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特表2024-534771補体媒介性炎症反応を低減するための同種異系細胞療法のための遺伝子改変細胞
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-09-26
(54)【発明の名称】補体媒介性炎症反応を低減するための同種異系細胞療法のための遺伝子改変細胞
(51)【国際特許分類】
C12N 5/10 20060101AFI20240918BHJP
A61K 35/28 20150101ALI20240918BHJP
A61K 35/545 20150101ALI20240918BHJP
A61P 1/16 20060101ALI20240918BHJP
A61P 5/00 20060101ALI20240918BHJP
A61P 17/00 20060101ALI20240918BHJP
A61P 27/02 20060101ALI20240918BHJP
A61P 3/10 20060101ALI20240918BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240918BHJP
A61P 13/12 20060101ALI20240918BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20240918BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20240918BHJP
A61P 25/16 20060101ALI20240918BHJP
A61P 25/22 20060101ALI20240918BHJP
A61P 25/24 20060101ALI20240918BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20240918BHJP
A61P 37/06 20060101ALI20240918BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20240918BHJP
C12N 5/0735 20100101ALI20240918BHJP
C12N 5/0775 20100101ALI20240918BHJP
C12N 5/078 20100101ALI20240918BHJP
C12N 5/079 20100101ALI20240918BHJP
C12N 15/12 20060101ALN20240918BHJP
C12N 15/867 20060101ALN20240918BHJP
C12N 15/63 20060101ALN20240918BHJP
【ＦＩ】
C12N5/10
A61K35/28 ZNA
A61K35/545
A61P1/16
A61P5/00
A61P17/00
A61P27/02
A61P3/10
A61P35/00
A61P13/12
A61P35/02
A61P25/00
A61P25/16
A61P25/22
A61P25/24
A61K45/00
A61P37/06
A61P43/00 121
C12N5/0735
C12N5/0775
C12N5/078
C12N5/079
C12N15/12
C12N15/867 Z
C12N15/63 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024508657
(86)(22)【出願日】2022-08-11
(85)【翻訳文提出日】2024-04-10
(86)【国際出願番号】 US2022074874
(87)【国際公開番号】W WO2023019227
(87)【国際公開日】2023-02-16
(31)【優先権主張番号】63/232,164
(32)【優先日】2021-08-11
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/353,538
(32)【優先日】2022-06-17
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．パイレックス
(71)【出願人】
【識別番号】522043688
【氏名又は名称】サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100102978
【弁理士】
【氏名又は名称】清水 初志
(74)【代理人】
【識別番号】100205707
【弁理士】
【氏名又は名称】小寺 秀紀
(74)【代理人】
【識別番号】100160923
【弁理士】
【氏名又は名称】山口 裕孝
(74)【代理人】
【識別番号】100119507
【弁理士】
【氏名又は名称】刑部 俊
(74)【代理人】
【識別番号】100142929
【弁理士】
【氏名又は名称】井上 隆一
(74)【代理人】
【識別番号】100148699
【弁理士】
【氏名又は名称】佐藤 利光
(74)【代理人】
【識別番号】100188433
【弁理士】
【氏名又は名称】梅村 幸輔
(74)【代理人】
【識別番号】100128048
【弁理士】
【氏名又は名称】新見 浩一
(74)【代理人】
【識別番号】100129506
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 智彦
(74)【代理人】
【識別番号】100114340
【弁理士】
【氏名又は名称】大関 雅人
(74)【代理人】
【識別番号】100214396
【弁理士】
【氏名又は名称】塩田 真紀
(74)【代理人】
【識別番号】100121072
【弁理士】
【氏名又は名称】川本 和弥
(74)【代理人】
【識別番号】100221741
【弁理士】
【氏名又は名称】酒井 直子
(74)【代理人】
【識別番号】100114926
【弁理士】
【氏名又は名称】枝松 義恵
(72)【発明者】
【氏名】シュレプファー ソニア
【テーマコード（参考）】
4B065
4C084
4C087
【Ｆターム（参考）】
4B065AA90X
4B065AA90Y
4B065AA93X
4B065AA93Y
4B065AA94X
4B065AA94Y
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA24
4B065CA44
4C084AA19
4C084MA02
4C084MA66
4C084MA67
4C084NA05
4C084ZB081
4C084ZB082
4C084ZC751
4C084ZC752
4C087AA01
4C087AA02
4C087BB63
4C087MA66
4C087MA67
4C087NA14
4C087ZA33
4C087ZA75
4C087ZA81
4C087ZA89
4C087ZB08
4C087ZB11
4C087ZB13
4C087ZB26
4C087ZB27
4C087ZC06
4C087ZC35
4C087ZC61
(57)【要約】
同種異系細胞療法において使用するための、遺伝子改変等の１つまたは複数の改変を含有する操作された細胞が提供される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、低免疫原性細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む。
【選択図】図１Ａ
【選択図】図１Ａ
【特許請求の範囲】
【請求項1】
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｖ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変を含む、操作された細胞であって、（ｉ）、（ｉｉ）、及び（ｉｉｉ）の前記増加した発現ならびに（ｉｖ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
【請求項2】
（ｉｖ）における前記改変のうちの１つまたは複数が、ａ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子
ｂ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または
ｃ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子
の発現を低減する、請求項１に記載の操作された細胞。
【請求項3】
前記１つまたは複数の改変が、Ｂ２Ｍ、ＴＡＰ Ｉ、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、及び／またはＮＦＹ－Ｃ、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の分子の発現を低減する、請求項１または請求項２に記載の操作された細胞。
【請求項4】
Ｂ２Ｍ、ＴＡＰ Ｉ、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、及び／またはＮＦＹ－Ｃ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の分子を発現しない、請求項１～３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項5】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項6】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項５に記載の操作された細胞。
【請求項7】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項8】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項9】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項10】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項11】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項12】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項13】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項14】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項15】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項16】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項17】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項１～１６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項18】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項１～１７のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項19】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１～１８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項20】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１～１９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項21】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項22】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項23】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項24】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、請求項１～２３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項25】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、請求項１～２４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項26】
（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、改変を含む、操作された細胞であって、前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
【請求項27】
（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、前記改変のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、請求項２６に記載の操作された細胞。
【請求項28】
前記内在性遺伝子が、前記ＣＣＬ２１、前記ＰＤ－Ｌ１、前記ＦＡＳＬ、前記ＳＥＲＰＩＮＢ９、前記ＨＬＡ－Ｇ、前記ＣＤ４７、前記ＣＤ２００、前記ＭＦＧＥ８、前記ＣＤ４６、または前記ＣＤ５９をコードする、請求項２７に記載の操作された細胞。
【請求項29】
内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる前記１つまたは複数の改変が、前記遺伝子の内在性プロモーターの１つもしくは複数の改変または異種プロモーターの導入を含む、請求項２７または２８に記載の操作された細胞。
【請求項30】
前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、請求項２９に記載の操作された細胞。
【請求項31】
前記操作された細胞が、ＣＤ５５の発現を増加させる改変をさらに含み、ＣＤ５５の前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項１～３０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項32】
発現を増加させる前記改変（複数可）が、増加した表面発現を含み、及び／または発現を低減する前記改変が、低減された表面発現を含み、任意選択で、前記低減された表面発現が、検出可能な表面発現を何ら含まない、請求項１～３１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項33】
ＣＤ４６の発現を増加させ、かつＣＤ５９の発現を増加させる前記１つまたは複数の改変が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１～３２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項34】
ＣＤ５５の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項３１～３３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項35】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項３３または請求項３４に記載の操作された細胞。
【請求項36】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３に記載の配列をコードする、請求項３５に記載の操作された細胞。
【請求項37】
ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項３３～３６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項38】
ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５に記載の配列をコードする、請求項３７に記載の操作された細胞。
【請求項39】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項３４～３８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項40】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８に記載の配列をコードする、請求項３９に記載の操作された細胞。
【請求項41】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが各々、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項３３～４０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項42】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項３３～４１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項43】
ＣＤ４７の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１～４２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項44】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、前記操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する、請求項４３に記載の操作された細胞。
【請求項45】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１に記載の配列をコードする、請求項４４に記載の操作された細胞。
【請求項46】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項４３～４５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項47】
前記１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクターを含む、請求項１～４６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項48】
前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、請求項４７に記載の操作された細胞。
【請求項49】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、請求項４７～４８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項50】
前記マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、請求項４７～４９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項51】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項４７～５０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項52】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項４７～５０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項53】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項５１または請求項５２に記載の操作された細胞。
【請求項54】
前記マルチシストロン性ベクターが、第１の導入遺伝子であり、前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む、請求項５１または請求項５２に記載の操作された細胞。
【請求項55】
前記操作された細胞が、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子を含み、前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が各々、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含み、
前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が、モノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである、
請求項１～５４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項56】
前記プロモーターが、構成的プロモーターである、請求項４１～５５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項57】
前記プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、請求項５０～５６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項58】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞のゲノム内に組み込まれる、請求項３３～５７のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項59】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、請求項３４～５８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項60】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、請求項４３～５９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項61】
前記組み込みが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、請求項５８～６０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項62】
前記組み込みが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものである、請求項５９または請求項６０に記載の操作された細胞。
【請求項63】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項６２に記載の操作された細胞。
【請求項64】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＴＡＰ１遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、またはセーフハーバー遺伝子座である、請求項６２または請求項６３に記載の操作された細胞。
【請求項65】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される、請求項６２または請求項６３に記載の操作された細胞。
【請求項66】
前記セーフハーバー遺伝子座が、ＡＡＶＳ１、ＡＢＯ、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＣＸＣＲ４、Ｆ３、ＦＵＴ１、ＨＭＧＢ１、ＫＤＭ５Ｄ、ＬＲＰ１、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＲＨＤ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１遺伝子座からなる群から選択される、請求項６４に記載の操作された細胞。
【請求項67】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、第４の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれる、請求項５５～６６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項68】
第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、及び第３の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つが、同じ遺伝子座である、請求項５５～６７に記載の操作された細胞。
【請求項69】
前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つが、同じ遺伝子座である、請求項６７に記載の操作された細胞。
【請求項70】
前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第３の標的ゲノム遺伝子座が、同じ遺伝子座である、請求項５５～６９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項71】
前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座が、同じ遺伝子座である、請求項６９に記載の操作された細胞。
【請求項72】
前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第３の標的ゲノム遺伝子座の各々が、異なる遺伝子座である、請求項５５～６７に記載の操作された細胞。
【請求項73】
前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座が、異なる遺伝子座である、請求項７２に記載の操作された細胞。
【請求項74】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する、請求項１～２５及び２７～７３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項75】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む、請求項１～２５及び２７～７３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項76】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む、請求項７５に記載の操作された細胞。
【請求項77】
前記改変が、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を排除する、請求項７５または請求項７６に記載の操作された細胞。
【請求項78】
前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、請求項７５～７７のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項79】
前記改変が、前記細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む、請求項７５～７８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項80】
前記不活性化または前記破壊が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデルを含む、請求項７８または請求項７９に記載の操作された細胞。
【請求項81】
前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である、請求項７５～８０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項82】
前記Ｂ２Ｍ遺伝子がノックアウトされている、請求項７５～８１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項83】
前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものである、請求項７５～８２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項84】
ゲノム改変タンパク質による前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、または部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）による改変である、請求項８３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項85】
前記ゲノム改変タンパク質による前記改変が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集である、請求項８３～８４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項86】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、請求項８５に記載の操作された細胞。
【請求項87】
前記ゲノム改変タンパク質による前記改変が、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｍａｄ７、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼからなる群から選択される１つまたは複数のタンパク質によって実施される、請求項８３～８５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項88】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、請求項８６に記載の操作された細胞。
【請求項89】
前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、請求項８８に記載の操作された細胞。
【請求項90】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する、請求項１～２５及び２７～８９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項91】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む、請求項１～２５及び２７～８９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項92】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む、請求項９１に記載の操作された細胞。
【請求項93】
前記改変が、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を排除する、請求項９１または請求項９２に記載の操作された細胞。
【請求項94】
前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、請求項９１～９３のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項95】
前記改変が、前記細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む、請求項９１～９４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項96】
前記不活性化または前記破壊が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデルを含む、請求項９４または請求項９５に記載の操作された細胞。
【請求項97】
前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である、請求項９１～９６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項98】
ＣＩＩＴＡ遺伝子がノックアウトされている、請求項９１～９７のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項99】
前記操作された細胞が、ヒト細胞または動物細胞であり、任意選択で、前記動物細胞が、ブタ（ブタ類）細胞、ウシ（ウシ類）細胞、またはヒツジ（ヒツジ類）細胞である、請求項１～９８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項100】
前記改変が、ＮＬＲＣ５、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＣＤ１４２、ＡＢＯ、ＣＤ３８、ＣＤ５２、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、及びＲＨＤのうちのいずれか１つまたは複数の発現を低減する、請求項１～９９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項101】
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、及び（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、前記改変のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、請求項１～１００のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項102】
前記内在性遺伝子が、前記１つもしくは複数の寛容原性因子、ＣＤ４６、またはＣＤ５９をコードする、請求項１０１に記載の操作された細胞。
【請求項103】
内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる前記１つまたは複数の改変が、前記遺伝子の内在性プロモーターに対する１つもしくは複数の改変または異種プロモーターの導入を含む、請求項１０１または１０２に記載の操作された細胞。
【請求項104】
前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、請求項１０３に記載の操作された細胞。
【請求項105】
ヒト細胞である、請求項９９に記載の操作された細胞。
【請求項106】
幹細胞または前駆細胞に由来する分化細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項107】
前記幹細胞または前駆細胞が、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、間葉系幹細胞、内皮幹細胞、上皮幹細胞、脂肪幹細胞、生殖細胞系幹細胞、肺幹細胞、臍帯血幹細胞、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び複能性幹細胞からなる群から選択される、請求項１０６に記載の操作された細胞。
【請求項108】
多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である、請求項１～１０６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項109】
前記多能性幹細胞が、人工多能性幹細胞である、請求項１０８に記載の操作された細胞。
【請求項110】
ドナー対象から単離された初代細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項111】
前記ドナー対象が、健常であるか、または前記個々のドナーから前記ドナーの試料が入手される時点で疾患もしくは病態を有することが疑われない、請求項１１０に記載の操作された細胞。
【請求項112】
島細胞、ベータ島細胞、膵島細胞、免疫細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、マクロファージ細胞、内皮細胞、筋細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、視細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、幹細胞、造血幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、間葉系幹細胞（ＭＳＣ）、胚性幹細胞（ＥＳＣ）、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び血液細胞からなる群から選択される、請求項１～１１１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項113】
内皮細胞である、請求項１～１１１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項114】
上皮細胞である、請求項１～１１１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項115】
Ｔ細胞である、請求項１１２に記載の操作された細胞。
【請求項116】
ＮＫ細胞である、請求項１１２に記載の操作された細胞。
【請求項117】
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む、請求項１１５または請求項１１６に記載の操作された細胞。
【請求項118】
幹細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項119】
造血幹細胞（ＨＳＣ）である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項120】
多能性幹細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項121】
人工多能性幹細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項122】
胚性幹細胞である、請求項１～１０５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項123】
前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ｏである、請求項１～１２２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項124】
前記細胞が、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む、請求項１～１２２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項125】
前記細胞が、アカゲザル因子陰性（Ｒｈ－）である、請求項１～１２４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項126】
前記細胞が、アカゲザル因子陽性（Ｒｈ＋）である、請求項１～１２４のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項127】
操作された細胞を生成する方法であって、ａ．前記細胞におけるＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩの発現を低減または排除する工程と、
ｂ．前記細胞における１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｄ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
【請求項128】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１２７に記載の方法。
【請求項129】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１２８に記載の方法。
【請求項130】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項131】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、請求項１２７～１３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項132】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、請求項１２７～１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項133】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、請求項１２７～１３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項134】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、請求項１２７～１３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項135】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、請求項１２７～１３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項136】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、請求項１２７～１３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項137】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、請求項１２７～１３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項138】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、請求項１２７～１３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項139】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、請求項１２７～１３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項140】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項１２７～１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項141】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項１２７～１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項142】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１２７～１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項143】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１２７～１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項144】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項１２７～１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項145】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、請求項１２７～１４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項146】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、請求項１２７～１４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項147】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、請求項１２７～１４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項148】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、請求項１２７～１４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項149】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する工程を含む、請求項１２７～１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項150】
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる工程、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる工程、及び（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる工程のうちの１つまたは複数が、プロモーターを介して内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階を含む、請求項１２７～１４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項151】
前記内在性遺伝子が、前記１つもしくは複数の寛容原性因子、ＣＤ４６、またはＣＤ５９をコードする、請求項１５０に記載の方法。
【請求項152】
プロモーターを介して前記内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階が、前記遺伝子の内在性プロモーターを改変することまたは異種プロモーターを導入することを含む、請求項１５０または１５１に記載の方法。
【請求項153】
前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、請求項１５２に記載の方法。
【請求項154】
操作された細胞を生成する方法であって、ａ．前記細胞におけるＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる工程と、
ｂ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
【請求項155】
前記細胞におけるＣＤ５５の発現を増加させる工程をさらに含む、請求項１２７～１５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項156】
前記低減された発現が、低減された表面発現を含み、及び／または前記増加した発現が、増加した表面発現を含み、任意選択で、前記低減された表面発現が、検出可能な表面発現を何ら含まない、請求項１２７～１５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項157】
ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる工程が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを前記細胞に導入する段階を含む、請求項１２７～１５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項158】
ＣＤ５５の発現を増加させる工程が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを前記細胞に導入する段階を含む、請求項１５５～１５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項159】
（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる工程、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる工程、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる工程のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階を含む、請求項１５４～１５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項160】
前記内在性遺伝子が、前記ＣＣＬ２１、前記ＰＤ－Ｌ１、前記ＦＡＳＬ、前記ＳＥＲＰＩＮＢ９、前記ＨＬＡ－Ｇ、前記ＣＤ４７、前記ＣＤ２００、前記ＭＦＧＥ８、前記ＣＤ４６、または前記ＣＤ５９をコードする、請求項１５９に記載の方法。
【請求項161】
プロモーターを介して前記内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階が、前記遺伝子の内在性プロモーターもしくはエンハンサーを改変することまたは異種プロモーターを導入することを含む、請求項１５９または１６０に記載の方法。
【請求項162】
前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、請求項１６１に記載の方法。
【請求項163】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項１５７または請求項１５８に記載の方法。
【請求項164】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３に記載の配列をコードする、請求項１６３に記載の方法。
【請求項165】
ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項１５７～１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項166】
ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５に記載の配列をコードする、請求項１６５に記載の方法。
【請求項167】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、補体阻害活性を示す、請求項１５８～１６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項168】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８に記載の配列をコードする、請求項１６７に記載の方法。
【請求項169】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが各々、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１５７～１６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項170】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１５８～１６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項171】
ＣＤ４７の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１５９～１７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項172】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、前記操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する、請求項１７１に記載の方法。
【請求項173】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１に記載の配列をコードする、請求項１７２に記載の方法。
【請求項174】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、請求項１７１～１７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項175】
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクターを、導入する工程を含む、請求項１５９～１７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項176】
前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、請求項１７５に記載の方法。
【請求項177】
前記マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、請求項１７５または請求項１７６に記載の方法。
【請求項178】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１７５～１７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項179】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１７５～１７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項180】
前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１７８または請求項１７９に記載の方法。
【請求項181】
前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む、請求項１７８または請求項１７９に記載の方法。
【請求項182】
ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、請求項１５７～１８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項183】
ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、請求項１５７～１８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項184】
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、請求項１７１～１８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項185】
前記組み込みが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、請求項１８２～１８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項186】
前記組み込みが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものであり、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項１８２～１８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項187】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項１８６に記載の方法。
【請求項188】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＴＡＰ１遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、またはセーフハーバー遺伝子座である、請求項１８６に記載の方法。
【請求項189】
前記標的ゲノム遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される、請求項１８６に記載の方法。
【請求項190】
前記セーフハーバー遺伝子座が、ＡＡＶＳ１、ＡＢＯ、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＣＸＣＲ４、Ｆ３、ＦＵＴ１、ＨＭＧＢ１、ＫＤＭ５Ｄ、ＬＲＰ１、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＲＨＤ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１遺伝子座からなる群から選択される、請求項１８８に記載の方法。
【請求項191】
前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、または部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）によるものである、請求項１２８～１９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項192】
前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）、またはヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項１２８～１９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項193】
前記ゲノム改変タンパク質が、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｍａｄ７、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼからなる群から選択される、請求項１９１または１９２に記載の方法。
【請求項194】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、請求項１８６～１９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項195】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記標的ゲノム遺伝子座の標的配列に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及び／またはＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む相同性指向修復鋳型を含む、請求項１９４に記載の方法。
【請求項196】
前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、請求項１９５に記載の方法。
【請求項197】
ＭＨＣクラスＩの発現を低減する工程が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入する段階を含む、請求項１２７～１９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項198】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む、請求項１９７に記載の方法。
【請求項199】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む、請求項１９８に記載の方法。
【請求項200】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を低減する、請求項１９８または請求項１９９に記載の方法。
【請求項201】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、請求項１９７～２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項202】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、前記細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む、請求項１９７～２０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項203】
前記不活性化または前記破壊が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデル、または前記Ｂ２Ｍ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む、請求項２０１または請求項２０２に記載の方法。
【請求項204】
前記インデルが、フレームシフト変異である、請求項２０３に記載の方法。
【請求項205】
前記Ｂ２Ｍ遺伝子がノックアウトされている、請求項１９７～２０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項206】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項１９７～２０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項207】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、請求項２０６に記載の方法。
【請求項208】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、請求項２０７に記載の方法。
【請求項209】
前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、請求項２０８に記載の方法。
【請求項210】
ＭＨＣクラスＩＩの発現を低減する工程が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入する段階を含む、請求項１２７～２０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項211】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む、請求項２１０に記載の方法。
【請求項212】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む、請求項２１１に記載の方法。
【請求項213】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を低減する、請求項２１１または請求項２１２に記載の方法。
【請求項214】
１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、請求項２１１～２１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項215】
前記改変が、前記細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む、請求項２１１～２１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項216】
前記不活性化または前記破壊が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデル、または前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む、請求項２１４または請求項２１５に記載の方法。
【請求項217】
前記インデルが、フレームシフト変異である、請求項２１６に記載の方法。
【請求項218】
前記ＣＩＩＴＡ遺伝子がノックアウトされている、請求項２１１～２１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項219】
前記細胞が、ヒト細胞または動物細胞であり、任意選択で、前記動物細胞が、ブタ（ブタ類）細胞、ウシ（ウシ類）細胞、またはヒツジ（ヒツジ類）細胞である、請求項１２７～２１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項220】
前記操作された細胞が、ヒト細胞である、請求項１２７～２１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項221】
前記細胞が、ドナー対象から単離された初代細胞である、請求項１２７～２２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項222】
前記細胞が、多能性幹細胞であり、前記操作された細胞が、前記多能性幹細胞に由来する分化細胞であり、前記方法が、前記多能性幹細胞を分化させる工程をさらに含む、請求項１２７～２２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項223】
前記多能性幹細胞が、人工多能性幹細胞である、請求項２２２に記載の方法。
【請求項224】
前記操作された細胞が、島細胞、ベータ島細胞、膵島細胞、免疫細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、マクロファージ細胞、内皮細胞、筋細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、視細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、幹細胞、造血幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、間葉系幹細胞（ＭＳＣ）、胚性幹細胞（ＥＳＣ）、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び血液細胞からなる群から選択される、請求項１２７～２２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項225】
請求項１２７～２２４のいずれか一項に記載の方法に従って生産される、操作された細胞。
【請求項226】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害を回避することができる、請求項１～１２６及び２２５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項227】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される、請求項１～１２６及び２２５～２２６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項228】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する免疫応答を誘導しない、請求項１～１２６及び２２５～２２６のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項229】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する全身性炎症応答を誘導しない、請求項１～１２６及び２２５～２２８のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項230】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する局所炎症応答を誘導しない、請求項１～１２６及び２２５～２２９のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項231】
前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に補体経路活性化を誘導しない、請求項１～１２６及び２２５～２３０のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項232】
前記細胞が、患者への投与時に生着して機能する能力を保持する、請求項１～１２６及び２２５～２３１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項233】
請求項１～１２６及び２２５～２３２のいずれか一項に記載の操作された細胞を複数含む、細胞の集団。
【請求項234】
前記集団中の細胞の少なくとも約３０％が、請求項１～１２６のいずれか一項に記載の操作された細胞を含む、請求項２３３に記載の集団。
【請求項235】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含む、請求項２３３に記載の集団。
【請求項236】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項２３３または２３５に記載の集団。
【請求項237】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項２３３～２３６のいずれか一項に記載の集団。
【請求項238】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項２３３～２３７のいずれか一項に記載の集団。
【請求項239】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項２３３～２３８のいずれか一項に記載の集団。
【請求項240】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減された１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を含む、請求項２３３～２３９のいずれか一項に記載の集団。
【請求項241】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む、請求項２３３～２４０のいずれか一項に記載の集団。
【請求項242】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの発現を含む、請求項２３３～２４０のいずれか一項に記載の集団。
【請求項243】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む、請求項２３３～２４２のいずれか一項に記載の集団。
【請求項244】
前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む、請求項２３３～２４３のいずれか一項に記載の集団。
【請求項245】
請求項２３３～２４４のいずれか一項に記載の集団を含む、組成物。
【請求項246】
操作された細胞の集団を含む組成物であって、前記操作された細胞が、（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉ）ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び
（ｉｖ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む、前記組成物。
【請求項247】
前記操作された細胞が、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊をさらに含む、請求項２４６に記載の組成物。
【請求項248】
前記操作された細胞が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項２４６または２４７に記載の組成物。
【請求項249】
前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、請求項２４６～２４８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項250】
前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、請求項２４６～２４８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項251】
前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、請求項２４６～２４８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項252】
前記マルチシストロン性ベクターの前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、請求項２４８～２５１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項253】
前記導入遺伝子（複数可）が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によって標的ゲノム遺伝子座部位にて導入される、請求項２４８～２５２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項254】
前記不活性化または前記破壊が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、前記不活性化または前記破壊が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項２４６～２５２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項255】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、請求項２４５～２５４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項256】
前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択されるＣａｓヌクレアーゼによるものである、請求項２５５に記載の組成物。
【請求項257】
薬学的組成物である、請求項２４５～２５４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項258】
薬学的に許容される賦形剤を含む、請求項２５７に記載の組成物。
【請求項259】
凍結保護剤を含む無血清凍結保存培地中で製剤化されている、請求項２４５～２５４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項260】
前記凍結保護剤が、ＤＭＳＯであり、前記凍結保存培地が、５％～１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である、請求項２５９に記載の組成物。
【請求項261】
前記凍結保護剤が、１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）であるか、または約１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である、請求項２５９または２６０に記載の組成物。
【請求項262】
滅菌されている、請求項２４５～２６１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項263】
請求項２４５～２６１のいずれか一項に記載の組成物を含む、容器。
【請求項264】
滅菌バッグである、請求項２６３に記載の容器。
【請求項265】
前記バッグが、凍結保存対応バッグである、請求項２６４に記載の滅菌バッグ。
【請求項266】
その必要のある患者において疾患、病態、または細胞欠陥を処置する方法であって、前記患者に、有効量の請求項２３３～２４４のいずれか一項に記載の集団または請求項２４５～２６２のいずれか一項に記載の組成物を投与する工程を含む、前記方法。
【請求項267】
前記集団が、内皮細胞を含む、請求項２６６に記載の方法。
【請求項268】
前記病態または前記疾患が、糖尿病、がん、血管新生障害、眼疾患、甲状腺疾患、皮膚疾患、及び肝臓疾患からなる群から選択される、請求項２６６または請求項２６７に記載の方法。
【請求項269】
前記細胞欠陥が、糖尿病に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、糖尿病であり、任意選択で前記糖尿病が、Ｉ型糖尿病である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項270】
前記細胞の集団が、ベータ島細胞を含めた島細胞の集団である、請求項２６９に記載の方法。
【請求項271】
前記島細胞が、島前駆細胞、未成熟島細胞、及び成熟島細胞からなる群から選択される、請求項２７０に記載の方法。
【請求項272】
前記細胞欠陥が、血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、血管病態もしくは疾患である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項273】
前記細胞の集団が、内皮細胞の集団である、請求項２７２に記載の方法。
【請求項274】
前記細胞欠陥が、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、自己免疫性甲状腺炎である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項275】
前記細胞の集団が、甲状腺前駆細胞の集団である、請求項２７４に記載の方法。
【請求項276】
前記細胞欠陥が、肝臓疾患に関連するか、または前記疾患が、肝臓疾患である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項277】
前記肝臓疾患が、前記肝臓の肝硬変を含む、請求項２７６に記載の方法。
【請求項278】
前記細胞の集団が、肝細胞または肝前駆細胞の集団である、請求項２７６または２７７に記載の方法。
【請求項279】
前記細胞欠陥が、角膜疾患に関連するか、または前記疾患が、角膜疾患である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項280】
前記角膜疾患が、フックスジストロフィーまたは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである、請求項２７９に記載の方法。
【請求項281】
前記細胞の集団が、角膜内皮前駆細胞または角膜内皮細胞の集団である、請求項２７９または２８０に記載の方法。
【請求項282】
前記細胞欠陥が、腎臓疾患に関連するか、または前記疾患が、腎臓疾患である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項283】
前記細胞の集団が、腎前駆体細胞または腎細胞の集団である、請求項２８２に記載の方法。
【請求項284】
前記細胞欠陥が、がんに関連するか、または前記疾患が、がんである、請求項２６６に記載の方法。
【請求項285】
前記がんが、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される、請求項２８４に記載の方法。
【請求項286】
前記細胞の集団が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫＴ細胞の集団である、請求項２８４または２８５に記載の方法。
【請求項287】
前記細胞欠陥が、造血疾患もしくは障害に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、造血疾患もしくは障害である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項288】
前記造血疾患または障害が、骨髄異形成、再生不良性貧血、ファンコニ貧血、発作性夜間ヘモグロビン尿症、鎌状赤血球症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シャックマン・ダイアモンド障害、コストマン症候群、慢性肉芽腫性疾患、副腎白質ジストロフィー、白血球接着不全症、血友病、サラセミア、ベータサラセミア、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性（骨髄性）白血病（ＡＭＬ）、成人リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ－ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、若年性慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、及び若年性骨髄単球性白血病（ＪＭＭＬ）等の白血病、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、慢性肉芽腫性疾患、チェディアック・東症候群、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、またはＡＩＤＳである、請求項２８７に記載の方法。
【請求項289】
前記細胞欠陥が、白血病もしくは骨髄腫に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、白血病もしくは骨髄腫である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項290】
前記細胞欠陥が、自己免疫疾患もしくは病態に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、自己免疫疾患または病態である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項291】
前記自己免疫疾患または病態が、急性散在性脳脊髄炎、急性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、抗合成酵素症候群、アトピー性アレルギー、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性心筋症、自己免疫性腸疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ球増殖性症候群、自己免疫性末梢性ニューロパチー、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、バロー病、バロー同心円硬化症、ベーチェット症候群、バージャー病、ビッカースタッフ型脳炎、ブラウ症候群、水疱性類天疱瘡、がん、キャッスルマン病、セリアック病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、慢性再発性多巣性骨髄炎、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、寒冷凝集素症、補体第２成分欠損症、頭蓋動脈炎、ＣＲＥＳＴ症候群、クローン病、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、デゴス病、ダーカム病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、１型真性糖尿病、びまん皮膚硬化型全身性強皮症、ドレスラー症候群、円板状エリテマトーデス、湿疹、付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、好酸球性胃腸炎、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、本態性混合型クリオグロブリン血症、エバンス症候群、進行性骨化性線維異形成症、線維化性肺胞炎、胃炎、胃腸類天疱瘡、巨細胞性動脈炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、橋本脳症、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性炎症性脱髄性疾患、特発性肺線維症、特発性血小板減少性紫斑病、ＩｇＡ腎症、封入体筋炎、炎症性脱髄性多発ニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性特発性関節炎、若年性関節リウマチ、川崎病、ランバート・イートン筋無力症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ルー・ゲーリッグ病、ルポイド肝炎、エリテマトーデス、マジード症候群、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、ミラー・フィッシャー症候群、混合性結合組織病、斑状強皮症、ムッカ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、眼型瘢痕性類天疱瘡、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、オルド甲状腺炎、回帰性リウマチ、腫瘍随伴性小脳変性症、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリーロンバーグ症候群、パーソネイジ・ターナー症候群、扁平部炎、天疱瘡、尋常性天疱瘡、悪性貧血、静脈周囲性脳脊髄炎、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発性動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、進行性炎症ニューロパチー、乾癬、乾癬性関節炎、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、ラスムッセン脳炎、レイノー現象、再発性多発軟骨炎、ライター症候群、レストレスレッグス症候群、後腹膜線維症、関節リウマチ、リウマチ熱、サルコイドーシス、シュミット症候群、シュニッツラー症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、脊椎関節症、スティル病、スティッフパーソン症候群、亜急性細菌性心内膜炎、スザック症候群、スイート症候群、シデナム舞踏病、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎、トロサ・ハント症候群、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、分類不能結合組織病、分類不能脊椎関節症、血管炎、白斑、またはウェゲナー肉芽腫症である、請求項２９０に記載の方法。
【請求項292】
前記細胞の集団が、造血幹細胞（ＨＳＣ）及び／またはその派生物を含む集団である、請求項２８７～２９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項293】
前記細胞欠陥が、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、神経変性疾患もしくは病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、脳卒中後の神経精神障害、もしくは筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、神経変性疾患もしくは病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、脳卒中後の神経精神障害、もしくは筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、請求項２６６に記載の方法。
【請求項294】
前記細胞の集団が、神経細胞及び／またはグリア細胞を含む集団である、請求項２９３に記載の方法。
【請求項295】
前記細胞が、投与前に増殖させられ、凍結保存される、請求項２６６～２９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項296】
前記集団を投与する工程が、前記集団の静脈内注射、筋肉内注射、血管内注射、または移植を含む、請求項２６６～２９５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項297】
前記集団が、血管内注射または筋肉内注射を介して移植される、請求項２９６に記載の方法。
【請求項298】
前記集団がドナー対象に由来し、前記ドナーのＨＬＡ型が、前記患者のＨＬＡ型と一致しない、請求項２２６～２９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項299】
前記集団がドナーに由来し、前記ドナーの血液型が、前記患者の血液型と一致せず、前記ドナーの血液型がＯ型でない、請求項２２６～２９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項300】
前記集団がドナーに由来し、前記ドナーの血液型がアカゲザル因子（Ｒｈ）陽性であり、前記患者の血液型がＲｈ陰性である、請求項２２６～２９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項301】
前記患者の血清が、Ｒｈに対する抗体を含む、請求項２２６～３００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項302】
前記集団がヒト細胞集団であり、前記患者がヒト患者である、請求項２２６～３０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項303】
前記細胞の集団が、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む、請求項２２６～３０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項304】
前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ａ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ａ抗体を含む、請求項３０３に記載の方法。
【請求項305】
前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ｂ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ｂ抗体を含む、請求項３０３に記載の方法。
【請求項306】
前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ａ型抗原及びＢ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ａ抗体及び／または抗Ｂ抗体を含む、請求項３０３に記載の方法。
【請求項307】
前記細胞の集団が、Ｒｈ因子を発現し、前記患者の血清が、抗Ｒｈ抗体を含む、請求項２６６～３０６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項308】
疾患、病態、または細胞欠陥を処置するために患者に投与するための操作された細胞の集団を含む細胞療法を選択する方法であって、前記方法が、
前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含み、
前記１セットの集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットを含み、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変をさらに含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
前記方法。
【請求項309】
その必要のある患者において疾患、病態、または細胞欠陥を処置する方法であって、前記患者に、有効量の操作された細胞の集団を投与する工程を含み、前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含む方法によって、前記患者が、処置に対する選択を受け、
前記１セットの操作された細胞の集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者に前記第１の操作された細胞の集団を投与する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者に前記第２の操作された細胞の集団を投与する工程を含む、前記方法。
【請求項310】
前記低免疫原性改変の基本セットが、（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、ならびに（ｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含み、（ｉ）の前記増加した発現及び（ｉｉ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項３０８または請求項３０９に記載の方法。
【請求項311】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項３１０に記載の方法。
【請求項312】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－ＥまたはＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項３１１に記載の方法。
【請求項313】
前記低免疫原性改変の基本セットが、ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる改変を含み、前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、請求項３０８または請求項３０９に記載の方法。
【請求項314】
前記第２の操作された細胞の集団が、請求項１～１２６及び２２５～２３２のいずれか一項に記載の操作された細胞を含む集団であるか、または請求項２３３～２４４のいずれか一項に記載の操作された細胞の集団である、請求項３０８～３１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項315】
前記１セットの細胞の集団の、前記第１の操作された細胞の集団及び前記第２の操作された細胞の集団が、同じドナーに由来するか、または
同じ複数のドナーである１よりも多くの前記ドナーからプールされた細胞に由来する、
請求項３０８～３１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項316】
前記１セットの細胞の集団の、前記第１の操作された細胞の集団及び前記第２の操作された細胞の集団が、同じＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型のものである、請求項３０８～３１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項317】
前記患者の血液型が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する前記工程が、前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、
前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、及び／または
前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陽性もしくは陰性のどちらであるかを決定する段階
を含む、請求項３０８～３１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項318】
前記患者の血液型が、前記１セットの操作された細胞の集団の前記ＡＢＯ式血液型及び前記Ｒｈ因子型との血液型適合性を有すると決定され、（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、かつＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まない場合、及び前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ｂであり、かつＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ａであり、かつ前記細胞がＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含む場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ｏの細胞である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏの細胞であり、かつＲｈ因子陰性またはＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｅ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
請求項３０８～３１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項319】
前記患者の血液型が、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子不適合を有し、（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＡまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＢまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、またはＡＢＯ式血液型ＡＢであり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
請求項３０８～３１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項320】
１つまたは複数の免疫抑制剤を前記患者に投与する工程をさらに含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項321】
前記患者が、１つまたは複数の免疫抑制剤を投与されている、請求項２２６～３０７及び３０９～３１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項322】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、低分子または抗体である、請求項３２０または３２１に記載の方法。
【請求項323】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、コルチコステロイド、プレドニゾン、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナル、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスパガリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン（チモシン－α）、及び免疫抑制抗体からなる群から選択される、請求項３２０～３２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項324】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロスポリンを含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項325】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチルを含む、請求項３２０～３２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項326】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、コルチコステロイドを含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項327】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロホスファミドを含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項328】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、ラパマイシンを含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項329】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、タクロリムス（ＦＫ－５０６）を含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項330】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、抗胸腺細胞グロブリンを含む、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項331】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、１つまたは複数の免疫調節剤である、請求項３２０～３２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項332】
前記１つまたは複数の免疫調節剤が、低分子または抗体である、請求項３３１に記載の方法。
【請求項333】
前記抗体が、ＩＬ－２受容体のｐ７５、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－アルファ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ５８からなる群から選択される受容体またはリガンド、およびそれらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体、のうちの１つまたは複数に結合する、請求項３２２または請求項３３２に記載の方法。
【請求項334】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項335】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項336】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項337】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項338】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項339】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目の投与と同じ日に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項340】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項341】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項342】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項343】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項344】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項345】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項346】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に前記患者に投与されるか、または投与されている、請求項３２０～３３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項347】
前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の前記改変を含まない免疫原性細胞の免疫拒絶反応を低減するために投与される１つまたは複数の免疫抑制剤の投薬量と比較してより低い投薬量で投与される、請求項３２０～３４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項348】
前記操作された細胞が、前記操作された細胞の制御された殺傷が可能である、請求項２２６～３０７及び３０９～３４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項349】
前記操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチを含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項350】
薬物もしくはプロドラッグの存在下で、または選択的な外因性化合物による作動時に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導する、請求項３４９に記載の方法。
【請求項351】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、前記操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる誘導性タンパク質である、請求項３４９または請求項３５０に記載の方法。
【請求項352】
前記操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる前記誘導性タンパク質が、カスパーゼタンパク質である、請求項３５１に記載の方法。
【請求項353】
前記カスパーゼタンパク質が、カスパーゼ９である、請求項３５２に記載の方法。
【請求項354】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、請求項３４９～３５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項355】
前記患者への前記１つまたは複数の免疫抑制剤の前記投与後に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、請求項３４９～３５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項356】
前記患者への前記１つまたは複数の免疫抑制剤の前記投与前に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、請求項３４９～３５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項357】
前記患者への前記操作された細胞の前記投与後に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、請求項３４９～３５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項358】
前記患者に細胞傷害事象または他のマイナスの結果が生じた場合に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、請求項３４９～３５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項359】
前記操作された細胞の集団の操作された細胞の枯渇を可能にする剤を投与する工程を含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項360】
前記操作された細胞の枯渇を可能にする前記剤が、前記操作された細胞の前記表面上に発現したタンパク質を認識する抗体である、請求項３５９に記載の方法。
【請求項361】
前記抗体が、ＣＣＲ４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＥＧＦＲ、ＧＤ２、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、ＰＳＭＡ、及びＲＱＲ８を認識する抗体からなる群から選択される、請求項３６０に記載の方法。
【請求項362】
前記抗体が、モガムリズマブ、ＡＦＭ１３、ＭＯＲ２０８、オビヌツズマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、リツキシマブ、リツキシマブ－ＲＩＩｂ、トムゾツキシマブ、ＲＯ５０８３９４５（ＧＡ２０１）、セツキシマブ、Ｈｕｌ４．１８Ｋ３２２Ａ、Ｈｕｌ４．１８－ＩＬ２、Ｈｕ３Ｆ８、ジニツキシマブ（ｄｉｎｉｔｕｘｉｍａｂ）、ｃ．６０Ｃ３－ＲＩＩｃ、及びそれらのバイオ後続品からなる群から選択される、請求項３６０または請求項３６１に記載の方法。
【請求項363】
前記操作された細胞の前記表面上の前記１つまたは複数の寛容原性因子を認識する剤を投与する工程を含む、請求項２２６～３０７、３０９～３４９、及び３５９～３６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項364】
前記操作された細胞が、前記１つまたは複数の寛容原性因子を発現するように操作される、請求項３６３に記載の方法。
【請求項365】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、請求項３１０～３６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項366】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、請求項３６５に記載の方法。
【請求項367】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、請求項３１０～３６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項368】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、請求項３１０～３６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項369】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、請求項３１０～３６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項370】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、請求項３１０～３６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項371】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、請求項３１０～３７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項372】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、請求項３１０～３７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項373】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、請求項３１０～３７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項374】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、請求項３１０～３７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項375】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項３１０～３７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項376】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、請求項３１０～３７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項377】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項３１０～３７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項378】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項３１０～３７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項379】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、請求項３１０～３７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項380】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、請求項３１０～３７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項381】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、請求項３１０～３８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項382】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、請求項３１０～３８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項383】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、請求項３１０～３８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項384】
１つまたは複数の追加の治療剤を前記患者に投与する工程をさらに含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項385】
前記患者が、１つまたは複数の追加の治療剤を投与されている、請求項２２６～３０７及び３０９～３８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項386】
前記方法の治療有効性を監視する工程をさらに含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項387】
前記方法の予防有効性を監視する工程をさらに含む、請求項２２６～３０７及び３０９～３８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項388】
１つまたは複数の疾患症状の所望の抑制が起こるまで繰り返される、請求項３８６または請求項３８７に記載の方法。
【請求項389】
自殺遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１～１２６及び２２５～２３２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項390】
自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１～１２６及び２２５～２３２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項391】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、請求項３８９または請求項３９０に記載の操作された細胞。
【請求項392】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項３８９～３９１のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項393】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記１つまたは複数の寛容原性因子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項３８９～３９２のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項394】
前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、請求項３９２または請求項３９３に記載の操作された細胞。
【請求項395】
前記バイシストロン性カセットが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項３９４に記載の操作された細胞。
【請求項396】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、請求項３８９～３９５のいずれか一項に記載の操作された細胞。
【請求項397】
前記操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項１２７～２２４及び２６６～３８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項398】
前記自殺遺伝子が、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、請求項３９７に記載の方法。
【請求項399】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項３９７または請求項３９８に記載の方法。
【請求項400】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記１つまたは複数の寛容原性因子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項３９７～３９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項401】
前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれる、請求項３９９または請求項４００に記載の方法。
【請求項402】
前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれる、請求項３９９または請求項４００に記載の方法。
【請求項403】
前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、請求項３９７～４０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項404】
前記操作された細胞の集団の操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、請求項２４５～２６２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項405】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、請求項４０４に記載の組成物。
【請求項406】
前記自殺遺伝子、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の集団の前記操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項４０４または請求項４０５に記載の組成物。
【請求項407】
前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記外因性ＣＤ４７が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、請求項４０４～４０６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項408】
前記バイシストロン性カセットが、前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記操作された細胞の集団の操作された細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、請求項４０６または請求項４０７に記載の組成物。
【請求項409】
前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の集団の操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、請求項４０６または請求項４０７に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本願は、２０２１年８月１１日に出願された米国仮特許出願第６３／２３２，１６４号、及び２０２２年６月１７日に出願された米国仮特許出願第６３／３５３，５３８号に対する優先権を主張するものであり、同文献の各々の内容は参照によりそれらの全体があらゆる目的で本明細書に援用される。
本願は、２０２１年８月１１日に出願された米国仮特許出願第６３／２３２，１６４号、及び２０２２年６月１７日に出願された米国仮特許出願第６３／３５３，５３８号に対する優先権を主張するものであり、同文献の各々の内容は参照によりそれらの全体があらゆる目的で本明細書に援用される。
【0002】
電子形式の配列表への参照
電子形式の配列表（１８６１５２００５２４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｘｍｌ、サイズ：４１，５６７バイト、及び作成日：２０２２年８月８日）の内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
電子形式の配列表（１８６１５２００５２４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｘｍｌ、サイズ：４１，５６７バイト、及び作成日：２０２２年８月８日）の内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0003】
分野
ある特定の態様では、本開示は、同種異系細胞療法において使用するための、遺伝子改変等の１つまたは複数の改変を含有する操作された細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、低免疫原性細胞である。
ある特定の態様では、本開示は、同種異系細胞療法において使用するための、遺伝子改変等の１つまたは複数の改変を含有する操作された細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、低免疫原性細胞である。
【発明の概要】
【0004】
概要
ドナー同種異系抗原に対するレシピエントの感作は、細胞療法を含めた臨床移植療法が直面している問題である。例えば、移植レシピエントの免疫系が同種異系材料を拒絶する傾向が、移植療法の潜在的な有効性を大幅に低減し、かかる治療に関連する考えられるプラスの効果を減弱させる。多数の障害及び病態の処置のための改善された同種異系細胞に対する必要性が残っている。したがって、レシピエントの免疫系による検出を避ける同種異系細胞ベースの治療法を生み出すための新規のアプローチ、組成物、及び方法に対する必要性が残っている。
ドナー同種異系抗原に対するレシピエントの感作は、細胞療法を含めた臨床移植療法が直面している問題である。例えば、移植レシピエントの免疫系が同種異系材料を拒絶する傾向が、移植療法の潜在的な有効性を大幅に低減し、かかる治療に関連する考えられるプラスの効果を減弱させる。多数の障害及び病態の処置のための改善された同種異系細胞に対する必要性が残っている。したがって、レシピエントの免疫系による検出を避ける同種異系細胞ベースの治療法を生み出すための新規のアプローチ、組成物、及び方法に対する必要性が残っている。
【0005】
いくつかの態様では、
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｖ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含む、操作された細胞が本明細書で提供され、ここで、（ｉ）、（ｉｉ）、及び（ｉｉｉ）の増加した発現ならびに（ｉｖ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｖ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含む、操作された細胞が本明細書で提供され、ここで、（ｉ）、（ｉｉ）、及び（ｉｉｉ）の増加した発現ならびに（ｉｖ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
【0006】
いくつかの実施形態では、（ｉｖ）における改変は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する。いくつかの実施形態では、（ｉｖ）における改変は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する。
【0007】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
【0008】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＰＤ－Ｌ１である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＨＬＡ－Ｅである。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＨＬＡ－Ｇである。
【0009】
いずれかの実施形態のうちのいくつかでは、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７；ＨＬＡ－Ｅ；ＣＤ２４；ＰＤ－Ｌ１；ＣＤ５５；ＣＲ１；ＭＡＮＦ；Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３；ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７；ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、及びそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤ－Ｌ１、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＣＤ５５、及びＣＲ１、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ５５、及びＣＲ１、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ５５、及びＣＲ１、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１；ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰ、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦ、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦ、ならびにそれらの任意の組み合わせ；ならびにＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
【0010】
いずれかの実施形態のうちのいくつかでは、改変は、ＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩの発現を低減する；ＣＤ４７、ならびに任意選択でＣＤ２４及びＰＤ－Ｌ１の発現を増加させる；ならびにＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１の発現を増加させる、改変、から選択される。
【0011】
いずれかの実施形態のうちのいくつかでは、改変は、ＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する；ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる；ＰＤ－Ｌ１及びＨＬＡ－Ｅの発現を増加させる；ならびに任意選択でＡ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＸＮＩＰ、及びＭＡＮＦのうちの１つまたは複数の発現を増加させる、改変、から選択される。
【0012】
いずれかの実施形態のうちのいくつかでは、改変は、ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる；ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる、改変、から選択される。
【0013】
いくつかの実施形態では、改変は、ＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩの発現を低減する；ならびにＣＤ４７の発現を増加させる、改変、から選択される。
【0014】
いくつかの実施形態では、上記の改変のうちのいずれも、提供される操作された細胞において、該細胞における遺伝子の発現を増加または減少させる１つまたは複数の追加の編集とともに存在する。いくつかの実施形態では、さらなる改変のうちのいずれか１つまたは複数は、Ｂ２Ｍ、ＴＡＰ Ｉ、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＩＲＦ１、ＭＩＣ－Ａ、ＭＩＣ－Ｂの発現を低減する、例えば、発現を破壊、不活性化、またはノックアウトする改変であり得る。いくつかの実施形態では、さらなる改変のうちのいずれか１つまたは複数は、酸化ストレスもしくはＥＲストレスに関与するタンパク質、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＣＤ１４２、ＡＢＯ、ＣＤ３８、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、及び／またはＲＨＤの発現を低減する改変であり得る。いくつかの実施形態では、酸化ストレスまたはＥＲストレスに関与するタンパク質には、チオレドキシン相互作用タンパク質（ＴＸＮＩＰ）、ＰＫＲ様ＥＲキナーゼ（ＰＥＲＫ）、イノシトール要求性酵素１α（ＩＲＥ１α）、及びＤＪ－１（ＰＡＲＫ７）が含まれる。
【0015】
いくつかの態様では、
（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、改変
を含む、操作された細胞が本明細書で提供され、ここで、増加した発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５の発現を増加させる改変をさらに含み、ここで、ＣＤ５５の増加した発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、改変
を含む、操作された細胞が本明細書で提供され、ここで、増加した発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５の発現を増加させる改変をさらに含み、ここで、ＣＤ５５の増加した発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
【0016】
いくつかの実施形態では、発現を増加させる改変（複数可）は、増加した表面発現を含み、及び／または発現を低減する改変は、低減された表面発現を含む。場合によっては、低減された表面発現は、検出可能な表面発現を何ら含まない。
【0017】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６の発現を増加させ、かつＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0018】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５の発現を増加させる改変は、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0019】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号３に記載の配列をコードする。
【0020】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号５に記載の配列をコードする。
【0021】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号８に記載の配列をコードする。
【0022】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは各々、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0023】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0024】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７の発現を増加させる改変は、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、かつ操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号１に記載の配列をコードする。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0025】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。
１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。
【0026】
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。
【0027】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。
【0028】
いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。
【0029】
いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0030】
いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、第１の導入遺伝子であり、操作された細胞は、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む。
【0031】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子を含み、
ここで、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子は各々、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子は、モノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである。
ここで、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子は各々、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子は、モノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである。
【0032】
いくつかの実施形態では、プロモーターは、構成的プロモーターである。
【0033】
いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーターからなる群から選択される。
【0034】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0035】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0036】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0037】
いくつかの実施形態では、組み込みは、操作された細胞のゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入による。いくつかの実施形態では、組み込みは、細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものである。
【0038】
いくつかの実施形態では、標的ゲノム遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座である。
【0039】
いくつかの実施形態では、標的ゲノム遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される。
【0040】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、第１の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれ、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、第２の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれ、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、第３の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれる。
【0041】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、第４の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれる。
【0042】
いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、及び第３の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つは、同じ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、第３の標的ゲノム遺伝子座、及び第４の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つは、同じ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、及び第３の標的ゲノム遺伝子座は、同じ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、第３の標的ゲノム遺伝子座、及び第４の標的ゲノム遺伝子座は、同じ遺伝子座である。
【0043】
いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、及び第３の標的ゲノム遺伝子座の各々は、異なる遺伝子座である。いくつかの実施形態では、第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、第３の標的ゲノム遺伝子座、及び第４の標的ゲノム遺伝子座は、異なる遺伝子座である。
【0044】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する改変は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を排除する。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、不活性化または破壊は、Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデルを含む。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0045】
いくつかの実施形態では、改変は、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、該Ｃａｓは、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である。
【0046】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する改変は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を排除する。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。
【0047】
いくつかの実施形態では、改変は、細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、不活性化または破壊は、ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデルを含む。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0048】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ヒト細胞または動物細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ヒト細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ブタ（ブタ類）細胞、ウシ（ウシ類）細胞、またはヒツジ（ヒツジ類）細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。
【0049】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ドナー対象から単離された初代細胞である。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、健常であるか、または個々のドナーからドナー試料が入手される時点で疾患もしくは病態を有することが疑われない。
【0050】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ベータ島細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、網膜色素上皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、及び血液細胞から選択される。
【0051】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、内皮細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、上皮細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＮＫ細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。
【0052】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、多能性幹細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、人工多能性幹細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、胚性幹細胞である。
【0053】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＡＢＯ式血液型Ｏである。いくつかの実施形態では、該細胞は、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、アカゲザル因子陰性（Ｒｈ－）である。いくつかの実施形態では、該細胞は、アカゲザル因子陽性（Ｒｈ＋）である。
【0054】
いくつかの態様では、操作された細胞を生成する方法が本明細書で提供され、該方法は、ａ．細胞における１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除することと、ｂ．細胞における寛容原性因子の発現を増加させることと、ｃ．細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させることと、ｄ．細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させることとを含む。
【0055】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
【0056】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＰＤ－Ｌ１である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＨＬＡ－Ｅである。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子のうちの少なくとも１つは、ＨＬＡ－Ｇである。いくつかの実施形態では、該方法は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除することを含む。
【0057】
いくつかの態様では、操作された細胞を生成する方法が本明細書で提供され、該方法は、ａ．細胞におけるＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させることと、ｂ．細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させることと、ｃ．細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させることとを含む。
【0058】
いくつかの実施形態では、該方法は、細胞におけるＣＤ５５の発現を増加させることをさらに含む。
【0059】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、低減された発現は、低減された表面発現を含み、及び／または増加した発現は、増加した表面発現を含む。いくつかの実施形態では、低減された表面発現は、検出可能な表面発現を何ら含まない。
【0060】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させることは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを細胞に導入することを含む。
【0061】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ５５の発現を増加させることは、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを細胞に導入することを含む。
【0062】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号３に記載の配列をコードする。
【0063】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号５に記載の配列をコードする。
【0064】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、補体阻害活性を示す。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号８に記載の配列をコードする。
【0065】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは各々、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0066】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0067】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４７の発現を増加させる改変は、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、かつ操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、配列番号１に記載の配列をコードする。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0068】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクターを、導入すること
を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクターを、導入すること
を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。
【0069】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドは、同じプロモーターに作動可能に連結されている。
【0070】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0071】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む。
【0072】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0073】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0074】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞のゲノム内に組み込まれる。
【0075】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、組み込みは、操作された細胞のゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入による。いくつかの実施形態では、組み込みは、細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものであり、任意選択で、該標的化挿入は、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。
【0076】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、標的ゲノム遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座である。
【0077】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、標的ゲノム遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される。
【0078】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、該Ｃａｓは、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、標的ゲノム遺伝子座の標的配列に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ならびにＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び／またはＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む相同性指向修復鋳型を含む。
【0079】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である。
【0080】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減することは、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入することを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を低減する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、不活性化または破壊は、Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデル、またはＢ２Ｍ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む。いくつかの実施形態では、インデルは、フレームシフト変異である。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0081】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、該Ｃａｓは、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される。操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせは、ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である。
【0082】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減することは、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入することを含む。
【0083】
操作された細胞を生産する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を低減する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、不活性化または破壊は、ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデル、またはＣＩＩＴＡ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む。いくつかの実施形態では、インデルは、フレームシフト変異である。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0084】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、該細胞は、ヒト細胞または動物細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ヒト細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ドナー対象から単離された初代細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、多能性幹細胞であり、ここで、操作された細胞は、多能性幹細胞に由来する分化細胞であり、該方法は、多能性幹細胞を分化させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞は、人工多能性幹細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ベータ島細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、網膜色素上皮細胞、視細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、及び血液細胞から選択される。
【0085】
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法のうちのいずれかに従って生成される、操作された細胞が本明細書で提供される。
【0086】
いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害を回避することができる。いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される。
【0087】
いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時に該細胞に対する免疫応答を誘導しない。いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時に該細胞に対する全身性炎症応答を誘導しない。いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時に該細胞に対する局所炎症応答を誘導しない。
【0088】
いくつかの実施形態では、操作された細胞、または操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞は、患者への投与時に補体経路活性化を誘導しない。
【0089】
いくつかの実施形態では、該細胞は、患者への投与時に生着して機能する能力を保持する。
【0090】
いくつかの態様では、本明細書に記載の操作された細胞のうちのいずれかを複数含む、操作された細胞の集団が本明細書で提供される。
【0091】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、改変を含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0092】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0093】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0094】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0095】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、改変を含まない細胞と比べて低減された１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を含む。
【0096】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの発現を含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む。
【0097】
いくつかの態様では、本明細書に記載の操作された細胞のうちのいずれかの集団を含む組成物が本明細書で提供される。
【0098】
操作された細胞の集団を含む組成物のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉ）ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び
（ｉｖ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉ）ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び
（ｉｖ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。
【0099】
該組成物のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊をさらに含む。
【0100】
該組成物のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。
【0101】
該組成物のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。
【0102】
該組成物のいくつかの実施形態では、マルチシストロン性ベクターのポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。該組成物のいくつかの実施形態では、導入遺伝子（複数可）は、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によって標的ゲノム遺伝子座部位にて導入される。いくつかの実施形態では、不活性化または破壊は、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集は、標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、該Ｃａｓは、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される。
【0103】
該組成物のいくつかの実施形態では、該組成物は、薬学的組成物である。いくつかの実施形態では、該組成物は、薬学的に許容される賦形剤を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は、生理食塩水等の緩衝液である。
【0104】
該組成物のいくつかの実施形態では、該組成物は、凍結保護剤を含む無血清凍結保存培地中で製剤化される。いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、ＤＭＳＯであり、凍結保存培地は、５％～１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）であるか、または約１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。
【0105】
本明細書で提供される組成物のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、該組成物は、滅菌組成物である。
【0106】
本明細書で提供される組成物のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、該組成物は、容器に含まれる。
【0107】
いくつかの実施形態では、容器は、本明細書に記載の組成物のうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、容器は、滅菌バッグである。いくつかの実施形態では、バッグは、凍結保存対応バッグである。
【0108】
いくつかの態様では、その必要のある患者において疾患、病態、または細胞」を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、患者に、有効量の本明細書に記載の集団または組成物を投与することを含む。
【0109】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団は、内皮細胞を含む。
【0110】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、病態または疾患は、糖尿病、がん、血管新生障害、眼疾患、甲状腺疾患、皮膚疾患、及び肝臓疾患からなる群から選択される。
【0111】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、糖尿病に関連するか、または細胞療法は、糖尿病の処置のためのものであり、任意選択で糖尿病は、Ｉ型糖尿病である。
【0112】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞の集団は、ベータ島細胞を含めた島細胞の集団である。いくつかの実施形態では、島細胞は、島前駆細胞、未成熟島細胞、及び成熟島細胞からなる群から選択される。
【0113】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、血管病態もしくは疾患に関連するか、または細胞療法は、血管病態または疾患の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、内皮細胞の集団である。
【0114】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または細胞療法は、自己免疫性甲状腺炎の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、甲状腺前駆細胞の集団である。
【0115】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、肝臓疾患に関連するか、または細胞療法は、肝臓疾患の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、肝臓疾患は、肝硬変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、肝細胞または肝前駆細胞の集団である。
【0116】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、角膜疾患に関連するか、または細胞療法は、角膜疾患の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、角膜疾患は、フックスジストロフィーもしくは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、角膜内皮前駆細胞もしくは角膜内皮細胞の集団である。
【0117】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞欠陥は、腎臓疾患に関連するか、または細胞療法は、腎臓疾患の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、腎前駆体細胞もしくは腎細胞の集団である。
【0118】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞療法は、がんの処置のためのものである。いくつかの実施形態では、がんは、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される。
【0119】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞の集団は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞の集団である。
【0120】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該細胞は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
【0121】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団を投与することは、該集団の静脈内注射、筋肉内注射、血管内注射、または移植を含む。疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団は、血管内注射または筋肉内注射を介して移植される。
【0122】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団はドナー対象に由来し、ここで、ドナーのＨＬＡ型は、患者のＨＬＡ型と一致しない。
【0123】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団はドナーに由来し、ここで、ドナーの血液型は、患者の血液型と一致せず、ドナーの血液型はＯ型でない。いくつかの実施形態では、該集団はドナーに由来し、ここで、ドナーの血液型はアカゲザル因子（Ｒｈ）陽性であり、患者の血液型はＲｈ陰性である。いくつかの実施形態では、患者の血清は、Ｒｈに対する抗体を含む。
【0124】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該集団は、ヒト細胞集団であり、患者は、ヒト患者である。
【0125】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、細胞の集団は、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、ＡＢＯ Ａ型抗原を提示し、患者の血清は、抗Ａ抗体を含む。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、ＡＢＯ Ｂ型抗原を提示し、患者の血清は、抗Ｂ抗体を含む。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、ＡＢＯ Ａ型抗原及びＢ型抗原を提示し、患者の血清は、抗Ａ抗体及び／または抗Ｂ抗体を含む。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、Ｒｈ因子を発現し、患者の血清は、抗Ｒｈ抗体を含む。
【0126】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、１つまたは複数の免疫抑制剤を患者に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の免疫抑制剤を投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、低分子または抗体である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、コルチコステロイド、プレドニゾン、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナル、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスパガリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン（チモシン－α）、及び免疫抑制抗体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、シクロスポリンを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、ミコフェノール酸モフェチルを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、コルチコステロイドを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、シクロホスファミドを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、ラパマイシンを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、タクロリムス（ＦＫ－５０６）を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、抗胸腺細胞グロブリンを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、１つまたは複数の免疫調節剤である。
【0127】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫調節剤は、低分子または抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＩＬ－２受容体のｐ７５、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－アルファ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ５８からなる群から選択される受容体またはリガンド、およびそれらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体、のうちの１つまたは複数に結合する。
【0128】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目の投与と同じ日に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の投与後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に患者に投与されるか、または投与されている。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の免疫抑制剤は、操作された細胞の改変を含まない免疫原性細胞の免疫拒絶反応を低減するために投与される１つまたは複数の免疫抑制剤の投薬量と比較してより低い投薬量で投与される。
【0129】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、操作された細胞の制御された殺傷が可能である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、自殺遺伝子または自殺スイッチを含む。いくつかの実施形態では、薬物もしくはプロドラッグの存在下で、または選択的な外因性化合物による作動時に、自殺遺伝子または自殺スイッチは、制御された細胞死を誘導する。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチは、操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる誘導性タンパク質である。いくつかの実施形態では、操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる誘導性タンパク質は、カスパーゼタンパク質である。いくつかの実施形態では、カスパーゼタンパク質は、カスパーゼ９である。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチは、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、患者への１つまたは複数の免疫抑制剤の投与後に、自殺遺伝子または自殺スイッチは、制御された細胞死を誘導するために作動される。いくつかの実施形態では、患者への１つまたは複数の免疫抑制剤の投与前に、自殺遺伝子または自殺スイッチは、制御された細胞死を誘導するために作動される。いくつかの実施形態では、患者への操作された細胞の投与後に、自殺遺伝子または自殺スイッチは、制御された細胞死を誘導するために作動される。いくつかの実施形態では、患者に細胞傷害事象または他のマイナスの結果が生じた場合に、自殺遺伝子または自殺スイッチは、制御された細胞死を誘導するために作動される。
【0130】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、操作された細胞の集団の操作された細胞の枯渇を可能にする剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞の枯渇を可能にする剤は、操作された細胞の表面上に発現したタンパク質を認識する抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＣＣＲ４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＥＧＦＲ、ＧＤ２、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、ＰＳＭＡ、及びＲＱＲ８を認識する抗体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、モガムリズマブ、ＡＦＭ１３、ＭＯＲ２０８、オビヌツズマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、リツキシマブ、リツキシマブ－ＲＩＩｂ、トムゾツキシマブ、ＲＯ５０８３９４５（ＧＡ２０１）、セツキシマブ、Ｈｕｌ４．１８Ｋ３２２Ａ、Ｈｕｌ４．１８－ＩＬ２、Ｈｕ３Ｆ８、ジニツキシマブ（ｄｉｎｉｔｕｘｉｍａｂ）、ｃ．６０Ｃ３－ＲＩＩｃ、及びそれらのバイオ後続品からなる群から選択される。
【0131】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、操作された細胞の表面上の１つまたは複数の寛容原性因子を認識する剤を投与することを含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１つまたは複数の寛容原性因子を発現するように操作される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。
【0132】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、１つまたは複数の追加の治療剤を患者に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の追加の治療剤を投与されている。
【0133】
疾患を処置する方法のいくつかの実施形態では、該方法は、該方法の治療有効性を監視することをさらに含む。いくつかの実施形態では、該方法は、該方法の予防有効性を監視することをさらに含む。いくつかの実施形態では、該方法は、１つまたは複数の疾患症状の所望の抑制が起こるまで繰り返される。
【0134】
操作された細胞のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチは、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチ、及び自殺遺伝子または安全スイッチに関連する遺伝子は、操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチ、及び１つもしくは複数の寛容原性因子は、操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、操作された細胞のゲノム内への非標的化挿入によって、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入によって、組み込まれる。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、該標的化挿入は、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。
【0135】
操作された細胞を生成する方法のいくつかの実施形態では、操作された細胞は、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子は、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチ、及び自殺遺伝子または安全スイッチに関連する遺伝子は、操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチ、及び１つもしくは複数の寛容原性因子は、操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、操作された細胞のゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれる。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。
【0136】
操作された細胞の組成物のいくつかの実施形態では、操作された細胞の集団の操作された細胞は、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチは、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子、及び自殺遺伝子または安全スイッチに関連する遺伝子は、操作された細胞の集団の操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子または自殺スイッチ、及び外因性ＣＤ４７は、操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、ゲノム内への非標的化挿入によって、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した操作された細胞の集団の操作された細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入によって、組み込まれる。いくつかの実施形態では、バイシストロン性カセットは、操作された細胞の集団の操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、該標的化挿入は、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである。
【図面の簡単な説明】
【0137】
【図1A】細胞がＨＬＡ－Ｉ及びＨＬＡ－ＩＩの発現を欠いており、ＣＤ４７の増加した発現を有することを示す、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇヒト人工多能性幹細胞（ｈｉＰＳＣ）についてのフローサイトメトリーによって測定したＨＬＡクラスＩ（ＨＬＡ－Ｉ）、ＨＬＡクラスＩＩ（ＨＬＡ－ＩＩ）、及びＣＤ４７の発現レベルを示す。
【図1B】細胞がＨＬＡ－Ｉ及びＨＬＡ－ＩＩの発現を欠いており、ＣＤ４７の増加した発現を有することを示す、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣから分化した内皮細胞（ｈｉＥＣ）についてのフローサイトメトリーによって測定したＨＬＡクラスＩ（ＨＬＡ－Ｉ）、ＨＬＡクラスＩＩ（ＨＬＡ－ＩＩ）、及びＣＤ４７の発現レベルを示す。
【図2】Ａ～Ｂは、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の表面発現レベル（図２Ａ）、ならびにＢ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の表面発現レベル（図２Ｂ）を示す。
【図3】Ａ～Ｂは、ＡＢＯ不適合の補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）アッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣの殺傷（図３Ａ）及びＢ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣの殺傷（図３Ｂ）を示す。
【図4】Ａ～Ｄは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ４６＋＋プールにおけるＣＤ４６の表面発現レベル（図４Ａ）、及びＣＤ４６＋＋＋プールの殺傷（図４Ｂ）またはＣＤ４６＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図４Ｃ）もしくはＣＤ４６＋＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図４Ｄ）を示す。
【図5】Ａ～Ｄは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ４６＋＋プールにおけるＣＤ４６の表面発現レベル（図５Ａ）、及びＣＤ４６＋＋プールの殺傷（図５Ｂ）またはＣＤ４６＋＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図５Ｃ～５Ｄ）を示す。
【図6】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ５５＋プールにおけるＣＤ５５の表面発現レベル（図６Ａ）、及びＣＤ５５＋プールの殺傷（図６Ｂ）またはＣＤ５５＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図６Ｃ～６Ｅ）を示す。
【図7】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ５５＋＋プールにおけるＣＤ５５の表面発現レベル（図７Ａ）、及びＣＤ５５＋＋プールの殺傷（図７Ｂ）またはＣＤ５５＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図７Ｃ～７Ｅ）を示す。
【図8】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ５９＋プールにおけるＣＤ５９の表面発現レベル（図８Ａ）、及びＣＤ５９＋プールの殺傷（図８Ｂ）またはＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図８Ｃ～８Ｄ）もしくはＣＤ５９＋＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図８Ｅ）を示す。
【図9】Ａ～Ｃは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ５９＋＋＋プールにおけるＣＤ５９の表面発現レベル（図９Ａ）、及びＣＤ５９＋＋＋プールの殺傷（図９Ｂ）またはＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図９Ｃ）を示す。
【図10】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ４６＋＋＋／ＣＤ５５＋＋プールにおけるＣＤ４６及びＣＤ５５の表面発現レベル（図１０Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋＋／ＣＤ５５＋＋プールの殺傷（図１０Ｂ）またはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図１０Ｃ～１０Ｅ）を示す。
【図11】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋プールにおけるＣＤ４６及びＣＤ５５の表面発現レベル（図１１Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋プールの殺傷（図１１Ｂ）またはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図１１Ｃ～１１Ｅ）を示す。
【図12】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋プールにおけるＣＤ５５及びＣＤ５９の表面発現レベル（図１２Ａ）、ならびにＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋プールの殺傷（図１２Ｂ）またはＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図１２Ｃ～１２Ｄ）もしくはＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの殺傷（図１２Ｅ）を示す。
【図13】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋＋プールにおけるＣＤ５５及びＣＤ５９の表面発現レベル（図１３Ａ）、ならびにＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋＋プールの殺傷（図１３Ｂ）またはＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図１３Ｃ～１３Ｄ）もしくはＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの殺傷（図１３Ｅ）を示す。
【図14】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ４６＋＋＋／ＣＤ５９＋＋プールにおけるＣＤ４６及びＣＤ５９の表面発現レベル（図１４Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋＋／ＣＤ５９＋＋プールの生存（図１４Ｂ）またはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの生存（図１４Ｃ～１４Ｄ）もしくはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５９＋＋＋クローンの生存（図１４Ｅ）を示す。
【図15】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ４６超＋＋／ＣＤ５９＋＋プールにおけるＣＤ４６及びＣＤ５９の発現レベル（図１５Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋／ＣＤ５９＋＋プールの生存（図１５Ｂ）またはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの生存（図１５Ｃ～１５Ｅ）を示す。
【図16】Ａ～Ｅは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣのＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋プールにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の表面発現レベル（図１６Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋プールの生存（図１６Ｂ）を示す。ＣＤＣアッセイにおけるＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの生存（図１６Ｃ及び１６Ｄ）またはＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＰＳＣクローンの生存（図１６Ｅ）もまた示される。
【図17】Ａ～Ｃは、ＡＢＯ不適合ＣＤＣアッセイにおける、Ｂ２Ｍインデル／インデル；ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣのＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋プールにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の表面発現レベル（図１７Ａ）、ならびにＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋プールの生存（図１７Ｂ）を示す。ＣＤＣアッセイにおけるＣＤ４６＋＋／ＣＤ５５＋＋／ＣＤ５９＋＋発現を有する個々のｈｉＥＣクローンの生存（図１７Ｃ）もまた示される。
【図18】ＡＢＯ不適合血清の不在下でのヒトｉＰＳＣに由来する内皮細胞（生存対照）についてのＣＤＣアッセイの結果を示す。
【図19】Ａ～Ｃは、ＣＤＣアッセイにおけるＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇマウス人工多能性幹細胞の殺傷（ｍｉＰＳＣ；図１９Ａ）、ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９を形質導入したＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｍｉＰＳＣの生存（ＣＤ４６＋／ＣＤ５９＋プール；図１９Ｂ）またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を形質導入したＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｍｉＰＳＣの生存（ＣＤ４６＋／ＣＤ５９＋／ＣＤ５５＋プール；図１９Ｃ）を示す。
【図20】Ａ～Ｄは、ヒトＡＢＯ不適合血清によって発動されるＣＤＣに対するヒトＣＤ４６及びＣＤ５９、またはヒトＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の保護効果が、ＡＢＯ不適合アカゲザル血清によって発動されるＣＤＣからは保護しないことを示す結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【0138】
詳細な説明
本明細書では、同種異系移植片に対する免疫系の反応の影響を緩和する及び／または回避するための方法及び組成物が提供される。細胞由来移植片及び／または組織移植片の免疫拒絶反応の問題を克服するために、任意の移植可能な細胞種のための実用可能な供給源を代表する操作された免疫回避性細胞（例えば、操作された初代低免疫原性細胞）、またはその集団もしくは薬学的組成物が本明細書に開示される。本明細書に開示される操作された細胞は、対象の遺伝子構成、あるいは１つまたは複数の以前の同種異系移植片、以前の自家キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔの拒絶反応、及び／または導入遺伝子が発現させられる他の自家もしくは同種異系療法に対する対象内のいずれの既存の応答を問わず、レシピエント対象の免疫系による認識の低減を可能にする。操作された細胞には、ベータ島細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、網膜色素上皮細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、及び血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）が含まれ得るが、これらに限定されない。
本明細書では、同種異系移植片に対する免疫系の反応の影響を緩和する及び／または回避するための方法及び組成物が提供される。細胞由来移植片及び／または組織移植片の免疫拒絶反応の問題を克服するために、任意の移植可能な細胞種のための実用可能な供給源を代表する操作された免疫回避性細胞（例えば、操作された初代低免疫原性細胞）、またはその集団もしくは薬学的組成物が本明細書に開示される。本明細書に開示される操作された細胞は、対象の遺伝子構成、あるいは１つまたは複数の以前の同種異系移植片、以前の自家キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔの拒絶反応、及び／または導入遺伝子が発現させられる他の自家もしくは同種異系療法に対する対象内のいずれの既存の応答を問わず、レシピエント対象の免疫系による認識の低減を可能にする。操作された細胞には、ベータ島細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、網膜色素上皮細胞、グリア前駆細胞、内皮細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、及び血液細胞（例えば、形質細胞または血小板）が含まれ得るが、これらに限定されない。
【0139】
いくつかの態様では、さらに補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）から保護される操作された細胞及びその集団が本明細書で提供される。補体系は、血清中に存在するいくつかの可溶性因子からなり、これらは異なる経路を介して活性化され得る。補体は、ＡＢＯ不適合血清の抗Ａ抗体及び／または抗Ｂ抗体等の、ＩｇＭ／ＩｇＧ抗体が細胞表面上に存在する抗原に結合することによって活性化される。ひとたび活性化されると、カスケードが膜侵襲複合体（ＭＡＣ）の形成をもたらし、これが細胞膜に孔を導入して細胞殺傷をもたらす（Ｎｅｓａｒｇｉｋａｒ ＰＮ．Ｅｕｒ Ｊ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ（Ｂｐ）．２０１２；２：１０３－１１）。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、ＨＬＡ非依存性抗体に対する抗体の存在下（例えば、患者のＡＢＯ不適合血清中に見出されるＡＢＯ式血液型抗原Ａ及び／またはＡＢＯ式血液型抗原に対する抗体等の、ＩｇＧまたはＩｇＭ抗体の存在下）を含めて、低減された補体カスケードの活性化を示す。
【0140】
ｈｉＰＳＣ及びｈＥＣを含めた細胞は、膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を含めた、補体媒介性細胞傷害のインヒビターを内在性で発現する。しかしながら、本願の実施例は、寛容原性因子の増加した発現ならびに１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の低減された発現を有する細胞の関連であっても、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の内在性発現が細胞をＣＤＣから保護しないことを実証する。いくつかの実施形態では、本願は、補体依存性細胞傷害の影響を回避または低減するために、ある特定の操作された細胞において過剰発現され得る補体インヒビター（ＣＤ４６及びＣＤ５９）の組み合わせを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、いずれか１つもしくは複数の本明細書に記載の寛容原性因子の増加した発現、及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の低減された発現を有する。
【0141】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの増加した発現及び／または過剰発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５から選択される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、組み合わせた２つ以上の補体インヒビターの増加した発現、例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の増加した発現を含む。
【0142】
本明細書で提供される操作された細胞は、寛容原性因子の発現を利用し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現（例えば、表面発現）を調節する（例えば、低減または排除する）ことができる。いくつかの実施形態では、レアカット（ｒａｒｅ－ｃｕｔｔｉｎｇ）エンドヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及びホーミングエンドヌクレアーゼシステム）を利用したゲノム編集技術もまた使用して、ヒト細胞において必要不可欠な免疫遺伝子の発現が（例えば、必要不可欠な免疫遺伝子のゲノムＤＮＡを欠失させることによって）低減または排除される。ある特定の実施形態では、ゲノム編集技術または他の遺伝子調節技術を使用して、ヒト細胞において寛容性誘導（寛容原性）因子（例えば、ＣＤ４７）が挿入され、こうしてレシピエント対象への移植時に免疫認識を回避し得る操作された細胞が生産される。したがって、本明細書で提供される操作された細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子に影響を及ぼす１つまたは複数の遺伝子及び因子の調節された発現（例えば、低減された発現またはその排除）、ＣＤ４７等の寛容原性因子の調節された発現（例えば、低減または及び調節された発現（例えば、過剰発現）を示し、レシピエント対象の免疫系による認識の低減を可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、ＣＤ１４２の調節された発現（例えば、低減された発現）を示す。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５から選択される１つまたは複数の補体インヒビターの調節された発現（例えば、増加した発現）を示す。
【0143】
いくつかの態様では、本明細書で提供される操作された細胞は、低減された自然免疫細胞による拒絶反応及び／または適応免疫細胞による拒絶反応を示す（例えば、低免疫原性細胞）。例えば、いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＮＫ細胞媒介性溶解及び／またはマクロファージによる貪食に対して低減された感受性を示す。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、免疫抑制剤を、ほとんど～全く必要とすることなくレシピエント対象に移植される、普遍的に適合性の細胞または組織（例えば、普遍的ドナー細胞または組織）の供給源として有用である。かかる低免疫原性細胞は、移植時に細胞特異的特性及び特徴を保持する。
【0144】
また、本明細書では、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントにおける免疫拒絶反応を回避する操作された細胞（例えば、操作された初代細胞）を投与することを含む、障害を処置するための方法も提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のうちのいずれか１つにより生産された操作された細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントに反復投与された（例えば、移植された（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植された（ｇｒａｆｔｅｄ））ときに免疫拒絶反応を回避する。
【0145】
特定の実施形態の実施は、特にそれとは反対の指示がない限り、当業者の技能の範囲内である化学、生化学、有機化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ技法、遺伝学、免疫学、及び細胞生物学の従来の方法を用いることになり、これらのうちの多くが例示説明の目的で下記に記載される。かかる技法は、文献において完全に説明される。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）、Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８２）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，ｕｐｄａｔｅｄ Ｊｕｌｙ ２００８）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｇｌｏｖｅｒ，ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｖｏｌ．Ｉ ＆ ＩＩ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８５）、Ａｎａｎｄ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｇｅｎｏｍｅｓ，（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｅｄｓ．，１９８４）、Ｐｅｒｂａｌ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９８）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｑ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ａ．Ｍ．Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ，Ｄ．Ｈ．Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｅ．Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ ａｎｄ Ｗ．Ｓｔｒｏｂｅｒ，ｅｄｓ．，１９９１）、Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、ならびにＡｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ等の刊行物における研究論文を参照されたい。
【0146】
本願で参照される、特許文献、科学論文、及びデータベースを含む全ての刊行物は、あたかも個々の刊行物の各々が参照により個々に援用されたのと同じ範囲まで、それらの全体があらゆる目的で参照により援用される。本明細書に記載される定義が、参照により本明細書に援用される特許、出願、出願公開、及び他の刊行物に記載される定義と矛盾するかまたはその他の点で不一致である場合、本明細書に記載される定義が、参照により本明細書に援用される定義に優先する。
【0147】
本明細書で使用される節の見出しは、構成目的のためにすぎず、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。当業者であれば、本開示の範囲及び趣旨内でいくつかの実施形態が可能であることを認識しよう。以下の説明は本開示を例示するものであり、当然ながら、本明細書に記載の本発明の範囲をいかようにも限定するものとして解釈されるべきではない。
【0148】
Ｉ．定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての専門用語、表記、ならびに他の技術用語及び科学用語または専門用語は、特許請求される発明の主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有することが意図される。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語が、明確にするために及び／または参照を容易にするために本明細書で定義され、かかる定義の本明細書への組み込みは、必ずしも、当該技術分野で一般に理解される意味に対する実質的な相違を表すように解釈されるべきではない。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての専門用語、表記、ならびに他の技術用語及び科学用語または専門用語は、特許請求される発明の主題が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有することが意図される。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語が、明確にするために及び／または参照を容易にするために本明細書で定義され、かかる定義の本明細書への組み込みは、必ずしも、当該技術分野で一般に理解される意味に対する実質的な相違を表すように解釈されるべきではない。
【0149】
量または濃度等といった測定可能な値を指す場合に本明細書で使用される「約」という用語は、明記される量の２０％、１０％、５％、１％、０．５％、またはさらには０．１％の変動を包含することが意図される。添付の特許請求の範囲を含めて本明細書で使用されるとき、単数形の「１つの（ａ）」、「または」、及び「その（ｔｈｅ）」は、文脈上そうでないとする明確な指示がない限り、複数の指示対象を含む。例えば、「１つの（ａ）」または「１つの（ａｎ）」は、「少なくとも１つ」または「１つまたは複数」を意味する。本明細書に記載の態様及び変形形態は、かかる態様及び変形形態「からなる」及び／またはかかる態様及び変形形態「から本質的になる」実施形態を含むことが理解される。
【0150】
本明細書で使用されるとき、「及び／または」という用語は、列挙される関連項目のうちの１つまたは複数のありとあらゆる組み合わせを含む。
【0151】
本明細書で使用されるとき、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドに関しての「外因性」という用語は、指示対象の分子が目的の細胞内に導入されることを意味することが意図される。外因性ポリヌクレオチド等の外因性分子は、例えば、外因性コーディング核酸を、染色体内への組み込みによって、またはプラスミドもしくは発現ベクター等の非染色体遺伝物質として等で、細胞の遺伝物質に導入することによって導入され得る。したがって、この用語は、コーディング核酸の発現に関して使用されるとき、発現可能な形態でのコーディング核酸の細胞内への導入を指す。場合によっては、「外因性」分子は、細胞内に通常は存在しないが、１つまたは複数の遺伝学的方法、生化学的方法、または他の方法によって細胞内に導入され得る分子、構築物、因子等である。
【0152】
「内在性」という用語は、天然または未改変の細胞に存在する指示対象の分子、例えば、ポリヌクレオチド（例えば、遺伝子）またはポリペプチドを指す。例えば、この用語は、内在性遺伝子の発現に関して使用される場合、細胞内に含まれる、外因的に導入されたのではない内在性核酸によってコードされる遺伝子の発現を指す。
【0153】
「遺伝子」は、遺伝子産物をコードするＤＮＡ領域、ならびに遺伝子産物の産生を調節する全てのＤＮＡ領域（かかる調節配列がコード配列及び／または転写された配列に隣接するか否かにかかわらず）を含む。したがって、遺伝子には、プロモーター配列、ターミネーター、翻訳調節配列、例えば、リボソーム結合部位及び内部リボソーム進入部位、エンハンサー、サイレンサー、インシュレーター、境界要素、複製起点、マトリックス付着部位、ならびに遺伝子座制御領域が含まれるが、必ずしもこれらに限定されない。遺伝子の配列は、典型的には、細胞内の固定の染色体上位置または染色体上の遺伝子座に存在する。
【0154】
「遺伝子座」という用語は、特定の遺伝子または遺伝子マーカーが位置する染色体上の固定位置を指す。「標的遺伝子座」への言及は、遺伝子編集または外因性ポリヌクレオチドの組み込み等の遺伝子改変の標的とすることが望まれる所望の遺伝子の特定の遺伝子座を指す。
【0155】
遺伝子に関しての「発現」または「遺伝子発現」という用語は、遺伝子に含まれる情報の遺伝子産物への変換を指す。遺伝子産物は、遺伝子の直接転写産物（例えば、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム、構造ＲＮＡ、または任意の他の種類のＲＮＡ）であり得るか、またはｍＲＮＡの翻訳によって産生されるタンパク質であり得る。遺伝子産物にはまた、キャッピング、ポリアデニル化、メチル化、及び編集等のプロセスによって改変されるＲＮＡ、ならびに、例えば、メチル化、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、ＡＤＰリボシル化、ミリストイル化、及びグリコシル化によって改変されるタンパク質も含まれる。よって、発現または遺伝子発現への言及は、タンパク質（またはポリペプチド）発現またはｍＲＮＡ等の遺伝子の転写可能な産物の発現を含む。タンパク質発現には、タンパク質の細胞内発現または表面発現が含まれ得る。典型的には、ｍＲＮＡ等の遺伝子産物またはタンパク質の発現は、細胞において検出可能なレベルである。
【0156】
本明細書で使用されるとき、「検出可能な」発現レベルとは、当業者に既知の、例えば、ディファレンシャルディスプレイ、ＲＴ（逆転写酵素）連結ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ノーザンブロット、及び／またはＲＮａｓｅ保護解析、ならびにフローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ、またはウェスタンブロット等のタンパク質検出のための免疫親和性ベースの方法を含む、標準的な技法によって検出可能であるレベルを意味する。発現レベルの程度は、標準的な特性評価技法を介して可視化または測定されるのに十分に大きければよい。
【0157】
本明細書で使用されるとき、「増加した発現」、「強化された発現」、または「過剰発現」という用語は、特定の遺伝子発現を調節するための改変を含有しない元の細胞または供給源細胞における発現、例えば、野生型の発現レベル（これは発現の不在または計測不能な発現でもあり得る）に追加的である、任意の形態の発現を意味する。本明細書における「増加した発現」、「強化された発現」、または「過剰発現」への言及は、未改変の細胞または野生型細胞等の、改変を導入するような操作の前の元の供給源細胞等の、改変を含有しない細胞におけるレベルと比べた、遺伝子発現の増加、及び／またはポリペプチドに言及する限りにおいては増加したポリペプチドレベル及び／または増加したポリペプチド活性を意味するように解釈される。発現、ポリペプチドレベルまたはポリペプチド活性の増加は、少なくとも５％、１０％、２０％、３０％、４０％、もしくは５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、もしくは１００％、またはさらにはそれを超える可能性がある。場合によっては、発現、ポリペプチドレベルまたはポリペプチド活性の増加は、少なくとも２倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、またはそれを超える可能性がある。
【0158】
「低免疫原性」という用語は、かかる細胞を移植される対象による免疫拒絶反応を受けにくい細胞を指す。例えば、未変化または未改変の野生型細胞等の、同じ細胞種であるが改変を含有しない類似の細胞と比べて、かかる低免疫原性細胞は、約２．５％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７．５％、９９％、またはそれを超えて、かかる細胞を移植される対象による免疫拒絶反応を受けにくい可能性がある。典型的には、低免疫原性細胞は、対象にとって同種異系であり、低免疫原性細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントにおいて免疫拒絶反応を回避する。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、Ｔ細胞媒介性の適応免疫による拒絶反応及び／または自然免疫細胞による拒絶反応から保護される。
【0159】
細胞の低免疫原性は、細胞が適応免疫応答及び自然免疫応答を誘発する能力等の細胞の免疫原性を評価することによって決定することができる。かかる免疫応答は、当業者に認識されるアッセイを使用して測定することができる。
【0160】
本明細書で使用される「寛容原性因子」という用語は、細胞が投与、移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）、または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）時に宿主またはレシピエント対象の免疫系によって認識される能力を調節するかまたはそれに影響を及ぼす、免疫抑制因子または免疫調節因子を含む。典型的には、寛容原性因子は、操作された初代細胞がレシピエントの宿主免疫系によって標的化、例えば拒絶されないように、操作された初代細胞に対する免疫寛容を誘導する因子である。よって、寛容原性因子は、低免疫因子であり得る。寛容原性因子の例としては、免疫細胞の阻害性受容体（例えば、ＣＤ４７）、免疫細胞の阻害性受容体に結合するタンパク質、チェックポイント阻害剤、及び自然免疫または適応免疫による認識を低減する他の分子が挙げられる。
【0161】
「減少する」、「低減された」、「低減」、及び「減少」という用語は全て、統計学的に有意な量の減少を一般に意味するように本明細書で使用される。しかしながら、疑義を避けるために、「減少する」、「低減された」、「低減」、「減少」とは、参照レベルと比較して少なくとも１０％の減少、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の減少、または最大１００％かつこれを含む減少（すなわち、参照試料と比較して不在のレベル）、または１０～１００％の任意の減少を意味する。
【0162】
「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は全て、本明細書で統計学的に有意な量の増加を一般に意味するように使用される。疑義を避けるために、「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の増加、または最大１００％かつこれを含む増加、または１０～１００％の任意の増加、または参照レベルと比較して少なくとも約２倍、もしくは少なくとも約３倍、もしくは少なくとも約４倍、もしくは少なくとも約５倍、もしくは少なくとも約１０倍の増加、または２倍～１０倍超の任意の増加を意味する。
【0163】
本明細書で使用されるとき、「改変」という用語は、細胞における遺伝子発現に影響を与える、細胞における任意の変化（ｃｈａｎｇｅ）または変化（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ）を指す。いくつかの実施形態では、改変は、例えば、遺伝子編集、変異誘発によって、または外因性ポリヌクレオチドもしくは導入遺伝子の遺伝子操作によって、細胞においてタンパク質産物をコードする遺伝子またはその調節要素を直接変化させる遺伝子改変である。
【0164】
本明細書で使用されるとき、「インデル」とは、ゲノム内のヌクレオチド塩基の挿入、欠失、またはそれらの組み合わせに起因する変異を指す。故に、インデルは、典型的には、ヌクレオチドを挿入または配列から欠失させる。当業者には理解されようが、ゲノム配列のコード領域におけるインデルは、インデルの長さが３の倍数でない限り、フレームシフト変異をもたらすことになる。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、標的ポリヌクレオチド配列において任意の長さのインデルを誘導することができる。
【0165】
いくつかの実施形態では、変化は、点変異である。本明細書で使用されるとき、「点変異」とは、ヌクレオチドのうちの１つを置き換える置換を指す。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、標的ポリヌクレオチド配列において任意の長さのインデルまたは点変異を誘導することができる。
【0166】
本明細書で使用されるとき、「ノックアウト」は、標的ポリヌクレオチド配列の機能を妨げるように、標的ポリヌクレオチド配列の全てまたは一部分を欠失させることを含む。例えば、ノックアウトは、標的ポリヌクレオチド配列の機能的ドメイン（例えば、ＤＮＡ結合ドメイン）において標的ポリヌクレオチド配列におけるインデルを誘導することにより標的ポリヌクレオチド配列を変化させることによって、達成され得る。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムをどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。
【0167】
いくつかの実施形態では、変化は、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトをもたらす。本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトは、様々な用途に有用であり得る。例えば、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトを研究目的のためにインビトロで実施することができる。エクスビボ目的では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトは、（例えば、細胞における変異アレルをエクスビボでノックアウトし、ノックアウトされた変異アレルを含むそれらの細胞を対象に導入することによって）標的ポリヌクレオチド配列の発現に関連する障害を処置または予防するのに有用であり得る。
【0168】
本明細書における「ノックイン」とは、遺伝子機能を宿主細胞に付加するプロセスを意味する。これは、ノックインされた遺伝子産物、例えば、ＲＮＡまたはコードされたタンパク質のレベルの増加を引き起こす。当業者には理解されようが、これは、遺伝子の１つもしくは複数の追加のコピーを宿主細胞に付加すること、または内在性遺伝子の調節構成要素を変化させることにより、作製されるタンパク質の発現を増加させることを含めた、いくつかの方式で遂行することができる。これは、プロモーターを改変すること、異なるプロモーターを付加すること、エンハンサーを付加すること、または他の遺伝子発現配列を改変することによって遂行されてもよい。
【0169】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択したポリヌクレオチド配列の低減された発現をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択ポリペプチド配列の低減された発現をもたらす。
【0170】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択ポリヌクレオチド配列の増加した発現をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、標的または選択ポリペプチド配列の増加した発現をもたらす。
【0171】
遺伝子発現の「調節」とは、遺伝子の発現レベルの変化を指す。発現の調節には、遺伝子活性化及び遺伝子抑制が含まれ得るが、これらに限定されない。調節はまた、完全であってもよく（すなわち、遺伝子発現が完全に不活性化されるか、または野生型のレベル以上まで活性化される）、またはそれは部分的であってもよい（遺伝子発現が部分的に低減されるか、または野生型のレベルのある割合まで部分的に活性化される）。
【0172】
「作動的に連結された」または「作動可能に連結された」という用語は、２つ以上の構成要素（配列要素等）の並置に関して互換的に使用され、これらの構成要素は、両方の構成要素が正常に機能し、構成要素のうちの少なくとも１つが、その他の構成要素のうちの少なくとも１つに及ぼす機能を媒介し得るという可能性を許容するように配置される。例示説明として、プロモーター等の転写調節配列は、その転写調節配列が１つまたは複数の転写調節因子の存否に応答してコード配列の転写レベルを制御する場合、コード配列に作動的に連結されている。転写調節配列は、一般に、シスでコード配列と作動的に連結されるが、それに直接隣接している必要はない。例えば、エンハンサーは、コード配列に、それらが連続していない場合であっても、作動的に連結されている転写調節配列である。
【0173】
本明細書で使用される「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、ペプチド結合によってつながれた一続きのアミノ酸残基（すなわちアミノ酸残基のポリマー）を指して互換的に使用され得、最小長に限定されない。かかるポリマーは、天然もしくは非天然アミノ酸残基、またはそれらの組み合わせを含有し得、これにはアミノ酸残基のペプチド、ポリペプチド、オリゴペプチド、二量体、三量体、及び多量体が含まれるが、これらに限定されない。故に、タンパク質またはポリペプチドは、修飾されたアミノ酸（例えば、リン酸化、糖化、グリコシル化等）及びアミノ酸類似体を有するものを含む。完全長のポリペプチドまたはタンパク質、及びその断片がこの定義により包含される。この用語はまた、その修飾された種、例えば、１つまたは複数の残基の翻訳後修飾、例えば、メチル化、リン酸化、グリコシル化、シアル化、またはアセチル化も含む。
【0174】
本開示全体を通して、特許請求される発明の主題の種々の態様は、範囲形式で提示される。範囲形式の説明は、単に便宜及び簡潔さのためのものであり、特許請求される発明の主題の範囲に対する一定不動の限定として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、具体的に開示された全ての可能な部分範囲、ならびにその範囲内の個々の数値を有すると見なされるべきである。例えば、値の範囲が提供される場合、文脈上そうでないとする明確な指示がない限り下限値の単位の１０分の１までの、その範囲の上限値から下限値の間の各介在値、ならびにその記載範囲の任意の他の記載値または介在値が、記載範囲内の任意の具体的に除外される限界値を条件として、本開示内に包含されることが理解される。記載範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界値の片方または両方を除外する範囲もまた、本開示に含まれる。いくつかの実施形態では、特徴に関して２つの反対方向の開放式の範囲が提供され、かかる説明においては、それらの２つの範囲の組み合わせが本明細書で提供されることが想定される。例えば、いくつかの実施形態では、特徴が約１０単位超であると記載され、かつ（別の文章等で）特徴が約２０単位未満であると記載され、故に、約１０単位から約２０単位の範囲が本明細書に記載される。
【0175】
本明細書で使用されるとき、互換的に使用される用語である「対象」または「個体」は、哺乳動物である。いくつかの実施形態では、「哺乳動物」は、ヒト、非ヒト霊長類、飼育動物及び家畜動物、ならびに動物園の動物、競技用動物、または愛玩動物、例えば、イヌ、ウマ、ウサギ、ウシ、ブタ、ハムスター、アレチネズミ、マウス、フェレット、ラット、ネコ、サル等を含む。いくつかの実施形態では、対象または個体は、ヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、疾患、障害、または病態を有することが認められるか、またはそれを有することが疑われる患者である。
【0176】
本明細書で使用されるとき、「処置すること」及び「処置」という用語は、対象が疾患の少なくとも１つの症状の低減または疾患の改善、例えば、有益なまたは所望の臨床結果を有するように、有効量の本明細書に記載の細胞を対象に投与することを含む。本技術の目的において、有益なまたは所望の臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。処置することは、処置を受けない場合に予想される生存期間と比較して生存期間を延長することを指し得る。故に、当業者は、処置が病状を改善し得るが、疾患に対する完全な治療ではない場合があることを認識している。いくつかの実施形態では、疾患または障害の１つまたは複数の症状は、疾患の処置により少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％緩和される。
【0177】
本技術の目的において、疾患処置の有益なまたは所望の臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。
【0178】
「ベクター」または「構築物」は、遺伝子配列を標的細胞に移入することができる。典型的には、「ベクター構築物」、「発現ベクター」、及び「遺伝子移入ベクター」とは、目的の遺伝子の発現を導くことができ、遺伝子配列を標的細胞に移入し得る、任意の核酸構築物を意味する。故に、この用語は、クローニング、及び発現ビヒクル、ならびに組み込みベクターを含む。ベクターまたは構築物を細胞内に導入するための方法は、当業者に既知であり、これには脂質媒介性移入（すなわち、中性及びカチオン性脂質を含むリポソーム）、エレクトロポレーション、直接注入、細胞融合、粒子ボンバードメント、リン酸カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性移入、及びウイルスベクター媒介性移入が含まれるが、これらに限定されない。
【0179】
ＩＩ．操作された細胞及び細胞の操作方法
本明細書では、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変（複数可）を含む、操作された細胞が提供される。いくつかの実施形態では、改変（複数可）はまた、ＣＤ５５の発現も増加させる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及び／またはＣＤ５５の発現を増加させる改変（複数可）は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及び／またはＣＤ５５のタンパク質発現を増加させる。いくつかの実施形態では、発現を増加させる改変（複数可）は、増加した表面発現を含み、及び／または発現を低減する改変は、低減された表面発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターの発現を増加させる改変（複数可）は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び／またはＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
本明細書では、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変（複数可）を含む、操作された細胞が提供される。いくつかの実施形態では、改変（複数可）はまた、ＣＤ５５の発現も増加させる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及び／またはＣＤ５５の発現を増加させる改変（複数可）は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及び／またはＣＤ５５のタンパク質発現を増加させる。いくつかの実施形態では、発現を増加させる改変（複数可）は、増加した表面発現を含み、及び／または発現を低減する改変は、低減された表面発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターの発現を増加させる改変（複数可）は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び／またはＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0180】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６及びＣＤ５９であり、任意選択で、該改変は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５であり、任意選択で、該改変は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、
１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリペプチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。
１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリペプチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの各々は、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている。
【0181】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞はまた、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変も含有する。
【0182】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞はまた、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変も含む。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３、またはそれらの任意の組み合わせのうちの１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変は、ＣＤ４７の増加した発現であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変は、ＰＤ－Ｌ１の増加した発現であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変は、ＨＬＡ－Ｅの増加した発現であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変は、ＨＬＡ－Ｇの増加した発現であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させるような改変は、ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、Ｈ２－Ｍ３（ＨＬＡ－Ｇ）、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭｆｇｅ８の増加した発現であるか、またはそれを含む。
【0183】
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する１つまたは複数のゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。換言すれば、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７タンパク質を含み、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する１つまたは複数のゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。いくつかの事例では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７核酸及びタンパク質を含み、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する１つまたは複数のゲノム改変、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する１つまたは複数のゲノム改変、及びＣＤ４７の発現を増加させる改変を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７タンパク質を含み、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面発現の低減またはサイレンシングを示し、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の表面発現の低減または欠如を示す。多くの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。
【0184】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術のうちのいずれかを使用して、記載したような１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたは標的タンパク質の発現を低減することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、ヌクレアーゼ、インテグラーゼ、トランスポザーゼ、リコンビナーゼを伴うシステムを含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、遺伝子のノックアウトまたはノックダウンに使用することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、ゲノムの領域へのＤＮＡのノックインまたは組み込みに使用することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、一本鎖切断（ＳＳＢ）を媒介する。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同性指向修復（ＨＤＲ）に関連する場合を含めて、二本鎖切断（ＤＳＢ）を媒介する。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、ＤＮＡベースの編集またはプライム編集を含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（Ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ Ａｄｄｉｔｉｏｎ ｖｉａ Ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ）（ＰＡＳＴＥ）を含み得る。
【0185】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、塩基編集に関連する。塩基エディター（ＢＥ）は、典型的には、Ｃａｓ（「ＣＲＩＳＰＲ関連」）ドメイン及び核酸塩基改変ドメイン（例えば、ＡＰＯＢＥＣ１（「アポリポタンパク質Ｂ ｍＲＮＡ編集酵素、触媒ポリペプチド１」）、ＣＤＡ（「シチジンデアミナーゼ」）、及びＡＩＤ（「活性化誘導シチジンデアミナーゼ」）を含むシチジンデアミナーゼ等の、天然のまたは進化したデアミナーゼ）ドメインの融合体である。場合によっては、塩基エディターはまた、結果として生じる一塩基変化の効率及び／または安定性を増加させるために細胞のＤＮＡ修復プロセスを変化させるタンパク質またはドメインを含んでもよい。
【0186】
いくつかの態様では、現在利用可能な塩基エディターには、標的のＣ・ＧをＴ・Ａに変換するシチジン塩基エディター（例えば、ＢＥ４）、及び標的のＡ・ＴをＧ・Ｃに変換するアデニン塩基エディター（例えば、ＡＢＥ７．１０）が含まれる。いくつかの態様では、Ｃａｓ９標的化脱アミノ化が、二本鎖ＤＮＡ切断を導入することなく塩基変化を誘導するように設計された塩基エディター（ＢＥ）システムに関連して最初に実証された。さらに、不活性型Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）に融合されたラットのデアミナーゼＡＰＯＢＥＣ１（ｒＡＰＯＢＥＣ１）を使用して、ｓｇＲＮＡのＰＡＭの上流でシチジンがチミジンに成功裏に変換された。いくつかの態様では、この最初のＢＥシステムは、ｄＣａｓ９を、脱アミノ化されたシチジンの反対側の鎖に切れ目を入れる「ニッカーゼ」Ｃａｓ９ Ｄ１０Ａに変更することによって最適化された。理論に束縛されるものではないが、これによりロングパッチ塩基除去修復（ＢＥＲ）が開始することが予想され、ここで、脱アミノ化された鎖が修復の鋳型として優先的に使用されてＵ：Ａ塩基対が生み出され、これが次いでＤＮＡ複製中にＴ：Ａに変換される。
【0187】
いくつかの実施形態では、塩基エディターは、触媒的に不活性である第１のＤＮＡ結合タンパク質ドメイン、塩基編集活性を有するドメイン、及びニッカーゼ活性を有する第２のＤＮＡ結合タンパク質ドメインを含有する核酸塩基エディターであり、ここで、ＤＮＡ結合タンパク質ドメインは、単一の融合タンパク質上に発現させられるか、または別個に（例えば、別個の発現ベクター上に）発現させられる。いくつかの実施形態では、塩基エディターは、塩基編集活性（例えば、シチジンデアミナーゼまたはアデノシンデアミナーゼ）を有するドメイン、ならびに２つの核酸プログラム可能ＤＮＡ結合タンパク質（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ ＤＮＡ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）ドメイン（ｎａｐＤＮＡｂｐ）であるニッカーゼ活性を含む第１のｎａｐＤＮＡｂｐ及び触媒的に不活性である第２のｎａｐＤＮＡｂｐを含む、融合タンパク質であり、ここで、少なくとも２つのｎａｐＤＮＡｂｐは、リンカーによってつながれている。いくつかの実施形態では、塩基エディターは、ニッカーゼ活性を有するＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ（例えば、Ｃａｓ９）のＤＮＡドメイン（ｎＣａｓ；ｎＣａｓ９）、核酸プログラム可能ＤＮＡ結合活性を有するＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質（例えば、Ｃａｓ９）の触媒的に不活性なドメイン（ｄＣａｓ；例えば、ｄＣａｓ９）、及びデアミナーゼドメインを含む、融合タンパク質であり、ここで、ｄＣａｓは、リンカーによってｎＣａｓにつながれており、ｄＣａｓは、デアミナーゼドメインに直接隣接する。いくつかの実施形態では、塩基エディターは、アデニンからチミンへの、すなわち「ＡＴＢＥ」（またはチミンからアデニンへの、すなわち「ＴＡＢＥ」）トランスバージョン塩基エディターである。例となる塩基エディター及び塩基エディターシステムには、特許公報第ＵＳ２０２２０１２７６２２号、同第ＵＳ２０２１００７９３６６号、同第ＵＳ２０２００２４８１６９号、同第ＵＳ２０２１００９３６６７号、同第ＵＳ２０２１００７１１６３号、同第ＷＯ２０２０１８１２０２号、同第ＷＯ２０２１１５８９２１号、同第ＷＯ２０１９１２６７０９号、同第ＷＯ２０２０１８１１７８号、同第ＷＯ２０２０１８１１９５号、同第ＷＯ２０２０２１４８４２号、同第ＷＯ２０２０１８１１９３号に記載されるいずれかが含まれ、同文献はそれらの全体が本明細書に援用される。
【0188】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、標的プライム逆転写（ｔａｒｇｅｔ－ｐｒｉｍｅｄ ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ）（ＴＰＲＴ）または「プライム編集」である。いくつかの実施形態では、プライム編集は、ＤＳＢまたはドナーＤＮＡ鋳型を必要とすることなくヒト細胞において標的化挿入、欠失、１２個全ての可能な塩基から塩基への変換、及びそれらの組み合わせを媒介する。
【0189】
プライム編集は、ポリメラーゼと連携して働く（すなわち、融合タンパク質の形態で、またはさもなければｎａｐＤＮＡｂｐにトランスに提供されて）核酸プログラム可能ＤＮＡ結合タンパク質（「ｎａｐＤＮＡｂｐ」）を使用して、指定のＤＮＡ部位へ新たな遺伝情報を直接書き込むゲノム編集法であり、ここで、プライム編集システムは、標的部位を指定するとともに、ガイドＲＮＡ上に（例えば、ガイドＲＮＡの５’もしくは３’末端にて、またはその内部部分にて）導入操作された伸長部（ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれか）としての置換ＤＮＡ鎖の形態で所望の編集の合成の鋳型となる、プライム編集（ＰＥ）ガイドＲＮＡ（「ＰＥｇＲＮＡ」）を用いてプログラムされる。所望の編集（例えば、単一核酸塩基置換）を含有する置換鎖は、編集対象の標的部位の内在性鎖と同じ（それが所望の編集を含むことを例外として）配列を共有する。ＤＮＡ修復及び／または複製機構を介して、標的部位の内在性鎖は、所望の編集を含有する新たに合成された置換鎖により置き換えられる。場合によっては、プライム編集は、プライムエディターが編集対象の所望の標的部位を検索及び位置特定すると同時に、対応する標的部位の内在性ＤＮＡ鎖の代わりに設置される所望の編集を含有する置換鎖をコードすることから、「検索・置換」ゲノム編集技術と見なされ得る。例えば、プライム編集は、二本鎖切断を迂回するために高精度なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースのゲノム編集を実施するために適応させることができる。いくつかの実施形態では、相同タンパク質は、ガイドＲＮＡにより特定のＤＮＡ配列を標的化し、標的部位にて一本鎖の切れ目を生じさせ、切れ目の入ったＤＮＡを、ガイドＲＮＡと一体化された導入操作された逆転写酵素鋳型の逆転写のためのプライマーとして使用するための、Ｃａｓタンパク質－逆転写酵素融合体または関連するシステムであるか、またはそれをコードする。いくつかの実施形態では、プライムエディタータンパク質は、ゲノムＤＮＡの対向する鎖上の相補的ＤＮＡフラップの合成の鋳型となる２つのプライム編集ガイドＲＮＡ（ｐｅｇＲＮＡ）と対合され、ＰＥにより誘導される切れ目の部位間の内在性ＤＮＡ配列とｐｅｇＲＮＡにコードされる配列との置換をもたらす。
【0190】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、逆転写酵素、または当該技術分野で既知の任意のＤＮＡポリメラーゼであるプライムエディターに関連する。故に、一態様では、プライムエディターは、標的ＤＮＡにおける相補的プロトスペーサーにアニーリングするスペーサー配列を含有する特化したガイドＲＮＡ（すなわち、ＰＥｇＲＮＡ）と関連付けることによってＤＮＡ配列を標的とするようにプログラムされる、Ｃａｓ９（または同等のｎａｐＤＮＡｂｐ）を含んでもよい。かかる方法には、Ａｎｚａｌｏｎｅ ｅｔ ａｌ．，（ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４１５８６－０１９－１７１１－４）、またはＰＣＴ公報第ＷＯ２０２０１９１２４８号、同第ＷＯ２０２１２２６５５８号、または同第ＷＯ２０２２０６７１３０号に開示されるいずれも含まれ、同文献はそれらの全体が本明細書に援用される。
【0191】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）である。いくつかの態様では、ＰＡＳＴＥは、逆転写酵素及びセリンインテグラーゼの両方に融合されたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９ニッカーゼを介してゲノム挿入が指向されるプラットフォームである。Ｉｏａｎｎｉｄｉ ｅｔ ａｌ．（ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１０１／２０２１．１１．０１．４６６７８６）に記載されるように、ＰＡＳＴＥは、二本鎖切断を生じさせないが、約３６ｋｂもの大きさの配列の組み込みを可能にする。いくつかの実施形態では、セリンインテグラーゼは、当該技術分野で既知のいずれでもあり得る。いくつかの実施形態では、セリンインテグラーゼは、ＰＡＳＴＥが、少なくとも２つの異なる遺伝子を少なくとも２つのゲノム遺伝子座にて同時に組み込む多重化された遺伝子組み込みに使用され得るように、十分な直交性を有する。いくつかの実施形態では、ＰＡＳＴＥは、非分裂細胞において活性で、検出可能なオフターゲット事象がより少なく、相同性指向修復または非相同末端結合ベースの組み込みの編集効率と同等のまたはそれよりも良好な編集効率を有する。
【0192】
いくつかの実施形態では、記載される操作された細胞の集団は、レシピエント対象への投与時に、低減されたレベルの免疫活性化を誘発する、または免疫活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において、低減されたレベルの全身性ＴＨ１活性化を誘発する、または全身性ＴＨ１活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において、低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発する、またはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に、該細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発する、またはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において、該細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発する、またはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に該細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発する。
【0193】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、「自殺遺伝子」または「自殺スイッチ」を含む。自殺遺伝子または自殺スイッチは、操作された細胞が対象に投与された後、ならびにそれらの細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するような場合等に、操作された細胞（例えば、操作された初代細胞または操作された多能性幹細胞から分化した細胞）の死を引き起こすことができる、「安全スイッチ」として機能するように組み込まれ得る。「自殺遺伝子」による除去アプローチは、特定の化合物によって活性化されたときにのみ細胞殺傷をもたらすタンパク質をコードする、遺伝子移入ベクター内の自殺遺伝子を含む。自殺遺伝子は、無毒の化合物を毒性の高い代謝産物へと選択的に転換する酵素をコードし得る。その結果、該酵素を発現している細胞が特異的に排除される。いくつかの実施形態では、自殺遺伝子は、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－ｔｋ）遺伝子であり、トリガーは、ガンシクロビルである。他の実施形態では、自殺遺伝子は、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）シトシンデアミナーゼ（ＥＣ－ＣＤ）遺伝子であり、トリガーは、５－フルオロシトシン（５－ＦＣ）である（Ｂａｒｅｓｅ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒａｐ．２０（１０）：１９３２－１９４３（２０１２）、Ｘｕ ｅｔ ａｌ，Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ．８：７３－８（１９９８）（いずれも参照によりそれらの全体が本明細書に援用される））。
【0194】
他の実施形態では、自殺遺伝子は、誘導性カスパーゼタンパク質である。誘導性カスパーゼタンパク質は、アポトーシスを誘導することができるカスパーゼタンパク質の少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、誘導性カスパーゼタンパク質は、ｉＣａｓｐ９である。それは、一続きのアミノ酸を介してヒトカスパーゼ９をコードする遺伝子に接続された、Ｆ３６Ｖ変異を伴う、ヒトＦＫ５０６結合タンパク質ＦＫＢＰ１２の配列を含む。ＦＫＢＰ１２－Ｆ３６Ｖは、低分子二量体化剤であるＡＰＩ９０３に高い親和性で結合する。故に、本発明のｉＣａｓｐ９の自殺機能は、二量体誘導化合物（ＣＩＤ）の投与によって発動される。いくつかの実施形態では、ＣＩＤは、低分子薬ＡＰＩ９０３である。二量体化は、アポトーシスの迅速な誘導を引き起こす（例えば、ＷＯ２０１１１４６８６２、Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ ３６５；１８（２０１１）、Ｔｅｙ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｌ．Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．１３：９１３－９２４（２００７）を参照されたく、同文献の各々は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される）。
【0195】
安全スイッチまたは自殺遺伝子の組み込みは、レシピエントに細胞傷害事象または他のマイナスの結果が生じた場合に細胞の制御された殺傷を可能にし、こうして、寛容原性因子を使用するものを含めて細胞ベースの治療法の安全性を増加させる。
【0196】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、例えば、細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するか、宿主に過度の毒性を引き起こすような場合に、安全スイッチを含有する操作された細胞の死またはアポトーシスを誘導する能力を提供するために、本明細書で提供される操作された細胞に組み込む、例えば、それに導入することができる。故に、安全スイッチの使用は、インビボで異常な細胞を条件付きで排除できるようにし、これは臨床施設における細胞療法の応用に必要不可欠なステップであり得る。安全スイッチ及びそれらの使用は、例えば、Ｄｕｚｇｕｎｅ§，Ｏｒｉｇｉｎｓ ｏｆ Ｓｕｉｃｉｄｅ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（２０１９）、Ｄｕｚｇｕｎｅ§（ｅｄｓ），Ｓｕｉｃｉｄｅ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ．Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．１８９５（Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ）（ＨＳＶ－ｔｋ、シトシンデアミナーゼ、ニトロレダクターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、及び西洋ワサビペルオキシダーゼについて）、Ｚｈｏｕ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎｅｒ，Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ ４４（１１）：１０１３－１０１９（２０１６）（ｉＣａｓｐａｓｅ９について）、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ １８（５）：１２５５－１２６３（２００１）（ｈｕＥＧＦＲについて）、米国特許出願公開第２０１８０００２３９７号（ＨＥＲ１について）、及びＰｈｉｌｉｐ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ１２４（８）：１２７７－１２８７（２０１４）（ＲＱＲ８について）に記載される。
【0197】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、制御された様態で、例えば、薬物もしくはプロドラッグの存在下で、または選択的な外因性化合物による作動時に、細胞死を引き起こすことができる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－ｔｋ）、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ニトロレダクターゼ（ＮＴＲ）、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ（ＰＮＰ）、西洋ワサビペルオキシダーゼ、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐ９）、ラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）、ＣＣＲ４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＥＧＦＲ、ＧＤ２、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、ＰＳＭＡ、及びＲＱＲ８からなる群から選択される。
【0198】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、例えば、細胞の内部で無毒のプロドラッグを有毒な代謝産物に変えることによって、薬物またはプロドラッグによって作動されたときに細胞を殺傷する能力を有する産物をコードする導入遺伝子であってもよい。これらの実施形態では、細胞殺傷は、操作された細胞を薬物またはプロドラッグと接触させることによって作動される。場合によっては、安全スイッチは、ＨＳＶ－ｔｋであり、これはガンシクロビル（ＧＣＶ）をＧＣＶ三リン酸に変換し、それによってＤＮＡ合成を妨害し、分裂細胞を殺傷する。場合によっては、安全スイッチは、ＣｙＤまたはそのバリアントであり、これはシトシンからウラシルへの加水分解的脱アミノ化を触媒することによって、抗真菌薬５－フルオロシトシン（５－ＦＣ）を細胞傷害性の５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）に変換する。５－ＦＵは、細胞酵素によって強力な代謝拮抗物質（５－ＦｄＵＭＰ、５－ＦｄＵＴＰ、５－ＦＵＴＰ）にさらに変換される。これらの化合物は、チミジル酸合成酵素、ならびにＲＮＡ及びＤＮＡの産生を阻害して、細胞死をもたらす。場合によっては、安全スイッチは、ＮＴＲまたはそのバリアントであり、これは増殖細胞及び非増殖細胞において有毒である反応性Ｎ－ヒドロキシルアミン中間体へのニトロ基の還元を介して、プロドラッグＣＢ １９５４に対して作用することができる。場合によっては、安全スイッチは、ＰＮＰまたはそのバリアントであり、これはプロドラッグ６－メチルプリンデオキシリボシドまたはフルダラビンを、増殖細胞及び非増殖細胞の両方に対して有毒な代謝産物に変えることができる。場合によっては、安全スイッチは、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはそのバリアントであり、これはインドール－３－酢酸（ＩＡＡ）から強力な細胞毒素への触媒作用を引き起こし、こうして細胞殺傷を達成することができる。
【0199】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、ｉＣａｓｐ９であってもよい。カスパーゼ９は、生理的条件下で損傷したミトコンドリアからのシトクロムＣの放出によって活性化される、ミトコンドリアの本来備わっているアポトーシス経路の構成要素である。次いで、活性化されたカスパーゼ９は、カスパーゼ３を活性化し、これによりターミナルエフェクター分子が発動されて、アポトーシスに至る。ｉＣａｓｐ９は、短縮型カスパーゼ９（その生理的二量体化ドメインまたはカスパーゼ活性化ドメインを含まない）を、ペプチドリンカーを介してＦＫ５０６結合タンパク質（ＦＫＢＰ）、ＦＫＢＰ１２－Ｆ３６Ｖに融合することによって生成され得る。ｉＣａｓｐ９は、二量体非依存性の低い基礎活性を有し、宿主細胞（例えば、ヒトＴ細胞）においてそれらの表現型、機能、または抗原特異性を損なうことなく安定に発現させることができる。しかしながら、リミデュシド（ｒｉｍｉｄｕｃｉｄ）（ＡＰ１９０３）、ＡＰ２０１８７、及びラパマイシン等の二量体誘導化合物（ＣＩＤ）の存在下で、ｉＣａｓｐ９は、誘導性二量体化を受け、下流のカスパーゼ分子を活性化して、ｉＣａｓｐ９を発現する細胞のアポトーシスをもたらすことができる。例えば、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１１／１４６８６２号、Ｓｔａｓｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３６５；１８（２０１１）、Ｔｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌ．Ｂｌｏｏｄ Ｍａｒｒｏｗ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ １３：９１３－９２４（２００７）を参照されたい。特に、ラパマイシン誘導性のカスパーゼ９バリアントは、ｒａｐａＣａｓｐ９と呼ばれる。Ｓｔａｖｒｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍａｌ．Ｔｈｅｒ．２６（５）：１２６６－１２７６（２０１８）を参照されたい。故に、ｉＣａｓｐ９は、宿主細胞の制御された殺傷を達成するための安全スイッチとして使用することができる。
【0200】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、膜発現型タンパク質であってもよく、これはそのタンパク質に特異的な抗体の投与後に細胞枯渇を可能にする。この部類の安全スイッチは、例えば、その表面発現のためのＣＣＲ４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＥＧＦＲ、ＧＤ２、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、ＰＳＭＡ、またはＲＱＲ８をコードする１つまたは複数の導入遺伝子を含み得る。これらのタンパク質は、特異的抗体によって標的化され得る表面エピトープを有し得る。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＣＣＲ４抗体によって認識され得るＣＣＲ４を含む。好適な抗ＣＣＲ４抗体の非限定的な例としては、モガムリズマブ及びそのバイオ後続品が挙げられる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＣＤ１６抗体または抗ＣＤ３０抗体によって認識され得るＣＤ１６またはＣＤ３０を含む。かかる抗ＣＤ１６抗体または抗ＣＤ３０抗体の非限定的な例としては、ＡＦＭ１３及びそのバイオ後続品が挙げられる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＣＤ１９抗体によって認識され得るＣＤ１９を含む。かかる抗ＣＤ１９抗体の非限定的な例としては、ＭＯＲ２０８及びそのバイオ後続品が挙げられる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＣＤ２０抗体によって認識され得るＣＤ２０を含む。かかる抗ＣＤ２０抗体の非限定的な例としては、オビヌツズマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、リツキシマブ、リツキシマブ－ＲＩＩｂ、及びそれらのバイオ後続品が挙げられる。故に、安全スイッチを発現する細胞は、ＣＤ２０陽性であり、記載したような抗ＣＤ２０抗体の投与により殺傷の標的とすることができる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＥＧＦＲ抗体によって認識され得るＥＧＦＲを含む。かかる抗ＥＧＦＲ抗体の非限定的な例としては、トムゾツキシマブ、ＲＯ５０８３９４５（ＧＡ２０１）、セツキシマブ、及びそれらのバイオ後続品が挙げられる。いくつかの実施形態では、安全スイッチは、抗ＧＤ２抗体によって認識され得るＧＤ２を含む。かかる抗ＧＤ２抗体の非限定的な例としては、Ｈｕｌ４．１８Ｋ３２２Ａ、Ｈｕｌ４．１８－ＩＬ２、Ｈｕ３Ｆ８、ジニツキシマブ、ｃ．６０Ｃ３－ＲＩＩｃ、及びそれらのバイオ後続品が挙げられる。
【0201】
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、操作された細胞の表面上の１つまたは複数の寛容原性因子を認識する外因的に投与される剤であってもよい。いくつかの実施形態では、外因的に投与される剤は、寛容原性物質に対して向けられるまたはそれに特異的な抗体、例えば、抗ＣＤ４７抗体である。操作された細胞上の寛容原性因子を認識し、遮断することによって、外因的に投与される抗体は、寛容原性因子の免疫抑制機能を遮断し、それによって免疫系を操作された細胞に対して再感作し得る。例えば、ＣＤ４７を過剰発現する操作された細胞の場合、外因的に投与される抗ＣＤ４７抗体が対象に投与されて、操作された細胞上のＣＤ４７の遮蔽及び操作された細胞に対する免疫応答の発動をもたらし得る。
【0202】
いくつかの実施形態では、操作された細胞を生成する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）細胞における１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除することと、（ｂ）細胞におけるＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させることと、（ｃ）細胞における寛容原性因子の発現を増加させることとを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３から選択される。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。いくつかの実施形態では、該方法は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除することを含む。いくつかの実施形態では、発現を低減または増加させることは、誘導型ヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して細胞に対する１つまたは複数の改変を実施することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、誘導性自殺スイッチを含む発現ベクターを細胞内に導入することをさらに含む。いくつかの実施形態では、該方法は、該細胞におけるＣＤ５５の発現を増加させることをさらに含む。
【0203】
いくつかの実施形態では、操作された細胞を生成する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）細胞におけるＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させることと、（ｂ）細胞におけるＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させることとを含む。いくつかの実施形態では、発現を低減または増加させることは、誘導型ヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して細胞に対する１つまたは複数の改変を実施することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、誘導性自殺スイッチを含む発現ベクターを細胞内に導入することをさらに含む。いくつかの実施形態では、該方法は、該細胞におけるＣＤ５５の発現を増加させることをさらに含む。
【0204】
いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７であり、該細胞は、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現する。
【0205】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、その必要のある対象にＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤を投与することを含み、ここで、対象は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するように操作された細胞の集団を以前に投与された。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＣＤ４７結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７結合ドメインは、シグナル調節タンパク質アルファ（ＳＩＲＰα）またはその断片を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）Ｆｃドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃドメインは、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ１ Ｆｃドメインは、ヒト抗体の断片を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＴＴＩ－６２１、ＴＴＩ－６２２、及びＡＬＸ１４８からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＴＴＩ－６２１、ＴＴＩ－６２２、及びＡＬＸ１４８である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＴＴＩ－６２２である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＡＬＸ１４８である。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ Ｆｃドメインは、ＩｇＧ４ Ｆｃドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＭＩＡＰ４１０、Ｂ６Ｈ１２、及びマグロリマブからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、ＭＩＡＰ４１０である。いくつかの実施形態では、抗体は、Ｂ６Ｈ１２である。いくつかの実施形態では、抗体は、マグロリマブである。いくつかの実施形態では、抗体は、ＡＯ－１７６、ＩＢＩ１８８（レタプリマブ（ｌｅｔａｐｌｉｍａｂ））、ＳＴＩ－６６４３、及びＺＬ－１２０１からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、抗体は、ＡＯ－１７６（Ａｒｃｈ）である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＩＢＩ１８８（レタプリマブ）（Ｉｎｎｏｖｅｎｔ）である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＳＴＩ－６６４３（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）である。いくつかの実施形態では、抗体は、ＺＬ－１２０１（Ｚａｉ）である。
【0206】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７に結合する有用な抗体またはその断片は、マグロリマブ（（Ｈｕ５Ｆ９－Ｇ４））（Ｆｏｒｔｙ Ｓｅｖｅｎ，Ｉｎｃ．；Ｇｉｌｅａｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．）、ウラブレリマブ（ｕｒａｂｒｅｌｉｍａｂ）、ＣＣ－９０００２（Ｃｅｌｇｅｎｅ；Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＩＢＩ－１８８（Ｉｎｎｏｖｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＩＢＩ－３２２（Ｉｎｎｏｖｅｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）、ＴＧ－１８０１（ＴＧ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ；ＮＩ－１７０１としても公知、Ｎｏｖｉｍｍｕｎｅ ＳＡ）、ＡＬＸ１４８（ＡＬＸ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、ＴＪ０１１１３３（ＴＪＣ４としても公知、Ｉ－Ｍａｂ Ｂｉｏｐｈａｒｍａ）、ＦＡ３Ｍ３，ＺＬ－１２０１（Ｚａｉ Ｌａｂ Ｃｏ．，Ｌｔｄ）、ＡＫ１１７（Ａｋｅｓｂｉｏ Ａｕｓｔｒａｌｉａ Ｐｔｙ，Ｌｔｄ．）、ＡＯ－１７６（Ａｒｃｈ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、ＳＲＦ２３１（Ｓｕｒｆａｃｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、ＧｅｎＳｃｉ－０５９（ＧｅｎｅＳｃｉｅｎｃｅ）、Ｃ４７Ｂ１５７（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、Ｃ４７Ｂ１６１（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、Ｃ４７Ｂ１６７（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、Ｃ４７Ｂ２２２（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、Ｃ４７Ｂ２２７（Ｊａｎｓｓｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）、Ｖｘ－１００４（Ｃｏｒｖｕｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＨＭＢＤ００４（Ｈｕｍｍｉｎｇｂｉｒｄ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｔｅ Ｌｔｄ）、ＳＨＲ－１６０３（Ｈｅｎｇｒｕｉ）、ＡＭＭＳ４－Ｇ４（Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ＲＴＸ－ＣＤ４７（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｇｒｏｎｉｎｇｅｎ）、及びＩＭＣ－００２（Ｓａｍｓｕｎｇ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ；ＩｍｍｕｎｅＯｎｃｉａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）を含む群から選択され得る。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＤ４７結合に関して、マグロリマブ、ウラブレリマブ、ＣＣ－９０００２、ＩＢＩ－１８８、ＩＢＩ－３２２、ＴＧ－１８０１（ＮＩ－１７０１）、ＡＬＸ１４８、ＴＪ０１１１３３、ＦＡ３Ｍ３、ＺＬ１２０１、ＡＫ１１７、ＡＯ－１７６、ＳＲＦ２３１、ＧｅｎＳｃｉ－０５９、Ｃ４７Ｂ１５７、Ｃ４７Ｂ１６１、Ｃ４７Ｂ１６７、Ｃ４７Ｂ２２２、Ｃ４７Ｂ２２７、Ｖｘ－１００４、ＨＭＢＤ００４、ＳＨＲ－１６０３、ＡＭＭＳ４－Ｇ４、ＲＴＸ－ＣＤ４７、及びＩＭＣ－００２を含む群から選択される抗体と競合しない。いくつかの実施形態では、抗体またはその断片は、ＣＤ４７結合に関して、マグロリマブ、ウラブレリマブ、ＣＣ－９０００２、ＩＢＩ－１８８、ＩＢＩ－３２２、ＴＧ－１８０１（ＮＩ－１７０１）、ＡＬＸ１４８、ＴＪ０１１１３３、ＦＡ３Ｍ３、ＺＬ１２０１、ＡＫ１１７、ＡＯ－１７６、ＳＲＦ２３１、ＧｅｎＳｃｉ－０５９、Ｃ４７Ｂ１５７、Ｃ４７Ｂ１６１、Ｃ４７Ｂ１６７、Ｃ４７Ｂ２２２、Ｃ４７Ｂ２２７、Ｖｘ－１００４、ＨＭＢＤ００４、ＳＨＲ－１６０３、ＡＭＭＳ４－Ｇ４、ＲＴＸ－ＣＤ４７、及びＩＭＣ－００２から選択される抗体と競合する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７に結合する抗体またはその断片は、ＣＤ４７に対する一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）、ＣＤ４７に対するＦａｂ、ＣＤ４７に対するＶＨＨナノボディ、ＣＤ４７に対するＤＡＲＰｉｎ、及びそれらのバリアントを含む群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７に対するｓｃＦｖ、ＣＤ４７に対するＦａｂ、及びそれらのバリアントは、マグロリマブ、ウラブレリマブ、ＣＣ－９０００２、ＩＢＩ－１８８、ＩＢＩ－３２２、ＴＧ－１８０１（ＮＩ－１７０１）、ＡＬＸ１４８、ＴＪ０１１１３３、ＦＡ３Ｍ３、ＺＬ１２０１、ＡＫ１１７、ＡＯ－１７６、ＳＲＦ２３１、ＧｅｎＳｃｉ－０５９、Ｃ４７Ｂ１５７、Ｃ４７Ｂ１６１、Ｃ４７Ｂ１６７、Ｃ４７Ｂ２２２、Ｃ４７Ｂ２２７、Ｖｘ－１００４、ＨＭＢＤ００４、ＳＨＲ－１６０３、ＡＭＭＳ４－Ｇ４、ＲＴＸ－ＣＤ４７、及びＩＭＣ－００２を含む群から選択される抗体のうちのいずれかの抗原結合ドメインに基づく。
【0207】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７アンタゴニストは、ＣＤ４７遮断を提供する。ＣＤ４７遮断のための方法及び剤は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２１／０５４３２６に記載され、同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0208】
ひとたび変化させられると、本明細書に記載の分子のうちのいずれかの発現の存在について、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＦＡＣＳアッセイ等といった既知の技法を使用してアッセイすることができる。
【0209】
Ａ．標的遺伝子の低減された発現
１．標的遺伝子
Ａ．ＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれかの発現を調節する（例えば、低減または排除する）、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質配列（互換的に標的遺伝子とも称される）の改変（例えば、遺伝子改変）を含む。いくつかの実施形態では、改変または操作対象の細胞は、１つまたは複数の改変を以前に導入されていない未改変の細胞または操作されていない細胞である。いくつかの実施形態では、遺伝子編集システムを使用して、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及びＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれかの発現を調節する（例えば、低減または排除する）、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列が改変される。ある特定の実施形態では、細胞のゲノムは、細胞の表面上の１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現等のＨＬＡ発現を容易にする際に必要とされるまたはそれに関与する構成要素を低減または欠失するように変化させられている。例えば、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子の構成要素であるベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）の発現が細胞において低減または排除され、それによって、操作された細胞による１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現（例えば、細胞表面発現）が低減または排除される。
１．標的遺伝子
Ａ．ＭＨＣクラスＩ分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれかの発現を調節する（例えば、低減または排除する）、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質配列（互換的に標的遺伝子とも称される）の改変（例えば、遺伝子改変）を含む。いくつかの実施形態では、改変または操作対象の細胞は、１つまたは複数の改変を以前に導入されていない未改変の細胞または操作されていない細胞である。いくつかの実施形態では、遺伝子編集システムを使用して、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及びＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれかの発現を調節する（例えば、低減または排除する）、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列が改変される。ある特定の実施形態では、細胞のゲノムは、細胞の表面上の１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現等のＨＬＡ発現を容易にする際に必要とされるまたはそれに関与する構成要素を低減または欠失するように変化させられている。例えば、いくつかの実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子の構成要素であるベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）の発現が細胞において低減または排除され、それによって、操作された細胞による１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現（例えば、細胞表面発現）が低減または排除される。
【0210】
いくつかの実施形態では、操作された細胞における１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質の発現を調節する（例えば、低減または排除する）、操作された細胞における記載される改変のうちのいずれも、第ＩＩ．Ｂ節に記載されるポリヌクレオチド（例えば、ＣＤ４７等の寛容原性因子）を過剰発現させるような１つまたは複数の改変と一緒に組み合わされてもよい。
【0211】
いくつかの実施形態では、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現の低減は、例えば、以下のうちの１つまたは複数によって遂行することができる：（１）多型ＨＬＡアレル（ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ）及びＭＨＣクラスＩＩ遺伝子を直接標的化すること、（２）Ｂ２Ｍの除去により、全てのＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送を低減すること、及び／または（３）ＨＬＡ発現に必要不可欠である、ＬＲＣ５、ＲＦＸ－５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＩＲＦｌ、ＮＦ－Ｙ（ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃを含む）、及びＣＩＩＴＡ等のＭＨＣエンハンセオソームの１つもしくは複数の構成要素の欠失。
【0212】
ある特定の実施形態では、ＨＬＡ発現が妨害される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ発現は、個々のＨＬＡを標的化すること（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃの発現をノックアウトすること）、ＨＬＡ発現の転写レギュレーターを標的化すること（例えば、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＰ、ＲＦＸＡＮＫ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、及び／またはＩＲＦ－１の発現をノックアウトすること）、ＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送を遮断すること（例えば、Ｂ２Ｍ及び／またはＴＡＰ１の発現をノックアウトすること）、及び／またはＨＬＡ－Ｒａｚｏｒで標的化すること（例えば、ＷＯ２０１６１８３０４１を参照されたい）によって妨害される。
【0213】
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体は、ヒトＭＨＣと同義である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される操作された細胞は、ヒト細胞である。ある特定の態様では、本明細書に開示される操作された細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子に対応する１つまたは複数のヒト白血球抗原（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ）を発現せず、故に低免疫原性であるとして特徴付けられる。例えば、ある特定の態様では、本明細書に開示される操作された細胞は、任意の幹細胞またはそれから調製される分化した幹細胞を含めた細胞が以下のＭＨＣクラスＩ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数を発現しないか、またはその発現の低減を示すように改変されている。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数が、細胞から「ノックアウト」され得る。ＨＬＡ－Ａ遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ遺伝子、及び／またはＨＬＡ－Ｃ遺伝子がノックアウトされた細胞は、ノックアウトされた各遺伝子の低減された発現またはその排除を示し得る。
【0214】
ある特定の実施形態では、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、連続した一続きのゲノムＤＮＡを標的化して欠失させ、それによってＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５からなる群から選択される標的遺伝子の発現が低減または排除されることによって調節される。
【0215】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変を含む。１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減するための例となる方法が、下記の節に記載される。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍ及びＮＬＲＣ５のうちの一方または両方である。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子に対する遺伝子編集改変（例えば、インデル）を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変（例えば、インデル）を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集改変（例えば、インデル）を含む。
【0216】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍの発現を低減する改変である。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ ｍＲＮＡ発現を低減する。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍの低減されたｍＲＮＡ発現は、改変を含まない同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、Ｂ２ＭのｍＲＮＡ発現は、約５％を超えて低減され、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％のうちのいずれかを超えて、またはそれよりも多く低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２ＭのｍＲＮＡ発現は、最大約１００％低減され、例えば、最大約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％のうちのいずれか、またはそれよりも少なく低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２ＭのｍＲＮＡ発現は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかだけ低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２ＭのｍＲＮＡ発現は、排除される（例えば、０％のＢ２Ｍ ｍＲＮＡの発現）。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ ｍＲＮＡ発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を排除する。
【0217】
いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍタンパク質発現を低減する。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現は、改変を含まない同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍのタンパク質発現は、約５％を超えて低減され、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％のうちのいずれかを超えて、またはそれよりも多く低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍのタンパク質発現は、最大約１００％低減され、例えば、最大約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％のうちのいずれか、またはそれよりも少なく低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍのタンパク質発現は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかだけ低減される。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍのタンパク質発現は、排除される（例えば、０％のＢ２Ｍタンパク質の発現）。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍタンパク質発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を排除する。
【0218】
いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ発現を低減する改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の一方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ発現を低減する改変は、不活性化または破壊を含み、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。
【0219】
いくつかの実施形態では、改変は、細胞における１つまたは複数のＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、不活性化または破壊を含み、Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデルを含む。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノムＤＮＡのフレームシフト変異である。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0220】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変を含む。１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減するための例となる方法が、下記の節に記載される。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。
【0221】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡの発現を低減する改変である。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ ｍＲＮＡ発現を低減する。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡの低減されたｍＲＮＡ発現は、改変を含まない同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのｍＲＮＡ発現は、約５％を超えて低減され、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％のうちのいずれかを超えて、またはそれよりも多く低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのｍＲＮＡ発現は、最大約１００％低減され、例えば、最大約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％のうちのいずれか、またはそれよりも少なく低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのｍＲＮＡ発現は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかだけ低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのｍＲＮＡ発現は、排除される（例えば、０％のＣＩＩＴＡ ｍＲＮＡの発現）。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ ｍＲＮＡ発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を排除する。
【0222】
いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡタンパク質発現を低減する。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現は、改変を含まない同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのタンパク質発現は、約５％を超えて低減され、例えば、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％のうちのいずれかを超えて、またはそれよりも多く低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのタンパク質発現は、最大約１００％低減され、例えば、最大約９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％のうちのいずれか、またはそれよりも少なく低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのタンパク質発現は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％のうちのいずれかだけ低減される。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡのタンパク質発現は、排除される（例えば、０％のＣＩＩＴＡタンパク質の発現）。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡタンパク質発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を排除する。
【0223】
いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現を低減する改変は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の一方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ発現を低減する改変は、不活性化または破壊を含み、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。
【0224】
いくつかの実施形態では、改変は、細胞における１つまたは複数のＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、改変は、不活性化または破壊を含み、Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデルを含む。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノムＤＮＡのフレームシフト変異である。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、改変は、Ｂ２Ｍ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子は、ノックアウトされる。
【0225】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変を含む。１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減するための例となる方法が、下記の節に記載される。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。特定の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。
【0226】
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減する改変を含む。
【0227】
２．発現を低減する方法
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、記載したような１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質の発現を低減するように改変される（例えば、遺伝子改変される）。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドまたはタンパク質の発現を低減する（例えば、排除する）ような１つまたは複数の改変により操作される細胞は、本明細書に記載される任意の供給源細胞である。いくつかの実施形態では、供給源細胞は、第ＩＩ．Ｃ節に記載される任意の細胞である。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、ベータ島細胞もしくは肝細胞等の分化細胞、または初代細胞）は、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような１つまたは複数の改変を含む。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの非限定的な例としては、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、ＮＬＲＣ５、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＬＲＣ５、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、及びＴＡＰ１のうちの１つまたは複数等の、上述したいずれかが挙げられる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような改変は、第ＩＩ．Ｂ節に記載されるいずれか等の所望の導入遺伝子の発現を増加させるような１つまたは複数の改変と組み合わされる。いくつかの実施形態では、改変は、免疫特権が備わったまたは低免疫原性細胞である、操作された細胞を作出する。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに減少した免疫活性化を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、記載したような１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたはタンパク質の発現を低減するように改変される（例えば、遺伝子改変される）。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドまたはタンパク質の発現を低減する（例えば、排除する）ような１つまたは複数の改変により操作される細胞は、本明細書に記載される任意の供給源細胞である。いくつかの実施形態では、供給源細胞は、第ＩＩ．Ｃ節に記載される任意の細胞である。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、ベータ島細胞もしくは肝細胞等の分化細胞、または初代細胞）は、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような１つまたは複数の改変を含む。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの非限定的な例としては、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、ＮＬＲＣ５、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＬＲＣ５、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、及びＴＡＰ１のうちの１つまたは複数等の、上述したいずれかが挙げられる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような改変は、第ＩＩ．Ｂ節に記載されるいずれか等の所望の導入遺伝子の発現を増加させるような１つまたは複数の改変と組み合わされる。いくつかの実施形態では、改変は、免疫特権が備わったまたは低免疫原性細胞である、操作された細胞を作出する。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに減少した免疫活性化を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
【0228】
標的ポリヌクレオチドの発現を低減するための任意の方法が使用されてもよい。いくつかの実施形態では、改変は、標的ポリヌクレオチドの発現の永久的な排除または低減をもたらす。例えば、いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチドまたは遺伝子は、例えば、標的指向性エンドヌクレアーゼを使用することによって、標的ポリヌクレオチドにＤＮＡ切断を導入することによって破壊される。他の実施形態では、改変は、標的ポリヌクレオチドの発現の一過性の低減をもたらす。例えば、いくつかの実施形態では、遺伝子抑制は、例えば、アンチセンス技法を使用して、例えば、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン（ｓｈＲＮＡ）、及び／またはリボザイムによって、標的ポリヌクレオチドに相補的である阻害性核酸を使用して遺伝子の発現を選択的に抑制（ｓｕｐｐｒｅｓｓ）または抑制（ｒｅｐｒｅｓｓ）することで達成される。
【0229】
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ヒトゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、哺乳動物ゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、脊椎動物ゲノム配列である。
【0230】
いくつかの実施形態では、遺伝子破壊は、典型的には標的化された様態での、遺伝子における１つもしくは複数の二本鎖切断及び／または１つもしくは複数の一本鎖切断の誘導によって実施される。いくつかの実施形態では、二本鎖または一本鎖切断は、ヌクレアーゼ、例えば、エンドヌクレアーゼ、例えば、遺伝子標的化ヌクレアーゼによって作製される。いくつかの実施形態では、標的化ヌクレアーゼは、遺伝子の配列またはその一部分に標的化されるように特異的に設計された、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、及びＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼ（Ｃａｓ）等のＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼから選択される。いくつかの実施形態では、標的化ヌクレアーゼは、二本鎖または一本鎖切断を生じさせ、これが次いで誤りがちな非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または場合によっては、鋳型が使用される正確な相同性指向修復（ＨＤＲ）を介して修復を受ける。いくつかの実施形態では、標的化ヌクレアーゼは、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を生じさせる。いくつかの実施形態では、切断の生成及び修復プロセスは、典型的に誤りがちであり、ＮＨＥＪ修復によるＤＮＡ塩基の挿入及び欠失（インデル）をもたらす。いくつかの実施形態では、改変は、標的遺伝子のヌクレオチド配列の欠失、挿入、または変異を誘導し得る。場合によっては、改変は、フレームシフト変異をもたらし得、これが未成熟終止コドンをもたらす可能性がある。ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集の例では、標的化編集は、遺伝子の両方のアレル上で起こり、遺伝子の両アレル破壊または編集をもたらす。いくつかの実施形態では、遺伝子の全てのアレルが遺伝子編集によって標的化される。いくつかの実施形態では、例えばＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した、標的化ヌクレアーゼを用いた改変は、遺伝子の完全なノックアウトにつながる。
【0231】
いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼ等のヌクレアーゼは、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞内に導入される。ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼをコードする核酸の形態で細胞内に導入され得る。核酸を細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、細胞内に導入される核酸は、ＤＮＡである。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼは、タンパク質の形態で細胞内に導入される。例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムの場合、リボ核タンパク質（ＲＮＰ）が細胞内に導入され得る。
【0232】
いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる任意のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが使用され得る。かかるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、様々なＣａｓタンパク質を用いることができる（Ｈａｆｔ ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ．２００５；１（６）ｅ６０）。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを可能にするかかるＣａｓタンパク質の分子機構には、ＲＮＡ結合タンパク質、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、ならびにポリメラーゼが含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。
【0233】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムには、細胞における任意の標的ポリヌクレオチド配列を変化させるために使用され得る標的化システムが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓタンパク質、及びＣａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる１つまたは複数の、例えば少なくとも１～２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））を含む。
【0234】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つまたは複数のアミノ酸置換または改変を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換を含む。いくつかの事例では、置換及び／または改変は、細胞においてタンパク質分解を阻止もしくは低減する、及び／またはポリペプチドの半減期を延長することができる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ペプチド結合の置き換え（例えば、尿素、チオ尿素、カルバメート、スルホニル尿素等）を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、天然に存在するアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、代替のアミノ酸（例えば、Ｄ－アミノ酸、ベータ－アミノ酸、ホモシステイン、ホスホセリン等）を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、部分構造（例えば、ＰＥＧ化、グリコシル化、脂質化、アセチル化、エンドキャッピング等）を含めるような改変を含み得る。
【0235】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、コアＣａｓタンパク質を含む。例となるＣａｓコアタンパク質には、Ｃａｓ１、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ６、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８、及びＣａｓ９が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、大腸菌サブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ２としても公知）を含む。大腸菌サブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｅ３、Ｃｓｅ４、及びＣａｓ５ｅが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＹｐｅｓｔサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ３としても公知）を含む。Ｙｐｅｓｔサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＣｓｙ４が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＮｍｅｎｉサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ４としても公知）を含む。Ｎｍｅｎｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｎ１及びＣｓｎ２が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＤｖｕｌｇサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ１としても公知）を含む。Ｄｖｕｌｇサブタイプの例となるＣａｓタンパク質は、Ｃｓｄ１、Ｃｓｄ２、及びＣａｓ５ｄが含まれる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＴｎｅａｐサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ７としても公知）を含む。Ｔｎｅａｐサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｔ１、Ｃｓｔ２、Ｃａｓ５ｔが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＨｍａｒｉサブタイプのＣａｓタンパク質を含む。Ｈｍａｒｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｈ１、Ｃｓｈ２、及びＣａｓ５ｈが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＡｐｅｒｎサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ５としても公知）を含む。Ａｐｅｒｎサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓａ１、Ｃｓａ２、Ｃｓａ３、Ｃｓａ４、Ｃｓａ５、及びＣａｓ５ａが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＭｔｕｂｅサブタイプのＣａｓタンパク質（ＣＡＳＳ６としても公知）を含む。Ｍｔｕｂｅサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｍ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、及びＣｓｍ５が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質を含む。例となるＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質には、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ２、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、及びＣｍｒ６が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｋｌｏｍｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ５７１，２１９－２２５（２０１９）、Ｓｔｒｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６５，４８－５３（２０１９）を参照されたい。
【0236】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の遺伝子をノックアウト、ノックダウン、または他の方法で改変するように細胞を遺伝子改変するための方法は、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、トランスポザーゼ、及び規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステムを含めた、部位特異的ヌクレアーゼを使用することを含む。
【0237】
ＺＦＮは、細菌ＦｏｋＩ制限酵素のエンドヌクレアーゼドメインに結合したジンクフィンガー含有転写因子から適応された数々の部位特異的ＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質である。ＺＦＮは、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）のＤＮＡ結合ドメインまたはジンクフィンガードメインを有してもよい。例えば、Ｃａｒｒｏｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ（２０１１）１８８：７７３－７８２、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９６）９３：１１５６－１１６０を参照されたい。各ジンクフィンガードメインは、１つまたは複数の亜鉛イオンによって安定化された小さなタンパク質の構造モチーフであり、通常、３～４ｂｐのＤＮＡ配列を認識する。タンデムドメインは、故に、細胞のゲノム内で固有である長いヌクレオチド配列に結合する可能性があり得る。
【0238】
特異性が知られている種々のジンクフィンガーを組み合わせて、約６、９、１２、１５、または１８ｂｐの配列を認識するマルチフィンガーポリペプチドを生み出すことができる。ファジーディスプレイ、酵母ワンハイブリッドシステム、細菌ワンハイブリッド及びツーハイブリッドシステム、ならびに哺乳類細胞を含む、特定の配列を認識するジンクフィンガー（及びそれらの組み合わせ）を生成するための種々の選択及びモジュール式組立て技法が利用可能である。ジンクフィンガーは、既定の核酸配列に結合するように操作され得る。既定の核酸配列に結合するようにジンクフィンガーを操作するための基準は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｓｅｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００２）４１：７０７４－７０８１、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２００８）２４：１８５０－１８５７を参照されたい。
【0239】
ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインまたは他の二量体ヌクレアーゼドメインを含有するＺＦＮは、二量体として機能する。故に、非回文型ＤＮＡ部位を標的化するためにＺＦＮの対が必要とされる。２つの個々のＺＦＮは、それらのヌクレアーゼが適切に離間した状態でＤＮＡの相対する鎖に結合しなければならない。Ｂｉｔｉｎａｉｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９８）９５：１０５７０－１０５７５を参照されたい。ゲノム内の特定の部位を切断するために、ＺＦＮの対は、一方が順方向鎖上、他方が逆方向鎖上で、当該部位の両側に位置する２つの配列を認識するように設計される。ＺＦＮが当該部位のそれぞれの側で結合すると、ヌクレアーゼドメインは二量体化し、当該部位にてＤＮＡを切断して、５’オーバーハングを伴うＤＳＢを生じさせる。次いでＨＤＲを使用して、相同性アームが両側に位置する所望の変異を含有する修復鋳型の一助により、特定の変異を誘導することができる。修復鋳型は通常、細胞に導入される外因性二本鎖ＤＮＡベクターである。Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：７３１－７３４を参照されたい。
【0240】
ＴＡＬＥＮは、標的遺伝子を編集するために使用され得る人工ヌクレアーゼの別の例である。ＴＡＬＥＮは、長いＤＮＡ配列に結合し、それを認識する１０～３０個のリピートを有するタンデムアレイを通常含む、ＴＡＬＥリピートと呼ばれるＤＮＡ結合ドメインに由来する。各リピートは、３３～３５アミノ酸長であり、このうち２つの隣接するアミノ酸（反復可変性二残基またはＲＶＤと呼ばれる）が４つのＤＮＡ塩基対のうちの１つに対する特異性を付与する。故に、標的ＤＮＡ配列においてリピートと塩基対との間に１対１の対応関係が存在する。
【0241】
ＴＡＬＥＮは、１つまたは複数のＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）をヌクレアーゼドメイン、例えば、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼドメインに融合することによって人工的に生産される。Ｚｈａｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４９－１５３を参照されたい。ＴＡＬＥＮにおける使用に向けてＦｏｋＩに対するいくつかの変異が作製されており、これらは、例えば、切断特異性または活性を改善する。Ｃｅｒｍａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１１）３９：ｅ８２、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：７３１－７３４、Ｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１１）３３３：３０７、Ｄｏｙｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ（２０１０）８：７４－７９、Ｓｚｃｚｅｐｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ（２００７）２５：７８６－７９３、Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２０１０）２００：９６を参照されたい。ＦｏｋＩドメインは二量体として機能するため、適切な向き及び間隔での、標的ゲノム内の部位に対する固有のＤＮＡ結合ドメインを有する２つの構築物を必要とする。ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメインとＦｏｋＩヌクレアーゼドメインとの間のアミノ酸残基の数、及び２つの個々のＴＡＬＥＮ結合部位の間の塩基の数の両方が、高レベルの活性を達成するために重要なパラメータであるようである。Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８。
【0242】
操作されたＴＡＬＥリピートをヌクレアーゼドメインと組み合わせることによって、任意の所望のＤＮＡ配列に特異的な部位特異的ヌクレアーゼを生産することができる。ＺＦＮに類似して、ＴＡＬＥＮを細胞内に導入して、ゲノム内の所望の標的部位にてＤＳＢを生じさせることができるため、これを使用して、類似のＨＤＲ媒介性経路で遺伝子をノックアウトまたは変異をノックインすることができる。Ｂｏｃｈ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１３５－１３６、Ｂｏｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：１５０９－１５１２、Ｍｏｓｃｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：３５０１を参照されたい。
【0243】
メガヌクレアーゼは、大きなＤＮＡ配列（１４～４０塩基対）を認識し、切断する能力を特徴とする、エンドヌクレアーゼファミリー内の酵素である。メガヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性及び／またはＤＮＡ認識に影響を及ぼすそれらの構造モチーフに基づいて複数のファミリーに群分けされる。最も普及し、最もよく知られたメガヌクレアーゼは、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー内のタンパク質であり、それらの名称は保存されたアミノ酸配列に帰する。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。一方で、ＧＩＹ－ＹＩＧファミリーメンバーは、ＧＩＹ－ＹＩＧモジュールを有し、これは７０～１００残基長であり、４つの不変残基を有し、このうち２つが活性に必要とされる、４つまたは５つの保存された配列モチーフを含む。Ｖａｎ Ｒｏｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２００２）９：８０６－８１１を参照されたい。Ｈｉｓ－Ｃｙｓファミリーのメガヌクレアーゼは、数百個のアミノ酸残基を包含する領域にわたって高度に保存された一連のヒスチジン及びシステインを特徴とする。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。ＮＨＮファミリーのメンバーは、アスパラギン残基に囲まれた２対の保存されたヒスチジンを含有するモチーフによって定義される。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。
【0244】
特異性要件の高さに起因して特定の標的ＤＮＡ配列に対する天然メガヌクレアーゼを特定する見込みが低いため、変異誘発法及び高スループットスクリーニング法を含めた種々の方法を使用して、固有の配列を認識するメガヌクレアーゼバリアントが作出されている。例えば、既定の核酸配列に結合するように、変化したＤＮＡ結合特異性を有するメガヌクレアーゼを操作するための戦略は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｃｅｌｌ．（２００２）１０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（２００３）３１：２９５２－２９６２、Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２００６）３６１：７４４－７５４、Ｓｅｌｉｇｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（２００２）３０：３８７０－３８７９、Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ（２００４）３４２：３１－４１、Ｄｏｙｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ（２００６）１２８：２４７７－２４８４、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ Ｄｅｓ Ｓｅｌ（２００９）２２：２４９－２５６、Ａｒｎｏｕｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．（２００６）３５５：４４３－４５８、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００６）３６３（２）：２８３－２９４を参照されたい。
【0245】
ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮと同様に、メガヌクレアーゼは、ゲノムＤＮＡにＤＳＢを作出することができ、これにより、例えばＮＨＥＪを介して、不適切に修復される場合にフレームシフト変異が作出され得、細胞における標的遺伝子の発現の減少につながる。代替として、メガヌクレアーゼとともに外来ＤＮＡを細胞内に導入することができる。外来ＤＮＡの配列及び染色体配列に応じて、このプロセスを使用して、標的遺伝子を改変することができる。Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（２０１１）１１：１１－２７を参照されたい。
【0246】
トランスポザーゼは、トランスポゾンの末端に結合し、切り貼り機構または複製型転移機構によってゲノムの別の部分へのその移動を触媒する酵素である。トランスポザーゼをＣＲＩＳＰＥＲ／Ｃａｓシステム等の他のシステムと連結することによって、ゲノムＤＮＡの部位特異的挿入または操作を可能にする新たな遺伝子編集ツールを開発することができる。触媒的に不活性なＣａｓエフェクタータンパク質及びＴｎ７様トランスポゾンを使用する、トランスポゾンを使用した２つの既知のＤＮＡ組み込み方法が存在する。トランスポザーゼ依存性のＤＮＡ組み込みは、ゲノム内にＤＳＢを誘発せず、これはより安全でより特異的なＤＮＡ組み込みを保証し得る。
【0247】
ＣＲＩＳＰＲシステムは元々、獲得免疫の一形態を提供する、侵入するファージ及びプラスミドに対する防御に関与するシステムとして原核生物（例えば、細菌及び古細菌）において発見された。今では、それは研究及び臨床応用で普及した遺伝子編集ツールとして適応され、使用されている。
【0248】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは一般に、少なくとも２つの構成要素、すなわち１つまたは複数のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）及びＣａｓタンパク質を含む。Ｃａｓタンパク質は、標的部位にＤＳＢを導入するヌクレアーゼである。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、以下の２つの主要なクラスに該当する：クラス１システムは、核酸を分解するために複数のＣａｓタンパク質の複合体を使用し、クラス２システムは、同じ目的のために単一の大きなＣａｓタンパク質を使用する。クラス１は、Ｉ型、ＩＩＩ型、及びＩＶ型に分類され、クラス２は、ＩＩ型、Ｖ型、及びＶＩ型に分類される。遺伝子編集用途に適応された異なるＣａｓタンパク質には、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＭａｄ７が含まれるが、これらに限定されない。最も広く使用されるＣａｓ９は、ＩＩ型Ｃａｓタンパク質であり、例示説明として本明細書に記載される。これらのＣａｓタンパク質は、異なる源の種を起源とし得る。例えば、Ｃａｓ９は、Ｓ．ピオゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）またはＳ．アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に由来し得る。
【0249】
元の微生物ゲノム内で、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムは、宿主ゲノム内のアレイとしてコードされるＣＲＩＳＰＲリピート配列の間に侵入ＤＮＡからの配列を組み込む。ＣＲＩＳＰＲリピートアレイからの転写物は、各々がＣＲＩＳＰＲリピートの部分のみならず「プロトスペーサー」配列として知られる侵入ＤＮＡから転写された可変配列を内部にもつ、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）へとプロセスされる。各ｃｒＲＮＡは、第２のトランス活性化ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）とハイブリダイズし、これらの２つのＲＮＡが、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと複合体を形成する。ｃｒＲＮＡのプロトスペーサーにコードされる部分は、相補的な標的ＤＮＡ配列を、それらが「プロトスペーサー隣接モチーフ」（ＰＡＭ）として知られる短い配列に隣接することを条件として、切断するようにＣａｓ９複合体を導く。
【0250】
その発見以来、ＣＲＩＳＰＲシステムは、細菌からヒト細胞を含めた真核細胞に及ぶ広範な細胞及び生物において配列特異的ＤＳＢ及び標的化ゲノム編集を誘導するために適応されてきた。遺伝子編集用途でのその使用においては、人工的に設計された合成ｇＲＮＡが元のｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を置き換えている。例えば、ｇＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ、テトラループ、及びｔｒａｃｒＲＮＡから構成される単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であり得る。ｃｒＲＮＡは通常、目的の標的ＤＮＡを認識するようにユーザー設計される相補的領域（別称、スペーサー、通常は約２０ヌクレオチド長）を含む。ｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、Ｃａｓヌクレアーゼ結合のための足場領域を含む。ｃｒＲＮＡ配列及びｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、テトラループによって連結され、各々が互いとハイブリダイズするための短いリピート配列を有し、故にキメラｓｇＲＮＡを生成する。ｇＲＮＡに存在するスペーサーまたは相補的領域の配列を単に変更することによって、Ｃａｓヌクレアーゼのゲノム標的を変更することができる。相補的領域は、標準的なＲＮＡ－ＤＮＡ相補的塩基対合規則によりＣａｓヌクレアーゼを標的ＤＮＡ部位に導く。
【0251】
Ｃａｓヌクレアーゼが機能するためには、ＰＡＭがゲノムＤＮＡ内の標的配列の直ぐ下流に存在しなければならない。Ｃａｓタンパク質によるＰＡＭの認識は、隣接するゲノム配列を不安定化すると考えられ、ｇＲＮＡによる配列の問合せを可能にして、一致する配列が存在する場合にｇＲＮＡ－ＤＮＡ対合をもたらす。ＰＡＭの特定の配列は、Ｃａｓ遺伝子の種に応じて様々である。例えば、Ｓ．ピオゲネスに由来する、最も一般的に使用されるＣａｓ９ヌクレアーゼは、５’－ＮＧＧ－３’のＰＡＭ配列を認識するか、またはそれよりも低い効率で５’－ＮＡＧ－３’を認識する（ここで、「Ｎ」は任意のヌクレオチドであることができる）。代替のＰＡＭを用いる他のＣａｓヌクレアーゼバリアントもまた特性評価され、ゲノム編集に成功裏に使用されている。これらは下記の表１ａに要約される。
【0252】
【表1a】
【0253】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓヌクレアーゼは、それらの活性、特異性、認識、及び／または他の特性を変化させるための１つまたは複数の変異を含んでもよい。例えば、Ｃａｓヌクレアーゼは、オフターゲット効果を軽減するためにその忠実度を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい（例えば、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９－ＨＦ１、ＨｙｐａＳｐＣａｓ９、ＨｅＦＳｐＣａｓ９、及びｅｖｏＳｐＣａｓ９は、ＳｐＣａｓ９の高忠実度バリアントである）。別の例として、Ｃａｓヌクレアーゼは、そのＰＡＭ特異性を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい。
【0254】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載のＣａｓタンパク質のうちのいずれか１つまたはその機能的部分を含む。本明細書で使用されるとき、「機能的部分」とは、少なくとも１つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））と複合体化して、標的ポリヌクレオチド配列を切断するその能力を保持するペプチドの一部分を指す。いくつかの実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ９タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１としても公知）タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、機能的ドメインは、複合体を形成する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＨＮＨヌクレアーゼドメインの機能的部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。
【0255】
いくつかの実施形態では、好適なＣａｓタンパク質には、Ｃａｓ０、Ｃａｓ１２ａ（すなわちＣｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｉ、ＣａｓＸ、及びＭａｄ７が含まれるが、これらに限定されない。
【0256】
いくつかの実施形態では、外因性Ｃａｓタンパク質は、ポリペプチド形態で細胞内に導入され得る。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞透過ポリペプチドまたは細胞透過ペプチドにコンジュゲートまたは融合され得る。本明細書で使用されるとき、「細胞透過ポリペプチド」及び「細胞透過ペプチド」とは、細胞内への分子の取り込みを容易にするポリペプチドまたはペプチドをそれぞれ指す。細胞透過ポリペプチドは、検出可能な標識を含有し得る。
【0257】
ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、荷電タンパク質（例えば、正電荷、負電荷、または全体的に中性の電荷を保有する）にコンジュゲートまたは融合され得る。かかる連結は、共有結合性であり得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質が細胞を透過する能力を顕著に増加させるために、超陽性荷電したＧＦＰに融合され得る（Ｃｒｏｎｉｃａｎ ｅｔ ａｌ．ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２０１０；５（８）：７４７－５２）。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞内へのその進入を容易にするためにタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）に融合され得る。例となるＰＴＤには、Ｔａｔ、オリゴアルギニン、及びペネトラチンが含まれる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。
【0258】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸の形態で、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞内に導入され得る。核酸を細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ｍＲＮＡ（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）を含む。
【0259】
提供され実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは一般に、２つの構成要素、すなわち１つまたは複数のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）及びＣａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つまたは複数の、例えば１～２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。
【0260】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、Ｃａｓ結合のための足場配列、及びｃｒＲＮＡと呼称されるユーザー設計されるスペーサーまたは相補的部分から構成される短鎖合成ＲＮＡである。ｃＲＮＡは、改変対象のゲノム標的を定めるｃｒＲＮＡ標的化配列（これ以降、ｇＲＮＡ標的化配列とも呼ばれる；通常は約２０ヌクレオチド長）及びｃｒＲＮＡリピートの領域（例えば、ＧＵＵＵＵＡＧＡＧＣＵＡ；配列番号１９）から構成される。ｇＲＮＡに存在する相補的部分の配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を単に変更することによって、Ｃａｓタンパク質のゲノム標的を変更することができる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ結合のための足場配列は、そのアンチリピート配列を介してｃｒＲＮＡにハイブリダイズするｔｒａｃｒＲＮＡ配列（例えば、ＵＡＧＣＡＡＧＵＵＡＡＡＡＵＡＡＧＧＣＵＡＧＵＣＣＧＵＵＡＵＣＡＡＣＵＵＧＡＡＡＡＡＧＵＧＧＣＡＣＣＧＡＧＵＣＧＧＵＧＣＵＵＵ；配列番号２０）から成り立つ。ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ間複合体は、Ｃａｓヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）を動員し、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）の上流を切断する。Ｃａｓタンパク質が機能するためには、ＰＡＭがゲノムＤＮＡ内の標的配列の直ぐ下流に存在しなければならない。Ｃａｓタンパク質によるＰＡＭの認識は、隣接するゲノム配列を不安定化すると考えられ、ｇＲＮＡによる配列の問合せを可能にして、一致する配列が存在する場合にｇＲＮＡ－ＤＮＡ対合をもたらす。ＰＡＭの特定の配列は、Ｃａｓ遺伝子の種に応じて様々である。例えば、Ｓ．ピオゲネス（に由来する、最も一般的に使用されるＣａｓ９ヌクレアーゼは、ＮＧＧのＰＡＭ配列を認識する。代替のＰＡＭを用いる他のＣａｓ９バリアント及び他のヌクレアーゼもまた特性評価され、ゲノム編集に成功裏に使用されている。故に、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、標的遺伝子座に対して設計されたｇＲＮＡに相補的である指定のゲノム遺伝子座にて標的化ＤＳＢを作出することができる。ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡは、キメラ単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ；Ｈｓｕ ｅｔ ａｌ．２０１３）であるｇＲＮＡの生成のためにループ配列（例えば、テトラループ；ＧＡＡＡ）により一緒に連結され得る。ｓｇＲＮＡは、ＤＮＡベースの発現のために、または化学合成によって生成され得る。
【0261】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡの相補的部分の配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）は、目的の標的部位に応じて様々であろう。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、表１ａに記載の遺伝子の配列に特異的な相補的部分を含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡによって標的化されるゲノム遺伝子座は、記載したような遺伝子座のうちのいずれかの４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内に位置する。
【0262】
本明細書に開示される方法は、Ｃａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる、任意のリボ核酸の使用を企図する。いくつかの実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、含む。
【0263】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。
【0264】
本明細書に開示される方法は、Ｃａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる、任意のリボ核酸の使用を企図する。いくつかの実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ｔｒａｃｒＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、単一のリボ核酸は、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、リボ核酸の少なくとも１つは、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の両方が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。当業者には理解されようが、本明細書で提供されるリボ核酸は、用いられる特定のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに応じて様々な異なる標的モチーフにハイブリダイズし、標的ポリヌクレオチドの配列にハイブリダイズするように選択され得る。１～２つのリボ核酸はまた、標的ポリヌクレオチド配列以外の核酸配列とのハイブリダイゼーションを最小限に抑えるようにも選択され得る。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも２つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも１つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１～２個のリボ核酸は、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々は、標的モチーフ間に位置する変異対立遺伝子を挟む、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。
【0265】
いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。
【0266】
いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の同じ鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列には相補的でなく、及び／またはそれにはハイブリダイズしない。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の重複する標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列のオフセット標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。
【0267】
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸及び少なくとも１～２つのリボ核酸をコードする核酸は、ウイルス形質導入（例えば、レンチウイルス形質導入）を介して細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。
【0268】
本明細書に記載の遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な例となるｇＲＮＡ標的化配列が、表１で提供される。これらの配列は、２０１６年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１に見出すことができ、表、付録、及び配列表を含めた同文献の開示は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0269】
【表1】
【0270】
本明細書に記載の遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な追加の例となるＣａｓ９ガイドＲＮＡ配列が、表２Ａで提供される。
【0271】
【表2A】
【0272】
いくつかの実施形態では、記載したような遺伝子の発現を低減または排除するための遺伝子破壊方法において使用するための新たな遺伝子座及び／またはｇＲＮＡ標的化配列を同定することは、当業者の技能水準内にある。例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに関して、（例えば、表１に記載の、例えば、標的遺伝子内の）特定の遺伝子座に対する既存のｇＲＮＡ標的化配列が知られている場合、「インチワーミング」アプローチを使用して、通常はゲノムにわたって約１００塩基対（ｂｐ）毎に存在するＰＡＭ配列についてその遺伝子座のそれぞれの側のフランキング領域をスキャンすることによって、導入遺伝子の標的化挿入のための追加の遺伝子座を同定することができる。通常、異なるヌクレアーゼは、対応するＰＡＭ配列が異なるため、ＰＡＭ配列は、使用される特定のＣａｓヌクレアーゼに依存しよう。遺伝子座のそれぞれの側のフランキング領域は、約５００～４０００ｂｐ長、例えば、約５００ｂｐ、約１０００ｂｐ、約１５００ｂｐ、約２０００ｂｐ、約２５００ｂｐ、約３０００ｂｐ、約３５００ｂｐ、または約４０００ｂｐ長であり得る。ＰＡＭ配列が検索範囲内で同定される場合、その遺伝子座の配列に従って、遺伝子破壊方法において使用するための新たなガイドが設計され得る。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが例示説明として記載されているが、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ、メガヌクレアーゼ及びトランスポザーゼを使用するものを含めた、記載したような任意の遺伝子編集アプローチが、新たな遺伝子座を同定するこの方法において使用され得る。
【0273】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）手法を使用して作製される。「ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）とは、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）に典型的に由来する核酸結合ドメイン及び核酸標的配列を切断するための１つのヌクレアーゼ触媒ドメインからなる融合タンパク質を意図する。触媒ドメインは、好ましくはヌクレアーゼドメイン、より好ましくは、例えば、Ｉ－ＴｅｖＩ、ＣｏｌＥ７、ＮｕｃＡ、及びＦｏｋ－Ｉのような、エンドヌクレアーゼ活性を有するドメインである。特定の実施形態では、ＴＡＬＥドメインは、例えば、Ｉ－ＣｒｅＩ及びＩ－Ｏｎｕｌまたはそれらの機能的バリアントのような、メガヌクレアーゼに融合され得る。いくつかの実施形態では、該ヌクレアーゼは、モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼは、ＷＯ２０１２１３８９２７に記載される操作されたＴＡＬリピートとＩ－ＴｅｖＩの触媒ドメインとの融合体等の、特異的認識及び切断のために二量体化を必要としないＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、細菌種キサントモナス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ）由来のタンパク質であり、複数の反復配列を含み、各反復配列が、１２位及び１３位において核酸標的配列の各ヌクレオチド塩基に特異的である二残基（ＲＶＤ）を含む。類似のモジュール式塩基対塩基核酸結合特性（ＭＢＢＢＤ）もまた、出願人によって最近発見された異なる細菌種における新たなモジュール式タンパク質に由来し得る。この新たなモジュール式タンパク質は、ＴＡＬリピートよりも大きな配列可変性を示すという利点を有する。好ましくは、異なるヌクレオチドの認識に関連するＲＶＤは、Ｃを認識するためのＨＤ、Ｔを認識するためのＮＧ、Ａを認識するためのＮＩ、ＧまたはＡを認識するためのＮＮ、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴを認識するためのＮＳ、Ｔを認識するためのＨＧ、Ｔを認識するためのＩＧ、Ｇを認識するためのＮＫ、Ｃを認識するためのＨＡ、Ｃを認識するためのＮＤ、Ｃを認識するためのＨＩ、Ｇを認識するためのＨＮ、Ｇを認識するためのＮＡ、ＧまたはＡを認識するためのＳＮ及びＴを認識するためのＹＧ、Ａを認識するためのＴＬ、ＡまたはＧを認識するためのＶＴ、ならびにＡを認識するためのＳＷである。別の実施形態では、必要不可欠なアミノ酸１２及び１３は、ヌクレオチドＡ、Ｔ、Ｃ、及びＧに対するそれらの特異性を調節するため、ならびに特にこの特異性を強化するために、他のアミノ酸残基に向けて変異させることができる。ＴＡＬＥＮキットは、市販されている。
【0274】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用して操作される。「ジンクフィンガー結合タンパク質」と、亜鉛イオンの配位によるタンパク質構造の安定化の結果として、好ましくは配列特異的様態で、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及び／またはタンパク質に結合するタンパク質またはポリペプチドである。ジンクフィンガー結合タンパク質という用語は、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＰと略称される場合が多い。個々のＤＮＡ結合ドメインは、典型的には、「フィンガー」と称される。ＺＦＰは、少なくとも１つのフィンガー、典型的には２つのフィンガー、３つのフィンガー、または６つのフィンガーを有する。各フィンガーは、２～４塩基対のＤＮＡ、典型的には３または４塩基対のＤＮＡに結合する。ＺＦＰは、標的部位または標的セグメントと呼ばれる核酸配列に結合する。各フィンガーは、典型的には、およそ３０アミノ酸の亜鉛キレート化ＤＮＡ結合サブドメインを含む。このクラスの単一のジンクフィンガーは、単一のベータターンの２つのシステイン残基とともに亜鉛と配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含むアルファヘリックスからなることが、研究により実証されている（例えば、Ｂｅｒｇ ＆ Ｓｈｉ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７１：１０８１－１０８５（１９９６）を参照されたい）。
【0275】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ホーミングエンドヌクレアーゼを使用して作製される。かかるホーミングエンドヌクレアーゼは、当該技術分野で周知されている（Ｓｔｏｄｄａｒｄ ２００５）。ホーミングエンドヌクレアーゼは、ＤＮＡ標的配列を認識し、一本鎖または二本鎖切断を生じさせる。ホーミングエンドヌクレアーゼは、高度に特異的であり、長さ１２～４５塩基対（ｂｐ）の範囲、通常は長さ１４～４０ｂｐの範囲のＤＮＡ標的部位を認識する。ホーミングエンドヌクレアーゼは、例えば、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧエンドヌクレアーゼ、ＨＮＨエンドヌクレアーゼ、またはＧＩＹ－ＹＩＧエンドヌクレアーゼに対応し得る。いくつかの実施形態では、ホーミングエンドヌクレアーゼは、Ｉ－ＣｒｅＩバリアントであり得る。
【0276】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、メガヌクレアーゼを使用して作製される。メガヌクレアーゼは、定義上、大きな配列を認識する配列特異的エンドヌクレアーゼである（Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ，Ｂ．Ｓ．ａｎｄ Ｂ．Ｌ．Ｓｔｏｄｄａｒｄ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２００１，２９，３７５７－３７７４）。それらは、生細胞において固有の部位を切断し、それによって切断部位の近傍で遺伝子の標的化を１０００倍以上強化することができる（Ｐｕｃｈｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９３，２１，５０３４－５０４０、Ｒｏｕｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９４，１４，８０９６－８１０６、Ｃｈｏｕｌｉｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９５，１５，１９６８－１９７３、Ｐｕｃｈｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９６，９３，５０５５－５０６０、Ｓａｒｇｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９７，１７，２６７－７７、Ｄｏｎｏｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ，１９９８，１８，４０７０－４０７８、Ｅｌｌｉｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，９３－１０１、Ｃｏｈｅｎ－Ｔａｎｎｏｕｄｊｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，１４４４－１４４８）。
【0277】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、ポリペプチドの発現をノックダウンする（例えば、減少させる、排除する、または阻害する）ためのＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を使用して作製される。有用なＲＮＡｉ法は、合成ＲＮＡｉ分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＩＷＩ相互作用ＮＲＡ（ｐｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及び当業者に認識される他の一過性ノックダウン法を利用するものを含む。配列特異的ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等を含めたＲＮＡｉのための試薬は、市販されている。例えば、ｓｉＲＮＡ等の、標的ポリヌクレオチドの標的モチーフに相補的な阻害性核酸を細胞内に導入することによるＲＮＡ干渉によって、上述のいずれか、例えば、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、またはＮＬＲＣ５等の標的ポリヌクレオチドを細胞においてノックダウンすることができる。いくつかの実施形態では、ｓｈＲＮＡ発現ウイルスを細胞に形質導入することによって、上述のいずれか、例えば、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、またはＮＬＲＣ５等の標的ポリヌクレオチドを細胞においてノックダウンすることができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ干渉を用いて、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、及びＮＬＲＣ５からなる群から選択される少なくとも１つの発現が低減または阻害される。
【0278】
３．発現を低減するための例となる標的ポリヌクレオチド及び方法
Ａ．ＭＨＣクラスＩ分子
ある特定の実施形態では、改変は、アクセサリー鎖Ｂ２Ｍを標的化することによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子（例えば、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子をコードする１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ遺伝子）の発現を低減または排除、例えばノックアウトする。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。Ｂ２Ｍの発現を低減または排除、例えばノックアウトすることによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送が遮断され、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに免疫寛容を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
Ａ．ＭＨＣクラスＩ分子
ある特定の実施形態では、改変は、アクセサリー鎖Ｂ２Ｍを標的化することによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子（例えば、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子をコードする１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ遺伝子）の発現を低減または排除、例えばノックアウトする。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。Ｂ２Ｍの発現を低減または排除、例えばノックアウトすることによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送が遮断され、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに免疫寛容を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
【0279】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのオルソログである。
【0280】
いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍの発現の減少または排除は、以下のＭＨＣクラスＩ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。
【0281】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする改変を含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＢ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムを使用することによるものである。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）は、ＷＯ２０１６／１８３０４１の付録２または表１５の配列番号８１２４０～８５６４４からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0282】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸または導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子にて挿入される。Ｂ２Ｍ遺伝子座での標的化挿入に向けた例となる導入遺伝子には、第ＩＩ．Ｂ節に記載されるいずれかが含まれる。
【0283】
Ｂ２Ｍ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＢ２Ｍ遺伝子の改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－Ｉ発現の低減はフローサイトメトリー、例えば、ＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、Ｂ２Ｍタンパク質発現は、Ｂ２Ｍタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する改変の存在が確認される。
【0284】
いくつかの実施形態では、操作された細胞における１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現または機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡ Ｉ）の低減は、当該技術分野で既知の技法、例えば、ＨＬＡ複合体に結合する標識抗体を使用した、例えば、ヒト主要組織適合性ＨＬＡクラスＩ抗原のアルファ鎖に結合する市販のＨＬＡ－Ａ、Ｂ、Ｃ抗体を使用したＦＡＣＳ技法を使用して、測定することができる。加えて、ＨＬＡ Ｉ複合体が細胞表面上に発現していないことを確認するために、細胞を試験することができる。これは、上記で考察したようなＨＬＡ細胞表面の１つまたは複数の構成要素に対する抗体を使用してＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。ＨＬＡ Ｉ（またはＭＨＣクラスＩ）の低減に加えて、本明細書で提供される操作された細胞は、マクロファージの食作用及びＮＫ細胞による殺傷に対して低減された感受性を有する。操作された細胞の低免疫原性表現型に関してアッセイするための方法が、下記にさらに記載される。
【0285】
Ｂ．ＭＨＣクラスＩＩ分子
ある特定の態様では、改変は、クラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を標的化することによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除、例えばノックアウトする。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。ＣＩＩＴＡは、ＬＲ、またはヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのタンパク質のメンバーであり、ＭＨＣエンハンセオソームと会合することによって１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ遺伝子の転写を調節する。ＣＩＩＴＡの発現を低減または排除、例えばノックアウトすることによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現が低減され、それによって表面発現もまた低減される。場合によっては、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに免疫寛容を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
ある特定の態様では、改変は、クラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を標的化することによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除、例えばノックアウトする。いくつかの実施形態では、改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。ＣＩＩＴＡは、ＬＲ、またはヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのタンパク質のメンバーであり、ＭＨＣエンハンセオソームと会合することによって１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ遺伝子の転写を調節する。ＣＩＩＴＡの発現を低減または排除、例えばノックアウトすることによって、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現が低減され、それによって表面発現もまた低減される。場合によっては、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに免疫寛容を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
【0286】
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのオルソログである。
【0287】
いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡの低減された発現またはその排除は、以下のＭＨＣクラスＩＩ分子、すなわちＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。
【0288】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする改変を含む。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムによるものである。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録１または表１２の配列番号５１８４～３６３５２からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0289】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸または導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子にて挿入される。Ｂ２Ｍ遺伝子座での標的化挿入に向けた例となる導入遺伝子には、第ＩＩ．Ｂ節に記載されるいずれかが含まれる。
【0290】
ＣＩＩＴＡ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＣＩＩＴＡ遺伝子の改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－ＩＩ発現の低減はフローサイトメトリー、例えば、ＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＩＩＴＡタンパク質発現は、ＣＩＩＴＡタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する改変の存在が確認される。
【0291】
いくつかの実施形態では、操作された細胞における１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現または機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡ ＩＩ）の低減は、当該タンパク質に対する抗体を使用したウェスタンブロッティング、ＦＡＣＳ技法、ＲＴ－ＰＣＲ技法等といった、当該技術分野で既知の技法を使用して測定することができる。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ ＩＩ複合体が細胞表面上に発現していないことを確認するために、操作された細胞を試験することができる。表面発現を評定するための方法には、当該技術分野で既知の方法が含まれ（例えば、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２１を参照されたい）、一般には、ヒトＨＬＡクラスＩＩ ＨＬＡ－ＤＲ、ＤＰ、及びほとんどのＤＱ抗原に結合する市販の抗体に基づくウェスタンブロットまたはＦＡＣＳ解析のいずれかを使用して行われる。ＨＬＡ ＩＩ（またはＭＨＣクラスＩＩ）の低減に加えて、本明細書で提供される操作された細胞は、マクロファージの食作用及びＮＫ細胞による殺傷に対して低減された感受性を有する。操作された細胞の低免疫原性表現型に関してアッセイするための方法が、下記にさらに記載される。
【0292】
Ｂ．ポリヌクレオチドの過剰発現
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、例えば、細胞において所望のポリヌクレオチドを過剰発現させるような１つまたは複数の改変の細胞内への導入によって、遺伝子改変または操作される。いくつかの実施形態では、改変または操作対象の細胞は、１つまたは複数の改変を以前に導入されていない未改変の細胞または操作されていない細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、外因性タンパク質をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド（また「導入遺伝子」という用語と互換的に使用される）を含むように遺伝子改変される。記載したように、いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエントにおける免疫認識及び寛容に影響を及ぼす寛容原性（例えば、免疫）因子である、ある特定の遺伝子の発現を増加させるように改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞またはＮＫ細胞等の提供される操作された細胞はまた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）も発現する。該１つまたは複数のポリヌクレオチド、例えば、外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞において、上記の第Ｉ．Ａ節に記載される標的ポリヌクレオチド、例えば、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減するような１つまたは複数の遺伝子改変と一緒に発現（例えば、過剰発現）させてもよい。いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、レシピエント対象への投与時に免疫応答を発動または活性化しない。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、例えば、細胞において所望のポリヌクレオチドを過剰発現させるような１つまたは複数の改変の細胞内への導入によって、遺伝子改変または操作される。いくつかの実施形態では、改変または操作対象の細胞は、１つまたは複数の改変を以前に導入されていない未改変の細胞または操作されていない細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、外因性タンパク質をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド（また「導入遺伝子」という用語と互換的に使用される）を含むように遺伝子改変される。記載したように、いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエントにおける免疫認識及び寛容に影響を及ぼす寛容原性（例えば、免疫）因子である、ある特定の遺伝子の発現を増加させるように改変される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞またはＮＫ細胞等の提供される操作された細胞はまた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）も発現する。該１つまたは複数のポリヌクレオチド、例えば、外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞において、上記の第Ｉ．Ａ節に記載される標的ポリヌクレオチド、例えば、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減するような１つまたは複数の遺伝子改変と一緒に発現（例えば、過剰発現）させてもよい。いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、レシピエント対象への投与時に免疫応答を発動または活性化しない。
【0293】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの異なる過剰発現したポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの異なる過剰発現したポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、過剰発現したポリヌクレオチドは、外因性ポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの異なる外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多くの異なる外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、過剰発現したポリヌクレオチドは、細胞においてエピソームとして発現する外因性ポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、過剰発現したポリヌクレオチドは、操作された細胞の１つまたは複数のゲノム遺伝子座内に挿入または組み込まれる外因性ポリヌクレオチドである。
【0294】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ標的化ドメイン及び転写活性化因子を含有する融合タンパク質を使用して、ポリヌクレオチドの発現が増加させられ、すなわちポリヌクレオチドが過剰発現させられる。トランス活性化因子ドメインを使用して発現を増加させる標的化方法は、当業者に既知である。
【0295】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含有し、ここで、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドは、非標的化挿入方法によって、例えば、レンチウイルスベクターによる形質導入によって、細胞のゲノム遺伝子座内に挿入または組み込まれる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドは、標的化挿入方法によって、例えば、相同性指向修復（ＨＤＲ）を使用することによって、細胞のゲノム内に挿入または組み込まれる。任意の好適な方法を使用して、本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めたＨＤＲによって、外因性ポリヌクレオチドを操作された細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドは、本明細書（例えば、表２）に記載の任意のゲノム遺伝子座等の、１つまたは複数のゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの２つ以上は、本明細書（例えば、表２）に記載の任意のゲノム遺伝子座等の、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、２つ以上の外因性ポリヌクレオチドは、本明細書（例えば、表２）に記載される２つ以上のゲノム遺伝子座等の、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。
【0296】
いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術のうちのいずれかを使用して、記載したような１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドまたは標的タンパク質の発現を増加させることができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、ヌクレアーゼ、インテグラーゼ、トランスポザーゼ、リコンビナーゼを伴うシステムを含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、（例えば、遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターまたはエンハンサーを改変または活性化することによって）内在性遺伝子の活性を増加させるような改変に使用することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、（例えば、操作された細胞における増加した発現に向けた、標的ポリヌクレオチドまたは標的タンパク質をコードする構築物、例えば、寛容原性因子、ＣＤ５５、ＣＤ４６、ＣＤ５９のうちのいずれか、または本明細書に記載のその他の分子のうちのいずれかをコードする構築物を導入するための）ゲノムの領域へのＤＮＡノックインまたは組み込みに使用することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、一本鎖切断（ＳＳＢ）を媒介する。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同性指向修復（ＨＤＲ）に関連する場合を含めて、二本鎖切断（ＤＳＢ）を媒介する。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、ＤＮＡベースの編集またはプライム編集を含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子編集技術は、部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）を含み得る。例となるポリヌクレオチドまたは過剰発現、及びそれを過剰発現させる方法が、以下の小節に記載される。
【0297】
１．補体インヒビター
いくつかの実施形態では、細胞において１つまたは複数の補体インヒビターの発現が増加させられる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、１つまたは複数の膜結合型補体インヒビターである。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、補体インヒビターをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、またはそれらの任意の組み合わせである。例えば、いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４６等の１つまたは複数の補体インヒビターをコードするポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現は、該細胞によって発現される細胞表面抗原に対する抗体の存在下を含めて、細胞またはその集団を補体依存性細胞傷害から保護する。
いくつかの実施形態では、細胞において１つまたは複数の補体インヒビターの発現が増加させられる。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、１つまたは複数の膜結合型補体インヒビターである。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、補体インヒビターをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、またはそれらの任意の組み合わせである。例えば、いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４６等の１つまたは複数の補体インヒビターをコードするポリヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現は、該細胞によって発現される細胞表面抗原に対する抗体の存在下を含めて、細胞またはその集団を補体依存性細胞傷害から保護する。
【0298】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、またはそれらの任意の組み合わせ等の１つまたは複数の補体インヒビターを発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６及びＣＤ５９である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の補体インヒビターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５である。いくつかの実施形態では、本開示は、１つまたは複数の補体インヒビターを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５等の１つまたは複数の外因性補体インヒビターを発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４６ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ５９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ５５ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、任意の組み合わせでの２つ以上の補体インヒビターをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＣＤ４６及びＣＤ５９をコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５をコードするヌクレオチド配列を含む。
【0299】
Ｃ．ＣＤ４６
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えばヒトＣＤ４６をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えばヒトＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ４６は、膜結合型補体インヒビターである。それは、Ｃ３ｂ及びＣ４ｂを切断することによって補体媒介性損傷に対して自家細胞を保護するセリンプロテアーゼである補体Ｉ因子の補因子として作用する。ヒトＣＤ４６についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７７５２、ＨＧＮＣ番号６９５３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４１７９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１５５２９、ならびにＮＣＢＩ Ｒｅｆ Ｓｅｑ番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、ＮＭ＿１７２３６１．２、ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１で提供される。
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えばヒトＣＤ４６をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えばヒトＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ４６は、膜結合型補体インヒビターである。それは、Ｃ３ｂ及びＣ４ｂを切断することによって補体媒介性損傷に対して自家細胞を保護するセリンプロテアーゼである補体Ｉ因子の補因子として作用する。ヒトＣＤ４６についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７７５２、ＨＧＮＣ番号６９５３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４１７９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１５５２９、ならびにＮＣＢＩ Ｒｅｆ Ｓｅｑ番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、ＮＭ＿１７２３６１．２、ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１で提供される。
【0300】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、及びＮＭ＿１７２３６１．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、及びＮＭ＿１７２３６１．２に記載のＣＤ４６に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。
【0301】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、及びＮＭ＿１７２３６１．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、及びＮＭ＿１７２３６１．２に記載のＣＤ４６に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0302】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する過剰発現したＣＤ４６ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する外因性ＣＤ４６ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列を有する過剰発現したＣＤ４６ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１に記載のアミノ酸配列を有する外因性ＣＤ４６ポリペプチドを含む。
【0303】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号４に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号４に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ４６ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0304】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号３に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列は、異種シグナルペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている。
【0305】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６の全部または機能的部分を、シグナルペプチド、リーダー配列、分泌シグナル、標識（例えば、レポーター遺伝子）、またはそれらの任意の組み合わせ等の他の構成要素に連結することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６のシグナルペプチドをコードする核酸配列は、異種タンパク質からのシグナルペプチドをコードする核酸配列と置き換えられる。異種タンパク質は、例えば、ＣＤ８α、ＣＤ２８、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、成長ホルモン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＧＭ－ＣＳＦ受容体（ＧＭ－ＣＳＦＲａ）、または免疫グロブリン（例えば、ＩｇＥまたはＩｇＫ）であり得る。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、免疫グロブリン（ＩｇＧ重鎖またはＩｇＧ－カッパ軽鎖等）、サイトカイン（インターロイキン－２（ＩＬ－２）、またはＣＤ３３等）、血清アルブミンタンパク質（例えば、ＨＳＡまたはアルブミン）、ヒトアズロシジンプレタンパク質シグナル配列、ルシフェラーゼ、トリプシノーゲン（例えば、キモトリプシノーゲンまたはトリプシノーゲン）からのシグナルペプチド、または細胞によりもしくは細胞上にタンパク質を効率的に発現させることができる他のシグナルペプチドである。
【0306】
ある特定の実施形態では、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0307】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ４６をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0308】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６タンパク質発現は、ＣＤ４６タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ４６ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0309】
Ｄ．ＣＤ５９
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５９、例えばヒトＣＤ５９をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５９、例えばヒトＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ５９は、膜結合型補体インヒビターである。より具体的には、ＣＤ５９は、補体の膜侵襲複合体（ＭＡＣ）活性のインヒビターである。ＣＤ５９は、集合しているＭＡＣのＣ８及び／またはＣ９補体に結合し、それによって浸透圧溶解孔の完全な形成に必要とされるＣ９の多数コピーの組み込みを阻止することによって作用する。ヒトＣＤ５９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１１Ｍ０３３７０４、ＨＧＮＣ番号１６８９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ９６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３９８７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＰ＿９７６０７５．１、ＮＭ＿２０３３３０．２、ＮＰ＿９７６０７６．１、及びＮＭ＿２０３３３１．２で提供される。
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５９、例えばヒトＣＤ５９をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５９、例えばヒトＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ５９は、膜結合型補体インヒビターである。より具体的には、ＣＤ５９は、補体の膜侵襲複合体（ＭＡＣ）活性のインヒビターである。ＣＤ５９は、集合しているＭＡＣのＣ８及び／またはＣ９補体に結合し、それによって浸透圧溶解孔の完全な形成に必要とされるＣ９の多数コピーの組み込みを阻止することによって作用する。ヒトＣＤ５９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１１Ｍ０３３７０４、ＨＧＮＣ番号１６８９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ９６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３９８７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＰ＿９７６０７５．１、ＮＭ＿２０３３３０．２、ＮＰ＿９７６０７６．１、及びＮＭ＿２０３３３１．２で提供される。
【0310】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載のＣＤ５９に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。
【0311】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載のＣＤ５９に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＭ＿２０３３３０．２、及びＮＭ＿２０３３３１．２に記載のＣＤ５９に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0312】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する過剰発現したＣＤ５９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する外因性ＣＤ５９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列を有する過剰発現したＣＤ５９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＰ＿９７６０７５．１、及びＮＰ＿９７６０７６．１に記載のアミノ酸配列を有する外因性ＣＤ５９ポリペプチドを含む。
【0313】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号６に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号６に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0314】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５９ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列は、異種シグナルペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている。
【0315】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５９の全部または機能的部分を、シグナルペプチド、リーダー配列、分泌シグナル、標識（例えば、レポーター遺伝子）、またはそれらの任意の組み合わせ等の他の構成要素に連結することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９のシグナルペプチドをコードする核酸配列は、異種タンパク質からのシグナルペプチドをコードする核酸配列と置き換えられる。異種タンパク質は、例えば、ＣＤ８α、ＣＤ２８、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、成長ホルモン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＧＭ－ＣＳＦ受容体（ＧＭ－ＣＳＦＲａ）、または免疫グロブリン（例えば、ＩｇＥまたはＩｇＫ）であり得る。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、免疫グロブリン（ＩｇＧ重鎖またはＩｇＧ－カッパ軽鎖等）、サイトカイン（インターロイキン－２（ＩＬ－２）、またはＣＤ３３等）、血清アルブミンタンパク質（例えば、ＨＳＡまたはアルブミン）、ヒトアズロシジンプレタンパク質シグナル配列、ルシフェラーゼ、トリプシノーゲン（例えば、キモトリプシノーゲンまたはトリプシノーゲン）からのシグナルペプチド、または細胞によりもしくは細胞上にタンパク質を効率的に発現させることができる他のシグナルペプチドである。
【0316】
ある特定の実施形態では、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0317】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ５９をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0318】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５９タンパク質発現は、ＣＤ５９タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ５９ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0319】
Ｅ．ＣＤ５５
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５、例えばヒトＣＤ５５をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５、例えばヒトＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ５５は、膜結合型補体インヒビターである。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５と細胞に結合したＣ４ｂ及びＣ３ｂポリペプチドとの相互作用により、Ｃ２及びＢ因子から酵素活性をもつＣ２ａ及びＢｂへの転換を触媒するそれらの能力が妨害され、それによって補体カスケードの増幅転換酵素であるＣ４ｂ２ａ及びＣ３ｂＢｂの形成が阻止される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５は、Ｃ３及びＣ５転換酵素の形成を不安定化し、阻止することによって補体活性化を阻害する。ヒトＣＤ５５（補体崩壊促進因子としても公知）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７３２１、ＨＧＮＣ番号２６６５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ １６０４、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０８１７４、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、ＮＭ＿００１３００９０４．１、ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１で提供される。
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５、例えばヒトＣＤ５５をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５、例えばヒトＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ５５は、膜結合型補体インヒビターである。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５と細胞に結合したＣ４ｂ及びＣ３ｂポリペプチドとの相互作用により、Ｃ２及びＢ因子から酵素活性をもつＣ２ａ及びＢｂへの転換を触媒するそれらの能力が妨害され、それによって補体カスケードの増幅転換酵素であるＣ４ｂ２ａ及びＣ３ｂＢｂの形成が阻止される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５は、Ｃ３及びＣ５転換酵素の形成を不安定化し、阻止することによって補体活性化を阻害する。ヒトＣＤ５５（補体崩壊促進因子としても公知）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７３２１、ＨＧＮＣ番号２６６５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ １６０４、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０８１７４、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、ＮＭ＿００１３００９０４．１、ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１で提供される。
【0320】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、及びＮＭ＿００１３００９０４．１に記載のＣＤ５５に対する過剰発現したヌクレオチド配列を含む。
【0321】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、及びＮＭ＿００１３００９０４．１に記載のＣＤ５５に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0322】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する過剰発現したＣＤ５５ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する外因性ＣＤ５５ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列を有する過剰発現したＣＤ５５ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１に記載のアミノ酸配列を有する外因性ＣＤ５５ポリペプチドを含む。
【0323】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号９に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号９に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0324】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５５ポリペプチドをコードする過剰発現したヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列は、異種シグナルペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている。
【0325】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５の全部または機能的部分を、シグナルペプチド、リーダー配列、分泌シグナル、標識（例えば、レポーター遺伝子）、またはそれらの任意の組み合わせ等の他の構成要素に連結することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５のシグナルペプチドをコードする核酸配列は、異種タンパク質からのシグナルペプチドをコードする核酸配列と置き換えられる。異種タンパク質は、例えば、ＣＤ８α、ＣＤ２８、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、成長ホルモン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＧＭ－ＣＳＦ受容体（ＧＭ－ＣＳＦＲａ）、または免疫グロブリン（例えば、ＩｇＥまたはＩｇＫ）であり得る。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、免疫グロブリン（ＩｇＧ重鎖またはＩｇＧ－カッパ軽鎖等）、サイトカイン（インターロイキン－２（ＩＬ－２）、またはＣＤ３３等）、血清アルブミンタンパク質（例えば、ＨＳＡまたはアルブミン）、ヒトアズロシジンプレタンパク質シグナル配列、ルシフェラーゼ、トリプシノーゲン（例えば、キモトリプシノーゲンまたはトリプシノーゲン）からのシグナルペプチド、または細胞によりもしくは細胞上にタンパク質を効率的に発現させることができる他のシグナルペプチドである。
【0326】
ある特定の実施形態では、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0327】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ５５をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0328】
いくつかの実施形態では、ＣＤ５５タンパク質発現は、ＣＤ５５タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ５５ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0329】
Ｆ．補体インヒビターの組み合わせ
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５からなる群から選択される任意の組み合わせでの２つ以上の補体インヒビターの増加した発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５からなる群から選択される任意の組み合わせでの２つ以上の補体インヒビターの増加した発現を含む。
【0330】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えば上述のいずれかをコードする過剰発現したポリヌクレオチド、及びＣＤ５９、例えば上述のいずれかをコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。
【0331】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えば上述のいずれかをコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９、例えば上述のいずれかをコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。
【0332】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比較して）１．５倍～２倍、２倍～３倍、３倍～４倍、４倍～５倍、５倍～１０倍、１０倍～１５倍、１５倍～２０倍、２０倍～４０倍、４０倍～６０倍、６０倍～８０倍、８０倍～１００倍、または１００倍～２００倍増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、改変（複数可）を有しない細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現を有しないか、またはＣＤ４６及びＣＤ５９の検出可能な発現を有しない。いくつかの実施形態では、改変を欠いた細胞と比較した発現の増加倍率は、２００倍超である。
【0333】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比較して）２倍～２００倍、２倍～１００倍、２倍～５０倍、または２倍～２０倍増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比較して）５倍～２００倍、５倍～１００倍、５倍～５０倍、または５倍～２０倍増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。
【0334】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比較して）少なくとも２倍もしくは約２倍、少なくとも４倍もしくは約４倍、少なくとも６倍もしくは約６倍、少なくとも１０倍もしくは約１０倍、少なくとも１５倍もしくは約及び１５倍、少なくとも２０倍もしくは約２０倍、少なくとも３０倍もしくは約３０倍、少なくとも５０倍もしくは約５０倍、少なくとも６０倍もしくは約６０倍、少なくとも７０倍もしくは約７０倍、少なくとも８０倍もしくは約８０倍、少なくとも１００倍もしくは約１００倍、または前述の値のうちのいずれかの間の任意の値だけ増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。
【0335】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比較して）２倍もしくは約２倍、４倍もしくは約４倍、６倍もしくは約６倍、１０倍もしくは約１０倍、１５倍もしくは約及び１５倍、２０倍もしくは約２０倍、３０倍もしくは約３０倍、５０倍もしくは約５０倍、６０倍もしくは約６０倍、７０倍もしくは約７０倍、８０倍もしくは約８０倍、１００倍もしくは約１００倍、または前述の値のうちのいずれかの間の任意の値だけ増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。
【0336】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９をコードする１つまたは複数の導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、下記の第ＩＩ．Ｂ．４節に記載されるようなモノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９は、任意選択でＣＤ４７等の１つまたは複数の寛容原性因子と組み合わせて、同じマルチシストロン性ベクターに含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９は、任意選択でＣＤ４７等の１つまたは複数の寛容原性因子と組み合わせて、異なる導入遺伝子に含まれる。
【0337】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えば上述のいずれかをコードする過剰発現したポリヌクレオチド、ＣＤ５９、例えば上述のいずれかをコードする過剰発現したポリヌクレオチド、及びＣＤ５５、例えば上述のいずれかをコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。
【0338】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、例えば上述のいずれかをコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９、例えば上述のいずれかをコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５、例えば上述のいずれかをコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。
【0339】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比較して）１．５倍～２倍、２倍～３倍、３倍～４倍、４倍～５倍、５倍～１０倍、１０倍～１５倍、１５倍～２０倍、２０倍～４０倍、４０倍～６０倍、６０倍～８０倍、８０倍～１００倍、または１００倍～２００倍増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。いくつかの実施形態では、改変（複数可）を有しない細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現を有しないか、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の検出可能な発現を有しない。いくつかの実施形態では、改変を欠いた細胞と比較した発現の増加倍率は、２００倍超である。
【0340】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比較して）２倍～２００倍、２倍～１００倍、２倍～５０倍、または２倍～２０倍増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比較して）５倍～２００倍、５倍～１００倍、５倍～５０倍、または５倍～２０倍増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。
【0341】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比較して）少なくとも２倍もしくは約２倍、少なくとも４倍もしくは約４倍、少なくとも６倍もしくは約６倍、少なくとも１０倍もしくは約１０倍、少なくとも１５倍もしくは約及び１５倍、少なくとも２０倍もしくは約２０倍、少なくとも３０倍もしくは約３０倍、少なくとも５０倍もしくは約５０倍、少なくとも６０倍もしくは約６０倍、少なくとも７０倍もしくは約７０倍、少なくとも８０倍もしくは約８０倍、少なくとも１００倍もしくは約１００倍、または前述の値のうちのいずれかの間の任意の値だけ増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。
【0342】
いくつかの実施形態では、操作された細胞（ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる１つまたは複数の改変を含む）は、改変を含まない細胞と比べて（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比べて）増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、改変を有しない細胞と比較して（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の内在性発現と比較して）２倍もしくは約２倍、４倍もしくは約４倍、６倍もしくは約６倍、１０倍もしくは約１０倍、１５倍もしくは約及び１５倍、２０倍もしくは約２０倍、３０倍もしくは約３０倍、５０倍もしくは約５０倍、６０倍もしくは約６０倍、７０倍もしくは約７０倍、８０倍もしくは約８０倍、１００倍もしくは約１００倍、または前述の値のうちのいずれかの間の任意の値だけ増加したＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を含む。
【0343】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５をコードする１つまたは複数の導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、導入遺伝子は、下記の第ＩＩ．Ｂ．４節に記載されるようなモノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５は、任意選択でＣＤ４７等の１つまたは複数の寛容原性因子と組み合わせて、同じマルチシストロン性ベクターに含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５は、任意選択でＣＤ４７等の１つまたは複数の寛容原性因子と組み合わせて、異なる導入遺伝子に含まれる。
【0344】
２．寛容原性因子
いくつかの実施形態では、細胞において寛容原性因子の発現が過剰発現または増加させられる。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、少なくとも１つの寛容原性因子の増加した発現、すなわち過剰発現を含む。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、免疫系（例えば、自然免疫または適応免疫系）による操作された細胞の寛容を促進するか、またはその促進もしくは誘導に寄与する任意の因子である。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３である。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－ＥもしくはＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＤ２００、もしくはＭｆｇｅ８、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、該細胞は、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドを含む、少なくとも１つの外因性ポリヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドである。本明細書では、レシピエント対象への投与時に免疫応答を発動も活性化もしない細胞が提供される。上述したように、いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエントにおける免疫認識及び寛容に影響を及ぼす遺伝子及び寛容原性（例えば、免疫）因子の発現を増加させるように改変される。
いくつかの実施形態では、細胞において寛容原性因子の発現が過剰発現または増加させられる。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、少なくとも１つの寛容原性因子の増加した発現、すなわち過剰発現を含む。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、免疫系（例えば、自然免疫または適応免疫系）による操作された細胞の寛容を促進するか、またはその促進もしくは誘導に寄与する任意の因子である。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３である。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－ＥもしくはＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＤ２００、もしくはＭｆｇｅ８、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、該細胞は、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドを含む、少なくとも１つの外因性ポリヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドである。本明細書では、レシピエント対象への投与時に免疫応答を発動も活性化もしない細胞が提供される。上述したように、いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエントにおける免疫認識及び寛容に影響を及ぼす遺伝子及び寛容原性（例えば、免疫）因子の発現を増加させるように改変される。
【0345】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７等の寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７等の寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７等の外因性寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現する。いくつかの事例では、外因性ポリヌクレオチドの過剰発現または発現の増加は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを細胞内に導入する（例えば、細胞に形質導入する）ことによって達成される。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、レンチウイルスベクター等のウイルスベクター）であってもよいし、または非ウイルスベクターであってもよい。いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含有するように操作され、ここで、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドを含む。いずれかの実施形態のうちのいくつかでは、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３である。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－ＥもしくはＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＤ２００、もしくはＭｆｇｅ８、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。例えば、いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドである。
【0346】
いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４７、例えばヒトＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７の発現は、参照または未改変の細胞、例えば、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドにより操作されていない細胞等の、改変により操作されていない同じ細胞種の類似の細胞と比較して、操作された細胞において過剰発現または増加させられる。ＣＤ４７は、白血球表面抗原であり、インテグリンの細胞接着及び調節において役割を有する。それは通常、細胞の表面上に発現し、循環マクロファージが当該細胞を食べないようにシグナル伝達する。ヒトＣＤ４７についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＮＰ＿００１７６８．１、ＮＰ＿９４２０８８．１、ＮＭ＿００１７７７．３、及びＮＭ＿１９８７９３．２で提供される。
【0347】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、少なくとも１つの寛容原性因子の増加した発現、すなわち過剰発現を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドを含む、少なくとも１つの外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、寛容原性因子には、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３、またはそれらの任意の組み合わせが含まれる。例えば、いくつかの実施形態では、過剰発現した（例えば、外因性）ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドである。
【0348】
いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７等の寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７等の寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４７等の外因性寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。
【0349】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４７、例えばヒトＣＤ４７をコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４７、例えばヒトＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ＣＤ４７は、白血球表面抗原であり、インテグリンの細胞接着及び調節において役割を有する。それは通常、細胞の表面上に発現し、循環マクロファージが当該細胞を食べないようにシグナル伝達する。ヒトＣＤ４７についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＮＰ＿００１７６８．１、ＮＰ＿９４２０８８．１、ＮＭ＿００１７７７．３、及びＮＭ＿１９８７９３．２で提供される。
【0350】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載のＣＤ４７に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0351】
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載の配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に記載のＣＤ４７に対する外因性ヌクレオチド配列を含む。
【0352】
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照配列番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に記載のアミノ酸配列を有する外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含む。
【0353】
いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする過剰発現したポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号１に記載のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0354】
いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する過剰発現したＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有する外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号２に記載のアミノ酸配列を有する過剰発現したＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号２に記載のアミノ酸配列を有する外因性ＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ５９ポリペプチドをコードする外因性ヌクレオチド配列は、異種シグナルペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、下記にさらに記載されるもの等の標的化または非標的化挿入方法によって細胞のゲノム内に組み込まれる。いくつかの実施形態では、標的化挿入は、標的遺伝子座内への相同性依存的挿入、例えば、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つ、例えば、Ｂ２Ｍ遺伝子、ＣＩＩＴＡ遺伝子、ＴＲＡＣ遺伝子、ＴＲＢＣ遺伝子内への挿入によるものである。いくつかの実施形態では、標的化挿入は、相同性非依存的挿入、例えば、セーフハーバー遺伝子座内への挿入によるものである。場合によっては、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。
【0355】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７の全部または機能的部分を、シグナルペプチド、リーダー配列、分泌シグナル、標識（例えば、レポーター遺伝子）、またはそれらの任意の組み合わせ等の他の構成要素に連結することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７のシグナルペプチドをコードする核酸配列は、異種タンパク質からのシグナルペプチドをコードする核酸配列と置き換えられる。異種タンパク質は、例えば、ＣＤ８α、ＣＤ２８、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、成長ホルモン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＧＭ－ＣＳＦ受容体（ＧＭ－ＣＳＦＲａ）、または免疫グロブリン（例えば、ＩｇＥまたはＩｇＫ）であり得る。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、免疫グロブリン（ＩｇＧ重鎖またはＩｇＧ－カッパ軽鎖等）、サイトカイン（インターロイキン－２（ＩＬ－２）、またはＣＤ３３等）、血清アルブミンタンパク質（例えば、ＨＳＡまたはアルブミン）、ヒトアズロシジンプレタンパク質シグナル配列、ルシフェラーゼ、トリプシノーゲン（例えば、キモトリプシノーゲンまたはトリプシノーゲン）からのシグナルペプチド、または細胞によりもしくは細胞上にタンパク質を効率的に発現させることができる他のシグナルペプチドである。
【0356】
ある特定の実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0357】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0358】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７タンパク質発現は、ＣＤ４７タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ４７ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0359】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ２００、例えばヒトＣＤ２００をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＤ２００は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２００の発現は、参照または未改変の細胞がＣＤ２００をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＣＤ２００についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０３Ｐ１１２３３２、ＨＧＮＣ番号７２０３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４３４５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４１２１７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１００４１９６．２、ＮＭ＿００１００４１９６．３、ＮＰ＿００１３０５７５７．１、ＮＭ＿００１３１８８２８．１、ＮＰ＿００５９３５．４、ＮＭ＿００５９４４．６、ＸＰ＿００５２４７５３９．１、及びＸＭ＿００５２４７４８２．２で提供される。ある特定の実施形態では、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0360】
いくつかの実施形態では、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ２００をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0361】
いくつかの実施形態では、ＣＤ２００タンパク質発現は、ＣＤ２００タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ２００ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0362】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＨＬＡ－Ｅ、例えばヒトＨＬＡ－Ｅをコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｅは、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｅの発現は、参照または未改変の細胞がＨＬＡ－Ｅをコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＨＬＡ－Ｅについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２８１、ＨＧＮＣ番号４９６２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３１３３、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３７４７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００５５０７．３及びＮＭ＿００５５１６．５で提供される。ある特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0363】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＨＬＡ－Ｅをコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0364】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｅタンパク質発現は、ＨＬＡ－Ｅタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＨＬＡ－Ｅ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0365】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＨＬＡ－Ｇ、例えばヒトＨＬＡ－Ｇをコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｇは、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｇの発現は、参照または未改変の細胞がＨＬＡ－Ｇをコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＨＬＡ－Ｇについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２５６、ＨＧＮＣ番号４９６４、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３１３５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１７６９３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２１１８．１及びＮＭ＿００２１２７．５で提供される。ある特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0366】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＨＬＡ－Ｇをコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0367】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ｇタンパク質発現は、ＨＬＡ－Ｇタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＨＬＡ－Ｇ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0368】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＰＤ－Ｌ１、例えばヒトＰＤ－Ｌ１をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１の発現は、参照または未改変の細胞がＰＤ－Ｌ１をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＰＤ－Ｌ１またはＣＤ２７４についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｐ００５４５０、ＨＧＮＣ番号１７６３５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ２９１２６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ９ＮＺＱ７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１２５４６３５．１、ＮＭ＿００１２６７７０６．１、ＮＰ＿０５４８６２．１、及びＮＭ＿０１４１４３．３で提供される。ある特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0369】
いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＰＤ－Ｌ１をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0370】
いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１タンパク質発現は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＰＤ－Ｌ１ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0371】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＦａｓＬ、例えばヒトＦａｓＬをコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＦａｓＬは、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＦａｓＬの発現は、参照または未改変の細胞がＦａｓＬをコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＦａｓリガンド（ＦａｓＬ、ＦＡＳＬＧ、ＣＤ１７８、ＴＮＦＳＦ６等として知られる）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ１７２６２８、ＨＧＮＣ番号１１９３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３５６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４８０２３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００６３０．１、ＮＭ＿０００６３９．２、ＮＰ＿００１２８９６７５．１、及びＮＭ＿００１３０２７４６．１で提供される。ある特定の実施形態では、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0372】
いくつかの実施形態では、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、Ｆａｓ－Ｌをコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0373】
いくつかの実施形態では、Ｆａｓ－Ｌタンパク質発現は、Ｆａｓ－Ｌタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性Ｆａｓ－Ｌ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0374】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＣＬ２１、例えばヒトＣＣＬ２１をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２１は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２１の発現は、参照または未改変の細胞がＣＣＬ２１をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＣＣＬ２１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｍ０３４７０９、ＨＧＮＣ番号１０６２０、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ６３６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００５８５、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２９８０．１及びＮＭ＿００２９８９．３で提供される。ある特定の実施形態では、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0375】
いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＣＬ２１をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0376】
いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２１タンパク質発現は、ＣＣＬ２１タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＣＬ２１ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0377】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＣＬ２２、例えばヒトＣＣＬ２２をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２２は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２２の発現は、参照または未改変の細胞がＣＣＬ２２をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＣＣＬ２２についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１６Ｐ０５７３５９、ＨＧＮＣ番号１０６２１、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ６３６７、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００６２６、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２９８１．２、ＮＭ＿００２９９０．４、ＸＰ＿０１６８７９０２０．１、及びＸＭ＿０１７０２３５３１．１で提供される。ある特定の実施形態では、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0378】
いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＣＬ２２をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0379】
いくつかの実施形態では、ＣＣＬ２２タンパク質発現は、ＣＣＬ２２タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＣＬ２２ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0380】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｍｆｇｅ８、例えばヒトＭｆｇｅ８をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、Ｍｆｇｅ８は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、Ｍｆｇｅ８の発現は、参照または未改変の細胞がＭｆｇｅ８をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＭｆｇｅ８についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１５Ｍ０８８８９８、ＨＧＮＣ番号７０３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４２４０、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ０８４３１、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１１０８０８６．１、ＮＭ＿００１１１４６１４．２、ＮＰ＿００１２９７２４８．１、ＮＭ＿００１３１０３１９．１、ＮＰ＿００１２９７２４９．１、ＮＭ＿００１３１０３２０．１、ＮＰ＿００１２９７２５０．１、ＮＭ＿００１３１０３２１．１、ＮＰ＿００５９１９．２、及びＮＭ＿００５９２８．３で提供される。ある特定の実施形態では、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0381】
いくつかの実施形態では、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、Ｍｆｇｅ８をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0382】
いくつかの実施形態では、Ｍｆｇｅ８タンパク質発現は、Ｍｆｇｅ８タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性Ｍｆｇｅ８ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0383】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＳｅｒｐｉｎＢ９、例えばヒトＳｅｒｐｉｎＢ９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９は、細胞において過剰発現される。いくつかの実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９の発現は、参照または未改変の細胞がＳｅｒｐｉｎＢ９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含まないことを除いて類似した参照または未改変の細胞（任意の他の改変を有するものを含む）と比較して、操作された細胞において増加させられる。ヒトＳｅｒｐｉｎＢ９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｍ００２８８７、ＨＧＮＣ番号８９５５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ５２７２、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ５０４５３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００４１４６．１、ＮＭ＿００４１５５．５、ＸＰ＿００５２４９２４１．１、及びＸＭ＿００５２４９１８４．４で提供される。ある特定の実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
【0384】
いくつかの実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、表２に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。場合によっては、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１から選択される遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。特定の実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、またはＣＬＹＢＬ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞であり、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＳｅｒｐｉｎＢ９をコードするポリヌクレオチドの、細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。
【0385】
いくつかの実施形態では、ＳｅｒｐｉｎＢ９タンパク質発現は、ＳｅｒｐｉｎＢ９タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＳｅｒｐｉｎＢ９ ｍＲＮＡの存在が確認される。
【0386】
３．キメラ抗原受容体
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するようにさらに改変される。いくつかの実施形態では、提供される細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の遺伝子改変を含有し、補体経路活性化を低減し、本明細書に記載される寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍが低減または排除され（例えば、ノックアウトされ）、ＣＩＩＴＡが低減または排除され（例えば、ノックアウトされ）、ＣＤ４６が過剰発現させられ、ＣＤ５９が過剰発現させられ、ＣＤ４７が過剰発現させられ、ＣＡＲが発現されるものである。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４６ｔｇ、ＣＤ５９ｔｇ、ＣＤ４７ｔｇ、ＣＡＲ＋である。いくつかの実施形態では、該細胞（例えば、Ｔ細胞）はさらに、ＴＲＡＣが低減または排除される（例えば、ノックアウトされる）ものであってもよい。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４６ｔｇ、ＣＤ５９ｔｇ、ＣＤ４７ｔｇ、ＴＲＡＣ－／－ＣＡＲ＋である。
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するようにさらに改変される。いくつかの実施形態では、提供される細胞は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の遺伝子改変を含有し、補体経路活性化を低減し、本明細書に記載される寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍが低減または排除され（例えば、ノックアウトされ）、ＣＩＩＴＡが低減または排除され（例えば、ノックアウトされ）、ＣＤ４６が過剰発現させられ、ＣＤ５９が過剰発現させられ、ＣＤ４７が過剰発現させられ、ＣＡＲが発現されるものである。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４６ｔｇ、ＣＤ５９ｔｇ、ＣＤ４７ｔｇ、ＣＡＲ＋である。いくつかの実施形態では、該細胞（例えば、Ｔ細胞）はさらに、ＴＲＡＣが低減または排除される（例えば、ノックアウトされる）ものであってもよい。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４６ｔｇ、ＣＤ５９ｔｇ、ＣＤ４７ｔｇ、ＴＲＡＣ－／－ＣＡＲ＋である。
【0387】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドが細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｔ細胞、例えば、初代Ｔ細胞または多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）から分化したＴ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、例えば、初代ＮＫ細胞または多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）から分化したＮＫ細胞である。
【0388】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、第１世代ＣＡＲ、第２世代ＣＡＲ、第３世代ＣＡＲ、及び第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも１つのシグナル伝達ドメイン（例えば、１、２、または３つのシグナル伝達ドメイン）を含む第１世代ＣＡＲであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲ。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、ｓｃＦｖ、またはＦａｂであるか、またはそれを含む。
【0389】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第１世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第１世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。
【0390】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第２世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第２世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び２つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ Ｔ細胞存続を増強する。
【0391】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第３世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第３世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ Ｔ細胞増殖、及びまたはＣＡＲ Ｔ細胞存続を増強する。いくつかの実施形態では、第３世代ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの共刺激ドメインは、同じでない。
【0392】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第４世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第４世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２、３、または４つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ Ｔ細胞増殖、及びまたはＣＡＲ Ｔ細胞存続を増強する。
【0393】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞（例えば、初代Ｔ細胞もしくはｉＰＳＣ由来のＴ細胞または初代ＮＫ細胞もしくはｉＰＳＣ由来のＮＫ細胞）は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２としても公知）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１としても公知）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。
【0394】
いくつかの実施形態では、第１世代、第２世代、第３世代、または第４世代ＣＡＲは、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含むＣＡＲを含む標的細胞にとって内在性または外因性である。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＴＮＦ、もしくはＩＦＮ－ガンマ、またはそれらの機能的断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片は、活性化Ｔ細胞の核内因子（ＮＦＡＴ）、ＮＦ－ｋＢ、またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。例えば、Ｚｈａｎｇ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＡＲ－Ｔ ｃｅｌｌｓ．Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．５：２２（２０１７）、ＷＯ２０１６１２６６０８、Ｓｈａ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈｉｍａｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｔｕｍｏｕｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｒｅｐｏｒｔｓ Ｊａｎ ２７，２０１７，３７（１）を参照されたい。
【0395】
当業者は、ＣＡＲ、ならびにＣＡＲの異なる構成要素及び構成に精通している。提供される実施形態に関連して、任意の既知のＣＡＲを用いることができる。本明細書に記載のＣＡＲに加えて、種々のＣＡＲ及びそれらをコードするヌクレオチド配列が当該技術分野で既知であり、本明細書に記載される細胞の操作に好適であろう。例えば、ＷＯ２０１３０４０５５７、ＷＯ２０１２０７９０００、ＷＯ２０１６０３０４１４、Ｓｍｉｔｈ Ｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．２０１７．ＤＯＩ：１０．１０３８／ＮＮＡＮＯ．２０１７．５７を参照されたく、同文献の開示は参照により本明細書に援用される。ＣＡＲの例となる特徴及び構成要素が、以下の小節に記載される。
【0396】
Ｇ．抗原結合ドメイン
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、抗体またはその抗原結合部分であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖまたはＦａｂであるか、またはそれを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、抗体またはその抗原結合部分であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖまたはＦａｂであるか、またはそれを含む。
【0397】
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、細胞の細胞表面抗原に結合する。いくつかの実施形態では、細胞表面抗原は、特定のまたは具体的な細胞種に特有である（例えば、それによって発現される）。いくつかの実施形態では、細胞表面抗原は、１つよりも多くの種類の細胞に特有である。
【0398】
いくつかの実施形態では、抗原は、腫瘍細胞上に限ってもしくはその上に優先的に発現される抗原、または自己免疫もしくは炎症性疾患に特有の抗原であり得る。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、新生細胞に特有の抗原を標的とする。例えば、抗原結合ドメインは、新生細胞またはがん細胞によって発現される抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、新生細胞に特有の抗原（例えば、新生細胞またはがん細胞に関連する抗原）または腫瘍関連抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体から選択される。
【0399】
いくつかの実施形態では、標的抗原は、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）（ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ２／ＨＥＲ２、ＥｒｂＢ３／ＨＥＲ３、及びＥｒｂＢ４／ＨＥＲ４を含む）、線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）（ＦＧＦ１、ＦＧＦ２、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１８、及びＦＧＦ２１を含む）、血管内皮細胞増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）（ＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、及びＰＩＧＦを含む）、ＲＥＴ受容体及びＥｐｈ受容体ファミリー（ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、ＥｐｈＡ８、ＥｐｈＡ９、ＥｐｈＡ１０、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２ ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、及びＥｐｈＢ６を含む）、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ６、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ８、ＣＦＴＲ、ＣＩＣ－１、ＣＩＣ－２、ＣＩＣ－４、ＣＩＣ－５、ＣＩＣ－７、ＣＩＣ－Ｋａ、ＣＩＣ－Ｋｂ、ベストロフィン、ＴＭＥＭ１６Ａ、ＧＡＢＡ受容体、グリシン受容体、ＡＢＣ輸送体、ＮＡＶ１．１、ＮＡＶ１．２、ＮＡＶ１．３、ＮＡＶ１．４、ＮＡＶ１．５、ＮＡＶ１．６、ＮＡＶ１．７、ＮＡＶ１．８、ＮＡＶ１．９、スフィンゴシン－１－リン酸受容体（Ｓ１Ｐ１Ｒ）、ＮＭＤＡチャネル、膜貫通型タンパク質、マルチスパン膜貫通型タンパク質、Ｔ細胞受容体モチーフ；Ｔ細胞アルファ鎖；Ｔ細胞β鎖；Ｔ細胞γ鎖；Ｔ細胞δ鎖、ＣＣＲ７、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ６８、ＣＤ８０、ＣＤ９５、ＣＤ１１７、ＣＤ１２７、ＣＤ１３３、ＣＤ１３７（４－１ ＢＢ）、ＣＤ１６３、Ｆ４／８０、ＩＬ－４Ｒａ、Ｓｃａ－１、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＧＡＲＰ、ＬＡＰ、グランザイムＢ、ＬＦＡ－１、トランスフェリン受容体、ＮＫｐ４６、パーフォリン、ＣＤ４＋、Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７、Ｔｈ４０、Ｔｈ２２、Ｔｈ９、Ｔｆｈ、古典的Ｔｒｅｇ、ＦｏｘＰ３＋、Ｔｒ１、Ｔｈ３、Ｔｒｅｇ１７、ＴＲＥＧ、ＣＤＣＰ、ＮＴ５Ｅ、ＥｐＣＡＭ、ＣＥＡ、ｇｐＡ３３、ムチン、ＴＡＧ－７２、炭酸脱水酵素ＩＸ、ＰＳＭＡ、葉酸結合タンパク質、ガングリオシド（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＧＭ２）、ルイス－γ２、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ１／２／３、αＶβ３、α５β１、ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ１／ＨＥＲ２、ＥｒＢ３、ｃ－ＭＥＴ、ＩＧＦ１Ｒ、ＥｐｈＡ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ１、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＲＡＮＫＬ、ＦＡＰ、テネイシン、ＰＤＬ－１、ＢＡＦＦ、ＨＤＡＣ、ＡＢＬ、ＦＬＴ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＩＬ－１β、ＡＬＫ、ＲＡＮＫＬ、ｍＴＯＲ、ＣＴＬＡ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＪＡＫ３、ＢＲＡＦ、ＰＴＣＨ、スムーズンド、ＰＩＧＦ、ＡＮＰＥＰ、ＴＩＭＰ１、ＰＬＡＵＲ、ＰＴＰＲＪ、ＬＴＢＲ、もしくはＡＮＴＸＲ１、葉酸受容体アルファ（ＦＲａ）、ＥＲＢＢ２（Ｈｅｒ２／ｎｅｕ）、ＥｐｈＡ２、ＩＬ－１３Ｒａ２、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、メソテリン、ＴＳＨＲ、ＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＣＤ２２、ＣＤ３０、ＣＤ１７１、ＣＳ－１、ＣＬＬ－１、ＣＤ３３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＧＤ２、ＧＤ３、ＢＣＭＡ、ＭＵＣ１６（ＣＡ１２５）、Ｌ１ＣＡＭ、ＬｅＹ、ＭＳＬＮ、ＩＬ１３Ｒα１、Ｌ１－ＣＡＭ、Ｔｎ Ａｇ、前立腺特異膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＲＯＲ１、ＦＬＴ３、ＦＡＰ、ＴＡＧ７２、ＣＤ３８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＥＡ、ＥＰＣＡＭ、Ｂ７Ｈ３、ＫＩＴ、インターロイキン－１１受容体ａ（ＩＬ－１１Ｒａ）、ＰＳＣＡ、ＰＲＳＳ２１、ＶＥＧＦＲ２、ルイスＹ、ＣＤ２４、血小板由来成長因子受容体－ベータ（ＰＤＧＦＲ－ベータ）、ＳＳＥＡ－４、ＣＤ２０、ＭＵＣ１、ＮＣＡＭ、前立腺、ＰＡＰ、ＥＬＦ２Ｍ、エフリンＢ２、ＩＧＦ－１受容体、ＣＡＩＸ、ＬＭＰ２、ｇｐｌＯＯ、ｂｃｒ－ａｂｌ、チロシナーゼ、フコシルＧＭ１、ｓＬｅ、ＧＭ３、ＴＧＳ５、ＨＭＷＭＡＡ、ｏ－アセチル－ＧＤ２、葉酸受容体ベータ、ＴＥＭ１／ＣＤ２４８、ＴＥＭ７Ｒ、ＣＬＤＮ６、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＣＸＯＲＦ６１、ＣＤ９７、ＣＤ１７９ａ、ＡＬＫ、ポリシアル酸、ＰＬＡＣｌ、ＧｌｏｂｏＨ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＵＰＫ２、ＨＡＶＣＲ１、ＡＤＲＢ３、ＰＡＮＸ３、ＧＰＲ２０、ＬＹ６Ｋ、ＯＲ５１Ｅ２、ＴＡＲＰ、ＷＴ１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、ＭＡＧＥ－Ａ１、レグマイン、ＨＰＶ Ｅ６、Ｅ７、ＥＴＶ６－ＡＭＬ、精子タンパク質１７、ＸＡＧＥ１、Ｔｉｅ２、ＭＡＤ－ＣＴ－１、ＭＡＤ－ＣＴ－２、主要組織適合性複合体クラスＩ関連遺伝子タンパク質（ＭＲ１）、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）、Ｆｏｓ関連抗原１、ｐ５３、ｐ５３変異体、プロステイン、サバイビン、テロメラーゼ、ＰＣＴＡ－１／ガレクチン８、ＭｅｌａｎＡ／ＭＡＲＴ１、Ｒａｓ変異体、ｈＴＥＲＴ、肉腫転座切断点、ＭＬ－ＩＡＰ、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２ ＥＴＳ融合遺伝子）、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、アンドロゲン受容体、サイクリンＢ１、ＭＹＣＮ、ＲｈｏＣ、ＴＲＰ－２、ＣＹＰＩＢ Ｉ、ＢＯＲＩＳ、ＳＡＲＴ３、ＰＡＸ５、ＯＹ－ＴＥＳ１、ＬＣＫ、ＡＫＡＰ－４、ＳＳＸ２、ＲＡＧＥ－１、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、ＲＵ１、ＲＵ２、腸カルボキシルエステラーゼ、ｍｕｔ ｈｓｐ７０－２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ７２、ＬＡＩＲ１、ＦＣＡＲ、ＬＩＬＲＡ２、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＢＳＴ２、ＥＭＲ２、ＬＹ７５、ＧＰＣ３、ＦＣＲＬ５、ＩＧＬＬ１、新生抗原、ＣＤ１３３、ＣＤ１５、ＣＤ１８４、ＣＤ２４、ＣＤ５６、ＣＤ２６、ＣＤ２９、ＣＤ４４、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ（ＨＬＡ－Ａ，Ｂ，Ｃ）、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ１５１、ＣＤ３４０、ＣＤ２００、ｔｋｒＡ、ｔｒｋＢ、もしくはｔｒｋＣ、またはそれらの抗原断片もしくは抗原部分を含むがこれらに限定されない抗原である。
【0400】
いくつかの実施形態では、例となる標的抗原には、ＣＤＳ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ７０、カッパ、ラムダ、及びＢ細胞成熟因子（ＢＣＭＡ）（白血病に関連する）；ＣＳ１／ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３８、ＣＤ１３８、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＴＡＣＩ、及びＢＣＭＡ（骨髄腫に関連する）；ＧＤ２、ＨＥＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖｌｌｌ、Ｂ７Ｈ３、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＡＩＸ、ＣＤ１７１、ＣＥＡ、ＣＳＰＧ４、ＥＰＨＡ２、ＦＡＰ、ＦＲａ、ＩＬ－１３Ｒａ、メソテリン、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、及びＲＯＲ１（固形腫瘍に関連する）が含まれるが、これらに限定されない。
【0401】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９ ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＣＤ１９、例えばヒトＣＤ１９に特異的に結合する抗体を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＦＭＣ６３モノクローナル抗体（ＦＭＣ６３）に由来するｓｃＦｖ抗体断片を含み、これはリンカーペプチドによって接続されたＦＭＣ６３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態では、リンカーペプチドは、「Ｗｈｉｔｌｏｗ」リンカーペプチドである。ＦＭＣ６３及び派生したｓｃＦｖは、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍａｌ．ｌｍｍｕｎ．３４（１６－１７）：１１５７－１１６５（１９９７）及びＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１８／２１３３３７Ａ１号に記載されており、同文献の各々の内容全体は参照により本明細書に援用される。
【0402】
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、例えば、（Ｂｅｊｃｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５５：２３４６－２３５１（１９９５））、ＨＤ３７（Ｐｅｚｕｔｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８（９）：２７９３－２７９９（１９８７））、４Ｇ７（Ｍｅｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ３：３０５－３２０（１９８４））、Ｂ４３（Ｂｅｊｃｅｋ（１９９５））、ＢＬＹ３（Ｂｅｊｃｅｋ（１９９５））、Ｂ４（Ｆｒｅｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，７０：４１８－４２７（１９８７））、Ｂ４ ＨＢ１２ｂ（Ｋａｎｓａｓ ＆ Ｔｅｄｄｅｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：４０９４－４１０２（１９９１）、Ｙａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：１５１７８－１５１８３（２００５）、Ｈｅｒｂｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．３３５：２１３－２２２（２０１０））、ＢＵ１２（Ｇａｌｌａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１４８（１０）：２９８３－２９８７（１９９２））、及びＣＬＢ－ＣＤ１９（Ｄｅ Ｒｉｅ Ｃｅｌｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１８：３６８－３８１（１９８９））を含めた、ＣＤ１９特異的抗体のうちの１つに由来する抗体を含む。
【0403】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２ ＣＡＲである。Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）シグナル伝達に対する阻害性受容体として機能する、成熟Ｂ細胞の表面上に主として見られる膜貫通型タンパク質である、ＣＤ２２。ＣＤ２２は、６０～７０％のＢ細胞リンパ腫及び白血病（例えば、Ｂ慢性リンパ性白血病、有毛細胞白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、及びバーキットリンパ腫）において発現し、Ｂ細胞発生の早期段階における細胞表面上または幹細胞上には存在しない。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲは、ＣＤ２２に特異的に結合する細胞外結合ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、及び／または細胞内共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ｍ９７１モノクローナル抗体（ｍ９７１）に由来するｓｃＦｖ抗体断片を含み、これはリンカーによって接続されたｍ９７１の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、親抗体ｍ９７１と比較して顕著に改善された（約２ｎＭから５０ｐＭ未満に改善された）ＣＤ２２結合親和性を有する、ｍ９７１の親和性成熟バリアントであるｍ９７１－Ｌ７に由来するｓｃＦｖ抗体断片を含む。いくつかの実施形態では、ｍ９７１－Ｌ７に由来するｓｃＦｖ抗体断片は、３×Ｇ４Ｓリンカーによって接続されたｍ９７１－Ｌ７のＶＨ及びＶＬを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、免疫毒素ＨＡ２２またはＢＬ２２を含む。免疫毒素ＢＬ２２及びＨＡ２２は、細菌毒素に融合されたＣＤ２２に特異的なｓｃＦｖを含み、故にＣＤ２２を発現するがん細胞の表面に結合して、がん細胞を殺傷することができる治療剤である。ＢＬ２２は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素Ａの３８ｋＤａの短縮形態に融合された抗ＣＤ２２抗体ＲＦＢ４のｄｓＦｖを含む（Ｂａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，１１：１５４５－５０（２００５））。ＨＡ２２（ＣＡＴ８０１５、モキセツモマブパスドトックス）は、ＢＬ２２の変異したより高親和性のバージョンである（Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２８０（１）：６０７－１７（２００５））。ＣＤ２２に特異的なＨＡ２２及びＢＬ２２の抗原結合ドメインの好適な配列は、例えば、米国特許第７，５４１，０３４号、同第７，３５５，０１２号、及び同第７，９８２，０１１号に開示され、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0404】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＢＣＭＡ ＣＡＲである。ＢＣＭＡは、Ｂ細胞系列の細胞上に発現した腫瘍壊死ファミリー受容体（ＴＮＦＲ）のメンバーであり、最終分化したＢ細胞または成熟Ｂリンパ球上で最も高発現する。ＢＣＭＡは、長期的な液性免疫を維持するための形質細胞の生存の媒介に関与する。ＢＣＭＡの発現は、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫、種々の白血病、ならびに神経膠芽腫等のいくつかのがんに最近関連付けられている。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、ＢＣＭＡに特異的に結合する細胞外結合ドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、及び／または細胞内共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＢＣＭＡ、例えばヒトＢＣＭＡに特異的に結合する抗体を含む。ＢＣＭＡに向けられたＣＡＲが、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１６／０１４７８９号、同第ＷＯ２０１６／０１４５６５号、同第ＷＯ２０１３／１５４７６０号、及び同第ＷＯ２０１５／１２８６５３号に記載されている。ＢＣＭＡ結合抗体はまた、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１５／１６６０７３号及び同第ＷＯ２０１４／０６８０７９号にも開示される。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９（８）：２０４８－２０６０（２０１３）に記載されるようなマウスモノクローナル抗体に由来するｓｃＦｖ抗体断片を含む。いくつかの実施形態では、ｓｃＦｖ抗体断片は、マウスモノクローナル抗体のヒト化バージョンである（Ｓｏｍｍｅｒｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｌｅｕｋｅｍｉａ ３１：２１９１－２１９９（２０１７））。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｏｎｅａｌ．１１（１）：１４１（２０１８）に記載されるような、ＢＣＭＡの２つのエピトープに結合することができる２本の重鎖（ＶＨＨ）でできた単一可変断片を含む。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｌａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．１１（１）：２８３（２０２０）に記載されるような完全ヒト重鎖可変ドメイン（ＦＨＶＨ）を含む。
【0405】
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、自己免疫障害または炎症性障害に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、自己免疫障害または炎症性障害に関連する細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害は、慢性移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、ループス、関節炎、免疫複合体糸球体腎炎、グッドパスチャー、ブドウ膜炎、肝炎、全身性硬化症または強皮症、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、寒冷凝集素症、尋常性天疱瘡、グレーブス病、自己免疫溶血性貧血、血友病Ａ、原発性シェーグレン症候群、血栓性血小板減少性紫斑病、視神経脊髄炎、エバンス症候群、ＩｇＭ媒介性ニューロパチー、クリオグロブリン血症、皮膚筋炎、特発性血小板減少症、強直性脊椎炎、水疱性類天疱瘡、後天性血管性浮腫、慢性蕁麻疹、抗リン脂質脱髄性多発ニューロパチー、及び自己免疫血小板減少症または好中球減少症または赤芽球癆から選択され、一方で、同種異系免疫疾患の例となる非限定的例としては、造血または実質臓器移植、輸血による同種異系感作（例えば、Ｂｌａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ，１５（４）：９３１－４１を参照されたい）または異種感作、胎児同種異系感作を伴う妊娠、新生児の同種異系免疫性血小板減少症、新生児溶血性疾患、酵素またはタンパク質補充療法、血液製剤、及び遺伝子療法で処置される遺伝性または後天性欠損障害の補充に伴い起こり得るもの等の外来抗原への感作が挙げられる。同種異系感作とは、いくつかの事例では、レシピエント対象または妊娠している対象の免疫系が非自己抗原と見なすヒト白血球抗原に対する免疫応答（循環抗体等）の発達を指す。いくつかの実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、またはヒスチジンキナーゼ会合型受容体から選択される。
【0406】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｂ細胞、形質細胞、または形質芽細胞上に発現したリガンドに結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４５Ｒ、ＣＤ１３８、ＣＤ３１９、ＢＣＭＡ、ＣＤ２８、ＴＮＦ、インターフェロン受容体、ＧＭ－ＣＳＦ、ＺＡＰ－７０、ＬＦＡ－１、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ５、またはＣＤ２に結合する。ＵＳ２００３／００７７２４９、ＷＯ２０１７／０５８７５３、ＷＯ２０１７／０５８８５０を参照されたく、同文献の内容は参照により本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗ＣＤ１９ ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗ＢＣＭＡ ＣＡＲである。
【0407】
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、老化細胞に特有の抗原、例えば、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、老化細胞に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、老化細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、老化細胞の異常な蓄積を特徴とする障害、例えば、肝臓及び肺線維症、アテローム性動脈硬化症、糖尿病、ならびに骨関節炎の処置または予防に使用されてもよい。
【0408】
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、感染性疾患に特有の抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、感染性疾患に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、感染性疾患に罹患した細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、該感染性疾患は、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、ヒトヘルペスウイルス８（ＨＨＶ－８、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（ＫＳＨＶ））、ヒトＴリンパ向性ウイルス－１（ＨＴＬＶ－１）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、エプスタイン・バールウイルス、ＣＭＶ、ヒトパピローマウイルスから選択される。いくつかの実施形態では、感染性疾患に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、ＨＩＶ Ｅｎｖ、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖ上のｇｐ１２０またはＣＤ４誘導性エピトープから選択される。
【0409】
これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。
【0410】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つの標的抗原に二重特異的である。いくつかの実施形態では、標的抗原は、異なる標的抗原である。いずれのかかる実施形態のうちのいくつかでは、２つの異なる標的抗原は、上述した任意の２つの異なる抗原である。いくつかの実施形態では、これらの細胞外結合ドメインは異なり、（ｉ）ＣＤ１９及びＣＤ２０、（ｉｉ）ＣＤ２０及びＬ１－ＣＡＭ、（ｉｉｉ）Ｌ１－ＣＡＭ及びＧＤ２、（ｉｖ）ＥＧＦＲ及びＬ１－ＣＡＭ、（ｖ）ＣＤ１９及びＣＤ２２、（ｖｉ）ＥＧＦＲ及びＣ－ＭＥＴ、（ｖｉｉ）ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２、（ｖｉｉｉ）Ｃ－ＭＥＴ及びＨＥＲ２、または（ｉｘ）ＥＧＦＲ及びＲＯＲ１からの２つの異なる抗原に結合する。いくつかの実施形態では、２つの異なる抗原結合ドメインの各々が、ｓｃＦｖである。いくつかの実施形態では、第１のｓｃＦｖの１つの可変ドメイン（ＶＨまたはＶＬ）のＣ末端は、ポリペプチドリンカーを介して第２のｓｃＦｖ（それぞれＶＬまたはＶＨ）のＮ末端につなげられる。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＶＨのＮ末端をＶＬのＣ末端に、またはＶＨのＣ末端をＶＬのＮ末端に接続する。これらのｓｃＦｖは、天然抗体の重鎖及び軽鎖に存在する定常領域（Ｆｃ）を欠いている。少なくとも２つの異なる抗原に特異的なこれらのｓｃＦｖは、タンデムで配置され、膜貫通ドメインを介して共刺激ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。ある実施形態では、抗原特異的結合領域と膜貫通ドメインとの間に細胞外スペーサードメインが連結されてもよい。
【0411】
さらなる実施形態では、ＣＡＲの各抗原特異的標的化領域は、二価（ｄｉｖａｌｅｎｔ）（または二価（ｂｉｖａｌｅｎｔ））一本鎖可変断片（ｄｉ－ｓｃＦｖ、ｂｉ－ｓｃＦｖ）を含む。ｄｉ－ｓｃＦＶを含むＣＡＲにおいて、各抗原に特異的な２つのｓｃＦｖは、２つのＶＨ領域及び２つのＶＬ領域を有する単一のペプチド鎖を生成することによって一緒に連結されて、タンデムｓｃＦｖを生み出す（Ｘｉｏｎｇ，Ｃｈｅｎｇ－Ｙｉ、Ｎａｔａｒａｊａｎ，Ａ、Ｓｈｉ，Ｘ Ｂ、Ｄｅｎａｒｄｏ，Ｇ Ｌ、Ｄｅｎａｒｄｏ，Ｓ Ｊ（２００６）．“Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｔｕｍｏｒ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ａｎｔｉ－ＭＵＣ－１ ｍｕｌｔｉｍｅｒ：ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｄｉ－ｓｃＦｖ ｕｎｐａｉｒｅｄ ｃｙｓｔｅｉｎｅ ｌｏｃａｔｉｏｎ ｏｎ ＰＥＧｙｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｂｉｎｄｉｎｇ”．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ １９（８）：３５９－３６７、Ｋｕｆｅｒ，Ｐｅｔｅｒ、Ｌｕｔｔｅｒｂｕｓｅ，Ｒａｌｆ、Ｂａｅｕｅｒｌｅ，Ｐａｔｒｉｃｋ Ａ．（２００４）．“Ａ ｒｅｖｉｖａｌ ｏｆ ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ”．Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２２（５）：２３８－２４４）。少なくとも２つの抗原特異的標的化領域を含むＣＡＲは、２つの抗原の各々に特異的な２つのｓｃＦｖを発現することになろう。結果として生じる、少なくとも２つの異なる抗原に特異的な抗原特異的標的化領域は、膜貫通ドメインを介して共刺激ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインにつながれている。ある実施形態では、抗原特異的結合ドメインと膜貫通ドメインとの間に細胞外スペーサードメインが連結されてもよい。
【0412】
追加の実施形態では、ＣＡＲの各抗原特異的標的化領域は、ダイアボディを含む。ダイアボディにおいて、ｓｃＦｖは、２つの可変領域を一緒に折り畳むには短すぎるリンカーペプチドを用いて作出され、これによりｓｃＦｖの二量体化を強いる。さらにより短いリンカー（１つまたは２つのアミノ酸）は、三量体、いわゆるトリアボディまたはトリボディの形成につながる。テトラボディもまた使用されてもよい。
【0413】
いくつかの実施形態では、該細胞は、各ＣＡＲが異なる標的抗原に向けられた抗原結合ドメインを有する、１つよりも多くのＣＡＲ、例えば２つの異なるＣＡＲを発現するように操作される。いずれのかかる実施形態のうちのいくつかでは、２つの異なる標的抗原は、上述した任意の２つの異なる抗原である。いくつかの実施形態では、これらの細胞外結合ドメインは異なり、（ｉ）ＣＤ１９及びＣＤ２０、（ｉｉ）ＣＤ２０及びＬ１－ＣＡＭ、（ｉｉｉ）Ｌ１－ＣＡＭ及びＧＤ２、（ｉｖ）ＥＧＦＲ及びＬ１－ＣＡＭ、（ｖ）ＣＤ１９及びＣＤ２２、（ｖｉ）ＥＧＦＲ及びＣ－ＭＥＴ、（ｖｉｉ）ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２、（ｖｉｉｉ）Ｃ－ＭＥＴ及びＨＥＲ２、または（ｉｘ）ＥＧＦＲ及びＲＯＲ１からの２つの異なる抗原に結合する。
【0414】
いくつかの実施形態では、各々が異なるＣＡＲを導入操作された、提供される改変を含有する２つの異なる操作された細胞が調製される。いくつかの実施形態では、２つの異なるＣＡＲの各々は、異なる標的抗原に向けられた抗原結合ドメインを有する。いずれのかかる実施形態のうちのいくつかでは、２つの異なる標的抗原は、上述した任意の２つの異なる抗原である。いくつかの実施形態では、これらの細胞外結合ドメインは異なり、（ｉ）ＣＤ１９及びＣＤ２０、（ｉｉ）ＣＤ２０及びＬ１－ＣＡＭ、（ｉｉｉ）Ｌ１－ＣＡＭ及びＧＤ２、（ｉｖ）ＥＧＦＲ及びＬ１－ＣＡＭ、（ｖ）ＣＤ１９及びＣＤ２２、（ｖｉ）ＥＧＦＲ及びＣ－ＭＥＴ、（ｖｉｉ）ＥＧＦＲ及びＨＥＲ２、（ｖｉｉｉ）Ｃ－ＭＥＴ及びＨＥＲ２、または（ｉｘ）ＥＧＦＲ及びＲＯＲ１からの２つの異なる抗原に結合する。いくつかの実施形態では、第１の標的抗原に対して向けられた第１のＣＡＲを発現する操作された細胞の集団（例えば、低免疫原性）及び第２の標的抗原に対して向けられた第２のＣＡＲを発現する操作された細胞の集団（例えば、低免疫原性）が、対象に別個に投与される。いくつかの実施形態では、第１の細胞の集団及び第２の細胞の集団は、任意の順序で順次に投与される。例えば、第２のＣＡＲを発現する細胞の集団は、第１のＣＡＲを発現する細胞の集団の投与後に投与される。
【0415】
Ｈ．スペーサー
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のスペーサーをさらに含み、例えば、ここで、スペーサーは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間の第１のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第１のスペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは改変バージョンの少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間の第２のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第２のスペーサーは、オリゴペプチドであり、例えば、ここで、オリゴペプチドは、限定されないがグリシン－セリンダブレット等のグリシン及びセリン残基を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つ以上のスペーサー、例えば、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサー及び膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間のスペーサーを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のスペーサーをさらに含み、例えば、ここで、スペーサーは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間の第１のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第１のスペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは改変バージョンの少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間の第２のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第２のスペーサーは、オリゴペプチドであり、例えば、ここで、オリゴペプチドは、限定されないがグリシン－セリンダブレット等のグリシン及びセリン残基を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つ以上のスペーサー、例えば、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサー及び膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間のスペーサーを含む。
【0416】
Ｉ．膜貫通ドメイン
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、もしくはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ２８、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ８α、ＣＤ８β、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ４、ＦｃεＲＩγ、ＣＤ１６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３２、ＣＤ６４、ＣＤ６４、ＣＤ４５、ＣＤ５、ＣＤ９、ＣＤ２２、ＣＤ３７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、及びＦＧＦＲ２Ｂ、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、もしくはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ２８、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ８α、ＣＤ８β、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ４、ＦｃεＲＩγ、ＣＤ１６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３２、ＣＤ６４、ＣＤ６４、ＣＤ４５、ＣＤ５、ＣＤ９、ＣＤ２２、ＣＤ３７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、及びＦＧＦＲ２Ｂ、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む。
【0417】
Ｊ．シグナル伝達ドメイン（複数可）
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＡＲは、Ｂ７－１／ＣＤ８０；Ｂ７－２／ＣＤ８６；Ｂ７－Ｈ１／ＰＤ－Ｌ１；Ｂ７－Ｈ２；Ｂ７－Ｈ３；Ｂ７－Ｈ４；Ｂ７－Ｈ６；Ｂ７－Ｈ７；ＢＴＬＡ／ＣＤ２７２；ＣＤ２８；ＣＴＬＡ－４；Ｇｉ２４／ＶＩＳＴＡ／Ｂ７－Ｈ５；ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８；ＰＤ－１；ＰＤ－Ｌ２／Ｂ７－ＤＣ；ＰＤＣＤ６）；４－１ＢＢ／ＴＮＦＳＦ９／ＣＤ１３７；４－１ＢＢリガンド／ＴＮＦＳＦ９；ＢＡＦＦ／ＢＬｙＳ／ＴＮＦＳＦ１３Ｂ；ＢＡＦＦ Ｒ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ；ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７；ＣＤ２７リガンド／ＴＮＦＳＦ７；ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８；ＣＤ３０リガンド／ＴＮＦＳＦ８；ＣＤ４０／ＴＮＦＲＳＦ５；ＣＤ４０／ＴＮＦＳＦ５；ＣＤ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ５；ＤＲ３／ＴＮＦＲＳＦ２５；ＧＩＴＲ／ＴＮＦＲＳＦ１８；ＧＩＴＲリガンド／ＴＮＦＳＦ１８；ＨＶＥＭ／ＴＮＦＲＳＦ１４；ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４；リンホトキシン－アルファ／ＴＮＦ－ベータ；ＯＸ４０／ＴＮＦＲＳＦ４；ＯＸ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ４；ＲＥＬＴ／ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ；ＴＡＣＩ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ；ＴＬ１Ａ／ＴＮＦＳＦ１５；ＴＮＦ－アルファ；ＴＮＦ ＲＩＩ／ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）；２Ｂ４／ＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４；ＢＬＡＭＥ／ＳＬＡＭＦ８；ＣＤ２；ＣＤ２Ｆ－１０／ＳＬＡＭＦ９；ＣＤ４８／ＳＬＡＭＦ２；ＣＤ５８／ＬＦＡ－３；ＣＤ８４／ＳＬＡＭＦ５；ＣＤ２２９／ＳＬＡＭＦ３；ＣＲＡＣＣ／ＳＬＡＭＦ７；ＮＴＢ－Ａ／ＳＬＡＭＦ６；ＳＬＡＭ／ＣＤ１５０）；ＣＤ２；ＣＤ７；ＣＤ５３；ＣＤ８２／Ｋａｉ－１；ＣＤ９０／Ｔｈｙ１；ＣＤ９６；ＣＤ１６０；ＣＤ２００；ＣＤ３００ａ／ＬＭＩＲ１；ＨＬＡクラスＩ；ＨＬＡ－ＤＲ；Ｉｋａｒｏｓ；インテグリンアルファ４／ＣＤ４９ｄ；インテグリンアルファ４ベータ１；インテグリンアルファ４ベータ７／ＬＰＡＭ－１；ＬＡＧ－３；ＴＣＬ１Ａ；ＴＣＬ１Ｂ；ＣＲＴＡＭ；ＤＡＰ１２；デクチン－１／ＣＬＥＣ７Ａ；ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６；ＥｐｈＢ６；ＴＩＭ－１／ＫＩＭ－１／ＨＡＶＣＲ；ＴＩＭ－４；ＴＳＬＰ；ＴＳＬＰ Ｒ；リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）；ＮＫＧ２Ｃ、ＣＤ３ゼータドメイン、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもの、またはそれらの機能的断片のうちの１つまたは複数から選択される１つまたは少なくとも１つのシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＡＲは、Ｂ７－１／ＣＤ８０；Ｂ７－２／ＣＤ８６；Ｂ７－Ｈ１／ＰＤ－Ｌ１；Ｂ７－Ｈ２；Ｂ７－Ｈ３；Ｂ７－Ｈ４；Ｂ７－Ｈ６；Ｂ７－Ｈ７；ＢＴＬＡ／ＣＤ２７２；ＣＤ２８；ＣＴＬＡ－４；Ｇｉ２４／ＶＩＳＴＡ／Ｂ７－Ｈ５；ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８；ＰＤ－１；ＰＤ－Ｌ２／Ｂ７－ＤＣ；ＰＤＣＤ６）；４－１ＢＢ／ＴＮＦＳＦ９／ＣＤ１３７；４－１ＢＢリガンド／ＴＮＦＳＦ９；ＢＡＦＦ／ＢＬｙＳ／ＴＮＦＳＦ１３Ｂ；ＢＡＦＦ Ｒ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ；ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７；ＣＤ２７リガンド／ＴＮＦＳＦ７；ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８；ＣＤ３０リガンド／ＴＮＦＳＦ８；ＣＤ４０／ＴＮＦＲＳＦ５；ＣＤ４０／ＴＮＦＳＦ５；ＣＤ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ５；ＤＲ３／ＴＮＦＲＳＦ２５；ＧＩＴＲ／ＴＮＦＲＳＦ１８；ＧＩＴＲリガンド／ＴＮＦＳＦ１８；ＨＶＥＭ／ＴＮＦＲＳＦ１４；ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４；リンホトキシン－アルファ／ＴＮＦ－ベータ；ＯＸ４０／ＴＮＦＲＳＦ４；ＯＸ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ４；ＲＥＬＴ／ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ；ＴＡＣＩ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ；ＴＬ１Ａ／ＴＮＦＳＦ１５；ＴＮＦ－アルファ；ＴＮＦ ＲＩＩ／ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）；２Ｂ４／ＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４；ＢＬＡＭＥ／ＳＬＡＭＦ８；ＣＤ２；ＣＤ２Ｆ－１０／ＳＬＡＭＦ９；ＣＤ４８／ＳＬＡＭＦ２；ＣＤ５８／ＬＦＡ－３；ＣＤ８４／ＳＬＡＭＦ５；ＣＤ２２９／ＳＬＡＭＦ３；ＣＲＡＣＣ／ＳＬＡＭＦ７；ＮＴＢ－Ａ／ＳＬＡＭＦ６；ＳＬＡＭ／ＣＤ１５０）；ＣＤ２；ＣＤ７；ＣＤ５３；ＣＤ８２／Ｋａｉ－１；ＣＤ９０／Ｔｈｙ１；ＣＤ９６；ＣＤ１６０；ＣＤ２００；ＣＤ３００ａ／ＬＭＩＲ１；ＨＬＡクラスＩ；ＨＬＡ－ＤＲ；Ｉｋａｒｏｓ；インテグリンアルファ４／ＣＤ４９ｄ；インテグリンアルファ４ベータ１；インテグリンアルファ４ベータ７／ＬＰＡＭ－１；ＬＡＧ－３；ＴＣＬ１Ａ；ＴＣＬ１Ｂ；ＣＲＴＡＭ；ＤＡＰ１２；デクチン－１／ＣＬＥＣ７Ａ；ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６；ＥｐｈＢ６；ＴＩＭ－１／ＫＩＭ－１／ＨＡＶＣＲ；ＴＩＭ－４；ＴＳＬＰ；ＴＳＬＰ Ｒ；リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）；ＮＫＧ２Ｃ、ＣＤ３ゼータドメイン、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもの、またはそれらの機能的断片のうちの１つまたは複数から選択される１つまたは少なくとも１つのシグナル伝達ドメインを含む。
【0418】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。
【0419】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、共刺激ドメインであるシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、第２の共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも３つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもののうちの１つまたは複数から選択される共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、異なる。いくつかの実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、同じである。
【0420】
他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
【0421】
いくつかの実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
【0422】
いくつかの実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
【0423】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
【0424】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
【0425】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアント、及び／または（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
【0426】
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
【0427】
Ｋ．例となるＣＡＲ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原（例えば、腫瘍抗原）に結合する細胞外抗原結合ドメイン（例えば、抗体、またはｓｃＦｖ等の抗体断片）、スペーサー（例えば、本明細書に記載されるいずれか等のヒンジドメインを含有する）、膜貫通ドメイン（例えば、本明細書に記載されるいずれか）、及び細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載される一次シグナル伝達ドメインまたは共刺激シグナル伝達ドメイン等の任意の細胞内シグナル伝達ドメイン）を含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞質シグナル伝達ドメインであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、共刺激ドメイン）を追加的に含む。かかる構成要素のうちのいずれかは、上述したいずれかであり得る。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原（例えば、腫瘍抗原）に結合する細胞外抗原結合ドメイン（例えば、抗体、またはｓｃＦｖ等の抗体断片）、スペーサー（例えば、本明細書に記載されるいずれか等のヒンジドメインを含有する）、膜貫通ドメイン（例えば、本明細書に記載されるいずれか）、及び細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、本明細書に記載される一次シグナル伝達ドメインまたは共刺激シグナル伝達ドメイン等の任意の細胞内シグナル伝達ドメイン）を含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞質シグナル伝達ドメインであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメイン（例えば、共刺激ドメイン）を追加的に含む。かかる構成要素のうちのいずれかは、上述したいずれかであり得る。
【0428】
ＣＡＲの例となる構成要素の例が表３に記載される。提供される態様では、ＣＡＲにおける各構成要素の配列は、表３に列挙される任意の組み合わせを含み得る。
【0429】
【表3】
【0430】
４．ポリヌクレオチドの発現を増加させる（例えば、過剰発現させる）方法
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの増加した発現は、様々な技法のうちのいずれによって実施されてもよい。例えば、遺伝子及び因子（タンパク質）の発現を調節するための方法には、ゲノム編集技術、及びＲＮＡまたはタンパク質発現技術等が含まれる。これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの過剰発現または発現の増加に向けた１つまたは複数の改変により操作される細胞は、本明細書に記載される任意の供給源細胞である。いくつかの実施形態では、供給源細胞は、第ＩＩ．Ｃ節に記載される任意の細胞である。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの増加した発現は、様々な技法のうちのいずれによって実施されてもよい。例えば、遺伝子及び因子（タンパク質）の発現を調節するための方法には、ゲノム編集技術、及びＲＮＡまたはタンパク質発現技術等が含まれる。これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの過剰発現または発現の増加に向けた１つまたは複数の改変により操作される細胞は、本明細書に記載される任意の供給源細胞である。いくつかの実施形態では、供給源細胞は、第ＩＩ．Ｃ節に記載される任意の細胞である。
【0431】
Ｌ．内在性遺伝子の発現の増加
いくつかの実施形態では、遺伝子の発現は、内在性遺伝子の活性を増加させる（例えば、外因性遺伝子の転写を増加させる）ことによって増加させられる。場合によっては、内在性遺伝子の活性は、内在性遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させることによって増加させられる。いくつかの実施形態では、プロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させることは、内在性プロモーターまたはエンハンサーに対して、内在性プロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させる１つまたは複数の改変を行うことを含む。場合によっては、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させることは、遺伝子の内在性プロモーターを改変することを含む。いくつかの実施形態では、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させることは、異種プロモーターを導入することを含む。いくつかの実施形態では、異種プロモーターは、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、遺伝子の発現は、内在性遺伝子の活性を増加させる（例えば、外因性遺伝子の転写を増加させる）ことによって増加させられる。場合によっては、内在性遺伝子の活性は、内在性遺伝子に作動可能に連結されたプロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させることによって増加させられる。いくつかの実施形態では、プロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させることは、内在性プロモーターまたはエンハンサーに対して、内在性プロモーターまたはエンハンサーの活性を増加させる１つまたは複数の改変を行うことを含む。場合によっては、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させることは、遺伝子の内在性プロモーターを改変することを含む。いくつかの実施形態では、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させることは、異種プロモーターを導入することを含む。いくつかの実施形態では、異種プロモーターは、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される。
【0432】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子（例えば、ＣＤ４７、または別の寛容原性因子）の発現は、（１）内在性ＣＤ４７または他の遺伝子に特異的な部位特異的結合ドメイン、及び（２）転写活性化因子を含有する、融合タンパク質またはタンパク質複合体の発現によって増加させられる。
【0433】
いくつかの実施形態では、調節因子は、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）等の部位特異的ＤＮＡ結合核酸分子から構成される。いくつかの実施形態では、該方法は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）としても知られるジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはＺＦＰを含有する融合タンパク質等の、部位特異的ＤＮＡ結合標的化タンパク質によって達成される。
【0434】
いくつかの実施形態では、調節因子は、標的領域にて遺伝子に特異的に結合またはハイブリダイズする、例えばＤＮＡ結合タンパク質またはＤＮＡ結合核酸を使用した、部位特異的結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、改変ヌクレアーゼ等の部位特異的ヌクレアーゼに連結されるかまたはそれと複合体化される。例えば、いくつかの実施形態では、投与は、改変ヌクレアーゼ、例えば、メガヌクレアーゼまたはＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、例えば、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖回文配列核酸（ＣＲＩＳＰＲ）－Ｃａｓシステム、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムのＤＮＡ標的化タンパク質を含む融合体を使用して成し遂げられる。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性を欠くように改変される。いくつかの実施形態では、改変ヌクレアーゼは、触媒的に死んだｄＣａｓ９である。
【0435】
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ヌクレアーゼに由来し得る。例えば、Ｉ－ＳｃｅＩ、Ｉ－ＣｅｕＩ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＰＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅＩＶ、Ｉ－ＣｓｍＩ、Ｉ－ＰａｎＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩ、Ｉ－ＰｐｏＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－ＣｒｅＩ、Ｉ－ＴｅｖＩ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ、及びＩ－ＴｅｖＩＩＩ等のホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼの認識配列。また、米国特許第５，４２０，０３２号、米国特許第６，８３３，２５２号、Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３７９－３３８８、Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｇｅｎｅ ８２：１１５－１１８、Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９４）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２，１１２５－１１２７、Ｊａｓｉｎ（１９９６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１２：２２４－２２８、Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：１６３－１８０、Ａｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ，（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８０：３４５－３５３、及びＮｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓカタログも参照されたい。加えて、ホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼのＤＮＡ結合特異性は、非天然標的部位に結合するように操作され得る。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ，（２００２）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ １０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ，（２００３）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３１：２９５２－２９６２、Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ，（２００６）Ｎａｔｕｒｅ ４４１：６５６－６５９、Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ，（２００７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ７：４９－６６、米国特許公開第２００７／０１１７１２８号を参照されたい。
【0436】
ジンクフィンガー、ＴＡＬＥ、及びＣＲＩＳＰＲシステムの結合ドメインは、例えば、天然型ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥタンパク質の認識ヘリックス領域を操作すること（１つまたは複数のアミノ酸を変化させること）によって、既定のヌクレオチド配列に結合するように「操作」され得る。操作されたＤＮＡ結合タンパク質（ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥ）は、天然に存在しないタンパク質である。設計のための合理的基準は、置換規則の適用、ならびに既存のＺＦＰ及び／またはＴＡＬＥ設計及び結合データの情報を格納するデータベース内の情報を処理するためのコンピュータ化アルゴリズムを含む。例えば、米国特許第６，１４０，０８１号、同第６，４５３，２４２号、及び同第６，５３４，２６１号を参照されたく、また、ＷＯ９８／５３０５８、ＷＯ９８／５３０５９、ＷＯ９８／５３０６０、ＷＯ０２／０１６５３６、及びＷＯ０３／０１６４９６、ならびに米国公開第２０１１０３０１０７３号も参照されたい。
【0437】
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、配列特異的様態でＤＮＡに結合する１つもしくは複数のジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはそのドメインを含む。ＺＦＰまたはそのドメインは、亜鉛イオンの配位により構造が安定化される結合ドメイン内のアミノ酸配列の領域である、１つまたは複数のジンクフィンガーを介して配列特異的様態でＤＮＡに結合するタンパク質、またはより大きなタンパク質内のドメインである。
【0438】
ＺＦＰの中には、個々のフィンガーの集合によって生成される、典型的には９～１８ヌクレオチド長の特異的ＤＮＡ配列を標的とする人工ＺＦＰドメインがある。ＺＦＰには、単一のフィンガードメインの長さがおよそ３０アミノ酸であり、単一のベータターンの２つのシステインとともに亜鉛へと配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含有するアルファヘリックスを含有し、２、３、４、５、または６つのフィンガーを有するものが含まれる。一般に、ＺＦＰの配列特異性は、ジンクフィンガーの認識ヘリックス上の４つのヘリックス位置（－１、２、３、及び６）にてアミノ酸置換を行うことによって変化させてもよい。故に、いくつかの実施形態では、ＺＦＰまたはＺＦＰ含有分子は、非天然型であり、例えば、選択する標的部位に結合するように操作される。例えば、Ｂｅｅｒｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：１３５－１４１、Ｐａｂｏ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．７０：３１３－３４０、Ｉｓａｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９：６５６－６６０、Ｓｅｇａｌ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１２：６３２－６３７、Ｃｈｏｏ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１０：４１１－４１６、米国特許第６，４５３，２４２号、同第６，５３４，２６１号、同第６，５９９，６９２号、同第６，５０３，７１７号、同第６，６８９，５５８号、同第７，０３０，２１５号、同第６，７９４，１３６号、同第７，０６７，３１７号、同第７，２６２，０５４号、同第７，０７０，９３４号、同第７，３６１，６３５号、同第７，２５３，２７３号、及び米国特許公開第２００５／００６４４７４号、同第２００７／０２１８５２８号、同第２００５／０２６７０６１号を参照されたく、全て参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0439】
多くの遺伝子特異的な操作されたジンクフィンガーが市販されている。例えば、Ｓａｎｇａｍｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）と提携して、研究者がジンクフィンガーの構築及び検証を完全に省略することを可能にするジンクフィンガー構築のためのプラットフォーム（ＣｏｍｐｏＺｒ）を開発し、何千ものタンパク質に対して特異的に標的化されたジンクフィンガーを提供する（Ｇａｊ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１３，３１（７），３９７－４０５）。いくつかの実施形態では、市販のジンクフィンガーが使用されるか、またはカスタム設計される。
【0440】
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、転写活性化因子様タンパク質エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質にあるような、天然型または操作された（非天然型）転写活性化因子様タンパク質（ＴＡＬ）のＤＮＡ結合ドメインを含む。例えば、米国特許公開第２０１１０３０１０７３号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。
【0441】
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに由来する。一般に、「ＣＲＩＳＰＲシステム」とは、Ｃａｓ遺伝子をコードする配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例えば、ｔｒａｃｒＲＮＡまたは活性な部分的ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒメイト配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの文脈において「ダイレクトリピート」及びｔｒａｃｒＲＮＡによりプロセシングされた部分的ダイレクトリピートを包含する）、ガイド配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの文脈において「スペーサー」、または「標的化配列」とも称される）、及び／またはＣＲＩＳＰＲ遺伝子座からの他の配列及び転写物を含めた、ＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａｓ」）遺伝子の発現に関与するかまたはその活性を導く転写物及び他の要素を総称的に指す。
【0442】
一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズして、ＣＲＩＳＰＲ複合体の標的配列への配列特異的結合を導くのに十分な標的ポリヌクレオチド配列との相補性を有するポリヌクレオチド配列を含む、標的化ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性の程度は、好適なアライメントアルゴリズムを使用して最適にアライメントされたときに、約５０％以上、約６０％以上、約７５％以上、約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７．５％以上、約９９％以上、またはそれを超える。いくつかの例では、ｇＲＮＡの標的化ドメイン（例えば、標的化配列）は、標的核酸上の標的配列に相補的、例えば、少なくとも８０、８５、９０、９５、９８、または９９％相補的、例えば、完全に相補的である。
【0443】
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、本明細書に記載されるいずれであってもよい。特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＣＤ４７の標的部位に相補的である標的化配列、例えば、配列番号２００７８４～２３１８８５（ＷＯ２０１６１８３０４１の表２９、付録２２）のうちのいずれか１つに記載のもの；ＨＬＡ－Ｅの標的部位に相補的である標的化配列、例えば、配列番号１８９８５９～１９３１８３（ＷＯ２０１６１８３０４１の表１９、付録１２）のうちのいずれか１つに記載のもの；ＨＬＡ－Ｆの標的部位に相補的である標的化配列、例えば、配列番号６８８８０８～６９９７５４（ＷＯ２０１６１８３０４１の表４５、付録３８）のうちのいずれか１つに記載のもの；ＨＬＡ－Ｇの標的部位に相補的である標的化配列、例えば、配列番号１８８３７２～１８９８５８（ＷＯ２０１６１８３０４１の表１８、付録１１）のうちのいずれか１つに記載のもの；またはＰＤ－Ｌ１の標的部位に相補的である標的化配列、例えば、配列番号１９３１８４～２００７８３（ＷＯ２０１６１８３０４１の表２１、付録１４）のうちのいずれか１つに記載のものを有する。
【0444】
いくつかの実施形態では、標的部位は、標的遺伝子の転写開始部位の上流にある。いくつかの実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位に隣接している。いくつかの実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位の下流のＲＮＡポリメラーゼ休止部位に隣接している。
【0445】
いくつかの実施形態では、標的化ドメインは、転写開始、１つもしくは複数の転写エンハンサーもしくは活性化因子、及び／またはＲＮＡポリメラーゼの結合を促進するための標的遺伝子のプロモーター領域を標的とするように構成される。１つまたは複数のｇＲＮＡを使用して、遺伝子のプロモーター領域を標的化することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子の１つまたは複数の領域を標的化することができる。ある特定の態様では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位（ＴＳＳ）のいずれかの側の６００塩基対以内にある。
【0446】
エクソン配列ならびにプロモーター及び活性化因子を含む調節領域の配列を含めた、遺伝子を標的とする配列であるかまたはその配列を含むｇＲＮＡ配列（すなわちｇＲＮＡ標的化配列）を設計または同定することは、当業者の技能水準の範囲内にある。ＣＲＩＳＰＲゲノム編集のためのゲノム全域にわたるｇＲＮＡデータベースが一般公開されており、これは、ヒトゲノムまたはマウスゲノムにおける遺伝子の構成的エクソン内の例となる単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）標的配列を含む（例えば、ｇｅｎｅｓｃｒｉｐｔ．ｃｏｍ／ｇＲＮＡ－ｄａｔａｂａｓｅ．ｈｔｍｌを参照されたく、また、Ｓａｎｊａｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１１：７８３－４、ｗｗｗ．ｅ－ｃｒｉｓｐ．ｏｒｇ／Ｅ－ＣＲＩＳＰ／、ｃｒｉｓｐｒ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／も参照されたい）。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、非標的遺伝子へのオフターゲット結合が最小である標的化配列であるか、またはそれを含む。
【0447】
いくつかの実施形態では、調節因子は、機能的ドメイン、例えば、転写活性化因子をさらに含む。
【0448】
いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の１つまたは複数の転写調節要素等の１つまたは複数の調節要素であるか、またはそれを含有し、それによって、上記で提供されるような部位特異的ドメインが認識されて、かかる遺伝子の発現を駆動する。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の発現を駆動する。場合によっては、転写活性化因子は、異種トランス活性化ドメインの全部または一部分であり得るか、またはそれを含有し得る。例えば、いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、単純ヘルペス由来トランス活性化ドメイン、Ｄｎｍｔ３ａメチルトランスフェラーゼドメイン、ｐ６５、ＶＰ１６、及びＶＰ６４から選択される。
【0449】
いくつかの実施形態では、調節因子は、ジンクフィンガー転写因子（ＺＦ－ＴＦ）である。いくつかの実施形態では、調節因子は、ＶＰ６４－ｐ６５－Ｒｔａ（ＶＰＲ）である。
【0450】
ある特定の実施形態では、調節因子は、転写調節ドメインをさらに含む。一般的なドメインには、例えば、転写因子ドメイン（活性化因子、抑制因子、共活性化因子、共抑制因子）、サイレンサー、発がん遺伝子（例えば、ｍｙｃ、ｊｕｎ、ｆｏｓ、ｍｙｂ、ｍａｘ、ｍａｄ、ｒｅｌ、ｅｔｓ、ｂｃｌ、ｍｙｂ、ｍｏｓファミリーメンバー等）；ＤＮＡ修復酵素ならびにそれらの関連因子及び改変因子；ＤＮＡ再構成酵素ならびにそれらの関連因子及び改変因子；クロマチン関連タンパク質及びそれらの改変因子（例えば、キナーゼ、アセチラーゼ、及びデアセチラーゼ）；ならびにＤＮＡ改変酵素（例えば、ＤＮＭＴファミリーのメンバー等のメチルトランスフェラーゼ（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等、トポイソメラーゼ、ヘリカーゼ、リガーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ポリメラーゼ、エンドヌクレアーゼ）ならびにそれらの関連因子及び改変因子が含まれる。例えば、米国公開第２０１３／０２５３０４０号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。
【0451】
活性化を達成するのに好適なドメインには、ＨＳＶ ＶＰ１６活性化ドメイン（例えば、Ｈａｇｍａｎｎ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７１，５９５２－５９６２（１９７）を参照されたい）、核内ホルモン受容体（例えば、Ｔｏｒｃｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０：３７３－３８３（１９９８）を参照されたい）、核内因子カッパＢのｐ６５サブユニット（Ｂｉｔｋｏ ＆ Ｂａｎｋ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：５６１０－５６１８（１９９８）及びＤｏｙｌｅ ＆ Ｈｕｎｔ，Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ ８：２９３７－２９４２（１９９７））、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５：３－２８（１９９８））、またはＶＰ６４等の人工キメラ機能的ドメイン（Ｂｅｅｒｌｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：１４６２３－３３）、及びデグロン（Ｍｏｌｉｎａｒｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）ＥＭＢＯ Ｊ．１８，６４３９－６４４７）が含まれる。追加の例となる活性化ドメインには、Ｏｃｔ１、Ｏｃｔ－２Ａ、Ｓｐｌ、ＡＰ－２、及びＣＴＦ１（Ｓｅｉｐｅｌ ｅｔ ａｌ，ＥＭＢＯＪ．１１，４９６１－４９６８（１９９２）、ならびにｐ３００、ＣＢＰ、ＰＣＡＦ、ＳＲＣ１ ＰｖＡＬＦ、ＡｔＨＤ２Ａ、及びＥＲＦ－２が含まれる。例えば、Ｒｏｂｙｒ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１４：３２９－３４７、Ｃｏｌｌｉｎｇｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ ２３：２５５－２７５、Ｌｅｏ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ ２４５：１－１１、Ｍａｎｔｅｕｆｆｅｌ－Ｃｙｍｂｏｒｏｗｓｋａ（１９９９）Ａｃｔａ Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｐｏｌ．４６：７７－８９、ＭｃＫｅｎｎａ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｊ．Ｓｔｅｒｏｉｄ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．６９：３－１２、Ｍａｌｉｋ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２５：２７７－２８３、及びＬｅｍｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．９：４９９－５０４を参照されたい。追加の例となる活性化ドメインには、ＯｓＧＡＩ、ＨＡＬＦ－１、Ｃｌ、ＡＰ１、ＡＲＦ－５、－６、－１、及び－８、ＣＰＲＦ１、ＣＰＲＦ４、ＭＹＣ－ＲＰ／ＧＰ、ならびにＴＲＡＢ１が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｏｇａｗａ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ ２４５：２１－２９、Ｏｋａｎａｍｉ ｅｔ ａｌ，（１９９６）Ｇｅｎｅｓ Ｃｅｌｌｓ １：８７－９９、Ｇｏｆｆ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．５：２９８－３０９、Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ４０：４１９－４２９、Ｕｌｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：５８４４－５８４９、Ｓｐｒｅｎｇｅｒ－Ｈａｕｓｓｅｌｓ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｌａｎｔ Ｊ．２２：１－８、Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４１：３３－４４、及びＨｏｂｏ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：１５，３４８－１５，３５３を参照されたい。
【0452】
遺伝子抑制因子を作製するために使用され得る、例となる抑制ドメインには、ＫＲＡＢ Ａ／Ｂ、ＫＯＸ、ＴＧＦ－ベータ誘導性初期遺伝子（ＴＩＥＧ）、ｖ－ｅｒｂＡ、ＳＩＤ、ＭＢＤ２、ＭＢＤ３、ＤＮＭＴファミリーのメンバー（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等）、Ｒｂ、及びＭｅＣＰ２が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４５１－４５４、Ｔｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４４３－４４６、Ｋｎｏｅｐｆｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４４７－４５０、及びＲｏｂｅｒｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．２５：３３８－３４２を参照されたい。追加の例となる抑制ドメインには、ＲＯＭ２及びＡｔＨＤ２Ａが含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｃｈｅｍ ｅｔ ａｌ，（１９９６）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ ８：３０５－３２１、及びＷｕ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｌａｎｔ Ｊ．２２：１９－２７を参照されたい。
【0453】
いくつかの事例では、ドメインは、染色体の後成的調節に関与する。いくつかの実施形態では、ドメインは、核局在性のヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）（例えば、Ａ型）、例えば、ＭＹＳＴファミリーメンバーＭＯＺ、Ｙｂｆ２／Ｓａｓ３、ＭＯＦ、及びＴｉｐ６０、ＧＮＡＴファミリーメンバーＧｃｎ５またはｐＣＡＦ、ｐ３００ファミリーメンバーＣＢＰ、ｐ３００、またはＲｔｔ１０９（Ｂｅｍｄｓｅｎ ａｎｄ Ｄｅｎｕ（２００８）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ １８（６）：６８２－６８９）である。他の事例では、ドメインは、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤ ＡＣ）、例えば、クラスＩ（ＨＤＡＣ－１、２、３、及び８）、クラスＩＩ（ＨＤＡＣ ＩＩＡ（ＨＤＡＣ－４、５、７及び９）、ＨＤ ＡＣ ＩＩＢ（ＨＤＡＣ ６及び１０））、クラスＩＶ（ＨＤＡＣ－ｌ １）、クラスＩＩＩ（サーチュイン（ＳＩＲＴ）としても公知；ＳＩＲＴ１～７）である（Ｍｏｔｔａｍａｌ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ２０（３）：３８９８－３９４１を参照されたい）。いくつかの実施形態で使用される別のドメインは、ヒストンホスホリラーゼまたはキナーゼであり、例としては、ＭＳＫ１、ＭＳＫ２、ＡＴＲ、ＡＴＭ、ＤＮＡ－ＰＫ、Ｂｕｂｌ、ＶｐｒＢＰ、ＩＫＫ－ａ、ＰＫＣｐｉ、Ｄｉｋ／Ｚｉｐ、ＪＡＫ２、ＰＫＣ５、ＷＳＴＦ、及びＣＫ２が挙げられる。いくつかの実施形態では、メチル化ドメインが使用され、これはＥｚｈ２、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲＭＴ ２／６、ＣＡＲＭ１、ｓｅｔ７／９、ＭＬＬ、ＡＬＬ－１、Ｓｕｖ ３９ｈ、Ｇ９ａ、ＳＥＴＤＢ１、Ｅｚｈ２、Ｓｅｔ２、Ｄｏｔｌ、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲ－Ｓｅｔ７、及びＳｕｖ４－２０ｈ等の群から選定され得る。ＳＵＭＯ化及びビオチン化に関与するドメイン（Ｌｙｓ９、１３、４、１８、及び１２）もまたいくつかの実施形態で使用され得る（概説については、Ｋｏｕｓａｒｉｄｅｓ（２００７）Ｃｅｌｌ １２８：６９３－７０５を参照されたい）。
【0454】
融合分子は、当業者に周知されているクローニング方法及び生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。融合分子は、ＤＮＡ結合ドメイン及び機能的ドメイン（例えば、転写活性化または抑制ドメイン）を含む。融合分子はまた、任意選択で、核局在化シグナル（例えば、ＳＶ４０中型Ｔ抗原からのシグナル等）及びエピトープタグ（例えば、ＦＬＡＧ及びヘマグルチニン等）を含む。融合タンパク質（及びそれらをコードする核酸）は、融合体の構成要素の間で翻訳リーディングフレームが保存されるように設計される。
【0455】
一方で機能的ドメイン（またはその機能的断片）のポリペプチド構成要素と、他方で非タンパク質ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、抗生物質、インターカレーター、副溝結合剤、核酸）との間の融合体は、当業者に既知の生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）Ｃａｔａｌｏｇｕｅを参照されたい。副溝結合剤とポリペプチドとの間の融合体を作製するための方法及び組成物が記載されている。Ｍａｐｐ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７：３９３０－３９３５。同様に、ポリペプチド構成要素である機能ドメインと関連付けてｓｇＲＮＡ核酸である構成要素を含むＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ ＴＦ及びヌクレアーゼもまた、当業者に既知であるとともに、本明細書に詳述される。
【0456】
Ｍ．外因性ポリペプチド
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの増加した発現（すなわち過剰発現）は、過剰発現させるポリヌクレオチドをコードする外因性ポリヌクレオチドを細胞内に導入することによって媒介される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、組換え核酸である。周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸を生成することができる。いくつかの実施形態では、本明細書の外因性ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドは、コドン最適化された核酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドの増加した発現（すなわち過剰発現）は、過剰発現させるポリヌクレオチドをコードする外因性ポリヌクレオチドを細胞内に導入することによって媒介される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、組換え核酸である。周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸を生成することができる。いくつかの実施形態では、本明細書の外因性ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドは、コドン最適化された核酸配列を含む。
【0457】
ある特定の実施形態では、寛容原性因子またはキメラ抗原受容体等の外因性ポリペプチドをコードする組換え核酸は、発現構築物において１つまたは複数の制御ヌクレオチド配列に作動可能に連結されてもよい。調節ヌクレオチド配列は、一般に、宿主細胞及び処置されるレシピエント対象に適切であろう。様々な宿主細胞に対して、数多くの種類の適切な発現ベクター及び好適な調節配列が当該技術分野で既知である。典型的には、１つまたは複数の調節ヌクレオチド配列には、プロモーター配列、リーダーまたはシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始及び終結配列、翻訳開始及び終結配列、ならびにエンハンサーまたは活性化因子配列が含まれ得るが、これらに限定されない。当該技術分野で既知であるような構成的または誘導性プロモーターもまた企図される。プロモーターは、天然型プロモーター、または１つよりも多くのプロモーターの要素を組み合わせたハイブリッドプロモーターのいずれであってもよい。発現構築物は、細胞においてプラスミド等のエピソーム上に存在してもよいし、または発現構築物は、染色体内に挿入されてもよい。具体的な実施形態では、発現ベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を可能にするための選択可能マーカー遺伝子を含む。ある特定の実施形態は、少なくとも１つの調節配列に作動可能に連結されたバリアントポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、発現ベクターを含む。本明細書で使用するための調節配列には、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御要素が含まれる。ある特定の実施形態では、発現ベクターは、形質転換される宿主細胞、発現させることが望まれる特定のバリアントポリペプチド、ベクターのコピー数、そのコピー数を制御する能力、及び／またはベクターによってコードされる任意の他のタンパク質、例えば、抗生物質マーカーの発現の選定に対して設計される。
【0458】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、操作された細胞における外因性ポリヌクレオチドの発現用のプロモーターに作動可能に連結されている。好適な哺乳類プロモーターの例としては、例えば、以下の遺伝子からのプロモーター、すなわち、伸長因子１アルファ（ＥＦ１α）プロモーター、ハムスターのユビキチン／Ｓ２７ａプロモーター（ＷＯ９７／１５６６４）、サル空胞ウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター、マウスメタロチオネイン－Ｉプロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）の長鎖末端反復配列領域、マウス乳腺腫瘍ウイルスプロモーター（ＭＭＴＶ）、モロニーマウス白血病ウイルス長鎖末端反復配列領域、及びヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）の初期プロモーターが挙げられる。他の異種哺乳類プロモーターの例は、アクチン、免疫グロブリン、または熱ショックプロモーター（複数可）である。追加の実施形態では、哺乳類宿主細胞において使用するためのプロモーターは、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス（１９８９年７月５日に公開されたＵＫ２，２１１，５０４）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、及びサルウイルス４０（ＳＶ４０）等のウイルスのゲノムから得ることができる。さらなる実施形態では、異種哺乳類プロモーターが使用される。例としては、アクチンプロモーター、免疫グロブリンプロモーター、及び熱ショックプロモーターが挙げられる。ＳＶ４０の初期及び後期プロモーターは、ＳＶ４０ウイルス複製起点も含有するＳＶ４０制限断片として好都合に得られる（Ｆｉｅｒｓ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２７３：１１３－１２０（１９７８））。ヒトサイトメガロウイルスの最初期プロモーターは、ＨｉｎｄＩＩＩ制限酵素断片として好都合に得られる（Ｇｒｅｅｎａｗａｙ ｅｔ ａｌ，Ｇｅｎｅ １８：３５５－３６０（１９８２））。前述の参考文献は、参照によりそれらの全体が援用される。
【0459】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターである。バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターは、（１）オープンリーディングフレームの各々に融合された複数のプロモーター、（２）遺伝子の間のスプライシングシグナルの挿入、（３）発現が単一のプロモーターによって駆動される遺伝子の融合、及び／または（４）遺伝子の間のタンパク質分解切断部位の挿入（自己切断ペプチド）もしくは遺伝子の間の内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）の挿入を含んでもよい。
【0460】
いくつかの実施形態では、本明細書の発現ベクターまたは構築物は、マルチシストロン性構築物である。「マルチシストロン性構築物」及び「マルチシストロン性ベクター」という用語は、本明細書で互換的に使用され、単一のｍＲＮＡ分子へと転写されることになり、この単一のｍＲＮＡ分子が２つ以上の遺伝子（例えば、２つ以上の導入遺伝子）をコードする、組換えＤＮＡ構築物を指す。マルチシストロン性構築物は、それが２つの遺伝子をコードする場合はバイシストロン性構築物、それが３つの遺伝子をコードする場合はトリシストロン性構築物、それが４つの遺伝子をコードする場合はクワドロシストロン性構築物と称され、以下同様である。
【0461】
いくつかの実施形態では、ベクターまたは構築物（例えば、導入遺伝子）に含まれる２つ以上の外因性ポリヌクレオチドは各々、マルチシストロン性分離要素によって隔てられている。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性分離要素は、ＩＲＥＳまたは切断可能ペプチドもしくはリボソームスキップ要素をコードする配列である。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性分離要素は、脳心筋炎（ＥＭＣＶ）ウイルスのＩＲＥＳ等のＩＲＥＳである。いくつかの実施形態では、マルチシストロン性分離要素は、２Ａペプチド等の切断可能ペプチドである。例となる２Ａペプチドには、Ｐ２Ａペプチド、Ｔ２Ａペプチド、Ｅ２Ａペプチド、及びＦ２Ａペプチドが含まれる。いくつかの実施形態では、切断可能ペプチドは、Ｔ２Ａである。いくつかの実施形態では、２つ以上の外因性ポリヌクレオチド（例えば、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチド）は、プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドは各々、プロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、プロモーターは、同じプロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＥＦ１プロモーターである。
【0462】
場合によっては、外因性ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチド（例えば、本明細書に記載の寛容原性因子または補体インヒビターをコードする外因性ポリヌクレオチド）は、マルチシストロン性ベクターによってコードされる外因性ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端にて、Ｔ２Ａ等の切断可能ペプチドまたはリボソームスキップ要素をコードする。いくつかの実施形態では、切断可能ペプチドまたはリボソームスキップ要素の組み込みは、単一の翻訳開始部位からの２つ以上のポリペプチドの発現を可能にする。いくつかの実施形態では、切断可能ペプチドは、Ｔ２Ａである。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１１によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１２によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１７によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１８によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。
【0463】
いくつかの実施形態では、ベクターまたは構築物は、外因性ポリヌクレオチドの１つまたは複数の転写単位の発現を駆動する単一のプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、かかるベクターまたは構築物は、マルチシストロン性（バイシストロン性またはトリシストロン性、例えば、米国特許第６，０６０，２７３号を参照されたい）であり得る。例えば、いくつかの実施形態では、転写単位は、単一のプロモーターから転写されるＲＮＡからの遺伝子産物（例えば、ＣＤ４７等の１つもしくは複数の寛容原性因子及び／またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５等の１つもしくは複数の補体インヒビター）の共発現を可能にする、ＩＲＥＳ（内部リボソーム進入部位）を含有するバイシストロン性単位として設計され得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるベクターまたは構築物は、バイシストロン性であり、ベクターまたは構築物が２つの別個のポリペプチドを発現することを可能にする。場合によっては、ベクターまたは構築物によってコードされる２つの別個のポリペプチドは、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９から選択される２つの因子）である。場合によっては、ベクターまたは構築物によってコードされる２つの別個のポリペプチドは、ＣＤ４６及びＣＤ５９である。いくつかの実施形態では、ベクターまたは構築物によってコードされる２つの別個のポリペプチドは、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）ならびにＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５から選択される補体インヒビターである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるベクターまたは構築物は、トリシストロン性であり、ベクターまたは構築物が３つの別個のポリペプチドを発現することを可能にする。場合によっては、トリシストロン性ベクターまたは構築物の３つの核酸配列は、ＣＤ４７、ＣＤ４６、及びＣＤ５９等の寛容原性因子である。場合によっては、トリシストロン性ベクターまたは構築物の３つの核酸配列は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５である。場合によっては、トリシストロン性ベクターまたは構築物の３つの核酸配列は、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９から選択される３つの寛容原性因子である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるベクターまたは構築物は、クワドロシストロン性であり、ベクターまたは構築物が４つの別個のポリペプチドを発現することを可能にする。場合によっては、クワドロシストロン性ベクターまたは構築物の４つの別個のポリペプチドは、ＣＤ４７、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５である。場合によっては、クワドロシストロン性ベクターまたは構築物の４つの別個のポリペプチドは、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９から選択される４つの寛容原性因子である。
【0464】
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のベクターまたは構築物を含み、ここで、各ベクターまたは構築物は、上述したようなモノシストロン性またはマルチシストロン性構築物であり、モノシストロン性またはマルチシストロン性構築物は、１つまたは複数の寛容原性因子、補体インヒビター、及び／またはＣＡＲ等の他のポリペプチドを任意の組み合わせまたは順序でコードする。
【0465】
いくつかの実施形態では、単一のプロモーターが、自己切断ペプチド（例えば、２Ａ配列）またはプロテアーゼ認識部位（例えば、フーリン）をコードする配列によって互いに隔てられた２つ、３つ、または４つの遺伝子（例えば、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）及び／またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５から選択される１つもしくは複数の補体インヒビターをコードする）を単一のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）に含有するＲＮＡの発現を導く。故に、ＯＲＦは、単一のポリペプチドをコードし、これが翻訳中（２Ａの場合）または翻訳後のいずれかに、個々のタンパク質へとプロセスされる。場合によっては、Ｔ２Ａ等のペプチドは、リボソームに２Ａ要素のＣ末端におけるペプチド結合の合成をスキップさせて（リボソームスキッピング）、２Ａ配列の末端と下流にある次のペプチドとの間の分離をもたらすことができる（例えば、ｄｅ Ｆｅｌｉｐｅ．Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ａｎｄ Ｔｈｅｒ．２：１３（２００４）及びｄｅＦｅｌｉｐｅ ｅｔ ａｌ．Ｔｒａｆｆｉｃ ５：６１６－６２６（２００４）を参照されたい）。多くの２Ａ要素が当該技術分野で既知である。本明細書に開示される方法及び核酸において使用され得る２Ａ配列の例としては、限定されないが、米国特許公開第２００７０１１６６９０号に記載されるような口蹄疫ウイルスからの２Ａ配列（Ｆ２Ａ、例えば、配列番号１６）、ウマ鼻炎Ａウイルス（Ｅ２Ａ、例えば、配列番号１５）、ゾセア・アシグナ（ｔｈｏｓｅａ ａｓｉｇｎａ）ウイルス（Ｔ２Ａ、例えば、配列番号１１、１２、１７、または１８）、及びブタテシオウイルス－１（Ｐ２Ａ、例えば、配列番号１３または１４）が含まれる。
【0466】
ベクターまたは構築物（例えば、導入遺伝子）が、タンパク質をコードする１つよりも多くの核酸配列、例えば、ＣＤ４６をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする第２の外因性ポリヌクレオチド、またはＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５６をコードする第２の外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする第３の外因性ポリヌクレオチドを含有する場合には、ベクターまたは構築物（例えば、導入遺伝子）は、第１の外因性ポリヌクレオチド配列と第２の外因性ポリヌクレオチド配列の間のペプチドをコードする核酸配列をさらに含んでもよい。場合によっては、第１の外因性ポリヌクレオチドと第２の外因性ポリヌクレオチドとの間に位置付けられる核酸配列は、翻訳中または翻訳後に第１の外因性ポリヌクレオチド及び第２の外因性ポリヌクレオチドの翻訳産物を隔てるペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、ペプチドは、Ｔ２Ａペプチド等の、自己切断型ペプチドまたはリボソームスキッピングを引き起こすペプチド（リボソームスキップ要素）を含有する。いくつかの実施形態では、切断可能ペプチドまたはリボソームスキップ要素の組み込みは、単一の翻訳開始部位からの２つ以上のポリペプチドの発現を可能にする。いくつかの実施形態では、ペプチドは、Ｔ２Ａペプチドである自己切断型ペプチドである。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１１によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１２によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１７によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａは、配列番号１８によって記載のアミノ酸配列であるか、またはそれを含む。
【0467】
本明細書に記載のポリヌクレオチドを細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成することができる。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、フソゲン、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を介して細胞内に導入されるか（例えば、レンチウイルス形質導入）、またはウイルスベクター上で別様に送達される（例えば、フソゲン媒介性送達）。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスポザーゼ媒介性送達、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を介して細胞内に導入されるか（例えば、レンチウイルス形質導入）、またはウイルスベクター上で別様に送達される（例えば、フソゲン媒介性送達）。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドをパッケージするベクターを使用して、パッケージされたポリヌクレオチドを細胞または細胞の集団に送達してもよい。これらのベクターは、ＤＮＡベクター、ＲＮＡベクター、プラスミド、ウイルスベクター、及び粒子を含めた任意の種類のものであってよい。いくつかの実施形態では、脂質ナノ粒子を使用して、外因性ポリヌクレオチドを細胞に送達することができる。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターを使用して、外因性ポリヌクレオチドを細胞に送達することができる。ウイルスベクター技術は周知されており、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）に記載される。ベクターとして有用であるウイルスには、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、レトロウイルスベクター、腫瘍溶解性ウイルス等が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入は、特異的（標的化）または非特異的（例えば、非標的化）であり得る。いくつかの実施形態では、細胞内への外因性ポリヌクレオチドの導入は、細胞内のゲノムへの組み込みまたは挿入をもたらし得る。他の実施形態では、導入された外因性ポリヌクレオチドは、細胞において非組み込み型またはエピソーム型であり得る。当業者は、本明細書に記載の例となる方法のうちのいずれも含めて、核酸導入遺伝子を細胞内に導入する方法に精通しており、好適な方法を選定することができる。
【0468】
１）非標的化送達
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、様々な非標的化方法のうちのいずれかによって細胞（例えば、供給源細胞）内に導入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、宿主細胞のランダムなゲノム遺伝子座内に挿入される。当業者に知られているように、例えば、レトロウイルスベクター及びレンチウイルスベクターを含めたウイルスベクターは、遺伝物質を宿主細胞内に送達するとともに、遺伝子の安定な発現及び複製を容易にするための外来または外因性遺伝子を宿主細胞のゲノム内にランダムに挿入するために一般的に使用される。いくつかの実施形態では、細胞内への外因性ポリヌクレオチドの非標的化導入は、細胞における外因性ポリヌクレオチドの安定な発現に向けた条件下にある。いくつかの実施形態では、細胞における安定な発現に向けて核酸を導入するための方法は、核酸が組み込まれた細胞が分裂する場合にそれが伝播され得るように、細胞のゲノム内への核酸の安定な組み込みをもたらす任意の方法を伴う。
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、様々な非標的化方法のうちのいずれかによって細胞（例えば、供給源細胞）内に導入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、宿主細胞のランダムなゲノム遺伝子座内に挿入される。当業者に知られているように、例えば、レトロウイルスベクター及びレンチウイルスベクターを含めたウイルスベクターは、遺伝物質を宿主細胞内に送達するとともに、遺伝子の安定な発現及び複製を容易にするための外来または外因性遺伝子を宿主細胞のゲノム内にランダムに挿入するために一般的に使用される。いくつかの実施形態では、細胞内への外因性ポリヌクレオチドの非標的化導入は、細胞における外因性ポリヌクレオチドの安定な発現に向けた条件下にある。いくつかの実施形態では、細胞における安定な発現に向けて核酸を導入するための方法は、核酸が組み込まれた細胞が分裂する場合にそれが伝播され得るように、細胞のゲノム内への核酸の安定な組み込みをもたらす任意の方法を伴う。
【0469】
いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターである。レンチウイルスベクターは、送達された核酸転写物内に含まれる遺伝子の安定な発現を可能にすることから、ウイルス形質導入を成功させるために特に有用な手段である。レンチウイルスベクターは、送達された核酸転写物内に含まれる遺伝子の安定な発現に必要とされる２つの酵素である逆転写酵素及びインテグラーゼを発現する。逆転写酵素は、ＲＮＡ転写物をＤＮＡへと転換する一方で、インテグラーゼは、ＤＮＡを標的細胞のゲノム内に挿入し、組み込む。ひとたびＤＮＡがゲノム内に安定に組み込まれると、それは宿主とともに分裂する。組み込まれたＤＮＡ内に含まれる目的の遺伝子は、構成的に発現してもよいし、またはそれは誘導性であってもよい。宿主細胞のゲノムの一部として、それは標的細胞における多くの因子に応じて、活性化または抑制を含めた細胞調節の対象となり得る。
【0470】
レンチウイルスは、宿主ゲノム内への組み込み前にウイルスＲＮＡゲノムのＤＮＡへの逆転写が必要とされることから命名されたレトロウイルス科のウイルスの亜群である。かくして、レンチウイルスビヒクル／粒子の最も重要な特徴は、それらの遺伝物質の標的／宿主細胞のゲノム内への組み込みである。レンチウイルスのいくつかの例としては、ヒト免疫不全ウイルス：ＨＩＶ－１及びＨＩＶ－２、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、ジェンブラナ病ウイルス（ＪＤＶ）、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）、ウマ伝染性貧血、ウイルス、マエディ・ビスナ、ならびにヤギ関節炎脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）が挙げられる。
【0471】
典型的には、遺伝子送達ビヒクルを構成するレンチウイルス粒子は、それ自体では複製欠損性である（「自己不活性型」とも称される）。レンチウイルスは、無傷の宿主の核膜を通した侵入機構のため、分裂細胞及び非分裂細胞の両方に感染することができる（Ｎａｌｄｉｎｉ Ｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｉｅｃｋｎｏｌ，１９９８，９：４５７－４６３）。組換えレンチウイルスビヒクル／粒子は、ＨＩＶ病原性遺伝子を複数回弱毒化することによって生成されており、例えば、遺伝子Ｅｎｖ、Ｖｉｆ、Ｖｐｒ、Ｖｐｕ、Ｎｅｆ、及びＴａｔを欠失させることにより、ベクターは生物学的に安全なものにされる。相応して、例えばＨＩＶ－１／ＨＩＶ－２に由来する、レンチウイルスビヒクルは、非分裂細胞内への導入遺伝子の効率的な送達、組み込み、及び長期発現を媒介し得る。
【0472】
レンチウイルス粒子は、ヒトＨＥＫ２９３Ｔ細胞等のプロデューサー細胞においてウイルスパッケージング要素及びベクターゲノム自体を共発現させることによって生成されてもよい。これらの要素は、通常は、３つ（第２世代レンチウイルスシステムにおける）または４つの別個のプラスミド（第３世代レンチウイルスシステムにおける）において提供される。プロデューサー細胞は、ウイルスのコア（すなわち構造タンパク質）及び酵素成分、ならびにエンベロープタンパク質（複数可）（パッケージングシステムと称される）を含むレンチウイルス構成要素をコードするプラスミドと、標的細胞に移入されることになる外来導入遺伝子を含むゲノム、ビヒクル自体（移入ベクターとも称される）をコードするプラスミドとでコトランスフェクトされる。一般に、プラスミドまたはベクターは、プロデューサー細胞株に含められる。プラスミド／ベクターは、トランスフェクション、形質導入、または感染を介してプロデューサー細胞株内に導入される。トランスフェクション、形質導入、または感染のための方法は、当業者に周知されている。非限定的な例として、パッケージング及び移入構築物は、リン酸カルシウムトランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションによって、通常はネオマイシン（ｎｅｏ）、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）、グルタミンシンテターゼまたはアデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）等の優性選択可能マーカーと一緒にプロデューサー細胞株内に導入され得、続いて適切な薬物の存在下での選択、及びクローンの単離が行われる。
【0473】
プロデューサー細胞は、外来遺伝子、例えば、外因性ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドを含有する、組換えウイルス粒子を産生する。組換えウイルス粒子は、培養培地から回収され、当業者によって使用される標準的な方法によって力価測定される。組換えレンチウイルスビヒクルを使用して、標的細胞を感染させることができ、かかる供給源細胞には第ＩＩ．Ｃ節に記載されるいずれかが含まれる。
【0474】
高力価のレンチウイルス粒子を産生させるために使用され得る細胞には、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞、２９３Ｇ細胞、ＳＴＡＲ細胞（Ｒｅｌａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ．２００５，１１：４５２－４５９）、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）２９３発現システム（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）、及び他のＨＥＫ２９３Ｔベースのプロデューサー細胞株が含まれ得るが、これらに限定されない（例えば、Ｓｔｅｗａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．＿２０１１，２，２．（３）：３５７～３６９、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｂｉｏｅｎｇ，２０１２，１０９９６）：１５５１－１５６０、Ｔｈｒｏｍ ｅｔ ａｌ．．Ｂｌｏｏｄ．２００９，１１３（２１）：５１０４－５１１０）。
【0475】
レンチウイルス粒子中で提供される追加の要素は、５’末端または３’末端のいずれかにおけるレトロウイルスＬＴＲ（長い末端反復）、レトロウイルス輸送要素、任意選択でレンチウイルス逆応答要素（ＲＲＥ）、プロモーターまたはその活性部分、及び遺伝子座制御領域（ＬＣＲ）またはその活性部分を含み得る。他の要素には、非分裂細胞における形質導入効率を改善するための中央ポリプリントラクト（ｃＰＰＴ）配列、導入遺伝子の発現を強化し、力価を増加させるウッドチャック肝炎ウイルス（ＷＨＰ）転写後調節要素（ＷＰＲＥ）が含まれる。
【0476】
組換えレンチウイルス粒子を生成するための方法は、当業者に既知である（例えば、米国特許第８，８４６，３８５号、同第７，７４５，１７９号、同第７，６２９，１５３号、同第７，５７５，９２４号、同第７，１７９，９０３号、及び同第６，８０８，９０５号）。使用されるレンチウイルスベクターは、ｐＬＶＸ、ｐＬｅｎｔｉ、ｐＬｅｎｔｉ６、ｐＬＪＭｌ、ＦＵＧＷ、ｐＷＰＸＬ、ｐＷＰＩ、ｐＬｅｎｔｉ ＣＭＶ ｐｕｒｏ ＤＥＳＴ、ｐＬＪＭｌ－ＥＧＦＰ、ｐＵＬＴＲＡ、ｐＩｎｄｕｃｅｒ２Ｑ、ｐＨＩＶ－ＥＧＦＰ、ｐＣＷ５７．１、ｐＴＲＰＥ、ｐＥＬＰＳ、ｐＲＲＬ、及びｐＬｉｏｎＩＩから選択され得るが、これらに限定されない。任意の既知のレンチウイルスビヒクルもまた使用されてもよい（米国特許第９，２６０，７２５号、同第９，０６８，１９９号、同第９，０２３，６４６号、同第８，９００，８５８号、同第８，７４８，１６９号、同第８，７０９，７９９号、同第８，４２０，１０４号、同第８，３２９，４６２号、同第８，０７６，１０６号、同第６，０１３，５１６号、及び同第５，９９４，１３６号、国際特許公開第ＷＯ２０１２０７９０００号を参照されたい）。
【0477】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、細胞の一過性発現に向けた条件下で、例えば、外因性ポリヌクレオチドのエピソーム送達をもたらす方法によって細胞内に導入される。
【0478】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドは、組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）ベクター中にパッケージされてもよい。かかるベクターまたはウイルス粒子は、既知の血清型カプシドまたは血清型カプシドの組み合わせのうちのいずれかを利用するように設計され得る。血清型カプシドには、いずれの同定されたＡＡＶ血清型及びそのバリアント、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ２Ｇ９、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ４－４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、及びＡＡＶｒｈ１０からのカプシドが含まれ得る。いくつかの実施形態では、ＡＡＶ血清型は、米国公開第ＵＳ２００３０１３８７７２号、Ｐｕｌｉｃｈｅｒｌａ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，２０１１，１９（６）：１０７０－１０７８、米国特許第６，１５６，３０３号、同第７，１９８，９５１号、米国特許公開第ＵＳ２０１５／０１５９１７３号及び同第ＵＳ２０１４／０３５９７９９号、ならびに国際特許公開第ＷＯ１９９８／０１１２４４号、ＷＯ２００５／０３３３２１号、及び同第ＷＯ２０１４／１４４２２号に記載されるような配列であり得るか、またはそれを有し得る。
【0479】
ＡＡＶベクターには、一本鎖ベクターのみならず、自己相補的ＡＡＶベクター（ｓｃＡＡＶ）も含まれる。ｓｃＡＡＶベクターはＤＮＡを含有し、これが一緒にアニーリングして二本鎖ベクターゲノムを形成する。第２の鎖の合成をスキップすることによって、ｓｃＡＡＶは、細胞における迅速な発現を可能にする。ｒＡＡＶベクターは、ｓｆ９昆虫細胞において、またはＨＥＫ２９３細胞等のヒト細胞の浮遊細胞培養物中で、当該技術分野における標準的な方法、例えば、三重トランスフェクションによって製造されてもよい。
【0480】
いくつかの実施形態では、非ウイルスベースの方法が使用されてもよい。例えば、いくつかの態様では、ポリヌクレオチドを含むベクターは、針、エレクトロポレーション、ソノポレーション、ハイドロポレーション等の物理的方法、無機粒子（例えば、リン酸カルシウム、シリカ、金）等の化学担体及び／または化学的方法による、非ウイルス法によって細胞に移入されてもよい。他の態様では、カチオン性脂質、脂質ナノエマルション、ナノ粒子、ペプチドベースのベクター、またはポリマーベースのベクター等の、合成または天然の生分解性物質が送達に使用されてもよい。
【0481】
２）標的化送達
外因性ポリヌクレオチドは、細胞の任意の好適な標的ゲノム遺伝子座内に挿入され得る。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、標的遺伝子座内への標的化組み込みによって細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、標的化組み込みは、相同性依存的組換えまたは相同性非依存的組換えを伴うプロセスで１つまたは複数のヌクレアーゼ及び／またはニッカーゼならびにドナー鋳型を使用した遺伝子編集によって達成され得る。
外因性ポリヌクレオチドは、細胞の任意の好適な標的ゲノム遺伝子座内に挿入され得る。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、標的遺伝子座内への標的化組み込みによって細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、標的化組み込みは、相同性依存的組換えまたは相同性非依存的組換えを伴うプロセスで１つまたは複数のヌクレアーゼ及び／またはニッカーゼならびにドナー鋳型を使用した遺伝子編集によって達成され得る。
【0482】
例えば、相同性指向修復（ＨＯＲ）、相同性媒介性末端結合（ＨＭＥＪ）、相同性非依存的標的化組み込み（ＨＩＴＩ）、偏性ライゲーションゲート型組換え（ＯｂｌｉＧａＲｅ）、または標的染色体内への正確な組み込み（ＰＩＴＣｈ）を含めた、いくつかの遺伝子編集法を使用して、外因性ポリヌクレオチドを選択の特異的ゲノム遺伝子座内に挿入することができる。
【0483】
いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼは、ゲノム内の所望の位置（例えば、標的部位）にて特異的二本鎖切断（ＤＳＢ）を作出し、細胞の内在性機構を利用して、誘導された切断を修復する。ニッカーゼは、ゲノム内の所望の位置にて特異的一本鎖切断を作出する。非限定的な一例では、２つのニッカーゼを使用して、標的ＤＮＡの相対する鎖上に２つの一本鎖切断を作出し、それによって平滑または粘着末端を生じさせることができる。ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓ）ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、他のエンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼ、それらのバリアント、それらの断片、及びそれらの組み合わせを含むがこれらに限定されない、任意の好適なヌクレアーゼが、標的ＤＮＡ配列のゲノム編集を誘導するために細胞内に導入され得る。いくつかの実施形態では、内在性ゲノム標的遺伝子座、例えば、セーフハーバー遺伝子座におけるまたはその近くの配列に相同である相同性配列（例えば、相同性アーム）が両側に位置する外因性ポリヌクレオチド配列（別称、導入遺伝子）を含有するドナー鋳型とともに、ヌクレアーゼまたはニッカーゼが導入される場合、ＤＮＡ損傷の修復経路は、細胞における標的部位での導入遺伝子配列の組み込みをもたらし得る。これは相同性依存的プロセスによって起こり得る。いくつかの実施形態では、ドナー鋳型は、環状二本鎖プラスミドＤＮＡ、一本鎖ドナーオリゴヌクレオチド（ｓｓＯＤＮ）、線状二本鎖ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）断片、または無傷の姉妹染色分体の相同配列である。ドナー鋳型の形態に応じて、相同性媒介性遺伝子挿入及び置換は、特異的ＤＮＡ修復経路等の相同性指向修復（ＨＤＲ）、合成依存的鎖アニーリング（ＳＤＳＡ）、マイクロホモロジー媒介性末端結合（ＭＭＥＪ）、及び相同性媒介性末端結合（ＨＭＥＪ）経路を介して実施され得る。
【0484】
例えば、ＤＮＡ修復機構は、（ｉ）各鎖上に１つのＳＳＢが存在する、２つのＳＳＢによって、一本鎖オーバーハングが誘導された後、または（ｉｉ）ＤＳＢが両方の鎖上の同じ切断部位で起こることによって、平滑末端切断が誘導された後に、ヌクレアーゼによって誘導され得る。これらの作用物質のうちの１つによって切断されると、ＳＳＢまたはＤＳＢを有する標的遺伝子座は、（１）誤りがちな非相同末端結合（ＮＨＥＪ）、または（２）高忠実度の相同性指向修復（ＨＤＲ）経路という、ＤＮＡ損傷修復のための２つの主要な経路のうちの１つを経る。いくつかの実施形態では、ＳＳＢ（複数）またはＤＳＢ（単数）が存在する細胞内に導入されるドナー鋳型（例えば、ｓｓＯＤＮ等の環状プラスミドＤＮＡまたは線状ＤＮＡ断片）は、ＨＤＲ及び標的遺伝子座内へのドナー鋳型の組み込みをもたらし得る。一般に、ドナー鋳型の不在下では、ＮＨＥＪプロセスは、切断されたＤＮＡ鎖の末端を再度ライゲーションし、これが高頻度で切断部位におけるヌクレオチドの欠失及び挿入をもたらす。
【0485】
いくつかの実施形態では、細胞内への外因性ポリヌクレオチドの部位特異的挿入は、ＨＤＲベースのアプローチを介して達成されてもよい。ＨＤＲは、細胞がＤＮＡの二本鎖切断（ＤＳＢ）を修復するための機構であり、これを利用して、多くの生物において、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステム、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びトランスポザーゼを含めた種々の遺伝子編集システムを使用してゲノムを改変することができる。
【0486】
いくつかの実施形態では、標的化組み込みは、標的遺伝子の少なくとも１つの標的部位（複数可）の配列に標的化されるように特異的に設計された、ＤＮＡ結合標的化ヌクレアーゼ、ならびにジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）及び転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）等の遺伝子編集ヌクレアーゼ、ならびにＣＲＩＳＰＲ関連ヌクレアーゼ（Ｃａｓ）システム等のＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼを含めた、１つまたは複数の配列特異的または標的化ヌクレアーゼを導入することによって実施される。例となるＺＦＮ、ＴＡＬＥ、及びＴＡＬＥＮは、例えば、Ｌｌｏｙｄ ｅｔ ａｌ．，Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４（２２１）：１－７（２０１３）に記載される。特定の実施形態では、標的部位におけるまたはその近くでの標的化された遺伝子破壊は、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列（ＣＲＩＳＰＲ）及びＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）タンパク質を使用して実施される。Ｓａｎｄｅｒ ａｎｄ Ｊｏｕｎｇ，（２０１４）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，３２（４）：３４７－３５５を参照されたい。
【0487】
第ＩＩ．Ａ．１節に記載される遺伝子破壊のためのシステムのうちのいずれかを使用することができ、これはまた、外因性ポリヌクレオチド、例えば、導入遺伝子配列を有する適切なドナー鋳型とともに導入される場合、遺伝子破壊の標的部位におけるまたはその近くでの外因性ポリヌクレオチドの標的化組み込みをもたらし得る。特定の実施形態では、遺伝子破壊は、１つまたは複数のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）及びＣａｓタンパク質を含有するＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して媒介される。例となるＣａｓタンパク質及びｇＲＮＡは、上記の第ＩＩ．Ａ節に記載され、これらのうちのいずれもＣｒｉｓｐｒ／Ｃａｓシステムが特異性をもつ標的遺伝子座内への外因性ポリヌクレオチドのＨＤＲ媒介性組み込みに使用することができる。例えば、切断及びＨＤＲによる外因性ポリヌクレオチドの組み込みに向けた特定の標的遺伝子座及び標的部位に応じて、適切なＣａｓヌクレアーゼ及びｇＲＮＡを選定することは、当業者の技能水準内にある。さらに、標的遺伝子座に応じて、当業者は、下記にさらに記載されるもの等の適切なドナー鋳型を容易に調製することができる。
【0488】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡ編集システムは、ＲＮＡ誘導型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム（ＲＮＡベースのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム等）であり、ここで、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、標的遺伝子座内への導入遺伝子の挿入を誘導するために標的遺伝子座（例えば、セーフハーバー遺伝子座）において二本鎖切断を作出することができる。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼシステムは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは、プラスミドベースのＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは、ＲＮＡベースのＣａｓ９を含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは、Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ及びｇＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは、タンパク質／ＲＮＡ複合体、またはプラスミド／ＲＮＡ複合体、またはタンパク質／プラスミド複合体を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞を生成するための方法が提供され、該方法は、供給源細胞（例えば、初代細胞または多能性幹細胞、例えば、ｉＰＳＣ）内に、導入遺伝子または外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型、ならびにＤＮＡヌクレアーゼシステム（例えば、Ｃａｓ９）及び遺伝子座特異的ｇＲＮＡを含むＤＮＡヌクレアーゼシステムを導入することを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９は、ｍＲＮＡとして導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９は、ｇＲＮＡを含むリボ核タンパク質複合体として導入される。
【0489】
一般に、挿入対象のドナー鋳型は、目的の外因性ポリヌクレオチド（例えば、寛容原性因子またはＣＡＲ）を含有する導入遺伝子カセットを少なくとも含み、任意選択でプロモーターもまた含むことになろう。これらの実施形態のうちのある特定のものにおいて、挿入対象の外因性ポリヌクレオチド及び／またはプロモーターを含有する導入遺伝子カセットは、ドナー鋳型において、標的切断部位の直ぐ上流及び下流の配列に相同な配列を有する相同性アーム、すなわち、左側相同性アーム（ＬＨＡ）及び右側相同性アーム（ＲＨＡ）が両側に位置することになろう。典型的には、ドナー鋳型の相同性アームは、ＨＤＲの鋳型としての役目を果たすように標的ゲノム遺伝子座に対して特異的に設計される。各相同性アームの長さは一般に、導入されている挿入物のサイズに依存し、挿入物が大きいほど、より長い相同性アームが必要とされる。
【0490】
いくつかの実施形態では、ドナー鋳型（例えば、組換えドナー修復鋳型）は、（ｉ）外因性ポリヌクレオチド配列（例えば、プロモーター、例えば異種プロモーターに作動可能に連結された、導入遺伝子）を含む導入遺伝子カセットと、（ｉｉ）導入遺伝子カセットの両側に位置し、ＤＮＡヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２等のＣａｓヌクレアーゼ）切断部位のそれぞれの側で標的遺伝子座（例えば、セーフハーバー遺伝子座）の一部分に相同である、２つの相同性アームとを含む。ドナー鋳型は、選択可能マーカー、検出可能マーカー、及び／または精製マーカーをさらに含み得る。
【0491】
いくつかの実施形態では、相同性アームは、同じ長さである。他の実施形態では、相同性アームは、異なる長さである。相同性アームは、少なくとも約１０塩基対（ｂｐ）、例えば、少なくとも約１０ｂｐ、１５ｂｐ、２０ｂｐ、２５ｂｐ、３０ｂｐ、３５ｂｐ、４５ｂｐ、５５ｂｐ、６５ｂｐ、７５ｂｐ、８５ｂｐ、９５ｂｐ、１００ｂｐ、１５０ｂｐ、２００ｂｐ、２５０ｂｐ、３００ｂｐ、３５０ｂｐ、４００ｂｐ、４５０ｂｐ、５００ｂｐ、５５０ｂｐ、６００ｂｐ、６５０ｂｐ、７００ｂｐ、７５０ｂｐ、８００ｂｐ、８５０ｂｐ、９００ｂｐ、９５０ｂｐ、１０００ｂｐ、１．１キロ塩基（ｋｂ）、１．２ｋｂ、１．３ｋｂ、１．４ｋｂ、１．５ｋｂ、１．６ｋｂ、１．７ｋｂ、１．８ｋｂ、１．９ｋｂ、２．０ｋｂ、２、１ｋｂ、２，２ｋｂ、２，３ｋｂ、２，４ｋｂ、２，５ｋｂ、２，６ｋｂ、２．７ｋｂ、２．８ｋｂ、２．９ｋｂ、３．０ｋｂ、３．１ｋｂ、３．２ｋｂ、３．３ｋｂ、３．４ｋｂ、３．５ｋｂ、３．６ｋｂ、３．７ｋｂ、３．８ｋｂ、３．９ｋｂ、４．０ｋｂ、またはそれよりも長くあり得る。相同性アームは、約１０ｂｐ～約４ｋｂ、例えば、約１０ｂｐ～約２０ｂｐ、約１０ｂｐ～約５０ｂｐ、約１０ｂｐ～約１００ｂｐ、約１０ｂｐ～約２００ｂｐ、約１０ｂｐ～約５００ｂｐ、約１０ｂｐ～約Ｉｋｂ、約１０ｂｐ～約２ｋｂ、約１０ｂｐ～約４ｋｂ、約１００ｂｐ～約２００ｂｐ、約１００ｂｐ～約５００ｂｐ、約１００ｂｐ～約１ｋｂ、約１００ｂｐ～約２ｋｂ、約１００ｂｐ～約４ｋｂ、約５００ｂｐ～約Ｉｋｂ、約５００ｂｐ～約２ｋｂ、約５００ｂｐ～約４ｋｂ、約１ｋｂ～約２ｋｂ、約１ｋｂ～約２ｋｂ、約１ｋｂ～約４ｋｂ、または約２ｋｂ～約４ｋｂであり得る。
【0492】
いくつかの実施形態では、ドナー鋳型は、発現ベクター内にクローニングされ得る。当業者に既知の従来のウイルス及び非ウイルスベースの発現ベクターを使用することができる。
【0493】
いくつかの実施形態では、組み込みの標的とされる標的遺伝子座は、外因性ポリヌクレオチドまたは導入遺伝子の組み込みの標的とすることが許容または所望されよう任意の遺伝子座であってもよい。標的遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＸＣＲ４遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子（ＣＤ１４２としても公知）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（ＣＤ９１としても公知）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ遺伝子（ＨＹとしても公知）、Ｂ２Ｍ遺伝子、ＣＩＩＴＡ遺伝子、ＴＲＡＣ遺伝子、ＴＲＢＣ遺伝子、ＣＣＲ５遺伝子、Ｆ３（すなわち、ＣＤ１４２）遺伝子、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＫＤＭ５Ｄ（すなわち、ＨＹ）遺伝子、ＰＤＧＦＲａ遺伝子、ＯＬＩＧ２遺伝子、及び／またはＧＦＡＰ遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、例えば、イントロン、エクソン、及び／または遺伝子コード領域（コード配列または「ＣＤＳ」としても公知）を含めた、標的遺伝子座（例えば、セーフハーバー遺伝子座）の好適な領域に挿入され得る。いくつかの実施形態では、挿入は、標的ゲノム遺伝子座の一方のアレルで起こる。いくつかの実施形態では、挿入は、標的ゲノム遺伝子座の両方のアレルで起こる。これらの実施形態のいずれにおいても、標的ゲノム遺伝子座内に挿入される導入遺伝子の向きは、その遺伝子座における遺伝子の方向と同じまたは逆のいずれでもあり得る。
【0494】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバー遺伝子座のイントロン、エクソン、またはコード配列領域内に挿入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、内在性遺伝子内に挿入され、この挿入が、内在性遺伝子のサイレンシングまたは低減された発現を引き起こす。外因性ポリヌクレオチドの挿入に向けた例となるゲノム遺伝子座が表２Ａに示される。
【0495】
【表2A】
【0496】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子座は、セーフハーバー遺伝子座である。いくつかの実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、近くのまたは隣接する内在性遺伝子、調節要素等に対する影響を最小限に抑えながら、組み込まれたＤＮＡの安定な発現を可能にするゲノム位置である。場合によっては、セーフハーバー遺伝子は、持続可能な遺伝子発現を可能にし、初代細胞及び多能性幹細胞（その派生物及びその分化細胞を含む）を含めた種々の細胞種における遺伝子改変に向けて導入操作されたヌクレアーゼによって標的化され得る。セーフハーバー遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及び／またはＲｏｓａ遺伝子座（例えば、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、セーフハーバー遺伝子座は、ＡＡＶＳ１遺伝子座、ＣＣＲ５遺伝子座、及びＣＬＹＢＬ遺伝子座からなる群から選択される。場合によっては、ＳＨＳ２３１が、多くの細胞種におけるセーフハーバー遺伝子座として標的化され得る。場合によっては、ある特定の遺伝子座が、ある特定の細胞種におけるセーフハーバー遺伝子座として機能する。例えば、ＰＤＧＦＲａは、グリア前駆細胞（ＧＰＣ）に対するセーフハーバーであり、ＯＬＩＧ２は、乏突起膠細胞に対するセーフハーバー遺伝子座であり、ＧＦＡＰは、星状細胞に対するセーフハーバー遺伝子座である。特定の操作された細胞種に応じて適切なセーフハーバー遺伝子座を選定することは、当業者の技能水準内にある。場合によっては、１つよりも多くのセーフハーバー遺伝子を標的化して、それによって１つよりも多くの導入遺伝子を遺伝子改変細胞内に導入することができる。
【0497】
いくつかの実施形態では、操作された細胞を生成するための方法が提供され、該方法は、供給源細胞（例えば、初代細胞または多能性幹細胞、例えば、ｉＰＳＣ）内に、導入遺伝子または外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型、ならびにＤＮＡヌクレアーゼシステム（例えば、Ｃａｓ９）及びＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及び／またはＲｏｓａ遺伝子座（例えば、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）に特異的な相補的部分を含む遺伝子座特異的ｇＲＮＡ（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含むＤＮＡヌクレアーゼシステムを導入することを含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡによって標的化されるゲノム遺伝子座は、記載したような遺伝子座のうちのいずれかの４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内に位置する。
【0498】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子のＨＤＲ媒介性挿入のために本明細書で使用されるｇＲＮＡは、ＡＡＶＳ１における標的配列を認識する相補的部分（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含む。これらの実施形態のうちのある特定のものにおいて、標的配列は、ＡＡＶＳ１のイントロン１に位置する。ＡＡＶＳ１は、１９番染色体：５５，０９０，９１８～５５，１１７，６３７逆方向鎖に位置し、ＡＡＶＳ１イントロン１（転写物ＥＮＳＧ０００００１２５５０３に基づく）は、１９番染色体：５５，１１７，２２２～５５，１１２，７９６逆方向鎖に位置する。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１９番染色体：５５，１１７，２２２～５５，１１２，７９６の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１９番染色体：５５，１１５，６７４の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１９番染色体：５５，１１５，６７４にて、または１９番染色体：５５，１１５，６７４の５、１０、１５、２０、３０、４０、もしくは５０ヌクレオチド以内の位置にて切断部位を生成するように構成される。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １６：８６６－８６９（２０１９）に記載されるＧＥＴ００００４６であり、「ｓｇＡＡＶＳ１－１」としても公知である。このｇＲＮＡは、配列番号３６（表４に示される）に記載の核酸配列を有する相補的部分（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含み、ＡＡＶＳ１（ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃとしても公知）のイントロン１を標的とする。
【0499】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子のＨＤＲ媒介性挿入のために本明細書で使用されるｇＲＮＡは、ＣＬＹＢＬにおける標的配列を認識する相補的部分（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含む。これらの実施形態のうちのある特定のものにおいて、標的配列は、ＣＬＹＢＬのイントロン２に位置する。ＣＬＹＢＬは、１３番染色体：９９，６０６，６６９～９９，８９７，１３４順方向鎖に位置し、ＣＬＹＢＬイントロン２（転写物ＥＮＳＴ０００００３７６３５５．７に基づく）は、１３番染色体：９９，７７３，０１１～９９，８５８，８６０順方向鎖に位置する。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１３番染色体：９９，７７３，０１１～９９，８５８，８６０の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１３番染色体：９９，８２２，９８０の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、１３番染色体：９９，８２２，９８０にて、または１３番染色体：９９，８２２，９８０の５、０、１５、２０、３０、４０、もしくは５０ヌクレオチド以内の位置にて切断部位を生成するように構成される。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＧＥＴ００００４７であり、これは配列番号３６（表４に示される）に記載の核酸配列を有する相補的部分（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含み、ＣＬＹＢＬのイントロン２を標的とする。この標的部位は、Ｃｅｒｂｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，１０（１）：ｅ０１１６０３２（２０１５）に記載されるようなＴＡＬＥＮの標的部位に類似する。
【0500】
いくつかの実施形態では、導入遺伝子のＨＤＲ媒介性挿入のために本明細書で使用されるｇＲＮＡは、ＣＣＲ５における標的配列を認識する相補的部分（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）を含む。これらの実施形態のうちのある特定のものにおいて、標的配列は、ＣＣＲ５のエクソン３に位置する。ＣＣＲ５は、３番染色体：４６，３７０，８５４～４６，３７６，２０６順方向鎖に位置し、ＣＣＲ５エクソン３（転写物ＥＮＳＴ０００００２９２３０３．４に基づく）は、３番染色体：４６，３７２，８９２～４６，３７６，２０６順方向鎖に位置する。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、３番染色体：４６，３７２，８９２～４６，３７６，２０６の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、３番染色体：４６，３７３，１８０の４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内にあるゲノム遺伝子座を標的とする。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、３番染色体：４６，３７３，１８０にて、または３番染色体：４６，３７３，１８０の５、１０、１５、２０、３０、４０、もしくは５０ヌクレオチド以内の位置にて切断部位を生成するように構成される。ある特定の実施形態では、ｇＲＮＡは、Ｍａｎｄａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ １５：６４３－６５２（２０１４）に記載されるＧＥＴ００００４８であり、「ｃｒＣＣＲ５＿Ｄ」としても公知である。このｇＲＮＡは、配列番号３７（表４に示される）に記載の核酸配列を有する相補的部分を含み、ＣＣＲ５のエクソン３（代替的にＥｎｓｅｍｂｌゲノムデータベースにおいてエクソン２と注釈付けされる）を標的とする。Ｇｏｍｅｚ－Ｏｓｐｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍ．１０（１）：４０４５（２０１９）を参照されたい。
【0501】
表４は、例となるｇＲＮＡ標的化配列を記載する。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ標的化配列は、表４に記載の相補的部分の配列において、ウラシルで置換される１つまたは複数のチミンを含有し得る。ウラシルの「ｕ」及びチミンの「ｔ」の代わりに、ウラシル及びチミンは両方とも「ｔ」によって表され得ることが当業者によって理解され、リボ核酸の関連においては、別途指示されない限り、ウラシルを表すために「ｔ」が使用されることが理解されよう。
【0502】
【表4】
【0503】
いくつかの実施形態では、標的遺伝子座は、細胞においてノックアウトされることが所望される遺伝子座である。かかる実施形態では、かかる標的遺伝子座は、細胞の表現型または機能を調節するため等で、細胞において破壊または排除が所望される任意の標的遺伝子座である。例えば、標的遺伝子の発現を低減するための第ＩＩ．Ａ節に記載される遺伝子改変のうちのいずれも、外因性ポリヌクレオチドの標的化組み込みが所望される標的遺伝子座であり得、ここで、標的遺伝子の遺伝子破壊またはノックアウト及び外因性ポリヌクレオチドの標的化挿入による過剰発現は、細胞における同じ標的部位または遺伝子座にて達成され得る。例えば、ＨＤＲプロセスを使用して、表１に記載の任意の標的遺伝子の発現を排除または低減する（例えば、ノックアウトする）ための遺伝子破壊をもたらすと同時に、また遺伝子破壊の標的部位におけるまたはその近くの核酸配列に相同である相同性アームを両側に有するドナー鋳型を使用することによって標的遺伝子内に外因性ポリヌクレオチドを組み込んで（例えば、ノックインして）もよい。
【0504】
いくつかの実施形態では、操作された細胞を生成するための方法が提供され、該方法は、供給源細胞（例えば、初代細胞または多能性幹細胞、例えば、ｉＰＳＣ）内に、導入遺伝子または外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型、ならびにＤＮＡヌクレアーゼシステム（例えば、Ｃａｓ９）及びＢ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座に特異的な相補的部分を含む遺伝子座特異的ｇＲＮＡを含むＤＮＡヌクレアーゼシステムを導入することを含む。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡによって標的化されるゲノム遺伝子座は、記載したような遺伝子座のうちのいずれかの４０００ｂｐ以内、３５００ｂｐ以内、３０００ｂｐ以内、２５００ｂｐ以内、２０００ｂｐ以内、１５００ｂｐ以内、１０００ｂｐ以内、または５００ｂｐ以内に位置する。
【0505】
特定の実施形態では、標的遺伝子座は、Ｂ２Ｍである。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＢ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムを使用することによるものである。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列は、ＷＯ２０１６／１８３０４１の付録２または表１５の配列番号８１２４０～８５６４４からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、ｇＲＮＡによって標的化される標的部位に隣接する配列に相同な相同性アームを両側に有する、外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型を導入することによって、ＨＤＲによって破壊されたＢ２Ｍ遺伝子座内に組み込まれる。
【0506】
特定の実施形態では、標的遺伝子座は、ＣＩＩＴＡである。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムによるものである。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録１または表１２の配列番号５１８４～３６３５２からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、ｇＲＮＡによって標的化される標的部位に隣接する配列に相同な相同性アームを両側に有する、外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型を導入することによって、ＨＤＲによって破壊されたＣＩＩＴＡ遺伝子座内に組み込まれる。
【0507】
いくつかの実施形態では、細胞は、Ｔ細胞であり、内在性ＴＲＡＣまたはＴＲＢＣ遺伝子座の発現が、遺伝子編集法によって細胞において低減または排除される。例えば、ＨＤＲプロセスを使用して、ＴＲＡＣまたはＴＲＢＣ遺伝子の発現を排除または低減する（例えば、ノックアウトする）ための遺伝子破壊をもたらすと同時に、また遺伝子破壊の標的部位におけるまたはその近くの核酸配列に相同である相同性アームを両側に有するドナー鋳型を使用することによって同じ遺伝子座内に外因性ポリヌクレオチドを組み込んで（例えば、ノックインして）もよい。本明細書に記載の遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な例となるｇＲＮＡ配列が、表２Ｂで提供される。これらの配列は、ＵＳ２０１６０３４８０７３に見出すことができ、配列表を含めたこの開示は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0508】
【表2A】
【0509】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムによるものである。いくつかの実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号５３２～６０９及び９１０２～９７９７からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、ｇＲＮＡによって標的化される標的部位に隣接する配列に相同な相同性アームを両側に有する、外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型を導入することによって、ＨＤＲによって破壊されたＴＲＡＣ遺伝子座内に組み込まれる。
【0510】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＴＲＢＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＢＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＴＲＢＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む、標的化ヌクレアーゼシステムによるものである。いくつかの実施形態では、ＴＲＢＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列（例えば、ｇＲＮＡ標的化配列）は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号６１０～７６５及び９７９８～１０５３２からなる群から選択され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、ｇＲＮＡによって標的化される標的部位に隣接する配列に相同な相同性アームを両側に有する、外因性ポリヌクレオチド配列を含有するドナー鋳型を導入することによって、ＨＤＲによって破壊されたＴＲＢＣ遺伝子座内に組み込まれる。
【0511】
いくつかの実施形態では、記載したようなＨＤＲ媒介性組み込みアプローチにおいて使用するための新たな遺伝子座及び／またはｇＲＮＡ配列を同定することは、当業者の技能水準内にある。例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに関して、（例えば、表１に記載の、例えば、標的遺伝子内の）特定の遺伝子座に対する既存のｇＲＮＡが知られている場合、「インチワーミング」アプローチを使用して、通常はゲノムにわたって約１００塩基対（ｂｐ）毎に存在するＰＡＭ配列についてその遺伝子座のそれぞれの側のフランキング領域をスキャンすることによって、導入遺伝子の標的化挿入のための追加の遺伝子座を同定することができる。通常、異なるヌクレアーゼは、対応するＰＡＭ配列が異なるため、ＰＡＭ配列は、使用される特定のＣａｓヌクレアーゼに依存しよう。遺伝子座のそれぞれの側のフランキング領域は、約５００～４０００ｂｐ長、例えば、約５００ｂｐ、約１０００ｂｐ、約１５００ｂｐ、約２０００ｂｐ、約２５００ｂｐ、約３０００ｂｐ、約３５００ｂｐ、または約４０００ｂｐ長であり得る。ＰＡＭ配列が検索範囲内で同定される場合、その遺伝子座の配列に従って、遺伝子破壊方法において使用するための新たなガイドが設計され得る。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが例示説明として記載されているが、ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮＳ、メガヌクレアーゼ及びトランスポザーゼを使用するものを含めた、記載したような任意のＨＤＲ媒介性アプローチが、新たな遺伝子座を同定するこの方法において使用され得る。
【0512】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、外因性ＣＤ４７ポリペプチド（例えば、ヒトＣＤ４７ポリペプチド）をコードし、外因性ポリペプチドは、本明細書に開示されるようなセーフハーバー遺伝子座またはセーフハーバー部位、または内在性遺伝子のサイレンシングもしくは低減された発現を引き起こすゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及び／またはＲｏｓａ遺伝子座（例えば、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子座に挿入される。
【0513】
Ｃ．細胞
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載される１つもしくは複数の遺伝子の発現が低減または欠失するように細胞のゲノムが改変されている（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する遺伝子）、または遺伝子もしくはポリヌクレオチドが過剰発現もしくは発現を増加させられる（例えば、ＣＤ４７等の寛容原性因子をコードするポリヌクレオチド）、操作（または改変）された細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる幹細胞に由来するもしくはそれから生産された分化細胞、造血幹細胞、または初代細胞）、またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本願は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現または増加した発現をさらに含む、操作された細胞を提供する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５の過剰発現または増加した発現をさらに含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載される１つもしくは複数の遺伝子の発現が低減または欠失するように細胞のゲノムが改変されている（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する遺伝子）、または遺伝子もしくはポリヌクレオチドが過剰発現もしくは発現を増加させられる（例えば、ＣＤ４７等の寛容原性因子をコードするポリヌクレオチド）、操作（または改変）された細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる幹細胞に由来するもしくはそれから生産された分化細胞、造血幹細胞、または初代細胞）、またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本願は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現または増加した発現をさらに含む、操作された細胞を提供する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ５５の過剰発現または増加した発現をさらに含む。
【0514】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む操作された細胞は、ベータ島細胞であり、ＣＤ４７ポリペプチドをコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、操作されたベータ島細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターまたは本明細書に記載の他の寛容原性ポリペプチドをコードする１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現または増加した発現、ならびに第ＩＩ．Ａ節に記載されるような１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子の低減された発現及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。例となる実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）細胞は、初代ベータ島細胞、または操作された（例えば、低免疫原性）多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）に由来するベータ島細胞である。
【0515】
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む操作された細胞は、肝細胞であり、ＣＤ４７ポリペプチドをコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターまたは本明細書に記載の他の寛容原性ポリペプチドをコードする１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびに第ＩＩ．Ａ節に記載されるような１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子の低減された発現及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドは、同じゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び１つまたは複数の追加の外因性ポリヌクレオチドは、異なるゲノム遺伝子座内に挿入される。例となる実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）細胞は、初代肝細胞、または操作された（例えば、低免疫原性）多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）に由来する肝細胞である。
【0516】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、多能性幹細胞であるか、または多能性幹細胞から分化した細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代細胞である。
【0517】
細胞は、脊椎動物細胞、例えば、ヒト細胞またはマウス細胞等の哺乳類細胞であってもよい。細胞はまた、脊椎動物幹細胞、例えば、ヒト幹細胞またはマウス幹細胞等の哺乳類幹細胞であってもよい。好ましくは、細胞または幹細胞は、改変に適している。好ましくは、細胞もしくは幹細胞、またはかかる幹細胞に由来する細胞は、細胞もしくは幹細胞、またはかかる幹細胞に由来するもしくはそれから分化した細胞を使用して、疾患、障害、欠損、または損傷の処置を必要とする対象においてそれを処置し得るように、治療的価値を有するか、またはそれを有すると考えられる。
【0518】
いくつかの実施形態では、細胞は、幹細胞または前駆細胞（例えば、ｉＰＳＣ、胚性幹細胞、造血幹細胞、間葉系幹細胞、内皮幹細胞、上皮幹細胞、脂肪幹細胞もしくは前駆細胞、生殖細胞系幹細胞、肺幹細胞もしくは前駆細胞、乳腺幹細胞、嗅覚成体幹細胞、毛包幹細胞、複能性（ｍｕｌｔｉｐｏｔｅｎｔ）幹細胞、羊水幹細胞、臍帯血幹細胞、または神経幹細胞もしくは前駆細胞）である。いくつかの実施形態では、幹細胞は、成体幹細胞（例えば、体性幹細胞または組織特異的幹細胞）である。いくつかの実施形態では、幹細胞または前駆細胞は、分化させることができる（例えば、幹細胞は、全能性、多能性、または複能性である）。いくつかの実施形態では、細胞は、胚性または新生児組織から単離される。いくつかの実施形態では、細胞は、線維芽細胞、単球前駆体、Ｂ細胞、外分泌細胞、膵前駆細胞、内分泌前駆細胞、肝芽細胞、筋芽細胞、前脂肪細胞、前駆細胞、肝細胞、軟骨細胞、平滑筋細胞、Ｋ５６２ヒト赤白血病細胞株、骨細胞、滑膜細胞、腱細胞、靭帯細胞、半月板細胞、脂肪細胞、樹状細胞、またはナチュラルキラー細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、筋細胞、赤血球・巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、島ベータ細胞、ニューロン、心筋細胞、血液細胞、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、導管細胞、腺房細胞、アルファ細胞、ベータ細胞、デルタ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、または褐色脂肪細胞へと操作される（例えば、変換または分化させられる）。いくつかの実施形態では、細胞は、筋細胞（例えば、骨格、平滑、または心筋細胞）、赤血球・巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、島ベータ細胞、ニューロン、心筋細胞、血液細胞（例えば、赤血球細胞、白血球細胞、または血小板）、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、導管細胞、腺房細胞、アルファ細胞、ベータ細胞、デルタ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、または白色もしくは褐色脂肪細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ホルモン分泌細胞（例えば、インスリン、オキシトシン、エンドルフィン、バソプレシン、セロトニン、ソマトスタチン、ガストリン、セクレチン、グルカゴン、甲状腺ホルモン、ボンベシン、コレシストキニン、テストステロン、エストロゲン、またはプロゲステロン、レニン、グレリン、アミリン、または膵ポリペプチドを分泌する細胞）、表皮ケラチノサイト、上皮細胞（例えば、外分泌の分泌上皮細胞、甲状腺上皮細胞、角化上皮細胞、胆嚢上皮細胞、または角膜、舌、口腔、食道、肛門管、遠位尿道、もしくは膣の表面上皮細胞）、腎臓細胞、生殖細胞、骨格関節滑膜細胞、骨膜細胞、骨細胞（例えば、破骨細胞または骨芽細胞）、軟骨膜細胞（例えば、軟骨芽細胞または軟骨細胞）、軟骨系細胞（例えば、軟骨細胞（ｃｈｏｎｄｒｏｃｙｔｅ））、線維芽細胞、内皮細胞、心膜細胞、髄膜細胞、ケラチノサイト前駆体細胞、ケラチノサイト幹細胞、周皮細胞、グリア細胞、上衣細胞、羊膜もしくは胎盤膜から単離された細胞、または漿膜細胞（例えば、体腔の内膜を形成する漿膜細胞）である。
【0519】
いくつかの実施形態では、細胞は、体細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、皮膚または他の臓器、例えば、心臓、脳もしくは脊髄、肝臓、肺、腎臓、膵臓、膀胱、骨髄、脾臓、腸、または胃に由来する。細胞は、ヒトまたは他の哺乳動物（例えば、齧歯類、非ヒト霊長類、ウシ、またはブタ細胞）からのものであり得る。
【0520】
いくつかの実施形態では、細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ベータ島細胞、内皮細胞、ＲＰＥ、甲状腺、皮膚等の上皮細胞、または肝細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、操作されたｉＰＳＣから分化したｉＰＳＣ由来の細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、初代細胞から改変された、操作された細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の寛容原性因子の増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。
【0521】
いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現または過剰発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、第ＩＩ．Ｂ．１節に記載されるいずれか等の、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の外因性ポリヌクレオチドが、第ＩＩ．Ｂ．４節に記載されるマルチシストロン性ベクター、構築物、またはベクターのうちのいずれか等の、マルチシストロン性構築物に含まれる。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現または増加した発現を含む。
【0522】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来のＴ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、本明細書に記載されるいずれかを含めた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を導入操作され得る。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）Ｔ細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）Ｔ細胞を使用して、がんを処置することができる。
【0523】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来のＮＫ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代ＮＫ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、本明細書に記載されるいずれかを含めた、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を導入操作され得る。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）ＮＫ細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）ＮＫ細胞を使用して、がんを処置することができる。
【0524】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来の島内皮細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代島ベータ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）島ベータ細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。
【0525】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来の島ベータ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代島ベータ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）島ベータ細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）島ベータ細胞を使用して、Ｉ型糖尿病等の糖尿病を処置することができる。
【0526】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来の内皮細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代内皮細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１つまたは複数のＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）内皮細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）内皮細胞を使用して、血管新生または眼疾患を処置することができる。
【0527】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来の上皮細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代上皮細胞である。いくつかの実施形態では、上皮細胞は、ＲＰＥである。いくつかの実施形態では、上皮細胞は、甲状腺細胞である。いくつかの実施形態では、上皮細胞は、皮膚細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）上皮細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）上皮細胞を使用して、甲状腺疾患または皮膚疾患を処置することができる。
【0528】
いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作されるｉＰＳＣ由来の肝細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される初代肝細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の過剰発現または増加した発現を含む。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）上皮細胞を使用して、本明細書、例えば第ＩＶ節に記載されるいずれかを含めた、同種異系細胞療法により様々な適応症を処置することができる。いくつかの実施形態では、操作された（例えば、低免疫原性）肝細胞を使用して、肝臓疾患を処置することができる。
【0529】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、処置されるべき特定の疾患または病態を有することが認められていないか、または疑われない対象等の、健常な対象からの細胞である。例えば、糖尿病を処置するため等で、細胞ベータ島細胞がドナー対象から単離または入手される場合、ドナー対象は、当該対象が糖尿病または別の疾患もしくは病態を患うことが認められていないか、または疑われない場合、健常な対象である。
【0530】
５．初代細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作される細胞は、１以上の個々の対象またはドナーから入手または単離された初代細胞に由来する細胞を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）異なるドナー対象から入手された単離された初代細胞のプールに由来する。いくつかの実施形態では、複数の異なるドナー対象（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上）から単離または入手された初代細胞は、バッチで一緒にプールされ、提供される方法に従って操作される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作される細胞は、１以上の個々の対象またはドナーから入手または単離された初代細胞に由来する細胞を含む。いくつかの実施形態では、細胞は、１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）異なるドナー対象から入手された単離された初代細胞のプールに由来する。いくつかの実施形態では、複数の異なるドナー対象（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上）から単離または入手された初代細胞は、バッチで一緒にプールされ、提供される方法に従って操作される。
【0531】
いくつかの実施形態では、初代細胞は、レシピエント対象（例えば、該細胞を投与される患者）とは異なる１以上のドナー対象からの初代細胞のプールからのものである。初代細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、１００、またはそれよりも多くのドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。初代細胞は、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上のドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。いくつかの実施形態では、初代細胞は、１以上の個体から採取され、いくつかの事例では、初代細胞または初代Ｔ細胞のプールは、インビトロで培養される。いくつかの実施形態では、初代細胞または初代Ｔ細胞のプールは、本明細書で提供される方法に従って操作または改変される。
【0532】
いくつかの実施形態では、該方法は、個々のドナー対象から所望の種類の初代細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、内皮細胞、島細胞、ベータ島細胞、肝細胞、または本明細書に記載される他の初代細胞）を入手または単離し、細胞をプールして初代細胞種のバッチを得、本明細書で提供される方法によって細胞を操作することを含む。いくつかの実施形態では、該方法は、所望の種類の初代細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、ベータ島細胞、肝細胞、または本明細書に記載される他の初代細胞）を入手または単離し、本明細書で提供される方法によって個々のドナーの各々の細胞を操作し、少なくとも２つの個々の試料の操作された（改変された）細胞をプールして、初代細胞種の操作された細胞のバッチを得ることを含む。
【0533】
いくつかの実施形態では、初代細胞は、個体から、または複数の個々のドナーから単離もしくは入手された初代細胞のプールから単離または入手される。初代細胞は、第ＩＩ．Ｃ．３節に記載されるいずれかを含めた、本明細書に記載の任意の種類の初代細胞であってもよい。いくつかの実施形態では、初代細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ベータ島細胞、内皮細胞、ＲＰＥ、甲状腺、皮膚等の上皮細胞、または肝細胞から選択される。いくつかの実施形態では、個々のドナーまたは個々のドナーのプールからの初代細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作される。
【0534】
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、筋細胞（例えば、骨格、平滑、または心筋細胞）、赤血球・巨核球細胞、好酸球、ｉＰＳ細胞、マクロファージ、Ｔ細胞、島細胞クラスター、島細胞、ベータ細胞、ニューロン、心筋細胞、血液細胞（例えば、赤血球細胞、白血球細胞、または血小板）、内分泌前駆細胞、外分泌前駆細胞、導管細胞、腺房細胞、アルファ細胞、ベータ島細胞、デルタ細胞、ＰＰ細胞、肝細胞、胆管細胞、または白色もしくは褐色脂肪細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ホルモン分泌細胞（例えば、インスリン、オキシトシン、エンドルフィン、バソプレシン、セロトニン、ソマトスタチン、ガストリン、セクレチン、グルカゴン、甲状腺ホルモン、ボンベシン、コレシストキニン、テストステロン、エストロゲン、またはプロゲステロン、レニン、グレリン、アミリン、または膵ポリペプチドを分泌する細胞）、表皮ケラチノサイト、上皮細胞（例えば、外分泌の分泌上皮細胞、甲状腺上皮細胞、角化上皮細胞、胆嚢上皮細胞、または角膜、舌、口腔、食道、肛門管、遠位尿道、もしくは膣の表面上皮細胞）、腎臓細胞、生殖細胞、骨格関節滑膜細胞、骨膜細胞、骨細胞（例えば、破骨細胞または骨芽細胞）、軟骨膜細胞（例えば、軟骨芽細胞または軟骨細胞）、軟骨系細胞（例えば、軟骨細胞）、線維芽細胞、内皮細胞、心膜細胞、髄膜細胞、ケラチノサイト前駆体細胞、ケラチノサイト幹細胞、周皮細胞、グリア細胞、上衣細胞、羊膜もしくは胎盤膜から単離された細胞、または漿膜細胞（例えば、体腔の内膜を形成する漿膜細胞）である。
【0535】
６．人工多能性幹細胞の生成
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作される細胞は、人工多能性幹細胞であるか、または人工多能性幹細胞に由来するもしくはそれから分化した操作された細胞である。マウス及びヒト多能性幹細胞（ｉＰＳＣと総称される；マウス細胞の場合はｍｉＰＳＣ、またはヒト細胞の場合はｈｉＰＳＣ）の生成は、一般に当該技術分野で既知である。当業者には理解されようが、ｉＰＳＣの生成のための様々な異なる方法が存在する。元々の誘導は、Ｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、ｃ－Ｍｙｃ、及びＫｌｆ４の４つの転写因子のウイルスによる導入を使用してマウス胚性または成体線維芽細胞から行われた。Ｔａｋａｈａｓｈｉ ａｎｄ Ｙａｍａｎａｋａ Ｃｅｌｌ １２６：６６３－６７６（２００６）を参照されたい（参照によりその全体が、特にその中で概説される技法に関して本明細書に援用される）。それ以来、いくつかの方法が開発されてきた。概観についてはＳｅｋｉ ｅｔ ａｌ，Ｗｏｒｌｄ Ｊ．Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ７（１）：１１６－１２５（２０１５）、及びＬａｋｓｈｍｉｐａｔｈｙ ａｎｄ Ｖｅｒｍｕｒｉ，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ ２０１３を参照されたく、同文献はいずれも、参照によりそれらの全体が、とりわけｈｉＰＳＣを生成するための方法（例えば、後者の参考文献の第３章を参照されたい）に関して本明細書に明示的に援用される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作される細胞は、人工多能性幹細胞であるか、または人工多能性幹細胞に由来するもしくはそれから分化した操作された細胞である。マウス及びヒト多能性幹細胞（ｉＰＳＣと総称される；マウス細胞の場合はｍｉＰＳＣ、またはヒト細胞の場合はｈｉＰＳＣ）の生成は、一般に当該技術分野で既知である。当業者には理解されようが、ｉＰＳＣの生成のための様々な異なる方法が存在する。元々の誘導は、Ｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、ｃ－Ｍｙｃ、及びＫｌｆ４の４つの転写因子のウイルスによる導入を使用してマウス胚性または成体線維芽細胞から行われた。Ｔａｋａｈａｓｈｉ ａｎｄ Ｙａｍａｎａｋａ Ｃｅｌｌ １２６：６６３－６７６（２００６）を参照されたい（参照によりその全体が、特にその中で概説される技法に関して本明細書に援用される）。それ以来、いくつかの方法が開発されてきた。概観についてはＳｅｋｉ ｅｔ ａｌ，Ｗｏｒｌｄ Ｊ．Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ７（１）：１１６－１２５（２０１５）、及びＬａｋｓｈｍｉｐａｔｈｙ ａｎｄ Ｖｅｒｍｕｒｉ，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ ２０１３を参照されたく、同文献はいずれも、参照によりそれらの全体が、とりわけｈｉＰＳＣを生成するための方法（例えば、後者の参考文献の第３章を参照されたい）に関して本明細書に明示的に援用される。
【0536】
一般に、ｉＰＳＣは、通常はエピソームベクターを使用して導入される、宿主細胞における１つまたは複数の再プログラミング因子の一過性発現によって生成される。これらの条件下では、少量の細胞が誘導されて、ｉＰＳＣとなる（一般に、このステップの効率は低いため、選択マーカーは使用されない）。ひとたび細胞が「再プログラミング」され、多能性となると、それらはエピソームベクター（複数可）を喪失し、内在性遺伝子を使用して当該因子を産生する。
【0537】
同じく当業者には理解されようが、使用され得るまたは使用される再プログラミング因子の数は、様々であり得る。一般的に、より少数の再プログラミング因子が使用される場合、多能性状態への細胞の形質転換の効率、ならびに「多能性」は下がり、例えば、より少数の再プログラミング因子は、完全に多能性でないが、より少数の細胞種に分化することのみ可能であり得る細胞をもたらし得る。
【0538】
いくつかの実施形態では、単一の再プログラミング因子ＯＣＴ４が使用される。他の実施形態では、２つの再プログラミング因子ＯＣＴ４及びＫＬＦ４が使用される。他の実施形態では、３つの再プログラミング因子ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、及びＳＯＸ２が使用される。他の実施形態では、４つの再プログラミング因子ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、ＳＯＸ２、及びｃ－Ｍｙｃが使用される。他の実施形態では、ＳＯＫＭＮＬＴ、すなわちＳＯＸ２、ＯＣＴ４（ＰＯＵ５Ｆ１）、ＫＬＦ４、ＭＹＣ、ＮＡＮＯＧ、ＬＩＮ２８、及びＳＶ４０Ｌ Ｔ抗原から選択される５、６、または７つの再プログラミング因子が使用され得る。一般に、これらの再プログラミング因子遺伝子は、当該技術分野で既知であり、市販されているようなエピソームベクター上で提供される。
【0539】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の再プログラミング因子をトランスフェクトするために使用される宿主細胞は、非多能性幹細胞である。一般に、当該技術分野で既知であるように、ｉＰＳＣは、本明細書に記載されるような再プログラミング因子を一過性で発現させることによって、限定されないが血液細胞、線維芽細胞等といった非多能性細胞から作製される。いくつかの実施形態では、線維芽細胞等の非多能性細胞は、細胞を再プログラミングする前に１以上の個々の対象またはドナーから入手または単離される。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣは、１以上の（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上の）異なるドナー対象から入手された、単離された非多能性幹細胞、例えば、線維芽細胞のプールから作製される。いくつかの実施形態では、線維芽細胞等の非多能性細胞は、複数の異なるドナー対象（例えば、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上）から単離または入手され、バッチで一緒にプールされ、ｉＰＳＣとして再プログラミングされ、提供される方法に従って操作される。
【0540】
いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣは、例えば、１つまたは複数の再プログラミング因子を、レシピエント対象（例えば、該細胞を投与される患者）とは異なる１以上のドナー対象からの非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）のプールからの細胞内に一過性でトランスフェクトすることによって、そのようなプールから派生させられる。ｉＰＳＣに誘導されることになる非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、１００、またはそれよりも多くのドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）は、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上のドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。いくつかの実施形態では、非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）は、１以上の個体から採取され、いくつかの事例では、非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）または非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）のプールは、インビトロで培養され、ｉＰＳＣの生成を誘導するために１つまたは複数の再プログラミング因子をトランスフェクトされる。いくつかの実施形態では、非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）または非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）のプールは、本明細書で提供される方法に従って操作または改変される。いくつかの実施形態では、操作されたｉＰＳＣまたは操作されたｉＰＳＣのプールは、次いで、生物及び組織の任意の細胞への分化ための分化プロセスに供される。
【0541】
ひとたび操作されたｉＰＳＣ細胞が生成されると、それらは、ＷＯ２０１６１８３０４１及びＷＯ２０１８１３２７８３に記載されるように、それらの低免疫原性及び／または多能性の保持に関してアッセイされ得る。いくつかの実施形態では、低免疫原性は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１３及び図１５に例として挙げられるようないくつかの技法を使用してアッセイされる。これらの技法は、同種異系宿主への移植、及び宿主免疫系を回避する低免疫原性多能性細胞の増殖（例えば、奇形腫）に対する監視を含む。いくつかの事例では、低免疫原性多能性細胞の派生物が、ルシフェラーゼを発現するように形質導入され、次いで生物発光イメージングを使用して追跡され得る。同様に、かかる細胞に対する宿主動物のＴ細胞及び／またはＢ細胞応答が、細胞が宿主動物において免疫反応を引き起こさないことを確認するために試験される。Ｔ細胞応答は、Ｅｌｉｓｐｏｔ、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、ＰＣＲ、またはマスサイトメトリー（ＣＹＴＯＦ）によって評定され得る。Ｂ細胞応答または抗体応答は、ＦＡＣＳまたはルミネックスを使用して評定される。追加としてまたは代替として、細胞は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１４及び１５に一般に示されるように、それらが自然免疫応答、例えば、ＮＫ細胞による殺傷を回避する能力に関してアッセイされ得る。
【0542】
いくつかの実施形態では、細胞の免疫原性は、当業者に認識されるＴ細胞増殖アッセイ、Ｔ細胞活性化アッセイ、及びＴ細胞殺傷アッセイ等のＴ細胞イムノアッセイを使用して評価される。場合によっては、Ｔ細胞増殖アッセイは、細胞をインターフェロン－ガンマで前処理することと、細胞を標識したＴ細胞と共培養し、あらかじめ選択された一定時間後にＴ細胞集団（または増殖しているＴ細胞集団）の存在をアッセイすることとを含む。場合によっては、Ｔ細胞活性化アッセイは、Ｔ細胞を本明細書に概説される細胞と共培養することと、Ｔ細胞におけるＴ細胞活性化マーカーの発現レベルを決定することとを含む。
【0543】
本明細書に概説される細胞の免疫原性を評定するために、インビボアッセイを実施することができる。いくつかの実施形態では、操作または改変されたｉＰＳＣの生存及び免疫原性は、同種異系ヒト化免疫不全マウスモデルを使用して決定される。一部の事例では、操作または改変されたｉＰＳＣは、同種異系ヒト化ＮＳＧ－ＳＧＭ３マウスに移植され、細胞拒絶反応、細胞生存、及び奇形腫形成に関してアッセイされる。一部の事例では、移植された操作されたｉＰＳＣまたはその分化細胞は、マウスモデルにおいて長期生存を示す。
【0544】
細胞の低免疫原性を含めた免疫原性を決定するための追加の技法は、例えば、Ｄｅｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に記載され、図、図の凡例、及び方法の説明を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0545】
同様に、多能性の保持は、いくつかの方式で試験される。一実施形態では、多能性は、本明細書に一般に記載されるとともに、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２９に示されるように、ある特定の多能性特異的因子の発現によってアッセイされる。追加としてまたは代替として、多能性細胞は、多能性の指標として１つまたは複数の細胞種に分化させられる。
【0546】
ひとたび操作された多能性幹細胞（操作されたｉＰＳＣ）が生成されると、それらは、ｉＰＳＣの維持に関して既知であるように、未分化状態で維持され得る。例えば、細胞は、分化を防止するとともに多能性を維持する培養培地を使用してマトリゲル上で培養され得る。加えて、それらは、多能性を維持するような条件下で培養培地中にあることができる。
【0547】
本明細書に記載の多能性幹細胞のうちのいずれも、生物及び組織の任意の細胞に分化させることができる。ある態様では、レシピエント対象へのその後の移植用にｉＰＳＣから異なる細胞種に分化させられる、操作された細胞が本明細書で提供される。分化は、一般に細胞特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。当業者には理解されようが、分化した操作された（例えば、低免疫原性）多能性細胞派生物は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植することができる。例となる分化細胞の種類及びそれを生産するための方法が下記に記載される。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣは、第ＩＩ．Ｃ．３節に記載されるいずれかを含めた、本明細書に記載の任意の種類の細胞に分化させてもよい。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣは、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、ベータ島細胞、内皮細胞、ＲＰＥ、甲状腺、皮膚等の上皮細胞、または肝細胞から選択される細胞種に分化させられる。いくつかの実施形態では、個々のドナーまたは個々のドナーのプールからの非多能性細胞（例えば、線維芽細胞）等の宿主細胞が単離または入手され、ｉＰＳＣへと生成され、ここで、ｉＰＳＣは次いで本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有するように操作され、次いで所望の細胞種に分化させられる。
【0548】
７．細胞種
Ｎ．ベータ島細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代ベータ島細胞（膵島細胞または膵ベータ細胞とも称される）である。いくつかの実施形態では、初代ベータ島細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体からベータ島細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代ベータ島細胞が提供される。
Ｎ．ベータ島細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代ベータ島細胞（膵島細胞または膵ベータ細胞とも称される）である。いくつかの実施形態では、初代ベータ島細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体からベータ島細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代ベータ島細胞が提供される。
【0549】
いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代ベータ島細胞は、ベータ島細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、ベータ島細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代ベータ島細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0550】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、ベータ島細胞に分化させられる操作されたｉＰＳＣに由来するベータ島細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、種々のベータ島細胞に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。いくつかの実施形態では、膵島細胞は、本明細書に記載の操作された多能性細胞に由来する。多能性幹細胞をベータ島細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、米国特許第９，６８３，２１５号、米国特許第９，１５７，０６２号、米国特許第８，９２７，２８０号、米国特許公開第２０２１／０２０７０９９号、Ｈｏｇｒｅｂｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ ｔｏ ｄｉｒｅｃｔ ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ，”Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０２０，３８：４６０－４７０、及びＨｏｇｒｅｂｅ ｅｔ ａｌ．，“Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｓｕｌｉｎ－ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ ｂｅｔａ ｃｅｌｌｓ ｆｒｏｍ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｈｕｍａｎ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ，”Ｎａｔ．Ｐｒｏｔｏｃ．，２０２１に記載され、同文献の内容は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0551】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された多能性細胞は、Ｉ型真性糖尿病（Ｔ１ＤＭ）に対処するための移植用にベータ様細胞または島オルガノイドに分化させられる。細胞システムは、Ｔ１ＤＭに対処するための有望な方法である。例えば、Ｅｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１７ Ｏｃｔ；１４（１０）：６１２－６２８を参照されたい（参照により本明細書に援用される）。さらに、Ｐａｇｌｉｕｃａら（Ｃｅｌｌ，２０１４，１５９（２）：４２８－３９）は、ｈｉＰＳＣからのβ細胞の成功裏の分化に関して報告している（この内容は、参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。さらに、Ｖｅｇａｓらは、ヒト多能性幹細胞からのヒトβ細胞の生産、続いて宿主による免疫による拒絶反応を回避するための封入について示している（Ｖｅｇａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２０１６，２２（３）：３０６－１１（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。
【0552】
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって操作された多能性細胞の集団から操作された膵島細胞の集団を生産する方法は、（ａ）インスリン様成長因子、形質転換成長因子、ＦＧＦ、ＥＧＦ、ＨＧＦ、ＳＨＨ、ＶＥＧＦ、形質転換成長因子－ｂスーパーファミリー、ＢＭＰ２、ＢＭＰ７、ＧＳＫ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＢＭＰ１型受容体阻害剤、ならびにレチノイン酸からなる群から選択される１つまたは複数の因子を含む第１の培養培地中で操作されたｉＰＳＣの集団を培養して、未成熟膵島細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中で未成熟膵島細胞の集団を培養して、操作された膵島細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。
【0553】
分化は、一般にインスリンを含むがこれらに限定されないβ細胞関連または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。分化はまた、グルコース代謝の測定等、機能的に測定することもできる。全般的には、Ｍｕｒａｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔ．２０１６ Ｏｃｔ ２６；３（４）：３８５－３９４．ｅ３を参照されたい（参照によりその全体が、特に同文献で概説されるバイオマーカーに関して本明細書に援用される）。ひとたびベータ細胞が生成されると、それらは、門脈／肝臓、大網、胃腸粘膜、骨髄、筋肉、または皮下嚢に移植され得る（細胞懸濁液としてまたは本明細書で考察されるゲルマトリックス内でのいずれかで）。
【0554】
本技術における使用に向けたものを含めた膵島細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0555】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ベータ島細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した内皮細胞等の、操作されたベータ島細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、操作されたベータ島細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0556】
例となる膵島細胞種には、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、成熟膵島細胞等が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の膵臓細胞は、糖尿病を処置するために対象に投与される。
【0557】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ベータ島細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したベータ島細胞等の、本明細書に開示されるように操作された膵島細胞は、インスリンを分泌する。いくつかの実施形態では、膵島細胞は、内在性膵島細胞の少なくとも２つの特性、例えば、限定されないが、グルコースに応答したインスリンの分泌、及びベータ細胞マーカーの発現を示す。
【0558】
例となるベータ細胞マーカーまたはベータ細胞前駆細胞マーカーには、ｃ－ペプチド、Ｐｄｘ１、グルコース輸送体２（Ｇｌｕｔ２）、ＨＮＦ６、ＶＥＧＦ、グルコキナーゼ（ＧＣＫ）、プロホルモン転換酵素（ＰＣ１／３）、Ｃｄｃｐｌ、ＮｅｕｒｏＤ、Ｎｇｎ３、Ｎｋｘ２．２、Ｎｋｘ６．１、Ｎｋｘ６．２、Ｐａｘ４、Ｐａｘ６、Ｐｔｆ１ａ、Ｉｓｌ１、Ｓｏｘ９、Ｓｏｘ１７、及びＦｏｘＡ２が含まれるが、これらに限定されない。
【0559】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ベータ島細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したベータ島細胞等の膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを産生する。種々の実施形態では、該膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを分泌する。いくつかの実施形態では、この細胞は、敷石の細胞形態及び／または約１７ｐｍ～約２５ｐｍの直径等の特有の形態を有する。
【0560】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現及び／または過剰発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ベータ島細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したベータ島細胞等の、操作されたベータ島細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。ある特定の実施形態では、操作されたベータ島細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を有する。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作されたベータ島細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、改変を含まない同じ種類の細胞と比べて増加したＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を有する（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現）。いくつかの実施形態では、ベータ島細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ及び遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有する。
【0561】
いくつかの実施形態では、提供される操作されたベータ島細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ベータ島細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したベータ島細胞等の、本明細書に記載の操作されたベータ島細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作されたベータ島細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0562】
いくつかの実施形態では、投与される細胞の数は、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない、例えば、内在性レベルの１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を有し、ＣＤ４７、ＣＤ４６、及びＣＤ５９の増加した（例えば、外因性）発現を有しない、細胞の集団）に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。
【0563】
Ｏ．肝細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代肝細胞である。いくつかの実施形態では、初代肝細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から肝細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代肝細胞が提供される。いくつかの実施形態では、操作された初代肝細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するための細胞療法として投与され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代肝細胞である。いくつかの実施形態では、初代肝細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から肝細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代肝細胞が提供される。いくつかの実施形態では、操作された初代肝細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するための細胞療法として投与され得る。
【0564】
いくつかの実施形態では、初代肝細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代肝細胞は、肝細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、肝細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代肝細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、肝細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、肝細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0565】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、肝細胞に分化させられる操作されたｉＰＳＣから分化した、肝細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、肝細胞に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞から分化した操作された肝細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するための細胞療法として投与され得る。
【0566】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の改変を含有する操作された多能性細胞は、肝細胞に分化させられる。操作された多能性細胞を肝細胞に分化させるために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｐｅｔｔｉｎａｔｏ ｅｔ ａｌ ，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｐｒｅ３２８８８、Ｓｎｙｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２０１１ ６９８：３０５－３１４、Ｓｉ－Ｔａｙｅｂ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５１：２９７－３０５、及びＡｓｇａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｖ，２０１３，９（４）：４９３－５０４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にアルブミン、アルファフェトプロテイン、及びフィブリノゲンを含むが、これらに限定されない肝細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。分化はまた、アンモニアの代謝、ＬＤＬ貯蔵及び取り込み、ＩＣＧ取り込み及び放出、ならびにグリコーゲン貯蔵等、機能的に測定することもできる。
【0567】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代肝細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した肝細胞等の操作された肝細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、肝細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0568】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現及び／または過剰発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代肝細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した肝細胞等の操作された肝細胞を対象とする。ある特定の実施形態では、操作された肝細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）、ＣＤ４６、及びＣＤ５９を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、肝細胞は、ＣＤ５５の増加した発現及び／または過剰発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）、ＣＤ４６、及びＣＤ５９を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現及び／または過剰発現。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現及び／または過剰発現を有する。いくつかの実施形態では、肝細胞は、ＣＤ５５の増加した発現及び／または過剰発現をさらに含む。
【0569】
いくつかの実施形態では、提供される操作された肝細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代肝細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した肝細胞等の、本明細書に記載の操作された肝細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作された肝細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0570】
Ｐ．Ｔ細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代Ｔリンパ球（別称、Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、初代Ｔリンパ球は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。いくつかの事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。当業者には理解されようが、個体からＴリンパ球を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代Ｔリンパ球が提供される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代Ｔリンパ球（別称、Ｔ細胞）である。いくつかの実施形態では、初代Ｔリンパ球は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。いくつかの事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。当業者には理解されようが、個体からＴリンパ球を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代Ｔリンパ球が提供される。
【0571】
いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、Ｔ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、Ｔ細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0572】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、Ｔリンパ球に分化させられる操作された多能性細胞から分化した、Ｔリンパ球である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、Ｔリンパ球に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。
【0573】
多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＴ細胞を生成するための方法は、例えば、Ｉｒｉｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ １２，４３０（２０２１）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．１６（４）：３５７－３６６（２０１５）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３１：９２８－９３３（２０１３）に記載される。
【0574】
初代Ｔ細胞の非限定的な例としては、ＣＤ３＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプが挙げられる。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせを含む群から選択される。
【0575】
本開示の例となるＴ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＲＡ Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞、組織浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。多くの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。いくつかの実施形態では、セントラルＴ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＴ細胞は、ＰＤ－１、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＲＡ Ｔ細胞は、ＰＤ－１、ＣＤ５７、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。
【0576】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代Ｔ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＴ細胞等の、本明細書に記載の操作されたＴ細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、Ｔ細胞に含まれ得る。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、変異細胞、及びそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの表面上に発現した目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、少なくとも１つのキメラ抗原受容体を発現する。他の実例では、操作されたＴ細胞は、該細胞が隣接する細胞、組織、または臓器に近接する場合に、該細胞に、隣接する細胞、組織、または臓器における目的の生物学的効果を調節する少なくとも１つのタンパク質を発現させる改変を含む。初代Ｔ細胞を含めたＴ細胞に対する有用な改変は、ＵＳ２０１６／０３４８０７３及びＷＯ２０２０／０１８６２０に詳述され、同文献の開示は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0577】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。本明細書に記載のレンチウイルスベースの形質導入法または遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲをＴ細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２としても公知）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１としても公知）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ、ＰＤ１、またはＣＴＬＡ４遺伝子に挿入される。
【0578】
いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、内在性Ｔ細胞受容体の低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＡＣまたはＴＲＢＣ遺伝子座は、例えば、本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）によって、細胞において破壊または排除される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドまたは記載したような他のポリヌクレオチド等の外因性ポリヌクレオチドまたは導入遺伝子は、破壊されたＴＲＡＣまたはＴＲＢＣ遺伝子座内に挿入される。
【0579】
いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）の低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ－４遺伝子座は、例えば、本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）によって、細胞において破壊または排除される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドまたは記載したような他の外因性ポリヌクレオチド等の、外因性ポリヌクレオチドまたは導入遺伝子は、破壊されたＣＴＬＡ－４遺伝子座内に挿入される。
【0580】
他の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、プログラム細胞死（ＰＤ１）の低減された発現を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ１遺伝子座は、例えば、本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）によって、細胞において破壊または排除される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドまたは記載したような他の外因性ポリヌクレオチド等の、外因性ポリヌクレオチドまたは導入遺伝子は、破壊されたＰＤ１遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、ＣＴＬＡ４及びＰＤ１の低減された発現を含む。
【0581】
ある特定の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、ＰＤ－Ｌ１の強化された発現を含む。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１遺伝子座は、例えば、本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）によって、細胞において破壊または排除される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドまたは記載したような他の外因性ポリヌクレオチド等の、外因性ポリヌクレオチドまたは導入遺伝子は、破壊されたＰＤ－Ｌ１遺伝子座内に挿入される。
【0582】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代Ｔ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＴ細胞等の、操作されたＴ細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＣＤ５５の増加した発現（例えば、過剰発現）をさらに含む。ある特定の実施形態では、操作されたＴ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞はまた、ＣＡＲを発現するように操作される。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、例えば、ＴＲＡＣ遺伝子またはＴＲＢＣ遺伝子におけるゲノム改変（例えば、遺伝子破壊）によって、ＴＣＲ複合体分子の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いている。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）及びＣＡＲを過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢＣ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。
【0583】
いくつかの実施形態では、提供される操作されたＴ細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代Ｔ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＴ細胞等の、本明細書に記載の操作されたＴ細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作されたＴ細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0584】
本明細書で提供されるＴ細胞は、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌を含むがこれらに限定されない、好適ながんの処置に有用である。
【0585】
Ｑ．ナチュラルキラー細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。いくつかの事例では、ＮＫ細胞は、１以上の個体からのＮＫ細胞の集団または亜集団である。当業者には理解されようが、個体からＮＫ細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代ＮＫ細胞が提供される。例えば、操作されたＴ細胞は、操作されたＮＫ細胞の対象への注入によって、対象（例えば、患者等のレシピエント）に投与される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。いくつかの事例では、ＮＫ細胞は、１以上の個体からのＮＫ細胞の集団または亜集団である。当業者には理解されようが、個体からＮＫ細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代ＮＫ細胞が提供される。例えば、操作されたＴ細胞は、操作されたＮＫ細胞の対象への注入によって、対象（例えば、患者等のレシピエント）に投与される。
【0586】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、ＮＫ細胞に分化させられる操作された多能性細胞から分化した、ＮＫ細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞に分化させられた細胞は、例えば、分化したＮＫ細胞の対象への注入による、対象（例えば、患者等のレシピエント）へのその後の投与に使用されてもよい。
【0587】
多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＮＫ細胞を生成するための方法は、例えば、米国特許第１０６２６３７３号、Ｓｈａｎｋａｒ ｅｔ ａｌ．Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．２０２０；１１：２３４、Ｅｕｃｈｎｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２０２１；１２，Ａｒｔｉｃｌｅ ６４０６７２．ｄｏｉ＝１０．３３８９／ｆｉｍｍｕ．２０２１．６４０６７２に記載される。
【0588】
いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、ＮＫ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、ＮＫ細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代ＮＫ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、操作されたＮＫ細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0589】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＮＫ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＮＫ細胞を含めた、ＮＫ細胞は、ＣＤ５６を発現し（例えば、ＣＤ５６ディムまたはＣＤ５６ブライト）、ＣＤ３を欠いている（例えば、ＣＤ３陰性）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＮＫ細胞はまた、ＡＤＣＣを媒介する低親和性Ｆｃγ受容体であるＣＤ１６も発現し得る。いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞はまた、１つもしくは複数のナチュラルキラー細胞受容体ＮＫＧ２Ａ及びＮＫＧ２Ｄまたは１つもしくは複数の天然細胞傷害性受容体ＮＫｐ４６、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０も発現する。例えば、初代ＮＫ細胞の場合、特定の実例では、初代細胞は、ＣＤ３、ＣＤ１４、及び／またはＣＤ１９に対して陽性である細胞の枯渇によって、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含有する試料等のＮＫ細胞の出発供給源から単離され得る。例えば、細胞は、それぞれＣＤ３、ＣＤ１４、及び／またはＣＤ１９に対する抗体を結合させた免疫磁気ビーズを使用して枯渇に供され、それによってＮＫ細胞の濃縮された集団が生産され得る。他の実例では、初代ＮＫ細胞は、ＣＤ５６、ＣＤ１６、ＮＫｐ４６、及び／またはＮＫＧ２Ｄ等のＮＫ細胞上の１つまたは複数のマーカーの存在に関して細胞を選択することによって、混合集団（例えば、ＰＢＭＣ）である出発供給源から単離され得る。
【0590】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作の前に、単離された初代ＮＫ細胞等のＮＫ細胞は、１つまたは複数の増殖または活性化ステップに供され得る。いくつかの実施形態では、増殖は、放射線照射される場合もされない場合もある抗原提示細胞等のフィーダー細胞とのＮＫ細胞の培養によって達成され得る。増殖ステップにおけるＮＫ細胞対抗原提示細胞（ＡＰＣ）の比は、例えば、１：１、１：１．５、１：２、または１：３等のある特定の数の比であり得る。ある特定の態様では、ＡＰＣは、膜結合型ＩＬ－２１（ｍｂｌＬ－２１）を発現するように操作される。特定の態様では、ＡＰＣは、代替としてまたは追加として、ＩＬ－２１、ＩＬ－１５、及び／またはＩＬ－２を発現するように操作される。特定の実施形態では、増殖ステップ（複数可）が起こる培地は、１つまたは複数の組換えサイトカイン等の、増殖を容易にするための１つまたは複数の剤を含む。具体的な実施形態では、培地は、ＩＬ－２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、及び／またはＩＬ－２１からの１つまたは複数の組換えサイトカインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される改変を導入することによってＮＫ細胞を操作するためのステップは、増殖の開始から２～１２日後、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２日目または約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２日目に実施される。
【0591】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＮＫ細胞等の、本明細書に記載の操作されたＮＫ細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）ＮＫ細胞を含む。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、ＮＫ細胞に含まれ得る。いくつかの実施形態では、操作されたＮＫ細胞は、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、変異細胞、及びそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの表面上に発現した目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、少なくとも１つのキメラ抗原受容体を発現する。他の実例では、操作されたＮＫ細胞は、該細胞が隣接する細胞、組織、または臓器に近接する場合に、該細胞に、隣接する細胞、組織、または臓器における目的の生物学的効果を調節する少なくとも１つのタンパク質を発現させる改変を含む。
【0592】
いくつかの実施形態では、ＮＫ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。本明細書に記載のレンチウイルスベースの形質導入法または遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲをＮＫ細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２としても公知）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１としても公知）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバー遺伝子座内に挿入される。
【0593】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＮＫ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＮＫ細胞等の、操作されたＮＫ細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、操作されたＮＫ細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。ある特定の実施形態では、操作されたＮＫ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作されたＮＫ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作されたＮＫ細胞はまた、ＣＡＲを発現するように操作される。いくつかの実施形態では、操作されたＮＫ細胞はまた、ＣＤ５５の増加した発現及び／または過剰発現も有する。
【0594】
いくつかの実施形態では、提供される操作されたＮＫ細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＮＫ細胞等の、本明細書に記載の操作されたＮＫ細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作されたＮＫ細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0595】
本明細書で提供されるＮＫ細胞は、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌を含むがこれらに限定されない、好適ながんの処置に有用である。
【0596】
Ｒ．内皮細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代内皮細胞である。いくつかの実施形態では、初代内皮細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から内皮細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代内皮細胞種が提供される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代内皮細胞である。いくつかの実施形態では、初代内皮細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から内皮細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代内皮細胞種が提供される。
【0597】
いくつかの実施形態では、初代内皮細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代内皮細胞は、内皮細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、内皮細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代内皮細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、内皮細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、内皮細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0598】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、内皮細胞種に分化させられる操作されたｉＰＳＣから分化した、内皮細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、種々の内皮細胞種に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。
【0599】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された多能性細胞は、末梢動脈疾患に対処するために新たな血管を形成させるための内皮コロニー形成細胞（ＥＣＦＣ）に分化させられる。内皮細胞への分化のための技法は、既知である。例えば、Ｐｒａｓａｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０４８を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの内皮細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に内皮細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。
【0600】
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって操作された多能性細胞の集団から操作された内皮細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む第１の培養培地中で操作されたｉＰＳＣ細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦを含む第２の培養培地中で操作されたｉＰＳＣ細胞の集団を培養して、内皮前駆細胞の集団を生産することと、（ｃ）ＲＯＣＫ阻害剤及びＡＬＫ阻害剤を含む第３の培養培地中で内皮前駆細胞の集団を培養して、本明細書に記載の改変を含有するように操作される分化した内皮細胞の集団を生産することとを含む。
【0601】
いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約１ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約２０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約０．５ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。
【0602】
いくつかの実施形態では、第１の培養培地は、２ｐＭ～約１０ｐＭのＣＨＩＲ－９９０２１を含む。いくつかの実施形態では、第２の培養培地は、５０ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ及び１０ｎｇ／ｍｌのｂＦＧＦを含む。他の実施形態では、第２の培養培地は、Ｙ－２７６３２及びＳＢ－４３１５４２をさらに含む。種々の実施形態では、第３の培養培地は、１０ｐＭのＹ－２７６３２及び１ｐＭのＳＢ－４３１５４２を含む。ある特定の実施形態では、第３の培養培地は、ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦをさらに含む。特定の事例では、第１の培養培地及び／または第２の培地は、インスリンを含まない。
【0603】
本明細書で提供される細胞は、多能性細胞の内皮細胞への分化を補助及び／または促進するための合成表面等の表面上で培養することができる。いくつかの実施形態では、表面は、選択される１つまたは複数のアクリレートモノマーのホモポリマーまたはコポリマーを含むがこれらに限定されない、ポリマー材料を含む。アクリレートモノマー及びメタクリレートモノマーの非限定的な例としては、テトラ（エチレングリコール）ジアクリレート、グリセロールジメタクリレート、１，４－ブタンジオールジメタクリレート、ポリ（エチレングリコール）ジアクリレート、ジ（エチレングリコール）ジメタクリレート、テトラ（エチレングリコール）ジメタクリレート、１，６－ヘキサンジオールプロポキシレートジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリメチロールプロパンベンゾエートジアクリレート、トリメチロールプロパンエトキシレート（１ ＥＯ／ＱＨ）メチル、トリシクロ［５．２．１．０２，６］デカンジメタノールジアクリレート、ネオペンチルグリコールエトキシレートジアクリレート、及びトリメチロールプロパントリアクリレートが挙げられる。アクリレートは、当該技術分野で既知のように合成されるか、またはＰｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．、及びＳａｒｔｏｍｅｒ，Ｉｎｃ．等の商業的供給業者から得られる。
【0604】
いくつかの実施形態では、内皮細胞は、ポリマーマトリックス上に播種されてもよい。場合によっては、ポリマーマトリックスは、生分解性である。好適な生分解性マトリックスは、当技術分野で周知であり、これにはコラーゲン－ＧＡＧ、コラーゲン、フィブリン、ＰＬＡ、ＰＧＡ、及びＰＬＡ／ＰＧＡコポリマーが含まれる。追加の生分解性材料には、ポリ（無水物）、ポリ（ヒドロキシ酸）、ポリ（オルトエステル）、ポリ（プロピルフマレート）、ポリ（カプロラクトン）、ポリアミド、ポリアミノ酸、ポリアセタール、生分解性ポリシアノアクリレート、生分解性ポリウレタン、及び多糖類が含まれる。
【0605】
非生分解性ポリマーも同様に使用されてもよい。他の非生分解性であるが、それでも生体適合性であるポリマーには、ポリピロール、ポリアニブン（ｐｏｌｙａｎｉｂｎｅ）、ポリチオフェン、ポリスチレン、ポリエステル、非生分解性ポリウレタン、ポリ尿素、ポリ（エチレン酢酸ビニル）、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリカーボネート、及びポリ（エチレンオキシド）が含まれる。ポリマーマトリックスは、任意の形状で、例えば、粒子、スポンジ、管、球、ストランド、コイル状ストランド、毛細管網目構造、フィルム、繊維、メッシュ、またはシートとして、形成され得る。ポリマーマトリックスは、天然または合成の細胞外マトリックス材料及び因子を含むように改変され得る。
【0606】
ポリマー材料は、支持材料の表面上に分散させることができる。細胞を培養するのに好適である有用な支持材料には、セラミック物質、ガラス、プラスチック、ポリマーもしくはコポリマー、それらの任意の組み合わせ、または１つの材料の別の材料上へのコーティングが含まれる。いくつかの事例では、ガラスには、ソーダ石灰ガラス、パイレックスガラス、バイコールガラス、石英ガラス、ケイ素、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
【0607】
いくつかの事例では、プラスチック、または樹枝状ポリマーを含めたポリマーには、ポリ（塩化ビニル）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（酢酸ビニル－無水マレイン酸）、ポリ（ジメチルシロキサン）モノメタクリレート、環状オレフィンポリマー、フルオロカーボンポリマー、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンイミン、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。いくつかの事例では、コポリマーには、ポリ（酢酸ビニル－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（スチレン－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－アクリル酸）、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
【0608】
本明細書で提供される方法における使用に向けた内皮細胞及びそれらの分化の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0609】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代内皮細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した内皮細胞等の、操作された内皮細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、内皮細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0610】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代内皮細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した内皮細胞等の、操作された内皮細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、内皮細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。ある特定の実施形態では、操作された内皮細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、内皮細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。
【0611】
いくつかの実施形態では、提供される操作された内皮細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代内皮細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した内皮細胞等の、本明細書に記載の操作された内皮細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作された内皮細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0612】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代内皮細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した内皮細胞等の、操作された内皮細胞は、患者、例えば、それを必要とするヒト患者に投与される。操作された内皮細胞は、限定されないが、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、脳卒中、再灌流傷害、肢虚血、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝臓不全、腎臓不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、血管損傷、組織損傷、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管性高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行等のような疾患または病態を患う患者に投与することができる。ある特定の実施形態では、患者は、一過性の虚血性発作または脳卒中を患ったことがあるか、またはそれを患っており、これは場合によっては、脳血管疾患に起因し得る。いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、例えば、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞、及び肢虚血において起こるような組織虚血を処置するため、ならびに損傷した血管を修復するために投与される。いくつかの事例では、該細胞は、移植片の生体工学で使用される。
【0613】
例えば、操作された内皮細胞は、虚血組織の修復、血管及び心臓弁の形成、人工血管の工学、損傷を受けた血管の修復、ならびに操作された組織における血管の形成の誘導（例えば、移植前）のために細胞療法で使用され得る。追加として、内皮細胞は、作用物質を標的に送達し、腫瘍を処置するようにさらに改変され得る。
【0614】
多くの実施形態では、血管細胞または血管新生を必要とする組織の修復または置換方法が本明細書で提供される。該方法は、かかる処置を必要とするヒト患者に、かかる組織における血管新生を促進するために、単離された初代内皮細胞または分化した内皮細胞等の操作された内皮細胞を含有する組成物を投与することを伴う。血管細胞または血管新生を必要とする組織は、とりわけ、心臓組織、肝臓組織、膵臓組織、腎組織、筋組織、神経組織、骨組織であり得、これは損傷を受けた、過剰な細胞死を特徴とする組織、損傷の危険性がある組織、または人工的に操作された組織であり得る。
【0615】
いくつかの実施形態では、心臓疾患または障害に関連し得る血管疾患は、限定されないが、本明細書に記載されるように派生させた最終的な血管内皮細胞及び心内膜内皮細胞等の内皮細胞を投与することによって処置することができる。かかる血管疾患には、冠動脈疾患、脳血管疾患、大動脈狭窄、大動脈瘤、末梢動脈疾患、アテローム性動脈硬化症、静脈瘤、血管障害、冠灌流を欠いた心臓の梗塞領域、非治癒性創傷、糖尿病性もしくは非糖尿病性潰瘍、または血管の形成の誘導が望ましい任意の他の疾患もしくは障害が含まれるが、これらに限定されない。
【0616】
ある特定の実施形態では、内皮細胞は、血管再建手術で使用される補綴インプラント（例えば、Ｄａｃｒｏｎ及びＧｏｒｔｅｘ等の合成材料で作製された血管）を改善するために使用される。例えば、重要な臓器または肢を灌流する病変動脈を置換するために、補綴動脈移植片が使用される場合が多い。他の実施形態では、操作された内皮細胞は、弁表面での血栓形成性を下げることによって塞栓形成の危険性を低下させるように補綴心臓弁の表面を覆うために使用される。
【0617】
概説される内皮細胞は、組織及び／または単離された細胞を血管に移植するための周知の外科的技法を使用して、患者に移植することができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、注射（例えば、心筋内注射、冠動脈内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、経皮注射）、注入、移植、及び埋め込みによって患者の心臓組織に導入される。
【0618】
内皮細胞の投与（送達）には、静脈内、動脈内（例えば、冠動脈内）、筋肉内、腹腔内、心筋内、経心内膜、経心外膜、鼻腔内投与ならびに髄腔内、及び注入技法を含む、皮下または非経口が含まれるが、これらに限定されない。
【0619】
当業者には理解されようが、該細胞は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、患者において静脈内にまたは特定の部位での注射によってのいずれかで移植される。特定の箇所で移植する場合、細胞は、それらが定着する間の分散を防止するためにゲルマトリックス中に縣濁させてもよい。
【0620】
例となる内皮細胞種には、毛細血管内皮細胞、血管内皮細胞、大動脈内皮細胞、動脈内皮細胞、静脈内皮細胞、腎内皮細胞、脳内皮細胞、肝臓内皮細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
【0621】
単離された初代内皮細胞または分化した内皮細胞等の、本明細書に概説される内皮細胞は、１つまたは複数の内皮細胞マーカーを発現し得る。かかるマーカーの非限定的な例としては、ＶＥ－カドヘリン（ＣＤ１４４）、ＡＣＥ（アンジオテンシン転換酵素）（ＣＤ１４３）、ＢＮＨ９／ＢＮＦ１３、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ５４（ＩＣＡＭ－ｌ）、ＣＤ６２Ｅ（Ｅ－セレクチン）、ＣＤ１０５（エンドグリン）、ＣＤ１４６、エンドカン（ＥＳＭ－ｌ）、エンドグリクス－ｌ、エンドムチン、エオタキシン－３、ＥＰＡＳ１（内皮ＰＡＳドメインタンパク質１）、第ＶＩＩＩ因子関連抗原、ＦＬＩ－ｌ、Ｆｌｋ－ｌ（ＫＤＲ、ＶＥＧＦＲ－２）、ＦＬＴ－ｌ（ＶＥＧＦＲ－ｌ）、ＧＡＴＡ２、ＧＢＰ－ｌ（グアニル酸結合タンパク質－ｌ）、ＧＲＯ－アルファ、ＨＥＸ、ＩＣＡＭ－２（細胞間接着分子２）、ＬＭ０２、ＬＹＶＥ－ｌ、ＭＲＢ（マジックラウンドアバウト）、ヌクレオリン、ＰＡＬ－Ｅ（病理解剖学的ライデン内皮）、ＲＴＫ、ｓＶＣＡＭ－ｌ、ＴＡＬＩ、ＴＥＭ１（腫瘍内皮マーカー１）、ＴＥＭ５（腫瘍内皮マーカー５）、ＴＥＭ７（腫瘍内皮マーカー７）、トロンボモジュリン（ＴＭ、ＣＤ１４１）、ＶＣＡＭ－ｌ（血管細胞接着分子－１）（ＣＤ１０６）、ＶＥＧＦ、ｖＷＦ（フォン・ヴィレブランド因子）、ＺＯ－ｌ、内皮細胞選択的接着分子（ＥＳＡＭ）、ＣＤ１０２、ＣＤ９３、ＣＤ１８４、ＣＤ３０４、及びＤＬＬ４が挙げられる。
【0622】
いくつかの実施形態では、内皮細胞は、障害／病態を処置するかまたは障害／病態の症状を改善させるのに有用である、限定されないが酵素、ホルモン、受容体、リガンド、または薬物等の目的のタンパク質をコードする外因性遺伝子を発現するようにさらに遺伝子改変される。内皮細胞を遺伝子改変するための標準的方法は、例えば、ＵＳ５，６７４，７２２に記載される。
【0623】
かかる内皮細胞を使用して、疾患の予防または治療において有用であるポリペプチドまたはタンパク質の構成的合成及び送達を提供することができる。このようにして、ポリペプチドは、個体の血流または身体の他の領域（例えば、中枢神経系）中に直接分泌される。いくつかの実施形態では、内皮細胞は、インスリン、血液凝固因子（例えば、第ＶＩＩＩ因子またはフォン・ヴィレブランド因子）、アルファ－１抗トリプシン、アデノシンデアミナーゼ、組織プラスミノーゲン活性化因子、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３）等を分泌するように改変され得る。
【0624】
ある特定の実施形態では、内皮細胞は、埋め込まれた移植片の文脈においてそれらの性能を改善するように改変され得る。非限定的で例示的な例としては、管腔内血塊形成を予防するための血栓溶解物質の分泌もしくは発現、平滑筋肥大に起因する管腔狭窄を予防するための平滑筋増殖の阻害物質の分泌、ならびに内皮細胞増殖を刺激し、移植片管腔の内皮細胞による内層形成の範囲もしくは持続期間を改善するための内皮細胞分裂促進因子もしくは自己分泌因子の発現及び／または分泌が挙げられる。
【0625】
いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、治療的レベルの分泌産物を特定の臓器または肢に送達するのに利用される。例えば、インビトロで操作された（形質導入された）内皮細胞で内層形成された血管インプラントが、特定の臓器または肢に移植され得る。形質導入された内皮細胞の分泌産物は、灌流組織に高濃度で送達され、それによって標的とする解剖学的位置への所望の効果を達成するであろう。
【0626】
他の実施形態では、内皮細胞は、血管新生化している腫瘍において、内皮細胞によって発現されるときに血管新生を妨害または阻害する遺伝子を含有するようにさらに遺伝子改変される。場合によっては、内皮細胞はまた、腫瘍処置の完了時に移植された内皮細胞の負の選択を可能にする、本明細書に記載の選択可能自殺遺伝子のうちのいずれか１つを発現するように遺伝子改変され得る。
【0627】
いくつかの実施形態では、単離された初代内皮細胞または分化した内皮細胞等の、本明細書に記載の内皮細胞は、血管損傷、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、高血圧症、虚血性組織損傷、再灌流傷害、肢虚血、脳卒中、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝不全、腎不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、脳血管疾患、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行、他の血管病態または疾患からなる群から選択される血管障害を処置するためにレシピエント対象に投与される。
【0628】
Ｓ．上皮細胞
３）網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞である。いくつかの実施形態では、初代ＲＰＥ細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体からＲＰＥ細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作されたＲＰＥ細胞が提供される。
３）網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞である。いくつかの実施形態では、初代ＲＰＥ細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体からＲＰＥ細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作されたＲＰＥ細胞が提供される。
【0629】
いくつかの実施形態では、初代ＲＰＥ細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代ＲＰＥ細胞は、ＲＰＥ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、ＲＰＥ細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代ＲＰＥ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0630】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、ＲＰＥ細胞に分化させられる操作されたｉＰＳＣから分化した、ＲＰＥ細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。
【0631】
多能性幹細胞をＲＰＥ細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、ＵＳ９，４５８，４２８及びＵＳ９，８５０，４６３に記載され、これらの開示は、明細書を含めてそれらの全体が参照により本明細書に援用される。ヒト人工多能性幹細胞からＲＰＥ細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｌａｍｂａ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００６，１０３（３４）：１２７６９－１２７７４、Ｍｅｌｌｏｕｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ，２０１２，３０（４）：６７３－６８６、Ｉｄｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２００９，５（４）：３９６－４０８、Ｒｏｗｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，２０１２，２２７（２）：４５７－４６６、Ｂｕｃｈｈｏｌｚ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｒａｎｓ Ｍｅｄ，２０１３，２（５）：３８４－３９３、及びｄａ Ｃｒｕｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，２０１８，３６：３２８－３３７に見出すことができる。
【0632】
ヒト多能性幹細胞は、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ ２０１４：２：２０５－１８に概説される技法を使用して、ＲＰＥ細胞に分化させられた（参照によりその全体が、特に分化技法及び試薬について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。また、Ｍａｎｄａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２０１７，３７６：１０３８－１０４６も参照されたい（この内容は参照によりその全体が、ＲＰＥ細胞のシートの生成及び患者への移植のための技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節の第１段落に概説されるマーカーに関して本明細書に援用される）。
【0633】
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって操作された多能性細胞の集団から操作された網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞の集団を生産する方法は、（ａ）アクチビンＡ、ｂＦＧＦ、ＢＭＰ４／７、ＤＫＫ１、ＩＧＦ１、ノギン、ＢＭＰ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＲＯＣＫ阻害剤、及びＶＥＧＦＲ阻害剤からなる群から選択される因子のうちのいずれか１つを含む第１の培養培地中で操作された多能性細胞の集団を培養して、ＲＰＥ前駆細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中でＲＰＥ前駆細胞の集団を培養して、操作されたＲＰＥ細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。
【0634】
分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節に関して本明細書に援用される）。
【0635】
ＲＰＥ細胞の分化のため及び本技術において使用するための方法を含めたＲＰＥ細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0636】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＲＰＥ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＲＰＥ細胞等の、操作されたＲＰＥ細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、ＲＰＥ細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0637】
例となるＲＰＥ細胞種には、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞、ＲＰＥ前駆細胞、未成熟ＲＰＥ細胞、成熟ＲＰＥ細胞、機能的ＲＰＥ細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
【0638】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＲＰＥ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＲＰＥ細胞等のＲＰＥ細胞は、天然ＲＰＥ細胞のそれに類似または実質的に類似した遺伝子発現プロファイルを有する。かかるＲＰＥ細胞は、平面基板上でコンフルエントの状態まで増殖させたときに天然ＲＰＥ細胞の多角形で平面状のシートの形態をもつことが可能である。
【0639】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＲＰＥ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＲＰＥ細胞等の、操作されたＲＰＥ細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。ある特定の実施形態では、操作されたＲＰＥ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作されたＲＰＥ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、ＲＰＥ細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに含む。いくつかの実施形態では、操作されたＲＰＥ細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡのうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。
【0640】
いくつかの実施形態では、提供される操作されたＲＰＥ細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代ＲＰＥ細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したＲＰＥ細胞等の、本明細書に記載の操作されたＲＰＥ細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作されたＲＰＥ細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0641】
ＲＰＥ細胞は、黄斑変性を患う患者または損傷を受けたＲＰＥ細胞を有する患者に移植することができる。いくつかの実施形態では、患者は、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、初代ＡＭＤ、中期ＡＭＤ、後期ＡＭＤ、新生血管を伴わない加齢黄斑変性、ドライ型黄斑変性（ドライ型加齢黄斑変性）、ウェット型黄斑変性（ウェット型加齢黄斑変性）、若年性黄斑変性（ＪＭＤ）（例えば、スターガルト病、ベスト病、及び若年性網膜分離症）、レーバー先天性黒内障、または網膜色素変性症を有する。他の実施形態では、患者は、網膜剥離を患う。
【0642】
治療用途では、開示される方法に従って調製された細胞は、典型的には、等張性賦形剤を含む薬学的組成物の形態で供給することができ、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。細胞組成物の医薬製剤における一般原則については、“Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，”ｂｙ Ｍｏｒｓｔｙｎ ＆ Ｓｈｅｒｉｄａｎ ｅｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及び“Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，”Ｅ．Ｄ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ ＆ Ｐ．Ｌａｗ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００を参照されたい。細胞は、流通または臨床使用に好適なデバイスまたは容器に包装され得る。
【0643】
４）甲状腺細胞
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代甲状腺細胞である。いくつかの実施形態では、初代甲状腺細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から甲状腺細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代甲状腺細胞が提供される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるように操作または改変される細胞は、初代甲状腺細胞である。いくつかの実施形態では、初代甲状腺細胞は、１以上の個々のドナー対象、例えば、１以上の個々の健常なドナー（例えば、疾患または感染が認められていないか、または疑われない、例えば、その臨床徴候を示していない対象）から単離または入手される。当業者には理解されようが、個体から甲状腺細胞を単離または入手する方法は、既知の技法を使用して達成することができる。本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有する、操作された初代甲状腺細胞が提供される。
【0644】
いくつかの実施形態では、初代甲状腺細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代甲状腺細胞は、甲状腺細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、甲状腺細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代甲状腺細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
【0645】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、本明細書に記載の改変（例えば、遺伝子改変）を含有し、甲状腺細胞に分化させられる操作されたｉＰＳＣから分化した、甲状腺細胞である。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞に分化させられた細胞は、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に使用されてもよい。
【0646】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の改変を含有する操作された多能性細胞は、自己免疫性甲状腺炎に対処するために甲状腺ホルモンを分泌することができる甲状腺前駆細胞及び甲状腺濾胞オルガノイドに分化させられる。甲状腺細胞への分化のための技法は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｋｕｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１５ Ｎｏｖ ５；１７（５）：５２７－４２を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの甲状腺細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に甲状腺細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。
【0647】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代甲状腺細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した甲状腺細胞等の、操作された甲状腺細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、甲状腺細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0648】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代甲状腺細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した甲状腺細胞等の、操作された甲状腺細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。ある特定の実施形態では、操作された甲状腺細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作された甲状腺細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）、ＣＤ４６、及びＣＤ５９を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、操作された甲状腺細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）、ＣＤ４６、及びＣＤ５９を過剰発現し、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、甲状腺細胞は、ＣＤ５５の発現を増加させるようにさらに改変される。
【0649】
いくつかの実施形態では、提供される操作された甲状腺細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）から単離された初代甲状腺細胞または１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化したベータ島細胞等の、本明細書に記載の操作された甲状腺細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作された内皮細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0650】
Ｔ．心臓細胞
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用にＨＩＰ細胞から分化させた心臓細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる心臓細胞種には、心筋細胞、結節心筋細胞、伝導系心筋細胞、ワーキング心筋細胞、心筋細胞の前駆体細胞、心筋細胞の前駆細胞、心臓幹細胞、心筋細胞、心房心臓幹細胞、心室心臓幹細胞、心外膜細胞、造血細胞、血管内皮細胞、心内膜内皮細胞、心臓弁間質細胞、心臓ペースメーカー細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用にＨＩＰ細胞から分化させた心臓細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる心臓細胞種には、心筋細胞、結節心筋細胞、伝導系心筋細胞、ワーキング心筋細胞、心筋細胞の前駆体細胞、心筋細胞の前駆細胞、心臓幹細胞、心筋細胞、心房心臓幹細胞、心室心臓幹細胞、心外膜細胞、造血細胞、血管内皮細胞、心内膜内皮細胞、心臓弁間質細胞、心臓ペースメーカー細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
【0651】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の心臓細胞は、小児期心筋症、加齢性心筋症、拡張型心筋症、肥大型心筋症、拘束型心筋症、慢性虚血性心筋症、周産期心筋症、炎症性心筋症、特発性心筋症、他の心筋症、心筋虚血再灌流傷害、心室機能不全、心不全、うっ血性心不全、冠動脈疾患、末期心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、虚血、高血圧症、再狭窄、狭心症、リウマチ性心臓、動脈炎症、心血管疾患、心筋梗塞、心筋虚血、うっ血性心不全、心筋梗塞、心虚血、心外傷、心筋虚血、血管疾患、後天性心臓疾患、先天性心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患、機能不全の伝導系、機能不全の冠動脈、肺高血圧症、心不整脈、筋ジストロフィー、筋肉量異常、筋肉変性、心筋炎、感染性心筋炎、薬物または毒素誘発性筋肉異常、過敏性心筋炎、及び自己免疫心内膜炎からなる群から選択される心臓障害を処置するために、レシピエント対象に投与される。
【0652】
したがって、本明細書では、その必要のある対象における、心外傷または心臓疾患もしくは障害の処置及び予防のための方法が提供される。本明細書に記載の方法を使用して、いくつかの心臓疾患またはそれらの症状、例えば、心臓の構造及び／または機能への病理学的損傷をもたらすものを処置するか、改善させるか、予防するか、またはその進行を緩徐化することができる。「心臓疾患」、「心臓障害」、及び「心外傷」という用語は、本明細書で互換的に使用され、弁、内皮、梗塞領域、または心臓の他の構成要素もしくは構造を含めた心臓に関係する病態及び／または障害を指す。かかる心臓疾患または心臓関連疾患には、とりわけ、心筋梗塞、心不全、心筋症、先天性心臓欠陥、心臓弁疾患または機能不全、心内膜炎、リウマチ熱、僧帽弁逸脱症、感染性心内膜炎、肥大型心筋症、拡張型心筋症、心筋炎、心肥大、及び／または僧帽弁閉鎖不全症が含まれるが、これらに限定されない。
【0653】
いくつかの実施形態では、心筋細胞前駆体には、成熟（最終段階）心筋細胞を含む子孫を生じさせることができる細胞が含まれる。心筋細胞の前駆体細胞は、多くの場合、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、及びＭＥＦ－２ファミリーの転写因子から選択される１つまたは複数のマーカーを使用して特定することができる。いくつかの事例では、心筋細胞は、以下のリストからの１つまたは複数のマーカー（ときには少なくとも２、３、４、または５つのマーカー）を発現する未成熟心筋細胞または成熟心筋細胞を指す：心臓トロポニンＩ（ｃＴｎｌ）、心臓トロポニンＴ（ｃＴｎＴ）、サルコメリックミオシン重鎖（ＭＨＣ）、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、Ｎ－カドヘリン、β２－アドレナリン受容体、ＡＮＦ、ＭＥＦ－２ファミリーの転写因子、クレアチンキナーゼＭＢ（ＣＫ－ＭＢ）、ミオグロビン、及び心房性ナトリウム利尿因子（ＡＮＦ）。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、自発的な周期的収縮活動を示す。場合によっては、その心臓細胞が、適切なＣａ２＋濃度及び電解質の均衡を有する好適な組織培養環境で培養される場合、細胞は、培養培地にいずれの追加の構成成分も添加する必要なしに、細胞の一軸方向に周期的様態で収縮し、次いで収縮を解除することが観察され得る。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、低免疫原性心臓細胞である。
【0654】
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性（ＨＩＰ）細胞の集団から低免疫原性心臓細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＷＮＴアンタゴニストを含む培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、心臓前駆細胞の集団を生産することと、（ｃ）インスリンを含む培養培地中で心臓前駆細胞の集団を培養して、低免疫心臓細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＷＮＴアンタゴニストは、ＩＷＲ１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＷＮＴアンタゴニストは、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。
【0655】
いくつかの実施形態では、低免疫原性心臓細胞の集団は、非心臓細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性心臓細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性心臓細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
【0656】
人工多能性幹細胞または多能性幹細胞を心臓細胞に分化させるための他の有用な方法は、例えば、ＵＳ２０１７／０１５２４８５、ＵＳ２０１７／００５８２６３、ＵＳ２０１７／０００２３２５、ＵＳ２０１６／０３６２６６１、ＵＳ２０１６／００６８８１４、ＵＳ９，０６２，２８９、ＵＳ７，８９７，３８９、及びＵＳ７，４５２，７１８に記載される。人工多能性幹細胞または多能性幹細胞から心臓細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，２００６，１５（５）：６３１－９、Ｂｕｒｒｉｄｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１２，１０：１６－２８、及びＣｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ，２０１５，１５（２）：３６５－３７５に記載される。
【0657】
種々の実施形態では、低免疫原性心臓細胞は、ＢＭＰ経路阻害剤、ＷＮＴシグナル伝達活性化剤、ＷＮＴシグナル伝達阻害剤、ＷＮＴアゴニスト、ＷＮＴアンタゴニスト、Ｓｒｃ阻害剤、ＥＧＦＲ阻害剤、ＰＣＫ活性化剤、サイトカイン、成長因子、心臓作用性剤（ｃａｒｄｉｏｔｒｏｐｉｃ ａｇｅｎｔ）、化合物等を含む培養培地中で培養され得る。
【0658】
ＷＮＴシグナル伝達活性化剤には、ＣＨＩＲ９９０２１が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣＫ活性化剤には、ＰＭＡが含まれるが、これらに限定されない。ＷＮＴシグナル伝達阻害剤には、ＫＹ０２１１１、ＳＯ３０３１（ＫＹ０１－Ｉ）、ＳＯ２０３１（ＫＹ０２－Ｉ）、及びＳＯ３０４２（ＫＹ０３－Ｉ）、及びＸＡＶ９３９から選択される化合物が含まれるが、これらに限定されない。Ｓｒｃ阻害剤には、Ａ４１９２５９が含まれるが、これらに限定されない。ＥＧＦＲ阻害剤には、ＡＧ１４７８が含まれるが、これらに限定されない。
【0659】
ｉＰＳＣから心臓細胞を生成するための剤の非限定的な例としては、アクチビンＡ、ＢＭＰ４、Ｗｎｔ３ａ、ＶＥＧＦ、可溶性フリズルドタンパク質、シクロスポリンＡ、アンジオテンシンＩＩ、フェニルエフリン、アスコルビン酸、ジメチルスルホキシド、５－アザ－２’－デオキシシチジン等が挙げられる。
【0660】
本明細書で提供される細胞は、低免疫原性多能性細胞の心臓細胞への分化を補助及び／または促進するための合成表面等の表面上で培養することができる。いくつかの実施形態では、表面は、選択される１つまたは複数のアクリレートモノマーのホモポリマーまたはコポリマーを含むがこれらに限定されない、ポリマー材料を含む。アクリレートモノマー及びメタクリレートモノマーの非限定的な例としては、テトラ（エチレングリコール）ジアクリレート、グリセロールジメタクリレート、１，４－ブタンジオールジメタクリレート、ポリ（エチレングリコール）ジアクリレート、ジ（エチレングリコール）ジメタクリレート、テトラ（エチレングリコール）ジメタクリレート、１，６－ヘキサンジオールプロポキシレートジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリメチロールプロパンベンゾエートジアクリレート、トリメチロールプロパンエトキシレート（１ ＥＯ／ＱＨ）メチル、トリシクロ［５．２．１．０２，６］デカンジメタノールジアクリレート、ネオペンチルグリコールエトキシレートジアクリレート、及びトリメチロールプロパントリアクリレートが挙げられる。アクリレートは、当該技術分野で既知のように合成されるか、またはＰｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．、及びＳａｒｔｏｍｅｒ，Ｉｎｃ．等の商業的供給業者から得られる。
【0661】
ポリマー材料は、支持材料の表面上に分散させることができる。細胞を培養するのに好適である有用な支持材料には、セラミック物質、ガラス、プラスチック、ポリマーもしくはコポリマー、それらの任意の組み合わせ、または１つの材料の別の材料上へのコーティングが含まれる。いくつかの事例では、ガラスには、ソーダ石灰ガラス、パイレックスガラス、バイコールガラス、石英ガラス、ケイ素、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
【0662】
いくつかの事例では、プラスチック、または樹枝状ポリマーを含めたポリマーには、ポリ（塩化ビニル）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（酢酸ビニル－無水マレイン酸）、ポリ（ジメチルシロキサン）モノメタクリレート、環状オレフィンポリマー、フルオロカーボンポリマー、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンイミン、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。いくつかの事例では、コポリマーには、ポリ（酢酸ビニル－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（スチレン－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－アクリル酸）、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
【0663】
本明細書に記載されるように調製された心臓細胞の有効性は、処置なしでは左室壁組織の５５％が瘢痕組織となることにつながる心臓凍結損傷の動物モデルにおいて評定することができる（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．６２：６５４，１９９６、Ｓａｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．８：２０７４，１９９９、Ｓａｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｏｒａｃ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｓｕｒｇ．１１８：７１５，１９９９）。処置の成功は、瘢痕の面積を低減し、瘢痕の拡大を制限し、収縮期圧、拡張期圧、及び最大圧によって決定されるような心臓機能を改善し得る。心外傷はまた、左前下行枝の遠位部において塞栓コイルを使用してモデル化することもでき（Ｗａｔａｎａｂｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．７：２３９，１９９８）、処置の有効性を組織学的検査及び心機能によって評価することができる。
【0664】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した心臓細胞等の操作された心臓細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、心臓細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0665】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した心臓細胞等の、操作された心臓細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。ある特定の実施形態では、操作された心臓細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作された心臓細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作された心臓細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）、ＣＤ４６、及びＣＤ５９を過剰発現し、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、ＣＤ５５の発現を増加させるようにさらに改変される。
【0666】
いくつかの実施形態では、提供される操作された心臓細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した心臓細胞等の、本明細書に記載の操作された心臓細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作された心臓細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0667】
いくつかの実施形態では、投与は、対象の心臓組織内への埋め込み、静脈内注射、動脈内注射、冠動脈内注射、筋肉内注射、腹腔内注射、心筋内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、または輸注を含む。
【0668】
いくつかの実施形態では、操作された心臓細胞を投与される患者はまた、心臓薬も投与される。併用療法において使用するのに好適である心臓薬の例示的な例としては、成長因子、成長因子をコードするポリヌクレオチド、血管新生剤、カルシウムチャネル遮断薬、血圧降下剤、有糸分裂阻害剤、変力作用剤、アテローム生成抑制剤、抗凝血薬、ベータ遮断薬、抗不整脈剤、抗炎症剤、血管拡張剤、血栓溶解剤、強心配糖体、抗生物質、抗ウイルス剤、抗真菌剤、原虫を阻害する剤、硝酸塩、アンジオテンシン転換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、アンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニスト、脳性ナトリウム利尿ペプチド（ＢＮＰ）、抗悪性腫瘍剤、ステロイド等が挙げられるが、これらに限定されない。
【0669】
本明細書で提供される方法による療法の効果は、様々な方式で監視され得る。例えば、心電図（ＥＣＧ）またはホルターモニターを利用して、処置の有効性を決定することができる。ＥＣＧは、心臓のリズム及び電気インパルスの尺度であり、療法が対象の心臓における電気伝導を改善もしくは維持、予防、またはその性能低下を緩徐化したかどうかを決定するために非常に有効で非侵襲的な方法である。心臓異常、不整脈障害等を監視するために長時間にわたって装着され得る携帯型ＥＣＧであるホルターモニターの使用もまた、療法の有効性を評定するための信頼のおける方法である。ＥＣＧまたは核研究を使用して、心室機能の改善を決定することができる。
【0670】
Ｕ．神経細胞
本明細書では、レシピエント対象へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に有用である、記載したような操作された多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）から分化させた異なる神経細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる神経細胞種には、脳内皮細胞、ニューロン（例えば、ドーパミン作動性ニューロン）、グリア細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書では、レシピエント対象へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に有用である、記載したような操作された多能性細胞（例えば、ｉＰＳＣ）から分化させた異なる神経細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる神経細胞種には、脳内皮細胞、ニューロン（例えば、ドーパミン作動性ニューロン）、グリア細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
【0671】
いくつかの実施形態では、人工多能性幹細胞の分化は、目的とする特定の所望の系列及び／または細胞種にそれらの分化を標的指向化するように、特定の細胞系列（複数可）を生み出すことが知られている特定の因子に細胞を曝露または接触させることによって実施される。いくつかの実施形態では、最終分化した細胞は、特化した表現型の特性または特徴を示す。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の幹細胞は、神経外胚葉性、ニューロン、神経内分泌、ドーパミン作動性、コリン作動性、セロトニン作動性（５－ＨＴ）、グルタミン酸作動性、ＧＡＢＡ作動性、アドレナリン作動性、ノルアドレナリン作動性、交感神経ニューロン、副交感神経ニューロン、交感神経末梢ニューロン、またはグリア細胞集団に分化させられる。いくつかの事例では、グリア細胞集団には、ミクログリア（例えば、アメボイド型、ラミファイド型、活性化した食作用性、及び活性化した非食作用性）細胞集団、もしくはマクログリア（中枢神経系細胞：星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及び放射状グリア；ならびに末梢神経系細胞：シュワン細胞及び衛星細胞）細胞集団、または前述の細胞のうちのいずれかの前駆体及び前駆細胞が含まれる。
【0672】
異なる種類の神経細胞を生成するためのプロトコルは、ＰＣＴ出願第ＷＯ２０１０１４４６９６号、米国特許第９，０５７，０５３号、同第９，３７６，６６４号、及び同第１０，２３３，４２２号に記載される。低免疫原性多能性細胞を分化させるための方法の追加の説明は、例えば、Ｄｅｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に見出すことができる。神経学的障害または神経学的病態の動物モデルにおける神経細胞移植の効果を決定するための方法は、以下の参考文献に記載される：脊髄損傷については、Ｃｕｒｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１８，２２，９４１－９５０、パーキンソン病については、Ｋｉｋｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８：５９２－５９６、ＡＬＳについては、Ｉｚｒａｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１８，９（１）：１５２及びＩｚｒａｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＩｎｔｅｃｈＯｐｅｎ，ＤＯＩ：１０．５７７２／ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．７２８６２、癲癇については、Ｕｐａｄｈｙａ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２０１９，１１６（１）：２８７－２９６。
【0673】
いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した神経細胞等の、操作された神経細胞の集団は、投与前に培養物中で維持され、場合によっては増殖させられる。ある特定の実施形態では、神経細胞の集団は、投与前に凍結保存される。
【0674】
いくつかの実施形態では、本技術は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した神経細胞等の、操作された神経細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、神経細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。ある特定の実施形態では、操作された神経細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、神経細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作された神経細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、神経細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターをさらに発現する。いくつかの実施形態では、操作された神経細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子のうちの１つまたは複数を破壊するゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、操作された神経細胞は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現をさらに有する。いくつかの実施形態では、操作された神経細胞は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに有する。
【0675】
いくつかの実施形態では、提供される操作された神経細胞は、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、１以上の個々のドナー（例えば、健常なドナー）に由来するｉＰＳＣから分化した神経細胞等の、本明細書に記載の操作された神経細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。その必要のある対象（例えば、レシピエント）または患者に本明細書に記載の操作された神経細胞の集団を投与することによって疾患を処置する方法が提供される。
【0676】
いくつかの実施形態では、神経細胞は、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、他の神経変性疾患または病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、他の神経精神性障害を処置するために対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の神経細胞は、脳卒中を処置または改善するために対象に投与される。いくつかの実施形態では、ニューロン及びグリア細胞が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を有する対象に投与される。
【0677】
１）脳内皮細胞
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、脳ＥＣまたは神経細胞の生成を促進する１つまたは複数の因子を含む培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞（例えば、人工多能性幹細胞）から分化させられる。いくつかの事例では、培地は、以下のうちの１つまたは複数を含む：ＣＨＩＲ－９９０２１、ＶＥＧＦ、塩基性ＦＧＦ（ｂＦＧＦ）、及びＹ－２７６３２。いくつかの実施形態では、培地は、神経細胞の生存及び機能性を促進するように設計されたサプリメントを含む。
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、脳ＥＣまたは神経細胞の生成を促進する１つまたは複数の因子を含む培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞（例えば、人工多能性幹細胞）から分化させられる。いくつかの事例では、培地は、以下のうちの１つまたは複数を含む：ＣＨＩＲ－９９０２１、ＶＥＧＦ、塩基性ＦＧＦ（ｂＦＧＦ）、及びＹ－２７６３２。いくつかの実施形態では、培地は、神経細胞の生存及び機能性を促進するように設計されたサプリメントを含む。
【0678】
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、非馴化または馴化培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞から分化させられる。いくつかの事例では、培地は、分化を促進または容易にする因子または低分子を含む。いくつかの実施形態では、培地は、ＶＥＧＲ、ＦＧＦ、ＳＤＦ－１、ＣＨＩＲ－９９０２１、Ｙ－２７６３２、ＳＢ４３１５４２、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の因子または低分子を含む。いくつかの実施形態では、分化用の表面は、１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質を含む。表面を１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質でコーティングすることができる。細胞は、懸濁液中で分化させ、次いで細胞生存を容易にするためにマトリゲル、ゼラチン、またはフィブリン／トロンビン形態等のゲルマトリックス形態に入れることができる。場合によっては、分化が、一般に細胞特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。
【0679】
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＶＥカドヘリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される因子を発現または分泌する。ある特定の実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ４５、ＣＤ１１７（ｃ－ｋｉｔ）、ＣＤ１４６、ＣＸＣＲ４、ＶＥＧＦ、ＳＤＦ－１、ＰＤＧＦ、ＧＬＵＴ－１、ＰＥＣＡＭ－１、ｅＮＯＳ、クローディン－５、オクルディン、ＺＯ－１、ｐ－糖タンパク質、フォン・ヴィレブランド因子、ＶＥ－カドヘリン、低密度リポタンパク質受容体ＬＤＬＲ、低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質１ ＬＲＰ１、インスリン受容体ＩＮＳＲ、レプチン受容体ＬＥＰＲ、基底細胞接着分子ＢＣＡＭ、トランスフェリン受容体ＴＦＲＣ、終末糖化産物特異的受容体ＡＧＥＲ、レチノール取り込み受容体ＳＴＲＡ６、大型中性アミノ酸輸送体小サブユニット１ ＳＬＣ７Ａ５、興奮性アミノ酸輸送体３ ＳＬＣ１Ａ１、ナトリウム共役中性アミノ酸輸送体５ ＳＬＣ３８Ａ５、溶質キャリアファミリー１６メンバー１ ＳＬＣ１６Ａ１、ＡＴＰ依存性トランスロカーゼＡＢＣＢ１、ＡＴＰ－ＡＢＣＣ２結合カセット輸送体ＡＢＣＧ２、多剤耐性関連タンパク質１ ＡＢＣＣ１、小管多重特異性有機アニオン輸送体１ ＡＢＣＣ２、多剤耐性関連タンパク質４ ＡＢＣＣ４、及び多剤耐性関連タンパク質５ ＡＢＣＣ５からなる群から選択される因子のうちの１つまたは複数を発現または分泌する。
【0680】
いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、タイトジャンクションの高発現、高い電気抵抗、低窓性、小さな血管周囲腔、インスリン及びトランスフェリン受容体の高い分布率、ならびに多数のミトコンドリアからなる群から選択される特徴のうちの１つまたは複数を特徴とする。
【0681】
いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、正の選択戦略を使用して選択または精製される。いくつかの事例では、脳ＥＣは、限定されないがＣＤ３１等の内皮細胞マーカーに照らし合わせて選別される。換言すれば、ＣＤ３１陽性脳ＥＣが単離される。いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、負の選択戦略を使用して選択または精製される。いくつかの実施形態では、ＴＲＡ－１－６０及びＳＳＥＡ－１を含むがこれらに限定されない多能性マーカーを発現する細胞について選択することによって、未分化または多能性幹細胞が除去される。
【0682】
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞が、脳出血の症状または影響を緩和するために投与される。いくつかの実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンが、パーキンソン病を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、ノルアドレナリン作動性ニューロン、ＧＡＢＡ作動性介在ニューロンが、癲癇発作を経験した患者に投与される。いくつかの実施形態では、運動ニューロン、介在ニューロン、シュワン細胞、乏突起膠細胞、及びミクログリアが、脊髄損傷を経験した患者に投与される。
【0683】
２）ドーパミン作動性ニューロン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＨＩＰ細胞は、ニューロン幹細胞、ニューロン前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンを含めたドーパミン作動性ニューロンに分化させられる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＨＩＰ細胞は、ニューロン幹細胞、ニューロン前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンを含めたドーパミン作動性ニューロンに分化させられる。
【0684】
場合によっては、「ドーパミン作動性ニューロン」という用語は、ドーパミン合成のための律速酵素であるチロシンヒドロキシラーゼ（ＴＨ）を発現するニューロン細胞を含む。いくつかの実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンは、神経伝達物質ドーパミンを分泌し、ドーパミンヒドロキシラーゼをほとんどまたはまったく発現しない。ドーパミン作動性（ＤＡ）ニューロンは、以下のマーカーのうちの１つまたは複数を発現することができる：ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、１－芳香族アミノ酸脱炭酸酵素、小胞モノアミン輸送体２、ドーパミン輸送体、Ｎｕｒｒ－ｌ、及びドーパミン－２受容体（Ｄ２受容体）。ある特定の実例では、「神経幹細胞」という用語は、神経細胞経路に沿って部分的に分化させられており、例えば、ネスチンを含めた１つまたは複数の神経マーカーを発現する、多能性細胞の集団を含む。神経幹細胞は、ニューロンまたはグリア細胞（例えば、星状細胞及び乏突起膠細胞）に分化させられてもよい。「神経前駆細胞」という用語は、ＦＯＸＡ２及び低レベルのｂ－チューブリンを発現するが、チロシンヒドロキシラーゼは発現しない培養細胞を含む。かかる神経前駆細胞は、本明細書に記載の因子等の適切な因子の培養時に、様々なニューロンサブタイプ、特に様々なドーパミン作動性ニューロンサブタイプに分化する能力を有する。
【0685】
いくつかの実施形態では、ＨＩＰ細胞に由来するＤＡニューロンは、神経変性疾患または病態を処置するために患者、例えば、ヒト患者に投与される。場合によっては、神経変性疾患または病態は、パーキンソン病、ハンチントン病、及び多発性硬化症からなる群から選択される。他の実施形態では、ＤＡニューロンは、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、及びうつ病等の神経精神性障害の１つまたは複数の症状を処置または改善するために使用される。なおも他の実施形態では、ＤＡニューロンは、障害のあるＤＡニューロンを有する患者を処置するために使用される。
【0686】
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロン、その前駆体、及び前駆細胞は、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で幹細胞を培養することによって多能性幹細胞から分化させられる。ＤＡニューロンの分化、成長、増殖、維持、及び／または成熟を促進する有用な因子及び添加剤には、Ｗｎｔｌ、ＦＧＦ２、ＦＧＦ８、ＦＧＦ８ａ、ソニックヘッジホッグ（ＳＨＨ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、トランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ－ａ）、ＴＧＦ－ｂ、インターロイキン１ベータ、グリア細胞株由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ＧＳＫ－３阻害剤（例えば、ＣＨＩＲ－９９０２１）、ＴＧＦ－ｂ阻害剤（例えば、ＳＢ－４３１５４２）、Ｂ－２７サプリメント、ドルソモルフィン、プルモルファミン、ノギン、レチノイン酸、ｃＡＭＰ、アスコルビン酸、ニュールツリン、ノックアウト血清置換、Ｎ－アセチルシステイン、ｃ－ｋｉｔリガンド、それらの改変形態、それらの模倣体、それらの類似体、及びそれらのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、ＷＮＴ経路、ＮＯＴＣＨ経路、ＳＨＨ経路、ＢＭＰ経路、ＦＧＦ経路等を活性化または阻害する１つまたは複数の因子の存在下で分化させられる。分化プロトコル及びその詳細な説明は、例えば、ＵＳ９，９６８，６３７、ＵＳ７，６７４，６２０、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８，５０－５６、Ｂｊｏｒｋｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００２，９９（４），２３４４－２３４９、Ｇｒｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１６，５（９）：１１３３－４４、ならびにＣｈｏ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ，２００８，１０５：３３９２－３３９７で提供され、実施例、方法、図、及び結果の詳細な説明を含めたそれらの全体的な開示は、参照により本明細書に援用される。
【0687】
いくつかの実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの集団は、非ニューロン細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
【0688】
ＤＡの分化を特性評価及び監視するとともに、ＤＡの表現型を評定するために、任意の数の分子マーカー及び遺伝子マーカーの発現を評価することができる。例えば、遺伝子マーカーの存在は、当業者に既知の種々の方法によって決定することができる。分子マーカーの発現は、限定されないが、ｑＰＣＲベースのアッセイ、イムノアッセイ、免疫細胞化学アッセイ、免疫ブロットアッセイ等といった定量法によって決定することができる。ＤＡニューロンに対する例となるマーカーには、ＴＨ、ｂ－チューブリン、ペアードボックスタンパク質（Ｐａｘ６）、インスリン遺伝子エンハンサータンパク質（Ｉｓｌ１）、ネスチン、ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）、Ｇタンパク質活性化内向き整流カリウムチャネル２（ＧＩＲＫ２）、微小管関連タンパク質２（ＭＡＰ－２）、ＮＵＲＲ１、ドーパミン輸送体（ＤＡＴ）、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２（ＦＯＸＡ２）、ＦＯＸ３、ダブルコルチン、及びＬＩＭホメオボックス転写因子１－ベータ（ＬＭＸ１Ｂ）等が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、コリン、ＦＯＸＡ２、ＴｕＪ１、ＮＵＲＲ１、及びそれらの任意の組み合わせから選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。
【0689】
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、細胞の電気生理学的活性に従って評定される。細胞の電気生理学は、当業者に既知のアッセイを使用することによって評価することができる。例えば、全細胞及び穿孔パッチクランプ法、細胞の電気生理学的活性を検出するためのアッセイ、細胞の活動電位の規模及び持続期間を測定するためのアッセイ、ならびにＤＡ細胞のドーパミン産生を検出するための機能アッセイ。
【0690】
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンの分化は、自発性律動的活動電位、及び脱分極電流の注入時のスパイク周波数適応を伴う高周波活動電位を特徴とする。他の実施形態では、ＤＡの分化は、ドーパミンの産生を特徴とする。産生されるドーパミンのレベルは、それが最大振幅の半分に達した時点での活動電位の幅（スパイク半値幅）を測定することによって算出される。
【0691】
いくつかの実施形態では、分化したＤＡニューロンは、患者において静脈内にまたは特定の部位での注射によってのいずれかで移植される。いくつかの実施形態では、分化したＤＡ細胞は、パーキンソン病をもたらした変性を有するＤＡニューロンを置換するために、脳の黒質（特に緻密部内にまたはそれに隣接して）、腹側被蓋野（ＶＴＡ）、尾状核、被殻、側坐核、視床下核、またはそれらの任意の組み合わせに移植される。分化したＤＡ細胞は、細胞懸濁液として標的領域に注射することができる。代替として、分化したＤＡ細胞は、支持マトリックスまたは足場に（かかる送達デバイス内に収容された場合）埋め込むことができる。いくつかの実施形態では、足場は、生分解性である。他の実施形態では、足場は、生分解性ではない。足場は、天然または合成（人工）材料を含み得る。
【0692】
ＤＡニューロンの送達は、限定されないがリポソーム、微粒子、またはマイクロカプセル等の好適なビヒクルを使用することによって達成することができる。他の実施形態では、分化したＤＡニューロンは、等張性賦形剤を含む薬学的組成物中で投与される。薬学的組成物は、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。いくつかの実施形態では、ＨＩＰ細胞から分化させたＤＡニューロンは、薬学的組成物の形態で供給される。細胞組成物の治療用製剤の一般原則は、Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，Ｇ．Ｍｏｒｓｔｙｎ ＆ Ｗ．Ｓｈｅｒｉｄａｎ ｅｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及びＨｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｅ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ ＆ Ｐ．Ｌａｗ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００に見出され、これらの開示は参照により本明細書に援用される。
【0693】
幹細胞に由来するニューロン有用な説明及びその作製方法は、例えば、Ｋｉｒｋｅｂｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ，２０１２，１：７０３－７１４、Ｋｒｉｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８０：５４７－５５１、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１８，１１（１）：１７１－１８２、Ｌｏｒｅｎｚ Ｓｔｕｄｅｒ，“Ｃｈａｐｔｅｒ ８－Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｂｒｉｎｇｉｎｇ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｄｏｐａｍｉｎｅ Ｎｅｕｒｏｎｓ ｔｏ ｔｈｅ ｃｌｉｎｉｃ－Ｔｈｅ ＮＹＳＴＥＭ Ｔｒｉａｌ”ｉｎ Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１７，ｖｏｌｕｍｅ ２３０，ｐｇ．１９１－２１２、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ，２０１３，８：１６７０－１６７９、Ｕｐａｄｈｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，３８，２Ｄ．７．１－２Ｄ．７．４７、米国公開出願第２０１６０１１５４４８号、ならびにＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ８，２７３，５７０、ＵＳ９，４８７，７５２、及びＵＳ１０，０９３，８９７に見出すことができ、これらの内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
【0694】
ＤＡニューロンに加えて、他のニューロン細胞、その前駆体、及び前駆細胞が、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で細胞を培養することによって、本明細書に概説されるＨＩＰ細胞から分化させられ得る。因子及び添加剤の非限定的な例としては、ＧＤＮＦ、ＢＤＮＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｂ２７、塩基性ＦＧＦ、塩基性ＥＧＦ、ＮＧＦ、ＣＮＴＦ、ＳＭＡＤ阻害剤、Ｗｎｔアンタゴニスト、ＳＨＨシグナル伝達活性化剤、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ阻害剤は、ＳＢ４３１５４２、ＬＤＮ－１９３１８９、ノギンＰＤ１６９３１６、ＳＢ２０３５８０、ＬＹ３６４９４７、Ａ７７－０１、Ａ－８３－０１、ＢＭＰ４、ＧＷ７８８３８８、ＧＷ６６０４、ＳＢ－５０５１２４、レルデリムマブ、メテリムマブ、ＧＣ－Ｉ００８、ＡＰ－１２００９、ＡＰ－１１０Ｉ４、ＬＹ５５０４１０、ＬＹ５８０２７６、ＬＹ３６４９４７、ＬＹ２１０９７６１、ＳＢ－５０５１２４、Ｅ－６１６４５２（ＲｅｐＳｏｘ ＡＬＫ阻害剤）、ＳＤ－２０８、ＳＭＩ６、ＮＰＣ－３０３４５、Ｋ２６８９４、ＳＢ－２０３５８０、ＳＤ－０９３、アクチビン－Ｍ１０８Ａ、Ｐ１４４、可溶性ＴＢＲ２－Ｆｃ、ＤＭＨ－１、ドルソモルフィン二塩酸塩、及びそれらの誘導体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｗｎｔアンタゴニストは、ＸＡＶ９３９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ－２、ＤＫＫ－３、ＤＫＫ－４、ＳＦＲＰ－１、ＳＦＲＰ－２、ＳＦＲＰ－３、ＳＦＲＰ－４、ＳＦＲＰ－５、ＷＩＦ－１、Ｓｏｇｇｙ、ＩＷＰ－２、ＩＷＲ１、ＩＣＧ－００１、ＫＹ０２１１、Ｗｎｔ－０５９、ＬＧＫ９７４、ＩＷＰ－Ｌ６、及びその誘導体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子は、平滑化アゴニスト（ＳＡＧ）、ＳＡＧ類似体、ＳＨＨ、Ｃ２５－ＳＨＨ、Ｃ２４－ＳＨＨ、プルモルファミン、Ｈｇ－Ａｇ、及び／またはそれらの誘導体からなる群から選択される。
【0695】
いくつかの実施形態では、ニューロンは、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＮＭＤＡ型サブユニット１ ＧＲＩＮ１、グルタミン酸脱炭酸酵素１ ＧＡＤ１、ガンマ－アミノ酪酸ＧＡＢＡ、チロシンヒドロキシラーゼＴＨ、ＬＩＭホメオボックス転写因子１－アルファＬＭＸ１Ａ、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ１ ＦＯＸＯ１、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２ ＦＯＸＡ２、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ４ ＦＯＸＯ４、ＦＯＸＧ１、２’，３’－環状－ヌクレオチド３’－ホスホジエステラーゼＣＮＰ、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、チューブリンベータ鎖３ ＴＵＢ３、チューブリンベータ鎖３ ＮＥＵＮ、溶質キャリアファミリー１メンバー６ ＳＬＣ１Ａ６、ＳＳＴ、ＰＶ、カルビンジン、ＲＡＸ、ＬＨＸ６、ＬＨＸ８、ＤＬＸ１、ＤＬＸ２、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６、ＳＯＸ６、ＭＡＦＢ、ＮＰＡＳ１、ＡＳＣＬ１、ＳＩＸ６、ＯＬＩＧ２、ＮＫＸ２．１、ＮＫＸ２．２、ＮＫＸ６．２、ＶＧＬＵＴ１、ＭＡＰ２、ＣＴＩＰ２、ＳＡＴＢ２、ＴＢＲ１、ＤＬＸ２、ＡＳＣＬ１、ＣｈＡＴ、ＮＧＦＩ－Ｂ、ｃ－ｆｏｓ、ＣＲＦ、ＲＡＸ、ＰＯＭＣ、ヒポクレチン、ＮＡＤＰＨ、ＮＧＦ、Ａｃｈ、ＶＡＣｈＴ、ＰＡＸ６、ＥＭＸ２ｐ７５、ＣＯＲＩＮ、ＴＵＪ１、ＮＵＲＲ１、及び／またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。
【0696】
３）グリア細胞
いくつかの実施形態では、記載される神経細胞には、限定されないが、多能性幹細胞を治療上有効なグリア細胞等に分化させることによって生産されるミクログリア、星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及びシュワン細胞、そのグリア前駆体、及びグリア前駆細胞等のグリア細胞が含まれる。低免疫原性多能性幹細胞の分化は、低免疫原性グリア細胞等の低免疫原性神経細胞を生産する。
いくつかの実施形態では、記載される神経細胞には、限定されないが、多能性幹細胞を治療上有効なグリア細胞等に分化させることによって生産されるミクログリア、星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及びシュワン細胞、そのグリア前駆体、及びグリア前駆細胞等のグリア細胞が含まれる。低免疫原性多能性幹細胞の分化は、低免疫原性グリア細胞等の低免疫原性神経細胞を生産する。
【0697】
いくつかの実施形態では、グリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞は、レチノイン酸、ＩＬ－３４、Ｍ－ＣＳＦ、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ－ＣＳＦ、ＣＣＬ２、ＴＧＦベータ阻害剤、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子、ＦＧＦ、血小板由来増殖因子ＰＤＧＦ、ＰＤＧＦＲ－アルファ、ＨＧＦ、ＩＧＦ１、ノギン、ＳＨＨ、ドルソモルフィン、ノギン、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の作用物質を含む培地中で多能性幹細胞を培養することによって生成される。ある特定の事例では、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤は、ＬＤＮ１９３１８９、ＳＢ４３１５４２、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、グリア細胞は、ＮＫＸ２．２、ＰＡＸ６、ＳＯＸ１０、脳由来神経栄養因子ＢＤＮＦ、ニューロトロフィン－３ ＮＴ－３、ＮＴ－４、ＥＧＦ、毛様体神経栄養因子ＣＮＴＦ、神経増殖因子ＮＧＦ、ＦＧＦ８、ＥＧＦＲ、ＯＬＩＧ１、ＯＬＩＧ２、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、ＧＡＰ－４３、ＬＮＧＦＲ、ネスチン、ＧＦＡＰ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＸ３ＣＲ１、Ｐ２ＲＹ１２、ＩＢＡ－１、ＴＭＥＭ１１９、ＣＤ４５、及びそれらの任意の組み合わせを発現する。例となる分化培地は、当業者によって認識されるような、グリア細胞種の生成を容易または可能にし得る任意の特定の因子及び／または低分子を含むことができる。
【0698】
インビトロ分化プロトコルに従って生成された細胞がグリア細胞の性質及び特徴を示すかどうかを決定するために、細胞を動物モデルに移植することができる。いくつかの実施形態では、グリア細胞は、免疫無防備状態のマウス、例えば、免疫無防備状態のシバラーマウスに注射される。グリア細胞は、マウスの脳に投与され、予め選択された一定時間後に、生着した細胞が評価される。いくつかの事例では、脳内の生着した細胞は、免疫染色及びイメージング法を使用することによって可視化される。いくつかの実施形態では、グリア細胞が既知のグリア細胞バイオマーカーを発現することが決定される。
【0699】
幹細胞からグリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞を生成するための有用な方法は、例えば、ＵＳ７，５７９，１８８、ＵＳ７，５９５，１９４、ＵＳ８，２６３，４０２、ＵＳ８，２０６，６９９、ＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ９，１９３，９５１、ＵＳ９，８６２，９２５、ＵＳ８，２２７，２４７、ＵＳ９，７０９，５５３、ＵＳ２０１８／０１８７１４８、ＵＳ２０１７／０１９８２５５、ＵＳ２０１７／０１８３６２７、ＵＳ２０１７／０１８２０９７、ＵＳ２０１７／２５３８５６、ＵＳ２０１８／０２３６００４、ＷＯ２０１７／１７２９７６、及びＷＯ２０１８／０９３６８１に見出される。多能性幹細胞を分化させるための方法は、例えば、Ｋｉｋｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８，５９２－５９６、Ｋｒｉｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，５４７－５５１、Ｄｏｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２，３３７－５０、Ｐｅｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２００４，１０１，１２５４３－１２５４８、Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，２７，２７５－２８０、及びＫｉｒｋｅｂｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１２，１，７０３－７１４に記載される。
【0700】
脊髄損傷に対する神経細胞移植の有効性は、例えば、ＭｃＤｏｎａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，１９９９，５：１４１０及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８：５０によって記載されるような、急性脊髄損傷のラットモデルにおいて評定することができる。例えば、移植の成功は、２～５週間後の病変における移植由来の細胞の存在、星状細胞、乏突起膠細胞、及び／またはニューロンへの分化、病変端部から脊髄に沿った移動、ならびに歩行、協調、及び体重負荷の改善を示し得る。具体的な動物モデルは、神経細胞種及び処置される神経学的疾患または神経学的病態に基づいて選択される。
【0701】
神経細胞は、それらが意図される組織部位に生着し、機能的に欠陥がある領域を再構成または再生することを可能にする様態で投与することができる。例えば、神経細胞は、処置されている疾患に応じて、中枢神経系の実質部位または髄腔内部位に直接移植することができる。いくつかの実施形態では、脳内皮細胞、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、上衣細胞、星状細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞、及びシュワン細胞を含めた、本明細書に記載の神経細胞のうちのいずれも、静脈内、脊髄内、脳室内、髄腔内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、筋肉内、腹部内、眼内、眼球後、及びそれらの組み合わせを介して患者に注射される。いくつかの実施形態では、該細胞は、ボーラス注射または持続注入の形態で注射または移植（ｄｅｐｏｓｉｔｅｄ）される。ある特定の実施形態では、神経細胞は、脳内に、脳に適切（ａｐｐｏｓｉｔｅ）に、及びそれらの組み合わせへの注射によって投与される。注射は、例えば、対象の頭蓋に作製された穿頭孔を通して行うことができる。脳への神経細胞の投与に好適な部位には、脳室、側脳室、大槽、被殻、基底核、海馬皮質、線条体、脳の尾状領域、及びそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
【0702】
本技術における使用に向けたドーパミン作動性ニューロンを含めた神経細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、同文献の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0703】
Ｖ．造血幹細胞（ＨＳＣ）
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、造血幹細胞である。場合によっては、造血幹細胞は、白血球細胞、赤血球細胞、及び血小板を含めた全ての種類の血液細胞に発達することができる未成熟細胞である。造血幹細胞（ＨＳＣ）は、末梢血及び骨髄に見出される。場合によっては、造血幹細胞は、末梢血または骨髄から単離される。
いくつかの実施形態では、操作された細胞は、造血幹細胞である。場合によっては、造血幹細胞は、白血球細胞、赤血球細胞、及び血小板を含めた全ての種類の血液細胞に発達することができる未成熟細胞である。造血幹細胞（ＨＳＣ）は、末梢血及び骨髄に見出される。場合によっては、造血幹細胞は、末梢血または骨髄から単離される。
【0704】
いくつかの実施形態では、操作されたＨＳＣまたは操作されたＨＳＣを含む集団は、造血疾患または障害を処置するために投与される。いくつかの実施形態では、造血疾患または障害は、骨髄異形成、再生不良性貧血、ファンコニ貧血、発作性夜間ヘモグロビン尿症、鎌状赤血球症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シャックマン・ダイアモンド障害、コストマン症候群、慢性肉芽腫性疾患、副腎白質ジストロフィー、白血球接着不全症、血友病、サラセミア、ベータサラセミア、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性（骨髄性）白血病（ＡＭＬ）、成人リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ－ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、若年性慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、及び若年性骨髄単球性白血病（ＪＭＭＬ）等の白血病、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、慢性肉芽腫性疾患、チェディアック・東症候群、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、またはＡＩＤＳである。
【0705】
いくつかの実施形態では、操作されたＨＳＣまたは操作されたＨＳＣを含む集団は、白血病もしくは骨髄腫に関連する細胞欠陥を処置するため、または白血病もしくは骨髄腫を処置するために投与される。
【0706】
いくつかの実施形態では、操作されたＨＳＣまたは操作されたＨＳＣを含む集団は、自己免疫疾患もしくは病態に関連する細胞欠陥を処置するため、または自己免疫疾患もしくは病態を処置するために投与される。いくつかの実施形態では、自己免疫疾患または病態は、急性散在性脳脊髄炎、急性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、抗合成酵素症候群、アトピー性アレルギー、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性心筋症、自己免疫性腸疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ球増殖性症候群、自己免疫性末梢性ニューロパチー、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、バロー病、バロー同心円硬化症、ベーチェット症候群、バージャー病、ビッカースタッフ型脳炎、ブラウ症候群、水疱性類天疱瘡、がん、キャッスルマン病、セリアック病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、慢性再発性多巣性骨髄炎、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、寒冷凝集素症、補体第２成分欠損症、頭蓋動脈炎、ＣＲＥＳＴ症候群、クローン病、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、デゴス病、ダーカム病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、１型真性糖尿病、びまん皮膚硬化型全身性強皮症、ドレスラー症候群、円板状エリテマトーデス、湿疹、付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、好酸球性胃腸炎、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、本態性混合型クリオグロブリン血症、エバンス症候群、進行性骨化性線維異形成症、線維化性肺胞炎、胃炎、胃腸類天疱瘡、巨細胞性動脈炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、橋本脳症、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性炎症性脱髄性疾患、特発性肺線維症、特発性血小板減少性紫斑病、ＩｇＡ腎症、封入体筋炎、炎症性脱髄性多発ニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性特発性関節炎、若年性関節リウマチ、川崎病、ランバート・イートン筋無力症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ルー・ゲーリッグ病、ルポイド肝炎、エリテマトーデス、マジード症候群、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、ミラー・フィッシャー症候群、混合性結合組織病、斑状強皮症、ムッカ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、眼型瘢痕性類天疱瘡、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、オルド甲状腺炎、回帰性リウマチ、腫瘍随伴性小脳変性症、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリーロンバーグ症候群、パーソネイジ・ターナー症候群、扁平部炎、天疱瘡、尋常性天疱瘡、悪性貧血、静脈周囲性脳脊髄炎、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発性動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、進行性炎症ニューロパチー、乾癬、乾癬性関節炎、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、ラスムッセン脳炎、レイノー現象、再発性多発軟骨炎、ライター症候群、レストレスレッグス症候群、後腹膜線維症、関節リウマチ、リウマチ熱、サルコイドーシス、シュミット症候群、シュニッツラー症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、脊椎関節症、スティル病、スティッフパーソン症候群、亜急性細菌性心内膜炎、スザック症候群、スイート症候群、シデナム舞踏病、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎、トロサ・ハント症候群、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、分類不能結合組織病、分類不能脊椎関節症、血管炎、白斑、またはウェゲナー肉芽腫症である。
【0707】
８．ＡＢＯ型及びＲｈ抗原の発現
血液産物は、人の身体におけるあらゆる赤血球細胞の表面上の抗原の存在または不在に従って異なる群に分類され得る（ＡＢＯ式血液型）。Ａ、Ｂ、ＡＢ、及びＡ１抗原は、赤血球の糖タンパク質上のオリゴ糖の配列によって決定される。血液型抗原群における遺伝子は、抗原タンパク質を作製するための指示を提供する。血液型抗原タンパク質は、赤血球細胞の細胞膜内で様々な機能を果たす。これらのタンパク質の機能には、他のタンパク質及び分子を細胞内に及び細胞から輸送すること、細胞構造を維持すること、他の細胞及び分子に結合すること、ならびに化学反応に関与することが含まれる。
血液産物は、人の身体におけるあらゆる赤血球細胞の表面上の抗原の存在または不在に従って異なる群に分類され得る（ＡＢＯ式血液型）。Ａ、Ｂ、ＡＢ、及びＡ１抗原は、赤血球の糖タンパク質上のオリゴ糖の配列によって決定される。血液型抗原群における遺伝子は、抗原タンパク質を作製するための指示を提供する。血液型抗原タンパク質は、赤血球細胞の細胞膜内で様々な機能を果たす。これらのタンパク質の機能には、他のタンパク質及び分子を細胞内に及び細胞から輸送すること、細胞構造を維持すること、他の細胞及び分子に結合すること、ならびに化学反応に関与することが含まれる。
【0708】
アカゲザル因子（Ｒｈ）血液型は、ＡＢＯ式血液型システムに次いで２番目に重要な血液型システムである。Ｒｈ血液型システムは、４９個の定義された血液型抗原からなり、この中でもＤ、Ｃ、ｃ、Ｅ、及びｅの５個の抗原が最も重要である。個体のＲｈ（Ｄ）ステータスは通常、ＡＢＯ型の後にプラスまたはマイナスの接尾辞を付けて記載される。「Ｒｈ因子」、「Ｒｈ陽性」、及び「Ｒｈ陰性」という用語は、Ｒｈ（Ｄ）抗原にのみ言及する。Ｒｈ抗原に対する抗体は、溶血性輸血反応に関与し得、Ｒｈ（Ｄ）及びＲｈ（ｃ）抗原に対する抗体は、胎児及び新生児の溶血性疾患の顕著なリスクを付与する。ＡＢＯ抗体は、全てのヒトにおいて若齢期に発達する。しかしながら、Ｒｈ－のヒトにおけるアカゲザル抗体は、典型的には、その人が感作されるときにのみ発達する。これは、例えば、Ｒｈ＋の乳児を出産することによって、またはＲｈ＋血液の輸血を受けることによって起こり得る。
【0709】
Ａ、Ｂ、Ｈ、及びＲｈ抗原は、血液、組織、及び細胞移植に向けたドナーとレシピエントとの間の組織適合性の主要な決定因子である。ＡＢＯ遺伝子によってコードされるグリコシルトランスフェラーゼ活性は、細胞の表面上に提示されるＡ、Ｂ、ＡＢ、Ｏ組織・血液型抗原の生成を担う。Ａ型の個体は、ａ（１，３）Ｎ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ活性の生成に対して特異性をもつＡＢＯ遺伝子産物をコードし、Ｂ型の個体は、ａ（１，３）ガラクトシルトランスフェラーゼ活性の生成に対して特異性をもつＡＢＯ遺伝子産物をコードする。Ｏ型の個体は、機能的なガラクトシルトランスフェラーゼを全く生成せず、故にいずれの修飾も生成しない。ＡＢ型の個体は、各々のコピーを１つずつ保有し、両方の種類の修飾を生成する。ＡＢＯ遺伝子の酵素産物は、基質としてのＨ抗原に作用するため、ＡＢＯ活性を欠いているＯ型の個体は、未修飾のＨ抗原を提示し、故にＯ（Ｈ）型と称される場合が多い。
【0710】
Ｈ抗原自体は、ＦＵＴ１遺伝子によってコードされるａ（１，２）フコシルトランフエェラーゼ酵素の産物である。非常にまれな個体においては、ＦＵＴ１遺伝子の破壊の結果としてＨ抗原の完全な喪失が存在し、ＡＢＯがＡまたはＢ組織・血液型を生成するための基質が何ら存在しなくなる。これらの個体は、ボンベイ組織・血液型と言われる。Ｒｈ抗原は、ＲＨＤ遺伝子によってコードされ、Ｒｈ陰性である個体は、ＲＨＤ遺伝子の欠失または破壊をもつ。
【0711】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞または細胞の集団は、ＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ因子陰性である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ因子陰性細胞は、ＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ因子陰性ドナーに由来する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ因子陰性細胞は、ＡＢＯ Ａ型、ＡＢＯ Ｂ型、またはＲｈ因子抗原の提示を欠くように操作される。いくつかの実施形態では、ＡＢＯ Ｏ型及び／またはＲｈ陰性細胞は、ＡＢＯ遺伝子の部分的もしくは完全な不活性化を含み（例えば、ＡＢＯ遺伝子の有害な変異によって、またはＡＢＯ遺伝子のエクソン６の２５８ｄｅｌＧ変異の挿入によって）、及び／またはＲＨＤ遺伝子の発現が、ＲＨＤ遺伝子の有害な変異によって部分的にもしくは完全に不活性化される。いくつかの実施形態では、ＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ陰性細胞は、ＦＵＴ１遺伝子の部分的もしくは完全な不活性化を含み、及び／またはＲＨＤ遺伝子の発現が、ＲＨＤ遺伝子の有害な変異によって部分的にもしくは完全に不活性化される。いくつかの実施形態では、操作されたＡＢＯ Ｏ型及び／またはＲｈ因子陰性細胞は、例えば、Ａ型細胞からＯ型細胞に、Ｂ型細胞からＯ型細胞に、ＡＢ型細胞からＯ型細胞に、Ａ型＋細胞からＯ型－細胞に、Ａ型－細胞からＯ型－細胞に、ＡＢ型＋細胞からＯ型－細胞に、ＡＢ型－細胞からＯ型－細胞に、Ｂ型＋細胞からＯ型－細胞に、及びＢ型－細胞からＯ型－細胞に改変するための遺伝子編集を使用して生成される。例となる操作されたＡＢＯ Ｏ型Ｒｈ因子陰性細胞及びその生成方法は、ＷＯ２０２１／１４６２２２に記載され、同文献の内容は参照によりその全体が本明細書に援用される。
【0712】
いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む本明細書で提供される細胞または細胞の集団は、ＡＢＯ Ａ型、ＡＢＯ Ｂ型、もしくはＡＢＯ ＡＢ型であり、及び／またはＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む本明細書で提供される細胞または細胞の集団は、Ｒｈ因子陽性である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む細胞は、ＣＤＣ反応を発動することなくＡＢＯ及び／またはＲｈ因子不適合のレシピエント患者に投与することができる。
【0713】
９．性染色体
ある特定の態様では、性染色体を有する細胞は、ある特定の抗原（例えば、Ｙ抗原）を発現し得、レシピエントは、かかる抗原に対して既存の感受性を有し得る。例えば、いくつかの実施形態では、男児胎児を妊娠したことがある女性は、男性ドナーからの細胞を拒絶する場合がある。故に、いくつかの実施形態では、ドナーは、男性であり、レシピエントは、男性である。いくつかの実施形態では、ドナーは、女性であり、レシピエントは、女性である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、プロトカドヘリンＹ及び／またはニューロリギンＹ等の抗原の発現を低減する改変を含む。いくつかの実施形態では、プロトカドヘリンＹをコードする遺伝子（ＰＣＤＨ１１Ｙ；Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ ＥＮＳＧ００００００９９７１５）は、操作された細胞において低減または排除、例えば、ノックアウトされる。いくつかの実施形態では、ニューロリギンＹをコードする遺伝子（ＮＬＧＮ４Ｙ；Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ ＥＮＳＧ０００００１６５２４６）は、操作された細胞において低減または排除、例えば、ノックアウトされる。本明細書に記載されるいずれか等の、遺伝子の発現を低減または排除するための任意の方法を使用することができる。いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙは、例えばＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集法によって、操作された細胞において低減または排除される。
ある特定の態様では、性染色体を有する細胞は、ある特定の抗原（例えば、Ｙ抗原）を発現し得、レシピエントは、かかる抗原に対して既存の感受性を有し得る。例えば、いくつかの実施形態では、男児胎児を妊娠したことがある女性は、男性ドナーからの細胞を拒絶する場合がある。故に、いくつかの実施形態では、ドナーは、男性であり、レシピエントは、男性である。いくつかの実施形態では、ドナーは、女性であり、レシピエントは、女性である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、プロトカドヘリンＹ及び／またはニューロリギンＹ等の抗原の発現を低減する改変を含む。いくつかの実施形態では、プロトカドヘリンＹをコードする遺伝子（ＰＣＤＨ１１Ｙ；Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ ＥＮＳＧ００００００９９７１５）は、操作された細胞において低減または排除、例えば、ノックアウトされる。いくつかの実施形態では、ニューロリギンＹをコードする遺伝子（ＮＬＧＮ４Ｙ；Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ ＥＮＳＧ０００００１６５２４６）は、操作された細胞において低減または排除、例えば、ノックアウトされる。本明細書に記載されるいずれか等の、遺伝子の発現を低減または排除するための任意の方法を使用することができる。いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙは、例えばＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用した、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集法によって、操作された細胞において低減または排除される。
【0714】
Ｄ．操作された細胞の例となる実施形態
いくつかの実施形態では、該細胞（例えば、移植中に血液と接触する操作されたベータ島細胞、肝細胞、または他の細胞種）及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現を示し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を有する。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４６及び外因性ＣＤ５９を発現する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ５５の発現をさらに含む。
いくつかの実施形態では、該細胞（例えば、移植中に血液と接触する操作されたベータ島細胞、肝細胞、または他の細胞種）及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現を示し、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を有する。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４６及び外因性ＣＤ５９を発現する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ５５の発現をさらに含む。
【0715】
いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍの低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡの低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＮＬＲＣ５の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。本明細書に記載の細胞のうちのいずれも、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含むがこれらに限定されない群から選択される１つまたは複数の因子の増加した発現もまた示す可能性がある。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。
【0716】
いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ複合体の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍの低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡの低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＮＬＲＣ５の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ４７の増加した発現ならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびにＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５の１つまたは複数の分子の低減された発現を示す。いくつかの実施形態では、該細胞及びその集団は、ＣＤ５５の増加した発現をさらに示す。
【0717】
当業者であれば、遺伝子、タンパク質、または分子の増加した発現または低減された発現等の発現レベルは、同等の細胞を基準とし得るかまたはそれと比較され得ることを理解しよう。いくつかの実施形態では、タンパク質（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、ＣＤ４７、または任意の他の寛容原性因子）の増加した発現を有する操作された細胞とは、未改変の細胞と比較してより高いレベルのタンパク質を有する改変された細胞を指す。いくつかの実施形態では、タンパク質（例えば、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、ＣＤ４７、または任意の他の寛容原性因子）の増加した発現を有する操作された細胞とは、改変を含む細胞（例えば、操作された多能性幹細胞または内皮細胞）であり、ここで、改変を含む細胞は、該改変を有しない細胞（例えば、改変を有しない幹細胞は、他の改変を含んでもよい）と比較してより高いレベルのタンパク質を有する。いくつかの実施形態では、タンパク質（例えば、Ｂ２ＭまたはＣＩＩＴＡ）の低減された発現を有する操作された細胞は、改変を含む細胞であり、ここで、改変を含む細胞は、該改変を有しない細胞（例えば、改変を有しない幹細胞は、他の改変を含んでもよい）と比較してより低いレベルのタンパク質またはＲＮＡを有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。
【0718】
一実施形態では、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、１つまたは複数の補体インヒビターの増加した発現、ならびに１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ複合体タンパク質、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ複合体タンパク質のいずれか、またはＭＨＣクラスＩ及びクラスＩＩ複合体タンパク質の任意の組み合わせの低減された発現を有する、操作された細胞が本明細書で提供される。別の実施形態では、該細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、低減されたレベルのＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡポリペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、該細胞は、外因性ＣＤ４７ポリペプチドを発現するとともに、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡ遺伝子の改変をもつ。いくつかの事例では、該改変は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子を不活性化する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、外因性ＣＤ４６及び外因性ＣＤ５９を発現する。
【0719】
本明細書に記載の細胞のうちのいずれも、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含むがこれらに限定されない群から選択される１つまたは複数の因子の増加した発現もまた示す可能性がある。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ＣＤ４６、ＣＤ５９、ＣＤ５５、及びそれらの任意の組み合わせから選択される１つまたは複数の外因性補体インヒビターポリペプチドを発現する。
【0720】
Ｅ．低免疫原性表現型に関するアッセイ
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、それらが患者（例えば、レシピエント対象）に投与されたときに免疫認識及び応答を回避することができるように改変される。該細胞は、インビトロ及びインビボで免疫細胞による殺傷を回避することができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、マクロファージ及びＮＫ細胞による殺傷を回避する。いくつかの実施形態では、該細胞は、免疫細胞または対象の免疫系によって無視される。換言すれば、本明細書に記載の方法に従って投与される細胞は、免疫系の免疫細胞によって検出可能でない。いくつかの実施形態では、該細胞は、覆い隠され、したがって免疫拒絶反応を避ける。
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、それらが患者（例えば、レシピエント対象）に投与されたときに免疫認識及び応答を回避することができるように改変される。該細胞は、インビトロ及びインビボで免疫細胞による殺傷を回避することができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、マクロファージ及びＮＫ細胞による殺傷を回避する。いくつかの実施形態では、該細胞は、免疫細胞または対象の免疫系によって無視される。換言すれば、本明細書に記載の方法に従って投与される細胞は、免疫系の免疫細胞によって検出可能でない。いくつかの実施形態では、該細胞は、覆い隠され、したがって免疫拒絶反応を避ける。
【0721】
本明細書で提供される操作された細胞が免疫認識を回避するかどうかを決定する方法には、ＩＦＮ－γ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイ、ミクログリア殺傷アッセイ、細胞移植動物モデル、サイトカイン放出アッセイ、ＥＬＩＳＡ、生物発光イメージングまたはクロム放出アッセイまたはＸｃｅｌｌｉｇｅｎｃｅ解析を使用した殺傷アッセイ、混合リンパ球反応、免疫蛍光解析等が含まれるが、これらに限定されない。
【0722】
いくつかの実施形態では、該細胞の免疫原性は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）アッセイにおいて評価される。ＣＤＣは、補体を含有する血清の存在下で、細胞表面上に発現したＨＬＡ非依存性抗原を標的とするＩｇＧまたはＩｇＭ抗体とともに細胞をインキュベートし、細胞殺傷を分析することによって、インビトロでアッセイすることができる。いくつかの実施形態では、ＣＤＣは、細胞をＡＢＯ式血液型不適合血清とともにインキュベートすることによってアッセイすることができ、ここで、細胞は、Ａ抗原またはＢ抗原を含み、血清は、細胞のＡ抗原及び／またはＢ抗原に対する抗体を含む。
【0723】
いくつかの実施形態では、ひとたび操作された細胞が本明細書に記載されるように改変または生成されると、それらは低免疫原性に関してアッセイされてもよい。様々なアッセイのうちのいずれかを使用して、細胞が低免疫原性であるか、または免疫系を回避し得るかどうかを評定することができる。例となるアッセイには、ＷＯ２０１６１８３０４１及びＷＯ２０１８１３２７８３に記載されるようないずれかが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された細胞は、宿主の免疫応答を刺激することなく宿主において１週間以上（例えば、１週間、２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、６ヶ月間、１年間、２年間、３年間、４年間、５年間、またはそれよりも長く、例えば、該細胞及び／またはその子孫の生涯にわたって）生存する。該細胞は、それらが宿主において生存する限り、導入遺伝子の発現を維持し、及び／または標的遺伝子の発現が欠失もしくは低減される。いくつかの態様では、導入遺伝子がもはや発現しない場合、及び／または標的遺伝子が発現する場合、操作された細胞は、宿主の免疫系によって除去され得る。いくつかの実施形態では、操作された細胞の存続または生存は、インビボで該細胞が検出されることを可能にするタンパク質（例えば、ＧＦＰ等の蛍光タンパク質、短縮型受容体、または他の代理マーカーもしくは他の検出可能なマーカー）をコードする導入遺伝子をさらに発現させることによって、それらのレシピエントへの投与後に監視されてもよい。
【0724】
低免疫原性細胞は、それらが意図される組織部位に生着し、機能的に欠陥がある領域を再構成または再生することを可能にする様態で投与される。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、生着（例えば、成功裏の生着）に関してアッセイされる。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞の生着は、予め選択された一定時間後に評価される。いくつかの実施形態では、生着した細胞は、細胞生存に関して監視される。例えば、細胞生存は、生物発光イメージング（ＢＬＩ）を介して監視されてもよく、ここで、細胞は、細胞生存を監視するためにルシフェラーゼ発現構築物を形質導入される。いくつかの実施形態では、生着した細胞は、当該技術分野で既知の免疫染色及びイメージング法によって可視化される。いくつかの実施形態では、生着した細胞は、成功裏の生着を決定するために検出され得る既知のバイオマーカーを発現する。例えば、フローサイトメトリーを使用して、特定のバイオマーカーの表面発現を決定してもよい。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、意図される組織部位に予想通りに生着する（例えば、低免疫原性細胞の成功裏の生着）。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、細胞欠陥のある部位等、意図される組織部位に必要に応じて生着する。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、改変を含まない同じ種類の細胞と同じ様態で、意図される組織部位に生着する。
【0725】
いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、機能に関してアッセイされる。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、意図される組織部位へのそれらの生着の前に機能に関してアッセイされる。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、意図される組織部位への生着の後に機能に関してアッセイされる。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞の機能は、予め選択された量の後に評価される。いくつかの実施形態では、生着した細胞の機能は、細胞が検出可能な表現型を生成する能力によって評価される。例えば、生着したベータ島細胞の機能は、糖尿病に起因して失われたグルコース制御の回復に基づいて評価されてもよい。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞の機能は、予想通りである（例えば、抗体媒介性拒絶反応を避けながらの低免疫原性細胞の成功裏の機能）。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞の機能は、抗体媒介性拒絶反応を避けながらの細胞欠陥の部位での十分な機能等、必要に応じる。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、同じ種類の操作されていない細胞と同じ様態で機能する。
【0726】
１０．補体依存性細胞傷害
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を回避する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を回避する。
【0727】
いくつかの実施形態では、ＣＤＣに対する細胞の感受性は、当業者に理解される標準的なプロトコルに従ってインビトロで分析することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤＣは、補体系の成分を含む血清（例えば、ヒト血清）を、抗体（例えば、ＩｇＧまたはＩｇＭ抗体）が結合した標的細胞と混合し、次いで細胞死を決定することによって、インビトロで分析することができる。いくつかの実施形態では、ＣＤＣに対する細胞の感受性は、補体系の成分ならびに細胞のＡＢＯ Ａ型、ＡＢＯ Ｂ型、及び／またはＲｈ因子抗原に対する抗体を含むＡＢＯ不適合またはＲｈ因子不適合血清の存在下で細胞をインキュベートすることによって、インビトロで分析することができる。
【0728】
一般的なＣＤＣアッセイは、標的細胞に放射性化合物を予め負荷することを介して細胞死を決定する。細胞が死滅するとき、放射性化合物がそれらから放出される。よって、細胞死を媒介する抗体の有効性は、放射能レベルによって決定される。放射性ＣＤＣアッセイとは異なり、非放射性ＣＤＣアッセイは、蛍光または発光測定を用いて、ＧＡＰＤＨ等の豊富に存在する細胞構成要素の放出を決定する場合が多い。いくつかの実施形態では、ＣＤＣによる細胞殺傷は、ｘＣＥＬＬｉｇｅｎｃｅ（商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ）等の無標識プラットフォームを使用して分析することができる。
【0729】
ＩＩＩ．操作された細胞の集団及び薬学的組成物
本明細書では、提供される操作された細胞を複数含有する、細胞の集団が提供される。場合によっては、細胞の集団は、細胞の混合物を含む。場合によっては、該集団中の細胞の少なくとも約３０％は、本明細書に記載の改変のセットを含む。場合によっては、細胞の集団は、１つまたは複数の異なる細胞種を含む。
本明細書では、提供される操作された細胞を複数含有する、細胞の集団が提供される。場合によっては、細胞の集団は、細胞の混合物を含む。場合によっては、該集団中の細胞の少なくとも約３０％は、本明細書に記載の改変のセットを含む。場合によっては、細胞の集団は、１つまたは複数の異なる細胞種を含む。
【0730】
いくつかの実施形態では、該集団は、島細胞の混合物を含む。いくつかの実施形態では、該集団は、膵ベータ細胞、膵アルファ細胞、及び膵ガンマ細胞からなる群から選択される２つ以上の異なる細胞種を含む、膵島細胞の混合物を含む。場合によっては、該集団は、膵アルファ、ベータ、及びガンマ細胞を含む。場合によっては、該集団は、初代細胞を含む。いくつかの実施形態では、該集団は、幹細胞または前駆細胞から分化した細胞（例えば、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、間葉系幹細胞、内皮幹細胞、上皮幹細胞、脂肪幹細胞、生殖細胞系幹細胞、肺幹細胞、臍帯血幹細胞、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び複能性幹細胞から分化した細胞）を含む。
【0731】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、本明細書に記載の改変のセットを含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、ならびに１つまたは複数の補体インヒビターの発現を増加させる、改変、のセットを含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＤＵＸ４、Ｂ２Ｍ－ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ１６、ＣＤ５２、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ３５、ＩＬ－３９、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＨ２－Ｍ３、またはそれらの任意の組み合わせのうちの１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子は、ＣＤ４７である。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0732】
いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む。いくつかの実施形態では、該集団中の細胞の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む。
【0733】
また、本明細書では、操作された細胞または操作された細胞の集団を含む組成物も提供される。いくつかの実施形態では、該組成物は、薬学的組成物である。
【0734】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される薬学的組成物は、薬学的に許容される賦形剤または担体をさらに含む。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに無毒であり、これには、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸等の緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含めた酸化防止剤；防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール；メチルパラベンまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；及びｍ－クレゾール等）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含めた単糖、二糖、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；及び／またはポリソルベート（ＴＷＥＥＮ（商標））、ポロキサマー（ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標））、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が含まれる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、薬学的に許容される緩衝剤（例えば、中性緩衝生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水）を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、例えば、組成物のｐＨ、オスモル濃度、粘度、明澄度、色、等張性、臭気、滅菌性、安定性、溶解もしくは放出速度、吸着性、または浸透性を改変する、維持する、または保存するための、１つまたは複数の賦形剤を含有し得る。いくつかの態様では、当業者は、細胞を含有する薬学的組成物が、タンパク質を含有する薬学的組成物とは異なり得ることを理解する。
【0735】
「薬学的製剤」という用語は、その中に含まれる活性成分の生物活性が有効であることを可能にするような形態にあり、かつ製剤が投与されよう対象にとって許容できないほど有毒である追加の構成要素を何ら含有しない調製物を指す。
【0736】
「薬学的に許容される担体」は、対象にとって無毒である、薬学的製剤中の活性成分以外の成分を指す。薬学的に許容される担体には、緩衝剤、賦形剤、安定剤、または防腐剤が含まれるが、これらに限定されない。
【0737】
いくつかの実施形態における薬学的組成物は、治療上有効量または予防上有効量等の疾患または病態を処置または予防するのに有効な量で、本明細書に記載される操作された細胞を含有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、治療上有効量または予防上有効量等の疾患または病態を処置または予防するのに有効な量で、本明細書に記載される操作された細胞を含有する。いくつかの実施形態における治療または予防有効性は、処置された対象の定期的な評定によって監視される。数日間以上にわたる反復投与については、病態に応じて、処置は、疾患症状の所望の抑制が起こるまで繰り返される。しかしながら、他の投薬レジメンが有用な場合があり、決定され得る。所望の投薬量は、組成物の単回ボーラス投与によって、組成物の複数回ボーラス投与によって、または組成物の持続注入投与によって送達され得る。
【0738】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された細胞は、標準的な投与技法、製剤、及び／またはデバイスを使用して投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される操作された細胞は、標準的な投与技法、製剤、及び／またはデバイスを使用して投与される。製剤、ならびに組成物の保管及び投与のためのシリンジ及びバイアル等のデバイスが提供される。操作された細胞は、局所注射、カテーテル投与、全身注射、局所注射、静脈内注射、または非経口投与を介して投与され得る。治療用組成物（例えば、操作された細胞を含有する薬学的組成物）を投与するとき、それは一般に、注射用単位剤形（溶液、懸濁液、エマルション）中で製剤化されよう。
【0739】
製剤には、静脈内、腹腔内、または皮下投与用の製剤が含まれる。いくつかの実施形態では、該細胞集団は、非経口で投与される。本明細書で使用される「非経口」という用語は、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、膣、及び腹腔内投与を含む。いくつかの実施形態では、該細胞集団は、静脈内、腹腔内、または皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。
【0740】
いくつかの実施形態における組成物は、いくつかの態様では選択のｐＨに緩衝され得る、滅菌液体調製物、例えば、等張水溶液、懸濁液、エマルション、または分散剤として提供される。液体組成物は、とりわけ注射によって投与するために、いくらかより好都合である。液体組成物は、担体を含み得、これは、例えば、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）、及びそれらの好適な混合物を含有する溶媒または分散媒であり得る。滅菌注射液は、細胞を、例えば、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロース等といった好適な担体、希釈剤、または賦形剤と混和して、溶媒に組み込むことによって調製され得る。
【0741】
いくつかの実施形態では、薬学的に許容される担体は、薬学的投与と適合性の全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤等を含み得る（Ｇｅｎｎａｒｏ，２０００，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）。かかる担体または希釈剤の例としては、水、生理食塩水、リンゲル液、デキストロース溶液、及び５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソーム及び不揮発性油等の非水性ビヒクルもまた使用されてもよい。補助的な活性化合物もまた、組成物に組み込むことができる。薬学的担体は、生理食塩液、デキストロース溶液、またはヒト血清アルブミンを含む溶液等の、操作された細胞に好適であるものであるべきである。いくつかの実施形態では、かかる組成物のための薬学的に許容される担体またはビヒクルは、操作された細胞が、生細胞の投与を可能にするのに十分な時間にわたって維持され得る、または生存したままであることができる、任意の無毒の水溶液である。例えば、薬学的に許容される担体またはビヒクルは、生理食塩液または緩衝生理食塩液であり得る。
【0742】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物を含めた組成物は、滅菌されている。いくつかの実施形態では、細胞の単離、濃縮、または培養は、過誤、ユーザーによる取り扱い、及び／または汚染を最小限に抑えるために、例えば、閉鎖環境または滅菌環境で、例えば滅菌培養バッグ中で実施される。いくつかの実施形態では、滅菌性は、例えば、滅菌濾過膜に通した濾過によって容易に達成され得る。いくつかの実施形態では、培養は、ガス透過性培養容器を使用して実施される。いくつかの実施形態では、培養は、バイオリアクタを使用して実施される。
【0743】
また、本明細書では、提供される操作された細胞の凍結保存に好適である組成物も提供される。いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、凍結保存培地中で凍結保存される。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、無血清凍結保存培地である。いくつかの実施形態では、該組成物は、凍結保護剤を含む。いくつかの実施形態では、凍結保護剤は、ＤＭＳＯ及び／またはグリセロールであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、５％または約５％～１０％または約１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、５％または約５％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、６％または約６％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、７％または約７％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、７．５％または約７．５％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、８％または約８％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、９％または約９％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、１０％または約１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である。いくつかの実施形態では、凍結保存培地は、市販の凍結保存溶液（ＣｒｙｏＳｔｏｒ（商標）ＣＳ１０）を含有する。ＣｒｙｏＳｔｏｒ（商標）ＣＳ１０は、１０％のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含有する凍結保存培地である。いくつかの実施形態では、凍結保存用に製剤化された組成物は、超低温、例えば、８０℃±６．０℃または約８０℃±６．０℃等の－４０℃～－１５０℃の温度範囲での保管等、低温で保管することができる。
【0744】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、本明細書に記載の操作された細胞と、３１．２５％（ｖ／ｖ）のＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ Ａ、３１．２５％（ｖ／ｖ）の５％デキストロース／０．４５％塩化ナトリウム、１０％デキストラン４０（ＬＭＤ）／５％デキストロース、２０％（ｖ／ｖ）の２５％ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、及び７．５％（ｖ／ｖ）のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む薬学的に許容される担体とを含む。
【0745】
いくつかの実施形態では、凍結保存された操作された細胞は、解凍によって投与に向けて調製される。場合によっては、操作された細胞は、解凍直後に対象に投与され得る。かかる実施形態では、該組成物は、いずれのさらなる処理も伴わずに即時使用可能である。他の実例では、操作された細胞は、解凍後に、例えば、薬学的に許容される担体との再懸濁、活性化剤もしくは刺激剤とのインキュベーションによってさらに処理されるか、または対象への投与前に活性化され、洗浄され、薬学的に許容される緩衝剤に再懸濁される。
【0746】
ＩＶ．キット、構成要素、及び製造品
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法、デバイス、及びシステムのキット、構成要素、及び組成物（消耗品等）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書の本開示による使用説明書を含む。
いくつかの態様では、本明細書に記載の方法、デバイス、及びシステムのキット、構成要素、及び組成物（消耗品等）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書の本開示による使用説明書を含む。
【0747】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された細胞の集団を含むキットが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、（ａ）操作された細胞を複数含む細胞の集団を含む、キットが本明細書で提供され、ここで、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７、ＣＤ４６、及びＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の発現を低減する、改変
を含み、ここで、（ｉ）の増加した発現及び（ｉｉ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、操作された細胞を複数含む細胞の集団を含む、キットまたは組み合わせが本明細書で提供され、ここで、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４７の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の発現を低減する、改変
を含み、ここで、（ｉ）及び（ｉｉ）の増加した発現ならびに（ｉｉｉ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
（ｉ）ＣＤ４７、ＣＤ４６、及びＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の発現を低減する、改変
を含み、ここで、（ｉ）の増加した発現及び（ｉｉ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。いくつかの実施形態では、操作された細胞を複数含む細胞の集団を含む、キットまたは組み合わせが本明細書で提供され、ここで、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４７の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子（例えば、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原）の発現を低減する、改変
を含み、ここで、（ｉ）及び（ｉｉ）の増加した発現ならびに（ｉｉｉ）の低減された発現は、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである。
【0748】
いくつかの実施形態では、１セットの操作された細胞の集団を含む、キットが本明細書で提供され、ここで、第１の操作された細胞の集団は、本明細書に記載の低免疫原性改変の基本セットを含み、ＣＤ４６及びＣＤ４７の増加した発現を含まず、第２の操作された細胞の集団は、低免疫原性改変の基本セットならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含み、ここで、キットは、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合に基づいて患者への投与のために細胞の第１の集団または第２の集団を選択するための説明書をさらに含む。いくつかの実施形態では、説明書は、第Ｖ．Ｃ節にある説明に従って提供される。
【0749】
本発明のいくつかの実施形態では、細胞療法を含めた臨床移植療法に有用な材料を含有する製造品が提供される。いくつかの実施形態では、製造品は、限定されないが、糖尿病（例えば、Ｉ型糖尿病）、血管病態または疾患、自己免疫性甲状腺炎、肝臓疾患（例えば、肝硬変）、角膜疾患（例えば、フックスジストロフィーまたは先天性遺伝性内皮ジストロフィー）、腎臓疾患、及びがん（例えば、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌）等の細胞欠陥の処置に有用な材料を含有する。製造品は、容器、及び容器上のまたは容器に付随するラベルまたは添付文書を含み得る。好適な容器には、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ等（例えば、ガラスまたはプラスチック容器）が含まれる。一般に、容器は、同種異系細胞療法に有効である組成物を保有し、滅菌アクセスポートを有してもよい（例えば、容器は、静注液バッグ、または皮下注射針によって穿通可能な栓を有するバイアルであってもよい）。
【0750】
いくつかの態様では、本明細書で提供されるキットまたは製造品は、本明細書で提供される操作された細胞（例えば、多能性細胞、分化細胞、または初代細胞）のうちのいずれか等の、操作された細胞の集団を含む。いくつかの実施形態では、キットまたは製造品は、操作された細胞の集団を含む組成物を含み、ここで、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、
（ｉｉ）ａ、及び
（ｉｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、操作されたベータ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊をさらに含む。
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、
（ｉｉ）ａ、及び
（ｉｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、操作されたベータ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊をさらに含む。
【0751】
ラベルまたは添付文書は、組成物が特定の病態を処置するために使用されることを指示する。ラベルまたは添付文書は、薬学的組成物を患者に投与するための説明書をさらに含むことになる。いくつかの実施形態では、製造品は、組み合わせ治療薬を含む。
【0752】
製造品及び／またはキットは、添付文書をさらに含んでもよい。添付文書とは、かかる治療用製品の適応症、用法、投薬量、投与、禁忌、及び／またはその使用に関する警告についての情報を含む、治療用製品の商用包装物に慣習的に含まれる説明書を指す。
【0753】
Ｖ．処置方法
本明細書では、対象において疾患または病態を処置する際に使用するための、本明細書に記載の操作された細胞の集団を含む提供される細胞組成物に関係する組成物及び方法が提供される。本明細書では、本明細書に記載の操作された細胞の集団を投与することによって患者を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、本明細書に記載されるいずれか等の薬学的組成物中での投与用に製剤化される。かかる方法及び使用は、例えば、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物の、疾患、病態、または障害を有する対象への投与を伴う、治療方法及び使用を含む。特定の疾患適応症に適切な、本明細書で提供されるような操作された細胞を選定することは、当業者の技能水準内にある。いくつかの実施形態では、該細胞またはその薬学的組成物は、疾患または障害の処置を達成するのに有効な量で投与される。使用は、かかる方法及び処置における、ならびにかかる治療方法を実行するための医薬の調製における、操作された細胞またはその薬学的組成物の使用を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、それによって、対象における疾患または病態または障害を処置する。
本明細書では、対象において疾患または病態を処置する際に使用するための、本明細書に記載の操作された細胞の集団を含む提供される細胞組成物に関係する組成物及び方法が提供される。本明細書では、本明細書に記載の操作された細胞の集団を投与することによって患者を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、細胞の集団は、本明細書に記載されるいずれか等の薬学的組成物中での投与用に製剤化される。かかる方法及び使用は、例えば、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物の、疾患、病態、または障害を有する対象への投与を伴う、治療方法及び使用を含む。特定の疾患適応症に適切な、本明細書で提供されるような操作された細胞を選定することは、当業者の技能水準内にある。いくつかの実施形態では、該細胞またはその薬学的組成物は、疾患または障害の処置を達成するのに有効な量で投与される。使用は、かかる方法及び処置における、ならびにかかる治療方法を実行するための医薬の調製における、操作された細胞またはその薬学的組成物の使用を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、それによって、対象における疾患または病態または障害を処置する。
【0754】
本明細書で提供される操作された細胞は、例えば、疾患または障害の処置のための細胞療法の候補を含めた、任意の好適な患者に投与され得る。細胞療法の候補には、本明細書で提供される対象となる操作された細胞の治療効果が有益な可能性があり得る、疾患または病態を有する任意の患者が含まれる。いくつかの実施形態では、患者は、投与された細胞の同種異系レシピエントである。いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞は、同種異系細胞療法において使用するのに有効である。本明細書で提供される対象となる操作された細胞の治療効果が有益である候補は、疾患または病態の排除、低減、または改善を示す。
【0755】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法のうちのいずれかによって生産されるものを含めた、本明細書で提供されるような操作された細胞は、細胞療法において使用することができる。本明細書に概説される治療用細胞は、限定されないが、がん、遺伝子障害、慢性感染性疾患、自己免疫障害、神経学的障害等といった障害を処置するのに有用である。
【0756】
いくつかの実施形態では、患者は、細胞欠陥を有する。本明細書で使用されるとき、「細胞欠陥」とは、患者において細胞の集団の機能不全または喪失を引き起こし、患者が細胞の集団を自然に置換または再生することができない、任意の疾患または病態を指す。例となる細胞欠陥には、自己免疫性疾患（例えば、多発性硬化症、重症筋無力症、関節リウマチ、糖尿病、全身性ループス及びエリテマトーデス）、神経変性疾患（例えば、ハンチントン病及びパーキンソン病）、心血管病態及び疾患、血管病態及び疾患、角膜病態及び疾患、肝臓病態及び疾患、甲状腺病態及び疾患、または腎臓病態及び疾患が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、操作された細胞を投与される患者は、がんを有する。本明細書で提供される操作された細胞によって処置され得る、例となるがんには、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、がん患者は、本明細書で提供される操作されたＣＡＲ Ｔ細胞の投与によって処置される。
【0757】
いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団を、その必要のある患者に投与する方法が本明細書で提供され、ここで、操作された細胞は、投与中または投与後に血液と接触し、操作された細胞は、操作された細胞が血液と接触するときにＩＢＭＩＲを阻止または減弱する改変を含む。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、静脈内にまたは筋肉内注射を介して投与される。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、寛容原性因子（例えば、ＣＤ４７）を過剰発現し、１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の低減された発現を有するかまたはその発現を欠いており、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を有する。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、ベータ島細胞または肝細胞である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、１つまたは複数の補体インヒビターの過剰発現をさらに含む。
【0758】
いくつかの実施形態では、細胞欠陥は、糖尿病に関連するか、または細胞療法は、糖尿病の処置のためのものであり、任意選択で糖尿病は、Ｉ型糖尿病である。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団は、ベータ島細胞を含めた島細胞の集団である。いくつかの実施形態では、島細胞は、島前駆細胞、未成熟島細胞、及び成熟島細胞からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作されたベータ島細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作された細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター、ならびに
（ｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作されたベータ島細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作されたベータ島細胞は、（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、操作されたベータ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む導入遺伝子は、導入遺伝子は、マルチシストロン性ベクターであり、導入遺伝子は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。他の実施形態では、ベータ島細胞は、別個のマルチシストロン性ベクターをさらに含み、該マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター、ならびに
（ｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作されたベータ島細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作されたベータ島細胞は、（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、操作されたベータ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む導入遺伝子は、導入遺伝子は、マルチシストロン性ベクターであり、導入遺伝子は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。他の実施形態では、ベータ島細胞は、別個のマルチシストロン性ベクターをさらに含み、該マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0759】
いくつかの実施形態では、細胞欠陥は、肝臓疾患に関連するか、または細胞療法は、肝臓疾患の処置のためのものである。いくつかの実施形態では、肝臓疾患は、肝硬変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞の集団は、肝細胞または肝前駆細胞の集団である。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作された肝細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作された肝細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、
（ｉｉ）ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびに
（ｉｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作された肝細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作された肝細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、及び
（ｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む導入遺伝子は、導入遺伝子は、マルチシストロン性ベクターであり、導入遺伝子は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。他の実施形態では、肝細胞は、別個のマルチシストロン性ベクターをさらに含み、該マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、
（ｉｉ）ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現、ならびに
（ｉｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、該方法は、患者に、操作された肝細胞の集団を含む組成物を投与することを含み、ここで、操作された肝細胞は、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む導入遺伝子、及び
（ｉｉ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む。いくつかの実施形態では、操作された肝細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む導入遺伝子は、導入遺伝子は、マルチシストロン性ベクターであり、導入遺伝子は、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。他の実施形態では、肝細胞は、別個のマルチシストロン性ベクターをさらに含み、該マルチシストロン性ベクターは、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む。
【0760】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、例えば、細胞移植、輸血、組織移植、または臓器移植等の、以前の移植に存在する１つまたは複数の抗原から感作された患者の処置に有用である。ある特定の実施形態では、以前の移植は、同種異系移植であり、患者は、同種異系移植からの１つもしくは複数の同種異系抗原に対して感作されている。同種異系移植には、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、または同種異系臓器移植が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、患者は、妊娠しているか、または妊娠したことがある（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）感作患者である。ある特定の実施形態では、患者は、以前の移植に含まれる１つまたは複数の抗原から感作されており、ここで、以前の移植は、改変されたヒト細胞、組織、または臓器である。いくつかの実施形態では、改変されたヒト細胞、組織、または臓器は、改変された自家ヒト細胞、組織、または臓器である。いくつかの実施形態では、以前の移植は、非ヒト細胞、組織、または臓器である。例となる実施形態では、以前の移植は、改変された非ヒト細胞、組織、または臓器である。ある特定の実施形態では、以前の移植は、ヒト成分を含むキメラである。ある特定の実施形態では、以前の移植は、ＣＡＲ Ｔ細胞である。ある特定の実施形態では、以前の移植は、自家移植であり、患者は、自家移植からの１つまたは複数の自己抗原に対して感作されている。ある特定の実施形態では、以前の移植は、自家細胞、組織、または臓器である。ある特定の実施形態では、感作患者は、アレルギーを有するか、１つまたは複数のアレルゲンに感作されている。例となる実施形態では、患者は、花粉症、食物アレルギー、昆虫アレルギー、薬物アレルギー、またはアトピー性皮膚炎を有する。
【0761】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞、またはそれを含有する組成物を使用した処置を受けている患者は、以前の処置を受けた。いくつかの実施形態では、操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、以前の処置と同じ病態を処置するために使用される。ある特定の実施形態では、操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、以前の処置とは異なる病態を処置するために使用される。いくつかの実施形態では、患者に投与された操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、以前の処置によって処置された同じ病態もしくは疾患の処置に対して強化された治療効果を示す。ある特定の実施形態では、投与された操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、以前の処置と比較して患者における病態もしくは疾患の処置に対してより長期の治療効果を示す。例となる実施形態では、投与された細胞は、以前の処置と比較してがん細胞に対して強化された効力、有効性、及び／または特異性を示す。特定の実施形態では、操作された細胞は、がんの処置のためのＣＡＲ Ｔ細胞である。
【0762】
本明細書で提供される方法は、第１選択処置の不成功の後の、特定の病態または疾患に対する第２選択処置として使用され得る。いくつかの実施形態では、以前の処置は、治療上有効でない処置である。本明細書で使用されるとき、「治療上有効でない」処置は、患者において所望に満たない臨床成果をもたらす処置を指す。例えば、細胞欠陥に対する処置に関して、治療上有効でない処置とは、患者において欠陥のある細胞を置換するために所望されるレベルの機能的細胞及び／または細胞活性を達成しない、及び／または治療持続性を欠いた処置を指す場合がある。がん処置に関しては、治療上有効でない処置とは、所望されるレベルの効力、有効性、及び／または特異性を達成しない処置を指す。治療有効性は、当該技術分野で既知の任意の好適な技法を使用して測定することができる。いくつかの実施形態では、患者は、以前の処置に対して免疫応答を生じる。一部の実施形態では、以前の処置は、患者によって拒絶される細胞、組織、または臓器移植片である。いくつかの実施形態では、以前の処置は、機械補助による処置を含んでいた。いくつかの実施形態では、機械補助による処置は、血液透析または補助人工心臓を含んでいた。いくつかの実施形態では、患者は、機械補助による処置に対して免疫応答を生じた。一部の実施形態では、以前の処置は、治療用細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するようなことがあれば治療用細胞の死を引き起こすことができる、安全スイッチを含む治療用細胞の集団を含んでいた。ある特定の実施形態では、患者は、安全スイッチにより誘導される治療用細胞の死の結果として、免疫応答を生じる。ある特定の実施形態では、患者は、以前の処置から感作されている。例となる実施形態では、患者は、投与された本明細書で提供されるような操作された細胞によっては感作されない。
【0763】
いくつかの実施形態では、提供される操作された細胞、またはそれを含有する組成物は、組織、臓器、または部分的臓器移植を、その必要のある患者に提供する前に投与される。特定の実施形態では、患者は、操作された細胞に対して免疫応答を示さない。ある特定の実施形態では、操作された細胞は、特定の組織または臓器における細胞欠陥の処置のために患者に投与され、患者はその後、同じ特定の組織または臓器に対する組織移植または臓器移植を受ける。かかる実施形態では、操作された細胞処置は、やがて行われる組織または臓器置換へのブリッジ療法として機能する。例えば、いくつかの実施形態では、患者は、肝臓障害を有し、肝臓移植を受ける前に、本明細書で提供されるような操作された肝細胞による処置を受ける。ある特定の実施形態では、操作された細胞は、特定の組織または臓器における細胞欠陥の処置のために患者に投与され、患者はその後、異なる組織または臓器に対する組織移植または臓器移植を受ける。例えば、いくつかの実施形態では、患者は、腎臓移植を受ける前に、本明細書で提供されるような操作された膵ベータ細胞で処置される糖尿病患者である。いくつかの実施形態では、該方法は、細胞欠陥の処置のためのものである。例となる実施形態では、組織移植または臓器移植は、心臓移植、肺移植、腎臓移植、肝臓移植、膵臓移植、腸移植、胃移植、角膜移植、骨髄移植、血管移植、心臓弁移植、または骨移植である。
【0764】
患者を処置する方法は、一般に、本明細書で提供されるような操作された細胞、またはそれを含有する組成物の投与を介する。理解されようが、該細胞及び／または療法のタイミングに関連する本明細書に記載の全ての複数の実施形態に関して、該細胞の投与は、所望の部位での導入細胞の少なくとも部分的な局在化をもたらす方法または経路によって遂行される。細胞は、対象内の所望の部位に直接埋め込まれ得るか、または代替として、所望の箇所への送達をもたらす任意の適切な経路によって投与され得、ここで、埋め込まれた細胞または細胞の構成要素の少なくとも一部分は、生存したままである。一部の実施形態では、該細胞は、細胞療法によって緩和され得る任意の疾患、障害、病態等の疾患または障害、またはその症状を処置するために投与される。
【0765】
いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者が感作されてから少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週間、または少なくとも１ヶ月以上後に投与される。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者が感作されてから、または感作の特性もしくは特徴を示してから少なくとも１週間（例えば、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、またはそれよりも長い期間）以上後に投与される。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者が移植（例えば、同種異系移植）を受けてから、妊娠してから（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）、または感作されてから、または感作の特性もしくは特徴を示してから少なくとも１ヶ月（例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、またはそれよりも長い期間）以上後に投与される。
【0766】
いくつかの実施形態では、移植を受けたことがある、妊娠したことがある（例えば、妊娠中の同種免疫化を有するか、または有したことがある）、及び／または抗原（例えば、同種異系抗原）に対して感作されている患者は、本明細書に記載の操作された細胞の集団の１回目の用量の投与、１回目の用量の後の回復期間、及び記載される操作された細胞の集団の２回目の用量の投与を含む、投与レジメンを施行される。いくつかの実施形態では、第１の細胞集団及び第２の細胞集団中に存在する細胞種の混成は異なる。ある特定の実施形態では、第１の操作された細胞の集団及び第２の操作された細胞の集団中に存在する細胞種の混成は、同じであるか、または実質的に同等である。多くの実施形態では、第１の操作された細胞の集団及び第２の操作された細胞の集団は、同じ細胞種を含む。いくつかの実施形態では、第１の操作された細胞の集団及び第２の操作された細胞の集団は、異なる細胞種を含む。いくつかの実施形態では、第１の操作された細胞の集団及び第２の操作された細胞の集団は、同じパーセンテージの細胞種を含む。他の実施形態では、第１の操作された細胞の集団及び第２の細胞の集団は、異なるパーセンテージの細胞種を含む。
【0767】
いくつかの実施形態では、回復期間は、操作された細胞の集団またはそれを含有する組成物の１回目の投与に次いで開始し、かかる細胞が、患者においてもはや存在しないかまたは検出可能でないときに終了する。いくつかの実施形態では、回復期間の継続期間は、該細胞の初回投与から少なくとも１週間（例えば、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、またはそれよりも長い期間）以上後である。いくつかの実施形態では、回復期間の継続期間は、該細胞の初回投与から少なくとも１ヶ月（例えば、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、またはそれよりも長い期間）以上後である。
【0768】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、対象に投与されたときに低免疫原性である。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、低免疫である。いくつかの実施形態では、操作された細胞に対する免疫応答は、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされる免疫応答のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低く低減されるか、またはより低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において操作された細胞に対する免疫応答を誘発するに至らない。
【0769】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において減少したまたはより低いレベルの全身性ＴＨ１活性化を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発される全身性ＴＨ１活性化のレベルは、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされる全身性ＴＨ１活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において全身性ＴＨ１活性化を誘発するに至らない。
【0770】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において減少したまたはより低いレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルは、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者においてＰＢＭＣの免疫活性化を誘発するに至らない。
【0771】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において減少したまたはより低いレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルは、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団は、患者においてドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するに至らない。
【0772】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において減少したまたはより低いレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルは、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者においてＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するに至らない。
【0773】
いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において減少したまたはより低いレベルの細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発される細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷のレベルは、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない細胞の集団）の投与によってもたらされる細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物は、患者において細胞傷害性Ｔ細胞による殺傷を誘発するに至らない。
【0774】
上記で考察したように、本明細書では、ある特定の実施形態においてヒト白血球抗原等の同種異系抗原に対して感作された患者に投与され得る、細胞が提供される。いくつかの実施形態では、患者は、妊娠しているか、または妊娠したことがあり、例えば、妊娠中の同種免疫化（例えば、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、または胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ））を有する。換言すれば、患者は、限定されないが、胎児及び新生児の溶血性疾患（ＨＤＦＮ）、新生児同種免疫性好中球減少症（ＮＡＮ）、ならびに胎児及び新生児同種免疫性血小板減少症（ＦＮＡＩＴ）等の、妊娠中の同種免疫化に関連する障害または病態を有するか、または有したことがある。いくつかの実施形態では、患者は、限定されないが、同種異系細胞移植、同種異系輸血、同種異系組織移植、または同種異系臓器移植等の、同種異系移植を受けたことがある。いくつかの実施形態では、患者は、同種異系抗原に対するメモリーＢ細胞を示す。いくつかの実施形態では、患者は、同種異系抗原に対するメモリーＴ細胞を示す。かかる患者は、同種異系抗原に対するメモリーＢ細胞及びメモリーＴ細胞の両方を示す可能性がある。
【0775】
記載される細胞の投与時に、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、全身性の免疫応答の不在または低減されたレベルの全身性の免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、適応免疫応答の不在または低減されたレベルの適応免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、自然免疫応答の不在または低減されたレベルの自然免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、Ｔ細胞応答の不在または低減されたレベルのＴ細胞応答を示す。いくつかの実施形態では、患者は、低免疫原性ではない細胞に対する応答と比較して、Ｂ細胞応答の不在または低減されたレベルのＢ細胞応答を示す。
【0776】
Ａ．用量及び投薬レジメン
任意の治療上有効量の本明細書に記載の細胞が、処置されている適応症に応じて薬学的組成物に含まれ得る。該細胞の非限定的な例としては、初代細胞（例えば、初代ベータ島細胞）及び記載したような操作された人工多能性幹細胞から分化した細胞（例えば、ｉＰＳＣから分化したベータ島細胞または肝細胞）が挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約６．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約８．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２～５×１０２、５×１０２～１×１０３、１×１０３～５×１０３、５×１０３～１×１０４、１×１０４～５×１０４、５×１０４～１×１０５、１×１０５～５×１０５、５×１０５～１×１０６、１×１０６～５×１０６、５×１０６～１×１０７、１×１０７～５×１０７、５×１０７～１×１０８、１×１０８～５×１０８、５×１０８～１×１０９、１×１０９～５×１０９、５×１０９～１×１０１０、または１×１０１０～５×１０１０個の細胞を含む。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約１．０×１０６～約２．５×１０８個の細胞を含む。
任意の治療上有効量の本明細書に記載の細胞が、処置されている適応症に応じて薬学的組成物に含まれ得る。該細胞の非限定的な例としては、初代細胞（例えば、初代ベータ島細胞）及び記載したような操作された人工多能性幹細胞から分化した細胞（例えば、ｉＰＳＣから分化したベータ島細胞または肝細胞）が挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約６．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約８．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２～５×１０２、５×１０２～１×１０３、１×１０３～５×１０３、５×１０３～１×１０４、１×１０４～５×１０４、５×１０４～１×１０５、１×１０５～５×１０５、５×１０５～１×１０６、１×１０６～５×１０６、５×１０６～１×１０７、１×１０７～５×１０７、５×１０７～１×１０８、１×１０８～５×１０８、５×１０８～１×１０９、１×１０９～５×１０９、５×１０９～１×１０１０、または１×１０１０～５×１０１０個の細胞を含む。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約１．０×１０６～約２．５×１０８個の細胞を含む。
【0777】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、最大約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～５０ｍｌ、５０～１００ｍｌ、１００～１５０ｍｌ、１５０～２００ｍｌ、２００～２５０ｍｌ、２５０～３００ｍｌ、３００～３５０ｍｌ、３５０～４００ｍｌ、４００～４５０ｍｌ、または４５０～５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～５０ｍｌ、５０～１００ｍｌ、１００～１５０ｍｌ、１５０～２００ｍｌ、２００～２５０ｍｌ、２５０～３００ｍｌ、３００～３５０ｍｌ、３５０～４００ｍｌ、４００～４５０ｍｌ、または４５０～５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～１０ｍｌ、１０～２０ｍｌ、２０～３０ｍｌ、３０～４０ｍｌ、４０～５０ｍｌ、５０～６０ｍｌ、６０～７０ｍｌ、７０～８０ｍｌ、７０～８０ｍｌ、８０～９０ｍｌ、または９０～１００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約５ｍｌ～約８０ｍｌの範囲の体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約１０ｍｌ～約７０ｍｌの範囲の体積を有する。多くの実施形態では、薬学的組成物は、約１０ｍｌ～約５０ｍｌの範囲の体積を有する。
【0778】
具体的な量／投薬レジメンは、個体の体重、性別、年齢、及び健康；細胞の製剤形態、生化学的特質、生物活性、生物学的利用能、及び副作用、ならびに完全な治療レジメンにおける細胞の数及び固有性に応じて様々である。
【0779】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物の用量は、約１０ｍＬ～５０ｍＬの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の細胞を含み、薬学的組成物は、単回用量として投与される。
【0780】
多くの実施形態では、細胞は、Ｔ細胞であり、薬学的組成物は、約２．０×１０６～約２．０×１０８個の細胞、例えば、限定されないが、初代Ｔ細胞、操作された人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含む。場合によっては、用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の本明細書に記載の初代Ｔ細胞を含む。いくつかの実例では、用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の上述した初代Ｔ細胞を含む。種々の実例では、用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の本明細書に記載の操作された人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含む。他の実例では、用量は、約１．０×１０５～約２．５×１０８個未満である範囲の、初代Ｔ細胞または操作された人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含めたＴ細胞である。なおも他の実例では、用量は、約１．０×１０５～約２．５×１０８個超である範囲の、初代Ｔ細胞及び操作された人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含めたＴ細胞である。
【0781】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約１．０×１０５～約１．０×１０７個の操作された細胞（初代細胞または操作された人工多能性幹細胞から分化した細胞等）の単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．５×１０５～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約１．０×１０７、約５．０×１０５～約１×１０７、約１．０×１０６～約１×１０７、約５．０×１０６～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約５．０×１０６、約１．０×１０５～約１．０×１０６、約１．０×１０５～約５．０×１０５、約１．０×１０５～約５．０×１０６、約２．０×１０５～約５．０×１０６、約３．０×１０５～約５．０×１０６、約４．０×１０５～約５．０×１０６、約５．０×１０５～約５．０×１０６、約６．０×１０５～約５．０×１０６、約７．０×１０５～約５．０×１０６、約８．０×１０５～約５．０×１０６、または約９．０×１０５～約５．０×１０６個の細胞の単回用量として投与される。いくつかの実施形態では、用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６個の細胞である。多くの実施形態では、用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６個未満である範囲の細胞である。多くの実施形態では、用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６個超である範囲の細胞である。例となる実施形態では、単回用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積である。いくつかの実施形態では、用量は、静脈内に投与される。
【0782】
例となる実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０６～約５．０×１０８個の細胞（初代細胞及び操作された人工多能性幹細胞から分化した細胞等）の単回用量で投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．５×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約１．０×１０９、約５．０×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０７～約１．０×１０９、約５．０×１０７～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約５．０×１０７、約１．０×１０６～約１．０×１０７、約１．０×１０６～約５．０×１０７、約１．０×１０７～約５．０×１０８、約２．０×１０７～約５．０×１０８、約３．０×１０７～約５．０×１０８、約４．０×１０７～約５．０×１０８、約５．０×１０７～約５．０×１０８、約６．０×１０７～約５．０×１０８、約７．０×１０７～約５．０×１０８、約８．０×１０７～約５．０×１０８、または約９．０×１０７～約５．０×１０８個の細胞の単回用量として投与される。多くの実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個の細胞の単回用量で投与される。いくつかの実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個未満である範囲の細胞の単回用量で投与される。いくつかの実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個超である範囲の細胞の単回用量で投与される。いくつかの実施形態では、用量は、静脈内に投与される。例となる実施形態では、単回用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積である。いくつかの実施形態では、用量は、静脈内に投与される。
【0783】
例となる実施形態では、用量は、１分当たり約１～５０ｍｌ、１分当たり１～４０ｍｌ、１分当たり１～３０ｍｌ、１分当たり１～２０ｍｌ、１分当たり１０～２０ｍｌ、１分当たり１０～３０ｍｌ、１分当たり１０～４０ｍｌ、１分当たり１０～５０ｍｌ、１分当たり２０～５０ｍｌ、１分当たり３０～５０ｍｌ、１分当たり４０～５０ｍｌの速度で静脈内に投与される。多数の実施形態では、薬学的組成物は、静脈内投与用の１つまたは複数の輸液バッグ中で保管される。いくつかの実施形態では、用量は、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、７０分、８０分、９０分、１２０分、１５０分、１８０分、２４０分、または３００分以下で完全に投与される。
【0784】
いくつかの実施形態では、薬学的組成物の単回用量は、単一の輸液バッグに存在する。他の実施形態では、薬学的組成物の単回用量は、２、３、４、または５個の別個の輸液バッグに分割される。
【0785】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、複数の用量、例えば、２、３、４、５、６回またはそれを超える用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、１～２４時間の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１時間～約２４時間（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または約２４時間）後に投与される。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、約１日～２８日の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１日～約２８日（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、または約２８日）後に投与される。多くの実施形態では、複数の用量の各用量は、１週間～約６週間の範囲を空けて対象に投与される。ある特定の事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１週間～約６週間（例えば、約１、２、３、４、５、または６週間）後に投与される。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、約１ヶ月間～約１２ヶ月間の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１ヶ月～約１２ヶ月（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月）後に投与される。
【0786】
いくつかの実施形態では、対象は、第１の時点で第１の投薬レジメンを投与され、次いでその後、第２の時点で第２の投薬レジメンを投与される。いくつかの実施形態では、第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンと同じである。他の実施形態では、第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンとは異なる。いくつかの事例では、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける細胞の数は、同じである。いくつかの事例では、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける細胞の数は、異なる。場合によっては、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける用量の数は、同じである。場合によっては、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける用量の数は、異なる。
【0787】
いくつかの実施形態では、該細胞は、操作されたＴ細胞（例えば、初代Ｔ細胞または操作された人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞）であり、第１の投薬レジメンは、第１のＣＡＲを発現する操作されたＴ細胞を含み、第２の投薬レジメンは、第２のＣＡＲを発現する操作されたＴ細胞を含み、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは異なるものとなっている。例えば、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは、異なる標的抗原に結合する。場合によっては、第１のＣＡＲは、ある抗原に結合するｓｃＦｖを含み、第２のＣＡＲは、異なる抗原に結合するｓｃＦｖを含む。いくつかの実施形態では、第１の投薬レジメンは、第１のＣＡＲを発現する操作されたＴ細胞を含み、第２の投薬レジメンは、第２のＣＡＲを発現する操作されたＴ細胞または初代Ｔ細胞を含み、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは同じものとなっている。第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンから少なくとも１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１～３ヶ月、１～６ヶ月、４～６ヶ月、３～９ヶ月、３～１２ヶ月、またはそれを超える月数を空けて対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、対象は、疾患（例えば、がん）の経過において複数の投薬レジメンを投与され、投薬レジメンのうちの少なくとも２つは、同じ種類の本明細書に記載の操作されたＴ細胞を含む。他の実施形態では、複数の投薬レジメンのうちの少なくとも２つは、異なる種類の本明細書に記載の操作されたＴ細胞を含む。
【0788】
Ｂ．免疫抑制剤
いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物の１回目の投与前に患者に投与されない。
いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の集団、またはそれを含有する組成物の１回目の投与前に患者に投与されない。
【0789】
いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の投与を受けた患者に投与されてもよい。いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の投与前に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行前に投与される。
【0790】
免疫抑制剤及び／または免疫調節剤の非限定的な例としては、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、プレドニゾン等のコルチコステロイド、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナル、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスパガリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン、チモシン－α、及び類似の剤が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、ＩＬ－２受容体のｐ７５に結合する抗体；例えば、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－．アルファ．、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、またはＣＤ５８に結合する抗体；及び、それらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体、からなる免疫抑制抗体の群から選択される。免疫抑制及び／または免疫調節剤が該細胞の１回目の投与前または後に患者に投与される、いくつかの実施形態では、投与は、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩの発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。
【0791】
一実施形態では、かかる免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、可溶性ＩＬ－１５Ｒ、ＩＬ－１０、Ｂ７分子（例えば、Ｂ７－１、Ｂ７－２、それらのバリアント、及びそれらの断片）、負のＴ細胞制御因子の阻害剤であるＩＣＯＳ及びＯＸ４０（ＣＴＬＡ－４に対する抗体等）、ならびに類似の剤から選択され得る。
【0792】
いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の集団の１回目の投与前に患者に投与され得る。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日前、またはそれよりも前に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に投与される。
【0793】
特定の実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与後に患者に投与されないか、または該細胞の１回目の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日後、もしくはそれよりも後に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に投与される。
【0794】
いくつかの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の集団の投与前に患者に投与されない。多くの実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、操作された細胞の集団の１回目及び／または２回目の投与前に患者に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日前、またはそれよりも前に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目及び／または２回目の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に投与される。特定の実施形態では、免疫抑制及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日後、またはそれよりも後に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の１回目及び／または２回目の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に投与される。
【0795】
免疫抑制及び／または免疫調節剤が該細胞の投与前または後に患者に投与される、いくつかの実施形態では、投与は、免疫原性細胞（例えば、同じまたは類似の細胞種または表現型であるが、操作された細胞の改変、例えば遺伝子改変を含有しない、例えば、内在性レベルのＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５、ＭＨＣクラスＩ、及び／またはＭＨＣクラスＩＩの発現を有し、かつＣＤ４７の増加した（例えば、外因性）発現を有しない、細胞の集団）に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。
【0796】
Ｃ．処置に対する患者の選択
いくつかの実施形態では、第１または第２の改変のセットを含む細胞の集団（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含まない細胞、またはＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む細胞）を、血液型に基づいて（例えば、ＡＢＯ型及び／またはアカゲザル因子（Ｒｈ因子）陽性または陰性に基づいて）患者に一致させる方法が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、第１または第２の改変のセットを含む細胞の集団（例えば、ＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含まない細胞、またはＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む細胞）を、血液型に基づいて（例えば、ＡＢＯ型及び／またはアカゲザル因子（Ｒｈ因子）陽性または陰性に基づいて）患者に一致させる方法が本明細書で提供される。
【0797】
細胞（例えば、操作された細胞、または操作された細胞の由来となったドナー対象、もしくは血液細胞のレシピエント患者の細胞）または血清（例えば、ドナーまたはレシピエント患者の血清）の血液型判定は、Ｍｕｊａｈｉｄ，ｅｔ ａｌ．“Ｂｌｏｏｄ Ｇｒｏｕｐ Ｔｙｐｉｎｇ：Ｆｒｏｍ Ｃｌａｓｓｉｃａｌ Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｔｏ ｔｈｅ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ｂｙ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｐｒｉｎｔｉｎｇ．”Ｓｅｎｓｏｒｓ（Ｂａｓｅｌ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）ｖｏｌ．１６，１ ５１．３１ Ｄｅｃ．２０１５に記載される方法等の標準的な方法に従って実施することができ、同文献の内容は参照によりその全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、血液型判定は、順方向判定（抗原の存在を試験する）及び／または逆方向判定（血清中の抗体の存在を試験する）を使用して実施することができる。順方向血液型判定は、細胞上のＡ抗原及びＢ抗原の存在または不在を示唆し、一方で、逆方向分類は、血清中の抗Ａ及び抗Ｂの存在または不在を示す。順方向分類の一例では、血液細胞を希釈媒体としての生理食塩水とともに２つの試験管に入れ、次いで抗Ａ及び抗Ｂを各々１滴、これらの試料に別個に加える。これらの管を数分間遠心分離に供し、次いで、凝集を観察するために得られたマトリックスを穏やかに振とうする。
【0798】
正確な血液型分類のために、血液凝集反応の程度に従って２つの管を類別することができる。遠心分離の目的は、特に、より弱い抗体が反応して、それにより凝集をもたらすように、強化された化学相互作用を確実にすることである。凝集を促進するために何らかの増強剤を添加することも可能である。さらに、管の長時間のインキュベーションもまた、試験試料を乾燥させることなく、これらの反応に有利である。同様の様式で、逆方向分類を実施することができ、ここにあるように、血清をＲＢＣ試薬Ａ１群及びＢ群に対して処理し、その後の凝集パターンを監視する。順方向分類及び逆方向分類の両方における凝集物の格付けは、溶血反応の強度の差異を比較する際に使用することができる。
【0799】
いくつかの実施形態では、順方向血液型判定を同様に使用して、細胞上のＲｈ抗原の存在または不在を決定することができ、逆方向分類を使用して、血清中の抗Ｒｈ因子抗体の存在または不在を決定することができる。
【0800】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型適合性を有すると決定され、ここで、（ａ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、かつＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まない場合、及び患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの集団の細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ｂであり、かつＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第１の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない）を選択することを含む。
【0801】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型適合性を有すると決定され、ここで、（ｂ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ａであり、かつ該細胞がＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第１の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない）を選択することを含む。
【0802】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型適合性を有すると決定され、ここで、（ｃ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含む場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型Ｏの細胞である場合、該方法は、患者への投与のための第１の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない）を選択することを含む。
【0803】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型適合性を有すると決定され、ここで、（ｄ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陽性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏの細胞であり、かつＲｈ因子陰性またはＲｈ因子陽性である場合、該方法は、患者への投与のための第１の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない）を選択することを含む。
【0804】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型適合性を有すると決定され、ここで、（ｅ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏであり、かつＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第１の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない）を選択することを含む。
【0805】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ不適合を有し、ここで、（ａ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの集団の細胞がＡＢＯ式血液型ＡまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ該集団の細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第２の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含み、かつＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含む）を選択することを含む。
【0806】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ不適合を有し、ここで、（ｂ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型ＢまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、該集団の細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第２の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含み、かつＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含む）を選択することを含む。
【0807】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ不適合を有し、ここで、ｃ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、かつ患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、またはＡＢＯ式血液型ＡＢであり、かつ該集団の細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、該方法は、患者への投与のための第２の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含み、かつＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含む）を選択することを含む。
【0808】
いくつかの実施形態では、患者の血液型は、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ不適合を有し、ここで、（ｄ）（１）患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏであり、かつＲｈ因子陽性である場合、該方法は、患者への投与のための第２の操作された細胞の集団（低免疫原性改変の基本セットを含み、かつＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含む）を選択することを含む。
【0809】
ＶＩ．例となる実施形態
１．（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｖ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含む、操作された細胞であって、（ｉ）、（ｉｉ）、及び（ｉｉｉ）の前記増加した発現ならびに（ｉｖ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
１．（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、ならびに（ｉｖ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含む、操作された細胞であって、（ｉ）、（ｉｉ）、及び（ｉｉｉ）の前記増加した発現ならびに（ｉｖ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
【0810】
２．（ｉｖ）における前記改変のうちの１つまたは複数が、
ａ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子
ｂ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または
ｃ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子
の発現を低減する、実施形態１に記載の操作された細胞。
ａ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子
ｂ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子、または
ｃ．１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子
の発現を低減する、実施形態１に記載の操作された細胞。
【0811】
３．前記１つまたは複数の改変が、Ｂ２Ｍ、ＴＡＰ Ｉ、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、及び／またはＮＦＹ－Ｃ、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の分子の発現を低減する、実施形態１または実施形態２に記載の操作された細胞。
【0812】
４．Ｂ２Ｍ、ＴＡＰ Ｉ、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、ＨＬＡ－ＤＲ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、及び／またはＮＦＹ－Ｃ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の分子を発現しない、実施形態１～３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0813】
５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、実施形態１～４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0814】
６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態５に記載の操作された細胞。
【0815】
７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、実施形態１～６のいずれか１つに記載の操作された細胞。
【0816】
８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、実施形態１～７のいずれかに記載の操作された細胞。
【0817】
９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、実施形態１～８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0818】
１０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、実施形態１～９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0819】
１１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、実施形態１～１０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0820】
１２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、実施形態１～１１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0821】
１３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、実施形態１～１２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0822】
１４．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、実施形態１～１３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0823】
１５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、実施形態１～１４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0824】
１６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、実施形態１～１５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0825】
１７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態１～１６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0826】
１８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態１～１７のいずれかに記載の操作された細胞。
【0827】
１９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１～１８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0828】
２０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１～１９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0829】
２１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１～２０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0830】
２２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、実施形態１～２１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0831】
２３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、実施形態１～２２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0832】
２４．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、実施形態１～２３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0833】
２５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、実施形態１～２４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0834】
２６．（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、改変
を含む、操作された細胞であって、前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
を含む、操作された細胞であって、前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、前記操作された細胞。
【0835】
２７．（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、前記改変
のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、実施形態２６に記載の操作された細胞。
のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、実施形態２６に記載の操作された細胞。
【0836】
２８．前記内在性遺伝子が、前記ＣＣＬ２１、前記ＰＤ－Ｌ１、前記ＦＡＳＬ、前記ＳＥＲＰＩＮＢ９、前記ＨＬＡ－Ｇ、前記ＣＤ４７、前記ＣＤ２００、前記ＭＦＧＥ８、前記ＣＤ４６、または前記ＣＤ５９をコードする、実施形態２７に記載の操作された細胞。
【0837】
２９．内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる前記１つまたは複数の改変が、前記遺伝子の内在性プロモーターの１つもしくは複数の改変または異種プロモーターの導入を含む、実施形態２７または２８に記載の操作された細胞。
【0838】
３０．前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、実施形態２９に記載の操作された細胞。
【0839】
３１．前記操作された細胞が、ＣＤ５５の発現を増加させる改変をさらに含み、ＣＤ５５の前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、実施形態１～３０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0840】
３２．発現を増加させる前記改変（複数可）が、増加した表面発現を含み、及び／または発現を低減する前記改変が、低減された表面発現を含み、任意選択で、前記低減された表面発現が、検出可能な表面発現を何ら含まない、実施形態１～３１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0841】
３３．ＣＤ４６の発現を増加させ、かつＣＤ５９の発現を増加させる前記１つまたは複数の改変が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１～３２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0842】
３４．ＣＤ５５の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態３１～３３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0843】
３５．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態３３または実施形態３４に記載の操作された細胞。
【0844】
３６．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３に記載の配列をコードする、実施形態３５に記載の操作された細胞。
【0845】
３７．ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態３３～３６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0846】
３８．ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５に記載の配列をコードする、実施形態３７に記載の操作された細胞。
【0847】
３９．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態３４～３８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0848】
４０．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８に記載の配列をコードする、実施形態３９に記載の操作された細胞。
【0849】
４１．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが各々、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態３３～４０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0850】
４２．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態３３～４１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0851】
４３．ＣＤ４７の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１～４２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0852】
４４．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、前記操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する、実施形態４３に記載の操作された細胞。
【0853】
４５．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１に記載の配列をコードする、実施形態４４に記載の操作された細胞。
【0854】
４６．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態４３～４５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0855】
４７．前記１つまたは複数の寛容原性因子をコードする１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態１～４６のいずれかに記載の操作された細胞。
を含む、実施形態１～４６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0856】
４８．前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、実施形態４７に記載の操作された細胞。
【0857】
４９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、実施形態４７～４８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0858】
５０．前記マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態４７～４９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0859】
５１．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態４７～５０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0860】
５２．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態４７～５０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0861】
５３．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、実施形態５１または実施形態５２に記載の操作された細胞。
【0862】
５４．前記マルチシストロン性ベクターが、第１の導入遺伝子であり、前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む、実施形態５１または実施形態５２に記載の操作された細胞。
【0863】
５５．前記操作された細胞が、第１の導入遺伝子及び第２の導入遺伝子を含み、
前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が各々、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含み、
前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が、モノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである、実施形態１～５４のいずれかに記載の操作された細胞。
前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が各々、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含み、
前記第１の導入遺伝子及び前記第２の導入遺伝子が、モノシストロン性またはマルチシストロン性ベクターである、実施形態１～５４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0864】
５６．前記プロモーターが、構成的プロモーターである、実施形態４１～５５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0865】
５７．前記プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、実施形態５０～５６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0866】
５８．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞のゲノム内に組み込まれる、実施形態３３～５７のいずれかに記載の操作された細胞。
【0867】
５９．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、実施形態３４～５８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0868】
６０．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、実施形態４３～５９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0869】
６１．前記組み込みが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、実施形態５８～６０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0870】
６２．前記組み込みが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものである、実施形態５９または実施形態６０に記載の操作された細胞。
【0871】
６３．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、実施形態６２に記載の操作された細胞。
【0872】
６４．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＴＡＰ１遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、またはセーフハーバー遺伝子座である、実施形態６２または実施形態６３に記載の操作された細胞。
【0873】
６５．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される、実施形態６２または実施形態６３に記載の操作された細胞。
【0874】
６６．前記セーフハーバー遺伝子座が、ＡＡＶＳ１、ＡＢＯ、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＣＸＣＲ４、Ｆ３、ＦＵＴ１、ＨＭＧＢ１、ＫＤＭ５Ｄ、ＬＲＰ１、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＲＨＤ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１遺伝子座からなる群から選択される、実施形態６４に記載の操作された細胞。
【0875】
６７．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、第４の標的ゲノム遺伝子座内に組み込まれる、実施形態５５～６６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0876】
６８．第１の標的ゲノム遺伝子座、第２の標的ゲノム遺伝子座、及び第３の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つが、同じ遺伝子座である、実施形態５５～６７に記載の操作された細胞。
【0877】
６９．前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座のうちの少なくとも２つが、同じ遺伝子座である、実施形態６７に記載の操作された細胞。
【0878】
７０．前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第３の標的ゲノム遺伝子座が、同じ遺伝子座である、実施形態５５～６９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0879】
７１．前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座が、同じ遺伝子座である、実施形態６９に記載の操作された細胞。
【0880】
７２．前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第３の標的ゲノム遺伝子座の各々が、異なる遺伝子座である、実施形態５５～６７に記載の操作された細胞。
【0881】
７３．前記第１の標的ゲノム遺伝子座、前記第２の標的ゲノム遺伝子座、前記第３の標的ゲノム遺伝子座、及び前記第４の標的ゲノム遺伝子座が、異なる遺伝子座である、実施形態７２に記載の操作された細胞。
【0882】
７４．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する、実施形態１～２５及び２７～７３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0883】
７５．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む、実施形態１～２５及び２７～７３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0884】
７６．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む、実施形態７５に記載の操作された細胞。
【0885】
７７．前記改変が、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を排除する、実施形態７５または実施形態７６に記載の操作された細胞。
【0886】
７８．前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、実施形態７５～７７のいずれかに記載の操作された細胞。
【0887】
７９．前記改変が、前記細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む、実施形態７５～７８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0888】
８０．前記不活性化または前記破壊が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデルを含む、実施形態７８または実施形態７９に記載の操作された細胞。
【0889】
８１．前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である、実施形態７５～８０のいずれかに記載の操作された細胞。
【0890】
８２．前記Ｂ２Ｍ遺伝子がノックアウトされている、実施形態７５～８１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0891】
８３．前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものである、実施形態７５～８２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0892】
８４．ゲノム改変タンパク質による前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、または部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）による改変である、実施形態８３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0893】
８５．前記ゲノム改変タンパク質による前記改変が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集である、実施形態８３～８４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0894】
８６．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、実施形態８５に記載の操作された細胞。
【0895】
８７．前記ゲノム改変タンパク質による前記改変が、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｍａｄ７、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼからなる群から選択される１つまたは複数のタンパク質によって実施される、実施形態８３～８５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0896】
８８．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、実施形態８６に記載の操作された細胞。
【0897】
８９．前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、実施形態８８に記載の操作された細胞。
【0898】
９０．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する、実施形態１～２５及び２７～８９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0899】
９１．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む、実施形態１～２５及び２７～８９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0900】
９２．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む、実施形態９１に記載の操作された細胞。
【0901】
９３．前記改変が、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を排除する、実施形態９１または実施形態９２に記載の操作された細胞。
【0902】
９４．前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、実施形態９１～９３のいずれかに記載の操作された細胞。
【0903】
９５．前記改変が、前記細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む、実施形態９１～９４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0904】
９６．前記不活性化または前記破壊が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデルを含む、実施形態９４または実施形態９５に記載の操作された細胞。
【0905】
９７．前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子のフレームシフト変異または連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失である、実施形態９１～９６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0906】
９８．ＣＩＩＴＡ遺伝子がノックアウトされている、実施形態９１～９７のいずれかに記載の操作された細胞。
【0907】
９９．前記操作された細胞が、ヒト細胞または動物細胞であり、任意選択で、前記動物細胞が、ブタ（ブタ類）細胞、ウシ（ウシ類）細胞、またはヒツジ（ヒツジ類）細胞である、実施形態１～９８のいずれかに記載の操作された細胞。
【0908】
１００．前記改変が、ＮＬＲＣ５、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＣＤ１４２、ＡＢＯ、ＣＤ３８、ＣＤ５２、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、及びＲＨＤのうちのいずれか１つまたは複数の発現を低減する、実施形態１～９９のいずれかに記載の操作された細胞。
【0909】
１０１．（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる、及び（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる、前記改変
のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、実施形態１～１００のいずれかに記載の操作された細胞。
のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる１つまたは複数の改変を含む、実施形態１～１００のいずれかに記載の操作された細胞。
【0910】
１０２．前記内在性遺伝子が、前記１つもしくは複数の寛容原性因子、ＣＤ４６、またはＣＤ５９をコードする、実施形態１０１に記載の操作された細胞。
【0911】
１０３．内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる前記１つまたは複数の改変が、前記遺伝子の内在性プロモーターに対する１つもしくは複数の改変または異種プロモーターの導入を含む、実施形態１０１または１０２に記載の操作された細胞。
【0912】
１０４．前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、実施形態１０３に記載の操作された細胞。
【0913】
１０５．ヒト細胞である、実施形態９９に記載の操作された細胞。
【0914】
１０６．幹細胞または前駆細胞に由来する分化細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0915】
１０７．前記幹細胞または前駆細胞が、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、造血幹細胞、間葉系幹細胞、内皮幹細胞、上皮幹細胞、脂肪幹細胞、生殖細胞系幹細胞、肺幹細胞、臍帯血幹細胞、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び複能性幹細胞からなる群から選択される、実施形態１０６に記載の操作された細胞。
【0916】
１０８．多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である、実施形態１～１０６のいずれかに記載の操作された細胞。
【0917】
１０９．前記多能性幹細胞が、人工多能性幹細胞である、実施形態１０８に記載の操作された細胞。
【0918】
１１０．ドナー対象から単離された初代細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0919】
１１１．前記ドナー対象が、健常であるか、または前記個々のドナーから前記ドナーの試料が入手される時点で疾患もしくは病態を有することが疑われない、実施形態１１０に記載の操作された細胞。
【0920】
１１２．島細胞、ベータ島細胞、膵島細胞、免疫細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、マクロファージ細胞、内皮細胞、筋細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、視細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、幹細胞、造血幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、間葉系幹細胞（ＭＳＣ）、胚性幹細胞（ＥＳＣ）、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び血液細胞からなる群から選択される、実施形態１～１１１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0921】
１１３．内皮細胞である、実施形態１～１１１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0922】
１１４．上皮細胞である、実施形態１～１１１のいずれかに記載の操作された細胞。
【0923】
１１５．Ｔ細胞である、実施形態１１２に記載の操作された細胞。
【0924】
１１６．ＮＫ細胞である、実施形態１１２に記載の操作された細胞。
【0925】
１１７．キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む、実施形態１１５または実施形態１１６に記載の操作された細胞。
【0926】
１１８．幹細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0927】
１１９．造血幹細胞（ＨＳＣ）である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0928】
１２０．多能性幹細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0929】
１２１．人工多能性幹細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0930】
１２２．胚性幹細胞である、実施形態１～１０５のいずれかに記載の操作された細胞。
【0931】
１２３．前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ｏである、実施形態１～１２２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0932】
１２４．前記細胞が、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む、実施形態１～１２２のいずれかに記載の操作された細胞。
【0933】
１２５．前記細胞が、アカゲザル因子陰性（Ｒｈ－）である、実施形態１～１２４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0934】
１２６．前記細胞が、アカゲザル因子陽性（Ｒｈ＋）である、実施形態１～１２４のいずれかに記載の操作された細胞。
【0935】
１２７．操作された細胞を生成する方法であって、
ａ．前記細胞におけるＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩの発現を低減または排除する工程と、
ｂ．前記細胞における１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｄ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
ａ．前記細胞におけるＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩの発現を低減または排除する工程と、
ｂ．前記細胞における１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｄ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
【0936】
１２８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態１２７に記載の方法。
【0937】
１２９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態１２８に記載の方法。
【0938】
１３０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、実施形態１２７に記載の方法。
【0939】
１３１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、実施形態１２７～１３０のいずれかに記載の方法。
【0940】
１３２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、実施形態１２７～１３１のいずれかに記載の方法。
【0941】
１３３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、実施形態１２７～１３２のいずれかに記載の方法。
【0942】
１３４．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、実施形態１２７～１３３のいずれかに記載の方法。
【0943】
１３５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、実施形態１２７～１３４のいずれかに記載の方法。
【0944】
１３６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、実施形態１２７～１３５のいずれかに記載の方法。
【0945】
１３７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、実施形態１２７～１３６のいずれかに記載の方法。
【0946】
１３８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、実施形態１２７～１３７のいずれかに記載の方法。
【0947】
１３９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、実施形態１２７～１３８のいずれかに記載の方法。
【0948】
１４０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態１２７～１３９のいずれかに記載の方法。
【0949】
１４１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態１２７～１４０のいずれかに記載の方法。
【0950】
１４２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１２７～１４１のいずれかに記載の方法。
【0951】
１４３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１２７～１４２のいずれかに記載の方法。
【0952】
１４４．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態１２７～１４３のいずれかに記載の方法。
【0953】
１４５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、実施形態１２７～１４４のいずれかに記載の方法。
【0954】
１４６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、実施形態１２７～１４５のいずれかに記載の方法。
【0955】
１４７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、実施形態１２７～１４６のいずれかに記載の方法。
【0956】
１４８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、実施形態１２７～１４７のいずれかに記載の方法。
【0957】
１４９．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減または排除する工程
を含む、実施形態１２７～１４８のいずれかに記載の方法。
を含む、実施形態１２７～１４８のいずれかに記載の方法。
【0958】
１５０．（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる工程、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる工程、及び（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる工程のうちの１つまたは複数が、プロモーターを介して内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階を含む、実施形態１２７～１４９のいずれかに記載の方法。
【0959】
１５１．前記内在性遺伝子が、前記１つもしくは複数の寛容原性因子、ＣＤ４６、またはＣＤ５９をコードする、実施形態１５０に記載の方法。
【0960】
１５２．プロモーターを介して前記内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階が、前記遺伝子の内在性プロモーターを改変することまたは異種プロモーターを導入することを含む、実施形態１５０または１５１に記載の方法。
【0961】
１５３．前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、実施形態１５２に記載の方法。
【0962】
１５４．操作された細胞を生成する方法であって、
ａ．前記細胞におけるＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる工程と、
ｂ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
ａ．前記細胞におけるＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる工程と、
ｂ．前記細胞におけるＣＤ４６の発現を増加させる工程と、
ｃ．前記細胞におけるＣＤ５９の発現を増加させる工程と
を含む、前記方法。
【0963】
１５５．前記細胞におけるＣＤ５５の発現を増加させる工程をさらに含む、実施形態１２７～１５４のいずれかに記載の方法。
【0964】
１５６．前記低減された発現が、低減された表面発現を含み、及び／または前記増加した発現が、増加した表面発現を含み、任意選択で、前記低減された表面発現が、検出可能な表面発現を何ら含まない、実施形態１２７～１５５のいずれかに記載の方法。
【0965】
１５７．ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる工程が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを前記細胞に導入する段階を含む、実施形態１２７～１５６のいずれかに記載の方法。
【0966】
１５８．ＣＤ５５の発現を増加させる工程が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを前記細胞に導入する段階を含む、実施形態１５５～１５７のいずれかに記載の方法。
【0967】
１５９．（ｉ）ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる工程、（ｉｉ）ＣＤ４６の発現を増加させる工程、ならびに（ｉｉｉ）ＣＤ５９の発現を増加させる工程のうちの１つまたは複数が、内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階を含む、実施形態１５４～１５８のいずれかに記載の方法。
【0968】
１６０．前記内在性遺伝子が、前記ＣＣＬ２１、前記ＰＤ－Ｌ１、前記ＦＡＳＬ、前記ＳＥＲＰＩＮＢ９、前記ＨＬＡ－Ｇ、前記ＣＤ４７、前記ＣＤ２００、前記ＭＦＧＥ８、前記ＣＤ４６、または前記ＣＤ５９をコードする、実施形態１５９に記載の方法。
【0969】
１６１．プロモーターを介して前記内在性遺伝子の遺伝子活性を増加させる段階が、前記遺伝子の内在性プロモーターもしくはエンハンサーを改変することまたは異種プロモーターを導入することを含む、実施形態１５９または１６０に記載の方法。
【0970】
１６２．前記異種プロモーターが、ＣＡＧプロモーター、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＰＧＫプロモーター、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＨＳＶのｔｋプロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモーター、ＨＩＶのＬＴＲプロモーター、モロニーウイルスのプロモーター、エプスタイン・バールウイルス（ＥＢＶ）プロモーター、及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモーター、及びＵＢＣプロモーターからなる群から選択される、実施形態１６１に記載の方法。
【0971】
１６３．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態１５７または実施形態１５８に記載の方法。
【0972】
１６４．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号３に記載の配列をコードする、実施形態１６３に記載の方法。
【0973】
１６５．ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有するアミノ酸の配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態１５７～１６４のいずれかに記載の方法。
【0974】
１６６．ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号５に記載の配列をコードする、実施形態１６５に記載の方法。
【0975】
１６７．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、補体阻害活性を示す、実施形態１５８～１６６のいずれかに記載の方法。
【0976】
１６８．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号８に記載の配列をコードする、実施形態１６７に記載の方法。
【0977】
１６９．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが各々、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態１５７～１６８のいずれかに記載の方法。
【0978】
１７０．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態１５８～１６９のいずれかに記載の方法。
【0979】
１７１．ＣＤ４７の発現を増加させる前記改変が、ＣＤ４７タンパク質をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１５９～１７０のいずれかに記載の方法。
【0980】
１７２．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも８５％の同一性を有する配列をコードし、前記操作された細胞の自然免疫による殺傷を低減する、実施形態１７１に記載の方法。
【0981】
１７３．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、配列番号１に記載の配列をコードする、実施形態１７２に記載の方法。
【0982】
１７４．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、プロモーターに作動可能に連結されている、実施形態１７１～１７３のいずれかに記載の方法。
【0983】
１７５．ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドからなる群から選択される２つ以上の外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクターを、導入する工程
を含む、実施形態１５９～１７４のいずれかに記載の方法。
を含む、実施形態１５９～１７４のいずれかに記載の方法。
【0984】
１７６．前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、実施形態１７５に記載の方法。
【0985】
１７７．前記マルチシストロン性ベクターの各ポリヌクレオチドが、同じプロモーターに作動可能に連結されている、実施形態１７５または実施形態１７６に記載の方法。
【0986】
１７８．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１７５～１７７のいずれかに記載の方法。
【0987】
１７９．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１７５～１７７のいずれかに記載の方法。
【0988】
１８０．前記マルチシストロン性ベクターが、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、実施形態１７８または実施形態１７９に記載の方法。
【0989】
１８１．前記操作された細胞が、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを含む別個の導入遺伝子を含む、実施形態１７８または実施形態１７９に記載の方法。
【0990】
１８２．ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、実施形態１５７～１８１のいずれかに記載の方法。
【0991】
１８３．ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、実施形態１５７～１８２のいずれかに記載の方法。
【0992】
１８４．ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドが、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれる、実施形態１７１～１８３のいずれかに記載の方法。
【0993】
１８５．前記組み込みが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によるものであり、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、実施形態１８２～１８４のいずれかに記載の方法。
【0994】
１８６．前記組み込みが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によるものであり、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態１８２～１８４のいずれかに記載の方法。
【0995】
１８７．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座またはＴＲＢＣ遺伝子座、ＣＤ１４２遺伝子座、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、ＲＯＳＡ２６遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、実施形態１８６に記載の方法。
【0996】
１８８．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＴＡＰ１遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢＣ遺伝子座、またはセーフハーバー遺伝子座である、実施形態１８６に記載の方法。
【0997】
１８９．前記標的ゲノム遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（ＡＡＶＳ１としても公知の）遺伝子、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲＯＳＡ２６遺伝子座からなる群から選択される、実施形態１８６に記載の方法。
【0998】
１９０．前記セーフハーバー遺伝子座が、ＡＡＶＳ１、ＡＢＯ、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＣＸＣＲ４、Ｆ３、ＦＵＴ１、ＨＭＧＢ１、ＫＤＭ５Ｄ、ＬＲＰ１、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＲＨＤ、ＲＯＳＡ２６、及びＳＨＳ２３１遺伝子座からなる群から選択される、実施形態１８８に記載の方法。
【0999】
１９１．前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、または部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）によるものである、実施形態１２８～１９０のいずれかに記載の方法。
【1000】
１９２．前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、前記改変が、ＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼ、プライム編集、部位特異的標的化要素によるプログラム可能な付加（ＰＡＳＴＥ）、またはヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態１２８～１９１のいずれかに記載の方法。
【1001】
１９３．前記ゲノム改変タンパク質が、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、Ｍａｄ７、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、及びＣＲＩＳＰＲ関連トランスポザーゼからなる群から選択される、実施形態１９１または１９２に記載の方法。
【1002】
１９４．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、実施形態１８６～１９３のいずれかに記載の方法。
【1003】
１９５．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記標的ゲノム遺伝子座の標的配列に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及び／またはＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む相同性指向修復鋳型を含む、実施形態１９４に記載の方法。
【1004】
１９６．前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、実施形態１９５に記載の方法。
【1005】
１９７．ＭＨＣクラスＩの発現を低減する工程が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入する段階を含む、実施形態１２７～１９６のいずれかに記載の方法。
【1006】
１９８．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減された発現を含む、実施形態１９７に記載の方法。
【1007】
１９９．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍの低減されたタンパク質発現を含む、実施形態１９８に記載の方法。
【1008】
２００．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、Ｂ２Ｍ遺伝子活性を低減する、実施形態１９８または実施形態１９９に記載の方法。
【1009】
２０１．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子の発現を低減する前記改変が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、実施形態１９７～２００のいずれかに記載の方法。
【1010】
２０２．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、前記細胞における全てのＢ２Ｍコード配列の不活性化または破壊を含む、実施形態１９７～２０１のいずれかに記載の方法。
【1011】
２０３．前記不活性化または前記破壊が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子におけるインデル、または前記Ｂ２Ｍ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む、実施形態２０１または実施形態２０２に記載の方法。
【1012】
２０４．前記インデルが、フレームシフト変異である、実施形態２０３に記載の方法。
【1013】
２０５．前記Ｂ２Ｍ遺伝子がノックアウトされている、実施形態１９７～２０４のいずれかに記載の方法。
【1014】
２０６．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態１９７～２０５のいずれかに記載の方法。
【1015】
２０７．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、実施形態２０６に記載の方法。
【1016】
２０８．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記Ｂ２Ｍ遺伝子内の少なくとも１つの標的部位に相補的である標的化ドメインを有するガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）を含む、実施形態２０７に記載の方法。
【1017】
２０９．前記ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせが、前記ｇＲＮＡ及びＣａｓタンパク質を含むリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体である、実施形態２０８に記載の方法。
【1018】
２１０．ＭＨＣクラスＩＩの発現を低減する工程が、１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する改変を導入する段階を含む、実施形態１２７～２０９のいずれかに記載の方法。
【1019】
２１１．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減された発現を含む、実施形態２１０に記載の方法。
【1020】
２１２．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡの低減されたタンパク質発現を含む、実施形態２１１に記載の方法。
【1021】
２１３．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、ＣＩＩＴＡ遺伝子活性を低減する、実施形態２１１または実施形態２１２に記載の方法。
【1022】
２１４．１つまたは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子のタンパク質発現を低減する前記改変が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊を含む、実施形態２１１～２１３のいずれかに記載の方法。
【1023】
２１５．前記改変が、前記細胞における全てのＣＩＩＴＡコード配列の不活性化または破壊を含む、実施形態２１１～２１４のいずれかに記載の方法。
【1024】
２１６．前記不活性化または前記破壊が、前記ＣＩＩＴＡ遺伝子におけるインデル、または前記ＣＩＩＴＡ遺伝子の連続した一続きのゲノムＤＮＡの欠失を含む、実施形態２１４または実施形態２１５に記載の方法。
【1025】
２１７．前記インデルが、フレームシフト変異である、実施形態２１６に記載の方法。
【1026】
２１８．前記ＣＩＩＴＡ遺伝子がノックアウトされている、実施形態２１１～２１７のいずれかに記載の方法。
【1027】
２１９．前記細胞が、ヒト細胞または動物細胞であり、任意選択で、前記動物細胞が、ブタ（ブタ類）細胞、ウシ（ウシ類）細胞、またはヒツジ（ヒツジ類）細胞である、実施形態１２７～２１８のいずれかに記載の方法。
【1028】
２２０．前記操作された細胞が、ヒト細胞である、実施形態１２７～２１９のいずれかに記載の方法。
【1029】
２２１．前記細胞が、ドナー対象から単離された初代細胞である、実施形態１２７～２２０のいずれかに記載の方法。
【1030】
２２２．前記細胞が、多能性幹細胞であり、前記操作された細胞が、前記多能性幹細胞に由来する分化細胞であり、前記方法が、前記多能性幹細胞を分化させる工程をさらに含む、実施形態１２７～２２０のいずれかに記載の方法。
【1031】
２２３．前記多能性幹細胞が、人工多能性幹細胞である、実施形態２２２に記載の方法。
【1032】
２２４．前記操作された細胞が、島細胞、ベータ島細胞、膵島細胞、免疫細胞、Ｂ細胞、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、マクロファージ細胞、内皮細胞、筋細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、視細胞、肝細胞、甲状腺細胞、皮膚細胞、グリア前駆細胞、神経細胞、心臓細胞、幹細胞、造血幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、間葉系幹細胞（ＭＳＣ）、胚性幹細胞（ＥＳＣ）、多能性幹細胞（ＰＳＣ）、及び血液細胞からなる群から選択される、実施形態１２７～２２３のいずれかに記載の方法。
【1033】
２２５．実施形態１２７～２２４のいずれかに記載の方法に従って生産される、操作された細胞。
【1034】
２２６．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害を回避することができる、実施形態１～１２６及び２２５のいずれかに記載の操作された細胞。
【1035】
２２７．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される、実施形態１～１２６及び２２５～２２６のいずれかに記載の操作された細胞。
【1036】
２２８．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する免疫応答を誘導しない、実施形態１～１２６及び２２５～２２６のいずれかに記載の操作された細胞。
【1037】
２２９．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する全身性炎症応答を誘導しない、実施形態１～１２６及び２２５～２２８のいずれかに記載の操作された細胞。
【1038】
２３０．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に前記細胞に対する局所炎症応答を誘導しない、実施形態１～１２６及び２２５～２２９のいずれかに記載の操作された細胞。
【1039】
２３１．前記操作された細胞、または前記操作された細胞に由来する子孫もしくは分化細胞が、患者への投与時に補体経路活性化を誘導しない、実施形態１～１２６及び２２５～２３０のいずれかに記載の操作された細胞。
【1040】
２３２．前記細胞が、患者への投与時に生着して機能する能力を保持する、実施形態１～１２６及び２２５～２３１のいずれかに記載の操作された細胞。
【1041】
２３３．実施形態１～１２６及び２２５～２３２のいずれかに記載の操作された細胞を複数含む、細胞の集団。
【1042】
２３４．前記集団中の細胞の少なくとも約３０％が、実施形態１～１２６のいずれかに記載の操作された細胞を含む、実施形態２３３に記載の集団。
【1043】
２３５．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含む、実施形態２３３に記載の集団。
【1044】
２３６．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態２３３または２３５に記載の集団。
【1045】
２３７．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態２３３～２３６のいずれかに記載の集団。
【1046】
２３８．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態２３３～２３７のいずれかに記載の集団。
【1047】
２３９．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態２３３～２３８のいずれかに記載の集団。
【1048】
２４０．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減された１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を含む、実施形態２３３～２３９のいずれかに記載の集団。
【1049】
２４１．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む、実施形態２３３～２４０のいずれかに記載の集団。
【1050】
２４２．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、前記改変を含まない細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及びＣＩＩＴＡの発現を含む、実施形態２３３～２４０のいずれかに記載の集団。
【1051】
２４３．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む、実施形態２３３～２４２のいずれかに記載の集団。
【1052】
２４４．前記集団中の細胞の少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．９％、または９９．９９％が、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルを不活性化する１つまたは複数の変化を含む、実施形態２３３～２４３のいずれかに記載の集団。
【1053】
２４５．実施形態２３３～２４４のいずれかに記載の集団を含む、組成物。
【1054】
２４６．操作された細胞の集団を含む組成物であって、前記操作された細胞が、
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉ）ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び
（ｉｖ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む、前記組成物。
（ｉ）ＣＤ４７をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉ）ＣＤ４６をコードする外因性ポリヌクレオチド、
（ｉｉｉ）ＣＤ５９をコードする外因性ポリヌクレオチド、及び
（ｉｖ）Ｂ２Ｍ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊
を含む、前記組成物。
【1055】
２４７．前記操作された細胞が、ＣＩＩＴＡ遺伝子の両方のアレルの不活性化または破壊をさらに含む、実施形態２４６に記載の組成物。
【1056】
２４８．前記操作された細胞が、ＣＤ５５をコードする外因性ポリヌクレオチドをさらに含む、実施形態２４６または２４７に記載の組成物。
【1057】
２４９．前記操作された細胞が、
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
【1058】
２５０．前記操作された細胞が、
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
【1059】
２５１．前記操作された細胞が、
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
ＣＤ４７をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む第１の導入遺伝子、ならびにＣＤ４６をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、ＣＤ５９をコードする前記外因性ポリヌクレオチド、及びＣＤ５５をコードする前記外因性ポリヌクレオチドを含む、マルチシストロン性ベクター
を含む、実施形態２４６～２４８のいずれかに記載の組成物。
【1060】
２５２．前記マルチシストロン性ベクターの前記ポリヌクレオチドの各々が、ＩＲＥＳまたは自己切断型ペプチドによって隔てられている、実施形態２４８～２５１のいずれかに記載の組成物。
【1061】
２５３．前記導入遺伝子（複数可）が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によって標的ゲノム遺伝子座部位にて導入される、実施形態２４８～２５２のいずれかに記載の組成物。
【1062】
２５４．前記不活性化または前記破壊が、ゲノム改変タンパク質によるものであり、任意選択で、前記不活性化または前記破壊が、ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態２４６～２５２のいずれかに記載の組成物。
【1063】
２５５．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、前記標的ゲノム遺伝子座を標的とするジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、またはＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓの組み合わせによるものであり、任意選択で、前記Ｃａｓが、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択される、実施形態２４５～２５４のいずれかに記載の組成物。
【1064】
２５６．前記ヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集が、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２から選択されるＣａｓヌクレアーゼによるものである、実施形態２５５に記載の組成物。
【1065】
２５７．薬学的組成物である、実施形態２４５～２５４のいずれかに記載の組成物。
【1066】
２５８．薬学的に許容される賦形剤を含む、実施形態２５７に記載の組成物。
【1067】
２５９．凍結保護剤を含む無血清凍結保存培地中で製剤化されている、実施形態２４５～２５４のいずれかに記載の組成物。
【1068】
２６０．前記凍結保護剤が、ＤＭＳＯであり、前記凍結保存培地が、５％～１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である、実施形態２５９に記載の組成物。
【1069】
２６１．前記凍結保護剤が、１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）であるか、または約１０％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）である、実施形態２５９または２６０に記載の組成物。
【1070】
２６２．滅菌されている、実施形態２４５～２６１のいずれかに記載の組成物。
【1071】
２６３．実施形態２４５～２６１のいずれかに記載の組成物を含む、容器。
【1072】
２６４．滅菌バッグである、実施形態２６３に記載の容器。
【1073】
２６５．前記バッグが、凍結保存対応バッグである、実施形態２６４に記載の滅菌バッグ。
【1074】
２６６．その必要のある患者において疾患、病態、または細胞欠陥を処置する方法であって、前記患者に、有効量の実施形態２３３～２４４のいずれかに記載の集団または実施形態２４５～２６２のいずれかに記載の組成物を投与する工程を含む、前記方法。
【1075】
２６７．前記集団が、内皮細胞を含む、実施形態２６６に記載の方法。
【1076】
２６８．前記病態または前記疾患が、糖尿病、がん、血管新生障害、眼疾患、甲状腺疾患、皮膚疾患、及び肝臓疾患からなる群から選択される、実施形態２６６または実施形態２６７に記載の方法。
【1077】
２６９．前記細胞欠陥が、糖尿病に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、糖尿病であり、任意選択で前記糖尿病が、Ｉ型糖尿病である、実施形態２６６に記載の方法。
【1078】
２７０．前記細胞の集団が、ベータ島細胞を含めた島細胞の集団である、実施形態２６９に記載の方法。
【1079】
２７１．前記島細胞が、島前駆細胞、未成熟島細胞、及び成熟島細胞からなる群から選択される、実施形態２７０に記載の方法。
【1080】
２７２．前記細胞欠陥が、血管病態もしくは疾患に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、血管病態もしくは疾患である、実施形態２６６に記載の方法。
【1081】
２７３．前記細胞の集団が、内皮細胞の集団である、実施形態２７２に記載の方法。
【1082】
２７４．前記細胞欠陥が、自己免疫性甲状腺炎に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、自己免疫性甲状腺炎である、実施形態２６６に記載の方法。
【1083】
２７５．前記細胞の集団が、甲状腺前駆細胞の集団である、実施形態２７４に記載の方法。
【1084】
２７６．前記細胞欠陥が、肝臓疾患に関連するか、または前記疾患が、肝臓疾患である、実施形態２６６に記載の方法。
【1085】
２７７．前記肝臓疾患が、前記肝臓の肝硬変を含む、実施形態２７６に記載の方法。
【1086】
２７８．前記細胞の集団が、肝細胞または肝前駆細胞の集団である、実施形態２７６または２７７に記載の方法。
【1087】
２７９．前記細胞欠陥が、角膜疾患に関連するか、または前記疾患が、角膜疾患である、実施形態２６６に記載の方法。
【1088】
２８０．前記角膜疾患が、フックスジストロフィーまたは先天性遺伝性内皮ジストロフィーである、実施形態２７９に記載の方法。
【1089】
２８１．前記細胞の集団が、角膜内皮前駆細胞または角膜内皮細胞の集団である、実施形態２７９または２８０に記載の方法。
【1090】
２８２．前記細胞欠陥が、腎臓疾患に関連するか、または前記疾患が、腎臓疾患である、実施形態２６６に記載の方法。
【1091】
２８３．前記細胞の集団が、腎前駆体細胞または腎細胞の集団である、実施形態２８２に記載の方法。
【1092】
２８４．前記細胞欠陥が、がんに関連するか、または前記疾患が、がんである、実施形態２６６に記載の方法。
【1093】
２８５．前記がんが、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌からなる群から選択される、実施形態２８４に記載の方法。
【1094】
２８６．前記細胞の集団が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、またはＮＫＴ細胞の集団である、実施形態２８４または２８５に記載の方法。
【1095】
２８７．前記細胞欠陥が、造血疾患もしくは障害に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、造血疾患もしくは障害である、実施形態２６６に記載の方法。
【1096】
２８８．前記造血疾患または障害が、骨髄異形成、再生不良性貧血、ファンコニ貧血、発作性夜間ヘモグロビン尿症、鎌状赤血球症、ダイアモンド・ブラックファン貧血、シャックマン・ダイアモンド障害、コストマン症候群、慢性肉芽腫性疾患、副腎白質ジストロフィー、白血球接着不全症、血友病、サラセミア、ベータサラセミア、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性（骨髄性）白血病（ＡＭＬ）、成人リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、Ｂ細胞慢性リンパ性白血病（Ｂ－ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、若年性慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、及び若年性骨髄単球性白血病（ＪＭＭＬ）等の白血病、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、Ｘ連鎖重症複合免疫不全症、ウィスコット・アルドリッチ症候群（ＷＡＳ）、アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）欠損症、慢性肉芽腫性疾患、チェディアック・東症候群、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、またはＡＩＤＳである、実施形態２８７に記載の方法。
【1097】
２８９．前記細胞欠陥が、白血病もしくは骨髄腫に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、白血病もしくは骨髄腫である、実施形態２６６に記載の方法。
【1098】
２９０．前記細胞欠陥が、自己免疫疾患もしくは病態に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、自己免疫疾患または病態である、実施形態２６６に記載の方法。
【1099】
２９１．前記自己免疫疾患または病態が、急性散在性脳脊髄炎、急性出血性白質脳炎、アジソン病、無ガンマグロブリン血症、円形脱毛症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、抗合成酵素症候群、アトピー性アレルギー、自己免疫性再生不良性貧血、自己免疫性心筋症、自己免疫性腸疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ球増殖性症候群、自己免疫性末梢性ニューロパチー、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、バロー病、バロー同心円硬化症、ベーチェット症候群、バージャー病、ビッカースタッフ型脳炎、ブラウ症候群、水疱性類天疱瘡、がん、キャッスルマン病、セリアック病、慢性炎症性脱髄性多発ニューロパチー、慢性再発性多巣性骨髄炎、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、コーガン症候群、寒冷凝集素症、補体第２成分欠損症、頭蓋動脈炎、ＣＲＥＳＴ症候群、クローン病、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、デゴス病、ダーカム病、疱疹状皮膚炎、皮膚筋炎、１型真性糖尿病、びまん皮膚硬化型全身性強皮症、ドレスラー症候群、円板状エリテマトーデス、湿疹、付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、好酸球性胃腸炎、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、本態性混合型クリオグロブリン血症、エバンス症候群、進行性骨化性線維異形成症、線維化性肺胞炎、胃炎、胃腸類天疱瘡、巨細胞性動脈炎、糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、橋本脳症、橋本甲状腺炎、溶血性貧血、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、妊娠性疱疹、低ガンマグロブリン血症、特発性炎症性脱髄性疾患、特発性肺線維症、特発性血小板減少性紫斑病、ＩｇＡ腎症、封入体筋炎、炎症性脱髄性多発ニューロパチー、間質性膀胱炎、若年性特発性関節炎、若年性関節リウマチ、川崎病、ランバート・イートン筋無力症候群、白血球破砕性血管炎、扁平苔癬、硬化性苔癬、線状ＩｇＡ病（ＬＡＤ）、ルー・ゲーリッグ病、ルポイド肝炎、エリテマトーデス、マジード症候群、メニエール病、顕微鏡的多発血管炎、ミラー・フィッシャー症候群、混合性結合組織病、斑状強皮症、ムッカ・ハーベルマン病、多発性硬化症、重症筋無力症、筋炎、視神経脊髄炎、ニューロミオトニア、眼型瘢痕性類天疱瘡、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、オルド甲状腺炎、回帰性リウマチ、腫瘍随伴性小脳変性症、発作性夜間ヘモグロビン尿症（ＰＮＨ）、パリーロンバーグ症候群、パーソネイジ・ターナー症候群、扁平部炎、天疱瘡、尋常性天疱瘡、悪性貧血、静脈周囲性脳脊髄炎、ＰＯＥＭＳ症候群、結節性多発性動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、進行性炎症ニューロパチー、乾癬、乾癬性関節炎、壊疽性膿皮症、赤芽球癆、ラスムッセン脳炎、レイノー現象、再発性多発軟骨炎、ライター症候群、レストレスレッグス症候群、後腹膜線維症、関節リウマチ、リウマチ熱、サルコイドーシス、シュミット症候群、シュニッツラー症候群、強膜炎、強皮症、シェーグレン症候群、脊椎関節症、スティル病、スティッフパーソン症候群、亜急性細菌性心内膜炎、スザック症候群、スイート症候群、シデナム舞踏病、交感性眼炎、高安動脈炎、側頭動脈炎、トロサ・ハント症候群、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、分類不能結合組織病、分類不能脊椎関節症、血管炎、白斑、またはウェゲナー肉芽腫症である、実施形態２９０に記載の方法。
【1100】
２９２．前記細胞の集団が、造血幹細胞（ＨＳＣ）及び／またはその派生物を含む集団である、実施形態２８７～２９１のいずれかに記載の方法。
【1101】
２９３．前記細胞欠陥が、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、神経変性疾患もしくは病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、脳卒中後の神経精神障害（ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｉａｔｒｉｃ ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｓｔｒｏｋｅ）、もしくは筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）に関連するか、または前記疾患もしくは前記病態が、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、神経変性疾患もしくは病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、脳卒中後の神経精神障害、もしくは筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）である、実施形態２６６に記載の方法。
【1102】
２９４．前記細胞の集団が、神経細胞及び／またはグリア細胞を含む集団である、実施形態２９３に記載の方法。
【1103】
２９５．前記細胞が、投与前に増殖させられ、凍結保存される、実施形態２６６～２９４のいずれかに記載の方法。
【1104】
２９６．前記集団を投与する工程が、前記集団の静脈内注射、筋肉内注射、血管内注射、または移植を含む、実施形態２６６～２９５のいずれかに記載の方法。
【1105】
２９７．前記集団が、血管内注射または筋肉内注射を介して移植される、実施形態２９６に記載の方法。
【1106】
２９８．前記集団がドナー対象に由来し、前記ドナーのＨＬＡ型が、前記患者のＨＬＡ型と一致しない、実施形態２２６～２９７のいずれかに記載の方法。
【1107】
２９９．前記集団がドナーに由来し、前記ドナーの血液型が、前記患者の血液型と一致せず、前記ドナーの血液型がＯ型でない、実施形態２２６～２９８のいずれかに記載の方法。
【1108】
３００．前記集団がドナーに由来し、前記ドナーの血液型がアカゲザル因子（Ｒｈ）陽性であり、前記患者の血液型がＲｈ陰性である、実施形態２２６～２９９のいずれかに記載の方法。
【1109】
３０１．前記患者の血清が、Ｒｈに対する抗体を含む、実施形態２２６～３００のいずれかに記載の方法。
【1110】
３０２．前記集団がヒト細胞集団であり、前記患者がヒト患者である、実施形態２２６～３０１のいずれかに記載の方法。
【1111】
３０３．前記細胞の集団が、機能的ＡＢＯ Ａアレル及び／または機能的ＡＢＯ Ｂアレルを含む、実施形態２２６～３０２のいずれかに記載の方法。
【1112】
３０４．前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ａ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ａ抗体を含む、実施形態３０３に記載の方法。
【1113】
３０５．前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ｂ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ｂ抗体を含む、実施形態３０３に記載の方法。
【1114】
３０６．前記細胞の集団が、ＡＢＯ Ａ型抗原及びＢ型抗原を提示し、前記患者の血清が、抗Ａ抗体及び／または抗Ｂ抗体を含む、実施形態３０３に記載の方法。
【1115】
３０７．前記細胞の集団が、Ｒｈ因子を発現し、前記患者の血清が、抗Ｒｈ抗体を含む、実施形態２６６～３０６のいずれかに記載の方法。
【1116】
３０８．疾患、病態、または細胞欠陥を処置するために患者に投与するための操作された細胞の集団を含む細胞療法を選択する方法であって、
前記方法が、
前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含み、
前記１セットの集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットを含み、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変をさらに含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
前記方法。
前記方法が、
前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含み、
前記１セットの集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットを含み、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変をさらに含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
前記方法。
【1117】
３０９．その必要のある患者において疾患、病態、または細胞欠陥を処置する方法であって、前記患者に、有効量の操作された細胞の集団を投与する工程を含み、
前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含む方法によって、前記患者が、処置に対する選択を受け、
前記１セットの操作された細胞の集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者に前記第１の操作された細胞の集団を投与する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者に前記第２の操作された細胞の集団を投与する工程を含む、
前記方法。
前記患者の血液が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する工程
を含む方法によって、前記患者が、処置に対する選択を受け、
前記１セットの操作された細胞の集団が、
（ｉ）低免疫原性改変の基本セットを含むが、ＣＤ４６及びＣＤ５９の発現を増加させる改変を含まない、第１の操作された細胞の集団、ならびに
（ｉｉ）前記低免疫原性改変の基本セットならびにＣＤ４６及びＣＤ５９の増加した発現を含む、第２の操作された細胞の集団
を含み、
前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものであり；
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合もＲｈ因子不適合も有しない場合、前記方法は、前記患者に前記第１の操作された細胞の集団を投与する工程を含み、
前記患者の血液型が、前記１セットの集団のＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有する場合、前記方法は、前記患者に前記第２の操作された細胞の集団を投与する工程を含む、
前記方法。
【1118】
３１０．前記低免疫原性改変の基本セットが、
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、ならびに（ｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含み、（ｉ）の前記増加した発現及び（ｉｉ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、実施形態３０８または実施形態３０９に記載の方法。
（ｉ）１つまたは複数の寛容原性因子の発現を増加させる、ならびに（ｉｉ）１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／または１つもしくは複数のＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を低減する、改変
を含み、（ｉ）の前記増加した発現及び（ｉｉ）の前記低減された発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、実施形態３０８または実施形態３０９に記載の方法。
【1119】
３１１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＣＤ２７、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦＡＳＬ、ＣＣＬ２１、ＭＦＧＥ８、及びＳＥＲＰＩＮＢ９、ならびにそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態３１０に記載の方法。
【1120】
３１２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７、ＰＤ－Ｌ１、ＨＬＡ－ＥまたはＨＬＡ－Ｇ、ＣＣＬ２１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＣＤ２００、ＭＦＧＥ８、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、実施形態３１１に記載の方法。
【1121】
３１３．前記低免疫原性改変の基本セットが、ＣＣＬ２１、ＰＤ－Ｌ１、ＦＡＳＬ、ＳＥＲＰＩＮＢ９、ＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７、ＣＤ２００、及びＭＦＧＥ８の発現を増加させる改変を含み、前記増加した発現が、前記改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べたものである、実施形態３０８または実施形態３０９に記載の方法。
【1122】
３１４．前記第２の操作された細胞の集団が、実施形態１～１２６及び２２５～２３２のいずれかに記載の操作された細胞を含む集団であるか、または実施形態２３３～２４４のいずれかに記載の操作された細胞の集団である、実施形態３０８～３１３のいずれかに記載の方法。
【1123】
３１５．前記１セットの細胞の集団の、前記第１の操作された細胞の集団及び前記第２の操作された細胞の集団が、
同じドナーに由来するか、または
同じ複数のドナーである１よりも多くの前記ドナーからプールされた細胞に由来する、
実施形態３０８～３１４のいずれかに記載の方法。
同じドナーに由来するか、または
同じ複数のドナーである１よりも多くの前記ドナーからプールされた細胞に由来する、
実施形態３０８～３１４のいずれかに記載の方法。
【1124】
３１６．前記１セットの細胞の集団の、前記第１の操作された細胞の集団及び前記第２の操作された細胞の集団が、同じＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型のものである、実施形態３０８～３１５のいずれかに記載の方法。
【1125】
３１７．前記患者の血液型が、１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及び／またはアカゲザル（Ｒｈ）因子型との、ＡＢＯ式血液型不適合またはＲｈ因子不適合を有するかどうかを決定する前記工程が、
前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、
前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、及び／または
前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陽性もしくは陰性のどちらであるかを決定する段階
を含む、実施形態３０８～３１６のいずれかに記載の方法。
前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、
前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含むかどうかを決定する段階、及び／または
前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陽性もしくは陰性のどちらであるかを決定する段階
を含む、実施形態３０８～３１６のいずれかに記載の方法。
【1126】
３１８．前記患者の血液型が、前記１セットの操作された細胞の集団の前記ＡＢＯ式血液型及び前記Ｒｈ因子型との血液型適合性を有すると決定され、
（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、かつＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まない場合、及び前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ｂであり、かつＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ａであり、かつ前記細胞がＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含む場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ｏの細胞である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏの細胞であり、かつＲｈ因子陰性またはＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｅ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
実施形態３０８～３１７のいずれかに記載の方法。
（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、かつＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まない場合、及び前記患者の血液型がアカゲザル（Ｒｈ）因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ｂであり、かつＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＯまたはＡＢＯ式血液型Ａであり、かつ前記細胞がＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含む場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ｏの細胞である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏの細胞であり、かつＲｈ因子陰性またはＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者への投与のための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｅ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第１の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
実施形態３０８～３１７のいずれかに記載の方法。
【1127】
３１９．前記患者の血液型が、前記１セットの操作された細胞の集団のＡＢＯ式血液型及びＲｈ因子型との、ＡＢＯ式血液型及び／またはＲｈ因子不適合を有し、
（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＡまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＢまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、またはＡＢＯ式血液型ＡＢであり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
実施形態３０８～３１７のいずれかに記載の方法。
（ａ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＡまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｂ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、ＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体を含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、及び（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型ＢまたはＡＢＯ式血液型ＡＢの細胞であり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｃ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体及びＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体を含み、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞がＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、またはＡＢＯ式血液型ＡＢであり、かつ前記集団の前記細胞がＲｈ因子陽性またはＲｈ因子陰性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、あるいは
（ｄ）（１）前記患者の血清がＡＢＯ式血液型Ａ抗原に対する抗体もＡＢＯ式血液型Ｂ抗原に対する抗体も含まず、かつ前記患者の血液型がＲｈ因子陰性である場合、ならびに（２）前記１セットの細胞の集団の前記細胞が、ＡＢＯ式血液型Ａ、ＡＢＯ式血液型Ｂ、ＡＢＯ式血液型ＡＢ、またはＡＢＯ式血液型Ｏ、及びＲｈ因子陽性である場合、前記方法は、前記患者に投与するための前記第２の操作された細胞の集団を選択する工程を含む、
実施形態３０８～３１７のいずれかに記載の方法。
【1128】
３２０．１つまたは複数の免疫抑制剤を前記患者に投与する工程をさらに含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３１９のいずれかに記載の方法。
【1129】
３２１．前記患者が、１つまたは複数の免疫抑制剤を投与されている、実施形態２２６～３０７及び３０９～３１９のいずれかに記載の方法。
【1130】
３２２．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、低分子または抗体である、実施形態３２０または３２１に記載の方法。
【1131】
３２３．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、コルチコステロイド、プレドニゾン、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナル、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスパガリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン（チモシン－α）、及び免疫抑制抗体からなる群から選択される、実施形態３２０～３２２のいずれかに記載の方法。
【1132】
３２４．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロスポリンを含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1133】
３２５．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチルを含む、実施形態３２０～３２２のいずれかに記載の方法。
【1134】
３２６．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、コルチコステロイドを含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1135】
３２７．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、シクロホスファミドを含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1136】
３２８．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、ラパマイシンを含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1137】
３２９．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、タクロリムス（ＦＫ－５０６）を含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1138】
３３０．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、抗胸腺細胞グロブリンを含む、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1139】
３３１．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、１つまたは複数の免疫調節剤である、実施形態３２０～３２３のいずれかに記載の方法。
【1140】
３３２．前記１つまたは複数の免疫調節剤が、低分子または抗体である、実施形態３３１に記載の方法。
【1141】
３３３．前記抗体が、ＩＬ－２受容体のｐ７５、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－アルファ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、ＣＤ５８からなる群から選択される受容体またはリガンド、およびそれらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体、のうちの１つまたは複数に結合する、実施形態３２２または実施形態３３２に記載の方法。
【1142】
３３４．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３３のいずれかに記載の方法。
【1143】
３３５．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1144】
３３６．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1145】
３３７．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1146】
３３８．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1147】
３３９．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目の投与と同じ日に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1148】
３４０．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の投与後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1149】
３４１．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1150】
３４２．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1151】
３４３．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1152】
３４４．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1153】
３４５．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1154】
３４６．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の１回目及び／または２回目の投与の施行から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に前記患者に投与されるか、または投与されている、実施形態３２０～３３４のいずれかに記載の方法。
【1155】
３４７．前記１つまたは複数の免疫抑制剤が、前記操作された細胞の前記改変を含まない免疫原性細胞の免疫拒絶反応を低減するために投与される１つまたは複数の免疫抑制剤の投薬量と比較してより低い投薬量で投与される、実施形態３２０～３４６のいずれかに記載の方法。
【1156】
３４８．前記操作された細胞が、前記操作された細胞の制御された殺傷が可能である、実施形態２２６～３０７及び３０９～３４７のいずれかに記載の方法。
【1157】
３４９．前記操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチを含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３４８のいずれかに記載の方法。
【1158】
３５０．薬物もしくはプロドラッグの存在下で、または選択的な外因性化合物による作動時に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導する、実施形態３４９に記載の方法。
【1159】
３５１．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、前記操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる誘導性タンパク質である、実施形態３４９または実施形態３５０に記載の方法。
【1160】
３５２．前記操作された細胞のアポトーシスを誘導することができる前記誘導性タンパク質が、カスパーゼタンパク質である、実施形態３５１に記載の方法。
【1161】
３５３．前記カスパーゼタンパク質が、カスパーゼ９である、実施形態３５２に記載の方法。
【1162】
３５４．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、実施形態３４９～３５３のいずれかに記載の方法。
【1163】
３５５．前記患者への前記１つまたは複数の免疫抑制剤の前記投与後に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、実施形態３４９～３５４のいずれかに記載の方法。
【1164】
３５６．前記患者への前記１つまたは複数の免疫抑制剤の前記投与前に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、実施形態３４９～３５４のいずれかに記載の方法。
【1165】
３５７．前記患者への前記操作された細胞の前記投与後に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、実施形態３４９～３５６のいずれかに記載の方法。
【1166】
３５８．前記患者に細胞傷害事象または他のマイナスの結果が生じた場合に、前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、制御された細胞死を誘導するために作動される、実施形態３４９～３５７のいずれかに記載の方法。
【1167】
３５９．前記操作された細胞の集団の操作された細胞の枯渇を可能にする剤を投与する工程を含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３４９のいずれかに記載の方法。
【1168】
３６０．前記操作された細胞の枯渇を可能にする前記剤が、前記操作された細胞の前記表面上に発現したタンパク質を認識する抗体である、実施形態３５９に記載の方法。
【1169】
３６１．前記抗体が、ＣＣＲ４、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ３０、ＥＧＦＲ、ＧＤ２、ＨＥＲ１、ＨＥＲ２、ＭＵＣ１、ＰＳＭＡ、及びＲＱＲ８を認識する抗体からなる群から選択される、実施形態３６０に記載の方法。
【1170】
３６２．前記抗体が、モガムリズマブ、ＡＦＭ１３、ＭＯＲ２０８、オビヌツズマブ、ウブリツキシマブ、オカラツズマブ、リツキシマブ、リツキシマブ－ＲＩＩｂ、トムゾツキシマブ、ＲＯ５０８３９４５（ＧＡ２０１）、セツキシマブ、Ｈｕｌ４．１８Ｋ３２２Ａ、Ｈｕｌ４．１８－ＩＬ２、Ｈｕ３Ｆ８、ジニツキシマブ、ｃ．６０Ｃ３－ＲＩＩｃ、及びそれらのバイオ後続品からなる群から選択される、実施形態３６０または実施形態３６１に記載の方法。
【1171】
３６３．前記操作された細胞の前記表面上の前記１つまたは複数の寛容原性因子を認識する剤を投与する工程を含む、実施形態２２６～３０７、３０９～３４９、及び３５９～３６２のいずれかに記載の方法。
【1172】
３６４．前記操作された細胞が、前記１つまたは複数の寛容原性因子を発現するように操作される、実施形態３６３に記載の方法。
【1173】
３６５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３、Ｃ１－インヒビター、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、ＣＤ１６、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ３９、ＣＤ４６、ＣＤ４７、ＣＤ５２、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＣＲ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＤＵＸ４、ＦａｓＬ、Ｈ２－Ｍ３、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＩＬ－１０、ＩＬ１５－ＲＦ、ＩＬ－３５、ＭＡＮＦ、Ｍｆｇｅ８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の寛容原性因子を含む、実施形態３１０～３６４のいずれかに記載の方法。
【1174】
３６６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７を含む、実施形態３６５に記載の方法。
【1175】
３６７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅを含む、実施形態３１０～３６６のいずれかに記載の方法。
【1176】
３６８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４を含む、実施形態３１０～３６７のいずれかに記載の方法。
【1177】
３６９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＰＤＬ１を含む、実施形態３１０～３６８のいずれかに記載の方法。
【1178】
３７０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ５５を含む、実施形態３１０～３６９のいずれかに記載の方法。
【1179】
３７１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＲ１を含む、実施形態３１０～３７０のいずれかに記載の方法。
【1180】
３７２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＭＡＮＦを含む、実施形態３１０～３７１のいずれかに記載の方法。
【1181】
３７３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ３を含む、実施形態３１０～３７２のいずれかに記載の方法。
【1182】
３７４．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＣＤ４７を含む、実施形態３１０～３７３のいずれかに記載の方法。
【1183】
３７５．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態３１０～３７４のいずれかに記載の方法。
【1184】
３７６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、及びＰＤＬ１を含む、実施形態３１０～３７５のいずれかに記載の方法。
【1185】
３７７．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態３１０～３７６のいずれかに記載の方法。
【1186】
３７８．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態３１０～３７７のいずれかに記載の方法。
【1187】
３７９．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１からなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ２４、ＣＤ４７、ＰＤＬ１、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、及びＣＲ１を含む、実施形態３１０～３７８のいずれかに記載の方法。
【1188】
３８０．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ及びＰＤＬ１を含む、実施形態３１０～３７９のいずれかに記載の方法。
【1189】
３８１．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＡ２０／ＴＮＦＡＩＰを含む、実施形態３１０～３８０のいずれかに記載の方法。
【1190】
３８２．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、及びＭＡＮＦを含む、実施形態３１０～３８１のいずれかに記載の方法。
【1191】
３８３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦからなる群から選択される２つ以上の寛容原性因子を含み、任意選択で、前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＨＬＡ－Ｅ、ＰＤＬ１、Ａ２０／ＴＮＦＡＩＰ、及びＭＡＮＦを含む、実施形態３１０～３８２のいずれかに記載の方法。
【1192】
３８４．１つまたは複数の追加の治療剤を前記患者に投与する工程をさらに含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３８３のいずれかに記載の方法。
【1193】
３８５．前記患者が、１つまたは複数の追加の治療剤を投与されている、実施形態２２６～３０７及び３０９～３８４のいずれかに記載の方法。
【1194】
３８６．前記方法の治療有効性を監視する工程をさらに含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３８５のいずれかに記載の方法。
【1195】
３８７．前記方法の予防有効性を監視する工程をさらに含む、実施形態２２６～３０７及び３０９～３８５のいずれかに記載の方法。
【1196】
３８８．１つまたは複数の疾患症状の所望の抑制が起こるまで繰り返される、実施形態３８６または実施形態３８７に記載の方法。
【1197】
３８９．自殺遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１～１２６及び２２５～２３２のいずれかに記載の操作された細胞。
【1198】
３９０．自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１～１２６及び２２５～２３２のいずれかに記載の操作された細胞。
【1199】
３９１．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、実施形態３８９または実施形態３９０に記載の操作された細胞。
【1200】
３９２．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態３８９～３９０のいずれかに記載の操作された細胞。
【1201】
３９３．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記１つまたは複数の寛容原性因子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態３８９～３９２のいずれかに記載の操作された細胞。
【1202】
３９４．前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、実施形態３９２または実施形態３９３に記載の操作された細胞。
【1203】
３９５．前記バイシストロン性カセットが、前記細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態３９４に記載の操作された細胞。
【1204】
３９６．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、実施形態３８９～３９５のいずれかに記載の操作された細胞。
【1205】
３９７．前記操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態１２７～２２４及び２６６～３８８のいずれかに記載の方法。
【1206】
３９８．前記自殺遺伝子が、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、実施形態３９７に記載の方法。
【1207】
３９９．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態３９７または実施形態３９８に記載の方法。
【1208】
４００．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記１つまたは複数の寛容原性因子が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態３９７～３９９のいずれかに記載の方法。
【1209】
４０１．前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれる、実施形態３９９または実施形態４００に記載の方法。
【1210】
４０２．前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれる、実施形態３９９または実施形態４００に記載の方法。
【1211】
４０３．前記１つまたは複数の寛容原性因子が、ＣＤ４７である、実施形態３９７～４０２のいずれかに記載の方法。
【1212】
４０４．前記操作された細胞の集団の操作された細胞が、自殺遺伝子または自殺スイッチをコードする外因性ポリヌクレオチドを含む、実施形態２４５～２６２のいずれかに記載の組成物。
【1213】
４０５．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチが、シトシンデアミナーゼ（ＣｙＤ）、ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｔｋ）、誘導性カスパーゼ９（ｉＣａｓｐａｓｅ９）、及びラパマイシン活性化カスパーゼ９（ｒａｐａＣａｓｐ９）からなる群から選択される、実施形態４０４に記載の組成物。
【1214】
４０６．前記自殺遺伝子、及び前記自殺遺伝子または前記安全スイッチに関連する遺伝子が、前記操作された細胞の集団の前記操作された細胞のゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態４０４または実施形態４０５に記載の組成物。
【1215】
４０７．前記自殺遺伝子または前記自殺スイッチ、及び前記外因性ＣＤ４７が、前記操作された細胞の前記ゲノム内に組み込まれたバイシストロン性カセットから発現される、実施形態４０４～４０６のいずれかに記載の組成物。
【1216】
４０８．前記バイシストロン性カセットが、前記ゲノム内への非標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、レンチウイルスベクターを使用した前記操作された細胞の集団の操作された細胞内への前記外因性ポリヌクレオチドの導入による、実施形態４０６または実施形態４０７に記載の組成物。
【1217】
４０９．前記バイシストロン性カセットが、前記操作された細胞の集団の操作された細胞の標的ゲノム遺伝子座内への標的化挿入によって組み込まれ、任意選択で、前記標的化挿入が、相同性指向修復を用いたヌクレアーゼ媒介性遺伝子編集によるものである、実施形態４０６または実施形態４０７に記載の組成物。
【実施例】
【1218】
以下の実施例は、例示の目的のためにのみ含まれ、本発明の範囲を限定することは意図されていない。
【1219】
実施例１ ヒトＡＢＯ不適合媒介性ＣＤＣに対するヒトＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の過剰発現の効果
この実施例は、ＣＤＣに対する膜結合型補体インヒビターの過剰発現の効果を試験するための研究について記載する。ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を、ヒトＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇヒト人工多能性幹細胞（ｈｉＰＳＣ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣから分化した内皮細胞において単独でまたは様々に組み合わせて発現させた。
この実施例は、ＣＤＣに対する膜結合型補体インヒビターの過剰発現の効果を試験するための研究について記載する。ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を、ヒトＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇヒト人工多能性幹細胞（ｈｉＰＳＣ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣから分化した内皮細胞において単独でまたは様々に組み合わせて発現させた。
【1220】
Ａ．方法
Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ低免疫細胞におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の単独またはそれらの組み合わせでの導入遺伝子発現。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデルｈｉＰＳＣを、標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して生成した。外因性ＣＤ４７ならびに１つまたは複数の外因性膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９をコードする導入遺伝子（ｔｇ）を、外因性タンパク質をコードするレンチウイルスベクターを用いた標準的なレンチウイルスベクター形質導入技法を使用して細胞内に導入した。
Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ低免疫細胞におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の単独またはそれらの組み合わせでの導入遺伝子発現。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデルｈｉＰＳＣを、標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して生成した。外因性ＣＤ４７ならびに１つまたは複数の外因性膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９をコードする導入遺伝子（ｔｇ）を、外因性タンパク質をコードするレンチウイルスベクターを用いた標準的なレンチウイルスベクター形質導入技法を使用して細胞内に導入した。
【1221】
改変ｈｉＰＳＣからの内皮細胞の分化。内皮細胞を、ＣＤ４７の単独での発現またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９から選択される１つまたは複数の外因性膜結合型補体インヒビターと組み合わせた発現のための標準的なレンチウイルスベクター形質導入技法を使用して導入された導入遺伝子を含む、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデルｈｉＰＳＣから分化させた。内皮細胞の分化は、Ｄｅｕｓｅ，ｅｔ ａｌ．“Ｈｙｐｏｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ｏｆ ｉｎｄｕｃｅｄ ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｅｖａｄｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｊｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ｆｕｌｌｙ ｉｍｍｕｎｏｃｏｍｐｅｔｅｎｔ ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ ｒｅｃｉｐｉｅｎｔｓ．”Ｎａｔｕｒｅ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．３７，３（２０１９）：２５２－２５８に記載されるように実施した（同文献の内容は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される）。
【1222】
フローサイトメトリー。操作された細胞上のＨＬＡ－Ｉ、ＨＬＡ－ＩＩ、ＣＤ４７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の表面発現レベルを、抗体特異的試薬を使用したフローサイトメトリーによる細胞の染色によって評定した。アイソタイプ抗体を対照として使用した。操作された細胞を解析のためにプールしたか、または導入遺伝子の陽性（＋）表面発現（アイソタイプに対して３０～６０倍の発現）、導入遺伝子の高（＋＋）表面発現（アイソタイプに対して６１～４００倍の発現）、もしくは導入遺伝子の超高（＋＋＋）発現（アイソタイプに対して４００倍超）に関して選別した。
【1223】
ＡＢＯ不適合血清を用いたヒト細胞におけるＣＤＣアッセイ。ＣＤ４６；ＣＤ５５；ＣＤ５９；ＣＤ４６及びＣＤ５９；ＣＤ４６及びＣＤ５５；ＣＤ５５及びＣＤ５９；またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を過剰発現するようにも操作された、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣをＡＢＯ不適合ヒト血清とともにインキュベートし、細胞増殖及び細胞の生存率の無標識の監視を可能にするためのｘＣＥＬＬｉｇｅｎｃｅ（商標）ＭＰプラットフォーム（ＡＣＥＡ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）において、インキュベーションの経過にわたる細胞溶解を測定することによってＣＤＣを分析した。インピーダンスの変化を細胞指数（ＣＩ）として報告した（細胞指数の減少は、細胞の溶解または殺傷の増加を示す）
【1224】
Ｂ．結果
Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞は、ＣＤＣから保護されない。図１Ａ及び図１Ｂに示されるように、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ及びｈｉＥＣはそれぞれ、ＨＬＡ－ＩまたはＨＬＡ－ＩＩを発現せず、ＣＤ４７を過剰発現する。図２Ａ及び図２Ｂに示されるように、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ及びｈｉＥＣはそれぞれ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９補体阻害性受容体の内在性表面発現もまた示す。補体阻害性受容体の発現にもかかわらず、結果は、細胞がＣＤＣから保護されないことを示した。具体的に述べると、ＡＢＯ不適合血清とのインキュベーションは、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図３Ａ）及びＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図３Ｂ）の両方の迅速な殺傷をもたらした。
Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞は、ＣＤＣから保護されない。図１Ａ及び図１Ｂに示されるように、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ及びｈｉＥＣはそれぞれ、ＨＬＡ－ＩまたはＨＬＡ－ＩＩを発現せず、ＣＤ４７を過剰発現する。図２Ａ及び図２Ｂに示されるように、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ及びｈｉＥＣはそれぞれ、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９補体阻害性受容体の内在性表面発現もまた示す。補体阻害性受容体の発現にもかかわらず、結果は、細胞がＣＤＣから保護されないことを示した。具体的に述べると、ＡＢＯ不適合血清とのインキュベーションは、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図３Ａ）及びＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図３Ｂ）の両方の迅速な殺傷をもたらした。
【1225】
ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現は、細胞をＡＢＯ不適合媒介性ＣＤＣから保護する。１つまたは複数の膜結合型補体インヒビターの過剰発現が細胞をＣＤＣから保護するかどうかを決定するために、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９のうちの１つまたは複数を過剰発現するように操作されたＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣを、ＣＤＣに対する耐性に関して評定した。
【1226】
形質導入されていない細胞におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の発現レベル（内在性発現）、または形質導入された細胞のプールもしくは個々のクローンにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の発現レベルが、下記の表Ｅ１（ｈｉＰＳＣ）及び表Ｅ２（ｈｉＥＣ）で提供される。形質導入された細胞のプール及びクローンにおける過剰発現は、以下のように分類した：＋＝アイソタイプ対照に対して３０～６０倍、＋＋＝アイソタイプ対照に対して６１～４００倍、及び＋＋＋＝アイソタイプ対照に対して４００倍超。
【1227】
個々の補体インヒビター受容体をコードする導入遺伝子を含有するレンチウイルスベクターにより形質導入されたＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣの代表的なフローヒストグラムは、ＣＤ４６（図４Ａ、ｈｉＰＳＣ；及び図５Ａ、ｈｉＥＣ）、ＣＤ５５（図６Ａ、ｈｉＰＳＣ；及び図７Ａ、ｈｉＥＣ）、及びＣＤ５９（図８Ａ、ｈｉＰＳＣ；及び図９Ａ、ｈｉＥＣ）の増加した表面発現を示す。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、またはＣＤ５９の個々の過剰発現は、個々の補体インヒビター：ＣＤ４６（図４Ｂ～４Ｅ、ｈｉＰＳＣ；図５Ｂ～５Ｄ、ｈｉＥＣ）、ＣＤ５５（図６Ｂ～６Ｅ、ｈｉＰＳＣ；図７Ｂ～７Ｅ、ｈｉＥＣ）、またはＣＤ５９（図８Ｂ～８Ｅ、ｈｉＰＳＣ；図９Ｂ～９Ｃ、ｈｉＥＣ）の超高（＋＋＋）発現の場合であっても、細胞をＣＤＣから保護しなかった。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図１０Ａ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図１１Ａ）におけるＣＤ４６及びＣＤ５５の組み合わせの過剰発現（高（＋＋）発現の場合であっても）は、ｈｉＰＳＣについて図１０Ｂ～１０Ｅ及びｈｉＥＣについて図１１Ｂ～１１Ｅに示されるように、ＣＤＣに対していくらかの保護を提供したが、細胞殺傷を阻止する上では有効でなかった。データは図示されないが、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣにおけるＣＤ４６＋ ＣＤ５５＋プール（表Ｅ１）について類似の結果が得られた。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図１２Ａ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図１３Ａ）におけるＣＤ５５及びＣＤ５９の組み合わせの過剰発現（高（＋＋）発現の場合であっても）もまた、ｈｉＰＳＣについて図１２Ｂ～１２Ｅ及びｈｉＥＣについて図１３Ｂ～１３Ｅに示されるように、ＣＤＣに対していかなる保護も提供しなかった。
【1228】
対照的に、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図１４Ａ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図１５Ａ）におけるＣＤ４６及びＣＤ５９の組み合わせの過剰発現は、ｈｉＰＳＣについて図１４Ｂ～１４Ｅ及びｈｉＥＣについて図１５Ｂ～１５Ｅに示されるように、ＣＤＣによる細胞殺傷を実質的に低減または回避した。さらに、ＣＤ４９及びＣＤ５９の高（＋＋）発現（例えば、表Ｅ１及びＥ２に示されるように、アイソタイプ対照に対して１００倍未満）は、ｈｉＰＳＣクローンＡ１（図１４Ｃ）及びクローンＡ３（図１４Ｄ）ならびにｈｉＥＣクローンＡ１、Ａ２、及びＡ３（図１５Ｃ～１５Ｅ）について示されるように、ＣＤＣを阻止するのに十分であった。
【1229】
Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＰＳＣ（図１６Ａ）またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣ（図１７Ａ）におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の組み合わせの過剰発現もまた、ｈｉＰＳＣについて図１６Ｂ～１６Ｅ及びｈｉＥＣについて図１７Ｂ～１７Ｃに示されるように、ＣＤＣによる細胞殺傷を実質的に低減または回避して、ｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣの生存をもたらした。
【1230】
ｈｉＰＳＣ単独（すなわち、ＡＢＯ不適合血清の添加なし）から分化した内皮細胞（ｈｉＥＣ）についてのＣＤＣアッセイの結果が図１８で提供される。ｈｉＥＣ単独（対照）の生存と、ＡＢＯ不適合血清の存在下でのＣＤ４６及びＣＤ５９（図１４Ｂ～１４Ｅ及び図１５Ｂ～１５Ｅ）またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９（図１６Ｂ～１６Ｅ及び図１７Ｂ～１７Ｅ）を過剰発現するｈｉＰＳＣまたはｈｉＥＣの生存との間に有意差は何ら観察されず、このことは、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現がＣＤＣを遮断することを示す。
【1231】
まとめると、これらの結果は、膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を含めたＣＤＣのインヒビターを内在性で発現する、ｈｉＰＳＣ及び分化細胞（ｈｉＥＣ等）を含めた細胞が、自然免疫または適応免疫応答を発動しないＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞においてさえ、細胞をＣＤＣから十分に保護しない場合があることを実証する。このデータは、ＣＤ５９と一緒にしたＣＤ４６の過剰発現またはＣＤ５９及びＣＤ５５と一緒にしたＣＤ４６の過剰発現が、細胞表面上の抗原に結合するＩｇＭ／ＩｇＧ抗体（例えば、ＡＢＯ不適合血清中の抗Ａまたは抗Ｂ抗体）の存在下であっても、これらの細胞をＣＤＣから保護することを実証する。
【1232】
【表E1】
【1233】
【表E2】
【1234】
実施例２ ＩｇＧ抗体媒介性ＣＤＣに対するＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞におけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の過剰発現の効果
この実施例は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現が、細胞表面上の抗原に結合した抗体（例えば、モノクローナル抗体）の存在下で細胞をＣＤＣから保護することを実証する。
この実施例は、ＣＤ４６及びＣＤ５９の過剰発現またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現が、細胞表面上の抗原に結合した抗体（例えば、モノクローナル抗体）の存在下で細胞をＣＤＣから保護することを実証する。
【1235】
Ａ．方法
低免疫ｍｉＰＳＣ及び導入遺伝子発現。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデルマウス人工多能性幹細胞（ｍｉＰＳＣ）を、標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して生成した。外因性ＣＤ４７ならびに１つまたは複数の外因性膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９をコードする導入遺伝子（ｔｇ）を、外因性タンパク質をコードするレンチウイルスベクターを用いた標準的なレンチウイルスベクター形質導入技法を使用して細胞内に導入した。短縮型ＥＧＦＲ導入遺伝子（ＥＧＦＲｔｇ）もまた細胞内に導入した。このＥＧＦＲｔｇは、細胞表面上に発現させ、補体依存性細胞傷害アッセイにおける抗ＥＧＦＲ抗体を使用した標的化のためのエピトープを保持していた。
低免疫ｍｉＰＳＣ及び導入遺伝子発現。Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデルマウス人工多能性幹細胞（ｍｉＰＳＣ）を、標準的なＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９遺伝子編集技法を使用して生成した。外因性ＣＤ４７ならびに１つまたは複数の外因性膜結合型補体インヒビターＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９をコードする導入遺伝子（ｔｇ）を、外因性タンパク質をコードするレンチウイルスベクターを用いた標準的なレンチウイルスベクター形質導入技法を使用して細胞内に導入した。短縮型ＥＧＦＲ導入遺伝子（ＥＧＦＲｔｇ）もまた細胞内に導入した。このＥＧＦＲｔｇは、細胞表面上に発現させ、補体依存性細胞傷害アッセイにおける抗ＥＧＦＲ抗体を使用した標的化のためのエピトープを保持していた。
【1236】
フローサイトメトリー。操作されたｍｉＰＳＣ細胞上のＨＬＡ－Ｉ、ＨＬＡ－ＩＩ、ＣＤ４７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、及び／またはＣＤ５９の表面発現レベルを、上記の実施例１に記載されるように抗体特異的試薬を使用したフローサイトメトリーによる細胞の染色によって評定した。
【1237】
ＡＢＯ不適合血清を用いたヒト細胞におけるＣＤＣアッセイ。ＣＤ４６；ＣＤ５５；ＣＤ５９；ＣＤ４６及びＣＤ５９；ＣＤ４６及びＣＤ５５；ＣＤ５５及びＣＤ５９；またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を過剰発現するようにも操作された、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ；ＥＧＦＲｔｇ ｍｉＰＳＣをセツキシマブ（ＩｇＧ抗ＥＧＦＲ抗体）及びヒト血清（ヒト補体を含有する）とともにインキュベートし、ＣＤＣによる細胞殺傷を上記の実施例１に記載されるように分析した。
【1238】
ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現は、抗体媒介性ＣＤＣから細胞を保護する。１つまたは複数の膜結合型補体インヒビターの過剰発現が細胞をＣＤＣから保護するかどうかを決定するために、ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９のうちの１つまたは複数を過剰発現するように操作された、ＥＧＦＲｔを発現するＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｍｉＰＳＣを、ＣＤＣに対する耐性に関して評定した。
【1239】
ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５を形質導入した、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ；ＥＧＦＲｔｇ ｍｉＰＳＣにおける、またはＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ；ＥＧＦＲｔｇ ｍｉＰＳＣ細胞プールにおけるＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の発現レベルが下記の表Ｅ３で提供される。予想通り、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ；ＥＧＦＲｔｇ ｍｉＰＳＣにおいて、ヒトＣＤ４６、ＣＤ５５、またはＣＤ５９の発現は何ら観察されなかった。ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５９、及びＣＤ５５形質導入細胞プールにおける過剰発現は、以下のように分類した：＋＝アイソタイプ対照に対して３０～６０倍、＋＋＝アイソタイプ対照に対して６１～４００倍、及び＋＋＋＝アイソタイプ対照に対して４００倍超。
【1240】
図１９Ａに示されるように、セツキシマブとのインキュベーションは、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ；ＥＧＦＲｔｇ ｍｉＰＳＣにおいて迅速な殺傷を発動した。対照的に、該ｍｉＰＳＣにおけるＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現は、図１９Ｂ及び図１９Ｃに示されるように、ＣＤＣによる細胞殺傷を実質的に低減または回避した。
【1241】
まとめると、これらの結果は、細胞表面抗原を標的とする抗体の存在下でのＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の過剰発現の保護効果を裏付ける。
【1242】
【表E3】
【1243】
実施例３ 種特異的補体阻害
この実施例は、ヒト補体インヒビターによる補体阻害が種特異的であり、細胞を非ヒト補体から効果的に保護しないことを実証する。
この実施例は、ヒト補体インヒビターによる補体阻害が種特異的であり、細胞を非ヒト補体から効果的に保護しないことを実証する。
【1244】
異種間ＣＤＣアッセイ。ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を過剰発現するｈｉＰＳＣから分化したＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ内皮細胞（ｈｉＥＣ）を上記の実施例１に記載されるように生成した。ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９を過剰発現するＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣをＡＢＯ不適合アカゲザル血清（血清Ｂ）とともにインキュベートし、ＣＤＣによる細胞殺傷を上記の実施例１に記載されるように分析した。
【1245】
ヒト補体インヒビターの過剰発現は、非ヒトＡＢＯ不適合媒介性ＣＤＣから保護しない。図２０Ａ～２０Ｂに示されるように、ヒトＣＤ４６及びヒトＣＤ５９補体阻害性受容体を過剰発現するＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣは、ＡＢＯ不適合アカゲザル血清（血清Ｂ）によって発動される異種間ＣＤＣから保護されなかった。同様に、図２０Ｃ～２０Ｄに示されるように、ヒトＣＤ４６、ヒトＣＤ５５、及びヒトＣＤ５９補体阻害性受容体を過剰発現するＢ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル；ＣＤ４７ｔｇ ｈｉＥＣは、ＡＢＯ不適合アカゲザル血清（血清Ｂ）によって発動される異種間ＣＤＣ殺傷から保護されなかった。
【1246】
これらのデータは、ヒト補体阻害性受容体ＣＤ４６及びＣＤ５９、またはＣＤ４６、ＣＤ５５、及びＣＤ５９の保護効果がヒト補体の阻害に特異的であることを実証する。
【1247】
本発明は、例えば、本発明の種々の態様を例示するために提供される、特定の開示された実施形態に範囲が限定されることは意図されない。記載される組成物及び方法に対する種々の修正が、本明細書の説明及び教示から明らかとなろう。かかる変形形態は、本開示の真の範囲及び趣旨から逸脱することなく実施され得、本開示の範囲内に該当することが意図される。
【1248】
【図1A】
【図1B】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【配列表】
【国際調査報告】