特表 2024-528065 前立腺がんＰＤＥ４Ｄ７ノックダウンスコアの使用による前立腺がんにおける個人化

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-07-26

(54)【発明の名称】前立腺がんＰＤＥ４Ｄ７ノックダウンスコアの使用による前立腺がんにおける個人化

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/68 20180101AFI20240719BHJP

   C12Q 1/6876 20180101ALI20240719BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/68 ZNA

C12Q1/6876 Z

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024505310

(86)(22)【出願日】2022-07-15

(85)【翻訳文提出日】2024-01-24

(86)【国際出願番号】 EP2022069937

(87)【国際公開番号】W WO2023006458

(87)【国際公開日】2023-02-02

(31)【優先権主張番号】21187665.1

(32)【優先日】2021-07-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】590000248

【氏名又は名称】コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェ

【氏名又は名称原語表記】Ｋｏｎｉｎｋｌｉｊｋｅ Ｐｈｉｌｉｐｓ Ｎ．Ｖ．

【住所又は居所原語表記】Ｈｉｇｈ Ｔｅｃｈ Ｃａｍｐｕｓ ５２， ５６５６ ＡＧ Ｅｉｎｄｈｏｖｅｎ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ

(71)【出願人】

【識別番号】524037030

【氏名又は名称】ザ ユニバーシティー コート オブ ザ ユニバーシティー オブ グラスゴー

(74)【代理人】

【識別番号】110001690

【氏名又は名称】弁理士法人Ｍ＆Ｓパートナーズ

(72)【発明者】

【氏名】ホフマン ラルフ ダイター

(72)【発明者】

【氏名】ベイリー ジョージ

【テーマコード（参考）】

4B063

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA05

4B063QQ03

4B063QQ08

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR55

4B063QR62

4B063QR72

4B063QR77

4B063QS25

4B063QX01

(57)【要約】

本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、前記方法が、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上のＰＤＥ４Ｄ７ノックダウンで差次的に発現される遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを決定する又は遺伝子発現プロファイルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現プロファイルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、前記３種以上のＰＤＥ４Ｄ７ノックダウン遺伝子の前記遺伝子発現プロファイルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップとを有する、方法に関する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、前記方法が、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の遺伝子のそれぞれの遺伝子発現レベルを決定するステップ又は遺伝子発現レベルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現レベルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、
前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップと、
を有する、方法。

【請求項2】

前記３種以上の遺伝子が、６種以上、好ましくは９種以上、最も好ましくはすべての前記遺伝子を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記放射線治療応答の予測を決定するステップが、３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての前記遺伝子の遺伝子発現レベルと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせるステップを含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項4】

前記放射線治療応答の予測を決定するステップが、前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータに更に基づく、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項5】

前記臨床パラメータが、（ｉ）前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）レベル、（ｉｉ）病理学的グリーソンスコア（ｐＧＳ）、ｉｉｉ）腫瘍の臨床病期、ｉｖ）病理学的グリーソングレードグループ（ｐＧＧＧ）、ｖ）病理学的病期、ｖｉ）１つ以上の病理学的変数、例えば、切除縁の状態、リンパ節浸潤、前立腺外増殖及び／又は精嚢浸潤、ｖｉｉ）ＣＡＰＲＡ－Ｓ、並びにｖｉｉｉ）別の臨床リスクスコアの１つ以上を含む、請求項４に記載の方法。

【請求項6】

前記放射線治療応答の予測を決定するステップが、前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベル、及び前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせるステップを含む、請求項４又は５に記載の方法。

【請求項7】

前記生物学的サンプルを、前記放射線治療の開始前に前記前立腺がん対象者から取得し、好ましくは、前記生物学的サンプルが、前立腺サンプル又は前立腺がんサンプルである、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】

前記放射線治療応答の予測に基づいて治療法が推奨され、
前記放射線治療応答の予測が好ましくないものの場合、推奨される前記治療法は、
（ｉ）標準よりも早期に提供される放射線治療、
（ｉｉ）放射線量を増加させた放射線治療、
（ｉｉｉ）アンドロゲン遮断治療等の補助的治療であって、好ましくは、アンドロゲン遮断治療と第二選択の抗アンドロゲン剤、放射線照射、化学療法及び／又は免疫療法との組合せである、補助的治療、並びに
（ｉｖ）放射線治療ではない代替治療
の１つ以上を含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

前記放射線治療応答の予測に基づいて治療法が推奨され、
前記放射線治療応答の予測が好ましいものの場合、推奨される前記治療法は、
（ｖ）根治的放射線治療、
（ｖｉ）救援放射線治療、
（ｖｉ）漸減用量レベルでの救援放射線治療、及び
（ｖｉｉ）監視的待機
の１つ以上を含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項10】

複数の命令を含むコンピュータプログラムであって、前記コンピュータプログラムをコンピュータによって走らせた場合に、前記複数の命令が、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを示すデータを受け取るステップであって、遺伝子発現レベルは前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、
前記３種以上の遺伝子の前記遺伝子発現プロファイルに基づく治療に対する前立腺がん対象者の応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップと、
を有する方法を前記コンピュータに実行させる、コンピュータプログラム。

【請求項11】

ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のサンプル中でのそれぞれの発現レベルを決定するための、少なくとも３種のセットのポリメラーゼ連鎖反応プライマー対、及び適宜、少なくとも３種のプローブ
を含む、診断キット。

【請求項12】

前記放射線治療は、好ましくは、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法における使用のための、根治的放射線治療又は救援放射線治療である放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における、請求項１１に記載の診断キットの使用。

【請求項13】

前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプルを受け取るステップと、
前記前立腺がん対象者から取得した前記生物学的サンプル中で、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを決定するために、請求項１１に記載の診断キットを使用するステップと
を有する、方法。

【請求項14】

ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルの、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における使用であって、
前記方法は、前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップを有する、使用。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法、及び放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測するためのコンピュータプログラムに関する。更に、本発明は、診断キット、前記診断キットの使用、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における前記診断キットの使用、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における、１種以上のＰＤＥ４Ｄ７ノックダウン応答遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルの使用、及び対応するコンピュータプログラムに関する。

【背景技術】

【0002】

がんは、細胞群が制御不能の増殖、浸潤、時には転移を示す疾患のクラスである。がんのこれらの３つの悪性の性質により、がんは、自己限定的でありかつ浸潤も転移もしない良性の腫瘍から区別される。前立腺がん（ＰＣａ）は男性で２番目に多く発生する皮膚以外の悪性腫瘍であり、２０１８年には世界中で１３０万の新規症例が診断され、３６０，０００人が死亡すると見積もられた（Ｂｒａｙ Ｆ．らによる「Ｇｌｏｂａｌ ｃａｎｃｅｒ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ２０１８：ＧＬＯＢＯＣＡＮ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ ａｎｄ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｗｏｒｌｄｗｉｄｅ ｆｏｒ ３６ ｃａｎｃｅｒｓ ｉｎ １８５ ｃｏｕｎｔｒｉｅｓ」、ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ Ｃｌｉｎ、Ｖｏｌ．６８、Ｎｏ．６、３９４～４２４頁、２０１８年を参照のこと）。合衆国では新規症例の約９０％が、転移の形成がまだないことを意味する限局性がんに関係する（ＡＣＳ（米国がん協会）による「Ｃａｎｃｅｒ Ｆａｃｔｓ ＆ Ｆｉｇｕｒｅｓ ２０１０」、２０１０年を参照のこと）。

【0003】

原発性限局性前立腺がんの処置ではいくつかの根治的治療が利用可能であるが、それらの中では手術（根治的前立腺切除、ＲＰ）及び放射線治療（ＲＴ）が最もよく使用される。ＲＴは、外部ビームによって、若しくは前立腺への放射性シードの埋め込み（密封小線源治療）によって、又は両方の組合せによって施される。ＲＴは、手術の対象とならない患者又は限局性若しくは領域性の進行期の腫瘍を有すると診断された患者にとっては特に好ましい。根治的ＲＴは、合衆国において限局性前立腺がんと診断された患者の最大５０％に提供されている（ＡＣＳによる２０１０年の同上を参照のこと）。

【0004】

処置後、疾患モニタリングのために血中の前立腺がん抗原（ＰＳＡ）レベルが測定される。血中ＰＳＡレベルの増加により、がんの再発又は進行に対する生化学的な代理測定値がもたらされる。しかし、報告された生化学的無増悪生存（ｂＰＦＳ）におけるばらつきは大きい（Ｇｒｉｍｍ Ｐ．らによる「Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｓｔａｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｆｒｅｅ ｓｕｒｖｉｖａｌ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｆｏｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｌｏｗ，ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ ａｎｄ ｈｉｇｈ ｒｉｓｋ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｂｙ ｒａｄｉｃａｌ ｔｈｅｒａｐｙ．Ｒｅｓｕｌｔｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｐｒｏｓｔａｔｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｓｔｕｄｙ Ｇｒｏｕｐ」、ＢＪＵ Ｉｎｔ、Ｓｕｐｐｌ．１、２２～２９頁、２０１２年を参照のこと）。多くの患者の場合、根治的ＲＴ後のｂＰＦＳは５年において、或いは１０年においても９０％を超える。残念ながら、再発のリスクが中程度の患者及び特に再発のリスクがより高い患者の群の場合には、用いたＲＴのタイプに依存して、ｂＰＦＳは５年においておよそ４０％まで下がり得る（Ｇｒｉｍｍ Ｐ．らによる２０１２年の同上を参照のこと）。

【0005】

ＲＴで処置されていない原発性限局性前立腺がんの患者の多くは、ＲＰを受けることになる（ＡＣＳによる２０１０年の同上を参照のこと）。ＲＰ後、最高リスク群における患者の平均６０％が、５年後、１０年後に生化学的再発を経験する（Ｇｒｉｍｍ Ｐ．らによる２０１２年の同上を参照のこと）。ＲＰ後の生化学的進行のケースでは、主な課題の１つは、これは限局性疾患の再発によるものなのか、１つ以上の転移によるものなのか、又は臨床的な疾患進行にはつながらない無痛性疾患によるものなのかですら不確実なことである（Ｄａｌ Ｐｒａ Ａ．らによる「Ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙ ｒｏｌｅ ｏｆ ｐｏｓｔｏｐｅｒａｔｉｖｅ ｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ」、Ｔｒａｎｓｌ Ａｎｄｒｏｌ Ｕｒｏｌ，Ｖｏ．７、Ｎｏ．３、３９９～４１３頁、２０１８年並びにＨｅｒｒｅｒａ Ｆ．Ｇ．及びＢｅｒｔｈｏｌｄ Ｄ．Ｒ．による「Ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｈｅｒａｐｙ ａｆｔｅｒ ｒａｄｉｃａｌ ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ：Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｃｌｉｎｉｃｉａｎｓ」、Ｆｒｏｎｔ Ｏｎｃｏｌ、Ｖｏｌ．６、Ｎｏ．１１７、２０１６年を参照のこと）。前立腺床中に残っているがん細胞を根絶するためのＲＴは、ＲＰ後のＰＳＡ増加後の生存を救援するための主な処置選択肢の１つである。救援放射線治療（ＳＲＴ）の有効性により、複数の因子に依存して１８％～９０％の患者に５年のｂＰＦＳがもたらされた（Ｈｅｒｒｅｒａ Ｆ．Ｇ．及びＢｅｒｔｈｏｌｄ Ｄ．Ｒ．による２０１６年の同上、並びにＰｉｓａｎｓｋｙ Ｔ．Ｍ．らによる「Ｓａｌｖａｇｅ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｈｅｒａｐｙ ｄｏｓｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｆｏｒ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｆａｉｌｕｒｅ ｏｆ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ａｆｔｅｒ ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ － Ａ ｍｕｌｔｉ－ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎａｌ ｓｔｕｄｙ」、Ｉｎｔ Ｊ Ｒａｄｉａｔ Ｏｎｃｏｌ Ｂｉｏｌ Ｐｈｙｓ、Ｖｏｌ．９６、Ｎｏ．５、１０４６～１０５３頁、２０１６年を参照）。

【0006】

特定の患者群にとって、根治的又は救援ＲＴが効果的でないことは明白である。腸の炎症及び機能不全、尿失禁並びに勃起機能不全等のＲＴが引き起こし得る深刻な副作用によって、彼らの状況は更に悪化する（Ｒｅｓｎｉｃｋ Ｍ．Ｊ．らによる「Ｌｏｎｇ－ｔｅｒｍ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ａｆｔｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｆｏｒ ｌｏｃａｌｉｚｅｄ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ」、Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ、Ｖｏｌ．３６８、Ｎｏ．５、４３６～４４５頁、２０１３年、及びＨｅｇａｒｔｙ Ｓ．Ｅ．らによる「Ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｈｅｒａｐｙ ａｆｔｅｒ ｒａｄｉｃａｌ ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ ｆｏｒ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ：Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｉｍｉｎｇ ｏｎ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｉｎ ａ ｌａｒｇｅ， ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ－ｂａｓｅｄ ｃｏｈｏｒｔ」、ＰＬｏＳ Ｏｎｅ、Ｖｏｌ．１０、Ｎｏ．２、２０１５年を参照のこと）。更に、メディケアの払い戻しに基づく、ＲＴ１コースのコストの中央値は１８，０００ドルであり、最大で約４０，０００ドルまで大きく変動する（Ｐａｒａｖａｔｉ Ａ．Ｊ．らによる「Ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｓｔ ｏｆ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｈｅｒａｐｙ ａｍｏｎｇ ｍｅｄｉｃａｒｅ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｃａｎｃｅｒ」、Ｊ Ｏｎｃｏｌ Ｐｒａｃｔ、Ｖｏｌ．１１、Ｎｏ．５、４０３～４０９頁、２０１５年を参照のこと）。これらの数値には、根治的及び救援ＲＴ後のフォローアップケアの相当の長期にわたるコストは含まれていない。

【0007】

患者ごとのＲＴの有効性の予測が改善されると、根治的セッティングであれ救援セッティングであれ、治療選択が改善され、生存の可能性が向上することになる。これは、１）ＲＴが効果的であると予測される患者に対してＲＴを最適化すること（例えば、用量漸増又は開始時期を変えることにより）、及び２）ＲＴが効果的ではないと予測される患者を代替の、潜在的により効果的な処置形態に導くことによって実現することができる。更にこれによって、効果的でない治療をせずに済むことで患者の苦痛が減り、効果的でない治療に充てられていたコストが減る。

【0008】

数々の検討が、根治的ＲＴ（Ｈａｌｌ Ｗ．Ａ．らによる「Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ｏｕｔｃｏｍｅ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｌｏｃａｌｉｚｅｄ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙ」、Ｓｅｍｉｎ Ｒａｄｉａｔ Ｏｎｃｏｌ、Ｖｏｌ．２７、１１～２０頁、２０１６年、及びＲａｙｍｏｎｄ Ｅ．らによる「Ａｎ ａｐｐｒａｉｓａｌ ｏｆ ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｔｏｏｌｓ ｕｓｅｄ ｉｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｔｈｅｒａｐｙ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｍｅｎ ｗｉｔｈ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ：Ａ ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ｒｅｖｉｅｗ」、Ｒａｄｉａｔ Ｏｎｃｏｌ、Ｖｏｌ．１２、Ｎｏ．１、５６頁、２０１７年を参照のこと）及び根治的ＳＲＴ（Ｈｅｒｒｅｒａ Ｆ．Ｇ．及び Ｂｅｒｔｈｏｌｄ Ｄ．Ｒ．による２０１６年の同上を参照のこと）の応答予測のための測定値に対して行われてきた。これらの測定値の多くは、血液ベースのバイオマーカーであるＰＳＡの濃度に依存する。ＲＴ（根治的並びに救援）の開始前の応答の予測のために検討された数的指標には、ＰＳＡ濃度の絶対的値、前立腺のボリュームに関係する絶対的値、一定期間にわたる絶対的増加及び倍加期間が含まれる。しばしば考慮される他の因子は、グリーソンスコア及び腫瘍の臨床病期である。ＳＲＴセッティングの場合には、更なる因子、例えば切除縁の状態、ＲＰ後の再発までの期間、手術前／手術前後（ｐｅｒｉ－ｓｕｒｇｉｃａｌ）のＰＳＡ値及び臨床病理学的パラメータが適切である。

【0009】

多様なリスク群における患者の層別化にこれらの臨床的変数は限定的な改善をもたらしたが、より良い予測ツールが必要とされている。

【0010】

組織及び体液中の広範なバイオマーカー候補が検討されているが、検証は多くの場合限定的であり、全般的には予後情報を実証しているのであって、（治療に特異的な）予測値を実証しているのではない（Ｈａｌｌ Ｗ．Ａ．らによる２０１６年の同上を参照のこと）。少数の遺伝子発現パネルが、民間団体によって現在検証されている。これらのうちの１つ又はいくつかが、今後ＲＴに対する予測値を示す可能性がある（Ｄａｌ Ｐｒａ Ａ．らによる２０１８年の同上を参照のこと）。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0011】

結論として、原発性前立腺がんのための、並びに手術後のセッティングのための、ＲＴに対する応答のより良い予測が、依然として強く必要とされている。

【課題を解決するための手段】

【0012】

第１の態様では、本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、前記方法が、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の遺伝子のそれぞれの遺伝子発現レベルを決定するステップ又は遺伝子発現レベルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現レベルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップとを有する、方法に関する。

【0013】

第２の態様では、本発明は、複数の命令を含むコンピュータプログラムであって、前記コンピュータプログラムをコンピュータによって走らせた場合に、前記複数の命令が、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを示すデータを受け取るステップであって、遺伝子発現レベルは前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、前記３種以上の遺伝子の前記遺伝子発現プロファイル（複数可）に基づく治療に対する前立腺がん対象者の応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップとを有する方法を前記コンピュータに実行させる、コンピュータプログラムに関する。

【0014】

第３の態様では、本発明は、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のサンプル中でのそれぞれの発現レベルを決定するための、少なくとも３種のセットのポリメラーゼ連鎖反応プライマー対、及び適宜、少なくとも３種のプローブを含む、診断キットに関する。

【0015】

第４の態様では、本発明は、好ましくは、本発明の第１の態様に記載の方法における使用のための、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における、本発明の第３の態様に記載の診断キットの使用に関する。

【0016】

第５の態様では、本発明は、前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプルを受け取るステップと、前記前立腺がん対象者から取得した前記生物学的サンプル中で、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを決定するために、請求項１２に記載の診断キットを使用するステップとを有する、方法に関する。

【図面の簡単な説明】

【0017】

【図1】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図2】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図3】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図4】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた３８１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図5】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１６９患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図6】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１６９患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図7】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１６９患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図8】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた３７９患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図9】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図10】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図11】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図12】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた３８１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図13】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた４７患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿Ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿Ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、高（＞６６Ｇｙ）又は低（＜＝６６Ｇｙ）放射線治療線量を受けた対象者の手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図14】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた５１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを開発するために使用したトレーニングセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、高（＞６６Ｇｙ）又は低（＜＝６６Ｇｙ）放射線治療線量を受けた対象者の手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｄｏｓｅ Ｇｙ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図15】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（トレーニングセットにおいて開発されたＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図16】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（トレーニングセットにおいて開発されたＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図17】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（トレーニングセットにおいて開発されたＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図18】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１３６患者のコホート（トレーニングセットにおいて開発されたＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図19】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１４５患者のコホート（トレーニングセットにおいて開発されたＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図20】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１４５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図21】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１４５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図22】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１３１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、転移無増悪生存期間（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図23】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図24】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図25】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１５１患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図26】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１３６患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌを検証するために使用したテストセット）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の、前立腺がん特異的生存期間（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｌａｓｓ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図27】広範なセットのＰＤＥ４Ｄ７ノックダウン遺伝子（１１３遺伝子）を同定するために使用されるノウダウン（ｋｎｏｗ ｄｏｗｎ）戦略の概略を示す図である。

【図28】２８種の遺伝子のセットの選択及びその検証に使用される戦略の概略を示す図である。

【図29】ＬＮＣａＰ細胞及びＰＤＥ４Ｄ７ ｓｈＲＮＡトランスフェクトＬＮＣａＰ細胞における対照（スクランブル（上）；非処置及びスクランブル（下））のＰＤＥ４Ｄ７のｍＲＮＡ発現レベルを示す図である。

【図30】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した３種の遺伝子、すなわちＢＲＣＡ１、ＦＯＸＡ１、ＫＬＫ２を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ３．１＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図31】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した３種の遺伝子、すなわちＭＬＨ１、ＫＬＫ３、ＨＯＸＢ１３を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ３．２＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図32】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した３種の遺伝子、すなわちＡＴＭ、ＦＡＮＣＡ、ＭＹＯ６を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ３．３＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図33】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した３種の遺伝子、すなわちＡＴＭ、ＳＬＣ４５Ａ３、ＮＱＯ１を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ３．４＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図34】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した４種の遺伝子、すなわちＥＴＶ１、ＢＲＣＡ１、ＡＣＰＰ、ＮＲＰ１を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ４．１＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図35】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した４種の遺伝子、すなわちＰＡＬＢ２、ＫＬＫ３、ＡＲ、ＦＡＮＣＡを使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ４．２＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図36】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した４種の遺伝子、すなわちＣＤＨ１、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＮＡＡＬＡＤＬ２を使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ４．３＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【図37】すべての患者が手術後のＢＣＲ（生化学的再発）後にＳＲＴ（救援放射線照射処置）を受けた１８５患者のコホート（ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子セットから無作為に選択した４種の遺伝子、すなわちＥＨＦ、ＫＬＫ２、ＮＱＯ１、ＭＭＥを使用したモデル）におけるＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ ４．４＿ｍｏｄｅｌのカプランマイヤー曲線を示す図である。テストした臨床エンドポイントは、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後の全生存期間（Ｄｅａｔｈ）であった。ログランク、ＨＲ及び信頼区間が図中に示されている。含まれる補足リストは、分析したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌクラスのリスク患者数を表す。すなわち、手術後のすべての＋２０カ月の期間における、リスク患者が示される。

【発明を実施するための形態】

【0018】

ホスホジエステラーゼ（ＰＤＥ）は、セカンドメッセンジャー３’－５’－サイクリックＡＭＰを分解するための唯一の手段を提供する。そのため、ＰＤＥは、重要な調節的役割を果たし得る。従って、ＰＤＥの発現、活性及び細胞内位置での異常な変化はすべて、特定の疾患状態の根底にある分子病理学に寄与している可能性がある。実際、前立腺がん患者はＰＤＥ遺伝子の突然変異が多く、このことが、ｃＡＭＰシグナル伝達を上昇させ、また、前立腺がんの素因となる可能性があることが最近示されている。しかし、異なる細胞タイプにおける様々な発現プロファイルが、各ＰＤＥファミリー内の複雑で多様なアイソフォームバリアントと相まって、ＰＤＥの発現の異常な変化と疾患進行中の機能性との間の関連の理解を困難にしている。いくつかの研究において、前立腺におけるＰＤＥの総量の記載が試みられており、そのすべてにおいて、他のＰＤＥと共に有意なレベルのＰＤＥ４発現が同定されている。

【0019】

現在同定されているＰＤＥアイソフォームは、配列情報を使用して、以前、１９の前立腺がん細胞株及び異種移植片において発現を分析した。［Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ、２０１４］。そのような研究では、ＰＤＥ３Ｂ、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ７Ａ、ＰＤＥ８Ａ、ＰＤＥ８Ｂ及びＰＤＥ９Ａアイソフォームはがん前立腺細胞においてｍＲＮＡレベルで多量に発現していると同定された［Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ、２０１４］が、一方、ＰＤＥ１、ＰＤＥ３Ａ、ＰＤＥ５Ａ、ＰＤＥ１０Ａ及びＰＤＥ１１ＡのｍＲＮＡレベルはより低く（未発表データ）、前立腺上皮におけるサイクリックヌクレオチドシグナル伝達の複雑さが浮き彫りになった。重要なことに、前立腺がん細胞サンプルをアンドロゲン感受性及びアンドロゲン不感受性去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）の細胞表現型に分離することにより、ＰＤＥ４Ｄアイソフォームの発現がＣＲＰＣサンプルでは下方制御されていることを発見した。特に、アンドロゲン感受性サンプルの多くで最も多量に存在するＰＤＥ４アイソフォームＰＤＥ４Ｄ７は、ＣＲＰＣ細胞モデルにおいて有意な程度の下方制御を示し、ＰＤＥ４Ｄ７の下方制御が、疾患の悪化により駆動されるｃＡＭＰシグナル伝達の変化に直接寄与し得るというシナリオを示すことが見出された。更に、これらの観察結果により、ＰＤＥ４Ｄ７は、測定によって、低レベルの発現がより悪性な表現型と関連している可能性のある前立腺がんの疾患進行に対して情報を提供することが示唆された。

【0020】

ＰＤＥ４Ｄ７発現と上記疾患の病理学的特徴との相関に基づき、生検又は手術のいずれかによって採取した患者の前立腺組織におけるＰＤＥ４Ｄ７の発現と、個々の患者の転帰に関する臨床的に有用な情報との予後関連を同定することを明確に目的とした。臨床的に意義のあるエンドポイント、或いは転移の発症、がん特異的死亡率又は全死亡率と有意に相関する代替エンドポイントは、通常、予後がんバイオマーカーとして評価されている。代替エンドポイントを使用する最も適切な根拠は、確立された臨床エンドポイントに関するデータが利用できないか、又はデータコホート内のイベント数が統計データ分析には少なすぎるかのいずれかの状況に関連する。ＰＤＥ４Ｄ７予後バイオマーカーを開発するために、転移及び前立腺がん死亡の代替エンドポイントとして、ＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間、又は手術後の二次治療の開始のいずれかを評価した。これらの特定のエンドポイントを使用して、臨床コホートにおいて関連するイベント数（例えば、ＢＣＲについては、＞３０％）を同定したが、これは、多変数データ分析に特に関連する。

【0021】

評価では、Ｃｏｘ回帰及びカプランマイヤー生存分析等の多変数分析の標準的な方法を、確立された予後臨床的変数、例えば、ＰＳＡ及びグリーソンスコアと比較して、連続的及び／又はカテゴリー的な「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」の付加的及び独立した値を調査するために選択した［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］。そこで、ロジスティック回帰を使用して、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」と、手術後の進行の手術前又は手術後の臨床的予測因子のいずれかとを組み合わせたリスクモデルを構築した。得られたモデルは、その後、治療後の無増悪生存期間を予測するために、複数の独立した患者コホートにおいてカプランマイヤー生存及びＲＯＣ曲線分析でテストした［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］。

【0022】

そのような戦略を使用して、手術後でのセッティングでの単一の手術センターからの連続的に管理されている患者コホートにおいて、遡及的に採取された切除前立腺組織由来の生検におけるＰＤＥ４Ｄ７スコアの予後値のテストを開始した［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］。患者集団は、病理学的及び生物学的転帰の両方の長期の経過観察を行った約５００人から構成されていた。これらの臨床データは、すべての患者に対して入手可能であり、治療後中央値１２０カ月の経過観察中に収集された。「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」は、上記のように決定され、そして、多変数セッティングを調整するために利用可能な手術後の共変量（すなわち、病理グリーソンスコア、ｐＴ ｓｔａｇｅ、切除縁の状態、精嚢浸潤の状態、及びリンパ節浸潤の状態）を使用して、単変数分析及び多変数分析の両方でテストした。この例では、一次介入後の生化学的無増悪生存が、評価する臨床エンドポイントとして設定された。これらの臨床サンプルの単変数分析［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］は、ＰＤＥ４Ｄ７発現（「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」に関する）と、手術後の生物学的再発との間で逆相関を示し（単位変化あたりＨＲ＝０．５３；９５％ＣＩ ０．４１～０．６７；ｐ＜０．０００１）、発明者らの以前のデータ［Ｂｏｅｔｔｃｈｅｒ ２０１５；Ｂｏｅｔｔｃｈｅｒ、２０１６］を強固に裏付けた。そのような臨床的変数を用いる多変数分析において、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」は、臨床転帰を予測するのに、依然として独立して効果的な手段であった（ＨＲ＝０．５６／単位変化；９５％ＣＩ ０．４３～０．７３；ｐ＜０．０００１）。更に、多変数分析において、検証済で臨床に使用されているリスクモデルＣＡＰＲＡ－Ｓを用いて「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」を評価した場合に非常に類似した結果を得た（ＨＲ＝０．５４ ９５％ＣＩ ０．４２～０．６９；ｐ＜０．０００１）。ＣＡＰＲＡ－Ｓスコアは、手術前のＰＳＡ、及び手術時に決定された病理学的パラメータに基づいており、ＢＣＲ、全身性進行、及びＰＣＳＭを含む、疾患再発を予測するのを助けることを目的とした情報を臨床医に提供するために開発され、米国及び他の集団において検証されている。

【0023】

興味深いことに、連続的な「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」と比較してハザード率（ＨＲ）を評価する場合、本発明者らは、２と５との間のスコア値について「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」の減少に伴うリスクの線形増加を明らかにした。しかし、２未満のＰＤＥ４Ｄ７スコアでは、手術後の進行のリスクは急激に増加する［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］。これは、最も低い「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」カテゴリーに分類される患者の疾患再発のリスクが最高となるカプランマイヤー生存曲線においても明白である。ロジスティック回帰分析を使用して、ＣＡＰＲＡ－Ｓスコアと連続的な「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」とを組み合わせた。ＲＯＣ曲線分析を使用してこのモデルをテストしたところ、ＢＣＲに対する治療後の進行の２年及び５年予測の両方で、ＣＡＰＲＡ－Ｓ単独と比較してＡＵＣが４～６％顕著に改善していることに気づかされた。このように、カプランマイヤー生存分析における組合せＣＡＰＲＡ－Ｓ及び「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」のＣｏｘ回帰組合せモデルを評価し、これをＣＡＰＲＡ－Ｓスコアカテゴリー単独と比較した。これを考慮して、組合せ「ＰＤＥ４Ｄ７及びＣＡＰＲＡ－Ｓ」スコアのモデルを使用する場合のリスク予測における付加価値を、ＣＡＰＲＡ－Ｓスコアの臨床メトリックを単独で使用する場合と比較して確認した［Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ、２０１８］。

【0024】

前立腺がんの診断に続いて、定義された一次治療への層別化の前に正確なリスク評価を行う必要がある。これを念頭に置いて、診断用針生検サンプルから取得した腫瘍組織をテストする手術前の状況において、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」の予後的使用を変換し得るか見ることとした［ｖａｎ Ｓｔｒｉｊｐ ２０１８］。ここでは、一次治療として手術を受けた単一の診断臨床センターからの１６８患者に対して針生検を実施した。各患者の最小経過観察期間は、この介入後６０カ月間であった。多変数分析において「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」を調整するために使用される臨床的共変量は、手術時の年齢、手術前のＰＳＡ、ＰＳＡ密度、生検グリーソンスコア、腫瘍陽性生検コアのパーセンテージ、生検における腫瘍のパーセンテージ及び臨床ｃＴ病期であった。ここで、生化学的再発に対するＣｏｘ回帰分析における手術前のＣＡＰＲＡスコアと比較して、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」並びに「ＰＤＥ４Ｄ７及びＣＡＰＲＡ」スコアの組合せの有用性を評価した［ｖａｎ Ｓｔｒｉｊｐ２０１８］。

【0025】

この患者コホートを評価したとき、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」は、多変数分析において、臨床的変数（ＨＲ＝０．４３；９５％ＣＩ ０．２９～０．６３；ｐ＜０．０００１）並びに臨床ＣＡＰＲＡスコア（ＨＲ＝０．５３；９５％ＣＩ ０．３８～０．７４；ｐ＝０．０００１）に合わせて調整すると、ＢＣＲと逆相関することが見出された［ｖａｎ Ｓｔｒｉｊｐ ２０１８］。カプランマイヤー分析は、以前と同様に、手術後でのセッティングにおいて、「ＰＤＥ４Ｄ７スコア」カテゴリーが、ＢＣＲ無増悪生存期間（ログランクｐ＜０．０００１）及び無二次治療生存期間（ログランクｐ＝０．０１）と有意に関連することを示した。次いで、以前のコホートで開発された組み合わせロジスティック回帰モデルを用いた［ｖａｎ Ｓｔｒｉｊｐ ２０１８］。これは、組合せ「ＣＡＰＲＡ及びＰＤＥ４Ｄ７」スコアからなり、最も高い「ＣＡＰＲＡ及びＰＤＥ４Ｄ７」組合せスコアカテゴリー内の患者が、実質的に、手術後の生化学的進行又は任意の二次治療への移行のリスクがないことを示した。このロジスティック回帰モデルは、手術後５年間のＢＣＲを予測するために、ＲＯＣ曲線分析も使用して評価した。これにより、ＡＵＣは、ＣＡＰＲＡスコア単独よりも５％増加したことが明らかになった（それぞれＡＵＣ＝０．８２対０．７７；ｐ＝０．００４）。手術後の疾患進行を経験する個々の患者のリスク閾値に基づいて介入（例えば、手術）を行うかどうかを判断するために、組合せ「ＣＡＰＲＡ及びＰＤＥ４Ｄ７」スコアモデルの決定曲線分析は、すべての決定閾値にわたって、いずれのスコア単独と比較してもこの組合せスコアを使用することの優れた正味の利益を確認した［ｖａｎ Ｓｔｒｉｊｐ ２０１８］。

【0026】

限局性前立腺がんに対する根治的ＲＴ及びＳＲＴの両方の有効性は限定的であり、特に再発のリスクが高い患者に対しては、疾患進行及び最終的には患者の死がもたらされる。多くの因子が治療有効性及び疾患再発に関与するため、治療転帰の予測は非常に複雑である。重要な諸因子がまだ同定されていない可能性があり、他の因子の影響は正確に決定できていない。複数の臨床病理学的な測定値が、応答予測及び治療選択を改善するために臨床現場において現在検討及び適用されており、ある程度の改善をもたらしている。それにもかかわらず、根治的ＲＴ及びＳＲＴに対する応答のより良い予測が、これらの治療の成功率を上げるために依然として強く必要とされている。

【0027】

本明細書では、その発現が根治的ＲＴ及びＳＲＴ後の死亡率と有意に関係することが示され、それゆえこれらの処置の有効性の予測を改善すると予想される分子が、ＰＤＥ４Ｄ７ノックダウン戦略を使用することで新規に同定された。ＬＮＣａＰ前立腺がん細胞株を使用して、安定ＰＤＥ４Ｄ７ノックダウン株は生成及び分析された。この方法を用いて、ノックダウン細胞株で差次的に発現される遺伝子は、放射線治療に対する応答を予測するために、ヒト患者コホートにおいて予測値をテスト及び検証した。遺伝子ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２は、それぞれ単独で、又は組み合わされた場合に、放射線治療に対する前立腺がん対象者の好ましい応答又は不良な応答を予測し得ることが見出された。

【0028】

従って、第１の態様では、本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、前記方法が、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の遺伝子のそれぞれの遺伝子発現レベルを決定するステップ又は遺伝子発現レベルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現レベルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、
前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答である、ステップとを有する、方法に関する。

【0029】

代替的な実施形態では、本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、前記方法が、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の遺伝子のそれぞれの遺伝子発現レベルを決定するステップ又は遺伝子発現レベルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現レベルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、
前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記３種以上の遺伝子は、
ＢＲＣＡ１、ＦＯＸＡ１、及びＫＬＫ２；
ＭＬＨ１、ＫＬＫ３、及びＨＯＸＢ１３；
ＡＴＭ、ＦＡＮＣＡ、及びＭＹＯ６；
ＡＴＭ、ＳｌＣ４５Ａ３、及びＮＱＯ１、
ＥＴＶ１、ＢＲＣＡ１、ＡＣＰＰ、及びＮＲＰ１；
ＰＡＬＢ２、ＫＬＫ３、ＡＲ、及びＦＡＮＣＡ；
ＣＤＨ１、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、及びＮＡＡＬＡＤＬ２；又は
ＥＨＦ、ＫＬＫ２、ＮＱＯ１、及びＭＭＥを含む、ステップと、
を有する、方法に関する。

【0030】

現在同定されているＰＤＥアイソフォームは、配列情報を使用して、１９の前立腺がん細胞株及び異種移植片において発現を分析した（Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ Ｄ．Ｊ．ら、「Ｔｈｅ ｃＡＭＰ ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ－４Ｄ７ （ＰＤＥ４Ｄ７） ｉｓ ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｉｎ ａｎｄｒｏｇｅｎ－ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｍｅｄｉａｔｅｓ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ ｂｙ ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔａｌｉｚｉｎｇ ｃＡＭＰ ａｔ ｔｈｅ ｐｌａｓｍａ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｏｆ ＶＣａＰ ｐｒｏｓｔａｔｅ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌｓ」、Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ、Ｖｏｌ．１１０、Ｎｏ．５、１２７８～１２８７頁、２０１４年を参照のこと）。そのような研究では、ＰＤＥ３Ｂ、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＥ７Ａ、ＰＤＥ８Ａ、ＰＤＥ８Ｂ及びＰＤＥ９Ａアイソフォームはがん前立腺細胞においてｍＲＮＡレベルで多量に発現していると同定された（Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ Ｄ．Ｊ．らによる２０１４年の同上を参照のこと）が、一方、ＰＤＥ１、ＰＤＥ３Ａ、ＰＤＥ５Ａ、ＰＤＥ１０Ａ及びＰＤＥ１１ＡのｍＲＮＡレベルはより低く（未発表データ）、前立腺上皮におけるサイクリックヌクレオチドシグナル伝達の複雑さが浮き彫りになった。重要なことに、前立腺がん細胞サンプルをアンドロゲン感受性及びアンドロゲン不感受性去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）の細胞表現型に分離することにより、ＰＤＥ４Ｄアイソフォームの発現がＣＲＰＣサンプルでは下方制御されていることを発見した。特に、アンドロゲン感受性サンプルの多くで最も多量に存在するＰＤＥ４アイソフォームＰＤＥ４Ｄ７は、ＣＲＰＣ細胞モデルにおいて有意な程度の下方制御を示し、ＰＤＥ４Ｄ７の下方制御が、疾患の悪化により駆動されるｃＡＭＰシグナル伝達の変化に直接寄与し得るというシナリオを示すことが見出された。更に、これらの観察結果により、ＰＤＥ４Ｄ７は、測定によって、低レベルの発現がより悪性な表現型と関連している可能性のある前立腺がんの疾患進行に対して情報を提供することが示唆された。

【0031】

ＰＤＥ４Ｄ７発現と上記疾患の病理学的特徴との相関に基づき、生検又は手術のいずれかによって採取した患者の前立腺組織におけるＰＤＥ４Ｄ７の発現と、個々の患者の転帰に関する臨床的に有用な情報との予後関連を同定することを明確に目的とした。臨床的に意義のあるエンドポイント又は転移の発症、がん特異的死亡率又は全死亡率と有意に相関する代替エンドポイントは、通常、予後がんバイオマーカーとして評価されている。代替エンドポイントを使用する最も適切な根拠は、確立された臨床エンドポイントに関するデータが利用できないか、又はデータコホート内のイベント数が統計データ分析には少なすぎるかのいずれかの状況に関連する。ＰＤＥ４Ｄ７予後バイオマーカーを開発するために、転移及び前立腺がん死亡の代替エンドポイントとして、ＢＣＲ（生化学的再発）無増悪生存期間、又は手術後の二次治療の開始のいずれかを評価した。これらの特定のエンドポイントを使用して、臨床コホートにおいて関連するイベント数（例えば、ＢＣＲについては、＞３０％）を同定したが、これは、多変数データ分析に特に関連する。

【0032】

評価では、Ｃｏｘ回帰及びカプランマイヤー生存分析等の多変数分析の標準的な方法を、確立された予後臨床的変数、例えば、ＰＳＡ及びグリーソンスコアと比較して、連続的及び／又はカテゴリー的な「ＫＤスコア」の付加的及び独立した値を調査するために選択した（Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ Ｍ．ら、「Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｙｃｌｉｃ Ａｄｅｎｏｓｉｎｅ Ｍｏｎｏｐｈｏｓｐｈａｔｅ Ｐｈｏｓｐｈｏｄｉｅｓｔｅｒａｓｅ－４Ｄ７ ｆｏｒ ｉｔｓ Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ Ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｔｏ Ｒｉｓｋ Ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ａ Ｐｒｏｓｔａｔｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔ Ｃｏｈｏｒｔ ｗｉｔｈ Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｏｕｔｃｏｍｅｓ」、Ｅｕｒ Ｕｒｏｌ Ｆｏｃｕｓ、Ｖｏｌ．４、Ｎｏ．３、３７６～３８４頁、２０１８年を参照のこと）。そこで、ロジスティック回帰を使用して、「ＫＤスコア」と、手術後の進行の手術前又は手術後の臨床的予測因子のいずれかとを組み合わせたリスクモデルを構築した。得られたモデルは、その後、治療後の無増悪生存期間を予測するために、複数の独立した患者コホートにおいてカプランマイヤー生存及びＲＯＣ曲線分析でテストした（Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ Ｍ．らによる２０１８年の同上を参照のこと）。

【0033】

そのような戦略を使用して、手術後でのセッティングでの単一の手術センターからの連続的に管理されている患者コホートにおいて、遡及的に採取された切除前立腺組織由来の生検におけるＫＤスコアの予後値のテストを開始した（Ａｌｖｅｓ ｄｅ Ｉｎｄａ Ｍ．らによる２０１８年の同上を参照のこと）。患者集団は、病理学的及び生物学的転帰の両方の長期の経過観察を行った約５００人から構成されていた。これらの臨床データは、すべての患者に対して入手可能であり、治療後中央値１２０カ月の経過観察中に収集された。「ＫＤスコア」は、上記のように決定され、そして、多変数セッティングを調整するために利用可能な手術後の共変量（すなわち、病理グリーソンスコア、ｐＴ ｓｔａｇｅ、切除縁の状態、精嚢浸潤の状態、及びリンパ節浸潤の状態）を使用して、単変数分析及び多変数分析の両方でテストした。この例では、一次介入後の生化学的無増悪生存が、評価する臨床エンドポイントとして設定された。

【0034】

ＰＤＥ４Ｄ７バイオマーカーが放射線治療応答の良好な予測因子であると証明されているため、ＰＤＥ４Ｄ７ノックダウンに際して差次的に発現するマーカーを同定できれば、全体的なＲＴ応答のより良い予測を可能にする助けとなり得る、というアイデアに本発明は基づく。これを達成するために、上記戦略では、実施例に記載されているような過程で、個別又は一緒に使用して放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測できる２８種の遺伝子の群（ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２）を同定した。

【0035】

「ＡＣＰＰ」という用語は、酸性ホスファターゼ３遺伝子を指し、ＡＣＰ３としても知られている（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００１４２５７；ＨＧＮＣ：１２５）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３０７３をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１０９９．５に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＡＣＰＰ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＡＣＰＰポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１０９０．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0036】

「ＡＣＰＰ」という用語はまた、ＡＣＰＰに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0037】

「ＡＲ」という用語は、アンドロゲン受容体遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１６９０８３；ＨＧＮＣ：６４４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ８７７５４をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００００４４．６に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＡＲ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＡＲポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００００３５．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0038】

「ＡＲ」という用語はまた、ＡＲに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0039】

「ＣＤＨ１」という用語は、カドヘリン１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００３９０６８；ＨＧＮＣ：１７４８）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ８２００５をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４３６０．５に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＣＤＨ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＣＤＨ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００４３５１．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0040】

「ＣＤＨ１」という用語はまた、ＣＤＨ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0041】

「ＥＨＦ」という用語は、ＥＴＳ相同因子遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１３５３７３；ＨＧＮＣ：３２４６）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ５５７５２をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２１５３．６に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＥＨＦ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号７に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＥＨＦポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０３６２８５．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号８に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0042】

「ＥＨＦ」という用語はまた、ＥＨＦに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0043】

「ＥＴＶ１」という用語は、ＥＴＳバリアント１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００００６４６８；ＨＧＮＣ：３４９０）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ５５０８５をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４９５６．５に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＥＴＶ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号９に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＥＴＶ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００４９４７．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号１０に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0044】

「ＥＴＶ１」という用語はまた、ＥＴＶ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号１０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号１０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0045】

「ＦＯＬＨ１」という用語は、葉酸ヒドロラーゼ１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００８６２０５；ＨＧＮＣ：３７８８）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３１４９３をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４４７６．３に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＦＯＬＨ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＦＯＬＨ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００４４６７．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号１２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0046】

「ＦＯＬＨ１」という用語はまた、ＦＯＬＨ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号１２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号１２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0047】

「ＦＯＸＡ１」という用語は、フォークヘッドボックスＡ１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１２９５１４；ＨＧＮＣ：５０２１）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ９６６５をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４４９６．５に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＦＯＸＡ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＦＯＸＡ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００４４８７．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号１４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0048】

「ＦＯＸＡ１」という用語はまた、ＦＯＸＡ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号１４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号１４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0049】

「ＨＯＸＢ１３」という用語は、ホメオボックスＢ１３遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１５９１８４；ＨＧＮＣ：５１１２）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１１５３６をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６３６１．６に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＨＯＸＢ１３転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＨＯＸＢ１３ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００６３５２．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号１６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0050】

「ＨＯＸＢ１３」という用語はまた、ＨＯＸＢ１３に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号１６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号１６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0051】

「ＫＬＫ２」という用語は、カリクレイン関連ペプチダーゼ２遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１６７７５１；ＨＧＮＣ：６３６３）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１２８０８をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５５５１．５に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＫＬＫ２転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１７に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＫＬＫ２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００５５４２．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号１８に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0052】

「ＫＬＫ２」という用語はまた、ＫＬＫ２に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号１８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号１８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0053】

「ＫＬＫ３」という用語は、カリクレイン関連ペプチダーゼ３遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１４２５１５；ＨＧＮＣ：６３６４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１２８０７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１６４８．２に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＫＬＫ３転写物のコード配列の配列に対応した配列番号１９に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＫＬＫ３ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１６３９．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２０に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0054】

「ＫＬＫ３」という用語はまた、ＫＬＫ３に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号１９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号１９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0055】

「ＭＡＯＡ」という用語は、モノアミンオキシダーゼＡ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１８９２２１；ＨＧＮＣ：６８３３）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１４２６０をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００２４０．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＭＡＯＡ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号２１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＭＡＯＡポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０００２３１．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0056】

「ＭＡＯＡ」という用語はまた、ＭＡＯＡに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号２１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号２１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0057】

「ＭＬＨ１」という用語は、ｍｕｔＬホモログ１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００７６２４２；ＨＧＮＣ：７１２７）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ５４５６２をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００２４９．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＭＬＨ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号２３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＭＬＨ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０００２４０．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0058】

「ＭＬＨ１」という用語はまた、ＭＬＨ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号２３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号２３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0059】

「ＭＭＥ」という用語は、膜メタロエンドペプチダーゼ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１９６５４９；ＨＧＮＣ：７１５４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ８７１５７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００７２８９．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＭＭＥ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号２５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＭＭＥポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１３４１５７３．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0060】

「ＭＭＥ」という用語はまた、ＭＭＥに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号２５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号２５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0061】

「ＭＹＯ６」という用語は、ミオシンＶＩ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１９６５８６；ＨＧＮＣ：７６０５）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３４４８７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００４９９９．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＭＹＯ６転写物のコード配列の配列に対応した配列番号２７に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＭＹＯ６ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００４９９０．３に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号２８に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0062】

「ＭＹＯ６」という用語はまた、ＭＹＯ６に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号２７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号２８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号２８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号２７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0063】

「ＮＡＡＬＡＤＬ２」という用語はＮ－アセチル化α結合酸性ジペプチダーゼ様２遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１７７６９４；ＨＧＮＣ：２３２１９）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ４６９６０をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿２０７０１５．３に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＮＡＡＬＡＤＬ２転写物のコード配列の配列に対応した配列番号２９に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＮＡＡＬＡＤＬ２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿９９６８９８．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号３０に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0064】

「ＮＡＡＬＡＤＬ２」という用語はまた、ＮＡＡＬＡＤＬ２に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号２９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号３０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号３０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号２９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0065】

「ＮＫＸ３－１」という用語は、ＮＫ３ホメオボックス１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１６７０３４；ＨＧＮＣ：７８３８）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ６０４２をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００６１６７．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＮＫＸ３－１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＮＫＸ３－１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００６１５８．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号３２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0066】

「ＮＫＸ３－１」という用語はまた、ＮＫＸ３－１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号３２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号３２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0067】

「ＮＱＯ１」という用語は、ＮＡＤ（Ｐ）Ｈキノン脱水素酵素１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１８１０１９；ＨＧＮＣ：２８７４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ６７０６７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００９０３．３に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＮＱＯ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＮＱＯ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１２７３０６６．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号３４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0068】

「ＮＱＯ１」という用語はまた、ＮＱＯ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号３４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号３４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0069】

「ＮＲＰ１」という用語はニューロピリン１遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００９９２５０；ＨＧＮＣ：８００４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ７１７７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００３８７３．７に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＮＲＰ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＮＲＰ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００３８６４．５に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号３６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0070】

「ＮＲＰ１」という用語はまた、ＮＲＰ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号３６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号３６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0071】

「ＳＬＣ４５Ａ３」という用語は、溶質輸送体ファミリー４５メンバー３遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１５８７１５；ＨＧＮＣ：８６４２）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１４５８をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０３３１０２．３に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＳＬＣ４５Ａ３転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３７に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＳＬＣ４５Ａ３ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿１４９０９３．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号３８に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0072】

「ＳＬＣ４５Ａ３」という用語はまた、ＳＬＣ４５Ａ３に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号３８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号３８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0073】

「ＳＰＤＥＦ」という用語は、ＳＡＭポインテッドドメイン含有ＥＴＳ転写因子（ＳＡＭ ｐｏｉｎｔｅｄ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＥＴＳ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ）遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１２４６６４；ＨＧＮＣ：１７２５７）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ４７９４をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１２３９１．３に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＳＰＤＥＦ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号３９に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＳＰＤＥＦポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０３６５２３．１に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４０に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0074】

「ＳＰＤＥＦ」という用語はまた、ＳＰＤＥＦに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号３９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号３９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0075】

「ＡＴＭ」という用語はＡＴＭセリン／スレオニンキナーゼ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１４９３１１；ＨＧＮＣ：７９５）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ８６２４５をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００００５１．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＡＴＭ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号４１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＡＴＭポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００００４２．３に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0076】

「ＡＴＭ」という用語はまた、ＡＴＭに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号４１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号４１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0077】

「ＡＴＲ」という用語はＡＴＲセリン／スレオニンキナーゼ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１７５０５４；ＨＧＮＣ：８８２）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３１２４をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００１１８４．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＡＴＲ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号４３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＡＴＲポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００１１７５．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0078】

「ＡＴＲ」という用語はまた、ＡＴＲに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号４３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号４３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0079】

「ＢＲＣＡ１」という用語は、ＤＮＡ修復関連遺伝子であるＢＲＣＡ１を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００１２０４８；ＨＧＮＣ：１１００）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１１４５４をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００７２９４．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＢＲＣＡ１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号４５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＢＲＣＡ１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００９２２９．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0080】

「ＢＲＣＡ１」という用語はまた、ＢＲＣＡ１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号４５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号４５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0081】

「ＢＲＣＡ２」という用語は、ＤＮＡ修復関連遺伝子であるＢＲＣＡ２を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１３９６１８；ＨＧＮＣ：１１０１）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ９３４４をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００００５９．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＢＲＣＡ２転写物のコード配列の配列に対応した配列番号４７に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＢＲＣＡ２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００００５０．３に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号４８に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0082】

「ＢＲＣＡ２」という用語はまた、ＢＲＣＡ２に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号４７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号４８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号４８に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号４７に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0083】

「ＣＤＫ１２」という用語は、サイクリン依存性キナーゼ１２遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１６７２５８；ＨＧＮＣ：２４２２４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ１１３３７をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０１６５０７．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＣＤＫ１２転写物のコード配列の配列に対応した配列番号４９に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＣＤＫ１２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０５７５９１．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号５０に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0084】

「ＣＤＫ１２」という用語はまた、ＣＤＫ１２に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号４９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号５０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号５０に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号４９に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0085】

「ＦＡＮＣＡ」という用語は、ＦＡ相補群Ａ遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ０００００１８７７４１；ＨＧＮＣ：３５８２）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３２５１５をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０００１３５．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＦＡＮＣＡ転写物のコード配列の配列に対応した配列番号５１に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＦＡＮＣＡポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０００１２６．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号５２に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0086】

「ＦＡＮＣＡ」という用語はまた、ＦＡＮＣＡに対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号５１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号５２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号５２に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号５１に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0087】

「ＭＲＥ１１」という用語は、二本鎖切断修復ヌクレアーゼ遺伝子であるＭＲＥ１１ホモログを指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００２０９２２；ＨＧＮＣ：７２３０）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ８２９８をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿００５５９１．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＭＲＥ１１転写物のコード配列の配列に対応した配列番号５３に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＭＲＥ１１ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿００５５８１．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号５４に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0088】

「ＭＲＥ１１」という用語はまた、ＭＲＥ１１に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号５３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号５４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号５４に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号５３に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0089】

「ＰＡＬＢ２」という用語は、ＢＲＣＡ２のパートナーかつローカライザーの遺伝子を指す（Ｅｎｓｅｍｂｌ：ＥＮＳＧ００００００８３０９３；ＨＧＮＣ：２６１４４）。例えば、上記遺伝子の例示的なスプライスバリアントは、コード配列ＣＣＤＳ３２４０６をコードするＮＣＢＩ参照配列ＮＭ＿０２４６７５．４に定義のヌクレオチド配列、すなわち、上記に示したＰＡＬＢ２転写物のコード配列の配列に対応した配列番号５５に定めるとおりのヌクレオチド配列に定められており、ＰＡＬＢ２ポリペプチドをコードするＮＣＢＩタンパク質アクセッション参照配列ＮＰ＿０７８９５１．２に定義のタンパク質配列に対応した、例えば、配列番号５６に定めるとおりの対応するアミノ酸配列をコードする。

【0090】

「ＰＡＬＢ２」という用語はまた、ＰＡＬＢ２に対して高い相同性を示すヌクレオチド配列、例えば、配列番号５５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列、或いは配列番号５６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列、或いは配列番号５６に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列、或いは配列番号５５に定めるとおりの配列と少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一である核酸配列によってコードされているアミノ酸配列を含む。

【0091】

「生物学的サンプル」又は「対象者から取得したサンプル」という用語は、当業者に知られた適切な方法を介して対象者、例えば前立腺がん患者、から取得した任意の生物材料のことを指す。「前立腺がん対象者」という用語は、前立腺がんを有しているか、又はそれを有している疑いのある人物を指す。

【0092】

使用する生物学的サンプルは、臨床的に受け入れられるやり方、例えば、核酸（特にＲＮＡ）又はタンパク質が保たれる手法で採取する。

【0093】

生物学的サンプル（複数可）には、体組織及び／又は体液、例えば、これらに限定されないが、血液、汗、だ液及び尿が含まれる。更に、生物学的サンプルは、がん性上皮細胞又はがんであると疑われる組織に由来する上皮細胞等の上皮細胞に由来する細胞抽出液又はそれを含む細胞集団を含有する。生物学的サンプルは腺組織に由来する細胞集団を含有し、例えば、サンプルは男性対象者の前立腺に由来する。加えて、必要であれば、取得した体組織及び体液から細胞を精製し、次いでそれを生物学的サンプルとして使用する。一部の実現化では、サンプルは、組織サンプル、尿サンプル、尿沈渣サンプル、血液サンプル、だ液サンプル、精液サンプル、循環腫瘍細胞を含むサンプル、細胞外小胞、前立腺によって分泌されたエキソソームを含有するサンプル又は細胞株若しくはがん細胞株である。特定の一実現化では、生検又は切除サンプルを取得する、及び／又は使用する。そのようなサンプルには、細胞又は細胞ライセートが含まれる。

【0094】

従って、一実施形態では、対象者から取得した生物学的サンプルは生検である。更に好ましい実施形態では、本方法は、生検を提供又は取得するステップを含む。好ましい実施形態では、生検は前立腺生検である。

【0095】

生物学的サンプルの内容物を濃縮ステップにかけることも考えられる。例えば、サンプルを、特定の細胞タイプ、例えば前立腺細胞の細胞膜又はオルガネラに対して特異的であり、例えば磁性粒子等で機能化させたリガンドと接触させる。磁性粒子によって濃縮した材料は、その後、本明細書の上記又は下記に記載の検出及び分析ステップのために使用する。

【0096】

更に、細胞、例えば腫瘍細胞は、液体又は液体サンプル、例えば血液、尿等のろ過プロセスを介して濃縮することもできる。そのようなろ過プロセスは、本明細書の上記に記載のリガンド特異的な相互作用に基づく濃縮ステップと組み合わせることもできる。

【0097】

「前立腺がん」という用語は、男性生殖器系における前立腺のがんのことを指し、それは前立腺の細胞が突然変異し、制御不能に増え始めたときに生じる。典型的には、前立腺がんは、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）のレベルの上昇とつながりがある。本発明の一実施形態では、「前立腺がん」という用語は、３．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。別の実施形態では、前記用語は、２．０を超えるＰＳＡレベルを示すがんに関する。「ＰＳＡレベル」という用語は、ｎｇ／ｍｌにおける血中のＰＳＡの濃度のことを指す。

【0098】

「非進行性前立腺がん状態」という用語は、個体のサンプルが、「生化学的再発」、「臨床的再発」、「転移」、「去勢抵抗性疾患」及び／又は「前立腺がんすなわち疾患特異的死亡」を表すパラメータ値を示さないことを意味する。

【0099】

「進行性前立腺がん状態」という用語は、個体のサンプルが、「生化学的再発」、「臨床的再発」、「転移」、「去勢抵抗性疾患」及び／又は「前立腺がんすなわち疾患特異的死亡」を表すパラメータ値を示すことを意味する。

【0100】

「生化学的再発」という用語は、一般的に、サンプル中に前立腺がん細胞が存在することを表す、ＰＳＡの生物学的値の増加が再発したことを指す。しかし、前記存在の検出に使用することができる他のマーカー又はそのような存在についての疑いを高める他のマーカーも使用することができる。

【0101】

「臨床的再発」という用語は、例えば生体内イメージングを使用して測定された、腫瘍細胞の存在を表す臨床徴候が存在することを指す。

【0102】

「転移」という用語は、前立腺以外の臓器において転移性疾患が存在することを指す。

【0103】

「去勢抵抗性疾患」という用語は、ホルモン非感受性前立腺がんが存在すること、すなわち前立腺におけるがんが、アンドロゲン遮断治療（ＡＤＴ）にもはや応答しないことを指す。

【0104】

「前立腺がん特異的死亡すなわち疾患特異的死亡」という用語は、患者の前立腺がんに由来する患者の死亡のことを指す。

【0105】

本明細書で使用する場合、「ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子」という用語は、「ＫＤ遺伝子」又は「ノックダウン遺伝子」と交換可能に使用され、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２から選択される遺伝子の１種以上を指す。

【0106】

本明細書で使用する場合、「放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答」という用語は、放射線治療が、前立腺がんを有する対象者の疾患状態を改善する又は改善しない状況を指す。本明細書では、「改善しない」は、放射線治療が有意な効果を有しない、又は放射線治療が対象者の状態を悪化させる状況を指す場合がある。患者の状態の悪化又は改善は、腫瘍の大きさ又は質量、無がん生存期間又は生存期間を指し得る。従って、放射線治療に対する好ましい応答は、対象者の、腫瘍の大きさ又は質量の減少、無腫瘍生存時間の延長、或いは生存時間の全体的な延長である。従って、放射線治療に対する好ましくない応答は、対象者の、腫瘍の大きさ又は質量の増加、無腫瘍生存時間の短縮、或いは生存時間の全体的な短縮である。

【0107】

本方法は、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２から選択される３種以上の標的遺伝子の発現レベルに基づく。本方法が３種以上の遺伝子の発現レベルに関連する入力に対して実行され得るか、又は発現レベルを決定するステップが本方法の一部であり得ることが理解される。

【0108】

本方法はプロセッサによって実行されることが更に想定される。従って、一実施形態では、本発明は、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測するコンピュータ実装方法であって、前記コンピュータ実装方法が、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の遺伝子のそれぞれの遺伝子発現レベルを決定した結果を受け取るステップであって、前記遺伝子発現レベルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップとを有する、コンピュータ実装方法に関する。

【0109】

前記放射線治療応答の予測を決定するステップが、２種以上の、例えば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種又はすべての前記ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子の前記遺伝子発現プロファイルと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせるステップを含むことが好ましい。

【0110】

従って、一実施形態では、前記３種以上の遺伝子は、６種以上、好ましくは９種以上、最も好ましくはすべての前記遺伝子を含む。

【0111】

Ｃｏｘ比例ハザード回帰により、生存のようなテストしたイベントに対する複数のリスク因子の影響をオンタイムに分析することが可能になる。それに関して、リスク因子は、リスクスコア若しくは臨床病期のような２値変数若しくは離散変数であるか、又はバイオマーカーの測定値若しくは遺伝子発現の値のような連続変数である。エンドポイント（例えば、死亡又は疾患再発）の確率はハザードと呼ばれる。回帰分析においては、テストしたエンドポイントに、例えばある患者コホートにおける対象者が達したか達しなかったか（例えば、患者が死亡したか死亡しなかったか）についての情報の次に、エンドポイントまでの期間も考慮される。ハザードは、Ｈ（ｔ）＝Ｈ_０（ｔ）・ｅｘｐ（ｗ_１・Ｖ_１＋ｗ_２・Ｖ_２＋ｗ_３・Ｖ_３＋・・・）としてモデル化され、ここでＶ_１、Ｖ_２、Ｖ_３・・・は予測変数であり、Ｈ_０（ｔ）はベースラインのハザードであるがＨ（ｔ）は任意の時間ｔにおけるハザードである。ハザード率（すなわちイベントに達するリスク）は、Ｌｎ［Ｈ（ｔ）／Ｈ_０（ｔ）］＝ｗ_１・Ｖ_１＋ｗ_２・Ｖ_２＋ｗ_３・Ｖ_３＋・・・によって表され、ここで係数又は重みｗ_１、ｗ_２、ｗ_３・・・はＣｏｘ回帰分析によって見積もられ、ロジスティック回帰分析と同様に解釈することができる。

【0112】

特定の一実現化では、放射線治療応答の予測は以下のとおりに決定される：

【数1】

ここで、ｗ_１から_ｗ２８は重みであり、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２は上記各遺伝子の発現レベルである。

【0113】

重み_Ｗｎの例示的な値を、以下の表１に示す。しかしながら、他の値を、本サンプルに基づく最適な定数を決定するために誤差の範囲内で使用してもよいことを理解されたい。従って、重みは、以下の表１に列挙される定数±表に列挙される標準誤差の範囲内になるように選択することが想定される。例えば、ＥＴＶ１に対して列挙されている使用ｗ値は、０．１７８２であり、標準誤差は、０．２４６４であるが、このことは、－０．０６８２（０．１７８２－０．２４６４）と０．４２４６（０．１７８２＋０．２４６４）との間の任意の値を使用することを意味する。以下に列挙される他の２７種の遺伝子についても同じことが当てはまる。

【0114】

【表1】

【0115】

放射線治療応答の予測はまた、放射線治療応答の予測の値に基づいて、少なくとも２つのリスク群のうちの１つに分類又はカテゴリー化されてもよい。例えば、２つのリスク群、３つのリスク群、４つのリスク群又は４つを超える予め定義されたリスク群がある。各リスク群は、放射線治療応答の予測の、個別の範囲の（オーバーラップしない）値をカバーする。例えば、リスク群は、０～＜０．１、０．１～＜０．２５、０．２５～＜０．５、又は０．５～１．０等の、特定の臨床イベントの発生確率を表す。

【0116】

前記放射線治療応答の予測を決定するステップは、前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータに更に基づくことが、更に好ましい。

【0117】

上記で言及したように、臨床パラメータに基づく様々な測定値が検討されている。放射線治療応答の予測は、そのような臨床パラメータ（複数可）に更に基づくことにより、予測を更に改善することが可能となる。

【0118】

一実施形態では、前記放射線治療応答の予測を決定するステップは、３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての前記遺伝子の遺伝子発現レベルと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせるステップを含む。

【0119】

一実施形態では、前記放射線治療応答の予測を決定するステップは、前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータに更に基づく。

【0120】

一実施形態では、前記臨床パラメータは、（ｉ）前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）レベル；（ｉｉ）病理学的グリーソンスコア（ｐＧＳ）；ｉｉｉ）腫瘍の臨床病期；ｉｖ）病理学的グリーソングレードグループ（ｐＧＧＧ）；ｖ）病理学的病期；ｖｉ）１つ以上の病理学的変数、例えば、切除縁の状態、リンパ節浸潤、前立腺外増殖及び／又は精嚢浸潤；ｖｉｉ）ＣＡＰＲＡ－Ｓ；並びにｖｉｉｉ）別の臨床リスクスコアの１つ以上を含む。

【0121】

一実施形態では、前記放射線治療応答の予測を決定するステップは、前記３種以上のＫＤ遺伝子の前記遺伝子発現レベル、及び前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせるステップを含む。

【0122】

１種以上のＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子の前記遺伝子発現プロファイル、及び前記前立腺がん対象者から取得した１つ以上の臨床パラメータと、前立腺がん対象者の集団から導出した回帰関数とを組み合わせることが、更に好ましい。

【0123】

特定の一実現化では、放射線治療応答の予測は、以下のとおりに決定される（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌ）：

【数2】

ここで、_ｗ２９及びｗ_３０は重みであり、ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌは、３種以上の、例えば３、４、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７種又はすべてのＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子の発現プロファイルに基づく上記の回帰モデルであり、ｐＧＧＧは、病理学的グリーソングレードグループである。一例では、_ｗ２９は、約０．７８０９から１．０８４７、例えば０．９３２８であり、ｗ_３０は、約０．２５３４から０．６４３６、例えば０．４４８５である。

【0124】

更なる実現化では、ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌモデルは、より多くのリスククラスを識別するための区別に更に使用できる。ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌスコアを用いた図では、患者を２つの群に分けるための閾値は、図の凡例に示されている。ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｃｌａｓｓモデルの場合、患者は、２つの群だけではなく、３つのリスク群（低、中、高）に分けられる。各クラスのカットオフ値はＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌスコアに基づき、該スコアはＣｏｘ回帰モデル：低リスク（＜０）；中リスク（０～４）；高リスク（＞４）に基づき計算される。

【0125】

一実施形態では、前記生物学的サンプルを、前記放射線治療の開始前に前記前立腺がん対象者から取得し、好ましくは、前記生物学的サンプルが、前立腺サンプル又は前立腺がんサンプルである。

【0126】

一実施形態では、放射線治療は、根治的放射線治療又は救援放射線治療である。

【0127】

一実施形態では、前記放射線治療応答の予測に基づいて治療法が推奨又は実施され、
前記放射線治療応答の予測が好ましくないものの場合、推奨される前記治療法は、
（ｉ）標準よりも早期に提供される放射線治療；
（ｉｉ）放射線量を増加させた放射線治療；
（ｉｉｉ）アンドロゲン遮断治療等の補助的治療であり、好ましくは、アンドロゲン遮断治療と第二選択の抗アンドロゲン剤、放射線照射、化学療法及び／又は免疫療法との組合せである、補助的治療；並びに
（ｉｖ）放射線治療ではない代替治療
の１つ以上を含む。
前記放射線治療応答の予測がどの程度陰性であるかによって、推奨される治療法がどの程度放射線治療の標準形態から逸脱するかが決定される。

【0128】

一実施形態では、前記放射線治療応答の予測に基づいて治療法が推奨され、
前記放射線治療応答の予測が好ましいものの場合、推奨される前記治療法は、
（ｖ）根治的放射線治療；
（ｖｉ）救援放射線治療；
（ｖｉ）漸減用量レベルでの救援放射線治療；及び
（ｖｉｉ）監視的待機
の１つ以上を含む。

【0129】

第２の態様では、本発明は、複数の命令を含むコンピュータプログラムであって、前記コンピュータプログラムをコンピュータによって走らせた場合に、前記複数の命令が、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを示すデータを受け取るステップであって、遺伝子発現レベルは前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、ステップと、
前記３種以上の遺伝子の前記遺伝子発現プロファイル（複数可）に基づく治療に対する前立腺がん対象者の応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップと、を有する方法を前記コンピュータに実行させる、コンピュータプログラムに関する。一実施形態では、コンピュータプログラムは、発明の第１の態様の方法を実施するのに使用する。

【0130】

本発明の更なる態様では、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測するための装置であって、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを示すデータを受け取るように適合させた入力部であり、前記遺伝子発現プロファイルは前記前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプル中で決定される、入力部と、
前記３種以上の遺伝子の前記遺伝子発現プロファイル（複数可）に基づく放射線治療応答の予測を決定するように適合させたプロセッサと、
適宜、前記放射線治療応答の予測又は前記放射線治療応答の予測に基づく治療法の推奨を、医療介助者又は前記前立腺がん対象者に提供するように適合させた提供部と、
を備える装置が提示される。

【0131】

第３の態様では、本発明は、
ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のサンプル中でのそれぞれの発現レベルを決定するための、少なくとも３種のセットのポリメラーゼ連鎖反応プライマー対、及び適宜、少なくとも３種のプローブ
を含む、診断キットに関する。適宜、診断キットは、本明細書に記載のコンピュータプログラム又は装置を更に含む。診断キットは、バッファー、ｄＮＴＰ、マグネシウム塩溶液又はポリメラーゼ酵素のいずれか１つを更に含み得る。

【0132】

第４の態様では、本発明は、好ましくは、本発明の第１の態様に記載の方法における使用のための、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法における、本発明の第３の態様に記載の診断キットの使用に関する。

【0133】

第５の態様では、本発明は、
前立腺がん対象者から取得した生物学的サンプルを受け取るステップと、
前記前立腺がん対象者から取得した前記生物学的サンプル中で、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルを決定するために、本発明の第３の態様に記載の診断キットを使用するステップと
を有する、方法に関する。

【0134】

第５の態様では、本発明は、ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２からなる群から選択される３種以上の、例えば３、４、５、６、７、８、９種又はすべての遺伝子のそれぞれの遺伝子発現プロファイルの使用であって、放射線治療に対する前立腺がん対象者の応答を予測する方法であって、
前記３種以上の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づく放射線治療応答の予測を決定するステップであって、前記予測は放射線治療に対する好ましい応答又は好ましくない応答であり、前記放射線治療は根治的放射線治療又は救援放射線治療である、ステップ、
を有する方法における、使用に関する。
実施例

【実施例1】

【0135】

ＬＮＣａＰ細胞（野生型；ｗｔ）を培養し、ＰＤＥ４Ｄ７のｍＲＮＡを標的化するショートヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）コンストラクトを有する様々なレンチウイルスベクターを使用してトランスフェクトした。ｓｈＲＮＡ－ＰＤＥ４Ｄ７コンストラクトを安定に発現するいくつかのクローンを選択した。ｑＰＣＲを使用して、ＰＤＥ４Ｄ７発現のノックダウンを確認した。次に、ＲＮＡ配列決定を、ＬＮＣａＰ ｗｔ細胞及び３つの異なるｓｈＲＮＡ－ＰＤＥ４Ｄ７発現ＬＮＣａＰクローンに対して行った。品質管理を、ＦａｓｔＱＣ／ＭｕｌｔｉＱＣを使用して、配列決定リードに対して実施した。次に、トリミングステップを、ＳｅｑＰｕｒｇｅを使用して実施して、配列決定リードからアダプター配列をトリミングした。次に、Ｂｏｗｔｉｅ ２を使用して、ｒＲＮＡ配列を除去した。次に、ＳＴＡＲを使用して、処理された配列決定リードを整列し、ｆｅａｔｕｒｅＣｏｕｎｔｓを使用して、遺伝子にマッピングされたリードを定量した。得られたデータから、百万あたりの転写物数（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）は各遺伝子に対して計算され、これらの数値はｌｏｇ２変換され、参照遺伝子に基づいて正規化された。最後に、ｚスコア変換を実施した。

【0136】

野生型ＬＮＣａＰと３つの異なるノックダウンクローンとの間の差次的遺伝子発現を決定した。最初に、１１３の差次的に発現される遺伝子をｐ＜１Ｅ－２０の信頼度で同定した。これらの遺伝子について、濃縮された遺伝子に対する経路分析（ＤｉｓＧｅｎＮＥＴ）を、前立腺の新生物、前立腺の悪性腫瘍、前立腺がん腫、新生物の転移及び腫瘍進行という用語を使用して実施した。これらの基準に基づき、２０種の前立腺新生物／転移関連遺伝子及び８種のＤＮＡ修復関連遺伝子が選択され、２８種の遺伝子の群：ＡＣＰＰ、ＡＲ、ＣＤＨ１、ＥＨＦ、ＥＴＶ１、ＦＯＬＨ１、ＦＯＸＡ１、ＨＯＸＢ１３、ＫＬＫ２、ＫＬＫ３、ＭＡＯＡ、ＭＬＨ１、ＭＭＥ、ＭＹＯ６、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＫＸ３－１、ＮＱＯ１、ＮＲＰ１、ＳＬＣ４５Ａ３、ＳＰＤＥＦ、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＣＤＫ１２、ＦＡＮＣＡ、ＭＲＥ１１及びＰＡＬＢ２が得られた。多変量Ｃｏｘ回帰分析を使用して、ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤスコア（本明細書では「ＫＤスコア」又はノックダウンスコアとも呼ばれる）を与えるモデルを構築した。６５３の患者サンプルの第１のコホートは、サンプルを品質管理に使用した後に、５７２のサンプルが下流の分析用に得られ、この第１のコホートサンプルから、アンドロゲン遮断治療を伴う又は伴わない救済放射線療法を受けた患者に属するサンプルが、モデルのトレーニング用に選択された。次に、トレーニングしたモデルを、アンドロゲン遮断治療を伴う又は伴わない救援放射線治療を受けた患者からの患者サンプルが使用される患者の第２のコホートに対して検証した。これらのデータは、以下の図に示されている：
・患者コホートにおけるトレーニング：図１～図１４
図１～図４：エンドポイントの全生存期間
図５～図８：転移無増悪生存期間
図９～図１２：エンドポイントの前立腺がん特異的生存期間
図１３、図１４：ＲＴ線量（低対高リスク疾患）；エンドポイントの全生存期間
・１５１患者のコホートにおけるテスト：図１７～図２６
図１５～図１８：エンドポイントの全生存期間
図１９～図２２：転移無増悪生存期間
図２３～図２６：エンドポイントの前立腺がん特異的生存期間。

【0137】

【表2】

【0138】

【表3】

【0139】

ＴＰＭ遺伝子発現値
各遺伝子に対して、以下のステップに基づいてＴＰＭ（百万あたりの転写物数）発現値が計算された：
１．ヒトゲノムに対してマッピング及び整列した後の、ＲＮＡｓｅｑ ｆａｓｔｑ生データから得られたリード数を、各遺伝子のキロベース単位の長さで割る。これによりＲＰＫ（ｒｅａｄｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ）が得られる。
２．サンプル内のすべてのＲＰＫ値を合計し、この数値を１，０００，０００で割る。これにより「百万あたりの（ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）」スケーリング係数が得られる。
３．ＲＰＫ値を「百万あたりの（ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ）」スケーリング係数で割る。これにより各遺伝子に対するＴＰＭ発現の値が得られる。

【0140】

遺伝子ごとのＴＰＭ値を使用して、各遺伝子の参照正規化遺伝子発現を計算した。

【0141】

正規化された遺伝子発現値
Ｃｏｘ回帰モデリングの場合、すべての遺伝子のＲＮＡｓｅｑデータからのＴＰＭ（百万あたりの転写物数）ベースの発現値を以下の変換によってｌｏｇ２正規化した：

【数3】

ＴＰＭ＿ｌｏｇ２発現値の正規化の第２のステップでは、以下のように４種の参照遺伝子の平均値（ｍｅａｎ（ｒｅｆ＿遺伝子））に対して正規化した：

【数4】

【0142】

以下の参照遺伝子が考慮された（表２）：

【0143】

【表4】

【0144】

これらの参照遺伝子に対して、以下を計算するために、以下の４つのＢ２Ｍ、ＨＰＲＴ１、ＰＯＬＲ２Ａ、及びＰＵＭ１を選択した：

【数5】

ここで、参照遺伝子の入力データはＴＰＭ（百万あたりの転写物数）単位でのＲＮＡｓｅｑで測定した遺伝子発現であり、ＡＶＥＲＡＧＥは数学的平均値である。

【0145】

対象遺伝子の多変量分析では、各遺伝子の参照遺伝子の正規化ｌｏｇ２（ＴＰＭ）値を入力として使用した。

【0146】

Ｃｏｘ回帰分析
次いで、これらの２８種の遺伝子の組合せによって、より予後値が示されるかどうかのテストを開始した。Ｃｏｘ回帰を用いて、５７１前立腺がん患者のコホートにおける病理学的グリーソングレードグループ（ｐＧＧＧ）の変数の存在がある場合（ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌ）又はない場合（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌ）のいずれかで手術後の救援ＲＴ後の前立腺がん特異的死亡に対して２８種の遺伝子の発現レベルをモデル化した。ＲＯＣ曲線分析（データは示さず）において、並びにカプランマイヤー生存分析において、２つのモデルをテストした。

【0147】

Ｃｏｘ回帰関数を、以下のように導出した：
ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌ：

【数6】

ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌ：

【数7】

【0148】

ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｃｌａｓｓモデルの場合、患者は、２つの群だけではなく、３つのリスク群（低、中、高）に分けられる。各クラスのカットオフ値はＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌスコアに基づき、該スコアはＣｏｘ回帰モデル：低リスク（＜０）；中リスク（０～４）；高リスク（＞４）に基づき計算される。

【0149】

重みｗ_１～ｗ_２８についての詳細を、以下の表１に示す。

【0150】

ＲＯＣ曲線分析
次に、上記で概説したＣｏｘ回帰モデルを、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）開始後５年での前立腺がん特異的死亡（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）を予測するその検定力に対して、テストした。モデルのパフォーマンスを、ＥＡＵ－ＢＣＲリスク群（Ｔｉｌｋｉ Ｄ．ら、「Ｅｘｔｅｒｎａｌ ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｕｒｏｌｏｇｙ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ Ｒｉｓｋ ｇｒｏｕｐｓ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ａｎｄ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ａｆｔｅｒ ｒａｄｉｃａｌ ｐｒｏｓｔａｔｅｃｔｏｍｙ ｉｎ ａ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｃｏｈｏｒｔ」、Ｅｕｒ Ｕｒｏｌ、Ｖｏｌ．７５、Ｎｏ．６、８９６～９００頁、２０１９を参照のこと）及び病理学的グリーソングレードグループ（ｐＧＧＧ）と比較した。

【0151】

カプランマイヤー生存分析
カプランマイヤー生存曲線分析のために、リスクモデル（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌ及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌ）のＣｏｘ関数を、カットオフ値に基づいて２つのサブコホートにカテゴリー化した。低リスク群と高リスク群とに分離するための閾値は、全コホートにおける患者ごとのＣｏｘ回帰モデルの使用によって計算されたＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌ及びＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌの平均出力値にそれぞれ基づいていた。

【0152】

患者のクラスは、２つの作製したリスクモデル（ＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤ＿ｍｏｄｅｌ；ＰＤＥ４Ｄ７＿ｃｌｉｎｉｃａｌ＿ｍｏｄｅｌ）の場合で、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）の開始後の前立腺がん特異的死亡（ＰＣａ Ｄｅａｔｈ）（図９から図１２、図２３から図２６）、手術後の疾患再発による救援放射線照射治療（ＳＲＴ）の開始後の死亡（Ｄｅａｔｈ）（図１から図４、図１５から図１８）、又は手術後の疾患再発による転移の発生若しくは再発（Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）（図５から図８、図１９から図２２）というテストした臨床エンドポイントを経験するリスクが増加することを示す。

【実施例2】

【0153】

ＬＮＣａＰクローンＦＧＣ（ＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ１７４０（商標））細胞は、ウシ胎児血清を最終濃度１０％まで添加したＲＰＭＩ１６４０培地で培養した。レンチウイルスによる形質導入のために、細胞は、１ウェルあたり２ｍｌの増殖培地中０．２×１０^６細胞の濃度で６ウェルプレートに播種した。細胞は、コンフルエンシー約３０～４０％に達したとき、１０μｇ／ｍｌポリブレンの存在下でＭＯＩ＝１０でレンチウイルスに感染させた。細胞をレンチウイルスと約１６時間（一晩）インキュベートし、その後培地を交換した。感染の４８時間後、ピューロマイシンを最終濃度２μｇ／ｍｌまで添加した。培地交換は３～４日ごとに行った。ピューロマイシンで７日間処理した後、細胞を、６ウェルプレートから１０ｃｍディッシュへ移して、単一細胞のコロニーを選択した（同様にピューロマイシンの存在下で）。選択したコロニーを、６ウェルプレート中の別々のウェルに移した。８０％コンフルエンスに達したときに、細胞は、トリプシンにより剥離し、より大きな容器（例えば、１０ｃｍ細胞培養ディッシュ）に播種して増殖させた。

【0154】

ＲＮＡは、細胞からＲＮｅａｚｙ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して抽出した。ｃＤＮＡは、オリゴｄＴ又は特異的プライマーのいずれかを使用して合成した。ｑＰＣＲは、ＰｒｉｍｅＴｉｍｅ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（ＩＤＴ、Ｃａｔ．１０５５７７２）を使用して行った。

【0155】

いくつかのＰＤＥ４Ｄ７－ｓｈＲＮＡコンストラクトをテストし、評価した。配列：ｇａｔｃｃｇＧＡＡＡＴＡＣＣＴＧＴＧＡＴＴＴＧＣＴＴＴＣＴＣＡＡＧＡＧＧＡＡＡＧＣＡＡＡＴＣＡＣＡＧＧＴＡＴＴＴＣｔｔｔｔｔｔｇを有する配列番号５７で表されるコンストラクトを、すべての実験に使用した。

【実施例3】

【0156】

表３に列挙される２８種の遺伝子のすべての発現レベルを使用したＰＤＥ４Ｄ７＿ＫＤモデルに基づいて、本発明者らは、これらの遺伝子のサブセットも予測値を有する可能性が高いと推論した。この理論を更に裏付けるために、遺伝子の全セットから３又は４種の遺伝子を、以下の表５から表１２に示すように、無作為に選択した。これらの各モデルを使用してデータを分析し、患者群を図３０～図３７に示すように分析した。各プロットのログランク値から推定し得るように、３遺伝子モデル及び４遺伝子モデルのそれぞれは、高及び低リスク患者を有意に層別化することが見出された。そのため、ＰＤＥ４Ｄ７ ＫＤ遺伝子（表３に示す）から選択される３種以上の遺伝子の任意のサブセットが、患者を高及び低リスク群に層別化するのに使用し得ると思われる。

【0157】

使用したモデル：

【表5】

【0158】

【表6】

【0159】

【表7】

【0160】

【表8】

【0161】

【表9】

【0162】

【表10】

【0163】

【表11】

【0164】

【表12】

【0165】

考察
限局性前立腺がんに対する根治的ＲＴ及びＳＲＴの両方の有効性は限定的であり、特に再発のリスクが高い患者に対しては、疾患進行及び最終的には患者の死がもたらされる。多くの因子が治療有効性及び疾患再発に関与するため、治療転帰の予測は非常に複雑である。重要な諸因子がまだ同定されていない可能性があり、他の因子の影響は正確に決定できていない。複数の臨床病理学的な測定値が、応答予測及び治療選択を改善するために臨床現場において現在検討及び適用されており、ある程度の改善をもたらしている。それにもかかわらず、根治的ＲＴ及びＳＲＴに対する応答のより良い予測が、これらの治療の成功率を上げるために依然として強く必要とされている。

【0166】

その発現が根治的ＲＴ及びＳＲＴ後の死亡率と有意に関係することが示され、それゆえこれらの処置の有効性の予測を改善すると予想される分子が同定された。患者ごとのＲＴの有効性の予測が改善されると、根治的セッティングであれ救援セッティングであれ、治療選択が改善され、生存の可能性が向上することになる。これは、１）ＲＴが効果的であると予測される患者に対してＲＴを最適化すること（例えば、用量漸増又は開始時期を変えることにより）、及び２）ＲＴが効果的ではないと予測される患者を代替の、潜在的により効果的な処置形態に導くこと、によって実現することができる。更にこれによって、効果的でない治療をせずに済むことで患者の苦痛が減り、効果的でない治療に充てられていたコストが減る。

【0167】

当業者は、特許請求された発明の実施において、図面、開示及び添付の特許請求の範囲の検討から、開示された実現化に対する他の変形を理解し、遂行することができる。

【0168】

特許請求の範囲では、「有する、含む、備える」という語は他の要素又はステップを除外せず、単数形は複数を除外しない。

【0169】

コンピュータ上で走らせるコンピュータプログラム製品中に、図１に例示する方法の１つ以上のステップが実装される。コンピュータプログラム製品には、制御プログラムが記録された（保管された）、非一過性のコンピュータ読み取り可能な記録媒体、例えばディスク、ハードドライブ等が含まれる。よく見られる形態の非一過性のコンピュータ読み取り可能な媒体には、例えば、フロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ又はその他の磁気記憶媒体、ＣＤ－ＲＯＭ、ＤＶＤ又はその他の光媒体、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ（登録商標）－ＥＰＲＯＭ又は他のメモリチップ若しくはカートリッジ、或いはコンピュータがそこから読み取って使用することができるその他の非一過性媒体が含まれる。

【0170】

或いは、電波及び赤外線データ通信等の間に生成するような音波又は光波等の伝送媒体を使用して、制御プログラムがデータ信号として具現化される伝送可能な搬送波等の一過性の媒体中に、本方法の１つ以上のステップが実装される。

【0171】

典型的な方法が、１つ以上の汎用コンピュータ、専用コンピュータ（複数可）、プログラムされたマイクロプロセッサ又はマイクロコントローラー及び周辺集積回路エレメント、ＡＳＩＣ又は他の集積回路、デジタル信号プロセッサ、ディスクリートエレメント回路等のハードワイヤード電子又はロジック回路、ＰＬＤ、ＰＬＡ、ＦＰＧＡ、グラフィックカード（Ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｃａｒｄ）ＣＰＵ（ＧＰＵ）又はＰＡＬ等のプログラマブルロジックデバイス上等に実装される。一般的に、本明細書に記載のステップを順次実施可能な有限機械を実装することが可能などんなデバイスも、前立腺がんの患者における治療選択のための、例示されるリスク層別化の方法の１つ以上のステップを実装するために使用することができる。理解されるであろうように、方法のステップはすべてコンピュータに実装され得るが、一部の実施形態では、１つ以上のステップが少なくとも部分的に手動で実行される。

【0172】

コンピュータ、他のプログラマブルデータ処理装置又は他のデバイス上にコンピュータプログラム命令を搭載して、一連の作業ステップをコンピュータ、他のプログラマブル装置又は他のデバイス上で実行させて、コンピュータ又は他のプログラマブル装置上で走る命令が本明細書に明記される機能／動作を実施するためのプロセスを提供するように、コンピュータ実装プロセスを生成することもできる。

【0173】

特許請求の範囲における如何なる参照記号も、その範囲を限定するものとして解釈すべきではない。
２０２１ＰＦ００３６７＿ｓｅｑ ｌｉｓｔ＿ＳＴ２５と表題が付けられた添付の配列表は、その全体が、参照により本明細書に組み込まれる。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【図17】

【図18】

【図19】

【図20】

【図21】

【図22】

【図23】

【図24】

【図25】

【図26】

【図27】

【図28】

【図29】

【図30】

【図31】

【図32】

【図33】

【図34】

【図35】

【図36】

【図37】

【配列表】

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【国際調査報告】