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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-06-21
(54)【発明の名称】新規治療用送達部分及びその使用
(51)【国際特許分類】
   C07H 21/00 20060101AFI20240614BHJP
   A61K 31/7088 20060101ALI20240614BHJP
   A61P 1/16 20060101ALI20240614BHJP
   A61K 31/713 20060101ALI20240614BHJP
   A61K 47/54 20170101ALI20240614BHJP
   C12N 15/113 20100101ALI20240614BHJP
【FI】
C07H21/00
A61K31/7088
A61P1/16
A61K31/713
A61K47/54
C12N15/113 Z ZNA
【審査請求】有
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023579079
(86)(22)【出願日】2022-06-22
(85)【翻訳文提出日】2024-01-25
(86)【国際出願番号】 US2022034500
(87)【国際公開番号】W WO2022271806
(87)【国際公開日】2022-12-29
(31)【優先権主張番号】63/214,555
(32)【優先日】2021-06-24
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】594197872
【氏名又は名称】イーライ リリー アンド カンパニー
(74)【代理人】
【識別番号】100092783
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 浩
(74)【代理人】
【識別番号】100095360
【弁理士】
【氏名又は名称】片山 英二
(74)【代理人】
【識別番号】100103182
【弁理士】
【氏名又は名称】日野 真美
(74)【代理人】
【識別番号】100139310
【弁理士】
【氏名又は名称】吉光 真紀
(72)【発明者】
【氏名】アントネッリス,パトリック ジョセフ
(72)【発明者】
【氏名】ラックナー,グレゴリー ローレンス
(72)【発明者】
【氏名】ウィルソン,タカコ
【テーマコード(参考)】
4C057
4C076
4C086
【Fターム(参考)】
4C057BB02
4C057DD03
4C057MM01
4C076AA95
4C076CC16
4C076CC41
4C076DD69
4C076EE59
4C076FF63
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA03
4C086NA05
4C086ZA75
(57)【要約】
本発明は、疾患、好適には肝臓の疾患の治療に有用である、オリゴヌクレオチドの送達のための新規送達部分を含む新規化合物に関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
Rにコンジュゲートされた式Iを含む化合物であって、
【化1】
式中、Rは、リンカーを介して式Iにコンジュゲートされていてもよく、Rは、アンチセンス鎖を含み、前記アンチセンス鎖が、目的の遺伝子に対する相補性領域を含み、前記アンチセンス鎖が、15~40ヌクレオチド長である、化合物。
【請求項2】
式Iが、リンカーを介してRにコンジュゲートされている、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
前記リンカーが、接続点A及びBを有する式IIのリンカーを含むか、又は前記リンカーが、接続点C及びDを有する式IIIを含み、
【化2】
接続点A又は接続点Cが、式Iにコンジュゲートされている、請求項2に記載の化合物。
【請求項4】
前記リンカーが、接続点B又は接続点Dにリン酸基を更に含み、前記リン酸基が、Rにコンジュゲートされている、請求項2又は3に記載の化合物。
【請求項5】
前記リンカーが、接続点C及びDを有する式IIIのリンカーを含み、
【化3】
接続点Cが、式Iにコンジュゲートされている、請求項2~4のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項6】
前記目的の遺伝子に対する前記相補性領域が、少なくとも15連続ヌクレオチド長である、請求項1~5のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項7】
Rが、センス鎖を更に含み、前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、少なくとも15ヌクレオチド長の相補性領域を形成する、請求項6に記載の化合物。
【請求項8】
式Iが、前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖にコンジュゲートされている、請求項7に記載の化合物。
【請求項9】
式Iが、前記アンチセンス鎖にコンジュゲートされている、請求項7又は8に記載の化合物。
【請求項10】
式Iが、前記センス鎖にコンジュゲートされている、請求項7又は8に記載の化合物。
【請求項11】
式Iが、前記センス鎖の3’末端ヌクレオチドにコンジュゲートされている、請求項10に記載の化合物。
【請求項12】
前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、少なくとも18ヌクレオチド長の相補性領域を形成する、請求項7~11のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項13】
前記アンチセンス鎖が、前記センス鎖と少なくとも15ヌクレオチドの相補性領域を形成する、請求項7~12のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項14】
前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、各々独立して、18~23ヌクレオチド長である、請求項7~13のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項15】
前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、各々独立して、21~23ヌクレオチド長である、請求項7~14のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項16】
前記アンチセンス鎖が、2つのヌクレオチドの3’オーバーハングを含む、請求項7~15のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項17】
前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む、請求項7~16のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項18】
前記1つ以上の修飾ヌクレオチドが、2’フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-O-アルキル修飾ヌクレオチド、又はO-メトキシエチル修飾ヌクレオチドである、請求項7~17のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項19】
前記センス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、前記センス鎖の前記ヌクレオチドの各々が、修飾ヌクレオチドである、請求項7~18のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項20】
前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、前記アンチセンス鎖の前記ヌクレオチドの各々が、修飾ヌクレオチドである、請求項7~19のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項21】
前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項7~20のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項22】
前記1つ以上の修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート連結である、請求項7~21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項23】
前記アンチセンス鎖の5’ヌクレオチドが、リン酸化されているか、又はリン酸アナログを含む、請求項7~22のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項24】
前記アンチセンス鎖の5’ヌクレオチドが、ビニルリン酸基を含む、請求項7~23のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項25】
前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、siRNAである、請求項7~24のいずれか一項に記載の化合物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、疾患、好適には肝臓の疾患の治療に有用である、オリゴヌクレオチドの送達のための新規送達部分を含む新規化合物に関する。
【背景技術】
【0002】
オリゴヌクレオチドを含む化合物は、遺伝子調節不全に関与する多くの異なるタイプの疾患の個別化治療のために、配列特異的な様式で遺伝子を標的とすることを可能にする。オリゴヌクレオチドを含む化合物は、用いられるオリゴヌクレオチドの特定のタイプに依存して異なる作用機構を示す。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(antisense oligonucleotide、ASO)及び低分子干渉RNA(small interfering RNA、siRNA)を含むRNA干渉(RNA interference、RNAi)化合物を使用して、遺伝子発現をノックダウンすることができる。対照的に、他のオリゴヌクレオチド含有化合物は、短鎖活性化RNA(short activating RNA、saRNA)などのオリゴヌクレオチドを使用して遺伝子を活性化し得る。オリゴヌクレオチドを患者の所望の組織に送達することによって、遺伝子発現を下方調節するか、上方調節するか、又は補正することができる。
【0003】
肝細胞上のアシアロ糖タンパク質受容体を標的とするためにN-アセチルガラクトサミン(N-acetylgalactosamine、GalNAc)を含む送達部分を使用する、オリゴヌクレオチドの送達は、所望の組織への送達のための1つの様式である。GalNAcを含む例示的な化合物は、急性肝臓ポルフィリン症を治療するためにALAS1遺伝子を標的とする、FDAによって承認されたsiRNAであるギボシランである。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
そのような市販の化合物の存在にもかかわらず、肝臓又は他の組織へのオリゴヌクレオチドの送達のための代替又は改善された部分、及び送達部分と治療用siRNAなどの1つ以上のオリゴヌクレオチドとを含む改善された治療用化合物を提供する必要性が依然として存在する。
【課題を解決するための手段】
【0005】
より具体的には、送達部分と1つ以上のオリゴヌクレオチドとを含む化合物を提供する必要性が存在し、そのような化合物は、改善された組織曝露、好適には改善された肝臓における曝露;改善された肝臓対腎臓曝露比、改善されたノックダウン;改善された耐久性応答;改善された薬物動態プロファイル、より少ないオフターゲット効果、改善された毒性プロファイル、改善された安全性プロファイル、及び/又は改善された合成プロセス、例えば、限定されないが、より少ない工程を有する合成プロセス、より少ない分解生成物を生成するプロセス、改善された安全性若しくは効能プロファイルを有する化合物を生成する合成プロセス、改善された収率を生成するプロセス、あるいはこれらの任意の組み合わせのうちの1つ以上を示す。
【発明を実施するための形態】
【0006】
一形態では、本発明は、式Iの送達部分を提供する。
【0007】
【化1】
【0008】
式Iを含む本明細書の化合物は、式I内の1個以上の原子の修飾若しくは付加若しくは欠失を有し得るか、又は化合物は、追加の部分を含み得る。例えば、式I中の1つ以上のアルキル鎖は、伸長若しくは短縮され得るか、又は式Iを含む化合物は、1つ以上のオリゴヌクレオチドを更に含み得る。式Iを含む本明細書の化合物は、例えば、典型的には3つのGalNAc部分に結合するアシアロ糖タンパク質受容体(asialoglycoprotein receptor、ASPGR)などの1つ以上のN-アセチルガラクトサミン(GalNAc、またN-GalNAc又はgalnac)部分に対する受容体を有する細胞に1つ以上のオリゴヌクレオチドを送達するのに有用である。したがって、本明細書の式Iを含む化合物は、ASPGRを発現する肝細胞に優先的に結合し、それによって肝細胞への化合物の侵入を促進するために使用することができる。ASPGRはまた脂肪組織上にも存在するため、式Iの化合物を使用して、ASPGRを発現する脂肪細胞にオリゴヌクレオチドを送達することができる。
【0009】
一実施形態では、式Iを含む化合物であり、式中、Rは、結合した2つの水素分子を含む。別の実施形態では、式Iの化合物であり、式中、Rは、メチル基を含む。別の実施形態では、式Iであり、式中、Rは、保護基を含む。別の実施形態では、式Iであり、式中、Rは、1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む化合物である。好適な更なる実施形態では、式Iを含む送達部分は、細胞外受容体ASPGRに結合し、肝臓組織を含む細胞へのオリゴヌクレオチドの侵入を可能にすることによって、1つ以上のオリゴヌクレオチドを肝臓組織に送達する。
【0010】
式Iを含む送達部分を使用して、診断又は治療目的でオリゴヌクレオチドを送達することができる。1つ以上のオリゴヌクレオチドは、DNA若しくはRNAヌクレオチド、又はDNA若しくはRNAヌクレオシド、又はそれらの任意の組み合わせを含んでもよく、1つ以上、又は全ての修飾ヌクレオチド若しくは修飾結合を含み得る。
【0011】
本明細書のオリゴヌクレオチドは、遺伝子発現を調節するために、細胞中の特定のDNA又はRNA配列を標的とする、すなわち、それに結合又はアニールするように設計される。一実施形態では、式Iを含む化合物であり、式中、Rは、標的転写物の発現を減少させるためのオリゴヌクレオチドである。更なる実施形態では、式Iを含む化合物、Rは、タンパク質発現を更に減少させる標的転写物の発現を減少させるためのオリゴヌクレオチドである。別の実施形態では、標的転写物又は標的タンパク質の発現の減少は、約99、95、90、85、80、75、70、65、60、55、又は50パーセントである。更なる実施形態では、発現の減少は、約3週間、約1ヶ月、約1ヶ月半、約2ヶ月、約3ヶ月、約4ヶ月、約5ヶ月、又は約6ヶ月間持続する。
【0012】
当業者は、1つ以上のミスマッチがオリゴヌクレオチドと標的ヌクレオチド配列との間に存在し得、なおも遺伝子発現を調節するように機能し得ることを認識する。したがって、一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列と99、98、97、96、95、94、93、92、91、90、89、88、87、86、85、84、83、82、81、80、79、78、77、76、75、74、73、72、71、又は70パーセントの同一性を有する。オリゴヌクレオチドはまた、5’又は3’末端のいずれかに1~10、1~5、若しくは1~3、又は3、2、若しくは1残基のオーバーハングを有し得る。5’又は3’末端は、例えば、限定されないが、脱塩基残基又はリン酸基で更に修飾され得る。好適な修飾が、当技術分野で既知である。
【0013】
当業者は、糖残基、好適にはリボース上の2’-修飾が、その安定性及び半減期を増加させ得ることを認識する。これらの修飾としては、非修飾糖の2’OH基の代わりの2’フルオロ又は2’メトキシ修飾が挙げられるが、これらに限定されない。当業者は、オリゴヌクレオチドの骨格における変化もまた、その安定性及び半減期を増加させ得ることを認識する。これらの骨格修飾は、ホスホジエステル結合からホスホロチオエート(phosphorothioate、PS)結合への変化を含む。
【0014】
したがって、本明細書で使用される場合、オリゴヌクレオチド(又は本明細書で互換的に使用される多量体若しくはオリゴマー)は、本明細書で使用される場合、少なくとも4つのヌクレオチド又はヌクレオシド残基の鎖を意味し、修飾若しくは非修飾塩基及び/又は修飾若しくは非修飾結合を含み得る。ヌクレオチド残基は、ホスホジエステル結合又は修飾結合によって連結され得る(リン酸を欠く場合、残基は、典型的には、当技術分野で既知のようにヌクレオシドと呼ばれる)。ヌクレオチド又はヌクレオシド残基は、ピリミジン若しくはプリン環中の1個以上の原子、又は糖残基中の1個以上の原子、又は環-糖塩基間の結合の1個以上の原子で修飾され得る。修飾はまた、オリゴヌクレオチド鎖の5’又は3’末端で行われてもよく、文脈から明らかでない限り、本明細書ではオリゴヌクレオチドと称される。
【0015】
特定の実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、低分子干渉RNA(siRNA)、低分子(短鎖とも呼ばれる)活性化RNA(small activating RNA、saRNA)、マイクロRNA(microRNA、miRNA)、短鎖ヘアピンRNA(short hairpin RNA、shRNA)、単一ガイドRNA(single guide RNA、sgRNA)、又はアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を含む。好適な実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、siRNAを含む。別の好適な実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、センス鎖及びアンチセンス鎖を含むsiRNAである。
【0016】
いくつかの実施形態では、Rは、リンカーを介して式Iにコンジュゲートされている。好適なリンカーは、当技術分野で既知である。一実施形態では、リンカーは、アルキル鎖、好適にはC1~10を含む。更なる実施形態では、リンカーは、リンカー1、式IIとして以下に示される。別の実施形態では、リンカーは、ピペリジンを含む。更なる好適な実施形態では、リンカーは、リンカー2、式IIIとして以下に示される。
【0017】
【化2】
【0018】
一実施形態では、リンカー1(式II)、接続点A、又はリンカー2(式III)、接続点Cは、式Iにコンジュゲートされている。一実施形態では、リンカー1、接続点Aは、式Iにコンジュゲートされており、接続点Bは、Rにコンジュゲートされている。一実施形態では、リンカー2、接続点Cは、式Iにコンジュゲートされており、接続点Dは、Rにコンジュゲートされている。一実施形態では、リンカー1、接続点Aは、式Iにコンジュゲートされており、接続点Bは、Rにコンジュゲートされているリン酸基にコンジュゲートされている。一実施形態では、リンカー2、接続点Cは、式Iにコンジュゲートされており、接続点Dは、Rにコンジュゲートされているリン酸基にコンジュゲートされている。
【0019】
当業者は、リンカーがオリゴヌクレオチドの5’若しくは3’末端上に存在し得るか、又は内部ヌクレオチド若しくはヌクレオシド塩基のうちの1つに結合され得ることを認識するであろう。当業者はまた、リンカーがオリゴヌクレオチドの5’又は3’末端に連結又はコンジュゲートされ得ることを認識するであろう。当業者はまた、リンカーを介するか否かにかかわらず、オリゴヌクレオチドの5’末端への送達部分、例えば、式Iを含む送達部分の配置が、Ago2ローディングの潜在的な非効率的なローディング、又はRISC複合体活性の他の障害を克服する必要があり得ることを認識するであろう。例えば、センス鎖及びアンチセンス鎖を含むsiRNAに連結又は直接コンジュゲートされた式Iを含む送達部分について、アンチセンス鎖の5’末端における送達部分の配置は、Ago2ローディングについての困難を生じ、効率的なノックダウンを妨げる可能性がある。好適な実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、センス鎖及びアンチセンス鎖を含むsiRNAを含み、式Iを含む送達部分は、センス鎖の3’末端に存在する。更なる実施形態では、式Iを含む送達部分は、リンカーを介してセンス鎖の3’末端にコンジュゲートされている。なお更なる実施形態では、リンカーは、環構造、好適にはピペリジン環を含む。なお更なる実施形態では、リンカーは、リンカー2を含む。
【0020】
したがって、一実施形態では、少なくとも1つのヌクレオチドのリボースが2’フルオロ基又は2’メトキシ基で修飾されている1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む本明細書の化合物。別の実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾又は置換ホスホジエステル結合を有する。更なる実施形態では、1つ以上の置換ホスホジエステル結合は、PS結合である。なおも更なる実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、2’フルオロ又は2’メトキシ基で修飾された少なくとも1つのヌクレオチドを含み、骨格は、1つ以上の修飾又は置換ホスホジエステル結合、好適にはPS結合を有する。
【0021】
本明細書に開示される化合物の他の実施形態では、1つ以上のオリゴヌクレオチドは、センス鎖及びアンチセンス鎖を含むsiRNAを含む。更なる実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖は、各々15~40ヌクレオチド長である。別の実施形態では、センス鎖及びアンチセンス鎖はアニールし、任意選択で、1つ以上の5’若しくは3’ヌクレオチドオーバーハング、1つ以上の5’若しくは3’平滑末端、又は両方の組み合わせを含む。
【0022】
本明細書に開示される化合物の別の実施形態では、5’又は3’末端が更に修飾される。更なる実施形態では、アンチセンス鎖の5’末端は、任意選択で、リン酸化される。更なる実施形態では、アンチセンス鎖の5’末端のヌクレオチド又はヌクレオシドは、5’ビニルホスホネート修飾を含む。
【0023】
式I及び1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む本明細書の化合物は、肝臓又は脂肪組織に関与する疾患の療法に有用である。一実施形態では、疾患の療法又は治療に使用するための、式I及び1つ以上のヌクレオチドを含む化合物を投与するための薬学的組成物である。一実施形態は、療法に使用するための、式I及び1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む化合物、又はその薬学的組成物である。更なる実施形態は、療法が肝臓の疾患のためであるものである。代替の実施形態は、脂肪組織に関与する、例えば、脂肪細胞における遺伝子の調節不全に関与する疾患のためのものである。別の実施形態は、本明細書に開示される化合物、好適には有効量で投与される、好適には式I及び1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む化合物、又は前述のいずれかの薬学的組成物を投与することを含む、肝疾患の治療の方法である。別の実施形態は、本明細書に開示される化合物、好適には肝疾患の治療のための医薬品の製造において使用するための、好適には式I及び1つ以上のオリゴヌクレオチドを含む化合物、又はその薬学的組成物である。
【0024】
別の実施形態では、以下の式IVを含む化合物であり、
【0025】
【化3】
式中、Zは、固体支持体、樹脂、又はビーズである。
【0026】
本明細書に開示される薬学的組成物は、化合物及び組成物又は配合物の他の構成成分と適合性があり、患者に有害ではない1つ以上の担体、希釈剤、及び賦形剤を含む。薬学的組成物及びその調製のためのプロセスの例は、「Remington:The Science and Practice of Pharmacy」,Loyd,V.,et al.Eds.,22ndEd.,Mack Publishing Co.,2012に見出すことができる。
【0027】
本明細書で使用される場合、「有効量」という用語は、障害又は疾患を治療するのに有効である量を指す。
【0028】
本明細書で使用される場合、「相補性領域」は、適切なハイブリダイゼーション条件下(例えば、リン酸緩衝液中、細胞中など)でヌクレオチドの2つの配列間のハイブリダイゼーションを可能にする逆平行ヌクレオチド配列に十分に相補的である核酸(例えば、dsオリゴヌクレオチド)のヌクレオチド配列を意味する。いくつかの実施形態では、本明細書におけるオリゴヌクレオチドは、mRNA標的配列に相補的な領域を有する標的化配列を含む。
【0029】
式Iを含む送達部分は、以下の非限定的な合成工程及びスキームによって作製することができる。
【0030】
特定の略語は以下のように定義される:「1,2-DCE」は、1,2-ジクロロエタンを指し、「DCM」は、ジクロロメタンを指し、「DIEA」は、N,N-ジイソプロピルエチルアミンを指し、「DMF」は、N,N-ジメチルホルムアミドを指し、「DMAP」は、4-ジメチルアミノピリジンを指し、「DMTCl」は、4,4’-ジメトキシトリチルクロリドを指し、「DPP4」は、ジペプチジルペプチダーゼを指し、「EDC」は、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミドを指し、「EtOAc」は、酢酸エチルを指し、「GalNAc」は、N-アセチルガラクトサミンを指し、「HATU」は、1-[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]-1H-1,2,3-トリアゾロ[4,5-b]ピリジニウム3-オキシドヘキサフルオロホスフェートを指し、「HBTU」は、O-(ベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェートを指し、「HOBt」は、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール水和物を指し、「HPRT」は、ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼを指し、「IPA」は、イソプロパノール及びイソプロピルアルコールを指し、「LDHA」は、乳酸デヒドロゲナーゼ-Aを指し、「MeCN」は、アセトニトリルを指し、「MeOH」は、メタノール及びメチルアルコールを指し、「MWCO」は、分子量カットオフを指し、「NHS」は、N-ヒドロキシスクシンイミドを指し、「OD」は、光学密度を指し、「PBS」は、リン酸緩衝生理食塩水を指し、「PhSiH」は、フェニルシランを指し、「PTS」は、携帯型エンドトキシン試験システムを指し、「siRNA」は、低分子干渉リボ核酸を指し、「TEA」はトリエチルアミンを指し、「TFA」は、トリフルオロ酢酸を指し、「THF」は、テトラヒドロフランを指し、「TLC」は、細線クロマトグラフィーを指し、「TMP」は、2,2,6,6-テトラメチルピペリジンを指す。
【0031】
【化4】
【0032】
スキーム1の工程Aは、1,2-DCEなどの溶媒中でトリフルオロメタンスルホン酸トリメチルを使用して化合物(1)を環化して、化合物(2)を得ることを示す。工程Bは、1,2-DCEなどの溶媒中でトリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリルを使用してヘキサ-5-エン-1-オールを化合物(2)に添加して化合物(3)を得ることを示す。工程Cに、塩化ルテニウム(III)などの触媒と共に過ヨウ素酸ナトリウムなどの適切な酸化剤を使用して化合物(3)を酸化して化合物(4)を得ることを示す。
【0033】
【化5】
【0034】
スキーム2の工程Aは、DMFなどの溶媒中でDIEAなどの適切な塩基と共にHBTU及びHOBtを使用して化合物(5)とtert-ブチルN-[2-[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチルアミノ]エチル]カルバメートとをアミドカップリングさせて化合物(6)を得ることを示す。工程Bは、THF及びMeOH溶媒系中でNaOH水溶液などの塩基を使用して化合物(6)を塩基性加水分解して化合物(7)を得ることを示す。工程Cは、DMFなどの溶媒中でDIEAなどの適切な塩基と共にHATUを使用して化合物(7)と11-アミノウンデカン酸アリル塩酸塩とをアミドカップリングさせて化合物(8)を得ることを示す。工程Dは、DCMなどの溶媒中でTFAにより化合物(8)を酸性脱保護して化合物(9)を得ることを示す。工程Eに、DCMなどの溶媒中でEDC及びHOBtを使用して化合物(9)と化合物(4)とをアミドカップリングさせて化合物(10)を得ることを示す。工程Fは、DCMなどの溶媒中でテトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム及びPhSiHにより化合物(10)を脱保護して化合物(11)を得ることを示す。工程Fは、DCMなどの溶媒中でEDCを使用して化合物(11)とNHSとをカップリングさせて化合物(12)を得ることを示す。
【0035】
【化6】
【0036】
スキーム3の工程A~Cは、スキーム2の工程C~Eのものと本質的に類似しており、化合物(7)から出発して化合物(13)、(14)及び(15)を得る。工程Dは、MeOHなどの溶媒中でパラジウム炭素を使用して化合物(15)を水素化して化合物(16)を得ることを示す。工程Eは、スキーム2の工程Gの調製と本質的に類似しており、化合物(17)を得る。
【0037】
【化7】
【0038】
スキーム4の工程A~Iは、スキーム2及び3の方法に示すのと本質的に類似する方法を使用した一連のアミドカップリング及び脱保護から構成され、化合物(18)から出発して化合物(27)を得る。
【0039】
【化8】
【0040】
スキーム5の工程A~Cは、スキーム4の工程G~Iに示すのと本質的に類似する方法を示し、化合物(24)から出発して化合物(30)を得る。
【0041】
【化9】
【0042】
スキーム6の工程Aは、DCMなどの溶媒中でDIEAなどの適切な塩基と共にDMTClを使用して化合物(31)を保護して化合物(32)を得ることを示す。工程Bは、DCMなどの溶媒中でTMPと共にHBTU及びHOBtを使用して化合物(32)とピペリジン-4-イルメタノールとをアミドカップリングさせて化合物(33)を得ることを示す。工程Cに、化合物(33)をDMF中の20%ピペリジンで脱保護して化合物(34)を得ることを示す。
【0043】
【化10】
【0044】
スキーム7の工程Aは、本質的にスキーム2の工程Aと類似しており、化合物(16)と化合物(34)とのカップリングから化合物(35)を得る。工程Bは、DCMなどの適切な溶媒中でTEA及びDMAPの塩基系と共に化合物(35)に無水コハク酸を添加することによって化合物(36)を形成することを示す。工程Cは、MeCN及びDCMなどの溶媒系中で2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート及びDIEAなどの塩基を使用して樹脂に化合物(36)をロードして、化合物(37)を得ることを示す。
【0045】
調製1
(6,7-ジアセトキシ-2-メチル-5,6,7,7a-テトラヒドロ-3aH-ピラノ[3,2-d]オキサゾール-5-イル)酢酸メチル
【0046】
【化11】
【0047】
1,2-DCE(46mL)中の(5-アセトアミド-3,4,6-トリアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル)酢酸メチル(9.00g、23.1mmol)の溶液に、トリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート(6.5mL、35mmol)を添加する。混合物を50℃に加熱し、18時間撹拌する。この後、混合物をDCM(200mL)で希釈し、飽和NaHCO水溶液200mL及び飽和塩化ナトリウム水溶液200mLで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、0~10%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物(6.434g、84%)を得る。ES/MS m/z 330(M+H)。
【0048】
調製2
(5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-ヘキサ-5-エノキシ-テトラヒドロピラン-2-イル)酢酸メチル
【0049】
【化12】
【0050】
1,2-DCE(231mL)中の(6,7-ジアセトキシ-2-メチル-5,6,7,7a-テトラヒドロ-3aH-ピラノ[3,2-d]オキサゾール-5-イル)酢酸メチル(30.43g、92.42mmol)の溶液に、ヘキサ-5-エン-1-オール(22.2mL、185mmol)、続いて活性化粉末4Åモレキュラーシーブ(15.6g)を添加する。懸濁液を周囲温度で30分間撹拌し、次いでトリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート(19mL、101.9mmol)を添加する。混合物を周囲温度で18時間撹拌する。この後、溶液を珪藻土で濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、30~100%のEtOAc/ヘキサンで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物(34.76g、86%)を得る。ES/MS m/z 430.4(M+H)。
【0051】
調製3
5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタン酸
【0052】
【化13】
【0053】
MeCN(174mL)及びDCM(174mL)中の(5-アセトアミド-3,4-ジアセトキシ-6-ヘキス-5-エノキシ-テトラヒドロピラン-2-イル)酢酸メチル(34.76g、80.93mmol)の溶液を0℃に冷却する。過ヨウ素酸ナトリウム(22.4g、104.7mmol)の溶液を添加し、撹拌を0℃で10分間継続する。この後、塩化ルテニウム(III)(270mg、1.3mmol)を添加し、混合物を周囲温度に加温しながら撹拌する。2時間撹拌した後、更なる過ヨウ素酸ナトリウム(66g、308.4mmol)を添加し、撹拌を18時間継続する。この後、混合物を3:1のCHCl:IPA(2×500mL)で抽出し、飽和塩化ナトリウム水溶液(1L)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、0~40%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、表題化合物(29.75g、82%)を得る。ES/MS m/z 448.4(M+H)。
【0054】
調製4
ベンジル6-アミノヘキサノエート塩酸塩
【0055】
【化14】
【0056】
6-アミノヘキサン酸(5.00g、38.1mmol)のTHF(38mL)懸濁液に、ベンジルアルコール(47mL、453.7mmol)を添加し、混合物を0℃に冷却する。塩化チオニル(8.6mL、120mmol)を滴下し、混合物を周囲温度に加温しながら18時間撹拌する。この後、エーテル(166mL)を添加し、反応容器を-20℃の冷凍庫に1時間移す。この後、固体沈殿物を濾過により回収して、表題化合物(8.57g、81%)を得る。ES/MS m/z 222(M+H)。
【0057】
調製5
ベンジル11-アミノウンデカノエート塩酸塩
【0058】
【化15】
【0059】
表題化合物を、調製4の方法と本質的に類似の様式で11-アミノウンデカン酸から調製する。ES/MS m/z 292.2(M+H)。
【0060】
調製6
アリル11-アミノウンデカノエート塩酸塩
【0061】
【化16】
【0062】
アリルアルコール(42mL)中の11-アミノウンデカン酸(9.00g、44.7mmol)を容器に入れ、混合物を0℃に冷却する。塩化チオニル(6.5mL、89.4mmol)を添加し、混合物を周囲温度に加温しながら18時間撹拌する。この後、混合物を真空中で濃縮し、エーテル(200mL)を残留物に添加して白色懸濁液を得る。混合物を周囲温度で10分間撹拌し、固体沈殿物を濾過により回収して、生成物(12.0g、97%)を得る。ES/MS m/z 242.2(M+H)。
【0063】
調製7
(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)プロパン酸
【0064】
【化17】
【0065】
乾燥DCM(400mL)中の(2S)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)-3-ヒドロキシ-プロパン酸(40g、0.122mol)の撹拌溶液に、不活性雰囲気下、0℃でDIEA(64mL、0.366mol)を添加する。これに、DCM(200mL)中のDMTCl(49.6g、0.146mol)の溶液をゆっくり添加する。混合物を周囲温度に加温し、16時間撹拌する。この後、反応混合物を水(12.5vol)で希釈し、DCM(25vol)で抽出する。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた粗製物を10%のEtOAc/ヘキサン(12.5vol)で洗浄し、真空下で乾燥させて、表題化合物を淡褐色固体(62g、粗製物)として得る。この物質を更に精製することなく次の工程に用いた。TLC:5%のMeOH/CHCl(R:0.5)UV、254nM。
【0066】
調製8
9H-フルオレン-9-イルメチルN-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]-2-オキソ-エチル]カルバメート
【0067】
【化18】
【0068】
DCM(750mL)中の(2S)-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-2-(9H-フルオレン-9イルメトキシカルボニルアミノ)プロパン酸(62g、0.103mol)の撹拌溶液に、HBTU(78.3g、0.206mol)、HOBt(27.9g、0.206mol)、及びピペリジン-4-イルメタノール(15.4g、0.134mol)、続いてTMP(15mL、0.113mol)を不活性雰囲気下、0℃でゆっくり添加する。得られた反応混合物を周囲温度に加温し、4時間撹拌する。この後、反応混合物を水(8vol)で希釈し、DCM(15vol)で抽出する。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、20~40%のEtOAc/ヘキサン及び1%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物(40g、2工程で52%)を得る。H NMR(DMSO-d)δ7.88(br d、J=7.5Hz、2H)、7.79-7.59(m、3H)、7.45-7.12(m、13H)、6.92-6.76(m、4H)、4.79-4.44(m、2H)、4.32(br d、J=11.4Hz、2H)、4.20(br s、2H)、3.71(s、6H)、3.21(br s、4H)、2.99-2.79(m、1H)、2.69(br s、2H)、1.81-1.43(m、3H)、1.08-0.73(m、2H)。
【0069】
調製9
(2S)-2-アミノ-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-1-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]プロパン-1-オン
【0070】
【化19】
【0071】
DMF(400mL)中の20%ピペリジンの溶液を、不活性雰囲気下、0℃で9H-フルオレン-9-イルメチルN-[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]-2-オキソ-エチル]カルバメート(40g、0.055mol)にゆっくり添加する。得られた反応混合物を周囲温度で1時間撹拌する。この後、混合物を水(15vol)で希釈し、EtOAc(30vol)で抽出する。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、1~8%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、表題化合物を灰白色固体(13g、47%)として得る。ES/MS m/z 1009.5(2M+H)。
【0072】
調製10
メチル(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノエート
【0073】
【化20】
【0074】
S-4-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-5-メトキシ-5-オキソペンタン酸(7.00g、26.8mmol)及びHOBt(4.16g、30.8mmol)を入れたフラスコに、DMF(179mL)及び(2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(11.7g、30.9mmol)を添加する。DIEA(14mL、80.3mmol)を添加し、混合物を周囲温度で5分間撹拌する。この後、tert-ブチルN-[2-[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチルアミノ]エチル]カルバメート(8.94g、29.5mmol)を一度に添加し、撹拌を周囲温度で継続する。18時間撹拌した後、混合物をEtOAc(400mL)で希釈し、水(2×400mL)及び飽和塩化ナトリウム水溶液(400mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、40~100%のEtOAc/ヘキサンで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、表題化合物(13.01g、89%)を得る。ES/MS m/z 547.40(M+H)。
【0075】
調製11
(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタン酸
【0076】
【化21】
【0077】
フラスコに、メチル(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノエート(13.01g、23.8mmol)、THF(120mL)、及びMeOH(120mL)を入れる。1N NaOH(71mL、71mmol)を添加し、混合物を周囲温度で撹拌する。1時間後、混合物を真空中で濃縮し、水(300mL)に再溶解する。5N HCl(12mL)を添加してpHを4にする。混合物をDCM(3×300mL)で抽出し、合わせた有機層を飽和塩化ナトリウム水溶液(1L)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、濃縮して、表題化合物(12.41g、98%)を得る。ES/MS m/z 531.60(M-H)。
【0078】
調製12
アリル11-[[(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート
【0079】
【化22】
【0080】
(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタン酸(500mg、0.94mmol)及びアリル11-アミノウンデカノエートヒドロクロリド(313mg、1.13mmol)を入れたフラスコに、DMF(6.25mL)及び(1-[ビス(ジメチルアミノ)メチレン]-1H-1,2,3-トリアゾロ[4,5-b]ピリジニウム3-オキシドヘキサフルオロホスフェート(428mg、1.12mmol)を添加する。DIEA(0.5mL、3mmol)を添加した後、混合物を周囲温度で18時間撹拌する。この後、混合物をEtOAc(200mL)で希釈し、水(3×200mL)及び飽和塩化ナトリウム水溶液(200mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、40~100%のEtOAc/ヘキサンで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、表題化合物(687mg、97%)を得る。H NMR(DMSO-d6)δ7.78-7.64(m、1H)、6.98-6.7(m、2H)、5.96-5.84(m、1H)、5.31-5.25(m、1H)、5.23-5.17(m、1H)、4.56-4.50(m、2H)、3.88-3.67(m、1H)、3.30-3.19(m、4H)、3.11-2.91(m、6H)、2.35-2.12(m、4H)、1.88-1.65(m、2H)、1.58-1.47(m、2H)、1.46-1.30(m、30H)、1.30-1.18(m、12H)。
【0081】
調製13
アリル(S)-11-(2-アミノ-5-(ビス(2-アミノエチル)アミノ)-5-オキソペンタンアミド)ウンデカノエート
【0082】
【化23】
【0083】
DCM(15mL)中のアリル11-[[(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート(687mg、0.91mmol)の溶液に、TFA(15mL)を添加する。混合物を室温で撹拌する。1.5時間後、混合物を真空中で濃縮する。残留物をMeOHに溶解し、イオン交換カートリッジに充填する。カートリッジをMeOH(150mL)で溶出し、続いて7N NH/MeOH(150mL)で溶出する。塩基性画分を真空中で濃縮して、表題化合物(410mg、99%)を得る。ES/MS m/z 456.4(M+H)。
【0084】
調製14
アリル11-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート
【0085】
【化24】
【0086】
フラスコに、5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタン酸(489mg、1.09mmol)及びアリルS-11-(2-アミノ-5-(ビス(2-アミノエチル)アミノ)-5-オキソペンタンアミド)ウンデカノエート(150mg、0.33mmol)を入れる。DCM(3.35mL)を添加し、続いて1-ヒドロキシベンゾトリアゾール一水和物(164mg、1.07mmol)及び1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩(206mg、1.07mmol)を添加する。混合物を周囲温度で18時間撹拌する。この後、溶液をEtOAc(100mL)で希釈し、飽和NaHCO(2×100mL)、飽和NHCl水溶液(100mL)及び飽和塩化ナトリウム水溶液(100mL)で洗浄する。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、0~10%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物(424mg、74%)を得る。ES/MS m/z 872.80(M+2H)/2。
【0087】
調製15
11-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカン酸
【0088】
【化25】
【0089】
DCM(2mL)中のアリル11-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート(354mg、0.20mmol)の溶液に、テトラキス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(29mg、0.02mmol)、続いてPhSiH(51uL、0.41mmol)を添加する。混合物を周囲温度で2時間撹拌し、その後、飽和NaHCO水溶液(100mL)で希釈する。1N NaOH(15mL)を添加してpHを約10にする。水溶液をDCM(3×100mL)で洗浄し、次いで濃HCl(5mL)、次いで5N HCl水溶液(15mL)で酸性化する。水層をDCM(100mL)で抽出し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、0~20%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、表題化合物(151mg、44%)を得る。ES/MS m/z 852.60(M+2H)/2。
【0090】
調製16
(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)11-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート
【0091】
【化26】
【0092】
反応用バイアルに、11-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカン酸(50mg、0.03mmol)、N-ヒドロキシスクシンイミド(5mg、0.04mmol)、及び1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩(8mg、0.04mmol)を添加する。DCM(0.3mL)を添加し、混合物を周囲温度で撹拌する。18時間後、混合物をシリカゲルカートリッジに直接ロードし、粗混合物を0~10%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製して、表題化合物(49mg、93%)を得る。ES/MS m/z 901.40(M+2H)/2。
【0093】
調製17
ベンジル6-[[(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート
【0094】
【化27】
【0095】
表題化合物を、(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタン酸及びベンジル6-アミノヘキサノエート塩酸塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 736.40(M+H)。
【0096】
調製18
ベンジル6-[[(2S)-2-アミノ-5-[ビス(2-アミノエチル)アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエートトリス(トリフルオロ酢酸)
【0097】
【化28】
【0098】
DCM(105mL)中のベンジル6-[[(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート(15.47g、21.02mmol)の溶液に、TFA(16mL、210.2mmol)を添加する。混合物を周囲温度で24時間撹拌する。この後、更なるTFA(16mL、210.2mmol)を添加し、撹拌を更に2時間継続する。この後、混合物を真空中で濃縮する。得られた残留物をトルエン(2×30mL)と共沸する。得られた油を真空オーブン中40℃で4時間更に乾燥させて、表題化合物(28.08g、残留トルエンを考慮して58%純度、99+%)を得る。ES/MS m/z 436.40(M+H)。化合物を70mLのDMFに溶解して0.3M溶液を作製し、これを次の工程で使用する。
【0099】
調製19
ベンジル6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート
【0100】
【化29】
【0101】
表題化合物を、5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタン酸及びベンジル6-[[(2S)-2-アミノ-5-[ビス(2-アミノエチル)アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエートトリストリフルオロ酢酸から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 862(M+2H)/2。
【0102】
調製20
6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサン酸
【0103】
【化30】
【0104】
パラジウム炭素(1.90g、0.89mmol、5質量%、50%湿潤)を丸底フラスコに入れ、容器を排気し、窒素で3回再充填する。MeOH(178mL)中のベンジル6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート(15.41g、8.94mmol)の溶液をシリンジを介して添加する。フラスコを排気し、1atmの水素で再充填し、混合物を周囲温度で1atmの水素下で18時間撹拌する。この後、混合物を珪藻土を通して濾過し、濾液を真空中で濃縮して、表題化合物(13.85g、95%)を得る。ES/MS m/z 817.2(M+2H)/2。
【0105】
調製21
(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート
【0106】
【化31】
【0107】
表題化合物を、6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサン酸から、調製16の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 866.20(M+2H)/2。
【0108】
調製22
ベンジル(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノエート
【0109】
【化32】
【0110】
表題化合物を、tert-ブチルN-[2-[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチルアミノ]エチル]カルバメート及び(4S)-5-ベンジルオキシ-4-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタン酸から、調製12の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 623.6(M+H)。
【0111】
調製23
ベンジル(2S)-2-アミノ-5-[ビス(2-アミノエチル)アミノ]-5-オキソ-ペンタノエートトリス(トリフルオロ酢酸)塩
【0112】
【化33】
【0113】
表題化合物を、ベンジル(2S)-5-[ビス[2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)エチル]アミノ]-2-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-5-オキソ-ペンタノエートから、調製18の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 323.2(M+H)。
【0114】
調製24
ベンジル(2S)-5-[ビス[2-[5-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-2-[5-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ペンタノイルアミノ]-5-オキソ-ペンタノエート
【0115】
【化34】
【0116】
表題化合物を、5-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ペンタン酸及びベンジル(2S)-2-アミノ-5-[ビス(2-アミノエチル)アミノ]-5-オキソ-ペンタノエートトリス(トリフルオロ酢酸)塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 920.6(M+H)。
【0117】
調製25
ベンジル(2S)-2-(5-アミノペンタノイルアミノ)-5-[ビス[2-(5-アミノペンタノイルアミノ)エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノエートトリス(トリフルオロ酢酸)塩
【0118】
【化35】
【0119】
表題化合物を、ベンジル(2S)-5-[ビス[2-[5-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-2-[5-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ペンタノイルアミノ]-5-オキソ-ペンタノエートから、調製18の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 620.4(M+H)。
【0120】
調製26
ベンジル(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノエート
【0121】
【化36】
【0122】
表題化合物を、5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタン酸及びベンジル(2S)-2-(5-アミノペンタノイルアミノ)-5-[ビス[2-(5-アミノペンタノイルアミノ)エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノエートトリス(トリフルオロ酢酸)塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 954.80(M+2H)/2。
【0123】
調製27
(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタン酸
【0124】
【化37】
【0125】
丸底フラスコにパラジウム炭素(467mg、0.22mmol、5質量%、50%湿潤)を入れ、フラスコを排気し、窒素で3回再充填する。MeOH(44mL)中のベンジル(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノエート(4.19g、2.20mmol)の溶液をシリンジを介して添加し、続いて3滴の酢酸を添加する。フラスコを排気し、1atmの水素で再充填し、混合物を周囲温度で1atmの水素下で撹拌する。2時間後、混合物を珪藻土を通して濾過し、濾液を真空中で濃縮して、表題化合物(3.99g、99+%)を得る。ES/MS m/z 909.6(M+2H)/2。
【0126】
調製28
ベンジル6-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート
【0127】
【化38】
【0128】
表題化合物を、(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタン酸及びベンジル6-アミノヘキサノエート塩酸塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1011.6(M+2H)/2。
【0129】
調製29
6-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサン酸
【0130】
【化39】
【0131】
丸底フラスコにパラジウム炭素(24mg、0.01mmol、5質量%、50%湿潤)を入れ、フラスコを排気し、窒素で再充填する。MeOH(2.2mL)中のベンジル6-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート(222mg、0.11mmol)の溶液をシリンジを介して添加し、続いて3滴の酢酸を添加する。フラスコを排気し、1atmの水素で再充填し、混合物を周囲温度で1atmの水素下で撹拌する。5時間後、フラスコを窒素でパージし、混合物を珪藻土で濾過する。濾液を真空中で濃縮して、表題化合物(180mg、85%)を得る。ES/MS m/z 966.2(M+2H)/2。
【0132】
調製30
(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)6-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノエート
【0133】
【化40】
【0134】
表題化合物を、6-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサン酸から、調製16の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1014.6(M+2H)/2。
【0135】
調製31
ベンジル11-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート
【0136】
【化41】
【0137】
表題化合物を、(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタン酸及びベンジル11-アミノデカノエート塩酸塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1046.6(M+2H)/2。
【0138】
調製32
11-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカン酸
【0139】
【化42】
【0140】
丸底フラスコにパラジウム炭素(35mg、0.02mmol、5質量%、50%湿潤)を添加し、フラスコを排気し、窒素で3回再充填する。ベンジル11-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート(285mg、80%純粋、0.11mmol)の溶液をシリンジを介して添加する。容器を排気し、1atmの水素で再充填し、次いで混合物を周囲温度で1atmの水素下で撹拌する。3時間撹拌した後、フラスコを窒素でパージし、混合物を珪藻土で濾過する。濾液を濃縮して、表題化合物(213mg、純度79%、77%)を得る。ES/MS m/z 1001.20(M+2H)/2。
【0141】
調製33
(2,5-ジオキソピロリジン-1-イル)11-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカノエート
【0142】
【化43】
【0143】
表題化合物を、11-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ウンデカン酸から、調製16の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1050(M+2H)/2
【0144】
調製34
[5-アセトアミド-6-[5-[2-[[(4S)-4-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[[6-[[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]-2-オキソ-エチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]-[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]エチルアミノ]-5-オキソ-ペントキシ]-3,4-ジアセトキシテトラヒドロピラン-2-イル]酢酸メチル
【0145】
【化44】
【0146】
表題化合物を、6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサン酸及び(2S)-2-アミノ-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]-1-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]プロパン-1-オンから、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1059.2(M-2H)/2。
【0147】
調製35
4-[[1-[(2S)-2-[6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノイルアミノ]-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]プロパノイル]-4-ピペリジル]メトキシ]-4-オキソ-ブタン酸
【0148】
【化45】
【0149】
DCM(11mL)中の[5-アセトアミド-6-[5-[2-[[(4S)-4-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[[6-[[(1S)-1-[[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]メチル]-2-[4-(ヒドロキシメチル)-1-ピペリジル]-2-オキソ-エチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]-[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]エチルアミノ]-5-オキソ-ペントキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]酢酸メチル(1.194g、0.56mmol)の溶液に、コハク酸無水物(113mg、1.13mmol)、TEA(0.4mL、3mmol)及びDMAP(213mg、1.69mmol)を添加する。混合物を周囲温度で1時間撹拌する。この後、混合物を飽和NHCl(200mL)で希釈し、DCM(3×200mL)及び3:1 CHCl:IPA(200mL)で抽出する。有機層を合わせ、硫酸ナトリウムで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。得られた残留物を、0~40%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより精製し、得られた生成物を真空オーブン内で40℃で3時間乾燥させて、表題化合物(1.081g、86%)を得る。ES/MS m/z 1109.60(M-2H)/2。
【0150】
調製36
樹脂ローディング
【0151】
【化46】
【0152】
MeCN(6mL)及びDCM(1mL)中の4-[[1-[(2S)-2-[6-[[(2S)-2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]ヘキサノイルアミノ]-3-[ビス(4-メトキシフェニル)-フェニル-メトキシ]プロパノイル]-4-ピペリジル]メトキシ]-4-オキソ-酪酸(1.00g、0.61mmol)の溶液を樹脂ローディングカートリッジに移す。容器に、2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(386mg、0.97mmol)及びDIEA(0.25mL、0.48mmol)を添加し、カートリッジを周囲温度で5分間振盪する。この後、1000Å LCAA制御細孔ガラス樹脂(5.39g、90μmol/gローディング、ChemGenesから購入)を添加し、混合物を周囲温度で18時間振盪する。この後、カートリッジを吸引により排液し、樹脂をDCM(10mL)と共に10分間振盪することにより洗浄する。カートリッジを排液し、洗浄及び排液手順を10%のMeOH/DCM(10mL)及びEtO(10mL)で繰り返す。排液後、無水酢酸(6.4mL)、ピリジン(20mL)及びTEA(0.22mL)の溶液を添加し、カートリッジを2時間振盪する。この後、カートリッジを排液し、上記の洗浄及び排液手順を、DCM(10mL)、10%のMeOH/DCM(10mL)及びジエチルエーテル(10mL)を用いて繰り返す。排液後、樹脂を真空下で30分間乾燥させる。樹脂ローディングを、標準的なトリチルアッセイを使用して測定する。樹脂ローディングは、34.7μmol/gと算出された。
【0153】
調製37
2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]酢酸ベンジル
【0154】
【化47】
【0155】
表題化合物を、(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタン酸及び2-(2-アミノエトキシ)酢酸ベンジル塩酸塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1005.2(M+2H/2)。
【0156】
調製38
2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]酢酸
【0157】
【化48】
【0158】
2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]酢酸ベンジル(0.120mmol、240mg)をMeOH(12.0mL)中の5%Pd/C(1.17mmol、124mg)と混合する。混合物をParr振盪機(周囲温度、10psi)で48分間水素化し、珪藻土で濾過し、真空中で濃縮して、表題化合物を灰色固体として得る(187mg、82%)。ES/MS m/z 960.0(M+2H/2)。
【0159】
調製39
(2,3,5,6-テトラフルオロフェニル)2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]酢酸
【0160】
【化49】
【0161】
DCM(3.0mL)中の2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]酢酸(0.096mmol、184mg)及びDIEA(0.765mmol、140μL)に、(2,3,5,6-テトラフルオロフェニル)2,2,2-トリフルオロ酢酸(0.383mmol、100mg)を混合物に滴下する。混合物を周囲温度で16時間撹拌する。反応混合物を0%~50%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーによって直接精製して、表題化合物を黄褐色固体(197mg、99%)として得る。ES/MS m/z 1034.0(M+2H/2)。
【0162】
調製40
2-[2-[2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル
【0163】
【化50】
【0164】
表題化合物を、(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタン酸及び2-[2-[2-(2-アミノエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル塩酸塩から、調製10の方法と本質的に類似の様式で調製する。ES/MS m/z 1049.0(M+2H/2)。
【0165】
調製41
2-[2-[2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸
【0166】
【化51】
【0167】
2-[2-[2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル(0.118mmol、247mg)を、MeOH(12.0mL)中の5%のPd/C(1.17mmol、124mg)と混合する。混合物をParr振盪機(周囲温度、10psi)で1時間水素化し、珪藻土で濾過し、真空中で濃縮して、表題化合物を灰色固体として得る(227mg、96%)。ES/MS m/z 1004.0(M+2H/2)。
【0168】
調製42
(2,3,5,6-テトラフルオロフェニル)2-[2-[2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸
【0169】
【化52】
【0170】
DCM(3.0mL)中の2-[2-[2-[2-[[(2S)-2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]-5-[ビス[2-[5-[5-[3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシペンタノイルアミノ]ペンタノイルアミノ]エチル]アミノ]-5-オキソ-ペンタノイル]アミノ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸(0.111mmol、222mg)及びDIEA(0.883mmol、154μL)に、(2,3,5,6-テトラフルオロフェニル)2,2,2-トリフルオロ酢酸(0.443mmol、116mg)を混合物に滴下する。混合物を周囲温度で16時間撹拌する。反応混合物を、0%~50%のMeOH/DCMで溶出するシリカゲルフラッシュクロマトグラフィーにより直接精製して、表題化合物を黄褐色固体(174mg、73%)として得る。ES/MS m/z 1078.2(M+2H/2)。
【0171】
実施例1
コンジュゲーションプロトコル
GalNAcコンジュゲートセンス鎖の合成のために、3’C6-NH官能基を有するセンス鎖を、標準的なホスホラミダイト化学を使用して最初に合成する。GalNAcリガンド-NHSエステルのストック溶液(アセトニトリル中10mmol/L;1当量)を調製する。ホウ酸緩衝液(10%v/v;20倍)をエッペンドルフチューブ中のオリゴヌクレオチドC6-NHセンス鎖に添加し、次いでGalNAcリガンド(5当量)を添加する。混合物を周囲温度で16時間振盪する。この後、混合物を15mLのファルコンチューブに移し、水酸化アンモニウム(28質量%)を添加し、混合物を周囲温度で2時間振盪する。次いで、アンモニアを真空中で除去する。残留物をイオン交換クロマトグラフィーによって精製する。条件:溶媒A:15%のMeCN/20mMのNaHPO、溶媒B:15%のMeCN/20mMのNaHPO、1MのNaBr;8mL/分で5CVにわたって35~55%のB、カラム温度60℃。所望の画分をプールし、エッペンドルフ遠心分離又は脱塩カラムを使用するスピン濾過によって脱塩する。脱塩後、材料を回収し、OD及び体積を測定して、濃度を得る。
【0172】
あるいは、GalNAcリガンドを微孔性ポリスチレン樹脂又は制御細孔ガラス上に固定化し、5’-CEβ-シアノエチル)ホスホラミダイトを用いた確立された固相オリゴヌクレオチド合成法を使用して合成することによって、コンジュゲーションをセンス鎖の5’位に対して行う。
【0173】
あるいは、GalNAcリガンドを好適なホスホラミダイトに変換し、標準的なホスホラミダイト化学を使用してセンス鎖の5’位に送達する。
【0174】
実施例2:アニーリング
センス鎖及びアンチセンス鎖のsiRNA二重鎖を生成するために、以下の手順を行う。オリゴヌクレオチドセンス鎖-GalNAcコンジュゲートを含むファルコンチューブに、対応するアンチセンスオリゴヌクレオチド(1当量)を添加し、10秒間ボルテックスした後、100K MWCO Amiconフィルターユニットを通してスピン濾過して、微粒子を除去する。濾液を回収し、Genevacエバポレータで真空中で濃縮する。残留物を1倍PBSで再構成し、0.2μフィルターで濾過し、OD及び体積を測定して、濃度を得る。
【0175】
Endosafe(登録商標)-nexgen PTS装置で、カブトガニ変形細胞溶解物を使用してエンドトキシン試験を行う。
【0176】
【表1】
【0177】
実施例3:GalNAc官能化CPGを使用するオリゴ合成の一般的手順
ホスホラミダイト化学を使用するMermade12装置でオリゴ合成を実施する。センス鎖を、予め官能化されたGalNAc固体支持体から合成し、アンチセンス鎖を、オリゴ配列の第1のヌクレオチドを予めロードした標準的な支持体を使用して合成する。オリゴを、濃縮水酸化アンモニウム溶液(28質量%)を使用して切断及び脱保護し、上記の条件を使用するイオン交換クロマトグラフィーによって精製する。脱塩、アニーリング、及びエンドトキシン試験を上記のように実施する。
【0178】
【表2】
【0179】
重要事項-[Phos]は、リン酸化5’残基を示し、mは、mの直後に記載されるヌクレオチド/ヌクレオシド塩基上のリボース上の2’O-Me基を示し、fは、fの直後に記載されるヌクレオチド/ヌクレオシド塩基上のリボース上の2’フルオロ基を示し、は、ホスホロチオエート(PS)である修飾結合を示す。
【0180】
実施例4
【0181】
【表3】
【0182】
実施例5
【0183】
【表4】
【0184】
実施例6:生物学的アッセイ
インビボでのGalNAc-LDHA siRNAコンジュゲート遺伝子ノックダウンの評価
動物
全ての動物を、12時間/12時間の明/暗サイクルで温度制御された施設(24℃)に個々に収容する。動物プロトコルは、Eli Lilly及びComIpany IACUCによって承認されている。雄の約8週齢のC57BL/6マウス(Envigo)を秤量し、1群当たり6匹の動物の処置群に体重によって無作為化する。動物を、皮下注射を介してPBS又はsiRNAコンジュゲートのいずれかで処置する。投与の14日後、動物を屠殺し、肝臓組織を迅速に解剖し、液体窒素中で急速冷凍する。
【0185】
RNA単離及びリアルタイム定量的RT-PCR
全RNAを、TRIzol試薬(Ambion)及びPureLink Pro 96全RNA精製キット(Invitrogen)を使用して肝臓試料から単離する。1マイクログラムのRNAを使用して、High-Capacity cDNA Reverse Transcriptionキット(Applied Biosystems)を使用してcDNAを合成する。定量的リアルタイムPCRを、Applied Biosystems QuantStudio 7 Flex Real-Time PCRシステム(Applied Biosystems)で行う。CT値をRPLP0(Mm01974474_gH、Applied Biosystems)に対して正規化し、LDHA(Mm03646738_gI、Applied Biosystems)の相対発現をΔΔCT法によって計算する。相対発現をビヒクル処置動物に対して正規化することによって、倍数変化を計算する。
【0186】
【表5】
【0187】
【表6】
【0188】
GalNAc-LDHA siRNA 24時間組織曝露スクリーニング
動物
全ての動物を、12時間/12時間の明/暗サイクルで温度制御された施設(24℃)に個々に収容する。動物プロトコルは、Eli Lilly and Company IACUCによって承認されている。雄の約8週齢のC57BL/6マウス(Envigo)を秤量し、1群当たり5匹の動物の処置群に体重によって無作為化する。動物を、皮下注射を介してPBSビヒクル又はsiRNAコンジュゲートのいずれかで処置する。投与の24時間後、動物を屠殺し、血漿試料を心臓穿刺出血によって収集し、肝臓/腎臓組織を迅速に解剖し、液体窒素中で急速冷凍する。siRNA及び代謝産物の組織濃度を、PNAハイブリダイゼーション及び蛍光検出と合わせた陰イオン交換高速液体クロマトグラフィー分析によって決定する。
【0189】
【表7】
【0190】
【表8】
【0191】
実施例7:マウス遺伝子のインビトロノックダウン
マウス初代肝細胞(Mouse primary hepatocyte、MPH)を新たに単離し、ウェル当たり15kでCorningプレート上に播種し、PBS中のsiRNAコンジュゲートを各ウェルに添加する。用量応答実験を、マウス初代肝細胞において1000、333、111、37、12、4、1.37、0.46、0.15、0.05、及び0.017nMの最終GalNAcでコンジュゲートされた二重鎖濃度を使用して行う。
【0192】
Zymo ResearchからのQuick-RNA 96キットを使用して、プレーティングされた細胞からRNAを直接単離する。最終的に精製及び溶出されたRNAは、直ちに使用されるか、又は凍結保存される。InvitrogenからのFast Advanced RT Master Mix及びQuantStudio 7 Flex Real-Time PCR System(Life Technologies)を使用して、精製されたRNAからcDNAを合成し、37℃で30分間、95℃で5分間インキュベートし、4℃で保持する。cDNAを使用して、QuantStudio 7 Flex Real-Time PCR System(Life Technologies)を使用するRealTime PCRを、以下のパラメータ:50℃で2分間、95℃で10分間、95℃で15秒間を40サイクル、及び60℃で1分間を使用して行う:。
【0193】
以下のマウス標的遺伝子HPRT、LDHA、及びDPP4(Life Technologies)についてのRT-PCRアッセイの結果、並びにIC50計算を表8に示す。ノックダウンレベルは、ビヒクル単独と比較した相対的ノックダウンを表し、マウスRplp0(Life Technologies)に対して更に正規化して、試料間で比較する。XLFitを使用する4パラメータフィットモデルを使用して、IC50を計算する。これらの結果は、本明細書に開示される送達部分の効果的なノックダウンを実証し、3つの異なる遺伝子の80~97%のノックダウンを伴う。
【0194】
【表9】
【配列表】
2024522852000001.app
【手続補正書】
【提出日】2024-01-25
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
Rにコンジュゲートされた式Iを含む化合物であって、
【化1】

式中、Rは、リンカーを介して式Iにコンジュゲートされていてもよく、Rは、アンチセンス鎖を含み、前記アンチセンス鎖が、目的の遺伝子に対する相補性領域を含み、前記アンチセンス鎖が、15~40ヌクレオチド長である、化合物。
【請求項2】
式Iが、リンカーを介してRにコンジュゲートされている、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
前記リンカーが、接続点A及びBを有する式IIのリンカーを含むか、又は前記リンカーが、接続点C及びDを有する式IIIを含み、
【化2】

接続点A又は接続点Cが、式Iにコンジュゲートされている、請求項2に記載の化合物。
【請求項4】
前記リンカーが、接続点B又は接続点Dにリン酸基を更に含み、前記リン酸基が、Rにコンジュゲートされている、請求項2又は3に記載の化合物。
【請求項5】
前記リンカーが、接続点C及びDを有する式IIIのリンカーを含み、
【化3】

接続点Cが、式Iにコンジュゲートされている、請求項2~4のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項6】
前記目的の遺伝子に対する前記相補性領域が、少なくとも15連続ヌクレオチド長である、請求項1~5のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項7】
Rが、センス鎖を更に含み、前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、少なくとも15ヌクレオチド長の相補性領域を形成する、請求項6に記載の化合物。
【請求項8】
式Iが、前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖にコンジュゲートされている、請求項7に記載の化合物。
【請求項9】
式Iが、前記アンチセンス鎖にコンジュゲートされている、請求項7又は8に記載の化合物。
【請求項10】
式Iが、前記センス鎖にコンジュゲートされている、請求項7又は8に記載の化合物。
【請求項11】
式Iが、前記センス鎖の3’末端ヌクレオチドにコンジュゲートされている、請求項10に記載の化合物。
【請求項12】
前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、少なくとも18ヌクレオチド長の相補性領域を形成する、請求項7~11のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項13】
前記アンチセンス鎖が、前記センス鎖と少なくとも15ヌクレオチドの相補性領域を形成する、請求項7~12のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項14】
前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、各々独立して、18~23ヌクレオチド長である、請求項7~13のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項15】
前記センス鎖及びアンチセンス鎖が、各々独立して、21~23ヌクレオチド長である、請求項7~14のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項16】
前記アンチセンス鎖が、2つのヌクレオチドの3’オーバーハングを含む、請求項7~15のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項17】
前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含む、請求項7~16のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項18】
前記1つ以上の修飾ヌクレオチドが、2’フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-O-メチル修飾ヌクレオチド、2’-O-アルキル修飾ヌクレオチド、又はO-メトキシエチル修飾ヌクレオチドである、請求項7~17のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項19】
前記センス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、前記センス鎖の前記ヌクレオチドの各々が、修飾ヌクレオチドである、請求項7~18のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項20】
前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチドを含み、前記アンチセンス鎖の前記ヌクレオチドの各々が、修飾ヌクレオチドである、請求項7~19のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項21】
前記センス鎖又は前記アンチセンス鎖が、1つ以上の修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項7~20のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項22】
前記1つ以上の修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート連結である、請求項7~21のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項23】
前記アンチセンス鎖の5’ヌクレオチドが、リン酸化されているか、又はリン酸アナログを含む、請求項7~22のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項24】
前記アンチセンス鎖の5’ヌクレオチドが、ビニルリン酸基を含む、請求項7~23のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項25】
前記センス鎖及び前記アンチセンス鎖が、siRNAである、請求項7~24のいずれか一項に記載の化合物。
【国際調査報告】