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特表2024-530904コロナウイルススパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-08-27
(54)【発明の名称】コロナウイルススパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬
(51)【国際特許分類】
A61K 31/4178 20060101AFI20240820BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20240820BHJP
A61K 31/445 20060101ALI20240820BHJP
【ＦＩ】
A61K31/4178
A61P31/14
A61K31/445
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024505316
(86)(22)【出願日】2022-08-11
(85)【翻訳文提出日】2024-03-22
(86)【国際出願番号】 US2022074840
(87)【国際公開番号】W WO2023039330
(87)【国際公開日】2023-03-16
(31)【優先権主張番号】63/260,342
(32)【優先日】2021-08-17
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＲＩＴＯＮ
(71)【出願人】
【識別番号】500553730
【氏名又は名称】サウスウエスト リサーチ インスティテュート
【住所又は居所原語表記】６２２０ ＣＵＬＥＢＲＡ ＲＯＡＤ ＳＡＮ ＡＮＴ ＯＮＩＯ，ＴＥＸＡＳ ７８２３８ ＵＳＡ
(71)【出願人】
【識別番号】524037052
【氏名又は名称】ザ ガバメント オブ ザ ユナイテッド ステイツ，アズ リプレゼンティッド バイ ザ セクレタリー オブ ジ アーミー
(71)【出願人】
【識別番号】510244570
【氏名又は名称】ザ ヘンリー エム．ジャクソン ファンデーション フォー ザ アドバンスメント オブ ミリタリー メディシン，インコーポレーテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100079108
【弁理士】
【氏名又は名称】稲葉 良幸
(74)【代理人】
【識別番号】100109346
【弁理士】
【氏名又は名称】大貫 敏史
(74)【代理人】
【識別番号】100117189
【弁理士】
【氏名又は名称】江口 昭彦
(74)【代理人】
【識別番号】100134120
【弁理士】
【氏名又は名称】内藤 和彦
(72)【発明者】
【氏名】ボフマン，ジョナサン エー．
(72)【発明者】
【氏名】グティエレス，ナディーン エム．
(72)【発明者】
【氏名】マクドナー，ジョセフ エー．
(72)【発明者】
【氏名】キャンベル，ロバート フランシス
(72)【発明者】
【氏名】ジョイス，マイケル ゴードン
(72)【発明者】
【氏名】パンチャル，レカー
(72)【発明者】
【氏名】サンカラ，ラジェシュワー
(72)【発明者】
【氏名】デュプランティエ，アレン
【テーマコード（参考）】
4C086
【Ｆターム（参考）】
4C086AA01
4C086AA02
4C086BC21
4C086BC39
4C086GA03
4C086GA07
4C086MA01
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZB33
(57)【要約】
【課題】コロナウイルススパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬の提供。
【解決手段】ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、特定のベンゾイミダゾール化合物（化１）又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【選択図】図１
【解決手段】ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、特定のベンゾイミダゾール化合物（化１）又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の以下のベンゾイミダゾール化合物：【化1】
式中、Ｘは、－ＣＨ２－又はＣ＝Ｏとすることができる、及び、Ｒは、－ＯＣＨ３又は－ＮＨＣＨ３とすることができる；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【請求項2】
前記ベンゾイミダゾール化合物は、メチル３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）ベンゾアートを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記ベンゾイミダゾール化合物は、３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）－Ｎ－メチルベンズアミドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項4】
前記ベンゾイミダゾール化合物は、メチル３－（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンザミド）メチル）ベンゾアートを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項5】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の以下のピペリジン化合物：【化2】
式中、Ｒ１又はＲ２は、ヒドロキシとすることができる、及び、他方は、Ｈ、メトキシ（－ＯＣＨ３）又はエトキシ（－ＯＣＨ２ＣＨ３）である並びにＲ３及びＲ４は、独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＣＦ３又は－ＯＣＨ３である；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【請求項6】
前記ピペリジン化合物は、１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項7】
前記ピペリジン化合物は、１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項8】
前記ピペリジン化合物は、１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－メトキシ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項9】
前記ピペリジン化合物は、Ｎ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項10】
前記ピペリジン化合物は、Ｎ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－ヒドロキシ－４－メトキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項11】
前記ピペリジン化合物は、Ｎ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項12】
前記ピペリジン化合物は、Ｎ－（４’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミドを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項13】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の３－［４－［３－（３，４，５－トリメトキシベンゾイル）オキシプロピル］－１，４－ジアゼパン－１－イル］プロピル３，４，５－トリメトキシベンゾアート又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【請求項14】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量のＮ－（２，２，２－トリフルオロエチル）－９－（４－（４－（４’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－２－カルボキシアミド）ピペリジン－１－イル）ブチル）－９Ｈ－フルオレン－９－カルボキサミド又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、前記対象に投与することを含む方法。
【請求項15】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための抗ウイルス薬であって、メチル３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）ベンゾアートを含む抗ウイルス薬。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
連邦政府による資金提供を受けた研究又は開発に関する陳述
本発明は、米国陸軍医療研究開発指揮部（United States Army Medical Research and Development Command）によって認められたＷ８１ＸＷＨ－１８－２－００４０の下で政府の支援によりなされたものである。政府は、本発明においてある一定の権利を有する。
本発明は、米国陸軍医療研究開発指揮部（United States Army Medical Research and Development Command）によって認められたＷ８１ＸＷＨ－１８－２－００４０の下で政府の支援によりなされたものである。政府は、本発明においてある一定の権利を有する。
【0002】
分野
本発明は、スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬及びコロナウイルスで苦しむ対象を治療するための方法に関する。
本発明は、スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬及びコロナウイルスで苦しむ対象を治療するための方法に関する。
【背景技術】
【0003】
背景
コロナウイルス病は、世界的な大流行を招いた。コロナウイルス病－１９（ＣＯＶＩＤ－１９）は、報告によれば、２０１９年末以降にWuhan（Hubei province、China）において最初に確認され、国際ウイルス分類委員会（International Committee on Taxonomy of Viruses）（ＩＴＶＣ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶに対する類似性により、コロナウイルス病－１９をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と名づけた。
コロナウイルス病は、世界的な大流行を招いた。コロナウイルス病－１９（ＣＯＶＩＤ－１９）は、報告によれば、２０１９年末以降にWuhan（Hubei province、China）において最初に確認され、国際ウイルス分類委員会（International Committee on Taxonomy of Viruses）（ＩＴＶＣ）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶに対する類似性により、コロナウイルス病－１９をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と名づけた。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0004】
概要
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の以下のベンゾイミダゾール化合物：
式中、Ｘは、－ＣＨ２－又はＣ＝Ｏとすることができる、及び。Ｒは、－ＯＣＨ３又は－ＮＨＣＨ３とすることができる；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の以下のベンゾイミダゾール化合物：
【化1】
式中、Ｘは、－ＣＨ２－又はＣ＝Ｏとすることができる、及び。Ｒは、－ＯＣＨ３又は－ＮＨＣＨ３とすることができる；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
【0005】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の以下のピペリジン化合物：
式中、Ｒ１又はＲ２は、ヒドロキシとすることができる、及び、他方は、Ｈ、メトキシ（－ＯＣＨ３）又はエトキシ（－ＯＣＨ２ＣＨ３）である並びにＲ３及びＲ４は、独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＣＦ３又は－ＯＣＨ３である；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
【化2】
式中、Ｒ１又はＲ２は、ヒドロキシとすることができる、及び、他方は、Ｈ、メトキシ（－ＯＣＨ３）又はエトキシ（－ＯＣＨ２ＣＨ３）である並びにＲ３及びＲ４は、独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＣＦ３又は－ＯＣＨ３である；
又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
【0006】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量の３－［４－［３－（３，４，５－トリメトキシベンゾイル）オキシプロピル］－１，４－ジアゼパン－１－イル］プロピル３，４，５－トリメトキシベンゾアート又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
【0007】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための方法であって、有効量のＮ－（２，２，２－トリフルオロエチル）－９－（４－（４－（４’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－２－カルボキシアミド）ピペリジン－１－イル）ブチル）－９Ｈ－フルオレン－９－カルボキサミド又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む方法。
【0008】
ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体の治療を、それを必要とする哺乳動物対象において行うための抗ウイルス薬であって、メチル３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）ベンゾアートを含む抗ウイルス薬。
【0009】
図面の簡単な説明
特許書類又は出願書類は、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含有する。カラー図面を有するこの特許公報又は特許出願公報の写しは、申請及び必要な料金の支払いに応じて特許庁によって提供される。
特許書類又は出願書類は、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含有する。カラー図面を有するこの特許公報又は特許出願公報の写しは、申請及び必要な料金の支払いに応じて特許庁によって提供される。
【図面の簡単な説明】
【0010】
【図1】図１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質ＲＢＤ－ＮＴＤ－ＳＤ１キメラモデルを示す図である。ＲＢＤ－ＮＴＤ－ＳＤ１モデルは、高解像度のＲＢＤ構造にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｓ三量体（ＰＤＢ ＩＤ：６ＶＳＢ）のＢ鎖を重ね合わせ、Ｂ鎖からＳＤ１を、Ｃ鎖からＮＴＤを抜き出すことによって作製した。ドメイン同士の相対的な位置により、インシリコ阻害剤探索のための標的にすることができるかもしれないくぼみを確定することができる。
【図2A】図２Ａは、結合阻害剤を探索するために使用されるＲＢＤ－ＮＴＤ－ＳＤ１モデルを、リボン図で、２つのビュー、（左）スパイク糖タンパク質を上から見下ろすビュー及び（右）１８０°回転させた、スパイク糖タンパク質の内部のビューで示す図である。
【図4】図４は、化合物２、３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）－Ｎ－メチルベンズアミドについての用量反応曲線を示す図である。
【図7】図７は、化合物５、１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドについての用量反応曲線を示す図である。
【図10】図１０は、化合物８、Ｎ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－ヒドロキシ－４－メトキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミドについての用量反応曲線を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0011】
詳細な説明
スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体で苦しむ対象を治療するための組成物及び方法が、提供される。本明細書において対象、個人、宿主又は患者を指す時は、同じ意味で用いられ、診断、治療、療法が所望される任意の哺乳動物対象、特にヒトを指す。治療は、哺乳動物における疾患の任意の治療であってもよく、疾患が生じるのを予防すること、疾患を阻害すること、その発症を抑えること又は疾患を軽減すること若しくは疾患の後退を引き起こすことを含む。
スパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体で苦しむ対象を治療するための組成物及び方法が、提供される。本明細書において対象、個人、宿主又は患者を指す時は、同じ意味で用いられ、診断、治療、療法が所望される任意の哺乳動物対象、特にヒトを指す。治療は、哺乳動物における疾患の任意の治療であってもよく、疾患が生じるのを予防すること、疾患を阻害すること、その発症を抑えること又は疾患を軽減すること若しくは疾患の後退を引き起こすことを含む。
【0012】
インビトロスクリーニングプロトコール
最初に、抗ウイルス活性について本明細書において特定された医薬のスクリーニングを行った。詳細には、小分子の一次スクリーニングを、２つ独立した反復試験のプレートにおいて１０μＭの単一の最終濃度で化合物をテストすることによって実行した。両方の反復実験プレートにおいて＞５０％の感染阻害及び細胞数における＜２０％の減少を示した化合物は、ヒットとみなされた。特定したヒットの効力及び選択指数を決定するために、化合物を、３０～０．０１μＭの範囲の濃度の３倍段階希釈による８点用量反応及び４回の反復試験においてテストした。Ｎ－ヒドロキシシチジン（ＮＨＣ）、既知の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を有する抗ウイルス剤を、基準阻害剤として使用した。
最初に、抗ウイルス活性について本明細書において特定された医薬のスクリーニングを行った。詳細には、小分子の一次スクリーニングを、２つ独立した反復試験のプレートにおいて１０μＭの単一の最終濃度で化合物をテストすることによって実行した。両方の反復実験プレートにおいて＞５０％の感染阻害及び細胞数における＜２０％の減少を示した化合物は、ヒットとみなされた。特定したヒットの効力及び選択指数を決定するために、化合物を、３０～０．０１μＭの範囲の濃度の３倍段階希釈による８点用量反応及び４回の反復試験においてテストした。Ｎ－ヒドロキシシチジン（ＮＨＣ）、既知の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２活性を有する抗ウイルス剤を、基準阻害剤として使用した。
【0013】
毒性株によるすべての感染は、ＣＤＣ及び米国陸軍安全規程（US Army safety regulations）に従ってＢＳＬ－３実験室において実行した。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の小分子阻害剤を特定するために、ＶｅｒｏＥ６細胞（ATCC CRL-1586）を、３８４ウェルイメージングプレート（Aurora Microplates、ABE2-31101A）中に４０００細胞／ウェルの密度で播種した。翌日、細胞を、２時間化合物により前処理し、次いで、０．０１の感染多重度（ＭＯＩ）でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ＵＳＡ－ＷＡ１／２０２０）に感染させた。感染の３２時間後に、細胞を、１０％ホルマリン中で固定した。ウイルス抗原を検出するために、蛍光免疫染色を実行し、ホルマリン固定細胞を、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）により３回洗浄し、次いで、５０μｌの組み合わせた細胞透過処理及び遮断バッファー（ＰＢＳ中３％ＢＳＡ、０．１％Triton X-100）と共に室温（ＲＴ）でインキューベートした。１時間後、遮断バッファーを、ＰＢＳ中で１：１０００に希釈した５０μｌ一次抗体溶液（SARS-CoV/SARS-CoV-2 Nucleocapsid Rabbit Mab、Sino Biological、Cat 40143-R001）と交換し、ＲＴで１時間結合させた。５０μｌ ＰＢＳによる２回の洗浄後、細胞を、Ａｌｅｘａ ４８８抗ウサギＩｇＧ（Invitrogen A11031）の１：５００希釈液により３０分間染色した。３０分後、細胞を、ＰＢＳにより３回洗浄した。最終ステップにおいて、ＰＢＳを、ウェル当たり５０μｌの１：１００００ Hoechst核染料（Invitrogen H3570）及び細胞質染色剤である５ｍｇ／ｍｌ HCS Cellmask Deep Red（Invitrogen H32721）、すべてＰＢＳにより希釈、と交換した。
【0014】
ウイルス感染を定量化するために、イメージを、１０×空気対物レンズ（air objective）を使用してPerkin Elmer Operaクアッド励起共焦点顕微鏡（quad-excitation confocal microscope）（モデル５０２５）を使用し、取得した。核、ウイルス核タンパク質及び細胞質は、それぞれ４０５、４８８及び６４０ｎｍチャネルを使用して検出した。ウイルス陽性細胞は、細胞質マスク（cytoplasmic mask）によって示される境界内の４８８励起シグナルの存在によって特定した。強度カットオフは、非感染対照ウェルにおけるバックグラウンド蛍光の強度によって決定し、個別の実験ごとに補正した。アッセイの頑健性は、プレートごとのＺ’値を（Ji-Hu Zhang J,Thomas D.Y.Chung and Kevin R.Oldenburg,A Simple Statistical Parameter for Use in Evaluation and Validation of High Throughput Screening Assays,J.of Biomolecular Screening,4:67,1999）以下の式を使用して計算することによって決定した：
（Ｚ’＝（１－（３×シグナルｍａｘ（中立（neutral）／感染のみの対照）のＳＴＤＥＶ＋３×ＳＴＤＥＶシグナルｍｉｎ（阻害剤／感染なしの対照））／ＡＢＳ（平均シグナルｍａｘ－シグナルｍｉｎの平均））。
（Ｚ’＝（１－（３×シグナルｍａｘ（中立（neutral）／感染のみの対照）のＳＴＤＥＶ＋３×ＳＴＤＥＶシグナルｍｉｎ（阻害剤／感染なしの対照））／ＡＢＳ（平均シグナルｍａｘ－シグナルｍｉｎの平均））。
【0015】
Ｚ’＞０．５を有するプレートは、データ解析を検討した。化合物の存在下におけるウイルス感染阻害及び細胞毒性のパーセントを決定するために、Acapellaにより生成した細胞データを、Spotfireにインポートする（視覚的解析統計ソフトウェア、Perkin Elmer Inc.、MA）。感染対照（感染及びＤＭＳＯ処理）ウェルと比べてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の５０％を超える阻害を見せた化合物及び感染対照と比べて細胞数を２０％超低下させなかった化合物は、「ヒット」とみなした。ヒット化合物は、次いで、用量反応アッセイのために選択した。
【0016】
化合物の効力（ＥＣ５０、ＥＣ９０）、細胞毒性（ＣＣ５０）及び選択指数（ＳＩ）を決定するために、用量反応曲線解析は、GeneDataソフトウェアを使用し、曲線あてはめ手法にLevenberg-Marquardtアルゴリズム（ＬＭＡ）を適用して実行した。あてはめ手法は、Ｒ２＞０．８である場合に許容されるとみなされる。
【0017】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的にする抗ウイルス能力
多様なコロナウイルスは、ヒトに感染し、重大な病気及び疾患を引き起こし、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２といった人畜共通感染症の最近の出現によって大きく取り上げられた。コロナウイルスは、ビリオン表面に位置する典型的なスパイク糖タンパク質分子を有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質は、準安定な三量体を形成する３つのインターカレーティング単量体（intercalating monomer）から構成されるＩ型融合糖タンパク質である。それぞれのスパイク単量体は、フューリン酵素活性によってＳ１及びＳ２に切断される。Ｓ１領域は、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）及び受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有する。ヒト感染及びウイルス細胞侵入のプロセスは、ヒトアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体へのＲＢＤの結合によって開始される。これは、次いで、準安定なスパイクが融合前形態から変化できるようにし、ウイルス細胞融合及び細胞侵入をできるようにする融合ペプチドの「放出」及び構造の再配置を可能にする。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤは、「アップ型」立体構造（ＲＢＤ ＡＣＥ２結合部位が到達できる）及び「ダウン型」立体構造（ＡＣＥ２結合部位が到達できない）と称される、スパイクに関する２つの主な立体構造をとる。コロナウイルススパイク糖タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２にとって不可欠である。
多様なコロナウイルスは、ヒトに感染し、重大な病気及び疾患を引き起こし、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２といった人畜共通感染症の最近の出現によって大きく取り上げられた。コロナウイルスは、ビリオン表面に位置する典型的なスパイク糖タンパク質分子を有する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質は、準安定な三量体を形成する３つのインターカレーティング単量体（intercalating monomer）から構成されるＩ型融合糖タンパク質である。それぞれのスパイク単量体は、フューリン酵素活性によってＳ１及びＳ２に切断される。Ｓ１領域は、Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）及び受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を含有する。ヒト感染及びウイルス細胞侵入のプロセスは、ヒトアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）受容体へのＲＢＤの結合によって開始される。これは、次いで、準安定なスパイクが融合前形態から変化できるようにし、ウイルス細胞融合及び細胞侵入をできるようにする融合ペプチドの「放出」及び構造の再配置を可能にする。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤは、「アップ型」立体構造（ＲＢＤ ＡＣＥ２結合部位が到達できる）及び「ダウン型」立体構造（ＡＣＥ２結合部位が到達できない）と称される、スパイクに関する２つの主な立体構造をとる。コロナウイルススパイク糖タンパク質は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２にとって不可欠である。
【0018】
３つのスパイク糖タンパク質単量体のインターカレーション性（intercalated nature）は、１つの鎖からのＲＢＤが別の鎖からのＮＴＤと並んでいることを意味する。このドメインの構成は、到達できない「ダウン型」の位置から十分に到達できる「アップ型」立体構造へのＲＢＤ受容体部位の可動性及びちょうつがい式の動き（hinging）を可能にすると考えられた。スパイクＲＢＤの抗ウイルスターゲティングは、２つの理論的根拠、（ｉ）ＡＣＥ２結合部位の遮断並びに（ｉｉ）「アップ型」立体構造へのＲＢＤの変化の邪魔及び従ってＡＣＥ２結合部位の到達性の妨害に関係した。ＲＢＤ上のＡＣＥ２結合部位は、疎水性パッチを含有するが、ＡＣＥ２結合と同時に可動性４７６～４８６ループのわずかな立体構造の変化もまたある。この部位は、ＡＣＥ２－ＲＢＤ相互作用を妨げる［ＰＭＩＤ：３２９１７８８４］及び抗ウイルス活性を有する［ＰＭＩＤ：３３３１０７８０］ペプチドベースの阻害剤によって標的にされてきた（２２～４４などのＡＣＥ２タンパク質由来の残基の短いストレッチを利用する）。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク構造についてのより最近の解析は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のロック状態の構造において（ＰＤＢ ＩＤ：６ＺＢ４）［ＰＭＩＤ：３２９５８５８０］、主にＲＢＤに関係するが、本質的にスパイクのその「閉じた」立体構造を安定化させる「遊離脂肪酸結合ポケット」を特定した。
【0019】
１．９５オングストロームの高解像度のＲＢＤ構造が、可動性４７６～４８６ループ領域を含め、ＲＢＤ（残基３３２～５２６）、側鎖ロータマーの完全なマッピングを可能にしたことが本明細書において決定された。この分子を、次いで、三量体スパイクにドッキングした（ＰＤＢ ＩＤ：６ＶＳＢ）。図１を参照されたい。ＲＢＤ並びに近位の隣接するＮＴＤ及びＳＤ１の互いの位置を、重ね合わせた分子から抽出し、ＲＢＤ－ＮＴＤ－ＳＤ１モデルを作製した。このモデルは、ＥＭモデル由来の高解像度のＲＢＤ構造（残基３２１～５２６、水分子及びグリカンを含む）並びにＮＴＤ－ＳＤ１構造（残基２７～２９４、３２１～３３１、５２７～５９１）から構成された。このハイブリッドモデルは、ＲＢＤ残基３５５、３９６、４２８、４６２、４６４及びＮＴＤ残基１９７、２０１、２３１、３３１に隣接する化合物の特定を可能にした。
【0020】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク糖タンパク質ＲＢＤ－ＮＴＤ－ＳＤ－１モデル及び推定される小分子結合部位を示す図２Ａ、２Ｂ及び２Ｃを参照されたい。これらの結合ポケットは、ＲＢＤ及びＮＴＤの両方の不連続領域から構築される。ＷＲ４１５０２８は、本明細書における化合物４、１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドである。ＷＲ３００７４０は、ジラゼプ又は３－（４－｛３－［（３，４，５－トリメトキシフェニル）カルボニルオキシ］プロピル｝－１，４－ジアゼパン－１－イル）プロピル３，４，５－トリメトキシベンゾアートを指す。ロミタピドメシル酸塩は、Ｎ－（２，２，２－トリフルオロエチル）－９－［４－［４－［［［４’－（トリフルオロメチル）［１，１’－ビフェニル］－２－イル］カルボニル］アミノ］－１－ピペリジニル］ブチル］－９Ｈ－フルオレン－９－カルボキサミドメタンスルホナートを指す。イマチニブは、４－［（４－メチルピペラジン－１－イル）メチル］－Ｎ－（４－メチル－３－｛［４－（ピリジン－３－イル）ピリミジン－２－イル］アミノ｝フェニル）ベンズアミドを指す。
【0021】
したがって、本発明は、哺乳動物対象における、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体を標的にする抗ウイルス薬並びにＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体で苦しむ対象を治療するための方法に関する。方法は、本明細書において特定された化合物又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて、対象に投与することを含む。薬学的に許容されるキャリアは、溶液又は懸濁液などの、経口投与に適した剤形を含んでいてもよい。剤形は、錠剤、カプセル又はゲルキャップ（gel cap）などの固形剤であってもよい。薬学的に許容されるキャリアは、静脈内送達に適した製剤を含んでいてもよい。
【0022】
投与は、対象のウイルス量（ＰＣＲを介して評価することができる）における低下、対象のウイルス感染症状（例えば熱、酸素飽和度の減少、息切れ、呼吸困難、疲労、筋肉痛、体の痛み、胸痛若しくは胸部圧迫感、頭痛、味覚消失、嗅覚消失、咽頭痛、うっ血、吐き気、嘔吐、下痢、混乱、咳又は発疹）の一つ以上及び／又は臨床状態における改善を提供すると考えられる。臨床状態は、WHO Ordinal Scale for Clinical Improvementを利用して評価されてもよい。
【0023】
第１の実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体のスパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬は、下記の式Ｉにおいて特定されるベンズイミダゾール又はその薬学的に許容される塩を含む。
【化3】
【0024】
上記において、Ｘは、－ＣＨ２－又はＣ＝Ｏとすることができる及びＲは、－ＯＣＨ３又は－ＮＨＣＨ３とすることができる；
【0025】
好ましくは、本明細書における式Ｉにおける抗ウイルス薬は、以下を含む。
１．化合物１：以下の一般的な構造を有するメチル３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）ベンゾアート：
２．化合物２：以下の一般的な構造を有する３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）－Ｎ－メチルベンズアミド：
３．化合物３：以下の一般的な構造を有するメチル３－（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンザミド）メチル）ベンゾアート：
１．化合物１：以下の一般的な構造を有するメチル３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）ベンゾアート：
【化4】
２．化合物２：以下の一般的な構造を有する３－（（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンジル）アミノ）メチル）－Ｎ－メチルベンズアミド：
【化5】
３．化合物３：以下の一般的な構造を有するメチル３－（（３－（５－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－２－イル）チオフェン－３－イル）ベンザミド）メチル）ベンゾアート：
【化6】
【0026】
下記の表１は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対する上述の化合物についての効力（ＥＣ５０、ＥＣ９０）、細胞毒性（ＣＣ５０）及びＳＩ（選択指数＝ＣＣ５０／ＥＣ５０）に関するデータを提供する。ＥＣ５０は、最大の反応の半分を提供する用量を指す。ＥＣ９０は、最大の反応の９０％を提供する用量を指す。ＣＣ５０は、５０％の細胞生存率の低下に必要とされる濃度である。化合物１～３についての用量反応曲線を、それぞれ図３～５に提供する。
【0027】
【表1】
【0028】
第２の実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体のスパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬は、下記の式２において特定されるピペリジン又はその薬学的に許容される塩を含む。
【化7】
【0029】
上記において、Ｒ１又はＲ２は、ヒドロキシとすることができる及び他方は、Ｈ、メトキシ（－ＯＣＨ３）又はエトキシ（－ＯＣＨ２ＣＨ３）である並びにＲ３及びＲ４は、独立して、Ｈ、Ｆ、Ｃｌ、ＣＦ３又は－ＯＣＨ３である。
【0030】
好ましくは、本明細書における式２における抗ウイルス薬は、以下を含む。
４．化合物４：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
５．化合物５：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
６．化合物６：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－メトキシ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
７．化合物７：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
８．化合物８：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－ヒドロキシ－４－メトキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
９．化合物９：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
１０．化合物１０：以下の一般的な構造を有するＮ－（４’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
４．化合物４：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化8】
５．化合物５：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化9】
６．化合物６：以下の一般的な構造を有する１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）－Ｎ－（３’－メトキシ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化10】
７．化合物７：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化11】
８．化合物８：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－ヒドロキシ－４－メトキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化12】
９．化合物９：以下の一般的な構造を有するＮ－（３’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化13】
１０．化合物１０：以下の一般的な構造を有するＮ－（４’－クロロ－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１－（３－エトキシ－４－ヒドロキシベンジル）ピペリジン－４－カルボキサミド：
【化14】
【0031】
下記の表２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対する上述の化合物についての効力（ＥＣ５０、ＥＣ９０）、細胞毒性（ＣＣ５０）及びＳＩ（選択指数＝ＣＣ５０／ＥＣ５０）に関するデータを提供する。化合物４～１０についての用量反応曲線を、それぞれ図６～１２に提供する。
【0032】
【表2】
【0033】
第３の実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体のスパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬は、式３、ジラゼプ、別名３－［４－［３－（３，４，５－トリメトキシベンゾイル）オキシプロピル］－１，４－ジアゼパン－１－イル］プロピル３，４，５－トリメトキシベンゾアート又はその薬学的に許容される塩を、任意選択で薬学的に許容されるキャリアにおいて含む。ジラゼプは、以下の一般的な構造を有する。
【化15】
【0034】
ジラゼプは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対して３．８９ｕＭ＋／－２．１のＥＣ５０値、１９．８ｕＭのＥＣ９０値、＞３０．０ｕＭのＣＣ５０値及び＞７．７のＳＩを示した。用量反応曲線を、図１３に表す。
【0035】
第４の実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－１、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｃｏｖｉｄ－１９）及びＭＥＲＳ－ＣｏＶ並びにそれぞれの変異体のスパイク受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を標的にする抗ウイルス薬は、以下の一般的な構造を有するＮ－（２，２，２－トリフルオロエチル）－９－（４－（４－（４’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－２－カルボキシアミド）ピペリジン－１－イル）ブチル）－９Ｈ－フルオレン－９－カルボキサミドを含む。
【化16】
【0036】
Ｎ－（２，２，２－トリフルオロエチル）－９－（４－（４－（４’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－２－カルボキシアミド）ピペリジン－１－イル）ブチル）－９Ｈ－フルオレン－９－カルボキサミドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株に対して１．６１のＥＣ５０値、２．８３ｕＭのＥＣ９０値、９．５６ｕＭのＣＣ５０値及び＞５．９２のＳＩを示した。用量反応曲線を、図１４に提供する。
【0037】
当業者は、本発明が、本明細書において記載され、考えられる特定の好ましい実施形態以外の種々の形態で表されてもよいことを認識する。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【国際調査報告】