▶ リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-07-24
(54)【発明の名称】抗体応答を抗原に適合させるための抗体の利用
(51)【国際特許分類】
A61K 39/00 20060101AFI20240717BHJP
A61P 37/02 20060101ALI20240717BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20240717BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240717BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20240717BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20240717BHJP
A61K 31/711 20060101ALI20240717BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20240717BHJP
A61K 35/761 20150101ALI20240717BHJP
A61K 35/763 20150101ALI20240717BHJP
A61K 39/12 20060101ALI20240717BHJP
A61K 39/215 20060101ALI20240717BHJP
A61K 39/145 20060101ALI20240717BHJP
A61K 9/16 20060101ALI20240717BHJP
C07K 16/18 20060101ALI20240717BHJP
C07K 16/46 20060101ALI20240717BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20240717BHJP
C12N 15/86 20060101ALI20240717BHJP
C07K 14/165 20060101ALI20240717BHJP
C07K 14/11 20060101ALI20240717BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20240717BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20240717BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20240717BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20240717BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240717BHJP
C12P 21/08 20060101ALN20240717BHJP
【ＦＩ】
A61K39/00 A ZNA
A61P37/02
A61K31/7088
A61K39/395 A
A61K39/395 H
A61K48/00
A61K31/7105
A61K31/711
A61K35/76
A61K35/761
A61K35/763
A61K39/00 H
A61K39/12
A61K39/215
A61K39/145
A61K9/16
C07K16/18
C07K16/46
C12N15/63 Z
C12N15/86 Z
C07K14/165
C07K14/11
C12N15/13
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12P21/08
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024500049
(86)(22)【出願日】2022-07-01
(85)【翻訳文提出日】2024-02-29
(86)【国際出願番号】 US2022035968
(87)【国際公開番号】W WO2023283134
(87)【国際公開日】2023-01-12
(31)【優先権主張番号】63/218,486
(32)【優先日】2021-07-05
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】597160510
【氏名又は名称】リジェネロン・ファーマシューティカルズ・インコーポレイテッド
【氏名又は名称原語表記】ＲＥＧＥＮＥＲＯＮ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬＳ， ＩＮＣ．
(74)【代理人】
【識別番号】100139723
【弁理士】
【氏名又は名称】樋口 洋
(74)【代理人】
【識別番号】100116540
【弁理士】
【氏名又は名称】河野 香
(72)【発明者】
【氏名】マーフィー，アンドリュー
(72)【発明者】
【氏名】キラトスー，クリストス
(72)【発明者】
【氏名】バウム，アリーナ
(72)【発明者】
【氏名】ペトロ，クリストファー
【テーマコード（参考）】
4B064
4B065
4C076
4C084
4C085
4C086
4C087
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B064AG27
4B064CA19
4B064CC24
4B064DA01
4B065AA01X
4B065AA57X
4B065AA83X
4B065AA87X
4B065AA90X
4B065AA90Y
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA25
4B065CA44
4C076AA31
4C076EE51
4C084AA13
4C084MA41
4C084NA05
4C084NA14
4C084ZB051
4C084ZB052
4C084ZB071
4C084ZB072
4C085AA03
4C085AA13
4C085AA14
4C085BA01
4C085BA51
4C085BA55
4C085BA71
4C085BB11
4C085DD88
4C086AA01
4C086AA02
4C086MA02
4C086MA04
4C086MA41
4C086NA05
4C086NA14
4C086ZB05
4C086ZB07
4C087AA01
4C087BC83
4C087CA12
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4C087NA05
4C087NA13
4C087NA14
4C087ZB05
4C087ZB07
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA01
4H045CA40
4H045DA75
4H045DA76
4H045DA86
4H045EA20
4H045FA74
(57)【要約】
本明細書に記載されるのは、抗原の１つ以上の第１のエピトープ（例えば、ワクチン抗原の免疫優性エピトープ）を標的とする１つ以上の抗体を投与することによって、対象における抗体応答を、その抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的としないようにし、その抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とするようにする、方法及び組成物である。
【選択図】図１
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の第１のエピトープから前記抗原の１つ以上の第２のエピトープに転換する方法であって、前記方法は、前記対象に、（ｉ）前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、前記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で前記対象に投与される、方法。
【請求項2】
抗原の１つ以上の第１のエピトープを、対象の免疫系による認識から遮蔽する方法であって、前記方法は、前記対象に、（ｉ）前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを前記対象の免疫系による認識から遮蔽するために有効な量で前記対象に投与される、方法。
【請求項3】
抗原の第２のエピトープを標的とする１つ以上の抗体を生成する方法であって、前記方法は、対象に、（ｉ）前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、前記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で前記対象に投与される、方法。
【請求項4】
前記対象から、前記抗原を標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、又は前記抗原を標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項5】
前記単離するステップは、前記抗体、又は前記抗体を産生する細胞を、前記抗原に結合させるステップを含み、前記抗原は検出可能な標識を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記抗体を産生する細胞はＢ細胞である、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項7】
前記対象から単離した抗体又はその抗原結合断片をベースとして、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成するステップを更に含む、請求項４～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
前記モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はヒト抗体である、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
前記モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はヒト化抗体である、請求項７に記載の方法。
【請求項10】
必要とする対象におけるワクチンの効能を向上させる方法であって、前記ワクチンは、抗原、又は抗原をコードする核酸分子を含み、前記方法は、前記対象に、（ｉ）前記ワクチンと、（ｉｉ）前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、前記ワクチンと、前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、前記ワクチンの効能を向上させるために有効な量で前記対象に投与される、方法。
【請求項11】
前記ワクチンは前記対象にプライムブースト法で投与され、前記プライムブースト法は、前記ワクチンのプライミング用量を前記対象に投与した後、かつ前記ワクチンのブースト用量を前記対象に投与する前に、前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を前記対象に投与するステップを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子を投与する前に、前記対象に投与される、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子の投与の３週間前までに、前記対象に投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子の投与の３日前までに、前記対象に投与される、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子を投与した後に、前記対象に投与される、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項16】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子の投与の３週間後までに、前記対象に投与される、請求項１５に記載の方法。
【請求項17】
前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子の投与中に、前記対象に投与される、請求項１～１１のいずれ１項に記載の方法。
【請求項18】
（ｉ）前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子とは、異なる製剤として投与される、請求項１７に記載の方法。
【請求項19】
（ｉ）前記１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子とは、同一の製剤で投与される、請求項１７に記載の方法。
【請求項20】
（ｉ）前記１つ以上の抗体と（ｉｉ）前記抗原とをコードする核酸分子を投与するステップを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記核酸分子はＲＮＡ分子である、請求項２０に記載の方法。
【請求項22】
前記ＲＮＡ分子はｍＲＮＡ分子である、請求項２１に記載の方法。
【請求項23】
前記核酸分子はＤＮＡ分子である、請求項２０に記載の方法。
【請求項24】
前記核酸分子は化学修飾されている、請求項２０～２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項25】
前記核酸分子は、前記抗原をコードするヌクレオチド配列及び／又は前記１つ以上の抗体をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、少なくとも１つの調節エレメントを含む、請求項２０～２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項26】
前記調節エレメントはプロモーターである、請求項２５に記載の方法。
【請求項27】
前記核酸分子はベクター内に含まれる、請求項２０～２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項28】
前記ベクターはウイルスベクターである、請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
前記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、又はワクシニアウイルスベクターである、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
前記レトロウイルスベクターはレンチウイルスベクターである、請求項２９に記載の方法。
【請求項31】
前記ベクターは非ウイルスベクターである、請求項２７に記載の方法。
【請求項32】
前記非ウイルスベクターは、ミニサークルプラスミド、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ｐｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、又は相同組換え修復（ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒｅｐａｉｒ：ＨＤＲ）ベースの遺伝子編集のためのテンプレートとして使用される一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ分子である、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記１つ以上の第１のエピトープは、免疫優性エピトープである、請求項１～３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項34】
前記免疫優性エピトープは、前記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、前記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記抗原はタンパク質抗原である、請求項１～３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項36】
前記抗原は非タンパク質抗原である、請求項１～３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項37】
前記抗原はクラスＩ病原体由来である、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項38】
前記抗原はクラスＩＩ病原体由来である、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項39】
前記病原体はウイルスである、請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
前記ウイルスはコロナウイルスである、請求項３９に記載の方法。
【請求項41】
前記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、前記１つ以上の第１のエピトープは、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
前記ウイルスはインフルエンザウイルスである、請求項３９に記載の方法。
【請求項44】
前記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）であり、前記１つ以上の第１のエピトープは、前記ＨＡのヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれる、請求項４３に記載の方法。
【請求項45】
前記抗原は、前記対象の内因性分子である、請求項１～３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項46】
前記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
前記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）である、請求項１～４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項48】
前記対象は哺乳類である、請求項１～４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項49】
前記対象はヒトである、請求項４８に記載の方法。
【請求項50】
前記対象は実験動物である、請求項４８に記載の方法。
【請求項51】
前記対象はマウスである、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
抗原と、前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体とをコードする、核酸分子。
【請求項53】
前記核酸分子はＲＮＡ分子である、請求項５２に記載の核酸分子。
【請求項54】
前記ＲＮＡ分子はｍＲＮＡ分子である、請求項５３に記載の核酸分子。
【請求項55】
前記核酸分子はＤＮＡ分子である、請求項５２に記載の核酸分子。
【請求項56】
前記核酸分子は化学修飾されている、請求項５２～５５のいずれか１項に記載の核酸分子。
【請求項57】
前記核酸分子は、前記抗原をコードするヌクレオチド配列及び／又は前記１つ以上の抗体をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、少なくとも１つの調節エレメントを含む、請求項５２～５６のいずれか１項に記載の核酸分子。
【請求項58】
前記調節エレメントはプロモーターである、請求項５７に記載の核酸分子。
【請求項59】
請求項５２～５８のいずれか１項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項60】
前記ベクターはウイルスベクターである、請求項５９に記載のベクター。
【請求項61】
前記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、又はワクシニアウイルスベクターである、請求項６０に記載のベクター。
【請求項62】
前記レトロウイルスベクターはレンチウイルスベクターである、請求項６１に記載のベクター。
【請求項63】
前記ベクターは非ウイルスベクターである、請求項５９に記載のベクター。
【請求項64】
前記非ウイルスベクターは、ミニサークルプラスミド、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ｐｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、又は相同組換え修復（ＨＤＲ）ベースの遺伝子編集のためのテンプレートとして使用される一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ分子である、請求項６３に記載のベクター。
【請求項65】
請求項５２～５８のいずれか１項に記載の核酸分子、又は請求項５９～６４のいずれか１項に記載のベクターを含む、単離された宿主細胞。
【請求項66】
前記宿主細胞は哺乳類細胞である、請求項６５に記載の単離された宿主細胞。
【請求項67】
請求項５２～５８のいずれか１項に記載の核酸分子、又は請求項５９～６４のいずれか１項に記載のベクターを含む、脂質ナノ粒子。
【請求項68】
請求項５２～５８のいずれか１項に記載の核酸分子、請求項５９～６４のいずれか１項に記載のベクター、又は請求項６７に記載の脂質ナノ粒子を含む、製剤。
【請求項69】
抗原、又は前記抗原をコードする核酸分子と、前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含む、製剤。
【請求項70】
抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、製剤。
【請求項71】
前記第１のエピトープは、免疫優性エピトープである、請求項７０に記載の製剤。
【請求項72】
前記免疫優性エピトープは、前記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、前記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い、請求項７１に記載の製剤。
【請求項73】
前記抗原はタンパク質抗原である、請求項７０～７２のいずれか１項に記載の製剤。
【請求項74】
前記抗原は非タンパク質抗原である、請求項７０～７２のいずれか１項に記載の製剤。
【請求項75】
前記抗原はクラスＩ病原体由来である、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の製剤。
【請求項76】
前記抗原はクラスＩＩ病原体由来である、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の製剤。
【請求項77】
前記病原体はウイルスである、請求項７６に記載の製剤。
【請求項78】
前記ウイルスはコロナウイルスである、請求項７７に記載の製剤。
【請求項79】
前記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項７８に記載の製剤。
【請求項80】
前記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、前記第１のエピトープは、前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである、請求項７９に記載の製剤。
【請求項81】
前記ウイルスはインフルエンザウイルスである、請求項７７に記載の製剤。
【請求項82】
前記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）であり、前記１つ以上の第１のエピトープは、前記ＨＡのヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれる、請求項８１に記載の製剤。
【請求項83】
前記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる分子である、請求項７０～７４のいずれか１項に記載の製剤。
【請求項84】
（ｉ）抗原、又は抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）前記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又は前記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含む、キット。
【発明の詳細な説明】
【関連出願の相互参照】
【0001】
本出願は、２０２１年７月５日出願の米国仮特許出願第６３／２１８，４８６号に対する優先権を主張するものであり、その開示は、その全体が参照により本出願に援用される。
【技術分野】
【0002】
本明細書に記載されるのは、抗原の１つ以上の第１のエピトープ（例えば、ワクチン抗原の免疫優性エピトープ）を標的とする１つ以上の抗体を投与することによって、対象における抗体応答を、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的としないようにし、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とするようにする、方法及び組成物である。
【背景技術】
【0003】
ウイルス及び細菌といった病原性生物は、宿主の免疫応答に打ち勝つための精巧な戦略を進化させてきた。このような戦略は、多くの病原性生物に対するワクチン開発の成功のための努力を妨げることがある。例えば、病原性生物の表面露出抗原に対する免疫応答を誘発するワクチンは、特定の株に対しては優れた効果を有するものの、表面露出抗原の頻繁な変化により、変異株にはあまり効果がない場合がある。ワクチン設計における別の問題は、一部のエピトープが望ましくない免疫応答を誘発することである。従って、現行のワクチンの有効性を向上させるためには、免疫応答を望ましい抗原エピトープへと誘導して、望ましくないエピトープから離脱させることができるワクチン戦略が必要とされる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
上の「背景技術」のセクションで明記したように、抗体の応答を望ましい抗原エピトープへと誘導して、望ましくないエピトープから離脱させる方法の開発に対して、高い需要が存在する。本開示は、抗体応答を、抗原の１つ以上の望ましくないエピトープを標的としないようにするための、方法及び組成物を提供することによって、上述の需要及びその他の需要に対処する。
【課題を解決するための手段】
【0005】
ある態様では、本発明は、対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の第１のエピトープからその抗原の１つ以上の第２のエピトープに転換する方法を提供し、その方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で対象に投与される。
【0006】
別の態様では、本発明は、抗原の１つ以上の第１のエピトープを、対象の免疫系による認識から遮蔽する方法を提供し、その方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを対象の免疫系による認識から遮蔽するために有効な量で対象に投与される。
【0007】
別の態様では、本発明は、抗原の第２のエピトープを標的とする１つ以上の抗体を生成する方法を提供し、その方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で対象に投与される。
【0008】
いくつかの実施形態では、上述の１つ以上の方法は更に、対象から、上記抗原を標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、又は上記抗原を標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを含む。
【0009】
いくつかの実施形態では、上記単離するステップは、上記抗体、又はその抗体を産生する細胞を、上記抗原に結合させるステップを含み、上記抗原は検出可能な標識を含む。
【0010】
いくつかの実施形態では、上記抗体を産生する細胞はＢ細胞である。
【0011】
いくつかの実施形態では、上述の方法は更に、対象から単離した抗体又はその抗原結合断片をベースとして、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成するステップを含む。
【0012】
いくつかの実施形態では、上記モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はヒト抗体である。
【0013】
いくつかの実施形態では、上記モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はヒト化抗体である。
【0014】
別の態様では、本発明は、それを必要とする対象におけるワクチンの効能を向上させる方法を提供し、ワクチンは、抗原、又は抗原をコードする核酸分子を含み、上記方法は、対象に、（ｉ）上記ワクチンと、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記ワクチンと、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記ワクチンの効能を向上させるために有効な量で対象に投与される。
【0015】
いくつかの実施形態では、ワクチンは対象にプライムブースト法で投与され、プライムブースト法は、ワクチンのプライミング用量を対象に投与した後、かつワクチンのブースト用量を対象に投与する前に、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を対象に投与するステップを含む。
【0016】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子を投与する前に対象に投与される。
【0017】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の３週間前までに対象に投与される。
【0018】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の３日前までに対象に投与される。
【0019】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子を投与した後に、対象に投与される。
【0020】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の３週間後までに、対象に投与される。
【0021】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与中に、対象に投与される。
【0022】
いくつかの実施形態では、（ｉ）上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子とは、異なる製剤として投与される。
【0023】
いくつかの実施形態では、（ｉ）上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子とは、同一の製剤で投与される。
【0024】
いくつかの実施形態では、上記方法は、（ｉ）上記１つ以上の抗体と（ｉｉ）上記抗原とをコードする核酸分子を投与するステップを含む。
【0025】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子はＲＮＡ分子である。
【0026】
いくつかの実施形態では、上記ＲＮＡ分子はｍＲＮＡ分子である。
【0027】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子はＤＮＡ分子である。
【0028】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子は化学修飾されている。
【0029】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子は、上記抗原をコードするヌクレオチド配列及び／又は上記１つ以上の抗体をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、少なくとも１つの調節エレメントを含む。
【0030】
いくつかの実施形態では、上記調節エレメントはプロモーターである。
【0031】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子はベクター内に含まれる。
【0032】
いくつかの実施形態では、上記ベクターはウイルスベクターである。
【0033】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、又はワクシニアウイルスベクターである。
【0034】
いくつかの実施形態では、上記レトロウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。
【0035】
いくつかの実施形態では、上記ベクターは非ウイルスベクターである。
【0036】
いくつかの実施形態では、上記非ウイルスベクターは、ミニサークルプラスミド、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ｐｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、又は相同組換え修復（ＨＤＲ）ベースの遺伝子編集のためのテンプレートとして使用される一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ分子である。
【0037】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、免疫優性エピトープである。
【0038】
いくつかの実施形態では、上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い。
【0039】
いくつかの実施形態では、上記抗原はタンパク質抗原である。
【0040】
いくつかの実施形態では、上記抗原は非タンパク質抗原である。
【0041】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩ病原体由来である。
【0042】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である。
【0043】
いくつかの実施形態では、上記病原体はウイルスである。
【0044】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはコロナウイルスである。
【0045】
いくつかの実施形態では、上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。
【0046】
いくつかの実施形態では、上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。
【0047】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはインフルエンザウイルスである。
【0048】
いくつかの実施形態では、上記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ：ＨＡ）であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、上記ＨＡのヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれる。
【0049】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、対象の内因性分子である。
【0050】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる。
【0051】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）である。
【0052】
いくつかの実施形態では、上記対象は哺乳類である。
【0053】
いくつかの実施形態では、上記対象はヒトである。
【0054】
いくつかの実施形態では、上記対象は実験動物である。
【0055】
いくつかの実施形態では、上記対象はマウスである。
【0056】
別の態様では、本発明は、抗原と、その抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体とをコードする、核酸分子を提供する。
【0057】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子はＲＮＡ分子である。
【0058】
いくつかの実施形態では、上記ＲＮＡ分子はｍＲＮＡ分子である。
【0059】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子はＤＮＡ分子である。
【0060】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子は化学修飾されている。
【0061】
いくつかの実施形態では、上記核酸分子は、上記抗原をコードするヌクレオチド配列及び／又は上記１つ以上の抗体をコードするヌクレオチド配列に作動可能に連結された、少なくとも１つの調節エレメントを含む。
【0062】
いくつかの実施形態では、上記調節エレメントはプロモーターである。
【0063】
別の態様では、本発明は、抗原とその抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体とをコードする核酸分子を含む、ベクターを提供する。
【0064】
いくつかの実施形態では、上記ベクターはウイルスベクターである。
【0065】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクター、アルファウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、バキュロウイルスベクター、又はワクシニアウイルスベクターである。
【0066】
いくつかの実施形態では、上記レトロウイルスベクターはレンチウイルスベクターである。
【0067】
いくつかの実施形態では、上記ベクターは非ウイルスベクターである。
【0068】
いくつかの実施形態では、上記非ウイルスベクターは、ミニサークルプラスミド、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ｐｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、又は相同組換え修復（ＨＤＲ）ベースの遺伝子編集のためのテンプレートとして使用される一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ分子である。
【0069】
別の態様では、本発明は、本明細書で開示される核酸分子又は本明細書で開示されるベクターを含む、単離された宿主細胞を提供する。いくつかの実施形態では、上記宿主細胞は哺乳類細胞である。
【0070】
別の態様では、本発明は、本明細書で開示される核酸分子又は本明細書で開示されるベクターを含む、脂質ナノ粒子を提供する。
【0071】
別の態様では、本発明は、本明細書で開示される核酸分子、本明細書で開示されるベクター、又は本明細書で開示される脂質ナノ粒子を含む、製剤を提供する。
【0072】
別の態様では、本発明は、抗原、又は抗原をコードする核酸分子と、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含む、製剤を提供する。
【0073】
別の態様では、本発明は、抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、製剤を提供する。
【0074】
別の態様では、本発明は、抗原の第１のエピトープと第２のエピトープとの組み合わせを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、製剤を提供する。
【0075】
いくつかの実施形態では、上記第１のエピトープは、免疫優性エピトープである。
【0076】
いくつかの実施形態では、上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い。
【0077】
いくつかの実施形態では、上記抗原はタンパク質抗原である。
【0078】
いくつかの実施形態では、上記抗原は非タンパク質抗原である。
【0079】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩ病原体由来である。
【0080】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である。
【0081】
いくつかの実施形態では、上記病原体はウイルスである。
【0082】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはコロナウイルスである。
【0083】
いくつかの実施形態では、上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。
【0084】
いくつかの実施形態では、上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記第１のエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。
【0085】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはインフルエンザウイルスである。
【0086】
いくつかの実施形態では、上記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、上記ＨＡのヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれる。
【0087】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる分子である。
【0088】
別の態様では、本発明は、（ｉ）抗原、又は抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含む、キットを提供する。
【0089】
ある態様では、本発明は、対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の望ましくないエピトープからその抗原の他のエピトープに転換する方法を提供し、上記方法は、上記１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量だけ対象に投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体は、上記抗原又は上記抗原をコードする核酸の投与前又は投与中に対象に投与される。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体は、上記抗原又は上記抗原をコードする核酸を対象に投与する前（例えば約３日前）に投与される。いくつかの実施形態では、上記方法は、望ましくないエピトープではない他の抗原エピトープを認識する抗体を対象から単離するステップを更に含み、また任意に、対象から単離された上記抗体をベースとしてモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成するステップを更に含む。抗体の単離及び特性決定の方法の非限定的な例については、例えば、参照によりその全体が本出願に援用される米国特許第８，０６２，６４０号明細書；米国特許第７，５８２，２９８号明細書；及び米国特許第１０，７５２，６９８号明細書を参照されたい。
【0090】
別の態様では、本発明は、対象におけるワクチンの効能を向上させる方法を提供し、上記ワクチンは、抗原又は抗原をコードする核酸を含み、上記方法は、上記抗原の１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量だけ対象に投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体は、上記ワクチンの投与前又は投与中に対象に投与される。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体は、上記ワクチンを対象に投与する前（例えば約３日前）に投与される。いくつかの実施形態では、上記ワクチンはプライムブースト法で投与され、上記１つ以上の抗体は、対象に対する上記ワクチンのプライミング投与後かつブースト投与前（例えば約３日前）に投与される。
【0091】
本発明の上述の方法のうちのいずれかの、いくつかの実施形態では、上記１つ以上の望ましくないエピトープは、免疫優性エピトープである。いくつかの実施形態では、上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い。
【0092】
本発明の上述の方法のうちのいずれかの、いくつかの実施形態では、上記抗原はタンパク質抗原である。
【0093】
本発明の上述の方法のうちのいずれかの、いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩ病原体由来である。
【0094】
本発明の上述の方法のうちのいずれかの、いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である。いくつかの実施形態では、上記病原体はウイルスである。いくつかの実施形態では、上記ウイルスはコロナウイルスである。いくつかの実施形態では、上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。いくつかの実施形態では、上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記１つ以上の望ましくないエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。
【0095】
更なる態様では、本発明は、抗原の１つ以上の望ましくないエピトープを、対象の免疫系による認識から遮蔽する方法を提供し、上記方法は、対象に、上記１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量で投与するステップを含む。いくつかの実施形態では、上記抗原は、対象の内因性分子（例えばタンパク質）である。いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる。
【0096】
本発明の上述の方法のうちのいずれかの、いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）である。
【0097】
別の態様では、本発明は、抗原の望ましくないエピトープを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、組成物を提供する。別の態様では、本発明は、抗原の望ましいエピトープと望ましくないエピトープとの組み合わせを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、組成物を提供する。いくつかの実施形態では、上記望ましくないエピトープは、免疫優性エピトープである。いくつかの実施形態では、上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い。いくつかの実施形態では、上記抗原はタンパク質抗原である。いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩ病原体由来である。いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である。いくつかの実施形態では、上記病原体はウイルスである。いくつかの実施形態では、上記ウイルスはコロナウイルスである。いくつかの実施形態では、上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。いくつかの実施形態では、上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記望ましくないエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる分子（例えばタンパク質）である。
【0098】
本明細書に記載のこれらの態様及び他の態様は、以下の説明、特許請求の範囲、及び図面において、当業者には明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【0099】
【図1】本明細書で説明されるような、抗原免疫化中の抗体ブロック及びそれによって得られる抗体応答の概略図である。
【図2】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はＲＢＤの免疫化中に抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（α重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２）受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）モノクローナル抗体（ｍＡｂ）処置を行う又は行わない場合の抗体応答を評価するための研究設計の概要である。
【図3A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）のプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置（ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）されたマウスからの、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる４２日目（ブーストから３週間後）の免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）結合レベルを示す。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。パネルは、特定のスパイク領域（ＲＢＤ）に対する抗原特異性ＩｇＧ応答を示す。数字は、各群の平均蛍光強度（ＭＦＩ）ＩｇＧレベルを示す。
【図3B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）のプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置（ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）されたマウスからの、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる４２日目（ブーストから３週間後）の免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）結合レベルを示す。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。パネルは、特定のスパイク領域（スパイク三量体）に対する抗原特異性ＩｇＧ応答を示す。数字は、各群の平均蛍光強度（ＭＦＩ）ＩｇＧレベルを示す。
【図3C】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）のプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置（ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）されたマウスからの、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる４２日目（ブーストから３週間後）の免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）結合レベルを示す。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。パネルは、特定のスパイク領域（Ｓ１）に対する抗原特異性ＩｇＧ応答を示す。数字は、各群の平均蛍光強度（ＭＦＩ）ＩｇＧレベルを示す。
【図3D】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）のプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置（ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）されたマウスからの、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる４２日目（ブーストから３週間後）の免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）結合レベルを示す。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。パネルは、特定のスパイク領域（Ｓタンパク質Ｎ末端ドメイン（Ｎ－Ｔｅｒｍｉｎａｌ Ｄｏｍａｉｎ：ＮＴＤ））に対する抗原特異性ＩｇＧ応答を示す。数字は、各群の平均蛍光強度（ＭＦＩ）ＩｇＧレベルを示す。
【図3E】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）のプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置（ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）されたマウスからの、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる４２日目（ブーストから３週間後）の免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）結合レベルを示す。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。パネルは、特定のスパイク領域（Ｓ２）に対する抗原特異性ＩｇＧ応答を示す。数字は、各群の平均蛍光強度（ＭＦＩ）ＩｇＧレベルを示す。
【図4】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又はＰＢＳのプライミング、ブースト免疫化マウスからの、４２日目のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク偽ウイルス中和力価（ｐＶＮＴ５０）応答を示す。マウスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又は（ホスフェートＰＢＳのプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置された。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。数字は各群の平均ｐＶＮＴ５０力価を示す。
【図5A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体のプライミング、ブースト免疫化マウスからの、４２日目における抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体レベルとｐＶＮＴ５０力価との相関の分析を示す。マウスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又は（ホスフェートＰＢＳのプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置された。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。
【図5B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤのプライミング、ブースト免疫化マウスからの、４２日目における抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体レベルとｐＶＮＴ５０力価との相関の分析を示す。マウスは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＲＢＤ、又は（ホスフェートＰＢＳのプライミング免疫化前（－３日目、白丸の記号）、又はブースター免疫化前（１８日目、黒丸の記号）に、抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置された。マウスの１つのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった（白い正方形の記号）。
【図6A】野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（Ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ：ＶＯＣ）オミクロンＢＡ．１のスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6C】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）オミクロンＢＡ．２のスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6D】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）オミクロンＢＡ．３のスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6E】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）アルファのスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6F】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）ベータに対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6G】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）デルタのスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図6H】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の懸念される変異株（ＶＯＣ）ガンマのスパイクタンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和ｍＡｂの特異的結合応答を示す。数字は、各ｍＡｂの平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図7】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの免疫化に対する偏向（ｓｋｅｗｉｎｇ）抗体応答に関するＥ１０９３３及びＥ１０９８７の用量滴定を評価するための研究の設計を示す。
【図8A】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体でのプライミング免疫化前（－３日目）に１０ｍｇ／ｋｇ～０．０００１ｍｇ／ｋｇの抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７、正方形の記号）、１０ｍｇ／ｋｇのアイソタイプ対照ｍＡｂ（Ｅ１９３２、黒丸の記号）、又はＰＢＳ（白丸の記号）で前処置されたマウスからの、４２日目（ブーストから３週間後）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク偽ウイルス中和力価（ｐＶＮＴ５０）を示す。全てのマウスはＤ２１に、同一のワクチン接種製剤によるブースターを受けた。数字は、各群の平均ｐＶＮＴ５０を示す。
【図8B】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体でのプライミング免疫化前（－３日目）に１０ｍｇ／ｋｇ～０．０００１ｍｇ／ｋｇの抗αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７、正方形の記号）、１０ｍｇ／ｋｇのアイソタイプ対照ｍＡｂ（Ｅ１９３２、黒丸の記号）、又はＰＢＳ（白丸の記号）で前処置されたマウスからの、４２日目（ブーストから３週間後）のＲＢＤに対するＩｇＧ結合レベルを示す。全てのマウスはＤ２１に、同一のワクチン接種製剤によるブースターを受けた。数字は、各群の平均ＭＦＩ ＩｇＧレベルを示す。
【図9】本明細書に記載の免疫化スキームを示す。
【図10A】ヒト抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の前投与あり又はなしの、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウスのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対する血清力価を示す。ｈＩｇＧを除去した場合の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨに対する力価を示す。マウスは免疫化前に抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂで前処置され、一方で対照コホートはｍＡｂを投与されなかった。（１）対照、ｍＡｂ処置なし（生理食塩水）；（２）Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５で前処置；（３）Ｅ１５１６０で前処置；（４）Ｅ１４３１５で前処置；又は（５）Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７で前処置。抗体力価は、ＲＢＤタンパク質に対して投与されたヒトｍＡｂ抗体を除去した状態でアッセイされた。
【図10B】ヒト抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の前投与あり又はなしの、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウスのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対する血清力価を示す。ｈＩｇＧを除去していない場合の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨに対する力価を示す。マウスは免疫化前に抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂで前処置され、一方で対照コホートはｍＡｂを投与されなかった。（１）対照、ｍＡｂ処置なし（生理食塩水）；（２）Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５で前処置；（３）Ｅ１５１６０で前処置；（４）Ｅ１４３１５で前処置；又は（５）Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７で前処置。抗体力価は、ＲＢＤタンパク質に対して投与されたヒトｍＡｂ抗体を除去していない状態でアッセイされた。
【図11】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂで前処置されたマウスからの、マウス抗ヒト抗体（ＭＡＨＡ）の力価を示す。（１）対照、ｍＡｂ処置なし（生理食塩水）；（２）Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５で前処置；（３）Ｅ１５１６０で前処置；（４）Ｅ１４３１５で前処置；又は（５）Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７で前処置。抗体力価は、各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒトｍＡｂでコーティングされたプレート上でアッセイされた。
【図12】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂで前処置されたマウスからの、抗血清中の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク特異的ｈＩｇＧレベル（μｇ／ｍｌ）を示す。（１）対照、ｍＡｂ処置なし（生理食塩水）；（２）Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５で前処置；（３）Ｅ１５１６０で前処置；（４）Ｅ１４３１５で前処置；又は（５）Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７で前処置。抗体力価は、各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヒトｍＡｂでコーティングされたプレート上でアッセイされた。＊ＢＤＬ（ｂｅｌｏｗ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｌｉｍｉｔ：検出限界未満）データは散布図中に示されていない。
【図13A】ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１０９３３による、異なる複数の前処置免疫化アームに由来する個々のｍＡｂの表面捕集ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤタンパク質に対する結合の阻害のパーセンテージを示す。各グラフの上の値は、ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１０９３３ ｍＡｂ－１によって、＞５０％でブロックされた、各前処置アームに由来するｍＡｂ全体のパーセンテージである。
【図13B】ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１０９８７による、異なる複数の前処置免疫化アームに由来する個々のｍＡｂの表面捕集ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤタンパク質に対する結合の阻害のパーセンテージを示す。各グラフの上の値は、ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１０９８７ ｍＡｂ－１によって、＞５０％でブロックされた、各前処置アームに由来するｍＡｂ全体のパーセンテージである。
【図13C】ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１４３１５による、異なる複数の前処置免疫化アームに由来する個々のｍＡｂの表面捕集ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤタンパク質に対する結合の阻害のパーセンテージを示す。各グラフの上の値は、ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１０９８７ ｍＡｂ－１によって、＞５０％でブロックされた、各前処置アームに由来するｍＡｂ全体のパーセンテージである。
【図13D】ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１５１６０による、異なる複数の前処置免疫化アームに由来する個々のｍＡｂの表面捕集ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤタンパク質に対する結合の阻害のパーセンテージを示す。各グラフの上の値は、ＲＢＤと事前に複合体化されたＥ１５１６０ ｍＡｂ－１によって、＞５０％でブロックされた、各前処置アームに由来するｍＡｂ全体のパーセンテージである。
【図14】インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体応答を調節するための研究の設計の一例を示し、ここではマウスは、ＨＡヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）に対する特異性を有するｍＡｂ１、又はＲＢＳの外側でＨＡヘッドに結合するｍＡｂ２を前投与される。続いてマウスは、Ａ／Ｐｅｒｔｈ／１６／２００９（Ｈ３Ｎ２）からのＨ３血清型のＨＡ三量体タンパク質で免疫化される。研究の最後には、免疫化されたマウスからのヘマグルチニン阻害血清力価（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎｉｎ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｓｅｒｕｍ ｔｉｔｅｒ：ＨＡＩ）が評価される（即ち、インフルエンザ由来のＨＡ上のＲＢＳに結合して赤血球細胞の凝固を阻害する血清抗体）。ｍＡｂ１又はｍＡｂ１とｍＡｂ２との組み合わせを投与されたマウスは、免疫化中にｍＡｂ１がＲＢＳ部位をブロックすることにより、該部位に特異的な抗体を阻害するため、ＨＡＩ血清力価を誘発しないと予想される。更に、これらのマウスからの血清を、異なる複数のインフルエンザＨＡ血清型にわたる抗ＨＡ ＩｇＧ結合力価に関して評価して、交差反応性を決定する。ｍＡｂ１とｍＡｂ２との組み合わせを投与されたマウスは、ＨＡヘッドに対するＢ細胞免疫をブロックし、免疫の標的を、抗体を幅広く中和するために複数のＨＡ血清型及び部位にわたるより高い保存性を有するＨＡの下方のステム部分へと、転換させることができる。
【発明を実施するための形態】
【0100】
表面露出抗原に対する免疫応答は典型的には、感染症に対して最も有効である。同時に、この免疫応答によって、このような表面露出抗原は、進化して免疫系を回避するための絶え間ない進化への圧力にさらされている。従って、ある特定の株の病原体に対する免疫応答を誘発するワクチンは、その株に対しては優れた効果を有するものの、変異株にはあまり効果がない場合がある。毒性株の進化を対象とするために、１つのワクチンが、複数の抗原を標的とするか、病原体の進化に従って新しい抗原を標的とするか、又は保存された抗原を標的とする必要があり得る。
【0101】
ワクチン設計における別の問題は、一部のエピトープが望ましくない免疫応答を誘発することである。例えば、非中和抗体の誘導によってマクロファージのＦｃ仲介型感染が強まる恐れがあり、これはデングショック症候群の背後にあるメカニズムである。別の問題は、宿主抗原と交差反応する免疫応答の誘導である。この現象はギラン・バレー症候群で確認でき、これはカンピロバクター感染に関連するものであるが、インフルエンザ感染にも関連する。ギラン・バレー症候群は、１９７６年の豚インフルエンザワクチン接種プログラムの副作用として報告された。従って、ワクチン用のエピトープの選択は、慣例的な作業からは程遠いものである。
【0102】
ワクチンが誘導するポリクローナル抗体応答は、多くの場合、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗原の免疫優性「ヘッド」エピトープといった、いくつかの免疫優性エピトープ又は次善の抗体特性に関連するエピトープを標的とすることができる。
【0103】
本開示は、抗原の１つ以上の第１のエピトープ（例えば、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、保存性が比較的低い、ワクチン抗原の免疫優性エピトープ）を標的とする１つ以上の抗体（例えばモノクローナル抗体（ｍＡｂ））を投与することによって、対象における抗体応答を、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的としないようにし、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とするようにする、方法及び組成物を提供する。何らかの特定の理論に束縛されることを望むものではないが、上記抗体は、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）に対する望ましくないエピトープの曝露、及びそれに続く、これらのエピトープを標的とする抗体の生成又は増幅をブロックすると思われる。従って、このような抗体仲介型のエピトープブロックは、免疫応答を、別の露出した（抗体によってブロックされていない）エピトープへと誘導でき、これによって、結果として得られる抗体応答を望ましい抗原エピトープに適合させることができる。
【0104】
上述の開示の非限定的な実施形態を図１に示す。図１の上側のパネルは、典型的なＢ細胞応答が、抗原に固有の免疫優性エピトープをベースとしたワクチン接種中に上記抗原に対して生成されていることを示す。これらの免疫優性エピトープに対するＢ細胞受容体（ＢＣＲ）を有するナイーブＢ細胞は、上記エピトープに迅速に結合でき、その後、Ｔ細胞によって活性化される。ＢＣＲの活性化によって、エフェクターＢ細胞及びメモリーＢ細胞、及び上記エピトープに対する抗体応答が確立され、これによって宿主の免疫応答を支配できる。本開示の文脈では、下側のパネルは、特定のエピトープに結合する抗原特異性ｍＡｂが含まれることによって、これらのエピトープがＢＣＲ認識からブロックされ、これにより、ブロックされたエピトープの外側の、ＢＣＲを有する他のナイーブＢ細胞の、結合及びそれに続く活性化が可能になることを実証している。これにより、宿主は、ブロックされたエピトープの外側で、Ｂ細胞及び抗体免疫を確立できるようになる。
【0105】
定義
本明細書中で使用される技術用語及び科学用語は、それ以外の定義がなされていない限り、本開示が属する分野の当業者が共通して理解する意味と同じ意味を有する。
本明細書中で使用される技術用語及び科学用語は、それ以外の定義がなされていない限り、本開示が属する分野の当業者が共通して理解する意味と同じ意味を有する。
【0106】
単数形「ある（ａ、ａｎ）」及び「上記（ｔｈｅ）」は、文脈によってそうでないことが規定されている場合を除いて、複数の指示対象を含む。従って例えば、「ある方法（ａ ｍｅｔｈｏｄ）」に関する言及は、本明細書に記載されているタイプの、及び／又は本開示を読めば当業者には明らかになる、１つ以上の方法及び／又はステップを含む。
【0107】
用語「約（ａｂｏｕｔ）」又は「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、ある値の、統計的に有意な範囲内にあることを含む。このような範囲は、所与の値又は範囲の１桁以内、好ましくは５０％以内、より好ましくは２０％以内、更に好ましくは１０％以内、また更に好ましくは５％以内とすることができる。用語「約」又は「およそ」が包含する許容可能なばらつきは、研究中の特定の系に依存し、これは当業者には容易に理解され得る。
【0108】
用語「…を備える、含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ（ｓ））」、「…を含む（ｉｎｃｌｕｄｅ（ｓ））」、「…を有する（ｈａｖｉｎｇ、ｈａｓ）」、及び「…を含有する（ｃｏｎｔａｉｎ（ｓ））」は、追加の行為又は構造の可能性を排除することのない、非制限的な意味の移行句、用語、又は単語であることが意図されている。
【0109】
本明細書中で使用される場合、用語「抗原」は、免疫応答を誘発する、例えば対象の体内に存在する場合に（例えばヒト又は哺乳類対象の体内に存在する場合に）免疫応答を誘発する、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、多糖類、糖タンパク質、糖脂質、ヌクレオチド、これらの一部分又は、これらの組み合わせといった物質を指す。
【0110】
本明細書中で使用される場合、「抗体」は、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体を包含し、クラスＩｇＡ（例えばＩｇＡ１若しくはＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ（例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、若しくはＩｇＭの免疫グロブリン分子、又はＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、一本鎖抗体、ダイアボディ、二重特異性抗体、二重官能性抗体、ヒト化抗体、及びこれらの様々な誘導体を含むがこれらに限定されないその断片若しくは誘導体を指す。
【0111】
本明細書中で使用される場合、抗体又は抗原結合タンパク質の「抗原結合部分」又は「抗原結合断片」等の用語は、天然の、酵素によって得られる、合成の、又は遺伝子操作された、いずれのポリペプチド又は糖タンパク質であって、抗原に特異的に結合して複合体を形成する、ポリペプチド又は糖タンパク質を含む。抗原結合断片の非限定的な例としては：（ｉ）Ｆａｂ断片；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２断片；（ｉｉｉ）Ｆｄ断片；（ｉｖ）Ｆｖ断片；（ｖ）一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）分子；（ｖｉ）ｄＡｂ断片；及び（ｖｉｉ）抗体の超可変領域を模倣するアミノ酸残基からなる最小認識単位（例えばＣＤＲ３ペプチド等の、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、又は拘束性ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４ペプチドが挙げられる。ドメイン特異性抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン欠失抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ、ナノボディ（例えば１価ナノボディ、２価ナノボディ等）、小モジュラー免疫薬（ｓｍａｌｌ ｍｏｄｕｌａｒ ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ：ＳＭＩＰ）、及びサメ可変ＩｇＮＡＲドメインといった、他の改変分子も、本明細書中で使用される「抗原結合断片」という表現に内包される。
【0112】
抗体の抗原結合断片は、本開示のいくつかの実施形態では、少なくとも１つの可変ドメインを含むことになる。可変ドメインはいかなるサイズ又はアミノ酸組成を有していてもよく、１つ以上のフレームワーク配列に隣接した、又は１つ以上のフレームワーク配列と共にフレーム単位となった、一般に少なくとも１つのＣＤＲを含むことになる。ＶＬドメインと会合したＶＨドメインを有する抗原結合断片では、上記ＶＨドメイン及び上記ＶＬドメインは、互いに対していかなる好適な配置にあってもよい。例えば、可変領域は二量体型であってよく、ＶＨ－ＶＨ、ＶＨ－ＶＬ、又はＶＬ－ＶＬ二量体を含有してよい。あるいは、抗体の抗原結合断片は、単量体型ＶＨ又はＶＬドメインを含有してよい。特定の実施形態では、抗体の抗原結合断片は、少なくとも１つの定常ドメインと共有結合で連結された少なくとも１つの可変ドメインを含有してよい。本開示の抗体の抗原結合断片内で見つかる可能性がある可変及び定常ドメインの、非限定的かつ例示的な構成としては：（ｉ）ＶＨ－ＣＨ１；（ｉｉ）ＶＨ－ＣＨ２；（ｉｉｉ）ＶＨ－ＣＨ３；（ｉｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２；（ｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３；（ｖｉ）ＶＨ－ＣＨ２－ＣＨ３；（ｖｉｉ）ＶＨ－ＣＬ；（ｖｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１；（ｉｘ）ＶＬ－ＣＨ２；（ｘ）ＶＬ－ＣＨ３；（ｘｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２；（ｘｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３；（ｘｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ２－ＣＨ３；及び（ｘｉｖ）ＶＬ－ＣＬが挙げられる。上に挙げた例示的構成のいずれかを含む、可変及び定常ドメインの任意の構成において、可変及び定常ドメインは互いに直接連結される場合も、又はヒンジ若しくはリンカー領域の全体若しくは一部によって連結される場合もある。ヒンジ領域は少なくとも２個（例えば５個、１０個、１５個、２０個、４０個、６０個、又はそれより多数）のアミノ酸からなっていてよく、これにより、単一のポリペプチド分子内の隣接する可変及び／又は定常ドメイン間に、可撓性又は半可撓性の連結がもたらされる。更に、本開示の抗体の抗原結合断片は、互いに及び／又は１つ以上の単量体型ＶＨ若しくはＶＬドメインと（例えば１つ以上のジスルフィド結合によって）非共有結合した、上に挙げた可変ドメイン及び定常ドメイン構成のうちのいずれかのホモ二量体又はヘテロ二量体（又はその他の多量体）を含む場合がある。
【0113】
本開示の特定の実施形態では、抗体はヒト抗体である。用語「ヒト抗体（ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ）」は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域及び定常領域を有する抗体を含むことを意図している。ヒト抗体は、例えばＣＤＲ中の、特にＣＤＲ３中の、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えばインビトロでのランダムな若しくは部位特異的な変異の導入によって、又はインビボでの体細胞の変異によって導入される変異体）を含むことができる。しかしながら、本明細書中で使用される場合、用語「ヒト抗体」は、マウス等の別の哺乳類種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列をヒトフレームワーク配列にグラフトした抗体を含むことを意図していない。
【0114】
本明細書で議論される抗体は、いくつかの実施形態では組換えヒト抗体であってよい。用語「組換えヒト抗体」は、宿主細胞にトランスフェクトされた組換え発現ベクターを用いて発現させた抗体、組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子のために遺伝子導入された動物（例えばマウス）から単離された抗体（例えばＴａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ． （１９９２） Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２０：６２８７－６２９５を参照）といった、組換え手段によって調製、発現、生成、若しくは単離されたあらゆるヒト抗体、又はヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のＤＮＡ配列にスプライシングすることを含む他のいずれの手段によって調製、発現、生成、若しくは単離された抗体を含むことが意図されている。このような組換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域及び定常領域を有する。しかしながら特定の実施形態では、このような組換えヒト抗体は、インビトロでの変異誘発（又はヒトＩｇ配列のために遺伝子導入された動物を使用する場合にはインビボでの体細胞の変異）に供され、従って上記組換え抗体のＶＨ及びＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系列ＶＨ及びＶＬ配列に由来するものであり尚且つこれらに関連するものでありながら、インビボのヒト抗体生殖細胞系列レパートリー内に天然には存在しないものとなり得る。
【0115】
本開示の文脈において、用語「中和抗体」又は「ｎＡｂ」は、病原体（例えばウイルス）に結合して、上記病原体の、細胞に感染する能力に干渉する、抗体又は抗原結合断片を指す。中和抗体の非限定的な例としては、ウイルス粒子に結合して、良好な形質導入、例えば結合、侵入、核への輸送、及びウイルスゲノムの転写から選択される１つ以上のステップを阻害する、抗体が挙げられる。一部の中和抗体は、侵入後のステップにおいてウイルスをブロックできる。本開示の具体的な実施形態の文脈では、「中和」又は抗スパイク性の糖タンパク質又は抗原結合タンパク質、例えば抗体又は抗原結合断片とは、スパイク糖タンパク質の活性を阻害する、例えばスパイク糖タンパク質の、ＡＣＥ２等の受容体に結合する能力、ＴＭＰＲＳＳ２等のプロテアーゼによって切断される能力、又は宿主細胞へのウイルスの侵入若しくは宿主細胞内でのウイルスの繁殖を仲介する能力を阻害する、分子を指す場合がある。
【0116】
本明細書で開示される「抗体産生細胞」及び「抗体を発現する細胞」は、発現された抗体が細胞膜に結合又は固定されている細胞、即ち細胞表面抗体、及び抗体を分泌する細胞を包含し得る。
【0117】
用語「免疫応答」は、免疫系の細胞（例えばＢ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、又は多形核球）の、抗原（例えばウイルス抗原）等の刺激に対する応答を指す。能動免疫応答は、免疫担当細胞の分化及び増殖を伴うことができ、これは抗体の合成、又は細胞仲介型反応性の発現、又はこれら両方につながる。能動免疫応答は、（例えば感染又はワクチン接種による）抗原への曝露後に宿主によって開始され得る。能動免疫応答は受動免疫と対比でき、受動免疫は、例えば抗体、伝達因子、胸腺移植片、及び／又はサイトカイン等の物質の、能動免疫された宿主から非免疫宿主への伝達によって獲得できる。
【0118】
本明細書中でウイルス感染及びワクチン接種に関連して使用される場合、用語「防御免疫応答」又は「防御免疫」は、感染を予防若しくは軽減する、又は感染に関連する疾患の発症を予防若しくは軽減するという点で、対象に何らかの利益をもたらす免疫応答を指す。
【0119】
用語「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、又は「ワクチン」は、交換可能なものとして使用され、対象において免疫応答（例えば体液性及び／又は細胞性応答）を誘導する少なくとも１つの免疫原性及び／又は抗原成分を含む組成物を指す。特定の実施形態では、上記免疫応答は防御免疫応答である。ワクチンは、感染症等の疾患の予防又は処置のために投与できる。ワクチン組成物としては、例えば生きた又は死滅した感染性病原体、組換え感染性病原体（例えば、免疫原性及び／又は抗原性成分を発現する、組換えウイルス粒子、ウイルス様粒子、ナノ粒子、リポソーム、又は細胞）、抗原性タンパク質又はペプチド、核酸等が挙げられる。免疫応答を増強するために、ワクチンをアジュバントと共に投与することもできる。
【0120】
用語「エピトープ」は、抗原結合タンパク質の特定の抗原結合部位、例えば抗体分子の可変領域（パラトープとして知られる）と相互作用する、抗原決定基を指す。
【0121】
用語「免疫優性エピトープ」は、抗原内のエピトープであって、宿主において免疫応答を選択的に引き起こすことによって、該抗原の他のエピトープの効果又は機能を部分的に又は完全に排除に排除する、エピトープを指す。
【0122】
用語「クラスＩ病原体（Ｃｌａｓｓ Ｉ ｐａｔｈｏｇｅｎ）」は、以下の特性のうちの１つ以上を有する病原体を指す：（１）狭い年齢範囲に感染する；（２）宿主が自然回復を示す；（３）宿主が長期にわたる防御免疫を生成する；（４）病原体が遺伝的に安定しており、抗原の多様性が限定されている；（５）免疫応答が複数のエピトープを対象とする。
【0123】
用語「クラスＩＩ病原体（Ｃｌａｓｓ ＩＩ ｐａｔｈｏｇｅｎ）」は、以下の特性のうちの１つ以上を有する病原体を指す：（１）病原体が広い年齢範囲に感染する；（２）病原体が潜伏感染として存続することが多い；（３）長期にわたる防御免疫がない、又は低い；（４）野生型抗原によるプライミングでは、防御又は株特異的防御が得られない；（５）病原体は高い変異率を示し、エピトープ領域の高度な多様性を許容する；（６）免疫応答は比較的少数の遺伝的に可変な株特異性エピトープに限定され、早期の交差反応性リコールを示唆する。
【0124】
用語「誘導体」及び「バリアント」は、本明細書では交換可能なものとして使用され、参照実体との相当な構造的同一性を有するものの、参照実体と比較した場合の１つ以上の化学的部分の存在又はレベルにおいて、参照実体とは構造的に異なる、実体を指す。多くの実施形態では、誘導体はその参照実体とは機能的にも異なる。一般に、ある特定の実体が参照実体の「誘導体」であると適切にみなされるかどうかは、この特定の実体の、参照実体との構造的同一性の程度に基づく。当業者には理解されるように、いかなる生物学的又は化学的参照実体も、特定の特徴的な構造的要素を有する。誘導体はその定義上、１つ以上のこのような特徴的な構造的要素を共有する別個の実体である。ほんの数例を挙げると、ある小分子は、特徴的なコア構造要素（例えば大環状分子コア）及び／又は１つ以上の特徴的なペンダント部分を有することができ、従ってこの小分子の誘導体は、上記コア構造要素及び上記特徴的なペンダント部分を共有するものの、他のペンダント部分、及び／又はコア内に存在する結合のタイプ（単結合か二重結合か、ＥかＺか等）が異なるものとなる。誘導体核酸は、直線又は３次元空間において互いに対して指定された位置を有する複数のヌクレオチド残基で構成された、特徴的な配列要素を有することができる。いくつかの実施形態では、誘導体の核酸配列は、参照配列又はその断片の全長にわたって、５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージで、同一であってよい。誘導体ペプチド又はポリペプチドは、直線若しくは３次元空間において互いに対して指定された位置を有する複数のアミノ酸で構成された、及び／又はある特定の生物学的機能に寄与する、特徴的な配列要素を有することができる。誘導体ペプチド及びポリペプチドは、１つ以上のアミノ酸の挿入、欠失、及び／又は置換によって参照ペプチド又はポリペプチドとはアミノ酸配列が異なるものの、上記参照ペプチド又はポリペプチドの少なくとも１つの生物学的活性（例えばウイルスによる細胞感染を仲介する能力、膜融合を仲介する能力、特異的抗体によって結合される又は免疫応答を促進する能力等）を保持する、ペプチド及びポリペプチドを含む。いくつかの非限定的な実施形態では、誘導体ペプチド又はポリペプチドは、全長にわたって、参照ペプチド又はポリペプチド（又はその断片）との、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージの同一性を示す。あるいは、又は更に、誘導体ペプチド又はポリペプチドは、（例えばグリコシル化、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、パルミトイル化、酸化、ホルミル化、アミド化、ポリグルタミル化、ＡＤＰ－リボシル化、ペグ化、ビオチン化等において）ポリペプチド主鎖に付着した１つ以上の化学部分、及び／又は１つ以上の化学部分の１つ以上の差異の結果として、参照ペプチド又はポリペプチドとは異なるものとなり得る。いくつかの実施形態では、誘導体ペプチド又はポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性のうちの１つ以上を欠いているか、又は参照ポリペプチドと比較して１つ以上の生物学的活性のレベルが低下若しくは上昇している。ある特定のペプチド又はポリペプチドの複数の誘導体が、天然のものとして見られる場合があり、又は合成若しくは組換えによって産生され得る。本明細書中で使用される場合、用語「誘導体」又は「バリアント」は、様々な融合タンパク質及びコンジュゲートも包含し、これは、検出タグ（例えばＨＡタグ、ヒスチジンタグ、ビオチン、蛍光又は発光ドメインとの融合等）、二量体化／多量体化配列、Ｆｃ、シグナル伝達配列等との融合物又はコンジュゲートを含む。
【0125】
本明細書中で使用される場合、用語「コロナウイルス」は、ニドウイルス目内のコロナウイルス科内のコロナウイルス亜科の任意のウイルスを指す。コロナウイルスの非限定的な例としては、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶが挙げられる。
【0126】
用語「ＣｏＶ－Ｓ」又は「Ｓタンパク質」又は「スパイクタンパク質」又は「スパイク糖タンパク質」又は「Ｓ糖タンパク質」等は、コロナウイルスのスパイクタンパク質を指し、スパイクタンパク質のタンパク質バリアントを含む。本明細書で開示されるスパイクタンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ Ｓタンパク質、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ Ｓタンパク質といった具体的なＳタンパク質であってよい。本開示の文脈では、スパイクタンパク質は、様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株、及び組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその断片から単離できる。
【0127】
本明細書中で使用される場合、用語「コロナウイルス感染症」又は「ＣｏＶ感染症」又は「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症」は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶといったコロナウイルスによる感染症を指す。この用語は、多くの場合下気道における、コロナウイルス気道感染症を含む。症状としては、高熱、空咳、息切れ、肺炎、下痢等の消化器症状、臓器不全（腎不全及び腎機能障害）、敗血症性ショック、そして重症例では死亡が挙げられる。
【0128】
用語「コードする」は、ウイルス粒子での発現のためにポリヌクレオチドの（＋）又は（－）センス鎖のいずれかからコードすることを指すことができる。
【0129】
本明細書中で互換的に使用される用語「タンパク質」及び「ポリペプチド」は、あらゆる長さのタンパク質断片、融合タンパク質、及び修飾タンパク質を含むあらゆる種類の天然及び合成タンパク質を包含し、修飾タンパク質は、限定するものではないが、糖タンパク質、及び他のあらゆるタイプの修飾タンパク質（例えばリン酸化、アセチル化、ミリストイル化、パルミトイル化、グリコシル化、酸化、ホルミル化、アミド化、ポリグルタミル化、ＡＤＰ－リボシル化、ＰＥＧ化、ビオチン化等から得られるタンパク質）を含む。１００アミノ酸未満、好ましくは５０アミノ酸未満の小さなポリペプチドを、「ペプチド（ｐｅｐｔｉｄｅ）」と呼ぶことがある。
【0130】
本明細書中で互換的に使用される用語「ポリヌクレオチド」及び「核酸」は、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）、デオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）、又はこれらの類似体又は修飾されたバージョンを含む、いずれの長さのヌクレオチドのポリマー形態を含む。これらは、一本鎖、二本鎖、及び多本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、及びプリン塩基、ピリミジン塩基、又はその他の天然の、化学修飾された、生化学修飾された、非天然の、若しくは誘導体化されたヌクレオチド塩基を含む、ポリマーを含む。
【0131】
用語「作動可能に連結される」等は、記載されている複数の構成要素がその意図された様式で機能できるような関係での、並置を指す。例えば、コード配列に「作動可能に連結される」制御配列は、該制御配列と適合する条件下で該コード配列の発現が達成されるような方法で、結合される。「作動可能に連結される」配列は、関心対象の遺伝子と連続した発現制御配列と、関心対象の遺伝子（又は関心対象の配列）の制御のためにトランスに又は離れて作用する発現制御配列との両方を含む。用語「発現制御配列（ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、それらが結合されるコード配列の発現及びプロセシングに影響を及ぼすために必要な、ポリヌクレオチド配列を含む。「発現制御配列」には：適切な転写開始、終了、プロモーター、及びエンハンサー配列；スプライシング及びポリアデニル化シグナルといった効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を向上させる配列（即ちコザックコンセンサス配列）；ポリペプチド安定性を向上させる配列；並びに所望の場合には、ポリペプチドの分泌を強化する配列が含まれる。このような制御配列の性質は、宿主生物によって異なる。例えば原核生物では、このような制御配列には一般にプロモーター、リボソーム結合部位、及び転写終了配列が含まれ、真核生物では、このような制御配列には典型的にはプロモーター及び転写終了配列が含まれる。用語「制御配列（ｃｏｎｔｒｏｌ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、発現及びプロセシングのためにその存在が必須である構成要素を含むことが意図されており、また、例えばリーダー配列及び融合パートナー配列といった、その存在が有利となる追加の構成要素も含むことができる。
【0132】
用語「単離された」は、分子（ポリヌクレオチド又はポリペプチド等）であって、該分子が産生される系の他の構成要素から実質的に分離された及び／又は精製された分子の、均質な集団、並びに少なくとも１つの精製又は単離ステップに供されたタンパク質を指す。「単離された」は、他の細胞物質及び／又は化学物質を実質的に含まない分子を指し、比較的高い順度まで、例えば８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の純度まで単離された分子を包含する。
【0133】
用量又は量に適用される用語「有効な」は、それを必要とする対象に投与した場合に所望の活性をもたらすために十分な、化合物（例えば組換えウイルス）又は組成物（例えば医薬組成物、ワクチン組成物、若しくは免疫原性及び／若しくは抗原性組成物）の量を指す。なお、複数の有効成分の組み合わせを投与する場合、上記組み合わせの有効量は、個別に投与した場合に有効であった各成分の量が含まれる場合と含まれない場合があることに留意されたい。必要である正確な量は、対象の種、年齢、及び全身状態、処置される状態の重篤度、採用される１つ以上の特定の薬物、投与の様式等に応じて、対象ごとに変化することになる。
【0134】
用語「投与」等は、対象又は系への（例えば細胞、器官、組織、有機体、若しくは関連するこれらの構成要素若しくは複数の構成要素のセットへの）組成物の投与を指し、またこれを含む。当業者であれば、例えば組成物が投与されている対象又は系、組成物の性質、投与の目的等に応じて投与の経路が変化し得ることを理解するだろう。例えば特定の実施形態では、動物である対象への（例えばヒト又はげっ歯類への）投与は、気管支（気管支点滴によるものを含む）、頬内、腸内、皮間、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、粘膜、鼻、口、直腸、皮下、舌下、局所、気管（気管内点滴によるものを含む）、経皮、腟、及び／又は硝子体投与であってよい。いくつかの実施形態では、投与は、断続的な投薬を含む場合がある。いくつかの実施形態では、投与は、少なくとも選択された期間にわたる連続的な投薬（例えば灌流）を含む場合がある。
【0135】
本開示の文脈において、本明細書で列挙される病状のいずれかに関連する限り、用語「処置する（ｔｒｅａｔ）」、「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」等は、上記病状に関連する少なくとも１つの症状を緩和若しくは軽減すること、又は上記病状の進行を遅延若しくは反転させることを意味する。本開示の意味の範囲内において、用語「処置する」は、疾患を阻止すること、疾患の発病（即ち疾患の臨床所見前の期間）を遅延させること、及び／又は疾患の進展若しくは悪化のリスクを低減することも指す。状態、障害、又は病状に関する用語「処置する」、「処置」等は、（１）該状態、障害、若しくは病状に罹患している若しくはその素因を有する可能性があるものの、該状態、障害、若しくは病状の臨床的若しくは潜在的症状を依然として経験していない若しくは呈していない対象において発生している該状態、障害、若しくは病状の少なくとも１つの臨床的若しくは潜在的症状の出現の、予防若しくは遅延；又は（２）該状態、障害、若しくは病状の阻害、即ち疾患、若しくはその再発（維持療法の場合）、若しくはその少なくとも１つの臨床的若しくは潜在的症状の、発生の阻止、低減、若しくは遅延；又は（３）疾患の緩和、即ち該状態、障害、若しくは病状、又はその臨床的若しくは潜在的症状のうちの少なくとも一方の退行を引き起こすことを含む場合もある。例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－感染症の文脈において、ＣＯＶＩＤ－１９疾患の症状の非限定的な例としては、限定するものではないが、発熱、咳、息切れ、肺炎、急性呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、急性肺症候群、嗅覚の喪失、味覚の喪失、喉の痛み、鼻汁、胃腸症状（例えば下痢）、臓器不全（例えば腎不全及び腎機能障害）、敗血症性ショック、及び死亡が挙げられる。ウイルス感染症（例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症、インフルエンザ感染症）によって引き起こされる疾患に関連して使用される場合、用語「予防する」、「予防すること」、又は「予防」は、ウイルスに曝露された対象の感染の拡大の防止、例えば対象の細胞へのウイルスの侵入の防止を指す。
【0136】
用語「個体」、「対象」、又は「患者」若しくは「動物」は、ヒト、家畜類（例えばネコ、イヌ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ等）、及び疾患の実験動物モデル（例えばマウス、ラット、ウサギ、フェレット、サル等）を指す。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、ウイルス感染症又は癌といった疾患又は障害の予防及び／又は処置が必要な状態であってよい。対象は、ウイルス感染症、例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症若しくはインフルエンザ感染症に罹患していてよく、又は感染症を発症する素因を有していてよい。感染症を発症する素因を有する対象、又は（例えばコロナウイルス若しくはインフルエンザウイルスの）感染に罹患するリスクが高い可能性がある対象としては、自己免疫疾患によって免疫系が損なわれている対象、（例えば臓器移植後に）免疫抑制療法を受けている対象、ヒト免疫不全症候群（ＨＩＶ）若しくは後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）に罹患している対象、白血球細胞を枯渇させる若しくは破壊する形態の貧血に罹患している対象、放射線若しくは化学療法を受けている対象、又は炎症性障害に罹患している対象が挙げられる。更に、非常に若い（例えば５歳以下の）又は高齢の（例えば６５歳以上の）対象はリスクが高い可能性がある。更に対象は、疾患の発生に近接している（例えば対象が、人口密集都市に居住しているか、若しくはウイルスの感染が確認された若しくは疑われる対象の付近に居住している）こと、又は雇用の選択（例えば病院職員、製薬研究者、感染地域への旅行者、若しくは旅客機の頻繁な利用者）によって、ウイルス感染のリスクにさらされる場合もある。いくつかの実施形態では、対象は実験動物（例えばマウス、ラット、ウサギ、フェレット、サル等）である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を実験動物実験動物（例えばマウス、ラット、ウサギ、フェレット、サル等）に適用することによって、抗原の１つ以上の所望のエピトープを標的とする処置用抗体が生成される。
【0137】
本明細書に記載の組成物に関連して使用される場合、句「薬学的に許容可能な」は、生理学的に忍容性があり、対象（例えばヒト）に投与したときに有害な反応を典型的には生成しない、このような組成物の分子実体及び他の成分を指す。好ましくは、用語「薬学的に許容可能な」は、哺乳類、より詳細にはヒトでの使用に関して、連邦政府若しくは州政府の規制機関によって承認されているか、又は米国薬局方若しくは他の一般的に認められている薬局方に記載されていることを意味する。
【0138】
本開示の実施は、特段の指示がない限り、統計分析、分子生物学（組換え技法を含む）、ウイルス学、微生物学、細胞生物学、化学、及び生化学の従来の技法を採用し、これらは当該技術分野の技能の範囲内である。このようなツール及び技法は、例えばSambrook, Fritsch & Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989（本明細書では「Sambrook et al., 1989」）；DNA Cloning: A Practical Approach, Volumes I and II (D.N. Glover ed. 1985)；Oligonucleotide Synthesis (M.J. Gait ed. 1984)；Nucleic Acid Hybridization [B.D. Hames & S.J. Higgins eds. (1985)]；Transcription And Translation [B.D. Hames & S.J. Higgins, eds. (1984)]；Animal Cell Culture [R.I. Freshney, ed. (1986)]；Immobilized Cells And Enzymes [IRL Press, (1986)]；B. Perbal, A Practical Guide To Molecular Cloning (1984)；Ausubel, F.M. et al. (eds.). Current Protocols in Molecular Biology. John Wiley & Sons, Inc., 1994に詳細に記載されている。これらの技法は、Kunkel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 488- 492 (1985)、米国特許第５，０７１，７４３号、Fukuoka et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 263: 357-360 (1999);Kim and Maas, BioTech. 28: 196-198 (2000);Parikh and Guengerich, BioTech. 24: 4 28-431 (1998);Ray and Nickoloff, BioTech. 13: 342-346 (1992);Wang et al., BioTech. 19: 556-559 (1995);Wang and Malcolm, BioTech. 26: 680-682 (1999);Xu and Gong, BioTech. 26: 639-641 (1999)、米国特許第５，７８９，１６６号及び５，９３２，４１９号、Hogrefe, Strategies l4. 3: 74-75 (2001)、米国特許第５，７０２，９３１号、５，７８０，２７０号及び６，２４２，２２２号、Angag and Schutz, Biotech. 30: 486-488 (2001)、Wang and Wilkinson, Biotech. 29: 976-978 (2000)、Kang et al., Biotech. 20: 44-46 (1996)、Ogel and McPherson, Protein Engineer. 5: 467-468 (1992)、Kirsch and Joly, Nucl. Acids. Res. 26: 1848-1850 (1998)、Rhem and Hancock, J. Bacteriol. 178: 3346-3349 (1996)、Boles and Miogsa, Curr. Genet. 28: 197-198 (1995), Barrenttino et al., Nuc. Acids. Res. 22: 541-542 (1993)、Tessier and Thomas, Meths. Molec. Biol. 57: 229-237、及びPons et al., Meth. Molec. Biol. 67: 209-218に記載されているような部位特異的変異誘発が含まれる。
【0139】
抗原及びエピトープ
本開示中で使用される場合、抗原は、免疫応答を誘発する、例えば対象の体内に存在する場合に（例えばヒト又は哺乳類対象の体内に存在する場合に）免疫応答を誘発する、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、多糖類、糖タンパク質、糖脂質、ヌクレオチド、これらの一部分又は、これらの組み合わせといった物質とすることができる。非限定的な例として、細胞内又は対象の体内に存在する場合、抗原は、例えば上記抗原に対する抗体の産生をトリガすることによって、抗原に対する免疫反応を免疫系に生成させることができ、例えば結合及び／又は中和抗体は、抗原に対して特異的なＢ細胞及び／又はＴ細胞応答をトリガでき、最終的には、後の時点での上記抗原との又は上記抗原が関連する病原体との遭遇に対して、防御又は予防的な応答を引き起こすことができる。
本開示中で使用される場合、抗原は、免疫応答を誘発する、例えば対象の体内に存在する場合に（例えばヒト又は哺乳類対象の体内に存在する場合に）免疫応答を誘発する、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、多糖類、糖タンパク質、糖脂質、ヌクレオチド、これらの一部分又は、これらの組み合わせといった物質とすることができる。非限定的な例として、細胞内又は対象の体内に存在する場合、抗原は、例えば上記抗原に対する抗体の産生をトリガすることによって、抗原に対する免疫反応を免疫系に生成させることができ、例えば結合及び／又は中和抗体は、抗原に対して特異的なＢ細胞及び／又はＴ細胞応答をトリガでき、最終的には、後の時点での上記抗原との又は上記抗原が関連する病原体との遭遇に対して、防御又は予防的な応答を引き起こすことができる。
【0140】
いくつかの実施形態では、上記抗原はタンパク質抗原である。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗原は、完全長タンパク質、例えば完全長ウイルスタンパク質を含んでよく、又は断片（例えばタンパク質のポリペプチド若しくはペプチド断片、サブユニット、若しくはドメイン、例えばウイルスタンパク質若しくはサブユニットドメイン）を含んでよい。
【0141】
いくつかの実施形態では、上記抗原は非タンパク質抗原である。
【0142】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、対象の内因性分子である。いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる。
【0143】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、感染症、自己免疫疾患、腫瘍細胞、及び／又は腫瘍微小環境内の細胞、細胞外基質、若しくは特定の組織に関連するものである。
【0144】
感染関連抗原の非限定的な例としては：コロナウイルス科（例えばコロナウイルス）；オルトミクソウイルス科（例えばインフルエンザウイルス）；フラビウイルス科（例えばデングウイルス、脳炎ウイルス、黄熱ウイルス）；アデノウイルス科（ほとんどのアデノウイルス）；パポバウイルス科（パピローマウイルス、ポリオーマウイルス）；アレナウイルス科（出血熱ウイルス）；カリシウイルス科（例えば胃腸炎を引き起こす株）；フィロウイルス科（例えばエボラウイルス）；ヘルペスウイルス科（ヘルペス単純ウイルス（ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ ｖｉｒｕｓ：ＨＳＶ）１及び２、帯状疱疹ウイルス、サイトメガロウイルス（ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ：ＣＭＶ）、ヘルペスウイルス）；イリドウイルス科（例えばアフリカ豚熱ウイルス）；パラミクソウイルス科（例えばパラインフルエンザウイルス、ムンプスウイルス、麻疹ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス）；ヘパドナウイルス科（Ｂ型肝炎ウイルス；ＨＢｓＡｇ）；レオウイルス科（例えばレオウイルス、オルビウイルス、及びロタウイルス）；レトロウイルス科（例えば、ＨＩＶ－１（ＨＴＬＶ－ＩＩＩ、ＬＡＶ若しくはＨＴＬＶ－ＩＩＩ／ＬＡＶ、又はＨＩＶ－ＩＩＩとも呼ばれる）、及びＨＩＶ－ＬＰ等の他の分離株といった、ヒト免疫不全ウイルス）；ノーウォークウイルス及び関連ウイルス、並びにアストロウイルス；ビルナウイルス科；ブニヤウイルス目（例えばハンタンウイルス、ブニヤウイルス、フレボウイルス、及びナイロウイルス）；パルボウイルス科（パルボウイルス）；ピコルナウイルス科（例えばポリオウイルス、Ａ型肝炎ウイルス；トガウイルス科（例えばウマ脳炎ウイルス、風疹ウイルス）；エンテロウイルス、ヒトコクサッキーウイルス、ライノウイルス、エコーウイルス）；ポックスウイルス科（天然痘ウイルス、ワクシニアウイルス、ポックスウイルス）；パピローマウイルス科（例えばパピローマウイルス）；ラブドウイルス科（例えば水疱性口内炎ウイルス、狂犬病ウイルス）；並びに未分類のウイルス（例えば非Ａ型、非Ｂ型肝炎（即ちＣ型肝炎）の病原体、δ型肝炎の病原体、海綿状脳症の病原体）に由来するものが挙げられる。
【0145】
更なるウイルス抗原は、以下から選択されるウイルスの株に由来するものであってよい：水痘・帯状疱疹ウイルス；エプスタイン・バールウイルス；ヒトサイトメガロウイルス；ヒトヘルペスウイルス８型；ＢＫウイルス；ＪＣウイルス；天然痘；ポリオウイルス；Ｂ型肝炎ウイルス；ヒトボカウイルス；パルボウイルスＢ１９；ヒトアストロウイルス；ノーウォークウイルス；コクサッキーウイルス；Ａ型肝炎ウイルス；ポリオウイルス；ライノウイルス；重症急性呼吸器症候群ウイルス；Ｃ型肝炎ウイルス；黄熱ウイルス；デングウイルス；ウエストナイルウイルス；風疹ウイルス；Ｅ型肝炎ウイルス；ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）；インフルエンザウイルス；ガナリトウイルス；フニンウイルス；ラッサウイルス；マチュポウイルス；サビアウイルス；クリミア・コンゴ出血熱ウイルス；エボラウイルス；マールブルグウイルス；麻疹ウイルス；ムンプスウイルス；パラインフルエンザウイルス；呼吸器合胞体ウイルス；ヒトメタニューモウイルス；ヘンドラウイルス；ニパウイルス；狂犬病ウイルス；Ｄ型肝炎；ロタウイルス；オルビウイルス；コルチウイルス；バンナウイルス；ヒトエンテロウイルス；ハンタウイルス；ウエストナイルウイルス；中東呼吸器症候群コロナウイルス；日本脳炎ウイルス；水疱性発疹ウイルス；及び東部ウマ脳炎。
【0146】
更なる感染性抗原としては、細菌抗原、真菌抗原、寄生虫抗原、又はプリオン抗原等が挙げられる。感染性細菌の非限定的な例としては、限定するものではないが：レンサ球菌（緑色レンサ球菌群）、スタフィロコッカス・アガラクティエ（Ｂ群レンサ球菌）、スタフィロコッカス・ボビス、スタフィロコッカス・フェカリス、肺炎レンサ球菌、化膿レンサ球菌（Ａ群レンサ球菌）、バクテロイデス属、ボレリア・ブルグドルフェリ、クラミジア、ウェルシュ菌、破傷風菌、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス属、豚丹毒菌、髄膜炎菌、アクチノミセス・イスラエリ、フソバクテリウム・ヌクレアタム、梅毒トレポネーマ、トレポネーマ・ペルテヌエ、病原性カンピロバクター属、リケッチア、黄色ブドウ球菌、ストレプトバチルス・モニフォルミス、レンサ球菌（嫌気性種）、インフルエンザ菌、ヘリコバクター・ピロリ、クレブシエラ・ニューモニエ、レジオネラ・ニューモフィラ、レプトスピラ、ジフテリア菌、コリネバクテリウム属、リステリア・モノサイトゲネス、マイコバクテリウム属（例えばヒト型結核菌、マイコバクテリウム・アビウム、マイコバクテリウム・ゴルドネ、マイコバクテリウム・イントラセルラレ、マイコバクテリウム・カンサシ）、淋菌、炭疽菌、緑膿菌、又はパスツレラ・ムルトシダが挙げられる。感染性真菌としては例えば、コクシジオイデス・イミティス、ブラストミセス・デルマティティジス、クリプトコックス・ネオフォルマンス、ヒストプラズマ・カプスラツム、クラミジア・トラコマチス、及びカンジダ・アルビカンスが挙げられる。更なる感染性生物（即ち原生生物）としては、マラリア原虫、例えば卵形マラリア原虫、熱帯熱マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、トキソプラズマ、及び住血吸虫が挙げられる。
【0147】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、自己免疫疾患又は障害に関連するものである。自己免疫疾患又は障害に関連する抗原は、例えば、「自己（ｓｅｌｆ）」指向性抗体を産生する細胞受容体及び／又は細胞に由来し得る。いくつかの実施形態では、抗原は、例えば血管炎、ウェゲナー肉芽腫症、橋本病、乾癬、バセドウ病、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、クローン病、潰瘍性大腸炎、関節リウマチ（ＲＡ）、多発性硬化症（ＭＳ）、シェーグレン症候群、サルコイドーシス、全身性エリテマトーデス、１型糖尿病、インスリン依存性糖尿病（ＩＤＤＭ）、自己免疫性甲状腺炎、反応性関節炎、重症筋無力症、強直性脊椎炎、強皮症、多発性筋炎、又は皮膚筋炎といった、自己免疫疾患又は障害に関連するものである。
【0148】
自己免疫抗原の非限定的な例としては、血小板抗原、島細胞抗原、ミエリンタンパク質抗原、リウマチ因子、抗シトルリン化タンパク質、グルコース－６－リン酸イソメラーゼ、受容体（リポコルチン１等）、好中球核タンパク質（ラクトフェリン及び２５～３５ｋＤ核タンパク質等）、Ｓｍ抗原（例えばｓｎＲＮＰ内）、顆粒タンパク質（殺菌性透過性増大タンパク質（ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄａｌ ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ：ＢＰＩ）等）、エラスターゼ、フィブリン、ビメンチン、フィラグリン、フィブリノーゲン、コラーゲンＩ及びＩＩペプチド、プラスミノーゲン、アルファエノラーゼ、翻訳開始因子４Ｇ１、核周囲因子、ケラチン、Ｓａ（細胞骨格タンパク質ビメンチン）、シトルリン化タンパク質及びペプチド（ＣＣＰ－１、ＣＣＰ－２（ｃｙｃｌｉｃａｌ ｃｉｔｒｕｌｌｉｎａｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ：環状シトルリン化ペプチド）等）、循環血清タンパク質（ＲＦ（ＩｇＧ、ＩｇＭ）等）、関節軟骨成分（コラーゲンＩＩ、ＩＸ、及びＸＩ等）、核成分（ＲＡ３３／ｈｎＲＮＰ Ａ２等）、フェリチン、ストレスタンパク質（ＨＳＰ－６５、－７０、－９０、ＢｉＰ等）、炎症／免疫因子（Ｂ７－Ｈ１、ＩＬ－１アルファ、及びＩＬ－８等）、アルファ－エノラーゼ等の酵素、カルパスタチン、ジペプチジルペプチダーゼ、真核生物翻訳伸長因子１アルファ１、アルドラーゼ－Ａ、オステオポンチン、カテプシンＧ、ミエロペルオキシダーゼ、プロテイナーゼ３抗原、リウマノイド因子、ヒストン、核酸（ＲＮＡ、ｄｓＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、及びリボ核粒子等）、リボソームＰタンパク質、ミエリンタンパク質、カルジオリピン、ビメンチン、Ｓｍ抗原（例えばＳｍＤ’ｓ及びＳｍＢ’／Ｂを含む）、Ｕ１ＲＮＰ、Ａ２／Ｂ１ ｈｎＲＮＰ、Ｒｏ（ＳＳＡ）、並びにＬａ（ＳＳＢ）抗原が挙げられる。
【0149】
いくつかの実施形態では、上記抗原は、対象の内因性分子である。いくつかの実施形態では、上記抗原は、本明細書で開示される自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる。
【0150】
いくつかの実施形態では、上記抗原は腫瘍抗原であってよい。いくつかの実施形態では、上記腫瘍抗原は、卵巣癌、子宮頸癌、膠芽腫、膀胱癌、頭頸部癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、腎細胞癌、又は血液悪性腫瘍に関連するものである。
【0151】
腫瘍抗原の非限定的な例としては、５Ｔ４、７０７－ＡＰ、ＡＦＰ、ＡＲＴ－４、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＢＡＧＥ、ＢＣＭＡ、Ｂｃｒａｂｌ、ＣＡ１２５、ＣＡＭＥＬ、ＣＡＰ－１、ＣＡＳＰ－８、ＣＤ３０、ＣＤ１３３、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ３３、ＣＤ４、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７０、ＣＤ７９、ＣＤ８０、ＣＤＣ２７／ｍ、ＣＤＫ４／ｍ、ＣＥＡ、Ｃｌａｕｄｉｎ １８．２、ＣＬＬ１、ｃＭＥＴ、ＣＴ、Ｃｙｐ－Ｂ、ＤＡＭ、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＬＦ２Ｍ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＥｐＣａｍ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｒｂＢ３、ＥＴＶ６－ＡＭＬ１、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＯＬＲ１、ＦＳＨＲ、Ｇ２５０、ＧＡＧＥ、ＧＤ２、ＧｎＴ－Ｖ、Ｇｐ１００、ＧＰＣ－３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＨＡＧＥ、ＨＡＳＴ－２、ＨＥＲ－２／ｎｅｕ、ＨＬＡ－Ａ＊ ０２０１－Ｒ１７０Ｉ、ＨＰＶ－Ｅ７、ＨＳＰ７０－２Ｍ、ｈＴＥＲＴ（又はｈＴＲＴ）、ｉＣＥ、ＩＧＦ－１Ｒ、ＩＬ１３Ｒα２、ＩＬ－２Ｒ、ＩＬ－５、ＫＩＡＡ０２０５、ＬＡＧＥ、ＬＤＬＲ／ＦＵＴ、ＭＡＧＥ、ＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ、ＭＡＲＴ－２／Ｓｋｉ、ＭＣ１Ｒ、メソテリン、ＭＥＴ、ＭＮ／Ｃ ＩＸ抗原、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＭＵＭ－１、ＭＵＭ－２、ＭＵＭ－３、ミオシン／ｍ、ＮＡ８８－Ａ、Ｎｅｃｔｉｎ－４、ＳＬＩＴＲＫ６、ＮＹ－ＥＳＯ１、ＮＹ－Ｅｓｏ－１、ＮＹ－Ｅｓｏ－Ｂ、ｐ１９０ ｍｉｎｏｒ ｂｃｒ－ａｂｌ、ＰＡＰ、ＰＤＧＦＲα、Ｐｍ１／ＲＡＲα、ＰＲＡＭＥ、プロテイナーゼ－３、ＰＳＡ、ＰＳＭ、ＰＳＭＡ、ＲＡＧＥ、ＲＯＢＯ１、ＲＵ１、ＲＵ２、ＳＡＧＥ、ＳＡＲＴ－１、ＳＡＲＴ－３、ＳＬＡＭ Ｆ７、サバイビン、ＴＥＬ／ＡＭＬ１、ＴＧＦβ、ＴＰＩ／ｍ、ＴＲＰ－１、ＴＲＰ－２、ＴＲＰ－２／ＩＮＴ２、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、α５β１インテグリン、及びβカテニン／ｍが挙げられる。
【0152】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩ病原体に由来するものであってよい。本明細書で開示されるクラスＩ病原体は、以下の特性のうちの１つ以上を有することができる：（１）狭い年齢範囲に感染する；（２）宿主が自然回復を示す；（３）宿主が長期にわたる防御免疫を生成する；（４）病原体が遺伝的に安定しており、抗原の多様性が限定されている；（５）免疫応答が複数のエピトープを対象とする。クラスＩ病原体の非限定的な例としては、例えば麻疹、流行性耳下腺炎、風疹、ジフテリア、犬ジステンパー、狂犬病、及びポリオウイルスといったウイルスが挙げられる。例えばTobin et al., Vaccine, 2008, 26:6189-6199を参照されたい。
【0153】
いくつかの実施形態では、上記抗原はクラスＩＩ病原体に由来するものであってよい。本明細書で開示されるクラスＩＩ病原体は、以下の特性のうちの１つ以上を有する：（１）病原体が広い年齢範囲に感染する；（２）病原体が潜伏感染として存続することが多い；（３）長期にわたる防御免疫がない、又は低い；（４）野生型抗原によるプライミングでは、防御又は株特異的防御が得られない；（５）病原体は高い変異率を示し、エピトープ領域の高度な多様性を許容する；（６）免疫応答は比較的少数の遺伝的に可変な株特異性エピトープに限定され、早期の交差反応性リコールを示唆する。クラスＩＩ病原体の非限定的な例としては、例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２等のコロナウイルス、インフルエンザウイルス、ヒト免疫不全ウイルス１型（ＨＩＶ－１）、山羊関節炎・脳脊髄炎ウイルス（ｃａｐｒｉｎｅ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ：ＣＡＥＶ）、ヒトライノウイルス（ｈｕｍａｎ ｒｈｉｎｏｖｉｒｕｓ：ＨＲＶ）、口蹄疫ウイルス（Ｆｏｏｔ－ａｎｄ－Ｍｏｕｔｈ Ｄｉｓｅａｓｅ ｖｉｒｕｓ：ＦＭＤＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス、無莢膜型インフルエンザウイルス、マラリア寄生虫、マイコプラズマ、トリパノソーマ、住血吸虫、リーシュマニア、アナプラズマ、エンテロウイルス、アストロウイルス、ライノウイルス、ノーウォークウイルス、毒素産生性／病原性大腸菌、ナイセリア、及びストレプトミセスが挙げられる。例えばTobin et al., Vaccine, 2008, 26:6189-6199を参照されたい。
【0154】
いくつかの実施形態では、上記抗原が本明細書で開示される病原体由来である場合、上記病原体はウイルスであり得る。
【0155】
いくつかの実施形態では、上記病原体はウイルスであってよい。
【0156】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはインフルエンザウイルスであってよい。いくつかの実施形態では、上記ウイルスは、インフルエンザＡ若しくはインフルエンザＢの株、又はこれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、インフルエンザＡ又はインフルエンザＢの株は、鳥類、ブタ、ウマ、イヌ、ヒト、又は非ヒト霊長類に関連するものである。いくつかの実施形態では、上記抗原性ポリペプチドは、ヘマグルチニンタンパク質又はその断片である。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質は、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ４、Ｈ５、Ｈ６、Ｈ７、Ｈ８、Ｈ９、Ｈ１０、Ｈ１１、Ｈ１２、Ｈ１３、Ｈ１４、Ｈ１５、Ｈ１６、Ｈ１７、Ｈ１８、又はこれらの断片である。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質はヘッドドメイン（ＨＡ１）を含まない。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質はヘッドドメイン（ＨＡ１）の一部分を含む。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質は細胞質ドメインを含まない。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質は、細胞質ドメインの一部分を含む。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質は切断されている。いくつかの実施形態では、切断されている上記ヘマグルチニンタンパク質は、膜貫通ドメインの一部分を含む。いくつかの実施形態では、上記ヘマグルチニンタンパク質又はその断片のアミノ酸配列は、インフルエンザ抗原に関する公知のアミノ酸配列のいずれかと、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する。
【0157】
いくつかの実施形態では、上記インフルエンザウイルスは、限定するものではないがＡ／Ｐｅｒｔｈ／１６／２００９（Ｈ３Ｎ２）等の、インフルエンザＡ型ウイルスであってよい。特定の実施形態では、上記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、ＨＡヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれる。特定の実施形態では、上記抗原は、Ａ／Ｐｅｒｔｈ／１６／２００９由来のＨ３血清型のＨＡ三量体タンパク質である。いくつかの実施形態では、上記１つ以上のエピトープは、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）のＥ４１２３である。いくつかの実施形態では、Ｅ４１２３は、ＨＡヘッド上のシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれていてよい。本開示のいくつかの実施形態では、上記抗原は、配列番号１９の配列を含むインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）、又は配列番号１９に対して少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくは誘導体である。
【0158】
いくつかの実施形態では、上記ウイルスはコロナウイルスであってよい。理論によって束縛されることを望むものではないが、コロナウイルスビリオンは、直径およそ１２５ｎｍの球状である。コロナウイルスの最も顕著な特徴は、ビリオンの表面から伸びる棍棒状のスパイク突起である。これらのスパイクはビリオンを区別する特徴であり、ビリオンに太陽のコロナのような外観を与え、これがコロナウイルスという名称の由来となっている。ビリオンのエンベロープ内にはヌクレオカプシドが存在する。コロナウイルスは螺旋対称のヌクレオカプシドを有し、これはポジティブセンスＲＮＡウイルスには珍しいものであるが、ネガティブセンスＲＮＡウイルスでははるかに一般的である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＭＥＲＳ－ＣｏＶ、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶが、コロナウイルス科に属する。宿主細胞に対するビリオンの最初の付着は、Ｓタンパク質とその受容体との間の相互作用によって開始される。コロナウイルスＳタンパク質のＳ１領域内の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）の部位はウイルスによって異なり、一部のウイルスはＳ１のＣ末端にＲＢＤを有する。Ｓ－タンパク質／受容体相互作用は、コロナウイルスが宿主種に感染するための主要な決定要因であり、ウイルスの組織指向性も支配する。多くのコロナウイルスは、その細胞受容体として、ペプチダーゼを利用する。受容体との結合の後、ウイルスは続いて、宿主細胞のサイトゾルへのアクセスを得る必要がある。これは一般的に、カテプシン、ＴＭＰＲＲＳ２、又は別のプロテアーゼによるＳタンパク質の酸依存性タンパク質切断と、これに続くウイルス膜と細胞膜との融合とによって、達成される。
【0159】
本明細書で開示されるコロナウイルスは、ニドウイルス目内のコロナウイルス科内のコロナウイルス亜科を指す。系統的関係及びゲノム構造に基づくと、この亜科は４つの属：アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、及びデルタコロナウイルスからなる。理論によって束縛されることを望むものではないが、アルファコロナウイルス及びベータコロナウイルスは、哺乳類に感染し得る。ガンマコロナウイルス及びデルタコロナウイルスは鳥類に感染し得るが、一部は哺乳類にも感染できる。アルファコロナウイルス及びベータコロナウイルスは、例えばヒトの呼吸器系疾患及び動物の胃腸炎を引き起こし得る。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体又は抗原結合断片は、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、及び／若しくはデルタコロナウイルスに結合でき、並びに／又はこれらを中和できる。特定の実施形態では、この結合及び／又は中和は、コロナウイルスの特定の属に対して、又はある属の特定のサブグループに対して、特異的であり得る。３つの高病原性ウイルス、即ちＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ、及びＭＥＲＳ－ＣｏＶは、ヒトの重症呼吸器症候群を引き起こし得る。他の４つのヒトコロナウイルス、即ちＨＣｏＶ－ＮＬ６３、ＨＣｏＶ－２２９Ｅ、ＨＣｏＶ－ＯＣ４３、及びＨＫＵ１は、免疫能を有する宿主では軽度の上気道疾患しか誘発しないものの、一部は乳児、幼児、及び高齢の個体において重篤な感染を引き起こす場合がある。商業的に重要なコロナウイルスの更なる非限定的な例としては、伝染性胃腸炎コロナウイルス（ｔｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｉｔｉｓ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ：ＴＧＥＶ）、ブタ呼吸器コロナウイルス、イヌコロナウイルス、ネコ腸コロナウイルス、ネコ伝染性腹膜炎コロナウイルス、ウサギコロナウイルス、マウス肝炎ウイルス、唾液腺炎ウイルス、ブタ血球凝集性脳脊髄炎ウイルス、ウシコロナウイルス、鳥類伝染性気管支炎ウイルス、及びシチメンチョウコロナウイルスが挙げられる。Cui et al., Nature Reviews Microbiology, 2019, 17:181-192；Fung et al., Annu. Rev. Microbiol., 2019, 73:529-557で報告されている。
【0160】
いくつかの実施形態では、上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である。
【0161】
宿主細胞へのコロナウイルスの侵入は、膜貫通スパイク（Ｓ）糖タンパク質（互換的に「スパイク糖タンパク質」、「Ｓ糖タンパク質」、「Ｓタンパク質」、又は「スパイクタンパク質」等とも呼ばれる）によって仲介され、これは抗ウイルス中和抗体の主要な標的であり、処置及びワクチン設計の焦点である。Ｓ糖タンパク質は、１２７３アミノ酸のＩ型膜糖タンパク質であり、これは集合して、エンベロープに包まれたコロナウイルス粒子の表面上でスパイク又はペプロマーを構成する三量体となる。Ｓ糖タンパク質は２つの機能性サブユニットを含み、これらは、宿主細胞受容体への結合（Ｓ１サブユニット）、及びウイルス膜と細胞膜との融合（Ｓ２サブユニット）に関与する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含む多くのコロナウイルスに関して、Ｓ糖タンパク質はＳ１サブユニットとＳ２サブユニットとの境界で切断され、これらは融合前のコンフォメーションで非共有結合状態のままである。遠位のＳ１サブユニットは、１つ以上の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含み、融合機構を含有する膜固定Ｓ２サブユニットの融合前状態の安定化に寄与する。Ｓは更に、融合ペプチドのすぐ上流に位置するＳ２’部位において、宿主プロテアーゼによって切断される。この切断は、コンフォメーションの変更によって膜融合のためにタンパク質を活性化することが提案されている。参照によりその全体が本出願に援用されるWalls et al., Cell（２０２０年３月９日オンライン公開、doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058にて入手可能）。
【0162】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。
【0163】
本明細書で開示されるＳタンパク質は、様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２分離株から単離されたスパイクタンパク質のタンパク質バリアント、及び組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はその断片を含む。特定の実施形態では、上記Ｓタンパク質は、ＢＡ．１、ＢＡ．２、ＢＡ．３、ＢＡ．４、ＢＡ．５、及びその子孫の系統を含むがこれらに限定されない、アルファ変異株（アルファバリアント）（例えばＢ．ｌ．１．７）、ベータ変異株（ベータバリアント）（例えばＢ．１．３５１、Ｂ．１．３５１．２、若しくはＢ．１．３５１．３）、ガンマ変異株（ガンマバリアント）（例えばＰ．１、若しくはＰ．１．１若しくはＰ．１．２）、デルタ変異株（デルタバリアント）（例えばＢ．１．６１７．２、若しくはＡＹ．１、若しくはＡＹ．２、若しくはＡＹ．３）又はオミクロン変異株（オミクロンバリアント）（例えばＢ．１．１．５２９）等のＳタンパク質を含んでよい。上記Ｓタンパク質は、ＸＥ等の、ＢＡ．１／ＢＡ．２循環組換え型も含む。
【0164】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２はアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）と直接相互作用して標的細胞に侵入でき、また、細胞セリンプロテアーゼ、膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２）をＳタンパク質のプライミングに使用できる（Hoffmann et al., Cell, 2020, 181:1-10；doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052にて入手可能）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－Ｓ及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－Ｓは、約７６％のアミノ酸同一性を共有する。Ｓ糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）は、コロナウイルスゲノムの最も変化しやすい部分である。６個のＲＢＤアミノ酸が、ＡＣＥ２受容体への結合、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ様ウイルスの宿主範囲の決定にとって重要であることが示されている。これらは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶにおいてはＹ４４２、Ｌ４７２、Ｎ４７９、Ｄ４８０、Ｔ４８７、及びＹ４９１１であり、これらはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＬ４５５、Ｆ４８６、Ｑ４９３、Ｓ４９４、Ｎ５０１、及びＹ５０５に対応する（Andersen et al., Nature Medicine, 2020；doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9にて入手可能）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１サブユニット／ドメインと、これに対応する、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のアミノ酸残基（配列番号１１）及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアミノ酸残基（配列番号１）と、配列整列（ＣＬＵＳＴＡＬ Ｏ（１．２．４）多重配列整列）によって決定される、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１のサブユニット／ドメインとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のサブユニット／ドメインとの間の％同一性とを、表１に示す。
【0165】
【表1】
【0166】
本開示の特定の実施形態では、上記Ｓ糖タンパク質抗原は、（配列番号１を含むか若しくはこれからなる）完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質、又は配列番号１に対して少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくは誘導体であってよい。
【0167】
野生型コロナウイルスＳ糖タンパク質は、細胞表面タンパク質へのコロナウイルスの結合を促進するＳ１サブユニットを含む。理論によって束縛されることを望むものではないが、野生型Ｓ糖タンパク質のＳ１サブユニットは、どの細胞がコロナウイルスに感染するかを制御する。野生型Ｓ糖タンパク質はＳ２サブユニットも含み、これは、ウイルス膜と細胞膜との融合を促進する膜貫通サブユニットである。本明細書に記載の様々な態様及び実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＳ１サブユニット、又は上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＳ１サブユニットに対して少なくとも６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくは誘導体を含むことができる。本明細書に記載のいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、配列番号１のアミノ酸１４～１６８に対して少なくとも６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。本明細書に記載の様々な態様及び実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＳ２サブユニット、又は上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＳ２サブユニットに対して少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくは誘導体を含むことができる。
【0168】
野生型コロナウイルスＳ糖タンパク質は、宿主細胞上の受容体に対するコロナウイルスの結合を促進する受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含む。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（Ｓ）糖タンパク質のＲＢＤは、例えばAnderson et al., Nature Medicine, 2020（doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9において入手可能）に記載されている。本明細書に記載の様々な態様及び実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＲＢＤ、又は上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＲＢＤに対して少なくとも７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくは誘導体を含むことができる。本明細書に記載のいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、配列番号１のアミノ酸３１９～５４１に対して少なくとも７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0169】
特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、又は３９個の残基の挿入、欠失、及び／又は置換を含んでよく、あるいは上記挿入、欠失、及び／又は置換からなってよい。発生し得る欠失のためのアミノ酸の非限定的な例としては、例えば１４５位のチロシン、６７９位のアスパラギン、６８０位のセリン、６８１位のプロリン、６８２位のアルギニン、６８３位のアルギニン、６８４位のアラニン、及び／又は６８５位のアルギニン（配列番号１に示されている位置）、あるいは変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基が挙げられる。発生し得る置換のためのアミノ酸の非限定的な例としては、例えば５位においてフェニルアラニンへと変化するロイシン、２８位においてアスパラギンへと変化するチロシン、２９位においてイソロイシンへと変化するスレオニン、４９位においてチロシンへと変化するヒスチジン、５４位においてフェニルアラニンへと変化するロイシン、７４位においてリシンへと変化するアスパラギン、９６位においてアスパラギン酸へと変化するグルタミン酸、１１１位においてアスパラギンへと変化するアスパラギン酸、１５７位においてロイシンへと変化するフェニルアラニン、１８１位においてバリンへと変化するグリシン、２２１位においてトリプトファンへと変化するセリン、２４７位においてアルギニンへと変化するセリン、３４８位においてスレオニンへと変化するアラニン、４０８位においてイソロイシンへと変化するアルギニン、４７６位においてセリンへと変化するグリシン、４８３位においてアラニンへと変化するバリン、５１９位においてグルタミンへと変化するヒスチジン、５２０位においてセリンへと変化するアラニン、６１４位においてアスパラギンへと変化するアスパラギン酸、６１４位においてグリシンへと変化するアスパラギン酸、６７９位においてイソロイシンへと変化するアスパラギン、６８０位においてロイシンへと変化するセリン、６８２位においてグリシンへと変化するアルギニン、６８３位においてセリンへと変化するアルギニン、６８５位においてグルタミンへと変化するアルギニン、６８５位においてセリンへと変化するアルギニン、７９７位においてシステインへと変化するフェニルアラニン、９３０位においてバリンへと変化するアラニン、９３６位においてチロシンへと変化するアスパラギン酸、１０７８位においてバリンへと変化するアラニン、１１６８位においてヒスチジンへと変化するアスパラギン酸、及び／又は１２５９位においてヒスチジンへと変化するアスパラギン酸（配列番号１に示されている位置）、あるいは変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基が挙げられる。Becerra-Flores and Cardozo, “SARS-CoV-2 viral spike G614 mutation exhibits higher case fatality rate,” The International Journal of Clinical Practice, published online May 6, 2020; Eaaswarkhanth et al., “Could the D614G substitution in the SARS-CoV-2 spike (S) protein be associated with higher COVID-19 mortality?” International Journal of Infectious Diseases, 96: July 2020, Pages 459-460; Tang et al., “The SARS-CoV-2 Spike Protein D614G Mutation Shows Increasing Dominance and May Confer a Structural Advantage to the Furin Cleavage Domain,” Preprints 2020, 2020050407 (doi: 10.20944/preprints202005.0407.v1); Hansen et. al., “Studies in humanized mice and convalescent humans yield a SARS-CoV-2 antibody cocktail” Science, published online June 15, 2020; Lokman et al., “Exploring the genomic and proteomic variations of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: A computational biology approach”, Infection, Genetics and Evolution : Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases, 2020 Jun;84:104389. DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104389を参照。これらの文献はそれぞれ、意図されているあらゆる目的のために、その全体が参照により本出願に援用される。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、２４７位においてセリンをアルギニンへと、６１４位においてアスパラギン酸をアスパラギンへと、及び／又は６８５位においてアルギニンをグルタミンへと変化させることによって（配列番号１に示されている位置）、あるいは変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基を変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、２４７位においてセリンをアルギニンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、６１４位においてアスパラギン酸をアスパラギンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、６８５位においてアルギニンをグルタミンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、２４７位においてセリンをアルギニンへと、及び６１４位においてアスパラギン酸をアスパラギンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、２４７位においてセリンをアルギニンへと、及び６８５位においてアルギニンをグルタミンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、６１４位においてアスパラギン酸をアスパラギンへと、及び６８５位においてアルギニンをグルタミンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、２４７位においてセリンをアルギニンへと、６１４位においてアスパラギン酸をアスパラギンへと、及び６８５位においてアルギニンをグルタミンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、溶解性がより高い表現型をもたらす。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと、及び／若しくは４８４位においてグルタミン酸をリシンへと、及び／若しくは６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させること、並びに／又は残基６９～７０の欠失（配列番号１に示されている位置）によって、あるいは変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基の変化又は欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと、及び４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと、及び６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと、及び６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへとへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへとへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと、及び６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させ、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させ、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させ、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形
態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させ、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させ、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、上記スパイクタンパク質内のフリン切断部位を不活化することによって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、配列番号１に示されているQ677TNSPRRARSV687（配列番号１２）、又は変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基を、QTILRSV（配列番号１３）又はQTNSPGSASSV（配列番号１４）へと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、Ｓ１／Ｓ２境界の一塩基フリン切断部位（QTILRSV（配列番号１３））、又はフリン切断部位（QTNSPGSASSV（配列番号１４））表現型の欠失をもたらす。特定の実施形態では、フリン切断部位に対する変更は、スパイク安定化擬似粒子をもたらすことができる。Hansen et. al.,“Studies in humanized mice and convalescent humans yield a SARS-CoV-2 antibody cocktail” Science（２０２０年６月１５日オンライン公開）を参照。上記文献は、意図されているあらゆる目的のために、その全体が参照により本出願に援用される。
態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、５０１位においてアスパラギンをチロシンへと変化させ、４８４位においてグルタミン酸をリシンへと変化させ、６１４位においてアスパラギン酸をグリシンへと変化させること、及び残基６９～７０の欠失によって、参照ペプチド又はポリペプチドとアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、上記スパイクタンパク質内のフリン切断部位を不活化することによって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、配列番号１に示されているQ677TNSPRRARSV687（配列番号１２）、又は変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質配列中の同等のアミノ酸残基を、QTILRSV（配列番号１３）又はQTNSPGSASSV（配列番号１４）へと変化させることによって、参照ペプチド又はポリペプチド（例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質）とアミノ酸配列が異なるものとなる。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質誘導体、又はその断片は、Ｓ１／Ｓ２境界の一塩基フリン切断部位（QTILRSV（配列番号１３））、又はフリン切断部位（QTNSPGSASSV（配列番号１４））表現型の欠失をもたらす。特定の実施形態では、フリン切断部位に対する変更は、スパイク安定化擬似粒子をもたらすことができる。Hansen et. al.,“Studies in humanized mice and convalescent humans yield a SARS-CoV-2 antibody cocktail” Science（２０２０年６月１５日オンライン公開）を参照。上記文献は、意図されているあらゆる目的のために、その全体が参照により本出願に援用される。
【0170】
特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又は誘導体は、完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の１つ以上のＣ末端残基を欠いている。例えば上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＣ末端残基のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個を欠いていてよい。特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又は誘導体は、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の１９個のＣ末端残基を欠いている。上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又は誘導体は、配列番号２のアミノ酸配列、又は配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。本明細書に記載のいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、配列番号２のアミノ酸１４～６８４に対して少なくとも６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。本明細書に記載のいくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質の断片又は誘導体は、配列番号２のアミノ酸３１９～５４１に対して少なくとも７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、又は更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0171】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアント系統Ｂ．１．１．７、（２０Ｉ／５０１Ｙ．Ｖ１又はＶＯＣ ２０２０１２／０１）、Ｂ．１．３５１（２０Ｈ／５０１Ｙ．Ｖ２）、Ｐ．１（Ｂ１．１．２８．１又は２０Ｊ／５０１．Ｖ３、４８４Ｋ．Ｖ２）、Ｂ．１．４２９（ＣＡＬ．２０Ｃ、ＣＡ ＶＵＩ）、Ｂ．１．２ ２０Ｃ－ＵＳ、Ｂ１．１．１７、２０Ｅ（ＥＵ１）、２０Ａ．ＥＵ２、Ｎ４３９Ｋ－Ｄ６１４Ｇ、ミンククラスター５バリアントに関する、挿入、欠失、及び／又は置換のためのアミノ酸残基の位置の非限定的な例を、表２に示す。
【0172】
【表2-1】
【表2-2】
【表2-3】
【表2-4】
【0173】
特定の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、Ｄ６１４Ｇ変異を含む。Ｄ６１４Ｇ変異を含み得るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、配列番号３のアミノ酸配列、又は配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。
【0174】
特定の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、本明細書で開示される表３に記載の様々なＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のいずれか、又はそのいずれの断片若しくは誘導体であってよい。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ Ｓ糖タンパク質は例えば、ＷＴスパイク三量体、オミクロンＢＡ．１、オミクロンＢＡ．２、オミクロンＢＡ．３、アルファ、ベータ、デルタ、若しくはガンマ、又はこれらの断片若しくは誘導体であってよい。
【0175】
特定の実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、Ｒ６８２Ｇ、Ｒ６８３Ｓ、Ｒ６８５Ｓ、Ｋ９８６Ｐ、及び／又はＶ９８７Ｐ変異を含む。Ｒ６８２Ｇ、Ｒ６８３Ｓ、Ｒ６８５Ｓ、Ｋ９８６Ｐ、及び／又はＶ９８７Ｐ変異を含み得るＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、配列番号５のアミノ酸配列、又は配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。
【0176】
いくつかの実施形態では、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、配列番号６のアミノ酸配列、又は配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。
【0177】
本開示の特定の実施形態では、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質又はその断片若しくは誘導体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の２つ以上の異なる株、変異体又はバリアントに由来するコンセンサス配列を含むことができる。他の実施形態では、本開示の方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の２つ以上の異なる株、変異体又はバリアントに由来するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質（又はその断片若しくは誘導体）の混合物を使用する。
【0178】
特定の実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗原、例えばＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質、又はその断片若しくは誘導体は、検出可能な標識を含んでよい。特定の実施形態では、上記１つ以上の抗原はレポーター分子を含んでよい。上記検出可能な標識又はレポーター分子は：３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、又は１２５Ｉ等の放射性同位体；フルオレセインイソチオシアネート若しくはローダミン等の蛍光若しくは化学発光部分；又はアルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、若しくはルシフェラーゼ等の酵素とすることができる。いくつかの実施形態では、上記検出可能な標識又はレポーター分子は、ｈｉｓタグ又はポリヒスチジンタグとすることができる。いくつかの実施形態では、上記検出可能な標識又はレポーター分子は、Ｃ末端ｍＦｃタグ、ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジンタグ、又はｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグとすることができる。非限定的な例として、本明細書で開示されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２糖タンパク質は、Ｆｃタグ、例えばマウスＦｃタグ（ｍＦｃ）を含んでよい。いくつかの実施形態では、ｍＦＣを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、配列番号４のアミノ酸配列、又は配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。別の非限定的な例として、本明細書で開示されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２糖タンパク質は、ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグを含んでよい。いくつかの実施形態では、ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグを含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質断片又はその誘導体は、配列番号５のアミノ酸配列、又は配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。
【0179】
本開示の特定の態様及び実施形態では、本明細書で開示される方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質又はその断片若しくは誘導体を含んでよい。非限定的な例として、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１ Ｓ糖タンパク質又はその断片若しくは誘導体は、配列番号１１のアミノ酸配列、又は配列番号１１のアミノ酸配列に対して少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは更に高いパーセンテージで同一である配列を含んでよい。
【0180】
本明細書で開示される抗原は、抗原結合部位によって認識され得る抗原の部分構造、例えばポリペプチド又は炭水化物構造を含み得るエピトープとは区別できる。特に、本明細書で開示されるエピトープは、抗原結合タンパク質の特定の抗原結合部位、例えば抗体分子の可変領域（パラトープとして知られる）と相互作用する、抗原決定基を含んでよい。本明細書で開示される単一の抗原が、２つ以上のエピトープを有していてもよい。従って、異なる抗体は抗原の異なる領域に結合でき、異なる生物学的効果を有することができる。本明細書で開示されるエピトープは、抗原上の、Ｂ細胞及び／又はＴ細胞が応答する部位も含んでよい。エピトープは、抗原の、抗体が結合する領域も含んでよい。
【0181】
エピトープは、構造的なもの又は機能的なものとして定義できる。機能的エピトープは一般に構造的エピトープのサブセットであり、相互作用の親和性に直接的に寄与する残基を有する。エピトープは、線状であるか、又は立体構造、即ち非線状アミノ酸からなるものであってよい。特定の実施形態では、エピトープは、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、又はスルホニル基といった分子の化学的に活性な表面基である決定因子を含んでよく、また特定の実施形態では、特定の３次元構造的特徴、及び／又は特定の電荷的特徴を有してよい。
【0182】
エピトープは、Ｂ細胞エピトープ及びＴ細胞エピトープを含むことができる。Ｂ細胞エピトープは、特定の抗体産生性Ｂ細胞による認識のために必要なペプチド配列である。Ｂ細胞エピトープは、抗原の、抗体によって認識される特定の領域を指す。抗体の、エピトープに結合する部分は、パラトープと呼ばれる。エピトープは、構造及びパラトープとの相互作用に基づいて、立体構造エピトープ又は線状エピトープであってよい。線状エピトープ、即ち連続エピトープは、タンパク質のある特定の領域の一次アミノ酸配列によって定義される。抗体と相互作用する複数の配列は、タンパク質上で隣り合って順に位置しており、エピトープは通常、単一のペプチドによって模倣できる。立体構造エピトープは、天然タンパク質の立体構造によって定義されるエピトープである。これらのエピトープは連続していてよく、又は不連続であってもよく、即ちエピトープの複数の構成要素を、折りたたまれた天然タンパク質構造内で互いに接近した、タンパク質の異なる複数の部分に位置させることができる。
【0183】
Ｔ細胞エピトープは、ＡＰＣ上のタンパク質に関連して、特定のＴ細胞による認識のために必要なペプチド配列である。Ｔ細胞エピトープは細胞内でプロセシングされ、ＡＰＣの表面に提示され、そこでＭＨＣクラスＩＩ及びＭＨＣクラスＩを含むＭＨＣ分子に結合する。ペプチドエピトープは、エピトープとして適切であるいずれの長さであってもよい。いくつかの実施形態では、ペプチドエピトープは９～３０アミノ酸である。例えば上記長さは、９～２２、９～２９、９～２８、９～２７、９～２６、９～２５、９～２４、９～２３、９～２１、９～２０、９～１９、９～１８、１０～２２、１０～２１、１０～２０、１１～２２、２２～２１、１１～２０、１２～２２、１２～２１、１２～２０，１３～２２、１３～２１、１３～２０、１４～１９、１５～１８、又は１６～１７アミノ酸であってよい。
【0184】
抗原結合タンパク質、例えば抗体又は断片又はポリペプチドのエピトープを決定する方法としては、アラニンスキャニング変異分析、ペプチドブロット分析（Reineke (2004) Methods Mol. Biol.248: 443-63）、ペプチド切断分析、結晶学的研究、及びＮＭＲ分析が挙げられる。更に、抗原のエピトープ切除、エピトープ抽出、及び化学修飾といった方法も採用できる（Tomer (2000) Prot. Sci.9: 487-496）。抗原結合タンパク質（例えば抗体又は断片又はポリペプチド）が相互作用するポリペプチド内のアミノ酸を特定するために使用できる別の方法は、質量分析によって検出される水素／重水素交換である。一般に、水素／重水素交換法は、関心対象のタンパク質を重水素標識するステップと、これに続いて、重水素標識された上記タンパク質に、抗原結合タンパク質、例えば抗体又は断片又はポリペプチドを結合させるステップとを含む。次に、タンパク質／抗原結合タンパク質複合体は水中に移され、抗体複合体によって保護されたアミノ酸内の交換可能なプロトンは、界面の一部になっていないアミノ酸内の交換可能なプロトンに比べて遅い速度での、重水素から水素への逆交換を受ける。その結果、タンパク質／抗原結合タンパク質の界面の一部を形成するアミノ酸は、重水素を保持でき、従って界面に含まれないアミノ酸に比べて相対的に高い質量を示すことができる。抗原結合タンパク質（例えば抗体又は断片又はポリペプチド）の解離後、標的タンパク質はプロテアーゼ切断及び質量分析に供され、これにより、抗原結合タンパク質が相互作用する特定のアミノ酸に対応する重水素標識残基が明らかになる。
【0185】
特定の実施形態では、本明細書で開示されるエピトープは、免疫優性エピトープを含んでよい。免疫優性エピトープは、抗原内のエピトープであって、宿主において免疫応答を選択的に引き起こすことによって、該抗原の他のエピトープの効果又は機能を部分的に又は完全に排除に排除する、エピトープを含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の第１のエピトープは、免疫優性エピトープである。いくつかの実施形態では、上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い。
【0186】
エピトープの非限定的な例としては、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質抗体Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、及びＥ１５１６０によって標的とされるエピトープが挙げられる。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質抗体Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０によって標的とされる１つ以上のエピトープを含んでよい。ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２に対する抗体によって標的とすることができるエピトープの非限定的な例は、あらゆる目的のために参照によりその全体が本出願に援用される米国特許第１０，７８７，５０１号明細書に記載されている。
【0187】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、本明細書で開示されているもの等のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質のＲＢＤドメインに含有される配列を含む。
【0188】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、配列番号１のアミノ酸３１９～５４１に含有される配列、又は配列番号１のアミノ酸３１９～５４１に含有される上述の配列に対して少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含む。
【0189】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、配列番号２のアミノ酸３１９～５４１に含有される配列、又は配列番号２のアミノ酸３１９～５４１に含有される上述の配列に対して少なくとも７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージのアミノ酸配列同一性を有する配列を含む。
【0190】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質抗原の１つ以上の第１のエピトープは、例えば上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる、１つ以上の中和エピトープであってよい。いくつかの実施形態では、上記中和エピトープは、本明細書で開示される抗体、例えば中和抗体によって標的とされ得る。
【0191】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の第１のエピトープは、本明細書に記載の抗インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体Ｅ４１２３によって標的とされるエピトープを含む。いくつかの実施形態では、上記エピトープは、ＨＡヘッド上のシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれていてよい。
【0192】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗原の１つ以上の第１のエピトープは、例えばＨＡヘッド上のシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）内に含まれた、１つ以上の中和エピトープであってよい。いくつかの実施形態では、上記中和エピトープは、本明細書で開示される抗体、例えば中和抗体によって標的とされ得る。
【0193】
抗体
特定の実施形態では、本明細書で開示される抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された４つのポリペプチド鎖、即ち２つの重鎖（ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ：ＨＣ）及び２つの軽鎖（ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ：ＬＣ）を含む免疫グロブリン分子（即ち「完全抗体分子（ｆｕｌｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」）と、その多量体（例えばＩｇＭ）とを含んでよい。各重鎖は、重鎖可変領域（「ＨＣＶＲ」又は「ＶＨ」）と、（ドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３で構成された）重鎖定常領域とを含んでよい。各軽鎖は、軽鎖可変領域（「ＬＣＶＲ」又は「ＶＬ」）と、軽鎖定常領域（ＣＬ）とを含んでよい。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる比較的保存性が高い領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる可変性が極めて高い領域に更に細分化できる。ＶＨ及びＶＬはそれぞれ３つのＣＤＲ及び４つのＦＲを含んでよく、これらはアミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序で配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖ＣＤＲはＨＣＤＲ又はＣＤＲ－Ｈと呼ぶこともでき、上述のように番号が付けられる（例えばＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、又はＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２及びＣＤＲ－Ｈ３）。同様に、軽鎖ＣＤＲはＬＣＤＲ又はＣＤＲ－Ｌと呼ぶこともでき、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、又はＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２及びＣＤＲ－Ｌ３のように番号が付けられる。本開示の特定の実施形態では、抗体（又はその抗原結合断片）のＦＲは、ヒト生殖系配列と同一であるか、又は天然で若しくは人工的に修飾されている。
特定の実施形態では、本明細書で開示される抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された４つのポリペプチド鎖、即ち２つの重鎖（ｈｅａｖｙ ｃｈａｉｎ：ＨＣ）及び２つの軽鎖（ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ：ＬＣ）を含む免疫グロブリン分子（即ち「完全抗体分子（ｆｕｌｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」）と、その多量体（例えばＩｇＭ）とを含んでよい。各重鎖は、重鎖可変領域（「ＨＣＶＲ」又は「ＶＨ」）と、（ドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３で構成された）重鎖定常領域とを含んでよい。各軽鎖は、軽鎖可変領域（「ＬＣＶＲ」又は「ＶＬ」）と、軽鎖定常領域（ＣＬ）とを含んでよい。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる比較的保存性が高い領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる可変性が極めて高い領域に更に細分化できる。ＶＨ及びＶＬはそれぞれ３つのＣＤＲ及び４つのＦＲを含んでよく、これらはアミノ末端からカルボキシ末端に向かって以下の順序で配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖ＣＤＲはＨＣＤＲ又はＣＤＲ－Ｈと呼ぶこともでき、上述のように番号が付けられる（例えばＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、又はＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２及びＣＤＲ－Ｈ３）。同様に、軽鎖ＣＤＲはＬＣＤＲ又はＣＤＲ－Ｌと呼ぶこともでき、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３、又はＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２及びＣＤＲ－Ｌ３のように番号が付けられる。本開示の特定の実施形態では、抗体（又はその抗原結合断片）のＦＲは、ヒト生殖系配列と同一であるか、又は天然で若しくは人工的に修飾されている。
【0194】
特定の実施形態では、本開示は、モノクローナル抗体及びその抗原結合断片を含む。本明細書で開示されるモノクローナル抗体は、略均質な抗体の集団を含むことができ、即ちこの集団を構成する抗体分子は、少量存在し得る、自然発生する可能性がある変異体を除いて、アミノ酸配列が同一である。特定の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、１つ以上の第１のエピトープ、例えば抗原の免疫優性エピトープを標的とする、２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含んでよい。上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低くなり得る。
【0195】
本開示のいくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体又は抗原結合断片は、例えばＩｇＡ型（例えばＩｇＡ１若しくはＩｇＡ２）、ＩｇＤ型、ＩｇＥ型、ＩｇＧ型（例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、又はＩｇＭ型の、重鎖定常ドメインを含んでよい。いくつかの実施形態では、抗体又はその抗原結合断片は、例えばκ又はλ型の、軽鎖定常ドメインを含んでよい。
【0196】
いくつかの実施形態では、上記抗体は、ヒト抗体又はその抗原結合断片を含んでよい。本明細書中で使用される場合、抗体等の「ヒト抗原結合タンパク質」は、ヒト細胞内に存在するものか、マウス細胞を例とする非ヒト細胞に移植されたものかにかかわらず、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域及び定常領域を有する抗体を含む。本開示のヒトｍＡｂは、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えばインビトロでのランダムな若しくは部位特異的な変異の導入によって、又はインビボでの体細胞の変異によって導入される変異体）を含むことができる。
【0197】
特定の実施形態では、本開示は、キメラ抗体及びその抗原結合断片を含んでよい。本明細書で開示されるキメラ抗体は、第１の抗体に由来する可変ドメインと、第２の抗体に由来する定常ドメインとを有する抗体を含んでよく、上記第１の抗体及び上記第２の抗体は異なる種に由来するものである。
【0198】
本開示は更に、ハイブリッド抗原結合タンパク質、例えば抗体及びその抗原結合断片、並びにその使用方法を含む。本開示のハイブリッド抗体は、第１の抗体に由来する可変ドメインと、第２の抗体に由来する定常ドメインとを有する抗体を含んでよく、上記第１の抗体及び上記第２の抗体は異なる動物に由来するものであるか、又は上記可変ドメインは第１の動物に由来するものであるものの、上記定常領域はそうではない。例えば、可変ドメインは、ヒトから単離された抗体から得ることができ、また該抗体から単離されていない固定された定常領域と共に発現させることができる。ハイブリッド抗体は合成抗体であり、それらが含有する可変領域及び定常領域が単一の天然のソースから単離されたものではないため、天然には存在しない。
【0199】
本開示は更に、組換え抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、本開示の組換え抗体は、ＤＮＡスプライシング及びトランスジェニック発現を例として含む組換えＤＮＡ技術として当該技術分野で公知の技術又は方法によって、生成、発現、単離、又は取得された分子を含んでよい。この用語は、非ヒト哺乳類（トランスジェニック非ヒト哺乳類、例えばトランスジェニックマウスを含む）、若しくは細胞（例えばＣＨＯ細胞）発現系、若しくは非ヒト細胞発現系において発現された抗体、又は組換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体を含む。いくつかの実施形態では、組換え抗体は、生物（例えばマウス又はヒト）から単離された抗体と配列を共有しているが、組換えＤＮＡ技術によって発現されたものである。このような抗体は、生物から単離された上記抗体とは異なる翻訳後修飾（例えばグリコシル化）を有することができる。
【0200】
特定の実施形態では、本明細書で開示される抗体又はその抗原結合断片は、本明細書で開示されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とすることができる。いくつかの実施形態では、上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記第１のエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである。理論によって束縛されることを望むものではないが、コロナウイルスのＲＢＤドメインは、立ち上がった（ｓｔａｎｄｉｎｇ－ｕｐ）位置と横になった（ｌｙｉｎｇ－ｄｏｗｎ）位置とを常に切り替えており（Yuan 2017及びGui 2017）、これは、一部の中和抗体の標的化が状況に依存している可能性があることを示唆している。スパイクのタンパク質分解活性化も、膜融合及び細胞へのウイルスの侵入に必要であるため、Ｓ１／Ｓ２切断境界も中和抗体の標的となり得る。
【0201】
いくつかの実施形態では、上記抗体及び／又はその抗原結合断片は、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質抗体Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、及びＥ１５１６０、又はこれらの抗原結合断片、又はこれらの組み合わせから選択できる。いくつかの実施形態では、上記抗体はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）である。
【0202】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＡｂは、ｍＡｂ Ｅ１０９３３であってよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＡｂは、ｍＡｂ Ｅ１０９８７であってよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＡｂは、ｍＡｂ Ｅ１４３１５であってよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のｍＡｂは、ｍＡｂ Ｅ１５１６０であってよい。
【0203】
本開示のいくつかの実施形態では、本開示の抗体及びその抗原結合断片は：配列番号２０に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２１に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２０のアミノ酸１～１２０に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２１のアミノ酸１～１１１に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0204】
本開示のいくつかの実施形態では、本開示の抗体及びその抗原結合断片は：配列番号２２に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２３に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２２のアミノ酸１～１２０に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２３のアミノ酸１～１０７に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0205】
本開示のいくつかの実施形態では、本開示の抗体及びその抗原結合断片は：配列番号２４に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２５に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２４のアミノ酸１～１２１に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２５のアミノ酸１～１０８に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0206】
本開示のいくつかの実施形態では、本開示の抗体及びその抗原結合断片は：配列番号２６に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２７に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域は、配列番号２６のアミノ酸１～１２３に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域は、配列番号２７のアミノ酸１～１０７に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むことができる。
【0207】
特定の実施形態では、本明細書で開示される１つの抗体又は抗原結合断片は、本明細書で開示されるインフルエンザ抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的としてよい。いくつかの実施形態では、上記抗原はインフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）であり、上記１つ以上の第１のエピトープは、ＨＡヘッド上のシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）に含まれている。
【0208】
いくつかの実施形態では、上記抗体及び／又はその抗原結合断片は、本明細書に記載の抗インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体Ｅ４１２３であってよい。いくつかの実施形態では、上記抗体及び／又は抗原結合断片は、ＨＡヘッド上のシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）に含まれるエピトープを標的としてよい。
【0209】
バリアント抗体又はその抗原結合断片は、例えばミスセンス変異（例えば保存的置換）、ナンセンス変異、欠失、又は挿入といった１つ以上（例えば１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、又は１０個）の変異を除いて本明細書に記載されているアミノ酸配列を含む、ポリペプチドを含んでよい。
【0210】
核酸分子
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗原又は抗体は、上記抗原及び／又は抗体をコードする１つ以上の核酸分子として対象に投与できる。従っていくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される抗原をコードする核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする本明細書に記載の１つ以上の抗体又は抗体断片をコードする、核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、上記抗原と、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体又は抗体断片とをそれぞれコードする、１つ以上の核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、上記抗原をコードする核酸分子と、１つ以上の抗体又は抗体断片をコードする核酸分子とは、同時に投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗原又は抗体は、上記抗原及び／又は抗体をコードする１つ以上の核酸分子として対象に投与できる。従っていくつかの実施形態では、本開示は、本明細書で開示される抗原をコードする核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする本明細書に記載の１つ以上の抗体又は抗体断片をコードする、核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、上記抗原と、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体又は抗体断片とをそれぞれコードする、１つ以上の核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、上記抗原をコードする核酸分子と、１つ以上の抗体又は抗体断片をコードする核酸分子とは、同時に投与される。
【0211】
いくつかの実施形態では、本開示は、抗原をコードする核酸分子と、本開示の核酸分子によってコードされる上記抗原の１つ以上のエピトープを標的とする１つ以上の抗体とを提供する。
【0212】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸分子はＤＮＡ分子である。
【0213】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸分子はＲＮＡ分子である。ある具体的な実施形態では、核酸分子はメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。抗原をコードする１つ以上のｍＲＮＡ分子が細胞へと送達されると、細胞内機構によってｍＲＮＡをポリペプチドに加工でき、この細胞内機構は続いて、上記ポリペプチドを、感染症又は癌に対する免疫反応を刺激できる抗原性断片へと加工できる。
【0214】
本開示による核酸分子は、一本鎖若しくは二本鎖、線状若しくは環状、又は特にｍＲＮＡの形態であってよい。
【0215】
本明細書に記載の核酸分子は、抗原及び／又は上記抗原の１つ以上のエピトープを標的とする１つ以上の抗体をコードする、１つ以上のオープンリーディングフレームを含む。本明細書中で使用される場合、用語「オープンリーディングフレーム（ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ）」、略称「ＯＲＦ」は、核酸分子の、ポリペプチドをコードするセグメント又は領域を指す。ＯＲＦは、開始コドンで始まり終止コドンで終わる、重複しない複数の連続したフレーム内コドンを含み、リボソームによって翻訳される。
【0216】
本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗原及び／又は１つ以上の抗体をコードする、モノシストロン性、バイシストロン性、又はマルチシストロン性のものであってよい。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は少なくとも２つのコード領域を含有してよく、そのうちの１つは抗原をコードし、それ以外は、上記抗原の１つ以上のエピトープを標的とする１つ以上の抗体をコードする。上記１つ以上の抗体、又は１つ以上のエピトープは、同一であっても異なっていてもよい。非限定的な例として、本開示の核酸分子は、抗原をコードするもの、上記抗原の１つのエピトープを標的とする１つの抗体をコードするもの、及び上記抗原の別のエピトープを標的とする別の抗体をコードするものの、３つのコード領域を含有してよい。他の実施形態では、本開示の核酸分子は、１つのコード領域内で、抗原及び１つ以上の抗体をコードしてよい。
【0217】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、１つ以上の内部リボソーム進入部位（ｉｎｔｅｒｎａｌ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｅｎｔｒｙ ｓｉｔｅ：ＩＲＥＳ）を含んでよい。ＩＲＥＳは、唯一のリボソーム結合部位として機能できるが、リボソームによって互いに独立して翻訳されることになる抗原及び／又は１つ以上の抗体をコードする本開示による核酸分子を提供する役割も果たすことができる（「マルチシストロン構造（ｍｕｌｔｉｃｉｓｔｒｏｎｉｃ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ）」）。このような核酸分子は例えば、重鎖及び軽鎖の対応するコード領域をＩＲＥＳ配列で互いに連結することによって、抗体の完全な配列をコードできる。しかしながら、本開示の核酸分子によってコードされることになる重鎖及び軽鎖は、単一の「シストロン（ｃｉｓｔｒｏｎ）」内に存在してもよい。いくつかの実施形態では、軽鎖配列は重鎖配列に対して３’側にある。いくつかの実施形態では、軽鎖配列は重鎖配列に対して５’側にある。本明細書に記載のＩＲＥＳ配列は、特に、本開示による核酸分子によってコードされる軽鎖及び重鎖の同時かつ均一な発現のために採用できる。本開示で使用できるＩＲＥＳ配列の非限定的な例としては、古典的豚コレラウイルス（ｃｌａｓｓｉｃａｌ ｓｗｉｎｅ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ：ＣＳＦＶ）、コオロギ麻痺ウイルス（ｃｒｉｃｋｅｔ ｐａｒａｌｙｓｉｓ ｖｉｒｕｓ：ＣｒＰＶ）、脳心筋炎ウイルス（ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｏｃａｒｄｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ：ＥＣＭＶ）、ピコルナウイルス（例えば口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ））、（ペストウイルス：ＣＦＦＶ）、ポリオウイルス（ｐｏｌｉｏ ｖｉｒｕｓ：ＰＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ：ＨＣＶ）、マウス白血病ウイルス（ｍｕｒｉｎｅ ｌｅｕｋｏｍａ ｖｉｒｕｓ：ＭＬＶ）、サル免疫不全ウイルス（ｓｉｍｉａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ：ＳＩＶ）、又はスーパーＩＲＥＳ配列に由来するものが挙げられる。
【0218】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、１つ以上の自己切断ペプチドをコードしてよい。自己切断ドメインをコードする「自己切断ペプチド（ｓｅｌｆ－ｃｌｅａｖｉｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅ）」又は「自己切断配列（ｓｅｌｆ－ｃｌｅａｖｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」はそれぞれ、タンパク質翻訳中にリボソームスキッピングを誘導して切断をもたらすペプチド又はコード配列である。プロテアーゼ切断部位の例は、ポティウイルスＮＩａプロテアーゼ（例えばタバコエッチウイルスプロテアーゼ）、ポティウイルスＨＣプロテアーゼ、ポティウイルスＰ１（Ｐ３５）プロテアーゼ、ビモウイルスＮＩａプロテアーゼ、ビモウイルスＲＮＡ－２－コード化プロテアーゼ、アフトウイルスＬプロテアーゼ、エンテロウイルス２Ａプロテアーゼ、ライノウイルス２Ａプロテアーゼ、ピコルナウイルス３Ｃプロテアーゼ、コモウイルス２４Ｋプロテアーゼ、ネポウイルス２４Ｋプロテアーゼ、ＲＴＳＶ（ｒｉｃｅ ｔｕｎｇｒｏ ｓｐｈｅｒｉｃａｌ ｖｉｒｕｓ：イネツングロ球状ウイルス）３Ｃ様プロテアーゼ、ＰＹＶＦ（ｐａｒｓｎｉｐ ｙｅｌｌｏｗ ｆｌｅｃｋ ｖｉｒｕｓ：パースニップ黄斑ウイルス）３Ｃ様プロテアーゼ、トロンビン、因子Ｘａ、及びエンテロキナーゼの切断部位である。その切断のストリンジェンシーの高さから、ＴＥＶ（ｔｏｂａｃｃｏ ｅｔｃｈ ｖｉｒｕｓ：タバコエッチウイルス）プロテアーゼ切断部位が特に好ましい。いくつかの実施形態では、単離された核酸は、重鎖配列と軽鎖配列との間の自己切断ペプチジルドメインをコードする自己切断ペプチジル配列を含む。好ましい自己切断ペプチドとしては、ポティウイルス及びカルジオウイルス２Ａペプチドに由来するものが挙げられる。いくつかの実施形態では、自己切断ペプチドは、ＦＭＤＶ（口蹄疫ウイルス）、ウマ鼻炎Ａウイルス、トセアアシグナ（Ｔｈｏｓｅａ ａｓｉｇｎａ）ウイルス、及びブタテシオウイルスに由来する２Ａペプチドから選択される。
【0219】
いくつかの実施形態では、本明細書で使用される自己切断ペプチジルリンカー配列は、２Ａ配列である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、Ｔ２Ａ配列又はＰ２Ａ配列である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、口蹄疫ウイルス配列である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、PVKQLLNFDLLKLAGDVESNPGP（配列番号１５）である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、ウマ鼻炎Ａウイルス配列である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、QCTNYALLKLAGDVESNPGP（配列番号１６）である。複数の実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、ブタテシオウイルス１配列である。複数の実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、ATNFSLLKQAGDVEENPGP（配列番号１７）である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、トセアアシグナ（Ｔｈｏｓｅａ ａｓｉｇｎａ）ウイルス配列である。いくつかの実施形態では、上記自己切断ペプチジルリンカー配列は、EGRGSLLTCGDVESNPGP（配列番号１８）である。
【0220】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質又はそのバリアント及び／若しくは断片であるポリペプチド配列をコードする、ヌクレオチド配列を含む。
【0221】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号１～６のいずれか１つのポリペプチド配列又はそのバリアント及び／若しくは断片に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％同一であるポリペプチド配列をコードする、ヌクレオチド配列を含む。
【0222】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質ｍＡｂ Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０から選択された１つ以上の抗体をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質ｍＡｂ Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０から選択された２つの抗体をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質ｍＡｂ Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０から選択された３つの抗体をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質ｍＡｂ Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０から選択された４つの抗体をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。
【0223】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２０に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２１に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２０のアミノ酸１～１２０に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、ＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域；及び／又は配列番号２１のアミノ酸１～１１１に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含むことができる。
【0224】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２２に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２３に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２２のアミノ酸１～１２０に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、ＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域；及び／又は配列番号２３のアミノ酸１～１０７に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含むことができる。
【0225】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２４に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２５に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２４のアミノ酸１～１２１に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、ＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域；及び／又は配列番号２５のアミノ酸１～１０８に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含むことができる。
【0226】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２６に記載のＨＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する重鎖；及び／又は配列番号２７に記載のＬＣアミノ酸配列に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する軽鎖をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号２６のアミノ酸１～１２３に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含む、ＨＣの重鎖可変（ＶＨ）領域；及び／又は配列番号２７のアミノ酸１～１０７に対して少なくとも７０％（例えば８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは更に高いパーセンテージ）のアミノ酸配列同一性を有する配列を含むＬＣの軽鎖可変（ＶＬ）領域をコードする、１つ以上のヌクレオチド配列を含むことができる。
【0227】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は：配列番号１～６のいずれか１つのポリペプチド配列又はそのバリアント及び／若しくは断片に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％同一であるポリペプチド配列をコードする、ヌクレオチド配列；並びに抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ糖タンパク質ｍＡｂ Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０から選択された１つ以上（例えば２つ、３つ、４つ）の抗体をコードする１つ以上のヌクレオチド配列を含む。
【0228】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、インフルエンザヘマグルチニン又はそのバリアント及び／若しくは断片であるポリペプチド配列をコードする、ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、配列番号１９のいずれか１つのポリペプチド配列又はそのバリアント及び／若しくは断片に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、又は１００％同一であるポリペプチド配列をコードする、ヌクレオチド配列を含む。
【0229】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗原及び／又は１つ以上の抗体をコードするヌクレオチド配列は、発現のためのプロモーターに作動可能に連結される。「プロモーター」は、ある特定のポリヌクレオチド配列について適切な転写開始部位でＲＮＡ合成を開始するようにＲＮＡポリメラーゼに指示できるＴＡＴＡボックスを通常は含む、ＤＮＡの調節領域である。プロモーターは更に、転写開始速度に影響を及ぼす他の領域も含んでよい。本明細書中で使用される場合、用語「プロモーター」はエンハンサーを包含する。本明細書で開示されるプロモーター配列は、作動可能に連結されたポリヌクレオチドの転写を調節する。プロモーターは、本明細書で開示される細胞型（例えば真核細胞、非ヒト哺乳類細胞、ヒト細胞、げっ歯類細胞、多能性細胞、一細胞期胚、分化細胞、又はこれらの組み合わせ）のうちの１つ以上において活性を有することができる。プロモーターは例えば、構成的に活性なプロモーター、条件的プロモーター、誘導性プロモーター、時間的に制限されたプロモーター（例えば発生的に調節されたプロモーター）、又は空間的に制限されたプロモーター（例えば細胞特異性若しくは組織特異性プロモーター）とすることができる。
【0230】
構成的プロモーターの例としては、限定するものではないが、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａ、ＳＶ４０、ＰＧＫ１（ヒト又はマウス）、Ｕｂｃ、ヒトβアクチン、ＣＡＧ、Ａｃ５、ポリへドリン、ＴＥＦ１、ＧＤＳ、ＣａＭＶ３５Ｓ、Ｕｂｉ、Ｈ１、及びＵ６プロモーターが挙げられる。
【0231】
誘導性プロモーターとしては、例えば化学的に調節されたプロモーター、及び物理的に調節されたプロモーターを挙げることができる。化学的に調節されたプロモーターとしては、例えばアルコール調節プロモーター（例えばアルコールデヒドロゲナーゼ（ａｌｃＡ）遺伝子プロモーター）、テトラサイクリン調節プロモーター（例えばテトラサイクリン応答性プロモーター、テトラサイクリンオペレーター配列配列（ｔｅｔＯ）、ｔｅｔ－Ｏｎプロモーター、ｔｅｔ－Ｏｆｆプロモーター）、ステロイド調節プロモーター（例えばラットグルココルチコイド受容体、エストロゲン受容体のプロモーター、若しくはエクジソン受容体のプロモーター）、又は金属調節プロモーター（例えば金属タンパク質プロモーター）が挙げられる。物理的に調節されたプロモーターとしては、例えば温度調節プロモーター（例えばＨｓｐ７０及びＨｓｐ９０由来のプロモーターといった熱ショックプロモーター）、並びに光調節プロモーター（例えば光誘導性プロモーター又は光抑制性プロモーター）が挙げられる。他の誘導性プロモーターとしては、ｌａｃ、ｓｐ６、及びＴ７プロモーターが挙げられる。
【0232】
組織特異性プロモーターとしては、例えばニューロン特異性プロモーター、グリア特異性プロモーター、筋細胞特異性プロモーター、心臓細胞特異性プロモーター、腎細胞特異性プロモーター、骨細胞特異性プロモーター、内皮細胞特異性プロモーター、又は免疫細胞特異性プロモーター（例えばＢ細胞プロモーター若しくはＴ細胞プロモーター）を挙げることができる。
【0233】
発生的に調節されたプロモーターとしては、例えば発生の胚段階の間のみ、又は生体細胞内でのみ活性を有するプロモーターが挙げられる。
【0234】
本開示の核酸分子で使用できるプロモーターの他の非限定的な例としては、ＣＢ７／ＣＡＧプロモーター及び関連する上流調節配列、ＥＦ－１ αプロモーター、ｍＵ１ａプロモーター、ＵＢ６プロモーター、ニワトリβアクチン（ｃｈｉｃｋｅｎ ｂｅｔａ－ａｃｔｉｎ：ＣＢＡ）プロモーター、並びに肝臓特異性プロモーター（ＴＢＧ（Ｔｈｙｒｏｘｉｎｅ－ｂｉｎｄｉｎｇ Ｇｌｏｂｕｌｉｎ：チロキシン結合グロブリン）プロモーター、ＡＰＯＡ２プロモーター、ＳＥＲＰＩＮＡ１（ｈＡＡＴ）プロモーター、ＡｐｏＥ．ｈＡＡＴ等）、又は筋肉特異性プロモーター（ヒトデスミンプロモーター、ＣＫ８プロモーター若しくはＰｉｔｘ３プロモーター等）、誘導性プロモーター（低酸素誘導性プロモーター若しくはラパマイシン誘導性プロモーター等）、又はこれらの組み合わせが挙げられる。
【0235】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は１つのプロモーターを含んでよい。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は２つ以上（例えば２つ、３つ、４つ、又は５つ以上）のプロモーターを含んでよい。
【0236】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、本明細書に記載の抗原及び／又は１つ以上の抗体と融合したシグナルペプチドをコードできる。このようなシグナルペプチドは、長さが通常１５～６０アミノ酸の、コードされたタンパク質のＮ末端に局在化されることが好ましい配列である。シグナルペプチドは典型的には、分泌経路の膜を横断する転座に必要とされ、従って、真核生物及び原核生物の両方において、分泌経路へのほとんどのタンパク質の進入を全般的に制御する。真核生物では、新生前駆体タンパク質のシグナルペプチドは、リボソームを粗面小胞体（ｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｃ ｒｅｔｉｃｕｌｕｍ：ＥＲ）膜へと導き、プロセシングのために、成長するペプチド鎖の、上記膜を横断する輸送を開始させる。ＥＲプロセシングは成熟タンパク質を生成し、シグナルペプチドは、典型的には宿主細胞のＥＲ常在シグナルペプチダーゼによって前駆体タンパク質から切断されるか、又は切断されないまま残存して膜アンカーとして機能する。シグナルペプチドは、タンパク質の細胞膜への標的化を促進することもできる。
【0237】
いくつかの実施形態では、シグナルペプチドの長さは１５～６０アミノ酸であってよい。例えば、シグナルペプチドの長さは、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、又は６０アミノ酸であってよい。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドの長さは、２０～６０、２５～６０、３０～６０、３５～６０、４０～６０、４５～６０、５０～６０、５５～６０、１５～５５、２０～５５、２５～５５、３０～５５、３５～５５、４０～５５、４５～５５、５０～５５、１５～５０、２０～５０、２５～５０、３０～５０、３５～５０、４０～５０、４５～５０、１５～４５、２０～４５、２５～４５、３０～４５、３５～４５、４０～４５、１５～４０、２０～４０、２５～４０、３０～４０、３５～４０、１５～３５、２０～３５、２５～３５、３０～３５、１５～３０、２０～３０、２５～３０、１５～２５、２０～２５、又は１５～２０アミノ酸である。
【0238】
シグナルペプチドは、（本質的に関心対象の抗原以外の遺伝子の発現を調節する）異種遺伝子、又は関心対象の抗原をコードする同一の遺伝子に由来するものであってよい。本開示に従って使用できるシグナル配列の例としては、限定するものではないが、従来型及び非従来型のＭＨＣ分子、サイトカイン、カルレティキュリン及びカルネキシン、Ｅｒｐ５７、免疫グロブリン、インバリアント鎖、Ｌａｍｐ１、タパシン、並びに膜に位置する更なるエンドソーム・リソソーム又は小胞体関連タンパク質の全てのシグナル配列が挙げられる。
【0239】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は化学修飾されておらず、標準的なリボヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のヌクレオチド及びヌクレオシドは、転写されたＲＮＡ中に存在するヌクレオシド残基（例えばＡ、Ｇ、Ｃ、又はＵ）等の標準的なヌクレオシド残基を含む。いくつかの実施形態では、本開示のヌクレオチド及びヌクレオシドは、ＤＮＡ中に存在するデオキシリボヌクレオシド残基（例えばｄＡ、ｄＧ、ｄＣ、又はｄＴ）等の標準的なデオキシリボヌクレオシド残基を含む。特段の注記がある場合を除いて、本出願に記載のポリヌクレオチド配列は代表的なＤＮＡ配列中の「Ｔ」を列挙することになるが、配列がＲＮＡを表す場合には「Ｔ」が「Ｕ」に置き換えられることは、当業者には理解されるだろう。
【0240】
いくつかの実施形態では核酸分子は化学修飾されている。核酸分子の化学修飾は、本開示の分子の特定の望ましい特性を促進でき、例えば上記分子に対する免疫応答のタイプに影響を及ぼすことができる。例えば、ｍＲＮＡの適切な化学修飾により、ｍＲＮＡ成分に対する望ましくない自然免疫応答を低減でき、及び／又は関心対象の抗原若しくは抗体のタンパク質発現のレベルを望ましいものにするのを促進できる。
【0241】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は、化学修飾核酸塩基を含む。修飾核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、例えばｍＲＮＡ、ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッド、トレオース核酸（ＴＮＡ）、グリコール核酸（ＧＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ：β－Ｄ－リボ構造を有するＬＮＡ、α－Ｌ－リボ構造を有するα－ＬＮＡ（ＬＮＡのジアステレオマー）、２’－アミノ官能化を有する２アミノ－ＬＮＡ、及び２’－アミノ官能化を有する２’－アミノ－ａ－ＬＮＡを含む）、エチレン核酸（ＥＮＡ）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）、並びに／又はこれらのキメラ及び／若しくは組み合わせであってよく、あるいはこれらを含んでよい。
【0242】
修飾ヌクレオチドは、１つ以上の修飾又は非天然ヌクレオシドを含めるための、例えば化学的、酵素的、又は組換え的な方法といったいずれの有用な方法によって、合成できる。ポリヌクレオチドは、ヌクレオシドが連結された１つ以上の領域を含むことができる。このような領域は、様々な骨格結合を有することができる。上記結合は、標準的なホスホジエステル結合であってよく、その場合ポリヌクレオチドはヌクレオチドの領域を含むことになる。
【0243】
本明細書で開示される修飾核酸は、様々な異なる修飾を含むことができる。いくつかの実施形態では、上記修飾核酸は、１つ、２つ、又は３つ以上の（場合によっては異なる）ヌクレオシド又はヌクレオチド修飾を含有する。いくつかの実施形態では、修飾核酸分子は、細胞に導入されたときに、未修飾の核酸分子に比べて、例えば細胞内でのタンパク質発現の改善、免疫原性の低下、又は分解の減少といった１つ以上の望ましい特性を示すことができる。
【0244】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは：同じヌクレオシドタイプの全て若しくはいずれかの均一な化学修飾；又は同じヌクレオシドタイプの全て若しくはいずれかにおける同一の開始修飾の単なる漸減によって生成される、複数の修飾の集合；又は全てのウリジンが例えばシュードウリジン若しくは５－メトキシウリジンといったウリジン類似体によって置換される場合等の、同じヌクレオシドタイプであるがランダムに組み込まれたあらゆる化学修飾の測定パーセントを有することができる。別の実施形態では、上記ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド全体にわたって、同じヌクレオシドタイプの２つ、３つ、又は４つの均一な化学修飾を有することができる（例えば全てのウリジン及び全てのシトシン等が同一の方法で修飾される）。
【0245】
修飾ヌクレオチド塩基対形成は、標準的なアデノシン－チミン塩基対、アデノシン－ウラシル塩基対、又はグアノシン－シトシン塩基対だけでなく、ヌクレオチド及び／又は非標準塩基若しくは修飾塩基を含む修飾ヌクレオチドの間に形成される塩基対も包含し、水素結合ドナーと水素結合アクセプターとの配置によって、非標準塩基と標準塩基との間での水素結合、又は２つの相補的な非標準塩基構造の間での水素結合が可能になる。このような非標準塩基対形成の一例は、修飾ヌクレオチドであるイノシンと、アデニン、シトシン、又はウラシルとの間での塩基対形成である。塩基／糖又はリンカーのいずれの組み合わせを、本開示のポリヌクレオチドに組み込むことができる。
【0246】
本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡポリヌクレオチド）において有用な核酸の修飾としては、限定するものではないが、以下のヌクレオチド、ヌクレオシド、及び核酸塩基が挙げられる：シュードウリジン（ψ）；２－チオウリジン（ｓ２Ｕ）；４’－チオウリジン；５－メチルシトシン；２－チオ－１－メチル－１－デアザ－シュードウリジン；２－チオ－１－メチル－シュードウリジン；２－チオ－５－アザ－ウリジン；２－チオ－ジヒドロシュードウリジン；２－チオ－ジヒドロウリジン；２－チオ－シュードウリジン；４－メトキシ－２－チオ－シュードウリジン；４－メトキシ－シュードウリジン；４－チオ－１－メチル－シュードウリジン；４－チオ－シュードウリジン；５－アザ－ウリジン；ジヒドロシュードウリジン；５－メチルウリジン；５－メトキシウリジン；２’－Ｏ－メチルウリジン；１－メチル－シュードウリジン（ｍ１ψ）；１－エチル－シュードウリジン（ｅ１ψ）；５－メトキシ－ウリジン（ｍｏ５Ｕ）；５－メチル－シチジン（ｍ５Ｃ）；α－チオ－グアノシン；α－チオ－アデノシン；５－シアノウリジン；４’－チオウリジン７－デアザ－アデニン；１－メチル－アデノシン（ｍ１Ａ）；２－メチル－アデニン（ｍ２Ａ）；Ｎ６－メチル－アデノシン（ｍ６Ａ）；２，６－ジアミノプリン；１－メチル－イノシン（ｍ１Ｉ）；ウィオシン（ｉｍＧ）；メチルウィオシン（ｍｉｍＧ）；７－デアザ－グアノシン；７－シアノ－７－デアザ－グアノシン（ｐｒｅＱ０）；７－アミノメチル－７－デアザ－グアノシン（ｐｒｅＱ１）；７－メチル－グアノシン（ｍ７Ｇ）；１－メチル－グアノシン（ｍ１Ｇ）；８－オキソ－グアノシン；７－メチル－８－オキソ－グアノシン；２，８－ジメチルアデノシン；２－ゲラニルチオウリジン；２－リシジン；２－セレノウリジン；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）－５，６－ジヒドロウリジン；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュードウリジン；３－メチルシュードウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）－２’－Ｏ－メチルウリジンメチルエステル；５－アミノメチル－２－ゲラニルチオウリジン；５－アミノメチル－２－セレノウリジン；５－アミノメチルウリジン；５－カルバモイルヒドロキシメチルウリジン；５－カルバモイルメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－ゲラニルチオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－セレノウリジン；５－シアノメチルウリジン；５－ヒドロキシシチジン；５－メチルアミノメチル－２－ゲラニルチオウリジン；７－アミノカルボキシプロピル－デメチルウィオシン；７－アミノカルボキシプロピルウィオシン；７－アミノカルボキシプロピルウィオシンメチルエステル；８－メチルアデノシン；Ｎ４，Ｎ４－ジメチルシチジン；Ｎ６－ホルミルアデノシン；Ｎ６－ヒドロキシメチルアデノシン；アグマチジン；環式Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン；グルタミル－キューオシン；メチル化低修飾（ｕｎｄｅｒｍｏｄｉｆｉｅｄ）ヒドロキシウィブトシン；Ｎ４，Ｎ４，２’－Ｏ－トリメチルシチジン；ゲラニル化５－メチルアミノメチル－２－チオウリジン；ゲラニル化５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；１－メチル－シュードウリジン；１－エチル－シュードウリジン；１，２’－Ｏ－ジメチルアデノシン；１－デアザアデノシントリホスフェート（ｔｒｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ：ＴＰ）；１－メチルアデノシン；２（アミノ）アデニン；２（アミノプロピル）アデニン；２（メチルチオ）Ｎ６（イソペンテニル）アデニン；２－（アルキル）アデニン；２－（アミノアルキル）アデニン；２－（アミノプロピル）アデニン；２－（ハロ）アデニン；２－（プロピル）アデニン；２’－ａ－エチニルアデノシンＴＰ；２’－アミノ－２’－デオキシ－ＡＴＰ；２’－ａ－トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；２’－アジド－２’－デオキシ－ＡＴＰ；２’－ｂ－エチニルアデノシンＴＰ；２’－ｂ－トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’，２’－ジフルオロアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アミノアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アジドアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－メルカプトアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－チオメトキシアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アミノアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アジドアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ブロモアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－クロロアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－フルオロアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ヨードアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトアデノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシアデノシンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ６－Ｂｚ－デオキシアデノシンＴＰ；２’－ＯＭｅ－２－アミノ－ＡＴＰ；２’－Ｏ－メチルアデノシン；２’Ｏ－メチル－Ｎ６－Ｂｚ－デオキシアデノシンＴＰ；２’－Ｏ－リボシルアデノシン（ホスフェート）；２－アミノアデニン；２－アミノアデノシンＴＰ；２－アミノ－ＡＴＰ；２－アジドアデノシンＴＰ；２－ブロモアデノシンＴＰ；２－クロロアデノシンＴＰ；２－フルオロアデノシンＴＰ；２－ヨードアデノシンＴＰ；２－メルカプトアデノシンＴＰ；２－メトキシ－アデニン；２－メチルアデノシン；２－メチルチオ－アデニン；２－メチルチオ－Ｎ６イソペンテニルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン；２－メチルチオ－Ｎ６－ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ６－メチルアデノシン；２－メチルチオ－Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン；２－トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；３－デアザ－３－ブロモアデノシンＴＰ；３－デアザ－３－クロロアデノシンＴＰ；３－デアザ－３－フルオロアデノシンＴＰ；３－デアザ－３－ヨードアデノシンＴＰ；３－デアザアデノシンＴＰ；４’－アジドアデノシンＴＰ；４’－炭素環式アデノシンＴＰ；４’－エチニルアデノシンＴＰ；５’－ホモ－アデノシンＴＰ；６（アルキル）アデニン；６（メチル）アデニン；６－（アルキル）アデニン；６－（メチル）アデニン；７（デアザ）アデニン；７－デアザ－８－アザ－アデノシン；７－デアザ－アデノシン；７－メチルアデニン；８（アルケニル）アデニン；８（アルキニル）アデニン；８（アミノ）アデニン；８（チオアルキル）アデニン；８－（アルケニル）アデニン；８－（アルキル）アデニン；８－（アルキニル）アデニン；８－（アミノ）アデニン；８－（ハロ）アデニン；８－（ヒドロキシル）アデニン；８－（チオアルキル）アデニン；８－（チオール）アデニン；８－アザ－ＡＴＰ；８－アジド－アデノシン；８－ブロモ－アデノシンＴＰ；８－トリフルオロメチルアデノシンＴＰ；９－デアザアデノシンＴＰ；アザアデニン；デアザアデニン；イソペンテニルアデノシン；Ｎ１－メチル－アデノシン；Ｎ６（メチル）アデニン；Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン；Ｎ６－（イソペンチル）アデニン；Ｎ６，Ｎ６（ジメチル）アデニン；Ｎ６，２’－Ｏ－ジメチルアデノシン；Ｎ６，Ｎ６，２’－Ｏ－トリメチルアデノシン；Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン；Ｎ６－アセチルアデノシン；Ｎ６－シス－ヒドロキシ－イソペンテニル－アデノシン；Ｎ６－グリシニルカルバモイルアデノシン；Ｎ６－ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；Ｎ６－メチルアデノシン；Ｎ６－メチル－Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン；Ｎ６－トレオニルカルバモイルアデノシン；１，２’－Ｏ－ジメチルグアノシン；１－Ｍｅ－ＧＴＰ；１－メチル－６－チオ－グアノシン；１－メチルグアノシン；２（プロピル）グアニン；２－（アルキル）グアニン；２’－ａ－エチニルグアノシンＴＰ；２’－アミノ－２’－デオキシ－ＧＴＰ；２’－ａ－トリフルオロメチルグアノシンＴＰ；２’－アジド－２’－デオキシ－ＧＴＰ；２’－ｂ－エチニルグアノシンＴＰ；２’－ｂ－トリフルオロメチルグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’，２’－ジフルオログアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アミノグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アジドグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－メルカプトグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－チオメトキシグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アミノグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アジドグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ブロモグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－クロログアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－フルオログアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ヨードグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトグアノシンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシグアノシンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ２－イソブチル－グアノシンＴＰ；２’－Ｏ－メチルグアノシン；２’Ｏ－メチル－Ｎ２－イソブチル－グアノシンＴＰ；２’－Ｏ－リボシルグアノシン（ホスフェート）；４’－アジドグアノシンＴＰ；４’－炭素環式グアノシンＴＰ；４’－エチニルグアノシンＴＰ；５’－ホモ－グアノシンＴＰ；６（メチル）グアニン；６－（アルキル）グアニン；６－（メチル）グアニン；６－メトキシ－グアノシン；６－メチル－グアノシン；６－チオ－７－デアザ－８－アザ－グアノシン；６－チオ－７－デアザ－グアノシン；６－チオ－７－メチル－グアノシン；６－チオ－グアノシン；７（アルキル）グアニン；７（デアザ）グアニン；７（メチル）グアニン；７－（アルキル）グアニン；７－（デアザ）グアニン；７－（メチル）グアニン；７－アミノメチル－７－デアザグアノシン；７－シアノ－７－デアザグアノシン；７－デアザ－８－アザ－グアノシン；７－メチルグアノシン；８（アルキル）グアニン；８（アルキニル）グアニン；８（ハロ）グアニン；８（チオアルキル）グアニン；８－（アルケニル）グアニン；８－（アルキル）グアニン；８－（アルキニル）グアニン；８－（アミノ）グアニン；８－（ハロ）グアニン；８－（ヒドロキシル）グアニン；８－（チオアルキル）グアニン；８－（チオール）グアニン；８－ブロモ－グアノシンＴＰ；９－デアザグアノシンＴＰ；アルカエオシン；アザグアニン；デアザグアニン；メチルウィオシン；Ｎ（メチル）グアニン；Ｎ－（メチル）グアニン；Ｎ１－メチル－グアノシン；Ｎ２，２’－Ｏ－ジメチルグアノシン；Ｎ２，７，２’－Ｏ－トリメチルグアノシン；Ｎ２，７－ジメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２，２’－Ｏ－トリメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２，７－トリメチルグアノシン；Ｎ２，Ｎ２－ジメチル－６－チオ－グアノシン；Ｎ２，Ｎ２－ジメチルグアノシン；Ｎ２－イソブチル－グアノシンＴＰ；Ｎ２－メチル－６－チオ－グアノシン；Ｎ２－メチルグアノシン；ウィオシン；（Ｅ）－５－（２－ブロモ－ビニル）シチジンＴＰ；１－メチル－１－デアザ－シュードイソシチジン；１－メチル－シュードイソシチジン；２－（チオ）シトシン；２，２’－アンヒドロ－シチジンＴＰ塩酸塩；２，６－ジアミノプリン；２’－ａ－エチニルシチジンＴＰ；２’－アミノ－２’－デオキシ－ＣＴＰ；２’－ａ－トリフルオロメチルシチジンＴＰ；２’－アジド－２’－デオキシ－ＣＴＰ；２’－ｂ－エチニルシチジンＴＰ；２’－ｂ－トリフルオロメチルシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’，２’－ジフルオロシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アミノシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アジドシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－メルカプトシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－チオメトキシシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アミノシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アジドシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ブロモシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－クロロシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－フルオロシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ヨード
シチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシシチジンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ４－Ｂｚ－シチジンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ４－アセチル－シチジンＴＰ；２’－Ｏ－メチル－５－（１－プロピニル）シチジンＴＰ；２’－Ｏ－メチルシチジン；２’－Ｏ－メチル－Ｎ４－アセチル－シチジンＴＰ；２’Ｏ－メチル－Ｎ４－Ｂｚ－シチジンＴＰ；２－アミノプリン；２－メトキシ－５－メチル－シチジン；２－メトキシ－シチジン；２－チオ－５－メチル－シチジン；２－チオシチジン；３（デアザ）５（アザ）シトシン；３（メチル）シトシン；３－（アルキル）シトシン；３－（デアザ）５（アザ）シトシン；３－（メチル）シチジン；３’－エチニルシチジンＴＰ；３－メチルシチジン；４，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；４’－アジドシチジンＴＰ；４’－炭素環式シチジンＴＰ；４’－エチニルシチジンＴＰ；４－メトキシ－１－メチル－シュードイソシチジン；４－メトキシ－シュードイソシチジン；４－メチルシチジン；４－チオ－１－メチル－１－デアザ－シュードイソシチジン；４－チオ－１－メチル－シュードイソシチジン；４－チオ－シュードイソシチジン；５（ハロ）シトシン；５（メチル）シトシン；５（プロピニル）シトシン；５（トリフルオロメチル）シトシン；５－（１－プロピニル）アラ－シチジンＴＰ；５－（２－クロロ－フェニル）－２－チオシチジンＴＰ；５－（４－アミノ－フェニル）－２－チオシチジンＴＰ；５－（アルキル）シトシン；５－（アルキニル）シトシン；５－（ハロ）シトシン；５－（プロピニル）シトシン；５－（トリフルオロメチル）シトシン；５，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；５’－ホモ－シチジンＴＰ；５－アミノアリル－ＣＴＰ；５－アザ－シチジン；５－アザ－ゼブラリン；５－ブロモ－シチジン；５－シアノシチジンＴＰ；５－エチニルアラ－シチジンＴＰ；５－エチニルシチジンＴＰ；５－ホルミル－２’－Ｏ－メチルシチジン；５－ホルミルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン；５－ヨード－シチジン；５－メトキシシチジンＴＰ；５－メチルシチジン；５－メチル－ゼブラリン；５－プロピニルシトシン；５－トリフルオロメチル－シチジンＴＰ；６－（アゾ）シトシン；６－アザ－シチジン；７－デアザ－２，６－ジアミノプリン；７－デアザ－８－アザ－２，６－ジアミノプリン；７－デアザ－８－アザ－２－アミノプリン；７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノプリン；アザシトシン；デアザシトシン；リシジン；Ｎ４（アセチル）シトシン；Ｎ４，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；Ｎ４，Ｎ４－ジメチル－２’－ＯＭｅ－シチジンＴＰ；Ｎ４－アセチル－２’－Ｏ－メチルシチジン；Ｎ４－アセチルシチジン；Ｎ４－アミノ－シチジンＴＰ；Ｎ４－ベンゾイル－シチジンＴＰ；Ｎ４－メチルシチジン；シュードイソシチジン；シュード－イソ－シチジン；ピロロ－シチジン；ピロロ－シュードイソシチジン；ゼブラリン；α－チオ－シチジン；１－メチルイノシン；イノシン；１，２’－Ｏ－ジメチルイノシン；２’－Ｏ－メチルイノシン；７－メチルイノシン；エポキシキューオシン；ガラクトシル－キューオシン；マンノシルキューオシン；キューオシン；アリアミノ－チミジン；アザチミジン；デアザチミジン；デオキシ－チミジン；２’－Ｏ－メチルウリジン；２－チオウリジン；３－メチルウリジン；５－カルボキシメチルウリジン；５－ヒドロキシウリジン；５－タウリノメチル－２－チオウリジン；５－タウリノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；シュードウリジン；（３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン；１－メチル－３－（３－アミノ－５－カルボキシプロピル）シュードウリジン；１－メチルシュードウリジン；２’－Ｏ－メチルシュードウリジン；２－チオ－２’－Ｏ－メチルウリジン；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン；３，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；３－メチル－シュード－ウリジンＴＰ；４－チオウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジンメチルエステル；５，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；５，６－ジヒドロ－ウリジン；５－アミノメチル－２－チオウリジン；５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－カルバモイルメチルウリジン；５－カルボキシヒドロキシメチルウリジン；５－カルボキシヒドロキシメチルウリジンメチルエステル；５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチルウリジン；５－カルバモイルメチルウリジンＴＰ；５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－メトキシカルボニルメチル－２－チオウリジン；５－メトキシカルボニルメチルウリジン；５－メチルウリジン；５－メトキシウリジン；５－メチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチル－２－セレノウリジン；５－メチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチルウリジン；５－メチルジヒドロウリジン；５－オキシ酢酸－ウリジンＴＰ；５－オキシ酢酸－メチルエステル－ウリジンＴＰ；Ｎ１－メチル－シュード－ウラシル；Ｎ１－エチル－シュード－ウラシル；ウリジン５－オキシ酢酸；ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）－ウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）－２－チオウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）－２’－Ｏ－メチルウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）ウリジンＴＰ；５－プロピニルウラシル；α－チオ－ウリジン；１（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル；１置換２（チオ）－シュードウラシル；１置換２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１置換４（チオ）シュードウラシル；１置換シュードウラシル；１－（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチレニル）－２－（チオ）－シュードウラシル；１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－シュード－ＵＴＰ；１－エチル－シュード－ＵＴＰ；２（チオ）シュードウラシル；２’デオキシウリジン；２’フルオロウリジン；２－（チオ）ウラシル；２，４－（ジチオ）シュードウラシル；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－グアノシン；２’－アミノ－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－アジド－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－アジド－デオキシウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アミノウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アジドウリジンＴＰ；２－メチルシュードウリジン；３（３アミノ－３カルボキシプロピル）ウラシル；４（チオ）シュードウラシル；４－（チオ）シュードウラシル；４－（チオ）ウラシル；４－チオウラシル；５（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル；５（２－アミノプロピル）ウラシル；５（アミノアルキル）ウラシル；５（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル；５（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル；５（メチル）２（チオ）ウラシル；５（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチル）４（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－２（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－４（チオ）ウラシル；５（プロピニル）ウラシル；５（トリフルオロメチル）ウラシル；５－（２－アミノプロピル）ウラシル；５－（アルキル）－２－（チオ）シュードウラシル；５－（アルキル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル；５－（アルキル）－４（チオ）シュードウラシル；５－（アルキル）シュードウラシル；５－（アルキル）ウラシル；５－（アルキニル）ウラシル；５－（アリルアミノ）ウラシル；５－（シアノアルキル）ウラシル；５－（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル；５－（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５－（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５－（ハロ）ウラシル；５－（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル；５－（メトキシ）ウラシル；５－（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル；５－（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル；５－（メチル）２（チオ）ウラシル；５－（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル；５－（メチル）４（チオ）ウラシル；５－（メチル）－２－（チオ）シュードウラシル；５－（メチル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル；５－（メチル）－４（チオ）シュードウラシル；５－（メチル）シュードウラシル；５－（メチルアミノメチル）－２（チオ）ウラシル；５－（メチルアミノメチル）－２，４（ジチオ）ウラシル；５－（メチルアミノメチル）－４－（チオ）ウラシル；５－（プロピニル）ウラシル；５－（トリフルオロメチル）ウラシル；５－アミノアリル－ウリジン；５－ブロモ－ウリジン；５－ヨード－ウリジン；５－ウラシル；６（アゾ）ウラシル；６－（アゾ）ウラシル；６－アザ－ウリジン；アリアミノ－ウラシル；アザウラシル；デアザウラシル；Ｎ３（メチル）ウラシル；シュード－ＵＴＰ－１－２－エタン酸；シュードウラシル；４－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－カルボキシメチル－シュードウリジン；１－メチル－１－デアザ－シュードウリジン；１－プロピニル－ウリジン；１－タウリノメチル－１－メチル－ウリジン；１－タウリノメチル－４－チオ－ウリジン；１－タウリノメチル－シュードウリジン；２－メトキシ－４－チオ－シュードウリジン；（±）１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（２Ｒ）－１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（２Ｓ）－１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（Ｅ）－５－（２－ブロモ－ビニル）アラ－ウリジンＴＰ；（Ｅ）－５－（２－ブロモ－ビニル）ウリジンＴＰ；（Ｚ）－５－（２－ブロモ－ビニル）アラ－ウリジンＴＰ；（Ｚ）－５－（２－ブロモ－ビニル）ウリジンＴＰ；１－（２，２，２－トリフルオロエチル）－シュード－ＵＴＰ；１－（２，２，３，３，３－ペンタフルオロプロピル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，２－ジエトキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，４，６－トリメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，４，６－トリメチル－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（２，４，６－トリメチル－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－アミノ－２－カルボキシエチル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－アミノ－エチル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－ヒドロキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（２－メトキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（３，４－ビス－トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（３，４－ジメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュード－ＵＴＰ；１－（３－アミノ－プロピル）シュード－ＵＴＰ；１－（３－シクロプロピル－プロプ－２－イニル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－アミノ－４－カルボキシブチル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－ブチル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アジドベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ブロモベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－クロロベンジル）シュ
ードウリジンＴＰ；１－（４－フルオロベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ヨードベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メタンスルホニルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メトキシ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－メトキシ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－メチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メチル－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－ニトロベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ニトロ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１（４－ニトロ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－チオメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－トリフルオロメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（５－アミノ－ペンチル）シュード－ＵＴＰ；１－（６－アミノ－ヘキシル）シュード－ＵＴＰ；１，６－ジメチル－シュード－ＵＴＰ；１－［３－（２－｛２－［２－（２－アミノエトキシ）－エトキシ］－エトキシ｝－エトキシ）－プロピオニル］シュードウリジンＴＰ；１－｛３－［２－（２－アミノエトキシ）－エトキシ］－プロピオニル｝シュードウリジンＴＰ；１－アセチルシュードウリジンＴＰ；１－アルキル－６－（１－プロピニル）－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－（２－プロピニル）－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－アリル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－エチニル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－ホモアリル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－ビニル－シュード－ＵＴＰ；１－アリルシュードウリジンＴＰ；１－アミノメチル－シュード－ＵＴＰ；１－ベンゾイルシュードウリジンＴＰ；１－ベンジルオキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－ベンジル－シュード－ＵＴＰ；１－ビオチニル－ＰＥＧ２－シュードウリジンＴＰ；１－ビオチニルシュードウリジンＴＰ；１－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－シアノメチルシュードウリジンＴＰ；１－シクロブチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロブチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロへプチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロへプチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロヘキシルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロヘキシル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロオクチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロオクチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロペンチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロペンチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロプロピルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロプロピル－シュード－ＵＴＰ；１－ヘキシル－シュード－ＵＴＰ；１－ホモアリルシュードウリジンＴＰ；１－ヒドロキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－２－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－４－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－α－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－メタンスルホニルメチルシュードウリジンＴＰ；１－メトキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－メチル－６－（２，２，２－トリフルオロエチル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（４－モルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（４－チオモルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（置換フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－アミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－アジド－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ブロモ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－クロロ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－シアノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ジメチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エチルカルボキシレート－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－フルオロ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ホルミル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヒドロキシアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヒドロキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヨード－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－メトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－メチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－フェニル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－トリフルオロメトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；１－モルホリノメチルシュードウリジンＴＰ；１－ペンチル－シュード－ＵＴＰ；１－フェニル－シュード－ＵＴＰ；１－ピバロイルシュードウリジンＴＰ；１－プロパルギルシュードウリジンＴＰ；１－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－プロピニル－シュードウリジン；１－ｐ－トリル－シュード－ＵＴＰ；１－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－チオメトキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－チオモルホリノメチルシュードウリジンＴＰ；１－トリフルオロアセチルシュードウリジンＴＰ；１－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；１－ビニルシュードウリジンＴＰ；２，２’－アンヒドロ－ウリジンＴＰ；２’－ブロモ－デオキシウリジンＴＰ；２’－Ｆ－５－メチル－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－ＯＭｅ－５－Ｍｅ－ＵＴＰ；２’－ＯＭｅ－シュード－ＵＴＰ；２’－ａ－エチニルウリジンＴＰ；２’－ａ－トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’－ｂ－エチニルウリジンＴＰ；２’－ｂ－トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’，２’－ジフルオロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－メルカプトウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－チオメトキシウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アミノウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アジドウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ブロモウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－クロロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－フルオロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ヨードウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシウリジンＴＰ；２－メトキシ－４－チオ－ウリジン；２－メトキシウリジン；２’－Ｏ－メチル－５－（１－プロピニル）ウリジンＴＰ；３－アルキル－シュード－ＵＴＰ；４’－アジドウリジンＴＰ；４’－炭素環式ウリジンＴＰ；４’－エチニルウリジンＴＰ；５－（１－プロピニル）アラ－ウリジンＴＰ；５－（２－フラニル）ウリジンＴＰ；５－シアノウリジンＴＰ；５－ジメチルアミノウリジンＴＰ；５’－ホモ－ウリジンＴＰ；５－ヨード－２’－フルオロ－デオキシウリジンＴＰ；５－フェニルエチニルウリジンＴＰ；５－トリジュウテロメチル－６－ジュウテロウリジンＴＰ；５－トリフルオロメチル－ウリジンＴＰ；５－ビニルアラウリジンＴＰ；６－（２，２，２－トリフルオロエチル）－シュード－ＵＴＰ；６－（４－モルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；６－（４－チオモルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；６－（置換－フェニル）－シュード－ＵＴＰ；６－アミノ－シュード－ＵＴＰ；６－アジド－シュード－ＵＴＰ；６－ブロモ－シュード－ＵＴＰ；６－ブチル－シュード－ＵＴＰ；６－クロロ－シュード－ＵＴＰ；６－シアノ－シュード－ＵＴＰ；６－ジメチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－エトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－エチルカルボキシレート－シュード－ＵＴＰ；６－エチル－シュード－ＵＴＰ；６－フルオロ－シュード－ＵＴＰ；６－ホルミル－シュード－ＵＴＰ；６－ヒドロキシアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－ヒドロキシ－シュード－ＵＴＰ；６－ヨード－シュード－ＵＴＰ；６－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；６－メトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－メチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－メチル－シュード－ＵＴＰ；６－フェニル－シュード－ＵＴＰ；６－プロピル－シュード－ＵＴＰ；６－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；６－トリフルオロメトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；２（アミノ）プリン；２，４，５－（トリメチル）フェニル；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－シチジン；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－アデニン；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－ウリジン；２’－アミノ－２’－デオキシリボース；２，６－（ジアミノ）プリン；１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル：１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；１，３，５－（トリアザ）－２，６－（ジオキサ）－ナフタレン；２’－アジド－２’－デオキシリボース；２’フルオロ－２’－デオキシリボース；２’－フルオロ－修飾塩基；２’－ＯＨ－アラ－アデノシンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－シチジンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－グアノシンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－ウリジンＴＰ；２’－Ｏ－メチル－リボース；２－アミノ－６－クロロ－プリン；２－アミノ－リボシド－ＴＰ；２－アザ－イノシニル；２－オキソ－７－アミノピリドピリミジン－３－イル；２－オキソ－ピリドピリミジン－３－イル；２－ピリジノン；２－チオ－ゼブラリン；３ニトロピロール；３－（メチル）－７－（プロピニル）イソカルボスチリリル；３－（メチル）イソカルボスチリリル；４－（フルオロ）－６－（メチル）ベンズイミダゾール；４－（メチル）ベンズイミダゾール；４－（メチル）インドリル；４，６－（ジメチル）インドリル；４－デメチルウィオシン；５ニトロインドール；５置換ピリミジン；５－（２－カルボメトキシビニル）ウリジンＴＰ；５－（メチル）イソカルボスチリリル；５－アザ－２－チオ－ゼブラリン；５－ニトロインドール；６－（アザ）ピリミジン；６－（アゾ）チミン；６－（メチル）－７－（アザ）インドリル；６－クロロ－プリン；６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；７－（アザ）インドリル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジンｌ－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；７－（プロピニル）イソカルボスチリリル；７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、プロピニル－７－（アザ）インドリル；７－デアザ－２－アミノ－プリン；７－デアザ－イノシニル；７－置換１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；９－（メチル）－イミジゾピリジニル；α－チオ－シュード－ＵＴＰ；アミノインドリル；アントラセニル；ビス－オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ビス－オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ジフルオロトリル；ホルマイシンＡ ＴＰ；ホルマイシンＢ ＴＰ；ヒドロキシウィブトシン；ヒポキサンチン；イミジゾピリジニル；イノシニル；イソカルボスチリリル；イソグアニシン；イソウィオシン；Ｎ２－置換プリン；Ｎ６
－（１９－アミノ－ペンタオキサノナデシル）アデノシンＴＰ；Ｎ６－メチル－２－アミノ－プリン；Ｎ６－置換プリン；Ｎ－アルキル化誘導体；ナフタレニル；ニトロベンズイミダゾリル；ニトロイミダゾリル；ニトロインダゾリル；ニトロピラゾリル；ネブラリン；Ｏ６－置換プリン；Ｏ－アルキル化誘導体；オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；オキソホルマイシンＴＰ；パラ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；パラ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ペンタセニル；ペルオキシウィブトシン；フェナントラセニル；フェニル；プロピニル－７－（アザ）インドリル；シュードウリジン１－（４－メチルベンゼンスルホン酸）ＴＰ；シュードウリジン１－（４－メチル安息香酸）ＴＰ；シュードウリジンＴＰ１－［３－（２－エトキシ）］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－（２－エトキシ）－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－｛２（２－エトキシ）－エトキシ｝－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－メチルホスホン酸；シュードウリジンＴＰ１－メチルホスホン酸ジエチルエステル；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－３－プロピオン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－４－ブタン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－５－吉草酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－６－ヘキサン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－７－ヘプタン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－メチル－ｐ－安息香酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－ｐ－安息香酸；ピレニル；ピリジン－４－オンリボヌクレオシド；ピリドピリミジン－３－イル；ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－７－アミノ－ピリドピリミジン－３－イル；ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ピロロピリミジニル；ピロロピリジニル；ピロロシンＴＰ；Ｑ塩基；プレＱ０塩基；プレＱ１塩基；スチルベンジル；置換１，２，４－トリアゾール；テトラセニル；ツベルシジン；低修飾ヒドロキシウィブトシン；ウィブトシン；キサンチン；キサントシン－５’－ＴＰ、及びこれらの組み合わせ。
シチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトシチジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシシチジンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ４－Ｂｚ－シチジンＴＰ；２’フルオロ－Ｎ４－アセチル－シチジンＴＰ；２’－Ｏ－メチル－５－（１－プロピニル）シチジンＴＰ；２’－Ｏ－メチルシチジン；２’－Ｏ－メチル－Ｎ４－アセチル－シチジンＴＰ；２’Ｏ－メチル－Ｎ４－Ｂｚ－シチジンＴＰ；２－アミノプリン；２－メトキシ－５－メチル－シチジン；２－メトキシ－シチジン；２－チオ－５－メチル－シチジン；２－チオシチジン；３（デアザ）５（アザ）シトシン；３（メチル）シトシン；３－（アルキル）シトシン；３－（デアザ）５（アザ）シトシン；３－（メチル）シチジン；３’－エチニルシチジンＴＰ；３－メチルシチジン；４，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；４’－アジドシチジンＴＰ；４’－炭素環式シチジンＴＰ；４’－エチニルシチジンＴＰ；４－メトキシ－１－メチル－シュードイソシチジン；４－メトキシ－シュードイソシチジン；４－メチルシチジン；４－チオ－１－メチル－１－デアザ－シュードイソシチジン；４－チオ－１－メチル－シュードイソシチジン；４－チオ－シュードイソシチジン；５（ハロ）シトシン；５（メチル）シトシン；５（プロピニル）シトシン；５（トリフルオロメチル）シトシン；５－（１－プロピニル）アラ－シチジンＴＰ；５－（２－クロロ－フェニル）－２－チオシチジンＴＰ；５－（４－アミノ－フェニル）－２－チオシチジンＴＰ；５－（アルキル）シトシン；５－（アルキニル）シトシン；５－（ハロ）シトシン；５－（プロピニル）シトシン；５－（トリフルオロメチル）シトシン；５，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；５’－ホモ－シチジンＴＰ；５－アミノアリル－ＣＴＰ；５－アザ－シチジン；５－アザ－ゼブラリン；５－ブロモ－シチジン；５－シアノシチジンＴＰ；５－エチニルアラ－シチジンＴＰ；５－エチニルシチジンＴＰ；５－ホルミル－２’－Ｏ－メチルシチジン；５－ホルミルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン；５－ヨード－シチジン；５－メトキシシチジンＴＰ；５－メチルシチジン；５－メチル－ゼブラリン；５－プロピニルシトシン；５－トリフルオロメチル－シチジンＴＰ；６－（アゾ）シトシン；６－アザ－シチジン；７－デアザ－２，６－ジアミノプリン；７－デアザ－８－アザ－２，６－ジアミノプリン；７－デアザ－８－アザ－２－アミノプリン；７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノプリン；アザシトシン；デアザシトシン；リシジン；Ｎ４（アセチル）シトシン；Ｎ４，２’－Ｏ－ジメチルシチジン；Ｎ４，Ｎ４－ジメチル－２’－ＯＭｅ－シチジンＴＰ；Ｎ４－アセチル－２’－Ｏ－メチルシチジン；Ｎ４－アセチルシチジン；Ｎ４－アミノ－シチジンＴＰ；Ｎ４－ベンゾイル－シチジンＴＰ；Ｎ４－メチルシチジン；シュードイソシチジン；シュード－イソ－シチジン；ピロロ－シチジン；ピロロ－シュードイソシチジン；ゼブラリン；α－チオ－シチジン；１－メチルイノシン；イノシン；１，２’－Ｏ－ジメチルイノシン；２’－Ｏ－メチルイノシン；７－メチルイノシン；エポキシキューオシン；ガラクトシル－キューオシン；マンノシルキューオシン；キューオシン；アリアミノ－チミジン；アザチミジン；デアザチミジン；デオキシ－チミジン；２’－Ｏ－メチルウリジン；２－チオウリジン；３－メチルウリジン；５－カルボキシメチルウリジン；５－ヒドロキシウリジン；５－タウリノメチル－２－チオウリジン；５－タウリノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；シュードウリジン；（３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン；１－メチル－３－（３－アミノ－５－カルボキシプロピル）シュードウリジン；１－メチルシュードウリジン；２’－Ｏ－メチルシュードウリジン；２－チオ－２’－Ｏ－メチルウリジン；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）ウリジン；３，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；３－メチル－シュード－ウリジンＴＰ；４－チオウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジン；５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウリジンメチルエステル；５，２’－Ｏ－ジメチルウリジン；５，６－ジヒドロ－ウリジン；５－アミノメチル－２－チオウリジン；５－カルバモイルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－カルバモイルメチルウリジン；５－カルボキシヒドロキシメチルウリジン；５－カルボキシヒドロキシメチルウリジンメチルエステル；５－カルボキシメチルアミノメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチルウリジン；５－カルバモイルメチルウリジンＴＰ；５－メトキシカルボニルメチル－２’－Ｏ－メチルウリジン；５－メトキシカルボニルメチル－２－チオウリジン；５－メトキシカルボニルメチルウリジン；５－メチルウリジン；５－メトキシウリジン；５－メチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチル－２－セレノウリジン；５－メチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－メチルアミノメチルウリジン；５－メチルジヒドロウリジン；５－オキシ酢酸－ウリジンＴＰ；５－オキシ酢酸－メチルエステル－ウリジンＴＰ；Ｎ１－メチル－シュード－ウラシル；Ｎ１－エチル－シュード－ウラシル；ウリジン５－オキシ酢酸；ウリジン５－オキシ酢酸メチルエステル；３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）－ウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）－２－チオウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）－２’－Ｏ－メチルウリジンＴＰ；５－（イソ－ペンテニルアミノメチル）ウリジンＴＰ；５－プロピニルウラシル；α－チオ－ウリジン；１（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル；１（アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－２（チオ）－シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－４（チオ）シュードウラシル；１（アミノカルボニルエチレニル）－シュードウラシル；１置換２（チオ）－シュードウラシル；１置換２，４－（ジチオ）シュードウラシル；１置換４（チオ）シュードウラシル；１置換シュードウラシル；１－（アミノアルキルアミノ－カルボニルエチレニル）－２－（チオ）－シュードウラシル；１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；１－メチル－３－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－シュード－ＵＴＰ；１－エチル－シュード－ＵＴＰ；２（チオ）シュードウラシル；２’デオキシウリジン；２’フルオロウリジン；２－（チオ）ウラシル；２，４－（ジチオ）シュードウラシル；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－グアノシン；２’－アミノ－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－アジド－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－アジド－デオキシウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アミノウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－アジドウリジンＴＰ；２－メチルシュードウリジン；３（３アミノ－３カルボキシプロピル）ウラシル；４（チオ）シュードウラシル；４－（チオ）シュードウラシル；４－（チオ）ウラシル；４－チオウラシル；５（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル；５（２－アミノプロピル）ウラシル；５（アミノアルキル）ウラシル；５（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル；５（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル；５（メチル）２（チオ）ウラシル；５（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチル）４（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－２（チオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－２，４（ジチオ）ウラシル；５（メチルアミノメチル）－４（チオ）ウラシル；５（プロピニル）ウラシル；５（トリフルオロメチル）ウラシル；５－（２－アミノプロピル）ウラシル；５－（アルキル）－２－（チオ）シュードウラシル；５－（アルキル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル；５－（アルキル）－４（チオ）シュードウラシル；５－（アルキル）シュードウラシル；５－（アルキル）ウラシル；５－（アルキニル）ウラシル；５－（アリルアミノ）ウラシル；５－（シアノアルキル）ウラシル；５－（ジアルキルアミノアルキル）ウラシル；５－（ジメチルアミノアルキル）ウラシル；５－（グアニジニウムアルキル）ウラシル；５－（ハロ）ウラシル；５－（１，３－ジアゾール－１－アルキル）ウラシル；５－（メトキシ）ウラシル；５－（メトキシカルボニルメチル）－２－（チオ）ウラシル；５－（メトキシカルボニル－メチル）ウラシル；５－（メチル）２（チオ）ウラシル；５－（メチル）２，４（ジチオ）ウラシル；５－（メチル）４（チオ）ウラシル；５－（メチル）－２－（チオ）シュードウラシル；５－（メチル）－２，４（ジチオ）シュードウラシル；５－（メチル）－４（チオ）シュードウラシル；５－（メチル）シュードウラシル；５－（メチルアミノメチル）－２（チオ）ウラシル；５－（メチルアミノメチル）－２，４（ジチオ）ウラシル；５－（メチルアミノメチル）－４－（チオ）ウラシル；５－（プロピニル）ウラシル；５－（トリフルオロメチル）ウラシル；５－アミノアリル－ウリジン；５－ブロモ－ウリジン；５－ヨード－ウリジン；５－ウラシル；６（アゾ）ウラシル；６－（アゾ）ウラシル；６－アザ－ウリジン；アリアミノ－ウラシル；アザウラシル；デアザウラシル；Ｎ３（メチル）ウラシル；シュード－ＵＴＰ－１－２－エタン酸；シュードウラシル；４－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－カルボキシメチル－シュードウリジン；１－メチル－１－デアザ－シュードウリジン；１－プロピニル－ウリジン；１－タウリノメチル－１－メチル－ウリジン；１－タウリノメチル－４－チオ－ウリジン；１－タウリノメチル－シュードウリジン；２－メトキシ－４－チオ－シュードウリジン；（±）１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（２Ｒ）－１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（２Ｓ）－１－（２－ヒドロキシプロピル）シュードウリジンＴＰ；（Ｅ）－５－（２－ブロモ－ビニル）アラ－ウリジンＴＰ；（Ｅ）－５－（２－ブロモ－ビニル）ウリジンＴＰ；（Ｚ）－５－（２－ブロモ－ビニル）アラ－ウリジンＴＰ；（Ｚ）－５－（２－ブロモ－ビニル）ウリジンＴＰ；１－（２，２，２－トリフルオロエチル）－シュード－ＵＴＰ；１－（２，２，３，３，３－ペンタフルオロプロピル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，２－ジエトキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，４，６－トリメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（２，４，６－トリメチル－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（２，４，６－トリメチル－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－アミノ－２－カルボキシエチル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－アミノ－エチル）シュード－ＵＴＰ；１－（２－ヒドロキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（２－メトキシエチル）シュードウリジンＴＰ；１－（３，４－ビス－トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（３，４－ジメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（３－アミノ－３－カルボキシプロピル）シュード－ＵＴＰ；１－（３－アミノ－プロピル）シュード－ＵＴＰ；１－（３－シクロプロピル－プロプ－２－イニル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－アミノ－４－カルボキシブチル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－ブチル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アミノ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－アジドベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ブロモベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－クロロベンジル）シュ
ードウリジンＴＰ；１－（４－フルオロベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ヨードベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メタンスルホニルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メトキシ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－メトキシ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－メチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－メチル－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－ニトロベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－ニトロ－ベンジル）シュード－ＵＴＰ；１（４－ニトロ－フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－（４－チオメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－トリフルオロメトキシベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（４－トリフルオロメチルベンジル）シュードウリジンＴＰ；１－（５－アミノ－ペンチル）シュード－ＵＴＰ；１－（６－アミノ－ヘキシル）シュード－ＵＴＰ；１，６－ジメチル－シュード－ＵＴＰ；１－［３－（２－｛２－［２－（２－アミノエトキシ）－エトキシ］－エトキシ｝－エトキシ）－プロピオニル］シュードウリジンＴＰ；１－｛３－［２－（２－アミノエトキシ）－エトキシ］－プロピオニル｝シュードウリジンＴＰ；１－アセチルシュードウリジンＴＰ；１－アルキル－６－（１－プロピニル）－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－（２－プロピニル）－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－アリル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－エチニル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－ホモアリル－シュード－ＵＴＰ；１－アルキル－６－ビニル－シュード－ＵＴＰ；１－アリルシュードウリジンＴＰ；１－アミノメチル－シュード－ＵＴＰ；１－ベンゾイルシュードウリジンＴＰ；１－ベンジルオキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－ベンジル－シュード－ＵＴＰ；１－ビオチニル－ＰＥＧ２－シュードウリジンＴＰ；１－ビオチニルシュードウリジンＴＰ；１－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－シアノメチルシュードウリジンＴＰ；１－シクロブチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロブチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロへプチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロへプチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロヘキシルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロヘキシル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロオクチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロオクチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロペンチルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロペンチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロプロピルメチル－シュード－ＵＴＰ；１－シクロプロピル－シュード－ＵＴＰ；１－ヘキシル－シュード－ＵＴＰ；１－ホモアリルシュードウリジンＴＰ；１－ヒドロキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－２－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－４－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－Ｍｅ－α－チオ－シュード－ＵＴＰ；１－メタンスルホニルメチルシュードウリジンＴＰ；１－メトキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－メチル－６－（２，２，２－トリフルオロエチル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（４－モルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（４－チオモルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－（置換フェニル）シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－アミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－アジド－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ブロモ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－クロロ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－シアノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ジメチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エチルカルボキシレート－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－エチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－フルオロ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ホルミル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヒドロキシアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヒドロキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ヨード－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－メトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－メチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－フェニル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－トリフルオロメトキシ－シュード－ＵＴＰ；１－メチル－６－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；１－モルホリノメチルシュードウリジンＴＰ；１－ペンチル－シュード－ＵＴＰ；１－フェニル－シュード－ＵＴＰ；１－ピバロイルシュードウリジンＴＰ；１－プロパルギルシュードウリジンＴＰ；１－プロピル－シュード－ＵＴＰ；１－プロピニル－シュードウリジン；１－ｐ－トリル－シュード－ＵＴＰ；１－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；１－チオメトキシメチルシュードウリジンＴＰ；１－チオモルホリノメチルシュードウリジンＴＰ；１－トリフルオロアセチルシュードウリジンＴＰ；１－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；１－ビニルシュードウリジンＴＰ；２，２’－アンヒドロ－ウリジンＴＰ；２’－ブロモ－デオキシウリジンＴＰ；２’－Ｆ－５－メチル－２’－デオキシ－ＵＴＰ；２’－ＯＭｅ－５－Ｍｅ－ＵＴＰ；２’－ＯＭｅ－シュード－ＵＴＰ；２’－ａ－エチニルウリジンＴＰ；２’－ａ－トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’－ｂ－エチニルウリジンＴＰ；２’－ｂ－トリフルオロメチルウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’，２’－ジフルオロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－メルカプトウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ａ－チオメトキシウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アミノウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－アジドウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ブロモウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－クロロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－フルオロウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－ヨードウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－メルカプトウリジンＴＰ；２’－デオキシ－２’－ｂ－チオメトキシウリジンＴＰ；２－メトキシ－４－チオ－ウリジン；２－メトキシウリジン；２’－Ｏ－メチル－５－（１－プロピニル）ウリジンＴＰ；３－アルキル－シュード－ＵＴＰ；４’－アジドウリジンＴＰ；４’－炭素環式ウリジンＴＰ；４’－エチニルウリジンＴＰ；５－（１－プロピニル）アラ－ウリジンＴＰ；５－（２－フラニル）ウリジンＴＰ；５－シアノウリジンＴＰ；５－ジメチルアミノウリジンＴＰ；５’－ホモ－ウリジンＴＰ；５－ヨード－２’－フルオロ－デオキシウリジンＴＰ；５－フェニルエチニルウリジンＴＰ；５－トリジュウテロメチル－６－ジュウテロウリジンＴＰ；５－トリフルオロメチル－ウリジンＴＰ；５－ビニルアラウリジンＴＰ；６－（２，２，２－トリフルオロエチル）－シュード－ＵＴＰ；６－（４－モルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；６－（４－チオモルホリノ）－シュード－ＵＴＰ；６－（置換－フェニル）－シュード－ＵＴＰ；６－アミノ－シュード－ＵＴＰ；６－アジド－シュード－ＵＴＰ；６－ブロモ－シュード－ＵＴＰ；６－ブチル－シュード－ＵＴＰ；６－クロロ－シュード－ＵＴＰ；６－シアノ－シュード－ＵＴＰ；６－ジメチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－エトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－エチルカルボキシレート－シュード－ＵＴＰ；６－エチル－シュード－ＵＴＰ；６－フルオロ－シュード－ＵＴＰ；６－ホルミル－シュード－ＵＴＰ；６－ヒドロキシアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－ヒドロキシ－シュード－ＵＴＰ；６－ヨード－シュード－ＵＴＰ；６－イソ－プロピル－シュード－ＵＴＰ；６－メトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－メチルアミノ－シュード－ＵＴＰ；６－メチル－シュード－ＵＴＰ；６－フェニル－シュード－ＵＴＰ；６－プロピル－シュード－ＵＴＰ；６－ｔｅｒｔ－ブチル－シュード－ＵＴＰ；６－トリフルオロメトキシ－シュード－ＵＴＰ；６－トリフルオロメチル－シュード－ＵＴＰ；２（アミノ）プリン；２，４，５－（トリメチル）フェニル；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－シチジン；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－アデニン；２’メチル、２’アミノ、２’アジド、２’フルオロ－ウリジン；２’－アミノ－２’－デオキシリボース；２，６－（ジアミノ）プリン；１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル：１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；１，３，５－（トリアザ）－２，６－（ジオキサ）－ナフタレン；２’－アジド－２’－デオキシリボース；２’フルオロ－２’－デオキシリボース；２’－フルオロ－修飾塩基；２’－ＯＨ－アラ－アデノシンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－シチジンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－グアノシンＴＰ；２’－ＯＨ－アラ－ウリジンＴＰ；２’－Ｏ－メチル－リボース；２－アミノ－６－クロロ－プリン；２－アミノ－リボシド－ＴＰ；２－アザ－イノシニル；２－オキソ－７－アミノピリドピリミジン－３－イル；２－オキソ－ピリドピリミジン－３－イル；２－ピリジノン；２－チオ－ゼブラリン；３ニトロピロール；３－（メチル）－７－（プロピニル）イソカルボスチリリル；３－（メチル）イソカルボスチリリル；４－（フルオロ）－６－（メチル）ベンズイミダゾール；４－（メチル）ベンズイミダゾール；４－（メチル）インドリル；４，６－（ジメチル）インドリル；４－デメチルウィオシン；５ニトロインドール；５置換ピリミジン；５－（２－カルボメトキシビニル）ウリジンＴＰ；５－（メチル）イソカルボスチリリル；５－アザ－２－チオ－ゼブラリン；５－ニトロインドール；６－（アザ）ピリミジン；６－（アゾ）チミン；６－（メチル）－７－（アザ）インドリル；６－クロロ－プリン；６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；７－（アミノアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；７－（アザ）インドリル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジンｌ－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェンチアジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；７－（グアニジニウムアルキルヒドロキシ）－１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェンチアジン－１－イル；７－（プロピニル）イソカルボスチリリル；７－（プロピニル）イソカルボスチリリル、プロピニル－７－（アザ）インドリル；７－デアザ－２－アミノ－プリン；７－デアザ－イノシニル；７－置換１－（アザ）－２－（チオ）－３－（アザ）－フェノキサジン－１－イル；７－置換１，３－（ジアザ）－２－（オキソ）－フェノキサジン－１－イル；９－（メチル）－イミジゾピリジニル；α－チオ－シュード－ＵＴＰ；アミノインドリル；アントラセニル；ビス－オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ビス－オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ジフルオロトリル；ホルマイシンＡ ＴＰ；ホルマイシンＢ ＴＰ；ヒドロキシウィブトシン；ヒポキサンチン；イミジゾピリジニル；イノシニル；イソカルボスチリリル；イソグアニシン；イソウィオシン；Ｎ２－置換プリン；Ｎ６
－（１９－アミノ－ペンタオキサノナデシル）アデノシンＴＰ；Ｎ６－メチル－２－アミノ－プリン；Ｎ６－置換プリン；Ｎ－アルキル化誘導体；ナフタレニル；ニトロベンズイミダゾリル；ニトロイミダゾリル；ニトロインダゾリル；ニトロピラゾリル；ネブラリン；Ｏ６－置換プリン；Ｏ－アルキル化誘導体；オルト－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；オルト－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；オキソホルマイシンＴＰ；パラ－（アミノアルキルヒドロキシ）－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；パラ－置換－６－フェニル－ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ペンタセニル；ペルオキシウィブトシン；フェナントラセニル；フェニル；プロピニル－７－（アザ）インドリル；シュードウリジン１－（４－メチルベンゼンスルホン酸）ＴＰ；シュードウリジン１－（４－メチル安息香酸）ＴＰ；シュードウリジンＴＰ１－［３－（２－エトキシ）］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－（２－エトキシ）－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－｛２（２－エトキシ）－エトキシ｝－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－［２－エトキシ］－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－［３－｛２－（２－エトキシ）－エトキシ｝］プロピオン酸；シュードウリジンＴＰ１－メチルホスホン酸；シュードウリジンＴＰ１－メチルホスホン酸ジエチルエステル；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－３－プロピオン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－４－ブタン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－５－吉草酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－６－ヘキサン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－７－ヘプタン酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－メチル－ｐ－安息香酸；シュード－ＵＴＰ－Ｎ１－ｐ－安息香酸；ピレニル；ピリジン－４－オンリボヌクレオシド；ピリドピリミジン－３－イル；ピリドピリミジン－３－イル、２－オキソ－７－アミノ－ピリドピリミジン－３－イル；ピロロ－ピリミジン－２－オン－３－イル；ピロロピリミジニル；ピロロピリジニル；ピロロシンＴＰ；Ｑ塩基；プレＱ０塩基；プレＱ１塩基；スチルベンジル；置換１，２，４－トリアゾール；テトラセニル；ツベルシジン；低修飾ヒドロキシウィブトシン；ウィブトシン；キサンチン；キサントシン－５’－ＴＰ、及びこれらの組み合わせ。
【0247】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、上に列挙した修飾核酸塩基のうちの１つを含むことができる。いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、上に列挙した修飾核酸塩基のうちの少なくとも２つ（例えば２つ、３つ、４つ、又は５つ以上）の組み合わせを含むことができる。
【0248】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、少なくとも１つの化学修飾核酸塩基、糖、骨格、又はこれらのいずれの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、上記少なくとも１つの化学修飾核酸塩基は、シュードウラシル（ψ）、Ｎ１－メチルシュードウラシル（ｍ１ψ）、１－エチルシュードウラシル、２－チオウラシル（ｓ２Ｕ）、４’－チオウラシル、５－メチルシトシン、５－メチルウラシル、５－メトキシウラシル、及びこれらのいずれの組み合わせから選択される。
【0249】
いくつかの実施形態では、核酸分子は、修飾糖部分を有するヌクレオチドを有することができる。例示的な修飾糖としては、炭素環式又は非環式糖、２’、３’、又は４’位のうちの１つ以上に置換基を有する糖、及び糖の１つ以上の水素原子の代わりに置換基を有する糖が挙げられる。いくつかの実施形態では、上記糖は、２’位に置換基を有することによって修飾される。更なる実施形態では、上記糖は、３’位に置換基を有することによって修飾される。他の実施形態では、上記糖は、４’位に置換基を有することによって修飾される。２’位（２’－）の糖の置換基は、アラビノ（上）位又はリボ（下）位にあってよい。２’－アラビノ修飾の一例は、２’－フルオロである。２’－アラビノ修飾の別の例は、２’－Ｏ－メチルである。他の同様の修飾を、糖部分の他の位置、特に３’末端ヌクレオシド上又は２’－５’結合オリゴヌクレオチド内の糖の３’位、及び５’末端ヌクレオチドの５’位において行うこともできる。いくつかの実施形態では、上記糖修飾は、２’－Ｏ－アルキル（例えば２’－Ｏ－メチル、２’－Ｏ－メトキシエチル）、２’－ハロ（例えば２’－フルオロ、２’－クロロ、２’－ブロモ）、及び４’チオ修飾である。
【0250】
本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、１つ以上のホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、ボラノホスフェート、アルキルホスホネート、ホスホロアミデート、ホスホロジアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、又はホスホノカルボキシレート結合といった、骨格修飾も含むことができ、上記結合は、通常の３’－５’結合、２’－５’結合類似体、又は３’－３’、５’－５’及び２’－２’等の逆結合である。
【0251】
いくつかの実施形態では、グアニン、アデニン、ウラシル、又はチミンの少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％、又は１００％が、化学修飾される。
【0252】
天然の真核生物のｍＲＮＡ分子は通常、５’キャップ構造又は３’ポリ（Ａ）テール等の他の構造的特徴に加えて、その５’末端の非翻訳領域（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ ｒｅｇｉｏｎ：ＵＴＲ）（５’ＵＴＲ）及び／又はその３’末端の非翻訳領域（３’ＵＴＲ）を含むがこれらに限定されない安定化エレメントを含有する。５’ＵＴＲ及び３’ＵＴＲはいずれも、典型的にはゲノムＤＮＡから転写され、未熟なｍＲＮＡのエレメントである。５’キャップ構造及び３’ポリ（Ａ）テール等の、成熟ｍＲＮＡに特徴的な構造的特徴は、通常、ｍＲＮＡプロセシング中に、転写された（未熟な）ｍＲＮＡに追加される。
【0253】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、５’及び／又は３’フランキング領域を含有する。５’及び／又は３’フランキング領域に含めることができるエレメントの例としては、限定するものではないが、非翻訳領域（ＵＴＲ）、コザック配列、オリゴ（ｄＴ）配列、検出可能なタグ、及びマルチクローニングサイトが挙げられる。フランキング領域のいずれの部分を配列最適化でき、またいずれの部分は独立して、配列最適化の前及び／又は後に、本明細書に記載の１つ以上の異なる修飾を含有できる。
【0254】
いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲ及び／又は３’ＵＴＲ領域をフランキング領域として提供できる。非翻訳領域（ＵＴＲ）は、開始コドンの前（５’ＵＴＲ）及び終止コドンの後ろ（３’ＵＴＲ）の、翻訳されないポリヌクレオチドの核酸セクションである。複数の５’又は３’ＵＴＲをフランキング領域に含めることができ、これらは同一の配列又は異なる配列とすることができる。
【0255】
ＵＴＲは、ポリヌクレオチドのコード領域に対して同種であっても異種であってもよい。いくつかの実施形態では、上記ＵＴＲは、抗原及び／又は抗体をコードするヌクレオチド配列に対して同種である。いくつかの実施形態では、上記ＵＴＲは、抗原及び／又は抗体をコードするヌクレオチド配列に対して異種である。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは２つ以上の５’ＵＴＲ又はその機能的断片を含み、これらはそれぞれ同一の又は異なるヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは２つ以上の３’ＵＴＲ又はその機能的断片を含み、これらはそれぞれ同一の又は異なるヌクレオチド配列を有する。
【0256】
いくつかの実施形態では、上記５’ＵＴＲと上記３’ＵＴＲとは異種とすることができる。いくつかの実施形態では、上記５’ＵＴＲは、上記３’ＵＴＲとは異なる種に由来するものとすることができる。いくつかの実施形態では、上記３’ＵＴＲは、上記５’ＵＴＲとは異なる種に由来するものとすることができる。
【0257】
本出願の例示的なＵＴＲとしては、限定するものではないが、以下の遺伝子配列に由来する１つ以上の５’ＵＴＲ及び／又は３’ＵＴＲが挙げられる：アルブミン（例えばヒトアルブミン）；アクチン（例えばヒトα又はβアクチン）；ＡＴＰシンターゼ（例えばＡＴＰ５Ａ１、又はミトコンドリアＨ＋－ＡＴＰシンターゼのβサブユニット）；カルレティキュリン（Ｃａｌｒ）；α又はβグロビン（例えばアフリカツメガエル、マウス、ウサギ、又はヒトグロビン）等のグロビン；グルコーストランスポーター（例えばｈＧＬＵＴ１（ヒトグルコーストランスポーター１））；グリセルアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）；強力なコザック翻訳開始シグナル；ヒトシトクロムｂ－２４５αポリペプチド（ＣＹＢＡ）；コラーゲン（例えばＩα２型コラーゲン（Ｃｏｌ１Ａ２）、Ｉα１型コラーゲン（Ｃｏｌ１Ａ１）、ＶＩα２型コラーゲン（Ｃｏｌ６Ａ２）、ＶＩα１型コラーゲン（Ｃｏｌ６Ａ１））；ヒドロキシステロイド（１７－β）デヒドロゲナーゼ（ＨＳＤ１７Ｂ４）；ウイルス（例えばタバコエッチウイルス（ＴＥＶ）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＶＥＥＶ）、デングウイルス、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（例えばＣＭＶ前初期１（ＩＥ１））、肝炎ウイルス（例えばＢ型肝炎ウイルス）、シンドビスウイルス、又はＰＡＶオオムギ黄萎ウイルス（ＢＹＤＶ－ＰＡＶ））；熱ショックタンパク質（例えばｈｓｐ７０）；翻訳開始因子（例えばｅＩＦ４Ｇ）；チューブリン；ヒストン；クエン酸回路酵素；ヌクレオビンジン（例えばＮｕｃｂ１）；トポイソメラーゼ（例えば５’ＴＯＰモチーフ（オリゴピリミジントラクト）が欠けたＴＯＰ遺伝子）；リボソームタンパク質Ｌａｒｇｅ３２（Ｌ３２）；成長ホルモン（例えばウシ（ｂＧＨ）又はヒト（ｈＧＨ））；伸長因子（例えば伸長因子１α１（ＥＥＦ１Ａ１））；マンガンスーパーオキシドジスムターゼ（ＭｎＳＯＤ）；筋細胞エンハンサー因子２Ａ（ＭＥＦ２Ａ）；β－Ｆ１－ＡＴＰａｓｅ、クレアチンキナーゼ、ミオグロビン、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）；リボフォリン（例えばリボフォリンＩ（ＲＰＮＩ））；低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質（例えばＬＲＰ１）；カルジオトロフィン様サイトカイン因子（例えばＮｎｔ１）；プロコラーゲン－リシン、２－オキソグルタル酸５－ジオキシゲナーゼ１（Ｐｌｏｄ１）；リボソームタンパク質（例えば、ｒｐｓ９等のヒト又はマウスリボソームタンパク質）；並びにこれらの断片及びこれらのいずれの組み合わせ。
【0258】
いくつかの実施形態では、上記５’ＵＴＲは：β－グロビン；強力なコザック翻訳開始シグナル；シトクロムｂ－２４５αポリペプチド（ＣＹＢＡ）；ＤＥＮ；ＨＳＤ１７Ｂ４；非構造タンパク質をコードする風疹ウイルス（ＲＶ）ＲＮＡの５’近位オープンリーディングフレーム；Ｈｓｐ７０；ｅＩＦ４Ｇ；ＧＬＵＴ１；ＴＥＶ；ＴＥＥＶ；これらの機能的断片、及びこれらのいずれの組み合わせに由来する、５’ＵＴＲであってよい。
【0259】
いくつかの実施形態では、上記３’ＵＴＲは：ｆ３－グロビン；ＣＹＢＡ；アルブミン；成長ホルモン（ＧＨ）；ＨＢＶ；α－グロビン；ＤＥＮ；ＢＹＤＶ－ＰＡＶ；ＥＥＦ１Ａ１；ＭｎＳＯＤ；ミトコンドリアＨ（＋）－ＡＴＰシンターゼのβサブユニット（β－ｍＲＮＡ）；ＧＬＵＴ１；ＭＥＦ２Ａ；β－Ｆ１－ＡＴＰａｓｅ；ＶＥＥＶ；これらの機能的断片、及びこれらのいずれの組み合わせに由来する、３’ＵＴＲであってよい。
【0260】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド配列を操作して、具体的な標的器官の豊富に発現される遺伝子中に典型的に見られるＵＴＲエレメントを組み込むことができる。例えば、アルブミン、血清アミロイドＡ、αフェトプロテイン、アポリポタンパク質Ａ／Ｂ／Ｅ、エリスロポエチン、トランスフェリン、又は因子ＶＩＩＩといった、肝臓で発現されるｍＲＮＡの５’ＵＴＲを導入すると、肝細胞株又は肝臓におけるポリヌクレオチドの発現を増強できる。同様に、他の組織特異性ｍＲＮＡ由来の５’ＵＴＲを用いて該組織における発現を改善することが、筋肉（例えばヘルクリン、ＭｙｏＤ、ミオシン、ミオグロビン、ミオゲニン）、内皮細胞（例えばＣＤ３６、Ｔｉｅ－１）、骨髄細胞（例えばＣ／ＥＢＰ、ＡＭＬ１、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＣＤ１１ｂ、ＭＳＲ、Ｆｒ－１、ｉ－ＮＯＳ）、白血球（例えばＣＤ４５、ＣＤ１８）、脂肪組織（例えばＣＤ３６、ＧＬＵＴ４、ＡＣＲＰ３０、アディポネクチン）、及び胚上皮細胞（例えばＳＰ－Ａ／Ｂ／Ｃ／Ｄ）について可能である。
【0261】
いくつかの実施形態では、ＵＴＲは、そのタンパク質が共通の機能、構造、特徴、又は特性を共有する、転写産物のファミリーから選択される。例えば、コードされたポリペプチドは、ある特定の細胞内で、組織内で、又は発生中の何らかの時点で発現される、タンパク質の１つのファミリー（即ち少なくとも１つの機能、構造、特徴、局在性、起源、又は発現パターンを共有する）に属することができる。遺伝子又はｍＲＮＡのいずれかからのＵＴＲを、同じ又は異なるファミリーのタンパク質の他のいずれのＵＴＲと交換して、新たなポリヌクレオチドを生成できる。
【0262】
更に、１つ以上の合成ＵＴＲを使用できる。
【0263】
いくつかの実施形態では、上記ポリヌクレオチドは、複数のＵＴＲ、例えば二重、三重、又は四重の５’ＵＴＲ又は３’ＵＴＲを含む。例えば、二重ＵＴＲは同一のＵＴＲの２つのコピーを直列に又は実質的に直列に含む。
【0264】
他の非ＵＴＲ配列を本開示のポリヌクレオチドに組み込むことができる。例えば、イントロン又はイントロン配列の一部分を、本開示のポリヌクレオチドに組み込むことができる。イントロン配列を組み込むことにより、タンパク質の産生及びポリヌクレオチドの発現レベルを向上させることができる。いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、ＵＴＲの代わりに、又はＵＴＲに加えて、本明細書に記載されているもの等の内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む。
【0265】
いくつかの実施形態では、ＵＴＲは少なくとも１つの翻訳エンハンサーエレメントも含むことができる。非限定的な例として、上記翻訳エンハンサーエレメントは、翻訳プロモーターと開始コドンとの間に位置してよい。いくつかの実施形態では、５’ＵＴＲが翻訳エンハンサーエレメントを含む。いくつかの実施形態では、３’ＵＴＲが翻訳エンハンサーエレメントを含む。いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチドは、翻訳エンハンサーエレメントの１つ又は複数のコピーを含む。翻訳エンハンサーヌクレオチド内の翻訳エンハンサーエレメントは、１つ以上の配列セグメントに編成できる。
【0266】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）は、５’キャップ構造を含んでよい。ポリヌクレオチドの５’－キャッピングは、製造元のプロトコルに従って５’－グアノシンキャップ構造を生成するための以下の化学的ＲＮＡキャップ類似体を使用して、インビトロ転写反応中に同時に完了できる：３’－Ｏ－Ｍｅ－ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ［ＡＲＣＡキャップ］；Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ａ；Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ；ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ａ；又はｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ。修飾ＲＮＡの５’－キャッピングは、「Ｃａｐ０」構造：ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇを生成するためのワクシニアウイルスキャッピング酵素を用いて、転写後に完了できる。Ｃａｐ１構造は、ワクシニアウイルスキャッピング酵素と、ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ－２’－Ｏ－メチルを生成するための２’－Ｏ－メチル－トランスフェラーゼとの両方を用いて生成できる。Ｃａｐ２構造は、Ｃａｐ１構造に対して、２’－Ｏ－メチル－トランスフェラーゼを用いた、５’末端から３番目のヌクレオチドの２’－Ｏ－メチル化を行うことによって生成できる。Ｃａｐ３構造は、Ｃａｐ２構造に対して、２’－Ｏ－メチル－トランスフェラーゼを用いた、５’末端から４番目のヌクレオチドの２’－Ｏ－メチル化を行うことによって生成できる。酵素は組換えソースに由来するものであってよい。
【0267】
いくつかの実施形態では本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）は、Ｃａｐ０、Ｃａｐ１、ＡＲＣＡ、イノシン、Ｎ１－メチル－グアノシン、２’－フルオロ－グアノシン、７－デアザ－グアノシン、８－オキソ－グアノシン、２－アミノ－グアノシン、ＬＮＡ－グアノシン、２－アジドグアノシン、Ｃａｐ２、Ｃａｐ４、５’メチルＧキャップ、又はこれらの類似体を含む、５’末端キャップを有する。
【0268】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）は、３’ポリ（Ａ）領域を含んでよい。上記３’ポリ（Ａ）領域は、個々のｍＲＮＡの安定性のために必須のエレメントである可能性があり、また、コードされたタンパク質の発現レベルを高める可能性もある。３’ポリ（Ａ）領域は典型的には、転写されたｍＲＮＡの３’末端に付加された一連のアデニンヌクレオチドである。これは場合によっては、最大約４００のアデニンヌクレオチドを含むこともある。いくつかの実施形態では、上記ポリ（Ａ）領域の長さは、約１０～約２００、約２０～約１８０、約５０～約１６０、約７０～約１４０、又は約８０～約１２０ヌクレオチドであってよい。
【0269】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）は、安定化エレメントを含む。安定化エレメントは例えば、ヒストンステムループを含んでよい。ヒストンステムループは一般にヒストン遺伝子に由来し、短い配列からなるスペーサーによって隔てられている、２つの隣り合った、一部又は全体が逆転した相補的配列の、分子内塩基対を含み、これは構造のループを形成する。対合していないループ領域は、典型的には、ステムループエレメントと塩基対を形成できない。これは、多くのＲＮＡ二次構造の重要な構成要素であるため、ＲＮＡにおいてより頻繁に発生するが、一本鎖ＤＮＡ内に存在することもある。ステムループ構造の安定性は一般に、対合した領域の長さ、ミスマッチ又はバルジの数、及び塩基組成に依存する。いくつかの実施形態では、ゆらぎ塩基対（非ワトソン・クリック型塩基対）が存在してもよい。いくつかの実施形態では、上記ヒストンステムループ配列の長さは１５～４５ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、上記ヒストンステムループ配列の長さは、１５～３０ヌクレオチド、２０～３５ヌクレオチド、２５～４０ヌクレオチド、又は３０～４５ヌクレオチドである。
【0270】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）は、１つ以上のＡＵリッチ配列が除去されている。これらの配列は「ＡＵＲＥＳ」とも呼ばれ、３’ＵＴＲ内に見られる不安定化配列である。ＡＵＲＥＳは、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）から除去できる。
【0271】
いくつかの実施形態では、本開示の抗原及び／又は抗体をコードするヌクレオチド配列は、コドン最適化されている。コドン最適化は、アミノ酸を指定する３塩基対コドンの組み合わせの多様性によって示されるように、コドンの縮重を利用しており、一般に、特定の宿主細胞（例えばパッケージング細胞）及び／又は標的細胞）内での発現を増強するために、天然配列の少なくとも１つのコドンを、天然のアミノ酸配列を維持したまま、上記宿主細胞及び／又は標的細胞の遺伝子内で比較的頻繁に又は最も頻繁に使用されるコドンに置き換えることによって、核酸配列を修飾するプロセスを含む。例えば、抗原タンパク質をコードする核酸を修飾することによって、ヒト細胞、非ヒト細胞、哺乳類細胞、げっ歯類細胞、マウス細胞、ラット細胞、ハムスター細胞、又は他のいずれの宿主及び／若しくは標的細胞を含む所与の原核細胞又は真核細胞において、天然の核酸配列に比べて使用頻度が高いコドンを置換できる。コドン使用率表は、例えば「Ｃｏｄｏｎ Ｕｓａｇｅ Ｄａｔａｂａｓｅ」で容易に入手できる。これらの表は様々な方法で適合させることができる。ある特定の宿主及び／又は標的内での発現のための、ある特定の配列のコドン最適化のためのコンピュータアルゴリズムも入手可能である（例えばＧｅｎｅ Ｆｏｒｇｅを参照）。
【0272】
いくつかの実施形態では、本開示のポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）をコドン最適化することによって、Ｇ／Ｃのレベルを増強できる。核酸分子（例えばｍＲＮＡ）中のＧ／Ｃ含有量は、ＲＮＡの安定性に影響を及ぼす可能性がある。グアニン（Ｇ）及び／又はシトシン（Ｃ）残基の量が増加したＲＮＡは、アデニン（Ａ）及びチミン（Ｔ）又はウラシル（Ｕ）ヌクレオチドを多量に含有するｍＲＮＡに比べて、機能的に安定し得る。
【0273】
いくつかの実施形態では、本開示による核酸分子の長さは、５０～１５，０００ヌクレオチド、例えば５０～１３，０００ヌクレオチド、１００～１２，０００ヌクレオチド、２００～１０，０００ヌクレオチド、３００～９，０００ヌクレオチド、４００～８，０００ヌクレオチド、４５０～８，０００ヌクレオチド、５００～７，０００ヌクレオチド、６００～６，０００ヌクレオチド、７００～５，０００ヌクレオチド、又は８００～４，５００ヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、本開示による核酸分子の長さは、約３００ヌクレオチド、約４００ヌクレオチド、約５００ヌクレオチド、約６００ヌクレオチド、約７００ヌクレオチド、約８００ヌクレオチド、約９００ヌクレオチド、約１０００ヌクレオチド、約１１００ヌクレオチド、約１２００ヌクレオチド、約１３００ヌクレオチド、約１４００ヌクレオチド、約１５００ヌクレオチド、約１６００ヌクレオチド、約１７００ヌクレオチド、約１８００ヌクレオチド、約１９００ヌクレオチド、約２０００ヌクレオチド、約２４００ヌクレオチド、約２５００ヌクレオチド、約２７００ヌクレオチド、約３０００ヌクレオチド、約３５００ヌクレオチド、約４０００ヌクレオチド、約４５００ヌクレオチド、約５０００ヌクレオチド、約５５００ヌクレオチド、約６０００ヌクレオチド、約６５００ヌクレオチド、約７０００ヌクレオチド、約７５００ヌクレオチド、約８０００ヌクレオチド、約８５００ヌクレオチド、約９０００ヌクレオチド、約９５００ヌクレオチド、約１００００ヌクレオチド、又は約１２０００ヌクレオチドである。
【0274】
哺乳類宿主細胞にトランスフェクトされた場合、上記修飾核酸分子（例えばｍＲＮＡ）は、１２～１８時間の、又は１８時間を超える、例えば２４、３６、４８、６０、７２、又は７２時間を超える安定性を有することができ、哺乳類宿主細胞による発現が可能である。
【0275】
いくつかの実施形態では、本開示の核酸分子は化学的に合成及び／又は精製される。非限定的な例として、本開示の核酸は、全体的又は部分的に、固相技法を用いて作成できる。核酸の固相化学合成は、分子を固体支持体上に固定し、反応物質溶液中で段階的に合成する、自動化された方法である。固相合成は、核酸配列内に化学修飾を部位特異的に導入する際に有用である。あるいは、モノマー構築ブロックの逐次添加による本開示の核酸の合成を、液相内で実施してもよい。更なる代替例として、複数の合成方法の組み合わせを使用してもよい。例えば、固相又は液相化学合成を酵素ライゲーションと組み合わせて使用して、長鎖核酸を生成できる。
【0276】
ベクター
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸分子（例えば抗原及び／又は上記抗原の１つ以上のエピトープを標的とする１つ以上の抗体をコードする核酸分子）は、ベクター内に含まれる。上記ベクターは、ウイルスベクター又は非ウイルスベクターとすることができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸分子（例えば抗原及び／又は上記抗原の１つ以上のエピトープを標的とする１つ以上の抗体をコードする核酸分子）は、ベクター内に含まれる。上記ベクターは、ウイルスベクター又は非ウイルスベクターとすることができる。
【0277】
いくつかの実施形態では、上記ベクターはウイルスベクターである。ウイルスベクターの非限定的な例としては、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ、例えばＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶｒｈ１０、ＡＡＶＳ３）、レンチウイルス、ヘルパー依存アデノウイルス、単純ヘルペスウイルス、ポックスウイルス、センダイウイルス（ｈｅｍａｇｇｌｕｔｉｎａｔｉｎｇ ｖｉｒｕｓ ｏｆ Ｊａｐａｎ：ＨＶＪ）、アルファウイルス（例えばセムリキ森林ウイルス（ｓｅｍｌｉｋｉ ｆｏｒｅｓｔ ｖｉｒｕｓ：ＳＦＶ）、シンドビスウイルス（ＳＩＮ））、ワクシニアウイルス、バキュロウイルスベクター、及びレトロウイルスベクター（例えばマウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ））が挙げられる。
【0278】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは組換えウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは、ヒトにおいて複製欠損となるように改変される。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターはハイブリッドベクター、例えば「無力な（ｈｅｌｐｌｅｓｓ）」アデノウイルスベクター中に配置されたＡＡＶベクターである。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、第１のウイルス由来のウイルスカプシドと、第２のウイルス由来のウイルスエンベロープタンパク質、例えば水疱性口内炎ウイルス（ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｓｔｏｍａｔｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ：ＶＳＶ）由来のＶＳＶ－Ｇタンパク質とを含む。
【0279】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターはＡＡＶベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＡＶベースのベクターは、ＡＡＶ ｒｅｐ遺伝子（複製に必要）及び／又はＡＡＶ ｃａｐ遺伝子（カプシドタンパク質の合成に必要）をコードしない（ｒｅｐ及びｃａｐタンパク質はパッケージング細胞によってトランスで提供され得る）。複数のＡＡＶ血清型が特定されている。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＡＶベースのベクターは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、ＡＡＶ１３、ＡＡＶ１４、ＡＡＶ１５、ＡＡＶ１６、ＡＡＶＳ３、ＡＡＶ．ｒｈ８、ＡＡＶ．ｒｈｌＯ、ＡＡＶ．ｒｈ２０、ＡＡＶ．ｒｈ３９、ＡＡＶ．ｒｈ４６、ＡＡＶ．ｒｈ７３、ＡＡＶ．Ｒｈ７４、ＡＡＶ．ＲＨＭ４－１、ＡＡＶ．ｈｕ３７、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０、ＡＡＶ．Ａｎｃ８０Ｌ６５、ＡＡＶ．７ｍ８、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ．ＰＨＰ．ｅＢ、ＡＡＶ２．５、ＡＡＶ２ｔＹＦ、ＡＡＶ３Ｂ、ＡＡＶ．ＬＫ０３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１、ＡＡＶ．ＨＳＣ２、ＡＡＶ．ＨＳＣ３、ＡＡＶ．ＨＳＣ４、ＡＡＶ．ＨＳＣ５、ＡＡＶ．ＨＳＣ６、ＡＡＶ．ＨＳＣ７、ＡＡＶ．ＨＳＣ８、ＡＡＶ．ＨＳＣ９、ＡＡＶ．ＨＳＣ１０、ＡＡＶ．ＨＳＣ１１、ＡＡＶ．ＨＳＣ１２、ＡＡＶ．ＨＳＣ１３、ＡＡＶ．ＨＳＣ１４、ＡＡＶ．ＨＳＣ１５、若しくはＡＡＶ．ＨＳＣ１６、又は他のｒＡＡＶ粒子、又はこれらのうちの２つ以上の組み合わせのうちの１つ以上に由来するカプシド成分を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＡＡＶベースのベクターは、ＡＡＶの１つ以上の血清型に由来する成分を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＡＶベースのベクターは、所望の組織（例えば肝臓、筋肉、心臓、腎臓、ニューロン）に対する指向性を有する、ＡＡＶの１つ以上の血清型に由来する成分を含む。
【0280】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは、レンチウイルスベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレンチウイルスベクターはヒトレンチウイルス由来である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレンチウイルスベクターは非ヒトレンチウイルス由来である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレンチウイルスベクターは、レンチウイルスカプシド中にパッケージングされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のレンチウイルスベクターは、以下の要素：長鎖末端反復配列、プライマー結合部位、ポリプリントラクト、ａｔｔ部位、及びカプシド形成部位のうちの１つ以上を含む。
【0281】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは、ＨＩＶベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＨＩＶベースのベクターは、少なくとも２つのポリヌクレオチドを含み、ｇａｇ及びｐｏｌ遺伝子はＨＩＶゲノムに由来し、ｅｎｖ遺伝子は別のウイルスに由来する。
【0282】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のウイルスベクターは、単純ヘルペスウイルスベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の単純ヘルペスウイルスベースのベクターは、１つ以上の前初期（ＩＥ）遺伝子を含まないように修飾され、それによって非細胞傷害性となる。
【0283】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるウイルスベクターは、ＭＬＶベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＭＬＶベースのベクターは、ウイルス遺伝子の代わりに最大８ｋｂの異種ＤＮＡを含む。
【0284】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるウイルスベクターは、アルファウイルスベースのウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるアルファウイルスベクターは、組換え複製欠損アルファウイルスである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるアルファウイルスベクター中のアルファウイルスレプリコンは、そのビリオン表面上に機能的異種リガンドを提示することによって、特定の細胞タイプを標的とする。
【0285】
いくつかの実施形態では、上記ベクターは非ウイルスベクターである。非ウイルスベクターの非限定的な例としては、プラスミド（例えばミニサークルプラスミド）、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ｐｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、又は相同組換え修復（ＨＤＲ）ベースの遺伝子編集のためのテンプレートとして使用される一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ分子が挙げられる。
【0286】
ナノ粒子
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば抗原、抗体）、上記抗原及び／若しくは１つ以上の上記抗体をコードする１つ以上の核酸分子、又は１つ以上の核酸分子を含むベクターを、キャリア中に製剤化してよい。用語「キャリア（ｃａｒｒｉｅｒ）」は、投与を容易にするために１つ以上の核酸分子と組み合わされる、天然又は合成の有機又は無機成分を指す。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のポリペプチド（例えば抗原、抗体）、上記抗原及び／若しくは１つ以上の上記抗体をコードする１つ以上の核酸分子、又は１つ以上の核酸分子を含むベクターを、キャリア中に製剤化してよい。用語「キャリア（ｃａｒｒｉｅｒ）」は、投与を容易にするために１つ以上の核酸分子と組み合わされる、天然又は合成の有機又は無機成分を指す。
【0287】
いくつかの実施形態では、上記キャリアは、脂質ナノ粒子（ｌｉｐｉｄ ｎａｎｏｐａｒｔｉｃｌｅ：ＬＮＰ）、ポリマーナノ粒子、無機ナノ粒子、脂質キャリア（リピドイド、リポソーム、リポプレックス、ペプチドキャリア等）、ナノ粒子模倣体、ナノチューブ、又はコンジュゲートである。
【0288】
ナノ粒子組成物は典型的には、マイクロメートル以下のオーダーにサイズ設定されており、脂質二重層を含むことができる。ナノ粒子組成物としては例えば、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）、リポソーム、及びリポプレックスが挙げられる。いくつかの実施形態では、ナノ粒子組成物は、１つ以上の脂質二重層を含む小胞である。いくつかの実施形態では、ナノ粒子組成物は、水性区画によって隔てられた２つ以上の同心二重層を含む。脂質二重層は、互いに対して官能化及び／又は架橋できる。脂質二重層は、１つ以上のリガンド、タンパク質、又はチャネルを含むことができる。
【0289】
いくつかの実施形態では、１つ以上の核酸分子は、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）中に製剤化される。ＬＮＰを用いることにより、化学修飾又は非修飾ｍＲＮＡワクチンの効果的な送達が可能となる。ＬＮＰ中に製剤化された修飾及び非修飾ｍＲＮＡワクチンはいずれも、従来のワクチンより大幅に優れている。従って、本開示の１つ以上の核酸分子又はベクターを含む脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）が提供される。
【0290】
いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子は、リン脂質、イオン化可能な脂質（イオン化可能なカチオン性脂質等）、又は構造脂質といった、脂質を含んでよい。
【0291】
本明細書で開示されるＬＮＰは、１つ以上のリン脂質、例えば１つ以上の飽和若しくは（ポリ）不飽和リン脂質、又はこれらの組み合わせを含むことができる。リン脂質は典型的には、１つのリン脂質部分と、１つ以上の脂肪酸部分とを含む。リン脂質部分は例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジン酸、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、２－リゾホスファチジルコリン、又はスフィンゴミエリンであってよい。脂肪酸部分は例えば、α－リノレン酸、アラキジン酸、アラキドン酸、エルカ酸、エイコサペンタエン酸、ベヘン酸、ドコサペンタエン酸、ドコサヘキサエン酸、ラウリン酸、ミリスチン酸、ミリストレイン酸、フィタン酸、パルミチン酸、パルミトレイン酸、ステアリン酸、オレイン酸、又はリノール酸であってよい。
【0292】
またリン脂質には、限定するものではないが、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸といったグリセロリン脂質と、スフィンゴミエリンといったスフィンゴリン脂質とが含まれる。本開示の組成物の調製に使用できるリン脂質の非限定的な例としては、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、１，２－ジパルミトイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホコリン（ＤＰＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、１，２－ジパルミトイル－ｓｎ－グリセロ－３－コハク酸（ＤＧＳ）、又はこれらの組み合わせが挙げられる。典型的には鶏卵、羊毛、大豆、及び他の植物ソースに由来するリン脂質の天然混合物であるレシチンも使用できる。
【0293】
分岐、酸化、環化、及びアルキンを含む修飾及び置換を伴う天然種を含む、非天然リン脂質種も使用できる。例えばリン脂質は、１つ以上のアルキン（例えば１つ以上の二重結合が三重結合に置換されたアルケニル基）を用いて官能化でき、又はこれと架橋できる。適切な反応条件下において、アルキン基は、アジドへの曝露時に銅触媒環化付加を受けることができる。このような反応は、膜透過若しくは細胞認識を促進するためにナノ粒子組成物の脂質二重層を官能化する際に、又はナノ粒子組成物を標的化部分若しくはイメージング部分（例えばプローブ）等の有用な構成要素と結合する際に、有用となり得る。
【0294】
本明細書で開示されるＬＮＰは、１つ以上のイオン化可能な脂質を含むことができる。本開示のＬＮＰ中で使用できるイオン化可能な脂質の例としては、１，２－ジオレイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）、（１３Ｚ，１６５Ｚ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－ノニドコサ－１３－１６－ジエン－１－アミン（Ｌ６０８）、２－（｛８－［（３β）－コレスト－５－エン－３－イルオキシ］オクチル｝オキシ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－［（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエン－１－イルオキシ］プロパン－１－アミン（オクチル－ＣＬｉｎＤＭＡ）、１，２－ジリノレイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン（ＤＬｉｎ－ＤＭＡ）、２，２－ジリノレイル－４－ジメチルアミノメチル－［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－Ｋ－ＤＭＡ）、ヘプタトリアコンタ－６，９，２８，３１－テトラエン－１９－イル４－（ジメチルアミノ）ブタノエート（ＤＬｉｎ－ＭＣ３－ＤＭＡ）、２，２－ジリノレイル－４－（２－ジメチルアミノエチル）［１，３］－ジオキソラン（ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ）、３－（ジドデシルアミノ）－Ｎ１，Ｎ１，４－トリドデシル－１－ピペラジンエタンアミン（ＫＬ１０）、Ｎ１－［２－（ジドデシルアミノ）エチル］－Ｎ１，Ｎ４，Ｎ４－トリドデシル－１，４－ピペラジンジエタンアミン（ＫＬ２２）、１４，２５－ジトリデシル－１５，１８，２１，２４－テトラアザ－オクタトリアコンタン（ＫＬ２５）、（２Ｒ）－２－（｛８－［（３β）－コレスト－５－エン－３－イルオキシ］オクチル｝オキシ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－［（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエン－１－イルオキシ］プロパン－１－アミン（オクチル－ＣＬｉｎＤＭＡ（２Ｒ））、及び（２Ｓ）－２－（｛８－［（３β）－コレスト－５－エン－３－イルオキシ］オクチル｝オキシ）－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－［（９Ｚ，１２Ｚ）－オクタデカ－９，１２－ジエン－１－イルオキシ］プロパン－１－アミン（オクチル－ＣＬｉｎＤＭＡ（２Ｓ））が挙げられる。更に、イオン化可能なアミノ脂質は、環状アミン基を含む脂質であってもよい。
【0295】
本明細書で開示されるＬＮＰは、１つ以上の構造脂質を含むことができる。本明細書中で使用される場合、用語「構造脂質（ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｌｉｐｉｄ）」はステロールを指し、またステロール部分を含有する脂質も指す。脂質ナノ粒子への構造脂質の組み込みにより、粒子中の他の脂質の凝集の軽減を補助できる。
【0296】
構造脂質としては、限定するものではないが、α－トコフェロール、ブラジカステロール、コレステロール、カンペステロール、エルゴステロール、フェコステロール、ホパノイド、フィトステロール、シトステロール、スチグマステロール、ステロイド、トマチジン、トマチン、ウルソール酸、及びこれらの誘導体又は混合物を挙げることができる。いくつかの実施形態では、上記構造脂質はステロールである。いくつかの実施形態では、上記構造脂質はステロイドである。いくつかの実施形態では、上記構造脂質はコレステロールである。いくつかの実施形態では、上記構造脂質はコレステロール誘導体である。本開示における使用に好適なコレステロール誘導体としては、コレステロールβ－Ｄ－グルコシド、コレステロール３－硫酸ナトリウム塩、ＤＣ－コレステロール等の正電荷コレステロール、並びにカンペステロール、エルゴステロール、ベツリン、ルペオール、β－シトステロール、α－アミリン、β－アミリン、及び胆汁酸といった他のコレステロール様分子が挙げられる。
【0297】
更なる実施形態では、本明細書で開示されるＬＮＰは、１つ以上のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）修飾脂質、又はＰＥＧ化脂質を含むことができる。ＰＥＧ修飾脂質の非限定的な例としては、ＰＥＧ修飾ホスファチジルエタノールアミン及びホスファチジン酸、ＰＥＧ－セラミドコンジュゲート（例えばＰＥＧ－ＣｅｒＣ１４又はＰＥＧ－ＣｅｒＣ２０）、ＰＥＧ修飾ジアルキルアミン、並びにＰＥＧ修飾１，２－ジアシルオキシプロパン－３－アミンが挙げられる。例えばＰＥＧ脂質は、ＰＥＧ－ＤＭＧ、ＰＥＧ－ＤＬＰＥ、ＰＥＧ－ｃ－ＤＯＭＧ、ＰＥＧ－ＤＭＰＥ、ＰＥＧ－ＤＰＰＣ、又はＰＥＧ－ＤＳＰＥ脂質とすることができる。
【0298】
いくつかの実施形態では、上記ＰＥＧ修飾脂質としては、限定するものではないが、１，２－ジミリストイル－ｓｎ－グリセロールメトキシポリエチレングリコール（ＰＥＧ－ＤＭＧ）、１，２－ジステアロイル－ｓｎ－グリセロ－３－ホスホエタノールアミン－Ｎ－［アミノ（ポリエチレングリコール）］（ＰＥＧ－ＤＳＰＥ）、ＰＥＧ－ジパルミトイル、ＰＥＧ－ジオレイル、ＰＥＧ－ジステアリル、ＰＥＧ－ジアシルグリカミド（ＰＥＧ－ＤＡＧ）、ＰＥＧ－ジステリルグリセロール（ＰＥＧ－ＤＳＧ）、ＰＥＧ－ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ－ＤＰＰＥ）、又はＰＥＧ－１，２－ジミリスチルオキシプロピル－３－アミン（ＰＥＧ－ｃ－ＤＭＡ）が挙げられる。
【0299】
いくつかの実施形態では、ＰＥＧ－脂質の脂質部分としては、長さが約Ｃ１４～約Ｃ２２、好ましくは約Ｃ１４～約Ｃ１６のものが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＰＥＧ部分、例えばｍＰＥＧ－ＮＨ２のサイズは、約１０００、２０００、５０００、１０，０００、１５，０００、又は２０，０００Ｄａである。
【0300】
本開示のＬＮＰは、炭水化物、ポリマー、透過性増強分子、表面改変剤（例えば界面活性剤）といった１つ以上の追加の成分を含むことができる。
【0301】
炭水化物としては、例えば単糖（例えばグルコース）並びに多糖類（例えばグリコーゲン並びにその誘導体及び類似体）を挙げることができる。
【0302】
ポリマーは、本明細書で開示される医薬組成物（例えば脂質ナノ粒子形態の医薬組成物）に含めることができ、及び／又はそれをカプセル化する、若しくは部分的にカプセル化するために使用できる。ポリマーは生分解性及び／又は生体適合性とすることができる。ポリマーの例としては、限定するものではないが、ポリアミン、ポリアセチレン、ポリアクリレート、ポリアミド、ポリカルバメート、ポリカーボネート、ポリエチレン、ポリエーテル、ポリエステル、ポリ尿素、ポリスチレン、ポリイミド、ポリスルホン、ポリウレタン、ポリエチレンイミン、ポリイソシアネート、ポリメタクリレート、ポリアクリロニトリル、及びポリアリレートが挙げられる。
【0303】
いくつかの実施形態では、脂質組成物とポリヌクレオチドとの比率は、約５：１～約６０：１（ｗｔ／ｗｔ）とすることができる。例えば、脂質組成物とポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）との比率は、約５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１、１１：１、１２：１、１３：１、１４：１、１５：１、１６：１、１７：１、１８：１、１９：１、２０：１、２１：１、２２：１、２３：１、２４：１、２５：１、２６：１、２７：１、２８：１、２９：１、３０：１、３１：１、３２：１、３３：１、３４：１、３５：１、３６：１、３７：１、３８：１、３９：１、４０：１、４１：１、４２：１、４３：１、４４：１、４５：１、４６：１、４７：１、４８：１、４９：１、５０：１、５１：１、５２：１、５３：１、５４：１、５５：１、５６：１、５７：１、５８：１、５９：１、又は６０：１（ｗｔ／ｗｔ）とすることができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子は、ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）を、約５：１～約１０：１、約５：１～約１５：１、約５：１～約２０：１、約５：１～約２５：１、約５：１～約３０：１、約５：１～約３５：１、約５：１～約４０：１、約５：１～約４５：１、約５：１～約５０：１、約５：１～約５５：１、約５：１～約６０：１、約１０：１～約１５：１、約１０：１～約２０：１、約１０：１～約２５：１、約１０：１～約３０：１、約１０：１～約３５：１、約１０：１～約４０：１、約１０：１～約４５：１、約１０：１～約５０：１、約１０：１～約５５：１、約１０：１～約６０：１、約１５：１～約２０：１、約１５：１～約２５：１、約１５：１～約３０：１、約１５：１～約３５：１、約１５：１～約４０：１、約１５：１～約４５：１、約１５：１～約５０：１、約１５：１～約５５：１、又は約１５：１～約６０：１という脂質：ポリヌクレオチドの重量比で含むことができる。
【0304】
一実施形態では、本明細書に記載のＬＮＰは、ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）を、約０．０１ｍｇ／ｍｌ～２ｍｇ／ｍｌ、例えば限定するものではないが０．０１ｍｇ／ｍＬ、０．０２ｍｇ／ｍＬ、０．０３ｍｇ／ｍＬ、０．０４ｍｇ／ｍＬ、０．０５ｍｇ／ｍＬ、０．０６ｍｇ／ｍＬ、０．０７ｍｇ／ｍＬ、０．０８ｍｇ／ｍＬ、０．０９ｍｇ／ｍＬ、０．１ｍｇ／ｍｌ、０．２ｍｇ／ｍｌ、０．３ｍｇ／ｍｌ、０．４ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、０．６ｍｇ／ｍｌ、０．７ｍｇ／ｍｌ、０．８ｍｇ／ｍｌ、０．９ｍｇ／ｍｌ、１．０ｍｇ／ｍｌ、１．１ｍｇ／ｍｌ、１．２ｍｇ／ｍｌ、１．３ｍｇ／ｍｌ、１．４ｍｇ／ｍｌ、１．５ｍｇ／ｍｌ、１．６ｍｇ／ｍｌ、１．７ｍｇ／ｍｌ、１．８ｍｇ／ｍｌ、１．９ｍｇ／ｍｌ、２．０ｍｇ／ｍｌ、又は２．０ｍｇ／ｍｌ超の濃度で含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質ナノ粒子は、ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）を、約０．０１～０．１ｍｇ／ｍＬ、０．０５～０．２ｍｇ／ｍＬ、０．１～０．３ｍｇ／ｍＬ、０．２～０．４ｍｇ／ｍＬ、０．３～０．６ｍｇ／ｍＬ、０．４～０．８ｍｇ／ｍＬ、０．５～１ｍｇ／ｍＬ、０．８～１．２ｍｇ／ｍＬ、１～１．５ｍｇ／ｍＬ、又は１～２ｍｇ／ｍＬの濃度で含むことができる。
【0305】
ナノ粒子組成物は、多様な方法で特性決定できる。例えば、顕微鏡法、例えば透過電子顕微鏡法又は走査電子顕微鏡法を用いて、ナノ粒子組成物の形態及び粒径分布を調べることができる。動的光散乱又は電位差測定（例えば電位差滴定）を用いて、ゼータ電位を測定し、粒径を決定できる。Ｚｅｔａｓｉｚｅｒ Ｎａｎｏ ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ Ｌｔｄ、英国、ウスターシャーカウンティ、マルバーン））等の機器を用いて、ナノ粒子組成物の複数の特徴、例えば粒径、多分散性指数、及びゼータ電位を測定することもできる。
【0306】
いくつかの実施形態では、本開示のＬＮＰの直径は、約１０～約１０００ｎｍ、例えば限定するものではないが約１００ｎｍ、約１５０ｎｍ、約２００ｎｍ、約２５０ｎｍ、約３００ｎｍ、約３５０ｎｍ、約４００ｎｍ、約４５０ｎｍ、約５００ｎｍ、約５５０ｎｍ、約６００ｎｍ、約６５０ｎｍ、約７００ｎｍ、約７５０ｎｍ、約８００ｎｍ、約８５０ｎｍ、約９００ｎｍ、約９５０ｎｍ、又は約１０００ｎｍである。いくつかの実施形態では、本開示のＬＮＰの直径は、約１０～約２０ｎｍ、約１０～約３０ｎｍ、約１０～約４０ｎｍ、約１０～約５０ｎｍ、約１０～約６０ｎｍ、約１０～約７０ｎｍ、約１０～約８０ｎｍ、約１０～約９０ｎｍ、約２０～約３０ｎｍ、約２０～約４０ｎｍ、約２０～約５０ｎｍ、約２０～約６０ｎｍ、約２０～約７０ｎｍ、約２０～約８０ｎｍ、約２０～約９０ｎｍ、約２０～約１００ｎｍ、約３０～約４０ｎｍ、約３０～約５０ｎｍ、約３０～約６０ｎｍ、約３０～約７０ｎｍ、約３０～約８０ｎｍ、約３０～約９０ｎｍ、約３０～約１００ｎｍ、約４０～約５０ｎｍ、約４０～約６０ｎｍ、約４０～約７０ｎｍ、約４０～約８０ｎｍ、約４０～約９０ｎｍ、約４０～約１００ｎｍ、約５０～約６０ｎｍ、約５０～約７０ｎｍ、約５０～約８０ｎｍ、約５０～約９０ｎｍ、約５０～約１００ｎｍ、約６０～約７０ｎｍ、約６０～約８０ｎｍ、約６０～約９０ｎｍ、約６０～約１００ｎｍ、約７０～約８０ｎｍ、約７０～約９０ｎｍ、約７０～約１００ｎｍ、約８０～約９０ｎｍ、約８０～約１００ｎｍ、約９０～約１００ｎｍ、約１００～約１５０ｎｍ、約１００～約２００ｎｍ、約１００～約３００ｎｍ、約２００～約４００ｎｍ、約２００～約３００ｎｍ、約２００～約５００ｎｍ、約３００～約４００ｎｍ、約４００～約６００ｎｍ、約５００～約８００ｎｍ、約６００～約９００ｎｍ、約７００～約１０００ｎｍ、約８００～約１０００ｎｍである。
【0307】
多分散性指数（ｐｏｌｙｄｉｓｐｅｒｓｉｔｙ ｉｎｄｅｘ：ＰＤＩ）は、脂質小胞粒子の粒径分布の尺度である。ＰＤＩは、脂質小胞粒子の平均粒径、及び上記粒径の標準偏差を決定することによって計算できる。脂質小胞粒子のＰＤＩの測定に利用できる複数の技法及び機器が存在する。例えば、ＤＬＳは、１ｎｍ未満の粒径を測定するために利用可能な技術を用いて、サブミクロン粒径範囲の粒子の粒径及び粒径分布を測定するための、十分に確立された技法である（ＬＳ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ、スイス；Ｍａｌｖｅｒｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ、英国）。小さな（例えば０．３未満の）多分散性指数は一般に、粒径分布が狭いことを示す。完璧に均一な試料では、ＰＤＩは０．０となる。いくつかの実施形態では、脱水前の本明細書に記載の脂質小胞粒子のＰＤＩは、約０．１～約０．７である。いくつかの実施形態では、脱水前の本明細書に記載の脂質小胞粒子のＰＤＩは、約０．１～約０．２、約０．１～約０．３、約０．１～約０．４、約０．２～約０．５、約０．３～約０．６、約０．４～約０．７、又は約０．５～０．７である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の脂質小胞粒子のＰＤＩは、約０．１、約０．１５、約０．２、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、又は約０．７である。
【0308】
ＬＮＰに加えて、本明細書に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチドを他のキャリア中に製剤化してもよい。他の好適なキャリアの例としては、限定するものではないが、リポソーム、リポイド、及びリポプレックス、微粒子若しくはポリマーナノ粒子、無機ナノ粒子、ペプチドキャリア、ナノ粒子模倣体、ナノチューブ、コンジュゲート、免疫刺激性複合体（ｉｍｍｕｎｅ ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ ｃｏｍｐｌｅｘ：ＩＳＣＯＭ）、ウイルス様粒子（ｖｉｒｕｓ－ｌｉｋｅ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ：ＶＬＰ）、自己集合性タンパク質、又はカチオン性サブミクロン水中油エマルジョン等のエマルジョン送達系が挙げられる。
【0309】
リポソームは、水性環境中で二重層を形成して水性コアをカプセル化できる両親媒性脂質である。上記ポリペプチド又はポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）を、この水性コアに組み込むことができる。これらの脂質は、アニオン性、カチオン性、又は双性イオン性の親水性頭部基を有することができる。リポソームは、単一の脂質から、又は複数の脂質の混合物から形成できる。混合物は：（１）複数のアニオン性脂質の混合物；（２）複数のカチオン性脂質の混合物；（３）複数の双性イオン性脂質の混合物；（４）アニオン性脂質とカチオン性脂質との混合物；（５）アニオン性脂質と双性イオン性脂質との混合物；（６）双性イオン性脂質とカチオン性脂質との混合物；又は（７）アニオン性脂質、カチオン性脂質、及び双性イオン性脂質の混合物を含んでよい。同様に、混合物は飽和脂質及び不飽和脂質の両方を含んでよい。例示的なリン脂質としては、限定するものではないが、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、及びホスファチジルグリセロールが挙げられる。カチオン性脂質としては、限定するものではないが、１，２－ジステアリルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アミノプロパン（ＤＳＤＭＡ）、ジオレオイルトリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）、１，２－ジオレイルオキシ－Ｎ，Ｎジメチル－３－アミノプロパン（ＤＯＤＭＡ）、１，２－ジリノレイルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アミノプロパン（ＤＬｉｎＤＭＡ）、１，２－ジリノレニルオキシ－Ｎ，Ｎ－ジメチル－３－アミノプロパン（ＤＬｅｎＤＭＡ）が挙げられる。双性イオン性脂質としては、限定するものではないが、アシル双性イオン性脂質及びエーテル双性イオン性脂質が挙げられる。有用な双性イオン性脂質の例としては、ドデシルホスホコリン、ＤＰＰＣ、及びＤＯＰＣが挙げられる。
【0310】
ポリマーマイクロ粒子又はナノ粒子を、ポリペプチド又はポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）をカプセル化又は吸着するために使用することもできる。上記粒子は、実質的に無毒かつ生分解性であってよい。ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）の送達に使用できる粒子は、最適な粒径及びゼータ電位を有してよい。例えば、上記マイクロ粒子の直径は、０．０２μｍ～８μｍの範囲内であってよい。上記組成物が、直径が異なるマイクロ又はナノ粒子の集合である例では、これらの粒子の少なくとも８０％、８５％、９０％、又は９５％が、理想的には０．０３～７μｍの範囲内の直径を有する。これらの粒子はまた、上記粒子へのポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）の最大の吸着を提供するために、４０～１００ｍＶのゼータ電位を有してよい。
【0311】
非毒性かつ生分解性のポリマーとしては、限定するものではないが、ポリ（アヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリラクトン（ポリカプロラクトンを含む）、ポリジオキサノン、ポリバレロラクトン、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリシアノアクリレート、チロシン由来ポリカーボネート、ポリビニル－ピロリジノン又はポリエステル－アミド、多糖類等の１つ以上の天然ポリマー（例えばプルラン、アルギン酸、イヌリン、及びキトサン）、並びにこれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、上記粒子は、ポリ（アヒドロキシ酸）（例えばポリ（ラクチド）（ＰＬＡ））、ポリ（γ－グルタミン酸）（γ－ＰＧＡ）、ポリ（エチレングリコール）（ＰＥＧ）、ポリスチレン、ラクチドとグリコリドとのコポリマー（例えばポリ（Ｄ，Ｌ－ラクチド－コ－グリコリド）（ＰＬＧ））、及びＤ，Ｌ－ラクチドとカプロラクトンとのコポリマーから形成される。有用なＰＬＧポリマーとしては、ラクチド／グリコリドモル比が例えば２０：８０～８０：２０の範囲内、例えば２５：７５、４０：６０、４５：５５、５５：４５、６０：４０、７５：２５であるものを挙げることができる。有用なＰＬＧポリマーとしては、分子量が例えば５，０００～２００，０００Ｄａ、例えば１０，０００～１００，０００、２０，０００～７０，０００、４０，０００～５０，０００Ｄａであるものが挙げられる。
【0312】
上記ポリマーナノ粒子は、ヒドロゲルナノ粒子、即ち柔軟なメッシュサイズ、多価コンジュゲーションのための大きな表面積、高い含水率、及び高い抗原装入容量を含む好ましい特性を備えた、親水性三次元ポリマーネットワークを形成してもよい。ポリ（Ｌ－乳酸）（ＰＬＡ）、ＰＬＧＡ、ＰＥＧ、及び多糖類が、ヒドロゲルナノ粒子の形成に好適である。
【0313】
例えば無機ナノ粒子は、リン酸カルシウムナノ粒子、ケイ素ナノ粒子、又は金ナノ粒子であってよい。無機ナノ粒子は典型的には堅固な構造を有し、ポリペプチド若しくはポリヌクレオチドをカプセル化する殻、又はポリペプチド若しくはポリヌクレオチドを共有結合で付着させることができるコアを備える。上記コアは、金（Ａｕ）原子、銀（Ａｇ）原子、銅（Ｃｕ）原子、Ａｕ／Ａｇ、Ａｕ／Ｃｕ、Ａｕ／Ａｇ／Ｃｕ、Ａｕ／Ｐｔ、Ａｕ／Ｐｄ、若しくはＡｕ／Ａｇ／Ｃｕ／Ｐｄといった１つ以上の原子、又はリン酸カルシウム（ＣａＰ）を含んでよい。
【0314】
本開示のポリペプチド又はポリヌクレオチドとの複合体化に好適な他の分子としては、ポリアミドアミン、樹状ポリリシン、ポリエチレンイニリン若しくはポリプロピレンイミン、ポリリシン、キトサン、ＤＮＡ－ゼラチンコアセルベート、ＤＥＡＥデキストラン、デンドリマー、又はポリエチレンイミン（ＰＥＩ）といった、カチオン性分子が挙げられる。
【0315】
いくつかの実施形態では、本開示のポリペプチド又はポリヌクレオチドを、ナノ粒子に結合できる。本開示の抗原及び／又は抗体とのコンジュゲーションに使用できるナノ粒子としては、限定するものではないが、キトサン殻ナノ粒子、カーボンナノチューブ、ＰＥＧ化リポソーム、ポリ（ｄ，ｌ－ラクチド－コ－グリコリド）／モンモリロナイト（ＰＬＧＡ／ＭＭＴ）ナノ粒子、ポリ（ラクチド－コ－グリコリド）（ＰＬＧＡ）ナノ粒子、ポリ－（リンゴ酸）ベースのナノ粒子、並びに他の無機ナノ粒子（例えば、ジスクシンイミジルカーボネート（ＤＳＣ）を含むマグネシウム－アルミニウム層状複水酸化物で作製されたナノ粒子、及びＴｉＯ２ナノ粒子）が挙げられる。ナノ粒子は、ウイルス感染細胞を標的とするために開発でき、組成物中に含有される抗原及び／又は抗体に結合できる。
【0316】
ポリペプチド又はポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）を対象に送達するために、水中油エマルジョンを使用してもよい。上記エマルジョンの作製に使用できる油の例としては、動物（例えば魚）油、又は植物油（例えばナッツ、穀物、及び種子）が挙げられる。上記油は、生分解性かつ生体適合性であってよい。例示的な油としては、限定するものではないが、トコフェロール及びスクアレン、分岐したサメ肝油、不飽和テルペノイド、並びにこれらの組み合わせが挙げられる。テルペノイドは、５炭素イソプレン単位で生化学的に合成される分岐鎖油である。
【0317】
上記エマルジョンの水性成分は、水とすることができ、又は更なる成分が追加された水とすることができる。例えば水は、緩衝液を形成するための塩、例えばナトリウム塩等のクエン酸塩又はリン酸塩を含んでよい。例示的な緩衝液としては、ホウ酸緩衝液、クエン酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液、リン酸緩衝液、トリス緩衝液、又はコハク酸緩衝液が挙げられる。
【0318】
いくつかの実施形態では、上記水中油エマルジョンは、１つ以上のカチオン性分子を含む。例えば、カチオン性脂質を上記エマルジョンに含めることによって、負電荷ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）が付着できる正電荷液滴表面を提供できる。例示的なカチオン性脂質としては、限定するものではないが、：１，２－ジオレオイルオキシ－３－（トリメチルアンモニオ）プロパン（ＤＯＴＡＰ）、１，２－ジミリストイル－３－トリメチル－アンモニウムプロパン（ＤＭＴＡＰ）、３’－［Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノエタン）－カルバモイル］コレステロール（ＤＣコレステロール）、ジメチルジオクタデシル－アンモニウム（ＤＤＡ、例えば臭化物）、ジパルミトイル（Ｃ１６：０）トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＰＴＡＰ）、ジステアロイルトリメチルアンモニウムプロパン（ＤＳＴＡＰ）が挙げられる。他の有用なカチオン性脂質としては、塩酸ベンザルコニウム（ＢＡＫ）、塩化ベンゼトニウム、ヘミコハク酸コレステロールコリンエステル、リポポリアミン（例えばジオクタデシルアミドグリシルスペルミン（ＤＯＧＳ）、ジパルミトイルホスファチジルエタノール－アミドスペルミン（ＤＰＰＥＳ））、セトリミド、塩化セチルピリジニウム（ＣＰＣ）、塩化セチルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＣ）、コレステロールのカチオン性誘導体（例えばコレステリル－３β－オキシスクシンアミドエチレントリメチルアンモニウム塩、コレステリル－３β－オキシスクシンアミドエチレン－ジメチルアミン、コレステリル－３β－カルボキシアミドエチレントリメチルアンモニウム塩、及びコレステリル－３β－カルボキシアミドエチレンジメチルアミン）、Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－ポリオキシエチレン（１０）－Ｎ－タロウ－１，３－ジアミノプロパン、臭化ドデシルトリメチルアンモニウム、臭化ヘキサデシルトリメチル－アンモニウム、混合臭化アルキル－トリメチル－アンモニウム、ベンジルジメチルドデシル塩化アンモニウム、ベンジルジメチルヘキサデシル－塩化アンモニウム、ベンジルトリメチルアンモニウムメトキシド、臭化セチルジメチルエチルアンモニウム、臭化ジメチルジオクタデシルアンモニウム（ＤＤＡＢ）、塩化メチルベンゼトニウム、塩化デカメトニウム、メチル混合トリアルキル塩化アンモニウム、メチルトリオクチル塩化アンモニウム）、Ｎ，Ｎ－ジメチル－Ｎ－［２（２－メチル－４－（１，１，３，３テトラメチルブチル）－フェノキシ］－エトキシ）エチル］－ベンゼンメタ－ナミニウムクロリド（ＤＥＢＤＡ）、コレステリル（４’－トリメチルアンモニオ）ブタノエート）、Ｎ－アルキルピリジニウム塩（例えば臭化セチルピリジニウム、及び塩化セチルピリジニウム）、Ｎ－アルキルピペリジニウム塩、ジカチオン性ボラホルム電解質（Ｃ１２Ｍｅ６；Ｃ１２ＢＵ６）、ジアルキルグリセチルホスホリルコリン、リゾレシチン、Ｌ－αジオレオイルホスファチジルエタノールアミン、リポポリ－Ｌ（又はＤ）－リシン（ＬＰＬＬ、ＬＰＤＬ）、Ｎ－グルタリルホスファチジルエタノールアミンに結合されたポリ（Ｌ（又はＤ）－リシン、ジアルキルジメチルアンモニウム塩、［１－（２，３－ジオレイルオキシ）－プロピル］－Ｎ，Ｎ，Ｎ，トリメチル塩化アンモニウム、１，２－ジアシル－３－（トリメチルアンモニオ）プロパン（アシル基は、ジミリストイル、ジパルミトイル、ジステアロイル、又はジオレオイルとすることができる）、１，２－ジアシル－３（ジメチルアンモニオ）プロパン（アシル基は、ジミリストイル、ジパルミトイル、ジステアロイル、又はジオレオイルとすることができる）、１，２－ジオレオイル－３－（４’－トリメチル－アンモニオ）ブタノイル－ｓｎ－グリセロール、１，２－ジオレオイル３－スクシニル－ｓｎ－グリセロールコリンエステル、ペンダントアミノ基を有するジドデシルグルタミン酸エステル（Ｃ ＧｌｕＰｈＣｎＮ）、並びにペンダントアミノ基を有するジテトラデシルグルタミン酸エステル（Ｃ１４ＧｌｕＣｎＮ＋）が挙げられる。
【0319】
いくつかの実施形態では、油及びカチオン性脂質に加えて、エマルジョンは、非イオン性界面活性剤及び／又は双性イオン性界面活性剤を含むこともできる。有用な界面活性剤の例としては、限定するものではないが：ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性剤、例えばポリソルベート２０及びポリソルベート８０；酸化エチレン、酸化プロピレン、及び／又は酸化ブチレンのコポリマー、リニアブロックコポリマー；リン脂質、例えばホスファチジルコリン；ラウリル、セチル、ステアリル、及びオレイルアルコール由来のポリオキシエチレン脂肪エーテル；ポリオキシエチレン－９－ラウリルエーテル；オクトキシノール；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール；並びにソルビタンエステルが挙げられる。
【0320】
本開示の方法
ある態様では、本開示は、対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の第１のエピトープからその抗原の１つ以上の第２のエピトープに転換する方法を提供する。特定の実施形態では、上記方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で対象に投与される。
ある態様では、本開示は、対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の第１のエピトープからその抗原の１つ以上の第２のエピトープに転換する方法を提供する。特定の実施形態では、上記方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で対象に投与される。
【0321】
別の態様では、本開示は、抗原の１つ以上の第１のエピトープを、対象の免疫系による認識から遮蔽する方法を提供する。特定の実施形態では、上記方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを対象の免疫系による認識から遮蔽するために有効な量で対象に投与される。
【0322】
更に別の態様では、本開示は、抗原の第２のエピトープを標的とする１つ以上の抗体を生成する方法を提供する。特定の実施形態では、上記方法は、対象に、（ｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子と、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープに対する抗体を生成するために有効な量で対象に投与される。
【0323】
また更に別の態様では、本開示は、それを必要とする対象におけるワクチンの効能を向上させる方法であって、上記ワクチンは、抗原、又は抗原をコードする核酸分子を含む、方法を提供する。特定の実施形態では、上記方法は、対象に、（ｉ）上記ワクチンと、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを投与するステップを含み、上記ワクチンと、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とは、上記ワクチンの効能を向上させるために有効な量で対象に投与される。
【0324】
特定の実施形態では、対象は哺乳類である。特定の実施形態では、対象はヒトである。特定の実施形態では、対象は、限定するものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、又は霊長類（例えば非ヒト霊長類）といった、実験動物である。
【0325】
本開示の特定の態様及び実施形態では、本明細書で開示される方法は、対象に、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を有効量だけ投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、若しくは上記抗原をコードする核酸分子を投与するステップの前、又はステップ中に、対象に投与される。
【0326】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗原及び／又は抗体は、対象の体液中で、上記１つ以上の抗体の１０００ｍｇ／Ｌ～０．０１ｍｇ／Ｌ以上の濃度を達成するために有効な量で、投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗原及び／又は抗体は、対象の体液中で、上記１つ以上の抗体の例えば９９０ｍｇ／Ｌ～１０ｍｇ／Ｌ、９８０ｍｇ／Ｌ～２０ｍｇ／Ｌ、９７０ｍｇ／Ｌ～３０ｍｇ／Ｌ、９６０ｍｇ／Ｌ～４０ｍｇ／Ｌ、９５０ｍｇ／Ｌ～５０ｍｇ／Ｌ、９４０ｍｇ／Ｌ～６０ｍｇ／Ｌ、９３０ｍｇ／Ｌ～７０ｍｇ／Ｌ、９２０ｍｇ／Ｌ～８０ｍｇ／Ｌ、９１０ｍｇ／Ｌ～９０ｍｇ／Ｌ、９００ｍｇ／Ｌ～１００ｍｇ／Ｌ、８９０ｍｇ／Ｌ～１１０ｍｇ／Ｌ、８８０ｍｇ／Ｌ～１２０ｍｇ／Ｌ、８７０ｍｇ／Ｌ～１３０ｍｇ／Ｌ、８６０ｍｇ／Ｌ～１４０ｍｇ／Ｌ、８５０ｍｇ／Ｌ～１５０ｍｇ／Ｌ、８４０ｍｇ／Ｌ～１６０ｍｇ／Ｌ、８３０ｍｇ／Ｌ～１７０ｍｇ／Ｌ、８２０ｍｇ／Ｌ～１８０ｍｇ／Ｌ、８１０ｍｇ／Ｌ～１９０ｍｇ／Ｌ、８００ｍｇ／Ｌ～２００ｍｇ／Ｌ、７９０ｍｇ／Ｌ～２１０ｍｇ／Ｌ、７８０ｍｇ／Ｌ～２２０ｍｇ／Ｌ、７７０ｍｇ／Ｌ～２３０ｍｇ／Ｌ、７６０ｍｇ／Ｌ～２４０ｍｇ／Ｌ、７５０ｍｇ／Ｌ～２５０ｍｇ／Ｌ、７４０ｍｇ／Ｌ～２６０ｍｇ／Ｌ、７３０ｍｇ／Ｌ～２７０ｍｇ／Ｌ、７２０ｍｇ／Ｌ～２８０ｍｇ／Ｌ、７１０ｍｇ／Ｌ～２９０ｍｇ／Ｌ、７００ｍｇ／Ｌ～３００ｍｇ／Ｌ、６９０ｍｇ／Ｌ～３１０ｍｇ／Ｌ、６８０ｍｇ／Ｌ～３２０ｍｇ／Ｌ、６７０ｍｇ／Ｌ～３３０ｍｇ／Ｌ、６６０ｍｇ／Ｌ～３４０ｍｇ／Ｌ、６５０ｍｇ／Ｌ～３５０ｍｇ／Ｌ、６４０ｍｇ／Ｌ～３６０ｍｇ／Ｌ、６３０ｍｇ／Ｌ～３７０ｍｇ／Ｌ、６２０ｍｇ／Ｌ～３８０ｍｇ／Ｌ、６１０ｍｇ／Ｌ～３９０ｍｇ／Ｌ、６００ｍｇ／Ｌ～４００ｍｇ／Ｌ、５９０ｍｇ／Ｌ～４１０ｍｇ／Ｌ、５８０ｍｇ／Ｌ～４２０ｍｇ／Ｌ、５７０ｍｇ／Ｌ～４３０ｍｇ／Ｌ、５６０ｍｇ／Ｌ～４４０ｍｇ／Ｌ、５５０ｍｇ／Ｌ～４５０ｍｇ／Ｌ、５４０ｍｇ／Ｌ～４６０ｍｇ／Ｌ、５３０ｍｇ／Ｌ～４７０ｍｇ／Ｌ、５２０ｍｇ／Ｌ～４８０ｍｇ／Ｌ、若しくは５１０ｍｇ／Ｌ～４９０ｍｇ／Ｌの濃度、又は更に高い濃度を達成するために有効な量で、投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗原及び／又は抗体は、対象の体液中で、上記１つ以上の抗体の例えば０．０１ｍｇ／Ｌ以上、０．０２ｍｇ／Ｌ以上、０．０３ｍｇ／Ｌ以上、０．０４ｍｇ／Ｌ以上、０．０５ｍｇ／Ｌ以上、０．０６ｍｇ／Ｌ以上、０．０７ｍｇ／Ｌ以上、０．０８ｍｇ／Ｌ以上、０．０９ｍｇ／Ｌ以上、０．１ｍｇ／Ｌ以上、０．３ｍｇ／Ｌ以上、０．５ｍｇ／Ｌ以上、０．７ｍｇ／Ｌ以上、０．９ｍｇ／Ｌ以上、１ｍｇ／Ｌ以上、２ｍｇ／Ｌ以上、３ｍｇ／Ｌ以上、４ｍｇ／Ｌ以上、５ｍｇ／Ｌ以上、６ｍｇ／Ｌ以上、７ｍｇ／Ｌ以上、８ｍｇ／Ｌ以上、９ｍｇ／Ｌ以上、１０ｍｇ／Ｌ以上、３０ｍｇ／Ｌ以上、５０ｍｇ／Ｌ以上、７０ｍｇ／Ｌ以上、９０ｍｇ／Ｌ以上、１１０ｍｇ／Ｌ以上、１３０ｍｇ／Ｌ以上、１５０ｍｇ／Ｌ以上、１７０ｍｇ／Ｌ以上、１９０ｍｇ／Ｌ以上、２１０ｍｇ／Ｌ以上、２３０ｍｇ／Ｌ以上、２５０ｍｇ／Ｌ以上、２７０ｍｇ／Ｌ以上、２９０ｍｇ／Ｌ以上、３１０ｍｇ／Ｌ以上、３３０ｍｇ／Ｌ以上、３５０ｍｇ／Ｌ以上、３７０ｍｇ／Ｌ以上、３９０ｍｇ／Ｌ以上、４１０ｍｇ／Ｌ以上、４３０ｍｇ／Ｌ以上、４５０ｍｇ／Ｌ以上、４７０ｍｇ／Ｌ以上、４９０ｍｇ／Ｌ以上、５１０ｍｇ／Ｌ以上、５３０ｍｇ／Ｌ以上、５５０ｍｇ／Ｌ以上、５７０ｍｇ／Ｌ以上、５９０ｍｇ／Ｌ以上、６１０ｍｇ／Ｌ以上、６３０ｍｇ／Ｌ以上、６５０ｍｇ／Ｌ以上、６７０ｍｇ／Ｌ以上、６９０ｍｇ／Ｌ以上、７１０ｍｇ／Ｌ以上、７３０ｍｇ／Ｌ以上、７５０ｍｇ／Ｌ以上、７７０ｍｇ／Ｌ以上、７９０ｍｇ／Ｌ以上、８１０ｍｇ／Ｌ以上、８３０ｍｇ／Ｌ以上、８５０ｍｇ／Ｌ以上、８７０ｍｇ／Ｌ以上、８９０ｍｇ／Ｌ以上、９１０ｍｇ／Ｌ以上、９３０ｍｇ／Ｌ以上、９５０ｍｇ／Ｌ以上、９７０ｍｇ／Ｌ以上、９９０ｍｇ／Ｌ以上、１０００ｍｇ／Ｌ以上の濃度、又は更に高い濃度を達成するために有効な量で、投与してよい。いくつかの実施形態では、上記体液は、全血、血漿、血清、唾液、又は尿である。
【0327】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗原及び／又は抗体は、限定するものではないが例えば、タンパク質、タンパク質断片、及び／又はタンパク質融合物として投与してよい。
【0328】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗原及び／又はその１つ以上の抗体は、核酸分子（例えばＤＮＡ及び／又はＲＮＡ分子）であって、関心対象の上記抗原及び／又は抗体を含有し、抗原及び／又は抗体ポリペプチドをインビボで発現するための宿主細胞発現機構を用いて、関心対象の上記抗原及び／又は抗体を発現する、核酸分子として、投与してよい。本明細書で開示される１つ以上の抗原及び／又は抗体をコードする核酸分子については、これ以前の複数のセクションで更に説明されている。
【0329】
特定の実施形態では、（ｉ）上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子とは、異なる製剤として投与される。
【0330】
特定の実施形態では、（ｉ）上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子とは、同一の製剤で投与される。上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子と、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子とを、同一の製剤で投与する場合、上記方法は、（ｉ）上記１つ以上の抗体と（ｉｉ）上記抗原とをコードする核酸分子を対象に投与するステップを含んでよい。いくつかの実施形態では、核酸分子はＲＮＡ分子（例えばｍＲＮＡ分子）である。いくつかの実施形態では、核酸分子はＤＮＡ分子である。いくつかの実施形態では、核酸分子は化学修飾されている。上記化学修飾は、本明細書で開示されるいずれの数の化学修飾を含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される核酸分子は、本明細書で開示されるベクターの中に含まれていてよい。
【0331】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、ワクチンとして投与してよい。従って本明細書で開示される１つ以上の抗原又は上記１つ以上の抗原をコードする核酸分子を含むワクチンが、本明細書で提供される。
【0332】
本明細書で開示される、上記１つ以上の抗原及び／若しくは抗体、又はこれらをコードする関連核酸分子は、例えば非経口（皮下、筋肉内、若しくは静脈内を含む）、経腸（経口若しくは直腸を含む）、吸入、又は鼻腔内経路といった、いずれの適切な経路による投与に適合させることができる。
【0333】
このような組成物は例えば、滅菌条件下で、有効成分を１つ以上のキャリア又は１つ以上の賦形剤と混合することによって、調製できる。
【0334】
従って本明細書では、本開示の抗原及び／若しくは抗体又は抗原及び／若しくは抗体ベースの分子（例えば、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体並びに関連する核酸分子、ベクター、細胞、若しくは結合部分を含む、ワクチン、複合体、融合タンパク質、若しくはコンジュゲート）を含む、製剤も提供される。
【0335】
いくつかの実施形態では、本明細書では、抗原、又は抗原をコードする核酸分子と、上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含む、製剤が提供される。
【0336】
いくつかの実施形態では、本明細書では、抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、製剤が提供される。
【0337】
上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子（例えば、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体並びに関連する核酸分子、ベクター、細胞、若しくは結合部分を含む、ワクチン、複合体、融合タンパク質、若しくはコンジュゲート）をベースとする、組成物は、１つ以上の生理学的に許容可能なキャリア及び／又は賦形剤を用いて、いずれの従来の様式で製剤化できる。上記抗原及び／又は抗体、又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子（例えば、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体並びに関連する核酸分子、ベクター、細胞、若しくは結合部分を含む、ワクチン、複合体、融合タンパク質、若しくはコンジュゲート）は、例えば注射、吸入、若しくは（口若しくは鼻を通した）送気による投与のため、又は経口、頬内、非経口若しくは直腸投与のため、又は器官若しくは組織への直接投与のために、製剤化できる。
【0338】
上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子は、全身投与、局所（ｔｏｐｉｃａｌ）投与、又は局所（ｌｏｃａｌｉｚｅｄ）投与を含む、多様な投与の態様のために製剤化できる。全身投与については、筋肉内、静脈内、腹腔内、及び皮下を含む注入が好ましい。注入のために、上記医薬組成物は、液体溶液中に、好ましくはハンクス液又はリンガー液といった生理学的に適合性を有する緩衝液中に、製剤化できる。更に上記組成物は、使用直前に再溶解又は懸濁される固体の形態に製剤化できる。上記医薬組成物の凍結乾燥形態も好適である。
【0339】
いくつかの実施形態では、本開示の抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子を含む、上記組成物は、凍結乾燥されていてよい。非限定的な例として、得られた凍結乾燥物を、含水溶媒の添加によって、含水組成物へと再構成できる。いくつかの実施形態では、上記含水組成物は、対象に直接非経口投与できるものであってよい。従って、本開示の更なる実施形態は、含水溶媒を用いた凍結乾燥物の再構成によって得ることができる、含水医薬組成物である。
【0340】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される組成物は、凍結乾燥製剤を含んでよい。非限定的な例として、上記凍結乾燥製剤は、本開示の抗原及び／若しくは抗体若しくは上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子、マンニトール、並びに／又はＴＷＥＥＮ ８０（登録商標）を含んでよい。別の非限定的な例として、上記凍結乾燥製剤は、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子、マンニトール、並びにポロキサマー１８８を含んでよい。いくつかの実施形態では、上記医薬組成物は、再構成液体組成物を含む凍結乾燥製剤を含んでよい。
【0341】
いくつかの実施形態では、本開示の組成物は、既知の組成物よりも可溶性及び／又は湿潤性が増強された製剤を提供できる。非限定的な例として、凍結乾燥物の可溶性及び／又は湿潤性の増強は、賦形剤の適切な組成を用いることによって達成できる。これにより、本明細書で開示される本開示の抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子を含む、本開示の組成物は、例えば－２０℃、＋５℃、又は＋２５℃で所望の貯蔵安定性を示すように開発でき、また、超音波ホモジナイザーを使用して又は使用せずに、緩衝剤又は他の賦形剤を用いて数秒から２分以上の間に完全に溶解させることができるよう、容易に再溶解可能なものとすることができる。非限定的な例として、得られる溶液のｐＨ値はｐＨ２．７～ｐＨ９であってよい。更に上記組成物は、本明細書で開示されるいずれの適切な送達経路、例えば非経口（皮下、筋肉内、若しくは静脈内を含む）、経腸（経口若しくは直腸を含む）、吸入、又は鼻腔内経路を介して、対象に容易に提供できる。
【0342】
上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子の投与に使用できる送達経路の非限定的な例としては、耳介（耳内、又は耳経由）、胆汁灌流、頬内（頬に向かって）、心臓灌流、仙骨硬膜外ブロック、結膜、皮膚、歯（１本以上の歯に）、歯冠内、診断、電気浸透、頸管内、洞内、気管内、浣腸、経腸（腸内へ）、皮膚上（皮膚への塗布）、硬膜外（硬膜の中へ）、羊膜外投与、体外、点眼剤（結膜上へ）、胃腸、血液透析、浸潤、送気（鼻での強い吸気）、間質内、腹腔内、羊膜内、動脈内（動脈の中へ）、関節内、胆管内、気管支内、嚢内、心臓内（心臓の中へ）、軟骨内（軟骨の中）、馬尾内（馬尾の中）、空洞内注射（病的空洞の中へ）、腔内（陰茎の基部の中へ）、大脳内（大脳の中へ）、脳室内（脳室の中へ）、槽内（小脳髄大槽の中）、角膜内（角膜の中）、冠動脈内（冠動脈の中）、海綿体内（陰茎の海綿体の拡張可能な空間の中）、皮内（皮膚自体の中へ）、椎間板内（椎間板の中）、管内（腺の管の中）、十二指腸内（十二指腸の中）、硬膜内（硬膜の中又は下）、表皮内（表皮へ）、食道内（食道へ）、胃内（胃の中）、歯肉内（歯肉の中）、回腸内（小腸の遠位部分の中）、病変内（局所病変内、又は局所病変への直接導入）、管腔内（管腔の中）、リンパ内（リンパの中）、髄内（骨髄腔の中）、髄膜内（髄膜の中）、筋肉内（筋肉の中）、心筋内（心筋の中）、眼内（眼の中）、骨内注入（骨髄の中へ）、卵巣内（卵巣の中）、実質内（脳組織内へ）、心膜内（心膜の中）、腹膜内（腹膜の中への注入又は注射）、胸膜内（胸膜の中）、前立腺内（前立腺の中）、肺内（肺又はその気管支の中）、洞内（鼻腔又は眼窩周囲の洞の中）、脊柱内（脊柱の中）、滑膜内（関節の滑膜内の腔の中）、腱内（腱の中）、睾丸内（睾丸の中）、髄腔内（脊柱管の中へ）、髄腔内（脳脊髄軸のいずれかの高さにおける脳脊髄液の中）、胸腔内（胸郭の中）、管内（器官の細管の中）、腫瘍内（腫瘍の中）、鼓室内（中耳の中）、子宮内、腟内投与、血管内（１つ以上の血管の中）、静脈内（静脈の中へ）、静脈内ボーラス、静脈内点滴、心室内（心室の中）、膀胱内注入、硝子体内（眼を通して）、イオン導入（電流（身体の組織内への可溶性塩の移動）による）、洗浄（開いた創傷又は体腔を洗う又は洗い流すため）、喉頭部（喉頭に直接）、経鼻投与（鼻を通して）、経鼻胃（鼻を通して胃内へ）、神経ブロック、密封療法（局所投与であって、その後で該領域を閉塞する包帯で覆われる、局所投与）、眼科的（眼の外側に対する）、点耳薬、経口（口を介した）、中咽頭（口及び咽頭に直接）、非経口、皮膚貫通（ｐｅｒｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、関節周囲、硬膜周囲、神経周囲、歯周、フォトフェレーシス、直腸、呼吸器（局所的又は全身的な効果を得るために経口又は経鼻吸入することによる、気道の中の）、眼球後（橋の後方又は眼球の後方）、軟組織、脊柱、くも膜下、結膜下、皮下（皮膚の下）、口唇下、舌下、粘膜下、局所、経皮、経皮（全身への分散のための、無傷の皮膚を通した拡散）、経粘膜（粘膜を通した拡散）、経胎盤（胎盤を通して、又は胎盤を横断して）、経気管（気管の壁を通した）、経鼓室（鼓室を横断した、又は鼓室を通した）、経膣、尿管（尿管へ）、並びに膣が挙げられる。
【0343】
経口投与のためには、上記医薬組成物は例えば：結合剤（例えばアルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、若しくはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤（例えばラクトース、微結晶セルロース若しくはリン酸水素カルシウム）；潤滑剤（例えばステアリン酸マグネシウム、タルク、若しくはシリカ）；崩壊剤（例えばジャガイモデンプン、若しくはグリコール酸デンプンナトリウム）；又は湿潤剤（例えばラウリル硫酸ナトリウム）といった、薬学的に許容可能な賦形剤を用いて、従来の手段で調製された錠剤又はカプセルの形態を取ることができる。錠剤は、当該技術分野で公知の方法によってコーティングすることもできる。経口投与用の液体製剤は、例えば溶液、シロップ、若しくは懸濁液の形態を取ることができ、又は使用前に水若しくは他の好適なビヒクルを用いて再構成するための乾燥製品として提供することもできる。このような液体製剤は：懸濁剤（例えばソルビトールシロップ、セルロース誘導体、又は水素化食用油）；乳化剤（例えばレシチン又はアラビアガム）；非水性ビヒクル（例えばａｔｉｏｎｄ ｏｉｌ、油性エステル、エチルアルコール、又は分別植物油）；及び防腐剤（例えばｐ－ヒドロキシ安息香酸又はソルビン酸メチル又はプロピル）といった、薬学的に許容可能な添加剤を用いて、従来の手段で調製できる。上記製剤は、必要に応じて緩衝塩、香料、着色料、及び甘味料を含有することもできる。
【0344】
上記組成物は、注射による、例えばボーラス注射又は連続注入による、非経口投与のために製剤化できる。注射用製剤は、単位剤形で、例えばアンプルで又は複数用量用コンテナで提供でき、任意に防腐剤が添加される。上記組成物は更に、油性又は水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、又はエマルジョンとして製剤化でき、懸濁剤、安定化剤、及び／又は分散剤を含む他の作用剤を含有する場合もある。
【0345】
更に、上記組成物は、デポー製剤として製剤化することもできる。これらの長期作用型の製剤は、（例えば皮下若しくは筋肉内の）移植によって、又は筋肉内注射によって、投与できる。よって例えば、上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子は、好適なポリマー性を用いて、若しくは疎水性材料を用いて（例えば許容可能な油中のエマルジョンとして）、若しくはイオン交換樹脂を用いて、又は難溶性誘導体として、例えば難溶性塩として、製剤化され得る。他の好適な送達系としては、長期にわたる薬剤の局所的非侵襲性送達の可能性を提供するミクロスフェアが挙げられる。この技術は前毛細管サイズを有する微小球を含むことができ、これは、炎症又は虚血を引き起こすことなく、例えば冠動脈カテーテルを介して、器官の選択されたいずれの部分に注射できる。投与された処置剤はその後、ミクロスフェアから緩やかに放出され、選択された組織内に存在する周囲の細胞によって吸収できる。
【0346】
全身投与は、経粘膜又は経皮的手段によるものとすることもできる。経粘膜又は経皮投与のためには、浸透の対象となるバリアに対して適切な浸透剤を製剤中に使用する。このような浸透剤は当該技術分野で一般的であり、例えば経粘膜投与のためには、胆汁酸塩及びフシジン酸誘導体が挙げられる。更に、浸透の促進のために洗浄剤を使用してもよい。経粘膜投与は、経鼻スプレー又は座薬を用いて実施できる。局所投与のためには、本明細書に記載の抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子を、軟膏（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、又はクリームとして製剤化できる。
【0347】
注射での使用に好適な上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子の形態としては：滅菌水性溶液又は分散液；ゴマ油、落花生油又は水性プロピレングリコールを含む製剤；及び滅菌注射液又は分散液の即時調製のための滅菌粉末を挙げることができる。全ての場合において、上記形態は滅菌されている必要があり、また流体である必要がある。上記形態は、製造条件並びに特定の保管パラメータ（例えば冷蔵及び冷凍）の下で安定している必要があり、また細菌及び真菌等の微生物の汚染作用から保護される必要がある。
【0348】
上記抗原及び／若しくは抗体、又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子は、中性又は塩形態の組成物へと製剤化できる。塩としては、（タンパク質の遊離アミノ基を用いて形成された）酸添加塩が挙げられ、これは、例えば、塩酸若しくはリン酸といった無機酸、又は酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸等といった有機酸を用いて形成できる。遊離カルボキシル基を用いて形成される塩は例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、又は水酸化第二鉄といった無機塩基、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカイン等といった有機塩基に由来するものであってもよい。
【0349】
キャリアは、例えば水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、及び液体ポリエチレングリコール等）、これらの適切な混合物、並びに植物油を含有する、溶媒又は分散媒体とすることもできる。適切な流動性は、例えばレシチン等のコーティングを用いて、分散液の場合には必要な粒径を維持することによって、及び界面活性剤の使用によって維持できる。微生物の作用の防止は、当該技術分野で公知の様々な抗菌剤及び抗真菌剤によって得ることができる。多くの場合、例えば糖又は塩化ナトリウムといった等張剤を含めることが好ましい。注射用組成物の持続的な吸収は、上記組成物中に吸収を遅らせる作用剤、例えばモノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを使用することによって得ることができる。
【0350】
滅菌注射液は、必要な量の活性化合物又は活性構築物を、必要に応じて上で挙げた他の成分のうちの様々なものと共に、適切な溶媒中に組み込んだ後、ろ過滅菌を実施することによって調製できる。
【0351】
製剤化後、上記溶液は、投薬用製剤に適合する方法で、有効量で投与できる。上記製剤は、上述のタイプの注射液のような多様な剤形で容易に投与されるが、徐放性カプセル又はマイクロ粒子及びマイクロスフェア等を採用することもできる。
【0352】
例えば水性溶液での非経口投与のためには、上記溶液を必要に応じて適切に緩衝する必要があり、また液体希釈剤を十分な生理食塩水又はグルコースで等張状態とする必要がある。これらの水性溶液は、静脈内、腫瘍内、筋肉内、皮下、及び腹腔内投与に特に好適である。非限定的な例として、１回の投薬量を１ｍｌの等張ＮａＣｌ溶液に溶解して、１０００ｍｌの皮下注入用流体に加えるか、又は提案された注入部位に注射してよい。
【0353】
投与の責任者は、いかなる場合においても、対象に対して適切な用量を決定することになる。例えば対象は、本明細書の抗原及び／又は抗体、又は抗原及び／若しくは抗体ベースの分子（例えば、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体並びに関連する核酸分子、ベクター、細胞、若しくは結合部分を含む、ワクチン、複合体、融合タンパク質、若しくはコンジュゲート）を、ある期間にわたって毎日若しくは毎週、又は毎月、隔年、若しくは毎年、投与され得る。
【0354】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗体及び／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子）は、本明細書で開示される１つ以上の抗体並びに／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子、及び／若しくは上記１つ以上の抗体若しくは上記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を含むワクチン）の投与前に、対象に投与してよい。
【0355】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大２週間前、３週間前、又は４週間以上前に、対象に投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１か月前、２か月前、３か月前、４か月前、５か月前、又は６か月以上前に、対象に投与してよい。
【0356】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３週間前に、対象に投与してよい。
【0357】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１週間前に、対象に投与してよい。
【0358】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１日前、２日前、３日前、４日前、５日前、６日前、又は７日以上前に、対象に投与してよい。
【0359】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３日前に、対象に投与してよい。
【0360】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３０分前、１時間前、２時間前、３時間前、４時間前、５時間前、６時間前、７時間前、８時間前、１２時間前、１６時間前、又は２４時間以上前に、対象に投与してよい。
【0361】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗体及び／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子）は、本明細書で開示される１つ以上の抗体並びに／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子、及び／若しくは上記１つ以上の抗体若しくは上記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を含むワクチンの投与後に、対象に投与してよい。
【0362】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与後に、対象に投与してよい。
【0363】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大２週間後、３週間後、又は４週間以上後に、対象に投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１か月後、２か月後、３か月後、４か月後、５か月後、又は６か月以上後に、対象に投与してよい。
【0364】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３週間後に、対象に投与してよい。
【0365】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１週間後に、対象に投与してよい。
【0366】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、又は７日以上後に、対象に投与してよい。
【0367】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３日後に、対象に投与してよい。
【0368】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大３０分後、１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、５時間後、６時間後、７時間後、８時間後、１２時間後、１６時間後、又は２４時間以上後に、対象に投与してよい。
【0369】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される１つ以上の抗体及び／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子）は、本明細書で開示される１つ以上の抗体並びに／又は抗体ベースの分子（例えば上記１つ以上の抗体をコードする核酸分子、及び／若しくは上記１つ以上の抗体若しくは上記１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を含むワクチンの投与中に、対象に投与してよい。
【0370】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記抗原、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与中に、対象に投与される。
【0371】
静脈内、腫瘍内、皮内又は筋肉内注射といった非経口投与のために製剤された組成物に加えて、他の形態としては、例えば：経口投与用の錠剤又は他の固形；リポソーム製剤；徐放性カプセル；生分解性形態及び現在使用されている他のいずれの形態が挙げられる。
【0372】
また、鼻腔内又は吸入用の溶液若しくはスプレー、エアロゾル、又は吸入剤を使用してもよい。点鼻液は、鼻腔経路に液滴又はスプレーで投与するように設計された水性溶液とすることができる。点鼻液は、多くの点で鼻汁と類似したものとなるように調製できる。従って水性点鼻液は等張性であり、ｐＨを５．５～７．５に維持するためにわずかに緩衝されている。更に、眼科用製剤に使用されるものと同様の抗菌防腐剤、及び適切な薬剤安定化剤を、必要に応じて製剤中に含めてもよい。様々な市販の点鼻製剤が知られており、これらは例えば抗生物質及び抗ヒスタミン剤を含むことができ、喘息の予防に使用される。
【0373】
経口製剤は、例えば医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム等といった賦形剤を含むことができる。これらの組成物は、溶液、懸濁液、錠剤、丸剤、カプセル、徐放性製剤、又は粉末の形態を取る。定義された特定の実施形態では、経口組成物は、不活性希釈剤若しくは同化可能な食用キャリアを含み、又は硬質若しくは軟質ゼラチンカプセルに封入されていてよく、又は錠剤へと圧縮されていてよく、又は食品に直接組み込まれていてよい。経口投与のためには、上記組成物を賦形剤と組み合わせて、摂食可能な錠剤、頬内錠剤、トローチ、カプセル、エリキシル剤、懸濁液、シロップ、ウエハース等の形態で使用できる。
【0374】
錠剤、トローチ、丸剤、カプセル等は、以下を含有してもよい：トラガカント、アラビアガム、コーンスターチ、又はゼラチン等の結合剤；リン酸二カルシウム等の賦形剤；コーンスターチ、ジャガイモデンプン、アルギン酸等の崩壊剤；ステアリン酸マグネシウム等の潤滑剤；スクロース、ラクトース、又はサッカリン等の甘味剤；及びペパーミント、冬緑油、又はサクランボ香味料等の香味剤。単位剤形がカプセルである場合、これは上述のタイプの材料に加えて液体キャリアを含有してよい。他の様々な材料が、コーティングとして、又は単位剤形の物理的形状のその他の修正のために、存在してもよい。例えば錠剤、丸剤又はカプセルは、シェラック、糖、又はこれら両方でコーティングされていてよい。シロップ又はエリキシル剤は、活性化合物、甘味剤としてのスクロース、防腐剤としてのメチル及びプロピルパラベン、染料、並びにサクランボ又はオレンジ風味等の香味剤を含有してよい。
【0375】
用量の範囲及び投与の頻度は、組成物の性質、並びに特定の対象及び使用される投与経路のパラメータに応じて変化し得る。用量は、投与を受ける対象にも左右され得る。例えば、対象が若年者の場合には比較的低い用量が必要となる可能性があり、対象が成人の対象である場合には比較的高い用量が必要となる場合がある。特定の実施形態では、より正確な用量は、対象の体重に左右され得る。特定の実施形態では、より正確な用量は、対象の年齢に左右され得る。本明細書で開示される組成物の投薬量の、好適な、ただし非限定的な例は、投与を受ける対象の年齢及び体格、標的疾患、処置の目的、体調、投与経路等に応じて変化し得る。投薬量の非限定的な例としては、例えば０．０１～約２０ｍｇ／ｋｇ体重、より好ましくは約０．０２～約７、約０．０３～約５、又は約０．０５～約３ｍｇ／ｋｇ体重が挙げられる。処置の頻度及び持続時間は調整可能である。特定の実施形態では、プライミング用量の後に、上記プライミング用量と略同一であってもそれより少なくてもよい第２の用量又は複数の後続の用量の投与を続けることができ、上記後続の用量は：少なくとも１日～３日；少なくとも１週間；少なくとも２週間；少なくとも３週間；少なくとも４週間；少なくとも５週間；少なくとも６週間；少なくとも７週間；少なくとも８週間；少なくとも９週間；少なくとも１０週間；少なくとも１２週間；又は少なくとも１４週間だけ隔てられている。
【0376】
組成物は、対象への、静脈内投与、腫瘍内投与、皮内投与、動脈内投与、腹腔内投与、病変内投与、頭蓋内投与、関節内投与、前立腺内投与、胸膜内投与、気管内投与、鼻腔内投与、硝子体内投与、腟内投与、直腸内投与、局所（ｔｏｐｉｃａｌｌｙ）投与、腫瘍内投与、筋肉内投与、髄腔内投与、皮下投与、結膜下投与、小胞内投与、粘膜投与、心膜内投与、臍内投与、眼内投与、経口投与、局所（ｌｏｃａｌｌｙ）投与、吸入による投与、注射による投与、注入による投与、連続注入による投与、局所灌流による投与、カテーテルを介した投与、洗浄を介した投与、クリームでの投与、又は液体組成物での投与を含んでよい。
【0377】
本明細書で開示される組成物は、アルミニウム塩及び他の鉱物アジュバント等のアジュバント、界面活性剤、細菌誘導体、ビヒクル、及びサイトカインを含むことができる。アジュバントは、拮抗的な免疫調節特性を有することもできる。例えばアジュバントはＴｈ１又はＴｈ２免疫を刺激できる。本明細書で開示される組成物及び方法は、アジュバント療法も含むことができる。
【0378】
本開示の上記１つ以上の抗原及び／又は上記１つ以上の抗原をコードする核酸分子は、ワクチン組成物の形態で提供され得る。一例として、上記ワクチン組成物は、コロナウイルス及び／若しくはインフルエンザ感染、並びに／又はコロナウイルス誘発性及び／若しくはインフルエンザ誘発性の疾患若しくは障害の、処置又は予防に有用であり得る。コロナウイルスワクチンの非限定的な例としては、Ｃｏｍｉｒｎａｔｙ、Ｓｐｉｋｅｖａｘ、Ｖａｘｚｅｖｒｉａ、Ｎｕｖａｘｏｖｉｄ、及びＶｉｄｐｒｅｖｔｙｎが挙げられる。インフルエンザワクチンの非限定的な例としては、Ａｆｌｕｒｉａ、Ｆｌｕａｒｉｘ、Ｆｌｕｂｌｏｋ、Ｆｌｕｌａｖａｌ、Ｆｌｕｖｉｒｉｎ、及びＦｌｕｚｏｎｅが挙げられる。理論によって束縛されることを望むものではないが、ワクチンは複数の形態を取ることができる（例えばSchlom, J Natl Cancer Inst. 2012; 104(8):599-613; Salgaller, Cancer Res.1996; 56(20):4749-57及びMarchand, Int J Cancer.1999; 80(2):219-30を参照）。上記ワクチン組成物は追加の抗原又は抗原ベースの分子を含んでよく、これにより、本開示の抗原又は抗原ベースの分子は、複数の抗原ベースの分子の混合物のうちの１つとなる。免疫応答を増強するために、アジュバントを上記ワクチン組成物に添加してもよい。特に本開示の抗原含有ワクチン組成物に関して、薬学的に許容可能なアジュバントとしては、限定するものではないが、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、Ａｑｕｉｌａ社製ＱＳ２１ ｓｔｉｍｕｌｏｎ、ＡｓＡ４０４ （ＤＭＸＡＡ）、βグルカン、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ、ＩｍｕＦａｃｔ ＥＶ１Ｐ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、１０１８ ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ｐｏｌｙ－ＩＣＬＣ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ＰＬＧＡ微粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、及び／又はバジメザンが挙げられる。
【0379】
あるいは、上記ワクチン組成物は、例えばＭＨＣとの複合体として、本開示の抗原を提示する抗原提示細胞（ＡＰＣ）の形態を取ってよい。いくつかの実施形態では、上記ＡＰＣは、免疫細胞、限定するものではないが例えば樹状細胞又はＢ細胞である。抗原を細胞の表面上にパルスしてよく（Thurner, J Exp Med. 1999; 190(11):1669-78）、又は本開示の抗原をコードする拡散を（例えば電気泳動によって）樹状細胞若しくはＢ細胞に導入してよい（Van Tendeloo, Blood.2001; 98(1):49-56）。
【0380】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示されるワクチンは対象にプライムブースト法で投与できる。このような実施形態では、上記ワクチンのプライミング用量を対象に投与した後、かつ上記ワクチンのブースト用量を対象に投与する前に、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子を対象に投与してよい。
【0381】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大２週間後、３週間後、又は４週間以上後に、対象に投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大１か月後、２か月後、３か月後、４か月後、５か月後、又は６か月以上後に、対象に投与してよい。
【0382】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大１週間後に、対象に投与してよい。
【0383】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大３週間後に、対象に投与してよい。
【0384】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記抗原をコードする核酸分子の投与の最大１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、又は７日以上後に、対象に投与してよい。
【0385】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大３日後に、対象に投与してよい。
【0386】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのプライミング用量、又は上記ワクチンのプライミング用量をコードする核酸分子の投与の最大３０分後、１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、５時間後、６時間後、７時間後、８時間後、１２時間後、１６時間後、又は２４時間以上後に、対象に投与してよい。
【0387】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大２週間前、３週間前、又は４週間以上前に、対象に投与してよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大１か月前、２か月前、３か月前、４か月前、５か月前、又は６か月以上前に、対象に投与してよい。
【0388】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大１週間前に、対象に投与してよい。
【0389】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大１日前、２日前、３日前、４日前、５日前、６日前、又は７日以上前に、対象に投与してよい。
【0390】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大３日前に、対象に投与してよい。
【0391】
いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子は、上記ワクチンのブースト用量、又は上記ワクチンのブースト用量をコードする核酸分子の投与の最大３０分前、１時間前、２時間前、３時間前、４時間前、５時間前、６時間前、７時間前、８時間前、１２時間前、１６時間前、又は２４時間以上前に、対象に投与してよい。
【0392】
本開示の組成物は、対象の体内に、器官内に、若しくは全身に、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．及びｉ．ｖ．で直接投与でき、あるいは、対象若しくはヒト細胞株に由来する、後で対象に投与される細胞に対して、エクスビボで適用でき、又は後で対象に再投与される、対象に由来する免疫細胞の部分集団の選択のために、インビトロで使用できる。核酸を細胞にインビトロで投与する場合、インターロイキン－２等の免疫刺激サイトカインを同時発現するように細胞をトランスフェクトすることが有用である場合がある。上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子は、実質的に純粋であってよく、又は免疫刺激アジュバントと組み合わされてよく、若しくは好適な送達系、例えばリポソーム、ウイルス粒子、ウイルス様粒子（ＶＬＰ）を用いて投与されてもよい。上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子は、キーホールリンペットヘモシアニン（ｋｅｙｈｏｌｅ ｌｉｍｐｅｔ ｈｅｍｏｃｙａｎｉｎ ：ＫＬＨ）又はマンナン等の好適なキャリアと結合することもできる（例えば国際公開第９５／１８１４５号明細書、及びLongenecker et al., 1993を参照）。
【0393】
本開示の抗原及び／又は抗体を細胞又は対象に導入する方法としては、例えばベクター送達、粒子仲介型送達、エクソソーム仲介型送達、脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）仲介型送達、細胞浸透ペプチド仲介型送達、又は埋め込み式デバイス仲介型送達を挙げることができる。いくつかの実施形態では、核酸又はタンパク質は、細胞又は対象に、ポリ（酪酸）（ＰＬＡ）ミクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ－乳酸－コグリコール酸）（ＰＬＧＡ）ミクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート、又は脂質微小管といったキャリア内で導入できる。
【0394】
抗体の生成及び単離
いくつかの実施形態では、本開示は、対象（例えばヒト又はマウス）から、本明細書で開示される抗原を標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、及び／又は本明細書で開示される抗原を標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを含む、方法を提供する。関連する態様では、本明細書に記載の方法は、対象から、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、及び／又は上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを含んでよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体である。
いくつかの実施形態では、本開示は、対象（例えばヒト又はマウス）から、本明細書で開示される抗原を標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、及び／又は本明細書で開示される抗原を標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを含む、方法を提供する。関連する態様では、本明細書に記載の方法は、対象から、上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とする１つ以上の抗体を単離するステップ、及び／又は上記抗原の１つ以上の第２のエピトープを標的とする抗体を産生する細胞を単離するステップを含んでよい。いくつかの実施形態では、上記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体である。
【0395】
いくつかの実施形態では、上記単離するステップは、本明細書に記載の抗体又は上記抗体を産生する上記細胞を、上記抗原に結合させるステップを含む。特定の実施形態では、上記抗体及び／又は上記１つ以上の抗原は、検出可能な標識を含んでよい。特定の実施形態では、上記抗体及び／又は上記１つ以上の抗原は、レポーター分子を含んでよい。上記検出可能な標識又はレポーター分子は：３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、又は１２５Ｉ等の放射性同位体；フルオレセインイソチオシアネート若しくはローダミン等の蛍光若しくは化学発光部分；又はアルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、若しくはルシフェラーゼ等の酵素とすることができる。いくつかの実施形態では、上記検出可能な標識又はレポーター分子は、タグ又はポリヒスチジンタグとすることができる。いくつかの実施形態では、上記検出可能な標識又はレポーター分子は、Ｃ末端ｍＦｃタグ、ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジンタグ、又はｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグとすることができる。試料中のスパイク糖タンパク質の検出又は測定に使用できる具体的かつ例示的なアッセイとしては、中和アッセイ、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、及び蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）が挙げられる。
【0396】
いくつかの実施形態では、上述の方法は更に、対象から単離した上記抗体又はその抗原結合断片をベースとして、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成するステップを含んでよい。いくつかの実施形態では、上記モノクローナル抗体（ｍＡｂ）はヒト抗体である。いくつかの実施形態では、上記モノクローナル抗体はヒト化抗体である。
【0397】
細胞発現抗体とも呼ばれる、本明細書で開示される抗体産生細胞は、発現される抗体が細胞膜に結合されるか又は細胞膜に固定される（即ち細胞表面抗体）細胞、及び抗体を分泌する細胞を包含できる。抗体産生細胞は、出発一次抗体産生細胞、又は本開示の方法によって選択された一次抗体産生細胞に由来するものであってよい。従って、細胞株、形質細胞、記憶Ｂ細胞、ハイブリドーマ、形質細胞性骨髄腫、及び組換え抗体発現細胞を、高親和性抗体を発現する抗体産生細胞の収集の前又は後に、一次抗体産生細胞から導出又は単離できる。例えば一次抗体産生細胞を、骨髄腫細胞と融合させてハイブリドーマを作製してよく、又は不死化、例えばウイルス（例えばＥＢＶ）に感染させてよく、又は特定のＢ細胞タイプによって発現されるタンパク質マーカーに基づくセルソーティング技法によって区別してもよい。例えば、高親和性抗体を発現する選択された抗体産生細胞を、細胞表面Ｂ細胞マーカーに基づいて、ＦＡＣＳでソーティング（選別）してよい。特定の態様では、本明細書で開示される抗体を産生する細胞はＢ細胞である。
【0398】
本開示は更に、抗原特異性抗体を発現する一次抗体産生細胞を、その結合特性に基づいてその場で効率的に選択した後、単一細胞（シングルセル）単離のための技法を用いて、例えばある細胞集団内の数億個の細胞をサンプリングできる高スループットのスクリーニング方法である蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）を用いて、単離する方法を提供する。所望の高親和性抗体を発現する細胞は、（クローニングステップ後の抗体ライブラリーのスクリーニングからではなく）抗体を産生する全ての細胞から直接識別及び単離できる。続いて、選択された細胞によって産生された抗体を、直接使用するために宿主細胞内でクローニング及び組換え複製でき、これにより、所望の抗体が得られる蓋然性を確実に高めながら、採用されるステップの数を削減できる。
【0399】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体を単離するための方法ステップは、例えば：関心対象の抗原に対する特異性を有する一次抗体産生細胞の集団を、低濃度の標識抗原に、上記標識抗原が上記細胞の表面上の抗体に結合するために十分な時間にわたって、接触させるステップ；上記標識抗原が結合した上記細胞を、適切な緩衝液で、約１５分～約６０分の期間にわたって洗浄するステップ；その後、上記抗原が結合した上記細胞を単離するステップを含んでよい。単離ステップは更に、上記抗原が結合した上記細胞を、識別用標識を含む抗原結合タンパク質を用いて識別するステップを含んでよい。
【0400】
いくつかの実施形態では、本開示は、抗原特異性細胞をビオチニル化抗原に接触させる、細胞選択方法を提供する。このような実施形態では、上記方法は更に、蛍光標識ストレプトアビジンを含んでよい。本開示の方法を用いて単離された抗体をコードする核酸分子を含む宿主細胞も企図される。
【0401】
いくつかの実施形態では、本開示は、関心対象の抗原に対する高い結合親和性を示す抗原特異性抗体産生細胞を識別及び単離する方法を提供し、これらの抗体をコードする核酸は、その後、高親和性抗体の大量生産のために、宿主細胞にクローニングできる。
【0402】
いくつかの実施形態では、非ヒト哺乳類を関心対象の抗原で免疫化し、この動物の上記抗原に対する免疫応答を、抗原特異性イムノアッセイを用いて監視する。適切な免疫応答が達成された後、免疫化された動物から抗体産生細胞を収集する。抗体産生細胞は、限定するものではないが脾臓、リンパ節、骨髄、及び末梢血を含む多数のソースから収集される。例えば、免疫化の後に、免疫化された動物から脾細胞を採取する。溶解による赤血球の除去後、本明細書に記載の方法を用いて、免疫化された動物からのＩｇＧ＋抗原陽性Ｂ細胞を細胞集団から単離する。
【0403】
いくつかの実施形態では、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、関心対象の抗原に対する体液性免疫を有することが分かっているヒト又は非ヒト哺乳動物から採取する。次に、抗体産生細胞集団中で最も高い親和性を有するＩｇＧ＋抗原陽性Ｂ細胞を、本開示の方法に従って、更なるプロセシングのために単離できる。
【0404】
関心対象の抗原に対して高い親和性を示す抗体を発現する細胞を選択するために、採取した細胞を、低濃度、例えば約０．１ｎＭ～約２５ｎｍ、又は約１ｎＭ～約２０ｎＭ、又は約２ｎＭ～約１０ｎｍの、標識された単量体型抗原に、上記標識抗原が上記免疫細胞の表面上の抗体と結合するために十分な時間にわたって接触させ、いくつかの実施形態では、約５～約６０分にわたる、標識抗原に対する免疫細胞の曝露が好適である。いくつかの実施形態では、上記低濃度は約１０ｎＭ未満である。他の実施形態では、上記抗原の上記低濃度は、約９ｎｍ、約８ｎｍ、約７ｎｍ、約６ｎｍ、約５ｎｍ、約４ｎｍ、約３ｎｍ、約２ｎｍ、約１ｎＭである。更に他の実施形態では、上記抗原の濃度は５ｎＭである。いくつかの実施形態では、上記抗原の濃度は約１ｎＭ未満である。別の実施形態では、上記抗原の濃度は１ｎＭである。別の実施形態では、上記抗原の濃度は１ｎＭ未満である。他の実施形態では、上記抗原は可溶性である。
【0405】
いくつかの実施形態では、上記標識はビオチンであり、例えば上記抗原はビオチニル化されている。検出分子と呼ばれる場合もある抗原標識は、抗体産生細胞に結合した関心対象の抗原の更なる検出を可能にする。検出は、上記標識に対して特異的な抗体による免疫染色、又は上記標識に結合する試薬による直接染色によって実施できる。多数の検出キット及び技法が、当該技術分野で公知である。
【0406】
これと同時に又はこれに続いて、次のステップでの単一細胞単離技法を見越して、上記細胞を、Ｂ細胞、特にＩｇＧ＋ＩｇＭ－細胞（抗Ｂ細胞マーカー、又は抗ＩｇＧ若しくは抗Ｆｃ試薬等とインキュベートされた）として検出できる。ＩｇＧ又はＢ細胞検出試薬は、関心対象の抗原とのインキュベーションの前、間、又は後で、細胞とインキュベートしてよい。Ｂ細胞検出試薬は市販されている（Huang, J. et al., 2013 Nature Protocols, 8(10):1907-1915も参照）。
【0407】
結合していない抗原を除去すると、選択された細胞を、高親和性抗体に富んだ状態とすることができる。
【0408】
結合していない抗原を除去した後、上記細胞を、抗原特異性細胞を識別するための検出可能な標識、例えば蛍光標識を含む、抗原結合タンパク質と接触させてよい。抗原がビオチニル化されている実施形態では、検出に蛍光標識ストレプトアビジンが使用される。検出可能な標識が酵素的に活性化される場合、上記細胞を適切な酵素と接触させることで、結合した抗原を有する細胞を検出する。
【0409】
富化された高親和性抗体発現細胞の検出及び単離のための蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）の使用は、単一細胞ソーティングのための極めて高効率かつ高感度のツールである。フローサイトメトリーによる単一細胞単離のためのプロトコルは公知である（Huang, J. et al, 2013、前出）。この目的のために、蛍光抗原（即ち蛍光標識ストレプトアビジン／ビオチニル化抗原）と結合する細胞を検出し、関心対象の抗原と高い親和性で特異的に結合する抗体を発現する細胞として識別し、９６ウェル又は３８４ウェルプレートの個々のウェルに単離する。
【0410】
手動での単一細胞ピッキング、限界希釈、及び吸着された抗原のＢ細胞パニング（これらは全て当該技術分野で公知である）を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で公知の別の方法で、細胞をソーティング及び収集してもよい（(Rolink, et al., 1996 J Exp Med 183:187-194; Lightwood, D. et al, 2006 J. Immunol. Methods 316(1-2):133-43. Epub 2006 Sep.18）。
【0411】
単離されたＢ細胞を骨髄腫細胞株等の不死細胞と融合して、ハイブリドーマを作製できる。ハイブリドーマ技法は十分に当業者の技術の範囲内である（Harlow and Lane, 1988、前出）。細胞表面マーカー又は遺伝子発現マーカーによる決定等、特定のＢ細胞タイプの識別のために、単離されたＢ細胞を更に区別又は分類してもよい。
【0412】
細胞を収集した後、上記抗体を組換え産生するために、上記細胞からＤＮＡを調製する。上述のように、ソーティングされた各Ｂ細胞から直接ＤＮＡを抽出して抗体遺伝子をクローニングする前に、ＤＮＡを更に豊富にするために、Ｂ細胞を必要に応じて培養するか、骨髄腫細胞に融合させるか、又はウイルス（例えばＥＢＶ）に感染させる等して不死化してよい。簡潔に述べると、免疫グロブリン可変重鎖及び軽鎖（即ちＶＨ、Ｉｇ Ｖκ、及びＶλ）をコードする遺伝子は、従来の技法を用いて実施されるように、例えばWang et al.（J. Immunol. Methods 244:217-225）に記載され、かつ本明細書に記載されているように、選択された抗体産生細胞から単離されたｍＲＮＡのＲＴ－ＰＣＲを用いて回収される。抗体遺伝子は、ＩｇＧ重鎖及び軽鎖発現ベクターにクローニングされ、宿主細胞のトランスフェクションによって発現される。
【0413】
好適な宿主細胞内での、本開示の抗体の組換え産生のために、上記抗体遺伝子をコードする核酸を、更なるクローニング（ＤＮＡの増幅）のため又は発現のための複製可能なベクターに（安定的又は一時的に）挿入する。多くのベクター、特に発現ベクターが利用可能であり、又は適切な調節エレメントを含むように操作できる。本開示の文脈では、発現ベクターは、染色体、非染色体、及び合成核酸ベクター（発現制御エレメントの好適なセットを含む核酸配列）を含む何らかのベクターであってよい。このようなベクターの例としては、ＳＶ４０の誘導体、細菌プラスミド、ファージＤＮＡ、バキュロウイルス、酵母プラスミド、プラスミドとファージＤＮＡとの組み合わせに由来するベクター、及びウイルス核酸（ＲＮＡ又はＤＮＡ）ベクターが挙げられる。一実施形態では、抗体をコードする核酸分子は、例えば（例えばSykes and Johnston、Nat Biotech 12:355-59 (1997)に記載されているような）線状発現エレメント、（例えば米国特許第６，０７７，８３５号明細書、及び／若しくは国際公開第００／７００８７号明細書に記載されているような）圧縮核酸ベクター、又はｐＢＲ３２２、ｐＵＣ１９／１８、若しくはｐＵＣ１１８／１１９等のプラスミドベクターを含む、裸のＤＮＡ又はＲＮＡベクターに含まれる。このような核酸ベクター、及びその利用は、当該技術分野で公知である（例えば米国特許第５，５８９，４６６明細書、及び米国特許第５，９７３，９７２号明細書を参照）。
【0414】
あるいは発現ベクターは、酵素系での発現に好適なベクターであってよい。酵素系での発現に好適ないずれのベクターを採用してよい。好適なベクターとしては例えば、酵母α因子、アルコールオキシダーゼ、及びＰＧＨ等の、構成的又は誘導的プロモーターを含むベクターが挙げられる。
【0415】
特定の実施形態では、上記ベクターは、上記抗体の重鎖をコードする核酸分子（又は遺伝子）と、上記抗体の軽鎖をコードする核酸分子とを含み、上記は、本開示の方法によって選択されたＢ細胞によって産生される。利用されるベクターとしては、記載された核酸分子（遺伝子）を含む発現ベクターが挙げられ、核酸分子（遺伝子）は、宿主細胞内での発現に好適な発現制御配列に作動可能に連結される。
【0416】
ベクターの選択は、使用する宿主細胞に部分的に依存する。宿主細胞としては、限定するものではないが、原核生物又は真核生物（一般には哺乳類）由来の細胞が挙げられる。
【0417】
いくつかの実施形態では、上記宿主細胞は、細菌又は酵母細胞である。いくつかの実施形態では、上記宿主細胞は哺乳類細胞である。他の実施形態では、上記宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（Ｃｈｉｎｅｓｅ ｈａｍｓｔｅｒ ｏｖａｒｙ：ＣＨＯ）細胞（例えばＣＨＯ Ｋ１、ＤＸＢ－１１ ＣＨＯ、Ｖｅｇｇｉｅ－ＣＨＯ、ＣＨＯｔ）、ＣＯＳ（例えばＣＯＳ－７）、肝細胞、網膜細胞、Ｖｅｒｏ、ＣＶ１、腎臓（例えばＨＥＫ２９３、２９３ ＥＢＮＡ、ＭＳＲ ２９３、ＭＤＣＫ、ＨａＫ、ＢＨＫ２１）、ＨｅＬａ、ＨｅｐＧ２、Ｗ１３８、ＭＲＣ ５、Ｃｏｌｏ２５、ＨＢ ８０６５、ＨＬ－６０、Ｊｕｒｋａｔ、Ｄａｕｄｉ、Ａ４３１（表皮）、ＣＶ－１、Ｕ９３７、３Ｔ３、Ｌ細胞、Ｃ１２７細胞、ＳＰ２／０、ＮＳ－０、ＭＭＴ細胞、腫瘍細胞、及び上述の細胞に由来する細胞株からなる群から選択される。
【0418】
完全長抗体（可変領域及び定常領域を含む、重鎖及び軽鎖）を、その後、適切な１つ以上のベクターにクローニングできることが理解されるだろう。あるいは、単離された抗体のＦａｂ領域を、意図された目的のためのいずれのアイソタイプの定常領域に合わせて、１つ以上のベクターにクローニングできる。従って、単離された抗体の構築に、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥ重鎖定常領域、又はキメラ重鎖定常領域を含む、いずれの定常領域を利用してよい。このような定常領域は、抗体の意図された用途に応じて、いずれのヒト又は動物種から得ることができる。また、抗体可変領域又はＦａｂ領域を、ＳｃＦｖ、ダイアボディ等といった他のフォーマットでのタンパク質の発現に適切な１つ以上のベクターにクローニングしてもよい。
【0419】
本開示は、関心対象の抗原に対して特異的な高親和性抗体を含む核酸分子をコードする哺乳類宿主細胞を提供し、上記抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域は、上記抗体を発現するＢ細胞から単離されたものであり、また上記Ｂ細胞は、単量体形態の低濃度の抗原で免疫化された哺乳類からの細胞の集団から選択される。
【0420】
本開示の方法を用いて単離された細胞に由来する抗体の結合親和性及び速度定数は、当該技術分野で公知の方法に従って、例えば表面プラズモン共鳴によって決定される。一実施形態では、測定は、例えばＢｉａｃｏｒｅ ２０００又は同様の機器で、２５℃で実施される。抗体を抗ヒトＦｃセンサー表面で捕捉し、可溶性単量体型タンパク質を上記表面に注入する。結合速度定数（ｋａ）及び解離速度定数（ｋｄ）は、曲線あてはめソフトウェアを用いてデータを処理し、１：１結合モデルに当てはめることによって決定される。平衡解離定数（ＫＤ）及び解離半減期（ｔ１／２）は、速度定数から以下のように計算される：ＫＤ（Ｍ）＝ｋａ／ｋｄ；及びｔ１／２（ｍｉｎ）＝（ｌｎ ２／（６０＊ｋｄ））。
【0421】
トランスジェニックマウスでヒト抗体を生成する方法は、当該技術分野で公知である。このような公知の方法のいずれかを本開示の文脈において使用して、スパイク糖タンパク質に特異的に結合するヒト抗体を作製できる。以下のうちのいずれか１つを含む免疫原を用いて、スパイク糖タンパク質に対する抗体を生成できる。本開示の特定の実施形態では、本開示の抗体は、完全長天然スパイク糖タンパク質で、又は生きた弱毒化若しくは不活化ウイルスで、上記タンパク質若しくはその断片をコードするＤＮＡで免疫化されたマウスから得られる。あるいは、上記スパイク糖タンパク質又はその断片は、標準的な生化学的技法を用いて製造でき、修飾して免疫原として使用できる。本開示の一実施形態では、上記免疫原は、組換えにより製造されたスパイク糖タンパク質又はその断片である。本開示の特定の実施形態では、上記免疫原は、スパイクポリペプチドワクチンであってよい。特定の実施形態では、１回以上のブースター注射を投与してよい。特定の実施形態では、上記免疫原は、大腸菌で、又はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞等の他のいずれの真核生物若しくは哺乳類細胞で発現された、組換えスパイクポリペプチドであってよい。
【0422】
ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）技術（例えば米国特許第６，５９６，５４１号明細書を参照、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標））、又はモノクローナル抗体を生成するための他のいずれの公知の方法を用いて、ヒト可変領域及びマウス定常領域を有する、スパイク糖タンパク質に対する高親和性キメラ抗体を、最初に単離できる。ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）技術は、内因性マウス定常領域座位に作動可能に連結されたヒト重鎖及び軽鎖可変領域を含むゲノムを有するトランスジェニックマウスの作製を伴い、これにより上記マウスは、抗原刺激に応答して、ヒト可変領域及びマウス定常領域を含む抗体を産生する。上記抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域をコードするＤＮＡを単離して、ヒト重鎖及び軽鎖定常領域をコードするＤＮＡに作動可能に連結する。次に上記ＤＮＡを、完全ヒト抗体を発現できる細胞で発現させる。
【0423】
一般に、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）マウスを関心対象の抗原で攻撃して、抗体を発現したマウスからリンパ細胞（Ｂ細胞等）を回収する。上記リンパ細胞を骨髄腫細胞株と融合することにより、不死ハイブリドーマ細胞株を調製し、このようなハイブリドーマ細胞株をスクリーニング及び選択し、関心対象の抗原に対して特異的な抗体を産生するハイブリドーマ細胞株を識別する。重鎖及び軽鎖の可変領域をコードするＤＮＡを単離して、上記重鎖及び軽鎖の望ましいアイソタイプ定常領域に連結できる。このような抗体タンパク質は、ＣＨＯ細胞等の細胞内で産生できる。あるいは、抗原特異性キメラ抗体又は軽鎖及び重鎖の可変ドメインをコードするＤＮＡを、抗原特異性リンパ球から直接単離できる。
【0424】
まず、ヒト可変領域及びマウス定常領域を有する高親和性キメラ抗体が単離される。以下の実験のセクションと同様に、親和性、選択性、エピトープ等を含む所望の特徴に関して上記抗体を特性決定し、選択する。上記マウス定常領域を所望のヒト定常領域で置換することにより、本開示の完全ヒト抗体、例えば野生型の又は修飾されたＩｇＧ１又はＩｇＧ４が生成される。選択される定常領域は具体的な用途に応じて変化し得るが、高親和性抗原結合特性及び標的特異性特性は可変領域にある。
【0425】
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される抗体及び抗原結合断片は、大腸菌／Ｔ７発現系で産生することもできる。非限定的な例として、抗スパイク糖タンパク質抗体免疫グロブリン分子をコードする核酸を、ｐＥＴベースのプラスミドに挿入して、大腸菌／Ｔ７発現系で発現させてよい。例えば本開示は、抗体若しくはその抗原結合断片、又はその免疫グロブリン鎖を、宿主細胞（例えば、ＢＬ２１又はＢＬ２１ＤＥ３等の大腸菌といった細菌宿主細胞）内で発現させる方法を含み、上記方法は、Ｔ７プロモーターに作動可能に連結された免疫グロブリン鎖をコードするポリヌクレオチドも含む細胞内で、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼを発現させるステップを含む。例えば、本開示のある実施形態では、大腸菌等の細菌宿主細胞は、ｌａｃプロモーターに作動可能に連結されたＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ遺伝子をコードするポリヌクレオチドを含み、上記ポリメラーゼ及び上記鎖の発現は、上記宿主細胞をＩＰＴＧ（イソプロピルβ－Ｄ－チオガラクトピラノシド）とインキュベートすることによって誘導される。
【0426】
キット
本開示は更に、本開示の抗体、抗原、ワクチン、核酸分子、ベクター、脂質ナノ粒子、又は細胞を含むがこれらに限定されない本開示の様々な組成物のいずれかを含み得る、キットを含む。特定の実施形態では、このようなキットは、例えばその中に内包される核酸分子を保存又は維持する構成要素、例えば核酸の分解からの防御を行う試薬を含んでよい。このような成分は、例えばヌクレアーゼ若しくはＲＮａｓｅ若しくはＤＮａｓｅを含まなくてよく、又はＲＮａｓｅ若しくはＤＮａｓｅに対する防御を行うものであってよい。本明細書に記載の組成物又は試薬のうちのいずれを、キットの構成要素としてよい。
本開示は更に、本開示の抗体、抗原、ワクチン、核酸分子、ベクター、脂質ナノ粒子、又は細胞を含むがこれらに限定されない本開示の様々な組成物のいずれかを含み得る、キットを含む。特定の実施形態では、このようなキットは、例えばその中に内包される核酸分子を保存又は維持する構成要素、例えば核酸の分解からの防御を行う試薬を含んでよい。このような成分は、例えばヌクレアーゼ若しくはＲＮａｓｅ若しくはＤＮａｓｅを含まなくてよく、又はＲＮａｓｅ若しくはＤＮａｓｅに対する防御を行うものであってよい。本明細書に記載の組成物又は試薬のうちのいずれを、キットの構成要素としてよい。
【0427】
非限定的な例として、上記キットは、（ｉ）抗原、又は抗原をコードする核酸分子と、（ｉｉ）上記抗原の１つ以上の第１のエピトープを標的とする１つ以上の抗体、又はその１つ以上の抗体をコードする１つ以上の核酸分子とを含んでよい。
【0428】
キットは、例えばバイアル、管、少量若しくは微量遠心分離機チューブ、試験管、フラスコ、瓶、シリンジ、又は他のコンテナといった、好適なコンテナも含むことができる。追加の構成要素又は作用剤を提供する場合、上記キットは、この作用剤又は構成要素を中に入れることができる１つ以上の追加のコンテナを内包できる。本明細書におけるキットは、上記抗原及び／若しくは抗体又は上記抗原及び／若しくは抗体ベースの分子（例えば、本明細書で開示される抗原及び／若しくは抗体並びに関連する核酸分子、ベクター、細胞、若しくは結合部分を含む、ワクチン、複合体、融合タンパク質、若しくはコンジュゲート）、を内包するための手段、並びに市販のために密閉された他のいずれの試薬コンテナも含むことになる。このようなコンテナは、射出成形又は吹込み成形されたプラスチック製コンテナを含んでよく、その中に所望のバイアルが保持される。任意に、１つ以上の追加の活性剤が、記載されている組成物に必要となる場合がある。
【0429】
本開示はまた、本明細書に記載の組成物又はキットのいずれか１つを含む製品も提供する。
【0430】
非限定的な実施形態のリスト
本開示は、以下の非限定的な実施形態も含む：
本開示は、以下の非限定的な実施形態も含む：
【0431】
実施形態１． 対象における抗体応答の標的を、抗原の１つ以上の望ましくないエピトープからその抗原の他のエピトープに転換する方法であって、上記方法は、上記対象に、上記１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量だけ投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体は、上記抗原又は上記抗原をコードする核酸の投与前又は投与中に上記対象に投与される、方法。
【0432】
実施形態２． 上記１つ以上の抗体は、上記抗原又は上記抗原をコードする核酸を上記対象に投与する前に投与される、実施形態１に記載の方法。
【0433】
実施形態３． 上記対象から、望ましくないエピトープではない他の抗原エピトープを認識する抗体を単離するステップを更に含む、実施形態１又は実施形態２に記載の方法。
【0434】
実施形態４． 上記対象から単離された上記抗体をベースとしてモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成するステップを更に含む、実施形態３に記載の方法。
【0435】
実施形態５ 対象におけるワクチンの効能を向上させる方法であって、上記ワクチンは、抗原又は抗原をコードする核酸を含み、上記方法は、上記対象に、上記抗原の１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量だけ投与するステップを含み、上記１つ以上の抗体は、上記ワクチンの投与前又は投与中に上記対象に投与される、方法。
【0436】
実施形態６． 上記１つ以上の抗体は、上記ワクチンを上記対象に投与する前に投与される、実施形態５に記載の方法。
【0437】
実施形態７． 上記ワクチンはプライムブースト法で投与され、上記１つ以上の抗体は、上記対象に対する上記ワクチンのプライミング投与後かつブースト投与前に投与される、実施形態５に記載の方法。
【0438】
実施形態８． 上記１つ以上の望ましくないエピトープは、免疫優性エピトープである、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
【0439】
実施形態９． 上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い、実施形態８に記載の方法。
【0440】
実施形態１０． 上記抗原はタンパク質抗原である、実施形態１～９のいずれか１つに記載の方法。
【0441】
実施形態１１． 上記抗原はクラスＩ病原体由来である、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の方法。
【0442】
実施形態１２． 上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の方法。
【0443】
実施形態１３． 上記病原体はウイルスである、実施形態１２に記載の方法。
【0444】
実施形態１４． 上記ウイルスはコロナウイルスである、実施形態１３に記載の方法。
【0445】
実施形態１５． 上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態１４に記載の方法。
【0446】
実施形態１６． 上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記１つ以上の望ましくないエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである、実施形態１５に記載の方法。
【0447】
実施形態１７． 抗原の１つ以上の望ましくないエピトープを、対象の免疫系による認識から遮蔽する方法であって、上記方法は、上記対象に、上記１つ以上の望ましくないエピトープを標的とする１つ以上の抗体を有効量で投与するステップを含む、方法。
【0448】
実施形態１８． 上記抗原は、上記対象の内因性分子である、実施形態１７に記載の方法。
【0449】
実施形態１９． 上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる、実施形態１８に記載の方法。
【0450】
実施形態２０． 上記１つ以上の抗体はモノクローナル抗体（ｍＡｂ）である、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の方法。
【0451】
実施形態２１． 抗原の望ましくないエピトープを標的とする２つ以上のモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を含む、組成物。
【0452】
実施形態２２． 上記望ましくないエピトープは、免疫優性エピトープである、実施形態２１に記載の組成物。
【0453】
実施形態２３． 上記免疫優性エピトープは、上記抗原が由来する病原体の異なる株又は種の間で、上記抗原の他のエピトープよりも保存性が低い、実施形態２２に記載の組成物。
【0454】
実施形態２４． 上記抗原はタンパク質抗原である、実施形態２１～２３のいずれか１つに記載の組成物。
【0455】
実施形態２５． 上記抗原はクラスＩ病原体由来である、実施形態２１～２４のいずれか１つに記載の組成物。
【0456】
実施形態２６． 上記抗原はクラスＩＩ病原体由来である、実施形態２１～２４のいずれか１つに記載の組成物。
【0457】
実施形態２７． 上記病原体はウイルスである、実施形態２６に記載の組成物。
【0458】
実施形態２８． 上記ウイルスはコロナウイルスである、実施形態２７に記載の組成物。
【0459】
実施形態２９． 上記コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、実施形態２８に記載の組成物。
【0460】
実施形態３０． 上記抗原はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質であり、上記望ましくないエピトープは、上記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）内に含まれる中和エピトープである、実施形態２９に記載の組成物。
【0461】
実施形態３１． 上記抗原は、自己免疫疾患における免疫応答の標的とされる分子である、実施形態２１に記載の組成物。
【実施例】
【0462】
本開示を、以下の実施例によっても説明及び実証する。しかしながら、この実施例及び本明細書中のいずれの箇所の他の実施例の使用は、単なる例示であり、本開示の又は例示されているいずれの用語の範囲及び意味を一切限定しない。同様に、本開示は、本明細書に記載のいずれの特定の好ましい実施形態に限定されない。実際には、本開示の多数の修正形態及び変形形態は、本明細書を読めば当業者には明らかになり得るものであり、これらの変形例は、本開示の精神又は範囲から逸脱することなく実施できる。従って本開示は、添付の請求項の用語と、これらの請求項が権利を有する均等物の全範囲とによってのみ限定されるものとする。
【0463】
材料及び方法
免疫化及びイムノアッセイためのタンパク質:
Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（アクセッション番号ＭＮ９０８９４７．３）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体（Ｅ１１０４７）アミノ酸１４－１２１１、及びスパイクＲＢＤ（Ｅ１０６２１）アミノ酸３１９－５４１を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－スパイク免疫化マウスにおけるタンパク質免疫原、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク抗体の検出のためのタンパク質として使用するために、発現させて精製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）、Ｓ１、及びＳ２領域（全てＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列ＭＮ９０８９４７．３から）、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質は商業的に入手した。
免疫化及びイムノアッセイためのタンパク質:
Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１（アクセッション番号ＭＮ９０８９４７．３）からのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体（Ｅ１１０４７）アミノ酸１４－１２１１、及びスパイクＲＢＤ（Ｅ１０６２１）アミノ酸３１９－５４１を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－スパイク免疫化マウスにおけるタンパク質免疫原、及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク抗体の検出のためのタンパク質として使用するために、発現させて精製した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）、Ｓ１、及びＳ２領域（全てＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列ＭＮ９０８９４７．３から）、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質は商業的に入手した。
【0464】
マウスの免疫化
メスのＣ５７ＢＬ／６マウスを、ＡＣＥ２結合と重複する中和エピトープを標的とする抗ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤ ｍＡｂ抗体であるＥ１０９３３及びＥ１０９８７で、－３日目又は１８日目に１０ｍｇ／ｋｇ～０．００１ｍｇ／ｋｇを静脈内投与することによって処置した。マウスのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった。次に、０日目に５μｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ、又はＰＢＳを５０μｇのポリ（Ｉ：Ｃ）ＨＭＷ（Poly (I:C) HMW）と共に皮下注射することによって、マウスを免疫化し、２１日目にブースト投与した。マウスを４２日目に安楽死させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体応答の血清学的分析のために血清を得た。
メスのＣ５７ＢＬ／６マウスを、ＡＣＥ２結合と重複する中和エピトープを標的とする抗ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤ ｍＡｂ抗体であるＥ１０９３３及びＥ１０９８７で、－３日目又は１８日目に１０ｍｇ／ｋｇ～０．００１ｍｇ／ｋｇを静脈内投与することによって処置した。マウスのサブセットはｍＡｂ処置を受けなかった。次に、０日目に５μｇのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ、又はＰＢＳを５０μｇのポリ（Ｉ：Ｃ）ＨＭＷ（Poly (I:C) HMW）と共に皮下注射することによって、マウスを免疫化し、２１日目にブースト投与した。マウスを４２日目に安楽死させ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体応答の血清学的分析のために血清を得た。
【0465】
細胞株
アフリカミドリザル（Ｃ．ａｅｔｈｉｏｐｓ）の腎臓上皮細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ（登録商標））－ＣＣＬ８１を、Ｔ２２５フラスコ内において、１０％のウシ胎児血清、１％のペニシリン－ストレプトマイシン－グルタミン、及び１％のピルビン酸ナトリウムを含有する完全ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅ Ｍｅｄｉｕｍ：ＤＭＥＭ）中で培養した。
アフリカミドリザル（Ｃ．ａｅｔｈｉｏｐｓ）の腎臓上皮細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ（登録商標））－ＣＣＬ８１を、Ｔ２２５フラスコ内において、１０％のウシ胎児血清、１％のペニシリン－ストレプトマイシン－グルタミン、及び１％のピルビン酸ナトリウムを含有する完全ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅ Ｍｅｄｉｕｍ：ＤＭＥＭ）中で培養した。
【0466】
偽型ウイルス産生
非複製型偽型粒子ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクウイルスを、過去に記述されているようにして生成した（Baum A, Fulton BO, Wloga E, Copin R, Pascal KE, Russo V, et al. Antibody cocktail to SARS-CoV-2 Spike Protein prevents rapid mutational escape seen with individual antibodies. Science 2020b; 369(6506):1014-8）。簡潔に述べると、ＶＳＶ糖タンパク質がゲノムから削除され、ＶＳＶがホタルルシフェラーゼ（Ｆｌｕｃ）蛍光レポーターを発現するように操作された、ＶＳＶΔＧ系を用いて、偽型粒子を生成した。合成されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現プラスミドにクローニングすることによって、ＷＴ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（ａａ １４－１２５５；Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１、アクセッション番号ＭＮ９０８９４７．３、Ｄ６１４Ｇ置換を含有）を用いて偽型粒子を偽型化した。
非複製型偽型粒子ＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクウイルスを、過去に記述されているようにして生成した（Baum A, Fulton BO, Wloga E, Copin R, Pascal KE, Russo V, et al. Antibody cocktail to SARS-CoV-2 Spike Protein prevents rapid mutational escape seen with individual antibodies. Science 2020b; 369(6506):1014-8）。簡潔に述べると、ＶＳＶ糖タンパク質がゲノムから削除され、ＶＳＶがホタルルシフェラーゼ（Ｆｌｕｃ）蛍光レポーターを発現するように操作された、ＶＳＶΔＧ系を用いて、偽型粒子を生成した。合成されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を発現プラスミドにクローニングすることによって、ＷＴ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓタンパク質（ａａ １４－１２５５；Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１、アクセッション番号ＭＮ９０８９４７．３、Ｄ６１４Ｇ置換を含有）を用いて偽型粒子を偽型化した。
【0467】
マウス血清中のＡｇ特異的ＩｇＧ応答を検出するためのＭｕｌｔｉｐｌｅｘ Ｌｕｍｉｎｅｘアッセイ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的抗体応答を、非ＧＬＰ改変多重化Ｌｕｍｉｎｅｘイムノアッセイによって測定した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク組換え抗原（完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体化、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）、ＲＢＤ、Ｓ１、及びＳ２領域；全てＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列ＭＮ９０８９４７．３から）、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を、蛍光バーコード付きマイクロスフェアに連結した。マイクロスフェアに対するタンパク質の化学的連結は、過去に記述されているようにして実施した（Blauvelt A, Simpson EL, Tyring SK, et al. Dupilumab does not affect correlates of vaccine-induced immunity: A randomized, placebo-controlled trial in adults with moderate-to-severe atopic dermatitis. J Am Acad Dermatol 2019; 80: 158-167）。血清試料を１：５０で希釈し、５４μｇ／ｍｌの抗Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７イディオタイプ抗体（それぞれＥ１３２６９及びＥ１３２６１）を含めることによって、循環するＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７をブロックした。希釈された血清（１：５０又は１：１２５０）及びｍＡｂ混合物をＡｇ結合ビーズ混合物に加え、４℃で一晩インキュベートした。抗体結合ビーズを、ＰＥ結合抗マウスＩｇＧ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｂｉｏ、Ｃａｔ：Ｄ５－１１２－Ｆｃ）によって検出した。抗原コーティング済みビーズそれぞれの抗体レベルは、所与の血清希釈における蛍光強度中央値（ｍｅｄｉａｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ：ＭＦＩ）として表される。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２特異的抗体応答を、非ＧＬＰ改変多重化Ｌｕｍｉｎｅｘイムノアッセイによって測定した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク組換え抗原（完全長ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク三量体化、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）、ＲＢＤ、Ｓ１、及びＳ２領域；全てＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列ＭＮ９０８９４７．３から）、並びにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ヌクレオカプシドタンパク質を、蛍光バーコード付きマイクロスフェアに連結した。マイクロスフェアに対するタンパク質の化学的連結は、過去に記述されているようにして実施した（Blauvelt A, Simpson EL, Tyring SK, et al. Dupilumab does not affect correlates of vaccine-induced immunity: A randomized, placebo-controlled trial in adults with moderate-to-severe atopic dermatitis. J Am Acad Dermatol 2019; 80: 158-167）。血清試料を１：５０で希釈し、５４μｇ／ｍｌの抗Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７イディオタイプ抗体（それぞれＥ１３２６９及びＥ１３２６１）を含めることによって、循環するＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７をブロックした。希釈された血清（１：５０又は１：１２５０）及びｍＡｂ混合物をＡｇ結合ビーズ混合物に加え、４℃で一晩インキュベートした。抗体結合ビーズを、ＰＥ結合抗マウスＩｇＧ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｂｉｏ、Ｃａｔ：Ｄ５－１１２－Ｆｃ）によって検出した。抗原コーティング済みビーズそれぞれの抗体レベルは、所与の血清希釈における蛍光強度中央値（ｍｅｄｉａｎ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ：ＭＦＩ）として表される。
【0468】
偽型ウイルス中和アッセイ
天然ＶＳＶウイルス糖タンパク質（Ｇ）の代わりにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（ａａ １４－１２５５、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列、ＭＮ９０８９４７．３）を用いて補完された、ホタルルシフェラーゼ（Ｆｌｕｃ）をコードする非複製型組換え水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）を利用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する中和血清の中和力価を測定した。マウス血清中の中和抗体を評価するために、偽型ウイルス粒子（ｐＶＳＶＬｕｃ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）を、１：２０の血漿希釈（Ｃｍａｘの予想Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７血漿濃度の１０倍モル過剰）から開始して１３５μｇ／ｍｌの抗Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７イディオタイプ抗体を用いて処理された段階希釈血清とインキュベートして、Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７仲介型の中和をブロックした。抗スパイクｍＡｂであるＥ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、若しくはＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３を前投与された又はｍＡｂを前投与されていないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ免疫化マウスから得られたモノクローナルｍＡｂからの中和力価を評価するために；マウス血清又は得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂと混合された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク偽型化ウイルスを、Ｖｅｒｏ細胞上に置き、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３プレートリーダーをＭｉｎｉＭａｘイメージングサイトメーターと共に使用して、Ｆｌｕｃレポーターの発現を利用することにより、感染力を検出した。培地のみ又はウイルスのみで観察された中和を、それぞれ１００％中和又は０％中和として定義した。中和のパーセンテージは、実験条件と細胞培養培地のみの場合との間の差を１から引いたものを、ウイルスのみの場合と細胞培養培地のみの場合との間の差で割り、１００を掛けることによって計算した。
天然ＶＳＶウイルス糖タンパク質（Ｇ）の代わりにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク（ａａ １４－１２５５、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１配列、ＭＮ９０８９４７．３）を用いて補完された、ホタルルシフェラーゼ（Ｆｌｕｃ）をコードする非複製型組換え水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）を利用して、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する中和血清の中和力価を測定した。マウス血清中の中和抗体を評価するために、偽型ウイルス粒子（ｐＶＳＶＬｕｃ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）を、１：２０の血漿希釈（Ｃｍａｘの予想Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７血漿濃度の１０倍モル過剰）から開始して１３５μｇ／ｍｌの抗Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７イディオタイプ抗体を用いて処理された段階希釈血清とインキュベートして、Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７仲介型の中和をブロックした。抗スパイクｍＡｂであるＥ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、若しくはＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３を前投与された又はｍＡｂを前投与されていないＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ免疫化マウスから得られたモノクローナルｍＡｂからの中和力価を評価するために；マウス血清又は得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂと混合された、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク偽型化ウイルスを、Ｖｅｒｏ細胞上に置き、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３プレートリーダーをＭｉｎｉＭａｘイメージングサイトメーターと共に使用して、Ｆｌｕｃレポーターの発現を利用することにより、感染力を検出した。培地のみ又はウイルスのみで観察された中和を、それぞれ１００％中和又は０％中和として定義した。中和のパーセンテージは、実験条件と細胞培養培地のみの場合との間の差を１から引いたものを、ウイルスのみの場合と細胞培養培地のみの場合との間の差で割り、１００を掛けることによって計算した。
【0469】
【数1】
【0470】
最終的な血清の中和力価については、ＧｒａｐｈＰａｄプリズムを用いて二重のウェルで実施されたアッセイからＩＣ５０及びＨｉｌｌＳｌｏｐｅ値を計算した。検出の限界は、開始時の血漿希釈（１：２０に希釈された血漿が同体積の偽型ウイルス粒子と混合され、１：４０の希釈に等しくなっている）に基づくものである。
【0471】
組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２タンパク質に対する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体の結合の決定
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体を含有する試料の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２組換えタンパク質に対する結合を、ビーズベースのマルチプレックスイムノアッセイを用いて決定した。簡潔に述べると、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試料を、個々のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクエクトドメイン組換えタンパク質でコーティングされたビーズのアレイとインキュベートし、結合した抗体の結合シグナルを、蛍光体標識抗ヒトκ又は抗ヒトλ抗体を用いて検出し、結合シグナルを、Ｌｕｍｉｎｅｘ機器を用いて記録した。
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体を含有する試料の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２組換えタンパク質に対する結合を、ビーズベースのマルチプレックスイムノアッセイを用いて決定した。簡潔に述べると、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体試料を、個々のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクエクトドメイン組換えタンパク質でコーティングされたビーズのアレイとインキュベートし、結合した抗体の結合シグナルを、蛍光体標識抗ヒトκ又は抗ヒトλ抗体を用いて検出し、結合シグナルを、Ｌｕｍｉｎｅｘ機器を用いて記録した。
【0472】
抗原ビーズアレイを生成するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクエクトドメイン組換えタンパク質（表３）と、ニュートラアビジン（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、カタログ番号３１０５０）とを、常磁性Ｌｕｍｉｎｅｘビーズ（ＭａｇＰｌｅｘマイクロスフェア、Ｌｕｍｉｎｅｘ Ｃｏｒｐ．）に共有結合で連結させた。各タンパク質は、１０μｇ／１２．５×１０６ビーズで連結させた。ビオチニル化タンパク質は、１０μｇ／１２．５×１０６ニュートラアビジン連結ビーズで捕捉された。結合アッセイのために、各抗原の２，７００個のビーズを９６ウェルＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘプレート上に最終体積７５μＬ／ウェルで加えた後、２５μＬの抗体試料を加えることにより、ビーズアレイの混合物をブロッキングバッファー（２％のＢＳＡ及び０．０５％のアジ化ナトリウムを含有するＰＢＳ）中で調製した。２５℃で２時間のインキュベーションの後、ビーズを２００μＬの洗浄用緩衝液（０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標） ２０を含むＤＰＢＳ）で２回洗浄した。ビーズ上の結合抗体レベルを検出するために、ブロッキングバッファー中で２．５μｇ／ｍＬのＲ－フィコエリトリン結合ヤギ抗ヒトκＦ（ａｂ’）２（ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｉｏｔｅｃｈ、カタログ番号２０６３－０９）を１００μＬ、又はブロッキングバッファー中で１．２５μｇ／ｍＬのＲ－フィコエリトリンヤギ抗ヒトλ（ＳｏｕｔｈｅｒｎＢｉｏｔｅｃｈ、カタログ番号２０７０－０９）を１００μＬ加えた。３０分のインキュベーションの後、ビーズを２回洗浄し、１５０μＬの洗浄用緩衝液中で再懸濁させた。続いてプレートを、Ｌｕｍｉｎｅｘ ＦｌｅｘＭａｐ ３Ｄ機器で、Ｌｕｍｉｎｅｘ ｘＰｏｎｅｎｔソフトウェア、バージョン４．３を用いて読み取り、各ビーズの蛍光強度を蛍光強度中央値（ＭＦＩ）として記録した。
【0473】
【表3】
【0474】
実施例１． 中和エピトープを標的とするｍＡｂであるＥ１０９３３及びＥ１０９８７を、免疫原の投与前に又は投与と同時に投与すると、結果として得られる抗体応答の特性を変化させることができる
プライミング又はブースト用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ワクチン接種前の、中和エピトープを標的とするαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）によるマウスの前処置の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる全体的なＩｇＧ結合レベルに対する効果を評価した。研究の設計を図２に示す。
プライミング又はブースト用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又は受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）ワクチン接種前の、中和エピトープを標的とするαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）によるマウスの前処置の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる全体的なＩｇＧ結合レベルに対する効果を評価した。研究の設計を図２に示す。
【0475】
プライミング又はブースト用量のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はＲＢＤワクチン接種前の、中和エピトープを標的とするαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）による前処置を評価することにより、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク領域にわたる全体的なＩｇＧ結合レベルに対する影響を決定した。図３に示されているように、Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７ ｍＡｂで処置されたマウスは、非ｍＡｂ処置マウスに比べて、一部のスパイク領域においてスパイクＩｇＧレベルのわずかな低下が観察されたものの、４２日目までに全てのスパイク領域にわたって高いαスパイクＩｇＧレベルを誘発することが観察された。これは、ワクチン接種前にαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂをマウスに投与した場合には、異なる複数のスパイク領域に対して全体的な大きさの差がないことを示唆している。
【0476】
αＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク偽ウイルス中和力価を調べることにより、マウスを機能的抗体応答について更に評価した。スパイク又はＲＢＤ免疫化前にαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂ（Ｅ１０９３３及びＥ１０９８７）で前処置したマウスは、非ｍＡｂ処置マウスに比べて、中和力価の有意な低下を誘発した。図４に示されているように、スパイクプライミング免疫化の前にαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂで前処置したマウス（平均ｐＶＮＴ５０が８２）において、非ｍＡｂ処置マウス（平均ｐＶＮＴ５０が１４２６２）に比べて最も大きな違いが観察された。
【0477】
中和エピトープを標的とするαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂが、免疫化中に応答をエピトープから偏向させるかどうかを更に理解するために、ＲＢＤ抗体レベルとｐＶＮＴ５０力価との相関を評価した。図５に示されているように、非ｍＡｂ処置マウスでは、スパイク又はＲＢＤによる免疫化は、高いＲＢＤ ＩｇＧレベルと相関する高いｐＶＮＴ５０力価を誘発した。しかしながら、スパイク又はＲＢＤのプライミング又はブースト免疫化前にαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂで前処置したマウスでは、高いｐＶＮＴ５０力価とは相関しない多量のＲＢＤ ＩｇＧ抗体が誘発された。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はＲＢＤ免疫化の前に、中和エピトープを標的とするαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂを投与した場合に、抗体応答が、これらの極めて強力な中和エピトープから、ＲＢＤ又はスパイクタンパク質上の弱中和又は非中和エピトープへと偏向されることを示唆している。これは、マウスが、非ｍＡｂ処置マウスとは異なり、中和能力が低い多量のＲＢＤ抗体を依然として誘発することから、明らかである。
【0478】
以上の研究は、免疫原（これは例えばタンパク質ベースのものであってもよく、又はタンパク質をコードするｍＲＮＡ若しくはＤＮＡであってもよい）の投与の前に、又は投与と同時に、免疫原上の選択されたエピトープを標的とするｍＡｂを投与することにより、結果として得られる抗体応答の特性を大きく変化させることができることを実証している。この技術は、複数の抗体エピトープを包含する抗原を送達又はコードするいずれのワクチンプラットフォームに適用できる。またこの技術は、内因性分子、又は病原体上若しくは病原体内に存在する分子上のエピトープを、免疫系による認識から遮蔽するためにも適用できる。
【0479】
実施例２．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを前投与されたマウスは、ＲＢＤ免疫化中に優勢なエピトープをブロックでき、非ｍＡｂ処置・ＲＢＤ免疫化マウスとはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの抗原認識が異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを得るために使用できる
この実施例は、抗スパイクｍＡｂを前投与された動物から得られたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の結合パターンを、複数の懸念される変異株（ＶＯＣ）、特に以下のＶＯＣ：オミクロンＢＡ．１、オミクロンＢＡ．２、オミクロンＢＡ．３、アルファ、ベータ、デルタ、ガンマにわたって調査した。動物の前投与のために試験されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂは：Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、及びＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３であった。結果は、ＲＢＤ免疫化・非ｍＡｂ前処置マウスに比べて、抗スパイクｍＡｂ Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、又はＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３を前投与された後でＲＢＤで免疫化された動物から得られたモノクローナル抗体が、複数のＶＯＣにわたって異なる結合パターンを示したが、野生型組換えスパイクタンパク質に対しては示さなかったことを示している（例えば図６Ａ～６Ｈを参照）。最も注目すべきは、Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１５１６０前処置マウスにおいて、オミクロンＢＡ．１及びデルタＶＯＣスパイクタンパク質への結合が高かったことであった。これは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを前投与されたマウスを利用して、ＲＢＤ免疫化中に優勢なエピトープをブロックでき、また上記マウスを用いて、非ｍＡｂ処置・ＲＢＤ免疫化マウスとはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの抗原認識が異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを得ることができることを示唆している。
この実施例は、抗スパイクｍＡｂを前投与された動物から得られたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）の結合パターンを、複数の懸念される変異株（ＶＯＣ）、特に以下のＶＯＣ：オミクロンＢＡ．１、オミクロンＢＡ．２、オミクロンＢＡ．３、アルファ、ベータ、デルタ、ガンマにわたって調査した。動物の前投与のために試験されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂは：Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、及びＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３であった。結果は、ＲＢＤ免疫化・非ｍＡｂ前処置マウスに比べて、抗スパイクｍＡｂ Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、又はＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３を前投与された後でＲＢＤで免疫化された動物から得られたモノクローナル抗体が、複数のＶＯＣにわたって異なる結合パターンを示したが、野生型組換えスパイクタンパク質に対しては示さなかったことを示している（例えば図６Ａ～６Ｈを参照）。最も注目すべきは、Ｅ１４３１５＋Ｅ１５１６０、Ｅ１５１６０前処置マウスにおいて、オミクロンＢＡ．１及びデルタＶＯＣスパイクタンパク質への結合が高かったことであった。これは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを前投与されたマウスを利用して、ＲＢＤ免疫化中に優勢なエピトープをブロックでき、また上記マウスを用いて、非ｍＡｂ処置・ＲＢＤ免疫化マウスとはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの抗原認識が異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを得ることができることを示唆している。
【0480】
実施例３．ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの免疫化に対する偏向抗体応答に関するＥ１０９３３及びＥ１０９８７の用量滴定の評価
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの免疫化に対する偏向抗体応答に関するＥ１０９３３及びＥ１０９８７の用量滴定を評価するための研究の設計を、図７に示す。マウスにαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂを投与することから確認される偏向効果について、ｍＡｂ濃度閾値が存在するかどうかを評価するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに対する免疫化前に１０ｍｇ／ｋｇ～０．０００１ｍｇ／ｋｇのαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂで前処置されたマウスからの、ｐＶＮＴ５０力価及びＲＢＤ結合を測定した（図８Ａ～８Ｂ）。結果は、マウスが、非ｍＡｂ処置・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク免疫化マウスに比べて、０．１ｍｇ／ｋｇの投与において高い中和力価に戻り始め、０．０１ｍｇ／ｋｇにおいて完全な中和が見られることを示した。全ての群のＲＢＤ結合力価は同様であり、これは、異なる複数のＲＢＤエピトープに対する抗体応答の偏向を実証するものであり、またこの効果は滴定可能である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの免疫化に対する偏向抗体応答に関するＥ１０９３３及びＥ１０９８７の用量滴定を評価するための研究の設計を、図７に示す。マウスにαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂを投与することから確認される偏向効果について、ｍＡｂ濃度閾値が存在するかどうかを評価するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに対する免疫化前に１０ｍｇ／ｋｇ～０．０００１ｍｇ／ｋｇのαＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ｍＡｂで前処置されたマウスからの、ｐＶＮＴ５０力価及びＲＢＤ結合を測定した（図８Ａ～８Ｂ）。結果は、マウスが、非ｍＡｂ処置・ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク免疫化マウスに比べて、０．１ｍｇ／ｋｇの投与において高い中和力価に戻り始め、０．０１ｍｇ／ｋｇにおいて完全な中和が見られることを示した。全ての群のＲＢＤ結合力価は同様であり、これは、異なる複数のＲＢＤエピトープに対する抗体応答の偏向を実証するものであり、またこの効果は滴定可能である。
【0481】
実施例４． 免疫原特異性抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）で前処置されたＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウスの免疫化、及び免疫原に対する血清抗体応答の分析
以下の説明は、免疫原特異的抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）で前処置されたＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウスの免疫化と、上記免疫原に対する血清抗体応答の分析とに関する。
以下の説明は、免疫原特異的抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２モノクローナル抗体（ｍＡｂ）で前処置されたＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウスの免疫化と、上記免疫原に対する血清抗体応答の分析とに関する。
【0482】
免疫化
ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウス（例えば、意図されるあらゆる目的のためにその全体が参照により本出願に援用される米国特許第６，５９６，５４１号明細書、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）を参照）を、標準的な免疫化プロトコルに従って、Ｃ末端ｍＦｃタグに融合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有するタンパク質免疫原で免疫化した（１日目）。図９に示されている免疫化スキームに示されているように、ＲＢＤタンパク質のプライミング注射の３日前及び５０日後に、マウスを、４つの異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂの４つの異なる組み合わせで前処置し、各抗体の用量は１０ｍｇ／ｋｇとし、また抗体前処置なし（生理食塩水のみ）のコホートも含めた。２８、３５、４６及び６０日目の免疫原ブーストの後、並びにマウスの安楽死の前に、抗体単離のためにマウスに対して事前採血を実施した。血液からの血清を、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジンタグに融合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤドメイン（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨと呼ばれる）に対する、及び前処置で投与されたヒトｍＡｂに対する、力価分析に供した。また血液を、前処置のための抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂに対するヒトＩｇＧ定量分析にも供した。
ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（ＶＩ）マウス（例えば、意図されるあらゆる目的のためにその全体が参照により本出願に援用される米国特許第６，５９６，５４１号明細書、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、ＶｅｌｏｃＩｍｍｕｎｅ（登録商標）を参照）を、標準的な免疫化プロトコルに従って、Ｃ末端ｍＦｃタグに融合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有するタンパク質免疫原で免疫化した（１日目）。図９に示されている免疫化スキームに示されているように、ＲＢＤタンパク質のプライミング注射の３日前及び５０日後に、マウスを、４つの異なる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂの４つの異なる組み合わせで前処置し、各抗体の用量は１０ｍｇ／ｋｇとし、また抗体前処置なし（生理食塩水のみ）のコホートも含めた。２８、３５、４６及び６０日目の免疫原ブーストの後、並びにマウスの安楽死の前に、抗体単離のためにマウスに対して事前採血を実施した。血液からの血清を、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヒスチジンタグに融合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質ＲＢＤドメイン（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨと呼ばれる）に対する、及び前処置で投与されたヒトｍＡｂに対する、力価分析に供した。また血液を、前処置のための抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂに対するヒトＩｇＧ定量分析にも供した。
【0483】
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質血清力価の決定
（抗ヒトＩｇＧ抗体を用いて前処置した抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ヒトｍＡｂを除去した又は除去していない）血清の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）に対する抗体力価を、固相酵素結合イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡ）で決定した。９６ウェルマイクロタイタープレートを、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中の２μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨで、４℃で一晩コーティングした。プレートを、０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標） ２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ－Ｔ）で洗浄し、ＰＢＳ中の１％ウシ血清アルブミン（ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ：ＢＳＡ）２５０μＬを用いて、室温（ＲＴ）で１時間にわたってブロックした。プレートをＰＢＳ－Ｔで洗浄した。免疫前及び免疫抗血清を、１％ＢＳＡ－ＰＢＳ中で３倍に連続希釈し、ＲＴで１時間にわたって、プレートに添加した。プレートを洗浄し、ヤギ抗マウスＩｇＧホースラディッシュペルオキシダーゼ（Ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ：ＨＲＰ）結合二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を、１：５０００の希釈でプレートに加え、ＲＴで１時間インキュベートした。プレートを洗浄し、基質としてＴＭＢ／Ｈ２Ｏ２（テトラメチルベンジジン／過酸化水素）（ＢＤ）を用いて、１５～２０分間のインキュベーションによって発色させた。反応を酸で停止させ、プレートを分光光度計（ＥｎＶｉｓｉｏｎ、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）上で読み取り、４５０ｎｍにおける吸光度を記録した。Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを用いて、抗体力価を算出した。力価は、結合シグナルがバックグラウンドの２倍となる、補間された血清希釈倍率として定義された。
（抗ヒトＩｇＧ抗体を用いて前処置した抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ヒトｍＡｂを除去した又は除去していない）血清の、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）に対する抗体力価を、固相酵素結合イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡ）で決定した。９６ウェルマイクロタイタープレートを、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ、Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中の２μｇ／ｍｌのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）．ｍｍＨで、４℃で一晩コーティングした。プレートを、０．０５％のＴｗｅｅｎ（登録商標） ２０を含有するＰＢＳ（ＰＢＳ－Ｔ）で洗浄し、ＰＢＳ中の１％ウシ血清アルブミン（ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ ａｌｂｕｍｉｎ：ＢＳＡ）２５０μＬを用いて、室温（ＲＴ）で１時間にわたってブロックした。プレートをＰＢＳ－Ｔで洗浄した。免疫前及び免疫抗血清を、１％ＢＳＡ－ＰＢＳ中で３倍に連続希釈し、ＲＴで１時間にわたって、プレートに添加した。プレートを洗浄し、ヤギ抗マウスＩｇＧホースラディッシュペルオキシダーゼ（Ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ：ＨＲＰ）結合二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を、１：５０００の希釈でプレートに加え、ＲＴで１時間インキュベートした。プレートを洗浄し、基質としてＴＭＢ／Ｈ２Ｏ２（テトラメチルベンジジン／過酸化水素）（ＢＤ）を用いて、１５～２０分間のインキュベーションによって発色させた。反応を酸で停止させ、プレートを分光光度計（ＥｎＶｉｓｉｏｎ、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）上で読み取り、４５０ｎｍにおける吸光度を記録した。Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを用いて、抗体力価を算出した。力価は、結合シグナルがバックグラウンドの２倍となる、補間された血清希釈倍率として定義された。
【0484】
抗ヒトＩｇＧ血清力価の決定
試験されたマウスが、前処置に含まれていたヒトＩｇＧに対する免疫応答も発動させたかどうかを決定するために、個々の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク ｍＡｂでマイクロタイタープレートをコーティングすることを除く上述のプロトコルを、前処置に含まれていた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂ（マウス抗ヒト抗体、ＭＡＨＡ）に対する免疫応答の検出に適用した。
試験されたマウスが、前処置に含まれていたヒトＩｇＧに対する免疫応答も発動させたかどうかを決定するために、個々の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク ｍＡｂでマイクロタイタープレートをコーティングすることを除く上述のプロトコルを、前処置に含まれていた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂ（マウス抗ヒト抗体、ＭＡＨＡ）に対する免疫応答の検出に適用した。
【0485】
総ヒトＩｇＧの定量化
抗血清中の投与された抗ＲＢＤ ｍＡｂの総量のレベルも、上述のＥＬＩＳＡと同様のイムノアッセイによって定量化した。免疫前及び免疫抗血清を３倍に連続希釈して、ＲＢＤ組換えタンパク質でコーティングされたマイクロタイタープレートに加え、ヤギ抗ヒトＩｇＧ－Ｆｃ－ＨＲＰ結合二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を検出として使用した。Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを使用し、前処置に含まれていた各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク ｍＡｂの検量線を用いて、血清中の抗体濃度を計算した。
抗血清中の投与された抗ＲＢＤ ｍＡｂの総量のレベルも、上述のＥＬＩＳＡと同様のイムノアッセイによって定量化した。免疫前及び免疫抗血清を３倍に連続希釈して、ＲＢＤ組換えタンパク質でコーティングされたマイクロタイタープレートに加え、ヤギ抗ヒトＩｇＧ－Ｆｃ－ＨＲＰ結合二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を検出として使用した。Ｇｒａｐｈｐａｄ ＰＲＩＳＭソフトウェアを使用し、前処置に含まれていた各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク ｍＡｂの検量線を用いて、血清中の抗体濃度を計算した。
【0486】
結果
免疫後の組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）を使用して、ＶＩマウスにおける体液性免疫応答を決定した。抗ヒトＩｇＧビーズを用いた免疫沈降により、血清試料の一部から、前処置されたヒト抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを除去した。簡潔に述べると、０．２３ｍｇの抗ヒトＩｇＧビーズ（ＡｂｒａＭａｇ、カタログ番号５４４０６１）を、２５μＬのマウス血清と３０分間インキュベートした。ビーズ及びマウス血清の混合物を磁気分離器に加え、マウス血清上清を集めた。このプロセスを更に２回繰り返し、マウス抗体の分析に干渉するいずれのヒトＩｇＧ ｍＡｂを完全に除去した。２８日目のマウスの全てのコホートにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対する高い力価が観察され、ヒトｍＡｂ除去なしで力価中央値＞１００，０００であった（図１０Ｂ）が、血清試料中のヒトｍＡｂを除去した後では、力価中央値の範囲は約２７，０００～１７６，０００であった。２８日目の力価に比べて、免疫化の６０日後には力価の上昇が観察され、力価中央値はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対して＞３００，０００（ヒトｍＡｂを除去した場合）及び約５６，０００～約８５５，０００（ヒトｍＡｂを除去していない場合）であった（図１０Ａ～１０Ｂ）。
免疫後の組換えＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（ＲＢＤ）を使用して、ＶＩマウスにおける体液性免疫応答を決定した。抗ヒトＩｇＧビーズを用いた免疫沈降により、血清試料の一部から、前処置されたヒト抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを除去した。簡潔に述べると、０．２３ｍｇの抗ヒトＩｇＧビーズ（ＡｂｒａＭａｇ、カタログ番号５４４０６１）を、２５μＬのマウス血清と３０分間インキュベートした。ビーズ及びマウス血清の混合物を磁気分離器に加え、マウス血清上清を集めた。このプロセスを更に２回繰り返し、マウス抗体の分析に干渉するいずれのヒトＩｇＧ ｍＡｂを完全に除去した。２８日目のマウスの全てのコホートにおいて、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対する高い力価が観察され、ヒトｍＡｂ除去なしで力価中央値＞１００，０００であった（図１０Ｂ）が、血清試料中のヒトｍＡｂを除去した後では、力価中央値の範囲は約２７，０００～１７６，０００であった。２８日目の力価に比べて、免疫化の６０日後には力価の上昇が観察され、力価中央値はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤに対して＞３００，０００（ヒトｍＡｂを除去した場合）及び約５６，０００～約８５５，０００（ヒトｍＡｂを除去していない場合）であった（図１０Ａ～１０Ｂ）。
【0487】
抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクヒトｍＡｂ処置マウスからの血清において、マウス抗ヒトＩｇＧ抗体（ＭＡＨＡ）力価を検出した。プレート上にコーティングした抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクｍＡｂの抗体力価は、中央値で、２８日目、４６日目、及び６０日目のそれぞれにおいて約６６８～９８９、７５８～１，３９５、及び１，８５１～８，６７１であった（図１１）。
【0488】
総ヒトｍＡｂの平均レベルは、２８日目、４６日目、及び６０日目のそれぞれにおいて、５７．７μｇ／ｍＬ、１２μｇ／ｍＬ、及び９８．７μｇ／ｍＬであると決定された（図１２）。６０日目の比較的高いレベルは、５０日目にｍＡｂを再投与した結果である。抗ヒトＩｇＧビーズによってｈＩｇＧを除去した血清では、ヒトｍＡｂは検出可能なレベルで存在しなかった。際立ったＭＡＨＡ力価（Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７を前投与したコホートから２８日目に＞２７，０００及び８３，０００の力価、図１１）を有するマウスからヒトＩｇＧを除去する前には、低濃度（＜０．５μｇ／ｍｌ）又はＢＤＬ（検出限界未満）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤ特異的ヒトｍＡｂが観察された。
【0489】
ここで提示されている結果は、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－ｍＡｂでの前投与に続いてＲＢＤ免疫化を受けたマウスが、対照である非ｍＡｂ前投与マウスと同様の、ＲＢＤ免疫原に対する検出可能かつ強力な抗体応答を依然として発動させることを実証している。
【0490】
実施例５．ＣＨＯｔ由来の７７３個の抗ＣＯＶＩＤ１９モノクローナル一次上清間のＯｃｔｅｔ交差競合
試験用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（合計７７３個のｍＡｂ）と、免疫化の前処置に含まれていた４つの抗体それぞれとの間の結合競合を、Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ社の一部門）上でのリアルタイムの標識なしバイオレイヤー干渉法（ｂｉｏ－ｌａｙｅｒ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ：ＢＬＩ）アッセイを用いて決定した。表５には、試験用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体が記載されている。表６には、免疫化群ごとの、試験された抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂの数が記載されている。表７には、本実施例で使用した試薬が記載されている。「ＭＷ」は「分子量（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｗｅｉｇｈｔ）」の略である。
試験用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（合計７７３個のｍＡｂ）と、免疫化の前処置に含まれていた４つの抗体それぞれとの間の結合競合を、Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオセンサー（ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ社の一部門）上でのリアルタイムの標識なしバイオレイヤー干渉法（ｂｉｏ－ｌａｙｅｒ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ：ＢＬＩ）アッセイを用いて決定した。表５には、試験用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体が記載されている。表６には、免疫化群ごとの、試験された抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂの数が記載されている。表７には、本実施例で使用した試薬が記載されている。「ＭＷ」は「分子量（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｗｅｉｇｈｔ）」の略である。
【0491】
【0492】
【0493】
【0494】
実験は全体として、０．０１ＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、０．１５ＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｐ２０、０．１ｍｇ／ｍＬのＢＳＡ（Ｏｃｔｅｔ ＨＢＳ－ＥＰ緩衝液）を含有する緩衝液中で、プレートを１，０００ｒｐｍの速度で振盪させながら、２５℃で実施された。２つの抗体が、Ｃ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンを有して発現されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ細胞外ドメイン（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ－ＭＭＨ）上の各エピトープへの結合に関して、互いに競合できるかどうかを評価するために、まず、およそ０．３３ｎＭのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ．ｍｍＨを、抗ｈｉｓ抗体でコーティングされたＯｃｔｅｔバイオセンサー（ＨＩＳ１Ｋ；Ｆｏｒｔｅｂｉｏ Ｉｎｃ、＃１８－５１２０）上へと捕捉したが、これは、上記バイオセンサーを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ．ｍｍＨの１０μｇ／ｍＬ溶液を内包したウェルに１分間沈めることによって実施された。続いて、抗原捕捉済みのバイオセンサーを、第１の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（これ以降、ｍＡｂ－１と呼ばれる）で飽和させたが、これは、ｍＡｂ－１（Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、又はＥ１９３２（アイソタイプ対照））の５０μｇ／ｍＬ溶液を内包したウェルに３分間浸すことによって実施された。次に、バイオセンサーの先端を、試験用抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体（ｍＡｂ－２）のうちの１つをそれぞれ含有するＣＨＯｔ馴化培地のウェルに、３分間浸漬した。実験のステップとステップの間には、全てのバイオセンサーをＨＢＳ－ＥＰ緩衝液で洗浄した。リアルタイム結合応答を監視し、全てのステップの終了時の結合応答を記録した。Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、又はアイソタイプ対照と事前に複合体化したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ．ｍｍＨに結合するｍＡｂ－２の応答を比較した。事前に結合されたＥ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５による阻害のパーセンテージは、以下の式を用いて計算した。
％阻害＝１００％＊（１－（アイソタイプ対照事前結合センサーに対する、ｍＡｂ－１事前結合センサー上の試験用ｍＡｂの割合））
％阻害＝１００％＊（１－（アイソタイプ対照事前結合センサーに対する、ｍＡｂ－１事前結合センサー上の試験用ｍＡｂの割合））
【0495】
結果
ＣＨＯｔ馴化培地中の７７３個の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂのパネルを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ免疫化中のマウスの前処置に含まれていた４つの選択された抗ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ｍＡｂに対する交差競合について、評価した。これら４つのｍＡｂを抗Ｈｉｓ捕捉ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤ．ｍｍｈに事前に結合させることにより、試験用ｍＡｂがＲＢＤ．ｍｍｈ上の同一の結合エピトープを共有するかどうかを決定した。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ．ｍｍｈへの試験用ｍＡｂの結合に対する、事前結合Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、及びＥ１４３１５の％阻害を計算した。試験用ｍＡｂを、上記ｍＡｂが単離された元のマウスの各前処置条件によって群分けした。図１３Ａ～１３Ｄは、前処置条件の個々のｍＡｂ（生理食塩水、Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、及びＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７）に対する、事前結合Ｅ１０９３３（図１３Ａ）、Ｅ１０９８７（図１３Ｂ）、Ｅ１５１６０（図１３Ｃ）、及びＥ１４３１５（図１３Ｄ）の阻害の、計算されたパーセンテージを示す。更に、事前結合Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５の結果としてＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ ＲＢＤ．ｍｍｈ結合の５０％超の減少を示した抗体の生成に対する、前処置条件の影響を、表８にまとめた。「Ｓｔｒａｔ」は「戦略（Ｓｔｒａｔｅｇｙ）」の略であり、「Ｓａｌ」は「生理食塩水（Ｓａｌｉｎｅ）」の略である。
ＣＨＯｔ馴化培地中の７７３個の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂのパネルを、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ免疫化中のマウスの前処置に含まれていた４つの選択された抗ＳＡＲＳ ＣｏＶ－２ ｍＡｂに対する交差競合について、評価した。これら４つのｍＡｂを抗Ｈｉｓ捕捉ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤ．ｍｍｈに事前に結合させることにより、試験用ｍＡｂがＲＢＤ．ｍｍｈ上の同一の結合エピトープを共有するかどうかを決定した。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ．ｍｍｈへの試験用ｍＡｂの結合に対する、事前結合Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、及びＥ１４３１５の％阻害を計算した。試験用ｍＡｂを、上記ｍＡｂが単離された元のマウスの各前処置条件によって群分けした。図１３Ａ～１３Ｄは、前処置条件の個々のｍＡｂ（生理食塩水、Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、及びＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７）に対する、事前結合Ｅ１０９３３（図１３Ａ）、Ｅ１０９８７（図１３Ｂ）、Ｅ１５１６０（図１３Ｃ）、及びＥ１４３１５（図１３Ｄ）の阻害の、計算されたパーセンテージを示す。更に、事前結合Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５の結果としてＳＡＲＳ－ＣｏＶ２ ＲＢＤ．ｍｍｈ結合の５０％超の減少を示した抗体の生成に対する、前処置条件の影響を、表８にまとめた。「Ｓｔｒａｔ」は「戦略（Ｓｔｒａｔｅｇｙ）」の略であり、「Ｓａｌ」は「生理食塩水（Ｓａｌｉｎｅ）」の略である。
【0496】
【0497】
前処置されていないＲＢＤ免疫化マウス（生理食塩水のみのコホート）では、Ｅ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１４３１５、又はＥ１５１６０と事前に結合されたＲＢＤへの結合の、５０％超の減少を示した抗体のパーセンテージは、それぞれ２０％、１７％、２２％、及び１６％であった。Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５での前処置は、Ｅ１５１６０のブロッカーを、生理食塩水アームの場合の１６％に対して０％まで減少させ；Ｅ１４３１５での前処置は、Ｅ１４３１５のブロッカーを、生理食塩水アームの場合の２２％から０％まで減少させ；Ｅ１５１６０での前処置は、Ｅ１５１６０のブロッカーを、生理食塩水アームの場合の１６％から０％まで減少させ；Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７での前処置は、Ｅ１０９３３ブロッカーを、生理食塩水アームの場合の２０％から１％まで減少させた。
【0498】
Ｅ１５１６０＋Ｅ１４３１５及びＥ１０９３３＋１０９８７での前処置は、前処置に含まれる抗体のうちの一方のみによってブロックされるｍＡｂのパーセンテージの低下を示した。
【0499】
Ｅ１０９３３＋Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、及び／又はＥ１５１６０＋Ｅ１４３１５前投与マウスから得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂは、Ｅ１０９３３、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５、及びＥ１５１６０に対する競合の低下、又は完全な喪失を示した。反対に、本発明者らは、ＲＢＤにおいてＥ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０及び／又はＥ１４３１５と競合する、ＲＢＤ免疫化・非ｍＡｂ前投与マウスから得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂを検出できた。これらの結果は、免疫化中に優勢なエピトープをブロックするｍＡｂの利用によって、結合競合の喪失によって実証されるように、これらのブロックされたエピトープを標的としない免疫応答を生成できることを示している。
【0500】
実施例６．抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和活性を有し、免疫化中に使用されるｍＡｂと競合しない、選択されたｍＡｂの識別
Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオセンサープラットフォームを用いた結合競合アッセイを用いて、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和活性を有し、かつＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７又はＥ１５１６０＋Ｅ１４３１５と競合しない、選択されたｍＡｂを識別する。一例として、前投与を受けた又は前投与を受けていないＲＢＤ免疫化マウスから得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂによって阻害される又は競合に敗れるＥ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５の量を表す％阻害を計算する。特定のエピトープをブロックするために免疫化中に使用されるｍＡｂと競合しないものの依然として中和活性をもたらす抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂの識別は、本明細書に記載のｐＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク中和アッセイによって達成される。免疫化中の中和ｍＡｂは、強力な中和ｍＡｂと競合せず、ｍＡｂカクテル薬剤製品に含めることができる、更なる望ましいｍＡｂを見つけるために使用される。この実施例は特に、トリプルｍＡｂカクテルにＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３又はＥ１５１６０＋Ｅ１４３１５と共に含めることができるｍＡｂを決定する。
Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸバイオセンサープラットフォームを用いた結合競合アッセイを用いて、抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和活性を有し、かつＥ１０９３３＋Ｅ１０９８７又はＥ１５１６０＋Ｅ１４３１５と競合しない、選択されたｍＡｂを識別する。一例として、前投与を受けた又は前投与を受けていないＲＢＤ免疫化マウスから得られた抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂによって阻害される又は競合に敗れるＥ１０９３３、Ｅ１０９８７、Ｅ１５１６０、Ｅ１４３１５の量を表す％阻害を計算する。特定のエピトープをブロックするために免疫化中に使用されるｍＡｂと競合しないものの依然として中和活性をもたらす抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｍＡｂの識別は、本明細書に記載のｐＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク中和アッセイによって達成される。免疫化中の中和ｍＡｂは、強力な中和ｍＡｂと競合せず、ｍＡｂカクテル薬剤製品に含めることができる、更なる望ましいｍＡｂを見つけるために使用される。この実施例は特に、トリプルｍＡｂカクテルにＥ１０９８７＋Ｅ１０９３３又はＥ１５１６０＋Ｅ１４３１５と共に含めることができるｍＡｂを決定する。
【0501】
実施例７．ＨＡヘッドに対する特異性を有するモノクローナル抗体を前投与されたマウスにおける、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体応答の調節
この研究は、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体応答の調節を調査するものであり、ここではマウスは、ＨＡヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）に対する特異性を有する第１のモノクローナル抗体（ｍＡｂ１）、及び／又はＨＡヘッドに結合するもののＲＢＳの外側にある第２のモノクローナル抗体（ｍＡｂ２）を前投与される。図１４に示されている研究の設計によると、マウスは、Ａ／Ｐｅｒｔｈ／１６／２００９（Ｈ３Ｎ２）からのＨ３血清型のＨＡ三量体タンパク質で構成されるタンパク質免疫原で免疫化される（０日目）。タンパク質の注射の３日前に、マウスを、上述のモノクローナル抗体若しくはそれらの組み合わせ、又は対照条件（抗体なし）で前処置した。ｍＡｂ前処置の前、並びに２８日目及び４２日目の免疫原ブーストの後、並びにマウスの安楽死の前に、抗体単離のためにマウスに対して事前採血を実施した。研究の最後には、免疫化されたマウスからのヘマグルチニン阻害血清力価（ＨＡＩ）が評価される（即ち、インフルエンザ由来のＨＡ上のＲＢＳに結合して赤血球の凝固を阻害する血清抗体）。ｍＡｂ１又はｍＡｂ１とｍＡｂ２との組み合わせを投与されたマウスは、免疫化中にｍＡｂ１がＲＢＳ部位をブロックすることにより、該部位に特異的な抗体を阻害するため、ＨＡＩ血清力価を誘発しないと予想される。
この研究は、インフルエンザヘマグルチニン（ＨＡ）抗体応答の調節を調査するものであり、ここではマウスは、ＨＡヘッドのシアル酸受容体結合部位（ＲＢＳ）に対する特異性を有する第１のモノクローナル抗体（ｍＡｂ１）、及び／又はＨＡヘッドに結合するもののＲＢＳの外側にある第２のモノクローナル抗体（ｍＡｂ２）を前投与される。図１４に示されている研究の設計によると、マウスは、Ａ／Ｐｅｒｔｈ／１６／２００９（Ｈ３Ｎ２）からのＨ３血清型のＨＡ三量体タンパク質で構成されるタンパク質免疫原で免疫化される（０日目）。タンパク質の注射の３日前に、マウスを、上述のモノクローナル抗体若しくはそれらの組み合わせ、又は対照条件（抗体なし）で前処置した。ｍＡｂ前処置の前、並びに２８日目及び４２日目の免疫原ブーストの後、並びにマウスの安楽死の前に、抗体単離のためにマウスに対して事前採血を実施した。研究の最後には、免疫化されたマウスからのヘマグルチニン阻害血清力価（ＨＡＩ）が評価される（即ち、インフルエンザ由来のＨＡ上のＲＢＳに結合して赤血球の凝固を阻害する血清抗体）。ｍＡｂ１又はｍＡｂ１とｍＡｂ２との組み合わせを投与されたマウスは、免疫化中にｍＡｂ１がＲＢＳ部位をブロックすることにより、該部位に特異的な抗体を阻害するため、ＨＡＩ血清力価を誘発しないと予想される。
【0502】
配列表
【0503】
請求対象の主題は、本明細書に記載の具体的実施形態によってその範囲を制限されないものとする。実際には、本明細書に記載されているものに加えて、請求対象の主題の様々な修正形態が、当業者には以上の説明から明らかになるだろう。このような修正形態は、添付の特許請求の範囲内にあることが意図されている。
【0504】
本明細書に引用される全ての特許、出願、刊行物、試験方法、文献、及びその他の資料は、あたかもこれらが本明細書中に物理的に存在しているかのように、その全体が参照により本明細書に援用される。
【図1】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図3D】
【図3E】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図6A】
【図6B】
【図6C】
【図6D】
【図6E】
【図6F】
【図6G】
【図6H】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図11】
【図12】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【図13D】
【図14】
【国際調査報告】