(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-06-04
(54)【発明の名称】併用治療のためのがん患者を同定するための方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6869 20180101AFI20240528BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240528BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240528BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240528BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240528BHJP
A61K 33/243 20190101ALI20240528BHJP
A61K 31/282 20060101ALI20240528BHJP
A61K 31/506 20060101ALI20240528BHJP
A61K 31/517 20060101ALI20240528BHJP
A61K 31/519 20060101ALI20240528BHJP
C12Q 1/02 20060101ALI20240528BHJP
C07K 16/46 20060101ALI20240528BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20240528BHJP
G01N 33/574 20060101ALI20240528BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6869 Z ZNA
A61P35/00
A61P43/00 121
A61K45/00
A61K39/395 T
A61K33/243
A61K31/282
A61K31/506
A61K31/517
A61K31/519
C12Q1/02
C07K16/46
G01N33/53 M
G01N33/574 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023571764
(86)(22)【出願日】2022-05-18
(85)【翻訳文提出日】2023-12-28
(86)【国際出願番号】 IB2022054628
(87)【国際公開番号】W WO2022243900
(87)【国際公開日】2022-11-24
(31)【優先権主張番号】63/190,004
(32)【優先日】2021-05-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】509087759
【氏名又は名称】ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド
(74)【代理人】
【識別番号】100092783
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 浩
(74)【代理人】
【識別番号】100095360
【弁理士】
【氏名又は名称】片山 英二
(74)【代理人】
【識別番号】100093676
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 純子
(74)【代理人】
【識別番号】100120134
【弁理士】
【氏名又は名称】大森 規雄
(74)【代理人】
【識別番号】100209037
【弁理士】
【氏名又は名称】猪狩 俊博
(72)【発明者】
【氏名】カーティン，ジョシュア
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
4C085
4C086
4C206
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ03
4B063QQ08
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4C084ZB262
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4C085EE03
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4C085GG04
4C085GG05
4C086AA01
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4C086ZC75
4C206AA01
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4H045AA11
4H045AA30
4H045AA50
4H045BA09
4H045DA76
4H045EA20
(57)【要約】
本開示は、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法及びキットを提供する。本開示はまた、二重特異性ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体及びＥＧＦＲ ＴＫＩを含む併用療法による治療に対するがんの感受性に基づいて、対象におけるがんを治療するための方法を提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、ａ）前記対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、前記１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）前記対象由来の腫瘍ＤＮＡが前記変異を有しない場合、前記対象における前記がんを前記併用療法による前記治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）前記対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の前記変異を有する場合、前記対象における前記がんを前記併用療法による前記治療に対して感受性でないと同定することと、
を含む、方法。
【請求項2】
がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、ａ）前記対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、前記１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）前記対象由来の腫瘍ＤＮＡが前記変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を前記対象に投与すること、又は（ｉｉ）前記対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の前記変異を有する場合、（ｉ）で使用される前記併用療法を含まないがん療法を前記対象に投与することと、
を含む、方法。
【請求項3】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの前記１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における前記変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項5】
前記ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
ＰＩＫ３ＣＡにおける前記変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項7】
前記１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの前記１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における前記変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
前記がんが、肺がんである、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記対象における前記がんが、前記併用療法において使用される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項13】
前記がんが耐性がある前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記がんが耐性がある前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
前記対象が、化学療法未経験である、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項16】
前記対象由来の前記腫瘍ＤＮＡが、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
前記ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失及びＬ８５８Ｒから選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
前記腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記ｃｔＤＮＡが、前記対象から単離された生物学的試料中に存在する、請求項１８に記載の方法。
【請求項20】
前記生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
ｃｔＤＮＡが、変異同定の前に前記生物学的試料から単離される、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項22】
前記腫瘍ＤＮＡが、前記対象から単離された腫瘍試料中に存在する、請求項１～２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記腫瘍ＤＮＡが、変異同定の前に前記腫瘍試料から単離される、請求項２２に記載の方法。
【請求項24】
前記１つ以上の変異が、配列決定によって決定される、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項25】
前記１つ以上の変異が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して決定される、請求項２４に記載の方法。
【請求項26】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、前記第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、前記ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、請求項１～２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、請求項２６又は２７に記載の方法。
【請求項29】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象に静脈内投与される、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、請求項３３に記載の方法。
【請求項36】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象に皮下又は皮内投与される、請求項１～３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項37】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、請求項３６に記載の方法。
【請求項38】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、請求項１～３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、請求項１～３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項40】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、請求項１～３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項41】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、請求項１～４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項42】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、請求項１～４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項43】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、請求項１～４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項45】
（ｉ）で使用される前記併用療法を含まない前記がん療法が、白金ベースの化学療法である、請求項２～４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項46】
前記白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
ステップ（ａ）の前に前記対象から生物学的試料を得ることを含み、この際、前記生物学的試料が腫瘍ＤＮＡを含み、任意選択的に前記生物学的試料から前記腫瘍ＤＮＡを精製することを含む、請求項１～４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項48】
対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、前記対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの前記発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）前記染色強度スコアが３＋である場合、前記対象における前記がんを、前記併用療法による前記治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）前記染色強度スコアが３＋未満である場合、前記対象における前記がんを、前記併用療法による前記治療に対して感受性でないと同定することと、
を含む、方法。
【請求項49】
ステップ（ｃ）が、前記腫瘍試料の細胞の２５％以上において前記染色強度スコアが３＋である場合、前記対象における前記がんを前記併用療法による前記治療に感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）前記腫瘍試料の２５％未満の細胞において前記染色強度スコアが３＋である場合、前記対象における前記がんを前記併用療法による前記治療に感受性でないと同定することを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項50】
がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、前記対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの前記発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）前記染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を前記対象に投与することと、（ｉｉ）前記染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される前記併用療法を前記対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される前記併用療法を含まないがん療法を前記対象に投与することと、
を含む、方法。
【請求項51】
ステップ（ｃ）が、（ｉ）前記腫瘍試料の細胞の２５％以上において前記染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の前記併用療法を前記対象に投与すること、又は（ｉｉ）前記腫瘍試料の２５％未満の細胞において前記染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される前記併用療法を前記対象に投与しないこと、若しくは（ｉ）において使用される前記併用療法を含まないがん療法を前記対象に投与することを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
前記がんが、肺がんである、請求項４８～５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項53】
前記肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、請求項５２に記載の方法。
【請求項54】
前記対象における前記がんが、前記併用療法において使用される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、請求項４８～５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項55】
前記がんが耐性がある前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
前記がんが耐性がある前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、請求項５５に記載の方法。
【請求項57】
前記対象が、化学療法未経験である、請求項４８～５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項58】
前記対象の前記腫瘍が、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、請求項４８～５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項59】
前記ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失及びＬ８５８Ｒから選択される、請求項５８に記載の方法。
【請求項60】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、前記第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、前記ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、請求項４８～５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項61】
前記ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、前記ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、請求項６０に記載の方法。
【請求項62】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、請求項６０又は６１に記載の方法。
【請求項63】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、請求項６１又は６２に記載の方法。
【請求項64】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、請求項６０～６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項65】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象に静脈内投与される、請求項６０～６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項66】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、請求項６５に記載の方法。
【請求項67】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、請求項６６に記載の方法。
【請求項68】
前記対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、請求項６７に記載の方法。
【請求項69】
前記対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、請求項６７に記載の方法。
【請求項70】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象に皮下又は皮内投与される、請求項６０～６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項71】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、前記対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、請求項７０に記載の方法。
【請求項72】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、請求項６０～７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項73】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、請求項６０～７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項74】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、請求項６０～７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項75】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、請求項６０～７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項76】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、請求項６０～７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項77】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、請求項６０～７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項78】
前記二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与される前記ＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、請求項６０～７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項79】
（ｉ）で使用される前記併用療法を含まない前記がん療法が、白金ベースの化学療法である、請求項６０～７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項80】
前記白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項81】
ステップ（ａ）の前に前記対象から腫瘍試料を得ることを含む、請求項６０～８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項82】
（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、前記１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路由来の１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、診断キット。
【請求項83】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの前記１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項８２に記載の診断キット。
【請求項84】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における前記変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項８３に記載の診断キット。
【請求項85】
前記ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項８４に記載の診断キット。
【請求項86】
ＰＩＫ３ＣＡにおける前記変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項８２～８５のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項87】
前記１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項８２～８６のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項88】
ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの前記１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項８７に記載の診断キット。
【請求項89】
ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における前記変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項８８に記載の診断キット。
【請求項90】
前記腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、請求項８２～８９のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項91】
前記ｃｔＤＮＡが、前記対象から単離された生物学的試料中に存在する、請求項９０に記載の診断キット。
【請求項92】
前記生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、請求項９１に記載の診断キット。
【請求項93】
前記腫瘍ＤＮＡが、前記対象から単離された腫瘍試料中に存在する、請求項８２～８９のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項94】
前記対象由来の前記生物学的試料から前記腫瘍ＤＮＡを精製するための１つ以上の試薬を更に含む、請求項９１～９３のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項95】
前記１つ以上の試薬を配列決定技術と共に使用して、前記１つ以上の変異を決定することができる、請求項８２～９４のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項96】
前記１つ以上の試薬を次世代配列決定（ＮＧＳ）と共に使用して、前記１つ以上の変異を決定することができる、請求項８２～９５のいずれか一項に記載の診断キット。
【請求項97】
（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍試料中のＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キット。
【請求項98】
前記１つ以上の試薬を免疫組織化学（ＩＨＣ）と共に使用して、ＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの前記発現レベルを決定することができる、請求項９７に記載の診断キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
（関連出願の相互参照）
本出願は２０２１年５月１８日出願の米国特許仮出願第６３／１９０，００４号の利益を主張するものであり、その開示の全内容が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は２０２１年５月１８日出願の米国特許仮出願第６３／１９０，００４号の利益を主張するものであり、その開示の全内容が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
（配列表）
本出願の配列表は、ファイル名が「ＪＢＩ６５５５ＷＯＰＣＴ１ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ」（作成日：２０２２年５月１６日及びサイズ：１９キロバイト（ＫＢ））であるＡＳＣＩＩ形式の配列表として電子的に提出される。提出されたこの配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願の配列表は、ファイル名が「ＪＢＩ６５５５ＷＯＰＣＴ１ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ」（作成日：２０２２年５月１６日及びサイズ：１９キロバイト（ＫＢ））であるＡＳＣＩＩ形式の配列表として電子的に提出される。提出されたこの配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0003】
（発明の分野）
本開示は、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療から利益を得るがん患者を同定及び治療するための方法及びキットに関する。
本開示は、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療から利益を得るがん患者を同定及び治療するための方法及びキットに関する。
【背景技術】
【0004】
がんにおける上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）及び受容体チロシンキナーゼ間葉上皮移行因子（ｃ－Ｍｅｔ）の両方の個々の役割は十分に確立されており、これらの標的を併用療法にとって魅力的なものにしている。いずれの受容体も、同じ生存及び抗アポトーシス経路（ＥＲＫ及びＡＫＴ）を通してシグナルを伝達し、このため、この対を合わせて阻害すると、代償経路が活性化される可能性を制限して、それによって全有効性を改善させ得る。
【0005】
がんドライバー変異に基づく進行した非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の分子セグメンテーションは、処置可能なドライバー変異を有する患者の全生存期間及び生活の質、並びに地固め固形腫瘍標的療法を改善した。ＮＳＣＬＣでは、ＥＧＦＲ遺伝子における特定の変異は、ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＥＧＦＲ ＴＫＩ）に対する高い応答率に関連する。ＥＧＦＲ変異を有するＮＳＣＬＣ患者の大部分は、初期にはＥＧＦＲ ＴＫＩ療法に応答するが、事実上全てが、持続的応答を防止する耐性を獲得する。ＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤に対して耐性となった全ての腫瘍のほぼ６０％で、ｃ－Ｍｅｔ発現が増加する、ｃ－Ｍｅｔ遺伝子が増幅する、又はその唯一の公知のリガンドである肝細胞成長因子が増加する（Ｔｕｒｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ，１７：７７－８８，２０１０）。
【0006】
上皮成長因子受容体変異体（ＥＧＦＲｍ）ＮＳＣＬＣにおけるオシメルチニブなどのＥＧＦＲ－ＴＫＩに対する獲得耐性の進行は、複数の耐性機構の同時発生と共に、耐性の複雑かつ不均一なパターンから生じる可能性が高く、したがって、そのような機構の詳細は不明なままである。
【0007】
アミバンタマブは、ＥＧＦＲ及び受容体チロシンキナーゼ間葉－上皮移行因子（ｃ－Ｍｅｔ）の両方を標的とする完全ヒト二重特異性抗体であり、免疫細胞性指向活性を示すことが示されている断片結晶化可能（Ｆｃ）領域を含む（Ｖｉｊａｙａｒａｇｈａｖａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ １９：２０４４，２０２０）。アミバンタマブは、多様なＥＧＦＲｍ ＮＳＣＬＣにわたる臨床活性を実証しており、合衆国及び中国において、化学療法後のＥＧＦＲｍエクソン２０挿入ＮＳＣＬＣに対する画期的な治療指定を付与された（Ｈａｕｒａ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ ３７：９００９，２０１９、Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ ３８：９５１２，２０２０、Ｓａｂａｒｉ ｅｔ ａｌ．，ＪＴＯ １６：Ｓ１０８，２０２１）。
【0008】
ラゼルチニブは、ＥＧＦＲ変異Ｔ７９０Ｍの活性化及び中枢神経系（ＣＮＳ）疾患において効力を有する潜在的な第３世代チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）である（Ａｈｎ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ ２０： Ｐ１６８１，２０１９、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ ３８：９５７１，２０２０）。ラゼルチニブは、低い割合のＥＧＦＲ関連毒性、例えば発疹及び下痢（diarrehhea）、並びに低い心臓血管リスクと関連しており、したがって、他の抗ＥＧＦＲ分子とのその組み合わせを支持する安全プロファイルを有する（Ａｈｎ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ ２０：Ｐ１６８１，２０１９、Ｈａｄｄｉｓｈ－Ｂｅｒｈａｎｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＴＯ １６：Ｓ６７７，２０２２）。
【発明の概要】
【0009】
上記の背景技術のセクションで特定したように、当技術分野では、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療から利益を得るがん患者を同定及び治療する必要がある。
【0010】
一態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
【0011】
一態様において、本明細書に提供されるのは、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
【0012】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子は、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである。いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。
【0013】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む。
【0014】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子は、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0015】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
【0016】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
【0017】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、ＨＥＲ２発がん性変化は、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む。いくつかの実施形態では、ＰＴＥＮ欠失は、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ融合は、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＲＥＴ融合は、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む。
【0018】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、がんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）などの肺がんである。
【0019】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象におけるがんは、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある。いくつかの実施形態では、がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される。一実施形態では、がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブである。
【0020】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象は化学療法未経験である。
【0021】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象由来の腫瘍ＤＮＡは、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される。
【0022】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である。いくつかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、対象から単離された生物学的試料中に存在する。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、血液試料又は血漿試料である。いくつかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、変異同定の前に生物学的試料から単離される。
【0023】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは、対象から単離された腫瘍試料中に存在する。いくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは、変異同定の前に腫瘍試料から単離される。
【0024】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、配列決定によって決定される。いくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して決定される。
【0025】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、第１のドメインは、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインは、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインは、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインは、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
【0026】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む。
【0027】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。
【0028】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は対象に静脈内投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される。一実施形態では、対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１０５０ｍｇの用量で投与される。一実施形態では、対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１４００ｍｇの用量で投与される。
【0029】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象に皮下又は皮内投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される。
【0030】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。別の実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。
【0031】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩはラゼルチニブである。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２４０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、毎日投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、経口投与される。
【0032】
上記の治療方法のいくつかの実施形態では、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法は、白金ベースの化学療法である。いくつかの実施形態では、白金ベースの化学療法は、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む。
【0033】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、方法は更に、ステップ（ａ）の前に対象から生物学的試料を得ることを含み、この際、当該生物学的試料が腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）を含み、任意選択的に当該生物学的試料から当該腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）を精製することを含む。
【0034】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
【0035】
上記方法のいくつかの実施形態では、ステップ（ｃ）は、腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性でないと同定することを含む。
【0036】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
【0037】
上記方法のいくつかの実施形態では、ステップ（ｃ）は、（ｉ）腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、若しくは（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することを含む。
【0038】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
【0039】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与することと、（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与することと、（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
【0040】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、がんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）などの肺がんである。
【0041】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象におけるがんは、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある。いくつかの実施形態では、がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される。一実施形態では、がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブである。
【0042】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象は化学療法未経験である。
【0043】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、対象の腫瘍は、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される。
【0044】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、第１のドメインは、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインは、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインは、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインは、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
【0045】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む。
【0046】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。
【0047】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は対象に静脈内投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される。一実施形態では、対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１０５０ｍｇの用量で投与される。一実施形態では、対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１４００ｍｇの用量で投与される。
【0048】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象に皮下又は皮内投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される。
【0049】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。別の実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。
【0050】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩはラゼルチニブである。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２４０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、毎日投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩは、経口投与される。
【0051】
上記の治療方法のいくつかの実施形態では、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法は、白金ベースの化学療法である。いくつかの実施形態では、白金ベースの化学療法は、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む。
【0052】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、方法は、ステップ（ａ）の前に対象由来の腫瘍試料を更に含む。
【0053】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路由来の１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、診断キットである。
【0054】
上記のキットのいくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子は、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである。いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。
【0055】
上記のキットのいくつかの実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む。
【0056】
上記のキットのいくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子は、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0057】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、診断キットである。
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、診断キットである。
【0058】
上記のキットのいくつかの実施形態では、ＨＥＲ２発がん性変化は、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む。いくつかの実施形態では、ＰＴＥＮ欠失は、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ融合は、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＲＥＴ融合は、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む。
【0059】
上記のキットのいくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である。いくつかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、対象から単離された生物学的試料中に存在する。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、血液試料又は血漿試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは、対象から単離された腫瘍試料中に存在する。
【0060】
上記のキットのいくつかの実施形態では、キットは、対象由来の当該生物学的試料から当該腫瘍ＤＮＡを精製するための１つ以上の試薬を更に含む。
【0061】
上記のキットのいくつかの実施形態では、１つ以上の試薬は、１つ以上の変異を決定するために、次世代配列決定（ＮＧＳ）などの配列決定技術と共に使用され得る。
【0062】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍試料中のＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットである。いくつかの実施形態では、１つ以上の試薬を免疫組織化学（ＩＨＣ）と共に使用して、ＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定することができる。
【0063】
本明細書に記載されるこれらの態様及び他の態様は、以下の説明、特許請求の範囲、及び図面において当業者には明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【0064】
【図1】アミバンタマブ及びラゼルチニブの構造の概略図（左）、並びにアミバンタマブの作用機序（ＭＯＡ）の詳細な説明（右）を示す。
【図2】上皮成長因子受容体変異体（ＥＧＦＲｍ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）におけるオシメルチニブに対する獲得耐性の進行の模式図を示す。単一腫瘍部の配列決定は、耐性における異種パターン又は同時発生する変異を明らかにしない可能性がある。この意味で、血漿試料からの循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）の次世代配列決定（ＮＧＳ）は、より有用であり得る（Ｐａｐａｄｉｍｉｔｒａｋｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌ ２９：ＶＩＩＩ７４１，２０１８、Ｒａｍａｌｉｎｇａｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌ ２９：ＶＩＩＩ７４０，２０１８）。ｃｔＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ；エクソン１９ｄｅｌ、エクソン１９欠失。
【図3】組み合わせコホートに対応するＣＨＲＹＳＡＬＩＳ第１相試験のための試験設計を示す（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ３１：Ｓ８１３，２０２０）。ａ１つ以上の変化が、４２／４４ ｃｔＤＮＡ及び２９／４５腫瘍ＮＧＳ分析において検出された。Ｃ、サイクル；ＩＨＣ、免疫組織化学；ＱＷ、毎週：Ｑ２Ｗ、２週毎；ＲＰ２ＣＤ、推奨第２相併用用量。
【図4】患者の人口統計及びベースライン疾患特徴の概要チャートを示す。ａ局所試験に基づいて、中央試験はエクソン１９欠失を同定した。
【図5A】アミバンタマブ＋ラゼルチニブの併用（アミバンタマブ／ラゼルチニブの併用治療）で観察された、管理可能な安全を伴う持続的な応答を示す。図５Ａは、研究の数ヶ月にわたる標的病変の総径和（ＳｏＤ）におけるベースラインからの変化パーセンテージのプロットを示す。４人の患者は、ベースライン後の疾患評価を有さず、プロットに含まれていない。図５Ｂは、治験責任医師が評価した応答の概要チャートを示す（Ｎ＝４５人の患者）。これらのデータによって実証される安全プロファイルは、本発明者らによるアミバンタマブ＋ラゼルチニブを用いた以前の経験と一致する（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ３１：Ｓ８１３，２０２０）。最も一般的な有害イベント（ＡＥ）は、注入に伴う反応（infusion-related reaction、ＩＲＲ；７８％）、発疹（座瘡様皮膚炎５１％＋発疹２７％）、及び爪囲炎（４９％）であり、これらの大部分はグレード１～２であった。治療関連事例のうち、１６％がグレード≧３のＡＥであり、４％が中止であり、１８％が用量低減であった。ＣＢＲ、臨床的有用率（ＣＲ、ＰＲ、又はＳＤ≧１１週間）；ＣＲ、完全奏効；ＩＲＲ、注入に伴う反応；ｍＤＯＲ、奏効期間中央値；ｍＤＯＴ、治療期間中央値；ｍＦ／Ｕ、追跡期間中央値；ｍＰＦＳ、無増悪生存期間中央値；ＮＥ、評価不可能、ＮＲ達せず；ＯＲＲ、全奏効率；ＰＤ、進行性疾患；ＰＲ、部分奏効；ＳＤ、安定した疾患；ＵＮＫ、不明。
【図5B】アミバンタマブ＋ラゼルチニブの併用（アミバンタマブ／ラゼルチニブの併用治療）で観察された、管理可能な安全を伴う持続的な応答を示す。図５Ａは、研究の数ヶ月にわたる標的病変の総径和（ＳｏＤ）におけるベースラインからの変化パーセンテージのプロットを示す。４人の患者は、ベースライン後の疾患評価を有さず、プロットに含まれていない。図５Ｂは、治験責任医師が評価した応答の概要チャートを示す（Ｎ＝４５人の患者）。これらのデータによって実証される安全プロファイルは、本発明者らによるアミバンタマブ＋ラゼルチニブを用いた以前の経験と一致する（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ３１：Ｓ８１３，２０２０）。最も一般的な有害イベント（ＡＥ）は、注入に伴う反応（infusion-related reaction、ＩＲＲ；７８％）、発疹（座瘡様皮膚炎５１％＋発疹２７％）、及び爪囲炎（４９％）であり、これらの大部分はグレード１～２であった。治療関連事例のうち、１６％がグレード≧３のＡＥであり、４％が中止であり、１８％が用量低減であった。ＣＢＲ、臨床的有用率（ＣＲ、ＰＲ、又はＳＤ≧１１週間）；ＣＲ、完全奏効；ＩＲＲ、注入に伴う反応；ｍＤＯＲ、奏効期間中央値；ｍＤＯＴ、治療期間中央値；ｍＦ／Ｕ、追跡期間中央値；ｍＰＦＳ、無増悪生存期間中央値；ＮＥ、評価不可能、ＮＲ達せず；ＯＲＲ、全奏効率；ＰＤ、進行性疾患；ＰＲ、部分奏効；ＳＤ、安定した疾患；ＵＮＫ、不明。
【図6A】同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有する患者間の応答を示す。ＥＧＦＲ系耐性群、ＭＥＴ系耐性群、及びＥＧＦＲ＋ＭＥＴ（ＥＧＦＲ＋ＭＥＴ）系耐性群に関する腫瘍体積における最良の変化パーセンテージのプロットを示す。ＲＡＳ／ＲＡＦ経路（†）、ｍＴＯＲ経路（Δ）、細胞周期（￥）、及び融合イベント（
【0065】
【数1】
【図6B】同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有する患者間の応答を示す。ＥＧＦＲベース、ＭＥＴベース、及び追加の耐性群について決定された遺伝子変化の概要チャートを示す。合計４５人の患者のうち１７人が、ＮＧＳａ（ｃｔＤＮＡ／組織）によっていずれかのＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有すると同定された。このサブグループにおける全奏効率（ＯＲＲ）は４７％（患者１７人中８人）であった。奏効期間中央値（ｍＤＯＲ）は１０．４ヶ月であり、臨床的有用率（ＣＢＲ）は８２％であり、無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）は６．７ヶ月であった。ａゲノム解析では、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳにＧｕａｒｄａｎｔ３６０を使用し、組織ＮＧＳにＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒを使用した。ｂＥＧＦＲ増幅（コピー数変動、ＣＮＶ≧７）及びＭＥＴ増幅（ＣＮＶ≧３）は腫瘍ＮＧＳに基づき、他の増幅は、腫瘍ＮＧＳ（ＣＮＶ≧７）又はｃｔＤＮＡ ＮＧＳ（ＣＮＶ≧３）に基づいた。単一ヌクレオチドバリアント、挿入／欠失、及び挿入コール閾値は、＞２５０リードで５％以上の対立遺伝子頻度であった。ｃ８人の患者が≧１の変化を有した。Ａｍｐ、増幅、ＣＮＶ、コピー数変動。
【図7A】同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有しない患者間の応答を示す。不明な耐性機構及びＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性耐性群についての腫瘍体積における最良の変化パーセンテージのプロットを示す。ＲＡＳ／ＲＡＦ経路（†）、ｍＴＯＲ経路（Δ）、細胞周期（￥）、及び融合イベント（
【0066】
【数2】
【図7B】同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有しない患者間の応答を示す。ＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性群について決定された例示的な遺伝子変化の概要チャートを示す。本発明の層別化方法によれば、そのような変異が存在しない場合、患者は、本明細書に開示されるアミバンタマブとラゼルチニブの併用治療の候補であり得る。更に、本明細書に開示される方法に基づいて、本図に例示されるように、非ＥＧＦＲ非ＭＥＴ（すなわち、ＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性）耐性機構を有する患者は、ラゼルチニブ治療と組み合わせたアミバンタマブによる治療から除外される。これらのデータは、そのような患者がこの組み合わせに応答する可能性が低いことを示しており、現在の標準治療を考慮すると、例えば白金ベースの化学療法で治療することができる。具体的には、ＮＧＳａによって同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有しなかった２８人の患者の中で、全奏効率（ＯＲＲ）は２９％であり（８人／２８人の患者）、奏効期間中央値（ｍＤＯＲ）は８．３ヶ月であり、臨床的有用率（ＣＢＲ）は５４％であり、無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）は４．１ヶ月であった。同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ系耐性を有しない応答者の８人全員が、ＮＧＳによる不明な耐性であった。ａゲノム分析では、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳにはＧｕａｒｄａｎｔ３６０を使用し、組織ＮＧＳにはＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒを使用した。ｂ２人の患者が≧１の変化を有した。ＮＥ、評価不可能（４人の患者についてベースライン後評価なし）。
【図8】免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色アプローチによって同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴ発現を有する患者間の応答を示す。ＩＨＣは、遺伝的耐性機構にかかわらず患者を同定した。４５人の患者のうち、２０人の患者は、次世代配列決定（ＮＧＳ）後のＩＨＣ染色に十分な腫瘍生検を有していた。１０人の患者生検試料は、ＥＧＦＲ／ＭＥＴについて免疫陽性（ＩＨＣ＋）であり、ＥＧＦＲ＋ＭＥＴの複合（ＥＧＦＲ＋ＭＥＴ）Ｈスコア≧４００を示した。残りの１０個の患者生検試料をＩＨＣ－と定義した。ＩＨＣ＋患者は、９０％（９／１０患者）の全奏効率（ＯＲＲ）、９．７ヶ月の奏効期間中央値（ｍＤＯＲ）、１００％の臨床的有用率（ＣＢＲ）、及び１２．５ヶ月の無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）を有した。プロット（上）は、ＩＨＣ＋及びＩＨＣ－群についての腫瘍容積の最良の変化パーセンテージを示し、チャート（下）は、ＥＧＦＲ系耐性、ＭＥＴ系耐性、ＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性耐性、及び不明な耐性機構群についての対応する患者の層別化を示す。ＩＨＣ＋群における５人の応答者は、不明な遺伝的機構を有した。陽性応答者（ＰＲ）の高い提示がＩＨＣ＋群において観察され、腫瘍体積のより大きなパーセンテージの減少と関連していた。これらのデータは、高発現を示すＭＥＴ及び／又はＥＧＦＲのＩＨＣが、アミバンタマブ／ラゼルチニブ併用治療に対する治療応答の正の予測因子であることを示唆する。ＮＥ、評価不可能（２人の患者についてベースライン後評価なし）。
【図9】ＣＨＲＹＳＡＬＩＳ－２研究設計の例示的な概略図を示す。この第１／１ｂ相拡大コホート研究は、オシメルチニブ後のＥＧＦＲｍ ＮＳＣＬＣのうち、登録時に腫瘍生検を必要とする新たなコホートにおいて本明細書に開示されるバイオマーカーを検証しようとするものである（ＮＣＴ０４０７７４６３；Ｐｏｓｔｅｒ ＴＰＳ９１３２、「ＣＨＲＹＳＡＬＩＳ－２：ＥＧＦＲ変異体ＮＳＣＬＣ患者を対象における、ラゼルチニブの単剤療法及びアミバンタマブとの併用療法の第１／１ｂ相試験」）。
【図10A】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路又は病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋ（「ＮＧＳ１」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無憎悪生存曲線（図１０Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１０Ｂ）を示す。
【図10B】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路又は病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋ（「ＮＧＳ１」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無憎悪生存曲線（図１０Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１０Ｂ）を示す。
【図11A】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路若しくは病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋにおける病原性変化、又はＷＮＴ／ベータ－カテニン経路（「ＮＧＳ２」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無増悪生存曲線（図１１Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１１Ｂ）を示す。
【図11B】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路若しくは病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋにおける病原性変化、又はＷＮＴ／ベータ－カテニン経路（「ＮＧＳ２」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無増悪生存曲線（図１１Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１１Ｂ）を示す。
【図12A】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路若しくは病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋにおける病原性変化、又はＷＮＴ／ベータ－カテニン経路若しくは野生型ＥＧＦＲドライバー（「ＮＧＳ３」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無増悪生存曲線（図１２Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１２Ｂ）を示す。「除外」＝ＮＧＳ３陽性群；「含む」＝ＮＧＳ３陰性群。
【図12B】ＲＡＳ－ＲＡＦ－ＭＥＫ経路若しくは病原性ＰＩＫ３ＣＡ－Ｅ５４５Ｋにおける病原性変化、又はＷＮＴ／ベータ－カテニン経路若しくは野生型ＥＧＦＲドライバー（「ＮＧＳ３」）における病原性変化を有する患者集団及び有しない患者集団における、カプラン・マイヤー無増悪生存曲線（図１２Ａ）及び標的病変腫瘍サイズについてのウォーターフォールプロット（図１２Ｂ）を示す。「除外」＝ＮＧＳ３陽性群；「含む」＝ＮＧＳ３陰性群。
【図13A】ＩＨＣ１（ＥＧＦＲ）分類によって二分された集団についての標的病変の総径和（ＳｏＤ）におけるベースラインからの最良の変化のスイムレーンプロットを示す（図１３Ａ－ＩＨＣ１陽性、図１３Ｂ－ＩＨＣ１陰性）。
【発明を実施するための形態】
【0067】
定義
本明細書に引用される、特許及び特許出願を含むがそれらに限定されない全ての刊行物は、完全に記載されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に引用される、特許及び特許出願を含むがそれらに限定されない全ての刊行物は、完全に記載されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
【0068】
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明するためのみに使用され、限定することを意図するものではないと理解すべきである。別途定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する当業者によって一般的に理解されているものと同じ意味を有する。
【0069】
本明細書に記載されているものと同様又は同等の任意の方法及び材料を、本発明の試験を実施するために使用することができるが、例示となる材料及び方法を本明細書に記載する。本発明を説明及び特許請求する上で以下の用語が使用される。
【0070】
リストが提示される場合、別途記載されない限り、そのリストの各個々の要素及びそのリストの全ての組み合わせは別個の実施形態であることを、理解されたい。例えば、「Ａ、Ｂ、又はＣ」として提示される実施形態のリストは、実施形態「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ又はＣ」、「Ｂ又はＣ」、又は「Ａ、Ｂ、又はＣ」を含むと解釈されるべきである。
【0071】
本明細書及び添付の「特許請求の範囲」において使用されるとき、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」という単数形は、その内容について別途明確に指示されない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「細胞（a cell）」という言及には、２つ又は３つ以上の細胞の組み合わせなどが含まれる。
【0072】
複数の列挙された要素間の「及び／又は」という接続句は、個々の及び組み合わされた選択肢の両方を包含するものとして理解される。例えば、２つの要素が「及び／又は」によって接続される場合、第１の選択肢は、第２の要素なしに第１の要素が適用可能であることを指す。第２の選択肢は、第１の要素なしに第２の要素が適用可能であることを指す。第３の選択肢は、第１及び第２の要素が一緒に適用可能であることを指す。これらの選択肢のうちのいずれか１つは、意味に含まれ、したがって、本明細書に使用される場合、「及び／又は」という用語の要件を満たすことが理解される。選択肢のうちの２つ以上の同時適用性もまた、意味に含まれ、したがって、「及び／又は」という用語の要件を満たすことが理解される。
【0073】
「備える／含む（comprising）」、「から本質的になる（consisting essentially of）」、及び「からなる（consisting）」という移行句は、特許用語において概ね受け入れられている意味を含意することを意図しており、すなわち、（ｉ）「備える／含む（comprising）」は、「含む」、「含有する」、又は「特徴とする」と同義であり、包括的又は非制限的なものであり、その他の列挙されていない要素又は方法工程を除外するものではなく、（ｉｉ）「からなる（consisting of）」は、特許請求の範囲において特定されていない、あらゆる要素、工程、又は成分を除外し、並びに（ｉｉｉ）「から本質的になる」は、特定される材料又は工程、並びに、特許請求される発明の「基本的かつ新しい特徴に実質的に影響しないもの」に、特許請求の範囲を制限する。「備える／含む」という語句（又はその同義語）を伴って記載される実施形態はまた、「からなる」及び「から本質的になる」を伴って独立して記載される実施形態として提供する。
【0074】
「共投与」、「と共に投与」、「と組み合わせて投与」、「と組み合わせて」などは、選択された治療薬又は薬物の単一の患者への投与を包含し、治療薬又は薬物が同じ若しくは異なる投与経路によって又は同じ若しくは異なる時間に投与される治療レジメンを含むことを意図する。
【0075】
「単離された」は、組換え細胞などの分子が生成される系の他の成分から離して実質的に分離及び／又は精製された分子の均質な集団（例えば、合成ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ベクター、又はウイルス）に加えて、少なくとも１つの精製又は単離工程に供されたタンパク質を指す。「単離された」は、他の細胞材料及び／又は化学物質を実質的に含まない分子を指し、より高い純度、例えば８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の純度まで単離された分子を包含する。
【0076】
がんなどの疾患又は障害を「治療する」、「治療している」、又は「治療」は、障害の重症度及び／若しくは期間を低減する、治療される障害に特徴的な症状の悪化を阻害する、以前障害を有していた対象における障害の再発を制限若しくは予防する、又は以前障害について症候性であった対象における症状の再発を制限若しくは予防する、のうちの１つ以上を達成することを指す。
【0077】
疾患又は障害を「予防する」、「予防している」、「予防（prevention）」、又は「予防（prophylaxis）」は、対象において障害が発生するのを防ぐことを意味する。
【0078】
「診断する」又は「診断」は、対象が所与の疾患若しくは病態に罹患しているかどうか、又は将来的に所与の疾患若しくは病態を発症し得るかどうか、又は以前に診断された疾患若しくは病態に対する治療に応答する可能性が高いかどうかを判定する、すなわち、治療に対して応答する可能性について患者集団を層別化する方法を指す。診断は、典型的には、診断される疾患についての全般的な指針、又は対象が特定の治療に応答する可能性が高いことを示す他の基準に基づいて医師によって行われる。
【0079】
「応答性である」、「応答性」、又は「応答する可能性が高い」は、検出可能か若しくは検出不可能であるかにかかわらず、任意の種類の改善又は陽性応答、例えば、１つ以上の症状の軽減又は回復、疾患の程度の減少、安定化した（すなわち悪化しない）疾患状態、疾患の蔓延の防止、疾患の進行の遅延又は減速、疾患状態の回復又は緩和、及び寛解（部分的であっても全体的であっても）を指す。
【0080】
「新たに診断された」は、がん（例えば、ＥＧＦＲ又はｃ－Ｍｅｔ発現がん）と診断されてはいるが、治療（例えば、肺がんの治療）をまだ受けたことがない対象を指す。
【0081】
「治療有効量」は、必要な用量及び期間で所望の治療結果を達成するのに有効な量を指す。治療有効量は、個体の病態、年齢、性別、及び体重などの要因、並びに個体において所望の応答を誘発する治療薬又は治療薬の組み合わせの能力によって変動し得る。有効な治療薬又は治療薬の組み合わせの例示的な指標としては、例えば、患者の改善された健康が挙げられる。
【0082】
「難治性」とは、治療に応答しない疾患を指す。難治性疾患は、治療前若しくは治療開始時に治療に対して耐性であり得るか、又は難治性疾患は、治療中に耐性疾患となり得る。
【0083】
「再発性」とは、治療薬による以前の治療後の改善期間後に疾患又は疾患の徴候及び症状が再開することを指す。
【0084】
「対象」は、任意のヒト又は非ヒト動物を含む。「ヒト動物」としては、全ての脊椎動物、例えば哺乳類及び非哺乳類、例えば非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などが挙げられる。用語「対象」及び「患者」は、本明細書では互換的に使用される。
【0085】
「約」は、当業者によって求められた特定の値について許容される誤差範囲内であることを意味し、これは、その値が測定又は決定される方法、すなわち、測定システムの制限事項にある程度依存する。特定のアッセイ、結果、又は実施形態の文脈において、実施例又は本明細書の他の箇所に別途明示的に記載されない限り、「約」は、当該技術分野の慣行による１標準偏差、又は５％までの範囲のうちのいずれか大きい方の範囲内であることを意味する。
【0086】
「がん」は、無制御に増殖し、場合によっては、患者の身体の他の領域に転移（拡散）する傾向がある細胞の異常な成長を指す。
【0087】
「ＥＧＦＲ又はｃ－Ｍｅｔ発現がん」は、ＥＧＦＲ若しくはｃ－Ｍｅｔの検出可能な発現を有するか、又はＥＧＦＲ若しくはｃ－Ｍｅｔの変異若しくは増幅を有するがんを指す。ＥＧＦＲ又はｃ－Ｍｅｔの発現、増幅、及び変異状態は、配列決定、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション、免疫組織化学的検査、フローサイトメトリー、又はウェスタンブロッティングなどの既知の方法を使用して検出することができる。
【0088】
「上皮成長因子受容体」又は「ＥＧＦＲ」は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００５２１９に示されているアミノ酸配列を有するヒトＥＧＦＲ（ＨＥＲ１又はＥｒｂＢ１としても知られている（Ｕｌｌｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３０９：４１８－４２５，１９８４）に加えて、その天然に存在するバリアントを指す。
【0089】
本明細書で使用される場合、「肝細胞成長因子受容体」又は「ｃ－Ｍｅｔ」は、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００１１２０９７２に示されているアミノ酸配列を有するヒトｃ－Ｍｅｔ及びその天然のバリアントを指す。
【0090】
「二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体」又は「二重特異性ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体」は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を有する、二重特異性抗体を指す。ＥＧＦＲ及びｃ－Ｍｅｔに特異的に結合するドメインは、典型的には、ＶＨ／ＶＬ対であり、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲ及びｃ－Ｍｅｔに対する結合に関して一価である。
【0091】
「特異的結合」、又は「特異的に結合する」、又は「特異的な結合」、又は「結合する」は、抗体が、抗原又は抗原内のエピトープに、他の抗原よりも高い親和性で結合することを指す。典型的には、抗体は、典型的には平衡解離定数（ＫＤ）が、非特異的抗原（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に対する結合についてのＫＤよりも少なくとも１００倍小さい、約５×１０－８Ｍ以下、例えば、約１×１０－９Ｍ以下、約１×１０－１０Ｍ以下、約１×１０－１１Ｍ以下、約１×１０－１２Ｍ以下のＫＤで抗原又は抗原内のエピトープに結合する。解離定数は、既知のプロトコルを使用して測定することができる。しかしながら、抗原又は抗原内のエピトープに結合する抗体は、他の関連抗原、例えば、ヒト又はサル、例えば、Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ（カニクイザル、ｃｙｎｏ）又はＰａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓ（チンパンジー、ｃｈｉｍｐ）などの他の種由来の同じ抗原（ホモログ）に対して交差反応性を有する場合がある。単一特異性抗体は、１つの抗原又は１つのエピトープに結合するが、二重特異性抗体は、２つの異なる抗原又は２つの異なるエピトープに結合する。
【0092】
「抗体」は、広義の意味を有し、マウス、ヒト、ヒト化、及びキメラモノクローナル抗体を含むモノクローナル抗体、抗原結合断片、二重特異性、三重特異性、四重特異性などの多特異性抗体、二量体、四量体、又は多量体抗体、一本鎖抗体、ドメイン抗体、及び必要とされる特異性の抗原結合部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の修飾された形態を含む免疫グロブリン分子を含む。「完全長抗体」は、ジスルフィド結合により相互接続された、２本の重鎖（heavy chain、ＨＣ）及び２本の軽鎖（light chain、ＬＣ）、並びにこれらの多量体（例えばＩｇＭ）で構成される。各重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）、及び重鎖定常領域（ドメインＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３からなる）で構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）及び軽鎖定常領域（light chain constant region、ＣＬ）で構成される。ＶＨ領域及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（framework region、ＦＲ）が散在しており相補性決定領域（complementarity determining region、ＣＤＲ）と呼称される超可変領域に更に細分化され得る。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、及びＦＲ４で配置された、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲセグメントで構成される。
【0093】
「相補性決定領域（ＣＤＲ）」は、抗原に結合する抗体の領域である。ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ（Ｗｕ ｅｔ ａｌ．（１９７０）Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １３２：２１１－５０）（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．，１９９１）、Ｃｈｏｔｈｉａ（Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１－１７）、ＩＭＧＴ（Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７：５５－７７）、及びＡｂＭ（Ｍａｒｔｉｎ ａｎｄ Ｔｈｏｒｎｔｏｎ（１９９６）Ｊ Ｂｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６３：８００－１５）などの、様々な記述を使用して定義することができる。様々な記述と、可変領域の付番との間の対応が記載されている（例えば、Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２７：５５－７７、Ｈｏｎｅｇｇｅｒ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，（２００１）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ３０９：６５７－７０；Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）データベース、ウェブリソース、ｈｔｔｐ：／／ｉｍｇｔ＿ｏｒｇ）。ＵＣＬ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ ＰＬＣによるａｂＹｓｉｓなどの利用可能なプログラムを使用して、ＣＤＲを記述することができる。本明細書で使用される場合、用語「ＣＤＲ」、「ＨＣＤＲ１」、「ＨＣＤＲ２」、「ＨＣＤＲ３」、「ＬＣＤＲ１」、「ＬＣＤＲ２」、及び「ＬＣＤＲ３」は、本明細書に別途明示的に記載のない限り、上述したＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＩＭＧＴ、又はＡｂＭの方法のいずれかにより定義されるＣＤＲを含む。
【0094】
免疫グロブリンは、重鎖定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、５つの主要なクラス、すなわちＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭに割り当てられ得る。ＩｇＡ及びＩｇＧは、アイソタイプのＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４として更に細分類される。どのような脊椎動物種の抗体軽鎖も、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、２つの明確に異なるタイプ、すなわち、カッパ（κ）及びラムダ（λ）のうちの一方に割り当てることができる。
【0095】
「抗原結合断片」とは、抗原に結合する免疫グロブリン分子の一部分を指す。抗原結合断片は合成ポリペプチド、酵素により入手可能なポリペプチド、又は遺伝子組換えされたポリペプチドであってもよく、ＶＨ、ＶＬ、ＶＨ及びＶＬ、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ及びＦｖ断片、１つのＶＨドメイン又は１つのＶＬドメインからなるドメイン抗体（domain antibody、ｄＡｂ）、サメ可変性ＩｇＮＡＲドメイン、ラクダ化ＶＨドメイン、ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４部分などの、抗体のＣＤＲを再現したアミノ酸残基からなる最小の認識単位、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及び／又はＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及び／又はＬＣＤＲ３が挙げられる。ＶＨ及びＶＬドメインは互いに、合成リンカーを介して結合し、様々なタイプの一本鎖抗体設計を形成することができ、ＶＨ及びＶＬドメインが、別個の一本鎖抗体構築物により発現される場合では、ＶＨ／ＶＬドメインが分子内、又は分子間で対形成し、一価の抗原結合部位、例えば一本鎖Ｆｖ（single chain Fv、ｓｃＦｖ）又はダイアボディを形成することができ、これらは、例えば国際公開第１９９８／４４００１号、同第１９８８／０１６４９号、同第１９９４／１３８０４号、及び同第１９９２／０１０４７号に記載されている。
【0096】
「モノクローナル抗体」とは、抗体重鎖からＣ末端リジンを除去する、又はアミノ酸の異性化若しくは脱アミド、メチオニンの酸化、又はアスパラギン若しくはグルタミンの脱アミドなどの翻訳後修飾といった、可能な周知の変更を除いて同一である、抗体分子の実質的に均質な母集団から得られた抗体、すなわち、集団を構成する個別の抗体を意味する。モノクローナル抗体は、典型的には、１つの抗原性エピトープに結合する。二重特異性モノクローナル抗体は、２つの異なる抗原性エピトープに結合する。モノクローナル抗体は、抗体集団内で不均一なグリコシル化を有し得る。モノクローナル抗体は、単一特異性であってもよく、又は、二重特異性などの多重特異性であってもよく、一価、二価、又は多価であってもよい。
【0097】
「組換え体」は、異なる供給源由来のセグメントが接合して組換えＤＮＡ、抗体、又はタンパク質を生成するときに、組換え手段によって調製、発現、作製、又は単離されるＤＮＡ、抗体、及び他のタンパク質を指す。
【0098】
「二重特異性」は、２つの異なる抗原、又は同じ抗原内の２つの異なるエピトープと特異的に結合する抗体を指す。二重特異性抗体は、他の関連抗原、例えば、ヒト又はサル、例えば、Ｍａｃａｃａ ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ（例えば、カニクイザル（cynomolgus、ｃｙｎｏ））若しくはＰａｎ ｔｒｏｇｌｏｄｙｔｅｓなどの他の種由来の同じ抗原（ホモログ）に対して交差反応性を有し得るか、あるいは２つ又は３つ以上の異なる抗原間で共有されているエピトープに結合し得る。
【0099】
「アンタゴニスト」又は「阻害剤」は、細胞タンパク質に結合したとき、そのタンパク質の天然のリガンドによって誘導される少なくとも１つの反応又は活性を抑制する分子を指す。少なくとも１つの反応又は活性が、アンタゴニストの非存在下（例えば、陰性対照）で抑制される少なくとも１つの反応又は活性よりも少なくとも約２０％、３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、若しくは１００％多く抑制されたとき、あるいはアンタゴニストの非存在下における抑制と比較して抑制が統計的に有意であるとき、分子はアンタゴニストである。
【0100】
「ＰＤ－（Ｌ）１軸阻害剤」は、ＰＤ－１下流シグナル伝達を阻害する分子を指す。ＰＤ－（Ｌ）１軸阻害剤は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、又はＰＤ－Ｌ２に結合する分子であってもよい。
【0101】
「生物学的試料」は、対象から単離された類似の流体、細胞、又は組織に加えて、対象内に存在する流体、細胞、又は組織の収集物を指す。例示的な試料は、生物学的流体、例えば、血液、血清及び漿膜液、血漿、リンパ液、尿、唾液、嚢胞液、涙液、糞便、喀痰、分泌組織及び器官の粘膜分泌液、膣分泌液、腹水、胸膜腔、心膜腔、腹膜腔、腹腔、及び他の体腔の流体、気管支洗浄によって回収された流体、滑液、対象又は生物学的起源、例えば、細胞又は器官の馴化培地を含む細胞及び器官の培養培地、洗浄液などと接触した液体溶液、組織生検、腫瘍組織生検、腫瘍組織試料、穿刺吸引、外科的に切除された組織、器官培養物又は細胞培養物である。非限定的な例として、生物学的試料は血液試料である。別の非限定的な例として、生物学的試料は血漿試料である。更に別の非限定的な例として、生物学的試料は腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、血液又は血漿試料などであるがこれらに限定されない、本明細書に開示される様々な他の生物学的試料から単離され得る循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、例えば、腫瘍試料から単離され得る腫瘍ＤＮＡである。
【0102】
本出願で使用される場合、「低フコース」又は「低フコース含量」は、抗体が約１％～１５％の間のフコース含量を有することを指す。
【0103】
本明細書で使用される場合、「正常なフコース」又は「正常なフコース含量」とは、抗体が約５０％を超える、典型的には、約８０％を超える又は８５％を超えるフコース含量を有することを指す。
【0104】
本開示の方法
診断方法
一態様において、本開示は対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法を提供する。
診断方法
一態様において、本開示は対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法を提供する。
【0105】
いくつかの実施形態では、本方法は、ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）における変異から選択される、ことと、ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む。
【0106】
いくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される。
【0107】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路若しくはＷＮＴ／ｂ－カテニン経路に関連する変異、又はＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、当技術分野で公知の病原性変異を含み得る。
【0108】
いくつかの実施形態では、変異は、線維芽細胞成長因子受容体３（ＦＧＦＲ３）、カーステンラット肉腫ウイルスがん遺伝子（ＫＲＡＳ）、ｖ－ｒａｆマウス肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログＢ１（ＢＲＡＦ）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、未分化リンパ腫受容体チロシンキナーゼ（ＡＬＫ）、神経芽細胞腫－ＲＡＳ（ＮＲＡＳ）、血小板由来成長因子受容体Ａ（ＰＤＧＦＲＡ）及び／又はＲｅｔがん原遺伝子（ＲＥＴ）などであるが、これらに限定されない、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子において見出され得る。
【0109】
いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含み得るが、これらに限定されない。
【0110】
いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。
【0111】
いくつかの実施形態では、ＢＲＡＦにおける変異は、Ｒ．Ｙａｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ＲＡＦ－ＭＥＫ Ｐａｔｈｗａｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ（２０１９）９（３）：３２９－３４１（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもの、例えば、限定されないが、Ｖ６００Ｅ／Ｋ／Ｄ／Ｒ／Ｍ、Ｐ３６７Ｌ／Ｓ、Ｇ４６４Ｖ／Ｅ、Ｌ４８５Ｗ、Ｎ４８６＿Ａ４８９ｄｅｌｉｎｓＫ、Ｎ４８６＿Ｐ４９０ｄｅｌ、Ｅ５８６Ｋ、Ｌ５９７Ｑ／Ｒ／Ｓ／Ｖ、Ｔ５９９ＴＴ／ＴＳ、Ｔ５９９Ｉ／Ｋ、Ｋ６０１Ｅ／Ｎ／Ｔ、Ｋ６０１＿Ｓ６０２ｄｅｌｉｎｓＮＴ、ＢＲＡＦキナーゼ複製、ＢＲＡＦキナーゼドメインの融合、Ｄ２８７Ｈ、Ｖ４５９Ｌ、Ｇ４６６Ａ／Ｅ／Ｖ、Ｓ４６７Ｌ、Ｇ４６９Ｅ、Ｎ５８１Ｉ／Ｓ／Ｔ、Ｄ５９４Ａ／Ｇ／Ｈ／Ｎ、Ｆ５９５Ｌ、Ｇ５９６Ｄ／Ｒを含み得る。
【0112】
いくつかの実施形態では、ＢＲＡＦにおける変異は、Ｈ．Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｈｏｒｉｚｏｎｓ ｉｎ ＫＲＡＳ－Ｍｕｔａｎｔ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ：Ｄａｗｎ Ａｆｔｅｒ Ｄａｒｋｎｅｓｓ．Ｆｒｏｎｔ．Ｏｎｃｏｌ．，２５ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２０１９（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもの、例えば、Ｅ３Ｋ、Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ／Ｄ／Ｅ／Ｖ／Ｒ、Ｖ１４Ｉ、Ｑ６１Ｌ／Ｅ／Ｈ／Ｒ、Ｆ６１Ｌ、Ｌ１９Ｆ、Ｄ３３Ｅ、Ｔ５８Ｉ、Ａ５９Ｔ、Ａ１４６Ｐ／Ｖ／Ｔ、Ｃ１１８Ｓ、Ａ５９＿Ｇ６０ｄｅｌｉｎｓＧＶを含み得るが、これらに限定されない。
【0113】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む。
【0114】
いくつかの実施形態では、変異は、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１などであるがこれらに限定されない、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子において見出され得る。
【0115】
いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0116】
いくつかの実施形態では、本開示はまた、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定する方法であって、ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡ（例えば、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ））における１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：（１）ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、カーステンラット肉腫ウイルスがん遺伝子（ＫＲＡＳ）Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（Ｘは、Ｇ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ｖ－ｒａｆマウス肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログＢ１（ＢＲＡＦ）Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、サイクリンＤ１（ＣＣＮＤ１）増幅、サイクリンＤ２（ＣＣＮＤ２）増幅、サイクリンＥ１（ＣＣＮＥ１）増幅、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）増幅、サイクリン依存性キナーゼ６（ＣＤＫ６）増幅、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＨＥＲ２）増幅、ＨＥＲ２発がん変化、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、未分化リンパ腫受容体チロシンキナーゼ（ＡＬＫ）融合、線維芽細胞成長因子受容体３－形質転換酸性コイルドコイル含有タンパク質３（ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３）融合及び他の融合（例えば、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合）、Ｒｅｔがん原遺伝子（ＲＥＴ）融合、ｖ－ｒａｆマウス肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログＢ１（ＢＲＡＦ）融合、並びに他の発がん融合イベント； （２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異から選択される、ことと、ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）が群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性であると同定するか、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）が群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性でないと同定することと、を含む、方法を提供する。
【0117】
ＨＥＲ２発がん性変化の非限定的な例としては、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙが挙げられる。ＰＴＥＮ欠失の非限定的な例としては、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌが挙げられる。ＡＬＫ融合の非限定的な例としては、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合が挙げられる。ＲＥＴ融合の非限定的な例としては、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合、及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合が挙げられる。ＢＲＡＦ融合の非限定的な例としては、Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ：１３８，８８１－８９０（２０１６）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもの、例えば、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＡＧＫ－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＮＵＰ２１４－ＢＲＡＦ、ＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ、ＢＴＦ３Ｌ４－ＢＲＡＦ、ＧＨＲ－ＢＲＡＦ、ＺＮＦ７６７－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ９１－ＢＲＡＦ、ＤＹＮＣ１Ｉ２－ＢＲＡＦ、ＺＫＳＣＡＮ１－ＢＲＡＦ、ＧＴＦ２Ｉ－ＢＲＡＦ、ＭＺＴ１－ＢＲＡＦ、ＲＡＤ１８－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ１２Ａ７－ＢＲＡＦ、ＭＹＲＩＰ－ＢＲＡＦ、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＮＵＢ１－ＢＲＡＦ、ＫＬＨＬ７－ＢＲＡＦ、ＴＡＮＫ－ＢＲＡＦ、ＲＢＭＳ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＫ３５－ＢＲＡＦ、ＥＴＦＡ－ＢＲＡＦ、ＳＶＯＰＬ－ＢＲＡＦ、及びＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦが挙げられる。他の発がん性融合イベントとしては、Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１８ Ａｐｒｉｌ ０３；２３（１）：２２７－２３８．ｅ３．（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図１に記載されるものを含むが、これらに限定されない。
【0118】
具体的に記載された変異に加えて、変異は以下のように選択することもできる。
－ＣＯＳＭＩＣ ｃａｎｃｅｒ ｇｅｎｅ ｃｅｎｓｕｓ（Ｓｏｎｄｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ｖｏｌｕｍｅ １８，６９６－７０５（２０１８）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））に基づいて、がん遺伝子又は腫瘍抑制遺伝子として遺伝子に注釈を付ける。
－がん遺伝子については、活性化短バリアントは、以下の場合に同定される：
○ＯｎｃｏＫｂにおいて発がん性又は発がん性の可能性があるとして列挙されている（Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ．２０１７：１，１－１６（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））場合；
○がんホットスポットで見出される、すなわち、がんホットスポットに列挙されるように、偶然によって予想されるよりも統計的に有意に頻繁に変異される（Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．２０１８ Ｆｅｂ；８（２）：１７４－１８３（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）場合；
○明示的に知られている活性化変異（すなわち、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ）である場合。
－がん遺伝子の限定されたセットを、Ｇｕａｒｄａｎｔ ３６０パネル上でコピー数及び融合について評価する。これらはまた、コピー数が３より大きい場合、又は任意の融合が検出される場合、活性化として分類される。
－腫瘍抑制因子については、不活性化短バリアントは、以下の場合に同定される：
○ＯｎｃｏＫｂにおいて発がん性又は発がん性の可能性があるとして列挙されている場合；
○がんホットスポット中のがんホットスポットで見出される場合；
○切断変異、すなわち、ナンセンス、フレームシフト又はスプライス部位変異をもたらす場合；
○明示的に知られている不活性化変異である場合。
－ＣＯＳＭＩＣ ｃａｎｃｅｒ ｇｅｎｅ ｃｅｎｓｕｓ（Ｓｏｎｄｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ｖｏｌｕｍｅ １８，６９６－７０５（２０１８）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））に基づいて、がん遺伝子又は腫瘍抑制遺伝子として遺伝子に注釈を付ける。
－がん遺伝子については、活性化短バリアントは、以下の場合に同定される：
○ＯｎｃｏＫｂにおいて発がん性又は発がん性の可能性があるとして列挙されている（Ｃｈａｋｒａｖａｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，ＪＣＯ Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ．２０１７：１，１－１６（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））場合；
○がんホットスポットで見出される、すなわち、がんホットスポットに列挙されるように、偶然によって予想されるよりも統計的に有意に頻繁に変異される（Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．２０１８ Ｆｅｂ；８（２）：１７４－１８３（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）場合；
○明示的に知られている活性化変異（すなわち、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ）である場合。
－がん遺伝子の限定されたセットを、Ｇｕａｒｄａｎｔ ３６０パネル上でコピー数及び融合について評価する。これらはまた、コピー数が３より大きい場合、又は任意の融合が検出される場合、活性化として分類される。
－腫瘍抑制因子については、不活性化短バリアントは、以下の場合に同定される：
○ＯｎｃｏＫｂにおいて発がん性又は発がん性の可能性があるとして列挙されている場合；
○がんホットスポット中のがんホットスポットで見出される場合；
○切断変異、すなわち、ナンセンス、フレームシフト又はスプライス部位変異をもたらす場合；
○明示的に知られている不活性化変異である場合。
【0119】
別の態様において、本開示は、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるかどうかを決定するための方法であって、ａ）対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて決定することと、ｂ）ステップ（ａ）において決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法を提供する。
【0120】
染色強度値は、免疫組織化学的結果の分析に有用な半定量的アプローチとして腫瘍試料に割り当てることができる。このようなアプローチは当該技術分野において周知である。染色強度は、０～３＋（０、１＋、２＋、又は３＋）のスケールで割り当てられ、０は、染色が可視又は検出可能でない場合に割り当てられ、３＋は、最高強度染色に割り当てられ、固定フィールド内の各細胞について決定され得る。腫瘍試料は、ホルマリンパラフィン包埋組織（ＦＦＰＥ）中に固定することができる。
【0121】
免疫組織化学的結果の分析に有用な半定量的アプローチとして、Ｈスコア（又は組織スコア）を腫瘍試料に割り当てることができる（Ｈｉｒｓｃｈ ＦＲ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２１：３７９８－３８０７，２００３；Ｊｏｈｎ Ｔ ｅｔ ａｌ．，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２８：Ｓ１４－Ｓ２３，２００９）。非限定的な例として、膜染色強度（０、１＋、２＋、又は３＋）は、固定フィールド内の各細胞について決定され得る。腫瘍試料は、ホルマリンパラフィン包埋組織（ＦＦＰＥ）中に固定することができる。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは、優勢な染色強度に基づいてもよい。いくつかの実施形態では、Ｈスコアは、見られる各強度レベルに対する個々のＨスコアの合計を含んでもよい。非限定的な例として、各染色強度レベルにおける細胞のパーセンテージを計算することができ、最後に、以下の例示的な式：［１×（％細胞１＋）＋２×（％細胞２＋）＋３×（％細胞３＋）］を使用してＨスコアを割り当てることができる。０～３００の範囲の最終的な計算されたＨスコアは、所与の腫瘍試料におけるより高い強度の膜染色に対してより多くの相対的重みを与え得る。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、特定の識別閾値に基づいて陽性又は陰性のいずれかであるとみなされ得る。
【0122】
本明細書で言及される「複合Ｈスコア」は、１つのバイオマーカー（例えば、ＥＧＦＲ発現）の分析から計算されたＨスコアを、第２のバイオマーカー（例えば、ＭＥＴ発現）の分析から計算されたＨスコアに加算することによって生成することができる。したがって、複合Ｈスコアは、０～６００の範囲を有することができる。
【0123】
別の態様において、本開示は、対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるかどうかを決定するための方法であって、ａ）対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて決定することと、ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法を提供する。
【0124】
いくつかの実施形態では、本方法は、ステップｃ）において、腫瘍試料の細胞の５％、７．５％、１０％、１２．５％、１５％、１７．５％、２０％、２２．５％、２５％、２７．５％、３０％、３２．５％、３５％、３７．５％、４０％、４２．５％、４５％、４７．５％又は５０％以上において強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性であると同定することを含む。したがって、ステップｃ）は、（ｉｉ）腫瘍試料の５％、７．５％、１０％、１２．５％、１５％、１７．５％、２０％、２２．５％、２５％、２７．５％、３０％、３２．５％、３５％、３７．５％、４０％、４２．５％、４５％、４７．５％又は５０％未満の細胞において強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性でないと同定することを含み得る。
【0125】
一実施形態では、本方法は、ステップｃ）において、腫瘍試料の細胞の２５％以上において強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性ではないと同定することを含む。
【0126】
様々な実施形態では、本開示の方法によって評価されるがんは、肺がんである。いくつかの実施形態では、肺がんは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。いくつかの実施形態では、対象におけるがんは、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある。がんが耐性であり得るＥＧＦＲ ＴＫＩの非限定的な例は、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、がんが耐性であり得るＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブである。
【0127】
いくつかの実施形態では、対象は、ＥＧＦＲ阻害剤に対して耐性であるか又は耐性を獲得している。がんが耐性を獲得し得る例示的なＥＧＦＲ阻害剤は、抗ＥＧＦＲ抗体であるセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標））、パンチヌムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標））、マツズマブ、ニモツズマブ、低分子ＥＧＦＲ阻害剤であるエルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））、ＥＫＢ－５６９（ペリチニブ、不可逆性ＥＧＦＲ ＴＫＩ）、汎ＥｒｂＢ及び他の受容体チロシンキナーゼ阻害剤であるラパチニブ（ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２阻害剤）、ペリチニブ（ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２阻害剤）、バンデタニブ（ＺＤ６４７４、ＺＡＣＴＩＭＡ（商標）、ＥＧＦＲ、ＶＥＧＦＲ２、及びＲＥＴ ＴＫＩ）、ＰＦ００２９９８０４（ダコミチニブ、不可逆性汎ＥｒｂＢ ＴＫＩ）、ＣＩ－１０３３（不可逆性汎ｅｒｂＢ ＴＫＩ）、アファチニブ（ＢＩＢＷ２９９２、不可逆性汎ＥｒｂＢ ＴＫＩ）、ＡＶ－４１２（二重ＥＧＦＲ及びＥｒｂＢ２阻害剤）、ＥＸＥＬ－７６４７（ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ２、ＧＥＶＧＲ、及びＥｐｈＢ４阻害剤）、ＣＯ－１６８６（不可逆性変異体選択的ＥＧＦＲ ＴＫＩ）、ＡＺＤ９２９１（不可逆性変異体選択的ＥＧＦＲ ＴＫＩ）、モボセルチニブ（ＴＡＫ７８８、不可逆性ＥＧＦＲ ＴＫＩ）、ポジオチニブ（不可逆性汎ＥＧＦＲ又はＨＥＲ ＴＫＩ）、並びにＨＫＩ－２７２（ネラチニブ、不可逆性ＥＧＦＲ／ＥｒｂＢ２阻害剤）である。
【0128】
様々な定性的及び／又は定量的な方法を使用して、対象が抗がん療法による治療に対して耐性であるかどうか、耐性を発現しているかどうか、又は耐性を発現しやすいかどうかを判定することができる。抗がん療法に対する耐性に関連し得る症状としては、患者の健康の低下若しくは定常状態、腫瘍サイズの増大、腫瘍の成長の低減の停止若しくは減速、及び／又は１つの位置から他の器官、組織、若しくは細胞への体内におけるがん性細胞の拡散が挙げられる。食欲低下、認知障害、うつ病、呼吸困難、倦怠感、ホルモン撹乱、好中球減少、疼痛、末梢神経障害、及び性機能不全などのがんに関連する様々な症状の再確立又は悪化も、対象が抗がん療法に対する耐性を発現しているか又は発現しやすいことの指標となり得る。がんに関連する症状は、がんの種類に応じて異なり得る。例えば、子宮頸部がんに関連する症状としては、異常出血、異常な激しい膣分泌物、通常の月経周期に関連しない骨盤痛、膀胱痛又は排尿中の疼痛、及び定期的な月経期間の間、性交、膣洗浄、又は内診後の出血を挙げることができる。肺がんに関連する症状としては、しつこい咳、喀血、息切れ、ぜーぜーする胸痛、食欲減退、意図しない体重減少、及び倦怠感を挙げることができる。肝臓がんの症状としては、食欲及び体重の減少、特に背部及び肩部に及び得る腹部の右上部分における腹痛、悪心及び嘔吐、全身の衰弱及び倦怠感、肝肥大、腹部膨潤（腹水）、並びに皮膚及び白眼の黄変（黄疸）を挙げることができる。腫瘍学の当業者であれば、特定の種類のがんに関連する症状を容易に特定することができる。
【0129】
いくつかの実施形態では、対象は、化学療法未経験である。
【0130】
いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する。
【0131】
がんに関連し得るＥＧＦＲ活性化変異としては、ＥＧＦＲの少なくとも１つの生物活性の増加（例えばチロシンキナーゼ活性の上昇など）、リガンド結合の増強、リガンド非依存性シグナル伝達、細胞増殖の増加、ＭＡＰＫ／ＥＲＫ経路へのシグナル伝達、遺伝子転写、受容体ホモ二量体及びヘテロ二量体の形成、二量体化（ＥＧＦＲ：ＥＧＦＲ）、ヘテロ二量体化（ＥＧＦＲ：ＨＥＲ２又はＥＧＦＲ：ＨＥＲ３）をもたらす点変異、欠失変異、挿入変異、逆位又は遺伝子増幅が挙げられる。変異は、ＥＧＦＲ遺伝子、又はＥＧＦＲ遺伝子に関連する調節領域の任意の部分に位置してもよく、エクソン１８、１９、２０、若しくは２１における変異、又はキナーゼドメインにおける変異を含む。ＥＧＦＲ活性化変異の他の例は、当該技術分野では周知のものである（例えば、米国特許出願公開第２００５／０２７２０８３号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。受容体ホモ及びヘテロ二量体、受容体リガンド、自己リン酸化部位、並びにＥｒｂＢの媒介によるシグナル伝達に関与するシグナル伝達分子を含むＥＧＦＲ及び他のＥｒｂＢ受容体に関する情報は、当該技術分野において既知である（例えば、Ｈｙｎｅｓ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ５：３４１－３５４，２００５（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。
【0132】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、Ｌ８６１Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、Ｌ８５８Ｒ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｌ８５８Ｐ、若しくはＴ７９０Ｍの置換、Ｅ７４６～Ａ７５０の欠失、Ｒ７４８～Ｐ７５３の欠失、Ｍ７６６とＡ７６７との間へのＡｌａ（Ａ）の挿入、Ｓ７６８とＶ７６９との間へのＳｅｒ、Ｖａｌ、及びＡｌａ（ＳＶＡ）の挿入、Ｐ７７２とＨ７７３との間へのＡｓｎ及びＳｅｒ（ＮＳ）の挿入、Ｄ７６１とＥ７６２、Ａ７６３とＹ７６４、Ｙ７６４とＹ７６５、Ｍ７６６とＡ７６７、Ａ７６７とＶ７６８、Ｓ７６８とＶ７６９、Ｖ７６９とＤ７７０、Ｄ７７０とＮ７７１、Ｎ７７１とＰ７７２、Ｐ７７２とＨ７７３、Ｈ７７３とＶ７７４、Ｖ７７４とＣ７７５との間への１つ以上のアミノ酸の挿入、ＥＧＦＲエクソン１９における１つ以上の欠失、ＥＧＦＲエクソン２０における１つ以上の欠失、又はＥＧＦＲエクソン２０における１つ以上の挿入、あるいはそれらの任意の組み合わせを含む。
【0133】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８６１Ｑ及びＧ７１９Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）などの１つ以上の珍しいＥＧＦＲ活性化変異を含む。
【0134】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、エクソン１９、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍにおける１つ以上の欠失から選択され得る。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、エクソン１９における１つ以上の欠失である。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、Ｌ８５８Ｒである。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ活性化変異は、エクソン１９及びＬ８５８Ｒにおける１つ以上の欠失から選択される。エクソン１９内の５つのアミノ酸欠失又はＥＧＦＲにおける点変異Ｌ８５８Ｒは、ＥＧＦＲ ＴＫＩの感受性に関連し得る（Ｎａｋａｔａ ａｎｄ Ｇｏｔｏｈ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｔｈｅｒ Ｔａｒｇｅｔｓ １６：７７１－７８１，２０１２（その全体が参照により本明細書に組み込まれる））。Ｌ８５８Ｒ又はエクソン１９欠失などのＴＫＩに敏感なＥＧＦＲ変異によって駆動される腫瘍モデルにおいて、アミバンタマブは、リガンド結合の遮断、受容体発現低下、下流シグナル伝達阻害、及び免疫指向性抗がん活性の誘発を含む、いくつかの提案された作用機序（ＭＯＡ）を有する（Ｃｏｍｍｉｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎ ２０１０；１２５（２）：Ｓ５３－Ｓ７２（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
【0135】
いくつかの実施形態では、エクソン１９欠失は、Ｅ７４６＿Ａ７５０ｄｅｌ、Ｌ７４７＿Ｐ７５３ｄｅｌｉｎｓＳ、Ｅ７４６＿Ｓ７５２ｄｅｌｉｎｓＶ、Ｌ７４７＿Ａ７５０ｄｅｌｉｎｓＰ、Ｌ７４７＿Ｔ７５１欠失、Ｅ７４６＿Ｐ７５３ｄｅｌｉｎｓＶＳ、Ｅ７４６＿Ｔ７５１ｄｅｌｉｎｓＡ、Ｅ７４６＿Ｔ７５１ｄｅｌｉｎｓＬ、Ｌ７４７＿Ｅ７４９欠失、Ｌ７４７＿Ｋ７５４ｄｅｌｉｎｓＡＴＳＰＥ、Ｌ７４７＿Ｋ７５４ｄｅｌｉｎｓＳＮ、Ｌ７４７＿Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｌ７４７－Ｔ７５１ｄｅｌｉｎｓＰ、及びＴ７５１－Ｉ７５９ｄｅｌｉｎｓＮを含む。
【0136】
群（１）及び（２）に列挙されるものなどであるがこれらに限定されない、本明細書に開示される変異のいずれかの存在又は非存在は、例えば、サンガー配列決定、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）、ＲＮＡ－Ｓｅｑ、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション、又は免疫組織化学などの当技術分野で公知の方法を使用して検出され得る。
【0137】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される生物学的試料における１つ以上の変異の存在又は非存在は、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して検出され得る。生物学的試料の非限定的な例は、血液試料、血漿試料、及び腫瘍試料である。生物学的試料の別の非限定的な例は、血液又は血漿試料から単離された循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である。そのような実施形態では、１つ以上の変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、本明細書に記載のＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異、本明細書に記載のＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント、ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、ＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、並びに本明細書に記載のＥＧＦＲ活性化変異から選択される。
【0138】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、対象から得られた腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）における１つ以上の変異の有無を決定することを含み得る。いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ｃｔＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在又は非存在を決定することを含み得る。いくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）は、対象から単離された生物学的試料中に存在する。非限定的な例として、生物学的試料は、血液試料、血漿試料又は腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）は、変異同定の前に生物学的試料から単離され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される様々な生物学的試料のいずれかから得られる腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）のいずれかは、任意選択的に、当該生物学的試料から精製され得る。
【0139】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、第１のドメインは、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインは、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインは、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインは、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む。
【0140】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
【0141】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む。
【0142】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約２％～約１４％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約３％～約１３％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約４％～約１２％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約５％～約１１％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約２％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約３％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約４％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約６％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約７％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約８％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約９％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１０％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１１％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１２％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１３％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。
【0143】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、例えば、限定されないが、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ ＴＫＩ）と組み合わせて投与されてもよい。ＴＫＩの非限定的な例は、キナーゼ阻害剤は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、バンデタニブ、アファチニブ、オシメルチニブ、ラゼルチニブ、ポジオチニブ、クリオチニブ、カボザンチニブ、カプマチニブ、アキシチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、レゴラフェニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、又はスニチニブである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ラゼルチニブと組み合わせて投与されてもよい。
【0144】
治療的方法
一態様において、本開示は、本明細書に記載されるバイオマーカー戦略に基づいて、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法を提供する。
一態様において、本開示は、本明細書に記載されるバイオマーカー戦略に基づいて、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法を提供する。
【0145】
いくつかの実施形態では、治療方法は、ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、ｂ）（ｉ）対象由来の腫瘍ＤＮＡが変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の変異を有する場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法を含む。
【0146】
いくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される。
【0147】
ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路若しくはＷＮＴ／ｂ－カテニン経路に関連する変異、又はＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、当技術分野で公知の病原性変異を含む。
【0148】
いくつかの実施形態では、変異は、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴなどであるがこれらに限定されない、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子において見出され得る。
【0149】
いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含み得るが、これらに限定されない。
【0150】
いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。
【0151】
いくつかの実施形態では、ＢＲＡＦにおける変異は、Ｒ． Ｙａｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ＲＡＦ－ＭＥＫ Ｐａｔｈｗａｙ．Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ（２０１９）９（３）：３２９－３４１（その全体が参照により本明細書に組み込まれる（ｉｎｃｏｐｒａｔｅｄ））に記載されるもの、例えば、Ｖ６００Ｅ／Ｋ／Ｄ／Ｒ／Ｍ、Ｐ３６７Ｌ／Ｓ、Ｇ４６４Ｖ／Ｅ、Ｌ４８５Ｗ、Ｎ４８６＿Ａ４８９ｄｅｌｉｎｓＫ、Ｎ４８６＿Ｐ４９０ｄｅｌ、Ｅ５８６Ｋ、Ｌ５９７Ｑ／Ｒ／Ｓ／Ｖ、Ｔ５９９ＴＴ／ＴＳ、Ｔ５９９Ｉ／Ｋ、Ｋ６０１Ｅ／Ｎ／Ｔ、Ｋ６０１＿Ｓ６０２ｄｅｌｉｎｓＮＴ、ＢＲＡＦキナーゼ複製、ＢＲＡＦキナーゼドメインの融合、Ｄ２８７Ｈ、Ｖ４５９Ｌ、Ｇ４６６Ａ／Ｅ／Ｖ、Ｓ４６７Ｌ、Ｇ４６９Ｅ、Ｎ５８１Ｉ／Ｓ／Ｔ、Ｄ５９４Ａ／Ｇ／Ｈ／Ｎ、Ｆ５９５Ｌ、Ｇ５９６Ｄ／Ｒを含み得る。
【0152】
いくつかの実施形態では、ＢＲＡＦにおける変異は、Ｈ．Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｈｏｒｉｚｏｎｓ ｉｎ ＫＲＡＳ－Ｍｕｔａｎｔ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ：Ｄａｗｎ Ａｆｔｅｒ Ｄａｒｋｎｅｓｓ．Ｆｒｏｎｔ．Ｏｎｃｏｌ．，２５ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２０１９（その全体が参照により本明細書に組み込まれる（ｉｎｃｏｐｒａｔｅｄ））に記載されるもの、例えば、Ｅ３Ｋ、Ｇ１２Ｃ／Ｖ／Ｄ／Ａ／Ｓ／Ｒ／Ｆ、Ｇ１３Ｃ／Ｄ／Ｅ／Ｖ／Ｒ、Ｖ１４Ｉ、Ｑ６１Ｌ／Ｅ／Ｈ／Ｒ、Ｆ６１Ｌ、Ｌ１９Ｆ、Ｄ３３Ｅ、Ｔ５８Ｉ、Ａ５９Ｔ、Ａ１４６Ｐ／Ｖ／Ｔ、Ｃ１１８Ｓ、Ａ５９＿Ｇ６０ｄｅｌｉｎｓＧＶを含み得る。
【0153】
上記の診断又は治療方法のいくつかの実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む。
【0154】
いくつかの実施形態では、変異は、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１などであるがこれらに限定されない、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子において見出され得る。
【0155】
いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0156】
いくつかの実施形態では、治療方法は、ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡ（例えば、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ））における１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベント；（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異から選択される、ことと、ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）が群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む。
【0157】
ＨＥＲ２発がん性変化の非限定的な例としては、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙが挙げられる。ＰＴＥＮ欠失の非限定的な例としては、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌが挙げられる。ＡＬＫ融合の非限定的な例としては、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合が挙げられる。ＲＥＴ融合の非限定的な例としては、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合、及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合が挙げられる。ＢＲＡＦ融合の非限定的な例としては、Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ：１３８，８８１－８９０（２０１６）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもの、例えば、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＡＧＫ－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＮＵＰ２１４－ＢＲＡＦ、ＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ、ＢＴＦ３Ｌ４－ＢＲＡＦ、ＧＨＲ－ＢＲＡＦ、ＺＮＦ７６７－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ９１－ＢＲＡＦ、ＤＹＮＣ１Ｉ２－ＢＲＡＦ、ＺＫＳＣＡＮ１－ＢＲＡＦ、ＧＴＦ２Ｉ－ＢＲＡＦ、ＭＺＴ１－ＢＲＡＦ、ＲＡＤ１８－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ１２Ａ７－ＢＲＡＦ、ＭＹＲＩＰ－ＢＲＡＦ、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＮＵＢ１－ＢＲＡＦ、ＫＬＨＬ７－ＢＲＡＦ、ＴＡＮＫ－ＢＲＡＦ、ＲＢＭＳ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＫ３５－ＢＲＡＦ、ＥＴＦＡ－ＢＲＡＦ、ＳＶＯＰＬ－ＢＲＡＦ、及びＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦが挙げられる。他の発がん性融合イベントとしては、Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１８ Ａｐｒｉｌ ０３；２３（１）：２２７－２３８．ｅ３．（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図１に記載されるものを含むが、これらに限定されない。
【0158】
別の態様では、本開示は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、ａ）対象から得られた腫瘍試料中のＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて決定することと、ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む有効量の併用療法を対象に投与すること、（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
【0159】
別の態様では、本開示は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、ａ）対象から得られた腫瘍試料中のＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて決定することと、ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法を提供する。
【0160】
いくつかの実施形態では、本方法は、ステップ（ｃ）において、（ｉ）腫瘍試料の細胞の５％、７．５％、１０％、１２．５％、１５％、１７．５％、２０％、２２．５％、２５％、２７．５％、３０％、３２．５％、３５％、３７．５％、４０％、４２．５％、４５％、４７．５％又は５０％以上において染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の５％、７．５％、１０％、１２．５％、１５％、１７．５％、２０％、２２．５％、２５％、２７．５％、３０％、３２．５％、３５％、３７．５％、４０％、４２．５％、４５％、４７．５％又は５０％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、若しくは（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することを含む。
【0161】
一実施形態では、本方法は、ステップ（ｃ）において、（ｉ）腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満（less）の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、若しくは（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することを含む。
【0162】
多様な実施形態では、がんは、固形腫瘍、脳腫瘍、又は血液悪性腫瘍である。ある特定の実施形態では、血液悪性腫瘍は、ＡＭＬ、ＡＬＬ、Ｂ－ＡＬＬ、Ｔ－ＡＬＬ、又はリンパ腫である。腫瘍の例は、軟組織腫瘍（例えば、リンパ腫）、並びに血液及び血液形成器官の腫瘍（例えば、白血病）、並びに血流の外側の解剖学的部位で成長するものである固形腫瘍（例えば、がん腫）であるが、これらに限定されない。がんの例としては、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫（例えば、ユーイング肉腫及び他のユーイング肉腫ファミリーの腫瘍、骨肉腫、又は横紋筋肉腫）、並びに白血病又はリンパ性悪性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。このようながんのより具体的な例としては、扁平上皮がん（例えば、上皮扁平上皮がん）、腺扁平上皮がん、肺がん（例えば、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、肺がんの扁平上皮がんを含む）、腹膜がん、肝細胞がん、胃がん（gastric or stomach cancer）（例えば、胃腸がん、膵臓がんを含む）、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、尿路がん、肝がん、乳がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん（kidney or renal cancer）、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、原発性又は転移性黒色腫、多発性骨髄腫及びＢ細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、脳（例えば、高悪性度神経膠腫、びまん性橋神経膠腫、上衣腫、神経芽腫、又は神経膠芽腫）、並びに頭頸部がん及び関連転移が含まれる。腫瘍の更なる例は、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，１９ ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，§ ｏｎ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｍｅｒｃｋ Ｓｈａｒｐ ＆ Ｄｏｈｍｅ Ｃｏｒｐ．，２０１１（ＩＳＢＮ ９７８－０－９１１９１０－１９－３）、Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，２０ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，§ ｏｎ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｍｅｒｃｋ Ｓｈａｒｐ ＆ Ｄｏｈｍｅ Ｃｏｒｐ．，２０１８（ＩＳＢＮ ９７８－０－９１１－９１０４２－１）（Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌｓのインターネットウェブサイトにおける２０１８デジタルオンライン版）、及びＳＥＥＲ Ｐｒｏｇｒａｍ Ｃｏｄｉｎｇ ａｎｄ Ｓｔａｇｉｎｇ Ｍａｎｕａｌ ２０１６（あらゆる目的のために、それぞれ、その全体が参照により組み込まれる）に見出すことができる。
【0163】
様々な実施形態では、腫瘍は、骨肉種、横紋筋肉腫、ユーイング肉腫及び他のユーイング肉腫ファミリーの腫瘍、神経芽細胞種、神経節芽細胞腫、線維形成性小円形細胞腫瘍、悪性末梢神経鞘腫瘍、滑膜肉腫、未分化肉腫、副腎皮質がん、肝芽腫、ウイルムス腫瘍、ラブドイド腫瘍、高悪性度神経膠腫（多形性膠芽腫）、髄芽細胞腫、星状細胞腫、神経膠腫、上衣腫、非定型奇形腫瘍ラブドイド腫瘍、髄膜腫、頭蓋咽頭腫、原始神経外胚葉性腫瘍、びまん性内在性橋膠腫及び他の脳腫瘍、急性骨髄白血病、多発性骨髄腫、肺がん、中皮腫、乳がん、膀胱がん、胃がん、前立腺がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、子宮がん、腎臓がん、食道がん、卵巣がん、膵臓がん、肝細胞がん及び他の肝臓がん、頭頸部がん、平滑筋肉腫、並びに黒色腫から選択される。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍である。様々な実施形態では、固形腫瘍は、ユーイング肉腫、肺腺がん、骨肉腫、乳がん、又は前立腺がんである。ある特定の実施形態では、腫瘍は、脳腫瘍である。いくつかの実施形態では、脳腫瘍は、神経膠芽腫又は神経芽細胞腫である。
【0164】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、扁平上皮がん、腺扁平上皮がん、肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃がん、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、尿路がん、ヘパトーマ、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、唾液腺がん、腎臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝臓がん、肛門がん、陰茎がん、皮膚がん、多発性骨髄腫及び急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）及び慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）及び非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）などのリンパ腫、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ性白血病／小リンパ球性リンパ腫（ＣＬＬ／ＳＬＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、原発性縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（primary mediastinal B-cell lymphoma）、バーキットリンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞リンパ腫、有毛細胞白血病（ＨＣＬ）、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫及び原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、Ｔ細胞ＮＨＬ（例えば、前駆Ｔリンパ芽球性リンパ腫／白血病、末梢性Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、節外ナチュラルキラーＴ細胞リンパ腫、腸疾患型Ｔ細胞リンパ腫、皮下脂肪織炎様Ｔ細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫など）、上記の１つ以上の白血病／リンパ腫の混合物、脳及び頭頸部がん、胆管がん、気管支がん、脊索腫、絨毛がん、上皮がん、内皮肉腫、食道がん、ユーイング肉腫、重鎖疾患、造血がん、免疫球性アミロイドーシス、意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性障害、特発性骨髄化生（agnogenic myeloid metaplasia、ＡＭＭ）又は骨髄線維症（ＭＦ）、慢性突発性骨髄線維症、骨髄増殖性腫瘍、真性赤血球増加症、直腸腺がん、本態性血小板増加症、慢性好中球性白血病、好酸球増多症候群、又は軟部組織肉腫、並びにそれらの転移から選択されるがんを治療するのに有用であり得る。
【0165】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、肺がんを治療するのに有用であり得る。いくつかの実施形態では、肺がんは非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。
【0166】
いくつかの実施形態は、本開示の方法は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するのに有用であり得、対象は、再発しているか、又は１つ以上の以前の抗がん療法による治療に対して耐性がある。いくつかの実施形態では、１つ以上の以前の抗がん療法は、１つ以上のＥＧＦＲ ＴＫＩを含み、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、本開示の併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではない。いくつかの実施形態では、１つ以上のＥＧＦＲ ＴＫＩは、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、又はそれらの任意の組み合わせを含む。
【0167】
いくつかの実施形態では、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するのに有用な本開示の方法は、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む有効量の併用療法を対象に投与することを含み得る。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、第１のドメインは、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインは、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインは、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインは、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。
【0168】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）、例えば、限定されないが、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ ＴＫＩ）と組み合わせて投与されてもよい。ＴＫＩの非限定的な例は、キナーゼ阻害剤は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、バンデタニブ、アファチニブ、オシメルチニブ、ラゼルチニブ、ポジオチニブ、クリオチニブ、カボザンチニブ、カプマチニブ、アキシチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、レゴラフェニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、又はスニチニブである。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ラゼルチニブと組み合わせて投与されてもよい。
【0169】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するのに有用であり得、当該方法は、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ二重特異性抗体及びＥＧＦＲ ＴＫＩを含む併用療法を含まないがん療法を対象に投与することを含む。
【0170】
いくつかの実施形態では、１つ以上の抗がん療法は、１つ以上の、化学療法剤、チェックポイント阻害剤、標的がん療法若しくはキナーゼ阻害剤、又はそれらの任意の組み合わせを含む。
【0171】
いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲの阻害剤、ＭＥＴの阻害剤、ＨＥＲ２の阻害剤、ＨＥＲ３の阻害剤、ＨＥＲ４の阻害剤、ＶＥＧＦＲの阻害剤、又はＡＸＬの阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＥＧＦＲの阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＭＥＴの阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＨＥＲ２の阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＨＥＲ３の阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＨＥＲ４の阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＶＥＧＦＲの阻害剤である。いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、ＡＸＬの阻害剤である。
【0172】
いくつかの実施形態では、１つ以上の抗がん療法は、カルボプラチン、パクリタキセル、ゲムシタビン、シスプラチン、ビノレルビン、ドセタキセル、パルボシクリブ、クリゾチニブ、ＰＤ－（Ｌ）１軸阻害剤、ＥＧＦＲの阻害剤、ＭＥＴの阻害剤、ＨＥＲ２の阻害剤、ＨＥＲ３の阻害剤、ＨＥＲ４の阻害剤、ＶＥＧＦＲの阻害剤、ＡＸＬの阻害剤、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、バンデタニブ、アファチニブ、オシメルチニブ、ラゼルチニブ、ポジオチニブ、クリオチニブ、カボザンチニブ、カプマチニブ、アキシチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、レゴラフェニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、若しくはスニチニブ、又はそれらの任意の組み合わせを含む。例示的なＰＤ－（Ｌ）１軸阻害剤は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））、ペンブロリムマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標））、シンチリマブ、セミプリマブ（ＬＩＢＴＡＹＯ（登録商標））、トリポリバマブ、チスレリズマブ、スパルタリズマブ、カムレリズマブ、ドストラリマブ、ゲノリムズマブ、若しくはセトレリマブなどのＰＤ－１に結合する抗体、又はＰＤ－Ｌ１に結合する抗体であり、例えば、ＰＤ－Ｌ１抗体は、エンバホリマブ、アテゾリズマブ（ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（登録商標））、デュルバルマブ（ＩＭＦＩＮＺＩ（登録商標））、及びアベルマブ（ＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標））である。市販の抗体は、認可された販売業者又は薬局を介して購入することができる。低分子のアミノ酸配列構造は、ＣＡＳ ｒｅｇｉｓｔｒｙからの企業によるＵＳＡＮ及び／又はＩＮＮ寄託から見出すことができる。
【0173】
いくつかの実施形態では、本開示の併用療法を含まないがん療法は、カルボプラチン、シスプラチン、又はこれらの組み合わせなどであるがこれらに限定されない白金ベースの化学療法であり得る。
【0174】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するのに有用であり得、対象は化学療法未経験である。
【0175】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するのに有用であり得、対象は、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する。ＥＧＦＲ活性化変異の非限定的な例は、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍである。
【0176】
投与
二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、医薬的に許容される担体中で投与され得る。「担体」は、本発明の抗体が共に投与される希釈剤、補助剤、賦形剤、又はビヒクルを指す。このようなビヒクルは、水、及び石油、動物、植物、又は合成物由来のものを含む油、例えば、落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などの液体であってもよい。例えば、０．４％生理食塩水及び０．３％グリシンを使用して、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体を製剤化してもよい。これらの溶液は滅菌され、概して粒子状物質を含まない。これらは、従来周知の滅菌技術（例えば、濾過）によって滅菌することができる。非経口投与の場合、担体は、滅菌水を含み得、溶解度の上昇又は保存のために他の賦形剤を添加してもよい。注射用の懸濁液又は溶液はまた、水性担体を適切な添加剤と共に利用して調製してもよい。好適なビヒクル及び製剤（他のヒトタンパク質、例えばヒト血清アルブミンを含む）は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｔｒｏｙ，Ｄ．Ｂ．ｅｄ．，Ｌｉｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ ２００６，Ｐａｒｔ ５，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｐ ６９１－１０９２に記載されており、特にｐｐ．９５８－９８９を参照されたい。
二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、医薬的に許容される担体中で投与され得る。「担体」は、本発明の抗体が共に投与される希釈剤、補助剤、賦形剤、又はビヒクルを指す。このようなビヒクルは、水、及び石油、動物、植物、又は合成物由来のものを含む油、例えば、落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などの液体であってもよい。例えば、０．４％生理食塩水及び０．３％グリシンを使用して、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体を製剤化してもよい。これらの溶液は滅菌され、概して粒子状物質を含まない。これらは、従来周知の滅菌技術（例えば、濾過）によって滅菌することができる。非経口投与の場合、担体は、滅菌水を含み得、溶解度の上昇又は保存のために他の賦形剤を添加してもよい。注射用の懸濁液又は溶液はまた、水性担体を適切な添加剤と共に利用して調製してもよい。好適なビヒクル及び製剤（他のヒトタンパク質、例えばヒト血清アルブミンを含む）は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｔｒｏｙ，Ｄ．Ｂ．ｅｄ．，Ｌｉｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ ２００６，Ｐａｒｔ ５，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｐ ６９１－１０９２に記載されており、特にｐｐ．９５８－９８９を参照されたい。
【0177】
投与モードは、錠剤、カプセル剤、液剤、散剤、ゲル剤、粒子の製剤を使用して、宿主に二重特異性抗ＥＧＦＲ－ｃ－Ｍｅｔ抗体を送達する任意の好適な経路、例えば、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、又は皮下などの非経口投与、肺、経粘膜（経口、鼻腔内、膣内、直腸内）であってもよく、製剤はシリンジ、埋込デバイス、浸透圧ポンプ、カートリッジ、マイクロポンプ、又は当該技術分野において周知の、当業者によって認識される他の手段に収容されていてもよい。部位特異的投与は、例えば、腫瘍内、関節内、気管支内、腹内、関節包内、軟骨内、洞内、腔内、小脳内、脳室内、結腸内、頸管内、胃内、肝内、心筋内、骨内、骨盤内、心膜内、腹腔内、胸膜内、前立腺内、肺内、直腸内、腎臓内、網膜内、脊髄内、滑液嚢内、胸郭内、子宮内、血管内、膀胱内、病巣内、膣内、直腸内、口腔内、舌下、鼻腔内、又は経皮送達によって達成され得る。
【0178】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、静脈内投与される。
【0179】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象に皮下又は皮内投与される。二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与され得る。
【0180】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの間の用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４０ｍｇ～約１７５０ｍｇの間の用量で投与される。
【0181】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約２００ｍｇ、約２１０ｍｇ、約２２０ｍｇ、約２３０ｍｇ、約２４０ｍｇ、約２５０ｍｇ、約２６０ｍｇ、約２７０ｍｇ、約２８０ｍｇ、約２９０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３１０ｍｇ、約３２０ｍｇ、約３３０ｍｇ、約３４０ｍｇ、約３５０ｍｇ、約３６０ｍｇ、約３７０ｍｇ、約３８０ｍｇ、約３９０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４１０ｍｇ、約４２０ｍｇ、約４３０ｍｇ、約４４０ｍｇ、約４５０ｍｇ、約４６０ｍｇ、約４７０ｍｇ、約４８０ｍｇ、約４９０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５１０ｍｇ、約５２０ｍｇ、約５３０ｍｇ、約５４０ｍｇ、約５５０ｍｇ、約５６０ｍｇ、約５７０ｍｇ、約５８０ｍｇ、約５９０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６１０ｍｇ、約６２０ｍｇ、約６３０ｍｇ、約６４０ｍｇ、約６５０ｍｇ、約６６０ｍｇ、約６７０ｍｇ、約６８０ｍｇ、約６９０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７１０ｍｇ、約７２０ｍｇ、約７３０ｍｇ、約７４０ｍｇ、約７５０ｍｇ、約７６０ｍｇ、約７７０ｍｇ、約７８０ｍｇ、約７９０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８１０ｍｇ、約８２０ｍｇ、約８３０ｍｇ、約８４０ｍｇ、約８５０ｍｇ、約８６０ｍｇ、約８７０ｍｇ、約８８０ｍｇ、約８９０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９１０ｍｇ、約９２０ｍｇ、約９３０ｍｇ、約９４０ｍｇ、約９５０ｍｇ、約９６０ｍｇ、約９７０ｍｇ、約９８０ｍｇ、約９９０ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１０１０ｍｇ、約１０２０ｍｇ、約１０３０ｍｇ、約１０４０ｍｇ、約１０５０ｍｇ、約１０６０ｍｇ、約１０７０ｍｇ、約１０８０ｍｇ、約１０９０ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１１１０ｍｇ、約１１２０ｍｇ、約１１３０ｍｇ、約１１４０ｍｇ、約１１５０ｍｇ、約１１６０ｍｇ、約１１７０ｍｇ、約１１８０ｍｇ、約１１９０ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１２１０ｍｇ、約１２２０ｍｇ、約１２３０ｍｇ、約１２４０ｍｇ、約１２５０ｍｇ、約１２６０ｍｇ、約１２７０ｍｇ、約１２８０ｍｇ、約１２９０ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１３１０ｍｇ、約１３２０ｍｇ、約１３３０ｍｇ、約１３４０ｍｇ、約１３５０ｍｇ、約１３６０ｍｇ、約１３７０ｍｇ、約１３８０ｍｇ、約１３９０ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１４１０ｍｇ、約１４２０ｍｇ、約１４３０ｍｇ、約１４４０ｍｇ、約１４５０ｍｇ、約１４６０ｍｇ、約１４７０ｍｇ、約１４８０ｍｇ、約１４９０ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１５１０ｍｇ、約１５２０ｍｇ、約１５３０ｍｇ、約１５４０ｍｇ、約１５５０ｍｇ、約１５６０ｍｇ、約１５７０ｍｇ、１５７５ｍｇ、約１５８０ｍｇ、約１５９０ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１６１０ｍｇ、１６２０ｍｇ、約１６３０ｍｇ、約１６４０ｍｇ、約１６５０ｍｇ、約１６６０ｍｇ、約１６７０ｍｇ、約１６８０ｍｇ、約１６９０ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１７１０ｍｇ、約１７２０ｍｇ、約１７３０ｍｇ、約１７４０ｍｇ、約１７５０ｍｇ、約１７６０ｍｇ、約１７７０ｍｇ、約１７８０ｍｇ、約１７９０ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１８１０ｍｇ、約１８２０ｍｇ、約１８３０ｍｇ、約１８４０ｍｇ、約１８５０ｍｇ、約１８６０ｍｇ、約１８７０ｍｇ、約１８８０ｍｇ、１８９０ｍｇ、約１９００ｍｇ、約１９１０ｍｇ、約１９２０ｍｇ、約１９３０ｍｇ、約１９４０ｍｇ、約１９５０ｍｇ、約１９６０ｍｇ、約１９７０ｍｇ、約１９８０ｍｇ、約１９９０ｍｇ、約２０００ｍｇ、２１００ｍｇ、２１１０ｍｇ、２１２０ｍｇ、２１３０ｍｇ、２１４０ｍｇ、２１５０ｍｇ、２１６０ｍｇ、２１７０ｍｇ、２１８０ｍｇ、２１９０ｍｇ、２２００ｍｇ、２２１０ｍｇ、２２２０ｍｇ、２２３０ｍｇ、２２４０ｍｇ、２２５０ｍｇ、又は２２６０ｍｇの用量で投与される。
【0182】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約３５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約１０５０ｍｇ、又は約１４００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約３５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約７００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約７５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約８００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約８５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約９００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約９５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１０００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１０５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１１００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１１５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１２００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１２５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１３００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１３５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１４００ｍｇの用量で投与される。
【0183】
いくつかの実施形態では、対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１０５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は１４００ｍｇの用量で投与される。
【0184】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。いくつかの実施形態では、約１０５０ｍｇの二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。いくつかの実施形態では、約１４００ｍｇの二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。
【0185】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、約１０５０ｍｇの二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、約１４００ｍｇの二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。
【0186】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週２回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、２週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、３週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、４週間に１回投与される。
【0187】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される。
【0188】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、チロシンキナーゼ阻害剤ＴＫＩ、例えば、限定されないが、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ ＴＫＩ）と組み合わせて投与されてもよい。ＴＫＩの非限定的な例は、キナーゼ阻害剤は、エルロチニブ、ゲフィチニブ、ラパチニブ、バンデタニブ、アファチニブ、オシメルチニブ、ラゼルチニブ、ポジオチニブ、クリオチニブ、カボザンチニブ、カプマチニブ、アキシチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、レゴラフェニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、又はスニチニブである。特定の実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、ラゼルチニブである。
【0189】
併用療法のために、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、ＥＧＦＲ ＴＫＩの推奨用量及び投薬量を使用して投与され得る。
【0190】
投与モードは、錠剤、カプセル剤、液剤、散剤、ゲル剤、粒子の製剤を用いた、宿主にＥＧＦＲ ＴＫＩを送達する任意の好適な経路、例えば、非経口投与、例えば、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、又は皮下、肺、経粘膜（経口、鼻腔内、膣内、直腸）であってもよく、製剤はシリンジ、埋込デバイス、浸透圧ポンプ、カートリッジ、マイクロポンプに収容されていてもよく、又は当該技術分野において周知の、当業者によって認識される他の手段に収容されていてもよい。部位特異的投与は、例えば、腫瘍内、関節内、気管支内、腹内、関節包内、軟骨内、洞内、腔内、小脳内、脳室内、結腸内、頸管内、胃内、肝内、心筋内、骨内、骨盤内、心膜内、腹腔内、胸膜内、前立腺内、肺内、直腸内、腎臓内、網膜内、脊髄内、滑液嚢内、胸郭内、子宮内、血管内、膀胱内、病巣内、膣内、直腸内、口腔内、舌下、鼻腔内、又は経皮送達によって達成され得る。
【0191】
いくつかの実施形態では、対象にラゼルチニブを送達する好適な経路であり得る投与様式は、経口投与であり得る。
【0192】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約１０ｍｇ～約４００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２０ｍｇ～約３２０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約５０ｍｇ～約３００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約１００ｍｇ～約３００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約１５０ｍｇ～約２８０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２００ｍｇ～約２５０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２２０ｍｇ～約２５０ｍｇの用量で投与される。
【0193】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２０ｍｇ、約５０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２１０ｍｇ、約２２０ｍｇ、約２３０ｍｇ、約２４０ｍｇ、約２５０ｍｇ、約２６０ｍｇ、約２７０ｍｇ、約２８０ｍｇ、約２９０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３１０ｍｇ、約３２０ｍｇ、約３３０ｍｇ、約３４０ｍｇ、約３５０ｍｇ、約３６０ｍｇ、約３７０ｍｇ、約３８０ｍｇ、約３９０ｍｇ、又は約４００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、約２４０ｍｇの用量で投与される。
【0194】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、毎日投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、週２回投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、週１回投与される。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、２週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、３週間に１回投与される。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲ ＴＫＩは、４週間に１回投与される。
【0195】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、本明細書に開示される用量及び投与量のいずれかを用いて投与され得るラゼルチニブと組み合わせて投与され得る。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、約１０ｍｇ～約４００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、約２０ｍｇ～約３２０ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、約２０ｍｇ、約５０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１７０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約１９０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２１０ｍｇ、約２２０ｍｇ、約２３０ｍｇ、約２４０ｍｇ、約２５０ｍｇ、約２６０ｍｇ、約２７０ｍｇ、約２８０ｍｇ、約２９０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３１０ｍｇ、約３２０ｍｇ、約３３０ｍｇ、約３４０ｍｇ、約３５０ｍｇ、約３６０ｍｇ、約３７０ｍｇ、約３８０ｍｇ、約３９０ｍｇ、又は約４００ｍｇの用量で投与される。いくつかの実施形態では、ラゼルチニブは、約２４０ｍｇの用量で投与される。
【0196】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、本明細書に開示されるこれらの用量及び投与量のいずれかで投与され得るラゼルチニブと組み合わせて、本明細書に開示されるこれらの用量及び投与量のいずれかで投与され得る。非限定的な例として、７００ｍｇのアミバンタマブを２４０ｍｇのラゼルチニブと組み合わせて投与することができる。非限定的な例として、１０５０ｍｇのアミバンタマブを２４０ｍｇのラゼルチニブと組み合わせて投与することができる。非限定的な例として、１０５０ｍｇのアミバンタマブを２４０ｍｇのラゼルチニブと組み合わせて投与することができる。非限定的な例として、１４００ｍｇのアミバンタマブを２４０ｍｇのラゼルチニブと組み合わせて投与することができる。
【0197】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ラゼルチニブと組み合わせて投与されてもよく、ラゼルチニブは、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ラゼルチニブと組み合わせて投与されてもよく、ラゼルチニブは毎日投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ラゼルチニブと組み合わせて投与されてもよく、ラゼルチニブは経口投与される。
【0198】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ二重特異性抗体及びＥＧＦＲ ＴＫＩを含む併用療法は、１つ以上の追加の抗がん療法を更に含み得る。
【0199】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、本明細書に開示される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ二重特異性抗体及びＥＧＦＲ ＴＫＩを含む併用療法を含まないがん療法を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、がん療法は、本明細書に記載されるもののいずれか１つを含み得る。非限定的な例として、本開示の方法において投与され得るがん療法は、任意の数の様々な白金ベースの化学療法又はそれらの組み合わせを含み得る。非限定的な例として、白金ベースの化学療法は、カルボプラチン、シスプラチン、又はそれらの組み合わせを含む。
【0200】
本開示の方法において投与され得る抗がん療法としては、化学療法薬又は当業者に既知の他の抗がん治療薬のうちの任意の１つ以上が挙げられる。化学療法剤は、がんの治療に有用な化学化合物であり、増殖阻害剤又は他の細胞毒性剤を含み、アルキル化剤、抗代謝剤、抗微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、受容体チロシンキナーゼ阻害剤、血管新生阻害剤などが挙げられる。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン、例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、及びウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロールメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン（methylamelamine）；ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン；抗生物質、例えばアクラシノマイシン（aclacinomysin）、アクチノマイシン、アウトラマイシン（authramycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン（carabicin）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン（marcellomycin）、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（potfiromycin）、ピューロマイシン、クエラマイシン（quelamycin）、ロドルビシン（rodorubicin）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質、例えばメトトレキサート及び５－ＦＵ；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなど；アンドロゲン、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；副腎皮質ホルモン合成阻害薬、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤（folic acid replenisher）、例えばフォリン酸（frolinic acid）；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート（edatraxate）；デフォファミン（defofamine）；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルニチン（elfornithine）；エリプチニウムアセテート（elliptinium acetate）；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）；ラゾキサン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン（triaziquone）；２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（gacytosine）；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド又はタキサンファミリーのメンバー、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））及びその類似体；クロラムブシル；ゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えばシスプラチン及びカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ－１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；エスペラミシン；カペシタビン；ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標））、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標））、パゾパニブ（ＶＯＴＲＩＥＮＴ（商標））、トセラニブ（ＰＡＬＬＡＤＩＡ（商標））、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ（商標））、セジラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ（登録商標））、レゴラフェニブ（ＢＡＹ７３－４５０６）、アキシチニブ（ＡＧ０１３７３６）、レスタウルチニブ（ＣＥＰ－７０１）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標））、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（商標））、アファチニブ（ＢＩＢＷ ２９９２）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標））、ネラチニブ（ＨＫＩ－２７２）などを含む受容体チロシンキナーゼ及び／若しくは血管新生の阻害剤、並びに上述のいずれかの医薬的に許容される塩、酸、又は誘導体が挙げられる。腫瘍に対するホルモン作用を制御又は阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）－イミダゾール、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン（trioxifene）、ケオキシフェン、ＬＹ １１７０１８、オナプリストン、及びトレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））を含む抗エストロゲン薬；並びに抗アンドロゲン薬、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリン；並びに上述のいずれかの医薬的に許容される塩、酸又は誘導体もまた、この定義に含まれる。Ｗｉｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｍｅｄｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｃａｌａｂｒｅｓｉ ｅｔ ａＬ，ｅｄｓ．），Ｃｈａｐｔｅｒ １０，ＭｃＭｉｌｌａｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇに開示されている他の従来の細胞毒性化合物も、本発明の方法に適用可能である。
【0201】
本開示の方法で使用される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体の生成
本開示の方法において使用することができる例示的な二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、アミバンタマブである。アミバンタマブ又はＪＮＪ－６１１８６３７２（ＪＮＪ－３７２）は、米国特許第９，５９３，１６４号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているＩｇＧ１抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ二重特異性抗体である。アミバンタマブは、以下のアミノ酸配列を特徴とする：
ＥＧＦＲ結合アーム
本開示の方法において使用することができる例示的な二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、アミバンタマブである。アミバンタマブ又はＪＮＪ－６１１８６３７２（ＪＮＪ－３７２）は、米国特許第９，５９３，１６４号（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているＩｇＧ１抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ二重特異性抗体である。アミバンタマブは、以下のアミノ酸配列を特徴とする：
ＥＧＦＲ結合アーム
【0202】
＞配列番号１（ＨＣＤＲ１、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＴＹＧＭＨ
ＴＹＧＭＨ
【0203】
＞配列番号２（ＨＣＤＲ２、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧ
ＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧ
【0204】
＞配列番号３（ＨＣＤＲ３、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹ
ＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹ
【0205】
＞配列番号４（ＬＣＤＲ１、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶ
ＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶ
【0206】
＞配列番号５（ＬＣＤＲ２、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＤＡＳＳＬＥＳ
ＤＡＳＳＬＥＳ
【0207】
＞配列番号６（ＬＣＤＲ３、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＱＱＦＮＳＹＰＬＴ
ＱＱＦＮＳＹＰＬＴ
【0208】
＞配列番号７（ＨＣＤＲ１、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＳＹＧＩＳ
ＳＹＧＩＳ
【0209】
＞配列番号８（ＨＣＤＲ２、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧ
ＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧ
【0210】
＞配列番号９（ＨＣＤＲ３、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹ
ＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹ
【0211】
＞配列番号１０（ＬＣＤＲ１、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡ
ＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡ
【0212】
＞配列番号１１（ＬＣＤＲ２、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＡＡＳＳＬＬＳ
ＡＡＳＳＬＬＳ
【0213】
＞配列番号１２（ＬＣＤＲ３、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＱＱＡＮＳＦＰＩＴ
ＱＱＡＮＳＦＰＩＴ
【0214】
＞配列番号１３（ＶＨ、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＴＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＴＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
【0215】
＞配列番号１４（ＶＬ、ＥＧＦＲ結合アーム）
ＡＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＥＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＦＮＳＹＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫ
ＡＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＥＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＦＮＳＹＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫ
【0216】
＞配列番号１５（ＶＨ、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＥＴＳＧＹＴＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＨＧＬＥＷＭＧＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＥＴＳＧＹＴＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＨＧＬＥＷＭＧＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ
【0217】
＞配列番号１６（ＶＬ、ｃ－Ｍｅｔ結合アーム）
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＶＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡＷＦＱＨＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＬＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＡＮＳＦＰＩＴＦＧＱＧＴＲＬＥＩＫ
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＶＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡＷＦＱＨＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＬＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＡＮＳＦＰＩＴＦＧＱＧＴＲＬＥＩＫ
【0218】
＞配列番号１７ ＨＣ１
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＴＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＬＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
ＱＶＱＬＶＥＳＧＧＧＶＶＱＰＧＲＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＴＹＧＭＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＡＶＩＷＤＤＧＳＹＫＹＹＧＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＭＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＧＩＴＭＶＲＧＶＭＫＤＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＬＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
【0219】
＞配列番号１８ ＬＣ１
ＡＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＥＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＦＮＳＹＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
ＡＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＤＩＳＳＡＬＶＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＥＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＦＮＳＹＰＬＴＦＧＧＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
【0220】
＞配列番号１９ ＨＣ２
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＥＴＳＧＹＴＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＨＧＬＥＷＭＧＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
ＱＶＱＬＶＱＳＧＡＥＶＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＥＴＳＧＹＴＦＴＳＹＧＩＳＷＶＲＱＡＰＧＨＧＬＥＷＭＧＷＩＳＡＹＮＧＹＴＮＹＡＱＫＬＱＧＲＶＴＭＴＴＤＴＳＴＳＴＡＹＭＥＬＲＳＬＲＳＤＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＲＧＴＮＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ
【0221】
＞配列番号２０ ＬＣ２
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＶＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡＷＦＱＨＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＬＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＡＮＳＦＰＩＴＦＧＱＧＴＲＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
ＤＩＱＭＴＱＳＰＳＳＶＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＮＷＬＡＷＦＱＨＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＳＬＬＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＡＮＳＦＰＩＴＦＧＱＧＴＲＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ
【0222】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインと、を含み、第１のドメインは、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、第２のドメインは、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む。
【0223】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインは、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインは、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む。
【0224】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプである。
【0225】
いくつかの実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む。
【0226】
一実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、１つ以上のＦｃサイレンシング変異を含む。
【0227】
一実施形態では、１つ以上のＦｃサイレンシング変異は、Ｆｃγ受容体に対する親和性を減少させる。
【0228】
一実施形態では、１つ以上のＦｃサイレンシング変異は、Ｖ２３４Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｐ２３８Ｓ／Ｈ２６８Ａ／Ｖ３０９Ｌ／Ａ３３０Ｓ／Ｐ３３１Ｓを含む。
【0229】
一実施形態では、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、約１％～約１５％の間のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む。低フコース含量を有する抗体は、以下などの二分岐複合体型のＦｃオリゴ糖を有する比較的高度に脱フコシル化された抗体の発現を成功させることが報告されている様々な方法を使用して作製することができる：培養物の浸透圧の制御（Ｋｏｎｎｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６４（：２４９－６５，２０１２）、宿主細胞株としてのバリアントＣＨＯ株Ｌｅｃ１３の適用（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７７：２６７３３－２６７４０，２００２）、宿主細胞株としてのバリアントＣＨＯ株ＥＢ６６の適用（Ｏｌｉｖｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＭＡｂｓ；２（４），２０１０；印刷前に電子出版；ＰＭＩＤ：２０５６２５８２）、宿主細胞株としてのラットハイブリドーマ細胞株ＹＢ２／０の適用（Ｓｈｉｎｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８：３４６６－３４７３，２００３）、１，６－フコシルトランスフェラーゼ（ＦＵＴ８）遺伝子に対して特異的な低分子干渉ＲＮＡの導入（Ｍｏｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ８８：９０１－９０８，２００４）、又はβ－１，４－Ｎ－アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ及びゴルジα－マンノシダーゼＩＩ又は強力なアルファ－マンノシダーゼＩ阻害剤であるキフネンシンの共発現（Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ２８１：５０３２－５０３６，２００６、Ｆｅｒｒａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ９３：８５１－８６１，２００６、Ｘｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ ９９：６５２－６５，２００８）。概して、抗体のグリカン中のフコース含量を低下させることにより、抗体媒介性細胞毒性（ＡＤＣＣ）が増強される。
【0230】
米国特許第９，５９３，１６４号に記載されているように、アミバンタマブと比較したときに同様の特徴を示す限り、公に利用可能な他の二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体を本開示の方法で使用してもよい。本開示の方法で使用され得る二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、公に入手可能であるＥＧＦＲ結合ＶＨ／ＶＬドメインとｃ－Ｍｅｔ結合ＶＨ／ＶＬドメインとを組み合わせ、得られた二重特異性抗体を米国特許第９，５９３，１６４号に記載のとおりその特徴について試験することによっても生成され得る。
【0231】
本開示の方法で使用される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、例えば、無細胞環境においてインビトロで又は共発現を使用して、異なる特異性を有する２つの抗体半分子のヘテロ二量体を形成しやすくなるように各半分子における重鎖ＣＨ３界面に置換を導入することによって、２つの単一特異性二価抗体間でのＦａｂアーム交換（又は半分子交換）を使用して生成することができる。Ｆａｂアーム交換反応は、ジスルフィド結合異性化反応及びＣＨ３ドメインの解離－会合の結果である。親単一特異性抗体のヒンジ領域における重鎖ジスルフィド結合は減少する。親単一特異性抗体のうちの１つの得られた遊離システインは、第２の親単一特異性抗体分子のシステイン残基と重鎖内ジスルフィド結合を形成し、同時に、親抗体のＣＨ３ドメインは、解離－会合により放出され及び再形成する。ＦａｂアームのＣＨ３ドメインは、ホモ二量体化よりもヘテロ二量体化に有利となるように操作され得る。得られる生成物は、各々異なるエピトープ、すなわち、ＥＧＦＲにおけるエピトープ及びｃ－Ｍｅｔにおけるエピトープに結合する２つのＦａｂアーム又は半分子を有する二重特異性抗体である。例えば、本発明の二重特異性抗体は、国際公開第２０１１／１３１７４６号に記載の技術を使用して生成することができる。ＩｇＧ１抗体の場合、一方の重鎖における変異Ｆ４０５Ｌ及び他方の重鎖におけるＫ４０９Ｒを使用することができる。ＩｇＧ２抗体では、Ｆ４０５Ｌ及びＲ４０９Ｋ置換を有する野生型ＩｇＧ２及びＩｇＧ２抗体を使用してもよい。ＩｇＧ４抗体では、Ｆ４０５Ｌ及びＲ４０９Ｋ置換を有する野生型ＩｇＧ４及びＩｇＧ４抗体を使用してもよい。二重特異性抗体を生成するために、第１の単一特異性二価抗体及び第２の単一特異性二価抗体を、Ｆｃ領域に前述の変異を有するように操作し、ヒンジ領域でシステインがジスルフィド結合異性化を受けることができる十分な還元条件下で、抗体を一緒にインキュベートし、それにより、Ｆａｂアーム交換により二重特異性抗体が生成される。インキュベート条件は、最適には、非還元条件に戻され得る。使用され得る例示的な還元剤は、２－メルカプトエチルアミン（2-mercaptoethylamine、２－ＭＥＡ）、ジチオスレイトール（dithiothreitol、ＤＴＴ）、ジチオエリスリトール（dithioerythritol、ＤＴＥ）、グルタチオン、トリス（２－カルボキシエチル）ホスフィン（tris(2-carboxyethyl)phosphine、ＴＣＥＰ）、Ｌ－システイン、及びβ－メルカプトエタノールである。例えば、少なくとも２０℃の温度で、少なくとも２５ｍＭの２－ＭＥＡの存在下又は少なくとも０．５ｍＭのジチオスレイトールの存在下で、ｐＨ５～８、例えばｐＨ７．０又はｐＨ７．４で、少なくとも９０分間のインキュベートを使用することができる。
【0232】
本開示の方法で使用される二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体は、ノブ－イン－ホール（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、ＣｒｏｓｓＭＡｂ（Ｒｏｃｈｅ）及び静電的適合（electrostatically-matched）（Ｃｈｕｇａｉ，Ａｍｇｅｎ，ＮｏｖｏＮｏｒｄｉｓｋ，Ｏｎｃｏｍｅｄ）、ＬＵＺ－Ｙ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、Ｓｔｒａｎｄ Ｅｘｃｈａｎｇｅ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｄｏｍａｉｎ ｂｏｄｙ（ＳＥＥＤｂｏｄｙ）（ＥＭＤ Ｓｅｒｏｎｏ）、及びＢｉｃｌｏｎｉｃ（Ｍｅｒｕｓ）などの設計を使用して生成することもできる。
【0233】
「ノブ－イン－ホール」手法（例えば、国際公開第２００６／０２８９３６号を参照されたい）において、ヒトＩｇＧのＣＨ３ドメインの界面を形成する選択アミノ酸は、ヘテロ二量体形成を促進するために、ＣＨ３ドメイン相互作用に影響を及ぼす位置に変異を導入され得る。小さな側鎖を有するアミノ酸（ホール）が、第１の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖内に導入され、大きな側鎖を有するアミノ酸（ノブ）が、第２の抗原に特異的に結合する抗体の重鎖内に導入される。２つの抗体の共発現後に、ヘテロ二量体が、「ホール」を有する重鎖と「ノブ」を有する重鎖との優先的な相互作用の結果として形成される。ノブ及びホールを形成する例示的なＣＨ３置換ペアは、Ｔ３６６Ｙ／Ｆ４０５Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｆ４０５Ｗ、Ｆ４０５Ｗ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３９４Ｗ／Ｙ４０７Ｔ、Ｔ３９４Ｓ／Ｙ４０７Ａ、Ｔ３６６Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、Ｆ４０５Ｗ／Ｔ３９４Ｓ、及びＴ３６６Ｗ／Ｔ３６６Ｓ＿Ｌ３６８Ａ＿Ｙ４０７Ｖである（第１の重鎖の第１のＣＨ３ドメインにおける修飾位置／第２の重鎖の第２のＣＨ３ドメインにおける修飾位置として表現される）。
【0234】
Ｆａｂアーム交換のプロモータへの「ノブ－イン－ホール」手法の利用に加えて、ＣｒｏｓｓＭＡｂ技術は、半アームのうちの１つにＣＨ１／ＣＬドメイン交換を利用して、得られる二重特異性抗体の正しい軽鎖の対合を保証する（例えば、米国特許第８，２４２，２４７号を参照されたい）。
【0235】
他の交差手法を使用して、二重特異性抗体の重鎖と軽鎖の間又は重鎖内で、一方又は両方のアームにおいて、可変又は定常、又は両ドメインを交換することによって、本発明の完全長二重特異性抗体を生成してもよい。これらの交換としては、例えば、国際公開第２００９／０８０２５４号、同第２００９／０８０２５１号、同第２００９／０１８３８６号、及び同第２００９／０８０２５２号に記載されるＶＨ－ＣＨ１とＶＬ－ＣＬ、ＶＨとＶＬ、ＣＨ３とＣＬ、及びＣＨ３とＣＨ１が挙げられる。
【0236】
他の手法、例えば、あるＣＨ３表面における正に荷電した残基及び第２のＣＨ３表面における負に荷電した残基を置換することによる静電的相互作用を使用する重鎖ヘテロ二量体化の促進が、米国特許出願公開第２０１０／００１５１３３号、米国特許出願公開第２００９／０１８２１２７号、米国特許出願公開第２０１０／０２８６３７号、又は米国特許出願公開第２０１１／０１２３５３２号に記載されるように使用されてもよい。他の手法では、ヘテロ二量体化は、米国特許出願公開第２０１２／０１４９８７６号又は米国特許出願公開第２０１３／０１９５８４９号に記載されているように、以下の置換：Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３９４Ｗ、Ｔ３６６Ｉ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｍ＿Ｔ３９４Ｗ／Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｌ３５１Ｙ＿Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ｖ＿Ｋ４０９Ｆ、Ｙ４０７Ａ／Ｔ３６６Ａ＿Ｋ４０９Ｆ、又はＴ３５０Ｖ＿Ｌ３５１Ｙ＿Ｆ４０５Ａ＿Ｙ４０７Ｖ／Ｔ３５０Ｖ＿Ｔ３６６Ｌ＿Ｋ３９２Ｌ＿Ｔ３９４Ｗ（第１の重鎖の第１のＣＨ３ドメインにおける修飾位置／第２の重鎖の第２のＣＨ３ドメインにおける修飾位置として表す）により促進することができる。
【0237】
ＳＥＥＤｂｏｄｙ技術を利用して、本発明の二重特異性抗体を生成してもよい。ＳＥＥＤｂｏｄｙは、それらの定常ドメインにおいて、米国特許出願公開第２００７０２８７１７０号に記載されるように、ヘテロ二量体化を促進するためにＩｇＡ残基で置換された選択ＩｇＧ残基を有する。
【0238】
変異は、典型的には、標準的な方法を使用して、抗体の定常ドメインなどの分子に対してＤＮＡレベルで行われる。
【0239】
キット
本発明はまた、本明細書に記載される１つ以上のバイオマーカーの存在又はレベルを決定するための１つ以上の試薬のいずれかを含む、キットを提供する。キットは、治療用途のために、及び診断キットとして使用することができる。
本発明はまた、本明細書に記載される１つ以上のバイオマーカーの存在又はレベルを決定するための１つ以上の試薬のいずれかを含む、キットを提供する。キットは、治療用途のために、及び診断キットとして使用することができる。
【0240】
キットは、パッケージ；使用説明書；他の試薬、例えば、標識、治療剤、又はキレート化若しくは別様のカップリングに有用な薬剤、標識若しくは治療剤に対する抗体、又は放射線防護組成物；投与するために抗体を調製するためのデバイス又は他の材料；医薬的に許容される担体、及び対象に投与するためのデバイス又は他の材料を含む、１つ以上の他の要素を含み得る。
【0241】
いくつかの実施形態では、本開示のキットは、がん、例えば、肺がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける変異などであるが、これらに限定されない、本明細書に記載の任意の１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍ＤＮＡは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である。
【0242】
キットを使用して、変異の存在を検出することができる。変異の非限定的な例は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、本明細書に記載のＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異、本明細書に記載のＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合（例えば、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合）、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント、ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異である。
【0243】
いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。
【0244】
いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0245】
ＨＥＲ２発がん性変化の非限定的な例としては、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙが挙げられる。ＰＴＥＮ欠失の非限定的な例としては、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌが挙げられる。ＡＬＫ融合の非限定的な例としては、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合が挙げられる。ＲＥＴ融合の非限定的な例としては、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合、及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合が挙げられる。ＢＲＡＦ融合の非限定的な例としては、Ｒｏｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ：１３８，８８１－８９０（２０１６）（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されるもの、例えば、ＫＩＡＡ１５４９－ＢＲＡＦ、ＭＫＲＮ１－ＢＲＡＦ、ＴＲＩＭ２４－ＢＲＡＦ、ＡＧＡＰ３－ＢＲＡＦ、ＺＣ３ＨＡＶ１－ＢＲＡＦ、ＡＫＡＰ９－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ６－ＢＲＡＦ、ＡＧＫ－ＢＲＡＦ、ＥＰＳ１５－ＢＲＡＦ、ＮＵＰ２１４－ＢＲＡＦ、ＡＲＭＣ１０－ＢＲＡＦ、ＢＴＦ３Ｌ４－ＢＲＡＦ、ＧＨＲ－ＢＲＡＦ、ＺＮＦ７６７－ＢＲＡＦ、ＣＣＤＣ９１－ＢＲＡＦ、ＤＹＮＣ１Ｉ２－ＢＲＡＦ、ＺＫＳＣＡＮ１－ＢＲＡＦ、ＧＴＦ２Ｉ－ＢＲＡＦ、ＭＺＴ１－ＢＲＡＦ、ＲＡＤ１８－ＢＲＡＦ、ＣＵＸ１－ＢＲＡＦ、ＳＬＣ１２Ａ７－ＢＲＡＦ、ＭＹＲＩＰ－ＢＲＡＦ、ＳＮＤ１－ＢＲＡＦ、ＮＵＢ１－ＢＲＡＦ、ＫＬＨＬ７－ＢＲＡＦ、ＴＡＮＫ－ＢＲＡＦ、ＲＢＭＳ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＲＮ３－ＢＲＡＦ、ＳＴＫ３５－ＢＲＡＦ、ＥＴＦＡ－ＢＲＡＦ、ＳＶＯＰＬ－ＢＲＡＦ、及びＪＨＤＭ１Ｄ－ＢＲＡＦが挙げられる。他の発がん性融合イベントとしては、Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１８ Ａｐｒｉｌ ０３；２３（１）：２２７－２３８．ｅ３．（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）の図１に記載されるものを含むが、これらに限定されない。
【0246】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路由来の１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、診断キットである。いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子は、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである。いくつかの実施形態では、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む。いくつかの実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである。いくつかの実施形態では、ＰＩＫ３ＣＡにおける変異は、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む。
【0247】
上記のキットのいくつかの実施形態では、１つ以上の変異は、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子は、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である。いくつかの実施形態では、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異は、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む。
【0248】
いくつかの態様では、キットは、診断キットであってもよく、診断キットは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡ（例えば、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ））における１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書とを含み、１つ以上の変異は、以下の２つの群：（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合（例えば、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合）、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；及び（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異から選択される。いくつかの実施形態では、ｃｔＤＮＡは、対象から単離された生物学的試料中に存在してもよい。生物学的試料は、血液試料又は血漿試料などであるがこれらに限定されない、本開示の生物学的試料のいずれかであってもよい。いくつかの実施形態は、腫瘍ＤＮＡは、対象単離された腫瘍試料中に存在し得る。
【0249】
いくつかの実施形態では、診断キットは、対象由来の生物学的試料から腫瘍ＤＮＡ（例えば、ｃｔＤＮＡ）を精製するための１つ以上の試薬を更に含み得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の試薬を配列決定技術（例えば、次世代配列決定（ＮＧＳ））と共に使用して、本明細書に開示される１つ以上の変異を決定することができる。
【0250】
ある特定の態様では、診断キットが提供され、当該診断キットは、（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍試料中のＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の試薬を免疫組織化学（ＩＨＣ）と共に使用して、ＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定してもよい。
【0251】
例示的実施形態
１．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
２．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
３．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項１又は２に記載の方法。
４．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項３に記載の方法。
５．ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項４に記載の方法。
６．ＰＩＫ３ＣＡにおける変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
７．１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
８．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項６に記載の方法。
９．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項７に記載の方法。
１０．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
１１．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法。
１２．ＨＥＲ２発がん性変化が、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む、実施形態１０又は１１に記載の方法。
１３．ＰＴＥＮ欠失が、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む、実施形態１０～１２のいずれか１つに記載の方法。
１４．ＡＬＫ融合が、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む、実施形態１０～１３のいずれか１つに記載の方法。
１５．ＲＥＴ融合が、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む、実施形態１０～１４のいずれか１つに記載の方法。
１６．がんが、肺がんである、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の方法。
１７．肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、実施形態１６に記載の方法。
１８．対象におけるがんが、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の方法。
１９．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態１８に記載の方法。
２０．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、実施形態１９に記載の方法。
２１．対象が、化学療法未経験である、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の方法。
２２．対象由来の腫瘍ＤＮＡが、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
２３．ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される、実施形態２２に記載の方法。
２４．腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の方法。
２５．ｃｔＤＮＡが、対象から単離された生物学的試料中に存在する、実施形態２４に記載の方法。
２６．生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、実施形態２５に記載の方法。
２７．ｃｔＤＮＡが、変異同定の前に生物学的試料から単離される、実施形態２５又は２６に記載の方法。
２８．腫瘍ＤＮＡが、対象から単離された腫瘍試料中に存在する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の方法。
２９．腫瘍ＤＮＡが、変異同定の前に腫瘍試料から単離される、実施形態２８に記載の方法。
３０．１つ以上の変異が、配列決定によって決定される、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．１つ以上の変異が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して決定される、実施形態３０に記載の方法。
３２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインとを含み、第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の方法。
３３．ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、実施形態３２に記載の方法。
３４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、実施形態３２又は３３に記載の方法。
３５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の方法。
３６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の方法。
３７．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に静脈内投与される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態３７に記載の方法。
３９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態３８に記載の方法。
４０．対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、実施形態３９に記載の方法。
４１．対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、実施形態３９に記載の方法。
４２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に皮下又は皮内投与される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
４３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、実施形態４２に記載の方法。
４４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、実施形態１～４３のいずれか１つに記載の方法。
４５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の方法。
４６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、実施形態１～４５のいずれか１つに記載の方法。
４７．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態１～４６のいずれか１つに記載の方法。
４８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、実施形態１～４７のいずれか１つに記載の方法。
４９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、実施形態１～４８のいずれか１つに記載の方法。
５０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の方法。
５１．（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法が、白金ベースの化学療法である、実施形態２～９及び１１～５０のいずれか１つに記載の方法。
５２．白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、実施形態５１に記載の方法。
５３．ステップ（ａ）の前に対象から生物学的試料を得ることを含み、この際、生物学的試料が腫瘍ＤＮＡを含み、任意選択的に生物学的試料から腫瘍ＤＮＡを精製することを含む、実施形態１～５２のいずれか１つに記載の方法。
５４．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
５５．ステップ（ｃ）が、腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性でないと同定することを含む、請求項５４に記載の方法。
５６．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法を提供する。
５７．ステップ（ｃ）において、（ｉ）腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の併用療法を対象に投与する、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しない、若しくは（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与する、請求項５６に記載の方法。
５８．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
５９．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与することと、（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
６０．がんが、肺がんである、実施形態５４～５９のいずれか１つに記載の方法。
６１．肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、実施形態６０に記載の方法。
６２．対象におけるがんが、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、実施形態５４～６１のいずれか１つに記載の方法。
６３．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６２に記載の方法。
６４．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、実施形態６３に記載の方法。
６５．対象が、化学療法未経験である、実施形態５４～６４のいずれか１つに記載の方法。
６６．対象の腫瘍が、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、実施形態５４～６５のいずれか１つに記載の方法。
６７．ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される、実施形態６６に記載の方法。
６８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインとを含み、第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、実施形態６４～６７のいずれか１つに記載の方法。
６９．ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、実施形態６８に記載の方法。
７０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、実施形態６８又は６９に記載の方法。
７１．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、実施形態６８～７０のいずれか１つに記載の方法。
７２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、実施形態５４～７１のいずれか１つに記載の方法。
７３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に静脈内投与される、実施形態５４～７２のいずれか１つに記載の方法。
７４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態７３に記載の方法。
７５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態７４に記載の方法。
７６．対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、実施形態７５に記載の方法。
７７．対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、実施形態７５に記載の方法。
７８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に皮下又は皮内投与される、実施形態５４～７２のいずれか１つに記載の方法。
７９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、実施形態７８に記載の方法。
８０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、実施形態５４～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、実施形態５４～８０のいずれか１つに記載の方法。
８２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、実施形態５４～８１のいずれか１つに記載の方法。
８３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態５４～８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、実施形態５４～８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、実施形態５４～８４のいずれか１つに記載の方法。
８６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、実施形態５４～８５のいずれか１つに記載の方法。
８７．（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法が、白金ベースの化学療法である、実施形態５６～５７及び５９～８６のいずれか１つに記載の方法。
８８．白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、実施形態８７に記載の方法。
８９．ステップ（ａ）の前に対象から腫瘍試料を得ることを含む、実施形態５４～８８のいずれか１つに記載の方法。
９０．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路由来の１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、診断キット。
９１．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項９０に記載の診断キット。
９２．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項９１に記載の診断キット。
９３．ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項９２に記載の診断キット。
９４．ＰＩＫ３ＣＡにおける変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項９０～９３のいずれか一項に記載の診断キット。
９５．１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項９０～９４のいずれか一項に記載の診断キット。
９６．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項９５に記載の診断キット。
９７．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項９６に記載の診断キット。
９８．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、診断キット。
９９．ＨＥＲ２発がん性変化が、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む、実施形態９８に記載の方法。
１００．ＰＴＥＮ欠失が、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む、実施形態９８又は９９に記載の方法。
１０１．ＡＬＫ融合が、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む、実施形態９８又は９９に記載の方法。
１０２．ＲＥＴ融合が、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む、実施形態９８～１０１のいずれか１つに記載の方法。
１０３．腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、実施形態９０～１０２のいずれか１つに記載の診断キット。
１０４．ｃｔＤＮＡが、対象から単離された生物学的試料中に存在する、実施形態１０３に記載の診断キット。
１０５．生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、実施形態１０４に記載の診断キット。
１０６．腫瘍ＤＮＡが、対象から単離された腫瘍試料中に存在する、実施形態９０～１０２のいずれか１つに記載の診断キット。
１０７．対象由来の生物学的試料から腫瘍ＤＮＡを精製するための１つ以上の試薬を更に含む、実施形態１０３～１０６のいずれか１つに記載の診断キット。
１０８．１つ以上の試薬を配列決定技術と共に使用して、１つ以上の変異を決定することができる、実施形態９０～１０７のいずれか１つに記載の診断キット。
１０９．１つ以上の試薬を次世代配列決定（ＮＧＳ）と共に使用して、１つ以上の変異を決定することができる、実施形態９０～１０８のいずれか１つに記載の診断キット。
１１０．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍試料中のＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キット。
１１１．１つ以上の試薬を免疫組織化学（ＩＨＣ）と共に使用して、ＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定することができる、実施形態１１０に記載の診断キット。
１．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、対象におけるがんを併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法である。
２．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが当該変異を有しない場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが１つ以上の当該変異を有する場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
３．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項１又は２に記載の方法。
４．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項３に記載の方法。
５．ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項４に記載の方法。
６．ＰＩＫ３ＣＡにおける変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
７．１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
８．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項６に記載の方法。
９．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項７に記載の方法。
１０．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
１１．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）対象から得られた腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定することであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、ことと、
ｂ）（ｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの変異を有しないか、又は群（１）からの１つ以上の変異及び群（２）からの１つ以上の変異を有するかのいずれかである場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）当該対象由来の腫瘍ＤＮＡが群（１）からの１つ以上の変異を有し、群（２）からの変異を有しない場合、（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法。
１２．ＨＥＲ２発がん性変化が、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む、実施形態１０又は１１に記載の方法。
１３．ＰＴＥＮ欠失が、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む、実施形態１０～１２のいずれか１つに記載の方法。
１４．ＡＬＫ融合が、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む、実施形態１０～１３のいずれか１つに記載の方法。
１５．ＲＥＴ融合が、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む、実施形態１０～１４のいずれか１つに記載の方法。
１６．がんが、肺がんである、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の方法。
１７．肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、実施形態１６に記載の方法。
１８．対象におけるがんが、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の方法。
１９．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態１８に記載の方法。
２０．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、実施形態１９に記載の方法。
２１．対象が、化学療法未経験である、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の方法。
２２．対象由来の腫瘍ＤＮＡが、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の方法。
２３．ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される、実施形態２２に記載の方法。
２４．腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の方法。
２５．ｃｔＤＮＡが、対象から単離された生物学的試料中に存在する、実施形態２４に記載の方法。
２６．生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、実施形態２５に記載の方法。
２７．ｃｔＤＮＡが、変異同定の前に生物学的試料から単離される、実施形態２５又は２６に記載の方法。
２８．腫瘍ＤＮＡが、対象から単離された腫瘍試料中に存在する、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の方法。
２９．腫瘍ＤＮＡが、変異同定の前に腫瘍試料から単離される、実施形態２８に記載の方法。
３０．１つ以上の変異が、配列決定によって決定される、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の方法。
３１．１つ以上の変異が、次世代配列決定（ＮＧＳ）を使用して決定される、実施形態３０に記載の方法。
３２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインとを含み、第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の方法。
３３．ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、実施形態３２に記載の方法。
３４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、実施形態３２又は３３に記載の方法。
３５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の方法。
３６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の方法。
３７．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に静脈内投与される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
３８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態３７に記載の方法。
３９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態３８に記載の方法。
４０．対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、実施形態３９に記載の方法。
４１．対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、実施形態３９に記載の方法。
４２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に皮下又は皮内投与される、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の方法。
４３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、実施形態４２に記載の方法。
４４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、実施形態１～４３のいずれか１つに記載の方法。
４５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の方法。
４６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、実施形態１～４５のいずれか１つに記載の方法。
４７．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態１～４６のいずれか１つに記載の方法。
４８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、実施形態１～４７のいずれか１つに記載の方法。
４９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、実施形態１～４８のいずれか１つに記載の方法。
５０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の方法。
５１．（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法が、白金ベースの化学療法である、実施形態２～９及び１１～５０のいずれか１つに記載の方法。
５２．白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、実施形態５１に記載の方法。
５３．ステップ（ａ）の前に対象から生物学的試料を得ることを含み、この際、生物学的試料が腫瘍ＤＮＡを含み、任意選択的に生物学的試料から腫瘍ＤＮＡを精製することを含む、実施形態１～５２のいずれか１つに記載の方法。
５４．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
５５．ステップ（ｃ）が、腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、対象におけるがんを併用療法による治療に感受性でないと同定することを含む、請求項５４に記載の方法。
５６．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ又はＭＥＴの発現レベルに基づいて、０～３＋のスケールで染色強度スコアを決定することと、
ｃ）（ｉ）染色強度スコアが３＋である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与すること、又は（ｉｉ）染色強度スコアが３＋未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法を提供する。
５７．ステップ（ｃ）において、（ｉ）腫瘍試料の細胞の２５％以上において染色強度スコアが３＋である場合、治療有効量の併用療法を対象に投与する、又は（ｉｉ）腫瘍試料の２５％未満の細胞において染色強度スコアが３＋である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しない、若しくは（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与する、請求項５６に記載の方法。
５８．対象におけるがんが、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む併用療法による治療に対して感受性であるか否かを決定するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性であると同定すること、又は（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、対象におけるがんを、併用療法による治療に対して感受性でないと同定することと、を含む、方法。
５９．がんの治療を必要とする対象においてがんを治療するための方法であって、
ａ）免疫組織化学（ＩＨＣ）を使用して、対象から得られた腫瘍試料におけるＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルを決定することと、
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＥＧＦＲ及びＭＥＴの発現レベルに基づいて複合Ｈスコアを計算することと、
ｃ）（ｉ）複合Ｈスコアが４００以上である場合、二重特異性抗上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）／肝細胞成長因子受容体（ｃ－Ｍｅｔ）二重特異性抗体及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）を含む治療有効量の併用療法を対象に投与することと、（ｉｉ）複合Ｈスコアが４００未満である場合、（ｉ）において使用される併用療法を対象に投与しないこと、又は（ｉ）において使用される併用療法を含まないがん療法を対象に投与することと、を含む、方法である。
６０．がんが、肺がんである、実施形態５４～５９のいずれか１つに記載の方法。
６１．肺がんが、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である、実施形態６０に記載の方法。
６２．対象におけるがんが、併用療法において使用されるＥＧＦＲ ＴＫＩと同じではないＥＧＦＲ ＴＫＩによる治療に対して耐性がある、実施形態５４～６１のいずれか１つに記載の方法。
６３．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブ、エルロチニブ、アファチニブ、ロシレチニブ、オルムチニブ、及びそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態６２に記載の方法。
６４．がんが耐性があるＥＧＦＲ ＴＫＩが、オシメルチニブである、実施形態６３に記載の方法。
６５．対象が、化学療法未経験である、実施形態５４～６４のいずれか１つに記載の方法。
６６．対象の腫瘍が、少なくとも１つのＥＧＦＲ活性化変異を有する、実施形態５４～６５のいずれか１つに記載の方法。
６７．ＥＧＦＲ活性化変異が、エクソン１９欠失、Ｌ８５８Ｒ、及びＴ７９０Ｍから選択される、実施形態６６に記載の方法。
６８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインと、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインとを含み、第１のドメインが、配列番号１の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、配列番号２のＨＣＤＲ２、配列番号３のＨＣＤＲ３、配列番号４の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、配列番号５のＬＣＤＲ２、及び配列番号６のＬＣＤＲ３を含み、ｃ－Ｍｅｔに結合する第２のドメインが、配列番号７のＨＣＤＲ１、配列番号８のＨＣＤＲ２、配列番号９のＨＣＤＲ３、配列番号１０のＬＣＤＲ１、配列番号１１のＬＣＤＲ２、及び配列番号１２のＬＣＤＲ３を含む、実施形態６４～６７のいずれか１つに記載の方法。
６９．ＥＧＦＲに特異的に結合する第１のドメインが、配列番号１３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び配列番号１４の軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、ｃ－Ｍｅｔに特異的に結合する第２のドメインが、配列番号１５のＶＨ及び配列番号１６のＶＬを含む、実施形態６８に記載の方法。
７０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、ＩｇＧ１アイソタイプである、実施形態６８又は６９に記載の方法。
７１．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、配列番号１７の第１の重鎖（ＨＣ１）、配列番号１８の第１の軽鎖（ＬＣ１）、配列番号１９の第２の重鎖（ＨＣ２）、及び配列番号２０の第２の軽鎖（ＬＣ２）を含む、実施形態６８～７０のいずれか１つに記載の方法。
７２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１％～約１５％のフコース含量を有する二分岐グリカン構造を含む、実施形態５４～７１のいずれか１つに記載の方法。
７３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に静脈内投与される、実施形態５４～７２のいずれか１つに記載の方法。
７４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約１４０ｍｇ～約２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態７３に記載の方法。
７５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、９００ｍｇ、９５０ｍｇ、１０００ｍｇ、１０５０ｍｇ、１１００ｍｇ、１１５０ｍｇ、１２００ｍｇ、１２５０ｍｇ、１３００ｍｇ、１３５０ｍｇ、１４００ｍｇ、１５７５ｍｇ、１６００ｍｇ、２１００ｍｇ、又は２２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態７４に記載の方法。
７６．対象が８０ｋｇ未満の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１０５０ｍｇの用量で投与される、実施形態７５に記載の方法。
７７．対象が８０ｋｇ以上の体重を有する場合、二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、１４００ｍｇの用量で投与される、実施形態７５に記載の方法。
７８．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象に皮下又は皮内投与される、実施形態５４～７２のいずれか１つに記載の方法。
７９．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、対象において治療効果を達成するのに十分な用量で皮下又は皮内投与される、実施形態７８に記載の方法。
８０．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体が、週２回、週１回、２週間に１回、３週間に１回、又は４週間に１回投与される、実施形態５４～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、ラゼルチニブである、実施形態５４～８０のいずれか１つに記載の方法。
８２．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２０～約３２０ｍｇの用量で投与される、実施形態５４～８１のいずれか１つに記載の方法。
８３．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、約２４０ｍｇの用量で投与される、実施形態５４～８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日、隔日、週２回、又は週１回投与される、実施形態５４～８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、毎日投与される、実施形態５４～８４のいずれか１つに記載の方法。
８６．二重特異性抗ＥＧＦＲ／ｃ－Ｍｅｔ抗体と組み合わせて投与されるＥＧＦＲ ＴＫＩが、経口投与される、実施形態５４～８５のいずれか１つに記載の方法。
８７．（ｉ）で使用される併用療法を含まないがん療法が、白金ベースの化学療法である、実施形態５６～５７及び５９～８６のいずれか１つに記載の方法。
８８．白金ベースの化学療法が、カルボプラチン及び／又はシスプラチンを含む、実施形態８７に記載の方法。
８９．ステップ（ａ）の前に対象から腫瘍試料を得ることを含む、実施形態５４～８８のいずれか１つに記載の方法。
９０．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路由来の１つ以上の遺伝子における変異及びＰＩＫ３ＣＡにおける変異から選択される、診断キット。
９１．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子が、ＦＧＦＲ３、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＥＲＢＢ２、ＡＬＫ、ＮＲＡＳ、ＰＤＧＦＲＡ及び／又はＲＥＴである、請求項９０に記載の診断キット。
９２．ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＦＧＦＲ３融合、ＢＲＡＦ Ｇ４６９Ａ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＥＲＢＢ２コピー数変化、ＡＬＫ融合、ＥＲＢＢ２ Ｉ７６７Ｍ、ＥＲＢＢ２ Ｖ７７７Ｌ、ＫＲＡＳ Ａ１８Ｖ、ＫＲＡＳコピー数変化、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ、ＰＤＧＦＲＡコピー数変化、及びＲＥＴ融合を含む、請求項９１に記載の診断キット。
９３．ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｘ変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖである、請求項９２に記載の診断キット。
９４．ＰＩＫ３ＣＡにおける変異が、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋを含む、請求項９０～９３のいずれか一項に記載の診断キット。
９５．１つ以上の変異が、ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異から更に選択される、請求項９０～９４のいずれか一項に記載の診断キット。
９６．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子が、ＡＰＣ及びＣＴＮＮＢ１である、請求項９５に記載の診断キット。
９７．ＷＮＴ／ｂ－カテニン経路からの１つ以上の遺伝子における変異が、ＡＰＣ Ｑ１４６９、ＡＰＣ Ｒ４０５、ＡＰＣ Ｓ７１３、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３３Ｐ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｃ、ＣＴＮＮＢ１ Ｓ３７Ｆ、及びＣＴＮＮＢ１ Ｓ４５Ｐを含む、請求項９６に記載の診断キット。
９８．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍ＤＮＡにおける１つ以上の変異の存在を決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キットであって、１つ以上の変異が、以下の２つの群：
（１）ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ（ＸはＧ、Ｖ、Ｃ及びＤ以外の任意のアミノ酸である）、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ変異、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３融合、ＴＰＭ３－ＮＴＲＫ１融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合及び他の発がん性融合イベント；
（２）ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、ＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異、から選択される、診断キット。
９９．ＨＥＲ２発がん性変化が、ＨＥＲ２ Ｙ７７２＿Ａ７７５重複、ＨＥＲ２ Ｌ７５５Ｍ／Ｓ／Ｗ及びＨＥＲ２ Ｓ３１０Ｆ／Ｙを含む、実施形態９８に記載の方法。
１００．ＰＴＥＮ欠失が、ＰＴＥＮ Ｉ３３ｄｅｌ及びＰＴＥＮ Ｉ１４ｄｅｌを含む、実施形態９８又は９９に記載の方法。
１０１．ＡＬＫ融合が、ＳＱＳＴＭ１－ＡＬＫ融合及びＥＭＬ４－ＡＬＫ融合を含む、実施形態９８又は９９に記載の方法。
１０２．ＲＥＴ融合が、ＣＣＤＣ６－ＲＥＴ融合、ＫＩＦ５Ｂ－ＲＥＴ融合及びＮＣＯＡ４－ＲＥＴ融合を含む、実施形態９８～１０１のいずれか１つに記載の方法。
１０３．腫瘍ＤＮＡが、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）である、実施形態９０～１０２のいずれか１つに記載の診断キット。
１０４．ｃｔＤＮＡが、対象から単離された生物学的試料中に存在する、実施形態１０３に記載の診断キット。
１０５．生物学的試料が、血液試料又は血漿試料である、実施形態１０４に記載の診断キット。
１０６．腫瘍ＤＮＡが、対象から単離された腫瘍試料中に存在する、実施形態９０～１０２のいずれか１つに記載の診断キット。
１０７．対象由来の生物学的試料から腫瘍ＤＮＡを精製するための１つ以上の試薬を更に含む、実施形態１０３～１０６のいずれか１つに記載の診断キット。
１０８．１つ以上の試薬を配列決定技術と共に使用して、１つ以上の変異を決定することができる、実施形態９０～１０７のいずれか１つに記載の診断キット。
１０９．１つ以上の試薬を次世代配列決定（ＮＧＳ）と共に使用して、１つ以上の変異を決定することができる、実施形態９０～１０８のいずれか１つに記載の診断キット。
１１０．（ｉ）がんを有する対象由来の腫瘍試料中のＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定するための１つ以上の試薬と、（ｉｉ）任意選択的に、パッケージ及び／又は使用説明書と、を含む、診断キット。
１１１．１つ以上の試薬を免疫組織化学（ＩＨＣ）と共に使用して、ＥＧＦＲ及び／又はＭＥＴの発現レベルを決定することができる、実施形態１１０に記載の診断キット。
【実施例】
【0252】
本明細書において開示した実施形態のいくつかを更に説明するために、以下の実施例を提供する。これらの実施例は、例示を目的とするものであって、本開示の実施形態を制限するものではない。
【0253】
実施例１．オシメルチニブ再発性、化学療法未経験ＥＧＦＲ変異体（ＥＧＦＲｍ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の治療のためのラゼルチニブと組み合わせたアミバンタマブ、及び応答のための潜在的バイオマーカー
本実施例は、ＥＧＦＲ変異体（ＥＧＦＲｍ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の治療未経験患者及びオシメルチニブ（ｏｓｉ）再発患者における、アミバンタマブ（上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）及び間葉上皮移行因子（ＭＥＴ）二重特異性抗体）及びラゼルチニブ（第３世代チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ））の組み合わせの予備的効力を調査した。簡単に説明すると、治療前腫瘍生検及び循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を、組み合わせラゼルチニブ中のアミバンタマブの投与前に収集した。ｃｔＤＮＡ又は腫瘍生検（バイオマーカー陽性［ｐｏｓ］）のいずれかにおいて次世代配列決定（ＮＧＳ）によって同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴにおけるオシメルチニブ耐性変異又は増幅を、濃縮応答について評価した。ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現についての免疫組織化学（ＩＨＣ）染色もまた、応答についての潜在的バイオマーカーとして調査した。
本実施例は、ＥＧＦＲ変異体（ＥＧＦＲｍ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の治療未経験患者及びオシメルチニブ（ｏｓｉ）再発患者における、アミバンタマブ（上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）及び間葉上皮移行因子（ＭＥＴ）二重特異性抗体）及びラゼルチニブ（第３世代チロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ））の組み合わせの予備的効力を調査した。簡単に説明すると、治療前腫瘍生検及び循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を、組み合わせラゼルチニブ中のアミバンタマブの投与前に収集した。ｃｔＤＮＡ又は腫瘍生検（バイオマーカー陽性［ｐｏｓ］）のいずれかにおいて次世代配列決定（ＮＧＳ）によって同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴにおけるオシメルチニブ耐性変異又は増幅を、濃縮応答について評価した。ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現についての免疫組織化学（ＩＨＣ）染色もまた、応答についての潜在的バイオマーカーとして調査した。
【0254】
アミバンタマブ及びラゼルチニブの構造の概略図、並びにアミバンタマブの作用機序（ＭＯＡ）の詳細な説明を図１に示す。上皮成長因子受容体変異体（ＥＧＦＲｍ）非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）におけるオシメルチニブに対する獲得耐性の進行を図２に例示する。具体的には、一次変異、例えば、ＥＧＦＲドライバー変異（エクソン１９欠失＋Ｌ８５８Ｒ）は、ＥＧＦＲ依存性（Ｃ７９７Ｓ）又はＭＥＴ依存性（ＭＥＴ増幅）であるものなどの耐性変異と共に同時発生し得るか、他の経路（例えば、ＰＩＫ３ＣＡ、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ、融合、サイクル）に関与し得るか、変換に起因し得るか、又はまだ不明（約４０～５０％）であり、それぞれオシメルチニブ耐性に寄与する。最終的に、オシメルチニブ耐性の複雑さは、複数の耐性機構の同時発生と共に不均一な耐性パターンから生じる可能性が高い。単一腫瘍病変の配列決定は、耐性における不均一なパターン又は同時発生する変異を明らかにしない場合があり、この意味で、血漿次世代配列決定（ＮＧＳ）がより有用であり得る。循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）のＮＧＳは、組織を得ることが困難であるため、オシメルチニブ耐性機構を特徴付けるために最も頻繁に使用されている方法である（Ｐａｐａｄｉｍｉｔｒａｋｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌ ２９： ＶＩＩＩ７４１，２０１８、Ｒａｍａｌｉｎｇａｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｏｎｃｏｌ ２９：ＶＩＩＩ７４０，２０１８）。
【0255】
本開示の方法によれば、化学療法の介入なしにオシメルチニブ中に進行したＥＧＦＲエクソン１９欠失又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣを有する患者（Ｎ＝４５）を、図３に示すように、進行中のＣＨＲＹＳＡＬＩＳ研究の組み合わせコホートに登録した（ＮＣＴ０２６０９７７６、コホートＥ）。患者の人口統計及びベースライン疾患特徴の説明を図４に示す。治療前腫瘍生検及びｃｔＤＮＡを前向きに収集し、患者は、１０５０／１４００ｍｇアミバンタマブ＋２４０ｍｇラゼルチニブの組み合わせ用量を受けて、オシメルチニブ再発集団における安全及び効力を評価した。応答は、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従って治験責任医師によって評価された。ｃｔＤＮＡ又は腫瘍生検（バイオマーカー陽性［ｐｏｓ］）のいずれかにおいて次世代配列決定（ＮＧＳ）によって同定されたＥＧＦＲ／ＭＥＴにおけるオシメルチニブ耐性変異又は増幅を、濃縮応答について評価した。持続的な応答が、管理可能な安全を伴ってアミバンタマブ＋ラゼルチニブの組み合わせで観察された（図５Ａ～５Ｂ）。図５Ａに示される標的病変の総径和（ＳｏＤ）を、Ｅ．Ａ．Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｕｒｓ：Ｒｅｖｉｓｅｄ ＲＥＣＩＳＴ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．１）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ４５（２００９）２２８－２４７に記載されるように測定した。安全プロファイルは、本発明者らによるアミバンタマブ＋ラゼルチニブを用いた以前の経験と一致した（Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ ３１：Ｓ８１３，２０２０）。最も一般的な有害イベント（ＡＥ）は、注入に伴う反応（infusion-related reaction、ＩＲＲ；７８％）、発疹（座瘡様皮膚炎５１％＋発疹２７％）、及び爪囲炎（４９％）であり、これらの大部分はグレード１～２であった。治療関連事例のうち、１６％がグレード≧３のＡＥであり、４％が中止であり、１８％が用量低減であった。
【0256】
本実施例の重要な知見の中で、４５人のオシメルチニブ再発患者のうち、３６％（９５％信頼区間［ＣＩ］、２２～５１）が、確認された応答（１人の完全奏効及び１５人の部分奏効［ＰＲ］）を有した。８．２ヶ月（１．０～１１．８）の追跡中央値で、患者４５人中２０人（４４％）が治療を継続した。患者１６人中１１人（６９％）が応答を継続しており（２．６～９．６＋か月）、奏効期間中央値には達していない（ＮＲ）。無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）は４．９ヶ月（９５％ＣＩ、３．７～８．３）であった。
【0257】
合計で、４５人中４４人の患者がｃｔＤＮＡによって評価可能であり、４５人中２９人が腫瘍ＮＧＳによって評価可能であった。遺伝子検査により１７人のバイオマーカー陽性患者が同定され、そのうちの８人（４７％）が応答した（図６Ａ～６Ｂ）。８．２ヶ月（１．０～１１．８）の追跡中央値で、患者４５人中２０人（４４％）が治療を継続する。患者１６人中１１人（６９％）が応答を継続しており（２．６～９．６＋か月）、奏効期間中央値には達していない（ＮＲ）。無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）は４．９ヶ月（９５％ＣＩ、３．７～８．３）であった。図６Ａは、ＥＧＦＲ系耐性群、ＭＥＴ系耐性群、及びＥＧＦＲ＋ＭＥＴ（ＥＧＦＲ＋ＭＥＴ）系耐性群に関する腫瘍体積における最良の変化パーセンテージのプロットを示す。図６Ｂは、ＥＧＦＲベース、ＭＥＴベース、及び追加の耐性群について決定された遺伝子変化の概要チャートを示す。
【0258】
残りの２８人の患者のうち、８人（２９％）が応答した（図７Ａ～７Ｂ）。これら２８人の患者のうち、１８人は、オシメルチニブ耐性の不明な機構を有し（８ ＰＲ）、１０人は、同定された非ＥＧＦＲ／ＭＥＴ耐性機構を有した（応答しなかった）。バイオマーカー陽性患者及び残りの患者のｍＰＦＳ（９５％ＣＩ）は、それぞれ、６．７ヶ月（３．４～ＮＲ）及び４．１ヶ月（４－９～１．５）であった。図７Ａは、不明な耐性機構及びＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性耐性群についての腫瘍体積における最良の変化パーセンテージのプロットを示す。図７Ｂは、ＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性群について決定された遺伝子変化、例えば、変異のサブセットの概要チャートを示す。非限定的な例として、例示的なＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性遺伝子変化としては、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４２Ｋ／Ｖ、ＰＩＫ３ＣＡ Ｈ１０４７Ｒ、ＰＩＫ３ＣＡ増幅、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ／Ｃ／Ｄ／Ｘ、ＫＲＡＳ増幅、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、ＢＲＡＦ増幅、ＣＣＮＤ１増幅、ＣＣＮＤ２増幅、ＣＣＮＥ１増幅、ＣＤＫ４増幅、ＣＤＫ６増幅、ＨＥＲ２増幅、ＨＥＲ２発がん性変化、ＰＴＥＮ欠失、ＰＴＥＮ Ｎ４８Ｋ、ＣＤＫＮ２Ａ Ｇ１０１Ｗ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＡＬＫ融合、ＦＧＦＲ３－ＴＡＣＣ３及び他の融合、ＲＥＴ融合、ＢＲＡＦ融合、並びに他の発がん性融合イベントが含まれ得る。本発明の層別化方法によれば、そのようなＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性変異が存在しない場合、患者は、本明細書に開示されるアミバンタマブとラゼルチニブの併用治療の候補であり得る。図７Ａ～７Ｂに例示されるように、非ＥＧＦＲ非ＭＥＴ（すなわち、ＥＧＦＲ／ＭＥＴ非依存性）耐性機構を有し、更にＥＧＦＲ系耐性変異、例えば、ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７９２Ｈ、ＥＧＦＲ増幅、ＥＧＦＲ Ｇ７９６Ｓ、ＥＧＦＲ Ｌ７１８Ｘ（Ｘは任意のアミノ酸である）、ＥＧＦＲ Ｅ７０９Ｋ、及びＥＧＦＲ Ｇ７２４Ｓ、並びに／又はＭＥＴ系耐性変異、例えば、ＭＥＴ増幅、及びＭＥＴエクソン１４スキッピング（ＭＥＴｅｘ１４）変異（例えば、図６Ｂを参照されたい）を欠くと決定された患者は、ラゼルチニブ治療と組み合わせたアミバンタマブによる治療から除外される。これらのデータは、そのような患者がこの組み合わせに応答する確率が低いことを示しており、現在の標準治療を考慮すると、代わりに、例えば、白金ベースの化学療法で治療される。
【0259】
ＥＧＦＲ及びＭＥＴについてＩＨＣ試験を行うために、２０人の患者の適切な組織が利用可能であった（図８）。１０人の患者生検試料は、ＥＧＦＲ／ＭＥＴについて免疫陽性（ＩＨＣ＋）であり、ＥＧＦＲ＋ＭＥＴの複合（ＥＧＦＲ＋ＭＥＴ）Ｈスコア≧４００を示した。残りの１０個の患者生検試料をＩＨＣ－と定義した。ＩＨＣ＋患者は、９０％（９／１０患者）の全奏効率（ＯＲＲ）、９．７ヶ月の奏効期間中央値（ｍＤＯＲ）、１００％の臨床的有用率（ＣＢＲ）、及び１２．５ヶ月の無増悪生存期間中央値（ｍＰＦＳ）を有した。ＩＨＣ＋群における５人の応答者は、不明な遺伝的機構を有した。陽性応答者（ＰＲ）の高い提示がＩＨＣ＋群において観察され、腫瘍体積のより大きなパーセンテージの減少と関連していた。これらのデータは、高発現を示すＭＥＴ及び／又はＥＧＦＲのＩＨＣが、アミバンタマブ／ラゼルチニブ併用治療に対する治療応答の正の予測因子であることを示唆する。
【0260】
本実施例は、アミバンタマブとラゼルチニブとの組み合わせによる治療が、オシメルチニブ中に進行した化学療法未経験患者の３６％において応答を生じたことを実証した。これらの患者の中で、耐性の遺伝的ＥＧＦＲ及びＭＥＴベースのバイオマーカーは、アミバンタマブ及びラゼルチニブに応答する可能性がより高い患者のサブグループを同定したが、同定された耐性マーカーを欠く更なる患者も応答した。ＩＨＣベースのアプローチは、併用レジメンから利益を得る可能性が最も高い患者を同定し得る。
【0261】
実施例２．拡大コホート研究における応答についてのバイオマーカーの検証
ＣＨＲＹＳＡＬＩＳ－２第１／１ｂ相拡大コホートは、一般に、図９に示すように、例示的な研究設計に従って実施される。第１ｂ相拡大コホートＡ～Ｄの重要な患者組み入れ基準を以下のように適用する。拡大コホートＡの組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン１９欠失又はＬ８５８Ｒ、オシメルチニブ後（一次／二次治療）、及び最終治療としての白金ベースの化学療法での進行である。拡大コホートＢのための組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン２０挿入、以前の標準治療（ＳＯＣ）である白金ベースの化学療法、又は代替的に、エクソン２０挿入を標的とする治験用ＥＧＦＲ－ＴＫＩ（例えば、モボセルチニブ及びポジオチニブ）若しくは免疫腫瘍療法（ＩＯ）を含み得るＥＧＦＲ ＴＫＩ、及び最終治療としての治療経験数３以下の化学療法である。拡大コホートＣについての組み入れ基準は、珍しい非エクソン２０挿入変異（例えば、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８６１Ｑ、Ｇ７１９Ｘ）、治療未経験又は最終治療として１つの第１／第２世代ＥＧＦＲ ＴＫＩを既に受けている、及び治療経験数が≦２である。拡大コホートＤについての組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン１９欠失又はＬ８５８Ｒ、最終治療としてのオシメルチニブ後（一次／二次治療）、及びバイオマーカー検証のための、最も最近のシステム治療での進行後の、又は転移状況における最初の生検からの腫瘍生検に適していることである。第１ｂ相拡大コホートに、ラゼルチニブ（２４０ｍｇ）をアミバンタマブ（１０５０／１４００ｍｇ（１０５０ｍｇ、体重＜８０ｋｇ；１４００ｍｇ、体重≧８０ｋｇ）と組み合わせて投与した。拡大コホートＤについては、実施例１に例示されるようなＥＧＦＲ／ＭＥＴにおけるオシメルチニブ耐性変異又は増幅を、ｃｔＤＮＡ又は腫瘍生検（バイオマーカー陽性［ｐｏｓ］）のいずれかにおける次世代配列決定（ＮＧＳ）によって検証し、濃縮応答について評価する。ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現についての免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を、応答についてのバイオマーカーとして更に検証する。
ＣＨＲＹＳＡＬＩＳ－２第１／１ｂ相拡大コホートは、一般に、図９に示すように、例示的な研究設計に従って実施される。第１ｂ相拡大コホートＡ～Ｄの重要な患者組み入れ基準を以下のように適用する。拡大コホートＡの組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン１９欠失又はＬ８５８Ｒ、オシメルチニブ後（一次／二次治療）、及び最終治療としての白金ベースの化学療法での進行である。拡大コホートＢのための組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン２０挿入、以前の標準治療（ＳＯＣ）である白金ベースの化学療法、又は代替的に、エクソン２０挿入を標的とする治験用ＥＧＦＲ－ＴＫＩ（例えば、モボセルチニブ及びポジオチニブ）若しくは免疫腫瘍療法（ＩＯ）を含み得るＥＧＦＲ ＴＫＩ、及び最終治療としての治療経験数３以下の化学療法である。拡大コホートＣについての組み入れ基準は、珍しい非エクソン２０挿入変異（例えば、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８６１Ｑ、Ｇ７１９Ｘ）、治療未経験又は最終治療として１つの第１／第２世代ＥＧＦＲ ＴＫＩを既に受けている、及び治療経験数が≦２である。拡大コホートＤについての組み入れ基準は、ＥＧＦＲエクソン１９欠失又はＬ８５８Ｒ、最終治療としてのオシメルチニブ後（一次／二次治療）、及びバイオマーカー検証のための、最も最近のシステム治療での進行後の、又は転移状況における最初の生検からの腫瘍生検に適していることである。第１ｂ相拡大コホートに、ラゼルチニブ（２４０ｍｇ）をアミバンタマブ（１０５０／１４００ｍｇ（１０５０ｍｇ、体重＜８０ｋｇ；１４００ｍｇ、体重≧８０ｋｇ）と組み合わせて投与した。拡大コホートＤについては、実施例１に例示されるようなＥＧＦＲ／ＭＥＴにおけるオシメルチニブ耐性変異又は増幅を、ｃｔＤＮＡ又は腫瘍生検（バイオマーカー陽性［ｐｏｓ］）のいずれかにおける次世代配列決定（ＮＧＳ）によって検証し、濃縮応答について評価する。ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現についての免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を、応答についてのバイオマーカーとして更に検証する。
【0262】
実施例３．ベースライン血漿ｃｔＤＮＡのＮＧＳ分析に基づくバイオマーカー戦略
材料及び方法
以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣに対して陽性であると試験された参加者であって、オシメルチニブ中又はその後に進行した参加者（第１ｂ相拡大コホートＤ）において、アミバンタマブ及びラゼルチニブ併用による治療に対する腫瘍応答の確率が増加又は減少した患者を同定するバイオマーカー戦略を評価するために、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によるＯＲＲを、ベースライン血漿中循環腫瘍ＤＮＡ（（ｃｔＤＮＡ）の次世代配列決定（ＮＧＳ）分析によって二分された集団において評価した。ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１ガイドラインは、Ｅ．Ａ．Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｕｒｓ：Ｒｅｖｉｓｅｄ ＲＥＣＩＳＴ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．１）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ４５（２００９）２２８－２４７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。これらの参加者は、以前に、ＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣのいずれかについて陽性と試験された。参加者は、オシメルチニブ中又はその後に進行し、バイオマーカー選択なしで登録され、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析のために血漿を提出することが要求された。各患者は、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析によって決定されたオシメルチニブ耐性の機構に基づく分類を受けた。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異又は病原性変化を同定した場合、患者をＮＧＳ１として分類した。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異又はＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性変化又はＷＮＴ／ｂ－カテニン経路における病原性変化を同定した場合、患者をＮＧＳ２として分類した。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異若しくはＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性変化若しくはＷＮＴ／ｂ－カテニン経路における病原性変化を同定した場合、又はｃｔＤＮＡ ＮＧＳがＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異若しくはＥＧＦＲエクソン１９欠失変異を検出できなかった場合（おそらくはｃｔＤＮＡアッセイの感度限界に起因する）、患者をＮＧＳ３として分類した。無増悪生存期間（ＰＦＳ）も各ＮＧＳ群間で比較した。
材料及び方法
以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣに対して陽性であると試験された参加者であって、オシメルチニブ中又はその後に進行した参加者（第１ｂ相拡大コホートＤ）において、アミバンタマブ及びラゼルチニブ併用による治療に対する腫瘍応答の確率が増加又は減少した患者を同定するバイオマーカー戦略を評価するために、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によるＯＲＲを、ベースライン血漿中循環腫瘍ＤＮＡ（（ｃｔＤＮＡ）の次世代配列決定（ＮＧＳ）分析によって二分された集団において評価した。ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１ガイドラインは、Ｅ．Ａ．Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｕｒｓ：Ｒｅｖｉｓｅｄ ＲＥＣＩＳＴ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．１）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ４５（２００９）２２８－２４７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。これらの参加者は、以前に、ＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣのいずれかについて陽性と試験された。参加者は、オシメルチニブ中又はその後に進行し、バイオマーカー選択なしで登録され、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析のために血漿を提出することが要求された。各患者は、ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析によって決定されたオシメルチニブ耐性の機構に基づく分類を受けた。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、ＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異又は病原性変化を同定した場合、患者をＮＧＳ１として分類した。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異又はＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性変化又はＷＮＴ／ｂ－カテニン経路における病原性変化を同定した場合、患者をＮＧＳ２として分類した。ｃｔＤＮＡ ＮＧＳ分析が、病原性ＰＩＫ３ＣＡ Ｅ５４５Ｋ変異若しくはＲＡＳ／ＲＡＦ／ＭＥＫ経路における病原性変化若しくはＷＮＴ／ｂ－カテニン経路における病原性変化を同定した場合、又はｃｔＤＮＡ ＮＧＳがＥＧＦＲ Ｌ８５８Ｒ変異若しくはＥＧＦＲエクソン１９欠失変異を検出できなかった場合（おそらくはｃｔＤＮＡアッセイの感度限界に起因する）、患者をＮＧＳ３として分類した。無増悪生存期間（ＰＦＳ）も各ＮＧＳ群間で比較した。
【0263】
アミバンタマブ及びラゼルチニブで治療した患者において観察された変異の完全なリストを以下に提供する。
【0264】
【表1】
【0265】
結果
【0266】
【表2】
【0267】
非選択集団と比較してＰＲ及びｕＰＲが濃縮されたＮＧＳ１、ＮＧＳ２又はＮＧＳ３陽性患者の除外。ＰＲとしてｕＰＲを処理する場合、ＮＧＳ１、ＮＧＳ２及びＮＧＳ３陰性集団についてのＯＲＲについてのＯＲＲは、それぞれ、３９．５％（９５％Ｃ．Ｉ．：２８．４％～５１．４％）、４２％（９５％Ｃ．Ｉ．：２８．４％～５１．４％）及び４５．８％（９５％Ｃ．Ｉ．：３２．７％～５９．３％）である（表２を参照されたい）。一方、ＮＧＳ１、ＮＧＳ２及びＮＧＳ３陽性集団についてのＯＲＲは、それぞれ４．３％（９５％Ｃ．Ｉ．：０．１％～２２．０％）、６．７％（９５％Ｃ．Ｉ．：０．８％～２２．１％）及び１０％（９５％Ｃ．Ｉ．：２．８％～２３．７％）である（表２）。評価可能なｃｔＤＮＡ ＮＧＳ結果を有する対象の非選択集団についてのＯＲＲは、３１．３％（９５％Ｃ．Ｉ．：２２．４％～４１．４％）である（表３）。
【0268】
【表3】
＃依存性＝ＥＧＦＲ／ＭＥＴ依存性、すなわち、ＥＧＦＲ Ｃ７９７Ｓ変異又はＭＥＴ増幅。
依存性＝ＥＧＦＲ／ＭＥＴ依存性、例えば、ＫＲＡＳ又はＰＩＫ３ＣＡなど。
Δ不明＝依存性又は非依存性のカテゴリに適合しない。
【0269】
ＯＲＲを支持して、ウォーターフォールプロットは、全てのＮＧＳ陰性群における少なくとも３０％の減少による標的病変サイズのベースラインからの最良の変化の濃縮を実証する（図１０Ｂ、１１Ｂ、及び１２Ｂ）。３ヶ月で、全てのＮＧＳ陰性群は、それらのそれぞれの陽性群と比較して、より良好なＰＦＳ生存を示す（図１０Ａ、１１Ａ、及び１２Ａ）。
【0270】
実施例４．ベースライン腫瘍生検のＩＨＣ分析に基づくバイオマーカー戦略
材料及び方法
以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣに対して陽性であると試験された参加者であって、オシメルチニブ中又はその後に進行した参加者（第１ｂ相拡大コホートＤ）において、アミバンタマブ及びラゼルチニブ併用による治療時の腫瘍応答の確率が増加又は減少した患者を同定するバイオマーカー戦略を評価するために、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によるＯＲＲを、ベースライン腫瘍生検のＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現の免疫組織化学（ＩＨＣ）分析によって二分された集団において評価した。これらの参加者は、以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣについて陽性であると試験され、オシメルチニブ中又は治療後に進行した。これらの患者は、バイオマーカー選択なしで登録され、ＩＨＣ分析（ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現）のために腫瘍組織を提出することを要求された。各患者は、各ＩＨＣアッセイの分類を受けた。患者が、細胞当たり２５％以上のＥＧＦＲ ３＋ＩＨＣ強度スコアを有する場合、ＥＧＦＲ陽性（ＩＨＣ１）として分類し、同様に、その生検試料が２５％以上のＭＥＴ ３＋ＩＨＣ強度スコアを有する場合、患者をＭＥＴ陽性（ＩＨＣ２）として分類した。無増悪生存期間も各ＩＨＣ群間で比較した。
材料及び方法
以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣに対して陽性であると試験された参加者であって、オシメルチニブ中又はその後に進行した参加者（第１ｂ相拡大コホートＤ）において、アミバンタマブ及びラゼルチニブ併用による治療時の腫瘍応答の確率が増加又は減少した患者を同定するバイオマーカー戦略を評価するために、ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によるＯＲＲを、ベースライン腫瘍生検のＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現の免疫組織化学（ＩＨＣ）分析によって二分された集団において評価した。これらの参加者は、以前にＥＧＦＲエクソン１９ｄｅｌ又はＬ８５８Ｒ変異ＮＳＣＬＣについて陽性であると試験され、オシメルチニブ中又は治療後に進行した。これらの患者は、バイオマーカー選択なしで登録され、ＩＨＣ分析（ＥＧＦＲ及びＭＥＴ発現）のために腫瘍組織を提出することを要求された。各患者は、各ＩＨＣアッセイの分類を受けた。患者が、細胞当たり２５％以上のＥＧＦＲ ３＋ＩＨＣ強度スコアを有する場合、ＥＧＦＲ陽性（ＩＨＣ１）として分類し、同様に、その生検試料が２５％以上のＭＥＴ ３＋ＩＨＣ強度スコアを有する場合、患者をＭＥＴ陽性（ＩＨＣ２）として分類した。無増悪生存期間も各ＩＨＣ群間で比較した。
【0271】
結果
【0272】
【表4】
【0273】
分析のために、部分奏効者（ＰＲ）及び未確認部分奏効者（ｕＰＲ）を「応答者」とみなし、進行性疾患、安定した疾患、及び評価不可能／不明を「非応答者」とみなした。ＩＨＣ１陽性群及びＩＨＣ２陽性群の両方を、非選択集団と比較して、部分奏効者（ＰＲ）及び未確認部分奏効者（ｕＰＲ）について濃縮した。ｕＰＲをＰＲとして処理する場合、ＩＨＣ１及びＩＨＣ２陽性集団についてのＯＲＲは、それぞれ４５．７％（９５％正確ＣＩ：２８．８～６３．４％）及び５５．６％（９５％正確ＣＩ：３０．８～７８．５％）である。一方、ＩＨＣ１及びＩＨＣ２陰性集団についてのＯＲＲは、それぞれ０％（９５％正確ＣＩ：０～２１．８％）及び１８．８％（９５％正確ＣＩ：７．２１～３６．４％）である。評価可能なＩＨＣ結果を有する対象の非選択集団についてのＯＲＲは、３２％である（９５％正確ＣＩ：１９．５～４６．７％）。ＯＲＲを支持して、スイムレーンプロットは、両方のＩＨＣ陽性群における少なくとも３０％の減少による標的病変サイズのベースライン（ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１によって定義される）からの最良の変化の濃縮を実証する（図１３Ａ～１４Ｂ）。標的病変の総径和（ＳｏＤ）を、Ｅ．Ａ．Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｕｒｓ：Ｒｅｖｉｓｅｄ ＲＥＣＩＳＴ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．１）、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ４５（２００９）２２８－２４７に記載されるように測定した。３ヶ月の時点で、両方のＩＨＣ陽性群は、それらのそれぞれの陰性群と比較して、より良好なＰＦＳ生存を示す（表５、図１５Ａ～１５Ｂ）。
【0274】
【表5】
【0275】
本発明は、本明細書に記載される特定の実施形態及び実施例による範囲内に限定されるものではない。実際、本明細書に記載されるものに加えて、本発明の様々な修正が、前述の説明から当業者には明らかになるであろう。そのような修正は、添付の特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。
【0276】
本明細書に引用される全ての特許、出願、刊行物、試験方法、文献、及び他の資料は、本明細書に物理的に存在するかのように、参照によりそれら全体が本明細書に組み込まれる。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図6A】
【図6B】
【図7A】
【図7B】
【図8】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図11A】
【図11B】
【図12A】
【図12B】
【図13A】
【図13B】
【図14A】
【図14B】
【図15A】
【図15B】
【配列表】
【国際調査報告】