特表 2024-525205 カプシドバリアント及びそれを使用する方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-07-10

(54)【発明の名称】カプシドバリアント及びそれを使用する方法

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/35 20060101AFI20240703BHJP

   C07K 14/015 20060101ALI20240703BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20240703BHJP

   C12N 15/864 20060101ALI20240703BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20240703BHJP

   A61K 38/16 20060101ALI20240703BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20240703BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20240703BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20240703BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20240703BHJP

【ＦＩ】

C12N15/35

C07K14/015 ZNA

C12N7/01

C12N15/864 100Z

C12N5/10

A61K38/16

A61K48/00

A61P1/16

A61P43/00 105

A61K35/76

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023579140

(86)(22)【出願日】2022-06-22

(85)【翻訳文提出日】2024-02-08

(86)【国際出願番号】 US2022034529

(87)【国際公開番号】W WO2022271829

(87)【国際公開日】2022-12-29

(31)【優先権主張番号】63/214,021

(32)【優先日】2021-06-23

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＰＹＴＨＯＮ

２．ＴＷＥＥＮ

(71)【出願人】

【識別番号】523455013

【氏名又は名称】ダイノ セラピューティクス インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100127926

【弁理士】

【氏名又は名称】結田 純次

(74)【代理人】

【識別番号】100140132

【弁理士】

【氏名又は名称】竹林 則幸

(74)【代理人】

【識別番号】100216105

【弁理士】

【氏名又は名称】守安 智

(72)【発明者】

【氏名】シルヴァン・ラパン

(72)【発明者】

【氏名】ハンナ・レヴィティン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C084

4C087

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA90X

4B065AA90Y

4B065AA93X

4B065AA93Y

4B065AA95X

4B065AA95Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA24

4B065CA44

4C084AA02

4C084BA01

4C084BA08

4C084BA22

4C084BA23

4C084CA01

4C084CA53

4C084DC50

4C084MA16

4C084MA66

4C084NA14

4C084ZA75

4C084ZB21

4C087AA01

4C087AA03

4C087BC83

4C087CA12

4C087MA16

4C087MA66

4C087NA14

4C087ZB21

4H045AA10

4H045AA20

4H045AA30

4H045BA10

4H045CA01

4H045EA20

4H045FA74

(57)【要約】

本開示は、一部には、ペイロードを送達するために使用することができるバリアントカプシドポリペプチドを対象とする。
【選択図】図１Ａ、図１Ｂ、図１Ｃ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号２又は３のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項2】

前記バリアントが、配列番号２又は配列番号３のポリペプチドと同じ血清型である、請求項１に記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項3】

前記バリアントが、配列番号２又は配列番号３のポリペプチドと比較して異なる血清型である、請求項１に記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項4】

前記ポリペプチドが、配列番号１のバリアントを含み、前記バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、７０、４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、４５９、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の位置における変異に対応する変異を含み、任意選択的に、前記変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項5】

前記カプシドポリペプチドが、
配列番号１と比較して、位置３５における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置３５に対応する位置にアスパラギンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置３６における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置３６に対応する位置にグルタミンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置３８における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置３８に対応する位置にグルタミンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置３７における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置３７に対応する位置にグルタミンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置３９における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置３９に対応する位置にグルタミンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４２における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４２に対応する位置にアラニンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置５１における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置５１に対応する位置にアスパラギンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置６１における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置６１に対応する位置にアルギニンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置７０における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置７０に対応する位置にグルタミン酸を含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４４９における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４４９に対応する位置にグルタミンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５０における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５０に対応する位置にセリンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５１における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５１に対応する位置にグリシンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５２における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５２に対応する位置にグリシンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５５における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５５に対応する位置にアラニンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５６における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５６に対応する位置にアラニンを含む、変異、
配列番号１と比較して、位置４５８における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５８に対応する位置にアスパラギン酸を含む、変異、又は
配列番号１と比較して、位置４５９における変異に対応する変異、例えば、配列番号１と比較して、位置４５９に対応する位置にグルタミンを含む、変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項6】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、３５～７０から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項7】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、４４９～４５９から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項8】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異に対応する変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項9】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異に対応する変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項10】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅのうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項11】

前記カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑのうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異を含む、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項12】

バリアントカプシドポリペプチドであって、（ａ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのポリペプチド、（ｂ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのＶＰ２若しくはＶＰ３配列を含む、（ｃ）それに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、若しくは少なくとも９９％の同一性を有する配列を含むポリペプチドであって、前記配列が、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチド、又は（ｄ）（ａ）若しくは（ｂ）のポリペプチドに対して、少なくとも１個であるが、２０個以下、１９個以下、１８個以下、１７個以下、１６個以下、１５個以下、１４個以下、１３個以下、１２個以下、１２個以下、１１個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、若しくは２個以下のアミノ酸変異を有するポリペプチドであって、当該ポリペプチドが、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項13】

バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドに対して少なくとも、又は約９５、９６、９７、９８又は９９％同一であるＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項14】

バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約２０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項15】

バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約１０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項16】

バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約５個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項17】

配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列を含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項18】

配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列からなる、バリアントカプシドポリペプチド。

【請求項19】

前記バリアントカプシドポリペプチドが、ＶＰ１ポリペプチド、ＶＰ２ポリペプチド又はＶＰ３ポリペプチドである、先行請求項のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。

【請求項20】

請求項１～１９のいずれか一項に記載のカプシドバリアントポリペプチドをコードする、核酸分子。

【請求項21】

前記核酸分子が、配列番号４若しくは配列番号５の配列、その断片、又はそれらに対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％の配列同一性を有するそれらのバリアントを含む、請求項２０に記載の核酸分子。

【請求項22】

前記その断片が、ＶＰ２カプシドポリペプチド又はＶＰ３カプシドポリペプチドをコードする、請求項２１に記載の核酸分子。

【請求項23】

請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は請求項２０～２２のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含む、ウイルス粒子（例えば、アデノ随伴ウイルス（「ＡＡＶ」）粒子）。

【請求項24】

ペイロード（例えば、異種導入遺伝子）及び１つ以上の調節要素を含む核酸を含む、請求項２３に記載のウイルス粒子。

【請求項25】

ウイルス粒子であって、請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は請求項２０～２２のいずれかに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含み、前記ウイルス粒子が、例えば、本明細書に記載のように、例えば、マウス又はＮＨＰにおいて測定される場合、野生型ＡＡＶ２（例えば、配列番号１のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号６によってコードされる、ウイルス粒子）に対して、増加した肝臓（例えば、肝細胞）形質導入を示す、ウイルス粒子。

【請求項26】

前記核酸分子が、二本鎖又は一本鎖であり、前記核酸分子が、直鎖又は環状であり、例えば、前記核酸分子が、プラスミドである、請求項２０～２２のいずれか一項に記載の核酸分子。

【請求項27】

バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を生成する方法であって、前記方法が、請求項２０～２２又は２６のいずれか一項に記載の核酸分子を細胞（例えば、ＨＥＫ２９３細胞）に導入することと、それらから前記ウイルス粒子を回収することと、を含む、方法。

【請求項28】

細胞にペイロード（例えば、核酸）を送達する方法であって、前記細胞を、請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子と接触させること、又は前記細胞を、請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子と接触させることを含む、方法。

【請求項29】

前記細胞が、肝臓細胞、例えば、肝細胞である、請求項２８に記載の方法。

【請求項30】

対象にペイロード（例えば、核酸）を送達する方法であって、前記対象に、請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド及び前記ペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子を投与すること、又は前記対象に、請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子を投与することを含む、方法。

【請求項32】

前記ウイルス粒子が、前記ペイロードを前記肝臓に、例えば、肝細胞に送達する、請求項３１に記載の方法。

【請求項33】

前記ウイルス粒子（例えば、前記バリアントカプシドポリペプチドを含む前記ウイルス粒子）が、配列番号１によってコードされるカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、前記ペイロードの増加した形質導入又は増加した発現を伴って、前記ペイロードを前記肝臓（例えば、肝細胞）に送達し、任意選択的に、前記ウイルス粒子が、全身に、例えば、静脈内に送達される、請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項２７～３２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項34】

前記形質導入の増加が、配列番号１のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、少なくとも２倍、４倍、８倍、１６倍、３２倍、６４倍、１００倍、又は１５０倍、２００倍、又は２５０倍大きく、任意選択的に、前記増加が、前記ウイルス粒子の全身（例えば、静脈内）投与の後である、請求項３３に記載のバリアントカプシドポリペプチド、ウイルス粒子、又は方法。

【請求項35】

対象における疾患又は状態を治療する方法であって、前記対象に、前記疾患又は状態を治療するのに有効な量でディペンドパルボウイルス粒子を投与することを含み、前記ディペンドパルボウイルス粒子が、請求項１～１９のいずれか一項に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む粒子であるか、又は請求項２０～２２若しくは２６のいずれか一項に記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子であり、任意選択的に、前記増加が、前記ウイルス粒子の全身（例えば、静脈内）投与の後である、方法。

【請求項36】

請求項１～１９のいずれか一項に記載のカプシドポリペプチド、請求項２０～２２若しくは２６のいずれか一項に記載の核酸分子、又は請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系。

【請求項37】

ディペンドパルボウイルス（例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法であって、
請求項２０～２２又は２６のいずれかに記載の核酸を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、
前記ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、前記細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、
それによって、前記ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法。

【請求項38】

前記細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、第２の核酸分子を含み、前記第２の核酸分子の少なくとも一部分が、前記ディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングされる、請求項３７に記載の方法。

【請求項39】

前記第２の核酸が、ペイロード、例えば、治療生成物をコードする異種核酸配列を含む、請求項３７に記載の方法。

【請求項40】

請求項２０～２２若しくは２６のいずれかに記載の核酸分子が、請求項２０～２２若しくは２６のいずれかに記載の核酸又はその断片を含まないディペンドパルボウイルス粒子の生成を媒介する、請求項３７～３９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項41】

請求項２０～２２若しくは２６のいずれかに記載の核酸分子が、それ以外の同様の生成系において、配列番号１をコードする核酸（例えば、配列番号６）によって媒介される生成レベルよりも、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、又はそれより高いレベルでディペンドパルボウイルス粒子の生成を媒介する、請求項５２～５５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項42】

請求項２３～２５のいずれか一項に記載のウイルス粒子、又は請求項２７若しくは３６～４０のいずれか一項に記載の方法によって生成されるウイルス粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、例えば、薬学的組成物。

【請求項43】

対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための、請求項１～１９のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項２０～２２若しくは２６のいずれかに記載の核酸分子、又は請求項２３～２５のいずれかに記載のウイルス粒子。

【請求項44】

対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための医薬の製造に使用するための、請求項１～１９のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、請求項２０～２２若しくは２６のいずれかに記載の核酸分子、又は請求項２３～２５のいずれかに記載のウイルス粒子。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、参照により全体が本明細書に組み込まれる、２０２１年６月２３日に出願された米国仮出願第６３／２１４，０２１号に対する優先権を主張する。

【0002】

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出されている配列表を含み、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０２２年６月１５日に作成された当該ＡＳＣＩＩコピーは、２５７３９４＿０００９０２＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称であり、７２，１４９バイトのサイズである。

【背景技術】

【0003】

ディペンドパルボウイルス、例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス、例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、ヒト対象を含む細胞に様々なペイロードを送達するためのベクターとして興味深いものである。

【発明の概要】

【0004】

本開示は、一部には、改善されたバリアントディペンドパルボウイルスカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ２バリアントカプシドポリペプチド）、例えば、ＶＰ１、ＶＰ２及び／又はＶＰ３、ディペンドパルボウイルスを生成する方法、それにおいて使用するための組成物、並びにそれらによって生成されるウイルス粒子を提供する。いくつかの実施形態では、生成されるウイルス粒子は、カプシドタンパク質中に変異を含まないウイルス粒子と比較して、増加した肝臓形質導入を有する。

【0005】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に提供されるバリアントカプシドタンパク質をコードする配列を含む核酸を対象とする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスは、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス（ＡＡＶ）である。いくつかの実施形態では、ＡＡＶは、ＡＡＶ２、例えば、バリアントＡＡＶ２である。

【0006】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のカプシドポリペプチドを対象とする。

【0007】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、配列番号２又は３のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチドを対象とする。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号１のバリアントを含み、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、７０、４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、４５９、又はそれらの任意の組み合わせのうちの１つ以上の位置における変異に対応する変異を含み、任意選択的に、変異は、挿入、欠失、又は置換を含む。

【0008】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。

【0009】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸を含むベクター、例えば、プラスミドを対象とする。

【0010】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、配列番号４又は５の配列、その断片、又はそれらに対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％の配列同一性を有するそれらのバリアントを含む、核酸分子を対象とする。

【0011】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸（例えば、カプシドポリペプチド、例えば、ＶＰ１をコードする配列を含む核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子であって、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、ディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。

【0012】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、例えば、カプシドポリペプチド、例えば、ＶＰ１ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含むベクターであって、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、ベクターを対象とする。

【0013】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸若しくはベクターを含み、例えば、ＶＰ１などのカプシドポリペプチドをコードする配列を含み、カプシドポリペプチドコード配列が、コード配列において本明細書に提供される電荷又は変異を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を含み、例えば、本粒子は、カプシドポリペプチド、例えば、ＶＰ１ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含み、コード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む。

【0014】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のポリペプチドを含み、ポリペプチドコード配列が、本明細書に提供される電荷又は変異を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を含み、例えば、本粒子は、ＶＰ１ポリペプチドをコードする配列を含む核酸を含み、ＶＰ１コード配列が、本明細書に提供されるような対応する電荷又は変異を含む。

【0015】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞にペイロードを送達する方法であって、細胞を、本明細書に記載の核酸を含むディペンドパルボウイルス粒子と接触させることを含む、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞にペイロードを送達する方法であって、細胞を、本明細書に記載のカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子と接触させることを含む、方法を対象とする。

【0016】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法であって、本明細書に記載の核酸（例えば、本明細書に提供されるＡＡＶ２カプシドバリアントをコードする配列を含む核酸）を含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。

【0017】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法であって、本明細書に記載のポリペプチドを含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法を対象とする。いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。

【0018】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系で作製されたディペンドパルボウイルス粒子であって、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、本明細書で提供されるカプシドバリアントを含むディペンドパルボウイルスをコードする核酸を含む、ディペンドパルボウイルス粒子を対象とする。

【0019】

いくつかの実施形態では、本開示は、一部には、対象における疾患又は状態を治療する方法であって、対象に、疾患又は状態を治療するのに有効な量で本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を投与することを含む、方法を対象とする。

【0020】

以下の付番された実施形態を参照しながら、本発明が更に説明される。

【図面の簡単な説明】

【0021】

【図1A】例示的なＡＡＶ血清型アラインメントの例示。ＶＰ１ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、ＶＰ１及びＶＰ２ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。

【図1B】例示的なＡＡＶ血清型アラインメントの例示。ＶＰ１ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、ＶＰ１及びＶＰ２ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。

【図1C】例示的なＡＡＶ血清型アラインメントの例示。ＶＰ１ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、通常の文字であり、ＶＰ１及びＶＰ２ポリペプチドにのみ存在するアミノ酸は、太字であり、ＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３ポリペプチドに存在するアミノ酸は、下線が引かれている。

【図2】各バリアントについて独自の形質導入事象の数を報告する、実施例２に記載のＮＨＰ試験からの肝臓組織試料由来のバリアントについての単核ＲＮＡ配列決定結果。全ての結果は、入力試験物品中の各バリアントの量に対して正規化される。「ＶＡＲ－０９－ｎ」とラベル付けされたバリアントは、表２において、「ＶＡＲ－ｎ」に対応する。「ＡＡＶ２」は、野生型ＡＡＶ２カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子である。「ＡＡＶ５」は、野生型ＡＡＶ５カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子である。「ＡＡＶ９」は、野生型ＡＡＶ９カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子である。

【0022】

実施形態の列挙
１．配列番号２又は３のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
２．バリアントが、配列番号２又は配列番号３のポリペプチドと同じ血清型である、実施形態１に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
３．バリアントが、配列番号２又は配列番号３のポリペプチドと比較して異なる血清型である、実施形態１に記載のバリアントカプシドポリペプチド。
４．ポリペプチドが、配列番号１のバリアントを含み、バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、７０、４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、４５９、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の位置における変異に対応する変異を含み、任意選択的に、変異が、挿入、欠失、又は置換を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
５．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３５における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置３５に対応する位置にアスパラギンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
６．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３６における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置３６に対応する位置にグルタミンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
７．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３７における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置３７に対応する位置にグルタミンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
８．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３８における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置３８に対応する位置にリジンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
９．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３９における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置３９に対応する位置にグルタミンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１０．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４２における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４２に対応する位置にアラニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１１．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置５１における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置５１に対応する位置にアスパラギンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１２．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置６１における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置６１に対応する位置にアルギニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１３．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置７０における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置７０に対応する位置にグルタミン酸を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１４．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４４９における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４４９に対応する位置にグルタミンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１５．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５０における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５０に対応する位置にセリンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１６．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５１における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５１に対応する位置にグリシンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１７．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５２における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５２に対応する位置にグリシンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１８．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５５における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５５に対応する位置にアラニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
１９．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５６における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５６に対応する位置にアラニンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２０．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５８における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５８に対応する位置にアスパラギン酸を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２１．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４５９における変異に対応する変異を含み、例えば、配列番号１と比較して、位置４５９に対応する位置にグルタミンを含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２２．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、３５～７０から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２３．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、４４９～４５９から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２４．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２５．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異に対応する変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２６．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅのうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２７．カプシドポリペプチドが、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑのうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異を含む、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
２８．バリアントカプシドポリペプチドであって、（ａ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのポリペプチド、（ｂ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのＶＰ２若しくはＶＰ３配列を含む、（ｃ）それに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、若しくは少なくとも９９％の同一性を有する配列を含むポリペプチドであって、当該配列が、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチド、又は（ｄ）（ａ）若しくは（ｂ）のポリペプチドに対して、少なくとも１個であるが、２０個以下、１９個以下、１８個以下、１７個以下、１６個以下、１５個以下、１４個以下、１３個以下、１２個以下、１２個以下、１１個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、若しくは２個以下のアミノ酸変異を有するポリペプチドであって、当該ポリペプチドが、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
２９．バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドに対して少なくとも、又は約９５、９６、９７、９８又は９９％同一であるＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
３０．バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約２０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
３１．バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約１０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
３２．バリアントカプシドポリペプチドであって、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約５個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む、バリアントカプシドポリペプチド。
３３．配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列を含む、バリアントカプシドポリペプチド。
３４．配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列からなる、バリアントカプシドポリペプチド。
３５．バリアントカプシドポリペプチドが、ＶＰ１ポリペプチド、ＶＰ２ポリペプチド又はＶＰ３ポリペプチドである、先行する実施形態のいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド。
３６．実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のカプシドバリアントポリペプチドをコードする、核酸分子。
３７．核酸分子が、配列番号４若しくは配列番号５の配列、その断片、又はそれらに対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、若しくは１００％の配列同一性を有するそれらのバリアントを含む、実施形態３６に記載の核酸分子。
３８．その断片が、ＶＰ２カプシドポリペプチド又はＶＰ３カプシドポリペプチドをコードする、実施形態３７に記載の核酸分子。
３９．実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態３６～３８のうちのいずれか１つに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含む、ウイルス粒子（例えば、アデノ随伴ウイルス（「ＡＡＶ」）粒子）。
４０．ペイロード（例えば、異種導入遺伝子）及び１つ以上の調節要素を含む核酸を含む、実施形態３９に記載のウイルス粒子。
４１．ウイルス粒子であって、実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態３６～３８のうちのいずれかに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含み、当該ウイルス粒子が、例えば、本明細書に記載のように、例えば、マウス又はＮＨＰにおいて測定される場合、野生型ＡＡＶ２（例えば、配列番号１のカプシドポリペプチドを含むか、又は配列番号６によってコードされる、ウイルス粒子）に対して、増加した肝臓（例えば、肝細胞）形質導入を示す、ウイルス粒子。
４２．核酸分子が、二本鎖又は一本鎖であり、核酸分子が、直鎖又は環状であり、例えば、核酸分子が、プラスミドである、実施形態３６～３８のうちのいずれか１つに記載の核酸分子。
４３．バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を生成する方法であって、当該方法が、実施形態３６～３８又は４２のうちのいずれか１つに記載の核酸分子を細胞（例えば、ＨＥＫ２９３細胞）に導入することと、それらから当該ウイルス粒子を回収することと、を含む、方法。
４４．細胞にペイロード（例えば、核酸）を送達する方法であって、細胞を、実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子と接触させること、又は細胞を、実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子と接触させることを含む、方法。
４５．細胞が、肝臓細胞、例えば、肝細胞である、実施形態４４に記載の方法。
４６．対象にペイロード（例えば、核酸）を送達する方法であって、対象に、実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチド及びペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子を投与すること、又は対象に、実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子を投与することを含む、方法。
４７．ウイルス粒子が、ペイロードを肝臓に、例えば、肝細胞に送達する、実施形態４５に記載の方法。
４８．ウイルス粒子（例えば、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子）が、配列番号１によってコードされるカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、ペイロードの増加した形質導入又は増加した発現を伴って、ペイロードを肝臓（例えば、肝細胞）に送達し、任意選択的に、ウイルス粒子が、全身に、例えば、静脈内に送達される、実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子、又は実施形態４３～４７のうちのいずれか１つに記載の方法。
４９．形質導入の増加が、配列番号１のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、少なくとも２倍、４倍、８倍、１６倍、３２倍、６４倍、１００倍、又は１５０倍、２００倍、又は２５０倍大きく、任意選択的に、当該増加が、ウイルス粒子の全身（例えば、静脈内）投与の後である、実施形態４７に記載のバリアントカプシドポリペプチド、ウイルス粒子、又は方法。
５０．対象における疾患又は状態を治療する方法であって、対象に、疾患又は状態を治療するのに有効な量でディペンドパルボウイルス粒子を投与することを含み、ディペンドパルボウイルス粒子が、実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のバリアントカプシドポリペプチドを含む粒子であるか、又は実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれか１つに記載の核酸分子によってコードされるバリアントカプシドポリペプチドを含むか、又は実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子であり、任意選択的に、当該増加が、ウイルス粒子の全身（例えば、静脈内）投与の後である、方法。
５１．実施形態１～３５のうちのいずれか１つに記載のカプシドポリペプチド、実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれか１つに記載の核酸分子、又は実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系。
５２．ディペンドパルボウイルス（例えば、アデノ随伴ディペンドパルボウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法であって、
実施形態３６～３８又は４２のうちのいずれかに記載の核酸を含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、
ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、
それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する、方法。
５３．細胞、無細胞系、又は他の翻訳系が、第２の核酸分子を含み、当該第２の核酸分子の少なくとも一部分が、ディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングされる、実施形態５２に記載の方法。
５４．第２の核酸が、ペイロード、例えば、治療生成物をコードする異種核酸配列を含む、実施形態５２に記載の方法。
５５．実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれかに記載の核酸分子が、実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれかに記載の核酸又はその断片を含まないディペンドパルボウイルス粒子の生成を媒介する、実施形態５２～５４のうちのいずれか１つに記載の方法。
５６．実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれかに記載の核酸分子が、それ以外の同様の生成系において、配列番号１をコードする核酸（例えば、配列番号６）によって媒介される生成レベルよりも、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、又はそれより高いレベルでディペンドパルボウイルス粒子の生成を媒介する、実施形態５２～５５のうちのいずれか１つに記載の方法。
５７．実施形態３９～４１のうちのいずれか１つに記載のウイルス粒子、又は実施形態４３若しくは５２～５６のうちのいずれか１つに記載の方法によって生成されるウイルス粒子と、薬学的に許容される担体と、を含む、組成物、例えば、薬学的組成物。
５８．対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための、実施形態１～３５のうちのいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれかに記載の核酸分子、又は実施形態３９～４１のうちのいずれかに記載のウイルス粒子。
５９．対象における疾患又は状態を治療する際に使用するための医薬の製造に使用するための、実施形態１～３５のうちのいずれかに記載のバリアントカプシドポリペプチド、実施形態３６～３８若しくは４２のうちのいずれかに記載の核酸分子、又は実施形態３９～４１のうちのいずれかに記載のウイルス粒子。

【発明を実施するための形態】

【0023】

本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子に組み込み、これを使用してディペンドパルボウイルス粒子を生成することができる、バリアントカプシドポリペプチド、及びそれをコードする核酸分子を対象とする。いくつかの実施形態では、粒子は、バリアントカプシドポリペプチドを含まないディペンドパルボウイルス粒子と比較して、肝臓においてより高い形質導入効率で、肝臓に目的の導入遺伝子又は分子を送達するために使用することができる、増加した肝臓形質導入を有する。したがって、バリアントカプシドポリペプチド、それをコードする核酸分子、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子、及びそれを使用する方法が本明細書に提供される。

【0024】

定義
１つの（ａ）、１つの（ａｎ）、その（ｔｈｅ）：本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上明白に別途指示されない限り、複数の指示対象を含む。

【0025】

約、およそ：本明細書で使用される場合、「約」及び「およそ」という用語は、概して、測定の性質又は精度を考慮して、測定された量についての許容可能な程度の誤差を意味するものとする。例示的な誤差の程度は、所与の値又は値の範囲の１５パーセント（％）以内、典型的には１０％以内、より典型的には５％以内である。

【0026】

ディペンドパルボウイルスカプシド：本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルスカプシド」という用語は、ディペンドパルボウイルスポリペプチドを含む組み立てられたウイルスカプシドを指す。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスカプシドは、機能性ディペンドパルボウイルスカプシドであり、例えば、完全に折り畳まれ、かつ／又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである（例えば、折り畳まれ／組み立てられ、かつ／又は標的細胞に感染する能力を有する）。

【0027】

ディペンドパルボウイルス粒子：本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルス粒子」という用語は、例えば、ペイロード、ディペンドパルボウイルスゲノム（例えば、全ディペンドパルボウイルスゲノム）の１つ以上の成分、又はその両方を含む、ディペンドパルボウイルスポリペプチド及びパッケージングされた核酸を含む、組み立てられたウイルスカプシドを指す。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、機能性ディペンドパルボウイルス粒子であり、例えば、所望のペイロードを含み、完全に折り畳まれ、かつ／又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである（例えば、折り畳まれ／組み立てられ、かつ／又は標的細胞に感染する能力を有する）。

【0028】

ディペンドパルボウイルスＸ粒子／カプシド：本明細書で使用される場合、「ディペンドパルボウイルスＸ粒子／カプシド」という用語は、天然に存在するディペンドパルボウイルスＸ種に由来する核酸配列をコードする少なくとも１つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、ディペンドパルボウイルス粒子／カプシドを指す。例えば、ディペンドパルボウイルスＢ粒子は、天然に存在するディペンドパルボウイルスＢ配列に由来する核酸配列をコードする少なくとも１つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、ディペンドパルボウイルス粒子を指す。本文脈で使用される場合、～に由来するとは、問題にしている配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００％の同一性を有することを意味する。これに対応して、本明細書で使用される場合、ＡＡＶＸ粒子／カプシドは、天然に存在するＡＡＶ Ｘ血清型に由来する核酸配列をコードする少なくとも１つのポリペプチド又はポリペプチドを含むＡＡＶ粒子／カスピド（ｃａｓｐｉｄ）を指す。例えば、ＡＡＶ２粒子は、天然に存在するＡＡＶ２配列に由来する核酸配列をコードする少なくとも１つのポリペプチド又はポリペプチドを含む、ＡＡＶ粒子を指す。

【0029】

外因性：本明細書で使用される場合、「外因性」という用語は、当該状況で自然に生じない状況（例えば、核酸、ポリペプチド、又は細胞）に存在する特徴、配列、又は成分を指す。例えば、ポリペプチドをコードするＯＲＦを含む核酸配列は、本明細書に提供されるような、外因性開始コドン又は新しい開始コドン（例えば、翻訳開始コドン）を含み得る。このようにして外因性という用語を使用することは、この位置に問題としている開始コドンを含むポリペプチドをコードするＯＲＦが天然に存在せず、例えば、ＡＡＶ２に存在せず、例えば、配列番号６に存在しないことを意味する。いくつかの実施形態では、外因性開始コドンは、内因性開始コドンを置き換え得る。いくつかの実施形態では、外因性開始コドンは、宿主細胞によって開始コドンとして認識されないコドンを置き換え得る。当業者は、配列（例えば、開始コドン）が第１のＯＲＦに提供されるとき（例えば、問題としている部位で開始コドンを自然に含まない）に外因性であってもよいが、第２のＯＲＦに外因性ではなくてもよい（例えば、問題としている部位でその特定の開始コドンを自然に含む）ことを容易に理解するであろう。

【0030】

機能性：ディペンドパルボウイルスカプシド（例えば、Ｃａｐ（例えば、ＶＰ１、ＶＰ２、及び／若しくはＶＰ３）又はＲｅｐ）のポリペプチド成分への言及において本明細書で使用される場合、「機能性」という用語は、そのポリペプチド成分の天然に存在するバージョン（例えば、宿主細胞中に存在する場合）の活性の少なくとも５０、６０、７０、８０、９０、又は１００％を提供するポリペプチドを指す。例えば、機能性ＶＰ１ポリペプチドは、安定して折り畳まれ、ディペンドパルボウイルスカプシド（例えば、パッケージング及び／又は分泌に適合する）へと組み立てられ得る。デプロパルボウイルスカプシド又は粒子への言及において本明細書で使用される場合、「機能性」は、所望のペイロードを含み、完全に折り畳まれ、かつ／又は組み立てられ、標的細胞に感染する能力を有するか、又は少なくとも閾値時間にわたって安定したままである（例えば、折り畳まれ／組み立てられ、かつ／又は標的細胞に感染する能力を有する）という生成特徴のうちの１つ以上を含むカプシド又は粒子を指す。

【0031】

核酸：本明細書で使用される場合、その最も広い意味で、「核酸」という用語は、オリゴヌクレオチド鎖に組み込まれているか、又は組み込まれ得る任意の化合物及び／若しくは物質を指す。いくつかの実施形態では、核酸は、ホスホジエステル結合を介してオリゴヌクレオチド鎖に組み込まれているか、又は組み込まれ得る化合物及び／又は物質である。文脈から明らかになるように、いくつかの実施形態では、「核酸」は、個々の核酸モノマー（例えば、ヌクレオチド及び／又はヌクレオシド）を指し、いくつかの実施形態では、「核酸」は、個々の核酸モノマーを含むオリゴヌクレオチド鎖、又は多くの個々の核酸モノマーを含む、より長いポリヌクレオチド鎖を指す。いくつかの実施形態では、「核酸」は、ＲＮＡであるか、又はＲＮＡを含み、いくつかの実施形態では、「核酸」は、ＤＮＡであるか、又はＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の天然核酸残基であるか、１つ以上の天然核酸残基を含むか、又は１つ以上の天然核酸残基からなる。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の核酸類似体であるか、１つ以上の核酸類似体を含むか、又は１つ以上の核酸類似体からなる。いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の修飾された、合成の、若しくは天然に存在しないヌクレオチドであるか、それらを含むか、又はそれらからなる。いくつかの実施形態では、核酸類似体は、ホスホジエステル骨格を利用しない点において核酸と異なる。例えば、いくつかの実施形態では、核酸は、１つ以上の「ペプチド核酸」であるか、それらを含むか、又はそれらからなり、当該技術分野で既知であり、骨格内のホスホジエステル結合の代わりにペプチド結合を有し、本発明の範囲内であるとみなされる。代替的に、又は追加的に、いくつかの実施形態では、核酸は、ホスホジエステル結合ではなく、１つ以上のホスホロチオエート結合及び／又は５’－Ｎ－ホスホラミダイト結合を有する。いくつかの実施形態では、核酸は、ＲＮＡ又はタンパク質などの機能的遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、核酸は、部分的又は完全に一本鎖であり、いくつかの実施形態では、核酸は、部分的又は完全に二本鎖である。

【0032】

開始コドン：本明細書で使用される場合、「開始コドン」という用語は、翻訳を開始する部位（例えば、検出可能な翻訳開始を媒介する部位）として宿主細胞によって認識される任意のコドンを指す。理論に束縛されることを望むものではないが、開始コドンは強度が様々であり、強い開始コドンは翻訳開始をより強く促進し、弱い開始コドンは翻訳開始をあまり強く促進しない。カノニカル開始コドンは、アミノ酸メチオニンをコードするＡＴＧであるが、多くの非カノニカル開始コドンもまた、宿主細胞によって認識される。

【0033】

バリアント：本明細書で使用される場合、「バリアントカプシドポリペプチド」は、参照配列（例えば、配列番号１）とは異なるポリペプチドを指す。バリアントは、例えば、変異（例えば、置換、欠失、又は挿入）を含み得る。いくつかの実施形態では、バリアントは、参照配列に対して約、又は少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％同一である。いくつかの実施形態では、参照配列は、配列番号１を含むポリペプチドである。

【0034】

カプシドポリペプチド及びそれをコードする核酸
本開示は、一部には、参照配列と比較して変異（挿入、欠失、又は置換）を含むバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列を含む核酸を対象とする。いくつかの実施形態では、参照配列は、配列番号１である。本開示は、一部には、配列番号１と比較して、１つ以上の変異を有する配列番号１を含むバリアントカプシドポリペプチドを対象とする。本開示は、一部には、本明細書に記載の変異に対応する１つ以上の変異で修飾された配列番号１以外の参照配列を含むバリアントカプシドポリペプチドを更に対象とする。変異は、例えば、参照配列と比較して、挿入、欠失、又は置換であり得る。いくつかの実施形態では、参照配列は、配列番号１である。

【0035】

いくつかの実施形態では、例えば、本明細書に記載されるように、配列番号２又は３のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む、バリアントカプシドポリペプチド。

【0036】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるように、配列番号１のバリアントを含み、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、７０、４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、４５９、又はそれらの任意の組み合わせの１つ以上の位置における変異に対応する変異を含み、任意選択的に、変異は、挿入、欠失、又は置換を含む。

【0037】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、７０、４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、４５９、又はそれらの組み合わせにおける変異に対応する変異を含む。

【0038】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３５における変異に対応する変異を含む。

【0039】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３６における変異に対応する変異を含む。

【0040】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３７における変異に対応する変異を含む。

【0041】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３８における変異に対応する変異を含む。

【0042】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３９における変異に対応する変異を含む。

【0043】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４２における変異に対応する変異を含む。

【0044】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置５１における変異に対応する変異を含む。

【0045】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置６１における変異に対応する変異を含む。

【0046】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置７０における変異に対応する変異を含む。

【0047】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４４９における変異に対応する変異を含む。

【0048】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５０における変異に対応する変異を含む。

【0049】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５１における変異に対応する変異を含む。

【0050】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５２における変異に対応する変異を含む。

【0051】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５５における変異に対応する変異を含む。

【0052】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５６における変異に対応する変異を含む。

【0053】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５８における変異に対応する変異を含む。

【0054】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５９における変異に対応する変異を含む。

【0055】

いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アスパラギンである。いくつかの実施形態では、位置３５における置換は、配列番号１に従ってＡ３５Ｎである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＡ３５に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＡ３５に対応する位置におけるアスパラギンの置換である。

【0056】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３６における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミンである。いくつかの実施形態では、位置３６における置換は、配列番号１に従ってＥ３６Ｑである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＥ３６に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＥ３６に対応する位置におけるグルタミンの置換である。

【0057】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３７における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミンである。いくつかの実施形態では、位置３７における置換は、配列番号１に従ってＲ３７Ｑである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＲ３７に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＲ３７に対応する位置におけるグルタミンの置換である。

【0058】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３８における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、リジンである。いくつかの実施形態では、位置３８における置換は、配列番号１に従ってＨ３８Ｋである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＨ３８に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＨ３８に対応する位置におけるリジンの置換である。

【0059】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置３９における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミンである。いくつかの実施形態では、位置３８における置換は、配列番号１に従ってＫ３９Ｑである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＫ３９に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＫ３９に対応する位置におけるグルタミンの置換である。

【0060】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４２における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置４２における置換は、配列番号１に従ってＳ４２Ａである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＳ４２に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＳ４２に対応する位置におけるアラニンの置換である。

【0061】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置５１における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アスパラギンである。いくつかの実施形態では、位置５１における置換は、配列番号１に従ってＫ５１Ｎである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＫ５１に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＫ５１に対応する位置におけるアスパラギンの置換である。

【0062】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置６１における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アルギニンである。いくつかの実施形態では、位置６１における置換は、配列番号１に従ってＫ６１Ｒである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＫ６１に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＫ６１に対応する位置におけるアルギニンの置換である。

【0063】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置７０における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミン酸である。いくつかの実施形態では、位置７０における置換は、配列番号１に従ってＡ７０Ｅである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＡ７０に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＡ７０に対応する位置におけるグルタミン酸の置換である。

【0064】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４４９における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミンである。いくつかの実施形態では、位置４４９における置換は、配列番号１に従ってＮ４４９Ｑである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＮ４４９に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＮ４４９に対応する位置におけるグルタミンの置換である。

【0065】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５０における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、セリンである。いくつかの実施形態では、位置４５０における置換は、配列番号１に従ってＴ４５０Ｓである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＴ４５０に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＴ４５０に対応する位置におけるセリンの置換である。

【0066】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５１における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グリシンである。いくつかの実施形態では、位置４５１における置換は、配列番号１に従ってＰ４５１Ｇである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＰ４５１に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＰ４５１に対応する位置におけるグリシンの置換である。

【0067】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５２における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グリシンである。いくつかの実施形態では、位置４５２における置換は、配列番号１に従ってＳ４５２Ｇである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＳ４５２に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＳ４５２に対応する位置におけるグリシンの置換である。

【0068】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５５における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置４５５における置換は、配列番号１に従ってＴ４５５Ａである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＴ４５５に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＴ４５５に対応する位置におけるアラニンの置換である。

【0069】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５６における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アラニンである。いくつかの実施形態では、位置４５６における置換は、配列番号１に従ってＴ４５６Ａである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＴ４５６に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＴ４５６に対応する位置におけるアラニンの置換である。

【0070】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５８における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、アスパラギン酸である。いくつかの実施形態では、位置４５８における置換は、配列番号１に従ってＳ４５８Ｄである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＳ４５８に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＳ４５８に対応する位置におけるアスパラギン酸の置換である。

【0071】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して位置４５９における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、置換は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、置換は、グルタミンである。いくつかの実施形態では、位置４５９における置換は、配列番号１に従ってＲ４５９Ｑである。いくつかの実施形態では、配列番号１のＲ４５９に対応する位置における置換は、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照カプシド配列における配列番号１のＲ４５９に対応する位置におけるグルタミンの置換である。

【0072】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１（に対応するもの）と比較して、３５～７０から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１（に対応するもの）と比較して、３５～７０から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は少なくとも９個の変異に対応する変異を含む。

【0073】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１（に対応するもの）と比較して、４４９～４５９から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１（に対応するもの）と比較して、４４９～４５９から選択される任意の１つの位置、又はそれらの任意の組み合わせにおける少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個の変異に対応する変異を含む。

【0074】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する１つ以上の変異（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異）を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも２個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも３個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも４個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも５個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも６個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも７個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置３５、３６、３７、３８、３９、４２、５１、６１、及び７０における変異に対応する少なくとも８個の変異を含む。

【0075】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する１つ以上の変異（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異）を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも２個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも３個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも４個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも５個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも６個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１と比較して、位置４４９、４５０、４５１、４５２、４５５、４５６、４５８、及び４５９における変異に対応する少なくとも７個の変異を含む。

【0076】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異を含む。

【0077】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する１つ以上の変異（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、又は全ての変異）を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも２個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも３個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも４個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも５個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも６個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも７個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ａ３５Ｎ、Ｅ３６Ｑ、Ｒ３７Ｑ、Ｈ３８Ｋ、Ｋ３９Ｑ、Ｓ４２Ａ、Ｋ５１Ｎ、Ｋ６１Ｒ、及びＡ７０Ｅの変異に対応する少なくとも８個の変異を含む。

【0078】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異を含む。

【0079】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する１つ以上の変異（例えば、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、又は全ての変異）を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも２個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも３個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも４個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも５個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも６個の変異を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号１と比較して、Ｎ４４９Ｑ、Ｔ４５０Ｓ、Ｐ４５１Ｇ、Ｓ４５２Ｇ、Ｔ４５５Ａ、Ｔ４５６Ａ、Ｓ４５８Ｄ、及びＲ４５９Ｑの変異に対応する少なくとも７個の変異を含む。

【0080】

いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の少なくとも１個を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差に対応する少なくとも１個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも２個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する２個の変異差に対応する少なくとも２個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも３個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する３個の変異差に対応する少なくとも３個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも４個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する４個の変異差に対応する少なくとも４個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも５個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する５個の変異差に対応する少なくとも５個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも６個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する６個の変異差に対応する少なくとも６個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも７個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する７個の変異差に対応する少なくとも７個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも８個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する８個の変異差に対応する少なくとも８個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する少なくとも９個の変異差を含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する９個の変異差に対応する少なくとも９個の変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の全てを含むか、又は表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差の全てに対応する変異を含む、カプシドポリペプチド（及び当該カプシドポリペプチドをコードする核酸）を提供する。

【0081】

上述の態様のいずれかでは、表２の任意のバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差、又は表１の任意のバリアントカプシドポリペプチドの変異差に対応する変異差の数が特定されている上述のバリアントカプシドポリペプチドにおいて、変異は、そのバリアントカプシドポリペプチドに関連する変異差のうちのいずれかから選択され得ることが理解されよう。したがって、例えば、４つの変異差を有するバリアント（この例の目的のために、文字「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」及び「Ｄ」でラベル付けされた各変異差）に関して、バリアントカプシドが変異差のうちの１個を含む場合、それは、Ａ、Ｂ、Ｃ又はＤであってもよい。同様に、バリアントカプシドが変異差のうちの２個を含む場合、それらの２個は、例えば、Ａ及びＢ、Ａ及びＣ、Ａ及びＤ、Ｂ及びＣ、Ｂ及びＤ、又はＣ及びＤであってもよい。同様に、バリアントが変異差のうちの３個を含む場合、それら３個は、例えば、Ａ及びＢ及びＣ、Ａ及びＢ及びＤ、Ａ及びＣ及びＤ、又はＢ及びＣ及びＤであってもよい。同様に、バリアントが変異差のうちの４個を含む場合、それら４個は、例えば、Ａ及びＢ及びＣ及びＤであってもよい。表２の各バリアントカプシドポリペプチドについて２～８個又は２～９個の変異差の可能な組み合わせの（表２のそのバリアントカプシドポリペプチドについての変異差の総数までの）表は、通常の技術を使用して生成することができ、ＶＡＲ－１又はＶＡＲ－２のそれぞれについてのそのような表が、その全体が本明細書に組み込まれることが当業者によって理解されるであろう。そのような表は、例えば、Ｐｙｔｈｏｎの「ｉｔｅｒｔｏｏｌｓ」パッケージから「組み合わせ（ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ）」方法を使用して生成することができ、そのような方法は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

【0082】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、（ａ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのポリペプチド、（ｂ）配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれか１つのＶＰ２若しくはＶＰ３配列を含む、（ｃ）それに対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、若しくは少なくとも９９％の同一性を有する配列を含むポリペプチドであって、当該配列が、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチド、又は（ｄ）（ａ）若しくは（ｂ）のポリペプチドに対して、少なくとも１個であるが、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、３個以下、若しくは２個以下のアミノ酸変異を有するポリペプチドであって、当該ポリペプチドが、配列番号１に対して、配列番号２若しくは配列番号３のうちのいずれかに関連する変異差のうちの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、若しくはそれより多く、例えば、全て）を含む、ポリペプチドを含む。

【0083】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書に提供されるカプシドポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書に提供されるカプシドポリペプチドに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一であるカプシドポリペプチドをコードする。

【0084】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるカプシドポリペプチドに対して少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一であるカプシドポリペプチドを含むカプシドポリペプチドが提供される。

【0085】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号２又は配列番号３の配列を含む。

【0086】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドに対して少なくとも、又は約９５、９６、９７、９８又は９９％同一であるＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む。

【0087】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約２０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む。

【0088】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約１０個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む。

【0089】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、各々が配列番号２若しくは配列番号３のポリペプチドと比較して約１～約５個の変異を有するＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３、又はそれらの任意の組み合わせを含み、任意選択的に、当該バリアントカプシドポリペプチドが、配列番号２及び／若しくは配列番号３に関連する変異差の全てを含む。

【0090】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、配列番号２又は配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２又はＶＰ３配列からなる。

【0091】

いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、ＶＰ１ポリペプチド、ＶＰ２ポリペプチド、又はＶＰ３ポリペプチドを含む。

【0092】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＰ１カプシドポリペプチドである。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＰ２カプシドポリペプチドである。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＰ３カプシドポリペプチドである。参照配列の配列番号１に関して、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸１～７３５を含む。参照配列の配列番号１に関して、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸１３８～７３５を含む。参照配列の配列番号１に関して、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸２０３～７３５を含む。

【0093】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号２又は３の配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号２の配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号３の配列を含む。

【0094】

いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号４又は５のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号４のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号５のヌクレオチド配列を含む。

【0095】

いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号２又は３の配列をコードする配列番号４又は５のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号２の配列をコードする配列番号４のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸分子、又は％同一性の目的のための参照核酸分子は、配列番号３の配列をコードする配列番号５のヌクレオチド配列を含む。

【0096】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号４又は５のヌクレオチド配列によってコードされる、配列番号２又は３の配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号２の配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号４のヌクレオチド配列によってコードされる、配列番号２の配列を含む。いくつかの実施形態では、配列番号２の配列を含むカプシドポリペプチドをコードする核酸は、配列番号４の配列を有する。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号３の配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチド、又は％同一性の目的のための参照ポリペプチドは、配列番号５のヌクレオチド配列によってコードされる、配列番号３の配列を含む。いくつかの実施形態では、配列番号３の配列を含むカプシドポリペプチドをコードする核酸は、配列番号５の配列を有する。

【0097】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、本明細書に記載の核酸分子に対して、例えば、配列番号４又は配列番号５のうちのいずれか１つに対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一である配列を含む。いくつかの実施形態では、核酸、又はその断片は、ＶＰ２カプシドポリペプチド又はＶＰ３カプシドポリペプチドをコードする。

【0098】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２（例えば、表２に示されるような）のうちのいずれか１つに関連する変異のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個（存在する場合）、７個（存在する場合）、８個（存在する場合）、又は９個（存在する場合）を含む配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２（例えば、表２に示されるような）のうちのいずれか１つに関連する変異に対応する１個、２個、３個、４個、５個、６個（存在する場合）、７個（存在する場合）、８個（存在する場合）、又は９個（存在する場合）の変異を含む配列を含む。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、それ以外の場合、例えば、本明細書に記載されるように、参照カプシドポリペプチド配列に対して、例えば、配列番号１に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％同一である。いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、それ以外の場合、例えば、本明細書に記載されるように、参照カプシドポリペプチド配列に対して、例えば、配列番号１に対して、１００％同一である。

【0099】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２（例えば、表２に示されるような）のうちのいずれか１つに関連する全ての変異差を含む配列を含み、更に、配列番号１に対して、３０個以下、２０個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、又は１個以下の追加の変異を含む。

【0100】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２（例えば、表２に示されるような）のうちのいずれか１つに関連する全ての変異差に対応する変異を含む配列を含み、更に、例えば、本明細書に記載されるような、配列番号１以外の参照配列に対して、３０個以下、２０個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、又は１個以下の追加の変異を含む。

【0101】

表１は、当該非限定的な例示的なバリアントの肝臓形質導入及び生体内分布特性並びに生成特徴に関する、バリアントカプシドポリペプチドを含む例示的なバリアントディペンドパルボウイルス粒子に関する情報を列挙する。カプシドポリペプチド及びそれをコードする核酸分子の例示的な配列を、表２に提供する。

【0102】

表１．実施例１に記載されるように測定されるバリアントカプシドポリペプチドを含む例示的なバリアントディペンドパルボウイルス（例えば、ＡＶＶ）粒子の形質導入（静脈内（「ＩＶ」）投与後）、ウイルス生成、及び生体内分布。置換は、ｎ＃＃＃Ｎとして表記され、ここで、「Ｎ」は、最終アミノ酸であり、「ｎ」は、参照アミノ酸であり、「＃＃＃」は、配列番号１の参照アミノ酸位置であり、欠失は、ｎ＃＃＃－として表記され、ここで、「－」は、参照配列の配列番号１の位置「＃＃＃」での「ｎ」の欠失を示し、挿入は、＃＃＃＿Ｎａａ＿＃＃＃＿（ｎ）ｙとして表記され、ここで、「＃＃＃」は、その間に挿入が生じる参照配列の配列番号１内のアミノ酸位置であり、「Ｎａａ」は、挿入の長さ（「Ｎ」アミニオ酸（ａｍｉｎｉｏ ａｃｉｄ）を有する）を指し、「（ｎ）ｙ」は、挿入の配列を提供する）。それぞれの個々の変異差（例えば、行内で、列７の引用符（‘’）内の各変異）及びそのような個々の変異差の組み合わせは、本明細書において「ＶＡＲ－Ｘに関連する変異」と称されることがあり、ここで、ＶＡＲ－Ｘは、「名称」列に列挙されたバリアント識別子である。

【表1】

【0103】

表４．野生型ＡＡＶ２のカプシドポリペプチド（例えば、配列番号１のカプシドポリペプチド）又は野生型ＡＡＶ５のカプシドポリペプチド（例えば、配列番号７のカプシドポリペプチド）を含む比較ウイルス粒子に対して、実施例２による非ヒト霊長類へのＩＶ投与後のＶＡＲ－１及びＶＡＲ－２のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の測定された肝臓生体内分布及び形質導入。全ての生体内分布及び形質導入値は、同じ投与経路によって送達される示された比較対照に対してのｌｏｇ２である。

【表2】

【0104】

表２．配列番号１と比較した、本明細書に記載のカプシドバリアントについてのアミノ酸配列、代表的な核酸配列、及び変異差。

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【表3-4】

【表3-5】

【表3-6】

【表3-7】

【0105】

いくつかの実施形態では、核酸分子は、表２に提供されるＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％、又は１００％の同一性を有するカプシドポリペプチドをコードし、任意選択的に、表２のバリアントカプシドポリペプチドのうちの１つに関連する変異の少なくとも１つ、例えば、全てを含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号２のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するカプシドポリペプチドをコードし、任意選択的に、表２のＶＡＲ－２に関連する変異の少なくとも１つ、例えば、全てを含む。いくつかの実施形態では、核酸分子は、配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３配列に対して少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％又は１００％の同一性を有するカプシドポリペプチドをコードし、任意選択的に、表２のＶＡＲ－１に関連する変異の少なくとも１つ、例えば、全てを含む。

【0106】

複数の実施形態では、核酸分子は、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列を含む。

【0107】

バリアントカプシド（対応する位置）
本明細書に記載のカプシドポリペプチド配列への変異は、参照配列（例えば、配列番号１）内の位置及び／又は位置におけるアミノ酸に関連して記載される。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のカプシドポリペプチドは、参照配列（例えば、配列番号１）のバリアントカプシドポリペプチドであり、例えば、参照カプシドポリペプチド配列（例えば、参照カプシドポリペプチドＶＰ１、ＶＰ２、及び／又はＶＰ３配列）、例えば、配列番号１（又はそれに含まれるＶＰ２若しくはＶＰ３配列）に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一を含むカプシドポリペプチドを含み、本明細書に記載の１つ以上の変異、例えば、表２によるＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２のうちのいずれか１つに関連する変異を含む。

【0108】

当業者によって、理論によって拘束されるものではないが、参照配列内の各アミノ酸位置が、異なる血清型を有するディペンドパルボウイルスに由来するカプシドポリペプチドなどの他の参照カプシドポリペプチドの配列内の位置に対応することが理解されるであろう。いくつかの実施形態では、参照カプシドポリペプチドは、ＡＡＶ２カプシドポリペプチドである。そのような対応する位置は、当該技術分野で既知の配列アラインメントツールを使用して特定される。特に好ましい配列アラインメントツールは、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａ（Ｓｉｅｖｅｒｓ Ｆ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｓｙｓｔ．Ｂｉｏｌ．７：３５９，２０１１，ＤＯＩ：１０．１０３８／ｍｓｂ．２０１１．７５、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）である。例示的な参照カプシドポリペプチドのアラインメントを図１Ａ～１Ｃに示す。したがって、いくつかの実施形態では、本発明のバリアントカプシドポリペプチドは、異なる参照カプシドポリペプチドに関連して本明細書に記載される変異の位置に対応する位置に、そのような参照カプシドポリペプチド内に本明細書に記載の１つ以上の変異を含む参照カプシドポリペプチドのバリアントを含む。したがって、例えば、配列番号１に対してＸｎｎｎＹとして記載される変異（ここで、Ｘは、配列番号１の位置ｎｎｎに存在するアミノ酸であり、Ｙは、例えば、本明細書に記載されるその位置におけるアミノ酸変異である）、本開示は、配列番号１以外の参照カプシドポリペプチド配列（例えば、参照カプシドポリペプチドＶＰ１、ＶＰ２及び／若しくはＶＰ３配列）（又はその中に含まれるＶＰ２若しくはＶＰ３配列）に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％同一性を含み、例えば、本明細書に記載されるように、配列番号１の位置ｎｎｎに対応する位置に開示された変異を更に含む（例えば、配列番号１の位置ｎｎｎに対応する新しいバリアントカプシドポリペプチド配列内の位置にＹを含む）、バリアントカプシドポリペプチドを提供する。上述のように、そのような対応する位置は、例えば、上述のクラスタルオメガツールなどの配列アラインメントツールを使用して決定される。例示的な公知のＡＡＶ血清型の対応するアミノ酸位置の例が、図１Ａ～１Ｃに提供される。いくつかの実施形態では、バリアントは、ＡＡＶ２カプシドポリペプチドのバリアントであり、これは「バリアントＡＡＶ２カプシドポリペプチド」と称され得る。

【0109】

したがって、複数の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の変異に対応する１つ以上の変異を含む、配列番号１以外の参照配列、例えば、本明細書に記載の配列番号１以外の参照配列のバリアントである、カプシドポリペプチド配列を提供する。複数の実施形態では、そのようなバリアントは、表２に従うＶＡＲ－１及び／又はＶＡＲ－２のうちのいずれか１つに関連する変異の全てに対応する変異を含む。

【0110】

本明細書で使用される場合、アミノ酸又は核酸配列などの配列内の位置への言及において使用される「～に対応する」という用語は、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３ポリペプチドを含むカプシドポリペプチドの全長配列、又はそれをコードする核酸分子などのカプシドポリペプチド全長配列などの全カプシドポリペプチド又はポリヌクレオチド配列、あるいはそれをコードする核酸分子への言及において使用され得る。いくつかの実施形態では、「～に対応する」という用語は、カプシドポリペプチドの領域又はドメインへの言及において使用され得る。例えば、参照カプシドポリペプチドのＶＰ１セクション内の位置に対応する位置は、バリアントカプシドポリペプチドのポリペプチドのＶＰ１部分に対応し得る。したがって、ある位置が別の位置に対応するかどうかを決定するために２つの配列をアラインメントするとき、全長ポリペプチドを使用することができるか、又はドメイン（領域）を使用して、ある位置が特定の位置に対応するかどうかを決定することができる。いくつかの実施形態では、領域は、ＶＰ１ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、領域は、ＶＰ２ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、領域は、ＶＰ３ポリペプチドである。いくつかの実施形態では、参照ポリペプチドが特定の血清型のＡＡＶの野生型配列（例えば、全長又は領域）である場合、バリアントポリペプチドは、参照配列（例えば、全長又は領域）と比較して、そのような対応する位置で作製された変異を有する同じ血清型のものであり得る。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、参照配列と比較して異なる血清型である。

【0111】

本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドは、任意選択的に、当該技術分野で既知の参照カプシド血清型のバリアント（例えば、参照カプシドポリペプチドを含む）である。そのような参照ＡＡＶ血清型（及び関連する参照カプシドポリペプチド）の非限定的な例としては、ＡＡＶ１、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶ－ＤＪ、ＡＡＶ－ＤＪ８、ＡＡＶ５、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ（ＰＨＰ．Ｂ）、ＡＡＶＰＨＰ．Ａ（ＰＨＰ．Ａ）、ＡＡＶＧ２Ｂ－２６、ＡＡＶＧ２Ｂ－１３、ＡＡＶＴＨ１．１－３２、ＡＡＶＴＨ１．１－３５、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ２（ＰＨＰ．Ｂ２）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ３（ＰＨＰ．Ｂ３）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｎ／ＰＨＰ．Ｂ－ＤＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＧＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＴＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＧＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＧＧＴ－Ｔ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＧＳ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＡＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＮＰ（３）、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＮＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＮＱＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＧＳ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＧＮ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＥＧＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＤＳＴ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＰＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＳＱＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＱＬＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＴＭＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｂ－ＴＴＰ、ＡＡＶＰＨＰ．Ｓ／Ｇ２Ａ１２、ＡＡＶＧ２Ａ１５／Ｇ２Ａ３（Ｇ２Ａ３）、ＡＡＶＧ２Ｂ４（Ｇ２Ｂ４）、ＡＡＶＧ２Ｂ５（Ｇ２Ｂ５）、ＰＨＰ．Ｓ、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２Ｇ９、ＡＡＶ３、ＡＡＶ３ａ、ＡＡＶ３ｂ、ＡＡＶ３－３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ４－４、ＡＡＶ６、ＡＡＶ６．１、ＡＡＶ６．２、ＡＡＶ６．１．２、ＡＡＶ７、ＡＡＶ７．２、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９．１１、ＡＡＶ９．１３、ＡＡＶ９、ＡＡＶ９ Ｋ４４９Ｒ（又はＫ４４９Ｒ ＡＡＶ９）、ＡＡＶ９．１６、ＡＡＶ９．２４、ＡＡＶ９．４５、ＡＡｂｉｏｄｉｓＶ９．４７、ＡＡＶ９．６１、ＡＡＶ９．６８、ＡＡＶ９．８４、ＡＡＶ９．９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１６．３、ＡＡＶ２４．１、ＡＡＶ２７．３、ＡＡＶ４２．１２、ＡＡＶ４２－１ｂ、ＡＡＶ４２－２、ＡＡＶ４２－３ａ、ＡＡＶ４２－３ｂ、ＡＡＶ４２－４、ＡＡＶ４２－５ａ、ＡＡＶ４２－５ｂ、ＡＡＶ４２－６ｂ、ＡＡＶ４２－８、ＡＡＶ４２－１０、ＡＡＶ４２－１１、ＡＡＶ４２－１２、ＡＡＶ４２－１３、ＡＡＶ４２－１５、ＡＡＶ４２－ａａ、ＡＡＶ４３－１、ＡＡＶ４３－１２、ＡＡＶ４３－２０、ＡＡＶ４３－２１、ＡＡＶ４３－２３、ＡＡＶ４３－２５、ＡＡＶ４３－５、ＡＡＶ４４．１、ＡＡＶ４４．２、ＡＡＶ４４．５、ＡＡＶ２２３．１、ＡＡＶ２２３．２、ＡＡＶ２２３．４、ＡＡＶ２２３．５、ＡＡＶ２２３．６、ＡＡＶ２２３．７、ＡＡＶ１－７／ｒｈ．４８、ＡＡＶ１－８／ｒｈ．４９、ＡＡＶ２－１５／ｒｈ．６２、ＡＡＶ２－３／ｒｈ．６１、ＡＡＶ２－４／ｒｈ．５０、ＡＡＶ２－５／ｒｈ．５１、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．６、ＡＡＶ３．１／ｈｕ．９、ＡＡＶ３－９／ｒｈ．５２、ＡＡＶ３－１１／ｒｈ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒ１１．６４、ＡＡＶ４－９／ｒｈ．５４、ＡＡＶ４－１９／ｒｈ．５５、ＡＡＶ５－３／ｒｈ．５７、ＡＡＶ５－２２／ｒｈ．５８、ＡＡＶ７．３／ｈｕ．７、ＡＡＶ１６．８／ｈｕ．１０、ＡＡＶ１６．１２／ｈｕ．１１、ＡＡＶ２９．３／ｂｂ．１、ＡＡＶ２９．５／ｂｂ．２、ＡＡＶ１０６．１／ｈｕ．３７、ＡＡＶ１１４．３／ｈｕ．４０、ＡＡＶ１２７．２／ｈｕ．４１、ＡＡＶ１２７．５／ｈｕ．４２、ＡＡＶ１２８．３／ｈｕ．４４、ＡＡＶ１３０．４／ｈｕ．４８、ＡＡＶ１４５．１／ｈｕ．５３、ＡＡＶ１４５．５／ｈｕ．５４、ＡＡＶ１４５．６／ｈｕ．５５、ＡＡＶ１６１．１０／ｈｕ．６０、ＡＡＶ１６１．６／ｈｕ．６１、ＡＡＶ３３．１２／ｈｕ．１７、ＡＡＶ３３．４／ｈｕ．１５、ＡＡＶ３３．８／ｈｕ．１６、ＡＡＶ５２／ｈｕ．１９、ＡＡＶ５２．１／ｈｕ．２０、ＡＡＶ５８．２／ｈｕ．２５、ＡＡＶＡ３．３、ＡＡＶＡ３．４、ＡＡＶＡ３．５、ＡＡＶＡ３．７、ＡＡＶＣ１、ＡＡＶＣ２、ＡＡＶＣ５、ＡＡＶＦ３、ＡＡＶＦ５、ＡＡＶＨ２、ＡＡＶｒｈ．７２、ＡＡＶｈｕ．８、
ＡＡＶｒｈ．６８、ＡＡＶｒｈ．７０、ＡＡＶｐｉ．１、ＡＡＶｐｉ．３、ＡＡＶｐｉ．２、ＡＡＶｒｈ．６０、ＡＡＶｒｈ．４４、ＡＡＶｒｈ．６５、ＡＡＶｒｈ．５５、ＡＡＶｒｈ．４７、ＡＡＶｒｈ．６９、ＡＡＶｒｈ．４５、ＡＡＶｒｈ．５９、ＡＡＶｈｕ．１２、ＡＡＶＨ６、ＡＡＶＨ－１／ｈｕ．１、ＡＡＶＨ－５／ｈｕ．３、ＡＡＶＬＧ－１０／ｒｈ．４０、ＡＡＶＬＧ－４／ｒｈ．３８、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶＮ７２１－８／ｒｈ．４３、ＡＡＶＣｈ．５、ＡＡＶＣｈ．５Ｒ１、ＡＡＶｃｙ．２、ＡＡＶｃｙ．３、ＡＡＶｃｙ．４、ＡＡＶｃｙ．５、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ１、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ２、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ３、ＡＡＶＣｙ．５Ｒ４、ＡＡＶｃｙ．６、ＡＡＶｈｕ．１、ＡＡＶｈｕ．２、ＡＡＶｈｕ．３、ＡＡＶｈｕ．４、ＡＡＶｈｕ．５、ＡＡＶｈｕ．６、ＡＡＶｈｕ．７、ＡＡＶｈｕ．９、ＡＡＶｈｕ．１０、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．１３、ＡＡＶｈｕ．１５、ＡＡＶｈｕ．１６、ＡＡＶｈｕ．１７、ＡＡＶｈｕ．１８、ＡＡＶｈｕ．２０、ＡＡＶｈｕ．２１、ＡＡＶｈｕ．２２、ＡＡＶｈｕ．２３．２、ＡＡＶｈｕ．２４、ＡＡＶｈｕ．２５、ＡＡＶｈｕ．２７、ＡＡＶｈｕ．２８、ＡＡＶｈｕ．２９、ＡＡＶｈｕ．２９Ｒ、ＡＡＶｈｕ．３１、ＡＡＶｈｕ．３２、ＡＡＶｈｕ．３４、ＡＡＶｈｕ．３５、ＡＡＶｈｕ．３７、ＡＡＶｈｕ．３９、ＡＡＶｈｕ．４０、ＡＡＶｈｕ．４１、ＡＡＶｈｕ．４２、ＡＡＶｈｕ．４３、ＡＡＶｈｕ．４４、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４４Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４５、ＡＡＶｈｕ．４６、ＡＡＶｈｕ．４７、ＡＡＶｈｕ．４８、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ１、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ２、ＡＡＶｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶｈｕ．４９、ＡＡＶｈｕ．５１、ＡＡＶｈｕ．５２、ＡＡＶｈｕ．５４、ＡＡＶｈｕ．５５、ＡＡＶｈｕ．５６、ＡＡＶｈｕ．５７、ＡＡＶｈｕ．５８、ＡＡＶｈｕ．６０、ＡＡＶｈｕ．６１、ＡＡＶｈｕ．６３、ＡＡＶｈｕ．６４、ＡＡＶｈｕ．６６、ＡＡＶｈｕ．６７、ＡＡＶｈｕ．１４／９、ＡＡＶｈｕ．ｔ １９、ＡＡＶｒｈ．２、ＡＡＶｒｈ．２Ｒ、ＡＡＶｒｈ．８、ＡＡＶｒｈ．８Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１０、ＡＡＶｒｈ．１２、ＡＡＶｒｈ．１３、ＡＡＶｒｈ．１３Ｒ、ＡＡＶｒｈ．１４、ＡＡＶｒｈ．１７、ＡＡＶｒｈ．１８、ＡＡＶｒｈ．１９、ＡＡＶｒｈ．２０、ＡＡＶｒｈ．２１、ＡＡＶｒｈ．２２、ＡＡＶｒｈ．２３、ＡＡＶｒｈ．２４、ＡＡＶｒｈ．２５、ＡＡＶｒｈ．３１、ＡＡＶｒｈ．３２、ＡＡＶｒｈ．３３、ＡＡＶｒｈ．３４、ＡＡＶｒｈ．３５、ＡＡＶｒｈ．３６、ＡＡＶｒｈ．３７、ＡＡＶｒｈ．３７Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．３８、ＡＡＶｒｈ．３９、ＡＡＶｒｈ．４０、ＡＡＶｒｈ．４６、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｒｈ．４８．１、ＡＡＶｒｈ．４８．１．２、ＡＡＶｒｈ．４８．２、ＡＡＶｒｈ．４９、ＡＡＶｒｈ．５１、ＡＡＶｒｈ．５２、ＡＡＶｒｈ．５３、ＡＡＶｒｈ．５４、ＡＡＶｒｈ．５６、ＡＡＶｒｈ．５７、ＡＡＶｒｈ．５８、ＡＡＶｒｈ．６１、ＡＡＶｒｈ．６４、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ１、ＡＡＶｒｈ．６４Ｒ２、ＡＡＶｒｈ．６７、ＡＡＶｒｈ．７３、ＡＡＶｒｈ．７４（ＡＡＶｒｈ７４とも称される）、ＡＡＶｒｈ８Ｒ、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ａ５８６Ｒ変異体、ＡＡＶｒｈ８Ｒ Ｒ５３３Ａ変異体、ＡＡＡＶ、ＢＡＡＶ、ｃａｐｒｉｎｅ ＡＡＶ、ウシＡＡＶ、ＡＡＶｈＥ１．１、ＡＡＶｈＥｒ１．５、ＡＡＶｈＥＲ１．１４、ＡＡＶｈＥｒ１．８、ＡＡＶｈＥｒ１．１６、ＡＡＶｈＥｒ１．１８、ＡＡＶｈＥｒ１．３５、ＡＡＶｈＥｒ１．７、ＡＡＶｈＥｒ１．３６、ＡＡＶｈＥｒ２．２９、ＡＡＶｈＥｒ２．４、ＡＡＶｈＥｒ２．１６、ＡＡＶｈＥｒ２．３０、ＡＡＶｈＥｒ２．３１、ＡＡＶｈＥｒ２．３６、ＡＡＶｈＥＲ１．２３、ＡＡＶｈＥｒ３．１、ＡＡＶ２．５Ｔ、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ、ＡＡＶ－ＬＫ０１、ＡＡＶ－ＬＫ０２、ＡＡＶ－ＬＫ０３、ＡＡＶ－ＬＫ０４、ＡＡＶ－ＬＫ０５、ＡＡＶ－ＬＫ０６、ＡＡＶ－ＬＫ０７、ＡＡＶ－ＬＫ０８、ＡＡＶ－ＬＫ０９、ＡＡＶ－ＬＫ１０、ＡＡＶ－ＬＫ１１、ＡＡＶ－ＬＫ１２、ＡＡＶ－ＬＫ１３、ＡＡＶ－ＬＫ１４、ＡＡＶ－ＬＫ１５、ＡＡＶ－ＬＫ１６、ＡＡＶ－ＬＫ１７、ＡＡＶ－ＬＫ１８、ＡＡＶ－ＬＫ１９、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ２、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ４、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ６、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ７、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ８、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１１、ＡＡＶ－ＰＡＥＣ１２、ＡＡＶ－２－ｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ－１０１、ＡＡＶ－８ｈ、ＡＡＶ－８ｂ、ＡＡＶ－ｈ、ＡＡＶ－ｂ、ＡＡＶ ＳＭ １０－２、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １００－１、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １００－３、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １００－７、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １０－２、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １０－６、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １０－８、ＡＡＶ Ｓｈｕｆｆｌｅ １００－２、ＡＡＶ ＳＭ １０－１、
ＡＡＶ ＳＭ １０－８、ＡＡＶ ＳＭ １００－３、ＡＡＶ ＳＭ １００－１０、ＢＮＰ６１ ＡＡＶ、ＢＮＰ６２ ＡＡＶ、ＢＮＰ６３ ＡＡＶ、ＡＡＶｒｈ．５０、ＡＡＶｒｈ．４３、ＡＡＶｒｈ．６２、ＡＡＶｒｈ．４８、ＡＡＶｈｕ．１９、ＡＡＶｈｕ．１１、ＡＡＶｈｕ．５３、ＡＡＶ４－８／ｒｈ．６４、ＡＡＶＬＧ－９／ｈｕ．３９、ＡＡＶ５４．５／ｈｕ．２３、ＡＡＶ５４．２／ｈｕ．２２、ＡＡＶ５４．７／ｈｕ．２４、ＡＡＶ５４．１／ｈｕ．２１、ＡＡＶ５４．４Ｒ／ｈｕ．２７、ＡＡＶ４６．２／ｈｕ．２８、ＡＡＶ４６．６／ｈｕ．２９、ＡＡＶ１２８．１／ｈｕ．４３、ｔｒｕｅ ｔｙｐｅ ＡＡＶ（ｔｔＡＡＶ）、ＵＰＥＮＮ ＡＡＶ １０、Ｊａｐａｎｅｓｅ ＡＡＶ １０ ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．１０、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．２、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．３、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．４、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．５、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．７、ＡＡＶ ＣＢｒ－７．８、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．３、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｂ７．４、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ１、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ２、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ３、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ４、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ５、ＡＡＶ ＣＢｒ－ｅ５、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ６、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ７、ＡＡＶ ＣＢｒ－Ｅ８、ＡＡＶ ＣＨｔ－１、ＡＡＶ ＣＨｔ－２、ＡＡＶ ＣＨｔ－３、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．１０、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．５、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．６、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．７、ＡＡＶ ＣＨｔ－６．８、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ１、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ２、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ５、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ６、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ８、ＡＡＶ ＣＨｔ－Ｐ９、ＡＡＶ ＣＫｄ－１、ＡＡＶ ＣＫｄ－１０、ＡＡＶ ＣＫｄ－２、ＡＡＶ ＣＫｄ－３、ＡＡＶ ＣＫｄ－４、ＡＡＶ ＣＫｄ－６、ＡＡＶ ＣＫｄ－７、ＡＡＶ ＣＫｄ－８、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ１、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ２、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ５、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ６、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ７、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｂ８、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ１、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ２、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ５、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｈ６、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ３、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ４、ＡＡＶ ＣＫｄ－Ｎ９、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ１、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ２、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ３、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ４、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ５、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ６、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ７、ＡＡＶ ＣＬｇ－Ｆ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－１、ＡＡＶ ＣＬｖ１－１、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－１０、ＡＡＶ ＣＬｖ１－２、ＡＡＶ ＣＬｖ－１２、ＡＡＶ ＣＬｖ１－３、ＡＡＶ ＣＬｖ－１３、ＡＡＶ ＣＬｖ１－４、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－７、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－８、ＡＡＶ Ｃｌｖ１－９、ＡＡＶ ＣＬｖ－２、ＡＡＶ ＣＬｖ－３、ＡＡＶ ＣＬｖ－４、ＡＡＶ ＣＬｖ－６、ＡＡＶ ＣＬｖ－８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｄ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｅ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｋ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｌ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ１１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｍ９、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ１、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ２、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ３、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ４、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ５、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ６、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ７、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ８、ＡＡＶ ＣＬｖ－Ｒ９、ＡＡＶ ＣＳｐ－１、ＡＡＶ ＣＳｐ－１０、ＡＡＶ ＣＳｐ－１１、ＡＡＶ ＣＳｐ－２、ＡＡＶ ＣＳｐ－３、ＡＡＶ ＣＳｐ－４、ＡＡＶ ＣＳｐ－６、ＡＡＶ ＣＳｐ－７、ＡＡＶ ＣＳｐ－８、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．１０、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．２、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．４、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．５、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．６、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．７、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．８、ＡＡＶ ＣＳｐ－８．９、ＡＡＶ ＣＳｐ－９、ＡＡＶ．ｈｕ．４８Ｒ３、ＡＡＶ．ＶＲ－３５５、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶＦ１／ＨＳＣ１、ＡＡＶＦ１１／ＨＳＣ１１、ＡＡＶＦ１２／ＨＳＣ１２、ＡＡＶＦ１３／ＨＳＣ１３、ＡＡＶＦ１４／ＨＳＣ１４、ＡＡＶＦ１５／ＨＳＣ１５、ＡＡＶＦ１６／ＨＳＣ１６、ＡＡＶＦ１７／ＨＳＣ１７、ＡＡＶＦ２／ＨＳＣ２、ＡＡＶＦ３／ＨＳＣ３、ＡＡＶＦ４／ＨＳＣ４、ＡＡＶＦ５／ＨＳＣ５、ＡＡＶＦ６／ＨＳＣ６、ＡＡＶＦ７／ＨＳＣ７、ＡＡＶＦ８／ＨＳＣ８、及び／又はＡＡＶＦ９／ＨＳＣ９、７ｍ８、Ｓｐａｒｋ１００、ＡＡＶＭＹＯ、並びにそれらのバリアントが挙げられる。

【0112】

いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＡＡＶ２配列を含む。いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＡＡＶ５配列を含む。いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＡＡＶ８配列を含む。いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＡＡＶ９配列を含む。いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＡＡＶｒｈ７４配列を含む。理論に拘束されることを望まないが、参照ＡＡＶカプシド配列がＶＰ１領域を含むことが理解される。特定の実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、ＶＰ１、ＶＰ２、及び／若しくはＶＰ３領域、又はそれらの任意の組み合わせを含む。参照ＶＰ１配列は、参照ＡＡＶカプシド配列と同義であるとみなされ得る。

【0113】

配列番号１の代替の例示的な参照配列（野生型ＡＡＶ２）は、以下の通りである。

【化1】

【0114】

特に明記しない限り、配列番号１は、参照配列である。上の配列では、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３に見られる配列には下線が引かれ（例えば、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸２０３～７３５に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり）、ＶＰ１及びＶＰ２の両方に見られる配列は太字であり（例えば、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号１のアミノ酸１３８～７３５に対応する配列を含み、例えば、それらからなり）、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、ＶＰ１にのみ見られる（例えば、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸１～７３５に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる）。

【0115】

配列番号１をコードする例示的な核酸配列は、配列番号６である。
ＡＴＧＧＣＴＧＣＣＧＡＴＧＧＴＴＡＴＣＴＴＣＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＣＧＡＧＧＡＣＡＣＴＣＴＣＴＣＴＧＡＡＧＧＡＡＴＡＡＧＡＣＡＧＴＧＧＴＧＧＡＡＧＣＴＣＡＡＡＣＣＴＧＧＣＣＣＡＣＣＡＣＣＡＣＣＡＡＡＧＣＣＣＧＣＡＧＡＧＣＧＧＣＡＴＡＡＧＧＡＣＧＡＣＡＧＣＡＧＧＧＧＴＣＴＴＧＴＧＣＴＴＣＣＴＧＧＧＴＡＣＡＡＧＴＡＣＣＴＣＧＧＡＣＣＣＴＴＣＡＡＣＧＧＡＣＴＣＧＡＣＡＡＧＧＧＡＧＡＧＣＣＧＧＴＣＡＡＣＧＡＧＧＣＡＧＡＣＧＣＣＧＣＧＧＣＣＣＴＣＧＡＧＣＡＣＧＡＣＡＡＡＧＣＣＴＡＣＧＡＣＣＧＧＣＡＧＣＴＣＧＡＣＡＧＣＧＧＡＧＡＣＡＡＣＣＣＧＴＡＣＣＴＣＡＡＧＴＡＣＡＡＣＣＡＣＧＣＣＧＡＣＧＣＧＧＡＧＴＴＴＣＡＧＧＡＧＣＧＣＣＴＴＡＡＡＧＡＡＧＡＴＡＣＧＴＣＴＴＴＴＧＧＧＧＧＣＡＡＣＣＴＣＧＧＡＣＧＡＧＣＡＧＴＣＴＴＣＣＡＧＧＣＧＡＡＡＡＡＧＡＧＧＧＴＴＣＴＴＧＡＡＣＣＴＣＴＧＧＧＣＣＴＧＧＴＴＧＡＧＧＡＡＣＣＴＧＴＴＡＡＧＡＣＧＧＣＴＣＣＧＧＧＡＡＡＡＡＡＧＡＧＧＣＣＧＧＴＡＧＡＧＣＡＣＴＣＴＣＣＴＧＴＧＧＡＧＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＣＣＴＣＧＧＧＡＡＣＣＧＧＡＡＡＧＧＣＧＧＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＴＧＣＡＡＧＡＡＡＡＡＧＡＴＴＧＡＡＴＴＴＴＧＧＴＣＡＧＡＣＴＧＧＡＧＡＣＧＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＡＣＣＴＧＡＣＣＣＣＣＡＧＣＣＴＣＴＣＧＧＡＣＡＧＣＣＡＣＣＡＧＣＡＧＣＣＣＣＣＴＣＴＧＧＴＣＴＧＧＧＡＡＣＴＡＡＴＡＣＧＡＴＧＧＣＴＡＣＡＧＧＣＡＧＴＧＧＣＧＣＡＣＣＡＡＴＧＧＣＡＧＡＣＡＡＴＡＡＣＧＡＧＧＧＣＧＣＣＧＡＣＧＧＡＧＴＧＧＧＴＡＡＴＴＣＣＴＣＧＧＧＡＡＡＴＴＧＧＣＡＴＴＧＣＧＡＴＴＣＣＡＣＡＴＧＧＡＴＧＧＧＣＧＡＣＡＧＡＧＴＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＣＧＡＡＣＣＴＧＧＧＣＣＣＴＧＣＣＣＡＣＣＴＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＣＣＴＣＴＡＣＡＡＡＣＡＡＡＴＴＴＣＣＡＧＣＣＡＡＴＣＡＧＧＡＧＣＣＴＣＧＡＡＣＧＡＣＡＡＴＣＡＣＴＡＣＴＴＴＧＧＣＴＡＣＡＧＣＡＣＣＣＣＴＴＧＧＧＧＧＴＡＴＴＴＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＡＧＡＴＴＣＣＡＣＴＧＣＣＡＣＴＴＴＴＣＡＣＣＡＣＧＴＧＡＣＴＧＧＣＡＡＡＧＡＣＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＴＧＧＧＧＡＴＴＣＣＧＡＣＣＣＡＡＧＡＧＡＣＴＣＡＡＣＴＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＴＡＡＣＡＴＴＣＡＡＧＴＣＡＡＡＧＡＧＧＴＣＡＣＧＣＡＧＡＡＴＧＡＣＧＧＴＡＣＧＡＣＧＡＣＧＡＴＴＧＣＣＡＡＴＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＣＡＣＧＧＴＴＣＡＧＧＴＧＴＴＴＡＣＴＧＡＣＴＣＧＧＡＧＴＡＣＣＡＧＣＴＣＣＣＧＴＡＣＧＴＣＣＴＣＧＧＣＴＣＧＧＣＧＣＡＴＣＡＡＧＧＡＴＧＣＣＴＣＣＣＧＣＣＧＴＴＣＣＣＡＧＣＡＧＡＣＧＴＣＴＴＣＡＴＧＧＴＧＣＣＡＣＡＧＴＡＴＧＧＡＴＡＣＣＴＣＡＣＣＣＴＧＡＡＣＡＡＣＧＧＧＡＧＴＣＡＧＧＣＡＧＴＡＧＧＡＣＧＣＴＣＴＴＣＡＴＴＴＴＡＣＴＧＣＣＴＧＧＡＧＴＡＣＴＴＴＣＣＴＴＣＴＣＡＧＡＴＧＣＴＧＣＧＴＡＣＣＧＧＡＡＡＣＡＡＣＴＴＴＡＣＣＴＴＣＡＧＣＴＡＣＡＣＴＴＴＴＧＡＧＧＡＣＧＴＴＣＣＴＴＴＣＣＡＣＡＧＣＡＧＣＴＡＣＧＣＴＣＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＴＣＴＧＧＡＣＣＧＴＣＴＣＡＴＧＡＡＴＣＣＴＣＴＣＡＴＣＧＡＣＣＡＧＴＡＣＣＴＧＴＡＴＴＡＣＴＴＧＡＧＣＡＧＡＡＣＡＡＡＣＡＣＴＣＣＡＡＧＴＧＧＡＡＣＣＡＣＣＡＣＧＣＡＧＴＣＡＡＧＧＣＴＴＣＡＧＴＴＴＴＣＴＣＡＧＧＣＣＧＧＡＧＣＧＡＧＴＧＡＣＡＴＴＣＧＧＧＡＣＣＡＧＴＣＴＡＧＧＡＡＣＴＧＧＣＴＴＣＣＴＧＧＡＣＣＣＴＧＴＴＡＣＣＧＣＣＡＧＣＡＧＣＧＡＧＴＡＴＣＡＡＡＧＡＣＡＴＣＴＧＣＧＧＡＴＡＡＣＡＡＣＡＡＣＡＧＴＧＡＡＴＡＣＴＣＧＴＧＧＡＣＴＧＧＡＧＣＴＡＣＣＡＡＧＴＡＣＣＡＣＣＴＣＡＡＴＧＧＣＡＧＡＧＡＣＴＣＴＣＴＧＧＴＧＡＡＴＣＣＧＧＧＣＣＣＧＧＣＣＡＴＧＧＣＡＡＧＣＣＡＣＡＡＧＧＡＣＧＡＴＧＡＡＧＡＡＡＡＧＴＴＴＴＴＴＣＣＴＣＡＧＡＧＣＧＧＧＧＴＴＣＴＣＡＴＣＴＴＴＧＧＧＡＡＧＣＡＡＧＧＣＴＣＡＧＡＧＡＡＡＡＣＡＡＡＴＧＴＧＧＡＣＡＴＴＧＡＡＡＡＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＡＣＡＧＡＣＧＡＡＧＡＧＧＡＡＡＴＣＡＧＧＡＣＡＡＣＣＡＡＴＣＣＣＧＴＧＧＣＴＡＣＧＧＡＧＣＡＧＴＡＴＧＧＴＴＣＴＧＴＡＴＣＴＡＣＣＡＡＣＣＴＣＣＡＧＡＧＡＧＧＣＡＡＣＡＧＡＣＡＡＧＣＡＧＣＴＡＣＣＧＣＡＧＡＴＧＴＣＡＡＣＡＣＡＣＡＡＧＧＣＧＴＴＣＴＴＣＣＡＧＧＣＡＴＧＧＴＣＴＧＧＣＡＧＧＡＣＡＧＡＧＡＴＧＴＧＴＡＣＣＴＴＣＡＧＧＧＧＣＣＣＡＴＣＴＧＧＧＣＡＡＡＧＡＴＴＣＣＡＣＡＣＡＣＧＧＡＣＧＧＡＣＡＴＴＴＴＣＡＣＣＣＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＡＴＧＧＧＴＧＧＡＴＴＣＧＧＡＣＴＴＡＡＡＣＡＣＣＣＴＣＣＴＣＣＡＣＡＧＡＴＴＣＴＣＡＴＣＡＡＧＡＡＣＡＣＣＣＣＧＧＴＡＣＣＴＧＣＧＡＡＴＣＣＴＴＣＧＡＣＣＡＣＣＴＴＣＡＧＴＧＣＧＧＣＡＡＡＧＴＴＴＧＣＴＴＣＣＴＴＣＡＴＣＡＣＡＣＡＧＴＡＣＴＣＣＡＣＧＧＧＡＣＡＧＧＴＣＡＧＣＧＴＧＧＡＧＡＴＣＧＡＧＴＧＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＡＡＧＧＡＡＡＡＣＡＧＣＡＡＡＣＧＣＴＧＧＡＡＴＣＣＣＧＡＡＡＴＴＣＡＧＴＡＣＡＣＴＴＣＣＡＡＣＴＡＣＡＡＣＡＡＧＴＣＴＧＴＴＡＡＴＧＴＧＧＡＣＴＴＴＡＣＴＧＴＧＧＡＣＡＣＴＡＡＴＧＧＣＧＴＧＴＡＴＴＣＡＧＡＧＣＣＴＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＧＣＡＣＣＡＧＡＴＡＣＣＴＧＡＣＴＣＧＴＡＡＴＣＴＧＴＡＡ （配列番号：６）。

【0116】

野生型ＡＡＶ５、配列番号７（野生型ＡＡＶ５）の例示的な参照配列は、以下の通りである。

【化2】

【0117】

上の配列では、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３に見られる配列には下線が引かれ（例えば、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号７のアミノ酸１９３～７２４に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり）、ＶＰ１及びＶＰ２の両方に見られる配列は太字であり（例えば、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号７のアミノ酸１３７～７２４に対応する配列を含み、例えば、それらからなり）、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、ＶＰ１にのみ見られる（例えば、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号７のアミノ酸１～７２４に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる）。

【0118】

配列番号７をコードする例示的な核酸配列は、配列番号８である。
ＡＴＧＴＣＴＴＴＴＧＴＴＧＡＴＣＡＣＣＣＴＣＣＡＧＡＴＴＧＧＴＴＧＧＡＡＧＡＡＧＴＴＧＧＴＧＡＡＧＧＴＣＴＴＣＧＣＧＡＧＴＴＴＴＴＧＧＧＣＣＴＴＧＡＡＧＣＧＧＧＣＣＣＡＣＣＧＡＡＡＣＣＡＡＡＡＣＣＣＡＡＴＣＡＧＣＡＧＣＡＴＣＡＡＧＡＴＣＡＡＧＣＣＣＧＴＧＧＴＣＴＴＧＴＧＣＴＧＣＣＴＧＧＴＴＡＴＡＡＣＴＡＴＣＴＣＧＧＡＣＣＣＧＧＡＡＡＣＧＧＧＣＴＣＧＡＴＣＧＡＧＧＡＧＡＧＣＣＴＧＴＣＡＡＣＡＧＧＧＣＡＧＡＣＧＡＧＧＴＣＧＣＧＣＧＡＧＡＧＣＡＣＧＡＣＡＴＣＴＣＧＴＡＣＡＡＣＧＡＧＣＡＧＣＴＴＧＡＧＧＣＧＧＧＡＧＡＣＡＡＣＣＣＣＴＡＣＣＴＣＡＡＧＴＡＣＡＡＣＣＡＣＧＣＧＧＡＣＧＣＣＧＡＧＴＴＴＣＡＧＧＡＧＡＡＧＣＴＣＧＣＣＧＡＣＧＡＣＡＣＡＴＣＣＴＴＣＧＧＧＧＧＡＡＡＣＣＴＣＧＧＡＡＡＧＧＣＡＧＴＣＴＴＴＣＡＧＧＣＣＡＡＧＡＡＡＡＧＧＧＴＴＣＴＣＧＡＡＣＣＴＴＴＴＧＧＣＣＴＧＧＴＴＧＡＡＧＡＧＧＧＴＧＣＴＡＡＧＡＣＧＧＣＣＣＣＴＡＣＣＧＧＡＡＡＧＣＧＧＡＴＡＧＡＣＧＡＣＣＡＣＴＴＴＣＣＡＡＡＡＡＧＡＡＡＧＡＡＧＧＣＴＣＧＧＡＣＣＧＡＡＧＡＧＧＡＣＴＣＣＡＡＧＣＣＴＴＣＣＡＣＣＴＣＧＴＣＡＧＡＣＧＣＣＧＡＡＧＣＴＧＧＡＣＣＣＡＧＣＧＧＡＴＣＣＣＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＣＣＣＡＡＣＣＡＧＣＣＴＣＡＡＧＴＴＴＧＧＧＡＧＣＴＧＡＴＡＣＡＡＴＧＴＣＴＧＣＧＧＧＡＧＧＴＧＧＣＧＧＣＣＣＡＴＴＧＧＧＣＧＡＣＡＡＴＡＡＣＣＡＡＧＧＴＧＣＣＧＡＴＧＧＡＧＴＧＧＧＣＡＡＴＧＣＣＴＣＧＧＧＡＧＡＴＴＧＧＣＡＴＴＧＣＧＡＴＴＣＣＡＣＧＴＧＧＡＴＧＧＧＧＧＡＣＡＧＡＧＴＣＧＴＣＡＣＣＡＡＧＴＣＣＡＣＣＣＧＡＡＣＣＴＧＧＧＴＧＣＴＧＣＣＣＡＧＣＴＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＣＣＡＧＴＡＣＣＧＡＧＡＧＡＴＣＡＡＡＡＧＣＧＧＣＴＣＣＧＴＣＧＡＣＧＧＡＡＧＣＡＡＣＧＣＣＡＡＣＧＣＣＴＡＣＴＴＴＧＧＡＴＡＣＡＧＣＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＧＧＴＡＣＴＴＴＧＡＣＴＴＴＡＡＣＣＧＣＴＴＣＣＡＣＡＧＣＣＡＣＴＧＧＡＧＣＣＣＣＣＧＡＧＡＣＴＧＧＣＡＡＡＧＡＣＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡＣＴＡＣＴＧＧＧＧＣＴＴＣＡＧＡＣＣＣＣＧＧＴＣＣＣＴＣＡＧＡＧＴＣＡＡＡＡＴＣＴＴＣＡＡＣＡＴＴＣＡＡＧＴＣＡＡＡＧＡＧＧＴＣＡＣＧＧＴＧＣＡＧＧＡＣＴＣＣＡＣＣＡＣＣＡＣＣＡＴＣＧＣＣＡＡＣＡＡＣＣＴＣＡＣＣＴＣＣＡＣＣＧＴＣＣＡＡＧＴＧＴＴＴＡＣＧＧＡＣＧＡＣＧＡＣＴＡＣＣＡＧＣＴＧＣＣＣＴＡＣＧＴＣＧＴＣＧＧＣＡＡＣＧＧＧＡＣＣＧＡＧＧＧＡＴＧＣＣＴＧＣＣＧＧＣＣＴＴＣＣＣＴＣＣＧＣＡＧＧＴＣＴＴＴＡＣＧＣＴＧＣＣＧＣＡＧＴＡＣＧＧＴＴＡＣＧＣＧＡＣＧＣＴＧＡＡＣＣＧＣＧＡＣＡＡＣＡＣＡＧＡＡＡＡＴＣＣＣＡＣＣＧＡＧＡＧＧＡＧＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＴＧＣＣＴＡＧＡＧＴＡＣＴＴＴＣＣＣＡＧＣＡＡＧＡＴＧＣＴＧＡＧＡＡＣＧＧＧＣＡＡＣＡＡＣＴＴＴＧＡＧＴＴＴＡＣＣＴＡＣＡＡＣＴＴＴＧＡＧＧＡＧＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＡＣＴＣＣＡＧＣＴＴＣＧＣＴＣＣＣＡＧＴＣＡＧＡＡＣＣＴＧＴＴＣＡＡＧＣＴＧＧＣＣＡＡＣＣＣＧＣＴＧＧＴＧＧＡＣＣＡＧＴＡＣＴＴＧＴＡＣＣＧＣＴＴＣＧＴＧＡＧＣＡＣＡＡＡＴＡＡＣＡＣＴＧＧＣＧＧＡＧＴＣＣＡＧＴＴＣＡＡＣＡＡＧＡＡＣＣＴＧＧＣＣＧＧＧＡＧＡＴＡＣＧＣＣＡＡＣＡＣＣＴＡＣＡＡＡＡＡＣＴＧＧＴＴＣＣＣＧＧＧＧＣＣＣＡＴＧＧＧＣＣＧＡＡＣＣＣＡＧＧＧＣＴＧＧＡＡＣＣＴＧＧＧＣＴＣＣＧＧＧＧＴＣＡＡＣＣＧＣＧＣＣＡＧＴＧＴＣＡＧＣＧＣＣＴＴＣＧＣＣＡＣＧＡＣＣＡＡＴＡＧＧＡＴＧＧＡＧＣＴＣＧＡＧＧＧＣＧＣＧＡＧＴＴＡＣＣＡＧＧＴＧＣＣＣＣＣＧＣＡＧＣＣＧＡＡＣＧＧＣＡＴＧＡＣＣＡＡＣＡＡＣＣＴＣＣＡＧＧＧＣＡＧＣＡＡＣＡＣＣＴＡＴＧＣＣＣＴＧＧＡＧＡＡＣＡＣＴＡＴＧＡＴＣＴＴＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＣＣＧＧＣＧＡＡＣＣＣＧＧＧＣＡＣＣＡＣＣＧＣＣＡＣＧＴＡＣＣＴＣＧＡＧＧＧＣＡＡＣＡＴＧＣＴＣＡＴＣＡＣＣＡＧＣＧＡＧＡＧＣＧＡＧＡＣＧＣＡＧＣＣＧＧＴＧＡＡＣＣＧＣＧＴＧＧＣＧＴＡＣＡＡＣＧＴＣＧＧＣＧＧＧＣＡＧＡＴＧＧＣＣＡＣＣＡＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＣＣＡＣＣＡＣＴＧＣＣＣＣＣＧＣＧＡＣＣＧＧＣＡＣＧＴＡＣＡＡＣＣＴＣＣＡＧＧＡＡＡＴＣＧＴＧＣＣＣＧＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＧＡＴＧＧＡＧＡＧＧＧＡＣＧＴＧＴＡＣＣＴＣＣＡＡＧＧＡＣＣＣＡＴＣＴＧＧＧＣＣＡＡＧＡＴＣＣＣＡＧＡＧＡＣＧＧＧＧＧＣＧＣＡＣＴＴＴＣＡＣＣＣＣＴＣＴＣＣＧＧＣＣＡＴＧＧＧＣＧＧＡＴＴＣＧＧＡＣＴＣＡＡＡＣＡＣＣＣＡＣＣＧＣＣＣＡＴＧＡＴＧＣＴＣＡＴＣＡＡＧＡＡＣＡＣＧＣＣＴＧＴＧＣＣＣＧＧＡＡＡＴＡＴＣＡＣＣＡＧＣＴＴＣＴＣＧＧＡＣＧＴＧＣＣＣＧＴＣＡＧＣＡＧＣＴＴＣＡＴＣＡＣＣＣＡＧＴＡＣＡＧＣＡＣＣＧＧＧＣＡＧＧＴＣＡＣＣＧＴＧＧＡＧＡＴＧＧＡＧＴＧＧＧＡＧＣＴＣＡＡＧＡＡＧＧＡＡＡＡＣＴＣＣＡＡＧＡＧＧＴＧＧＡＡＣＣＣＡＧＡＧＡＴＣＣＡＧＴＡＣＡＣＡＡＡＣＡＡＣＴＡＣＡＡＣＧＡＣＣＣＣＣＡＧＴＴＴＧＴＧＧＡＣＴＴＴＧＣＣＣＣＧＧＡＣＡＧＣＡＣＣＧＧＧＧＡＡＴＡＣＡＧＡＡＣＣＡＣＣＡＧＡＣＣＴＡＴＣＧＧＡＡＣＣＣＧＡＴＡＣＣＴＴＡＣＣＣＧＡＣＣＣＣＴＴＴＡＡ（配列番号：８）。

【0119】

野生型ＡＡＶ８、配列番号９（野生型ＡＡＶ８）の例示的な参照配列は、以下の通りである。

【化3】

【0120】

上の配列では、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３に見られる配列には下線が引かれ（例えば、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸２０４～７３８に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり）、ＶＰ１及びＶＰ２の両方に見られる配列は太字であり（例えば、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号９のアミノ酸１３８～７３８に対応する配列を含み、例えば、それらからなり）、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、ＶＰ１にのみ見られる（例えば、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸１～７３８に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる）。

【0121】

配列番号９をコードする例示的な核酸配列は、配列番号１０である。
ＡＴＧＧＣＴＧＣＣＧＡＴＧＧＴＴＡＴＣＴＴＣＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＣＧＡＧＧＡＣＡＡＣＣＴＣＴＣＴＧＡＧＧＧＣＡＴＴＣＧＣＧＡＧＴＧＧＴＧＧＧＣＧＣＴＧＡＡＡＣＣＴＧＧＡＧＣＣＣＣＧＡＡＧＣＣＣＡＡＡＧＣＣＡＡＣＣＡＧＣＡＡＡＡＧＣＡＧＧＡＣＧＡＣＧＧＣＣＧＧＧＧＴＣＴＧＧＴＧＣＴＴＣＣＴＧＧＣＴＡＣＡＡＧＴＡＣＣＴＣＧＧＡＣＣＣＴＴＣＡＡＣＧＧＡＣＴＣＧＡＣＡＡＧＧＧＧＧＡＧＣＣＣＧＴＣＡＡＣＧＣＧＧＣＧＧＡＣＧＣＡＧＣＧＧＣＣＣＴＣＧＡＧＣＡＣＧＡＣＡＡＧＧＣＣＴＡＣＧＡＣＣＡＧＣＡＧＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＧＴＧＡＣＡＡＴＣＣＧＴＡＣＣＴＧＣＧＧＴＡＴＡＡＣＣＡＣＧＣＣＧＡＣＧＣＣＧＡＧＴＴＴＣＡＧＧＡＧＣＧＴＣＴＧＣＡＡＧＡＡＧＡＴＡＣＧＴＣＴＴＴＴＧＧＧＧＧＣＡＡＣＣＴＣＧＧＧＣＧＡＧＣＡＧＴＣＴＴＣＣＡＧＧＣＣＡＡＧＡＡＧＣＧＧＧＴＴＣＴＣＧＡＡＣＣＴＣＴＣＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＧＡＡＧＧＣＧＣＴＡＡＧＡＣＧＧＣＴＣＣＴＧＧＡＡＡＧＡＡＧＡＧＡＣＣＧＧＴＡＧＡＧＣＣＡＴＣＡＣＣＣＣＡＧＣＧＴＴＣＴＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＣＴＡＣＧＧＧＣＡＴＣＧＧＣＡＡＧＡＡＡＧＧＣＣＡＡＣＡＧＣＣＣＧＣＣＡＧＡＡＡＡＡＧＡＣＴＣＡＡＴＴＴＴＧＧＴＣＡＧＡＣＴＧＧＣＧＡＣＴＣＡＧＡＧＴＣＡＧＴＴＣＣＡＧＡＣＣＣＴＣＡＡＣＣＴＣＴＣＧＧＡＧＡＡＣＣＴＣＣＡＧＣＡＧＣＧＣＣＣＴＣＴＧＧＴＧＴＧＧＧＡＣＣＴＡＡＴＡＣＡＡＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＴＧＧＣＧＣＡＣＣＡＡＴＧＧＣＡＧＡＣＡＡＴＡＡＣＧＡＡＧＧＣＧＣＣＧＡＣＧＧＡＧＴＧＧＧＴＡＧＴＴＣＣＴＣＧＧＧＡＡＡＴＴＧＧＣＡＴＴＧＣＧＡＴＴＣＣＡＣＡＴＧＧＣＴＧＧＧＣＧＡＣＡＧＡＧＴＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＣＧＡＡＣＣＴＧＧＧＣＣＣＴＧＣＣＣＡＣＣＴＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＣＣＴＣＴＡＣＡＡＧＣＡＡＡＴＣＴＣＣＡＡＣＧＧＧＡＣＡＴＣＧＧＧＡＧＧＡＧＣＣＡＣＣＡＡＣＧＡＣＡＡＣＡＣＣＴＡＣＴＴＣＧＧＣＴＡＣＡＧＣＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＧＧＴＡＴＴＴＴＧＡＣＴＴＴＡＡＣＡＧＡＴＴＣＣＡＣＴＧＣＣＡＣＴＴＴＴＣＡＣＣＡＣＧＴＧＡＣＴＧＧＣＡＧＣＧＡＣＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＴＧＧＧＧＡＴＴＣＣＧＧＣＣＣＡＡＧＡＧＡＣＴＣＡＧＣＴＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＣＡＡＣＡＴＣＣＡＧＧＴＣＡＡＧＧＡＧＧＴＣＡＣＧＣＡＧＡＡＴＧＡＡＧＧＣＡＣＣＡＡＧＡＣＣＡＴＣＧＣＣＡＡＴＡＡＣＣＴＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＧＴＴＴＡＣＧＧＡＣＴＣＧＧＡＧＴＡＣＣＡＧＣＴＧＣＣＧＴＡＣＧＴＴＣＴＣＧＧＣＴＣＴＧＣＣＣＡＣＣＡＧＧＧＣＴＧＣＣＴＧＣＣＴＣＣＧＴＴＣＣＣＧＧＣＧＧＡＣＧＴＧＴＴＣＡＴＧＡＴＴＣＣＣＣＡＧＴＡＣＧＧＣＴＡＣＣＴＡＡＣＡＣＴＣＡＡＣＡＡＣＧＧＴＡＧＴＣＡＧＧＣＣＧＴＧＧＧＡＣＧＣＴＣＣＴＣＣＴＴＣＴＡＣＴＧＣＣＴＧＧＡＡＴＡＣＴＴＴＣＣＴＴＣＧＣＡＧＡＴＧＣＴＧＡＧＡＡＣＣＧＧＣＡＡＣＡＡＣＴＴＣＣＡＧＴＴＴＡＣＴＴＡＣＡＣＣＴＴＣＧＡＧＧＡＣＧＴＧＣＣＴＴＴＣＣＡＣＡＧＣＡＧＣＴＡＣＧＣＣＣＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＣＴＴＧＧＡＣＣＧＧＣＴＧＡＴＧＡＡＴＣＣＴＣＴＧＡＴＴＧＡＣＣＡＧＴＡＣＣＴＧＴＡＣＴＡＣＴＴＧＴＣＴＣＧＧＡＣＴＣＡＡＡＣＡＡＣＡＧＧＡＧＧＣＡＣＧＧＣＡＡＡＴＡＣＧＣＡＧＡＣＴＣＴＧＧＧＣＴＴＣＡＧＣＣＡＡＧＧＴＧＧＧＣＣＴＡＡＴＡＣＡＡＴＧＧＣＣＡＡＴＣＡＧＧＣＡＡＡＧＡＡＣＴＧＧＣＴＧＣＣＡＧＧＡＣＣＣＴＧＴＴＡＣＣＧＣＣＡＡＣＡＡＣＧＣＧＴＣＴＣＡＡＣＧＡＣＡＡＣＣＧＧＧＣＡＡＡＡＣＡＡＣＡＡＴＡＧＣＡＡＣＴＴＴＧＣＣＴＧＧＡＣＴＧＣＴＧＧＧＡＣＣＡＡＡＴＡＣＣＡＴＣＴＧＡＡＴＧＧＡＡＧＡＡＡＴＴＣＡＴＴＧＧＣＴＡＡＴＣＣＴＧＧＣＡＴＣＧＣＴＡＴＧＧＣＡＡＣＡＣＡＣＡＡＡＧＡＣＧＡＣＧＡＧＧＡＧＣＧＴＴＴＴＴＴＴＣＣＣＡＧＴＡＡＣＧＧＧＡＴＣＣＴＧＡＴＴＴＴＴＧＧＣＡＡＡＣＡＡＡＡＴＧＣＴＧＣＣＡＧＡＧＡＣＡＡＴＧＣＧＧＡＴＴＡＣＡＧＣＧＡＴＧＴＣＡＴＧＣＴＣＡＣＣＡＧＣＧＡＧＧＡＡＧＡＡＡＴＣＡＡＡＡＣＣＡＣＴＡＡＣＣＣＴＧＴＧＧＣＴＡＣＡＧＡＧＧＡＡＴＡＣＧＧＴＡＴＣＧＴＧＧＣＡＧＡＴＡＡＣＴＴＧＣＡＧＣＡＧＣＡＡＡＡＣＡＣＧＧＣＴＣＣＴＣＡＡＡＴＴＧＧＡＡＣＴＧＴＣＡＡＣＡＧＣＣＡＧＧＧＧＧＣＣＴＴＡＣＣＣＧＧＴＡＴＧＧＴＣＴＧＧＣＡＧＡＡＣＣＧＧＧＡＣＧＴＧＴＡＣＣＴＧＣＡＧＧＧＴＣＣＣＡＴＣＴＧＧＧＣＣＡＡＧＡＴＴＣＣＴＣＡＣＡＣＧＧＡＣＧＧＣＡＡＣＴＴＣＣＡＣＣＣＧＴＣＴＣＣＧＣＴＧＡＴＧＧＧＣＧＧＣＴＴＴＧＧＣＣＴＧＡＡＡＣＡＴＣＣＴＣＣＧＣＣＴＣＡＧＡＴＣＣＴＧＡＴＣＡＡＧＡＡＣＡＣＧＣＣＴＧＴＡＣＣＴＧＣＧＧＡＴＣＣＴＣＣＧＡＣＣＡＣＣＴＴＣＡＡＣＣＡＧＴＣＡＡＡＧＣＴＧＡＡＣＴＣＴＴＴＣＡＴＣＡＣＧＣＡＡＴＡＣＡＧＣＡＣＣＧＧＡＣＡＧＧＴＣＡＧＣＧＴＧＧＡＡＡＴＴＧＡＡＴＧＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＡＡＧＧＡＡＡＡＣＡＧＣＡＡＧＣＧＣＴＧＧＡＡＣＣＣＣＧＡＧＡＴＣＣＡＧＴＡＣＡＣＣＴＣＣＡＡＣＴＡＣＴＡＣＡＡＡＴＣＴＡＣＡＡＧＴＧＴＧＧＡＣＴＴＴＧＣＴＧＴＴＡＡＴＡＣＡＧＡＡＧＧＣＧＴＧＴＡＣＴＣＴＧＡＡＣＣＣＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＧＣＡＣＣＣＧＴＴＡＣＣＴＣＡＣＣＣＧＴＡＡＴＣＴＧＴＡＡ（配列番号：１０）。

【0122】

野生型ＡＡＶ９、配列番号１１（野生型ＡＡＶ９）の例示的な参照配列は、以下の通りである。

【化4】

【0123】

上の配列では、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３に見られる配列には下線が引かれ（例えば、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号１１のアミノ酸２０３～７３６に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり）、ＶＰ１及びＶＰ２の両方に見られる配列は太字であり（例えば、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号１１のアミノ酸１３８～７３６に対応する配列を含み、例えば、それらからなり）、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、ＶＰ１にのみ見られる（例えば、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１１のアミノ酸１～７３６に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる）。

【0124】

配列番号１１をコードする例示的な核酸配列は、配列番号１２である。
ＡＴＧＧＣＴＧＣＣＧＡＴＧＧＴＴＡＴＣＴＴＣＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＣＧＡＧＧＡＣＡＡＣＣＴＴＡＧＴＧＡＡＧＧＴＡＴＴＣＧＣＧＡＧＴＧＧＴＧＧＧＣＴＴＴＧＡＡＡＣＣＴＧＧＡＧＣＣＣＣＴＣＡＡＣＣＣＡＡＧＧＣＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＴＣＡＡＧＡＣＡＡＣＧＣＴＣＧＡＧＧＴＣＴＴＧＴＧＣＴＴＣＣＧＧＧＴＴＡＣＡＡＡＴＡＣＣＴＴＧＧＡＣＣＣＧＧＣＡＡＣＧＧＡＣＴＣＧＡＣＡＡＧＧＧＧＧＡＧＣＣＧＧＴＣＡＡＣＧＣＡＧＣＡＧＡＣＧＣＧＧＣＧＧＣＣＣＴＣＧＡＧＣＡＣＧＡＣＡＡＧＧＣＣＴＡＣＧＡＣＣＡＧＣＡＧＣＴＣＡＡＧＧＣＣＧＧＡＧＡＣＡＡＣＣＣＧＴＡＣＣＴＣＡＡＧＴＡＣＡＡＣＣＡＣＧＣＣＧＡＣＧＣＣＧＡＧＴＴＣＣＡＧＧＡＧＣＧＧＣＴＣＡＡＡＧＡＡＧＡＴＡＣＧＴＣＴＴＴＴＧＧＧＧＧＣＡＡＣＣＴＣＧＧＧＣＧＡＧＣＡＧＴＣＴＴＣＣＡＧＧＣＣＡＡＡＡＡＧＡＧＧＣＴＴＣＴＴＧＡＡＣＣＴＣＴＴＧＧＴＣＴＧＧＴＴＧＡＧＧＡＡＧＣＧＧＣＴＡＡＧＡＣＧＧＣＴＣＣＴＧＧＡＡＡＧＡＡＧＡＧＧＣＣＴＧＴＡＧＡＧＣＡＧＴＣＴＣＣＴＣＡＧＧＡＡＣＣＧＧＡＣＴＣＣＴＣＣＧＣＧＧＧＴＡＴＴＧＧＣＡＡＡＴＣＧＧＧＴＧＣＡＣＡＧＣＣＣＧＣＴＡＡＡＡＡＧＡＧＡＣＴＣＡＡＴＴＴＣＧＧＴＣＡＧＡＣＴＧＧＣＧＡＣＡＣＡＧＡＧＴＣＡＧＴＣＣＣＡＧＡＣＣＣＴＣＡＡＣＣＡＡＴＣＧＧＡＧＡＡＣＣＴＣＣＣＧＣＡＧＣＣＣＣＣＴＣＡＧＧＴＧＴＧＧＧＡＴＣＴＣＴＴＡＣＡＡＴＧＧＣＴＴＣＡＧＧＴＧＧＴＧＧＣＧＣＡＣＣＡＧＴＧＧＣＡＧＡＣＡＡＴＡＡＣＧＡＡＧＧＴＧＣＣＧＡＴＧＧＡＧＴＧＧＧＴＡＧＴＴＣＣＴＣＧＧＧＡＡＡＴＴＧＧＣＡＴＴＧＣＧＡＴＴＣＣＣＡＡＴＧＧＣＴＧＧＧＧＧＡＣＡＧＡＧＴＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＣＧＡＡＣＣＴＧＧＧＣＣＣＴＧＣＣＣＡＣＣＴＡＣＡＡＣＡＡＴＣＡＣＣＴＣＴＡＣＡＡＧＣＡＡＡＴＣＴＣＣＡＡＣＡＧＣＡＣＡＴＣＴＧＧＡＧＧＡＴＣＴＴＣＡＡＡＴＧＡＣＡＡＣＧＣＣＴＡＣＴＴＣＧＧＣＴＡＣＡＧＣＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＧＧＴＡＴＴＴＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＡＧＡＴＴＣＣＡＣＴＧＣＣＡＣＴＴＣＴＣＡＣＣＡＣＧＴＧＡＣＴＧＧＣＡＧＣＧＡＣＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＴＧＧＧＧＡＴＴＣＣＧＧＣＣＴＡＡＧＣＧＡＣＴＣＡＡＣＴＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＣＡＡＣＡＴＴＣＡＧＧＴＣＡＡＡＧＡＧＧＴＴＡＣＧＧＡＣＡＡＣＡＡＴＧＧＡＧＴＣＡＡＧＡＣＣＡＴＣＧＣＣＡＡＴＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＣＡＣＧＧＴＣＣＡＧＧＴＣＴＴＣＡＣＧＧＡＣＴＣＡＧＡＣＴＡＴＣＡＧＣＴＣＣＣＧＴＡＣＧＴＧＣＴＣＧＧＧＴＣＧＧＣＴＣＡＣＧＡＧＧＧＣＴＧＣＣＴＣＣＣＧＣＣＧＴＴＣＣＣＡＧＣＧＧＡＣＧＴＴＴＴＣＡＴＧＡＴＴＣＣＴＣＡＧＴＡＣＧＧＧＴＡＴＣＴＧＡＣＧＣＴＴＡＡＴＧＡＴＧＧＡＡＧＣＣＡＧＧＣＣＧＴＧＧＧＴＣＧＴＴＣＧＴＣＣＴＴＴＴＡＣＴＧＣＣＴＧＧＡＡＴＡＴＴＴＣＣＣＧＴＣＧＣＡＡＡＴＧＣＴＡＡＧＡＡＣＧＧＧＴＡＡＣＡＡＣＴＴＣＣＡＧＴＴＣＡＧＣＴＡＣＧＡＧＴＴＴＧＡＧＡＡＣＧＴＡＣＣＴＴＴＣＣＡＴＡＧＣＡＧＣＴＡＣＧＣＴＣＡＣＡＧＣＣＡＡＡＧＣＣＴＧＧＡＣＣＧＡＣＴＡＡＴＧＡＡＴＣＣＡＣＴＣＡＴＣＧＡＣＣＡＡＴＡＣＴＴＧＴＡＣＴＡＴＣＴＣＴＣＡＡＡＧＡＣＴＡＴＴＡＡＣＧＧＴＴＣＴＧＧＡＣＡＧＡＡＴＣＡＡＣＡＡＡＣＧＣＴＡＡＡＡＴＴＣＡＧＴＧＴＧＧＣＣＧＧＡＣＣＣＡＧＣＡＡＣＡＴＧＧＣＴＧＴＣＣＡＧＧＧＡＡＧＡＡＡＣＴＡＣＡＴＡＣＣＴＧＧＡＣＣＣＡＧＣＴＡＣＣＧＡＣＡＡＣＡＡＣＧＴＧＴＣＴＣＡＡＣＣＡＣＴＧＴＧＡＣＴＣＡＡＡＡＣＡＡＣＡＡＣＡＧＣＧＡＡＴＴＴＧＣＴＴＧＧＣＣＴＧＧＡＧＣＴＴＣＴＴＣＴＴＧＧＧＣＴＣＴＣＡＡＴＧＧＡＣＧＴＡＡＴＡＧＣＴＴＧＡＴＧＡＡＴＣＣＴＧＧＡＣＣＴＧＣＴＡＴＧＧＣＣＡＧＣＣＡＣＡＡＡＧＡＡＧＧＡＧＡＧＧＡＣＣＧＴＴＴＣＴＴＴＣＣＴＴＴＧＴＣＴＧＧＡＴＣＴＴＴＡＡＴＴＴＴＴＧＧＣＡＡＡＣＡＡＧＧＡＡＣＴＧＧＡＡＧＡＧＡＣＡＡＣＧＴＧＧＡＴＧＣＧＧＡＣＡＡＡＧＴＣＡＴＧＡＴＡＡＣＣＡＡＣＧＡＡＧＡＡＧＡＡＡＴＴＡＡＡＡＣＴＡＣＴＡＡＣＣＣＧＧＴＡＧＣＡＡＣＧＧＡＧＴＣＣＴＡＴＧＧＡＣＡＡＧＴＧＧＣＣＡＣＡＡＡＣＣＡＣＣＡＧＡＧＴＧＣＣＣＡＡＧＣＡＣＡＧＧＣＧＣＡＧＡＣＣＧＧＣＴＧＧＧＴＴＣＡＡＡＡＣＣＡＡＧＧＡＡＴＡＣＴＴＣＣＧＧＧＴＡＴＧＧＴＴＴＧＧＣＡＧＧＡＣＡＧＡＧＡＴＧＴＧＴＡＣＣＴＧＣＡＡＧＧＡＣＣＣＡＴＴＴＧＧＧＣＣＡＡＡＡＴＴＣＣＴＣＡＣＡＣＧＧＡＣＧＧＣＡＡＣＴＴＴＣＡＣＣＣＴＴＣＴＣＣＧＣＴＧＡＴＧＧＧＡＧＧＧＴＴＴＧＧＡＡＴＧＡＡＧＣＡＣＣＣＧＣＣＴＣＣＴＣＡＧＡＴＣＣＴＣＡＴＣＡＡＡＡＡＣＡＣＡＣＣＴＧＴＡＣＣＴＧＣＧＧＡＴＣＣＴＣＣＡＡＣＧＧＣＣＴＴＣＡＡＣＡＡＧＧＡＣＡＡＧＣＴＧＡＡＣＴＣＴＴＴＣＡＴＣＡＣＣＣＡＧＴＡＴＴＣＴＡＣＴＧＧＣＣＡＡＧＴＣＡＧＣＧＴＧＧＡＧＡＴＣＧＡＧＴＧＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＡＡＧＧＡＡＡＡＣＡＧＣＡＡＧＣＧＣＴＧＧＡＡＣＣＣＧＧＡＧＡＴＣＣＡＧＴＡＣＡＣＴＴＣＣＡＡＣＴＡＴＴＡＣＡＡＧＴＣＴＡＡＴＡＡＴＧＴＴＧＡＡＴＴＴＧＣＴＧＴＴＡＡＴＡＣＴＧＡＡＧＧＴＧＴＡＴＡＴＡＧＴＧＡＡＣＣＣＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＧＣＡＣＣＡＧＡＴＡＣＣＴＧＡＣＴＣＧＴＡＡＴＣＴＧＴＡＡ（配列番号：１２）。

【0125】

野生型ＡＡＶｒｈ７４、配列番号１３（野生型ＡＡＶｒｈ７４）の例示的な参照配列は、以下の通りである。

【化5】

【0126】

配列番号１４の代替の例示的な参照配列（代替の野生型ＡＡＶｒｈ７４）は、以下の通りである。

【化6】

【0127】

上の配列（配列番号１３又は配列番号１４）では、ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３に見られる配列には下線が引かれ（例えば、ＶＰ３カプシドポリペプチドは、配列番号１３のアミノ酸２０４～７３８に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなり）、ＶＰ１及びＶＰ２の両方に見られる配列は太字であり（例えば、ＶＰ２カプシドポリペプチドは、例えば、配列番号１３のアミノ酸１３８～７３８に対応する配列を含み、例えば、それらからなり）、下線が引かれていないか、又は太字でない配列は、ＶＰ１にのみ見られる（例えば、ＶＰ１カプシドポリペプチドは、配列番号１３のアミノ酸１～７３８に対応するアミノ酸を含み、例えば、それらからなる）。

【0128】

配列番号１３をコードする例示的な核酸配列は、配列番号１５である。
ＡＴＧＧＣＴＧＣＣＧＡＴＧＧＴＴＡＴＣＴＴＣＣＡＧＡＴＴＧＧＣＴＣＧＡＧＧＡＣＡＡＣＣＴＣＴＣＴＧＡＧＧＧＣＡＴＴＣＧＣＧＡＧＴＧＧＴＧＧＧＡＣＣＴＧＡＡＡＣＣＴＧＧＡＧＣＣＣＣＧＡＡＡＣＣＣＡＡＡＧＣＣＡＡＣＣＡＧＣＡＡＡＡＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＧＧＣＣＧＧＧＧＴＣＴＧＧＴＧＣＴＴＣＣＴＧＧＣＴＡＣＡＡＧＴＡＣＣＴＣＧＧＡＣＣＣＴＴＣＡＡＣＧＧＡＣＴＣＧＡＣＡＡＧＧＧＧＧＡＧＣＣＣＧＴＣＡＡＣＧＣＧＧＣＧＧＡＣＧＣＡＧＣＧＧＣＣＣＴＣＧＡＧＣＡＣＧＡＣＡＡＧＧＣＣＴＡＣＧＡＣＣＡＧＣＡＧＣＴＣＣＡＡＧＣＧＧＧＴＧＡＣＡＡＴＣＣＧＴＡＣＣＴＧＣＧＧＴＡＴＡＡＴＣＡＣＧＣＣＧＡＣＧＣＣＧＡＧＴＴＴＣＡＧＧＡＧＣＧＴＣＴＧＣＡＡＧＡＡＧＡＴＡＣＧＴＣＴＴＴＴＧＧＧＧＧＣＡＡＣＣＴＣＧＧＧＣＧＣＧＣＡＧＴＣＴＴＣＣＡＧＧＣＣＡＡＡＡＡＧＣＧＧＧＴＴＣＴＣＧＡＡＣＣＴＣＴＧＧＧＣＣＴＧＧＴＴＧＡＡＴＣＧＣＣＧＧＴＴＡＡＧＡＣＧＧＣＴＣＣＴＧＧＡＡＡＧＡＡＧＡＧＧＣＣＧＧＴＡＧＡＧＣＣＡＴＣＡＣＣＣＣＡＧＣＧＣＴＣＴＣＣＡＧＡＣＴＣＣＴＣＴＡＣＧＧＧＣＡＴＣＧＧＣＡＡＧＡＡＡＧＧＣＣＡＧＣＡＧＣＣＣＧＣＡＡＡＡＡＡＧＡＧＡＣＴＣＡＡＴＴＴＴＧＧＧＣＡＧＡＣＴＧＧＣＧＡＣＴＣＡＧＡＧＴＣＡＧＴＣＣＣＣＧＡＣＣＣＴＣＡＡＣＣＡＡＴＣＧＧＡＧＡＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＧＧＣＣＣＣＴＣＴＧＧＴＣＴＧＧＧＡＴＣＴＧＧＴＡＣＡＡＴＧＧＣＴＧＣＡＧＧＣＧＧＴＧＧＣＧＣＴＣＣＡＡＴＧＧＣＡＧＡＣＡＡＴＡＡＣＧＡＡＧＧＣＧＣＣＧＡＣＧＧＡＧＴＧＧＧＴＡＧＴＴＣＣＴＣＡＧＧＡＡＡＴＴＧＧＣＡＴＴＧＣＧＡＴＴＣＣＡＣＡＴＧＧＣＴＧＧＧＣＧＡＣＡＧＡＧＴＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＡＧＣＡＣＣＣＧＣＡＣＣＴＧＧＧＣＣＣＴＧＣＣＣＡＣＣＴＡＣＡＡＣＡＡＣＣＡＣＣＴＣＴＡＣＡＡＧＣＡＡＡＴＣＴＣＣＡＡＣＧＧＧＡＣＣＴＣＧＧＧＡＧＧＡＡＧＣＡＣＣＡＡＣＧＡＣＡＡＣＡＣＣＴＡＣＴＴＣＧＧＣＴＡＣＡＧＣＡＣＣＣＣＣＴＧＧＧＧＧＴＡＴＴＴＴＧＡＣＴＴＣＡＡＣＡＧＡＴＴＣＣＡＣＴＧＣＣＡＣＴＴＴＴＣＡＣＣＡＣＧＴＧＡＣＴＧＧＣＡＧＣＧＡＣＴＣＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＴＧＧＧＧＡＴＴＣＣＧＧＣＣＣＡＡＧＡＧＧＣＴＣＡＡＣＴＴＣＡＡＧＣＴＣＴＴＣＡＡＣＡＴＣＣＡＡＧＴＣＡＡＧＧＡＧＧＴＣＡＣＧＣＡＧＡＡＴＧＡＡＧＧＣＡＣＣＡＡＧＡＣＣＡＴＣＧＣＣＡＡＴＡＡＣＣＴＴＡＣＣＡＧＣＡＣＧＡＴＴＣＡＧＧＴＣＴＴＴＡＣＧＧＡＣＴＣＧＧＡＡＴＡＣＣＡＧＣＴＣＣＣＧＴＡＣＧＴＧＣＴＣＧＧＣＴＣＧＧＣＧＣＡＣＣＡＧＧＧＣＴＧＣＣＴＧＣＣＴＣＣＧＴＴＣＣＣＧＧＣＧＧＡＣＧＴＣＴＴＣＡＴＧＡＴＴＣＣＴＣＡＧＴＡＣＧＧＧＴＡＣＣＴＧＡＣＴＣＴＧＡＡＣＡＡＴＧＧＣＡＧＴＣＡＧＧＣＴＧＴＧＧＧＣＣＧＧＴＣＧＴＣＣＴＴＣＴＡＣＴＧＣＣＴＧＧＡＧＴＡＣＴＴＴＣＣＴＴＣＴＣＡＡＡＴＧＣＴＧＡＧＡＡＣＧＧＧＣＡＡＣＡＡＣＴＴＴＧＡＡＴＴＣＡＧＣＴＡＣＡＡＣＴＴＣＧＡＧＧＡＣＧＴＧＣＣＣＴＴＣＣＡＣＡＧＣＡＧＣＴＡＣＧＣＧＣＡＣＡＧＣＣＡＧＡＧＣＣＴＧＧＡＣＣＧＧＣＴＧＡＴＧＡＡＣＣＣＴＣＴＣＡＴＣＧＡＣＣＡＧＴＡＣＴＴＧＴＡＣＴＡＣＣＴＧＴＣＣＣＧＧＡＣＴＣＡＡＡＧＣＡＣＧＧＧＣＧＧＴＡＣＴＧＣＡＧＧＡＡＣＴＣＡＧＣＡＧＴＴＧＣＴＡＴＴＴＴＣＴＣＡＧＧＣＣＧＧＧＣＣＴＡＡＣＡＡＣＡＴＧＴＣＧＧＣＴＣＡＧＧＣＣＡＡＧＡＡＣＴＧＧＣＴＡＣＣＣＧＧＴＣＣＣＴＧＣＴＡＣＣＧＧＣＡＧＣＡＡＣＧＴＧＴＣＴＣＣＡＣＧＡＣＡＣＴＧＴＣＧＣＡＧＡＡＣＡＡＣＡＡＣＡＧＣＡＡＣＴＴＴＧＣＣＴＧＧＡＣＧＧＧＴＧＣＣＡＣＣＡＡＧＴＡＴＣＡＴＣＴＧＡＡＴＧＧＣＡＧＡＧＡＣＴＣＴＣＴＧＧＴＧＡＡＴＣＣＴＧＧＣＧＴＴＧＣＣＡＴＧＧＣＴＡＣＣＣＡＣＡＡＧＧＡＣＧＡＣＧＡＡＧＡＧＣＧＡＴＴＴＴＴＴＣＣＡＴＣＣＡＧＣＧＧＡＧＴＣＴＴＡＡＴＧＴＴＴＧＧＧＡＡＡＣＡＧＧＧＡＧＣＴＧＧＡＡＡＡＧＡＣＡＡＣＧＴＧＧＡＣＴＡＴＡＧＣＡＧＣＧＴＧＡＴＧＣＴＡＡＣＣＡＧＣＧＡＧＧＡＡＧＡＡＡＴＡＡＡＧＡＣＣＡＣＣＡＡＣＣＣＡＧＴＧＧＣＣＡＣＡＧＡＡＣＡＧＴＡＣＧＧＣＧＴＧＧＴＧＧＣＣＧＡＴＡＡＣＣＴＧＣＡＡＣＡＧＣＡＡＡＡＣＧＣＣＧＣＴＣＣＴＡＴＴＧＴＡＧＧＧＧＣＣＧＴＣＡＡＴＡＧＴＣＡＡＧＧＡＧＣＣＴＴＡＣＣＴＧＧＣＡＴＧＧＴＧＴＧＧＣＡＧＡＡＣＣＧＧＧＡＣＧＴＧＴＡＣＣＴＧＣＡＧＧＧＴＣＣＣＡＴＣＴＧＧＧＣＣＡＡＧＡＴＴＣＣＴＣＡＴＡＣＧＧＡＣＧＧＣＡＡＣＴＴＴＣＡＴＣＣＣＴＣＧＣＣＧＣＴＧＡＴＧＧＧＡＧＧＣＴＴＴＧＧＡＣＴＧＡＡＧＣＡＴＣＣＧＣＣＴＣＣＴＣＡＧＡＴＣＣＴＧＡＴＴＡＡＡＡＡＣＡＣＡＣＣＴＧＴＴＣＣＣＧＣＧＧＡＴＣＣＴＣＣＧＡＣＣＡＣＣＴＴＣＡＡＴＣＡＧＧＣＣＡＡＧＣＴＧＧＣＴＴＣＴＴＴＣＡＴＣＡＣＧＣＡＧＴＡＣＡＧＴＡＣＣＧＧＣＣＡＧＧＴＣＡＧＣＧＴＧＧＡＧＡＴＣＧＡＧＴＧＧＧＡＧＣＴＧＣＡＧＡＡＧＧＡＧＡＡＣＡＧＣＡＡＡＣＧＣＴＧＧＡＡＣＣＣＡＧＡＧＡＴＴＣＡＧＴＡＣＡＣＴＴＣＣＡＡＣＴＡＣＴＡＣＡＡＡＴＣＴＡＣＡＡＡＴＧＴＧＧＡＣＴＴＴＧＣＴＧＴＣＡＡＴＡＣＴＧＡＧＧＧＴＡＣＴＴＡＴＴＣＣＧＡＧＣＣＴＣＧＣＣＣＣＡＴＴＧＧＣＡＣＣＣＧＴＴＡＣＣＴＣＡＣＣＣＧＴＡＡＴＣＴＧＴＡＡ（配列番号：１５）。

【0129】

本開示は、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子によってコードされる構造カプシドタンパク質（ＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３を含む）を指す。これらのカプシドタンパク質は、ＡＡＶなどのウイルスベクターの外側タンパク質構造シェル（すなわち、カプシド）を形成する。Ｃａｐポリヌクレオチドから合成されたＶＰカプシドタンパク質は、一般に、ペプチド配列中の第１のアミノ酸としてメチオニン（Ｍｅｔ１）を含み、これが、対応するＣａｐヌクレオチド配列中の開始コドン（ＡＵＧ又はＡＴＧ）と会合する。しかしながら、第１のメチオニン（Ｍｅｔ１）残基、又は一般に任意の第１のアミノ酸（ＡＡ１）が、Ｍｅｔ－アミノペプチダーゼなどのタンパク質処理酵素によるポリペプチド合成の間又はその最中に切断されることが一般的である。この「Ｍｅｔ／ＡＡ－クリッピング」プロセスは、多くの場合、ポリペプチド配列中の第２のアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、セリン、トレオニンなど）の対応するアセチル化と相関する。Ｍｅｔ－クリッピングは、一般に、ＶＰ１及びＶＰ３カプシドタンパク質で生じるが、ＶＰ２カプシドタンパク質でも生じ得る。Ｍｅｔ／ＡＡ－クリッピングが不完全である場合、ウイルスカプシドを含む１つ以上（１つ、２つ、又は３つ）のＶＰカプシドタンパク質の混合物を生成することができ、そのうちのいくつかが、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸（Ｍｅｔ＋／ＡＡ＋）を含み、そのうちのいくつかが、Ｍｅｔ／ＡＡ－クリッピング（Ｍｅｔ－／ＡＡ－）の結果として、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を欠いている。カプシドタンパク質におけるＭｅｔ／ＡＡ－クリッピングに関する更なる考察については、Ｊｉｎ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉｒｅｃｔ Ｌｉｑｕｉｄ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ／Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ Ａｄｅｎｏ－Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｖｉｒｕｓ Ｃａｐｓｉｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１７ Ｏｃｔ．２８（５）：２５５－２６７、Ｈｗａｎｇ，ｅｔ ａｌ．Ｎ－Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ａｃｅｔｙｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｃｒｅａｔｅｓ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ Ｓｉｇｎａｌｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１０ Ｆｅｂｒｕａｒｙ １９．３２７（５９６８）：９７３－９７７を参照されたい（それらの内容は、各々がその全体が参照により本明細書に組み込まれる）。本開示によれば、カプシドポリペプチドへの言及は、クリッピングされた（Ｍｅｔ－／ＡＡ－）又はクリッピングされていない（Ｍｅｔ＋／ＡＡ＋＋）のいずれかに限定されず、文脈において、独立したカプシドポリペプチド、カプシドタンパク質の混合物から構成されるウイルスカプシド、及び／又は本開示のカプシドポリペプチドをコードするか、記述するか、生成するか、又はもたらすポリヌクレオチド配列（又はその断片）も指す。「カプシドポリペプチド」（ＶＰ１、ＶＰ２、又はＶＰ３など）への直接的な言及は、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸（Ｍｅｔ＋／ＡＡ＋）、及びＭｅｔ／ＡＡクリッピングの結果としてＭｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を欠く（Ｍｅｔ－／ＡＡ－）対応するＶＰカプシドポリペプチドを含む、ＶＰカプシドタンパク質も含む。更に、本開示によれば、それぞれ、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を含む（Ｍｅｔ＋／ＡＡ＋）１つ以上のカプシドポリペプチドを含むか、又はコードする特定の配列番号（タンパク質であるか、又は核酸であるかによらず）への言及は、配列のレビュー時に、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を欠くＶＰカプシドポリペプチドを教示することが理解されるべきであり、第１の列挙されたアミノ酸（Ｍｅｔ１／ＡＡ１であるか否かにかかわらず）を単に欠く任意の配列は、容易に明らかである。非限定的な例として、長さが７３６アミノ酸であり、ＡＵＧ／ＡＴＧ開始コドンによってコードされる「Ｍｅｔ１」アミノ酸を含む（Ｍｅｔ＋）ＶＰ１ポリペプチド配列への言及は、長さが７３５アミノ酸であり、７３６アミノ酸Ｍｅｔ＋配列の「Ｍｅｔ１」アミノ酸を含まない（Ｍｅｔ－）ＶＰ１ポリペプチド配列も教示すると理解される。第２の非限定的な例として、長さが７３６アミノ酸であり、任意のＮＮＮイニシエーターコドンによってコードされる「ＡＡ１」アミノ酸を含む（ＡＡ１＋）ＶＰ１ポリペプチド配列への言及は、長さが７３５アミノ酸であり、７３６アミノ酸ＡＡ１＋配列の「ＡＡ１」アミノ酸を含まない（ＡＡ１－）ＶＰ１ポリペプチド配列も教示すると理解され得る。ＶＰカプシドタンパク質から形成されるウイルスカプシドへの言及（例えば、特定のＡＡＶカプシド血清型への言及）は、Ｍｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を含む（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋）ＶＰカプシドタンパク質、Ｍｅｔ／ＡＡ１クリッピングの結果としてＭｅｔ１／ＡＡ１アミノ酸を欠く（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）対応するＶＰカプシド、及びそれらの組み合わせ（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋及びＭｅｔ－／ＡＡ１－）を組み込むことができる。非限定的な例として、ＡＡＶカプシド血清型は、ＶＰ１（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋）、ＶＰ１（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）、又はＶＰ１（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋）及びＶＰ１（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）の組み合わせを含んでいてもよい。ＡＡＶカプシド血清型はまた、ＶＰ３（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋）、ＶＰ３（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）、又はＶＰ３（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１＋）及びＶＰ３（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）の組み合わせを含んでいてもよく、同様の任意選択的なＶＰ２（Ｍｅｔ＋／ＡＡ１）及びＶＰ２（Ｍｅｔ－／ＡＡ１－）の組み合わせも含んでいてもよい。

【0130】

いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、上述のこれらのいずれかに対して５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。

【0131】

いくつかの実施形態では、参照ＡＡＶカプシド配列は、上述のこれらのいずれかに対して５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされる。特定の実施形態では、参照配列は、ＡＡＶカプシド配列ではなく、代わりに、異なるベクター（例えば、レンチウイルス、プラスミドなど）である。

【0132】

いくつかの実施形態では、本開示の核酸（例えば、本明細書に記載のバリアントカプシドタンパク質をコードする）は、核酸（例えば、当該核酸を含むプラスミドベクター）でトランスフェクトされた、又は当該核酸を含むウイルスに感染した細胞において転写、翻訳、及び／又は発現を可能にするような方式で核酸分子に作動可能に連結される従来の制御要素又は配列を含む。本明細書で使用される場合、「作動可能に連結される」配列には、目的の遺伝子と連続する発現制御配列、及び目的の遺伝子を制御するためにトランスで、又は所定の距離で作用する発現制御配列の両方が含まれる。

【0133】

発現制御配列は、スプライシング及びポリアデニル化（ポリＡ）シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；適切な転写開始配列、終結配列、プロモーター配列及びエンハンサー配列；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；タンパク質安定性を増強する配列；翻訳効率を増強する配列（例えば、コザックコンセンサス配列）；並びにいくつかの実施形態では、コードされた導入遺伝子産物の分泌を増強する配列を含む。天然の、構成的、誘導性、及び／又は組織特異的プロモーターを含む、発現制御配列は、当該技術分野で既知であり、本明細書に開示する組成物及び方法とともに利用することができる。

【0134】

いくつかの実施形態では、導入遺伝子の天然プロモーターを使用してもよい。理論に束縛されることを望むものではないが、天然プロモーターは、導入遺伝子の天然発現を模倣してもよく、時間的、発達的、若しくは組織特異的な発現、又は特異的な転写刺激に応答した発現を提供してもよい。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、例えば、天然の発現を模倣するために、エンハンサー要素、ポリアデニル化部位、又はコザックコンセンサス配列などの他の天然の発現制御要素に作動可能に連結し得る。

【0135】

いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、組織特異的プロモーター、例えば、１つ以上の肝臓細胞型において特異的に活性なプロモーターに作動可能に連結されている。

【0136】

いくつかの実施形態では、導入遺伝子を担持するベクター（例えば、プラスミド）はまた、選択可能なマーカー又はレポーター遺伝子を含み得る。そのような選択可能なレポーター又はマーカー遺伝子を使用して、細菌細胞中のベクター、例えばプラスミドの存在をシグナル伝達することができる。ベクターの他の成分、例えば、プラスミドは、複製起点を含み得る。これら及び他のプロモーター並びにベクター要素の選択は、従来から行われており、多くのそのような配列が利用可能である（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ及びその中に引用されている参考文献を参照のこと）。

【0137】

いくつかの実施形態では、ウイルス粒子中に存在するカプシドポリペプチドは、野生型カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するウイルス粒子と比較して、肝臓形質導入を増加させる。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子中に存在するカプシドポリペプチドは、野生型カプシドポリペプチド（配列番号１）を有するウイルス粒子と比較して、ウイルス粒子の肝臓生体内分布よりも、例えば、少なくとも２倍大きな程度まで肝臓形質導入を増加させる。

【0138】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、単離又は精製されたポリペプチドである（例えば、細胞、他の生物学的成分、又は汚染物質から単離又は精製された）。いくつかの実施形態では、バリアントポリペプチドは、例えば、本明細書に記載される、ディペンドパルボウイルス粒子内に存在する。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、例えば、本明細書に記載される、細胞、無細胞系、又は翻訳系内に存在する。

【0139】

いくつかの実施形態では、カプシドポリペプチドは、ディペンドパルボウイルスＢ（例えば、ＡＡＶ２）粒子中に存在する。いくつかの実施形態では、カプシド粒子は、増加した肝臓形質導入を有する。

【0140】

いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に提供されるアミノ酸配列（例えば、配列番号２～３）に対して少なくとも８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００％の同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドは、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドのアミノ酸配列とは３０個以下、２９個以下、２８個以下、２７個以下、２６個以下、２５個以下、２４個以下、２３個以下、２２個以下、２１個以下、２０個以下、１９個以下、１８個以下、１７個以下、１６個以下、１５個以下、１４個以下、１３個以下、１２個以下、１１個以下、１０個以下、９個以下、８個以下、７個以下、６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、又は１個以下のアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。

【0141】

いくつかの実施形態では、追加の変化は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成特徴又はそれを作製する方法を改善する。いくつかの実施形態では、追加の変化は、ディペンドパルボウイルス粒子の別の特徴、例えば、向性を改善するか、又は変化させる。

【0142】

ＶＰ１核酸及びポリペプチド
本開示は更に、一部には、本明細書で提供されるディペンドパルボウイルス（例えば、ディペンドパルボウイルスＢ、例えば、ＡＡＶ２）ポリペプチドをコードする配列を含む核酸、及びそれによってコードされるＶＰ１ポリペプチドを対象とする。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、配列番号２又は３の配列を含む。

【0143】

ディペンドパルボウイルス粒子
本開示はまた、一部には、本明細書に記載されるか、又は本明細書に記載の方法によって生成される核酸又はポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子（例えば、機能性ディペンドパルボウイルス粒子）を対象とする。

【0144】

ディペンドパルボウイルスは、特定の機能が、例えば、同時感染ヘルパーウイルスによって提供される、細胞内でのみ成長する一本鎖ＤＮＡパルボウイルスである。アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）として当該技術分野で既知の血清型を含む、ディペンドパルボウイルスＡ及びディペンドパルボウイルスＢを含む、いくつかの種のディペンドパルボウイルスが既知である。特徴付けられている少なくとも１３種類のＡＡＶの血清型。ＡＡＶの一般的な情報及び概説は、例えば、Ｃａｒｔｅｒ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ，Ｖｏｌ．１，ｐｐ．１６９－２２８（１９８９）、及びＢｅｒｎｓ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ，ｐｐ．１７４３－１７６４，Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０）で見出され得る。ＡＡＶ血清型、及びある程度まで、ディペンドパルボウイルス種は、構造的及び機能的に有意に相互に関連している。（例えば、Ｂｌａｃｋｌｏｗｅ，ｐｐ．１６５－１７４ ｏｆ Ｐａｒｖｏｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｄｉｓｅａｓｅ，Ｊ．Ｒ．Ｐａｔｔｉｓｏｎ編集（１９８８）、及びＲｏｓｅ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３：１－６１（１９７４）を参照されたい）。例えば、全てのＡＡＶ血清型が、相同ｒｅｐ遺伝子によって媒介される非常に類似した複製特性を明白に示し、全てが、３つの関連するカプシドタンパク質を有する。加えて、ヘテロ二本鎖分析は、ゲノムの長さに沿った血清型間の広範な交差ハイブリダイゼーションを明らかにし、相互関連性を更に示唆する。ディペンドパルボウイルスゲノムはまた、「逆位末端反復配列」（ＩＴＲ）に対応する末端に、自己アニーリングセグメントを含む。

【0145】

天然に存在するディペンドパルボウイルス、例えばＡＡＶ血清型のゲノム編成は、非常に似ている。例えば、ＡＡＶのゲノムは、およそ５，０００ヌクレオチド（ｎｔ）長以下である直鎖一本鎖ＤＮＡ分子である。逆位末端反復（ＩＴＲ）は、非構造複製（Ｒｅｐ）タンパク質及び構造カプシド（Ｃａｐ）タンパク質に固有のコードヌクレオチド配列に隣接している。３種類の異なるウイルス粒子（ＶＰ）タンパク質は、カプシドを形成する。末端の１４５ｎｔは、自己相補的であり、Ｔ字形のヘアピンを形成するエネルギー的に安定した分子内二本鎖が形成され得るように組織化される。これらのヘアピン構造は、ウイルスＤＮＡ複製の起源として機能し、細胞ＤＮＡポリメラーゼ複合体のプライマーとしての役割を果たす。Ｒｅｐ遺伝子は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、及びＲｅｐ４０といったＲｅｐタンパク質をコードする。Ｒｅｐ７８及びＲｅｐ６８は、ｐ５プロモーターから転写され、Ｒｅｐ ５２及びＲｅｐ４０は、ｐ１９プロモーターから転写される。ｃａｐ遺伝子は、ＶＰタンパク質であるＶＰ１、ＶＰ２、及びＶＰ３をコードする。ｃａｐ遺伝子は、ｐ４０プロモーターから転写される。

【0146】

いくつかの実施形態では、本開示のディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に提供されるカプシドポリペプチドを含む核酸を含む。いくつかの実施形態では、粒子は、本明細書に提供されるポリペプチドを含む。

【0147】

いくつかの実施形態では、本開示のディペンドパルボウイルス粒子は、ＡＡＶ２粒子であってもよい。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ２粒子は、本明細書に提供されるカプシドポリペプチド、又はそれをコードする核酸分子を含む。

【0148】

増加した肝臓形質導入特徴
本開示は、一部には、配列番号１の野生型配列を有するウイルス粒子と比較して、増加した肝臓形質導入、例えば、肝細胞細胞形質導入を有する粒子を生成するための核酸、ポリペプチド、細胞、無細胞系、翻訳系、ウイルス粒子、及びそれらを作製することに関連する方法を対象とする。本開示は、一部には、配列番号７の野生型配列を有するウイルス粒子と比較して、増加した肝臓形質導入、例えば、増加した肝細胞細胞形質導入を有する粒子を生成するための核酸、ポリペプチド、細胞、無細胞系、翻訳系、ウイルス粒子、及びそれらを作製することに関連する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の使用は、肝臓、例えば、肝細胞における導入遺伝子の（例えば、肝細胞における）増加した肝臓形質導入をもたらし、したがって、導入遺伝子の肝臓、例えば、肝細胞における導入遺伝子の発現をもたらす。複数の実施形態では、増加した形質導入は、例えば、実施例１に記載されるように、目的の細胞組織から単離されたウイルスＲＮＡの定量的ＮＧＳ配列決定によって測定される通りである。

【0149】

いくつかの実施形態では、肝臓形質導入の増加は、ｌｏｇ２スケールで、野生型カプシドタンパク質よりも約１～５倍、例えば２～３倍良好である。複数の実施形態では、増加した肝臓形質導入は、野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子よりも約又は少なくとも６．５倍良好である。複数の実施形態では、増加した肝臓形質導入は、野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子よりも約又は少なくとも９倍良好である。いくつかの実施形態では、増加した肝臓形質導入は、ウイルス粒子又はその組成物の全身（例えば静脈内）投与の後に示される。いくつかの実施形態では、増加した肝臓形質導入は、肝細胞の形質導入を含む。いくつかの実施形態では、増加した形質導入は、例えば、実施例１に記載されるように、目的の細胞組織から単離されたウイルスＲＮＡの定量的ＮＧＳ配列決定によって測定される通りである。

【0150】

いくつかの実施形態では、肝臓、例えば、肝細胞の形質導入の増加は、ｌｏｇ２スケールで、参照配列カプシドポリペプチドを有する（例えば、配列番号１の野生型カプシドポリペプチドを有する）ウイルス粒子よりも約１～１０倍良好（例えば、約５～１０倍良好、例えば、約７～１０倍良好）である。いくつかの実施形態では、増加した肝臓（例えば、肝細胞）形質導入は、配列番号１の野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子及び／又は配列番号７の野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子よりも約又は少なくとも６．５倍良好である。複数の実施形態では、増加した肝臓（例えば、肝細胞）形質導入は、配列番号１の野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子及び／又は配列番号７の野生型カプシドタンパク質を含むウイルス粒子よりも約又は少なくとも９倍良好である。複数の実施形態では、増加した形質導入は、例えば、実施例１に記載されるように、目的の細胞組織から単離されたウイルスＲＮＡの定量的ＮＧＳ配列決定によって測定される通りである。

【0151】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチド、本明細書に記載のウイルス粒子、又は本明細書に記載の方法のうちのいずれかは、配列番号１のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、ペイロードの増加した形質導入又は増加した発現を伴って、ペイロードを肝臓（例えば肝細胞）に送達する。

【0152】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチド、本明細書に記載のウイルス粒子、又は本明細書に記載の方法のいずれかは、配列番号１及び／又は配列番号７のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、肝臓（例えば、肝細胞）における増加した形質導入の増加を伴って、ペイロードを肝臓（例えば、肝細胞）に送達し、形質導入の増加は、配列番号１及び／又は配列番号７のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、少なくとも１倍、２倍、４倍、５倍、６倍、７倍、又は８倍大きい。いくつかの実施形態では、形質導入は、肝細胞の形質導入を含む。複数の実施形態では、増加した肝臓（例えば、肝細胞）形質導入は、例えば、実施例１に記載されているように、バルク肝臓組織から単離されたウイルスＲＮＡの定量的ＮＧＳ配列決定によって測定される通りである。

【0153】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のバリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の使用は、配列番号１及び／又は配列番号７のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子と比較して、当該バリアントカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子の増加した肝臓生体内分布、及び肝臓における導入遺伝子の増加した肝臓形質導入をもたらし、したがって、導入遺伝子の肝臓における導入遺伝子の増加した発現をもたらす。いくつかの実施形態では、相対的な肝臓形質導入の増加は、相対的な肝臓生体内分布の増加よりも、例えば、少なくとも２倍程度大きい。複数の実施形態では、増加した肝臓生体内分布は、例えば、実施例１に記載されているように、バルク肝臓組織から単離されたウイルスＤＮＡの定量的ＮＧＳ配列決定によって測定される通りである。いくつかの実施形態では、増加は、ウイルス粒子又はその組成物の全身（例えば静脈内）投与の後である。

【0154】

本明細書に記載の組成物を作製する方法
本開示は、一部には、ディペンドパルボウイルス粒子、例えば、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、本明細書で提供されるバリアントカプシドポリペプチド、又は本明細書で提供されるポリペプチド（例えば、バリアントカプシドポリペプチド）をコードする、記載される核酸を含む細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を提供することと、ディペンドパルボウイルス粒子の生成に好適な条件下で、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を育成することと、を含み、それによって、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する。

【0155】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載される核酸を含む細胞を提供することは、核酸を細胞に導入すること、例えば、細胞を核酸でトランスフェクト又は形質転換することを含む。本開示の核酸は、宿主細胞、例えば、裸のＤＮＡ、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、エピソーム、非ウイルス送達ビヒクル（例えば、脂質ベースの担体）中のタンパク質、その上に担持される配列を導入するウイルスなどに送達され得る任意の遺伝子要素（ベクター）の一部として位置し得る。そのようなベクターは、トランスフェクション、リポソーム送達、エレクトロポレーション、膜融合技術、ウイルス感染、高速ＤＮＡコーティングペレット、及びプロトプラスト融合を含む、任意の好適な方法によって送達され得る。当業者は、本発明の任意の実施形態を構築するための核酸操作における知識及び技能を有し、当該技能は、遺伝子工学、組換え工学、及び合成技術を含む。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹを参照されたい。

【0156】

いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、本明細書に提供されるようなディペンドパルボウイルスバリアントカプシドポリペプチドをコードする配列、又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、本開示のベクターは、ディペンドパルボウイルスｒｅｐタンパク質をコードする配列、又はその断片を含む。いくつかの実施形態では、かかるベクターは、ディペンドパルボウイルスｃａｐタンパク質及びｒｅｐタンパク質の両方を含み得る。ＡＡＶのｒｅｐ及びｃａｐの両方が提供されるベクターでは、ディペンドパルボウイルスｒｅｐ配列及びディペンドパルボウイルスｃａｐ配列は、両方とも同じディペンドパルボウイルス種又は血清型起源のもの（例えば、ＡＡＶ２）であり得る。代替的に、本実施形態はまた、ｒｅｐ配列が、ｃａｐ配列を提供するものとは異なるディペンドパルボウイルス種又は血清型由来であるベクターを提供する。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ配列及びｃａｐ配列は、別個の供給源（例えば、別個のベクター、又は宿主細胞ゲノム及びベクター）から発現される。いくつかの実施形態では、ｒｅｐ配列は、異なるディペンドパルボウイルス種又は血清型のｃａｐ配列にインフレームで融合され、キメラディペンドパルボウイルスベクターを形成する。いくつかの実施形態では、本発明のベクターは、ペイロード、例えば、ディペンドパルボウイルス５’ＩＴＲ及びディペンドパルボウイルス３’ＩＴＲに隣接する、選択された導入遺伝子を含むミニ遺伝子を更に含有する。

【0157】

本明細書に記載のベクター、例えば、プラスミドは、様々な目的に有用であるが、ディペンドパルボウイルス配列又はその断片、及びいくつかの実施形態では、ペイロードを含む組換えディペンドパルボウイルス粒子の生成における使用に特に十分に適している。

【0158】

一態様では、本開示は、ディペンドパルボウイルス粒子（例えば、ディペンドパルボウイルスＢ粒子、例えば、ＡＡＶ２粒子）、又はその一部分を作製する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に提供されるディペンドパルボウイルスバリアントカプシドタンパク質をコードする核酸配列、又はその断片、機能性ｒｅｐ遺伝子、ペイロード、例えば、ディペンドパルボウイルス逆位末端反復（ＩＴＲ）及び導入遺伝子を含むミニ遺伝子、並びにペイロード、例えば、ミニ遺伝子をディペンドパルボウイルスカプシドにパッケージングするのを促進するのに十分なヘルパー機能を含有する宿主細胞を培養することを含む。ペイロード、例えば、ミニ遺伝子をディペンドパルボウイルスカプシドにパッケージングするために宿主細胞中で培養される必要がある成分は、トランスで宿主細胞に提供され得る。いくつかの実施形態では、必要な成分（例えば、ペイロード（例えば、ミニ遺伝子）、ｒｅｐ配列、ｃａｐ配列、及び／又はヘルパー機能）のうちの任意の１つ以上は、当業者に既知の方法を使用して、必要な成分のうちの１つ以上を安定的に含むように操作されている宿主細胞によって提供され得る。いくつかの実施形態では、必要な成分を安定的に含むように操作された宿主細胞は、それを誘導性プロモーターの制御下に含む。いくつかの実施形態では、必要な成分は、構成的プロモーターの制御下にあり得る。好適な誘導性及び構成的プロモーターの例を本明細書に提供し、更なる例は、当業者に既知である。いくつかの実施形態では、１つ以上の成分を安定的に含むように操作された選択された宿主細胞は、構成的プロモーターの制御下にある成分と、１つ以上の誘導性プロモーターの制御下にある別の成分と、を含み得る。例えば、必要な成分を安定的に含むように操作された宿主細胞は、１つ以上の誘導性プロモーターの制御下にあるｒｅｐ及び／又はｃａｐタンパク質を含む、２９３細胞（例えば、構成的プロモーターの制御下にあるヘルパー機能を含む）から生成され得る。

【0159】

本開示のディペンドパルボウイルス粒子の生成に必要なペイロード（例えば、ミニ遺伝子）、ｒｅｐ配列、ｃａｐ配列、及びヘルパー機能は、（例えば、ベクター又はベクターの組み合わせにおいて）その上に運ばれる配列を導入する任意の遺伝子要素の形態でパッケージング宿主細胞に送達され得る。遺伝子要素は、本明細書に記載されるものを含む任意の好適な方法によって送達され得る。本開示の遺伝子要素、ベクター、及び他の核酸を構築するために使用される方法は、当業者に既知であり、遺伝子工学、組換え工学、及び合成技術を含む。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹを参照されたい。同様に、ｒＡＡＶビリオンを生成する方法は周知であり、好適な方法の選択は、本発明を限定するものではない。例えば、Ｋ．Ｆｉｓｈｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ，７０：５２０－５３２（１９９３）及び米国特許第５，４７８，７４５号を参照されたい。別途指定されない限り、ディペンドパルボウイルスＩＴＲ、及び本明細書に記載の他の選択されたディペンドパルボウイルス成分は、任意のディペンドパルボウイルス種及び血清型、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ９の中から容易に選択され得る。ＩＴＲ又は他のディペンドパルボウイルス成分は、当業者に利用可能な技術を使用して、ディペンドパルボウイルス種又は血清型から容易に単離され得る。ディペンドパルボウイルス種及び血清型は、学術的、商業的、又は公的資源（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から単離又は取得することができる。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス配列は、文献又はデータベース（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ、ＰｕｂＭｅｄなど）で利用可能であるような公開された配列を参照することによって、合成又は他の好適な手段を通して取得され得る。

【0160】

本開示のディペンドパルボウイルス粒子（例えば、バリアントカプシドポリペプチド及び例えば、ペイロードを含む）は、ディペンドパルボウイルス又は生物学的産物の生成を可能にする任意の無脊椎動物細胞型を用いて生成することができ、培養物中で維持することができる。いくつかの実施形態では、昆虫細胞は、本明細書に記載の組成物の生成において、又は本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法において使用され得る。例えば、使用される昆虫細胞は、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ由来のもの、例えば、Ｓｆ９、ＳＦ２１、ＳＦ９００＋、ショウジョウバエ細胞株、蚊細胞株、例えば、Ａｅｄｅｓ ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ由来の細胞株、カイコ細胞株、例えば、Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉ細胞株、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ細胞株、例えば、Ｈｉｇｈ Ｆｉｖｅ細胞、又はＬｅｐｉｄｏｐｔｅｒａ細胞株、例えば、Ａｓｃａｌａｐｈａ ｏｄｏｒａｔａ細胞株であり得る。いくつかの実施形態では、昆虫細胞は、バキュロウイルス感染に感受性であり、Ｈｉｇｈ Ｆｉｖｅ、Ｓｆ９、Ｓｅ３０１、ＳｅＩＺＤ２１０９、ＳｅＵＣＲ１、ＳＰ９００＋、Ｓｆ２１、ＢＴＩ－ＴＮ－５Ｂ１－４、ＭＧ－１、Ｔｎ３６８、ＨｚＡｍｌ、ＢＭ－Ｎ、Ｈａ２３０２、Ｈｚ２Ｅ５及びＡｏ３８を含む。

【0161】

いくつかの実施形態では、本開示の方法は、ディペンドパルボウイルスの複製又は生物学的産物の生成を可能にし、かつ培養液中で維持することができる、任意の哺乳動物細胞型を用いて実行することができる。別の実施形態では、使用される哺乳類細胞は、ＨＥＫ２９３、ＨｅＬａ、ＣＨＯ、ＮＳ０、ＳＰ２／０、ＰＥＲ．Ｃ６、Ｖｅｒｏ、ＲＤ、ＢＨＫ、ＨＴ １０８０、Ａ５４９、Ｃｏｓ－７、ＡＲＰＥ－１９、又はＭＲＣ－５細胞であり得る。

【0162】

昆虫細胞においてタンパク質（例えば、組換え又は異種タンパク質、例えば、ディペンドパルボウイルスポリペプチド）を発現させる方法は、十分に文書化されており、核酸、例えばベクター、例えば昆虫細胞適合性ベクターをそのような細胞に導入する方法、及びそのような細胞を培養液中で維持する方法などである。例えば、ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ，編集Ｒｉｃｈａｒｄ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎ Ｊ（１９９５）、Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ ｅｔ ａｌ．，ＢＡＣＵＬＯＶＩＲＵＳ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＶＥＣＴＯＲＳ，Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ．Ｐｒｅｓｓ（１９９４）、Ｓａｍｕｌｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒ．６３：３８２２－８（１９８９）、Ｋａｊｉｇａｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：４６４６－５０（１９９１）、Ｒｕｆｆｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒ．６６：６９２２－３０（１９９２）、Ｋｉｒｎｂａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒ．２１９：３７－４４（１９９６）、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒ．２７２：３８２－９３（２０００）、及びＳａｍｕｌｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，２０４，０５９号を参照されたい。いくつかの実施形態では、昆虫細胞においてディペンドパルボウイルスポリペプチド（例えば、ディペンドパルボウイルスゲノム）をコードする核酸構築物は、昆虫細胞適合性ベクターである。本明細書で使用される場合、「昆虫細胞適合性ベクター」は、昆虫又は昆虫細胞の生成的形質転換又はトランスフェクションが可能な核酸分子を指す。例示的な生物学的ベクターとしては、プラスミド、直鎖核酸分子、及び組換えウイルスが挙げられる。任意のベクターが、昆虫細胞適合性である限り用いられ得る。ベクターは、昆虫細胞のゲノムに組み込むことができるか、又は染色体外に存在し続けることができる。ベクターは、永続的又は一過性に、例えば、エピソームベクターとして存在し得る。ベクターは、当該技術分野で知られている任意の方法によって導入され得る。かかる手段には、細胞の化学的処理、エレクトロポレーション、又は感染が含まれるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、ベクターは、バキュロウイルス、ウイルスベクター、又はプラスミドである。

【0163】

いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルスポリペプチドをコードする核酸配列は、Ｓｆ９又はＨＥＫ細胞などの特定の細胞型における発現のために調節発現調節配列に作動可能に連結される。昆虫宿主細胞又は哺乳動物宿主細胞において外来遺伝子を発現するための、当業者に公知の手法が、本開示の組成物及び方法とともに使用され得る。昆虫細胞におけるポリペプチドの分子操作及び発現のための方法は、例えば、Ｓｕｍｍｅｒｓ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ．Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒｓ ａｎｄ Ｉｎｓｅｃｔ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ，Ｔｅｘａｓ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｓｔａｔｉｏｎ Ｂｕｌｌ．Ｎｏ．７５５５，Ｃｏｌｌｅｇｅ Ｓｔａｔｉｏｎ，Ｔｅｘ．（１９８６）、Ｌｕｃｋｏｗ．１９９１．Ｉｎ Ｐｒｏｋｏｐ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｏｎｉｎｇ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ Ｇｅｎｅｓ ｉｎ Ｉｎｓｅｃｔ Ｃｅｌｌｓ ｗｉｔｈ Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｖｅｃｔｏｒｓ’ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，９７－１５２（１９８６）、Ｋｉｎｇ，Ｌ．Ａ．ａｎｄ Ｒ．Ｄ．Ｐｏｓｓｅｅ，Ｔｈｅ ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ，Ｃｈａｐｍａｎ ａｎｄ Ｈａｌｌ，Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ（１９９２）、Ｏ’Ｒｅｉｌｌｙ，Ｄ．Ｒ．，Ｌ．Ｋ．Ｍｉｌｌｅｒ，Ｖ．Ａ．Ｌｕｃｋｏｗ，Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９２）、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，Ｃ．Ｄ．，Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌｕｍｅ ３９（１９９５）、米国特許第４，７４５，０５１号、ＵＳ２００３／１４８５０６、及びＷＯ０３／０７４７１４に記載される。ディペンドパルボウイルスポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の転写に適したプロモーターとしては、多面体、ｐ１０、ｐ３５、又はＩＥ－１プロモーターが挙げられ、上述の参考文献に記載される更なるプロモーターも企図される。

【0164】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸を含む細胞を提供することは、核酸を含む細胞を取得することを含む。

【0165】

細胞、無細胞系、及び他の翻訳系を育成する方法は、当業者に既知である。いくつかの実施形態では、細胞を育成することは、細胞に適切な培地を提供することと、細胞及び培地を、ウイルス粒子生成を達成するのに適切な時間インキュベートすることと、を含む。

【0166】

いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、１つ以上の他の成分（例えば、細胞又は培地成分）からディペンドパルボウイルス粒子を単離することを含む精製工程を更に含む。

【0167】

いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、ディペンドパルボウイルス粒子を生成するための、ディペンドパルボウイルスポリペプチドの発現、ディペンドパルボウイルスカプシドの組み立て、ディペンドパルボウイルスゲノムの発現（例えば、複製）、及びディペンドパルボウイルスカプシドへのディペンドパルボウイルスゲノムのパッケージングのうちの１つ以上（例えば、全て）を含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、ディペンドパルボウイルス粒子の分泌を更に含む。

【0168】

いくつかの実施形態では、及び本明細書の他の箇所に記載されるように、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子が、ディペンドパルボウイルスゲノム内に配置される。いくつかの実施形態では、及び本明細書の他の箇所に記載されるように、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子は、本明細書に記載されるディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法の一部として、ディペンドパルボウイルスゲノムとともにディペンドパルボウイルス粒子内にパッケージングされる。他の実施形態では、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子は、本明細書に記載される方法によって作製されるディペンドパルボウイルス粒子内にパッケージングされない。

【0169】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法は、ペイロード（例えば、本明細書に記載のペイロード）及びバリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を生成する。いくつかの実施形態では、ペイロードは、（例えば、ディペンドパルボウイルスゲノムに加えて）第２の核酸を含み、ディペンドパルボウイルス粒子の生成は、第２の核酸をディペンドパルボウイルス粒子にパッケージングすることを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法において使用するための細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第２の核酸を含む。いくつかの実施形態では、第２の核酸は、外因性配列（例えば、ディペンドパルボウイルス、細胞に対して外因性、又はディペンドパルボウイルス粒子を投与される標的細胞若しくは対象に対して外因性）を含む。いくつかの実施形態では、外因性配列は、外因性ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、外因性配列は、治療用産物をコードする。

【0170】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸又はポリペプチドは、当業者に知られている方法によって生成される。本開示の核酸、ポリペプチド、及びそれらの断片は、組換え生成、化学合成、又は他の合成手段を含む任意の好適な手段によって生成され得る。このような生成方法は、当業者の知識の範囲内であり、本発明を限定するものではない。

【0171】

用途
本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、ポリペプチド、又は粒子を含む組成物を対象とする。本開示は、一部には、本明細書に記載の組成物、核酸、ポリペプチド、又は粒子を利用する方法を更に対象とする。本開示に基づいて明らかになるように、本明細書に開示される核酸、ポリペプチド、粒子、及び方法は、様々な有用性を有する。

【0172】

本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸、例えば、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸を含むベクターを対象とする。多くの種類のベクターは、当業者に公知である。いくつかの実施形態では、ベクターは、プラスミドを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、単離されたベクター、例えば、細胞又は他の生物学的成分から除去された単離されたベクターである。

【0173】

本開示は、一部には、本明細書に記載の核酸又はベクター、例えば、バリアントカプシドポリペプチドをコードする核酸分子を含む核酸又はベクターを含む、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系を対象とする。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、バリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を生成することができる。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、バリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子の生成を促進するのに十分な、ディペンドパルボウイルスゲノム又はディペンドパルボウイルスゲノムの成分を含む核酸を含む。

【0174】

いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成及び／又は分泌を促進する１つ以上の非ディペンドパルボウイルス核酸配列を更に含む。当該配列は、本明細書においてヘルパー配列と称される。いくつかの実施形態では、ヘルパー配列は、別のウイルス、例えば、アデノウイルス又はヘルペスウイルス由来の１つ以上の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ヘルパー配列の存在は、ディペンドパルボウイルス粒子の生成及び／又は分泌に必要である。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、１つ以上のヘルパー配列を含むベクター、例えば、プラスミドを含む。

【0175】

いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第１の核酸及び第２の核酸を含み、第１の核酸は、１つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子（例えば、Ｃａｐ遺伝子、Ｒｅｐ遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム）をコードする配列、及びヘルパー配列を含み、第２の核酸は、ペイロードを含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第１の核酸及び第２の核酸を含み、第１の核酸は、１つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子（例えば、Ｃａｐ遺伝子、Ｒｅｐ遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム）をコードする配列、及びペイロードを含み、第２の核酸は、ヘルパー配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第１の核酸及び第２の核酸を含み、第１の核酸は、ヘルパー配列及びペイロードを含み、第２の核酸は、１つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子（例えば、Ｃａｐ遺伝子、Ｒｅｐ遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム）をコードする配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞、無細胞系、又は他の翻訳系は、第１の核酸、第２の核酸、及び第３の核酸を含み、第１の核酸は、１つ以上のディペンドパルボウイルス遺伝子（例えば、Ｃａｐ遺伝子、Ｒｅｐ遺伝子、又は完全なディペンドパルボウイルスゲノム）をコードする配列を含み、第２の核酸は、ヘルパー配列を含み、第３の核酸は、ペイロードを含む。

【0176】

いくつかの実施形態では、第１の核酸、第２の核酸、及び任意選択的に第３の核酸は、別個の分子、例えば、別個のベクター、又はベクター及びゲノムＤＮＡ中に位置する。いくつかの実施形態では、第１の核酸、第２の核酸、及び任意選択的に第３の核酸のうちの１つ、２つ、又は全てが、細胞のゲノム内に組み込まれる（例えば、安定的に組み込まれる）。

【0177】

本開示の細胞は、適切な細胞を本明細書に記載の核酸でトランスフェクトすることによって生成され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるバリアントカプシドポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法、又はディペンドパルボウイルス粒子を作製する方法を改善することは、本明細書に記載の細胞を提供することを含む。いくつかの実施形態では、細胞を提供することは、好適な細胞を、本明細書に記載の１つ以上の核酸でトランスフェクトすることを含む。

【0178】

本明細書に記載の核酸及びベクターとともに使用するのに好適な細胞の多くの型及び種類は、当該技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、不死化細胞又は当該技術分野で公知の細胞株由来の細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ＨＥＫ２９３細胞である。

【0179】

ウイルス粒子、及びペイロードを送達する方法
本開示は、一部には、ペイロードを細胞、例えば、対象内又は試料内の細胞に送達する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、ペイロードを細胞に送達する方法は、細胞を、ペイロードを含むバリアントカプシドポリペプチド（例えば、本明細書に記載のもの）を含むディペンドパルボウイルス粒子と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子であり、本明細書に記載のペイロードを含む。いくつかの実施形態では、細胞は、肝臓細胞である。

【0180】

本開示は、一部には、本明細書に記載のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子を更に対象とする。複数の実施形態では、ウイルス粒子は、本明細書に記載のカプシドポリペプチドと、核酸発現構築物と、を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子の核酸発現構築物は、ペイロードを含む。

【0181】

いくつかの実施形態では、ペイロードは、導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、目的のポリペプチド、ＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡ若しくはｓｉＲＮＡ）、又は他の産物をコードする導入遺伝子に隣接するベクター配列に対して異種の核酸配列である。導入遺伝子の核酸は、宿主細胞中で導入遺伝子の転写、翻訳、及び／又は発現を促進するのに十分な様式で調節成分に作動可能に連結され得る。

【0182】

導入遺伝子は、任意のポリペプチド又はＲＮＡコード配列であってよく、選択される導入遺伝子は、想定される使用に依存する。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、発現時に検出可能なシグナルを生成するレポーター配列を含む。かかるレポーター配列としては、限定されないが、比色レポーター（例えば、β－ラクタマーゼ、β－ガラクトシダーゼ（ＬａｃＺ）、アルカリホスファターゼ）、細胞分裂レポーター（例えば、チミジンキナーゼ）、蛍光又は発光レポーター（例えば、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又はルシフェラーゼ）、耐性輸送配列（例えば、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ））、又はそれらを対象とする高親和性抗体が存在するか、又は従来の手段、例えば、抗原タグ、例えば、ヘマグルチニン又はＭｙｃを含むことによって生成され得る膜結合タンパク質をコードするＤＮＡ配列が含まれる。

【0183】

いくつかの実施形態では、それらの発現を駆動する調節要素と作動可能に連結されたレポーター配列は、酵素アッセイ、放射線撮影アッセイ、比色アッセイ、蛍光アッセイ、又は他のスペクトログラフィーアッセイ、蛍光活性化細胞選別アッセイ、並びに酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、及び免疫組織化学を含む免疫学的アッセイを含む従来の手段によって検出可能なシグナルを提供する。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、ＲＮＡ、タンパク質、ペプチド、酵素、ドミナントネガティブ変異体などの、生物学及び医学において有用な産物をコードする。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、ｔＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、触媒ＲＮＡ、低分子ヘアピンＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、トランススプライシングＲＮＡ、及びアンチセンスＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＲＮＡは、治療される対象（例えば、ヒト又は動物の対象）において標的の核酸配列の発現を阻害するか、又は無効にする。

【0184】

いくつかの実施形態では、導入遺伝子を使用して、遺伝子欠損を修正又は改善し得る。いくつかの実施形態では、遺伝子欠損には、正常な遺伝子が正常レベル未満で発現される欠損、又は機能性遺伝子産物が発現されない欠損が含まれる。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、宿主細胞で発現される治療用タンパク質又はポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、複数の導入遺伝子を更に含むか、又は送達して、例えば、マルチサブユニットタンパク質によって引き起こされる遺伝子欠損を修正又は改善し得る。いくつかの実施形態では、異なる導入遺伝子（例えば、各々が異なるディペンドパルボウイルス粒子に、又は単一のディペンドパルボウイルス粒子に位置する／送達される）を使用して、例えば、タンパク質サブユニットをコードするＤＮＡのサイズが大きい場合、例えば、免疫グロブリン、血小板由来成長因子、又はジストロフィンタンパク質について、タンパク質の各サブユニットをコードするか、又は異なるペプチド若しくはタンパク質をコードし得る。いくつかの実施形態では、タンパク質の異なるサブユニットは、同じ導入遺伝子、例えば、内部リボザイム進入部位（ＩＲＥＳ）又は酵素的に切断可能な配列（例えば、フリン切断部位）によって分離された各サブユニットのＤＮＡを有する各サブユニットをコードする単一の導入遺伝子によってコードされ得る。いくつかの実施形態では、翻訳後事象において自己切断する２Ａペプチドをコードする配列によってＤＮＡが分離されていてもよい。例えば、Ｄｏｎｎｅｌｌｙ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．，７８（Ｐｔ １）：１３－２１（Ｊａｎｕａｒｙ １９９７）、Ｆｕｒｌｅｒ，ｅｔ ａｌ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．，８（１１）：８６４－８７３（Ｊｕｎｅ ２００１）、Ｋｌｕｍｐ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ８（１０）：８１１－８１７（Ｍａｙ ２００１）を参照されたい。

【0185】

いくつかの実施形態では、ゲノムを含むウイルス粒子が提供され、ゲノムは、核酸発現構築物を含む。核酸発現構築物は、ペイロード、例えば、異種導入遺伝子及び１つ以上の調節要素を含むペイロードを含み得る。

【0186】

いくつかの実施形態では、調節要素は、プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞、例えば目的のヒト細胞型において活性なユビキタス又は構成的プロモーターである。いくつかの実施形態では、細胞型は、例えば、肝細胞、肝星状細胞などの肝臓細胞である。ユビキタスプロモーターの例としては、限定されないが、ＣＡＧプロモーター（サイトメガロウイルス早期エンハンサー要素由来のハイブリッド、ニワトリ－ベータアクチンプロモーター、例えば、ニワトリベータアクチン遺伝子の第１のエキソン及び第１のイントロン、並びにウサギベータグロビン遺伝子のスプライスアクセプター）、ニワトリ－ベータアクチンプロモーター、ＣＢＡプロモーター、ヒトＥＦ１－アルファプロモーター、及びそれらの断片が挙げられる。いくつかの実施形態では、プロモーターは、組織特異的プロモーター、例えば、肝臓組織又は肝臓の細胞に特異的なプロモーターである。肝臓特異的プロモーターの例として、限定されないが、ＴＢＧプロモーター、ｈＡＡＴプロモーター、ＣＫ８プロモーター、及びＳＰｃ５－１２プロモーターが挙げられる。複数の実施形態では、プロモーター配列は、１００～１０００ヌクレオチド長である。複数の実施形態では、プロモーター配列は、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、約６００、約７００、約８００、約９００、又は約１０００ヌクレオチド長である。前述の文で使用される場合、「約」は、列挙された長さの５０ヌクレオチド以内の値を指す。好適な調節要素、例えば、プロモーターは、限定されないが、本明細書に記載されるものなど、当業者によって容易に選択され得る。

【0187】

いくつかの実施形態では、核酸発現構築物は、イントロンを含む。イントロンは、プロモーターと異種導入遺伝子との間に配置されてもよい。いくつかの態様では、イントロンは、発現構築物上の異種導入遺伝子に対して５’に、例えば、異種導入遺伝子に対して５’にすぐに、又は異種導入遺伝子に対して５’の１００ヌクレオチド以内に配置される。いくつかの態様では、イントロンは、ヒトｂ－グロビン及びＩｇ重鎖に由来するキメライントロン（ｂ－グロビンスプライスドナー／免疫グロビン重鎖スプライスアクセプターイントロン、又はｂ－グロビン／ＩｇＧキメライントロンとしても知られる、Ｒｅｅｄ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，１９８９、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）である。他の態様では、イントロンは、ＶＨ４イントロン又はＳＶ４０イントロンである。

【0188】

本明細書に提供されるように、いくつかの実施形態では、ペイロードを含むウイルス粒子であって、ペイロードが、異種導入遺伝子を含む核酸を含む、ウイルス粒子が提供される。いくつかの実施形態では、異種導入遺伝子は、ＲＮＡ干渉剤、例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、又は他の干渉核酸をコードする。

【0189】

いくつかの実施形態では、ペイロードは、治療用ポリペプチドをコードする異種導入遺伝子を含む。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、ヒト遺伝子又はその断片である。いくつかの態様では、治療用ポリペプチドは、ヒトタンパク質である。いくつかの実施形態では、ウイルス粒子の異種導入遺伝子は、疾患の治療に有用な分子をコードし、ウイルス粒子は、当該疾患を治療するためにそれを必要とする患者に投与される。いくつかの態様では、ペイロードは、慢性肝臓疾患の治療に有効である分子、例えば、ＲＮＡ干渉ヌクレオチド（例えば、ＡＰＯＬ－１を阻害するｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ又はｍｉＲＮＡ）を含む。本開示による疾患（及び異種導入遺伝子又は当該異種導入遺伝子によってコードされる分子）の例としては、ＭＰＳＩ（アルファ－Ｌ－イズロニダーゼ（ＩＤＵＡ））；ＭＰＳ ＩＩ－ハンター症候群（イズロン酸－２－スルファターゼ（ＩＤＳ））；セロイドリポフスチン症－バッテン病（ＣＬＮ１、ＣＬＮ２、ＣＬＮ１０、ＣＬＮ１３、ＣＬＮ５、ＣＬＮ１１、ＣＬＮ４、ＣＮＬ１４、ＣＬＮ３、ＣＬＮ６、ＣＬＮ７、ＣＬＮ８、ＣＬＮ１２）；ＭＰＳ Ｉｌｌａ－サンフィリポＡ型症候群（ヘパリン硫酸スルファターゼ（Ｎ－スルホグルコサミンスルホヒドロラーゼ（ＳＧＳＨ）とも呼ばれる）；ＭＰＳ ＩＩＩＢ－サンフィリポｂ型症候群（Ｎ－アセチル－アルファ－Ｄ－グルコサミニダーゼ（ＮＡＧＬＵ））；ＭＰＳ ＶＩ－マロトー・ラミー症候群（アリールスルファターゼＢ）；ＭＰＳ ＩＶ Ａ－モルキオ症候群Ａ型（ＧＡＬＮＳ）；ＭＰＳ ＩＶ Ｂ－モルキオ症候群Ｂ型（ＧＬＢ１）；骨形成不全症Ｉ型、ＩＩ型、ＩＩＩ型、又はＩＶ型（ＣＯＬ１Ａｌ及び／又はＣＯＬ１Ａ２）；遺伝性血管性浮腫（ＳＥＲＰＩＮＧ１、Ｃ１ＮＨ）；骨形成不全症Ｖ型（ＩＦＩＴＭ５）；骨形成不全症ＶＩ型（ＳＥＲＰＩＮＦ１）；骨形成不全症ＶＩＩ型（ＣＲＴＡＰ）；骨形成不全症ＶＩＩＩ型（ＬＥＰＲＥ１及び／又はＰ３Ｈ１）；骨形成不全症ＩＸ型（ＰＰＩＢ）；ゴーシェ病Ｉ型、ＩＩ型及びＩＩＩ型（グルコセレブロシダーゼ；ＧＢＡｌ）；パーキンソン病（グルコセレブロシダーゼ；ＧＢＡｌ及び／又はドーパミンデカルボキシラーゼ）；ポンペ（酸マルターゼ；ＧＡＡ；ｈＧＡＡ）；異染性白質ジストロフィー（アリールスルファターゼＡ）；ＭＰＳ ＶＩＩ－スライ症候群（ベータ－グルクロニダーゼ）；ＭＰＳ ＶＩＩＩ（グルコサミン－６－硫酸スルファターゼ）；ＭＰＳ ＩＸ（ヒアルロニダーゼ）；メープルシロップ尿症（ＢＣＫＤＨＡ、ＢＣＫＤＨＢ、及び／又はＤＢＴ）；ニーマン・ピック病（スフィンゴミエリナーゼ）；パーキンソン病（抗アルファシヌクレインＲＮＡｉ）；アルツハイマー病（抗変異体ＡＰＰ ＲＮＡｉ）；スフィンゴミエリナーゼ欠損症を伴わないニーマン・ピック病（コレステロール代謝酵素をコードするＮＰＣ１又はＮＰＣ遺伝子）；テイ－サックス病（ベータ－ヘキソサミニダーゼのアルファサブユニット）；サンドホフ病（ベータ－ヘキソサミニダーゼのアルファ及びベータサブユニットの両方）；ファブリー病（アルファ－ガラクトシダーゼ）；フコシドーシス（フコシダーゼ（ＦＵＣＡｌ））；アルファ－マンノシドーシス（アルファ－マンノシダーゼ）；ベータ－マンノシドーシス（ベータ－マンノシダーゼ）；ウォルマン病（コレステロールエステルヒドロラーゼ）；ドラベ症候群（ＳＣＮ１Ａ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＣＮ２Ａ、ＧＡＢＲＧ２）；パーキンソン病（ニュールツリン）；パーキンソン病（グリア由来成長因子（ＧＤＧＦ））；パーキンソン病（チロシンヒドロキシラーゼ）；パーキンソン病（グルタミン酸デカルボキシラーゼ；ＦＧＦ－２；ＢＤＧＦ）；脊髄性筋萎縮症（ＳＭＮ、ＳＭＮ１又はＳＭＮ２を含む）；フリードライヒ運動失調症（フラタキシン）；筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）（ＳＯＤ１阻害剤、例えば、抗ＳＯＤ１ ＲＮＡｉ）；糖原病Ｉａ型（グルコース－６－ホスファターゼ）；ＸＬＭＴＭ（ＭＴＭｌ）；クリグラー・ナジャー（ＵＧＴｌＡｌ）；ＣＰＶＴ（ＣＡＳＱ２）；脊髄小脳変性症（ＡＴＸＮ２；ＡＴＸＮ３又は他のＡＴＸＮ遺伝子；抗変異体マシャド・ジョセフ病／ＳＣＡ３対立遺伝子ＲＮＡｉ）；レット症候群（ＭＥＣＰ２又はその断片）；色覚異常（ＣＮＧＢ３、ＣＮＧＡ３、ＧＮＡＴ２、ＰＤＥ６Ｃ）；コロイデレミア（ＣＤＭ）；ダノン病（ＬＡＭＰ２）；嚢胞性線維症（ＣＦＴＲ又はその断片）；デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ミニ－／マイクロ－ジストロフィン遺伝子）；ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２感染（抗ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＮＡｉ、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ゲノム断片又はＳタンパク質（バリアントを含む））；肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型－ガンマ－サルコグリカノパチー（ヒト－アルファ－サルコグリカン）；進行性心不全（ＳＥＲＣＡ２ａ）；関節リウマチ（ＴＮＦＲ：Ｆｃ融合；抗ＴＮＦ抗体又はその断片）；レーベル先天性黒内障（ＧＡＡ）；Ｘ連鎖性副腎白質ジストロフィー（ＡＢＣＤ１）；肢帯型筋ジストロフィー２Ｃ型－ガンマ－サルコグリカノパチー（ガンマ－サルコグリカン）；アンジェルマン症候群（ＵＢＥ３Ａ）；網膜色素変性症（ｈＭＥＲＴＫ）；加齢黄斑変性（ｓＦＬＴ０１）；フェラン－マクダーミド症候群（ＳＨＡＮＫ３；２２ｑ１３．３置換）；ベッカー型筋ジストロフィー及び封入体筋炎（ｈｕＦｏｌｌｉｓｔａｔｉｎ３４４）；パーキンソン病（ＧＤＮＦ）；異染性白質ジストロフィー－ＭＬＤ（ｃｕＡＲＳＡ）；Ｃ型肝炎（抗ＨＣＶ ＲＮＡｉ）；肢帯型筋ジストロフィー２Ｄ型（ｈＳＧＣＡ）；ヒト免疫不全ウイルス感染；（ＰＧ９ＤＰ）；急性間欠性ポルフィリン症（ＰＢＧＤ）；レーベル遺伝性視神経症（ＰＩＮＤ４ｖ２）；アルファ－１アンチトリプシン欠乏症（ａｌｐｈａＩＡＴ）；Ｘ連鎖性網膜分離症（ＲＳ１）；コロイデレミア（ｈＣＨＭ）；巨大軸索ニューロパチー（ＧＡＮ）；血友病Ｂ（第ＩＸ因子）；ホモ接合性ＦＨ（ｈＬＤＬＲ）；遠位型ミオパチー（ＤＹＳＦ）；色覚異常（ＣＮＧＡ３又はＣＮＧＢ３）；進行性核上性麻痺（ＭＡＰＴ；抗Ｔａｕ；抗ＭＡＰＴ ＲＮＡｉ）；オルニチントランスカルバミラーゼ欠損症（ＯＴＣ）；血友病Ａ（第ＶＩＩＩ因子）；加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、ウェット型ＡＭＤ（抗ＶＥＧＦ抗体又はＲＮＡｉ）を含む；Ｘ連鎖性網膜色素変性（ＲＰＧＲ）；筋強直性ジストロフィー１型（ＤＭＰＫ；抗ＤＭＰＫ ＲＮＡｉ、抗ＣＴＧトリヌクレオチドリピートＲＮＡｉを含む）；筋強直性ジストロフィー２型（ＣＮＢＰ）；顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー（Ｄ４Ｚ４ ＤＮＡ）；眼咽頭型筋ジストロフィー（ＰＡＢＰＮ１；変異したＰＡＢＰＮ１阻害剤（例えば、ＲＮＡｉ））；ムコ多糖症ＶＩ型（ｈＡＲＳＢ）；レーベル遺伝性視神経症（ＮＤ４）；Ｘ連鎖性ミオチュブラーミオパチー（ＭＴＭｌ）；クリグラー・ナジャー症候群（ＵＧＴｌＡｌ）；網膜色素変性（ｈＰＤＥ６Ｂ）；ムコ多糖症３Ｂ型（ｈＮＡＧＬＵ）；デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＧＡＬＧＴ２）；アルツハイマー病（ＮＧＦ；ＡｐｏＥ４；ＡｐｏＥ２；ＡｐｏＥ３；抗ＡｐｏＥ ＲＮＡｉ）；家族性リポタンパク質リパーゼ欠損症（ＬＰＬ）；アルファ－１アンチトリプシン欠乏症（ｈＡＡＴ）；レーベル先天性黒内障２（ｈＲＰＥ６５ｖ２）；バッテン病；後期乳児神経リポフスチン症（ＣＬＮ２）；ハンチントン病（ＨＴＴ；抗ＨＴＴ ＲＮＡｉ）；脆弱Ｘ症候群（ＦＭＲ１）；レーベル遺伝性視神経症（ＰｌＮＤ４ｖ２）；芳香族アミノ酸脱炭酸酵素欠損症（ｈＡＡＤＣ）；網膜色素変性（ｈＭＥＲＫＴＫ）；及び網膜色素変性（ＲＬＢＰｌ）が挙げられる。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、ヒト遺伝子又はその断片である。いくつかの態様では、治療用ポリペプチドは、ヒトタンパク質である。いくつかの態様では、異種導入遺伝子は、抗体又はその断片（例えば、抗体軽鎖、抗体重鎖、Ｆａｂ、又はｓｃＦｖ）をコードする。異種導入遺伝子によってコードされる抗体又はその断片の例としては、限定されないが、及び抗Ａｂ抗体（例えば、ソラネズマブ、ＧＳＫ９３３７７６、及びレカネマブ）、抗ソルチリン（例えば、ＡＬ－００１）、抗Ｔａｕ（例えば、ＡＢＢＶ－８Ｅ１２、ＵＣＢ－０１０７、及びＮＩ－１０５）、抗ＳＥＭＡ４Ｄ（例えば、ＶＸ１５／２５０３）、抗アルファシヌクレイン（例えば、プラシネズマブ、ＮＩ－２０２、及びＭＥＤ－１３４１）、抗ＳＯＤ１（例えば、ＮＩ－２０４）、抗ＣＧＲＰ受容体（例えば、エプチネズマブ、フレマネズマブ、又はガルカネズマブ）、抗ＶＥＧＦ（例えば、セバシズマブ、ラニビズマブ、ベバシズマブ、及びブロルシズマブ）、抗ＥｐｏＲ（例えば、ＬＫＡ－６５１、）、抗ＡＬＫｌ（例えば、アスクリンバクマブ）、抗Ｃ５（例えば、テシドルマブ、ラブリズマブ、及びエクリズマブ）、抗ＣＤ１０５（例えば、カロツキシマブ）、抗ＣＣｌＱ（例えば、ＡＮＸ－００７）、抗ＴＮＦａ（例えば、アダリムマブ、インフリキシマブ、及びゴリムマブ）、抗ＲＧＭａ（例えば、エレザヌマブ）、抗ＴＴＲ（例えば、ＮＩ－３０１及びＰＲＸ－００４）、抗ＣＴＧＦ（例えば、パムレブルマブ）、抗ＩＬ６Ｒ（例えば、サトラリズマブ、トシリズマブ、及びサリルマブ）、抗ＩＬ６（例えば、シルツキシマブ、クラザキズマブ、シルクマブ、オロキズマブ、及びゲリリムズマブ）、抗ＩＬ４Ｒ（例えば、デュピルマブ）、抗ＩＬ１７Ａ（例えば、イキセキズマブ及びセクキヌマブ）、抗ＩＬ５Ｒ（例えば、レスリズマブ）、抗ＩＬ－５（例えば、ベンラリズマブ及びメポリズマブ）、抗ＩＬ１３（例えば、トラロキヌマブ）、抗ＩＬ１２／ＩＬ２３（例えば、ウステキヌマブ）、抗ＣＤ１９（例えば、イネビリズマブ）、抗ＩＬ３１ＲＡ（例えば、ネモリズマブ）、抗ＩＴＧＦ７ ｍＡｂ（例えば、エトロリズマブ）、抗ＳＯＳＴ ｍＡｂ（例えば、ロモソズマブ）、抗ＩｇＥ（例えば、オマリズマブ）、抗ＴＳＬＰ（例えば、ネモリズマブ）、抗ｐＫａｌ ｍＡｂ（例えば、ラナデルマブ）、抗ＩＴＧＡ４（例えば、ナタリズマブ）、抗ＩＴＧＡ４Ｂ７（例えば、ベドリズマブ）、抗ＢＬｙＳ（例えば、ベリムマブ）、抗ＰＤ－１（例えば、ニボルマブ及びペムブロリズマブ）、抗ＲＡＮＫＬ（例えば、デノスマブ）、抗ＰＣＳＫ９（例えば、アリロクマブ及びエボロクマブ）、抗ＡＮＧＰＴＬ３（例えば、エビナクマブ＊）、抗ＯｘＰＬ（例えば、Ｅ０６）、抗ｆＤ（例えば、ランパリズマブ）、又は抗ＭＭＰ９（例えば、アンデカリキシマブ）が挙げられ、任意選択的に、重鎖（Ｆａｂ及びＦｃ領域）並びに軽鎖が、自己切断フリン（Ｆ）／Ｆ２Ａ又はフリン（Ｆ）／Ｔ２Ａ、ＩＲＥＳ部位、又は可撓性リンカーによって分離され、例えば、等量の重鎖及び軽鎖ポリペプチドの発現を確実にする。

【0190】

いくつかの実施形態では、ウイルス粒子は、ゲノム編集系をコードする異種導入遺伝子を含む。例としては、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集系（例えば、ガイドＲＮＡ分子及び／又はＣａｓ９、Ｃｐｆ１などのＣａｓ酵素などのＲＮＡ誘導ヌクレアーゼなど、例えば、ＣＲＩＳＰＲゲノム編集系の１つ以上の成分）、ジンクフィンガーヌクレアーゼゲノム編集系、ＴＡＬＥＮゲノム編集システム、又はメガヌクレアーゼゲノム編集系が挙げられる。複数の実施形態では、ゲノム編集系は、哺乳動物、例えば、ヒトのゲノム標的配列を標的とする。複数の実施形態では、ウイルス粒子は、標的化可能な転写調節因子をコードする異種導入遺伝子を含む。例としては、ＣＲＩＳＰＲベースの転写調節因子（例えば、ＣＲＩＳＰＲベースの転写調節因子の１つ以上の成分、例えば、ガイドＲＮＡ分子及び／又は酵素的に不活性なＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ／転写因子（「ＴＦ」）融合タンパク質、例えば、ｄＣａｓ９－ＴＦ融合、ｄＣｐｆ１－ＴＦ融合などの）、ジンクフィンガー転写因子融合タンパク質、ＴＡＬＥＮ転写調節因子又はメガヌクレアーゼ転写調節因子が挙げられる。

【0191】

いくつかの実施形態では、治療用分子又は系の成分は、１つより多い独自のウイルス粒子（例えば、１つより多い独自のウイルス粒子を含む集合体）によって送達される。他の実施形態では、治療用分子、又は治療用分子若しくは系の成分は、単一の独自のウイルス粒子（例えば、単一の独自のウイルス粒子を含む集合体）によって送達される。

【0192】

導入遺伝子はまた、任意の生物学的に活性な産物又は他の産物（例えば、研究に望ましい産物）をコードすることができる。好適な導入遺伝子は、限定されないが、本明細書に記載されるものなど、当業者によって容易に選択され得る。

【0193】

導入遺伝子によってコードされるタンパク質の他の例としては、限定されないが、コロニー刺激因子（ＣＳＦ）；β－グロビン、ヘモグロビン、組織プラスミノーゲン活性化因子、及び凝固因子などの血液因子；インターロイキン；可溶性受容体、例えば、可溶性ＴＮＦ－α受容体、可溶性ＶＥＧＦ受容体、可溶性インターロイキン受容体（例えば、可溶性ＩＬ－１受容体及び可溶性ＩＩ ＩＬ－１受容体）、又は可溶性受容体のリガンド結合断片；成長因子、例えば、ケラチノサイト成長因子（ＫＧＦ）、幹細胞因子（ＳＣＦ）、又は線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ、例えば、塩基性ＦＧＦ及び酸性ＦＧＦ）；酵素；ケモカイン；酵素活性化因子、例えば、組織プラスミノーゲン活性化因子；血管新生薬剤、例えば、血管内皮成長因子、グリオーマ由来成長因子、アンギオゲニン、又はアンギオゲニン－２；抗血管新生薬剤、例えば、可溶性ＶＥＧＦ受容体；タンパク質ワクチン；神経活性ペプチド、例えば、神経成長因子（ＮＧＦ）又はオキシトシン；血栓溶解剤；組織因子；マクロファージ活性化因子；メタロプロテイナーゼの組織阻害剤；又はＩＬ－１受容体アンタゴニストが挙げられる。

【0194】

したがって、本明細書に提供されるのは、（ａ）配列番号２のＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列、（ｂ）ＶＡＲ－１の変異セットを含み、かつ配列番号１に対して８０％より大きく（例えば、９０％より大きく、９１％より大きく、９２％より大きく、９３％より大きく、９４％より大きく、９５％より大きく、９６％より大きく、９７％より大きく、９８％より大きく、９９％より大きい）同一性を有する、ＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列、又は（ｃ）ＶＡＲ－１の変異セットを含み、かつ配列番号１に対して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０個の追加の変異を有するが、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２若しくは３１個より少ない追加の変異を有する、ＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列を含む、カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子である。複数の実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号２のＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３配列を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子は、異種導入遺伝子、例えば、肝臓障害を対象とする産物をコードする異種導入遺伝子を含む核酸分子を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子の核酸分子は、１つ以上の調節要素を更に含み、例えば、プロモーター、例えば、異種導入遺伝子に作動可能に連結され、かつ目的の組織における異種導入遺伝子からの発現を調節するプロモーターを含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子の核酸分子は、（ａ）ディペンドパルボウイルスＩＴＲ、（ｂ）イントロン、（ｃ）エンハンサー又はリプレッサー配列、（ｄ）スタッファー配列、及び（ｅ）ポリＡ配列のうちの１つ以上を更に含む。

【0195】

したがって、本明細書に提供されるのは、（ａ）配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列、（ｂ）ＶＡＲ－２の変異セットを含み、かつ配列番号１に対して８０％より大きく（例えば、９０％より大きく、９１％より大きく、９２％より大きく、９３％より大きく、９４％より大きく、９５％より大きく、９６％より大きく、９７％より大きく、９８％より大きく、９９％より大きい）同一性を有する、ＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列、又は（ｃ）ＶＡＲ－１の変異セットを含み、かつ配列番号１に対して少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９若しくは１０個の追加の変異を有するが、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２若しくは３１個より少ない追加の変異を有する、ＶＰ１、ＶＰ２若しくはＶＰ３配列を含む、カプシドポリペプチドを含むウイルス粒子である。複数の実施形態では、カプシドポリペプチドは、配列番号３のＶＰ１、ＶＰ２及びＶＰ３配列を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子は、異種導入遺伝子、例えば、肝臓障害を対象とする産物をコードする異種導入遺伝子を含む核酸分子を含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子の核酸分子は、１つ以上の調節要素を更に含み、例えば、プロモーター、例えば、異種導入遺伝子に作動可能に連結され、かつ目的の組織における異種導入遺伝子からの発現を調節するプロモーターを含む。複数の実施形態では、ウイルス粒子の核酸分子は、（ａ）ディペンドパルボウイルスＩＴＲ、（ｂ）イントロン、（ｃ）エンハンサー又はリプレッサー配列、（ｄ）スタッファー配列、及び（ｅ）ポリＡ配列のうちの１つ以上を更に含む。

【0196】

本開示は、一部には、対象、例えば、動物又はヒト対象にペイロードを送達する方法を更に対象とする。いくつかの実施形態では、ペイロードを対象に送達する方法は、例えば、ペイロードを送達するのに十分な量及び時間で、ペイロードを含むバリアントポリペプチド（例えば、本明細書に記載のもの）を含むディペンドパルボウイルス粒子を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、ディペンドパルボウイルス粒子は、本明細書に記載のディペンドパルボウイルス粒子であり、本明細書に記載のペイロードを含む。いくつかの実施形態では、粒子は、ペイロードを肝臓に送達する。いくつかの実施形態では、肝臓への送達は、バリアントカプシドポリペプチドを含まない粒子と比較して、又は野生型カプシドポリペプチドと比較して、増加する。

【0197】

治療方法
本開示は、一部には、対象、例えば、動物又はヒト対象における疾患又は状態を治療する方法を対象とする。本明細書で使用される場合、「疾患又は状態を治療すること」という用語は、例えば、対象が疾患若しくは状態の１つ以上の症状を既に患っている場合、明らかな疾患若しくは状態を治療することを指すか、又は例えば、対象が疾患若しくは状態を有すると特定されているが、疾患若しくは状態の１つ以上の症状をまだ呈していない場合、明らかになる前の疾患又は状態を治療することを指す。明らかになる前の状態は、例えば、遺伝子検査によって特定され得る。いくつかの実施形態では、対象における疾患又は状態を治療する方法は、本明細書に記載のバリアントポリペプチドを含む、例えば、本明細書に記載のペイロードを含むディペンドパルボウイルス粒子を対象に投与することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のペイロードを含むバリアントポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子は、疾患又は状態を治療するのに有効な量及び／又は時間で投与される。いくつかの実施形態では、ペイロードは、治療用産物である。いくつかの実施形態では、ペイロードは、例えば、外因性ポリペプチドをコードする、核酸である。

【0198】

本明細書に記載の、又は本明細書に記載の方法によって生成されたバリアントポリペプチドを含むディペンドパルボウイルス粒子を用いて、様々な疾患又は障害を治療するための１つ以上の治療用タンパク質を発現することができる。いくつかの実施形態では、疾患又は障害は、がん、例えば、がん腫、肉腫、白血病、リンパ腫などのがん、又は自己免疫疾患、例えば、多発性硬化症である。がん腫の非限定的な例としては、食道がん腫；気管支原性肺がん腫；結腸がん腫；結腸直腸がん腫；胃がん腫；肝細胞がん腫；基底細胞がん腫、扁平細胞がん腫（様々な組織）；膀胱がん腫、移行細胞がん腫を含む；肺がん腫、肺の小細胞がん腫及び非小細胞がん腫を含む；副腎皮質がん腫；汗腺がん腫；皮脂腺がん腫；甲状腺がん腫；膵臓がん腫；乳がん腫；卵巣がん腫；前立腺がん腫；腺がん；乳頭がん腫；乳頭腺がん；嚢胞腺がん腫；髄様がん腫；腎細胞がん腫；子宮がん腫；精巣がん腫；骨原性がん腫；非浸潤性乳管がん腫又は胆管がん腫；絨毛がん腫；セミノーマ；胎児性がん腫；ウィルムス腫瘍；子宮頸がん腫；上皮がん腫；及び鼻咽腔がん腫が挙げられる。肉腫の非限定的な例としては、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、軟骨肉腫、脊索腫、骨原性肉腫、骨肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、及び他の軟組織肉腫が挙げられる。固形腫瘍の非限定的な例としては、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、及び網膜芽細胞腫が挙げられる。白血病の非限定的な例としては、慢性骨髄増殖性症候群；Ｔ細胞ＣＬＬ前リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病；慢性リンパ球性白血病、Ｂ細胞ＣＬＬ、有毛細胞白血病を含む；及び急性リンパ芽球性白血病が挙げられる。リンパ腫の例としては、限定されないが、Ｂ細胞リンパ腫、例えば、バーキットリンパ腫、及びホジキンリンパ腫が挙げられる。いくつかの実施形態では、疾患又は障害は、遺伝性障害である。いくつかの実施形態では、遺伝性障害は、鎌状赤血球症、糖原病（ＧＳＤ、例えば、ＧＳＤ Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩ、ＶＩＩＩ、ＩＸ、Ｘ、ＸＩ、ＸＩＩ、ＸＩＩＩ、及びＸＩＶ型）、嚢胞性線維症、ライソゾーム酸性リパーゼ（ＬＡＬ）欠損症１、テイ－サックス病、フェニルケトン尿症、ムコ多糖症、ガラクトース血症、筋ジストロフィー（例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィー）、血友病、例えば、血友病Ａ（古典的な血友病）又は血友病Ｂ（クリスマス病）、ウィルソン病、ファブリー病、ゴーシェ病遺伝性血管性浮腫（ＨＡＥ）、及びアルファ１アンチトリプシン欠損症である。他の疾患又は障害の例は、上述の「ペイロードを送達する方法」において、上に提供される。

【0199】

複数の態様では、疾患又は状態は、肝臓の疾患である。いくつかの実施形態では、疾患又は状態は、慢性肝臓疾患である。

【0200】

いくつかの実施形態では、バリアントポリペプチドを含み、かつペイロード（例えば、導入遺伝子）を含むディペンドパルボウイルス粒子の対象への投与は、対象におけるペイロード（例えば、導入遺伝子）の発現を誘導する。いくつかの実施形態では、発現は、肝臓において誘導される。いくつかの実施形態では、野生型カプシドタンパク質と同様の粒子と比較して、肝臓における生成が増加する。対象（例えば、対象の血清）において発現されるペイロード、例えば、導入遺伝子、例えば、異種タンパク質、例えば、治療用ポリペプチドの量は、変動し得る。例えば、いくつかの実施形態では、ペイロード、例えば、導入遺伝子のタンパク質又はＲＮＡ産物は、対象の血清において、少なくとも約９μｇ／ｍｌ、少なくとも約１０μｇ／ｍｌ、少なくとも約５０μｇ／ｍｌ、少なくとも約１００μｇ／ｍｌ、少なくとも約２００μｇ／ｍｌ、少なくとも約３００μｇ／ｍｌ、少なくとも約４００μｇ／ｍｌ、少なくとも約５００μｇ／ｍｌ、少なくとも約６００μｇ／ｍｌ、少なくとも約７００μｇ／ｍｌ、少なくとも約８００μｇ／ｍｌ、少なくとも約９００μｇ／ｍｌ、又は少なくとも約１０００μｇ／ｍｌの量で発現され得る。いくつかの実施形態では、ペイロード、例えば、導入遺伝子のタンパク質又はＲＮＡ産物は、対象の血清において、約９μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ、約５０μｇ／ｍｌ、約１００μｇ／ｍｌ、約２００μｇ／ｍｌ、約３００μｇ／ｍｌ、約４００μｇ／ｍｌ、約５００μｇ／ｍｌ、約６００μｇ／ｍｌ、約７００μｇ／ｍｌ、約８００μｇ／ｍｌ、約９００μｇ／ｍｌ、約１０００μｇ／ｍｌ、約１５００μｇ／ｍｌ、約２０００μｇ／ｍｌ、約２５００μｇ／ｍｌ、又はこれらの値の任意の２つの間の範囲の量で発現される。

【0201】

本明細書に開示される配列は、同一性パーセントの観点から記載され得る。当業者は、そのような特徴が、２つ以上の配列のアラインメントを伴うことを理解するであろう。アラインメントは、公的又は商業的に利用可能な様々な多重配列整列プログラムのいずれか、例えば、インターネットを介して利用可能な「Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ」を使用して行われ得る。別の例として、核酸配列は、ＧＣＧバージョン６．１のプログラムであるＦＡＳＴＡを用いて比較することができる。ＦＡＳＴＡは、照会及び検索配列の間の最良の重複領域のアラインメント及び配列同一性パーセントを提供する。例えば、核酸配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧバージョン６．１（参照により本明細書に組み込まれる）に提供されるように、そのデフォルトパラメータを有するＦＡＳＴＡを使用して決定され得る。同様のプログラム、例えば、「Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ」プログラムが、アミノ酸配列に対して利用可能である。使用され得る更なる配列アラインメントツールは、（タンパク質配列アラインメント；（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／））及び（核酸アラインメント；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／ｅｍｂｏｓｓ＿ｎｅｅｄｌｅ／ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ．ｈｔｍｌ））によって提供される。一般的に、これらのプログラムのいずれかをデフォルト設定で使用してもよいが、当業者は、これらの設定を必要に応じて変更し得る。代替的に、当業者は、別のアルゴリズム又はコンピュータプログラムを利用することができ、参照のアルゴリズム及びプログラムによって提供されるように、少なくとも同一性のレベル又はアラインメントが提供される。本明細書に開示される配列は、編集距離に関して更に記載され得る。１つの配列を別の配列に変化させる配列編集（すなわち、単一の塩基又はヌクレオチドの付加、置換、又は欠失）の最小数は、２つの配列間の編集距離である。いくつかの実施形態では、２つの配列間の距離は、レーベンシュタイン距離として計算される。

【0202】

本明細書で引用される全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の刊行物及び参考文献（例えば、配列データベース参照番号）は、それらの全体が参照により組み込まれる。例えば、本明細書、例えば、本明細書の任意の表において参照される全てのＧｅｎＢａｎｋ、Ｕｎｉｇｅｎｅ、及びＥｎｔｒｅｚ配列は、参照により組み込まれる。別途指定されない限り、本明細書の任意の表に含まれる、本明細書に指定される配列受託番号は、２０２０年８月２１日現在のデータベースエントリを指す。１つの遺伝子又はタンパク質が複数の配列受託番号を参照する場合、配列バリアントの全てが包含される。

【0203】

本発明は、以下の実施例によって更に例示される。以下の実施例は、単なる例示の目的のために提供され、本発明の範囲又は内容を決して限定するものとして解釈されるべきではない。

【実施例】

【0204】

実施例１
ライブラリ作成
野生型ＡＡＶ２の２．５Ｅ５カプシドバリアントのライブラリを設計し、プラスミドにクローニングして、カプシドバリアントをコードするプラスミドのライブラリを作成した。各バリアントのカプシド及び独自のカプシドバリアントバーコード識別子をコードするＡＡＶバリアントゲノムのライブラリを、以前に記載されているように（Ｏｇｄｅｎ ｅｔ ａｌ．２０１９）、３つのＩＴＲプラスミド骨格にクローニングした。各プラスミド骨格は、異なる投与経路を介した生体内分布及び形質導入効率の分析を可能にする独自のゲノム識別子を含有していた。ライブラリは、接着性ＨＥＫ２９３Ｔの一過性三重トランスフェクション、続いてイオジキサノール勾配精製によって生成された。

【0205】

ライブラリのインビトロ評価
データを、以下に記載されるように調製した。各バリアントのパッケージング効率（又は「生成」）を測定するために、プラスミド内のベクターゲノムからのバーコード及び生成されたＡＡＶライブラリを、２ラウンドのＰＣＲを使用したＩｌｌｕｍｉｎａシーケンシングのために調製した。各バリアントについて、入力プラスミドライブラリ内の存在について正規化された生成効率は、生成されたベクタープール内の各バリアントのバーコード配列決定レベルを、ベクタープールを作成するために使用される入力プラスミドライブラリ内の各バリアントのバーコード配列決定レベルと比較することによって発現される。ベクターライブラリにおけるバリアント頻度の測定はまた、入力ベクターライブラリにおけるバリアント頻度による生体内分布及び形質導入測定の下流正規化を可能にする。生成効率を表１に報告し、各報告値を、野生型ＡＡＶ２の生成に対するｌｏｇ２生成として報告する。

【0206】

非ヒト霊長類におけるライブラリのインビボ評価
全てのＮＨＰ実験を、施設の方針及びＮＩＨガイドラインに従って実施した。抗ＡＡＶ２中和抗体について血清陰性（インビトロＮＡｂアッセイに基づく血清ＮＡｂ力価＜１：２０）の２．４～２．９ｋｇの体重の若年成体雄１匹及び若年成体雌カニクイザル（Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）１匹を試験のために選択した。試験物品の投与前に、血液、房水（５０μＬ）及び硝子体液（最大５０μＬ）の試料を収集した。動物をケタミン及びデクスメデトミジンで麻酔し、ベクターライブラリの硝子体内注射（ＩＶＴ；５０μＬ中の４．８Ｅ１１ｖｇ／眼）、前房内注射（ＩＣ；５０μＬ中の８．５Ｅ１１ｖｇ／眼）及び静脈内注射（ＩＶ；１．８～２．５Ｅ１３ｖｇ／ｋｇ）を行った。生存期間中、動物を、間接眼科検査及びスリットランプ生体顕微鏡検査を介して眼の炎症の兆候について監視し、動物施設のＳＯＰ及び獣医師からの推奨に従って、必要に応じて、ステロイド（メチルプレドニゾロン、４０～８０ｍｇ）及び局所ステロイド（デュレゾール）、及びアトロピンの毎週のＩＭ注射により治療した。１時間、４時間及び２４時間で、並びに毎週の注射後に、血清試料を収集した。動物を注射の４週間後に安楽死させ、生体内分布及び形質導入分析のために組織を収集した。眼組織に加えて、収集された他の組織試料のリストを表３に示す。全ての試料をＲＮＡｌａｔｅｒ（登録商標）（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）に収集し、室温で一晩インキュベートした後、ＲＮＡｌａｔｅｒ（登録商標）を排出し、試料を－８０℃で凍結させた。加えて、房水、硝子体液、血清、及び脳脊髄液の試料を剖検で収集し、－８０℃で保存した。

【表4】

【0207】

生物内分布及び形質導入分析のために、全ＤＮＡ及びＲＮＡを、トリゾール／クロロホルム及びイソプロパノール沈殿を用いて組織試料から抽出した。ＲＮＡ試料をＴＵＲＢＯ ＤＮａｓｅ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）により処理した。逆転写は、ベクター導入遺伝子に特異的であり、かつ独自の分子識別子（ＵＭＩ）を含むプライマーを用いて、Ｐｒｏｔｏｓｃｒｉｐｔ ＩＩ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ（ＮＥＢ）で行った。逆転写酵素を欠く対照反応（－ＲＴ対照）も調製した。生体内分布及び形質導入の定量化は、導入遺伝子構築物に特異的なプライマー及びプローブを使用して、Ｌｕｎａ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｐｒｏｂｅ ｑＰＣＲ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＮＥＢ）を用いて行った。最後に、試料を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮＧＳプラットフォームと適合性のあるプライマーを用いて導入遺伝子バーコード領域を増幅し、ＮｅｘｔＳｅｑ ５５０（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で配列決定することによって、次世代配列決定のために調製した。

【0208】

配列決定後、期待されるアンプリコン構造を有するリードからバーコードタグを抽出し、各バーコードの存在量（リード数又はＵＭＩ数）を記録した。分析は、入力プラスミド試料中に存在し、かつ入力プラスミド試料のバリアント領域を標的とする別個の配列決定アッセイによって測定されるように、バリアント配列にエラーを含有しないバーコードのセットに限定した。

【0209】

パッケージング複製物を集計するために、複製物ウイルス生成試料からのリードカウントを合計した。形質導入試料を集計するために、同じ組織からの試料からのＵＭＩカウントを合計した。

【0210】

組織のウイルスパッケージング、生体内分布及び形質導入は、入力として、集計された生成、生体内分布及び／又は形質導入試料を用いるベイズモデルを使用して、計算した。手短に言えば、確率的プログラミング及び確率的変動推論を使用して、実際の試験ウイルス粒子とそれらの設計された配列との間の測定プロセス及びデカップリングのソース（例えば、クロスパッケージング、テンプレートスイッチング、及びＤＮＡ合成におけるエラー）をモデリングし、ウイルス生成、生体内分布及び形質導入（様々な組織試料中）、並びにエラー率を計算した。出力は、野生型（ＷＴ）ＡＡＶ２に対して計算された分布のｌｏｇ２変換された平均であった。したがって、正の値は、測定された特性についてＷＴよりも優れた性能を示し、負の値は、ＷＴよりも悪い性能を示す。肝臓組織における形質導入及び生体内分布を表１に報告する。

【0211】

実施例２
表２（配列）に提供されるバリアントカプシドを含むウイルス粒子は、接着性ＨＥＫ２９３Ｔの一過性三重トランスフェクション、続いてイオジキサノール勾配精製を介して個々に生成される。各バリアントカプシドは、ユビキタスプロモーターの制御下で、独自のバーコード及び蛍光性レポーター遺伝子をコードするゲノムを用いて生成される。生成効率は、上述のように評価される。各ウイルス粒子の等価量（ｖｇ）をプールし、実施例１で使用した用量で非ヒト霊長類（例えば、カニクイザル又はアフリカグリーンモンキー）に注射する。例えば、実施例１に記載されるように、生体内分布及び組織形質導入を含むウイルス特性を評価する。

【0212】

表２（配列）に提供されるものを含む、カプシドの選択（およそ１００の独自のバリアント及び野生型比較対照）を含むウイルス粒子を、接着性ＨＥＫ２９３Ｔの一過性三重トランスフェクション、続いてイオジキサノール勾配精製を介して個々に生成した。最終的にプールされた試験物品内の個々のバリアントの表現は、可能であれば１０倍の範囲内でバランスをとった。各バリアントカプシドは、ユビキタスプロモーター（ｃｂｈ）の制御下で、独自のバーコード及び蛍光性レポーター遺伝子をコードするゲノムを用いて生成された。全体として、各バリアントは、８つの独自のバーコードを含む別個のゲノムで生成され、研究内の生物学的複製物の尺度を提供した。全てのＮＨＰ実験を、施設の方針及びＮＩＨガイドラインに従って実施した。２．８～３ｋｇの体重の２匹の若年成体雄カニクイザル（Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）、１つの血清陰性（インビトロＮＡｂアッセイに基づく血清ＮＡｂ力価＜１：２０）、及び抗ＡＡＶ２中和抗体の１つの血清陽性（１：１２８）を研究のために選択した。試験物品の投与前に、血液、房水（５０μＬ）及び硝子体液（最大５０μＬ）の試料を収集した。動物をケタミン及びデクスメデトミジンで麻酔し、ベクターライブラリの静脈内注射（ＩＶ、２Ｅ１２ｖｇ／ｋｇ）を行った。別々にバーコード化されたバリアントの追加のライブラリを、硝子体内及び前房内注射を介して送達した。生存期間中、動物を、間接眼科検査及びスリットランプ生体顕微鏡検査を介して眼の炎症の兆候について監視し、動物施設のＳＯＰ及び獣医師からの推奨に従って、必要に応じて、ステロイド（メチルプレドニゾロン、８０ｍｇ）及び局所ステロイド（デュレゾール）、及びアトロピンの毎週のＩＭ注射により治療した。動物を注射の４週間後に安楽死させ、生体内分布及び形質導入分析のために組織を収集した。眼組織及び表３に記載の組織を秤量し、解剖後にドライアイス上で急速凍結させた。組織を処理し、実施例１に記載されるように生体内分布／形質導入を評価した。結果を表４に示し、この結果は、２匹の試験動物のそれぞれからの少なくとも４つの肝臓組織片（合計少なくとも８つの試料）に由来していた。この培地スループット実験からのデータは、実施例１に記載されるライブラリ実験からの所見を確認し、ＶＡＲ－１又はＶＡＲ－２のカプシドポリペプチドを含むものなどの本明細書に記載のウイルス粒子が、野生型ＡＡＶ５及び野生型ＡＡＶ２の両方に対して、増強された肝臓形質導入を示すことを実証する。したがって、これらのカプシドポリペプチド及びこれらのカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は、肝臓障害に向けられた療法のための遺伝子治療ベクターとして、又は肝臓組織への選択的かつ増強された形質導入が有益である場合に、増強された有用性を有する。

【0213】

肝臓試料からの単核ＲＮＡ配列決定
実施例２に記載の動物由来のバルク肝臓試料は、凍結した状態で到着する。肝臓試料の１０ｍｇ切片を－２０Ｃで解剖し、緩衝液（１．５ｍＬの２倍のＳＴ緩衝液［２００ｕＬの１ＭのＴｒｉｓ－ＨＣｌ、ｐＨ７．５（最終２０ｍＭ）；５８０ｕＬの５ＭのＮａＣｌ（最終２９２ｍＭ）；２０ｕＬの１ＭのＣａＣｌ２（最終２ｍＭ）；４２０ｕＬの１ＭのＭｇＣｌ２（最終４２ｍＭ）；８．７８ｍＬのＮ．Ｆ．Ｈ２Ｏ）］、９０ｕＬの１０％のＴｗｅｅｎ－２０（最終０．０３％）、３ｕＬの１０％のＢＳＡ（最終０．０１％）、１５ｕＬの４０Ｕ／ｕＬのマウスＲＮＡｓｅ阻害剤（最終０．２Ｕ／ｕＬ）、１．３９２ｍＬのＮ．Ｆ．Ｈ２Ｏ）中、氷上で１０分間かけて粉砕し、次いでダウンス型ホモジナイザーで均質化して核を放出させる。ダウンスの後、試料（２ｍｌ）を、２ｍｌの９．５％＋１倍のＰＢＳ＋ＲＮＡｓｅ阻害剤を含有する１５ｍｌのファルコンチューブにすぐに移した。試料を混合し、最初に７０ミクロンフィルターを通して濾過し、次に４０ミクロンフィルターを通して濾過した。濾過した試料の少量（５ｕｌ）のアリコートを、カウントのために１倍のＰＢＳ＋２％のＢＳＡ＋ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）で１：４に希釈した。試料（現時点で約４ｍｌ）を、２％のＢＳＡ＋１倍のＰＢＳ＋ＲＮＡｓｅ阻害剤で予めコーティングされた４個の１．５ｍｌのタンパク質低結合型遠心チューブに等分した。試料を２００ＲＣＦで、４Ｃで５分間遠心分離した。上清を廃棄し、ペレットを５％のＢＳＡ＋１倍のＰＢＳ＋ＲＮＡｓｅ－阻害剤＋ＰＩに再懸濁させた。次いで、核をＷＯＬＦ選別機で選別した。試料を、ＰＩについて陽性に染色された無傷の核についてゲーティングした。ダブレットの代理として、ＰＩの曲線下面積をゲーティングすることによってダブレットを廃棄した。ＦＡＣＳで洗浄した核を、２００ＲＦＣで、４Ｃで５分間遠心分離した。ペレットを２％ＢＳＡ＋１倍のＰＢＳ＋ＲＮＡｓｅ阻害剤に再懸濁させ、カウントした。最終核濃度を、１０倍封入のために必要に応じて調整した。１０倍封入及びライブラリ調製：次に、製造業者の標準的な指示に従って、単一細胞の封入に１０倍のクロムプラットフォームを使用した。逆転写を１０倍プロトコルに従って行った。ｃＤＮＡ増幅は、Ｄｙｎｏウイルス転写特異的フォワードプライマーをスパイクインした１０倍特徴バーコードｃＤＮＡ増幅キットを使用して行った。ｃＤＮＡ増幅後、ｃＤＮＡライブラリの一部を使用して、１０倍の標準プロトコルに従って遺伝子発現ライブラリを生成した。同じｃＤＮＡライブラリの小さな部分を使用して、ウイルスゲノムのバーコード領域をＰＣＲ増幅することによって標的ライブラリを生成した。ウイルス転写特異的プライマーと組み合わせて、Ｎｅｘｔｅｒａ Ｈａｎｄｌｅ又はＴｒｕＳｅｑ Ｈａｎｄｌｅのいずれかに結合するプライマーを、標的増幅に使用した。ＴｒｕＳｅｑ－Ｈａｎｄｌｅプライマーを使用して増幅する場合、標的増幅の直後にゲル抽出ステップを実施して、より大きな直線的に増幅されたバックグラウンドから目的の生成物を選択した。標的増幅産物を精製したら、ＰＣＲの事前インデックス作成及びインデックス作成を行い、ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｎｅｘｔ Ｓｅｑシーケンサーを使用してライブラリを配列決定した。次に、ＮＨＰ肝臓組織から単離された核からのデータを配列決定した。ＵＭＡＰプロット（Ｌｅｉｄｅｎクラスタリング）に対し、組織試料からの単核ＲＮＡ配列決定データをプロットして、主要な細胞クラスターを示し、ＭａｃＰａｒｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．（参照により本明細書に組み込まれるＮａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．，２０１８ ９（１）：４３８３．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓ４１４６７－０１８－０６３１８－７）に従って、アノテーションされた肝臓細胞型参照データセットに対してデータを投影した。図２は、その結果をプロットしたものである。ＶＡＲ－１又はＶＡＲ－２のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子は両方とも、野生型ＡＡＶ２、ＡＡＶ５及びＡＡＶ９ウイルス粒子の全てに対して、増加した肝細胞の形質導入を示す。ＶＡＲ－１は、野生型ＡＡＶ２及びＡＡＶ９よりもおよそ２．５倍の肝細胞形質導入の改善、並びに野生型ＡＡＶ５よりも１５倍の肝細胞形質導入の改善を示した。ＶＡＲ－２は、野生型ＡＡＶ２及びＡＡＶ９よりもおよそ３倍の肝細胞形質導入の改善、並びに野生型ＡＡＶ５よりも１８倍の肝細胞形質導入の改善を示した。これらの結果をまとめると、本明細書に記載のカプシドポリペプチドを含むウイルス粒子が、バルク組織における改善した肝臓形質導入、並びに肝細胞（肝臓標的遺伝子療法における目的の細胞型）を標的とする能力の改善を有することが実証される。

【0214】

参考文献：
Ｏｇｄｅｎ ＰＪ，Ｋｅｌｓｉｃ ＥＤ，Ｓｉｎａｉ Ｓ，Ｃｈｕｒｃｈ ＧＭ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ＡＡＶ ｃａｐｓｉｄ ｆｉｔｎｅｓｓ ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｖｉｒａｌ ｇｅｎｅ ａｎｄ ｅｎａｂｌｅｓ ｍａｃｈｉｎｅ－ｇｕｉｄｅｄ ｄｅｓｉｇｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１９ Ｎｏｖ ２９；３６６（６４６９）：１１３９－１１４３．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｗ２９００．ＰＭＩＤ：３１７８０５５９；ＰＭＣＩＤ：ＰＭＣ７１９７０２２．

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【配列表】

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【国際調査報告】