特表 2024-529325 疾患を治療するための組成物及び方法ＩＩ

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2024-08-06

(54)【発明の名称】疾患を治療するための組成物及び方法ＩＩ

(51)【国際特許分類】

   C12N 1/20 20060101AFI20240730BHJP

   A61K 9/20 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 9/48 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 9/14 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 9/19 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 1/00 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 35/74 20150101ALI20240730BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 11/06 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 3/06 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20240730BHJP

   A61P 9/14 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 31/606 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 31/52 20060101ALI20240730BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20240730BHJP

   A23L 33/135 20160101ALI20240730BHJP

   G01N 33/68 20060101ALI20240730BHJP

   C12Q 1/6851 20180101ALN20240730BHJP

【ＦＩ】

C12N1/20 E

A61K9/20 ZNA

A61K9/48

A61K9/14

A61K9/19

A61P1/00

A61P1/04

A61P29/00

A61K35/74

A61P37/02

A61P11/06

A61P37/08

A61P1/16

A61P3/06

A61P17/00

A61P9/14

A61K31/606

A61K31/52

A61K39/395 U

A61K35/74 G

A61K35/74 D

A23L33/135

C12N1/20 C

G01N33/68

C12Q1/6851 Z

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2024501261

(86)(22)【出願日】2022-07-11

(85)【翻訳文提出日】2024-03-08

(86)【国際出願番号】 AU2022050726

(87)【国際公開番号】W WO2023283681

(87)【国際公開日】2023-01-19

(31)【優先権主張番号】2021902122

(32)【優先日】2021-07-10

(33)【優先権主張国・地域又は機関】AU

(31)【優先権主張番号】2021902960

(32)【優先日】2021-09-13

(33)【優先権主張国・地域又は機関】AU

(31)【優先権主張番号】2022900261

(32)【優先日】2022-02-09

(33)【優先権主張国・地域又は機関】AU

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．Ｗｉｔｅｐｓｏｌ

(71)【出願人】

【識別番号】520494851

【氏名又は名称】マイクローバ アイピー ピーティーワイ リミテッド

【氏名又は名称原語表記】ＭＩＣＲＯＢＡ ＩＰ ＰＴＹ ＬＩＭＩＴＥＤ

(74)【代理人】

【識別番号】100099759

【弁理士】

【氏名又は名称】青木 篤

(74)【代理人】

【識別番号】100123582

【弁理士】

【氏名又は名称】三橋 真二

(74)【代理人】

【識別番号】100117019

【弁理士】

【氏名又は名称】渡辺 陽一

(74)【代理人】

【識別番号】100141977

【弁理士】

【氏名又は名称】中島 勝

(74)【代理人】

【識別番号】100138210

【弁理士】

【氏名又は名称】池田 達則

(74)【代理人】

【識別番号】100182730

【弁理士】

【氏名又は名称】大島 浩明

(72)【発明者】

【氏名】クイヴ， パライク オー

(72)【発明者】

【氏名】クラーズ， ルッツ

【テーマコード（参考）】

2G045

4B018

4B063

4B065

4C076

4C085

4C086

4C087

【Ｆターム（参考）】

2G045AA25

2G045CA26

2G045CB04

2G045CB21

2G045DA13

2G045DA14

2G045DA36

4B018MD85

4B018ME14

4B063QA13

4B063QQ06

4B063QQ52

4B063QQ54

4B063QR08

4B063QR62

4B063QS32

4B063QX02

4B065AA01X

4B065AC14

4B065BA22

4B065CA41

4B065CA44

4C076AA29

4C076AA31

4C076AA36

4C076AA49

4C076AA53

4C076AA95

4C076BB01

4C076CC04

4C076CC07

4C076CC15

4C076CC16

4C076CC17

4C076GG05

4C076GG06

4C076GG09

4C085AA14

4C085CC23

4C085DD62

4C085EE03

4C085GG01

4C086AA01

4C086AA02

4C086CB07

4C086DA17

4C086MA01

4C086MA04

4C086NA05

4C086ZA44

4C086ZA59

4C086ZA66

4C086ZA68

4C086ZA75

4C086ZA89

4C086ZB07

4C086ZB11

4C086ZB13

4C086ZC33

4C086ZC75

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC54

4C087MA02

4C087MA35

4C087MA37

4C087MA43

4C087MA52

4C087NA14

4C087ZA44

4C087ZA59

4C087ZA66

4C087ZA68

4C087ZA75

4C087ZA89

4C087ZB07

4C087ZB11

4C087ZB13

4C087ZC33

4C087ZC75

(57)【要約】

疾患の治療又は予防のための、細菌株を含む治療組成物及び方法が開示される。より詳細には、ヒト消化管から単離された細菌株を含む組成物、並びに炎症性及び自己免疫障害の治療又は予防におけるそれらの使用が開示される。また、治療上重要な新規の細菌株及び単離された集団も開示される。
【選択図】図９

【特許請求の範囲】

【請求項1】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞。

【請求項2】

前記細胞が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１に記載の細胞。

【請求項3】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物。

【請求項4】

請求項１若しくは請求項２に記載の細胞、又は請求項３に記載の培養物を含む、組成物。

【請求項5】

配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する細菌株を含む、組成物。

【請求項6】

薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む、請求項４又は請求項５に記載の組成物。

【請求項7】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項8】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項9】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項８に記載の医薬組成物。

【請求項10】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項５～９のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項11】

前記細菌株が、生存可能であるか、又は生存不可能である、請求項４～１０のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項12】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項４～１１のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項13】

前記組成物が、カプセル、錠剤、丸剤、トローチ、ロゼンジ、粉末、又は顆粒に製剤化される、請求項１２に記載の組成物。

【請求項14】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項１２又は請求項１３に記載の組成物。

【請求項15】

前記組成物が、腸に送達されるために製剤化される、請求項４～１４のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項16】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項４～１５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項17】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項４～１６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項18】

前記１つ以上の追加の細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１７に記載の組成物。

【請求項19】

前記組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の細菌を含まない、請求項４～１８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項20】

前記細菌株が、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する、請求項１～１９のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項21】

前記薬剤が、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである、請求項２０に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項22】

前記薬剤が、前記細菌によって放出される、請求項２０又は請求項２１に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項23】

前記薬剤が、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ、又はＩＬ－２３のうちのいずれか１つに特異的に結合する、請求項２０～２２のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項24】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項１～２３のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項25】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項１～２４のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項26】

請求項４～２５のいずれか一項に記載の組成物を含む、食品又は飲料製品。

【請求項27】

対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法であって、前記対象に、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む、方法。

【請求項28】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２７に記載の方法。

【請求項29】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項２８に記載の製品。

【請求項30】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項２７～２９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項31】

腸障壁機能を回復又は改善することが、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする、請求項２７～３０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項32】

前記管腔内容物が、リポ多糖（ＬＰＳ）を含む、請求項３１に記載の方法。

【請求項33】

腸障壁機能障害の回復又は改善が、前記対象における全身性炎症の低減をもたらす、請求項２７～３２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項34】

前記対象由来の試料中の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルが所定の閾値を上回るとき、全身性炎症が前記対象において特定される、請求項３３に記載の方法。

【請求項35】

対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法であって、前記対象に、上皮細胞の遊走及び／又は増殖を誘導するのに十分な量のＡｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における粘膜治癒を誘導することを含む、方法。

【請求項36】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３５に記載の方法。

【請求項37】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項３６に記載の製品。

【請求項38】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項３５～３７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項39】

粘膜治癒が、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを使用して測定される、請求項３５～３８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項40】

１つ以上の糞便マーカーが、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から選択される、請求項３９に記載の方法。

【請求項41】

粘膜治癒が、内視鏡スコアを使用して測定される、請求項３５～４０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項42】

対象における炎症を低減する方法であって、前記対象に、治療有効量のＡｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における炎症を低減することを含む、方法。

【請求項43】

細菌種が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項４２に記載の方法。

【請求項44】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項４３に記載の製品。

【請求項45】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項４２～４４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項46】

前記炎症が、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である、請求項４２～４５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項47】

前記細菌株が、ＮＦκＢ経路を（例えば、ＮＦκＢを低減又は阻害することによって）減衰させる、請求項４２～４６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項48】

標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記標的細胞を、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、前記標的細胞における前記ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項49】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項４８に記載の方法。

【請求項50】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項４９に記載の製品。
前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項４８～５０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項51】

前記標的細胞が、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、及び内皮細胞を含む群から選択される、請求項４８～５１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項52】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞培養物を含む、請求項４８～５１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項53】

前記可溶性成分が、前記細菌細胞培養物の上清を含む、請求項５２に記載の方法。

【請求項54】

前記可溶性成分が、細菌細胞を実質的に枯渇させる、請求項４８～５３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項55】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞ペレットを含む、請求項４８～５４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項56】

前記可溶性成分が、溶解細胞の可溶性画分を含む、請求項５５に記載の方法。

【請求項57】

前記可溶性画分が、遠心分離によって不溶性細胞画分から実質的に分離される、請求項５６に記載の方法。

【請求項58】

前記方法が、インビトロで実施される、請求項４８～５７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項59】

対象の腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記対象に、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を投与して、前記対象の前記腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項60】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項５９に記載の方法。

【請求項61】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項６０に記載の製品。

【請求項62】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項５９～６１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項63】

前記細胞が、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞である、請求項５９～６２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項64】

前記細胞が、上皮細胞であり、前記細菌株又は分子が、前記対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる、請求項５９～６３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項65】

前記細菌株が、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する、請求項５９～６４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項66】

前記細菌株が、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する分子を産生する、請求項５９～６５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項67】

前記細菌株が、以下の代謝物：酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩のうちの１つ以上を産生する、請求項２７～６６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項68】

前記細菌株が、前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項２７～６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項69】

前記細菌株が、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項２７～６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項70】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ株、又はその誘導体である、請求項２７～６９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項71】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２７～７０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項72】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される、請求項２７～７１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項73】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項７２に記載の方法。

【請求項74】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項７３に記載の方法。

【請求項75】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項７３又は請求項７４に記載の方法。

【請求項76】

前記医薬組成物が、経口投与のために製剤化される、請求項７２～７５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項77】

対象における炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防する方法であって、前記対象に、有効量の前記Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を投与して、それによって前記炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む、方法。

【請求項78】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項７７に記載の方法。

【請求項79】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項７８に記載の製品。

【請求項80】

前記細菌株が、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項７７～７９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項81】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される、請求項７７～８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項82】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項７７～８１に記載の方法。

【請求項83】

前記細菌株が、対象に投与されるとき、前記対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する、請求項７７～８２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項84】

前記細胞が、上皮細胞、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、又は内皮細胞である、請求項８３に記載の方法。

【請求項85】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩を含む群から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項７７～８４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項86】

前記細菌株が、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項７７～８５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項87】

前記細菌株が、配列番号１～３、７、８、若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号１～３、７、８、若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項７７～８６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項88】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項７７～８７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項89】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される、請求項７７～８８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項90】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項８９に記載の方法。

【請求項91】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項９０に記載の方法。

【請求項92】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項９０又は請求項９１に記載の方法。

【請求項93】

抗炎症剤が、前記対象に同時投与される、請求項７７～９２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項94】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項９３に記載の方法。

【請求項95】

治療することが、前記組成物を前記対象に投与する前に、前記対象がＡ．ｓｈａｈｉｉ腸内細菌を欠損していると特定することを含む、請求項２７～９４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項96】

前記対象における前記欠損を特定することが、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定及び／又は全ゲノム配列決定による、前記対象の糞便中のＡ．ｓｈａｈｉｉ菌の測定を含む、請求項９５に記載の方法。

【請求項97】

前記細菌株が、生きているか、又は死滅している、請求項２７～９６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項98】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項２７～９７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項99】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項２７～９８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項100】

前記対象が、哺乳動物対象である、請求項２７～９９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項101】

前記対象が、ヒト対象である、請求項２７～１０１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項102】

治療法で使用するための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項103】

治療法で使用するための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む、組成物。

【請求項104】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項105】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む、組成物。

【請求項106】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１０２～１０５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項107】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項１０６に記載の製品。

【請求項108】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＡｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株の使用。

【請求項109】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１０８に記載の使用。

【請求項110】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項１０９に記載の製品。

【請求項111】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＡ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の使用。

【請求項112】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎から選択される、請求項１０２～１１１のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項113】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である、請求項１０２～１１２のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項114】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ株、又はその誘導体である、請求項１０２～１１５のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項115】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株、及び抗炎症剤を含む、組成物。

【請求項116】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１１５に記載の組成物。

【請求項117】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項１１６に記載の製品。

【請求項118】

前記細菌株が、前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項１１５～１１７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項119】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項１１５～１１８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項120】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、組成物。

【請求項121】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１２０に記載の組成物。

【請求項122】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項１２１に記載の製品。

【請求項123】

前記細菌株が、前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項１２１～１２２のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項124】

対象における健康を改善又は維持する方法であって、前記対象に、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む組成物を投与して、それによって前記対象における健康を維持又は改善することを含む、方法。

【請求項125】

前記対象に栄養補助食品を投与することをさらに含む、請求項１２４に記載の方法。

【請求項126】

前記Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、食用又は飲用製品。

【請求項127】

前記細菌株が、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１２６に記載の製品。

【請求項128】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される、請求項１２７に記載の製品。

【請求項129】

前記細菌株が、前記Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である、請求項１２６～１２８のいずれか一項に記載の製品。

【請求項130】

前記栄養補助食品が、プレバイオティクスである、請求項１２６～１２９のいずれか一項に記載の製品。

【請求項131】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の細胞。

【請求項132】

前記細胞が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１３１に記載の細胞。

【請求項133】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物。

【請求項134】

請求項１３１若しくは請求項１３２に記載の細胞、又は請求項１３３に記載の培養物を含む、組成物。

【請求項135】

少なくとも約９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つである１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１１～１８で表される１つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する細菌株を含む、組成物。

【請求項136】

薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む、請求項１３４又は請求項１３５に記載の組成物。

【請求項137】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項138】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項139】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８６７で定義される、請求項１３８に記載の医薬組成物。

【請求項140】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１３５～１３９のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項141】

前記細菌株が、生きているか、又は死滅している、請求項１３４～１４０のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項142】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項１３４～１４１のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項143】

前記組成物が、カプセル、錠剤、丸剤、トローチ、ロゼンジ、粉末、又は顆粒に製剤化される、請求項１４２に記載の組成物。

【請求項144】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項１４２又は請求項１４３に記載の組成物。

【請求項145】

前記組成物が、腸に送達されるために製剤化される、請求項１３４～１４４のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項146】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項１３４～１４５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項147】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項１３４～１４６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項148】

前記１つ以上の追加の細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１４７に記載の組成物。

【請求項149】

前記組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の細菌を含まない、請求項１３４～１４８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項150】

前記細菌株が、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する、請求項１３１～１４９のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項151】

前記薬剤が、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである、請求項１５０に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項152】

前記薬剤が、前記細菌によって放出される、請求項１５０又は請求項１５１に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項153】

前記薬剤が、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ、又はＩＬ－２３のうちのいずれか１つに特異的に結合する、請求項１５０～１５２のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項154】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項１３１～１５３のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項155】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１３１～１５４のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項156】

請求項１３４～１５５のいずれか一項に記載の組成物を含む、食品又は飲料製品。

【請求項157】

対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法であって、前記対象に、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む、方法。

【請求項158】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１５７に記載の方法。

【請求項159】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３６７９で定義される、請求項１５８に記載の方法。

【請求項160】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１５７～１５９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項161】

腸障壁機能を回復又は改善することが、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする、請求項１５７～１６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項162】

前記管腔内容物が、リポ多糖（ＬＰＳ）を含む、請求項１６１に記載の方法。

【請求項163】

腸障壁機能障害の回復又は改善が、前記対象における全身性炎症の低減をもたらす、請求項１５７～１６２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項164】

前記対象由来の試料中の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルが所定の閾値を上回るとき、全身性炎症が前記対象において特定される、請求項１６３に記載の方法。

【請求項165】

対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法であって、前記対象に、上皮細胞の遊走及び／又は増殖を誘導するのに十分な量のＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における粘膜治癒を誘導することを含む、方法。

【請求項166】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１６５に記載の方法。

【請求項167】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項１６６に記載の方法。

【請求項168】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１６５～１６７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項169】

粘膜治癒が、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを使用して測定される、請求項１６５～１６８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項170】

１つ以上の糞便マーカーが、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から選択される、請求項１６９に記載の方法。

【請求項171】

粘膜治癒が、内視鏡スコアを使用して測定される、請求項１６５～１７０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項172】

対象における炎症を低減する方法であって、前記対象に、治療有効量のＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における炎症を低減することを含む、方法。

【請求項173】

前記細菌種が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１７２に記載の方法。

【請求項174】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項１７３に記載の方法。

【請求項175】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１７２～１７４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項176】

前記炎症が、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である、請求項１７２～１７５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項177】

前記細菌株が、ＮＦκＢ経路を（例えば、ＮＦκＢを低減又は阻害することによって）減衰させる、請求項１７２～１７６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項178】

標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記標的細胞を、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、前記標的細胞における前記ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項179】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１７８に記載の方法。

【請求項180】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項１７９に記載の方法。
前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１７８～１８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項181】

前記標的細胞が、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、及び内皮細胞を含む群から選択される、請求項１７８～１８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項182】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞培養物を含む、請求項１７８～１８１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項183】

前記可溶性成分が、前記細菌細胞培養物の上清を含む、請求項１８２に記載の方法。

【請求項184】

前記可溶性成分が、細菌細胞を実質的に枯渇させる、請求項１７８～１８３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項185】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞ペレットを含む、請求項１７８～１８４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項186】

前記可溶性成分が、溶解細胞の可溶性画分を含む、請求項１８５に記載の方法。

【請求項187】

前記可溶性画分が、遠心分離によって不溶性細胞画分から実質的に分離される、請求項１８６に記載の方法。

【請求項188】

前記方法が、インビトロで実施される、請求項１７８～１８７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項189】

対象の腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記対象に、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を投与して、前記対象の前記腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項190】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項１８９に記載の方法。

【請求項191】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項１９０に記載の方法。

【請求項192】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項１８９～１９１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項193】

前記細胞が、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞である、請求項１８９～１９２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項194】

前記細胞が、上皮細胞であり、前記細菌株又は分子が、前記対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる、請求項１８９～１９３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項195】

前記細菌株が、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する、請求項１８９～１９４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項196】

前記細菌株が、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する分子を産生する、請求項１８９～１９５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項197】

前記細菌株が、以下の代謝物：酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩のうちの１つ以上を産生する、請求項１５７～１９６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項198】

前記細菌株が、前記Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項１５７～１９７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項199】

前記細菌株が、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項１５７～１９８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項200】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託された前記Ｃ．ｓａｎａ株、又はその誘導体である、請求項１５７～１９９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項201】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項１５７～２００のいずれか一項に記載の方法。

【請求項202】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される、請求項１５７～２０１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項203】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項２０２に記載の方法。

【請求項204】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項２０３に記載の方法。

【請求項205】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項２０３又は請求項２０４に記載の方法。

【請求項206】

前記医薬組成物が、経口投与のために製剤化される、請求項２０２～２０５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項207】

対象における炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防する方法であって、前記対象に、有効量の前記Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を投与して、それによって前記炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む、方法。

【請求項208】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２０７に記載の方法。

【請求項209】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２０８に記載の方法。

【請求項210】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項２０７～２０９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項211】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される、請求項２０７～２１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項212】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項２０７～２１１に記載の方法。

【請求項213】

前記細菌株が、前記対象に投与されるとき、前記対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する、請求項２０７～２１２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項214】

前記細胞が、上皮細胞、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、又は内皮細胞である、請求項２１３に記載の方法。

【請求項215】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩を含む群から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項２０７～２１４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項216】

前記細菌株が、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項２０７～２１５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項217】

前記細菌株が、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つと少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号１１～１８で表される１つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項２０７～２１６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項218】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２０７～２１７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項219】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される、請求項２０７～２１８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項220】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項２１９に記載の方法。

【請求項221】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項２２０に記載の方法。

【請求項222】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項２２０又は請求項２２１に記載の方法。

【請求項223】

抗炎症剤が、前記対象に同時投与される、請求項２０７～２２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項224】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項２２３に記載の方法。

【請求項225】

治療することが、前記組成物を前記対象に投与する前に、前記対象がＣ．ｓａｎａ腸内細菌を欠損していると特定することを含む、請求項１５７～２２４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項226】

前記対象における前記欠損を特定することが、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定及び／又は全ゲノム配列決定による、前記対象の糞便中のＣ．ｓａｎａ菌の測定を含む、請求項２２５に記載の方法。

【請求項227】

前記細菌株が、生きているか、又は死滅している、請求項１５７～２２６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項228】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項１５７～２２７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項229】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項１５７～２２８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項230】

前記対象が、哺乳動物対象である、請求項１５７～２２９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項231】

前記対象が、ヒト対象である、請求項１５７～１２３０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項232】

治療法で使用するための、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項233】

治療法で使用するための、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む、組成物。

【請求項234】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項235】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む、組成物。

【請求項236】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２３２～２３５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項237】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２３６に記載の組成物。

【請求項238】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株の使用。

【請求項239】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２３８に記載の使用。

【請求項240】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２３９に記載の使用。

【請求項241】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＣ．ｓａｎａの細菌株の使用。

【請求項242】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎から選択される、請求項２３２～２４１のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項243】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である、請求項２３２～２４２のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項244】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託された前記Ｃ．ｓａｎａ株、又はその誘導体である、請求項２３２～２４５のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項245】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株、及び抗炎症剤を含む、組成物。

【請求項246】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２４５に記載の組成物。

【請求項247】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２４６に記載の組成物。

【請求項248】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項２４５～２４７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項249】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項２４５～２４８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項250】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、組成物。

【請求項251】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２５０に記載の組成物。

【請求項252】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２５１に記載の組成物。

【請求項253】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項２５１又は請求項２５２に記載の組成物。

【請求項254】

対象における健康を改善又は維持する方法であって、前記対象に、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む組成物を投与して、それによって前記対象における健康を維持又は改善することを含む、方法。

【請求項255】

前記対象に栄養補助食品を投与することをさらに含む、請求項２５４に記載の方法。

【請求項256】

前記Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、食用又は飲用製品。

【請求項257】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２５６に記載の製品。

【請求項258】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される、請求項２５７に記載の製品。

【請求項259】

前記細菌株が、Ｃ．ｓａｎａ種である、請求項２５６～２５８のいずれか一項に記載の製品。

【請求項260】

前記栄養補助食品が、プレバイオティクスである、請求項２５６～２５９のいずれか一項に記載の製品。

【請求項261】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の細胞。

【請求項262】

前記細胞が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２６１に記載の細胞。

【請求項263】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物。

【請求項264】

請求項２６１若しくは請求項２６２に記載の細胞、又は請求項２６３に記載の培養物を含む、組成物。

【請求項265】

配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する細菌株を含む、組成物。

【請求項266】

薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む、請求項２６４又は請求項２６５に記載の組成物。

【請求項267】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項268】

薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である細菌株を含む、医薬組成物。

【請求項269】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項２６８に記載の医薬組成物。

【請求項270】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２６５～２６９のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項271】

前記細菌株が、生きているか、又は死滅している、請求項２６４～２７０のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項272】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項２６４～２７１のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項273】

前記組成物が、カプセル、錠剤、丸剤、トローチ、ロゼンジ、粉末、又は顆粒に製剤化される、請求項２７２に記載の組成物。

【請求項274】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項２７２又は請求項２７３に記載の組成物。

【請求項275】

前記組成物が、腸に送達されるために製剤化される、請求項２７４～２７４のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項276】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項２７４～２７５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項277】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項２７４～２７６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項278】

前記１つ以上の追加の細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２７７に記載の組成物。

【請求項279】

前記組成物が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の細菌を含まない、請求項２６４～２７８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項280】

前記細菌株が、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する、請求項２６１～２７９のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項281】

前記薬剤が、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである、請求項２８０に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項282】

前記薬剤が、前記細菌によって放出される、請求項２８０又は請求項２８１に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項283】

前記薬剤が、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ、又はＩＬ－２３のうちのいずれか１つに特異的に結合する、請求項２８０～２８２のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項284】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項２６１～２８３のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項285】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項２６１～２８４のいずれか一項に記載の細胞、培養物、又は組成物。

【請求項286】

請求項２６４～２８５のいずれか一項に記載の組成物を含む、食品又は飲料製品。

【請求項287】

対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法であって、前記対象に、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む、方法。

【請求項288】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２８７に記載の方法。

【請求項289】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項２８に記載の方法。

【請求項290】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項２８７～２８９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項291】

腸障壁機能を回復又は改善することが、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする、請求項２８７～２９０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項292】

前記管腔内容物が、リポ多糖（ＬＰＳ）を含む、請求項２９１に記載の方法。

【請求項293】

腸障壁機能障害の記回復又は改善が、前記対象における全身性炎症の低減をもたらす、請求項２８７～２９２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項294】

前記対象由来の試料中の炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルが所定の閾値を上回るとき、全身性炎症が前記対象において特定される、請求項２９３に記載の方法。

【請求項295】

対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法であって、前記対象に、上皮細胞の遊走及び／又は増殖を誘導するのに十分な量のＧｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における粘膜治癒を誘導することを含む、方法。

【請求項296】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項２９５に記載の方法。

【請求項297】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項２９６に記載の方法。

【請求項298】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項２９５～２９７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項299】

粘膜治癒が、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを使用して測定される、請求項２９５～２９８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項300】

１つ以上の糞便マーカーが、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から選択される、請求項２９９に記載の方法。

【請求項301】

粘膜治癒が、内視鏡スコアを使用して測定される、請求項２９５～３００のいずれか一項に記載の方法。

【請求項302】

対象における炎症を低減する方法であって、前記対象に、治療有効量のＧｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を投与して、それによって前記対象における炎症を低減することを含む、方法。

【請求項303】

前記細菌種が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３０２に記載の方法。

【請求項304】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３０３に記載の方法。

【請求項305】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３０２～３０４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項306】

前記炎症が、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である、請求項３０２～３０５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項307】

前記細菌株が、ＮＦκＢ経路を（例えば、ＮＦκＢを低減又は阻害することによって）減衰させる、請求項３０２～３０６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項308】

標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記標的細胞を、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、前記標的細胞における前記ＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項309】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３０８に記載の方法。

【請求項310】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３０９に記載の方法。
前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３０８～３１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項311】

前記標的細胞が、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、及び内皮細胞を含む群から選択される、請求項３０８～３１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項312】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞培養物を含む、請求項３０８～３１１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項313】

前記可溶性成分が、前記細菌細胞培養物の上清を含む、請求項３１２に記載の方法。

【請求項314】

前記可溶性成分が、細菌細胞を実質的に枯渇させる、請求項３０８～３１３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項315】

前記細菌細胞調製物が、細菌細胞ペレットを含む、請求項３０８～３１４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項316】

前記可溶性成分が、溶解細胞の可溶性画分を含む、請求項３１５に記載の方法。

【請求項317】

前記可溶性画分が、遠心分離によって不溶性細胞画分から実質的に分離される、請求項３１６に記載の方法。

【請求項318】

前記方法が、インビトロで実施される、請求項３０８～３１７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項319】

対象の腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法であって、前記対象に、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を投与して、前記対象の前記腸内環境におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む、方法。

【請求項320】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３１９に記載の方法。

【請求項321】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３２０に記載の方法。

【請求項322】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３１９～３２１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項323】

前記細胞が、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞である、請求項３１９～３２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項324】

前記細胞が、上皮細胞であり、前記細菌株又は分子が、前記対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる、請求項３１９～３２３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項325】

前記細菌株が、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する、請求項３１９～３２４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項326】

前記細菌株が、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する分子を産生する、請求項３１９～３２５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項327】

前記細菌株が、以下の代謝物：酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩のうちの１つ以上を産生する、請求項２８７～３２６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項328】

前記細菌株が、前記Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項２８７～３２７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項329】

前記細菌株が、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項２８７～３２８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項330】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された前記Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株、又はその誘導体である、請求項２８７～３２９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項331】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項２８７～３３０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項332】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される、請求項２８７～３３１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項333】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項３３２に記載の方法。

【請求項334】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項３３３に記載の方法。

【請求項335】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項３３３又は請求項３３４に記載の方法。

【請求項336】

前記医薬組成物が、経口投与のために製剤化される、請求項３３２～３３５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項337】

対象における炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防する方法であって、前記対象に、有効量の前記Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を投与して、それによって前記炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む、方法。

【請求項338】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３３７に記載の方法。

【請求項339】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３３８に記載の方法。

【請求項340】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３３７～３３９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項341】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される、請求項３３７～３４０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項342】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である、請求項３３７～３４１に記載の方法。

【請求項343】

前記細菌株が、前記対象に投与されるとき、前記対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する、請求項３７～３４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項344】

前記細胞が、上皮細胞、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、又は内皮細胞である、請求項３４３に記載の方法。

【請求項345】

前記細菌株が、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩を含む群から選択される１つ以上の代謝物を産生する、請求項３３７～３４４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項346】

前記細菌株が、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項３３７～３４５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項347】

前記細菌株が、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は前記細菌株が、配列番号２７若しくは４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である、請求項３３７～３４６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項348】

前記細菌株が、少なくとも部分的に単離されている、請求項３３７～３４７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項349】

前記細菌株が、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される、請求項３３７～３４８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項350】

前記組成物が、乾燥形態である、請求項３４９に記載の方法。

【請求項351】

前記乾燥形態が、粒子、顆粒、及び粉末を含む群から選択される、請求項３５０に記載の方法。

【請求項352】

前記組成物が、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせによって乾燥される、請求項３５０又は請求項３５１に記載の方法。

【請求項353】

抗炎症剤が、前記対象に同時投与される、請求項３３７～３５２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項354】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項３５３に記載の方法。

【請求項355】

治療することが、前記組成物を前記対象に投与する前に、前記対象がＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ腸内細菌を欠損していると特定することを含む、請求項２８７～３５４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項356】

前記対象における前記欠損を特定することが、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定及び／又は全ゲノム配列決定による、前記対象の糞便中のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ菌の測定を含む、請求項３５５に記載の方法。

【請求項357】

前記細菌株が、生きているか、又は死滅している、請求項２８７～３５６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項358】

プレバイオティクスをさらに含む、請求項２８７～３５７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項359】

１つ以上の追加の細菌株をさらに含む、請求項２８７～３５８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項360】

前記対象が、哺乳動物対象である、請求項２８７～３５９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項361】

前記対象が、ヒト対象である、請求項２８７～３６０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項362】

治療法で使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項363】

治療法で使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む、組成物。

【請求項364】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む、組成物。

【請求項365】

炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防における使用のための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む、組成物。

【請求項366】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３６２～３６５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項367】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３６６に記載の組成物。

【請求項368】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＧｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株の使用。

【請求項369】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３６８に記載の使用。

【請求項370】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３６９に記載の使用。

【請求項371】

炎症性又は自己免疫障害の治療のための医薬品の製造におけるＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株の使用。

【請求項372】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎から選択される、請求項３６２～３７１のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項373】

前記炎症性又は自己免疫障害が、炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である、請求項３６２～３７２のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項374】

前記細菌株が、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された前記Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株、又はその誘導体である、請求項３６２～３７５のいずれか一項に記載の組成物又は使用。

【請求項375】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株、及び抗炎症剤を含む、組成物。

【請求項376】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３７５に記載の組成物。

【請求項377】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３７６に記載の組成物。

【請求項378】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３７５～３７７のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項379】

前記抗炎症剤が、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される、請求項３７５～３７８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項380】

炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物であって、前記Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、組成物。

【請求項381】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３８０に記載の組成物。

【請求項382】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３８１に記載の組成物。

【請求項383】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３８０～３８２のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項384】

対象における健康を改善又は維持する方法であって、前記対象に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む組成物を投与して、それによって前記対象における健康を維持又は改善することを含む、方法。

【請求項385】

前記対象に栄養補助食品を投与することをさらに含む、請求項３８４に記載の方法。

【請求項386】

前記Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株、及び栄養補助食品を含む、食用又は飲用製品。

【請求項387】

前記細菌株が、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である、請求項３８６に記載の製品。

【請求項388】

前記ＭＲＣＡが、ゲノム分類データベース（ＧＴＤＢ）リリース８９からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される、請求項３８７に記載の製品。

【請求項389】

前記細菌株が、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である、請求項３８６～３８８のいずれか一項に記載の製品。

【請求項390】

前記栄養補助食品が、プレバイオティクスである、請求項３８６～３８９のいずれか一項に記載の製品。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本出願は、２０２１年７月１０日に出願された「疾患を治療するための組成物及び方法」と題されたオーストラリア仮出願第２０２１／９０２１２２号、２０２１年９月１３日に出願された「疾患を治療するための組成物及び方法」と題されたオーストラリア仮出願第２０２１／９０２９６０号、及び２０２２年２月９日に出願された「疾患を治療するための組成物及び方法」と題されたオーストラリア仮出願第２０２２／９００２６１号の優先権を主張し、それらの内容全体は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

本発明は、概して、細菌株及び疾患の治療又は予防のための細菌株を含む治療組成物及び方法の分野に関する。より詳細には、本発明は、ヒト消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び炎症性及び自己免疫障害の治療又は予防におけるそれらの使用に関する。

【背景技術】

【0003】

ヒト腸内微生物叢は、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、及びＶｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａを含むいくつかの細菌門に属する５００～１０００以上の異なる系統型を含む。２つの主要門、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓは、概して、腸内微生物叢の９０％以上を占める（Ａｒｕｍｕｇａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ヒトの腸の細菌コロニー形成から生じる共生関係は、代謝、構造、防御、その他の有益な機能を多種多様に生み出している。腸内細菌は消化管（ＧＩ）に沿った消化の重要な調節因子であり、胆汁酸、脂質、アミノ酸、ビタミン、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）を含む多くの栄養及び代謝物の抽出、合成、及び吸収において共生細菌が重要な役割を果たしている。最近では、自然免疫細胞及び適応免疫細胞の発生、ホメオスタシス、及び機能の調節における腸内微生物叢及びその産物の免疫学的重要性が認識されている（Ｂｒｅｓｔｏｆｆ ａｎｄ Ａｔｒｉｓ，２０１３）。

【0004】

消化管微生物叢が宿主の腸粘膜免疫及び炎症に対する素因を調節することがますます認識されており（Ｇｅｖａ－Ｚａｔｏｒｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，２０１４）、新規治療介入の新たな道を開く。

【0005】

炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を含む多くの炎症性及び自己免疫障害において微生物叢組成の劇的な変化が報告されている。ある種の細菌株が動物の腸に及ぼす潜在的な正の効果を認識して、種々の疾患の治療に使用するために種々の株が提案されている。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ株を含む特定の株は、種々の腸管外炎症性及び自己免疫障害の治療に使用することが提案されている（Ｇｏｌｄｉｎ ＆ Ｇｏｒｂａｃｈ，２００８；Ａｚａｄ ｅｔ ａｌ．，２０１３を参照）。しかし、特定の細菌株が消化管及び全身に局所的に及ぼす正確な影響は解明されていない。その結果、ヒト消化管における異なる疾患と異なる細菌株との関係は、まだ明確に解明されていない。

【0006】

ＩＢＤ（クローン病（ＣＤ）と潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の２つの主要な疾患サブタイプを含む）は、消化管の発作性及び障害性炎症を特徴とする。２０１７年には、世界で６８０万人がＩＢＤに罹患し、米国とヨーロッパで有病率が最も高いと推定されている（ＧＢＤ ２０１７；炎症性腸疾患共同研究者、２０１９）。患者の最大２０％が１６歳以前に診断され、小児発症ＩＢＤ（ＰＩＢＤ）は、成長及び心理社会的発達に悪影響を及ぼすより複雑で侵攻性の疾患と関連している。

【0007】

現在のところＩＢＤの治癒はなく、長期の臨床管理には優れた安全性プロファイルを有する有効な治療薬が必要である。しかし、既存の治療法は一連の欠損を示し、寛解は一般に短い。さらに、ＩＢＤ治療薬は、早期発症とより侵攻性の疾患が重なり、進行性の腸障害及び手術の必要性をもたらす場合には効果がない。患者の生活の質を改善し、長期間にわたって寛解を維持し、手術を減らし、個人及び公衆衛生コストを削減するために、より効果的で安全な治療法を開発することが緊急に必要である。

【0008】

ＩＢＤに対する既存の治療は、強い有害作用、低いコンプライアンス（平均不遵守率５０％（Ｃｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７参照））、及び高い費用を伴う最適ではない。さらに、長期間の無病寛解を維持する有効な解決法はない。メサルミンは、軽度から中等度の潰瘍性大腸炎の再燃及び寛解維持に最も広く使用されている第一選択薬の１つであり、奏効率は４０～７０％であり、寛解率は１５～２０％である（Ｋａｒａｇｏｚｉａｎ ＆ Ｂｕｒａｋｏｆｆ，２００７）。

【0009】

炎症性及び自己免疫障害を治療する新たな方法に対する当技術分野の要件がある。腸内細菌を用いた新しい治療法を開発するためには、腸内細菌の潜在的な影響を特徴付ける必要もある。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0010】

本発明は、部分的には、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、及びＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａを含む、いくつかの細菌株を特定する発明者が、腸障壁機能を増強又は改善することに基づいている。この考察に基づいて、これらの種及び密接に関連する種の株は、後述するように、炎症性及び自己免疫障害を治療及び予防のための治療用途に特に適していることが提唱されている。

【課題を解決するための手段】

【0011】

本発明者らは、炎症性及び自己免疫障害を治療及び予防するために使用することができる、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、及びＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａから選択される種の生存可能な細菌株を含む新たな組成物を開発した。

【0012】

したがって、一態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を提供する。

【0013】

いくつかの実施形態において、細胞は、少なくとも部分的に単離される。

【0014】

別の態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0015】

別の態様において、本発明は、上述のように、又は本明細書の他の箇所で記載されるように、細胞又は培養物を含む組成物を提供する。

【0016】

さらに別の態様において、本発明は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、細菌株は、ゲノム中に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。

【0017】

いくつかの実施形態において、組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む。

【0018】

さらに別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む医薬組成物を提供する。

【0019】

関連する態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｈａｈｉｉの最近の共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む医薬組成物を提供する。好適には、ＭＲＣＡは、ゲノム分類学データベース（ＧＴＤＢ）からのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６２で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意のその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。このタイプのいくつかの好ましい実施形態において、細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である。

【0020】

典型的には、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0021】

いくつかの実施形態において、細菌株は、生きている。いくつかの代替実施形態において、細菌株は、死滅している。

【0022】

いくつかの実施形態において、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。

【0023】

いくつかの実施形態において、組成物は、乾燥形態で製剤化される。典型的には、組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせから選択される技術を使用して乾燥される。

【0024】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0025】

いくつかの実施形態において、細菌株は、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）のシグナル伝達を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する。

【0026】

このタイプのいくつかの実施形態において、薬剤は、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである。典型的には、薬剤は、細菌株によって放出される。

【0027】

いくつかの実施形態において、薬剤は、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ２、又はＩＬ－２３のいずれか１つに特異的に結合する。

【0028】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉは、デンプン、グルコース、フルクトース、グルコン酸塩、ラクトース、トレハロース、及びラクトアルデヒドを炭素源として含むか、又はそれらからなる群から選択される１つ以上の薬剤を代謝する。

【0029】

別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法を提供し、この方法は、対象に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む。

【0030】

いくつかの好ましい実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする。

【0031】

いくつかの実施形態において、管腔内容物は、リポ多糖類（ＬＰＳ）を含む。

【0032】

いくつかの実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、対象における全身性炎症の減少をもたらす。このタイプのいくつかの実施形態において、全身性炎症は、健常対象における炎症性サイトカインのレベルと比較して、対象における炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１βＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルの上昇を特徴とする。

【0033】

さらに別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を維持する方法を提供し、この方法は、対象に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を投与して、それによって対象における腸障壁機能を維持することを含む。

【0034】

さらに別の態様において、本発明は、対象における炎症を軽減する方法を提供し、この方法は、対象に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ株の細菌株を投与して、それによって対象における炎症を低減することを含む。

【0035】

いくつかの実施形態において、炎症は、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である。

【0036】

別の態様において、本発明は、対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法を提供し、この方法は、対象に、上皮細胞の遊走、増殖、及び／又は分化を誘導するのに十分な量の、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を投与して、それによって対象における粘膜治癒を誘導することを含む。

【0037】

いくつかの実施形態において、対象における粘膜治癒は、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを用いて測定することができる。例示的な例として、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から１つ以上の糞便マーカーを選択することができる。

【0038】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ経路を弱めることによって炎症を減少させる。このタイプのいくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ、ＴＮＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、及びＭＣＰ－１を含む群から選択される１つ以上の転写因子、サイトカイン、又はケモカインの産生を阻害する。

【0039】

さらに別の態様において、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、細胞を、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビトロで実施される。

【0040】

いくつかの実施形態において、標的細胞は、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞から選択される。いくつかの実施形態において、標的細胞は、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞である。

【0041】

いくつかの実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞培養物である。したがって、可溶性成分は、細菌細胞培養物（例えば、細胞培養上清）の可溶性画分を含むか、それからなるか、又はそれから本質的になることができる。可溶性成分は、細菌細胞培養物のいくつかの不溶性成分をさらに含むことができる。例えば、可溶性成分は、実質的にすべての細菌培養物を含み得る。好ましくは、可溶性成分は、細菌細胞を実質的に枯渇させる。

【0042】

いくつかの代替実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞溶解物である。このタイプの例示的実施形態において、可溶性成分は、細胞溶解物の可溶性画分に関することができる。可溶性画分は、遠心分離によるものを含め、任意の方法によって適切に達成することができる。

【0043】

なおもさらに別の態様において、本発明は、細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、対象に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を投与して、それによって細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビボで実施される。

【0044】

いくつかの実施形態において、細胞は、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）又は上皮細胞である。

【0045】

いくつかの実施形態において、細胞は上皮細胞であり、細菌株又は細菌株によって産生された代謝物は、対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる。

【0046】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する。例えば、細菌株は、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する代謝物を産生し得る。

【0047】

いくつかの実施形態において、上記及び本明細書の他の箇所に記載される方法で使用される細菌株は、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する。

【0048】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0049】

いくつかの代替実施形態において、細菌株は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は細菌株は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である。いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号１～３又は４４のうちのいずれか１つに記載される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列から独立して選択された２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。

【0050】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株、又はその誘導体である。

【0051】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0052】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、乾燥組成物である。いくつかの実施形態において、乾燥組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される。例示的な例として、医薬組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥され得るか、又はそれらの組み合わせであり得る。

【0053】

いくつかの実施形態において、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0054】

なおもさらに他の態様において、本発明は、対象における炎症性又は自己免疫障害を治療する方法を提供し、この方法は、対象に、有効量のＡ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を投与して、それによって炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む。

【0055】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される。好ましくは、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0056】

いくつかの実施形態において、細菌株は、対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する。典型的には、細胞は、上皮細胞、内皮細胞、又は免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）である。

【0057】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0058】

あるいは、いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号１～４若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は細菌株は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である。

【0059】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0060】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される乾燥組成物である。例えば、組成物は、凍結乾燥され得る。あるいは、組成物は、スプレー乾燥、流動層乾燥、又は真空乾燥され得る。

【0061】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0062】

一態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0063】

別の態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む組成物を提供する。同じ実施形態のうちのいくつか及びいくつかの他の実施形態において、細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0064】

あるいは、細菌株は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つと少なくとも約９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有し得るか、又は細菌株は、配列番号１～３若しくは４４のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である。

【0065】

さらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0066】

なおもさらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む組成物を提供する。

【0067】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、若しくはＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株、又はその誘導体である。

【0068】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節炎、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び１型糖尿病から選択される。いくつかの好ましい実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0069】

一態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株及び補助的な治療剤を含む。

【0070】

いくつかの実施形態において、補助的治療剤は、抗炎症剤である。例示的な例として、抗炎症剤は、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、又はそれらの組み合わせを含む群から選択される。いくつかの他の実施形態において、補助的治療は、抗体（例えば、モノクローナル抗体）である。例示的な例として、抗体は、インフリキシマブ、アダリムマブ、ゴリムマブ、セルトリズマブペゴル、ナタリズマブ、及びベドリズマブから選択され得る。

【0071】

別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株及び栄養補助食品を含む。このタイプの実施形態において、栄養補助食品は、細菌染色の生着を改善する。

【0072】

別の態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の細胞を提供する。

【0073】

いくつかの実施形態において、細胞は、少なくとも部分的に単離される。

【0074】

別の態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0075】

別の態様において、本発明は、上述のように、又は本明細書の他の箇所で記載されるように、細胞又は培養物を含む組成物を提供する。

【0076】

さらに別の態様において、本発明は、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１１～１８のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、細菌株は、ゲノム中に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。例えば、細菌株は、そのゲノム内に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピー（例えば、配列番号１１～１４の各々、又は配列番号１５～１８の各々）を含んでよい。

【0077】

いくつかの実施形態において、組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む。

【0078】

さらに別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓａｎａの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む医薬組成物を提供する。

【0079】

関連する態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓａｎａ及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５の最近の共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む医薬組成物を提供する。好適には、ＭＲＣＡは、ゲノム分類学データベース（ＧＴＤＢ）からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意のその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。このタイプのいくつかの好ましい実施形態において、細菌株は、Ｃ．ｓａｎａである。

【0080】

典型的には、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0081】

いくつかの実施形態において、細菌株は、生きている。いくつかの代替実施形態において、細菌株は、死滅している。

【0082】

いくつかの実施形態において、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。

【0083】

いくつかの実施形態において、組成物は、乾燥形態で製剤化される。典型的には、組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせから選択される技術を使用して乾燥される。

【0084】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0085】

いくつかの実施形態において、細菌株は、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）のシグナル伝達を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する。

【0086】

このタイプのいくつかの実施形態において、薬剤は、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである。典型的には、薬剤は、細菌株によって放出される。

【0087】

いくつかの実施形態において、薬剤は、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ２、又はＩＬ－２３のいずれか１つに特異的に結合する。

【0088】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａは、デンプン、グルコース、フルクトース、グルコン酸塩、ラクトース、トレハロース、及びラクトアルデヒドを炭素源として含むか、又はそれらからなる群から選択される１つ以上の薬剤を代謝する。

【0089】

別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む。

【0090】

いくつかの好ましい実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする。

【0091】

いくつかの実施形態において、管腔内容物は、リポ多糖類（ＬＰＳ）を含む。

【0092】

いくつかの実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、対象における全身性炎症の減少をもたらす。このタイプのいくつかの実施形態において、全身性炎症は、健常対象における炎症性サイトカインのレベルと比較して、対象における炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１βＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルの上昇を特徴とする。

【0093】

さらに別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を維持する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を投与して、それによって対象における腸障壁機能を維持することを含む。

【0094】

さらに別の態様において、本発明は、対象における炎症を軽減する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｃ．ｓａｎａ株の細菌株を投与して、それによって対象における炎症を低減することを含む。

【0095】

いくつかの実施形態において、炎症は、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である。

【0096】

別の態様において、本発明は、対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法を提供し、この方法は、対象に、上皮細胞の遊走、増殖、及び／又は分化を誘導するのに十分な量の、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を投与して、それによって対象における粘膜治癒を誘導することを含む。

【0097】

いくつかの実施形態において、対象における粘膜治癒は、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを用いて測定することができる。例示的な例として、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から１つ以上の糞便マーカーを選択することができる。

【0098】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ経路を弱めることによって炎症を減少させる。このタイプのいくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ、ＴＮＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、及びＭＣＰ－１を含む群から選択される１つ以上の転写因子、サイトカイン、又はケモカインの産生を阻害する。

【0099】

さらに別の態様において、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、細胞を、Ｃ．ｓａｎａの細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビトロで実施される。

【0100】

いくつかの実施形態において、標的細胞は、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞から選択される。いくつかの実施形態において、標的細胞は、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞である。

【0101】

いくつかの実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞培養物である。したがって、可溶性成分は、細菌細胞培養物（例えば、細胞培養上清）の可溶性画分を含むか、それからなるか、又はそれから本質的になることができる。可溶性成分は、細菌細胞培養物のいくつかの不溶性成分をさらに含むことができる。例えば、可溶性成分は、実質的にすべての細菌培養物を含み得る。好ましくは、可溶性成分は、細菌細胞を実質的に枯渇させる。

【0102】

いくつかの代替実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞溶解物である。このタイプの例示的実施形態において、可溶性成分は、細胞溶解物の可溶性画分に関することができる。可溶性画分は、遠心分離によるものを含め、任意の方法によって適切に達成することができる。

【0103】

なおもさらに別の態様において、本発明は、細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を投与して、それによって細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビボで実施される。

【0104】

いくつかの実施形態において、細胞は、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）又は上皮細胞である。

【0105】

いくつかの実施形態において、細胞は上皮細胞であり、細菌株又は細菌株によって産生された代謝物は、対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる。

【0106】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する。例えば、細菌株は、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する代謝物を産生し得る。

【0107】

いくつかの実施形態において、上記及び本明細書の他の箇所に記載される方法で使用される細菌株は、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する。

【0108】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ｃ．ｓａｎａの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0109】

いくつかの代替実施形態において、細菌株は、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つと少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１１～１８のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの実施形態において、細菌株は、ゲノム中に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。例えば、細菌株は、そのゲノム内に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピー（例えば、配列番号１１～１４の各々、又は配列番号１５～１８の各々）を含んでよい。

【0110】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株、又はその誘導体である。

【0111】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0112】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、乾燥組成物である。いくつかの実施形態において、乾燥組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される。例示的な例として、医薬組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥され得るか、又はそれらの組み合わせであり得る。

【0113】

いくつかの実施形態において、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0114】

なおもさらに他の態様において、本発明は、対象における炎症性又は自己免疫障害を治療する方法を提供し、この方法は、対象に、有効量のＣ．ｓａｎａの細菌株を投与して、それによって炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む。

【0115】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される。好ましくは、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0116】

いくつかの実施形態において、細菌株は、対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する。典型的には、細胞は、上皮細胞、内皮細胞、又は免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）である。

【0117】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ｃ．ｓａｎａ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0118】

あるいは、いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つと少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号１１～１８のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの実施形態において、細菌株は、ゲノム中に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。例えば、細菌株は、そのゲノム内に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピー（例えば、配列番号１１～１４の各々、又は配列番号１５～１８の各々）を含んでよい。

【0119】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0120】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される乾燥組成物である。例えば、組成物は、凍結乾燥され得る。あるいは、組成物は、スプレー乾燥、流動層乾燥、又は真空乾燥され得る。

【0121】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0122】

一態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ｃ．ｓａｎａ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0123】

別の態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む組成物を提供する。

【0124】

さらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0125】

なおもさらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む組成物を提供する。

【0126】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株、又はその誘導体である。

【0127】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節炎、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び１型糖尿病から選択される。いくつかの好ましい実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0128】

一態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ｃ．ｓａｎａの細菌株及び抗炎症剤を含む。

【0129】

いくつかの実施形態において、抗炎症剤は、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される。

【0130】

別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ｃ．ｓａｎａの細菌株及び栄養補助食品を含む。このタイプの実施形態において、栄養補助食品は、細菌染色の生着を改善する。

【0131】

なおもさらに別の態様において、したがって、一態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の細胞を提供する。

【0132】

いくつかの実施形態において、細胞は、少なくとも部分的に単離される。

【0133】

別の態様において、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0134】

別の態様において、本発明は、上述のように、又は本明細書の他の箇所で記載されるように、細胞又は培養物を含む組成物を提供する。

【0135】

さらに別の態様において、本発明は、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、若しくは９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、細菌株は、ゲノム中に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。

【0136】

いくつかの実施形態において、組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む。

【0137】

さらに別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株を含む医薬組成物を提供する。

【0138】

関連する態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５の最近の共通祖先（ＭＲＣＡ）の系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む医薬組成物を提供する。好適には、ＭＲＣＡは、ゲノム分類学データベース（ＧＴＤＢ）からのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１８で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意のその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。このタイプのいくつかの好ましい実施形態において、細菌株は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓである。

【0139】

典型的には、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0140】

いくつかの実施形態において、細菌株は、生きている。いくつかの代替実施形態において、細菌株は、死滅している。

【0141】

いくつかの実施形態において、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。

【0142】

いくつかの実施形態において、組成物は、乾燥形態で製剤化される。典型的には、組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥、又はそれらの組み合わせから選択される技術を使用して乾燥される。

【0143】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0144】

いくつかの実施形態において、細菌株は、細胞内のシグナル伝達及び転写活性化因子３（ＳＴＡＴ３）のシグナル伝達を減衰させるか、又は障害する薬剤を産生する。

【0145】

このタイプのいくつかの実施形態において、薬剤は、小分子、ペプチド、又はヌクレオチドである。典型的には、薬剤は、細菌株によって放出される。

【0146】

いくつかの実施形態において、薬剤は、ＳＴＡＴ３、ＪＡＫ２、ＴＹＫ２、又はＩＬ－２３のうちのいずれか１つに特異的に結合する。

【0147】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓは、デンプン、グルコース、フルクトース、グルコン酸塩、ラクトース、トレハロース、及びラクトアルデヒドを炭素源として含むか、又はそれらからなる群から選択される１つ以上の薬剤を代謝する。

【0148】

別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を投与して、それによって腸障壁機能を回復又は改善することを含む。

【0149】

いくつかの好ましい実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、（ｉ）ムチンの質及び／若しくは量の増加、（ｉｉ）タイトジャンクションタンパク質の完全性の改善、（ｉｉｉ）管腔内容物の全身循環への移行の低減、又は（ｉｖ）腸潰瘍及び／若しくは腸創傷の低減のうちの少なくとも１つを特徴とする。

【0150】

いくつかの実施形態において、管腔内容物は、リポ多糖類（ＬＰＳ）を含む。

【0151】

いくつかの実施形態において、腸障壁機能の回復又は改善は、対象における全身性炎症の減少をもたらす。このタイプのいくつかの実施形態において、全身性炎症は、健常対象における炎症性サイトカインのレベルと比較して、対象における炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－１βＩＬ－８、ＩＬ－６、及びＴＮＦ）のレベルの上昇を特徴とする。

【0152】

さらに別の態様において、本発明は、対象における腸障壁機能を維持する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を投与して、それによって対象における腸障壁機能を維持することを含む。

【0153】

さらに別の態様において、本発明は、対象における炎症を軽減する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株の細菌株を投与して、それによって対象における炎症を低減することを含む。

【0154】

いくつかの実施形態において、炎症は、腸内環境に対して局所的であるか、又は全身性炎症である。

【0155】

別の態様において、本発明は、対象における粘膜治癒を誘導又は増強する方法を提供し、この方法は、対象に、上皮細胞の遊走、増殖、及び／又は分化を誘導するのに十分な量の、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を投与して、それによって対象における粘膜治癒を誘導することを含む。

【0156】

いくつかの実施形態において、対象における粘膜治癒は、１つ以上の糞便マーカー又は血清マーカーを用いて測定することができる。例示的な例として、カルプロテクチン、ラクトフェリン、メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）－９、及びリポカリン－２を含む群から１つ以上の糞便マーカーを選択することができる。

【0157】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ経路を弱めることによって炎症を減少させる。このタイプのいくつかの実施形態において、細菌株は、ＮＦκＢ、ＴＮＦ、ＩＦＮ－γ、ＩＬ－１β、ＩＬ－８、及びＭＣＰ－１を含む群から選択される１つ以上の転写因子、サイトカイン、又はケモカインの産生を阻害する。

【0158】

さらに別の態様において、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、細胞を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビトロで実施される。

【0159】

いくつかの実施形態において、標的細胞は、レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、又は内皮細胞から選択される。いくつかの実施形態において、標的細胞は、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞である。

【0160】

いくつかの実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞培養物である。したがって、可溶性成分は、細菌細胞培養物（例えば、細胞培養上清）の可溶性画分を含むか、それからなるか、又はそれから本質的になることができる。可溶性成分は、細菌細胞培養物のいくつかの不溶性成分をさらに含むことができる。例えば、可溶性成分は、実質的にすべての細菌培養物を含み得る。好ましくは、可溶性成分は、細菌細胞を実質的に枯渇させる。

【0161】

いくつかの代替実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞溶解物である。このタイプの例示的実施形態において、可溶性成分は、細胞溶解物の可溶性画分に関することができる。可溶性画分は、遠心分離によるものを含め、任意の方法によって適切に達成することができる。

【0162】

なおもさらに別の態様において、本発明は、細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を投与して、それによって細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビボで実施される。

【0163】

いくつかの実施形態において、細胞は、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）又は上皮細胞である。

【0164】

いくつかの実施形態において、細胞は上皮細胞であり、細菌株又は細菌株によって産生された代謝物は、対象におけるＩＬ－２２の産生を増加させる。

【0165】

いくつかの実施形態において、細菌株は、ＳＴＡＴ３の直接阻害剤又は間接阻害剤である分子を産生する。例えば、細菌株は、ＩＬ－２３ポリペプチド、ＪＡＫ２ポリペプチド、ＴＹＫ２ポリペプチド、又はＳＴＡＴ３ポリペプチドのうちの少なくとも１つを直接阻害する代謝物を産生し得る。

【0166】

いくつかの実施形態において、上記及び本明細書の他の箇所に記載される方法で使用される細菌株は、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩から選択される１つ以上の代謝物を産生する。

【0167】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0168】

いくつかの代替実施形態において、細菌株は、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９７．５％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は細菌株が、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である。いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号２７又は配列番号４５～４７のうちの１つ以上に記載の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列から独立して選択された２つ以上のコピー（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー）を含む。

【0169】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株、又はその誘導体である。

【0170】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0171】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤をさらに含む、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、乾燥組成物である。いくつかの実施形態において、乾燥組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される。例示的な例として、医薬組成物は、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動層乾燥、真空乾燥され得るか、又はそれらの組み合わせであり得る。

【0172】

いくつかの実施形態において、医薬組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0173】

なおもさらに別の態様において、本発明は、細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、対象に、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８種の細菌株を投与して、それによって細胞内のＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。典型的には、この態様の方法は、インビボで実施される。

【0174】

なおもさらに他の態様において、本発明は、対象における炎症性又は自己免疫障害を治療する方法を提供し、この方法は、対象に、有効量のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を投与して、それによって炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防することを含む。

【0175】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び血管炎を含む群から選択される。好ましくは、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0176】

いくつかの実施形態において、細菌株は、対象の少なくとも１つの細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達を遮断するか、又は別の様式で阻害する。典型的には、細胞は、上皮細胞、内皮細胞、又は免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）である。

【0177】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0178】

あるいは、いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有するか、又は細菌株が、配列番号２７若しくは配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を有する場合である。

【0179】

好ましくは、細菌株は、少なくとも部分的に単離される。

【0180】

いくつかの実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、及び／又は賦形剤とともに、医薬組成物として製剤化される。いくつかの実施形態において、組成物は、粒子、顆粒、及び粉末からなる群から選択される乾燥組成物である。例えば、組成物は、凍結乾燥され得る。あるいは、組成物は、スプレー乾燥、流動層乾燥、又は真空乾燥され得る。

【0181】

いくつかの実施形態において、組成物は、経口投与用に製剤化される。

【0182】

一態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0183】

別の態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む組成物を提供する。

【0184】

別の態様において、本発明は、治療法で使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８の細菌株を含む組成物を提供する。

【0185】

さらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む組成物を提供する。

【0186】

なおもさらに別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む組成物を提供する。

【0187】

いくつかの実施形態において、細菌株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株、又はその誘導体である。

【0188】

いくつかの実施形態において、細菌株は、配列番号３４～３８のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、又はすべてに示される配列を含むゲノム配列を有するＧｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８株である。

【0189】

いくつかの実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節炎、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、及び１型糖尿病から選択される。いくつかの好ましい実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。

【0190】

一態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株及び抗炎症剤を含む。

【0191】

いくつかの実施形態において、抗炎症剤は、５－アミノサリチル酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群から選択される。

【0192】

別の態様において、本発明は、炎症性又は自己免疫障害を治療する際に使用するための組成物を提供し、この組成物は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種の細菌株及び栄養補助食品を含む。このタイプの実施形態において、栄養補助食品は、細菌染色の生着を改善する。このタイプのいくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株。いくつかの他の実施形態において、細菌株は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８種である。

【0193】

いくつかの関連する態様において、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載される技術は、細菌種、及びそれらをプロバイオティクスの形態で含む組成物を提供する。好ましくは、このようなプロバイオティクスは、腸内微生物生態学を改善し、微生物異常症の症状を緩和し、健康を促進し、及び／又は炎症性及び／又は自己免疫障害を治療及び／又は予防するのに効果的である。

【0194】

以下の図は、本明細書の一部を構成し、本開示の特定の態様をさらに示すために含まれる。本開示は、本明細書に提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせて、これらの図の１つ以上を参照することによって、より良く理解することができる。

【図面の簡単な説明】

【0195】

【図1】Ａ．ｓｈａｈｉｉの系統発生近傍に焦点を当てた、ＧＴＤＢ種を代表する系統樹（ｒ８９、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．２０１８に記載の方法）を示す。高い安定性（ブートストラップ値＞９０％）を有する健康関連種Ａ．ｓｈａｈｉｉの最近の共通祖先ノードが強調表示されている。

【0196】

【図2-1】Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌と代表的な炎症性及び／又は自己免疫障害との間の関連性のグラフ表示を提供する。（Ａ）６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを使用して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５を、健常なヒト（暗色バー）において蔓延しているが、クローン病及び潰瘍性大腸炎（ストライプバー）において枯渇していると特定した。（Ｂ）これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄによって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された（Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１９）、（Ｃ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ、（Ｄ）Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、並びに（Ｅ）Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓが、炎症性及び自己免疫障害（ストライプバー）の範囲において有意に蔓延していない（Ｐ＜０．０５、フィッシャーの正確確率検定）。

【図2-2】Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌と代表的な炎症性及び／又は自己免疫障害との間の関連性のグラフ表示を提供する。（Ａ）６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを使用して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５を、健常なヒト（暗色バー）において蔓延しているが、クローン病及び潰瘍性大腸炎（ストライプバー）において枯渇していると特定した。（Ｂ）これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄによって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された（Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１９）、（Ｃ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ、（Ｄ）Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、並びに（Ｅ）Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓが、炎症性及び自己免疫障害（ストライプバー）の範囲において有意に蔓延していない（Ｐ＜０．０５、フィッシャーの正確確率検定）。

【図2-3】Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌と代表的な炎症性及び／又は自己免疫障害との間の関連性のグラフ表示を提供する。（Ａ）６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを使用して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５を、健常なヒト（暗色バー）において蔓延しているが、クローン病及び潰瘍性大腸炎（ストライプバー）において枯渇していると特定した。（Ｂ）これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄによって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された（Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１９）、（Ｃ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ、（Ｄ）Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、並びに（Ｅ）Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓが、炎症性及び自己免疫障害（ストライプバー）の範囲において有意に蔓延していない（Ｐ＜０．０５、フィッシャーの正確確率検定）。

【0197】

【図3】Ａ．ｓｈａｈｉｉ株の形態及び系統発生のグラフ表示を提供する。（Ａ）細胞形態を示すＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１単離株のグラム染色。（Ｂ）高品質参照ゲノム（ＧＴＤＢ ｒ８９）からの１２０の細菌特異的シングルコピーマーカー遺伝子のアラインメントで構築されたゲノムツリー。チップには、ＮＣＢＩ生物種名及びＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤがラベル付けされている。分岐群は、ＧＴＤＢ ｒ８９分類法でラベル付けされている。ノンパラメトリックブートストラップ値は、１０００回の反復から計算した。

【0198】

【図4】Ａ．ｓｈａｈｉｉが、ナイーブＣ５７Ｂｌ／６マウスにおける健常な腸機能に影響を及ぼさないというグラフィック表示を提供する。（Ａ）ナイーブＣ５７Ｂｌ／６マウスに対するＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１の影響を評価するために使用されたモデルの概要。（Ｂ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療は、ナイーブ動物の体重にほとんど影響を及ぼさない。（Ｃ）～（Ｄ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、結腸の長さ又は結腸の重量／長さ比に影響を及ぼさない。（Ｅ）～（Ｇ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、上皮損傷、炎症、過剰血管新生に影響を及ぼさない。（Ｈ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、腸組織学に影響を及ぼさない。すべてのデータは、平均及び標準偏差として報告された。ｎｓ、有意でない。

【0199】

【図5】Ａ．ｓｈａｈｉｉが腸障壁機能を回復させるというグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ａ．ｓｈａｈｉｉの治療効果を評価するために使用されたＤＳＳモデルの概要。（Ｂ）健常マウス及びＤＳＳ治療マウスの体重に対するビヒクル、プレドニゾン及びＡ．ｓｈａｈｉｉの毎日の治療の効果。全投与群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。有意性は、二元配置ＡｎｏｖａをＴｕｋｅｙの多重比較検定と一緒に用いて決定した。（Ｃ）ビヒクル、プレドニゾン、又はＡ．ｓｈａｈｉｉで治療したＣ５７Ｂｌ／６マウスの代表的な腸組織画像。（Ｄ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾン、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５及びＡ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善される組織病理学的スコアの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較し、一元配置ＡｎｏｖａをＤｕｎｎｅｔｔの多重比較検定と一緒に用いて有意性を決定した。（Ｅ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾン又はＡ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善される上皮損傷の増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を、Ｄｕｎｎの多重比較補正と一緒に用いて、全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。（Ｆ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾン又はＡ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善される杯細胞の有意な減少をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を、にＤｕｎｎの多重比較補正と一緒に用いて、全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。（Ｇ）ＤＳＳ治療は、Ａ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善される上皮内リンパ球の有意な減少をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を、Ｄｕｎｎの多重比較補正と一緒に用いて、全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。（Ｈ）Ａ．ｓｈａｈｉｉの治療効果を評価するために使用されたＳＫＧモデルの概要。（Ｉ）Ｃｕｒｄｌａｎ治療は、抗ＩＬ－２３抗体及びＡ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善される組織病理学的スコアの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ａｎｏｖａを、Ｄｕｎｎｅｔｔの多重比較検定と一緒に用いて、全群をｃｕｒｄｌａｎ＋ビヒクル群と比較した。（Ｊ）～（Ｍ）Ｃｕｒｄｌａｎ治療は、Ａ．ｓｈａｈｉｉによる治療によって改善されるＩＬ－２３、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－６及びＧＭ－ＣＳＦの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。ＩＬ－２３、ＩＬ－１２ｐ７０及びＧＭ－ＣＳＦについて、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を、Ｄｕｎｎの多重比較補正と一緒に用いて、全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。ＩＬ－６について、Ａｎｏｖａを、Ｄｕｎｎｅｔｔの多重比較検定と一緒に用いて、全群をｃｕｒｄｌａｎ＋ビヒクル群と比較した。すべてのデータについて、ｎｓ：有意でない；＊、ｐ＜０．０５；＊＊、ｐ＜０．０１；＊＊＊、ｐ＜０．００１、＊＊＊＊、ｐ＜０．０００１。

【0200】

【図6】インビトロでＳＴＡＴ３を抑制するＡ．ｓｈａｈｉｉのグラフィック表示を提供する。（Ａ）～（Ｃ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞を、Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－１（ｔ検定、ｎ＝９、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１；＊＊＊ｐ＝０．０００４）、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３及びＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６の無細胞上清生又は＜３ＫＤａ分画培養上清で処理すると阻害される。（Ｄ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ培養上清をサイズ分画し、３７℃又は９７℃で熱処理した後、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用して試験した。熱処理後、すべての画分は、ＳＴＡＴ３シグナル伝達を抑制することができた（ｔ検定、ｎ＝９；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１；＊ｐ＝０．０３６２；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。（Ｅ）ＰＹＧ中で増殖したＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１由来の無細胞上清は、強力なＳＴＡＴ３抑制活性を示すが、ＷＣＢ又はＭＣＭ中で増殖した場合、有意な活性を示さない（一元配置ＡＮＯＶＡ、ｎ＝９；ｎｓ ｐ＝０．４８９６、及び０．７４８９；＊＊＊ｐ＜０．０００１及び＜０．０００１、ｎｓ ｐ＝０．３６７７及び０．４５２４）。（Ｆ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－６レポーター細胞を、Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－２及びＡ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－３の無細胞上清生又は＜３ＫＤａ分画培養上清で処理すると阻害される（ｔ検定、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。

【0201】

【図7-1】Ａ．ｓｈａｈｉｉがヒト腸上皮細胞の遊走を促進することを示すグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを用いて、Ａ．ｓｈａｈｉｉ由来の滅菌培養上清抽出物がＨＣＴ１１６結腸がん細胞の遊走に及ぼす効果を研究した。血清欠乏状態（０．５％ ＦＢＳ）では、Ａ．ｓｈａｈｉｉ １×抽出物をチャンバの底部に添加すると、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物対照と比較して、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への移動が有意に増加した。（ＴＹＧ－Ｍ、未処理ｎ＝６個の技術的反復；Ａ．ｓｈａｈｉｉ ｎ＝４個の技術的反復、各３個の生物学的複製物；対応のないｔ検定、両側Ｐ＝０．００４７）。（Ｂ）細胞遊走のための第２の読み出しとして、Ｉｎｃｕｃｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを実施した。ＨＣＴ１１６細胞単層をスクラッチした後、相対創傷コンフルエンスを２時間ごとに測定した。スクラッチの９０時間後、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１由来の０．６×抽出物中でインキュベートされた血清欠乏ＨＣＴ１１６細胞は、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物で処理された細胞と比較して、有意に高い創傷コンフルエンスを示した。（ＴＹＧ－Ｍ、未処理ｎ＝１６個の技術的反復；Ａ．ｓｈａｈｉｉ ｎ＝１６個の技術的反復、各３個の生物学的複製物）；対応のないｔ検定、両側ｐ＝０．００６９）。（Ｃ）Ｔ８４細胞単層にわたるＴＥＥＲを、障壁破壊因子ＩＦＮ－γによる４８時間の基底外側処理中及び後に評価した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるより高いＴＥＥＲ値（Ｏｈｍｓ）によって示されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、４８時間の処理後に、ＩＦＮ－γが障壁完全性の喪失に対する変化を誘導した後、より速い回復改善を示す（各条件ｎ＝４個の複製物）。（Ｄ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、９日間の処理後のＴＥＥＲにおける障壁完全性の媒介的喪失に対するＩＦＮ－γ誘導変化の７日後に有意に高いＴＥＥＲ改善を示す（各条件ｎ＝４個の複製物）。試料を比較し、統計的有意性は、対応のないｔ検定を使用して決定した。＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。（Ｅ）Ｔ８４細胞単層にわたるＴＥＥＲを、障壁破壊因子ＩＦＮ－γによる４８時間の基底外側処理中及び後に評価した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、４８時間の処理後の障壁完全性の喪失に対するＩＦＮ－γ誘導変化からのより速い回復を示す。すべての試料を未処理細胞に対して正規化し、対照と比較したＴＥＥＲのパーセンテージ差を提示した。（Ｆ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、９日間の処理後のＴＥＥＲにおける障壁完全性に対するＩＦＮ－γ誘導変化の７日後に有意に高いＴＥＥＲ改善を示す。すべての試料を、未処理細胞に対して正規化した。試料は、対応のないｔ検定を使用して比較した。＊＊＊＊ ｐ＜０．０００１。（Ｇ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６を単離するために使用されたゲーティング戦略の概要。

【図7-2】Ａ．ｓｈａｈｉｉがヒト腸上皮細胞の遊走を促進することを示すグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを用いて、Ａ．ｓｈａｈｉｉ由来の滅菌培養上清抽出物がＨＣＴ１１６結腸がん細胞の遊走に及ぼす効果を研究した。血清欠乏状態（０．５％ ＦＢＳ）では、Ａ．ｓｈａｈｉｉ １×抽出物をチャンバの底部に添加すると、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物対照と比較して、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への移動が有意に増加した。（ＴＹＧ－Ｍ、未処理ｎ＝６個の技術的反復；Ａ．ｓｈａｈｉｉ ｎ＝４個の技術的反復、各３個の生物学的複製物；対応のないｔ検定、両側Ｐ＝０．００４７）。（Ｂ）細胞遊走のための第２の読み出しとして、Ｉｎｃｕｃｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを実施した。ＨＣＴ１１６細胞単層をスクラッチした後、相対創傷コンフルエンスを２時間ごとに測定した。スクラッチの９０時間後、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１由来の０．６×抽出物中でインキュベートされた血清欠乏ＨＣＴ１１６細胞は、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物で処理された細胞と比較して、有意に高い創傷コンフルエンスを示した。（ＴＹＧ－Ｍ、未処理ｎ＝１６個の技術的反復；Ａ．ｓｈａｈｉｉ ｎ＝１６個の技術的反復、各３個の生物学的複製物）；対応のないｔ検定、両側ｐ＝０．００６９）。（Ｃ）Ｔ８４細胞単層にわたるＴＥＥＲを、障壁破壊因子ＩＦＮ－γによる４８時間の基底外側処理中及び後に評価した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるより高いＴＥＥＲ値（Ｏｈｍｓ）によって示されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、４８時間の処理後に、ＩＦＮ－γが障壁完全性の喪失に対する変化を誘導した後、より速い回復改善を示す（各条件ｎ＝４個の複製物）。（Ｄ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、９日間の処理後のＴＥＥＲにおける障壁完全性の媒介的喪失に対するＩＦＮ－γ誘導変化の７日後に有意に高いＴＥＥＲ改善を示す（各条件ｎ＝４個の複製物）。試料を比較し、統計的有意性は、対応のないｔ検定を使用して決定した。＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。（Ｅ）Ｔ８４細胞単層にわたるＴＥＥＲを、障壁破壊因子ＩＦＮ－γによる４８時間の基底外側処理中及び後に評価した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、４８時間の処理後の障壁完全性の喪失に対するＩＦＮ－γ誘導変化からのより速い回復を示す。すべての試料を未処理細胞に対して正規化し、対照と比較したＴＥＥＲのパーセンテージ差を提示した。（Ｆ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ細胞を含まない培養上清で頂端処理したＴ８４細胞は、ＴＥＥＲによって評価されるように、ＰＹＧ培地対照と比較して、９日間の処理後のＴＥＥＲにおける障壁完全性に対するＩＦＮ－γ誘導変化の７日後に有意に高いＴＥＥＲ改善を示す。すべての試料を、未処理細胞に対して正規化した。試料は、対応のないｔ検定を使用して比較した。＊＊＊＊ ｐ＜０．０００１。（Ｇ）Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６を単離するために使用されたゲーティング戦略の概要。

【0202】

【図8】Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種が、健常対照と比較して、炎症性及び自己免疫疾患を有するヒトの腸内微生物叢において有意に蔓延していないというグラフィック表示を提供する。６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを使用する。

【0203】

【図9】Ｃ．ｓａｎａ株の系統発生及び形態のグラフィック表示を提供する。（Ａ）形態を示すＣ．ｓａｎａ単離株のグラム染色。（Ｂ）高品質参照ゲノム（ＧＴＤＢ ｒ８９、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８に記載されている方法）からの１２０の細菌特異的シングルコピーマーカー遺伝子のアラインメントで構築されたゲノムツリー。チップには、ＮＣＢＩ生物種名及びＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤがラベル付けされている。分岐群は、ＧＴＤＢ ｒ８９分類法でラベル付けされている。ノンパラメトリックブートストラップ値は、１０００回の反復から計算した。このツリーは、Ｃ．ｓａｎａ属（すなわち、ノード２３８７９の周り）の系統発生近傍に焦点を当てている。健康関連Ｃ．ｓａｎａ種の高い安定性（ブートストラップ値＞９０％）を有する祖先ノードは、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の最近の共通祖先までラベル付けされる。

【0204】

【図10】Ｃ．ｓａｎａが腸障壁機能を回復させるというグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種の治療効果を評価するために使用されたＤＳＳモデルの概要。（Ｂ）ＤＳＳ処理は、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２による処理によって改善される組織病理学的スコアの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較し、Ｗｅｌｃｈの補正を伴う対応のないｔ検定を用いて有意性を決定した。（Ｃ）ＤＳＳ処理は、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２による処理によって改善される上皮損傷の増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。全群を、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓを使用して、ＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。すべてのデータについて、ｎｓ：有意でない；＊、ｐ＜０．０５。

【0205】

【図11】インビトロでＳＴＡＴ３活性化を抑制するＣ．ｓａｎａのグラフィック表示を提供する。ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、（Ａ）Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及び（Ｂ）Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２の無細胞上清生で処理するか、又は＜３ＫＤａで濾過すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９、Ａ ＊＊＊＊ｐ＜０．０００１；Ｂ ＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。

【0206】

【図12】インビトロでＩＬ－６媒介ＳＴＡＴ３活性化を抑制するＣ．ｓａｎａのグラフィック表示を提供する。（Ａ～Ｂ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－６レポーター細胞を、１０％ ｖ／ｖでＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１（Ａ）及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２（Ｂ）の無細胞上清生又は＜３ＫＤａ分画培養上清で処理すると阻害される（対応のないｔ検定、ｎ＝１８、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。（Ｃ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－６レポーター細胞を、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２の１×抽出物で処理すると阻害される（対応のないｔ検定、ｎ＝２４、＊＊＊＊ｐ＜０．０００１）。

【0207】

【図13】Ｃ．ｓａｎａがヒト腸上皮細胞の遊走を促進することを示すグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを用いて、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２由来の滅菌培養上清抽出物がＨＣＴ１１６結腸がん細胞の遊走に及ぼす効果を研究した。血清欠乏状態（０．５％ ＦＢＳ）では、未処理のＨＣＴ１１６細胞及び０．５×細菌培地抽出物で処理した細胞は、Ｔｒａｎｓｗｅｌｌチャンバの基底外側への同等のバックグラウンドレベルの遊走を示した。チャンバの底部に０．５×Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２抽出物を添加することは、培地対照と比較して、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への移動を有意に増加させた（未処理ｎ＝６個の技術的反復；培地対照ｎ＝６個の技術的反復；Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１ ｎ＝４個の技術的反復（各２個の生物学的複製物）；Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２ ｎ＝４個の技術的反復（各３個の生物学的複製物）；対応のないｔ検定、両側 Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１については＊＊＊Ｐ＝０．０００３、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２については＊＊＊Ｐ＝０．０００９）。（Ｂ）細胞遊走についての第２の読み出しとして、Ｉｎｃｕｃｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを実施した。ＨＣＴ１１６細胞単層をスクラッチした後、相対創傷コンフルエンスを２時間ごとに測定した。未処理のｎ＝１８個の技術的反復；培地対照ｎ＝１８個の技術的反復；Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１ ｎ＝３６個の技術的反復（２個の生物学的複製物）；Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２ ｎ＝３６個の技術的反復（３個の生物学的複製物）。スクラッチの２４時間後、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２由来の０．５×抽出物中でインキュベートされた血清欠乏ＨＣＴ１１６細胞は、細菌培地抽出物で処理された細胞と比較して、有意に高い創傷コンフルエンスを示した。対応のないｔ検定＊＊＊Ｐ＝０．０００８（Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１）及び＊＊＊Ｐ＝０．０００４（Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２）。

【0208】

【図14-1】Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種が、健常対照と比較して、炎症性及び自己免疫疾患を有するヒトの腸内微生物叢において有意に蔓延していないというグラフィック表示を提供する。６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを用いて、（Ａ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、（Ｂ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種＿Ｃ、（Ｃ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種＿Ａ、及び（Ｄ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ００３４７６８２５が、健常なヒト（暗色バー）において蔓延しているが、一連の炎症性及び自己免疫障害（ストライプバー）において枯渇していると特定した。（Ｅ）ＩＢＤでは、潰瘍性大腸炎及びクローン病の両方の主なサブタイプを含め、最も強い効果が観察された。（Ｆ）これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄによって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された。示された関連性はすべて、Ｐ＜０．０５（フィッシャーの正確確率検定）である。

【図14-2】Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種が、健常対照と比較して、炎症性及び自己免疫疾患を有するヒトの腸内微生物叢において有意に蔓延していないというグラフィック表示を提供する。６，０２０人の対象の高解像度腸メタゲノムデータを用いて、（Ａ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、（Ｂ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種＿Ｃ、（Ｃ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種＿Ａ、及び（Ｄ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ００３４７６８２５が、健常なヒト（暗色バー）において蔓延しているが、一連の炎症性及び自己免疫障害（ストライプバー）において枯渇していると特定した。（Ｅ）ＩＢＤでは、潰瘍性大腸炎及びクローン病の両方の主なサブタイプを含め、最も強い効果が観察された。（Ｆ）これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄによって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された。示された関連性はすべて、Ｐ＜０．０５（フィッシャーの正確確率検定）である。

【0209】

【図15】Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株の系統発生及び形態のグラフィック表示を提供する。（Ａ）形態を示すＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１単離株のグラム染色。（Ｂ）上パネル、プレート上のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２の写真、ＴＹ培地上で４８時間後に丸い全体的に隆起したコロニーを示す。下パネル、形態を示すＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２単離株のグラム染色。（Ｃ）高品質参照ゲノム（ＧＴＤＢ ｒ８９）からの１２０の細菌特異的シングルコピーマーカー遺伝子のアラインメントで構築されたゲノムツリー。チップには、ＮＣＢＩ生物種名及びＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤがラベル付けされている。分岐群は、ＧＴＤＢ ｒ８９分類法でラベル付けされている。ノンパラメトリックブートストラップ値は、１０００回の反復から計算した。（Ｄ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の系統発生近傍（ノード２３８１８の周囲）に焦点を当てた、ＧＴＤＢ種を代表するツリー（ｒ８９、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．２０１８に記載の方法）。健康関連Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ種の高い安定性（ブートストラップ値＞９０％）を有する祖先ノードは、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の最近の共通祖先までラベル付けされる。

【0210】

【図16】Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが、ナイーブＣ５７Ｂｌ／６マウスにおける健常な腸機能に影響を及ぼさないというグラフィック表示を提供する。（Ａ）ナイーブＣ５７Ｂｌ／６マウスに対するＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の影響を評価するために用いたモデルの概要。（Ｂ）ＭＨ３２－１による治療は、ナイーブ動物の体重にほとんど影響を及ぼさない。（Ｃ）～（Ｄ）ＭＨ３２－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、結腸の長さ又は結腸の重量／長さ比に影響を及ぼさない。（Ｅ）～（Ｆ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、上皮損傷又は過剰血管新生に影響を及ぼさない。（Ｇ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療は、ナイーブ動物のビヒクル治療対照と比較して、腸組織学に影響を及ぼさない。すべてのデータは、平均及び標準偏差として報告された。ｎｓ、有意でない；＊ｐ＜０．０５。

【0211】

【図17】Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが腸障壁機能を回復させるというグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の治療効果を評価するために使用されたＤＳＳモデルの概要。（Ｂ）健常マウス及びＤＳＳ治療マウスにおけるビヒクル、プレドニゾン及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の毎日の治療の効果。全投与群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。有意性は、二元配置Ａｎｏｖａを、Ｔｕｋｅｙの多重比較検定と一緒に用いて決定した。（Ｃ）１日目、２日目及び６日目に評価した大腸炎の内視鏡的評価。各群を、各個々の日にＤＳＳ＋ビヒクル群と、必要に応じてＫｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定をＤｕｎｎの多重比較補正（１日目）と一緒に、又は一元配置ＡｎｏｖａをＤｕｎｎｅｔｔの多重比較補正と一緒に（２日目、６日目）用いて、比較した。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。（Ｄ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾンではなく、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１によって改善される結腸の長さの低減をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較し、一元配置ＡｎｏｖａをＤｕｎｎｅｔｔの多重比較検定と一緒に用いて有意性を決定した。（Ｅ）ビヒクル、プレドニゾン、又はＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１で治療したＣ５７Ｂｌ／６マウスの代表的な腸組織画像。（Ｆ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾン、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療によって改善される組織病理学的スコアの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較し、多重比較のためにＤｕｎｎｅｔｔ検定を用いて一元配置Ａｎｏｖａを用いて有意性を決定した。（Ｇ）ＤＳＳ治療は、プレドニゾン又はＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療によって改善される上皮損傷の増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ検定を用い、多重比較のためにＤｕｎｎの補正を用いて、全群をＤＳＳ＋ビヒクル群と比較した。（Ｈ）ビヒクル、プレドニゾン、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ又はＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１で治療したＣ５７Ｂｌ／６マウスの糞便中のリポカリン－２濃度。有意性は、多重比較のためにＤｕｎｎｅｔｔ検定を用いた一元配置Ａｎｏｖａを用いて決定した。（Ｉ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の治療効果を評価するために使用されたＳＫＧモデルの概要。（Ｊ）Ｃｕｒｄｌａｎ治療は、抗ＩＬ－２３抗体及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療によって改善される組織病理学的スコアの増加をもたらす。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ａｎｏｖａを用い、多重比較のためにＤｕｎｎｅｔｔの検定を用いて、全群をｃｕｒｄｌａｎ＋ビヒクル群と比較した。すべてのデータについて、ｎｓ：有意でない；＊、ｐ＜０．０５；＊＊、ｐ＜０．０１；＊＊＊＊、ｐ＜０．０００１。

【0212】

【図18-1】インビトロでＳＴＡＴ３活性化を抑制するＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのグラフィック表示を提供する。（Ａ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清生で処理するか、又は＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００１）。（Ｂ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清をサイズ分画し、３７℃又は９７℃で熱処理し、次いで、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を試験した。熱処理後も、すべての画分は依然としてＳＴＡＴ３シグナル伝達を阻害することができる（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＝０．０４２１、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００９）。（Ｃ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清をサイズ分画し、３７℃で３０分間プロテイナーゼＫで処理し、次いで、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を試験した。プロテイナーゼＫ処理後も、すべての画分は依然としてＳＴＡＴ３シグナル伝達を阻害することができる（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＜０．０００１、ｐ＜０．０００１）。（Ｄ）ＴＹ中で増殖したＭＨ３２－１由来の無細胞上清は、強力なＳＴＡＴ３抑制活性を示すが、ＰＹＧ、ＷＣＢ及びＭＣＭ中で増殖した場合、最小の活性を示す（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．００２７、ｐ＝０．０２０３、ｐ＝０．０１１４）。（Ｅ～Ｆ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＡＴＣＣ ２７７４９の無細胞上清生で処理するか、又は＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００１）。（Ｇ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、無細胞上清生で処理するか、又はＧｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８で＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（対応のないｔ検定を使用し、試料を比較した）。＊＊＊、ｐ＜０．００１；＊＊＊＊、ｐ＜０．０００１）。（Ｈ）ＰＢＭＣは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清で前処理され、次いで、ＴＹ培地対照と比較してＰＩＭで刺激された場合、ＩＬ－６の分泌の減少を示す。正規分布データを、Ｓｉｄａｋの多重比較検定を用いた通常の一元配置Ａｎｏｖａを使用して分析した（ｎ＝処理当たり７、ｎｓ＝有意でない；＊＝ｐ＜０．０５；＊＊＊＝ｐ＜０．００１；＊＊＊＊＝ｐ＜０．０００１）。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。（Ｉ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、ＴＹ培地対照と比較して、ＬＰＳ刺激Ｔ８４腸上皮細胞からのＩＬ－６分泌を有意に抑制する。抑制活性は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ培養上清の＜３ｋＤａ画分においても保持される。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｔ検定＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。（Ｊ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－６レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の＜３ＫＤａ濾過した無細胞上清で処理すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９；＊＊＊ｐ＜０．０００９）。

【図18-2】インビトロでＳＴＡＴ３活性化を抑制するＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのグラフィック表示を提供する。（Ａ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清生で処理するか、又は＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００１）。（Ｂ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清をサイズ分画し、３７℃又は９７℃で熱処理し、次いで、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を試験した。熱処理後も、すべての画分は依然としてＳＴＡＴ３シグナル伝達を阻害することができる（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＝０．０４２１、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００９）。（Ｃ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清をサイズ分画し、３７℃で３０分間プロテイナーゼＫで処理し、次いで、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を試験した。プロテイナーゼＫ処理後も、すべての画分は依然としてＳＴＡＴ３シグナル伝達を阻害することができる（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＜０．０００１、ｐ＜０．０００１）。（Ｄ）ＴＹ中で増殖したＭＨ３２－１由来の無細胞上清は、強力なＳＴＡＴ３抑制活性を示すが、ＰＹＧ、ＷＣＢ及びＭＣＭ中で増殖した場合、最小の活性を示す（ｔ検定、ｎ＝９；ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．００２７、ｐ＝０．０２０３、ｐ＝０．０１１４）。（Ｅ～Ｆ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＡＴＣＣ ２７７４９の無細胞上清生で処理するか、又は＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９、ｐ＜０．０００１、ｐ＝０．０００１）。（Ｇ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ２３レポーター細胞株を、無細胞上清生で処理するか、又はＧｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８で＜３ＫＤａに濾過すると阻害される（対応のないｔ検定を使用し、試料を比較した）。＊＊＊、ｐ＜０．００１；＊＊＊＊、ｐ＜０．０００１）。（Ｈ）ＰＢＭＣは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の無細胞上清で前処理され、次いで、ＴＹ培地対照と比較してＰＩＭで刺激された場合、ＩＬ－６の分泌の減少を示す。正規分布データを、Ｓｉｄａｋの多重比較検定を用いた通常の一元配置Ａｎｏｖａを使用して分析した（ｎ＝処理当たり７、ｎｓ＝有意でない；＊＝ｐ＜０．０５；＊＊＊＝ｐ＜０．００１；＊＊＊＊＝ｐ＜０．０００１）。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。（Ｉ）Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、ＴＹ培地対照と比較して、ＬＰＳ刺激Ｔ８４腸上皮細胞からのＩＬ－６分泌を有意に抑制する。抑制活性は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ培養上清の＜３ｋＤａ画分においても保持される。すべてのデータは平均値と標準偏差で表示されている。Ｔ検定＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。（Ｊ）ＳＴＡＴ３シグナル伝達は、ＨＥＫＢｌｕｅ ＩＬ－６レポーター細胞株を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の＜３ＫＤａ濾過した無細胞上清で処理すると阻害される（ｔ検定、ｎ＝９；＊＊＊ｐ＜０．０００９）。

【0213】

【図19】Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓがヒト腸上皮細胞の遊走を促進することを示すグラフィック表示を提供する。（Ａ）Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを用いて、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１由来の滅菌培養上清抽出物がＨＣＴ１１６結腸がん細胞の遊走に及ぼす効果を研究した。血清欠乏状態（０．５％ ＦＢＳ）では、未処理のＨＣＴ１１６細胞及びＴＹ培地抽出物で処理した細胞は、Ｔｒａｎｓｗｅｌｌチャンバの基底外側への同等のバックグラウンドレベルの遊走を示した。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１抽出物をチャンバの底部に添加することは、ＴＹ対照と比較して、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への移動を有意に増加させた（ＴＹ、Ｃ ｎ＝６個の技術的重複物；ＭＨ３２－１ ｎ＝４個の技術的重複物（各３個の生物学的重複物）；Ｄｕｎｎｅｔｔの多重比較検定＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１）。（Ｂ）Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ（登録商標）遊走実験の１０×倍率での代表的な明視野画像。画像サイズは、５７０μｍ×５７０μｍである。（Ｃ）細胞遊走についての第２の読み出しとして、Ｉｎｃｕｃｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを実施した。ＨＣＴ１１６細胞単層をスクラッチした後、相対創傷コンフルエンスを２時間ごとに測定した。ＴＹ、Ｃ ｎ＝２７個の技術的反復；Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１ ｎ＝１８個の技術的反復（各３個の生物学的複製物）。（Ｄ）スクラッチの１８時間後、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１由来の０．３×抽出物中でインキュベートされた血清欠乏ＨＣＴ１１６細胞は、ＴＹ培地抽出物で処理された細胞と比較して、有意に高い創傷コンフルエンスを示した。ＴＹ、Ｃ ｎ＝２７個の技術的反復；Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１ ｎ＝１８個の技術的反復（各３個の生物学的複製物）；対応のないｔ検定 ＊＊ｐ＝０．００２８。

【0214】

【図20】Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが腸障壁完全性を回復することを示すグラフィック表示を提供する。Ｍａｅｓｔｒｏ Ｐｒｏシステムを使用して経上皮電気抵抗（ＴＥＥＲ）を通して評価される、ＩＦＮ－γで刺激されたＴ８４細胞に対するＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１及びビヒクル対象による治療の効果。Ｔ８４細胞を９６ウェルのＣｙｔｏＶｉｅｗ－Ｚプレート中で単層として増殖させ、安定したＴＥＥＲ値が確立されると、ＩＦＮｇ（１００ｎｇ／ｍＬ）で刺激した。７２時間後、細胞を洗浄し、培地を新鮮な培地のみで置き換えるか、又は１×Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１抽出物若しくはビヒクル対照を補充した。処理後４５時間で、ＴＥＥＲ測定値を記録し、対照（未処理のＴ８４細胞）と比較したＴＥＥＲ値のパーセンテージ差を、平均±標準偏差としてヒストグラムに視覚化した。統計的有意性は対応のないｔ検定によって決定した。＊＊ｐ＜０．０１；＊＊＊＊ｐ＜０．０００１。（Ｂ）Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８を単離するために使用されたゲーティング戦略の概要。

【表1-1】

【表1-2】

【発明を実施するための形態】

【0215】

１．定義
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本発明の実施又は試験において、本明細書に記載されたものと類似又は同等の任意の方法及び材料を使用することができるが、好ましい方法及び材料が記載される。本発明の目的のために、以下の用語を以下に定義する。

【0216】

冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書では、冠詞の文法的対象物の１つ又は複数（すなわち、少なくとも１つ）を指すために使用される。例として、「要素」は、１つの要素又は複数の要素を意味する。

【0217】

本明細書中で使用される用語「約」は、この技術分野の当業者に容易に知られている各値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における値又はパラメータの「約」への言及は、その値又はパラメータそれ自体に向けられる実施形態を含む（及び説明する）。

【0218】

本明細書中で使用される「投与する」という用語は、所望の部位で薬剤の少なくとも部分的な送達をもたらす方法又は経路によって、本明細書中に開示されるような薬剤（例えば、細菌）を対象中に配置することを指す。本明細書に開示された化合物を含む組成物は、対象において有効な生物学的活性又は治療効果をもたらす任意の適切な経路によって投与することができる。いくつかの実施形態において、投与は、身体活動（例えば、注射、摂取の行為、適用の行為、及び／又は送達装置又は機械の操作）を含む。そのような活動は、（例えば、医療専門家及び／又は治療される対象によって）実施され得る。

【0219】

具体的には、本明細書中で使用される「投与する」及び「投与」は、ある人が、別の人に、生きた細菌、死滅した細菌、細菌に由来する使用済み媒体、細菌の細胞ペレット、細菌によって産生された精製代謝物、細菌によって産生された精製タンパク質、プレバイオティクス、小分子、又はそれらの組み合わせを、ある方法で及び／又は第二の人から受け取った指示とは独立して、若しくはそれとは異なって、ある目的のために消費するように指示する実施形態を包含する。実施形態の非限定的な例には、ある人が、別の人に、生きた細菌、死滅した細菌、細菌に由来する使用済み媒体、細菌の細胞ペレット、細菌によって産生された精製代謝物、細菌によって産生された精製タンパク質、プレバイオティクス、小分子、又はそれらの組み合わせを、特定の方法で及び／又は第二の人から受け取った指示とは独立して、若しくはそれとは異なって、ある目的のために消費するように指示する状況、あるいは医師が患者に一連の行動及び／又は治療を処方する場合、親が未成年のユーザー（子供など）にそのような製品を摂取するよう命令する場合、トレーナーがユーザー（スポーツ選手など）に特定の行動及び／又は治療方針の指示に従うようにアドバイスする場合、又は製造業者、流通業者、又はマーケティング担当者が、例えば、製品の販売又はマーケティングに関連して提供される梱包又は他の材料への広告又はラベル表示を通じて、エンドユーザーに使用条件を推奨する場合を含む。いくつかの実施形態において、開示された組成物は、経口、静脈内、筋肉内、くも膜下、皮下、舌下、口腔内、直腸、膣内、眼経路、光学経路、経鼻、吸入、噴霧、皮膚、経皮、又はそれらの組み合わせによって投与することができ、薬学的に許容される賦形剤、担体、又は希釈剤とともに送達するために製剤化することができる。注目すべきことに、開示された組成物は、生体異形成及びその続発症を改善するための治療のための複数の製剤及び送達モードを包含するが、プロバイオティクスのような生きた生物学的治療製品は、典型的には、静脈内、筋肉内、又は腹腔内に投与されないことに留意されたい。これらの送達様式は、細菌代謝の小分子産物のために保有する可能性がある。

【0220】

用語「同時の投与」又は「同時に投与する」又は「同時投与」などは、２つ以上の活性を含む単一組成物の投与、又は各活性の別々の組成物としての投与、及び／又は、有効な結果が、すべてのそのような活性剤が単一組成物として投与されたときに得られるものと同等であるのに十分な時間内に、同時（ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｎｅｏｕｓｌｙ）又は同時（ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ）又は連続的に、別々の経路によって送達されることを指す。「同時に」とは、活性剤が実質的に同時に、望ましくは同じ製剤中に一緒に投与されることを意味する。「同時的に」とは、活性剤が、時間的に密接に投与されることを意味し、例えば、ある物質は、約１分以内から約１日以内に、次の前後に投与される。どんな同時期でも有用である。しかし、同時に投与されない場合には、薬剤は、約１分以内から約８時間以内に、適切には約１時間以内から約４時間以内に投与されることが多い。同時に投与される場合、薬剤は、対象の同じ部位で適切に投与される。用語「同一部位」は正確な位置を含むが、約０．５～約１５センチメートル以内、好ましくは約０．５～約５センチメートル以内であり得る。本明細書中で使用される用語「別々に」は、薬剤が、例えば、約１日から数週間又は数ヵ月の間隔で投与されることを意味する。活性剤は、いずれかの順序で投与することができる。本明細書中で使用される用語「連続的に」は、例えば、分、時間、日又は週の間隔で、薬剤が連続して投与されることを意味する。適切であれば、活性剤は、規則的な繰り返しサイクルで投与することができる。

【0221】

用語「薬剤」は、所望の薬理学的及び／又は生理学的効果を誘導する化合物を含む。この用語はまた、本明細書に具体的に記載された化合物の薬学的に許容される薬理学的に活性な成分を包含し、これには、塩、エステル、アミド、プロドラッグ、活性代謝物、アナログなどが含まれるが、これらに限定されない。上記の用語を使用する場合、これは、活性剤自体だけでなく、薬学的に許容される薬理学的に活性な塩、エステル、アミド、プロドラッグ、代謝物、アナログなどを含むことを理解されたい。「薬剤」という用語は、狭義に解釈されるべきではなく、小分子、ペプチド、ポリペプチド及びタンパク質などのタンパク質性分子とそれらを含む組成物、並びにＲＮＡ、ＤＮＡ及び模倣物とそれらの化学的アナログ、並びに細胞薬剤に及ぶ。用語「薬剤」は、本明細書で言及されるポリペプチド、並びにそのポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを産生及び分泌することができる細胞を含む。したがって、用語「薬剤」は、ウイルス又は非ウイルスベクターのようなベクター、発現ベクター及び一連の細胞における発現及び分泌のためのプラスミドを含む核酸構築物に及ぶ。

【0222】

バイオマーカーの「量」又は「レベル」は、試料中の検出可能なレベルである。これらは、当業者に公知の方法によって測定することができ、本明細書にも開示する。評価されたバイオマーカーの発現レベル又は量を用いて、治療に対する反応を決定することができる。

【0223】

本明細書中で使用される「及び／又は」は、関連するリストされた項目の１つ以上の任意の可能な組み合わせ、及び代替（又は）で解釈される場合の組み合わせの欠如を指し、それらを包含する。

【0224】

用語「嫌気性」は、増殖に酸素を必要としないことを意味する。嫌気性菌株は、偏性嫌気性菌（すなわち、酸素の存在によって害を受ける菌株）、好気性嫌気性菌（すなわち、増殖に酸素を使用できないが、その存在に耐える菌株）、通性嫌気性菌（すなわち、酸素なしで増殖できるが、存在すれば酸素を使用することができる菌株）を含む。

【0225】

「嫌気的条件」とは、発酵媒体中の酸素濃度が、微生物が末端電子受容体として使用するには低すぎる条件と定義される。「嫌気的条件」は、さらに、３ｍｍｏｌ／Ｌ／時未満、好ましくは２．５ｍｍｏｌ／Ｌ／時未満、より好ましくは２ｍｍｏｌ／Ｌ／時未満、最も好ましくは１．５ｍｍｏｌ／Ｌ／時未満の速度で、培地に酸素を全く又は少量添加しない条件として定義することができる。「嫌気性条件」とは、特に完全に酸素を含まない（＝０ｍｍｏｌ／Ｌ／ｈ酸素）又は少量の酸素を例えば＜０．５から＜１ｍｍｏｌ／Ｌ／ｈの速度で培地に添加することを意味する。「嫌気的代謝」とは、ＮＡＤＨに含まれる電子の最終的な受容体ではない生化学的過程をいう。嫌気的代謝は、酸素以外の化合物が最終電子受容体となる嫌気的呼吸と、ＮＡＤＨからの電子を利用して発酵経路を介して還元産物を生成する基質レベルのリン酸化に分けられる。

【0226】

用語「炭素源」は、一般に、微生物の成長を維持するのに適した基質又は化合物を指す。炭素源は、ポリマー、炭水化物、アルコール、酸、アルデヒド、ケトン、アミノ酸、ペプチドなどを含むが、これらに限定されない、様々な形態であり得る。例えば、これらは、単糖類（グルコース、フルクトース、キシロースなど）、オリゴ糖類（すなわち、スクロース、ラクトース）、多糖類（すなわち、デンプン、セルロース、ヘミセルロース）、リグノセルロース材料、脂肪酸（すなわち、コハク酸塩、乳酸塩、酢酸塩）、グリセロールなど、又はそれらの混合物を含み得る。炭素源は、グルコース又はセルロースのような光合成の生成物であり得る。

【0227】

炭素源として使用される単糖類は、セルロース、デンプン及びペクチンの酸又は酵素加水分解物のような多糖類の加水分解の生成物であり得る。「エネルギー源」という用語は、化学有機栄養代謝において、炭素源は、異化の間の電子供与体として、及び細胞成長の間の炭素源として使用されるので、ここでは炭素源と交換可能に使用され得る。

【0228】

本明細書全体を通して、文脈上別の意味がない限り、「含む」、「含んでいる」、及び「含むこと」という用語は、記載されたステップ、要素、又はステップ若しくは要素のグループを包含するが、他のステップ若しくは要素、又はステップ若しくは要素のグループ、又は要素のグループの除外を意味するものと理解されるであろう。したがって、用語「含む」などの使用は、リストされた要素が必要又は必須であるが、他の要素は任意であり、存在しても存在していなくてもよいことを示す。「からなる」とは、語句「からなる」に続くものを含むことを意味し、これらに限定される。したがって、「からなる」という語句は、リストされた要素が必須又は必須であり、他の要素が存在しないことを示す。「から本質的になる」とは、語句の後に列挙されている要素を含み、列挙されている要素について開示に明記されている活動又は行動に干渉したり寄与したりしない他の要素に限定されることを意味する。したがって、「から本質的になる」という語句は、リストされた要素が必要又は必須であることを示し、他の要素は任意であり、リストされた要素の活動又は作用に影響を与えるか否かに応じて存在し得るか否かを示し得る。

【0229】

本明細書中で使用される「培養する」、「培養」などは、細胞の集団（又は単一の細胞）がインビトロで細胞の成長又は維持を支持することが示された条件下でインキュベートされるインビトロで使用される一組の手順を指す。当該分野は、広範なフォーマット、媒体、温度範囲、ガス濃度などを認識する。これらは培養系で定義する必要がある。パラメータは、選択されたフォーマット、及び本明細書に開示された方法を実施する個人の特定のニーズに基づいて変化するであろう。しかし、培養パラメータの決定は、本質的にルーチンであることが認識されている。

【0230】

用語「低下する」、「減少する」、「低下」、「減少」、「阻害」、「抑制」、「減衰」などは、すべて、本明細書において、統計的に有意な量だけ減少を意味するために使用される。いくつかの実施形態において、これらの用語は、典型的には、参照レベル（例えば、所与の治療又は薬剤の不存在）と比較して少なくとも１０％の減少を意味し、例えば、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％の減少を含むことができる。少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％又はそれ以上の低下を含むことができる。本明細書中で使用される場合、「減少」、「抑制」、及び「阻害」は、参照レベルと比較して完全な阻害又は低減を必要としない。「完全阻害」等は、基準レベルと比較して１００％の阻害である。減少は、好ましくは、正常範囲内（例えば、所与の障害を有さない個体について）として容認されるレベルまで下げることができる。

【0231】

用語「増加した」、「増加」、「増強」、又は「活性化」は、すべて、統計的に有意な量だけ増加することを意味するために、本明細書で使用される。いくつかの実施形態において、用語「増加した」、「増加」、「増強」、又は「活性化」は、参照レベル（例えば、所与の治療又は薬剤の不存在）と比較して少なくとも１０％の増加を意味し得、例えば、参照レベルと比較して、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％の増加、若しくは最大１００％（を含む）の増加、又は参照レベルと比較して、１０～１００％の増加、又は参照レベルと比較して、少なくとも約２倍、若しくは少なくとも約３倍、若しくは少なくとも約３倍、若しくは少なくとも約４倍、若しくは少なくとも約５倍、若しくは少なくとも約１０倍の増加、又は２倍～１０倍以上のいずれかの増加を含み得る。マーカー又は症状に関連して、「増加」は、そのようなレベルにおける統計的に有意な増加である。

【0232】

本明細書中で使用される「単離された」なる用語は、（１）最初に製造されたときに関連した成分の少なくとも一部から分離された（ヒトの便のような自然界であるか、又は人工増殖培地からなるペトリプレートのような実験環境であるかを問わない）、及び／又は（２）ヒトの手で製造、調製、精製、及び／又は製造された細菌又は他の実体又は物質を包含する。単離された細菌、タンパク質、代謝物、又はそれらの組み合わせは、それらが最初に結合した他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％又はそれ以上から分離することができる。いくつかの実施形態において、単離された細菌、タンパク質、代謝物、又はそれらの組み合わせは、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約９９％を超える純度を有する。本明細書中で使用される場合、物質は、他の成分（他の細菌種など）を実質的に含まない場合、「純粋」である。用語「精製する」、「精製すること」、及び「精製された」とは、最初に生産又は生成されたとき（例えば、天然の場合若しくは実験環境の場合）、あるいは最初に生産された後のいずれかの時点で、細菌培養の当業者により認識されるように、又は関連する技術（例えば、化学）の少なくとも一部から分離された細菌又は他の物質を指す。細菌又は細菌集団は、それが生産時又は生産後に、例えば細菌又は細菌集団を含む材料又は環境から単離され、精製された細菌又は細菌集団は、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％又は約９０％以上の他の物質を含有することができ、さらに「単離された」とみなされ得る。いくつかの実施形態において、精製された細菌及び細菌集団は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又は約９９％を超える純度を有する。本明細書中に提供される細菌組成物の場合、組成物中に存在する１つ以上の細菌型は、細菌型を含む材料又は環境中で産生及び／又は存在する１つ以上の他の細菌から独立して精製することができる。いくつかの実施形態において、細菌又は細菌集団は、それが細菌の単一の株を含む場合、「単離される」。いくつかの実施形態において、そのような単離された細菌は、他の単離された細菌（例えば、単離された細菌の定義されたコムソーシアム）と混和又は投与することができる。細菌組成物及びその細菌成分は、一般に残留生息場所産物から精製される。

【0233】

本明細書中で使用される用語「ゲノム」は、微生物の遺伝子（コード核酸配列）及び非コード核酸配列を含むＤＮＡを含み、したがって、例えば、微生物のコード及び非コードＤＮＡへの核酸の導入を含む。

【0234】

用語「グラム変数」は、グラム株試験において陽性結果及び／又は陰性結果を与えること（すなわち、クリスタルバイオレット染色試薬の色を保持すること）を意味する。細菌によるクリスタルバイオレット染色の保持は、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の厚さと関連している。グラム陽性菌はペプチドグリカン層が厚い。グラム染色は、微生物学の分野における細菌株の分類を助けるために一般的に用いられている。

【0235】

本明細書中で使用される場合、用語「腸」は、消化管としても知られるヒト消化管を指すと理解される。腸には、口腔、咽頭、食道、胃、小腸（十二指腸、空腸、回腸）、大腸（盲腸及び結腸）及び直腸が含まれる。消化管全体は様々な種類の微生物によってコロニーを形成することができるが、腸内の微生物叢の大部分は、種数と生物体量の両面から、小腸（小腸と大腸）に存在する。

【0236】

用語「マーカー」、「バイオマーカー」などは、生物学的システムの生理学的状態の指標として測定することができる任意の化合物を指す。マーカーは、アミノ酸配列、核酸配列及びその断片を含むバイオマーカーであり得る。例示的なバイオマーカーとしては、サイトカイン、ケモカイン、増殖及び血管新生因子、転移関連分子、がん抗原、アポトーシス関連タンパク質、酵素、プロテアーゼ、接着分子、細胞シグナル伝達分子及びホルモンが挙げられるが、これらに限定されない。マーカーはまた、いくつかの実施形態において、生物学的システムにおいて有意に代謝されない糖であってもよい。糖は、例えば、マンニトール、ラクツロース、スクロース、スクラロース、及び上記のいずれかの組み合わせであり得る。

【0237】

「測定する」又は「測定」とは、試料中の所与の物質の存在、非存在、量又は量（有効量であり得る）を評価すること（そのような物質の定性的又は定量的濃度レベルの導出を含む）、又は別の様式で対象の臨床パラメータの値又は分類を評価することを意味する。あるいは、用語「アッセイする」、「検出する」又は「検出」は、本明細書に記載されるすべての測定又は測定を指すために使用されてもよい。

【0238】

本明細書中で使用される用語「粘膜治癒」は、障害された粘膜層を示す１つ以上の特徴の改善を意味する。このような特徴は、通常、結腸内視鏡検査によって決定され、限定されるものではないが、紅斑、血管パターンの喪失、脆弱性、出血、びらん及び潰瘍が挙げられる。状況によっては、粘膜治癒とは、粘膜層の障害を特徴付ける有害作用の完全な改善を指す。あるいは、粘膜治癒は、障害された粘膜層を特徴付ける１つ以上の負の効果の減少又は改善を指すことができる。

【0239】

本明細書中で使用される用語「医薬組成物」とは、薬学的に許容される担体（例えば、製薬業界で一般的に使用される担体）と組み合わせた活性剤を指す。「薬学的に許容される」という語句は、本明細書では、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、又は他の問題若しくは合併症なしに、合理的な利益／リスク比に見合ったヒト及び動物の組織と接触して使用するのに適した、化合物、材料、組成物、及び／又は剤形を指す。いずれかの態様のいくつかの実施形態において、薬学的に許容される担体は、水以外の担体であり得る。いくつかの実施形態において、薬学的に許容される担体の任意の態様は、クリーム、エマルジョン、ゲル、リポソーム、ナノ粒子、及び／又は軟膏であり得る。いずれかの態様のいくつかの実施形態において、薬学的に許容される担体は、人工又は操作された担体（例えば、活性成分が天然又は天然に存在しないことが見出されるであろう担体）であり得る。

【0240】

用語「系統樹」とは、定義された系統発生的再構成アルゴリズムのセット（例えば、節約、最尤、又はＢａｙｅｓｉａｎ）を用いて生成される、ある遺伝子配列の別の配列に対する進化的関係のグラフィック表示を指す。系統樹中のノードは異なる祖先配列を表し、どのノードの信頼性も、枝の不確実性を測定するブートストラップ又はＢａｙｅｓｉａｎの事後確率によって与えられる。

【0241】

いくつかの実施形態において、用語「株」とは、系統樹の末端葉を指し、特定の遺伝子配列によって定義される。特定の遺伝子配列は、ＧＴＤＢ－ｔｋ（Ｃｈａｕｍｅｉｌ ｅｔ ａｌ．，２０２０）又は当技術分野で公知の他のツールを使用してゲノムアセンブリから抽出された１２０個のユビキタスシングルコピータンパク質（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８）の連結アラインメントであり得る。

【0242】

用語「クレード」とは、系統樹における安定ノードの下流の系統樹のメンバーのセット（ブートストラップ値＞９０％）を指す。クレードは、共通の祖先の系統発生上のすべての子孫を表す関連した生物のグループである。クレードは、系統樹における一連の末端葉を含み、これは別個の単系統進化単位である。

【0243】

本明細書中で使用される「プレバイオティクス」とは、宿主に利益を与える（又は与えない）ことができる、消化管微生物叢中の組成及び／又は活性の両方において、特異的変化を可能にする成分を意味すると理解される。好ましいプレバイオティクスは、プロバイオティック組成物の成長又はその有益な機能を促進するが、病原体の成長又は病原性に関連する遺伝子（例えば、毒素）を促進しないものであろう。

【0244】

本明細書中で使用される「プロバイオティック」とは、現在、ＷＨＯによって定義されるように、「適切な量で投与された場合、宿主に健康上の利益を与える生きた微生物」を意味すると理解される。

【0245】

用語「種」は、９７％を超える１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）配列相同性及び７０％を超えるゲノムハイブリダイゼーションを有し、明確な単位として認識されるように他のすべての生物と十分に異なる、密接に関連する生物の集合として定義される。種及び他の系統発生的特定は、微生物学の当業者に公知の分類に従う。

【0246】

本明細書中で使用される場合、「対象」は、ヒト又は動物を意味する。通常、動物は霊長類、げっ歯類、家畜又は狩猟動物のような脊椎動物である。霊長類には、チンパンジー、カニクイザル、クモザル、及びマカク（例えば、アカゲザル）が含まれる。げっ歯類には、マウス、ラット、ウッドチャック、フェレット、ウサギ、ハムスターが含まれる。家畜及び狩猟動物には、ウシ、ウマ、ブタ、シカ、バイソン、バッファロー、ネコ種（例えば、家猫）、イヌ種（例えば、イヌ、キツネ、オオカミ）、トリ種（例えば、ニワトリ、エム、ダチョウ）、及び魚（例えば、マス、ナマズ、及びサケ）が含まれる。いくつかの実施形態において、対象は、哺乳動物（例えば、霊長類（例えば、ヒト））である。用語「個体」、「患者」及び「対象」は、本明細書において互換的に使用される。

【0247】

好ましくは、対象は哺乳動物である。哺乳動物は、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ又はウシであり得るが、これらに限定されるものではない。ヒト以外の哺乳動物は、炎症性及び自己免疫障害の動物モデル（例えば、腸障壁機能のモデル）を表す対象として有利に使用することができる。対象は、男性であっても女性であってもよい。

【0248】

本明細書中で使用される用語「治療する」、「治療」、「治療すること」などは、対象が、疾患又は障害（例えば、炎症性又は自己免疫障害）に関連する状態の進行又は重症度を逆行させ、軽減し、軽減し、抑制し、減速し、又は停止することである治療処置を指す。用語「治療」は、炎症性又は自己免疫障害に関連する状態、疾患又は障害の少なくとも１つの有害作用又は症状を低減又は軽減することを含む。１つ以上の症状又は臨床マーカーが低下すれば、治療は一般に「有効」である。あるいは、疾患の進行が減少又は停止した場合、治療は「効果的」である。すなわち、「治療」には、症状又はマーカーの改善だけでなく、治療を行わない場合に予想されるものと比較して、症状の進行又は悪化を停止又は少なくとも遅らせることも含まれる。有益な又は望ましい臨床結果としては、１つ以上の症状の軽減、疾患の進展の縮小、疾患の状態の安定化（すなわち、悪化しない）、疾患の進行の遅延又は遅延、疾患状態の改善又は緩和、寛解（部分的又は全体的であるか否かを問わない）、及び／又は死亡率の低下が挙げられるが、これらに限定されない。疾患の「治療」という用語には、疾患の症状又は副作用の緩和（緩和治療を含む）を提供することも含まれる。治療が効果的であると考えられる障害（すなわち、疾患の完全な回復又は欠如）を治癒させる必要はない。

【0249】

いくつかの実施形態において、配列決定は、「１６ＳリボソームＲＮＡ配列決定」、１６Ｓ ｒＤＮＡ配列決定」又は「１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定」とも称され得る１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列決定を含む。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列決定は、異なる細菌種間で高度に保存されているが、真核生物には存在しないので、遺伝学的研究に用いることができる。高度に保存された領域に加えて、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子は種間で異なる９つの超可変領域（Ｖ１～Ｖ９）も含む。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列決定は、典型的には、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の保存された領域に結合する複数のユニバーサルプライマーを使用し、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子領域（超可変領域を含む）をＰＣＴ増幅し、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を、本明細書に記載されるような次世代配列決定技術（例えば、米国特許第５，６５４，４１８号、第６，３４４，３１６号、及び第８，８８９，３５８号、並びに米国特許公開第２０１３／１５７，２６５及び同第２０１８／１９５，１１１号参照。これらは各々、参照によりそれら全体が組み込まれる）で配列決定することを含む。

【0250】

本明細書に記載される各実施形態は、特に断らない限り、各実施形態及び各実施形態に準用される。

【0251】

２．細菌株－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ種
本発明の組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む。これらの例は、この属の細菌が腸障壁機能の障害に関連する疾患の治療又は予防に有用であることを示す。好ましい細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種である。

【0252】

Ａｌｉｓｔｉｐｅｓは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａクラスの細菌の属である。科学的分類は以下の通りである：細菌（界）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ（門）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ（類）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ（目）、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ（科）、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ（属）。Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属内の細菌は、短桿状のグラム陰性の非運動性細菌であり、偏性嫌気性菌である。これらの基準は、細菌株の系統分類に情報を提供することができるため、重要である。

【0253】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは、典型的には、約０．５ｍｍ～１．０ｍｍの円形コロニーで増殖し、ウサギ血液寒天上で増殖すると、色素産生及び非蛍光性である。

【0254】

Ａ．ｓｈａｈｉｉ種は、Ｓｏｎｇ ｅｔ ｅｌ．，２００６に初めて記載された。Ａ．ｓｈａｈｉｉ型株ＷＡＬ ８３０１（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－１１７９）を、ヒト虫垂組織から単離した（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６）。Ａ．ｓｈａｈｉｉ型株ＡＴＣＣ ２７７４９の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＮＲ＿１０４８４６である。

【0255】

Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属及びＡ．ｓｈａｈｉｉ種の幅は、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８に記載されているような分類学的分類システムであるゲノム分類データベース（Ｇｅｎｏｍｅ Ｔａｘｏｎｏｍｙ Ｄａｔａｂａｓｅ）参照ツリーによって定義される通りであり得る。

【0256】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２（すなわち、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１）の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ細菌は、実施例で試験され、本発明の好ましい株のうちの１つである。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－１は、Ｍｉｃｒｏｂａ ＩＰ Ｐｔｙ Ｌｔｄ（３８８ Ｑｕｅｅｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂｒｉｓｂａｎｅ，Ｑｕｅｅｎｓｌａｎｄ ４０００，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により、２０２１年７月２２日に「Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１」として、国際寄託機関国立測定研究所（ＮＭＩ、１／１５３ Ｂｅｒｔｉｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｏｒｔ Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，３２０７，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）に寄託され、受託番号Ｖ２１／０１４４３２が割り当てられた。

【0257】

試験したＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株についての例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１に記載されている。Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号１に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株であると特定されてもよい。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１１－１株の染色体配列は、配列番号４に提供される。この配列は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖＳｅｑ６０００プラットフォームを使用して生成した。

【0258】

ＭＨ２１－１株と密接に関連する細菌株も、腸障壁機能の回復に有益な効果を介して、炎症性及び自己免疫障害の治療又は予防に有効であることが実施例において示されている。

【0259】

例えば、受託番号Ｖ２１／０１４４３３（すなわち、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２３－２）の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ細菌は、実施例で試験され、本発明の好ましい株のうちのもう１つである。試験したＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１２株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２に記載されている。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号２に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２株であると特定されてもよい。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－２は、Ｍｉｃｒｏｂａ ＩＰ Ｐｔｙ Ｌｔｄ（３８８ Ｑｕｅｅｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂｒｉｓｂａｎｅ，ＱＬＤ ４０００，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により、２０２１年７月２２日に「Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２」として、国際寄託機関国立測定研究所（ＮＭＩ、１／１５３ Ｂｅｒｔｉｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｏｒｔ Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，３２０７，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）に寄託され、受託番号Ｖ２１／０１４４３３が割り当てられた。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－２のゲノムは、配列番号５に示される配列を有する染色体を含む。

【0260】

例えば、受託番号Ｖ２１／０１４４３４（すなわち、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２３－３）の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ細菌は、実施例で試験され、本発明の好ましい株のうちのもう１つである。試験したＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３に記載されている。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号３に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３株であると特定されてもよい。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－３は、Ｍｉｃｒｏｂａ ＩＰ Ｐｔｙ Ｌｔｄ（３８８ Ｑｕｅｅｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂｒｉｓｂａｎｅ，ＱＬＤ ４０００，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により、２０２１年７月２２日に「Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３」として、国際寄託機関国立測定研究所（ＮＭＩ、１／１５３ Ｂｅｒｔｉｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｏｒｔ Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，３２０７，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）に寄託され、受託番号Ｖ２１／０１４４３４が割り当てられた。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－３のゲノムは、配列番号６に示される配列を有する染色体を含む。

【0261】

実施例で試験したＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号４４に記載されている。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号４４に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６株であると特定されてもよい。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－６のゲノムは、配列番号３８～４３のうちの１つ以上に示される配列を有する染色体を含む。

【0262】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明の細菌株は、配列番号１～３及び４４のうちのいずれか１つと少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの好ましいにおいて、本発明の細菌株は、配列番号１～３及び４４のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0263】

細菌株のゲノムは、配列番号１～３及び４４のうちのいずれか１つに示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み得る。

【0264】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号４と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号４の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号４の７０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたって配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４の７０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたって配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４の７０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の８０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の９０％にわたって配列番号４に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４の１００％にわたって配列番号４に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＭＨ２１－１株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0265】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号５と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号５の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号５の７０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号５の８０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号５の９０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号５の１００％にわたって配列番号５に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号５の７０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号５の８０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号５の９０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号５の１００％にわたって配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号５の７０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号５の８０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号５の９０％にわたって配列番号５に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号５の１００％にわたって配列番号５に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＭＨ２１－２株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0266】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号６と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号６の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号６の７０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号６の８０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号６の９０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号６の１００％にわたって配列番号６に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号６の７０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号６の８０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号６の９０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号６の１００％にわたって配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号６の７０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号６の８０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号６の９０％にわたって配列番号６に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号６の１００％にわたって配列番号６に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＭＨ２１－３株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0267】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号３８～４３のうちの１つ以上と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号３８～４３のうちの１つ以上の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号３８～４３のうちの１つ以上の７０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の８０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の９０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の１００％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の７０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の８０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の９０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の１００％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の７０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の８０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の９０％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３８～４３のうちの１つ以上の１００％にわたって配列番号３８～４３のうちの１つ以上に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。このタイプの好ましい実施形態において、細菌株は、配列番号３８～４３の各々にわたって記載された配列同一性を有する。

【0268】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された株の誘導体は、娘株（子孫）又は元の株から培養された（サブクローニングされた）株であり得る。本発明の株の誘導体は、生物学的活性を消すことなく、例えば、遺伝子レベルで修飾され得る。特に、本発明の誘導体株は、治療的に活性である。誘導体株は、それが由来する元のＶ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４株と同等の活性を有する。具体的には、誘導体株は、実施例に示されるように、少なくとも１つの疾患モデル（例えば、大腸炎）において同等の効果を引き出し、これは、実施例に記載の培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得る。Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４株のうちのいずれか１つの誘導体は、概して、それぞれＶ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４株の生物型である。

【0269】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株の細胞への言及には、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された株と同じ安全性及び治療有効性特性を有する任意の細胞が含まれ、そのような細胞は、本発明によって包含される。

【0270】

２．１ 細菌の生物型
受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の生物型である細菌株もまた、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために有効であることが期待される。生物型は、生理学的及び生化学的特性が同一又は非常に類似している、密接に関連した株である。

【0271】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適した株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の他のヌクレオチド配列を配列決定することによって特定することができる。例えば、実質的に全ゲノムを配列決定することができ、本発明の生物型株は、その全ゲノムの少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％又は９９％、又はその全ゲノムにわたって）にわたって、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有することができる。生物型株を特定するのに用いるのに適した他の配列としては、ｈｓｐ６０又はＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、又はＲＥＰなどの反復配列が挙げられる（Ｍａｓｃｏ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の対応する配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有することができる。

【0272】

あるいは、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の生物型である株、並びに例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）－ＰＣＲフィンガープリンティング、又はタンパク質プロファイリング、又は部分１６Ｓ若しくは２３Ｓ ｒＲＮＡ配列決定を使用することによる制限断片分析及び／又はＰＣＲ分析。いくつかの好ましい実施形態において、そのような技術を使用して、他の適切なＡ．ｓｈａｈｉｉ株を特定することができる。

【0273】

ある実施形態において、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適している株は、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば、Ｓｒｕｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１１を参照）を使用する場合、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析したときに、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌と同じパターンを提供する株である。あるいは、生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４のうちのいずれか１つの下に寄託された細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。

【0274】

いくつかの実施形態において、本発明において有用な細菌株は、細菌株による代謝物の産生及び消費を日常的にプロファイリングすることによって特定することができる。上記及び本明細書の他の箇所に記載の細菌株は、酢酸塩、酪酸塩、エタノール及びフマル酸塩の産生に影響することが予測される。したがって、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は、代謝物酢酸塩、エタノール、酪酸塩、及びフマル酸塩のうちの１種以上のインビボでの産生を誘導する。さらに、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は酪酸塩を産生しない。

【0275】

受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４の下に寄託された細菌の生物型などの、本発明の組成及び方法において有用な他のＡｌｉｓｔｉｐｅｓ株は、実施例に記載されたアッセイを含め、任意の適切な方法又は戦略を用いて特定することができる。例えば、本発明で使用する株は、嫌気性ＴＹ又はＰＹＧ培地中で培養すること、及び／又はＤＳＳ誘導腸障壁機能モデルに細菌を投与し、次いで実施例に記載されているようにサイトカイン／ケモカインレベルを評価することによって特定することができる。特に、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４の下に寄託された細菌に対して、同様の増殖パターン、代謝型及び／又は表面抗原を有する細菌株が、本発明において有用であり得る。有用な株は、Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、又はＶ２１／０１４４３４株と同等の免疫調節活性を有する。特に、生物型株は宿主の腸機能に対して同等の効果を引き起こす。さらに、生物型は、疾患モデル（例えば、大腸炎、喘息、関節炎、多発性硬化症及びブドウ膜炎疾患モデル）において同様の効果を有し、サイトカイン／ケモカインレベルに対する同等の効果を、実施例に示された効果と同等の効果を有し、実施例に記載された培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得ることが期待される。

【0276】

いくつかの実施形態において、細菌株は、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ種であり得る。Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ種は、Ｒａｕｔｉｏ ｅｔ ａｌ．，２００３に初めて記載された。Ａ．ｓｈａｈｉｉ型株ＣＣＵＧ ４０６０２０（Ｔ）（＝ＡＨＮ２４３７）を、小児由来のヒト虫垂組織から単離した（Ｒａｕｔｉｏ ｅｔ ａｌ．，２００３）。Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ型株ＡＨＮ ２４３７の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＮＲ＿０４３０６４である。

【0277】

試験したＡ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号７に記載されている。Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号７に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ株であると特定されてもよい。Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ株の染色体配列は、配列番号９に提供される。この配列は、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ株ＤＳＭ １７２４２に関連するＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＣＰ００３２７４から入手した。

【0278】

Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ種の細菌株及びＡ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ株に密接に関連する細菌株は、腸障壁機能の回復に対するそれらの有益な効果を通じて、炎症性及び自己免疫障害（例えば、ＩＢＤ）を治療又は予防するために有効であると考えられる。

【0279】

Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ種は、Ｓｏｎｇ ｅｔ ｅｌ．，２００６に初めて記載された。Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ型株ＷＡＬ ８１６９（＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ－１１７８）を、ヒト虫垂組織から単離した（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６）。Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ型株ＷＡＬ ８１６９の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＮＲ＿０４３３１８．１である。

【0280】

Ａ．ｓｈａｈｉｉ ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ種の幅は、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８に記載されているような分類学的分類システムであるゲノム分類データベース参照ツリーによって定義される通りであり得る。

【0281】

配列番号８に記載されているＡ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列。Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号８に高度に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ株であると特定されてもよい。Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ株の染色体配列は、配列番号１０に提供される。この配列は、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ株ＷＡＬ ８１６９に関連するＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＮＲ＿０４３３１８．１から入手した。

【0282】

Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ種の細菌株及びＡ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ株に密接に関連する細菌株は、腸障壁機能の回復に対するそれらの有益な効果を通じて、炎症性及び自己免疫障害（例えば、ＩＢＤ）を治療又は予防するために有効であると考えられる。

【0283】

２．２ 細菌菌株の生存率。
好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能である。好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能であり、腸に部分的又は全体的にコロニーを形成することができる。いくつかの好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生きている。一例として、本発明の組成物中の細菌株は加熱殺菌されていない。本発明の細菌は、例えば、生存不可能な細菌が代謝物を生成することができず、免疫系と異なる様式で相互作用することができないために、生存不可能な細菌によって示されないであろう免疫調節作用を有することができる。生きている細菌の細胞表面もまた、死滅した細菌、特に熱殺菌した細菌とは大きく異なっているようである。

【0284】

いくつかの代替実施形態において、その細菌は生存できない。例えば、いくつかの実施形態において、細菌は熱殺菌される。

【0285】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、天然に存在する。例えば、細菌株は哺乳類の消化管から単離されている。

【0286】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、遺伝子操作されていない。例えば、細菌株は組換えＤＮＡで形質転換されていない。

【0287】

３．組成物－Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ種
本明細書に提供される組成物は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された細菌株又は株を含み、それらからなり、又は本質的に治療有効量からなる組成物である。いくつかの実施形態において、組成物中の細菌は、菌株、種、操作的分類単位（ＯＴＵ）、全ゲノム配列、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列、又は異なるタイプの細菌を定義するための当技術分野で公知の他の方法によって特定することができる。

【0288】

３．１ 最新の共通祖先（ＭＲＣＡ）
いくつかの実施形態において、組成物は、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む（図３ｂを参照）。好ましくは、系統発生的分類は、ＧＴＤＢ（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８）によって定義される通りである。いくつかの実施形態において、系統発生的分類は、ＧＴＤＢのリリース８９（ｒ８９）で定義される通りである。

【0289】

いくつかの実施形態において、細菌株がＡ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかの判定は、当技術分野で公知の系統発生的グループ化手順を使用して実施することができる。いくつかの実施形態において、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５を有する根付いた系統樹、並びに目的の第３のタクソン（例えば、分類されるタクソン）を使用してもよく、目的のタクソンが本発明の組成物に有用であるかどうかを判定するために、以下の分析パッケージが適用される：系統発生学及び進化の分析（「ａｐｅ」；ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ａｐｅ／ｉｎｄｅｘ）及び比較生物学のための系統発生学的ツール（「ｐｈｙｔｏｏｌｓ」；ｈｔｔｐ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｈｙｔｏｏｌｓ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。類人猿も系統学もＲ言語で書かれたパッケージであり、分子進化と系統発生の研究に使われている。類人猿及び系統ツールパッケージは、系統発生的及び進化的分析のための方法を提供し、それらの使用は当業者に知られている。いくつかの実施形態では、以下のスクリプトを使用することができる。
ｌｉｂｒａｒｙ（“ａｐｅ”）
ｌｉｂｒａｒｙ（“ｐｈｙｔｏｏｌｓ”）
ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ＝ｒｅａｄ．ｔｒｅｅ（ｆｉｌｅ＝”ｔｒｅｅ＿ｆｉｌｅ”）
ａｌｉｓｔｉｐ ｃ（“ｓ＿＿Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｐ９０００８３５４５”，“ｓ＿＿Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｐ０００４３４２３５”）
ａｌｉｓｔｉｐ．ｎｏｄｅ＝ｇｅｔＭＲＣＡ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ａｌｉｓｔｉｐ）
ａｌｉｓｔｉｐ．ｔｒｅｅ＝ｅｘｔｒａｃｔ．ｃｌａｄｅ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ａｌｉｓｉｐ．ｎｏｄｅ）
ｐｒｉｎｔ（ａｌｉｓｔｉｐ．ｔｒｅｅ＄ｔｉｐ．ｌａｂｅｌ）

【0290】

いくつかの実施形態において、スクリプトが実行された後、対象のタクソンが印刷リスト内にある場合、それは、２つの種のＭＲＣＡの子孫である。

【0291】

他の実施形態において、異なる分析パッケージを使用し、異なるプログラミング言語に基づく方法を含め、当技術分野で公知の異なる系統発生的グループ化方法を用いて、細菌株がＡ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかを判定することができる（図３Ｂを参照）。

【0292】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６０で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の適切なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0293】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉのＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６１で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0294】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ及びＡ．ｓｈａｈｉｉのＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード３５２６１で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0295】

いくつかの好ましい実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ａ．ｓｈａｈｉｉ及びＡ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉのＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノードで定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0296】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ種のいずれの細菌も実質的に含まない。いくつかの実施形態において、細菌株は、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ種ではない。

【0297】

３．２ １６Ｓ ｒＲＮＡ配列の同一性。
いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。クエリー配列のパーセント同一性が定義された閾値を超えていると判定された場合、分類される細菌種は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属のメンバーとして分類される。

【0298】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９７．５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９９．０％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％又は１００％である。

【0299】

いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列（配列番号１～３のうちのいずれか１つに示されるものを含む）と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。クエリー配列のパーセント同一性が定義された閾値を超えていると判定された場合、分類される細菌種は、その科のメンバーとして分類される。

【0300】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９８．７％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．８％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、又は１００％である。

【0301】

いくつかの実施形態において、組成物は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載されるＡ．ｓｈａｈｉｉの少なくとも部分的に単離された細菌株を含む。

【0302】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明の細菌株は、配列番号１～３のいずれか１つと少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの好ましいにおいて、本発明の細菌株は、配列番号１～３のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0303】

細菌株のゲノムは、配列番号１～３のうちのいずれか１つに示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み得る。

【0304】

３．３ゲノム配列同一性。
ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号４～６のうちのいずれか１つに対して配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号４～６の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号４～６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号４～６の７０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４～６の８０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４～６の９０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４～６の１００％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号４～６の７０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４～６の８０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４～６の９０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４～６の１００％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号４～６の７０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４～６の８０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４～６の９０％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号４～６の１００％にわたって配列番号４～６のいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有することができる。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３２の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0305】

本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３３の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0306】

本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１４４３４の下に寄託されたＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0307】

ある実施形態において、本発明の組成物は、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの少なくとも部分的に精製された株を含む。いくつかの実施形態において、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの株は、配列番号９と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの細菌株は、配列番号９の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉの細菌株は、配列番号９の７０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号９の８０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号９の９０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号５の１００％にわたって配列番号９に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号９の７０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号９の８０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号９の９０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号９の１００％にわたって配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号９の７０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号９の８０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号９の９０％にわたって配列番号９に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号９の１００％にわたって配列番号９に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。

【0308】

ある実施形態において、本発明の組成物は、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの少なくとも部分的に精製された株を含む。いくつかの実施形態において、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの株は、配列番号１０と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの細菌株は、配列番号１０の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号１０に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉの細菌株は、配列番号１０の７０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１０の８０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１０の９０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１０の１００％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１０の７０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１０の８０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１０の９０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１０の１００％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１０の７０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１０の８０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１０の９０％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１０の１００％にわたって配列番号１０に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。

【0309】

４．細菌株－Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａ
本発明の組成物は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を含む。これらの例は、この属の細菌が腸障壁機能の障害に関連する疾患の治療又は予防に有用であることを示す。好ましい細菌株は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａ種である。

【0310】

Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａクラスの細菌の属である。科学的分類は以下の通りである：細菌（界）、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ＿Ａ（門）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ（類）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｌｅｓ（目）、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ（科）、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ（属）。Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属内の細菌は、グラム陰性～グラム可変性の非運動性細菌であり、長くて薄い桿状の形をしており、偏性嫌気性菌である。これらの基準は、細菌株の系統分類に情報を提供することができるため、重要である。例えば、細菌種Ｃ．ｓａｎａは、特にこれらの基準に基づいて、ＥＲ及び／又はＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ属に属するものとして以前に分類されている。

【0311】

Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属及びＣ．ｓａｎａ種の幅は、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８に記載されているような分類学的分類システムであるゲノム分類データベース参照ツリーによって定義される通りである。

【0312】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３（すなわち、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１）の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ細菌は、実施例で試験され、本発明の好ましい株のうちの１つである。Ｃ．ｓａｎａ株ＭＨ３５－１及びＭＨ３５－２は、Ｍｉｃｒｏｂａ ＩＰ Ｐｔｙ Ｌｔｄ（３８８ Ｑｕｅｅｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂｒｉｓｂａｎｅ，ＱＬＤ ４０００，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により、２０２１年９月２８日に「Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａ ＭＨ３５－１」及び「Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａ ＭＨ３５－２」として、国際寄託機関国立測定研究所（ＮＭＩ、１／１５３ Ｂｅｒｔｉｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｏｒｔ Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，３２０７，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）に寄託され、それぞれ受託番号Ｖ２１／０１９２１３及びＶ２１／０１９２１４が割り当てられた。

【0313】

試験したＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１１～１４のうちのいずれか１つに示されている。種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの好ましい実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株は、そのゲノム内に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピーを含む。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号１１～１４のうちのいずれか１つに対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１株であると特定されてもよい。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１株の染色体配列は、配列番号１９～２２のうちの１つ以上に提供される。いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１株の染色体配列は、配列番号１９～２２に示される配列の各々を含む。これらの配列は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖＳｅｑ６０００プラットフォームを使用して生成した。

【0314】

試験したＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１５～１８のうちのいずれか１つに示される。種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの好ましい実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株は、そのゲノム内に１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピーを含む。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号１５～１８のうちのいずれか１つに対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２株であると特定されてもよい。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１株の染色体配列は、配列番号２３～２６のうちの１つ以上に提供される。いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２株の染色体配列は、配列番号２３～２６に示される配列の各々を含む。これらの配列は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖＳｅｑ６０００プラットフォームを使用して生成した。

【0315】

Ｃ．ｓａｎａ株ＭＨ３５－１及びＭＨ３５－２に密接に関連する細菌株はまた、腸障壁機能の回復に対するそれらの有益な効果を通じて、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために有効であると考えられる。

【0316】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、Ｃ．ｓａｎａの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明の細菌株は、配列番号１１～１８のいずれか１つと少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号１１～１８のうちのいずれか１つで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。同じ好ましい実施形態のうちのいくつかにおいて、本発明の細菌株は、配列番号１１～１４のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、又はすべてで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピーを有する。いくつかの他の好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号１５～１８のうちの少なくとも１つ、２つ、３つ、又はすべてで表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の４つのコピーを有する。

【0317】

細菌株のゲノムは、配列番号１１～１４に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の各々を含み得る。あるいは、細菌株のゲノムは、配列番号１５～１８に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列の各々を含み得る。

【0318】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号１５～１８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号１９～２２又は２３～２６のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有することができる。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／若しくはＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、それぞれ受託番号Ｖ２１／０１９２１３及びＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＭＨ３５－２株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0319】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された株の誘導体は、娘株（子孫）又は元の株から培養された（サブクローニングされた）株であり得る。本発明の株の誘導体は、生物学的活性を消すことなく、例えば、遺伝子レベルで修飾され得る。特に、本発明の誘導体株は、治療的に活性である。誘導体株は、それが由来する元のＶ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４株と同等の活性を有する。具体的には、誘導体株は、実施例に示されるように、少なくとも１つの疾患モデル（例えば、大腸炎）において同等の効果を引き出し、これは、実施例に記載の培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得る。Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４株のうちのいずれか１つの誘導体は、概して、それぞれＶ２１／０１９２１３及びＶ２１／０１９２１４株の生物型である。

【0320】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託されたＣ．ｓａｎａ株の細胞への言及には、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された株と同じ安全性及び治療有効性特性を有する任意の細胞が含まれ、そのような細胞は、本発明によって包含される。

【0321】

４．１ 細菌の生物型
受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の生物型である細菌株もまた、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために有効であることが期待される。生物型は、生理学的及び生化学的特性が同一又は非常に類似している、密接に関連した株である。

【0322】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適した株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の他のヌクレオチド配列を配列決定することによって特定することができる。例えば、実質的に全ゲノムを配列決定することができ、本発明の生物型株は、その全ゲノムの少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％又は９９％、又はその全ゲノムにわたって）にわたって、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有することができる。生物型株を特定するのに用いるのに適した他の配列としては、ｈｓｐ６０又はＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、又はＲＥＰなどの反復配列が挙げられる（Ｍａｓｃｏ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の対応する配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有することができる。

【0323】

あるいは、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の生物型である株、並びに例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）－ＰＣＲフィンガープリンティング、又はタンパク質プロファイリング、又は部分１６Ｓ若しくは２３Ｓ ｒＲＮＡ配列決定を使用することによる制限断片分析及び／又はＰＣＲ分析。いくつかの好ましい実施形態において、そのような技術を使用して、他の適切なＣ．ｓａｎａ株を特定することができる。

【0324】

ある実施形態において、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適している株は、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば、Ｓｒｕｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１１を参照）を使用する場合、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析したときに、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌と同じパターンを提供する株である。あるいは、生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１９２１３又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。

【0325】

いくつかの実施形態において、本発明において有用な細菌株は、細菌株による代謝物の産生及び消費を日常的にプロファイリングすることによって特定することができる。上記及び本明細書の他の箇所に記載の細菌株は、酢酸塩、酪酸塩、エタノール及びフマル酸塩の産生に影響することが予測される。したがって、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は、代謝物酢酸塩、エタノール、酪酸塩、及びフマル酸塩のうちの１種以上のインビボでの産生を誘導する。さらに、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は酪酸塩を産生しない。

【0326】

受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌の生物型などの、本発明の組成物及び方法において有用な他のＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ株は、実施例に記載されたアッセイを含め、任意の適切な方法又は戦略を用いて特定することができる。例えば、本発明で使用する株は、嫌気性ＴＹ又はＰＹＧ培地中で培養すること、及び／又はＤＳＳ誘導腸障壁機能モデルに細菌を投与し、次いで実施例に記載されているようにサイトカイン／ケモカインレベルを評価することによって特定することができる。特に、受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４の下に寄託された細菌に対して、同様の増殖パターン、代謝型及び／又は表面抗原を有する細菌株が、本発明において有用であり得る。有用な株は、Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４株と同等の免疫調節活性を有する。特に、生物型株は宿主の腸機能に対して同等の効果を引き起こす。さらに、生物型は、疾患モデル（例えば、大腸炎、喘息、関節炎、多発性硬化症及びブドウ膜炎疾患モデル）において同様の効果を有し、サイトカイン／ケモカインレベルに対する同等の効果を、実施例に示された効果と同等の効果を有し、実施例に記載された培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得ることが期待される。

【0327】

４．２ 細菌菌株の生存率。
好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能である。好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能であり、腸に部分的又は全体的にコロニーを形成することができる。いくつかの好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生きている。一例として、本発明の組成物中の細菌株は加熱殺菌されていない。本発明の細菌は、例えば、生存不可能な細菌が代謝物を生成することができず、免疫系と異なる様式で相互作用することができないために、生存不可能な細菌によって示されないであろう免疫調節作用を有することができる。生きている細菌の細胞表面もまた、死滅した細菌、特に熱殺菌した細菌とは大きく異なっているようである。

【0328】

いくつかの代替実施形態において、その細菌は生存できない。例えば、いくつかの実施形態において、細菌は熱殺菌される。

【0329】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、天然に存在する。例えば、細菌株は哺乳類の消化管から単離されている。

【0330】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、遺伝子操作されていない。例えば、細菌株は組換えＤＮＡで形質転換されていない。

【0331】

５．組成物－Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種
本明細書に提供される組成物は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された細菌株又は株を含み、それらからなり、又は本質的に治療有効量からなる組成物である。いくつかの実施形態において、組成物中の細菌は、菌株、種、操作的分類単位（ＯＴＵ）、全ゲノム配列、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列、又は異なるタイプの細菌を定義するための当技術分野で公知の他の方法によって特定することができる。

【0332】

５．１ 最新の共通祖先（ＭＲＣＡ）
いくつかの実施形態において、組成物は、Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む（図８を参照）。好ましくは、系統発生的分類は、ＧＴＤＢ（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８）によって定義される通りである。いくつかの実施形態において、系統発生的分類は、ＧＴＤＢのリリース８９（ｒ８９）で定義される通りである。

【0333】

いくつかの実施形態において、細菌株がＣ．ｓｐ００３５２２１０５及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかの判定は、当技術分野で公知の系統発生的グループ化手順を使用して実施することができる。いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５、Ｃ．ｓｐ００２４３７７３５を有する根付いた系統樹、並びに目的の第３のタクソン（例えば、分類されるタクソン）を使用してもよく、目的のタクソンが本発明の組成物に有用であるかどうかを判定するために、以下の分析パッケージが適用される：系統発生学及び進化の分析（ａｐｅ：ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ａｐｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）及び比較生物学のための系統発生学的ツール（「ｐｈｙｔｏｏｌｓ」；ｈｔｔｐ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｐｈｙｔｏｏｌｓ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）。類人猿も系統学もＲ言語で書かれたパッケージであり、分子進化と系統発生の研究に使われている。類人猿及び系統ツールパッケージは、系統発生的及び進化的分析のための方法を提供し、それらの使用は当業者に知られている。いくつかの実施形態では、以下のスクリプトを使用することができる。
ｌｉｂｒａｒｙ（“ａｐｅ”）
ｌｉｂｒａｒｙ（“ｐｈｙｔｏｏｌｓ”）
ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ＝ｒｅａｄ．ｔｒｅｅ（ｆｉｌｅ＝”ｔｒｅｅ＿ｆｉｌｅ”）
ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ＝ｃ（“ｓ＿＿Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５”，“ｓ＿＿Ｃ．ｓｐ００２４３７７３５”））
ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ．ｎｏｄｅ＝ｇｅｔＭＲＣＡ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ）
ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ．ｔｒｅｅ＝ｅｘｔｒａｃｔ．ｃｌａｄｅ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ．ｎｏｄｅ）
ｐｒｉｎｔ（ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ．ｔｒｅｅ＄ｔｉｐ．ｌａｂｅｌ）

【0334】

いくつかの実施形態において、スクリプトが実行された後、対象のタクソンが印刷リスト内にある場合、それは、２つの種のＭＲＣＡの子孫である。

【0335】

他の実施形態において、異なる分析パッケージを使用し、異なるプログラミング言語に基づく方法を含め、当技術分野で公知の異なる系統発生的グループ化方法を用いて、細菌株がＣ．ｓｐ００３５２２１０５及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかを判定することができる（図８を参照）。

【0336】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８７９で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0337】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５及びＣ．ｓｐ００２４３７７３５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８２０で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0338】

他の実施形態において、細菌種は、その種が、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーとして既に特定されている種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に対して配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する場合、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーである。いくつかの実施形態において、細菌種がＯｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーであるかどうかの特定は、Ｙａｒｚａ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ １２：６３５－６４５及びＳｔａｃｋｅｂｒａｎｄｔ，Ｅ．＆Ｅｂｅｒｓ，Ｊ．，２００６，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｏｄａｙ ８：６－９（これらは参照により本明細書に組み込まれる）に記載される方法を使用して実施される。

【0339】

５．２ １６Ｓ ｒＲＮＡ配列同一性
いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１１～１８のいずれか１つに記載の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。クエリー配列のパーセント同一性が定義された閾値を超えていると判定された場合、分類される細菌種は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属のメンバーとして分類される。

【0340】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９７．５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９９．０％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％又は１００％である。

【0341】

いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較された。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。クエリー配列のパーセント同一性が定義された閾値を超えていると判定された場合、分類される細菌種は、Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科のメンバーとして分類される。

【0342】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９８．７％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．８％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、又は１００％である。

【0343】

６．細菌株－Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種
本発明の組成物は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む。これらの例は、この属の細菌が腸障壁機能の障害に関連する疾患の治療又は予防に有用であることを示す。好ましい細菌株のうちのいくつかは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種である。

【0344】

Ｇｅｍｍｉｇｅｒは、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａクラスの細菌の属である。科学的分類は以下の通りである：細菌（界）、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ（門）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ（類）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ（目）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ（科）、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ（属）。Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属内の細菌は、グラム陰性～グラム可変性の非運動性細菌であり、「出芽」形状を有し、偏性嫌気性菌である。これらの基準は、細菌株の系統分類に情報を提供することができるため、重要である。例えば、細菌種Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓは、特にこれらの基準に基づいて、以前にＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ属に属するものとして分類されている。

【0345】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株（以前はＳｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓとして特徴付けられていた）は、Ｇｏｓｓｌｉｎｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ，１９７５に記載されている。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ型株Ｖｉｒｇｉｎｉａ Ｐｏｌｙｔｅｃｈｎｉｃ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ株Ｘ２－５６（＝ＡＴＣＣ ２７７４９）をヒト糞便から単離した（Ｇｏｓｓｌｉｎｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ，１９７５）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ型株ＡＴＣＣ ２７７４９の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、ＮＲ＿１０４８４６である。

【0346】

Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の幅は、Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８に記載されているような分類学的分類システムであるゲノム分類データベース参照ツリーによって定義される通りである。

【0347】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０（すなわち、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１）の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ細菌は、実施例で試験され、本発明の好ましい株のうちの１つである。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株ＭＨ３２－１は、Ｍｉｃｒｏｂａ ＩＰ Ｐｔｙ Ｌｔｄ（３８８ Ｑｕｅｅｎ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｂｒｉｓｂａｎｅ，ＱＬＤ ４０００，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により、２０２１年６月１１日に「Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１」として、国際寄託機関国立測定研究所（ＮＭＩ、１／１５３ Ｂｅｒｔｉｅ Ｓｔｒｅｅｔ，Ｐｏｒｔ Ｍｅｌｂｏｕｒｎｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，３２０７，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）に寄託され、受託番号Ｖ２１／０１１５２０が割り当てられた。

【0348】

試験したＭＨ３２１株の例示的な１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２７に示されている。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株は、そのゲノム内に単一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよく、あるいは、そのゲノム内に２つ以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含んでもよい（例えば、２つのコピー、３つのコピー、４つのコピー、５つのコピー、６つのコピー、７つのコピー、８つのコピー、又は８つより多くのコピー）。いくつかの実施形態において、細菌株は、当技術分野で公知の任意の方法によって、その株が配列番号２７に対応する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含むかどうかを判定することによって、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１株であると特定されてもよい。ＭＨ３２－１株の染色体配列は、配列番号２８に提供される。この配列は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖＳｅｑ６０００プラットフォームを使用して生成した。

【0349】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株ＭＨ３２－１及び／又はＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２に密接に関連する細菌株はまた、腸障壁機能の回復に対するそれらの有益な効果を通じて、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために有効であると考えられる。

【0350】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明の細菌株は、配列番号２７又は配列番号４５～４７のうちの１つ以上と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの好ましいにおいて、本発明の細菌株は、配列番号２７又は配列番号４５～４７のうちの１つ以上で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0351】

細菌株のゲノムは、配列番号２７に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み得る。あるいは、細菌株のゲノムは、配列番号４５～４７のうちの１つ以上に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み得る。

【0352】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号２８と配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号２８の少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号２８の７０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２８の８０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２８の９０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２８の１００％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２８の７０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２８の８０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２８の９０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２８の１００％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２８の７０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２８の８０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２８の９０％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２８の１００％にわたって配列番号２８に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有し得る。本発明の特に好ましい株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株である。これは、実施例に示したＤＳＳマウスモデルで試験した例示的なＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１株であり、疾患を治療するために有効であることが示されている。したがって、本発明は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の単離された細胞などの細胞を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株又はその誘導体の細胞を含む組成物を提供する。本発明はまた、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１株の生物学的に純粋な培養物を提供する。

【0353】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して配列同一性を有する染色体を有する。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有することができる。

【0354】

ある実施形態において、本発明の細菌株は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８の細菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明の細菌株は、配列番号４８と少なくとも９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。いくつかの好ましいにおいて、本発明の細菌株は、配列番号４８で表される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。

【0355】

細菌株のゲノムは、配列番号４８に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含み得る。

【0356】

いくつかの他の実施形態において、本発明の細菌株は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８種の細菌株である。一例として、細菌株は、配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して配列同一性を有する染色体を有し得る。好ましい実施形態において、本発明の細菌株は、配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの少なくとも６０％（例えば、少なくとも６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％）にわたって配列番号２９～３３のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性（例えば、少なくとも９２％、９４％、９５％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．５％、９９％、９９．５％、又は１００％の配列同一性）を有する染色体を有する。例えば、本発明の細菌株は、配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号２９～３３のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９０％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９５％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの７０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの８０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの９０％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性、又は配列番号３４～３８のうちのいずれか１つの１００％にわたって配列番号３４～３８のうちのいずれか１つに対して少なくとも９８％の配列同一性を有する染色体を有することができる。

【0357】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された株の誘導体は、娘株（子孫）又は元の株から培養された（サブクローニングされた）株であり得る。本発明の株の誘導体は、生物学的活性を消すことなく、例えば、遺伝子レベルで修飾され得る。特に、本発明の誘導体株は、治療的に活性である。誘導体株は、それが由来する元のＶ２１／０１１５２０株と同等の活性を有する。具体的には、誘導体株は、実施例に示されるように、少なくとも１つの疾患モデル（例えば、大腸炎）において同等の効果を引き出し、これは、実施例に記載の培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得る。Ｖ２１／０１１５２０株のうちのいずれか１つの誘導体は、概して、それぞれＶ２１／０１１５２０株の生物型である。

【0358】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託されたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株の細胞への言及には、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された株と同じ安全性及び治療有効性特性を有する任意の細胞が含まれ、そのような細胞は、本発明によって包含される。

【0359】

６．１ 細菌の生物型
受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の生物型である細菌株もまた、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために有効であることが期待される。生物型は、生理学的及び生化学的特性が同一又は非常に類似している、密接に関連した株である。

【0360】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適した株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の他のヌクレオチド配列を配列決定することによって特定することができる。例えば、実質的に全ゲノムを配列決定することができ、本発明の生物型株は、その全ゲノムの少なくとも８０％（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％又は９９％、又はその全ゲノムにわたって）にわたって、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有することができる。生物型株を特定するのに用いるのに適した他の配列としては、ｈｓｐ６０又はＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、又はＲＥＰなどの反復配列が挙げられる（Ｍａｓｃｏ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の対応する配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％又は９９．９％の配列同一性を有する配列を有することができる。

【0361】

あるいは、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の生物型である株、並びに例えば、蛍光増幅断片長多型（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡエレメント（ｒｅｐ）－ＰＣＲフィンガープリンティング、又はタンパク質プロファイリング、又は部分１６Ｓ若しくは２３Ｓ ｒＲＮＡ配列決定を使用することによる制限断片分析及び／又はＰＣＲ分析。いくつかの好ましい実施形態において、そのような技術を使用して、他の適切なＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株を特定することができる。

【0362】

ある実施形態において、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の生物型であり、本発明での使用に適している株は、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば、Ｓｒｕｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１１を参照）を使用する場合、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析したときに、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌と同じパターンを提供する株である。あるいは、生物型株は、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として特定される。

【0363】

いくつかの実施形態において、本発明において有用な細菌株は、細菌株による代謝物の産生及び消費を日常的にプロファイリングすることによって特定することができる。上記及び本明細書の他の箇所に記載の細菌株は、酢酸塩、酪酸塩、エタノール及びフマル酸塩の産生に影響することが予測される。したがって、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は、代謝物酢酸塩、エタノール、酪酸塩、及びフマル酸塩のうちの１種以上のインビボでの産生を誘導する。さらに、いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は酪酸塩を産生しない。

【0364】

受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌の生物型などの、本発明の組成物及び方法において有用な他のＧｅｍｍｉｇｅｒ株は、実施例に記載されたアッセイを含め、任意の適切な方法又は戦略を用いて特定することができる。例えば、本発明で使用する株は、嫌気性ＴＹ又はＰＹＧ培地中で培養すること、及び／又はＤＳＳ誘導腸障壁機能モデルに細菌を投与し、次いで実施例に記載されているようにサイトカイン／ケモカインレベルを評価することによって特定することができる。特に、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下に寄託された細菌に対して、同様の増殖パターン、代謝型及び／又は表面抗原を有する細菌株が、本発明において有用であり得る。有用な株は、Ｖ２１／０１１５２０株と同等の免疫調節活性を有する。特に、生物型株は宿主の腸機能に対して同等の効果を引き起こす。さらに、生物型は、疾患モデル（例えば、大腸炎、喘息、関節炎、多発性硬化症及びブドウ膜炎疾患モデル）において同様の効果を有し、サイトカイン／ケモカインレベルに対する同等の効果を、実施例に示された効果と同等の効果を有し、実施例に記載された培養及び投与プロトコールを使用することによって特定され得ることが期待される。

【0365】

細菌株の生存性。
好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能である。好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能であり、腸に部分的又は全体的にコロニーを形成することができる。いくつかの好ましい実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生きている。一例として、本発明の組成物中の細菌株は加熱殺菌されていない。本発明の細菌は、例えば、生存不可能な細菌が代謝物を生成することができず、免疫系と異なる様式で相互作用することができないために、生存不可能な細菌によって示されないであろう免疫調節作用を有することができる。生きている細菌の細胞表面もまた、死滅した細菌、特に熱殺菌した細菌とは大きく異なっているようである。

【0366】

いくつかの代替実施形態において、その細菌は生存できない。例えば、いくつかの実施形態において、細菌は熱殺菌される。

【0367】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、天然に存在する。例えば、細菌株は哺乳類の消化管から単離されている。

【0368】

いくつかの好ましい実施形態において、本発明で使用するための細菌株は、遺伝子操作されていない。例えば、細菌株は組換えＤＮＡで形質転換されていない。

【0369】

７．組成物－Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種
本明細書に提供される組成物は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された細菌株又は株を含み、それらからなり、又は本質的に治療有効量からなる組成物である。いくつかの実施形態において、組成物中の細菌は、菌株、種、操作的分類単位（ＯＴＵ）、全ゲノム配列、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列、又は異なるタイプの細菌を定義するための当技術分野で公知の他の方法によって特定することができる。

【0370】

７．１ 最新の共通祖先（ＭＲＣＡ）
いくつかの実施形態において、組成物は、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である有効量の細菌株を含む（図１５を参照）。好ましくは、系統発生的分類は、ＧＴＤＢ（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１８）によって定義される通りである。いくつかの実施形態において、系統発生的分類は、ＧＴＤＢのリリース８９（ｒ８９）で定義される通りである。

【0371】

いくつかの実施形態において、細菌株がＧ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかの判定は、当技術分野で公知の系統発生的グループ化手順を使用して実施することができる。いくつかの実施形態において、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ、Ｇ．ｓｐ００２３０６３７５を有する根付いた系統樹、並びに目的の第３のタクソン（例えば、分類されるタクソン）を使用してもよく、目的のタクソンが本発明の組成物に有用であるかどうかを判定するために、以下の分析パッケージが適用される：系統発生学及び進化の分析（「ａｐｅ」；ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ａｐｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）及び比較生物学のための系統発生学的ツール（「ｐｈｙｔｏｏｌｓ」；）。類人猿も系統学もＲ言語で書かれたパッケージであり、分子進化と系統発生の研究に使われている。類人猿及び系統ツールパッケージは、系統発生的及び進化的分析のための方法を提供し、それらの使用は当業者に知られている。いくつかの実施形態では、以下のスクリプトを使用することができる。
ｌｉｂｒａｒｙ（“ａｐｅ”）
ｌｉｂｒａｒｙ（“ｐｈｙｔｏｏｌｓ”）
ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ＝ｒｅａｄ．ｔｒｅｅ（ｆｉｌｅ＝”ｔｒｅｅ＿ｆｉｌｅ”）
ｇｅｍｍｉ ｃ（“ｓ＿＿Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ９００５５４１４５”，“ｓ＿＿Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ００４５５５４０５”）
ｇｅｍｍｉ．ｎｏｄｅ＝ｇｅｔＭＲＣＡ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ｇｅｍｍｉ）
ｇｅｍｍｉ．ｔｒｅｅ＝ｅｘｔｒａｃｔ．ｃｌａｄｅ（ｉｎｐｕｔ．ｔｒｅｅ，ｇｅｍｍｉ．ｎｏｄｅ）
ｐｒｉｎｔ（ｇｅｍｍｉ．ｔｒｅｅ＄ｔｉｐ．ｌａｂｅｌ）

【0372】

いくつかの実施形態において、スクリプトが実行された後、対象のタクソンが印刷リスト内にある場合、それは、２つの種のＭＲＣＡの子孫である。

【0373】

他の実施形態において、異なる分析パッケージを使用し、異なるプログラミング言語に基づく方法を含め、当技術分野で公知の異なる系統発生的グループ化方法を用いて、細菌株がＧ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００２３０６３７５のＭＲＣＡの子孫であるかどうかを判定することができる（図１５Ｂ、Ｃを参照）。

【0374】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｓｐ００３４７６８２５のＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８１９で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0375】

いくつかの他の実施形態において、細菌株は、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤とともに、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅ及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのＭＲＣＡの系統発生的子孫である。好適には、ＭＲＣＡは、ＧＴＤＢからのｂａｃ１２０系統樹のノード２３８２０で定義される。いくつかの実施形態において、系統樹は、ＧＴＤＢのリリース８９によって作成されるが、任意の好適なその後のリリースは、適用可能な結果を等しく与えると考えられる。

【0376】

他の実施形態において、細菌種は、その種が、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーとして既に特定されている種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に対して配列同一性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する場合、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーである。いくつかの実施形態において、細菌種がＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーであるかどうかの特定は、Ｙａｒｚａ ｅｔ ａｌ．，２０１４，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ １２：６３５－６４５及びＳｔａｃｋｅｂｒａｎｄｔ，Ｅ．＆Ｅｂｅｒｓ，Ｊ．，２００６，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｏｄａｙ ８：６－９（これらは参照により本明細書に組み込まれる）に記載される方法を使用して実施される。

【0377】

７．２ １６Ｓ ｒＲＮＡ配列の同一性
いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号２７に示される１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。クエリー配列のパーセント同一性が定義された閾値を超えていると判定された場合、分類される細菌種は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属のメンバーとして分類される。

【0378】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９７．５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９９．０％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％又は１００％である。

【0379】

いくつかの実施形態において、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、分類すべき細菌種について得られ、又は決定される。このクエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種由来の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較した。いくつかの実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と比較される。他の実施形態において、クエリー１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーとして既に分類されている細菌種についてのすべての既知の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列のサブセットと比較される。クエリーシーケンスと比較シーケンスとの間のパーセント同一性を決定する。もしクエリー配列のパーセント特定が定義された閾値を超えていると決定されるなら、分類される細菌種はＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ科のメンバーとして分類される。

【0380】

いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９５％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９８．７％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．８％である。いくつかの実施形態において、閾値配列同一性は、９４．５％、９４．６％、９４．７％、９４．８％、９４．９％、９５．０％、９５．１％、９５．２％、９５．３％、９５．４％、９５．５％、９５．６％、９５．７％、９５．８％、９５．９％、９６．０％、９６．１％、９６．２％、９６．３％、９６．４％、９６．５％、９６．６％、９６．７％、９６．８％、９６．９％、９７．０％、９７．１％、９７．２％、９７．３％、９７．４％、９７．５％、９７．６％、９７．７％、９７．８％、９７．９％、９８．０％、９８．１％、９８．２％、９８．３％、９８．４％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％．９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％又は１００％である。

【0381】

８．細菌株の機能的特徴
腸障壁調節不全は、全身性炎症に至る典型的な経路である。実施例で示されるように、本発明の細菌株、及び該株を含む組成物は、腸障壁機能を増強するのに有効である。

【0382】

対象の全身性炎症を引き起こす腸障壁調節不全によって媒介されるすべての炎症性又は自己免疫障害は、上述の細菌株及び／又は本明細書の他の箇所での治療に適用可能である。

【0383】

８．１ 腸障壁機能。
腸障壁（消化管障壁としても知られる）機能は、外界との粘膜界面での輸送及び宿主防御機構を調節する。細胞内外の流れは膜ポンプ、イオンチャネル、タイトジャンクションによって厳密に制御されており、生理学的必要性に対する透過性を調節している。

【0384】

リポ多糖類（ＬＰＳ）及び他の炎症性化合物のような異物（すなわち、非宿主）物質の腸管内側から循環系への転位は、上皮障壁によって阻害される。この上皮障壁の機能の１つはタイトジャンクションである。タイトジャンクション、又は閉鎖帯は、２つの上皮細胞の密接に関連した領域であり、その膜が互いに結合して、液体に対する実質的に不透過性の障壁を形成し、それによって、血管系を消化管の内腔から分離する。いずれのレベルでも障害がみられるが、特に透過性の亢進による細菌の転座や、上皮とＴ細胞の相互作用の障害による口腔寛容の崩壊は、炎症や組織損傷を引き起こす可能性がある。このように、タイトジャンクション障壁機能の低下は、ＬＰＳのような望ましくない物質の腸管腔から循環系への移行を増加させることが示されている。

【0385】

本発明は、対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法を提供し、この方法は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載されるような細菌株を含む組成物を対象に投与して、それによって対象における腸障壁機能を回復又は改善することを含む。いくつかの特定の実施形態では、本発明は、対象における腸障壁機能を回復又は改善する方法を提供し、この方法は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ｃ．ｓａｎａ、及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのうちの１つ以上の細菌株を含む組成物を対象に投与して、それによって対象における腸障壁機能を回復又は改善することを含む。本明細書で使用されるように、腸障壁完全性とは腸障壁機能の尺度を指す。高い腸障壁完全性は、腸又は腸管の透過性の欠如と関連する可能性があり、高いレベルの腸透過性は、低い腸障壁完全性を示す。関連する実施形態では、本発明はまた、健常な又は正常な腸障壁機能を維持する方法を提供する。このような方法は、腸障壁調節不全のリスクが高いと考えられる対象（例えば、ＩＢＤの寛解期の対象）を予防するために用いることができる。いくつかの実施形態において、組成物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む。いくつかの他の実施形態において、組成物は、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む。さらにいくつかの他の実施形態において、組成物は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む。

【0386】

いくつかの実施形態において、試料（及び、特に生物学的試料）において測定された少なくとも１つのバイオマーカーは、変化、特に、対象の腸障壁完全性における改良を評価するために使用される。

【0387】

本明細書に提供される方法及び用途のいくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含む組成物は、対象由来の試料中の腸障壁完全性の１つ以上のバイオマーカーのレベルを増加又は低下させ得る。

【0388】

本明細書に提供される方法及び用途のいくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａの細菌株を含む組成物は、対象由来の試料中の腸障壁完全性の１つ以上のバイオマーカーのレベルを増加又は低下させ得る。

【0389】

さらに、本明細書に提供される方法及び用途のいくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌株を含む組成物は、対象由来の試料中の腸障壁完全性の１つ以上のバイオマーカーのレベルを増加又は低下させ得る。

【0390】

いくつかの実施形態において、特定のバイオマーカーに依存して、マーカーのレベルの増加又は減少のいずれかは、腸障壁完全性の増加及び／又は腸透過性の減少を示す。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、成長因子、血管新生因子、酵素、プロテアーゼ、接着分子、細胞シグナル伝達分子、ホルモン又は糖から選択される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、サイトカインを含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、ケモカインを含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、成長因子を含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、血管新生因子を含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、酵素を含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、プロテアーゼを含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、接着分子を含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、細胞シグナル伝達分子を含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、ホルモンを含む。いくつかの実施形態において、マーカーは、糖を含む。

【0391】

この明細書は、腸管透過性のバイオマーカーのためのアッセイを提供する。血液（血漿、又は血清）又は組織などの対象由来の生物学的試料を用いて、ＬＰＳ、リポ多糖結合タンパク質（ＬＰＳＢＰ）、腸脂肪酸結合タンパク質（ＩＦＡＢＰ）、ゾヌリン、細菌及び／又は１６Ｓ ｒＲＮＡの１つ以上を含む任意の適切なバイオマーカーのレベルを測定することができるが、これらのマーカーに限定されない。ＬＰＳ、Ｉ－ＦＡＢＰ及びゾヌリンは、酵素免疫測定法（「ＥＬＩＳＡ」）によって測定することができる。ＥＬＩＳＡのための技術及びキットは、当業者に周知である。いくつかの実施形態において、血液、血清、唾液、尿及び／又は血漿中の対照と比較した場合、上昇したＬＰＳ、Ｉ－ＦＡＢＰ及び／又はゾヌリンが、腸管透過性の増加、したがって、より低い腸障壁完全性のインジケーターとして使用される。

【0392】

ＬＰＳＢＰは、ＥＬＩＳＡによっても測定することができる。いくつかの実施形態において、対照と比較した場合、ＬＰＳＢＰの有意な変化は、より高いか又はより低いかのいずれかで、腸管透過性の増加の指標として使用することができ、腸障壁完全性の低下を確認することができる。

【0393】

いくつかの実施形態において、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡの増加は、腸管透過性の増加、したがって、腸障壁完全性の減少の指標として使用される。細菌１６Ｓ ｒＲＮＡは、標準的な核酸単離プロトコールを用いて、血液、血清、臓器組織又は尿から精製され得る。これらは、例えば、市販されている。単離された核酸は、細菌１６Ｓ ｒＲＮＡ配列に特異的なプライマーを用いたｑＰＣＲ増幅、又は細菌１６Ｓ ｒＲＮＡに特異的なプライマーを用いた増幅、及び得られたアンプリコンの配列決定によって検出することができる。

【0394】

腸上皮細胞によって発現され、腸管透過性を調節するタイトジャンクションタンパク質は、腸管透過性のバイオマーカーとしても使用され得る。いくつかの実施形態において、タイトジャンクションタンパク質は、腸管透過性及び腸障壁完全性の変化を決定するためにアッセイされる。いくつかの実施形態において、測定されるタンパク質は、クローディン、オクルディン、ＺＯ－１、及びＥ－カドヘリン（接着結合）タンパク質を含み得るが、これらに限定されない。他のタイトジャンクションタンパク質もアッセイすることができる。いくつかの実施形態において、タイトジャンクションタンパク質は、免疫組織化学的染色を用いて測定される。いくつかの実施形態において、タイトジャンクションタンパク質は、ＥＬＩＳＡを用いて測定される。

【0395】

いくつかの実施形態において、血漿シトルリンをアッセイして、腸管透過性及び腸障壁完全性の変化を決定する。血漿シトルリン濃度の低下は、上皮細胞量の減少に相当し、腸の障壁透過性の増加を示している。

【0396】

いくつかの実施形態において、本方法は、スクラロースのような不溶性糖の経口投与、１つ以上の規定された時間後の尿又は血液のような体液の収集、及び標準的な臨床分析技術を介した体液中に含まれる不溶性糖の測定を含む。不溶性糖には、マンニトール、ラクツロース、スクロース、スクラロース及び上記のいずれかの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。

【0397】

いくつかの実施形態において、腸障壁完全性は、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを用いて測定される。腸障壁機能を測定するのに特に好ましいｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイは、経上皮電気抵抗（ＴＥＥＲ）によるものである。このようなアッセイは、この分野で周知である（例えば、Ｓｒｉｎｉｖａｓａｎ，２０１５；Ｌｅａ，２０１５）。

【0398】

８．２ 粘膜治癒
粘膜治癒は、炎症性及び自己免疫障害における治療効果を評価するための重要なエンドポイントとなっている。ＩＢＤ（例えば、ＣＤ及びＵＣ）臨床試験で現在使用されている完全な粘膜治癒の定義は、「すべての炎症性及び潰瘍性病変が完全に存在しない」ことであるが、この定義は妥当性の確認を欠き、粘膜の改善及び粘膜治癒の悪性度分類を含まない。

【0399】

粘膜治癒は、主に腸炎の内視鏡的評価によって定義される。内視鏡検査における粘膜治癒の有無を評価するために、種々の内視鏡スコアリングシステムが開発されている。これらの指標は、粘膜治癒のかなり限られたエンドポイントを満たさず、それによってすべての粘膜潰瘍の完全な消失が達成されない場合でも、内視鏡的病変の改善を決定することを可能にする。１９８７年に導入された臨床的Ｍａｙｏスコアの内視鏡的要素は、現在、臨床現場で最も使用されている粘膜層のスコアである（Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８７参照）。これには、紅斑、血管パターンの消失、脆弱性、出血、びらん及び潰瘍が含まれ、０～３の範囲である。粘膜治癒は、古典的には０（正常粘膜）又は１（粘膜紅斑、血管パターンの減少、軽度の脆弱性）のスコアであると考えられている（Ｄ’Ｈａｅｎｓ，２００７）。

【0400】

いくつかの他の実施形態において、粘膜治癒は、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価される内視鏡サブスコアが０又は１であると判定されたときに生じたと判定される。特定のそのような実施形態において、粘膜治癒を経験する患者は、内視鏡サブスコアが０であると決定される。

【0401】

コルチコステロイド及びアミノサリチル酸はいずれも数十年間使用されており、粘膜層を修復するために最も一般的に処方される薬物の１つである（例、ＵＣ患者）（Ｃａｒｖａｌｈｏ ａｎｄ Ｃｏｔｔｅｒ，２０１７）。それらが粘膜炎症を低減するメカニズムには、核因子（ＮＦ）－ｋＢ発現及び炎症性サイトカイン（上皮細胞株の細胞遊走及び増殖を直接調節する）を制御することが含まれる。抗ＴＮＦ薬（例、インフリキシマブ、アダリムマブ、ゴリムアブ）は、粘膜損傷のいくつかの段階で作用し、粘膜固有層内の炎症性浸潤及びＴ細胞増殖を制限し（Ｂａｅｒｔ，１９９９）、メタロプロテイナーゼ及び炎症誘発性分子の発現を下方制御する（Ｂａｅｒｔ，１９９９）。それらはまた、腸管透過性及び粘膜分泌を増強し、線維芽細胞を活性化し、上皮再生を維持することによって、粘膜の保護能力を回復させ、再生過程に作用する（Ｓｕｅｎａｅｒｔ，２００２）。

【0402】

粘膜治癒を評価する他の尺度は、バイオマーカーＣ反応性タンパク質及びカルプロテクチンの測定を含む、当技術分野で周知である。粘膜治癒の評価のためにｉｎ ｖｉｔｒｏバイオマーカーアッセイを使用する利点は、そのようなアッセイが、典型的には、対象に対してはるかに低い侵襲性であることである。組織病理学は、炎症の別の尺度であり、粘膜治癒に特に有益であると引用されている。

【0403】

８．３ ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路
サイトカイン経路は、炎症及び免疫の多くの態様を含む、広範な生物学的機能を媒介する。ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３及びチロシンキナーゼ２（ＴＹＫ２）を含むＪａｎｕｓキナーゼ（ＪＡＫ）は、Ｉ型及びＩＩ型サイトカイン受容体と会合し、サイトカインシグナル伝達を調節する細胞質チロシンキナーゼである。同族受容体とのサイトカインの結合は、受容体関連ＪＡＫの活性化を引き起こし、これは、ＪＡＫが媒介するシグナル伝達及び転写活性化因子（ＳＴＡＴ）タンパク質のチロシンリン酸化、及び最終的には特定の遺伝子セットの転写活性化をもたらす（Ｓｃｈｉｎｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００７，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８２：２００５９－６３）。サイトカインレセプターは、典型的にはヘテロ二量体として機能し、その結果、２種類以上のＪＡＫキナーゼが、通常、サイトカインレセプター複合体と会合する。様々なサイトカイン受容体複合体に関連する特異的ＪＡＫは、多くの場合、遺伝学的研究によって決定され、他の実験的証拠によって裏付けられている。

【0404】

ＳＴＡＴ３は、ＩＢＤを含むいくつかの自己免疫及び炎症性障害の活性化において重要な役割を果たしている。本発明の細菌株は、ＩＬ－２３媒介ＳＴＡＴ３活性化を有意に抑制する。したがって、本発明は、対象におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達（すなわち、ＩＬ－２３媒介ＳＴＡＴ３シグナル伝達）を抑制するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。したがって、いくつかの実施形態において、本明細書に記載される細菌株は、直接的又は間接的にＳＴＡＴ３活性を抑制する。いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ株は、ＳＴＡＴ３ポリペプチドに直接結合する生物活性分子を産生する。いくつかの代替実施形態において、細菌株は、例えば、ＩＬ－２３媒介ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路におけるＳＴＡＴ３の上流の分子に結合することによって、又はＳＴＡＴ３活性を調節する分子に結合することによって（例えば、ユビキチン化）、ＳＴＡＴ３活性化の間接阻害剤である。例示的な例として、生物活性剤は、ＩＬ－２３媒介ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を抑制するために、ＩＬ２３、ＪＡＫ２、又はＴＹＫ２のいずれか１つに直接結合又は拮抗し得る。

【0405】

８．４ Ｔｈ１７炎症反応
本発明のいくつかの細菌組成物は、Ｔｈ１７炎症反応を減少させるのに有効である。特に、上述の組成物及び本明細書の他の箇所での処理は、Ｔｈ１７経路サイトカイン（ＴＮＦ、ＩＬ－２２、ＩＬ－２１、及びＩＬ－１７を含む）を調節し、Ｔｈ１７経路によって媒介される状態の動物モデルにおいて臨床的改善をもたらすことができる。したがって、本発明の組成物は、炎症性及び自己免疫障害を治療又は予防するために、及びいくつかの実施形態において、Ｔｈ１７によって媒介される疾患又は状態に有用であり得る。特に、本発明の組成物は、Ｔｈ１７炎症反応の上昇を減少又は予防するのに有用であり得る。

【0406】

Ｔｈ１７細胞は、他のサイトカインの中で、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ－２１及びＩＬ－２２を産生するＴヘルパー細胞のサブセットである。Ｔｈ１７細胞分化は、ＩＬ－２３によって駆動され得る。これらのサイトカイン及びその他は、多くの炎症性及び自己免疫障害に寄与し、それに基礎をなす十分に確立された炎症性シグナル伝達経路であるＴｈ１７経路の重要な部分を形成する（例えば、Ｙｅ，２０１５；Ｆａｂｒｏ，２０１５；Ｙｉｎ，２０１４；Ｃｈｅｌｕｖａｐｐａ，２０１４；Ｓｃｈｉｅｃｋ，２０１４；Ｂａｌａｔｏ，２０１４に記載される）。Ｔｈ１７によって媒介されるいくつかの疾患は、Ｔｈ１７経路を抑制することによって改善又は軽減することができ、これは、Ｔｈ１７細胞の分化の低下、又はそれらの活性の低下、又はＴｈ１７経路サイトカインのレベルの低下を介している可能性がある。Ｔｈ１７経路によって媒介される疾患は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｆ、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２、ＩＬ－２６、ＩＬ－９のようなＴｈ１７細胞によって産生されるサイトカインのレベルの増加によって特徴付けられ得る（Ｍｏｎｔｅｌｅｏｎｅ，２０１１にレビューされた）。Ｔｈ１７経路によって媒介される疾患は、ＳＴＡＴ３又はＩＬ－２３受容体のようなＴｈ１７関連遺伝子の発現増加によって特徴付けられる可能性がある。Ｔｈ１７経路によって媒介される疾患は、Ｔｈ１７細胞レベルの増加と関連している可能性がある。

【0407】

ＩＬ－１７は、Ｔ細胞活性化を好中球の活性化及び動員に関連付ける重要なサイトカインであり、したがってＩＬ－１７は、先天性免疫において中心的な役割を果たす。しかしながら、好中球活性化におけるその役割のために、炎症性腸疾患、乾癬、及び関節リウマチなどの炎症性自己免疫疾患に寄与し得る。本明細書中で使用されるＩＬ－１７は、ＩＬ－１７Ａ、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－１７Ｃ、ＩＬ－１７Ｄ、ＩＬ－１７Ｅ、及びＩＬ－１７Ｆを含むＩＬ－１７ファミリーの任意のメンバーを指すことができる。ＩＬ－１７を介する疾患及び状態は、ＩＬ－１７の高発現及び／又は疾患又は状態に罹患した組織におけるＩＬ－１７陽性細胞の蓄積、又は存在を特徴とする。同様に、ＩＬ－１７媒介疾患及び状態は、ＩＬ－１７レベルの上昇又はＩＬ－１７レベルの上昇によって悪化し、ＩＬ－１７レベルの低下又はＩＬ－１７レベルの低下によって軽減される疾患及び状態である。ＩＬ－１７の炎症反応は局所的又は全身的である。

【0408】

Ｔｈ１７経路によって媒介され得る疾患及び状態の例としては、炎症性腸疾患（クローン病及び潰瘍性大腸炎など）、多発性硬化症、関節炎、変形性関節症、乾癬性関節炎及び若年性特発性関節炎など）、視神経脊髄炎（Ｄｅｖｉｃ病）、強直性脊椎炎、関節炎、乾癬、全身性エリテマトーデス、セリアック病、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、喘息、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤなど）、がん（乳がん、結腸がん、肺がん又は卵巣がんなど）、ブドウ膜炎、強膜炎、血管炎、ベーチェット病、アテローム性動脈硬化症、アトピー性皮膚炎、肺気腫、歯周炎、アレルギー性鼻炎、及び同種移植片拒絶などが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、いくつかの態様において、本発明は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載される組成物を投与することによって、これらの状態又は疾患の１つ以上を治療又は予防する方法を提供する。さらなる好ましい実施形態において、これらの状態又は疾患は、ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路によって媒介される。さらなる好ましい実施形態において、これらの状態又は疾患は、Ｔｈ１７経路を介して媒介される。

【0409】

ある実施形態において、本発明は、本発明の方法組成物を、Ｔｈ１７経路によって媒介される疾患又は状態の治療又は予防におけるＴｈ１７細胞分化を減少させる方法において使用するためのものである。ある実施形態において、本発明の組成物は、炎症性又は自己免疫障害の治療又は予防に使用するためであり、ここで、該治療又は予防は、Ｔｈ１７炎症反応の上昇を減少又は予防することによって達成される。ある実施形態において、本発明の組成物は、炎症性又は自己免疫障害を有する患者を治療するために使用され、患者は、ＩＬ－１７レベルの上昇又はＴｈ１７細胞の上昇を有するか、又はＴｈ１７炎症反応を示す。ある実施形態において、患者は、慢性炎症性又は自己免疫性の障害又は状態と診断されていてもよく、又は本発明の組成物は、炎症性又は自己免疫性の障害又は状態を、慢性炎症性又は自己免疫性の障害又は状態に進展させるのを予防するために使用されてもよい。ある実施形態において、疾患又は状態は、ＴＮＦ阻害剤による治療に反応しないことができる。本発明のこれらの用途は、前項に列挙された特定の疾患又は状態のいずれにも適用することができる。

【0410】

Ｔｈ１７経路はしばしば慢性炎症性及び自己免疫障害と関連しているので、本発明の組成物は、上記のような慢性疾患又は状態を治療又は予防するために特に有用であり得る。ある実施形態において、組成物は、慢性疾患の患者に使用される。ある実施形態において、組成物は、慢性疾患の発症を予防するために使用される。

【0411】

本発明の組成物は、Ｔｈ１７経路によって媒介される疾患及び状態を治療するため、及びＴｈ１７炎症応答を対処するために有用であり得、したがって、本発明の組成物は、慢性疾患を治療又は予防するため、他の治療（ＴＮＦ阻害剤による治療など）に応答しなかった患者における疾患を治療又は予防するため、及び／又はＴｈ１７細胞に関連する組織損傷及び症状を治療又は予防するために特に有用であり得る。例えば、ＩＬ－１７は、軟骨及び骨組織におけるマトリックス破壊を活性化することが知られており、ＩＬ－１７は、軟骨細胞及び骨芽細胞におけるマトリックス生成に対して阻害効果を有するので、本発明の組成物は、骨びらん又は軟骨損傷を治療又は予防するのに有用であり得る。

【0412】

ある実施形態において、本発明の組成物による処理は、ＩＬ－１７レベル、特にＩＬ－１７Ａレベルの低下又は上昇の予防を提供する。ある実施形態において、本発明の組成物による処理は、ＩＦＮ－γ又はＩＬ－６レベルの低下又は上昇の予防を提供する。これらのサイトカインレベルの上昇のそのような低下又は予防は、炎症性及び自己免疫性の障害及び状態、特にＴｈ１７経路によって媒介される障害及び状態を治療又は予防するのに有用であり得る。

【0413】

８．５ Ｔｈ１炎症反応
ＣＤ４^＋Ｔ細胞は炎症性疾患／障害の病因に重要な役割を果たしており、多くのＣＤ４^＋Ｔ細胞のサブセットが慢性腸炎を持続させるドライバーとして特定されている（Ｉｍａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１８参照）。例えば、ヘルパーＴ１型（Ｔｈ１）細胞はＩＢＤ患者の腸管に蓄積し、疾患と直接関連している。インターフェロン－γ（ＩＦＮ－γ）はＴｈ１細胞によって産生される定義サイトカインである。腸炎症の間、ＴＮＦと組み合わせたＩＦＮ－γは、腸上皮細胞β－カテニンシグナリングを駆動し、それらの分化及び増殖を制限することが提唱されている（Ｉｍａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１８）。

【0414】

９．治療方法
いくつかの実施形態において、本発明は、対象における炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防する方法を提供し、その方法は、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載されるような細菌株を対象に投与することを含む。

【0415】

適宜、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、血管炎、及び１型糖尿病を含む群から選択される。

【0416】

９．１ 炎症性腸疾患（ＩＢＤ）
実施例は、本発明の組成物が腸障壁機能に対して有益な回復効果を有し、またそれらが抗炎症特性を有し、したがってそれらがＩＢＤの治療に有用であり得ることを実証する。

【0417】

したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、炎症性腸疾患を治療又は予防する方法において使用するための、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌株を含む組成物を提供する。本発明者らは、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ株による治療が、マウス疾患モデルにおいて大腸炎の重症度を低減することを特定した。したがって、本発明の組成物は、炎症性疾患の治療に有用であり得る。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤの治療又は予防に使用される。いくつかの実施形態において、本発明は、潰瘍性大腸炎を治療又は予防する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、クローン病を治療又は予防する方法を提供する。ある実施形態において、本発明は、ＩＢＤの治療、特に大腸炎及び潰瘍性大腸炎の治療における潰瘍形成及び／又は出血を治療又は予防する方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、対象におけるＩＢＤを治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、対象における大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、潰瘍形成及び／又は出血を含む、大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）の少なくとも１つの副作用を低減する方法を提供した。

【0418】

追加として、いくつかの実施形態において、本発明は、炎症性腸疾患を治療又は予防する方法において使用するための、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の細菌株を含む組成物を提供する。本発明者らは、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ株による治療が、マウス疾患モデルにおいて大腸炎の重症度を低減することを特定した。したがって、本発明の組成物は、炎症性疾患の治療に有用であり得る。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤの治療又は予防に使用される。いくつかの実施形態において、本発明は、潰瘍性大腸炎を治療又は予防する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、クローン病を治療又は予防する方法を提供する。ある実施形態において、本発明は、ＩＢＤの治療、特に大腸炎及び潰瘍性大腸炎の治療における潰瘍形成及び／又は出血を治療又は予防する方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、対象におけるＩＢＤを治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、対象における大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、潰瘍形成及び／又は出血を含む、大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）の少なくとも１つの副作用を低減する方法を提供した。

【0419】

さらに、いくつかの実施形態において、本発明は、炎症性腸疾患を治療又は予防する方法において使用するための、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の細菌株を含む組成物を提供する。本発明者らは、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ株による治療が、マウス疾患モデルにおいて大腸炎の重症度を低減することを特定した。したがって、本発明の組成物は、炎症性疾患の治療に有用であり得る。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤの治療又は予防に使用される。いくつかの実施形態において、本発明は、潰瘍性大腸炎を治療又は予防する方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、クローン病を治療又は予防する方法を提供する。ある実施形態において、本発明は、ＩＢＤの治療、特に大腸炎及び潰瘍性大腸炎の治療における潰瘍形成及び／又は出血を治療又は予防する方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、対象におけるＩＢＤを治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、対象における大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）を治療又は予防する方法を提供し、この方法は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を対象に投与することを含む。さらなる好ましい実施形態において、本発明は、潰瘍形成及び／又は出血を含む、大腸炎（特に潰瘍性大腸炎）の少なくとも１つの副作用を低減する方法を提供した。

【0420】

ＩＢＤは、複数の環境因子及び遺伝因子によって引き起こされる複雑な疾患である。ＩＢＤの発症に寄与する因子には、食事、微生物叢、腸管透過性、腸感染に対する炎症反応の増加に対する遺伝的感受性などがある。炎症性腸疾患の症状には、腹痛、嘔吐、下痢、直腸出血、骨盤部の激しい内痙攣／筋痙攣、体重減少及び貧血がある。ある実施形態において、組成物は、ＩＢＤに関連する１つ以上の症状を低減するために使用される。ある実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤの１つ以上の症状を予防するために使用される。

【0421】

ＩＢＤは、心血管疾患、神経心理学的障害、及びメタボリックシンドロームのような他の疾患又は状態を伴うことがある。ある実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤに伴う１つ以上の疾患又は状態の治療又は予防に使用される。

【0422】

ＩＢＤは一般に生検又は結腸鏡検査によって診断される。糞便中のカルプロテクチンの測定は、ＩＢＤの予備的診断に有用である。ＩＢＤの診断のための他の臨床検査には、全血球数、赤血球沈降速度、包括的代謝パネル、便潜血検査又はＣ反応性蛋白検査がある。典型的には、臨床検査と生検／結腸鏡検査を組み合わせてＩＢＤの診断を確定する。ある実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＤと診断された対象において使用される。

【0423】

ある実施形態において、ＩＢＤはクローン病及び／又は潰瘍性大腸炎である。広く上述されるように、いくつかの炎症性サイトカインは、限定されるものではないが、ＳＴＡＴ３シグナル伝達及びＮＦκＢシグナル伝達経路媒介サイトカイン（例えば、ＩＬ－１７、ＴＮＦ、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２）を含む、クローン病及び潰瘍性大腸炎患者の炎症性筋膜においてアップレギュレートされることが、研究によって示されている。したがって、ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を介したサイトカイン活性及び／又はＮＦκＢシグナル伝達経路を介したサイトカインの阻害は、クローン病及び潰瘍性大腸炎の治療に有用である可能性がある。ある実施形態において、本発明の組成物は、クローン病及び／又は潰瘍性大腸炎の治療又は予防に使用される。

【0424】

クローン病及び潰瘍性大腸炎は、遺伝的危険因子、食事、喫煙及びアルコール摂取のような他の生活様式因子、及びマイクロバイオーム組成を含む、一連の考えられる原因を伴う複雑な疾患である。クローン病は消化管のどこにでも発症するが、潰瘍性大腸炎は大腸と結腸によくみられる。

【0425】

ＩＢＤの消化管症状は軽度から重度までの幅があり、腹痛、下痢、便血、回腸炎、便通増加、鼓腸の増加、腸管狭窄、嘔吐、肛門周囲の不快感などがある。本発明の組成物は、クローン病及び／又は潰瘍性大腸炎の１つ以上の消化管症状の予防の治療に使用することができる。

【0426】

クローン病及び潰瘍性大腸炎の全身症状には、思春期の発育不良、食欲減退、発熱及び体重減少などの成長障害がある。クローン病の腸管外の特徴には、ブドウ膜炎、光子虫症、上強膜炎、胆石、血清陰性脊椎関節症、関節炎、関節炎、癒着、結節性紅斑、壊疽性膿皮症、深部静脈血栓症、肺塞栓症、自己免疫性溶血性貧血、ばち状化及び骨粗鬆症がある。腸管外の特徴は、消化管外で発現するクローン病及び／又は潰瘍性大腸炎に関連する追加の状態である。クローン病患者はまた、痙攣、脳卒中、ミオパシー、末梢神経障害、頭痛及び抑うつのような神経学的合併症に対する感受性の増加を示す。ある実施形態において、本発明の組成物は、クローン病及び／又は潰瘍性大腸炎の１つ以上の全身症状の治療又は予防に使用される。ある実施形態において、本発明の組成物は、クローン病及び／又は潰瘍性大腸炎の１つ以上の腸外特徴の治療又は予防に使用される。

【0427】

クローン病及び潰瘍性大腸炎の診断には、通常、胃鏡検査及び／又は大腸内視鏡検査及び／又は生検、典型的には回腸の生検、放射線学的検査、全血球数、Ｃ反応性蛋白検査及び赤血球沈降速度などの複数の検査及び外科的処置を実施することが含まれる。ある実施形態において、本発明の組成物は、クローン病又は潰瘍性大腸炎と診断された対象に使用するためのものである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、クローン病又は潰瘍性大腸炎と診断された対象の治療に使用される。

【0428】

クローン病及び潰瘍性大腸炎は、罹患した消化管の領域の範囲によって分類される（Ｇａｓｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，２０００）。回腸及び結腸の両方のクローン病は、回腸結腸クローン病として分類される。いくつかの実施形態において、組成物は、回腸結腸クローン症の治療又は予防に使用するためのものである。いくつかの実施形態において、組成物は、回腸だけが罹患している場合、回腸結腸クローン病／クローン回腸炎と診断された対象に使用するためのものである。クローン結腸炎は、結腸だけが侵されている場合に分類される。ある実施形態において、組成物は、クローン回腸炎の治療又は予防に使用される。いくつかの実施形態において、組成物は、クローン病回腸炎と診断された対象において使用される。ある実施形態において、組成物は、クローン結腸炎の治療又は予防に使用される。いくつかの実施形態において、組成物は、クローン病大腸炎と診断された対象において使用される。

【0429】

クローン病及び潰瘍性大腸炎は、プレドニゾンなどのコルチコステロイド、アザチオプリンなどの免疫抑制薬、又はインフリキシマブ、アダリムマブ、及びゴリムマブ、ベドリズマブ及びエトロリズマブなどの生物学的製剤などの多くの治療薬で治療することができる。ある実施形態において、本発明の組成物は、クローン病又は潰瘍性大腸炎の治療又は予防に、上記のものを含むがこれらに限定されない、さらなる治療剤と組み合わせて使用するためのものである。ある実施形態において、さらなる治療剤は、クローン病及び／又は潰瘍性大腸炎の治療又は予防に使用される。

【0430】

９．２ 自己免疫障害
ヒトでは、１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）（Ｂｏｓｉ，２００６）のような多くの自己免疫障害の臨床的発症前に腸管炎症の徴候が検出される。同様に、糖尿病抵抗性ラットと比較して、糖尿病傾向ラットにおける膵島炎発症前に腸透過性の亢進が現れる（Ｍｅｄｄｉｎｇｓ，１９９９；Ｎｅｕ，２００５）。これらの知見は、腸障壁完全性の破壊とそれに続く抗原輸送の増加及び低グレード腸炎症の発生がＴ１Ｄの発症に先行し、糖尿病誘発性代謝変化（すなわち、高血糖）に続発するのではなく、その病因に直接関連していることを示している。消化管障壁は、管腔内容物と人体との接触を避けるための基本的なゲートキーパーである。障壁は粘液層と腸上皮障壁（ＩＥＢ）から構成され、両者は腸管内腔から腸組織及び全身循環への共生細菌、病原体、及び食物抗原の通過を防ぐために極めて重要である。ＩＥＢは、タイトジャンクション接着分子（ＪＡＭ）、トリセルリン、及びアングリンからなる複雑な接合系によって一緒に保持された上皮細胞の単一層であり、それらの間の相互作用及び細胞内足場タンパク質、すなわち、タイトジャンクション完全性を維持し、傍細胞輸送を制御するためには、密着結合タンパク質（ＺＯ）との相互作用が基本である。ＩＥＢのＴ１Ｄ変化の患者及びラットモデルにおいて、腸の炎症に関連して報告されている（Ｍｅｄｄｉｎｇｓ，１９９９；Ｓａｐｏｎｅ，２００６）。さらに、抗菌ペプチド及びムチンのような免疫調節分子を含む重要な腸障壁である腸粘液層の重要性が最近報告されている（Ｓｏｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９参照）。

【0431】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、アレルギー性喘息又は好中球性喘息などの喘息の治療又は予防において治療的利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における喘息の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、喘息の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0432】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、ＧＶＨＤの治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＧＶＨＤの治療又は予防に使用するためのものである。好ましい実施形態において、本発明は、ＧＶＨＤの治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0433】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎などの関節炎の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における関節炎の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、喘息の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0434】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、多発性硬化症の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における多発性硬化症の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、多発性硬化症の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0435】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、乾癬の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における乾癬の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、乾癬の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0436】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＳＬＥの治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、ＳＬＥの治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0437】

いくつかの実施形態において、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種由来の細菌株は、同種移植片拒絶の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における同種移植片拒絶の治療又は予防に使用される。ある実施形態において、本発明は、同種移植片拒絶の治療又は予防に使用するための、Ａ．ｓｈａｈｉｉ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0438】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、アレルギー性喘息又は好中球性喘息などの喘息の治療又は予防において治療的利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における喘息の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、喘息の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0439】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、ＧＶＨＤの治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＧＶＨＤの治療又は予防に使用するためのものである。好ましい実施形態において、本発明は、ＧＶＨＤの治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0440】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎などの関節炎の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における関節炎の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、喘息の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0441】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、多発性硬化症の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における多発性硬化症の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、多発性硬化症の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0442】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、乾癬の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における乾癬の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、乾癬の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0443】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＳＬＥの治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、ＳＬＥの治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0444】

いくつかの実施形態において、Ｃ．ｓａｎａ種由来の細菌株は、同種移植片拒絶の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における同種移植片拒絶の治療又は予防に使用される。ある実施形態において、本発明は、同種移植片拒絶の治療又は予防に使用するための、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0445】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、アレルギー性喘息又は好中球性喘息などの喘息の治療又は予防において治療的利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における喘息の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、喘息の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0446】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、ＧＶＨＤの治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＧＶＨＤの治療又は予防に使用するためのものである。好ましい実施形態において、本発明は、ＧＶＨＤの治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0447】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎などの関節炎の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における関節炎の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、関節炎の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0448】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、多発性硬化症の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における多発性硬化症の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、多発性硬化症の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0449】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、乾癬の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における乾癬の治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、乾癬の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0450】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象におけるＳＬＥの治療又は予防に使用するためのものである。ある実施形態において、本発明は、ＳＬＥの治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0451】

いくつかの実施形態において、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種由来の細菌株は、同種移植片拒絶の治療又は予防において治療上の利益を提供し得る。ある実施形態において、本発明の組成物は、対象における同種移植片拒絶の治療又は予防に使用される。ある実施形態において、本発明は、同種移植片拒絶の治療又は予防に使用するための、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌株を含む組成物を提供する。

【0452】

１０．製剤
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、４０未満の異なる細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、３０未満の異なる細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、２０未満の異なる細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、１０未満の異なる細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、５未満の異なる細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、３未満の異なる細菌株を含む。いくつかの好ましい実施形態において、組成物は、単一の細菌株を含む。いくつかの実施形態において、組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の細菌を含まない。同じ実施形態のうちのいくつか及びいくつかの他の実施形態において、組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ種の細菌を含まない。

【0453】

本発明の組成物は、細菌（すなわち、生きた細菌及び／又は死滅した細菌）を含む。本発明の好ましい実施形態において、組成物は、凍結乾燥形態で製剤化される。本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒又はゼラチンカプセル、例えば硬ゼラチンカプセルを含み得る。好ましくは、本発明の組成物は凍結乾燥細菌を含む。細菌の凍結乾燥は確立された手順であり、関連するガイダンスは参考文献（Ｍｉｙａｍｏｔｏ－Ｓｈｉｎｏｈａｒａ，２００８；ａｎｄ Ｄａｙ ＆ Ｓｔａｃｅｙ，２００７）に記載されている。

【0454】

本発明の組成物は、生きた活性細菌培養物を含み得る。実施例は、本発明の細菌の培養が治療的に有効であることを示す。

【0455】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、不活化されていない、例えば、熱不活化されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は殺されていない、例えば、加熱殺されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、減衰されていない、例えば、熱減衰されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、殺されておらず、不活化されておらず、及び／又は弱毒化されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生きている。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能である。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は、腸に部分的又は全体的にコロニーを形成することができる。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物中の細菌株は生存可能であり、腸に部分的又は全体的にコロニーを形成することができる。

【0456】

いくつかの実施形態において、組成物は、殺された生細菌株及び細菌株の混合物を含む。好ましい実施形態において、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするようにカプセル化される。カプセル化は、例えば、圧力、酵素活性、又は物理的崩壊などの化学的又は物理的刺激を用いて破壊することにより、組成物を、標的位置での送達まで、劣化から保護するが、これは、ｐＨの変化によって引き起こされ得る。任意の適切なカプセル化方法を使用することができる。例示的なカプセル化技術には、多孔質マトリックス内への封入、固体キャリア表面への取り付け又は吸着、凝集又は架橋剤による自己凝集、及び微孔性膜又はマイクロカプセルの後ろの機械的封じ込めが含まれる。本発明の組成物の調製に有用であり得るカプセル化に関するガイダンスは、当該分野で広く入手可能である（例えば、Ｍｉｔｒｏｐｏｕｌｏｕ，２０１３；ａｎｄ Ｋａｉｌａｓａｐａｔｈｙ，２００２）。

【0457】

組成物は経口投与することができ、錠剤、カプセル又は粉末の形態であってもよい。Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌は偏性嫌気性菌であるため、被包製品が好ましい。

【0458】

本発明の組成物は、本発明の細菌株の治療有効量を含む。治療有効量の細菌株は、患者に有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、患者の腸への送達及び／又は部分的若しくは完全なコロニー形成をもたらすのに十分であり得る。

【0459】

細菌の適切な１日用量は、例えば、成人ヒトでは、約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ）；例えば、約１×１０^７～約１×１０^１０ＣＦＵ；別の例では、約１×１０^６～約１×１０^１０ＣＦＵ；別の例では、約１×１０^７～約１×１０^１１ＣＦＵ；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１１ＣＦＵであり得る。

【0460】

ある実施形態において、細菌の用量は、１日当たり少なくとも１０^９細胞、例えば、１日当たり少なくとも１０^１０、少なくとも１０^１１、又は少なくとも１０^１２細胞である。

【0461】

ある実施形態において、組成物の用量は、組成物の重量に関して、約１×１０^６～約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｇの量の細菌株を含み得る。用量は、成人に適していてもよい。例えば、組成物は、約１×１０^３～約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇ；例えば、約１×１０^７～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇ；別の例では、約１×１０^６～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇ；別の例では、約１×１０^７～約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇ；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇ；別の例では、約１×１０^８～約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇ、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇを含み得る。例えば、約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇ。用量は、例えば、最大１ｇ、３ｇ、５ｇ、及び１０ｇ又はそれ以上であり得る。

【0462】

いくつかの実施形態において、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された組成物は、組成物の重量に関して、１グラム当たり約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位の細菌株の量を含み、それからなり、又は本質的にそれからなる。

【0463】

いくつかの実施形態において、上記及び／又は本明細書の他の箇所に記載された組成物は、５００ｍｇ～１０００ｍｇ、６００ｍｇ～９００ｍｇ、７００ｍｇ～８００ｍｇ、５００ｍｇ～７５０ｍｇ、又は７５０ｍｇ～１０００ｍｇの用量で細菌株を含む。ある実施形態において、本発明は、上記医薬組成物を提供し、該医薬組成物中の凍結乾燥細菌が、５００ｍｇ～１０００ｍｇ、６００ｍｇ～９００ｍｇ、７００ｍｇ～８００ｍｇ、５００ｍｇ～７５０ｍｇ、又は７５０ｍｇ～１０００ｍｇの用量で投与される。

【0464】

組成物はプロバイオティックとして処方することができる。プロバイオティックとは、ＦＡＯ／ＷＨＯによって、適切な量で投与された場合に宿主に健康上の利益をもたらす生きた微生物と定義されている。

【0465】

典型的には、本発明の組成物のようなプロバイオティックは、必要に応じて、少なくとも１つの適切なプレバイオティクス化合物と組み合わされる。プレバイオティクス化合物は、通常、上部消化管で分解又は吸収されない、オリゴ糖又は多糖、又は糖アルコールなどの非消化性炭水化物である。既知のプレバイオティクスには、イヌリン及びトランスガラクトオリゴ糖のような市販製品が含まれる。

【0466】

他のプレバイオティクス化合物（例えば、ビタミンＣ）は、酸素スカベンジャーとして、及びインビボでの送達及び／又は部分的又は全コロニー形成及び生存を改善するために含まれ得る。あるいは、本発明のプロバイオティック組成物は、牛乳又は乳清ベースの発酵乳製品のような食品又は栄養製品として、又は医薬製品として経口投与することができる。

【0467】

ある実施形態において、本発明のプロバイオティック組成物は、総重量組成物に対して約１～約３０重量％（例えば、５～２０重量％）の量のプレバイオティクス化合物を含む。既知のプレバイオティクスには、イヌリン及びトランスガラクトオリゴ糖のような市販製品が含まれる。

【0468】

いくつかの実施形態において、プレバイオティクスは、フルクトオリゴ糖（又はＦＯＳ）、短鎖フルクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルトリゴサッカライド、ペクチン、キシロオリゴ糖（又はＸＯＳ）、キトサノリゴ糖（又はＣＯＳ）、β－グルカン、アラブルガム変性及び耐性澱粉、ポリデキストロース、タガトース、アカシア繊維、キャロブ、オーツ、及びシトラス繊維を含む、又はそれらからなる群から選択される炭水化物である。一態様では、プレバイオティクスは短鎖フルクトオリゴ糖である。短鎖ＦＯＳは消化可能な炭水化物ではない。通常、ビート糖の変換によって得られ、３つのグルコース分子が結合した糖分子を含む。

【0469】

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤又は担体、例えば、薬学的賦形剤のハンドブックに記載されているものを含んでもよい。治療的使用のための許容可能な担体又は希釈剤は、医薬分野で周知であり、例えば、レミントンの医薬科学に記載されている。適切な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。適切な希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。薬学的担体、賦形剤又は希釈剤の選択は、意図された投与経路及び標準的な薬学的実践に関して選択することができる。医薬組成物は、担体、賦形剤又は希釈剤として、又はそれに加えて、１つ以上の適切な結合剤、潤滑剤、懸濁剤、コーティング剤、及び／又は可溶化剤を含んでもよい。適切な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、グルコースのような天然糖、無水乳糖、遊離流ラクトース、β－ラクトース、トウモロコシ甘味料、アラビアゴム、トラガカントゴム又はアルギン酸ナトリウムのような天然及び合成ゴム、カルボキシメチルセルロース及びポリエチレングリコールが挙げられる。適切な潤滑剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。保存剤、安定剤、染料、さらには香味剤も医薬組成物中に提供することができる。保存剤の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、システイン及び４－ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。例えば、いくつかの実施形態において、保存剤は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及び４－ヒドロキシ安息香酸のエステルから選択される。酸化防止剤及び懸濁剤もまた使用され得る。適切な担体のさらなる例は糖である。適切な保存剤のさらなる例はシステインである。

【0470】

本発明の組成物は食品として処方することができる。例えば、食品は、栄養補助食品のような本発明の治療効果に加えて、栄養学的利益を提供することができる。同様に、食品は、本発明の組成物の味を高めるために、又は医薬組成物よりもむしろ一般的な食品物品により類似することにより、組成物を消費するのにより魅力的にするために製剤化することができる。ある実施形態において、本発明の組成物は、ミルクベースの製品として処方される。用語「ミルクベースの製品」とは、様々な脂肪含有量を有する液体又は半固体のミルクベース又はホエーベースの製品を意味する。乳ベースの製品は、例えば、ウシの乳、ヤギの乳、ヒツジの乳、脱脂乳、全乳、粉ミルクと加工されていない乳清から組換えられた乳、又はヨーグルト、凝乳、凝乳、酸味牛乳、酸味のある全乳、バターミルク及び他の酸味牛乳製品のような加工製品であり得る。あるいは、牛乳は、例えば、大豆乳、オートミルク、アーモンドミルク、ココナッツミルク、又はマカダミアミルクを含む、植物ベースの牛乳であってもよい。もう１つの重要なグループには、乳清飲料、発酵乳、濃縮乳、乳児又は乳児乳、フレーバーミルク、アイスクリームなどのミルク飲料、甘味料などのミルク含有食品が含まれる。

【0471】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属（例えば、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ）の１つ以上の細菌株を含む組成物を提供し、治療に使用するために、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。

【0472】

いくつかの実施形態において、組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属（例えば、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ）の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。

【0473】

ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌種を含み、他のいかなる細菌種も含まない。ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌株を含み、他の細菌株を含まない。例えば、本発明の組成物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ株の細菌のみを含むことができる。そのような組成物は、ｄｅ ｍｉｎｉｍｉｓのみを含んでもよく、又は生物学的に無関係な量の他の細菌株又は種を含んでもよい。このような組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物であってもよい。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、乾燥形態であってもよく、他の種の生物を実質的に含まない。

【0474】

いくつかの実施形態において、本発明は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の単一の細菌株を含み、治療で使用するために、任意の他の株由来の細菌を含まないか、又は最低限若しくは別の株由来の細菌のみを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ種（例えば、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２、又はＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３）の単一の細菌株を含み、治療に使用するために、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。

【0475】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属（例えば、Ｃ．ｓａｎａ）の１つ以上の細菌株を含む組成物を提供し、治療に使用するために、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。

【0476】

いくつかの実施形態において、組成物は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。

【0477】

ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌種を含み、他のいかなる細菌種も含まない。ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌株を含み、他の細菌株を含まない。例えば、本発明の組成物は、Ｃ．ｓａｎａ株の細菌のみを含むことができる。そのような組成物は、ｄｅ ｍｉｎｉｍｉｓのみを含んでもよく、又は生物学的に無関係な量の他の細菌株又は種を含んでもよい。このような組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物であってもよい。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、乾燥形態であってもよく、他の種の生物を実質的に含まない。

【0478】

いくつかの実施形態において、本発明は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属の単一の細菌株を含み、治療に使用するために、他のいかなる株由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の株由来の細菌のみを含む、組成物を提供する。

【0479】

いくつかの実施形態において、本発明は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ ｓａｎａ種（例えば、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１又はＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２）の単一の細菌株を含み、治療に使用するために、他のいかなる株由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の株由来の細菌のみを含む、組成物を提供する。

【0480】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示された組成物は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。したがって、いくつかの実施形態において、本発明は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属（例えば、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）の１つ以上の細菌株を含む組成物を提供し、治療に使用するために、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。

【0481】

いくつかの実施形態において、組成物は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。いくつかの実施形態において、組成物は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属（例えば、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）の１つ以上の細菌株を含み、他のいかなる属由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の属由来の細菌のみを含む。

【0482】

ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌種を含み、他のいかなる細菌種も含まない。ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、単一の細菌株を含み、他の細菌株を含まない。例えば、本発明の組成物は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株の細菌のみを含むことができる。そのような組成物は、ｄｅ ｍｉｎｉｍｉｓのみを含んでもよく、又は生物学的に無関係な量の他の細菌株又は種を含んでもよい。このような組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物であってもよい。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、乾燥形態であってもよく、他の種の生物を実質的に含まない。

【0483】

いくつかの実施形態において、本発明は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属の単一の細菌株を含み、治療で使用するために、任意の他の株由来の細菌を含まないか、又は最低限若しくは別の株由来の細菌のみを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種（例えば、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１）の単一の細菌株を含み、治療に使用するために、他のいかなる種由来の細菌も含まないか、又は最低限若しくは生物学的に無関係な量の別の種由来の細菌のみを含む。

【0484】

ある実施形態において、本発明の組成物は、単一の細菌株又は種を含み、他の細菌株又は種を含まない。そのような組成物は、ｄｅ ｍｉｎｉｍｉｓのみを含んでもよく、又は生物学的に無関係な量の他の細菌株又は種を含んでもよい。このような組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物であってもよい。

【0485】

ある実施形態において、本発明の組成物は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６の細菌株又は種からなる。ある実施形態において、組成物は、１～１０個、好ましくは１～５個の細菌株又は種からなる。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同一種内からの２つ以上の株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０又は４５株を超える）を含み、任意選択的に、任意の他の種由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同一種内からの５０株未満（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４又は３株未満）を含み、任意選択的に、任意の他の種由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同一種内由来の１－４０、１－３０、１－２０、１－１９、１－１８、１－１５、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３、１－２、２－５０、２－４０、２－３０、２－２０、２－１５、２－１０、２－５、６－３０、６－１５、１６－２５、又は３１－５０株を含み、任意に、他の種由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同一属内からの複数の種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０、２３、２５、３０、３５又は４０種を超える）を含み、任意に、他の属からの細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同じ属内からの５０種未満（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４又は３種未満）を含み、任意に、他の属からの細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、同一属内の１－５０、１－４０、１－３０、１－２０、１－１５、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３、１－２、２－５０、２－４０、２－３０、２－２０、２－１５、２－１０、２－５、６－３０、６－１５、１６－２５、又は３１－５０種を含む。本発明は、上記のいずれかの組み合わせを含む。

【0486】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、２つ以上の細菌株又は種を含む。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同一種内からの複数の株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０又は４５株を超える）を含み、任意選択的に、任意の他の種由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同じ種内からの５０株未満（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４又は３株未満）を含み、任意に、他の種由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、１－４０、１－３０、１－２０、１－１９、１－１８、１－１５、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３、１－２、２－５０、２－４０、２－３０、２－２０、２－１５、２－１０、２－５、６－３０、６－１５、１６－２５、又は３１－５０株を含む。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同一属内に由来する複数の種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１２種、１５種、１７種、２０種、２３種、２５種、３０種、３５種、又は４０種）を含み、任意に、他の属由来の細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同じ属内からの５０未満の種（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４又は３種未満）を含み、任意に、他の属からの細菌を含まない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同一属内の１－５０、１－４０、１－３０、１－２０、１－１５、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３、１－２、２－５０、２－４０、２－３０、２－２０、２－１５、２－１０、２－５、６－３０、６－１５、１６－２５、又は３１－５０株を含み、任意に、他の属由来の細菌を含まない。本発明は、上記のいずれかの組み合わせを含む。

【0487】

ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、１－５０、１－４０、１－３０、１－２０、１－１９、１－１８、１－１７、１－１６、１－１５、１－１４、１－１３、１－１２、１－１１、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３又は２種類の異なる細菌株の間のような、１－５０個の異なる細菌株を含む。ある実施形態において、本発明の医薬組成物は、１－５０、１－４０、１－３０、１－２０、１－１９、１－１８、１－１７、１－１６、１－１５、１－１４、１－１３、１－１２、１－１１、１－１０、１－９、１－８、１－７、１－６、１－５、１－４、１－３又は２種類の異なる細菌株の間のような、１－５０個の異なる細菌株を含む。

【0488】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、追加として、受託番号Ｖ２１／０１４４３２、Ｖ２１／０１４４３３、及び／又はＶ２１／０１４４３４の下にＮＭＩ（Ａｕｓｔｒａｌｉａ）において寄託された株と同じ安全性及び治療効力特性を有する細菌株を含む。

【0489】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、追加として、受託番号Ｖ２１／０１９２１３及び／又はＶ２１／０１９２１４の下にＮＭＩ（Ａｕｓｔｒａｌｉａ）において寄託された株と同じ安全性及び治療効力特性を有する細菌株を含む。

【0490】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、追加として、受託番号Ｖ２１／０１１５２０の下にＮＭＩ（Ａｕｓｔｒａｌｉａ）において寄託された株と同じ安全性及び治療効力特性を有する細菌株を含む。

【0491】

本発明の組成物が２つ以上の細菌株、種又は属を含むいくつかの実施形態において、個々の細菌株、種又は属は、分離、同時又は連続投与のためであり得る。例えば、組成物は、２つ以上の細菌株、種又は属のすべてを含んでもよく、又は細菌株、種又は属は、別々に貯蔵されてもよく、別々に、同時に又は連続的に投与されてもよい。いくつかの実施形態において、２つ以上の細菌株、種又は属は、別々に貯蔵されるが、使用前に一緒に混合される。

【0492】

好ましくは、本明細書に開示された組成物は、本発明の細菌株による腸管への送達、及び／又は部分的又は完全なコロニー形成を可能にするために、消化管（ＧＩ）に投与されるべきである。言い換えれば、細菌は消化管の一部又は全部にコロニーを形成する可能性があり、このようなコロニー形成は一過性又は永続的である可能性がある。より具体的には、「腸の全コロニー形成」という語句は、細菌が腸のすべての部分（すなわち、小腸、大腸及び直腸）にコロニー形成したことを意味する。さらに、又は代替的に、用語「全コロニー形成」は、細菌が腸の一部又は全部に永久的に生着することを意味する。

【0493】

同様に、「腸の部分的コロニー形成」という語句は、細菌が腸の一部ではあるがすべてではない部分にコロニー形成したことを意味する。さらに、又は代替的に、用語「部分的コロニー形成」は、細菌が腸の一部又は全部に一時的に生着することを意味する。

【0494】

細菌の生着の一過性は、投与間隔の終了後に本発明の細菌株の存在量を定期的に（例えば、毎日又は毎週）評価して、休薬期間、すなわち、投与間隔の終了から本発明の細菌株の検出可能なレベルが存在しないまでの間の期間を決定することによって（例えば、糞便試料中で）決定することができる。いくつかの実施形態において、ウォッシュアウト期間は、１４日以内、１２日以内、１０日以内、７日以内、４日以内、３日以内、２日以内、又は１日以内である。

【0495】

いくつかの実施形態において、上記又は本明細書の他の箇所に記載された細菌は、大腸内で一時的に生着する。

【0496】

いくつかの実施形態において、本発明の細菌株は、ヒト成人糞便から得られる。本発明の組成物が２つ以上の細菌株を含むいくつかの実施形態において、細菌株のすべては、ヒト成人糞便から得られるか、又は他の細菌株が存在する場合、それらは、最小量のみ存在する。細菌は、これらのヒト成人糞便から得られ、本発明の組成物に使用された後に培養され得る。

【0497】

いくつかの実施形態において、１つ以上のＡｌｉｓｔｉｐｅｓ細菌株は、本発明の組成物中の唯一の治療活性剤である。いくつかの実施形態において、組成物中の細菌株は、本発明の組成物中の唯一の治療活性剤である。

【0498】

本発明に従って使用するための組成物は、市販承認を必要とする場合もあれば、必要としない場合もある。

【0499】

ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、該細菌株は乾燥形態である。場合によっては、投与前に細菌株を再構成する。場合によっては、溶解は、本明細書に記載される希釈剤の使用による。ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、該細菌株は、スプレー乾燥される。ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は、凍結乾燥又はスプレー乾燥され、生きている。ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は、凍結乾燥又はスプレー乾燥され、生存可能である。ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は凍結乾燥又はスプレー乾燥され、腸に部分的又は全体的にコロニー形成することができる。ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は乾燥（例えば、凍結乾燥又はスプレー乾燥）され、生存可能であり、腸を部分的又は全体的にコロニー形成することができる。いくつかの同じ実施形態及びいくつかの代替実施形態において、細菌株は腸に一時的にコロニー形成する。

【0500】

場合によっては、凍結乾燥菌株又はスプレー乾燥菌株を投与前に再構成する。場合によっては、溶解は、本明細書に記載される希釈剤の使用による。

【0501】

本発明の組成物は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤又は担体を含むことができる。

【0502】

ある実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は、それを必要とする対象に投与された場合に、炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防するのに十分な量である。いくつかの好ましい実施形態において、炎症性又は自己免疫障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節炎、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、血管炎、及び１型糖尿病を含む群から選択される。

【0503】

ある実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物を提供し、ここで、細菌株は、ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路によって媒介される炎症性又は自己免疫障害を治療又は予防するのに十分な量である。好ましい実施形態において、該障害は、炎症性腸疾患（クローン病又は潰瘍性大腸炎など）、喘息（アレルギー性喘息又は好中球性喘息など）、関節炎（関節リウマチ、変形性関節症、乾癬性関節炎、又は若年性特発性関節炎など）、脂肪肝疾患（非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）など）、強直性脊椎炎、乾癬、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、強皮症、シェーグレン症候群、血管炎、及び１型糖尿病からなる群から選択される。

【0504】

ある実施形態において、本発明は、上記医薬組成物を提供し、ここで、細菌株の量は、組成物の重量に関して、１グラム当たり約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ）である。

【0505】

ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、組成物は、最大１ｇ、３ｇ、５ｇ若しくは１０ｇ又はそれ以上の用量で投与される。

【0506】

ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、組成物は、経口、直腸、皮下、鼻、口腔、及び舌下からなる群から選択される方法によって投与される。

【0507】

ある実施形態において、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む、上述の医薬組成物を提供する。

【0508】

ある実施形態において、本発明は、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む、上述の医薬組成物を提供する。

【0509】

ある実施形態において、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水乳糖、遊離流ラクトース、β－ラクトース、コーン甘味料、アカシア、トラガカントゴム、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

【0510】

ある実施形態において、本発明は、保存剤、酸化防止剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む、上記医薬組成物を提供する。

【0511】

ある実施形態において、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及び４－ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される保存剤を含む、上記医薬組成物を提供する。

【0512】

ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、該細菌株は乾燥形態（例えば、凍結乾燥、スプレー乾燥、流動床乾燥など）である。

【0513】

ある実施形態において、本発明は、上記の医薬組成物を提供し、ここで、この組成物が約４℃又は約２５℃で密封容器に貯蔵され、容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気中に置かれる場合、コロニー形成単位で測定した場合、細菌株の少なくとも８０％が、少なくとも約１ヵ月、３ヵ月、６ヵ月、１年、１．５年、２年、２．５年又は３年の期間後に残る。

【0514】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載される組成物を含む密封容器内に提供される。いくつかの実施形態において、密封容器は、小袋又は瓶である。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載される組成物を含む注射器で提供される。

【0515】

本発明の組成物は、いくつかの実施形態において、薬学的製剤として提供され得る。例えば、組成物は、錠剤又はカプセルとして提供することができる。いくつかの実施形態において、カプセルは、ゼラチンカプセル（「ゲル－キャップ」）である。カプセルは硬質カプセルでも軟質カプセルでもよい。いくつかの実施形態において、製剤は軟質カプセルである。ソフトカプセルは、カプセルシェルに存在する例えばグリセロール、ソルビトール、マルチトール及びポリエチレングリコールのような軟化剤の添加により、ある種の弾力性及び柔軟性を有するカプセルである。軟質カプセルは、例えば、ゼラチン又はデンプンに基づいて製造することができる。ゼラチンベースの軟質カプセルは、様々な供給者から市販されている。例えば、経口又は直腸内などの投与方法に応じて、軟カプセルは、様々な形状を有することができ、例えば、丸い、卵形、長円形、又は魚雷形であってもよい。軟質カプセルは、例えば、シェーラー法、アコーゲル法、又は液滴又はブロー法などの従来の方法によって製造することができる。

【0516】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、経口投与される。経口投与では飲み込んで消化管に入ることがある。

【0517】

経口投与に適した医薬製剤には、固体プラグ、固体微粒子、半固体及び液体（多相又は分散系を含む）；多粒子、液体（例えば、水溶液）、エマルジョン又は粉末を含有する軟又は硬カプセル；エマルジョン又は粉末；ロゼンジ（液体充填を含む）；チュー；ゲル；高速分散剤形；フィルム；胚珠；スプレー；及び頬粘膜／粘膜接着性パッチが含まれる。

【0518】

いくつかの実施形態において、薬学的製剤は、腸溶性製剤、すなわち、経口投与による本発明の組成物の腸への送達に適した（例えば、胃のｐＨに抵抗性の）胃耐性製剤である。腸溶性製剤は、細菌又は組成物の他の成分が酸感受性（例えば、胃の条件下で分解されやすい）の場合に特に有用であり得る。

【0519】

いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は腸溶性コーティングを含む。いくつかの実施形態において、製剤は、腸溶性被覆投与形態である。例えば、製剤は腸溶性錠剤又は腸溶性カプセルなどであってもよい。腸溶性コーティングは、従来の腸溶性コーティング、例えば、経口送達のための錠剤、カプセルなどのための従来のコーティングであってもよい。製剤は、例えば腸溶性ポリマー（例えば、酸不溶性ポリマー）の薄膜層などのフィルムコーティングを含んでもよい。

【0520】

いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は、腸溶性コーティングを必要とせずに、本質的に腸溶性であり、例えば、胃溶性である。したがって、いくつかの実施形態において、製剤は、腸溶性コーティングを含まない腸溶性製剤である。いくつかの実施形態において、製剤は、熱ゲル化材料から作製されたカプセルである。いくつかの実施形態において、熱ゲル化材料は、メチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース又はヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）のようなセルロース材料である。いくつかの実施形態において、カプセルは、フィルム形成ポリマーを含まないシェルを含む。いくつかの実施形態において、カプセルは、シェルを含み、シェルは、ヒドロキシプロピルメチルセルロースを含み、（米国特許公開第２０１６／００６７１８８号に記載されているように）フィルム形成ポリマーを含まない。いくつかの実施形態において、製剤は、本質的に腸内カプセル（例えば、ＣａｐｓｕｇｅｌからのＶＣＡＰＳ（登録商標））である。

【0521】

いくつかの実施形態において、組成物は、Ａ．ｓｈａｈｉｉの細菌株を含むプロバイオティック又は医療食品である。細菌は、例えば、プロバイオティックとして、カプセル、錠剤、カプレット、丸剤、トローチ、ロゼンジ、パワー、及び／又は顆粒として投与することができる。この株はまた、栄養補助食品、従来の食品、医療食品、又は薬物として処方することもできる。細菌はまた、糞便移植の一部として、又は座薬を介して投与することもできる。いくつかの実施形態において、組成物は、本明細書にさらに記載されるように、腸に送達されるために製剤化される。いくつかの実施形態において、組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。

【0522】

追加薬剤との同時投与
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される方法は、さらに、第２の物質及び／又は治療を（例えば、治療の一部として）対象に同時投与することを含むことができる。併用療法は、使用される場合、特定の適応に合わせて調整される。例えば、炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患）を治療するためにＡ．ｓｈａｈｉｉ種の株を投与する場合、炎症性障害の臨床治療のために承認された当該分野で公知の抗炎症剤又は治療法と組み合わせて投与することができる。他の適応症は、同様に、例えば、本明細書に記載されているようなＡ．ｓｈａｈｉｉ種の株を、当該分野で公知の、又はそれらの適応症の臨床治療のために承認された薬剤と組み合わせて治療することができる。

【0523】

同様に、炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患）を治療するためにＣ．ｓａｎａ種の株を投与する場合、当該分野で公知の、又は炎症性障害の臨床治療のために承認された抗炎症剤又は治療法と組み合わせて投与することができる。他の適応症は、同様に、例えば、本明細書に記載されているようなＣ．ｓａｎａ種の株を、当該分野で公知の、又はそれらの適応症の臨床治療のために承認された薬剤と組み合わせて治療することができる。

【0524】

同様に、炎症性障害（例えば、炎症性腸疾患）を治療するためにＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の株を投与する場合、当該分野で公知の、又は炎症性障害の臨床治療のために承認された抗炎症剤又は治療法と組み合わせて投与することができる。他の適応症は、同様に、例えば、本明細書に記載されているようなＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の株を、当該分野で公知の、又はそれらの適応症の臨床治療のために承認された薬剤と組み合わせて治療することができる。

【0525】

炎症性腸疾患の治療に用いることができる適切な抗炎症剤は、必ずしも限定されるものではないが、５－アミノサリチウム酸塩、コルチコステロイド、アザチオプリン、インフリキシマブ、及びアダリムマブを含む群を含む。

【0526】

本発明は、抗炎症剤をさらに含む、上述の組成物も含む。このような組成物は、任意に、単一の組成物の形態であってもよく、又は代替的に、２つ以上の別々の組成物の形態であってもよい。

【0527】

１１．スクリーニング方法
本発明はまた、本発明の方法での使用に適した細菌株を特定する方法を含む。このような方法は、典型的には、特定の機能的活性を有する細菌株のスクリーニングを含む。適切なアッセイには、下記の実施例に記載されるものが含まれるが、腸障壁機能、粘膜治癒、ＮＦ－κＢ活性化の調節、又はＳＴＡＴ３シグナル伝達の調節を測定するための任意のアッセイは、適用可能なものと同様である。

【0528】

いくつかの実施形態において、スクリーニング方法は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓの細菌株がＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を調節する能力を特定する。例示的な例として、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、標的細胞を、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉ種の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。

【0529】

いくつかの実施形態において、スクリーニング方法は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘの細菌株がＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を調節する能力を特定する。例示的な例として、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、標的細胞を、Ｃ．ｓａｎａ種の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。

【0530】

いくつかの実施形態において、スクリーニング方法は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒの細菌株がＳＴＡＴ３シグナル伝達経路を調節する能力を特定する。例示的な例として、本発明は、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害する方法を提供し、この方法は、標的細胞を、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種の細菌細胞調製物の少なくとも可溶性成分と接触させて、標的細胞におけるＳＴＡＴ３シグナル伝達の活性化を遮断するか、又は別の様式で阻害することを含む。

【0531】

このタイプのいくつかの実施形態において、標的細胞は、機能性レポーター細胞（例えば、ＨＥＫ細胞）、免疫細胞（例えば、Ｔｈ１７免疫細胞）、上皮細胞、及び内皮細胞についての細菌株のスクリーニングを含む群から選択される。

【0532】

いくつかの実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞培養物を含む。好ましくは、可溶性成分は、細菌細胞培養物の上清を含み得る。このタイプのいくつかの実施形態において、可溶性成分は、細菌細胞を実質的に枯渇させる。

【0533】

いくつかの代替実施形態において、細菌細胞調製物は、細菌細胞ペレットを含む。好ましくは、細胞ペレットの細菌細胞は、当該分野で公知の任意の手段によって溶解される。細胞溶解後、細胞溶解物可溶性画分が不溶性画分から分離されることが典型的である。細胞溶解物は、スクリーニングアッセイ中である前にさらなる処理を受けることができる。（例えば、緩衝液中で希釈された）又は処理試薬に曝された。

【0534】

１２．投与様式
好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株とともに腸への送達を可能にするために、消化管に投与されるべきである。好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株とともに腸への送達を可能にするために、消化管に投与されるように製剤化される。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本発明の細菌株による腸管の送達及び部分的又は完全なコロニー形成を可能にするために、消化管に投与されるように製剤化される。

【0535】

ある実施形態において、本発明の組成物は、発泡体として、スプレー又はゲルとして投与され得る。

【0536】

ある実施形態において、本発明の組成物は、座薬、例えば、テオブロマ油（ココアバター）、合成硬脂肪（例えば、ｓｕｐｐｏｃｉｒｅ（登録商標）、ＷＩＴＥＰＳＯＬ）、グリセロゼラチン、ポリエチレングリコール、又は石鹸グリセリン組成物の形態で投与することができる。

【0537】

ある実施形態において、本発明の組成物は、経鼻胃管、経口胃管、胃管、空腸瘻管、空腸瘻管（Ｊ－チューブ）、経皮内視鏡的胃瘻造設術（ＰＥＧ）、又は胃、空腸及び他の適切なアクセスポートへのアクセスを提供する胸壁ポートなどのポートなどの管を介して消化管に投与される。

【0538】

本発明の組成物は、１回投与することができ、又は治療レジメンの一部として連続的に投与することができる。ある実施形態において、本発明の組成物は、毎日（１回又は数回）投与される。ある実施形態において、本明細書に開示される組成物は、少なくとも１週間、２週間、１ヵ月、２ヵ月、６ヵ月、又は１年間のような延長された期間、毎日、２日ごと、又は週ごとなどの定期的に投与される。

【0539】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、７日間、１４日間、１６日間、２１日間、又は２８日間、又は７日以内、１４日間、１６日間、２１日間、又は２８日間投与される。例えば、いくつかの実施形態において、本明細書に開示される組成物は、１６日間投与される。

【0540】

本発明のある実施形態において、本発明による治療は、患者の腸内微生物叢の評価を伴う。本発明の株との送達及び／又は部分的若しくは完全なコロニー形成が達成されず、それにより有効性が観察されない場合、治療を繰り返すことができるか、又は送達及び／又は部分的若しくは完全なコロニー形成が成功し、有効性が観察された場合に治療を中止することができる。

【0541】

ある実施形態において、本発明の組成物は、子宮内及び／又は出生後にその子供において発生する炎症性又は自己免疫障害（本明細書に開示されているものなど）を予防するために、妊娠動物、例えばヒトなどの哺乳動物に投与することができる。

【0542】

本発明の組成物は、腸障壁機能の調節不全によって媒介される疾患又は状態と診断された、あるいは腸障壁機能障害によって媒介される疾患又は状態、ＳＴＡＴ３シグナル伝達経路によって媒介される疾患又は状態のリスクがあると特定された、あるいはＳＴＡＴ３シグナル伝達経路によって媒介される疾患若しくは状態、又は炎症性若しくは自己免疫障害（本明細書に開示されるものなど）のリスクがあると特定された患者に投与することができる。本組成物はまた、健康な患者においてＳＴＡＴ３シグナル伝達経路によって媒介される疾患又は状態の発現を予防するための予防手段として投与することもできる。

【0543】

本明細書に開示された組成物は、炎症性又は自己免疫障害、特に微生物叢－腸軸によって媒介される炎症性又は自己免疫障害と診断された患者、又は炎症性又は自己免疫障害、特に微生物叢－腸軸によって媒介される炎症性又は自己免疫障害のリスクがあると特定された患者に投与することができる。組成物はまた、健康な患者において、炎症性又は自己免疫障害、特に微生物叢－腸軸によって媒介される炎症性又は自己免疫障害の発現を予防するための予防手段として投与することもできる。

【0544】

本発明の組成物は、異常な腸内微生物叢を有すると特定された患者に投与することができる。例えば、患者は、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属の細菌、特にＡ．ｓｈａｈｉｉによるコロニー形成が低減又は欠如している可能性がある。代替的に、又は加えて、患者は、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属、特にＣ．ｓａｎａの細菌によるコロニー形成が低減又は欠如している可能性がある。代替的に、又は加えて、患者は、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属、特にＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの細菌によるコロニー形成の低減又は欠如している可能性がある。

【0545】

本発明の組成物は、栄養補助食品のような食品として投与することができる。

【0546】

一般に、本発明の組成物は、ヒト疾患の予防又は治療のためであるが、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ又はウサギのような単胃哺乳動物を含む動物を治療するために使用することができる。本発明の組成物は、動物の成長及び能力を高めるのに有用であり得る。動物に投与する場合には、強制経口投与することができる。

【0547】

いくつかの実施形態において、組成物が投与される対象は、成人である。いくつかの実施形態において、組成物が投与される対象は、乳児ヒトである。

【0548】

１３．培養方法
本発明で使用するための細菌株は、例えば、ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５において教示されるような参考文献に詳述されているように、標準的な微生物学的技術を用いて培養することができる。

【0549】

培養に使用される固体又は液体培地は、例えば、ＴＹ又はＰＹＧ培地から選択され得る。

【0550】

本発明とともに使用するのに適した例示的な媒体処方は、表１に提供されるものを含む。

【表2】

【0551】

本発明を容易に理解し、実用的に実施するために、以下の非限定的な実験例により、特定の好ましい実施形態を説明する。

【実施例1】

【0552】

実施例１
Ａｌｉｓｔｉｐｅｓと健康、ＩＢＤ及び他の疾患との関連。
炎症性腸疾患は、健常腸と比較した場合、ＩＢＤ腸における特定の腸内細菌の有病率及び存在量の両方が有意に減少するミクロソームの構造－機能変化によって特徴付けられる。いくつかの研究により、これらの細菌がＩＢＤの病因を調節する可能性があることが示されているが（Ｍａｌｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１；ａｎｄ Ｓｏｋｏｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）、これらの細菌を用いて新しい治療法を開発する上での主要な障害は、低解像度１６Ｓ ｒＲＮＡに基づくプロファイリングが、低い分類学的レベル（すなわち、属、種、株）で健常及びＩＢＤ関連株を正確に識別するのに十分な解像度を提供しないことである。

【0553】

発明者らは、６，０２０人の成人の高解像度の糞便腸メタゲノムデータ及び関連する宿主メタデータを含むＭｉｃｒｏｂａ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＤＤ）を使用して、炎症性及び自己免疫疾患におけるＡｌｉｓｔｉｐｅｓ「クレードＡ」（図１に示されるように）の種の有病率を研究した。メタゲノム配列リードは、Ｍｉｃｒｏｂａ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（ＭＣＰ）を使用して分析した（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０２１）。

【0554】

少なくとも５つのＡｌｉｓｔｉｐｅｓクレードＡ種が、ＭＤＤ試料の１０％超で検出された：Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ及び未培養種Ａ．ｓｐ０００４３４２３５。

【0555】

本発明者らは、４つの検出されたＡｌｉｓｔｉｐｅｓクレードＡ種が健常なヒトにおいて蔓延しているが、炎症性及び自己免疫疾患においてはめったに検出されないことを見出した（図２Ａ～Ｅ）。ＩＢＤでは、潰瘍性大腸炎及びクローン病の両方の主なサブタイプを含め、最も強い効果が観察された（以下、図２及び表２）。５つのＡｌｉｓｔｉｐｅｓ種（Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ、Ａ．ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ、Ａ．ｓｅｎａｇａｌｅｎｓｉｓ、及びＡ．ｓｐ０００４３４２３５）はすべて、健常なものと比較して、ＩＢＤで有意に蔓延していなかった（図２Ａ、表２）。ＩＢＤの最も強い低減が、Ａ．ｓｈａｈｉｉについて観察された（図２Ａ、表２）。これらの観察は、Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，（２０１８）（図２Ｂ、表２）によって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された。

【0556】

Ａ．ｓｈａｈｉｉ、Ａ．ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ及びＡ．ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓは、健常対照と比較して、一連の炎症性及び自己免疫状態において有意に低い有病率であった（図２Ｃ～Ｅ及び表３）。

【表3】

【表4】

【0557】

Ａ．ｓｈａｈｉｉの単離及びゲノムスケール分析
健康におけるＡ．ｓｈａｈｉｉの役割、及びＩＢＤ Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、ＭＨ２１－２及びＭＨ２１－３株の病因を、健常ヒトドナーから単離した。Ａ．ｓｈａｈｉｉは、Ａｓ＿ｖ１及びＰＹＧ培地上で良好に成長し、典型的には、グラム陰性染色短桿として観察された（図３Ａ）。

【0558】

ＮＣＢＩ及びＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、ＭＨ２１－２、及びＭＨ２１－３からの高品質ＧｅｎＢａｎｋ及びＲｅｆＳｅｑゲノムを使用したＡｌｉｓｔｉｐｅｓ属の系統発生再構築は、いくつかの未培養種に近いＡｌｉｓｔｉｐｅｓ ｓｈａｈｉｉクレード内に高い信頼性で配置された単離株を明らかにした（図３Ｂ）。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、ＭＨ２１－２、及びＭＨ２１－３は糖発酵槽であり、デンプン、グルコース、グルコン酸塩、ラクトース、メリビオース、及びガラクトースを炭素源として利用することが予測される。トリプトファン、アスパラギン酸塩、システイン、及びチロシンを除くほとんどのアミノ酸について、完全な、又はほぼ完全な生合成経路が特定された。アミノ酸の取り込み及び発酵のためのいくつかの経路（Ａｌａ、Ｔｒｙ、Ａｓｐ、Ｃｙｓ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ、Ｈｉｓ、及びＭｅｔ）も特定されたが、一次エネルギー源ではない可能性が高い。Ａ．ｓｈａｈｉｉ単離株の代謝モデリングは、グルコース及び他のヘキソース糖を摂取した場合、発酵の一次副産物は、酢酸塩及びプロピオン酸塩であることを明らかにした。酢酸塩は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、ＭＨ２１－２、及びＭＨ２１－３単離株による発酵の主な副産物であると予測される。ＭＨ２１－１の生合成能を、それぞれＡｎｔｉＳｍａｓｈ ｖ５．０及びｄｅｅｐＢＧＣを使用して、十分に特徴付けられた推定生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）を検索することによって評価した。ＡｎｔｉＳｍａｓｈは、いかなるＢＧＣも特定しなかったが、ＤｅｅｐＢＧＣは、＞１のコード領域及び＞０．７５のｄｅｅｐＢＧＣスコアを有する３つの未分類ＢＧＣを特定し、２つは抗菌生成物を産生すると予測された。

【0559】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは腸障壁機能を増強する。
健常腸におけるＡ．ｓｈａｈｉｉの役割を評価するために、ナイーブＣ５７Ｂｌ／６ ＳＰＦマウスをＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１で８日間治療した（図４Ａ）。この治療期間中、罹患率はなく、ビヒクル対照と比較して、一般的な外観、挙動、姿勢、可動性及び神経学的挙動の変化は観察されなかった。同様に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１治療群では、ビヒクル対照群と比較して体重に有意な変化は認められず、結腸の長さ及び重量／長さ比も影響を受けなかった（図４Ｂ～Ｄ）。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１は、上皮損傷、炎症、及び過剰血管新生を単独で評価することによって、又は総合的な組織病理学的スコアとして測定した場合、ビヒクルと比較して、結腸に顕著な組織学的変化をもたらさなかった（図４Ｅ～Ｈ）。

【0560】

上記のビッグデータアプローチを使用して、炎症性及び自己免疫疾患（例えば、ＩＢＤ）のための新規の生きたバイオ治療薬候補を特定することができると仮定された。したがって、発明者らは、ＤＳＳ誘導性マウス大腸炎の急性モデル（図５Ａ）が、上皮損傷及び修復の十分に文書化されたモデルであるため、このモデルにおけるＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１の治療有効性を試験した。ＤＳＳ治療は、ビヒクル対照と比較して有意な疾患活性をもたらした。体重の顕著な低減が認められ（図５Ｂ）、これは大腸炎の正確かつ信頼できる指標であることが示されている（Ｂｒｉｔｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。予想通り、プレドニゾンは、ＤＳＳ誘導性体重減少を悪化させたが（Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、ＤＳＳ誘導性体重減少は、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１又はＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５による治療によって改善した（図５Ｂ）。

【0561】

ＤＳＳ治療マウスの組織学的分析は、クリプト喪失、上皮びらん及び潰瘍化を特徴とする顕著な腸損傷を明らかにした。特に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療は、組織病理学的治癒（図５Ｄ）及び上皮損傷（図５Ｅ）の改善によって証明されるように、クリプト再形成及び再上皮化（図５Ｃ）を特徴とする病理学の顕著な改善をもたらした。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療はまた、ビヒクル治療対照と比較して、杯細胞及び上皮内リンパ球の顕著な増加をもたらした（図５Ｆ～Ｇ）。予想通り、プレドニゾンはまた、疾患病理学の顕著な改善をもたらした。

【0562】

ＩＬ－２３－Ｔｈ１７細胞免疫軸は、ＩＢＤの病因の中心であり、検証された治療標的である（Ｍａｒｔｉｎ，ｅｔ ａｌ．，２０１７）。腸障壁機能のＤＳＳモデルは、Ｔｈ１分極免疫によって主に裏打ちされるため（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５）、マウスＳＫＧモデルにおけるＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１の治療有効性も試験した（図５Ｈ）。ＳＫＧマウスは、ＺＡＰ－７０遺伝子の変異を有し、ＩＬ－２３駆動性クローン病様回腸炎を、カードラン治療による疾患開始後に発症する（図４Ｉ、（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９））。ビヒクル治療されたマウスの組織学的分析は、カードラン治療の７日後に炎症性細胞の浸潤及び肉芽腫形成を特徴とする顕著な腸損傷を明らかにした。予想通り、抗ＩＬ－２３モノクローナル抗体による治療は、組織学的損傷の顕著な低減をもたらした。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療はまた、組織病理学的スコアの改善によって証明されるように、病理学の顕著な改善をもたらした（図５Ｉ）。同様に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１による治療はまた、ＩＬ－２３、ＩＬ－１２（ＩＬ－１２ｐ７０）、ＩＬ－６及びＧＭ－ＣＳＦを含む、疾患の発症機序の中心となるサイトカインの産生の顕著な低減をもたらした（図５Ｊ～Ｍ）。

【0563】

まとめると、これらのデータにより、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１は、ナイーブマウス、ＤＳＳ治療されたマウス又はＳＫＧマウスにおいていかなる悪影響も引き起こさず、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１は、ＤＳＳ治療マウス及びＳＫＧマウスにおいて腸障壁機能を増強し、粘膜治癒を促進することが明らかにされた。

【0564】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは、インビトロでＳＴＡＴ３活性化を抑制する。
ＤＳＳ治療動物において観察された組織学的炎症及び再上皮化に対する劇的な影響を考慮して、本発明者らは、次に、Ａ．ｓｈａｈｉｉがＩＢＤ関連免疫経路を調節する能力を調べた。ＩＬ－２３駆動性免疫応答はＩＢＤの病因の中心であり、臨床的に認識された標的である（Ｆｒｉｅｄｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。したがって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１がＳＴＡＴ３のＩＬ－２３媒介活性化を抑制する能力を、ＨＥＫ－ＢＬＵＥ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用して調べた。ＨＥＫ－ＢＬＵＥ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株は、ＩＬ－２３刺激に応答するＳＴＡＴ３誘導性ＳＥＡＰレポーターを有する。予想されるように、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化は、トファシチニブによって予防することができた（図５Ａ）。驚くべきことに、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３及びＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６（それぞれＡｓ＿ｖ１、ＰＹＧ及びＴＹ培地中で増殖）から調製された無細胞培養上清及び＜３ｋＤａの濾過分画は、ＳＥＡＰレポーター活性を抑制した（図６Ａ～Ｃ）。Ａ．ｓｈａｈｉｉ培養上清による治療後に細胞毒性効果は観察されなかった。さらに、サイズ分画及び熱処理によるＣＳの生化学的特徴を分析した。このアプローチにより、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１＜３ｋＤａ画分のＳＴＡＴ３抑制活性は、熱処理による影響を受けないことが判明した（図６Ｄ）。

【0565】

最後に、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化に対する増殖培地依存性効果の影響を分析した。ＰＹＧ培地で増殖させた株から調製したＣＳは、強力なＳＴＡＴ３抑制活性を示した。興味深いことに、株をＷｉｌｋｉｎｓ－Ｃｈａｌｇｒｅｎブロス又はＭＣＭ中で増殖させた場合、ＳＴＡＴ３抑制活性は認められなかった（図６Ｅ）。これは、以前の報告（例えば、Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｓｃｈｒｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１９）と一致しており、免疫調節活性Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１が栄養因子によって影響されることを示唆している。

【0566】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは、ＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する。
炎症促進性サイトカインＩＬ－６のレベルの上昇及びその受容体ＩＬ－６Ｒを介したシグナル伝達は、ＩＢＤの病因と関連している。特に、ＩＬ－６は、免疫細胞に対するその炎症促進効果及び抗アポトーシス効果に起因して、腸内の慢性炎症に寄与する。これらの効果は、ＭＡＰＫ／ＥＲＫ及び他の下流キナーゼの活性化と組み合わせてＪＡＫキナーゼ活性化及びＳＴＡＴ３二量体化を引き起こすＩＬ－６受容体結合によって媒介される。ここで、発明者らは、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２及びＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３が、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－６レポーター細胞株を使用してＳＴＡＴ３のＩＬ－６媒介活性を抑制することができるかどうかを調べた。ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－６レポーター細胞株は、ヒトＩＬ－６受容体を構成的に発現し、ＩＬ－６の受容体への結合は、ＳＴＡＴ３応答性ＳＥＡＰレポーターの発現を引き起こす。トファシチニブを対照として使用し、予想通り、ＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化は、トファシチニブによって完全に予防された（図６Ｆ）。これらのデータは、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２及びＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－３生培養上清及びその＜３ｋＤａ濾過画分が、ＳＥＡＰレポーター活性を顕著に抑制することを明確に示す。ＡＴＰアッセイを使用して評価すると、ＨＥＫ細胞生存率に中程度の影響（培地対照と比較しておよそ１７％低減（範囲１４～２１％低減））が認められた。

【0567】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは、ヒト腸上皮細胞の遊走を促進する。
ＩＢＤでは、消化管障壁の損傷が一般的に発生する。腸上皮細胞の急速な遊走は、恒常性を再確立するための創傷治癒プロセスの重要な構成要素である。Ａ．ｓｈａｈｉｉに由来する生体活性物質が腸上皮細胞の運動性に影響を及ぼすことができるかどうかを調べるために、ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）遊走アッセイを用いた。ＨＣＴ１１６細胞をＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）チャンバ内に頂端播種し、Ａ．ｓｈａｈｉｉ抽出物がチャンバの基底外側への遊走を促進する能力を評価した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１は、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物対照と比較して、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への遊走を顕著に促進した（図７Ａ）。Ａ．ｓｈａｈｉｉの遊走促進作用は、ＩｎｃｕＣｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを使用してさらに確認された。スクラッチ創傷の誘導後９０時間で、ＨＣＴ１１６細胞は、ＴＹＧ－Ｍ培地抽出物対照で処理した対照細胞と比較して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１からの抽出物の存在下での創傷閉鎖の加速速度を示した（図７Ｂ）。

【0568】

Ａ．ｓｈａｈｉｉは、効果的な腸障壁完全性をサポートする。
腸上皮細胞は、宿主組織を腸内微生物及び管腔内容物から分離する物理的及び生化学的障壁を形成する（Ｐｅｔｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。腸障壁機能の障害は、ＩＢＤ（Ｖａｎｕｙｔｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０２１）を含むいくつかの疾患の病因に関係しており、疾患の転帰を改善するための治療標的として提案されている（Ｓｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０２１）。腸上皮細胞障壁の完全性は、経上皮電気抵抗（ＴＥＥＲ）と呼ばれる簡単な非侵襲的方法を用いて評価することができる。ＴＥＥＲアッセイでは、電流が上皮細胞層を横切って印加され、抵抗が測定される。ＴＥＥＲ値の低下は、障壁の低下を示している。Ａ．ｓｈａｈｉｉが障壁機能を調節する能力を評価するために、障壁完全性がＩＦＮ－γで破壊される前及び後に、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１培養上清とともに、又はそれなしで培養したＴ８４腸上皮細胞単層中でＴＥＥＲを監視した。ＩＦＮ－γとの４８時間のインキュベーションの後、Ｔ８４細胞においてＴＥＥＲの９０％の低下が観察され、障壁透過性の増加を示した（図７Ｃ、Ｅ）。Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１培養上清による処理は、このＴＥＥＲの低下を予防することができなかった。しかしながら、破壊因子を除去した後、細菌培地ＰＹＧ単独で処理した細胞と比較して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１培養上清の存在下でＴ８４細胞において、障壁完全性のより速い回復を示すＴＥＥＲのより速い増加が観察された（図７Ｃ、Ｅ）。ＩＦＮ－γを除去した１週間後、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１処理細胞のＴＥＥＲは、ＩＦＮγ処理を受けたことがない細胞に相当したが、細菌培地のみで処理した細胞では、依然として約６０％低減したＴＥＥＲを示した（図７Ｄ、Ｆ）。

【0569】

本発明者らは、Ａ．ｓｈａｈｉｉが治療効果に寄与する代謝物を産生するという認識に至った。ＰＹＧ培地対照と比較して２倍以上増加した無細胞培養上清中の３４種類の代謝物（レベル１又は２ａに分類）を特定した（表４）。これらには、とりわけ、炎症、免疫細胞浸潤、酸化ストレス及び障壁機能を調節することが以前に示された代謝物（例えば、ウロカン酸、アロプリノール、Ｎ－アセチル－システイン、オルニチン、及びプロピオニルカルニチン）が含まれた（Ａｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，２０１０、Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０２０、Ｓｈｉｒａｚｉ ｅｔ ａｌ．，２０２１、Ｙｏｕ ｅｔ ａｌ．，２００９、Ｑｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９、及びＳｃｉｏｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４を参照）。

【表5-1】

【表5-2】

【0570】

材料と方法
細菌株、培養条件及び分析。
糞便試料を、胃腸障害の病歴のない健康なヒト成人から採取し、容量当たり等しい重量の無菌酸素遊離グリセロール溶液と混合した（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）。供血者は糞便試料採取の３ヵ月前に抗生物質を摂取していなかった。Ａ．ｓｈａｈｉｉ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを、無酸素雰囲気（８５％ Ｎ_２：１０％ ＣＯ_２：５％ Ｈ_２）雰囲気のＣｏｙビニル嫌気性チャンバで日常的に処理した。Ａ．ｓｈａｈｉｉをＡｓ＿ｖ１又はＰＹＧ培地中で日常的に培養し、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉをＴＹ培地中で培養した。全単離株を、３ｍＬの活発に増殖している培養物を等量のグリセロール溶液と混合し（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）、－８０℃で保存することによって貯蔵した。

【0571】

Ａ．ｓｈａｈｉｉの単離。
Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－１は、Ａ．ｓｈａｈｉｉが０．２４％の相対存在量で存在するドナー糞便試料をＭ４ブロスに接種することによって産生された。その後、濃縮培養物をＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ胆汁エスクリン寒天上に配置し、その後の増殖コロニーをＳｃｈａｅｄｌｅｒブロスに採取した。このアプローチにより、単離株を特定し、全ゲノム配列決定後にＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１と称した。Ａ．ｓｈａｈｉｉ株ＭＨ２１－２及びＭＨ２１－３は、１．１６％の相対存在量でＡ．ｓｈａｈｉｉを有するドナー糞便試料から産生された。簡潔に述べると、ドナー糞便試料から調製した７×１０^６細胞／ｍｌの微生物細胞懸濁液１００μｌを洗浄し、次いで、嫌気性緩衝希釈液（各３８ｍｌ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）、１ｍｌ．Ｌ^－１の０．１％（ｗ／ｖ）レサズリン溶液、１ｇ／ＬのＬ－システイン）中で１０倍希釈した。製造業者の指示（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）にしたがって、細胞をＳｙｔｏ－９及びヨウ化プロピジウムで染色し、次いで、１００細胞／ｍｌに段階希釈した。微生物細胞は、Ｎａｍｏｃｅｌｌ Ｈａｎａ単一細胞ディスペンサーを使用して（ゲーティングパラメータは次のように設定された：ＦＳＣＬ＝２０、ＳＳＣＬは開放したまま、ＦＩＴＣＬ＝５）、１０％ ｖ／ｖの糞便水を補充したＭ２ＧＳＣ培地を含む９６ウェルプレートに分注した。Ａ．ｓｈａｈｉｉを９０％含む濃縮物を特定し、その後、Ａｓ＿ｖ１培地上でストリーキングした。その後、異なる形態を有する別個のコロニーを、Ａｓ＿ｖ１培地上で繰り返しストリーキングすることによって精製した。このアプローチにより、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－２及びＭＨ２１－３と呼ばれる２つの単離株を、全ゲノム配列決定によって特定した。

【0572】

Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６を単離するために、１ｍＬの糞便ストック試料をさらに３ｍＬの３０％グリセロール溶液と混合し、約３．５ｍｍのガラスビーズ（Ｄａｉｎｔｒｅｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で２分間ボルテックスして、糞便デブリから細菌を解離した。解離した細菌のアリコートを、必要に応じて後で処理するために－８０℃で貯蔵した。細菌細胞を、製造業者の指示にしたがって、１００μｍのノズル及び小粒子検出器を有するＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ（商標）融合フローサイトメーターを使用して選別した。システムを２０ｐｓｉで加圧し、０．２μｍの濾過ＰＢＳを使用して閾値が設定された散乱で事象を引き起こし、ノイズフロアからのいくつかの事象を可能にした。細菌細胞を選別するために、アリコートを４０μｍフィルターを通して濾過し、その後、０．２μｍ濾過嫌気性緩衝希釈液（すなわち、各３８ｍｌ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）を使用して、濾液の１０～３希釈液を調製した。希釈した濾液を流して希釈を決定し、毎秒５００～１２００事象をもたらした。標的を散乱でゲーティングし、二重項を除外した（ゲーティング戦略を図７Ｇに示す）。単一細胞をＴＹ寒天プレート上に沈着させ、３７℃で最長３週間インキュベートした。ＴＹブロス中での増殖後、全ゲノム配列決定によって単離株を特定した。このアプローチによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉに属する単離株を暫定的に特定した。単離株を、ＴＹ寒天上に単一コロニーを繰り返しストリーキングすることによって精製した。最終精製単離株をグリセロール貯蔵し、全ゲノム配列決定のために提出し、このアプローチによって、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６と呼ばれる単離株を産生した。

【0573】

代謝的再構成。
タンパク質コード配列を予測し、富化Ｍ（バージョン０．５．２）の注釈関数を用いて注釈を付けた。簡単に説明すると、富化Ｍは、－ｐメタモードでプロジガル（バージョン２．６．３）を使用してタンパク質コード配列を特定する。次に、ＤＩＡＭＯＮＤ（バージョン２．０．４）を用いてＵｎｉＲｅｆ１００データベース（２０２０年１１月ダウンロード）に対してアミノ酸配列を検索し、Ｅ．Ｃ．，ＴＣＤＢ及びｅｇｇｎｏｇ分類をＵｎｉＲｅｆで配布されたｉｄｍａｐｐｉｎｇファイルから継承した。Ｐｆａｍ（リリース３３．０）、ｔｉｇｒｆａｍ（リリース１５．０）、及びｄｂｃａｎ２（ダウンロード２０１９年９月）に対するＨｍｍｅｒ ｈｍｍｓｅａｒｃｈ（バージョン３．１ｂ２）を用いて、それぞれ機能ドメイン、主要代謝マーカー、及び炭水化物活性化（ＣＡＺｙ）酵素を注釈した。代謝経路は、手動で定義された代謝経路の定義に対して注釈とそのゲノム位置を評価する富化Ｍにおける分類機能を用いて特定した。ある経路は、必要なタンパク質の８０％以上をコードし、必要なすべてのシンテニーチェックを通過する場合、ゲノム中に存在すると考えられる。その後、これらの自動的に予測された経路を手動で評価した。さらに、ｇｕｔＳＭＡＳＨ（バージョン１．０．０）を腸内微生物によってコードされる共通の生合成経路を特定するために適用した。

【0574】

系統樹
ゲノムツリーは、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ属（ＮＣＢＩリリース８９）及び４つのＭＨ２１単離株の中で、ｃｈｅｃｋＭ分析から≧９０％完全かつ≦５％汚染と定義される高品質ゲノムから構築した。各ゲノムについて、ｇｔｄｂｔｋ特定を用いて、各ゲノムから１２２の細菌特異的保存マーカー遺伝子セットを抽出した。これらの遺伝子は、ＨＭＭをプロファイルするように整列させ、ｇｔｄｂｔｋ整列と１つの整列に連結し、そして最大尤度系統樹は、ｇｔｄｂｔｋ推論を用いたＦａｓｔＴｒｅｅ（バージョン２．１．１０）を用いた整列から構築した。１０００回の反復からＧｅｎｏｍｅＴｒｅｅｔｋ（ｖ０．１．６）を用いてノンパラメトリックブートストラップ値を推定した。

【0575】

動物実験のための細菌株の調製。
Ａ．ｓｈａｈｉｉ及びＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ株を、それぞれＡｓ＿ｖ１及びＴＹ培地中で初期固定相まで増殖させた。個々の培養物の細胞密度は、Ｈｅｌｂｅｒ Ｃｏｕｎｔｉｎｇ Ｃｈａｍｂｅｒを用いて計算した。細菌強制経口投与溶液を調製するために、個々の培養物を、５，０００ｇの滅菌重鉱油層下で１０分間遠心分離し、次いで、無細胞上清を捨てた。細胞ペレットを、１．５ｍＬの滅菌嫌気性緩衝希釈剤（各３８ｍＬ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）、１ｍＬ／Ｌの０．１％（ｗ／ｖ）レサズリン溶液、１ｇ／Ｌ－システイン）中で洗浄し、次いで、再度遠心分離した。最後に、洗浄した細胞ペレットを、ハーフ強度グリセロール溶液（無酸素緩衝希釈液中の１５％ｖ／ｖグリセロール溶液）に再懸濁し、最終濃度１×１０^９細胞／ｍＬにし、必要になるまでアリコートし、－８０℃で凍結した。細胞調製物の生存性は、単一アリコートを解凍し、寒天プレート上でストリーキングすることによって確認した。全ゲノム配列決定により、個々の株調製物の同一性及び純度を確認した。

【0576】

ＤＳＳ誘発腸障壁機能障害の急性モデル。
動物資源センター（オーストラリア西部）から購入した６週齢のＣ５７ＢＬ／６雌マウスを無作為化し、実験前７日間共飼育した。腸障壁機能障害を誘発するために、マウスに３％ＤＳＳを飲料水中で６日間自由摂取させた。ナイーブ同齢対照マウスを処理し、ＤＳＳを含まない飲料水を与えた。すべての処理は、ＤＳＳの供給の１日前に開始し、すべてのマウスは最終ＤＳＳ処理の２日後に犠牲にした。処理のために、マウスをイソフルオランで麻酔し、２００μｌの細菌調製物又はビヒクル対照で経口強制経口投与した。プレドニゾン（２ｍｇ／ｋｇ）を腹腔内注射による麻酔後に投与した。体重及び便の硬さを毎日記録した。糞便試料を毎日採取した。屠殺後、結腸、肝臓及び脾臓を分析のために採取した。心穿刺にて採血した。

【0577】

内視鏡的及び組織学的スコアリング。
動物を小動物消化管内視鏡（Ｋａｒｌ Ｓｔｏｒｚ Ｅｎｄｏｓｋｏｐｅ，Ｔｕｔｔｌｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて１、２、６日目に検査し、結腸粘膜炎症の程度を評価した（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５；ａｎｄ Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。簡単に説明すると、マウスをイソフルランで麻酔し、結腸鏡を直腸から挿入した。高解像度ビデオで撮影した画像を盲検下で検査し、病変の有無及び範囲を評価した（表５）。組織学的スコアリングは、本質的に、当該分野において既に記載された通りに実施された（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。簡単に説明すると、試料を４％ホルマリン中で固定し、パラフィン包埋し、切片化した。組織切片をヘマトキシリン及びエオシン染色して疾患病理を評価し、アルシアンブルー染色してムチン産生を評価した。スライドを、Ａｐｅｒｉｏデジタルイメージングシステム（Ｌｅｉｃａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｕβｌｏｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてイメージングした。大腸炎の重症度をグレード化するために、組織切片における炎症及び上皮損傷の程度を、確立されたスコアリングシステムを用いて半定量的にグレード化した（表６）。その後、試料を無作為化し、訓練を受けた消化管病理医が盲検下でスコア化した。

【表6】

【表7】

【0578】

マウス回腸炎のＳＫＧモデル。
５週齢のＳＫＧ雌マウス（ｎ＝３匹の雄；ｎ＝３匹の雌）を無作為化し、次いで、実験前に３週間、ともに飼育した。疾患を誘導するために、マウスにカードラン（１，３－β－グルカン、１マウス当たり３ｍｇ）を腹腔内（ｉ．ｐ．）投与した。ナイーブ同齢対照マウスは、生理食塩水をｉ．ｐ．投与したことを除いて同様に処理した。すべての治療は、カードランの投与前に開始し、すべてのマウスはカードラン治療の７日後に屠殺した。細菌治療のために、マウスに、２００μｌの細菌調製物又はビヒクル対照を、カードラン投与の２日前に開始して経口強制経口投与した。抗マウスＩＬ－２３ ｐ１９モノクローナル抗体（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ、１マウス当たり３０μｇ）を、カードラン投与の１日前に、ｉ．ｐ．注射によって投与した。糞便試料を毎日採取した。体重を、－２日目、０日目及び７日目に測定した。屠殺後、分析のために結腸、遠位小腸、腸間膜リンパ節及び脾臓を採取した。心穿刺にて採血した。

【0579】

臨床的及び組織学的スコアリング。
組織学的スコアリングは、本質的に、Ｂｅｎｈａｍ ｅｔ ａｌ．，（２０１４）によって記載されているように実施した。簡単に説明すると、試料を４％ホルマリン中で固定し、パラフィン包埋し、切片化した。組織切片をヘマトキシリン及びエオシン染色して疾患病理を評価し、杯細胞評価のためにアルシアンブルーで染色した。スライドは、Ｏｌｙｍｐｕｓ ＶＳ１２０スライドスキャナー（Ｏｌｙｍｐｕｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｔｏｋｙｏ，Ｊａｐａｎ）を使用して画像化した。回腸炎の重症度をグレード化するために、組織切片における炎症及び上皮損傷の程度を、確立されたスコアリングシステムを用いて半定量的にグレード化した（表７を参照、Ｂｅｎｈａｍ ｅｔ ａｌ．，（２０１４））。次いで、試料を無作為化し、その後、訓練を受けた独立病理医が盲検下でスコアリングした。

【0580】

血清中に存在するサイトカインを特徴付けるために、マウスをＣＯ_２窒息によって安楽死させ、その後、心臓出血によって血液を採取し、遠心分離によって血清を単離した。血清試料を－８０℃で貯蔵した。これらの血清試料をその後解凍し、ＬＥＧＥＮＤｐｌｅｘマウス炎症パネル（１３－ｐｌｅｘ）（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、カタログ７４０４４６）で使用して、サイトカイン産生への影響（ＩＬ－２３、ＩＬ－１α、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、ＭＣＰ－１、ＩＬ－１２ｐ７０、ＩＬ－１β、ＩＬ－１０、ＩＬ－６、ＩＬ－２７、ＩＬ－１７Ａ、ＩＦＮ－β、ＧＭ－ＣＳＦ）を判定した。血清試料を２倍に希釈し、次いで、特定の分析物に対する抗体にコンジュゲートした捕獲ビーズとともにインキュベートした。洗浄後、ビオチン化検出抗体混合物を添加して、「捕獲ビーズ－分析物－検出抗体」サンドイッチを作製する。ストレプトアビジン－フィコエリトリン（ＳＡ－ＰＥ）を加えて、ビオチン化検出抗体に結合させる。最終洗浄後、混合物をフローサイトメトリーにより分析し、ここで、ビーズは、サイズ及び内部蛍光強度によって識別される。サイトカイン濃度は、ＰＥ蛍光により決定し、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄのＬＥＧＥＮＤｐｌｅｘデータ分析ソフトウェアを用いて、既知のサイトカイン濃度の標準曲線と比較する。ビーズの独特のサイズ及び蛍光特性により、１３のサイトカインの同時測定が可能となる。

【表8】

【0581】

ＳＴＡＴ３抑制活性の特性評価。
Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１及びＭＨ２１－３のＳＴＡＴ３抑制活性を評価するために、３つの独立したコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。次いで、各々の種培養ブロスを用いて、３つの生物学的複製物から６つの技術的反復を生成する２つの技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、前述のように、無細胞培養上清を回収した（Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。培養上清を、製造業者（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の指示に従って、３ｋＤａのＣＥＮＴＲＩＣＯＮ（登録商標）カラムに通すことによってサイズ分画した。アッセイのためにＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－６上清試料を調製するために、単一のコロニーから種培養を確立し、初期固定相まで増殖させた。次いで、種培養ブロスを使用して、２つの技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、前述のように、無細胞培養上清を回収した（Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。培養上清を、製造業者（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の指示に従って、３ｋＤａのＣＥＮＴＲＩＣＯＮ（登録商標）カラムに通すことによってサイズ分画した。

【0582】

ＳＴＡＴ３活性は、ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３細胞株（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を用いて評価した。簡単に説明すると、アッセイ開始の２４時間前に、１ウェル当たり５０，０００個の細胞を９６ウェルプレートに３回播種した。細菌上清又は滅菌細菌培地を、最終濃度１０％、２５％又は５０％ｖ／ｖで、組換えヒトＩＬ－２３（ｒｈＩＬ－２３、Ｒ＆Ｄシステム）と５ｎｇ／ｍＬで混合した。次いで、この混合物を細胞に直接添加し、３７℃で６時間インキュベートした。ＳＴＡＴ３活性化を抑制する上清の能力を、Ｊａｎｕｓキナーゼ阻害剤トファシチニブ（１０μＭ）と比較した。ＳＴＡＴ３が調節するＳＥＡＰレポーター活性は、製造業者（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）が推奨するＱｕａｎｔｉ Ｂｌｕｅ溶液を用いて評価した。結果は、少なくとも３つの独立した実験の平均値である。細胞毒性は、ＭＴＴアッセイを用いて評価した。簡単に説明すると、ＭＴＴ試薬を、最終濃度１．２ｍＭで細胞に添加した。細胞を３７℃で４時間インキュベートし、次いでＤＭＳＯで固定した。細胞毒性は、製造業者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により推奨されているように、５４０ｎｍで吸光度を測定することにより評価した。

【0583】

ＳＴＡＴ３活性は、ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－６細胞株（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を用いて評価した。簡単に説明すると、アッセイ開始の２４時間前に、１ウェル当たり５０，０００個の細胞を９６ウェルプレートに３回播種した。細菌上清又は滅菌細菌培地を、６０分間の前処理のために１０％ ｖ／ｖの最終濃度で細胞に添加した。次いで、組換えヒトＩＬ６（Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ）を２ｎｇ／ｍＬの最終濃度で添加し、細胞を３７℃で２４時間インキュベートした。上清がＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する能力を、Ｊａｎｕｓキナーゼ阻害剤トファシチニブ（１０μＭ）と比較した。２４時間後、ＳＴＡＴ３調節ＳＥＡＰレポーター活性を、製造業者（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）によって推奨されるようにＱｕａｎｔｉ Ｂｌｕｅ溶液を使用して評価した。結果は、３つの独立した実験の平均値である。細胞毒性を、製造業者によって推奨されるようにＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）２．０細胞生存率アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）を使用し評価した。

【0584】

細胞遊走アッセイ。
ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）生細胞イメージングシステム（Ｅｓｓｅｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）及びＴｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを使用して、Ａ．ｓｈａｈｉｉ由来の滅菌培養上清抽出物への曝露中のＨＣＴ１１６細胞の遊走を評価した。これらの細菌抽出物は、Ｃｏｌｏｓｉｍｏ ｅｔ ａｌ．，（２０１９）によって以前に記載されているように、本質的にＡｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を使用して調製した。簡単に説明すると、単一のコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。この「種培養」ブロスを使用して６００ｍｌのブロスを接種し、培養物を初期固定相までインキュベートした。培養上清を、４０００ｇで３０分間遠心分離し、次いで、製造業者の指示（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ Ｖｉｖａｆｌｏｗ（登録商標）５０限外濾過ユニット３ｋＤａ ＭＷＣＯ ＰＥＳ）にしたがって、無細胞上清を３ｋＤａのフィルターに通すことによって調製した。活性化Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を、４００ｍＬの３ｋＤａ濾過した無細胞上清（１０％ ｗ／ｖ）に添加し、スラリーを４℃で一晩穏やかに振盪した。樹脂を採取し、４００ｍＬの脱イオン水で洗浄し、次いで、１２０ｍＬの１００％メタノールと混合した。穏やかに振盪しながら２時間インキュベーションした後、メタノール溶出物を採取した。前述のように、１２０ｍＬの１００％メタノール中の第２の溶出を行い、２つの溶出を最終的に組み合わせ、回転式蒸発器を使用して真空下で乾燥させた。抽出物を１００％ ＤＭＳＯ（以後１０００Ｘと称する）中で完全に再懸濁し、－２０℃で貯蔵した。

【0585】

ヒトＨＣＴ１１６腸上皮細胞を、１０％ ＦＢＳ及び１％ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐを補充したＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中に維持した。ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）スクラッチ創傷アッセイの場合、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、ポリ－Ｌ－オルニチンコーティングしたＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＩｍａｇｅＬｏｃｋ ９６ウェルプレート（Ｅｓｓｅｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）にプレーティングした。２４時間後、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＷｏｕｎｄＭａｋｅｒツールを使用して、ほぼコンフルエントな細胞単層に均一なスクラッチ創傷を誘導した。細胞をＤＰＢＳで２回洗浄し、次いで、２００μＬの０．５％ ＦＢＳ ＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中のＡ．ｓｈａｈｉｉからの０．６倍抽出物を添加した。未接種の細菌培地（１％）が、陰性対照の役割を果たした。刺激剤を添加した直後に、プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）システムに移し、９０時間にわたって２時間ごとに各ウェルをイメージングすることによって、細胞遊走を監視した。統合分析ソフトウェアを使用して、データ分析を実施した。

【0586】

ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）アッセイを介して細胞遊走を評価するために、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、２４ウェルプレート（８μｍの孔径、Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ）中のＴＣ処理ポリカーボネート膜を有する６．５ｍｍインサートの上部コンパートメント内の１００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地に播種した。６００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地を、下部コンパートメントに添加した。細胞を２４時間沈降させた。ＤＰＢＳ洗浄後、１００μＬ及び６００μＬの０．５％ ＦＢＳ培地を、それぞれ、上部コンパートメント及び下部コンパートメントに添加した。次いで、Ａ．ｓｈａｈｉｉからの１倍濃縮抽出物を、下部コンパートメントに添加した。１６時間後、細胞をＤＰＢＳで洗浄し、膜の上部に取り付けられた細胞を綿棒で慎重に除去した。次いで、膜の底部上の遊走細胞を、７０％エタノール中で１０分間固定し、続いて０．２５％結晶バイオレット中で５分間染色した。ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）インサートを水で洗浄し、乾燥させ、ガラススライド上の水中の５０％グリセロールとともに膜を載置し、直ちにイメージングした。ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）実験を、生物学的及び技術的三重複で実施し、各複製物について、膜の２つの代表的な画像を１０倍の倍率で撮影した。遊走細胞の数を、ＩｍａｇｅＪを使用して自動的にカウントし、平均細胞数を表示した。細胞遊走の程度を、３つの生物学的複製物及び３つの技術的反復からのウェル当たり２つの顕微鏡視野における遊走細胞の平均数として表した。

【0587】

ＴＥＥＲ（Ｔｒａｎｓ－Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ Ｅｌｅｃｔｒｉｃａｌ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）を用いた上皮バリア完全性アッセイ。
Ａ．ｓｈａｈｉｉが障壁完全性を調節する能力を、Ｔ８４腸上皮細胞のコンフルエントな単層を横切る経上皮電気抵抗を測定することによって評価した。Ｔ８４細胞をＣｅｌｌＢａｎｋ Ａｕｓｔｒａｌｉａから購入し、５％ウシ胎児血清及び１％ペニシリン－ストレプトマイシンを補充したダルベッコ変法イーグル培地混合物１２（ＤＭＥＭ／Ｆ１２；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中で培養した。Ｔ８４細胞を、４００μＬの温かいＴ８４培地中でウェル当たり６０．０００細胞の密度で０．４μｍの孔径を有する２４ウェルＭｉｌｌｉｃｅｌｌポリカーボネート細胞培養インサート（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＰＳＨＴ０１０Ｒ５）に播種し、２４ｍＬの培地を単一ウェルフィーダートレイに添加した。両コンパートメントの培地交換を２日ごとに行った。培養７日後、細胞培養インサートを有するプレートアセンブリの上部をフィーダートレイから２４ウェルレシーバートレイ（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ＰＳＭＷ０１０Ｒ５）に移し、各ウェルに８００μＬ培地を含有させた。次に、各ウェルのＴＥＥＲ値を、Ｍｉｌｌｉｃｅｌｌ ＥＲＳ－２ボルトメータを用いて毎日測定した。実験は、すべてのウェルの細胞が１５００Ωを超える安定したＴＥＥＲ値に達した時点で開始した。トファシチニブ（７５μＭ）を、障壁機能の回復を加速することが知られている対照として使用した（Ｓａｙｏｃ－Ｂｅｃｅｒｒａ ｅｔ ａｌ．，２０２０）。予防モデルにおいて、Ｔ８４細胞を、３ＫＤａ濾過ＭＨ２１細菌上清及び３ＫＤａ濾過細菌培地（ＰＹＧ）を陰性対照として用いて前処理した。両方を、Ｔ８４培地中で１０％に希釈し、頂端コンパートメントに添加した。前処理の１時間後、Ａ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１上清による頂端処理に加えて、障壁完全性を破壊するために、ＩＦＮ－γ（５０ｎｇ／ｍＬ）を基底外側に添加した。４８時間後、すべてのウェルを温かいＰＢＳで十分に洗浄し、破壊因子ＩＦＮ－γを除去した。以後、頂端チャンバにおけるＡ．ｓｈａｈｉｉ ＭＨ２１－１上清及び対照処理、並びに基底外側チャンバにおけるＴ８４培地を２４時間ごとに更新し、ＴＥＥＲ値を毎日重複して測定した。２つの生物学的複製物から反復測定で得られたデータは、各々、原ＴＥＥＲ値（Ω）として又は未処理Ｔ８４細胞と比較したＴＥＥＲ値のパーセンテージ差として提示された。統計的有意性は対応のないｔ検定によって決定した。

【0588】

Ａ．ｓｈａｈｉｉのメタボロミック分析
Ａ．ｓｈａｈｉｉによって産生された代謝物を評価するために、６つの独立したコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。次いで、各種培養ブロスを用いて、６つの生物学的複製物から１２の技術的反復を生成するＹＧ／Ｖの２技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、無細胞培養上清を、嫌気性チャンバ中で１２，５５０ｇで３分間遠心分離した後に回収した。培養上清をドライアイス上でスナップ凍結させ、試験まで－８０℃で貯蔵した。

【0589】

試料分析は、以下のようにＭＳ－Ｏｍｉｃｓ（デンマーク）によって実施された。Ｔｈｅｒｍｏ Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ ＨＦ ＭＳに結合したＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｖａｎｑｕｉｓｈ ＬＣを使用して分析を実施した。エレクトロスプレーイオン化界面を、イオン化源として使用した。分析は負及び正イオン化モードで行った。ＵＰＬＣは、Ｃａｔａｌｉｎら（ＵＰＬＣ／ＭＳ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｏｆ Ｗａｔｅｒ－Ｓｏｌｕｂｌｅ Ｖｉｔａｍｉｎ Ｂｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｍｅｄｉａ ｉｎ Ｍｉｎｕｔｅｓ，Ｗａｔｅｒ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｎｏｔｅ ２０１１，７２０００４０４２ｅｎ）によって記載されたプロトコールのわずかに改変されたバージョンを用いて実施した。化合物検出器３．１（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いてピーク面積を抽出した。化合物の特定を４つのレベルで行った。レベル１：保持時間による特定（自社の標準品と比較）、正確な質量（容認された偏差３ｐｐｍ）、及びＭＳ／ＭＳスペクトル、レベル２ａ：保持時間による特定（自社の標準品と比較）、正確な質量（容認された偏差３ｐｐｍ）。レベル２ｂ：正確な質量による特定（容認された偏差３ｐｐｍ）、ＭＳ／ＭＳスペクトル、レベル３：正確な質量のみによる特定（容認された偏差３ｐｐｍ）。

【0590】

実施例２
Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘと健康、ＩＢＤ及び他の疾患との関連。
炎症性腸疾患は、健常腸と比較した場合、ＩＢＤ腸における特定の腸内細菌の有病率及び存在量の両方が有意に減少するミクロソームの構造－機能変化によって特徴付けられる。いくつかの研究により、これらの細菌がＩＢＤの病因を調節する可能性があることが示されているが（Ｍａｌｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１；ａｎｄ Ｓｏｋｏｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）、これらの細菌を用いて新しい治療法を開発する上での主要な障害は、低解像度１６Ｓ ｒＲＮＡに基づくプロファイリングが、低い分類学的レベル（すなわち、属、種、株）で健常及びＩＢＤ関連株を正確に識別するのに十分な解像度を提供しないことである。

【0591】

発明者らは、６，０２０人の成人の高解像度の糞便腸メタゲノムデータ及び関連する宿主メタデータを含むＭｉｃｒｏｂａ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＤＤ）を使用して、炎症性及び自己免疫疾患におけるＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種の有病率を研究した。メタゲノム配列リードは、Ｍｉｃｒｏｂａ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（ＭＣＰ）を使用して分析した（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０２１）。

【0592】

３つのＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種が、ＭＤＤの２つより多くの個体で検出された：Ｃ．ｓａｎａ、及び未培養種Ｃ．ｓｐ９００３１７５２５及びＣ．ｓｐ００３５２２１０５。

【0593】

本発明者らは、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種が健常なヒトにおいて蔓延しているが、炎症性及び自己免疫疾患においてはめったに検出されないことを見出した（図７Ａ～Ｄ）。ＩＢＤでは、潰瘍性大腸炎及びクローン病の両方の主なサブタイプを含め、最も強い効果が観察された（以下、図８及び表８）。Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属は、健常個体と比較してＩＢＤで顕著に少ない有病率であった（Ｐ＝７．３Ｅ－１７、ＦＤＲ＝８．７７Ｅ－１５）。したがって、３つのＣｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ種（Ｃ．ｓａｎａ、Ｃ．ｓｐ９００３１７５２５、Ｃ．ｓｐ００３５２２１０５）すべてが、健常者と比較して、ＩＢＤで顕著に少ない有病率であった（図８、表８）。ＩＢＤの最も強い低減は、Ｃ．ｓａｎａについて観察された（図８、表８）。これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄ（（Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１８）、図８、表８）によって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された。

【表9】

【0594】

Ｃ．ｓａｎａの単離及びゲノムスケール分析
健康及びＩＢＤの病因におけるＣ．ｓａｎａの役割をよりよく理解するために、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２と呼ばれる２つの新しい単離株を、健常ヒトドナーから単離した。単離は、限界希釈濃縮を生成し、次いで単一のコロニーについてプレーティングすることによって行われた。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２を、ＴＹ及びＰＹＧベースの培地で増殖させ、典型的には、グラム可変染色の長くて薄い桿状細胞として観察されたが（図９Ａ）、古い培養物では細胞形態が顕著により異質であった。ＮＣＢＩ及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２からの高品質ＧｅｎＢａｎｋ及びＲｅｆＳｅｑゲノムを使用したＥＲ４属の系統発生再構築は、Ｃ．ｓａｎａクレード内、いくつかの未培養種の近く（図９Ｂ）、並びにＣＡＧ－８３及びＯｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ属の近くに、高い信頼性で配置された単離株を明らかにした。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２は、アミノ酸発酵槽である可能性が高いが、グルコースを利用することが予測される。アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ロイシン、プロリン及びセリンについて、完全な、又はほぼ完全な生合成経路が特定された。アミノ酸（アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン酸、ヒスチジン、イソロイシン、システイン及びロイシン）の取り込み及び発酵のためのいくつかの経路が特定された。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２単離株の代謝モデリングは、グルコース及びアミノ酸を供給された場合、発酵の一次副産物が酢酸塩及びアンモニアであることを明らかにした。ＡｎｔｉＳｍａｓｈは、公的データベース中のＢＧＣに近い相同性を有しない両方の株においてＲｉＰＰランチペプチドＢＧＣを特定した。

【0595】

Ｃ．ｓａｎａは腸障壁機能を増強する
上記のビッグデータアプローチを使用して、炎症性及び自己免疫疾患（例えば、ＩＢＤ）のための新規の生きたバイオ治療薬候補を特定することができると仮定された。したがって、発明者らは、ＤＳＳ誘導性マウス大腸炎の急性モデル（図１０Ａ）が、上皮損傷及び修復の十分に文書化されたモデルであるため、このモデルにおけるＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２の治療有効性を試験した。ＤＳＳ治療は、ビヒクル対照と比較して有意な疾患活性をもたらした。ＤＳＳ治療マウスの組織学的分析は、クリプト喪失、上皮びらん及び潰瘍化を特徴とする顕著な腸損傷を明らかにした。特に、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５２による治療は、組織病理学的治癒の改善（図１０Ｂ）及び上皮損傷の低減（図１０Ｃ）によって証明されるように、病理学の顕著な改善をもたらした。プレドニゾンもＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５も、組織病理学的治癒又は上皮傷害に顕著な影響を及ぼさなかった（図１０Ｂ～Ｃ）。まとめると、これらのデータにより、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２が、ＤＳＳ治療Ｃ５７Ｂｌ／６マウスにおいて粘膜治癒を促進したことが明らかになった。

【0596】

Ｃ．ｓａｎａはインビトロでＳＴＡＴ３のＩＬ－２３を介した活性化を抑制する
ＤＳＳ治療動物において観察される組織学的炎症及び再上皮化に対する劇的な効果を考慮して、発明者らは、次に、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２がＩＢＤ関連免疫経路を調節する能力を調べた。ＩＬ－２３駆動性免疫応答はＩＢＤの病因の中心であり、臨床的に認識された標的である（Ｆｒｉｅｄｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。本発明者らは、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用して、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２がＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する能力を調べた。ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株は、ＩＬ－２３刺激に応答するＳＴＡＴ３誘導性ＳＥＡＰレポーターを有する。予想されるように、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化は、トファシチニブによって抑制された（図１１Ａ－Ｂ）。ＰＹＧＭ培地で増殖させたＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２から調製した無細胞培養上清は、ＳＥＡＰレポーター活性を抑制した（図１１Ａ～Ｂ）。特に、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２培養上清による処理後、細胞形態の変化は観察されず、上清が毒性でないことを示唆した。

【0597】

Ｃ．ｓａｎａはＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する。
炎症促進性サイトカインＩＬ－６のレベルの上昇及びその受容体ＩＬ－６Ｒを介したシグナル伝達は、ＩＢＤの病因と関連している。特に、ＩＬ－６は、免疫細胞に対するその炎症促進効果及び抗アポトーシス効果に起因して、腸内の慢性炎症に寄与する。これらの効果は、ＭＡＰＫ／ＥＲＫ及び他の下流キナーゼの活性化と組み合わせてＪＡＫキナーゼ活性化及びＳＴＡＴ３二量体化を引き起こすＩＬ－６受容体結合によって媒介される。ここで、発明者らは、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２が、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－６レポーター細胞株を使用してＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制することができるかどうかを調べた。ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－６レポーター細胞株は、ヒトＩＬ－６受容体を構成的に発現し、ＩＬ－６の受容体への結合は、ＳＴＡＴ３応答性ＳＥＡＰレポーターの発現を引き起こす。トファシチニブを対照として使用し、予想通り、ＩＬ－６を介したＳＴＡＴ３の活性化は、トファシチニブによって完全に予防された（図１２Ａ、Ｂ）。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２生培養上清及びその＜３ｋＤａ濾過画分が、ＳＥＡＰレポーター活性を顕著に抑制することが示された（図１２Ａ、Ｂ）。さらに、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２の両方からの＜３ｋＤａ濾過培養上清アンバーライト抽出物は、ＳＥＡＰレポーター活性をほぼ６５％抑制した（図１２Ｃ）。両方の実験では、ＡＴＰアッセイを使用して評価した場合、ＨＥＫ細胞生存率に最小限の効果（≦９％の低減）が認められた。

【0598】

Ｃ．ｓａｎａはヒト腸上皮細胞遊走を促進する。
ＩＢＤでは、消化管障壁の損傷が一般的に発生する。腸上皮細胞の急速な遊走は、恒常性を再確立するための創傷治癒プロセスの重要な構成要素である。Ｃ．ｓａｎａに由来する生体活性物質が腸上皮細胞の運動性に影響を及ぼすことができるかどうかを調べるために、ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）遊走アッセイを用いた。ＨＣＴ１１６細胞をＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）チャンバ内に頂端播種し、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２抽出物がチャンバの基底外側への遊走を促進する能力を評価した。未処理の細胞は、膜の基底外側への遊走の基礎レベルを有し、これは、ＰＹＧＭ培地による処理によって影響されなかった（図１２Ａ）。Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２は、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への遊走を顕著に促進した（図１３Ａ）。Ｃ．ｓａｎａの遊走促進作用は、ＩｎｃｕＣｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを用いてさらに確認された。スクラッチ創傷の誘導後７２時間以内に、ＨＣＴ１１６細胞は、ＰＹＧＭ培地で処理した対照細胞と比較して、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２からの抽出物の存在下で創傷閉鎖の加速速度を示した（図１３Ｂ、Ｃ）。

【0599】

材料と方法
細菌株、培養条件及び分析。
糞便試料を、胃腸障害の病歴のない健康なヒト成人から採取し、容量当たり等しい重量の無菌酸素遊離グリセロール溶液と混合した（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）。供血者は糞便試料採取の３ヵ月前に抗生物質を摂取していなかった。Ｃ．ｓａｎａ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを、無酸素雰囲気（８５％ Ｎ_２：１０％ ＣＯ_２：５％ Ｈ_２）雰囲気のＣｏｙビニル嫌気性チャンバで日常的に処理した。Ｃ．ｓａｎａは、改変ＰＹＧ培地（ＰＹＧＭ、表１）で日常的に培養したが、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉをＴＹ培地で培養した（表１）。全単離株を、３ｍＬの活発に増殖している培養物を等量のグリセロール溶液と混合し（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）、－８０℃で保存することによって貯蔵した。

【0600】

Ｃ．ｓａｎａの単離。
Ｃ．ｓａｎａが１．２％の相対的存在量で存在するドナーの糞便試料をカスタムブロス（表１）に接種し、次いで段階的に限界希釈することによって、Ｃ．ｓａｎａの単離株を産生した。限界希釈培養シリーズを配列決定し、６．６％の相対的存在量でＣ．ｓａｎａを有する低多様性濃縮培養物を特定し、コロニーを回収し、その後、ＴＹ培地上に配列した。配列した単離株を、種特異的プライマーを使用してＰＣＲによってスクリーニングし、２つの推定Ｃ．ｓａｎａ単離株を特定し、その後精製した。このアプローチにより、長くて薄い桿体細胞形態を有するグラム生存率染色単離株を特定し、全ゲノム配列決定後にＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２と称した。

【0601】

代謝的再構成。
タンパク質コード配列を予測し、富化Ｍ（バージョン０．６．２）の注釈関数を用いて注釈を付けた。簡単に説明すると、富化Ｍは、－ｐメタモードでプロジガル（バージョン２．６．３）を使用してタンパク質コード配列を特定する。次に、ＤＩＡＭＯＮＤ（バージョン２．０．４）を用いてＵｎｉＲｅｆ１００データベース（２０２０年１１月ダウンロード）に対してアミノ酸配列を検索し、Ｅ．Ｃ．，ＴＣＤＢ及びｅｇｇｎｏｇ分類をＵｎｉＲｅｆで配布されたｉｄｍａｐｐｉｎｇファイルから継承した。Ｐｆａｍ（リリース３３．０）、ｔｉｇｒｆａｍ（リリース１５．０）、及びｄｂｃａｎ２（ダウンロード２０１９年９月）に対するＨｍｍｅｒ ｈｍｍｓｅａｒｃｈ（バージョン３．１ｂ２）を用いて、それぞれ機能ドメイン、主要代謝マーカー、及び炭水化物活性化（ＣＡＺｙ）酵素を注釈した。代謝経路は、手動で定義された代謝経路の定義に対して注釈とそのゲノム位置を評価する富化Ｍにおける分類機能を用いて特定した。ある経路は、必要なタンパク質の８０％以上をコードし、必要なすべてのシンテニーチェックを通過する場合、ゲノム中に存在すると考えられる。その後、これらの自動的に予測された経路を手動で評価した。さらに、ｇｕｔＳＭＡＳＨ（バージョン１．０．０）を腸内微生物によってコードされる共通の生合成経路を特定するために適用した。

【0602】

系統樹。
ゲノムツリーは、Ｃｏｌｏｎｉｔｈｒｉｘ属（ＮＣＢＩリリース８９）及び２つのＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５単離株の中で、ｃｈｅｃｋＭ分析から≧９０％完全かつ≦５％汚染と定義される高品質ゲノムから構築した。各ゲノムについて、ｇｔｄｂｔｋ特定を用いて、各ゲノムから１２２の細菌特異的保存マーカー遺伝子セットを抽出した。これらの遺伝子は、ＨＭＭをプロファイルするように整列させ、ｇｔｄｂｔｋ整列と１つの整列に連結し、そして最大尤度系統樹は、ｇｔｄｂｔｋ推論を用いたＦａｓｔＴｒｅｅ（バージョン２．１．１０）を用いた整列から構築した。１０００回の反復からＧｅｎｏｍｅＴｒｅｅｔｋ（ｖ０．１．６）を用いてノンパラメトリックブートストラップ値を推定した。

【0603】

動物実験のための細菌株の調製。
Ｃ．ｓａｎａ及びＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ株を、それぞれ初期固定相ＰＹＧＭ及びＴＹ培地まで増殖させた。個々の培養物の細胞密度は、Ｈｅｌｂｅｒ Ｃｏｕｎｔｉｎｇ Ｃｈａｍｂｅｒを用いて計算した。細菌強制経口投与溶液を調製するために、個々の培養物を、５，０００ｇの滅菌重鉱油層下で１０分間遠心分離し、次いで、無細胞上清を捨てた。細胞ペレットを、１．５ｍＬの滅菌嫌気性緩衝希釈剤（各３８ｍＬ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）、１ｍＬ／Ｌの０．１％（ｗ／ｖ）レサズリン溶液、１ｇ／Ｌ－システイン）中で洗浄し、次いで、再度遠心分離した。最後に、洗浄した細胞ペレットを、ハーフ強度グリセロール溶液（無酸素緩衝希釈液中の１５％ｖ／ｖグリセロール溶液）に再懸濁し、最終濃度１×１０^９細胞／ｍＬにし、必要になるまでアリコートし、－８０℃で凍結した。細胞調製物の生存性は、単一アリコートを解凍し、寒天プレート上でストリーキングすることによって確認した。全ゲノム配列決定により、個々の株調製物の同一性及び純度を確認した。

【0604】

ＤＳＳ誘発腸障壁機能障害の急性モデル。
動物資源センター（オーストラリア西部）から購入した６週齢のＣ５７ＢＬ／６雌マウスを無作為化し、実験前７日間共飼育した。腸障壁機能障害を誘発するために、マウスに３％ＤＳＳを飲料水中で６日間自由摂取させた。ナイーブ同齢対照マウスを処理し、ＤＳＳを含まない飲料水を与えた。すべての処理は、ＤＳＳの供給の１日前に開始し、すべてのマウスは最終ＤＳＳ処理の２日後に犠牲にした。処理のために、マウスをイソフルオランで麻酔し、２００μｌの細菌調製物又はビヒクル対照で経口強制経口投与した。プレドニゾン（２ｍｇ／ｋｇ）を腹腔内注射による麻酔後に投与した。体重及び便の硬さを毎日記録した。糞便試料を毎日採取した。屠殺後、結腸、肝臓及び脾臓を分析のために採取した。心穿刺にて採血した。

【0605】

内視鏡的及び組織学的スコアリング。
動物を小動物消化管内視鏡（Ｋａｒｌ Ｓｔｏｒｚ Ｅｎｄｏｓｋｏｐｅ，Ｔｕｔｔｌｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて１、２、６日目に検査し、結腸粘膜炎症の程度を評価した（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５；ａｎｄ Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。簡単に説明すると、マウスをイソフルランで麻酔し、結腸鏡を直腸から挿入した。高解像度ビデオで撮影した画像を盲検下で検査し、病変の有無及び範囲を評価した（表５）。組織学的スコアリングは、本質的に、当該分野において既に記載された通りに実施された（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。簡単に説明すると、試料を４％ホルマリン中で固定し、パラフィン包埋し、切片化した。組織切片をヘマトキシリン及びエオシン染色して疾患病理を評価し、アルシアンブルー染色してムチン産生を評価した。スライドを、Ａｐｅｒｉｏデジタルイメージングシステム（Ｌｅｉｃａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｕβｌｏｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてイメージングした。大腸炎の重症度をグレード化するために、組織切片における炎症及び上皮損傷の程度を、確立されたスコアリングシステムを用いて半定量的にグレード化した（表６）。その後、試料を無作為化し、訓練を受けた消化管病理医が盲検下でスコア化した。

【0606】

ＳＴＡＴ３抑制活性の特性評価。
ＳＴＡＴ３抑制活性を評価するために、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２の３つの独立したコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。次いで、各々の種培養ブロスを用いて、３つの生物学的複製物から６つの技術的反復を生成する２つの技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、前述のように、無細胞培養上清を回収した（Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。培養上清を、製造業者（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の指示に従って、３ｋＤａのＣＥＮＴＲＩＣＯＮ（登録商標）カラムに通すことによってサイズ分画した。

【0607】

ＳＴＡＴ３活性は、ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３細胞株（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を用いて評価した。簡単に説明すると、アッセイ開始の２４時間前に、１ウェル当たり５０，０００個の細胞を９６ウェルプレートに３回播種した。細菌上清又は滅菌細菌培地を、５ｎｇ／ｍＬの最終濃度で、組換えヒトＩＬ－２３（ｒｈＩＬ－２３、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ）と２５％ ｖ／ｖの最終濃度で混合した。次いで、この混合物を細胞に直接添加し、３７℃で６時間インキュベートした。ＳＴＡＴ３活性化を抑制する上清の能力を、Ｊａｎｕｓキナーゼ阻害剤トファシチニブ（１０μＭ）と比較した。ＳＴＡＴ３が調節するＳＥＡＰレポーター活性は、製造業者（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）が推奨するＱｕａｎｔｉ Ｂｌｕｅ溶液を用いて評価した。結果は、少なくとも３つの独立した実験の平均値である。細胞毒性はＭＴＴアッセイを用いて評価した。簡単に説明すると、ＭＴＴを最終濃度１．２ｍＭで細胞に添加した。細胞を３７℃で４時間インキュベートし、次いでＤＭＳＯで固定した。細胞毒性は、製造業者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により推奨されているように、５４０ｎｍで吸光度を測定することにより評価した。

【0608】

サイトカイン産生アッセイ。
５×１０^４個のＴ８４細胞を９６ウェルプレートに三重複で播種し、一晩定着させた。生又は＜３ｋＤａ濾過細菌培養上清（２５％ ｖ／ｖ）又は培地対照を、Ｔ８４細胞に添加した。細菌培養上清による９０分間の処理後、細胞をＬＰＳ（１００μｇ／ｍｌ）で刺激した。６時間後、ＩＬ－６評価のためにＴ８４培養上清を採取した。ＩＬ－６は、標準プロトコールに従って、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎのＨＥＫ－ｂｌｕｅ細胞レポーターシステムを使用して測定した。ＥＬＩＳＡアッセイについて、１×１０^４細胞／ウェルのＨＣＴ１１６細胞を、９６ウェルプレートに重複で播種した。ＨＣＴ１１６細胞を、必要に応じて、ＩＬ１β（１０ｎｇ）及びインドール－３－カルビノール（５μＭ）又は培養上清（１０％ ｖ／ｖ）で処理し、３７℃で１６時間インキュベートした。次いで、細胞上清を採取し、製造業者の指示に従って、ＩＬ－８ヒト非コーティングＥＬＩＳＡキットを使用して分析した。

【0609】

細胞遊走アッセイ。
Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを使用して、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２培養上清抽出物への曝露中のＨＣＴ１１６細胞の遊走を評価した。これらの細菌抽出物は、本質的に、Ｃｏｌｏｓｉｍｏ ｅｔ ａｌによって以前に記載されているように、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を使用して調製した。簡単に説明すると、単一のコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。この「種培養」ブロスを使用して６００ｍＬのＰＹＧＭブロスを接種し、培養物を初期固定相までインキュベートした。培養上清を、４０００ｇで３０分間遠心分離し、次いで、製造業者の指示（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ Ｖｉｖａｆｌｏｗ（登録商標）５０限外濾過ユニット３ｋＤａ ＭＷＣＯ ＰＥＳ）にしたがって、無細胞上清を３ｋＤａのフィルターに通すことによって調製した。活性化Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を、４００ｍＬの３ｋＤａ濾過した無細胞上清（１０％ ｗ／ｖ）に添加し、スラリーを４℃で一晩穏やかに振盪した。樹脂を採取し、４００ｍＬの脱イオン水で洗浄し、次いで、１２０ｍＬの１００％メタノールと混合した。穏やかに振盪しながら２時間インキュベーションした後、メタノール溶出物を採取した。前述のように、１２０ｍＬの１００％メタノール中の第２の溶出を行い、２つの溶出を最終的に組み合わせ、回転式蒸発器を使用して真空下で乾燥させた。抽出物を１００％ ＤＭＳＯ（以後１０００Ｘと称する）中で完全に再懸濁し、－２０℃で貯蔵した。

【0610】

ヒトＨＣＴ１１６腸上皮細胞を、１０％ ＦＢＳ及び１％ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐを補充したＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中に維持した。ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）スクラッチ創傷アッセイの場合、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、２４ウェルプレート（８μｍの孔径、Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ）中のＴＣ処理ポリカーボネート膜を有する６．５ｍｍインサートの上部コンパートメント内の１００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地に播種した。６００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地を、下部コンパートメントに添加した。細胞を２４時間沈降させた。ＤＰＢＳ洗浄後、１００μＬ及び６００μＬの０．５％ ＦＢＳ培地を、それぞれ、上部コンパートメント及び下部コンパートメントに添加した。次いで、Ｃ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２からの０．５倍濃縮抽出物を、下部コンパートメントに添加した。１６時間後、細胞をＤＰＢＳで洗浄し、膜の上部に取り付けられた細胞を綿棒で慎重に除去した。次いで、膜の底部上の遊走細胞を、７０％エタノール中で１０分間固定し、続いて０．２５％結晶バイオレット中で５分間染色した。Ｔｒａｎｓｗｅｌｌインサートを水で洗浄し、乾燥させ、ガラススライド上の水中の５０％グリセロールとともに膜を載置し、直ちにイメージングした。Ｔｒａｎｓｗｅｌｌ実験を、生物学的及び技術的三重複で実施し、各複製について、膜の２つの代表的な画像を１０倍の倍率で撮影した。遊走細胞の数を、ＩｍａｇｅＪを使用して自動的にカウントし、平均細胞数を表示した。細胞遊走の程度を、３つの生物学的複製及び３つの技術的反復からのウェル当たり２つの顕微鏡視野における遊走細胞の平均数として表した。

【0611】

ＩｎｃｕＣｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを介して遊走を評価するために、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、ポリ－Ｌ－オルニチンでコーティングしたＩｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＩｍａｇｅＬｏｃｋ ９６ウェルプレート（Ｅｓｓｅｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）にプレーティングした。２４時間後、Ｉｎｃｕｃｙｔｅ（登録商標）ＷｏｕｎｄＭａｋｅｒツールを使用して、ほぼコンフルエントな細胞単層に均一なスクラッチ創傷を誘導した。細胞をＤＰＢＳで２回洗浄し、次いで、２００μＬの０．５％ ＦＢＳ ＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中のＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－１及びＣ．ｓａｎａ ＭＨ３５－２由来の０．５倍抽出物を添加した。細胞を、陰性対照として未接種の細菌培地からの０．５倍濃縮抽出物でも処理した。刺激剤を添加した直後に、プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅシステムに移し、７２時間にわたって２時間ごとに各ウェルをイメージングすることによって、細胞遊走を監視した。統合分析ソフトウェアを使用して、データ分析を実施した。

【0612】

実施例３
Ｇｅｍｍｉｇｅｒと健康、ＩＢＤ及び他の疾患との関連。
炎症性腸疾患は、健常腸と比較した場合、ＩＢＤ腸における特定の腸内細菌の有病率及び存在量の両方が有意に減少するミクロソームの構造－機能変化によって特徴付けられる。いくつかの研究により、これらの細菌がＩＢＤの病因を調節する可能性があることが示されているが（Ｍａｌｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１；ａｎｄ Ｓｏｋｏｌ ｅｔ ａｌ．，２００８）、これらの細菌を用いて新しい治療法を開発する上での主要な障害は、低解像度１６Ｓ ｒＲＮＡに基づくプロファイリングが、低い分類学的レベル（すなわち、属、種、株）で健常及びＩＢＤ関連株を正確に識別するのに十分な解像度を提供しないことである。

【0613】

発明者らは、６，０２０人の成人の高解像度の糞便腸メタゲノムデータ及び関連する宿主メタデータを含むＭｉｃｒｏｂａ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＭＤＤ）を使用して、炎症性及び自己免疫疾患におけるＧｅｍｍｉｇｅｒ種の有病率を研究した。メタゲノム配列リードは、Ｍｉｃｒｏｂａ Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ（ＭＣＰ）を使用して分析した（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０２１）。

【0614】

５つのＧｅｍｍｉｇｅｒ種が、ＭＤＤの２つより多くの個体で検出された：Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、未培養種Ｇ．ｓｐ００３４７６８２５、及びメタゲノムアセンブルゲノム（ＭＡＧ）へのメタゲノム読み取りのアセンブリを通じてＭｉｃｒｏｂａによって発見された３つの未培養種（Ｐａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０２１）（Ｇ．種＿Ａ、Ｇ．種＿Ｂ、及びＧ．種＿Ｃ）。

【0615】

本発明者らは、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ種が健常なヒトにおいて蔓延しているが、炎症性及び自己免疫疾患においてはめったに検出されないことを見出した（図１４Ａ～Ｄ）。ＩＢＤでは、潰瘍性大腸炎及びクローン病の両方の主なサブタイプを含め、最も強い効果が観察された（以下、図１４Ｅ及び表９）。Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属は、健常個体と比較してＩＢＤで顕著に少ない有病率であった（Ｐ＝１．３ｅ－１０、ＦＤＲ＝１．９ｅ－０９）。したがって、３０の５つのＧｅｍｍｉｇｅｒ種（Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｇ．種＿Ａ、Ｇ．種＿Ｂ、Ｇ．種＿Ｃ、及びＧ．ｓｐ００３４７６８２５）はすべて、健常なものと比較して、ＩＢＤで顕著に少ない有病率であった（図１４Ｅ、表９）。ＩＢＤの最も強い低減は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓについて観察された（図１４Ｅ、表９）。これらの観察は、Ｈａｒｖａｒｄ（（Ｆｒａｎｚｏｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１８）、図１４Ｆ、表９）によって以前に発表された独立したＩＢＤコホートにおいて検証された。

【表10】

【0616】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの単離及びゲノムスケール分析
健康及びＩＢＤの病因におけるＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの役割をよりよく理解するために、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１と呼ばれる新しい単離株を健常ヒトドナーから単離した。単離は、限界希釈濃縮を生成し、次いで単一のコロニーについてプレーティングすることによって行われた。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１を、ＴＹ及びＰＹＧ培地上で良好に増殖した極めて酸素感受性の株として特定した。典型的には、特徴的な「出芽」形態を有するグラム陰性染色コッカス様細胞として観察された（Ｇｏｓｓｌｉｎｇ＆Ｍｏｏｒｅ １９７５）、図１５Ａ）。第２の単離株、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２を、Ｍｉｃｒｏｂａ Ｆａｅｃａｌ Ｂｉｏｂａｎｋにアーカイブされた糞便試料から単離した。６．４８％の相対存在量のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓを有する糞便ドナー試料を段階希釈し、ＴＹ培地にプレーティングした。ｐｓＭＧＳによる分析は、１．３５％の相対存在量でＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓを有する単一のプレートを明らかにした。その後、個々のコロニーを採取し、カスタムＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓプライマーを使用してスクリーニングした。このプロセスによって、その後、無菌単離株を産生した。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２は、ＴＹで４８時間後に全縁を有する隆起したクリーミーな白色／乳白色のコロニーを形成した（図１５Ｂ、上パネル）。さらなる分析は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２細胞が、しばしば対として、又は時折短鎖として存在した、グラム可変の球形／卵様細胞を形成したことを明らかにした（図１５Ｂ、下パネル）。

【0617】

ＮＣＢＩ及びＭＨ３２－１からの高品質のＧｅｎＢａｎｋ及びＲｅｆＳｅｑゲノムを使用したＧｅｍｍｉｇｅｒ属の系統発生再構築により、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのいくつかの未培養種の次、Ｇ．ｖａｒｉａｂｉｌｅの近く、及びいくつかの未培養種の近くに配置された単離株を明らかにした。（図１５Ｃ、Ｄ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、糖発酵槽であり、デンプン、グルコース、フルクトース、グルコン酸塩、ラクトース、トレハロース、及びラクトアルデヒドを炭素源として利用することが予測される。トリプトファン、フェニルアラニン、セリン、及びチロシンを除くすべてのアミノ酸について、完全な、又はほぼ完全な生合成経路が特定された。アミノ酸（アラニン、アルギニン、アスパラギン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、メチオニン、セリン、及びスレオニン）の取り込み及び発酵のためのいくつかの経路も特定されたが、一次エネルギー源ではない可能性が高い。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１単離株の代謝モデリングは、グルコース及び他のヘキソース糖を摂取した場合、発酵の一次副産物は、酪酸塩、酢酸塩、エタノール、及びフマル酸塩であることを明らかにした。乳酸塩を産生する経路もまた、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１単離株によってコードされるが、代謝モデリングは、これらを主な発酵副産物として予測しなかった。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の生合成能を、それぞれＡｎｔｉＳｍａｓｈ ｖ５．０及びｄｅｅｐＢＧＣを使用して、十分に特徴付けられた推定生合成遺伝子クラスター（ＢＧＣ）を検索することによって評価した。ＡｎｔｉＳｍａｓｈは、公的データベース中のＢＧＣに近い相同性を有しない単一のＲｉＰＰサクチペプチドＢＧＣを特定した。ＤｅｅｐＢＧＣは、同じサクチペプチドＲｉＰＰと、＞１のコード領域及び＞０．７５のｄｅｅｐＢＧＣスコアを有するさらに８つの推定ＢＧＣを特定し、すべて抗菌性として注釈を付けた。

【0618】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は腸障壁機能を増強する
健常腸におけるＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの役割を評価するために、ナイーブＣ５７Ｂｌ／６ ＳＰＦマウスをＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１で８日間治療した（図１６Ａ）。この治療期間中、罹患率はなく、一般的な外観、挙動、姿勢、可動性及び神経学的挙動の変化は観察されなかった。同様に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１治療群では、ビヒクル対照群と比較して体重に顕著な変化は認められず、結腸の長さ及び重量／長さ比も影響を受けなかった（図１６Ｂ～Ｄ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、上皮損傷及び過剰血管新生を単独で評価することによって、又は総合的な組織病理学的スコアとして測定した場合、ビヒクルと比較して、結腸に顕著な組織学的変化をもたらさなかった（図１６Ｅ～Ｇ）。

【0619】

上記のビッグデータアプローチを使用して、炎症性及び自己免疫疾患（例えば、ＩＢＤ）のための新規の生きたバイオ治療薬候補を特定することができると仮定された。したがって、発明者らは、ＤＳＳ誘導性マウス大腸炎の急性モデル（図１７Ａ）が、上皮損傷及び修復の十分に文書化されたモデルであるため、このモデルにおけるＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の治療有効性を試験した。ＤＳＳ治療は、ビヒクル対照と比較して有意な疾患活性をもたらした。体重の顕著な低減が認められ（図１７Ｂ）、これは大腸炎の正確かつ信頼できる指標であることが示されている（Ｂｒｉｔｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。予想通り、プレドニゾンは、ＤＳＳ誘導性体重減少を悪化させたが（Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、ＤＳＳ誘導性体重減少は、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１又はＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５による治療によって改善した（図１７Ｂ）。内視鏡分析は、プレドニゾン以外のＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓによるすべての治療群における疾患活性の進行性の増加を明らかにし、ビヒクル治療群と比較して６日目での疾患活性の低下をもたらした（図１７Ｃ）。

【0620】

結腸の分析は、ＤＳＳ治療後の顕著な短縮を明らかにした（図１７Ｄ）。プレドニゾン以外のＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５及びＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療は、結腸短縮の顕著な低減をもたらした（図１７Ｄ）。ＤＳＳ治療マウスの組織学的分析は、クリプト喪失及び上皮びらんを特徴とする顕著な腸損傷を明らかにした。特に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療は、組織病理学的治癒（図１７Ｆ）及び上皮損傷（図１７Ｇ）の改善によって証明されるように、クリプト再形成及び再上皮化（図１７Ｅ）を特徴とする病理学の顕著な改善をもたらした。これと一致して、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１による治療は、糞便中のリポカリン－２によって判定されるように、腸内炎症の減少をもたらした（図１７Ｈ（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５））。予想通り、プレドニゾン及びＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ Ａ２－１６５はまた、疾患病理学の顕著な改善をもたらした。

【0621】

ＩＬ－２３－Ｔｈ１７細胞免疫軸は、ＩＢＤの病因の中心であり、検証された治療標的である（Ｍａｒｔｉｎ，ｅｔ ａｌ．，２０１７）。腸障壁機能のＤＳＳモデルは、Ｔｈ１分極免疫によって主に裏打ちされるため（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５）、マウスＳＫＧモデルにおけるＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の治療有効性も試験した。ＳＫＧマウスは、ＺＡＰ－７０遺伝子の変異を有し、ＩＬ－２３駆動性クローン病様回腸炎及び自己免疫炎症性関節炎を、カードラン治療による疾患開始後に発症する（図１７Ｉ（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９））。ビヒクル治療されたマウスの組織学的分析は、カードラン治療の７日後に炎症性細胞の浸潤及び肉芽腫形成を特徴とする顕著な腸損傷を明らかにした。予想通り、抗ＩＬ－２３モノクローナル抗体による治療は、組織学的損傷の顕著な低減をもたらした。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２１による治療はまた、組織病理学的スコアの改善によって証明されるように、病理学の顕著な改善をもたらした（図１７Ｊ）。

【0622】

まとめると、これらのデータにより、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、ＤＳＳ治療されたマウス又はナイーブマウスにおいていかなる悪影響も引き起こさず、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、ＤＳＳ治療マウス及びＳＫＧマウスにおいて腸障壁機能を増強し、粘膜治癒を促進することが明らかにされた。

【0623】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓは、インビトロでＳＴＡＴ３活性化を抑制する。
ＤＳＳ治療動物において観察された組織学的炎症及び再上皮化に対する劇的な影響を考慮して、本発明者らは、次に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓがＩＢＤ関連免疫経路を調節する能力を調べた。ＩＬ－２３駆動性免疫応答はＩＢＤの病因の中心であり、臨床的に認識された標的である（Ｆｒｉｅｄｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。本発明者らは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１がＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する能力を、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用して調べた。ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ（商標）ＩＬ－２３レポーター細胞株は、ＩＬ－２３刺激に応答するＳＴＡＴ３誘導性ＳＥＡＰレポーターを有する。予想されるように、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化は、トファシチニブによって予防することができた（図１８Ａ）。興味深いことに、ＴＹ培地で増殖させたＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１から調製した無細胞培養上清は、ＳＥＡＰレポーター活性を抑制した（図１８Ａ）。さらなる分析により、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのＳＴＡＴ３抑制活性が＜３ｋＤａ画分と関連付けられたことが明らかになった（図１８Ａ）。特に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ培養上清による処理後、細胞毒性効果は観察されなかった。ＣＳの生化学的特性を、熱及びプロテイナーゼＫ処理によって評価した。このアプローチによって、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのＳＴＡＴ３抑制活性が、熱又はプロテアーゼＫの影響を受けないと判定された（図１８Ｂ～Ｃ）。

【0624】

最後に、本発明者らは、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化に対する増殖培地依存性効果の影響を調べた。ＴＹ又はＰＹＧ培地で増殖させた菌株から調製したＣＳは、強力なＳＴＡＴ３抑制活性を示した。興味深いことに、株をＷｉｌｋｉｎｓ－Ｃｈａｌｇｒｅｎ培地及びＭＣＭ培地中で増殖させた場合、最小のＳＴＡＴ３抑制活性が認められた（図１８Ｄ）。これは、以前の報告（例えば、Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９、Ｓｃｈｒｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１９）と一致しており、免疫調節活性Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２１が栄養因子によって影響されることを示唆している。

【0625】

ＩＬ－２３抑制活性が種としてのＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの特徴であることを実証するために、２つの追加のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ株を分析した。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２培養上清がＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する能力を、ＨＥＫ－Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用した評価した。ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３細胞株は、ＩＬ－２３によって発現が誘導されるＳＴＡＴ３応答性ＳＥＡＰレポーターを含む。汎ＪＡＫ阻害剤であるトファシチニブによる処理は、ＩＬ－２３を介したＳＥＡＰ発現を阻害する。ＴＹ培地による処理は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化の適度な抑制をもたらした（図１８Ｅ）。本発明者らはまた、培養上清及び＜３ｋＤａ上清画分がＳＴＡＴ３活性を調節する能力を調査した。＜３ｋＤａ画分を分析して、ＳＴＡＴ３活性が低分子量の生体活性によるものであるかどうかを判定し、これは、薬物開発により適している。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２培養上清は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３活性化を抑制した（図１８Ｅ）。特に、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２＜３ｋＤａ画分は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を、無細胞培養上清と同様の程度まで抑制した（図１８Ｅ）。ＭＨ３２－１の＜３ｋＤａ培養上清画分はまた、ＨＥＫレポーター細胞におけるＩＬ－６により誘導されたＳＴＡＴ３の活性化を顕著に抑制することができた（ｐ＝０．０００９）（図１８Ｊ）。両方の実験中、上清の細胞毒性効果は検出されなかった。

【0626】

加えて、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ型染色（ＡＴＣＣ ２７７４９）は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制し、この活性がＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ種を代表するものであったというさらなる証拠を提供した。抑制活性は、上清画分において検出され、それが分泌された生体活性物質によって媒介されたことを示唆した（図１８Ｆ）。さらに、生体活性物質は、抑制活性が＜３ｋＤａ画分で検出されたため、低分子量である可能性が高い。

【0627】

次に、本発明者らは、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８培養上清がＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制する能力を、ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３レポーター細胞株を使用して調べた。トファシチニブによる処理は、ＩＬ－２３を介したＳＥＡＰの発現を阻害した。ＴＹ培地による処理は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化の適度な抑制をもたらした（図１８Ｇ）。我々は、培養上清及び＜３ｋＤａ上清画分がＳＴＡＴ３活性を調節する能力を調べた。本発明者らは、低分子量の生体活性物質が薬物開発により適していると考えたため、＜３ｋＤａ画分を調べた。Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８培養上清は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を抑制した（図１８Ｇ）。特に、Ｇ．Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８＜３ｋＤａ画分は、ＩＬ－２３を介したＳＴＡＴ３の活性化を、無細胞培養上清と同様の程度まで抑制した（図１８Ｇ）。実験中、上清の細胞毒性効果は検出されなかった。

【0628】

培養上清の免疫調節能力を考慮すると、本発明者らは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓによって産生される生体活性物質が、末梢免疫細胞（ＰＢＭＣ）に直接影響を及ぼし得ることを認識した。したがって、炎症促進性サイトカインＩＬ－６のレベルの上昇及びその受容体ＩＬ－６Ｒを介したシグナル伝達がＩＢＤの病因と関連付けられるため、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１培養上清のＩＬ－６産生に対する効果を調べた。特に、ＩＬ－６は、免疫細胞に対するその炎症促進効果及び抗アポトーシス効果に起因して、腸内の慢性炎症に寄与する。これらの効果は、ＭＡＰＫ／ＥＲＫ及び他の下流キナーゼの活性化と組み合わせてＪＡＫキナーゼ活性化及びＳＴＡＴ３二量体化を引き起こすＩＬ－６受容体結合によって媒介される。ＰＩＭによるＰＢＭＣの処理は、ＩＬ－６の産生を誘導し、この誘導は、ＴＹ培地による前処理の影響を受けなかった（図１８Ｈ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１培養上清を用いた前処理は、ＴＹ前処理対照と比較して、ＰＩＭにより刺激されたＩＬ－６の分泌を抑制した（図１８Ｈ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１培養上清又は＜３ｋＤａ培養上清画分によるＴ８４腸上皮細胞の前処理は、ＬＰＳを介したＩＬ－６の分泌を抑制した（図１８Ｉ）。まとめると、これらのデータは、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが先天性及び適応性免疫細胞駆動応答において重要な役割を有する重要なサイトカインを調節することができることを示す。

【0629】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓはヒト腸上皮細胞の遊走を促進する。
ＩＢＤでは、消化管障壁の損傷が一般的に発生する。腸上皮細胞の急速な遊走は、恒常性を再確立するための創傷治癒プロセスの重要な構成要素である。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓに由来する生体活性物質が腸上皮細胞の運動性に影響を及ぼすことができるかどうかを調べるために、ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）遊走アッセイを用いた。ＨＣＴ１１６細胞をＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）チャンバ内に頂端播種し、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ抽出物がチャンバの基底外側への遊走を促進する能力を評価した。未処理の細胞は、膜の基底外側への遊走の基礎レベルを有し、これは、ＴＹ培地による処理によって影響されなかった（図１９Ａ～Ｂ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１は、ＨＣＴ１１６細胞の基底外側への遊走を顕著に促進した（図１９Ａ～Ｂ）。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの遊走促進作用は、ＩｎｃｕＣｙｔｅスクラッチ創傷アッセイを用いてさらに確認された。スクラッチ創傷の誘導後１８時間で、ＨＣＴ１１６細胞は、ＴＹ培地で処理した対照細胞と比較して、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１からの抽出物の存在下での創傷閉鎖の加速速度を示した（図１９Ｃ～Ｄ）。

【0630】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓは効果的な腸障壁機能をサポートする
腸上皮細胞は、宿主組織を腸内微生物及び管腔内容物から分離する物理的及び生化学的障壁を形成する（Ｐｅｔｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。腸障壁機能の障害は、ＩＢＤ（Ｖａｎｕｙｔｓｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０２１）を含む炎症性及び自己免疫疾患の病因に関係しており、疾患の転帰を改善するための治療標的として提案されている（Ｓｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０２１）。

【0631】

本発明者らは、経上皮電気抵抗（ＴＥＥＲ）と呼ばれる非侵襲的方法を使用して、腸上皮細胞障壁の完全性を評価した。このアッセイでは、電流が上皮細胞層を横切って印加され、抵抗が記録される。ＴＥＥＲ値の低下は、障壁の低下を示している。ＴＥＥＲ測定は、単培養細胞層におけるバリア完全性の非侵襲的測定のための「ゴールドスタンダード」を構成する。

【0632】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓがＴ８４上皮細胞を使用して障壁機能を調節する能力を判定した。このモデルでは、ＩＦＮ－γは、障壁機能に悪影響を及ぼすことが知られており、したがって、疾患状態をシミュレートするために利用された。ＩＦＮ－γ曝露は、障壁完全性の低減を示す、記録されたＴＥＥＲ値の顕著な低下をもたらした。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１由来の＜３ｋＤａ分画培養上清による処理は、ＹＧ／Ｖ培地対照と比較して、ＩＦＮ－γを介したＴＥＥＲの低減を顕著に軽減し（図２０Ａ）、したがって、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓは、障壁完全性の回復を促進し得る。

【0633】

材料と方法
細菌株、培養条件及び分析。
糞便試料を、胃腸障害の病歴のない健康なヒト成人から採取し、容量当たり等しい重量の無菌酸素遊離グリセロール溶液と混合した（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）。供血者は糞便試料採取の３ヵ月前に抗生物質を摂取していなかった。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを、無酸素雰囲気（８５％ Ｎ_２：１０％ ＣＯ_２：５％ Ｈ_２）雰囲気のＣｏｙビニル嫌気性チャンバで日常的に処理した。Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓをＴＹ又はＰＹＧ培地中で日常的に培養し、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉをＴＹ培地中で培養した。全単離株を、３ｍＬの活発に増殖している培養物を等量のグリセロール溶液と混合し（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ，２００５）、－８０℃で保存することによって貯蔵した。

【0634】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１の単離。
Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが２．４８％の相対的存在量で存在するドナーの糞便試料をＴＹ培地に接種し、次いで段階的に限界希釈することによって、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓの単離株を産生した。コロニーをＴＹ培地上で回収し、次いで、非常に酸素感受性の単離株を特定するために、本質的に前述のようにスクリーニングした。ここで、個々のコロニーは、嫌気性チャンバ内の２つのＴＹ寒天プレートにわたるレプリカプレートであった。その後、１つのプレートを嫌気性チャンバから取り出し、大気条件に１時間曝露した。次いで、プレートを嫌気性チャンバに戻し、両方のプレートを３７℃でインキュベートした。非常に酸素感受性の単離株は、大気条件に１時間曝露した後に成長しなかったことによって特定された。単一の単離株をＴＹ寒天上でストリーキングすることによって精製し、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－１を全ゲノム配列決定によって特定した。

【0635】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２の単離。
Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが６．４８％の相対存在量で存在するドナー便試料ＢＢＤ６９３６（実験データ／Ｆａｅｃａｌ Ｂｉｏｂａｎｋデータを参照）を段階希釈し、ＴＹ培地上にプレーティングした。５日間の増殖後、プレートを調べ、＞５０コロニーを有するプレートを６つの等しい部分に分割した。各プレート上の培養可能な微生物多様性を、プレートスクレイプメタゲノムシーケンシング（ｐｓＭＧＳ）によって評価した。簡潔に説明すると、少なくとも２つの部分のコロニーを、独立して、プレートから削り取って無菌嫌気性希釈剤に入れ、ＤＮＡを抽出し、メタゲノムシーケンシングのために提出した。Ｍｉｃｒｏｂａ分析パイプラインを使用して配列データを分析し、各切片の多様性を評価した。その後、単一コロニーをＴＹ寒天上に配列し、増殖するまで３７℃でインキュベートした。ＤＮＡを個々のパッチから抽出し、カスタムＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓターゲティングプライマー（フォワードプライマーＰ_ｆ５′－ＣＧＣＧＣＡＧＴＣＧＡＡＣＧＣＡＡＴＧＴＴＣＧＴＧＡＣ Ｃ－３′、リバースプライマーＰ_ｒ ５′－ＧＧＣＡＣＡＧＣＧＣＡＣＴＧＧＡＧＡＴＧＡＡＧＣＧＣ－３′）を使用して、ｑＰＣＲによって分析した。このアプローチにより、単一の候補Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ単離株を特定し、ＴＹ寒天上にストリーキングした。単一のコロニーを選択し、ＴＹ寒天上にストリーキングし、このプロセスをもう一度繰り返した。最終単離株の同一性及び純度を、全ゲノム配列決定及び顕微鏡検査によって評価した。無菌単離株は、特徴的なダンベル形態を有するグラム可変染色球形単離株であると判定され、全ゲノム配列決定後にＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２と称された。

【0636】

Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ ＭＨ３２－２を、当該分野における標準プロトコールを使用して、顕微鏡検査によって調べた。簡潔に説明すると、ブロス培養物（通常０．２ｍＬ）を遠心分離し、細胞ペレットを３～６μＬのＰＢＳ中に再懸濁した。細胞ペレットをスライドガラス上に移し、１μＬのループを塗り付けた後、空気乾燥させるか、又は熱固定した。乾燥した／熱固定したスミアをクリスタルバイオレット染色試薬に３０秒間浸し、次いで、スライドを水道水の間接流で洗浄して、結合していない染色を除去した。次に、スライドをグラムのヨウ素に３０秒間浸し、スライドを再度水道水の間接流で洗浄して、結合していない汚れを除去した。次に、スライドを脱色剤に浸し、次いで直ちに水道水で洗浄した。最後に、スライドをサフラニンに３０秒間浸し、次いで、水がきれいになるまで、スライドを水道水の間接流中で洗浄した。スライドを空気乾燥させ、次いで明視野顕微鏡を使用して油浸漬下で細胞を可視化した。

【0637】

Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８の単離
Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８を単離するために、１ｍＬの糞便ストック試料をさらに３ｍＬの３０％グリセロール溶液と混合し、約３．５ｍｍのガラスビーズ（Ｄａｉｎｔｒｅｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で２分間ボルテックスして、糞便デブリから細菌を解離した。解離した細菌のアリコートを、必要に応じて後で処理するために－８０℃で貯蔵した。細菌細胞を、製造業者の指示にしたがって、１００μｍのノズル及び小粒子検出器を有するＢＤ ＦＡＣＳＡｒｉａ（商標）融合フローサイトメーターを使用して選別した。システムを２０ｐｓｉで加圧し、０．２μｍの濾過ＰＢＳを使用して閾値が設定された散乱で事象を引き起こし、ノイズフロアからのいくつかの事象を可能にした。細菌細胞を選別するために、アリコートを４０μｍフィルターを通して濾過し、その後、０．２μｍ濾過嫌気性緩衝希釈液（すなわち、各３８ｍｌ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）を使用して、濾液の１０^－３希釈液を調製した。希釈した濾液を流して希釈を決定し、毎秒５００～１２００事象をもたらした。標的を散乱でゲーティングし、二重項を除外した（ゲーティング戦略を図２０Ｂに示す）。単一細胞をＴＹ寒天プレート上に沈着させ、３７℃で最長３週間インキュベートした。ＴＹブロス中での増殖後、全ゲノム配列決定によって単離株を特定した。このアプローチによって、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．に属する単離株を暫定的に特定した。最終精製単離株をグリセロール貯蔵し、全ゲノム配列決定のために提出し、このアプローチによって、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８と呼ばれる単離株を産生した。

【0638】

代謝的再構成。
タンパク質コード配列を予測し、富化Ｍ（バージョン０．５．２）の注釈関数を用いて注釈を付けた。簡単に説明すると、富化Ｍは、－ｐメタモードでプロジガル（バージョン２．６．３）を使用してタンパク質コード配列を特定する。次に、ＤＩＡＭＯＮＤ（バージョン２．０．４）を用いてＵｎｉＲｅｆ１００データベース（２０２０年１１月ダウンロード）に対してアミノ酸配列を検索し、Ｅ．Ｃ．，ＴＣＤＢ及びｅｇｇｎｏｇ分類をＵｎｉＲｅｆで配布されたｉｄｍａｐｐｉｎｇファイルから継承した。Ｐｆａｍ（リリース３３．０）、ｔｉｇｒｆａｍ（リリース１５．０）、及びｄｂｃａｎ２（ダウンロード２０１９年９月）に対するＨｍｍｅｒ ｈｍｍｓｅａｒｃｈ（バージョン３．１ｂ２）を用いて、それぞれ機能ドメイン、主要代謝マーカー、及び炭水化物活性化（ＣＡＺｙ）酵素を注釈した。代謝経路は、手動で定義された代謝経路の定義に対して注釈とそのゲノム位置を評価する富化Ｍにおける分類機能を用いて特定した。ある経路は、必要なタンパク質の８０％以上をコードし、必要なすべてのシンテニーチェックを通過する場合、ゲノム中に存在すると考えられる。その後、これらの自動的に予測された経路を手動で評価した。さらに、ｇｕｔＳＭＡＳＨ（バージョン１．０．０）を腸内微生物によってコードされる共通の生合成経路を特定するために適用した。

【0639】

系統樹
ゲノムツリーは、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ属（ＮＣＢＩリリース８９）及び４つのＭＨ３２単離株の中で、ｃｈｅｃｋＭ分析から≧９０％完全かつ≦５％汚染と定義される高品質ゲノムから構築した。各ゲノムについて、ｇｔｄｂｔｋ特定を用いて、各ゲノムから１２２の細菌特異的保存マーカー遺伝子セットを抽出した。これらの遺伝子は、ＨＭＭをプロファイルするように整列させ、ｇｔｄｂｔｋ整列と１つの整列に連結し、そして最大尤度系統樹は、ｇｔｄｂｔｋ推論を用いたＦａｓｔＴｒｅｅ（バージョン２．１．１０）を用いた整列から構築した。１０００回の反復からＧｅｎｏｍｅＴｒｅｅｔｋ（ｖ０．１．６）を用いてノンパラメトリックブートストラップ値を推定した。

【0640】

動物実験のための細菌株の調製。
Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ及びＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ株をＴＹ培地中で初期固定相まで増殖させた。個々の培養物の細胞密度は、Ｈｅｌｂｅｒ Ｃｏｕｎｔｉｎｇ Ｃｈａｍｂｅｒを用いて計算した。細菌強制経口投与溶液を調製するために、個々の培養物を、５，０００ｇの滅菌重鉱油層下で１０分間遠心分離し、次いで、無細胞上清を捨てた。細胞ペレットを、１．５ｍＬの滅菌嫌気性緩衝希釈剤（各３８ｍＬ／Ｌの塩溶液２及び３（ＭｃＳｗｅｅｎｅｙ ｅｔ ａｌ．，２００５）、１ｍＬ／Ｌの０．１％（ｗ／ｖ）レサズリン溶液、１ｇ／Ｌ－システイン）中で洗浄し、次いで、再度遠心分離した。最後に、洗浄した細胞ペレットを、ハーフ強度グリセロール溶液（無酸素緩衝希釈液中の１５％ｖ／ｖグリセロール溶液）に再懸濁し、最終濃度１×１０^９細胞／ｍＬにし、必要になるまでアリコートし、－８０℃で凍結した。細胞調製物の生存性は、単一アリコートを解凍し、寒天プレート上でストリーキングすることによって確認した。全ゲノム配列決定により、個々の株調製物の同一性及び純度を確認した。

【0641】

ＤＳＳ誘発腸障壁機能障害の急性モデル。
動物資源センター（オーストラリア西部）から購入した６週齢のＣ５７ＢＬ／６雌マウスを無作為化し、実験前７日間共飼育した。腸障壁機能障害を誘発するために、マウスに３％ＤＳＳを飲料水中で６日間自由摂取させた。ナイーブ同齢対照マウスを処理し、ＤＳＳを含まない飲料水を与えた。すべての処理は、ＤＳＳの供給の１日前に開始し、すべてのマウスは最終ＤＳＳ処理の２日後に犠牲にした。処理のために、マウスをイソフルオランで麻酔し、２００μｌの細菌調製物又はビヒクル対照で経口強制経口投与した。プレドニゾン（２ｍｇ／ｋｇ）を腹腔内注射による麻酔後に投与した。体重及び便の硬さを毎日記録した。糞便試料を毎日採取した。屠殺後、結腸、肝臓及び脾臓を分析のために採取した。心穿刺にて採血した。

【0642】

内視鏡的及び組織学的スコアリング。
動物を小動物消化管内視鏡（Ｋａｒｌ Ｓｔｏｒｚ Ｅｎｄｏｓｋｏｐｅ，Ｔｕｔｔｌｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて１、２、６日目に検査し、結腸粘膜炎症の程度を評価した（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５；ａｎｄ Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。簡単に説明すると、マウスをイソフルランで麻酔し、結腸鏡を直腸から挿入した。高解像度ビデオで撮影した画像を盲検下で検査し、病変の有無及び範囲を評価した（表５）。組織学的スコアリングは、本質的に、当該分野において既に記載された通りに実施された（Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。簡単に説明すると、試料を４％ホルマリン中で固定し、パラフィン包埋し、切片化した。組織切片をヘマトキシリン及びエオシン染色して疾患病理を評価し、アルシアンブルー染色してムチン産生を評価した。スライドを、Ａｐｅｒｉｏデジタルイメージングシステム（Ｌｅｉｃａ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｕβｌｏｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いてイメージングした。大腸炎の重症度をグレード化するために、組織切片における炎症及び上皮損傷の程度を、確立されたスコアリングシステムを用いて半定量的にグレード化した（表６）。その後、試料を無作為化し、訓練を受けた消化管病理医が盲検下でスコア化した。

【0643】

ＳＴＡＴ３抑制活性の特性評価。
Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓのＳＴＡＴ３抑制活性を評価するために、３つの独立したコロニーを接種し、初期固定相まで増殖させた。次いで、各々の種培養ブロスを用いて、３つの生物学的複製物から６つの技術的反復を生成する２つの技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、前述のように、無細胞培養上清を回収した（Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。培養上清を、製造業者（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の指示に従って、３ｋＤａのＣＥＮＴＲＩＣＯＮ（登録商標）カラムに通すことによってサイズ分画した。アッセイのためにＧｅｍｍｉｇｅｒ ｓｐ．ＭＤ１５８上清試料を調製するために、種培養を確立し、初期固定相まで増殖させた。次いで、種培養ブロスを使用して、２つの技術的反復を接種した。技術的反復を、初期固定相まで増殖させ、次いで、前述のように、無細胞培養上清を回収した（Ｇｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１９）。培養上清を、製造業者（Ｍｅｒｃｋ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）の指示に従って、３ｋＤａのＣＥＮＴＲＩＣＯＮ（登録商標）カラムに通すことによってサイズ分画した。

【0644】

ＳＴＡＴ３活性は、ＨＥＫ Ｂｌｕｅ ＩＬ－２３細胞株（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を用いて評価した。簡単に説明すると、アッセイ開始の２４時間前に、１ウェル当たり５０，０００個の細胞を９６ウェルプレートに３回播種した。細菌上清又は滅菌細菌培地を、最終濃度１０％、２５％又は５０％ｖ／ｖで、組換えヒトＩＬ２３（ｒｈＩＬ－２３、Ｒ＆Ｄシステム）と５ｎｇ／ｍＬで混合した。次いで、この混合物を細胞に直接添加し、３７℃で６時間インキュベートした。ＳＴＡＴ３活性化を抑制する上清の能力を、Ｊａｎｕｓキナーゼ阻害剤トファシチニブ（１０μＭ）と比較した。ＳＴＡＴ３が調節するＳＥＡＰレポーター活性は、製造業者（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）が推奨するＱｕａｎｔｉ Ｂｌｕｅ溶液を用いて評価した。結果は、少なくとも３つの独立した実験の平均値である。細胞毒性はＭＴＴアッセイを用いて評価した。簡単に説明すると、ＭＴＴを最終濃度１．２ｍＭで細胞に添加した。細胞を３７℃で４時間インキュベートし、次いでＤＭＳＯで固定した。細胞毒性は、製造業者（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）により推奨されているように、５４０ｎｍで吸光度を測定することにより評価した。

【0645】

サイトカイン産生アッセイ。
５×１０４個のＴ８４細胞を９６ウェルプレートに三重複で播種し、一晩定着させた。生又は＜３ｋＤａ濾過細菌培養上清（２５％ ｖ／ｖ）又は培地対照を、Ｔ８４細胞に添加した。細菌培養上清による９０分間の処理後、細胞をＬＰＳ（１００μｇ／ｍｌ）で刺激した。６時間後、ＩＬ－６評価のためにＴ８４培養上清を採取した。ＩＬ－６は、標準プロトコールに従って、ＩｎｖｉｖｏＧｅｎのＨＥＫ－ｂｌｕｅ細胞レポーターシステムを使用して測定した。

【0646】

ＰＢＭＣを、以前に記載されているように抽出した（Ｍａｌｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。簡潔に説明すると、Ｆｉｃｏｌｌ／Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ勾配（Ｓｔｅｍｃｅｌｌ）を使用して血液試料からＰＢＭＣを単離し、８０℃で凍結し、液体窒素中で貯蔵した。実験のために、２５０，０００個のＰＢＭＣ／ウェルを２４ウェルプレートに播種した。ＰＢＭＣを、ＰＭＡ／オノマイシン／モネンシン（それぞれ、４０ｎｇ／ｍＬ、１ｍｇ／ｍＬ、及び２ｍｇ／ｍＬ）により３７℃で４時間刺激した。未処理の対照を、陰性対照として使用した。示される場合、ＰＢＭＣを、最終濃度１０％ ｖ／ｖの細菌上清又は細菌培地対照により３７℃で３０分間前処理した。ＰＢＭＣ培養上清中に存在するＩＬ－６を特徴付けるために、上述のように刺激したＰＢＭＣからの細胞培養培地上清を採取し、－８０℃で貯蔵した。その後、これらの上清を解凍し、サイトカイン産生への影響を判定するために使用した。

【0647】

細胞遊走アッセイ。
ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）生細胞イメージングシステム（Ｅｓｓｅｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）及びＴｒａｎｓｗｅｌｌ遊走アッセイを使用して、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ由来の滅菌培養上清への曝露中のＨＣＴ１１６細胞の遊走を評価した。ヒトＨＣＴ１１６腸上皮細胞を、１０％ ＦＢＳ及び１％ Ｐｅｎ／Ｓｔｒｅｐを補充したＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中に維持した。ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）スクラッチ創傷アッセイの場合、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、ポリ－Ｌ－オルニチンコーティングしたＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＩｍａｇｅＬｏｃｋ ９６ウェルプレート（Ｅｓｓｅｎ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ）にプレーティングした。２４時間後、ＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）ＷｏｕｎｄＭａｋｅｒツールを使用して、ほぼコンフルエントな細胞単層に均一なスクラッチ創傷を誘導した。細胞をＤＰＢＳで２回洗浄し、次いで、２００μＬの０．５％ ＦＢＳ ＭｃＣｏｙｓ ５ａ培地中の１％（ｖ／ｖ）のＧ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓからの固定相培養上清を添加した。未接種の細菌培地（１％）が、陰性対照の役割を果たした。刺激剤を添加した直後に、プレートをＩｎｃｕＣｙｔｅ（登録商標）システムに移し、７２時間にわたって２時間ごとに各ウェルをイメージングすることによって、細胞遊走を監視した。統合分析ソフトウェアを使用して、データ分析を実施した。

【0648】

ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）アッセイを介して細胞遊走を評価するために、３．５×１０^４個のＨＣＴ１１６細胞を、２４ウェルプレート（８μｍの孔径、Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｃｏｓｔａｒ）中のＴＣ処理ポリカーボネート膜を有する６．５ｍｍインサートの上部コンパートメント内の１００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地に播種した。６００μＬの１０％ ＦＢＳ培養培地を、下部コンパートメントに添加した。細胞を２４時間沈降させた。ＤＰＢＳ洗浄後、１００μＬ及び６００μＬの０．５％ ＦＢＳ培地を、それぞれ、上部コンパートメント及び下部コンパートメントに添加した。次いで、Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓからの０．４倍濃縮抽出物を、下部コンパートメントに添加した。これらの細菌抽出物は、以前に記載されているように、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を使用して調製した。１６時間後、細胞をＤＰＢＳで洗浄し、膜の上部に取り付けられた細胞を綿棒で慎重に除去した。次いで、膜の底部上の遊走細胞を、７０％エタノール中で１０分間固定し、続いて０．２５％結晶バイオレット中で５分間染色した。ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）インサートを水で洗浄し、乾燥させ、ガラススライド上の水中の５０％グリセロールとともに膜を載置し、直ちにイメージングした。ＴＲＡＮＳＷＥＬＬ（登録商標）実験を、生物学的及び技術的三重複で実施し、各複製物について、膜の２つの代表的な画像を１０倍の倍率で撮影した。遊走細胞の数を、ＩｍａｇｅＪを使用して自動的にカウントし、平均細胞数を表示した。細胞遊走の程度を、３つの生物学的複製物及び３つの技術的反復からのウェル当たり２つの顕微鏡視野における遊走細胞の平均数として表した。

【0649】

ＴＥＥＲ（Ｔｒａｎｓ－Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ Ｅｌｅｃｔｒｉｃａｌ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）を用いた上皮バリア完全性アッセイ
Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓが障壁完全性の喪失を予防する能力を、Ｍａｅｓｔｒｏ Ｐｒｏシステムを使用して、Ｔ８４腸上皮細胞のコンフルエントな単層を横切る経上皮電気抵抗を測定することによって評価した。Ｔ８４細胞をＣｅｌｌＢａｎｋ Ａｕｓｔｒａｌｉａから購入し、５％ウシ胎児血清及び１％ペニシリン－ストレプトマイシンを補充したダルベッコ変法イーグル培地栄養素混合物１２（ＤＭＥＭ／Ｆ１２；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中で培養した。Ｔ８４細胞を合計０．２ｍＬ／ウェルで０．１×１０^６細胞の密度で９６ウェルＣｙｔｏＶｉｅｗ－Ｚプレートに播種し、３７℃、５％ ＣＯ_２でＭａｅｓｔｒｏ Ｐｒｏシステム（Ａｘｉｏｎ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ，Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ，ＵＳＡ）内でインキュベートした。一貫した湿度を維持するために、滅菌水をウェルを囲むコンパートメントに添加した。安定したＴＥＥＲ測定値が確立されると（播種後およそ１００時間）、細胞を組換えヒトＩＦＮ－γ（１００ｎｇ／ｍＬ；Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）で刺激した。刺激後７２時間で、細胞をｄＰＢＳ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）で洗浄し、培地をＤＭＥＭ／Ｆ１２のみで置き換えたか、又は１×ＹＧ／Ｖ培地対照若しくは前述のようにＡｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ－７樹脂を使用して調製した１×Ｇ．ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ細菌抽出物を補充したＤＭＥＭ／Ｆ１２で置き換えた。処理後４５時間で、ＴＥＥＲ測定値を記録し、対照（未処理のＴ８４細胞）と比較したＴＥＥＲ値のパーセンテージ差を、平均±標準偏差としてヒストグラムに視覚化した。統計的有意性は対応のないｔ検定によって決定した。

【0650】

本明細書に引用されるすべての特許、特許出願、及び刊行物の開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0651】

本明細書における引用は、そのような引用が本出願に対する「先行技術」として利用可能であることを認めるものと解釈されるべきではない。

【0652】

本明細書を通して、本発明を任意の１つの実施形態又は特徴の特定の集合に限定することなく、本発明の好ましい実施形態を説明することが目的であった。したがって、当業者は、本開示に照らして、本発明の範囲から逸脱することなく、例示された特定の実施形態において種々の修正及び変更を行うことができることを理解するであろう。このような変更及び変更はすべて、添付の特許請求の範囲に含まれることが意図されている。

【0653】

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Ｙａｎｇ Ｆ，Ｗａｎｇ Ｄ，Ｌｉ Ｙ，Ｓａｎｇ Ｌ，Ｚｈｕ Ｊ，Ｗａｎｇ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈ１／Ｔｈ２ Ｂａｌａｎｃｅ ａｎｄ Ｔｈ１７／Ｔｒｅｇ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ｉｎ ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ Ｍｕｒｉｎｅ Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ Ｄｅｘｔｒａｎ Ｓｕｌｆａｔｅ－Ｉｎｄｕｃｅｄ Ｃｏｌｉｔｉｓ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ｒｅｓｅａｒｃｈ．２０１７；２０１７：７０４７２０１．
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【図1】

【図2-1】

【図2-2】

【図2-3】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7-1】

【図7-2】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14-1】

【図14-2】

【図15】

【図16】

【図17】

【図18-1】

【図18-2】

【図19】

【図20】

【配列表】

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【国際調査報告】