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特表2024-533973結腸直腸癌または進行性腺腫を診断するためのバイオマーカー
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-09-18
(54)【発明の名称】結腸直腸癌または進行性腺腫を診断するためのバイオマーカー
(51)【国際特許分類】
G01N 33/68 20060101AFI20240910BHJP
G01N 27/62 20210101ALI20240910BHJP
G16B 40/20 20190101ALI20240910BHJP
C07K 14/435 20060101ALI20240910BHJP
【ＦＩ】
G01N33/68
G01N27/62 V ZNA
G16B40/20
C07K14/435
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024506787
(86)(22)【出願日】2022-08-03
(85)【翻訳文提出日】2024-03-26
(86)【国際出願番号】 US2022074482
(87)【国際公開番号】W WO2023015215
(87)【国際公開日】2023-02-09
(31)【優先権主張番号】63/229,185
(32)【優先日】2021-08-04
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521339843
【氏名又は名称】ヴェン バイオサイエンシーズ コーポレーション
(74)【代理人】
【識別番号】100107456
【弁理士】
【氏名又は名称】池田 成人
(74)【代理人】
【識別番号】100162352
【弁理士】
【氏名又は名称】酒巻 順一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100123995
【弁理士】
【氏名又は名称】野田 雅一
(72)【発明者】
【氏名】セリー， ダニエル
(72)【発明者】
【氏名】リンドペイントナー， クラウス
【テーマコード（参考）】
2G041
2G045
4H045
【Ｆターム（参考）】
2G041CA01
2G041EA04
2G041FA12
2G041FA13
2G041GA03
2G041GA06
2G041GA09
2G041HA01
2G041JA02
2G041KA01
2G041LA08
2G041LA20
2G045AA26
2G045CA25
2G045CA26
2G045CB04
2G045DA44
2G045FA33
4H045AA10
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA40
4H045EA50
4H045FA71
(57)【要約】
本明細書では、結腸直腸癌または進行性腺腫などの疾患及び状態を診断するのに有用な糖ペプチドバイオマーカーについて記載する。糖ペプチドバイオマーカーを生成する方法及び質量分光法を使用して糖ペプチドを分析する方法も本明細書に記載される。機械学習アルゴリズムを使用して糖ペプチドを分析する方法も本明細書に記載される。
【選択図】図２
【選択図】図２
【特許請求の範囲】
【請求項1】
結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して対象から得られた生体試料を分類する方法であって、前記生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることと、
ペプチド構造のセットについて前記ペプチド構造データから特定された定量データを、前記定量化データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することであって、前記ペプチド構造のセットは、表１０の複数のペプチド構造から特定される少なくとも１つのペプチド構造を含む、前記入力することと、
前記機械学習モデルによって前記疾患指標を特定することと、
前記特定された疾患指標に基づいてＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して前記生体試料を分類することと、を含む、前記方法。
【請求項2】
対象における結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）の存在を検出する方法であって、前記対象から得られた生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることであって、前記ペプチド構造データが、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む、前記受け取ることと、
ペプチド構造のセットについて前記ペプチド構造データから特定された定量データを、前記定量化データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することと、
前記特定された疾患指標がＣＲＣまたはＡＡに関連する選択された範囲内に含まれるという判定に応じて、ＣＲＣまたはＡＡの存在を検出することと、を含む、前記方法。
【請求項3】
前記タンパク質のセットが、１つ以上の糖タンパク質を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項4】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、糖ペプチドを含む、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項5】
前記複数の状態が、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、または健康な状態のうちの少なくとも１つを含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項6】
前記機械学習モデルが、正則化回帰モデルを含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項7】
前記正則化回帰モデルが、最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）回帰モデルを含む、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
前記ペプチド構造のセットのペプチド構造についての前記定量データが、存在量、相対存在量、正規化済み存在量、または差分存在量のうちの少なくとも１つを含む、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項9】
前記ペプチド構造のセットのペプチド構造についての前記定量化データが、相対量、調整済み量、正規化済み量、相対濃度、調整済み濃度、または正規化済み濃度のうちの少なくとも１つを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
前記定量化データが、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）システムを使用して生成される、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項11】
前記ペプチド構造データが、多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生成される、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項12】
前記機械学習モデルが、前記対象からの前記生体試料が前記複数の状態のうちのどの状態であるかを判定するために、前記ペプチド構造のパネルのサブセットであるペプチド構造のセットに対応する前記定量化データの一部を用いて訓練されたものである、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記複数の対象についての前記定量化データを使用して示差的発現分析を行うことをさらに含む、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項14】
前記生体試料が、血液、血清、血漿、または便のうちの少なくとも１つを含む、請求項１～１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項15】
対象の結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、前記対象から得られた生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることであって、前記ペプチド構造データが、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む、前記受け取ることと、
前記少なくとも１つのペプチド構造の定量データを、前記定量データに基づいてＣＲＣまたはＡＡについての疾患指標を生成するように訓練された機械学習モデルに入力することと、
前記機械学習モデルによって前記疾患指標を特定することと、
前記疾患指標に基づいて、ＣＲＣまたはＡＡを治療するために複数の治療レジメンのうちの少なくとも１つを選択することと、を含む、前記方法。
【請求項16】
対象の結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることと、
ペプチド構造のセットについて前記ペプチド構造データから特定された定量データを、前記定量化データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することであって、前記ペプチド構造データが、表１０の複数のペプチド構造から特定される少なくとも１つのペプチド構造を含む、前記入力することと、
前記機械学習モデルによって前記疾患指標を特定することと、
前記特定された疾患指標に基づいてＣＲＣまたはＡＡの分類を決定することと、
前記分類に基づいて、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための複数の治療レジメンのうちの少なくとも１つを選択することと、
前記分類に基づいて、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための複数の治療レジメンのうちの前記少なくとも１つを投与することと、を含む、前記方法。
【請求項17】
前記タンパク質のセットが、１つ以上の糖タンパク質を含む、請求項１５または１６に記載の方法。
【請求項18】
選択された治療レジメンを前記対象に投与することをさらに含む、請求項１５～１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項19】
結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を有する個人を診断する方法であって、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の存在または量を検出することと、
前記検出された少なくとも１つのペプチド構造の定量化を、分類ラベルを生成するように訓練された機械学習モデルに入力することと、
前記分類ラベルが分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、
前記分類ラベルが前記分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて、前記個人の診断分類を特定することと、
前記診断分類に基づいて前記個人をＣＲＣまたはＡＡを有するものとして診断することと、を含む、前記方法。
【請求項20】
前記定量化データが、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）システムを使用して生成される、請求項１～１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項21】
前記ペプチド構造データが、多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生成される、請求項１～２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項22】
前記少なくとも１つのペプチド構造の量が存在しないか、または検出限界未満である、請求項１～２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項23】
前記ＣＲＣが、早期または末期のＣＲＣのうちの１つである、請求項１～２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項24】
前記ＣＲＣが、ステージＩのＣＲＣ、ステージＩＩのＣＲＣ、ステージＩＩＩのＣＲＣ、またはステージＩＶのＣＲＣのうちの１つである、請求項１～２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項25】
前記少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される３種以上のペプチド構造を含む、請求項１～２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項26】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む、請求項１～２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項27】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号５及び／または配列番号６に記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む、請求項１～２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項28】
前記対象が、ＣＲＣに関連する１つ以上のリスク因子を有する、請求項１～２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項29】
前記個人が、健康な状態を有すると判定され、前記健康な状態にはＣＲＣもＡＡもないことが含まれる、請求項１～２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項30】
前記対象について検出された前記対応する状態に基づく診断を含むレポートを生成することをさらに含む、請求項１～２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項31】
結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態のうちの１つを有する対象を診断するためのモデルを訓練する方法であって、ＣＲＣまたはＡＡに関連する前記複数の状態を診断された複数の対象におけるペプチド構造のパネルについての定量化データを受け取ることと、
前記定量化データに基づいて前記対象からの生体試料の前記複数の状態のうちの特定の状態を判定するように機械学習モデルを訓練することと、を含む、前記方法。
【請求項32】
前記複数の状態のうちの前記特定の状態を判定するように前記機械学習モデルを訓練することは、前記複数の状態のうちの前記特定の状態についての分類ラベルを生成するように前記機械学習モデルを訓練することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
前記複数の状態が、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、または健康な状態のうちの少なくとも１つを含む、請求項３１または請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
前記機械学習モデルが、正則化回帰モデルを含む、請求項３１～３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項35】
前記正則化回帰モデルが、最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）回帰モデルを含む、請求項３１～３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項36】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、または少なくとも３５種の異なるペプチドを含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項37】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、または少なくとも５種の異なるペプチドを含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項38】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種の異なるペプチドを含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項39】
前記少なくとも１つのペプチド構造が、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、または少なくとも２０種の異なるペプチドを含む、請求項１～３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項40】
前記少なくとも１つのペプチド構造がペプチド配列及びグリカン構造を含み、前記グリカン構造が、表１０に記載のペプチド配列中の結合部位位置に結合されている、請求項１～３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項41】
前記ペプチド配列の前記グリカン構造が、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、前記グリカン構造が、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載の前記グリカン構造ＧＬ番号に記載される記号構造を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記ペプチド配列のグリカン構造が、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、前記グリカン構造が、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載の前記グリカン構造ＧＬ番号に記載される組成を含む、請求項４０または４１に記載の方法。
【請求項43】
表１１Ａの前記グリカン構造の一番右のＮ－アセチルガラクトサミンが、表１０に記載される前記ペプチド配列内の結合部位位置に結合されており、表１１Ｂの前記グリカン構造の一番下のＮ－アセチルグルコサミンが、表１０に記載される前記ペプチド配列内の結合部位位置に結合されている、請求項４０～４２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項44】
表１０の１つ以上のペプチド構造を含む、組成物。
【請求項45】
前記１つ以上のペプチド構造がペプチド配列及びグリカン構造を含み、前記グリカン構造が、表１０に記載の前記ペプチド配列中の結合部位位置に結合されている、請求項４４に記載の組成物。
【請求項46】
前記ペプチド配列の前記グリカン構造が、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、前記グリカン構造が、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載の前記グリカン構造ＧＬ番号に記載される記号構造を含む、請求項４５に記載の組成物。
【請求項47】
前記ペプチド配列のグリカン構造が、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、前記グリカン構造が、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載の前記グリカン構造ＧＬ番号に記載される組成を含む、請求項４５または４６に記載の組成物。
【請求項48】
表１１Ａの前記グリカン構造の一番右のＮ－アセチルガラクトサミンが、表１０に記載される前記ペプチド配列内の結合部位位置に結合されており、表１１Ｂの前記グリカン構造の一番下のＮ－アセチルグルコサミンが、表１０に記載される前記ペプチド配列内の結合部位位置に結合されている、請求項４５～４７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項49】
配列番号１～３８に記載の配列を含む１つ以上のペプチドを含む、組成物。
【請求項50】
前記１つ以上のペプチドが、配列番号５及び／または配列番号６に記載の配列を含む、請求項４９に記載の組成物。
【請求項51】
前記１つ以上のペプチドが、１つ以上の糖ペプチドを含む、請求項４９または５０に記載の組成物。
【請求項52】
１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～３８に記載される配列を含む１つ以上のペプチドを含む、キット。
【請求項53】
前記１つ以上のペプチドが、配列番号５及び／または配列番号６に記載の配列を含む、請求項５２に記載のキット。
【請求項54】
１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む、キット。
【請求項55】
１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む、キット。
【請求項56】
１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む、キット。
【請求項57】
結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して対象から得られた生体試料を分類する方法であって、前記生体試料から得られた質量分析（ＭＳ）定量化データを受け取ることであって、
前記定量化データは、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドのそれぞれに関連する定量化レベルを含む、前記受け取ることと、
前記ＭＳ定量化データを機械学習モデルに入力することであって、
前記機械学習モデルは、ＣＲＣを有するか、ＡＡを有するか、またはＣＲＣもＡＡも有さないものとして特徴付けられる訓練試料からの定量化データを含む１つ以上の訓練ＭＳ定量化データセットで訓練されており、
各訓練試料について、前記関連する訓練ＭＳ定量化データは、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドのそれぞれに関連する定量化レベルを含む、前記入力することと、
ＣＲＣまたはＡＡに関連する前記複数の状態に関して前記生体試料を分類することと、を含む、前記方法。
【請求項58】
前記生体試料が、ＣＲＣを有するものとして分類される、請求項５７に記載の方法。
【請求項59】
前記生体試料が、ＡＡを有するものとして分類される、請求項５７に記載の方法。
【請求項60】
前記生体試料が、ＣＲＣもＡＡも有さないものとして分類される、請求項５７に記載の方法。
【請求項61】
ＣＲＣもＡＡも有さないことを特徴とする前記訓練試料の少なくとも１つが、健康な対象から得られる、請求項５７に記載の方法。
【請求項62】
前記ＭＳ定量化データが、ペプチド配列情報を含む、請求項５７～６１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項63】
前記ＭＳ定量化データが、翻訳後修飾情報を含む、請求項５７～６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項64】
前記翻訳後修飾情報が、グリカン情報を含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項65】
前記ＭＳ定量データが、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む、請求項５７～６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項66】
前記ＭＳ定量データが、表１０の１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む、請求項５７～６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項67】
前記ＭＳ定量データが、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する少なくとも１つのペプチドに関連する定量化レベルを含む、請求項５７～６４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項68】
ペプチドの定量化レベルが、前記ペプチドの非存在を反映する、請求項５７～６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項69】
前記訓練ＭＳ定量データが、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む、請求項５７～６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項70】
前記訓練ＭＳ定量データが、表１０の１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む、請求項５７～６９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項71】
前記ＭＳ定量化データが、ＭＳ技術を使用して前記生体試料またはその誘導体の分析から取得される、請求項５７～７０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項72】
前記ＭＳ技術が、ＭＲＭ技術である、請求項７１に記載の方法。
【請求項73】
対象から得られた生体試料の糖ペプチドプロファイルを決定する方法であって、前記糖ペプチドプロファイルが、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルに基づいたものであり、
前記生体試料またはその誘導体を、表９の１つ以上のタンパク質に由来する前記１つ以上のペプチドを評価するように構成された質量分析（ＭＳ）技術に供してＭＳ情報を取得することと、
前記ＭＳ情報に基づいて、表９の１つ以上のタンパク質に由来する前記１つ以上のペプチドに関連する前記定量化レベルを決定することと、
表９の１つ以上のタンパク質に由来する前記１つ以上のペプチドに関連する前記定量化レベルに基づいて前記糖ペプチドプロファイルを決定することと、を含む、前記方法。
【請求項74】
質量分析の分析を行う方法であって、生体試料またはその誘導体を、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドを評価するように構成された質量分析（ＭＳ）技術に供することを含む、前記方法。
【請求項75】
前記ＭＳ技術が、標的ＭＳ技術である、請求項７４に記載の方法。
【請求項76】
前記標的ＭＳ技術が、ＭＲＭ技術である、請求項７５に記載の方法。
【請求項77】
対象の結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、前記対象をＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して分類することと、
前記対象に前記分類に基づいた治療レジメンを投与することと、を含む、前記方法。
【請求項78】
個人の結腸直腸の健康状態を評価する方法であって、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して前記対象からの生体試料を分類することを含む、前記方法。
【請求項79】
前記分類が、前記対象が大腸内視鏡検査を受ける必要性を示す、請求項７８に記載の方法。
【請求項80】
前記１つ以上のペプチドが、配列番号５及び／または配列番号６に記載の配列を含む、請求項５７～７９のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
（関連出願の相互参照）
本出願は、２０２１年８月４日に出願された米国仮出願第６３／２２９，１８５号の利益を主張するものであり、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容を援用するものである。
本出願は、２０２１年８月４日に出願された米国仮出願第６３／２２９，１８５号の利益を主張するものであり、あらゆる目的で本明細書に参照によりその全容を援用するものである。
【0002】
電子的配列表（１６６５３２０００７４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｘｍｌ、サイズ：５７，３４３バイト、作成日：２０２２年７月２８日）の全容を参照によって本明細書に援用するものである。
【0003】
本開示は、これらに限定されるものではないが、グリカン、ペプチド、及び糖ペプチドを含む糖プロテオームバイオマーカー、ならびにこれらのバイオマーカーを質量分析法により使用する方法、及び臨床的応用において使用する方法に関する。
【背景技術】
【0004】
グリコシル化の変化は、がん等の病態に関連して説明されている。例えば、Ｄｕｂｅ，Ｄ．Ｈ．；Ｂｅｒｔｏｚｚｉ，Ｃ．Ｒ．Ｇｌｙｃａｎｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ ａｎｄ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ－Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｆｏｒ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ａｎｄ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃ．２００５，４，４７７－８８を参照されたい（その全容をあらゆる目的で参照により本明細書に援用する）。しかしながら、結腸直腸癌または進行性腺腫などの患者のがんをその患者からの試料のグリコシル化の変化に基づいて診断するための、臨床的に適用できる非侵襲的アッセイは未だ十分に実証されていない。
【0005】
結腸直腸癌または進行性腺腫を診断するための従来の臨床アッセイとしては、例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって患者の血中のタンパク質の量を測定することが挙げられる。しかしながら、ＥＬＩＳＡは、感度及び精度が限定的である。例えば、ＥＬＩＳＡは、あくまでｎｇ／ｍＬの範囲の濃度のタンパク質を測定するものにすぎない。この狭い測定範囲のため、このアッセイの適用可能性は、この濃度範囲を大幅に上回るかまたは下回る濃度のバイオマーカーが測定できないことによって限定される。また、ＥＬＩＳＡアッセイは、アッセイすることができる試料の種類に関しても限定される。より精密で感度が高い検査法が存在しないため、こうした検査法が存在していれば結腸直腸癌または進行性腺腫と診断されていた可能性がある患者が診断されることなく、その後の適切な医療処置を受けられないことになる。
【0006】
その代替として、使用質量分析法（ＭＳ）は、糖ペプチドを含むがん固有のバイオマーカーの高感度且つ正確な測定法を提供する。例えば、その全容をあらゆる目的で参照により本明細書に援用するところのＲｕｈａａｋ，Ｌ．Ｒ．，ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ ｉｎ Ｓｅｒｕｍ ｏｆ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ｊｐｒｏｔｅｏｍｅ．５ｂ０１０７１；Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．，２０１６，１５，１００２－１０１０（２０１６）；さらに、Ｍｉｙａｍｏｔｏ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．，Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｅｒｕｍ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｐｒｏｆｉｌｅｓ：Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ，ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ｊｐｒｏｔｅｏｍｅ．７ｂ００５４１，Ｊ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ｒｅｓ．２０１８，１７，２２２－２３３（２０１７）を参照されたい。しかし、一般的にはがんの、具体的には結腸直腸癌または進行性腺腫の診断にＭＳを使用することは、これまでに臨床的に適用可能な形で実証されていない。
【0007】
新規なバイオマーカーと、これらのバイオマーカーを使用してがんなどの病態を診断するためにＭＳを使用する新規な方法が求められている。本明細書の以下の開示では、グリカン、ペプチド、及び糖ペプチド、ならびにそれらの断片を含むそのようなバイオマーカー、ならびにバイオマーカーをＭＳとともに使用して結腸直腸癌または進行性腺腫を診断する方法について記載する。
【発明の概要】
【0008】
一実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドまたはペプチド、及びそれらの組み合わせが記載される。
【0009】
別の実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドまたはペプチド、及びそれらの組み合わせが記載される。
【0010】
別の実施形態では、本明細書において、１つ以上のＭＲＭトランジションを検出するための方法であって、１つ以上の糖タンパク質、グリカン、または糖タンパク質を含む生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、本明細書に記載のトランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、を含む、方法が記載される。
【0011】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分析法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、例えば本明細書に記載の関連する任意のグリカンとともに、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるか、前記定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0012】
さらに別の実施形態では、本明細書において、生体試料を分類するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択されるＭＲＭトランジションを検出することと、糖ペプチドまたはその断片を定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて生体試料を分類することと、を含む、方法が記載される。
【0013】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を治療するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、試料中の１つ以上の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者を、（Ａ）切除を必要とする患者、（Ｂ）治療薬を必要とする患者、（Ｃ）アルキル化療法を必要とする患者、（Ｄ）標的治療薬を必要とする患者、（Ｅ）免疫治療薬を必要とする患者、（Ｆ）免疫チェックポイント阻害薬を必要とする患者、（Ｇ）Ｔ細胞関連療法を必要とする患者、（Ｈ）がんワクチンを必要とする患者、（Ｉ）放射線療法を必要とする患者、（Ｊ）大腸内視鏡検査を必要とする患者、または（Ｋ）これらの組み合わせからなる群から選択される分類に分類することと、分類ＡまたはＫが判定される場合、切除を行うこと、または切除が既に行われていることと、分類ＩまたはＫが判定される場合、放射線療法を行うこと、または放射線療法が既に行われていることと、分類ＪまたはＫが判定される場合、大腸内視鏡検査を行うこと、または大腸内視鏡検査が既に行われていることと、または、治療有効量の治療薬を患者に投与することであって、分類ＢまたはＫが判定される場合、治療薬は治療薬から選択され、または分類ＣまたはＫが判定される場合、治療薬はアルキル化剤から選択され、または分類ＤまたはＫが判定される場合、治療薬は標的化治療薬から選択され、分類ＥまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫治療薬から選択され、分類ＦまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫チェックポイント阻害薬から選択され、分類ＧまたはＫが判定される場合、治療薬はＴ細胞関連療法から選択され、分類ＨまたはＫが判定される場合、治療薬はがんワクチンから選択される、投与することと、を含む、方法が記載される。
【0014】
別の実施形態では、本明細書において、機械学習アルゴリズムを訓練するための方法であって、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することと、コントロール試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第２のデータセットを提供することと、機械学習アルゴリズムを使用して第１のデータセットと第２のデータセットとを比較することとを含む、方法が記載される。特定の実施形態では、ハイパーパラメータを選択するための相互検証を伴うＬＡＳＳＯ方法を用いて機械学習アルゴリズムが訓練される。
【0015】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを用いて生体試料の質量分析を行って、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出してＭＲＭトランジションに関連したグリカン、ペプチド、及び糖ペプチドを定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者の診断分類を特定することと、診断分類に基づいて患者を結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、方法は、ＱＱＱとともにＭＲＭ－ＭＳを用いて生体試料の質量分析を行うことを含む。
【0016】
別の実施形態では、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。
【0017】
別の実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドが記載される。
【図面の簡単な説明】
【0018】
【図1】モデル１を使用した結腸直腸癌を有する確率のプロットを示す。
【図2】モデル２を使用した進行性腺腫を有する確率のプロットを示す。
【図3A】個々のマーカーに関するモデル１の曲線下面積（ＡＵＣ）分析を示す。
【図3B】個々のマーカーに関するモデル２のＡＵＣ分析を示す。
【発明を実施するための形態】
【0019】
以下の説明は、当業者が本発明を行い、使用すること、及びそれを特定の応用の関連において組み込むことを可能にするために提示される。異なる応用における種々の変更、ならびに種々の用途が当業者には容易に明らかとなり、本明細書で定義される一般原理が広範な実施形態に応用されてもよい。故に、本明細書における本発明は、提示される実施形態に限定されることは意図されず、本明細書に開示される原理及び新規の特徴と一致するそれらの最も広い範囲を与えられるものとする。
【0020】
別途明示的定めのない限り、本明細書（いずれの添付の特許請求の範囲、要約書、及び図面をも含む）に開示される全ての特徴は、同じ、同等の、または類似の目的を果たす代替の特徴により置き換えられてもよい。故に、別途明示的定めのない限り、開示される各特徴は、一般的な一連の同等または類似の特徴の一例にすぎない。
【0021】
使用される場合、左、右、正面、背面、上、下、順方向、逆方向、時計回り、及び反時計回りというラベルは、便宜上の目的で使用されているにすぎず、いずれの特定の固定した方向を黙示することは意図されないことに留意されたい。代わりに、それらは、対象物の種々の部分間の相対位置及び／または方向を反映するために使用される。
【0022】
Ｉ．一般論
本開示は、生体試料中のグリカン及び糖ペプチドのプロファイリング、検出、及び／または定量化のための方法及び組成物を提供する。いくつかの例では、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルについて記載する。いくつかの例では、がんを有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルについて記載する。
本開示は、生体試料中のグリカン及び糖ペプチドのプロファイリング、検出、及び／または定量化のための方法及び組成物を提供する。いくつかの例では、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルについて記載する。いくつかの例では、がんを有する患者を診断及びスクリーニングするためのグリカン及び糖ペプチドパネルについて記載する。
【0023】
質量分析法を使用して生体試料を分析するための特定の方法が知られている。例えば、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１８／５６５７４号として２０１８年１０月１８日に出願され、ＩＤＥＮＴＩＦＩＣＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＵＳＥ ＯＦ ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ ＰＡＲＡＭＥＴＥＲＳ ＦＯＲ ＤＩＡＧＮＯＳＩＳ ＡＮＤ ＴＲＥＡＴＭＥＮＴ ＭＯＮＩＴＯＲＩＮＧと題される国際ＰＣＴ特許出願公開第ＷＯ２０１９０７９６３９Ａ１号を参照されたく、同文献の全内容は参照によりその全体が全目的で本明細書に援用される。また、米国特許出願第１６／１２０，０１６号として２０１８年８月３１日に出願され、Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ ｏｆ Ｇｌｙｃｏｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｓ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ Ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇと題される米国特許出願公開第ＵＳ２０１９０１０１５４４Ａ１号も参照されたく、同文献の全内容は参照によりその全体が全目的で本明細書に援用される。
【0024】
ＩＩ．定義
本明細書で使用される単数形「ａ」、「ａｎ、及び「ｔｈｅ」には、文脈によってそうでない旨が明確に示されないかぎり、複数の指示対象が含まれる。
本明細書で使用される単数形「ａ」、「ａｎ、及び「ｔｈｅ」には、文脈によってそうでない旨が明確に示されないかぎり、複数の指示対象が含まれる。
【0025】
本明細書で使用される場合、「生体試料」という語句は、生物に由来する、それによって得られた、それから生成された、それから提供された、それから採取された、もしくはそれから取り出された試料、または生物からの流体もしくは組織からの試料を指す。生体試料には、滑液、全血、血清、血漿、尿、痰、組織、唾液、涙、脊髄液、生検により得られた組織切片（複数可）；組織培養に配置または適合される細胞（複数可）；汗、粘液、糞便材料、胃液、腹水、羊水、嚢胞液、腹腔液、膵液、母乳、肺洗浄液、骨髄、胃酸、胆汁、精液、膿、房水、漏出液、ならびに上述したものの誘導体、部分、及び組み合わせを含む同等物が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの例では、生体試料は、血液及び／または血漿を含むが、これらに限定されない。いくつかの例では、生体試料は、尿または便を含むが、これらに限定されない。生体試料は、唾液を含むが、これに限定されない。生体試料は、組織切片及び組織生検を含むが、これらに限定されない。生体試料は、上述の生体試料の任意の誘導体または画分を含むが、これらに限定されない。
【0026】
本明細書で使用する場合、「グリカン」という用語は、複合糖質の炭水化物残基、例えば、糖ペプチド、糖タンパク質、糖脂質、またはプロテオグリカンの炭水化物部分を指す。グリカン構造は、グリカン参照コード番号によって記述され、また、２０２０年１月３１日に出願された国際ＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号にも図示される（同文献は参照によりその全体が全目的で本明細書に援用される）。例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１～１４を参照されたい。
【0027】
本明細書で使用する場合、「糖ペプチド」という用語は、少なくとも１つのグリカン残基が結合しているペプチドを指す。本明細書に記載の各実施形態では、糖ペプチドは、示される配列番号によって指定されるアミノ酸配列と、例えばその配列番号に関連して本明細書に記載されるものなどの１つ以上のグリカンと、を含むか、それらから本質的になるか、またはそれらからなるものであってよい。例えば、本明細書で使用する配列番号１に記載の糖ペプチドとは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と、グリカン５４１１とに基づく糖ペプチドであって、グリカンが残基１０７に結合している糖ペプチドを指すことができる。本明細書で使用する配列番号１に記載の糖ペプチドとは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と、グリカン５４１１とを含む糖ペプチドであって、グリカンが残基１０７に結合している糖ペプチドを指すことができる。本明細書で使用する配列番号１に記載の糖ペプチドとは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と、グリカン５４１１とから本質的になる糖ペプチドであって、グリカンが残基１０７に結合している糖ペプチドを指すことができる。本明細書で使用する配列番号１に記載の糖ペプチドとは、配列番号１に記載のアミノ酸配列と、グリカン５４１１とからなる糖ペプチドであって、グリカンが残基１０７に結合している糖ペプチドを指すことができる。同様の用法は配列番号２～３８にも適用され、グリカンについては以下のセクションで説明する。
【0028】
本明細書で使用する場合、「グリコシル化ペプチド」という語句は、グリカン残基に結合したペプチドを指す。
【0029】
本明細書で使用する場合、「糖ペプチド断片」または「グリコシル化ペプチド断片」という語句は、例えば、１つ以上のプロテアーゼ（複数可）による消化によって、または例えば、ＭＲＭ－ＭＳ装置内でのイオン断片化によってそこからグリコシル化ペプチドが得られたグリコシル化タンパク質のアミノ酸配列の一部（ただし全部ではない）と同じであるアミノ酸配列を有するグリコシル化ペプチド（または糖ペプチド）を指す。ＭＲＭは、多重反応モニタリング（ｍｕｌｔｉｐｌｅ－ｒｅａｃｔｉｏｎ－ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ）を指す。別途明記されない限り、本明細書内で、「糖ペプチド断片」または「糖ペプチドの断片」は、任意選択で糖タンパク質が酵素的に消化されて糖ペプチドが生成された後に、質量分析計を使用することによって直接生成された断片を指す。
【0030】
本明細書で使用される場合、「多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）」という語句は、生体試料中のグリカン及びペプチドの標的定量のための感度及び選択性の高い方法を指す。従来の質量分析法とは異なり、ＭＲＭ－ＭＳは、選択性が高く（標的化）、研究者が機器を微調整して目的とするある特定のペプチド断片を特定して探すことを可能にする。ＭＲＭは、潜在的なバイオマーカー等の目的とするペプチド断片のより高い感度、特異度、速度、及び定量を可能にする。ＭＲＭ－ＭＳは、トリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析計及び四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計のうちの１つ以上を使用することを含む。
【0031】
本明細書で使用する場合、「糖ペプチドを消化する」という表現は、酵素を用いて特定のアミノ酸ペプチド結合を切断する生物学的プロセスを指す。例えば、糖ペプチドを消化することは、糖ペプチドを消化酵素、例えば、トリプシンと接触させて、糖ペプチドの断片を生成することを含む。いくつかの例では、糖ペプチドを消化するためにプロテアーゼ酵素が使用される。「プロテアーゼ」という用語は、大きなペプチドを、より小さなポリペプチドまたは個々のアミノ酸にタンパク質分解または分解する酵素を指す。プロテアーゼの例としては、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、アスパラギンペプチドリアーゼ、及び上述したものの任意の組み合わせのうちの１つ以上が挙げられるが、これらに限定されない。
【0032】
本明細書で使用される場合、「糖ペプチドを断片化すること」という語句は、ＭＲＭ－ＭＳ機器で生じるイオン断片化プロセスを指す。断片化は、同じ質量を有するが、電荷に関して異なる種々の断片を生成し得る。
【0033】
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物を指す。哺乳動物の非限定的な例としては、ヒト、非ヒト霊長類、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシ等が挙げられる。ヒト以外の哺乳動物が、疾患、未病、または未病状態の動物モデルを代表する対象として有利に使用され得る。対象は、雄性または雌性である。対象は、疾患または状態を有すると以前に特定された、任意選択で、疾患または状態に対する治療介入をすでに受けたか、またはそれを受けているものであり得る。代替として、対象はまた、疾患または状態を有すると以前に診断されたものでもあり得る。例えば、対象は、疾患もしくは状態の１つ以上のリスク因子を示す者、または疾患のリスク因子を示さない対象、または疾患もしくは状態に対して無症候性である対象であり得る。対象はまた、疾患または状態に罹患しているかまたは発症するリスクがある者であってもよい。
【0034】
本明細書で使用する場合、「患者」という用語は、哺乳類の対象を指す。哺乳動物は、ヒト、またはウマ、ブタ、イヌ、ネコ、有蹄動物及び霊長類動物を含むがこれらに限定されない動物であり得る。一実施形態では、個体はヒトである。本明細書に記載の方法及び使用は、医学的使用及び獣医学的使用の両方に有用である。「患者」は、そうでない旨の断りのない限り、ヒト対象である。
【0035】
本明細書で使用する場合、「ペプチド」とは、そうでない旨の断りのない限り、糖ペプチドを含むことを意図する。
【0036】
本明細書で使用する場合、「多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジション」という語句は、糖ペプチドまたはその断片がＭＲＭ－ＭＳによって検出される際に観察される質量電荷比（ｍ／ｚ）のピークまたはシグナルを指す。ＭＲＭトランジションは、プリカーサーイオン及びプロダクトイオンのトランジションとして検出される。
【0037】
本明細書で使用される場合、「多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出すること」という表現は、質量分析計が、タンデム質量分析計のイオン断片化法を使用して試料を分析し、試料中のイオン断片の質量電荷比を同定するプロセスを指す。これらの同定される質量電荷比の絶対値は、トランジションと呼ばれる。本明細書に記載の方法との関連で、質量電荷比のトランジションは、グリカン、ペプチド、または糖ペプチドイオン断片を示す値である。本明細書に記載のいくつかの糖ペプチドについて、単一のトランジションピークまたはシグナルが存在する。本明細書に記載の他のいくつかの糖ペプチドについて、複数のトランジションピークまたはシグナルが存在する。ＭＲＭ質量分析の背景情報は、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ：Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ａｎｄ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｄａｔａ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊ．Ｔｈｒｏｃｋ Ｗａｔｓｏｎ，Ｏ．Ｄａｖｉｄ Ｓｐａｒｋｍａｎ，ＩＳＢＮ：９７８－０－４７０－５１６３４－８，Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２００７（この全内容は、あらゆる目的のために全体が参照により本明細書に組み込まれる）に見出すことができる。
【0038】
本明細書で使用する場合、「糖ペプチドを示す多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出すること」という語句は、ＭＲＭ－ＭＳトランジションが検出され、次に、糖ペプチドを同定するために、計算された糖ペプチドまたはその断片の質量電荷比（ｍ／ｚ）と比較されるＭＳプロセスを指す。いくつかの例では、単一のトランジションは、それらの糖ペプチドが同一のＭＲＭ－ＭＳ断片化パターンを有する場合、２つ以上の糖ペプチドを示し得る。トランジションピークまたはシグナルには、表１～５、例えば、表１、表２、表３、表４、表５、またはそれらの組み合わせによる配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドに関連する、本明細書に記載されるトランジションが含まれるが、これらに限定されない。トランジションピークまたはシグナルには、表１～５、例えば、表１、表２、表３、表４、表５、またはそれらの組み合わせによる配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドに関連する、本明細書に記載されるトランジションが含まれるが、これらに限定されない。
【0039】
本明細書で使用する場合、「参照値」という用語は、病態が既知である個人（複数可）の集団から得られた値を指す。参照値は、ｎ次元特徴空間内にあり得、最大マージン超平面によって定義され得る。参照値は、当業者に周知の標準的な方法に従って、個体の任意の特定の集団、部分集団、または群について判定することができる。
【0040】
本明細書で使用される場合、「個体の集団」という用語は、１以上の個体を意味する。一実施形態では、個体の集団は、１の個体からなる。一実施形態では、個体の集団は、複数の個体を含む。本明細書で使用される場合、「複数の」という用語は、少なくとも２（例えば、少なくとも４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、または３０）の個体を意味する。一実施形態では、個体の集団は、少なくとも１０の個体を含む。
【0041】
本明細書で使用される場合、「処置」または「処置する」という用語は、１）疾患もしくは状態を予防もしくはそれから保護すること、つまり臨床症状が発症しないようにすること、２）疾患もしくは状態を阻止すること、つまり臨床症状の発症を停止もしくは抑制すること、及び／または３）疾患もしくは状態を軽減すること、つまり臨床症状の退行を引き起こすことを含む、哺乳動物等の対象における疾患または状態の任意の処置を意味する。治療することは、治療薬を、治療を必要とする対象に投与することを含んでもよい。
【0042】
本明細書では、グリカンを説明するためにグリカンの記号命名法（ＳＮＦＧ）を使用してグリカンを参照する。この図解システムの説明は、あらゆる目的でその内容全体を本明細書に参照によって援用するところのｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｌｙｃａｎｓ／ｓｎｆｇ．ｈｔｍｌにてインターネット上で入手可能である。Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ ２５：１３２３－１３２４，２０１５に公開されるＳｙｍｂｏｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｆｏｒ Ｇｒａｐｈｉｃａｌ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｇｌｙｃａｎｓ（これはｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０９３／ｇｌｙｃｏｂ／ｃｗｖ０９１にてインターネットで入手可能である）。ＳＮＦＧシステムの図を示す追加情報は、以下の通りである。このシステム内では、Ｈｅｘ＿ｉ：という用語は、次のように解釈される。ｉは、緑色の円（マンノース）の数及び黄色の円（ガラクトース）の数を示す。ＨｅｘＮＡＣ＿ｊという項目は、ｊを使用して青色の正方形（ＧｌｃＮＡＣ）の数を示す。Ｆｕｃ＿ｄという項目は、ｄを使用して赤色の三角形（フコース）の数を示す。Ｎｅｕ５ＡＣ＿ｌという項目は、ｌを使用して紫色のひし形（シアル酸）の数を示す。本明細書で使用されるグリカン参照コードは、これらのｉ、ｊ、ｄ、及びｌの項目を組み合わせて、４～５の合成数のグリカン参照コード、例えば、５３００または５３２０を作成する。例として、図１のグリカン３２００及び３２１０はどちらも、３個の緑色の丸（マンノース）、２個の青色の四角（ＧｌｃＮＡＣ）を含み、紫色のひし形（シアル酸）は含まないが、グリカン３２１０が１個の赤色の三角（フコース）も含む点で異なる。例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの、２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１～１４を参照されたい。
【0043】
ＩＩＩ．バイオマーカー
本明細書ではバイオマーカーについて記載する。これらのバイオマーカーは、これらに限定されるものではないが、疾患及び症状の診断を含むさまざまな用途で有用である。例えば、本明細書に記載される特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、結腸直腸癌または進行性腺腫を診断するうえで有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするのに有用である。いくつかの例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者が適切な医学的治療を受けるように患者を分類するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、例えば、患者の治療に用いる治療剤を特定することによって、患者における疾患または状態を治療または改善するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者の治療の予後または治療レジメンの奏功の可能性もしくは生存率を判定するうえで有用である。
本明細書ではバイオマーカーについて記載する。これらのバイオマーカーは、これらに限定されるものではないが、疾患及び症状の診断を含むさまざまな用途で有用である。例えば、本明細書に記載される特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、結腸直腸癌または進行性腺腫を診断するうえで有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるある特定のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、がん、自己免疫疾患、または線維症を有する患者を診断及びスクリーニングするのに有用である。いくつかの例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者が適切な医学的治療を受けるように患者を分類するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、例えば、患者の治療に用いる治療剤を特定することによって、患者における疾患または状態を治療または改善するのに有用である。いくつかの他の例では、本明細書に記載されるバイオマーカー、またはそれらの組み合わせは、患者の治療の予後または治療レジメンの奏功の可能性もしくは生存率を判定するうえで有用である。
【0044】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８のいずれかのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0045】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0046】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれかのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0047】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0048】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１３のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２２のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0049】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１３のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２２のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0050】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５の配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号９のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１３のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１４のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１９のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２２のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号２８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３４のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３５のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0051】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれかのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0052】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0053】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれかのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0054】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0055】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0056】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるか、または本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0057】
いくつかのその他の例では、本明細書の方法は、ＭＳによって分析される試料を有する患者を選択することを含み、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列を含む糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0058】
いくつかのその他の例では、本明細書の方法は、ＭＳによって分析される試料を有する患者を選択することを含み、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかのその他の例では、本明細書の方法は、ＭＳによって分析される試料を有する患者を選択することを含み、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、本明細書の方法は、ＭＳによって分析される試料を有する患者を選択することを含み、その結果を使用して試料中の配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列からなるか、それから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0059】
本明細書では、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーについて記載する。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
【0060】
本明細書では、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーについて記載する。いくつかの例では、ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のアミノ酸配列から本質的になる。
【0061】
本明細書では、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーについて記載する。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
【0062】
本明細書では、グリカン、ペプチド、糖ペプチド、それらの断片、及びそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーについて記載する。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列からなる。いくつかの例では、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列から本質的になる。
【0063】
ａ．Ｏ－グリコシル化
いくつかの例では、本明細書に記載される糖ペプチドは、Ｏ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドは、グリカンがアミノ酸の酸素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドを含む。通常、グリカンが結合しているアミノ酸は、スレオニン（Ｔ）またはセリン（Ｓ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、スレオニン（Ｔ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、セリン（Ｓ）である。
いくつかの例では、本明細書に記載される糖ペプチドは、Ｏ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドは、グリカンがアミノ酸の酸素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドを含む。通常、グリカンが結合しているアミノ酸は、スレオニン（Ｔ）またはセリン（Ｓ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、スレオニン（Ｔ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、セリン（Ｓ）である。
【0064】
特定の例では、Ｏ－グリコシル化ペプチドとしては、アルファ－１－アンチトリプシン、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質、アルファ－２－マクログロブリン、アルファ－１－アンチキモトリプシン、アルファ－１－酸性糖タンパク質１、アルファ－１－酸性糖タンパク質２、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）、アポリポタンパク質Ｄ、カルパイン－３、セルロプラスミン、ハプトグロビン、免疫グロブリン重鎖定常μ、血漿カリクレイン、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）、及びそれらの組み合わせから選択される群からのペプチドが挙げられる。
【0065】
特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－アンチトリプシンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－２－マクログロブリンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－アンチキモトリプシンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－酸性糖タンパク質１ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－酸性糖タンパク質２ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｄペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、カルパイン－３ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、セルロプラスミンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、ハプトグロビンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、免疫グロブリン重鎖定常μペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、血漿カリクレインペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＯ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）である。
【0066】
ｂ．Ｎ－グリコシル化
いくつかの例では、本明細書に記載される糖ペプチドは、Ｎ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドは、グリカンがアミノ酸の窒素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドを含む。通常、グリカンが結合しているアミノ酸は、アスパラギン（Ｎ）またはアルギニン（Ｒ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、アスパラギン（Ｎ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、アルギニン（Ｒ）である。
いくつかの例では、本明細書に記載される糖ペプチドは、Ｎ－グリコシル化ペプチドを含む。これらのペプチドは、グリカンがアミノ酸の窒素原子を介してペプチドに結合している糖ペプチドを含む。通常、グリカンが結合しているアミノ酸は、アスパラギン（Ｎ）またはアルギニン（Ｒ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、アスパラギン（Ｎ）である。いくつかの例では、グリカンが結合しているアミノ酸は、アルギニン（Ｒ）である。
【0067】
特定の例では、Ｎ－グリコシル化ペプチドは、からなる群から選択されるメンバーを含む。特定の例では、Ｏ－グリコシル化ペプチドとしては、アルファ－１－アンチトリプシン、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質、アルファ－２－マクログロブリン、アルファ－１－アンチキモトリプシン、アルファ－１－酸性糖タンパク質１、アルファ－１－酸性糖タンパク質２、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）、アポリポタンパク質Ｄ、カルパイン－３、セルロプラスミン、ハプトグロビン、免疫グロブリン重鎖定常μ、血漿カリクレイン、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）、及びそれらの組み合わせから選択される群からのペプチドが挙げられる。
【0068】
特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－アンチトリプシンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－２－マクログロブリンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－アンチキモトリプシンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－酸性糖タンパク質１ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－１－酸性糖タンパク質２ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アポリポタンパク質Ｄペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、カルパイン－３ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、セルロプラスミンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、ハプトグロビンペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、免疫グロブリン重鎖定常μペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、血漿カリクレインペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１ペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡペプチドである。特定の例では、本明細書に記載されるＮ－グリコシル化ペプチドは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）である。
【0069】
ｃ．ペプチド及び糖ペプチド
いくつかの例では、本明細書では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む糖ペプチドが記載される。
いくつかの例では、本明細書では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む糖ペプチドが記載される。
【0070】
いくつかの例では、本明細書では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドが記載される。
【0071】
いくつかの例では、本明細書では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドが記載される。
【0072】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４１１を含み、グリカン（複数可）は残基１０７に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ１ＡＴ－ＧＰ００１＿１０７＿５４１１である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、Ａ１ＡＴは、アルファ－１－アンチトリプシンを指す。
【0073】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０３を含み、グリカン（複数可）は残基２７１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ１ＡＴ－ＧＰ００１＿２７１＿６５０３である（例えば、表１０を参照）。
【0074】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０１を含み、グリカン（複数可）は残基２７１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ１ＡＴ－ＧＰ００１＿２７１＿５４０１である（例えば、表１０を参照）。
【0075】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号４から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号４に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０２を含み、グリカン（複数可）は残基１７９に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ１ＢＧ－ＧＰ００２＿１７９＿５４２１／５４０２である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、Ａ１ＢＧは、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質を指す。本明細書において、２つのグリカンがそれらの間にスラッシュ（／）を入れて記載されている場合、これは、特に明記されない限り、質量分析法がこれらの２つのグリカンを区別できないことを意味する（例えば、それらが共通の質量電荷比を共有するため）。特にそうでない旨が明記されない限り、５４２１／５４０２はグリカン５４２１または５４０２のいずれかが存在することを意味する。グリカン５４２１／５４０２の量の定量化には、任意のグリカン５４２１の検出量と任意のグリカン５４０２の検出量の合計が含まれる。本明細書において、Ａ１ＢＧは、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質を指す。
【0076】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号５から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号５に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０２を含み、グリカン（複数可）は残基１４２４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ２ＭＧ－ＧＰ００４＿１４２４＿５４０２である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、Ａ２ＭＧは、アルファ－２－マクログロブリンを指す。
【0077】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号６から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号６に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４１２を含み、グリカン（複数可）は残基１４２４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ２ＭＧ－ＧＰ００４＿１４２４＿５４１２である（例えば、表１０を参照）。
【0078】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号７から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号７に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０２を含み、グリカン（複数可）は残基５５に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ２ＭＧ－ＧＰ００４＿５５＿５４０２である（例えば、表１０を参照）。
【0079】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号８から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号８に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０１を含み、グリカン（複数可）は残基８６９に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ２ＭＧ－ＧＰ００４＿８６９＿５４０１である（例えば、表１０を参照）。
【0080】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号９から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号９に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６３０１を含み、グリカン（複数可）は残基８６９に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡ２ＭＧ－ＧＰ００４＿８６９＿６３０１である（例えば、表１０を参照）。
【0081】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１０から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１０に記載の糖ペプチドはさらにグリカン７６０３を含み、グリカン（複数可）は残基２７１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＡＣＴ－ＧＰ００５＿２７１＿７６０３である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＡＡＣＴは、アルファ－１－アンチキモトリプシンを指す。
【0082】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１１から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１１に記載の糖ペプチドはさらにグリカン９８０４を含み、グリカン（複数可）は残基１０３に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＧＰ１－ＧＰ００７＿１０３＿９８０４である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＡＧＰは、アルファ－１－酸性糖タンパク質１を指す。
【0083】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１２から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１２に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０１を含み、グリカン（複数可）は残基３３に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＧＰ１－ＧＰ００７＿３３＿６５０１である（例えば、表１０を参照）。
【0084】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１３から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１３に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０２を含み、グリカン（複数可）は残基９３に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿６５０２である（例えば、表１０を参照）。
【0085】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１４から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１４に記載の糖ペプチドはさらにグリカン７６１１を含み、グリカン（複数可）は残基９３に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＧＰ１－ＧＰ００７＿９３＿７６１１である（例えば、表１０を参照）。
【0086】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１５から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１５に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０３を含み、グリカン（複数可）は残基１０３に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＧＰ２－ＧＰ００８＿１０３＿６５０３である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＡＧＰは、アルファ－１－酸性糖タンパク質２を指す。
【0087】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１６から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１６に記載の糖ペプチドはさらにグリカン１１０２を含み、グリカン（複数可）は残基７４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＣ３－ＧＰ０１２＿７４＿１１０２である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＡＰＯＣは、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩを指す。
【0088】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１７から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１７に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０２または５４２１を含み、グリカン（複数可）は残基９８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＤ－ＧＰ０１４＿９８＿５４０２／５４２１である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＡＰＯＤは、アポリポタンパク質Ｄを指す。
【0089】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１８から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１８に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４１０を含み、グリカン（複数可）は残基９８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＤ－ＧＰ０１４＿９８＿５４１０である（例えば、表１０を参照）。
【0090】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号１９から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号１９に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５１０を含み、グリカン（複数可）は残基９８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＤ－ＧＰ０１４＿９８＿６５１０である（例えば、表１０を参照）。
【0091】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２０から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２０に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５３０を含み、グリカン（複数可）は残基９８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＤ－ＧＰ０１４＿９８＿６５３０である（例えば、表１０を参照）。
【0092】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２１から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２１に記載の糖ペプチドはさらにグリカン９８００を含み、グリカン（複数可）は残基９８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＡＰＯＤ－ＧＰ０１４＿９８＿９８００である（例えば、表１０を参照）。
【0093】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２２から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２２に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５１３を含み、グリカン（複数可）は残基３６６に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＣＡＮ３－ＧＰ０２２＿３６６＿６５１３である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＣＡＮは、カルパイン－３を指す。
【0094】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２３から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２３に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４１２を含み、グリカン（複数可）は残基１３８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＣＥＲＵ－ＧＰ０２３＿１３８＿５４１２である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＣＥＲＵは、セルロプラスミンを指す。
【0095】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２４から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２４に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４２１または５４０２を含み、グリカン（複数可）は残基１３８に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＣＥＲＵ－ＧＰ０２３＿１３８＿５４２１／５４０２である（例えば、表１０を参照）。
【0096】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２５から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２５に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０１を含み、グリカン（複数可）は残基１７６に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＦＥＴＵＡ－ＧＰ０３６＿１７６＿５４０１である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＦＥＴＵＡは、アルファ－２－ＨＳ－糖タンパク質を指す。
【0097】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２６から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２６に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５１３を含み、グリカン（複数可）は残基１７６に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＦＥＴＵＡ－ＧＰ０３６＿１７６＿６５１３である（例えば、表１０を参照）。
【0098】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２７から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２７に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０１を含み、グリカン（複数可）は残基２０７に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２０７＿５４０１である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＨＰＴは、ハプトグロビンを指す。
【0099】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２８から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２８に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４０２または５４２１を含み、グリカン（複数可）は残基２４１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿５４０２／５４２１である（例えば、表１０を参照）。
【0100】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号２９から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号２９に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５５１１を含み、グリカン（複数可）は残基２４１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿５５１１である（例えば、表１０を参照）。
【0101】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３０から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３０に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５１１を含み、グリカン（複数可）は残基２４１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿６５１１である（例えば、表１０を参照）。
【0102】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３１から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３１に記載の糖ペプチドはさらにグリカン７５１１を含み、グリカン（複数可）は残基２４１に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＨＰＴ－ＧＰ０４４＿２４１＿７５１１である（例えば、表１０を参照）。
【0103】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３１から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３１に記載の糖ペプチドはさらにグリカン４３１０を含み、グリカン（複数可）は残基４６に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＩｇＭ－ＧＰ０５３＿４６＿４３１０である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＩＧＭは、重鎖定常μを指す。｜
【0104】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３３から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３３に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０３を含み、グリカン（複数可）は残基４９４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＫＬＫＢ１－ＧＰ０５６＿４９４＿６５０３である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＫＬＫＢは、血漿カリクレインを指す。
【0105】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３４から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３４に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４２０を含み、グリカン（複数可）は残基３２４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＰＯＮ１－ＧＰ０６０＿３２４＿５４２０である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＰＯＮは、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１を指す。
【0106】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３５から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３５に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０１を含み、グリカン（複数可）は残基３２４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＰＯＮ１－ＧＰ０６０＿３２４＿６５０１である（例えば、表１０を参照）。
【0107】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３６から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３６に記載の糖ペプチドはさらにグリカン６５０２を含み、グリカン（複数可）は残基３２４に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＰＯＮ１－ＧＰ０６０＿３２４＿６５０２である（例えば、表１０を参照）。
【0108】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３７から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３７に記載の糖ペプチドはさらにグリカン５４３１を含み、グリカン（複数可）は残基１００５に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＵＮ１３Ａ－ＧＰ０６６＿１００５＿５４３１である（例えば、表１０を参照）。本明細書において、ＵＮ１３は、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡを指す。
【0109】
特定の例では、糖ペプチドアミノ酸配列は、配列番号３８から選択されるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなる。特定の例では、配列番号３８に記載の糖ペプチドはさらにグリカン７４２０を含み、グリカン（複数可）は残基１００５に結合している。いくつかの例では、糖ペプチドはＵＮ１３Ａ－ＧＰ０６６＿１００５＿７４２０である（例えば、表１０を参照）。
【0110】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドは、配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドは、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列の組み合わせである。
【0111】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるペプチドである。
【0112】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるペプチドである。
【0113】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるペプチドである。
【0114】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含むペプチドである。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号１～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドである。
【0115】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせを含むペプチドである。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるペプチドである。
【0116】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせを含むペプチドである。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個々に、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるペプチドである。
【0117】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個別に、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択される少なくとも１つのアミノ酸配列、またはそれらの組み合わせを含むペプチドである。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において１つ以上のペプチドが記載され、各ペプチドは、それぞれの場合において個別に、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドである。
【0118】
ＩＶ．バイオマーカーの使用方法
Ａ．糖ペプチドを検出するための方法
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出するための方法であって、表９に記載の１つ以上の糖タンパク質を含む生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、試料中の１つ以上の糖タンパク質を１つ以上の糖ペプチドに消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、を含む、方法が記載される。いくつかの実施形態では、トランジション１～３８は、生体試料からの少なくとも１つのペプチド構造を含むペプチド構造データに対応する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０に記載される１つ以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれかのアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを含む 。
Ａ．糖ペプチドを検出するための方法
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出するための方法であって、表９に記載の１つ以上の糖タンパク質を含む生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、試料中の１つ以上の糖タンパク質を１つ以上の糖ペプチドに消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、を含む、方法が記載される。いくつかの実施形態では、トランジション１～３８は、生体試料からの少なくとも１つのペプチド構造を含むペプチド構造データに対応する。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０に記載される１つ以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれかのアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを含む 。
【0119】
いくつかの実施形態では、本明細書において、１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出するための方法であって、１つ以上の糖ペプチドを含む生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、を含む、方法が提供される。これらのトランジションは、さまざまな例において、表１～５のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表１～３のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表１のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表２のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表３のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表４のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、さまざまな例において、表５のトランジションのうちのいずれか１つ以上を含んでもよい。これらのトランジションは、糖ペプチドを示すものであってよい。
【0120】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、１つ以上の糖ペプチドが表１０から選択される、方法が記載される。
【0121】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0122】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0123】
いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１３のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２２のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0124】
いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１３のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２２のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0125】
いくつかの例では、患者からの試料は、ＭＳによって分析され、その結果を使用して試料中の配列番号５の配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量が決定される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号９のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１３のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１４のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号１９のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２２のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号２８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３０のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３１のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３４のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３５のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３６のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３７のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料中の配列番号３８のアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドを検出する方法が記載される。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0126】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0127】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0128】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0129】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0130】
いくつかの例では、本明細書において、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法であって、各糖ペプチドが、それぞれの場合において個々に、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドから選択される、方法が記載される。
【0131】
いくつかの例では、１つ以上の糖ペプチドを検出する方法が本明細書に記載される。いくつかの例では、１つ以上の糖ペプチド断片を検出する方法が本明細書に記載される。特定の例では、方法は、糖ペプチドまたはその断片が属する糖ペプチド群を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、表９に記載の糖タンパク質を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３９～５４のいずれかのアミノ酸配列を含む糖タンパク質を検出することを含む。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－アンチトリプシン（Ａ１ＡＴ）、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質（Ａ１ＢＧ）、アルファ－２－マクログロブリン（Ａ２ＭＧ）、アルファ－１－アンチキモトリプシン（ＡＡＣＴ）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１及び２（ＡＧＰ１２）、アルファ－１－酸性糖タンパク質１（ＡＧＰ１）、アルファ－１－酸性糖タンパク質２（ＡＧＰ２）、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）、アポリポタンパク質Ｄ（ＡＰＯＤ）、カルパイン－３（ＣＡＮ３）、セルロプラスミン（ＣＥＲＵ）、アルファ－２－ＨＳ糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）、ハプトグロビン（ＨＰＴ）、免疫グロブリン重鎖定常μ（ＩｇＭ）、血漿カリクレイン（ＫＬＫＢ１）、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１（ＰＯＮ１）、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ（ＵＮ１３Ａ）、及びそれらの組み合わせから選択される。
【0132】
これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－アンチトリプシン （Ａ１ＡＴ） である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１Ｂ－糖タンパク質（Ａ１ＢＧ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－２－マクログロブリン（Ａ２ＭＧ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－アンチキモトリプシン（ＡＡＣＴ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－酸性糖タンパク質１及び２（ＡＧＰ１２）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－酸性糖タンパク質１（ＡＧＰ１）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－１－酸性糖タンパク質２（ＡＧＰ２）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アポリポタンパク質Ｃ－ＩＩＩ（ＡＰＯＣ３）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アポリポタンパク質Ｄ（ＡＰＯＤ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、カルパイン－３（ＣＡＮ３）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、セルロプラスミン（ＣＥＲＵ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、アルファ－２－ＨＳ糖タンパク質（ＦＥＴＵＡ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、ハプトグロビン（ＨＰＴ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、免疫グロブリン重鎖定常μ（ＩｇＭ）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、血漿カリクレイン（ＫＬＫＢ１）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、血清パラオキソナーゼ／アリールエステラーゼ１（ＰＯＮ１）である。これらの例のうちのいくつかでは、糖ペプチド群は、タンパク質ｕｎｃ－１３ホモログＡ（ＵＮ１３Ａ）である。いくつかの例では、糖タンパク質群は、表９の糖タンパク質のうちの１つ以上により記載される。いくつかの例では、糖タンパク質群は、配列番号３９～５４のいずれかのアミノ酸配列を含む。
【0133】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、糖ペプチド、糖ペプチド上のグリカン、及びグリカンが糖ペプチドに結合しているグリコシル化部位の残基を検出することを含む。特定の例では、方法は、グリカン残基を検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチド上のグリコシル化部位を検出することを含む。いくつかの例では、このプロセスは、液体クロマトグラフィーとタンデムで使用される質量分光法を用いて行われる。
【0134】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることを含む。いくつかの例では、生体試料は、滑液、全血、血清、血漿、尿、痰、組織、唾液、涙、脊髄液、生検により得られた組織切片（複数可）；組織培養に配置または適合される細胞（複数可）；汗、粘液、糞便材料、胃液、腹水、羊水、嚢胞液、腹腔液、膵液、母乳、肺洗浄液、骨髄、胃酸、胆汁、精液、膿、房水、漏出液、または上述したものの組み合わせである。特定の例では、生体試料は、血液、血漿、唾液、粘液、尿、便、組織、汗、涙、毛髪、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、血液試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、血漿試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、唾液試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、粘液試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、尿試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、便試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、汗試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、涙試料である。これらの例のうちのいくつかでは、生体試料は、毛髪試料である。
【0135】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法または、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することを含む。特定の例では、方法は、試料中の糖ペプチドを消化することを含む。特定の例では、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化することを含む。いくつかの例では、消化または断片化された糖ペプチドは、質量分光法を使用して分析される。いくつかの例では、糖ペプチドは、消化酵素を使用して溶液相中で消化または断片化される。いくつかの例では、糖ペプチドは、質量分析計または質量分析計に関連する機器内の気相中で消化または断片化される。いくつかの例では、質量分析の結果は、機械学習アルゴリズムを使用して分析される。いくつかの例では、質量分析の結果は、糖ペプチド、グリカン、ペプチド、及びそれらの断片の定量化である。いくつかの例では、この定量化は、出力確率を生成するための訓練済みモデルの入力として使用される。出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、結腸直腸癌または進行性腺腫を有するという分類または結腸直腸癌または進行性腺腫を有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、がんを有するという分類またはがんを有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、自己免疫疾患を有するという分類または自己免疫疾患を有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、線維症を有するという分類または線維症を有さないという分類内にある確率である。
【0136】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料、またはその一部分を質量分析計に導入することを含む。
【0137】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料、またはその一部分を質量分析計に導入した後に、試料中の糖ペプチドを断片化することを含む。
【0138】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、質量分光法は、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、データ依存取得でＱＴＯＦ ＭＳを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、ＭＳのみモードを使用して実施される。いくつかの例では、免疫測定法が、質量分光法と組み合わせて使用される。
【0139】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料、またはその一部を質量分析計に導入する前に、試料中の糖ペプチドの消化が行われることを含む。
【0140】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、糖ペプチドイオン、ペプチドイオン、グリカンイオン、グリカン付加イオン、またはグリカンフラグメントイオンを提供することを含む。
【0141】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。
【0142】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。
【0143】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。
【0144】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。
【0145】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供する。
【0146】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供する。
【0147】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、トランジション１～３８からなる群からの構成員の組み合わせから選択される複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0148】
いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。
【0149】
いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及び組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及び組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0150】
いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0151】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、多重反応モニタリング質量分光法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生体試料に対して質量分光法を実施することを含む。
【0152】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。特定の例では、生体試料は、化学試薬と組み合わされる。ある特定の例では、生体試料は、酵素と組み合わされる。いくつかの例では、酵素は、リパーゼである。いくつかの例では、酵素は、プロテアーゼである。いくつかの例では、酵素は、セリンプロテアーゼである。これらの例のうちのいくつかでは、酵素は、トリプシン、キモトリプシン、トロンビン、エラスターゼ、及びスブチリシンからなる群から選択される。これらの例のうちのいくつかでは、酵素は、トリプシンである。いくつかの例では、方法は、少なくとも２つのプロテアーゼを試料中の糖ペプチドと接触させることを含む。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼからなる群から選択される。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エンドプロテイナーゼ、Ａｓｐ－Ｎ、Ａｒｇ－Ｃ、Ｇｌｕ－Ｃ、Ｌｙｓ－Ｃ、ペプシン、サーモリシン、エラスターゼ、パパイン、プロテイナーゼＫ、スブチリシン、クロストリパイン、及びカルボキシペプチダーゼプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、ならびにアスパラギンペプチドリアーゼからなる群から選択される。
【0153】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、トランジション１～３８からなる群からの構成員の組み合わせから選択される複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0154】
いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる。
【0155】
いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、方法は、糖ペプチドまたはグリカン残基を示すＭＲＭトランジションを検出することを含み、糖ペプチドは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。
【0156】
いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを示すＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0157】
いくつかの例では、方法は、トランジション５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群からの構成員の組み合わせから選択される複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、トランジション３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群からの構成員の組み合わせから選択される複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、トランジション１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群からの構成員の組み合わせから選択される複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0158】
いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２から選択されるアミノ酸配列を有する糖ペプチドの組み合わせを示す複数のＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0159】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、多重反応モニタリング質量分光法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生体試料に対して質量分光法を実施することを含む。
【0160】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。特定の例では、生体試料は、１つ以上の化学試薬と接触させられる。ある特定の例では、生体試料は、１つ以上の酵素と接触させられる。いくつかの例では、酵素は、リパーゼである。いくつかの例では、酵素は、プロテアーゼである。いくつかの例では、酵素は、セリンプロテアーゼである。これらの例のうちのいくつかでは、酵素は、トリプシン、キモトリプシン、トロンビン、エラスターゼ、及びスブチリシンからなる群から選択される。これらの例のうちのいくつかでは、酵素は、トリプシンである。いくつかの例では、方法は、少なくとも２つのプロテアーゼを試料中の糖ペプチドと接触させることを含む。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、セリンプロテアーゼ、スレオニンプロテアーゼ、システインプロテアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼからなる群から選択される。いくつかの例では、少なくとも２つのプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エンドプロテイナーゼ、Ａｓｐ－Ｎ、Ａｒｇ－Ｃ、Ｇｌｕ－Ｃ、Ｌｙｓ－Ｃ、ペプシン、サーモリシン、エラスターゼ、パパイン、プロテイナーゼＫ、スブチリシン、クロストリパイン、及びカルボキシペプチダーゼプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、ならびにアスパラギンペプチドリアーゼからなる群から選択される。
【0161】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、ＭＲＭトランジションは、表１、２、または３のうちのいずれか１つおけるトランジション、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。
【0162】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料に対してタンデム液体クロマトグラフィー－質量分光法を実施することを含む。
【0163】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料に対する多重反応モニタリング質量分光法（ＭＲＭ－ＭＳ）質量分光法を含む。
【0164】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、トリプル四重極（ＱＱＱ）及び／または四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析計を使用してＭＲＭトランジションを検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用してＭＲＭトランジションを検出することを含む。ある特定の他の例では、方法は、ｑＴＯＦ質量分析計を使用して検出することを含む。いくつかの例では、本方法と共に使用するのに好適な機器は、Ａｇｉｌｅｎｔ ６４９５Ｂトリプル四重極ＬＣ／ＭＳであり、これはｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／ｅｎ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｍａｓｓ－ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ／ｌｃ－ｍｓ－ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ／ｔｒｉｐｌｅ－ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｌｃ－ｍｓ／６４９５ｂ－ｔｒｉｐｌｅ－ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｌｃ－ｍｓにて見出すことができる。ある特定の他の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用して検出することを含む。いくつかの例では、本方法と共に使用するのに好適な機器は、Ａｇｉｌｅｎｔ ６５４５ ＬＣ／Ｑ－ＴＯＦであり、これはｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｍ／ｅｎ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｌｉｑｕｉｄ－ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ－ｍａｓｓ－ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ－ｌｃ－ｍｓ／ｌｃ－ｍｓ－ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ／ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－ｔｉｍｅ－ｏｆ－ｆｌｉｇｈｔ－ｌｃ－ｍｓ／６５４５－ｑ－ｔｏｆ－ｌｃ－ｍｓにて見出すことができる。
【0165】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用して１つよりも多くのＭＲＭトランジションを検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用して１つよりも多くのＭＲＭトランジションを検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ｑＴＯＦ質量分析計を使用して１つよりも多くのＭＲＭトランジションを検出することを含む。ある特定の例では、方法は、ＱＱＱ質量分析計を使用して１つよりも多くのＭＲＭトランジションを検出することを含む。
【0166】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、連結されたクロマトグラフィー手順を用いることを含む、１つ以上の生体試料の１つ以上のグライコミクスパラメータを定量化することを含む。いくつかの例では、これらのグライコミクスパラメータは、糖ペプチド群の同定、糖ペプチド上のグリカンの同定、グリコシル化部位の同定、糖ペプチドが含むアミノ酸配列の部分の同定を含む。いくつかの例では、連結されたクロマトグラフィー手順は、液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ）操作を実施または遂行することを含む。いくつかの例では、連結されたクロマトグラフィー手順は、多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）操作を実施または遂行することを含む。いくつかの例では、本明細書の方法は、液体クロマトグラフィー－質量分析（ＬＣ－ＭＳ）操作を実施または実行することと、多重反応モニタリング質量分析（ＭＲＭ－ＭＳ）操作を実行することと、を含む。いくつかの例では、方法は、トリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析操作及び／または四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析操作の１つ以上により得られる１つ以上の生体試料の１つ以上のグライコミクスパラメータを使用して機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、トリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析操作によって得られた１つ以上の生体試料の１つ以上のグライコミクスパラメータを使用して機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析操作で得られた１つ以上の生物試料の１つ以上のグライコミクスパラメータを使用して機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。いくつかの例では、方法は、トリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析操作及び四重極飛行時間型（ｑＴＯＦ）質量分析操作のうちの１つ以上を用いることを含む、１つ以上の生体試料の１つ以上のグライコミクスパラメータを定量化することを含む。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、これらのグライコミクスパラメータを定量化するために使用される。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、質量分析法は、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、データ依存取得でＱＴＯＦ ＭＳを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、ＭＳのみモードを使用して実施される。いくつかの例では、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）が、質量分析法と組み合わせて使用される。
【0167】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる。
【0168】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。
【0169】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。
【0170】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
【0171】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる。
【0172】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチドまたはそれらの組み合わせは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる。
【0173】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを提供することを含む。
【0174】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを提供することを含む。
【0175】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるグリカンを示す１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することを含む。本明細書において、これらのグリカンを図１～１４に示す。
【0176】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、グリカンを定量化することを含む。
【0177】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、第１のグリカンを定量化すること及び第２のグリカンを定量化することを含み、第１のグリカンの定量化を第２のグリカンの定量化と比較することをさらに含む。
【0178】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、検出されたグリカンを、グリカンが結合していたペプチド残基の部位に関連付けることを含む。
【0179】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料のグリコシル化プロファイルを生成することを含む。
【0180】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料に関連する組織切片上のグリカンを空間的にプロファイリングすることを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料に関連する組織切片上の糖ペプチドを空間的にプロファイリングすることを含む。いくつかの例では、方法は、本明細書の方法と組み合わせたマトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析法（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）質量分光法を含む。
【0181】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、グリカン及び／またはペプチドの相対存在量を定量化することを含む。
【0182】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを定量化することによって糖ペプチドの量を正規化することと、その定量化を別の化学種の量と比較することと、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを定量化することによってペプチドの量を正規化することと、その定量化を配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる別の糖ペプチドの量と比較することと、を含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを定量化することによってペプチドの量を正規化することと、その定量化を配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる別の糖ペプチドの量と比較することと、を含む。
【0183】
Ｂ．糖ペプチドを含む試料を分類するための方法
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、表１０に示され、本明細書に記載される任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～３８のいずれかのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、表１０に示され、本明細書に記載される任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～３８のいずれかのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0184】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、例えば本明細書に記載の関連する任意のグリカンとともに、配列番号１～３８からなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含むか、それらからなるか、またはそれらから本質的になる、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0185】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、表１０に示され、本明細書に記載される任意の関連するグリカンとともに、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれかのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0186】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0187】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、表１０に示され、本明細書に記載される任意の関連するグリカンとともに、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれかのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0188】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0189】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、表１０に示され、本明細書に記載される任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれかのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0190】
別の実施形態では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなるか、またはそれらから本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて試料の分類を特定することと、を含む、方法が記載される。
【0191】
いくつかの例では、糖ペプチドを分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、検出されたＭＲＭトランジションに基づいて糖ペプチドを分類することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、分析されたＭＲＭトランジションを入力として使用してモデルを訓練するために使用される。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、ＭＲＭトランジションを訓練データセットとして使用して訓練される。いくつかの例では、本明細書の方法は、質量分光法による相対存在量に基づいて糖ペプチド、ペプチド、及びグリカンを特定することを含む。いくつかの例では、機械学習アルゴリズム（複数可）が、質量分光スペクトル内のピークを選択及び／または特定する。
【0192】
いくつかの例では、糖ペプチドを分類するための方法であって、生体試料を個人から得ること、または生体試料が個人から既に得られていることと、試料中の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することと、検出されたＭＲＭトランジションに基づいて糖ペプチドを分類することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、分析されたＭＲＭトランジションを入力として使用してモデルを訓練するために使用される。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、ＭＲＭトランジションを訓練データセットとして使用して訓練される。いくつかの例では、本明細書の方法は、質量分光法による相対存在量に基づいて糖ペプチド、ペプチド、及びグリカンを特定することを含む。いくつかの例では、機械学習アルゴリズム（複数可）が、質量分光スペクトル内のピークを選択及び／または特定する。
【0193】
いくつかの例では、本明細書において、ＭＲＭトランジションを入力データセットとして使用して機械学習アルゴリズムを訓練する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれから本質的になる、定量化することと、定量化に基づいて分類を特定することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの存在または非存在を判定することを含む。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの相対存在量を判定することを含む。いくつかの例では、訓練済みモデルを使用して、検出されたポリペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを入力することに基づいて出力確率を生成する。
【0194】
いくつかの例では、本明細書において、ＭＲＭトランジションを入力データセットとして使用して機械学習アルゴリズムを訓練する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれから本質的になる、定量化することと、定量化に基づいて分類を特定することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの存在または非存在を判定することを含む。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの相対存在量を判定することを含む。いくつかの例では、訓練済みモデルを使用して、検出されたポリペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを入力することに基づいて出力確率を生成する。
【0195】
いくつかの例では、本明細書において、ＭＲＭトランジションを入力データセットとして使用して機械学習アルゴリズムを訓練する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる、定量化することと、定量化に基づいて分類を特定することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの存在または非存在を判定することを含む。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの相対存在量を判定することを含む。いくつかの例では、訓練済みモデルを使用して、検出されたポリペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを入力することに基づいて出力確率を生成する。
【0196】
いくつかの例では、本明細書において、ＭＲＭトランジションを入力データセットとして使用して機械学習アルゴリズムを訓練する方法が記載される。いくつかの例では、本明細書において、試料の分類を特定するための方法であって、質量分光法（ＭＳ）によって試料中の糖ペプチドを定量化することであって、糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれから本質的になる、定量化することと、定量化に基づいて分類を特定することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの存在または非存在を判定することを含む。いくつかの例では、定量化することは、試料中の糖ペプチド、または糖ペプチドの組み合わせの相対存在量を判定することを含む。いくつかの例では、訓練済みモデルを使用して、検出されたポリペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを入力することに基づいて出力確率を生成する。
【0197】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、試料は、疾患または状態を有する患者からの生体試料である。
【0198】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、患者は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する。
【0199】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、患者は、がんを有する。
【0200】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、患者は、線維症を有する。
【0201】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、患者は、自己免疫疾患を有する。
【0202】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、疾患または状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫である。
【0203】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、ＭＳは、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を用いるＭＲＭ－ＭＳである。
【0204】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、質量分光法は、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、データ依存取得でＱＴＯＦ ＭＳを使用して実施される。いくつかの例では、質量分光法は、ＭＳのみモードを使用して実施される。いくつかの例では、免疫測定法が、質量分光法と組み合わせて使用される。
【0205】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、２次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、放射基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ近傍、ナイーブベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、正則化回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。特定の例では、機械学習アルゴリズムは、ラッソ回帰である。いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、複合判別分析である。
【0206】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、試料を、疾患分類または疾患重症度分類内のものとして、またはそれに包含されるものとして分類することを含む。
【0207】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＭＳによって第１の時点での試料中の糖ペプチドを定量化することと、ＭＳによって第２の時点での試料中の糖ペプチドを定量化することと、第１の時点での定量化を第２の時点での定量化と比較することとを含む。
【0208】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＭＳによって第３の時点での試料中の異なる糖ペプチドを定量化することと、ＭＳによって第４の時点での試料中の異なる糖ペプチドを定量化することと、第４の時点での定量を第３の時点での定量化と比較することとを含む。
【0209】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、患者の健康状態をモニタリングすることを含む。
【0210】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、患者の健康状態をモニタリングすることは、遺伝子変異などのリスク因子を有する患者における疾患の発症及び進行をモニタリングすること、ならびにがん再発を検出することを含む。いくつかの実施形態では、患者は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）の１つ以上のリスク因子または臨床指標を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＲＣに関連する１つ以上のリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの１つ以上のリスク因子は、年齢、過敏性腸疾患、２型糖尿病、ＣＲＣの家族歴、遺伝性症候群（例えば、リンチ症候群）、肥満、喫煙、アルコール摂取、食事内容、及び運動不足からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの臨床指標は、排便習慣の変化、血便、下痢、便秘、持続する腹痛、持続する腹部けいれん、及び原因不明の体重減少からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、個人は健康な状態を有すると判定され、健康な状態にはＣＲＣもＡＡもないことが含まれる。いくつかの実施形態では、方法は、対象について検出された対応する状態に基づく診断を含むレポートを生成することをさらに含む。
【0211】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＭＳによって、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを定量化することを含む。
【0212】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＭＳによって、例えば本明細書に記載されるような任意の関連するグリカンとともに配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを定量化することを含む。
【0213】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＭＳによって、グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上のグリカンを定量化することを含む。
【0214】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、定量化に基づいて患者を疾患または状態を有するものとして診断することを含む。
【0215】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、患者を、定量化に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして診断することを含む。
【0216】
いくつかの例では、上記のもののいずれも含めて、方法は、患者を、化学療法、免疫療法、ホルモン療法、標的療法、ネオアジュバント療法、外科手術、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療有効量の治療薬で治療することを含む。
【0217】
Ｃ．治療方法
いくつかの例では、本明細書において、疾患または状態を有する患者を治療するための方法であって、質量分析法によって患者からの試料中の糖ペプチドを測定することを含む方法が記載される。いくつかの例では、患者は、ヒトである。特定の例では、患者は、女性である。特定の他の例では、患者は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ１の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ２の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ３の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ４の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。いくつかの例では、女性は、１０～２０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、２０～３０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、３０～４０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、４０～５０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、５０～６０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、６０～７０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、７０～８０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、８０～９０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、９０～１００歳に等しいまたはその間の年齢を有する。
いくつかの例では、本明細書において、疾患または状態を有する患者を治療するための方法であって、質量分析法によって患者からの試料中の糖ペプチドを測定することを含む方法が記載される。いくつかの例では、患者は、ヒトである。特定の例では、患者は、女性である。特定の他の例では、患者は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ１の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ２の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ３の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。特定の例では、患者は、ステージ４の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する女性である。いくつかの例では、女性は、１０～２０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、２０～３０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、３０～４０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、４０～５０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、５０～６０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、６０～７０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、７０～８０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、８０～９０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、女性は、９０～１００歳に等しいまたはその間の年齢を有する。
【0218】
いくつかの例では、本明細書において、疾患または状態を有する患者を治療するための方法であって、質量分析法によって患者からの試料中の糖ペプチドを測定することを含む方法が記載される。いくつかの例では、患者は、ヒトである。特定の例では、患者は、男性である。特定の他の例では、患者は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する男性である。特定の例では、患者は、ステージ１の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する男性である。特定の例では、患者は、ステージ２の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する男性である。特定の例では、患者は、ステージ３の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する男性である。特定の例では、患者は、ステージ４の結腸直腸癌または進行性腺腫を有する男性である。いくつかの例では、男性は、１０～２０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、２０～３０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、３０～４０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、４０～５０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、５０～６０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、６０～７０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、７０～８０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、８０～９０歳に等しいまたはその間の年齢を有する。いくつかの例では、男性は、９０～１００歳に等しいまたはその間の年齢を有する。
【0219】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を治療するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、試料中の１つ以上の糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者を、（Ａ）切除を必要とする患者、（Ｂ）治療薬を必要とする患者、（Ｃ）アルキル化療法を必要とする患者、（Ｄ）標的治療薬を必要とする患者、（Ｅ）免疫治療薬を必要とする患者、（Ｆ）免疫チェックポイント阻害薬を必要とする患者、（Ｇ）Ｔ細胞関連療法を必要とする患者、（Ｈ）がんワクチンを必要とする患者、（Ｉ）放射線療法を必要とする患者、（Ｊ）大腸内視鏡検査を必要とする患者、または（Ｋ）これらの組み合わせからなる群から選択される分類に分類することと、分類ＡまたはＫが判定される場合、切除を行うこと、または切除が既に行われていることと、分類ＩまたはＫが判定される場合、放射線療法を行うこと、または放射線療法が既に行われていることと、分類ＪまたはＫが判定される場合、大腸内視鏡検査を行うこと、または大腸内視鏡検査が既に行われていることと、または、治療有効量の治療薬を患者に投与することであって、分類ＢまたはＫが判定される場合、治療薬は治療薬から選択され、または分類ＣまたはＫが判定される場合、治療薬はアルキル化剤から選択され、または分類ＤまたはＫが判定される場合、治療薬は標的化治療薬から選択され、分類ＥまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫治療薬から選択され、分類ＦまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫チェックポイント阻害薬から選択され、分類ＧまたはＫが判定される場合、治療薬はＴ細胞関連療法から選択され、分類ＨまたはＫが判定される場合、治療薬はがんワクチンから選択される、投与することと、を含む、方法が記載される。
【0220】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を治療するための方法であって、１つ以上の糖ペプチドを含む生体試料を有する患者を選択することであって、試料中の１つ以上の糖ペプチドが消化及び／または断片化されており、試料中の１つ以上の糖ペプチドが、トランジション１～３８からなる群から選択される１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを用いて検出及び定量化され、定量化が訓練済みモデルに入力されて出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかが判定される、選択することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者を、（Ａ）切除を必要とする患者、（Ｂ）治療薬を必要とする患者、（Ｃ）アルキル化療法を必要とする患者、（Ｄ）標的治療薬を必要とする患者、（Ｅ）免疫治療薬を必要とする患者、（Ｆ）免疫チェックポイント阻害薬を必要とする患者、（Ｇ）Ｔ細胞関連療法を必要とする患者、（Ｈ）がんワクチンを必要とする患者、（Ｉ）放射線療法を必要とする患者、（Ｊ）大腸内視鏡検査を必要とする患者、または（Ｋ）これらの組み合わせからなる群から選択される分類に分類することと、分類ＡまたはＫが判定される場合、切除を行うこと、または切除が既に行われていることと、分類ＩまたはＫが判定される場合、放射線療法を行うこと、または放射線療法が既に行われていることと、分類ＪまたはＫが判定される場合、大腸内視鏡検査を行うこと、または大腸内視鏡検査が既に行われていることと、または、治療有効量の治療薬を患者に投与することであって、分類ＢまたはＫが判定される場合、治療薬は治療薬から選択され、または分類ＣまたはＫが判定される場合、治療薬はアルキル化剤から選択され、または分類ＤまたはＫが判定される場合、治療薬は標的化治療薬から選択され、分類ＥまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫治療薬から選択され、分類ＦまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫チェックポイント阻害薬から選択され、分類ＧまたはＫが判定される場合、治療薬はＴ細胞関連療法から選択され、分類ＨまたはＫが判定される場合、治療薬はがんワクチンから選択される、投与することと、を含む、方法が記載される。
【0221】
いくつかの例では、ＭＲＭトランジションは定量化され、この定量化が出力確率を生成するために訓練済みモデルの入力として使用される。出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、結腸直腸癌または進行性腺腫を有するという分類または結腸直腸癌または進行性腺腫を有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、がんを有するという分類またはがんを有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、自己免疫疾患を有するという分類または自己免疫疾患を有さないという分類内にある確率である。いくつかの他の例では、出力確率は、特定のカテゴリーまたは分類、例えば、線維症を有するという分類または線維症を有さないという分類内にある確率である。いくつかの例では、方法は、定量化されたＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力して出力確率を生成した後に患者を治療することと、出力確率に従って患者を治療することとを含む。
【0222】
いくつかの例では、機械学習を使用して、ＭＲＭトランジションに関連するＭＳピークが特定される。いくつかの例では、ＭＲＭトランジションは、機械学習を使用して分析される。いくつかの例では、ＭＲＭトランジションは、訓練済み機械学習アルゴリズムを用いて分析される。これらの例のうちのいくつかでは、訓練済み機械学習アルゴリズムは、結腸直腸癌または進行性腺腫を有することが知られている患者からの試料を分析することによって観察されたＭＲＭトランジションを使用して訓練されたものである。
【0223】
いくつかの例では、訓練済みモデルは、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を治療するために使用される。いくつかの例では、訓練済みモデルは、患者を治療するためのＭＲＭトランジションに関連するＭＳピークを特定するために使用される。いくつかの例では、訓練済みモデルは、患者を治療するためのＭＲＭトランジションを特定するために使用される。いくつかの例では、訓練済みモデルは、ＭＲＭトランジション（複数可）に関連する糖ペプチドの量を定量化し、患者を治療するために使用される出力確率を生成する。これらの例のうちのいくつかでは、訓練済みモデルは、患者を治療するために結腸直腸癌または進行性腺腫を有することが分かっている患者からの試料を分析することによって観察されたＭＲＭトランジションを使用する。
【0224】
いくつかの例では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）の１つ以上のリスク因子または臨床指標が患者を診断及び治療するうえで考慮される。いくつかの実施形態では、診断される患者は、ＣＲＣに関連する１つ以上のリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、治療される患者は、ＣＲＣに関連する１つ以上のリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣのリスク因子は、年齢、過敏性腸疾患、２型糖尿病、ＣＲＣの家族歴、遺伝性症候群（例えば、リンチ症候群）、肥満、喫煙、アルコール摂取、食事内容、運動不足及びそれらの組み合わせのうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、診断される患者は、ＣＲＣに関連する１つ以上の臨床指標を有する。いくつかの実施形態では、治療される患者は、ＣＲＣに関連する１つ以上の臨床指標を有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの臨床指標は、排便習慣の変化、血便、下痢、便秘、持続する腹痛、持続する腹部けいれん、及び原因不明の体重減少のうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、個人は健康な状態を有すると判定され、健康な状態にはＣＲＣもＡＡもないことが含まれる。いくつかの実施形態では、方法は、対象について検出された対応する状態に基づく診断を含むレポートを生成することをさらに含む。
【0225】
いくつかの例では、患者が結腸直腸癌を有するものとして診断された後、患者は手術で治療される。いくつかの例では、患者が結腸直腸癌を有するものとして診断された後、患者は切除により治療される。いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療するための手術は、結腸の１つ以上の部分の除去を含む。いくつかの実施形態では、治療は、ポリープ切除術、局所切除術、経肛門切除術（ＴＡＥ）、リンパ節切除術、経肛門内視鏡顕微手術（ＴＥＭ）、低位前方切除術（ＬＡＲ）、結腸肛門吻合を伴う直腸切除術、腹会陰切除術（ＡＰＲ）、骨盤摘出術、または便流変更結腸瘻造設術を含む。いくつかの実施形態では、手術は凍結手術をさらに含んでもよい。
【0226】
いくつかの例では、患者が結腸直腸癌を有するものとして診断された後、患者は、ロイコボリン、フルオロウラシル（５Ｆ０Ｕ）、カペシタビン、及びトリフルリジン／チピラシルなどの治療有効量の代謝拮抗薬で治療される。いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療するための化学療法は、５－フルオロウラシル、カペシタビン、オキサリプラチン、イリノテカン、トリフルリジン及びチピラシル、またはそれらの組み合わせを含む。５－フルオロウラシルは、１日当たり約０．４ｇ／ｍ２～１日当たり約３ｇ／ｍ２の範囲でヒト対象に投与することができる。カペシタビンは、ヒト対象に約１２５０ｍｇ／ｍ２をＢＩＤで２週間投与し、その後１週間の休薬期間の３週間のサイクルとして投与することができる。オキサリプラチンは、ヒト対象に１日当たり約８５ｇ／ｍ２～１日当たり約６００ｍｇ／ｍ２の範囲で投与することができる。イリノテカンは、ヒト対象に１日当たり約１２５ｇ／ｍ２～１日当たり約３５０ｍｇ／ｍ２の範囲で投与することができる。トリフルリジン／チピラシルは、ヒト対象に約３５ｇ／ｍ２ＰＯ ＢＩＤ～１日当たり約８０ｍｇ以下の範囲で投与することができる。ｍ２はヒト対象のおおよその表面積を指し、ＰＯは経口すなわち口からを意味し、ＢＩＤは、ｂｉｓ ｉｎ ｄｉｅすなわち１日２回を指すことに留意されたい。
【0227】
いくつかの例では、患者が結腸直腸癌を有するものとして診断された後、患者は、イリノテカンなどの治療有効量のトポイソメラーゼ阻害剤で治療される。
【0228】
いくつかの例では、患者は、治療有効量のアルキル化剤で処置される。特定の例では、アルキル化剤は、オキサリプラチン及びエロキサチンなどの薬物を含む。
【0229】
いくつかの例では、患者は、治療有効量の標的治療薬で治療される。特定の例では、標的治療薬は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）を標的とする血管を標的とする薬物、例えば、ベバシズマブ（アバスチン）、ラムシルマブ（サイラムザ）、及びＺｉｖ－アフリベルセプト（ザルトラップ）である。特定の例では、標的治療薬は、セツキシマブ（アービタックス）またはパニツムマブ（ベクティビックス）などの上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）である。特定の例では、標的治療薬は、レゴラフェニブ（スチバーガ）などのキナーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態では、標的治療薬は、ＶＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、及びＭＥＫ遺伝子の変化を含む（ただし、これに限定されない）腫瘍細胞遺伝子発現の患者特異的変化に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、標的治療薬は、がん遺伝子の阻害剤である。いくつかの例では、標的治療薬は、ＶＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、及びＭＥＫのうちの１つ以上の阻害剤である。いくつかの実施形態では、標的治療薬は、アフリベルセプト、セツキシマブ、パニツムマブ、エンコラフェニブ、及びそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、標的治療薬は血管新生阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、血管新生阻害剤は、ベバシズマブ（アバスチン、ＢＥＶ）及びラムシルマブ（サイラムザ、ＲＡＭ）のうちの１つを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの療法は１つ以上の標的治療薬を含む。
【0230】
いくつかの例では、患者は、治療有効量の免疫治療薬で治療される。特定の例では、免疫治療薬は、免疫チェックポイント阻害薬からなる群から選択される。特定の例では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ－４阻害剤、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、免疫療法は抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＣＴＬＡ－４を含む（ただし、これらに限定されない）免疫系チェックポイントタンパク質に対するものである。いくつかの実施形態では、ＰＤ－１を標的とする抗体は、ニボルマブ（オプジーボ）、ペムブロリズマブ（キイトルーダ）、及びセミプリマブ（リブタヨ）を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１を標的とする抗体は、アテゾリズマブ（ テセントリク ）、デュルバルマブ（イミフィンジ）、及びアベルマブ（バベンチオ）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ－４を標的とする抗体はイピリムマブ（ヤーボイ）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの療法は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＣＴＬＡ－４を標的とする１つ以上の抗体の組み合わせを含む。
【0231】
いくつかの例では、患者は、治療有効量のＴ細胞関連療法で治療される。特定の例では、Ｔ細胞関連療法は、ＣＡＲ－Ｔアプローチ、ＴＣＲアプローチ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【0232】
いくつかの例では、患者は、治療有効量のがんワクチンで治療される。
【0233】
いくつかの例では、患者は、治療有効量の放射線療法で治療される。特定の例では、放射線療法は、外部ビーム放射線療法及び内部放射線療法、化学放射線療法、近接照射療法、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、放射線療法は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）を治療するための高エネルギー線または粒子の使用を含む放射線処置である。いくつかの実施形態では、放射線処置は、外部ビーム放射線療法（ＥＢＲＴ）及び内部放射線療法（近接照射療法とも呼ばれる）を含む。いくつかの実施形態では、ＥＢＲＴは、定位切除放射線療法（ＳＡＢＲ）、三次元原体放射線療法（３Ｄ－ＣＲＴ）、強度変調放射線療法（ＩＭＲＴ）、体幹部定位放射線療法（ＳＢＲＴ）、定位手術的照射（ＳＲＳ）、またはその組み合わせのうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、近接照射療法は、結腸（例えば、直腸腔）内の腫瘍内または腫瘍に隣接して放射性物質を配置することを含む。
【0234】
いくつかの例では、患者は、標的治療薬から選択される治療薬で治療される。いくつかの例では、本明細書の方法は、治療有効量の５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、カペシタビン（ゼローダ）、イリノテカン（カンプトサール）、オキサリプラチン（エロキサチン）、トリフルリジン、及びチピラシル（ロンサーフ）を投与することを含む。
【0235】
いくつかの例では、治療薬は、１５０ｍｇ、２５０ｍｇ、３００ｍｇ、３５０ｍｇ、及び６００ｍｇ用量で投与される。いくつかの例では、治療薬は、１日２回投与される。
【0236】
化学療法剤には、パクリタキセル（タキソール）またはドセタキセル（タキソテール）等のタキサンと併せたカルボプラチン（パラプラチン）またはシスプラチン等の白金系薬物が含まれるが、これらに限定されない。パラプラチンは、１０ｍｇ／ｍＬの注射用濃度（５０、１５０、４５０、及び６００ｍｇのバイアル中）で投与され得る。進行性がんに対しては、３６０ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ）の単回薬剤用量が４週間投与され得る。パラプラチンは、３００ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ）（＋シクロホスファミド６００ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ））として組み合わせて４週間毎に投与され得る。タキソールは、３時間にわたって１７５ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ）で３週間毎に投与され得る（続いてシスプラチン）。タキソールは、２４時間にわたって１３５ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ）で３週間毎に投与され得る（続いてシスプラチン）。タキソールは、３時間にわたって１３５～１７５ｍｇ／ｍ＾２（ＩＶ）で３週間毎に投与され得る。
【0237】
標的療法剤には、ＰＡＲＰ阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。
【0238】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料及び／またはコントロール試料に対して多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を実施することを含む。
【0239】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、質量分析法は、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）モードを使用して実施される。いくつかの例では、質量分析法は、データ依存取得でＱＴＯＦ ＭＳを使用して実施される。いくつかの例では、質量分析法は、ＭＳのみモードを使用して実施される。いくつかの例では、免疫測定法（例えば、ＥＬＩＳＡ）が、質量分析法と組み合わせて使用される。
【0240】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～３８のアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0241】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0242】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0243】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のアミノ酸配列及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のアミノ酸配列及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のアミノ酸配列及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0244】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。
【0245】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。
【0246】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用してトランジション１～３８からなる群から選択される多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出することを含む。いくつかの実施形態では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用して表１０の１つ以上のペプチド構造を検出することを含む。いくつかの実施形態では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を使用して配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチド構造を検出することを含む。
【0247】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、定量化ステップに基づいて分類を特定するために機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。
【0248】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、定量化ステップに基づいて分類を特定するために機械学習アルゴリズムを訓練することを含む。
【0249】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、２次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、放射基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ近傍、ナイーブベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、正則化回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【0250】
Ｄ．患者の診断方法
いくつかの例では、本明細書において、疾患または状態を有する患者を診断するための方法であって、質量分析法によって患者からの試料中の糖ペプチドを測定することを含む方法が記載される。
いくつかの例では、本明細書において、疾患または状態を有する患者を診断するための方法であって、質量分析法によって患者からの試料中の糖ペプチドを測定することを含む方法が記載される。
【0251】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出し、定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者に対する診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。
【0252】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションの定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者に対する診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、方法は、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出し、定量化するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出し、定量化することとを含む。
【0253】
いくつかの例では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析するかまたはモデルを訓練して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、方法は、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することとを含む。
【0254】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む方法が記載される。
【0255】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することと、検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを使用してモデルを訓練して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む、方法が記載される。
【0256】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む、方法が記載される。
【0257】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力するかまたはモデルを訓練して出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者に対する診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。
【0258】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力して出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者に対する診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。
【0259】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを使用してモデルを訓練して出力確率を生成することと、を含む、方法が記載される。
【0260】
別の実施形態では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化することと、検出された糖ペプチドの定量化またはＭＲＭトランジションを訓練済みモデルに入力して出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者に対する診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。
【0261】
いくつかの例では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を生成することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を生成するためのモデルを訓練するために使用される。
【0262】
いくつかの例では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0263】
いくつかの例では、本明細書において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして患者を診断することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0264】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む方法が記載される。いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0265】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む方法が記載される。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0266】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む方法が記載される。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0267】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、訓練済みモデルを使用して検出された糖ペプチドまたはＭＲＭトランジションを分析して診断分類を特定することと、診断分類に基づいて老化分類を有するものとして個人を診断、モニタリング、または分類することと、を含む方法が記載される。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0268】
いくつかの例では、本明細書において、個人における老化を診断、モニタリング、または分類するための方法であって、生体試料を患者から得ること、または生体試料が患者から既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して生体試料の質量分析法を実施して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、もしくはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出することと、モデルを訓練して診断分類を特定することと、を含む方法が記載される。いくつかの他のステップでは、方法は、診断分類に基づいて個人を老化分類を有するものとして診断、モニタリング、または分類することを含んでもよい。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドが、診断分類を特定するためのモデルを訓練するために使用される。
【0269】
Ｅ．疾患及び状態
種々の疾患及び状態を診断するためのバイオマーカーが本明細書に記載される。
種々の疾患及び状態を診断するためのバイオマーカーが本明細書に記載される。
【0270】
いくつかの例では、疾患及び状態は、がんを含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、がんに限定されない。
【0271】
いくつかの例では、疾患及び状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む。いくつかの例では、疾患及び状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫に限定されない。
【0272】
いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）は、例えば結腸、直腸及び／または虫垂などの下部消化管のがんである。いくつかの実施形態では、ＣＲＣは結腸ポリープから発生する可能性がある。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは、大腸または直腸の内壁上で成長する。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは良性である。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは悪性である。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは、診断及び／または治療されない場合、結腸直腸腺腫に進行する。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは、診断及び／または治療されない場合、進行性結腸直腸腺腫に進行する。いくつかの実施形態では、結腸ポリープは、診断及び／または治療されない場合、ＣＲＣに進行する。適時の診断及び／または治療が行われない場合、ＣＲＣを有する個人の生存率は顕著に低くなる。
【0273】
いくつかの実施形態では、本明細書において、個人をＣＲＣを有するかまたはＣＲＣを有さないものとして分類するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、個人を進行性腺腫（ＡＡ）を有するかまたはＡＡを有さないものとして分類するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、個人をＣＲＣを有するかまたはＣＲＣを有さないものとして診断するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、個人を進行性腺腫（ＡＡ）を有するかまたはＡＡを有さないものとして診断するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、ＣＲＣを有する個人を治療するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、進行性腺腫（ＡＡ）を有する個人を治療するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人を治療する方法は、特定の療法を選択することと、及び／または特定の療法を投与することとを含む。本明細書に記載される実施形態のいずれにおいても、方法は、ペプチド及び／または糖ペプチドのセットのペプチド構造データから特定された定量化データを、疾患指標を特定するように訓練された１つ以上の機械学習モデルに入力することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料を、ＣＲＣもしくはＡＡを有するか、またはＣＲＣもしくはＡＡを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、療法は、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の存在及び／または量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、療法は、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドの存在及び／または量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、療法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドの存在及び／または量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、療法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドの存在及び／または量に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、療法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドの存在及び／または量に基づいて選択される。
【0274】
本明細書では、個人の診断及び治療の方法が提供される。さらに、本明細書では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する１つ以上のリスク因子を有する個人の診断及び治療の方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、ＣＲＣまたはＡＡに関連する１つ以上のリスク因子を有する個人における表１０の１つ以上のペプチド構造の量／存在または非存在を測定することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０の１つ以上のペプチド構造の存在及び／または量に基づいて個人を診断することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０の１つ以上の糖ペプチドの存在及び／または量に基づいて個人を診断することを含む。いくつかの実施形態では、診断は、表１０に記載の配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチド及び／または糖ペプチドの存在及び／または量に基づく。いくつかの実施形態では、診断は、表１０に記載の配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドの存在及び／または量に基づく。いくつかの実施形態では、診断は、配列番号１～３８のアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの存在及び／または量と、表１０に記載の関連するグリカンとに基づく。いくつかの実施形態では、ＣＲＣまたはＡＡと診断された個人は、診断によって決定された疾患指標に基づいて、本明細書に記載される１つ以上のＣＲＣまたはＡＡ療法を投与される。いくつかの実施形態では、個人は、診断によって決定された疾患指標に基づいて、本明細書に記載される１つ以上のＣＲＣまたはＡＡ療法を投与される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣまたはＡＡを有することが確認された個人は、診断によって決定された疾患指標に基づいて治療される。
【0275】
いくつかの実施形態では、個人は、表１０の１つ以上のペプチド構造が検出され、それらが健康なコントロール試料とは異なる場合に、診断される。いくつかの実施形態では、個人は、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチド構造が検出され、それらが健康なコントロール試料とは異なる場合に、診断される。いくつかの実施形態では、個人は、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドが検出され、それらが健康なコントロール試料とは異なる場合に、診断される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造の量は存在しないか、または検出限界未満である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの糖ペプチド構造の量は存在しないか、または検出限界未満である。いくつかの実施形態では、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の量は存在しないか、または検出限界未満である。いくつかの実施形態では、表１０に記載される配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのペプチド構造の量は、存在しないか、または検出限界未満である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に少ない。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの糖ペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に少ない。いくつかの実施形態では、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に少ない。いくつかの実施形態では、表１０に記載される配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に少ない。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に多い。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの糖ペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に多い。いくつかの実施形態では、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に多い。いくつかの実施形態では、表１０に記載される配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む少なくとも１つのペプチド構造の量は、健康な個人からのコントロール試料よりも有意に多い。いくつかの実施形態では、個人は、表１０の１つ以上のペプチド構造の存在及び／または量に基づいて診断及び治療される。いくつかの実施形態では、個人は、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチド構造の存在及び／または量と、表１０に記載される関連するグリカンとに基づいて診断及び治療される。
【0276】
いくつかの実施形態では、個人はＣＲＣまたはＡＡを有する。いくつかの実施形態では、個人は、ステージ０、ステージＩ、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、またはステージＩＶのＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は早期のＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は末期のＣＲＣまたは進行性ＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は、発生部位から広がっていないＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は、周囲の組織に局所的に広がったＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は、元の腫瘍及び／または局所腫瘍環境を超えて広がったＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は、肺を越えて１つ以上の臓器に広がったＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人は転移性ＣＲＣを有する。いくつかの実施形態では、個人はＣＲＣを有し、再発及び／または進行している。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示される１つ以上のペプチド構造に基づいてＣＲＣに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示される１つ以上の糖ペプチドに基づいてＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、ペプチド及び／または糖ペプチドのセットのペプチド構造データから特定された定量化データを、疾患指標をように訓練された１つ以上の機械学習モデルに入力することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料を、ＣＲＣもしくはＡＡを有するか、またはＣＲＣもしくはＡＡを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、表１０に示される１つ以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のペプチド及び／または糖ペプチドの存在、非存在、及び／または量は、ＭＲＭ－ＭＳによって決定される。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示されるペプチド構造を含む１つ以上のバイオマーカーの存在、量、及び／または相対量に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を選択することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示される糖ペプチドを含む１つ以上のバイオマーカーの存在、量、及び／または相対量に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を選択することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示されるペプチド構造を含む１つ以上のバイオマーカーの存在、量、及び／または相対量に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示される糖ペプチドを含む１つ以上のバイオマーカーの存在、量、及び／または相対量に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を投与することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標及び／または分類に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標及び／または分類に基づいて、本明細書に記載される特定の療法を投与することをさらに含む。
【0277】
いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための一連の療法を以前に受けている。いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための少なくとも１回、少なくとも２回、または少なくとも３回の一連の以前の療法を受けている。いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための１回以下、２回以下、または３回以下の一連の依然の療法を受けている。いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣまたはＡＡを治療するための一連の以前の療法を受けていない。
【0278】
いくつかの実施形態では、個人は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）治療に関連する遺伝子発現が変化している。いくつかの実施形態では、個人はがん遺伝子発現が変化している。いくつかの実施形態では、個人は腫瘍細胞の遺伝子発現が変化している。いくつかの実施形態では、遺伝子発現の変化は、ＶＥＧＦ、ＥＧＦＲ、ＢＲＡＦ、及びＭＥＫのうちの１つ以上の遺伝子発現の変化を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子発現の変化は、免疫系チェックポイントタンパク質ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＣＴＬＡ－４のうちの１つ以上の遺伝子発現の変化を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ治療に関連する遺伝子発現の変化を有する個人は、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＣＴＬＡ－４、またはそれらの組み合わせを標的とする１つ以上の抗体を含む療法から利する可能性がある。
【0279】
いくつかの実施形態では、個人は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、ＣＲＣまたはＡＡのリスクは、表１０の１つ以上のペプチド構造の存在及び／または量に基づいて判定される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣのリスクは、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む１つ以上のペプチドの存在及び／または量に基づいて判定される。いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣを発症する可能性を増大させる１つ以上のリスク因子について陽性である。いくつかの実施形態では、１つ以上のリスク因子は、年齢、過敏性腸疾患、２型糖尿病、ＣＲＣの家族歴、遺伝性症候群（例えば、リンチ症候群）、肥満、喫煙、タバコの使用、アルコール摂取、食事内容、及び運動不足からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、個人は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つのＣＲＣのリスク因子を有する。
【0280】
いくつかの実施形態では、個人は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症する可能性を増大させる１つ以上のリスク因子について陽性である。いくつかの実施形態では、１つ以上のリスク因子は個人の年齢を含む。いくつかの実施形態では、個人は、少なくとも３０歳、少なくとも３５歳、少なくとも４０歳、少なくとも４５歳、少なくとも５０歳、少なくとも５５歳、少なくとも６０歳、少なくとも６５歳、少なくとも７０歳、少なくとも７５歳、少なくとも８０歳、少なくとも８５歳、または少なくとも９０歳である。いくつかの実施形態では、個人は少なくとも約３０歳である。いくつかの実施形態では、個人は少なくとも約４０歳である。いくつかの実施形態では、個人は少なくとも約５０歳である。いくつかの実施形態では、個人は少なくとも約６０歳である。
【0281】
いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症するリスクがある個人は、体重過多または肥満である。いくつかの実施形態では、ＣＲＣを発症するリスクのある個人は、ＢＭＩ≧３０ｋｇ／ｍを有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣを発症するリスクのある個人は、ＢＭＩ≧３５ｋｇ／ｍを有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣを発症するリスクのある個人は、ＢＭＩ≧４０ｋｇ／ｍを有する。いくつかの実施形態では、個人は極度の肥満とみなされる。
【0282】
いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症するリスクがある個人は、遺伝性症候群を有する。いくつかの実施形態では、遺伝性症候群は、家族性腺腫性ポリポーシス（ＦＡＰ）または遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌（リンチ症候群）を含む。
【0283】
いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症するリスクがある個人は、ＣＲＣまたはＡＡのリスクを増大させ得る食品を摂取している。いくつかの実施形態では、個人は赤身肉または加工肉を大量に摂取している。いくつかの実施形態では、ＣＲＣまたはＡＡを発症するリスクがある個人は、ＣＲＣまたはＡＡのリスクを増大させ得る食品を摂取していない。いくつかの実施形態では、個人は野菜及び繊維の摂取量が不足している。
【0284】
いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を発症するリスクがある個人は、喫煙者またはタバコ製品の消費者である。いくつかの実施形態では、個人は紙巻きタバコ、葉巻、パイプ、及び他のタバコベースの製品を喫煙する。いくつかの実施形態では、個人は喫煙者である。いくつかの実施形態では、個人はタバコ含有製品を使用している。
【0285】
いくつかの実施形態では、個人は、本明細書に記載される結腸直腸癌（ＣＲＣ）の１つ以上の臨床指標について陽性である。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの１つ以上の臨床指標は、排便習慣の変化、血便、下痢、便秘、持続する腹痛、持続する腹部けいれん、及び原因不明の体重減少を含む。いくつかの実施形態では、個人は、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つのＣＲＣの臨床指標を有する。いくつかの実施形態では、個人は、本明細書に記載されるＣＲＣの臨床指標の任意の組み合わせを有する。
【0286】
いくつかの例では、状態は、老化である。いくつかの例では、本明細書に記載の「患者」は、「個体」と同等に記載される。例えば、本明細書のいくつかの方法では、個体における老化または老化状態をモニタリングまたは診断するためのバイオマーカーが記載される。これらの例のいくつかでは、個体は、必ずしも、治療を必要とする医学的状態を有する患者とは限らない。いくつかの例では、個体は、雄性である。いくつかの例では、個体は、雌性である。いくつかの例では、個体は、雄性の哺乳動物である。いくつかの例では、個体は、雌性の哺乳動物である。いくつかの例では、個体は、男性のヒトである。いくつかの例では、個人は女性である。
【0287】
いくつかの例では、個人は１歳である。いくつかの例では、個人は２歳である。いくつかの例では、個人は３歳である。いくつかの例では、個人は４歳である。いくつかの例では、個人は５歳である。いくつかの例では、個人は６歳である。いくつかの例では、個人は７歳である。いくつかの例では、個人は８歳である。いくつかの例では、個人は９歳である。いくつかの例では、個人は１０歳である。いくつかの例では、個人は１１歳である。いくつかの例では、個人は１２歳である。いくつかの例では、個人は１３歳である。いくつかの例では、個人は１４歳である。いくつかの例では、個人は１５歳である。いくつかの例では、個人は１６歳である。いくつかの例では、個人は１７歳である。いくつかの例では、個人は１８歳である。いくつかの例では、個人は１９歳である。いくつかの例では、個人は２０歳である。いくつかの例では、個人は２１歳である。いくつかの例では、個人は２２歳である。いくつかの例では、個人は２３歳である。いくつかの例では、個人は２４歳である。いくつかの例では、個人は２５歳である。いくつかの例では、個人は２６歳である。いくつかの例では、個人は２７歳である。いくつかの例では、個人は２８歳である。いくつかの例では、個人は２９歳である。いくつかの例では、個人は３０歳である。いくつかの例では、個人は３１歳である。いくつかの例では、個人は３２歳である。いくつかの例では、個人は３３歳である。いくつかの例では、個人は３４歳である。いくつかの例では、個人は３５歳である。いくつかの例では、個人は３６歳である。いくつかの例では、個人は３７歳である。いくつかの例では、個人は３８歳である。いくつかの例では、個人は３９歳である。いくつかの例では、個人は４０歳である。いくつかの例では、個人は４１歳である。いくつかの例では、個人は４２歳である。いくつかの例では、個人は４３歳である。いくつかの例では、個人は４４歳である。いくつかの例では、個人は４５歳である。いくつかの例では、個人は４６歳である。いくつかの例では、個人は４７歳である。いくつかの例では、個人は４８歳である。いくつかの例では、個人は４９歳である。いくつかの例では、個人は５０歳である。いくつかの例では、個人は５１歳である。いくつかの例では、個人は５２歳である。いくつかの例では、個人は５３歳である。いくつかの例では、個人は５４歳である。いくつかの例では、個人は５５歳である。いくつかの例では、個人は５６歳である。いくつかの例では、個人は５７歳である。いくつかの例では、個人は５８歳である。いくつかの例では、個人は５９歳である。いくつかの例では、個人は６０歳である。いくつかの例では、個人は６１歳である。いくつかの例では、個人は６２歳である。いくつかの例では、個人は６３歳である。いくつかの例では、個人は６４歳である。いくつかの例では、個人は６５歳である。いくつかの例では、個人は６６歳である。いくつかの例では、個人は６７歳である。いくつかの例では、個人は６８歳である。いくつかの例では、個人は６９歳である。いくつかの例では、個人は７０歳である。いくつかの例では、個人は７１歳である。いくつかの例では、個人は７２歳である。いくつかの例では、個人は７３歳である。いくつかの例では、個人は７４歳である。いくつかの例では、個人は７５歳である。いくつかの例では、個人は７６歳である。いくつかの例では、個人は７７歳である。いくつかの例では、個人は７８歳である。いくつかの例では、個人は７９歳である。いくつかの例では、個人は８０歳である。いくつかの例では、個人は８１歳である。いくつかの例では、個人は８２歳である。いくつかの例では、個人は８３歳である。いくつかの例では、個人は８４歳である。いくつかの例では、個人は８５歳である。いくつかの例では、個人は８６歳である。いくつかの例では、個人は８７歳である。いくつかの例では、個人は８８歳である。いくつかの例では、個人は８９歳である。いくつかの例では、個人は９０歳である。いくつかの例では、個人は９１歳である。いくつかの例では、個人は９２歳である。いくつかの例では、個人は９３歳である。いくつかの例では、個人は９４歳である。いくつかの例では、個人は９５歳である。いくつかの例では、個人は９６歳である。いくつかの例では、個人は９７歳である。いくつかの例では、個人は９８歳である。いくつかの例では、個人は９９歳である。いくつかの例では、個人は１００歳である。いくつかの例では、個人は１００歳よりも高齢である。
【0288】
Ｖ．機械学習
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、質量分析法（ＭＳ）及び／または液体クロマトグラフィー（ＬＣ）を使用して、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号１～３８のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、質量分析法（ＭＳ）及び／または液体クロマトグラフィー（ＬＣ）を使用して、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号１～３８のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0289】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、質量分光法及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分光法及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分光法及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分光法及び／または液体クロマトグラフィーを使用して、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0290】
いくつかの例では、定量化の結果は、訓練済みモデルの入力として使用される。いくつかの例では、定量化の結果は、試験試料中で定量された各グリカンまたは糖ペプチドの絶対量、相対量、及び／または種類に基づく診断アルゴリズムを用いて分類またはカテゴライズされ、診断アルゴリズムは、既知の疾患または状態を有する個体の集団から得られた各マーカーについての対応する値で訓練される。いくつかの例では、疾患または状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫である。
【0291】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、質量分析法（ＭＳ）及び／または液体クロマトグラフィー（ＬＣ）を使用して、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、ＭＳ及び／またはＬＣを使用して、配列番号１～３８のいずれか１つのアミノ酸配列から選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む。
【0292】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、機械学習システムを訓練するための方法であって、配列番号１～３８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することと、コントロール試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第２のデータセットを提供することと、機械学習アルゴリズムを使用して第１のデータセットと第２のデータセットとを比較することと、を含む、方法が記載される。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。
【0293】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、機械学習システムを訓練するための方法であって、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することと、コントロール試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第２のデータセットを提供することと、機械学習アルゴリズムを使用して第１のデータセットと第２のデータセットとを比較することとを含む、方法が記載される。いくつかの例では、方法は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。いくつかの例では、方法は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することを含む。
【0294】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0295】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0296】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0297】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0298】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料である、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0299】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、コントロール試料を使用することを含み、コントロール試料は、結腸直腸癌も進行性腺腫も有さない患者からの試料である。
【0300】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0301】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせを含む１つ以上の糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0302】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する１人以上の患者からプールされた試料である、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む試料を使用することを含む。
【0303】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書の方法は、結腸直腸癌も進行性腺腫も有しない１人以上の患者からプールされた試料であるコントロール試料を使用することを含む。
【0304】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、疾患または状態を有する患者及び疾患または状態を有しない患者からの質量分析データ（例えば、ＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナル）を使用して訓練された機械学習モデルを生成することを含む。いくつかの例では、疾患または状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫である。いくつかの例では、方法は、既知の標準物質または他の試料との交差検証によって機械学習モデルを最適化することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分析データを使用して性能を評価して、個々の感度及び特異度を有するグリカン及び糖ペプチドのパネルを形成することを含む。特定の例では、方法は、診断に関して信頼度パーセントを決定することを含む。いくつかの例では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１～１０種の糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１０～５０種の糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。
【0305】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料に対してＭＲＭ－ＭＳ及び／またはＬＣ－ＭＳを実施することを含む。いくつかの例では、方法は、計算装置によって、複数の質量スペクトルを表す理論的質量スペクトルデータを構築することを含み、複数の質量スペクトルのそれぞれは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドに対応する。いくつかの例では、方法は、計算装置によって、質量スペクトルデータと理論的質量スペクトルデータとを比較して、複数の質量スペクトルのそれぞれと複数の糖ペプチドのうちの対応する糖ペプチドに関連する複数の理論的標的質量スペクトルのそれぞれとの類似性を示す比較データを生成することを含む。
【0306】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、疾患または状態を有する患者及び疾患または状態を有しない患者からの質量分析データ（例えば、ＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナル）を使用して訓練された機械学習モデルを生成することを含む。いくつかの例では、疾患または状態は、結腸直腸癌または進行性腺腫である。いくつかの例では、方法は、既知の標準物質または他の試料との交差検証によって機械学習モデルを最適化することを含む。いくつかの例では、方法は、質量分析データを使用して性能を評価して、個々の感度及び特異度を有するグリカン及び糖ペプチドのパネルを形成することを含む。特定の例では、方法は、診断に関して信頼度パーセントを決定することを含む。
【0307】
いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。
【0308】
いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、特定の信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。
【0309】
いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つのアミノ酸配列を含む少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。
【0310】
いくつかの例では、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つのアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。いくつかの例では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる少なくとも１つの糖ペプチドが、より高い信頼度パーセントで結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を診断するのに有用であり得る。
【0311】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、生体試料に対してＭＲＭ－ＭＳ及び／またはＬＣ－ＭＳを実施することを含む。いくつかの例では、方法は、計算装置によって、複数の質量スペクトルを表す理論的質量スペクトルデータを構築することを含み、複数の質量スペクトルのそれぞれは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドに対応する。いくつかの例では、方法は、計算装置によって、複数の質量スペクトルを表す理論的質量スペクトルデータを構築することを含み、複数の質量スペクトルのそれぞれは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドに対応する。いくつかの例では、方法は、計算装置によって、複数の質量スペクトルを表す理論的質量スペクトルデータを構築することを含み、複数の質量スペクトルのそれぞれは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドに対応する。
【0312】
いくつかの例では、方法は、計算装置によって、質量スペクトルデータと理論的質量スペクトルデータとを比較して、複数の質量スペクトルのそれぞれと複数の糖ペプチドのうちの対応する糖ペプチドに関連する複数の理論的標的質量スペクトルのそれぞれとの類似性を示す比較データを生成することを含む。
【0313】
いくつかの例では、機械学習アルゴリズムは、計算装置によって、ＭＲＭ－ＭＳデータに基づいて、複数の質量スペクトルにおける複数の特徴的なイオンの分布を決定し、計算装置によって、分布に基づいて、複数の特徴的なイオンのうちの１つ以上が糖ペプチドイオンであるかどうかを決定するために使用される。
【0314】
いくつかの例では、本明細書の方法は、診断アルゴリズムを訓練することを含む。本明細書において、診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を指し得る。診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく統計モデルにおける変数選択を指し得る。診断アルゴリズムを訓練することは、例えば、各カテゴリーについて特徴空間内の重み付けベクトルを判定すること、または関数もしくは関数パラメータを判定することを含んでもよい。
【0315】
いくつかの例では、本明細書の方法は、診断アルゴリズムを訓練することを含む。本明細書において、診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれらから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を指し得る。本明細書において、診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を指し得る。本明細書において、診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなるか、またはそれから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を指し得る。
【0316】
診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく統計モデルにおける変数選択を指し得る。診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく統計モデルにおける変数選択を指し得る。診断アルゴリズムを訓練することは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドについての値に基づく統計モデルにおける変数選択を指し得る。
【0317】
診断アルゴリズムを訓練することは、例えば、各カテゴリーについて特徴空間内の重み付けベクトルを判定すること、または関数もしくは関数パラメータを判定することを含んでもよい。
【0318】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、機械学習アルゴリズムは、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、２次判別分析アルゴリズム、サポートベクターマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、放射基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ近傍、ナイーブベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、正則化回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。特定の例では、機械学習アルゴリズムは、ラッソ回帰である。
【0319】
特定の例では、機械学習アルゴリズムは、ラッソ、リッジ回帰、ランダムフォレスト、Ｋ近傍法（ＫＮＮ）、ディープニューラルネットワーク（ＤＮＮ）、及び主成分分析（ＰＣＡ）である。特定の例では、ＤＮＮは、質量分析データを分析可能な形式に処理するために使用される。いくつかの例では、ＤＮＮは、質量スペクトルからのピークの抽出に使用される。いくつかの例では、ＰＣＡが特徴検出に有用である。いくつかの例では、機械学習は、複合判別分析である。
【0320】
いくつかの例では、ラッソを使用して、特徴選択を提供する。
【0321】
いくつかの例では、機械学習アルゴリズムを使用して、タンパク質の存在量を表す各タンパク質からのペプチドを定量化する。いくつかの例では、この定量化は、グリコシル化が測定されないタンパク質を定量化することを含む。
【0322】
いくつかの例では、糖ペプチド配列は、質量分析計における断片化及びＢｙｏｎｉｃソフトウェアを使用したデータベース検索によって同定される。
【0323】
いくつかの例では、本明細書の方法は、タンパク質機能またはグリカンモチーフ等の既知の生物学的量を表すＭＲＭＳ－ＭＳデータの特徴を検出するための教師なし学習を含む。ある特定の例では、これらの特徴は、機械による分類のための入力として使用される。いくつかの例では、分類は、ラッソ、リッジ回帰、またはランダムフォレストの性質を使用して実施される。
【0324】
いくつかの例では、本明細書の方法は、アルゴリズムで値を処理する前に、入力データ（例えば、ＭＲＭトランジションピーク）を値（例えば、０～１００に基づくスケール）にマッピングすることを含む。例えば、ＭＲＭトランジションが特定され、ピークが特徴付けられた後、本明細書の方法は、所与の患者について、ピーク付近のｍ／ｚ及び保持時間ウィンドウでのＭＳスキャンを評価することを含む。いくつかの例では、得られたクロマトグラムは、機械学習アルゴリズムによって積分されることで、ピークの開始点及び停止点を決定し、それらの点で囲まれた面積及び強度（高さ）が計算される。得られた積分値は存在量であり、これが次いで、機械学習及び統計分析の訓練及びデータセットに供給される。
【0325】
いくつかの例では、あるインスタンスにおける機械学習出力が、別のインスタンスにおける機械学習入力として使用される。例えば、分類プロセスに使用されるＰＣＡに加えて、ＤＮＮデータ処理がＰＣＡ及び他の分析に供給される。これは、少なくとも３レベルのアルゴリズム処理をもたらす。他の階層構造も本開示の範囲内で企図される。
【0326】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、方法は、診断アルゴリズムにおいて、試料中で定量された各グリカンまたは糖ペプチドの量を各グリカンまたは糖ペプチドについての対応する参照値と比較することを含む。いくつかの例では、方法は、診断アルゴリズムを使用して、試料中で定量化されたグリカンまたは糖ペプチドの量を同じグリカンまたは糖ペプチドの参照値と比較する比較プロセスを含む。比較プロセスは、診断アルゴリズムによる分類の一部であってもよい。比較プロセスは、例えば、ｎ次元特徴空間または高次元空間における、抽象レベルで生じ得る。
【0327】
いくつかの例では、本明細書の方法は、診断アルゴリズムを用いて、試料中で定量された各グリカンまたは糖ペプチドの量に基づいて患者の試料を分類することを含む。いくつかの例では、方法は、統計または機械学習分類プロセスを使用することを含み、試験試料中で定量されたグリカンまたは糖ペプチドの量を使用して、診断アルゴリズムによって健康のカテゴリーが決定される。いくつかの例では、診断アルゴリズムは、統計的または機械学習の分類アルゴリズムである。
【0328】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、診断アルゴリズムによる分類は、考えられる各カテゴリーに属するグリカンまたは糖ペプチド値のパネルの尤度をスコア付けし、最高スコアのカテゴリーを判定することを含んでもよい。診断アルゴリズムによる分類は、距離関数を用いてマーカー値のパネルを以前の観察と比較することを含んでもよい。分類に適した診断アルゴリズムの例としては、ランダムフォレスト、サポートベクターマシン、ロジスティック回帰（例えば、多クラスまたは多項ロジスティック回帰、及び／またはスパースロジスティック回帰に適合したアルゴリズム）、正則化回帰が挙げられる。当業者に既知であるような、分類に好適である多種多様な他の診断アルゴリズムが使用されてもよい。
【0329】
いくつかの例では、本明細書の方法は、疾患または状態（例えば、結腸直腸癌または進行性腺腫）を有する個人の集団から得られた各グリカンまたは糖ペプチドについての値に基づく診断アルゴリズムの教師あり学習を含む。いくつかの例では、方法は、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する個人の集団から得られた各グリカンまたは糖ペプチドについての値に基づく統計モデルにおける変数選択を含む。診断アルゴリズムを訓練することは、例えば、各カテゴリーについて特徴空間内の重み付けベクトルを判定すること、または関数もしくは関数パラメータを判定することを含んでもよい。
【0330】
一実施形態では、参照値は、１人の個人に由来する１つ以上のサンプル（複数可）中のグリカンまたは糖ペプチドの量である。あるいは、参照値は、複数の個人から得られたデータをプールし、グリカンまたは糖ペプチドの平均量（例えば、平均値または中央値）を計算することにより導出され得る。したがって、参照値は、複数の個体におけるグリカンまたは糖ペプチドの平均量を反映し得る。該量は、本明細書に記載されるのと同じ様態で、絶対値または相対値で表され得る。
【0331】
いくつかの例では、参照値は、試験されている試料と同じ試料から導出され得、それにより２つの間の適切な比較が可能になる。例えば、試料が尿に由来する場合、参照値も尿に由来する。いくつかの例では、試料が血液試料（例えば、血漿または血清試料）である場合、参照値も血液試料（例えば、必要に応じて血漿試料または血清試料）となる。試料及び参照値を比較する場合、量の表現方法は、試料及び参照値で一致する。したがって、絶対量は、絶対量と比較することができ、相対量は、相対量と比較することができる。同様に、診断アルゴリズムによる分類のための量の表現方法は、診断アルゴリズムの訓練のための量の表現方法と一致する。
【0332】
グリカンまたは糖ペプチドの量が決定される場合、本方法は、各グリカンまたは糖ペプチドの量を、その対応する参照値と比較することを含んでもよい。１つ、いくつか、または全てのグリカンまたは糖ペプチドの累積量が判定される場合、方法は、累積量を対応する参照値と比較することを含んでもよい。グリカンまたは糖ペプチドの量が、指標値を形成するように式中で相互に組み合わされる場合、指標値は、同じ様態で導出された対応する参照指標値と比較することができる。
【0333】
基準値は、本明細書に記載の方法の内部（すなわち、ステップを構成する）または外部（すなわち、ステップを構成しない）のいずれかで取得され得る。いくつかの例では、方法は、マーカーの量の参照値を確立するステップを含む。他の例では、参照値は、本明細書に記載の方法の外部で取得され、本発明の比較ステップの間にアクセスされる。
【0334】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、診断アルゴリズムの訓練は、本明細書に記載の方法の内部（すなわち、そのステップを構成する）または外部（すなわち、そのステップを構成しない）のいずれかで得られてもよい。いくつかの例では、方法は、診断アルゴリズムを訓練するステップを含む。いくつかの例では、診断アルゴリズムは、本明細書の方法の外部で訓練され、本発明の分類ステップの間にアクセスされる。参照値は、健康な個人（複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量化することによって判定することができる。診断アルゴリズムは、健康な個人（複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量化することによって訓練することができる。本明細書で使用される場合、「健康な個人」という用語は、健康な状態にある個人または個人群、例えば、疾患のいかなる症状も示していない、疾患と診断されていない、及び／または疾患を発症する可能性が低い患者を指す。好ましくは、健康な個人（複数可）は、疾患に影響を与える投薬中でなく、他のいかなる疾患とも診断されていない。１人以上の健康な個人は、試験個人と比較して同様の性別、年齢、及び肥満度指数（ＢＭＩ）を有してもよい。参照値は、疾患に罹患している個人複数可）の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量化することにより決定することができる。診断アルゴリズムは、疾患を患う個人（複数可）の集団から得られた試料中のマーカーの量を定量することによって訓練することができる。より好ましくは、そのような個人（複数可）は、試験個人と比較して同様の性別、年齢、及び肥満度指数（ＢＭＩ）を有し得る。参照値は、結腸直腸癌または進行性腺腫に罹患している個人の集団から得ることができる。診断アルゴリズムは、結腸直腸癌または進行性腺腫に罹患している個人の集団から得られた試料中のグリカンまたは糖ペプチドの量を定量化することによって訓練することができる。結腸直腸癌または進行性腺腫の特徴的なグリカンまたは糖ペプチドプロファイルが決定された後、個人から得られた生物試料のマーカーのプロファイルをこの参照プロファイルと比較することで試験対象も結腸直腸癌または進行性腺腫に罹患しているかどうかを判定することができる。診断アルゴリズムが結腸直腸癌または進行性腺腫を分類するように訓練された後、個人から得られた生物試料のマーカーのプロファイルを、訓練済み診断アルゴリズムにより分類することで試験対象もまた、その特定の結腸直腸癌または進行性腺腫のステージにあるかどうかを判定することができる。
【0335】
ＶＩ．組成物及びキット
本明細書では、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。本明細書では、表１０の１つ以上の糖ペプチドを含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の４つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の５つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の１０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の１５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、組成物は生体試料からのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の精製されたペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の精製された糖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表１０に示されるものなどの酵素的に消化されたペプチド及び／または糖ペプチド断片を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表１０に示されるものなどの酵素的に消化された糖ペプチド断片を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、または少なくとも３５種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む。
本明細書では、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。本明細書では、表１０の１つ以上の糖ペプチドを含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の４つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の５つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の１０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の１５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の２５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３０種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の３５種以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、組成物は生体試料からのものである。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の精製されたペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、１つ以上の精製された糖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表１０に示されるものなどの酵素的に消化されたペプチド及び／または糖ペプチド断片を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、表１０に示されるものなどの酵素的に消化された糖ペプチド断片を含む。いくつかの実施形態では、組成物は、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、または少なくとも３５種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む。
【0336】
いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも１つのペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも２つのペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも３つのペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも４つのペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも５つのペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも１０種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも１５種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも２０種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも２５種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも３０種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含む少なくとも３５種のペプチド及び／または糖ペプチドを、表１０に記載される関連するグリカンとともに含む組成物が提供される。
【0337】
いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０に記載のペプチド及び／または糖ペプチドが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０に記載の糖ペプチドが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書において、配列番号１～３８に記載の配列を含むペプチド及び／または糖ペプチドが、表１０に記載される関連するグリカンとともに提供される。
【0338】
本明細書ではまた、いくつかの例において、上述したもののうちのいずれも含めて、糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～３８に記載される配列を含む１つ以上のペプチドを含むキットも提供される。
【0339】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、個人におけるがんを診断またはモニタリングするためのキットであって、個体からの試料のグリカンまたは糖ペプチドプロファイルが判定され、測定されたプロファイルが正常な患者のプロファイルまたはがんの家族歴を有する患者のプロファイルと比較されるような、キットが提供される。いくつかの例では、キットは、１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～３８に記載される配列を含む１つ以上のペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む。いくつかの例では、キットは、１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む。いくつかの例では、キットは、１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２に記載の配列を含む１つ以上のペプチド、及びそれらの組み合わせを含む。
【0340】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。
【0341】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。
【0342】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、個人におけるがんを診断またはモニタリングするためのキットであって、個体からの試料のグリカンまたは糖ペプチドプロファイルが判定され、測定されたプロファイルが正常な患者のプロファイルまたはがんの家族歴を有する患者のプロファイルと比較されるような、キットが記載される。いくつかの例では、キットは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む。
【0343】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。
【0344】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチド標準物質、緩衝液、及び配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むキットが記載される。
【0345】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、個人におけるがんを診断またはモニタリングするためのキットであって、個体からの試料のグリカンまたは糖ペプチドプロファイルが判定され、測定されたプロファイルが正常な患者のプロファイルまたはがんの家族歴を有する患者のプロファイルと比較されるような、キットが記載される。いくつかの例では、キットは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含む。
【0346】
いくつかの例では、キットは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む。
【0347】
いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0348】
いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号５の配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１３のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号１９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２２のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号２８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に本質的に配列番号３８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0349】
いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号５の配列の、またはその配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号８のアミノ酸配列の、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号９のアミノ酸配列の、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、キットは、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0350】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書において、糖ペプチドから誘導される酸化、ニトロ化、及び／または糖化された遊離付加物の定量化のための試薬を含むキットが記載される。
【0351】
ＶＩＩ．臨床アッセイ
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、バイオマーカー、方法、及び／またはキットが、患者を診断するための臨床場面で使用されてもよい。これらの例のいくつかでは、試料の分析は、内部標準の使用を含む。これらの標準物質は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、バイオマーカー、方法、及び／またはキットが、患者を診断するための臨床場面で使用されてもよい。これらの例のいくつかでは、試料の分析は、内部標準の使用を含む。これらの標準物質は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。
【0352】
臨床場面において、試料は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。
【0353】
臨床場面において、試料は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。
【0354】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。
【0355】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。
【0356】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。
【0357】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。
【0358】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、糖ペプチドＭＲＭトランジションシグナルの正規化を計算するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0359】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチドの量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0360】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチドの相対量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0361】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、訓練済みモデルは、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によってアクセスされるサーバー上に格納される。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からのＭＲＭトランジションシグナルの定量を、サーバー上に格納されている訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0362】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、訓練済みモデルは、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によってアクセスされるサーバー上に格納される。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からの、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチド（複数可）の定量化を、サーバー上に格納されている訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0363】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、ＭＲＭトランジションシグナル１～３８は、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によりアクセスされるサーバー上に格納されている。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からのＭＲＭトランジションシグナルを、サーバー上に格納されているＭＲＭトランジションシグナル１～３８と比較する。いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0364】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、本明細書に記載のＭＲＭトランジションシグナル１～３８を使用して訓練された機械学習アルゴリズムは、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によってアクセスされるサーバー上に格納されている。いくつかの例では、サーバー上で遠隔にアクセスされる機械学習アルゴリズムは、患者の試料からのＭＲＭトランジションシグナルを分析する。いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0365】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、バイオマーカー、方法、及び／またはキットが、患者を診断するための臨床場面で使用されてもよい。これらの例のいくつかでは、試料の分析は、内部標準の使用を含む。これらの標準物質は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。
【0366】
いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。特定の実施形態では、各糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるように、グリカンを含むか、グリカンに結合している。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0367】
いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号５の配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１３のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号１９のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２２のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号２８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３０のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３１のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３４のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３５のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３６のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３７のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。特定の実施形態では、各糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるように、グリカンを含むか、グリカンに結合している。いくつかの例では、標準物質は、試料中に本質的に配列番号３８のアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0368】
いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号５の配列の、またはその配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号８のアミノ酸配列の、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号９のアミノ酸配列の、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。いくつかの例では、標準物質は、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列の、または本質的にそのアミノ酸配列の糖ペプチドを含む。特定の実施形態では、各糖ペプチドは、例えば本明細書に記載されるように、グリカンを含むか、グリカンに結合している。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0369】
これらの標準物質は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。これらの標準物質は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含んでもよい。
【0370】
臨床場面において、試料は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むように（例えば、消化により）調製することができる。臨床場面において、試料は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。
【0371】
臨床場面において、試料は、試料中に配列番号５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列からなる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0372】
臨床場面において、試料は、試料中に配列番号５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0373】
臨床場面において、試料は、試料中に配列番号５のアミノ酸配列からなるか、またはその配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号８のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号９のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１０のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１１のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１３のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１４のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１６のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１７のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１８のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号１９のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２０のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２１のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２２のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２６のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２７のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号２８のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３０のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３１のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３４のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３５のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３６のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３７のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料からなる糖ペプチドまたは、試料中に配列番号３８のアミノ酸配列からなるか、またはそのアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。いくつかの例では、下記に記載されるように、糖ペプチドの存在、絶対量、及び／または相対量は、ＭＳの結果を分析することによって決定される。いくつかの例では、ＭＳの結果は、機械学習を使用して分析される。
【0374】
臨床場面において、試料は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むように（例えば、消化により）調製することができる。臨床場面において、試料は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。臨床場面において、試料は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むように調製することができる（例えば、消化によって）。
【0375】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することにより評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。
【0376】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することにより評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、別のバイオマーカーの濃度とを比較することによって評価することができる。
【0377】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量を、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。
【0378】
いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量を、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と比較することによって評価することができる。いくつかの例では、グリカンまたは糖ペプチドの量は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量と、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの量とを比較することによって評価することができる。
【0379】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、糖ペプチドＭＲＭトランジションシグナルの正規化を計算するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0380】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチドの量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0381】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチドの相対量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの相対量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、キットは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれから本質的になる糖ペプチドの相対量を定量化するためのソフトウェアを含んでもよい。
【0382】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、訓練済みモデルは、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によってアクセスされるサーバー上に格納される。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からのＭＲＭトランジションシグナルの定量を、サーバー上に格納されている訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0383】
いくつかの例では、上述したもののうちのいずれも含めて、訓練済みモデルは、本明細書に記載される方法を実施する臨床医によってアクセスされるサーバー上に格納される。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からの配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチド（複数可）の定量化を、サーバー上に格納された訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からの配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチド（複数可）の定量化を、サーバー上に格納された訓練済みモデルに入力する。いくつかの例では、臨床医は、患者の試料からの配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列からなるか、またはそれらから本質的になる糖ペプチド（複数可）の定量化を、サーバー上に格納された訓練済みモデルに入力する。
【0384】
いくつかの例では、サーバーは、インターネット、無線通信、または他のデジタルもしくは遠隔通信方法によってアクセスされる。
【0385】
ＶＩＩＩ．実施例
化学物質及び試薬ヒト血清／血漿から精製された糖タンパク質標準物質は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。シーケンシンググレードのトリプシンは、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から購入した。ジチオスレイトール（ＤＴＴ）及びヨードアセトアミド（ＩＡＡ）は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。ヒト血清は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。
化学物質及び試薬ヒト血清／血漿から精製された糖タンパク質標準物質は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。シーケンシンググレードのトリプシンは、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から購入した。ジチオスレイトール（ＤＴＴ）及びヨードアセトアミド（ＩＡＡ）は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。ヒト血清は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）から購入した。
【0386】
試料調製血清試料及び糖タンパク質標準物質を還元し、アルキル化し、次いで３７℃の水浴中で１８時間、トリプシンで消化した。
【0387】
ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析定量分析のために、トリプシンで消化された血清試料を、トリプル四重極（ＱｑＱ）質量分析計に結合された高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）システムに注入した。分離は逆相カラムで実施した。二成分勾配で使用した溶媒Ａ及びＢは、水、アセトニトリル、及びギ酸の混合物から構成されていた。販売業者から供給された標準物質でのソースチューニング後に、典型的な正イオン化源パラメータを利用した。以下の範囲を評価した：ソーススプレー電圧３～５ｋＶ、温度２５０～３５０℃、及び窒素シースガス流量２０～４０ｐｓｉ。使用した機器のスキャンモードはｄＭＲＭであった。
【0388】
糖プロテオミクス分析のために、濃縮した血清糖ペプチドを、Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）ハイブリッド四重極－Ｏｒｂｉｔｒａｐ（商標）質量分析計またはＡｇｉｌｅｎｔ ６４９５Ｂトリプル四重極ＬＣ／ＭＳを用いて分析した。
【0389】
ＭＲＭ質量分光法の設定、試料調製、及び試薬は、Ｌｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｓｉｔｅ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｉｏｎ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ５０ ｓｅｒｕｍ Ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｅｎｈａｎｃｅｄ ｂｙ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ Ｇｌｙｃｏｐｅｐｔｉｄｏｍｉｃｓ ｆｏｒ Ｉｍｐｒｏｖｅｄ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．２０１９，９１，５４３３－５４４５；ＤＯＩ：１０．１０２１／ａｃｓ．ａｎａｌｃｈｅｍ．９ｂ００７７６に記載され、同文献の全内容は参照によりその全体が全目的で本明細書に援用される。
【0390】
実施例１－糖ペプチドバイオマーカーの同定
本実施例では、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１５を参照する。
本実施例では、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１５を参照する。
【0391】
図１５に示されるように、ステップ１において、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料と、結腸直腸癌または進行性腺腫を有さない患者からの試料を用意した。ステップ２において、プロテアーゼ酵素を使用して試料を消化して、糖ペプチド断片を生成した。ステップ３において、糖ペプチド断片をタンデムＬＣ－ＭＳ／ＭＳ装置に導入して、上述の試料に関連する保持時間及びＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナルを分析した。ステップ４において、糖ペプチド及びグリカンバイオマーカーを同定した。機械学習アルゴリズムにより、一連のＭＳスペクトルからのＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナルを選択し、それらのシグナルを特定の糖ペプチド断片の質量計算値に関連付けた。質量分析ピークの境界の自動検出方法を使用した。２０２０年３月２７日に出願された米国特許第１６／８３３，３２４号に開示される方法の全容をあらゆる目的で本明細書に参照によって援用する。
【0392】
ステップ５において結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者からの試料中で同定された糖ペプチドを、ラッソ回帰を含む機械学習アルゴリズムを使用して、結腸直腸癌または進行性腺腫を有さない患者からの試料中で同定された糖ペプチドと比較した。この比較は、糖ペプチドの種類、絶対量、及び相対量の比較を含んでいた。この比較から、ペプチドの正規化、及び糖ペプチドの相対存在量を計算した。
【0393】
実施例２－糖ペプチドバイオマーカーの同定
本実施例では、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１６を参照する。
本実施例では、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの２０２０年１月３１日に出願されたＰＣＴ特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０１６２８６１号の図１６を参照する。
【0394】
図１６に示されるように、ステップ１において、患者からの試料を用意する。ステップ２において、プロテアーゼ酵素を使用して試料を消化して、糖ペプチド断片を生成した。ステップ３において、糖ペプチド断片をタンデムＬＣ－ＭＳ／ＭＳ装置に導入して、試料に関連する保持時間及びＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナルを分析した。ステップ４において、ＭＲＭ－ＭＳトランジションシグナルを選択する機械学習アルゴリズムを使用して糖ペプチドを同定し、それらのシグナルを特定の糖ペプチド断片の質量計算値に関連付ける。ステップ５において、データを正規化する。ステップ６において、機械学習を使用して正規化データを分析し、結腸直腸癌または進行性腺腫を有する患者を示すバイオマーカーを同定する。
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【表2-1】
【表2-2】
【表3-1】
【表3-2】
【表4-1】
【表4-2】
【表4-3】
【表4-4】
【表4-5】
【表4-6】
【表4-7】
【表4-8】
【表5-1】
【表5-2】
【表5-3】
【表5-4】
【表5-5】
【表5-6】
【表5-7】
【0395】
【0396】
各マーカーは、診断された進行性腺腫（ＡＡ）または結腸直腸癌（ＣＲＣ）との関連性によって同定した。４７人の進行性腺腫（ＡＡ）患者と７４人の結腸直腸癌（ＣＲＣ）患者を、疾患の４つのステージすべてにわたって分析した。さらに、ＩｎｔｅｒＶｅｎｎプラットフォームにより、年齢と性別が一致した１２１人の健康なコントロールについて分析を行った。得られた糖ペプチドの存在量を、バッチ全体で実行したプールされたヒト血清のレベル、及び同じタンパク質からの非グリコシル化ペプチドのレベルに対して正規化した。
【0397】
３つの糖ペプチドのセットが同定された。
【0398】
第１のセットには、ＣＲＣとＡＡを個別に区別するものが含まれていた（ＦＤＲ＜０．０５）。これらはまた、個々のＣＲＣと健康な個人（ＦＤＲ＜０．０５、ＣＲＣ対ＡＡと同じ方向）、または個人のＡＡと健康な個人（ＦＤＲ＜０．０５、ＣＲＣ対ＡＡと同じ方向）を区別した。下記表６にはスコア（ＣＲＣ．ＦＣ）が含まれているが、このモデルにおける高いスコアは大腸内視鏡検査を行う必要があることを示していると考えられる。
【0399】
第２のセットには、ＣＲＣの個人からの試料と健康な個人からの試料とから構築した多変数ＬＡＳＳＯモデルに用いるものが含まれた（モデル１）。モデル１では、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３を使用して分析モデルを作成した。図１にモデル１の結果を示す。訓練セットのデータは三角形で示され、患者試料は丸で示されている。このモデルは、ＣＲＣ患者と健康な患者とを識別することができる。モデル１は、モデルの構築に進行性腺腫データが使用されいないにもかかわらず、進行性腺腫も予測している。モデル１で使用した分類の確率閾値は０．３１８である。
【0400】
第３のセットには、ＡＡの個人からの試料と健康な個人からの試料とから構築した多変数ＬＡＳＳＯモデルに用いるものが含まれた（モデル２）。モデル２では、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２を使用して分析モデルを作成した。図２にモデル２の結果を示す。訓練セットのデータは三角形で示され、患者試料は丸で示されている。このモデルは、ＡＡ患者と健康な患者とを識別することができる。モデル２は、モデルの構築にＣＲＣデータが使用されいないにもかかわらず、ＣＲＣも予測している。モデル２で使用した分類の確率閾値は０．３８５である。
【0401】
２４２の試料セットを、がんのステージ、年齢、性別のバランスを考慮して７０％の訓練セットと３０％の試験セットに分割することにより、多変量モデリングを行った。最適なＬＡＳＳＯハイパーパラメータを特定するために訓練セット内で１０分割交差検証を５回繰り返し、それらのパラメータに基づくモデルを訓練データセット全体を用いて構築した。モデルのパフォーマンスを、試験セットでブラインド評価した。
【表6-1】
【表6-2】
【0402】
ＣＲＣ．ＦＣ（完全変化）は、個々のマーカーにおけるＣＲＣ患者群と健康な患者群との間の平均倍率差である。例として、個々のマーカーについて、ＣＲＣ．ＦＣが２ということは、健康な患者と比較して、そのマーカーがＣＲＣで発現される可能性が２倍であることを意味する。さらなる例として、この値が０．５である場合、マーカーの発現は健康な患者と比較した場合、実際には半分である。
【0403】
ＣＲＣ．Ｐ値はＣＲＣ．ＦＣの統計的なＰ値であり、ＣＲＣ．ＦＣの有意性を測定する。
【0404】
個々の区別（ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ．ｄｉｆｆ）は、個々のマーカーがＣＲＣとＡＡ、またはＣＲＣと健康な細胞とを区別できるかどうかの割り当てであり、ＣＲＣ．Ｐ値が有意であるとみなされるか否か、具体的には各群間に差が認められるか否かに基づいている。「はい」の応答は、マーカーがＣＲＣとＡＡ、またはＣＲＣと健康な細胞とを区別できることを示す。トランジション番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８を用いて、ＣＲＣとＡＡ、またはＣＲＣと健康な細胞とを区別することができる。各トランジション番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８を用いて、ＣＲＣとＡＡ、またはＣＲＣと健康な細胞とを区別することができる。１つ以上のトランジション番号を組み合わることで、ＣＲＣとＡＡ、またはＣＲＣと健康な細胞とをより高い確率で区別することができる。上記のいずれの表のトランジション番号１～３８も、表１０に示すアミノ酸配列に対応している。
【0405】
各モデルを標準検査と比較することでＣＲＣ及びＡＡが判定される。場合によっては、これらの標準検査には患者の便試料から採取されたＤＮＡ試料が含まれる。このアプリケーションの方法とモデルは、優れた予測パフォーマンスを有することが示される。さらに、このアプリケーションの方法とモデルは、診断目的で便試料のみに依存する必要はない。
【0406】
実施例４：モデル１とモデル２の曲線下面積分析
モデル１及び２を、図３Ａ及び図３Ｂに示すように、特定のバイオマーカー及び全バイオマーカーのＡＵＣ分析を使用して分析した。ＡＵＣが大きいほど、モデルはバイオマーカーが病態を識別するか否かをより良好に予測する。診断精度とは、正しい検査結果の数を検査を受けた患者の数で割った値を指す。感度（疾患における陽性）とは、対象となる状態を有し、陽性の検査結果が得られた被験者の割合を指す。特異度とは、対象となる状態を有さず、陰性の検査結果が得られた被験者の割合である。
モデル１及び２を、図３Ａ及び図３Ｂに示すように、特定のバイオマーカー及び全バイオマーカーのＡＵＣ分析を使用して分析した。ＡＵＣが大きいほど、モデルはバイオマーカーが病態を識別するか否かをより良好に予測する。診断精度とは、正しい検査結果の数を検査を受けた患者の数で割った値を指す。感度（疾患における陽性）とは、対象となる状態を有し、陽性の検査結果が得られた被験者の割合を指す。特異度とは、対象となる状態を有さず、陰性の検査結果が得られた被験者の割合である。
【表7】
【表8】
【0407】
モデル１は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３に記載のアミノ酸配列を含む。本明細書に記載のモデル１は、１つ以上の糖ペプチドを使用して、結腸直腸癌（ＣＲＣ）を有する個人と健康な個人を優れた予測結果で区別する。モデル１では、精度は０．９６２と測定され、感度は０．９７１と測定され、特異度は０．９４４と測定された。モデル１のＡＵＣ、精度、感度、特異度の高い値は、モデル１が優れた予測結果を与えることを示している。
【0408】
本明細書に記載のモデル２は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２に記載のアミノ酸配列を含む１つ以上の糖ペプチドを使用する。本明細書に記載のモデル２は、１つ以上の糖ペプチドを使用して、進行性腺腫（ＡＡ）を有する個人と健康な個人を優れた予測結果で区別する。モデル２では、精度は０．９７６と測定され、感度は０．９７７と測定され、特異度は０．９７２と測定された。モデル２のＡＵＣ、精度、感度、特異度の高い値は、モデル２が優れた予測結果を与えることを示している。
【0409】
ＡＵＣ、精度、感度、特異度の高い値は、モデル１が優れた予測結果を与えることを示している。
【表9-1】
【表9-2】
【表9-3】
【表9-4】
【表9-5】
【表9-6】
【表9-7】
【表9-8】
【表9-9】
【表10-1】
【表10-2】
【表10-3】
【表11】
【表12-1】
【表12-2】
【表12-3】
【表12-4】
【表12-5】
【表13】
【0410】
表１１Ａ及び表１１Ｂに、グリカンのＧＬ番号に基づく、表１０の糖ペプチドに対応する検出されたグリカン部分の記号構造及び組成を示す。記号構造という用語は、炭水化物の幾何学的連結構造を示し、Ｎ結合型グリカンの場合、Ｎ－アセチルグルコサミンなどの一番下の炭水化物が指定のアミノ酸に結合しており、Ｏ結合型グリカンの場合、Ｎ－アセチルガラクトサミンなどの一番右の炭水化物が指定のアミノ酸に結合している。グリカン構造のＧＬ番号１１０２は表１１Ａに示されるＯ結合型グリカンであり、Ｎ結合型グリカンは表１１Ｂに示されている点に留意されたい。参考として、Ｎ結合型グリカンは、アミノ酸のアスパラギンに結合したグリカンを有し、Ｏ結合型グリカンは、セリンまたはスレオニンのいずれかに結合したグリカンを有する。
【0411】
さまざまな単糖の種類は、表１１Ａの終わりの凡例のセクションに示される。凡例の略号において、Ｇｌｃは、グルコースを表し、暗色の円で示され、Ｇａｌは、ガラクトースを表し、白抜きの円によって示され、Ｍａｎは、マンノースを表し、中間の灰色の陰影を有する円で示され、Ｆｕｃは、フコースを表し、暗色の三角形によって示され、Ｎｅｕ５Ａｃは、Ｎ－アセチルノイラミン酸を表し、暗色のひし形によって示され、ＧｌｃＮＡｃは、Ｎ－アセチルグルコサミンを表し、暗色の正方形によって示され、ＧａｌＮＡｃは、Ｎ－アセチルガラクトサミンを表し、白抜きの正方形によって示され、ＭａｎＮＡｃは、Ｎ－アセチルマンノサミンを表し、中間の灰色の陰影を有する正方形によって示される。
【0412】
「組成」という用語は、グリカンを構成するさまざまなクラスの炭水化物の数を指す。炭水化物の各クラスの量は、炭水化物のクラスに対応した略語の右側に括弧内の数字として表示している。これらのクラスの略語は、Ｈｅｘ、ＨｅｘＮＡｃ、Ｆｕｃ、ＮｅｕＡｃで、それぞれヘキソース、Ｎ－アセチルヘキソサミン、フコース、Ｎ－アセチルノイラミン酸に対応する。ヘキソース糖には、グルコース、ガラクトース、及びマンノースが含まれ、Ｎ－アセチルヘキソサミン糖には、Ｎ－アセチルグルコサミン、Ｎ－アセチルガラクトサミン、及びＮ－アセチルマンノサミンが含まれる点に留意されたい。さまざまな実施形態において、Ｎｅｕ５Ａｃ、ＮｅｕＡｃ、及びＮ－アセチルノイラミン酸という用語は、シアル酸と呼ばれる場合もある。
【0413】
上記に記載した実施形態及び実施例は、あくまで例示を目的としたものにすぎず、限定的なものではない。当業者であれば、通常の実験以上のことを行うことなく、特定の化合物、材料、及び手順の多くの均等物が認識されるかまたは確認できるであろう。そのような等価物はすべて本発明の範囲内にあり、添付の特許請求の範囲に包含される。
【0414】
ＩＸ．例示的な方法
いくつかの態様では、本明細書において、対象から得られた生体試料を結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して分類する方法であって、生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、生体試料中の糖タンパク質のセットに対応する。いくつかの実施形態では、対象から得られた生体試料中の糖タンパク質のセットに対応するペプチド構造データは、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ペプチド構造のセットについてペプチド構造データから特定された定量データを、定量データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含み、ペプチド構造のセットは、表１０の複数のペプチド構造から特定された少なくとも１つのペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、方法は、機械学習モデルによって疾患指標を特定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、特定された疾患指標に基づいてＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料をＣＲＣを有するものとして、またはＣＲＣを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料をＡＡを有するものとして、またはＡＡを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のペプチド及び／または糖ペプチドの存在、非存在、及び／または量は、ＭＲＭ－ＭＳによって決定される。
いくつかの態様では、本明細書において、対象から得られた生体試料を結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して分類する方法であって、生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、生体試料中の糖タンパク質のセットに対応する。いくつかの実施形態では、対象から得られた生体試料中の糖タンパク質のセットに対応するペプチド構造データは、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、方法は、ペプチド構造のセットについてペプチド構造データから特定された定量データを、定量データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含み、ペプチド構造のセットは、表１０の複数のペプチド構造から特定された少なくとも１つのペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、方法は、機械学習モデルによって疾患指標を特定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、特定された疾患指標に基づいてＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料をＣＲＣを有するものとして、またはＣＲＣを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて試料をＡＡを有するものとして、またはＡＡを有さないものとして分類することを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のペプチド及び／または糖ペプチドの存在、非存在、及び／または量は、ＭＲＭ－ＭＳによって決定される。
【0415】
いくつかの態様では、本明細書において、対象における結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）の存在を検出する方法であって、対象から得られた生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることを含み、ペプチド構造データが、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、生体試料中の糖タンパク質のセットに対応する。いくつかの実施形態では、方法は、ペプチド構造のセットについてペプチド構造データから特定された定量データを、定量データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、特定された疾患指標がＣＲＣまたはＡＡに関連する選択された範囲内に含まれるという判定に応じて、ＣＲＣまたはＡＡの存在を検出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のペプチド及び／または糖ペプチドの存在、非存在、及び／または量は、ＭＲＭ－ＭＳによって決定される。
【0416】
いくつかの実施形態では、タンパク質のセットは、１つ以上の糖タンパク質を含み 、糖タンパク質は表９の少なくとも１つの糖タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖タンパク質は、配列番号３９～５４のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は糖ペプチドを含み、ペプチド構造は表１０の少なくとも１つの糖ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖ペプチドは、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、方法は、表１０に示される１つ以上の糖ペプチドに基づいてＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、または健康状態のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、及び健康状態のうちの少なくとも２つを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、及び健康状態のそれぞれを含む。
【0417】
いくつかの実施形態では、機械学習モデルは、ロジスティック回帰モデルを含む。いくつかの実施形態では、機械学習モデルは、正則化回帰モデルを含む。いくつかの実施形態では、正則化回帰モデルは、最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）回帰モデルを含む。
【0418】
いくつかの実施形態では、ペプチド構造のセットのペプチド構造についての定量データは、存在量、相対存在量、正規化済み存在量、または差分存在量のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、ペプチド構造のセットのペプチド構造についての定量化データは、相対量、調整済み量、正規化済み量、相対濃度、調整済み濃度、または正規化済み濃度のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、定量データは、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）システムを使用して生成される。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生成される。例えば、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人からの試料を示すＭＲＭトランジション信号の第１のデータセットと、コントロール試料を示すＭＲＭトランジション信号の第２のデータセットが収集される。第１のデータセットと第２のデータセットとの比較により、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人からの試料とコントロール試料からの試料に関連する糖ペプチドの相対存在量、正規化済み存在量、または差分存在量の計算が可能となる。
【0419】
いくつかの実施形態では、機械学習モデルは、対象からの生体試料が複数の状態のうちのどの状態であるかを判定するために、ペプチド構造のパネルのサブセットであるペプチド構造のセットに対応する定量化データの一部を用いて訓練されたものである。いくつかの実施形態では、ペプチド構造のセットは、配列番号１～３８のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド構造のサブセットは、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のうちの１つ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド構造のサブセットは、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のうちの１つ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド構造のサブセットは、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のうちの１つ以上のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、方法は、複数の対象についての定量化データを使用して示差的発現分析を行うことをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの完全変化（ＣＲＣ．ＦＣ）が用いられ、ＣＲＣ．ＦＣは、個々のマーカーにおけるＣＲＣ患者群と健康な患者群との間の平均倍率差である。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ．ＦＣは２であり、健康な患者と比較して、トランジションがＣＲＣで発現される可能性が２倍であることを意味する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ．ＦＣは０．５であり、健康な患者と比較して、トランジションがＣＲＣで発現される可能性が１／２であることを意味する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ．ＦＣは、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人からの第１の生体試料及びＣＲＣまたはＡＡを有さない個人からの第２のコントロール試料からのペプチドトランジションの差次的発現分析である。いくつかの実施形態では、差次的発現分析は、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人からの第１の生体試料及びＣＲＣまたはＡＡを有さない個人からの第２のコントロール試料からのペプチドトランジションの発現の倍率変化を決定する。いくつかの実施形態では、差次的発現分析は、ＣＲＣまたはＡＡを有する個人からの第１の生体試料及びＣＲＣまたはＡＡを有さない個人からの第２のコントロール試料からのペプチドトランジションの存在量の倍率変化を決定する。
【0420】
いくつかの実施形態では、生体試料は、血液、血清、血漿、または便のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、血液試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、全血試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、血清試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、血漿試料を含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、便試料を含む。
【0421】
いくつかの態様では、本明細書において、対象における結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、対象から得られた生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることを含み、ペプチド構造データが、表１０の少なくとも１つのペプチド構造を含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、複数のペプチド構造から特定される少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、方法は、少なくとも１つのペプチド構造の定量データを、定量データに基づいてＣＲＣまたはＡＡについての疾患指標を生成するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、機械学習モデルによって疾患指標を特定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、疾患指標に基づいて、ＣＲＣまたはＡＡを治療するために本明細書に記載の複数の治療レジメンのうちの少なくとも１つを選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、タンパク質のセットは、１つ以上の糖タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖タンパク質は、配列番号３９～５４のアミノ酸配列を含む。
【0422】
いくつかの態様では、本明細書において、対象における結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、生体試料中のタンパク質のセットに対応するペプチド構造データを受け取ることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、ペプチド構造のセットについてペプチド構造データから特定された定量データを、定量データに基づいて疾患指標を特定するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含み、ペプチド構造データは、表１０の複数のペプチド構造から特定された少なくとも１つのペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、複数のペプチド構造から特定される少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、方法は、機械学習モデルによって疾患指標を特定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、特定された疾患指標に基づいてＣＲＣまたはＡＡの分類を決定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、分類に基づいて、ＣＲＣまたはＡＡを治療するために本明細書に記載の複数の治療レジメンのうちの少なくとも１つを選択することをさらに含む。いくつかの実施形態では、タンパク質のセットは、１つ以上の糖タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の糖タンパク質は、配列番号３９～５４のアミノ酸配列を含む。
【0423】
いくつかの実施形態では、この方法は、選択された治療レジメンを対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を有する個人、またはＣＲＣまたはＡＡを有する疑いのある個人に対する治療レジメンは、手術、代謝拮抗薬、化学療法、トポイソメラーゼ阻害剤、アルキル化剤、標的治療薬、免疫療法薬、免疫療法、抗体、Ｔ細胞関連療法、放射線療法、またはそれらの組み合わせから選択される。
【0424】
いくつかの態様では、本明細書において、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を有する個人を診断する方法であって、表１０の少なくとも１つのペプチド構造の存在または量を検出することを含む方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、検出された少なくとも１つのペプチド構造の定量化を、分類ラベルを生成するように訓練された機械学習モデルに入力することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、分類ラベルが分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、分類ラベルが分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて個人の診断分類を特定することと、をさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、診断分類に基づいて個人をＣＲＣまたはＡＡを有すると診断することをさらに含む。
【0425】
いくつかの実施形態では、定量化データは、液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）システムを使用して生成される。いくつかの実施形態では、ペプチド構造データは、多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を使用して生成される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造の量は存在しないか、または検出限界未満である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０の糖ペプチドである。いくつかの実施形態では、糖ペプチドは、配列番号１～３８のアミノ酸を含む。
【0426】
いくつかの実施形態では、ＣＲＣは早期のものである。いくつかの実施形態では、ＣＲＣは末期ＣＲＣのものである。いくつかの実施形態では、ＣＲＣは、ステージＩのＣＲＣ、ステージＩＩのＣＲＣ、ステージＩＩＩのＣＲＣ、またはステージＩＶのＣＲＣのうちの１つである。いくつかの実施形態では、ＣＲＣは、重症ＣＲＣの１つである。
【0427】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される１種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される２種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される３種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される４種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される５種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される１０種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される１５種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される２０種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される２５種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される３０種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、表１０で特定される３５種以上のペプチド構造を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１つのペプチドを含む。
【0428】
いくつかの実施形態では、対象は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）の１つ以上のリスク因子または臨床指標を有する。いくつかの実施形態では、個人は、ＣＲＣに関連する１つ以上のリスク因子を有する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの１つ以上のリスク因子は、年齢、過敏性腸疾患、２型糖尿病、ＣＲＣの家族歴、遺伝性症候群（例えば、リンチ症候群）、肥満、喫煙、アルコール摂取、食事内容、及び運動不足からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣの臨床指標は、排便習慣の変化、血便、下痢、便秘、持続する腹痛、持続する腹部けいれん、及び原因不明の体重減少からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、個人は健康な状態を有すると判定され、健康な状態にはＣＲＣもＡＡもないことが含まれる。いくつかの実施形態では、方法は、対象について検出された対応する状態に基づく診断を含むレポートを生成することをさらに含む。
【0429】
いくつかの態様では、本明細書において、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態のうちの１つを有する対象を診断するためのモデルを訓練する方法であって、ＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態を診断された複数の対象におけるペプチド構造のパネルについての定量化データを受け取ることを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、定量化データに基づいて対象からの生体試料の複数の状態のうちの特定の状態を判定するように機械学習モデルを訓練することをさらに含む。
【0430】
いくつかの実施形態では、複数の状態のうちの特定の状態を判定するように機械学習モデルを訓練することは、複数の状態のうちの特定の状態についての分類ラベルを生成するように機械学習モデルを訓練することを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、または健康な状態のうちの少なくとも１つを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、または健康な状態のうちの少なくとも２つを含む。いくつかの実施形態では、複数の状態は、ＣＲＣ状態、ＡＡ状態、及び健康な状態のそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、機械学習モデルは、ロジスティック回帰モデルを含む。いくつかの実施形態では、機械学習モデルは、正則化回帰モデルを含む。いくつかの実施形態では、正則化回帰モデルは、最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）回帰モデルを含む。
【0431】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、少なくとも２０種、少なくとも２５種、少なくとも３０種、または少なくとも３５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも３種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも４種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１０種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２０種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも３０種の異なるペプチドを含む。
【0432】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも４種、または少なくとも５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも３種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも４種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも６種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３のいずれか１つに記載の配列を含む７種の異なるペプチドを含む。
【0433】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも３種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１０種の異なるペプチドを含む。
【0434】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種、少なくとも２種、少なくとも３種、少なくとも５種、少なくとも１０種、少なくとも１５種、または少なくとも２０種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１種のペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも３種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも５種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも１０種の異なるペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造は、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８のいずれか１つに記載の配列を含む少なくとも２０種の異なるペプチドを含む。
【0435】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造はペプチド配列及びグリカン構造を含み、グリカン構造は表１０に記載のペプチド配列中の結合部位位置に結合されている。いくつかの実施形態では、ペプチド配列のグリカン構造は、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、グリカン構造は、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載のグリカン構造ＧＬ番号に記載される記号構造を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド配列のグリカン構造は、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、グリカン構造は、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載のグリカン構造ＧＬ番号に記載される組成を含む。いくつかの実施形態では、表１１Ａのグリカン構造の一番右のＮ－アセチルガラクトサミンは、表１０に記載されるペプチド配列内の結合部位位置に結合されており、表１１Ｂのグリカン構造の一番下のＮ－アセチルグルコサミンは、表１０に記載されるペプチド配列内の結合部位位置に結合されている。
【0436】
いくつかの実施形態では、本明細書において、表１０の１つ以上のペプチド構造を含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのペプチド構造はペプチド配列及びグリカン構造を含み、グリカン構造は表１０に記載のペプチド配列中の結合部位位置に結合されている。いくつかの実施形態では、ペプチド配列のグリカン構造は、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、グリカン構造は、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載のグリカン構造ＧＬ番号に記載される記号構造を含む。いくつかの実施形態では、ペプチド配列のグリカン構造は、表１０に記載のグリカン構造ＧＬ番号に対応し、グリカン構造は、表１０、表１１Ａ、及び表１１Ｂに記載のグリカン構造ＧＬ番号に記載される組成を含む。いくつかの実施形態では、表１１Ａのグリカン構造の右端のＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）は、表１０に記載されるペプチド配列の結合部位位置に結合されている。いくつかの実施形態では、表１１Ｂのグリカン構造の右端のＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）は、表１０に記載されるペプチド配列の結合部位位置に結合されている。
【0437】
特定の態様では、本明細書において、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して対象から得られた生体試料を分類する方法であって、生体試料から得られた質量分析（ＭＳ）定量化データを受け取ることであって、定量化データは、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドのそれぞれに関連する定量化レベルを含む、前記受け取ることと、ＭＳ定量化データを機械学習モデルに入力することであって、機械学習モデルは、ＣＲＣを有するか、ＡＡを有するか、またはＣＲＣもＡＡも有さないものとして特徴付けられる訓練試料からの定量化データを含む１つ以上の訓練ＭＳ定量化データセットで訓練されており、各訓練試料について、関連する訓練ＭＳ定量化データは、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドのそれぞれに関連する定量化レベルを含む、前記入力することと、ＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して生体試料を分類することと、を含む、方法が提供される。
【0438】
いくつかの実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサを含むシステムで実行される。いくつかの実施形態では、生体試料は、本方法によってＣＲＣを有するものとして分類される。いくつかの実施形態では、生体試料は、本方法によってＡＡを有するものとして分類される。いくつかの実施形態では、生体試料は、本方法によってＣＲＣもＡＡも有さないものとして分類される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣもＡＡも有さないことを特徴とする訓練試料のうちの少なくとも１つは、胃腸または結腸関連の状態または疾患に罹患していない対象などの健康な対象から得られる。
【0439】
特定の態様では、ＭＳ定量化データは、本明細書に記載の方法に有用な量以外に、例えば、クロマトグラフィーの保持時間などの定量化された化合物の種類またはその属性に関連する情報などの情報を含む。
【0440】
いくつかの実施形態では、ＭＳ定量化データはペプチド配列情報を含む。いくつかの実施形態では、ＭＳ定量化データは、翻訳後修飾のアミノ酸部位を含む、翻訳後修飾情報を含む。いくつかの実施形態では、翻訳後修飾情報は、グリカン構造（複数可）及び／または結合アミノ酸部位情報を含む、グリカン情報を含む。いくつかの実施形態では、ＭＳ定量データは、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳ定量データは、表１０の１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む。いくつかの実施形態では、表１０のペプチドは糖ペプチドである。いくつかの実施形態では、ＭＳ定量データは、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する少なくとも１つのペプチドに関連する定量化レベルを含む。いくつかの実施形態では、訓練ＭＳ定量データは、表９のモデル１またはモデル２の各タンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む。いくつかの実施形態では、訓練ＭＳ定量データは、表１０の１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを含む。いくつかの実施形態では、表１０のペプチドは糖ペプチドである。いくつかの実施形態では、ペプチドの定量化レベルは、本明細書に記載されるさまざまなＭＳ定量化技術に基づいたものなど、ペプチドの絶対量またはペプチドの相対量を反映する。いくつかの実施形態では、ペプチドの定量化レベルは、ペプチドの非存在を反映する。いくつかの実施形態では、ＭＳ定量化データ及び／または訓練ＭＳ定量化データは、全体的または部分的に、例えば、あらゆる目的で本明細書に参照によってその全容を援用するところの米国特許出願公開第２０２０／０３７２９７３号に記載されるような、例えば自動化されたＡＵＣ決定を含む、自動化されたピーク検出技術から取得される。
【0441】
いくつかの実施形態では、ＭＳ定量化データは、ＭＳ技術を使用して生体試料またはその誘導体の分析から取得される。いくつかの実施形態では、ＭＳ技術は、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドの存在または非存在（その量を含む）について生体試料などの試料を調べるように設計されたＭＳ技術などの標的ＭＳ技術である。いくつかの実施形態では、ＭＳ技術モデルは、表９のモデル１及び／またはモデル２の各タンパク質に由来する１つ以上のペプチドの存在または非存在（その量を含む）について生体試料などの試料を調べるように設計される。いくつかの実施形態では、ＭＳ技術は、ＭＲＭ技術である。いくつかの実施形態では、ＭＲＭ技術は、（ａ）３、７、９、２８、２９、３２、及び／または（ｂ）１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、３２などのトランジションのセットを含む、トランジション１～３８のうちの１つ以上に基づいて構成される。いくつかの実施形態では、ＭＲＭ技術は、クロマトグラフィーの保持時間を考慮して質量分析データ取得を設計する動的ＭＲＭ技術である。
【0442】
特定の態様では、本明細書において、対象から得られた生体試料の糖ペプチドプロファイルを決定する方法であって、糖ペプチドプロファイルが、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルに基づいたものであり、生体試料またはその誘導体を、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドを評価するように構成された質量分析（ＭＳ）技術に供してＭＳ情報を取得することと、ＭＳ情報に基づいて、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルを決定することと、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドに関連する定量化レベルに基づいて糖ペプチドプロファイルを決定することと、を含む、方法が提供される。
【0443】
特定の態様では、本明細書において、質量分析の分析を行う方法であって、生体試料またはその誘導体を、表９の１つ以上のタンパク質に由来する１つ以上のペプチドを評価するように構成された質量分析（ＭＳ）技術に供することを含む、方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＭＳ技術は、本明細書に記載されるような標的ＭＳ技術である。いくつかの実施形態では、標的ＭＳ技術は、本明細書に記載されるようなＭＲＭ技術である。
【0444】
特定の態様では、本明細書において、対象の結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）を治療する方法であって、対象をＣＲＣまたはＡＡに関連する複数の状態に関して分類することと、対象に分類に基づいた治療レジメンを投与することと、を含む、方法が提供される。
【0445】
特定の態様では、本明細書において、１つ以上のプロセッサと、１つ以上のプログラムを格納したメモリと、を備えるシステムであって、１つ以上のプログラムは、１つ以上のプロセッサによって実行されるように構成され、１つ以上のプログラムは、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または進行性腺腫（ＡＡ）に関連する複数の状態に関して対象から得られた生体試料を分類する方法など、本明細書に提供される方法のための命令を含む、システムが提供される。
【0446】
Ｘ．実施形態
１．１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出する方法であって、１つ以上の糖タンパク質、グリカン、または糖ペプチドを含む生体試料を患者から得ること、または前記生体試料が前記患者から既に得られていることと、前記試料中の糖タンパク質を消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択されるＭＲＭトランジションを検出することと、を含む、前記方法。
１．１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出する方法であって、１つ以上の糖タンパク質、グリカン、または糖ペプチドを含む生体試料を患者から得ること、または前記生体試料が前記患者から既に得られていることと、前記試料中の糖タンパク質を消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択されるＭＲＭトランジションを検出することと、を含む、前記方法。
【0447】
２．前記試料中の前記糖ペプチドを断片化することが、前記試料、またはその一部を質量分析計に導入した後に行われる、実施形態１に記載の方法。
【0448】
３．前記試料中の糖タンパク質または糖ペプチドを断片化することが、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを生成する、実施形態１～２のいずれか１つに記載の方法。
【0449】
４．前記試料中の糖タンパク質または糖ペプチドを断片化することが、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを生成する、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
【0450】
５．前記試料中の糖タンパク質または糖ペプチドを断片化することが、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを生成する、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
【0451】
６．前記試料中の糖タンパク質または糖ペプチドを断片化することが、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを生成する、実施形態１～３のいずれか１つに記載の方法。
【0452】
７．前記ＭＲＭトランジションが、表１～３のうちのいずれか１つの前記トランジション、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、実施形態１～６のいずれか１つに記載の方法。
【0453】
８．トランジション１～３８からなる群から選択されるＭＲＭトランジションを検出することが、トリプル四重極（ＱＱＱ）質量分析計または四重極飛行時間型質量分析計（ｑＴＯＦ）を使用してＭＲＭトランジションを検出することを含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
【0454】
９．前記１つ以上の糖ペプチドが、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になるペプチドまたは糖ペプチドを含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の方法。
【0455】
１０．グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上のグリカンを示す１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することを含む、実施形態１～９のいずれか１つに記載の方法。
【0456】
１１．第１のグリカンを定量化し、第２のグリカンを定量化することをさらに含み、前記第１のグリカンの前記定量化と前記第２のグリカンの前記定量化とを比較することをさらに含む、実施形態１０に記載の方法。
【0457】
１２．前記検出されたグリカンを、前記グリカンが結合していたペプチド残基の部位に関連付けることをさらに含む、実施形態１０または１１に記載の方法。
【0458】
１３．配列番号１～３８を有するアミノ酸から本質的になるペプチドまたは糖ペプチドの量に基づいて前記糖ペプチドの量を正規化することを含む、実施形態１～１２のいずれか１つに記載の方法。
【0459】
１４．試料の分類を特定するための方法であって、質量分析法（ＭＳ）によって試料中の１つ以上の糖ペプチドを定量化することであって、前記糖ペプチドがそれぞれ、各場合において個々に、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、前記定量化することと、前記定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて前記試料の分類を特定することと、を含む、前記方法。
【0460】
１５．前記試料が、疾患または状態を有する患者または個人からの生体試料である、実施形態１４に記載の方法。
【0461】
１６．前記患者が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する、実施形態１５に記載の方法。
【0462】
１７．前記ＭＳが、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計を用いたＭＲＭ－ＭＳである、実施形態１４～１６のいずれか１つに記載の方法。
【0463】
１８．前記訓練済みモデルが、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、複合判別分析アルゴリズム、２次判別分析アルゴリズム、サポートベクトルマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、放射基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、ナイーブベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される機械学習アルゴリズムを使用して訓練されたものである、実施形態１４～１７のいずれか１つに記載の方法。
【0464】
１９．前記分類が、疾患分類または疾患重症度分類である、実施形態１４～１８のいずれか１つに記載の方法。
【0465】
２０．前記分類が、信頼度８０％超、信頼度８５％超、信頼度９０％超、信頼度９５％超、信頼度９９％、または信頼度９９．９９９９％超で特定される、実施形態１９に記載の方法。
【0466】
２１．試料中の１つまたは複数の糖ペプチド（複数可）を第１の時点でＭＳにより定量化することと、試料中の１つまたは複数の糖ペプチド（複数可）を第２の時点でＭＳにより定量化することと、前記第１の時点の定量化と前記第２の時点の定量化とを比較することと、をさらに含む、実施形態１４～２０のいずれか１つに記載の方法。
【0467】
２２．試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを第３の時点でＭＳにより定量化することと、試料中の１つまたは複数の糖ペプチドを第４の時点でＭＳにより定量化することと、前記第４の時点の定量と前記第３の時点の定量化とを比較することと、をさらに含む、実施形態２１に記載の方法。
【0468】
２３．患者の健康状態をモニタリングすることをさらに含む、実施形態１４～２２のいずれか１つに記載の方法。
【0469】
２４．前記患者の健康状態をモニタリングすることが、遺伝子変異などのリスク因子を有する患者における疾患の発症及び進行をモニタリングすることと、がんの再発を検出することとを含む、実施形態２３に記載の方法。
【0470】
２５．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列をＭＳによって定量化することをさらに含む、実施形態１４～２４のいずれか１つに記載の方法。
【0471】
２６．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせをＭＳによって定量化することをさらに含む、実施形態１４～２５のいずれか１つに記載の方法。
【0472】
２７．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせをＭＳによって定量化することをさらに含む、実施形態１４～２５のいずれか１つに記載の方法。
【0473】
２８．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせをＭＳによって定量化することをさらに含む、実施形態１４～２５のいずれか１つに記載の方法。
【0474】
２９．グリカン３２００、３２１０、３３００、３３１０、３３２０、３４００、３４１０、３４２０、３５００、３５１０、３５２０、３６００、３６１０、３６２０、３６３０、３７００、３７１０、３７２０、３７３０、３７４０、４２００、４２１０、４３００、４３０１、４３１０、４３１１、４３２０、４４００、４４０１、４４１０、４４１１、４４２０、４４２１、４４３０、４４３１、４５００、４５０１、４５１０、４５１１、４５２０、４５２１、４５３０、４５３１、４５４０、４５４１、４６００、４６０１、４６１０、４６１１、４６２０、４６２１、４６３０、４６３１、４６４１、４６５０、４７００、４７０１、４７１０、４７１１、４７２０、４７３０、５２００、５２１０、５３００、５３０１、５３１０、５３１１、５３２０、５４００、５４０１、５４０２、５４１０、５４１１、５４１２、５４２０、５４２１、５４３０、５４３１、５４３２、５５００、５５０１、５５０２、５５１０、５５１１、５５１２、５５２０、５５２１、５５２２、５５３０、５５３１、５５４１、５６００、５６０１、５６０２、５６１０、５６１１、５６１２、５６２０、５６２１、５６３１、５６５０、５７００、５７０１、５７０２、５７１０、５７１１、５７１２、５７２０、５７２１、５７３０、５７３１、６２００、６２１０、６３００、６３０１、６３１０、６３１１、６３２０、６４００、６４０１、６４０２、６４１０、６４１１、６４１２、６４２０、６４２１、６４３２、６５００、６５０１、６５０２、６５０３、６５１０、６５１１、６５１２、６５１３、６５２０、６５２１、６５２２、６５３０、６５３１、６５３２、６５４０、６５４１、６６００、６６０１、６６０２、６６０３、６６１０、６６１１、６６１２、６６１３、６６２０、６６２１、６６２２、６６２３、６６３０、６６３１、６６３２、６６４０、６６４１、６６４２、６６５２、６７００、６７０１、６７１１、６７２１、６７０３、６７１３、６７１０、６７１１、６７１２、６７１３、６７２０、６７２１、６７３０、６７３１、６７４０、７２００、７２１０、７４００、７４０１、７４１０、７４１１、７４１２、７４２０、７４２１、７４３０、７４３１、７４３２、７５００、７５０１、７５１０、７５１１、７５１２、７６００、７６０１、７６０２、７６０３、７６０４、７６１０、７６１１、７６１２、７６１３、７６１４、７６２０、７６２１、７６２２、７６２３、７６３２、７６４０、７７００、７７０１、７７０２、７７０３、７７１０、７７１１、７７１２、７７１３、７７１４、７７２０、７７２１、７７２２、７７３０、７７３１、７７３２、７７４０、７７４１、７７５１、８２００、９２００、９２１０、１０２００、１１２００、１２２００、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上のグリカンをＭＳにより定量化することをさらに含む、実施形態１４～２５のいずれか１つに記載の方法。
【0475】
３０．前記分類に基づいて疾患または状態を有する患者を診断することをさらに含む、実施形態１４～２９のいずれか１つに記載の方法。
【0476】
３１．前記分類に基づいて前記患者を進行性腺腫を有するものとして診断することをさらに含む、実施形態３０に記載の方法。
【0477】
３２．前記患者を進行性腺腫を含む腺腫を有するものとして診断することと、前記患者を切除により治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0478】
３３．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を、治療薬、アジュバント、ネオアジュバント、化学塞栓、腹腔内温熱化学療法、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される治療有効量の治療薬で治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0479】
３４．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を、治療有効量のアルキル化剤、代謝拮抗薬、トポイソメラーゼ阻害剤、細胞傷害性薬、及びそれらの組み合わせで治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0480】
３５．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を治療有効量の標的治療薬で治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0481】
３６．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を治療有効量の免疫治療薬で治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0482】
３７．前記免疫治療薬が、免疫チェックポイント阻害薬からなる群から選択される、実施形態３６に記載の方法。
【0483】
３８．前記免疫チェックポイント阻害薬が、ＰＤ－１阻害薬、ＰＤ－Ｌ１阻害薬、ＣＴＬＡ－４阻害薬、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態３７に記載の方法。
【0484】
３９．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を治療有効量のＴ細胞関連療法で治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0485】
４０．前記Ｔ細胞関連療法が、ＣＡＲ－Ｔアプローチ、ＴＣＲアプローチ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態３９に記載の方法。
【0486】
４１．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を治療有効量のがんワクチンで治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0487】
４２．前記患者を結腸直腸癌を有するものとして診断することと、前記患者を治療有効量の放射線療法で治療することと、を含む、実施形態１４～３１のいずれか１つに記載の方法。
【0488】
４３．前記放射線療法が、外部ビーム放射線療法及び内部放射線療法、化学放射線療法、近接照射療法、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項４２に記載の方法。
【0489】
４４．１つ以上の糖タンパク質または糖ペプチドを含む生体試料を患者から得ること、または前記生体試料が患者から既に得られていることと、前記試料中の前記１つ以上の糖タンパク質または糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、トランジション１～３８からなる群から選択される少なくとも１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジション（複数可）を検出して定量化することと、を含む、実施形態１５～４３のいずれか１つに記載の方法。
【0490】
４５．前記ＭＲＭトランジションを入力として使用してモデルを訓練するために機械学習アルゴリズムを使用することをさらに含む、実施形態４４に記載の方法。
【0491】
４６．生体試料を分類するための方法であって、１つ以上の糖タンパク質または糖ペプチドを含む生体試料を患者から得ること、または前記生体試料が患者から既に得られていることと、前記試料中の前記１つ以上の糖タンパク質または糖ペプチドを消化及び／または断片化することと、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる少なくとも１つ以上の糖ペプチドに関連した少なくとも１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することと、前記定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて前記生体試料を分類することと、を含む、前記方法。
【0492】
４７．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる少なくとも１つ以上の糖ペプチドに関連した少なくとも１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することを含む、実施形態４６に記載の方法。
【0493】
４８．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる少なくとも１つ以上の糖ペプチドに関連した少なくとも１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することを含む、実施形態４６に記載の方法。
【0494】
４９．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる少なくとも１つ以上の糖ペプチドに関連した少なくとも１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することを含む、実施形態４６に記載の方法。
【0495】
５０．前記ＭＲＭトランジションを入力として使用して機械学習アルゴリズムを訓練することを含む、実施形態４６に記載の方法。
【0496】
５１．結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者を治療するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、前記試料中の１つ以上の糖タンパク質または糖ペプチドを消化及び／または断片化すること、または糖タンパク質または糖ペプチドが既に消化及び／または断片化されていることと、トランジション１～３８からなる群から選択される１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することと、定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて患者を、（Ａ）切除を必要とする患者、（Ｂ）治療薬を必要とする患者、（Ｃ）アルキル化剤を必要とする患者、（Ｄ）標的化治療薬を必要とする患者、（Ｅ）免疫治療薬を必要とする患者、（Ｆ）免疫チェックポイント阻害薬を必要とする患者、（Ｇ）Ｔ細胞関連療法を必要とする患者、（Ｈ）がんワクチンを必要とする患者、（Ｉ）放射線療法を必要とする患者、（Ｊ）大腸内視鏡検査を必要とする患者、または（Ｋ）これらの組み合わせからなる群から選択される分類に分類することと、分類ＡまたはＫが判定される場合、切除を行うこと、または切除が既に行われていることと、分類ＩまたはＫが判定される場合、放射線療法を行うこと、または放射線療法が既に行われていることと、分類ＪまたはＫが判定される場合、大腸内視鏡検査を行うこと、または大腸内視鏡検査が既に行われていることと、または、治療有効量の治療薬を患者に投与することであって、分類ＢまたはＫが判定される場合、治療薬は治療薬から選択され、または分類ＣまたはＫが判定される場合、治療薬はアルキル化剤から選択され、または分類ＤまたはＫが判定される場合、治療薬は標的治療薬から選択され、分類ＥまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫治療薬から選択され、分類ＦまたはＫが判定される場合、治療薬は免疫チェックポイント阻害薬から選択され、分類ＧまたはＫが判定される場合、治療薬はＴ細胞関連療法から選択され、分類ＨまたはＫが判定される場合、治療薬はがんワクチンから選択される、投与することと、を含む、前記方法。
【0497】
５２．前記生体試料に多重反応モニタリング質量分析法（ＭＲＭ－ＭＳ）を行うことを含む、実施形態５１に記載の方法。
【0498】
５３．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む、実施形態５１または５２に記載の方法。
【0499】
５４．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む、実施形態５１～５３のいずれか１つに記載の方法。
【0500】
５５．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む、実施形態５１～５３のいずれか１つに記載の方法。
【0501】
５６．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを定量化することを含む、実施形態５１～５３のいずれか１つに記載の方法。
【0502】
５７．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドの量の前記定量化を訓練済みモデルに入力するか、または前記定量化を用いてモデルを訓練すること、を含む、実施形態５１～５６のいずれか１つに記載の方法。
【0503】
５８．前記機械学習アルゴリズムが、深層学習アルゴリズム、ニューラルネットワークアルゴリズム、人工ニューラルネットワークアルゴリズム、教師あり機械学習アルゴリズム、線形判別分析アルゴリズム、複合判別分析アルゴリズム、２次判別分析アルゴリズム、サポートベクトルマシンアルゴリズム、線形基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、放射基底関数カーネルサポートベクトルアルゴリズム、ランダムフォレストアルゴリズム、遺伝的アルゴリズム、最近傍アルゴリズム、ｋ最近傍法、ナイーブベイズ分類器アルゴリズム、ロジスティック回帰アルゴリズム、またはそれらの組み合わせからなる群から選択される、実施形態５７に記載の方法。
【0504】
５９．前記トランジション１～３８からなる群から選択される１つ以上の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）トランジションを検出して定量化することが、ピークを選択することと、及び／または検出された糖ペプチド断片を機械学習アルゴリズムにより定量化することと、を含む、実施形態５１～５８のいずれか１つの方法。
【0505】
６０．機械学習システムを訓練するための方法であって、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列からそれぞれ個々になる１つ以上の糖ペプチドを含む試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第１のデータセットを提供することと、コントロール試料を示すＭＲＭトランジションシグナルの第２のデータセットを提供することと、機械学習アルゴリズムを使用して前記第１のデータセットと前記第２のデータセットとを比較することとを含む、前記方法。
【0506】
６１．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む前記試料が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者からの試料である、実施形態６０に記載の方法。
【0507】
６２．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む前記試料が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者からの試料である、実施形態６１に記載の方法。
【0508】
６３．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む前記試料が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者からの試料である、実施形態６１に記載の方法。
【0509】
６４．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドを含む前記試料が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者からの試料である、実施形態６１に記載の方法。
【0510】
６５．前記コントロール試料が、結腸直腸癌も進行性腺腫を含む腺腫も有さない患者からの試料である、実施形態６０～６４のいずれか１つに記載の方法。
【0511】
６６．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる糖ペプチドを含む前記試料が、結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する１人以上の患者からのプールされた試料である、実施形態６０～６５のいずれか１つに記載の方法。
【0512】
６７．前記コントロール試料が、結腸直腸癌も進行性腺腫を含む腺腫も有さない１人以上の患者からのプールされた試料である、実施形態６０～６６のいずれか１つに記載の方法。
【0513】
６８．結腸直腸癌または進行性腺腫を含む腺腫を有する患者を診断するための方法であって、患者から生体試料を得ること、または患者から生体試料が既に得られていることと、ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを用いて生体試料の質量分析を行って、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量化するか、またはトランジション１～３８から選択される１つ以上のＭＲＭトランジションを検出することと、前記検出された糖ペプチドまたは前記ＭＲＭトランジションの前記定量化を訓練済みモデルに入力して、出力確率を生成することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかを判定することと、前記出力確率が分類の閾値を上回るかまたは下回るかに基づいて前記患者の診断分類を特定することと、前記診断分類に基づいて前記患者を結腸直腸癌または進行性腺腫を有するものとして診断することと、を含む、前記方法。
【0514】
６９．前記検出された糖ペプチドを分析することが、機械学習アルゴリズムを使用することを含む、実施形態６８に記載の方法。
【0515】
７０．前記ＭＲＭトランジションを入力として使用して機械学習アルゴリズムを訓練することを含む、実施形態６８に記載の方法。
【0516】
７１．ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して前記生体試料の質量分析を行って、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量することを含む、実施形態６８に記載の方法。
【0517】
７２．ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して前記生体試料の質量分析を行って、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量することを含む、実施形態６８に記載の方法。
【0518】
７３．ＱＱＱ及び／またはｑＴＯＦ質量分析計とともにＭＲＭ－ＭＳを使用して前記生体試料の質量分析を行って、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを検出して定量することを含む、実施形態６８に記載の方法。
【0519】
７４．配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる、糖ペプチド。
【0520】
７５．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる、糖ペプチド。
【0521】
７６．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる、糖ペプチド。
【0522】
７７．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせからなる、糖ペプチド。
【0523】
７８．配列番号１～３８から本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、糖ペプチド。
【0524】
７９．配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８から本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、糖ペプチド。
【0525】
８０．配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３から本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、糖ペプチド。
【0526】
８１．配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２から本質的になる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる、糖ペプチド。
【0527】
８２． １つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む、キット。
【0528】
８３．１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む、キット。
【0529】
８４．１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む、キット。
【0530】
８５．１つ以上の糖ペプチド標準物質（複数可）、緩衝液、及び配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含む、キット。
【0531】
８６．１つ以上のＭＲＭトランジション（複数可）を検出するためのニューラルネットワークを訓練するためのコンピュータで実施される方法であって、配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの質量分析スペクトルのセットを収集することと、１乃至複数のスペクトルのピークの開始、停止、最大、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つを特定することを含む、前記スペクトルにアノテーションを付けてアノテーション付きの質量分析スペクトルのセットを生成することと、前記収集された質量分析スペクトルのセット、前記アノテーション付きの質量分析スペクトルのセット、及び配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドの第２の質量分析スペクトルのセットを含む第１の訓練セットを生成することと、前記第１の訓練セットを使用して第１の段階で前記ニューラルネットワークを訓練することと、前記第１の訓練セットと前記第１の段階の訓練後に配列番号１～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる１つ以上の糖ペプチドを含むものとして誤って検出された質量分析スペクトルとを含む、第２の訓練段階のための第２の訓練セットを生成することと、前記第２の訓練セットを使用して第２の段階で前記ニューラルネットワークを訓練することと、を含む、前記方法。
【0532】
８７．前記１つ以上の糖ペプチドがそれぞれ個々に、それぞれの場合で、配列番号５、８～１１、１３～１４、１６～２２、２６～２８、３０～３１、及び３４～３８からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドから選択される、実施形態８６に記載の方法。
【0533】
８８．前記１つ以上の糖ペプチドがそれぞれ個々に、それぞれの場合で、配列番号３、７、９、２８、２９、３２、及び３３からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドである、実施形態８６に記載の方法。
【0534】
８９．前記１つ以上の糖ペプチドがそれぞれ個々に、それぞれの場合で、配列番号１～４、６～７、１２、１５、２３～２５、２８、２９、及び３２からなる群から選択されるアミノ酸配列、及びそれらの組み合わせから本質的になる糖ペプチドである、実施形態８６に記載の方法。
【0535】
９０．前記ＭＲＭトランジションを、モデルを訓練するための入力として用いることを含む、実施形態４６に記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【配列表】
【国際調査報告】