含む、請求項９９又は請求項１００に記載のキット。
【請求項102】
前記キットが請求項１乃至請求項８６のいずれか一項に記載の方法を実施するために有用である、請求項９９乃至請求項１０１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項103】
免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを受けるがんに罹患している患者を選択する方法であって、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、該患者は、随意で≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する、
方法。
【請求項104】
前記≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者が、がん遺伝子活性化変異を有さない、請求項１０３に記載の方法。
【請求項105】
前記がんが、免疫化学療法又は免疫療法の対象である、請求項１０３又は請求項１０４に記載の方法。
【請求項106】
前記がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１０３乃至請求項１０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項107】
前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１０６に記載の方法。
【請求項108】
前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、請求項１０７に記載の方法。
【請求項109】
前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、請求項１０８に記載の方法。
【請求項110】
前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される、請求項１０３乃至請求項１０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項111】
前記（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアより高い少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が免疫化学療法のベネフィットを受けることを示すか、又は前記（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコア以下の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、前記患者が免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを受けることを示す、請求項１１０に記載の方法。
【請求項112】
前記方法が、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、又は５種のｍｉＲＮＡの加重レベルを集約することによって（ｍｉＲｉｓｋ）スコアを決定する工程をさらに含む、請求項１０３乃至請求項１１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項113】
前記（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、及び配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する５種のｍｉＲＮＡの加重レベルを集約することによって決定される、請求項１１２に記載の方法。
【請求項114】
前記（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが、以下の式に従って計算される、請求項１１２又は請求項１１３に記載の方法。（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
式中、ＲＰＭは１００万回あたりの読み取り数を意味する。
【請求項115】
前記（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される、請求項１１２乃至請求項１１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項116】
前記（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアが約－０．０７３である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項117】
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３が、前記患者が免疫化学療法からベネフィットを受けることを示すか、又は（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３が、前記患者が免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを受けることを示す、請求項１１６に記載の方法。
【請求項118】
がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する方法であって、（ｉ）請求項１０３乃至請求項１１７のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを受ける患者として前記患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）前記患者を前記治療に割り当てる工程、
を含む方法。
【請求項119】
がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療する方法であって、（ｉ）請求項１０３乃至請求項１１７のいずれか一項に記載の方法を実施することにより、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを受ける患者として前記患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）前記療法で前記患者を治療する工程、
を含む方法。
【請求項120】
免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受けるがんに罹患している患者を選択するためのキットであって、前記キットは、がんに罹患している前記患者の血液サンプル中の、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、
該患者は、随意で≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する、
キット。
【請求項121】
前記≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者が、がん遺伝子活性化変異を有さない、請求項１２０に記載のキット。
【請求項122】
前記がんが、免疫化学療法又は免疫療法の対象である、請求項１２０又は１２１に記載のキット。
【請求項123】
前記がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１２０乃至１２２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項124】
前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１２３に記載のキット。
【請求項125】
前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、請求項１２４に記載のキット。
【請求項126】
前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、請求項１２５に記載のキット。
【請求項127】
前記キットが、請求項１０３乃至請求項１１７のいずれか一項に記載の方法を実施する方法についての説明書をさらに含む、請求項１２０乃至請求項１２６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項128】
前記キットが、請求項１０３乃至請求項１１７のいずれか一項に記載の方法を実施するために有用である、請求項１２０乃至請求項１２７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項129】
前記キットが、コンテナ及び／又はデータキャリアをさらに含む、請求項１２０乃至請求項１２８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項130】
化学療法剤と組み合わせて、前記患者のがん治療に使用するための免疫療法薬であって、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する免疫療法薬。（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【請求項131】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する前記患者が、がん遺伝子活性化変異を有さない、請求項１３０に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項132】
前記がんが、免疫化学療法又は免疫療法の対象である、請求項１３０又は請求項１３１に記載の使用される免疫療法薬。
【請求項133】
前記がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜 がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１３０乃至請求項１３２のいずれか一項に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項134】
前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１３３に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項135】
前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、請求項１３４に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項136】
後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、請求項１３５に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項137】
前記免疫療法薬が、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である、請求項１３０乃至請求項１３６のいずれか一項に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項138】
前記ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される、請求項１３７に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項139】
免疫療法薬と組み合わせて、患者のがん治療に使用するための化学療法剤であって、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する化学療法剤。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０
．９５８８２３）
【請求項140】
前記≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者が、がん遺伝子活性化変異を有さない、請求項１３９に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項141】
前記がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象である、請求項１３９又は１４０に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項142】
前記がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜 がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１３９乃至請求項１４１のいずれか一項に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項143】
前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１４２に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項144】
前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、請求項１４３に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項145】
前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、請求項１４４に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項146】
前記化学療法剤がプラチナダブレットである、請求項１３９乃至請求項１４５のいずれか一項に記載の使用するための化学療法剤。
【請求項147】
随意に化学療法剤と組み合わせて、患者のがん治療に使用するための免疫療法薬であって、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する、免疫療法薬。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【請求項148】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する前記患者が、がん遺伝子活性化変異を有さない、請求項１４７に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項149】
前記がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象である、請求項１４７又は請求項１４８に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項150】
前記がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、上咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される、請求項１４７乃至請求項１４９のいずれか一項に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項151】
前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１５０に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項152】
前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が、後期ＮＳＣＬＣである、請求項１５１に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項153】
前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、請求項１５２に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項154】
前記免疫療法薬が、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である、請求項１４７乃至１５３のいずれか一項に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項155】
前記ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される、請求項１５４に記載の使用するための免疫療法薬。
【請求項156】
前記随意の化学療法剤がプラチナダブレットである、請求項１４７乃至請求項１５５のいずれか一項に記載の使用するための免疫療法薬。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する方法に関する。さらに、本発明は、がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法に関する。さらに、本発明は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する方法に関する。さらに、本発明は、免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受けるがんに罹患している患者を選択する方法に関する。さらに、本発明は、これらの方法を実施するためのキットに関する。
【背景技術】
【0002】
がんとは、体のどこかで異常な細胞が制御されずに増殖することである。異常な細胞は、がん細胞、悪性細胞、又は腫瘍細胞と呼ばれる。がん細胞は制御不能に増殖し、がん細胞の塊を形成することがある。
【0003】
がん治療には、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法が含まれるが、これらに限定されない。腫瘍の大きさ、悪性度、リンパ節転移及び腫瘍－リンパ節－転移（ＴＮＭ）病期分類などの標準的な臨床パラメーターは、がん治療レジメンに関して患者を層別化するための転帰及び重症度と相関する可能性がある。しかし、組織学的サブタイプによってグループ化された病期が一致した腫瘍は、同じ治療レジメンに対して異なる応答を示す可能性がある。
【0004】
免疫療法は最近、末期がんにおける非常に有効な治療として認識されている。免疫療法に使用される薬剤は、腫瘍が一般的に検出を回避する機序を遮断し、免疫系を開放してがんと戦うことによって作用する。顕著なベネフィットに加えて、免疫療法は特徴的な（時には重篤な）副作用を伴うことがある。このため、免疫療法は、有益性がリスクを上回ると予測される患者にのみ実施する必要がある。ＰＤ－１阻害剤クラス（ニボルマブ及びペムブロリズマブ）における免疫療法に対する応答予測の中心は、腫瘍のＰＤ－Ｌ１発現の定量化である。しかし、依然として約３０％の患者のみが陽性応答を達成する。
【0005】
さらに、末期がんでは、免疫療法（ＩＯ）単独又は免疫療法と化学療法との併用（すなわち、免疫化学療法（ＩＣＴ））が、主要な国際ガイドラインで治療選択肢として推奨されている。しかし、個々の患者における理想的な治療選択に関しては依然として不確実性がある。
【0006】
免疫療法に対する陽性応答は、腫瘍微小環境における悪性細胞及び免疫細胞の間の局所的な相互作用と、腫瘍及び末梢免疫系の間のより遠位の相互作用との両方に依存している。後者は非侵襲的な治療ガイダンスを提供する可能性があるが、血液ベースのバイオマーカーはまだルーチンの臨床使用には入っていない。
【0007】
したがって、がん治療、特に免疫療法、応答予測、及び生存予測のためのより正確なバイオマーカーに対する差し迫った必要性がある。さらに、免疫療法に加えて化学療法からベネフィットを得る患者を特定できる新しいバイオマーカーに対する差し迫った必要性がある。
【0008】
複数の証拠から、末梢血中に保持された情報は、限局性腫瘍微小環境内の免疫応答を予測する可能性があることが示唆されている。免疫療法応答と、末梢血数及び末梢で増殖したＴ細胞クローンとの間に関連性が認められている。
【0009】
本発明者らは、がん治療、特に免疫療法のための全血からの応答及び生存予測ｍｉＲＮＡを特定した。これらの新しいｍｉＲＮＡは、がん疾患における迅速かつ正確な臨床応答予測及び生命予後を可能にする。したがって、前記ｍｉＲＮＡは、がん治療、特に免疫療法におけるコンパニオン診断又は相補的診断として使用することができる。さらなる利点として、反復的な液体生検は、手順上のリスクを低下させ、縦断的モニタリングを実施し、及び例えば腫瘍ＰＤ－Ｌ１発現の動的プロセスを調査する手段として（先行技術の方法によって必要とされるような）連続腫瘍生検よりも実施可能である。さらに、これらの新しいｍｉＲＮＡは、がんに罹患している患者を選択して、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ることを可能にする。
【発明の概要】
【0010】
第１態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号（ＳＥＱ ＩＤ Ｎｏ．）１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0011】
第２態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0012】
第３態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、患者のがん治療における副作用を予測する方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0013】
第４態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者をモニタリングする方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0014】
第５の態様において、本発明は、
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、がん治療に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、がん治療において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（前記）がん治療に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する方法に関する。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、がん治療に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、がん治療において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（前記）がん治療に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する方法に関する。
【0015】
第６の態様において、本発明は、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0016】
第７の態様において、本発明は、がんに罹患している患者に生命予後を提供するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0017】
第８の態様において、本発明は、患者のがん治療における副作用を予測するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0018】
第９の態様において、本発明は、がんに罹患している患者をモニタリングするための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0019】
第１０の態様において、本発明は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するための少なくとも１種のｍｉＲＮＡの使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0020】
第１１の態様において、本発明は、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するため、がんに罹患している患者に生命予後を提供するため、患者のがん治療における副作用を予測するため、がんに罹患している患者をモニタリングするため、又はがんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのキットに関し、ここで該キットは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するための手段を含む。
【0021】
第１２の態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るためにがんに罹患している患者を選択する方法に関し、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、ここで、患者は、随意に≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（Ｔｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅ、ＴＰＳ）を有する。
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、ここで、患者は、随意に≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（Ｔｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅ、ＴＰＳ）を有する。
【0022】
第１３の態様において、本発明は、
（ｉ）第１２の態様に係る方法を実施することにより、免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する方法に関する。
（ｉ）第１２の態様に係る方法を実施することにより、免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する方法に関する。
【0023】
第１４の態様において、本発明は、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るためにがんに罹患している患者を選択するためのキットに関し、該キットは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７
（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、患者は、随意に、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、患者は、随意に、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0024】
本発明のこの概要は、必ずしも本発明のすべての特徴を説明するものではない。他の実施態様は、以下の詳細な説明を検討することにより明らかになるであろう。
【0025】
［発明の詳細な説明］
定義
本発明を以下に詳細に記載する前に、本発明は、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル及び試薬に限定されないことが理解されるべきであり、これらは変化し得る。また、本明細書中で使用される用語は、特定の実施態様のみを記載する目的のためであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することを意図しないことが理解されるべきである。
他に定義されない限り、本明細書中で使用される全ての技術的及び科学的用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
定義
本発明を以下に詳細に記載する前に、本発明は、本明細書に記載される特定の方法論、プロトコル及び試薬に限定されないことが理解されるべきであり、これらは変化し得る。また、本明細書中で使用される用語は、特定の実施態様のみを記載する目的のためであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本発明の範囲を限定することを意図しないことが理解されるべきである。
他に定義されない限り、本明細書中で使用される全ての技術的及び科学的用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
【0026】
好ましくは、本明細書中で使用される用語は、「Ａ ｍｕｌｔｉｌｉｎｇｕａｌ ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｔｅｒｍｓ：（ＩＵＰＡＣ Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ）」，Ｌｅｕｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｈ．Ｇ．Ｗ，Ｎａｇｅｌ，Ｂ．ａｎｄ Ｋoｌｂｌ，Ｈ．ｅｄｓ．（１９９５）、Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ Ｃｈｉｍｉｃａ Ａｃｔａ，ＣＨ－４０１０ Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ」に記載されるように定義される。
【0027】
いくつかの文献が本明細書の本文全体にわたって引用されている。本明細書中に引用される文書（全ての特許、特許出願、科学出版物、製造者の仕様、使用説明書、ＧｅｎＢａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ配列提出物などを含む）の各々は、上記であろうと下記であろうと、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書のいかなる記載も、本発明が先行発明によりそのような開示に先行する権利を有しないことを認めるものと解釈されるべきではない。このような組み込まれた参考文献の定義又は教示と、本明細書に記載された定義又は教示との間に矛盾がある場合、本明細書の本文が優先される。
【0028】
本発明に従う用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」のような変形は、規定された整数又は整数の群を含むことを意味するが、任意の他の整数又は整数の群を排除することは意味しない。本発明に従う用語「実質的に含む」は、規定された整数又は整数の群を含むことを意味するが、規定された整数に実質的に影響を及ぼすか又は変更する改変又は他の整数を除外する。本発明に従う用語「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」又は「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｏｆ）」のような変形は、規定された整数又は整数の群を含み、任意の他の整数又は整数の群を排除することを意味する。
【0029】
本発明を説明する文脈において（特に特許請求の範囲の文脈において）使用される用語「ａ」及び「ａｎ」及び「ｔｈｅ」ならびに同様の参照は、本明細書において別段の指示がない限り、又は文脈によって明らかに矛盾しない限り、単数及び複数の両方をカバーすると解釈されるべきである。
【0030】
本明細書で使用される場合、用語「約」は、それが先行する定量値からの特定の変動を
示す。特に、「約」という用語は、別段の指示又は推論がない限り、それが先行する定量値からの±５％の変動を許容する。「約」という用語の使用は、別段の明示がない限り、特定の定量値自体も含む。例えば、「約８０℃」という表現は、±４℃の変動を許容し、従って、７６℃乃至８４℃の範囲を指す。
示す。特に、「約」という用語は、別段の指示又は推論がない限り、それが先行する定量値からの±５％の変動を許容する。「約」という用語の使用は、別段の明示がない限り、特定の定量値自体も含む。例えば、「約８０℃」という表現は、±４℃の変動を許容し、従って、７６℃乃至８４℃の範囲を指す。
【0031】
本明細書中で使用される場合、用語「バイオマーカー」とは、正常もしくは異常なプロセス、又は状態もしくは疾患の指標である、血液、他の体液、又は組織において見出される生物学的分子をいう。バイオマーカーは、身体が疾患又は状態の治療にどの程度よく応答するかを予見するために使用することができ、あるいは特定の疾患又は状態－又は疾患の転帰－を、例えば血液サンプル中に見出される前記バイオマーカーの特定の値と関連付けるために使用することができる。バイオマーカーは、分子マーカー及びシグネチャー分子とも呼ばれる。バイオマーカーが疾患の推定される経過及び転帰を予測するために使用される場合、それは予後バイオマーカーと呼ばれることがある。本明細書に記載されるバイオマーカーはｍｉＲＮＡである。前記ｍｉＲＮＡは、予測及び予後のバイオマーカーである。
【0032】
用語「ｍｉＲＮＡ」（「マイクロＲＮＡ」という呼称も可能である）は、本明細書中で使用される場合、共に共有結合した少なくとも１０個のヌクレオチド及び４５個以下のヌクレオチドの一本鎖ＲＮＡ分子を指す。好ましくは、本発明で使用されるポリヌクレオチドは、１０乃至４５ヌクレオチド長又は１５乃至３５ヌクレオチド長、より好ましくは１６乃至２８ヌクレオチド長又は１８乃至２３ヌクレオチド長の分子、すなわち、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、又は４５ヌクレオチド長であり、随意に標識及び／又は伸長された配列（例えば、ビオチンストレッチ）を含まない。該ｍｉＲＮＡは遺伝子発現を調節し、そのＤＮＡから転写される遺伝子によってコードされているが、該ｍｉＲＮＡはタンパク質に翻訳されない（すなわち、ｍｉＲＮＡは非コードＲＮＡである）。ｍｉＲＮＡをコードする該遺伝子は、プロセシングされた成熟ｍｉＲＮＡ分子よりも長い。該ｍｉＲＮＡは最初、一次ｍｉＲＮＡ転写物（ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ）と呼ばれるより長い前駆体分子（＞１０００ヌクレオチド長）として転写される。Ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡはヘアピン構造をもち、ドローシャ酵素（マイクロプロセッサー複合体の一部として）によってプロセシングされる。ドローシャプロセシングの後、ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡはわずか６０乃至１００ヌクレオチド長であり、及び前駆体ｍｉＲＮＡ（ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）と呼ばれる。この時点で、該ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡは細胞質に輸送され、そこでダイサー酵素に遭遇する。ダイサーは該ｍｉＲＮＡを２つに切断し、二本鎖ｍｉＲＮＡ鎖を生じさせる。伝統的に、これらのｍｉＲＮＡアームの１つだけが遺伝子調節に重要であると考えられていた：ＲＮＡ－誘導性サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）にロードされることになっており、及び細胞内で高濃度で発生するアームである。これはしばしば「ガイド」鎖と呼ばれ、ｍｉＲと呼ばれる。もう一方のアームは「マイナーｍｉＲＮＡ」又は「パッセンジャーｍｉＲＮＡ」と呼ばれ、しばしばｍｉＲ★と呼ばれる。パッセンジャーｍｉＲＮＡは完全に分解されると考えられていたが、詳細な配列決定研究にはいくつかのマイナーなｍｉＲＮＡが残存し、実際に遺伝子調節に機能的な役割を果たしていることを明らかにした。これらの開発により、命名法は変化した。ｍｉＲ／ｍｉＲ★の命名法の代わりに、ｍｉＲ－５ｐ／ｍｉＲ－３ｐの命名法が採用されている。新しいシステムでは、ｍｉＲＮＡの５’アームは常にｍｉＲ－５ｐと呼ばれ、３’アームはｍｉＲ－３ｐと呼ばれる。現在の命名法は以下の通りである：接頭辞「ｍｉＲ」の後にダッシュと数字が続き、後者はしばしば命名の順序を示す。例えば、ｈｓａ－ｍｉＲ－１６はｈｓａ－ｍｉＲ－３４２よりも前に命名され、発見された可能性が高い。大文字の「ｍｉＲ－」は該ｍｉＲＮＡの成熟型（例えば、ｈｓａ－ｍｉＲ－１６－５ｐ及びｈｓａ－ｍｉＲ－１６－３ｐ）を指し、大文字でない「ｍｉｒ－」は該ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ及び該ｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ（例えば、ｈｓ
ａ－ｍｉＲ－１６）を指し、「ＭＩＲ」はそれらをコードする遺伝子を指す。しかし、これは最近の変更であるため、文献では元のｍｉＲ／ｍｉＲ＊名を参照することが多い。プロセシング後、二本鎖ｍｉＲＮＡ鎖はアルゴノート（ＡＧＯ）タンパク質にロードされ、ＲＩＳＣの前駆体を形成する。この複合体は二本鎖をほどき、パッセンジャーＲＮＡ鎖は捨てられ、成熟した一本鎖ｍｉＲＮＡをもつ成熟したＲＩＳＣが残る。該ｍｉＲＮＡは標的遺伝子の発現を抑制するので、該ＲＩＳＣの一部のままである。これはｍｉＲＮＡ生合成の標準的な経路であるが、他にもさまざまな経路が発見されている。これらには、ドローシャ非依存性経路（ミルトロン経路、ｓｎｏＲＮＡ－由来経路、及びｓｈＲＮＡ－由来経路など）及びダイサー非依存性経路（切断をＡＧＯに依存する経路、及びｔＲＮａｓｅＺに依存する経路など）が含まれる。
ａ－ｍｉＲ－１６）を指し、「ＭＩＲ」はそれらをコードする遺伝子を指す。しかし、これは最近の変更であるため、文献では元のｍｉＲ／ｍｉＲ＊名を参照することが多い。プロセシング後、二本鎖ｍｉＲＮＡ鎖はアルゴノート（ＡＧＯ）タンパク質にロードされ、ＲＩＳＣの前駆体を形成する。この複合体は二本鎖をほどき、パッセンジャーＲＮＡ鎖は捨てられ、成熟した一本鎖ｍｉＲＮＡをもつ成熟したＲＩＳＣが残る。該ｍｉＲＮＡは標的遺伝子の発現を抑制するので、該ＲＩＳＣの一部のままである。これはｍｉＲＮＡ生合成の標準的な経路であるが、他にもさまざまな経路が発見されている。これらには、ドローシャ非依存性経路（ミルトロン経路、ｓｎｏＲＮＡ－由来経路、及びｓｈＲＮＡ－由来経路など）及びダイサー非依存性経路（切断をＡＧＯに依存する経路、及びｔＲＮａｓｅＺに依存する経路など）が含まれる。
【0033】
本明細書で使用される用語「ｍｉＲＢａｓｅ」は、検証されたｍｉＲＮＡの十分に確立されたレポジトリを指す。ｍｉＲＢａｓｅ（ｗｗｗ．ｍｉｒＢａｓｅ．ｏｒｇ）は、公表されたｍｉＲＮＡ配列及び注釈の検索可能なデータベースである。ｍｉｒＢａｓｅ配列データベースの各エントリーは、ｍｉＲＮＡ転写物（データベースではｍｉＲと呼ばれる）の予測されるヘアピン部分を、成熟ｍｉＲＮＡ配列（ｍｉＲと呼ばれる）の位置及び配列の情報とともに表す。ヘアピン配列及び成熟配列の両方が検索及び閲覧に利用でき、そしてエントリーは名前、キーワード、参照、及び注釈によっても検索できる。すべての配列データ及び注釈データもダウンロードできる。
【0034】
本明細書に記載されるｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％、さらに一層より好ましくは少なくとも９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0035】
２つ以上のポリヌクレオチド中の残基は、その残基がポリヌクレオチド構造中の類似の位置を占める場合、互いに「対応する」といわれる。２つ以上のポリヌクレオチドにおける類似の位置が、核酸配列又は構造的類似性に基づいてポリヌクレオチド配列を整列させることによって決定され得ることは、当該分野において周知である。このような整列ツールは、当業者に周知であり、例えば、ワールド・ワイド・ウェブ上で、例えば、標準設定を用いてＣｌｕｓｔａｌＷ又はＡｌｉｇｎ、好ましくはＡｌｉｇｎ ＥＭＢＯＳＳ：：ｎｅｅｄｌｅ、Ｍａｔｒｉｘ：Ｂｌｏｓｕｍ６２、Ｇａｐ Ｏｐｅｎ １０．０、Ｇａｐ Ｅｘｔｅｎｄ ０．５で得ることができる。
【0036】
本明細書中で使用される用語「疾患」は、個体の身体に影響を及ぼす異常な状態を指す。疾患はしばしば、特定の症状及び徴候に関連する医学的状態と解釈される。ヒトにおいて、用語「疾患」は、罹患した個体に対して疼痛、機能不全、苦痛、社会的問題、若しくは死亡、又は個体と接触しているそれらに対して同様の問題を引き起こす任意の状態を指すためにより広く使用されることが多い。この広い意味では、傷害、障害、障害、症候群、感染症、逸脱行動、及び構造と機能の非定型的な変化を含むことがあるが、他の状況及び他の目的では、これらは識別可能なカテゴリーとみなすことができる。多くの病気にかかり、それとともに生活することは、人生に対する見方や人格を変える可能性があるから、病気は通常、身体的にだけでなく感情的にも個人に影響を及ぼす。
【0037】
本明細書中で使用される用語「がん」は、調節されない細胞増殖によって典型的に特徴付けられる、個体における生理学的状態を指すか、又は記載する。がんの例としては、限定されるものではないが、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）又は小細胞肺がん（ＳＣＬＳ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、
膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病が挙げられる。本明細書中で使用される用語「がん」はまた、がん転移を包含する。
膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病が挙げられる。本明細書中で使用される用語「がん」はまた、がん転移を包含する。
【0038】
本明細書で使用される用語「肺がん」は、肺の組織における制御されない細胞増殖からなる疾患を指す。この増殖は転移につながる可能性があり、これは隣接組織への浸潤及び肺を越えた浸潤である。原発性肺がんの大多数は上皮細胞に由来する肺がんである。肺がんは男女ともにがん関連死の最も一般的な原因である。最も一般的な症状は、息切れ、せき（喀血を含む）、及び体重減少である。肺がんは、後期肺がん、特にＩＶ期の肺がんであり得る。肺がんの主な種類は、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）である。好ましくは、肺がんはＮＳＣＬＣ、具体的にはＩＶ期のものである。
【0039】
本明細書中で使用される用語「腫瘍」は、悪性であるか良性であるかを問わず、病変及び新生物細胞の成長及び増殖、ならびに異常な組織成長を生じる全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織をいう。
【0040】
本明細書中で使用される用語「療法的治療／療法」は、患者の健康状態を改善し、及び／又は患者の寿命を延長する（増加させる）任意の治療／療法に関する。該治療／療法は、患者における疾患を排除し得、患者における疾患の発症を停止、阻害、もしくは遅延させ得、患者における症状の頻度もしくは重篤度を低下させ得、及び／又は疾患を現在有する患者もしくは以前に有していた患者における再発を低下させ得る。
【0041】
本明細書中で使用される用語「がん治療」とは、がんの予防、管理、治療、及び／又は改善において使用され得る任意のプロトコル、方法、及び／又は薬剤をいう。特に、本明細書中で使用される用語「がん治療」は、以下の１つ以上を達成することを意味する：
（ｉ）腫瘍増殖阻害及び／又は腫瘍細胞死
（ｉｉ）腫瘍マーカーの減少
（ｉｉｉ）腫瘍病変及び転移の抑制
（ｉｖ）画像検査（例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、ポジトロン放射断層撮影（ＰＥＴ）など）で証明された腫瘍量の減少、及び
（ｖ）患者による臨床評価又は自己報告によって証明された腫瘍量の減少。
具体的には、がん治療は、限定されるものではないが、薬物療法、支持療法、及び／又は医療関係者のような当業者に公知のがんの予防、管理、治療、及び／又は改善に有用な他の療法を含む。より具体的には、がん治療は、限定されるものではないが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法を含む。さらにより具体的には、がん治療は免疫療法である。
（ｉ）腫瘍増殖阻害及び／又は腫瘍細胞死
（ｉｉ）腫瘍マーカーの減少
（ｉｉｉ）腫瘍病変及び転移の抑制
（ｉｖ）画像検査（例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、ポジトロン放射断層撮影（ＰＥＴ）など）で証明された腫瘍量の減少、及び
（ｖ）患者による臨床評価又は自己報告によって証明された腫瘍量の減少。
具体的には、がん治療は、限定されるものではないが、薬物療法、支持療法、及び／又は医療関係者のような当業者に公知のがんの予防、管理、治療、及び／又は改善に有用な他の療法を含む。より具体的には、がん治療は、限定されるものではないが、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法を含む。さらにより具体的には、がん治療は免疫療法である。
【0042】
本明細書で使用される用語「化学療法」は、標準化された化学療法レジメンの一部として、化学療法薬としても知られる１種以上の抗がん剤を使用するがん治療の一種に関する。化学療法は、治癒を目的として（好ましくは薬物の組み合わせを含む）、又は延命又は症状の軽減を目的として（緩和化学療法）投与され得る。好ましくは、化学療法は、プラチナダブレット化学療法である。
【0043】
本明細書中で使用される用語「化学療法剤」とは、がん細胞の制御されない成長及び増殖を直接的又は間接的に阻害する任意の薬剤をいう。化学療法剤は、限定されるものではないが、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アント
ラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及び／又はヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤を含む。好ましくは、化学療法剤はプラチナダブレットである。
ラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及び／又はヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤を含む。好ましくは、化学療法剤はプラチナダブレットである。
【0044】
本明細書で使用される用語「放射線療法」は、がん性／悪性細胞を制御又は死滅させるために電離放射線を使用する一種のがん治療に関する。電離放射線は通常、直線加速器によって照射される。放射線療法は、いくつかの種類のがんが体の１つの領域に限局していれば、治癒する可能性がある。また、原発性悪性腫瘍を切除する手術後の腫瘍再発を予防するために、補助療法の一部として使用されることもある。放射線療法は化学療法と相乗的であり、感受性の高いがんでは化学療法の前、最中、後に用いることができる。
【0045】
用語「免疫療法」とは、ヒト又は動物の免疫系の１種以上の成分が、全身及び／又は局所効果、ならびに予防及び／又は治癒効果を含むいくつかの治療的ベネフィットを直接的又は間接的に達成するために意図的に調節される任意の治療をいう。免疫療法は、全身的、局所的又は両方を問わず、任意の経路（例えば、経口、静脈内、皮膚、注射、吸入など）によって、１種以上の免疫療法薬又は薬剤を、単独で又は任意の組み合わせで、ヒト又は動物被験体に投与することを含み得る。免疫療法は、サイトカインの産生を誘発、増加、減少、停止、予防、遮断又は他の方法で調節すること、及び／又はサイトカインもしくは免疫細胞を活性化もしくは不活性化すること、及び／又は免疫細胞のレベルを調節すること、及び／又は体内の特定の位置もしくは特定の種類の細胞もしくは組織に１種以上の治療物質もしくは診断物質を送達すること、及び／又は特定の細胞もしくは組織を破壊することを含むことができる。免疫療法は、局所作用、全身作用、又はその両方の組み合わせを達成するために使用することができ、また、他の抗がん療法によって引き起こされた可能性のある副作用を軽減又は排除するために使用することもできる。
【0046】
免疫応答を誘導又は増幅するように設計された免疫療法は、活性化免疫療法として分類され、一方、免疫応答を減少又は抑制する免疫療法は、抑制免疫療法として分類される。
【0047】
抗腫瘍免疫療法は幅広い可能性を秘めており、さまざまな種類の悪性腫瘍にわたって持続的かつ強力な応答を引き起こすため、多くの異なるタイプの進行期がんの治療に使用できる。
【0048】
免疫療法は、免疫療法薬の投与を包含する。
【0049】
本明細書で使用される用語「免疫療法薬」は、がん細胞に対する身体の免疫応答を間接的又は直接的に回復させ、増強し、刺激し、又は増加させ、及び／又は他の抗がん療法の副作用を減少させる任意の薬物、化合物、又は生物学的製剤を指す。当技術分野で公知の一般的な免疫療法薬の例としては、チェックポイント阻害剤、サイトカイン、がんワクチン、モノクローナル抗体などの抗体、及び／又は非サイトカインアジュバントが挙げられるが、これらに限定されない。あるいは、又はさらに、免疫療法的治療は、患者への免疫細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、細胞、樹状細胞、Ｂ細胞など）の投与を含む。特に、前記免疫細胞は、抗原提示細胞及び／又はキメラ抗原受容体Ｔ細胞である。
【0050】
免疫療法薬は、非特異的であってもよく、すなわち、人体ががん細胞の増殖及び／又は拡散と戦う上でより効果的になるように免疫系を一般的に高めることができ、又はそれらは特異的であってもよく、すなわち、がん細胞自体を標的とすることができる。免疫療法レジメンは、非特異的及び特異的免疫療法薬の使用を組み合わせてもよい。
【0051】
非特異的免疫療法薬は、免疫系を刺激するか又は間接的に改善する物質である。非特異的免疫療法薬は、がん治療のための主療法として単独で、ならびに主療法に加えて使用さ
れており、この場合、非特異的免疫療法薬は、他の療法（例えば、がんワクチン）の有効性を増強するためのアジュバントとして機能する。非特異的免疫療法薬はまた、この後者の状況において、他の治療の副作用、例えば、特定の化学療法剤によって誘導される骨髄抑制を軽減するように機能し得る。非特異的免疫療法薬は、重要な免疫系細胞に作用し、サイトカインや免疫グロブリンの産生増加などの二次応答を引き起こすことができる。あるいは、これらの薬剤自体がサイトカインを含むこともできる。非特異的免疫療法薬は、一般に、サイトカイン又は非サイトカインアジュバントとして分類される。多くのサイトカインは、免疫系を増強するように設計された一般的な非特異的免疫療法として、又は他の治療と共に提供されるアジュバントとして、がん治療に適用されている。適切なサイトカインとしては、インターフェロン、インターロイキン、及び／又はコロニー刺激因子が挙げられるが、これらに限定されない。インターフェロン（ＩＦＮ）としては、例えば、ＩＦＮ－α（ＩＦＮ－α）、ＩＦＮ－β（ＩＦＮ－β）、及び／又はＩＦＮ－γ（ＩＦＮ－γ）が挙げられる。インターロイキンとしては、例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１１、及び／又はＩＬ－１２が挙げられる。コロニー刺激因子（ＣＳＦ）には、例えば、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ又はフィルグラスチム）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ又はサルグラモスチム）、及び／又はエリスロポエチン（エポエチンα、ダルボポエチン）が含まれる。
れており、この場合、非特異的免疫療法薬は、他の療法（例えば、がんワクチン）の有効性を増強するためのアジュバントとして機能する。非特異的免疫療法薬はまた、この後者の状況において、他の治療の副作用、例えば、特定の化学療法剤によって誘導される骨髄抑制を軽減するように機能し得る。非特異的免疫療法薬は、重要な免疫系細胞に作用し、サイトカインや免疫グロブリンの産生増加などの二次応答を引き起こすことができる。あるいは、これらの薬剤自体がサイトカインを含むこともできる。非特異的免疫療法薬は、一般に、サイトカイン又は非サイトカインアジュバントとして分類される。多くのサイトカインは、免疫系を増強するように設計された一般的な非特異的免疫療法として、又は他の治療と共に提供されるアジュバントとして、がん治療に適用されている。適切なサイトカインとしては、インターフェロン、インターロイキン、及び／又はコロニー刺激因子が挙げられるが、これらに限定されない。インターフェロン（ＩＦＮ）としては、例えば、ＩＦＮ－α（ＩＦＮ－α）、ＩＦＮ－β（ＩＦＮ－β）、及び／又はＩＦＮ－γ（ＩＦＮ－γ）が挙げられる。インターロイキンとしては、例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－１１、及び／又はＩＬ－１２が挙げられる。コロニー刺激因子（ＣＳＦ）には、例えば、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ又はフィルグラスチム）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ又はサルグラモスチム）、及び／又はエリスロポエチン（エポエチンα、ダルボポエチン）が含まれる。
【0052】
さらに、免疫療法薬は、能動的であり得るか、すなわち、体液性及び細胞性免疫応答を含む身体自身の免疫応答を刺激するか、又はそれらは受動的であり得る、すなわち、身体の外部で生成された抗体、エフェクター免疫細胞、抗原提示細胞などの免疫系成分を含む。特に、受動免疫療法は、がん細胞又は免疫細胞の表面に見出される特定の抗原に対して特異的であるか、又は特定の細胞増殖因子に対して特異的である１種以上のモノクローナル抗体の使用を含む。モノクローナル抗体は、例えば、特定の型のがんに対する被験体の免疫応答を増強するため、血管新生に関与するものなどの特定の細胞増殖因子を標的化することによってがん細胞の増殖を妨害するため、又は化学療法剤、放射性粒子もしくは毒素などの薬剤に連結もしくは結合された場合にがん細胞への他の抗がん剤の送達を増強することによって、多くの方法でがん治療に使用され得る。
【0053】
腫瘍は、免疫逃避の複数のメカニズムを介して免疫介在性認識を回避することが知られている。腫瘍抗原に慢性的に曝露されると、Ｔ細胞は機能不全／枯渇状態になり、Ｔ細胞の生存と機能を制限する様々なチェックポイント阻害受容体（ＩＲ）を上方制御する。したがって、免疫療法は、特に、Ｔ細胞機能を刺激し、Ｔ細胞死を予防することによってがんを治療するアプローチを包含する。このアプローチは、調節受容体を遮断又は活性化する化合物、例えば抗体によるＴ細胞機能の刺激が、腫瘍の退縮を引き起こすのに十分であり得るという驚くべき知見に基づいている。チェックポイント遮断は、例えば、Ｔ細胞機能がそれらの抑制性受容体を遮断する化合物で刺激される方法であり、一方、Ｔ細胞共刺激は、それらの刺激性受容体を標的とする化合物でＴ細胞機能を活性化することを目的とする方法である。本明細書に記載される免疫療法は、特に、チェックポイント阻害剤の投与を包含する。
【0054】
本発明の１つの態様において、免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤である。本発明の１つの好ましい態様において、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。この点に関して、ペムブロリズマブとニボルマブはＰＤ－１タンパク質を特異的に標的とするのに対し、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、及びアベルマブはＰＤ－Ｌ１リガンドを特異的に標的とすることに注意すべきである。ＰＤ－１はプログラム細胞死タンパク質１を意味し、ＰＤ－Ｌ１はプログラム細胞死リガンド１を意味する。ＰＤ－１はリガンドＰＤ－Ｌ１の受容体である。
【0055】
本明細書中で使用される用語「免疫チェックポイント阻害剤」とは、１以上の免疫チェックポイントタンパク質を全体的に又は部分的に減少させる、阻害する、妨害する、又は調節する任意の化合物をいう。抑制には、機能の低下と完全な遮断が含まれる。多くの免疫チェックポイント阻害剤が知られており、これらの既知の免疫チェックポイントタンパク質阻害剤と同様に、（近い）将来、代替の免疫チェックポイント阻害剤が開発される可能性がある。免疫チェックポイント阻害剤としては、ペプチド、抗体、核酸分子、及び／又は小分子が挙げられるが、これらに限定されない。好ましくは、免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド２（ＰＤ－Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ－４）、ＬＡＧ３（リンパ球活性化遺伝子－３）、ＴＩＧＩＴ（免疫グロブリン及びＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体）、ＣＤ７３（エクト－５’－ヌクレオチダーゼ（ＮＴ５Ｅ））、及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。より好ましくは、ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、及びアベルマブからなる群から選択され、ＰＤ－１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ及びニボルマブからなる群から選択される。
【0056】
本明細書で使用される「予測」という用語は、患者ががん治療に応答するか、又はがん治療に応答して臨床結果を達成するかの予後を指す。ある態様において、がん治療に対する正の応答が予測される。いくつかの代替的態様において、がん治療に対する負の応答が予測される。がん治療に対する患者の応答の予測は、通常、がん治療で患者を治療する前に行われる。予測された結果が陽性であれば、患者はがん治療を受けることになる。予測された結果が陰性であれば、患者はがん治療を受けないか、別のがん治療を受けることになる。例えば、がんに罹患している患者が免疫療法に応答しないと予測される場合、患者は、放射線療法及び／又は化学療法のような免疫療法以外の別の療法で治療され得る。しかしながら、がん治療に対する応答の予測は、がん治療の開始後に実施することもできる。予測された結果が陽性であれば、がん治療を継続する。予測された結果が陰性的であれば、がん治療は変更又は中止される。
【0057】
特に、本明細書中に記載される、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する方法は、がん治療に応答する患者を、がん治療に応答しない患者から識別するのに適している。典型的には、応答者又は非応答者としての患者の特徴付けは、標準又はトレーニングセットを参照することによって行うことができる。標準は、応答者又は非応答者であることが知られている被験体のプロフィールであってもよく、あるいは数値／参照レベルであってもよい。そのような所定の標準は、印刷されたリスト又はダイアグラム、コンピュータソフトウェアプログラム、数学的アルゴリズム、又は他の媒体のような任意の適切な形態で提供され得る。患者が応答者であると予測される場合、医師は、がん治療、例えば免疫療法を患者に投与する決定を下すことができる。患者がノンレスポンダーであると予測される場合、医師は、がん治療を投与するのではなく、代わりに別のがん治療を投与するという決定を下すことができる。この場合、さらなる有害な副作用を回避することができる。
【0058】
本発明者らは、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答の予測を可能にする新規なｍｉＲＮＡバイオマーカーを特定した。該ｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。がん治療は、好ましくは免疫療法である。
【0059】
本明細書中で使用される用語「応答」とは、がん治療の結果として生じるか、又はそれと相関する、患者の状態の変化をいう。ある態様において、応答は、有益な応答であるか、又は有益な応答を含む。ある態様において、有益な応答は、状態の安定化（例えば、治
療の非存在下で生じることが予想されるか又は典型的に観察される悪化の予防又は遅延）、状態の１以上の症状の改善（例えば、頻度及び／又は強度の減少）、及び／又は状態の治癒の見込みの改善などを含み得る。特に、応答は、免疫療法に対するがんに罹患している患者の応答である。
療の非存在下で生じることが予想されるか又は典型的に観察される悪化の予防又は遅延）、状態の１以上の症状の改善（例えば、頻度及び／又は強度の減少）、及び／又は状態の治癒の見込みの改善などを含み得る。特に、応答は、免疫療法に対するがんに罹患している患者の応答である。
【0060】
具体的には、がん治療で治療された、がんに罹患しているがん患者又は（対照）被検体は、個体が、症状の予防又は重篤度の低減、又はがんの進行の遅延などの臨床的に有意なベネフィットを含む、当技術分野で受け入れられている一連の客観的基準又はその合理的な修正に従った抗がん効果の証拠を示す場合、がん治療に対して「応答する」、「応答」を有する、「陽性応答」を有する、又は「応答する」と考えられる。上記の用語はまた、がんに関して使用され得ることが理解される。
【0061】
がんに対する抗がん治療の効果を評価するための様々な異なる客観的基準が当技術分野で知られている。世界保健機関（ＷＨＯ）基準（Ｍｉｌｌｅｒ，Ａ Ｂ，ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ １９８１；４７（１）：２０７－１４）及びその修正版、ｔｈｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ）（Ｔｈｅｒａｓｓｅ Ｐ， ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ ２０００；９２：２０５－１６）及びその改訂版（Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ Ｅ Ａ， Ｎｅｗ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ：ｒｅｖｉｓｅｄ ＲＥＣＩＳＴ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．１）．Ｅｕｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ２００９；４５（２）：２２８－４７）は、腫瘍病変の大きさ及び数の画像決定、ならびに例えばコンピュータ断層撮影（ＣＴ）、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）、又は従来のＸ線写真からの新たな病変の検出に基づく一連の客観的基準である。選択された病変（標的病変と呼ばれる）の寸法を用いて、異なる時点からの画像間の腫瘍量の変化を計算する。次いで、算出された応答は、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、安定（ＳＤ）、又は進行（ＰＤ）に分類される。ＣＲは腫瘍の完全消失（－１００％）であり、ＰＤは約２０乃至２５％以上の増加（特定の基準による）及び／又は新たな病変の出現である。ＰＲとは、腫瘍病変の大きさが有意に（少なくとも約３０％）縮小するが（新たな病変の出現を伴わない）、完全奏効には至らないことであり、ＳＤはＰＲとＰＤの中間である。
【0062】
しかし、場合によっては、解剖学的画像のみでは十分でないことがある。例えば、免疫チェックポイント阻害剤などによる免疫療法に対する意味のある腫瘍応答は、場合によっては上記のＷＨＯ又はレシスト（ＲＥＣＩＳＴ）基準に従って、遅延後に生じることがある。免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）は、免疫療法で観察された追加の好ましい応答パターンを捉えるために定義された（Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ Ｄ，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ：ｉｍｍｕｎｅ－ｒｅｌａｔｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｃｒｉｔｅｒｉａ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｒｅ Ｒｅｓ．１５，７４１２－７４２０．）。ｉｒＲＣの開発者は、ＷＨＯ基準に基づいて基準を作成したが、それを修正した。ｉｒＲＣでは、腫瘍量は「指標」病変と新規病変を組み合わせることによって測定される。通常、腫瘍量は、ベースライン時に限られた数の「指標病変」（すなわち、識別可能な最大の病変）を用いて単純に測定され、その後の時点で特定された新たな病変は「病勢進行」としてカウントされる。これに対して、ｉｒＲＣでは、新たな病変は単に腫瘍量の変化である。ｉｒＲＣは、当初ＷＨＯ基準に規定されていた病変の双方向測定を維持した。ｉｒＲＣでは、免疫関連の完全奏効（ｉｒＣＲ）とは、測定されたか測定されていないかを問わず、すべての病変が消失し、新たな病変が認められないこと、免疫関連の部分奏効（ｉｒＰＲ）とは、ｉｒＲＣで定義されたベースラインからの腫瘍量の５０％減少、免疫関連の進行性疾患（ｉｒＰＤ）とは、記録された最低レベルからの腫瘍量の２５％増加である。それ以外はすべて免疫関連安定疾患（ｉｒＳＤ）とみなされる
。ここでの考え方は、たとえ腫瘍量が増加していても、最初の投与から数ヵ月後に免疫系が「始動」し、多くの患者で腫瘍量が最終的に減少する可能性が高いということである。２５％の閾値では、この明らかな遅延を考慮することができる。
。ここでの考え方は、たとえ腫瘍量が増加していても、最初の投与から数ヵ月後に免疫系が「始動」し、多くの患者で腫瘍量が最終的に減少する可能性が高いということである。２５％の閾値では、この明らかな遅延を考慮することができる。
【0063】
ｉｒＲＣは、免疫チェックポイント阻害剤やその他の免疫療法薬に適用できる。当業者は、減少した動脈増強及び減少した腫瘍密度が減少した生存腫瘍組織（例えば、腫瘍壊死による）の指標である、腫瘍動脈増強の程度及び／又は腫瘍密度の変化のような種々の因子を腫瘍生存組織の指標として考慮し、さらなる応答基準が当該分野において公知であることを理解するであろう。
【0064】
対照的に、がん療法で治療された、がんに罹患しているがん患者又は（対照）被験体は、その療法が、症状の予防又は重篤度の低下のような臨床的に有意なベネフィットをもたらさず、又はがんの進行速度を増加させない場合、そのがん療法に対して「応答しない」、「応答がない」、「負の応答」を有する、又は「非応答」であると考えられる。
【0065】
本明細書中で使用される用語「予後」は、疾患からの回復の可能性、又は疾患の起こり得る発症もしくは結果の予測を意味し、限定されるものではないが、患者の生存、特に全生存期間、患者におけるがんの再発の可能性、及び腫瘍転移の可能性の予測を含む。
【0066】
本明細書で使用される用語「生命予後」は、がんに罹患している患者の死亡の可能性／確率の予測を指す。特に、本明細書で使用される「がんに罹患している患者に生命予後を提供する」という用語は、がんに関して、患者が良好な予後（低い死亡確率）を有するか、又は不良な予後（高い死亡確率）を有するかを決定することを意味する。患者は、好ましくは、がん治療が投与される予定である、投与されている、又は投与された患者である。生命予後は、予測される全生存期間（ＯＳ）及び／又は２年又は５年の追跡時の生存と定義することができる。生存の可能性／確率は、０％乃至１００％の値で表すことができ、ここで、１００％は、指示された期間生存する高い可能性／確率（良好な予後）であり、０％は、指示された期間生存する低い確率／確率（不良な予後）である。表示される期間は、（少なくとも／最大で）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、又は１０年であり得る。
【0067】
具体的には、良好な生命予後は、ある期間生存する可能性／確率が高いことと関連している。より具体的には、良好な予後を有する患者は、特定の期間生存するために、５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、さらに一層より好ましくは９０％を超える、又は最も好ましくは９５％を超える可能性／確率を有する。一定の期間は、（少なくとも）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年の期間であることが好ましい。
【0068】
具体的には、不良な生命予後は、ある期間生存する可能性／確率が低いことと関連している。より具体的には、低予後を有する患者は、特定の期間生存するために５０％以下、好ましくは４０％以下、より好ましくは３０％以下、さらにより好ましくは２０％以下、さらに一層より好ましくは１０％以下、最も好ましくは５％以下の可能性／確率を有する。一定の期間は、（多くても）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年の期間であることが好ましい。
【0069】
あるいは、がんに罹患している患者は、短い又は長い生存期間を有することが予測される。用語「短い生存期間」、例えば（多くても）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、又は１２ヶ月（１年）は、患者が、前記がんに罹患している（対照）被検体の一般集団において観察される中央値（又は平均）よりも短い生存期間を有することを示す。患者の生存期間が短い
場合、それは患者が「予後不良」であることを意味する。逆に、用語「長い生存期間」、例えば（少なくとも）２年、少なくとも５年、少なくとも８年、又は少なくとも１０年は、患者が、前記がんに罹患している（対照）被験体の一般集団において観察される中央値（又は平均）よりも高い生存期間を有することを示す。患者が長い生存期間を有する場合、それは患者が「良好な予後」を有することを意味する。例えば、生存期間が短いと予測される患者は、２年又は５年の追跡調査時にはもはや生存していないが、生存期間が長いと予測される患者は、２年又は５年の追跡調査時には依然として生存している。当業者は、「全生存期間（ＯＳ）」時間が、一般に、示された期間の間に特定の型のがんを生存する人々のパーセンテージに基づき、それとして表されることを認識する。がんの統計では、２年又は５年の全生存率が用いられることが多い。具体的な実施態様では、予後が良好な患者は２年又は５年の期間生存する。予後不良の患者は、２年又は５年の期間生存しない。
場合、それは患者が「予後不良」であることを意味する。逆に、用語「長い生存期間」、例えば（少なくとも）２年、少なくとも５年、少なくとも８年、又は少なくとも１０年は、患者が、前記がんに罹患している（対照）被験体の一般集団において観察される中央値（又は平均）よりも高い生存期間を有することを示す。患者が長い生存期間を有する場合、それは患者が「良好な予後」を有することを意味する。例えば、生存期間が短いと予測される患者は、２年又は５年の追跡調査時にはもはや生存していないが、生存期間が長いと予測される患者は、２年又は５年の追跡調査時には依然として生存している。当業者は、「全生存期間（ＯＳ）」時間が、一般に、示された期間の間に特定の型のがんを生存する人々のパーセンテージに基づき、それとして表されることを認識する。がんの統計では、２年又は５年の全生存率が用いられることが多い。具体的な実施態様では、予後が良好な患者は２年又は５年の期間生存する。予後不良の患者は、２年又は５年の期間生存しない。
【0070】
がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法は、例えば、治療後の個体の（全又は長期）生存の可能性があるか否かを予測するのに有用な手段である。本方法はまた、がんに罹患している任意の特定の患者に対して最も適切な治療法を選択することによって治療決定を行うために臨床的に使用することができる。治療法は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択され得る。
【0071】
カプラン－マイヤー解析は、生存解析に推奨される統計的手法である。これは、研究への加入後の患者の生存時間の分布を解析することによって適用される。解析では、これらを登録後の所定の時点まで生存している患者の割合で表している。グラフでは、生存している患者の割合を時間に対してプロットすると、特徴的な減少（しばしば指数関数的）が見られ、曲線の急峻さは調査中の治療の有効性を示している。生存曲線が浅いほど、治療はより効果的である。カプラン－マイヤー分析は、２つの異なる治療に関連する生存曲線間の差の統計的有意性をテストするために使用することができる。
【0072】
本発明者らは、このような解析により、がんに罹患している患者の生命予後の提供を可能とする新たなｍｉＲＮＡバイオマーカーを特定した。これらのｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。本発明者らは、当該ｍｉＲＮＡが、がん治療を受けたがん患者の生存期間に関する識別因子であることを見出した。これらは、高リスク患者と低リスク患者を階層化／分類することを可能にする予後指標である。
【0073】
用語「ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（Ｔｕｍｏｒ Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ Ｓｃｏｒｅ、ＴＰＳ）」とは、本明細書中で使用される場合、全ての生存腫瘍細胞中のＰＤ－Ｌ１陽性腫瘍細胞のパーセンテージをいう。したがって、ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を決定する場合、ＰＤ－Ｌ１に対して膜結合型陽性に染色される全ての腫瘍細胞を計数し、腫瘍細胞の総数（陽性腫瘍細胞のパーセンテージ値）で割る。ＰＤ－Ｌ１のＴＰＳは、治療レジメンの選択における決定基準となる可能性がある。特に、≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有するがんに罹患している患者の治療レジメンは、＜１％未満のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有するがんに罹患している患者の治療レジメン、及び／又は１乃至４９％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有するがんに罹患している患者の治療レジメンとは異なり得る。
【0074】
例えば、ＩＶ期のＮＳＣＬＣのような後期の肺がんでは、＜１％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者は通常、化学療法で治療され、１乃至４９％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者は通常、免疫化学療法で治療される。
【0075】
現在、ＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳが５０％以上のＩＶ期のＮＳＣＬＣなどの進行期肺がん患者に対する治療選択肢として、免疫療法と免疫化学療法の両方が推奨されている。免疫作療法に応答しない約６０％の患者の一部では、化学療法が免疫作療法の併用により腫瘍を感作させるため、免疫化学療法が有益となる可能性がある。しかし、この追加的な治療負担は、毒性の頻度及び重症度の増加という代償を伴い、患者の約７０％にグレード３－４の有害事象が認められた。免疫療法と免疫化学療法のどちらを選択するかは、依然として主に臨床判断に基づいている。考慮される因子には、全身状態、転移部位の数及び疾患の侵攻性が含まれる。しかし、最適な治療法は依然として不明であることが多い。
【0076】
本発明者らは、この問題を解決し、免疫療法ではなく免疫化学療法による治療からベネフィットを得る患者を特定することを可能にする（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアを定義した。本方法では、患者が本当に必要とする場合には、化学療法と関連する高い身体的ストレスと組み合わせて免疫療法を受けるだけでよい。したがって、この（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアは、補完的な診断として治療法の決定を可能にする。
【0077】
本明細書中で使用される場合、用語「患者」とは、彼女又は彼ががん治療に応答するか否かを知ることが所望される、がんに罹患している任意の個体をいう。がんに罹患している患者ががん治療に応答するか、又はがん治療に応答しないかを予測することができ得る。患者が、がん治療に応答する患者として特定された場合、患者は、該がん治療に割り当てられる。患者が、がん治療に応答しない患者として特定される場合、患者は、前記がん治療に割り当てられないが、代替のがん治療に割り当てられ得る。
【0078】
本明細書中で使用される場合、用語「患者」はまた、生命予後を知ることが望まれる、がんに罹患している任意の個体をいう。がんに罹患している患者は、良好な又は不良な生命予後を有すると決定され得る。
【0079】
本明細書中で使用される用語「患者」はまた、患者においてがんがどのように発生するかを知ることが望まれる、がんに罹患している任意の個体をいう。この患者は、例えば、縦断的モニタリングの形でモニタリングすることができる。したがって、がんの経過（特に治療後又は治療中）を患者において観察することができる。
【0080】
本明細書中で使用される用語「患者」はまた、患者が免疫療法又は免疫化学療法（すなわち、患者選択／層別化）からベネフィットを得る（可能性がある）か否かを知ることが望まれる、がんに罹患している任意の個体をいう。
【0081】
患者は、ヒト及び他の哺乳動物、例えば、ウサギ、マウス、ラット、又はサルなどの動物の両方を含む任意の哺乳動物であり得る。ヒト患者が特に好ましい。
【0082】
本明細書で使用される用語「（対照）被検体」は、がん治療の既知の応答者又は非応答者であるがんに罹患している個体を指す。本明細書で使用される用語「（対照）被検体」はまた、既知の良好な又は不良な生命予後を有するがんに罹患している個体を指す。（対照）被験体は、ヒト及び他の哺乳動物、例えば、ウサギ、マウス、ラット、又はサルなどの動物。の両方を含む任意の哺乳動物であり得る。ヒト対照被験体が特に好ましい。
【0083】
本明細書で使用される用語「血液サンプル」は、全血又は血液画分を包含する。好ましくは、血液画分は、血球画分、血漿、及び血清からなる群から選択される。特に、血液画分は、血液画分及び血漿又は血清からなる群から選択される。例えば、血液細胞画分は、赤血球、白血球、及び／又は血小板を包含する。より好ましくは、血液細胞画分は白血球の画分である。具体的には、白血球は、骨髄細胞及び／又はリンパ球を包含する。より具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる
群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。血液サンプルは、０．０１乃至２０ｍＬ、より好ましくは０．１乃至１０ｍＬ、さらにより好ましくは０．５乃至８ｍＬ、最も好ましくは１乃至５ｍＬの容量を有することが好ましい。
群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。血液サンプルは、０．０１乃至２０ｍＬ、より好ましくは０．１乃至１０ｍＬ、さらにより好ましくは０．５乃至８ｍＬ、最も好ましくは１乃至５ｍＬの容量を有することが好ましい。
【0084】
該血液サンプルは、患者又は（対照）被検体から血液を取り出すことによって提供することができるが、予め単離されたサンプルを使用することによって提供することもできる。例えば、血液サンプルは、患者又は（対照）被検体から、従来の採血技術によって採取され得る。
【0085】
該血液サンプルは、さらに、療法的治療の開始前、療法的治療の間、及び／又は療法的治療の後に、患者又は（対照）被検体から得ることができる。血液サンプルが、少なくとも１人の（対照）被検体、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、又は１，０００人（対照）被検体から得られる場合、それは「参照血液サンプル」と呼ばれる。好ましくは、参照血液サンプルは、検査される患者の血液サンプルと同じ供給源由来であり、例えば、両方とも、全血サンプル又は血球画分である。さらに、両者が同じ種、例えばヒト由来であることが好ましい。また、（代替的又は追加的に）、（対照）被検体の参照血液サンプル及びテストされる患者の血液サンプルの測定が同一であること、例えば、両方が同一の体積を有することが好ましい。参照血液サンプル及び血液サンプルが、同性及び同様の年齢の（対照）被検体／患者由来であることが特に好ましい。
【0086】
全血サンプルは、採血管によって採取することができる。それは、例えば、ＰＡＸｇｅｎｅ血液ＲＮＡチューブ、テンパス血液ＲＮＡチューブ、ＥＤＴＡチューブ、Ｎａ－クエン酸塩チューブ、ヘパリンチューブ、又はＡＣＤチューブ（酸性クエン酸－デキストロース）に収集される。
【0087】
全血サンプルはまた、例えば、Ｍｉｔｒａマイクロサンプリングデバイスを用いる血液スポット技術によって収集され得る。この技術は、より少ないサンプル量、典型的にはヒトについて４５乃至６０μＬ又はそれ以下を必要とする。例えば、全血は、針又はランセットで指を刺すことによって、患者から抽出することができる。したがって、全血サンプルは、血液滴の形態を有することができる。次いで、該血液滴は、吸収性プローブ、例えば、全血を吸収することができるセルロースのような親水性ポリマー材料上に置かれる。サンプリングが完了したら、血斑を空気中で乾燥させた後、処理のために実験室に移送又は送付する。血液は乾燥しているので、危険とはみなされない。したがって、取り扱い又は送付において特別な予防措置を講じる必要はない。一旦分析場所に到達すると、所望の成分、例えばｍｉＲＮＡは、乾燥血液スポットから上清中に抽出され、次いで、さらに分析される。この技術は、自宅で（在宅ケア／自宅サンプリングに基づいて）がんを有する患者をモニタリングするため、又はスクリーニング目的のために適している。
【0088】
本明細書中で使用される用語「骨髄細胞」は、白血球のサブグループをいう。このサブグループには、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）が含まれる。言い換えれば、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）は、骨髄細胞と総称される。１つの実施態様において、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。骨髄細胞は血液及びリンパ系を循環し、腫瘍関連組織損傷を含む組織損傷部位及び様々なケモカイン受容体を介した感染部位に急速に動員される。このように、骨髄細胞は免疫系の重要な武器（ａｒｍ）であり、一連の病原体に対する自然防御に大きく関与している。骨髄細胞はまた、主に抗原提示と適応免疫細胞の動員を介して、自然免疫と適応免疫を結びつける上で重要な役割を果たしている。上述のように、本発明者らは、生命予後及び応答予測のた
めの新規なｍｉＲＮＡバイオマーカーを特定した。それらのいくつかは、骨髄細胞に特異的／排他的に存在する。これらのｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。上記ｍｉＲＮＡは、本明細書において骨髄ｍｉＲＮＡとして設計される。
めの新規なｍｉＲＮＡバイオマーカーを特定した。それらのいくつかは、骨髄細胞に特異的／排他的に存在する。これらのｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。上記ｍｉＲＮＡは、本明細書において骨髄ｍｉＲＮＡとして設計される。
【0089】
本明細書に記載される方法において、ｍｉＲＮＡのレベルは、患者の血液サンプル中で決定される。本明細書中で使用される用語「レベル」は、ｍｉＲＮＡの量（例えば、グラム、モル、又はイオンカウントで測定される）又は濃度（例えば、絶対濃度又は相対濃度、例えば、１００万当たりの読み取り数（ＲＰＭ）又はＮＧＳカウント）をいう。本明細書中で使用される用語「レベル」はまた、スケーリングされた、正規化された、又はスケーリング及び正規化された量又は値（例えば、ＲＰＭ）を含む。特に、ｍｉＲＮＡのレベルは、配列決定、好ましくは次世代配列決定（例えば、ＡＢＩ ＳＯＬＩＤ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ、Ｒｏｃｈｅ ４５４ ＧＳ ＦＬ、ＢＧＩＳＥＱ）、核酸ハイブリダイゼーション（例えば、マイクロアレイ又はビーズ）、核酸増幅（例えば、ＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、ｑＲＴ－ＰＣＲ、又はハイスループットＲＴ－ＰＣＲ）、ポリメラーゼ伸長、質量分析、フローサイトメトリー（例えば、ルミネックス）、又はそれらの任意の組合せによって決定される。具体的には、ｍｉＲＮＡのレベルは、前記ｍｉＲＮＡの発現レベルである。
【0090】
当業者は、本明細書中に記載される多くの実施態様において、決定されたｍｉＲＮＡレベルが、適切なｍｉＲＮＡ「参照レベル」と比較されることを理解する。具体的には、ｍｉＲＮＡのレベルを、該ｍｉＲＮＡの参照レベルと比較する。より具体的には、ｍｉＲＮＡの参照レベルは、（対照）被検体の血液サンプル中で決定される。さらにより具体的には、参照レベルは、がん治療に対する応答者又は非応答者であることが知られているがんに罹患している被験体由来の多数の参照血液サンプルを測定することによって、又は既知の良好なもしくは不良な生命予後を有するがんに罹患している被検体由来の多数の参照血液サンプルを測定することによって、経験的に決定される。典型的には、当業者によって理解されるように、参照レベルは、患者の血液サンプル中のｍｉＲＮＡレベルを決定又は分析するために利用される条件に匹敵する条件下で決定される。
【0091】
参照レベルはまた、ｍｉＲＮＡのカットオフ又は閾値レベルであり得る。典型的には、カットオフ又は閾値レベルは、実験的、経験的、又は理論的に決定することができる。カットオフ又は閾値レベルは、当業者によって認識されるように、既存の実験条件及び／又は臨床条件に基づいて任意に選択することもできる。カットオフ又は閾値は、検査の機能及びベネフィット／リスクバランス（偽陽性及び偽陰性の臨床的結果）に応じて、最適な感度及び特異度を得るために決定されなければならない。典型的には、最適な感度及び特異度（したがって閾値レベル）は、実験データに基づく受信者動作特性（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ、ＲＯＣ）曲線を用いて決定することができる。例えば、参照の群におけるｍｉＲＮＡレベルを決定した後、テストされるサンプル中の測定されたｍｉＲＮＡレベルの統計的処理のためにアルゴリズム分析を使用することができ、従って、サンプル分類のために有意性を有する分類標準を得ることができる。ＲＯＣ曲線の正式名称は受信者動作特性曲線（ｒｅｃｅｉｖｅｒ ｏｐｅｒａｔｏｒ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ ｃｕｒｖｅ）であり、受信者動作特性曲線（ｒｅｃｅｉｖｅｒ ｏｐｅｒａｔｉｏｎ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ ｃｕｒｖｅ）としても知られている。主に臨床バイオマーカー検査に用いられる。ＲＯＣ曲線は、真陽性率（感度）及び偽陽性率（１－特異度）の連続変数を反映する包括的な指標である。画像合成法による感度と特異度の関係を明らかにした。一連の異なるカットオフ又は閾値レベル
を連続変数として設定し、一連の感度及び特異度値を計算する。次に、感度を垂直座標として使用し、特異度を水平座標として使用して曲線を描く。曲線下面積（ＡＵＣ）が高いほど、予測／予後／診断の精度が高くなる。ＲＯＣ曲線上で、座標図のはるか左上に最も近い点は、高い感度と高い特異度の両方の値を有する臨界点である。ＲＯＣ曲線のＡＵＣ値は１．０から０．５の間である。ＡＵＣ＞０．５の場合、予測／予後／診断結果は、ＡＵＣが１に近づくにつれてますます良くなる。ＡＵＣが０．５から０．７の間の場合、精度は低くなる。ＡＵＣが０．７から０．８の間の場合、精度は中程度である。ＡＵＣが０．８以上であれば精度は高い。ＡＵＣが０．９を超えると、精度は非常に高くなる。
を連続変数として設定し、一連の感度及び特異度値を計算する。次に、感度を垂直座標として使用し、特異度を水平座標として使用して曲線を描く。曲線下面積（ＡＵＣ）が高いほど、予測／予後／診断の精度が高くなる。ＲＯＣ曲線上で、座標図のはるか左上に最も近い点は、高い感度と高い特異度の両方の値を有する臨界点である。ＲＯＣ曲線のＡＵＣ値は１．０から０．５の間である。ＡＵＣ＞０．５の場合、予測／予後／診断結果は、ＡＵＣが１に近づくにつれてますます良くなる。ＡＵＣが０．５から０．７の間の場合、精度は低くなる。ＡＵＣが０．７から０．８の間の場合、精度は中程度である。ＡＵＣが０．８以上であれば精度は高い。ＡＵＣが０．９を超えると、精度は非常に高くなる。
【0092】
本明細書で使用される用語「分類器」は、所与のサンプルを、該サンプルの特定の特徴に基づいて所定のクラスに分類することによって、サンプル間を区別するか、又はサンプルを特徴付けることを可能にする予測／予後モデルを指す。例えば、本明細書中で使用される分類は、未知の応答予測の患者の血液サンプルが、２つの既定のクラスのうちの１つのクラスに属する場合、比較的高い感度及び特異性で予測することができ、各クラスは、予測された推定応答を表す。出力は、０乃至１のいずれかのクラスに属する確率として与えられ得る。本明細書で使用される分類はまた、生命予後が未知の患者の血液サンプルが、２つの所与のクラスのうちの１つのクラスに属する場合、比較的高い感度及び特異性で予測することができ、各クラスは、予測された推定生存を表す。出力は、０乃至１のいずれかのクラスに属する確率として与えられ得る。具体的には、分類器は、がん治療に対する応答者とがん治療に対する非応答者とを区別することを可能にする。分類器はまた、良好な生命予後を有する患者から不良な生命予後を有する患者を区別することを可能にし得る。さらに、分類器はまた、患者が免疫療法又は免疫化学療法に割り当てられるべきか、及び／又はそれで治療されるべきかを区別することを可能にし得る。
【0093】
本明細書中で使用される用語「薬学的有効量」は、所望の応答又は所望の効果を単独で、又はさらなる用量と一緒に達成する量をいう。特定の疾患の治療の場合、所望の応答は、好ましくは疾患の経過の阻害に関する。これは、疾患の進行を遅らせること、特に、疾患の進行を中断又は逆転させることを含む。疾患の治療における所望の応答はまた、疾患の発症の遅延又は発症の予防であり得る。本明細書に記載される有効量は、治療される状態、疾患の重篤度、年齢、生理学的状態、大きさ、及び体重を含む患者の個々のパラメーター、治療期間、付随する治療のタイプ（存在する場合）、特定の投与経路、及び同様の因子に依存する。従って、用量は、種々のこのようなパラメーターに依存し得る。初回投与では患者の応答が不十分な場合には、より高用量（又は、より局所化した別の投与経路で得られる有効な高用量）を使用してもよい。本明細書に記載される疾患は、がん、好ましくは肺がんである。
【0094】
本発明の文脈において、「部品のキット（略して：キット）」という用語は、本明細書で特定される構成要素の少なくともいくつかの任意の組み合わせであると理解され、それらは、空間的に共存し、機能ユニットに結合され、及びそれらはさらなる構成要素を含むことができる。
【0095】
本発明の実施態様
以下、本発明についてさらに説明する。以下の一節では、本発明の様々な態様がより詳細に定義される。このように定義された各態様は、明確に反対のことが示されない限り、他の態様と組み合わせることができる。特に、好ましい又は有利であると示される任意の特徴は、反対のことが明確に示されない限り、好ましい又は有利であると示される任意の他の特徴と組み合わせることができる。
以下、本発明についてさらに説明する。以下の一節では、本発明の様々な態様がより詳細に定義される。このように定義された各態様は、明確に反対のことが示されない限り、他の態様と組み合わせることができる。特に、好ましい又は有利であると示される任意の特徴は、反対のことが明確に示されない限り、好ましい又は有利であると示される任意の他の特徴と組み合わせることができる。
【0096】
本発明者らは、がん治療、特に免疫療法のための全血からの応答及び生存予測ｍｉＲＮＡを特定した。これらの新しいｍｉＲＮＡは、がん疾患における迅速かつ正確な臨床的予
測及び生命予後を可能にする。したがって、前記ｍｉＲＮＡは、がん治療、特に免疫療法におけるコンパニオン診断又は相補的診断として使用することができる。さらに、これらの新しいｍｉＲＮＡは、がんに罹患している患者を選択して、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ることを可能にする。
測及び生命予後を可能にする。したがって、前記ｍｉＲＮＡは、がん治療、特に免疫療法におけるコンパニオン診断又は相補的診断として使用することができる。さらに、これらの新しいｍｉＲＮＡは、がんに罹患している患者を選択して、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ることを可能にする。
【0097】
従って、第１態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含むがんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する（インビトロ）方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、及び最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0098】
具体的には、
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列
を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチド、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列
を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
【0099】
１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、もっとさらに好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーとして指定されることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌク
レオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
レオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
【0100】
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、応答予測に関連するか、又は相関する。
【0101】
１つの実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの参照レベルと比較される。
【0102】
特に、該参照レベルは、がん治療に応答しないがんに罹患している被検体由来の多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、がん治療に応答しないがんに罹患している被検体由来の少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
【0103】
好ましい一実施態様では
該参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答することを示すか、
該参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答することを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以上の、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答しないことを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、ならびにそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、及び最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答しないことを示す。
該参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答することを示すか、
該参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答することを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以上の、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答しないことを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、ならびにそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、及び最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記がん治療に応答しないことを示す。
【0104】
追加的に、又は代替的に、該参照レベルは、前記がん治療に応答するがんに罹患してい
る被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、前記がん治療に対して応答しているがんに罹患している被検体からの少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
る被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、前記がん治療に対して応答しているがんに罹患している被検体からの少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
【0105】
好ましい一実施態様では、
該参照レベルを上回る、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示すか、
該参照レベル未満である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列をからなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答することを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答することを示す。
該参照レベルを上回る、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示すか、
該参照レベル未満である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答しないことを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列をからなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答することを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が前記治療に応答することを示す。
【0106】
分析のために被検体あたり１つの参照血液サンプルを採取することが実施できる。前記参照レベルは、平均参照レベルであってもよい。それは、被検体の該参照レベルを測定し、その「平均」値（例えば、平均、中央値又は最頻値）を計算することによって決定され得る。該参照レベルはまた、１種以上のｍｉＲＮＡのレベルの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定され得る。参照血液サンプルは、患者の血液サンプルと同じ供給源（例えば、全血又は血液画分）に由来することが好ましい。該参照レベルは、テストされる患者と同じ性別（例えば、女性又は男性）及び／又は類似の年齢／生活段階（例えば、成人又は高齢者）の対照のものであることがさらに好ましい。
【0107】
本発明の文脈において、前記「参照レベル」は、ときには「ｍｉＲｉｓｋ」と呼ばれる。
【0108】
例示的な実施態様において、「１以上のＲＮＡのレベルの加重和によって決定された参照レベル」は、以下の式に従って計算される。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
【0109】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0110】
特定の実施態様では、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値を上回るｍｉＲｉｓｋスコアを有する被検体は、非応答者であり、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値を下回るｍｉＲｉｓｋスコアを有する被検体は、療法に対する応答者である。
【0111】
特定の例示的実施態様では、ｍｉＲｉｓｋスコア閾値は約－０．１３９であり、すなわち、ｍｉＲｉｓｋスコアがこのｍｉＲｉｓｋスコア閾値を上回る被検体は、非応答者であり、一方、ｍｉＲｉｓｋスコアがこのｍｉＲｉｓｋスコア閾値を下回る被検体は、療法に対する応答者である。
【0112】
好ましくは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該参照レベルの少なくとも０．６倍又は０．７倍、より好ましくは、少なくとも０．８倍又は０．９倍、さらにより好ましくは、少なくとも１．２倍、１．５倍、又は２．０倍、さらに一層より好ましくは、少なくとも３．０倍又は４．０倍下／上である。例えば、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該参照レベルの少なくとも０．６倍、少なくとも０．７倍、少なくとも０．８倍、少なくとも０．９倍、少なくとも１．０倍、少なくとも１．１倍、少なくとも１．２倍、少なくとも１．３倍、少なくとも１．４倍、少なくとも１．５倍、少なくとも１．６倍、少なくとも１．７倍、少なくとも１．８倍、少なくとも１．９倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．１倍、少なくとも２．２倍、少なくとも２．３倍、少なくとも２．４倍、少なくとも２．５倍、少なくとも２．６倍、少なくとも２．７倍、少なくとも２．８倍、少なくとも２．９倍、少なくとも３．０倍、少なくとも３．１倍、少なくとも３．２倍、少なくとも３．３倍、少なくとも３．４倍、少なくとも３．５倍、少なくとも３．６倍、少なくとも３．７倍、少なくとも３．８倍、少なくとも３．９倍、又は少なくとも４．０倍下／上である。
【0113】
「同等」とは、上記のように、好ましくは、レベルが０乃至＜２０％の間で変化することを意味し、例えば、０、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、１９．９、１９．９９、又は１９．９９９％である。この点で「同等」とは、具体的には、検出されたレベル変動が測定の精度内にあることを意味する。測定の精度は、使用される測定方法に依存する。
【0114】
１つの代替的な実施態様において、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、経験的に決定された（中央値）カットオフスコア、（中央値）カットオフレベル、又は（中央値）閾値レベルと比較される。具体的には、（中央値）カットオフスコアは、１種以上のｍｉＲＮＡの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有す
る配列からなる群から選択される種１以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定される。より具体的には、（中央値）カットオフスコアは、がん治療に応答する患者又はがん治療に応答しない患者として患者を分類／層別化することを可能にする。具体的な数式については、上記を参照する。
る配列からなる群から選択される種１以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定される。より具体的には、（中央値）カットオフスコアは、がん治療に応答する患者又はがん治療に応答しない患者として患者を分類／層別化することを可能にする。具体的な数式については、上記を参照する。
【0115】
もう１つの実施態様において、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。好ましくは、がん治療は、免疫療法又は化学療法である。
【0116】
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。より好ましくは、化学療法は、少なくとも１種の化学療法剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0117】
１つの追加的又は代替的な実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種治療、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは、免疫療法、化学療法、又は免疫化学療法の対象である。
【0118】
より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらに一層より好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんはＰＤ－Ｌ１発現がんである。より好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらにより好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0119】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
【0120】
患者ががん療法に応答することが明らかになった場合、患者をがん療法に割り当て、その後、該がん療法で治療することができる。
【0121】
１つのより好ましい実施態様において、本方法は、免疫療法に対するがんに罹患している患者の応答を予測し、該方法は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0122】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0123】
さらにより好ましい一実施態様では、本方法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に対するがんに罹患している患者の応答を予測し、該方法は：がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0124】
さらに一層より好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の免疫療法に対する応答を予測するものであり、本方法は肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、
例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0125】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0126】
最も好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、特に非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に対する応答を予測し、本方法は、肺がん、特に非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0127】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0128】
本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーは、免疫療法におけるＰＤ－Ｌ１バイオマーカーの代替バイオマーカーとして使用することができる。ＰＤ－Ｌ１は、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答のバイオマーカーである。本発明の実験データは、本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーが、免疫療法、特に免疫チェックポイント阻害剤に対する肺がんに罹患している患者の応答を予測することを可能にすることを示している。本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーは、ＰＤ－Ｌ１バイオマーカーを補完することもできる。ＰＤ－１阻害剤クラスにおける免疫療法に対する応答予測の中心は、腫瘍ＰＤ－Ｌ１発現の定量化である。しかし、それでも陽性応答を達成するのは患者の約３０％にすぎない。本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーと先行技術で知られているＰＤ－Ｌ１バイオマーカーとの併用は、３０％の値を改善／増加させる可能性がある。
【0129】
別の態様では、本発明は、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測する方法に関し、ここで該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、骨髄細胞において特異的に生じる。
【0130】
骨髄細胞は、白血球のサブグループである。骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）を包含する。具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせ
／混合物である。
／混合物である。
【0131】
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のｍｉＲＮＡ）のレベルは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて決定され、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。その他の好ましい実施態様については、本発明の第１態様を参照する。
【0132】
第２態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者に生命予後を提供する（インビトロ）方法に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0133】
具体的には、
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２であるヌクレオチド配列、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列
を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２であるヌクレオチド配列、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列
を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
【0134】
１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチ
ド配列を有する。図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーとして指定されることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
ド配列を有する。図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーとして指定されることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
【0135】
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、生命予後と関連するか、又は相関する。
【0136】
１つの実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの該参照レベルと比較される。
【0137】
特に、該参照レベルは、既知の不良な生命予後を有するがんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定された少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、既知の不良な生命予後を有するがんに罹患している被検体からの少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
【0138】
一つの好ましい実施態様では
該参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示し、
該参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡにレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示し、
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者の生命予後が不良であることを示し、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９
％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有することを示す。
該参照レベルより低い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示し、
該参照レベルより高い、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡにレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示し、
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者の生命予後が不良であることを示し、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９
％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有することを示す。
【0139】
追加的に、又は代替的に、該参照レベルは、既知の良好な生命予後を有するがんに罹患している被検体由来の多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、既知の良好な生命予後を有するがんに罹患している被検体由来の少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
【0140】
一つの好ましい実施態様では
該参照レベルより高い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有することを示すか、
該参照レベル未満である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者の生命予後が不良であることを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡにレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示す。
該参照レベルより高い、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が不良な生命予後を有することを示すか、
該参照レベル未満である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者の生命予後が不良であることを示すか、
該参照レベルと同等又はそれ以下である、配列番号１乃至配列番号２３、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２８乃至配列番号３５、配列番号３７、配列番号３９乃至配列番号４２、配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示すか、又は
該参照レベルと同等又はそれ以上である、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３６、配列番号３８、配列番号４３、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡにレベルは、患者が良好な生命予後を有することを示す。
【0141】
分析のために被検体ごとに１つの参照血液サンプルを採取することが実施できる。前記参照レベルは、平均参照レベルであってもよい。それは、被検体の参照レベルを測定し、その「平均」値（例えば、平均、中央値又は最頻値）を計算することによって決定され得る。該参照レベルはまた、１種以上のｍｉＲＮＡのレベルの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定され得る。参照血液サンプルは、患者の血液サ
ンプルと同じ供給源（例えば、全血又は血液画分）に由来することが好ましい。該参照レベルは、テストされる患者と同じ性別（例えば、女性又は男性）及び／又は類似の年齢／生活段階（例えば、成人又は高齢者）の被検体のものであることがさらに好ましい。
ンプルと同じ供給源（例えば、全血又は血液画分）に由来することが好ましい。該参照レベルは、テストされる患者と同じ性別（例えば、女性又は男性）及び／又は類似の年齢／生活段階（例えば、成人又は高齢者）の被検体のものであることがさらに好ましい。
【0142】
本発明の文脈において、前記「参照レベル」は、ときには「ｍｉＲｉｓｋ」と呼ばれる。
【0143】
例示的な実施態様において、「１以上のＲＮＡのレベルの加重和によって決定された参照レベル」は、以下の式に従って計算される。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
【0144】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0145】
特定の実施態様において、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値を上回るｍｉＲｉｓｋスコアを有する被験体は、不良な生命予後を有し、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値を下回るｍｉＲｉｓｋスコアを有する被験体は、良好な生命予後を有する。
【0146】
特定の例示的実施態様では、該ｍｉＲｉｓｋスコアは約－０．１３９であり、すなわち、該ｍｉＲｉｓｋスコアがこのｍｉＲｉｓｋスコア閾値を上回る被検体は、不良な生命予後を有し、一方、ｍｉＲｉｓｋスコアがこのｍｉＲｉｓｋスコア閾値を下回る被検体は、良好な生命予後を有する。
【0147】
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該参照レベルの少なくとも０．６倍又は０．７倍、より好ましくは、少なくとも０．８倍又は０．９倍、さらにより好ましくは、少なくとも１．２倍、１．５倍、又は２．０倍、さらに一層より好ましくは、少なくとも３．０倍又は４．０倍下／上である。例えば、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該参照レベルの少なくとも０．６倍、少なくとも０．７倍、少なくとも０．８倍、少なくとも０．９倍、少なくとも１．０倍、少なくとも１．１倍、少なくとも１．２倍、少なくとも１．３倍、少なくとも１．４倍、少なくとも１．５倍、少なくとも１．６倍、少なくとも１．７倍、少なくとも１．８倍、少なくとも１．９倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．１倍、少なくとも２．２倍、少なくとも２．３倍、少なくとも２．４倍、少なくとも２．５倍、少なくとも２．６倍、少なくとも２．７倍、少なくとも２．８倍、少なくとも２．９倍、少なくとも３．０倍、少なくとも３．１倍、少なくとも３．２倍、少なくとも３．３倍、少なくとも３．４倍、少なくとも３．５倍、少なくとも３．６倍、少なくとも３．７倍、少なくとも３．８倍、少なくとも３．９倍、又は少なくとも４．０倍下／上である。
【0148】
「同等」とは、上記のように、好ましくは、レベルが０乃至＜２０％の間で変化することを意味し、例えば、０、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、１９．９、１９．９９、又は１９．９９９％である。この点で「同等」とは、具体的には、検出されたレベル変動が測定の精度内にあることを意味する。測定の精度は、使用される測定方法に依存する。
【0149】
１つの代替的な実施態様において、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、経験的に
決定された（中央値）カットオフスコア、（中央値）カットオフレベル、又は（中央値）閾値レベルと比較される。具体的には、（中央値）カットオフスコアは、１種以上のｍｉＲＮＡの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定される。より具体的には、（中央値）カットオフスコアにより、患者を良好又は不良な生命予後を有するものとして分類することができる。具体的な数式については、上記を参照。
決定された（中央値）カットオフスコア、（中央値）カットオフレベル、又は（中央値）閾値レベルと比較される。具体的には、（中央値）カットオフスコアは、１種以上のｍｉＲＮＡの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定される。より具体的には、（中央値）カットオフスコアにより、患者を良好又は不良な生命予後を有するものとして分類することができる。具体的な数式については、上記を参照。
【0150】
具体的には、良好な生命予後は、一定の期間生存する可能性／確率が高いことと関連しているか、又は不良な生命予後は、一定の期間生存する可能性／確率が低いことと関連している。
【0151】
具体的には
良好な予後を有する患者は、一定の期間生存するために、５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、さらに一層より好ましくは９０％を超える、又は最も好ましくは９５％を超える可能性／確率を有するか、又は低予後な患者が一定の期間生存する確率は５０％以下、好ましくは４０％以下、より好ましくは３０％以下、さらに好ましくは２０％以下、さらに一層より好ましくは１０％以下、最も好ましくは５％以下である。
良好な予後を有する患者は、一定の期間生存するために、５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、さらに一層より好ましくは９０％を超える、又は最も好ましくは９５％を超える可能性／確率を有するか、又は低予後な患者が一定の期間生存する確率は５０％以下、好ましくは４０％以下、より好ましくは３０％以下、さらに好ましくは２０％以下、さらに一層より好ましくは１０％以下、最も好ましくは５％以下である。
【0152】
より具体的には、一定の期間は、（少なくとも／多くても）３か月、６か月、９か月、１２か月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、又は１０年の期間である。
【0153】
例えば、良好な予後を有する患者は、（少なくとも）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、又は１０年の期間生存するために、５０％を超える、好ましくは６０％を超える、より好ましくは７０％を超える、さらにより好ましくは８０％を超える、さらに一層より好ましくは９０％を超える、又は最も好ましくは９５％を超える可能性／確率を有するか、又は低予後を有する患者は、（多くても）３ヶ月、６ヶ月、９ヶ月、１２ヶ月（１年）、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、又は１０年の期間生存するために、５０％以下、好ましくは４０％未満、より好ましくは３０％未満、さらにより好ましくは２０％未満、さらに一層より好ましくは１０％未満、及び最も好ましくは５％未満の可能性／確率を有する。
【0154】
生命予後は、２年又は５年追跡時の予測生存と定義され得る。例えば、良好な生命予後を有する患者は、２年又は５年の追跡調査時に依然として生存しているが、不良な生命予後を有する患者は、２年又は５年の追跡調査時にもはや生存していない。
【0155】
もう１つの態様において、患者は、がん治療が投与される予定である、投与されている又は投与された患者である。好ましくは、患者は、未治療のがん患者である。患者が良好な生命予後を有することが明らかになった場合、患者をがん治療に割り当て、その後、該がん治療で治療することができる。好ましくは、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。より好ましくは、がん治療は、免疫療法又は化学療法である。
【0156】
さらにより好ましくは、免疫療法は、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。
具体的には、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
具体的には、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0157】
さらにより好ましくは、化学療法は、少なくとも１種の化学療法剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、該少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0158】
１つの追加的又は代替的な実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種治療、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは、免疫療法、化学療法、又は免疫化学療法の対象である。
【0159】
より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらに一層より好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんはＰＤ－Ｌ１発現がんである。
【0160】
より好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらにより好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0161】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される。該がんは免疫療法の対象である。
【0162】
１つのより好ましい実施態様において、本方法は、がんに罹患している患者に生命予後を提供し、該方法はがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択
されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、免疫療法が投与される予定である、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択
されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、免疫療法が投与される予定である、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
【0163】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、該少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0164】
さらにより好ましい一実施態様では、本方法は、がんに罹患している患者に生命予後を提供し、該方法はがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法が投与される、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法が投与される、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
【0165】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0166】
さらに一層より好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者に生命予後を提供し、前記方法は肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至歯配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、免疫療法が投与される予定である、投与されている、又は投与されたことがある患者である。好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３
及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至歯配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、免疫療法が投与される予定である、投与されている、又は投与されたことがある患者である。好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３
及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0167】
最も好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者に生命予後を提供し、本方法は肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法が投与される、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法が投与される、投与されている、又は投与されたことがある患者である。
【0168】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0169】
本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーは、免疫療法におけるＰＤ－Ｌ１バイオマーカーの代替バイオマーカーとして使用することができる。本発明の実験データは、本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーが、免疫療法、特に免疫チェックポイント阻害剤を受けた肺がんに罹患している患者の生命予後を作成することを可能にすることを示している。本発明のｍｉＲＮＡバイオマーカーは、ＰＤ－Ｌ１バイオマーカーを補完することもできる。
【0170】
別の態様では、本発明は、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者に生命予後を提供する方法に関し、ここで、少なくともｍｉＲＮＡは、骨髄細胞において特異的に／排他的に生じる。
【0171】
骨髄細胞は白血球のサブグループである。骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）を包含する。具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組合せ／混合物である。
【0172】
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のｍｉＲＮＡ）のレベルは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて決定され、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、ささらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、
８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。その他の好ましい実施態様については、本発明の第２態様を参照する。
８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。その他の好ましい実施態様については、本発明の第２態様を参照する。
【0173】
第３態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、患者のがん治療における副作用を予測する（インビトロ）方法に関し、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）が、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）が、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0174】
具体的には、
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４に従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２である断片であるヌクレオチド配列、又は
（ｉｖ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列もしくは（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４に従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２である断片であるヌクレオチド配列、又は
（ｉｖ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列もしくは（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
【0175】
１つの好ましい実施態様において、少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性（例えば、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％）を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーと呼ばれることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組み合わせが最も好ましい。
【0176】
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、がん治療中に副作用が生じる確率と関連している。
【0177】
１つの実施態様において、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、経験的に決定された（中央値）カットオフスコア、（中央値）カットオフレベル、又は（中央値）閾値レベルと比較される。具体的には、（中央値）カットオフスコアは、１種以上のｍｉＲＮＡのレベルの加重和（好ましくは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択される１種以上のｍｉＲＮＡの加重和）によって決定される。より具体的には、（中央値）カットオフスコアは、患者を副作用に罹患しない患者、又は副作用に罹患する患者に分類することを可能にする。
【0178】
本発明の文脈において、前記「基準レベル」又は「カットオフスコア」は、「ｍｉＲｉｓｋ」と呼ばれることがある。
【0179】
例示的な実施態様において、「１以上のＲＮＡのレベルの加重和」は、以下の式に従って計算される。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）
【0180】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0181】
特定の実施態様において、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値は、患者を、副作用に罹患しない患者又は副作用に罹患する患者として分類することを可能にする。
【0182】
特定の例示的な実施態様において、ｍｉＲｉｓｋスコア閾値は、約－０．１３９である；すなわち、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値は、患者を、副作用に罹患しない患者、又は副作用に罹患する患者として分類することを可能にする。
特に、副作用は、免疫関連の有害事象である。より具体的には、副作用、特に免疫関連の有害事象は、内分泌障害、皮膚炎、結腸炎、リウマチ性多発筋痛症（ｐｏｌｙｍｙａｇｌｉａ ｒｈｅｕｍａｔｉｃａ、ＰＭＲ）、下垂体炎、筋炎、甲状腺炎、肺炎、多発性関節炎、肝炎、漿膜炎、甲状腺機能低下、関節炎、サイノビアルタイド（ｓｙｎｏｖｉａｌｉｔｉｄｅｓ）、及び乾せんからなる群から選択される。
特に、副作用は、免疫関連の有害事象である。より具体的には、副作用、特に免疫関連の有害事象は、内分泌障害、皮膚炎、結腸炎、リウマチ性多発筋痛症（ｐｏｌｙｍｙａｇｌｉａ ｒｈｅｕｍａｔｉｃａ、ＰＭＲ）、下垂体炎、筋炎、甲状腺炎、肺炎、多発性関節炎、肝炎、漿膜炎、甲状腺機能低下、関節炎、サイノビアルタイド（ｓｙｎｏｖｉａｌｉｔｉｄｅｓ）、及び乾せんからなる群から選択される。
【0183】
もう１つの態様において、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。好ましくは、がん治療は、免疫療法又は化学療法である。
【0184】
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0185】
さらに好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0186】
患者はがんに罹患している患者である。１つのさらなる又は代替の実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは免疫療法、化学療法又は免疫化学療法の対象である。より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらに一層より好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんはＰＤ－Ｌ１発現がんである。あるいは、がんはＰＤ－Ｌ１発現がんである。
【0187】
より好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらにより好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0188】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
【0189】
より好ましい一実施態様では、本方法は、患者の免疫療法における副作用を予測するものであり、本方法は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0190】
さらにより好ましい一実施態様では、本方法は、患者の少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与に伴う免疫療法における副作用を予測し、本方法は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0191】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0192】
さらに一層より好ましい一実施態様において、本方法は、患者の免疫療法における副作用を予測するものであり、該方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡが、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0193】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0194】
１つの最も好ましい実施態様において、本方法は、患者の少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与に伴う免疫療法における副作用を予測し、該方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含み、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0195】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイ
ント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
ント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0196】
上記の副作用は、特に免疫関連の有害事象である。より具体的には、副作用、特に免疫関連の有害事象は、内分泌障害、皮膚炎、結腸炎、リウマチ性多発筋症（ＰＭＲ）、下垂体炎、筋炎、甲状腺炎、肺炎、多発性関節炎、肝炎、漿膜炎、甲状腺機能低下、関節炎、サイノビアルタイド（ｓｙｎｏｖｉａｌｉｔｉｄｅｓ）、及び乾せんからなる群から選択される。
【0197】
別の態様では、本発明は、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、患者のがん治療における副作用を予測する方法に関し、ここで、少なくともｍｉＲＮＡは、骨髄細胞において特異的に／排他的に生じる。
【0198】
骨髄細胞は、白血球のサブグループであり、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）を包含する。具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせ／混合物である。
【0199】
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のｍｉＲＮＡ）のレベルは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて決定され、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
その他の好ましい実施態様については、本発明の第３態様を参照する。
その他の好ましい実施態様については、本発明の第３態様を参照する。
【0200】
第４態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者をモニタリングする（インビトロ）方法に関し、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）は、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
本方法は、患者におけるがんの経過を決定することを可能にする。
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）は、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
本方法は、患者におけるがんの経過を決定することを可能にする。
【0201】
具体的には、
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も
好ましくは１乃至５又は１乃至３、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチドである断片であるヌクレオチド配列、又は
（ｖ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も
好ましくは１乃至５又は１乃至３、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチドである断片であるヌクレオチド配列、又は
（ｖ）（ｉ）に従うヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に従うヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、がんに罹患している患者の血液サンプルで決定される。
【0202】
１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーと呼ばれることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
【0203】
１つの実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの該参照レベルと比較される。
【0204】
この比較により、患者におけるがんの経過を決定することができる。がんが患者において悪化するか、がんが患者において悪化しない／安定しているか、又はがんが患者において改善するかを決定することができる。
【0205】
該参照レベルは、患者におけるがんの経過を決定することを可能にする任意のレベルであり得る。それは、（対照）被験体（すなわち、健康な被験体及び／又はがんを有する被験体のようなテストされる患者とは異なる被験体）又は同じ患者から得ることができる。後者の場合、個体は、例えば、縦断的モニタリングの形態でがんについて再テストすることができる。個体が依然としてがん疾患に罹患しているか、又はもはやがん疾患に罹患していないと決定することができる。
【0206】
本発明の文脈において、前記「基準レベル」は、「ｍｉＲｉｓｋ」と呼ばれることがある。
【0207】
例示的な実施態様において、基準レベルは、以下の式に従って計算することができる。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２
４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２
４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）。
【0208】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0209】
１つの特定の実施態様において、このｍｉＲｉｓｋスコア閾値は、がんが患者において悪化するか、がんが患者において悪化しない／安定しているか、又はがんが患者において改善するかを決定することを可能にし得る。
【0210】
特定の例示的な実施態様では、ｍｉＲｉｓｋスコア閾値は約－０．１３９である。このｍｉＲｉｓｋスコア閾値は、がんが患者において悪化するか、がんが患者において悪化しない／安定しているか、又はがんが患者において改善するかを決定することを可能にし得る。
【0211】
特に、該参照レベルは、がんに罹患している被検体からの多数の参照血液サンプルを測定することによって経験的に決定される少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルである。例えば、該参照レベルは、がんに罹患している被検体からの少なくとも２、少なくとも１０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２００、少なくとも３００、少なくとも４００、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１５００、少なくとも２０００、少なくとも５０００の参照サンプルから決定される。
【0212】
もう１つの実施態様において、前記決定は、第１の時点でのがんに罹患している患者の血液サンプル中の、および後の時点での（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定し、異なる時点で決定された前記レベルを比較することを含む。この比較により、患者におけるがんの経過を決定することができる。がんが患者において悪化するか、がんが患者において悪化しない／安定しているか、またはがんが患者において改善するかを決定することができる。
【0213】
第１の時点と後の時点との間の期間は、好ましくは、少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも７日（１週間）、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも１ヶ月、または少なくとも２ヶ月である。例えば、患者は、例えば毎日または１週間に１回、定期的に検査されてもよい。患者は、第２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の時点（第１の時点およびさらなる時点）で（再）検査されてもよい。
【0214】
患者におけるがんの経過の決定に加えて、患者のがん治療をモニターすることができる。それゆえ、１つの好ましい態様において、患者は、該がん治療を受けている、受けた、又は受けていたことがある患者である。
【0215】
例えば、患者は、完全な決定／モニタリングプロセス（例えば、薬物又は薬剤の投与）の間に治療を受けてもよいし、第１の時点（例えば、薬物又は薬剤の投与）の前、その時点、又はその後に治療を受けてもよく、後の時点で再検査されてもよい。特に、前記第１の時点は、治療の開始前であってもよく、前記後の時点は、治療中及び／又は治療後であってもよい。治療が薬物又は薬剤の投与を包含し、患者が前記治療に応答する場合、薬物又は薬剤の投与を継続してもよく、薬物又は薬剤の用量を減らしてもよく、又は薬物又は薬剤の投与を停止してもよい。治療が薬物又は薬剤の投与を包含し、患者が該治療に応答しない場合、薬物又は薬剤の用量を増加させてもよく、薬物又は薬剤を変更してもよく、
又は治療様式を変更してもよく、例えば、免疫療法を化学療法に変更してもよい。薬物又は薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤又は化学療法剤であり得る。
又は治療様式を変更してもよく、例えば、免疫療法を化学療法に変更してもよい。薬物又は薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤又は化学療法剤であり得る。
【0216】
好ましくは、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。より好ましくは、がん治療は、免疫療法又は化学療法である。
【0217】
さらにより好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0218】
さらにより好ましくは、化学療法は、少なくとも１種の化学療法剤の投与を伴う。
さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0219】
１つの追加的な又は代替的な実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種治療、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは、免疫療法、化学療法、又は免疫化学療法の対象である。
【0220】
より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらにより好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんは、ＰＤ－Ｌ１発現がんである。
【0221】
さらに好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらにより好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、およびヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0222】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
【0223】
１つのより好ましい実施態様において、本方法は、がんに罹患している患者をモニタリングするためのものであり、該方法は
（ｉ）第１の時点におけるがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベル、及び後の時点における（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
（ｉ）第１の時点におけるがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベル、及び後の時点における（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
【0224】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0225】
さらにより好ましい一実施態様において、本方法は、がんに罹患している患者をモニタリングするためのものであり、該方法は
（ｉ）第１の時点におけるがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベル、及び後の時点における（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与と共に、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
（ｉ）第１の時点におけるがんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベル、及び後の時点における（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与と共に、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
【0226】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0227】
さらに一層より好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者をモニタリングするためのものであり、本方法は、
（ｉ）肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん
又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを、第１の時点で決定し、その後の時点で（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けたことがある。
（ｉ）肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん
又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを、第１の時点で決定し、その後の時点で（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、前記がんの免疫療法を受けている、受けた、又は受けたことがある。
【0228】
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0229】
最も好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者をモニタリングするためのものであり、本方法は、
（ｉ）肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを、第１の時点で決定し、その後の時点で（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、該がんの少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
（ｉ）肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん又は膀胱がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを、第１の時点で決定し、その後の時点で（同じ患者の）少なくとも１つのさらなる血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程、及び
（ｉｉ）異なる時点で決定された前記レベルを比較する工程
を含み、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は、該がんの少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法を受けている、受けた、又は受けていたことがある。
【0230】
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0231】
したがって、上記の方法は、がん治療の効果の証拠のための疾患状態の連続的な評価を可能にする。
【0232】
別の態様では、本発明は、少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、がんに罹患している患者をモニタリングする方法に関し、ここで、少なくともｍｉＲＮＡは、骨髄細胞において特異的に／排他的に生じる。
骨髄細胞は白血球のサブグループであり、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）を包含する。具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のｍｉＲＮＡ）のレベルは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて決定され、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
その他の好ましい実施態様については、本発明の第４態様を参照する。
骨髄細胞は白血球のサブグループであり、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）を包含する。具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。
好ましくは、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のｍｉＲＮＡ）のレベルは、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて決定され、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号５、配列番号７、配列番号８、配列番号１２、配列番号１７、配列番号１９、配列番号２８、配列番号３１、配列番号３４、配列番号３８、配列番号４１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
その他の好ましい実施態様については、本発明の第４態様を参照する。
【0233】
第１乃至第４態様の方法において、血液サンプルは、好ましくは、全血又は血液画分である。特に、血液画分は、血液細胞画分及び血漿又は血清からなる群から選択される。より好ましくは、血液画分は、血液細胞画分、血漿、及び血清からなる群から選択される。血液細胞画分は、赤血球、白血球、及び／又は血小板を含み得る。さらにより好ましくは、血液細胞画分は、白血球の画分である。具体的には、白血球は、骨髄細胞及び／又はリンパ球である。より具体的には、骨髄細胞は、顆粒球、単球、マクロファージ、及び樹状細胞（ＤＣ）からなる群から選択されるか、又はそれらの組み合わせである。
【0234】
第１乃至第４態様の方法において、レベルは、好ましくは配列決定、より好ましくは次世代配列決定、核酸ハイブリダイゼーション、核酸増幅、ポリメラーゼ伸長、質量分析、又はそれらの任意の組合せによって決定される。具体的には、レベルは発現レベルである。
【0235】
第５態様において、本発明は、
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、がん治療に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、がん治療において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）がん治療に割り当てる工程
を含む、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する（インビトロ）方法に関する。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、がん治療に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、がん治療において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）がん治療に割り当てる工程
を含む、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定する（インビトロ）方法に関する。
【0236】
１つの実施態様において、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。
【0237】
好ましくは、がん治療は免疫療法又は化学療法である。
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0238】
さらに好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0239】
１つの追加的又は代替的な実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種治療、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは、免疫療法、化学療法、又は免疫化学療法の対象である。
【0240】
より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらにより好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんは、ＰＤ－Ｌ１発現がんである。
【0241】
さらに好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらにより好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、およびヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0242】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択され、該がんは免疫療法の対象である。
【0243】
患者をがん療法に割り当てた後、患者は最終的に該がん療法で治療される。
【0244】
より好ましい一実施態様において、本方法は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのものであり、本方法は
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、免疫療法に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程
を含む。
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１
種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、免疫療法に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程
を含む。
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１
種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0245】
さらにより好ましい一実施態様において、本方法は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのものであり、本方法は
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、患者を、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に応答する患者として特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、患者を、良好な生命予後を有する患者として特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、患者を、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法において副作用が生じない患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、患者を、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に応答する患者として特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、患者を、良好な生命予後を有する患者として特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、患者を、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法において副作用が生じない患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0246】
さらに一層より好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのものであり、本方法は、
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、免疫療法に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、免疫療法に応答する患者を特定する工程、第２態様に係る方法を実施することにより、生命予後が良好な患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を（当該）免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0247】
最も好ましい一実施態様では、本方法は、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、又は膀胱がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのものであり、本方法は、
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に応答する患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を前記免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
（ｉ）第１態様に係る方法を実施することにより、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法に応答する患者を特定する工程、又は第３態様に係る方法を実施することにより、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う免疫療法において副作用が生じない患者を特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を前記免疫療法に割り当てる工程、
を含む。
好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0248】
第６態様において、本発明は、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するための、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）、又は該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの検出を可能にするポリヌクレオチドの（インビトロ）使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0249】
第７態様において、本発明は、がんに罹患している患者に生命予後を提供するための、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）、又は該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの検出を可能にするポリヌクレオチドの（インビトロ）使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）は、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0250】
第８態様において、本発明は、患者のがん治療における副作用を予測するための、少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）又は該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの検出を可能にするポリヌクレオチドの（インビトロ）使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0251】
第９態様において、本発明は、がんに罹患している患者をモニタリングするための、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）、又は該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの検出を可能にするポリヌクレオチドの（インビトロ）使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくと
も９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
も９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0252】
第１０態様において、本発明は、がんに罹患している患者を治療するか否かを決定するための、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、又は４４のｍｉＲＮＡ）、又は該少なくとも１種のｍｉＲＮＡの検出を可能にするポリヌクレオチドの（インビトロ）使用に関し、ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対し少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
【0253】
第７乃至第１０態様については、以下のことが適用される。
１つの実施態様において、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。好ましくは、がん治療は免疫療法又は化学療法である。
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
１つの実施態様において、がん治療は、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種療法、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び外科的療法からなる群から選択される。好ましくは、がん治療は免疫療法又は化学療法である。
より好ましくは、免疫療法は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0254】
より好ましくは、化学療法は、少なくとも１種の化学療法剤の投与を伴う。さらにより好ましくは、少なくとも１種の化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、及びヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0255】
１つの追加的又は代替的な実施態様において、がんは、免疫療法、化学療法、放射線療法、ワクチン接種治療、幹細胞療法、抗ホルモン療法、免疫抑制療法、抗体療法、及び／又は外科的療法の対象であるがんである。好ましくは、がんは、免疫療法、化学療法、又は免疫化学療法の対象である。
【0256】
より好ましくは、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害／免疫チェックポイント療法に感受性である。さらにより好ましくは、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらに一層より好ましくは、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、ＣＴＬＡ－４、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ７３及び内因性チェックポイント遮断を標的とする阻害剤からなる群から選択される。具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。あるいは、がんは、ＰＤ－Ｌ１発現がんである。
【0257】
より好ましくは、化学療法の対象であるがんは、化学療法剤に感受性である。さらによ
り好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、およびヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
り好ましくは、化学療法剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、フォリン酸、葉酸拮抗薬、有糸分裂阻害剤、アントラサイクリン、トポイソメラーゼ阻害剤、抗体、シグナル変換阻害剤、血管形成の阻害剤、およびヒストン脱アセチル化酵素の阻害剤からなる群から選択される。
【0258】
具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝がん、卵巣がん、食道がん、膵がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパ系がん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択される。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される。該がんは免疫療法の対象である。
より具体的には、がんは、肺がん、好ましくは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、子宮頸がん、胃がん、及び膀胱がんからなる群から選択される。該がんは免疫療法の対象である。
【0259】
ポリヌクレオチドは、プライマー（例えば、プライマープローブ）又はポリヌクレオチドプローブであり得る。
【0260】
好ましくは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（のレベル）は、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて検出／決定される。血液サンプルの好ましい実施態様については、本発明の第１乃至第４態様が参照される。
【0261】
第１１態様において、本発明は、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測するため、がんに罹患している患者に生命予後を提供するため、患者のがん治療における副作用を予測するため、がんに罹患している患者をモニタリングするため、又はがんに罹患している患者を治療するか否かを決定するためのキット（の（インビトロでの）使用）に関し、該キットは、配列番号１乃至配列番号４４、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含む。
【0262】
具体的には、本発明のキットは、
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチド、又は
（ｖｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に記載のヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含む。
１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１
、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。
少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーと呼ばれることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組み合わせが最も好ましい。
（ｉ）配列番号１乃至配列番号４４までに従うヌクレオチド配列、
（ｉｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列の断片であるヌクレオチド配列、好ましくは、１乃至１２、より好ましくは１乃至８、最も好ましくは１乃至５又は１乃至３の断片であるヌクレオチド配列、例えば、（ｉ）に記載のヌクレオチド配列より短い１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２ヌクレオチド、又は
（ｖｉ）（ｉ）に記載のヌクレオチド配列又は（ｉｉ）に記載のヌクレオチド配列断片に対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、最も好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば少なくとも８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列、
を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含む。
１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１乃至配列番号８、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％の配列同一性、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
もう１つの好ましい実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１
、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、配列番号３９、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも８５％、さらにより好ましくは少なくとも９０％、さらに一層より好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する。
図９は、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの好ましい組合せを示す。
少なくとも２種のｍｉＲＮＡのレベルが決定される場合、該ｍｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーと呼ばれることに留意すべきである。より好ましくは、ｍｉＲＮＡセット又はシグネチャーは、表２に含まれるセット又はシグネチャーである。配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組み合わせが最も好ましい。
【0263】
より具体的には、本発明のキットは
次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を実施するための手段、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡを検出するための少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡに結合するための少なくとも１種のプライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は
前記少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）及び前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのハイブリッドに結合することができる少なくとも１種の抗体、
を含む。
次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を実施するための手段、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡを検出するための少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡに結合するための少なくとも１種のプライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は
前記少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）及び前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのハイブリッドに結合することができる少なくとも１種の抗体、
を含む。
【0264】
該手段は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定することを可能にし、従って、がんに罹患している患者のがん治療に対する応答を予測し、がんに罹患している患者に生命予後を提供し、患者のがん治療における副作用を予測し、がんに罹患している患者をモニターし、又はがんに罹患している患者を治療するか否かを決定することを可能にする。
【0265】
少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）は、マイクロアレイ／バイオチップの一部であってもよく、又はビーズベースの多重システムのビーズに結合されてもよい。少なくとも１種のポリヌクレオチド（プライマー、プライマーペア）は、ＲＴ－ＰＣＲシステム、ＰＣＲ－システム、又は次世代配列決定システムの一部であり得る。
前記手段はさらに、マイクロアレイ、ＲＴ－ＰＣＴシステム、ＰＣＲシステム、フローサイトメーター、ルミネックス（Ｌｕｍｉｎｅｘ）システム、及び／又は次世代配列決定システムを含むことができ得る。
前記手段はさらに、マイクロアレイ、ＲＴ－ＰＣＴシステム、ＰＣＲシステム、フローサイトメーター、ルミネックス（Ｌｕｍｉｎｅｘ）システム、及び／又は次世代配列決定システムを含むことができ得る。
【0266】
好ましくは、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（のレベル）は、がんに罹患している患者の血液サンプルにおいて検出／決定される。血液サンプルの好ましい実施態様については、本発明の第１乃至第４態様が参照される。
【0267】
さらにより具体的には、キットは、特にがんに罹患している患者由来の組織サンプルなどの生物学的サンプル中のＰＤ－Ｌ１のレベルを決定するための手段を含む。前記手段は、ＰＤ－Ｌ１特異的であるポリヌクレオチド（プローブ）、プライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は抗体を包含し得る。
【0268】
本発明のキットはさらに
（ｉｉｉ）容器、及び／又は
（ｉｖ）データキャリア
を含み得る。
（ｉｉｉ）容器、及び／又は
（ｉｖ）データキャリア
を含み得る。
【0269】
データキャリアは、非電子データキャリア、例えば、情報リーフレット、情報シート、バーコード、又はアクセスコードなどのグラフィカルデータキャリア、あるいは、フロッピーディスク、コンパクトディスク（ＣＤ）、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）、マイクロチップ、又は別の半導体ベースの電子データキャリアなどの電子データキャリアであってもよい。アクセスコードは、データベース、例えば、インターネットデータベース、集中型データベース、又は分散型データベースへのアクセスを可能にすることができる。アクセスコードはまた、コンピュータにコンピュータユーザのためのタスクを実行させるアプリケーションソフトウェア、又はスマートフォン及び他のモバイルデバイス上で動作するように設計されたソフトウェアであるモバイルアプリへのアクセスを可能にし得る。
【0270】
前記データキャリアは、少なくとも１つの参照、例えば、本明細書で決定された該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルの該参照レベル又はカットオフスコアをさらに含み得る。データキャリアが、データベースへのアクセスを可能にするアクセスコードを含む場合、前記少なくとも１つの参照、例えば、該参照レベル又はカットオフスコアは、このデータベースに格納されてもよい。データキャリアはまた、本発明の第１乃至第５態様による方法を実施する方法に関する情報又は命令を含んでもよい。
【0271】
キットはまた、上述のレベルを決定するための緩衝液、試薬及び／又は希釈剤を含む、商業的及び使用者の観点から望ましい材料を含み得る。
【0272】
第１乃至第１１態様において、がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0273】
上記の全ての態様において、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組合せが最も好ましい。
【0274】
免疫療法は、多くのがんの標準治療に革命をもたらしている。しかし、現在の重要な限界は、信頼できる有効性バイオマーカーがないことである。例えば、高レベルのＰＤ－Ｌ１を発現している進行期ＮＳＣＬＣ（ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）≧５０％）では、免疫療法単独又は免疫療法と化学療法の併用が主要な国際ガイドラインで治療選択肢として推奨されている。それにもかかわらず、個々の患者における理想的な治療選択に関しては依然として不確実性がある。本発明者らは、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るためにがんに罹患している患者を選択することを可能にする新規なｍｉＲＮＡを特定した。
【0275】
従って、第１２態様において、本発明は、がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、又は５種のｍｉＲＮＡ）のレベルを決定する工程を含む、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）がんに罹患している患者を選択する（インビトロ）方法に関し、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、又は５個のｍｉＲＮＡ）は、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列であり、及び
ここで、患者は、随意に≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（例えば、１、２、３、４、又は５個のｍｉＲＮＡ）は、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列であり、及び
ここで、患者は、随意に≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0276】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者には、ＥＧＦＲ変異、ＢＲＡＦ Ｖ６６０ｅ変異、ＡＬＫ転座及び／又はＲＯＳ－１転座等のがん遺伝子活性化変異がないことが望ましい。
【0277】
さらに（代替的又は追加的に）、がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象であることが好ましい。免疫化学療法の対象であるがんは、免疫療法薬及び化学療法剤に感受性である。免疫療法の対象であるがんは、免疫療法薬に感受性である。
【0278】
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0279】
がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択されることも（代替的に又は追加的に）好ましい。
【0280】
がんは、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん、皮膚がん、及び膀胱がんからなる群から選択されることがより好ましい。該がんは、免疫化学療法又は免疫療法の対象である。
肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
【0281】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、後期ＮＳＣＬＣであることがさらに一層より好ましい。後期ＮＳＣＬＣは、ＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
【0282】
１つの実施態様において、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される。（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアは、患者を、免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）患者、又は免疫化学療法もしくは免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）患者として分類／選択することを可能にする。
【0283】
好ましくは、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアより高い少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示すか、又は（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフ値以下の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルは、患者が免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示す。
【0284】
１つの代替的な実施態様において、本方法は、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、又は５種のｍｉＲＮＡの加重
レベルを要約することによって、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアを決定する工程をさらに含む。
レベルを要約することによって、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアを決定する工程をさらに含む。
【0285】
特に、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、及び配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する５種のｍｉＲＮＡの加重レベルを要約することによって決定される。
【0286】
好ましくは、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、次式により算出される。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
式中、ＲＰＭは１００万回当たりの読み取り数を意味する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
式中、ＲＰＭは１００万回当たりの読み取り数を意味する。
【0287】
この点に関して、配列番号１に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１１５－３ｐであり、配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１８－５ｐであり、配列番号１３に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２２４－５ｐであり、配列番号７に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－４６７６－３ｐであり、配列番号３４に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－６５０３－５ｐであることに留意されるべきである。
【0288】
より好ましくは、上記で定義された（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される。
【0289】
さらにより好ましくは、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアは約－０．０７３である。
【0290】
さらに一層より好ましくは、
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３は、患者が免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示すか、又は（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３は、患者が免疫化学療法もしくは免疫治療からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示す。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３は、患者が免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示すか、又は（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３は、患者が免疫化学療法もしくは免疫治療からベネフィットを得る（可能性が高い）ことを示す。
【0291】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0292】
血液サンプルの好ましい実施態様については、本発明の第１乃至第１１態様を参照する。
【0293】
第１３態様において、本発明は、
（ｉ）第１２態様に係る方法を実施することにより、患者を免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける（可能性のある）患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する（インビトロ）方法に関する。
（ｉ）第１２態様に係る方法を実施することにより、患者を免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける（可能性のある）患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する（インビトロ）方法に関する。
【0294】
上述のように、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する患者は、免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）であろうし、前記治療に割り当てられる。あるいは、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する患者は、免疫化学療法又は免
疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）であろうし、該治療の１つに割り当てられる。この場合、免疫療法は、化学療法と併用する免疫療法よりも患者への治療負担が少ないため、通常選択される。
疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）であろうし、該治療の１つに割り当てられる。この場合、免疫療法は、化学療法と併用する免疫療法よりも患者への治療負担が少ないため、通常選択される。
【0295】
好ましくは、免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である。より好ましくは、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0296】
好ましくは、化学療法剤はプラチナダブレットである。
【0297】
例えば、免疫療法薬は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択され、及び／又は化学療法薬は、プラチナダブレットである。
【0298】
他の免疫療法薬又は化学療法剤に関しては、本発明の第１乃至第１１態様に言及する。
【0299】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0300】
さらなる態様において、本発明は、
（ｉ）第１２態様に記載の方法を実施することにより、患者を免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける（可能性のある）患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）該療法で患者を治療する工程
を含む、免疫化学療法又は免疫療法によってがんに罹患している患者を治療する方法に関する。
（ｉ）第１２態様に記載の方法を実施することにより、患者を免疫化学療法又は免疫療法のベネフィットを受ける（可能性のある）患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）該療法で患者を治療する工程
を含む、免疫化学療法又は免疫療法によってがんに罹患している患者を治療する方法に関する。
【0301】
上述のように、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する患者は、免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）であろうし、その後、前記療法で治療される。あるいは、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する患者は、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）であろうし、前記療法の１つで治療される。この場合、免疫療法は、化学療法と併用する免疫療法よりも患者への治療負担が少ないため、通常選択される。
【0302】
好ましくは、免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である。より好ましくは、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0303】
好ましくは、化学療法剤はプラチナダブレットである。
【0304】
例えば、免疫療法薬は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択され、及び／又は化学療法薬は、プラチナダブレットである。
【0305】
他の免疫療法薬又は化学療法剤に関しては、本発明の第１乃至第１１態様に言及する。
【0306】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0307】
第１４態様において、本発明は、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）がんに罹患している患者を選択するためのキット（の（インビトロでの）使用）に関し、該キットは、がんに罹患している患者の血液サンプル中で、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍ
ｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、該患者は、随意で、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
ｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、該患者は、随意で、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0308】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者は、ＥＧＦＲ変異、ＢＲＡＦ Ｖ６６０ｅ変異、ＡＬＫ転座及び／又はＲＯＳ－１転座等のがん遺伝子活性化変異がないことが望ましい。
【0309】
さらに（代替的又は追加的に）、がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象であることが好ましい。免疫化学療法の対象であるがんは、免疫療法薬及び化学療法剤に感受性である。免疫療法の対象であるがんは、免疫療法薬に感受性である。
【0310】
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害剤に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0311】
がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択されることも（代替的に又は追加的に）好ましい。
【0312】
がんは、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん、皮膚がん、及び膀胱がんからなる群から選択されることがより好ましい。該がんは、免疫化学療法又は免疫療法の対象である。肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
【0313】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、後期ＮＳＣＬＣであることがさらに一層より好ましい。後期ＮＳＣＬＣは、ＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
【0314】
上述のように、本キットは、がんに罹患している患者の血液サンプル中で、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％、好ましくは少なくとも８５％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は９９％、例えば、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する少なくとも１種のｍｉＲＮＡを、決定するための手段を含む。
【0315】
具体的には、キットは
次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を実施するための手段、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡを検出するための少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡに結合するための少なくとも１種のプライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は
前記少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）及び該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのハイブリッドに結合することができる少なくとも１種の抗体
を含む。
次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を実施するための手段、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡを検出するための少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）、
該少なくとも１種のｍｉＲＮＡに結合するための少なくとも１種のプライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は
前記少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）及び該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのハイブリッドに結合することができる少なくとも１種の抗体
を含む。
【0316】
該手段は、がんに罹患している患者の血中サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定することを可能にし、従って、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）がんに罹患している患者を選択することを可能にする。
【0317】
該少なくとも１種のポリヌクレオチド（プローブ）は、マイクロアレイ／バイオチップの一部であってもよく、又はビーズベースの多重システムのビーズに結合されてもよい。少なくとも１種のポリヌクレオチド（プライマー、プライマーペア）は、ＲＴ－ＰＣＲシステム、ＰＣＲ－システム、又は次世代配列決定システムの一部であり得る。
【0318】
前記手段はさらに、マイクロアレイ、ＲＴ－ＰＣＴシステム、ＰＣＲシステム、フローサイトメーター、Ｌｕｍｉｎｅｘシステム、及び／又は次世代配列決定システムを含み得る。
【0319】
上述のように、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡ（のレベル）は、がんに罹患している患者の血液サンプル中で検出／決定される。血液サンプルの好ましい実施態様については、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0320】
より具体的には、キットは、特に、がんに罹患している患者由来の生物学的サンプル（例えば、組織サンプル）におけるＰＤ－Ｌ１のレベルを決定するための手段を含む。前記手段は、ＰＤ－Ｌ１特異的であるポリヌクレオチド（プローブ）、プライマー（例えば、プライマーペア）、及び／又は抗体を包含し得る。
【0321】
より具体的には、本キットは本発明の第１２態様の方法を実施するために有用である。
【0322】
本キットは、本発明の第１２態様に記載の方法を実施する方法についての説明書を含んでもよい。
【0323】
本キットは、さらに、容器、及び／又はデータキャリアを含み得る。
【0324】
データキャリアは、非電子データキャリア、例えば、情報リーフレット、情報シート、バーコード、又はアクセスコードなどのグラフィカルデータキャリア、あるいは、フロッピーディスク、コンパクトディスク（ＣＤ）、デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ）、マイクロチップ、又は別の半導体ベースの電子データキャリアなどの電子データキャリアであってもよい。アクセスコードは、データベース、例えば、インターネットデータベース、集中型データベース、又は分散型データベースへのアクセスを可能にすることができる。アクセスコードはまた、コンピュータにコンピュータユーザのためのタスクを実行させるアプリケーションソフトウェア、又はスマートフォン及び他のモバイルデバイス上で動作するように設計されたソフトウェアであるモバイルアプリへのアクセスを可能にすることができる。
【0325】
前記データキャリアは、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアをさらに含むことができる。データキャリアがデータベースへのアクセスを可能にするアクセスコードを含む場合、
前記（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアは、このデータベースに蓄積されてもよい。
前記（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアは、このデータベースに蓄積されてもよい。
【0326】
データキャリアはまた、本発明の第１２態様による方法を実施する方法についての情報又は命令を含んでもよい。
【0327】
本キットはまた、上記のレベルを決定するための緩衝液、試薬及び／又は希釈剤を含む、商業的及び使用者の観点から望ましい材料を含み得る。
【0328】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0329】
第１５態様において、本発明は、化学療法剤と組み合わせて、患者におけるがん治療において使用するための免疫療法薬に関し、
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0330】
この点に関して、配列番号１に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１１５－３ｐであり、配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１８－５ｐであり、配列番号１３に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２２４－５ｐであり、配列番号７に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－４６７６－３ｐであり、配列番号３４に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－６５０３－５ｐであることに留意すべきである。
【0331】
特に、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、患者の血液サンプル中で決定される。好ましい血液サンプルについては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0332】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１のＴＰＳを有する患者は、がん遺伝子活性化変異がないことが望ましい。このようながん遺伝子活性化突然変異は、ＥＧＦＲ突然変異、ＢＲＡＦ Ｖ６６０ｅ突然変異、ＡＬＫ転座、及び／又はＲＯＳ－１転座であり得る。
【0333】
さらに（代替的又は追加的に）、がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象であることが好ましい。免疫化学療法の対象であるがんは、免疫療法薬及び化学療法剤に感受性である。免疫療法の対象であるがんは、免疫療法薬に感受性である。
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0334】
がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択されるこ
とも（代替的に又は追加的に）好ましい。
とも（代替的に又は追加的に）好ましい。
【0335】
がんは、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん、皮膚がん、および膀胱がんからなる群から選択されることがより好ましい。該がんは、免疫化学療法または免疫療法の対象である。肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
【0336】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣであることがさらに一層より好ましく、後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
【0337】
具体的には、免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である。より詳細には、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0338】
具体的には、併用される化学療法剤はプラチナダブレットである。
【0339】
例えば、免疫療法薬は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択され、及び化学療法薬は、プラチナダブレットである。
【0340】
他の免疫療法薬又は化学療法剤に関しては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0341】
組合せの成分、すなわち、免疫療法薬及び化学療法剤は、一緒に、又は互いに独立して（例えば、次々に）投与され得る。
【0342】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0343】
本発明のこの態様は、以下のように表現することもできる：
第１５態様において、本発明は、化学療法剤と組み合わせた、がん治療のための薬剤の製造のための免疫療法薬の使用に関し、
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）＞約－０．０７３スコアを有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
第１５態様において、本発明は、化学療法剤と組み合わせた、がん治療のための薬剤の製造のための免疫療法薬の使用に関し、
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）＞約－０．０７３スコアを有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0344】
あるいは、本発明は、第１５態様において、
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、
及び
（ｉｉ）化学療法剤と組み合わせて免疫療法薬（の有効量）を、それを必要とする患者に
投与する工程
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、該患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、
及び
（ｉｉ）化学療法剤と組み合わせて免疫療法薬（の有効量）を、それを必要とする患者に
投与する工程
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、該患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0345】
第１６態様において、本発明は、免疫療法薬と組み合わせて、患者におけるがん治療において使用するための化学療法剤に関し、
ここで、患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0346】
この点に関して、配列番号１に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１１５－３ｐであり、配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１８－５ｐであり、配列番号１３に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２２４－５ｐであり、配列番号７に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－４６７６－３ｐであり、配列番号３４に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－６５０３－５ｐであることに留意すべきである。
【0347】
特に、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、患者の血液サンプル中で決定される。好ましい血液サンプルについては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0348】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者は、ＥＧＦＲ変異、ＢＲＡＦ Ｖ６６０ｅ変異、ＡＬＫ転座及び／又はＲＯＳ－１転座等のがん遺伝子活性化変異がないことが望ましい。
【0349】
さらに（代替的又は追加的に）、がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象であることが好ましい。免疫化学療法の対象であるがんは、免疫療法薬及び化学療法剤に感受性である。免疫療法の対象であるがんは、免疫療法薬に感受性である。
【0350】
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0351】
がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択されることも（代替的に又は追加的に）好ましい。
【0352】
がんは、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん、皮膚がん、及び膀胱がんからなる群から選択されることがより好ましい。該がんは、免疫化学療法又は免疫療法の対象である。
肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
【0353】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣであることがさらに一層より好ましく、後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
【0354】
具体的には、化学療法剤はプラチナダブレットである。
【0355】
具体的には、組み合わせて使用される免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である。より具体的には、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0356】
例えば、化学療法薬はプラチナダブレットであり、免疫療法薬は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0357】
他の化学療法剤又は免疫療法薬に関しては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0358】
組み合わせの成分、すなわち、化学療法剤及び免疫療法薬は、一緒に、又は互いに独立して（例えば、次々に）投与され得る。
【0359】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0360】
本発明のこの態様は、次のように表現することもできる：
第１６態様では、本発明は、免疫療法薬と組み合わせた、がん治療のための薬剤の製造のための化学療法剤の使用に関し、
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
第１６態様では、本発明は、免疫療法薬と組み合わせた、がん治療のための薬剤の製造のための化学療法剤の使用に関し、
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0361】
あるいは、本発明は、第１６態様において、
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号：１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、
及び
（ｉｉ）化学療法剤（の有効量）を免疫療法薬と組み合わせて、それを必要とする患者に投与する工程
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号：１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、
及び
（ｉｉ）化学療法剤（の有効量）を免疫療法薬と組み合わせて、それを必要とする患者に投与する工程
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0362】
第１７態様では、本発明は、随意に化学療法剤と組み合わせて、患者におけるがん治療に使用するための免疫療法薬に関し、
ここで、患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア、及び
以下の式に従って計算した（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア、及び
以下の式に従って計算した（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0363】
この点に関して、配列番号１に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１１５－３ｐであり、配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２１８－５ｐであり、配列番号１３に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－２２４－５ｐであり、配列番号７に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－４６７６－３ｐであり、配列番号３４に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡはｍｉＲ－６５０３－５ｐであることに留意すべきである。
【0364】
特に、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアは、患者の血液サンプル中で決定される。好ましい血液サンプルについては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0365】
≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者では、がん遺伝子活性化変異がないことが望ましい。このようながん遺伝子活性化変異は、ＥＧＦＲ突然変異、ＢＲＡＦ Ｖ６６０ｅ突然変異、ＡＬＫ転座、及び／又はＲＯＳ－１転座であり得る。
【0366】
さらに（代替的又は追加的に）、がんが免疫化学療法又は免疫療法の対象であることが好ましい。免疫化学療法の対象であるがんは、免疫療法薬及び化学療法剤に感受性である。免疫療法の対象であるがんは、免疫療法薬に感受性である。
【0367】
具体的には、免疫療法の対象であるがんは、免疫チェックポイント阻害に感受性である。より具体的には、免疫チェックポイント阻害は、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤の投与を伴う。さらにより具体的には、少なくとも１種の免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１経路を標的とする阻害剤である。
【0368】
がんが、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん（ｇａｓｔｒｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、膀胱がん、皮膚がん、鼻咽頭がん、神経内分泌がん、結腸がん、尿路上皮がん、肝臓がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、腎臓がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、胃がん（ｓｔｏｍａｃｈ ｃａｎｃｅｒ）、食道がん、腎臓がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、頭頸部がん、脳腫瘍、リンパがん、血液がん、扁平上皮がん、喉頭がん、網膜がん、前立腺がん、子宮がん、精巣がん、骨がん、リンパ腫、及び白血病からなる群から選択されることも（代替的に又は追加的に）好ましい。
【0369】
がんは、肺がん、乳がん、子宮頸がん、胃がん、皮膚がん、及び膀胱がんからなる群から選択されることがより好ましい。該がんは、免疫化学療法又は免疫療法の対象である。肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）であることがさらにより好ましい。
【0370】
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、後期ＮＳＣＬＣであることがさらに一層より好まし
い。後期ＮＳＣＬＣは、ＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
い。後期ＮＳＣＬＣは、ＩＶ期のＮＳＣＬＣであることが最も好ましい。
【0371】
具体的には、免疫療法薬は、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である。より詳細には、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される。
【0372】
具体的には、随意に免疫療法薬と組み合わせて使用される化学療法剤は、プラチナダブレットである。
【0373】
例えば、免疫療法薬は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択され、及び化学療法薬は、プラチナダブレットである。
【0374】
他の免疫療法薬又は化学療法剤に関しては、本発明の第１乃至第１１態様が参照される。
【0375】
組合せの成分、すなわち、免疫療法薬及び化学療法剤は、存在する場合、一緒に又は互いに独立して（例えば、次々に）投与することができる。
【0376】
がんに罹患している患者は、哺乳動物、特にヒトであることが好ましい。
【0377】
本発明のこの態様は、以下のように表現することもできる：
第１７態様において、本発明は、化学免疫療法薬と随意に組み合わせて、患者におけるがん治療のための薬剤の製造のための、免疫療法薬の使用に関し、
ここで、患者は、
＞５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
第１７態様において、本発明は、化学免疫療法薬と随意に組み合わせて、患者におけるがん治療のための薬剤の製造のための、免疫療法薬の使用に関し、
ここで、患者は、
＞５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0378】
あるいは、本発明は、第１７態様において、
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、及び
（ｉｉ）（有効量の）免疫療法薬を、随意に化学療法剤と組み合わせて、それを必要とする患者に投与する工程、
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
（ｉ）患者の血液サンプルにおいて、以下の式に従って計算された（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を決定する工程：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）、及び
（ｉｉ）（有効量の）免疫療法薬を、随意に化学療法剤と組み合わせて、それを必要とする患者に投与する工程、
を含む、患者においてがんを治療するための方法に関し、
ここで、患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0379】
本発明の第１２乃至第１７態様におけるがんは、肺がんであることが最も好ましい。
【0380】
この点において、本発明は、
１．肺がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るために肺がんに罹患している患者を選択する方法であって、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する、
方法に関する。
１．肺がんに罹患している患者の血液サンプル中の少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定する工程を含む、免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るために肺がんに罹患している患者を選択する方法であって、
ここで、該少なくとも１種のｍｉＲＮＡは、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらと少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有し、及び
ここで、患者は≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する、
方法に関する。
【0381】
２．≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者が、がん遺伝子活性化突然変異を有さない、項目１の方法。
【0382】
３．該肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、項目１又は２の方法。
【0383】
４．該非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、項目３の方法。
【0384】
５．後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、項目４の方法。
【0385】
６．前記少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される、項目１乃至５のいずれか一つの方法。
【0386】
７．（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアより高い該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、患者が免疫化学療法からベネフィットを得ることを示すか、又は（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコア以下の該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルが、患者が免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ることを示す、項目６の方法。
【0387】
８．上記方法は、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、又は５個のｍｉＲＮＡの加重レベルを集約することによって、（ｍｉＲｉｓｋ）スコアを決定する工程をさらに含む、項目１乃至７のいずれか１つの方法
【0388】
９．（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、及び配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する５種のｍｉＲＮＡの加重レベルを集約することによって決定される、項目８の方法。
【0389】
１０．（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが以下の式に従って計算される、項目８又は９の方法：
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
式中、ＲＰＭは１００万回当たりの読み取り数を意味する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
式中、ＲＰＭは１００万回当たりの読み取り数を意味する。
【0390】
１１．該（ｍｉＲｉｓｋ）スコアが、（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアと比較される、項目８乃至１０のいずれか一つの方法。
【0391】
１２．（ｍｉＲｉｓｋ）カットオフスコアが、約－０．０７３である、項目１１の方法。
【0392】
１３．（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３は、患者が免疫化学療法からベネフィットを得ることを示すか、又は
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３は、免疫化学療法又は免疫療法が有益であることを示す、項目１２の方法。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３は、免疫化学療法又は免疫療法が有益であることを示す、項目１２の方法。
【0393】
１４．（ｉ）項目１乃至１３のいずれかの方法を実施することにより、当該患者を免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ている患者として特定する工程、及び
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、肺がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する方法。
（ｉｉ）患者を当該療法に割り当てる工程、
を含む、肺がんに罹患している患者を免疫化学療法又は免疫療法で治療するか否かを決定する方法。
【0394】
１５．（ｉ）項目１乃至１３のいずれかの方法を実施することにより、当該患者を免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得ている患者として特定する工程、
（ｉｉ）上記療法で患者を治療する工程
を含む、免疫化学療法又は免疫療法によって肺がんに罹患している患者を治療する方法。
（ｉｉ）上記療法で患者を治療する工程
を含む、免疫化学療法又は免疫療法によって肺がんに罹患している患者を治療する方法。
【0395】
１６．免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得るために、肺がんに罹患している患者を選択するためのキットであって、該キットが、
肺がんに罹患している患者の血液サンプル中の、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
肺がんに罹患している患者の血液サンプル中の、配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）、配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）、配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）、配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）、配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）、それらの断片、及びそれらに対して少なくとも８０％の配列同一性を有する配列からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有する該少なくとも１種のｍｉＲＮＡのレベルを決定するための手段を含み、ここで、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）を有する。
【0396】
１７．≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する患者が、がん遺伝子活性化突然変異を有さない、項目１６のキット。
【0397】
１８．該肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、項目１６又は１７のキット。
【0398】
１９．該非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、項目１８のキット。
【0399】
２０．該後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、項目１９のキット。
【0400】
２１．項目１乃至１３のいずれか１つの方法を実施する方法についての説明書をさらに含む、項目１６乃至２０のいずれか１つに記載のキット。
【0401】
２２．前記キットが項目１乃至１３のいずれか１つの方法を実施するために有用である、項目１６乃至２１のいずれか１つのキット
【0402】
２３．化学療法剤と組み合わせて、患者における肺がん治療に使用するための免疫療法薬であって、
ここで、該患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号：１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、該患者は
≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び
以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号：１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号：３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号：１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号：７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号：３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0403】
２４．≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する前記患者が、がん遺伝子活性化突然変異を有さない、項目２３の使用するための免疫療法薬。
【0404】
２５．該肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、項目２３又は２４の使用するための免疫療法薬。
【0405】
２６．該非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、項目２５の使用するための免疫療法薬。
【0406】
２７．該後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、項目２６の使用するための免疫療法薬。
【0407】
２８．前記免疫療法薬がＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である、項目２３乃至２７のいずれか１つに使用するための免疫療法薬。
【0408】
２９．ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする前記阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される、項目２８の使用するための免疫療法薬。
【0409】
３０．免疫療法薬と組み合わせて、患者における肺がん治療に使用するための化学療法剤であって、
ここで、該患者は≧５０％ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、該患者は≧５０％ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される、（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＞約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0410】
３１．≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する該患者が、がん遺伝子を活性化する突然変異を有さない、項目３０の使用するための化学療法剤。
【0411】
３２．前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、項目３０又は３１の使用するための化学療法剤。
【0412】
３３．前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、項目３２の使用するための化学療法剤。
【0413】
３４．前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、項目３３の使用するための化学
療法剤。
療法剤。
【0414】
３５．前記化学療法剤がプラチナダブレットである、項目３０乃至３４のいずれか１つの使用するための化学療法剤。
【0415】
３６．随意に化学療法剤と組み合わせて、患者における肺がん治療に使用するための免疫療法薬であって。
ここで、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
ここで、該患者は、≧５０％のＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、及び以下の式に従って計算される（ｍｉＲｉｓｋ）スコア≦約－０．０７３を有する。
（ｍｉＲｉｓｋ）スコア＝（ｌｎ（配列番号１（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（配列番号３９（ｍｉＲ－２１８－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（配列番号１３（ｍｉＲ－２２４－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（配列番号７（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ）ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（配列番号３４（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ）ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）
【0416】
３７．≧５０％のＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳを有する前記患者が、がん遺伝子活性化突然変異を有さない、項目３６の使用するための免疫療法薬。
【0417】
３８．前記肺がんが非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、項目３６又は３７の使用するための免疫療法薬。
【0418】
３９．前記非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）が後期ＮＳＣＬＣである、項目３８の使用するための免疫療法薬。
【0419】
４０．前記後期ＮＳＣＬＣがＩＶ期のＮＳＣＬＣである、項目３９の使用するための免疫療法薬。
【0420】
４１．前記免疫療法薬がＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする阻害剤である、項目３６乃至４０のいずれか１つの使用するための免疫療法薬。
【0421】
４２．ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１を標的とする前記阻害剤が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、セミプリマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブからなる群から選択される、項目４１の使用するための免疫療法薬。
【0422】
４３．前記所望の化学療法剤がプラチナダブレットである、項目３６乃至４２のいずれか１つの使用するための免疫療法薬。
【0423】
本発明の範囲から逸脱することなしに、本発明の様々な変更及び変形は、当業者には明らかであろう。本発明は、特定の好ましい実施態様に関連して説明されてきたが、特許請求の範囲に記載された本発明は、そのような特定の実施態様に過度に限定されるべきではないことが理解されるべきである。実際、関連分野の当業者に自明である、本発明を実施するための記載されたモードの様々な変更は、本発明によってカバーされることが意図される。
【図面の簡単な説明】
【0424】
以下の図面は、本発明の単なる例示であり、添付の特許請求の範囲によって示される本発明の範囲を何ら限定するものと解釈されるべきではない。
【図1】図１：（Ａ）単変量モデル選択のための偏りのないパイプライン。１）データは、トレインセットとテストセットに５０：５０で分割される。２）単変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルをテストセット内の各特徴に適合させる。３）単一の最良モデルを用いて、目に見えないテストデータを予測する。４）予測はＣｏｘ比例ハザードモデルに適合し、その有意性は予測の精度のマーカーである。このプロセスは、モデル性能の分布を生成するために、ランダムな５０：５０分割で反復的に繰り返すことができる。（Ｂ）正確に注釈された生存データに適用される単変量パイプラインを用いたモデル性能の分布。赤い垂直線の左側にあるすべてのモデルは、テストデータに対して統計的に有意な予測を行っている。（Ｃ）ランダム化された生存情報を有するデータに関するパイプラインの４回の反復。有意な予測モデルはほとんど作成されていない。
【図2】図２：（Ａ）多変量モデル選択のための偏りのないパイプライン。１）データは、トレインセットとテストセットに５０：５０で分割される。２）多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルをテストセット内の各特徴に適合させ、有意性が０．００１未満のすべてのモデルを選択して多変量モデルを作成する。３）多変量モデルを用いて、目に見えないテストデータを予測する。４）予測はＣｏｘ比例ハザードモデルに適合し、その有意性は予測の精度のマーカーである。このプロセスは、モデル性能の分布を生成するために、ランダムな５０：５０分割で反復的に繰り返すことができる。（Ｂ）正確に注釈された生存データに適用される多変量パイプラインを用いたモデル性能の分布。赤い垂直線の左側にあるすべてのモデルは、テストデータに対して統計的に有意な予測を行う。最良のモデルの要約を表２に示す。（Ｃ）最良のモデル（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ及びｍｉＲ－２５－３ｐ）を代表的な５０％分割テストデータに適合させ、リスクスコア中央値のカットオフ値によって患者を高リスク又は低リスクに分類するために使用した。（Ｄ）以前に適合したモデルを用いて、目に見えないテストデータを予測し、以前に定義されたリスク閾値を用いて高リスクと低リスクに分類した。低リスク群では生存期間が有意に長い（ログランク検定、ｐ値０．０１１）。
【図3】図３：（Ａ）ｍｉＲ－２１１５－３ｐは、顕著に細胞型特異的な発現パターンを示し、発現は骨髄系の細胞に限定される。（Ｂ）ＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）は、その３’ＵＴＲ内に強力な予測されるｍｉＲ－２１１５－３ｐ標的部位を含む。（Ｃ）ｍｉＲ－２１１５－３ｐは、非応答者と比較して応答者ではダウンレギュレートされる。
【図4】図４：ｍｉＲｉｓｋスコアで層別化したＮＳＣＬＣ患者の全生存期間（ＯＳ）。ａ－ｃ トレーニングコホート（ｎ＝９６）、検証免疫療法コホート（ｎ＝８４）、及び検証免疫化学療法コホート（ｎ＝１３９）におけるｍｉＲｉｓｋスコア低値群と高値群の全生存期間の比較。トレーニング及び検証免疫療法コホートではＯＳの有意差が観察されたが、検証化学免疫療法コホートでは観察されなかった。ｄ－ｅ トレーニングコホート（ｎ＝９６）、検証免疫療法コホート（ｎ＝８４）及び検証免疫化学療法コホート（ｎ＝１３９）におけるＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳで層別化した患者間の全生存期間の比較。全生存期間の差はいずれのコホートにおいても有意には達していない。ハザード比（ＨＲ）及び９５％信頼区間（ＣＩ）は単変量Ｃｏｘ回帰分析を用いて算出し、Ｐ値はログランク検定を用いて算出した。すべての統計解析は両側検定であった。
【図5】図５：ランダムフォレストモデルで層別化した低リスク患者及び高リスク患者の全生存期間（ＯＳ）。ａ－ｂ トレーニングコホート（ｎ＝９６）及び検証免疫療法コホート（ｎ＝８４）における低リスク患者と高リスク患者のＯＳの比較。
【図6】図６：低リスク患者及び高リスク患者におけるｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡの発現。ａ－ｅ 低リスク患者と高リスク患者の間の５種のｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡの相対的発現レベルは、低分子ＲＮＡ配列決定によって測定された。ｆ－ｊ ｑＲＴ－ＰＣＲによって測定された低リスク患者と高リスク患者の間の５種のｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡの相対的発現レベル。三連測定の平均発現を示す。ｑＲＴ－ＰＣＲ発現は、ΔＣｔ法（ＣｔｍｉＲＮＡ ｏｆ ｉｎｔｅｒｅｓｔ－Ｃｔｍｅａｎ ｏｆ ＨＫ ｍｉＲＮＡｓ）に従って標準化した。すべての統計的検定は、両側対応のないｔ検定であった。エラーバーは標準偏差を示す。ＲＰＭ＝１００万回あたりのリード数。＊＝Ｐ値＜０．０５、＊＊＝Ｐ値＜０．００５、＊＊＊＝Ｐ値＜０．０００５、＊＊＊＊＝Ｐ値＜０．００００５、ｎｓ＝有意ではない。
【図7】図７：外部検証対照コホートにおける低及び高ｍｉＲｉｓｋ患者の全生存率。ドイツグロースハンスドルフで採用した治療を受けていないＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者１９名を、ｍｉＲｉｓｋスコアの低／高によって層別化した。ＯＳ生存曲線に有意差は認められない。
【図8】図８：ＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳ及びｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡを組み込んだ多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルで層別化した低リスク患者及び高リスク患者の全生存率。ａ－ｃ トレーニングコホート（ｎ＝９６）、検証免疫療法コホート（ｎ＝８４）、及び検証免疫化学療法コホート（ｎ＝１３９）における低／高群間の全生存期間の比較。ｍｉＲｉｓｋモデルと同様に、全生存期間における有意差はトレーニング及び検証免疫療法コホートで観察されたが、検証化学免疫療法コホートでは観察されなかった。ハザード比の大きさは、ｍｉＲｉｓｋモデルで観察されたものよりも小さい。
【図9】図９：好ましいｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡの組み合わせを示す。好ましいｍｉＲＮＡは、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、又は配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有する。本明細書に記載される全ての態様において、配列番号１、配列番号７、配列番号１３、配列番号３４、及び配列番号３９に従うヌクレオチド配列を有するｍｉＲＮＡの組み合わせが最も好ましい。
【図10】図１０：ｍｉＲｉｓｋ別に層別化したＮＳＣＬＣ患者の全生存期間。ａ－ｂ ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤単独投与の独立した検証（ｎ＝５６）及び化学免疫療法対照コホート（ｎ＝３１）におけるｍｉＲｉｓｋスコア低値／高値群間の全生存期間の比較。独立した検証コホートではＯＳの有意差が観察されたが、対照コホートでは観察されなかった。ｃ－ｄ ｍｉＲｉｓｋ層別コホートにおけるｉｍｍｕｎｏｍｏｎｏｔｈｅｒａｐｙ（ＩＯ）と免疫化学療法（ＩＣＴ）の全生存期間の比較。ハザード比（ＨＲ）及び９５％信頼区間は単変量Ｃｏｘ回帰分析を用いて算出し、Ｐ値はログランク検定を用いて算出した。すべての統計解析は両側検定であった。
【実施例】
【0425】
以下に示す実施例は、説明のためだけのものであり、上記の発明を何ら限定するものではない。
【0426】
１．実施例１
未治療のＩＶ期の肺がん患者から採取した９７ＰＡＸ遺伝子サンプルを、免疫療法（ペムブロリズマブ又はニボルマブ）を開始する前に採取し、及び応答及び生存情報を含む対応する臨床データも採取した。ｍｉＲＮＡ発現プロファイルを測定し、その後それを用いて予測シグネチャーを開発するために、低分子ＲＮＡを抽出し、配列決定した。
未治療のＩＶ期の肺がん患者から採取した９７ＰＡＸ遺伝子サンプルを、免疫療法（ペムブロリズマブ又はニボルマブ）を開始する前に採取し、及び応答及び生存情報を含む対応する臨床データも採取した。ｍｉＲＮＡ発現プロファイルを測定し、その後それを用いて予測シグネチャーを開発するために、低分子ＲＮＡを抽出し、配列決定した。
【0427】
生存を予測できる可能性のあるｍｉＲＮＡを特定するために、ｍｉＲＮＡ発現データに対して最初の探索的解析を実施した。単変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルを各特徴に順に適合させて、生存時間と有意に関連するｍｉＲＮＡのショートリストを作成した（ｐ値＜０．０５）。この解析の結果、生存を予測し、免疫療法への応答を予測する４４個のｍｉＲＮＡが得られた（表１）。
【0428】
【表1】
【0429】
次に、偏りのないパイプラインが構築された（図１Ａ）。これは最初に、データを５０：５０のトレーニングデータセットとテストデータセットに分割する。単変量生存モデル（Ｃｏｘ比例ハザードモデル）をトレーニングセット内の各ｍｉＲＮＡに順に適合させ、
最も性能の高いモデルを選択して、目に見えないトレーニングデータセットを予測する。トレーニングデータセット上の予測は、さらなる生存モデルに適合するための入力として使用される。予測性能は、予測がテストデータセットに適合できる有意性に基づいて判断される。このプロセスを２５０回反復して、一連のランダムなテスト／トレイン分割にわたるモデル性能の分布を測定する（図１Ｂ）。パイプラインをｍｉＲＮＡ発現データ及びランダム化生存データに適用して、ランダム順列制御を実施した（図１Ｃ）。真のデータセット上の反復の５４％において、パイプラインは、最も予測的な特徴としてｍｉＲ－２１１５－３ｐ（配列番号１）を選択する（ランダム化されたデータセットにおいて最も頻繁に選択される特徴は、反復のわずか８％において選択される）。まとめると、これは、ｍｉＲ－２１１５－３ｐが免疫療法治療後の生存と関連しており、関連の強さが、ランダム化されたデータセットのノイズに適合したモデルで観察された強さを上回っているという証拠である。生存の予測因子及び免疫療法への応答の予測因子であった他の４３のｍｉＲＮＡを表１に示す。
最も性能の高いモデルを選択して、目に見えないトレーニングデータセットを予測する。トレーニングデータセット上の予測は、さらなる生存モデルに適合するための入力として使用される。予測性能は、予測がテストデータセットに適合できる有意性に基づいて判断される。このプロセスを２５０回反復して、一連のランダムなテスト／トレイン分割にわたるモデル性能の分布を測定する（図１Ｂ）。パイプラインをｍｉＲＮＡ発現データ及びランダム化生存データに適用して、ランダム順列制御を実施した（図１Ｃ）。真のデータセット上の反復の５４％において、パイプラインは、最も予測的な特徴としてｍｉＲ－２１１５－３ｐ（配列番号１）を選択する（ランダム化されたデータセットにおいて最も頻繁に選択される特徴は、反復のわずか８％において選択される）。まとめると、これは、ｍｉＲ－２１１５－３ｐが免疫療法治療後の生存と関連しており、関連の強さが、ランダム化されたデータセットのノイズに適合したモデルで観察された強さを上回っているという証拠である。生存の予測因子及び免疫療法への応答の予測因子であった他の４３のｍｉＲＮＡを表１に示す。
【0430】
最後に、第２のパイプライン（図２Ａ）が構築された。データは、トレーニングデータセットとテストデータセットに５０：５０で分割された。有意な単変量Ｃｏｘモデルが適合する可能性のあるすべての特徴を選択することにより、テストデータセットを用いて特徴選択を実施した（ｐ値＜閾値）。次に、選択された特徴を使用して、多変量コックスモデルをトレーニングデータに適合させ、テストデータを予測した。予測は、有意性が予測性能の尺度である単変量Ｃｏｘモデルに適合した。最適な特徴を特定し、モデルを評価するために、このプロセスを３５００回実行した（図２Ｂ及び表２）。好ましいｍｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡの組合せ（セット／シグネチャー）を表２に列挙する。
【0431】
【表2】
【0432】
この最適化されたモデル（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ及びｍｉＲ－２５－３ｐで構成される）を用いて、トレーニング及びテストデータセット内の患者の応答者／非応答者の状態を予測した（トレーニングデータセット内のリスク中央値として定義された閾値リスクスコアに基づく）。トレーニング及びテストデータセット（単一の代表的５０：５０分割）の両方において、有意に増加した生存率を有する応答患者のコホートを予測することが可能であった（図２Ｄ）。ｍｉＲ－２１１５－３ｐは、非応答者と比較して応答者ではダウンレギュレートされることが確認された（図３Ｃ）。
【0433】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐは、最も予測的な特徴として際立っており、血液内の関連する細胞集団（単球及び好中球、図３Ａ）において特異的発現を有することが見出された。さらに、ｍｉＲ－２１１５－３ｐ標的部位は、ＰＤ－Ｌ１の３’ＵＴＲ内に存在する（図３Ｂ）。
【0434】
要約：未治療のＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者において、ＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤クラスの免疫チェックポイント阻害剤に対する応答に関連する新たなｍｉＲＮＡが特定された。さらに、ＩＶ期のＮＳＣＬＣにおけるＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１阻害剤への応答を予測するｍ
ｉＲＮＡベースのシグネチャーが明らかになった。上記のｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡベースのシグネチャーは、生存予測も可能にする。
ｉＲＮＡベースのシグネチャーが明らかになった。上記のｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡベースのシグネチャーは、生存予測も可能にする。
【0435】
表３に、配列番号及びヌクレオチド配列を有する特定されたｍｉＲＮＡを列挙する：
【0436】
【表3】
【0437】
２．実施例２
２．１方法
患者登録
本テストは、ハイデルベルク大学（Ｓ－２９６／２０１６、Ｓ－０８９／２０１９）及びグロースハンスドルフ病院倫理委員会（ＡＺ １２－２３８）によって承認されたものであり、血液サンプルが入手可能なＴｈｏｒａｘｋｌｉｎｉｋ・ハイデルベルグにおいて、免疫療法単独又は免疫療法と化学療法の併用で治療された進行ＮＳＣＬＣ患者全員を対象とした。これらは、公表（Ｗｅｓｓｅｌｓ ｅｔ ａｌ．，２０２０）されているように前向きに収集され、関連する規則に従って、本分析のためにＬｕｎｇｅｎｂｉｏｂａｎｋ・ハイデルベルクによって提供された。免疫療法のみを受けた対象患者全員をトレーニングコホートに登録した。対象患者は、それぞれの治療に応じて、免疫療法又は免疫化学療法検証コホートに含まれた。ＮＳＣＬＣの診断は、ハイデルベルク病理学研究所において、肺がんに関する現行のＷＨＯ分類（２０１５年）の基準に従って組織標本を用いて実施された。臨床データ及び検査結果は、患者記録の系統的レビューによって収集された。以下の臨床データが抽出された：ＥＣＯＧパフォーマンスステータス（ＰＳ）、喫煙状況、ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、検査結果、全身及び局所抗がん治療、進行日、最終追跡日、及び死亡日を含む人口統計学的、ベースラインの臨床的及び腫瘍の特徴。好中球／リンパ球比（ＮＬＲ）は、未治療患者の中央値に相当する文献的カットオフ値５で二分された（Ｓｕｈ，Ｋ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（２０１８） Ｐｏｓｔ－ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ－ｔｏ－ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ｒａｔｉｏ ａｔ ｗｅｅｋ
６ ｉｓ ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ａｄｖａｎｃｅｄ ｎｏｎ－ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒｓ ｔｒｅａｔｅｄ ｗｉｔｈ ａｎｔｉ－ＰＤ－１ ａｎｔｉｂｏｄｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ６７， ４５９-４７０；Ｖａｌｅｒｏ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．（２０２１） Ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ－ｔｏ－ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ
ｒａｔｉｏ ａｎｄ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｂｕｒｄｅｎ ａｓ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １２，７２９）。ＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳは、クローンＳＰ２６３（ベンタナ／ロシュ、マンハイム、ドイツ）を用いて評価し、現行の治療ガイドライン（Ｈａｎｎａ，Ｎ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．（２０２０） Ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ Ｓｔａｇｅ ＩＶ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｗｉｔｈｏｕｔ Ｄｒｉｖｅｒ Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ：ＡＳＣＯ ａｎｄ ＯＨ（ＣＣＯ）Ｊｏｉｎｔ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ Ｕｐｄａｔｅ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ３８，１６０８－１６３２）の関連する臨床閾値を反映して、１％未満、１乃至４９％、及び５０％以上として分析のために三分化した。さらに、新たに転移性ＮＳＣＬＣと診断され、最善の支持療法を選択した患者の小規模コホートを、地域倫理委員会（ＡＺ １２－２３８）の承認を得た後、Ｌｕｎｇｅｎｃｌｉｎｉｃ・グロースハンスドルフから非免疫療法対照として募集した。
２．１方法
患者登録
本テストは、ハイデルベルク大学（Ｓ－２９６／２０１６、Ｓ－０８９／２０１９）及びグロースハンスドルフ病院倫理委員会（ＡＺ １２－２３８）によって承認されたものであり、血液サンプルが入手可能なＴｈｏｒａｘｋｌｉｎｉｋ・ハイデルベルグにおいて、免疫療法単独又は免疫療法と化学療法の併用で治療された進行ＮＳＣＬＣ患者全員を対象とした。これらは、公表（Ｗｅｓｓｅｌｓ ｅｔ ａｌ．，２０２０）されているように前向きに収集され、関連する規則に従って、本分析のためにＬｕｎｇｅｎｂｉｏｂａｎｋ・ハイデルベルクによって提供された。免疫療法のみを受けた対象患者全員をトレーニングコホートに登録した。対象患者は、それぞれの治療に応じて、免疫療法又は免疫化学療法検証コホートに含まれた。ＮＳＣＬＣの診断は、ハイデルベルク病理学研究所において、肺がんに関する現行のＷＨＯ分類（２０１５年）の基準に従って組織標本を用いて実施された。臨床データ及び検査結果は、患者記録の系統的レビューによって収集された。以下の臨床データが抽出された：ＥＣＯＧパフォーマンスステータス（ＰＳ）、喫煙状況、ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）、検査結果、全身及び局所抗がん治療、進行日、最終追跡日、及び死亡日を含む人口統計学的、ベースラインの臨床的及び腫瘍の特徴。好中球／リンパ球比（ＮＬＲ）は、未治療患者の中央値に相当する文献的カットオフ値５で二分された（Ｓｕｈ，Ｋ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（２０１８） Ｐｏｓｔ－ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ－ｔｏ－ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ｒａｔｉｏ ａｔ ｗｅｅｋ
６ ｉｓ ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ａｄｖａｎｃｅｄ ｎｏｎ－ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒｓ ｔｒｅａｔｅｄ ｗｉｔｈ ａｎｔｉ－ＰＤ－１ ａｎｔｉｂｏｄｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ６７， ４５９-４７０；Ｖａｌｅｒｏ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．（２０２１） Ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ－ｔｏ－ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ
ｒａｔｉｏ ａｎｄ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｂｕｒｄｅｎ ａｓ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ １２，７２９）。ＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳは、クローンＳＰ２６３（ベンタナ／ロシュ、マンハイム、ドイツ）を用いて評価し、現行の治療ガイドライン（Ｈａｎｎａ，Ｎ．Ｈ．ｅｔ ａｌ．（２０２０） Ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ Ｓｔａｇｅ ＩＶ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｗｉｔｈｏｕｔ Ｄｒｉｖｅｒ Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ：ＡＳＣＯ ａｎｄ ＯＨ（ＣＣＯ）Ｊｏｉｎｔ Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ Ｕｐｄａｔｅ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ３８，１６０８－１６３２）の関連する臨床閾値を反映して、１％未満、１乃至４９％、及び５０％以上として分析のために三分化した。さらに、新たに転移性ＮＳＣＬＣと診断され、最善の支持療法を選択した患者の小規模コホートを、地域倫理委員会（ＡＺ １２－２３８）の承認を得た後、Ｌｕｎｇｅｎｃｌｉｎｉｃ・グロースハンスドルフから非免疫療法対照として募集した。
【0438】
ＰＡＸｇｅｎｅの収集と処理
ＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ， Ｈｏｍｂｒｅｃｈｔｉｋｏｎ， Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）の血液サンプルを製造業者の指示に従って採取し、直ちに１０回反転させ、２時間以内に－２０℃で凍結した。長期保存のために、チューブを－８０℃に移した。トレーニングコホート：ＰＡＸｇｅｎｅチューブを一晩解凍し、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ｍｉＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖｅｎｌｏ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）を用いて、製造者の指示に従って抽出した。ＲＮアーゼを含まない水に８０μＬの溶出液を－８０℃で保存した。検証コホート：ＰＡＸｇｅｎｅチューブを一晩解凍し、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖｅｎｌｏ， Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）を用いてＲＮＡを抽出した。第１のカラム（ＲＮＡシュレッダーカラム）の
フロースルーを保存し、－２０℃で保存し、長さ＜２００ｎｔｓのＲＮＡのさらなる抽出に使用した。この目的のために、サンプルのアルコール含有量をイソプロパノールで５０％（ｗ／ｖ）にし、サンプルを、ＲＮＡカラム工程から開始して、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ｍｉＲＮＡ Ｋｉｔを用いてさらに処理した。ＲＮＡを４０μＬのＲＮアーゼを含まない水に溶出し、－８０℃で保存した。
ＰＡＸｇｅｎｅ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ， Ｈｏｍｂｒｅｃｈｔｉｋｏｎ， Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）の血液サンプルを製造業者の指示に従って採取し、直ちに１０回反転させ、２時間以内に－２０℃で凍結した。長期保存のために、チューブを－８０℃に移した。トレーニングコホート：ＰＡＸｇｅｎｅチューブを一晩解凍し、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ｍｉＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖｅｎｌｏ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）を用いて、製造者の指示に従って抽出した。ＲＮアーゼを含まない水に８０μＬの溶出液を－８０℃で保存した。検証コホート：ＰＡＸｇｅｎｅチューブを一晩解凍し、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖｅｎｌｏ， Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）を用いてＲＮＡを抽出した。第１のカラム（ＲＮＡシュレッダーカラム）の
フロースルーを保存し、－２０℃で保存し、長さ＜２００ｎｔｓのＲＮＡのさらなる抽出に使用した。この目的のために、サンプルのアルコール含有量をイソプロパノールで５０％（ｗ／ｖ）にし、サンプルを、ＲＮＡカラム工程から開始して、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ｍｉＲＮＡ Ｋｉｔを用いてさらに処理した。ＲＮＡを４０μＬのＲＮアーゼを含まない水に溶出し、－８０℃で保存した。
【0439】
低分子ＲＮＡ－ｓｅｑ
１００ｎｇの総ＲＮＡ、又は５μＬの総ＲＮＡ（濃度が２０ｎｇ／μＬ未満のサンプルの場合）を、ＱＩＡｓｅｑ（登録商標）ｍｉＲＮＡライブラリーキット（キアゲン、フェンロー、オランダ）に使用し、以前に報告された非常に豊富なｍｉＲＮＡを遮断した（ｍｉＲ－１６－５ｐ、ｍｉＲ－４８６－５ｐ、ｍｉＲ－４５１ａ（Ｒｏｂｅｒｔｓ ＢＳ，Ｈａｒｄｉｇａｎ ＡＡ，Ｋｉｒｂｙ ＭＫ， ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｃｋｉｎｇ ｏｆ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ｆｒｏｍ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２０１５；４３（２１）：ｅ１４５．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｖ７２４，Ｊｕｚｅｎａｓ Ｓ，Ｌｉｎｄｑｖｉｓｔ ＣＭ，Ｉｔｏ Ｇ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｏｆ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｃ ｍｉＲ－４８６－５ｐ ａｎｄ ｍｉＲ－４５１ａ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｄｅｔｅｃｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｒａｒｅ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ｉｎ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ－ｄｅｒｉｖｅｄ ｓｍａｌｌ ＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ． ＮＡＲ Ｇｅｎｏｍ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ． ２０２０；２（１）：ｌｑａａ００８．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ２０２０ Ｆｅｂ １２．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒｇａｂ／ｌｑａａ００８））。ｃＤＮＡを、ライブラリーの固有の二重インデックス化を可能にするプライマー（データは示さず）を用いて増幅し、ＰＣＲ産物を、Ｍａｇ－Ｂｉｎｄ ＴｏｔａｌＰｕｒｅ ＮＧＳビーズ（Ｏｍｅｇａ Ｂｉｏ－Ｔｅｋ，Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，ＵＳＡ）を用いて精製した。１８サイクルの増幅後のＰＣＲ産物を、フラグメントアナライザー（Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｚｅｒ）（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＵＳＡ）上のＱｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＤＮＡキットを用いて、サイズ及び均一性について評価した。ＰＣＲ産物の濃度を、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ｄｓＤＮＡ Ａｓｓａｙ－Ｋｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＵＳＡ）によって決定し、９６までのサンプルを有する等モルのライブラリープールを調製し、２．７ｐＭの最終プールライブラリー濃度でＮｅｘｔＳｅｑ ５００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）上で配列決定した。配列５’－ＧＡＴＣＧＴＣＧＧＡＣＴＧＴＡＧＡＡＣＴＣＴＧＡＡＣＧＴＧＴ－３’（配列番号４５）を有するカスタムインデックス２シークエンシングプライマーを使用した。
１００ｎｇの総ＲＮＡ、又は５μＬの総ＲＮＡ（濃度が２０ｎｇ／μＬ未満のサンプルの場合）を、ＱＩＡｓｅｑ（登録商標）ｍｉＲＮＡライブラリーキット（キアゲン、フェンロー、オランダ）に使用し、以前に報告された非常に豊富なｍｉＲＮＡを遮断した（ｍｉＲ－１６－５ｐ、ｍｉＲ－４８６－５ｐ、ｍｉＲ－４５１ａ（Ｒｏｂｅｒｔｓ ＢＳ，Ｈａｒｄｉｇａｎ ＡＡ，Ｋｉｒｂｙ ＭＫ， ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｃｋｉｎｇ ｏｆ ｔａｒｇｅｔｅｄ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ｆｒｏｍ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２０１５；４３（２１）：ｅ１４５．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｖ７２４，Ｊｕｚｅｎａｓ Ｓ，Ｌｉｎｄｑｖｉｓｔ ＣＭ，Ｉｔｏ Ｇ，ｅｔ ａｌ．Ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｏｆ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｃ ｍｉＲ－４８６－５ｐ ａｎｄ ｍｉＲ－４５１ａ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｄｅｔｅｃｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｒａｒｅ ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ ｉｎ ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ－ｄｅｒｉｖｅｄ ｓｍａｌｌ ＲＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ． ＮＡＲ Ｇｅｎｏｍ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ． ２０２０；２（１）：ｌｑａａ００８．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ２０２０ Ｆｅｂ １２．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｒｇａｂ／ｌｑａａ００８））。ｃＤＮＡを、ライブラリーの固有の二重インデックス化を可能にするプライマー（データは示さず）を用いて増幅し、ＰＣＲ産物を、Ｍａｇ－Ｂｉｎｄ ＴｏｔａｌＰｕｒｅ ＮＧＳビーズ（Ｏｍｅｇａ Ｂｉｏ－Ｔｅｋ，Ｎｏｒｃｒｏｓｓ，ＵＳＡ）を用いて精製した。１８サイクルの増幅後のＰＣＲ産物を、フラグメントアナライザー（Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｚｅｒ）（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＵＳＡ）上のＱｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＤＮＡキットを用いて、サイズ及び均一性について評価した。ＰＣＲ産物の濃度を、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ ｄｓＤＮＡ Ａｓｓａｙ－Ｋｉｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＵＳＡ）によって決定し、９６までのサンプルを有する等モルのライブラリープールを調製し、２．７ｐＭの最終プールライブラリー濃度でＮｅｘｔＳｅｑ ５００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）上で配列決定した。配列５’－ＧＡＴＣＧＴＣＧＧＡＣＴＧＴＡＧＡＡＣＴＣＴＧＡＡＣＧＴＧＴ－３’（配列番号４５）を有するカスタムインデックス２シークエンシングプライマーを使用した。
【0440】
統計解析
生存回帰のためのペナルティなし、単変量及び多変量Ｃｏｘモデルは、パッケージｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌ（バージョン０．１５．１，（Ｐoｌｓｔｅｒｌ，Ｓ．（２０２０）ｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌ：Ａ Ｌｉｂｒａｒｙ ｆｏｒ Ｔｉｍｅ－ｔｏ－Ｅｖｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｂｕｉｌｔ ｏｎ Ｔｏｐ ｏｆ ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２１， １－６））を使用してＰｙｔｈｏｎ、及びそれぞれデフォルトのパラメーター設定でＣｏｘＰＨＳｕｒｖｉｖａｌＡｎａｌｙｓｉｓクラスとＣｏｘＰＨＦｉｔｔｅｒクラスを使用してＬｉｆｅｌｉｎｅｓ（バージョン０．２６．０、（Ｄａｖｉｄｓｏｎ－Ｐｉｌｏｎ，Ｃ． ｅｔ ａｌ．（２０２１）ＣａｍＤａｖｉｄｓｏｎＰｉｌｏｎ／Ｌｉｆｅｌｉｎｅ：０．２６．０）に適合させた。高次元データにおける生存をモデル化する際のｐ＞＞ｎ問題を克服するために、Ｗｉｔｔｅｎ及びＴｉｂｓｈｉｒａｎｉは、単変量及び段階的選択を用いた離散的特徴選択を含む多くの方法を提案している（Ｗｉｔｔｅｎ，Ｄ．Ｍ．，ａｎｄ Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，Ｒ．（２０１０） Ｓｕｒｖｉｖａｌ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｃｏｖｏｒａｎｔｓ．Ｓｔａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｅｄ Ｒｅｓ １９，２９－５１）。これらは、ｐａｃｋａｇｅ ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ（バージョン０．２４．２、（Ｐｅｄｒｅｇｏｓａ、Ｆ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）．Ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ：Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ ｉｎ Ｐｙｔｈｏｎ． Ａｒｘｉｖ））及びＳｅｌｅｃｔＦｐｒ（Ｃｏｘ比例ハザードモデルがｐ＜０．０５で適合できるｍｉＲＮＡ特徴を選択する）及びＳｅｑｕｅｎｔｉａｌＦｅａｔｕｒｅＳｅｌｅｃｔｏｒ（単一のｍｉＲＮＡ特徴を多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルに連続的に追加し、交差検証された一致指数の最良の改善に基づいて、特定の最大特徴数まで）クラスで実装されている。Ｓｃｉｋｉｔ－Ｌｅａｒｎパイプラインを使用して、特徴選択とトレーニング工程を結合し、生存モデルを作成し、新しいデータに対して推論を実行した。ｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌパッケージのＲａｎｄｏｍ Ｓｕｒｖｉｖａｌ Ｆｏｒｅｓｔモデルを使用して、パラメーター設定（ｎ＿ｅｓｔｉｍａｔｏｒｓ＝１０００、ｍｉｎ＿ｓａｍｐｌｅｓ＿ｓｐｌｉｔ＝１０、ｍｉｎ＿ｓａｍｐｌｅｓ＿ｌｅａｆ＝１５、ｍａｘ＿ｆｅａｔｕｒｅｓ＝“ｓｑｒｔ”）を使用してモデルをトレーニングした。ランダムフォレストモデルからの特徴の重要性は、パッケージＥＬＩ５（バージョン０．１１．０）からの置換に基づく方法を用いて、生存と各特徴との関連を順番に（ランダムシャフリングを介して）除去したときのモデル一致指数の低下を推定することによってスコア化した。患者は、以前に報告された同様の予後遺伝子発現シグネチャーのカットポイント定義に基づいて、トレーニングデータのリスクスコアの中央値によって高／低リスク群に層別化された（Ｃｈｏ， Ｊ．Ｙ． ｅｔ ａｌ． （２０１１）． Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ-Ｂａｓｅｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｒｉｓｋ Ｓｃｏｒｅ ｉｎ Ｇａｓｔｒｉｃ Ｃａｎｃｅｒ． Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １７， １８５０-１８５７；Ｈｕ，Ｚ． ｅｔ ａｌ．（２０１０）．Ｓｅｒｕｍ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｉｎ ａ Ｇｅｎｏｍｅ－Ｗｉｄｅ Ｓｅｒｕｍ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｐｒｅｄｉｃｔ Ｓｕｒｖｉｖａｌ ｏｆ Ｎｏｎ-Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２８， １７２１-１７２６； Ｙｕ， Ｓ．－Ｌ． ｅｔ ａｌ． （２００８） ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｓ Ｓｕｒｖｉｖａｌ ａｎｄ Ｒｅｌａｐｓｅ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １３， ４８-５７）。ｍｉＲｉｓｋスコアの予後予測能は、追加の臨床病理学的共変量（ＰＤ－Ｌ１、ＥＣＯＧ、性別、年齢、治療ライン、物質、組織学、喫煙状況、ＡＮＣ、ＡＬＣ）を用いた多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルで評価した。カプラン－メイア法を用いて生存関数を推定し、群をログランク検定で比較した。
生存回帰のためのペナルティなし、単変量及び多変量Ｃｏｘモデルは、パッケージｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌ（バージョン０．１５．１，（Ｐoｌｓｔｅｒｌ，Ｓ．（２０２０）ｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌ：Ａ Ｌｉｂｒａｒｙ ｆｏｒ Ｔｉｍｅ－ｔｏ－Ｅｖｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｂｕｉｌｔ ｏｎ Ｔｏｐ ｏｆ ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２１， １－６））を使用してＰｙｔｈｏｎ、及びそれぞれデフォルトのパラメーター設定でＣｏｘＰＨＳｕｒｖｉｖａｌＡｎａｌｙｓｉｓクラスとＣｏｘＰＨＦｉｔｔｅｒクラスを使用してＬｉｆｅｌｉｎｅｓ（バージョン０．２６．０、（Ｄａｖｉｄｓｏｎ－Ｐｉｌｏｎ，Ｃ． ｅｔ ａｌ．（２０２１）ＣａｍＤａｖｉｄｓｏｎＰｉｌｏｎ／Ｌｉｆｅｌｉｎｅ：０．２６．０）に適合させた。高次元データにおける生存をモデル化する際のｐ＞＞ｎ問題を克服するために、Ｗｉｔｔｅｎ及びＴｉｂｓｈｉｒａｎｉは、単変量及び段階的選択を用いた離散的特徴選択を含む多くの方法を提案している（Ｗｉｔｔｅｎ，Ｄ．Ｍ．，ａｎｄ Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ，Ｒ．（２０１０） Ｓｕｒｖｉｖａｌ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｃｏｖｏｒａｎｔｓ．Ｓｔａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｅｄ Ｒｅｓ １９，２９－５１）。これらは、ｐａｃｋａｇｅ ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ（バージョン０．２４．２、（Ｐｅｄｒｅｇｏｓａ、Ｆ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）．Ｓｃｉｋｉｔ－ｌｅａｒｎ：Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ ｉｎ Ｐｙｔｈｏｎ． Ａｒｘｉｖ））及びＳｅｌｅｃｔＦｐｒ（Ｃｏｘ比例ハザードモデルがｐ＜０．０５で適合できるｍｉＲＮＡ特徴を選択する）及びＳｅｑｕｅｎｔｉａｌＦｅａｔｕｒｅＳｅｌｅｃｔｏｒ（単一のｍｉＲＮＡ特徴を多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルに連続的に追加し、交差検証された一致指数の最良の改善に基づいて、特定の最大特徴数まで）クラスで実装されている。Ｓｃｉｋｉｔ－Ｌｅａｒｎパイプラインを使用して、特徴選択とトレーニング工程を結合し、生存モデルを作成し、新しいデータに対して推論を実行した。ｓｃｉｋｉｔ－ｓｕｒｖｉｖａｌパッケージのＲａｎｄｏｍ Ｓｕｒｖｉｖａｌ Ｆｏｒｅｓｔモデルを使用して、パラメーター設定（ｎ＿ｅｓｔｉｍａｔｏｒｓ＝１０００、ｍｉｎ＿ｓａｍｐｌｅｓ＿ｓｐｌｉｔ＝１０、ｍｉｎ＿ｓａｍｐｌｅｓ＿ｌｅａｆ＝１５、ｍａｘ＿ｆｅａｔｕｒｅｓ＝“ｓｑｒｔ”）を使用してモデルをトレーニングした。ランダムフォレストモデルからの特徴の重要性は、パッケージＥＬＩ５（バージョン０．１１．０）からの置換に基づく方法を用いて、生存と各特徴との関連を順番に（ランダムシャフリングを介して）除去したときのモデル一致指数の低下を推定することによってスコア化した。患者は、以前に報告された同様の予後遺伝子発現シグネチャーのカットポイント定義に基づいて、トレーニングデータのリスクスコアの中央値によって高／低リスク群に層別化された（Ｃｈｏ， Ｊ．Ｙ． ｅｔ ａｌ． （２０１１）． Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ-Ｂａｓｅｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｒｉｓｋ Ｓｃｏｒｅ ｉｎ Ｇａｓｔｒｉｃ Ｃａｎｃｅｒ． Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １７， １８５０-１８５７；Ｈｕ，Ｚ． ｅｔ ａｌ．（２０１０）．Ｓｅｒｕｍ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｉｎ ａ Ｇｅｎｏｍｅ－Ｗｉｄｅ Ｓｅｒｕｍ ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｐｒｅｄｉｃｔ Ｓｕｒｖｉｖａｌ ｏｆ Ｎｏｎ-Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２８， １７２１-１７２６； Ｙｕ， Ｓ．－Ｌ． ｅｔ ａｌ． （２００８） ＭｉｃｒｏＲＮＡ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｓ Ｓｕｒｖｉｖａｌ ａｎｄ Ｒｅｌａｐｓｅ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １３， ４８-５７）。ｍｉＲｉｓｋスコアの予後予測能は、追加の臨床病理学的共変量（ＰＤ－Ｌ１、ＥＣＯＧ、性別、年齢、治療ライン、物質、組織学、喫煙状況、ＡＮＣ、ＡＬＣ）を用いた多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルで評価した。カプラン－メイア法を用いて生存関数を推定し、群をログランク検定で比較した。
【0441】
ｑＲＴ－ＰＣＲ法
バイオマーカーｍｉＲＮＡ及びハウスキーピングｍｉＲＮＡについては、カタログ及びカスタムｍｉＲＣｕｒｙ ＬＮＡ ｍｉＲＮＡ ＰＣＲアッセイをキアゲン（フェンロ、オランダ）に注文した（表４）。ｃＤＮＡ合成には５００ｎｇのＲＮＡを用い、濃度が不十分な場合には６．５μＬまでのＲＮＡ量を用いた。次いで、ｃＤＮＡを１：８０に希釈し、総容量１０μＬの応答を、製造業者の指示に従って設定し、以下のプロトコルに従ってサイクルした：３８４ウェル形式のＡＢ Ｆｌｅｘ ６サイクラー中、９５℃で２分、９５℃で４０×１０秒、５６℃で６０秒。６０乃至９５℃で溶融曲線分析を実施した。Ｃｔ値を決定し、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ＲｅａｌＴｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン１．３を用いてエクスポートした。９５人の患者のトレーニングコホートについて、５種のｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡのＣｔ値を三連で決定した。ΔＣｔ値は、低分散に基づいてＮＧＳによって以前に定義された「ハウスキーピング」ｍｉＲＮＡのＣｔ値の平均を差し引くことによって計算した。これらのΔＣｔ値に基づいて、ｍｉＲｉｓｋスコアに従って低リスク又は高リスクの患者からのサンプル間の倍率変化（２ΔΔＣｔ）及びｔ検定を、シグネチャーｍｉＲＮＡごとに計算した。
バイオマーカーｍｉＲＮＡ及びハウスキーピングｍｉＲＮＡについては、カタログ及びカスタムｍｉＲＣｕｒｙ ＬＮＡ ｍｉＲＮＡ ＰＣＲアッセイをキアゲン（フェンロ、オランダ）に注文した（表４）。ｃＤＮＡ合成には５００ｎｇのＲＮＡを用い、濃度が不十分な場合には６．５μＬまでのＲＮＡ量を用いた。次いで、ｃＤＮＡを１：８０に希釈し、総容量１０μＬの応答を、製造業者の指示に従って設定し、以下のプロトコルに従ってサイクルした：３８４ウェル形式のＡＢ Ｆｌｅｘ ６サイクラー中、９５℃で２分、９５℃で４０×１０秒、５６℃で６０秒。６０乃至９５℃で溶融曲線分析を実施した。Ｃｔ値を決定し、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ＲｅａｌＴｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン１．３を用いてエクスポートした。９５人の患者のトレーニングコホートについて、５種のｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡのＣｔ値を三連で決定した。ΔＣｔ値は、低分散に基づいてＮＧＳによって以前に定義された「ハウスキーピング」ｍｉＲＮＡのＣｔ値の平均を差し引くことによって計算した。これらのΔＣｔ値に基づいて、ｍｉＲｉｓｋスコアに従って低リスク又は高リスクの患者からのサンプル間の倍率変化（２ΔΔＣｔ）及びｔ検定を、シグネチャーｍｉＲＮＡごとに計算した。
【0442】
【表4】
【0443】
２．２ 結果
患者の臨床的特徴
トレーニングコホートは、抗ＰＤ－１免疫単独療法を投与されたＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者９６名で構成された（表５）。７７．１％（ｎ＝７４）がペムブロリズマブを投与され、２２．９％（ｎ＝２２）がニボルマブを投与された。このコホートは、５８．３％が腺がん（ｎ＝５６）、２８．１％が扁平上皮がん（ｎ＝２７）、１３．５％がその他のＮＳＣＬＣ（ｎ＝１３）（ＮＳＣＬＣ、ＮＯＳ及び大細胞神経内分泌肺がんを含む）で構成されていた。患者の６２．５％が男性、３８．５％が女性であった。患者の９１．７％が元喫煙者又は現喫煙者であった。患者の４９％が一次治療を受け、４７．９％が二次治療を受けた。第３選択で免疫療法を受けた患者は３．１％のみであった。７０．８％はＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳが５０％以上、２０．８％は１乃至４９％、８．３％は＜１％であった。ＥＣＯＧ ０は３６．５％、ＥＣＯＧ １は５８．３％及びＥＣＯＧ ２は５．２％であった。
患者の臨床的特徴
トレーニングコホートは、抗ＰＤ－１免疫単独療法を投与されたＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者９６名で構成された（表５）。７７．１％（ｎ＝７４）がペムブロリズマブを投与され、２２．９％（ｎ＝２２）がニボルマブを投与された。このコホートは、５８．３％が腺がん（ｎ＝５６）、２８．１％が扁平上皮がん（ｎ＝２７）、１３．５％がその他のＮＳＣＬＣ（ｎ＝１３）（ＮＳＣＬＣ、ＮＯＳ及び大細胞神経内分泌肺がんを含む）で構成されていた。患者の６２．５％が男性、３８．５％が女性であった。患者の９１．７％が元喫煙者又は現喫煙者であった。患者の４９％が一次治療を受け、４７．９％が二次治療を受けた。第３選択で免疫療法を受けた患者は３．１％のみであった。７０．８％はＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳが５０％以上、２０．８％は１乃至４９％、８．３％は＜１％であった。ＥＣＯＧ ０は３６．５％、ＥＣＯＧ １は５８．３％及びＥＣＯＧ ２は５．２％であった。
【0444】
同様の特徴を有する８４人の追加患者のコホートを、独立した検証コホートとして用いた（下記の表５参照）。このコホートのうち、患者の５２．４％がペムブロリズマブ、４７．６％がニボルマブを投与され、２５％が一次治療、５１．２％が二次治療、１５．５％が三次治療、８．４％が四次以上の治療を受け、５９．５％が腺がん、３１．０％が扁平上皮がん、９．５％がその他のＮＳＣＬＣｓであった。４８．８％がＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳ≧５０％、３２．１％が１％－４９％、１９％が１％以下であった。９５．３％が現在又は過去の喫煙者であった。３９．３％がＥＣＯＧ ０、５４．８％がＥＣＯＧ １、４．８％がＥＣＯＧ ２、１．２％がＥＣＯＧ ３であった。
【0445】
【表5】
【0446】
非免疫単独療法を投与された患者１３９人からなる第３のコホートを独立した対照群として用いた（表５）。これらの患者は、プラチナダブレットとペムブロリズマブの免疫化学療法併用療法を受けた。このコホートは、７６．３％が腺がん、１２．９％が扁平上皮がん、１０．８％がその他のＮＳＣＬＣｓで構成されていた。８９．２％が一次治療患者、１０．８％が二次治療患者であった。５０．４％がＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳ＜１％、２７．３％が１乃至４９％、２２．３％が５０％以上であった。４０．３％がＥＣＯＧ ０、５６．８％がＥＣＯＧ １、２．２％がＥＣＯＧ ２、０．７％がＥＣＯＧ ３であった。９１．４％が元喫煙者又は現喫煙者であった。
【0447】
ＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者１９人からなる４番目の独立したコホートが含まれ、追加の検証コホートとして機能した。
【0448】
免疫療法下での全生存期間（ＯＳ）に関するｍｉＲＮＡベースのリスクモデルの構築
トレーニングコホートの患者（９６人）のｍｉＲＮＡ発現を用いて、ペムブロリズマブ又はニボルマブのいずれかの単独剤免疫療法を受けているＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者のＯＳを予測するモデルを開発した。Ｓｈｕｋｌａらによって記載されたものに基づく計算パイプラインが作成され、生存とのＣｏｘ単変量関連に基づく特徴の初期フィルタリングを実施した後、さらに段階的な多変量Ｃｏｘ回帰を用いて複数のｍｉＲＮＡシグネチャーを作成した（Ｓｈｕｋｌａ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ＲＮＡ－Ｓｅｑ Ｂａｓｅｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉ １０９，ｄｊｗ２００）。
トレーニングコホートの患者（９６人）のｍｉＲＮＡ発現を用いて、ペムブロリズマブ又はニボルマブのいずれかの単独剤免疫療法を受けているＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者のＯＳを予測するモデルを開発した。Ｓｈｕｋｌａらによって記載されたものに基づく計算パイプラインが作成され、生存とのＣｏｘ単変量関連に基づく特徴の初期フィルタリングを実施した後、さらに段階的な多変量Ｃｏｘ回帰を用いて複数のｍｉＲＮＡシグネチャーを作成した（Ｓｈｕｋｌａ，Ｓ．ｅｔ ａｌ．（２０１６）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ ＲＮＡ－Ｓｅｑ Ｂａｓｅｄ Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉ １０９，ｄｊｗ２００）。
【0449】
より具体的には、統計的に有意な（ｐ＜０．０５）単変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルを適合させることができるｍｉＲＮＡの特徴を最初に選択し、その結果、合計６００個のｍｉＲＮＡから４４個のｍｉＲＮＡショートリスト（実施例１の上記表１参照）が選択された。次に、順方向逐次特徴選択（ｆｏｒｗａｒｄ ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ ｆｅａｔｕｒｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）を実施して、ｍｉＲＮＡ発現データの数を増加させながら組み込んだ多変量Ｃｏｘモデルを構築した。代替の低スループット定量化プラットフォーム（例えば、ｑＲＴ－ＰＣＲ）に適した特徴の小さなサブセットを選択し、モデルの過剰適合を回避するために、交差検証グリッド検索（３乃至１０の特徴を有するモデルをテストする）を実施し、最適なモデル性能をもたらす５つの特徴のサブセットを特定した。最後に、選択した５種のｍｉＲＮＡの特徴を用いて、Ｃｏｘ比例ハザードモデルをトレーニングデータセット全体に適合させ、以下のリスクスコアを算出した：ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．８７０）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９０７）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．４９５）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ ＲＰＭ＋１）×１．３０９）＋（ｌｏｇ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×１．１５９）。
【0450】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0451】
トレーニングコホート内の全９６名の患者についてリスクスコアを算出し（上記の表５参照）、リスクスコアの閾値の中央値に基づいて患者を低リスク群と高リスク群に分類した。特に、ｍｉＲｉｓｋスコア閾値＝－０．１３９０６３９８９００６４１１４３を算出して、患者を高リスク又は低リスク（高リスク＝ｍｉＲｉｓｋ＞－０．１３９０６３９８９００６４１１４３）に層別化した。低リスク群の患者は、高リスク群の患者よりも有意に長く生存する（ハザード比３．９８、９５％信頼区間２．２９－４．５４；Ｐ＝１．５６０ｘ１０－７）（図４ａ）。新しいデータへの一般化可能なパフォーマンスをテストするために、検証コホート（表５）の８４人の患者のｍｉＲｉｓｋスコア分析が実行された。低リスク群の患者は、高リスク群の患者よりも有意に長く生存したことが示された（ハザード比２．２２、９５％信頼区間１．２４－３．９５、Ｐ＝０．００９０２）（図４ｂ）。
【0452】
非線形モデルは、共変量と関心のある結果（我々の場合はｍｉＲＮＡと免疫療法への応答）との間のより複雑な関係を捉えることを約束する。このようなモデルが予測性能の向上につながるか否かを調査するために、ランダムフォレスト分類器をデータセットでトレーニング及び評価した（Ｐoｌｓｔｅｒｌ、２０２０、上記）。ランダムフォレストモデルは、事前に特徴を選択することなく、トレーニングコホート内の６００のｍｉＲＮＡ発現特徴すべてに適合した。トレーニングコホート内の低リスク群と高リスク群の間で、全生存期間に非常に有意な差が認められた（図５ａ）。ランダムフォレストモデルは、検証コホートにおける一般的なパフォーマンスを示しており、高リスク患者と比較して生存率が有意に高い低リスク患者群を予測している（ハザード比１．９７、９５％信頼区間１．１４－３．４１、Ｐ＝０．００２５）（図５ｂ）。最後に、置換に基づく特徴の重要性を用いて、ランダムフォレスト分類器によって使用される最も有益なｍｉＲＮＡ特徴を特定した。ｍｉＲｉｓｋ ｍｉＲＮＡの３／５は、最大の加重を持つｍｉＲｉｓｋモデルの特徴であるｍｉＲ－２１１５－３ｐを含むランダムフォレストモデルで使用された最も重要な特徴の中で観察された（表６）。
【0453】
【表6】
【0454】
ｍｉＲｉｓｋスコアに寄与する５種のｍｉＲＮＡのうち４つは、高リスク患者で有意に上昇していることが観察されている（図６ａ－ｅ）。高リスク患者ではｍｉＲ－２１８－５ｐのみがわずかに上昇しているが、この差は統計的に有意ではなかった（図６ｂ）。直交法を用いて我々の知見を技術的に検証するために、トレーニングコホートの患者９５人のｍｉＲＮＡ発現プロファイルをｑＲＴ－ＰＣＲを用いて再測定した。ｑＰＣＲ解析では、５種類のｍｉＲＮＡすべてについてＮＧＳの結果が再現され、変化の方向は同じであり、有意性の程度も同程度であった（図６ｆ－ｊ）。
【0455】
まとめると、２つの全く異なるモデルが我々のデータセットでトレーニングされ、有益なｍｉＲＮＡ特徴のサブセットへの収束が観察された。特徴の定量化は、ＮＧＳとｑＲＴ－ＰＣＲの両方からの測定値間の一貫性を示すことによって技術的に検証された。ｍｉＲｉｓｋ Ｃｏｘに基づくモデルで予測されたリスク群間のハザード比が高いこと、及び解釈が容易であることを考慮して、さらなる調査のために選択された。
【0456】
ｍｉＲｉｓｋスコアは予後ではなく予測因子である
ｍｉＲｉｓｋスコアの潜在的な予測と予後の重要さを識別するために、非ＩＣＩ単独療法を受けている患者からなる２つのさらに異なる対照患者コホートにおけるモデルのパフォーマンスを調査した。免疫化学療法検証コホート（表５）の患者１３９例を層別化したところ、低リスク群と高リスク群の生存率に有意な差は認められなかった（ハザード比１．３５７、９５％信頼区間０．７２乃至２．５７２、ｐ＝０．３６６）（図４ｃ）。これ
は、免疫療法のバイオマーカー（腫瘍ＰＤ－Ｌ１）では化学療法単独に免疫療法を追加した場合の延命効果を予測できないというこれまでの知見と一致している（Ｇａｎｄｈｉ，
Ｌ． ｅｔ ａｌ． （２０１８）．Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｐｌｕｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７８， ２０７８－２０９２）。このモデルは、ドイツのグロースハンスドルフで募集され、治療なしで注意深い経過観察を受けることを選択したＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者１９人からなるさらなる独立した対照コホートで検証された。ｍｉＲｉｓｋスコアを算出したところ、リスク群間で全生存期間に有意な差は認められなかった（図７）。ここでも、これは予後モデルに反する証拠を提供し、免疫療法応答の特異的予測を支持する証拠を提供する。
ｍｉＲｉｓｋスコアの潜在的な予測と予後の重要さを識別するために、非ＩＣＩ単独療法を受けている患者からなる２つのさらに異なる対照患者コホートにおけるモデルのパフォーマンスを調査した。免疫化学療法検証コホート（表５）の患者１３９例を層別化したところ、低リスク群と高リスク群の生存率に有意な差は認められなかった（ハザード比１．３５７、９５％信頼区間０．７２乃至２．５７２、ｐ＝０．３６６）（図４ｃ）。これ
は、免疫療法のバイオマーカー（腫瘍ＰＤ－Ｌ１）では化学療法単独に免疫療法を追加した場合の延命効果を予測できないというこれまでの知見と一致している（Ｇａｎｄｈｉ，
Ｌ． ｅｔ ａｌ． （２０１８）．Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ ｐｌｕｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ－Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ． Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７８， ２０７８－２０９２）。このモデルは、ドイツのグロースハンスドルフで募集され、治療なしで注意深い経過観察を受けることを選択したＩＶ期のＮＳＣＬＣ患者１９人からなるさらなる独立した対照コホートで検証された。ｍｉＲｉｓｋスコアを算出したところ、リスク群間で全生存期間に有意な差は認められなかった（図７）。ここでも、これは予後モデルに反する証拠を提供し、免疫療法応答の特異的予測を支持する証拠を提供する。
【0457】
臨床状況におけるｍｉＲｉｓｋスコアの評価
全生存期間に関してｍｉＲｉｓｋスコアと他の臨床共変量との関連性を調査するため、免疫単独治療検証コホート内で単変量及び多変量Ｃｏｘ回帰を実施した（表７）。ｍｉＲｉｓｋスコアに加えて、免疫療法応答に関連する臨床病理学的共変量をＣｏｘモデルに含めた。単変量解析では、ＥＣＯＧ（ハザード比２．９０、９５％信頼区間１．４７乃至５．７３、Ｐ＝０．００）のみとｍｉＲｉｓｋスコア（ハザード比２．２３、９５％信頼区間１．２乃至４．１５、Ｐ＝０．０１）との間に有意な関連が認められた。腫瘍のＰＤ－Ｌ１＜５０％と免疫療法の検証コホートにおける生存率との間に有意ではない関連が観察され、ＰＤ－Ｌ１が低いほどリスクが増加する傾向が予想された（ハザード比１．７８、９５％信頼区間０．９７－３．２８、Ｐ＝０．０６）（表７）。単変量解析では、低ＡＮＣ及び高ＡＬＣの両方で有意ではない保護効果が観察され（表７）、これは、末梢血球数から得られた公表された予測シグネチャーと一致している（Ｔａｎｉｚａｋｉ， Ｊ． ｅｔ ａｌ．（２０１８）．Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ
Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ Ｔｒｅａｔｅｄ
ｗｉｔｈ Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ｌｕｎｇ
Ｃａｎｃｅｒ １３，９７－１０５）。この影響は、多変量解析で他の共変量を調整すると減少する。多変量Ｃｏｘ回帰では、ＥＣＯＧ及びｍｉＲｉｓｋスコアはいずれものみが、依然として全生存期間の有意な独立予測因子である（表７）。
全生存期間に関してｍｉＲｉｓｋスコアと他の臨床共変量との関連性を調査するため、免疫単独治療検証コホート内で単変量及び多変量Ｃｏｘ回帰を実施した（表７）。ｍｉＲｉｓｋスコアに加えて、免疫療法応答に関連する臨床病理学的共変量をＣｏｘモデルに含めた。単変量解析では、ＥＣＯＧ（ハザード比２．９０、９５％信頼区間１．４７乃至５．７３、Ｐ＝０．００）のみとｍｉＲｉｓｋスコア（ハザード比２．２３、９５％信頼区間１．２乃至４．１５、Ｐ＝０．０１）との間に有意な関連が認められた。腫瘍のＰＤ－Ｌ１＜５０％と免疫療法の検証コホートにおける生存率との間に有意ではない関連が観察され、ＰＤ－Ｌ１が低いほどリスクが増加する傾向が予想された（ハザード比１．７８、９５％信頼区間０．９７－３．２８、Ｐ＝０．０６）（表７）。単変量解析では、低ＡＮＣ及び高ＡＬＣの両方で有意ではない保護効果が観察され（表７）、これは、末梢血球数から得られた公表された予測シグネチャーと一致している（Ｔａｎｉｚａｋｉ， Ｊ． ｅｔ ａｌ．（２０１８）．Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ ｂｌｏｏｄ ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ
Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ Ｎｏｎ－Ｓｍａｌｌ Ｃｅｌｌ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ Ｔｒｅａｔｅｄ
ｗｉｔｈ Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ Ｌｕｎｇ
Ｃａｎｃｅｒ １３，９７－１０５）。この影響は、多変量解析で他の共変量を調整すると減少する。多変量Ｃｏｘ回帰では、ＥＣＯＧ及びｍｉＲｉｓｋスコアはいずれものみが、依然として全生存期間の有意な独立予測因子である（表７）。
【0458】
【表7】
【0459】
ｍｉＲｉｓｋスコアは予測バイオマーカーとしてＰＤ－Ｌ１組織学よりも優れている
腫瘍ＰＤ－Ｌ１発現は、現在、ＮＳＣＬＣにおける免疫療法の応答を予測するために承認された唯一のコンパニオン診断バイオマーカーであり、現行のＡＳＣＯ及びＥＳＭＯガイドラインでは、治療選択肢を選択する際に認識されている。トレーニングコホートと検
証コホートの両方の患者は、ＰＤ－Ｌ１腫瘍染色レベル（＞５０％）に基づいて層別化され、生存はカプラン・マイヤー分析によって評価された（図４ｄ－ｆ）。高ＰＤ－Ｌ１患者では全生存期間が延長する傾向があるが、有意な予測因子であることが観察されたｍｉＲｉｓｋスコアとは対照的に、これはいずれのコホートにおいても有意性に達していない。これは、ＰＤ－Ｌ１がさまざまな腫瘍タイプの患者の約３０％のみで免疫療法の応答を予測することを見出した最近のメタアナリシスと一致している（Ｄａｖｉｓ，Ａ．Ａ．ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｖ．Ｇ．（２０１９）．Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ＰＤ－Ｌ１ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ：ａ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｌｌ ＵＳ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）ａｐｐｒｏｖａｌｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ７，２７８．）。
腫瘍ＰＤ－Ｌ１発現は、現在、ＮＳＣＬＣにおける免疫療法の応答を予測するために承認された唯一のコンパニオン診断バイオマーカーであり、現行のＡＳＣＯ及びＥＳＭＯガイドラインでは、治療選択肢を選択する際に認識されている。トレーニングコホートと検
証コホートの両方の患者は、ＰＤ－Ｌ１腫瘍染色レベル（＞５０％）に基づいて層別化され、生存はカプラン・マイヤー分析によって評価された（図４ｄ－ｆ）。高ＰＤ－Ｌ１患者では全生存期間が延長する傾向があるが、有意な予測因子であることが観察されたｍｉＲｉｓｋスコアとは対照的に、これはいずれのコホートにおいても有意性に達していない。これは、ＰＤ－Ｌ１がさまざまな腫瘍タイプの患者の約３０％のみで免疫療法の応答を予測することを見出した最近のメタアナリシスと一致している（Ｄａｖｉｓ，Ａ．Ａ．ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｖ．Ｇ．（２０１９）．Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ＰＤ－Ｌ１ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｓ ａ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ：ａ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｌｌ ＵＳ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）ａｐｐｒｏｖａｌｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ７，２７８．）。
【0460】
ｍｉＲスコアモデルは、以前に特定された５つのシグネチャーｍｉＲＮＡに加えて、腫瘍ＰＤ－Ｌ１を用いてリトレーニングされた。腫瘍ＰＤ－Ｌ１発現レベルを追加しても、予測性能に有意な改善は認められなかった（図８）。このことは、ここに提示されたアプローチが、（ＰＤ－Ｌ１発現とは無関係に）がん疾患における迅速かつ正確な臨床応答予測及び生命予後を可能にすることを明確に示している。
【0461】
３．実施例３：
３．１方法
この研究には、新たにＩＶ期の非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と診断され、ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）≧５０％のあらかじめ登録された患者計１５５名が含まれ、これらの患者の採血は、関連する規則に従い、ハイデルベルク大学（Ｓ－２９６／２０１６、Ｓ－０８９／２０１９、Ｓ－９１６／２０１９）及びグロースハンスドルフ病院（ＡＺ
１２－２３８、ＡＺ １９－２８６）の地域倫理委員会の承認を得て、Ｌｕｎｇｅｎｂｉｏｂａｎｋ・ハイデルベルク及びバイオバンク・ノードから提供された。血液サンプルの処理及び低分子ＲＮＡ配列決定による低分子ＲＮＡ発現プロフィールの生成は、上記に詳細に記載されている。すべての匿名化された低分子ＲＮＡ配列決定データは、受託番号ＰＲＪＥＢ５０５０２の下でヨーロピアンヌクレオチドアーカイブ（ＥＮＡ）に寄託されている。サイキット－サバイバル（バージョン０．１５．１）及びＬｉｆｅｌｉｎｅｓ（バージョン０．２６．０）のパッケージを用いて、Ｐｙｔｈｏｎ（３．８．８）で生存分析を実施した。グラフパッドプリズム（ＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍ、バージョン９．３．１）でカプラン・マイヤー解析を実施した。
３．１方法
この研究には、新たにＩＶ期の非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）と診断され、ＰＤ－Ｌ１腫瘍比率スコア（ＴＰＳ）≧５０％のあらかじめ登録された患者計１５５名が含まれ、これらの患者の採血は、関連する規則に従い、ハイデルベルク大学（Ｓ－２９６／２０１６、Ｓ－０８９／２０１９、Ｓ－９１６／２０１９）及びグロースハンスドルフ病院（ＡＺ
１２－２３８、ＡＺ １９－２８６）の地域倫理委員会の承認を得て、Ｌｕｎｇｅｎｂｉｏｂａｎｋ・ハイデルベルク及びバイオバンク・ノードから提供された。血液サンプルの処理及び低分子ＲＮＡ配列決定による低分子ＲＮＡ発現プロフィールの生成は、上記に詳細に記載されている。すべての匿名化された低分子ＲＮＡ配列決定データは、受託番号ＰＲＪＥＢ５０５０２の下でヨーロピアンヌクレオチドアーカイブ（ＥＮＡ）に寄託されている。サイキット－サバイバル（バージョン０．１５．１）及びＬｉｆｅｌｉｎｅｓ（バージョン０．２６．０）のパッケージを用いて、Ｐｙｔｈｏｎ（３．８．８）で生存分析を実施した。グラフパッドプリズム（ＧｒａｐｈｐａｄＰｒｉｓｍ、バージョン９．３．１）でカプラン・マイヤー解析を実施した。
【0462】
３．２結果
この研究には、ＩＶ期のＮＳＣＬＣ免疫療法（ＩＯ－）を受けた１２４人の患者から、サンプル収集の時点に従って分けられたトレーニング（ｎ＝６８）及び検証（ｎ＝５６）コホート、並びに免疫化学療法（ＩＣＴ）で治療された対照コホート（ｎ＝３１）が含まれた（表８）。これら３つのコホートは、広く類似した臨床病理学的特徴を示す。
この研究には、ＩＶ期のＮＳＣＬＣ免疫療法（ＩＯ－）を受けた１２４人の患者から、サンプル収集の時点に従って分けられたトレーニング（ｎ＝６８）及び検証（ｎ＝５６）コホート、並びに免疫化学療法（ＩＣＴ）で治療された対照コホート（ｎ＝３１）が含まれた（表８）。これら３つのコホートは、広く類似した臨床病理学的特徴を示す。
【0463】
【表8】
【0464】
トレーニングコホート（ハザード比３．６５、９５％信頼区間１．８４乃至７．２４、Ｐ＜０．００１）のｍｉＲｉｓｋ低値群では全生存期間の有意な延長が認められ（データは示されていない）、これは検証コホート（ハザード比５．２４、９５％信頼区間２．１７乃至１２．６６、Ｐ＜０．００１）でも確認された（図１０ａ）。対照的に、ｍｉＲｉｓｋスコアは、免疫化学療法（ＩＣＴ）対照コホート（ハザード比１．４０、９５％信頼区間０．２１－９．２８；Ｐ＝０．７５３）の患者の全生存期間（ＯＳ）と関連しておらず（図１０ｂ）、これは、ＩＯ－固有のバイオマーカーがＩＣＴへの応答を予測できないという以前の報告と一致している。
【0465】
免疫療法（ＩＯ）と免疫化学療法（ＩＣＴ）の治療決定のための補完的診断としてのｍｉＲｉｓｋスコアの有用性を検討するために、検証コホート及び対照コホートを統合して、全生存期間（ＯＳ）と治療との間の相互作用を調査した。
【0466】
ｍｉＲｉｓｋの低い患者では、ＩＯとＩＣＴの間にＯＳの差はなかった（ハザード比１．２２、９５％信頼区間０．１２乃至１２．２５、ｐ＝０．８４９）（図１０ｃ）。対照的に、ｍｉＲｉｓｋの高い患者では、ＩＯと比較してＩＣＴを受けた患者でＯＳの有意な改善が観察された（ハザード比０．３５、９５％信頼区間０．１５－０．８２、Ｐ＝０．０１８）（図１０ｄ）。多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルにおける治療とｍｉＲｉｓｋスコアとの相互関係は有意であり（Ｐ＝０．０３６）、ｍｉＲｉｓｋスコアがＩＯの有効性
の予後及び予測の両方であることを示唆している（データは示されていない）。
の予後及び予測の両方であることを示唆している（データは示されていない）。
【0467】
最後に、多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルを、他の関連する臨床病理学的共変量を調整した場合に、ｍｉＲｉｓｋスコアのパフォーマンスの調査に用いた。このことから、ｍｉＲｉｓｋスコアは、ＰＤ－Ｌ１ ＴＰＳ、腫瘍組織学及びＥＣＯＧパフォーマンスステータスよりも、ＩＯ治療患者（ハザード比４．４５、９５％信頼区間１．５８－１２．４９、Ｐ＝０．００４）のＯＳと強い関連を示すことが示された（表９）。
【0468】
【表9】
【0469】
特に、入力特徴として５つの以前に特定されたｍｉＲＮＡを使用したトレーニングコホートに対する多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルを適合させることは、調製された加重を用いた修正リスクスコアが導かれる；
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｎ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ
ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）。
ｍｉＲｉｓｋ＝（ｌｎ（ｍｉＲ－２１１５－３ｐ ＲＰＭ＋１）×２．１９０４６７）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－２１８－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．３０３０９５）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－２２４－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．５９８４１５）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－４６７６－３ｐ
ＲＰＭ＋１）×１．１０１１２２）＋（ｌｎ（ｍｉＲ－６５０３－５ｐ ＲＰＭ＋１）×０．９５８８２３）。
【0470】
ｍｉＲ－２１１５－３ｐ、ｍｉＲ－２１８－５ｐ、ｍｉＲ－２２４－５ｐ、ｍｉＲ－４６７６－３ｐ、及びｍｉＲ－６５０３－５ｐのヌクレオチド配列は、それぞれ配列番号１、３９、１３、７、及び３４として添付の配列表に示されている。
【0471】
特に、－０．０７２５０４４２４９６１７１９１６のｍｉＲｉｓｋカットオフスコア／閾値が計算され、ここで、免疫化学療法からベネフィットを得る（可能性が高い）患者として患者を層別化すること（ｍｉＲｉｓｋスコア＞－０．０７２５０４４２４９６１７１９１６、四捨五入－０．０７３）、又は免疫化学療法又は免疫療法からベネフィットを得る（可能性が高い）患者として患者を層別化すること（ｍｉＲｉｓｋスコア≦－０．０７２５０４４２４９６１７１９１６、四捨五入－０．０７３）を可能にした。
【0472】
要約すると、上記の結果は、ｍｉＲｉｓｋスコアのカットオフ値／閾値によって、ＰＤ－Ｌ１高値のグループ、つまり免疫療法に化学療法薬を追加することからベネフィットを得るためのＩＶ期ＮＳＣＬＣ患者を識別できることを示す。言い換えれば、ｍｉＲｉｓｋ
のカットオフスコア／閾値は、ＩＯとは対照的にＩＣＴによる治療からベネフィットを得る（可能性が高い）高リスク患者のグループを特定することを可能にする。したがって、ｍｉＲｉｓｋのカットオフ値／閾値は、補完的な診断として治療法の決定を支持する。
のカットオフスコア／閾値は、ＩＯとは対照的にＩＣＴによる治療からベネフィットを得る（可能性が高い）高リスク患者のグループを特定することを可能にする。したがって、ｍｉＲｉｓｋのカットオフ値／閾値は、補完的な診断として治療法の決定を支持する。
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図2D】
【図3A】
【図3B】
【図4】
【図5】
【図6A】
【図6B】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【配列表】
【国際調査報告】