特表 2024-521224 神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤による脳血管疾患の治療

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-05-28

(54)【発明の名称】神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤による脳血管疾患の治療

(51)【国際特許分類】

   A61K 48/00 20060101AFI20240521BHJP

   A61P 9/10 20060101ALI20240521BHJP

   A61K 31/7088 20060101ALI20240521BHJP

   A61K 31/713 20060101ALI20240521BHJP

   C12N 15/09 20060101ALI20240521BHJP

   C12N 15/113 20100101ALI20240521BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20240521BHJP

   C12Q 1/6844 20180101ALI20240521BHJP

   C12Q 1/6813 20180101ALI20240521BHJP

   C12Q 1/6883 20180101ALI20240521BHJP

   G01N 33/53 20060101ALI20240521BHJP

【ＦＩ】

A61K48/00

A61P9/10

A61K31/7088

A61K31/713

C12N15/09 110

C12N15/113 Z ZNA

C12Q1/6869 Z

C12Q1/6844 Z

C12Q1/6813 Z

C12Q1/6883 Z

G01N33/53 M

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023575354

(86)(22)【出願日】2022-06-01

(85)【翻訳文提出日】2023-12-01

(86)【国際出願番号】 US2022031756

(87)【国際公開番号】W WO2022256396

(87)【国際公開日】2022-12-08

(31)【優先権主張番号】63/195,970

(32)【優先日】2021-06-02

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】597160510

【氏名又は名称】リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】ＲＥＧＥＮＥＲＯＮ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．

(71)【出願人】

【識別番号】523455518

【氏名又は名称】センター フォー ノン－コミュニカブル ディジージズ エスエムシー プライベート リミテッド

【氏名又は名称原語表記】ＣＥＮＴＥＲ ＦＯＲ ＮＯＮ－ＣＯＭＭＵＮＩＣＡＢＬＥ ＤＩＳＥＡＳＥＳ ＳＭＣ ＰＲＩＶＡＴＥ ＬＩＭＩＴＥＤ

(74)【代理人】

【識別番号】100105957

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田 誠

(74)【代理人】

【識別番号】100068755

【弁理士】

【氏名又は名称】恩田 博宣

(74)【代理人】

【識別番号】100142907

【弁理士】

【氏名又は名称】本田 淳

(74)【代理人】

【識別番号】100152489

【弁理士】

【氏名又は名称】中村 美樹

(72)【発明者】

【氏名】ロドリゲス－フローレス、フアン

(72)【発明者】

【氏名】シュルディナー、アラン

(72)【発明者】

【氏名】バラス、アリス

(72)【発明者】

【氏名】サレヒーン、デニッシュ

(72)【発明者】

【氏名】ハリド、シャリーフ

【テーマコード（参考）】

4B063

4C084

4C086

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ08

4B063QQ42

4B063QQ53

4B063QR08

4B063QR42

4B063QR55

4B063QR62

4B063QS24

4B063QS34

4B063QX01

4C084AA13

4C084MA52

4C084MA55

4C084MA56

4C084MA59

4C084MA65

4C084MA66

4C084NA14

4C084ZA361

4C084ZA362

4C086AA01

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4C086EA16

4C086MA01

4C086MA04

4C086NA14

4C086ZA36

(57)【要約】

本開示は、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤を投与することによって脳血管疾患を有する対象を治療する方法、及び、脳血管疾患を発症するリスクが増加した対象を識別する方法を提供する。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

脳血管疾患を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項2】

皮質下脳卒中を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項3】

虚血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項4】

出血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項5】

実質性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項6】

皮質下梗塞と白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症（ＣＡＤＡＳＩＬ）を有する対象を治療する方法であって、前記方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項7】

前記ＮＯＴＣＨ３剤は阻害性核酸分子を含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

前記阻害性核酸分子は、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、または、ＮＯＴＣＨ３核酸分子とハイブリダイズするショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）を含む、請求項７に記載の方法。

【請求項9】

前記ＮＯＴＣＨ３剤は、Ｃａｓタンパク質と、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内でガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）認識配列とハイブリダイズするｇＲＮＡとを含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項10】

前記Ｃａｓタンパク質はＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置を含むか、またはそれに近接している、請求項９または請求項１０に記載の方法。

【請求項12】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置する、請求項９または請求項１０に記載の方法。

【請求項13】

プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列は、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流に位置する、請求項９または請求項１０に記載の方法。

【請求項14】

前記ｇＲＮＡは、約１７ヌクレオチド～約２３ヌクレオチドを含む、請求項９～１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項15】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２９～４３のいずれか１つに従うヌクレオチド配列を含む、請求項９～１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項16】

前記対象から入手した生物学的サンプル中の、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の存在または不存在を検出することをさらに含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項17】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする、請求項１６に記載の方法。

【請求項18】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓをコードする、請求項１６に記載の方法。

【請求項19】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、
配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；あるいは
ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、前記ｃＤＮＡ分子は、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含むヌクレオチド配列を有する前記ｃＤＮＡ分子
である、請求項１７に記載の方法。

【請求項20】

前記検出ステップはインビトロで実施される、請求項１６～１９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項21】

前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中の、前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列、またはその相補物の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置またはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記配列決定された一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項22】

前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された一部分は、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含む、前記配列決定することを含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項23】

前記検出ステップは、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生される前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む場合、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項24】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置、またはその相補物に近接する、前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分、またはその相補物にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号２に従う２１，９４４位、またはその相補物に対応する、前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、またはその相補物を介して、前記プライマーを伸長することと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含むか否かを判定することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置に対応する位置もしくはその相補物に近接する、前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分、またはその相補物にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置もしくはその相補物に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、またはその相補物を介して前記プライマーを伸長することと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含むか否かを判定することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項26】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置に対応する位置もしくはその相補物に近接する、前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の一部分、またはその相補物にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置もしくはその相補物に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置、またはその相補物を介して前記プライマーを伸長することと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含むか否かを判定することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項27】

前記検出ステップは、前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項２３～２６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項28】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の少なくとも一部分、またはその相補物を増幅することであって、前記一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子の前記ヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項29】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプル中の、前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分、またはその相補物を増幅することであって、前記一部分は、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項30】

前記検出ステップは、
ａ）前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された、前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分、またはその相補物を増幅することであって、前記一部分は、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項31】

前記サンプル中の前記核酸分子はｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項３１に記載の方法。

【請求項32】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中の、前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子、またはその相補物を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列、またはその相補物にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項33】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中の、前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、またはその相補物を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、配列番号８に従う３７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはその相補物にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項34】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生された前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子、またはその相補物を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号１８に従う３７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列、またはその相補物にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項１６～２０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項35】

脳血管疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、前記対象は、脳血管疾患を含み、前記方法は、
前記対象が、
前記対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び
前記対象が、前記ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するか否かを判定するために、前記生物学的サンプルで配列分析を実施することまたは実施したこと、
により、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定することと、
ＮＯＴＣＨ３参照型である対象に標準投与量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することと、
前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象に、標準投与量と同じ、またはそれを上回る量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を前記対象に投与することと、を含み、
前記ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、前記対象が脳血管疾患を発症する増加したリスクを有することを示す、前記方法。

【請求項36】

前記対象はＮＯＴＣＨ３参照型であり、前記対象には、標準投与量で脳血管疾患を治療または阻害する前記治療剤が投与される、または継続して投与されており、かつＮＯＴＣＨ３剤が投与される、請求項３５に記載の方法。

【請求項37】

前記対象は、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であり、前記対象には、標準投与量と同じ、またはこれを上回る量で、脳血管疾患を治療または阻害する前記治療剤が投与される、または継続して投与されており、かつＮＯＴＣＨ３剤が投与される、請求項３５に記載の方法。

【請求項38】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする核酸分子である、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項39】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓをコードする核酸分子である、請求項３５～３７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項40】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、
配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；あるいは
ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、前記ｃＤＮＡ分子は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子である、請求項３８に記載の方法。

【請求項41】

前記配列分析は、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置、またはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記配列決定された一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項42】

前記配列分析は、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することであって、前記配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含む、前記配列決定することを含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項43】

前記配列分析は、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生される前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項44】

前記配列分析は、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して、前記プライマーを伸長させることと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項45】

前記配列分析は、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号８に従う３，７８１位、配列番号９に従う３，７６７位、配列番号１０に従う３，５３２位、配列番号１１に従う３，７６９位、または、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分とハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号８に従う３，７８１位、配列番号９に従う３，７６７位、配列番号１０に従う３，５３２位、配列番号１１に従う３，７６９位、または、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を介して前記プライマーを伸長することと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項46】

前記配列分析は、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分とハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項47】

前記配列分析が、前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項４１～４６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項48】

前記配列分析は、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記ゲノム核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子の前記核酸配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項49】

前記配列分析は、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項50】

前記配列分析は、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項51】

前記サンプル中の前記核酸分子が、ｍＲＮＡであり、前記増幅ステップの前に前記ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写する、請求項５０に記載の方法。

【請求項52】

前記配列分析は、
前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項53】

前記配列分析は、
前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項54】

前記配列分析は、
前記生物学的サンプル中の前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項３５～４０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項55】

前記核酸分子が、前記対象から得られた細胞内に存在する、請求項３５～５４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項56】

脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する対象を識別する方法であって、前記方法は、
前記対象から入手した生物学的サンプルにおける、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の存在または不存在を判定することまたは判定したことを含み、
前記対象がＮＯＴＣＨ３参照型である場合、前記対象は、前記脳血管疾患を発症する増加したリスクを有せず、
前記対象が、前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、前記対象は、前記脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する、前記方法。

【請求項57】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする核酸分子である、請求項５６に記載の方法。

【請求項58】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓをコードする核酸分子である、請求項５６に記載の方法。

【請求項59】

前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、
配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子；
配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含むヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子；または
ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子であって、前記ｃＤＮＡ分子は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列を有する、前記ｃＤＮＡ分子である、請求項５７に記載の方法。

【請求項60】

前記判定ステップがインビトロで行われる、請求項５６～５９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項61】

前記判定ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置、またはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記配列決定された一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントゲノム核酸分子である、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項62】

前記判定ステップは、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子である、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項63】

前記判定ステップは、前記生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生される前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、前記配列決定された一部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含み、
前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記配列決定された一部分が、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む場合、前記生物学的サンプル中の前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子である、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項64】

前記判定ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して、前記プライマーを伸長させることと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項65】

前記判定ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号８に従う３，７８１位、配列番号９に従う３，７６７位、配列番号１０に従う３，５３２位、配列番号１１に従う３，７６９位、または、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分とハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号８に従う３，７８１位、配列番号９に従う３，７６７位、配列番号１０に従う３，５３２位、配列番号１１に従う３，７６９位、または、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の位置を介して前記プライマーを伸長することと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項66】

前記判定ステップは、
ａ）前記生物学的サンプルを、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置に近接する前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分とハイブリダイズするプライマーと接触させることと、
ｂ）少なくとも、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する前記ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子の前記ヌクレオチド配列の前記位置を介して前記プライマーを伸長させることと、
ｃ）前記プライマーの伸長生成物が、配列番号１８に従う３，７８１位、配列番号１９に従う３，７６７位、配列番号２０に従う３，５３２位、配列番号２１に従う３，７６９位、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項67】

前記判定ステップが、前記核酸分子全体を配列決定することを含む、請求項６１～６６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項68】

前記判定ステップは、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子の前記核酸配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項69】

前記判定ステップは、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記ｍＲＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項70】

前記判定ステップは、
ａ）前記ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする前記ｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を増幅することであって、前記一部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅することと、
ｂ）前記増幅された核酸分子を、検出可能な標識を用いて標識することと、
ｃ）前記標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブが、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子の核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
ｄ）前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項71】

前記サンプル中の前記核酸分子がｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡが前記増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される、請求項７０に記載の方法。

【請求項72】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中の前記ゲノム核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項73】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項74】

前記検出ステップは、
前記生物学的サンプル中の前記ｍＲＮＡ分子から産生される前記ｃＤＮＡ分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させることと、
前記検出可能な標識を検出することと、
を含む、請求項５６～６０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項75】

前記対象はＮＯＴＣＨ３参照型であり、前記対象には、標準投与量で脳血管疾患を治療または阻害する治療剤が投与され、かつＮＯＴＣＨ３剤が投与される、請求項５６～７４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項76】

前記対象は、前記ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であり、前記対象には、標準投与量と同じ、もしくはこれを上回る量で、脳血管疾患を治療もしくは阻害する治療剤が投与され、かつＮＯＴＣＨ３剤が投与される、請求項５６～７４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項77】

神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記ゲノム核酸分子と、
ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、前記ｍＲＮＡ分子と、
ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記ｃＤＮＡ分子と、を有すると識別される対象において、脳血管疾患の治療で使用するための、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤。

【請求項78】

ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミン、またはその相補物を含む、前記ゲノム核酸分子と、
ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、前記ｍＲＮＡ分子と、
ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、前記ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、前記ｃＤＮＡ分子と、を有すると識別される対象において、脳血管疾患の治療で使用するための、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤。

【請求項79】

阻害性核酸分子である、請求項７８に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項80】

前記阻害性核酸分子は、アンチセンス核酸分子、低分子干渉ＲＮＡ、または、ＮＯＴＣＨ３核酸分子とハイブリダイズするショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項７９に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項81】

ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするＣａｓタンパク質及びガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、請求項７８に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項82】

前記Ｃａｓタンパク質はＣａｓ９またはＣｐｆ１である、請求項８１に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項83】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２に従う２１，９４４位を含む、またはそれに近接している、請求項８１または請求項８２に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項84】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置する、請求項８１または請求項８２に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項85】

プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が、前記ｇＲＮＡ認識配列の約２～約６ヌクレオチド下流に位置する、請求項８１または請求項８２に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項86】

前記ｇＲＮＡは、約１７～約２３ヌクレオチドを含む、請求項８１～８５のいずれか１項に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【請求項87】

前記ｇＲＮＡ認識配列は、配列番号２９～４３のいずれか１つに従うヌクレオチド配列を含む、請求項８１～８６のいずれか１項に記載のＮＯＴＣＨ３剤。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

配列表の参照
本出願は、２０２２年５月３０日に作製された、１８９２３８０６５０２ＳＥＱという名称で３６４キロバイトのサイズのテキストファイルとして電子提出された配列表を含む。配列表は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

本開示は概して、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤による脳血管疾患を有する対象の治療方法、及び脳血管疾患を発症するリスクが増加した対象の識別方法に関する。

【背景技術】

【0003】

脳血管疾患は、血管の病理学的プロセスから生じる、脳の何らかの異常を含む。血管の病理学的プロセスとしては、以下のうちのいずれか１つ以上が挙げられる：血栓または塞栓による血管内腔の閉塞、血管の破裂、血液－血管壁の透過性の変化、及び粘度の増加または血液の質の他の変化。脳血管疾患は通常、その顕在の仕方から、容易に診断可能である。脳血管疾患は通常、脳卒中として顕在化する。脳卒中は、急激な無痙攣性の局所神経欠損として特徴付けることができる。すなわち、脳卒中は、脳への血流不足及び不十分な酸素により生じる、脳組織の死と特徴付けることができる。米国では、脳卒中は、心臓疾患及びがんに続く主な死因である。米国では、年間で脳卒中の症例がおよそ５００，０００件ある。そして、これらの５００，０００件の症例は、約１７５，０００件の死亡数に繋がる。

【0004】

皮質下梗塞と白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症（ＣＡＤＡＳＩＬ）またはＣＡＤＡＳＩＬ症候群は、遺伝性脳卒中障害の最も一般的な形態である。最も一般的な臨床症状は、片頭痛及び一過性の虚血性発作または脳卒中であり、これらは通常、４０～５０歳のうちに生じるが、ＭＲＩは、疾患の臨床症状が顕在化する数年前に、疾患の徴候を検出することが可能である。ＣＡＤＡＳＩＬの根底にある病理は、血管中の平滑筋細胞の肥大が進行することである。ＣＡＤＡＳＩＬに対する具体的な治療は、利用することができない。ＣＡＤＡＳＩＬ患者の症状（片頭痛及び脳卒中を含む）に対する大部分の治療は、ＣＡＤＡＳＩＬを伴わない患者の症状に対する治療と同様であるが、これらの治療は、ＣＡＤＡＳＩＬ患者への効果に関するデータが限定的であるため、ほぼ排他的に実験的なものである。

【0005】

神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）は、細胞運命決定を制御する、膜結合リガンドＪａｇｇｅｄ１、Ｊａｇｇｅｄ２、及びＤｅｌｔａ１の受容体である。放出されたｎｏｔｃｈ細胞内ドメイン（ＮＩＣＤ）を介してリガンドが活性化されると、リガンドは、ＲＢＰＪ／ＲＢＰＳＵＨと、転写活性化因子複合体を形成し、分裂座位のエンハンサーの遺伝子を活性化する。ＮＯＴＣＨ３は、分化、増殖、及びアポトーシスプログラムの実施に影響を及ぼす。

【発明の概要】

【0006】

本開示は、脳血管疾患を有する対象を治療する方法であって、方法は、神経原性座位Ｎｏｔｃｈホモログタンパク質３（ＮＯＴＣＨ３）剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0007】

本開示はまた、皮質下脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0008】

本開示はまた、虚血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0009】

本開示はまた、出血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0010】

本開示はまた、実質性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0011】

本開示はまた、皮質下梗塞と白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症（ＣＡＤＡＳＩＬ）を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0012】

本開示はまた、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法であって、対象は脳血管疾患に罹患しており、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するか否かを判定するために生物学的サンプルについて配列分析を実施することまたは実施したことによって、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定することと、ＮＯＴＣＨ３参照型である対象に標準投与量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することと、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象に、標準投与量と同じ、またはそれを上回る量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することと、を含み、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が脳血管疾患を発症する増加したリスクを有することを示す、方法を提供する。

【0013】

本開示はまた、脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する対象を識別する方法であって、方法は、対象から入手した生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の存在または不存在を判定することまたは判定したことを含み、対象がＮＯＴＣＨ３参照型である場合、対象は、脳血管疾患を発症する増加したリスクを有せず、対象が、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である場合、対象は、脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する、方法を提供する。

【0014】

本開示はまた、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；または、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子を有すると識別された対象における脳血管疾患の治療に使用するための、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤を提供する。

【0015】

本開示はまた、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ゲノム核酸分子；ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子；または、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子を有すると識別された対象における脳血管疾患の治療に使用するための、ＮＯＴＣＨ３剤を提供する。

【0016】

本明細書に組み込まれ、かつ本明細書の一部を構成する添付の図面は本開示のいく つかの特徴を説明している。

【図面の簡単な説明】

【0017】

【図1】ＮＯＴＣＨ３座位に対するＥＸＷＡＳの結果を示す。

【図2-1】ｒｓ２０１６８０１４５の存在によりグルーピングされた、ＥＸＷＡＳにおける症例及び対照の発生を示す。

【図2-2】同上。

【図3】ＮＯＴＣＨ３ ｐ．Ａｒｇ１２３１ＣｙｓのＰｈｅＷＡＳの結果を示す。

【図4】ＮＯＴＣＨ３ ｐ．Ａｒｇ１２３１ＣｙｓのＰｈｅＷＡＳの結果をまとめた表を示す。

【発明を実施するための形態】

【0018】

本開示の態様に関する種々の用語が本明細書及び特許請求の範囲の全体を通して使用されている。そのような用語は、別段指摘されない限り、当技術分野における通常の意味を与えられるものとする。他の具体的に定義される用語は、本明細書において提供される定義と一致した様式で解釈されるものとする。

【0019】

別段明確に述べられない限り、本明細書において説明される任意の方法または態様は、そのステップが特定の順序で遂行されることを要求するものとして解釈されるようには一切意図されない。したがって、方法請求項が、ステップが特定の順序に限定されるべきことを、特許請求の範囲または記載中で具体的に述べない場合には、いかなる点でも、順序が暗示されることは一切意図されない。これは、解釈のためのあらゆる可能性のある不明確な基準（ステップもしくは動作フローのアレンジに関する論理の問題、文法構成もしくは句読点に由来する平明な意味、または本明細書中に記載される態様の数もしくは型が挙げられる）についても当てはまる。

【0020】

本明細書で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別段文脈による明瞭な定めがない限り、複数の指示物を包含する。

【0021】

本明細書で使用されるとき、「約」という用語は、列挙された数値が近似であり、小さな変動が、開示される実施形態の実践に有意に影響しないだろうことを意味する。数値が使用される場合に、別段文脈によって指摘されない限り、「約」という用語は、数値が±１０％変動し、開示される実施形態の範囲内にとどまり得ることを意味する。

【0022】

本明細書で使用されるとき、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」または「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」と置き換えてもよい。

【0023】

本明細書で使用されるとき、核酸分子またはポリペプチドに関して、「単離された」という用語は、核酸分子またはポリペプチドが、例えば、血液及び／または動物組織から離れて、その本来の環境以外の状態にあることを意味する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子またはポリペプチドは、他の核酸分子または他のポリペプチド、特に動物起源の他の核酸分子またはポリペプチドを実質的に含まない。いくつかの実施形態では、核酸分子またはポリペプチドは、高度に精製された形態、すなわち、９５％を超えて純粋または９９％を超えて純粋であることができる。この文脈で使用される場合、「単離された」という用語は、二量体または代わりにリン酸化もしくは誘導体化された形態のような代わりの物理的形態の同じ核酸分子またはポリペプチドの存在を排除しない。

【0024】

本明細書で使用されるとき、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、かつ一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の１つの鎖は、その相補物も指す。

【0025】

本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、哺乳動物が含まれる任意の動物を包含する。哺乳動物としては、家畜（例えばウマ、ウシ、ブタなど）、愛玩動物（例えばイヌ、ネコなど）、実験用動物（例えばマウス、ラット、ウサギなど）、及び非ヒト霊長動物（例えば類人猿及びサルなど）が挙げられるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、医師のケア下の患者である。

【0026】

ヒトのＮＯＴＣＨ３遺伝子中の一般的なバリアントＳＮＰ ｒｓ２０１６８０１４５は、本開示に従い、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患を発症する増加したリスクと関連することが識別されている。例えば、ＮＯＴＣＨ３参照型ゲノム核酸分子（配列番号１を参照されたい。）における、２１，９４４位におけるシトシンをチミンに変更する遺伝変化は、そのような変化を有する対象が、脳血管疾患を発症する増加したリスクを有し得ることを示すことが観察されている。ゲノムワイド分析により示されるように、ＮＯＴＣＨ３遺伝子またはタンパク質のバリアントは、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患との何らかの既知の顕著な関連を有しないと考えられている。

【0027】

加えて、ＣＡＤＡＳＩＬは当初、ＮＯＴＣＨ３遺伝子の常染色体優性変異により引き起こされると報告されていた（Ｊｏｕｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９６，３８３，７０７－１０）（ｒｓ２０１６８０１４５を含む（Ｓｉｎｇｈａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ，２００４，１２７，２０３１－２０３８））。これらの変異は、電子顕微鏡で、オスミウム好性顆粒の蓄積として見られるように（Ｒｕｃｈｏｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．，１９９５，８９，５００－１２）、大脳及び脳外血管の両方における血管平滑筋細胞の細胞質膜において、Ｎｏｔｃｈ３の異常蓄積をもたらすと考えられていた（Ｊｏｕｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．，２０００，１０５，５９７－６０５）。加えて、多くの症例において、白質脳症が続く。ＮＯＴＣＨ３におけるＣＡＤＡＳＩＬ病原性変異は全て、ＮＯＴＣＨ３細胞外ドメインにおいて、Ｃｙｓ残基を加える、または３４個のＥＧＦＲドメインのうちの１つから除去する一般的な性質を共有し、ここで、各ＥＧＦＲは通常、ヒト、マウス、及びゼブラフィッシュＮＯＴＣＨ３で高度に保存されている６個のＣｙｓ残基を有する。何百個ものこのようなＣｙｓ付加または除去バリアントが、識別されている。しかし、ＮＯＴＣＨ３ ｐ．Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ変異がＣＡＤＡＳＩＬの原因であるという見解は、ＣＡＤＡＳＩＬの存在に基づいて予測される頻度の著しい超過を含む、南アジア人におけるこの変異（ｒｓ２０１６８０１４５）の非常に多くの存在から、不正確なものとして見捨てられた（Ｒｕｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｃｌｉｎ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｎｅｕｒｏｌ．，２０１６，３，８４４－８５３）。全てを合わせると、驚くべきことに、ＮＯＴＣＨ３遺伝子、及び特に、ＮＯＴＣＨ３遺伝子中での機能獲得バリアントは、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患を発症する増加したリスクと関連しているということを、本明細書に記載する遺伝分析は示している。それ故、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有する対象は、脳血管疾患が予防され、その症状が低下し、及び／または、症状の発症が抑制されるように治療されてよい。したがって、本開示は、活性疾患を有するリスクがある対象、または活性疾患を有する対象が適宜治療され得るように、対象において、このようなＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の識別を利用し、そのような対象における、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、もしくは実質性脳卒中などの脳血管疾患の発症リスクを識別もしくは層別化する、または、対象が、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、もしくは実質性脳卒中などの脳血管疾患を発症する増加したリスクを有すると診断する方法を提供する。

【0028】

本開示の目的のために、任意の特定の対象を、３つのＮＯＴＣＨ３遺伝子型、すなわち、ｉ）ＮＯＴＣＨ３参照型、ｉｉ）ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性、またはｉｉｉ）ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性、のうちの１つを有すると分類することができる。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子のコピーを有していない場合、対象はＮＯＴＣＨ３参照型である。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーを有する場合、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。本明細書で使用されるとき、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、部分的な機能獲得、完全な機能獲得、予測される部分的な機能獲得、または予測される完全な機能獲得を有するＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする任意のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子など）である。部分的な機能獲得（または予測される部分的な機能獲得）を有するＮＯＴＣＨ３ポリペプチドを有する対象は、ＮＯＴＣＨ３についてハイポモルフである。

【0029】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であることができる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の２つのコピーを有する場合、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0030】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３バリアント核酸分子は、任意のＣｙｓ変化バリアントであることができる（これらは、システイン残基から、またはシステイン残基に変化する）。いくつかの実施形態では、Ｃｙｓ変化バリアントは、ＮＯＴＣＨ３細胞外ドメイン中の、３４個のＥＧＦ様反復の中に位置する（Ｕｎｉｐｒｏｔにより定義される；“ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｂｌａｓｔ／？ａｂｏｕｔ＝Ｑ９ＵＭ４７［１３３５－１３７３］＆ｋｅｙ＝Ｄｏｍａｉｎ）におけるワールドワイドウェブを参照されたい）。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３バリアント核酸分子は、表１に列挙するバリアントのいずれかであることができる（ＥＮＳＴ０００００２６３３８８）。

【表1-1】

【表1-2】

【表1-3】

【表1-4】

【表1-5】

【表1-6】

【表1-7】

【表1-8】

【表1-9】

【表1-10】

【0031】

ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であると遺伝子型が識別されている、または判定されている対象に対しては、そのような対象は、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する。ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であると遺伝子型が識別されている、または判定されている対象に対しては、そのような対象は、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中などの脳血管疾患を治療するのに効果的な剤で治療することができる。ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であると遺伝子型が識別されている、または判定されている対象に対しては、そのような対象はまた、または独立して、ＮＯＴＣＨ３剤で治療することができる。

【0032】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、部分的な機能獲得、完全な機能獲得、予測される部分的な機能獲得、または予測される完全な機能獲得を有するＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする任意のＮＯＴＣＨ３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子など）であることができる。例えば、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする任意の核酸分子であることができる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓをコードする。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１８２Ｃｙｓをコードする。

【0033】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、部分的な機能獲得、完全な機能獲得、予測される部分的な機能獲得、または予測される完全な機能獲得を有する任意のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドであることができる。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、例えば、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓを含む、本明細書に記載するＮＯＴＣＨ３ポリペプチドのいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１８２Ｃｙｓである。

【0034】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患は、ＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、または実質性脳卒中である。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患はＣＡＤＡＳＩＬである。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患は皮質下脳卒中である。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患は虚血性脳卒中である。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患は出血性脳卒中である。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、脳血管疾患は実質性脳卒中である。

【0035】

脳血管疾患の症状としては、めまい、悪心、もしくは嘔吐；異常に深刻な頭痛；意識不鮮明、失見当識、もしくは記憶喪失；しびれ、腕、脚、もしくは顔、特に片側の衰弱；異常もしくは早口な会話；理解困難；失明もしくは視力低下；または、バランス喪失、協調喪失、もしくは歩行能力の喪失が挙げられるが、これらに限定されない。

【0036】

本開示は、脳血管疾患を有する対象を治療する方法であって、方法はＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0037】

本開示はまた、皮質下脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0038】

本開示はまた、虚血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0039】

本開示はまた、出血性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0040】

本開示はまた、実質性脳卒中を有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0041】

本開示はまた、ＣＡＤＡＳＩＬを有する対象を治療する方法であって、方法は、ＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することを含む、方法を提供する。

【0042】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、阻害性核酸分子を含む。いくつかの実施形態では、阻害性核酸分子は、アンチセンス分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子、または、ショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子を含む。いくつかの実施形態では、阻害性核酸分子は、アンチセンス分子を含む。いくつかの実施形態では、阻害性核酸分子は、ｓｉＲＮＡ分子を含む。いくつかの実施形態では、阻害性核酸分子は、ｓｈＲＮＡ分子を含む。そのような阻害性核酸分子は、ｍＲＮＡ分子などのＮＯＴＣＨ３核酸分子の任意の領域を標的とするように設計され得る。いくつかの実施形態では、阻害性核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子内の配列にハイブリダイズし、対象における細胞中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズするアンチセンスＲＮＡを含み、対象における細胞中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズするｓｉＲＮＡを含み、対象における細胞中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドの発現を減少させる。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子にハイブリダイズするｓｈＲＮＡを含み、対象における細胞中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドの発現を減少させる。

【0043】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３に対する阻害性核酸分子を設計するために使用可能な代表的な方法論は、例えば、アレル特異的抑制を例示する、米国特許出願公開第２０２１／０１１５４４４号に記載されている。簡潔に述べると、この技術は、ホスホロチオエート主鎖結合を有し、主鎖結合が、特定の位置において特定の立体異性体を含む、オリゴヌクレオチドに基づいている。オリゴヌクレオチド内の特定の位置において、特定のキラル構造を含めることにより、標的ヌクレオチドの安定性、活性、及び切断の特異性の改善をもたらすことができる。この技術は、１）共通の塩基配列及び長さ；２）主鎖結合の共通パターン；３）主鎖キラル中心の共通パターン；及び４）主鎖Ｐ修飾の共通パターンを有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御された（及び／または、立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチド組成物に基づいている。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製プロセスにおいて、各カップリングステップの立体選択性により制御することができる。立体化学的に純粋なオリゴヌクレオチドの初期の全体構造（例えば、ヌクレオチド間結合の位置決め及びキラリティ）は、対象となる基質リガンド複合体の構造研究において開発された合理的な設計ルールによって開発され、これに、候補オリゴヌクレオチドのスクリーニングが続く。立体化学的に純粋な調製物は、固体支持体合成プロセスで生成され、ここで、固体支持体は、いくつかの合成サイクルで様々な試薬により処理され、個別のヌクレオチド単位による、成長オリゴヌクレオチド鎖の段階的な伸長が達成される。各サイクルのステップは、活性化試薬による処理、キラル剤との反応、立体特異的縮合、保護基による未反応－ＯＨ基のキャッピング、修飾されたヌクレオチド間結合を導入するために用いられる修飾ステップ、及び、例えば、後続サイクルのために５’－ＯＨ基を脱保護するための非ブロック化ステップを含む。オリゴヌクレオチドは、アレル由来の転写物などの、標的核酸ポリマーの制御された切断に有用な、アンチセンス核酸分子、ｓｉＲＮＡ、ＲＮａｓｅＨガイド配列などであることができる。特定の配列（例えば、アレルまたはＳＮＰ）に対する増加した特異性は、未修飾オリゴヌクレオチドと比較して、キラル制御されたオリゴヌクレオチドにより標的にされる切断部位が全体的に減少することにより達成される。

【0044】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、認識配列（複数可）における１つ以上のニックもしくは二本鎖切断を誘導するヌクレアーゼ剤、またはＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内の認識配列に結合するＤＮＡ結合タンパク質を含む。認識配列は、ＮＯＴＣＨ３遺伝子のコード領域内、または遺伝子の発現に影響を及ぼす制御領域内に位置し得る。ＤＮＡ結合タンパク質またはヌクレアーゼ剤の認識配列は、イントロン、エクソン、プロモーター、エンハンサー、調節領域、または任意のタンパク質非コード領域に位置し得る。認識配列は、ＮＯＴＣＨ３遺伝子の開始コドンを含み得るかまたはそれに近接し得る。例えば、認識配列は、開始コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドで位置し得る。別の例として、それぞれが開始コドンを含むまたはこれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的とする、２つ以上のヌクレアーゼ剤を使用することができる。別の例として、２つのヌクレアーゼ剤（１つは、開始コドンを含むかまたはこれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化し、１つは、終止コドンを含むかまたはこれに近接するヌクレアーゼ認識配列を標的化する）が使用され得、ヌクレアーゼ剤による切断は、２つのヌクレアーゼ認識配列の間のコード領域の欠失をもたらし得る。所望される認識配列の中へのニックまたは二本鎖切断を誘導する任意のヌクレアーゼ剤は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。所望される認識配列へ結合する任意のＤＮＡ結合タンパク質は、本明細書において開示される方法及び組成物において使用され得る。

【0045】

本明細書における使用に好適なヌクレアーゼ剤及びＤＮＡ結合タンパク質としては、ジンクフィンガータンパク質もしくはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ペア、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質もしくは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはクラスター化規則的散在型短パリンドローム反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系が挙げられるがこれらに限定されない。認識配列の長さは変動することができ、例えばジンクフィンガータンパク質もしくはＺＦＮペアについて約３０～約３６ｂｐ、各々のＺＦＮについて約１５～約１８ｂｐ、ＴＡＬＥタンパク質もしくはＴＡＬＥＮについて約３６ｂｐ、ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓガイドＲＮＡについて約２０ｂｐである認識配列が挙げられる。

【0046】

いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系を使用して、細胞内のＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子を修飾することができる。本明細書に開示される方法及び組成物では、ＮＯＴＣＨ３核酸分子の部位特異的切断にＣＲＩＳＰＲ複合体（Ｃａｓタンパク質と複合体化したガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む）を利用することにより、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を用いることができる。

【0047】

Ｃａｓタンパク質は一般に、ｇＲＮＡと相互作用することができる少なくとも１つのＲＮＡ認識ドメインまたはＲＮＡ結合ドメインを含む。Ｃａｓタンパク質は、ヌクレアーゼドメイン（例えばＤＮａｓｅドメインまたはＲＮａｓｅドメインなど）、ＤＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、タンパク質－タンパク質相互作用ドメイン、二量体化ドメイン、及び他のドメインも含み得る。好適なＣａｓタンパク質としては、例えば野生型Ｃａｓ９タンパク質及び野生型Ｃｐｆ１タンパク質（例えばＦｎＣｐｆ１など）が挙げられる。Ｃａｓタンパク質は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子中で二本鎖切断を生成するように完全な切断活性を有し得るか、またはＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子中で一本鎖切断を生成するニッカーゼであり得る。Ｃａｓタンパク質の追加の例としては、Ｃａｓ１、Ｃａｓ１Ｂ、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ５ｅ（ＣａｓＤ）、Ｃａｓ６、Ｃａｓ６ｅ、Ｃａｓ６ｆ、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８ａ１、Ｃａｓ８ａ２、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９（Ｃｓｎ１またはＣｓｘ１２）、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１０ｄ、ＣａｓＦ、ＣａｓＧ、ＣａｓＨ、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｃｓｅ１（ＣａｓＡ）、Ｃｓｅ２（ＣａｓＢ）、Ｃｓｅ３（ＣａｓＥ）、Ｃｓｅ４（ＣａｓＣ）、Ｃｓｃ１、Ｃｓｃ２、Ｃｓａ５、Ｃｓｎ２、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、Ｃｓｍ５、Ｃｓｍ６、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、Ｃｍｒ６、Ｃｓｂ１、Ｃｓｂ２、Ｃｓｂ３、Ｃｓｘ１７、Ｃｓｘ１４、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１６、ＣｓａＸ、Ｃｓｘ３、Ｃｓｘ１、Ｃｓｘ１５、Ｃｓｆ１、Ｃｓｆ２、Ｃｓｆ３、Ｃｓｆ４、及びＣｕ１９６６、ならびにそれらのホモログまたは修飾型が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃａｓタンパク質はまた、融合タンパク質として異種ポリペプチドへ作動可能に連結され得る。例えば、Ｃａｓタンパク質は、切断ドメイン、エピジェネティック修飾ドメイン、転写活性化ドメイン、または転写リプレッサードメインへ融合され得る。Ｃａｓタンパク質は、任意の形態で提供され得る。例えば、Ｃａｓタンパク質は、タンパク質の形態（ｇＲＮＡと複合体化されたＣａｓタンパク質など）で提供され得る。代替的に、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸分子の形態（ＲＮＡまたはＤＮＡなど）で提供され得る。

【0048】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の標的とする遺伝子修飾は、細胞を、Ｃａｓタンパク質及びＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子における標的ゲノム遺伝子座内の１つ以上のｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズする１つ以上のｇＲＮＡと接触させることによって生成され得る。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は配列番号１の領域内に位置することができる。ｇＲＮＡ認識配列はまた、配列番号１に従う２１，９４４位に対応する位置を含む、またはその位置に近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は配列番号１に従う２１，９４４位に対応する位置から約１０００、約５００、約４００、約３００、約２００、約１００、約５０、約４５、約４０、約３５、約３０、約２５、約２０、約１５、約１０、または約５ヌクレオチド離れて位置することができる。ｇＲＮＡ認識配列は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の開始コドンまたは終止コドンを含む、またはそれらに近接することができる。例えば、ｇＲＮＡ認識配列は、開始コドンまたは終止コドンから約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドで位置し得る。

【0049】

ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の標的ゲノム遺伝子座内のｇＲＮＡ認識配列は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼが標的とするＤＮＡ配列の直後にある２～６塩基対のＤＮＡ配列であるプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列の近傍に位置する。カノニカルなＰＡＭは５’－ＮＧＧ－３’という配列であり、ここで、「Ｎ」は任意の核酸塩基であり、それに２つのグアニン（「Ｇ」）核酸塩基が続く。ｇＲＮＡは、遺伝子編集のためのゲノムのいかなる場所へもＣａｓ９を導くことができるが、Ｃａｓ９がＰＡＭを認識する部位以外ではいかなる部位でも編集は起こらない。加えて、５’－ＮＧＡ－３’は、ヒト細胞について高度に効率的な非カノニカルなＰＡＭであり得る。概して、ＰＡＭは、ｇＲＮＡによって標的化されるＤＮＡ配列の約２～約６ヌクレオチド下流である。ＰＡＭは、ｇＲＮＡ認識配列に隣接し得る。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列は、３’末端でＰＡＭが隣接し得る。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ認識配列は、５’末端でＰＡＭが隣接し得る。例えば、Ｃａｓタンパク質の切断部位は、ＰＡＭ配列の約１～約１０塩基対、約２～約５塩基対、または３塩基対上流または下流であり得る。いくつかの実施形態では（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓからのＣａｓ９または密接に関連するＣａｓ９が使用される場合など）、非相補鎖のＰＡＭ配列は、５’－ＮＧＧ－３’（式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの非相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ３’である）であり得る。したがって、相補鎖のＰＡＭ配列は５’－ＣＣＮ－３’（式中、Ｎは任意のＤＮＡヌクレオチドであり、標的ＤＮＡの相補鎖のｇＲＮＡ認識配列の直ぐ５’である）となる。

【0050】

ｇＲＮＡは、Ｃａｓタンパク質に結合し、Ｃａｓタンパク質をＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内の特定の位置に標的化するＲＮＡ分子である。例示的なｇＲＮＡは、Ｃａｓ酵素を、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子に結合する、またはこれを切断するように誘導するのに有効なｇＲＮＡであり、ｇＲＮＡは、配列番号１に従う２１，９４４位に対応する位置を含むかまたはこれに近接するＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、配列番号１に従う２１，９４４位に対応する位置から約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、または約１，０００ヌクレオチドに位置するｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするように選択され得る。他の例示的なｇＲＮＡは、開始コドンまたは終止コドンを含むかまたはこれに近接するＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内に存在するｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズするＤＮＡ標的化セグメントを含む。例えば、ｇＲＮＡは、開始コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチドで位置するか、または終止コドンから約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、もしくは約１，０００ヌクレオチドで位置するｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズするように選択され得る。好適なｇＲＮＡは、約１７～約２５ヌクレオチド、約１７～約２３ヌクレオチド、約１８～約２２ヌクレオチド、または約１９～約２１ヌクレオチドを含み得る。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは２０ヌクレオチドを含む。

【0051】

ＮＯＴＣＨ３参照型遺伝子内に位置する好適なｇＲＮＡ認識配列の例は、配列番号２９～４３として表２に示される。

【表2】

【0052】

Ｃａｓタンパク質及びｇＲＮＡは、複合体を形成し、Ｃａｓタンパク質は、標的ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子を切断する。Ｃａｓタンパク質は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合する標的ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子中に存在する核酸配列の内部または外側の部位で、核酸分子を切断することができる。例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成（ｇＲＮＡ認識配列にハイブリダイズされ、Ｃａｓタンパク質と複合体化されるｇＲＮＡを含む）は、ｇＲＮＡのＤＮＡ標的化セグメントが結合することになるＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子中に存在する核酸配列中またはその近傍（例えば当該配列から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、またはそれ以上の塩基対内など）で、１つまたは両方の鎖の切断をもたらし得る。

【0053】

そのような方法は、例えば、配列番号２の領域が破壊されている、開始コドンが破壊されている、終止コドンが破壊されている、またはコード配列が破壊されているもしくは欠失している、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子をもたらし得る。任意選択で、細胞をさらに、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子の標的ゲノム遺伝子座内の追加のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズする、１つ以上の追加のｇＲＮＡと接触させることができる。細胞を、１つ以上の追加のｇＲＮＡ（例えば第２のｇＲＮＡ認識配列とハイブリダイズする第２のｇＲＮＡなど）と接触させることによって、Ｃａｓタンパク質による切断は、２つ以上の二本鎖切断または２つ以上の一本鎖切断を生成し得る。

【0054】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３剤は、処理を増加させる抗凝集抗体またはアゴニスト抗体である。このような抗体としては、５Ｅ１抗体（または、そのヒト化版）（Ｇｈｅｚａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．２０１８，８４，２４６－２５９）及びＡ１３抗体（Ｍａｃｈｕｃａ－Ｐａｒｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０１７，２１４，２２７１－２２８２）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0055】

いくつかの実施形態では、治療方法は、対象からの生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の存在または不存在を検出することをさらに含む。本開示全体を通して使用される場合、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子は、部分的な機能獲得、完全な機能獲得、予測される部分的な機能獲得、または予測される完全な機能獲得を有するＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする任意のＮＯＴＣＨ３核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子など）である。

【0056】

本開示はまた、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は脳血管疾患を有する。いくつかの実施形態では、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たこと、及び対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を含む遺伝子型を有するか否かを判定するために生物学的サンプルについて配列決定分析を実施することまたは実施したことによって、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定することを含む。方法は、ＮＯＴＣＨ３参照型である対象に標準投与量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することをさらに含む。代替的に、方法は、ＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象に、標準投与量と同じ、またはそれを上回る量で、脳血管疾患を治療するまたは阻害する治療剤を投与するか、または継続して投与し、かつＮＯＴＣＨ３剤を対象に投与することをさらに含む。ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有する遺伝子型の存在は、対象が脳血管疾患を発症する増加したリスクを有することを示す。

【0057】

対象からの生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の存在または不存在を検出すること、及び／または、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定することは、本明細書に記載の方法のいずれかにより行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイツで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0058】

本開示はまた、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤で対象を治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、対象は脳血管疾患を有する。いくつかの実施形態では、方法は、対象から生物学的サンプルを得ることまたは得たことによって、また生物学的サンプルでアッセイを実施することまたは実施したことで、対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有するかどうかを判定することによって、対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有するか否かを判定することと、を含む。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有しない場合、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤は、標準的な投与量で対象に投与されるかまたは継続して投与される。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有する場合、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤は、標準的な投与量と同じ、またはこれを上回る量で対象に投与されるかまたは継続して投与される。ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドの存在は、対象が、脳血管疾患を発症する誘発されたリスクを有することを示す。いくつかの実施形態では、対象はＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有しない。

【0059】

対象からの生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドの存在または不存在を検出すること、及び／または、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有するか否かを測定することは、本明細書に記載の方法のいずれかにより行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイツで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ポリペプチドは、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0060】

脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の例としては、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）；アピキサバン、ダビガトラン、エドキサバン、リバーロキサバン、及びワルファリンなどの抗凝血剤；利尿剤（例えば、ブメタニド、エタクリン酸、フロセミド、及びトルセミド）、ＡＣＥ阻害剤（例えば、ベナゼプリル、カプトプリル、エナラプリル、フォシノプリル、リシノプリル、モエキシプリル、ペリンドプリル、キナプリル、ラミプリル、及びトランドラプリル）、ベータ遮断剤（例えば、アセブトロール、アテノロール、ビソプロロール、メトプロロール、ナドロール、ネビボロール、及びプロプラノロール）などの血圧用薬物；カルシウムチャネル遮断剤（例えば、アムロジピン、フェロジピン、イスラジピン、ニカルジピン、ニフェジピン、ニモジピン、及びニトレンジピン）；ならびに、スタチン（例えば、アトルバスタチン、フルバスタチン、ロバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、及びシムバスタチン）などのコレステロール低下薬物、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。

【0061】

いくつかの実施形態では、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、ＮＯＴＣＨ３参照型である（標準投与量を受けてよい）対象と比較して、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象に対して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％増加させることができる（すなわち、標準投与量よりも多い）。いくつかの実施形態では、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％増加させることができる。加えて、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である対象の脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、ＮＯＴＣＨ３参照型である対象と比較して、高い頻度で投与することができる。

【0062】

いくつかの実施形態では、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象と比較して、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である対象に対して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、または約９０％増加させることができる。いくつかの実施形態では、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、または約５０％増加させることができる。加えて、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である対象の脳血管疾患を治療または阻害する治療剤の用量は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象と比較して、高い頻度で投与することができる。

【0063】

脳血管疾患を治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＮＯＴＣＨ３剤の投与は、例えば、１日後、２日後、３日後、５日後、１週間後、２週間後、３週間後、１か月後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、２か月後、または３か月後に反復することができる。反復投与は、同じ用量または異なる用量であり得る。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上反復され得る。例えば、ある特定の投薬レジメンに従って、対象は、長期間（例えば６か月、１年、またはそれ以上など）にわたる療法を受け得る。

【0064】

脳血管疾患を治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＮＯＴＣＨ３剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内が含まれるがこれらに限定されない任意の好適な経路で行うことができる。投与のための医薬組成物は、望ましくは滅菌済みで実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、単位投薬形態（すなわち単回投与のための投薬量）で提供され得る。医薬組成物は、１つ以上の生理学的及び薬学的に許容される担体、希釈剤、賦形剤、または補助物を使用して調合され得る。製剤化は、選ばれた投与経路に依存する。「薬学的に許容される」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤、または補助物が、製剤の他の成分と適合性があり、かつそれらのレシピエントに実質的に有害でないことを意味する。

【0065】

「治療する」、「治療すること」、及び「治療」ならびに「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、本明細書で使用されるとき、それぞれ所望される生物学的応答（治療効果及び予防効果など）を惹起することを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与後の、脳血管疾患の減少／低減、脳血管疾患の重症度の低下／低減（例えば、脳血管疾患の発症の低減または抑制など）、症状及び脳血管疾患に関連する影響の減少／低減、症状及び脳血管疾患に関連する影響の発症遅延、脳血管疾患に関連する影響の症状の重症度低減、急性エピソードの重症度低減、症状及び脳血管疾患に関連する影響の数の低減、症状及び脳血管疾患に関連する影響の潜伏期短縮、症状及び脳血管疾患に関連する影響の改善、二次的症状の低減、二次感染の低減、脳血管疾患の再発予防、再発エピソードの回数もしくは頻度の減少、症候性エピソード間の潜伏期延長、持続的進行までの時間の延長、寛解の促進、寛解の誘導、寛解の増大、回復の加速、または代替的治療法の有効性の増大もしくはそれに対する抵抗性の低下、及び／または罹患宿主動物の生存期間の延長のうちの１つ以上を含む。予防効果は、治療プロトコールの実施後の、脳血管疾患の発生／進行の完全または部分的な回避／阻害、または遅延（例えば、完全または部分的な回避／阻害または遅延など）、及び罹患宿主動物の生存期間延長を含み得る。脳血管疾患の治療は、任意の臨床ステージまたは症状で任意の形態の脳血管疾患を有するものとしてすでに診断された対象の治療、脳血管疾患の症状もしくは徴候の発症もしくは進展もしくは増悪もしくは悪化の遅延、及び／または脳血管疾患の重症度の予防及び／または低減を包含する。

【0066】

本開示はまた、脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する対象を識別する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、対象から得た生物学的サンプルにおいて、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子など）の存在または不存在を判定すること、または判定したことを含む。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を欠いている（すなわち、対象が遺伝子型決定でＮＯＴＣＨ３参照型として分類される）場合、対象は、脳血管疾患を発症するリスクが高くない。対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有する（すなわち、対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性である）場合、対象は、脳血管疾患を発症するリスクが高い。

【0067】

ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の２つのコピーを有することによって、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の単一コピーを有するよりも、脳血管疾患を発症するより大きなリスクを有するようになる可能性がある。任意の特定の論理または作用機序に限定されることを意図するものではないが、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の（すなわち、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である）単一コピーによって、対象は、ＮＯＴＣＨ３参照型である対象と比較して脳血管疾患を発症するより大きなリスクを有するようになると考えられており、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子の２つのコピーを有する（すなわち、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である）ことによって、対象は、単一コピーを有する対象と比較して、脳血管疾患を発症するより大きなリスクを有するようになる可能性があるともまた考えられている。

【0068】

対象が、対象からの生物学的サンプル中に、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定すること、及び／または、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を有するか否かを判定することは、本明細書に記載の方法のいずれかにより行うことができる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビトロで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インサイツで実行され得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、インビボで実行され得る。これらの実施形態のうちのいずれかにおいて、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在し得る。

【0069】

いくつかの実施形態では、対象が脳血管疾患を発症する増加したリスクを有するものとして識別された場合、対象は、本明細書に記載されるように、脳血管疾患を治療もしくは阻害する治療剤及び／またはＮＯＴＣＨ３剤でさらに治療される。例えば、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であり、それ故に脳血管疾患を発症する増加したリスクを有する場合、対象は、標準投与量と同じ、もしくはこれを上回る投与量で、脳血管疾患を治療もしくは阻害する治療剤、及び／またはＮＯＴＣＨ３剤が投与される。いくつかの実施形態では、対象が、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である場合、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である対象に投与される投与量と同じ、またはこれを上回る投与量で、脳血管疾患を治療または阻害する治療剤が投与される。いくつかの実施形態では、対象はＮＯＴＣＨ３参照型である。いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

【0070】

本開示はまた、対象からの生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントゲノム核酸分子、及び／または、対象からの生物学的サンプルにおける、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子、及び／または、対象からの生物学的サンプルにおける、ｍＲＮＡ分子から産生されるＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子の存在または不存在を検出する方法を提供する。集団内の遺伝子配列及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、多型（一塩基多型など）に起因して変動し得ることが理解される。本明細書で提供されるＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子、及びＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の配列は例示的配列にすぎない。ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及びバリアントｃＤＮＡ分子の他の配列もまた可能である。

【0071】

生物学的サンプルは、対象からの任意の細胞、組織、または生物学的液体に由来し得る。生物学的サンプルは、例えば、骨髄サンプル、腫瘍生検、微細針吸引物、または体液（血液、歯肉溝浸出液、血漿、血清、リンパ液、腹水、嚢胞液、または尿など）のサンプルなどの任意の臨床的に意義のある組織を含み得る。いくつかの実施形態では、サンプルは、口腔スワブを含む。本明細書において開示される方法において使用される生物学的サンプルは、アッセイフォーマット、検出方法の性質、及びサンプルとして使用される組織、細胞、または抽出物に基づいて変動し得る。用いられているアッセイに依存して、生物学的サンプルは異なってプロセシングされ得る。例えば、任意のＮＯＴＣＨ３バリアント核酸分子を検出する場合、ＮＯＴＣＨ３バリアント核酸分子について生物学的サンプルを単離するまたは濃縮するように設計した予備処理を採用することができる。様々な技法が、この目的のために使用され得る。任意のＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のレベルを検出する場合、様々な技術を使用してｍＲＮＡ分子を含む生物学的サンプルを濃縮することができる。ｍＲＮＡ分子の存在もしくはレベルまたは特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出する様々な方法が使用され得る。

【0072】

いくつかの実施形態では、対象にてＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子を検出することは、対象から入手した生物学的サンプルをアッセイまたは分析して、生物学的サンプル中の、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントゲノム核酸分子、生物学的サンプル中の、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子、及び／または、生物学的サンプル中の、ｍＲＮＡ分子から産生されるＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子が、機能獲得（部分的なもしくは完全な）を引き起こす、または、機能獲得（部分的なもしくは完全な）を引き起こすと予想される１つ以上の変異を含むか否かを測定することを含む。

【0073】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／または、ｍＲＮＡ分子から産生されるｃＤＮＡ分子など）の存在または不存在を対象において検出する方法は、対象から入手した生物学的サンプルでアッセイを実施することを含む。アッセイは、生物学的サンプル中の核酸分子が特定のヌクレオチド配列を含むか否かを判定する。

【0074】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。

【0075】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルまたはその相補物を含む。

【0076】

いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む。

【0077】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、細胞または細胞溶解物を含む。そのような方法は、例えば、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子またはｍＲＮＡ分子を含む生物学的サンプルを対象から取得すること、及びｍＲＮＡである場合、任意選択でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含むことができる。そのようなアッセイは、例えば、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子のこれらの位置の固有性を決定することを含み得る。いくつかの実施形態では、方法は、インビトロの方法である。

【0078】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、または、生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生されたＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、機能獲得（部分的なもしくは完全な）を引き起こす、または機能獲得（部分的なもしくは完全な）を引き起こすと予測される１つ以上の変異を含む。

【0079】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプルにてＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置またはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0080】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはこれから産生されるｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；及び／または、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシル、または、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0081】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはこれから産生されるｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；及び／または、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシル、または、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0082】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはこれから産生されるｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；及び／または、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシル、または、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0083】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはこれから産生されるｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；及び／または、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシル、または、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0084】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列、またはこれから産生されるｃＤＮＡ分子の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物；及び／または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシル、または、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0085】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプルにてＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置またはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0086】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0087】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中のｍＲＮＡ分子から産生されたＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部分を配列決定することを含み、配列決定された一部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物；または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物を含む。生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子の配列決定された一部分が、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む場合、生物学的サンプル中のＮＯＴＣＨ３核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３ミスセンスバリアント核酸分子である。

【0088】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと、ｂ）少なくとも、配列番号２に従う２１，９４４位に対応するＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと、ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0089】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーに生物学的サンプルを接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号８に従う３，７８１位に対応するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシル、及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0090】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーに生物学的サンプルを接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号９に従う３，７６７位に対応するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシル、及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0091】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーに生物学的サンプルを接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号１０に従う３，５３２位に対応するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシル、及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0092】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーに生物学的サンプルを接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号１１に従う３，７６９位に対応するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシル、及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0093】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置に近接するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーに生物学的サンプルを接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号１２に従う３，５４４位に対応するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子、及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応するｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長させることと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシル、及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することと、を含む。

【0094】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長することと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルを含むか否かを判定することとを含む。

【0095】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）生物学的サンプルを、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置に近接するＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の一部分にハイブリダイズするプライマーと接触させることと；ｂ）少なくとも、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列の位置を介してプライマーを伸長することと；ｃ）プライマーの伸長生成物が、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含むか否かを判定することとを含む。

【0096】

いくつかの実施形態では、アッセイは、核酸分子全体を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡから入手したＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡのみが分析される。

【0097】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む、増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0098】

いくつかの実施形態は、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0099】

いくつかの実施形態は、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0100】

いくつかの実施形態は、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0101】

いくつかの実施形態は、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0102】

いくつかの実施形態は、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと；ｂ）増幅された核酸分子を検出可能な標識により標識することと；ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0103】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号９に従３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0104】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、ａ）ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも一部分を増幅することであって、増幅された部分は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅することと、ｂ）増幅された核酸分子を、検出可能な標識で標識することと、ｃ）標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号１９に従３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、増幅された核酸分子の核酸配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、ｄ）検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0105】

いくつかの実施形態では、核酸分子はｍＲＮＡであり、判定ステップは、増幅ステップの前に、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することをさらに含む。

【0106】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0107】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブが、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、及び／または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0108】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブが、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、及び／または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0109】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブが、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、及び／または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0110】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブが、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、及び／または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0111】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブが、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、及び／または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0112】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物、または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0113】

いくつかの実施形態では、判定ステップ、検出ステップ、または配列決定分析は、生物学的サンプル中の核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブは、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む増幅された核酸分子のヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することと、を含む。

【0114】

変化特異的ポリメラーゼ連鎖反応技法を使用して、突然変異（核酸配列中のＳＮＰなど）を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在する場合にＤＮＡポリメラーゼは伸長しないので、変化特異的プライマーが使用され得る。

【0115】

いくつかの実施形態では、サンプル中の核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは増幅ステップの前にｃＤＮＡへと逆転写される。いくつかの実施形態では、核酸分子は、対象から得られた細胞内に存在する。

【0116】

いくつかの実施形態では、アッセイは、生物学的サンプルを、ストリンジェントな条件下で、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、またはバリアントｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズし、対応するＮＯＴＣＨ３参照配列にはしない変化特異的プライマーまたは変化特異的プローブなどのプライマーまたはプローブと接触させること、及びハイブリダイゼーションが生じたか否かを判定することを含む。

【0117】

いくつかの実施形態では、アッセイは、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）などによって、ｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写させることも含む。

【0118】

いくつかの実施形態では、方法は、標的ヌクレオチド配列に結合するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用し、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、もしくはバリアントｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または識別する。操作者はハイブリダイゼーション条件または反応条件を決定して、この結果を達成することができる。ヌクレオチド長は、本明細書において記載または例示される任意のアッセイを含めた選択した検出方法における使用のために十分な任意の長さであり得る。そのようなプローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列へ高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズし得る。プローブ及びプライマーは、標的ヌクレオチド配列内の連続したヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有し得るが、標的ヌクレオチド配列とは異なりかつ標的ヌクレオチド配列を特異的に検出及び／または識別する能力を保持するプローブは、従来の方法によって設計され得る。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有し得る。

【0119】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）、またはこれらの相補物が、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンを含むヌクレオチド配列（ゲノム核酸分子）を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマー、及び、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーを含むプライマー対を使用する増幅法に供して、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置のチミンをコードする位置において、ＳＮＰの存在を示すアンプリコンを産生することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置においてチミンを含む位置と、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置においてチミンを含む位置の各側に、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0120】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置のチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシル、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシル、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を使用した増幅方法に供して、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシル、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置のチミンをコードする位置におけるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシル、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシル、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0121】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置のウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置のチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置のウラシル、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置のウラシル、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を使用した増幅方法に供して、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置のウラシル、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置のチミンをコードする位置におけるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシル、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシル、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0122】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置のウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置のチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置のウラシル、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置のウラシル、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を使用した増幅方法に供して、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置のウラシル、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置のチミンをコードする位置におけるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシル、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシル、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0123】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置のウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置のチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置のウラシル、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置のウラシル、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を使用した増幅方法に供して、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置のウラシル、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置のチミンをコードする位置におけるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシル、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシル、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0124】

いくつかの実施形態では、生物学的サンプル内のＮＯＴＣＨ３核酸分子（ｍＲＮＡ分子、もしくはｃＤＮＡ分子）またはその相補物が、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置のウラシル（ｍＲＮＡ分子）、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置のチミン（ｃＤＮＡ分子）を含むヌクレオチド配列を含むか否かを判定するために、生物学的サンプルを、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置のウラシル、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置のチミンに隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置のウラシル、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置のチミンに隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を使用した増幅方法に供して、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置のウラシル、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置のチミンをコードする位置におけるＳＮＰの存在を示すアンプリコンを生成することができる。いくつかの実施形態では、アンプリコンは、プライマー対に加えて１ヌクレオチド塩基対を合わせた長さから、ＤＮＡ増幅プロトコールによって産生可能なアンプリコンの任意の長さまでの長さの範囲であり得る。この距離は、１ヌクレオチド塩基対から増幅反応の限界、または約２万ヌクレオチド塩基対までの範囲であり得る。任意選択で、プライマー対は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシル、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む位置と、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシル、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンを含む位置の各側に少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれ以上のヌクレオチドと、を含む領域に隣接する。

【0125】

同様のアンプリコンを、ｍＲＮＡ配列及び／またはｃＤＮＡ配列から生成することができる。ＰＣＲプライマー対は、既知の配列から導出することができ、これは、例えば、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩバージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｍｄ．）、ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及びＰｒｉｍｅｒ３（Ｖｅｒｓｉｏｎ ０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）におけるＰＣＲプライマー分析ツールのようなその目的のために意図されたコンピュータープログラムを使用して導出することができる。さらに、既知のガイドラインを用いて、配列を目視でスキャンし、プライマーを手動で識別することができる。

【0126】

核酸配列決定技術の例示的な例には、連鎖停止剤（Ｓａｎｇｅｒ）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法は、精製されたＤＮＡ、増幅されたＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））に対する、標識されたプライマーまたはプローブを使用することを含む、シーケンシング以外の核酸ハイブリダイゼーション法を包含する。いくつかの方法において、標的核酸分子は、検出の前にまたは検出と同時に増幅され得る。核酸増幅技法の例示的な例としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるがこれらに限定されない。他の方法には、リガーゼ連鎖反応、鎖置換型増幅、及び好熱ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0127】

ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーがその標的と特異的にハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件を採用することができる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他の非標的配列の場合よりも検出可能に高い程度で、例えば、バックグランドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍またはそれ以上、例えば、バックグランドの１０倍を超えて高い程度でその標的配列とハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列の場合よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも２倍ハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列の場合よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも３倍ハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列の場合よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列と少なくとも４倍ハイブリダイズすることになる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、他のヌクレオチド配列の場合よりも検出可能に高い程度でその標的ヌクレオチド配列とバックグラウンドの１０倍を超えてハイブリダイズすることになる。ストリンジェントな条件は配列に依存し、異なる状況では異なることになる。

【0128】

ＤＮＡのハイブリダイゼーションを促進する適当なストリンジェンシー条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、その後の５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は公知である、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見いだすことができる。通常、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度が、ｐＨ７．０～８．３において約１．５Ｍ未満のＮａ^＋イオン、通常、約０．０１～１．０ＭのＮａ^＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば１０～５０ヌクレオチド）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）では少なくとも約６０℃である条件となる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドのような不安定化剤の添加により達成されてもよい。任意で、洗浄緩衝液は約０．１％～約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリダイゼーションの持続期間は一般に約２４時間未満、通常約４～約１２時間である。洗浄の持続期間は少なくとも平衡に達するのに十分な長さの時間となる。

【0129】

本開示はまた、ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドの存在を検出する方法であって、対象におけるＮＯＴＣＨ３ポリペプチドが、ポリペプチドに機能獲得（部分的なもしくは完全な）または予測される機能獲得（部分または完全）を持たせる１つ以上の変異を含有するか否かを判定するために対象から得られる生物学的サンプルにてアッセイを実施することを含む、方法も提供する。ＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドは、本明細書に記載するＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドのいずれかであることができる。いくつかの実施形態では、方法は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ、Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、またはＡｒｇ１１８２Ｃｙｓの存在を検出する。いくつかの実施形態では、方法は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓの存在を検出する。いくつかの実施形態では、方法は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓの存在を検出する。いくつかの実施形態では、方法は、ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１１８２Ｃｙｓの存在を検出する。

【0130】

本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドは、任意のＣｙｓ変化バリアントであることができる（これらは、システイン残基から、またはシステイン残基に変化する）。いくつかの実施形態では、Ｃｙｓ変化バリアントは、ＮＯＴＣＨ３細胞外ドメイン中の３４個のＥＧＦ様反復の中に位置する（Ｕｎｉｐｒｏｔにより定義される；“ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ ｂｌａｓｔ／？ａｂｏｕｔ＝ Ｑ９ＵＭ４７［１３３５－１３７３］＆ｋｅｙ＝Ｄｏｍａｉｎ）におけるワールドワイドウェブを参照されたい）。本明細書で記載される実施形態のいずれかでは、ＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドは、表１に列挙するバリアントのいずれかであることができる（ＥＮＳＴ０００００２６３３８８）。

【0131】

いくつかの実施形態では、方法は、対象から得たサンプルでアッセイを行い、サンプル中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドが、配列番号２６に従う１，１７８位に対応する位置にシステインを含むか否かを判定することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象から得たサンプルでアッセイを行い、サンプル中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドが、配列番号２７に従う１，２３１位に対応する位置にシステインを含むか否かを判定することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、対象から得たサンプルでアッセイを行い、サンプル中のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドが、配列番号２８に従う１，１８２位に対応する位置にシステインを含むか否かを判定することを含む。

【0132】

いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２６または配列番号２３に従う１，１７８位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２７または配列番号２４に従う１，２３１位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２８または配列番号２５に従う１，１８２位に対応する位置を含むポリペプチドの少なくとも一部分を配列決定することを含む。

【0133】

いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２６または配列番号２３に従う１，１７８位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２７または配列番号２４に従う１，２３１位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。いくつかの実施形態では、検出ステップは、配列番号２８または配列番号２５に従う１，１８２位に対応する位置を含むポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。

【0134】

いくつかの実施形態では、対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有しない場合、対象は、脳血管疾患、またはＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、もしくは実質性脳卒中のいずれかを発症する増加したリスクを有しない。いくつかの実施形態では、対象がＮＯＴＣＨ３で予測される機能獲得ポリペプチドを有する場合、対象は、脳血管疾患、またはＣＡＤＡＳＩＬ、皮質下脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、もしくは実質性脳卒中のいずれかを発症する増加したリスクを有する。

【0135】

開示は、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子（本明細書で開示するゲノムバリアント核酸分子、ｍＲＮＡバリアント分子、及びｃＤＮＡバリアント分子のいずれかなど）とハイブリダイズする、単離された核酸分子もまた提供する。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置を含むＮＯＴＣＨ３核酸分子の一部分にハイブリダイズする。

【0136】

いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、または少なくとも約５０００のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１８のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１０～約３５、約１０～約３０、約１０～約２５、約１２～約３０、約１２～約２８、約１２～約２４、約１５～約３０、約１５～約２５、約１８～約３０、約１８～約２５、約１８～約２４、または約１８～約２２のヌクレオチドから成るか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１８～約３０のヌクレオチドから成るか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチド～少なくとも約３５のヌクレオチドを含むか、またはそれから成る。

【0137】

いくつかの実施形態では、そのような単離された核酸分子は、ストリンジェントな条件下でＮＯＴＣＨ３バリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子）とハイブリダイズする。そのような核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブ、プライマー、変化特異的プローブ、または変化特異的プライマーとして使用することができ、プライマー、プローブ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、及びｓｉＲＮＡを含むが、これらに限定されず、それらのそれぞれが本明細書の他の箇所でさらに詳細に記載されており、本明細書に記載されている方法のいずれかで使用することができる。

【0138】

いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子及び／またはＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続ヌクレオチドとハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチド、または約１５～約３５のヌクレオチドから成るか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は約１５～約１００のヌクレオチドから成るか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、単離された核酸分子は、約１５～約３５のヌクレオチドから成るか、またはそれを含む。

【0139】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的なプローブまたは変化特異的なプライマーは少なくとも約１５ヌクレオチドを含み、変化特異的なプローブまたは変化特異的なプライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置またはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号２に従う２１，９４４～２１，９４６位に対応する位置またはその相補物を含む、ヌクレオチド配列の一部分に相補的であるヌクレオチド配列を含む。

【0140】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、その変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号８に従う３，７８１～３，７８３位に対応する位置もしくはその相補物、及び／または配列番号１８に従う３，７８１～３，７８３位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。

【0141】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、その変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号９に従う３，７６７～３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物、及び／または配列番号１９に従う３，７６７～３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。

【0142】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、その変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号１０に従う３，５３２～３，５３４位に対応する位置もしくはその相補物、及び／または配列番号２０に従う３，５３２～３，５３４位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。

【0143】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、その変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号１１に従う３，７６９～３，７７１位に対応する位置もしくはその相補物、及び／または配列番号２１に従う３，７６９～３，７７１位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。

【0144】

いくつかの実施形態では、単離された変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、その変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含み、その一部分は、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物、または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置もしくはその相補物を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、配列番号１２に従う３，５４４～３，５４６位に対応する位置もしくはその相補物、及び／または配列番号２２に従う３，５４４～３，５４６位に対応する位置もしくはその相補物を含むヌクレオチド配列の一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む。

【0145】

いくつかの実施形態では、変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーはＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーはＲＮＡを含む。

【0146】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載されているプローブ及びプライマー（変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーを含む）は、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかまたはその相補物と特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブまたはプライマーはストリンジェントな条件下にて本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリダイズする。

【0147】

いくつかの実施形態では、プライマーは変化特異的プライマーを含めて、第２世代配列決定またはハイスループット配列決定において使用することができる。時には、プライマーは変化特異的プライマーを含めて、修飾することができる。特に、プライマーは、例えば、大規模並行シグネチャー配列決定（Ｍａｓｓｉｖｅ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）（ＭＰＳＳ）、Ｐｏｌｏｎｙ配列決定、及び４５４パイロシーケンシングの様々なステップにおいて使用される種々の修飾を含むことができる。修飾されたプライマーは、クローニングステップにおけるビオチン化プライマー、ならびにビーズ負荷ステップ及び検出ステップにて使用される蛍光標識プライマーを含めて、プロセスのいくつかのステップで使用することができる。Ｐｏｌｏｎｙ配列決定は一般的に、ＤＮＡ鋳型の各分子が長さ約１３５ｂｐであるペアエンドタグライブラリを使用して行われる。ビオチン化プライマーはビーズ負荷ステップ及びエマルジョンＰＣＲにおいて使用される。蛍光標識された縮重ノナマーオリゴヌクレオチドは検出ステップで使用される。アダプターは、ストレプトアビジン被覆ビーズにＤＮＡライブラリを不動化するための５’－ビオチンタグを含有することができる。

【0148】

本明細書に記載されているプローブ及びプライマーを使用して、本明細書で開示されているＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のいずれかの範囲内でヌクレオチド変異を検出することができる。本明細書に記載されているプライマーを使用して、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子、もしくはＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子、またはそれらの断片を増幅することができる。

【0149】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１に従う２１，９４４位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ゲノム核酸分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置のチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0150】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号３に従う３，７８１位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子における配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１３に従う３，７８１位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子における配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0151】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号４に従う３，７６７位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子における配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１４に従う３，７６７位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子における配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置のチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0152】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号５に従う３，５３２位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子における配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１５に従う３，５３２位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子における配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置のチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0153】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号６に従う３，７６９位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子における配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１６に従う３，７６９位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子における配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置のチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0154】

本開示はまた、上述のプライマーのいずれかを含むプライマーの対も提供する。例えば、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号７に従う３，５４４位に対応する位置でシトシン（ウラシルではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｍＲＮＡ分子における配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置でウラシル（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置のウラシルに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。加えて、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子における配列番号１７に従う３，５４４位に対応する位置でシトシン（チミンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。逆に、プライマーの３’末端の１つが、特定のＮＯＴＣＨ３ ｃＤＮＡ分子における配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置でチミン（シトシンではなく）とハイブリダイズする場合、増幅された断片の存在は、ＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子の存在を示すことになる。いくつかの実施形態では、配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置のチミンに相補的なプライマーのヌクレオチドは、プライマーの３’末端に存在することができる。

【0155】

本開示の文脈において、「特異的にハイブリダイズする」とは、プローブまたはプライマー（例えば、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーなど）が、ＮＯＴＣＨ３参照型ゲノム核酸分子、ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子、及び／またはＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にはハイブリダイズしないことを意味する。

【0156】

いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、変化特異的プローブ）は標識を含む。いくつかの実施形態では、標識は蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。

【0157】

本開示はまた、本明細書で開示されているプローブのいずれか１つ以上が結合している基質を含む支持体も提供する。固体支持体は、本明細書で開示されているプローブのいずれかのような分子が会合することができる固体状態の基質または支持体である。固体支持体の形態はアレイである。固体支持体の別の形態はアレイ検出器である。アレイ検出器は、複数の異なるプローブがアレイ状、グリッド状または他の組織化されたパターンで結合している固体支持体である。固体状態の基材の形態は標準的な９６ウェル型のようなマイクロタイターディッシュである。いくつかの実施形態では、通常１ウェル当たりに１つのアレイを含有するマルチウェルスライドグラスを用いることができる。

【0158】

ＮＯＴＣＨ３参照型ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号１に記載されている。配列番号１を参照すると、２１，９４４位はシトシンである。

【0159】

２１，９４４位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３のバリアントゲノム核酸分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号２に記載されている。

【0160】

ＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３に記載されている。配列番号３を参照すると、３，７８１位はシトシンである。

【0161】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号４に記載されている。配列番号４を参照すると、３，７６７位はシトシンである。

【0162】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号５に記載されている。配列番号５を参照すると、３，５３２位はシトシンである。

【0163】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号６に記載されている。配列番号６を参照すると、３，７６９位はシトシンである。

【0164】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号７に記載されている。配列番号７を参照すると、３，５４４位はシトシンである。

【0165】

３，７８１位のシトシンがウラシルで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３のバリアントｍＲＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号８に記載されている。

【0166】

３，７６７位のシトシンがウラシルで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号９に記載されている。

【0167】

３，５３２位のシトシンがウラシルで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１０に記載されている。

【0168】

３，７６９位のシトシンがウラシルで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１１に記載されている。

【0169】

３，５４４位のシトシンがウラシルで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｍＲＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１２に記載されている。

【0170】

ＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１３に記載されている。配列番号１３を参照すると、３，７８１位はシトシンである。

【0171】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１４に記載されている。配列番号１４を参照すると、３，７６７位はシトシンである。

【0172】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１５に記載されている。配列番号１５を参照すると、３，５３２位はシトシンである。

【0173】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１６に記載されている。配列番号１６を参照すると、３，７６９位はシトシンである。

【0174】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１７に記載されている。配列番号１７を参照すると、３，５４４位はシトシンである。

【0175】

３，７８１位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３のバリアントｃＤＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１８に記載されている。

【0176】

３，７６７位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１９に記載されている。

【0177】

３，５３２位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２０に記載されている。

【0178】

３，７６９位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２１に記載されている。

【0179】

３，５４４位のシトシンがチミンで置き換えられている、ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントｃＤＮＡ分子が存在する。このＮＯＴＣＨ３バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２２に記載されている。

【0180】

ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、任意の生体に由来することができる。例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及びｃＤＮＡ分子は、ヒト、または非ヒト哺乳類、げっ歯類、マウス、もしくはラットなどの別の生体からのオルソログであり得る。集団内の遺伝子配列は、一塩基多型などの多型のために異なり得ると理解される。本明細書で提供される例は、例示的配列にすぎない。他の配列も可能である。

【0181】

本明細書では提供されるのはまた、開示されている核酸分子と相互作用することができる機能性ポリヌクレオチドである。機能性ポリヌクレオチドの例には、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、及び外部ガイド配列が挙げられるが、これらに限定されない。機能性ポリヌクレオチドは標的分子が持つ特定の活性のエフェクター、阻害剤、モジュレーター、及び刺激剤として作用することができるか、または機能性ポリヌクレオチドはいかなる他の分子とも無関係なデノボ活性を持つことができる。

【0182】

本明細書で開示されている単離された核酸分子は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡとＤＮＡの双方を含むことができる。単離された核酸分子を、例えばベクターにおける異種核酸配列、または異種標識に連結させる、または融合させることもできる。例えば、本明細書で開示されている単離された核酸分子は、単離された核酸分子と異種核酸配列とを含むベクター内に、またはそれらを含む外来性ドナー配列として存在してもよい。単離された核酸分子を異種標識に連結させる、または融合させることもできる。標識は、直接的に検出可能（例えばフルオロフォアなど）、または間接的に検出可能（例えばハプテン、酵素、またはフルオロフォアクエンチャーなど）であり得る。そのような標識は、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、または化学的な手段によって検出可能であり得る。そのような標識としては、例えば放射性標識、色素、染料、クロモゲン、スピン標識、及び蛍光標識が挙げられる。標識は、例えば化学発光物質；金属含有物質；または酵素（シグナルの酵素依存的二次生成が起こる場合）でもあり得る。「標識」という用語は、コンジュゲートされた分子が、続いて基質と一緒に添加される場合、検出可能なシグナルを生成するために使用される
ように、コンジュゲートされた分子へ選択的に結合し得る、「タグ」またはハプテンも指し得る。例えば、ビオチンをタグとして、ホースラディシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンのコンジュゲートと一緒に使用してタグに結合させ、比色基質（例えばテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）など）または蛍光発生基質を使用して検査して、ＨＲＰの存在の検出することができる。精製を容易にするタグとして使用され得る例示的な標識としては、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧもしくは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓもしくはポリヒスチジン、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるがこれらに限定されない。多数の標識としては、例えば粒子、フルオロフォア、ハプテン、酵素、及びそれらの比色基質、蛍光発生基質、及び化学発光基質、ならびに他の標識が挙げられる。

【0183】

開示されている核酸分子は、例えば、ヌクレオチド、または、例えば、ヌクレオチド類似体もしくはヌクレオチド置換体のような非天然ヌクレオチドもしくは修飾ヌクレオチドを含むことができる。そのようなヌクレオチドとしては、修飾された塩基、糖、もしくはリン酸基を含有するヌクレオチド、またはその構造中に非天然部分を取り込むヌクレオチドが挙げられる。非天然ヌクレオチドの例としては、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化ヌクレオチド、アミノ化ヌクレオチド、脱アミノ化ヌクレオチド、アルキル化ヌクレオチド、ベンジル化ヌクレオチド、及びフルオロフォア標識されたヌクレオチドが挙げられるがこれらに限定されない。

【0184】

本明細書で開示されている核酸分子は、１つ以上のヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むこともできる。ヌクレオチド類似体は、塩基部分、糖部分、またはリン酸部分のいずれかへの修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分への修飾としては、Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＴ／Ｕの天然修飾及び合成修飾、ならびに異なるプリン塩基またはピリミジン塩基（例えばシュードウリジン、ウラシル－５－イル、ヒポキサンチン－９－イル（Ｉ）、及び２－アミノアデニン－９－イルなど）が挙げられるがこれらに限定されない。修飾塩基としては、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル誘導体及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル誘導体及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及び５－ハロシトシン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、及び６－アゾチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル、ならびに他の８－置換のアデニン及びグアニン、５－ハロ（例えば５－ブロモなど）、５－トリフルオロメチル、ならびに他の５－置換のウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、ならびに３－デアザアデニンが挙げられるがこれらに限定されない。

【0185】

ヌクレオチド類似体は、糖部分の修飾も含み得る。糖部分への修飾はとしては、リボース及びデオキシリボースの天然修飾及び合成修飾が挙げられるがこれらに限定されない。糖修飾としては、２’位での以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルキル；Ｏ－、Ｓ－、もしくはＮ－アルケニル；Ｏ－、Ｓ－もしくはＮ－アルキニル；またはＯ－アルキル－Ｏ－アルキルが含まれるが、これらに限定されず、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは、置換または非置換のＣ_１－１０アルキルまたはＣ_２－１０アルケニル、及びＣ_２－１０アルキニルであり得る。例示的２’糖修飾としてはまた、－Ｏ［（ＣＨ_２）_ｎＯ］_ｍＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＮＨ_２、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３、－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎ－ＯＮＨ_２、及び－Ｏ（ＣＨ_２）_ｎＯＮ［（ＣＨ_２）_ｎＣＨ_３）］_２も挙げられるが、これらに限定されず、式中、ｎ及びｍは独立して、１～約１０である。２’位での他の修飾としては、Ｃ_１－１０アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、Ｏ－アルカリールまたはＯ－アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ_３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ_３、ＯＣＦ_３、ＳＯＣＨ_３、ＳＯ_２ＣＨ_３、ＯＮＯ_２、ＮＯ_２、Ｎ_３、ＮＨ_２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態学的特性の改善のための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学的特性の改善のための基、及び類似する特性を有する他の置換基が挙げられるがこれらに限定されない。類似する修飾は、糖上の他の位置、特に３’末端ヌクレオチド上または２’－５’結合オリゴヌクレオチド中の糖の３’位置、及び５’末端ヌクレオチドの５’位でも行われ得る。修飾された糖としては、架橋環酸素（ＣＨ_２及びＳなど）で修飾を含有するものも挙げられ得る。ヌクレオチド糖類似体は、ペントフラノシル糖の代わりに糖模倣体（シクロブチル部分など）も有し得る。

【0186】

ヌクレオチド類似体は、リン酸部分でも修飾され得る。修飾されたリン酸部分としては、２つのヌクレオチド間の結合が、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルホスホネート及び他のアルキルホスホネート（３’－アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを包含する）、ホスフィネート、ホスホロアミデート（３’－アミノホスホロアミデート及びアミノアルキルホスホロアミデートを包含する）、チオノホスホロアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートを含有するように修飾され得るものが挙げられるがこれらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸結合または修飾されたリン酸結合は、３’－５’結合または２’－５’結合を介することができ、結合は逆向きの極性（３’－５’から５’－３’へまたは２’－５’から５’－２’へなど）を含有し得る。様々な塩、混合塩、及び遊離酸形態も含まれる。ヌクレオチド代替物としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）も挙げられる。

【0187】

本開示は、本明細書において開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上を含むベクターも提供する。いくつかの実施形態では、ベクターは、本明細書において開示される核酸分子のうちのいずれか１つ以上、及び異種核酸を含む。ベクターは、核酸分子を輸送することが可能なウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドまたはコスミド（例えば追加のＤＮＡセグメントがライゲーションされ得る環状二本鎖ＤＮＡなど）である。いくつかの実施形態では、ベクターは、追加のＤＮＡセグメントがウイルスゲノムにライゲーションされ得る、ウイルスベクターである。発現ベクターとしては、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス（カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルスなど）、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプスタイン－バー（ＥＢＶ）由来エピソーム、ならびに当技術分野において公知の他の発現ベクターが挙げられるがこれらに限定されない。

【0188】

哺乳動物宿主細胞発現のために所望される調節配列としては、例えば哺乳動物細胞における高レベルのポリペプチド発現を指令するウイルスエレメント、例えばレトロウイルスＬＴＲ、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えばＣＭＶプロモーター／エンハンサーなど）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（例えばＳＶ４０プロモーター／エンハンサーなど）、アデノウイルス（例えばアデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ）など）、ポリオーマに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、ならびに強力な哺乳動物プロモーター（ネイティブな免疫グロブリンプロモーター及びアクチンプロモーターなど）が挙げられ得る。細菌細胞または真菌細胞（例えば酵母細胞など）中でポリペプチドを発現させる方法も周知である。プロモーターは、例えば構成的活性化プロモーター、コンディショナルプロモーター、誘導可能プロモーター、時間的に制限されるプロモーター（例えば発生的に調節されるプロモーターなど）、または空間的に制限されるプロモーター（例えば細胞特異的または組織特異的プロモーターなど）であり得る。

【0189】

核酸分子内のヌクレオチド配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定ストレッチ間のパーセント同一性（またはパーセント相補性）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基本的なローカルアラインメント検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３－４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９－６５６）を使用して、またはＳｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２－４８９）を使用するデフォルト設定を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）を使用することによって、通常に決定され得る。本明細書において、パーセント配列同一性が参照される場合、高いパーセンテージの配列同一性は低いものよりも好ましい。

【0190】

本開示は、本明細書において開示される単離された核酸分子、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、及び／またはｃＤＮＡ分子のうちのいずれか１つ以上を含む組成物も提供する。いくつかの実施形態では、組成物は、医薬組成物である。いくつかの実施形態では、組成物は、担体及び／または賦形剤を含む。担体の例としては、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）マイクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）マイクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート、及び脂質微小管が挙げられるがこれらに限定されない。担体は、緩衝塩溶液、例えば、ＰＢＳ、ＨＢＳＳなどを含み得る。

【0191】

本明細書で使用されるとき、「に対応する」という表現またはその文法的変形は、特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列もしくは位置の番号付けの文脈で使用される場合、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列を参照配列（例えば、配列番号１、配列番号３または配列番号１３など）と比べたときの指定された参照配列の番号付けを指す。言い換えれば、特定のポリマーの残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸など）の番号または残基（例えば、ヌクレオチドまたはアミノ酸など）の位置は、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列の範囲内でのその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準として指定される。例えば、特定のヌクレオチド配列は、ギャップを導入して、２つの配列間の残基の一致を最適化することによって参照配列に対して並べることができる。これらの場合では、ギャップは存在するが、その特定のヌクレオチドまたはヌクレオチド配列における残基の番号付けはそれが並べられている参照配列を基準にして行われる。

【0192】

例えば、ヌクレオチド配列が配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にてチミンを含む、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、ＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列が配列番号２の配列に対して並べられれば、ＮＯＴＣＨ３配列が配列番号２の２１，９４４位に対応する位置にてチミン残基を有することを意味する。同様のことが、ヌクレオチド配列が配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルを含む、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ分子にも当てはまり、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むｃＤＮＡ分子にも当てはまり、その際、ヌクレオチド配列は配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にてチミンを含む。言い換えれば、これらの表現はＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードする核酸分子を指し、その際、ゲノム核酸分子は配列番号２の２１，９４４位でのチミン残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する（または、ｍＲＮＡ分子は配列番号８の３，７８１位でのウラシル残基に相同であるウラシル残基を含むヌクレオチド配列を有するか、またはｃＤＮＡ分子は配列番号１８の３，７８１位でのウラシル残基に相同であるチミン残基を含むヌクレオチド配列を有する）。

【0193】

本明細書に記載されているように、配列番号２に従う２１，９４４位に対応するＮＯＴＣＨ３ゲノム核酸分子内の位置は、例えば、特定のＮＯＴＣＨ３核酸分子のヌクレオチド配列と配列番号２のヌクレオチド配列との間で配列アラインメントを行うことによって識別することができる。例えば、配列番号２の２１，９４４位に対応するヌクレオチドの位置を識別するために配列アラインメントを行うのに使用することができる種々のコンピューターアルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）を使用することによって配列アラインメントを実施してもよい。しかしながら、配列を手動で並べることもできる。

【0194】

ＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２３に記載されている。配列番号２３を参照すると、ＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドは、１，２８６アミノ酸長である。配列番号２３を参照すると、１，１７８位はアルギニンである。

【0195】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２４に記載されている。配列番号２４を参照すると、ＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドは、２，３２１アミノ酸長である。配列番号２４を参照すると、１，２３１位はアルギニンである。

【0196】

別のＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号２５に記載されている。配列番号２５を参照すると、ＮＯＴＣＨ３参照型ポリペプチドは、１，２８９アミノ酸長である。配列番号２５を参照すると、１，１８２位はアルギニンである。

【0197】

ＮＯＴＣＨ３のバリアントポリペプチド（Ａｒｇ１１７８Ｃｙｓ）が存在し、そのアミノ酸配列は、配列番号２６に記載されている。配列番号２６を参照すると、ＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドは、１，２８６アミノ酸長である。配列番号２６を参照すると、１，１７８位はシステインである。

【0198】

ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントポリペプチド（Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ）が存在し、そのアミノ酸配列は、配列番号２７に記載されている。配列番号２７を参照すると、ＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドは、２，３２１アミノ酸長である。配列番号２７を参照すると、１，２３１位はシステインである。

【0199】

ＮＯＴＣＨ３の別のバリアントポリペプチド（Ａｒｇ１１８２Ｃｙｓ）が存在し、そのアミノ酸配列は、配列番号２８に記載されている。配列番号２８を参照すると、ＮＯＴＣＨ３バリアントポリペプチドは、１，２８９アミノ酸長である。配列番号２８を参照すると、１，１８２位はシステインである。

【0200】

添付の配列表中で列挙されるヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、標準的な文字略称をヌクレオチド塩基について使用し、３文字コードをアミノ酸について使用して示される。ヌクレオチド配列は、配列の５’端で開始し、３’端へ前向きに進行する（すなわち各々の行で左から右へ）標準的な慣例に従う。各々のヌクレオチド配列の１つの鎖のみが示されるが、提示された鎖に対する任意の参照によって、相補鎖が包含されることが理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端で開始し、カルボキシ末端へ前向きに進行する（すなわち、各配列において左から右に）標準的な慣例に従う。

【0201】

本開示はまた、対象における脳血管疾患の治療に使用するための（または脳血管疾患を治療するための医薬の調製に使用するための）脳血管疾患を治療または阻害する治療剤であって、対象は、本明細書に記載のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはバリアントｃＤＮＡ分子のうちのいずれかを有する、治療剤を提供する。脳血管疾患を治療または阻害する治療剤は、本明細書に記載される脳血管疾患を治療または阻害する治療剤のうちのいずれかであり得る。

【0202】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む、ゲノム核酸分子を有すると識別される。

【0203】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子を有すると識別される。

【0204】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子を有すると識別される。

【0205】

本開示はまた、対象における脳血管疾患の治療に使用するための（または脳血管疾患を治療するための医薬の調製に使用するための）ＮＯＴＣＨ３剤であって、対象は、本明細書に記載のＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするＮＯＴＣＨ３バリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはバリアントｃＤＮＡ分子のうちのいずれかを有する、ＮＯＴＣＨ３剤を提供する。ＮＯＴＣＨ３剤は、本明細書に記載するＮＯＴＣＨ３剤のいずれかであることができる。

【0206】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するゲノム核酸分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２に従う２１，９４４位に対応する位置にチミンまたはその相補物を含む、ゲノム核酸分子を有すると識別される。

【0207】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｍＲＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号８に従う３，７８１位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号９に従う３，７６７位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１０に従う３，５３２位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；配列番号１１に従う３，７６９位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物；または配列番号１２に従う３，５４４位に対応する位置にウラシルもしくはその相補物を含む、ｍＲＮＡ分子を有すると識別される。

【0208】

いくつかの実施形態では、対象は、ＮＯＴＣＨ３ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有するｃＤＮＡ分子であって、ヌクレオチド配列は、配列番号１８に従う３，７８１位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号１９に従う３，７６７位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２０に従う３，５３２位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；配列番号２１に従う３，７６９位に対応する位置にチミンもしくはその相補物；または配列番号２２に従う３，５４４位に対応する位置にチミンもしくはその相補物を含む、ｃＤＮＡ分子を有すると識別される。

【0209】

上記または下記で引用されている特許文書、ウェブサイト、他の刊行物、受入番号などはすべて、あたかも個々の項目をそのように参照によって組み込むことを具体的にかつ個別に指示されたかのようにと同じ程度に、あらゆる目的のためにその全体が参照によって組み込まれる。配列の様々なバージョンが様々な時での受入番号に関連付けられているのであれば、本出願の有効出願日での受入番号に関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、その受入番号について言及している実際の出願日または優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、異なるバージョンの刊行物、ウェブサイトなどが異なる時間に公開されている場合、特に指示されない限り、出願の有効出願日において最後に公開されたバージョンを意味するものとする。本開示の任意の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様も、特に指示されない限り、任意の他の特徴、ステップ、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。明瞭性及び理解を目的として本開示を説明及び実例として多少詳細に説明してきたが、特定の変更及び改変が添付の特許請求の範囲の範囲内で実施されてもよいことは明らかであろう。

【0210】

以下の実施例は、実施形態をより詳細に記載するために提供される。これらは、特許請求される実施形態を例証することを意図しており、それを限定することを意図しない。以下の実施例は、本明細書において記載される化合物、組成物、物品、デバイス及び／または方法が、どのように作製及び評価されるかについての開示及び説明を当業者に提供するものであり、純粋に例示的であることが意図され、任意の特許請求の範囲の範囲を限定することは意図されない。数値（例えば量、温度などなど）に関して正確性を確実にする試みがなされているが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。別段に示されていない限り、部は重量部であり、温度は℃または周囲温度であり、圧力は大気圧または大気圧近傍である。

【実施例】

【0211】

実施例１：ＮＯＴＣＨ３と脳血管疾患の発症の増加したリスクとの関連
遺伝研究のために、５市における２２箇所の臨床施設から、ＴＯＡＳＴ及びＯｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ基準を用いて分類した、４，８８２件の脳卒中症例と６，９０４件の対照を含む１万９千人超のパキスタン人を募集した。脳卒中症例及び対照の個体群統計を、表３及び表４に示す。

【表3】

【表4】

【0212】

エクソーム配列決定及びＥｘＷＡＳを、１２件のバイナリの脳卒中形質に対して実施し、ヨーロッパ人と比較して、パキスタン人で強化された２９件を含む、３６件のヒットを識別し（ｐ値＜１ｅ－７）、これらのうち７件は、ミスセンスまたはＬｏＦであった（表５）。

【表5】

【0213】

読み取りスタックＱＣでは、７つの、近接する関連バリアントの対（ＰＴＰＲＤ：１０ｂｐ、ＺＮＦ３３Ａ：６ｂｐ、ＰＴＰＲＢ：３ｂｐ、ＭＹＣＢＰ２：５ｂｐ）を除外した。ＭＡＣ＝５、及び無関係な生物学（妊孕性の増加）（ＧＰＲ１４９ ３：１５４４２９２２４：Ａ：Ｃ、ｐ．Ｐｈｅ１３１Ｃｙｓ、ｐ値７．９６Ｅ－０８、効果２８．０４、症例２６９８｜２６９３｜５｜０対照６８７１｜６８７１｜０｜０、ＭＡＦ ２．６Ｅ－０４）のため、１つのバリアントを除外した。

【0214】

ＮＯＴＣＨ３におけるミスセンスＳＮＶ（ｐ．Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓ、ＧＲＣｈ３８：Ｃｈｒ１９：１５１７９０５２：Ｇ：Ａ、ｒｓ２０１６８０１４５）は、ＣＮＣＤ Ｆ２皮質下脳卒中ＥＸＷＡＳにおいて、唯一の有意なヒットであった（ｐ値２．１ｅ－８、エフェクトサイズ２．９７（２．０１，４．３５）、ＭＡＦ７．１ｅ－３（表６）。バリアントは、症例においてＭＡＦの上昇を有し、ＰｏｌｙＰｈｅｎによって病原性と予想され（スコア０．８３）、マウスで高度に保存された遺伝子（９３％）において、上皮増殖因子（ＥＧＦ）反復に影響を及ぼす。バリアントは、ＮＯＴＣＨ３細胞外ドメイン（ＥＣＤ）の（それぞれ、通常、６個のＣｙｓ残基を有する）３４個のＥＧＦ反復における番号３１に、Ｃｙｓを付加する。Ｃｙｓ（Ｃｙｓ変化）をＮＯＴＣＨ３ ＥＣＤに付加する、またはそれから除去するバリアントは、ＣＡＤＡＳＩＬにおいて病原性であることが知られている。

【表6】

【0215】

Ｐ．Ａｒｇ１２３１ｃｙｓが、ＮＯＴＣＨ３遺伝子座において関連する唯一のバリアントである（図１）。バリアントは、症例においてＭＡＦの上昇を有し、リスク増大効果を示唆している。対照の、ホモ接合体が１つ存在した。この個体は４５歳であり、パキスタンでの脳卒中発症平均年齢（５０）と比較して若く、皮質下脳卒中症例の中央値年齢（本コホートの募集年齢と同じ、５６）よりも若い。本個体は脳卒中には無症候性であり得るものの、片頭痛、脈管構造でのＧＯＭ蓄積、及び白質高信号などのＣＡＤＡＳＩＬの初期症状を示し得、脳卒中のリスクが増加している可能性がある、という仮説を立てている。以前の研究は、このバリアントに対しては、ヘテロ接合体よりもホモ接合体において、より深刻なＣＡＤＡＳＩＬ表現型が存在することを示唆している。

【表7】

【0216】

ＮＯＴＣＨ３ ｐ．Ａｒｇ１２３１ＣｙｓのＰｈｅＷＡＳは、ラクナアーチファクト（ｌａｃｕｎａｒ ａｒｔｉｆａｃｔｓ）（ＬＡＣＩ）、小動脈アテローム性動脈硬化症（ＳＡＡ）、部分前部循環梗塞（ＰＡＣＩ）、脳卒中の家族歴、及び虚血性脳卒中を含む、複数の脳卒中表現型に対する公称ｐ値を明らかにした（図３及び図４）。

【0217】

ＮＯＴＣＨ３ Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓバリアントは、アフリカ人、ヨーロッパ人、混血アメリカ人、及び南アジア人の祖先のＲＧＣコホートにおいて観察された。最も多くの存在は、南アジア人で観察された（表８）。混血アメリカ人（メキシコシティーのコホート）で、１名のホモ接合体が観察された（５５歳の男性、血圧が８０／１１６、ＢＭＩが２５、ＨｂＡ１ｃが５．２、１８歳から喫煙を開始、主要なＣＮＳ出血または他の疾患の病歴なし）。ＣＮＣＤ Ｆ２のホモ接合体と同様に、この個体は、このコホートで収集されなかった、片頭痛、ＧＯＭ、血管病理、及び脳白質喪失などのＣＡＤＡＳＩＬの他の症状を有し得るという仮説を立てる。

【表8】

【0218】

アルギニン（Ｒ）残基は、哺乳類種全体に高度に保存され、ｐ．Ａｒｇ１２３１Ｃｙｓバリアントは、有害であると予測される（ＰｏｌｙＰｈｅｎ２スコア０．８４３）。

【0219】

本明細書において記載されるものに加えて、記載される主題の様々な修飾は、前述の記載から当業者に明らかである。そのような修正は添付の特許請求の範囲の範囲内に入るようにも意図されている。本出願で引用されている各参考文献（雑誌記事、米国及び米国以外の特許、特許出願刊行物、国際特許出願刊行物、遺伝子バンク受入番号などを含むが、これらに限定されない）は、その全体がすべての目的のために参照によって本明細書に組み込まれる。

【図1】

【図2-1】

【図2-2】

【図3】

【図4】

【配列表】

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【国際調査報告】