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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2024-10-02
(54)【発明の名称】抗原結合タンパク質およびその使用
(51)【国際特許分類】
   C07K 14/725 20060101AFI20240925BHJP
   C12N 15/12 20060101ALI20240925BHJP
   C12N 15/63 20060101ALI20240925BHJP
   C12N 1/15 20060101ALI20240925BHJP
   C12N 1/19 20060101ALI20240925BHJP
   C12N 1/21 20060101ALI20240925BHJP
   C12N 5/10 20060101ALI20240925BHJP
   A61K 38/17 20060101ALI20240925BHJP
   A61K 45/00 20060101ALI20240925BHJP
   A61K 39/395 20060101ALI20240925BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20240925BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20240925BHJP
   A61P 31/20 20060101ALI20240925BHJP
   A61K 35/76 20150101ALI20240925BHJP
   A61K 35/17 20150101ALI20240925BHJP
   A61K 47/62 20170101ALI20240925BHJP
   C12N 5/0783 20100101ALN20240925BHJP
【FI】
C07K14/725 ZNA
C12N15/12
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
A61K38/17
A61K45/00
A61K39/395
A61K48/00
A61P35/00
A61P31/20
A61K35/76
A61K35/17
A61K47/62
C12N5/0783
【審査請求】有
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2024515466
(86)(22)【出願日】2022-09-07
(85)【翻訳文提出日】2024-05-01
(86)【国際出願番号】 CN2022117497
(87)【国際公開番号】W WO2023036169
(87)【国際公開日】2023-03-16
(31)【優先権主張番号】202111043194.X
(32)【優先日】2021-09-07
(33)【優先権主張国・地域又は機関】CN
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】524088629
【氏名又は名称】コレジェネ バイオテクノロジー カンパニー リミテッド
(74)【代理人】
【識別番号】110001210
【氏名又は名称】弁理士法人YKI国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】ジアン ドン
(72)【発明者】
【氏名】ワン ジアンフア
(72)【発明者】
【氏名】シエ シンワン
(72)【発明者】
【氏名】ワン シュエヤン
(72)【発明者】
【氏名】ビ ジンレイ
(72)【発明者】
【氏名】シ ユンチアン
(72)【発明者】
【氏名】ジャイ ジアフイ
(72)【発明者】
【氏名】コン ジンロン
【テーマコード(参考)】
4B065
4C076
4C084
4C085
4C087
4H045
【Fターム(参考)】
4B065AA94X
4B065AA94Y
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065BC01
4B065CA24
4B065CA44
4B065CA46
4C076AA95
4C076CC27
4C076CC35
4C076CC41
4C076EE59
4C076FF70
4C084AA02
4C084AA07
4C084AA13
4C084BA01
4C084BA08
4C084BA23
4C084BA44
4C084CA26
4C084NA05
4C084NA14
4C084ZB261
4C084ZB262
4C084ZB331
4C084ZB332
4C085AA13
4C085AA14
4C087AA01
4C087AA02
4C087AA03
4C087BB37
4C087BC83
4C087CA09
4C087CA12
4C087NA14
4C087ZB26
4C087ZB33
4H045AA10
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA40
4H045DA50
4H045EA20
4H045EA50
4H045FA74
(57)【要約】
抗原結合タンパク質、抗原結合タンパク質をコードする核酸、核酸を含むベクター、抗原結合タンパク質、核酸またはベクターを含む細胞、細胞の調製方法が提供される。抗原結合タンパク質を含むコンジュゲートまたは組成物、抗原結合タンパク質または細胞を使用することによって疾患を予防する、および/または処置する方法、ならびに対象における疾患の存在を検出する方法も提供される。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、
YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合することを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項2】
T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、
前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、
YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合することを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項3】
T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み;前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、
YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合することを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項4】
請求項1~3のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記MHC分子が、HLA-A02型、例えば、HLA-A02:01型、HLA-A02:03型、HLA-A02:05型、HLA-A02:06型、HLA-A02:07型、HLA-A02:10型またはHLA-A02:11型であることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項5】
請求項1~4のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が、配列番号3に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含む、および/または前記TCRベータ鎖可変領域が、配列番号8に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項6】
請求項1~5のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が、配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含む;ならびに/あるいは前記TCRベータ鎖可変領域が、配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項7】
T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3を含む;ならびに/または前記TCRベータ鎖可変領域が配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項8】
請求項1~7のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が配列番号4に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、および/または前記TCRベータ鎖可変領域が配列番号9に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項9】
請求項8に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が配列番号4に示されるアミノ酸配列を含む、および/または前記TCRベータ鎖可変領域が配列番号9に示されるアミノ酸配列を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項10】
請求項1~9のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域が第1のポリペプチドに含まれ、前記TCRベータ鎖可変領域が異なる第2のポリペプチドに含まれることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項11】
請求項1~9のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖可変領域および前記TCRベータ鎖可変領域が、単一のポリペプチドに含まれることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項12】
請求項1~11のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
可溶性または膜結合型であることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項13】
請求項1~12のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
TCR、キメラ抗原受容体(CAR)、Fcポリペプチドまたはその抗原結合断片から選択されることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項14】
請求項1~13のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
TCRまたはその抗原結合断片であり、TCR定常領域またはその断片をさらに含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項15】
請求項14に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCR定常領域が、ムリン定常領域またはヒト定常領域であることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項16】
請求項14または15に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCR定常領域が、TCRアルファ鎖定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域を含み;
好ましくは、前記TCRアルファ鎖定常領域および/または前記TCRベータ鎖定常領域が、前記TCRアルファ鎖と前記TCRベータ鎖との間にジスルフィド結合を形成するように、野生型配列と比較して少なくとも1つのシステイン変異を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項17】
請求項16に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖定常領域が、配列番号14~19のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性有するアミノ酸配列を含む、および/または前記TCRベータ鎖定常領域が、配列番号21~30のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項18】
請求項17に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCRアルファ鎖定常領域が配列番号19に示されるアミノ酸配列を含み、前記TCRベータ鎖定常領域が配列番号26に示されるアミノ酸配列を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項19】
請求項14に記載の抗原結合タンパク質であって、
前記TCR定常領域の前記断片が前記TCR定常領域の細胞外セグメントであることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項20】
請求項14~19のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
膜貫通領域および/または細胞質領域をさらに含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項21】
請求項14に記載の抗原結合タンパク質であって、
配列番号32~37から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖;および/または配列番号38~47から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖を含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項22】
請求項1~21のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
細胞内シグナル伝達領域をさらに含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項23】
請求項1~22のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
他の抗原またはエピトープに結合する1つ以上の抗原結合領域(複数可)をさらに含むことを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項24】
請求項1~23のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質であって、
単離されるか、または精製されることを特徴とする抗原結合タンパク質。
【請求項25】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質をコードすることを特徴とする核酸。
【請求項26】
請求項25に記載の核酸であって、
配列番号5に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号10に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むことを特徴とする核酸。
【請求項27】
請求項26に記載の核酸であって、
配列番号20に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号31に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列をさらに含むことを特徴とする核酸。
【請求項28】
請求項25~27のいずれか1項に記載の核酸を含むことを特徴とするベクター。
【請求項29】
請求項28に記載のベクターであって、
レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、プラスミド、DNAベクター、mRNAベクター、トランスポゾンに基づくベクターおよび人工染色体からなる群から選択されることを特徴とするベクター。
【請求項30】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質、請求項25~27のいずれか1項に記載の核酸、または請求項28もしくは29に記載のベクターを含むことを特徴とする細胞。
【請求項31】
請求項30に記載の細胞であって、
リンパ球(例えば、T細胞、NK細胞)、単球(例えば、PBMC)および幹細胞からなる群から選択されることを特徴とする細胞。
【請求項32】
請求項31に記載の細胞であって、
前記幹細胞が、リンパ球系前駆細胞または人工多能性幹細胞(iPSC)であることを特徴とする細胞。
【請求項33】
請求項31に記載の細胞であって、
T細胞であることを特徴とする細胞。
【請求項34】
請求項33に記載の細胞であって、
前記T細胞が内在性TCRを発現しないことを特徴とする細胞。
【請求項35】
請求項30~34のいずれか1項に記載の細胞を調製する方法であって、
請求項28または29に記載のベクターを用いて細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップを含むことを特徴とする方法。
【請求項36】
請求項35に記載の方法であって、
形質導入またはトランスフェクションの前または後に細胞を増やす、および/または活性化するステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項37】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質、および前記抗原結合タンパク質にコンジュゲートしているかまたはカップルしている活性剤を含むことを特徴とするコンジュゲート。
【請求項38】
請求項37に記載のコンジュゲートであって、
前記活性剤が、検出可能なマーカー、免疫賦活性分子および治療剤からなる群から選択され;
好ましくは、前記検出可能なマーカーが、ビオチン、ストレプトアビジン、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、ナノ粒子、常磁性金属イオン、核酸プローブ、造影剤および蛍光性分子、リン光性分子または化学発光分子からなる群から選択され;
好ましくは、前記免疫賦活性分子が、サイトカイン、ケモカイン、血小板因子および補体開始因子からなる群から選択され;
好ましくは、前記治療剤が、免疫調節物質、放射活性化合物、酵素、化学療法薬および毒素からなる群から選択されることを特徴とするコンジュゲート。
【請求項39】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質、請求項25~27のいずれか1項に記載の核酸、請求項28もしくは29に記載のベクター、または請求項30~34のいずれか1項に記載の細胞を含む組成物であって;
好ましくは、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含むことを特徴とする、
組成物。
【請求項40】
請求項39に記載の組成物であって、
第2の治療剤をさらに含み、好ましくは前記第2の治療剤が抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択されることを特徴とする組成物。
【請求項41】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与することを含む、前記対象におけるHPV陽性疾患を処置するか、または予防することを特徴とする方法。
【請求項42】
請求項30~34のいずれか1項に記載の細胞の有効量を対象に投与することを含む、前記対象におけるHPV陽性疾患を処置するか、または予防することを特徴とする方法。
【請求項43】
請求項42に記載の方法であって、
前記細胞が対象について自家性または同種であることを特徴とする方法。
【請求項44】
請求項42に記載の方法であって、
(i)対象由来の細胞を含有する試料を単離するステップ;
(ii)請求項28または29に記載のベクターを用いて前記細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップ;および
(iii)ステップ(ii)において得られた細胞を前記対象に投与するステップ;
を含むことを特徴とする方法。
【請求項45】
請求項44に記載の方法であって、
ステップ(i)の後でステップ(ii)の前に前記細胞中の内在性TCRをノックアウトするステップをさらに含むことを特徴とする方法。
【請求項46】
請求項41~45のいずれか1項に記載の方法であって、
前記HPV陽性疾患が、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項47】
請求項46に記載の方法であって、
前記がんが、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項48】
請求項41~47のいずれか1項に記載の方法であって、
第2の治療剤を投与することをさらに含み、好ましくは、前記第2の治療剤が抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項49】
請求項41~48のいずれか1項に記載の方法であって、
前記対象が、HLA-A02対立遺伝子、例えば、HLA-A02:01、HLA-A02:03、HLA-A02:05、HLA-A02:06、HLA-A02:07、HLA-A02:10またはHLA-A02:11対立遺伝子を有することを特徴とする方法。
【請求項50】
(i)対象から得られた試料を、請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質、請求項30~34のいずれか1項に記載の細胞、または請求項37もしくは38に記載のコンジュゲートと接触させること;および
(ii)前記試料中のHPV抗原の存在を検出することであって、HPV抗原の存在がHPV陽性疾患を示すこと;
を含む、対象におけるHPV陽性疾患を検出するためであることを特徴とする方法。
【請求項51】
請求項50に記載の方法であって、
前記HPV陽性疾患が、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項52】
請求項51に記載の方法であって、
前記がんが、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択されることを特徴とする方法。
【請求項53】
請求項1~24のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質、または請求項37もしくは38に記載のコンジュゲートを含むキットであって、
試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出するために使用され、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープであることを特徴とするキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、抗原結合タンパク質、特にT細胞受容体(TCR)およびその使用、特にHPV陽性疾患の予防、処置または検出における使用に関する。
【0002】
本国際特許出願は、その内容全体をすべての目的のために引用して援用する中国特許出願第202111043194.X号、2021年9月7日出願の利益を主張する。
【背景技術】
【0003】
世界での女性の腫瘍の発生頻度において子宮頸がんは、4番目である。世界保健機関(WHO)は、子宮頸がんに関して世界で604,000の新規症例および342,000名の死亡があると推定している。中国における子宮頸がんの発生頻度は、子宮頸がんに関して毎年約109,000の新規症例および59,000名の死亡を伴って近年上昇している。転移性、進行性子宮頸がんについての5年生存率は、約10%でしかない。ほとんどすべての子宮頸がんは、高リスク型HPVの感染を伴っており、その中でHPV16が最も一般的な型であり、すべての高リスク型HPVの60%を占めている。HPV感染は、特に、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、外陰部がん、陰茎がんも生じる場合がある。現在、HPV感染および結果として生じる悪性腫瘍についての有効な処置はない。予防ワクチンは、新規ウイルス感染に対しては生物によって生成される特異的中和抗体を誘導するが、既存のHPV感染は排除できない。まだ臨床試験中である治療ワクチンは、前がん病変の進行をある程度遅らせることができるが、それらが、進行性腫瘍に対して治療的に有効であることは難しい。
【0004】
TCR-Tは、特異的HLA腫瘍抗原ペプチド複合体を特異的に認識するTCRを対応する実験的技術によってクローニングすることに続いて、TCR遺伝子コード配列をレンチウイルスなどの遺伝子送達の手段によってこれらのT細胞に送達することによって、T細胞に新たな抗原認識特異性を付与する。in vitroでTCR遺伝子を形質導入され、大量に増やされた患者由来T細胞は、腫瘍細胞特異的抗原を有効に認識することができる。これらのT細胞は、腫瘍細胞を特異的に殺傷し、抗腫瘍活性を発揮するように患者に戻して注入される。HLA提示後に、細胞内および細胞外抗原の両方がTCRによって認識され得ることから、TCR-Tは大部分の腫瘍特異的抗原を標的にすることができ、特に、これらの細胞内腫瘍抗原を認識でき(すべての抗原の約90%)、このためTCR-Tは、ほとんどすべての腫瘍、特に種々の固形腫瘍の処置において使用される可能性がある。
【0005】
HPV16ウイルスのE6およびE7タンパク質は、子宮頸がんの発生および進行を駆動する重要な癌遺伝子であり、ほとんどすべてのHPV16陽性腫瘍細胞はこれら2つの抗原を安定に発現する。HPV関連子宮頸がんは、E6およびE7タンパク質陽性腫瘍細胞が効果的に認識され、殺傷され得る場合は、効果的に処理され得る。以前の研究は、HPV16ウイルスのE6およびE7抗原がHLA分子によって効果的に提示され、特異的TCRによって認識される潜在的抗原性標的になることを見出した。したがって、HPV16、特にHPV16 E7抗原を特異的に標的にするTCR産生物を開発する必要がある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
本開示は、HPV16 E7抗原、特にHPV16 E711-19エピトープまたは、エピトープとMHC分子との複合体、例えば、HPV16 E711-19エピトープとHLA-A*02との複合体に特異的に結合する新規抗原結合タンパク質を提供する。本開示の抗原結合タンパク質は、TCRまたはその抗原結合断片の形態であってよい。本開示の抗原結合タンパク質は、高親和性で標的抗原ペプチドに結合することができ、良好な発現安定性を有し、抗原陽性標的細胞に対するエフェクター細胞の特異的殺効果を媒介することができる。
【課題を解決するための手段】
【0007】
したがって、一態様では本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0008】
別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0009】
さらに別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み;前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0010】
一部の実施形態では、MHC分子は、HLA-A02型、例えば、HLA-A02:01型、HLA-A02:03型、HLA-A02:05型、HLA-A02:06型、HLA-A02:07型、HLA-A02:10型またはHLA-A02:11型である。
【0011】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号3に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含む、および/またはTCRベータ鎖可変領域は配列番号8に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含む。
【0012】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含む;ならびに/あるいはTCRベータ鎖可変領域は配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含む。
【0013】
別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3を含む;ならびに/または前記TCRベータ鎖可変領域が配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3を含む、抗原結合タンパク質を提供する。
【0014】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3を含み;ならびにTCRベータ鎖可変領域は配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3を含む。
【0015】
本開示の抗原結合タンパク質の一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、および/またはTCRベータ鎖可変領域は配列番号9に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0016】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、およびTCRベータ鎖可変領域は配列番号9に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0017】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に示されるアミノ酸配列を含む、および/またはTCRベータ鎖可変領域は配列番号9に示されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に示されるアミノ酸配列を含み、およびTCRベータ鎖可変領域は配列番号9に示されるアミノ酸配列を含む。
【0018】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は第1のポリペプチドに含有され、TCRβ鎖可変領域は異なる第2のポリペプチドに含有される。一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域は、単一のポリペプチドに含有される。
【0019】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は可溶性または膜結合型である。
【0020】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、TCR、キメラ抗原受容体(CAR)、Fcポリペプチドまたはその抗原結合断片から選択される。
【0021】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、TCRまたはその抗原結合断片であり、抗原結合タンパク質はTCR定常領域またはその断片をさらに含む。
【0022】
一部の実施形態では、TCR定常領域は、ムリン(murine)定常領域またはヒト定常領域である。
【0023】
一部の実施形態では、TCR定常領域は、TCRアルファ鎖定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域を含み;好ましくは、前記TCRアルファ鎖定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域は、前記TCRアルファ鎖と前記TCRベータ鎖との間にジスルフィド結合を形成するように、野生型配列と比較して少なくとも1つのシステイン変異を含む。
【0024】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖定常領域は、配列番号14~19のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、および/またはTCRベータ鎖定常領域は、配列番号21~30のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0025】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖定常領域は配列番号19に示されるアミノ酸配列を含み、TCRベータ鎖定常領域は配列番号26に示されるアミノ酸配列を含む。
【0026】
一部の実施形態では、TCR定常領域の前記断片は前記TCR定常領域の細胞外セグメントである。
【0027】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、膜貫通領域および/または細胞質領域をさらに含む。
【0028】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、配列番号32~37から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖;および/または配列番号38~47から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖を含む。一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、配列番号32~37から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖;および配列番号38~47から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖を含む。
【0029】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は細胞内シグナル伝達領域をさらに含む。一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、他の抗原またはエピトープに結合する1つ以上の抗原結合領域(複数可)をさらに含む。
【0030】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は単離されるか、または精製される。
【0031】
さらなる態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質をコードする核酸を提供する。
【0032】
一部の実施形態では、核酸は、配列番号5に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号10に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、核酸は、配列番号5に示されるアミノ酸配列および配列番号10に示されるヌクレオチド配列を含む。
【0033】
一部の実施形態では、核酸は、配列番号20に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号31に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列をさらに含む。一部の実施形態では、核酸は、配列番号20に示されるヌクレオチド配列および配列番号31に示されるヌクレオチド配列をさらに含む。
【0034】
別の態様では、本開示は、本開示の核酸を含むベクターを提供する。
【0035】
一部の実施形態では、ベクターは、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、プラスミド、DNAベクター、mRNAベクター、トランスポゾンに基づくベクターおよび人工染色体からなる群から選択される。
【0036】
さらに別の態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質、核酸またはベクターを含む細胞を提供する。
【0037】
一部の実施形態では、細胞は、リンパ球(例えば、T細胞、NK細胞)、単球(例えば、PBMC)および幹細胞からなる群から選択される。一部の実施形態では、幹細胞は、リンパ球系前駆細胞または人工多能性幹細胞(iPSC)である。
【0038】
一部の実施形態では、細胞はT細胞である。一部の実施形態では、T細胞は内在性TCRを発現しない。
【0039】
別の態様では、本開示は、本開示のベクターを用いて細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップを含む、本開示の細胞を調製する方法を提供する。
【0040】
一部の実施形態では、方法は、形質導入またはトランスフェクトの前または後に細胞を増やす、および/または活性化するステップをさらに含む。
【0041】
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質および前記抗原結合タンパク質にカップルしているかまたはコンジュゲートしている活性剤を含むコンジュゲートを提供する。
【0042】
一部の実施形態では、活性剤は、検出可能なマーカー、免疫賦活性分子および治療剤からなる群から選択され;好ましくは、前記検出可能なマーカーは、ビオチン、ストレプトアビジン、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、ナノ粒子、常磁性金属イオン、核酸プローブ、造影剤および蛍光性分子、リン光性分子または化学発光分子からなる群から選択され;好ましくは、前記免疫賦活性分子は、サイトカイン、ケモカイン、血小板因子および補体開始因子からなる群から選択され;好ましくは、前記治療剤は、免疫調節物質、放射活性化合物、酵素、化学療法薬および毒素からなる群から選択される。
【0043】
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質、核酸、ベクター、または細胞を含む組成物であって;好ましくは、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む、組成物を提供する。
【0044】
一部の実施形態では、組成物は、第2の治療剤をさらに含み、好ましくは前記第2の治療剤は抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択される。
【0045】
さらに別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与することを含む、前記対象におけるHPV陽性疾患を処置するか、または予防する方法を提供する。
【0046】
別の態様では、本開示は、本開示の細胞の有効量を対象に投与することを含む、対象におけるHPV陽性状態を処置するか、または予防する方法を提供する。
【0047】
本開示の処置方法の一部の実施形態では、細胞は対象について自家性または同種である。
【0048】
一部の実施形態では、方法は、(i)対象由来の細胞を含有する試料を単離するステップ;(ii)本開示のベクターを用いて前記細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップ;および(iii)ステップ(ii)において得られた細胞を前記対象に投与するステップ、のステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ(i)の後でステップ(ii)の前に細胞中の内在性TCRをノックアウトするステップをさらに含む。
【0049】
一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍(premalignancy)およびHPVがんからなる群から選択される。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択される。
【0050】
一部の実施形態では、方法は、第2の治療剤を投与することをさらに含み、好ましくは、前記第2の治療剤は抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択される。
【0051】
本開示の処置方法の一部の実施形態では、対象は、HLA-A02対立遺伝子、例えば、HLA-A02:01、HLA-A02:03、HLA-A02:05、HLA-A02:06、HLA-A02:07、HLA-A02:10またはHLA-A02:11対立遺伝子を有する。
【0052】
別の態様では、本開示は、(i)対象から得られた試料を本開示の抗原結合タンパク質、細胞またはコンジュゲートと接触させるステップ;および(ii)前記試料中のHPV抗原の存在を検出するステップであって、HPV抗原の存在がHPV陽性疾患を示すステップを含む、対象におけるHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)方法を提供する。一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択される。
【0053】
さらに別の態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを含むキットであって、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出するために使用され、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープである、キットを提供する。
【0054】
具体的な一実施形態では、キットは、対象におけるHPV陽性疾患を検出(例えば、診断)するために使用され、キットは、本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを含む。一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択される。
【0055】
別の態様では、本開示は、対象においてHPV陽性疾患を処置するか、または予防するための医薬の調製における本開示の抗原結合タンパク質、核酸、ベクター、細胞または組成物の使用を提供する。
【0056】
さらに別の態様では、本開示は、対象においてHPV陽性疾患を処置すること、または予防することにおける使用のための本開示の抗原結合タンパク質、核酸、ベクター、細胞または組成物を提供する。
【0057】
別の態様では、本開示は、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出する(例えば、診断する)ためのキットの調製における本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートの使用であって、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープであり、例えば、対象においてHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)ための使用を提供する。
【0058】
さらに別の態様では、本開示は、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出する(例えば、診断する)ことにおける使用のための本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートであって、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープであり、例えば、対象においてHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)ことにおける使用のための抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを提供する。
【0059】
本開示の使用の一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、がんはHPV16陽性である。一部の実施形態では、対象はHLA-A02:01対立遺伝子、例えば、HLA-A02:01、HLA-A02:03、HLA-A02:05、HLA-A02:06、HLA-A02:07、HLA-A02:10またはHLA-A02:11対立遺伝子を有する。
【図面の簡単な説明】
【0060】
図1】HPV16 E7特異的TCRのスクリーニング工程および初期特徴付けを示す図である。(A)HPV16 E7特異的TCRのスクリーニングおよびクローニング;(B)HPV16 E7特異的TCR(CRTE7A2)は、フローサイトメトリーによって決定されたとおり、HLA-A02:01提示HPV16 E711-19エピトープを特異的に認識する。
図2】フローサイトメトリーによって決定された、標的抗原ペプチド(YMLDLQPET)(配列番号11)に対するCRTE7A2の結合親和性を示す図である。KITE-439は対照として使用された。
図3】フローサイトメトリーによって決定されたCRTE7A2およびKITE-439 TCR-T細胞の表現型を示す図である。
図4A】抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的殺傷を示す図である。(A)陽性標的細胞および陰性標的細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の殺効果。
図4B】抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的殺傷を示す図である。(B)抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的殺効果。KITE-439 TCR-Tは対照として使用された。
図5】IFN-γ分泌アッセイによって決定された抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的殺効果を示す図である。
図6】抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞のIFN-γの特異的分泌を示す図である。KITE-439 TCR-Tは対照として使用された。
図7】ELISpotアッセイによって決定された抗原陽性標的細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞のIFN-γの特異的分泌を示す図である。各群は、少なくとも2回反復された。
図8】CRTE7A2 TCR-T細胞の抗原特異的増殖を示す図である。
図9】Hela細胞移植腫瘍に対するCRTE7A2 TCR-T細胞のin vivo抗腫瘍活性を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0061】
他に定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術的および科学的用語は、当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。例えば、本明細書において使用される用語は、ジェーンウエイ CA Jr(Janeway CA Jr)、トラバー P(Travers P)、ウォルポート M(Walport M)ら、Immunobiology,5th edition,New York:GarlandScience(2001)およびローエンベルガー H.G.W(Leuenberger,H.G.W)、ナゲル B(Nagel,B.)およびケルブル H.(Kolbl,H.)eds(1995),A multilingual glossary of biotechnological terms:(IUPAC Recommendations),Helvetica Chimica Acta,CH-4010 Basel,Switzerlandにおいて定義されるとおりである。
【0062】
本明細書において、および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「a」、「an」および「the/the」が、文脈が明確に他に定義されない限り複数形を含むことは留意されるべきである。したがって、用語「a」、「an」、「1つ以上の」および「少なくとも1つ」は、互換的に使用され得る。同様に、用語「含む(comprise)」、「含む(include)」および「有する」は、互換的に使用され得る。
【0063】
用語「含む(comprise)」が本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、それは他の要素を排除しない。本発明の目的のために、用語「~からなる」は、用語「含む(comprise)」の好ましい実施形態であると考えられる。群が、少なくともある特定の数の実施形態を含む(including)または含む(comprising)として下に定義される場合、好ましくはこれらの実施形態だけからなる群を開示するとしても理解される。
【0064】
一態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0065】
別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0066】
さらに別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が、アミノ酸配列:AVISAGTALI(配列番号3)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み;前記TCRベータ鎖可変領域が、アミノ酸配列:ASSLGWRGGLYTEAF(配列番号8)を有するCDR3、または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含み、YMLDLQPET(配列番号11)のアミノ酸配列を含むエピトープまたは前記エピトープとMHC分子との複合体に結合する、抗原結合タンパク質を提供する。
【0067】
本明細書において使用される場合、用語「抗原結合タンパク質」は、本明細書において開示される少なくとも1つのTCRアルファ鎖CDR3(CDR3α)および/または少なくとも1つのTCRベータ鎖CDR3(CDR3β)を含み、抗原性標的HPV E7に結合することができるタンパク質またはポリペプチドを指す。さらに本明細書において検討されるのは、CDR1α、CDR2α、CDR1β、CDR2β、アルファ鎖可変領域、ベータ鎖可変領域、アルファ鎖および/もしくはベータ鎖の内の少なくとも1個またはこれらの組合せを、任意選択で本明細書に列挙される他のタンパク質ドメインまたは一部との組合せで含む抗原結合タンパク質である。
【0068】
本明細書において使用される場合、用語「機能性バリアント」は、親ポリペプチドに顕著な配列同一性を有し、親ポリペプチドの生物学的活性を保持しているポリペプチドを指す。機能性バリアントは、親ポリペプチドと同様の程度で、親ポリペプチドと同じ程度で、または親ポリペプチドより高い程度でHPV16 E7抗原に特異的に結合する能力を保持している、本明細書に記載されるポリペプチドまたはタンパク質のバリアントを例えば包含する。機能性バリアントのアミノ酸配列は、例えば、親ポリペプチドのものに少なくとも約50%、75%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、98.2%、98.4%、98.6%、98.8%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%またはさらに高い配列同一性を有し得る。
【0069】
用語「エピトープ」は、結合ドメインによって認識される抗原上の部位、通常、(ポリ)ペプチドを通常指す。用語「結合ドメイン」は、その広義では、「抗原結合部位」、すなわち、抗原性標的上の特定のエピトープに結合する/相互作用する分子を特徴付けるドメインを指す。抗原性標的は、単一のエピトープを含み得るが、抗原の大きさ、コンフォメーションおよび種類に応じて少なくとも2個のエピトープを典型的には含み、抗原性標的は任意の数のエピトープを含み得る。用語「エピトープ」は、リニアエピトープおよびコンフォメーショナルエピトープの両方を典型的には含む。リニアエピトープは、アミノ酸の一次配列に含有される近接エピトープであり、少なくとも2個以上のアミノ酸を典型的には含む。コンフォメーショナルエピトープは、標的抗原、特に標的(ポリ)ペプチドのフォールディングによって並置された非近接アミノ酸によって形成される。
【0070】
本発明の内容では、用語「結合ドメイン」は、特に、TCRアルファ鎖および/またはベータ鎖の可変領域、特にTCRのCDR3αおよびCDR3βを指す。
【0071】
本明細書において使用される場合、用語「T細胞受容体」または「TCR」は、天然のTCRおよびTCRバリアント、断片および構築物を含む。それにより用語は、TCRアルファ鎖およびTCRベータ鎖を含むヘテロ二量体および多量体および1本鎖構築物を含み;任意選択で、抗原結合タンパク質が抗原性標的(好ましくは、HLA-A02とのその複合体)を認識するその能力を保持している限り、他のドメインおよび/または部分を含む。
【0072】
天然形態では、TCRは、T細胞の表面でいくつかのタンパク質の複合体として存在する。T細胞受容体は、別々のT細胞受容体アルファおよびベータ(TCRαおよびTCRβ)遺伝子によって産生され、アルファ鎖およびベータ鎖と呼ばれる2種の(別々の)タンパク質鎖からなる。TCRの各鎖は、N末端免疫グロブリン様(Ig)可変(V)領域/ドメイン、Ig定常(C)領域/ドメイン、鎖を細胞膜にしっかり固定する膜貫通/細胞膜貫通領域、およびC末端の短い細胞質側末端を有する。
【0073】
抗原特異性は、TCRのα鎖およびβ鎖の可変領域によって付与される。TCRα鎖およびβ鎖の両方の可変領域は、フレームワーク(FR)領域に囲まれた3個の高度に可変性の領域または相補性を決定する領域(CDR1α/β、CDR2α/βおよびCDR3α/β)を含有する。CDR3は、抗原認識および特異性(すなわち、特定の抗原を認識し、相互作用する能力)についての主な決定因子であり、一方CDR1およびCDR2は、抗原ペプチドを提示するMHC分子と主に相互作用する。
【0074】
天然のTCRは、抗原提示細胞(「MHC分子に提示する/示す」)の表面で主要組織適合抗原(MHC)分子に結合する抗原ペプチドを認識する。MHC分子上に提示される抗原ペプチドは、本明細書において「エピトープとMHC分子との複合体」、「エピトープ-MHC複合体」または「標的抗原ペプチド-MHC複合体」とも称される。MHC分子の2種の異なるクラス:MHC IおよびMHC IIがあり、異なる細胞コンパートメント由来のペプチドを提示する。MHCクラスI分子は、ヒトのすべての有核細胞の表面に発現され、細胞内コンパートメント由来のペプチドまたはタンパク質断片を細胞傷害性T細胞に提示する。ヒトでは、MHCは、ヒト白血球抗原(HLA)としても周知である。MHCクラスI分子の3種の主な種類:HLA-A、HLA-BおよびHLA-Cがある。TCRがその特異的エピトープ-MHC複合体に結合すると、T細胞は活性化され、生物学的なエフェクター機能を発揮する。
【0075】
下にさらに詳細に考察されるとおり、本明細書において提供されるTCRは、HPV16 E7抗原、特にHPV16 E711-19エピトープまたはエピトープとMHC分子との複合体、例えば、HPV16 E711-19エピトープとHLA-A02との複合体を有利に(特異的に)認識することができる。
【0076】
本開示の抗原結合タンパク質の一部の実施形態では、MHC分子は、HLA-A02型、例えば、HLA-A02:01型、HLA-A02:03型、HLA-A02:05型、HLA-A02:06型、HLA-A02:07型、HLA-A02:10型またはHLA-A02:11型である。
【0077】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号3に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含む、および/またはTCRベータ鎖可変領域は配列番号8に示されるアミノ酸配列を有するCDR3を含む。
【0078】
以前記載されたとおり、TCRα鎖およびβ鎖のCDR1およびCDR2が、MHC認識に主に関与することは同定されている。HLA-A02拘束性抗原認識に関与することが周知であるCDR1およびCDR2配列の限定的な「プール」がある。抗原結合タンパク質が、添付の実施例において評価されたTCRと同様に、同じにまたはさらに高い程度で抗原性標的(好ましくは、HLA-A02とのその複合体)を認識するその能力を保持している限り、本発明のCDR3ドメインが、配列番号1~2および6~7に示されるCDR1およびCDR2のいずれか1個と原理的に組み合わされ得ることは予測される。CDR1およびCDR2ドメインの利用可能な例として、配列番号1に示される配列を含むかまたはそれからなるCDR1α、配列番号2に示される配列を含むかまたはそれからなるCDR2α、配列番号6に示される配列を含むかまたはそれからなるCDR1β、および配列番号7に示される配列を含むかまたはそれからなるCDR2βが挙げられる。
【0079】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含む;ならびに/あるいはTCRベータ鎖可変領域は配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3または1つ以上のアミノ酸の挿入、欠失もしくは置換によって形成されるその機能性バリアントを含む。
【0080】
別の態様では、本開示は、T細胞受容体(TCR)アルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域を含む抗原結合タンパク質であって、前記TCRアルファ鎖可変領域が配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3を含む;ならびに/または前記TCRベータ鎖可変領域が配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3を含む抗原結合タンパク質を提供する。一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号1、配列番号2および配列番号3にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するCDR1、CDR2およびCDR3を含み;ならびにTCRベータ鎖可変領域は配列番号6、配列番号7および配列番号8にそれぞれ示されるアミノ酸配列を有するベータ鎖CDR1、CDR2およびCDR3を含む。
【0081】
本開示の抗原結合タンパク質の一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0082】
本開示の抗原結合タンパク質の一部の実施形態では、TCRベータ鎖可変領域は配列番号9に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0083】
本明細書において使用される場合、用語「配列同一性」は、2種の(ヌクレオチドまたはアミノ酸)配列がアライメントにおいて同じ残基を同じ位置に有する程度を示し、典型的には百分率で表される。好ましくは、同一性は、比較される配列の全長にわたって決定される。したがって、同一の配列を有する2個の複製物は100%同一性を有する一方で、あまり高度に保存されておらず、欠失、付加または置換を有する配列は同一性の程度は低い。当業者は、多数のアルゴリズム、例えば、Blast(アルチュール(Altschul)ら、(1997)Nucleic Acids Res.25:3389-3402)、Blast2(アルチュール(Altschul)ら、(1990)J.Mol.Biol.215:403-410)、Smith-Waterman(スミス(Smith)ら、(1981)J.Mol.Biol.147:195-197)およびClustalWが、標準的パラメーターを使用して配列同一性を決定するために使用され得ることを認識するであろう。
【0084】
それにより、配列番号4または9のアミノ酸配列は、例えば「対象配列」または「参照配列」であり得る一方で、TCRアルファ鎖またはベータ鎖可変領域の異なるアミノ酸配列は、「問い合わせ配列」であり得る。
【0085】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は配列番号4に示されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、TCRベータ鎖可変領域は配列番号9に示されるアミノ酸配列を含む。
【0086】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域は第1のポリペプチドに含有され、TCRβ鎖可変領域は異なる第2のポリペプチドに含有される。一部の実施形態では、TCRアルファ鎖可変領域およびTCRベータ鎖可変領域は、単一のポリペプチドに含有される。
【0087】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は可溶性または膜結合型である。
【0088】
本発明の抗原結合タンパク質は、可溶性形態で、例えば、可溶性TCRの形態で提供されてもよい。可溶性TCR(sTCR)は、診断ツールとして、および、例えば可溶性TCRによって認識される抗原性標的を発現しているがん細胞に治療剤またはエフェクター細胞を特異的に標的化するためのベクターまたは「アダプター」として使用され得る。可溶性TCRは、典型的には、TCRアルファ鎖および/もしくはベータ鎖またはその可変領域もしくはCDRを含む断片または構築物であり、任意選択でジスルフィド結合によって安定化されるか、または適切なリンカーにより共有結合で連結される。典型的には、可溶性TCRは例えば、膜貫通領域は含まない。
【0089】
本発明の抗原結合タンパク質は、膜結合型形態、例えば、膜結合型TCRの形態でも提供され得る。典型的には、膜結合型TCRは、それを細胞膜にしっかり固定する膜貫通領域を含む。
【0090】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、TCR、キメラ抗原受容体(CAR)、Fcポリペプチドまたはその抗原結合断片から選択される。
【0091】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、TCRまたはその抗原結合断片であり、抗原結合タンパク質はTCR定常領域またはその断片をさらに含む。
【0092】
本明細書において使用される場合、用語「定常領域」は、ヒト定常領域であってよく、または他の種由来で、「キメラ」TCRを生じてよい。例えば、ヒトα鎖および/またはβ鎖は、それらのムリン対応物によって置き換えられてよく(「ムリン由来」)、ムリン対応物は、ヒトTCRの表面発現を増強し、TCRα鎖とβ鎖との優先的対合を支持することによってヒトTCRのCD3共受容体への結合安定性を増強することが見出された。
【0093】
一部の実施形態では、TCR定常領域は、ムリン定常領域またはヒト定常領域である。
【0094】
定常領域へのジスルフィド結合の追加は、TCRα鎖とβ鎖との正しい対合を促進できることが報告された(クバール J(Kuball J)ら、Blood.2007 Mar 15;109(6):2331-8)。したがって、本発明は、TCRα鎖とTCRβ鎖との間にジスルフィド結合を形成するための1つ以上のシステイン改変の定常領域への追加も予測する。
【0095】
一部の実施形態では、TCR定常領域は、TCRアルファ鎖定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域を含み;好ましくは、前記TCRアルファ鎖定常領域および/またはTCRベータ鎖定常領域は、前記TCRアルファ鎖と前記TCRベータ鎖との間にジスルフィド結合を形成するように、野生型配列と比較して少なくとも1つのシステイン変異を含む。
【0096】
一部の実施形態では、システイン変異は、以下の位置:野生型ヒトTCRアルファ鎖定常領域の48位、野生型ムリンTCRアルファ鎖定常領域の48位、野生型ヒトTCRベータ鎖定常領域の57位および野生型ムリンTCRベータ鎖定常領域の57位の1つ以上においてである。
【0097】
野生型TCR定常領域の配列は、the International Immunogenetics Information System(IMGT)の公開データベースに見出され得る。例えば、TCRアルファ鎖定常ドメインの配列は、「TRAC01」であり、TCRベータ鎖定常ドメインの配列は、「TRBC101」または「TRBC201」である。
【0098】
システイン変異の位置の記載を容易にするために、本発明において野生型TCR定常領域のアミノ酸配列の位置は、the International Immunogenetics Information System(IMGT)の命名法に従って番号付ける。例えば、TCRアルファ鎖定常領域(TRAC)中のアミノ酸がIMGTにおいて48の位置番号で指定される場合、本明細書においてTCRアルファ鎖定常領域(TRAC)の48位のアミノ酸として記載され;TCRベータ鎖定常領域(TRBC)中のアミノ酸がIMGTにおいて57の位置番号で指定される場合、本明細書においてTCRベータ鎖定常領域(TRBC)の57位のアミノ酸として記載される;など。本明細書において、可変領域TRAVおよびTRBVのアミノ酸配列の位置番号付けは、IMGTに列挙される位置番号付けに基づく。TRAV中のアミノ酸がIMGTにおいて46の位置番号で指定される場合、本明細書においてTRAVの46位のアミノ酸として記載される;など。他のアミノ酸の配列位置番号付けが本発明において具体的に記載される場合、それらは具体的に記載されるとおり番号付けられる。
【0099】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖定常領域は、定常領域(および/または、膜貫通領域)がアミノ酸配列LVIVLRILを含むようにLVL変異またはLIV変異をさらに含む。例えば、TCRアルファ鎖がヒト定常領域を含む場合、ヒト定常領域は、定常領域(および/または、膜貫通領域)がアミノ酸配列LVIVLRILを含むようにLVL変異を含み得る。TCRアルファ鎖がムリン定常領域を含有する場合、ムリン定常領域は、定常領域(および/または、膜貫通領域)がアミノ酸配列LIVLRILを含むようにLIV変異を含み得る。
【0100】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖定常領域は、配列番号14~19のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、および/またはTCRベータ鎖定常領域は、配列番号21~30のいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
【0101】
一部の実施形態では、TCRアルファ鎖定常領域は配列番号19に示されるアミノ酸配列を含み、TCRベータ鎖定常領域は配列番号26に示されるアミノ酸配列を含む。
【0102】
一部の実施形態では、TCR定常領域の前記断片はTCR定常領域の細胞外セグメントである。
【0103】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、アルファ鎖およびベータ鎖を含むTCRである。一部の実施形態では、TCRアルファ鎖および/またはベータ鎖は、リーダー配列を含み得る。例えば、TCRアルファ鎖のリーダー配列は、配列番号12に示されるアミノ酸配列(MISLRVLLVILWLQLSWVWSQ)を有し得る。TCRベータ鎖のリーダー配列は、配列番号13に示されるアミノ酸配列(MGPGLLCWALLCLLGAGLV)を有し得る。TCRアルファ鎖のリーダー配列は、配列番号48において示されるヌクレオチド配列(ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAA)によってコードされ得る。TCRβ鎖のリーダー配列は、配列番号49において示されるヌクレオチド配列(ATGGGCCCCGGGCTCCTCTGCTGGGCACTGCTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCTTAGTG)によってコードされ得る。
【0104】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、膜貫通領域および/または細胞質領域をさらに含む。
【0105】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、配列番号32~37から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRアルファ鎖;および/または配列番号38~47から選択されるいずれか1つに少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するアミノ酸配列を含むTCRベータ鎖を含む。
【0106】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は細胞内シグナル伝達領域をさらに含む。一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は、他の抗原またはエピトープに結合する1つ以上の抗原結合領域(複数可)をさらに含む。
【0107】
一部の実施形態では、抗原結合タンパク質は単離されるか、または精製される。
【0108】
本明細書において使用される場合、用語「単離されるか、または精製される」は、「単離されるか、または精製される」抗原結合タンパク質が、それが産生される環境由来で、治療用または診断用使用を妨げる可能性がある他の混入構成成分を含まないか、または実質的に含まないように「単離されるか、または精製される」抗原結合タンパク質が、それが産生される環境の構成成分から同定された、単離された、および/または回収されたことを意味する。混入構成成分として、酵素、ホルモンおよび他のタンパク質または非タンパク質溶質が挙げられる。したがって、「単離されるか、または精製される」抗原結合タンパク質は、これらの混入構成成分を除去するか、または実質的に除去する少なくとも1つの精製ステップによって調製され得る。さらに別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質をコードする核酸を提供する。
【0109】
一部の実施形態では、核酸は、配列番号5に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号10に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、核酸は、配列番号20に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列、および/または配列番号31に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%もしくは100%配列同一性を有するヌクレオチド配列をさらに含む。
【0110】
別の態様では、本開示は、本開示の核酸を含むベクターを提供する。
【0111】
本明細書において使用される場合、用語「ベクター」は、ベクターとしての核酸分子が、例えば複製および/または発現され得る宿主細胞に(外来性)遺伝子材料を移行するためのビヒクルとして使用される核酸分子である。用語「ベクター」は、これだけに限らないが、プラスミド、ウイルスベクター(レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、牛痘ウイルスベクター、ポリオーマウイルスベクターおよびアデノ随伴ウイルスベクター(AAV)が挙げられる)、ファージ、ファスミド(phasmid)、コスミドおよび人工染色体(BACおよびYACが挙げられる)を包含する。ベクター自体は、通常ヌクレオチド配列であり、挿入物(導入遺伝子)およびベクターの「骨格」として作用するさらに大きな配列を含むDNA配列を通常含む。操作されたベクターは、宿主細胞における自己複製のための起点(ポリヌクレオチドの安定な発現が望ましい場合)、選択マーカーおよび制限酵素切断部位(例えば、ポリクローナル部位、MCS)を通常含む。ベクターは、プロモーター、遺伝子マーカー、レポーター遺伝子、標的配列および/またはタンパク質精製タグを追加的に含み得る。当業者に周知のとおり、多数の好適なベクターが当業者に周知であり、多くが市販で入手可能である。好適なベクターの例は、その全体を本願に引用して援用する、J.サムブルック(J.Sambrook)ら、Molecular Cloning: a Laboratory Manual(4th ed.),Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,New York(2012)に提供されている。
【0112】
一部の実施形態では、ベクターは、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、プラスミドおよびDNAベクター、mRNAベクター、トランスポゾンに基づくベクターおよび人工染色体からなる群から好ましくは選択される。
【0113】
さらに別の態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質、核酸またはベクターを含む細胞を提供する。
【0114】
本明細書において使用される場合、用語「細胞」は、本開示の抗原結合タンパク質を発現することができる任意の種類の細胞を指す。細胞は、真核細胞、例えば、植物細胞(植物に発達する潜在力を有しない)、動物細胞、菌類細胞または藻類細胞であってよい、または原核細胞、例えば、細菌細胞または原虫細胞であってよい。細胞は、培養細胞または初代細胞、すなわち、生物、例えばヒトから直接単離された細胞であり得る。細胞は、接着細胞または浮遊細胞、すなわち懸濁液中で増殖する細胞であり得る。好適な宿主細胞は、当技術分野において周知であり、例えば、DH5α E. coli細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞、サルVERO細胞、COS細胞、HEK293細胞などが挙げられる。本開示の抗原結合タンパク質を産生する目的のために、細胞は、好ましくは哺乳動物細胞である。最も好ましくは、宿主細胞は、ヒト細胞である。
【0115】
一部の実施形態では、細胞は、リンパ球(例えば、T細胞、NK細胞)、単球(例えば、PBMC)および幹細胞からなる群から選択される。本明細書において使用される場合、用語「幹細胞」は、本開示の抗原結合タンパク質(特に、TCR)を発現するために使用される幹細胞である。例えば、幹細胞は、リンパ球系前駆細胞、人工多能性幹細胞(iPSC)または造血幹細胞(HSC)であり得る。一部の実施形態では、幹細胞は、ヒトの胚を破壊することによって得られた胚性幹細胞を含まず、および/または個別の動物に発達およびそれを形成するために使用される全能性幹細胞を含まない。幹細胞が表面にCD3分子を発現しないことから、幹細胞に遺伝子を移行させることは、細胞表面でのTCRの発現を典型的には生じない。しかし、胸腺に移動するリンパ球系前駆細胞に幹細胞が分化する場合、CD3分子の発現は、胸腺細胞の表面での導入されたTCR分子の発現を開始する。
【0116】
一部の実施形態では、幹細胞は、リンパ球系前駆細胞または人工多能性幹細胞(iPSC)である。
【0117】
一部の実施形態では、細胞はT細胞である。T細胞は、培養されたT細胞などの任意のT細胞、例えば、初代T細胞または培養されたT細胞系、例えば、Jurkat、SupTlなど由来のT細胞、または哺乳動物から得られたT細胞であってよい。哺乳動物から得られる場合、T細胞は、これだけに限らないが、血液、骨髄、リンパ節、胸腺または他の組織もしくは体液が挙げられる多数の供給源から得られ得る。T細胞は、濃縮または精製されてもよい。好ましくは、T細胞はヒトT細胞である。さらに好ましくは、T細胞はヒトから単離されたT細胞である。T細胞は、任意の種類のT細胞であってよく、これだけに限らないがCD4+/CD8+二重陽性T細胞、CD4+ヘルパーT細胞、例えばTh1およびTh2細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞(例えば、細胞傷害性T細胞)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、メモリーT細胞(例えば、セントラルメモリーT細胞およびエフェクターメモリーT細胞)、ナイーブT細胞などが挙げられる任意の発達段階にあってよい。一部の実施形態では、T細胞は内在性TCRを発現しない。
【0118】
本明細書に記載される抗原結合タンパク質(TCRなど)を発現するエフェクター細胞がその抗原性標的(好ましくは、HLA-A02に抗原提示細胞によって提示されるHPV16 E711-19エピトープ)に高い親和性で結合することは予測される。用語「親和性」または「結合親和性」は、in vitroで所与の濃度でリガンドに応答して抗原結合タンパク質を発現する細胞(特に、本明細書に記載されるTCRを発現するT細胞)の能力を指し、能力は、抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現する細胞のin vivoエフェクター能力と相関すると考えられる。定義により、高い結合親和性を有する抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現する細胞は、in vitroで非常に低い用量の抗原に応答する一方で、低い結合活性を有する細胞は、高い親和性を有する抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現する細胞のものと同様の免疫応答が望ましい場合は、より多い量の抗原が必要である。したがって結合親和性は、抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現する細胞の活性化閾値の定量的決定因子と考えられ得る。これは、そのような細胞をin vitroでさまざまな量の相同抗原に細胞を曝露することによって測定される。高い親和性を有して抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現する細胞は、低い用量の抗原に応答する。例えば、抗原陰性HLA-02-発現標的細胞と同時培養される場合に、TCR発現細胞が少なくとも約200pg/mL以上(例えば、200pg/mL以上、300pg/mL以上、400pg/mL以上、500pg/mL以上、600pg/mL以上、700pg/mL以上、1000pg/mL以上、5,000pg/mL以上、7,000pg/mL以上、10,000pg/mL以上または20,000pg/mL以上)インターフェロンガンマ(IFN-γ)を分泌する場合、TCR発現細胞は、その抗原標的に「高」親和性で結合すると一般に考えられる。
【0119】
別の態様では、本開示は、本開示のベクターを用いて細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップを含む、本開示の細胞を調製する方法を提供する。
【0120】
本明細書において使用される場合、用語「トランスフェクション」は、核酸分子またはポリヌクレオチド(ベクターを含む)を標的細胞に意図的に導入する工程である。一例は、RNAトランスフェクション、すなわち、RNA(例えば、in vitroで転写されたRNA、ivtRNA)を宿主細胞に導入する工程である。この用語は、真核細胞における非ウイルス性の方法について主に使用される。用語「形質導入」は、核酸分子またはポリヌクレオチドのウイルス媒介移行を記載するために一般に使用される。動物細胞のトランスフェクションは、材料の取込みを可能にするために細胞膜に一過性のポアまたは「穴」を開けることを典型的には含む。トランスフェクションは、リン酸カルシウム、電気穿孔、細胞押出(cell extrusion)、を使用することによって、または細胞膜に融合し、それらの積荷を内側に沈着させるリポソームを産生するように陽イオン性脂質を材料と混合することによって実施され得る。真核宿主細胞をトランスフェクトするための例示的技術として、脂質ビヒクル媒介取込み(lipid vesicle-mediated uptake)、熱ショック媒介取込み、リン酸カルシウム媒介トランスフェクション(リン酸カルシウム/DNA共沈)、マイクロインジェクションおよび電気穿孔が挙げられる。
【0121】
一部の実施形態では、方法は、形質導入またはトランスフェクトの前または後に細胞を増やす、および/または活性化するステップをさらに含む。
【0122】
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質および前記抗原結合タンパク質にカップルしているかまたはコンジュゲートしている活性剤を含むコンジュゲートを提供する。
【0123】
一部の実施形態では、活性剤は、検出可能なマーカー、免疫賦活性分子および治療剤からなる群から選択される。好ましくは、前記検出可能なマーカーは、ビオチン、ストレプトアビジン、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、ナノ粒子、常磁性金属イオン、核酸プローブ、造影剤および蛍光発生的分子、リン光分子または化学発光分子からなる群から選択される。好ましくは、前記免疫賦活性分子は、サイトカイン(例えば、IL-2およびIFN-γ)、ケモカイン(例えば、IL-8)、血小板因子(例えば、血小板第4因子)および補体開始因子からなる群から選択される。好ましくは、前記治療剤は、免疫調節物質、放射活性化合物、酵素、化学療法薬および毒素からなる群から選択される。他の好適な治療剤として、小分子細胞傷害剤、すなわち、哺乳動物細胞を殺傷する能力を有し、700ダルトン未満の分子量を有する化合物が挙げられる。そのような化合物は、細胞傷害効果を有する毒性金属も含有し得る。加えて、これらの小分子細胞傷害剤として、薬物前駆体、すなわち、細胞傷害剤を放出するように生理的条件下で崩壊するか、または変換される化合物も挙げられることは理解されるべきである。そのような薬剤の例として、シスプラチン、メイテニン(maytenin)誘導体、ラシェルマイシン、カリケアマイシン、ドセタキセル、エトポシド、ゲムシタビン、イソサイクリックホスホリルアミン、イリノテカン、メルファラン、ミトキサントロン、ソルフィマーソディウムホトフィリン(sorfimer sodiumphotofrin)II、テモゾロミド、トポテカン、トリメトレキサート(trimetreate)グルクロン酸、アウリスタチンE、ビンクリスチンおよびドキソルビシン;ペプチド細胞毒、すなわち、哺乳動物細胞を殺傷する能力を有するタンパク質もしくはその断片;例えば、リシン、ジフテリア毒素、シュードモナス細菌性外毒素A、DnaseおよびRNase;放射性核種、すなわち、崩壊の際にアルファもしくはベータ粒子またはガンマ線の1つ以上を発する元素の不安定同位体、例えば、ヨウ素-131、レニウム-186、インジウム-111、イットリウム-90、ビスマス-210およびビスマス-213、アクチニウム-225およびアスタチン-213;これらの放射性核種の分子もしくはその多量体への結合を促進するために使用され得るキレート剤;または異種性タンパク質ドメイン、相同性タンパク質ドメイン、ウイルス/細菌タンパク質ドメイン、ウイルス/細菌ペプチドが挙げられる。
【0124】
別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質、核酸、ベクターまたは細胞を含む組成物を提供し、好ましくは、組成物は、薬学的に許容される担体または賦形剤をさらに含む。
【0125】
用語「組成物」は、ヒトへの投与のために好適な組成物を特に指す。しかし、用語は、非ヒト動物への投与のために好適な組成物も一般に包含する。組成物およびその構成成分(すなわち、活性剤および任意選択で担体または賦形剤)は、好ましくは薬学的に許容される、すなわち、レシピエントにおいていかなる望ましくない局所または全身性の影響も生じることなく、所望の治療効果を引き出すことができる。本発明の薬学的に許容される組成物は、例えば、滅菌されていてよい。具体的には、用語「薬学的に許容される」は、動物における、およびさらに詳細にはヒトにおける使用のために規制当局または他の承認された薬局方による認可を示し得る。
【0126】
用語「賦形剤」として、注入剤、接着剤、崩壊剤、コーティング剤、吸着剤、抗接着剤、流動助剤(flow aid)、保存剤、抗酸化物質、香味剤、着色剤、甘味剤、溶媒、共溶媒、緩衝剤、キレート剤、粘度付与剤、界面活性剤、希釈剤、湿潤剤、担体、希釈剤、保存剤、乳化剤、安定剤および張力調整剤(tension regulator)が挙げられる。本発明の組成物を調製するために好適な賦形剤を選択することは当業者に周知である。本発明の組成物における使用のための例示的担体として、生理食塩水、緩衝生理食塩水、グルコースおよび水が挙げられる。典型的には、好適な賦形剤の選択は、特に、使用される活性剤、処置される疾患および組成物の望ましい投薬形態に依存する。
【0127】
用いられる活性剤(例えば、可溶性TCR)に依存して、本開示の組成物は、種々の形態、例えば固体、液体、ガス状または凍結乾燥形態に製剤化され得る、特に、軟膏、クリーム、経皮パッチ、ゲル、粉剤、錠剤、溶液、アエロゾル、顆粒剤、丸剤、懸濁物、乳液、カプセル、シロップ、液剤、エリキシル剤、注入剤、チンキもしくは流エキス剤(fluid extract)、または所望の投与方法のために特に好適な形態、であってよい。本発明に周知の薬剤生産の工程は、Remington’s Pharmaceutical Sciences(Ed.MaackPublishing Co,Easton,Pa.,2012)の第22版に示されており、例えば、混合、溶解、造粒、糖衣、粉砕、乳化、被包、包埋または凍結乾燥の従来の工程を含む。例えば、本明細書に記載される宿主細胞または可溶性TCRを含む組成物は、典型的には液体形態で提供され、薬学的に許容される緩衝剤を好ましくは含む。
【0128】
一部の実施形態では、本開示の組成物は、第2の治療剤をさらに含み、好ましくは前記第2の治療剤は抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択される。
【0129】
好ましい第2の治療剤の例として、周知の抗がん薬、例えば、シスプラチン、メイテニン誘導体、ラシェルマイシン、カリケアマイシン、ドセタキセル、エトポシド、ゲムシタビン、イソサイクリックホスホリルアミン、イリノテカン、メルファラン、ミトキサントロン、ソルフィマーソディウムホトフィリンII、テモゾロミド、トポテカン、トリメトレキサートグルクロン酸、アウリスタチンE、ビンクリスチンおよびドキソルビシン;およびペプチド細胞毒、例えば、リシン、ジフテリア毒素、シュードモナス細菌性外毒素A、DnaseおよびRNase;放射性核種、例えば、ヨウ素131、レニウム186、インジウム111、イットリウム90、ビスマス210および213、アクチニウム225ならびにアスタチン213;プロドラッグ、例えば、抗体に方向付けられた酵素プロドラッグ;免賦活薬、例えば、IL-2、ケモカイン、例えば、IL-8、血小板第4因子;抗体またはその断片、例えば、抗CD3抗体またはその断片;補体開始因子(complement initiator);異種性タンパク質ドメイン、相同性タンパク質ドメイン、ウイルス/細菌タンパク質ドメインおよびウイルス/細菌ペプチドが挙げられる。
【0130】
さらに別の態様では、本開示は、本開示の抗原結合タンパク質の有効量を対象に投与することを含む、前記対象におけるHPV陽性疾患を処置するか、または予防する方法を提供する。
【0131】
別の態様では、本開示は、本開示の細胞の有効量を対象に投与することを含む、前記対象におけるHPV陽性疾患を処置するか、または予防する方法を提供する。
【0132】
本明細書において使用される場合、用語「処置」、「処置する」または「処置すること」は、それを必要とする対象における治療的または予防的処置を含む。用語「治療的または予防的処置」は、臨床的および/もしくは病理学的所見を完全に予防することを意図する予防的処置、または臨床的および/もしくは病理学的所見を改善もしくは軽減することを意図する治療的処置を含む。したがって、用語「処置」は、疾患の改善または予防も含む。
【0133】
本明細書において使用される場合、用語「有効量」は、疾患の処置または予防のために対象に投与された場合に、そのような処置または予防を達成するために十分な治療剤の量を指す。「有効量」は、化合物、疾患およびその重症度ならびに処置される対象の年齢、体重などに応じて変動する場合がある。「治療有効量」は、治療的処置のための有効量を指す。「予防的有効量」は、予防的処置のための有効量を指す。
【0134】
治療有効性および毒性は、細胞培養または実験動物などにおいてED50(集団の50%において治療的に有効である用量)およびLD50(集団の50%に致死性である用量)などの標準的手順によって決定され得る。治療効果と毒性効果との間の用量比は、治療指数であり、ED50/LD50の比として表され得る。大きな治療指数を示す医薬組成物は好ましい。
【0135】
投与される抗原結合タンパク質または細胞の正確な用量は、周知の技術を使用して当業者により決定され得る。好適な用量は、十分な量の本発明の活性剤を提供し、好ましくは治療的に有効である、すなわち、例えば、適正な期間内に対象または動物において治療的または予防的応答を誘発するために十分である。例えば、本発明の抗原結合タンパク質、例えばTCRの用量は、がん抗原に結合するために、または投与の時期から約2時間以上、例えば、12時間から24時間以上の期間内(例えば、1カ月、2カ月、3カ月、6カ月、12カ月、24カ月など)にがんを検出する、処置する、または予防するために十分であるべきである。一部の実施形態では、期間はさらに長い場合がある。当技術分野において周知であるとおり、治療の目的(疾患の急性の発症の軽減など)、投薬経路、時期および頻度、製剤を投与する時期および頻度、年齢、体重、一般的健康状態、性別、食事、疾患状態の重症度、薬物組合せ、応答の感受性および治療への耐性/応答に応じて調整が必要である場合がある。
【0136】
投与される用量を決定するための多数のアッセイが当技術分野において周知である。本発明の目的のために、哺乳動物の群に本開示の抗原結合タンパク質(例えば、TCR)を発現するT細胞の所与の用量を投与した後(それぞれ異なる用量のT細胞を投与される)に、そのようなT細胞によって達成された標的細胞溶解またはIFN-γ分泌の程度を比較することを含む、アッセイは、哺乳動物に投与される開始用量を決定するために使用され得る。所与の用量の投与後に達成された標的細胞溶解またはIFN-γ分泌の程度は、当技術分野において周知の方法によって決定され得る。本開示の抗原結合タンパク質または細胞の用量は、本開示の抗原結合タンパク質または細胞の投与に伴う場合がある任意の有害な副作用の存在、性質および程度によっても決定される。典型的には、個々の患者に投与される本開示の抗原結合タンパク質または細胞の用量は、年齢、体重、一般的健康、食事、性別、投与される活性剤、投与の経路および処置される医学的状態の重症度などの種々の要因を考慮して主治医によって決定される。本開示の処置方法の一部の実施形態では、注入あたりで投与される細胞の数は、例えば、細胞約1×10個から約1×1012個以上で変動する場合がある。一部の実施形態では、細胞1×10個未満が投与される場合がある。
【0137】
処置が、本発明の活性剤の治療有効量の単回投与または複数回投与を必要とする場合があることは認識されるべきである。例えば、具体的な組成物の製剤、半減期およびクリアランスに依存して、一部の組成物は、3から4日ごと、毎週もしくは2週間ごとに投与されてよく、または1カ月間で1回投与されてよい。
【0138】
本開示の組成物は、種々の経路による投与のために好適であり得る。典型的には、投与は、非経口的に達成される。非経口的送達方法として、局所的、動脈内、筋肉内、皮下、髄内、くも膜下腔内、心臓内、静脈内、腹腔内、子宮内、腟内、舌下または、鼻腔内投与が挙げられる。
【0139】
用語「対象」または「個体」または「動物」または「患者」は本明細書において互換的に使用され、処置を必要とする任意の対象、特に哺乳動物対象を指す。一般に、哺乳動物対象として、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ウシ、乳牛などが挙げられる。しかし、本明細書において提供されるTCR、核酸、ベクター、宿主細胞および医薬組成物が、ヒト対象、特にHLA-A02陽性である、例えばHLA-A02:01、HLA-A02:03、HLA-A02:05、HLA-A02:06、HLA-A02:07 HLA-A02:10またはHLA-A02:11陽性であるヒト対象を処置するために使用されることが特に予測されることは容易に理解される。
【0140】
本開示の処置方法の一部の実施形態では、細胞は対象に自家性または同種である。
【0141】
一部の実施形態では、方法は、以下のステップ:(i)対象由来の細胞を含有する試料を単離するステップ;(ii)本開示のベクターを用いて前記細胞を形質導入するか、またはトランスフェクトするステップ;および(iii)ステップ(ii)において得られた細胞を前記対象に投与するステップ、のステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ステップ(i)の後でステップ(ii)の前に細胞中の内在性TCRをノックアウトするステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、第2の治療剤を投与することをさらに含む。好ましくは第2の治療剤は、抗体、化学療法薬および小分子薬からなる群から選択される。第2の治療剤の好ましい例は、上に記載されている。
【0142】
本開示の処置方法の一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。がんは、任意のがんであってよく、急性リンパ球性がん、急性骨髄性白血病、胞巣状横紋筋肉腫、骨がん、脳がん、乳がん、肛門がん、肛門管がんまたは直腸内肛門がん、眼がん、肝内胆管癌、関節がん、頸部がん、胆嚢がんまたは胸膜がん、鼻がん、鼻腔がんまたは中耳がん、口腔がん、腟がん、外陰部がん、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性がん、結腸がん、食道がん、子宮頸がん、胃腸管カルチノイド腫瘍、神経膠腫、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、腎臓がん、喉頭がん、肝がん、肺がん、悪性中皮腫、メラノーマ、多発性骨髄腫、上咽頭がん、非ホジキンリンパ腫、中咽頭がん、卵巣がん、陰茎がん、膵臓がん、腹膜がん、大網がんおよび腸間膜がん、咽頭がん、前立腺がん、直腸内がん、腎臓がん、皮膚がん、小腸がん、軟部組織がん、胃がん、精巣がん、甲状腺がん、子宮がん、尿管がんおよび膀胱がんが挙げられる。好ましいがんは、HPV16陽性がんである。HPV16感染に最も一般的に関連するがんとして、子宮頸がん、中咽頭がん、肛門がん、肛門管がん、直腸肛門がん、腟がん、外陰部がんおよび陰茎がんが挙げられるが、本発明の方法は、他の解剖学的領域に存在するものを含んで、任意のHPV16陽性がんを処置するために使用され得る。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸内がん、腟がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から選択される。
【0143】
別の態様では、本開示は、対象においてHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)方法であって(i)対象から得られた試料を本開示の抗原結合タンパク質、細胞またはコンジュゲートと接触させること;および(ii)前記試料中のHPV抗原の存在を検出することであって、HPV抗原の存在がHPV陽性疾患を示すこと、を含む方法を提供する。HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から例えば選択され得る。がんは上に定義されたとおりである。
【0144】
一部の実施形態では、対象から得られる試料は、血液試料、尿試料、組織試料または細胞試料であり得る。一部の実施形態では、方法は、in vitroで実施される。一部の実施形態では、方法は、(i)対象から得られた試料を本開示のコンジュゲートと接触させることであって、コンジュゲートが検出可能なマーカーを含むこと;および(ii)検出可能なマーカーを検出することによって試料中のHPV抗原の存在を検出することを含む。検出可能なマーカーの例として、これだけに限らないが、ビオチン、ストレプトアビジン、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、ナノ粒子、常磁性金属イオン、核酸プローブ、造影剤および蛍光発生的分子、リン光分子または化学発光分子;好ましくは、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、蛍光発生的分子、リン光分子または化学発光分子が挙げられる。
【0145】
さらに別の態様では、本開示は、本開示による抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを含む、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出するためのキットであって、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープである、キットを提供する。
【0146】
一部の実施形態では、キットは、本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを含む、対象におけるHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)ためのキットである。HPV陽性状態は、例えば、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。がんは上に定義されたとおりである。
【0147】
一部の実施形態では、コンジュゲートは検出可能なマーカーを含む。検出可能なマーカーの例として、これだけに限らないが、ビオチン、ストレプトアビジン、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、ナノ粒子、常磁性金属イオン、核酸プローブ、造影剤および蛍光発生的、リン光または化学発光分子;好ましくは、酵素またはその触媒的に活性な断片、放射性核種、蛍光発生的分子、リン光分子または化学発光分子が挙げられる。一部の実施形態では、キットは、キットをどのように使用するかについて説明書をさらに含む。
【0148】
別の態様では、本開示は、対象におけるHPV陽性疾患の処置または予防のための医薬の調製における抗原結合タンパク質、核酸、ベクター、細胞または本開示の組成物の使用を提供する。
【0149】
さらに別の態様では、本開示は、対象におけるHPV陽性疾患の処置または予防における使用のための本開示の抗原結合タンパク質、核酸、ベクター、細胞または組成物を提供する。
【0150】
別の態様では、本開示は、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出するためのキットの調製における本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートの使用であって、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープである使用を提供する。
【0151】
一部の実施形態では、本開示は、対象におけるHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)ためのキットの調製における本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートの使用を提供する。
【0152】
さらに別の態様では、本開示は、試験される試料中の陽性エピトープの存在を検出することにおける使用のための本開示の抗原結合タンパク質またはコンジュゲートであって、前記エピトープがYMLDLQPET(配列番号11)を含むエピトープであり、例えば、対象においてHPV陽性疾患を検出する(例えば、診断する)ことにおける使用のためである抗原結合タンパク質またはコンジュゲートを提供する。
【0153】
本開示の使用の一部の実施形態では、対象は、HLA-A02対立遺伝子、例えば、HLA-A02:01、HLA-A02:03、HLA-A02:05、HLA-A02:06、HLA-A02:07、HLA-A02:10またはHLA-A02:11対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、HPV陽性疾患は、HPV感染、HPV前悪性腫瘍およびHPVがんからなる群から選択される。好ましくは、がんは、子宮頸がん、頭頸部がん、中咽頭がん、食道腺癌、肛門がん、肛門管がん、直腸がん、膣がん、外陰部がんおよび陰茎がんからなる群から好ましくは選択される。
【実施例
【0154】
本発明は、続く具体的な実施形態によってさらに詳述される。これらの実施例が、本発明を例示することのみを意図し、本発明の範囲を限定することを意図しないことは理解されるべきである。以下の実施例において具体的な条件が示されていない実験方法は、当技術分野における従来の条件、例えば、サムブルック(Sambrook)およびラッセイ(Russeii)ら、Molecular Cloning:a Laboratory Manual(Third Edition) (2001),CSHL Pressに記載されているもの使用して、または製造者によって推奨されているものを使用して実施される。他に述べられない限り、以下の実施例において使用された実験材料および試薬は、市販で入手可能である。
【0155】
<実施例1:HPV16 E7特異的TCRについてのスクリーニング>
患者から倫理承認およびインフォームドコンセントを得た後に、HPV16陽性子宮頸がん(HLA-A02:01)を有する患者由来の術後腫瘍組織を得て、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を培養し、腫瘍組織から増やした。TILを適切に増やした後に、CD8およびHLA-A02:01/HPV16 E711-19四量体で強く染色された陽性細胞を、フローサイトメトリーを使用して選別した。選別したCD8+/四量体+細胞からmRNAを抽出し、逆転写し、TCRα鎖およびβ鎖可変領域(V領域)遺伝子を得るために増幅させた。得られたTCRα鎖およびβ鎖V領域遺伝子を、TCR定常領域(C領域)遺伝子を含有するレンチウイルスベクターにさらに構築した。クローニングしたベクターは、完全なTCRα鎖およびβ鎖をそれぞれ発現できた(図1A)。
【0156】
種々の候補TCR対を確立されたT細胞レポーター細胞系に導入し、TCR対の抗原特異性および親和性を抗原特異的活性化アッセイによって確認した。上記のクローニングおよび確認の計画を使用して、HLA-A02:01によって提示されるHPV16 E711-19エピトープ(YMLDLQPET、配列番号11)を特異的に認識するCRTE7A2と称されるTCRを得た(図1B)。
【0157】
CRTE7A2の可変領域のアミノ酸配列およびそれらのコード配列を表1および2にそれぞれ示し、α鎖およびβ鎖可変領域のCDR配列を表3に示す。組換えTCRの定常領域の配列を表4に示す。組換えTCRのα鎖およびβ鎖のアミノ酸配列を表5に示す。
【0158】
【表1】
【0159】
【表2】
【0160】
【表3】
【0161】
【表4】
【0162】
【表5】
【0163】
【表6】
【0164】
【表7】
【0165】
CRTE7A2のα鎖およびβ鎖可変領域をムリン定常領域(配列番号19(α鎖)および配列番号26(β鎖))に融合し、続く使用のために、レンチウイルスベクターにβ-T2A-αの順に直列で構築した。
【0166】
<実施例2:標的抗原ペプチドに対するCRTE7A2の結合親和性>
標的抗原ペプチド(YMLDLQPET、配列番号11)に対するCRTE7A2の親和性を確認するために、KITE-439、Kite Pharmaによって開発されたHPV16 E7を標的にするTCRを対照として使用した。NFAT-GFPレポーター遺伝子を保有するJurkat細胞(Jurkat-NFAT-GFP、内在性TCRがノックアウトされている)にレンチウイルスを使用してCRTE7A2およびKITE-439を導入した。Jurkat細胞を、種々の濃度の標的抗原ペプチドをロードしたT2細胞と同時インキュベートし、Jurkat細胞におけるレポーター遺伝子の活性化レベルを測定した。結果は、標的抗原へのCRTE7A2結合のEC50が3.1010-8Mであり、標的抗原へのKITE-439結合のEC50が4.8510-8Mであって、CRTE7A2 TCR-T細胞が標的抗原ペプチドに対してKITE-439 TCR-T細胞のものより優れた強い反応性を示す(図2)ことを示す。上の結果は、CRTE7A2が標的抗原ペプチドに対して高い結合親和性を有することを示す。
【0167】
<実施例3:CRTE7A2の細胞膜発現安定性>
PBMCを等量のKITE-439およびCRTE7A2レンチウイルスを用いて形質導入し(MOI20)、次いで9日目まで増やし、培養した。良好なTCR形質導入をヒトCD3-FITC抗体を使用して確認した。TCR-Tの発現率を抗マウスTCRβ-APC抗体を使用する染色によって検出し;CD4/CD8の比をヒトCD4-APCおよびCD8-PE-Cy7抗体を使用する染色によって測定した。フローサイトメトリーの結果は、両方のTCRの形質導入後の各細胞のCD4/CD8比およびTCR陽性比が、同じ形質導入および培養条件下で実質的に同じであることを示す(図3)。CRTE7A2の発現強度は、KITE-439のものより顕著に良好で、CRTE7A2 TCRがさらに良い細胞膜発現安定性を有することを示し、CRTE7A2がさらに良い抗原反応性および抗腫瘍活性を潜在的に有することを示唆している。
【0168】
<実施例4:抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的殺活性>
CRTE7A2またはKITE-439 TCRを発現するT細胞をエフェクター細胞として使用し、TCRを用いて形質導入していない、並行して増やし、培養したPBMCをエフェクター細胞についての対照として使用した。10-6MのHPV16 E711-19ポリペプチドをロードしたT2細胞(HLA-A02:01陽性)、Caski細胞(HPV16 E7陽性、HLA-A02:01陽性)およびHela-E7-0201細胞(HPV16 E7およびHLA-A02:01を過発現)をHLA抗原ペプチドマッチ陽性標的細胞として使用した。HPV16 E711-19ポリペプチドをロードしていないT2細胞、A375細胞(HPV16 E7陰性、HLA-A02:01陽性)およびA549細胞(HPV16 E7陰性、HLA-A02:01陰性)をHLA抗原ペプチド非マッチ陰性標的細胞として使用した。すべての標的細胞は、ルシフェラーゼ遺伝子を安定に発現した。エフェクター細胞をそれぞれ9:1、3:1および1:1のエフェクター細胞の標的細胞に対する比(E:T)でさまざまな標的細胞と16時間インキュベートし、生存している標的細胞を検出するためにルシフェラーゼ基質を加えた。殺傷された標的細胞の割合を残った標的細胞に基づいて算出した。
【0169】
結果は、CRTE7A2 TCR-T細胞が陽性標的細胞に対して顕著な殺効果を有し、陰性標的細胞に殺効果を有さず(図4A)、CRTE7A2 TCR-T細胞がHLA抗原ペプチドマッチ標的細胞を特異的に殺傷する能力を有することを示す。KITE-439の結果との比較は、CRTE7A2 TCR-T細胞が標的細胞に対してKITE-439よりも顕著に優れた殺活性を示す(図4B)ことを示す。これらの結果は、抗原陽性腫瘍細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の顕著にさらに効率的で特異的な殺効果を示す。
【0170】
<実施例5:抗原陽性標的細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞の特異的応答>
CRTE7A2 TCRを発現するT細胞をエフェクター細胞として使用し、TCRを用いて形質導入していない、並行して増やし、培養したPBMCをエフェクター細胞についての対照として使用した。10-6MのHPV16 E711-19ポリペプチドをロードしたT2細胞(HLA-A02:01陽性)、Caski細胞(HPV16 E7陽性、HLA-A02:01陽性)およびHela-E7-0201細胞(HPV16 E7およびHLA-A02:01を過発現)をHLA抗原ペプチドマッチ陽性標的細胞として使用した。HPV16 E711-19ポリペプチドをロードしていないT2細胞、A375細胞(HPV16 E7陰性、HLA-A02:01陽性)およびA549細胞(HPV16 E7陰性、HLA-A02:01陰性)をHLA抗原ペプチド非マッチ陰性標的細胞として使用した。CRTE7A2 TCR-T細胞の数は10個であった。CRTE7A2 TCR-T細胞を種々の標的細胞と1:1のE:T比で24時間インキュベートし、上清中のIFN-γの分泌をIFN-γ ELISA kit(Thermo、カタログ番号88-7316-76)を使用して検出した。結果は図5に示すとおりである。
【0171】
結果は、CRTE7A2 TCR-T細胞がHLA抗原ペプチドマッチ陽性標的細胞に対してIFN-γ分泌を生じ、HLA抗原ペプチド非マッチ陰性標的細胞に対してはIFN-γ分泌を生じないことを示し、CRTE7A2 TCR-T細胞の良好に特異的な殺効果を示している。
【0172】
CRTE7A2またはKITE-439を発現するTCR-T細胞をエフェクター細胞として使用した。10-6MのHPV16 E711-19ポリペプチドをロードしたT2細胞(HLA-A02:01陽性)、Caski細胞(HPV16 E7陽性、HLA-A02:01陽性)およびHela-E7-0201細胞(HPV16 E7およびHLA-A02:01を過発現)をHLA抗原ペプチドマッチ陽性標的細胞として使用した。CRTE7A2 TCR-T細胞の数は10個であった。CRTE7A2 TCR-T細胞を種々の標的細胞と9:1、3:1および1:1のE:T比でそれぞれ24時間インキュベートし、上清中のIFN-γの分泌を検出した。結果は図6に示すとおりである。結果は、KITE-439 TCR-T細胞と同様に、CRTE7A2 TCR-T細胞が抗原陽性標的細胞の刺激下で高レベルのIFN-γを分泌することができることを示す。
【0173】
<実施例6:抗原陽性標的細胞に対するCRTE7A2 TCR-T細胞による特異的IFN-γ分泌>
10個のCRTE7A2 TCR-T細胞を、細胞によって分泌されたIFN-γを捕捉することができるELISpot検出ウエルA、B、CおよびDに加えた。異なるウエルに:(A)陽性対照として25ng/ml PHA(T細胞サイトカイニン);(B)自己対照としてCRTE7A2 TCR-T細胞;(C)陰性対照としてCRTE7A2の培養のための培養培地;および(D)実験ウエルとして10nM HPV16 E711-19ポリペプチドをロードしたHLA-A02:01陽性T2細胞、を加えた。ELISpot染色を16~24時間のインキュベーション後に実施した、結果は図7に示すとおりである。
結果は、ウエルA中のCRTE7A2はPHA刺激に茶色の陽性応答を示し;ウエルBおよびCは陰性対照として作用して、明らかな茶色のスポットを示さず;ならびにウエルD中のCRTE7A2は10nM HPV16 E711-19ポリペプチドの刺激下で明らかな茶色のスポットを示すことを示す。これは、CRTE7A2がHLA-A02:01-陽性T2細胞によって提示されたHPV16 E711-19ポリペプチドの刺激下で特異的IFN-γ分泌を産生することを示している。
【0174】
<実施例7:CRTE7A2は、抗原特異的T細胞増殖を効率的に媒介する>
CRTE7A2 TCR-T細胞およびTCRを用いて形質導入されていないPBMCをIL-2不含有、リンパ球血清不含有培地X VIVO-15(Lonza、カタログ番号BE02-060F)において24時間それぞれ静置し、次いで、CFSE(C34554、Invitrogen)を用いて染色および標識し、10nMまたは1nM HPV16 E711-19ポリペプチドをロードしたT2細胞と5日間同時培養した。次いで、混合細胞をマウスTCRβ-APCおよびヒトCD8α-PE Cy7について染色した。CD8およびマウスTCRβ陽性細胞を細胞増殖の分析のために選択した。無関係のポリペプチドをロードしたT2細胞をポリペプチドについての対照として使用し、TCRを用いて形質導入していないPBMCを陰性対照として使用した。結果は、図8に示すとおりである。
【0175】
結果は、HPV16 E711-19ポリペプチドがCRTE7A2 TCR-T細胞の増殖を特異的に刺激することができることを示し、これは、CRTE7A2 TCR-T細胞の抗原特異的活性化をさらに確認する。
【0176】
<実施例8:CRTE7A2のin vivo抗腫瘍活性>
子宮頸がん細胞系Hela-E7-A0201を使用してB2MノックアウトNDG免疫不全マウスにおいて腫瘍形成モデル(CDXモデル)を確立し、5×10個および10個のCRTE7A2 TCR-T細胞の尾静脈再注入、および対照として10個のPBMCの再注入が続いた。皮下移植したHela腫瘍の増殖をモニターした、結果は図9Aに示すとおりである。結果は、CRTE7A2 TCR-T細胞が用量依存性腫瘍阻害活性を有することを実証する。5×10個および10個のCRTE7A2 TCR-T細胞は、腫瘍細胞の増殖を顕著に阻害でき、10個の細胞は、5×10個の細胞のものよりも良い腫瘍阻害効果を有する。ルシフェラーゼライブイメージングシステムを使用して、TCR-T細胞再注入後21日間モニターした皮下移植Hela腫瘍の増殖は、5×10個および10個のCRTE7A2 TCR-T細胞の再注入が腫瘍細胞の増殖を顕著に阻害でき、10個の細胞は、5×10細胞のものよりも良い腫瘍阻害効果を有することを示す(図9B)。
【0177】
これらの結果は、CRTE7A2 TCR-T細胞が顕著なin vivo抗腫瘍活性を有することを示唆する。
【0178】
本出願は、さまざまな公開特許、公開特許出願、学術論文および他の出版物を参照し、そのすべてを本願に引用して援用する。援用した参考文献のいずれかと本明細書の間に矛盾がある場合、明細書が優先される。加えて、先行技術の範囲内にある本発明の任意の具体的な実施形態は、任意の1つ以上の特許請求の範囲から明確に除外され得る。その実施形態は当業者に周知であると考えられることから、除外が本出願に明確に記載されていない場合でもそれらは除外され得る。本発明の任意の具体的な実施形態は、それが先行技術の存在と関連するかどうかにかかわらず、いかなる理由でもすべての請求項から除外され得る。
【0179】
本発明は、その具体的な実施形態を参照して記載されたが、さまざまな変更が行われてよく、等価物が本発明の真の精神および範囲から逸脱することなく置き換えられ得ることは、当業者に理解されるべきである。加えて、多数の変形が、本発明の目的、精神および範囲のために好適な特定の例、材料、組成物、方法、方法のステップを作製するために行われ得る。そのようなすべての変形は、特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。
図1
図2
図3
図4A
図4B
図5
図6
図7
図8
図9
【配列表】
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【国際調査報告】